【手続補正書】
【提出日】平成21年8月4日(2009.8.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
宿主ゲノムを有する宿主生物の置換ゲノムを構成する方法であって、
（ａ）各セグメントが１つ以上の組換え要素と結合している、置換ゲノムをカバーする複数のセグメントを提供する手順；
（ｂ）１つ以上のセグメントを使用して前記宿主生物を形質転換又は共形質転換して、前駆体ゲノムを形成する手順であって、前記前駆体ゲノムは、前記１つ以上のセグメントの組換え体、又は先の前駆体ゲノム及び前記１つ以上のセグメントの組換え体であって、このような組換え体は、前記１つ以上のセグメントと結合している組換え要素の組換えにより形成される、手順；
（ｃ）前記置換ゲノムが形成されるまで所定の順序のセグメントを使用して手順（ｂ）を反復する手順；並びに
（ｄ）前記宿主ゲノムを除去する手順、
を含む、方法。
【請求項２】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、前記置換ゲノムが形成されるように、前記複数のセグメントを使用して前記宿主生物を共形質転換することを含み、前記複数の前記セグメントの各々の各末端が前記複数の別の前記セグメントの末端との固有の重複配列領域を有し、前記置換ゲノムの形成時に前記所定の順序を確立する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、セグメントを使用して前記宿主生物を形質転換して、前駆体ゲノムを形成することを含み、前記前駆体ゲノムが、前記セグメント、又は前記セグメント及び先の前駆体ゲノムの組換え体であり、このような組換え体が前記セグメントと結合した前記組換え要素に作用する少なくとも１種のリコンビナーゼにより形成され、前記反復の手順が、前記複数の前記セグメントの前記所定の順序をそれぞれ使用して前記手順（ｂ）を反復することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記セグメントがドナー生物由来のゲノムの断片であり、前記宿主生物及び前記ドナー生物がそれぞれ原核生物である、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記宿主ゲノムを除去する前記手順が、細胞分配中に前記宿主ゲノムを喪失する前記宿主生物を選択することを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記組換え要素の少なくとも１つがｌｏｘＰ部位であり、前記リコンビナーゼの少なくとも１つがＣｒｅリコンビナーゼである、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記セグメントがそれぞれ、複数の異なる種類の組換え要素から選択される少なくとも１つの組換え要素と結合し、前記所定の順序の連続するセグメントがそれぞれ、前記複数から選択される異なる種類の組換え要素と結合している、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記形質転換の手順によって、前記同種の１対の組換え要素を含む前駆体ゲノムが産生され、前記形質転換の手順が更に、異なる種類の組換え要素と反応するように前記同種の前記１対の組換え要素の１つを修飾することも含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
宿主生物において順序付けられた複数のポリヌクレオチドを含むＤＮＡ環を形成する方法であって、
（ａ）各ポリヌクレオチドが１つ以上の組換え要素と結合している、順序付けられた複数のポリヌクレオチドを提供する手順；
（ｂ）１つ以上のポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を形質転換又は共形質転換して、前駆体ＤＮＡ環を形成する手順であって、前記前駆体ＤＮＡ環は、前記１つ以上のポリヌクレオチドの組換え体、又は先の前駆体ＤＮＡ環及び前記１つ以上のポリヌクレオチドの組換え体であって、このような組換え体が前記１つ以上のポリヌクレオチドと結合している前記組換え要素の組換えにより形成される、手順；並びに
（ｃ）ＤＮＡ環が形成されるまで前記順序付けられた複数のポリヌクレオチドのポリヌクレオチドを使用して手順（ｂ）を反復する、手順
を含む、方法。
【請求項１０】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、前記ＤＮＡ環が形成されるように前記複数の前記ポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を共形質転換することを含み、前記ポリヌクレオチドの順序が前記順序付けられた複数と対応する前記ＤＮＡ環において確立されるように、前記複数の前記ポリヌクレオチドの各々の各末端が、前記複数の別の前記ポリヌクレオチドの末端との固有の重複配列領域を有する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、ポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を形質転換して、前駆体ＤＮＡ環を形成する手順を含み、前記前駆体ＤＮＡ環が該前記ポリヌクレオチド、又は前記ポリヌクレオチド及び先の前駆体ＤＮＡ環の組換え体であって、このような組換え体が前記ポリヌクレオチドと結合する前記組換え要素に作用する少なくとも１つのリコンビナーゼにより形成され、そして前記反復の手順が、前記ＤＮＡ環が形成されるまで前記順序付けられた複数の前記ポリヌクレオチドをそれぞれ使用して手順（ｂ）を反復することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記宿主生物が原核細胞であり、前記ポリヌクレオチドがそれぞれ、別々の大きな挿入ベクターにより担持され、前記順序付けられた複数の前記ポリヌクレオチドの２つ以上が３００キロ塩基を超える長さを有する、請求項９、１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
順序付けられた複数のポリヌクレオチドを含むＤＮＡ環を含む宿主生物であって、前記ＤＮＡ環が、
（ａ）各ポリヌクレオチドが１つ以上の組換え要素と結合する、順序付けられた複数のポリヌクレオチドを提供する手順；
（ｂ）１つ以上のポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を形質転換又は共形質転換して前駆体ＤＮＡ環を形成する手順であって、前駆ＤＮＡ環は前記１つ以上のポリヌクレオチドの組換え体又は先の前駆体ＤＮＡ環及び前記１つ以上のポリヌクレオチドの組換え体であって、このような組換え体が前記１つ以上のポリヌクレオチドと結合する前記組換え要素の組換えにより形成される、手順；並びに
（ｃ）前記ＤＮＡ環が形成されるまで前記順序付けられた複数のポリヌクレオチドのポリヌクレオチドを使用して手順（ｂ）を反復する手順、
により産生される、宿主細胞。
【請求項１４】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、前記ＤＮＡ環が形成されるように前記複数の前記ポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を共形質転換することを含み、前記ポリヌクレオチドの順序が前記順序付けられた複数に対応する前記ＤＮＡ環において確立されるように、前記複数の前記ポリヌクレオチドの各々の各末端が、前記複数の別の前記ポリヌクレオチドの末端との固有の重複配列領域を有する、請求項１３に記載の宿主生物。
【請求項１５】
前記形質転換又は共形質転換の手順が、ポリヌクレオチドを使用して前記宿主生物を形質転換して、前駆体ＤＮＡ環を形成することを含み、前記前駆体ＤＮＡ環が前記ポリヌクレオチド又は前記ポリヌクレオチド及び先の前駆体ＤＮＡ環の組換え体であって、このような組換え体が前記ポリヌクレオチドと結合する前記組換え要素に作用する少なくとも１つのリコンビナーゼにより形成され、前記反復の手順が、前記ＤＮＡ環が形成されるまで前記順序付けられた複数のポリヌクレオチドをそれぞれ使用して前記手順（ｂ）を反復することを含む、請求項１３に記載の宿主生物。
【請求項１６】
原核生物宿主細胞からなる群より選択される請求項１３、１４または１５に記載の宿主生物であって、前記順序付けられた複数の前記ポリヌクレオチドの２つ以上が３００キロ塩基を超える長さを有する、宿主生物。