【手続補正書】
【提出日】平成20年12月5日(2008.12.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
化学化合物による治療のために、癌を持つ患者を特定する方法であって、
（ａ）患者の癌から試料を得た試料を、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプ、崩壊促進タンパク質および微小管関連タンパク質を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに関して分析し、この場合、前記化学化合物に対する感度と前記マーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間に相関が存在し、
前記化学化合物が、式（ＶＩ）
【化１】
2008522623.tif 000001
を有するまたは薬学的に許容されるその塩、またはそのＣ１〜Ｃ６アルキルエステルもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルアミドであり、
（ｂ）前記少なくとも１つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて、治療のための患者を特定する、ステップを含む方法。
【請求項２】
前記化学化合物が、式（ＶＩ）
【化２】
2008522623.tif 000002
を有するか、または薬学的に許容されるその塩である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つのα−チューブリンアイソタイプの前記発現レベルまたはタンパク質レベルが分析される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つのβ−チューブリンアイソタイプの前記発現レベルまたはタンパク質レベルが分析される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記マーカーの少なくとも１つが、Ｉ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ３／ｂ−α１）、ＶＩ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ６）、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶａ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ５／ＴＵＢＢ５）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）およびＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢｌ）を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）およびＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢｌ）を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記マーカーの少なくとも１つが、スタトミンである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＭＡＰ４である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも２つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも２つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも２つのマーカーが、Ｉ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ３／ｂ−α１）、ＶＩ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ６）、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶａ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ５／ＴＵＢＢ５）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）、ＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢｌ）、スタトミンおよびＭＡＰ４を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも３つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも３つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを分析し、該少なくとも３つのマーカーが、Ｉ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ３／ｂ−α１）、ＶＩ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ６）、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶａ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ５／ＴＵＢＢ５）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）、ＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢｌ）、スタトミンおよびＭＡＰ４を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌が、乳癌、卵巣癌および肺癌を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌が、乳癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記癌が、多剤耐性の癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記癌の細胞が、Ｐ−グリコタンパク質（ＰｇＰ）を発現する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記癌が、パクリタキセル耐性の癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記癌から試料を得るステップが、前記癌の生体検査の試料を得ることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌から試料を得るステップが、前記癌からＲＮＡの試料を得ることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
ＲＮＡの試料を得た後に、該ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記マーカーに対して特異的なプライマーを使用してｃＤＮＡにおいてＰＣＲを実施し、
前記マーカーの発現を測定するステップをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ｃＤＮＡを、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプおよび微小管関連タンパク質を含む群から選択される前記マーカーに対して特異的なプローブのアレイに接触させ、
前記マーカーの発現レベルを定量するステップをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記癌から試料を得るステップが、前記癌からタンパク質の試料を得ることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記試料に、前記マーカーに対して特異的な抗体に接触させるステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記試料を、前記マーカーに関して、質量分析を用いて分析するステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌から試料を得るステップが、前記癌から細胞の試料を得ることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも１つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者を特定するステップが、前記少なくとも１つのマーカーの増加したレベルに基づいて患者を特定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも１つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも２倍である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも１つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも３倍である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記少なくとも１つのマーカーの増加したレベルが、対照細胞中のレベルの少なくとも５倍である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
癌を持つ患者を治療するための組成物であって、
式（ＶＩ）
【化３】
2008522623.tif 000003
または薬学的に許容されるその塩、またはそのＣ１〜Ｃ６アルキルエステルもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルアミド
を含み、
前記組成物が、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプ、崩壊促進タンパク質および微小管関連タンパク質からなる群から選択された少なくとも１つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルに基づいて患者に投与するのに適している、組成物。
【請求項３３】
式（ＶＩ）
【化４】
2008522623.tif 000004
を有するかまたは薬学的に許容されるその塩である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
前記マーカーの少なくとも１つが、α−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３５】
前記マーカーの少なくとも１つが、β−チューブリンアイソタイプを含む群から選択される、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３６】
前記マーカーの少なくとも１つが、Ｉ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ３／ｂ−α１）、ＶＩ型α−チューブリンアイソタイプ（ＴＵＢＡ６）、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶａ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ５／ＴＵＢＢ５）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）およびＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢｌ）を含む群から選択される、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３７】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）、ＩＶｂ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ２）、Ｖ型β−チューブリンアイソタイプ（５−ｂｅｔａ／Ｂｅｔａ Ｖ）およびＶＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ１／ＴＵＢＢ）を含む群から選択される、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３８】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３９】
前記マーカーの少なくとも１つが、スタトミンである、請求項３２に記載の組成物。
【請求項４０】
前記マーカーの少なくとも１つが、ＭＡＰ４である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項４１】
ACCTCAGGCTTCTCAGTTCCC（配列番号１５（SEQ ID NO: 15））、
TAGCCGTCTTACTCAACTGCCCCTTTCC（配列番号１６）、
CAGCAAACACAAATTCTGAGGG（配列番号１７）、
GTGGAAGGAAAGAAGCATGGTC（配列番号１８）、
ACTTTAGGTGTGCGCTGGGTCTCTGG（配列番号１９）、
GTGACAGGCAACAGTGAAGAGC（配列番号２０）、
CCTCGTCCTCCCCACCTAG（配列番号２１）、
CCACGTGTGAGCTGCTCCTGTCTCTG（配列番号２２）、
AGGCCTGGAGCTGCAATAAG（配列番号２３）、
TCTGACCTTTGATCCGCTAGG（配列番号２４）、 
CCCCCATCTCTGAACCCTAGAGCCC（配列番号２５）、
TCAGCCTTGGAGGGAAAGC（配列番号２６）、
GGAAGCAGTGTGAACTCTTTATTCAC（配列番号２７）、
CCCAGCCTGTCCTGTGGCCTG（配列番号２８）、
CAGCAAGTGCACACAGTGGG（配列番号２９）、
CCCTGGTGCCTCCTACCCT（配列番号３０）、
TGGCCCTGAATGGTGCACTGGTTT（配列番号３１）、
GGGCCGACACCAACACAA（配列番号３２）、
TGCACTCACCATTAGCTTCGA（配列番号３３）、
ACAGGGACTGAGGGAGACAGGTGGG（配列番号３４）、および
CCCTAATGCCTGTCAGCTGC（配列番号３５）の配列を含む群から選択されるポリヌクレオチド。
【請求項４２】
式（ＶＩ）
【化５】
2008522623.tif 000005
または薬学的に許容されるその塩、またはそのＣ１〜Ｃ６アルキルエステルもしくはＣ１〜Ｃ６アルキルアミドである化合物の、癌の治療のための薬剤の製造における使用であって、
患者の癌が、α−チューブリンアイソタイプ、β−チューブリンアイソタイプ、崩壊促進タンパク質および微小管関連タンパク質を含む群から選択された少なくとも１つのマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルを有すると特定されており、化学化合物に対する感度とマーカーの発現レベルまたはタンパク質レベルとの間で相関が存在する、使用。
【請求項４３】
前記化学化合物が、式（ＶＩ）
【化６】
2008522623.tif 000006
を有するかまたは薬学的に許容されるその塩である、請求項４２に記載の使用。
【請求項４４】
前記少なくとも１つのマーカーが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）である、請求項４２または４３に記載の使用。
【請求項４５】
前記少なくとも１つのマーカーが、スタトミンである、請求項４２または４３に記載の使用。
【請求項４６】
前記少なくとも１つのマーカーが、ＩＩＩ型β−チューブリンアイソタイプ（Ｈβ４／ＴＵＢＢ４）である、請求項４２または４３に記載の使用。