【手続補正書】
【提出日】平成21年5月19日(2009.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる対象のリスクを測定するために使用するデーターを取得する方法であって、以下のステップ：
（ｉ）上記対象から得たサンプルの１以上の遺伝子検査の結果を取得し；そして
（ｉｉ）以下の：
シクロオキシゲナーゼ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５Ｃ／Ｇ；
グルタチオンＳ転移酵素Ｐをコードする遺伝子におけるＩｌｅ１０５Ｖａｌ(Ａ／Ｇ)；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子における１０５Ｃ／Ａ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ／Ｃ；
インターロイキン-８をコードする遺伝子における-２５１Ａ／Ｔ；
ビタミンＤ結合タンパク質をコードする遺伝子におけるＬｙｓ４２０Ｔｈｒ(Ａ／Ｃ)；
ビタミンＤ結合タンパク質をコードする遺伝子におけるＧｌｕ４１６Ａｓｐ(Ｔ／Ｇ)；
ミクロソームのエポキシド加水分解酵素をコードする遺伝子におけるエクソン３Ｔ／Ｃ(Ｒ/ｒ)；
スーパーオキシドジスムターゼ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ(ＡＣ)；
α１-アンチトリプシンをコードする遺伝子における３'１２３７Ｇ／Ａ(Ｔ／ｔ)；
α１-アンチトリプシン(α１ＡＴ)Ｓ多型；
トール様受容体４をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９９ＧｌｙＡ／Ｇ；
β２アドレナリン受容体をコードする遺伝子におけるＧｌｎ２７Ｇｌｕ；
インターロイキン-１１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-５１８Ｇ／Ａ；
インターロイキン-１３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１０５５(Ｃ／Ｔ)；
プラスミノーゲン活性化因子インヒビター１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-６７５ ４Ｇ／５Ｇ；
一酸化窒素合成酵素３をコードする遺伝子における２９８Ａｓｐ/Ｇｌｕ(Ｔ/Ｇ)；
マトリックスメタロプロテイナーゼ１をコードする遺伝子における-１６０７  １Ｇ/２Ｇ；
又はこれらの多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について結果を分析するステップを含み、ここで１以上の当該多型の有無を示す結果が、職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる当該対象のリスクを指し示す、前記方法。
【請求項２】
以下の：
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ；
ＩＬ-８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＶＤＢＰをコードする遺伝子におけるＬｙｓ４２０ＴｈｒＡＡ遺伝子型；
ＶＤＢＰをコードする遺伝子におけるＧｌｕ４１６ＡｓｐＴＴ又はＴＧ遺伝子型；      ＭＥＨをコードする遺伝子におけるエクソン３Ｔ／Ｃ ＲＲ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２ＧｌｎＡＧ又はＧＧ遺伝子型；      α１ＡＴをコードする遺伝子におけるＭＳ又はＳＳ遺伝子型；
ＴＬＲ４をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９９ＧｌｙＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＡＤＲＢ２をコードする遺伝子におけるＧｌｎ２７ＧｌｕＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１１をコードする遺伝子における-５１８  ＡＡ遺伝子型；又は
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８ＧｌｕＴＴ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる低いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
以下の：
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ；
ＧＳＴＰ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ１０５ＶａｌＧＧ；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ；
ＩＬ１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ；
ＶＤＢＰをコードする遺伝子におけるＬｙｓ４２０ＴｈｒＣＣ；
ＶＤＢＰをコードする遺伝子におけるＧｌｕ４１６ＡｓｐＧＧ；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２ＧｌｎＡＡ；
α１-アンチトリプシンをコードする遺伝子における３'１２３７Ｔｔ又はｔｔ；
ＩＬ-１３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１０５５ＴＴ；
ＰＡＩ-１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-６７５ ５Ｇ５Ｇ；又は
ＭＭＰ１をコードする遺伝子における-１６０７ ２Ｇ２Ｇ 
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる高いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が、以下の：
ＧＳＴ-１をコードする遺伝子におけるＭ１ヌル；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-８２Ａ／Ｇ；
ＭＭＰ９をコードする遺伝子のプロモーター内の-１５６２Ｃ／Ｔ；
ＴＧＦβをコードする遺伝子のコドン１０内のＴ→Ｃ；
ＴＩＭＰ３をコードする遺伝子のプロモーター内の-１２９６Ｔ／Ｃ；又は
これらの多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型；
からなる群から選ばれる１以上のさらなる多型の有無についての結果を分析することを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
以下の：
ＴＩＭＰ３をコードする遺伝子のプロモーター内の-１２９６ＴＴ；
ＴＧＦβをコードする遺伝子のコドン１０内のＣＣ(ホモ接合Ｐアレル)；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる低いリスクを指し示す、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
以下の：
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子のプロモーター内の-８２ＡＡ；
ＭＭＰ９をコードする遺伝子のプロモーター内の-１５６２ＣＴ又は-１５６２ＴＴ；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる高いリスクを指し示す、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
前記方法が、１以上の疫学的リスク因子の分析を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法において使用するための１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーであって、当該１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーが、分析される当該多型が存在する遺伝子の多型領域にかかっているか、又はかかるために使用できる、前記１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項９】
配列番号１〜配列番号５６のいずれかひとつの配列を含む、請求項８に記載される１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項１０】
請求項１に定義される群から選ばれる多型のうちの１以上をコードする核酸配列又はそれらに相補的である配列にハイブリダイズできる核酸配列を提示する支持体を含む核酸マイクロアレイ。
【請求項１１】
遺伝子発現産物に結合できる抗体を提示する支持体を含む抗体マイクロアレイであって、当該遺伝子発現が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される群から選ばれる保護的多型と関連する場合に上方制御されるか又は下方制御される、前記マイクロアレイ。
【請求項１２】
請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される群から選ばれる保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御される遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該方法が以下のステップ：
請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される群から選ばれる保護的多型であって、遺伝子発現の上方制御又は下方制御と関連することが決定された多型を含む細胞と候補化合物を接触させ；そして
当該候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する
を含み、ここで、接触ステップの前に比べて、接触ステップの後に発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法。
【請求項１３】
前記細胞が、当該多型の存在を確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の上方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該遺伝子の発現が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される群から選ばれる保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御され、当該方法が以下のステップ：
その発現が請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される群から選ばれる保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御されるが、細胞においてその発現が上方制御も下方制御もされていないところの遺伝子を含む細胞と候補化合物を接触させ、
上記候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する、
を含み、ここで上記接触ステップの前に比べて当該接触ステップの後の発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法。
【請求項１９】
前記細胞が、前記遺伝子の存在及び発現のベースラインレベルを確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記遺伝子発現が保護的多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記遺伝子発現が保護的多型と接触される場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
職業性慢性閉塞性肺疾患の高いリスクを有するか又は患っている対象の予防又は治療処置への応答性を評価するために使用するデーターを取得する方法であって、当該処置が当該対象の性別及び年齢について通常である範囲内に遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度を回復することに関し、当該方法が、以下のステップ：
（ｉ）  上記対象から得たサンプルの１以上の遺伝子検査の結果を取得し；そして
（ｉｉ）  請求項３に定義される群から選ばれる1以上の多型の有無についての結果を分析することを含み、当該多型が存在する場合に当該遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が通常の範囲を外れる、ここで当該データーが、多型の存在の検出が当該処置に応答しやすい対象を指すことを示す、前記方法。
【請求項２５】
職業性慢性閉塞性肺疾患を発達させる対象のリスクを評価するキットであって、当該キットが以下の：
シクロオキシゲナーゼ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５Ｃ／Ｇ；
グルタチオンＳ転移酵素Ｐをコードする遺伝子におけるＩｌｅ１０５Ｖａｌ(Ａ／Ｇ)；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子における１０５Ｃ／Ａ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ／Ｃ；
インターロイキン-８をコードする遺伝子における-２５１Ａ／Ｔ；
ビタミンＤ結合タンパク質をコードする遺伝子におけるＬｙｓ４２０Ｔｈｒ(Ａ／Ｃ)；
ビタミンＤ結合タンパク質をコードする遺伝子におけるＧｌｕ４１６Ａｓｐ(Ｔ／Ｇ)；
ミクロソームのエポキシド加水分解酵素をコードする遺伝子におけるエクソン３Ｔ／Ｃ(Ｒ/ｒ)；
スーパーオキシドジスムターゼ３をコードする遺伝子におけるアルギニン３１２Ｇｌｎ(ＡＣ)；
α１-アンチトリプシンをコードする遺伝子における３'１２３７Ｇ／Ａ(Ｔ／ｔ)；
α１-アンチトリプシン(α１ＡＴ)Ｓ多型；
トール様受容体４をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９９ＧｌｙＡ／Ｇ；
β２アドレナリン受容体をコードする遺伝子におけるＧｌｎ２７Ｇｌｕ；
インターロイキン-１１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-５１８Ｇ／Ａ；
インターロイキン-１３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１０５５(Ｃ／Ｔ)；
プラスミノーゲン活性化因子インヒビター１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-６７５ ４Ｇ／５Ｇ；
一酸化窒素合成酵素３をコードする遺伝子における２９８Ａｓｐ/Ｇｌｕ(Ｔ/Ｇ)；
マトリックスメタロプロテイナーゼ１をコードする遺伝子における-１６０７  １Ｇ/２Ｇ；
又はこれら多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について当該対象からえたサンプルを分析する手段を含む、前記キット。