【手続補正書】
【提出日】平成21年9月11日(2009.9.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生体サンプルの生物活性を測定する方法であって：
所定の時間、前記生体サンプルをバイオセンサーと接触させること；
前記バイオセンサー内の転写因子（TF）の活性プロファイルを評価すること；
前記転写因子（TF）の活性プロファイルを、前記生体サンプルと接触させなかったバイオセンサーにおけるTFの活性プロファイルと比較すること；及び、
前記調査サンプルの生物活性を表すTF活性の変化の示差的プロファイルを作成すること；
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記TF活性プロファイルが、1より多いTFの活性を表す、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記TF活性プロファイルが、2、5、10、20、40、100、200、1,000、又は2,000種のTFの活性を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
生体サンプルの生物活性を測定する方法であって：
前記生体サンプルをバイオセンサーと接触させること；
前記接触後、異なる時間点で、前記バイオセンサー内のTFの時間的活性プロファイルを評価すること；
前記TFの時間的活性プロファイルを、前記生体サンプルを接触させなかったバイオセンサー内のTFの時間的活性プロファイルと比較すること；及び、
前記調査サンプルの生物活性を表すTF活性の変化の示差的な時間的プロファイルを作成すること；
を含む、前記方法。
【請求項５】
前記TF活性プロファイルが、1より多いTFの活性を表す、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記TF活性プロファイルが、2、5、10、20、40、100、200、1,000、又は2,000種のTFの活性を含む、請求項4記載の方法。
【請求項７】
前記プロファイルが、1より多い時間点で測定されたTF活性を含む、請求項4記載の方法。
【請求項８】
前記プロファイルが、2、5、10、20、40、100、又は200個の時間点で測定されたTF活性を含む、請求項4記載の方法。
【請求項９】
生体サンプルの生物活性を測定する方法であって：
前記生体サンプルを、バイオセンサーのパネルと接触させること；
前記接触に応答する、個々のバイオセンサー内でのTF活性の変化を評価すること；及び、
前記複数のバイオセンサー内のTF活性の変化のプロファイルを作成し、それによって前記調査サンプルの生物活性を特徴づけること；
を含む、前記方法。
【請求項１０】
前記バイオセンサーのパネルが、1より多いバイオセンサーを表す、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
前記バイオセンサーのパネルが、2、5、10、20、40、100、又は200個の個別的バイオセンサーを表す、請求項9記載の方法。
【請求項１２】
前記個別的バイオセンサーが、異なる細胞型を含み、前記細胞型が、線維芽細胞、上皮細胞、免疫細胞、神経細胞、幹細胞などを含む、請求項9記載の方法。
【請求項１３】
前記個別的バイオセンサーが、異なる組織培養物、器官培養物、動物へと移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官及び組織、並びに生きている動物全体を含む、請求項9記載の方法。
【請求項１４】
前記TF活性プロファイルが、前記TFのDNA結合活性である、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオセンサーが、前記TFの転写活性及びTFによって制御されるシス制御エレメント（cisRE）を評価することを可能にするレポーター遺伝子構築物で供給される、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項１６】
前記cisREが、遺伝子プロモーター、遺伝子エンハンサー、RNA安定性決定因子、転写活性が調査サンプルを接触させることで調節される天然又は合成DNA配列のDNA配列である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
前記レポーター遺伝子構築物が、あるTFのトランス活性化ドメインと、別のタンパク質のDNA結合ドメインとの融合を表すキメラTFの転写活性を評価するために設計されている、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
前記生物学的バイオセンサーが、複数の細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織である、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項１９】
前記サンプルが、生体液（唾液、血液、血清、脳脊髄液、滑液、尿、精液、母乳、胆液、涙、糞便、抽出物など）、並びにそれらの抽出物、濃縮物、構成要素、又は画分を含む、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項２０】
前記サンプルが、細胞及び組織抽出物、調整細胞培地などを含む、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項２１】
前記サンプルが、生細胞又は固定細胞を含む、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項２２】
前記バイオセンサーを、前記サンプルと応答修飾作用物質との組み合わせと接触させる、請求項1、4又は9記載の方法。
【請求項２３】
前記修飾作用物質が、サイトカイン、低分子量化合物、低分子干渉RNA、遺伝子発現ベクター、アンチセンスオリゴヌクレオチド、放射線、又はバイオセンサーの前記TF活性プロファイルを変化させることができる全ての他の処理である、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
生物系の機能状態の記載方法であって、前記生物系由来の1つ又は複数のサンプルの生物活性の分子的サインを、請求項1、4及び9に記載したように測定することによる、前記方法。
【請求項２５】
生物系の撹乱的機能状態のマーカーを同定する方法であって：
前記撹乱生物由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること；
非撹乱生物由来の生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること；及び、
前記生物活性を比較し、前記撹乱を特徴づける示唆的な分子的サインを作成すること；
による、前記方法。
【請求項２６】
調査サンプルにおける、前記撹乱に関連する生物活性強度を定量的に評価することによる、撹乱強度の評価方法。
【請求項２７】
前記撹乱が、疾患、前疾患状態、加齢、物理的処置、ストレス、食事制限、治療的処置、化合物投与、毒素、病原体などである、請求項25記載の方法。
【請求項２８】
前記生物系が、細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織、若しくは生きている動物全体である、請求項25記載の方法。
【請求項２９】
前記生物系がヒトである、請求項25記載の方法。
【請求項３０】
生物系の2つの撹乱機能状態を区別する示唆的マーカーを同定する方法であって：
生物のある撹乱状態由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること；
生物の別の撹乱状態由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること；及び、
前記生物活性を比較し、前記撹乱状態を区別する示唆的な分子的サインを作成すること；による、前記方法。
【請求項３１】
疾患又は前疾患状態の治療様式を同定する方法であって：
請求項25に記載したように、疾患又は前疾患状態のマーカーを同定すること；
前記疾患又は前記前疾患状態において、活性が示差的に制御されるTFを同定すること；
前記非撹乱状態におけるそれらの活性に対してそれらのTF活性を変化させること；
による、前記方法。
【請求項３２】
所望の治療特性を有する薬剤候補を選択する方法であって：
撹乱生物系を、調査薬剤候補で処理すること；
前記処理に応答する、前記撹乱系由来の生体サンプルにおける生物活性の変化を評価すること；及び、
非撹乱生物系に対する前記サンプルの生物活性を標準化させる薬剤候補を選択すること；
による、前記方法。
【請求項３３】
前記生物系が、細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織、若しくは生きている動物全体である、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
治療的処置への応答の個別的変動のマーカーを同定する方法であって：
前記治療的処置を、患者群に処理すること；
前記処置群を、前記処置の所望の結果を提供する1群と、前記処置の所望的でない結果を提供する別の群とに分割すること；
前記処置の所望の治療的結果を示す患者群から前記処置前及び処置後に生体サンプルを回収し、前記処置に応答した検体の生物活性に共通的な変化マーカーを測定すること；
前記処置の所望的でない治療的結果を示す患者群から前記処置前及び処置後に生体サンプルを回収し、前記処置に応答した検体の生物活性に共通的な変化マーカーを測定すること；及び、
前記処置の所望の結果に関連する示差的マーカーを同定すること；
による、前記方法。
【請求項３５】
治療的処置に対する個別的応答を予測する方法であって：
患者を、前記治療的処置に供すること；
前記処置前及び処置後の生体サンプルを回収し、前記処置に応答する前記サンプルの生物活性の変化を測定すること；及び、
前記サンプルの生物活性における処置誘導性変化を、前記処置の所望的治療結果及び非所望的治療結果を示す患者の生物活性データベースを用いて、請求項34に記載したように比較すること；
による、前記方法。
【請求項３６】
前記治療的処置が、天然及び合成薬剤、放射線、手術、遺伝子療法、催眠術、人的療法などを含むがこれらに限定されない、生物の生理的状態を変化させることに対して向けられる全ての処置を含む、請求項34又は35記載の方法。