【手続補正書】
【提出日】平成21年2月16日(2009.2.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）アクセプターＩｇ可変領域由来の可変領域フレームワーク（ＦＲ）アミノ酸残基およびｂ）非ヒトドナーＩｇ可変領域由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む免疫グロブリン（Ｉｇ）可変領域をヒト化する方法であって、該方法は、
ｉ）少なくとも１つのＣＤＲの３次元高次構造の予測を可能にするデータを提供する工程；
ｉｉ）ＦＲアミノ酸残基が、該少なくとも１つのＣＤＲの３次元高次構造に影響を及ぼすと予測されると同定する工程；
ｉｉｉ）選ばれたアミノ酸残基で置換するための少なくとも１つの候補ドナーＣＤＲアミノ酸残基を同定する工程であって、ここで、該選ばれたアミノ酸残基は、該ＣＤＲ高次構造に影響を及ぼさずに、ドナーＩｇ可変領域とアクセプターＩｇ可変領域との間のＦＲアミノ酸残基の差異を高次構造的に調節する工程；および
ｉｖ）該選ばれたアミノ酸残基で該少なくとも１つの候補ドナーＣＤＲアミノ酸残基を置換することにより、ヒト化Ｉｇ可変領域を形成する工程
を含む、方法。
【請求項２】
工程（ｉｉｉ）が、第２の選ばれたアミノ酸残基で置換するための少なくとも１つの候補アクセプターＦＲ残基を同定する工程をさらに含み、ここで、該第２の選ばれたアミノ酸残基は、ＣＤＲ高次構造に影響を及ぼさずに、前記ドナーＩｇ可変領域と前記アクセプターＩｇ可変領域との間のＦＲアミノ酸残基の差異を高次構造的に調節する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（ｉｖ）が、前記第２の選ばれたアミノ酸残基で前記少なくとも１つの候補アクセプターＦＲ残基を置換する工程をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｉ）が、非ヒトドナーＩｇ可変領域の３次元（３Ｄ）構造を評価する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｉ）が、前記非ヒトドナーＩｇ可変領域のＸ線回折データを評価する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
工程（ｉ）が、前記非ヒトドナーＩｇ可変領域のコンピュータで生成されたモデルを評価する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ａ）アクセプターＩｇ可変領域由来の可変フレームワーク領域（ＦＲ）およびｂ）非ヒトドナーＩｇ可変領域由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むヒト化Ｉｇ可変領域を設計する方法であって、該方法は、
（ａ）前記アクセプターＩｇ可変領域と前記ドナーＩｇ可変領域との間で異なるフレームワーク領域（ＦＲ）アミノ酸を同定する工程；
（ｂ）工程（ａ）で同定された該ＦＲアミノ酸に隣接するアミノ酸を同定する工程；
（ｃ）工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸を高次構造的に調節する選ばれたアミノ酸残基で置換するために、工程（ｂ）で同定されたアミノ酸由来の少なくとも１つの候補アミノ酸を同定する工程
を含む、方法。
【請求項８】
工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸が、正準的なＦＲ残基である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｂ）で同定されたアミノ酸が、工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸に直接隣接している、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｂ）で同定されたアミノ酸が、工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸から３Ｄ空間で約４Å内である、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記選ばれたアミノ酸残基が、側鎖再パッキングによって同定される、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記選ばれたアミノ酸残基が、可能性のあるすべてのアミノ酸の、可能性のあるすべてのロータマーから選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記選ばれたアミノ酸残基が、可能性のあるすべてのアミノ酸の、可能性のあるすべてのロータマーの一部から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記選ばれたアミノ酸残基が、工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸と同じＦＲアミノ酸を有する相同な抗体可変領域配列のセット内の候補アミノ酸の位置で最もよく存在するアミノ酸として同定される、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記一部が、工程（ａ）で同定されたＦＲアミノ酸と同じＦＲアミノ酸を有する相同な抗体可変領域配列のセット内の候補アミノ酸の位置で通常存在するアミノ酸の可能性のあるすべてのロータマーを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記候補アミノ酸の位置で前記選ばれたアミノ酸残基を置換する工程をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１７】
ヒト化Ｉｇ可変領域を設計する方法であって、該方法は、
ａ）非ヒトドナーＩｇ可変領域を選択する工程；
ｂ）アクセプターＩｇ可変領域を選択する工程；
ｃ）選ばれたアミノ酸残基で置換するための該ドナーＩｇ可変領域における少なくとも１つの候補ＣＤＲアミノ酸残基を同定する工程
を含み、ここで：
（ｉ）該候補ＣＤＲアミノ酸残基は、該アクセプターＩｇ可変領域のＦＲアミノ酸残基に直接隣接しているか；または
（ｉｉ）該候補ＣＤＲアミノ酸残基は、そのファンデルワールス表面が、３Ｄ免疫グロブリンモデルにおける該アクセプターＩｇ可変領域のＦＲアミノ酸残基の約４Å内である側鎖原子を有すると予測され、そして該ヒト化Ｉｇ鎖の少なくとも１つの可変領域ＦＲアミノ酸残基と相互作用すると予測される、
方法。
【請求項１８】
工程ｃ）が、第２の選ばれたアミノ酸残基で置換するために前記アクセプターＩｇ可変領域内の少なくとも１つの候補ＦＲアミノ酸残基を同定する工程をさらに含む、請求項１７に記載の方法であって、ここで：
（ｉ）該候補ＦＲアミノ酸残基は、該ドナーＩｇ可変領域のＣＤＲアミノ酸残基に直接隣接しているか；または
（ｉｉ）該候補ＦＲアミノ酸残基は、そのファンデルワールス表面が、３Ｄ免疫グロブリンモデルにおける該ドナーＩｇ可変領域のＣＤＲアミノ酸残基の約４Å内である側鎖原子を有すると予測され、そして該ヒト化Ｉｇ鎖の少なくとも１つの可変領域ＣＤＲアミノ酸残基と相互作用すると予測される、
方法。
【請求項１９】
前記候補ＣＤＲアミノ酸残基の位置において前記選ばれたアミノ酸残基を置換する工程をさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記候補ＦＲアミノ酸残基の位置において前記第２の選ばれたアミノ酸残基を置換する工程をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、無処置の抗体分子内に存在する、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、抗体分子のフラグメント内に存在する、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、抗体、抗体軽鎖（ＶＬ）、抗体重鎖（ＶＨ）、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆａｂフラグメント、Ｆｄフラグメントおよび単一ドメインフラグメントからなる群から選択される分子内に存在する、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、軽鎖可変領域である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、重鎖可変領域である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域が、少なくとも１つの可変領域ＦＲアミノ酸置換を含む、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記アクセプターＩｇ可変領域が、ヒト抗体由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
前記アクセプターＩｇ可変領域が、ヒトコンセンサス配列由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
前記アクセプターＩｇ可変領域が、ヒト生殖細胞系配列由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記方法が、少なくとも１回繰り返される、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
前記方法が、インシリコで実施される、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
前記ヒト化Ｉｇ可変領域を含むポリペプチドを発現する工程をさらに含む、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
前記ポリペプチドが、無細胞性抽出物発現系、ファージディスプレイ発現系、原核細胞発現系および真核細胞発現系からなる群から選択される発現系で発現される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記非ヒトドナーＩｇ可変領域が、マウス抗体由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
前記非ヒトドナーＩｇ可変領域が、霊長類抗体由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法によって作製される前記ヒト化可変領域を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
【請求項３７】
請求項３６に記載の核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項３８】
請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法によって作製される前記ヒト化Ｉｇ可変領域を含むポリペプチド。
【請求項３９】
請求項３８に記載のポリペプチドを含む薬学的組成物。
【請求項４０】
ヒトの障害または疾患を処置または予防するための、請求項３９に記載の薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、該ヒトの疾患または障害の治療または予防が達成されるような治療有効量で投与される、薬学的組成物。
【請求項４１】
抗体またはその結合フラグメントが発現される条件下で、請求項４０に記載の宿主細胞を培養することによって産生される、抗体またはその結合フラグメント。
【請求項４２】
少なくとも１つのドナーＩｇ可変領域が、抗ＶＬＡ−４抗体、抗Ｃｒｉｐｔｏ抗体、抗ＣＤ４０Ｌ抗体および抗ＭＣＰ抗体からなる群から選択される抗体由来である、請求項１、７または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４および配列番号２５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ヒト化Ｉｇ重鎖可変領域。
【請求項４４】
請求項４３に記載のヒト化Ｉｇ重鎖可変領域を含む、抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項４５】
配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む、請求項４４に記載の抗体または抗原結合フラグメント。
【請求項４６】
請求項４４または４５に記載の抗体を含む薬学的組成物。
【請求項４７】
ヒトの障害または疾患を処置または予防するための、請求項４６に記載の薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、該ヒトの疾患または障害の治療または予防が達成されるような治療有効量で投与される、薬学的組成物。
【請求項４８】
前記ヒトの障害または疾患が、炎症性の疾患または障害である、請求項４７に記載の薬学的組成物。
【請求項４９】
配列番号１９として示されるＩｇ重鎖可変領域を含む、抗体またはその抗原結合フラグメント。