(57)【要約】  乳ガンにおけるアントラサイクリン系薬剤の効率を予測するための方法およびツール。本発明は、アントラサイクリン系薬剤に基づく乳ガンの治療方式の効率を予測するための遺伝子セット、キットおよび方法に関連する。【選択図】  なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
表１に挙げられる２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子、２２個の遺伝子またはすべての遺伝子を含むかまたはそれらからなる遺伝子セット。
【請求項２】
ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）を含む請求項１に記載の遺伝子セット。
【請求項３】
ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）からなる請求項１または２に記載の遺伝子セット。
【請求項４】
ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）を含む請求項１に記載の遺伝子セット。
【請求項５】
ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる請求項１または４に記載の遺伝子セット。
【請求項６】
表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子またはすべての（他の）遺伝子をさらに含む請求項２〜５のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項７】
ＦＡＭ６４Ａ，ＫＩＦ４Ａ，ＮＣＡＰＨおよびＳＴＩＬをさらに含む請求項１〜６のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項８】
ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）、ＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）、ＦＡＭ６４Ａ，ＫＩＦ４Ａ，ＮＣＡＰＨおよびＳＴＩＬからなる請求項１〜７のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項９】
表５および／または表６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜８のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１０】
表１０および／または表１１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜９のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１１】
表１２および／または表１３に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜１０のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１２】
表１１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子、および／または表１３に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜９のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１３】
表１４に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜１２のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１４】
表１５に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜１３のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１５】
表１６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む請求項１〜１４のいずれかに記載の遺伝子セット。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれかに記載の遺伝子セットの標的遺伝子の発現を特異的に検出し、かつ固体支持体上に固定される捕獲プローブと、場合により、リアルタイムＰＣＲ分析のための他の手段とを含む診断キットまたは診断デバイス。
【請求項１７】
表５に挙げられる２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子を含むかまたはそれらからなる遺伝子セットの標的遺伝子の発現を特異的に検出し、かつ固体支持体上に固定される捕獲プローブと、場合により、リアルタイムＰＣＲ分析のための他の手段とを含む診断キットまたは診断デバイス。
【請求項１８】
表６に挙げられる２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子を含むかまたはそれらからなる遺伝子セットの標的遺伝子の発現を特異的に検出し、かつ固体支持体上に固定される捕獲プローブと、場合により、リアルタイムＰＣＲ分析のための他の手段とを含む診断キットまたは診断デバイス。
【請求項１９】
コンピューター化されたシステムである請求項１６〜１８のいずれかに記載のキットまたはデバイスであって、
‐腫瘍サンプル（乳房腫瘍サンプル）からの遺伝子発現またはタンパク質合成を請求項１〜１８のいずれかに記載の遺伝子セット、キットまたはデバイスに基づいて検出するために構成されるバイオアッセイモジュール、および
‐前記遺伝子発現または前記タンパク質合成を計算し、かつ、腫瘍（好ましくは乳房腫瘍）サンプルについてのリスク評価をもたらすために構成されるプロセッサーモジュール
を含むキットまたはデバイス。
【請求項２０】
哺乳動物対象におけるガンの予測（予後または予後的）のための方法であって、
‐前記哺乳動物対象から得られる（乳房）腫瘍サンプルにおける遺伝子発現を、この腫瘍サンプルから得られるヌクレオチド配列を請求項１〜１９のいずれかに記載の遺伝子セット、キットまたはデバイスと接触させることによって測定する工程、および
‐場合により、１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を前記哺乳動物対象に投与することを含む治療様式の結果を示すことによって、前記腫瘍サンプルについてのリスク評価をもたらす工程
を含む方法。
【請求項２１】
患者がヒト患者である請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
患者が乳ガンに罹患している請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
患者がＥＲ−の乳ガンに罹患している請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
患者がＨｅｒ２＋の乳ガンに罹患している請求項２０〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
請求項２０〜２４のいずれかに記載の方法によって、および／または請求項１〜１９のいずれかに記載の遺伝子セット、キットまたはデバイスによって測定される増大したリスク評価を有するガンの処置および／または防止において使用するためのアントラサイクリン化合物。
【請求項２６】
請求項２０〜２４のいずれかに記載の方法によって、および／または請求項１〜１９のいずれかに記載の遺伝子セット、キットまたはデバイスによって測定される増大した予後を有する（乳）ガンの処置および／または防止において使用するためのアントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、アントラサイクリン系薬剤に基づく治療方式の効率を、過剰増殖障害（ガン）に冒された哺乳動物対象において、とりわけ、この障害に冒されたヒト患者において、とりわけ、乳ガン（ＢＣ）に冒されたヒト患者において予測するための方法およびツール（遺伝子セットおよびキットまたはデバイス）に関連する。
【背景技術】
【０００２】
乳ガン（ＢＣ）は西洋諸国において女性における最も一般的なガンである。
【０００３】
乳ガンは、マーカーに依存して様々なサブグループに分類することができる不均一な疾患である。
【０００４】
例えば、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性の状態はより良好な結果と関連し、ホルモン処置に対する応答について予測することができる。
【０００５】
Ｈｅｒ２（ＥＲＢＢ２、ｎｅｕ）の過剰発現はより不良な結果と関連するが、Ｈｅｒ２特異的な処置、例えば、モノクローナル抗体（トラスツズマブまたはハーセプチン）の投与などが、そのような患者には有益であることがある。
【０００６】
アントラサイクリン系薬剤に基づく治療方式は乳ガンにおける最も積極的な化学療法の１つである。しかしながら、それらの臨床使用には、希ではあるが、重篤な様々な毒性が伴い、例えば、長期間の血液学的障害（骨髄異形成症候群および白血病）および心不全などが伴う。また、アントラサイクリン系薬剤の効率は乳ガン患者集団の特定のサブ集団に限定されるようである。したがって、アントラサイクリン系薬剤に基づく化学療法に対する乳房腫瘍の応答を予測し得る分子マーカーを特定することが依然として、優先事項の１つである。
【０００７】
細胞株の研究では、多量のトポイソメラーゼＩＩα（ＴＯＰ２Ａ）を有する細胞がアントラサイクリン系薬剤に対してより大きい感受性を有するかもしれないことが示唆されている。いくつかのグループがこの１０年の間にこの仮説を調べており、また、ＴＯＰ２Ａの増幅／発現およびアントラサイクリン系薬剤に対する応答に関して議論の多い結果が報告されている。
【０００８】
いくつかの研究では、そのほとんどが遡及的であったが、ＴＯＰ２Ａの増幅／過剰発現がアントラサイクリン系薬剤治療に対する応答に影響を及ぼすかもしれないことが仮定された。しかし、多くの場合、矛盾した結果がもたらされた。
【０００９】
ＴＯＰ２Ａの過剰発現または増幅は、アントラサイクリン系薬剤に基づくネオアジュバント化学療法に対する応答を予測するものでなかったことが知られている（Ｐｅｔｉｔ他、２００４、Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ、４０：２０５〜１１）。
【００１０】
遺伝子レベルでのＴＯＰ２Ａ定量と、タンパク質レベルでのＴＯＰ２Ａ定量とには、相関がない（Ｄｉ  Ｌｅｏ他、２００８、Ｅｕｒ．Ｊ．ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ、４４、２７９１〜２７９８）。
【００１１】
一部の研究では、予測がＴＯＰ２Ａのタンパク質発現の大きさに限定され、一方で、他については、非常に良好な結果がＤＮＡ増幅のモニタリングによって達成されると結論される。例えば、Ｂａｒｔｌｅｔｔ他（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ、２００８、３１、５０２７〜５０３５）は、ＦＩＳＨによるＴＯＰ２Ａ遺伝子増幅の大きさはアントラサイクリン系薬剤処置に対する応答を予測するものではないと結論する。Ｋｎｏｏｐ他（２００５、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ、２３、７４８３〜７４９０）は、ＴＯＰ２Ａの増幅および欠失の両方がアントラサイクリン系薬剤に対する応答について予測するものであると結論する。
【００１２】
ＴＯＰ２Ａの予測値に関して文献で報告されるこれらの対照的な結果は種々の理由によって説明することができ、例えば、ネオアジュバント状況またはアジュバント状況で与えられる使用された化学療法様式（単独療法対多剤化学療法、アントラサイクリン系薬剤に基づくか、または、他の薬物（例えば、タキサン系薬物など）を含むか）、これらの異なる研究に含まれる処置患者の多様性、患者応答（臨床応答、放射線医学的応答および／または病理学的応答）の判定における不均一性、ならびに、ＴＯＰ２Ａ評価の異なる方法およびレベルによって説明することができる。
【００１３】
例えば、ＦＩＳＨの結果は、異なる試験センターの間における大きいばらつきにつながるようであり、離れた研究室と、中心的研究室との間における最大で３１％の不一致が、Ｈｅｒ２および／またはＴＯＰ２ＡのＦＩＳＨ測定について報告されている（Ｄｉ  Ｌｅｏ  Ａ他、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、６９、増刊（要約７０５）、２００９）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１４】
本発明は、最新技術の欠点を示さない新しい検出方法およびツールを提供することを目的とする。
【００１５】
本発明は、乳ガン患者におけるアントラサイクリン系薬剤（に基づく）治療方式に対する応答の予測を改善するそのような方法およびツールを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明は、ＴＯＰ２Ａ指標を表す遺伝子セットに関連する。
【００１７】
有利には、ＴＯＰ２Ａ指標が、これらの選択された遺伝子のｍＲＮＡ定量によって測定される。
【００１８】
場合により、ＴＯＰ２Ａ指標を表す遺伝子セットに対応する遺伝子が単離される。
【００１９】
有利には、（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）本発明の遺伝子セットは、表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子、２２個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（あるいは、表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子、２２個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる）。
【００２０】
また、本発明は、ＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子、２２個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２１】
さらに、本発明は、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２２】
また、本発明は、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：７０６７）からなり、さらに表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２３】
また、本発明は、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２４】
また、本発明は、ＧＳＤＭ１（遺伝子ＩＤ：２８４１１０）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２５】
また、本発明は、ＰＳＭＤ３（遺伝子ＩＤ：５７０９）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２６】
また、本発明は、ＣＳＦ３（遺伝子ＩＤ：１４４０）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２７】
また、本発明は、ＭＥＤ２４（遺伝子ＩＤ：９８６２）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２８】
また、本発明は、ＳＮＯＲＤ１２４（遺伝子ＩＤ：１００１１３３９０）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００２９】
また、本発明は、ＮＲ１Ｄ１（遺伝子ＩＤ：９５７２）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３０】
また、本発明は、ＴＲＮＡＳＴＯＰ−ＵＣＡ（遺伝子ＩＤ：１００１２６５３４）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３１】
また、本発明は、ＭＳＬ−１（遺伝子ＩＤ：３３９２８７）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３２】
また、本発明は、ＣＡＳＣ３（遺伝子ＩＤ：２２７９４）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３３】
また、本発明は、ＲＡＰＧＥＦＬ１（遺伝子ＩＤ：５１１９５）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３４】
また、本発明は、ＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３５】
また、本発明は、ＬＯＣ１００１３１８２１（遺伝子ＩＤ：１００１３１８２１）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３６】
また、本発明は、ＧＪＤ３（遺伝子ＩＤ：１２５１１１）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３７】
また、本発明は、ＬＯＣ３９０７９１（遺伝子ＩＤ：３９０７９１）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３８】
また、本発明は、ＬＯＣ７２８２０７（遺伝子ＩＤ：７２８２０７）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００３９】
また、本発明は、ＩＧＦＢＰ４（遺伝子ＩＤ：３４８７）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４０】
また、本発明は、ＴＮＳ４（遺伝子ＩＤ：８４９５１）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４１】
また、本発明は、ＣＣＲ７（遺伝子ＩＤ：１２３６）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４２】
また、本発明は、ＳＭＡＲＣＥ１（遺伝子ＩＤ：６６０５）、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子、１９個の遺伝子、２０個の遺伝子、２１個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４３】
好ましくは、本発明は、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる群から選択される２個または３個の遺伝子を含む（あるいはＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる群から選択される２個または３個の遺伝子からなる）（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４４】
好ましくは、本発明は、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる群から選択される２個または３個の遺伝子、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（あるいは、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる群から選択される２個または３個の遺伝子、および表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる）（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４５】
有利には、本発明は、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）を含む（あるいはＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＷＩＰＦ２（遺伝子ＩＤ：１４７１７９）からなる）（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４６】
好ましくは、本発明は、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）を含む（あるいはＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）からなる）（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４７】
好ましくは、本発明は、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）、およびさらに表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（あるいは、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）、およびさらに表１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、１２個の遺伝子、１３個の遺伝子、１４個の遺伝子、１５個の遺伝子、１６個の遺伝子、１７個の遺伝子、１８個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる）（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４８】
本発明は、表５および／または表６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含むことができる（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００４９】
代替的に、本発明は、表５に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（あるいは、表５に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる）遺伝子セットに関する。
【００５０】
代替的に、本発明は、表６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子を含む（あるいは、表６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１５個の遺伝子、２０個の遺伝子、２５個の遺伝子、３０個の遺伝子、３５個の遺伝子、４０個の遺伝子、４５個の遺伝子、５０個の遺伝子、５５個の遺伝子、６０個の遺伝子、６５個の遺伝子、７０個の遺伝子、７５個の遺伝子またはすべての遺伝子からなる）遺伝子セットに関する。
【００５１】
本発明は、表１０に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５２】
本発明は、表１１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５３】
本発明は、表１２に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５４】
本発明は、表１３に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５５】
本発明は、表１４に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５６】
本発明は、表１５に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５７】
本発明は、表１６に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００５８】
最も好ましくは、本発明はＦＡＭ６４Ａ，ＫＩＦ４Ａ，ＮＣＡＰＨおよびＳＴＩＬをさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットであって、前記遺伝子が好ましくはＣＤＣ６，ＲＡＲＡおよびＷＩＰＦ２を含む（またはＣＤＣ６，ＲＡＲＡおよびＷＩＰＦ２からなる）ＴＯＰ２Ａ指標を表わす遺伝子セットに関する。
【００５９】
有利には、（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットは、ＣＤＣ６，ＲＡＲＡ，ＷＩＰＦ２，ＦＡＭ６４Ａ，ＫＩＦ４Ａ，ＮＣＡＰＨおよびＳＴＩＬを含み（あるいは、ＣＤＣ６，ＲＡＲＡ，ＷＩＰＦ２，ＦＡＭ６４Ａ，ＫＩＦ４Ａ，ＮＣＡＰＨおよびＳＴＩＬからなり）、さらに表１０および／または表１１に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、または１０個の遺伝子をさらに含む。
【００６０】
本発明は、表１７に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００６１】
本発明は、表１８に挙げられる１個の遺伝子、２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子またはすべての遺伝子をさらに含む（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）遺伝子セットに関する。
【００６２】
本発明はさらに、固体支持体（例えば、マルチウエルプレートまたはグラススライドなど）に場合により固定される捕獲プローブ（ヌクレオチド配列またはタンパク質性プローブ（例えば、抗体、そのナノボディーまたは超可変部分など）であって、（ＴＯＰ２Ａ指標を表す）本発明の上記セット、ならびに／あるいは、表５および／または表６の遺伝子セットの（捕獲プローブへのハイブリダイゼーションによって相補的である）（相補的な）標的遺伝子（または、これらの遺伝子によってコードされるそれらの対応するタンパク質）の発現を特異的に検出することができる捕獲プローブと、場合により、リアルタイムＰＣＲ分析のために使用される他の手段とを含む診断キットまたは診断デバイスに関連する。
【００６３】
好ましくは、本発明によるキットまたはデバイスはリアルタイムＰＣＲのための手段を含み、好ましくはｑＲＴ−ＰＣＲのための手段を含む。
【００６４】
有利には、本発明のキットまたはデバイスは、
・腫瘍サンプル（好ましくは、乳房腫瘍サンプル）からの遺伝子発現を本発明による遺伝子セットまたはキットに基づいて検出するために構成されるバイオアッセイモジュール、および
・これらの遺伝子の発現またはこれらの遺伝子のタンパク質合成を計算し、かつ、腫瘍（好ましくは乳房腫瘍）サンプルについてのリスク評価をもたらすために構成されるプロセッサーモジュール
を含むコンピューター化されたシステムである。
【００６５】
本発明の別の局面は、下記の工程を含む、哺乳動物対象におけるガンの予測（予後または予後的）のための方法に関する：前記哺乳動物対象から得られる（乳房）腫瘍サンプルにおける遺伝子発現を、この腫瘍サンプルから得られるヌクレオチド配列（またはタンパク質）を本発明による遺伝子セット、キットまたはデバイスと接触させることによって測定する工程、および、場合により、十分な量の１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を前記哺乳動物対象に投与することを含む治療様式の結果を示すことによって、かつ、この患者に投与されるべき適切な化合物を、好ましくは、十分な量の１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を選択することによって、前記腫瘍サンプルについてのリスク評価をもたらす工程。
【００６６】
好ましくは、この方法において、患者は、卵巣ガン、乳ガン、肺ガン、子宮のガン、膀胱のガン、胃のガン、肉腫、甲状腺ガン、白血病、ホジキンリンパ腫および多発性骨髄腫からなる群から選択されるガン（好ましくは乳ガン、より好ましくはＥＲ−の乳ガン、一層より好ましくはＥＲ−かつＨｅｒ２＋の乳ガン）に罹患するヒト患者である。
【００６７】
好ましくは、本発明の遺伝子セット、キットおよびデバイスは、１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を、場合により別の抗腫瘍治療処置または抗腫瘍治療化合物の同時投与または別個投与との組合せで、試験された患者に投与することから本質的になる治療様式の応答を予測する。
【００６８】
本発明の別の局面は、本発明の遺伝子セット、キットまたは方法によって決定される（本発明の遺伝子セット、キットまたは方法によって測定されるような）ガン患者の処置（および／または防止）において使用するためのアントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物（治療様式）に関連する。
【００６９】
有利には、アントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物（治療様式）は、表５による（表５に従って測定されるような）（増大した）指標、および／または、本発明の（予測または予後的）方法によって評価されるより不良な予測（予後）を有する、卵巣ガン、乳ガン、肺ガン、子宮のガン、膀胱のガン、胃のガン、肉腫、甲状腺ガン、白血病、ホジキンリンパ腫および多発性骨髄腫からなる群から選択されるガンの処置（および／または防止）において使用するためのものである。
【００７０】
代替的に、アントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物（治療様式）は、表６による（表６に従って測定されるような）（増大した）指標、および／または、本発明の（予測または予後的）方法によって評価されるより不良な予測（予後）を有する、卵巣ガン、乳ガン、肺ガン、子宮のガン、膀胱のガン、胃のガン、肉腫、甲状腺ガン、白血病、ホジキンリンパ腫および多発性骨髄腫からなる群から選択されるガンの処置（および／または防止）において使用するためのものである。
【００７１】
好ましくは、アントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物（治療様式）は、本発明の予測（予後的）方法による（本発明の予測（予後的）方法に従って測定されるような）（増大した）指標を有する（乳）ガン（好ましくはＥＲ−の乳ガン、より好ましくはＥＲ−かつＨｅｒ２−の乳ガン）の処置（および／または防止）において使用するためのものである。
【００７２】
代替的に、アントラサイクリン化合物またはアントラサイクリン化合物の混合物（治療様式）は、本発明の予測（予後的）方法による（本発明の予測（予後的）方法に従って測定されるような）（増大した）指標を有する（ＥＲ−かつＨｅｒ２＋の乳）ガンの処置（および／または防止）において使用するためのものである。
【００７３】
本発明の別の局面は、表１０および／または表１１による（表１０および／または表１１に従って測定されるような）特定の（増大した）指標を、場合により（表１に従って測定されるような）特定の（増大した）ＴＯＰ２Ａ指標（これは好ましくは、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）である）との組合せで有する乳ガンの処置（および／または防止）において使用するための化学療法用（アントラサイクリン）化合物（または治療様式）に関する。
【００７４】
本発明の別の局面は、表１２および／または表１３および／または表１６による（表１２および／または表１３および／または表１６に従って測定されるような）特定の指標を、場合により（表１に従って測定されるような）特定の（増大した）ＴＯＰ２Ａ指標（これは好ましくは、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）である）との組合せで有する乳ガンの処置（および／または防止）において使用するための化学療法用（アントラサイクリン）化合物（または治療様式）に関する。
【００７５】
本発明の関連局面の１つは、表１０および／または表１１による（表１０および／または表１１に従って測定されるような）特定の（増大した）指標を、場合により（表１に従って測定されるような）特定の（増大した）ＴＯＰ２Ａ指標（これは好ましくは、ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３）であるか、または、代替では、ＣＤＣ６、ＲＡＲＡおよびＷＩＰＦ２である）と組み合わされて、場合により表１６による（表１６に従って測定されるような）特定の（増大した）指標との組合せで、場合により表１２および／または表１３による（表１２および／または表１３に従って測定されるような）特定の（低下した）指標との組合せで有する乳ガンの処置（および／または防止）において使用するための化学療法用（アントラサイクリン）化合物（または治療様式）である。
【００７６】
最後に、本発明の１つの局面は、下記の工程を含む、患者を処置する方法である：
・前記哺乳物対象から得られる（乳房）腫瘍サンプルにおける（表１、表５〜表１８の遺伝子セットの１つまたはいくつかを使用した）遺伝子発現を、ヌクレオチド配列を本発明による遺伝子セット、キットまたはデバイスと接触させることによって測定する工程、
・場合により、前記腫瘍サンプルについてのリスク評価を、十分な量の１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を前記哺乳動物対象に投与することを含む治療様式の結果を示すことによってもたらす工程、および
・この患者に投与されるべき適切な化合物を、好ましくは、十分な量の１つまたは複数のアントラサイクリン化合物を選択する工程。
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備考：ＲＡＲＡはレチノイン酸受容体αを表す；ＣＤＣ６は細胞分裂サイクル６ホモログ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）を表す；ＴＨＲＡは甲状腺ホルモン受容体α（赤芽球性白血病ウイルス（ｖ−ｅｒｂ−ａ）ガン遺伝子ホモログ、トリ）を表す；ＧＳＤＭ１はガスデルミン（ｇａｓｄｅｒｍｉｎ）１を表す；ＰＳＭＤ３はプロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）２６Ｓサブユニット（非ＡＴＰａｓｅ）３を表す；ＣＳＦ３はコロニー刺激因子３（顆粒球）を表す；ＭＥＤ２４は媒介因子複合体サブユニット２４を表す；ＳＮＯＲＤ１２４は、核小体低分子ＲＮＡ、Ｃ／Ｄボックス１２４を表す；ＮＲ１Ｄ１は、核受容体サブファミリー１、グループＤ、メンバー１を表す；ＴＲＡＮＳＴＯＰ−ＵＣＡは転移ＲＮＡオパールサプレッサー（アンチコドンＵＣＡ）を表す；ＭＳＬ−１は雄性特異的ｌｅｔｈａｌ−１ホモログを表す；ＣＡＳＣ３はガン感受性候補３を表す；ＲＡＰＧＥＦＬ１はＲａｐグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）様１を表す；ＷＩＰＦ２は、ＷＡＳ／ＷＡＳＬ相互作用タンパク質ファミリー、メンバー２を表す；ＬＯＣ１００１３１８２１は仮想タンパク質ＬＯＣ１００１３１８２１を表す；ＧＪＤ３はギャップジャンクションタンパク質δ３（３１．９ｋＤａ）を表す；ＬＯＣ３９０７９１はペプチジルプロイルイソメラーゼＡイソ型１類似を表す；ＬＯＣ７２８２０７は６０Ｓリボゾームタンパク質Ｌ２３ａ類似を表す；ＩＧＦＢＰ４はインスリン様増殖因子結合タンパク質４を表す；ＴＮＳ４はテンシン４を表す；ＣＣＲ７はケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体７を表す：ＴＯＰ２ＡはＤＮＡトポイソメラーゼＩＩを表す；ＳＭＡＲＣＥ１は、クロマチンのＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックス結合型アクチン依存的調節因子、サブファミリーｅ、メンバー１を表す。
【図面の簡単な説明】
【００７７】
【図１】図１は、感受性と１−特異性との関係を示す。
【図２】図２は、患者の年齢などとｌｏｇ２［ハザード比］との関係を示す。
【図３】図３は、感受性と１−特異性との関係を示す。
【発明を実施するための形態】
【００７８】
患者の記載
１４９名の患者が前向きＴＯＰ試験に含まれた。これらの患者のうち、８９名が３週間毎での４サイクルのアントラサイクリン系薬剤を受け、５９名が２週間毎での６サイクルのアントラサイクリン系薬剤（投与集中スキーム）を受け、１名が不適格性のためにプロトコルに従って処置されなかった。
１３２名の患者がプロトコルに従って処置を完了し、１６名が中断した（２名が疾患の進行のために中断し、２名が同意の撤回のために中断し、３名が有害事象経験のために中断し、９名が別の理由で中断した）。
【００７９】
１５％の病理学的完全寛解（ｐＣＲ）率が得られ、３週間毎のスキームにより処置された患者、および、投与集中スキームにより処置された患者についてはそれぞれ、１４％および１６％であった。患者および腫瘍のベースライン特性が表２に例示される。
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＊１名の患者が不適格であった。
＊＊１名の患者が多病巣性腫瘍を有し、両方の腫瘍が腺管性であった。
＊＊＊１名の患者が、悪性度が異なる多病巣性腫瘍を有した。
【００８０】
患者の年齢、腫瘍のサイズおよび悪性度、ならびに、リンパ節状態はｐＣＲと関連しなかった。Ｋｉ６７タンパク質発現（増殖マーカー）は、これを連続変数および二値変数として検討したときの両方で、ｐＣＲと有意に関連しなかった（表３）。
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【００８１】
トポイソメラーゼＩＩα（ＴＯＰ２Ａ）
アントラサイクリン系薬剤に対する応答についてのＴＯＰ２Ａの予測値の前向き調査がこの試験の主たる目的であった。有利には、すべてのＴＯＰ２Ａ評価が盲検様式で行われた。ＴＯＰ２Ａの遺伝子、ｍＲＮＡおよびタンパク質の評価が独立して行われた。
【００８２】
遺伝子発現プロフィルを１４９名中１２０名の患者について得ることができた（８１％）。ＥＲのｍＲＮＡレベルが、ＩＨＣによって報告されるＥＲ陰性を二重にチェックするために使用された。
【００８３】
ＴＯＰ２Ａが、３つの異なるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセットによって、すなわち、２０１  ２９１＿ｓ＿ａｔ、２０１  ２９２＿ａｔおよび２３７  ４６９＿ａｔによって表された。プローブセット２０１  ２９１＿ｓ＿ａｔが最も大きい分散を示したので、本発明者らはそのプローブセットをさらなる分析のために使用した。
【００８４】
９１個のサンプルがＤＮＡレベルおよびｍＲＮＡレベルの両方における結果を有し、統計学的に有意な相関が、これらの結果の間において、ともに、ＦＩＳＨの結果を連続変数と見なしたとき（Ｓｐｅａｒｍａｎ順位相関係数（ρ）＝０．３５、ｐ＝０．００１）、または、離散変数と見なしたとき（増幅（増幅された）／非増幅（増幅されない）と見なされるときにはｐ＝４×１０−４、一方、欠失（欠失された）／正常／増幅（増幅された）と見なされるときにはｐ＝０．００１）に認められた。
【００８５】
ＦＩＳＨの結果が１４９名の患者のうちの１１３名について利用可能であった。これらのサンプルのうち、３６名がＨＥＲ２増幅であった（３２％）；ＴＯＰ２Ａが１２名の患者（集団全体の１１％）で増幅され、１６名の患者（集団全体の１４％）で欠失していた。注目すべきことに、すべてのＴＯＰ２Ａ増幅サンプル、および、ＴＯＰ２Ａ欠失サンプルの８５％はまた、ＨＥＲ２増幅であった。
【００８６】
ＩＨＣによるＴＯＰ２Ａの大きさが１２０名の患者について利用可能であった。陽性に染色された細胞のメジアン百分率が１５％（０％〜９０％の範囲）であった。ＴＯＰ２Ａ発現を連続変数と見なしたとき、本発明者らは、（この比較のために利用可能な９９個のＥＲ陰性サンプルに基づいて）ＦＩＳＨの結果との相関を何ら認めなかった。
【００８７】
本発明者らは、小さいが統計学的に有意な相関を、タンパク質レベルとｍＲＮＡレベルとの間に認めることができた（９６個のサンプルに基づいて、Ｓｐｅａｒｍａｎ順位相関係数（ρ）＝０．２３、ｐ＝０．０２）。しかしながら、本発明者らが、メジアンを、過剰発現を定義するためのカットポイントとして使用したとき、本発明者らは、ＴＯＰ２Ａのタンパク質測定値と、他の測定値との間における相関を何ら見出せなかった。
【００８８】
その後、本発明者らは、ＴＯＰ２Ａの種々の測定値が、一般的な臨床病理学的パラメーター（例えば、診断時年齢、腫瘍サイズ、リンパ節状態および組織学的悪性度など）と関連するかどうかを評価した。ＴＯＰ２ＡのｍＲＮＡレベルと、組織学的悪性度、すなわち、高悪性度の腫瘍がＴＯＰ２ＡのｍＲＮＡのより大きいレベルを表すこととの間における有意な関連を除いて、他の関連は全く認められなかった（表４）。
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【００８９】
ＴＯＰ２Ａの増幅が、アントラサイクリン系薬剤に対する応答を予測するものであることが見出された（κ＝０．３９、ｐ＝３×１０−５）。実際、表３に示されるように、ＴＯＰ２Ａ増幅の腫瘍を有する患者の５５％がアントラサイクリン系薬剤治療に応答し、これは、腫瘍がＴＯＰ２Ａ増幅を全く有しない患者の９％とは対照的であった。また、ＨＥＲ２陰性患者（１０％）と比較した場合、ＨＥＲ２陽性患者のより大きい割合がｐＣＲを示した（２３％）。しかしながら、この差は統計学的有意性に達しなかった（κ＝０．１６、ｐ＝０．０６）。
【００９０】
この研究では、ＴＯＰ２ＡのｍＲＮＡレベル（連続変数と見なされた場合、または、メジアンをカットポイントとする二値変数と見なされた場合）およびＴＯＰ２Ａのタンパク質レベルは、治療に対する応答と関連しなかった。
【００９１】
しかしながら、サブグループの分析をＨＥＲ２のｍＲＮＡ状態に従って行ったとき（ｃｆｒ方法）、本発明者らはＴＯＰ２ＡのｍＲＮＡについて０．８４のＣ指標［９５％信頼区間（ＣＩ）：０．７０〜０．９７、ｐ＝２．１０−７］を認めた。これは、病理学的完全寛解を有する患者が、病理学的完全寛解を有しない患者よりも大きいＴＯＰ２Ａ  ｍＲＮＡの値を有するという確率が少なくとも８４％であるとして、０．８４のＣ指標が解釈され得ることを意味する。
【００９２】
ＴＯＰ２Ａアンプリコン
ＴＯＰ２Ａアンプリコンをより良く表すために、また、ＴＯＰ２Ａの近くに位置する他の遺伝子もまた、アントラサイクリン系薬剤に対する応答を規定することにおいて重要であるかもしれないか否かを調べるために、本発明者らは、ＴＯＰ２Ａアンプリコンに位置する少なくとも２つの遺伝子の発現値の平均化された和に基づく種々の指標を開発した。
【００９３】
４つのｍＲＮＡ（ＴＨＲＡ（遺伝子ＩＤ：９５７２）、ＣＤＣ６（遺伝子ＩＤ：９９０）、ＲＡＲＡ（遺伝子ＩＤ：５９１４）およびＴＯＰ２Ａ（遺伝子ＩＤ：７１５３））からなるＴＯＰ２Ａ指標を使用することによって、本発明者らは０．６２のＣ指標［９５％ＣＩ：０．４６〜０．７８、ｐ＝０．０６］を認めた。
【００９４】
本発明者らは、ＴＯＰ２Ａ指標を構成する遺伝子の発現プロフィルが相関すること、しかし、２つ以上の遺伝子を含むことにより、この指標に基づく試験の成績が改善されたことを認めた。
【００９５】
本発明者らがこの指標の予測成績をＨＥＲ２のＦＩＳＨ評価によって定義される患者のサブグループにおいて評価したとき、本発明者らは０．８４の非常に有意なＣ指標（９５％ＣＩ：０．７１〜０．９７、ｐ＝１０−７）をＨＥＲ２＋のサブグループにおいて認め、これに対して、Ｃ指標はＨＥＲ２−のサブグループにおいて有意でなかった［０．４７（９５％ＣＩ：０．３２〜０．６３）、ｐ＝０．３７）］。
【００９６】
ＴＯＰ２Ａ遺伝子発現およびＴＯＰ２Ａ指標のＲＯＣ曲線、ならびに、それらの対応するＡＵＣ（これはＣ指標と解釈することができる）が、両方の患者コホートについて図１に例示される。公表されている遺伝子発現データを使用する、非処置乳ガン患者におけるＴＯＰ２Ａ指標の予後値の調査は、この指標がＥＲ−／ＨＥＲ２−の患者およびＨＥＲ２＋の患者において予後を示すものでなかったこと、しかし、この指標の大きい値がＥＲ＋／ＨＥＲ２の患者においてより悪い予後と関連したことを示した（図２）。より正確には、このシグナチャーが、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−の患者の低増殖性（「腺管性Ａ」）サブグループにおいて予後と関連し、しかし、高増殖性サブグループ（「腺管性Ｂ」）では関連しなかった。このことは、この指標が単に増殖の良好な定量化でないことを示唆する。
【００９７】
本発明者らはさらに、ＥＯＲＴＣ１０９９４／ＢＩＧ００−０１臨床試験の公表されているデータ（Ｂｏｎｎｅｆｏｉ他、２００７、Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、８、１０７１〜１０７８）を使用して本発明者らが開発した遺伝子指標を検証した。
【００９８】
本発明者らは、アントラサイクリン系薬剤に基づく治療様式（ＦＥＣ）によるか、または、タキサンに基づく治療様式（ＴＥＴ）によるかのどちらかによって手術前に処置された患者のコホートにおいてこの指標の予測成績を評価した。統計学的に有意なＣ指標がアントラサイクリン系薬剤群において得られたが［Ｃ指標＝０．６７（９５％ＣＩ＝０．５４〜０．７９）、ｐ＝０．００６］、タキサンに基づく処置群では得られなかった［Ｃ指標＝０．４７（９５％ＣＩ＝０．３２〜０．６２）、ｐ＝０．３５］。
【００９９】
ＴＯＰ２Ａ指標をＨＥＲ２によって定義されるサブグループに従って調べたとき、Ｃ指標は、応答の予測を、アントラサイクリン系薬剤群のＨＥＲ２−の患者［Ｃ指標＝０．５６（９５％ＣＩ＝０．４０〜０．７２）、ｐ＝０．２４］ではなく、ＨＥＲ２＋の患者［Ｃ指標＝０．８１（９５％ＣＩ＝０．６３〜１．００）、ｐ＝０．０００５］においてもたらすだけであった。注目すべきことに、ＴＯＰ２ＡのｍＲＮＡレベルはそれだけでは、この検証コホートにおける応答と有意に関連しなかった。
【０１００】
再度ではあるが、本発明者らは、ＴＯＰ２Ａ遺伝子指標が、ＥＲ−の全患者において、とりわけ、ＥＲ−／ＨＥＲ２＋の患者においてアントラサイクリン系薬剤に対するより良好な応答を予測することを認めた。そのうえ、この引き続いた検証研究において、ＴＯＰ２Ａ指標はＴＯＰ２Ａ増幅のｍＲＮＡ測定値よりも明らかに優れていた（図３）。
【０１０１】
生物学主導の遺伝子発現シグナチャーの予測値
本発明者らはさらに、本発明者らが以前に国際公開ＷＯ２００９／０３０７７０およびＤｅｓｍｅｄｔ他（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎ  Ｒｅｓ、２００８）において開発した遺伝子発現モジュールの予測値を調べた。集団全体において、エストロゲン受容体モジュールの高いレベルがアントラサイクリン系薬剤に対する応答と統計学的に関連し、これに対して、腫瘍浸潤モジュールの高いレベルが後遺疾患の存在と関連した。
【０１０２】
ＥＲ−／ＨＥＲ−のサブグループおよびＥＲ−／ＨＥＲ２＋のサブグループを調べたとき、本発明者らは、腫瘍浸潤モジュールの高いレベルが両方のサブグループにおいて後遺疾患の存在と関連したことを認めた［それぞれ、Ｃ指標＝０．３１（９５％ＣＩ＝０．１５〜０．４７）、ｐ＝０．０１、および、Ｃ指標＝０．３５（９５％ＣＩ＝０．１９〜０．５０）、ｐ＝０．０２］。
【０１０３】
加えて、ＥＲ−／ＨＥＲ２＋のサブグループでは、免疫応答モジュールの高い値がアントラサイクリン系薬剤に対する応答と関連した［Ｃ指標＝０．７５（９５％ＣＩ＝０．４５〜１．００）、ｐ＝０．０５］。同様にまた、本発明者らは、免疫応答モジュールの高い値が他の化学療法および抗ガン処置に対する増大した応答率と関連したことを見出している。
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【０１０４】
予測となる遺伝子発現シグナチャーのデノボ同定
ＴＯＰ試験の特有な特徴を考えた場合、すなわち、患者がネオアジュバント状況でアントラサイクリン系薬剤の単独療法により処置されたことを考えた場合、本発明者らは、アントラサイクリン系薬剤の効率をＥＲ−／ＨＥＲ２−の腫瘍およびＥＲ−／ＨＥＲ２＋の腫瘍の両方において予測すると考えられるデノボ遺伝子発現シグナチャーを開発することを目指した（表５および表６）。
【０１０５】
ＥＲ−／ＨＥＲ２−の遺伝子シグナチャーが、２９４個の重複しない遺伝子に対応する３２１個のプローブセットから構成された（表６）。このシグナチャーには、ＰＬＡＵ（これは、国際公開ＷＯ２００９／０３０７７０の腫瘍浸潤遺伝子発現モジュールおよび本発明の表１３の腫瘍浸潤遺伝子発現モジュールから得られる原型である）、ＥＧＦＲ（その過剰発現が、不良な生存と相関し（Ｂａｒｔｌｅｔｔ他、２００８）、また、三重陰性乳ガンにおけるアントラサイクリン系薬剤に基づく化学療法に対する抵抗性と相関している）、ＴＰ５３（アントラサイクリン系薬剤に基づく化学療法の効率についてのその予測値がこれまで、論争および多くのその他の的である）が含まれた。
【０１０６】
２１８個の遺伝子を含んでいたＩＡＰ分析では、細胞の運動、細胞の成長および増殖、細胞間のシグナル伝達、細胞死、ならびに、細胞の集合が、最も有意な機能的クラスであったことが明らかにされた。
【０１０７】
ＥＲ−／ＨＥＲ２＋の遺伝子シグナチャーが、２１８個の重複しない遺伝子に対応する２６１個のプローブセットから構成された。１１個の遺伝子がＥＲ−／ＨＥＲ２＋のシグナチャーと共通しており、両方のシグナチャーが、低いが、有意な相関を示した（ρ＝０．２２、ｐ＝０．０２）。予想されるように、このシグナチャーは、ＴＯＰ２Ａ、同様にまた、１７ｑ２１−ｑ２２に位置する他の遺伝子を含んでいた。興味深いことに、ＩＧＦ１Ｒ、ＧＲＢ７（ＨＥＲ２の近くに位置する遺伝子）および種々のメタロチオネインもまた、このシグナチャーの一部であり、それらの発現が後遺疾患の存在と関連した。
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【０１０８】
１４１個の遺伝子を含んでいたＩＡＰ分析では、細胞間のシグナル伝達および相互作用、細胞の運動、抗原提示、細胞死、同様にまた、細胞の成長および増殖が、最も有意な機能的クラスであったことが明らかにされた。
【０１０９】
両方のシグナチャーがＥＲモジュールおよび免疫応答モジュールとの正の相関を有し、腫瘍浸潤モジュールおよび血管形成モジュールとの負の相関を有した。だが、相関のレベルはシグナチャーに従って異なる（表７を参照のこと）。
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【０１１０】
興味深いことに、これらのシグナチャーを検証コホートに適用したとき、ＥＲ−／ＨＥＲ２＋のシグナチャーは、タキサン群においてではなく、アントラサイクリン系薬剤群において処置されたＨＥＲ２＋の患者においてｐＣＲを予測するものであり［Ｃ指標：０．７５（９５％ＣＩ：０．５６〜０．９４）、ｐ＝０．００５］であり、同様に、ＥＲ−／ＨＥＲ２−のシグナチャーは、Ｔ化学療法によるのではなく、Ａ化学療法により処置されたＨＥＲ２−の患者においてｐＣＲを予測するものにすぎなかった［Ｃ指標：０．６５（９５％ＣＩ：０．５０〜０．８１）、ｐ＝０．０３］。詳細な結果が表８に示される。
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【０１１１】
本発明者らはさらに、これらのシグナチャーの予後値を調べた。
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図２および表９において例示されるように、ＥＲ−／ＨＥＲ２＋のシグナチャーの大きい値が、集団全体において、すなわち、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−の患者およびＨＥＲ２＋の患者においてより良好な予後と関連し、これに対して、ＥＲ−／ＨＥＲ２−のシグナチャーの大きい値がＨＥＲ２＋の患者においてより良好な予後と関連しただけであった。
【０１１２】
その後、本発明者らは、本発明を、本発明者らが以前に得た結果（Ｄｅｓｍｅｄｔ他、２００８）と組み合わせた。
【０１１３】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１０（免疫モジュール１）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１１４】
本発明者らは、表１０の遺伝子の増大した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との正の相関を有することを推測した。
【０１１５】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１１（免疫モジュール２）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１１６】
本発明者らは、表１１の遺伝子の増大した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との正の相関を有することを推測した。
【０１１７】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１２（ストロマモジュール１）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１１８】
本発明者らは、表１２の遺伝子の減少した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との負の相関を有することを推測した。
【０１１９】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１３：ストロマモジュール２に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１２０】
本発明者らは、表１３の遺伝子の減少した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との負の相関を有することを推測した。
【０１２１】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１４（ＥＳＲ−）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
【０１２２】
本発明者らは、表１４の遺伝子の増大した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との正の相関を有することを推測した。
【０１２３】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１５に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけ、そして表１５の遺伝子の増大した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との正の相関を有することを推測した。
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【０１２４】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１６に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１２５】
本発明者らは、表１６の遺伝子の増大した発現と結びつけられたＴＯＰ２Ａ指標の増大した発現が、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）についての予後を増大させたこと、および／または、化学療法（アントラサイクリン系薬剤）に対する応答との正の相関を有することを推測した。
【０１２６】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１７（ＶＥＧＦ）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１２７】
本発明者らは、本発明の遺伝子セットを、表１８（ＣＡＳＰ３）に由来するいくつかの遺伝子を含む遺伝子セットと結びつけた。
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【０１２８】
方法
患者
研究集団
ネオアジュバント前向き「ＴＯＰ」（Ｔｒｉａｌ  ｏｆ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ）試験が欧州の異なる病院で行われ、Ｉｎｓｔｉｔｕｔ  Ｊｕｌｅｓ  Ｂｏｒｄｅｔによって調整された。この研究は米国国立ガン研究所のウエブサイトの臨床試験サイトに登録される（ｈｔｔｐ：／／ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ／ｃｔ２／ｓｈｏｗ／ＮＣＴ００１６２８１２？ｔｅｒｍ＝ＮＣＴ００１６２８１２＆ｒａｎｋ＝１）。１４９名の患者が現在、この試験に含まれている。アントラサイクリン系薬剤（エピルビシン）の単独療法（１００ｍｇ／ｍ２）がネオアジュバント化学療法として与えられた：早期ＢＣについては３週間毎の４サイクル、あるいは、炎症性または局所性の進行した乳ガンを有する患者についてはＮｅｕｌａｓｔａ（登録商標）（６ｍｇ）を２日目に用いる２週間毎の６サイクル。化学療法が完了したとき、どの患者も、腋窩リンパ節のサンプル採取による手術を受けた。手術後、補助的なドセタキセル（１００ｍｇ／ｍ２×４サイクル）および局所的放射線照射が、標準的な基準を使用して施された。この研究は主として、アントラサイクリン系薬剤（エピルビシン）に対する応答のバイオマーカーを特定するために設計された。
【０１２９】
すべての患者が、ネオアジュバント化学療法を開始する前の原発性乳房腫瘍の処置前コア生検を、１４Ｇのニードルを使用して受けた。２つの生検試料をＯＣＴ（Ｓａｋｕｒａ）に包埋し、５分以内で液体窒素において凍結し、−８０℃の冷凍庫に移した。２つの生検試料をホルマリンにおいて固定処理し、パラフィンに包埋した。固定処理サンプルおよび凍結サンプルの両方を、ＴＯＰ２Ａの評価が行われたＩｎｓｔｉｔｕｔ  Ｊｕｌｅｓ  Ｂｏｒｄｅｔ（Ｂｒｕｓｓｅｌｓ）において回復処理し、保存した。病理学的応答を、化学療法が完了した後の切り出された腫瘍およびリンパ節の顕微鏡検査によって求めた。病理学的完全寛解（ｐＣＲ）を、乳房および腋窩リンパ節における残存する侵襲性乳ガン腫の非存在（巨視的および微視的）によって定義した。侵襲性成分を伴わない上皮内ガン腫の持続をｐＣＲと見なした。
【０１３０】
この分析を、手術が患者のすべてについて施術可能となるまで臨床データの後で行った。臨床データがＢｒＥＡＳＴデータセンター（Ｉｎｓｔｉｔｕｔ  Ｊｕｌｅｓ  Ｂｏｒｄｅｔ）によって集められ、モニターされ、検証された。この研究は施設倫理委員会によって承認され、また、すべての患者が、書面によるインフォームドコンセントを研究参加前に与えている。
【０１３１】
検証コホート
この検証コホートは、Ｂｏｎｎｅｆｏｉ他によって報告される患者を含む。これらの患者は、ネオアジュバント化学療法の前向き第ＩＩＩ相グループ間試験（欧州ガン研究治療機構［ＥＯＲＴＣ］１０９９４／乳ガン国際グループ［ＢＩＧ］００−０１、これはＮＣＴ０００１７０９５として登録された）に含まれる患者のサブグループである。
【０１３２】
患者は、５００ｍｇ／ｍ２のフルオロウラシル、１００ｍｇ／ｍ２のアントラサイクリン系薬剤（エピルビシン）および５００ｍｇ／ｍ２のシクロホスファミド（ＦＥＣ）による処置の６サイクルからなる非タキサン治療様式に、または、１００ｍｇ／ｍ２のドセタキセルの３サイクル、それに続く、９０ｍｇ／ｍ２のアントラサイクリン系薬剤（エピルビシン）＋７０ｍｇ／ｍ２のドセタキセルの３サイクル（ＴＥＴ）にランダムに割り当てられた。このサブ研究はＥＲ陰性腫瘍に限定された。ｐＣＲについてこの研究で使用された定義は、本発明者らの研究で使用された定義とわずかに異なっていた。ｐＣＲが、最大限でも少数の散らばった腫瘍細胞が切除試料において病理学者によって検出されたが、処置後における原発性腫瘍の侵襲性成分の消失として定義され、しかし、腋窩リンパ節における侵襲性成分の消失は考慮されなかった。マイクロアレイデータが、アクセション番号ＧＳＥ６８６１で、Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベースに寄託された。
【０１３３】
蛍光インシトゥーハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）
ＦＩＳＨアッセイを、Ａｂｂｏｔｔ  Ｍｕｌｔｉｃｏｌｏｒ  ＴＯＰ２Ａ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍオレンジ、ＨＥＲ２  Ｓｐｅｃｔｒｕｍグリーン、および、ＣＥＰ１７  Ｓｐｅｃｔｒｕｍアクアプローブを用いて行った。簡単に記載すると、切片を脱パラフィンし、８０℃で３０分間、前処理緩衝液においてインキュベーションした。酵素消化をペプシンにより行い（３７℃で１０分〜２０分）、スライドをエタノールの段階的希釈物において脱水した。プローブ（１０μｌ）をカバーガラス下のスライドに加えた。スライドをホットプレートで共変性し（７３℃、５分間）、その後、３７℃での一晩のハイブリダイゼーションを行った。ストリンジェントな洗浄（２×ＳＳＣ／０．３％Ｎｏｎｉｄｅｔ  Ｐ−４０、７３℃で２分間）の後、スライドを退色防止溶液（Ｖｅｃｔａｓｈｉｅｌｄ、Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）における０．２μＭの４，６−ジアミノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）の１０μｌにより対比染色した。ＦＩＳＨを、Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＢＸ５１落射蛍光顕微鏡を使用して評価した。腫瘍の侵襲性部分が、病理学者（ＤＬ）によって以前に分析されたヘマトキシリン染色切片と重ねることによって菱形とともにスライド上に丸で囲まれた。無傷の形態学を有する少なくとも６０個の重なっていない核からのシグナルを評価して、シグナル／細胞の平均数（ＴＯＰ２ＡシグナルまたはＨＥＲ２シグナルの平均数と、平均との比率）を求めた。
【０１３４】
免疫組織化学（ＩＨＣ）
ＴＯＰ２Ａタンパク質発現をＩＨＣによって評価した。簡単に記載すると、切片を脱ろうし、再水和し、メタノールにおける０．５％過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）において３０分間インキュベーションした。前処理（０．１％ＣａＣｌ２（ｐＨ７．８）における０．１％トリプシン、３７℃で１０分間）の後、非特異的な染色を、１０％正常血清において４℃で１時間インキュベーションし、すべての工程を緩衝液（ＰＢＳ／０．１％ＢＳＡ／１％Ｔｗｅｅｎ−２０）において行うことによって阻止した。一次抗体とのインキュベーション（１μｇ／ｍｌ、４℃で一晩、クローンＫｉＳ１、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ−Ｍａｎｎｈｅｉｍ）の後、切片を室温において二次のビオチン化抗マウス抗体と３０分間インキュベーションし、次いで、ストレプトアビジン−ＨＲＰ（Ｚｙｍｅｄ）（１／２０）と１０分間インキュベーションした。３’３−ジアミノベンジジンを色素原として使用した。切片をマイヤーのヘマトキシンにより対比染色した。陰性コントロールが、一次抗体の代わりに、緩衝液だけとインキュベーションされた連続切片にあった。扁桃のサンプルが陽性コントロールとして使用された。
【０１３５】
Ｋｉ−６７の評価を、モノクローナルマウス抗体ＭＩＢ−１（１／５０、Ｄａｋｏ、Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ）を使用してＩＨＣによって常法的に行った。簡単に記載すると、切片を脱ろうし、再水和した。その後、クエン酸塩緩衝液（ｐＨ６．０）におけるマイクロ波（６５０Ｗでの２回の１０分）抗原回復法を、標準的なＮｅｘｅｓ試薬（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ）を用いたＶｅｎｔａｎａ  Ｎｅｘｅｓ自動化免疫染色装置を使用する前に実施した。陽性に染色された細胞の２５％のカットオフを使用した（Ｄｕｒｂｅｃｑ他、２００４）。
【０１３６】
遺伝子発現プロファイリング
それぞれの生検試料の１つの５μｍ組織切片（これは通常的には、１０個の３０μｍ切片の後である）をヘマトキシリンおよびエオシンにより染色して、組織の腫瘍細胞割合をモニターした。３０％を超える腫瘍細胞を有する試料のみがさらなる分析で含まれた。ＲＮＡの単離を、Ｔｒｉｚｏｌ法（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造者の説明書に従って使用して行い、ＲＮｅａｓｙミニカラム（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を使用して精製した。それぞれの腫瘍サンプルから得られたＲＮＡの性状を、バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｉｎｃ．）によってもたらされるＲＮＡプロフィルに基づいて評価した。ＲＮＡ増幅、ハイブリダイゼーションおよび画像走査を、標準的なＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプロトコルに従って行った。本発明者らはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘヒトゲノムＵ１３３−２．０プラスＧｅｎｅＣｈｉｐを使用している。
【０１３７】
統計学的分析
連続変数の間における相関を、ノンパラメトリックなＳｐｅａｒｍａｎ係数を使用して評価した。二値変数の間における相関を、κ統計学を使用して報告した。カテゴリー的データの間における他の相関を、χ二乗検定を使用して行った。連続変数およびカテゴリー的変数の間における相関を、Ｍａｎｎ−ＷｉｔｈｎｅｙのＵ検定（二値変数について）またはＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定を使用して行った。
【０１３８】
研究集団および検証コホートの両方において、ＨＥＲ２＋の患者およびＨＥＲ２−の患者を、以前に記載されたようにＨＥＲ２のｍＲＮＡ発現の二峰性を使用して特定した。
【０１３９】
ＴＯＰ２Ａ指標および他の予後指標を、
【数１】
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（式中、ｘｉは、指標に含まれる遺伝子の発現であり、ｗｉはその係数である）
として、それぞれのサンプルについてコンピューター計算した。この指標は表１の遺伝子の組合せである。
【０１４０】
より正確には、本発明者らは、好ましい遺伝子から作製される指標、すなわち、ＴＯＰ２Ａ、ＴＨＲＡ、ＣＤＣ６およびＲＡＲＡから作製される指標を使用した。代替では、本発明者は、改善された診断さえ伴ったが、ＣＤＣ６、ＲＡＲＡおよびＷＩＰＦ２を試験した。
異なるプローブセットが１つの遺伝子について利用可能であったとき、本発明者らは、ばらつきが最も大きいプローブセットを検討した（ＴＨＲＡ：３１６３７＿ｓ＿ａｔ、ＣＤＣ６：２０３  ９６７＿ａｔ、ＲＡＲＡ：２０３  ７４９＿ｓ＿ａｔ、および、ＴＯＰ２Ａ：２０１  ２９１＿ｓ＿ａｔ）。
【０１４１】
病理学的応答を予測するシグナチャーを、スコア化関数としての、安定性に基づく特徴ランクづけにより特定した。
【０１４２】
シグナチャーが特定されると、シグナチャースコアを、下記の式を使用してそれぞれの患者についてコンピューター計算した：
【数２】
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（式中、ｓはシグナチャースコアであり、ｘｉは当該シグナチャーにおける遺伝子の発現であり、ｗｉは、病理学的応答との関連の符号に依存して、＋１または−１のどちらかである）。シグナチャースコアは、２．５％および９７．５％の分位点が−１および＋１にそれぞれ等しくなるような目盛りを有した。この目盛り設定は外れ値による影響を受けにくく、スコアが概ね［−１，＋１］にあることを保証した。
【０１４３】
曲線下面積（ＡＵＣ）を使用して、シグナチャースコアの予測性能を評価した。ＡＵＣを一致指標により推定し、ただし、その信頼区間および有意性を、漸近的正規性を仮定して推定した。対応するｐ値は片側であった。
【０１４４】
本発明者らは、シグナチャースコアの予後値をメタ分析的枠組みによりコンピューター計算した。
【０１４５】
対応する遺伝子モジュールスコアを、３つのＧａｕｓｓｉａｎの混合を使用して乳ガン分子サブタイプをこの２次元空間で特定するためにコンピューター計算した。３つのサブタイプが、ＥＲ−／ＨＥＲ−（基底）、ＨＥＲ２＋（ＥＲＢＢ２強化）およびＥＲ＋／ＨＥＲ２−（腺管）によって示される。
【０１４６】
機能的分析
遺伝子シグナチャーの機能的分析を、Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｐａｔｈｗａｙｓ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＩＰＡ）ツール（バージョン３．０）を使用して行った。それぞれのクラスターのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセットを入力として使用し、その後、ＩＰＡを、機能的クラスターの強化についての有意性値として計算した。有意な機能のみが示される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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