【手続補正書】
【提出日】平成21年5月29日(2009.5.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸含有サンプルから夾雑物または阻害物質を除去するための方法であって、前記夾雑物または阻害物質は、前記サンプル中の核酸の増幅またはハイブリダイゼーションを阻害する、またはサンプル中の核酸を利用する酵素反応を阻害するものであり、
（i）（ａ）サンプル、カオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤を含む反応混合物を準備する工程；
（ｂ）前記反応混合物から上清中に核酸および残留夾雑物および阻害物質を単離する工程；および、
（ｃ）核酸上清を凝集剤と接触させて、上清から夾雑物または阻害物質をさらに除去する工程、
を含む前記方法、
（ii）更に、工程（ｂ）の後に前記核酸を精製または単離することを含む、（i）の方法、
（iii）前記サンプルは未処理の、保存された、新たに単離された、粗精製または未精製のサンプルである、（i）の方法、
（iv）工程（ａ）の反応混合物を混合またはボルテックスする、（i）の方法、
（v）工程（ｂ）の単離が、反応混合物を遠心分離すること、および核酸を含有する上清を回収することを含む、（i）の方法、あるいは、
（vi）更に、工程（ｃ）の後に核酸を検出または特徴付けすることを含む、（i）の方法。
【請求項２】
夾雑物または阻害物質が、ポリフェノール、多糖、腐植物質、土壌からの酵素阻害剤、腐植質ポリマー、堆肥からの有機化合物、分解中の植物物質、植物色素、植物細胞壁、キチン、光合成色素、フミン酸、フルボ酸、フェノール性ポリマーおよび/またはフェノール性オリゴマー、タンニン、フミン、およびフェノール類からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
等価物が、塩化ナトリウム、硫酸アンモニウム、酢酸カリウム、または酢酸ナトリウムである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
凝集剤が、硫酸アンモニウムアルミニウム、硫酸アンモニウム十二水和物；硫酸アンモニウムアルミニウム十二水和物；硫酸カリウムアルミニウム、アルミニウム塩化水和物、硫酸アルミニウム、酸化カルシウム、塩化鉄(III)、硫酸鉄(II)、アルミン酸ナトリウム、またはケイ酸ナトリウムである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
（ａ）サンプルが環境的もしくは生物学的サンプルを含む、請求項１に記載の方法、或いは、（ｂ）サンプルが環境的もしくは生物学的サンプルが、動物、動物の遺体、食品、微生物、植物もしくはその構成要素、土壌、堆積物、岩、礁、汚泥、堆肥、生物学的材料の分解物、生検サンプル、組織学的サンプル、精液、血液もしくは唾液、何等かの体液、毛髪、皮膚、糞便、考古学的遺物、泥炭地、堆肥、油、水、地上水、地下水、大気中または産業用の水、塵、都市塵埃、商業的用土混合物、または土壌改良剤、深海ベント、または空気に由来するサンプルを含む、（ａ）の方法。
【請求項６】
核酸が、（i）ＲＮＡ（ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｉＲＮＡ）もしくはＤＮＡまたはそれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
界面活性剤が、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、サルコシル、ラウリルサルコシン酸ナトリウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、コール酸、デオキシコール酸、ベンズアミドタウロコール酸（ＢＡＴＣ）、オクチルフェノールポリエトキシレート、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、tert-オクチルフェノキシポリ（オキシエチレン）エタノール、1,4-ピペラジンビス−（エタンスルホン酸）、N-(2-アセタミド)-2-アミノエタンスルホン酸、ポリエチレングリコール tert-オクチルフェニルエーテル（トリトンTMＸ−１００）、（1,1,3,3-テトラメチルブチル）フェニル−ポリエチレングリコール（トリトンTMＸ−１１４）、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
核酸含有サンプルから夾雑物または阻害物質を除去するための方法であって、前記夾雑物または阻害物質は、前記サンプル中の核酸の増幅またはハイブリダイゼーションを阻害する、またはサンプル中の核酸を利用する酵素反応を阻害するものであり、
（i）（ａ）サンプル、カオトロピック剤、酢酸アンモニウム、および界面活性剤を含む反応混合物を準備する工程；
（ｂ）前記反応混合物から上清中に核酸および残留夾雑物および阻害物質を単離する工程；および、
（ｃ）核酸上清を硫酸アンモニウムアルミニウムと接触させて、上清から夾雑物または阻害物質をさらに除去する工程、
を含む前記方法、
（ii）更に、工程（ｂ）の後に前記核酸を精製または単離することを含む、（i）の方法、
（iii）前記サンプルは未処理の、保存された、新たに単離された、粗精製または未精製のサンプルである、（i）の方法、
（iv）工程（ａ）の反応混合物を混合またはボルテックスする、（i）の方法、
（v）工程（ｂ）の単離が、反応混合物を遠心分離すること、および核酸を含有する上清を回収することを含む、（i）の方法、あるいは、
（vi）更に、工程（ｃ）の後に核酸を検出または特徴付けすることを含む、（i）の方法。
【請求項９】
核酸含有サンプルから夾雑物または阻害物質を効率的に凝集させるための方法であって、前記夾雑物または阻害物質は、前記サンプル中の核酸の増幅またはハイブリダイゼーションを阻害する、またはサンプル中の核酸を利用する酵素反応を阻害するものであり、
（i）（ａ）サンプル、カオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤を含む反応混合物を準備する工程、ここで、反応混合物中においてカオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤がサンプルと一緒に存在すことによって、サンプル中に存在する核酸と夾雑物との間の結合、核酸と阻害物質との間の結合、サンプル中に存在するタンパク質と核酸との間の結合、サンプル中に存在するタンパク質と阻害物質との間の結合、サンプル中に存在するタンパク質と夾雑物との間の結合、または上記いずれかの組合せの切断につながる；
（ｂ）前記反応混合物から上清中に核酸および残留夾雑物および阻害物質を単離する工程；および、
（ｃ）核酸上清を凝集剤と接触させて、上清から夾雑物または阻害物質をさらに除去する工程、
を含む前記方法、
（ii）更に、工程（ｂ）の後に前記核酸を精製または単離することを含む、（i）の方法、
（iii）前記サンプルは未処理の、保存された、新たに単離された、粗精製または未精製のサンプルである、（i）の方法、
（iv）工程（ａ）の反応混合物を混合またはボルテックスする、（i）の方法、
（v）工程（ｂ）の単離が、反応混合物を遠心分離すること、および核酸を含有する上清を回収することを含む、（i）の方法、あるいは、
（vi）更に、工程（ｃ）の後に核酸を検出または特徴付けすることを含む、（i）の方法。
【請求項１０】
核酸含有サンプルから核酸を最大限に回収するための方法であって、
（i）（ａ）サンプル、カオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤を含む反応混合物を準備する工程、ここで、反応混合物中においてカオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤がサンプルと一緒に存在すことによって、サンプル中に存在する核酸と夾雑物との間の結合、核酸と阻害物質との間の結合, a サンプル中に存在するタンパク質と核酸との間の結合、サンプル中に存在するタンパク質と阻害物質との間の結合、サンプル中に存在するタンパク質と夾雑物との間の結合、または上記いずれかの組合せの切断につながる；
（ｂ）前記反応混合物から上清中に核酸および残留夾雑物および阻害物質を単離する工程；および、
（ｃ）核酸上清を凝集剤と接触させて、上清から夾雑物または阻害物質をさらに除去する工程、
を含む前記方法、
（ii）更に、工程（ｂ）の後に前記核酸を精製または単離することを含む、（i）の方法、
（iii）前記サンプルは未処理の、保存された、新たに単離された、粗精製または未精製のサンプルである、（i）の方法、
（iv）工程（ａ）の反応混合物を混合またはボルテックスする、（i）の方法、
（v）工程（ｂ）の単離が、反応混合物を遠心分離すること、および核酸を含有する上清を回収することを含む、（i）の方法、あるいは、
（vi）更に、工程（ｃ）の後に核酸を検出または特徴付けすることを含む、（i）の方法。
【請求項１１】
環境的もしくは生物学的サンプルから抽出された核酸を単離後に精製および/または増幅するための方法であって、前記単離された核酸は増幅反応では検出可能な増幅生成物を生じず、
（i）（ａ）環境的もしくは生物学的サンプル、カオトロピック剤、酢酸アンモニウムまたはその等価物、および界面活性剤を含む反応混合物を準備する工程；
（ｂ）前記反応混合物から上清中に核酸および残留夾雑物および阻害物質を単離する工程；
（ｃ）核酸上清を凝集剤と接触させて、上清から夾雑物または阻害物質をさらに除去する工程；および、
（ｄ）核酸を精製および/または増幅する工程、
を含む前記方法、あるいは、
（ii）前記増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である、（i）の方法。
【請求項１２】
サンプルから核酸を単離するためのキットであって、
（ａ）（i）カオトロピック剤、；
（ii）酢酸アンモニウムまたはその等価物；
（iii）凝集剤；
（iv）塩溶液；
（v）エタノール系洗浄液；
（vi）低塩緩衝液またはＴｒｉｓ ＥＤＴＡを緩衝液を含む緩衝液または水；
（vii）スピンフィルター；
（vii）回収用チューブ；および、
（ix）使用するための方法を記載した指示書、
を含む前記キット；
（ｂ）更に、界面活性剤または表面活性剤を含む、または、更に、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、サルコシル、ラウリルサルコシン酸ナトリウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、コール酸、デオキシコール酸、ベンズアミドタウロコール酸（ＢＡＴＣ）、オクチルフェノールポリエトキシレート、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、ｔｅｒｔ−オクチルフェノキシポリ（オキシエチレン）エタノール、ポリエチレングリコール ｔｅｒｔ−オクチルフェニルエーテル（トリトンTMＸ−１００）、（1,1,3,3-テトラメチルブチル）フェニル−ポリエチレングリコール（トリトンTMＸ−１１４）、およびそれらの組合せからなる群から選択される界面活性剤を含む、（ａ）のキット；
（ｃ）更に均質化材料を含む、（ａ）または（ｂ）のキット；
（ｄ）均質化材料がビーズを含む、（ｃ）のキット；
（ｅ）更に１以上のオリゴヌクレオチド、または、オリゴヌクレオチドおよび遊離のヌクレオチドを含む、（ａ）から（ｄ）のいずれかのキット；
（ｆ）更に、ＰＣＲ反応、ローリングサークル複製、リガーゼ連鎖反応、逆転写、核酸標識またはタグ付加反応、またはそれらの派生反応を実施するために十分な遊離のヌクレオチドを含む、（ｅ）のキット；
（ｇ）更に、少なくとも一つの酵素を含む、（ａ）から（ｆ）のいずれかのキット；
（ｈ）前記少なくとも一つの酵素がポリメラーゼである、（ｇ）のキット；
（ｉ）更に、１以上のオリゴヌクレオチド、遊離のヌクレオチド、および少なくとも一つのポリメラーゼ、またはＰＣＲ反応、ローリングサークル複製、リガーゼ連鎖反応、逆転写、またはそれらの派生方法において核酸を増幅できる酵素を含む、（ａ）から（ｆ）のいずれかのット；
（ｊ）１以上のオリゴヌクレオチドが、微生物、動物、植物、昆虫、酵母、ウイルス、ファージ、線虫、細菌または真菌または細菌性毒素もしくは真菌性毒素に由来する核酸に特異的にハイブリダイズする、または、バチルス種（Bacillus spp）;クロストリジウム種（Clostridium spp）;スポロラクトバチルス種（Sporolactobacillus spp）;スポロカルシナ種（Sporocarcina spp）;フィリバクター種（Filibacter spp）;カリオファヌム種（Caryophanum spp）;デスルフォトマクルム種（Desulfotomaculum spp）;コリネバクテリウム種（Corynebacterium spp）;ミクロコッカス種（Micrococcus spp）;ミコバクテリウム種（Mycobacterium spp）;ノカルジア種（Nocardia spp）;ペプトコッカス種（Peptococcus spp）;ペプトストレプトコッカス種（Peptostreptococcus spp）;  またはアセトバクター科（Acetobacteriaceae）、アルカリゲネス科（Alcaligenaceae）、バクテロイデス科（Bacteroidaceae）、クロマチア科（Chromatiaceae）、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）、レジオネラ科（Legionellaceae）、ナイセリア科（Neisseriaceae）、ニトロバクター科（Nitrobacteriaceae）、シュードモナス科（Pseudomonadaceae）、リゾビウム科（Rhizobiaceae）、リケッチア科（Rickettsiaceae）、またはスピロヘーター科（Spirochaetaceae）からなる科のグラム陰性菌、に由来する核酸、または、Ｂ炭疽菌（B.anthracis）、A.グロビフォルミス（A.globiformis）、枯草菌（B.subtilis）、C.レナレ（C.renale）、C.ディフィシル（C.difficile）、M.ルテウス（M.luteus）、またはR.エリスロポリス（R.erythropolis）に由来する核酸、または、天然痘ウイルス、水痘ウイルス、レオウイルス、レトロウイルス、ＨＩＶ、ＨＩＶ−Ｉ、出血熱ウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、マクボウイルス、ラッサ熱ウイルス、大痘瘡ウイルス、脳炎ウイルス、表１に列記した病原体の何れかに由来する核酸に対して特異的にハイブリダイズする、（ｉ）のキット；あるいは、
（ｋ）胞子または毒素を産生する生物を検出するために使用され、または、細菌性毒素を産生する生物を検出するために使用され、または、バイオハザード因子を産生する生物を検出するために使用され、または、細菌性毒素を産生する生物を検出するために使用される、（ａ）から（ｊ）のいずれかのキット。