【手続補正書】
【提出日】平成20年12月18日(2008.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の生物学的サンプルから前立腺癌の予後判定を行う方法であって、
（ａ）生物学的サンプル中の前立腺癌特異的なＰＣＡ３ ｍＲＮＡの量及び前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）の量を評価する工程、
（ｂ）ＰＳＡ量に対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３ ｍＲＮＡの量比を決定する工程、及び
（ｃ）該量比を、少なくとも１つの予め定めたカットオフ値と比較する工程
を包含し、該予め定めたカットオフ値を超える量比を、該予め定めたカットオフ値よりも量比が低い場合と比べて前立腺癌によって死亡する危険度が高いことの指標とすることを特徴とする方法。
【請求項２】
該生物学的サンプルが、尿、前立腺組織切片、前立腺組織生検、精液及び膀胱洗浄物から選ばれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該生物学的サンプルが、直腸指診の後に得られる尿サンプルであることを特徴とする、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ＰＳＡの量がＰＳＡ ｍＲＮＡの量であることを特徴とする、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
生物学的サンプルから前立腺癌の予後判定を行う方法であって、
（ａ）生物学的サンプルを、前立腺癌特異的なＰＣＡ３ ｍＲＮＡにハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）該生物学的サンプルを、ＰＳＡ ｍＲＮＡにハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドと接触させる工程、
（ｃ）該生物学的サンプル中のＰＣＡ３ ｍＲＮＡの量及びＰＳＡ ｍＲＮＡの量を測定する工程、
（ｄ）ＰＳＡ ｍＲＮＡ量に対するＰＣＡ３ ｍＲＮＡの量比を決定する工程、及び
（ｅ）ＰＳＡ ｍＲＮＡ量に対するＰＣＡ３ ｍＲＮＡの量比を、少なくとも１つの予め定めたカットオフ値と比較する工程
を包含し、該予め定めたカットオフ値を超える量比を、侵襲性の高い癌の存在の指標として、該予め定めたカットオフ値よりも低い量比を、侵襲性のより低い癌の存在の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項６】
生物学的サンプル中の前立腺癌の腫瘍体積を評価する方法であって、
（ａ）サンプル中の前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡの量を評価する工程、
（ｂ）ＰＳＡ量に対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量比を決定する工程、及び
（ｃ）該量比を、少なくとも１つの予め定めたカットオフ値と比較する工程
を包含し、該予め定めたカットオフ値を超える量比を、該予め定めたカットオフ値より量比が低い場合と比べて前立腺癌の腫瘍体積が大きいことの指標とすることを特徴とする方法。
【請求項７】
患者の生物学的サンプルから前立腺癌の腫瘍成長をモニターする方法であって、
（ａ）第１の時点に得た生物学的サンプル中の前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡの量を評価する工程、
（ｂ）ＰＳＡ量に対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量比を決定する工程、
（ｃ）後期の時点に該患者から得た生物学的サンプルを用いて、工程（ａ）及び（ｂ）を繰り返す工程、及び
（ｄ）工程（ｂ）で得た量比を工程（ｃ）で得た量比と比較する工程
を包含し、工程（ｂ）で得た量比が工程（ｃ）で得た量比より大きい場合を、前立腺癌の進行及び腫瘍体積増加の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項８】
生物学的サンプルから前立腺癌の進行をモニターする方法であって、
（ａ）生物学的サンプルを、前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）該生物学的サンプルを、ＰＳＡ核酸にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドと接触させる工程、
（ｃ）該生物学的サンプル中のＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡ核酸の量を測定する工程、
（ｄ）ＰＳＡ核酸量に対するＰＣＡ３核酸の量比を決定する工程、
（ｅ）後期の時点に工程（ａ）〜（ｄ）を繰り返す工程、及び
（ｆ）工程（ｄ）で得た量比を工程（ｅ）で得た量比と比較する工程
を包含し、工程（ｅ）で得た量比が工程（ｄ）で得た量比よりも大きい場合を、前立腺癌の進行を示す指標とすることを特徴とする方法。
【請求項９】
前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量の測定に増幅反応を用いることを特徴とする、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
該増幅反応が
（ａ）ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ法）、
（ｂ）核酸増幅法（ＮＡＳＢＡ法）、
（ｃ）転写媒介性増幅法（ＴＭＡ法）、
（ｄ）リガーゼ連鎖反応法（ＬＣＲ法）、及び
（ｅ）ストランド置換増幅法（ＳＤＡ法）
からなる群より選ばれるものであることを特徴とする、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡ核酸の量の測定に、ハイブリダイゼーションアッセイ法を用いることを特徴とする、請求項５又は８に記載の方法。
【請求項１２】
前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量の評価を、下記の（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるＰＣＡ３核酸配列にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドを用いて行うことを特徴とする、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
（ａ）配列番号１の核酸配列、
（ｂ）配列番号２の核酸配列、及び
（ｃ）ストリンジェントな条件下で上記核酸配列（ａ）又は（ｂ）にハイブリダイズする核酸配列。
【請求項１３】
ＰＳＡの量の評価を、下記の（ａ）及び（ｂ）からなる群より選ばれるＰＳＡ核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドを用いて行うことを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
（ａ）配列番号３８の核酸配列、及び
（ｂ）ストリンジェントな条件下で上記核酸配列（ａ）にハイブリダイズする核酸配列。
【請求項１４】
該生物学的サンプルに含まれるＰＳＡタンパク質の量を評価することを特徴とする、請求項１、２、３、６、７及び１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
ＰＳＡタンパク質量の評価を、抗体を用いて行うことを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
下記のものを収容する少なくとも１つの容器を含む、前立腺癌の診断及び予後判定を行うためのキット。
（ａ）下記の核酸配列（ｉ）〜（ｉｖ）からなる群より選ばれる前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチド：
（ｉ）配列番号１の核酸配列、
（ｉｉ）配列番号２の核酸配列、
（ｉｉｉ）上記核酸配列（ｉ）又は（ｉｉ）に完全に相補的な核酸配列、及び
（ｉｖ）ストリンジェントな条件下で上記核酸配列（ｉ）、（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）にハイブリダイズする核酸配列；
（ｂ）下記の核酸配列（ｉ）〜（ｉｉｉ）からなる群より選ばれるＰＳＡ核酸にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチド：
（ｉ）配列番号３８の核酸配列、
（ｉｉ）上記核酸配列（ｉ）に完全に相補的な核酸配列、及び
（ｉｉｉ）ストリンジェントな条件下で上記核酸配列（ｉ）又は（ｉｉ）にハイブリダイズする核酸配列；及び
（ｃ）ＰＳＡ核酸レベルに対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸レベルの特定の比の検出に基づいて前立腺癌の診断及び予後判定を行うための説明書。
【請求項１７】
治療後の前立腺癌の進行の危険度を判定するための方法であって、
（ａ）治療前のサンプル中の前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡの量を評価する工程、
（ｂ）ＰＳＡ量に対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量比を決定する工程、
（ｃ）治療後の該患者の生物学的サンプルを用いて工程（ａ）及び（ｂ）を繰り返す工程、及び
（ｄ）治療後に得た量比を、治療前に得た量比と比較する工程
を包含し、治療後の量比が治療前の量比より大きい場合を、前立腺癌の進行の指標とすることを特徴とする方法。
【請求項１８】
該患者の前立腺サンプルのグリーソンスコアを決定する工程、及び該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比と該グリーソンスコアを、前立腺癌によって死亡する危険度と相関させる工程を更に包含することを特徴とする、請求項１〜１５及び１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比と該グリーソンスコアを、医薬品の効能の予測、患者の帰結、及び疾患危険度の予測からなる群より選ばれる少なくとも１種と相関させることを特徴とする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
患者から得た生物学的サンプル中の前立腺癌のステージを判定するための方法であって、
（ａ）該生物学的サンプル中の前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量及びＰＳＡの量を評価する工程、
（ｂ）ＰＳＡ量に対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸の量比を決定する工程、
（ｃ）該量比を、少なくとも１つの予め定めたカットオフ値と比較する工程、及び
（ｄ）量比を前立腺癌の特定のステージと相関させる工程
を包含し、該予め定めたカットオフ値を超える量比を、該予め定めたカットオフ値よりも量比が低い場合と比べて前立腺癌のステージが進行していることの指標とし、この指標に基づいて前立腺癌のステージを判定することを特徴とする方法。
【請求項２１】
該生物学的サンプルが、第１の時点と後期の時点との間に前立腺癌の治療を受けた患者から得たものであって、これを用いることで癌の腫瘍成長又は癌の進行に対する治療の効果をモニターすることを特徴とする、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項２２】
ヒト患者における前立腺癌の予後判定を行う方法であって、
（ａ）患者から得た生物学的サンプル又はその抽出物について、前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸配列に特異的な第１のプライマーペアと、ＰＳＡ核酸配列に特異的な第２のプライマーペアとを用いて in vitro 核酸増幅アッセイを行う工程、
（ｂ）ＰＣＡ３核酸配列とＰＳＡ核酸配列を定量する工程、及び
（ｃ）ＰＳＡに対するＰＣＡ３の正規化された量比を計算する工程であり、該量比は、該患者におけるＰＣＡ３ ｍＲＮＡレベル及びＰＳＡ ｍＲＮＡレベルと相関させることができるものである、
を包含し、ＰＳＡに対するＰＣＡ３の該正規化された量比は、前立腺癌のグレード又はステージと相関性を有することを特徴とする方法。
【請求項２３】
（ａ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が２００×１０-3を超える場合には、患者の予後は不良であると判定し、 
（ｂ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が７５×１０-3〜２００×１０-3である場合には、患者の予後は中庸であると判定し、 
（ｃ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が０〜７５×１０-3である場合には、患者の予後は良好又は危険度は低いと判定する 
ことを特徴とする、請求項１〜１３及び２０〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
（ａ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が２００×１０-3を超える場合には、グリーソンスコア７超と相関させ、 
（ｂ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が７５×１０-3〜２００×１０-3である場合には、グリーソンスコア６又は７と相関させ、 
（ｃ）該ＰＣＡ３／ＰＳＡ比が０〜７５×１０-3である場合には、グリーソンスコア０〜５と相関させる 
ことを特徴とする、請求項１８又は１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
患者における前立腺癌の予後判定を行うためのキットであって、
（ａ）患者から得たサンプル中に存在する前立腺癌に関連するＰＣＡ３核酸を増幅するための、特異的な第１のプライマーペア、
（ｂ）ＰＳＡ核酸を増幅するための、特異的な第２のプライマーペア、
（ｃ）ＰＣＡ３とＰＳＡ核酸配列の両方が存在する時に、ＰＣＡ３核酸及びＰＳＡ核酸の増幅産物の定量的検出を可能にする試薬、及び
（ｄ）ＰＳＡ核酸レベルに対する前立腺癌特異的なＰＣＡ３核酸レベルの特定の比の検出に基づいて、前立腺癌の診断及び予後判定を行うための説明書を含むキット。
【請求項２６】
該カットオフ値が、１３２×１０-3及び２００×１０-3からなる群より選ばれることを特徴とする、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
血清ＰＳＡタンパク質濃度が３ｎｇ／ｍｌというカットオフ値を用いる工程を更に包含することを特徴とする、請求項１〜１５、１７〜２０及び２２〜２４のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４４】
ある種の態様においては、ｍＲＮＡの量をＲＴ−ＰＣＲに基づくアッセイで検出してもよい。ＲＴ−ＰＣＲにおいては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を逆転写と共に用いる。このようなアッセイにおいては、少なくとも２種のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて生物学的サンプルから誘導したＰＣＡ３ ｃＤＮＡ又はＰＳＡ ｃＤＮＡの一部分を増幅することができるが、少なくとも１種のオリゴヌクレオチドはＰＣＡ３ ＲＮＡ又はＰＳＡ ＲＮＡをコードするポリヌクレオチドに特異的（即ち、ハイブリダイズするもの）である。その後、当業界ではよく知られている技術、たとえば、ゲル電気泳動とエチジウムブロマイド染色によって、増幅したｃＤＮＡを分離して検出することができる。増幅は、試験患者から採取した生物学的サンプルと前立腺癌を患っていない個体から採取した生物学的サンプル（対照サンプル）、あるいは他の種類の対照サンプルに対して行うことができる。増幅反応は何段階かの希釈を行ったｃＤＮＡに対して（又は何段階かに希釈した生物学的サンプルに対して直接）行うことができ、希釈率は、たとえば２桁に及ぶ。予め定めたカットオフ値を超える量比は、前立腺癌の存在、あるいは前立腺癌を発症する素因又は前立腺癌が特定のステージに進行する（侵襲性の）素因を示す。通常、対照サンプルと比べて、生物学的サンプルにおいてＰＳＡ核酸に対するＰＣＡ３核酸の相対発現量が増加していることは、前立腺癌の存在又は前立腺癌を発症する素因を示す。特徴的な量比はまた、検出した前立腺癌のステージ及び侵襲性の指標でもある。