【手続補正書】
【提出日】平成21年10月8日(2009.10.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）株の存在を検出する方法であって、以下の工程を含む方法：
該試料から分析されるサンプルを得る工程であって、分析は、ＭＲＳＡ株の存在についてなされるものであり、該ＭＲＳＡ株は、ｍｅｃＡ遺伝子を含むＳＣＣｍｅｃインサートを含み、該ＳＳＣｍｅｃインサートは、染色体ＤＮＡに挿入されており、これにより特徴的なＭＲＥＪタイプを有するＭＲＥＪ配列により規定される多型右端接合部（ＭＲＥＪ）が生成されている、工程；
該サンプルを、少なくとも２つのプライマーに接触させる工程であって、ｘｉｉｉ、ｘｉ、ｘｉｉ、ｘｉｖ、ｘｖ、ｘｖｉ、ｘｖｉｉ、ｘｖｉｉｉ、ｘｉｘ、またはｘｘのＭＲＥＪタイプのうちの少なくとも１つのＭＲＥＪ配列を有するＭＲＳＡが、サンプル中に存在する場合には、このプライマーは、ｘｉｉｉ、ｘｉ、ｘｉｉ、ｘｉｖ、ｘｖ、ｘｖｉ、ｘｖｉｉ、ｘｖｉｉｉ、ｘｉｘ、またはｘｘのＭＲＥＪタイプのうちの少なくとも1つのＭＲＥＪ配列を増幅条件下で増幅して、ＳＣＣｍｅｃインサートの右端および黄色ブドウ球菌の染色体ＤＮＡの配列を含むアンプリコンを生成するように適合しており、ここで、該少なくとも２つのプライマーは、ＭＲＳＡ  ＤＮＡに、５５℃において、５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ９．０）、０．１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、２．５ｍＭ  ＭｇＣｌ２の条件下でアニールできる、工程；および
該アンプリコンを検出する工程。
【請求項２】
前記接触工程が、前記アンプリコンにアニールすることができる少なくとも１つのプローブを提供することをさらに包含する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記アンプリコンの生成が、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ＮＡＢＳＡ、３ＳＲ、ＳＤＡ、ｂＤＮＡ、ＴＭＡ、ＣＰＴ、ＳＰＡ、ＮＤＳＡ、ローリングサークル増幅、固定鎖置換増幅、固相（固定化）ローリングサークル増幅、またはＱβレプリカーゼ増幅を含む、請求項１の方法。
【請求項４】
前記少なくとも２つのプライマーが、ＭＲＥＪタイプｘｉ、ｘｉｉ、ｘｉｉｉ、ｘｉｖ、ｘｖ、ｘｖｉ、ｘｖｉｉ、ｘｖｉｉｉ、ｘｉｘ、およびｘｘから選択される少なくとも２つのＭＲＥＪタイプ配列とまとめてアニールすることができる、請求項１の方法。
【請求項５】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが共通のアニーリング条件下でアニールする、請求項２の方法。
【請求項６】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが同じ物理的容器内に提供される、請求項５の方法。
【請求項７】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブがそれぞれ少なくとも１２ヌクレオチド長である、請求項２の方法。
【請求項８】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２５、２６、３９、４０、４１、４２、５５、および５６の少なくとも一つにアニールする能力を持つ、請求項２の方法。
【請求項９】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２５、２６、３９、４０、４１、４２、５５、および５６のそれぞれに合わせてアニールする能力を持つ、請求項２の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号５１、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号５２、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖｉ検出用の配列番号３６および４４からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１７】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項１９】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８、３０、３１、３２、および３３からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーまたはプローブを含む、請求項２の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、
ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号５１、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号５２、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉ検出用の配列番号３６および４４、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７、３０、３１、３２、および３３、
ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９、３０、３１、３２、および３３、ならびに
ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８、３０、３１、３２、および３３
からなる群より選択される複数のプライマーを含む、請求項２の方法。
【請求項２１】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号３４、４４、４５、および７６のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１０の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号３４、４４、４５、５２、および６２のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１１の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号３３、４４、４５、および７６のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１２の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号４４、４５、および６９のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１３の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４、４５、および６２のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１４の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４４、４５、および６２のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１６の方法。
【請求項２７】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号４４、４５、および５９のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１７の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号４４、４５、および５９のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１８の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも２つのプライマーおよび少なくとも１つのプローブが、ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号４４、４５、および５９のプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項１９の方法。
【請求項３０】
前記複数のプライマーが、配列番号３４、３５、４４、４５、５２、５９、６２、および７６からなる群より選択される少なくとも１つのプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項２０の方法。
【請求項３１】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号３４／４５、３４／３０、３４／７６、および３４／４４からなる群より選択される、請求項２１の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号３５／４５、３５／３０、３５／６２、および３５／４４からなる群より選択される、請求項２２の方法。
【請求項３３】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／７６、および２９／４４からなる群より選択される、請求項２３の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／５９、および２９／４４からなる群より選択される、請求項２４の方法。
【請求項３５】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４／４５、２４／３０、２４／６２、および２４／４４からなる群より選択される、請求項２５の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４／４５、４／３０、４／６２、および４／４４からなる群より選択される、請求項２６の方法。
【請求項３７】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７／４５、７／３０、７／５９、および７／４４からなる群より選択される、請求項２７の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９／４５、９／３０、９／５９、および９／４４からなる群より選択される、請求項２８の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８／４５、８／３０、８／５９、および８／４４からなる群より選択される、請求項２９の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも２つのプライマーが、二つ一組にして提供され、そのプライマー対が、
ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号３４／４５、３４／３０、３４／７６、および３４／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号３５／４５、３５／３０、３５／６２、および３５／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／７６、および２９／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／５９、および２９／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖ’検出用の配列番号２４／４５、２４／３０、２４／６２、および２４／４４
ＭＲＥＪタイプｘｖｉ検出用の配列番号３６／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４／４５、４／３０、４／６２、および４／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７／４５、７／３０、７／５９、および７／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９／４５、９／３０、９／５９、および９／４４；ならびに
ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８／４５、８／３０、８／５９、および８／４４
からなる群より選択される、請求項３０の方法。
【請求項４１】
以下の配列を持つプローブをさらに含む、請求項４０の方法：
ＭＲＥＪタイプｘｉ〜ｘｖｉｉ〜ｘｘを検出するための配列番号３０、３１、および３２。
【請求項４２】
前記プローブおよびプライマーが一緒に使用される、請求項４０の方法。
【請求項４３】
前記プローブおよび／またはプライマーが同じ物理的容器内で一緒に使用される、請求項４２の方法。
【請求項４４】
タイプｘｉ〜ｘｘからの所定のＭＲＥＪタイプの存在の指標として、アニールしたプローブおよび／またはプライマーを検出することをさらに含む、請求項１の方法。
【請求項４５】
前記検出方法がアガロースゲル電気泳動、蛍光共鳴エネルギー移動、ＴａｑＭａｎプローブ、分子ビーコンプローブ、スコーピオンプローブ、ナノ粒子プローブ、Ａｍｐｌｉｆｌｏｕｒプローブ、化学発光、ポテンシオメトリー、質量分析、プラズモン共鳴、偏光測定、比色法、フローサイトメトリー、スキャン分析、およびＤＮＡ配列決定からなる群より選択される、請求項４４の方法。
【請求項４６】
配列番号１７、１８、１９（ＭＲＥＪタイプｘｉ）；
配列番号２０（ＭＲＥＪタイプｘｉｉ）；
配列番号１５、２５、２６（ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ）；
配列番号１６（ＭＲＥＪタイプｘｉｖ）；
配列番号５６（ＭＲＥＪタイプｘｖ）；
配列番号２１（ＭＲＥＪタイプｘｖｉ）；
配列番号５５（ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ）；
配列番号３９、４０（ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ）；
配列番号４１（ＭＲＥＪタイプｘｉｘ）；および
配列番号４２（ＭＲＥＪタイプｘｘ）
からなる群より選択される核酸、またはその相補体。
【請求項４７】
請求項４６の核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも１０ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチド。
【請求項４８】
ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号３４／４５、３４／３０、３４／７６、および３４／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号３５／４５、３５／３０、３５／６２、および３５／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／７６、および２９／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／５９、および２９／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４／４５、２４／３０、２４／６２、および２４／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉ検出用の配列番号３６／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４／４５、４／３０、４／６２、および４／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７／４５、７／３０、７／５９、および７／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、
ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９／４５、９／３０、９／５９、および９／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド、ならびに
ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８／４５、８／３０、８／５９、および８／４４の配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群より選択されるオリゴヌクレオチド対。
【請求項４９】
配列番号３１、３２、または３３の配列を含むオリゴヌクレオチド。
【請求項５０】
複数のプライマーおよび／またはプローブを含むキットであって、プライマーおよび／またはプローブが少なくとも１２ヌクレオチド長であり、プライマーおよび／またはプローブがストリンジェントな条件下で請求項４６の核酸の少なくとも一つにハイブリダイズし、複数のプライマーおよび／またはプローブがｘｉ〜ｘｘから選択されるタイプの少なくとも一つのＭＲＥＪとハイブリダイズするキット。
【請求項５１】
ｉ〜ｘから選択されるタイプの一つ以上のＭＲＥＪとハイブリダイズするプライマーおよび／またはプローブをさらに含む、請求項５０のキット。
【請求項５２】
プライマー対をさらに含み、そのプライマー対が、
ＭＲＥＪタイプｉ検出用の配列番号３０／３６；
ＭＲＥＪタイプｉｉ検出用の配列番号３０／３６；
ＭＲＥＪタイプｉｉｉ検出用の配列番号３０／７０；
ＭＲＥＪタイプｉｖ検出用の配列番号３０／７１；
ＭＲＥＪタイプｖ検出用の配列番号３０／７２；
ＭＲＥＪタイプｖｉ検出用の配列番号３０／６５；
ＭＲＥＪタイプｖｉｉ検出用の配列番号３０／７４；
ＭＲＥＪタイプｖｉｉｉ検出用の配列番号３０／７５；
ＭＲＥＪタイプｉｘ検出用の配列番号３０／２９；
ＭＲＥＪタイプｘ検出用の配列番号７３／７７；
ＭＲＥＪタイプｘｉ検出用の配列番号３４／４５、３４／３０、３４／７６、３４／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｉ検出用の配列番号３５／４５、３５／３０、３５／６２、３５／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｉｉ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／７６、２９／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｖ検出用の配列番号２９／４５、２９／３０、２９／５９、２９／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖ検出用の配列番号２４／４５、２４／３０、２４／６２、２４／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖｉ検出用の配列番号３６／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉ検出用の配列番号４／４５、４／３０、４／６２、４／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｖｉｉｉ検出用の配列番号７／４５、７／３０、７／５９、７／４４；
ＭＲＥＪタイプｘｉｘ検出用の配列番号９／４５、９／３０、９／５９、９／４４；および
ＭＲＥＪタイプｘｘ検出用の配列番号８／４５、８／３０、８／５９、８／４４
からなる群より選択される、少なくとも１つのプライマー対を含む、請求項５１のキット。
【請求項５３】
さらにプローブを含み、そのプローブが配列番号３１、３２、３３の核酸配列を含む、請求項５１のキット。
【請求項５４】
さらに、サンプルを、以下からなる群より選択される少なくとも１つのプライマー対と接触させることを含む、請求項１記載の方法：
ＭＲＥＪタイプｉ検出用の配列番号３０／３６；
ＭＲＥＪタイプｉｉ検出用の配列番号３０／３６；
ＭＲＥＪタイプｉｉｉ検出用の配列番号３０／７０；
ＭＲＥＪタイプｉｖ検出用の配列番号３０／７１；
ＭＲＥＪタイプｖ検出用の配列番号３０／７２；
ＭＲＥＪタイプｖｉ検出用の配列番号３０／６５；
ＭＲＥＪタイプｖｉｉ検出用の配列番号３０／７４；
ＭＲＥＪタイプｖｉｉｉ検出用の配列番号３０／７５；
ＭＲＥＪタイプｉｘ検出用の配列番号３０／２９；
ＭＲＥＪタイプｘ検出用の配列番号７３／７７。