【手続補正書】
【提出日】平成19年7月4日(2007.7.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌関連（ＣＡ）核酸を検出するための核酸アレイであって、表１〜１２４に示す下記ポリヌクレオチド配列番号：
【数１】
2009519002.tif 000001
またはその相補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０連続ヌクレオチドを各々が含む、少なくとも２つの核酸プローブ、を含む、核酸アレイ。
【請求項２】
少なくとも１５連続ヌクレオチドを含む、請求項１に記載のマイクロアレイ。
【請求項３】
少なくとも２０連続ヌクレオチドを含む、請求項１に記載のマイクロアレイ。
【請求項４】
ペプチドアレイであって、表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数２】
2009519002.tif 000002
のポリヌクレオチド配列またはその相補体からなる群から選択されるＣＡ配列のオープンリーディングフレーム内に各々がコードされた少なくとも２つの単離されたポリペプチドを含む、ペプチドアレイ。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数３−１】
2009519002.tif 000003
【数３−２】
2009519002.tif 000004
からなる群から選択されるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、請求項４に記載のペプチドアレイ。
【請求項６】
前記ポリペプチドが、表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数４−１】
2009519002.tif 000005
【数４−２】
2009519002.tif 000006
からなる群から選択されるポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、請求項４に記載のペプチドアレイ。
【請求項７】
前記ポリペプチドが、表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数５−１】
2009519002.tif 000007
【数５−２】
2009519002.tif 000008
からなる群から選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む、請求項４に記載のペプチドアレイ。
【請求項８】
前記ポリペプチドが細胞表面で発現され、そしてＣＡタンパク質が下記配列番号：
【数６−１】
2009519002.tif 000009
【数６−２】
2009519002.tif 000010
からなる群から選択される、請求項４に記載のペプチドアレイ。
【請求項９】
請求項４に記載の前記ペプチドアレイのポリペプチドに結合する、化合物。
【請求項１０】
前記化合物が化学的に合成される、請求項９に記載の化合物。
【請求項１１】
前記化合物が天然に存在する、請求項９に記載の化合物。
【請求項１２】
請求項４〜８のいずれか１項に記載のポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１３】
前記抗体またはそのフラグメントが固体支持体に連結されている、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１４】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１５】
前記抗体がポリクローナル抗体である、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
前記抗体またはそのフラグメントが、さらに検出可能な標識を含む、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
以下の工程：（ｉ）前記ポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントを含む組成物で宿主動物を免疫化する工程、および（ｉｉ）該抗原に対する抗体またはその抗原結合フラグメントを発現する該宿主から細胞を収集する工程、を包含する方法により製造される、請求項４〜８のいずれかに記載のポリペプチドに結合する単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１８】
前記モノクローナル抗体が前記ＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合する、請求項１４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項１９】
前記モノクローナル抗体がヒト癌細胞株の少なくとも１つに結合する、請求項１４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項２０】
前記モノクローナル抗体が下記工程：
（ａ）該モノクローナル抗体を生産することができるハイブリドーマを提供する工程；および、
（ｂ）該ハイブリドーマによる該モノクローナル抗体の生産を提供する条件下でハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスにより製造される、請求項１４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項２１】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を生産する、ハイブリドーマ。
【請求項２２】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２３】
前記ＣＡＰが癌細胞表面では発現されるが正常細胞表面では発現されない、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２４】
前記ＣＡＰが正常細胞表面と比較して癌細胞表面において差示的に発現される、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２５】
前記抗体が治療薬剤に連結される、請求項１２または１４に記載の抗体。
【請求項２６】
請求項１２に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含む、薬学的組成物。
【請求項２７】
請求項２５に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含む、薬学的組成物。
【請求項２８】
請求項１２に記載の抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項２９】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項３０】
下記工程：
請求項１２または１４のいずれかに記載の抗体に個体由来の細胞を接触させる工程；
および、癌細胞由来のＣＡＰと該抗体の複合体を検出する工程、
を包含する個体における癌細胞の存在または非存在を検出するための方法であって、ここで、該複合体の検出が、該個体における癌細胞の存在と相関している、方法。
【請求項３１】
個体における癌細胞の成育を抑制するための組成物であって、該組成物が請求項２６または２７のいずれかに記載の薬学的組成物の有効量を含む、組成物。
【請求項３２】
個体における癌細胞に対して治療薬剤を送達するための組成物であって、該組成物が請求項２６または２７のいずれかに記載の薬学的組成物の有効量を含む、組成物。
【請求項３３】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットが表１〜１２４に記載の下記配列番号：
【数７】
2009519002.tif 000011
のポリヌクレオチド配列またはその相補体からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列の少なくとも２つに選択的にハイブリダイズする、少なくとも２つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項３４】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットが表１〜１２４に記載の下記配列番号：
【数８】
2009519002.tif 000012
のポリヌクレオチド配列、そのフラグメントまたはその相補体からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列の少なくとも２つに選択的にハイブリダイズする、少なくとも２つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項３５】
表１〜１２４に記載の下記配列番号：
【数９】
2009519002.tif 000013
のポリヌクレオチド配列またはその相補体からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列の少なくとも２つを含む、ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリ。
【請求項３６】
表１〜１２４に記載の下記配列番号：
【数１０−１】
2009519002.tif 000014
【数１０−２】
2009519002.tif 000015
のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列の少なくとも２つを含む、ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリ。
【請求項３７】
表１〜１２４に記載の下記配列番号：
【数１１−１】
2009519002.tif 000016
【数１１−２】
2009519002.tif 000017
のポリペプチド配列からなる群から選択されるＣＡポリペプチド配列の少なくとも２つを含む、ポリペプチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリ。
【請求項３８】
下記工程：
（ａ）表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１２】
2009519002.tif 000018
の配列からなる群から選択される核酸配列またはそのフラグメントによりコードされる癌関連（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）抗癌薬物候補に癌細胞由来の組織サンプルを接触させる工程；および、
（ｃ）該組織サンプル中のＣＡポリヌクレオチドの発現に対する該抗癌薬物候補の作用をモニタリングする工程、
を包含する、抗癌活性についてスクリーニングするための方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の抗癌活性についてスクリーニングするための方法であって、ここで、前記ＣＡ遺伝子が表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１３−１】
2009519002.tif 000019
【数１３−２】
2009519002.tif 000020
の配列からなる群から選択される核酸配列の少なくとも１つを含む、方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の抗癌活性についてスクリーニングするための方法であって、さらに下記工程：
（ｄ）前記薬剤候補の非存在下の発現レベルを該薬剤候補の存在下の発現レベルと比較する工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項３８に記載の抗癌活性についてスクリーニングするための方法であって、ここで、前記薬物候補が転写阻害剤であり、そしてさらに、前記核酸配列が表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１４−１】
2009519002.tif 000021
【数１４−２】
2009519002.tif 000022
からなる群から選択される、方法。
【請求項４２】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、下記工程：
（ｉ）表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１５−１】
2009519002.tif 000023
【数１５−２】
2009519002.tif 000024
またはそのフラグメントからなる群から選択されるポリペプチドの少なくとも１つの発現レベルを検出する工程；および、
（ｉｉ）該試験サンプル中のポリペプチドの発現レベルを、正常細胞サンプル中のポリペプチドの発現レベルと比較する工程であって、ここで該正常細胞中のポリペプチド発現レベルに対して改変された該試験細胞サンプル中のポリペプチド発現レベルは、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示すものである工程、
を包含する、方法。
【請求項４３】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、
下記工程：
（ｉ）表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１６】
2009519002.tif 000025
またはそのフラグメントからなる群から選択されるポリペプチドの少なくとも１つの活性レベルを検出する工程であって、ここで該活性は表１〜１２４に記載したポリペプチドの活性の少なくとも１つに相当するものである工程；および、
（ｉｉ）該試験サンプル中のポリペプチドの活性レベルを、正常細胞サンプル中のポリペプチドの活性レベルと比較する工程であって、ここで該正常細胞中のポリペプチド活性レベルに対して改変された該試験細胞サンプル中のポリペプチド活性レベルは、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示すものである工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】
試験血清サンプル中の抗体の存在に関連する癌を検出するための方法であって、下記工程：
（ｉ）表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１７−１】
2009519002.tif 000026
【数１７−２】
2009519002.tif 000027
またはその抗原性フラグメントからなる群から選択される抗原性ポリペプチドに対する抗体のレベルを検出する工程；および、
（ｉｉ）該試験サンプル中の該抗体のレベルをコントロールサンプル中の該抗体のレベルと比較する工程であって、ここで、該コントロールサンプル中の抗体のレベルに対して改変された該試験サンプル中の抗体レベルは、該試験血清サンプル中の癌の存在を示すものである工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節することができる生物活性剤のスクリーニングのための方法であって、ここで、該ＣＡＰが表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１８−１】
2009519002.tif 000028
【数１８−２】
2009519002.tif 000029
のポリヌクレオチド配列からなる群から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされ、該方法は下記工程：
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性剤を組み合わせる工程；および、
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する候補薬剤の作用を測定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
前記生物活性剤が前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の発現に影響する、請求項４５に記載の生物活性剤のスクリーニング方法。
【請求項４７】
前記生物活性剤が前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性に影響し、該活性が表１〜１２４に記載の活性から選択される、請求項４５に記載の生物活性剤のスクリーニング方法。
【請求項４８】
前記生物活性剤が腫瘍抑制剤、低密度リポタンパク質レセプター、Ｇタンパク質共役レセプター、アポトーシスインヒビター、イオン輸送、カルシウム結合、細胞接着、シグナル伝達、タンパク質キナーゼレセプターおよびシグナル導入からなる群から選択される活性の調節因子である、請求項４５に記載の生物活性剤のスクリーニング方法。
【請求項４９】
癌を診断するのを補助するための方法であって、下記工程：
ａ）第１の個体の第１の組織型における表１〜１２４に示されるヒトゲノム配列およびｍＲＮＡ配列からなる群から選択される核酸配列を含む遺伝子の１つ以上の発現を測定する工程；および、
ｂ）該第１の個体の第２の正常組織型または第２の未罹患個体に由来する該遺伝子の発現を比較する工程であって、ここで該発現の差は該第１の個体が癌を有することを示すものである工程、
を包含する、方法。
【請求項５０】
癌を治療するための組成物であって、該組成物は、ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターを含み、ここで、該ＣＡＰが表１〜１２４のヒト核酸配列からなる群から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる、組成物。
【請求項５１】
前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターが、前記ＣＡタンパク質に結合する、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５２】
下記工程：
ＣＡ遺伝子を発現する細胞を、ＲＮＡ干渉を示すのに十分な量の、表１〜１２４に示す下記配列番号：
【数１９−１】
2009519002.tif 000030
【数１９−２】
2009519002.tif 000031
のポリヌクレオチド配列に相当する癌関連（ＣＡ）ｍＲＮＡにハイブリダイズできる配列を含む２本鎖ＲＮＡに接触させる工程；および、
該細胞における該ＣＡ遺伝子の発現を阻害する工程、
を包含する、細胞における癌関連（ＣＡ）遺伝子の発現を阻害するための方法。
【請求項５３】
トランスフェクション、エレクロトポレーションおよびマイクロインジェクションからなる群から選択される方法により細胞内に低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することにより２本鎖ＲＮＡが提供される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
発現ベクターにより前記細胞内に低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することにより前記２本鎖ＲＮＡが提供される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
請求項３８、３９、４０、４１、４５、４６、４７および４８の何れかに記載の方法に従って同定される、抗癌薬物候補。