(57)【要約】  単一細胞解析において目的粒子が回収されたことを確認するための技術を提供すること。  本技術は、粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程と、前記粒子をウェルから排出する排出工程と、前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程と、取得された前記識別情報に基づいて前記粒子が捕捉されたウェルの位置を確認する確認工程と、を含む粒子確認方法を提供する。また、本技術は、当該方法を行うために用いられる粒子捕捉用チップ及び粒子分析システムも提供する。
2020129462.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程と、
前記粒子をウェルから排出する排出工程と、
前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程と、
取得された前記識別情報に基づいて、前記粒子が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認する確認工程と、
を含む粒子確認方法。
【請求項２】
粒子捕捉領域中のウェルに固定されたリンカーを介して粒子を捕捉する捕捉工程をさらに含む、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項３】
前記捕捉工程が、前記ウェルに捕捉された粒子を標識して前記粒子に識別情報を付与する標識工程を含む、請求項２に記載の粒子確認方法。
【請求項４】
前記標識工程において、前記粒子を蛍光、色、電荷、磁荷、オリゴ核酸、又はペプチドにより標識して前記粒子に識別情報を付与する、請求項３に記載の粒子確認方法。
【請求項５】
前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有し、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される、請求項３に記載の粒子確認方法。
【請求項６】
前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有し、隣り合う行又は列中のウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される、請求項３に記載の粒子確認方法。
【請求項７】
前記関連付け工程が、前記粒子捕捉領域の画像を取得する画像取得工程を更に含み、
前記画像から蛍光、色、又は、粒子の大きさ若しくは形を識別情報として取得し、前記識別情報と前記位置情報とが関連付けられる、
請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項８】
前記排出工程において、識別情報を有する複数の粒子が連続して排出される、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項９】
前記確認工程において、前記複数の粒子の排出の順序が参照される、請求項８に記載の粒子確認方法。
【請求項１０】
前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、一時的に排出が停止される、請求項８に記載の粒子確認方法。
【請求項１１】
前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、目印となる粒子が排出される、請求項８に記載の粒子確認方法。
【請求項１２】
前記排出工程において、連続して排出される２以上の粒子が異なる識別情報を有する、請求項８に記載の粒子確認方法。
【請求項１３】
前記粒子捕捉領域が、複数の場に区分けされており、
前記ウェルが、当該ウェルが配置された場を特定するための標識要素を含む、
請求項３に記載の粒子確認方法。
【請求項１４】
前記排出工程は、前記ウェルに固定されたリンカーに対して光照射して前記リンカーを切断する光照射工程を更に含む、請求項２に記載の粒子確認方法。
【請求項１５】
前記粒子確認方法が、前記排出工程においてウェルから排出された粒子を、流路を通過させる粒子移動工程をさらに含み、
前記識別情報取得工程において、前記流路を通過する粒子又は前記流路を通過した粒子から前記識別情報が取得される、
請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項１６】
前記確認工程において、連続した所定数の粒子群に対し、前記排出工程で排出された粒子の識別情報の順序と、前記識別情報取得工程で取得された粒子の識別情報の順序が異なる時、当該粒子群を廃棄する、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項１７】
粒子分取工程をさらに含む、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項１８】
前記関連付け工程においてウェルに捕捉された粒子が、２以上の異なる識別情報を有している、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項１９】
前記識別情報取得工程において、前記粒子の識別情報を核酸シークエンス処理により取得する核酸シークエンス工程を更に含む、請求項１に記載の粒子確認方法。
【請求項２０】
少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、
前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、
粒子捕捉用チップ。
【請求項２１】
前記標識要素がリンカーを介して各ウェルに固定されており、前記リンカーを介した前記標識要素の固定が解消可能である、請求項２０に記載の粒子捕捉用チップ。
【請求項２２】
前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有する、請求項２０に記載の粒子捕捉用チップ。
【請求項２３】
前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有する、請求項２０に記載の粒子捕捉用チップ。
【請求項２４】
少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップと、
前記少なくとも一つのウェルから排出された粒子を回収する粒子回収部と、
前記排出された粒子が有する識別情報を取得する識別情報取得部と、
を含む粒子分析システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本技術は、粒子確認方法、粒子捕捉用チップ、及び粒子分析システムに関する。より詳細には、粒子分析において行われる粒子の移動の後に、意図された粒子が移動されたこと又は移動前の粒子の位置を確認するための粒子確認方法、当該粒子確認方法を行うために用いられる粒子捕捉用チップ、及び、当該粒子確認方法を行う粒子分析システムに関する。
【背景技術】
【０００２】
単一細胞解析技術に注目が集まっている。単一細胞解析技術では、平面上に配列した多数のマイクロウェルの夫々に細胞を一つずつ捕獲すること、並びに、夫々の細胞の形態を個々に観察して各細胞の特徴を分析すること及び／又は夫々の細胞の試薬との反応を例えば蛍光などを指標として分析することが行なわれうる。【０００３】
これまでに、単一細胞解析を行うための技術がいくつか提案されている。例えば、下記特許文献１には、単一細胞解析装置が開示されており、当該装置は基板と、前記基板の一面に設けられた複数の細胞捕捉孔と、前記細胞捕捉孔それぞれについて捕捉された単一細胞から抽出される核酸を捕捉する核酸捕捉体が備えられ、前記細胞捕捉孔の近傍に配置される核酸捕捉領域と、前記基板の一面に設けられた第二の孔とを備え、前記第二の孔は前記細胞捕捉孔よりも大きいことを特徴とする（請求項１）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開２０１８−１４３１３５号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
単一細胞解析を行うために、多数のウェルが１つの面上に配列されたプレートが用いられることがある。当該プレートを用いて単一細胞解析を行う場合、当該多数のウェルの夫々に細胞を一つずつ捕捉し、次に、各ウェル内の細胞の特徴を分析することが行われうる。当該分析によって所望の特徴を有することが認められた細胞を分取するために、当該細胞が捕捉されているウェルから当該細胞を排出し、そして、当該細胞を前記プレートから他の領域（例えばウェルプレート又は容器など）へと移動することが行われうる。【０００６】
前記所望の細胞が分取されたことを確認するためには、例えば、当該細胞の分取操作（すなわち前記排出及び前記移動）の間にカメラによって当該細胞を追跡することが考えられる。ここで、前記プレートから前記他の領域までの距離は当該細胞を観察しているカメラの一視野内に収まらないことが多い。そのため、当該細胞が分取されたことを確認するためには、当該カメラの視野を移動させながら分取操作を行う必要がある。しかしながら、当該カメラの視野の移動を伴う分取操作は時間及び労力を要する。特に複数の細胞を連続して分取する必要がある場合には、当該カメラの視野の移動を伴う分取操作は適さない。また、当該細胞の追跡が行われない場合は、所望の細胞が分取されたかどうかを確認できない。【０００７】
本技術は、粒子分析において行われる粒子の移動の後に、意図された粒子が移動されたこと又は移動前の粒子の位置を確認するための技法を提供することを主目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者らは、特定の粒子確認方法、特定の粒子捕捉用チップ、及び特定の粒子分析システムによって上記課題を解決できることを見出した。【０００９】
すなわち、本技術は、粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程と、前記粒子をウェルから排出する排出工程と、前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程と、取得された前記識別情報に基づいて、前記粒子が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認する確認工程と、を含む粒子確認方法を提供する。
本技術に従う粒子確認方法は、粒子捕捉領域中のウェルに固定されたリンカーを介して粒子を捕捉する捕捉工程をさらに含みうる。
前記捕捉工程は、前記ウェルに捕捉された粒子を標識して前記粒子に識別情報を付与する標識工程を含んでもよい。
前記標識工程において、前記粒子を蛍光、色、電荷、磁荷、オリゴ核酸、又はペプチドにより標識して前記粒子に識別情報が付与されてもよい。
本技術の一つの実施態様に従い、前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有し、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識されてもよい。
本技術の他の実施態様に従い、前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有し、隣り合う行又は列中のウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識されてもよい。
前記関連付け工程は、前記粒子捕捉領域の画像を取得する画像取得工程を更に含んでよく、前記画像から蛍光、色、又は、粒子の大きさ若しくは形を識別情報として取得し、前記識別情報と前記位置情報とが関連付けられてもよい。
前記排出工程において、識別情報を有する複数の粒子が連続して排出されてよい。
前記確認工程において、前記複数の粒子の排出の順序が参照されてもよい。
前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、一時的に排出が停止されてもよい。
前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、目印となる粒子が排出されてもよい。
前記排出工程において、連続して排出される２以上の粒子が異なる識別情報を有しうる。
本技術の他の実施態様に従い、前記粒子捕捉領域が、複数の場に区分けされており、前記ウェルが、当該ウェルが配置された場を特定するための標識要素を含んでよい。
本技術の一つの実施態様に従い、前記排出工程は、前記ウェルに固定されたリンカーに対して光照射して前記リンカーを切断する光照射工程を更に含みうる。
本技術の一つの実施態様に従い、前記粒子確認方法が、前記排出工程においてウェルから排出された粒子を、流路を通過させる粒子移動工程をさらに含み、前記識別情報取得工程において、前記流路を通過する粒子又は前記流路を通過した粒子から前記識別情報が取得されうる。
本技術の一つの実施態様に従い、前記確認工程において、連続した所定数の粒子群に対し、前記排出工程で排出された粒子の識別情報の順序と、前記識別情報取得工程で取得された粒子の識別情報の順序が異なる時、当該粒子群を廃棄しうる。
本技術の一つの好ましい実施態様に従い、本技術の粒子確認方法は、粒子分取工程をさらに含みうる。
本技術の他の好ましい実施態様に従い、前記関連付け工程においてウェルに捕捉された粒子が、２以上の異なる識別情報を有していてよい。
本技術の他の好ましい実施態様に従い、本技術の粒子確認方法は、前記識別情報取得工程において、前記粒子の識別情報を核酸シークエンス処理により取得する核酸シークエンス工程を更に含みうる。【００１０】
また、本技術は、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップも提供する。
本技術の一つの実施態様に従い、前記標識要素がリンカーを介して各ウェルに固定されており、前記リンカーを介した前記標識要素の固定が解消可能であってよい。
本技術の一つの実施態様に従い、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有しうる。
本技術の他の実施態様に従い、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有しうる。【００１１】
また、本技術は、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップと、前記少なくとも一つのウェルから排出された粒子を回収する粒子回収部と、前記排出された粒子が有する識別情報を取得する識別情報取得部と、を含む粒子分析システムも提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】本技術に従う粒子確認方法のフロー図の一例である。
【図２Ａ】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉用チャンバの一例を示す模式図である。
【図２Ｂ】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉用チャンバの一例を示す模式図である。
【図３】本技術に従う粒子確認方法を含む粒子分取処理を説明するための模式図である。
【図４】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉領域の一例の模式図である。
【図５】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉領域の一例の模式図である。
【図６】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉領域の一例の模式図である。
【図７】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉領域の一例の模式図である。
【図８】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉領域の一例の模式図である。
【図９】２以上の異なる識別情報を有する粒子の例を示す模式図である。
【図１０】本技術において標識要素として用いられる量子ドットを説明するための図である。
【図１１】本技術の粒子確認処理を説明するための模式図である。
【図１２】ウェル中に粒子が捕捉されている状態を示す図である。
【図１３】標識要素と粒子との結合様式を説明するための図である。
【図１４】標識要素と粒子との結合様式を説明するための図である。
【図１５】本技術に従う粒子確認方法において用いられる粒子捕捉用チャンバの一例を示す模式図である。
【図１６】本技術に従う粒子分析システムの構成例を示す図である。
【図１７】本技術に従う方法における粒子の捕捉及び排出の例を示す図である。
【図１８】ウェル内に捕捉されている粒子の一例の模式図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
以下、本技術を実施するための好適な形態について説明する。なお、以下に説明する実施形態は、本技術の代表的な実施形態を示したものであり、本技術の範囲は、これら実施形態のみに限定して解釈されるものでない。なお、本技術の説明は以下の順序で行う。
１．第１の実施形態（粒子確認方法）
（１）第１の実施形態の説明
（２）第１の実施形態の第１の例（本技術の粒子確認方法を行うことを含む粒子分取処理）
（２−１）捕捉工程
（２−２）関連付け工程
（２−３）排出工程
（２−４）粒子移動工程
（２−５）識別情報取得工程
（２−６）確認工程
（２−７）隣接ウェルが異なる識別情報を有する場合の粒子確認方法の例
（２−８）複数の粒子の分取
（３）第１の実施形態の第２の例（合成粒子を用いた粒子確認方法）
（３−１Ａ）捕捉工程
（３−２Ａ）関連付け工程
（３−３Ａ）排出工程
（３−４Ａ）粒子移動工程
（３−５Ａ）識別情報取得工程
（３−６Ａ）確認工程
（４）粒子の例
２．第２の実施形態（粒子捕捉用チップ）
（１）第２の実施形態の説明
（２）標識要素のウェルへの固定の例
（３）標識要素と粒子との結合様式の例
（４）標識要素の配置の例
（５）粒子捕捉用チップの第一の例
（６）粒子捕捉用チップの第二の例
３．第３の実施形態（粒子分析システム）
（１）第３の実施形態の説明
（２）第３の実施形態の例（粒子分析システム）
【００１４】
１．第１の実施形態（粒子確認方法）
【００１５】
（１）第１の実施形態の説明
【００１６】
本技術の粒子確認方法は、粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程と、前記粒子をウェルから排出する排出工程と、前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程と、取得された前記識別情報に基づいて、前記粒子が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認する確認工程とを含む。すなわち、本技術の粒子確認方法において、前記排出工程の前に前記関連付け工程が行われ、且つ、前記排出工程後に前記識別情報取得工程及び前記確認工程が行われる。
本技術の粒子確認方法により、ウェルに捕捉された粒子がウェル外へと移動された後に、意図された粒子が移動されたことを確認することができる。例えば、本技術の粒子確認方法によって、例えば目的粒子が分取されたかを確認することができる。そのため、本技術の粒子確認方法により、目的粒子が分取されたかを確認するために、カメラによる目的粒子の追跡は行われなくてよい。また、本技術の粒子確認方法により、ウェルに捕捉された粒子がウェル外へと移動された後に、移動前の粒子の位置を確認することもできる。これにより、粒子が分取されていたウェルを特定することができ、分取前の粒子と分取後の粒子とを関連付けることができる。
また、本技術の粒子確認方法によって、１つの目的粒子が分取されたかを確認するための時間及び／又は労力を低減することができる。当該時間及び／又は労力の低減は、複数の目的粒子を分取する局面において特に顕著である。そのため、本技術の粒子確認方法は、複数の目的粒子を連続して分取する局面に特に適している。
また、本技術の粒子確認方法により、ウェルに捕捉された粒子がウェル外へと移動された後に、移動前の粒子の位置を確認することもできる。当該確認は、例えば細胞成分と当該細胞成分を有する細胞の特徴との関連付けにも役立つ。例えば、ウェル内に粒子及び細胞と共存させ、そして、当該細胞を溶解して細胞由来核酸を当該粒子に結合させる。当該核酸を結合した粒子をウェルから排出して回収した後に、前記確認を行うことで、当該細胞由来核酸と当該細胞の特徴とを関連付けることができる。
【００１７】
既存の粒子分取装置の例としてフローサイトメータを挙げることができる。フローサイトメータにおいて、細胞が懸濁されている液体にレーザ光が照射される。当該照射により生じたシグナル（例えば蛍光及び／又は散乱光）が検出され、当該シグナルに基づき細胞の分取操作が行われる。当該検出は、極めて限られた時間内に行われ、分取されるべき細胞の選択のために利用される情報は或る程度限定される。
本技術の粒子確認方法は、粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程を含み、当該関連付け工程の後に、前記粒子が前記ウェルから排出される。すなわち、当該関連付け工程は、当該ウェルに捕捉された粒子に対して行われ、その後、当該粒子が排出される。そのため、分取する粒子の選択のためにより多くの時間をかけることができ、さらには、より多様な情報に基づく粒子の選択及び分取が可能となる。
【００１８】
本技術の粒子確認方法は、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を用いて粒子分取操作が行われる種々の粒子分取装置において行われてよい。当該種々の粒子分取装置の一例として、例えばウェル内に細胞を捕捉する工程が行われる単一細胞解析装置を挙げることができる。単一細胞解析装置による解析の結果所望の特性を有することが確認された細胞を分取することが求められることがある。本技術の粒子確認方法は、目的粒子が分取されたかどうかを確認することを可能にするので、このようなニーズに応えることができる。
【００１９】
本技術の粒子確認方法は、例えば粒子分取処理を実行する際に行われてよい。すなわち、本技術は、当該粒子確認方法において行われる工程（例えば関連付け工程、排出工程、識別情報取得工程、及び確認工程など）を含む粒子分取方法も提供する。当該粒子分取方法の一例について、以下（２）において説明する。
【００２０】
また、本技術の粒子確認方法は、例えば細胞成分の分析（特には核酸のシークエンシング処理）において行われてよく、より特には細胞成分の分析のための試料調製において行われてよい。すなわち、本技術は、当該粒子確認方法において行われる工程（例えば関連付け工程、排出工程、識別情報取得工程、及び確認工程など）を含む細胞成分分析方法も提供する。また、本技術は、当該工程を含む細胞成分分析のための試料調製方法も提供する。これらの方法の一例について、以下（３）において説明する。
【００２１】
（２）第１の実施形態の第１の例（本技術の粒子確認方法を行うことを含む粒子分取処理）
【００２２】
本技術の粒子確認方法の例を、以下で図１、図２Ａ及びＢ、並びに図３を参照しながら説明する。図１は、本技術の粒子確認方法が行われる粒子分取処理のフローの一例である。図２Ａ及びＢは、当該粒子分取処理を行うために用いられる粒子捕捉用チャンバの一例である。図３は、当該粒子分取処理を説明するための模式図である。
【００２３】
図１のステップＳ１０１において、本技術の粒子確認方法が行われる粒子分取処理が開始される。当該粒子分取処理の開始に先立ち、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域、及び、分取されるべき粒子を含む又は含む可能性がある流体が用意されうる。
当該粒子捕捉領域は、例えば例えば以下「２．第２の実施形態（粒子捕捉用チップ）」において説明される粒子捕捉用チップに設けられている粒子捕捉領域であってよい。当該粒子捕捉用チップに関する説明、及び、当該チップが有する構成要素（例えば粒子捕捉領域及びウェル）に関する説明が、本実施形態においても当てはまる。
【００２４】
当該粒子捕捉用チップは、粒子捕捉用チャンバ内に備えられていてよい。粒子捕捉用チップを備えている粒子捕捉用チャンバとして、例えば図２Ａ及びＢに示される粒子捕捉用チャンバが用意されうる。図２Ａは、当該粒子捕捉用チャンバの内部を模式的に示す図である。図２Ｂは、当該粒子捕捉用チャンバの模式的な斜視図である。
【００２５】
図２Ａに示されるとおり、粒子捕捉用チャンバ１００は、その内部の空間を２つの空間に区切る粒子捕捉用チップ１０１を備えている。粒子捕捉用チップ１０１は、粒子捕捉面１０２とその反対側を向いている面１０３とを有する。粒子捕捉用チップ１０１は、これら２つの面を有する板状又はシート状の構造物として構成されてよい。図２Ａ及びＢに示されるとおり、粒子捕捉面１０２には粒子捕捉領域１０４が設けられており、粒子捕捉領域１０４は複数のウェル１０５を含む。ウェル１０５は、粒子を内部に収容できるような寸法を有する。図２Ａに示されるとおり、ウェル１０５夫々の底部に、孔１０６が設けられている。孔１０６は、ウェルの底部から、反対側の面１０３へと貫通している。孔１０６は、粒子が通過しないような寸法を有する。
【００２６】
粒子捕捉用チップ１０１（特にはウェル１０５が形成される領域）は、例えばマイクロ流路に関する技術分野において一般的に用いられる材料から形成されてよい。当該材料として、例えば、ガラス、例えば硼珪酸ガラス及び石英ガラスなど；プラスチック樹脂、例えばアクリル系樹脂、シクロオレフィンポリマー、及びポリスチレンなど；ゴム素材；並びにシリコーン樹脂、例えばＰＤＭＳなど、を挙げることができる。
【００２７】
粒子捕捉用チップ１０１（特にはウェルが形成される部分）を製造するために、例えば光造形プリンタ又は高精細３Ｄプリンタを用いた３Ｄ光造形方法、ＰＤＭＳ樹脂の成形による造形方法、ガラスをレーザにより直接加工する方法、又は半導体プロセスによりＳｉＯ２メンブレンを加工する方法が用いられてよい。これらの方法を実施するための装置は当業者により適宜選択されてよい。例えば３Ｄ光造形法のために用いられる装置として、例えばＡＣＣＵＬＡＳ（商標）シリーズの光造形プリンタを挙げることができる。３Ｄ光造形に用いられる樹脂は、当業者により適宜選択されてよい。当該樹脂は、例えばアクリル系オリゴマー、アクリル系モノマー、エポキシ系オリゴマー、及びエポキシ系モノマーから選ばれる１又は２以上を含む光硬化性樹脂組成物であり、例えば紫外線硬化性樹脂組成物でありうる。光造形プリンタを用いて当該樹脂組成物を硬化させて、粒子捕捉用チップ１０１が形成されうる。これらの手法により、所望の形状を有するウェル１０５及び孔１０６を有する粒子捕捉用チップ１０１を製造することができる。
【００２８】
ウェル１０５のそれぞれは、一つの粒子を捕捉可能であるような形状を有しうる。例えば、ウェルの入り口は例えば円形、楕円形、多角形、例えば三角形、四角形（例えば矩形、正方形、平行四辺形、及びひし形など）、五角形、及び六角形などでありうる。本技術において、ウェルの入り口とは、ウェルが設けられている粒子捕捉面におけるウェルの開口部をいう。ウェルの入り口の形状は、例えば、捕捉されるべき粒子がウェル内に入ることは可能であるが、捕捉されるべきでない粒子がウェル内に入ることが可能でないように設計されうる。
【００２９】
ウェル１０５は、粒子捕捉面１０２に規則的に配置されうる。規則的なウェルの配置によって、目的の粒子が捕捉されているウェルの位置を特定することがより容易になり、すなわち以下で述べる位置情報の取得をより容易に行うことができる。その結果、例えばウェルによって捕捉された粒子の取り出し及び／又は観察をより容易に行なうことが可能となる。例えば、前記ウェルは所定の間隔で一列に又は複数列に粒子捕捉面に配置され、又は、前記ウェルは所定の間隔で格子状に粒子捕捉面に配置されうる。前記間隔は、例えば施与される粒子の数及び捕捉されるべき粒子の数などによって、当業者により適宜選択されうる。前記間隔は、例えば２０μｍ〜３００μｍ、好ましくは３０μｍ〜２５０μｍ、より好ましくは４０μｍ〜２００μｍ、さらにより好ましくは５０μｍ〜１５０μｍでありうる。例えばウェルが格子状に配置される場合、粒子捕捉面上のＸ方向及びＹ方向に上記例示された間隔でウェルが配置されうる。
【００３０】
粒子捕捉用チャンバ１００の他の部分の材料（特にはチャンバ１００内部の空間を規定する壁面を形成する材料及びチャンバ１００内部の空間に接続された流路の壁面を形成する材料）は、当業者により適宜選択されてよい。例えば、当該材料は、粒子が細胞である場合、細胞への毒性がない材料であることが好ましい。また、捕捉された粒子の蛍光観察を行う場合は、許容範囲以上の自家蛍光を発しない材料を用いることが好ましい。また、ウェル内の粒子に捕捉された粒子の観察を可能とする材料を用いることが好ましい。粒子の観察のために、例えばチャンバの少なくとも一部、特には粒子捕捉用チャンバ１００の上面（すなわち粒子捕捉空間１０９の天井部分）が透明な材料で形成されうる。
【００３１】
粒子捕捉用チャンバ１００の前記他の部分の材料として、例えばマイクロ流路の技術分野において一般的に用いられる材料を用いることができる。当該材料として、例えばガラス、例えば硼珪酸ガラス又は石英ガラスなど；プラスチック樹脂、例えばアクリル系樹脂、シクロオレフィンポリマー、及びポリスチレンなど；又はゴム素材、例えばＰＤＭＳなどを挙げることができる。本技術の粒子捕捉用チャンバが、複数の部材から構成される場合、当該複数の部材は同じ材料から形成されてもよく、又は、異なる材料から形成されてもよい。例えば、予めチャンバ内空間及び流路空間を形成するように穴が開けられた複数の板状材料を積層することによって、本技術の粒子捕捉用チャンバが形成されうる。
【００３２】
粒子捕捉用チャンバ１００の内部は、粒子捕捉用チップ１０１によって二つの空間に区切られている。ウェル１０５が開口している側の空間を粒子捕捉空間１０９といい、他方の空間を反対側の空間１１０という。
粒子捕捉用チャンバ１００は、粒子１０８に対して重力が矢印１０７の方向に作用するように配置される。
【００３３】
図２Ａに示されるとおり、粒子捕捉用チャンバ１００には、第一の流体供給流路部１１１、第二の流体供給流路部１１２、第一の流体排出流路部１１３、及び第二の流体排出流路部１１４が備えられている。第一の流体供給流路部１１１及び第一の流体排出流路部１１３が、粒子捕捉空間１０９に接続されている。第二の流体供給流路部１１２及び第二の流体排出流路部１１４が、反対側の空間１１０に接続されている。
【００３４】
第一の流体供給流路部１１１、第二の流体供給流路部１１２、第一の流体排出流路部１１３、及び第二の流体排出流路部１１４にはそれぞれ、バルブ１２１、１２２、１２３、及び１２４が備えられている。
これら４つの流路部にはそれぞれポンプ（図示せず）が接続されている。当該ポンプを駆動させることによって、これら４つの流路部を介して粒子捕捉用チャンバ１００内に流体を供給することができ、又は、これら４つの流路部を介して粒子捕捉用チャンバ１００内から流体を吸引することができる。これら４つのバルブ及び４つのポンプは、互いに独立に制御されうる。
【００３５】
なお、図２Ａは、粒子がウェル１０５内に捕捉されている状態の一例の模式図であり、粒子捕捉処理の前には粒子はウェル１０５内に存在しなくてよい。
【００３６】
粒子捕捉領域１０４の拡大図を図３（ａ）に示す。図３（ａ）に示されるとおり、粒子捕捉領域１０４の面上には、複数のウェル１０５が設けられている。複数のウェル１０５は、好ましくは所定の間隔を空けて配置されている。複数のウェル１０５が所定の間隔を空けて配置されていることによって、以下で述べる関連付け工程において粒子が捕捉されたウェルの位置情報を取得しやすくなる。なお、図３において、ウェル１０５内の孔１０６は省略されている。
【００３７】
複数のウェル１０５は、例えば図３（ａ）に示されるとおり格子状に配列されていてよい。ウェル１０５が格子状に配列されていることによって、ウェルの位置情報を取得しやすくなる。
【００３８】
複数のウェル１０５それぞれのサイズは、分取されるべき粒子のサイズに応じて当業者により適宜選択されてよい。ウェル１０５は、分取されるべき粒子を例えば少なくとも一つ収容可能な寸法を有してよく、分取されるべき粒子を好ましくは１つ〜５つ、より好ましくは１つ〜３つ、さらにより好ましくは１つ〜２つ、特に好ましくは１つの分取されるべき粒子を収容可能な寸法を有しうる。
【００３９】
分取されるべき粒子（本明細書内において「目的粒子」ともいう）を含む又は含む可能性がある前記流体は、例えば複数種の細胞を含む液体でありうる。前記流体は、目的粒子以外の粒子を含んでいてもよい。
【００４０】
（２−１）捕捉工程
【００４１】
ステップＳ１０２において、粒子捕捉領域中のウェルに粒子が捕捉される捕捉工程が行われる。当該捕捉工程において、１つの粒子が捕捉されたウェルが少なくとも一つ前記粒子捕捉領域中に存在するように、粒子捕捉処理が行われうる。
捕捉工程の結果、２以上の粒子が捕捉されているウェルが存在していてもよい。２以上の粒子が捕捉されているウェルは、以下の関連付け工程において、分取対象から除外されうる。
【００４２】
粒子捕捉処理は、粒子が下降してウェル内に入るように行われてよく、又は、粒子が上昇してウェル内に入るように行われてもよい。当該粒子の下降は、例えば重力による粒子の沈降であってよい。当該粒子の上昇は、例えば吸引により生じた流れによる粒子の移動であってよい。
【００４３】
本技術の一つの実施態様に従い、前記捕捉工程において、前記粒子捕捉領域中のウェルに固定されたリンカーを介して粒子がウェル内に捕捉されてよい。当該リンカーを利用することによって、より確実に粒子をウェル内に捕捉することができる。当該リンカーとして、以下「２．第２の実施形態（粒子捕捉用チップ）」において説明されたとおりのリンカーが用いられてよく、当該説明が本実施形態にも当てはまる。
【００４４】
ステップＳ１０２において、例えば図２Ａ及びＢに示される第一の流体供給流路部１１１から細胞含有液が粒子捕捉空間１０９内に導入される。これにより、細胞１０８が粒子捕捉空間１０９内を沈降してウェル１０５のそれぞれに入り、例えば図３（ｂ）に示されるとおり、細胞１０８がウェル１０５に捕捉される。
例えば、ウェルに捕捉された細胞のそれぞれが異なる蛍光標識を有してよい。当該異なる蛍光標識を有することが、図３（ｂ）においては、各細胞が異なる模様を有することによって表されている。
前記導入と同時に、例えば、第二の流体排出流路部１１４を介した吸引が行われてよい。第二の流体排出流路部１１４を介した吸引に加えて、第二の流体供給流路部１１２を介した吸引が行われてもよい。このような吸引により、より効率的に粒子１０８をウェル１０５に捕捉することができる。また、当該吸引によって、補足された粒子１０８がウェル１０５から出ることが抑制される。
【００４５】
ステップＳ１０２の捕捉工程は、前記ウェルに捕捉された粒子を標識して前記粒子に識別情報を付与する標識工程を含んでもよい。当該標識工程において、例えば粒子がウェル内に捕捉されることにより、当該ウェル内に存在する標識要素によって当該粒子が標識されうる。本技術において、標識要素は、粒子を標識するための物質であってよい。例えば、前記標識工程において、前記粒子を蛍光、色、電荷、磁荷、又はラジカルにより標識して前記粒子に識別情報が付与されうる。
標識要素によって粒子を標識することで、以下で述べる捕捉工程後の工程（例えば関連付け工程、識別情報取得工程、及び確認工程など）において利用される識別情報を粒子に付加することができる。識別情報の付加によって、以下で述べる捕捉工程後の工程をより簡便に実行することができる。
【００４６】
本技術の一つの実施態様に従い、前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有し、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識されてよい。隣り合うウェルが異なる標識要素を有することによって、例えば後述の識別情報取得工程において識別情報を取得した粒子が、関連付け工程において関連付けられた位置情報を有するウェルに捕捉されていたものであるかを確認することが容易になる。
【００４７】
隣り合うウェルが異なる標識要素を有する粒子捕捉領域について、以下で図４及び５を参照して説明する。
【００４８】
図４は、当該粒子捕捉領域の一例を模式的に示す図である。図４に示されている粒子捕捉領域において、９色の蛍光色素が標識要素として用いられている。
【００４９】
図４中の粒子捕捉領域４０に複数のウェル４１が格子状に配置されている。粒子捕捉領域４０のうち、列１のウェルは、互いに異なる波長を有する３種類の青色蛍光色素Ｂ１、Ｂ２、及びＢ３のいずれかを標識要素として有する。列１のウェルのそれぞれは、青色蛍光色素Ｂ１、Ｂ２、及びＢ３がこの順に並ぶように、Ｂ１、Ｂ２、及びＢ３のいずれかを標識要素として有する。列２のウェルは、互いに異なる波長を有する３種類の緑色蛍光色素Ｇ１、Ｇ２、及びＧ３のいずれかを標識要素として有する。列２のウェルのそれぞれは、緑色蛍光色素Ｇ１、Ｇ２、及びＧ３がこの順に並ぶように、Ｇ１、Ｇ２、及びＧ３のいずれかを標識要素として有する。列３のウェルは、互いに異なる波長を有する３種類の赤色蛍光色素Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のいずれかを標識要素として有する。列３のウェルのそれぞれは、赤色蛍光色素Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３がこの順に並ぶように、Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のいずれかを標識要素として有する。列４以降の列についても、同様に、３種の青色蛍光色素のいずれかを有するウェルから形成される列、３種の緑色蛍光色素のいずれかを有するウェルから形成される列、及び３種の赤色蛍光色素のいずれかを有するウェルから形成される列が、この順に並んでいる。
このように各ウェル内に蛍光色素を配置することで、隣り合うウェルが異なる標識要素を有する粒子捕捉領域が形成される。これにより、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される。
【００５０】
図５は、当該粒子捕捉領域の一例を模式的に示す図である。図５に示されている粒子捕捉領域において、３色の蛍光色素のうちのいずれか２つの組み合わせが標識要素として用いられている。
【００５１】
図５中の粒子捕捉領域５０に複数のウェルが格子状に配置されている。粒子捕捉領域５０のうち、列１のウェルは、青色蛍光色素Ｂと青色蛍光色素Ｂとの組合せ、青色蛍光色素Ｂと緑色蛍光色素Ｇとの組合せ、及び青色蛍光色素Ｂと赤色蛍光色素Ｒとの組合せのいずれかを有する。列１のウェルのそれぞれは、これらの組み合わせがこの順に並ぶように、これらの組み合わせのいずれかを標識要素として有する。列２のウェルは、ＧとＢとの組合せ、ＧとＧとの組合せ、及びＧとＲとの組合せのいずれかを有する。列１のウェルのそれぞれは、これらの組み合わせがこの順に並ぶように、これらの組み合わせのいずれかを標識要素として有する。列３のウェルは、ＲとＢとの組合せ、ＲとＧとの組合せ、及びＲとＲとの組合せのいずれかを有する。列１のウェルのそれぞれは、これらの組み合わせがこの順に並ぶように、これらの組み合わせのいずれかを標識要素として有する。
このように各ウェル内に２種の蛍光色素を配置することで、隣り合うウェルが異なる標識要素を有する粒子捕捉領域が形成される。これにより、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される。
【００５２】
本技術の一つの実施態様に従い、前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配されてよい。さらに、当該複数の行又は列を構成する隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有し、隣り合う行又は列中のウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識されてよい。隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有することによって、例えば後述の識別情報取得工程において識別情報を取得した粒子が、関連付け工程において関連付けられた位置情報を有するウェルに捕捉されていたものであるかを確認することが容易になる。
【００５３】
隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有する粒子捕捉領域について、以下で図６及び７を参照して説明する。
【００５４】
図６は、粒子捕捉領域の一例を模式的に示す図である。図６に示されている粒子捕捉領域において、３色の蛍光色素のいずれか１つが標識要素として用いられている。
【００５５】
図６中の粒子捕捉領域６０に複数のウェル６１が格子状に配置されている。粒子捕捉領域６０のうち、赤色蛍光色素Ｒを有するウェルが並んでいる列、緑色蛍光色素Ｇを有するウェルが並んでいる列、及び青色蛍光色素Ｂを有するウェルが並んでいる列が、この順に並んでいる。このように３種の蛍光色素のいずれかを各列のウェルに配置することで、隣り合う列が互いに異なる標識要素を有する粒子捕捉領域が形成される。これにより、隣り合う列に捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される。
【００５６】
図７は、粒子捕捉領域の一例を模式的に示す図である。図７に示されている粒子捕捉領域において、３色の蛍光色素のいずれか１つが標識要素として用いられている。
【００５７】
図７中の粒子捕捉領域７０に複数のウェル７１が三角形を形成するように配置されている。粒子捕捉領域７０のうち、赤色蛍光色素Ｒを有するウェルが並んでいる行、緑色蛍光色素Ｇを有するウェルが並んでいる行、及び青色蛍光色素Ｂを有するウェルが並んでいる行が、この順に並んでいる。このように３種の蛍光色素のいずれかを各行のウェルに配置することで、隣り合う行が互いに異なる標識要素を有する粒子捕捉領域が形成される。これにより、隣り合う行に捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される。
【００５８】
本技術の他の実施態様に従い、前記標識工程において、前記粒子捕捉領域が複数の場に区分けされており、前記ウェルが、当該ウェルが配置された場を特定するための標識要素を含みうる。
【００５９】
複数の場に区分けされた粒子捕捉領域について、以下で図８を参照して説明する。
【００６０】
図８は、粒子捕捉領域の一例を模式的に示す図である。図８に示されている粒子捕捉領域は、４つの領域に分けられている。
【００６１】
図８の粒子捕捉領域８０は、４つの場Ａ〜Ｄに分けられている。場Ａ及びＤに属するウェルには、いずれも赤色蛍光色素Ｒが配置されている。場Ｂに属するウェルには、いずれも緑色蛍光色素Ｇが配置されている。場Ｃに属するウェルには、いずれも青色蛍光色素Ｂが配置されている。これにより、場Ａのいずれかのウェルに捕捉された粒子は赤色蛍光色素Ｒにより標識される。そして、当該粒子を当該ウェルから排出して他の容器に移動させた後に、当該容器内の粒子の蛍光が赤色蛍光色素Ｒによるものであれば、当該粒子が場Ａのウェルに捕捉されていたことが確認される。
【００６２】
（２−２）関連付け工程
【００６３】
ステップＳ１０３において、粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程が行われる。すなわち、当該関連付け工程において、識別情報を有する粒子と当該粒子が捕捉されているウェルの位置とが紐付けられる。関連付けられた前記識別情報及び前記位置情報が、以下で述べる確認工程において用いられる。
【００６４】
前記関連付け工程は、機械的に行われてよく、又は、前記粒子捕捉領域を利用して粒子分取操作を行うユーザにより行われてもよい。
機械的に前記関連付け工程が行われる場合、前記関連付け工程は、例えば関連付けを行うシステムにより行われてよい。当該システムは、例えば以下で説明する粒子分析システムでありうる。当該粒子分析システムは、例えば粒子捕捉用チャンバ、顕微鏡、撮像装置、及び粒子確認部を含みうる。当該粒子分析システムについては、以下「３．第３の実施形態（粒子分析システム）」において説明する。
ユーザにより前記関連付け工程が行われる場合、ユーザが、例えば顕微鏡観察下の一視野内において或る識別情報を有する粒子を選択し、そして、当該粒子の識別情報と当該粒子が捕捉されているウェルの位置情報とを関連付けうる。当該関連付けにおいて、当該識別情報及び当該位置情報が、ユーザにより記録又は記憶されうる。
【００６５】
本技術において「識別情報」とは、或る粒子を他の粒子から識別するために用いられる情報であってよく、又は、粒子を同定するために用いられる情報であってもよい。当該識別又は当該同定は、例えば粒子の種類又は特徴に基づき行われうる。識別情報は、より具体的には、ウェル内に捕捉された粒子の蛍光、色、電荷、磁荷、若しくはラジカルに基づく情報、又は、ウェル内に捕捉された粒子の形態若しくはサイズに関する情報であってよい。識別情報として、これらの情報の２以上の組み合わせが用いられてもよい。
【００６６】
本技術において「位置情報」とは、粒子が捕捉されているウェルの位置に関する情報でありうる。位置情報は、例えば顕微鏡観察下での１視野内における粒子が捕捉されているウェルの位置に関する情報であってよく、又は、顕微鏡観察下での１視野内における粒子の位置に関する情報であってもよい。位置情報は、例えば粒子捕捉領域内における粒子が捕捉されているウェルの位置に関する情報であってよく、又は、粒子捕捉領域内における粒子の位置に関する情報であってもよい。
位置情報は、座標系の位置情報であってよく、又は、非座標系の位置情報であってもよい。
座標系の位置情報は、例えば一次元又は二次元の座標系により表される位置情報であってよく、より特には直交座標系により表される位置情報であってよい。座標軸及び原点は当業者により又は粒子分析システムにより適宜設定されてよい。
非座標系の位置情報は、例えば顕微鏡観察下での１視野内における粒子が捕捉されているウェルの位置を特定するために利用可能な情報であればよい。例えば当該１視野内にウェルが複数の列及び行を形成している場合において、当該１視野内の左から又は右から何番目の列に当該ウェルがあり又は当該１視野内の上から又は下から何番目の行に当該ウェルがあるかが、非座標系の位置情報として用いられてよい。非座標系の位置情報は、相対的な位置情報であってもよい。相対的な位置情報は、例えば或る粒子が捕捉されているウェルの周囲のウェルに捕捉されている粒子の識別情報に基づく位置情報でありうる。例えば、或る識別情報を有する粒子を捕捉しているウェルが、当該或る識別情報と異なる識別情報を有する粒子又は当該或る識別情報を有さない粒子を捕捉しているウェルによって囲まれていることが、当該或る識別情報を有する粒子を捕捉しているウェルの位置情報として用いられてよい。代替的には、或る識別情報を有する粒子を捕捉しているウェルが、当該或る識別情報と異なる識別情報を有する粒子又は当該或る識別情報を有さない粒子を捕捉しているウェルの近くにあることが、当該或る識別情報を有する粒子を捕捉しているウェルの位置情報として用いられてよい。
【００６７】
前記関連付け工程において、例えば図３（ｃ）に示されるとおり、細胞１０８が捕捉されているウェル１０５の位置情報と、細胞１０８の識別情報とが関連付けられる。
ウェル１０５の位置情報が二次元直交座標系により表される場合、例えば（Ｘ、Ｙ）＝（６、４）の位置情報が取得されうる。さらに、細胞１０８の識別情報が取得され、例えば細胞１０８は緑の蛍光を有するという識別情報が取得されうる。当該位置情報及び識別情報が関連付けられ、（Ｘ、Ｙ）＝（６、４）の位置情報を有するウェル内に捕捉された粒子が緑の蛍光を有することが機械的に（例えば粒子分析システムの制御部により）記録され、又は、ユーザにより記録若しくは記憶されうる。
【００６８】
本技術の一つの実施態様に従い、前記関連付け工程は、前記粒子捕捉領域の画像を取得する画像取得工程を含みうる。当該画像から、ウェル内に捕捉された粒子の識別情報及び当該ウェルの位置情報が取得され、そして、当該識別情報及び当該位置情報が関連付けられうる。当該画像から取得される識別情報は、例えば粒子の蛍光、色、又は、粒子の大きさ若しくは形でありうる。
当該画像取得工程において、例えばカメラなどの撮像装置により画像データを取得し、当該画像データを処理することで、前記識別情報及び／又は前記位置情報が取得されうる。
【００６９】
（２−３）排出工程
【００７０】
ステップＳ１０４において、ウェル内に捕捉された粒子を当該ウェルから排出する排出工程が行われる。当該排出のために、例えば粒子が捕捉されているウェルに対してレーザ光又は超音波が照射されうる。当該レーザ光又は超音波の照射によりウェル内に気泡が発生することで、目的粒子がウェルから排出されうる。例えば、水の光吸収波長近傍の発振波長を有するレーザ（例えば、ホルミウムヤグ（Ho:YAG）レーザ）を利用し、短時間で大きなエネルギーを水に与えることで、気泡を発生させることができる。
代替的には、当該排出のために、例えばマイクロマニュピレータ又はマイクロピペットなどの粒子操作装置を用いて、目的粒子がウェルから排出されてもよい。
代替的には、当該排出のために、粒子捕捉領域のウェルを封止するシートが用いられてもよい。粒子捕捉後に、当該シートによって、粒子捕捉領域内のウェルが封止されうる。次に、目的粒子を捕捉しているウェルを覆うシート部分だけに穴が開けられる。粒子捕捉用チャンバ内に、当該ウェルから目的粒子が排出される流れが形成される。これにより、他の粒子をウェル内に捕捉したまま、目的粒子をウェルから排出することができる。
当該穴を開けることを可能とするために、当該シートは例えば光線（例えば赤外線など）吸収性材料から形成されていてよい。当該シート部分に光線（例えば赤外線など）を照射することで、前記穴が開けられる。
【００７１】
前記排出工程は、ウェル内に捕捉された粒子を当該ウェルから排出可能とする処理を行う処理工程を含みうる。例えば前記捕捉工程において粒子がリンカーを介してウェルに固定されている場合に、当該処理工程においてリンカーを切断して粒子が当該ウェルから排出可能とされうる。リンカーの切断処理は、リンカーの種類に応じて当業者により適宜選択されてよい。リンカーの具体例については、以下２．において説明されている。
本技術の好ましい実施態様において、前記処理工程は、前記ウェルに固定されたリンカーに対して光照射して前記リンカーを切断する光照射工程を含みうる。例えば当該リンカーが紫外線照射により切断されるものである場合、当該切断処理は紫外線照射でありうる。
【００７２】
本技術の一つの実施態様に従い、前記排出工程において、識別情報を有する複数の粒子が連続して排出されうる。例えば、前記排出工程において、識別情報を有する２〜１００個の粒子、特には２〜５０個、より特には２〜３０個の粒子が連続して排出されうる。これにより、連続して排出された当該複数の粒子の識別情報の順序を、後述する確認工程において参照することができる。
例えば、前記排出工程は、同じ識別情報を有する粒子が連続して排出されないように行われてよい。すなわち、連続して排出される２つの粒子が互いに異なる識別情報を有するように、前記排出工程が行われうる。例えば、赤色の蛍光を有する粒子、青色の蛍光を有する粒子、そして次に赤色の蛍光を有する粒子がこの順に排出されうる。このような排出される粒子の識別情報の順序が、以下の確認工程において、例えば、識別情報取得工程において取得された識別情報の順序と比較されうる。このように、前記排出工程において、連続して排出される２以上の粒子が異なる識別情報を有してよい。
代替的には、前記排出工程は、同じ識別情報を有する粒子が連続して排出されるように行われてよい。例えば、赤色の蛍光を有する粒子が連続して３つ排出されうる。同じ識別情報を有する粒子が連続して排出されていることも、以下の確認工程において、識別情報取得工程において取得された識別情報の順序と比較されうる。
【００７３】
例えば、前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、一時的に排出が停止されてよい。そして、当該一時的な排出の停止後に、再度粒子の連続排出が再開されてよい。これにより、当該一時的な排出の停止を、例えば粒子が回収されるべき容器又はウェルの変更の合図として利用することができる。
代替的には、前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、目印となる粒子が排出されてもよい。当該目印となる粒子を、例えば粒子が回収されるべき容器又はウェルの変更の合図として利用することができる。当該目印となる粒子は、例えば、所定の識別情報を有する粒子であってよい。当該所定の識別情報は、当業者により設定されてよく、好ましくは分取されるべき粒子を特定するための識別情報とは異なる識別情報であってよい。
【００７４】
前記排出工程において、例えば図３（ｄ）に示されるとおり、ウェル１０５内に捕捉された細胞１０８がウェル１０５から排出される。当該排出のために、例えばウェル１０５に対してレーザ光３０が照射される。当該照射によってウェル内に気泡が発生し、当該気泡によってウェル１０５から細胞１０８が排出される。
また、細胞１０８がリンカーを介してウェルに固定されている場合、当該排出の前にリンカーの切断処理が、例えば紫外線照射などにより行われうる。
【００７５】
（２−４）粒子移動工程
【００７６】
ステップＳ１０５において、前記排出工程においてウェルから排出された粒子を、粒子捕捉領域から他の領域へと移動させる粒子移動工程が行われうる。当該他の領域は、粒子回収容器の容器内部であってよく又は粒子回収用プレートのウェルであってもよい。このようにして、目的粒子が当該容器又は当該プレートに分取されうる。
本技術の一つの実施態様に従い、前記粒子移動工程において、ウェルから排出された粒子は、流路を通過させられる。当該流路は、例えば粒子回収用の容器又はプレートへと粒子を導くものであってよい。当該流路の通過の間に又は当該流路の通過後に、後述する識別情報取得工程及び／又は確認工程が行われてよい。
【００７７】
粒子移動工程における粒子の移動距離は、例えば前記関連付け工程において用いられた顕微鏡の１視野に収まらない距離であってよく、又は、前記関連付け工程において用いられた撮像装置による撮像範囲に収まらない距離であってよい。当該１視野又は当該撮像範囲を超えて目的粒子を移動させる場合、目的粒子が分取されたことを確認するためには、当該視野の移動又は当該撮像装置の移動によって目的粒子を追跡することが必要となる。本技術に従う粒子分取方法は、以下で述べる識別情報取得工程及び確認工程を行うことによって、目的粒子の追跡を行うことなく、目的粒子が分取されたかを確認することができる。
【００７８】
前記排出工程においてウェルから排出された粒子は、粒子捕捉領域周辺に形成された流体の流れによって、当該粒子捕捉領域が配置されている空間と流体的に接続された流路へと導かれ、当該流路を通って粒子回収用の容器内又はプレートに回収されてよい。代替的には、前記排出工程においてウェルから排出された粒子は、マイクロピペットに接続された流路内を移動させて当該流路と接続された粒子回収用の容器内又はプレート上に回収されてよく、又は、マイクロマニュピレータによって粒子回収用の容器内又はプレート上へと移動されてもよい。
【００７９】
また、当該容器内において又は当該プレート上で、さらなる粒子の分析が行われてもよい。例えば粒子が細胞である場合、当該容器又は当該プレートにおいて細胞の分析又は培養が行われてもよい。
【００８０】
例えば図２Ａ及びＢに示された粒子捕捉用チャンバ１００を用いて本技術に従う粒子確認方法を行う場合、前記粒子移動工程において、細胞１０８を、第一の流体排出流路部１１３を通ってチャンバ１００外へ移動させる。当該移動のために、例えば、第一の流体排出流路部１１３にバルブ１２３を介して接続されたポンプ（図示せず）による吸引が行われうる。当該吸引によって、粒子捕捉空間１０９内の細胞１０８が、第一の流体排出流路部１１３を通過して、チャンバ１００の外へと排出される。
第一の流体排出流路部１１３は、例えば図３（ｅ）に示される粒子回収流路１３０と接続されており、粒子回収流路１３０は、例えば９６ウェルプレート１３１のいずれか１つのウェルに粒子を排出することができるように構成されている。細胞１０８は、粒子回収流路１３０を通過した後、９６ウェルプレート１３１のいずれか１つのウェルに回収される。
【００８１】
（２−５）識別情報取得工程
【００８２】
ステップＳ１０６において、前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程が行われる。前記識別情報取得工程は、前記排出工程後に行われる。すなわち、本技術の粒子分取方法では、粒子の識別情報が、排出工程前の関連付け工程及び排出工程後の識別情報取得工程という異なる２つの工程においてそれぞれ取得される。前者の工程においては、粒子はウェル内に捕捉されている。後者の工程は排出工程後に行われ、すなわち後者の工程において粒子はウェルの外にある。このように、ウェル内に捕捉された粒子の識別情報とウェルから排出後の粒子の識別情報とを取得することで、目的粒子が分取されたかを確認することが可能となる。例えば、前記識別情報取得工程は、上記「（２−３）排出工程」において述べた粒子移動工程の間に行われてよく、又は、粒子移動工程後に粒子が粒子回収用の容器又はプレート内にある場合に行われてもよい。
【００８３】
本技術の粒子確認方法が、前記排出工程においてウェルから排出された粒子を流路を通過させる粒子移動工程をさらに含む場合、前記識別情報取得工程において、前記流路を通過する粒子又は前記流路を通過した粒子から前記識別情報が取得されてよい。具体的には、前記識別情報取得工程は、ウェルから排出された粒子を粒子回収容器へと導く流路を移動している過程のいずれかの時点で行われてよく、又は、当該粒子が当該流路を通過して当該粒子回収容器内に回収された後に行われてもよい。
【００８４】
前記識別情報取得工程において、例えば図３（ｆ）に示されるとおり、例えば顕微鏡１３２などの識別情報取得用装置により、９６ウェルプレート１３１の１つのウェルに回収された粒子の識別情報が取得されうる。
代替的には、前記識別情報取得工程において、図３（ｆ）に示される流路１３０を通過している粒子から識別情報が取得されてもよい。例えば、流路１３０を通過している粒子に対する光照射により生じた蛍光及び／又は散乱光が、識別情報として取得されうる。このように識別情報を取得するために、例えばフローサイトメータ又はセルソータにおいて利用されている光検出技術を適用することができる。
【００８５】
（２−６）確認工程
【００８６】
ステップＳ１０７において、取得された前記識別情報に基づいて、前記粒子が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認する確認工程が行われる。例えば、当該確認工程において、前記識別情報取得工程において取得された前記識別情報に基づいて前記粒子が捕捉されたウェルの位置が確認されうる。
【００８７】
前記確認工程は、機械的に行われてよく、又は、前記粒子捕捉領域を利用して粒子分取操作を行うユーザにより行われてもよい。
機械的に前記確認工程が行われる場合、前記確認工程は、例えば以下「３．第３の実施形態（粒子分析システム）」で説明する粒子分析システムにより行われてよく、特には当該システムに含まれる確認部及び／又は制御部により行われてよい。
ユーザにより前記確認工程が行われる場合、ユーザが、例えば粒子回収容器に回収された粒子の識別情報に基づき、当該粒子が捕捉されていたウェルの位置を確認しうる。
【００８８】
本技術の一つの実施態様に従い、前記確認工程において、識別情報を有する複数の粒子の排出の順序が参照されうる。例えば、連続した所定数の粒子群に関して、前記排出工程で排出された粒子の識別情報の順序と、前記識別情報取得工程で取得された粒子の識別情報の順序が異なる時、当該粒子群が廃棄されうる。
例えば、排出工程において赤色の蛍光を有する粒子、青色の蛍光を有する粒子、そして赤色の蛍光を有する粒子がこの順番で排出され、そして、識別情報取得工程において赤色、赤色、及び青色という識別情報が取得された場合を想定する。確認工程において、排出工程における排出の順序と識別情報工程において取得された蛍光の順序とが比較され、両者が異なることが確認される。これにより、確認工程において、目的粒子が取得されていないことが確認されうる。
また、排出工程において赤色の蛍光を有する粒子が連続して３つ排出され、そして、識別情報取得工程において赤色、青色、及び赤色という識別情報が取得された場合も想定される。確認工程において、排出工程における排出の順序と、識別情報工程において取得された蛍光の順序とが比較され、両者が異なることが確認される。これにより、確認工程において、目的粒子が取得されていないことが確認されうる。
取得された粒子群が目的粒子でないと確認された場合、当該取得された粒子は廃棄されうる。
【００８９】
本技術の一つの実施態様に従い、前記確認工程において、前記識別情報取得工程において取得された識別情報と前記関連付け工程において取得された識別情報とが比較されうる。
当該比較の結果、これらの識別情報が一致する場合は、前記識別情報取得工程において識別情報が取得された粒子が、前記関連付け工程における関連付けの対象となった粒子と同じであることが確認されうる。前記関連付け工程における関連付けの対象となった粒子に関して識別情報と位置情報とが関連付けられているので、前記識別情報取得工程において識別情報が取得された粒子が、前記関連付け工程において関連付けられた位置情報を有するウェルに捕捉されていたことが確認されうる。
当該比較の結果、これらの識別情報が一致しない場合は、前記識別情報取得工程において識別情報が取得された粒子が、前記関連付け工程における関連付けの対象となった粒子と同じでないことが確認され、さらには、前記関連付け工程において関連付けられた位置情報を有するウェルに捕捉されていなかったことが確認されうる。
以上のとおり、前記確認工程において、分取されるべき粒子が分取されたかを確認することができる。
【００９０】
前記確認工程において、分取されるべき粒子が分取されなかったことが確認された場合は、９６ウェルプレート１３１のウェルに回収された粒子は廃棄されてよい。
代替的には、前記確認工程において、分取されるべき粒子が分取されなかったことが確認された場合は、粒子が９６ウェルプレート１３１のウェルに回収されずに、当該粒子は廃棄されてもよい。このように粒子を廃棄するためには、流路１３０内を粒子が流れている間に前記識別情報取得工程及び前記確認工程を行うことが好ましい。
【００９１】
ステップＳ１０８において、本技術に従う粒子確認方法を含む粒子分取処理が終了される。
【００９２】
（２−７）隣接ウェルが異なる識別情報を有する場合の粒子確認方法の例
【００９３】
図４において示された粒子捕捉領域を用いて本技術に従う粒子確認方法を行うより具体的な作業を以下に説明する。
【００９４】
例えば、図４の緑色蛍光色素Ｇ２を有するウェルに捕捉された粒子が分取されたかを確認することを想定する。
まず、捕捉工程において、緑色蛍光色素Ｇ２を有するウェルに粒子が捕捉される。当該捕捉によって、緑色蛍光色素Ｇ２は当該粒子へと移行する。その後、関連付け工程において、当該粒子の位置情報と当該粒子が有する緑色蛍光色素Ｇ２の識別情報（蛍光情報）とが関連付けられる。関連付け工程後に、排出工程が行われて、当該粒子がウェルから排出される。排出工程後、当該粒子が、粒子回収用の容器又はプレートへと移動される。当該移動の途中において又は当該移動後に、識別情報取得工程が行われて、当該粒子の蛍光情報が識別情報として取得される。確認工程において、識別情報取得工程において取得された識別情報に基づき、粒子回収容器又はプレートに回収された粒子が、前記ウェル内に捕捉されていた粒子であるかが確認される。例えば、識別情報取得工程において取得された識別情報が、Ｇ２以外の蛍光情報である場合（例えばＧ１またはＲ２などである場合）、緑色蛍光色素Ｇ２を有するウェルに捕捉された粒子が排出されなかったことが確認される。また、識別情報取得工程において取得された識別情報が、Ｇ２の蛍光情報である場合は、前記ウェル内に捕捉されていた粒子が分取されたことが確認される。
【００９５】
以上で述べた作業は、例えば図５〜８において示された粒子捕捉領域を用いて行うことも可能である。このように、本技術に従う粒子確認方法は、種々の粒子捕捉領域を用いて行うことができる。
【００９６】
（２−８）複数の粒子の分取
【００９７】
以上の粒子分取処理は、例えば複数の目的粒子を分取する場合に特に適している。以下で、複数の目的粒子を分取する粒子分取処理の詳細を説明する。
【００９８】
複数の目的粒子を分取する場合、例えば前記排出工程において、識別情報を有する複数の粒子が連続して排出される。当該複数の粒子は、同じ識別情報を有する粒子であってよく、又は、互いに異なる識別情報を有する粒子であってもよい。
同じ識別情報を有する粒子を連続して排出した場合、前記確認工程において当該識別情報と異なる識別情報を有する粒子の存在が確認された場合には、当該連続して排出した複数の粒子には目的外の粒子が含まれていることが分かる。これは、当該連続して排出した複数の粒子を回収するか又は廃棄するかの選択に役立つ。
異なる識別情報を有する粒子を連続して排出する場合、当該排出される複数粒子の有する識別情報と当該複数粒子の排出順序とが、排出工程の前に（例えば関連付け工程において又は関連付け工程後に）定められていることが好ましい。これにより、例えば前記粒子移動工程において流路内を通過している粒子に対して識別情報取得工程が行われる場合、前記確認工程において、当該流路内と通過する粒子の識別情報と前記排出順序とを対比することで、目的粒子が前記排出順序のとおりに回収されているかを確認することができる。このように、前記確認工程において、前記複数の粒子の排出の順序が参照されてよい。
【００９９】
複数の目的粒子を分取する場合、例えば前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、一時的に排出が停止されてよく、又は、目印となる粒子が排出されてもよい。当該一次的な粒子排出の停止及び当該目印となる粒子の排出は、例えば、回収された粒子の数を確認するために利用することができ、又は、粒子が回収される容器又はウェルの切り替えのための合図として利用することもできる。
【０１００】
（３）第１の実施形態の第２の例（合成粒子を用いた粒子確認方法）
【０１０１】
本技術の一つの実施態様に従い、前記関連付け工程においてウェルに捕捉された粒子は、２以上の異なる識別情報を有していてもよい。例えば前記関連付け工程において関連付けられる識別情報と、前記識別情報取得工程において取得される識別情報とが異なっていてよい。これら２つの異なる識別情報を用いて、前記確認工程において、当該粒子が捕捉されていたウェルの位置を確認することができる。
【０１０２】
前記２以上の異なる識別情報は、例えば、前記関連付け工程において識別情報を取得するための手段（例えば装置）及び前記識別情報取得工程において識別情報を取得するための手段（例えば装置）のそれぞれに応じて適宜選択されてよい。
例えば、前記関連付け工程において識別情報を取得するために蛍光検出装置が用いられる場合、前記関連付け工程において取得される識別情報は蛍光であり、且つ、前記識別情報取得工程において識別情報を取得するためにシークエンサ（核酸配列又はアミノ酸配列のシークエンサ）が用いられる場合、前記識別情報取得工程において取得される識別情報は配列情報（核酸配列又はアミノ酸配列）でありうる。
以下で、この実施態様のより具体的な例を説明する。
【０１０３】
まず、この実施態様において用いられる２以上の異なる識別情報を有する粒子の例を、図９を参照しながら説明する。
【０１０４】
図９に示される粒子９０は、粒子本体９１と粒子本体９１に結合されている核酸９２（例えばＤＮＡ又はＲＮＡなど）を有する。
【０１０５】
粒子本体９１は、例えば合成粒子でありうる。当該合成粒子の表面は無機層（無機金属層）又は有機層から形成されていてよい。粒子本体９１は、例えばその表面に、識別情報として蛍光性の標識要素を有する。当該標識要素は、例えば量子ドットでありうる。特には量子ドットの組み合わせが、識別情報として用いられうる。例えば図１０の（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）に示されるとおり、赤の蛍光を有する量子ドット、緑の蛍光を有する量子ドット、及び青の蛍光を有する量子ドットの数を様々に変更することで、多種類の識別情報を生成することができる。量子ドットを蛍光標識として採用することによって、このように多くの蛍光パターンを生成することができ、これは多くの粒子を区別するために有用である。量子ドットにより、例えば、１００種類〜１，０００，０００種類、１，０００種類〜１，０００，０００種類、又は１０，０００種類〜１，０００，０００種類の蛍光パターンを生成することができる。すなわち、本技術において、上記多種類の互いに異なる蛍光パターンを有する粒子群が用いられうる。
【０１０６】
粒子本体９１に結合されている核酸９２は、所定の塩基配列を有しうる。
核酸９２は、例えば図９の点線領域内に示されるとおり、例えばＵＭＩ（Universal Molecular Identifier）配列９３及びポリＴ配列９４などを有しうる。
図９に示されるとおり、１つの粒子本体９１に複数の核酸９２が結合されている場合、当該複数の核酸は互いに異なるＵＭＩ配列９４を有する。これにより、当該複数の核酸を互いに区別することができる。
ポリＴ配列９５は、例えばｍＲＮＡのポリＡ配列との結合によって当該ｍＲＮＡを捕捉するために用いられうる。
【０１０７】
以上で述べた核酸９２は、例えば当技術分野における公知の手法により製造することができる。また、核酸９２を粒子に結合させるために、当該技術分野において公知の手法が用いられてよい。
【０１０８】
以上で述べた粒子９０を用いて本技術に従う粒子確認方法を行うことで、例えばシングルセルシークエンシングのための試料調製及びシングルセルシークエンシング処理を効率的に行うことができる。粒子９０を用い且つ本技術に従う粒子確認方法を含む核酸シークエンシング処理の例を図１及び図１１を参照しながら説明する。図１は、上記で説明したものと同じである。図１１は、本技術の粒子確認処理を説明するための模式図である。
【０１０９】
ステップＳ１０１において、本技術の粒子確認方法を含む核酸シークエンシング処理が開始される。当該核酸シークエンシング処理の開始に先立ち、上記で述べた粒子９０を含む流体、及び、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を含む粒子捕捉用チップが用意される。当該粒子捕捉用チップは、例えば、上記「（２）第１の実施形態の第１の例（粒子分取方法）」において説明された図２Ａ及びＢに示されるとおりのものでありうる。
【０１１０】
（３−１Ａ）捕捉工程
【０１１１】
ステップＳ１０２において、粒子捕捉領域２０４に設けられているウェル２０５に粒子９０が捕捉されて、図１１（ａ）に示されるとおりの状態が形成される。当該状態を形成するために、例えば、上記「（２−１）捕捉工程」において説明したとおりの操作が行われてよい。図１１（ａ）において、ウェルに捕捉されている粒子は互いに異なる蛍光を識別情報として有する。互いに異なる蛍光を粒子が有することは、図１１（ａ）において、粒子９０に付された模様の違いにより表されている。
【０１１２】
（３−２Ａ）関連付け工程
【０１１３】
ステップＳ１０３において、粒子９０の粒子本体９１が有する蛍光が識別情報として取得される。さらに、ステップＳ１０３において、当該識別情報と、粒子９０のそれぞれが捕捉されているウェル２０５の位置情報とが、関連付けられる。当該位置情報は、上記「（２−２）関連付け工程」において説明したとおりの情報であってよい。
【０１１４】
ステップＳ１０３においてさらに、シークエンス対象の細胞がウェルに捕捉される。当該捕捉のために、例えば、上記「（２−１）捕捉工程」において説明したとおりの操作が行われてよい。これにより、図１１（ｂ）に示されるとおり、各ウェルに、粒子９０及び細胞２５０が１つずつ捕捉されている状態が形成される。例えば、図１２（ａ）に示されるとおり、１つのウェル２０５の２つの孔２０６−ａ及び２０６−ｂが形成されており、当該２つの孔それぞれの入り口に、粒子９０及び細胞２５０が例えば当該孔を介した吸引により維持されうる。代替的には、図１２（ｃ）に示されるように、１つのウェルに１つのスリット状ウェル２０６−ｃが形成されており、当該１つのスリット状ウェルに粒子９０及び細胞２５０が吸引により維持されてもよい。
【０１１５】
ステップＳ１０３において、前記蛍光に加えて又は前記蛍光の代わりに、粒子９０の画像及び／又は細胞２５０の画像が識別情報として取得されてもよい。これらの画像は、例えば、顕微鏡を介して撮像装置（カメラなど）により取得されうる。当該画像は、粒子９０又は細胞２５０の特徴（例えば形状における特徴など）を含みうる。ステップＳ１０３において、これらの画像が前記位置情報と関連付けられてよい。
【０１１６】
前記関連付けが完了した後に、細胞２５０が溶解されて、細胞２５０が有する細胞由来核酸（例えばｍＲＮＡなど）２５１が、粒子９０の有する核酸９２と結合する。細胞２５０を溶解するための手法は当業者により適宜選択されてよい。当該結合は、例えば核酸９２のポリＴ配列と細胞由来核酸２５１のポリＡ配列との結合でありうる。当該結合の結果、例えば図１２（ｂ）に示されるとおり、粒子９０に、核酸９２を介して細胞由来核酸２５１が結合した状態が形成される。
【０１１７】
（３−３Ａ）排出工程
【０１１８】
ステップＳ１０４において、粒子９０が１つずつウェル２０５から排出されてよく、又は、粒子捕捉領域２０４内のウェル２０５全てから一括して粒子９０が排出されてもよい。粒子９０を１つずつ排出する排出処理は、例えば上記「（２−３）排出工程」において説明されたとおりに行われてよい。粒子９０を一括して排出する排出処理のために、例えば、粒子捕捉領域２０４の全面にレーザ光が照射されてよく、又は、全てのウェルから粒子が排出されるような流れが粒子捕捉領域２０４付近に形成されてもよい。
【０１１９】
（３−４Ａ）粒子移動工程
【０１２０】
ステップＳ１０５において、ウェルから排出された粒子９０が、粒子捕捉領域２０４上から移動させられて、粒子捕捉領域２０４外の容器に回収される。当該移動は、例えば上記「（２−４）粒子移動工程」において説明されたとおりに行われてよい。
【０１２１】
（３−５Ａ）識別情報取得工程
【０１２２】
ステップＳ１０６において、粒子９０に核酸９２を介して結合している細胞由来核酸２５１の配列がシークエンスされて、細胞由来核酸２５１の配列が、識別情報として取得される。さらに、ステップＳ１０６において、細胞由来核酸２５１の配列に加えて、例えば粒子９０の蛍光及び／又は画像が識別情報として取得されうる。細胞由来核酸２５１の配列と粒子９０の蛍光及び／又は画像との組み合わせが、ステップＳ１０６において取得される識別情報であってよい。
【０１２３】
当該シークエンスは、例えばいわゆる次世代シークエンシング処理により行われうる。用いられる次世代シークエンシング処理の種類及び当該シークエンシング処理のための装置として、当技術分野で既知の処理及び装置が用いられてよい。例えば、粒子９０に結合している細胞由来核酸２５１が、必要に応じて断片化され、そして、アダプターがライゲーションされうる。当該ライゲーション後、アダプターが付加された細胞由来核酸２５１又はその断片が、基板上に固定され、そして、当該基板上でブリッジＰＣＲが行われる。当該ブリッジＰＣＲによって、クラスターが形成される。クラスター形成後、例えば合成によるシーケンシング（Sequencing-by-Synthesis）が行われうる。これにより、細胞由来核酸２５１の配列データを得ることができる。
【０１２４】
（３−６Ａ）確認工程
【０１２５】
上記で述べたとおり、ステップＳ１０６において取得された識別情報は、細胞由来核酸２５１の配列に加えて、粒子９０の蛍光及び／又は画像を含みうる。当該配列と、当該蛍光及び／又は画像とが、ステップＳ１０７において関連付けられうる。なお、当該関連付けは、ステップＳ１０６において行われてもよい。
【０１２６】
上記で述べたとおり、ステップＳ１０３において粒子９０の蛍光及び／又は画像が識別情報として取得されており、当該識別情報は粒子９０が捕捉されていたウェルの位置情報と関連付けられている。ステップＳ１０３において取得された粒子９０の蛍光及び／又は画像は、ステップＳ１０６において取得された粒子９０の蛍光及び／又は画像と対応しており、これは細胞由来核酸２５１の配列と関連付けられている。そのため、粒子９０の蛍光及び／又は画像を通じて、ステップＳ１０６において取得された細胞由来核酸２５１の配列を有していた細胞が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認することができる。これにより、例えば、細胞由来核酸２５１の配列と、細胞２５０の画像（特には細胞の特徴）とを関連付けることができる。
【０１２７】
（４）粒子の例
【０１２８】
本技術において、粒子は、例えば、一つずつ捕捉することが求められるものである。粒子として例えば、細胞、微生物、生体由来固形成分、及びリポソームなどの生物学的微小粒子、並びに、ラテックスビーズ、ゲルビーズ、磁気ビーズ、及び量子ドットなどの合成粒子などを挙げることができるがこれらに限定されない。前記細胞には、動物細胞および植物細胞が含まれうる。動物細胞として、例えば腫瘍細胞及び血液細胞を挙げることができる。前記微生物には、大腸菌などの細菌類、イースト菌などの菌類などが含まれうる。前記生体由来固形成分として、例えば、生体中で生成される固形物結晶類を挙げることができる。前記合成粒子は、例えば有機若しくは無機高分子材料又は金属などからなる粒子でありうる。有機高分子材料には、ポリスチレン、スチレン・ジビニルベンゼン、及びポリメチルメタクリレートなどが含まれうる。無機高分子材料には、ガラス、シリカ、及び磁性体材料などが含まれうる。金属には、金コロイド及びアルミなどが含まれうる。また、本技術において、粒子は、例えば二つ又は三つなどの複数の粒子の結合物であってもよい。
本技術の一つの実施態様に従い、粒子は、例えば細胞、微生物、生体由来固形成分、及びリポソームなどの生物学的微小粒子であってよく、特には細胞であってよい。例えば、本技術の粒子分取方法は、細部を分取するために用いられうる。
本技術の他の実施態様に従い、粒子は、ラテックスビーズ、ゲルビーズ、及び磁気ビーズなどの合成粒子であってよく、特には蛍光標識を有する合成粒子でありうる。本技術の粒子確認方法は、例えば当該合成粒子を用いた核酸シークエンシング処理において行われうる。
本技術において、粒子は、好ましくは流体に含まれた状態で本技術の粒子分取方法に付されうる。当該流体は液体及び気体を包含する。好ましくは、流体は液体である。液体の種類は、粒子の種類に応じて当業者により適宜選択されてよい。粒子が例えば細胞である場合、液体として、例えば水、水溶液（例えば緩衝液）、又は培養液が用いられてよい。
【０１２９】
２．第２の実施形態（粒子捕捉用チップ）
【０１３０】
（１）第２の実施形態の説明
【０１３１】
本技術は、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップを提供する。当該粒子捕捉領域中の各ウェルは、粒子へ移行可能な標識要素を有する。そのため、ウェル内に捕捉された粒子に識別情報を追加することができ、さらに、識別情報が追加された粒子はウェルから排出可能である。そのため、当該粒子捕捉用チップは、上記「１．第１の実施形態（粒子分取方法）」で説明した本技術に従う粒子分取方法を実施するために適している。すなわち、当該粒子捕捉用チップは、本技術に従う粒子分取方法において用いられるものであってよい。
【０１３２】
（２）標識要素のウェルへの固定の例
【０１３３】
本技術の一つの実施態様に従い、前記標識要素はリンカーを介して各ウェルに固定されていてよい。前記リンカーを介した前記標識要素の固定は、好ましくは解消可能でありうる。当該固定を解消可能とするために、例えば、前記リンカーは前記標識要素を遊離可能であってよく、又は、当該リンカー自体が分解可能若しくは切断可能であってよい。
前記標識要素を遊離可能なリンカーは、当該リンカーと前記標識要素との結合が切断可能であるリンカーでありうる。前記分解可能又は切断可能なリンカーは、リンカー自体の化学構造が分解可能であること又はリンカー自体の化学構造の内部の少なくとも１か所が切断可能であることによって、標識要素の固定を解消可能なリンカーでありうる。
【０１３４】
前記固定を解消するために、例えば光若しくは熱などの物理的処理又は例えば酵素又はｐＨなどの化学的処理が行われてよい。好ましくは、前記固定を解消するための処理は、光照射処理であり、より好ましくは可視光以外の光の照射処理であり、さらにより好ましくは紫外光（ＵＶ光）又は赤外光（ＩＲ光）の照射処理でありうる。光照射処理は、例えば分取されるべき粒子を捕捉しているウェルだけ対して行われてよく、又は、粒子捕捉領域の一部の領域若しくは全域に対して行われてもよい。
【０１３５】
前記リンカーは、好ましくは光分解性リンカーである。光分解性リンカーとは、特定の波長を有する光の照射によって分解される構造を持つ分子である。当該分解のために用いられる波長は、当該分子の吸収波長とほぼ一致しうる。
【０１３６】
光分解性リンカーは、前記光の照射によって分解される構造として、例えばメトキシニトロベンジル基、ニトロベンジル基、パラヒドロキシフェナシル基、7-ニトロインドリン基、2-(2-ニトロフェニル)エチル基、又は（クマリン-4-イル）メチル基を有しうる。例えば、前記メトキシニトロベンジル基を有する分子は、例えば約３６５ｎｍの波長を有する光によって分解されうる。このような分解可能な構造を有する分子として、当技術分野で既知の分子が、本技術において用いられてよい。本技術において、例えば3-アミノ-3-(2-ニトロフェニル)プロピオン酸（3-amino-3-(2-nitrophenyl)propionic acid (ANP)）基、4-[4-(1-{[(1H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]アミノ}エチル)-2-メトキシ-5-ニトロフェノキシ]ブタン酸（4-[4-(1-{[(1H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]amino}ethyl)-2-methoxy-5-nitrophenoxy]butanoic acid）基、又は4,5‐ジメトキシ‐2‐ニトロベンジル（4,5‐dimethoxy‐2‐nitrobenzyl）基が光分解性リンカーとして用いられうる。
【０１３７】
例えば、酵素分解性リンカーとして、例えばグルクロン酸、Val―Leu―Lysトリペプチド、オリゴ核酸、セルロース、ポリラクティックアシッド、及びENLYFQ(G/S)ペプチドを挙げることができる。pHに応じて解離するリンカーとしてポリヒスチジンペプチドを挙げることが出来る。本技術において、これらのリンカーが標識要素をウェルに固定するために用いられてもよい。
【０１３８】
（３）標識要素と粒子との結合様式の例
【０１３９】
前記標識要素と粒子との結合様式は、当業者により適宜選択されてよく、当技術分野で知られている手法を採用することができる。例えば、粒子（特には粒子表面に存在する物質）と、リンカーに結合されている標識要素保持物質とが結合することで、前記標識要素と粒子とが当該保持物質を介して結合されてよい。代替的には、粒子（特には粒子表面に存在する物質）と、リンカーに結合されている標識要素保持物質が有する粒子結合性物質とが結合することで、前記標識要素と粒子とが当該保持物質を介して結合されてもよい。前記標識要素と粒子との結合様式に関して、以下で図１３及び１４を参照して説明する。
【０１４０】
図１３は、粒子表面に存在する化合物とリンカーに結合されている標識要素保持物質とが結合することで、前記標識要素と粒子とが当該保持物質を介して結合されることを示す模式図である。
【０１４１】
図１３（ａ）は、ウェル表面に標識要素としての蛍光物質が固定されている状況を示す模式図である。
【０１４２】
図１３（ａ）に示されるとおり、ウェル３００の表面３０１に、光分解性リンカー３０２が結合されている。光分解性リンカー３０２には、標識要素保持物質としてのオリゴ核酸３０３が結合されており、オリゴ核酸３０３に蛍光物質３０４が結合されている。すなわち、蛍光物質３０４を有するオリゴ核酸３０３が、光分解性リンカー３０２を介してウェル３００に固定されている。
【０１４３】
ウェル３００内への粒子の捕捉及び標識要素の粒子への移行の例が図１３（ｂ）〜（ｄ）に示されている。
【０１４４】
図１３（ｂ）は、ウェル３００に粒子が捕捉される前の状態を示す模式図である。図１３（ｂ）に示されるとおり、ウェル３００に捕捉される粒子は細胞３０５である。細胞３０５には、細胞３０５の表面抗原に結合する抗体３０６を介して、前記オリゴ核酸３０３に相補的なＤＮＡ３０７が結合されている。
【０１４５】
図１３（ｃ）は、ウェル３００に粒子が捕捉されている状態を示す模式図である。図１３（ｃ）に示されるとおり、ウェル３００内に細胞３０５が入ることで、細胞３０５の表面に存在するＤＮＡ３０７が、ウェル３００に固定されているオリゴ核酸３０３とハイブリダイゼーションする。当該ハイブリダイゼーションによって、細胞３０５が標識要素としての蛍光物質３０４によって標識される。このようにして識別情報が細胞３０５に付与される。
【０１４６】
次に、ウェル３００に、紫外光が照射される。当該照射によって、光分解性リンカー３０２が分解する。当該分解によって、蛍光物質８４を有するオリゴ核酸３０３がウェル３００の表面３０１から遊離する。蛍光物質３０４を有するオリゴ核酸３０３は、前記ハイブリダイゼーションによって細胞３０５の表面のＤＮＡ３０７と結合している。そのため、細胞３０５は、図１３（ｄ）に示されるとおり、蛍光物質３０４により標識された状態でウェル３００から排出されうる。
【０１４７】
また、オリゴ核酸３０３とＤＮＡ３０７との組合せの代わりに、ビオチン及びアビジンの組み合わせが用いられてよい。
【０１４８】
図１４は、粒子表面に存在する化合物とリンカーに結合されている標識要素保持物質が有する粒子結合性物質とが結合することで、前記標識要素と粒子とが当該保持物質を介して結合されることを示す模式図である。
【０１４９】
図１４（ａ）は、ウェル表面に標識要素としての蛍光物質が固定されている状況を示す模式図である。
【０１５０】
図１４（ａ）に示されるとおり、ウェル４００の表面４０１に、光分解性リンカー４０２が結合されている。光分解性リンカー４０２には、標識要素保持物質４０３（例えばオリゴ核酸及びＰＥＧなど）が結合されており、標識要素保持物質４０３に、蛍光物質であるＦＩＴＣ４０４及びＦＩＴＣ４０４以外の第２の蛍光物質４０５（ＦＩＴＣよりも遅く消光する物質、例えばローダミンなど）が結合されている。すなわち、ＦＩＴＣ４０４及び第２の蛍光物質４０５が、光分解性リンカー４０２を介してウェル４００に固定されている。
ＦＩＴＣ４０４は、消光の早い蛍光色素の一つである。蛍光色素は、消光時にラジカル化し、ラジカル化した当該色素が、近傍に存在する物質と結合しうる。そこで、ＦＩＴＣ４０４が、粒子結合性物質として用いられる。
【０１５１】
ウェル４００内への粒子の捕捉及び標識要素の粒子への移行の例が図１４（ｂ）〜（ｄ）に示されている。
【０１５２】
図１４（ｂ）は、ウェル４００に粒子が捕捉される前の状態を示す模式図である。図１４（ｂ）に示されるとおり、ウェル４００に捕捉される粒子は細胞４０６である。
【０１５３】
図１４（ｃ）は、ウェル４００に粒子が捕捉されている状態を示す模式図である。ウェル４００内に細胞４０６が捕捉された後に、例えば４８８ｎｍの励起光をウェルに対して照射すると、ＦＩＴＣ４０４は励起され、その後、ＦＩＴＣ４０４は消光に伴いラジカル化する。ラジカル化したＦＩＴＣ４０４は、図１４（ｃ）に示されるとおり、細胞４０６に結合する。一方で、第２の蛍光物質４０５は消光しない。そのため、細胞４０６が、標識要素としての第２の蛍光物質４０５によって標識される。このようにして識別情報が細胞４０６に付与される。
【０１５４】
次に、ウェル４００に、紫外光が照射される。当該照射によって、光分解性リンカー４０２が分解する。当該分解によって、第２の蛍光物質４０５を有する標識要素保持物質４０３がウェル４００の表面４０１から遊離する。第２の蛍光物質４０５を有する標識要素保持物質４０３は、ＦＩＴＣ４０４と細胞４０５との結合を介して、細胞４０５に結合している。そのため、細胞４０５は、図１４（ｄ）に示されるとおり、第２の蛍光物質４０５により標識された状態でウェル４００から排出されうる。
【０１５５】
本実施態様において、蛍光を用いることなく、核酸がウェルに固定されていてもよい。この場合における本技術に従う粒子確認方法の例を、以下（３−１Ｂ）〜（３−６Ｂ）において、図１及び図１７を参照しながら説明する。
【０１５６】
（３−１Ｂ）捕捉工程
【０１５７】
ステップＳ１０２において、粒子捕捉領域に設けられているウェル２６１に細胞２６２が捕捉されて、図１７（ａ）に示されるとおりの状態が形成される。図１８に、捕捉されている細胞の拡大図を示す。
細胞２６２は、その表面抗原に結合する抗体２６３を有している。抗体２６３には核酸２６４が結合している。一方で、ウェル２６１は、例えば光分解性リンカー２６５を介してバーコード配列領域２６６を有するオリゴ核酸２６７が固定されている。細胞２６２が、ウェル２６１の外部から、ウェル２６１内へと入る。そして、ウェル２６１に固定されているオリゴ核酸２６７と細胞２６２が有する核酸２６４とがハイブリダイゼーションすることによって、細胞２６２がウェル２６１内に捕捉される。ハイブリダイゼーションした領域は符号２６８により示されている。
バーコード配列は、バーコーディング技術に基づき生成された配列であってよく、より具体的にはＤＮＡバーコード配列又はＲＮＡバーコード配列でありうる。例えば各ウェル毎に異なるバーコード配列が割り当てられうる。
【０１５８】
（３−２Ｂ）関連付け工程
【０１５９】
ステップＳ１０３において、細胞２６２が有する蛍光及び／又は細胞２６２の画像が識別情報として取得される。さらに、ステップＳ１０３において、当該識別情報と、細胞２６２が捕捉されているウェル２６１の位置情報とが、関連付けられる。当該位置情報は、上記「（２−２）関連付け工程」において説明したとおりの情報であってよい。
【０１６０】
（３−３Ｂ）排出工程
【０１６１】
ステップＳ１０４において、細胞２６２がウェル２６１から排出される。当該排出のための処理は、例えば上記「（２−３）排出工程」において説明されたとおりに行われてよい。例えば、所定の光を照射することにより光分解性リンカー２６５を分解することによって、前記排出が行われる。
【０１６２】
（３−４Ｂ）粒子移動工程
【０１６３】
ステップＳ１０５において、図１７（ｂ）に示されるとおり、ウェルから排出された細胞２６２が、前記粒子捕捉領域上から移動させられて、前記粒子捕捉領域外の容器に回収される。当該移動は、例えば上記「（２−４）粒子移動工程」において説明されたとおりに行われてよい。
【０１６４】
（３−５Ｂ）識別情報取得工程
【０１６５】
ステップＳ１０６において、細胞２６２が有する蛍光及び／又は細胞２６２の画像が取得される。当該取得は、例えば前記粒子移動工程の間に行われてもよく、又は、前記粒子移動工程後に行われてもよい。
ステップＳ１０６において、さらに、図１７（ｃ）に示されるとおり、バーコード配列領域２６６を有するオリゴ核酸２６７が、核酸２６４から解離される。当該解離は、例えば核酸ハイブリッド含有液の温度を下げて暫く静置することにより行われてよい。当該解離後、バーコード配列領域２６６を有するオリゴ核酸２６７の配列がシークエンス処理により取得される。当該シークエンス処理は、例えばいわゆる次世代シークエンシング処理により行われうる。当該シークエンス処理により、ハイブリダイゼーションした領域２６８の配列が取得される。
ステップＳ１０６において、前記蛍光及び／又は前記画像が、前記配列と関連付けられうる。
細胞２６２が有する蛍光及び／又は細胞２６２の画像と前記配列との組み合わせが、識別情報として以下の確認工程において用いられる。
【０１６６】
（３−６Ｂ）確認工程
【０１６７】
上記で述べたとおり、ステップＳ１０３において取得された識別情報は、細胞２６２が捕捉されていたウェルの位置情報と関連付けられている。ステップＳ１０３において取得された識別情報（細胞２６２の蛍光及び／又は画像）は、ステップＳ１０６において取得された識別情報（細胞２６２の蛍光及び／又は画像）と対応している。後者の識別情報は、オリゴ核酸２６７の配列（ハイブリダイゼーションした領域２６８の配列を含む）と関連付けられている。そのため、前記識別情報（細胞２６２の蛍光及び／又は画像）を通じて、ステップＳ１０６において取得された配列と結合していた細胞が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認することができる。これにより、例えばハイブリダイゼーションした領域２６８の配列と細胞２６２の画像（特には細胞の特徴）とを関連付けることができる。
【０１６８】
（４）標識要素の配置の例
【０１６９】
本技術の一つの実施態様に従い、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有しうる。隣り合うウェルが異なる標識要素を有することによって、例えば本技術の粒子分取方法の識別情報取得工程において識別情報を取得した粒子が、関連付け工程において関連付けられた位置情報を有するウェルに捕捉されていたものであるかを確認することが容易になる。上記１．の「（２−１）捕捉工程」における説明が、この実施態様についてもあてはまる。
【０１７０】
本技術の他の実施態様に従い、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の列を形成するように配され、隣り合う２つの列が互いに異なる標識要素を有しうる。
本技術のさらに他の実施態様に従い、前記粒子捕捉領域が複数の領域に分けられていてよい。さらに、当該複数の領域を構成するウェルが異なる標識要素を有していてよい。
これらの実施態様についても、上記１．の「（２−１）捕捉工程」における説明があてはまる。
【０１７１】
（５）粒子捕捉用チップの第一の例
【０１７２】
本技術の粒子捕捉用チップの一例として、上記１．の（２）において図２Ａ及びＢを参照して説明した粒子捕捉用チャンバに含まれる粒子捕捉用チップ１０１を挙げることができる。当該粒子捕捉用チップ１０１は、上記で述べたとおり、粒子が粒子捕捉空間１０９内を下降してウェル１０５に捕捉される。
【０１７３】
（６）粒子捕捉用チップの第二の例
【０１７４】
本技術の粒子捕捉用チップの他の例を、図１５を参照しながら以下で説明する。図１５は、本技術に従う粒子捕捉用チップを含む粒子捕捉用チャンバの模式図である。
【０１７５】
図１５に記載の粒子捕捉用チャンバ５００は、粒子捕捉用チップ５０１を備えている。粒子捕捉用チップ５０１のウェル５０５は、図２Ａにおける粒子捕捉用チャンバ１００のウェル１０５とは反対に、粒子の沈降側に向かって開口している。
【０１７６】
粒子捕捉用チップ５０１は、粒子捕捉面５０２とその反対側を向いている面５０３とを有する。粒子捕捉面５０２には粒子捕捉領域５０４が設けられており、粒子捕捉領域５０４は複数のウェル５０５を含む。ウェル５０５は、粒子を内部に収容できるような寸法を有する。ウェル５０５の夫々の底部に、孔５０６が設けられている。孔５０６は、ウェルの底部から、反対側の面５０３へと貫通している。孔５０６は、粒子が通過しないような寸法を有する。
なお、図１５は粒子５０８がウェル５０５内に捕捉されている状態を示す模式図であり、粒子捕捉処理の開始前には粒子５０８はウェル５０５内に存在しなくてよい。
【０１７７】
粒子捕捉用チップ５０１（特にはウェル５０５が形成される領域）の材料及び製造方法については、図２Ａ及びＢ中の粒子捕捉用チップ１０１についての上記説明が当てはまる。また、ウェル５０５の形状及び配置並びに粒子捕捉用チャンバ５００の他の部分の材料についても、図２Ａ及びＢ中の粒子捕捉用チップ１０１及び粒子捕捉用チャンバ１００についての上記説明が当てはまる。
【０１７８】
粒子捕捉用チャンバ５００の内部は、粒子捕捉用チップ５０１によって二つの空間に区切られている。ウェル５０５が開口している側の空間を粒子捕捉空間５０９といい、他方の空間を反対側の空間５１０という。
粒子捕捉用チャンバ５００は、粒子５０８に対して重力が矢印５０７の方向に作用するように配置される。
【０１７９】
図１５に示されるとおり、粒子捕捉用チャンバ５００には、第一の流体供給流路部５１１、第二の流体供給流路部５１２、第一の流体排出流路部５１３、及び第二の流体排出流路部５１４が備えられている。第一の流体供給流路部５１１及び第一の流体排出流路部５１３が、反対側の空間５１０に接続されている。第二の流体供給流路部５１２及び第二の流体排出流路部５１４が、粒子捕捉空間５０９に接続されている。
【０１８０】
第一の流体供給流路部５１１、第二の流体供給流路部５１２、第一の流体排出流路部５１３、及び第二の流体排出流路部５１４にはそれぞれ、バルブ５２１、５２２、５２３、及び５２４が備えられている。
これら４つの流路部にはそれぞれポンプ（図示せず）が接続されている。当該ポンプを駆動させることによって、これら４つの流路部を介して粒子捕捉用チャンバ５００内に流体を供給することができ、又は、これら４つの流路部を介して粒子捕捉用チャンバ５００内から流体を吸引することができる。これら４つのポンプは、互いに独立に制御されうる。
【０１８１】
粒子捕捉用チャンバ５００を用いて、本技術に従う粒子確認方法を含む粒子分取処理を行う場合、当該粒子分取処理は、上記（２）第１の実施形態の第１の例（本技術の粒子確認方法を行うことを含む粒子分取処理）において述べた粒子分取処理において行われる工程を含みうる。以下で、各工程の概要を説明する。各工程の詳細については、上記（２）第１の実施形態の第１の例（本技術の粒子確認方法を行うことを含む粒子分取処理）において述べた内容が当てはまる。
【０１８２】
上記「（２−１）捕捉工程」に関して、第二の流体供給流路部５１２から粒子含有液が粒子捕捉空間５０９内に供給される。当該供給と同時に、第一の流体排出流路部５１３（及び、必要に応じて、第一の流体供給流路部５１１）からの吸引が行われうる。これにより、粒子５０８が粒子捕捉空間５０９内を上昇して、ウェル５０５内に捕捉される。
ウェル５０５内に捕捉された粒子は、ウェル５０５内にリンカーを介して固定されている標識要素によって標識されてよい。標識要素は、例えば蛍光色素、色、電荷、磁荷、オリゴ核酸、又はペプチドでありうる。
【０１８３】
上記「（２−２）関連付け工程」に関して、粒子捕捉領域５０４中の複数のウェル５０５のそれぞれに捕捉された粒子５０８が有する識別情報と、粒子５０８が捕捉されているウェルの位置情報とが関連付けられる。当該関連付けは、例えば目的粒子であることを示す蛍光を有する粒子が捕捉されているウェルだけについて行われてよく、粒子捕捉領域５０４の一部の領域のウェルについて行われてよく、又は、粒子捕捉領域５０４全域にわたって行われてもよい。当該関連付けを行うために、上記「（２−２）関連付け工程」で述べた画像取得工程が行われてもよい。
【０１８４】
上記「（２−３）排出工程」に関して、目的粒子を捕捉しているウェル５０５から当該目的粒子が排出される。当該排出に先立ち、前記標識要素のウェルへの固定が解消されうる。例えば、前記リンカーを紫外線照射により切断することで、当該固定が解消されうる。前記固定が解消された後に、例えば第二の流体排出流路部５１４からの吸引及び第一の流体供給流路部５１１からの液体供給が行われうる。これにより、粒子５０８がウェル５０５から排出される。
【０１８５】
上記「（２−４）粒子移動工程」に関して、粒子５０８をウェル５０５から排出するために行われた第二の流体排出流路部５１４からの吸引及び第一の流体供給流路部５１１からの液体供給を継続することによって、粒子５０８が粒子捕捉空間５０９から第二の流体排出流路部５１４へ進行する。第二の流体排出流路部５１４には、例えばチューブ（図示せず）が接続されている。粒子５０８は、第二の流体排出流路部５１４及び当該チューブを通過し、粒子回収用の容器又はウェルプレート（図示せず）に回収されうる。
【０１８６】
上記「（２−５）識別情報取得工程」に関して、前記容器又はウェルプレートに回収された粒子５０８の識別情報が取得される。識別情報として、例えば粒子が有する蛍光が取得されうる。
【０１８７】
上記「（２−６）確認工程」に関して、識別情報取得工程において取得された前記識別情報が、関連付け工程における関連付けに用いられた前記識別情報と同じであるかが確認される。両識別情報が同じであることによって、前記前記回収された粒子が、目的粒子であることが確認される。両識別情報が同じでないことによって、前記前記回収された粒子が、目的粒子でないことが確認される。
【０１８８】
３．第３の実施形態（粒子分析システム）
【０１８９】
（１）第３の実施形態の説明
【０１９０】
本技術に従う粒子分析システムは、少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップと、前記少なくとも一つのウェルから排出された粒子を回収する粒子回収部と、前記排出された粒子が有する識別情報を取得する識別情報取得部とを少なくとも含む。前記少なくとも一つのウェルのそれぞれがウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有することによって、本技術に従う粒子確認方法における関連付け工程を行うことが可能となり、加えて、ウェルから排出される粒子に対して識別情報を付与することも可能となる。さらに、前記識別情報取得部が、ウェルから排出された粒子が有する識別情報を取得するので、ウェルから排出された粒子が有する識別情報に基づき、本技術に従う粒子確認方法における確認工程を行うことが可能となる。そのため、当該粒子分析システムによって、目的粒子が分取されたかを確認することができる。このように、本技術に従う方法は、例えば本技術に従う粒子分析システムにより行われうる。
【０１９１】
（２）第３の実施形態の例（粒子分析システム）
【０１９２】
本技術に従う粒子分析システムの例を、図１６を参照しながら説明する。図１６は、本技術の粒子分析システムの構成例である。
【０１９３】
図１６に示される本技術の粒子分析システム１０００は、粒子捕捉用チャンバ１００を備えている。粒子捕捉用チャンバ１００は上記１．の「（２）第１の実施形態の第１の例」において説明したとおりであり、その説明が本実施形態においても当てはまる。
粒子捕捉用チャンバ１００の構成要素のうち、第一の流体供給流路部１１１には、バルブ１２１を介して、給液タンク１００１が接続されている。給液タンク１００１には、微小圧ポンプ１０１１が接続されている。
また、第二の流体供給流路部１１２には、バルブ１２２を介して、給液タンク１００２が接続されている。給液タンク１００２には、微小圧ポンプ１０１２が接続されている。
第一の流体排出流路部１１３には、バルブ１２３を介して分取制御部１０２０が接続されている。分取制御部１０２０は、目的粒子であると確認された粒子を、粒子回収部１０２２へと進行させる。分取制御部１０２０は、目的粒子であると確認されなかった粒子を、廃液タンク１００３へと進行させる。粒子捕捉用チャンバ１００から分取制御部１０２０へと向かって粒子を進行させるために、例えば廃液タンク１００３には微小圧ポンプ１０１３が接続されている。また、分取制御部１０２０に微小圧ポンプ（図示せず）が含まれていてよく、当該微小圧ポンプによって、粒子回収部１０２２又は廃液タンク１００３への粒子の進行が制御されうる。
また、第二の流体排出流路部１１４には、バルブ１２４を介して廃液タンク１００４及び微小圧ポンプ１０１４が設けられている。
これらのバルブは、好ましくは電動式のピンチバルブでありうる。また、これらの微小圧ポンプは、好ましくは１０Ｐａ〜３０００Ｐａ、より好ましくは１００Ｐａ〜２０００Ｐａ、例えば１００〜１０００Ｐａの間で、好ましくは１０Ｐａ〜３００Ｐａ間隔、より好ましくは２０Ｐａ〜２００Ｐａ間隔で、圧力を調整することができることが好ましい。
【０１９４】
粒子捕捉用チャンバ１００は、顕微鏡１０４１のステージ１０４２上に配置されている。ステージ１０４２は、電気的な制御によって移動させることができ、例えばＸ及びＹ方向に移動することができる。
顕微鏡１０４１の対物レンズ１０４３は、電気的な制御によって移動させることができ、例えばＺ方向に移動することができる。対物レンズ１０４３は、粒子捕捉用チャンバ１００の上から、粒子捕捉用チャンバ１００の粒子捕捉面を観察できるように構成されている。
顕微鏡１０４１には、例えば、光源（例えばレーザ、ハロゲンランプ、水銀ランプ、又はＬＥＤなど）、フィルター（例えば励起フィルター及び／又は蛍光フィルターなど）、目的に応じた倍率を有する対物レンズ、電動ＸＹステージ、及び電動Ｚステージ（対物レンズを移動させるものであってよく又はチャンバが置かれるステージであってもよい。）が備えられていてよい。  顕微鏡１０４１にはカメラ１０４４が接続されている。カメラ１０４４は、対物レンズ１０４３を介して粒子捕捉用チャンバ１００の粒子捕捉面を撮像できるように構成されている。カメラ１０４４は、例えばＣＭＯＳ又はＣＣＤのイメージセンサを含む。カメラ１０４４は、以下で述べる撮影データ処理部に撮影データを送信できるように構成されている。
【０１９５】
粒子分析システム１０００は、制御部１０５０を備えられている。制御部１０５０は、液流制御部１０５１、ポンプ制御部１０５２、バルブ制御部１０５３、観察及び撮影制御部１０５４、ステージ制御部１０５５、センサ制御部１０５６、及び撮影データ処理部１０５７を含む。制御部１０５０は、例えば、本技術に従う微小確認方法を粒子分析システム１０００に実行させるためのプログラムとＯＳとが格納されたハードディスク、ＣＰＵ、及びメモリにより構成されてよい。例えば汎用のコンピュータにより制御部１０５０の機能が実現されうる。前記プログラムは、例えばｍｉｃｒｏＳＤメモリカード、ＳＤメモリカード、又はフラッシュメモリなどの記録媒体に記録されていてもよい。当該記録媒体に記録された前記プログラムを、粒子分取システム１０００に備えられているドライブが読み出し、そして、制御部１０５０が、例えば当該読み出されたプログラムに従い、粒子分析システム１０００を構成する各要素を制御して、本技術に従う粒子確認方法を実行させてもよい。
【０１９６】
液流制御部１０５１は、ポンプ制御部１０５２及びバルブ制御部１０５３を制御して、粒子捕捉用チャンバ１００内への流体の供給又は粒子捕捉用チャンバ１００からの流体の排出を制御する。液流制御部１０５１は、例えば細胞の捕獲、薬液交換、及び／又は細胞の回収を制御する。液流制御部１０５１が、上記１．の「（２−１）捕捉工程」において説明した捕捉工程、上記１．の「（２−３）排出工程」において説明した排出工程、及び上記１．の「（２−４）粒子移動工程」において説明した粒子移動工程を行うための流体の流れを制御しうる。
ポンプ制御部１０５２は、微小圧ポンプの動作及び／又は微小圧ポンプにより付与される差圧を制御する。
バルブ制御部１０５３は、バルブの開閉を制御する。
【０１９７】
観察及び撮影制御部１０５４は、ステージ制御部１０５５及びセンサ制御部１０５６を制御して、粒子捕捉面の撮影を行う。観察及び撮影制御部１０５４は、ステージ制御部１０５５及びセンサ制御部１０５６を制御する。
ステージ制御部１０５５は、ステージ１０４２及び／又は対物レンズ１０４３を制御する。ステージ制御部１０５５により、撮影される領域を移動し及び／又はフォーカスを調整されうる。
センサ制御部１０５６は、カメラ１０４４を制御する。センサ制御部１０５６により、例えば粒子捕捉面の撮影のタイミング、露光期間、及び／又は撮影回数などが制御されうる。
観察及び撮影制御部１０５４によって、ステージ制御部１０５５によるステージの制御とセンサ制御部１０５６によるカメラ動作の制御とが同期されうる。また、観察及び撮影制御部１０５４は、複数の対物レンズ１０４３が取り付けられている電動リボルバーの回転を制御しうる。すなわち、観察及び撮影制御部１０５４は、対物レンズ１０４３を切り替えることができる。
【０１９８】
撮影データ処理部１０５７は、カメラ１０４４から送信された撮影データを処理する。例えば、撮影データ処理部１０５７は、粒子捕捉面を複数の領域に分けて撮像された場合に、当該複数の領域の撮像データから、粒子捕捉面全体についての１つの撮像データを生成しうる。また、撮影データ処理部１０５７は、当該撮影データを必要に応じて補正して、所望の識別情報を抽出しやすい撮像データを生成しうる。
【０１９９】
制御部１０５０は、図１７に示されるとおり、さらに関連付け部１０５８を含む。関連付け部１０５８は、例えば、上記１．の「（２−２）関連付け工程」において説明された関連付け工程を行う。例えば、関連付け部１０５８は、撮影データ処理部１０５７により取得された撮像データに基づき、ウェル内に捕捉されている粒子の識別情報及び当該粒子の位置情報を取得し、そして、当該取得された識別情報及び位置情報を関連付ける。当該識別情報及び位置情報は、例えば上記１．の「（２−２）関連付け工程」において述べたとおりのものであってよい。また、関連付けられた識別情報及び位置情報は、例えば粒子分析システム１０００に含まれる記憶部（図示せず）に格納されてよい。
【０２００】
粒子分析システム１０００は、識別情報取得部１０２１を含む。識別情報取得部１０２１は、上記１．の「（２−５）識別情報取得工程」において説明した識別情報取得工程を行いうる。識別情報取得部１０２１は、例えば流路を流れる粒子にレーザ光を照射することにより得られた蛍光及び／又は散乱光を検出し、検出された蛍光及び／又は散乱光に関するデータを識別情報として取得しうる。識別情報取得部１０２１の具体的な構成は、取得されるべき識別情報の種類に応じて適宜変更されてよい。
【０２０１】
制御部１０５０はさらに、確認部１０５９を含む。確認部１０５９は、前記識別情報取得部１０２１により取得された識別情報に基づき、粒子が捕捉されたウェルの位置を確認する。より具体的には、確認部１０５９は、上記１．の「（２−６）確認工程」において説明した確認工程を行いうる。
確認部１０５９は、粒子確認の結果に応じて分取制御部１０２０を制御しうる。例えば、確認部１０５９による粒子確認の結果、粒子が目的粒子であると確認された場合は、確認部１０５９は、分取制御部１０２０を制御して、粒子を粒子回収部１０２２へと進行させる。確認部１０５９による粒子確認の結果、粒子が目的粒子でない場合は、確認部１０５９は、分取制御部１０２０を制御して、粒子を廃液タンク１００３へと進行させる。
【０２０２】
粒子回収部１０２２は、例えば５ｍＬチューブ、９６ウェルプレート又は３８４ウェルプレートなどのウェルプレートである。目的粒子は、粒子回収部１０２２に回収され、目的粒子以外の粒子は廃液タンク１００３に回収される。また、目的粒子及び目的粒子以外の粒子の両方が、１つのウェルプレート上の異なる２以上のウェルにそれぞれ回収されてもよい。
代替的には、粒子回収部１０２２の代わりに、１つの空間に粒子を回収する粒子回収容器が用いられてもよい。
【０２０３】
以上で説明した本技術に関して、当業者は、本技術及びその均等物の範囲内において、種々の変更、コンビネーション、サブコンビネーション、又は代替が、例えば設計上の要請又は他の要因などに応じて可能であることを理解する。
【０２０４】
なお、本技術は、以下のような構成をとることもできる。
〔１〕粒子捕捉領域中のウェルに捕捉された粒子が有する識別情報と前記ウェルの位置情報とを関連付ける関連付け工程と、
前記粒子をウェルから排出する排出工程と、
前記排出工程後に前記粒子の識別情報を取得する識別情報取得工程と、
取得された前記識別情報に基づいて、前記粒子が、前記位置情報を有するウェルに捕捉されていたかを確認する確認工程と、
を含む粒子確認方法。
〔２〕粒子捕捉領域中のウェルに固定されたリンカーを介して粒子を捕捉する捕捉工程をさらに含む、〔１〕に記載の粒子確認方法。
〔３〕前記捕捉工程が、前記ウェルに捕捉された粒子を標識して前記粒子に識別情報を付与する標識工程を含む、〔２〕に記載の粒子確認方法。
〔４〕前記標識工程において、前記粒子を蛍光、色、電荷、磁荷、オリゴ核酸、又はペプチドにより標識して前記粒子に識別情報を付与する、〔３〕に記載の粒子確認方法。
〔５〕前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有し、隣り合うウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される、〔３〕又は〔４〕に記載の粒子確認方法。
〔６〕前記標識工程において、前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有し、隣り合う行又は列中のウェルに捕捉された粒子が異なる標識要素により標識される、〔３〕又は〔４〕に記載の粒子確認方法。
〔７〕前記関連付け工程が、前記粒子捕捉領域の画像を取得する画像取得工程を更に含み、
前記画像から蛍光、色、又は、粒子の大きさ若しくは形を識別情報として取得し、前記識別情報と前記位置情報とが関連付けられる、
〔１〕〜〔６〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔８〕前記排出工程において、識別情報を有する複数の粒子が連続して排出される、〔１〕〜〔７〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔９〕前記確認工程において、前記複数の粒子の排出の順序が参照される、〔８〕に記載の粒子確認方法。
〔１０〕前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、一時的に排出が停止される、〔８〕又は〔９〕に記載の粒子確認方法。
〔１１〕前記排出工程において、所定数の粒子を連続して排出した後に、目印となる粒子が排出される、〔８〕又は〔９〕に記載の粒子確認方法。
〔１２〕前記排出工程において、連続して排出される２以上の粒子が異なる識別情報を有する、〔８〕又は〔９〕に記載の粒子確認方法。
〔１３〕前記粒子捕捉領域が、複数の場に区分けされており、
前記ウェルが、当該ウェルが配置された場を特定するための標識要素を含む、
〔３〕に記載の粒子確認方法。
〔１４〕前記排出工程は、前記ウェルに固定されたリンカーに対して光照射して前記リンカーを切断する光照射工程を更に含む、〔２〕〜〔１３〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔１５〕前記粒子確認方法が、前記排出工程においてウェルから排出された粒子を、流路を通過させる粒子移動工程をさらに含み、
前記識別情報取得工程において、前記流路を通過する粒子又は前記流路を通過した粒子から前記識別情報が取得される、〔１〕〜〔１４〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔１６〕前記確認工程において、連続した所定数の粒子群に対し、前記排出工程で排出された粒子の識別情報の順序と、前記識別情報取得工程で取得された粒子の識別情報の順序が異なる時、当該粒子群を廃棄する、〔１〕〜〔１５〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔１７〕粒子分取工程をさらに含む、〔１〕〜〔１６〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔１８〕前記関連付け工程においてウェルに捕捉された粒子が、２以上の異なる識別情報を有している、〔１〕〜〔１６〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔１９〕前記識別情報取得工程において、前記粒子の識別情報を核酸シークエンス処理により取得する核酸シークエンス工程を更に含む、〔１〕〜〔１６〕のいずれか一つに記載の粒子確認方法。
〔２０〕少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、
前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、
粒子捕捉用チップ。
〔２１〕前記標識要素がリンカーを介して各ウェルに固定されており、前記リンカーを介した前記標識要素の固定が解消可能である、〔２０〕に記載の粒子捕捉用チップ。
〔２２〕前記粒子捕捉領域中の隣り合うウェルが異なる標識要素を有する、〔２０〕又は〔２１〕に記載の粒子捕捉用チップ。
〔２３〕前記粒子捕捉領域中のウェルが複数の行又は列を形成するように配され、隣り合う２つの行又は列が互いに異なる標識要素を有する、〔２０〕〜〔２２〕のいずれか一つに記載の粒子捕捉用チップ。
〔２４〕少なくとも一つのウェルを有する粒子捕捉領域を備えており、前記少なくとも一つのウェルのそれぞれが、ウェルから粒子へ移行可能な標識要素を有する、粒子捕捉用チップと、
前記少なくとも一つのウェルから排出された粒子を回収する粒子回収部と、
前記排出された粒子が有する識別情報を取得する識別情報取得部と、
を含む粒子分析システム。
【符号の説明】
【０２０５】
１００  粒子捕捉用チャンバ
１０１  粒子捕捉用チップ
１０４  粒子捕捉領域
１０５  ウェル
１０８  粒子
【図１】
2020129462.tif 000003
【図２Ａ】
2020129462.tif 000004
【図２Ｂ】
2020129462.tif 000005
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【国際調査報告】
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