【手続補正書】
【提出日】平成23年8月18日(2011.8.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体またはその断片からなる群から選択される１または２以上のポリヌクレオチドを含む、胃ガン腹腔内転移診断用組成物：
（a）配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片
（b）配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（c）配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片
（d）配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項２】
前記断片が、配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６０〜６３および６５〜７１、７２および７３、７４〜９５および９７〜９９、１０１〜１０４、ならびに１０６〜１１０のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記断片が、配列番号６０〜６３および６５〜７１、７２および７３、７４〜９５および９７〜９９、１０１〜１０４、ならびに１０６〜１１０のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
配列番号６４および９６で表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含む１または２のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５】
下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体またはその断片からなる群から選択される１または２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組成物：
（f）配列番号３８、４３、４９〜５９で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片
（g）配列番号３８、４３、４９〜５９で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（h）配列番号３８、４３、４９〜５９で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、または１５以上の連続した塩基を含むその断片
（i）配列番号３８、４３、４９〜５９で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（j）前記（f）〜（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１５以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項６】
前記断片が、配列番号３８、４３、４９〜５９のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号１００、１０５、１１１〜１２１のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記断片が、配列番号１００、１０５、１１１〜１２１のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項５に記載の組成物。
【請求項８】
請求項１〜３のいずれかに記載のポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片の１または２以上を含む、胃ガン腹腔内転移診断用キット。
【請求項９】
請求項５〜７のいずれかに記載のポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片の１または２以上をさらに含む、請求項８に記載のキット。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、請求項８に記載のキット。
【請求項１１】
前記断片が、配列番号１〜１１、１２、１３〜３７、３９〜４２、および４４〜４８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６０〜６３および６５〜７１、７２および７３、７４〜９５および９７〜９９、１０１〜１０４、ならびに１０６〜１１０のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
配列番号６４および９６で表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含む１または２のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項８〜１１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号３８、４３、および４９〜５９のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、請求項９に記載のキット。
【請求項１４】
前記断片が、配列番号３８、４３、および４９〜５９のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号１００、１０５、および１１１〜１２１のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１３に記載のキット。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号６０〜９９、１０１〜１０４、および１０６〜１１０のいずれかで表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１１または１２に記載のキット。
【請求項１６】
前記断片が、配列番号１００、１０５、および１１１〜１２１のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１４に記載のキット。
【請求項１７】
配列番号６０〜１１０および１１１〜１２１で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドを含む、請求項８〜１６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１８】
前記ポリヌクレオチドが、別個にまたは任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、請求項８〜１７のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１９】
請求項１〜３のいずれかに記載のポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片の１または２以上を含む、胃ガン腹腔内転移診断用ＤＮＡチップ。
【請求項２０】
請求項５〜７のいずれかに記載のポリヌクレオチド、その変異体および/またはその断片の１または２以上をさらに含む、請求項１９に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２１】
配列番号６０〜６３および６５〜７１、７２および７３、７４〜９５および９７〜９９、１０１〜１０４、ならびに１０６〜１１０で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドのいずれかを含む、請求項１９または２０に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２２】
配列番号６４および９６で表される塩基配列、またはこれらに相補的な塩基配列を含む１または２のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１９〜２１のいずれか１項に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２３】
配列番号１００、１０５、および１１１〜１２１で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドのいずれかをさらに含む、請求項１９に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２４】
配列番号６０〜１１０および１１１〜１２１で表される塩基配列またはその相補的配列を含むポリヌクレオチドを含む、請求項１９〜２３のいずれか１項に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２５】
請求項１〜７のいずれかに記載の組成物、請求項８〜１８のいずれかに記載のキット、請求項１９〜２４のいずれかに記載のＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定することによって、被験者由来の検体試料中に腹腔内転移を伴う胃ガン細胞が含まれるかどうかをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定するための検査方法。
【請求項２６】
ＤＮＡチップを用いる請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
請求項１〜７のいずれかに記載の組成物、請求項８〜１８のいずれかに記載のキット、請求項１９〜２４のいずれかに記載のＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、腹腔内転移を伴う又は腹腔内転移を伴わない胃ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、検体試料中に転移を伴うガン細胞が含まれないこと及び／又は転移を伴わないガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、胃ガン腹腔内転移を判定するための検査方法。