【手続補正書】
【提出日】平成23年9月20日(2011.9.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アブラナ科植物の品種判別用の遺伝的多型マーカーセットであって、下記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含むことを特徴とする遺伝的多型マーカーセット。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜２
７３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜２
８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号３のＤＮＡ配列において、１７５〜１７６番目の変異塩基（ＣＴ）お
よび１８４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜３６６の連続したＤＮＡ配列か
らなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号４のＤＮＡ配列において、１６５番目と１６６番目との間の変異塩基
（ＣＴ欠失）および１８３番目の変異塩基（Ｇ）含む１０〜３５３の連続した
ＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜１
４０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６のＤＮＡ配列において、９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜１
４５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７のＤＮＡ配列において、１００番目と１０１番目との間の変異塩基
（Ｃ欠失）および１０１番目と１０２番目との間の変異塩基（Ａ欠失）を含む
１０〜３４９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８のＤＮＡ配列において、１５９番目の変異塩基（Ｃ）および１６１
番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜４０６の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９のＤＮＡ配列において、９３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜２
６３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０のＤＮＡ配列において、１０８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜２３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１のＤＮＡ配列において、２６４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜３０２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２のＤＮＡ配列において、３０１番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１３のＤＮＡ配列において、２５４〜２５５番目の変異塩基（ＣＴ）
を含む１０〜４３９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１４のＤＮＡ配列において、２６１〜２６２番目の変異塩基（ＴＣ）
を含む１０〜４６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１５のＤＮＡ配列において、１９７番目の変異塩基（Ｔ）および２０
０番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜６１９の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１６のＤＮＡ配列において、２０８番目の変異塩基（Ａ）および２１
１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜６２０の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１７のＤＮＡ配列において、２６３番目と２６４番目との間の変異塩
基（Ｃ欠失）、２６５番目の変異塩基（Ｔ）および２６７番目の変異塩基（Ｇ
）を含む１０〜５６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１８のＤＮＡ配列において、２６５番目の変異塩基（Ｃ）、２６７番
目の変異塩基（Ａ）および２６９番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０〜５６３の
連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１９のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２０のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２１のＤＮＡ配列において、８９番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０
〜４０５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２２のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜４０８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２３のＤＮＡ配列において、２９０番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２４のＤＮＡ配列において、１００番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３３５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２５のＤＮＡ配列において、２２６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２６のＤＮＡ配列において、２１２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２９６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記アブラナ科植物が、ダイコンであることを特徴とする請求項１記載の遺伝的多型マーカーセット。
【請求項３】
前記ダイコンが、下記表１に示す品種からなる群から選択される少なくとも一つであることを特徴とする請求項２記載の遺伝的多型マーカーセット。
【表１】
2011188846.tif 000001
【請求項４】
請求項１から３のいずれか一項に記載の遺伝的多型マーカーセットを検出するためのプローブセットであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とするプローブセット。
【請求項５】
前記ＤＮＡ配列を含むプローブが、下記（１）〜（１３）のプローブであることを特徴とする請求項４記載のプローブセット。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２７のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１）（Ｓ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号２８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２８のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１）（Ａ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２９のＤＮＡ
配列において、７番目〜８番目の塩基および１６番目の塩基以外の１〜数個の
塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の
（２）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３０のＤＮＡ
配列において、８番目と９番目との間の変異（ＣＴ欠失）および１６番目の塩
基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、
かつ、請求項１の（２）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプ
ローブ。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３１のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（３）（Ｓ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３２のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（３）（Ａ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３３のＤＮＡ
配列において、８番目と９番目との間の変異（Ｃ欠失）および９番目と１０番
目との間の変異（Ａ欠失）以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加し
たＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（４）（Ｓ）のポリヌクレオチドに
ハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３４のＤＮＡ
配列において、９番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（４）（Ａ）のポ
リヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３５のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（５）（Ｓ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３６のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（５）（Ａ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３７のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（６）（Ｓ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３８のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（６）（Ａ）のポリヌクレオチド
にハイブリダイズ可能なプローブ。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３９のＤＮＡ
配列において、９番目および１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（７）（Ｓ）のポ
リヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４０のＤＮＡ
配列において、９番目および１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（７）（Ａ）のポ
リヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４１のＤＮＡ
配列において、８番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（８）（Ｓ）のポ
リヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４２のＤＮＡ
配列において、８番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（８）（Ａ）のポ
リヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４３のＤＮＡ
配列において、７番目と８番目との間の変異（Ｃ欠失）、９番目および１１番
目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列から
なり、かつ、請求項１の（９）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可
能なプローブ。
（Ａ）配列番号４４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４４のＤＮＡ
配列において、７番目、９番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が
置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（９）（
Ａ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４５のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１０）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４６のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１０）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４７のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１１）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４８のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１１）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４９のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１２）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号５０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５０のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１２）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号５１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５１のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１３）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号５２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５２のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、請求項１の（１３）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
【請求項６】
請求項１から３のいずれか一項に記載の遺伝的多型マーカーセットを検出するための検出キットであって、請求項４または５記載のプローブセットを含むことを特徴とする検出キット。
【請求項７】
アブラナ科植物の品種を判定する品種判定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける請求項１記載の遺伝的多型マーカーセットを用いて判定することを特徴とする品種判定方法。
【請求項８】
前記アブラナ科植物が、ダイコンであることを特徴とする請求項７記載の品種判定方法。
【請求項９】
前記ダイコンが、下記表１に示す９６品種であり、前記判定が、下記表２に示す判定表を用い、前記９６品種の中のどの品種に該当するかを判定することにより実施されることを特徴とする請求項８記載の品種判定方法。
【表１】
2011188846.tif 000002
【表２】
2011188846.tif 000003
【請求項１０】
アブラナ科植物の種子の純度を検定する種子純度検定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける請求項１記載の遺伝的多型マーカーセットを用い、複数の種子における目的の品種の割合を求めることを特徴とする種子純度検定方法。
【請求項１１】
前記複数の種子における目的の品種の種子と他品種の種子の個数より、前記目的の品種の種子の割合を求める、請求項１０記載の種子純度検定方法。
【請求項１２】
前記複数の種子における目的のＦ１種子と親系統種子の個数より、前記目的のＦ１種子の割合を求める、請求項１０記載の種子純度検定方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
本発明の種子純度検定方法は、例えば、以下のようにして行うことができる。複数の種子を含むサンプルから、所定の個数の種子を採取し、各種子由来のゲノムＤＮＡを抽出する。そして、各ゲノムＤＮＡについて、目的の品種を判定可能な遺伝的多型マーカーの検出を行う。この検出結果が、目的の品種の遺伝的多型マーカーの結果と異なる場合は、他品種の種子と判定し、目的の品種の遺伝的多型マーカーの結果が同じ場合は、目的の品種の種子と判定する。そして、採取した種子における他品種の種子の個数より、目的の品種の種子の割合を求め、これを純度として算出すればよい。