【手続補正書】
【提出日】平成21年1月15日(2009.1.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
反応生成物の合成方法であって、該方法は、
（ａ）第１の反応性単位および第２の反応性単位を含む混合物を、該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間での反応が誘導される条件下に提供し、反応中間体を生成させる工程；
（ｂ）該反応中間体に共有結合させた同定用配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する工程；ならびに
（ｃ）該反応性単位のうちの少なくとも１種類と共存する該反応中間体を、該反応中間体に対して選択的反応性である遊離反応体と合わせ、それにより、該同定用配列に連結された反応生成物を合成する工程であって、ここで、該遊離反応体は、工程（ａ）において提供される混合物からの該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該反応中間体に対しての方が反応性が高い、工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記同定用配列は、前記反応中間体を生成させる反応前に前記第１の反応性単位に結合され、該反応中間体に連結された状態で維持されている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第２の反応性単位を、前記同定用配列に相補的なオリゴヌクレオチド配列に結合させる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ａ）が、前記同定用配列を該同定用配列に相補的な配列とハイブリダイズさせ、それにより、前記第１の反応性単位と前記第２の反応性単位とを反応的に近接させることを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）が、前記反応中間体の形成後に、前記同定用配列を該反応中間体に酵素的に結合させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
核酸鋳型合成による反応生成物の合成方法であって、該方法は、
（ａ）（ｉ）コドン配列を含む第１のオリゴヌクレオチドに結合させた第１の反応性単位、および（ｉｉ）該コドン配列に相補的なアンチコドン配列を含む第２のオリゴヌクレオチドに結合させた第２の反応性単位、を含む混合物を提供する工程；
（ｂ）該第１のオリゴヌクレオチドのコドン配列を該第２のオリゴヌクレオチドのアンチコドン配列とアニーリングさせて、該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間での反応を誘導して、少なくとも該第１のオリゴヌクレオチドに共有結合した反応中間体を形成させる工程；ならびに
（ｃ）該反応性単位のうちの少なくとも１種類と共存する該反応中間体を、該反応中間体に対して選択的反応性である遊離反応体と合わせ、それにより、該第１のオリゴヌクレオチドに連結された反応生成物を合成する工程であって、ここで、該遊離反応体は、工程（ａ）において提供される混合物からの該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該反応中間体に対しての方が反応性が高い、工程
を包含する、方法。
【請求項７】
反応生成物の合成方法であって、該方法は、
（ａ）第１の反応性単位の集団と第２の反応性単位との混合物を、該第１の反応性単位のうちの少なくとも１種類と該第２の反応性単位との間での反応を誘導する条件下に提供し、それにより、未反応の第１の反応性単位の残りの集団と共存する反応中間体を形成させる工程；
（ｂ）該反応中間体に共有結合させた同定用配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）該第１の反応性単位と共存する該反応中間体を、該反応中間体と選択的に反応できる遊離反応体と合わせ、それにより、同定用配列に結合した反応生成物を合成する工程であって、該反応生成物は、該第１の反応性単位の集団と共存し、ここで、該遊離反応体は、該出発混合物中の該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該反応中間体に対しての方が反応性が高い、工程
を包含する、方法。
【請求項８】
前記同定用配列は、前記反応中間体を生成させる反応前および該反応中に前記第１の反応性単位のうちの少なくとも１種類に結合され、該反応中間体に連結された状態で維持されている、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第２の反応性単位を、前記同定用配列に相補的な配列に連結させる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ａ）が、前記同定用配列を該同定用配列に相補的な配列とハイブリダイズさせ、それにより、前記第１の反応性単位のうちの少なくとも１種類と前記第２の反応性単位とを反応的に近接させることを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｂ）が、前記反応中間体の形成後に、前記同定用配列を該反応中間体に酵素的に結合させることを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記反応生成物が５０％以上の、７５％以上の、８５％以上の、または９８％以上の収率で合成される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
核酸鋳型合成による反応生成物の合成方法であって、該方法は、
（ａ）コドン配列を含む対応する異なる第１のオリゴヌクレオチドにそれぞれ結合させた複数の異なる第１の反応性単位を含む混合物を提供する工程であって、ここで、該オリゴヌクレオチド配列は、そこに結合された該第１の反応性単位を示す、工程；
（ｂ）少なくとも１種類の第１の反応性単位のコドン配列に相補的なアンチコドン配列を含む第２のオリゴヌクレオチドに結合させた第２の反応性単位を提供する工程；
（ｃ）該第１のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１種類のコドン配列を、該第２のオリゴヌクレオチドのアンチコドン配列とアニーリングさせて、該第１の反応性単位と該第２の反応性単位との間での反応を誘導して、少なくとも第１のオリゴヌクレオチドに共有結合した第１の反応中間体を形成させる工程；ならびに
（ｄ）該反応性単位のうちの少なくとも１種類と共存する該第１の反応中間体を、該第１の反応中間体と選択的反応性である遊離反応体と合わせ、それにより、該第１のオリゴヌクレオチドに結合した第１の反応生成物を合成する工程であって、ここで、該遊離反応体は、該混合物からの該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該第１の反応中間体に対しての方が反応性が高い、工程
を包含する、方法。
【請求項１４】
（ｅ）少なくとも１種類の第１の反応性単位のコドン配列に相補的なアンチコドン配列を含む第３のオリゴヌクレオチドに結合させた第３の反応性単位を提供する工程；
（ｆ）該第１のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１種類のコドン配列を、前記第３のオリゴヌクレオチドのアンチコドン配列とアニーリングさせて、該第１の反応性単位と該第３の反応性単位との間での反応を誘導して、該第１のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１種類に結合した第２の反応中間体を形成させる工程；ならびに
（ｇ）該第２の反応中間体を、該第２の反応中間体と選択的反応性である遊離反応体と合わせ、それにより、該第１のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１種類に結合した第２の反応生成物を合成する工程であって、ここで、該遊離反応体は、該混合物中の該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該第２の反応中間体に対しての方が反応性が高い、工程
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
核酸鋳型合成をインビトロで行う方法であって、該方法は、
（ａ）（ｉ）コドン配列を規定する第１のオリゴヌクレオチドに共有結合させた第１の反応性単位をそれぞれ含む複数の異なる鋳型、および（ｉｉ）該鋳型のコドン配列に相補的なアンチコドン配列を規定する第２のオリゴヌクレオチドに共有結合させた第２の反応性単位を含む転移単位、を含む混合物を提供する工程；
（ｂ）１つの鋳型の該コドン配列と該転移単位のアンチコドン配列とをアニーリングさせて、該第１の反応性単位と該第２の反応性単位とが互いに反応して反応中間体が生成されるように該第１の反応性単位と該第２の反応性単位とを反応的に近接させる工程；ならびに
（ｃ）未反応の鋳型と共存させながら、該反応中間体を、該反応中間体と化学的に反応して反応生成物を生成させる遊離反応体と接触させる工程であって、ここで、該遊離反応体は、出発混合物中の該反応性単位のうちの少なくとも１種類に対してよりも該反応中間体に対しての方が反応性が高く、そしてここで、該第１のオリゴヌクレオチドは、該反応生成物に連結された状態で維持されている、工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記第１の反応性単位が低分子骨格である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
工程（ｂ）において、前記第１の反応性単位の官能基が、前記反応中間体内の異なる化学的部分に変換される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記低分子骨格が保護された官能基を含有している、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
工程（ｂ）において、前記官能基を脱保護して反応中間体を生成させ、ここで、前記低分子骨格が、脱保護された官能基を含有している、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記反応生成物が
（ａ）核酸でないか、または
（ｂ）ヌクレオチドもしくはヌクレオチド類似体のいずれでもないか、または
（ｃ）ヌクレオチド類似体ではない、
請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
工程（ｂ）において、リボソームの補助なしで、前記第１の反応性単位と前記第２の反応性単位とが互いに反応して前記反応中間体を生成させる、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
前記第１のオリゴヌクレオチドに結合した反応生成物を選択する工程をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２３】
前記第１のオリゴヌクレオチドを増幅させる工程をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記反応生成物の正体または合成履歴を決定するために、前記反応生成物に結合した第１のオリゴヌクレオチドの配列を決定するさらなる工程を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記遊離反応体が、出発混合物中の前記反応性単位の全てまたは少なくとも１種類に対してよりも前記反応中間体に対しての方が少なくとも５倍反応性が高いか、または少なくとも５０倍反応性が高いか、または少なくとも１０００倍反応性が高い、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。