【手続補正書】
【提出日】平成21年2月12日(2009.2.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の、誤って折り畳まれたタンパク質の存在または量を検出するための方法であって、以下の工程を含む方法:
（a）(i) 誤って折り畳まれたタンパク質を含有する試料または誤って折り畳まれたタンパク質を含有すると疑われる試料と(ii)コンホメーション捕捉ペプチドを組み合わせて、混合物を作成する工程であって、該コンホメーション捕捉ペプチドが、病原性型で誤って折り畳まれた型の誤って折り畳まれたタンパク質と優先的に相互作用し、且つ誤って折り畳まれたタンパク質と会合する場合に主にβシートのコンホメーションをとる工程、
（b）試料中に存在する任意の誤って折り畳まれたタンパク質の少なくとも1つの分子と、コンホメーション捕捉ペプチドの少なくとも1つの分子との会合を含む、複合体が形成するのに十分な時間、混合物をインキュベートする工程、
（c）混合物中に少なくとも1種類の他の物質が存在する場合に、その物質から複合体を少なくとも部分的に分離する条件に、混合物を曝露する工程、および
（d）コンホメーション捕捉ペプチドと任意の誤って折り畳まれたタンパク質との任意の会合の存在または非存在を検出する工程。
【請求項２】
曝露工程の後であり且つ検出工程の前で、存在する場合、少なくとも1種類の二重標識ペプチドを複合体に添加する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
誤って折り畳まれたタンパク質がプリオンタンパク質であり、少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチドが配列番号：1、配列番号：4〜35および配列番号：53〜58からなる群より選択され、少なくとも1種類の二重標識ペプチドが配列番号：2、3および配列番号：36〜43からなる群より選択される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項４】
誤って折り畳まれたタンパク質がAβタンパク質である、請求項1または2記載の方法。
【請求項５】
少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチドが配列番号：44〜52からなる群より選択される、請求項4記載の方法。
【請求項６】
曝露工程が、コンホメーション捕捉プローブ、誤って折り畳まれたタンパク質、またはそれらの複合体と固相とが結合する工程を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
固相が、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズを含み、少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチドが、ビオチンまたはビオチン類似体を含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
コンホメーション捕捉ペプチドと誤って折り畳まれたタンパク質との会合の存在が、誤って折り畳まれたタンパク質に関連する疾患を診断するために使用される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
試料が、ヒト血液製剤、ヒト組織、およびヒト器官からなる群より選択される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
曝露工程により、試料中に存在する病原性の誤って折り畳まれたタンパク質の少なくとも25％が混合物から除去される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
配列番号：1〜58からなる群より選択される1種類または複数の種類のペプチドを含む、キット。
【請求項１２】
少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチドおよび少なくとも1種類の二重標識検出ペプチドを含むキットであって、該コンホメーション捕捉ペプチドが配列番号：1、配列番号：4〜35、および配列番号：44〜58からなる群より選択され、該二重標識検出ペプチドが配列番号：2〜3および配列番号：36〜43からなる群より選択される、請求項11記載のキット。
【請求項１３】
（a）セルロース、修飾セルロース、リグノセルロースバイオマス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ乳酸、ポリアクリルアミド、ケイ素、ゴム、多糖、ラテックス、ポリフッ化ビニル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリカーボネート、デンプン、デキストラン、キチン、砂、シリカ、軽石、アガロース、ガラス、および金属からなる群より選択される1種類または複数の種類の材料を含む；または
（b）粗面処理、極性誘導、酸性部位または塩基性部位の生成、磁気誘導、熱処理、疎水性の改変、および固体表面への化学的に活性なコーティングまたは生物学的に活性なコーティングの配置からなる群より選択される手段によって、曝露工程中の所望の分離を高めるように改変される；または
（c）（a）および（b）の両方である、
固相をさらに含む、請求項12記載のキット。
【請求項１４】
固相が、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズを含む、請求項13記載のキット。
【請求項１５】
少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチドが、
（a）該ペプチドの1つの末端で、または
（b）該ペプチドの各末端で
検出可能な標識で標識される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
二重標識ペプチドが、病原性型で誤って折り畳まれた型の誤って折り畳まれたタンパク質と優先的に相互作用し、且つ誤って折り畳まれたタンパク質と会合する場合に主にβシートのコンホメーションをとる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
コンホメーション捕捉ペプチドのアミノ酸配列が、
（a）二重標識ペプチドのアミノ酸配列と実質的に同一である、または
（b）二重標識ペプチドのアミノ酸配列とは異なる、
前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチド、または存在する場合、少なくとも1種類の二重標識ペプチドが、放射性同位体、蛍光剤、化学発光剤、発色団、蛍光半導体ナノ結晶、酵素、酵素基質、酵素補因子、酵素阻害剤、色素、金属イオン、金属ゾルおよびリガンドからなる群より選択される部分を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
固相が、
（a）セルロース、修飾セルロース、リグノセルロースバイオマス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ乳酸、ポリアクリルアミド、ケイ素、ゴム、多糖、ラテックス、ポリフッ化ビニル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリカーボネート、デンプン、デキストラン、キチン、砂、シリカ、軽石、アガロース、ガラス、および金属からなる群より選択される1種類または複数の種類の材料を含む、または
（b）粗面処理、極性誘導、酸性部位または塩基性部位の生成、磁気誘導、熱処理、疎水性の改変、および固体表面への化学的に活性なコーティングまたは生物学的に活性なコーティングの配置からなる群より選択される手段によって、曝露工程中の所望の分離を高めるように改変される；または
（c）（a）および（b）の両方である、
請求項6記載の方法。
【請求項２０】
生物学的試料が、器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、および涙からなる群より選択される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも1種類のコンホメーション捕捉ペプチド、または存在する場合、少なくとも1種類の二重標識ペプチドが、酪酸ピレン、スクシンイミジル1-ピレン、リボフラビン、ロゾール酸、4-アセトアミド-4'-イソチオシアナトスチルベン-2,2'-二スルホン酸、アクリジン、4-アミノ-N-[3-ビニルスルホニル)フェニル]ナフタルイミド-3,5ジスルホネート、アントラニルアミド、クマリン、シアノシン、4',6-ジアミニジノ-2-フェニルインドール(DAPI)、ジエチレントリアミン五酢酸、4,4'-ジイソチオシアナトジ-ヒドロ-スチルベン-2,2'-二スルホン酸、エオシン、エオシンイソチオシアネート、エリトロシン、エリトロシンB、イソチオシアネート、エチジウム、フルオレセイン、5-カルボキシフルオレセイン(FAM)、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、フルオレスカルニン、ニトロチロシン、パラローザニリン、フェノールレッド、B-フィコエリトリン、またはo-フタルジアルデヒドからなる群より選択される部分を含む、請求項20記載の方法。