【手続補正書】
【提出日】平成21年2月4日(2009.2.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
例：ＡＧＣＡＡＴＡＴＡＧＧＡ（配列番号１）は長さ１２の文字の列である。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
「信頼性スコア」は、配列ファミリーをターゲット配列に最も近いものから異なるものに分類する指標である。オメガ類似性スコアあるいはω０値は以下のように定義される。ここで、ｓｉ／ｔｉは非バイナリファンクションであり、その例は表１及び表２に定義されている。Ｎは比較される２つの配列のうち短い方のヌクレオチオド数である。オメガ類似性スコアは任意の２つのヌクレオチド鎖、ｓ及びｔ、の塩基位置ｉにおける非バイナリ比較であり、検索表に於いて与えられる比較値を有する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
図２はＶａＳＳＡアーキテクチャのＤＮＡ分析部分の好ましいモジュール分解のレイアウトを図示する。分解したモジュールは以下で詳細に論じる。サブモジュールは図３５から４６にフローチャート形態で図示する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８５】
（ＶａＳＳＡアーキテクチャのモジュール分解）
ＤＮＡ分析モジュール群２００
ＳＳＤＡ（単鎖ＤＮＡ分析）モジュール群２１０
ＭＳＤＡ（複鎖ＤＮＡ分析）モジュール群２４０
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ＳＳＤＡ（単鎖ＤＮＡ分析）（図２）
ＤＮＡ近似モジュール２１２
カオス領域分類モジュール２１４
ＤＮＡ派生モジュール２１６
ＤＮＡ分岐モジュール２１８
ＤＮＡ軌道モジュール２２０
分析挙動プロファイラモジュール２２２
ＤＮＡトポロジー共役モジュール２２４
構造安定領域モジュール２２６
分解不可能領域モジュール２２８
ＤＮＡ複雑度ベースモジュール２３０
ＤＮＡアライナモジュール２３２
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ＭＳＤＡ（複鎖ＤＮＡ分析）（図２）
ＤＮＡ近似モジュール２４２
カオス領域分類モジュール２４４
ＤＮＡ派生モジュール２４６
ＤＮＡ分岐モジュール２４８
ＤＮＡ軌道モジュール２５０
分析挙動プロファイラモジュール２５２
ＤＮＡトポロジー共役モジュール２５４
構造安定領域モジュール２５６
分解不可能領域モジュール２５８
ＤＮＡ複雑度ベースモジュール２６０
ＤＮＡアライナモジュール２６２
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ＤＮＡトポロジー共役モジュール２２４および２５４（図３５）
ａ分析挙動プロファイラモジュール３５０１
ｂ．分析マッパモジュール（分析マッピングの作成）３５０３
ｅ．共役比較モジュール３５０５
ｄ．第１反復分析モジュール３５０７
ｅ．フェーズポートレートジェネレータモジュール３５１１
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ＤＮＡ近似モジュール２１２および２４２（図３６）
ａ．正則形式ジェネレータモジュール３６０１
ｂ．近似コンストラクタモジュール３６０３
ｃ．Ｐ＆Ｑ係数算出モジュール３６０５
ｄ．ＪＣ−ＤＮＡ曲線ジェネレータモジュール３６０７
ｅ．低複雑度ジェネレータモジュール３６０９
ｆ．ターゲット分類モジュール３６１１
ｇ．シンボリックＤＮＡ軌道モジュール（ＳＳＤＡおよびＭＳＤＡの子モジュールでもある）３６１３
ｈ．分析ＤＮＡ軌道モジュール（ＳＳＡおよびＭＳＤＡの子モジュールでもある）３６１５
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ＤＮＡ軌道２２０および２５０（分析ＤＮＡ軌道モジュール）
シンボリックＤＮＡ軌道モジュール３７０１
ａ．シンボリックフロージェネレータモジュール３７０３
ｂ．行差分ジェネレータモジュール３７０５
ｃ．軌道ジェネレータモジュール３７０７
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分析ＤＮＡ軌道モジュール３７０９
ａ．前方分析プロファイラモジュール３７１１
ｂ．後方分析プロファイラモジュール３７１３
ｃ．ＤＮＡアトラクタジェネレータモジュール３７１５
ｄ．ＤＮＡリペラジェネレータモジュール３７１７
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カオス領域分類モジュール２１４および２４４
カオス領域セパレータ３８０１
ａ．ＤＮＡ感受性ジェネレータモジュール３８０３
ｂ．ＤＮＡ転送性ジェネレータモジュール３８０５
ｃ．高密度周期配列ジェネレータモジュール３８０７
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ＤＮＡ分岐モジュール２１８および２４８
スプリッタセパレータ３９０１
ａ．ＤＮＡ遷移性スプリッタプロファイラモジュール３９０３
ｂ．ＤＮＡ高密度スプリッタプロファイラモジュール３９０５
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ＤＮＡ派生モジュール２１６および２４６
派生ジェネレータモジュール４００１
単調ジェネレータモジュール４００３
ａ．陽性測定（positive measure）モジュール４００５
ｂ．陰性測定（negative measure）モジュール４００７
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分析挙動プロファイラモジュール２２２および２５２
ＤＮＡ近似モジュール４１０１
カオス領域モジュール４１０３
ＤＮＡ派生モジュール４１０５
ＤＮＡ分岐モジュール４１０７
ＤＮＡ軌道モジュール４１０９
分析挙動プロファイラモジュール４１１１
ＤＮＡトポロジー共役モジュール４１１３
構造安定領域モジュール４１１５
分解不可能領域モジュール４１１７
ＤＮＡ複雑性ベースモジュール４１１９
ＤＮＡアライナモジュール４１２１
代数構造ジェネレータモジュール４１２３
ａ．グループジェネレータモジュール４１２５
ｂ．セミグループジェネレータモジュール４１２７
ｃ．リングジェネレータモジュール４１２９
ｄ．分析セットジェネレータモジュール４１３１
準同型（homomorphism）ジェネレータモジュール４１３３
同型（isomorphism）ジェネレータモジュール４１３５
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構造安定領域モジュール２２６および２５６
反復ジェネレータモジュール４２０１
前方漸近性モジュール４２０３
安定性プロファイラモジュール４２０５
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分解不可能領域モジュール２２８および２５８
ＤＮＡ軌道分析モジュール４３０１
非反復ジェネレータモジュール４３０３
分解不可能プロファイラモジュール４３０５
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ＤＮＡ複雑度ベースモジュール２３０および２６０
反復ジェネレータモジュール４４０１
ユニバーサルＤＮＡベースジェネレータモジュール４４０３
高密度ジェネレータモジュール４４０５
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ＤＮＡアライナモジュール２３２および２６２（図４５）
シンボリックアライナモジュール４５０１
ａ．単鎖ジェネレータモジュール４５０３
ｂ．複−単鎖ジェネレータモジュール４５０５
オメガ比較アライナモジュール４５０７
ａ．オメガ単鎖ジェネレータモジュール４５０９
ｂ．複−単鎖ジェネレータモジュール４５１１
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０１】
このオメガ類似性スコア、あるいはω０値は２本のヌクレオチド列ｓとｔの非バイナリ比較である。これは前述の方程式のｓｉ／ｔｉをｓｉ／ｓｉ＋１に置換することによって容易に単鎖分析用に変更することができる。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０２】
オメガ類似性スコアは数種類の方法で算出することができる。ｓｉ／ｔｉ比較の値はＤＮＡヌクレオチドの化学構造の類似性に基づく。ＤＮＡにはアデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）およびチミン（Ｔ）の４種類の塩基があると思われる。ＲＮＡでは、チミンはウラシル（Ｕ）に置換される。これらの塩基の構造は図３３に示す。プリン、アデニンおよびグアニンは二環構造を有し、またピリミジン、シトシン、チミンおよびウラシルは単環構造を有する。数値は多様な塩基環の構造の差異を表す。プリン塩基構造には、大きな六員環と小さな五員環と見なすことのできる２つの環がある。ピリミジン構造は１つの環のみを有する。数値はプリン／プリン、ピリミジン／ピリミジン、プリン／ピリミジンおよびピリミジン／プリンの４カテゴリーに分けることができる。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５９】
【図１】本発明による例示的な方法のフローチャートを図示する。
【図２】本発明によるＤＮＡ分析モジュールのサブモジュールの典型的実施形態を図示する。
【図３】バリエーションシークエンスソフトウェアアプリケーション（これ以降「ＶａＳＳＡ」と表記）のＧＵＩメインウィンドウの典型的実施形態を図示する。
【図４】ＶａＳＳＡのファイルメニューウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図５】ＶａＳＳＡのノートブックビューワウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図６】ＶａＳＳＡの配列サマリレポートウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図７】ＶａＳＳＡの配列ビューレポートウインドウの典型的実施形態を図示する（表示された順に配列番号２−４）。
【図８】ＶａＳＳＡの配列ビューステータスウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図９】ＶａＳＳＡの配列アラインメントメニューウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１０】ＶａＳＳＡの配列アラインメントレポートウインドウの典型的実施形態を図示する（表示された順に配列番号５及び６）。
【図１１】ＶａＳＳＡのクエリレポートウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１２】ＶａＳＳＡのクエリ反復ウインドウの典型的実施形態を図示する（配列番号７）。
【図１３】ＶａＳＳＡのオメガサブゼロウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１４】ＶａＳＳＡのオメガサブゼロレポートウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１５】ＶａＳＳＡのクエリオメガ反復メニューウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１６】ＶａＳＳＡのクエリオメガ反復レポートの典型的実施形態を図示する（配列番号７）。
【図１７】ＶａＳＳＡの勾配算出ウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図１８】ＶａＳＳＡの勾配算出レポートの典型的実施形態を図示する（配列番号８）。
【図１９】ＶａＳＳＡの配列比較ウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図２０】ＶａＳＳＡの配列比較レポートウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図２１】ＶａＳＳＡのスペクトルアレイウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図２２】ＶａＳＳＡのスペクトルアレイプロットウインドウの例示的実施形態を図示する。
【図２３】スペクトルアレイ式の図を示す。
【図２４】スペクトルアレイ式の例をスキームズ図で示す。
【図２５】スペクトルアレイ三角形構造の図を示す。
【図２６】ＶａＳＳＡの単鎖ウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図２７】ＶａＳＳＡの単鎖プロットレポートウインドウを、２つの３６０塩基配列（上）およびその配列の２５０から２９５領域（下）を単塩基分解により比較して図示する。
【図２８】単鎖配列間の比較を示すＶａＳＳＡの単鎖プロットレポートウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図２９】ＶａＳＳＡの勾配プロットウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図３０】単配列の勾配プロットを図示する。
【図３１】ＶａＳＳＡのオメガサブＮウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図３２】ＶａＳＳＡのオメガサブＮプロットウインドウの典型的実施形態を図示する。
【図３３】グアニン、シトシン、アデニン、チミンの４塩基およびＲＮＡにおいてチミンの代わりとなるウラシルの化学構造を図示する。
【図３４Ａ】Ａ／Ｇ比較と関係する各要素の図を示す。
【図３４Ｂ】Ｇ／Ａ比較と関係する各要素の図を示す。
【図３４Ｃ】Ａ／Ｃ比較と関係する各要素の図を示す。
【図３５】本発明によるＤＮＡトポロジー共役モジュールの典型的実施形態を示す。
【図３６】本発明によるＤＮＡ近似モジュールの典型的実施形態を示す。
【図４５】本発明によるＤＮＡアライナモジュールの典型的実施形態を示す。
【図４６】本発明による非バイナリ配列比較システムの典型的実施形態を示す。