【手続補正書】
【提出日】平成21年9月24日(2009.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のテザー部分長を有する第１のテザー部分と繋がる第１の生体分子、及び第２のテザー部分長を有する第２のテザー部分と繋がる第２の生体分子の親和性を測定する方法であって、互いに近接した第１の生体分子及び第２の生体分子の結合を決定し、該第１のテザー部分長及び該第２のテザー部分長の少なくとも一方を変え、該第１の生体分子及び該第２の生体分子の結合を決定する、方法。
【請求項２】
前記第１の生体分子及び／又は前記第２の生体分子が表面と繋がる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の生体分子及び前記第２の生体分子の両方が表面と繋がる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の生体分子及び前記第２の生体分子が一緒に繋がり、前記表面と繋がる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記表面が固形担体で与えられる、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のテザー部分及び前記第２のテザー部分が単一のテザーで与えられる、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
それぞれの生体分子の動きによって規定される実質的に半球形の行程体積が重複し、第１の生体分子及び第２の生体分子が互いに結合することができるように、該第１の生体分子及び該第２の生体分子が互いに密接している、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記第１のテザー部分長及び前記第２のテザー部分長を変えることによって、前記第１の生体分子及び／又は前記第２の生体分子の有効濃度を変えることができる、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
第３の生体分子が影響を及ぼす結合反応の範囲が、前記第１の生体分子と前記第２の生体分子との結合を決定することによって決定される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも１つのテザー部分がヌクレオチドを含む、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記テザー部分又はそれぞれのテザー部分が二本鎖ＤＮＡを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記テザー又はそれぞれのテザーが、カーボンナノチューブ、アミロイドフィブリル又はポリマーを含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ポリマーが、ＤＸハイブリッド等のＤＮＡ交差複合体である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも１つのテザー部分がオリゴヌクレオチドアンカーによって前記固形担体と繋がる、請求項５〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第１のテザー及び前記第２のテザーに対するアンカーオリゴヌクレオチドが連続して合成される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
互いに分子的に近接である前記第１の生体分子と前記第２の生体分子との割合が、相互作用する第１の生体分子と第２の生体分子との割合を示す、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
結合する第１の生体分子と第２の生体分子との割合が、該第１の生体分子及び該第２の生体分子それぞれに付着するか、又は一体化した第１のフルオロフォアと第２のフルオロフォアとの間のフォスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）の強度によって決定される、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記固形担体がスライドガラスであり、オリゴヌクレオチドアンカー又はテザーが、該スライドガラスの表面上にアレイ状にプリントされる、請求項５〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記表面が、特異的に繋がった第１の生体分子と第２の生体分子との組合せと結合するマイクロビーズによって与えられる、請求項７〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記第１の生体分子及び前記第２の生体分子の少なくとも一方が、ｍＲＮＡ−ＤＮＡ接合体の３’末端近く、又は３’末端においてそのＣ末端で新生ペプチドを共有結合させるｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳反応によって第１の核酸テザーと連結されたタンパク質又はポリペプチド生体分子である、請求項１０〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
第１の生体分子と第２の生体分子との間の相互作用のＫdが、或る濃度範囲の該第１の生体分子及び該第２の生体分子に対して結合した第１の生体分子と第２の生体分子との割合を決定すること、次いで、該第１の生体分子及び該第２の生体分子の最大半量結合に必要な該第１の生体分子又は該第２の生体分子の濃度（Ｋd）を決定することによって決定される、前記いずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記第１の生体分子と前記第２の生体分子との間の相互作用に対するＫoff値が、該第１の生体分子及び該第２の生体分子の初期飽和濃度を提供すること、第２のテザー部分又はアンカーを切断すること、並びに結合した第１の生体分子及び第２の生体分子のレベルの任意の変化をモニタリングすることによって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記第１の生体分子と前記第２の生体分子との間の相互作用の調節因子の効果を決定するときの該第１の生体分子と該第２の生体分子との間の相互作用のＫd付近に該第１の生体分子及び該第２の生体分子の濃度を設定することを含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記いずれか１項に記載の方法によって第１の生体分子及び第２の生体分子の親和性を決定する装置であって、第１のテザー部分長を有する第１のテザー部分と繋がる第１の生体分子と、第２のテザー部分長を有する第２のテザー部分と繋がる第２の生体分子と、隣接した第１の生体分子及び第２の生体分子の互いの結合を決定する手段と、第１のテザー部分長及び第２のテザー部分長の少なくとも一方を変える手段とを備える装置。
【請求項２５】
前記第１の生体分子及び前記第２の生体分子が溶液中にある、請求項２４に記載の装置。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３６】
本発明による方法及び装置が、例として、さらに添付の図１〜図２３を参照して記載される。
【図１】本発明の方法に用いる繋留生体分子を示す図である。
【図２】本発明の方法に用いる２つの繋留生体分子を示す図である。
【図３Ａ】結合した図２の生体分子を示す図である。
【図３Ｂ】結合した図３Ａの生体分子及び可撓性テザーを示す図である。
【図４Ａ】異なるテザー間距離で、本発明の方法に用いる繋留生体分子のアレイを示す図である。
【図４Ｂ】異なるテザー間距離で、本発明の方法に用いる繋留生体分子のアレイを示す図である。
【図５】本発明に従ってテザーに用いるヘッドテザー部分を示す図である。
【図６】本発明に従ってテザーに用いる修飾オリゴヌクレオチドを示す図である。
【図７】本発明によるテザーの形成を示す図である。
【図８】本発明によるテザーの形成におけるさらなる工程を示す図である。
【図９】生体分子とテザーとの接合体の生成を示す図である。
【図１０】本発明による方法を示す図である。
【図１１】Ｋoffを測定するための本発明による方法の使用を示す図である。
【図１２】図１２Ａは、本発明による生体分子の直鎖分子配列の操作を示すスキームである。短い可撓性テザー及び長い可撓性テザーの自由端で掃引される球の図である。図１２Ｂは、本発明による生体分子の直鎖分子配列の操作を示すスキームである。生体分子Ａと生体分子Ｂとの間の分子間相互作用を表す直鎖分子の自由変異型及び結合変異型の可能性のある構造の図である。図１２Ｃは、本発明による生体分子の直鎖分子配列の操作を示すスキームである。ＡとＢとの間の分子間相互作用を受ける自由変異型及び結合変異型の図である。
【図１３】図１３は、テザーを形成するのに用いられる「ヘッドセット」オリゴヌクレオチドを示す図である。Ａは、図１２Ｃで示した形態の個々の分子を示す。Ｂは、アクセプタ及びドナーヘッドセットが付着した直鎖分子を示す。この分子は図１２Ｂで示した形態をとる。
【図１４】ＦＲＥＴによるドナー蛍光の時間依存性の消失を示す図である。
【図１５】アクセプタヘッドセット滴定を示すグラフである。
【図１６】ａ．一連の長さ、及びｂ．一連の濃度に対する直鎖分子の親和性の実験測定を示す図である。
【図１７】本発明によるＹ字型分子を示す図である。
【図１８】下記の本発明による方法を用いる因子「Ｃ」の決定を示す図である。
【図１９Ａ】オリゴヌクレオチドによって形成される生体分子の設計を示す図である。
【図１９Ｂ】オリゴヌクレオチドによって形成される生体分子の設計を示す図である。
【図１９Ｃ】オリゴヌクレオチドによって形成される生体分子の設計を示す図である。
【図１９Ｄ】オリゴヌクレオチドによって形成される生体分子の設計を示す図である。
【図２０】様々な長さのテザー部分を有する生体分子のゲル分析の写真である。
【図２１Ａ】図１９のオリゴヌクレオチドを用いたＦＲＥＴ実験の結果を示す図である。
【図２１Ｂ】図１９のオリゴヌクレオチドを用いたＦＲＥＴ実験の結果を示す図である。
【図２２】ＤＮＡテザーの長さによる、結合分子の割合の変化を示すグラフである。
【図２３】生体分子Ａと共有結合パートナーＸとの間の融合を示す図である。