(57)【要約】生物配列情報の閲覧方法であって、閲覧対象の生物配列情報と利用者側データベースに登録された生物配列情報との類似度を決定し、配列が類似とされた利用者側データベース中の生物配列情報と共に表示する工程を含み、さらに必要に応じて閲覧対象の生物配列情報を利用者側データベースに登録する工程も含む方法。
2003017138.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物配列情報の閲覧方法であって、
（ａ）閲覧の対象となる１又は２以上の生物配列情報を被見配列として指定する工程、
（ｂ）被見配列と利用者側データベースに登録された１又は２以上の生物配列情報との類似度を判定する工程、
（ｃ）被見配列が利用者側データベース中の１又は２以上の生物配列情報と類似する場合に、利用者側データベース中の該生物配列情報を類似配列として被見配列と共に表示する工程、
を含む方法。
【請求項２】
工程（ａ）で被見配列を端末上に表示された情報に基づいて指定する請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項３】
端末上に表示された情報として、ＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式、又はＸＭＬ形式の文書を用いる請求の範囲第２項に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｂ）で類似度の判定を配列アラインメント法により行なう請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）で類似度の判定をＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／１３２６８に記載の方法（″ＥｉｇｅｎＩＤ″）により行なう請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項６】
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列の配列アラインメントを表示する請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｃ）で被見配列と類似配列との関係をグループ化又は階層化して表示する請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列のそれぞれのアノテーション情報を併合して表示することを特徴とする請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列のいずれか一方、又は両者に対応する蛋白質の立体構造を表示する請求の範囲第１項に記載の方法。
【請求項１０】
請求の範囲第１項に記載の方法であって、さらに以下の工程を含む方法。
（ｄ）被見配列を利用者側データベースに保存する工程。
【請求項１１】
工程（ｄ）で被見配列及び類似配列をグループ化又は階層化して保存することを特徴とする請求の範囲第１０項に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｄ）で被見配列及び類似配列のそれぞれのアノテーション情報を併合して保存する請求の範囲第１０項に記載の方法。
【請求項１３】
請求の範囲第１０項に記載の方法であって、さらに以下の工程を含む方法。
（ｅ）利用者側データベースのデータ項目をクエリとして、サーバー計算機から情報を取得して工程（ａ）の被見配列とする工程。
【請求項１４】
データ項目の種類毎に情報の取得先を保存した補助データベースを用いて利用者側データベースのデータ項目に対応する情報の取得先を生成することを含む、請求の範囲第１３項に記載の方法。
【請求項１５】
請求の範囲第１０項に記載の方法で作成した利用者側データベースのデータ項目をクエリとして、サーバー計算機から情報を取得する方法。
【発明の詳細な説明】
技術分野
本発明は、ゲノムまたは蛋白質に関係する生物配列情報の閲覧及びデータベースへの保存方法に関する。
背景技術
ゲノム研究、プロテオーム研究等の進展により、生物の遺伝情報の本体であるゲノムに関する情報やゲノムに基づいて発現される蛋白質に関する情報が急速に蓄積している。これらの生物配列情報は、公的機関や企業のサーバー計算機にデータベースとして蓄積され、利用されている。
核酸塩基配列の情報を集めたデータベースとしては、ＧｅｎＢａｎｋ（米国ＮＣＢＩ）、ＥＭＢＬヌクレオチド配列データベース（欧州ＥＭＢＬ−ＥＢＩ）、ＤＤＢＪ（国立遺伝学研究所）などが一般に公開されて利用されている。また、ゲノム解析を事業として行なっている企業が作成した核酸塩基配列データベースも存在する。蛋白質のアミノ酸配列の情報を集めたデータベースとしては、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＴｒＥＭＢＬ（両者ともＳｗｉｓｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＲｅｆＳｅｑ（両者とも米国ＮＣＢＩ）、ＰＩＲ（米国ＮＢＲＦ）、ＰＲＦ（大阪、蛋白質研究奨励会）などが一般に公開されて利用されている。
蛋白質の立体構造の情報を集めたデータベースとしては、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ（米国ＲＣＳＢ）があり、蛋白質の各原子の三次元座標の情報に加えてアミノ酸配列の情報も含んでいる。遺伝子の異常に由来する疾患などの情報を集めたデータベースとしてはＯＭＩＭ（米国ＮＣＢＩ）がある。
上述の生物配列情報データベースのなかには、他のデータベースのエントリへの関連付けの情報をデータとして保持しているものもある。例えば、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベースの各エントリは、該エントリのアミノ酸配列に対応するＥＭＢＬヌクレオチド配列データベース、ＰＩＲデータベース、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ、ＯＭＩＭデータベースなどのエントリのＩＤを関連付け情報として保持している。また、該エントリに関する基本データを報告している文献のＰｕｂＭｅｄ（米国ＮＣＢＩ）データベースにおけるＩＤも保持している。これらの関連付け情報を利用することにより、例えばＳｗｉｓｓＰｒｏｔのあるエントリをワールドワイドウェブ（ＷＷＷ）のブラウザ上に表示する際に、関連付けされた他のデータベースのエントリを表示するためのリンク情報をＵＲＬにより表示し、利用者が容易に他のデータベースのエントリを閲覧できるようにすることが可能となっている。
一般に、生物配列情報データベースの多くはＷＷＷサーバーを通して公開され、利用者はインターネットやローカルエリアネットワーク等の通信回線を通してパーソナルコンピュータ等の端末から利用することができる。利用者側端末では、Ｉｎｔｅｒｎｅｔ  ＥｘｐｌｏｒｅｒやＮｅｔｓｃａｐｅ  ＮａｖｉｇａｔｏｒなどのＷＷＷブラウザを使って、データベースの検索や検索で得られる情報の閲覧を行なうのが一般的である。また、ＧＣＧ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅ（米国Ａｃｃｅｌｒｙｓ社）のように、文字表示端末から生物配列情報データベースの検索や情報の閲覧を行なうシステムもある。
生物配列情報データベースの検索方法としては、データベース中のキーワードの一致や部分一致に基づく一般的な検索のほかに、核酸塩基配列やアミノ酸配列の一致や類似性に基づいて検索する、ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  Ｓ．Ｆ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．ｖｏｌ．２１５，ｐｐ．４０３−４１０，１９９０）、ＦＡＳＴＡ（Ｐｅａｒｓｏｎ  Ｗ．Ｒ．ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ  Ｄ．Ｊ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，ｖｏｌ．８５，ｐｐ．２４４４−２４４８，１９８８）などの方法がある。また、配列が類似する複数のデータ間で配列の対応関係を求める「配列アラインメント法」もよく用いられる。配列アラインメント法の例としては、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム（Ｓｍｉｔｈ  Ｔ．Ｆ．ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ  Ｍ．Ｓ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，ｖｏｌ．１４７，ｐｐ．１９５−１９７，１９８１）とＣｌｕｓｔａｌ−Ｗ（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，ｖｏｌ．２２，ｐｐ．４６７３−４６８０，１９９４）があげられる。
発明の開示
上記のような生物配列情報データベースの利用において、利用者が検索により得た情報を閲覧する方法としては、ＷＷＷブラウザや文字表示端末の画面上にそれらの情報を表示する方法が一般的である。また、上記の情報を以後の利用のために保存する方法としては、ＷＷＷブラウザや文字表示端末のデータ保存機能を利用してテキストデータを端末上にファイルとして保存する方法が一般的である。しかし、これらの方法によると、閲覧又は保存するデータは検索の試行毎に得られるファイル単位で独立に扱われることになり、以下のような種々の問題が生じる。利用者が核酸塩基配列や蛋白質アミノ酸配列を含む生物配列情報データを閲覧する場合、配列の相同性が高いデータの間や、核酸塩基配列とそれに対応する蛋白質アミノ酸配列のデータの間で、データを対比したい場合が多い。上記のようなファイル単位のデータの閲覧／保存方法ではデータ間の関連性が失われてしまうため、利用者が各ファイルの間の関連性を別途記録しておくなどの方法で自ら管理する必要があり不便であった。
利用者が複数の配列データについて配列アラインメントを行なった場合には、ファイル単位での閲覧／保存方法によると各々の配列データが由来するデータファイルと配列アラインメントの結果のファイルが別々に閲覧／保存されることになる。この場合にも、利用者は各ファイルを対比して検討したり、計算条件や一部の配列データを変更・追加して配列アラインメントを再度行ないたい場合が多く、従来の方法では不便であった。
本発明は、上記のような問題を解決し、利用者が生物配列情報データベースの検索により得た情報を利用者側のパーソナルコンピュータ等の端末において管理し、容易に閲覧できるようにすることを目的としてなされた。より具体的には、利用者が端末側に取得した生物配列情報データベースのエントリや配列アラインメントの結果などの生物配列情報を、利用者側のデータベースと照合しつつ閲覧し、さらに利用者側のデータベースに保存し、該情報の管理と閲覧を容易に行なえるようにすることが本発明の課題である。
本発明者らは、上記の課題を解決すべく鋭意努力した結果、端末に取得した生物配列情報データから配列情報、配列アラインメント情報、立体構造情報、ないしアノテーション情報を抽出してデータベースに保存することにより、上記の課題を解決できることを見出した。
本発明により、生物配列情報の閲覧方法であって、
（ａ）閲覧の対象となる１又は２以上の生物配列情報を被見配列として指定する工程、
（ｂ）被見配列と利用者側データベースに登録された１又は２以上の生物配列情報との類似度を判定する工程、
（ｃ）被見配列が利用者側データベース中の１又は２以上の生物配列情報と類似する場合に、利用者側データベース中の該生物配列情報を類似配列として被見配列と共に表示する工程、
を含む方法
が提供される。
本発明の好ましい態様によれば、下記の発明が提供される。
工程（ａ）で被見配列を端末上に表示された情報に基づいて指定する上記の方法；
端末上に表示された情報として、ＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式、又はＸＭＬ形式の文書を用いる上記の方法；
工程（ｂ）で類似度の判定を配列アラインメント法により行なう上記の方法；
工程（ｂ）で類似度の判定をＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／１３２６８に記載の方法（”ＥｉｇｅｎＩＤ”）により行なう上記の方法；
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列の配列アラインメントを表示する上記の方法；
工程（ｃ）で被見配列と類似配列との関係をグループ化又は階層化して表示する上記の方法；
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列のそれぞれのアノテーション情報を併合して表示する上記の方法；
工程（ｃ）で被見配列及び類似配列のいずれか一方、又は両者に対応する蛋白質の立体構造を表示する上記の方法；
上記のいずれかの方法であって、さらに以下の工程：
（ｄ）被見配列を利用者側データベースに保存する工程
を含む方法；
工程（ｄ）で被見配列及び類似配列をグループ化又は階層化して保存する上記の方法；
工程（ｄ）で被見配列及び類似配列のそれぞれのアノテーション情報を併合して保存する上記の方法；
工程（ｄ）で被見配列及び類似配列の配列アラインメントを保存する上記の方法；
配列アラインメントの保存をＰＣＴ国際公開ＷＯ００／４３９３９に記載の方法により行なう上記の方法；
上記のいずれかの方法であって、さらに以下の工程：
（ｅ）利用者側データベースのデータ項目をクエリとして、サーバー計算機から情報を取得して工程（ａ）の被見配列とする工程
を含む方法；
データ項目の種類毎に情報の取得先を保存した補助データベースを用いて利用者側データベースのデータ項目に対応する情報の取得先を生成することを含む上記の方法；及び
上記のいずれかの方法で作成した利用者側データベースのデータ項目をクエリとして、サーバー計算機から情報を取得する方法
上記の方法で作成した利用者側データベースを用いて、端末で閲覧中の文書中に利用者側データベース中のデータ項目に該当する項目が存在した場合に、該項目を強調して表示する方法；
上記の方法を実施するためのプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能な媒体；及び
上記の方法で作成した利用者側データベースを記録した、コンピュータ読み取り可能な媒体
が提供される。
また、本発明により、生物配列情報データから配列情報、配列アラインメント情報、立体構造情報、及びアノテーション情報からなる群から選ばれる１以上の情報を抽出してデータベースに保存することにより該生物情報データを閲覧する方法であって、
（ａ）データベースへの保存がサーバー計算機と通信手段を介して接続した端末側で行なわれ、かつ
（ｂ）配列情報の一致又は相同性に基づいてデータベース中の情報をグループ化する
ことを特徴とする方法が提供される。
この発明の好ましい態様によれば、配列アラインメント情報に基づいてデータベース中の情報をグループ化する上記の方法；
グループ化の際に、配列が類似すると判定されたデータ間で立体構造情報及び／又はアノテーション情報を併合することを特徴とする、上記の方法；
グループ化で配列が類似すると判定されたデータ間で、立体構造情報及び／又はアノテーション情報をコピー又はリンクする上記の方法；
グループ化が複数の基準に基づいて行われる上記の方法；
グループ化が階層構造を伴って行われる上記の方法；
配列情報の類似の判定をＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／１３２６８に記載の方法（″ＥｉｇｅｎＩＤ″）により行なう上記の方法；
類似な配列間のアラインメントを保存する上記の方法；
アラインメントの保存をＰＣＴ国際公開ＷＯ００／４３９３９に記載の方法により行なう上記の方法；
上記の方法で作成したデータベースのデータ項目をクエリとして、サーバー計算機から情報を取得して該データベースに登録する方法；
上記の方法で作成したデータベースのデータ項目に基づいて、データ項目毎に情報の取得先を保存した補助データベースを用いて、該データ項目に対応する情報の取得先を生成する方法；及び
上記の方法で作成したデータベースを用いて、端末で閲覧中の文書中にデータベース中のデータ項目に該当する項目が存在した場合に、該項目を強調して表示する方法
が提供される。
発明の実施するための最良の形態
本明細書における用語の意味又は定義は以下のとおりである。
「配列情報」とは、核酸塩基配列の情報又は蛋白質のアミノ酸配列の情報を含む概念である。配列情報は通常、核酸塩基又はアミノ酸残基の種類を１文字又は３文字のコードで表現し（例えばアミノ酸残基アラニンを１文字コード”Ａ”又は３文字コード”ＡＬＡ”で表現する）、それらのコードを配列の順に並べることにより表現される。
「生物配列情報」とは、ゲノム／ｃＤＮＡ／ｍＲＮＡ／ＥＳＴ（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔａｇ）／ＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｕｍ）／ＤＮＡ断片／ＲＮＡ断片を含む生物に関係する核酸塩基配列及びその部分配列の情報、及び蛋白質／蛋白質ドメイン／ペプチド断片／生理活性ペプチドを含む生物に関係するアミノ酸配列及びその部分配列の情報を含む概念であり、配列情報に加えて１又は２以上の種類のアノテーション情報を含んでいてもよい（本明細書において２以上の用語が「／」で連結されている場合には、特に言及しない限り「／」は「及び／又は」を意味する）。
「部分配列」とは、ある配列の一部分である連続した配列のことである。
「アノテーション情報」とは、生物配列情報のデータベース又はファイルにおいて配列情報に加えて保存される情報であり、いかなる形式のものでも構わない。アノテーション情報の例としては、遺伝子又は蛋白質の機能／生体内での発現部位／配列の相同性に関する情報、配列の特定部位／特定部分の特徴／修飾／変異／機能に関する情報、配列アラインメントの情報、蛋白質の立体構造に関する情報、蛋白質と相互作用又は結合する化合物に関する情報、該生物配列情報が由来する文献／情報源に関する情報、同一データベース内又は他のデータベースのデータ項目への関連付けの情報（リンク情報）などが挙げられる。
「サーバー計算機」とは、生物配列情報を含む情報をデータベース又はファイルとして蓄積し、利用者に対してデータの登録、検索、解析、表示などのサービスを提供する計算機のことである。
「端末」とは、サーバー計算機と通信手段を通して情報を交換し表示する利用者側の装置のことであり、文字情報のみを扱う文字表示端末やＷＷＷサーバーの情報を扱うＷＷＷブラウザが動作するパーソナルコンピュータ等の計算機を含む。
「ＷＷＷサーバー」とは、端末に対してＨＴＭＬ（Ｈｙｐｅｒ  Ｔｅｘｔ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ）形式、ＸＨＴＭＬ（Ｅｘｔｅｎｓｉｂｌｅ  ＨＴＭＬ）形式又はＸＭＬ（Ｅｘｔｅｎｓｉｂｌｅ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ）形式で情報を送信することができるサーバー計算機のことである。ＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式、ＸＭＬ形式の仕様は、Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍのホームページ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｗ３．ｏｒｇ）で公開されている。
「ＷＷＷブラウザ」とは、ＷＷＷサーバーから受信したＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式又はＸＭＬ形式の情報に基づいて文字／図形／画像を表示するための、端末上で利用するソフトウェアのことである。ＷＷＷブラウザの例としては、Ｉｎｔｅｒｎｅｔ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ社）やＮｅｔｓｃａｐｅ（Ｎｅｔｓｃａｐｅ社）が挙げられる。
「リンク情報」とは、ある生物配列情報が他の生物配列情報又は生物配列情報以外の情報と関連付けされていることを示す情報のことである。ＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式及びＸＭＬ形式においては、リンク情報はＵＲＩ（Ｕｎｉｆｏｒｍ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｉｎｄｉｃａｔｏｒ）又はＵＲＬ（Ｕｎｉｆｏｒｍ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｌｏｃａｔｏｒ）と呼ばれる構文（以下、「ＵＲＬ」とよぶ）により表現される。
「配列の類似度」とは、２つの配列情報が類似する度合を表わす概念であり、一方の配列が他方の配列の部分配列である場合や、２つの配列が完全に一致する場合も含む。配列の類似度は通常、２以上の配列の対応関係を配列アラインメント法により求めた後に、２つの配列間で一致又は類似するとされた核酸塩基又はアミノ酸残基の数を数えることにより決定され、全核酸塩基数又は全アミノ酸残基数に対する比率として表現される。配列が完全に一致するかどうかを決定する目的には、上記の配列アラインメント法による方法のほかに、ＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／１３２６８に記載の方法を用いることができる。
「配列アラインメント」とは、２以上の配列間で核酸塩基又はアミノ酸残基ができるだけ多く対応するように対応付けする操作、及び操作の結果得られる対応関係を表わす。
「配列のＩＤ」とは、生物配列情報を識別するために付される固定長又は可変長の短い文字列のことである。配列のＩＤの例としては、ＧｅｎＢａｎｋやＳｗｉｓｓＰｒｏｔのａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｎｕｍｂｅｒやＳｗｉｓｓＰｒｏｔのｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ情報が挙げられる。
以下、本発明の方法を一つの生物配列情報を閲覧し保存する手順の例で具体的に説明する（第１図）。以下に示す手順は本発明の好ましい実施の態様を示すに過ぎず、本発明の範囲が以下の態様に限定されないことはいうまでもない。
まず、利用者が閲覧対象とする生物配列情報（以下、「被見配列」とよぶ）を指定する（ステップ１）。指定方法の例としては、生物配列情報を含むファイルを指定する方法；端末に表示された生物配列情報を含むテキスト形式、ＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式又はＸＭＬ形式の文書の全体又は一部分を選択する方法；生物配列情報をサーバー計算機からダウンロードする方法；端末に表示された文書のＵＲＬ等のリンク情報に基づいて関連付けされた生物配列情報を適切なサーバー計算機からダウンロードする方法；生物配列情報を含む印刷物から光学読み取り及び文字認識の方法により取得する方法；利用者が生物配列情報を表わす文字列をキーボードにより入力する方法；などが挙げられる。
ステップ１で指定する生物配列情報の例としては、ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬ、ＤＤＢＪなどのデータベースから取得した核酸塩基配列情報；ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＴｒＥＭＢＬ、ＰＩＲ、ＰＲＦ、ＧｅｎＰｅｐｔなどの蛋白質アミノ酸配列データベースから取得した蛋白質アミノ酸配列情報；ＰＤＢから取得した蛋白質立体構造情報及びアミノ酸配列情報；配列情報データベースに対するＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴなどの検索方法により得られる配列情報；などが挙げられる。
ステップ１で指定した生物配列情報がＨＴＭＬ形式、ＸＨＴＭＬ形式又はＸＭＬ形式で表現されている場合には、マークアップ記号（「タグ」ともよばれる）を除去して生物配列情報の本体を取り出すとよい。この場合、ＵＲＬを表わすタグについては、その内容をリンク情報と見なしてアノテーション情報に加えて扱ってもよい。
ステップ１でＦＡＳＴＡ又はＢＬＡＳＴの検索結果を生物配列情報として指定した場合、該検索結果中には通常、検索の質問配列と対応関係がある１又は２以上の部分配列だけが含まれている。このような場合には、該部分配列を被見配列の配列情報として扱ってもよいが、該検索結果中の配列のＩＤ又はＵＲＬに基づいて適切なサーバー計算機から対応する完全な配列情報を取得して、部分配列の代わりに被見配列の配列情報としてもよい。
ステップ１は、利用者が明示的に被見配列を指定して行なってもよいが、別の方法として、ある種のトリガーに応じて自動的に行なってもよい。トリガーの例としては、一定時間が経過した場合；本発明の方法を実施するプログラムが起動された場合；端末に表示されている情報が更新された場合；利用者が端末上のカーソル又はポインタを生物配列情報を含むテキスト表示上に動かした場合；利用者が端末で操作対象とするウインドウを切り替えた場合；などが挙げられる。
ステップ１で指定した生物配列情報が２以上の独立な配列情報を含む場合には、それぞれの配列を被見配列と見なして、以下の処理を同様に行なうとよい。また、別の方法として、それらの配列情報を利用者側データベース中の生物配列情報と同等とみなして、以下の処理を行ってもよい。
次に、被見配列とデータベースに保存された１又は２以上の生物配列情報との間で配列の類似度を決定し、被見配列に類似する配列情報を有する１又は２以上の生物配列情報（以下、「類似配列」とよぶ）をデータベースから選択する（ステップ２）。ここで用いるデータベース（以下「利用者側データベース」とよぶ）は、配列情報を保存できるものであればいかなる形式のものでもよいが、好ましくはアノテーション情報を含めた生物配列情報を保存できる形式のものがよい。より好ましくは、アノテーション情報をその種類によって区別して保存できる形式であるとよい。利用者側データベースは利用者側の端末に保存されることが好ましいが、通信手段を通して利用者がデータを追加／変更／取得できるのであればサーバー計算機又は別の計算機に保存されていてもよい。
ステップ２の配列の類似度の判定は、被見配列と利用者側データベース中の配列情報との間の配列アラインメント法により行なうことができる。この場合、類似度がある値以上（例えば９０％以上）の配列を類似配列として選ぶとよい。この類似度の基準値は利用者がオプションにより変更できるようにしてもよい。ここで用いる配列アラインメント法の例としては、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム、ＣＬＵＳＴＡＬ−Ｗが挙げられる。
被見配列が核酸塩基配列の情報である場合には、配列の類似度の決定は塩基配列自体で行なってもよいが、別の方法として、該塩基配列を翻訳して対応する蛋白質のアミノ酸配列を得て、そのアミノ酸配列を被見配列の配列情報と見なして行なってもよい。また、ＥＭＢＬやＧｅｎＢａｎｋから取得した生物配列情報のように、核酸塩基配列に加えて翻訳したアミノ酸配列の情報がアノテーション情報として記録されている場合には、そのアミノ酸配列を被見配列の配列情報として扱ってもよい。
ステップ２で被見配列に対して配列が厳密に一致する配列を類似配列として選ぶ目的には、一般的な文字列比較の方法を用いてもよいが、より好ましくはＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／１３２６８に記載の方法（以下、「ＥｉｇｅｎＩＤ法」とよぶ）を用いるとよい。ＥｉｇｅｎＩＤ法によると、配列アラインメント法による場合に比べてはるかに高速に配列の類似度（厳密な一致）を決定することができる。さらに、配列アラインメント法とＥｉｇｅｎＩＤ法を併せて用いてもよい。例えば、アノテーション情報やリンク情報に基づいて類似度が高いと予想される利用者側データベース中のデータ項目についてのみ比較的時間がかかる配列アラインメント法を用い、それ以外の利用者側データベース中のデータ項目については高速なＥｉｇｅｎＩＤ法を用いて類似度（厳密な一致）を判定してもよい。
ステップ２で被見配列に対して部分配列の関係にある配列又は被見配列が部分配列の関係になるような配列を類似配列として選ぶ目的には、配列アラインメント法の代わりに一般的な文字列比較の方法を用いてもよい。
通常、ステップ２は被見配列の全体を用いて行なうが、別の方法として被見配列の１又は２以上の部分配列を用いて行なってもよい。例えば、被見配列が２以上の機能上又は構造上のドメインに区分できることがアノテーション情報に示されている場合には、該被見配列をドメインに区分して得られる部分配列の１又は２以上をステップ２の被見配列として扱ってもよい。
ステップ２を行なう段階で、利用者側データベースは１又は２以上の生物配列情報を含んでいることが好ましいが、例えば利用者が本発明の方法を初めて用いる場合などは、利用者側データベースは空であっても構わない。この場合は、ステップ２においては、類似配列が一つも見つからなかったものとして扱われる。
次に、ステップ２で見つかった１又は２以上の類似配列を、被見配列と共に表示する（ステップ３）。配列情報に加えて適宜のアノテーション情報も表示すると好ましい。ステップ３により、利用者は被見配列の生物配列情報と共に、配列が類似する生物配列情報を閲覧することが可能になり、被見配列についての理解を深めることができる。上記のステップで類似配列が見つからなかった場合には、被見配列の生物配列情報のみを表示する。
本発明の好ましい態様の一つとして、ステップ３において被見配列と類似配列の配列アラインメントを表示する方法が提供される。配列アラインメントを表示することにより、利用者は被見配列と類似配列の間で類似／相違する部分を容易に認識できるようになる。さらに、配列アラインメント表示と、配列の特定部位／特定部分の特徴／修飾／変異／機能に関するアノテーション情報を合わせて表示することにより、利用者は被見配列又は類似配列についての理解を深めることができる。例えば、類似配列のある部分に機能Ａについてのアノテーション情報が存在した場合には、被見配列の対応する部分も機能Ａに関係する可能性があるものと推定できる。このような目的には、配列の特定部位／特定部分のアノテーション情報とアラインメント表示の対応する部分を、同一の色付けや印付けをすることにより関連付けて表示すると便利である。
本発明の別の好ましい態様の一つとして、ステップ３において被見配列及び類似配列のいずれか一方、又は両者が蛋白質立体構造情報をアノテーション情報として持っている場合に、そ（れら）の立体構造を配列と共に表示する方法が提供される。立体構造の表示を共に閲覧することにより、利用者は被見配列又は類似配列についての理解を深めることができる。配列の特定部位／特定部分の特徴／修飾／変異／機能に関するアノテーション情報に基づいて、蛋白質立体構造中で対応する部分を色付けや印付けして表示してもよい。
上記の配列アラインメントの表示と蛋白質立体構造の表示を共に行なうことにより、利用者は被見配列又は類似配列についての理解をさらに深めることができる。被見配列又は類似配列の２以上が蛋白質立体構造情報をアノテーション情報として持っている場合には、配列アラインメントに基づいてそれらの立体構造を重ね合わせて表示するのが好ましい。この重ね合わせは、配列アラインメントで対応付けされたアミノ酸残基のα炭素又は主鎖原子の位置をＫａｂｓｈの最小二乗法アルゴリズム（Ｋａｂｓｈ  Ｗ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔ．Ｓｅｃｔ．Ａ，ｖｏｌ．３２，ｐｐ．９２２−９２３，１９７６）により重ね合わせることにより行なうことができる。立体構造を重ね合わせて表示することにより、利用者は配列間の類似部分／相違部分と立体構造間の類似部分／相違部分を容易に検討することができる。
本発明の別の好ましい態様の一つとして、ステップ３において被見配列及び類似配列を階層化又はグループ化して表示する方法が提供される。階層化の表示方法の例としては、類似配列のＩＤを被見配列のＩＤに従属するものとしてツリー表示する方法や、被見配列のＩＤを類似配列のＩＤに従属するものとしてツリー表示する方法が挙げられる。グループ化の表示方法の例としては、被見配列と類似配列のＩＤを並べて表示する方法がある。このような配列のＩＤによる階層化／グループ化表示は、多数の被見配列／類似配列に関する情報を同時に表示する際に、利用者が表示された生物配列情報の間の関係を容易に理解するのに役立つ。
本発明の別の好ましい態様の一つとして、ステップ３において被見配列及び類似配列のそれぞれのアノテーション情報を併合して表示する方法が提供される。例えば、被見配列にアノテーション情報Ａが、類似配列にアノテーション情報Ｂがそれぞれ付加されていた場合に、被見配列又は類似配列のアノテーション情報としてＡ及びＢの両方を併合して表示する。アノテーション情報を併合して表示することにより、被見配列と類似配列のアノテーション情報を一緒に閲覧することが可能となり、利用者による生物配列情報の理解を助けることができる。アノテーション情報の併合は必ずしも全てのアノテーション項目についてではなく、例えば遺伝子又は蛋白質の機能に関するアノテーション情報など、一部の項目に限って行なってもよい。
本発明のさらに好ましい態様として、上記のステップ１〜３に加えて、被見配列に関する情報を利用者側データベースに保存するステップ（ステップ４）を含む方法が提供される。この場合、被見配列の配列情報に加えてアノテーション情報も保存することが好ましい。ステップ４により、利用者が一度閲覧した被見配列に関する情報がデータベースに保存され、後ほどの閲覧や類似配列の検索の対象として扱えるようになる。利用者が本発明の方法を繰り返し用いるにつれて、利用者側データベースには利用者が閲覧した生物配列情報が蓄積してゆく。これにより、従来の生物配列情報の閲覧方法で問題となっていた閲覧後の情報管理の問題が解決される。
ステップ４においては、被見配列及び類似配列をグループ化又は階層化して保存することが好ましい。グループ化の方法の例としては、類似する配列のＩＤを列挙した表の形でデータベース中に保存する方法；各生物配列情報について類似する配列のＩＤを保存する方法が挙げられる。ここで「類似する配列」とは、被見配列と対応する類似配列からなる１以上の生物配列情報のことである。階層化の保存の例としては、被見配列のＩＤに対して類似配列のＩＤの対応関係を列挙した表の形でデータベース中に保存する方法；類似配列のＩＤに対して被見配列のＩＤの対応関係を列挙した表の形でデータベース中に保存する方法などが挙げられる。類似する配列をグループ化又は階層化して保存することにより、利用者側データベースに含まれる生物配列情報を閲覧する際に、類似する配列をグループ化又は階層化して表示することが可能となる。
ステップ１でＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴなどの類似配列検索法の出力を被見配列として指定した場合には、該出力中で類似するとされた配列をグループ化又は階層化して保存してもよい。例えば、類似配列検索のクエリとして与えた配列を被見配列として扱い、検索により得られた類似する配列を類似配列として扱って、上記と同様の方法で利用者側データベースにグループ化又は階層化して保存することができる。
上記のグループ化と階層化の方法は一通りに限らず、例えば、配列アラインメント法に基づいてある類似度の閾値により選ばれた類似配列と、別の類似度の閾値により選ばれた類似配列とを、別々のグループとして保存してもよい。また、配列アラインメント法に基づいて選ばれた類似配列と、ＥｉｇｅｎＩＤ法により選ばれた（配列が完全一致する）類似配列を、別々のグループとして保存してもよい。さらに、利用者が任意の２以上の生物配列情報を指定してグループ化又は階層化して保存してもよい。
ステップ４において、被見配列及び類似配列の間でそれぞれのアノテーション情報を併合して保存してもよい。例えば、被見配列にアノテーション情報Ａが、類似配列にアノテーション情報Ｂがそれぞれ付加されていた場合に、データベースへの保存に当って、被見配列のアノテーション情報としてＡ及びＢの両方を保存してもよい。さらに、類似配列のアノテーション情報についても同様に併合を行なって更新してもよい。アノテーション情報の併合は必ずしも全てのアノテーション情報の項目についてではなく、例えば遺伝子又は蛋白質の機能に関するアノテーション情報など、一部の項目に限って行なってもよい。
ステップ４において、被見配列及び類似配列の配列アラインメントを被見配列及び／又は類似配列のアノテーション情報として保存してもよい。例えば、ステップ２の配列の類似度の判定で配列アラインメント法を用いた場合には、そこで得られた配列アラインメントをアノテーション情報として保存するとよい。配列アラインメントは、それを表わすテキストデータとして保存してもよいが、好ましくはＰＣＴ国際公開ＷＯ００／４３９３９に記載の方法により行なうとよい。この方法によると、配列アラインメントを圧縮した形で保存して、閲覧時に容易に展開することが可能となる。
ステップ１でＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴなどの類似配列検索法の出力を被見配列として指定した場合には、その出力中の部分配列のアラインメントをアノテーション情報として保存してもよい。ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴの出力中の部分配列に対応する完全な配列情報をサーバー計算機から取得して被見配列とした場合には、配列アラインメント中の部分配列と完全な配列情報との対応関係も配列アラインメントと共に保存するとよい。
ステップ４で蛋白質立体構造情報をアノテーション情報として保存する場合には、立体構造と被見配列の配列情報との対応関係もアノテーション情報として保存するとよい。例えばＰＤＢのデータを被見配列として指定した場合には、ＳＥＱＲＥＳ欄に記載された配列情報に対して、ＡＴＯＭ欄に記載された立体構造情報で一部のアミノ酸残基が欠落している場合がある。このような場合に、立体構造が存在するアミノ酸配列の範囲を保存しておくと、ステップ３での立体構造の表示の際に便利である。
ステップ４において、被見配列又は類似配列に対して利用者が任意のアノテーション情報を追加して保存してもよい。入力するアノテーション情報の例としては、被見配列又は類似配列に関する利用者の検討結果や実験データなどが挙げられる。アノテーション情報の追加の別の態様としては、被見配列を入力した日時；被見配列の取得先のＵＲＬ；ステップ２で用いた類似度の決定法の種別；などをプログラムが自動的に発生してアノテーション情報として保存してもよい。
本発明の別の態様として、利用者側データベースのデータ項目に基づいて、端末で閲覧中の文書中に利用者側データベースのデータ項目に一致又は対応する項目が存在した場合に、該項目を色分け又は印付けすることにより強調表示する方法が提供される。この場合の閲覧対象の文書は生物配列情報に限らず、端末に表示可能なものであればいかなるものでも構わない。例えば、閲覧対象の文書から単語を抽出し、利用者側データベースのアノテーション情報の項目を文字列検索することにより該単語の有無を判定し、該単語が利用者側データベースのアノテーション情報に存在した場合には、閲覧対象の文書中の対応する部分を強調表示することができる。強調表示と共に、利用者側データベースの該当する項目も表示するとさらに便利である。
本発明のさらに別の態様として、利用者側データベースのデータ項目をクエリとして、ＷＷＷサーバーから生物配列情報を取得する方法が提供される。例えば、利用者側データベースからＳｗｉｓｓＰｒｏｔのＩＤを抽出して、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベースを提供するＷＷＷサーバーに対して該ＩＤをクエリとして検索を行ない、該ＩＤに対応する生物配列情報を取得する。さらに、取得した生物配列情報をステップ１の被見配列として扱うことにより、本発明の各方法を適用してもよい。この方法により、頻繁に更新される生物配列情報について、最新の情報を閲覧し、利用者側データベースのデータ項目を更新することが可能となる。この方法は、生物配列情報だけでなく、利用者側データベースに保存されたアノテーション情報に基づいて取得できる情報である限り、いかなる情報に対しても実施できる。そのような情報の例としては、ＰｕｂＭｅｄ、ＯＭＩＭ（両方とも米国ＮＣＢＩ）が挙げられる。
上記の方法を行なうためには、生物配列情報の種類毎に取得先を保存した補助データベースを作成して用いるとよい。この補助データベースには、例えばＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧｅｎＢａｎｋ、ＰＤＢなどの種類毎に生物配列情報の取得先を表わすＵＲＬの雛型を保存しておく。取得しようとする生物配列情報の種類に応じて補助データベースからＵＲＬの雛型を取得し、その雛型と取得したい生物配列情報のＩＤに基づいてＷＷＷサーバーから情報を取得するためのＵＲＬを生成する。生成したＵＲＬを用いてＷＷＷサーバーに対して要求を出すことで、所望の生物配列情報を取得することができる。
実施例
以下、本発明を実施例によりさらに具体的に説明するが、本発明の方法は下記の実施例に限定されることはない。
例１
ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベースのデータＤＹＲ＿ＭＯＵＳＥを本発明の方法の被見配列として指定する例を示す（第２図）。冒頭のヘッダ”ＩＤ”がある行の”ＤＹＲ＿ＭＯＵＳＥ”が、この生物配列情報のＩＤとして認識される。場合によっては、ヘッダ”ＡＣ”がある行の内容（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｎｕｍｂｅｒｓ）を配列のＩＤとして用いてもよい（例えば”Ｐ００３７５”）。ヘッダ”ＳＱ”がある行とヘッダ”／／”がある行の間の行がアミノ酸配列情報であり、これらの行が配列情報として認識される。
それ以外の行はアノテーション情報として扱う。ヘッダ”ＦＴ”がある行は、配列の特定部位／特定部分に関するアノテーション情報であり、”ＶＡＲＩＡＮＴ”は特定部位の変異、”ＣＯＮＦＬＩＣＴ”は矛盾する実験データが存在する部位を表わす。これらのアノテーション情報は、本発明の方法で配列アラインメント表示や蛋白立体構造表示の配列の特定部位／特定部分を色付け又は印付けして表示する目的に利用する。
ヘッダ”ＤＲ”がある行は、他の生物配列情報データベースへのリンクのアノテーション情報であり、本発明の方法で利用者側データベースのデータ項目をクエリとしてサーバー計算機から該当する生物配列情報を取得する目的に利用する。例えば、”ＥＭＢＬ”はＥＭＢＬ核酸塩基配列データベースへのリンクとして認識され、”Ｖ００７３８”がデータ項目のＩＤ（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｎｕｍｂｅｒ）として認識される。
ヘッダ”ＲＮ”に続く行は、文献情報データベース（ＰｕｂＭｅｄ）へのリンクのアノテーション情報であり、本発明の方法で利用者側データベースのデータ項目をクエリとしてサーバー計算機から該当する文献情報を取得する目的に利用する。例えば、”ＰｕｂＭｅｄ＝６２８２８５８”の６２８２８５８がＰｕｂＭｅｄのＩＤとして認識される。
例２
被見配列と利用者側データベース中の生物配列情報との類似度を決定し、類似配列を選ぶ手順の例を第３図に示す。
まず利用者側データベースから一つの配列（本実施例では「ＤＢ配列」とよぶ）を取り出す（ステップ２０１）。次にＥｉｇｅｎＩＤ法により被見配列とＤＢ配列が完全に一致するかどうかを判定する（ステップ２０２）。このステップはハッシュを用いることにより高速に実行できる。被見配列とＤＢ配列が同一と判定された場合には、該ＤＢ配列を類似配列のリストに追加する（ステップ２０５）。類似配列のリストには、利用者側データベース中の該当するデータ項目のインデックスを保存する。類似配列のリストは新たな被見配列について本実施例の手順を開始する際に空にしてある。
ステップ２０２で被見配列とＤＢ配列が同一でないと判定された場合には、被見配列とＤＢ配列のＣｌｕｓｔａｌ−Ｗによる配列アラインメントを実行する（ステップ２０３）。得られた配列アラインメントから被見配列とＤＢ配列の類似度の値を算出し、予め定められている閾値（例えば９０％）と比較する（ステップ２０４）。類似度の値が閾値より高い場合には、ステップ２０５により該ＤＢ配列を類似配列のリストに追加する。
以上の手順を、利用者側データベース中の全ての生物配列情報について繰り返すことにより、被見配列と類似する配列情報を有する類似配列のリストを得ることができる。
ステップ２０２で用いるＥｉｇｅｎＩＤ法では、配列情報のハッシュ値を算出して用いるが、利用者側データベース中の生物配列情報について予めハッシュ値を算出しておくことにより、ステップ２０２はさらに高速に実行することができる。また、配列が完全に一致する生物配列情報だけを類似配列として扱いたい場合には、ステップ２０３〜２０４は実行する必要はない。
例３
被見配列と類似配列を共に表示する例を第４図に示す。
第４図は、ヒト（ＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮ）、マウス（ＤＹＲ＿ＭＯＵＳＥ）、チキン（ＤＹＲ＿ＣＨＩＣＫ）のジヒドロ葉酸還元酵素のアミノ酸配列情報をＳｗｉｓｓＰｒｏｔから取得して、本発明の方法を実施するプログラムＫｅｙＭｉｎｅに取り込んだ状態の画面である。
画面右下の区画には、各蛋白質のＳｗｉｓｓＰｒｏｔ中のアノテーション情報がアノテーションの種類毎に区分されて表示されている。例えば、”ｃｏｎｆｌｉｃｔ”の欄は矛盾する実験データが存在するアミノ酸配列の位置に関する情報、”ｄｂ＿ｘｒｅｆ”の欄は他の生物配列情報データベースのデータ項目へのリンク情報である。”ｄａｔａｓｏｕｒｃｅ”の欄は、ＫｅｙＭｉｎｅが被見配列データを取り込んだ際に自動的に付加されたデータの取得先を表わすアノテーション情報である。
“ｄａｔａｓｏｕｒｃｅ”や”ｄｂ＿ｘｒｅｆ”のように、外部の情報源に対するリンク情報を表わすアノテーションについては、アノテーション情報の表示上で項目をクリックしてプログラムに指示することにより、対応する情報を外部の情報源から取得することができる。取得する情報が生物配列情報である場合には、その情報を被見配列として扱って処理することもできる。取得する情報がＷＷＷサーバー上の一般的な情報である場合には、ＷＷＷブラウザが起動されてその画面上に表示される。
画面左側の区画には、取り込んだ生物配列情報に関するサマリー情報がツリー状に示されている（画面ではＤＹＲ＿ＣＨＩＣＫに関するツリー表示がされていて、他の配列情報についてはツリー表示は閉じられている）。ツリー中の”ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ａｃｔｉｖｉｔｙ”から下の各欄は、アノテーション情報の種類を示す。ツリー中の”Ａｌｎ／Ｇｒｐ”の欄には、Ｃｌｕｓｔａｌ−Ｗによって作成された配列アラインメントに関するサマリー情報が示されている。”Ｍｅｍｂｅｒ”のツリーの下に、３つの配列のＩＤ（ＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮ，ＤＹＲ＿ＭＯＵＳＥ，ＤＹＲ＿ＣＨＩＣＫ）がグループ化して表示されている。
画面右上の区画には、Ｃｌｕｓｔａｌ−Ｗによって作成された配列アラインメントが表示されている。アノテーション情報の表示と配列アラインメントの表示は互いに連動している。例えば、第４図ではＤＹＲ＿ＭＯＵＳＥの残基３の”ｃｏｎｆｌｉｃｔ”のアノテーションを選択することにより、配列アラインメント表示上で対応する残基の１文字コードが強調表示（反転表示）される。さらに配列アラインメント表示の各残基は、配列の特定部位／特定部分に関するアノテーション情報に基づいて、例えば”ｃｏｎｆｌｉｃｔ”のアノテーションに対応する残基を色付けして表示することもできる（第４図では便宜上色は示されていない）。
例４
アノテーション情報として蛋白質の立体構造情報がある場合に、それを生物配列情報と共に示す例を第５図に示す。
例３で扱ったジヒドロ葉酸還元酵素のうちＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮとＤＹＲ＿ＣＨＩＣＫは蛋白質立体構造が結晶解析により知られており、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔのアノテーション情報中のＰＤＢへのリンク情報に基づいて結晶構造のデータを取得できる。第５図は、ＫｅｙＭｉｎｅを用いてＰＤＢからヒト酵素の結晶構造（１ＤＨＦ）とチキン酵素の結晶構造（１ＤＲｌ）のデータをダウンロードして表示した際の画面を示す。ＫｅｙＭｉｎｅでは、上記のようにしてダウンロードした蛋白質立体構造情報もアノテーション情報の一種として利用者側データベースに保存することができる。
画面下部の別ウインドウに２種類の酵素の立体構造が重ね合わせされて表示されている。この重ね合せは、配列アラインメントに基づいて対応関係のある残基のα炭素骨格を最小二乗法により重ね合わせることで計算できる。また、別の方法として、立体構造の重なり方がなるべく良くなるように、残基の対応関係を変化させつつ重ね合わせ計算を繰り返すことで、いわゆる”Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｒｅｇｉｏｎ（ＳＣＲ）”を求めることもできる。
このような複数種類の蛋白質の立体構造重ね合わせを配列アラインメントと共に表示することにより、配列アラインメントと立体構造の関係を容易に理解することができる。第５図の例では、ＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮとＤＹＲ＿ＣＨＩＣＫで配列の類似性が低い部分（アラインメント表示の３段目左）を画面上で選択し、立体構造中で対応する部分を強調表示している（立体構造表示の右上のαヘリックス末端を含む太線で表示された部分）。
例５
ＵＲＬの雛型を保存した補助データベースの例を第６図に示す。外部の生物配列情報データベースの種類毎に、データを取得する際のＵＲＬの雛型を保存してある。
例えば、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔのＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮのデータをサーバー計算機から取得したい場合には、以下のような手順で行なう。補助データベースのＳｗｉｓｓＰｒｏｔの項目から、ＵＲＬの雛型”ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｓｗｉｓｓｆｅｔｃｈ？”を得る。この雛型の”？”の後ろに取得したいデータのＩＤ（”ＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮ”）を付すことにより、データをＵＲＬ“ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｓｗｉｓｓｆｅｔｃｈ？ＤＹＲ＿ＨＵＭＡＮ”を生成し、このＵＲＬを用いてＷＷＷサーバーに対して要求を出すことにより、該当のデータがダウンロードできる。
産業上の利用可能性
本発明によれば、利用者が生物配列情報データベースの検索により得た情報を利用者側のパーソナルコンピュータ等の端末において管理し、容易に閲覧できるようになる。利用者が端末側に取得した生物配列情報、蛋白質立体構造、配列アラインメントなどのデータを、利用者が過去に取得したデータとの配列の類似度に基づいて共に閲覧し、さらに利用者側データベースに保存して以後の利用に用いることができる。
本発明は、医学、薬学、農学、分子生物学、遺伝学、ゲノミクス、プロテオミクス等の分野の研究者が、生物配列情報を用いた研究を行なう際に有用である。
【図面の簡単な説明】
第１図は、本発明の方法の好ましい実施の態様を示す流れ図である。
第２図は、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベースのデータを本発明の被見配列として指定する例を示す図である。
第３図は、被見配列と利用者側データベース中の生物配列情報との類似度を決定し類似配列を選ぶ手順の例を示す図である。
第４図は、プログラムＫｅｙＭｉｎｅの画面表示の例を示す図である。
第５図は、プログラムＫｅｙＭｉｎｅで配列アラインメントと蛋白質立体構造を共に表示した例を示す図である。
第６図は、ＵＲＬの雛型を保存した補助データベースの例を示す図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【国際調査報告】
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