【手続補正書】
【提出日】平成21年6月12日(2009.6.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、かつ
α-カテニンまたはe-カドヘリンの検出不能レベルまたは低レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項２】
固形腫瘍幹細胞が、
e-カドヘリンの検出不能レベルまたは低レベルを発現し、および
MMP7、Nov、FOSL1、IL1R2、SFRP1、KRT6B、G0S2、IL8、B3GNT5、およびFGFBP1の一つまたは複数の検出不能レベルまたは低レベルを発現する、
請求項1記載の固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項３】
固形腫瘍幹細胞が、
e-カドヘリンの検出不能レベルまたは低レベルを発現し、かつ
SHC1、FLJ20152、ARNT、CYFIP2、C17orf27、TAP1、RNASEL、およびLOC57168の一つまたは複数の上昇レベルを発現する、
請求項1記載の固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項４】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、かつ
e-カドヘリン、MMP7、Nov、FOSL1、IL1R2、SFRP1、KRT6B、G0S2、IL8、B3GNT5、およびFGFBP1の二つまたはそれ以上の検出不能レベルまたは低レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項５】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、かつ
SHC1、FLJ20152、ARNT、CYFIP2、C17orf27、TAP1、RNASEL、およびLOC57168の二つまたはそれ以上の上昇レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項６】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、
e-カドヘリン、MMP7、Nov、FOSL1、IL1R2、SFRP1、KRT6B、G0S2、IL8、B3GNT5、およびFGFBP1の一つまたは複数の検出不能レベルまたは低レベルを発現し、かつ
SHC1、FLJ20152、ARNT、CYFIP2、C17orf27、TAP1、RNASEL、およびLOC57168の一つまたは複数の上昇レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項７】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、
α-カテニンの検出不能レベルまたは低レベルを発現し、かつ
NCSTN、LNX、ARMCX3、D2S448、TUSC1、GLUL、RB1、BEX2、SLC12A2、GALC、NGFRAP1、FGF13、KIAA1102、SLC1A4、およびDNAJD1の一つまたは複数の検出不能レベルまたは低レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項８】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、
α-カテニンの検出不能レベルまたは低レベルを発現し、かつ
EDG2、CAV1、CAV2、DCBLD2、IGFBP3、S100A2、CXCL5、MET、FOXQ1、CDKN2A、MFHAS1、IL27RA、KLRF1、PKCA、UPP1、CTSL2、SLC7A5、ARNTL2、PRSS1、PRSS2、PRSS3、VNN1、RAB38、ZBED2、MYEOV、MAL、IMP-3、およびDHRS9の一つまたは複数の上昇レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項９】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、
α-カテニン、NCSTN、LNX、ARMCX3、D2S448、TUSC1、GLUL、RB1、BEX2、SLC12A2、GALC、NGFRAP1、FGF13、KIAA1102、SLC1A4、およびDNAJD1の二つまたはそれ以上の検出不能レベルまたは低レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項１０】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、かつ
EDG2、CAV1、CAV2、DCBLD2、IGFBP3、S100A2、CXCL5、MET、FOXQ1、CDKN2A、MFHAS1、IL27RA、KLRF1、PKCA、UPP1、CTSL2、SLC7A5、ARNTL2、PRSS1、PRSS2、PRSS3、VNN1、RAB38、ZBED2、MYEOV、MAL、IMP-3、およびDHRS9の二つまたはそれ以上の上昇レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項１１】
集団が固形腫瘍幹細胞と固形腫瘍細胞とを含み、
固形腫瘍幹細胞が、
未分画の腫瘍細胞と比較して少なくとも2倍濃縮され、
腫瘍形成性であり、
α-カテニン、NCSTN、LNX、ARMCX3、D2S448、GLUL、およびRB1の一つまたは複数の検出不能レベルまたは低レベルを発現し、かつ
EDG2、CAV1、CAV2、DCBLD2、IGFBP3、S100A2、CXCL5、MET、FOXQ1、CDKN2A、MFHAS1、IL27RA、KLRF1、PKCA、UPP1、CTSL2、SLC7A5、ARNTL2、PRSS1、PRSS2、PRSS3、VNN1、RAB38、ZBED2、MYEOV、MAL、IMP-3、およびDHRS9の一つまたは複数の上昇レベルを発現する、
上皮由来の固形腫瘍から得られた固形腫瘍幹細胞の濃縮集団。
【請求項１２】
以下の段階を含む、癌を分類する方法：
（a）癌試料におけるα-カテニンシグネチャーを含む一つまたは複数の遺伝子の発現レベルを決定する段階；
（b）癌試料における遺伝子の発現レベルを該α-カテニンシグネチャーと比較する段階；および
（c）（b）における比較に基づいて高リスク群または低リスク群のいずれかに癌試料を分類する段階。
【請求項１３】
α-カテニンシグネチャーを含む一つまたは複数の遺伝子の発現レベルを決定する段階が、対応するタンパク質またはポリペプチドの発現を測定することによって行われる、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
タンパク質またはポリペプチドが、タンパク質またはポリペプチドに結合する抗体を用いる段階を含む、免疫組織化学分析、ELISAアッセイ、およびタンパク質アレイからなる群より選択される方法によって検出される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
抗体が抗CD44抗体または抗β-カテニン抗体を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
α-カテニンシグネチャーを含む一つまたは複数の遺伝子の発現レベルを決定する段階が、対応するmRNAの発現を測定することによって行われる、請求項12記載の方法。
【請求項１７】
mRNAが、mRNAとハイブリダイズするポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドアレイ、またはmRNAを増幅するためのポリヌクレオチドプライマーを含むポリメラーゼ連鎖反応を用いて検出される、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
（d）における分類に基づいて診断、予後、または予測情報を提供する段階をさらに含む、請求項12〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
α-カテニンシグネチャーがα-カテニンシグネチャー2またはα-カテニンシグネチャー3である、請求項12〜18のいずれか一項記載の方法。