【手続補正書】
【提出日】平成21年8月28日(2009.8.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体ポリペプチドのレパートリーから、標的リガンドと、標的リガンドの特異性に関係なく該レパートリーの機能的メンバーに結合することができる一般リガンドとに結合する機能的可変ドメインの集団を選択する方法であって、
a)該レパートリーを一般リガンドと接触させ、それに結合した機能的可変ドメインを選択する工程；および
b)選択された機能的可変ドメインを標的リガンドと接触させ、標的リガンドに結合する可変ドメインの集団を選択する工程、
を含み、ここで(i)可変ドメインは重鎖可変ドメインであり、一般リガンドは抗体軽鎖可変ドメインであり；または(ii)可変ドメインは軽鎖可変ドメインであり、一般リガンドは抗体重鎖可変ドメインであり；ならびに
必要に応じて、(i)において、重鎖可変ドメインはラクダ科動物の可変ドメイン(VHH)もしくはラクダ科動物の重鎖抗体(H2抗体)から誘導されたものであり；または必要に応じて、(i)および(ii)において、それぞれの可変ドメインはヒト可変ドメインであるか、もしくはヒトから誘導されたものである、前記方法。
【請求項２】
抗体ポリペプチドのレパートリーを最初に標的リガンドと接触させ、次いで一般リガンドと接触させる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
一般リガンドが可変ドメインのレパートリーのサブセットに結合する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
2個以上のサブセットを、ポリペプチドのレパートリーから選択する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
選択を、2個以上の一般リガンド、必要に応じて、2個以上の軽鎖可変ドメイン(オプション(i)について)、または2個以上の重鎖可変ドメイン(オプション(ii)について)を用いて実施する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
2個以上のサブセットを、選択後に混合して、ポリペプチドのさらなるレパートリーを作製する、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
ポリペプチドの2個以上のレパートリーを一般リガンドと接触させた後、それによって得られたポリペプチドのサブセットを混合する、請求項１〜６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８】
抗体重鎖可変ドメインの集団を請求項１に従って選択し、抗体軽鎖可変ドメインの集団を請求項１に従って選択した後、それによって得られた集団を混合する方法。
【請求項９】
抗体ポリペプチドの集団から少なくとも1種の抗体重鎖可変ドメインを選択する方法であって、
a)該集団を抗体軽鎖可変ドメインと接触させること、および
b)軽鎖可変ドメインに結合する少なくとも1種の抗体重鎖可変ドメインを選択すること、
を含む前記方法。
【請求項１０】
工程a)の前に、抗体ポリペプチドを標的リガンドと接触させ、標的リガンドに結合する抗体ポリペプチドを選択し、それによって工程a)で用いられる抗体ポリペプチドの前記集団を提供する工程を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
工程b)の後に、工程b)で選択された抗体重鎖可変ドメインを標的リガンドと接触させ、標的リガンドに結合する重鎖可変ドメインを選択する工程を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
工程b)で選択された各重鎖ドメインが、ラクダ科動物から誘導された重鎖可変ドメイン；VHHドメイン；Nanobody(商標)；位置44にグリシンを有するVHH；位置45にロイシンを有するVHH；位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置45にロイシンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置45にロイシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシン、位置45にロイシンおよび位置47にトリプトファンを有するVHH；位置103にトリプトファンまたはアルギニンを有するVHHからなる群に由来する、請求項９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
工程b)で選択された各重鎖ドメインが、ヒト化重鎖可変ドメイン、場合によりヒト化ラクダ科動物もしくはマウス重鎖可変ドメインまたはヒト化Nanobody(商標)である、請求項９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
工程b)で選択された各重鎖ドメインが、ヒト重鎖可変ドメインである、請求項９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
軽鎖可変ドメインが、ヒト軽鎖可変ドメインもしくはヒトから誘導されたものであるか、または生殖系列遺伝子配列DPK9によりコードされるFW2と同一であるFW2配列を有する軽鎖可変ドメインである、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
軽鎖可変ドメインが、ラクダ科動物軽鎖可変ドメインであるか、またはラクダ科動物から誘導されたものである、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
工程a)で用いられる集団が、(i)軽鎖可変ドメインと対形成していない少なくとも1個の重鎖可変ドメインをそれぞれ含む抗体ポリペプチド；および(ii)軽鎖可変ドメインと対形成した重鎖可変ドメインをそれぞれ含む抗体ポリペプチドを含む、請求項９〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
ポリペプチドが請求項９に記載の方法により取得可能であり、該方法における軽鎖可変ドメインがヒト軽鎖可変ドメインであり、重鎖可変ドメインが非ヒト哺乳動物に由来し、且つヒト化重鎖可変ドメインである、抗体重鎖可変ドメインを含むか、またはそれからなる単離された抗体ポリペプチド。
【請求項１９】
重鎖可変ドメインが、ヒト化ラクダ科動物またはマウス重鎖可変ドメインである、請求項１８に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２０】
重鎖可変ドメインが、ラクダ科動物から誘導された重鎖可変ドメイン；VHHドメイン；Nanobody(商標)；位置44にグリシンを有するVHH；位置45にロイシンを有するVHH；位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置45にロイシンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置45にロイシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシン、位置45にロイシンおよび位置47にトリプトファンを有するVHH；位置103にトリプトファンまたはアルギニンを有するVHHからなる群に由来する、請求項１８に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２１】
重鎖可変ドメインを、ラクダ科動物のIgGまたはラクダ科動物から誘導されたIgGの一部として提供する、請求項２０に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２２】
重鎖可変ドメインを、ヒトIgGまたはヒトから誘導されたIgGの一部として提供し、重鎖可変ドメインを、IgG中、請求項１０に記載の軽鎖可変ドメインとは異なる軽鎖可変ドメインと対形成させる、請求項２０に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２３】
医薬として使用するための請求項１８〜２２のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２４】
ヒトにおける疾患または症状の治療および／または予防のための請求項１８〜２２のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２５】
重鎖可変ドメインが、TNFα、血清アルブミン、フォン・ビルブラント因子(vWF)、IgE、インターフェロンγ、EGFR、IgE、MMP12、PDK1およびアミロイドβ(A-β)、または添付物1に列挙された標的のいずれか1つからなる群より選択される標的リガンドに結合する、請求項９〜１７のいずれか１項に記載の方法または請求項１８〜２４のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項２６】
抗体ポリペプチドの集団から少なくとも1個の抗体軽鎖可変ドメインを選択する方法であって、
a)該集団を抗体重鎖可変ドメインと接触させること、および
b)重鎖可変ドメインに結合する少なくとも1個の抗体軽鎖可変ドメインを選択すること、
を含む前記方法。
【請求項２７】
工程a)の前に、抗体ポリペプチドを標的リガンドと接触させ、標的リガンドに結合する抗体ポリペプチドを選択し、それによって工程a)で用いられる抗体ポリペプチドの前記集団を提供する工程を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
工程b)の後に、工程b)で選択された抗体軽鎖可変ドメインを標的リガンドと接触させ、標的リガンドに結合する軽鎖可変ドメインを選択する工程を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
工程b)で選択された各軽鎖ドメインが、ラクダ科動物から誘導されたものである、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
工程b)で選択された各軽鎖ドメインが、ヒト軽鎖可変ドメイン、またはヒト化軽鎖可変ドメイン、場合によりヒト化ラクダ科動物もしくはマウス可変ドメインである、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
重鎖可変ドメインが、ヒト重鎖可変ドメイン；ヒトから誘導されたもの；生殖系列遺伝子配列DP47によりコードされるFW2と同一であるFW2配列を有する重鎖可変ドメイン；または生殖系列遺伝子配列DP47によりコードされる位置44、45および47と同一である位置44、45および47を有する重鎖可変ドメインである、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
重鎖可変ドメインが、ラクダ科動物重鎖可変ドメイン(VHHもしくはVH)であるか、またはラクダ科動物から誘導されたものである、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
工程a)における集団を、B細胞の集団により提供する、請求項２６〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
B細胞が末梢血リンパ球である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
B細胞を、標的抗原で免疫した動物から単離する、請求項３３または３４に記載の方法。
【請求項３６】
B細胞を、標的抗原で免疫されていない動物から単離する、請求項３３または３４に記載の方法。
【請求項３７】
工程a)で用いられる集団を、合成的に再編成された抗体遺伝子によりコードされた抗体ポリペプチドのレパートリーにより提供する、請求項２６〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
工程a)で用いられる集団を、前記抗体ポリペプチドを展示するバクテリオファージを含むファージディスプレイライブラリーにより提供する、請求項２６〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
工程a)で用いられる集団が、(i)重鎖可変ドメインと対形成していない少なくとも1個の軽鎖可変ドメインをそれぞれ含む抗体ポリペプチド；および(ii)重鎖可変ドメインと対形成した軽鎖可変ドメインをそれぞれ含む抗体ポリペプチドを含む、請求項２６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
工程a)で用いられる集団が、ヒト軽鎖単一可変ドメイン(VL)を含む、請求項２６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
ポリペプチドが請求項２６に記載の方法により取得可能であり、該方法における重鎖可変ドメインがヒト重鎖可変ドメインであり、軽鎖可変ドメインが非ヒト哺乳動物に由来するものである、抗体軽鎖可変ドメインを含むか、またはそれからなる単離された抗体ポリペプチド。
【請求項４２】
軽鎖可変ドメインが、ヒト化ラクダ科動物またはマウス軽鎖可変ドメインである、請求項４１に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４３】
軽鎖可変ドメインがラクダ科動物に由来するものである、請求項４１に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４４】
軽鎖可変ドメインを、ラクダ科動物のIgGまたはラクダ科動物から誘導されたIgGの一部として提供する、請求項４１に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４５】
軽鎖可変ドメインを、ヒトIgGまたはヒトから誘導されたIgGの一部として提供し、軽鎖可変ドメインがIgG中で請求項２６に記載の重鎖可変ドメインと異なる重鎖可変ドメインと対形成させる、請求項４１に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４６】
請求項１８〜２２および４１〜４５のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチドに連結された半減期延長部分を含むポリペプチドであって、該部分がPEG；抗体定常ドメイン；抗体Fc領域；アルブミンもしくはその断片；アルブミン、アルブミン断片に結合するペプチドもしくは抗体フラグメント；新生児Fc受容体；トランスフェリン；またはトランスフェリン受容体から選択される、前記ポリペプチド。
【請求項４７】
医薬として使用するための請求項４１〜４６のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４８】
ヒトにおける疾患または症状の治療および／または予防のための請求項４１〜４６のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項４９】
軽鎖可変ドメインまたは抗体ポリペプチドの可変ドメインが、TNFα、血清アルブミン、フォン・ビルブラント因子(vWF)、IgE、インターフェロンγ、EGFR、IgE、MMP12、PDK1およびアミロイドβ(A-β)、または添付物1に列挙された標的のいずれか1つからなる群より選択される標的リガンドに結合する、請求項２６〜４０のいずれか１項に記載の方法または請求項４１〜４６のいずれか１項に記載の抗体ポリペプチド。
【請求項５０】
選択された可変ドメインの突然変異体または誘導体を作製する工程を含む、請求項１、９または２６に記載の方法。
【請求項５１】
単一可変ドメインおよびIgGを含む抗体ポリペプチドの集団中のラクダ科動物のVHH抗体単一可変ドメインからIgGを分離する方法であって、
a)該集団を一般リガンドと接触させること、および
b)一般リガンドに結合するサブ集団を選択し、それによって単一可変ドメインからIgGを分離すること、
を含み、一般リガンドが抗体CH1ドメイン、軽鎖定常ドメイン(CL)、IgGヒンジまたは抗体軽鎖可変ドメインに対する結合特異性を有する、前記方法。
【請求項５２】
ラクダ科動物のVHHドメインおよびIgGを含む抗体ポリペプチドの集団中のIgGからラクダ科動物のVHH単一可変ドメインを分離する方法であって、
a)該集団を一般リガンドと接触させること、および
b)一般リガンドに結合するサブ集団を選択し、それによってIgGから単一可変ドメインを分離すること、
を含み、一般リガンドが(i)VHHに対する結合特異性を有するが、VHに対する結合特異性を有さず；または(ii)重鎖抗体(H2)ヒンジに対する結合特異性を有する、前記方法。
【請求項５３】
一般リガンドが添付物2a)、c)、d)またはe)から選択される抗体可変ドメインである、請求項１〜７および９〜５２のいずれか１項に記載の方法または抗体ポリペプチド。
【請求項５４】
抗体ポリペプチドのレパートリーから、標的リガンドと一般リガンドに結合する単一可変ドメインを選択する方法であって、
a)該レパートリーを標的リガンドと接触させ、それに結合した単一可変ドメインを選択する工程；および
b)選択された可変ドメインを一般リガンドと接触させ、一般リガンドに結合する可変ドメインを選択する工程、
を含み、一般リガンドが添付物2c)またはe)から選択される抗体可変ドメインであり；ならびに
(i)選択された可変ドメインが重鎖可変ドメインである場合、一般リガンドが軽鎖可変ドメインであるか、または(ii)選択された可変ドメインが軽鎖可変ドメインである場合、一般リガンドが重鎖可変ドメインである、前記方法。
【請求項５５】
選択された可変ドメインの突然変異体または誘導体を作製する工程を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
一般リガンドが、選択された可変ドメインと同じ標的リガンド種に結合する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
一般リガンドが、選択された可変ドメインと異なる標的リガンド種に結合する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
選択された可変ドメインを、一般リガンドと同一である抗体可変ドメインまたはその誘導体と組み合わせて、標的リガンド結合特異性を有する生成物を作製することを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５９】
標的リガンドに結合する添付物2c)(i)〜(iv)のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメントの誘導体を作製する方法であって、
a)該抗体もしくはフラグメントの重鎖可変ドメインまたは請求項５４に記載の方法における一般リガンドと同一の可変ドメインを使用し、工程a)で用いられる標的リガンドが抗体もしくはフラグメントが結合する標的リガンドであり、それによって、標的リガンドおよび重鎖可変ドメインに結合する軽鎖単一可変ドメインを選択すること；ならびに
b)抗体もしくはフラグメントの少なくとも1個の軽鎖可変ドメインを、選択された軽鎖可変ドメイン；同一の軽鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換すること、
を含む前記方法。
【請求項６０】
添付物2c)(i)〜(iv)のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメントの多特異的誘導体を作製する方法であって、
a)該抗体もしくはフラグメントの重鎖可変ドメインまたは請求項５４に記載の方法における一般リガンドと同一の可変ドメインを使用し、工程a)で用いられる標的リガンドが抗体もしくはフラグメントが結合する標的リガンドと異なる標的リガンドであり、それによって、異なる標的リガンドおよび重鎖可変ドメインに結合する軽鎖単一可変ドメインを選択すること；ならびに
b)抗体もしくはフラグメントの少なくとも1個の軽鎖可変ドメインを、選択された軽鎖可変ドメイン；同一の軽鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換し、それによって多特異的生成物を作製すること、
を含む前記方法。
【請求項６１】
標的リガンドに結合する添付物2c)(i)〜(iv)のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメントの誘導体を作製する方法であって、
a)該抗体もしくはフラグメントの軽鎖可変ドメインまたは請求項５４に記載の方法における一般リガンドと同一の可変ドメインを使用し、工程a)で用いられる標的リガンドが抗体もしくはフラグメントが結合する標的リガンドであり、それによって、標的リガンドおよび軽鎖可変ドメインに結合する重鎖単一可変ドメインを選択すること；ならびに
b)抗体もしくはフラグメントの少なくとも1個の重鎖可変ドメインを、選択された重鎖可変ドメイン；同一の重鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換すること、
を含む前記方法。
【請求項６２】
添付物2c)(i)〜(iv)のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメントの多特異的誘導体を作製する方法であって、
a)該抗体もしくはフラグメントの軽鎖可変ドメインまたは請求項５４に記載の方法における一般リガンドと同一の可変ドメインを使用し、工程a)で用いられる標的リガンドが抗体もしくはフラグメントが結合する標的リガンドと異なる標的リガンドであり、それによって、異なる標的リガンドおよび軽鎖可変ドメインに結合する重鎖単一可変ドメインを選択すること；ならびに
b)抗体もしくはフラグメントの少なくとも1個の重鎖可変ドメインを、選択された重鎖可変ドメイン；同一の重鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換し、それによって多特異的生成物を作製すること、
を含む前記方法。
【請求項６３】
重鎖可変ドメインを、ラクダ科動物から誘導された重鎖可変ドメイン；VHHドメイン；Nanobody(商標)；位置44にグリシンを有するVHH；位置45にロイシンを有するVHH；位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置45にロイシンを有するVHH；位置44にグリシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置45にロイシンを有し、位置47にトリプトファンを有するVHH；位置44にグリシン、位置45にロイシンおよび位置47にトリプトファンを有するVHH；位置103にトリプトファンまたはアルギニンを有するVHH；ヒト化ラクダ科動物もしくはマウス重鎖可変ドメイン；ヒト化Nanobody(商標)；ヒト重鎖可変ドメイン；ヒトから誘導された重鎖可変ドメイン；生殖系列遺伝子配列DP47によりコードされるFW2と同一であるFW2配列を有する重鎖可変ドメイン；または生殖系列遺伝子配列DP47によりコードされる位置44、45および47と同一である位置44、45および47を有する重鎖可変ドメインからなる群より選択する、請求項６０〜６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
軽鎖可変ドメインを、ヒト軽鎖可変ドメイン；ヒトから誘導された軽鎖可変ドメイン；生殖系列遺伝子配列DPK9によりコードされるFW2と同一であるFW2配列を有する軽鎖可変ドメイン；ラクダ科動物軽鎖可変ドメイン；ラクダ科動物から誘導された軽鎖可変ドメイン；およびヒト化ラクダ科動物もしくはマウス軽鎖可変ドメインから選択する、請求項５９または６０に記載の方法。
【請求項６５】
a)選択された可変ドメインが重鎖可変ドメインであり、抗体もしくはフラグメントの各重鎖可変ドメインを、選択された重鎖可変ドメイン；同一の重鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換するか、またはb)選択された可変ドメインが軽鎖可変ドメインであり、抗体もしくはフラグメントの各軽鎖可変ドメインを、選択された軽鎖可変ドメイン；同一の軽鎖可変ドメインもしくはその誘導体と置換する、請求項５９〜６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
請求項５９〜６５のいずれか１項に記載の方法により取得可能な誘導体。
【請求項６７】
請求項５９〜６５のいずれか１項に記載の方法により取得可能である、Panorex(商標)、Rituxin(商標)、Zevalin(商標)、Mylotarg(商標)、Campath(商標)、Herceptin(商標)、ReoPro(商標)、Synagis(商標)、Xolair(商標)、Remicade(商標)、Simulect(商標)、OKT3(商標)、Orthoclone(商標)、Zenapax(商標)、Humira(商標)、Bexxar(商標)、Raptiva(商標)、Antegren(商標)、Erbitux(商標)およびAvastin(商標)から選択される抗体または抗体フラグメントの誘導体。
【請求項６８】
一般リガンドが、Panorex(商標)、Rituxin(商標)、Zevalin(商標)、Mylotarg(商標)、Campath(商標)、Herceptin(商標)、ReoPro(商標)、Synagis(商標)、Xolair(商標)、Remicade(商標)、Simulect(商標)、OKT3(商標)、Orthoclone(商標)、Zenapax(商標)、Humira(商標)、Bexxar(商標)、Raptiva(商標)、Antegren(商標)、Erbitux(商標)およびAvastin(商標)から選択される抗体もしくは抗体フラグメントに由来する抗体可変ドメインまたは該抗体もしくは抗体フラグメントにより結合した標的リガンドに結合する同一の可変ドメインもしくはその誘導体である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６９】
請求項６８に記載の方法により取得可能である、標的リガンド結合特異性を有する生成物。
【請求項７０】
医薬として使用するための請求項６６、６７および６９のいずれか１項に記載の誘導体または生成物。
【請求項７１】
ヒトにおける疾患または症状の治療および／または予防のための請求項６６、６７および６９のいずれか１項に記載の誘導体または生成物。
【請求項７２】
症状が添付物2c)(i)中の抗体もしくは抗体フラグメントについて列挙された症状である、ヒトにおける疾患または症状の治療および／または予防のための請求項６６または６９に記載の誘導体または生成物。