【誤訳訂正書】
【提出日】平成21年1月23日(2009.1.23)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００４】
関連実施態様において、被験体から得たサンプルに基づいて、生物学的状態に関して、被験体の状態を表す指数を提供する。この実施態様は以下を含む：複数の構成要素を含むプロファイル・データセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の評価を可能にするように選択された構成成分のパネル中のはっきり識別できるＲＮＡまたはタンパク質構成成分の量の定量的測定値である、該プロファイル・データセットをサンプルから得る工程；及びプロファイル・データセットを得る際に、実質的に再現可能な測定条件下で各構成成分の当該測定を達成する工程；及びプロファイル・データセットから得た値を指数関数に適用し、プロファイル・データセットの一事例から生物学的状態の単一測定値を与えるようにマッピング提供し、被験体の生物学的状態に対する関連（ｐｅｒｔｉｎｅｎｔ）指数を得る工程。さらに前述の関連実施態様において、プロファイル・データセットを得る際に、全構成成分についての増幅の特異性及び効率が実質的に類似しているように設けられた測定条件下に各構成成分の測定を行う工程を含む。同様に、さらに別の実施態様では、プロファイル・データセットを得る際に、代わりに、または追加で、全構成成分の増幅の特異性及び効率が実施的に類似しているように設けられた測定条件下でそのような各構成成分の測定を行う工程を含む。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
他の実施態様において、パーセントで表される、全構成成分についての増幅効率の測定値は約２％の範囲内であり、任意で約１％の範囲内である。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１１】
他の実施態様において、被験体から得たサンプルに基づいて被験体の炎症状態を示す指数を与える方法を提供し、以下を含む：複数の構成要素を含む第１のプロファイル・データセットであって、各々の構成要素が、構成成分のパネル中のはっきり識別できるＲＮＡまたはタンパク質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイル・データセットをサンプルから得る工程であって、該パネルが表１の炎症遺伝子発現パネルの少なくとも２つの構成成分を含み；（その他の実施態様においては、表１のパネルの少なくとも３、４、５、６または１０の構成成分をパネル中で用いる）ここで、第１のプロファイル・データセットを得る際に、全構成成分の増幅の特異性及び効率が実質的に類似しており、かつ実質的に再現可能であるとの両方の条件下において、該測定を各構成成分について行い；第１のプロファイル・データセットから得た値を一つの指数関数に適用し、プロファイル・データセットの一事例からの遺伝地図を生物学的状態（１の実施態様において、これは炎症状態である）の単一測定値を提供し、サンプルまたは被験体の生物学的状態に対する関連（ｐｅｒｔｉｎｅｎｔ）指数を得る工程。生物学的状態は適当な遺伝子発現パネルを用いて評価できる任意の状態であり、炎症遺伝子発現パネルを用いる炎症範囲の測定は１つの例である。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１５】
本方法の実施態様において、指数関数は変数の線形和であり、各変数はプロファイル・データセットの構成要素の寄与関数である。さらに、寄与関数は該構成要素またはその逆数のうちの１つの乗数の加重和であり、乗数は整数であり、寄与関数が該構成要素またはその逆数のうち１つの多項式となるようにする。任意で、多項式は線形多項式である。プロファイル・データセットはＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦ、ＩＦＮＧ及びＩＬ１０からなる群より選択される構成要素に対応する少なくとも３、４または全ての構成要素を含む。指数関数は１／４｛ＩＬ１Ａ｝＋１／４｛ＩＬ１Ｂ｝＋１／４｛ＴＮＦ｝＋１／４｛ＩＮＦＧ｝−１／｛ＩＬ１０｝に比例し、括弧で囲まれた構成成分は当該構成成分の測定値を表す。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２２】
他の実施態様において、被験体から得たサンプルに基づいて被験体の生物学的状態を示す指数を与える方法を提供する。該実施態様の方法は以下を含む：複数の構成要素を含む第１のプロファイル・データセットであって、各々の構成要素が、構成成分のパネル中のはっきり識別できるＲＮＡまたはタンパク質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイル・データセットをサンプルから得る工程であって、該パネルが表１の炎症遺伝子発現パネルの少なくとも２つの構成成分を含む工程；及び、第１のプロファイル・データセットから得た値を、プロファイル・データセットの一事例から生物学的状態の単一測定値を得るようにマッピングを提供し、これによりサンプルまたは被験体の生物学的状態に対する関連（ｐｅｒｔｉｎｅｎｔ）指数を得る工程。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４６】
“遺伝子発現プロファイル炎症指数”は遺伝子発現プロファイルの一事例から炎症状態の単一測定値を与えるようにマッピングを提供する指数関数の値である。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０７】
指数関数は変数の線形和として適宜設定でき、各変数はいわゆるプロファイルデータセットの構成要素の“寄与関数”である。例えば、寄与関数はプロファイルデータセットの構成要素の一定の乗数かける定数である。従って、指数関数は、
Ｉ＝ΣＣｉＭｉＰ（ｉ）
であり、ここでＩは指数、Ｍｉはプロファイルデータセットの構成要素ｉの値、Ｃｉは定数、及びＰ（ｉ）はＭｉの一定の乗数であり、データセット中の構成要素の数の全ての整数値ｉについて合計がなされる。従って、線形多項式を得る。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体から得たサンプルに基づいて、炎症で特徴付けられる生物学的状態に応じた被験体の状態を示す指数を与える方法であって、以下を含む、
前記被験体から得たサンプルのＲＮＡまたは構成成分の量を測定するために増幅し、
前記構成成分の測定により前記生物学的状態の評価が可能となるように構成成分のパネルが選択され、パネル中の全構成成分の測定値が第１のプロファイル・データセットを形成する工程であって、
各構成成分の測定が、実質的に再現可能で、全構成成分の増幅効率が実質的に同様の、測定条件下で行われる工程、
及び、前記第１のプロファイル・データセットの値を指数関数Ｉ＝ΣＣｉＭｉＰ（ｉ）に適用する工程であって、
ここでＩは指数、Ｍｉは前記プロファイル・データセットの構成要素ｉの値、Ｃｉは定数、Ｐ（ｉ）はＭｉを累乗する乗数であり、全ての整数値ｉの合計は前記プロファイル・データセット中の構成要素数に応じ、
それにより前記生物学的状態を単一測定値で提供し、被験体における前記生物学的状態の指数を与える工程。
【請求項２】
被験体から得た、ＲＮＡの供給元であるサンプルに基づいて、炎症で特徴付けられる生物学的状態に応じた被験体の状態を示す指数を与える方法であって、以下を含む、
前記被験体から得たサンプルのＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、Ｇ６ＰＣ、ＧＣＧ、ＧＣＧＲ、ＧＦＰＴ１、ＧＹＳ１、ＨＫ２、ＩＮＳ、ＩＲＳ１、ＰＣＫ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ１、ＳＬＣ２Ａ２、ＳＬＣ２Ａ４、ＴＮＦ、ＡＢＣＣ１、ＡＣＰＰ、ＢＣＬ２、ＢＩＲＣ５、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＴＮＮＡ１、ＦＯＬＨ１、ＧＳＴＴ１、ＨＭＧＩＹ、ＩＧＦ１Ｒ、ＫＡＩ１、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＫＲＴ１９、ＫＲＴ５、ＫＲＴ８、ＬＧＡＬＳ８、ＭＹＣ、ＮＲＰ１、ＰＡＲＴ１、ＰＣＡ３、ＰＣＡＮＡＰ７、ＰＤＥＦ、ＰＯＶ１、ＰＳＣＡ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＴＡＴ３、ＴＥＲＴ、ＴＰ５３、ＢＡＸ、ＢＳＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＲＡＢＰ２、ＣＴＧＦ、ＤＵＳＰ１、ＦＧＦ７、ＦＮ１、ＦＯＳ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＩＶＬ、ＪＵＮ、ＫＲＴ１４、ＫＲＴ１６、ＭＡＰＫ８、ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＮＲ１Ｉ２、ＰＣＮＡ、ＰＩ３、Ｓ１００Ａ７、ＡＨＲ、ＡＬＢ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＹＰ１Ａ１、ＣＹＰ１Ａ２、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｅ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＰＨＸ１、ＦＡＰ、ＧＳＴ、ＧＳＴＡ１、ＧＳＴＡ２、ＧＳＴＭ１、ＫＩＴＬＧ、ＬＧＡＬＳ３、ＮＲ１Ｉ２、ＮＩ１Ｉ３、ＯＲＭ１、ＰＰＡＲＡ、ＳＣＹＡ２、ＵＣＰ２、ＵＧＴ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＣＬＤＮ１４、ＥＣＥ１、ＥＤＮ１、ＥＧＲ１、ＦＬＴ１、ＧＪＡ１、ＧＳＲ、Ｈ１Ｆ１Ａ、ＩＧＦＢＰ３、ＭＡＰＫ１、ＮＦＫＢ１、ＮＯＳ３、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＩＳ、ＰＴＸ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＥＫ、ＶＣＡＭ１、ＡＢＬ１、ＡＰＡＦ１、ＢＡＤ、ＢＡＫ１、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＩＤ、ＢＩＫ、ＢＩＲＣ２、ＢＩＲＣ３、ＣＡＳＰ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ９、ＣＣＮＡ２、ＣＣＮＢ１、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ｃｄｋ２、ｃｄｋ４、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＨＥＫ１、ＤＡＤ１、ＤＦＦＢ、ＦＡＤＤ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＭＡＤＤ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＤＣＤ８、ＰＮＫＰ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５２、ＲＢ１、ＳＭＡＣ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１２、ＴＯＳＯ、ＴＲＡＤＤ、ＴＲＡＦ１、ＴＲＡＦ２、ＶＤＡＣ１、ＸＲＣＣ５、ＴＧＦＡ、ＣＣＲ１、ＣＣＲ３、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ４、ＧＰＲ９、ＰＦ４、ＳＣＹＡ３、ＳＣＹＡ５、ＳＣＹＢ１０、ＳＤＦ１、ＡＣＴＢ、ＣＤ３４、ＣＤ４４、ＤＣ１３、ＤＳＧ１、ＥＤＲ２、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＳＲ１、ＦＧＦ１８、ＩＲＦ５、ＭＤＭ２、ＭＰ１、Ｎ３３、ＯＸＣＴ、ＰＣＴＫ１、ＳＲＰ１９、ＳＴＡＴ１、ＴＧＦＢ３、ＴＬＸ３、ＶＷＦ、ＩＦＩ１６、ＩＬ１Ｒ１、ＳＯＤ２、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＴＲＥＭ１、及びＣＣＲ４から成る群より選択される任意の構成成分のうち少なくとも２つの構成成分のＲＮＡ量を測定するために増幅し、
前記構成成分の測定により前記生物学的状態の評価が可能となるように構成成分のパネルが選択され、パネル中の全構成成分の測定値が第１のプロファイル・データセットを形成する工程であって、
各構成成分の測定が、実質的に再現可能で、全構成成分の増幅効率が実質的に同様の、測定条件下で行われる工程、
及び、前記第１のプロファイル・データセットの値を指数関数Ｉ＝ΣＣｉＭｉＰ（ｉ）に適用する工程であって、
ここでＩは指数、Ｍｉは前記プロファイル・データセットの構成要素ｉの値、Ｃｉは定数、Ｐ（ｉ）はＭｉを累乗する乗数であり、全ての整数値ｉの合計は前記プロファイル・データセット中の構成要素数に応じ、
それにより前記生物学的状態を単一測定値で提供し、被験体における前記生物学的状態の指数を与える工程。
【請求項３】
被験体から得た、ＲＮＡの供給元であるサンプルに基づいて、炎症で特徴付けられる生物学的状態に応じた被験体の状態を示す指数を与える方法であって、以下を含む、
前記被験体から得たサンプルの構成成分のＲＮＡ量を測定するために増幅し、
前記構成成分の測定により前記生物学的状態の評価が可能となるように構成成分のパネルが選択され、パネル中の全構成成分の測定値が第１のプロファイル・データセットを形成する工程であって、
各構成成分の測定が、実質的に再現可能で、全構成成分の増幅効率が実質的に同様の、測定条件下で行われる工程、
及び、前記プロファイル・データセットからの値を、潜在クラスモデリングを用いて導かれる指数関数に適用する工程であって、
それにより前記生物学的状態を単一測定値で提供し、被験体における前記生物学的状態の指数を与える工程。
【請求項４】
関連集団について測定した指数関数の基準値を指数に与え、該指数が基準値に関連して解釈できるようにすることを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
基準値の提供が指数関数の構築を含み、基準値が約１となるようにする、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
基準値の提供が指数関数の構築を含み、基準値が約０となるようにし、０からの指数関数の偏差は標準偏差単位で表される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
関連集団が、年齢層、性別、民族性、地理的位置、食事、内科的疾患、臨床的指標、薬剤、身体的活動、体格、及び環境暴露のうち少なくとも１の共通の性質を有する、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
パーセントで表される、全構成成分についての増幅効率の測定値が約２％の範囲内である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
測定値がサンプルから導かれる都度、各構成成分の測定値が約３％以下の変動係数を有する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
パーセントで表される、全構成成分についての増幅効率の測定値が約１％の範囲内である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
測定値がサンプルから導かれる都度、各構成成分の測定値が約３％以下の変動係数を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
測定値がサンプルから導かれる都度、各構成成分の測定値が約３％以下の変動係数を有する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
パネルが少なくとも３つの構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
パネルが約５００より少ない構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
生物学的状態が炎症であり、構成成分のパネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
生物学的状態が糖尿病であり、構成成分のパネルがＧ６ＰＣ、ＧＣＧ、ＧＣＧＲ、ＧＦＰＴ１、ＧＹＳ１、ＨＫ２、ＩＮＳ、ＩＲＳ１、ＰＣＫ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ１、ＳＬＣ２Ａ２、ＳＬＣ２Ａ４、ＴＧＦＢ１、及びＴＮＦから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
生物学的状態が前立腺の健康状態または疾病であり、構成成分のパネルがＡＢＣＣ１、ＡＣＰＰ、ＢＣＬ２、ＢＩＲＣ５、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＴＮＮＡ１、ＦＯＬＨ１、ＧＳＴＴ１、ＨＭＧＩＹ、ＨＳＰＡ１Ａ、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＫＡＩ１、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＫＲＴ１９、ＫＲＴ５、ＫＲＴ８、ＬＧＡＬＳ８、ＭＹＣ、ＮＲＰ１、ＰＡＲＴ１、ＰＣＡ３、ＰＣＡＮＡＰ７、ＰＤＥＦ、ＰＬＡＵ、ＰＯＶ１、ＰＳＣＡ、ＰＴＧＳ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＴＡＴ３、ＴＥＲＴ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦ、ＴＰ５３、及びＶＥＧＦから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
生物学的状態が皮膚の状態であり、構成成分のパネルがＢＡＸ、ＢＣＬ２、ＢＳＧ、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＲＡＢＰ２、ＣＴＧＦ、ＤＵＳＰ１、ＦＧＦ７、ＦＮ１、ＦＯＳ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＧＲＯ１、ＨＭＯＸ１、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＩＶＬ、ＪＵＮ、ＫＲＴ１４、ＫＲＴ１６、ＫＲＴ５、ＭＡＰＫ８、ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＮＲ１Ｉ２、ＰＣＮＡ、ＰＩ３、ＰＬＡＵ、ＰＴＧＳ２、Ｓ１００Ａ７、ＴＧＦＢ１、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ６、ＴＰ５３、及びＶＥＧＦから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
生物学的状態が肝代謝状態及び肝疾患であり、構成成分のパネルがＡＢＣＣ１、ＡＨＲ、ＡＬＢ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＹＰ１Ａ１、ＣＹＰ１Ａ２、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｅ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＰＨＸ１、ＦＡＰ、ＧＳＴ、ＧＳＴＡ１、ＧＳＴＡ２、ＧＳＴＭ１、ＫＩＴＬＧ、ＬＧＡＬＳ３、ＮＲ１Ｉ２、ＮＲ１Ｉ３、ＯＲＭ１、ＰＰＡＲＡ、ＳＣＹＡ２、ＵＣＰ２、及びＵＧＴから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
生物学的状態が血管の状態であり、構成成分のパネルがＡＤＡＭＴＳ１、ＣＬＤＮ１４、ＥＣＥ１、ＥＤＮ１、ＥＧＲ１、ＦＬＴ１、ＧＪＡ１、ＧＳＲ、Ｈ１Ｆ１Ａ、ＨＭＯＸ１、ＩＣＡＭ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＬ１５、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ８、ＭＡＰＫ１、ＮＦＫＢ１、ＮＯＳ２Ａ、ＮＯＳ３、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＩＳ、ＰＴＧＳ２、ＰＴＸ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＥＫ、ＶＣＡＭ１、及びＶＥＧＦから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
生物学的状態が異常細胞発達であり、構成成分のパネルがＡＢＬ１、ＡＰＡＦ１、ＢＡＤ、ＢＡＫ１、ＢＡＸ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＩＤ、ＢＩＫ、ＢＩＲＣ２、ＢＩＲＣ３、ＢＩＲＣ５、ＣＡＳＰ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ９、ＣＣＮＡ２、ＣＣＮＢ１、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ｃｄｋ２、ｃｄｋ４、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＨＥＫ１、ＤＡＤ１、ＤＦＦＢ、ＦＡＤＤ、ＧＡＤＤ４５Ａ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＭＡＤＤ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＭＲＥ１１Ａ、ＮＦＫＢ１、ＰＤＣＤ８、ＰＮＫＰ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５２、ＲＢ１、ＳＭＡＣ、ＴＥＲＴ、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１２、ＴＯＳＯ、ＴＰ５３、ＴＲＡＤＤ、ＴＲＡＦ１、ＴＲＡＦ２、ＶＤＡＣ１、及びＸＲＣＣ５から成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
生物学的状態が炎症であり、構成成分のパネルがＣＳＦ３、ＩＮＦＧ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＡ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、及びＴＮＦＳＦ１３Ｂから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
生物学的状態が炎症であり、構成成分のパネルがＣＤ１４、ＧＲＯ１、ＨＭＯＸ１、ＩＣＡＭ１、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１０、ＭＭＰ９、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＧＦＢ１、ＴＩＭＰ１、及びＴＮＦＡから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
生物学的状態が炎症であり、構成成分のパネルがＣＣＲ１、ＣＣＲ３、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ４、ＧＰＲ９、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＩＬ８、ＰＦ４、ＳＣＹＡ２、ＳＣＹＡ３、ＳＣＹＡ５、ＳＣＹＢ１０、及びＳＤＦ１から成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
生物学的状態が癌であり、構成成分のパネルがＡＣＴＢ、ＢＣＬ２、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＣＤ４４、ＤＣ１３、ＤＳＧ１、ＥＤＲ２、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＳＲ１、ＦＧＦ１８、ＦＬＴ１、ＦＯＳ、ＧＲＯ１、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ５、ＫＲＴ１４、ＫＲＴ１９、ＫＲＴ５、ＭＤＭ２、ＭＭＰ９、ＭＰ１、Ｎ３３、ＯＸＣＴ、ＰＣＴＫ１、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＲＰ１９、ＳＴＡＴ１、ＴＧＦＢ３、ＴＬＸ３、及びＶＷＦから成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
生物学的状態が感染症であり、構成成分のパネルがＣ１ＱＡ、ＣＡＳＰ１、ＣＤ１４、ＣＳＦ２、ＥＧＲ１、Ｆ３、ＧＲＯ２、ＨＭＯＸ１、ＨＳＰＡ１Ａ、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ１６、ＩＦＮＧ、ＩＬ１０、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１３、ＩＬ１８、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２、ＩＬ４、ＩＬ６、ＩＬ８、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡ２Ｇ７、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＯＤ２、ＴＡＣ１、ＴＩＭＰ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＴＮＦ、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＶＥＧＦ、ＩＬ５、ＩＦＮＡ２、ＴＲＥＭ１、ＳＣＹＢ１０、ＣＣＲ１、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＳＣＹＡ３、及びＣＸ３ＣＲ１から成る群より選ばれる少なくとも２の構成成分を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
被験体から得た、ＲＮＡの供給元であるサンプルに基づいて、炎症で特徴付けられる生物学的状態を示す指数を与える方法であって、以下を含む、
ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも２つの構成成分のＲＮＡ量を測定するために増幅し、
前記構成成分の測定により前記生物学的状態の評価が可能となるように構成成分のパネルが選択され、パネル中の全構成成分の測定値が第１のプロファイル・データセットを形成する工程であって、
各構成成分の測定が、実質的に再現可能で、全構成成分の増幅効率が実質的に同様の、測定条件下で行われる工程、
及び、前記第１のプロファイル・データセットの値を指数関数Ｉ＝ΣＣｉＭｉＰ（ｉ）に適用する工程であって、
ここでＩは指数、Ｍｉは前記プロファイル・データセットの構成要素ｉの値、Ｃｉは定数、Ｐ（ｉ）はＭｉを累乗する乗数であり、全ての整数値ｉの合計は前記プロファイル・データセット中の構成要素数に応じ、
それにより前記生物学的状態を単一測定値で提供し、被験体における前記生物学的状態の指数を与える工程。
【請求項２８】
パネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも３の構成成分を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
パネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも４の構成成分を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
パネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも５の構成成分を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
パネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも６の構成成分を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３２】
パネルがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦＡ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＦＮＧ、ＩＬ２、ＩＬ１２Ｂ、ＩＬ１５、ＩＬ１８、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ１８ＢＰ、ＴＧＦＢ１、ＩＦＮＡ２、ＧＲＯ１、ＧＲＯ２、ＴＮＦＳＦ５、ＴＮＦＳＦ６、ＣＳＦ３、Ｂ７、ＣＳＦ２、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＴＡＣ１、ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ１、ＰＴＧＳ２、ＮＯＳ２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ７、ＨＭＯＸ１、Ｆ３、ＣＤ３Ｚ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ１４、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ１９、ＨＳＰＡ１Ａ、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＰＬＡＵ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＴＩＭＰ１、Ｃ１ＱＡ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１から成る群より選ばれる少なくとも１０の構成成分を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３３】
指数関数が潜在クラスモデリングを用いて導かれ、炎症の増加に関連して構成成分の発現が増加する事例、及び炎症の増加に関連して構成成分の発現が減少する事例において、指数関数が構築基準値より高い値が得られる方法で構築される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３４】
潜在クラスモデリングを用いて導かれた指数関数が、発現レベルが炎症範囲に相関して決定される範囲に従って、パネル中の構成成分の発現値を測るように構築される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記第１のプロファイル・データセットに用いるＲＮＡ構成成分の一部の測定を第１の時点及び第１の測定箇所で行い、前記第１のプロファイル・データセットから得た値を第２の時点及び第２の測定箇所に適用し、前記第１のプロファイル・データセットに用いたＲＮＡ構成成分の一部の測定に関連するデータをネットワーク上で第２の時点及び第２の測定箇所に連絡し、第２の測定箇所において第１のプロファイル・データセットから得た値の適用を可能にする、請求項２７に記載の方法。
【請求項３６】
指数関数中の各変数は、プロファイル・データセットの構成要素の関数である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３７】
関数が該構成要素の加重された乗数である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
乗数が整数であり、指数関数が線形多項式となるようにする、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
プロファイル・データセットがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦ、ＩＦＮＧ及びＩＬ１０からなる群より選択される構成要素に対応する少なくとも３の構成要素を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
プロファイル・データセットがＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ、ＴＮＦ、ＩＦＮＧ及びＩＬ１０からなる群より選択される構成要素に対応する少なくとも４の構成要素を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
指数関数が１／４｛ＩＬ１Ａ｝＋１／４｛ＩＬ１Ｂ｝＋１／４｛ＴＮＦ｝＋１／４｛ＩＮＦＧ｝−１／｛ＩＬ１０｝におおよそ比例し、括弧で囲まれた構成成分は当該構成成分の測定値を表す、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
変数Ｃｉ及びＰ（ｉ）が潜在クラスモデリングを用いて決定される、請求項１、２、２７のいずれかに記載の方法。