(57)【要約】  本発明は、対象の生体サンプルにおいて、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を測定することを含み、前記少なくとも１種の遺伝子がＤＮＡメチル化されていることが、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあることを示す、ＡＴＬの検出方法を提供する。これにより、新たな成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）の検出方法などが提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の生体サンプルにおいて、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を測定することを含み、前記少なくとも１種の遺伝子がＤＮＡメチル化されていることが、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあることを示す、ＡＴＬの検出方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの遺伝子のＤＮＡメチル化を、バイサルファイトシークエンス法によって測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１種の遺伝子が、
（１）ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、
（２）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、及びＣ２ｏｒｆ４０遺伝子を含む組み合わせ、
（３）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、及びＬＡＩＲ１遺伝子を含む組み合わせ、
（４）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、または
（５）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、ＢＣＬ９、ＬＺＴＦＬ１、ＺＩＫ１、及びＴＭＥＭ４５Ｂ遺伝子を含む組み合わせ
である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のプロモーターＣｐＧのＤＮＡメチル化の有無を検出するための試薬を含む、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）検出用キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）の検出方法などに関する。
【背景技術】
【０００２】
成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）はレトロウイルスであるＨｕｍａｎ  Ｔ−ｃｅｌｌ  Ｌｙｍｐｈｏｔｒｏｐｉｃ  Ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ−１（ＨＴＬＶ−１）のＴ細胞への感染に起因する末梢性Ｔ細胞腫瘍である。ＨＴＬＶ−１は主に授乳、性交や輸血等で感染が広がり、ＨＴＬＶ−１感染者は日本やカリブ海沿岸諸国、中央アフリカや南米等に局在しており、全体で５００万人〜２，０００万人と推定されている（非特許文献１）。日本におけるＨＴＬＶ−１の感染者は１１０万人と推定され（非特許文献１）、４０〜５０％は九州・沖縄地方に偏在しているが、近年、大阪や東京・愛知などの大都市圏でのＨＴＬＶ−１感染者が増加傾向にある。【０００３】
ＨＴＬＶ−１感染Ｔ細胞は遺伝子変異やエピジェネティクスな異常を蓄積しながら、クローン性の増殖能を獲得する、多段階発がん過程を経る。そのため、感染からＡＴＬ発症までの期間が非常に長く、結果的に高齢なキャリアにＡＴＬ発症者が多いのが特徴である（非特許文献１）。一方で、ＨＴＬＶ−１感染者の多くは無症候感染者としてその生涯を終えるが、感染者の３〜５％がＡＴＬを発症し、その臨床病態からくすぶり型、慢性型、急性型、リンパ腫型に分類される。急性型やリンパ腫型、予後不良因子を有する一部の慢性型は悪性度が高く、極めて予後不良である。一方でくすぶり型や予後不良因子を持たない慢性型は比較的緩徐な経過をたどる低悪性度ＡＴＬとされ、直接的な治療介入は基本的には行われない。しかしながら、およそ半数の低悪性度ＡＴＬ患者が経過中に急性転化し、その長期予後は不良である（非特許文献２）。その為、ＡＴＬの効果的な発症予防法、治療法などの開発が望まれている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ｉｓｈｉｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ（２０１４），１５（１１），ｐ．ｅ５１７−２６
【非特許文献２】Ｔａｋａｓａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ（２０１０），１１５（２２），ｐ．４３３７−４３
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
上記状況において、新たな成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）の検出方法などが求められていた。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明者は、鋭意研究を重ねた結果、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子のＤＮＡメチル化状態がＡＴＬの病態を反映していること、これらのうち少なくとも１つの遺伝子のメチル化をマーカーとして利用することで対象がＡＴＬを発症している、又はＡＴＬを発症する恐れがあることを検出できること、等の知見に基づき本発明を完成するにいたった。
ここでは、以下のものが提供される。【０００７】
［１−１］  対象の生体サンプルにおいて、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を測定することを含み、前記少なくとも１種の遺伝子がＤＮＡメチル化されていることが、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあることを示す、ＡＴＬの検出方法。
［１−２］  前記少なくとも１つの遺伝子のＤＮＡメチル化を、バイサルファイトシークエンス法によって測定する、上記［１−１］に記載の方法。
［１−３］  前記少なくとも１種の遺伝子が、
（１）ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、
（２）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、及びＣ２ｏｒｆ４０遺伝子を含む組み合わせ、
（３）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、及びＬＡＩＲ１遺伝子を含む組み合わせ、
（４）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、または
（５）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、ＢＣＬ９、ＬＺＴＦＬ１、ＺＩＫ１、及びＴＭＥＭ４５Ｂ遺伝子を含む組み合わせ
である、上記［１−１］または［１−２］に記載の方法。【０００８】
［２−１］  ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のプロモーターＣｐＧのＤＮＡメチル化の有無を検出するための試薬を含む、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）検出用キット。
［２−２］  前記少なくとも１つの遺伝子のＤＮＡメチル化を、バイサルファイトシークエンス法によって測定するように用いられる、上記［２−１］に記載のキット。
［２−３］  前記少なくとも１種の遺伝子が、
（１）ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、
（２）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、及びＣ２ｏｒｆ４０遺伝子を含む組み合わせ、
（３）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、及びＬＡＩＲ１遺伝子を含む組み合わせ、
（４）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ、または
（５）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、ＢＣＬ９、ＬＺＴＦＬ１、ＺＩＫ１、及びＴＭＥＭ４５Ｂ遺伝子を含む組み合わせ
である、上記［２−１］または［２−２］に記載の方法。【０００９】
［３−１］  上記［１−１］〜［１−３］のいずれか１項に記載のＡＴＬの検出方法によりＡＴＬを発症している又は発症する恐れがあることが示された対象に、ＡＴＬの予防または治療薬を投与することを含む、ＡＴＬの予防または治療方法。
【発明の効果】
【００１０】
本発明のいくつかの態様では、新たなＡＴＬの検出方法が提供される。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】ＡＴＬの発症・進行と細胞表面マーカー（ＣＡＤＭ１及びＣＤ７）の発現変化を示す図である。
【図２】ＡＴＬの病態を反映するＤＮＡメチル化異常領域の抽出フローチャートである。
【図３】ＨＴＬＶ−１特異的ＤＮＡメチル化亢進領域のメチル化プロファイルによるＡＴＬの病態の進行を反映するクラスター形成を示す図である。
【図４】遺伝子発現データベースを利用したＤＮＡメチル化異常を伴う発現異常遺伝子群の抽出結果を示す図である。
【図５−１】各遺伝子においてメチル化を検出する対象となるＣｐＧ部位の例を示す図である。
【図５−２】各遺伝子においてメチル化を検出する対象となるＣｐＧ部位の例を示す図である。
【図５−３】各遺伝子においてメチル化を検出する対象となるＣｐＧ部位の例を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
以下、本発明について詳細に説明する。
なお、本明細書に記載した全ての文献及び刊行物は、その目的にかかわらず参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。
【００１３】
１．概要
後述の実施例において、同一患者内の正常Ｔ細胞とＨＴＬＶ−１感染細胞を比べることにより、ＨＴＬＶ−１感染細胞に特異的なＤＮＡメチル化異常領域を精度よく抽出した（図１〜３）。抽出したＤＮＡメチル化異常領域には、およそ９００の遺伝子が含まれていた。次に、正常Ｔ細胞では発現しており、ＨＴＬＶ−１感染細胞で発現が抑制されているおよそ４００の遺伝子を抽出した。前述のＨＴＬＶ−１特異的ＤＮＡメチル化異常亢進領域に含まれるおよそ９００の遺伝子と比較し、共通の２２遺伝子（ＳＥＲＰＩＮＢ６，ＮＥＬＬ２，ＴＨＥＭＩＳ，ＺＳＣＡＮ１８，ＬＡＩＲ１，ＣＤ７，ＲＮＦ１３０，ＺＩＫ１，ＬＹＰＤ３，ＴＭＥＭ４５Ｂ，ＰＯＭＣ，ＦＨＩＴ，ＭＤＳ２，ＨＯＯＫ１，ＳＯＲＣＳ３，Ｃ２ｏｒｆ４０，ＺＮＦ６６２，ＳＰＧ２０，ＺＮＦ７１７，ＬＺＴＦＬ１，ＫＬＨＬ３４，ＢＣＬ９）を同定した（図４）。選び出された２２遺伝子の発現プロファイルを用いて階層的クラスタリング解析を行うとＤＮＡメチル化状態と同様に病態を反映する（図４）ことから、これらの遺伝子群はＤＮＡのメチル化亢進により発現が抑制され、それによりＨＴＬＶ−１感染細胞の増殖、つまりはＡＴＬの発症および病態の進行に寄与していることが分かった。
ここでは、対象の生体サンプルにおいて、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を測定することを含み、前記少なくとも１種の遺伝子がＤＮＡメチル化されていることが、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあることを示す、ＡＴＬの検出方法などを提供する。以下、ＡＴＬの検出方法などを詳細に説明する。
【００１４】
２．成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）の検出方法
ここで提供されるＡＴＬの検出方法は、対象の生体サンプルにおいてＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を検出することを含む、方法である。いくつかの態様では、前記少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化をＡＴＬ検出マーカーとして利用する。
【００１５】
「成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫」または「ＡＴＬ」は、レトロウイルスであるＨｕｍａｎ  Ｔ−ｃｅｌｌ  Ｌｙｍｐｈｏｔｒｏｐｉｃ  Ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ−１（ＨＴＬＶ−１）のＴ細胞への感染に起因する末梢性Ｔ細胞腫瘍である。ＡＴＬは、その臨床病態からくすぶり型、慢性型、急性型、およびリンパ腫型に分類される。
【００１６】
「対象」は、ヒトを含む哺乳動物であり、例えば、ヒト、およびサルが挙げられ、好ましくは、ヒトである。
【００１７】
「生体サンプル」は、Ｔ細胞における遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を検出することができる限り制限はない。生体サンプルは、例えば、（ｉ）末梢血（全血）、（ｉｉ）末梢血から分離した末梢血単核球（ＣＤ４陽性Ｔ細胞およびＣＤ８陽性Ｔ細胞を含有する混合物）、(ｉｉｉ)末梢血もしくは末梢血単核球から分離した、または末梢血もしくは末梢血単核球以外のサンプルから分離したＴ細胞、（ｉｖ）血漿または血清中のセルフリーＤＮＡなどである。
【００１８】
「Ｔ細胞」は、Ｔリンパ球とも呼ばれ、免疫応答に関与するリンパ球のうち胸腺に由来する細胞を意味する。Ｔ細胞にはＣＤ８陽性Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞：ＣＴＬ）、ＣＤ４陽性Ｔ細胞（ヘルパーＴ細胞）、サプレッサーＴ細胞、制御性Ｔ細胞などの調節性Ｔ細胞、エフェクター細胞、ナイーブＴ細胞、メモリーＴ細胞、α鎖とβ鎖のＴＣＲを発現するαβＴ細胞、又はγ鎖とδ鎖のＴＣＲを発現するγδＴ細胞のいずれもが含まれる。Ｔ細胞は、Ｔ細胞への分化が方向づけられたＴ細胞の前駆細胞を包含する。
【００１９】
「末梢血もしくは末梢血単核球以外のサンプル」は、例えば、皮膚病変、リンパ節病変、骨髄細胞などである。
【００２０】
「ＤＮＡメチル化」は、対象のゲノム上の遺伝子の非翻訳領域、特にプロモーター領域のＣｐＧアイランド（「プロモーターＣｐＧアイランド」とも称する。）配列においてシトシン（Ｃ）の５位炭素原子が高メチル化されている現象を指す。ＣｐＧアイランドは、対象のゲノム配列において非翻訳領域に存在するシトシン（Ｃ）グアニン（Ｇ）含量が多い領域であり、ＣＧからなるジヌクレオチドの繰り返し配列をしばしば含む。
【００２１】
各遺伝子において、ＤＮＡメチル化を検出する領域は、例えば、次のように決定する。網羅的ＤＮＡメチル化解析で使用したｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＩｎｆｉｎｉｕｍ  ＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０Ｋ  ＢｅａｄＣｈｉｐにおいて、各遺伝子のＤＮＡメチル化定量に使用されたオリコヌクレオチドプローブ情報から、定量されたＣｐＧ部位情報を得る。その部位、あるいはその近傍のＣｐＧ部位のＤＮＡ目メチル化をバイサルファイト−パイロシークエンス法等により定量する。既知のメチル化率を有する標準ＤＮＡを用いてそのＣｐＧ部位を測定する際の有効性を確認し、ＤＮＡメチル化を検出する領域を決定する。いくつかの態様では、正常Ｔ細胞とＨＴＬＶ１感染Ｔ細胞を比べてβ値で０．２以上の変化のあったＣｐＧ部位を、ＤＭＰ（Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎｓ）と決定し、ＣｐＧ部位を測定する際に有効な位置であると判断する（Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ．（２０１３）３３０（１），ｐ．３３−４０）。好ましくは、このとき同一患者内で正常Ｔ細胞とＨＴＬＶ１感染Ｔ細胞を比べてβ値の変化を求める。
【００２２】
検出方法で標的となる遺伝子は、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子である。
【００２３】
以下に、ヒト遺伝子の例を示す。なお、ヒト以外の哺乳動物の該当する遺伝子の配列については、例えばＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）のデータベース等から入手することができる。
【００２４】
ＳＥＲＰＩＮＢ６のヒト塩基配列は、「５２６９」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（米国ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＳＥＲＰＩＮＢ６遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号１〜３）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００２５】
ＮＥＬＬ２のヒト塩基配列は、「４７５３」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＮＥＬＬ２遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号４）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００２６】
ＴＨＥＭＩＳのヒト塩基配列は、「３８７３５７」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＴＨＥＭＩＳ遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号５〜６）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００２７】
ＺＳＣＡＮ１８のヒト塩基配列は、「６５９８２」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＺＳＣＡＮ１８遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号７〜１１）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００２８】
ＬＡＩＲ１のヒト塩基配列は、「３９０３」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＬＡＩＲ１遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号１２〜１５）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００２９】
ＣＤ７のヒト塩基配列は、「９２４」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＣＤ７遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号１６〜１７）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３０】
ＲＮＦ１３０のヒト塩基配列は、「５５８１９」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＲＮＦ１３０遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号１８）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３１】
ＺＩＫ１のヒト塩基配列は、「２８４３０７」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＺＩＫ１遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号１９〜２１）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３２】
ＬＹＰＤ３のヒト塩基配列は、「２７０７６」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＬＹＰＤ３遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号２２）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３３】
ＴＭＥＭ４５Ｂのヒト塩基配列は、「１２０２２４」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＴＭＥＭ４５Ｂ遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号２３〜２４）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３４】
ＰＯＭＣのヒト塩基配列は、「５４４３」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＰＯＭＣ遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号２５〜２７）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３５】
ＦＨＩＴのヒト塩基配列は、「２２７２」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＦＨＩＴ遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号２８）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３６】
ＭＤＳ２のヒト塩基配列は、「２５９２８３」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＭＤＳ２遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号２９）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３７】
ＨＯＯＫ１のヒト塩基配列は、「５１３６１」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＨＯＯＫ１遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３０）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３８】
ＳＯＲＣＳ３のヒト塩基配列は、「２２９８６」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＳＯＲＣＳ３遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３１〜３２）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００３９】
Ｃ２ｏｒｆ４０のヒト塩基配列は、「８４４１７」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＣ２ｏｒｆ４０遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３３〜３６）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４０】
ＺＮＦ６６２のヒト塩基配列は、「３８９１１４」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＺＮＦ６６２遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３７）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４１】
ＳＰＧ２０のヒト塩基配列は、「２３１１１」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＳＰＧ２０遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３８）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４２】
ＺＮＦ７１７のヒト塩基配列は、「１００１３１８２７」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＺＮＦ７１７遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号３９〜４０）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４３】
ＬＺＴＦＬ１のヒト塩基配列は、「５４５８５」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＬＺＴＦＬ１遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号４１〜４２）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４４】
ＫＬＨＬ３４のヒト塩基配列は、「２５７２４０」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＫＬＨＬ３４遺伝子のプロモーターＣｐＧアイランドを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号４３〜４４）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４５】
ＢＣＬ９のヒト塩基配列は、「６０７」の登録番号でＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録されている。ヒトＢＣＬ９遺伝子のプロモーターＣｐＧを含む周辺配列の例を図５に示す（配列番号４５）。図５の配列中には、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を下線で示した。好ましい態様においてＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列の例を、さらに括弧で示した。
【００４６】
いくつかの態様では、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子からなる群から選択される少なくとも１種の遺伝子において、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列は、例えば、図５中に下線で示されたＣｐＧ配列のうちの全部または一部である。上記少なくとも１種の遺伝子において、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列は、例えば、図５中にさらに括弧で示されたＣｐＧ配列のうちの全部または一部である。
【００４７】
ＤＮＡメチル化の測定は、例えば以下のように行うことができる。
生体サンプルから、公知の方法によりゲノムＤＮＡを抽出する。生体サンプルが体液の場合は、フィルター濾過、遠心分離などの分離手段にかけて固形分を除いた後に、上清をフェノール／クロロホルム法などの公知の手法により、または市販キットを用いてゲノムＤＮＡを抽出する。生体サンプルが組織の場合、精製水を加えてホモゲナイズし、同様の分離手段にかけて固形分を除いたのち、上清をフェノール／クロロホルム法などの公知の手法によるか又は市販キットを用いてゲノムＤＮＡを抽出する。そして、抽出したＤＮＡをメチル化の検出に用いる。
【００４８】
ＤＮＡメチル化の検出方法は特に限定されず公知の方法で行うことができる。
【００４９】
抽出したゲノムＤＮＡを用いてＤＮＡメチル化を解析する方法としては、例えば、バイサルファイトシークエンス法、パイロシークエンス法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ；Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＰＣＲ）法、定量的ＭＳＰ法、ＣＯＢＲＡ（Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ  Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）法、あるいはＱｕｅｎｃｈｉｎｇ  ｐｒｏｂｅを用いたＴｍ解析法による一塩基タイピングが挙げられる。これらの方法は、それぞれ解析範囲、感度、精度、必要な機器が大きく異なる。これらは全てバイサルファイト処理によってメチル化していないシトシンのみをウラシルに変換するという原理を利用したものである。
【００５０】
上記ＤＮＡメチル化測定法について説明する。
「バイサルファイトシークエンス法」は、ＤＮＡをバイサルファイト処理することによってＤＮＡ中のメチル化されていないシトシン（非メチル化シトシン）はウラシルに変換される。一方、メチル化シトシンはバイサルファイト処理で変換されない。それゆえ、このような処理によってメチル化シトシンと非メチル化シトシンを区別できる。そして、変換後のＤＮＡの塩基配列を決定するなどの手法によってＤＮＡメチル化を解析することができる。
【００５１】
「パイロシークエンス法」は、ポリメラーゼ塩基伸長反応によるルシフェラーゼ発光反応を検出することで塩基配列を解読する方法であり、伸長反応の際に生成されるピロリン酸と発光強度が完全に比例関係にあるため高精度な定量解析を行うことができる。この原理により、バイサルファイト処理を行ったＤＮＡのＣｐＧサイトのＴ％／Ｃ％を解読してＤＮＡメチル化比率を決定する。
【００５２】
「メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）法」は、ＤＮＡをバイサルファイト変換し、このＤＮＡを鋳型にして、メチル化ＤＮＡを特異的に増幅するプライマーと、非メチル化ＤＮＡを特異的に増幅するプライマーを用いて別々にＰＣＲを行い、ＰＣＲ産物の有無によりＤＮＡメチル化の有無を判定する。
【００５３】
「定量的ＭＳＰ法」は、ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＰＣＲ技術であり、Ｎａ  ｂｉｓｕｌｆｉｔｅで処理したＤＮＡを、目的遺伝子内部のメチル化領域及び非メチル化領域に特異的な予想配列のプライマーを用いてＰＣＲ増幅することを基本としている。複数の蛍光団（ｆｌｕｏｒｏｐｈｏｒｅ）を使用することによってリアルタイム定量ＭＳＰを行うことが可能であり、この場合メチル化領域特異的プライマーと非メチル化領域特異的プライマーを使用する。
【００５４】
「ＣＯＢＲＡ法」は、バイサルファイト処理後にメチル化ＤＮＡと非メチル化ＤＮＡに共通のプライマーを用いて目的のＤＮＡをＰＣＲ増幅後、メチル化ＤＮＡと非メチル化ＤＮＡで配列が異なる箇所を認識する制限酵素で処理し、断片をエタノール沈殿して濃縮し、電気泳動でメチル化ＤＮＡと非メチル化ＤＮＡを識別できる。ＰＣＲ増幅は、バイサルファイトシークエンス法と同様に行うことができる。
【００５５】
「Ｑｕｅｎｃｈｉｎｇ  ｐｒｏｂｅを用いたＴｍ解析法」は、バイサルファイト変換後のＤＮＡ標品から対象とするＣｐＧ部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲにより増幅し、相補的な配列を持ったＱＰｒｏｂｅ（蛍光標識したシトシン塩基を末端に持つｐｒｏｂｅ。ＤＮＡ断片と結合することにより蛍光が減少し、解離すると発光する。）と結合させ、相補配列の適合度によってＱＰｒｏｂｅの解離する温度が異なることを利用し、解離することによって得られる蛍光を検出することで一塩基タイピングを行うことができる。
【００５６】
ここで、上記各方法で、ＰＣＲのためのプライマーセットは、公知の方法またはそれに準ずる方法で設計し、得ることができる。プライマーセットの設計は、例えばインターネット上のプログラムＭｅｔｈＰｒｉｍｅｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｒｏｇｅｎｅ．ｏｒｇ／ｍｅｔｈｐｒｉｍｅｒ／ｉｎｄｅｘ１．ｈｔｍｌ）に配列を入れることで行うことができる。また、上記各方法で、プローブは、公知の方法またはそれに準ずる方法で設計し、得ることができる。
【００５７】
いくつかの態様では、ＤＮＡメチル化測定をバイサルファイトシークエンス法で行う。その好適な一例としては、イルミナ社のビーズアレイ（Ｉｎｆｉｎｉｕｍ（登録商標）ＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０  ＢｅａｄＣｈｉｐ）を用いた方法を挙げることができる。この方法では、バイサルファイト処理によりＤＮＡ中のメチル化されていないシトシン（非メチル化シトシン）をウラシルに変換することで、メチル化シトシンを非メチル化シトシンを区別する。そして、サイトごとに特異的な、メチル化用プローブ（Ｍタイプ）と非メチル化用プローブ（Ｕタイプ）の２つのビーズに固定化されたプローブをハイブリダイゼーション後、ラベル化ｄｄＮＴＰを使った１塩基伸長反応を行い、この蛍光強度シグナルから、メチル化と非メチル化の割合を計算する。これにより、網羅的なＤＮＡメチル化分析を簡便に行うことができる。
【００５８】
いくつかの態様では、上記のようにして検出した各遺伝子のＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度または遺伝子の組み合わせのＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度が、正常細胞の対応するＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列）のメチル化の頻度と比較して高いとき（例えば、５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、３５％以上、４０％以上、４５％以上、または５０％以上、またはβ値で、０．０５以上、０．１０以上、０．１５以上、０．２０以上、０．２５以上、０．３０以上、０．３５以上、０．４０以上、０．４５以上、または０．５０以上高いとき）、各遺伝子がＤＮＡメチル化されていると判断することができる。より具体的には、各遺伝子のＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度が、正常細胞の対応するゲノムＤＮＡのメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度と比較して高いとき、遺伝子がＤＮＡメチル化されていると判断することができる。
【００５９】
別のいくつかの態様では、上記のようにして検出した各遺伝子のＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度または遺伝子の組み合わせのＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度が、例えば、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上であるとき、またはβ値で、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上または０．９以上遺伝子であるとき、ＤＮＡメチル化されていると判断することができる。
さらに別のいくつかの態様では、上記のようにして検出した各遺伝子のＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度または遺伝子の組み合わせのＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度が、正常細胞の対応するＤＮＡメチル化（例えば、ＣｐＧ配列のメチル化）の頻度と比較して高く（例えば、５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、３５％以上、４０％以上、４５％以上、または５０％以上高く、またはβ値で、０．０５以上、０．１０以上、０．１５以上、０．２０以上、０．２５以上、０．３０以上、０．３５以上、０．４０以上、０．４５以上、または０．５０以上高く）、かつ、メチル化の頻度が５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上であるとき、またはβ値で、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上または０．９以上遺伝子であるとき、遺伝子がＤＮＡメチル化されていると判断することができる。
【００６０】
「正常細胞」は、ＨＴＬＶ−１に感染していないＴ細胞である。
【００６１】
上記マーカー遺伝子のうち、少なくとも１種の遺伝子（すなわち、１種の遺伝子、あるいは遺伝子の組み合わせ、すなわち２種の遺伝子、３種の遺伝子、４種の遺伝子、５種の遺伝子、６種の遺伝子、７種の遺伝子、８種の遺伝子、９種の遺伝子、１０種の遺伝子、１１種の遺伝子、１２種の遺伝子、１３種の遺伝子、１４種の遺伝子、１５種の遺伝子、１６種の遺伝子、１７種の遺伝子、１８種の遺伝子、１９種の遺伝子、２０種の遺伝子、２１種の遺伝子、又は２２種の遺伝子）のＤＮＡメチル化を解析することにより、対象のＡＴＬ発症の有無、または対象が将来的にＡＴＬを発症する可能性の有無が判断される。少なくとも１種の遺伝子は、例えば、１種または少なくとも２種の遺伝子であり、例えば、４〜９種の遺伝子、１０〜１５種の遺伝子、または１６〜２２種の遺伝子である。いくつかの態様では、少なくとも１種の遺伝子は、全２２種の遺伝子である。
【００６２】
いくつかの態様では、少なくとも１種の遺伝子（すなわち、１種の遺伝子、あるいは遺伝子の組み合わせ）についてＤＮＡメチル化されていると判断することができた場合に、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあると判断することができる。
【００６３】
別のいくつかの態様では、ＤＮＡメチル化を解析する遺伝子が遺伝子の組み合わせ、すなわち少なくとも２種の遺伝子（例えば、２種の遺伝子、３種の遺伝子、４種の遺伝子、５種の遺伝子、６種の遺伝子、７種の遺伝子、８種の遺伝子、９種の遺伝子、１０種の遺伝子、１１種の遺伝子、１２種の遺伝子、１３種の遺伝子、１４種の遺伝子、１５種の遺伝子、１６種の遺伝子、１７種の遺伝子、１８種の遺伝子、１９種の遺伝子、２０種の遺伝子、２１種の遺伝子、又は２２種の遺伝子）であり、少なくとも２種の遺伝子のうちの、例えば、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％の遺伝子についてＤＮＡメチル化されていると判断することができた場合に、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあると判断することができる。
【００６４】
ここで、２種以上の遺伝子の組み合わせの例は、以下の通りである。
【００６５】
（１）ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ（全２２種の遺伝子）。
【００６６】
（２）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、及びＣ２ｏｒｆ４０遺伝子を含む組み合わせ（４種の遺伝子）。
（３）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、及びＬＡＩＲ１遺伝子を含む組み合わせ（９種の遺伝子）。
【００６７】
（４）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、及びＢＣＬ９遺伝子を含む組み合わせ（１２種の遺伝子）。
【００６８】
（５）ＬＹＰＤ３、ＴＨＥＭＩＳ、ＮＥＬＬ２、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＨＯＯＫ１、ＦＨＩＴ、ＣＤ７、ＭＤＳ２、ＬＡＩＲ１、ＲＮＦ１３０、ＰＯＭＣ、ＢＣＬ９、ＬＺＴＦＬ１、ＺＩＫ１、及びＴＭＥＭ４５Ｂ遺伝子を含む組み合わせ（１５種の遺伝子）。
【００６９】
いくつかの態様では、上記組み合わせ（１）〜（５）において、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列は、例えば、図５中に下線で示されたＣｐＧ配列のうちの全部または一部である。上記組み合わせ（１）〜（５）において、ＤＮＡメチル化を検出する標的ＣｐＧ配列は、例えば、図５中にさらに括弧（［］）で示されたＣｐＧ配列のうちの全部または一部である。
【００７０】
いくつかの態様では、各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度が５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上（またはβ値で、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上または０．９以上）であるとき、その対象がＡＴＬを発症している確率が、例えば、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、または１００％であると判断できる。
あるいは、各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度が５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上（またはβ値で、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上または０．９以上）であるとき、その対象がＡＴＬを発症する恐れがあり、将来発症する確率が、例えば、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、または１００％であると判断できる。
【００７１】
ＡＴＬを発症している確率またはＡＴＬを将来発症する確率がＰ％であるような、メチル化の頻度の基準値Ｆ％は、症例を積み重ねて、調整するようにしても良い。メチル化の頻度の基準値Ｆ％などを調整する際の統計処理は、特に限定されず、当該分野で公知の方法により行うことができる。
【００７２】
後述の実施例に示したように、ＤＮＡのメチル化状態がＡＴＬの発症および進行によく相関することから、各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度に基づき、ＡＴＬの進行度を次のように判断することもできる。いくつかの態様では、各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度に基づき、次のように、ＡＴＬの進行度を判断する。すなわち、各遺伝子のＤＮＡメチル化の頻度または遺伝子の組み合わせのＤＮＡメチル化の頻度が、高ければ高いほど、ＡＴＬの悪性度が高いと判断することができ、一方、低ければ低いほど、ＡＴＬの悪性度が低いと判断することができる。
【００７３】
また、後述の実施例に示したように、ＤＮＡのメチル化状態がＡＴＬの発症および進行によく相関することから、生体サンプル全体（例えば、採取した末梢血中の単核球全体）のＤＮＡメチル化の頻度にもとづき、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中（例えば、採取した末梢血中）にどの程度存在するかの目安とし得る。いくつかの態様では、各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度に基づき、次のように、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中にどの程度存在するかを判断する。すなわち、各遺伝子のＤＮＡメチル化の頻度または遺伝子の組み合わせのＤＮＡメチル化の頻度が、高ければ高いほど、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中に多く存在すると判断することができ、一方、低ければ低いほど、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中に少なく存在する、または存在しないと判断することができる。さらに、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中に多く存在する対象については、ＡＴＬを発症するリスクが高い、またはＡＴＬが進行するリスクが高い、または予後が悪いと判断することができ、一方、悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞が生体サンプル中に少なく存在する、または存在しない対象については、ＡＴＬを発症するリスクが低い、またはＡＴＬが進行するリスクが低い、または予後が良いと判断することができる。
いくつかの態様では、予後予測、すなわちＡＴＬの発症および進行の予測を次のように行う。ＨＴＬＶ−１キヤリアの状態で各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度がＸ％（β値でＸβ）の場合、ＡＴＬを発症する確率がＡ％であると判断する。また、低悪性度ＡＴＬの状態で各遺伝子または遺伝子の組み合わせにおけるＤＮＡメチル化の頻度がＹ％（β値でＹβ）の場合、高悪性度ＡＴＬに移行する確率がＢ％であると判断する。この時、メチル化の頻度と発症または進行の確率の具体的な数値は、症例を積み重ねて、メチル化スコアとしてまとめ設定および調整することができる。
【００７４】
ここで、「ＤＮＡメチル化の頻度」とは、ゲノム中のＤＮＡのうち、メチル化しているシトシン、グアニン、アデニン、およびチミンの割合（％）をいう。また、「ＣｐＧ配列のメチル化の頻度」とは、ＣｐＧ配列中のシトシンのうち、メチル化しているシトシンの割合（％）をいう。
【００７５】
いくつかの態様では、これらの頻度は、０〜１００％の数字で表すことができる。例えば、１つのＣｐＧ配列においてシトシンがメチル化している場合には、ＣｐＧ配列のメチル化の頻度は１００％であり、一方、１つのＣｐＧ配列においてシトシンが脱メチル化している場合には、ＣｐＧ配列のメチル化の頻度は０％である。ＣｐＧ配列のメチル化の頻度は、２つ以上のＣｐＧ配列についてメチル化の頻度を求める場合には、各ＣｐＧ配列のメチル化の頻度を合計し、その合計値をＣｐＧ配列の数で割って求めた平均値であっても良い。すなわち、ある領域のＸ個（Ｘ≧２）のＣｐＧ配列うちＹ個（Ｙ≧１）のＣｐＧ配列がメチル化されていたとすると、この領域のＣｐＧ配列のメチル化の頻度Ｚ％は、式Ｚ（％）＝［１００（％）ｘＹ（個）］／Ｘ（個）で求めることができる。
【００７６】
また、上記１つのＣｐＧ配列におけるメチル化の頻度、または上記２つ以上のＣｐＧ配列におけるメチル化の頻度は、２以上の測定により求めたメチル化の頻度の平均値であっても良い。すなわち、ｎ回（ｎ≧２）の測定のうち、ｉ回目（ｉ＝１，２，…，ｎ）の測定における前記メチル化の頻度をＺｉ％とすると、メチル化の頻度Ｚ％は、式Ｚ（％）＝［Ｚ１（％）＋Ｚ２（％）＋…＋Ｚｉ（％）＋…＋Ｚｎ（％）］／ｎ（回）で求めることができる。
【００７７】
別のいくつかの態様では、メチル化の頻度はβ値によって示される。なお、β値は、以下の式により算出される。
β値＝（メチル検出用プローブの蛍光値の最大値）／（非メチル検出用プローブの蛍光値の最大値＋メチル検出用プローブの蛍光値の最大値＋１００）
【００７８】
上記のように検出したＤＮＡメチル化をＡＴＬ検出マーカーとして利用するものであるが、対象が成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）を発症している又は発症する恐れがあることに関する診断を下す場合には、ＤＮＡメチル化での検出結果に加えて、他のマーカーでの検出結果や、感染ウイルス量定量、血液形態検査、可溶性ＩＬ−２受容体量等での検査結果などを組み合わせて、総合的に判断して、診断を下すようにしても良い。このように、ＤＮＡメチル化、および他のマーカーでのＡＴＬ検出結果や、抗体検査、感染ウイルス量定量、血液形態検査、可溶性ＩＬ−２受容体量等での検査結果など、複数の検出結果および検査結果を組み合わせることで、より正確にＡＴＬを発症している又は発症する恐れがあることに関する診断を下すことができる。
【００７９】
また、ＡＴＬの検出方法により得られた検出結果は、ＡＴＬの予防または治療薬を投与した際の、治療効果の予測にも有用である。したがって、ここでは、以下の、ＡＴＬの予防または治療方法も提供する。
【００８０】
ＡＴＬの検出方法によりＡＴＬを発症している又は発症する恐れがあることが示された対象に、ＡＴＬの予防または治療薬を投与することを含む、ＡＴＬの予防または治療方法。
【００８１】
ＡＴＬの予防または治療薬としては、例えば、ＤＮＡ脱メチル化剤；レナリドミド等の免疫調節薬；モガムリズマブ等の抗ＣＣＲ−４抗体薬；抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１抗体薬等の免疫チェックポイント阻害薬を挙げることができる。いくつかの態様では、ＡＴＬの予防または治療薬は、ＤＮＡ脱メチル化剤である。ＤＮＡ脱メチル化剤としては、例えば、アザシチジン、デシタビン、グアデシタビン（ＳＧＩ−１１０）、ＡＳＴＸ７２７を挙げることができる。
【００８２】
３．成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）検査用キット
また、ここでは、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）検出用キットが提供される。キットは、前述のＡＴＬの検出方法で使用し得る。
【００８３】
キットは、ＳＥＲＰＩＮＢ６、ＮＥＬＬ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＺＳＣＡＮ１８、ＬＡＩＲ１、ＣＤ７、ＲＮＦ１３０、ＺＩＫ１、ＬＹＰＤ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＯＭＣ、ＦＨＩＴ、ＭＤＳ２、ＨＯＯＫ１、ＳＯＲＣＳ３、Ｃ２ｏｒｆ４０、ＺＮＦ６６２、ＳＰＧ２０、ＺＮＦ７１７、ＬＺＴＦＬ１、ＫＬＨＬ３４及びＢＣＬ９遺伝子から選択される少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化の有無を検出するための試薬を含む。遺伝子のＤＮＡメチル化については、前述の通りである。
【００８４】
いくつかの態様において、試薬には、前記少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化領域と相補的な配列を含み、ＤＮＡメチル化の有無を検出することができるプローブが含まれ得る。
【００８５】
別のいくつかの態様において、試薬には、前記少なくとも１種の遺伝子のＤＮＡメチル化領域を増幅するためのプライマーを含まれ得る。
【００８６】
試薬には、さらに、バイサルファイト試薬、使用説明書などから選択される少なくとも１つが含まれ得る。
【００８７】
キットには、各遺伝子あたり、少なくとも１つのセット、または少なくとも２つのセットが含まれる。
【００８８】
バイサルファイト試薬は非メチル化シトシンをウラシルに変換するための試薬であり、この試薬には、重亜硫酸ナトリウム（Ｎａ  ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）、スカベンジャー（ハイドロキノン等）などが含まれ得る。
【００８９】
使用説明書には、ＤＮＡメチル化検査のためのプロトコールなどが記載されうる。
【００９０】
キットには、さらに、ＤＮＡ抽出および制限消化のための、フェノール／クロロホルム溶液又はフェノール／クロロホルム／イソアミルアルコール溶液、制限酵素などが含まれ得る。
【実施例】
【００９１】
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。【００９２】
ＡＴＬの病態形成に特に重要なＤＮＡメチル化異常領域を抽出するために、健常人（３名）、ＨＴＬＶ−１感染者（３名）、くすぶり型ＡＴＬ患者（３名）、慢性型ＡＴＬ患者（４名）、急性型ＡＴＬ患者（３名）の末梢血からlymphocyte separation medium (MP Biomedical)を用いて、取り扱い説明書に従い、末梢血単核球を分離し、さらに細胞表面タンパク質であるＣＡＤＭ１とＣＤ７の発現パターンから、正常Ｔ細胞画分（Ｐ画分）とＨＴＬＶ−１感染Ｔ細胞画分（Ｄ，Ｎ画分）をセルソーター（BD Biosciences）により分取した。本細胞分取法については２０１４年のＫｏｂａｙａｓｈｉ等の論文に詳細な解説がある（Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２０１４）,２０（１１）,ｐ．２８５１−６１）。この細胞分取法は、ＡＴＬの病態の進行と良く相関するように、Ｔ細胞表面のＣＡＤＭ１とＣＤ７の発現が変化していくことを利用している（図１）。【００９３】
ここで、図１に示すように、ＨＴＬＶ−１のＴ細胞への感染からＡＴＬ発症までの期間は数十年であり、非常に長い。ＨＴＬＶ−１感染者の９５％以上は無症候感染者（Ａｓｙｍｐｔｏｍｉｃ  ｃａｒｒｉｅｒ；ＡＣ）としてその生涯を終えるが、感染者の３〜５％がＡＴＬを発症する。ＡＴＬは、その臨床病態からくすぶり型（Ｓｍｏｌｄｅｒｉｎｇ；Ｓ）、慢性型（Ｃｈｒｏｎｉｃ；Ｃ）、急性型（Ａｃｕｔｅ；Ａ）、リンパ腫型（Ｌｙｍｐｈｏｍａ；Ｌ）に分類される。急性型やリンパ腫型、予後不良因子を有する一部の慢性型は悪性度が高い。一方でくすぶり型や予後不良因子を持たない慢性型は比較的緩徐な経過をたどる低悪性度ＡＴＬとされる。このうち、高プロウイルス量の無症候感染者（ＡＣ）、くすぶり型ＡＴＬ患者（Ｓ）、慢性型ＡＴＬ患者（Ｃ）、急性型ＡＴＬ患者（Ａ）、及びリンパ腫型ＡＴＬ患者（Ｌ）の末梢血単核球の細胞表面タンパク質を解析すると、前述のＨＴＬＶ−１感染Ｔ細胞画分（Ｄ，Ｎ画分）が病態の進行に伴い増加することが示されている。一方、ＨＴＬＶ−１非感染細胞はＨＴＬＶ−１非感染者、感染者問わず、正常Ｔ細胞画分（Ｐ画分）に分取される。【００９４】
次に、それぞれの細胞からＤＮＡが抽出され、Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  ４５０ＫＢｅａｄＣｈｉｐ及び、ＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎＥＰＩＣ  ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を用いて網羅的ＤＮＡメチル化解析が行われた。得られたメチル化プロファイルを用いて、ＨＴＬＶ−１感染細胞で特異的に認められるＤＮＡメチル化異常領域について、階層的クラスター解析を行い、病態の進行をよく反映するＤＮＡメチル化異常亢進領域を抽出した（図２および３）。２０１５年にＫａｔａｏｋａ等がＡＴＬにおけるＤＮＡメチル化異常領域について、健常人とＡＴＬ患者由来の末梢血単核球ＤＮＡを用いた網羅的解析から報告している（Ｋａｔａｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ（２０１５），４７（１１），ｐ１３０４−１５）が、本解析では同一患者内の正常Ｔ細胞とＨＴＬＶ−１感染細胞を比べることにより、ＨＴＬＶ−１感染細胞に特異的なＤＮＡメチル化異常領域を精度よく抽出できた。【００９５】
ここで、図２のフローチャートについて説明する。本実施例で注目する２２遺伝子の抽出方法について、フローチャートに示す。はじめに、ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＩｎｆｉｎｉｕｍ  ＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０Ｋ  ＢｅａｄＣｈｉｐを使用し、得られたおよそ４８万のＤＮＡメチル化ヌクレオチド部位について、ＨＴＬＶ−１非感染正常Ｔ細胞であるＰ画分とＨＴＬＶ−１感染細胞画分であるＮ画分のβ値をくすぶり型ＡＴＬ３例、慢性型ＡＴＬ４例の各患者検体で比較した。７例の低悪性度ＡＴＬ患者のＮ画分で共通してＤＮＡメチル化が亢進したプローブ１２，０２５、減少したプローブ３３，５８１を抽出した。メチル化亢進プローブのβ値を用いた階層的クラスター解析を行ったところ、より病態を反映したクラスターを形成した。そこで遺伝子発現制御に特に重要とされる転写開始点から上流２００  ｂｐ以内（ＴＳＳ２００）に含まれるプローブ１，２０７をさらに抽出した。それらのプローブのβ値を用いた階層的クラスター解析は特に病態の進行を反映したクラスターを形成した。【００９６】
また、図３のクラスター形成について説明する。７例の低悪性度ＡＴＬ患者において共通してメチル化が亢進したＴＳＳ２００に含まれるプローブのβ値を用いた階層的クラスター解析では、非メチル化クラスターとして、健常人、ＨＴＬＶ−１感染者、ＡＴＬ患者問わず、Ｐ画分が含まれた。一方、急性型のＮ画分や一部の低悪性度ＡＴＬのＮ画分はメチル化が特に亢進したクラスターを形成した。中程度のメチル化クラスターにはＨＴＬＶ−１感染者、くすぶり型ＡＴＬ，慢性型ＡＴＬのＤ，Ｎ画分が混在した。また、それぞれの画分のβ値の平均値は、病態の進行とともに段階的に増加し、病態の進行と特定領域のＤＮＡメチル化亢進が強く相関すると理解される。【００９７】
同様の細胞分画法によりＨＴＬＶ−１感染細胞を単離し、遺伝子発現解析したデータ（ＧＳＥ５５８５１）をＮＣＢＩのＧＥＯデータベースよりダウンロードし、正常Ｔ細胞では発現しており、ＨＴＬＶ−１感染細胞で発現が抑制されているおよそ４００の遺伝子を抽出した。前述のＨＴＬＶ−１特異的ＤＮＡメチル化異常亢進領域に含まれるおよそ９００の遺伝子と比べ、共通の２２遺伝子（ＳＥＲＰＩＮＢ６，ＮＥＬＬ２，ＴＨＥＭＩＳ，ＺＳＣＡＮ１８，ＬＡＩＲ１，ＣＤ７，ＲＮＦ１３０，ＺＩＫ１，ＬＹＰＤ３，ＴＭＥＭ４５Ｂ，ＰＯＭＣ，ＦＨＩＴ，ＭＤＳ２，ＨＯＯＫ１，ＳＯＲＣＳ３，Ｃ２ｏｒｆ４０，ＺＮＦ６６２，ＳＰＧ２０，ＺＮＦ７１７，ＬＺＴＦＬ１，ＫＬＨＬ３４，ＢＣＬ９）を同定した（図４）。【００９８】
ここで、図４の階層的クラスタリング解析について説明する。上述の２２遺伝子について、遺伝子発現データをＮＣＢＩのＧｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベースよりダウンロードし（ＧＳＥ５５８５１）、遺伝子発現量を元に階層的クラスター解析を実施した。【００９９】
選び出された２２遺伝子の発現プロファイルを用いて階層的クラスタリング解析を行うとＤＮＡメチル化状態と同様に病態を反映する（図４）ことから、これらの遺伝子群はＤＮＡのメチル化亢進により発現が抑制され、それによりＨＴＬＶ−１感染細胞の増殖、つまりはＡＴＬの発症および病態の進行に寄与していると考えられる。実際に２２遺伝子の中には、以下の、Ｔ細胞の増殖を促すＴ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒシグナル経路（ＴＣＲ経路）を抑制する因子、および腫瘍抑制因子が含まれている。【０１００】
ＴＣＲ経路を抑制する因子
（ｉ）ＴＨＥＭＩＳ（Ｐａｓｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ（２０１５）,３４（３）,ｐ．３９３−４０９；Ｋｉｎｏｓａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｐａｔｈｏｇ（２０１７）,１３（１）,ｐ．ｅ１００６１２０）
（ｉｉ）ＬＡＩＲ１（Ｋｉｎｏｓａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｐａｔｈｏｇ（２０１７），１３（１），ｐ．ｅ１００６１２０）
（ｉｉｉ）ＲＮＦ１３０（Ｇｕａｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ（２００６），３７４，ｐ．１１２−２０；Ｎｕｒｉｅｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０１０），３２（５），ｐ．６７０−８０．））、【０１０１】
腫瘍抑制因子
（ｉｖ）Ｃ２ｏｒｆ４０（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ（２００９），１２５（７），ｐ．１５０５−１３）
（ｖ）ＦＨＩＴ（Ｐｉｃｈｉｏｒｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ（２００６），１２（１１Ｐｔ  １），ｐ．３４９４−５０１）【０１０２】
２２遺伝子群はＤＮＡのメチル化状態がＡＴＬの発症、進行に良く相関することから、これらの遺伝子群のＤＮＡのメチル化状態を測定することにより、ＨＴＬＶ−１感染者の中からＡＴＬを発症する３〜５％の感染者を識別するのに有効である。またＡＴＬの発症予防・治療に有効であると期待されるＤＮＡ脱メチル化剤を投与した際の、治療効果の予測にも有用である。
【０１０３】
前述の通り、２２遺伝子群のメチル化状態を測定することはＨＴＬＶ−１感染細胞の識別に有用であるとともに、病態の進行に相関して亢進する。このため、例えば、末梢血単核球全体のメチル化状態を測定することで、特に悪性度の高いＨＴＬＶ−１感染細胞クローンが末梢血中にどの程度存在するかの目安になると考えられる。そのため、ＨＴＬＶ−１感染者の中で、２２遺伝子群のメチル化状態が高い感染者は高悪性度の細胞クローンも多く、ＡＴＬを発症するリスクが高いと予想される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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