【手続補正書】
【提出日】平成21年1月7日(2009.1.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物の個体数を制御するための、広げられた宿主域を有するウイルスを含有する組成物であって、
該ウイルスが、
多細胞生物に感染する能力と、感染した宿主微生物に望ましくない遺伝子を移入させる能力を有さず；かつ、
微生物の標的株のウイルス抵抗性変異株であって野生型ウイルスによる感染に抵抗する前記変異株に対して感染する能力を有する、上記組成物。
【請求項２】
前記ウイルスが、溶解性ウイルスを含んでなる、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記溶解性ウイルスが、溶解性の状態から溶原性の状態へ変換する能力を有さない、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記標的株に特異的な野生型ウイルスをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記野生型ウイルスが、溶解性ウイルスを含んでなる、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記ウイルスに感染したキャリアー微生物をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記キャリアー微生物が、非病原性の微生物を含む、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記微生物に特異的な抗菌剤をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
微生物の標的株の個体数を制御する方法であって：
該標的株を、請求項１〜５のいずれかで定義したウイルスに晒すこと；および、
該ウイルスを標的株に感染させること、
を含む、上記方法。
【請求項１０】
処理部位に抗菌剤を導入することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記晒すことが、前記ウイルスを生きた動物に投与すること、前記ウイルスで食品を処理すること、または前記ウイルスを処理すべき環境中に導入することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記投与が、サルモネラ属、カンピロバクター属、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、および大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７からなる群から選択される少なくとも１の腸内病原体に特異的なウイルスを投与することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記晒すことが、酸性鉱山排水が発生する環境または酸性鉱山排水が発生する可能性がある環境に、請求項１〜５のいずれかで定義したウイルスであって、チオバチルス・フェルオキシダンス（Ｔ．ｆｅｒｒｏｘｉｄａｎｓ）に対して感染し、チオバチルス・フェルオキシダンスを溶菌させるであろう前記ウイルスを導入することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記晒すことが、請求項１〜５のいずれかで定義したウイルスであって、水中の酸素濃度を減少させて酸素含量の低い水を生成する微生物に対して感染し、該微生物を溶菌させるであろう前記ウイルスを導入することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記ウイルスが、有益微生物よりも標的株微生物に対して選択的である、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
請求項１〜５のいずれかで定義した宿主域突然変異ウイルスの製造方法であって：
微生物の標的株を単離すること；
該微生物の標的株に特異的な野生型ウイルスの存在下で該微生物の標的株を増殖させることによって、該微生物の標的株のウイルス抵抗性変異体であって、該野生型ウイルスによる感染に抵抗する前記変異体を単離すること；
野生型ウイルスの存在下で該微生物のウイルス抵抗性変異体を増殖させることによって、広げられた宿主域を有する宿主域突然変異ウイルスを単離すること；
該宿主域突然変異ウイルスの存在下で該微生物の標的株のウイルス抵抗性変異体を増殖させることによって、該微生物の標的株の宿主域突然変異ウイルス抵抗性変異体であって該微生物の標的株に対して特異的な野生型ウイルスおよび宿主域突然変異ウイルスによる感染に抵抗する前記変異体を単離すること；および、
宿主域突然変異ウイルスの存在下で該微生物の宿主域突然変異ウイルス抵抗性変異体を増殖させることによって、更に広げられた宿主域を有する第二の宿主域突然変異ウイルスを単離すること、
を含む、上記方法。
【請求項１７】
望ましくない遺伝子に関する標的株、および、宿主域突然変異ウイルス抵抗性変異体のうち少なくとも一種をスクリーニングすることをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
第二の宿主域突然変異ウイルスを単離することが、標的株の複数の宿主域突然変異ウイルス抵抗性変異体に対する特異性を有する宿主域突然変異ウイルスを単離することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
いずれかの溶原性ウイルスに関してスクリーニングし、それらを排除することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
望ましくない遺伝子に関する宿主域突然変異ウイルス、および、第二の宿主域突然変異ウイルスのうち少なくとも一種をスクリーニングすることをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１〜５のいずれかで定義したウイルスに抵抗性のある有益微生物の変異株を含む、有益微生物の個体数を制御するための組成物。
【請求項２２】
前記有益微生物が、パントエア・アナナス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｎｎａｎｕｓ）、セラチア・エントモフィリア（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｅｎｔｏｍｏｐｈｉｌｉａ）、エンテロバクター・エロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、チオバチルス・フェルオキシダンス（Ｔ．ｆｅｒｒｏｘｉｄａｎｓ）、アシディフィラム（Ａｃｉｄｉｐｈｉｌｉｕｍ）属の一種、ロドコッカス属の一種、スルフォバス（Ｓｕｌｆｏｂｕｓ）属の一種、および、チオバチルス属の一種の少なくとも一種を含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
処理部位に有益微生物のウイルス抵抗性変異株を導入することを含む、請求項２１または２２に記載の有益微生物の個体数を制御する方法。
【請求項２４】
前記導入が、有益微生物のウイルス抵抗性変異株に、有毒化学物質またはその他の汚染物質を晒すことを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記導入が、パントエア・アナナス、セラチア・エントモフィリア、エンテロバクター・エロゲネス、チオバチルス・フェルオキシダンス、アシディフィラム属の一種、ロドコッカス属の一種、スルフォバス属の一種、および、チオバチルス属の一種の少なくとも一種を前記処理部位に導入することを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記導入が行われて菌類の増殖が制御される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記導入が行われて昆虫の個体数の増加または蔓延が制御される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記導入が行われて、ニュージーランド草地幼虫（Ｎｅｗ  Ｚｅａｌａｎｄ  ｇｒａｓｓ  ｇｒｕｂ）およびバッタ科に代表されるような昆虫の個体数の増加または蔓延が制御される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記導入が、有益微生物のウイルス抵抗性変異株を植物に適用することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記導入が行われて硫化物が硫酸に酸化される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
前記導入が行われて瀝青質頁岩から石油および石油関連物質が単離される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３２】
前記導入が行われて硫黄が酸性化される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３３】
前記導入により、アルカリ性の土壌を酸性化すること、ゴム生成物を分解すること、有害化学物質または汚染物質をバイオレメディエーションすること、汚水または廃水を処理すること、悪臭または悪臭源を処理すること、発酵プロセスのうち少なくとも一種が行われる、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
請求項２１または２２で定義された微生物のウイルス抵抗性変異体の製造方法であって：
野生型の微生物に特異的な野生型ウイルスに、該ウイルスに抵抗する野生型の微生物を晒すことによって、宿主域突然変異ウイルスを単離すること；
該宿主域突然変異ウイルスに該野生型の微生物を晒すことによって、該微生物のウイルス抵抗性変異体であって、該ウイルスおよび該宿主域突然変異ウイルスによる感染に抵抗する前記変異体を単離すること；
少なくとも一種の宿主域突然変異ウイルスに該微生物のウイルス抵抗性変異体を晒すことによって、少なくとも一種の第二の宿主域突然変異ウイルスを単離すること；および、
少なくとも一種の第二の宿主域突然変異ウイルスに、少なくとも一種の前記野生型の微生物、および、少なくとも一種の前記微生物のウイルス抵抗性変異体を晒すことによって、少なくとも一種の前記微生物の第二のウイルス抵抗性変異体を単離すること、
を含む、上記方法。
【請求項３５】
前記少なくとも一種のウイルス抵抗性変異体を単離すること、および、少なくとも一種の第二のウイルス抵抗性変異体を単離することが、前記微生物に特異的な宿主域突然変異ウイルスの存在下で、少なくとも一種の野生型の微生物、および、ウイルス抵抗性変異体を増殖させることを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも一種の第二のウイルス抵抗性変異体を単離することが、複数の宿主域突然変異ウイルスによる感染に対する耐性を有する少なくとも一種の第二のウイルス抵抗性変異体を単離することを含む、請求項３５に記載の方法。