【手続補正書】
【提出日】平成23年5月11日(2011.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の繊維状ファージ粒子を含むライブラリーであって、複数のファージ粒子のそれぞれは、
（ｉ）  小外被タンパク質の機能ドメインに融合した長さ１００アミノ酸未満のクニッツドメイン含有タンパク質を含む提示タンパク質、
（ｉｉ）  （ｉ）の提示タンパク質の一部ではない小外被タンパク質の機能ドメイン、及び
（ｉｉｉ）  （ａ）感染性ファージ粒子を産生するのに十分なファージ遺伝子であって、クニッツドメイン含有タンパク質をコードする配列に融合していない小外被タンパク質をコードする遺伝子を含む、前記ファージ遺伝子、及び（ｂ）提示タンパク質をコードする配列、を含む核酸、
を含み、
ここで、クニッツドメインは、Ｘ以外の位置で、
ＭＨＳＦＣＡＦＫＡＤＸ１１ＧＸ１３ＣＸ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９ＲＦＦＦＮＩＦＴＲＱＣＥＥＦＸ３４ＹＧＧＣＸ３９Ｘ４０ＮＱＮＲＦＥＳＬＥＥＣＫＫＭＣＴＲＤＧＡ（配列番号１０）
と少なくとも８５％同一な配列を含み；そして
Ｘ１１は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの一つであり；
Ｘ１３は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１５は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１６は：Ａ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｈ、Ｔのうちの１つであり；
Ｘ１７は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１８は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１９は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３４は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３９は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；そして
Ｘ４０は：Ｇ、Ａのうちの１つである、そして
ここで、Ｘ１１、Ｘ１３、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ３４、Ｘ３９、及びＸ４０のうち少なくとも２つは複数の粒子間で変化しており、少なくとも２つの変化した位置の少なくとも１つはクニッツドメインの第１相互作用ループ内にあり、そして少なくとも２つの変化した位置の少なくとも１つはクニッツドメインの第２相互作用ループ内にあり、そして、該複数のものにおけるファージ粒子あたりのクニッツドメイン含有タンパク質の平均コピー数は２．０未満である、
前記ライブラリー。
【請求項２】
少なくともアミノ酸位置１６、１７、１８、１９、３４、及び３９が変化している、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
少なくともアミノ酸位置１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、３４、及び３９が変化している、請求項２に記載のライブラリー。
【請求項４】
アミノ酸位置１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、３４、３９、及び４０が変化している、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項５】
複数のファージ粒子を含むライブラリーであって、複数のファージ粒子のそれぞれは、
（ｉ）  遺伝子ＩＩＩファージ外被タンパク質の少なくとも一部に融合した長さ１００アミノ酸未満のクニッツドメイン含有タンパク質を含む、提示タンパク質、
（ｉｉ）  提示タンパク質の一部ではない、機能遺伝子ＩＩＩファージ外被タンパク質又はそのアンカードメイン、並びに
（ｉｉｉ）  （ａ）感染性ファージ粒子を産生するのに十分なファージ遺伝子、及び（ｂ）提示タンパク質をコードする配列、を含む核酸、
を含み、
ここで、クニッツドメインは、Ｘ以外の位置で、
ＭＨＳＦＣＡＦＫＡＤＸ１１ＧＸ１３ＣＸ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９ＲＦＦＦＮＩＦＴＲＱＣＥＥＦＸ３４ＹＧＧＣＸ３９Ｘ４０ＮＱＮＲＦＥＳＬＥＥＣＫＫＭＣＴＲＤＧＡ（配列番号１０）
と少なくとも８５％同一な配列を含み；そして
Ｘ１１は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１３は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１５は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１６は：Ａ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｈ、Ｔのうちの１つであり；
Ｘ１７は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１８は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１９は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３４は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３９は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；そして
Ｘ４０は：Ｇ、Ａのうちの１つである、そして
ここで、Ｘ１１、Ｘ１３、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ３４、Ｘ３９、及びＸ４０のうち少なくとも２つは複数の粒子間で変化しており、少なくとも２つの変化した位置の少なくとも１つはクニッツドメインの第１相互作用ループ内にあり、そして少なくとも２つの変化した位置の少なくとも１つはクニッツドメインの第２相互作用ループ内にある、
前記ライブラリー。
【請求項６】
提示タンパク質が遺伝子ＩＩＩ外被タンパク質アンカードメインを含む、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項７】
ファージ遺伝子が野生型遺伝子ＩＩＩ外被タンパク質をコードする遺伝子を含む、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項８】
理論的多様性が１０３〜１０１２である、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項９】
少なくともアミノ酸位置１５、１６、１７、１８、３４、及び３９が変化している、請求項８に記載のライブラリー。
【請求項１０】
アミノ酸位置１１、１３、１５、１６、１７、１８、１９、３４、３９、及び４０が変化している、請求項８に記載のライブラリー。
【請求項１１】
該複数のものにおけるファージ粒子あたりのクニッツドメインの平均コピー数が１．５未満である、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項１２】
標的と相互作用するクニッツドメインをコードする核酸を提供する方法であって：
請求項１に記載のライブラリーを提供し；
ライブラリーを形成するファージ粒子を標的と接触させ；そして
標的と相互作用する粒子から核酸を回収する、
ことを含む、前記方法。
【請求項１３】
標的が固定されており、回収工程が、標的と相互作用する粒子を標的と相互作用しない粒子から分離することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
標的と相互作用するクニッツドメインをコードする核酸を提供する方法であって：
請求項５に記載のライブラリーを提供し；
ライブラリーを形成するファージ粒子を標的と接触させ；そして
標的と相互作用する粒子から核酸を回収する、
ことを含む、前記方法。
【請求項１５】
標的がプロテアーゼである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ファージベクターであって：
（ａ）感染性ファージ粒子を産生するのに十分なファージ遺伝子、及び（ｂ）提示タンパク質をコードする配列、
を含み、
提示タンパク質は小外被タンパク質の機能ドメイン及び長さ１００アミノ酸未満のクニッツドメイン含有タンパク質を含み、ここで、クニッツドメインは、Ｘ以外の位置で、
ＭＨＳＦＣＡＦＫＡＤＸ１１ＧＸ１３ＣＸ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９ＲＦＦＦＮＩＦＴＲＱＣＥＥＦＸ３４ＹＧＧＣＸ３９Ｘ４０ＮＱＮＲＦＥＳＬＥＥＣＫＫＭＣＴＲＤＧＡ（配列番号１０）
と少なくとも８５％同一な配列を含み；
Ｘ１１は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１３は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１５は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１６は：Ａ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｈ、Ｔのうちの１つであり；
Ｘ１７は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１８は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ１９は：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３４は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；
Ｘ３９は：Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙのうちの１つであり；そして
Ｘ４０は：Ｇ、Ａのうちの１つである、
ここで、ファージ遺伝子は、提示タンパク質をコードする配列に融合していない小外被タンパク質をコードする遺伝子を含む、前記ベクター。
【請求項１７】
クニッツドメインが、ヒトＬＡＣＩ−Ｋ１（配列番号１）と少なくとも８５％同一である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１８】
クニッツドメインが、ヒトＬＡＣＩ−Ｋ１（配列番号１）である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１９】
クニッツドメインが、Ｘ以外の位置で、
ＭＨＳＦＣＡＦＫＡＤＸ１１ＧＸ１３ＣＸ１５Ｘ１６Ｘ１７Ｘ１８Ｘ１９ＲＦＦＦＮＩＦＴＲＱＣＥＥＦＸ３４ＹＧＧＣＸ３９Ｘ４０ＮＱＮＲＦＥＳＬＥＥＣＫＫＭＣＴＲＤＧＡ（配列番号１０）
と１００％同一な配列を含む、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項２０】
小外被タンパク質が、遺伝子ＩＩＩ外被タンパク質である、請求項１に記載のライブラリー。