(57)【要約】迅速で、簡便であり、かつより高い精度での癌等の検出、特異性の高いその治療等への応用を提供すること。配列番号：１〜２６４の癌関連遺伝子；該癌関連遺伝子の少なくとも１種の発現の変化に基づく、癌の検出方法；該癌関連遺伝子に基づく、アレイ、癌検出用キット、及び癌細胞の増殖抑制方法。【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を検出するための方法であって、
（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された少なくとも１種の遺伝子の発現の変化を調べることを特徴とする、癌の検出方法。
【請求項２】
下記遺伝子：
ヒト由来ＲＩＮＧタンパク質ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＲＩＮＧ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｙ０７８２８）〕、
ヒト由来ＰＫＵ−β  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＰＫＵ−ｂｅｔａ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ００４８８５）〕、
ヒト由来Ｈｓｐ７０相互作用タンパク質ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃａｒｂｏｘｙ  ｔｅｒｍｉｎｕｓ  ｏｆ  Ｈｓｐ７０−ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＨＩＰ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１２９０８５）〕、
ヒト由来ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３（ｆｒｏｍ  ｃｌｏｎｅ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５０２１７）〕、
ヒト由来Ｓｐ１７遺伝子〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  Ｓｐ１７  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｚ４８５７０）〕、
ヒト由来ＭＤ−１  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＭＤ−１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５７１７８）〕、
ヒト由来ＢｉＰタンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＢｉＰ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ８７９４９）〕、
第１７ヒト染色体ｑ１２−２１由来ｍＲＮＡクローンｐＯＶ−２〔Ｈｕｍａｎ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １７ｑ１２−２１  ｍＲＮＡ，ｃｌｏｎｅ  ｐＯＶ−２，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ１８９１９）〕、
ヒトｄｅａｄボックス  Ｘアイソフォーム（ＤＢＸ）オルタナティブ転写物２  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｄｅａｄ  ｂｏｘ，Ｘ  ｉｓｏｆｏｒｍ（ＤＢＸ）ｍＲＮＡ，ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ２，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０００９８２）〕、
ヒトフェリチン重鎖ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｆｅｒｒｉｔｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ９７１６４）〕、
ヒト由来卵巣癌ダウンレギュレーティッドミオシン重鎖ホモログ  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｍｙｏｓｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ（Ｄｏｃ１）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ５３４４５）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡクローンＹＰ４２Ａ０４  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｆｕｌｌ  ｌｅｎｇｔｈ  ｉｎｓｅｒｔ  ｃＤＮＡ  ｃｌｏｎｅ  ＹＰ４２Ａ０４（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０８５８８４）〕、
ヒト由来タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ関連タンパク質Ｐ５  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ  ｉｓｏｍｅｒａｓｅ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐ５，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｄ４９４８９）〕、
ヒトＫｕ７０結合タンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  Ｋｕ７０−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＫＵＢ３）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７８１６４）〕
ヒト非筋肉ミオシン重鎖−Ｂ  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｎｏｎｍｕｓｃｌｅ  ｍｙｏｓｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ−Ｂ（ＭＹＨ１０）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ６９１８１）〕、
ヒト由来電位依存アニオンチャネルアイソフォーム１  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｖｏｌｔａｇｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ａｎｉｏｎ  ｃｈａｎｎｅｌ  ｉｓｏｆｏｒｍ１（ＶＤＡＣ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｌ０６１３２）〕、
ヒト由来ホスファチジルイノシトール  ４−キナーゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ  ４−ｋｉｎａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｌ３６１５１）〕、
ヒト由来βアダプチン  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｂｅｔａ  ａｄａｐｔｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ３４１７５）〕、
ヒト由来Ｈβ５８ホモログ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  Ｈ  ｂｅｔａ  ５８  ｈｏｍｏｌｏｇ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５４１７９）〕、
ヒト由来未知ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｕｎｋｎｏｗｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０４７４３９）〕、
ヒト由来ＮＲＤコンバーターゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＮＲＤ  ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ６４８９８）〕、
ヒト由来アシルホスファターゼ  マッスルタイプ  アイソザイム  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｃｙｌｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ，ｍｕｓｃｌｅ  ｔｙｐｅ（ＭＴ）ｉｓｏｅｎｚｙｍｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ８４１９５）〕、ヒト由来膜貫通タンパク質ＢＲＩ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＢＲＩ（ＢＲＩ）（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５２４６２）〕、
ヒト由来ダイナクチンサブユニット（ｐ２２）ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｄｙｎａｃｔｉｎ  ｓｕｂｕｎｉｔ（ｐ２２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０８２５１３）〕、
ヒト由来アルドースレダクターゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｌｄｏｓｅ  ｒｅｄｕｃｔａｓｅ（ＥＣ  １．１．１．２）（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ１５４１４）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０６９３  ｆｉｓクローン〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０６９３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ０００７００）〕、
ヒト由来スクラピー応答タンパク質１〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｓｃｒａｐｉｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ２２４６７７）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０４０２  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＫＩＡＡ０４０２  ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ００７８６２）〕、
ヒト由来トランスアクチベータータンパク質（ＣＲＥＢ）ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＲＥＢ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ２７６９１）〕、
ヒト由来ＭＡＬタンパク質遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ＭＡＬ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｇｅｎｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ１５８００）〕、
ヒトアタキシン−２様タンパク質Ａ  ２ＬＰ（Ａ２ＬＧ）ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ａｔａｘｉｎ−２−ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａ  ２ＬＰ（Ａ２ＬＧ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０３４３７３）〕、
ヒト由来ホスファチジルイノシトールトランスファータンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ  ｔｒａｎｓｆｅｒｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ７３７０４）〕、
ヒト由来トランスケトラーゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｔｒａｎｓｋｅｔｏｌａｓｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ６７６８８〕、
ヒト由来ニブリン（ＮＢＳ）ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｎｉｂｒｉｎ（ＮＢＳ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５１３３４）〕、
ヒト由来ＳｎＲＮＰコアタンパク質  Ｓｍ  Ｄ３  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ＳｎＲＮＰ  ｃｏｒｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｍ  Ｄ３  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ１５００９）〕、
ヒト由来ＦＵＳ／ＴＬＳタンパク質遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＦＵＳ／ＴＬＳ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７１２１３）〕、
ヒト由来クローン４８６７９０  ジホスホイノシトールポリリン酸  ホスホヒドロラーゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ４８６７９０  ｄｉｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｏｌ  ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｐｈｏｓｐｈｏｈｙｄｒｏｌａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０６２５２９）〕、
ヒト由来グロビン遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｇｌｏｂｉｎ  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ６９０２３）〕、
ヒト由来アミノペプチダーゼＰ様  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｍｉｎｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ  Ｐ−ｌｉｋｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ９５７６２）〕、
ヒト由来ＵＤＰ−ＧａｌＮＡｃ：ポリペプチド  Ｎ−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＵＤＰ−ＧａｌＮＡｃ：ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  Ｎ−ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌ  ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ９２６８９）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡＦＬＪ２０４６３  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０４６３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ０００４７０）〕、
Ｃ．エレガンス  推定５５．２ＫＤタンパク質  Ｆ１６Ａ１１．２，ＳＷ：Ｐ９０８３８類似新規遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｎｏｖｅｌ  ｇｅｎｅ  ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  Ｃ．ｅｌｅｇｅｎｓ  ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ５５．２ＫＤ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｆ１６Ａ１１．２，ＳＷ：Ｐ９０８３８（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５０２５５）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０９８６  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０９８６  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ００１８４８）〕、
ヒト由来アポトーシスタンパク質２インヒビター  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ２  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ４５８７９）〕、
ヒト由来ＭＢ−１  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ＭＢ−１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ８０４６２）〕、
ヒト由来組織因子遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｔｉｓｓｕｅ  ｆａｃｔｏｒ  ｇｅｎｅ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ．１／１９９５（ジーンバンクアクセッション番号：Ｊ０２８４６）〕、
ヒト由来ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４（クローンＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４由来）〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４（ｆｒｏｍ  ｃｌｏｎｅ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４）（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５００３１）〕、
ヒト由来ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ  サブユニットＣＩ−Ｂ１２  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＮＡＤＨ−ｕｂｉｑｕｉｎｏｎｅ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ＣＩ−Ｂ１２  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０４７１８３）〕、
ヒト由来ＡＳＨ１  ｍＲＮＡ，５／２０００〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＡＳＨ１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ．５／２０００（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ２５７３０５）〕、
ヒト由来ＣＧＩ−６５タンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＣＧＩ−６５  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５１８２３）〕、
ヒト由来クローン  ２４４５１  ｍＲＮＡ配列〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ２４４５１  ｍＲＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７０５９９）〕、
ヒト由来ユビキチン加水分解酵素Ｉ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｈｙｄｒｏｌｙｚｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅ  Ｉ（ＵＢＨ１）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０２２７８９）〕、
ヒト由来システインリッチタンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｃｙｓｔｅｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ００６５９１）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０１３９遺伝子  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０１３９  ｇｅｎｅ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｄ５０９２９）〕、
ヒト由来クローン２３８１９  ホワイトタンパク質ホモログ  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ２３８１９  ｗｈｉｔｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０３８１７５）〕、
ヒト由来コネキシン２６（ＧＪＢ２）ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｏｎｎｅｘｉｎ  ２６（ＧＪＢ２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ８６８４９）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０９１４タンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０９１４  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ０２０７２１）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０９０７タンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０９０７  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ０２０７１４）〕、
ヒト由来転写中間因子  ｍＲＮＡ〔Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｒｙ  ｆａｃｔｏｒ（ジーンバンクアクセッション番号：２Ｘ９７６７４）〕、
ヒト細胞性アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｃｙｔｏｓｏｌｉｃ  ａｓｐａｒｔａｔｅ  ａｍｉｎｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ３７４００）〕、
ヒト由来ＣＧＩ−１１８タンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＣＧＩ−１１８  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５１８７６）〕、
ヒト由来グアニル酸結合タンパク質アイソフォームＩＩ（ＧＢＰ−２）  ｍＲＮＡ〔Ｈｕｍａｎ  ｇｕａｎｙｌａｔｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｓｏｆｏｒｍ  ＩＩ（ＧＢＰ−２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ５５５４３）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０６３３  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０６３３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ００１４９５）〕、
ヒト由来シャペロニン含有ｔ複合体ポリペプチドｅｔａサブユニット（Ｃｃｔｈ）  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｈａｐｅｒｏｎｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｔ−ｃｏｍｐｌｅｘ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  １，ｅｔａ  ｓｕｂｕｎｉｔ（Ｃｃｔｈ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０２６２９２）〕、及び
ヒト由来Ｐｒｅｒタンパク質  ｍＲＮＡ〔Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  Ｐｒｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ００５５７９）〕、
からなる群より選択された少なくとも１種の遺伝子の発現の変化を調べる、請求項１記載の癌の検出方法。
【請求項３】
遺伝子の発現の変化が、該遺伝子のｍＲＮＡの発現量の変化である、請求項１又は２に記載の癌の検出方法。
【請求項４】
ｍＲＮＡ量が、ハイブリダイゼーション法又は核酸増幅法により測定される、請求項３記載の癌の検出方法。
【請求項５】
ハイブリダイゼーション法において、発現量を測定しようとする遺伝子に対応する核酸又はその断片が支持体上のそれぞれ定められた領域に固定化されたアレイを使用する、請求項４記載の癌の検出方法。
【請求項６】
ｍＲＮＡ量が、ノーザンハイブリダイゼーション法により測定される、請求項４記載の癌の検出方法。
【請求項７】
核酸増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応又は鎖置換反応である、請求項４に記載の癌の検出方法。
【請求項８】
遺伝子の発現の変化が、該遺伝子にコードされるタンパク質の発現量の変化である、請求項１又は２記載の検出方法。
【請求項９】
タンパク質の発現量の変化が、該タンパク質に特異的に結合する抗体を利用して測定される、請求項８記載の癌の検出方法。
【請求項１０】
請求項５記載の方法により癌を検出するためのＤＮＡアレイであって、
（Ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（Ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（Ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
からなる群より選択された少なくとも２種の核酸又はその断片がそれぞれ支持体上の定められた領域に固定化されてなるアレイ。
【請求項１１】
該核酸又はその断片がスライドグラスに固定されてなる、請求項１０記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１２】
請求項１〜７いずれかに記載の方法により癌を検出するためのキットであって、（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された遺伝子から転写されるｍＲＮＡにストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも１種を含有してなる、癌検出用キット。
【請求項１３】
該オリゴヌクレオチドが、少なくとも１５塩基長を有するハイブリダイゼーション用プローブとして適したオリゴヌクレオチドである、請求項１２記載のキット。
【請求項１４】
該オリゴヌクレオチドが、１５〜４０塩基長を有するプライマーとして適した少なくとも１対のオリゴヌクレオチドである、請求項１２記載のキット。
【請求項１５】
請求項１、２、８及び９からなる群より選択された１項に記載の方法により癌を検出するためのキットであって、（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された遺伝子から発現されるタンパク質に結合する抗体又はその断片を含有してなる癌検出用キット。
【請求項１６】
（ａ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（ｂ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（ｃ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
からなる群より選択されてなる、癌関連遺伝子の配列からなる核酸。
【請求項１７】
（１）（Ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（Ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（Ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸
からなる群より選択された少なくとも１種の核酸、又は
（２）前記（１）にコードされるポリペプチド
に特異的に結合する特異的結合物を用いて、癌細胞の増殖を抑制することを特徴とする、癌細胞の増殖抑制方法。
【発明の詳細な説明】
技術分野
本発明は、癌、特に胃癌を検出することができる、癌化により発現が変化する癌関連遺伝子の配列を有する核酸、該遺伝子の発現の変化に基づく、癌の検出方法及びそれに用いるキット並びに癌細胞の増殖抑制方法に関する。
背景技術
癌は、１９８１年以降、日本における死因の１位を占める疾患であり、中でも胃癌は最も頻度の高い癌である。近年、正常細胞が癌になるまでの多段階発癌機構が存在することが知られてきている〔フィーロン  Ｅ．Ｒ．（Ｆｅａｒｏｎ，Ｅ．Ｒ．）ら、セル（Ｃｅｌｌ）、第６１巻、第７５９〜７６７頁（１９９０）、スギムラ  Ｔ．（Ｓｕｇｉｍｕｒａ，Ｔ．）、サイエンス（Ｓｃｉｅｎｃｅ）、第２５８巻、第６０３〜６０７頁（１９９２）〕。例えば、ＤＮＡ修復遺伝子、癌抑制遺伝子、癌遺伝子等の複数の遺伝子異常の蓄積が必要とされている。一般に、遺伝子の不安定性及び癌抑制遺伝子の不活化は、癌の発生に関与し、癌遺伝子の活性化及び／又は増殖因子の過剰発現は、癌の進展、悪性化に関与すると考えられている。
前記遺伝子の不安定性には、（１）ＤＮＡミスマッチ修復系の異常に関連した遺伝子の不安定性と（２）染色体レベルの不安定性とがある。前記（１）の例としては、例えば、ゲノム中に存在する単純繰り返し配列の鎖長が同一人の癌部と非癌部とで異なること（マイクロサテライト不安定性）〔シボドー  Ｓ．Ｎ．（Ｔｈｉｂｏｄｅａｕ，Ｓ．Ｎ．）ら、サイエンス、第２６０巻、第８１６〜８１９頁（１９９３）〕等が挙げられる。また、前記（２）の例としては、例えば、染色体間の再配列等が挙げられる。
前記染色体間の再配列は、正常細胞では認められないタンパク質を発現させたり、正常細胞において発現しているタンパク質であっても、その発現量に影響を与える場合がある。実際、ヒトの慢性骨髄性白血病において、染色体間の再配列により、ｂｃｒ遺伝子とｃ−ａｂ１遺伝子との融合が起こり、正常細胞では存在しないｂｃｒ−ａｂ１融合遺伝子より転写されたハイブリッドｍＲＮＡの発現が確認されている。更に、ｂｃｒ−ａｂ１融合遺伝子を動物に導入すると白血病を発症することが確認されている〔ワトソン（Ｗａｔｓｏｎ，Ｊ．Ｄ．）ら著、組換えＤＮＡの分子生物学  第２版；丸善株式会社、第３０９頁（１９９２）〕。
前記癌抑制遺伝子の不活化としては、例えば、ｐ５３遺伝子の不活化が挙げられる。不活化の原因としては、遺伝子内の欠失かコード領域の特定の部分に起こる点突然変異によると考えられている〔ニグロ，Ｊ．Ｍ．（Ｎｉｇｒｏ，Ｊ．Ｍ．）ら、ネーチャー（Ｎａｔｕｒｅ）、第３４２巻、第７０５〜７０８頁（１９８９）、マルキン，Ｄ（Ｍａｌｋｉｎ，Ｄ．）ら、サイエンス、第２５０巻、第１２３３〜１２３８頁（１９９０）〕。また、ｐ５３遺伝子の欠失及び点突然変異は、多くの種類の癌で観察され、例えば、胃癌では早期癌の６割以上の症例において観察されている〔ヨコザキ  Ｈ．（Ｙｏｋｏｚａｋｉ，Ｈ．）ら、ジャーナル  オブ  キャンサー  リサーチ  アンド  クリニカルオンコロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、第１１９巻、第６７〜７０頁（１９９２）〕。したがって、これらの変異の検出は、癌の早期検出に利用できると考えられる。
一方、ｐ１６／ＭＴＳ１遺伝子は、ホモ欠失により不活化する遺伝子として知られており、グリオーマや膵癌、ぼうこう癌等で、該遺伝子における高頻度のホモ欠失が観察されている〔ケアンズ，Ｐ．（Ｃａｉｒｎｓ，Ｐ．）ら、ネーチャー  ジェネティクス（Ｎａｔｕｒｅ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、第１１巻、第２１０〜２１２頁（１９９５）〕。ｐ１６タンパク質は細胞周期を調節しており、ｐ１６遺伝子発現異常は細胞の癌化に関与することが示唆されている〔オカモト  Ａ．（Ｏｋａｍｏｔｏ，Ａ．）ら、プロシーディングズ  オブ  ザ  ナショナル  アカデミー  オブ  サイエンシーズ  オブ  ザ  ＵＳＡ（Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ）、第９１巻、第１１０４５〜１１０４９頁（１９９４）〕。
前記癌遺伝子の活性化において、例えば、該癌遺伝子近傍における、ウィルスの挿入突然変異や、染色体間の再配列が原因として挙げられる。前記ウイルスの挿入突然変異の一例として、例えば、トリ白血病ウィルス〔ａｖｉａｎ  ｌｅｕｋｏｓｉｓ  ｖｉｒｕｓ（ＡＬＶ）〕によって引き起こされる、ニワトリのリンパ腫におけるウィルスの挿入突然変異が挙げられる。この場合、ＡＬＶのＤＮＡが、遺伝子の一種であるｃ−ｍｙｃの近傍に挿入され、挿入された該ＡＬＶの強いエンハンサーとプロモーターとにより、正常なｃ−ｍｙｃが過剰発現するか、あるいは正常な遺伝子とは一部異なった新しい配列を有する変異体が発現されることが確認されている。また、前記染色体間の再配列の例として、ある種のヒトＢ細胞の腫瘍では、染色体間の再配列により、癌遺伝子の一つであるｃ−ｍｙｃが、免疫グロブリン遺伝子の強い転写シグナルの制御下に置かれ、その発現量が増加することが確認されている。この場合、癌細胞におけるｃ−ｍｙｃ発現産物は、正常細胞に発現している該産物との間に配列レベルでの差は認められず、癌化は、ｃ−ｍｙｃ発現量の増加に起因していると考えられている〔ワトソン（Ｗａｔｓｏｎ，Ｊ．Ｄ．）ら著、組換えＤＮＡの分子生物学  第２版；丸善株式会社、第３０５〜３０８頁（１９９２）〕。
増殖因子の過剰発現としては、例えば、肝細胞増殖因子レセプターをコードするＣ−Ｍｅｔの過剰発現が挙げられる。このＣ−Ｍｅｔの発現異常について、胃癌の発生初期から正常粘膜には認められない６．０キロ塩基長の長さを有するｍＲＮＡの発現が見られたり〔クニヤス  Ｈ．（Ｋｕｎｉｙａｓｕ，Ｈ．）ら、インターナショナルジャーナル  オブ  キャンサー（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ）、第５５巻、第７２〜７５頁（１９９３）〕、高頻度で見られ、遺伝子のコピー数の増加と癌の悪性度に相関性が確認されている〔クニヤス  Ｈ．ら、バイオケミカル  アンド  バイオフィジカル  リサーチ  コミュニケーションズ（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ）、第１８９巻、第２２７〜２３２頁（１９９２）〕。
遺伝子異常と癌の悪性度との相関について、上記ｃ−Ｍｅｔのほか、癌遺伝子の一つであるＣ−ｅｒｂＢ２遺伝子のコピー数の増加及び／又はその過剰発現が、乳癌、卵巣癌、胃癌、子宮癌等において〔ライト，Ｃ．（Ｗｒｉｇｈｔ，Ｃ．）ら、キャンサー  リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、第４９巻、第２０８７〜２０９０頁（１９８９）、サファリ，Ｂ．（Ｓａｆｆａｒｉ，Ｂ．）ら、キャンサー  リサーチ、第５５巻、第５６９３〜５６９８頁（１９９５）〕が確認されており、癌遺伝子の一つであるＫ−ｓａｍ遺伝子のコピー数の増加及び／又はその過剰発現が、胃癌の１組織型である低分化腺癌において〔タハラＥ．（Ｔａｈａｒａ，Ｅ．）ら著、ガストリック  キャンサー，東京（Ｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｔｏｋｙｏ）、スプリンガー−ベルラック社（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ）、１９９３年発行、第２０９〜２１７頁〕それぞれ確認されている。
しかしながら、発癌機構は、多段階であり、複数の変異の蓄積が必要とされるため、癌化に関連する遺伝子については、未知の部分がいまだ多く、更なる研究が必要であるのが現状である。
発明の開示
本発明の目的は、癌、特に胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌等に対する応用、具体的には、迅速で、簡便であり、かつより高い精度での検出、特異性の高い治療等への応用のための手段を提供することを目的とする。具体的には、本発明の第１の目的は、迅速で、簡便であり、かつより高い精度で癌を検出することができる、癌、特に、癌細胞の検出方法を提供することにある。本発明の第２の目的は、前記癌の検出方法、特に、癌細胞の検出方法に好適なＤＮＡアレイを提供することにある。本発明の第３の目的は、前記癌の検出方法、特に、癌細胞の検出方法に好適なキットを提供することである。本発明の第４の目的は、正常細胞に比べ、癌細胞において、発現、特に発現量が変化する癌関連遺伝子の配列からなる核酸を提供することにある。本発明の第５の目的は、前記癌関連遺伝子又はそれにコードされるポリペプチドへの特異的結合物を用いる癌細胞の増殖抑制方法を提供することを目的とする。
すなわち、本発明は、
〔１〕  癌を検出するための方法であって、
（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された少なくとも１種の遺伝子の発現の変化を調べることを特徴とする、癌の検出方法、
〔２〕  前記〔１〕記載の方法により癌を検出するためのＤＮＡアレイであって、（Ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（Ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（Ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
からなる群より選択された少なくとも２種の核酸又はその断片がそれぞれ支持体上の定められた領域に固定化されてなるアレイ、
〔３〕  前記〔１〕記載の方法により癌を検出するためのキットであって、（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された遺伝子から転写されるｍＲＮＡにストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも１種を含有してなる、癌検出用キット、
〔４〕  前記〔１〕記載の方法により癌を検出するためのキットであって、（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された遺伝子から発現されるタンパク質に結合する抗体又はその断片を含有してなる癌検出用キット、
〔５〕  （ａ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（ｂ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（ｃ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
からなる群より選択されてなる、癌関連遺伝子の配列からなる核酸、並びに
〔６〕  （１）（Ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（Ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（Ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸
からなる群より選択された少なくとも１種の核酸、又は
（２）前記（１）にコードされるポリペプチド
に特異的に結合する特異的結合物を用いて、癌細胞の増殖を抑制することを特徴とする、癌細胞の増殖抑制方法、に関する。
発明を実施するための最良の形態
本発明は、癌、具体的には、胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌、より具体的には、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環状細胞癌、粘液癌等に罹患した個体の癌組織の細胞と対照正常組織の細胞とにおいて、差次的に発現する遺伝子が存在し、さらに、該遺伝子の発現量を指標とすることにより、癌細胞を驚くべく信頼度で検出することができるという本発明者らの知見に基づく。
本発明の癌の検出方法は、体外摘出試料における癌化の指標となりうる遺伝子の発現の変化、すなわち、正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の発現量の変化を評価することに基づく方法、すなわち、癌関連遺伝子の発現量を指標とする方法である。
また、本発明の癌の検出方法によれば、例えば、癌、具体的には、胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌、より具体的には、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環状細胞癌、粘液癌等に罹患した個体由来の試料中の癌（癌病変、癌細胞等）の検出を行なうことができる。
本発明の癌の検出方法は、より具体的には、癌、すなわち、癌又は癌に罹患した個体由来の試料中の癌（癌病変、癌細胞等）を検出するための方法であって、
（ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
（ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、及び
（ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子、
からなる群より選択された少なくとも１種の遺伝子の発現の変化を調べることを１つの大きな特徴とする。
本発明の検出方法に用いられうる癌化の指標となりうる遺伝子は、細胞の癌化に伴って、正常細胞に比べ、癌細胞において発現、特に、発現量が変動する遺伝子をいう。すなわち、正常細胞に比べ、癌細胞において、その発現が有意に誘導、又は抑制される遺伝子である。本明細書においては、かかる遺伝子を、「癌関連遺伝子」ともいう。本発明の検出方法に用いられる「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」としては、後述の配列番号：１〜２６４に示される塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸からなる遺伝子が挙げられる。
本明細書において、「正常細胞に比べ、癌細胞において、その発現が有意に誘導される」とは、具体的には、発現量が、正常細胞に比べ、癌細胞において、例えば、１．５倍以上、好ましくは、２倍以上に増加することを意味する。また、「正常細胞に比べ、癌細胞において、その発現が有意に抑制される」とは、発現量が、正常細胞に比べ、癌細胞において、例えば、２／３以下、好ましくは１／２以下に減少することを意味する。
本発明の検出方法は、癌、特に胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌の検出若しくは胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌等に罹患した個体に由来する試料中の癌（癌病変、癌細胞等）の検出に有利である。本発明の検出方法は、具体的には、各種の胃癌、例えば、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環細胞癌、粘液癌の検出若しくは前記各種の胃癌、例えば、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環細胞癌、粘液癌等に罹患した個体の試料の検出等に有利である。
本発明の検出方法において、被検試料としては、体外摘出試料が挙げられ、例えば、血液、尿、糞便、外科的手法により摘出した組織等並びにこれらを処理して得られる試料、例えば、核酸試料等が挙げられる。また、被検試料の供給源は、特に限定されるものではなく、正常個体、癌等の疾患に罹患した疑いがある個体、癌等の疾患に罹患している個体等が挙げられる。
前記「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」は、例えば、ゲノム中の遺伝子のコピー数や染色体の再配列のパターンを解析すること、正常細胞における遺伝子産物の発現量と癌細胞における遺伝子産物の発現量との比較により両細胞間で変動する産物を特定すること等により検出することができる。
前記遺伝子産物としては、例えば、遺伝子より転写されるｍＲＮＡ、該ｍＲＮＡより得られるｃＤＮＡ、翻訳産物であるタンパク質が挙げられる。
本発明の検出方法においては、操作の容易性及び効率性の観点から、遺伝子操作技術の進歩に伴い、その解析に様々な手法が開発されているｍＲＮＡを指標として、前記「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」を検出することがより有利である。
本発明に用いられる「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」は、例えば、ｍＲＮＡを指標として、該ｍＲＮＡの発現が変化する遺伝子を選択することにより得られる。ｍＲＮＡを指標にし、発現が変化した遺伝子を探索する手法としては、サブトラクティブハイブリダイゼーション法〔ツィムメルマン  Ｃ．Ｒ．（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎｎ．Ｃ．Ｒ．）ら、セル、第２１巻、第７０９〜７１５頁（１９８９）〕、リプレゼンテーショナルディファレンス  アナリシス（Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）（ＲＤＡ）法〔リシツィンＮ．（Ｌｉｓｉｔｓｙｎ，Ｎ．）ら、サイエンス、第２５９巻、第９４６〜９５１頁（１９９３）〕、分子インデックス法（特開平８−３２２５９８号）、ディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）法〔ライアン，Ｐ．（Ｌｉａｎｇ，Ｐ．）、及びパーディー，Ａ．Ｂ．（Ｐａｒｄｅｅ，Ａ．Ｂ．）、サイエンス、第２５７巻、第９６７〜９７１頁（１９９２）〕等が挙げられる。前記手法のなかでは、ＤＤ法は操作が簡便であり、本発明における遺伝子のスクリーニングに適している。
以下、本発明に用いられる「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」の取得方法について、ＤＤ法を用いたスクリーニング方法と、得られた多数の候補遺伝子の発現変化を確認する方法とを詳細に説明するが、本発明に用いられる遺伝子は、かかる手法により限定されるものではない。
まず、比較対象の癌組織の細胞（癌細胞）と対照正常組織の細胞（正常細胞）とから、ＲＮＡを個別に抽出する。ついで、前記ＲＮＡを、各々ＤＮａｓｅ処理することにより、ゲノムＤＮＡを除き、粗ＲＮＡ試料を得る。前記粗ＲＮＡ試料と、オリゴ（ｄＴ）アンカープライマーと逆転写酵素〔ｒｅｖｅｒｓｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ（ＲＴａｓｅ）〕とを用い、逆転写反応によりｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換する。その後、オリゴ（ｄＴ）アンカープライマーと種々のランダムプライマーとを組合せたポリメラーゼ連鎖反応〔ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ；ＰＣＲ）により核酸増幅を行なう。
次に、癌組織から得られたＰＣＲ増幅産物と対照正常組織から得られたＰＣＲ増幅産物とのそれぞれについて、同一プライマー対の組合せ毎に、ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行ない、バンドパターンを比較する。これにより、癌細胞と正常細胞との間で、強度に差異があるバンド、すなわち発現量が変化する産物に対応するバンドを見出す。前記バンドを、ゲルより切り出し、バンド中に含まれる核酸を抽出することにより、発現量が変化する遺伝子、すなわち、癌関連遺伝子ｍＲＮＡの一部領域に相補的であると思われるＤＮＡ断片を得ることができる。
次に、上記ＤＤ法で得られたＤＮＡ断片について、発現の変化を確認できるか否かを検討する。ここで、癌組織の細胞（癌細胞）よりも対照正常組織の細胞（正常細胞）の方が、ｍＲＮＡの発現が高い場合、かかるｍＲＮＡに対応する遺伝子は、癌化により発現が低下する癌関連遺伝子であることの指標となる。一方、対照正常組織の細胞（正常細胞）よりも癌組織の細胞（癌細胞）の方が、ｍＲＮＡの発現が高い場合、かかるｍＲＮＡに対応する遺伝子は、癌化により発現が増幅される癌関連遺伝子であることの指標となる。
ｍＲＮＡの発現量は、例えば、上記ＤＤ法で得られたＤＮＡ断片を、慣用の標識法により標識し、得られた標識ＤＮＡ断片を検出用プローブとして用い、癌組織及び対照正常組織のそれぞれから抽出された粗ＲＮＡを試料としてノーザンハイブリダイゼーションやＲＮａｓｅプロテクションアッセイ〔メソッズ  インエンザイモロジー（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ）、第１５５巻、第３９７〜４１５頁（１９８７）〕を行ない、得られるシグナル強度の差を確認することにより調べることができる。ここで、シグナル強度が強いほど、ｍＲＮＡの発現が高いと判断できる。
なお、数十を超える遺伝子の発現量を調べる場合、ＤＮＡアレイを使用した方法が好ましい。
本明細書において、ＤＮＡアレイとは、遺伝子の配列からなる核酸又は該遺伝子の断片からなる核酸が支持体上の定められた領域に固定されているアレイをいう。かかるＤＮＡアレイは、例えば、ＤＮＡチップと呼称されているものを包含する。また、遺伝子又は遺伝子由来のＤＮＡ断片が支持体上に高密度に固定されているものはＤＮＡマイクロアレイとも呼ばれる。
ＤＮＡアレイの支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能な支持体であればよく、スライドグラス、シリコンチップ、ニトロセルロースやナイロンの膜等が挙げられる。
このようなＤＮＡアレイを使用することにより、核酸試料中に、多種類の核酸分子が含まれる場合であっても、多種類の核酸分子の量を同時に測定することができるという利点があり、また、少量の核酸試料でも測定できるという利点がある。例えば、試料中のｍＲＮＡを標識して得られた標識ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡを鋳型として得られたｃＤＮＡを標識して得られた標識ｃＤＮＡ等の標識核酸を調製し、該標識核酸とＤＮＡアレイとのハイブリダイゼーションを実施することにより、試料中で発現されているｍＲＮＡを同時に検出し、さらに該ｍＲＮＡの発現量を測定することができる。
より具体的には、例えば、癌を罹患した個体、すなわち、癌患者より採取された癌病変部組織の細胞からｍＲＮＡを調製し、得られたｍＲＮＡを鋳型として逆転写反応を行なう。前記逆転写反応に際して、例えば、適切な標識を付したプライマー、標識ヌクレオチド等を使用することにより、標識ｃＤＮＡを得ることができる。標識方法としては、放射性同位体を含む化合物、蛍光物質、リガンド（ビオチン等）等を用いる方法が挙げられる。
次に、上記の標識ｃＤＮＡと、癌化の指標となる遺伝子の核酸又はその断片が固定化されたＤＮＡアレイとの間でハイブリダイゼーションを実施する。
なお、本発明に用いられる「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」は、ＤＤ法により、正常細胞と癌細胞との間で強度差のあるバンドとして見出されうるＤＮＡ断片に対応する遺伝子が相当する。
バンド中に含まれるＤＮＡ断片を単離して、増幅して得られたＤＮＡを支持体に固定化してＤＮＡマイクロアレイを得ることができる。得られたＤＮＡマイクロアレイによれば、多種類の核酸分子が存在する場合であっても、一度に発現変化を確認することができる。ＤＮＡ断片の単離法としては、ＴＡクローニング〔バイオ／テクノロジー（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、第９巻、第６５７〜６６３頁（１９９１）〕、アガロースゲル電気泳動・切り出し精製等の手法が挙げられる。
支持体に固定化される核酸としては、酵素的に増幅して調製された核酸の他、該核酸をＤＮＡの固定化支持体への固定化時に変性し、一本鎖ＤＮＡ又はその誘導体としたものを好適に使用できる。
支持体上に固定される核酸、すなわち、癌関連遺伝子に対応する核酸又はその断片の増幅法としては、特に限定するものではないが、例えば、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｎｄ  Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ）法（国際公開第００／５６８７７号パンフレットを参照のこと）や、ＰＣＲ法が好適に利用できる。前記ＩＣＡＮ法又はＰＣＲにおける増幅に用いられるプライマーとしては、増幅対象物がベクターにクローニングされている場合、マルチクローニングサイトに位置するユニバーサルプライマーを用いることができる。増幅対象物がベクターにクローニングされていない場合、前記ＤＤ法で得られたＤＮＡ断片について、ＰＣＲダイレクトシークエンシング〔エーリッヒ，Ｈ．Ａ．（Ｅｒｌｉｃｈ，Ｈ．Ａ．）著、ＰＣＲテクノロジー（ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）〕により塩基配列を決定し、その塩基配列情報を基に設計した増幅プライマーを用いることができる。
前記一本鎖核酸の誘導体は、支持体表面への固定化を可能にするような修飾を付された核酸であれば特に限定するものではなく、例えば、ＤＮＡの５’末端にアミノ基やチオール基等の官能基が導入されたＤＮＡ等が挙げられる。
「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」に対応する核酸又はその断片を、公知の方法、例えば、アミノ基を導入した支持体上に固定することにより、前記ＤＮＡアレイを作製することができる。また、前記固定化の操作をＤＮＡアレイ作製装置、例えば、アフィメトリックス社製のＤＮＡチップ作製装置等を使用して行なうことにより、遺伝子が整列され、固定化されたＤＮＡアレイを作製することができる。かかるＤＮＡアレイも本発明に含まれる。
ハイブリダイゼーションは、公知の方法で実施すればよく、その条件は、使用するＤＮＡアレイや標識ｃＤＮＡに適した条件を適宜選択すればよい。例えば、モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリーマニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ）、第２版、第９．５２〜９．５５頁（１９８９）に記載の条件で行なうことができる。
癌病変部由来の試料のハイブリダイゼーションの結果と対照試料とのハイブリダイゼーションの結果とを比較することにより、両者で発現量の異なる遺伝子を検出することができる。
具体的には、例えば、標識された核酸試料とハイブリダイゼーションを行なったアレイについて、使用された標識方法に応じて適切なシグナルの検出を行ない、アレイ上の各遺伝子の癌病変部由来試料における発現量と対照試料における発現量とを比較する。この場合、複数の標識、例えば、２種類の蛍光を検出することができる多波長検出蛍光アナライザーを用いれば、癌病変部由来の試料、対照試料での遺伝子発現の差を同じＤＮＡアレイ上で比較することできるため、より好適である。例えば、癌病変部試料については、Ｃｙ３−ｄＵＴＰで蛍光標識を行ない、対照の核酸試料（例えば、正常組織、上皮細胞株の細胞等）は、Ｃｙ５−ｄＵＴＰで蛍光標識する。ついで、癌病変部試料由来の標識核酸試料と対照の核酸試料とを等量混合して、得られた混合物とＤＮＡアレイとのハイブリダイゼーションを行なうことで両者の遺伝子発現の差を、色及び蛍光強度の違いとして検出することができる。
こうして得られたシグナルの強度に有意な差のある遺伝子は、細胞の癌化に伴って発現量が変化する遺伝子であり、癌化の指標として使用可能な遺伝子（癌関連遺伝子）である。
なお、上記ＤＤ法で得られた、癌関連遺伝子より発現したと推定されるｍＲＮＡを鋳型とした増幅ＤＮＡ断片は、癌関連遺伝子の全長の配列に相補的なｃＤＮＡではない場合がある。全長の癌関連遺伝子のｃＤＮＡについて、例えば、適切な方法でスクリーニングに用いた組織のｃＤＮＡライブラリーを作製し、上記のＤＤ法で得られた増幅ＤＮＡ断片をプローブとしたハイブリダイゼーションによるスクリーニングを実施することにより取得することもでき、また、ＲＡＣＥ（ｒａｐｉｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃＤＮＡ  ｅｎｄｓ）法［Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，第８５巻，第８９９８−９００２頁（１９８８）］により取得することもできる。
本発明に用いられる癌関連遺伝子は、本発明者らにより、胃癌組織と対照正常組織とについて、ＤＤ法で発現の差が見出され、さらにＤＮＡマイクロアレイにより、複数の胃癌で発現変動が確認された遺伝子である。なお、明らかにされた癌関連遺伝子において、遺伝子の塩基配列情報を収録したデータベースを用いたホモロジー検索により、これらの遺伝子のなかには、既に単離され、配列は決定されているものの、癌化との関連については不明であった遺伝子を含む。以下に、ＤＤ法で単離されたＤＮＡ断片の塩基配列を示した配列番号、該ＤＮＡ断片を含むクローン番号、ホモロジー検索により明らかになった該ＤＮＡ断片に対応する遺伝子名及びジーンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）におけるアクセッション番号の対応を示す。
ヒト由来ＲＩＮＧタンパク質ｍＲＮＡ〔配列番号：１、クローン番号：２０、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＲＩＮＧ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｙ０７８２８）〕、
ヒト由来ＰＫＵ−β  ｍＲＮＡ〔配列番号：２、クローン番号：４２、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＰＫＵ−ｂｅｔａ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ００４８８５）〕、
ヒト由来Ｈｓｐ７０相互作用タンパク質ｍＲＮＡ〔配列番号：３、クローン番号：４９、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃａｒｂｏｘｙ  ｔｅｒｍｉｎｕｓ  ｏｆ  Ｈｓｐ７０−ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＨＩＰ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１２９０８５）〕、
ヒト由来ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３〔配列番号：４、クローン番号：６８、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３（ｆｒｏｍ  ｃｌｏｎｅ  ＤＫＦＺｐ５８６Ｉ０５２３（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５０２１７）〕、
ヒト由来Ｓｐ１７遺伝子〔配列番号：５、クローン番号：９５、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  Ｓｐ１７  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｚ４８５７０）〕、
ヒト由来ＭＤ−１  ｍＲＮＡ〔配列番号：６、クローン番号：１２９、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＭＤ−１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５７１７８）〕、
ヒト由来ＢｉＰタンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：７、クローン番号：１３２、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＢｉＰ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ８７９４９）〕、
第１７ヒト染色体ｑ１２−２１由来ｍＲＮＡクローン  ｐＯＶ−２〔配列番号：８、クローン番号：１５５、Ｈｕｍａｎ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １７ｑ１２−２１  ｍＲＮＡ，ｃｌｏｎｅ  ｐＯＶ−２，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ１８９１９）〕、
ヒトｄｅａｄボックス  Ｘアイソフォーム（ＤＢＸ）オルタナティブ転写物２  ｍＲＮＡ〔配列番号：９、クローン番号：２０３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｄｅａｄ  ｂｏｘ，Ｘ  ｉｓｏｆｏｒｍ（ＤＢＸ）ｍＲＮＡ，ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ２，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０００９８２）〕、
ヒトフェリチン重鎖ｍＲＮＡ〔配列番号：１０、クローン番号：２９１、Ｈｕｍａｎｆｅｒｒｉｔｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ９７１６４）〕、
ヒト由来卵巣癌ダウンレギュレーティッドミオシン重鎖ホモログ  ｍＲＮＡ〔配列番号：１１、クローン番号：２９５、Ｈｕｍａｎ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｍｙｏｓｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ（Ｄｏｃ１）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ５３４４５）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡクローンＹＰ４２Ａ０４  ｍＲＮＡ〔配列番号：１２、クローン番号：３２３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｆｕｌｌ  ｌｅｎｇｔｈ  ｉｎｓｅｒｔ  ｃＤＮＡ  ｃｌｏｎｅ  ＹＰ４２Ａ０４（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０８５８８４）〕、
ヒト由来タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ関連タンパク質Ｐ５  ｍＲＮＡ〔配列番号：１３、クローン番号：３３７、Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ  ｉｓｏｍｅｒａｓｅ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐ５，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｄ４９４８９）〕、
ヒトＫｕ７０結合タンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：１４、クローン番号：３４４、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  Ｋｕ７０−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＫＵＢ３）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７８１６４）〕
ヒト非筋肉ミオシン重鎖−Ｂ  ｍＲＮＡ〔配列番号：１５、クローン番号：３５４、Ｈｕｍａｎ  ｎｏｎｍｕｓｃｌｅ  ｍｙｏｓｉｎ  ｈｅａｖｙ  ｃｈａｉｎ−Ｂ（ＭＹＨ１０）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ６９１８１）〕、
ヒト由来電位依存アニオンチャネルアイソフォーム１  ｍＲＮＡ〔配列番号：１６、クローン番号：３７７、Ｈｕｍａｎ  ｖｏｌｔａｇｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ａｎｉｏｎ  ｃｈａｎｎｅｌ  ｉｓｏｆｏｒｍ１（ＶＤＡＣ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｌ０６１３２）〕、
ヒト由来ホスファチジルイノシトール  ４−キナーゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：１７、クローン番号：３８２、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ  ４−ｋｉｎａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｌ３６１５１）〕、
ヒト由来βアダプチン  ｍＲＮＡ〔配列番号：１８、クローン番号：３８３、Ｈｕｍａｎ  ｂｅｔａ  ａｄａｐｔｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ３４１７５）〕、
ヒト由来Ｈβ５８ホモログ  ｍＲＮＡ〔配列番号：１９、クローン番号：３８６、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  Ｈ  ｂｅｔａ  ５８  ｈｏｍｏｌｏｇ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５４１７９）〕、
ヒト由来未知ｍＲＮＡ〔配列番号：２０、クローン番号：３９４、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｕｎｋｎｏｗｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０４７４３９）〕、
ヒト由来ＮＲＤコンバーターゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：２１、クローン番号：４２６、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＮＲＤ  ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ６４８９８）〕、
ヒト由来アシルホスファターゼ  マッスルタイプ  アイソザイム  ｍＲＮＡ〔配列番号：２２、クローン番号：４３０、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｃｙｌｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ，ｍｕｓｃｌｅ  ｔｙｐｅ（ＭＴ）ｉｓｏｅｎｚｙｍｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ８４１９５）〕、
ヒト由来膜貫通タンパク質ＢＲＩ  ｍＲＮＡ〔配列番号：２３、クローン番号：４３６、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＢＲＩ（ＢＲＩ）（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５２４６２）〕、
ヒト由来ダイナクチンサブユニット（ｐ２２）ｍＲＮＡ〔配列番号：２４、クローン番号：４４９、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｄｙｎａｃｔｉｎ  ｓｕｂｕｎｉｔ（ｐ２２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０８２５１３）〕、
ヒト由来アルドースレダクターゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：２５、クローン番号：４６１、Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｌｄｏｓｅ  ｒｅｄｕｃｔａｓｅ（ＥＣ  １．１．１．２）（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ１５４１４）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０６９３  ｆｉｓクローン〔配列番号：２６、クローン番号：４６３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０６９３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ０００７００）〕、
ヒト由来スクラピー応答タンパク質１〔配列番号：２７、クローン番号：５０３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｓｃｒａｐｉｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ２２４６７７）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０４０２  ｍＲＮＡ〔配列番号：２８、クローン番号：５０７、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＫＩＡＡ０４０２  ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ００７８６２）〕、
ヒト由来トランスアクチベータータンパク質（ＣＲＥＢ）ｍＲＮＡ〔配列番号：２９、クローン番号：５１１、Ｈｕｍａｎ  ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＲＥＢ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ２７６９１）〕、
ヒト由来ＭＡＬタンパク質遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：３０、クローン番号：５２２、Ｈｕｍａｎ  ＭＡＬ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｇｅｎｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ１５８００）〕、
ヒトアタキシン−２様タンパク質Ａ  ２ＬＰ（Ａ２ＬＧ）ｍＲＮＡ〔配列番号：３１、クローン番号：５５２、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ａｔａｘｉｎ−２−ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａ  ２ＬＰ（Ａ２ＬＧ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０３４３７３）〕、
ヒト由来ホスファチジルイノシトールトランスファータンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：３２、クローン番号：５５６、Ｈｕｍａｎ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ  ｔｒａｎｓｆｅｒｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ７３７０４）〕、
ヒト由来トランスケトラーゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：３３、クローン番号：５６１、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｔｒａｎｓｋｅｔｏｌａｓｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ６７６８８〕、
ヒト由来ニブリン（ＮＢＳ）ｍＲＮＡ〔配列番号：３４、クローン番号：５８４、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｎｉｂｒｉｎ（ＮＢＳ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０５１３３４）〕、
ヒト由来ＳｎＲＮＰコアタンパク質  Ｓｍ  Ｄ３  ｍＲＮＡ〔配列番号：３５、クローン番号：５８９、Ｈｕｍａｎ  ＳｎＲＮＰ  ｃｏｒｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｍ  Ｄ３  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ１５００９）〕、
ヒト由来ＦＵＳ／ＴＬＳタンパク質遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：３６、クローン番号：６０２、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＦＵＳ／ＴＬＳ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７１２１３）〕、
ヒト由来クローン４８６７９０  ジホスホイノシトールポリリン酸ホスホヒドロラーゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：３７、クローン番号：６０９、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ４８６７９０  ｄｉｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｏｌ  ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｐｈｏｓｐｈｏｈｙｄｒｏｌａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０６２５２９）〕、
ヒト由来グロビン遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：３８、クローン番号：６２９、Ｈｕｍａｎ  ｇｌｏｂｉｎ  ｇｅｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ６９０２３）〕、
ヒト由来アミノペプチダーゼＰ様  ｍＲＮＡ〔配列番号：３９、クローン番号：６４５、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ａｍｉｎｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ  Ｐ−ｌｉｋｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ９５７６２）〕、
ヒト由来ＵＤＰ−ＧａｌＮＡｃ：ポリペプチド  Ｎ−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：４０、クローン番号：６６８、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＵＤＰ−ＧａｌＮＡｃ：ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  Ｎ−ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌ  ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｘ９２６８９）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡＦＬＪ２０４６３  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔配列番号：４１、クローン番号：７２３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２０４６３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ０００４７０）〕、
Ｃ．エレガンス  推定５５．２ＫＤタンパク質  Ｆ１６Ａ１１．２，ＳＷ：Ｐ９０８３８類似新規遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：４２、クローン番号：７３１、Ｎｏｖｅｌ  ｇｅｎｅ  ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  Ｃ．ｅｌｅｇｅｎｓ  ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ５５．２ＫＤ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｆ１６Ａ１１．２，ＳＷ：Ｐ９０８３８（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５０２５５）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０９８６  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔配列番号：４３、クローン番号：７６６、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０９８６  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ００１８４８）〕、
ヒト由来アポトーシスタンパク質２インヒビター  ｍＲＮＡ〔配列番号：４４、クローン番号：７７８、Ｈｕｍａｎ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ２  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｕ４５８７９）〕、
ヒト由来ＭＢ−１  ｍＲＮＡ〔配列番号：４５、クローン番号：８０１、ＨｕｍａｎＭＢ−１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ８０４６２）〕、
ヒト由来組織因子遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：４６、クローン番号：８０２、Ｈｕｍａｎ  ｔｉｓｓｕｅ  ｆａｃｔｏｒ  ｇｅｎｅ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ．１／１９９５（ジーンバンクアクセッション番号：Ｊ０２８４６）〕、
ヒト由来ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４（クローンＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４由来）〔配列番号：４７、クローン番号：８１７、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４（ｆｒｏｍ  ｃｌｏｎｅ  ＤＫＦＺｐ５６６Ｅ０２２４）（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＬ０５００３１）〕、
ヒト由来ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ  サブユニットＣＩ−Ｂ１２  ｍＲＮＡ〔配列番号：４８、クローン番号：８１８、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＮＡＤＨ−ｕｂｉｑｕｉｎｏｎｅ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ＣＩ−Ｂ１２  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０４７１８３）〕、
ヒト由来ＡＳＨ１  ｍＲＮＡ，５／２０００〔配列番号：４９、クローン番号：８３９、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＡＳＨ１  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ．５／２０００（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ２５７３０５）〕、
ヒト由来ＣＧＩ−６５タンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：５０、クローン番号：８４５、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＣＧＩ−６５  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５１８２３）〕、
ヒト由来クローン  ２４４５１  ｍＲＮＡ配列〔配列番号：５１、クローン番号：８５４、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ２４４５１  ｍＲＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０７０５９９）〕、
ヒト由来ユビキチン加水分解酵素Ｉ  ｍＲＮＡ〔配列番号：５２、クローン番号：８７７、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｈｙｄｒｏｌｙｚｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅ  Ｉ（ＵＢＨ１）ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０２２７８９）〕、
ヒト由来システインリッチタンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：５３、クローン番号：８８２、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｃｙｓｔｅｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ００６５９１）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０１３９遺伝子  ｍＲＮＡ〔配列番号：５４、クローン番号：８８３、Ｈｕｍａｎ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０１３９  ｇｅｎｅ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｄ５０９２９）〕、
ヒト由来クローン２３８１９  ホワイトタンパク質ホモログ  ｍＲＮＡ〔配列番号：５５、クローン番号：９２５、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｌｏｎｅ  ２３８１９  ｗｈｉｔｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ｍＲＮＡ，ｐａｒｔｉａｌ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０３８１７５）〕、
ヒト由来コネキシン２６（ＧＪＢ２）ｍＲＮＡ〔配列番号：５６、クローン番号：９４４、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｏｎｎｅｘｉｎ  ２６（ＧＪＢ２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ８６８４９）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０９１４タンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：５７、クローン番号：１００１、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０９１４  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ０２０７２１）〕、
ヒト由来ＫＩＡＡ０９０７タンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：５８、クローン番号：１００８、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ＫＩＡＡ０９０７  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＢ０２０７１４）〕、
ヒト由来転写中間因子  ｍＲＮＡ〔配列番号：５９、クローン番号：１０１４、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｒｙ  ｆａｃｔｏｒ（ジーンバンクアクセッション番号：２Ｘ９７６７４）〕、
ヒト細胞性アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ  ｍＲＮＡ〔配列番号：６０、クローン番号：１０１８、Ｈｕｍａｎ  ｃｙｔｏｓｏｌｉｃ  ａｓｐａｒｔａｔｅ  ａｍｉｎｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ３７４００）〕、
ヒト由来ＣＧＩ−１１８タンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：６１、クローン番号：１０２３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＣＧＩ−１１８  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ１５１８７６）〕、
ヒト由来グアニル酸結合タンパク質アイソフォームＩＩ（ＧＢＰ−２）ｍＲＮＡ〔配列番号：６２、クローン番号：１０２８、Ｈｕｍａｎ  ｇｕａｎｙｌａｔｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｓｏｆｏｒｍ  ＩＩ（ＧＢＰ−２）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：Ｍ５５５４３）〕、
ヒト由来ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０６３３  ｆｉｓ，クローン  ｍＲＮＡ〔配列番号：６３、クローン番号：１０４３、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１０６３３  ｆｉｓ，ｃｌｏｎｅ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＫ００１４９５）〕、
ヒト由来シャペロニン含有ｔ複合体ポリペプチドｅｔａサブユニット（Ｃｃｔｈ）  ｍＲＮＡ〔配列番号：６４、クローン番号：１０４６、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃｈａｐｅｒｏｎｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｔ−ｃｏｍｐｌｅｘ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  １，ｅｔａ  ｓｕｂｕｎｉｔ（Ｃｃｔｈ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＦ０２６２９２）〕、及び
ヒト由来Ｐｒｅｒタンパク質  ｍＲＮＡ〔配列番号：６５、クローン番号：１０６０、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ  ｆｏｒ  Ｐｒｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ジーンバンクアクセッション番号：ＡＪ００５５７９）〕。
前記配列番号：１〜６５に示す配列を有する各癌関連遺伝子は、癌化により発現量が減少する遺伝子と増加する遺伝子とに大別することができる。癌化により発現量が減少する遺伝子としては、配列番号：２、３、４、６、８、９、１１、１２、１７、１８、２１、２２、２３、２４、２６、２９、３０、３１、３６、３７、３９、４０、４１、４２、４３、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５５、５７、６０及び６５からなる群より選ばれた少なくとも１種の配列を有する核酸からなる遺伝子が挙げられる。癌化により発現量が増加する遺伝子としては、配列番号：１、５、７、１０、１３、１４、１５、１６、１９、２０、２５、２７、２８、３２、３３、３４、３５、３８、４４、４５、５２、５３、５４、５６、５８、５９、６１、６２、６３及び６４からなる群より選ばれた少なくとも１種の配列を有する核酸からなる遺伝子が挙げられる。
さらに、本発明者らにより明らかにされた癌関連遺伝子には、データベース中にホモロジーのある遺伝子が見い出されない１９９種の新規遺伝子も包含される。かかる遺伝子の塩基配列を配列番号：６６〜２６４に示す。かかる遺伝子も本発明に含まれる。
前記配列番号：６６〜２６４に示す配列を有する各癌関連遺伝子は、癌化により発現量が減少する遺伝子と増加する遺伝子とに大別することができる。癌化により発現量が減少する遺伝子としては、配列番号：６６〜８１、８３〜８６、８８〜１０４、１０６〜１１７、１１９〜１２３、１２５〜１３０、１３２〜１５６、１５８〜１８４、１８６〜１８９、１９１〜１９６、１９８〜２０１、２０４〜２３０、２３２〜２３７、２４０、２４１、２４３、２４５、２４７〜２５６、２５８〜２６３からなる群より選ばれた少なくとも１種の配列を有する核酸からなる遺伝子が挙げられる。癌化により発現量が増加する遺伝子としては、配列番号：８２、８７、１０５、１１８、１２４、１３１、１５７、１８５、１９０、１９７、２０２、２０３、２３１、２３８、２３９、２４２、２４４、２４６、２５７及び２６４からなる群より選ばれた少なくとも１種の配列を有する核酸からなる遺伝子が挙げられる。
なお、本発明に用いられる癌関連遺伝子には、配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸とストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子も包含される。ここでストリンジェントな条件としては、例えば、前記のモレキュラー・クローニング、ア・ラボラトリーマニュアル、第２版に記載された条件等が挙げられる。具体的には、例えば、０．５％  ＳＤＳ、０．１％  ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、０．１％  ポリビニルピロリドン、０．１％  フィコール４００、０．０１％  変性サケ精子ＤＮＡを含む６×ＳＳＣ（１×ＳＳＣは０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、０．０１５Ｍ  クエン酸ナトリウム、ｐＨ７．０を示す）中、５０℃でのインキュベートする条件が例示される。また、かかるストリンジェントな条件下におけるハイブリダイゼーションにおいて、より精度を高める観点から、より低イオン強度、例えば、５×ＳＳＣ、４×ＳＳＣ等の条件及び／又はより高温、例えば、用いられる核酸のＴｍ値の２５℃下、より好ましくは、２２℃下、さらに好ましくは、２０℃下、具体的には、用いられる核酸のＴｍ値により異なるが、５２℃以上、５５℃以上、５８℃以上、６０℃以上、６２℃以上、６５℃以上等の条件下でのハイブリダイゼーション；より厳しい洗浄条件、具体的には、低イオン強度の緩衝液、例えば、２×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．５×ＳＳＣ等を使用し、より高い温度、例えば、用いられる核酸のＴｍ値の４０℃下、より好ましくは、３０℃下、さらに好ましくは、２５℃下、具体的には、用いられる核酸のＴｍ値により異なるが、３０℃以上、３７℃以上、４２℃以上、４５℃以上等の条件下での洗浄等を行なうことにより、例えば、配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸と少なくとも約８０％、好ましくは、９０％以上、より好ましくは、９５％以上の配列同一性を有する核酸を得ることが可能になる。なお、Ｔｍは、例えば、下記式：
Ｔｍ＝８１．５−１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）
（式中、Ｎはプローブ又はプライマーの鎖長であり、％Ｇ＋Ｃはプローブ又はプライマー中のグアニン及びシトシン残基の含有量である）により求められる。
ここで、前記条件下にハイブリダイズした核酸からなる遺伝子が、正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子であるか否かは、前記したように、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイ法、ＤＮＡを用いたハイブリダイゼーション法等により、正常細胞における遺伝子産物の発現量と癌細胞における遺伝子産物の発現量との比較により、発現量が、両細胞間で変動するか否かを調べることにより確認されうる。
また、本発明に用いられる癌関連遺伝子は、配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％、好ましくは、９０％以上、より好ましくは、９５％以上の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子であってもよい。
ここで、前記配列同一性を有する塩基配列を有する核酸からなる遺伝子が、正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子であるか否かは、前記したように、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイ法、ＤＮＡを用いたハイブリダイゼーション法等により、正常細胞における遺伝子産物の発現量と癌細胞における遺伝子産物の発現量との比較により、発現量が、両細胞間で変動するか否かを調べることにより確認されうる。
前記配列同一性とは、２つの核酸間の残基の配列類似性をいう。前記「配列同一性」は、比較対象の配列の領域にわたって、最適な状態にアラインメントされた２つの配列を比較することにより決定されうる。ここで、比較対象の核酸は、２つの配列の最適なアラインメントのための参考配列（例えば、コンセンサス配列等）と比べて、付加又は欠失（例えば、ギャップ等）を有していてもよい。
配列同一性の数値（パーセンテージ）は、両方の配列に存在する同一の核酸塩基を決定して、適合部位の数を決定し、ついで、比較対象の配列領域内の塩基の総数で、前記適合部位の数を割、得られた数値に１００をかけることにより、算出されうる。最適なアラインメント及びホモロジーを得るためのアルゴリズムとしては、例えば、スミス（Ｓｍｉｔｈ）らの局所ホモロジーアルゴリズム［Ａｄｄ．ＡＰＬ．Ｍａｔｈ．，２，４８２（１９８１）］、ニードルマン（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ）らのホモロジーアラインメントアルゴリズム［Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４８，４４３（１９７０）］、パールソン（Ｐｅａｒｓｏｎ）らの相同性検索法［Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５，２４４４（１９８８）］が挙げられ、より具体的には、ダイナミックプログラミング法、ギャップペナルテイ法、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム、Ｇｏｏｄ−Ｋａｎｅｈｉｓａアルゴリズム、ＢＬＡＳＴアルゴリズム、ＦＡＳＴＡアルゴリズム等が挙げられる。
核酸の配列同一性は、例えば、配列解析ソフト、具体的には、ＢＬＡＳＴＮ等を用いて測定される。前記ＢＬＡＳＴＮは、ホームページアドレスｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／において、一般に利用可能である。
なお、前記配列番号：１〜２６４のうち、データベース中にホモロジーのある遺伝子が見い出されない１９９種の新規遺伝子である（ａ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（ｂ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（ｃ’）配列番号：６６〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
からなる群より選択された、癌関連遺伝子の配列からなる核酸も本発明の範囲に含まれる。
本発明の検出方法においては、前記遺伝子の発現の変化を指標とするため、早期に癌、具体的には、胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌、より具体的には、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環状細胞癌、粘液癌等に罹患した個体に由来する試料、例えば、癌細胞を検出することが可能になるという優れた効果を発揮する。
さらに、本発明の検出方法においては、前記遺伝子の発現の変化を指標とするため、驚くべく高い精度で癌、具体的には、胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌、より具体的には、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環状細胞癌、粘液癌を検出することができ、また、驚くべく高い精度で癌、具体的には、胃癌、食道癌、大腸癌等の消化器癌、より具体的には、乳頭腺癌、高分化腺癌、中分化腺癌、低分化腺癌、印環状細胞癌、粘液癌等に罹患した個体に由来する試料、例えば、癌細胞を検出することができる。
本発明の検出方法によれば、前記遺伝子の発現量の比較により、癌の検出を行なうことができる。本発明においては、指標となる「正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子」、すなわち、癌関連遺伝子は、単独で指標として用いてもよく、望ましくは、数種類の遺伝子を組み合わせて指標として用いてもよい。かかる組み合わせは特に限定されるものではない。
本発明において、被検試料の供給源である個体が、癌であるか否か、あるいは被検試料、例えば、細胞が、癌に関連する試料、例えば、癌細胞であるか否かの判定は、まず、被検試料の供給源である個体由来の複数の正常組織を用い、適当な検出方法により、癌化の指標とする癌関連遺伝子の発現量の正常域値を確認し、次に、被検試料、具体的には、体外摘出試料における癌関連遺伝子の発現量を測定し、該正常域値と、被検試料における癌関連遺伝子の発現量の値とを比較することにより実施されうる。また、本明細書においては、前記被検試料の供給源となる個体を「検体」と示す場合がある。
すなわち、指標とする癌関連遺伝子が、癌化により発現量が減少する遺伝子である場合、被検試料、具体的には、体外摘出試料において、該癌関連遺伝子の発現が確認されないか、あるいは該癌関連遺伝子の発現量が正常域値より低ければ、被検試料が癌陽性であると判定されうる。一方、指標とする癌関連遺伝子が、癌化により発現量が増加する遺伝子である場合、該癌関連遺伝子の発現量が正常域値より高ければ、癌陽性であると判定されうる。
また、数種類の癌関連遺伝子を組み合わせて指標として判定する場合、正常組織を用い、適当な検出方法により、癌化の指標となる数種類の癌関連遺伝子の発現の変動を調べ、擬陽性率を確認する。次に、体外摘出試料における癌関連遺伝子の発現変動を測定し、擬陽性率と比較することにより判定を実施する。
ここで、擬陽性率は以下のようにして求められる。
健常人より採取された胃組織を対照試料とし、これに対する胃癌患者由来の正常胃組織試料における複数の遺伝子発現を解析する。前記対照試料としては、通常、複数の健常人由来組織を混合して使用される。
この際、正常組織であっても、いくつかの遺伝子には対照試料に比較して有意な発現の変動が見られる。複数の胃癌患者由来の正常胃組織試料について遺伝子発現の解析を実施したうえ、有意な発現の変動が見られた遺伝子数の平均値とともにその標準偏差（ＳＤ）を算出する。こうして得られる、
〔有意な発現の変動が見られた遺伝子数の平均値＋２ＳＤ〕
の値を擬陽性率とする。
被検試料において、上記の擬陽性率を超える数の遺伝子に発現の変動が見られた場合、癌陽性であると判定されうる。
癌関連遺伝子の発現の変化は、該遺伝子のｍＲＮＡの発現量の変化、又は該遺伝子にコードされるタンパク質の発現量の変化のいずれであってもよい。
癌関連遺伝子の発現の変化を、該遺伝子のｍＲＮＡの発現量の変化により評価する場合、ｍＲＮＡ量を、ハイブリダイゼーション法又は核酸増幅法により測定することができる。
前記核酸増幅法としては、ポリメラーゼ連鎖反応、鎖置換反応が挙げられる。
また、ハイブリダイゼーション法としては、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション法、ドットブロットハイブリダイゼーション法、ＤＮＡアレイ等を使用するハイブリダイゼーション法が挙げられる。
ｍＲＮＡの検出感度の観点から、ＤＮＡアレイを使用するハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法が好適であり、多数の遺伝子の発現を同時に測定する観点から、ＤＮＡアレイを使用するハイブリダイゼーション法が特に好適である。
前記ＲＴ−ＰＣＲ法とは、ｍＲＮＡを鋳型とし、逆転写反応によりｃＤＮＡを合成後、ＰＣＲによる核酸増幅を行なう方法をいう。本明細書において、前記核酸増幅の方法としては、ＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法〔米国特許第４６８３２０２号〕、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｎｄ  Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ）法、ストランドディスプレースメントアンプリフィケーション（Ｓｔｒａｎｄ  Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＳＤＡ）法〔ウォーカーＧ．Ｔ．（Ｗａｌｋｅｒ，Ｇ．Ｔ．）ら、ヌクレイック  アシッズ  リサーチ（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．）、第２０巻、第１６９１〜１６９６頁（１９９２）〕、ヌクレイック  アシッド  シークエンス−ベースド  アンプリフィケーション（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ−Ｂａｓｅｄ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＮＡＳＢＡ）法〔コムプトンＪ．（Ｃｏｍｐｔｏｎ，Ｊ．）、ネーチャー、第３５０巻、第９１〜９２頁（１９９１）〕等が挙げられ、かかる核酸増幅における反応条件は特に限定されるものではない。
ｍＲＮＡの測定に際して、指標となる遺伝子のｃＤＮＡ中における増幅対象となる領域は、ｃＤＮＡ全長であってもよく、増幅産物の確認が可能であれば、該ｃＤＮＡの一部領域であってもよい。
前記核酸増幅反応に用いられうるプライマー対は、ｃＤＮＡを特異的に増幅するように設計することが望ましい。なお、増幅産物の確認に際して、例えば、増幅ＤＮＡ断片をアガロースゲル電気泳動に供した後、ゲルをエチジウムブロマイド（ＥｔＢｒ）染色し確認する場合、核酸増幅反応により、同程度の塩基数を有する増幅ＤＮＡ断片が多数生じ、各増幅ＤＮＡ断片の分離が不完全となり、検出対象の癌関連遺伝子ｍＲＮＡに対応する増幅ＤＮＡ断片の存在量が確認できない場合等があるが、指標となる遺伝子のｃＤＮＡ中における増幅対象となる領域の増幅産物の確認が可能であれば、検出対象以外のｃＤＮＡを増幅してもよい。
増幅ＤＮＡ量は、例えば、前記核酸増幅反応により得られた産物を含有した溶液をアガロースゲル電気泳動に供し、目的増幅断片に特異的にハイブリダイズする標識プローブを用い、検出されるバンドの位置とそのシグナル強度により評価できる。したがって、体外摘出試料より抽出した一定量の粗ＲＮＡを用いて得られる前記シグナル強度が強いほど、ｍＲＮＡの発現量が高いと判定されうる。前記プローブの標識としては、特に限定されず、例えば、３２Ｐに代表される放射性物質のほか、フルオレセインに代表される蛍光物質等が挙げられる。
一方、十分量の増幅産物が得られる場合には、アガロースゲル電気泳動を行なった後、ゲルをＥｔＢｒ染色し、増幅ＤＮＡ断片の位置とその蛍光強度により確認することも可能である。したがって、前記蛍光強度が高いほど、該癌関連遺伝子の発現量が高いと判断されうる。
より正確な判定を行うには、増幅の程度を定量して、数値化すればよい。例えば、核酸増幅反応の段階において、定量的ＰＣＲ法（特表平５−５０４８８６号）、ＴａｑＭａｎ法［リンダ・ジー等（Ｌｉｎｄａ  Ｇ．Ｌｅｅ），ヌクレイックアシッズ  リサーチ、第２１巻、第３７６１−３７６６頁（１９９３）］により核酸増幅を行なうことにより、増幅の程度を定量することができる。
ＤＮＡアレイを使用するハイブリダイゼーション法において、用いられるＤＮＡアレイは、発現量を測定しようとする遺伝子に対応する核酸又はその断片が支持体上のそれぞれ定められた領域に固定化されたアレイであればよく、遺伝子の個数やその組み合わせは特に限定しない。前記ＤＮＡアレイとしては、例えば、後述される本発明のＤＮＡアレイが例示される。
ＤＮＡアレイを使用した遺伝子発現量の測定は、例えば下記のような操作で実施される。
すなわち、試料中のｍＲＮＡを標識した標識ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡを鋳型として標識されたｃＤＮＡ等の標識核酸を調製し、得られたＤＮＡアレイの間でハイブリダイゼーションを実施することにより、試料中で発現されているｍＲＮＡを同時に検出し、さらにその発現量を測定することが出来る。標識に用いられる標識物質としては、例えば、放射性同位元素、蛍光物質、化学物質、発光団を有する物質等が挙げられ、より具体的には、例えば、蛍光物質としてＣｙ２、ＦｌｕｏｒＸ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ７、イソチオシアン酸フルオレセイン（ＦＩＴＣ）、テキサスレッド、ローダミン等が挙げられる。また、同時に検出できることから２種以上の蛍光物質を用いて、被検試料、対照として用いられる試料をそれぞれ異なった蛍光物質で標識することが望ましい。標識の検出法は、用いられる標識物質により、適宜選択することができる。例えば、前記Ｃｙ３及びＣｙ５を標識物質として用いる場合、Ｃｙ３は５３２ｎｍ、Ｃｙ５は６３５ｎｍの波長でスキャンすることにより検出することができる。なお、標識の強度を遺伝子の発現量の指標とする。ハイブリダイゼーションの条件は使用するＤＮＡアレイや標識ｃＤＮＡに適したものを適宜選択すればよい。
被検試料と対照試料との遺伝子発現の差を測定するために、非病変部位由来の核酸；ハウスキーピング遺伝子〔例えば、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子、シクロフィリン遺伝子、β−アクチン遺伝子、α−チューブリン遺伝子、ホスホリパーゼＡ２遺伝子等〕に対応する核酸等を用いて、測定手段等による誤差を補正してもよい。また、非特異的なハイブリダイゼーションでないことを確認するための陰性対照としては、例えば異なる生物種由来の核酸が使用でき、例えば、プラスミドｐＵＣ１８が挙げられる。
また、癌関連遺伝子の発現量の変化は、タンパク質の発現を指標として確認することができる。前記タンパク質の発現は、該タンパク質の生物活性を測定することにより確認してもよく、さらには、操作の簡便性の観点から、該タンパク質に対する抗体を用いて該タンパク質を検出してもよい。かかる抗体も本発明に含まれる。
本発明の検出方法に用いられる抗体は、癌関連遺伝子にコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体である。かかる抗体は、癌関連遺伝子にコードされるタンパク質（以下、癌関連タンパク質ともいう）に特異的に結合するものであれば、該抗体の断片であってもよい。
したがって、抗体を用いた検出方法においては、被検試料、具体的には、体外摘出試料から抽出した一定量の粗タンパク質と前記抗体とを混合し、該抗体の結合量が多ければ、該癌関連遺伝子の発現量が高いと判断できる。
前記抗体を得るための抗原としての癌関連タンパク質は、前記癌関連遺伝子を発現している癌細胞より精製して得てもよく、遺伝子工学手法を用いることにより得てもよい。
例えば、癌関連タンパク質をコードする完全長の核酸は、前記ＤＤ法及び目的タンパク質を発現している細胞より調製したｃＤＮＡライブラリーのスクリーニングの組合せ等により得ることができる。また、癌関連遺伝子が全長のｃＤＮＡに対応する核酸でない場合、かかる遺伝子を用いて、５’−ＲＡＣＥ法や、すでに公知のゲノムＤＮＡ塩基配列と対応させて翻訳領域を推定すること等の方法により、５’末端及び／又は３’末端を決定し、それにより、ＰＣＲ等の慣用の方法により、完全長のオープンリーディングフレームを含有したｃＤＮＡを得ることもできる。
抗体の作製に用いる前記癌関連タンパク質は、得られたｃＤＮＡを適当な発現ベクターに組込み、適当な宿主中で発現させることにより得ることができる。更に、前記タンパク質は、融合タンパク質として発現させてもよい。例えば、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）融合タンパク質発現ベクター（ｐＧＥＸ４Ｔ等）、タグ（Ｈｉｓタグ等）配列を有するベクター等に、得られたｃＤＮＡを組込み、得られた組換えベクターを用いて、融合タンパク質を発現させてもよく、目的タンパク質の発現量を増加させるために他のタンパク質由来のＮ末端又はＣ末端に適当なペプチド鎖を付加して発現させてもよい。前記タンパク質を融合タンパク質として発現させた場合、付加されたペプチド鎖に親和性を持つ担体を使用することにより目的タンパク質の精製を容易にすることができる。
すなわち、前記抗体は、例えば、前記癌関連遺伝子の完全長を得る工程；得られた完全長の遺伝子を、慣用の遺伝子組換技術により、適切なベクター（慣用のプラスミドベクター、ファージベクター、ウイルスベクター）に組み込む工程；得られた組換えベクターを、該遺伝子によりコードされたポリペプチドの産生に適した宿主（ＨＢ１０１株、Ｃ６００株、ＪＭ１０９株、ＤＨ５α株等の大腸菌細胞；サッカロミセス・セルビジエ等の酵母細胞；ＣＯＳ細胞、ＣＨＯ細胞、Ｌ細胞、３Ｔ３細胞、Ｖｅｒｏ細胞、ＨｅＬａ細胞等の動物細胞、ｓｆ９等の昆虫細胞等）に導入する工程；得られた形質転換体を、該ポリペプチドの発現に適した条件下に培養してポリペプチドを得る工程；ポリペプチドを精製する工程；及び、得られたポリペプチドを用いて、適切な動物（例えば、ウサギ等）を免疫して、抗体を得る工程により得ることができる。前記ベクターとしては、宿主が大腸菌細胞の場合、ベクター、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、ｐＢＲ３２２、ｐＣＲ３、ｐＣＭＶＳＰＯＲＴ等のプラスミドベクター、λＺＡＰＩＩ、λｇｔｌ１等のファージベクターが挙げられ、酵母の場合、ｐＹＥＳ２等が挙げられ、昆虫細胞の場合には、ｐＡｃＳＧＨｉｓＮＴ−Ａ等が挙げられ、動物細胞の場合には、ｐＫＣＲ、ｃＤＭ８等が挙げられる。なお、発現したポリペプチドが不溶性封入体として得られた場合、慣用の可溶化タンパク質の製造方法に従い、可溶性ポリペプチドを得ることができる。
また、抗体を得るための抗原は、前記癌関連タンパク質、又は該タンパク質中に存在しうる領域であって、抗体が特異的に結合しうる抗原決定基を有するペプチド若しくは該タンパク質に特異的なアミノ酸配列領域を有するペプチドのいずれであってもよい。
本発明に用いられる抗体又はその断片は、前記癌関連タンパク質、又は該タンパク質中に存在しうる領域であって、抗体が特異的に結合しうる抗原決定基を有するペプチド若しくは該タンパク質に特異的なアミノ酸配列領域を有するペプチドに特異的に結合する能力を有するものであればよく、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体のどちらでもよい。さらに、公知技術により修飾された抗体や抗体の誘導体、例えば、ヒト化抗体、Ｆａｂフラグメント、単鎖抗体等を使用することもできる。
なお、前記抗体の取得法は、例えば、常法により、ペプチドをアジュバンドと共に動物に免疫させることにより、抗血清として得ることができる。また、ガルフレらの方法［Ｇａｌｆｒｅ，Ｇ．ら、ネーチャー、第２６６巻、第５５０〜５５２頁（１９７７）〕により、モノクローナル抗体として得ることもできる。さらに、得られた抗体を精製後、ペプチダーゼ等により処理することにより、抗体の断片が得られる。
また、かかる抗体又はその断片は、酵素免疫測定法、蛍光免疫測定法、発光免疫測定法等によるタンパク質の検出を容易にするために、各種修飾をしてもよい。
抗体を用いたタンパク質の検出方法としては、例えば、酵素免疫測定法、蛍光免疫測定法、発光免疫測定法等、より具体的には、例えば、ウェスタンブロット法、ＥＬＩＳＡ等が挙げられる。
前記ウェスタンブロット法は、抗体により、ニトロセルロース膜等に転写されたタンパク質を検出する方法である。具体的には、前記ウェスタンブロット法においては、細胞を界面活性剤で処理して細胞内タンパク質を抽出し、得られた抽出物をＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動により、分離し、分離後のゲルをニトロセルロース膜等に転写し、得られた転写膜と検出対象のタンパク質に特異的な抗体とを反応させる。タンパク質と結合した抗体は、例えば、１２５Ｉ標識プロテインＡ、ペルオキシダーゼ結合抗ＩｇＧ抗体等を用いて二次的に検出することができる。
本発明のＤＮＡアレイは、前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された少なくとも２種の遺伝子又はその断片がそれぞれ支持体上の定められた領域に固定化されていることに１つの特徴がある。本発明のアレイは、本発明の癌の検出方法に好適である。
本発明のアレイによれば、前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された少なくとも２種の遺伝子又はその断片が固定化されているため、癌又は癌細胞の検出に有用である。また、細胞の癌化、癌の進行との関連が知られている公知の遺伝子又はその断片を同時に固定化することにより、より高い精度で癌を早期に検出するとともに、癌の進行レベル、悪性度を評価することが可能である。
ここで、「それぞれ定められた位置に固定化される」とは、各遺伝子に対応する核酸又はその断片の固定化されている位置が支持体上においてあらかじめ決定されていることを意味する。すなわち、このようなアレイを使用した場合には、検出されたシグナルの位置からこのシグナルがどの遺伝子の核酸又はその断片に由来するのかを容易に知ることができる。
本発明のＤＮＡアレイとしては、前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された少なくとも２種の遺伝子又はその断片が、スライドグラス等に代表される支持体に固定されたアレイが挙げられる。
本発明のアレイに用いる支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであればよく、通常スライドグラス、シリコンチップ、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等が挙げられる。さらに好ましくは、非多孔性で、表面が滑らかな構造を有する材質であればよく、例えば、スライドガラス等のガラスが好適に使用できる。
支持体の表面は、共有結合又は非共有結合により、一本鎖ＤＮＡを固定化できるものであればよい。かかる観点から、親水性又は疎水性の官能基を有した表面である支持体が好適に使用されうる。支持体の表面における官能基として、例えば、水酸基、アミノ基、チオール基、アルデヒド基、カルボキシル基、アシル基等が挙げられる。これらの官能基は、支持体自体の表面特性として存在していてもよく、表面処理によって導入してもよい。
前記表面処理物としては、例えば、ガラスをアミノアルキルシラン等の市販のシランカップリング剤で処理したものや、ポリリジンやポリエチレンイミン等のポリ陽イオンで処理したもの等が挙げられる。また、これらの処理を施したスライドガラスの一部は市販されている。
本発明のアレイにおいては、核酸又はその断片は、一本鎖であってもよく、二本鎖であってもよい。例えば、前記核酸又はその断片が、変性された二本の鎖として支持体に整列固定化されたＤＮＡアレイや、固定化されたＤＮＡの少なくとも一部が一本鎖ＤＮＡであるＤＮＡアレイでもよい。また、本発明のアレイは、二本鎖ＤＮＡを変性下において、同一支持体に整列させてスポットしたＤＮＡアレイでもよい。
さらに、本発明のアレイにおいては、固定化される核酸又はその断片の支持体上における密度は、使用目的、固定化される核酸又はその断片の数に応じて適宜設定されうる。例えば、検出に使用される試料が微量である場合、高密度のアレイを使用することができ、例えば、３０ドット／ｃｍ２以上の密度で核酸、特にＤＮＡが固定化されたアレイが好適に使用できる。
支持体上に固定化される核酸又はその断片は、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのいずれであってもよい。また、その製法にも特に限定はなく、化学的に合成したもの、天然の核酸から単離、精製したもの、酵素的に合成したもの、さらにはこれらを組み合わせて使用することができる。
支持体上に固定される核酸又はその断片としては、特に限定されないが、例えば、鎖長が５０塩基長以上の二本鎖ポリヌクレオチド又はその誘導体であって、ｐｏｌｙＡ配列やＡｌｕ配列等のリピート配列を含まず、目的の遺伝子に特異性の高い配列が望ましい。例えば、鎖長が５０塩基長以上の二本鎖ポリヌクレオチド又はその誘導体であって、ＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）等により、酵素的に増幅して調製される二本鎖ＤＮＡを、該ＤＮＡの支持体への固定化時に変性させて得られた一本鎖ＤＮＡ又はその誘導体が好適に使用できる。
前記誘導体としては、支持体表面への固定化を可能にするような修飾を付されたものが挙げられ、例えば、ＤＮＡの５’末端にアミノ基やチオール基等の官能基が導入されたＤＮＡが挙げられる。
また、例えば、ゲノムＤＮＡライブラリー又はｃＤＮＡライブラリーを鋳型としたＰＣＲ等により増幅して調製されるＤＮＡを使用することもできる。
上記の遺伝子に対応する核酸又はその断片を、公知の方法により、例えばアミノ基を導入した支持体上に固定することにより該アレイを作製することができる。また、上記固定化の操作をＤＮＡアレイ作製装置、例えば、アフィメトリックス社製のＤＮＡチップ作製装置を使用して行なうことにより、遺伝子に対応する核酸が整列、固定化された本発明のアレイを作製することができる。
核酸の断片の鎖長は、特に限定されるものではなく、例えば、約１００塩基長〜約１０００塩基長であることが望ましく、また、該鎖長より短いあるいは長いものであっても被検試料由来の核酸とのハイブリダイゼーションにおいて、特異的にハイブリダイズするものであればよい。
前記検出方法により、得られた結果を解析手段（例えば、コンピューターによる画像処理方法等）により解析し、その結果を、例えば、紙等の記録媒体；コンピューター読み取り可能な記録媒体等に記録又は表示して提供する評価情報の提供方法をも提供することができる。かかる評価情報の提供方法も本発明に含まれる。
前記評価情報の提供方法は、例えば、（ｉ）前記検出方法を行ない、被検試料における癌関連遺伝子の発現量又は発現プロファイルを調べるステップ；
（ｉｉ）前記（ｉ）で得られた発現量又は発現プロファイルのデータをコンピューターに入力するステップ；
（ｉｉｉ）前記ステップ（ｉｉ）において入力されたデータについて、被検試料と対照試料とを比較し、それにより、被検試料と対照試料との間に差異があるものを選別するプログラムにより、入力されたデータを識別するステップ；並びに
（ｉｖ）前記ステップ（ｉｉｉ）において、識別された被検試料について、癌であること又は癌細胞を含むことの可能性があることを表示する手段を与えるステップ、
を含む。
本発明の検出方法は、前記したように前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれた癌関連遺伝子の発現を評価することにより行なわれる方法であり、前記癌関連遺伝子から発現するｍＲＮＡ又はタンパク質を指標として検出する。したがって、前記ｍＲＮＡ又はタンパク質を検出しうる試薬を含有した癌検出用キットが、本発明の癌の検出方法に利用されうる。かかる癌検出用キットも本発明に含まれる。かかるキットによれば、癌に関連する試料、例えば、癌細胞等を検出することもできる。
癌検出用キットとしては、前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された遺伝子から転写されるｍＲＮＡにストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも１種を含有したキット（ｍＲＮＡ検出用キット）、並びに前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された遺伝子から発現されるタンパク質に結合する抗体又はその断片を含有したキット（タンパク質検出用キット）が挙げられる。
本発明の癌検出用キット（ｍＲＮＡ検出用キット）は、前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された遺伝子から転写されるｍＲＮＡの量を測定するキットである。このようなキットとしては、▲１▼前記ｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを少なくとも１種含有したキット、及び▲２▼前記ｍＲＮＡを増幅するための少なくとも１対のプライマー対を含有したキットが挙げられる。
また、本発明の癌検出用キット（ポリペプチド検出用キット）としては、▲３▼前記ｍＲＮＡから翻訳される癌関連タンパク質又はそれに由来するポリペプチドに特異的に結合する抗体又はその断片により、該癌関連タンパク質又はそれに由来するポリペプチドを検出するキットが挙げられる。
本発明のキットは、癌に特異的に発現量の変動する遺伝子から発現されるｍＲＮＡ又はその断片を検出するためのプローブ及び／又はプライマー、あるいは癌において特異的に発現量の変動する遺伝子にコードされたタンパク質又はそれに由来するポリペプチドに対する抗体又はその断片を含有しているため、前記癌の検出方法に用いることができ、より簡便、かつ迅速な操作を可能にする。
本発明の癌検出用キット（ｍＲＮＡ検出用キット）〔前記▲１▼、▲２▼のキット〕は、癌、特に胃癌において発現量の変化する少なくとも１種の遺伝子から発現されるｍＲＮＡ又はその断片を核酸増幅法、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ法によって検出するためのプライマー及び／又はプローブを含有する。
前記プライマー及び／又はプローブとしては、１）前記（ａ）〜（ｃ）からなる群より選択された遺伝子の核酸、すなわち、（Ａ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、
（Ｂ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸、及び
（Ｃ）配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかと少なくとも８０％の配列同一性を有する塩基配列を有する核酸であり、かつ正常細胞に比べ、癌細胞において発現量が変動する遺伝子の配列からなる核酸からなる群より選択された少なくとも１種の核酸若しくはその断片、２）該核酸若しくはその断片に相補的な塩基配列を有する核酸、又は３）該核酸若しくはその断片に相補的な塩基配列を有する核酸にストリンジェントな条件下にハイブリダイズする核酸が挙げられる。
上記「ストリンジェントな条件」とは、特に限定されないが、例えば、６×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、５×デンハルト、１００μｇ／ｍｌニシン精子ＤＮＡを含む溶液中、〔前記プライマー及び／又はプローブのＴｍ−２５℃〕の温度で一晩保温する条件等をいう。前記温度の条件は、例えば、Ｔｍ値により近づけること（例えば、Ｔｍ−２４℃、Ｔｍ−２２℃、Ｔｍ−２０℃等）により、ストリンジェンシーを高めることができる。また、より高イオン強度、例えば、５×ＳＳＣ、４×ＳＳＣ等の条件におけるハイブリダイゼーションにより、ストリンジェンシーを高めることもできる。
さらには、より厳しい洗浄条件、具体的には、低イオン強度の緩衝液、例えば、２×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．５×ＳＳＣ等を使用し、より高い温度、例えば、用いられる核酸のＴｍ値の４０℃下、より好ましくは、３０℃下、さらに好ましくは、２５℃下、具体的には、用いられる核酸のＴｍ値により異なるが、３７℃以上、４２℃以上、４５℃以上等の条件下での洗浄により、プライマー及び／又はプローブとして、配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列若しくは該配列に相補的な塩基配列のいずれかを有する核酸と少なくとも約８０％、好ましくは、９０％以上、より好ましくは、９５％以上の配列同一性を有する核酸を得ることが可能になる。
また、上記のプライマーの塩基配列は、通常の核酸増幅法、特にＲＴ−ＰＣＲにおける反応条件下に、前記遺伝子に対応する核酸を特異的に増幅しうる配列であればよい。
一方、プローブの塩基配列も、前記遺伝子に対応する核酸に前記ストリンジェントな条件下にハイブリダイズしうる核酸の配列であればよい。
なお、プローブ又はプライマーのＴｍは、例えば、下記式：
Ｔｍ＝８１．５−１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）
（式中、Ｎはプローブ又はプライマーの鎖長であり、％Ｇ＋Ｃはプローブ又はプライマー中のグアニン及びシトシン残基の含有量である）により求められる。
また、プローブ又はプライマーの鎖長が１８塩基より短い場合、Ｔｍは、例えば、Ａ＋Ｔ（アデニン＋チミン）残基の含有量と２℃との積と、Ｇ＋Ｃ残基の含有量と４℃との積との和〔（Ａ＋Ｔ）×２＋（Ｇ＋Ｃ）×４〕により推定することができる。
前記プローブの鎖長は、特に限定はないが、非特異的なハイブリダイゼーションを防止する観点から、１５塩基長以上であり、好ましくは、１８塩基長以上であることが望ましい。例えば、配列表の配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列中若しくは該塩基配列に相補的な配列中の連続した１５塩基長以上の塩基配列を有するプローブを使用することができる。
また、プライマーの鎖長は、特に限定はないが、例えば、１５〜４０塩基長であり、好ましくは、１７〜３０塩基長であることが望ましい。例えば、配列表の配列番号：１〜２６４からなる群より選択された塩基配列中若しくは該塩基配列に相補的な配列中の連続した１５〜４０塩基の塩基配列を有するプライマーを使用することができる。
前記プローブ又はプライマーに適した配列は、例えば、前記Ｔｍ値等を基礎とし、核酸の二次構造の形成等を予測しうる市販のソフトウェア等により得られうる。かかるソフトウェアとしては、ＯＬＩＧＯプライマー・アナリシス・ソフトウェア（宝酒造社製）〕等が挙げられる。当業者であれば、前記ソフトウェアを用い、癌に特異的でない公知の遺伝子を検出し得ない配列をデザインしうる。癌に特異的でない公知の遺伝子を検出し得ない配列としては、例えば、癌に特異的でない公知の遺伝子と全体にわたって、３０％以下、好ましくは２０％以下、より好ましくは、１０％以下、さらに好ましくは５％以下、特に好ましくは０％の配列同一性である配列等が挙げられる。本発明に用いられる配列番号：１〜２６４からなる群より選ばれた塩基配列に対して全体にわたって、あるいは部分的に高い相同性を有する『癌に特異的でない公知の遺伝子』を検出しえない配列として、相同性の低い部分又は配列番号：１〜２６４において特有の部分から、プローブ又はプライマーに適した配列を選択することができる。
また、前記プローブ及びプライマーは、該プローブ又はプライマーの検出に適した各種標識、例えば、蛍光標識、放射活性標識等を有していてもよい。
本発明の癌検出用キット（ｍＲＮＡ検出用キット）としては、具体的には、少なくとも１５塩基長である、ハイブリダイゼーション用プローブとして適したオリゴヌクレオチドを含有したキット；１５〜４０塩基長である、プライマーとして適した少なくとも１対のオリゴヌクレオチドを含有したキットが挙げられる。
本発明の癌検出用キット（ポリペプチド検出用キット）〔前記▲３▼のキット〕において、抗体は、前記癌関連タンパク質又はそれに由来するポリペプチドに特異的に結合する能力を有するものであれば、特に限定はなく、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体のどちらでもよい。さらに、公知技術により修飾された抗体や抗体の誘導体、例えばヒト化抗体、Ｆａｂフラグメント、単鎖抗体等を使用することもできる。前記抗体は、例えば、１９９２年、ジョン・ワイリー＆サンズ社（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｅｌｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ）発行、ジョン・Ｅ・コリガン（Ｊｏｈｎ  Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ）編集、カレント・プロトコルズ・イン・イムノロジー（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ）に記載の方法により、前記ポリペプチドの全部又は一部を用いてウサギやラット、マウス等を免疫することにより、容易に作製され得る。こうして得られた抗体を精製後、ペプチダーゼ等により処理することにより、抗体の断片が得られる。また、遺伝子工学的に抗体を作製することもできる。さらに、本発明の抗体又はその断片は、酵素免疫測定法、蛍光免疫測定法、発光免疫測定法等による検出を容易にするために、各種修飾をしてもよい。
上記の抗体又はその断片には、ポリペプチドのある部分断片に特異的に結合しうるものも含まれる。
本発明のキットは、各種標識又は各種修飾の検出に適した試薬をさらに含有していてもよい。
本発明によれば、前記（ａ）〜（ｃ）の癌関連遺伝子又は癌関連タンパク質若しくはそれに由来するポリペプチドへの特異的結合物を用いた癌細胞の増殖抑制方法も提供される。かかる癌細胞の増殖抑制方法も本発明に含まれる。
前記特異的結合物とは、核酸、抗体、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）等が挙げられる。
例えば、慢性骨髄性白血病によく検出されるｂｃｒ−ａｂ１キメラタンパク質は高いチロシンキナーゼ活性を有し白血病の発生、増殖に重要な役割を演じている。本キメラタンパク質をコードする遺伝子に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドはｉｎ  ｖｉｖｏで本遺伝子発現腫瘍の増殖を抑制することができる（Ｓｋｏｒｓｋｉ，Ｔ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ  ９１  ４５０４  １９９４）。一方、従来から癌細胞に特異的に発現されるタンパク質の癌特有なペプチドは、癌細胞に対するＴ細胞免疫応答の標的となることが知られており、この融合タンパク質の融合部近傍のペプチドで免疫することで本融合タンパク質に反応性のＴ細胞が得られる（Ｃｈｅｎ，Ｗ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９，１４６８  １９９２）。その実施方法として、例えば、以下の報告に述べられている技術が利用できる。すなわち、ヒトＴ細胞において第１２番アミノ酸グリシンを他のアミノ酸に置換したｒａｓペプチドに特異的に反応し、ＨＬＡ−ＤＲの拘束性を有するＣＤ４＋Ｔ細胞が分離され（Ｊｕｎｇ，Ｓ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７３，２７３  １９９１）、６１番アミノ酸に変異をもつｒａｓペプチドを産生できる組換ワクシニアウイルスで免疫されたマウスから、その変異部位を含む８アミノ酸からなるペプチドに対する細胞傷害性Ｔリンパ球を誘導できる（Ｓｋｉｐｐｅｒ，Ｊ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７７，１４９３  １９９３）。さらに、遺伝子組換え技術で作製した可溶性変異ｒａｓタンパク質で免疫したマウスでは同一変異を持った癌細胞のｉｎ  ｖｉｖｏでの増殖が抑制され（Ｆｅｎｔｏｎ，Ｒ．Ｇ．，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，８５，１２９４  １９９３）、変異ｒａｓペプチドで感作した脾臓細胞から、同一の変異ｒａｓを発現している癌細胞に細胞傷害活性を示すＣＴＬが得られる（Ｐｅａｃｅ，Ｄ．Ｊ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１７９，４７３，１９９４）。
すなわち、本発明の癌細胞の増殖抑制方法は、
（１）前記（Ａ）〜（Ｃ）からなる群より選択された少なくとも１種の遺伝子、又は
（２）前記（１）にコードされるポリペプチド
に特異的に結合する特異的結合物を用いて、癌細胞の増殖を抑制することを１つの大きな特徴とする。
前記（１）に特異的に結合する特異的結合物としては、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、抗ＤＮＡ抗体等が挙げられる。また、二本鎖ＲＮＡを用いたＲＮＡｉ［ＲＮＡ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ：Ｎａｔｕｒｅ，第３９１巻，第８０６−８１１頁（１９９８）］を用いた制御も利用することができる。
前記（２）に特異的に結合する特異的結合物としては、例えば、（２）のポリペプチドに対する細胞傷害性Ｔリンパ球、（２）のポリペプチドに特異的に結合する、抗体、化合物、タンパク質等が挙げられる。
従って、本発明において細胞の癌化と関連が認められた遺伝子についても同様のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用することにより細胞増殖を制御できる可能性がある。更に癌化により発現量が増加すると考えられる遺伝子にコードされるポリペプチド（癌関連タンパク質等）に反応性のＴ細胞が得られれば、該タンパク質を高発現している細胞の増殖を抑制することが可能となる。
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的とする遺伝子より転写されるｍＲＮＡに相補的な配列を有するものであれば特に限定はなく、例えば、２０塩基長以上のものを化学的合成、あるいは酵素的合成により作製されうる。なお、本明細書において、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」の用語は、前記（１）の遺伝子の配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドを特異的結合物として用いる場合、例えば、個体において適用する場合、癌組織への局所投与、非経口投与、経口投与等により個体に導入することができる。導入方法としては、金属粒子、リポソーム、例えば、内包型リポソーム、正電荷リポソーム、ＨＶＪ（センダイウイルス）−リポソーム、改良型ＨＶＪ−リポソーム（ＨＶＪ−ＡＶＥリポソーム）等による導入法、ｎａｋｅｄ−ＤＮＡの直接導入法、正電荷ポリマーによる導入法等が挙げられる。
なお、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、使用目的、使用形態等に応じて、適宜、適切な溶液、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドを安定に維持しうる緩衝液等に溶解させた形態で用いられうる。また、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、薬理学的に許容されうる担体、賦形剤、結合剤、安定剤、緩衝剤、溶解補助剤、等張剤等を含有した剤として用いてもよい。
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌細胞の増殖を抑制するに十分な量となるように、使用すればよく、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与量及び投与回数は、投与目的、個体の年齢、体重、状態等に応じて、癌細胞の増殖を抑制する効果を十分に発揮させうる範囲で適宜設定され得る。
また、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的とする癌組織へのデリバリーに適する性質、組織又は細胞に対する親和性を付与しうる種々の修飾を有していてもよい。さらに、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドを、標的とする癌組織へのデリバリーに適する性質、組織又は細胞に対する親和性を有する担体に保持させてもよい。
また、細胞傷害性Ｔリンパ球は、例えば、血液より調製した末梢血単核球より得られるリンパ芽球に、前記癌関連遺伝子によりコードされるポリペプチドを用いて繰り返し抗原刺激を与えることにより誘導して得ることができる。誘導された細胞傷害性Ｔリンパ球は、クローン化することにより安定した細胞傷害性を有するリンパ球として維持することもできる。例えば、誘導されたＣＴＬに抗原、各種サイトカイン、抗ＣＤ３抗体刺激を与えることにより増殖させることができる。
前記ポリペプチドに特異的に結合する抗体は、前記と同様の方法により得ることができる。
前記ポリペプチドに特異的に結合するタンパク質又は化合物は、慣用のタンパク質間の相互作用の解析方法、例えば、表面プラズモン解析；前記ポリペプチドを固定化した水晶発振子振動の変化に基づく解析；アフィニティーカラムを用いる方法等により選別されうる。例えば、表面プラズモン解析により、前記ポリペプチドに特異的に結合するタンパク質又は化合物を選別する場合、例えば、
−  前記癌関連遺伝子にコードされたポリペプチドを固定化したセンサーチップに、試験対象タンパク質含有溶液又は試験対象化合物含有溶液を一定の流速で送液するステップ；及び
−  適切な検出手段〔例えば、光学的検出（蛍光度、蛍光偏向度等）、質量分析計との組み合わせ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化−飛行時間型質量分析計：ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ、エレクトロスプレー・イオン化質量分析計：ＥＳＩ−ＭＳ等）〕により、光学的変動又は質量の変動として相互作用を検出するステップ；
を含む方法を行なうことにより、該ポリペプチドと試験対象タンパク質又は試験対象化合物との複合体の形成を示すセンサーグラムが提示された場合、例えば、光学的センサーグラム又は質量センサーグラムが、送液による試験対象タンパク質又は試験対象化合物の導入により変動した場合を指標として、前記ポリペプチドに特異的に結合するタンパク質又は化合物を選別することができる。
前記（２）に特異的に結合する特異的結合物を特異的結合物として用いる場合、例えば、個体において適用する場合、癌組織への局所投与、非経口投与、経口投与等により個体に導入することができる。
なお、前記（２）に特異的に結合する特異的結合物は、薬理学的に許容されうる担体、賦形剤、結合剤、安定剤、緩衝剤、溶解補助剤、等張剤等を含有した剤として用いてもよい。
前記（２）に特異的に結合する特異的結合物は、癌細胞の増殖を抑制するに十分な量となるように、使用すればよく、その投与量及び投与回数は、投与目的、個体の年齢、体重、状態等に応じて、癌細胞の増殖を抑制する効果を十分に発揮させうる範囲で適宜設定され得る。
以下、本発明を実施例をもって更に具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
実施例１  癌関連遺伝子の解析
１）癌検出の指標となりうるｍＲＮＡの存在の確認
胃の癌化病変部と対照正常部とを比較するディファレンシャルディスプレイ法を行ない、癌化により発現量の変化するｍＲＮＡの有無を調べた。
まず、低分化腺癌の進行癌患者から摘出された胃の癌化病変部及び対照正常部のそれぞれから、ＴＲＩｚｏｌＴＭ試薬（ギブコＢＲＬ社製）を用いて、全ＲＮＡを抽出し、粗ＲＮＡ試料とした。得られた粗ＲＮＡ試料のうち５０μｇ相当量と、最終濃度５ｍＭ  ＭｇＣｌ２と２０単位のＲＮａｓｅ阻害剤（宝酒造社製）と１０単位のＤＮａｓｅＩ（宝酒造社製）とを、３７℃、３０分間反応させ、ゲノムＤＮＡを除去し、ＲＮＡ試料を得た。
前記ＲＮＡ試料について、Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ＤｉｓｐｌａｙＴＭ  Ｋｉｔ  Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ（宝酒造社製）とＥｎｚｙｍｅ  Ｓｅｔ−ＦＤＤ（宝酒造社製）とを用いて、キット添付の説明書記載の手順に従い、ＲＴ−ＰＣＲを行なった。
ＲＴ−ＰＣＲにおける逆転写反応に行なう際、前記ＲＮＡ試料２００ｎｇと、前記Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ＤｉｓｐｌａｙＴＭ  Ｋｉｔ  Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ  ｖｅｒｓｉｏｎに添付された、５’−ＣＧ−３’のアンカー配列を有するローダミンラベル下流プライマーとを混合して、混合液を得た。ついで、該混合液を、７０℃、１０分間熱処理して、急冷して反応物を得た。その後、得られた反応物と、ＡＭＶ逆転写酵素とを混合して、５５℃、３０分逆転写反応を行ない、一本鎖ｃＤＮＡ試料を得た。
前記一本鎖ｃＤＮＡ試料を鋳型とし、逆転写反応時と同じローダミンラベル下流プライマーと、前記キットの２４種の上流プライマー（Ｒ１〜Ｒ２４）のいずれか１種とを用いて、１．３ｍＭ  ＭｇＣｌ２と、基質として各１００μＭのｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ及びｄＴＴＰとを含有した反応液中でＰＣＲを行ない、合計２４種類の増幅ＤＮＡ試料を得た。
なお、前記ＰＣＲのサーマルプロファイルは、
９４℃、２分−４０℃、５分−７２℃、５分
ついで、９４℃、３０秒−４０℃、２分−７２℃、１分からなる反応を１サイクルとして３４サイクル
その後、７２℃で５分
である。
反応終了後、得られた反応産物に、等量の９５％ホルムアミドを添加し、９０℃、２分間熱変性し電気泳動用サンプルとした。電気泳動は、７Ｍ尿素変性４％ポリアクリルアミドゲルで行なった。得られたゲルにおける泳動パターンを、蛍光イメージアナライザーＦＭＢＩＯ登録商標  ＩＩ  Ｍｕｌｔｉ−Ｖｉｅｗ（宝酒造社製）で読み取り、検出した。その結果、多数のバンドからなるフィンガープリントが得られ、癌病変部と対照正常部とで強度の異なるバンドが存在した。
前記フィンガープリントの一例として、上流プライマーとしてＲ３からＲ８を用いた結果を第１図に示す。
すなわち、第１図は、ＤＤ法により、癌組織と対照正常組織との間で発現差を示す遺伝子を調べた電気泳動パターンのフィンガープリントを示す図である。なお、第１図において、１Ｎは、低分化腺癌型胃癌患者の正常組織部から得られたＲＮＡ試料を鋳型として得られた増幅ＤＮＡ断片の泳動レーンを示し、１Ｔは、同一低分化腺癌型胃癌患者の癌組織部から得られたＲＮＡ試料を鋳型として得られた増幅ＤＮＡ断片の泳動レーンを示す。
ついで、得られたフィンガープリント上に、前記電気泳動後のポリアクリルアミドゲル板を置き、癌病変部と対照正常部との間で強度の異なるバンド２５０本を切り出した。ゲルからＤＮＡ断片を水抽出し、Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｐｒｉｍｅｒ  Ｓｅｔ  ｆｏｒ  ＦＤＤ（宝酒造社製）中の各ＤＮＡフラグメントに対応するプライマーを用い、再度ＰＣＲによる増幅を行なった。
増幅されたフラグメントをＴＡクローニングにてクローン化し、１フラグメントにつき４クローンずつ単離した。ついで、得られたクローンに含まれる核酸について、ダイデオキシ法により、塩基配列を決定した。得られた塩基配列をＰａｒａｃｅｌ  Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ  ｐａｃｋａｇｅソフト（Ｐａｒａｃｅｌ社製）を用いてアセンブリを行ない、形成された各コンティグ（ｃｏｎｔｉｇ）配列について、塩基配列情報を収録したデータベースを用いたホモロジー検索を行なった。これらの結果を表１及び２及び表３〜５に示す。
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この結果より、表１及び２に示される６５遺伝子（配列番号：１〜６５）は、既に単離、同定された遺伝子であることが明らかとなった。
表３〜５に、ＤＤ法により、差次的な発現を示すことが見出されたフラグメントの塩基配列の配列番号、クローン番号、ＤＤ法においてフラグメントの検出に使用された上流プライマーの名称、増幅ＤＮＡ断片のおおよそのサイズ、癌病変部と対照正常部とから得られた増幅ＤＮＡ量の差を示した。なお、表３〜表５のプライマー欄の番号は、キット中の上流プライマー名を示す。
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さらに、上記の遺伝子の他、データベースを用いたホモロジー検索により、既知の遺伝子とのホモロジーが見出されなかった１９９種の遺伝子断片が得られた、これらの癌関連遺伝子断片について解読された塩基配列を配列番号：６６〜２６４に示す。また、表６〜表１４に前記の癌関連遺伝子断片の塩基配列の配列番号、クローン番号、ＤＤ法においてフラグメントの検出に使用された上流プライマーの名称、癌病変部と対照正常部より得られた増幅ＤＮＡ量の差を示した。なお、表６〜表１４のプライマー欄の番号はキット中の上流プライマー名を示す。
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２）癌化における前記遺伝子群の関連性
（１）ＤＮＡアレイの作製
前記１）記載のＤＤ法を用いて確認された、表３〜表１４に記載の各遺伝子由来増幅ＤＮＡ断片の鋳型となったｍＲＮＡの発現量の変化が、真に癌化に関連しているかをＤＮＡアレイを用いて検討した。
まず、１）記載の方法でＤＤ法により見出されたクローンのうち、各コンティグを代表する配列を含有した３４０種類のクローンを鋳型とし、当該プラスミドのマルチクローニングサイトの両端に設定されたプライマーを使用したＰＣＲ法により目的のｃＤＮＡ断片を増幅した。ついで、増幅されたｃＤＮＡ断片の塩基配列分析を行なって、目的の断片であることを確認した。また、目的の断片をエタノール沈殿法に供して、回収し、回収された断片を、１００ｍＭ  炭酸緩衝液（ｐＨ９．５）に１μＭとなるように溶解した。
この他、ハウスキーピング遺伝子としてβ−アクチン遺伝子、チューブリンα２、シクロフィリン、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼ、リボゾーマルタンパク質Ｓ５、リボゾーマルタンパク質Ｓ９等の遺伝子を、またネガティブ対照として、プラスミドｐＵＣ１８をそれぞれ同様に調製した。これらをＤＮＡチップ作製装置〔Ａｆｆｙｍｔｒｉｘ登録商標４１７ＴＭアレイヤー，アフィメトリックス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）社製〕を用いて、アミノ基導入スライドガラス（シグマ社製）にスポットし、ＵＶ照射により固定した。スライドを０．２％  ＳＤＳで洗浄し、次いで蒸留水で洗浄乾燥して、ＤＮＡアレイを得た。
（２）蛍光標識ｃＤＮＡの調製
進行度の異なる５４人の胃癌患者より癌摘出手術時に摘出された組織から胃癌組織と対照正常胃組織とを取り分けた。ついで、ＡＧＰＣ（Ａｃｉｄ  Ｇｕａｎｉｄｉｕｍ  Ｐｈｅｎｏｌ−Ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ）法により、各組織から個々に全ＲＮＡを抽出した。これらの全ＲＮＡのそれぞれからＯｌｉｇｏｔｅｘ−ＭＡＧ  ｍＲＮＡ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（宝酒造社製）を用いてｍＲＮＡを精製した。
上記ｍＲＮＡを鋳型とし、逆転写酵素を用いてｃＤＮＡ合成反応を行なった、なお、対照正常胃組織群の場合、Ｃｙ３−ｄＵＴＰ（アマシャム社製）を含むｄＮＴＰを用い、胃癌組織群の場合、Ｃｙ５−ｄＵＴＰ（アマシャム社製）を含むｄＮＴＰを用いた。反応液組成を以下に示す。
反応液Ａ：上記ｍＲＮＡ約１μｇ、３００ｐｍｏｌのオリゴｄＴプライマー（宝酒造社製）及び最終的に１１．９μｌになるようにジエチルピロカーボネート（ＤＥＰＣ、ナカライテスク社製）処理水を添加。
反応液Ｂ：５×ＡＭＶ  ＲＴａｓｅ用緩衝液（ライフサイエンス社製）４μｌと、各０．１ｍＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及び０．０６５ｍＭのｄＴＴＰと、３０ＵのＲＮａｓｅインヒビター（宝酒造社製）と、０．０３５ｍＭのＣｙ３又はＣｙ５標識ｄＵＴＰ（アマシャムファルマシア社製）とを混合し、最終容量６．５μｌの溶液を得た。
反応液Ａを７０℃で１０分間保持した後、氷浴上で冷却し、反応産物を得た。ついで、前記反応産物に、反応液Ｂと約３０単位のＡＭＶ  ＲＴａｓｅ（ライフサイエンス社製）とを添加し、さらに５５℃で３０分間保持した。その後、得られた反応産物に、約３０単位のＡＭＶ  ＲＴａｓｅをさらに添加し、反応液量を２０μｌにし、ＲＴ反応液を得た。前記ＲＴ反応液を４２℃で６０分間保持した。ついで、この反応液を、７０℃で１０分間保持し、逆転写反応を停止し、室温まで冷却した。得られた反応産物を、Ｃｅｎｔｒｉ−ｓｅｐＴＭ  ｓｐｉｎ  Ｃｏｌｕｍｎ（アプライド・バイオシステムズ社製）を用いてゲルろ過した。このようにして得られたＣｙ３標識ｃＤＮＡ、Ｃｙ５標識ｃＤＮＡを、同一患者毎に対になるようにエタノール沈澱濃縮し、ハイブリダイゼーション緩衝液（６×ＳＳＣ／０．２％  ＳＤＳ／５×デンハート液／０．１ｍｇ／ｍｌ  サケ精子ＤＮＡ）１０μｌに溶解して、蛍光標識ｃＤＮＡを調製した。なお、１×ＳＳＣの組成は、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、０．０１５Ｍ  クエン酸ナトリウム、ｐＨ７．０である。
（３）ハイブリダイゼーション
前記（１）で作製したＤＮＡアレイに、プレハイブリダイゼーション緩衝液（６×ＳＳＣ、０．２％  ＳＤＳ、５×デンハート液、１ｍｇ／ｍｌサケ精子ＤＮＡ）を滴下し、カバーグラスをかけて室温で２時間保持した。その後、カバーグラスを除き、アレイを２×ＳＳＣで洗浄し、ついで、０．２×ＳＳＣで洗浄し、風乾した。
ついで、前記（２）で調製した標識ｃＤＮＡを熱変性した後、全量を（１）で調製したＤＮＡアレイに滴下し、カバーグラスをかけて周囲をフィルムで密閉した。これを６５℃で１６時間保持した。ついで、カバーグラスを除いて、アレイを、０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中、５５℃３０分２回洗浄し、ついで、６５℃で５分１回洗浄し、さらに、０．０５×ＳＳＣ中、室温で５分洗浄し、風乾した。
風乾後のアレイを、マイクロアレイスキャナー〔Ａｆｆｙｍｔｒｉｘ登録商標４１７ＴＭアレイ・スキャナー，アフィメトリックス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）社製〕にかけて各スポットの蛍光シグナルを解析した。測定されたシグナルを発現データ解析ソフトＩｍａｇｅｎｅ（バイオディスカバリー社製）で解析し、個々の胃癌患者について、癌組織と対照正常組織とにおける各遺伝子の発現量を調べた。遺伝子の発現変動を、癌組織の対照正常組織に対する各遺伝子の相対発現比率［癌組織の発現強度シグナル／対照正常組織の発現強度シグナル］により判定した。この際、比較対象となる癌組織ｍＲＮＡと対照正常組織ｍＲＮＡの質の補正のため、ハウスキーピング遺伝子の発現量の平均値で補正し、ノーマライゼーションを行なった。クローン番号５２２とクローン番号５８４遺伝子とのそれぞれについて、各胃癌患者の癌組織の対照正常組織に対する相対発現比率を算出した。その結果を表１５に示す。
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また、表１６は、配列番号：１〜６５に示される遺伝子について、［癌組織での発現強度シグナル／対照正常組織での発現強度シグナル］に２倍以上の差が見られた患者数、すなわち、癌組織において発現が正常組織の２倍以上増強された患者数を示す。また、併せて最も発現変動の大きい検体での相対発現比率を示す。
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さらに、表１７は、配列番号：１〜６５に示される遺伝子について、［癌組織での発現強度シグナル／対照正常組織での発現強度シグナル］に２倍以上の差が見られた患者数、すなわち、癌組織における発現が正常組織の１／２以下に減少した患者数を示す。また、併せて最も発現変動の大きい検体での相対発現比率を示す。
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表１６及び表１７に示すように、配列番号：１〜６５に示される癌関連遺伝子は、ＤＤ法を実施した胃癌検体のみならず、その他の胃癌検体でも発現が変動することがわかる。したがって、癌患者の癌組織と対照正常組織とにおける、配列番号：１〜６５に示される癌関連遺伝子の細胞内発現量の比較により、癌細胞の検出が可能であることがわかる。
実施例２  ＤＮＡアレイの作製
実施例１の遺伝子から、配列番号：１〜６５に示される６５種類の遺伝子を選択し、これらの遺伝子について、ｐｏｌｙＡ配列やＡｌｕ配列等のリピート配列を含まず、目的の遺伝子に特異性の高い領域約３００ｂｐをコンピューターを用いて検索し、実施例１記載の方法でＤＮＡ断片を調製した。ついで前記ＤＮＡ断片をスライドガラスからなる支持体に３３ドット／ｃｍ２になるようにスポットしてＤＮＡアレイを作製した。
実施例３  癌検出用キットの作製
実施例１の遺伝子から、配列番号：１〜１０に示される１０種類の遺伝子を選択し、これらの遺伝子について実施例２同様に目的の遺伝子に特異性の高い３０ｂｐの領域を検索した。この領域の前記遺伝子のｍＲＮＡに対して相補鎖に相当する塩基配列のオリゴデオキシヌクレオチドをそれぞれ合成した。なお、これらのオリゴデオキシヌクレオチドには、その５’末端にビオチン標識を付した。これらの１０種の標識オリゴデオキシヌクレオチドをそれぞれ別個の容器に分注してプローブのセットとし、ノーザンハイブリダイゼーション用のプローブキットを作製した。
配列表フリーテキスト
配列番号：３において、２３４位、４３３位、４５９位、４７０位、５１３位、５４３位、５６８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：４において、４５５位、５３７位、５４３位、５９３位、６２０位、６５９位、６６７位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：７において、６０９位、６６３位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１１において、５５５位、５８０位、６６７位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１５において、２７位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１７において、１２１位、２３８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：３１において、５７３位、５８０位、５９１位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：３２において、５１１位、５２９位、５５１位、５８９位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：３４において、５５３位、５９７位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：４２において、５１２位、５５０位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：６０において、５４７位、５８３位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：６５において、４６５位、５２９位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：８２において、１６５位、４８６位、５０３位、５０４位、５１２位、５８４位、５９９位、６０９位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：９５において、３７５位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：９７において、６６３位、６７０位、６７９位、６８４位、６８８位、６９１位、６９２位、７０６位、７１４位、７３３位、７３４位、７７５位、７７７位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：９９において、６６３位、６７８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１０８において、２位のｎのａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１１１において、８５９位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１３２において、６５１位、６７４位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１６４において、５位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１７６において、４位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１８９において、５０９位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：１９６において、３位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２０７において、６４５位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２０８において、６位、６４８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２１８において、２位、１０位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２２７において、６８７位、７２５位、７３４位、７６９位、７７８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２４９において、４１５位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２５６において、２９８位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
配列番号：２６１において、２８５位のｎは、ａ又はｃ又はｇ又はｔである。
産業上の利用可能性
本発明の癌の検出方法及び癌検出用キットによれば、癌、特に、胃癌を簡便かつ迅速に検出することができるという優れた効果を奏する。また、本発明の癌関連遺伝子、それにコードされる癌関連タンパク質及び該タンパク質に特異的に結合しうる抗体又はその断片によれば、癌、特に、胃癌を検出することができ、かつ、癌、特に胃癌の癌細胞の増殖抑制を行なうことができるという優れた効果を奏する。また、本発明の癌細胞の増殖抑制方法によれば、癌特に胃癌の癌細胞の増殖の抑制が期待される。
【配列表】
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【図面の簡単な説明】
第１図は、癌関連遺伝子をディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）法により検出した場合に得られたＤＮＡ断片の電気泳動パターンを示すオートラジオグラムの図である。
【図１】
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【国際調査報告】
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