【手続補正書】
【提出日】平成21年5月19日(2009.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌を発達させる対象のリスクを測定するために使用されるデーターを取得する方法であって、当該方法が以下のステップ：
（ｉ）  上記対象から得たサンプルの１以上の遺伝子検査の結果を取得し；そして
（ｉｉ）  以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
一酸化窒素合成酵素３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
又はこれら多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について結果を分析することを含み、ここで１以上の当該多型の有無を指し示す結果が、肺癌を発達させる対象のリスクを指し示す、前記方法。
【請求項２】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；又は
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；又は
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在を示す結果が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が、以下の：
チャイニーズハムスターにおけるＸ線修復補体欠損１(ＸＲＣＣ１)遺伝子におけるＡｒｇ３９９Ｇｌｎ Ｇ／Ａ；
インターロイキン-８(ＩＬ-８)をコードする遺伝子における-２５１Ａ/Ｔ；
サイクリンＤ(ＣＣＮＤ１)をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ；
インターロイキン１Ｂ(ＩＬ-１Ｂ)をコードする遺伝子における-５１１Ａ／Ｇ；
ＦＡＳ(Ａｐｏ-１/ＣＤ９５)をコードする遺伝子における-６７０Ｇ；
色素性乾皮症相補群Ｄ(ＸＰＤ)遺伝子のプロモーターにおける-７５１Ｇ／Ｔ；
シトクロムＰ４５０ １Ａ１(ＣＹＰ１Ａ１)をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２ＶａｌＡ/Ｇ；
８-オキソグアニンＤＮＡグリコラーゼ(ＯＧＧ１)をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６ＣｙｓＧ/Ｃ；
Ｎ-アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ/Ｇ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１(ＣＹＰ２Ｅ１)をコードする遺伝子における１０１９Ｇ/ＣＰｓｔＩ；
シトクロムＰ４５０ ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ；
グルタチオンＳトランスフェラーゼＭ(ＧＳＴＭ)をコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１(ＭＭＰ１)をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ １Ｇ／２Ｇ；
ニブリン(ＮＢＳ１)をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ Ｇ／Ｃ；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ；
アペックスヌクレア-ゼ(ＡＰＥ１)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８ＧｌｕＧ／Ｔ；又は
１以上のこれらの多型と連鎖不均衡にある、１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上のさらなる多型の有無についての結果を分析することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ ＴＴ遺伝子型；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＭＭＰ１２をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７Ｓｅｒ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＣ又はＣＣ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における-１３３ＣＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＭＵＣ５ＡＣをコードする遺伝子における-２２１ＴＴ遺伝子型；
Ａｒｇ１をコードする遺伝子におけるイントロン１ Ｃ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
ＩＧＦ２Ｒをコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２Ｖａｌ ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１０をコードする遺伝子における-１０８２ＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-８をコードする遺伝子における-２５１ＡＡ遺伝子型；
ＸＲＣＣ１遺伝子におけるＡｒｇ３９９ＧｌｎＡＡ遺伝子型；
ＣＣＮＤ１をコードする遺伝子におけるＡ８７０Ｇ ＧＧ遺伝子型；
ＸＰＤ遺伝子のプロモーターにおける-７５１ＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＧ又はＧＧ遺伝子型；
ＯＧＧ１をコードする遺伝子におけるＳｅｒ３２６Ｃｙｓ ＧＧ遺伝子型；又は
ＲＥＶ１をコードする遺伝子におけるＰｈｅ２５７Ｓｅｒ ＣＣ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる低いリスクを指し示す、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
以下の：
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６ＴＴ遺伝子型；
ＡＣＴをコードする遺伝子におけるＡｌａ１５ＴｈｒＧＧ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子における１０５ＡＡ遺伝子型；
ＩＬ-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３ＣＣ遺伝子型；
ＩＦＮγをコードする遺伝子における８７４ＡＡ遺伝子型；
ＣＯＸ２をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７６５ＧＧ遺伝子型；
ＣＴＧＦをコードする遺伝子における-４４７ＣＣ又はＧＣ遺伝子型；
ＭＢＬ２をコードする遺伝子における＋１６１ＡＡ又はＡＧ遺伝子型；
ＩＬ-１Ｂをコードする遺伝子における-５１１ＧＧ遺伝子型；
ＦＡＳをコードする遺伝子におけるＡ-６７０Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＮＡＴ２をコードする遺伝子におけるＡｒｇ１９７ＧｌｎＧＧ遺伝子型；
ＣＹＰ１Ａ１をコードする遺伝子におけるＩｌｅ４６２Ｖａｌ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子における１０１９Ｇ／ＣＰｓｔＩ ＣＣ又はＣＧ遺伝子型；
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子におけるＣ／Ｔ ＲｓａＩ ＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ＧＳＴＭをコードする遺伝子におけるＧＳＴＭヌル遺伝子型；
ＭＭＰ１をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１６０７ ２Ｇ／２Ｇ遺伝子型；
ＮＢＳ１をコードする遺伝子におけるＧｌｎ１８５Ｇｌｕ ＣＣ遺伝子型；又は
ＡＰＥ１をコードする遺伝子におけるＡｓｐ１４８Ｇｌｕ ＧＧ遺伝子型
からなる群から選ばれる１以上の多型の存在が、肺癌を発達させる高いリスクを指し示す、請求項４又は請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記方法が、１以上の疫学的リスク因子の分析を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法において使用するための１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーであって、当該１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーが、分析される当該多型が存在する遺伝子の多型領域にかかっているか、又はかかるために使用できる、前記１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項９】
配列番号１〜配列番号１４５のいずれかひとつの配列を含む、請求項８に記載される１以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項１０】
請求項１に定義される群から選ばれる多型のうちの１以上をコードする核酸配列又はそれらに相補的である配列にハイブリダイズできる核酸配列を提示する支持体を含む核酸マイクロアレイ。
【請求項１１】
請求項１〜７のいずれか一項に記載される方法において使用するための抗体マイクロアレイであって、当該マイクロアレイが、遺伝子発現産物に結合できる抗体を提示する支持体を含み、当該遺伝子発現が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御される、前記マイクロアレイ。
【請求項１２】
請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御される遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該方法が以下の：
遺伝子発現の上方制御又は下方制御と関連することが決定された請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される保護的多型を含む細胞と候補化合物を接触させ；そして
当該候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する
を含み、ここで、接触ステップの前に比べて、接触ステップの後に発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、前記方法。
【請求項１３】
前記細胞が、当該多型の存在を確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の上方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する罹患性多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の上方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞が、前記遺伝子の発現の下方制御と関連する保護的多型を含み、そして前記スクリーニングが、当該遺伝子の発現をさらに下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１８】
遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、当該遺伝子の発現が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御され、当該方法が以下のステップ：
その発現が、請求項３に定義される群から選ばれる罹患性多型又は請求項２に定義される保護的多型と関連する場合に上方制御又は下方制御されるが、当該細胞においてその発現が上方制御も下方制御もされていないところの遺伝子を含む細胞と候補化合物を接触させ、そして
上記候補化合物と接触させた後に当該遺伝子の発現を計測する、
を含み、ここで上記接触ステップの前に比べて当該接触ステップの後の発現レベルの変化が、当該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を指し示す、
前記方法。
【請求項１９】
前記細胞が、前記遺伝子の存在及び発現のベースラインレベルを確認するために予めスクリーニングされたヒト肺細胞である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記遺伝子発現が罹患性多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記遺伝子発現が保護的多型と関連する場合に上方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を上方制御する候補化合物に対してされる、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記遺伝子発現が保護的多型と接触される場合に下方制御され、そして前記スクリーニングが、前記細胞において、当該遺伝子発現を下方制御する候補化合物に対してされる、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２４】
肺癌と診断されるか又は肺癌にかかりやすい対象の予防又は治療処置への応答性を評価するために使用されるデーターを取得する方法であって、当該処置が遺伝子発現産物の生理学的に活性な濃度を当該対照の年齢及び性別について通常である範囲内に回復させることを含み、当該方法が、以下のステップ：
(i)  当該対象から得たサンプルの１以上の遺伝子検査の結果を取得し；そして
（ｉｉ）請求項３に定義される群から選ばれる１以上の多型の有無について結果を分析することを含み、当該多型は存在する場合当該遺伝子の発現を上方制御又は下方制御し、その結果当該発現された遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が当該通常範囲を外れ、ここで当該多型の有無を指し示すデーターが当該処置に応答する対象を指し示す、前記方法。
【請求項２５】
肺癌から選ばれる１以上の閉塞性肺疾患を発達させる対象のリスクを評価するキットであって、当該キットが以下の：
一酸化窒素合成酵素３(ＮＯＳ３)をコードする遺伝子におけるＡｓｐ２９８Ｇｌｕ；
ＮＯＳ３をコードする遺伝子のプロモーターにおける-７８６Ｔ/Ｃ；
スーパーオキシドジスムターゼ３(ＳＯＤ３)をコードする遺伝子におけるＡｒｇ３１２Ｇｌｎ；
アンチキモトリプシン(ＡＣＴ)をコードする遺伝子におけるＡｌａ１５Ｔｈｒ；
マトリクスメタロプロテイナーゼ１２(ＭＭＰ１２)をコードする遺伝子におけるＡｓｎ３５７ＳｅｒＡ/Ｇ；
インターロイキン-１８(ＩＬ-１８)をコードする遺伝子における１０５Ａ/Ｃ；
インターロイキン-１８をコードする遺伝子のプロモーターにおける-１３３Ｇ/Ｃ；
インターフェロンγ(ＩＦＮγ)をコードする遺伝子における８７４Ａ/Ｔ；
シクロオキシゲナーゼ２(ＣＯＸ２)をコードする遺伝子における-７６５Ｇ/Ｃ；
結合組織増殖因子(ＣＴＧＦ)をコードする遺伝子における-４４７Ｇ/Ｃ；
ムチン５ＡＣ(ＭＵＣ５ＡＣ)をコードする遺伝子における-２２１Ｃ／Ｔ；
マンノース結合性レクチン２(ＭＢＬ２)をコードする遺伝子における＋１６１Ｇ／Ａ；
アルギナーゼ１(Ａｒｇ１)をコードする遺伝子におけるイントロン１Ｃ／Ｔ；
インスリン様成長因子ＩＩ受容体(ＩＧＦ２Ｒ)をコードする遺伝子におけるＬｅｕ２５２ＶａｌＣ／Ｇ；
インターロイキン１０(ＩＬ-１０)をコードする遺伝子における-１０８２Ａ／Ｇ；
又はこれらの多型のいずれか１以上と連鎖不均衡にある１以上の多型
からなる群から選ばれる１以上の多型の有無について当該対象由来のサンプルを分析する手段を含む、前記キット。