【手続補正書】
【提出日】平成21年2月6日(2009.2.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象が癌に罹患しているか癌を生じるリスクがあるか否かを評価する方法であって、対象試料の最小共通領域(MCR)(ここで、MCRは表3および/または7に記載のMCRからなる群から選ばれる)のコピー数をMCRの正常コピー数と比較することを含む、該試料のMCRのコピー数の変化が対象が癌に罹患しているか癌を生じるリスクがあることを示唆する方法。
【請求項２】
対象が癌に罹患しているか癌を生じるリスクがあるか否かを評価する方法であって、
a)対象の、表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーの量、構造および/または活性；および
b)該マーカーの正常量、構造および/または活性(ここで、対象の該マーカーの量、構造、および/または活性と該正常量、構造および/または活性の有意差が対象が癌に罹患しているか癌を生じるリスクがあることを示す)
を比較することを含む方法。
【請求項３】
対象における癌の進行をモニターする方法であって、
a)最初の時点の対象試料を得、該試料中の表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーの量および/または活性を検出し;
b)次の時点で該対象から得た試料について工程a)を反復し、
c)工程a)およびb)で検出した該量および/または活性を比較し、対象における癌の進行をモニターする
ことを含む方法。
【請求項４】
対象の癌を阻害するための被検化合物の有効性を評価する方法であって、
a)被検化合物存在下で維持される、対象から得られる第1試料中のマーカーの量および/または活性(ここで、マーカーは、表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーである)；および
b)被検化合物非存在下で維持される、対象から得られる第2試料中のマーカーの量および/または活性
を比較することを含む、
第2試料と比較して、癌中の欠失しているMCRに存在する第1試料中のマーカーの有意に高い量および/または活性が、被検化合物が癌の阻害に有効である指標であり、
第2試料と比較して、癌中の増幅されているMCRに存在する第1試料中のマーカーの有意に低い量および/または活性が、被検化合物が対象の癌の阻害に有効であることの指標である方法。
【請求項５】
対象の癌を阻害するための被検化合物の有効性を評価する方法であって、
a)対象に療法の少なくとも部分を提供する前の対象から得られる第1試料中のマーカーの量および/または活性(ここで、マーカーは、表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーである)と、
b)該療法の部分を提供した後の対象から得られる第2試料中のマーカーの量および/または活性
を比較することを含む、
第2試料と比較して、癌中の欠失しているMCRに存在する第1試料中のマーカーの有意に高い量および/または活性が、被検化合物が癌の阻害に有効である指標であり、
第2試料と比較して、癌中の増幅されているMCRに存在する第1試料中のマーカーの有意に低い量および/または活性が、該療法が対象の癌の阻害に有効であることの指標である方法。
【請求項６】
癌を調節することができる組成物を選択する方法であって、
a)癌細胞を含む試料を得、
b)該細胞と被検化合物を接触させ、
c)マーカーの量および/または活性を調節する被検化合物の能力を測定し(ここで、該マーカーは表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーである)、
癌の調節因子(モジュレーター)を同定する方法。
【請求項７】
MCRが20q11.21−20q11.21および8p12−p11.2から選ばれる請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
マーカーが表1、2、8、または9に記載のマーカーからなる群から選ばれる(好ましくはTPX2、BCL2L1、およびWHSC1L1Cから選ばれる)請求項2〜6のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
マーカーの量を、マーカーの発現レベルを測定するかまたはマーカーのコピー数を測定することにより測定する請求項2〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
コピー数が蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)、定量的PCR(qPCR)、または比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)により評価される請求項1または9記載の方法。
【請求項１１】
該正常コピー数、量/構造、および/または活性が対照試料から得られる請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
試料が、組織、全血、血清、血漿、口腔掻き取り物、唾液、脳脊髄液、尿、大便、気管支肺胞洗浄物、および肺組織からなる群から選ばれる請求項1〜11のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
試料中の該マーカーの発現レベルが、好ましくは該タンパク質と特異的に結合する試薬(ここで、該試薬は抗体、抗体誘導体、および抗体断片からなる群から選ばれる)を用いて該マーカーに対応するタンパク質の試料中の存在を検出することにより評価される、請求項2〜12のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
試料中のマーカーの発現レベルが試料中の転写ポリヌクレオチド(転写ポリヌクレオチドは該マーカーを含み、好ましくはmRNAおよびcDNAから選ばれる)またはその部分の存在を検出することにより評価される、請求項2〜13のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
試料が対象から得られる細胞を含む請求項3記載の方法。
【請求項１６】
最初の時点と次の時点の間に、対象が癌治療を受け、癌治療を完了し、および/または寛解期にある、請求項3記載の方法。
【請求項１７】
第1および第2試料が対象から得られる単一試料またはプール試料の部分である請求項4記載の方法。
【請求項１８】
該細胞が癌の動物モデルから単離されるか、または癌に罹患した対象由来、もしくは癌細胞株由来、好ましくは肺癌起源の肺癌細胞株由来である請求項6記載の方法。
【請求項１９】
さらに被検化合物を癌の動物モデルに投与することを含む請求項6記載の方法。
【請求項２０】
該調節因子が、表2に記載のマーカーから選ばれるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および/または活性を阻害する請求項6記載の方法。
【請求項２１】
該調節因子が、表1に記載のマーカーから選ばれるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および/または活性を増加させる請求項6記載の方法。
【請求項２２】
表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーに対応するタンパク質と特異的に結合する抗体またはその断片、を含むヒト癌細胞の存在を評価するためのキット。
【請求項２３】
表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーに対応する転写ポリヌクレオチドを特異的に結合する核酸プローブ、好ましくはビーコンプローブを含む、癌細胞の存在を評価するためのキット。
【請求項２４】
該マーカーが、表1、2、8、または9に記載のマーカーからなる群から選ばれる請求項22または23に記載のキット。
【請求項２５】
癌に罹患した対象を治療するための医薬を製造するための、表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および/または活性の調節因子の使用。
【請求項２６】
該マーカーが、表1、2、8、または9に記載のマーカーからなる群から選ばれる請求項25記載の使用。
【請求項２７】
癌に罹患した対象を治療するための医薬を製造するための、癌中で増幅している表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および/または活性を阻害する化合物の使用であって、該化合物が好ましくは以下からなる群から選ばれる使用：
−該マーカーに対応するタンパク質と特異的に結合する抗体または抗原と結合するその断片(ここで、該抗体は好ましくは毒素または化学療法剤と結合している。)、
−該マーカーと対応する遺伝子の発現を阻害するRNA干渉剤(ここで、該RNA干渉剤は好ましくはsiRNA分子またはshRNA分子である。)、
−該マーカーに対応する遺伝子と相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド、
−ペプチドまたはペプチド模倣物、および
−該マーカーの発現または活性を阻害するアプタマー。
【請求項２８】
該マーカーが表2に記載のマーカーからなる群から選ばれる請求項25〜27のいずれかに記載の使用。
【請求項２９】
癌に罹患した対象を治療するための医薬を製造するための、癌中の欠失している表3および/または7に記載のMCRに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質、もしくは該マーカーに対応するタンパク質の発現または活性を増加する化合物の使用。
【請求項３０】
該マーカーが表1に記載のマーカーからなる群から選ばれる請求項29記載の使用。
【請求項３１】
表1、2、8、または9に記載のマーカーから選ばれるマーカーに対応する単離されたタンパク質またはその断片、もしくは単離された核酸分子またはその断片。
【請求項３２】
表1、2、8、または9に記載のマーカーから選ばれるマーカーに対応するタンパク質と特異的に結合する単離された抗体またはその断片。
【請求項３３】
表3および/または7に記載のMCRから選ばれるMCR内に含まれる、単離された核酸分子またはその断片(ここで、該核酸分子は、癌の量、構造、および/または活性の変化を有する)。
【請求項３４】
請求項33の核酸分子によりコードされる単離されたポリペプチド。