【手続補正書】
【提出日】平成21年7月2日(2009.7.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試験試料を、結核菌(M. tuberculosis)のPDZリガンドタンパク質（「PLタンパク質」）中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質と試料との間に特異的結合が存在する場合は、特異的結合を検出する段階を含む、結核菌を検出するための方法であって、
特異的結合が試料中の結核菌の存在および/または量を示す、方法。
【請求項２】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記接触させる段階が、試料を、PDZポリペプチドと異なるエピトープでPLタンパク質に特異的に結合する抗体にも接触させ、
前記検出する段階が、PDZポリペプチドと抗体との間にPLタンパク質の特異的結合が存在する場合は、特異的結合を検出する、請求項2記載の方法。
【請求項４】
結核菌PLタンパク質がESXN、ESXS、またはESAT-6である、請求項1または2記載の方法。
【請求項５】
PLモチーフが、結核菌ESXNタンパク質についてはSSWA (SEQ ID NO:270)であり、結核菌ESXSタンパク質についてはYTGF (SEQ ID NO:271)であり、結核菌ESAT-6タンパク質についてはGMFA (SEQ ID NO:272)である、請求項1または2または4記載の方法。
【請求項６】
結核菌ESXNタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、およびPSD95 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
結核菌ESXSタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAST2、MAST3、Shank3、APXL1、およびシンテニン(syntenin)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項８】
結核菌ESAT-6タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびTIP2からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項９】
結核菌のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項１０】
PLモチーフおよびPDZポリペプチドを含有する結核菌タンパク質に結合する抗体、またはPLモチーフに結合する第2の抗体を含む、結核菌を検出するためのキット。
【請求項１１】
試験試料を、HIVのPDZリガンドタンパク質（「PLタンパク質」）中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質とPLモチーフとの間の特異的結合を検出する段階を含む、患者から取り除かれた物質を含有する試験試料中のHIVを検出するための方法。
【請求項１２】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
HIVタンパク質がEnv、Nef、またはVifである、請求項11または12記載の方法。
【請求項１４】
PLモチーフが、HIV-1 EnvについてはRALL (SEQ ID NO:242)またはRILL (SEQ ID NO:243)であり、HIV-1 Nefタンパク質についてはFKNC (SEQ ID NO:244)、FKDC (SEQ ID NO:245)、YKNC (SEQ ID NO:246)、またはYKDC (SEQ ID NO:247)であり、HIV2 Envタンパク質についてはIALL (SEQ ID NO:248)、LALL (SEQ ID NO:249)、またはLTLL (SEQ ID NO:250)であり、およびHIV-2 Vifタンパク質についてはEILA (SEQ ID NO:251)、GILA (SEQ ID NO:252)、またはDILA (SEQ ID NO:253)である、請求項11または12または13記載の方法。
【請求項１５】
HIV-1のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン(Rhodophilin)様、SITAC-18(p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
HIV-1のNef PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MINT1、SITAC-18、TIP1、およびPICK1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
HIV-2のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、EBP50(p1)、KIAA1284、MAST2、NSP、PAR3、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項14記載の方法。
【請求項１８】
HIV-2のVif PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびEBP50 (p1)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項14記載の方法。
【請求項１９】
HIVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項２０】
試験試料を、B型肝炎のPDZリガンドタンパク質中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質とPLモチーフとの間の特異的結合を検出する段階を含む、患者から取り除かれた物質を含有する試験試料中のB型肝炎を検出するための方法。
【請求項２１】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
B型肝炎タンパク質が、タンパク質X、またはS抗原である、請求項20または21記載の方法。
【請求項２３】
PLモチーフが、B型肝炎タンパク質XについてのFTSA (SEQ ID NO:254)であるか、またはB型肝炎S抗原についてのWVYI (SEQ ID NO:255)である、請求項20または21または22記載の方法。
【請求項２４】
B型肝炎タンパク質XのPLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、SITAC-18、MINT1 (p1、2)、DVL3、およびNOS1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
B型肝炎S抗原PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2 (01)、ZO-3 (p1)、SIP1、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項22記載の方法。
【請求項２６】
B型肝炎のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項２７】
試験試料を、フラビウイルスのPDZリガンドタンパク質中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質とPLモチーフとの間の特異的結合を検出する段階を含む、患者から取り除かれた物質を含有する試験試料中のフラビウイルスを検出するための方法。
【請求項２８】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
フラビウイルスタンパク質がカプシドCまたはE1である、請求項27または28記載の方法。
【請求項３０】
フラビウイルスがC型肝炎ウイルスであり、かつPLモチーフが、C型肝炎カプシドCタンパク質についてのPASA (SEQ ID NO:256)もしくはPVSA (SEQ ID NO:257)であるか、またはC型肝炎E1タンパク質についてのGVDA (SEQ ID NO:258)である、請求項27または28または29記載の方法。
【請求項３１】
C型肝炎カプシドC PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP-2およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
C型肝炎E1タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、RIM2、およびINADL (p3)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
フラビウイルスが、C型肝炎ウイルス、西ナイルウイルス、デング熱、日本脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルスからなる群より選択される、該フラビウイルスのPLタンパク質におけるカルボキシ末端モチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項３４】
試験試料を、RSVのPDZリガンドタンパク質中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質とPLモチーフとの間の特異的結合を検出する段階を含む、患者から取り除かれた物質を含有する試験試料中のRSVを検出するための方法。
【請求項３５】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
RSVタンパク質が核タンパク質である、請求項34または35記載の方法。
【請求項３７】
PLモチーフが、RSV核タンパク質についてのDVEL (SEQ ID NO:259)である、請求項34または35または36記載の方法。
【請求項３８】
RSV核タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、ZO-1 (p2)、RIM2、新規セリンプロテアーゼ、MINT1、EBP50 (p1)、AIPC (p1)、PAR3 (p3)、SIP1 (p1)、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2(01)、ZO-3(p1)、SIPl、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOSl、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
RSVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項４０】
試験試料を、ロタウイルスAのPDZリガンドタンパク質中のPDZ結合モチーフ（「PLモチーフ」）に特異的に結合できる少なくとも1つの作用物質に接触させる段階、および
少なくとも1つの作用物質とPLモチーフとの間の特異的結合を検出する段階を含む、患者から取り除かれた物質を含有する試験試料中のロタウイルスAを検出するための方法。
【請求項４１】
作用物質が、PDZポリペプチドを含む、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
ロタウイルスAタンパク質が、VP4、VP7、NSP2、またはNSP5である、請求項40または41記載の方法。
【請求項４３】
PLモチーフが、ロタウイルスA VP4タンパク質についてはQCKL (SEQ ID NO:260)またはQCRL (SEQ ID NO:261)、ロタウイルスA VP7タンパク質についてはYYRV (SEQ ID NO:262)またはYYRI(SEQ ID NO:263)、ロタウイルスA NSP2タンパク質についてはQVGI (SEQ ID NO:264)、HIGI (SEQ ID NO:265)、QIGI (SEQ ID NO:266)、またはRIGI (SEQ ID NO:267)、ロタウイルスA NSP5タンパク質についてはIKDL (SEQ ID NO:268)またはIEDL (SEQ ID NO:269)である、請求項40または41または42記載の方法。
【請求項４４】
ロタウイルスA VP4タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAGI3 (p5)、LIMミスティーク(mystique)、LIM-RIL、ENIGMA、MAGI1 (p3)、MAST2、MAGI2 (p5)、LIMタンパク質、およびZO-1(p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項43記載の方法。
【請求項４５】
ロタウイルスA VP7タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、GRIP1 (p6)、PTPL1 (p4)、MAST1、MUPP1 (p3、7、9)、KIAA1719 (p6)、MAST2、PICK1、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項43記載の方法。
【請求項４６】
ロタウイルスA NSP2 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1 (p1、2、3)、MINT1 (p2)、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項43記載の方法。
【請求項４７】
ロタウイルスA NSP5 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1、RIM2、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項43記載の方法。
【請求項４８】
ロタウイルスA PLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図面の簡単な説明】
【０２９３】
【図１】図1A〜Dは、ペプチド1904のPDZタンパク質結合分析を示す。図1Aは、Gアッセイに関するGSTのバックグラウンドを示し、図1Bは、ZO-1 d2へのペプチド1904の結合の滴定曲線を示し、図1Cは、Rim2へのペプチド1904の結合の滴定曲線を示し、図1DはNSPへのペプチド1904の結合の滴定曲線を示す。
【図２】図2A〜Dは、ペプチド1904へのPDZタンパク質の結合を識別する第二の実験を示す。図2Aは、Gアッセイに関するGSTのバックグラウンドを示し、図2Bは、ZO-1 d2へのペプチド1904の結合の滴定曲線を示し、図2Cは、Rim2へのペプチド1904の結合の滴定曲線を示し、図2DはNSPへのペプチド1904の結合の滴定曲線を示す。
【図３】図3A〜Dは、ペプチド1905のPDZタンパク質結合分析を示す。図3Aは、Gアッセイに関するGSTのバックグラウンドを示し、図3Bは、ZO-1 d2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図3Cは、Rim2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図3DはNSPへのペプチド1905の結合の滴定曲線を示す。
【図４】図4A〜Dは、ペプチド1905へのPDZタンパク質の結合を識別する第二の実験を示す。図4Aは、Gアッセイに関するGSTのバックグラウンドを示し、図4Bは、ZO-1 d2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図4Cは、Rim2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図4DはNSPへのペプチド1905の結合の滴定曲線を示す。
【図５】図5A〜Dは、ペプチド1905へのPDZタンパク質の結合を識別する第三の実験を示す。図5Aは、Gアッセイに関するGSTのバックグラウンドを示し、図5Bは、ZO-1 d2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図5Cは、Rim2へのペプチド1905の結合の滴定曲線を示し、図5DはNSPへのペプチド1905の結合の滴定曲線を示す。