【手続補正書】
【提出日】平成23年3月25日(2011.3.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルにおける細菌からの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するか又は検出するためへの少なくとも１つのオリゴヌクレオチドの使用方法であって、
（ａ）増幅反応又はハイブリダイゼーションアッセイを実施するために、前記サンプルと、配列番号118、119及び125-171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義される細菌tufヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドとを接触し；そして
（ｂ）前記サンプルにおける細菌からの前記１又は複数の核酸の存在及び/又は量の表示として、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド又は増幅された生物の存在及び/又は量を検出することを含んで成る方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、配列番号：147-171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義される細菌tufヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記方法が、前記サンプルと、配列番号：23, 24, 107及び108、又はそれらの相補的配列から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成る少なくとも１つのオリゴヌクレオチドとを接触することを含んで成る、請求項２記載の方法。
【請求項４】
エンテロコーカス・ファエシウム（Enterococcus faecium）、リステリア・モノシトゲネス（Listeria  monocytogenes）、ネイセリア・メニンギチジス（Neisseria meningitides）、スタフィロコーカス・サプロフィチカス（Staphylococcus saprophyticus）、ストレプトコーカス・アガラクチアエ（Streptococcus agalactiae）、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、エンテロコーカス属の１又は複数のメンバー、ネイセリア属の１又は複数のメンバー、スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバー、ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバー、又はガンジダ属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在及び/又は量を決定するための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを用いることをさらに含んで成り；１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在及び/又は量を決定するための前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、
（ａ）エンテロコーカス・ファエシウムからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号26、又はその相補的配列；
（ｂ）リステリア・モノシトゲネスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号27、又はその相補的配列；
（ｃ）ネイセリア・メニンギチジスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号28、又はその相補的配列；
（ｄ）スタフィロコーカス・サプロフィチカスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号29、又はその相補的配列；
（e）ストレプトコーカス・アガラクチアエからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号30、又はその相補的配列；及び
（ｆ）カンジダ・アルビカンスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号120、又はその相補的配列；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列の１つのみに対して特異的にハイブリダイズし；又は
１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在及び/又は量を決定するための前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、
（ｇ）エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号131-134又はそれらの相補的配列；
（ｈ）ネイセリア属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号31又はそれらの相補的配列；
（i）スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号140−143又はそれらの相補的配列；
（ｊ）ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号32−36又はそれらの相補的配列；及び
（ｋ）ガンジダ属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号120−124又はそれらの相補的配列；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列の群の１つのみに対して特異的にハイブリダイズする、請求項１〜３のいずれか１記載の方法。
【請求項５】
（ａ）前記エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーが、E. アビウム（E. avium）、 E.カセリフラバス（E. casseliflavus）、 E. ジスパー（E. dispar）、 E. ジュランス（E. durans）、 E.ファエカリス (E. faecalis)、 E. ファエキウム（E. faecium）、 E. フラベスセンス（E. flavescens）、 E. ガリナラム（E. gallinarum）、 E. ヘラエ（E. nirae）、 E. ムンドチ（E. mundtii）、 E. ラフィノサス（E. raffinosus）、 E. ソリタリウム（E. solitarius）、 E. サッカロリチカス（E. saccharolyticus）、 E. セコラム（E. cecorum）及びE. シュードアピウム（E. pseudoavium）から成る群から選択され；
（ｂ）前記ネイセリア属の１又は複数のメンバーが、N.カニス（N. canis）、 N. シネレア（N. cinerea）、 N. エロンガタ（N. elongate）、 N. フラベスセンス（N. flavescens）、 N. フラベスセンス・ブランハム（N. Flavescens Branham）、 N. ゴノルホエア（N. gonorrhoeae）、 N. ラクタミカ（N. lactamica）、 N. メニンギチジス（N. meningitides）、 N.ムコサ（N. mucosa）、 N. ポリサッカレア（N. polysaccharea）、 N.シカ（N. sicca）、 N. サブフラバ（N. subflava）、 N. ウエアベリ（N. weaveri）、 N.アニアリス（N. animalis）、 N. カビアエ（N. caviae）及びN. クニクリ（N. cuniculi）から成る群から選択され；
（ｃ）前記スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アウレウス（S. aureus）、S.アウリクラリス（S. auricularis）、S. カピチス（S. capitis）、S. コヒニ（S. cohnii）、S. エピダーミジス（S. epidermidis）、S. ハエモリチカス（S. haemolyticus）、S. ホミニス（S. hominis）、S. ルグデュネシス（S. lugdunensis）、S. サプロフィチカス（S. saprophyticus）、S. スキエイフェリ（S. schleiferi）、S. シムランス（S. simulans）、S. ワルネリ（S. warneri）及びS. キシロサス（S. xylosus）から成る群から選択され；
（ｄ）前記ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アガラクチアエ（S. agalactiae）、 S. アンギノサス（S. anginosusu）、 S. ボビス（S. bovis）、 S. コンステラタス（S. constellatus）、 S. クリスタ（S. crista）、 S. ジスガラクチアエ（S. dysgalactiae）、 S. エクイ（S. equi）、 S. ゴルドニ（S. gordonii）、 S. インテルメジウス（S. intermedius）、 S. ミチス（S. mitis）、 S. オラリス（S. oralis）、 S. パラサングイス（S. parasanguis）、 S. プネウモニアエ（S. pneumoniae）、 S. ピオゲネス（S. pyogenes）、 S. サンガイス（S. sanguis）、 S. ソブリナス（S. sobrinus）、 S. スイス（S. suis）、 S. ウベリス（S. uberis）、 S. ベスチブラリス（S. vestibelaris）及びS. ビリダンス（S. viridans）から成る群から選択され；そして/又は
（ｅ）前記ガンジダ属の１又は複数のメンバーが、C. アルビカンス（C. albicans）、 C. グラブラタ（C. glabrata）、 C. クルセイ（C. krusei）、 C. パラプシロシス（C. parapsilosis）、 C. トロピカリス（C. tropicalis）、 C. グイリエリモンジ（C. guilliemondii）、 C. ケフィル（C. kefyr）及びC. ルシタニアエ（C. lusitaniae）から成る群から選択される、請求項４記載の方法。
【請求項６】
（ａ）前記エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーが、E. アビウム（E. avium）、 E.カセリフラバス（E. casseliflavus）、 E. ジスパー（E. dispar）、 E. ジュランス（E. durans）、 E.ファエカリス (E. faecalis)、 E. ファエキウム（E. faecium）、 E. フラベスセンス（E. flavescens）、 E. ガリナラム（E. gallinarum）、 E. ヘラエ（E. nirae）、 E. ムンドチ（E. mundtii）、 及びE. ラフィノサス（E. raffinosus）から成る群から選択され；
（ｂ）前記ネイセリア属の１又は複数のメンバーが、N.カニス（N. canis）、 N. シネレア（N. cinerea）、 N. エロンガタ（N. elongate）、 N. フラベスセンス（N. flavescens）、 N. ゴノルホエア（N. gonorrhoeae）、 N. ラクタミカ（N. lactamica）、 N. メニンギチジス（N. meningitides）、 N.ムコサ（N. mucosa）、 N. ポリサッカレア（N. polysaccharea）、 N.シカ（N. sicca）、 N. サブフラバ（N. subflava）、 及びN. ウエアベリ（N. weaveri）から成る群から選択され；
（ｃ）前記スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アウレウス（S. aureus）、S.アウリクラリス（S. auricularis）、S. カピチス（S. capitis）、S. コヒニ（S. cohnii）、S. エピダーミジス（S. epidermidis）、S. ハエモリチカス（S. haemolyticus）、S. ホミニス（S. hominis）、S. ルグデュネシス（S. lugdunensis）、S. サプロフィチカス（S. saprophyticus）、S. スキエイフェリ（S. schleiferi）、S. シムランス（S. simulans）、S. ワルネリ（S. warneri）及びS. キシロサス（S. xylosus）から成る群から選択され；
（ｄ）前記ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アガラクチアエ（S. agalactiae）、 S. アンギノサス（S. anginosusu）、 S. ボビス（S. bovis）、 S. コンステラタス（S. constellatus）、 S. クリスタ（S. crista）、 S. ジスガラクチアエ（S. dysgalactiae）、 S. エクイ（S. equi）、 S. ゴルドニ（S. gordonii）、 S. インテルメジウス（S. intermedius）、 S. ミチス（S. mitis）、 S. オラリス（S. oralis）、 S. パラサングイス（S. parasanguis）、 S. プネウモニアエ（S. pneumoniae）、 S. ピオゲネス（S. pyogenes）、 S. サンガイス（S. sanguis）、 S. ソブリナス（S. sobrinus）、 S. スイス（S. suis）、 S. ウベリス（S. uberis）、 S. ベスチブラリス（S. vestibelaris）及びS. ビリダンス（S. viridans）から成る群から選択され；そして/又は
（ｅ）前記ガンジダ属の１又は複数のメンバーが、C. アルビカンス（C. albicans）、 C. グラブラタ（C. glabrata）、 C. クルセイ（C. krusei）、 C. パラプシロシス（C. parapsilosis）、及び C. トロピカリス（C. tropicalis）から成る群から選択される、請求項４記載の方法。
【請求項７】
前記１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在及び/又は量が、
（ａ）エンテロコーカス・ファエシウムからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号１及び２、又はそれらの相補的配列；又は配列番号26又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｂ）リステリア・モノシトゲネスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号３及び４、又はそれらの相補的配列；又は配列番号27又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｃ）ネイセリア・メニンギチジスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号５及び６、又はそれらの相補的配列；又は配列番号28又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｄ）スタフィロコーカス・サプロフィチカスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号７及び８、又はそれらの相補的配列；又は配列番号29又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（e）ストレプトコーカス・アガラクチアエからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号９及び10、又はそれらの相補的配列；又は配列番号30又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｆ）カンジダ・アルビカンスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号11及び12、又はそれらの相補的配列；又は配列番号120又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｇ）エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号13及び14、又はそれらの相補的配列；又は配列番号131−134又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｈ）ネイセリア属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号15及び16、又はそれらの相補的配列；又は配列番号31又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（i）スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号17−20、又はそれらの相補的配列；又は配列番号140−143又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；及び
（ｊ）ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号21及び22、又はそれらの相補的配列；又は配列番号33−36又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成る少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを用いて決定される、請求項４〜６のいずれか１記載の方法。
【請求項８】
Blatem、blaahv、blarob、blaoxa、blaZ、aadB、 aacC1、aacC2、aacC3、aac6’-lla、 aacA4、 aad(6’)、 vanA、vanB、vanC、 msrA、satA、aac(6’)-aph(2’’)、vat、vga、ermA、ermB、ermC、 mecA、int及びsulから成る群から選択され１又は複数の細菌性抗生物質耐性遺伝子からの核酸の存在を決定するための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドをさらに用いることを含んで成る、請求項１〜７のいずれか１記載の方法。
【請求項９】
前記１又は複数の細菌性抗生物質耐性遺伝子が、blaoxa、blaZ、aac6’-lla、vanB、vaC、 ermA、ermB及びermCから成る群から選択され、そして1又は複数の細菌性抗生物質耐性遺伝子からの核酸の存在を決定するための前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、
（ａ）blaoxaの検出のための配列番号110又はその相補的配列；
（ｂ）blaZの検出のための配列番号111又はその相補的配列；
（ｃ）aac6’-llaの検出のための配列番号112又はその相補的配列；
（ｄ）ermAの検出のための配列番号113又はその相補的配列；
（e）ermBの検出のための配列番号114又はその相補的配列；
（ｆ）ermCの検出のための配列番号115又はその相補的配列；
（ｇ）vanBの検出のための配列番号116又はその相補的配列；及び
（ｈ）vanCの検出のための配列番号117又はその相補的配列；
から成る群から選択された１又は複数のヌクレオチド配列に対して特異的にハイブリダイズする、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
１又は複数の細菌性抗生物質耐性遺伝子からの核酸の存在を決定するための前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、
（ａ）blatemの検出のための、配列番号37-40、又はそれらの相補的配列；又はblatemのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｂ）blaahvの検出のための、配列番号41-44、又はそれらの相補的配列；又はblaahvのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｃ）blarobの検出のための、配列番号45-48、又はそれらの相補的配列；又はblarobのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｄ）blaoxaの検出のための、配列番号49-50、又はそれらの相補的配列；又はblaoxaのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（e）blaZの検出のための、配列番号51-52、又はそれらの相補的配列；又はblaZのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｆ）aadBの検出のための、配列番号53-54、又はそれらの相補的配列；又はaadBのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｇ）aacC1の検出のための、配列番号55-56、又はそれらの相補的配列；又はaacC1のヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｈ）aacC2の検出のための、配列番号57-58、又はそれらの相補的配列；又はaacC2のヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（i）aacC3の検出のための、配列番号59-60、又はそれらの相補的配列；又はaacC3のヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｊ）aac6’-llaの検出のための、配列番号61-64、又はそれらの相補的配列；又はaac6’-llaのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｋ）aacA4の検出のための、配列番号65-66、又はそれらの相補的配列；又はaacA4のヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｌ）vanAの検出のための、配列番号67-70、又はそれらの相補的配列；又はvanAのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｍ）vanBの検出のための、配列番号71-74、又はそれらの相補的配列；又はvanBのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｎ）vanCの検出のための、配列番号75-76、又はそれらの相補的配列；又はvanCのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（o）msrAの検出のための、配列番号77-80、又はそれらの相補的配列；又はmsrAのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｐ）satAの検出のための、配列番号81-82、又はそれらの相補的配列；又はsatAのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｑ）aac(6’)-aph(2’’)の検出のための、配列番号83-86、又はそれらの相補的配列；又はaac(6’)-aph(2’’)のヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｒ）vatの検出のための、配列番号87-88、又はそれらの相補的配列；又はvatのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｓ）vgaの検出のための、配列番号89-90、又はそれらの相補的配列；又はvgaのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｔ）ermAの検出のための、配列番号91-92、又はそれらの相補的配列；又はermAのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（u）ermBの検出のための、配列番号93-94、又はそれらの相補的配列；又はermBのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｖ）ermCの検出のための、配列番号95-96、又はそれらの相補的配列；又はermCのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｗ）mecAの検出のための、配列番号97-98、又はそれらの相補的配列；又はmecAのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｘ）intの検出のための、配列番号99-102、又はそれらの相補的配列；又はintのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；及び
（ｙ）sulの検出のための、配列番号103-106、又はそれらの相補的配列；又はsulのヌクレオチド配列又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
から成る群から選択されたヌクレオチオド配列を含んで成る、請求項８記載の方法。
【請求項１１】
前記決定又は検出が同時に実施される、請求項１〜10のいずれか１記載の方法。
【請求項１２】
試験サンプルから直接、実施される、請求項１〜11のいずれか１記載の方法。
【請求項１３】
培養物又は懸濁液から成る試験サンプルから直接、実施される、請求項１〜12のいずれか１記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸が、
（ａ）ポリメラーゼ鎖反応（PCR）、
（ｂ）リガーゼ鎖反応（LCR)、
（ｃ）核酸配列に基づく増幅（NASBA）、
（ｄ）自立した配列複製（3SR）、
（ｅ）鎖置換増幅（SDA）、
（ｆ）枝分れDNAシグナル増幅（bDNA）、
（ｇ）転写−介在性増幅（TMA）、
（ｈ）循環プローブ技法（CPT）、
（i）ネスティドPCR、及び
（ｊ）複合PCR、
から成る群から選択された方法により増幅される、請求項１〜13のいずれか１記載の方法。
【請求項１５】
前記核酸がPCRにより増幅される、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
前記増幅条件が均一である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
（ａ）（i）サンプルの細菌からの前記１又は複数の核酸を、不活性支持体上に沈殿し、そして固定し、又は溶液下で放置し、又は
（ii）前記サンプルを、不活性支持体上に接種し、そして
（ｂ）実質的に一本鎖の形で存在する、前記サンプルにおける前記１又は複数の核酸を開放するために、前記接種されたサンプルを現場溶解し；
（ｃ）前記実質的に一本鎖の１又は複数の核酸と、配列番号118、119及び125−171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブとを接触し、それによりハイブリダイゼーション複合体が形成され；そして
（ｄ）前記サンプルにおける細菌からの前記１又は複数の核酸の存在及び/又は量の表示として、前記不活性支持体上の又は前記溶液における前記ハイブリダイゼーション複合体の存在を検出することを、さらに含んで成る、請求項１〜１１のいずれか１記載の方法。
【請求項１８】
（ａ）少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含む水溶液により前記サンプルを処理し、前記プライマーの１つは、標的配列を含むいずれかの細菌性核酸の２つの相補鎖の１つと選択的にハイブリダイズすることができ、そして他のプライマーは、鋳型として標的配列を含む延長生成物を形成するために前記鎖の他の１つとハイブリダイズすることができ、前記少なくとも１対のプライマーは、配列番号118、119及び125−171、又はそれらの相補的配列から成る群から定義されるtuf細菌ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズし；
（ｂ）前記プライマーの個々の標的配列を含む延長生成物を合成し、そして存在するなら、前記標的配列を、検出できるレベルに増幅し；そして
（ｃ）前記サンプルにおけるいずれかの細菌の存在及び/又は量の表示として前記増幅された標的配列の存在及び/又は量を検出することを、さらに含んで成る、請求項１〜11のいずれか１記載の方法。
【請求項１９】
前記少なくとも１対のプライマーが、配列番号145−171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする、請求項17又は18記載の方法。
【請求項２０】
前記方法が、前記サンプルと、配列番号23及び24；107及び108から成る群から選択された１対のヌクレオチド配列を含んで成る１対のオリゴヌクレオチドプライマーとを接触することを含んで成る、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記増幅反応が、個々の増幅サイクルに関して、95℃で１秒の変性段階、及び50℃で30秒のアニーリング−延長段階を含んで成る増幅条件下で実施される、請求項１〜20のいずれか１記載の方法。
【請求項２２】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが次の条件：65℃で一晩のプレ−ハイブリダイゼーション溶液におけるハイブリダイゼーション、続いて、65℃で15分間、1％SSCでの２度；65℃で15分間、１％SDSを含む２×SSCでの２度；65℃で15分間、1％SDSを含む１×SSCでの２度の後−ハイブリダイゼーション洗浄；及び25℃で15分間、1％SDSを含む0.1× SSCでの最終洗浄を含んで成る、請求項１〜20のいずれか１記載の方法。
【請求項２３】
配列番号118、119及び125-171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌性ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマー又はプローブ。
【請求項２４】
配列番号147-171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌性ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする、請求項23記載のオリゴヌクレオチドプライマー又はプローブ。
【請求項２５】
前記オリゴヌクレオチドプローブ又はプライマーが、配列番号23、24、107及び108、又はそれらの相補的配列から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成る、請求項24記載のオリゴヌクレオチドプライマー又はプローブ。
【請求項２６】
前記オリゴヌクレオチドプライマー又はプローブが、個々の増幅サイクルに関して、95℃で１秒の変性段階、及び50℃で30秒のアニーリング−延長段階を含んで成る増幅条件下で、それらの標的核酸を特異的に増幅できる１対の増幅プライマーである、請求項23〜25のいずれか１記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２７】
前記オリゴヌクレオチドプライマー又はプローブが、次の条件：65℃で一晩のプレ−ハイブリダイゼーション溶液におけるハイブリダイゼーション、続いて、65℃で15分間、1％SSCでの２度；65℃で15分間、１％SDSを含む２×SSCでの２度；65℃で15分間、1％SDSを含む１×SSCでの２度の後−ハイブリダイゼーション洗浄；及び25℃で15分間、1％SDSを含む0.1× SSCでの最終洗浄下で、その標的核酸に対して特異的にハイブリダイズすることができる、請求項23〜25のいずれか１記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項23〜27のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチドを含んで成る組換えプラスミド。
【請求項２９】
請求項28記載の組換えプラスミドにより形質転換されている組換え宿主。
【請求項３０】
前記宿主がE.コリである、請求項29記載の組換え宿主。
【請求項３１】
細菌からの１又は複数の核酸の検出、定量化又は両者のための配列番号118、119及び125-171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする、いずれか適切な組合せのプローブ及び/又はプライマーを含んで成る、細菌からの１又は複数の核酸の普遍的検出、定量化又は両者のための診断キット。
【請求項３２】
配列番号147−171、又はそれらの相補的配列から成る群により定義されるtuf細菌ヌクレオチド配列のすべてに対して特異的にハイブリダイズする、請求項31記載の診断キット。
【請求項３３】
前記キットが、配列番号：23、24、107及び108から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成る少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含んで成る、請求項32記載の診断キット。
【請求項３４】
１又は複数の菌類核酸の検出、定量化又は両者のための配列番号120-124、又はそれらの相補的配列から成る群により定義される菌類ヌクレオチド配列の個々に対して特異的にハイブリダイズする、いずれかの適切な組合せのプローブ及び/又はプライマーをさらに含んで成る、請求項31〜33のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項３５】
blaoxa、blaZ、aac6’-lla、ermA、ermB、ermC及びvanCから成る群から選択されたいずれかの組み合わせの細菌耐性遺伝子の核酸の検出及び/又は定量化のためのいずれかの適切な組合せのプローブ及び/又はプライマーをさらに含んで成り、ここで前記プライマー及び/又はプローブが、
（ａ）blaoxaの検出のための配列番号110又はその相補的配列；
（ｂ）blaZの検出のための配列番号111又はその相補的配列；
（ｃ）aac6’-llaの検出のための配列番号112又はその相補的配列；
（ｄ）ermAの検出のための配列番号113又はその相補的配列；
（e）ermBの検出のための配列番号114又はその相補的配列；
（ｆ）ermCの検出のための配列番号115又はその相補的配列；
（ｇ）vanBの検出のための配列番号116又はその相補的配列；及び
（ｈ）vanCの検出のための配列番号117又はその相補的配列；
から成る群から選択された１又は複数のヌクレオチド配列に対して特異的にハイブリダイズする、請求項31〜34のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項３６】
（ａ）エンテロコーカス・ファエシウムの存在及び/又は量を決定するための、配列番号１及び２、又はそれらの相補的配列；又は配列番号26又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｂ）リステリア・モノシトゲネスの存在及び/又は量を決定するための、配列番号３及び４、又はそれらの相補的配列；又は配列番号27又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｃ）ネイセリア・メニンギチジスの存在及び/又は量を決定するための、配列番号５及び６、又はそれらの相補的配列；又は配列番号28又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｄ）スタフィロコーカス・サプロフィチカスの存在及び/又は量を決定するための、配列番号７及び８、又はそれらの相補的配列；又は配列番号29又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（e）ストレプトコーカス・アガラクチアエの存在及び/又は量を決定するための、配列番号９及び10、又はそれらの相補的配列；又は配列番号30又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｆ）カンジダ・アルビカンスの存在及び/又は量を決定するための、配列番号11及び12、又はそれらの相補的配列；又は配列番号120又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｇ）エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーの存在及び/又は量を決定するための、配列番号13及び14、又はそれらの相補的配列；又は配列番号131−134又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（ｈ）ネイセリア属の１又は複数のメンバーの存在及び/又は量を決定するための、配列番号15及び16、又はそれらの相補的配列；又は配列番号31又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
（i）スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーの存在及び/又は量を決定するための、配列番号17−20、又はそれらの相補的配列；又は配列番号140−143又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；及び
（ｊ）ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーの存在及び/又は量を決定するための、配列番号21及び22、又はそれらの相補的配列；又は配列番号33−36又はその相補的配列に対して特異的にハイブリダイズするそれらの一部；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成るいずれかの適切な組み合わせのプライマーをさらに含んで成る、請求項31〜35のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項３７】
エンテロコーカス・ファエシウム、リステリア・モノシトゲネス、ネイセリア・メニンギチジス、スタフィロコーカス・サプロフィチカス、ストレプトコーカス・アガラクチアエ、カンジダ・アルビカンス、エンテロコーカス属の１又は複数のメンバー、ネイセリア属の１又は複数のメンバー、スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバー、ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバー、又はガンジダ属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在、量又は両者を決定するためのいずれか適切な組合せのプローブ及び/又はプライマーをさらに含んで成り、
（ａ）１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在、量又は両者を決定するための前記プローブ及び/又はプライマーが、
（1）エンテロコーカス・ファエシウムからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号26、又はその相補的配列；
（2）リステリア・モノシトゲネスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号27、又はその相補的配列；
（3）ネイセリア・メニンギチジスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号28、又はその相補的配列；
（4）スタフィロコーカス・サプロフィチカスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号29、又はその相補的配列；
（5）ストレプトコーカス・アガラクチアエからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号30、又はその相補的配列；及び
（6）カンジダ・アルビカンスからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号120、又はその相補的配列；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列の１つのみに対して特異的にハイブリダイズし；又は
（ｂ）１又は複数の細菌又は菌類核酸の存在及び/又は量を決定するための前記プローブ及び/又はプライマーが、
（7）エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号131-134又はそれらの相補的配列；
（8）ネイセリア属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号31又はそれらの相補的配列；
（9）スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号140−143又はそれらの相補的配列；
（10）ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号32−36又はそれらの相補的配列；及び
（11）ガンジダ属の１又は複数のメンバーからの１又は複数の核酸の存在及び/又は量を決定するための、配列番号120−124又はそれらの相補的配列；
から成る群から選択されたヌクレオチド配列の群の１つのみに対して特異的にハイブリダイズする、請求項31〜35のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項３８】
（ａ）前記エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーが、E. アビウム、 E.カセリフラバス、 E. ジスパー、 E. ジュランス、 E.ファエカリス、 E. ファエキウム、 E. フラベスセンス、 E. ガリナラム、 E. ヘラエ、 E. ムンドチ、 E. ラフィノサス、 E. ソリタリウム、 E. サッカロリチカス、 E. セコラム及びE. シュードアピウムから成る群から選択され；
（ｂ）前記ネイセリア属の１又は複数のメンバーが、N.カニス、 N. シネレア、 N. エロンガタ、 N. フラベスセンス、 N. フラベスセンス・ブランハム、 N. ゴノルホエア、 N. ラクタミカ、 N. メニンギチジス、 N.ムコサ、 N. ポリサッカレア、 N.シカ、 N. サブフラバ、 N. ウエアベリ、 N.アニアリス、 N. カビアエ及びN. クニクリから成る群から選択され；
（ｃ）前記スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アウレウス、S.アウリクラリス、S. カピチス、S. コヒニ、S. エピダーミジス、S. ハエモリチカス、S. ホミニス、S. ルグデュネシス、S. サプロフィチカス、S. スキエイフェリ、S. シムランス、S. ワルネリ及びS. キシロサスから成る群から選択され；
（ｄ）前記ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アガラクチアエ、 S. アンギノサス、 S. ボビス、 S. コンステラタス、 S. クリスタ、 S. ジスガラクチアエ、 S. エクイ、 S. ゴルドニ、 S. インテルメジウス、 S. ミチス、 S. オラリス、 S. パラサングイス、 S. プネウモニアエ、 S. ピオゲネス、 S. サンガイス、 S. ソブリナス、 S. スイス、 S. ウベリス、 S. ベスチブラリス及びS. ビリダンスから成る群から選択され；そして/又は
（ｅ）前記ガンジダ属の１又は複数のメンバーが、C. アルビカンス、 C. グラブラタ、 C. クルセイ、 C. パラプシロシス、 C. トロピカリス、 C. グイリエリモンジ、 C. ケフィル及びC. ルシタニアエから成る群から選択される、請求項36又は37記載の診断キット。
【請求項３９】
（ａ）前記エンテロコーカス属の１又は複数のメンバーが、E. アビウム、 E.カセリフラバス、 E. ジスパー、 E. ジュランス、 E.ファエカリス、 E. ファエキウム、 E. フラベスセンス、 E. ガリナラム、 E. ヘラエ、 E. ムンドチ、 及びE. ラフィノサスから成る群から選択され；
（ｂ）前記ネイセリア属の１又は複数のメンバーが、N.カニス、 N. シネレア、 N. エロンガタ、 N. フラベスセンス、 N. ゴノルホエア、 N. ラクタミカ、 N. メニンギチジス、 N.ムコサ、 N. ポリサッカレア、 N.シカ、 N. サブフラバ、 及びN. ウエアベリから成る群から選択され；
（ｃ）前記スタフィロコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アウレウス、S.アウリクラリス、S. カピチス、S. コヒニ、S. エピダーミジス、S. ハエモリチカスS. ホミニス、S. ルグデュネシス、S. サプロフィチカス、S. スキエイフェリ、S. シムランス、S. ワルネリ及びS. キシロサスから成る群から選択され；
（ｄ）前記ストレプトコーカス属の１又は複数のメンバーが、S. アガラクチアエ、 S. アンギノサス、 S. ボビス、 S. コンステラタス、 S. クリスタ、 S. ジスガラクチアエ、 S. エクイ、 S. ゴルドニ、 S. インテルメジウス、 S. ミチス、 S. オラリス、 S. パラサングイス、 S. プネウモニアエ、 S. ピオゲネス、 S. サンガイス、 S. ソブリナス、 S. スイス、 S. ウベリス、 S. ベスチブラリス及びS. ビリダンスから成る群から選択され；そして/又は
（ｅ）前記ガンジダ属の１又は複数のメンバーが、C. アルビカンス、 C. グラブラタ、 C. クルセイ、C. パラプシロシス、及び C. トロピカリスから成る群から選択される、請求項36又は37記載の診断キット。
【請求項４０】
blatem、blarob、blaahv、blaoxa、blaZ、aadB、 aacC1、aacC2、aacC3、aacA4、aac6’-lla、aad(6’)、ermA、ermB、ermC、 mecA、vanA、vanB、vanC、satA、aac(6’)-aph(2’’)、vat、vga、msrA、sul及びintから成る群から選択されたいずれかの細菌性抗生物質耐性遺伝子の核酸の同時検出及び/又は定量化のために、配列番号37-106、 173及び174、及びそれらの相補的配列から成る群から選択されたヌクレオチド配列を含んで成るいずれかの適切な組合せのプライマーをさらに含んで成る、請求項31〜39のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項４１】
前記オリゴヌクレオチドが、19〜30個の長さのヌクレオチドから成る、請求項23〜27のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４２】
前記プローブ及び/又はプライマーが、19〜30個の長さのヌクレオチドである、請求項31〜40のいずれか１項記載の診断キット。
【請求項４３】
（ａ）配列番号23及び24；
（ｂ）配列番号107及び108；及び
（ｃ）配列番号109及び172；
から成る群から選択された少なくとも１つのプライマー対の使用を含んで成る、請求項１〜22のいずれか１項記載の方法。
【請求項４４】
（ａ）配列番号23及び24；
（ｂ）配列番号107及び108；及び
（ｃ）配列番号109及び172；
から成る群から選択された少なくとも１つのプライマー対を含んで成る、請求項31〜40のいずれか１項記載の診断キット。