【手続補正書】
【提出日】平成22年11月12日(2010.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中の目的の微生物の存在を判定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該サンプルまたはその一部を少なくとも１つの検出可能な分子プローブで処理し、それによって、該検出可能な分子プローブと該目的の微生物の標的配列との複合体を形成させる工程であって、ここで該分子プローブが、以下：
（ｉ）検出可能な目的の微生物および検出可能な他の生物を生じる様式で、該目的の微生物および該他の生物の両方の該標的配列が該分子プローブと反応するか；または
（ｉｉ）検出可能な目的の微生物のみを生じる様式で、該目的の微生物のみの該標的配列が該分子プローブと反応する、
のいずれかとなるようなペプチド核酸である、工程；
（ｂ）該サンプルまたはその一部を、抗体が固定されている固体キャリアと接触させる、工程であって、（ｉ）を適用する場合には、該抗体が、該検出可能な目的の微生物とのみ反応し、該検出可能な他の生物とは反応しないように選択され；一方、（ｉｉ）を適用する場合には、該抗体は、一般的には該検出可能な目的の微生物と反応し、そしてまた該他の生物とも反応し得るように選択される、工程；ならびに
（ｃ）該固体キャリアに対して固定された検出可能な微生物の存在、位置、または数を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識されない、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記検出可能な分子プローブが、前記検出可能な分子プローブ／標的配列複合体に対して特異的に結合する検出可能な抗体を使用して検出される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記検出可能な分子プローブが未標識のペプチド核酸である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識される、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記検出可能な部分が、発色団、蛍光団、スピン標識、放射性同位元素、酵素、ハプテン、および化学発光化合物からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記固体キャリアが、粒子、ビーズ、顕微鏡スライド、マイクロタイタープレート、膜、およびアレイからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルまたはその一部が、前記固体キャリアと接触させられる前に前記検出可能な分子プローブで処理される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルまたはその一部が、前記検出可能な分子プローブで処理される前に前記固体キャリアと接触させられる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプルまたはその一部が、前記固体キャリアと接触させられ、かつ前記検出可能な分子プローブで処理されることが同時になされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
サンプル中の目的の微生物または生物を分離し、そして該目的の微生物または生物の存在または数を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該サンプルまたはその一部を１つ以上の検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理し、それによって、該検出可能な分子プローブと該目的の微生物の標的配列との複合体を形成させる工程であって、ここで該１つ以上の分子プローブが、以下：
（ｉ）該検出可能なプローブが、同じ染色を有する種々の検出可能な微生物を生じる様式で決定されるべき種々の微生物の該標的配列と反応するか；または
（ｉｉ）該別々に検出可能なプローブが、別々に検出可能な染色を有する種々の別々に検出可能な微生物を生じる様式で決定されるべき種々の微生物の該標的配列と反応する、
のいずれかとなるようなペプチド核酸である、工程；
（ｂ）該サンプルまたはその一部を、１つ以上の種々のタイプのコードビーズ支持体と接触させる工程であって、ここで、種々のタイプの該コードビーズ支持体のそれぞれは、適切な粒子分類機中で別々に決定され得、そして該コードビーズ支持体に対しては、該検出可能なまたは別々に検出可能な微生物が、特異的抗体相互作用の発生の結果として該コードビーズ支持体に選択的に結合させられるようになるように、特定の微生物または生物を選択するように選ばれる１つ以上の抗体が固定されている、工程；
（ｃ）適切な粒子分類機中で種々のタイプの該コードビーズ支持体を分類する工程；ならびに
（ｄ）種々のタイプの該コードビーズ支持体のそれぞれに対して固定された、該検出可能な微生物の存在または数、あるいは該別々に検出可能な微生物のそれぞれを決定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１２】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識されない、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記検出可能な分子プローブが、前記検出可能な分子プローブ／標的配列複合体に対して特異的に結合する検出可能な抗体を使用して検出される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記検出可能な分子プローブが未標識のペプチド核酸である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記検出可能な部分が、発色団、蛍光団、スピン標識、放射性同位元素、酵素、ハプテン、および化学発光化合物からなる群より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記別々に検出可能なプローブが別々に検出可能な蛍光団で標識される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１８】
前記サンプルまたはその一部が、前記固体キャリアと接触させられる前に前記検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１９】
前記サンプルまたはその一部が、前記検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理される前に前記固体キャリアと接触させられる、請求項１１に記載の方法。
【請求項２０】
前記サンプルまたはその一部が、前記固体キャリアと接触させられ、かつ前記検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理されることが同時になされる、請求項１１に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１１に記載の方法であって、前記検出可能な分子プローブが、同じ染色を用いて種々の微生物の全てを染色し、そして前記抗体が、前記目的の種々の微生物のそれぞれについて特異的であり、その結果、種々のタイプの前記コードビーズ支持体の分類によって、種々の該抗体の性質のみに基づいて、前記サンプルまたはその一部の中の該目的の種々の微生物のそれぞれを決定する、方法。
【請求項２２】
請求項１１に記載の方法であって、前記別々に検出可能な分子プローブが、前記目的の種々の微生物の一部または全てが別々に染色されるという条件で、該目的の微生物の全てを染色し、そして種々のタイプの前記コードビーズ支持体のそれぞれに関係している抗体のそれぞれが、数ある中で同じまたは異なって染色された微生物を選択するように選ばれ、その結果、種々のタイプの該コードビーズ支持体の分類によって、種々のタイプの該コードビーズ支持体のそれぞれに対して結合した微生物または生物の染色と組み合わせて考慮した場合に、前記サンプルまたはその一部の中の該目的の種々の微生物のそれぞれを決定する、方法。
【請求項２３】
請求項１１に記載の方法であって、前記別々に検出可能な分子プローブが前記目的の微生物を別々に染色し、そして種々のタイプのコードビーズ支持体のそれぞれに関係している抗体のそれぞれは、選択されるアッセイについて一般的であるが、種々のコードビーズ支持体のそれぞれが種々のサンプルをコードし、その結果、種々のコードビーズ支持体のそれぞれについての染色の決定によって、前記サンプルまたはその一部の中の１つ以上の該目的の微生物のそれぞれを特異的に決定し、そして種々のコードビーズ支持体のそれぞれが、該サンプルまたはその一部の供給源を同定する、方法。
【請求項２４】
サンプル中の目的の種々の微生物を分類し、そして該目的の種々の微生物の存在または数を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該サンプルまたはその一部を１つ以上の検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理し、それによって、該検出可能な分子プローブと該目的の微生物の標的配列との複合体を形成させる工程であって、ここで該１つ以上の分子プローブが、以下：
（ｉ）該検出可能なプローブが、同じ染色を有する種々の検出可能な微生物を生じる様式で決定されるべき該種々の微生物の標的配列と反応するか；または
（ｉｉ）該別々に検出可能なプローブが、別々に検出可能な染色を有する種々の別々に検出可能な微生物を生じる様式で決定されるべき該種々の微生物の標的配列と反応する、
のいずれかとなるようなペプチド核酸である、工程；
（ｂ）該サンプルまたはその一部を、抗体が特有の同定可能な位置で固定されている固体キャリアアレイと接触させる工程であって、その結果、該種々の検出可能な微生物または該種々の別々に検出可能な微生物は、特異的抗体相互作用の発生の結果として該アレイ上の該位置に選択的に結合させられる、工程；ならびに
（ｃ）該アレイの多くの異なる位置で固定された該検出可能なまたは別々に検出可能な微生物の存在または数を決定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２５】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識されない、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記検出可能な分子プローブが、前記検出可能な分子プローブ／標的配列複合体に対して特異的に結合する検出可能な抗体を使用して検出される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記検出可能な分子プローブが未標識のペプチド核酸である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記検出可能な分子プローブが検出可能な部分で標識される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
前記検出可能な部分が、発色団、蛍光団、スピン標識、放射性同位元素、酵素、ハプテン、および化学発光化合物からなる群より選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記別々に検出可能なプローブが別々に検出可能な蛍光団で標識される、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】
前記サンプルが、前記固体キャリアと接触させられる前に、前記検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理される、請求項２４に記載の方法。
【請求項３２】
前記サンプルが、前記検出可能なまたは別々に前記検出可能な分子プローブで処理される前に前記固体キャリアと接触させられる、請求項２４に記載の方法
【請求項３３】
前記サンプルが、前記固体キャリアと接触させられ、かつ前記検出可能なまたは別々に検出可能な分子プローブで処理されることが同時になされる、請求項２４に記載の方法。
【請求項３４】
請求項２４に記載の方法であって、前記検出可能な分子プローブが、同じ染色を用いて種々の微生物の全てを染色し、そして前記抗体が、前記種々の目的の微生物のそれぞれに対して特異的であり、その結果、特有の位置で生じる抗体相互作用によって生じる前記アレイ上での該微生物の分類が使用され、それによって、該特有の位置での該種々の抗体の性質のみに基づいて、前記サンプルまたはその一部の中の該種々の目的の微生物のそれぞれを決定する、方法。
【請求項３５】
請求項２４に記載の方法であって、前記別々に検出可能な分子プローブが、前記種々の目的の微生物の一部または全てが別々に染色されるという条件で、該目的の微生物の全てを染色し、そして前記アレイ上の特有の位置に関係している抗体のそれぞれが、数ある中で同じまたは異なって染色された微生物を選択するように選ばれ、その結果、該特有の位置で生じる抗体相互作用によって生じる該アレイ上での該微生物の分類が、それぞれの該特有の位置に結合した該微生物の染色と組み合わせて考慮した場合に、前記サンプルまたはその一部の中の該種々の目的の微生物のそれぞれを決定するために使用される、方法。
【請求項３６】
組成物であって、以下：
（ａ）１つ以上の検出可能な分子プローブで染色された、１つ以上の微生物であって、該分子プローブがペプチド核酸である、１つ以上の微生物；
（ｂ）抗体が固定されている固体キャリア
を含有し、ここでは、該１つ以上の染色された微生物が、該微生物とその抗体との相互作用を通じて該固体キャリアに連結され、
該固体キャリアがコードビーズ支持体である、組成物。
【請求項３７】
前記微生物が前記抗体に対する抗原である、請求項３６に記載の組成物。