【手続補正書】
【提出日】平成23年6月24日(2011.6.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
巨大分子の結合部位を評価する方法であって、該方法は
（A）巨大分子の結合部位を同定する工程であって、該結合部位は、複数の残基によって裏打ちされており、かつ該結合部位にはリガンドが無い、前記工程；
（B）結合部の結合部位ボリュームマップを決定する工程であって、該結合部位ボリュームマップは、複数の領域を有する表面を含む、前記工程；及び、
（C）該結合部位ボリュームマップの表面の複数の領域におけるそれぞれの各領域を、それぞれの領域に最も近い巨大分子の一部の第2の特徴に対して相補的である第1の特徴に基づいて分類し、これにより相互作用マップを作成する工程、
を含み、  
前記第1の特徴が親水性であり、かつ前記第2の特徴が親水性であるか、又は
前記第1の特徴が疎水性であり、かつ前記第2の特徴が疎水性であるか、又は
前記第1の特徴が酸性又は塩基性であり、ここで、第2の特徴が塩基性である場合は前記第1の特徴が酸性であり、かつ前記第2の特徴が酸性である場合は前記第1の特徴が塩基性である、
前記方法。
【請求項２】
前記巨大分子がタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記巨大分子が核酸、ペプチド、タンパク質-タンパク質複合体又はタンパク質-核酸複合体である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記同定する工程（A）が、エネルギー関数、格子に基づいたアルゴリズム、幾何学的アルゴリズム、分類法又は直接法を使用して巨大分子のモデルを結合部位に関して検索することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記それぞれの領域の分類が、該それぞれの領域に割り当てられた第1の特徴に基づいてそれぞれの領域を着色することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
前記第1の特徴が塩基性であり、かつ前記第2の特徴が酸性である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
前記第1の特徴が酸性であり、かつ前記第2の特徴が塩基性である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記第1の特徴が親水性であり、かつ前記第2の特徴が親水性である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
前記第1の特徴が疎水性であり、かつ前記第2の特徴が疎水性である、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
前記同定する工程（A）が：
（i）巨大分子のそれぞれの原子のボロノイ領域を決定し、これにより複数のボロノイ領域を決定する工程；
（ii）該複数のボロノイ領域におけるそれぞれのボロノイ頂点を決定し、これにより複数のボロノイ頂点を決定する工程；
（iii）該複数のボロノイ頂点におけるそれぞれのボロノイ頂点にアルファ球を割り当て、これにより複数のアルファ球を決定する工程；
（iv）該複数のアルファ球におけるそれぞれの各球を、該各球が巨大分子の原子と水素結合を形成する能力に基づいて、親水性球又は疎水性球に分類する工程；
（v）該複数のアルファ球をクラスタリングし、これにより複数の候補結合部位を形成する工程であって、複数の候補結合部位におけるそれぞれの各候補結合部位には、複数のアルファ球に3つ以上のアルファ球を含み、3つ以上のアルファ球における少なくとも１つのアルファ球は、疎水性である、前記工程；
（vi）該複数の候補結合部位におけるそれぞれの各候補結合部位を、該各候補結合部位によってなされる巨大分子に対する多数の疎水性接触によって順位付けし、これにより順位付けした候補結合部位のセットを形成する工程；及び、
（vii）該順位付けした候補結合部位のセットから結合部位を決定する工程、
を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
前記方法が、前記クラスタリング工程（v）の前に前記複数のアルファ球における近くの重複したアルファ球を除去することを更に含む、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
前記決定する工程（vii）が、
使用者から前記複数の候補結合部位における候補結合部位の選択を受ける工程であって、使用者によって選択される候補結合部位を結合部位であるとみなす工程か、又は、
前記巨大分子と最大数の疎水性接触を有する順位付けした候補結合部位のセットにおける候補結合部位を結合部位であるとみなす工程、
を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
前記クラスタリング工程（v）が、前記複数のアルファ球の単結合クラスタリングを含む、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
前記決定する工程（B）が：
（i）前記結合部位におけるアルファ球上に格子を置く工程であって、該格子は、複数の格子点を含む、前記工程；及び、
（ii）結合部位ボリュームマップを、（a）前記結合部位マップのアルファ球内部に位置し、かつ（b）前記巨大分子の少なくとも１つの原子の予め定められた距離内にある格子における全ての格子点として同定する工程、
を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１５】
前記予め定められた距離が、1.2オングストローム〜2.0オングストロームの間の距離である請求項14記載の方法。
【請求項１６】
前記予め定められた距離が、1.35オングストローム〜1.85オングストロームの間である、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
第1の巨大分子の第1の結合部位を第2の巨大分子の第2の結合部位と比較する方法であって、該方法は、
（A）第1の巨大分子の第1の結合部位を同定する工程であって、第1の結合部位は、リガンドが無い、該工程；
（B）第2の巨大分子の第2の結合部位を同定する工程であって、第2の結合部位は、リガンドが無い、該工程；
（C）第1の結合部位ボリュームマップを、該第1の結合部位に基づいて決定する工程；
（D）第2の結合部位ボリュームマップを、該第2の結合部位に基づいて決定する工程；及び、
（E）該第1の結合部位ボリュームマップと該第2の結合部位ボリュームマップとの体積の組み合わせを含む第3の結合部位ボリュームマップを作成する工程、
を含み、
前記体積の組み合わせが：
（a）前記第1の結合部位ボリュームマップと前記第2の結合部位ボリュームマップの和集合、
（b）前記第1の結合部位ボリュームマップと前記第2の結合部位ボリュームマップの差、
（c）前記第1の結合部位ボリュームマップと前記第2の結合部位ボリュームマップの共通部分、又は、
（d）前記第1の結合部位ボリュームマップと前記第2の結合部位ボリュームマップの平均、
である、
前記方法。
【請求項１８】
前記第1の巨大分子が第1のタンパク質であり、かつ前記第2の巨大分子が第2のタンパク質である、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記第1の巨大分子が核酸、ペプチド、タンパク質-タンパク質複合体又はタンパク質-核酸複合体であり、かつ前記第2の巨大分子が核酸、ペプチド、タンパク質-タンパク質複合体又はタンパク質-核酸複合体である、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
前記同定する工程（A）が、エネルギー関数、格子に基づいたアルゴリズム、幾何学的アルゴリズム、分類法又は直接法を使用して、前記第1の巨大分子の第1のモデルを前記第1の結合部位に関して検索することを含む、請求項17記載の方法。
【請求項２１】
前記同定する工程（B）が、エネルギー関数、格子に基づいたアルゴリズム、幾何学的アルゴリズム、分類法又は直接法を使用して、前記第2の巨大分子の第2のモデルを前記第2の結合部位に関して検索することを含む、請求項17記載の方法。
【請求項２２】
前記体積の組み合わせが、独自性関数であり、かつ前記第3の結合部位ボリュームマップが、（i）前記第2の結合部位ボリュームマップによって共有されていない第1の結合部位ボリュームマップの一部；及び（ii）前記第1の結合部位ボリュームマップによって共有されていない第2の結合部位ボリュームマップの一部からなる、請求項17記載の方法。
【請求項２３】
前記同定する工程（A）が：
（i）前記第1の巨大分子のそれぞれの原子のボロノイ領域を決定し、これにより複数のボロノイ領域を決定する工程；
（ii）該複数のボロノイ領域におけるそれぞれのボロノイ頂点を決定し、これにより複数のボロノイ頂点を決定する工程；
（iii）該複数のボロノイ頂点におけるそれぞれのボロノイ頂点にアルファ球を割り当て、これにより複数のアルファ球を決定する工程；
（iv）該複数のアルファ球におけるそれぞれの各球を、該各球が巨大分子の原子と水素結合を形成する能力に基づいて、親水性球又は疎水性球に分類する工程；
（v）該複数のアルファ球をクラスタリングし、これにより複数の候補結合部位を形成する工程であって、該複数の候補結合部位におけるそれぞれの各候補結合部位には、複数のアルファ球に3つ以上のアルファ球を含み、該3つ以上のアルファ球における少なくとも１つのアルファ球は、疎水性である、前記工程；
（vi）該複数の候補結合部位におけるそれぞれの各候補結合部位を、該各候補結合部位によってなされる巨大分子に対する多数の疎水性接触によって順位付けし、これにより順位付けした候補結合部位のセットを形成する工程；及び、
（vii）該順位付けした候補結合部位のセットから第1の結合部位を決定する工程、
を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２４】
前記方法が、前記クラスタリング工程（v）の前に複数のアルファ球における近くの重複したアルファ球を除去することを更に含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
前記決定する工程（vii）が：
（a）使用者から複数の候補結合部位における候補結合部位の選択を受ける工程であって、該使用者によって選択される候補結合部位を第1の結合部位であるとみなす前記工程か、又は、
（b）巨大分子と最大数の疎水性接触を有する順位付けした候補結合部位のセットにおける候補結合部位を第1の結合部位であるとみなす工程、
を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
前記クラスタリング工程（v）が、複数のアルファ球の単結合クラスタリングを含む、請求項23記載の方法。
【請求項２７】
前記決定する工程（C）が：
（i）前記第1の結合部位におけるアルファ球に格子を置く工程であって、該格子は、複数の格子点を含む、前記工程；及び、
（ii）前記第1の結合部位ボリュームマップを、（a）該結合部位マップのアルファ球内部に位置し、かつ（b）第1の巨大分子の少なくとも１つの原子の予め定められた距離内にある格子における全ての格子点として同定する工程、
を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２８】
前記予め定められた距離が、1.2オングストローム〜2.0オングストロームの間の距離である、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
前記予め定められた距離が、1.35オングストローム〜1.85オングストロームの間である、請求項27記載の方法。
【請求項３０】
前記方法が、前記第3の結合部位ボリュームマップの表面の複数の領域におけるそれぞれの各領域を、該各領域に最も近い第1の巨大分子の一部の第2の特徴に対して相補的である第1の特徴に基づいて分類し、これにより相互作用マップを作成する工程、
を更に含む、請求項17記載の方法。
【請求項３１】
前記第3の結合部位ボリュームマップが、2つを超える巨大分子の結合部位ボリュームマップの体積の組み合わせを含む、請求項17記載の方法。
【請求項３２】
前記第3の結合部位ボリュームマップが、5つを超える巨大分子の結合部位ボリュームマップの体積の組み合わせを含む、請求項17記載の方法。
【請求項３３】
前記第3の結合部位ボリュームマップが、15を超える巨大分子の結合部位ボリュームマップの体積の組み合わせを含む、請求項17記載の方法。
【請求項３４】
前記方法が、
（D）相互作用マップをユーザインタフェースデバイス、モニター、コンピュータ可読記憶媒体、コンピュータ可読メモリ、又はローカル若しくはリモートコンピュータシステムに出力すること；又は結合部位ボリュームマップを表示すること；を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項３５】
前記方法が、
（F）第3の結合部位ボリュームマップをユーザインタフェースデバイス、モニター、コンピュータ可読記憶媒体、コンピュータ可読メモリ、又はローカル若しくはリモートコンピュータシステムに出力すること；又は第3の結合部位ボリュームマップを表示すること；を更に含む、請求項17記載の方法。
【請求項３６】
巨大分子の結合部位を評価するための、コンピュータによって実行可能なコンピュータプログラム製品を格納するコンピュータ可読媒体であって、コンピュータプログラム製品には、請求項1〜35のいずれか1項記載の方法を実施するための命令を含む、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項３７】
巨大分子の結合部位を評価するための装置であって：
プロセッサ；及び
プロセッサに結合されたメモリであって、請求項1〜36のいずれか1項記載の方法を実施するための命令を含むモジュールを格納する、前記メモリ、
を含む、前記装置。