【手続補正書】
【提出日】平成21年5月18日(2009.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
検出体分子、および検出体分子に特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなるキメラＲＮＡポリメラーゼ分子と細胞を接触させることを含んでなる、ＤＮＡ分子の転写の検出方法であって；
該検出体分子が
ａ）該検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラＲＮＡポリメラーゼ結合ドメイン（ＣＲＰＢＤ）、
ｂ）ＲＮＡ分子の一部分に相補的なペプチド核酸（ＰＮＡ）；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、該キメラＲＮＡポリメラーゼがＤＮＡを転写して新生ＲＮＡ分子を産生する場合に、該ＰＮＡが新生ＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＤＮＡ分子の転写を検出する、上記方法。
【請求項２】
ａ）検出体結合ドメインを含んでなるキメラＲＮＡポリメラーゼ；ならびに
ｂ）シグナリング部分を含んでなる検出体分子、ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ、および検出体結合ドメインに結合することが可能なＣＲＰＢＤ
を含んでなり、
ＣＲＰＢＤがキメラＲＮＡポリメラーゼの検出体結合ドメインに特異的に結合する、
単離されたヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
【請求項３】
キメラＲＮＡポリメラーゼがＲＮＡポリメラーゼおよび検出体結合ドメインを含んでなる、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
【請求項４】
配列番号１および配列番号２を含んでなり、かつ、配列番号１が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３および配列番号２４よりなる群から選択される配列を有する単離された核酸により配列番号２から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
【請求項５】
コードされているキメラＲＮＡポリメラーゼのアミノ酸配列が配列番号３および配列番号４を含んでなり、かつ、配列番号３が、０から４個までのプロリンを有するペプチドにより配列番号４から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
【請求項６】
請求項３、４および５のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなるベクター。
【請求項７】
請求項３に記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
【請求項８】
請求項４若しくは５のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
【請求項９】
請求項６に記載のベクターを含んでなる組換え細胞。
【請求項１０】
キメラＲＮＡポリメラーゼを含んでなる単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
キメラＲＮＡポリメラーゼが配列番号３および配列番号４を含んでなり、配列番号３が、０から４個までのプロリンを有するポリペプチドにより配列番号４から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼを含んでなる単離されたポリペプチド。
【請求項１２】
請求項１０若しくは１１に記載の単離されたポリペプチドを特異的に結合する抗体。
【請求項１３】
ＣＲＰＢＤ、ＰＮＡおよびシグナリング部分を含んでなる単離された検出体分子。
【請求項１４】
請求項１３に記載の検出体分子を特異的に結合する抗体。
【請求項１５】
キメラＲＮＡポリメラーゼ、検出体分子、およびその使用のための取扱説明書を含んでなる、ＲＮＡ分子の転写を検出するためのキット。
【請求項１６】
キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸、検出体分子、およびその使用のための取扱説明書を含んでなる、ＲＮＡ分子の転写を検出するためのキット。
【請求項１７】
単離されたＤＮＡ分子をプロモーター／制御配列に連結して、連結されたＤＮＡ分子を形成する工程、ならびに
該連結されたＤＮＡ分子を、検出体分子に結合されたキメラＲＮＡポリメラーゼと接触させる工程であって、該キメラＲＮＡポリメラーゼが検出体結合ドメインを含んでなり、かつ、該検出体分子が
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なＣＲＰＢＤ、
ｂ）連結されたＤＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ、および；
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
キメラＲＮＡポリメラーゼが該連結されたＤＮＡ分子をｍＲＮＡ分子に転写する場合に、ＰＮＡがｍＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＤＮＡ分子を配列決定するものである、工程、
を含んでなる、単離されたＤＮＡ分子の配列決定方法。
【請求項１８】
検出体分子、および該検出体分子に特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなるキメラリボソームサブユニットを有するキメラリボソーム分子と細胞を接触させる工程を含んでなり、該検出体分子が、
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラリボソーム結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、
ｂ）ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナル伝達分子
を含んでなり、
該キメラリボソーム分子がＲＮＡ分子を翻訳する場合に、ＰＮＡが、キメラリボソームのＲＮＡ出口孔を出るＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＲＮＡ分子の翻訳を検出するものである、
ＲＮＡ分子の翻訳の検出方法。
【請求項１９】
キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該キメラリボソームサブユニット成分が検出体結合ドメインを含んでなる、上記核酸。
【請求項２０】
キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該単離された核酸が配列番号６および配列番号２を含んでなり、配列番号６が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３および配列番号２４よりなる群から選択される配列を有する単離された核酸により配列番号２から分離されている、上記核酸。
【請求項２１】
キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該キメラリボソームサブユニット成分のアミノ酸配列が、配列番号７および配列番号４に示されるアミノ酸配列を含んでなり、配列番号７が０から４個までのプロリンを有するペプチドにより配列番号４から分離されている、上記核酸。
【請求項２２】
請求項１９、２０および２１のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなるベクター。
【請求項２３】
請求項１９に記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
【請求項２４】
請求項２０若しくは２１に記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
【請求項２５】
請求項２２に記載のベクターを含んでなる組換え細胞。
【請求項２６】
キメラリボソームサブユニット成分を含んでなる単離されたポリペプチド。
【請求項２７】
キメラリボソームサブユニット成分を含んでなる単離されたポリペプチドであって、該キメラリボソームサブユニット成分が配列番号７および配列番号４に示されるアミノ酸配列を含んでなり、配列番号７は０から４個までのプロリンを有するポリペプチドにより配列番号４から分離されている、上記ポリペプチド。
【請求項２８】
請求項２６若しくは２７に記載の単離されたポリペプチドを特異的に結合する抗体。
【請求項２９】
核酸分子の転写の検出方法において、
検出体分子、および核酸分子を転写するキメラ酵素と細胞を接触させる工程であって、該キメラ酵素が該検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子が：
ａ）該検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、
ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、該キメラ酵素が核酸を転写する場合に、ＰＮＡが、該酵素から発生する新生核酸分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられるものである、工程、ならびに
該シグナルを検出してそれにより核酸分子の転写を検出する工程
を含んでなる、上記検出方法。
【請求項３０】
核酸分子の翻訳の検出方法において、
検出体分子、および核酸分子を翻訳するキメラ酵素と細胞を接触させる工程であって、
該キメラ酵素が検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子が；
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、該キメラ酵素が核酸を転写する場合、ＰＮＡがキメラ酵素から発生するＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられるものである、工程、ならびに
該シグナルを検出してそれにより核酸分子の翻訳を検出する工程
を含んでなる、上記検出方法。
【請求項３１】
転写される核酸の同定方法において、
検出体分子、および核酸分子を転写するキメラ酵素と細胞を接触させる工程であって、該キメラ酵素が該検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子が：
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、キメラ酵素が核酸を転写する場合、ＰＮＡは該酵素から発生する新生核酸分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられるものである、工程、
該シグナルを検出する工程、ならびに
検出されたシグナルを特定の配列と関連するシグナルのライブラリーに適合させるための拘束局所動的時間伸縮アルゴリズム（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ  ｌｏｃａｌ  ｄｙｎａｍｉｃ  ｔｉｍｅ  ｗａｒｐ  ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）を使用して、転写された核酸分子を同定し、それにより転写される核酸を同定する工程
を含んでなる、上記同定方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４１５】
本発明の主たる特徴若しくは態様は次のとおりである：
態様１．検出体分子、および検出体分子に特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなるキメラＲＮＡポリメラーゼ分子と細胞を接触させることを含んでなる、ＤＮＡ分子の転写の検出方法であって；該検出体分子がａ）該検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラＲＮＡポリメラーゼ結合ドメイン（ＣＲＰＢＤ）、ｂ）ＲＮＡ分子の一部分に相補的なペプチド核酸（ＰＮＡ）；およびｃ）シグナリング部分を含んでなり、かつ、該キメラＲＮＡポリメラーゼがＤＮＡを転写して新生ＲＮＡ分子を産生する場合に、該ＰＮＡが新生ＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＤＮＡ分子の転写を検出する、上記方法。
態様２．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様１に記載の方法。
態様３．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１に記載の方法。
態様４．ＣＲＰＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１に記載の方法。
態様５．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様２に記載の方法。
態様６．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様１に記載の方法。
態様７．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）およびフルオレセインよりなる群から選択される、態様６に記載の方法。
態様８．ＰＮＡが、新生ＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチドに相補的である、態様１に記載の方法。
態様９．ＰＮＡが新生ＲＮＡ分子の三ヌクレオチドに相補的である、態様８に記載の方法。
態様１０．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様９に記載の方法。
態様１１．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様１に記載の方法。
態様１２．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様１に記載の方法。
態様１３．シグナルが、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）シグナル若しくは極性変化シグナルである、態様１に記載の方法。
態様１４．新生ＲＮＡ分子が細胞中にある、態様１に記載の方法。
態様１５．細胞が真核生物細胞である、態様１４に記載の方法。
態様１６．細胞が動物中にある、態様１４に記載の方法。
態様１７．動物が哺乳動物である、態様１６に記載の方法。
態様１８．細胞が生物学的サンプルである、態様１４に記載の方法。
態様１９．ａ）検出体結合ドメインを含んでなるキメラＲＮＡポリメラーゼ；ならびにｂ）シグナリング部分を含んでなる検出体分子、ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ、および検出体結合ドメインに結合することが可能なＣＲＰＢＤ
を含んでなり、ＣＲＰＢＤはキメラＲＮＡポリメラーゼの検出体結合ドメインに特異的に結合する、単離されたヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２０．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１９に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２１．ＣＲＰＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１９に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２２．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様１９に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２３．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様２２に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２４．ＰＮＡがＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチドに相補的である、態様１９に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２５．ＰＮＡがＲＮＡ分子の三ヌクレオチドに相補的である、態様２４に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様２６．三ヌクレオチドがＣＡＣの核酸配列を有する、態様２５に記載のヌクレオチペプチドコンジュゲート複合体。
態様２７．複合体が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様１９に記載のヌクレオチペプチドコンジュゲート複合体。
態様２８．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様２７に記載のヌクレオチペプチドコンジュゲート複合体。
態様２９．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様１９に記載のヌクレオチペプチドコンジュゲート複合体。
態様３０．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様１９に記載のヌクレオペプチドコンジュゲート複合体。
態様３１．キメラＲＮＡポリメラーゼがＲＮＡポリメラーゼおよび検出体結合ドメインを含んでなる、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
態様３２．配列番号１および配列番号２を含んでなり、かつ、配列番号１が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３および配列番号２４よりなる群から選択される配列を有する単離された核酸により配列番号２から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
態様３３．配列番号１が配列番号２に共有結合している、態様３２に記載の単離された核酸。
態様３４．共有結合した標識ポリペプチドをコードする核酸をさらに含んでなる、態様３１に記載の単離された核酸。
態様３５．コードされているキメラＲＮＡポリメラーゼのアミノ酸配列が配列番号３および配列番号４を含んでなり、かつ、配列番号３が、０から４個までのプロリンを有するペプチドにより配列番号４から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸。
態様３６．標識ポリペプチドが、ｍｙｃ標識ポリペプチド、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ標識ポリペプチド、緑色蛍光タンパク質標識ポリペプチド、ｍｙｃ−ピルビン酸キナーゼ標識ポリペプチド、Ｈｉｓ６標識ポリペプチド、インフルエンザウイルスヘマグルチニン標識ポリペプチド、ｆｌａｇ標識ポリペプチドおよびマルトース結合タンパク質標識ポリペプチドよりなる群から選択される、態様３４に記載の単離された核酸。
態様３７．作動可能に連結されたプロモーター／制御配列を指定する核酸をさらに含んでなる、態様３１に記載の単離された核酸。
態様３８．態様３１、３２若しくは３５のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなるベクター。
態様３９．作動可能に連結されたプロモーター／制御配列を指定する核酸をさらに含んでなる、態様３８に記載のベクター。
態様４０．態様３１に記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
態様４１．態様３１、３２、３３、３４、３５、３６若しくは３７のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
態様４２．態様３７に記載のベクターを含んでなる組換え細胞。
態様４３．細胞が真核生物細胞若しくは原核生物細胞である、態様４２に記載の組換え細胞。
態様４４．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様３１に記載の単離された核酸。
態様４５．キメラＲＮＡポリメラーゼがＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様３１に記載の単離された核酸。
態様４６．キメラＲＮＡポリメラーゼを含んでなる単離されたポリペプチド。
態様４７、キメラＲＮＡポリメラーゼが配列番号３および配列番号４を含んでなり、配列番号３が、０から４個までのプロリンを有するポリペプチドにより配列番号４から分離されている、キメラＲＮＡポリメラーゼを含んでなる単離されたポリペプチド。
態様４８．態様４６に記載の単離されたポリペプチドを特異的に結合する抗体。
態様４９．ＣＲＰＢＤ、ＰＮＡおよびシグナリング部分を含んでなる単離された検出体分子。
態様５０．ＣＲＰＢＤが検出体結合ドメインに結合することが可能である、態様４９に記載の検出体分子。
態様５１．ＣＲＰＢＤが配列番号５に示されるアミノ酸配列に対する７５％同一性を有する、態様５０に記載の検出体分子。
態様５２．ＰＮＡが二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチドに相補的である、態様４９に記載の検出体分子。
態様５３．ＰＮＡが三ヌクレオチドに相補的である、態様５２に記載の検出体分子。
態様５４．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様５３に記載の検出体分子。
態様５５．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様４９に記載の検出体分子。
態様５６．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様５５に記載の検出体分子。
態様５７．細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様４９に記載の検出体分子。
態様５８．細胞透過性ペプチドが、ＴＰペプチド、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチド、トランスポータンペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様５７に記載の検出体分子。
態様５９．態様４９に記載の検出体分子を特異的に結合する抗体。
態様６０．キメラＲＮＡポリメラーゼ、検出体分子、およびその使用のための取扱説明書を含んでなる、ＲＮＡ分子の転写を検出するためのキット。
態様６１．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様６０に記載のキット。
態様６２．キメラＲＮＡポリメラーゼが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される検出体結合ドメインを含んでなる、態様６０に記載のキット。
態様６３．検出体分子が、検出体結合ドメインに結合することが可能なＣＲＰＢＤを含んでなるがα−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様６０に記載のキット。
態様６４．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様６１に記載のキット。
態様６５．検出体分子がシグナリング部分を含んでなる、態様６０に記載のキット。
態様６６．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様６５に記載のキット。
態様６７．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様６６に記載のキット。
態様６８．検出体分子が、ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡを含んでなる、態様６０に記載のキット。
態様６９．ＰＮＡが、ＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチドに相補的である、態様６８に記載のキット。
態様７０．ＰＮＡが三ヌクレオチドに相補的である、態様６９に記載のキット。
態様７１．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様７０に記載のキット。
態様７２．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様６０に記載のキット。
態様７３．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様６０に記載のキット。
態様７４．キメラＲＮＡポリメラーゼをコードする単離された核酸、検出体分子、およびその使用のための取扱説明書を含んでなる、ＲＮＡ分子の転写を検出するためのキット。
態様７５．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様７４に記載のキット。
態様７６．単離された核酸が、配列番号１に示される核酸配列を含んでなる、態様７４に記載のキット。
態様７７．検出体分子が、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択され態様７６に記載のキット。
態様７８．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様７５に記載のキット。
態様７９．検出体分子がシグナリング部分を含んでなる、態様７４に記載のキット。
態様８０．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様７９に記載のキット。
態様８１．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様８０に記載のキット。
態様８２．検出体分子が、ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡを含んでなる、態様７４に記載のキット。
態様８３．ＰＮＡがＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチドに相補的である、態様８２に記載のキット。
態様８４．ＰＮＡが三ヌクレオチドに相補的である、態様８３に記載のキット。
態様８５．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様８４に記載のキット。
態様８６．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様７４に記載のキット。
態様８７．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様７４に記載のキット。
態様８８．単離されたＤＮＡ分子をプロモーター／制御配列に連結して、連結されたＤＮＡ分子を形成すること、ならびに
該連結されたＤＮＡ分子を、検出体分子に結合されたキメラＲＮＡポリメラーゼと接触させることであって、該キメラＲＮＡポリメラーゼは検出体結合ドメインを含んでなり、かつ、該検出体分子は
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なＣＲＰＢＤ、
ｂ）連結されたＤＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ、および；
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
キメラＲＮＡポリメラーゼが該連結されたＤＮＡ分子をｍＲＮＡ分子に転写する場合に、ＰＮＡがｍＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＤＮＡ分子を配列決定する、
を含んでなる、単離されたＤＮＡ分子の配列決定方法。
態様８９．単離されたＤＮＡ分子が二本鎖ｃＤＮＡを含んでなる、態様８８に記載の方法。
態様９０．プロモーター／制御配列がＴ７プロモーターである、態様８９に記載の方法。
態様９１．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様８８に記載の方法。
態様９２．ＣＲＰＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様８８に記載の方法。
態様９３．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様８８に記載の方法。
態様９４．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様９３に記載の方法。
態様９５．ＰＮＡが、連結されたＤＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチド部分に相補的である、態様８８に記載の方法。
態様９６．ＰＮＡが、連結されたＤＮＡ分子の三ヌクレオチド部分に相補的である、態様９５に記載の方法。
態様９７．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様８８に記載の方法。
態様９８．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様８８に記載の方法。
態様９９．シグナルが、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）シグナル若しくは極性変化シグナルである、態様８８に記載の方法。
態様１００．三ヌクレオチドが核酸配列ＧＴＧを有する、態様９６に記載の方法。
態様１０１．プロモーター／制御配列が支持体に結合されている、態様８８に記載の方法。
態様１０２．該方法が最低１回反復され、かつ、各反復における検出体分子が、連結されたＤＮＡ分子の異なる一部分に相補的である異なるＰＮＡを含んでなる、態様８８ないし９９のいずれか１つに記載の方法。
態様１０３．検出体分子、および該検出体分子に特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなるキメラリボソームサブユニットを有するキメラリボソーム分子と細胞を接触させることを含んでなり、該検出体分子が、
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラリボソーム結合ドメイン（ＣＲＢＤ）、
ｂ）ＲＮＡ分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナル伝達分子
を含んでなり、
該キメラリボソーム分子がＲＮＡ分子を翻訳する場合に、ＰＮＡが、キメラリボソームのＲＮＡ出口孔を出るＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられてそれによりＲＮＡ分子の翻訳を検出する、
ＲＮＡ分子の翻訳の検出方法。
態様１０４．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様１０３に記載の方法。
態様１０５．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１０３に記載の方法。
態様１０６．ＣＲＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１０３に記載の方法。
態様１０７．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様１０４に記載の方法。
態様１０８．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様１０３に記載の方法。
態様１０９．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様１０８に記載の方法。
態様１１０．ＰＮＡがＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１０３に記載の方法。
態様１１１．ＰＮＡがＲＮＡ分子の三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１１０に記載の方法。
態様１１２．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様１１１に記載の方法。
態様１１３．キメラリボソーム分子がキメラの原核生物リボソーム分子である、態様１０３に記載の方法。
態様１１４．キメラリボソームサブユニットがキメラ５０ｓサブユニットである、態様１０３に記載の方法。
態様１１５．シグナルが、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）シグナル若しくは極性変化シグナルである、態様１０３に記載の方法。
態様１１６．ＲＮＡ分子が細胞中にある、態様１０３に記載の方法。
態様１１７．細胞が真核生物細胞である、態様１１６に記載の方法。
態様１１８．細胞が動物中にある、態様１１６に記載の方法。
態様１１９．動物が哺乳動物である、態様１１８に記載の方法。
態様１２０．細胞が生物学的サンプルである、態様１１８に記載の方法。
態様１２１．キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該キメラリボソームサブユニット成分が検出体結合ドメインを含んでなる、上記核酸。
態様１２２．キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該単離された核酸が配列番号６および配列番号２を含んでなり、配列番号６が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３および配列番号２４よりなる群から選択される配列を有する単離された核酸により配列番号２から分離されている、上記核酸。
態様１２３．配列番号６が配列番号２に共有結合されている、態様１２２に記載の単離された核酸。
態様１２４．共有結合された標識ポリペプチドをコードする核酸をさらに含んでなる、態様１２１に記載の単離された核酸。
態様１１２５．キメラリボソームサブユニット成分をコードする単離された核酸であって、該キメラリボソームサブユニット成分のアミノ酸配列が、配列番号７および配列番号４に示されるアミノ酸配列を含んでなり、配列番号７が０から４個までのプロリンを有するペプチドにより配列番号４から分離されている、上記核酸。
態様１２６．標識ポリペプチドが、ｍｙｃ標識ポリペプチド、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ標識ポリペプチド、緑色蛍光タンパク質標識ポリペプチド、ｍｙｃ−ピルビン酸キナーゼ標識ポリペプチド、Ｈｉｓ６標識ポリペプチド、インフルエンザウイルスヘマグルチニン標識ポリペプチド、ｆｌａｇ標識ポリペプチドおよびマルトース結合タンパク質標識ポリペプチドよりなる群から選択される、態様１２４に記載の単離された核酸。
態様１２７．作動可能に連結されたプロモーター／制御配列を指定する核酸をさらに含んでなる、態様１２１に記載の単離された核酸。
態様１２８．態様１２１、１２２若しくは１２５のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなるベクター。
態様１２９．作動可能に連結されたプロモーター／制御配列を指定する核酸をさらに含んでなる、態様１２８に記載のベクター。
態様１３０．態様１２１に記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
態様１３１．態様１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６若しくは１２７のいずれか１つに記載の単離された核酸を含んでなる組換え細胞。
態様１３２．態様１２８に記載のベクターを含んでなる組換え細胞。
態様１３３．細胞が真核生物細胞若しくは原核生物細胞である、態様１３２に記載の組換え細胞。
態様１３４．キメラリボソームサブユニット成分がキメラの原核生物リボソームサブユニットである、態様１２１に記載の単離された核酸。
態様１３５．キメラの原核生物リボソームサブユニットが５０ｓサブユニットの一成分である、態様１３４に記載の単離された核酸。
態様１３６．キメラリボソームサブユニット成分を含んでなる単離されたポリペプチド。
態様１３７．キメラリボソームサブユニット成分を含んでなる単離されたポリペプチドであって、該キメラリボソームサブユニット成分が配列番号７および配列番号４に示されるアミノ酸配列を含んでなり、配列番号７は０から４個までのプロリンを有するポリペプチドにより配列番号４から分離されている、上記ポリペプチド。
態様１３６．態様１３６に記載の単離されたポリペプチドを特異的に結合する抗体。
態様１３９．検出体分子、および核酸分子を転写するキメラ酵素と細胞を接触させることであって、該キメラ酵素は該検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子は：
ａ）該検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、
ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、該キメラ酵素が核酸を転写する場合に、ＰＮＡが、該酵素から発生する新生核酸分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられ、ならびに
該シグナルを検出してそれにより核酸分子の転写を検出すること
を含んでなる、核酸分子の転写の検出方法。
態様１４０．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様１３９に記載の方法。
態様１４１．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１３９に記載の方法。
態様１４２．ＣＥＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１３９に記載の方法。
態様１４３．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様１４０に記載の方法。
態様１４４．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様１３９に記載の方法。
態様１４５．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様１４４に記載の方法。
態様１４６．ＰＮＡが核酸分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１３９に記載の方法。
態様１４７．ＰＮＡが核酸分子の三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１４６に記載の方法。
態様１４８．該三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様１４８に記載の方法。
態様１４９．核酸分子を転写するキメラ酵素がキメラＲＮＡポリメラーゼＩＩである、態様１３９に記載の方法。
態様１５０．キメラＲＮＡポリメラーゼがキメラＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、態様１４９に記載の方法。
態様１５１．シグナルが、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）シグナル若しくは極性変化シグナルである、態様１３９に記載の方法。
態様１５２核酸分子が細胞中にある、態様１３９に記載の方法。
態様１５３．細胞が真核生物細胞である、態様１５２に記載の方法。
態様１５４．細胞が動物中にある、態様１５２に記載の方法。
態様１５５．動物が哺乳動物である、態様１５４に記載の方法。
態様１５６．細胞が生物学的サンプルである、態様１５２に記載の方法。
態様１５７．検出体分子、および核酸分子を翻訳するキメラ酵素と細胞を接触させることであって、
該キメラ酵素は検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子は；
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、該キメラ酵素が核酸を転写する場合、ＰＮＡがキメラ酵素から発生するＲＮＡ分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられ、ならびに
該シグナルを検出してそれにより核酸分子の翻訳を検出すること
を含んでなる、核酸分子の翻訳の検出方法。
態様１５８．検出体分子が細胞透過性ペプチドをさらに含んでなる、態様１５７に記載の方法。
態様１５９．検出体結合ドメインが、ＳＨ３ドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１５７に記載の方法。
態様１６０．ＣＥＢＤが、α−ＰＡＫドメインおよびロイシンジッパーよりなる群から選択される、態様１５７に記載の方法。
態様１６１．細胞透過性ペプチドが、トランスポータンペプチド（ＴＰ）、ＴＰ１０ペプチド、ｐＶＥＣペプチド、ペネトラチンペプチド、ｔａｔフラグメントペプチド、シグナル配列をベースとするペプチドおよび両親媒性モデルペプチドよりなる群から選択される、態様１５８に記載の方法。
態様１６２．シグナリング部分が蛍光分子を含んでなる、態様１５７に記載の方法。
態様１６３．蛍光分子が、ＲｅＡｓＨ、ビス−（（Ｎ−ヨードアセチル）ピペラジニル）スルホンローダミン（ＢＳＲ）、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡおよびフルオレセインよりなる群から選択される、態様１６２に記載の方法。
態様１６４．ＰＮＡが、ＲＮＡ分子の二ヌクレオチド若しくは三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１５７に記載の方法。
態様１６５．ＰＮＡがＲＮＡ分子の三ヌクレオチド部分に相補的である、態様１６４に記載の方法。
態様１６６．三ヌクレオチドが核酸配列ＣＡＣを有する、態様１６５に記載の方法。
態様１６７．キメラ酵素がキメラリボソームである、態様１５７に記載の方法。
態様１６８．キメラリボソームがキメラの原核生物リボソームである、態様１６７に記載の方法。
態様１６９．シグナルが、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）シグナル若しくは極性変化シグナルである、態様１５７に記載の方法。
態様１７０．核酸が細胞中にある、態様１５７に記載の方法。
態様１７１．細胞が真核生物細胞である、態様１７０に記載の方法。
態様１７２．細胞が動物中にある、態様１７０に記載の方法。
態様１７３．動物が哺乳動物である、態様１７２に記載の方法。
態様１７４．細胞が生物学的サンプルである、態様１７０に記載の方法。
態様１７５．検出体分子、および核酸分子を転写するキメラ酵素と細胞を接触させることであって、該キメラ酵素は該検出体分子を特異的に結合する検出体結合ドメインを含んでなり、該検出体分子は：
ａ）検出体結合ドメインに結合することが可能なキメラ酵素結合ドメイン（ＣＥＢＤ）、ｂ）核酸分子の一部分に相補的なＰＮＡ；および
ｃ）シグナリング部分
を含んでなり、
かつ、キメラ酵素が核酸を転写する場合、ＰＮＡは該酵素から発生する新生核酸分子に結合し、そしてシグナルが検出体分子により発せられ、
該シグナルを検出すること、ならびに
検出されたシグナルを特定の配列と関連するシグナルのライブラリーに適合させるための拘束局所動的時間伸縮アルゴリズム（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ  ｌｏｃａｌ  ｄｙｎａｍｉｃ  ｔｉｍｅ  ｗａｒｐ  ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）を使用して、転写された核酸分子を同定し、それにより転写される核酸を同定すること
を含んでなる、転写される核酸の同定方法。