【手続補正書】
【提出日】平成21年2月23日(2009.2.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項３】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項６】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項７】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１２】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかに記載の少なくとも１つの単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１４】
請求項１３に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１５】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかに記載の単離されたポリヌクレオチドで形質転換された細胞。
【請求項１６】
ポリペプチド産生に対して効果的な条件下で、請求項１４に記載の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドを調製するための方法。
【請求項１７】
ポリペプチドを単離することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ポリペプチド産生に対して効果的な条件下で、請求項１５に記載の細胞を培養することを含む、ポリペプチドを調製するための方法。
【請求項１９】
ポリペプチドを単離することをさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
請求項１６に記載の方法によって調製されたポリペプチド。
【請求項２１】
請求項１８に記載の方法によって調製されたポリペプチド。
【請求項２２】
異種ポリペプチドに融合された請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかに記載の単離されたポリペプチドを含む融合タンパク質。
【請求項２３】
請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかに記載の単離されたポリペプチドに結合することができる特異的結合因子。
【請求項２４】
抗体、重鎖及び軽鎖がリンカーによって接続されている抗体、一本鎖Ｆｖ抗体、免疫学的に機能的な免疫グロブリン断片、Ｆａｂ抗体、Ｆａｂ’抗体、（Ｆａｂ’）２抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗イディオタイプ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト化抗体並びに配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドへのＥＧＦの結合を阻害する抗体から選択される少なくとも１つの分子から選択される、請求項２３に記載の特異的結合因子。
【請求項２５】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つの配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを動物に投与すること、並びに
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドに結合できる抗体を前記動物から取得すること、
を含む、配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドに結合できる抗体を取得するための方法。
【請求項２６】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかに記載のポリヌクレオチドを含むトランスジェニック非ヒト動物。
【請求項２７】
固相支持体に付着された、請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項２８】
固相支持体に付着された、請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかに記載のポリペプチド。
【請求項２９】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのアレイ。
【請求項３０】
請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのアレイ。
【請求項３１】
Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む、変異体ＲＧＦｒポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするか、又は前記ポリヌクレオチドの相補物にハイブリダイズする核酸プローブ。
【請求項３２】
（ａ）対象から得られた試料中での、請求項１及び２の何れかに記載のポリペプチドの発現の存在又は量を測定すること、並びに
（ｂ）前記ポリペプチドの発現の存在又は量に基づいて、１つ以上のＥＧＦｒ変異に関連した疾病又は症状を確認することを含む、
対象中の１つ以上のＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を調べるための方法。
【請求項３３】
（ａ）試料中での、請求項１及び２の何れかに記載のポリペプチドの発現の存在又は量を測定すること、並びに
（ｂ）前記ポリペプチドの発現の存在又は量に基づいて、１つ以上のＥＧＦｒ変異に関連した疾病又は症状に対する感受性を確認することを含む、
対象中の１つ以上のＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状に対する感受性を調べるための方法。
【請求項３４】
（ａ）変異体ＥＧＦｒポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブに試料を曝露すること（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む。）並びに、
（ｂ）前記試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含む、
試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定するための方法。
【請求項３５】
（ａ）変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブに試料を曝露すること（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異をコードする。）並びに、
（ｂ）前記試料中の変異体ＥＧＦｒ変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含む、
試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定するための方法。
【請求項３６】
対象中のＥＧＦｒ関連癌を調べる方法であって、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌を確認するものである、前記方法。
【請求項３７】
対象中のＥＧＦｒ関連癌を調べる方法であって、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌を確認するものである、前記方法。
【請求項３８】
対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を決定する方法であって、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を示すものである、前記方法。
【請求項３９】
対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を決定する方法であって、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌の発生の可能性を示すものである、前記方法。
【請求項４０】
ＥＧＦｒ関連癌が非小細胞肺癌である、請求項３６、３７、３８及び３９の何れかに記載の方法。
【請求項４１】
（ａ）請求項１４又は１５の何れかに記載の細胞を検査化合物と接触させること、及び
（ｂ）前記検査化合物が変異体ＥＧＦｒポリペプチドの活性を調節するかどうかを検出すること、
を含む、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む、少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの活性の調節物質をスクリーニングするための方法。
【請求項４２】
請求項４１に記載の方法によって同定された化合物。
【請求項４３】
請求項４２に記載の化合物を含む、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を治療するための医薬組成物。
【請求項４４】
変異体ＥＧＦｒポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を治療するための医薬組成物。
【請求項４５】
抗体がヒト抗体である、請求項４４に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
抗体がパニツムマブ又はその抗原結合領域である、請求項４５に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
ＥＧＦｒ変異の少なくとも１つが、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される、請求項４４に記載の医薬組成物。
【請求項４８】
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状が非小細胞肺癌である、請求項４４に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
請求項３及び４の何れかに記載のポリヌクレオチドに対してアンチセンスであるポリヌクレオチドを含む、少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を治療するための医薬組成物。
【請求項５０】
（ａ）集団中の個体の遺伝的プロファイル中に少なくとも１つのＥＧＦｒ変異の存在を測定すること、並びに
（ｂ）変異体ＥＧＦｒ遺伝的プロファイルと前記個体の特異的特徴との間の関係を確定することを含む、
個体の特異的集団において、変異体ＥＧＦｒ集団プロファイルを確定するための方法。
【請求項５１】
個体の特異的特徴が、ＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を発症する感受性を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
個体の特異的特徴が、ＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を呈することを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
対象の変異体ＥＧＦｒポリペプチド中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在又は不存在を測定することを含み、１つ以上の変異体ＥＧＦｒポリペプチド中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在がゲフィチニブを用いた治療に対する耐性を示すものである、対象中の疾病又は症状に対するゲフィチニブ治療の効力を予測するための方法。
【請求項５４】
対象中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在又は不存在を測定することを含む、癌に罹患した対象中の抗ＥＧＦｒ抗体を用いた治療に対する応答性を測定するための方法。
【請求項５５】
抗体がパニツムマブ又はセツキシマブである、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
変異体ＥＧＦｒポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを含む（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む。）、対象中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出するためのキット。
【請求項５７】
２つ以上の増幅プライマーをさらに含む、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
検出部分をさらに含む、請求項５６に記載のキット。
【請求項５９】
核酸試料採取要素をさらに含む、請求項５６に記載のキット。