【手続補正書】
【提出日】平成21年6月15日(2009.6.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体における変形性関節症の診断を補助するための方法であって：
該被験体から得られた生物学的サンプルにおいて、図１〜図７に列挙されたタンパク質からなる群から選択される複数のポリペプチド、そのアナログおよびフラグメントの発現のレベルを決定する工程であって、試験タンパク質発現プロフィールを得る工程；
該試験タンパク質発現プロフィールを、コントロールタンパク質発現プロフィールと比較する工程であって、ここで、該試験タンパク質発現プロフィールと、該コントロールタンパク質発現プロフィールとの差異が、該被験体における変形性関節症の存在、不在またはステージの指標である工程；
を包含し、
該比較に基づき、該被験体に対する診断が提供されることを特徴とする、方法。
【請求項２】
前記生物学的サンプルが、血液のサンプル、尿のサンプル、関節流体のサンプル、唾液のサンプルまたは滑液のサンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的サンプルが、滑液のサンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記被験体が、ヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記被験体が、変形性関節症を有すると疑われる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記決定する工程が、図７（Ａ）中に列挙されるタンパク質から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルを決定することを含み、そしてここで、前記試験タンパク質発現プロフィールと前記コントロールタンパク質発現プロフィールとの差異が、変形性関節症の存在の指標である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記決定する工程が、図７（Ｂ）中に列挙されるタンパク質から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルを決定することを含み、そしてここで、前記試験タンパク質発現プロフィールと前記コントロールタンパク質発現プロフィールとの差異が、変形性関節症の存在の指標である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記変形性関節症のステージが、初期変形性関節症または末期変形性関節症である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記コントロールタンパク質発現プロフィールが、正常タンパク質発現プロフィールである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記差異が、図１および図２に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける増加であり、そして該差異が、前記被験体における変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記差異が、図４および図５に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける減少であり、そして該差異が、前記被験体における変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記差異が、図１に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける増加であり、そして該差異が、前記被験体における初期変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記差異が、図２に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける増加であり、そして該差異が、前記被験体における末期変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記差異が、図４に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける減少であり、そして該差異が、前記被験体における初期変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記差異が、図５に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける減少であり、そして該差異が、前記被験体における後期変形性関節症の存在の指標である、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
前記コントロールタンパク質発現プロフィールが、初期ＯＡタンパク質発現プロフィールである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記差異が、図３に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける増加であり、そして該差異が、前記被験体における後期変形性関節症の存在の指標である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記差異が、図６に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択される１つ以上のポリペプチドの発現のレベルにおける減少であり、そして該差異が、後期変形性関節症の存在の指標である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数のポリペプチドの発現のレベルを決定する工程が、前記生物学的サンプルを、前記ポリペプチドの少なくとも１つに特異的な少なくとも１つの抗体に曝すことを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
図１〜図７に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項２１】
請求項２０に記載のポリヌクレオチド配列の全部または一部とハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項２２】
被験体における変形性関節症を診断するための、請求項２０または請求項２１に記載の１つ以上の核酸分子を含む組成物。
【請求項２３】
被験体における変形性関節症をステージ分けするための、請求項２０または請求項２１に記載の１つ以上の核酸分子を含む組成物。
【請求項２４】
図１〜図７に提示されるタンパク質、そのアナログ、およびそのフラグメントからなる群から選択される複数のポリペプチドの発現レベル情報を含む、ＯＡ発現プロフィールマップ。
【請求項２５】
前記ＯＡ発現プロフィールマップが、正常個体、変形性関節症をもつ個体、初期変形性関節症をもつ個体、または後期変形性関節症をもつ個体から得られる生物学的サンプルの発現レベル情報を含む、請求項２４に記載のＯＡ発現プロフィールマップ。
【請求項２６】
前記生物学的サンプルが、血液のサンプル、尿のサンプル、関節流体のサンプル、唾液のサンプル、および滑液のサンプルからなる群から選択される、請求項２５に記載のＯＡ発現プロフィールマップ。
【請求項２７】
前記生物学的サンプルが、滑液のサンプルである、請求項２５に記載のＯＡ発現プロフィールマップ。
【請求項２８】
被験体における変形性関節症を診断および／またはステージ分けするためのキットであって、以下：
図１〜図７に提示されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択されるポリペプチド、および
図１〜図７に提示されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子；からなる群から選択される少なくとも１つの生物マーカーの発現レベルを特異的に検出する少なくとも１つの試薬；ならびに
被験体において変形性関節症を診断およびステージ分けするために該キットを用いるための指示書、を備える、キット。
【請求項２９】
前記少なくとも１つの試薬が、少なくとも１つのポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３０】
前記少なくとも１つの試薬が、少なくとも１つのポリペプチドをコードするポリヌクオチド配列に相補的な核酸プローブを含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３１】
前記核酸プローブが、ｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドである、請求項３０に記載のキット。
【請求項３２】
前記核酸プローブが、基質表面上に固定化される、請求項３１に記載のキット。
【請求項３３】
前記指示書が、インビトロ診断製品における使用のための米国食品医薬品局によって要求される指示書を含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３４】
抽出緩衝液／試薬およびプロトコール、増幅緩衝液／試薬およびプロトコール、ハイブリダイゼーション緩衝液／試薬およびプロトコール、免疫検出緩衝液／試薬およびプロトコール、および標識緩衝液／試薬およびプロトコールの１つ以上をさらに含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３５】
少なくとも１つの請求項２５に記載のＯＡ発現プロフィールマップをさらに含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３６】
システム中のＯＡ生物マーカーの発現を調節する化合物を同定するための方法であって：
図１〜図７に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択されるポリペプチド、および
図１〜図７に列挙されたタンパク質、そのアナログおよびフラグメントからなる群から選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子：からなる群から選択される生物マーカーの発現のレベルを、該システムを該候補化合物に曝す前後に
決定する工程；
該複数のレベルを比較する工程；および
該複数のレベルが異なる場合に、該ＯＡ生物マーカーの発現を調節する化合物として該候補化合物を同定する工程、を包含する、方法。
【請求項３７】
前記システムが、細胞、生物学的流体、生物学的組織、または動物である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記候補化合物が：変形性関節症における減少した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を増大する、変形性関節症における増加した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を減少する、初期変形性関節症における減少した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を増大する、初期変形性関節症における減少した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を減少する、後期変形性関節症における減少した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を増大する、および後期変形性関節症における増加した発現によって特徴付けられる生物マーカーの発現を減少することの１以上を実施する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法によって同定される、ＯＡ治療薬。
【請求項４０】
請求項３８に記載の方法によって同定されるＯＡ治療薬の少なくとも１つの有効量、および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
【請求項４１】
被験体における変形性関節症を処置するための組成物であって、請求項３８に記載の方法によって同定されるＯＡ治療薬の少なくとも１つの有効量を含む、組成物。