【手続補正書】
【提出日】平成20年12月1日(2008.12.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺細胞増殖障害の予後に関連する遺伝子の発現状態を決定する方法であって、
前立腺細胞増殖障害を有する対象から取得した生体試料を提供するステップ、及び
ＰＩＴＸ２、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＦ、配列番号：６３、ＧＰＲ７、配列番号：３５およびＦＯＸＬ２から成る群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはゲノム配列の前記試料内での発現状態を決定するステップであって、前立腺細胞増殖障害の予後に関連する遺伝子の発現状態を決定することが提供されるステップを
含む、方法。
【請求項２】
前記対象のノモグラム、ＰＳＡ値およびグリーソンスコアの少なくとも１つを決定するステップを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前立腺細胞増殖障害の予後に関連する遺伝子の発現状態を決定するステップが、全患者生存率、無病生存率または無再発生存率、腫瘍関連の合併症および腫瘍発現率から成る群の少なくとも１つに関連する遺伝子の発現状態を決定するステップを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記発現状態に基づいて、前記対象に適切な処置を決定するステップをさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記前立腺細胞増殖障害が、前立腺癌または前立腺腫瘍である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの遺伝子がＰＩＴＸ２である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記ゲノム配列が配列番号：３５である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記ゲノム配列が配列番号：６３である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記疾患がＴ２前立腺癌である、請求項４または５に記載の方法。
【請求項１０】
前記疾患がグリーソンスコア８以上を有する前立腺癌である、請求項４または６に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象が、ノモグラムスコアに基づく不良な予後を有する、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
前記試料は、細胞または細胞株、組織スライド、生検、パラフィン包埋組織、体液、精液、尿、血液、およびその組み合わせから成る群から選択される、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記発現は、少なくとも１つのｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはポリペプチドの値を測定することにより決定される、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記発現は、ノーザンブロット分析、逆転写酵素ＰＣＲ、実時間ＰＣＲ、ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイ、およびマイクロアレイ解析から成る群から選択される少なくとも１つの方法の使用により決定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記発現は、前記少なくとも１つの遺伝子またはゲノム配列内の１つ以上のＣｐＧ配列のメチル化レベルまたはメチル化状態を決定することにより決定される、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記対象から得た生体試料から分離したゲノムＤＮＡを、前記ゲノムＤＮＡの少なくとも１つの標的領域内で、メチル化および非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを識別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬に接触させるステップを含み、前記標的領域は、ＰＩＴＸ２、配列番号：６３、ＧＰＲ７および配列番号：３５から成る群から選択される少なくとも１つの遺伝子または配列の少なくとも１６の隣接するヌクレオチドの配列を備えるか、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、前記隣接するヌクレオチドは、少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチド配列を備え、これにより前立腺細胞増殖障害の予後を提供することが、少なくとも一部分において利用可能になる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記生体試料からゲノムＤＮＡを分離するステップと、
５位非メチル化シトシン塩基をウラシル、またはハイブリダイゼーションの特性において、検出可能な程度にシトシンとは異なるその他の塩基に変換するために、ゲノムＤＮＡまたはその断片を、１つ以上の試薬で処理するステップと、
処理されたゲノムＤＮＡ、またはその断片を、増幅酵素と、いずれの場合にも、少なくとも１８ヌクレオチドの長さの、配列番号１３３、１３４、２６１、２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５、およびその相補物から成る群から選択される配列と相補的であるか、または、適度にストリンジェントな、またはストリンジェントな条件下で、ハイブリダイズする、隣接する配列を備える、少なくとも２つのプライマーとに接触させるステップであって、前記処理されたＤＮＡまたはその断片は、増幅されて１つ以上の増幅産物を形成するか、または増幅されないステップと、
前記増幅産物の有無、または前記増幅産物の量または特性に基づき、ＰＩＴＸ２、配列番号：６３、ＧＰＲ７および配列番号：３５から成る群から選択される少なくとも１つの遺伝子または配列の少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態、またはＰＩＴＸ２、配列番号：６３、ＧＰＲ７および配列番号：３５から成る群から選択される少なくとも１つの遺伝子または配列の複数のＣｐＧジヌクレオチド配列の平均メチル化状態または平均メチル化状態を反映する値を決定するステップと、
前記メチル化状態から前記発現を決定するステップと、
を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
配列番号：９６１、３５、６３および１９から派生する処理済核酸であって、前記処理は、前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも１つの非メチル化シトシン塩基をウラシルに、またはハイブリダイゼーションにおいて検出可能な程度にシトシンとは異なるその他の塩基に変換するために適する、処理済核酸。
【請求項１９】
配列番号：１３３，１３４，２６１，２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５、およびそれに相補的な配列から成る群から選択される処理済ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも１６の隣接するヌクレオチドを備える核酸であって、前記核酸は、配列番号：９６１、３５、６３および１９と同一でも相補的でもなく、前記処理は、前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも１つの非メチル化シトシン塩基をウラシルに、またはハイブリダイゼーションにおいて検出可能な程度にシトシンとは異なるその他の塩基に変換するための適する核酸。
【請求項２０】
前記隣接する塩基配列は、少なくとも１つのＣｐＧ、ＴｐＧまたはＣｐＡジヌクレオチド配列を含む、請求項１８および１９のいずれかに記載の核酸。
【請求項２１】
前記処理は、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩、およびその組み合わせから成る群から選択される試薬の使用を含む、請求項１８から２０のいずれかに記載の核酸。
【請求項２２】
配列番号：１３３、１３４、２６１、２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５から成る群から選択される処理されたゲノムＤＮＡ配列、およびそれに相補的な配列と相補的であるか、または、適度にストリンジェントな、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、少なくとも９つの隣接するヌクレオチドの配列を備える、オリゴマーであって、前記核酸は、配列番号：９６１、３５、６３および１９に、同一でも相補的でもないオリゴマー。
【請求項２３】
少なくとも１つのＣｐＧ、ＣｐＡまたはＴｐＧジヌクレオチドを備える、請求項２２に記載の核酸。
【請求項２４】
ＰＩＴＸ２、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＦ、配列番号：６３、ＧＰＲ７、ＦＯＸＬ２および配列番号：３５から成る群から選択される遺伝子またはゲノム領域のポリペプチドを検出する手段を備える、前立腺細胞増殖障害を患う対象の予後の提供に使用するためのキット。
【請求項２５】
（ａ）ＰＩＴＸ２、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＦ、配列番号：６３、ＧＰＲ７、ＦＯＸＬ２および配列番号：３５から成る群から選択される遺伝子またはゲノム領域のポリペプチドを検出する手段と、（ｂ）前記手段および前記ポリペプチドを備える患者の生体試料を入れるために適した容器であって、前記手段は、ポリペプチドと共に複合体を形成できる、容器と、（ｃ）（ｂ）の複合体を検出する手段と、任意に、（ｄ）使用説明書および前記キットの結果の解説を備える、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
ＰＩＴＸ２、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＦ、配列番号：６３、ＧＰＲ７、ＦＯＸＬ２および配列番号：３５から成る群から選択される遺伝子またはゲノム領域のｍＲＮＡ転写の値を測定するための手段を備える、前立腺細胞増殖障害を患う対象の予後の提供に使用するためのキット。
【請求項２７】
（ａ）ＰＩＴＸ２、配列番号：６３、ＧＰＲ７、および配列番号：３５から成る群から選択される遺伝子またはゲノム領域のｍＲＮＡ転写の値を測定するための手段と、（ｂ）前記手段およびＰＩＴＸ２、配列番号：６３、ＧＰＲ７、および配列番号：３５から成る群から選択される遺伝子またはゲノム領域のｍＲＮＡを備える患者の生体試料を入れるために適した容器であって、前記手段は、前記遺伝子の転写産物をハイブリダイズできる、容器と、（ｃ）（ｂ）の複合体を検出する手段と、任意に、（ｄ）使用説明書および前記キットの結果の解説を備える、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
−少なくとも１つのバイサルファイト試薬と、
−いずれの場合にも、少なくとも１６ヌクレオチドの、配列番号：１３３、１３４、２６１、２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５、およびその相補物から成る群から選択される配列と相補的であるか、または適度にストリンジェントな、またはストリンジェントな条件下で、ハイブリダイズする、隣接する配列を備える、少なくとも２つの核酸分子と、
を備える、キット。
【請求項２９】
配列番号：１３３、１３４、２６１、２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５から成る群から選ばれた配列の１つ、およびそれに相補的な配列に従って、化学的に前処理されたゲノムＤＮＡのセグメントの、少なくとも１８塩基の長さの配列を備える、核酸と、
塩化マグネシウム、ｔａｑ  ポリメラーゼのｄＮＴＰ、オリゴマーのうち少なくとも１つの物質を含むバッファーであって、前記オリゴマーは、いずれの場合にも、配列番号：１３３、１３４、２６１、２６２、１８９、１９０、３１７、３１８、１０１、１０２、２２９、２３０、９６２〜９６５、およびそれに相補的な配列の１つに従って、前処理ゲノムＤＮＡと相補的であるか、または、適度にストリンジェントな、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、少なくとも９つの隣接するヌクレオチドの長さを有する少なくとも１つの塩基配列を備える、バッファーと、
を備える組成物。
【請求項３０】
前記オリゴマーがオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（ＰＮＡ）−オリゴマーである、請求項２９に記載の組成物。