【手続補正書】
【提出日】平成21年2月13日(2009.2.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１中のアミノ酸２０に対応するグルタミンが欠失したアミノ酸配列を含む、単離されたＳＰＡＲＣポリペプチド。
【請求項２】
配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＳＰＡＲＣポリペプチド。
【請求項３】
請求項１に記載のＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする、単離された核酸分子。
【請求項４】
核酸配列が配列番号３の核酸配列を含む、請求項３に記載の核酸分子。
【請求項５】
請求項３に記載の核酸配列を含むベクター。
【請求項６】
ＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸配列の発現を制御するプロモーターをさらに含む、請求項５に記載のベクター。
【請求項７】
請求項３に記載の核酸分子を含む、細胞。
【請求項８】
原核細胞である、請求項７に記載の細胞。
【請求項９】
真核細胞である、請求項７に記載の細胞。
【請求項１０】
ａ．請求項１に記載のポリペプチドをコードする核酸で細胞を形質転換すること、
ｂ．形質転換された細胞による該ポリペプチドの発現を誘導すること、および
ｃ．該ポリペプチドを精製すること、
を含む、請求項１に記載のポリペプチドを製造する方法。
【請求項１１】
請求項１に記載のポリペプチド及び医薬上許容される担体を含む、組成物。
【請求項１２】
請求項１に記載のポリペプチドを含む、哺乳動物の疾患の治療剤。
【請求項１３】
疾患が細胞増殖性疾患である、請求項１２に記載の治療剤。
【請求項１４】
請求項１に記載のポリペプチドを含む、哺乳動物の疾患の感作用薬剤。
【請求項１５】
１種以上の治療剤をさらに含む、請求項１４に記載の感作用薬剤。
【請求項１６】
疾患が癌である、請求項１４に記載の感作用薬剤。
【請求項１７】
ポリペプチドが治療剤にカップリングされている、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１８】
治療剤が、放射性核種、薬物、ポリペプチド又は毒素である、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
ポリペプチドがポリエチレングリコールにカップリングされている、請求項１１に記載の組成物。
【請求項２０】
請求項１に記載のポリペプチドを認識する抗体又はそのフラグメント及び医薬上許容される担体を含む、組成物。
【請求項２１】
治療剤が抗体又はそのフラグメントにカップリングされている、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
抗体又はそのフラグメントがヒト化されており、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、ｓｃｆｖ、ダイアボディ又はキメラを含むものである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２３】
治療剤が、薬物、放射性核種、ポリペプチド又は毒素である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２４】
抗体がポリクローナルであり、非ヒト動物で製造される、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２５】
抗体がヒト化されている、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２６】
抗体がモノクローナルであり、抗ＳＰＡＲＣ抗体を産生する単一系統と骨髄腫系統との融合によって製造される、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２７】
抗体が、ペプチド合成器によって、又はディスプレイファージの抗体への変換若しくは抗体の重鎖遺伝子及び軽鎖遺伝子の可変領域の変異誘発／合成のいずれかによってｉｎ  ｖｉｔｒｏで製造される、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２８】
抗体が一価又は二価のいずれかであり、該抗体がさらに単一特異的又は二重特異的のいずれかである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２９】
治療剤が細胞傷害性パクリタキセル、ドキソルビシン又はカンプトテシンである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３０】
治療剤がキナーゼインヒビターである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３１】
治療剤が生物学的分子である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３２】
治療剤が放射性核種である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３３】
治療剤が抗体自体であり、該抗体が、補体活性化、腫瘍に対する細胞媒介性細胞傷害性又はそれらの組み合わせを媒介する、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３４】
投与経路が、静脈内、腹腔内、腫瘍内又は吸入である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項３５】
請求項１に記載のポリペプチドを認識する抗体にカップリングされた化学療法剤又は放射性剤を含む腫瘍治療剤及び医薬上許容される担体を含む、医薬組成物。
【請求項３６】
抗体がポリクローナルであり、非ヒト動物で製造される、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
抗体がヒト化されている、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項３８】
抗体がモノクローナルであり、抗ＳＰＡＲＣ抗体を産生する単一系統と骨髄腫系統との融合によって製造される、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項３９】
抗体が、ペプチド合成器によって、又はディスプレイファージの抗体への変換若しくは抗体の重鎖遺伝子及び軽鎖遺伝子の可変領域の変異誘発／合成のいずれかによってｉｎ  ｖｉｔｒｏで製造される、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４０】
抗体が一価又は二価のいずれかであり、該抗体がさらに単一特異的又は二重特異的のいずれかである、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４１】
治療剤がパクリタキセル、ドキソルビシン又はカンプトテシンである、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４２】
治療剤がキナーゼインヒビターである、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４３】
治療剤が生物学的分子である、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４４】
治療剤が放射性核種である、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４５】
治療剤が抗体自体であり、該抗体が、補体活性化、腫瘍に対する細胞媒介性細胞傷害性又はそれらの組み合わせを媒介する、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
腫瘍が、膀胱、肝臓、卵巣、腎臓、腸、脳又は乳房に位置する、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
請求項１に記載のタンパク質を認識する抗体にカップリングされた腫瘍の診断剤及び医薬上許容される担体を含む、医薬組成物。
【請求項４８】
診断剤が、放射性剤、ＭＲＩ造影剤、造影剤、超音波造影剤及びＰＥＴ造影剤を含むものである、請求項４７に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
抗体が、野生型ＳＰＡＲＣポリペプチドにも結合する、請求項２０に記載の組成物。
【請求項５０】
配列番号１中のアミノ酸位置２０に対応する位置にグルタミンの欠失を有するＳＰＡＲＣポリペプチドを検出することを含む、疾患を分類する方法。
【請求項５１】
疾患が血管新生を伴う、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
疾患が増殖性疾患である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
増殖性疾患が癌である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
検出された変異体ＳＰＡＲＣポリペプチドが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
配列番号１のアミノ酸位置２０に対応する位置にグルタミンの欠失を有するＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸を検出することを含む、疾患を分類する方法。
【請求項５６】
疾患が血管新生を伴う、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
疾患が増殖性疾患である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
増殖性疾患が癌である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
核酸がＤＮＡ又はＲＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
検出された変異体ＳＰＡＲＣ核酸が、配列番号３の核酸配列を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項６１】
ＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸が、ポリメラーゼ連鎖反応を含む方法を使用して検出される、請求項５５に記載の方法。
【請求項６２】
ポリメラーゼ連鎖反応が、配列番号７〜９の配列を含むプライマーから選択される１以上の順方向プライマー及び請求項１０の配列を含む逆方向プライマーを使用する、請求項６１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
さらに、本発明は、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供し、この単離された核酸分子は、低いストリンジェンシーの条件下で、好ましくは中程度にストリンジェントな条件下で、なおより好ましくは高度にストリンジェントな条件下で、配列番号３にハイブリダイズする。「高いストリンジェンシーの条件」は、好ましくは、核酸配列の約２５％〜約５％のミスマッチ、より好ましくは約１５％〜約５％のミスマッチ、最も好ましくは約１０％〜約５％のミスマッチを許容する。「中程度にストリンジェントな条件」は、好ましくは、核酸配列の約４０％〜約１５％のミスマッチ、より好ましくは約３０％〜約１５％のミスマッチ、最も好ましくは約２０％〜約１５％のミスマッチを許容する。「低いストリンジェンシーの条件」は、好ましくは、核酸配列の約６０％〜約３５％のミスマッチ、より好ましくは約５０％〜約３５％のミスマッチ、最も好ましくは約４０％〜約３５％のミスマッチを許容する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４５】
本発明はさらに、例えば、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドをコードする核酸配列の発現を制御するプロモーターをさらに含むベクターなどの、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドをコードする核酸配列を含む組換えベクターを提供する。さらに、本発明は、請求項３に記載の核酸分子を含む細胞を提供し、この細胞は、原核細胞または真核細胞である。組織培養の方法は当業者に周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ＆  Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（２００１），ｐｐ．１６．１−１６．５４を参照のこと）。従って、本発明は、請求項１に記載のポリペプチドを製造する方法をさらに提供し、この方法は以下を含む：（ａ）請求項１に記載のポリペプチドをコードする核酸で細胞を形質転換すること；（ｂ）形質転換された細胞によるこのポリペプチドの発現を誘導すること；および（ｃ）このポリペプチドを精製すること。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８１】
その抗体がＳＰＡＲＣポリペプチド（例えば、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドなど）に対する特異的結合を示す限り、ＳＰＡＲＣポリペプチド（例えば、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドなど）に対する任意の適切な抗体が本発明の方法において使用され得る。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルのいずれかであり得；動物の免疫によって産生されるか、組換えＤＮＡ技術（例えば、ファージディスプレイおよび抗体重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子の可変領域のｉｎ  ｖｉｔｒｏ変異誘発または合成）によって産生されるかのいずれかであり得る。ポリクローナル抗体としては、ヒト抗体、ならびに鳥類（例えばニワトリ）、げっ歯類（例えば、ラット、マウス、ハムスター、モルモット）、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ウサギなどの動物由来のヒト化抗体が挙げられるが、これらに限定されない。モノクローナル抗体としては、単一クローンの抗体を産生する細胞（ヒト細胞が挙げられるがこれに限定されない）由来の抗体、および他の動物型（例えば、ニワトリ、ウサギ、ラット、マウス、ハムスター、モルモット、ウシ、ヤギ、ヒツジなど）の細胞由来の抗体が挙げられる。合成抗体には、重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子の可変領域の遺伝子操作を介して組換えＤＮＡ手段を使用して産生される抗体が挙げられる。合成抗体には、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチド結合活性を有する化学合成された抗体フラグメント、またはファージディスプレイもしくは類似の技術由来の抗体も含まれる。抗体を製造する方法は、当該分野で周知である（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ｐｐ．１−４２０（１９８８）を参照のこと）。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
ヒトでの使用について、免疫原性および免疫応答を回避するために、ヒト化抗Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチド抗体またはＦｃもしくはＦａｂなどの適切なフラグメントを使用することが好ましい。ヒト化抗体またはそのフラグメントは、例えば、以下の確立された方法の１つを使用して産生される：（１）ヒト化抗体は、ヒトＩｇＧ骨格を使用してＳＰＡＲＣに対する抗体の可変ＣＤＲ領域を置換して構築され得、重鎖および軽鎖は、別個のプロモーターの下で独立して発現されるか、ＩＲＥＳ配列を有する１つのプロモーターの下で同時発現される；（２）ＳＰＡＲＣに対するヒト化モノクローナル抗体は、ヒト免疫系を有するように操作されたマウスを使用して惹起される；あるいは（３）ＳＰＡＲＣに対するヒト化抗体は、ファージミド（Ｍ１３、λ大腸菌ファージ、または表面提示が可能な任意のファージ系）を使用して惹起される。全長抗体を構築するために、可変領域が、重鎖および軽鎖の両方のＣＤＲに移入される。重鎖および軽鎖を哺乳動物細胞（例えばＣＨＯ、２９３またはヒト骨髄腫細胞）中で同時発現させることにより、全長抗体が生じる。同様に、ＦｃまたはＦａｂフラグメントおよび単鎖抗体は、充分確立された方法を使用して調製できる。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８５】
本発明はまた、ＳＰＡＲＣに対する中和抗体（例えば、抗Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチド抗体）を使用した、ＳＰＡＲＣ活性の阻害のための方法を提供する。中和抗体は、ＳＰＡＲＣとそのエフェクターとのｉｎ  ｖｉｖｏでの相互作用、例えば、ＳＰＡＲＣの細胞表面補体との相互作用、またはＳＰＡＲＣのその天然のリガンド（例えば、アルブミン、増殖因子およびＣａ２＋）への結合を、遮断する能力を有する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
本発明はまた、配列番号１のアミノ酸位置２０に対応する位置にグルタミンの欠失を有するＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡである核酸が含まれる）を検出することを含む、疾患を分類する方法を提供する。さらに、本発明は、検出される変異体ＳＰＡＲＣ核酸が配列番号３の核酸配列を含んでいるものが挙げられるがこれらに限定されない疾患を、分類する方法を提供する。この分類は、例えば、限定ではなく、疾患の存在を示すか、疾患の病期についての情報を提供するか、所定の患者についての予後を示すか、または治療に対する応答を予測し得る。適切な疾患には、血管新生が関与する疾患（例えば、癌または網膜症）または増殖性疾患（例えば、癌、良性腫瘍、糸球体腎症、アテローム硬化症、および増殖性血管再狭窄）が挙げられるが、これらに限定されない。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９４】
【図１】図１は、ＭＸ−１腫瘍異種移植片におけるアルブミンおよびＳＰＡＲＣの染色を示す。
【図２】図２は、内皮細胞単層を横切るパクリタキセルのトランスサイトーシスを示す。
【図３】図３は、ヒト前立腺ｃＤＮＡライブラリーから単離されたＳＰＡＲＣ  ｃＤＮＡクローンのＳＰＡＲＣ  ＤＮＡ配列を決定するために使用した配列決定戦略を示す。
【図４Ａ】図４Ａは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｂ】図４Ｂは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｃ】図４Ｃは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｄ】図４Ｄは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｅ】図４Ｅは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｆ】図４Ｆは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｇ】図４Ｇは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｈ】図４Ｈは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｉ】図４Ｉは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｊ】図４Ｊは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｋ】図４Ｋは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｌ】図４Ｌは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｍ】図４Ｍは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｎ】図４Ｎは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｏ】図４Ｏは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｐ】図４Ｐは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｑ】図４Ｑは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｒ】図４Ｒは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｓ】図４Ｓは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｔ】図４Ｔは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図４Ｕ】図４Ｕは、図３に示された配列決定反応の結果を開示する。
【図５】図５は、配列番号３のＤＮＡ配列を開示する。
【図６】図６は、配列番号５の翻訳である配列番号４のアミノ酸配列を開示する。
【図７】図７は、配列番号６の翻訳である配列番号２のアミノ酸配列を開示する。
【図８Ａ】図８Ａは、配列番号３（Ｑｕｅｒｙ）と野生型ＳＰＡＲＣ  ｃＤＮＡ配列（Ｓｂｊｃｔ）との、ＤＮＡ配列アラインメントを示す。
【図８Ｂ】図８Ｂは、配列番号３（Ｑｕｅｒｙ）と野生型ＳＰＡＲＣ  ｃＤＮＡ配列（Ｓｂｊｃｔ）との、ＤＮＡ配列アラインメントを示す。
【図８Ｃ】図８Ｃは、配列番号３（Ｑｕｅｒｙ）と野生型ＳＰＡＲＣ  ｃＤＮＡ配列（Ｓｂｊｃｔ）との、ＤＮＡ配列アラインメントを示す。
【図９】図９は、野生型ＳＰＡＲＣアミノ酸配列（ｓｅｑ１）と配列番号４（ｓｅｑ２）との、アミノ酸配列アラインメントを示す。
【図１０Ａ】図１０Ａは、ＳＰＡＲＣアミノ酸配列の系統比較を開示する。
【図１０Ｂ】図１０Ｂは、ＳＰＡＲＣアミノ酸配列の系統比較を開示する。
【図１１】図１１は、ｐＶＴ１０００Ｑ３プラスミドの確認的制限消化のゲル電気泳動結果を示す。
【図１２】図１２は、ｐＶＴ１０００Ｑ３プラスミドの制限マップを示す。
【図１３】図１３は、部位特異的変異誘発法において使用した変異誘発プライマーおよび標的化した配列を示す。
【図１４】図１４は、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドおよび／または野生型ＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸の存在を検出するために使用したＰＣＲプライマーの位置および配列を示す（「Ｑｕｅｒｙ」、変異体配列；「Ｓｂｊｃｔ」、野生型配列）。
【図１５】図１５は、Ｑ３  ＳＰＡＲＣ欠失変異体ポリペプチドおよび／または野生型ＳＰＡＲＣポリペプチドをコードする核酸の存在を検出するために使用したＰＣＲ反応のゲル電気泳動結果を示す。