【手続補正書】
【提出日】平成23年4月28日(2011.4.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のポリペプチドと融合パートナーとを含むＦＧＦＲ融合タンパク質であって、該第１のポリペプチドがＦＧＦＲポリペプチドの細胞外ドメインを含み、該融合パートナーがＦｃを含み、
該細胞外ドメインはＣ末端を含み、
該Ｃ末端は、野生型ＦＧＦＲ細胞外ドメインＣ末端の改変を含み、
該改変は、野生型ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３またはＦＧＦＲ４細胞外ドメインＣ末端に存在する１〜２２アミノ酸残基の欠失を含む、
ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２】
前記ＦＧＦＲポリペプチドは、ＦＧＦＲ１  ＩＩＩｂポリペプチドおよびＦＧＦＲ１  ＩＩＩｃポリペプチドから選択される、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３】
前記欠失は、ＩｇＩＩＩドメインのＣ末端に位置するバリン残基よりもＣ末端側であり、野生型ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、およびＦＧＦＲ４の細胞外ドメインのＣ末端の間で共通にアラインメントされる、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項４】
前記細胞外ドメインが、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８および配列番号１４９から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項５】
前記Ｆｃが、配列番号１７１、配列番号１７２および配列番号１７３から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項６】
前記細胞外ドメインがリーダー配列を欠く、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項７】
請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質であって、無血清懸濁培養物中で増殖した２９３−６Ｅ細胞中で産生された同じＦＧＦＲ融合タンパク質よりも高いシアリル化のレベルを有し、
Ｎｅｕ５Ａｃレベルは、６６．８ナノモル／ｍｇタンパク質または４．３７モル／モルタンパク質よりも高い、
ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項８】
請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質であって、該ＦＧＦＲ融合タンパク質のｉｎ  ｖｉｖｏ安定性は、無血清懸濁培養物中で増殖した２９３−６Ｅ細胞中で産生された同じＦＧＦＲ融合タンパク質と比較して増強されている、ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項９】
請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質であって、結合した該ＦＧＦＲ融合タンパク質のモノ−、ジ−、トリ−およびテトラ−シアリル化グリカンのうちの任意の２以上のパーセンテージは、中性グリカンのパーセンテージよりも高い、ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１０】
請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質および薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項１１】
請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質および該ＦＧＦＲ融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞を含む、細胞培養物。
【請求項１２】
前記組換え宿主細胞が、ＣＨＯ細胞である、請求項１１に記載の細胞培養物。
【請求項１３】
請求項１２に記載の細胞培養物を増殖させる工程、および融合タンパク質を回収する工程を包含する、該ＦＧＦＲ融合タンパク質を作製する方法。
【請求項１４】
第１のポリペプチドと融合パートナーとを含むＦＧＦＲ融合タンパク質であって、該第１のポリペプチドがＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３およびＦＧＦＲ４から選択されるＦＧＦＲの細胞外ドメインを含み、ここで、該細胞外ドメインは、野生型細胞外ドメインのＣ末端から１〜２２個のアミノ酸残基の欠失を含み、該野生型細胞外ドメインのＣ末端は、ＦＧＦＲ１およびＦＧＦＲ２についてアミノ酸ＹＬＥで終わるように、ＦＧＦＲ３についてＹＡＧで終わるように、そしてＦＧＦＲ４についてＹＴＤで終わるように規定され、そして該欠失は、ＩｇＩＩＩドメインのＣ末端に位置するバリン残基よりもＣ末端側であり、野生型ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、およびＦＧＦＲ４の細胞外ドメインのＣ末端の間で共通にアラインメントされる、ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１５】
前記融合パートナーは、Ｆｃポリペプチドおよびポリエチレングリコールから選択される、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１６】
前記融合パートナーがＦｃを含み、そして該Ｆｃポリペプチドが、配列番号１７１、配列番号１７２および配列番号１７３のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１７】
前記細胞外ドメインがネイティブリーダー配列を欠く、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１８】
前記融合タンパク質が、ＦＧＦＲポリペプチドの細胞外ドメインの全体を含むＦＧＦＲ融合タンパク質よりも切断されにくい、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項１９】
前記融合タンパク質は、少なくとも１１７．９６ナノモル／ｍｇタンパク質または７．７１モル／モルタンパク質のＮｅｕ５Ａｃレベルを有する、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２０】
前記第１のポリペプチドは、ＦＧＦＲ１の細胞外ドメインを含む、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２１】
前記ＦＧＦＲ１は、ＦＧＦＲ１  ＩＩＩｂポリペプチドおよびＦＧＦＲ１  ＩＩＩｃポリペプチドから選択される、請求項２０に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２２】
前記細胞外ドメインが、配列番号１２７〜配列番号１３０、配列番号１３７〜配列番号１４０、配列番号１４６〜配列番号１４９、配列番号１９９のアミノ酸１〜３７０、配列番号２００のアミノ酸１〜３６６、配列番号２０１のアミノ酸１〜３６５、配列番号２０２のアミノ酸１〜３６１のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２３】
配列番号１３０のアミノ酸配列を有する細胞外ドメインを含む第１のポリペプチドと融合パートナーとを含む、ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２４】
前記融合パートナーは、Ｆｃポリペプチドである、請求項２３に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２５】
前記Ｆｃポリペプチドが、配列番号１７１、配列番号１７２および配列番号１７３のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項２４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２６】
前記ＦＧＦＲ融合タンパク質が、配列番号９７〜１００、配列番号１０８〜１１１、配列番号１１８〜１２１および配列番号１９９〜２０２のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２７】
前記ＦＧＦＲ融合タンパク質が、配列番号１００のアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２８】
前記第１のポリペプチドが、ＦＧＦＲ２の細胞外ドメイン、ＦＧＦＲ３の細胞外ドメイン、またはＦＧＦＲ４の細胞外ドメインを含む、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項２９】
前記第１のポリペプチドが、ＦＧＦＲ４の細胞外ドメインを含み、該細胞外ドメインが、配列番号１６２のアミノ酸１〜３６４、配列番号１６３のアミノ酸１〜３５９、配列番号１６４のアミノ酸１〜３５４、および配列番号１６５のアミノ酸１〜３５２のうちの任意のアミノ酸配列を有する、請求項２８に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３０】
配列番号１６５のアミノ酸１〜３５２のアミノ酸配列を有する細胞外ドメインを含む第１のポリペプチドと融合パートナーとを含む、ＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３１】
前記融合パートナーは、Ｆｃポリペプチドである、請求項３０に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３２】
前記Ｆｃポリペプチドが、配列番号１７１、配列番号１７２および配列番号１７３のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項３１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３３】
前記ＦＧＦＲ融合タンパク質が、配列番号１６２〜配列番号１６５のうちの任意のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。
【請求項３４】
請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質および薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項３５】
請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質および該ＦＧＦＲ融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞を含む、細胞培養物。
【請求項３６】
前記組換え宿主細胞が、哺乳動物細胞である、請求項３５に記載の細胞培養物。
【請求項３７】
前記哺乳動物細胞が、ＣＨＯ細胞である、請求項３６に記載の細胞培養物。
【請求項３８】
請求項１４、２３、２８または３０に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、核酸分子。
【請求項３９】
前記融合パートナーは、Ｆｃポリペプチドおよびポリエチレングリコールから選択される、請求項３８に記載の核酸分子。
【請求項４０】
前記細胞外ドメインがネイティブリーダー配列を欠く、請求項３８に記載の核酸分子。
【請求項４１】
請求項３８に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項４２】
請求項３８に記載の核酸分子を含む、宿主細胞。
【請求項４３】
前記宿主細胞が真核宿主細胞である、請求項４２に記載の宿主細胞。
【請求項４４】
前記真核宿主細胞がＣＨＯ細胞または２９３細胞である、請求項４３に記載の宿主細胞。
【請求項４５】
請求項４２に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、ＦＧＦＲ融合タンパク質を産生する方法。
【請求項４６】
前記ＦＧＦＲ融合タンパク質を単離する工程をさらに包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
対象由来の組織試料中のＦＧＦを検出する方法であって、
（ａ）該組織試料と請求項１または請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質とを、該ＦＧＦＲ融合タンパク質と少なくとも１つのＦＧＦとの間の相互作用を可能にする条件下で接触させる工程；および
（ｂ）該ＦＧＦＲ融合タンパク質と少なくとも１つのＦＧＦとの間の相互作用を検出する工程
を、包含する方法。
【請求項４８】
対象由来の前記試料中に検出されたＦＧＦの量を、対照試料中で検出されたＦＧＦの量と比較する工程をさらに包含する、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
請求項１または請求項１４に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質の有効量を含む、対象において増殖性疾患を処置するための組成物。
【請求項５０】
請求項４９に記載の組成物であって、前記増殖性疾患は癌および血管形成から選択される、組成物。
【請求項５１】
請求項４９に記載の組成物であって、前記増殖性疾患は、少なくとも１つの細胞の部分集団を含み、該部分集団は、
（ｉ）ＦＧＦリガンドによる成長刺激に依存するかまたは該刺激に対して応答性であるか、
（ｉｉ）成長について血管の生成のための血管形成因子に依存するかまたは該血管形成因子に対して応答性であるか、あるいは
（ｉｉｉ）正常よりも高いレベルのＦＧＦＲを発現する、組成物。
【請求項５２】
前記対象の組織は、ＦＧＦＲまたはＦＧＦリガンドを過剰発現する、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５３】
前記組織は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ４、またはＦＧＦ−１、ＦＧＦ−２、ＦＧＦ−９、ＦＧＦ−１８もしくはＦＧＦ−１９の任意の１つ以上を過剰発現する、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
前記増殖性疾患が癌である、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５５】
前記癌が、転移性癌、血液癌、または固形腫瘍を含む、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
前記癌が、骨転移を含む、請求項５５に記載の組成物。
【請求項５７】
請求項４９に記載の組成物、および前記被験体への投与のために配合された少なくとも１種の第２の治療剤を含む、キット。
【請求項５８】
少なくとも１種の第２の治療剤が、細胞分裂抑制剤、細胞毒性剤、抗血管形成剤、およびこれらの組み合わせから選択される、請求項５７に記載のキット。
【請求項５９】
少なくとも１種の第２の治療剤が、第２のＦＧＦＲ融合タンパク質、ＰＤＧＦシグナル伝達の阻害剤、ＶＥＧＦシグナル伝達の阻害剤、ＥＧＦシグナル伝達の阻害剤、およびこれらの組み合わせから選択される、請求項５７に記載のキット。
【請求項６０】
少なくとも１種の第２の治療剤が、化学療法剤、別の生物剤、およびこれらの組み合わせから選択される、請求項５７に記載のキットであって、該生物剤は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、抗体、細胞、ウイルス、毒素、ワクチン、血液の構成成分または誘導体、および融合タンパク質からなる群より選択される、キット。
【請求項６１】
少なくとも１種の第２の治療剤が、前記ＦＧＦＲ融合タンパク質の投与の前、該投与の後、または該投与と同時に投与される、請求項５７に記載のキット。
【請求項６２】
前記ＦＧＦＲ融合タンパク質は、静脈内経路、筋肉内経路、皮下経路、局所経路、経口経路、腹腔内経路、眼窩内経路、移植による経路、吸入による経路、くも膜下腔内経路、脳室内経路、および鼻腔内経路から選択される少なくとも１つの経路によって投与されるために配合される、請求項４９に記載の組成物。
【請求項６３】
ａ．配列番号９７、１０８、または１１８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ１−ＩＩＩｃ（Ｒ１Ｍｕｔ１）；
ｂ．配列番号９８、１０９、または１１９のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ１−ＩＩＩｃ（Ｒ１Ｍｕｔ２）；
ｃ．配列番号９９、１１０、または１２０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ１−ＩＩＩｃ（Ｒ１Ｍｕｔ３）；
ｄ．配列番号１００、１１１、または１２１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ１−ＩＩＩｃ（Ｒ１Ｍｕｔ４）；
ｅ．配列番号１９９（Ｒ１Ｍｕｔ１）、配列番号２００（Ｒ１Ｍｕｔ２）、配列番号２０１（Ｒ１Ｍｕｔ３）、または配列番号２０２（Ｒ１Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ１−ＩＩＩｂ；
ｆ．配列番号２３０（Ｒ２Ｍｕｔ１）、配列番号２３１（Ｒ２Ｍｕｔ２）、配列番号２３２（Ｒ２Ｍｕｔ３）、または配列番号２３３（Ｒ２Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ２ｂ；
ｇ．配列番号２３８（Ｒ２Ｍｕｔ１）、配列番号２３９（Ｒ２Ｍｕｔ２）、配列番号２４０（Ｒ２Ｍｕｔ３）、または配列番号２４１（Ｒ２Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ２ｃ；
ｈ．配列番号１７８（Ｒ３Ｍｕｔ１）、配列番号１７９（Ｒ３Ｍｕｔ２）、配列番号１８０（Ｒ３Ｍｕｔ３）、または配列番号１８１（Ｒ３Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ３−ＩＩＩｃ；
ｉ．配列番号２０６（Ｒ３Ｍｕｔ１）、配列番号２０７（Ｒ３Ｍｕｔ２）、配列番号２０８（Ｒ３Ｍｕｔ３）、または配列番号２０９（Ｒ３Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ３−ＩＩＩｂ；
ｊ．配列番号１６２（Ｒ４Ｍｕｔ１）、配列番号１６３（Ｒ４Ｍｕｔ２）、配列番号１６４（Ｒ４Ｍｕｔ３）、または配列番号１６５（Ｒ４Ｍｕｔ４）のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、ＦＧＦＲ４
のいずれか１つを含む、請求項１に記載のＦＧＦＲ融合タンパク質。