【手続補正書】
【提出日】平成21年4月13日(2009.4.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
敗血症を発症するリスクのあるテスト被験者における敗血症の発症を予測するための生物学的サンプルを用いるin vitro方法であって、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価することを含んでなり、ここで、第1の数値セットを満足することでテスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測し、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、複数のバイオマーカーがIL-6とIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含むものである前記方法。
【請求項２】
テスト被験者の生物学的サンプル中のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかを評価することをさらに含んでなり、ここで、第2の数値セットを満足することで、テスト被験者が敗血症を発症する可能性が低いことを予測する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記複数のバイオマーカーが、表Iに掲げられた3〜54のバイオマーカー、3〜30のバイオマーカー、または4〜25のバイオマーカーからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記複数のバイオマーカーが、表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカー、少なくとも4つのバイオマーカー、または少なくとも8つのバイオマーカーを含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の3〜53のバイオマーカーに対応する3〜53の特性からなる、または前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の3〜40のバイオマーカーに対応する3〜40の特性からなる、または前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の4〜25のバイオマーカーに対応する4〜25の特性からなる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の少なくとも3つのバイオマーカーに対応する少なくとも3つの特性からなる、または前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の少なくとも4つのバイオマーカーに対応する少なくとも4つの特性からなる、または前記複数の特性が複数のバイオマーカー中の少なくとも8つのバイオマーカーに対応する少なくとも8つの特性からなる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記複数のバイオマーカー中の各バイオマーカーが表Jに掲げられたバイオマーカーである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
各バイオマーカーが核酸である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記複数のバイオマーカー中の各バイオマーカーが表Kに掲げられたバイオマーカーである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
各バイオマーカーがタンパク質である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のバイオマーカー中の各バイオマーカーが核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
各バイオマーカーがDNA、cDNA、増幅されたDNA、RNA、またはmRNAである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のバイオマーカー中の各バイオマーカーがタンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のバイオマーカー中の第1のバイオマーカーが表Jに掲げられた核酸バイオマーカーであり、かつ前記複数のバイオマーカー中の第2のバイオマーカーが表Kに掲げられたタンパク質バイオマーカーである、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数の特性中の1つの特性がバイオマーカーの測定可能な態様であり、かつ前記特性に対する特性値は前記テスト被験者から単一時点に得た生物学的サンプルを用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記特性が前記生物学的サンプル中の前記バイオマーカーの存在量である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記特性が前記生物学的サンプル中の前記バイオマーカーの非存在または存在である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記特性が前記生物学的サンプル中の前記バイオマーカーの種類の同定である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記生物学的サンプルが全血、血漿、血清、唾液、痰、尿、脳髄液、組織検体、組織生検、または便検体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記生物学的サンプルが単離された好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、または単球である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の特性中の1つの特性が前記バイオマーカープロファイル中のバイオマーカーの測定可能な態様であり、かつ前記特性に対する特性値は前記テスト被験者から異なる時点に得た複数のサンプルを用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも1つの特性は前記バイオマーカーの存在量が経時的に増加するかまたは減少することを示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記複数のサンプル中の第1のサンプルは被験者が敗血症を患う前の第1の日に採取され、かつ前記複数のサンプル中の第2のサンプルは被験者が敗血症を患う前の第2の日に採取される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記バイオマーカープロファイル中のバイオマーカーが核酸の表示またはタンパク質の表示である、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記バイオマーカープロファイル中のバイオマーカーがmRNA分子の表示またはcDNA分子の表示である、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記バイオマーカープロファイル中の第1のバイオマーカーが核酸の表示であり、かつ前記バイオマーカープロファイル中の第2のバイオマーカーがタンパク質の表示である、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記バイオマーカープロファイルを評価するステップの前に、前記バイオマーカープロファイルを構築するステップをさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記構築するステップが、前記複数の特性を前記テスト被験者のサンプルから得ることを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記サンプルが全血、血漿、血清、唾液、痰、尿、脳髄液、組織検体、組織生検、または便検体である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記サンプルが好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、または単球である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記構築するステップが、データ解析アルゴリズムを、集団のメンバーから得た表Iに掲げられたバイオマーカーに対応する特性に適用することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３２】
前記集団が、後に敗血症を発症する被験者（敗血症被験者）および後に敗血症を発症しない被験者（SIRS被験者）を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
集団のメンバーから得られる表Iに掲げられたバイオマーカーに対応する特性を、集団の被験者の一部分が敗血症を患う前の時点で取得する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記データ解析アルゴリズムが、決定ツリー、マイクロアレイの予測分析、多重加法回帰ツリー、ニューラルネットワーク、クラスタリングアルゴリズム、主成分分析、最近傍分析、線形判別分析、二次判別分析、サポートベクタマシーン、進化法、射影追跡法、または重み付け投票法である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記第1の数値セットを評価するステップの前に、前記第1の数値セットを構築するステップをさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記構築するステップが、データ解析アルゴリズムを集団のメンバーから得た特性に適用することを含んでなる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記集団が観察期間中に敗血症を発症する被験者および観察期間中に敗血症を発症しない被験者を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記データ解析アルゴリズムが、決定ツリー、マイクロアレイの予測分析、多重加法回帰ツリー、ニューラルネットワーク、クラスタリングアルゴリズム、主成分分析、最近傍分析、線形判別分析、二次判別分析、サポートベクタマシーン、進化法、射影追跡法、または 重み付け投票法である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記構築するステップが決定ルールを作製し、かつ前記評価するステップが前記決定ルールを複数の特性に適用してそれらが第1の数値セットを満足するかどうかを決定することを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
前記決定ルールが前記集団中の被験者を（i）敗血症を発症する被験者および（ii）敗血症を発症しない被験者として、70％以上の精度、または90％以上の精度で分類する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
敗血症を発症する可能性が高い患者において、前記バイオマーカープロファイル中の第1のバイオマーカーが上方制御または下方制御される、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
敗血症を発症する可能性が高い患者において、前記バイオマーカープロファイル中の少なくとも5つのバイオマーカーが上方制御または下方制御される、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
テスト被験者が4〜8時間以内、8〜12時間以内、12〜24時間以内、24〜36時間以内、36〜48時間以内、または48〜72時間以内に敗血症を発症する可能性を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
テスト被験者における敗血症を診断するための生物学的サンプルを用いるin vitro方法であって、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価することを含んでなり、ここで、第1の数値セットを満足することでテスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測し、複数の特性が複数のバイオマーカーに対応し、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、ここで、複数のバイオマーカーがIL-6とIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む、前記方法。
【請求項４５】
前記バイオマーカープロファイルを評価するステップの前に、前記バイオマーカープロファイルを構築するステップをさらに含んでなる、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記構築するステップは、前記複数の特性を前記テスト被験者のサンプルから得ることを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記サンプルが全血、血漿、血清、唾液、痰、尿、脳髄液、組織検体、組織生検、または便検体である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記サンプルが好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、または単球である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
前記サンプルが単一組織である、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
前記サンプルが前記テスト被験者の１より多くの組織由来である、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
前記構築するステップが複数の特性に対応する表Iのバイオマーカーの同一性を決定することを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５２】
前記決定するステップは、データ解析アルゴリズムを、集団のメンバーから得られる表Iに掲げられたバイオマーカーに対応する特性に適用することを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記集団が後に敗血症を発症する被験者（敗血症被験者）および敗血症を発症しない被験者（SIRS被験者）を含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５５】
複数のプローブスポットを含むマイクロアレイであって、複数のプローブスポット中の少なくとも20％のプローブスポットが表Iに掲げられた複数のバイオマーカーに対応し、複数のバイオマーカーがIL-6とIL-8の両方を含むときは、表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む前記マイクロアレイ。
【請求項５６】
前記マイクロアレイが１以上のコントロールスポットを含む、請求項５５に記載のマイクロアレイ。
【請求項５７】
複数のプローブスポット中の少なくとも40％のプローブスポットが表Iに掲げられたバイオマーカーに対応する、請求項５５に記載のマイクロアレイ。
【請求項５８】
マイクロアレイが基質上の約3〜50のプローブスポットから成る、請求項５５に記載のマイクロアレイ。
【請求項５９】
前記マイクロアレイが核酸マイクロアレイまたはタンパク質マイクロアレイである、請求項５５に記載のマイクロアレイ。
【請求項６０】
テスト被験者における敗血症の発症を予測するキットであって、共同して、表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーと特異的に結合する複数の抗体を含む前記キット。
【請求項６１】
テスト被験者における敗血症の発症を予測するキットであって、共同して、表Kに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーと特異的に結合する複数の抗体を含む前記キット。
【請求項６２】
コンピューター読取可能記憶媒体およびそれに組み込まれたコンピュータープログラム機構を含むコンピュータープログラム製品であって、コンピュータープログラム機構は、敗血症を発症するリスクのあるテスト被験者のバイオマーカープロファイルの複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価する命令を含み、ここで第1の数値セットを満足することは、テスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測させるものであり、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、複数のバイオマーカーがIL-6とIL- 8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含むものである、前記コンピュータープログラム製品。
【請求項６３】
テスト被験者におけるバイオマーカープロファイルの複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかを評価する命令をさらに含み、ここで、第2の数値セットを満足することで、テスト被験者が敗血症を発症する可能性が低いことを予測するものである、請求項６２に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項６４】
前記バイオマーカープロファイルが表Iに掲げられた3〜50のバイオマーカーまたは3〜40のバイオマーカーから成る、請求項６２に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項６５】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つのバイオマーカーまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項６２に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項６６】
中央演算処理装置および中央演算処理装置に結合したメモリを含んでなるコンピューターであって、メモリは、敗血症を発症するリスクのあるテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価する命令を保存し、ここで、第1の数値セットを満足することで、テスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測するものであり、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、複数のバイオマーカーがIL-6とIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含むものである前記コンピューター。
【請求項６７】
メモリは、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかを評価する命令をさらに保存し、ここで、第2の数値セットを満足することでテスト被験者が敗血症を発症する可能性が低いことを予測するものである、請求項６６に記載のコンピューター。
【請求項６８】
前記バイオマーカープロファイルが表Iに掲げられた3〜50のバイオマーカーまたは3〜40のバイオマーカーからなる、請求項６６に記載のコンピューター。
【請求項６９】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項６６に記載のコンピューター。
【請求項７０】
被験者が敗血症を発症する可能性が高いかどうかを決定するためのコンピューターシステムであって、コンピューターシステムは中央演算処理装置、および中央演算処理装置に結合したメモリを含み、メモリは、テスト被験者のバイオマーカープロファイルを取得する命令であって、ここで、前記バイオマーカープロファイルは複数の特性を含み、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含むものである前記命令；バイオマーカープロファイルをリモートコンピューターへ伝達する命令であって、ここで、リモートコンピューターはテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価する命令を含み、第1の数値セットを満足することはテスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測させるものである前記命令；テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかについての決定をリモートコンピューターから受ける命令；およびテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを報告する命令を保存しており、ここで、複数のバイオマーカーがIL-6およびIL-8の両方を含むときは、表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含むものである、前記コンピューターシステム。
【請求項７１】
リモートコンピューターは、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかを評価する命令をさらに含み、ここで、第2の数値セットを満足することは、テスト被験者が敗血症を発症する可能性が低いことを予測させるものであり；そしてメモリはさらに、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかについて、リモートコンピューターからの決定を受ける命令、ならびにテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足するかどうかを報告する命令を含む、請求項７０に記載のコンピューターシステム。
【請求項７２】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項７０に記載のコンピューターシステム。
【請求項７３】
バイオマーカープロファイル中の複数の特性のそれぞれに対するそれぞれの値を含む搬送波上に表現されたデジタルシグナルであって、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、そして複数のバイオマーカーがIL-6とIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む、前記デジタルシグナル。
【請求項７４】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項７３に記載のデジタルシグナル。
【請求項７５】
テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性がある数値セットを満足するかどうかの決定を含む搬送波上に表現されたデジタルシグナルであって、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、ここで数値セットを満足することはテスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測させ；そして複数のバイオマーカーがIL-6およびIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む、前記デジタルシグナル。
【請求項７６】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項７５に記載のデジタルシグナル。
【請求項７７】
テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性がある数値セットを満足するかどうかの決定を含む搬送波上に表現されたデジタルシグナルであって、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、ここで数値セットを満足することはテスト被験者が敗血症を発症する可能性が低いことを予測させるものであり；そして複数のバイオマーカーがIL-6およびIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む、前記デジタルシグナル。
【請求項７８】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項７７に記載のデジタルシグナル。
【請求項７９】
被験者が敗血症を発症する可能性が高いかどうかを決定するためのグラフィカルユーザーインターフェースであって、グラフィカルユーザーインターフェースは、リモートコンピューターから受ける搬送波上に表現されたデジタルシグナルにコードされた結果を表示する表示領域を含み、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含み、テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足する場合、結果は第1の値を有し、そしてテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第2の数値セットを満足する場合、結果は第2の値を有し、そして複数のバイオマーカーがIL-6およびIL-8の両方を含むときは、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含む、前記グラフィカルユーザーインターフェース。
【請求項８０】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項７９に記載のグラフィカルユーザーインターフェース。
【請求項８１】
被験者が敗血症を発症する可能性が高いかどうかを決定するためのコンピューターシステムであって、コンピューターシステムは中央演算処理装置、および中央演算処理装置に結合したメモリを含み、メモリは、テスト被験者のバイオマーカープロファイルを取得する命令であって、ここで、前記バイオマーカープロファイルは複数の特性を含み、複数の特性は複数のバイオマーカーの測定可能な態様であり、複数のバイオマーカーは表Iに掲げられた少なくとも3つのバイオマーカーを含むものである前記命令；テスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを評価する命令であって、ここで、第1の数値セットを満足することはテスト被験者が敗血症を発症する可能性が高いことを予測させるものである前記命令；およびテスト被験者のバイオマーカープロファイル中の複数の特性が第1の数値セットを満足するかどうかを報告する命令を保存しており、ここで、複数のバイオマーカーがIL-6およびIL-8の両方を含むときは、表Iに掲げられた少なくとも6つのバイオマーカーを含むものである、前記コンピューターシステム。
【請求項８２】
複数のバイオマーカーが表Iに掲げられた少なくとも4つまたは少なくとも8つのバイオマーカーを含む、請求項８１に記載のコンピューターシステム。