【手続補正書】
【提出日】平成21年10月6日(2009.10.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を含む組成物であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が、MNAzyme組織化助長因子（assembly facilitator）が存在する場合には自己組織化（self-assemble）して、触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成し；
該少なくとも第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の各々が、基質アーム部分、触媒コア部分およびセンサーアーム部分を含み；
自己組織化すると、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分のセンサーアーム部分が、MNAzymeのセンサーアームとして動作し、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分が、MNAzymeの基質アームとして動作し、ならびに該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が、MNAzymeの触媒コアとして動作し；ならびに
該MNAzymeのセンサーアームが、該MNAzyme組織化助長因子と相互作用して、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分を、それらのそれぞれの触媒コア部分が会合してMNAzymeの触媒コアを形成するように、近接した状態で維持し、該触媒コアが、少なくとも一つの基質を修飾することができ；ならびに
該MNAzymeの基質アームが、該MNAzymeの触媒コアが基質を修飾することができるように、基質に係合する、組成物。
【請求項２】
組織化助長因子が、同定、検出または定量されるターゲットである、請求項1記載の組成物。
【請求項３】
ターゲットが、核酸である、請求項2記載の組成物。
【請求項４】
基質アーム部分またはセンサーアーム部分のうちの少なくとも一つを安定させるように作用する少なくとも第三のオリゴヌクレオチド成分をさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の組成物。
【請求項５】
組織化助長因子、オリゴヌクレオチド成分もしくは基質のうちの少なくとも一つまたはそれらの組み合わせが、1つより多くの分子からなる、請求項1〜4のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６】
第一のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が、配列番号：149〜153、155〜157、159および161を含む群から選択され、ならびに第二のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が、配列番号：166〜170および172を含む群から選択される、請求項1〜5のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７】
オリゴヌクレオチド成分もしくは組織化助長因子もしくは基質のうちの少なくとも一つまたはそれらの組み合わせが、少なくとも一つのアプタマーまたはその一部分をさらに含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の組成物。
【請求項８】
アプタマーまたはその一部分が、核酸、ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質またはそれらの誘導体もしくは組み合わせのうちの少なくとも一つから構成される、請求項7記載の組成物。
【請求項９】
MNAzymeの自己組織化の少なくとも一つの阻害剤をさらに含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１０】
第一もしくは第二のオリゴヌクレオチド成分または組織化助長因子または基質のうちの少なくとも一つが、ヘアピン構造を形成することができる自己相補配列の少なくとも一部分をさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１１】
組織化助長因子が、核酸またはタンパク質である、請求項1〜10のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１２】
オリゴヌクレオチド成分、組織化助長因子、基質、または阻害剤のうちの少なくとも一つが、不溶性支持体に取り付けられている、請求項1〜11のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１３】
不溶性支持体が、少なくとも一つのナノ粒子もしくはミクロ粒子またはそれらの組み合わせを含む、請求項12記載の組成物。
【請求項１４】
基質が、検出可能な部分およびクエンチャー部分を含み、MNAzymeによる該基質の修飾に基づいて、該検出可能な部分によってもたらされる検出可能な作用が、増加または減少される、請求項1〜13のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１５】
MNAzymeによる基質の修飾が、検出可能な作用をもたらす、請求項14記載の組成物。
【請求項１６】
組織化助長因子および基質が、第一または第二のオリゴヌクレオチド成分の少なくとも一部に完全に相補的または部分的に相補的である核酸である、請求項1〜15のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１７】
少なくとも一つの追加の組織化助長因子が存在する場合に自己組織化して少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeを形成する、少なくとも第三のオリゴヌクレオチド成分および第四オリゴヌクレオチド成分をさらに含む組成物であって、
該少なくとも第三および第四のオリゴヌクレオチド成分の各々が、基質アーム部分、触媒コア部分およびセンサーアーム部分を含み；
少なくとも第三のオリゴヌクレオチド成分および第四のオリゴヌクレオチド成分が自己組織化すると、該少なくとも第三および少なくとも第四のオリゴヌクレオチド成分のセンサーアーム部分が、該少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeのセンサーアームを形成し、該少なくとも第三および該少なくとも第四のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分が、該少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeの基質アームを形成し、ならびに該少なくとも第三および少なくとも第四のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が、該少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeの触媒コアを形成し；ならびに
該少なくとも一つの追加のMNAzymeのセンサーアームが、該少なくとも一つの追加の組織化助長因子と相互作用して、該少なくとも第三および少なくとも第四のオリゴヌクレオチド成分を、それらそれぞれの触媒コア部分が会合して少なくとも一つの追加のMNAzymeの触媒コアを形成するように、近接した状態で維持し、該触媒コアが、少なくとも一つの追加の基質に対して作用することができ；ならびに
該少なくとも一つの追加のMNAzymeの基質アームが、該少なくとも一つの追加のMNAzymeの触媒コアが少なくとも一つの追加の基質に対して作用することができるように、少なくとも一つの追加の基質に係合する、
請求項1〜16のいずれか一項記載の組成物。
【請求項１８】
追加の基質の各々が、同じである、異なる、またはそれらの組み合わせである、請求項17記載の組成物。
【請求項１９】
オリゴヌクレオチド成分、組織化助長因子、基質、または阻害剤のうちの少なくとも一つが、DNA、RNA、核酸類似体、ペプチド核酸、ロックされた核酸、ペプチド-核酸キメラ、またはそれらの組み合わせを含む群から選択される、請求項1〜18のいずれか一項記載の組成物。
【請求項２０】
（a）二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分は、少なくとも第一の組織化助長因子が存在する場合には自己組織化して、少なくとも第一の触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成する、段階；
（b）該第一のMNAzymeによって修飾することができる少なくとも第一の基質を提供する段階であって、該MNAzymeによる該基質の修飾が、検出可能な作用をもたらす、段階；
（c）該少なくとも第一の組織化助長因子を含有すると推定されるサンプルと該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を、
（1）該少なくとも第一のMNAzymeの自己組織化、および
（2）該少なくとも第一のMNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（d）該検出可能な作用を検出し、それによって、該少なくとも第一の組織化助長因子の存在を検出する段階
を含む、少なくとも一つの組織化助長因子の存在を検出するための方法。
【請求項２１】
少なくとも一つの追加の組織化助長因子が存在する場合には自己組織化して、少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeを形成することができる、少なくとも第三および第四のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階をさらに含む方法であって、
少なくとも一つの追加の基質がサンプル中に存在し、該追加のMNAzymeによってのみ該追加の基質を修飾することができ、該修飾が、追加の検出可能な作用をもたらす、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも一つの基質が、その基質がそのそれぞれのMNAzymeによって修飾されたときに検出可能な作用を生じさせるように、少なくとも一つの不溶性支持体に取り付けられる、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
（a）基質および二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および少なくとも第二のオリゴヌクレオチド成分が、ターゲットが存在する場合には自己組織化して、触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成することができ、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の少なくとも一方が、少なくとも一つのアプタマー部分をさらに含む、段階；
（b）少なくとも一つのターゲットを含有すると推定されるサンプルと該オリゴヌクレオチド成分を、
（1）該少なくとも一つのアプタマー部分への該ターゲットの結合、および
（2）該MNAzymによる基質の触媒修飾
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（c）該MNAzymeによる触媒修飾の存在を判定する段階であって、該触媒修飾の存在がターゲットの存在を示す、段階
を含む、少なくとも一つのターゲットの存在を検出するための方法。
【請求項２４】
（a）少なくとも一つの基質、少なくとも一つの第一の組織化助長因子、および二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が、第一の組織化助長因子およびターゲットが存在する場合には自己組織化して、触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成することができ、ならびに該第一もしくは第二のオリゴヌクレオチド成分のうちの少なくとも一方、または該第一の組織化助長因子または該基質が、アプタマーまたはその一部分を含み、該ターゲットが、該アプタマーの少なくとも一部またはその一部分に結合することができ、ならびに該基質が少なくとも第一のMNAzymeによって修飾されることができ、該MNAzymeによる該基質の修飾が検出可能な作用をもたらす、段階；
（b）該ターゲットが不在の場合に該触媒活性MNAzymeの自己組織化を阻害することができる少なくとも第一の阻害剤を提供する段階；
（c）該ターゲットを含有すると推定されるサンプルと、該オリゴヌクレオチド成分、組織化助長因子、該基質、および該阻害剤を、
（1）該アプタマーまたはその一部分への該ターゲットの結合、および
（2）該触媒活性MNAzymeの自己組織化の阻害の解消、
（3）該MNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（d）該検出可能な作用の存在を判定し、それによって、該ターゲットの存在を検出する段階
を含む、少なくとも一つのターゲットの存在を検出するための方法。
【請求項２５】
オリゴヌクレオチド成分、組織化助長因子、アプタマーまたはアプタマー部分のうちの少なくとも一つが、阻害剤をさらに含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
触媒活性MNAzymeの自己組織化の阻害が、アプタマーまたはアプタマー部分とターゲットの接触に基づいて解消される、請求項24または25記載の方法。
【請求項２７】
阻害剤が、アプタマーまたはその一部分の少なくとも一つに結合することができる、請求項24〜26のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
検出可能な作用が、定量的または定性的に測定される、請求項20〜22または24〜27のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも一つの追加の組織化助長因子および少なくとも一つの追加のターゲットが存在する場合には少なくとも第三および第四のオリゴヌクレオチド成分が自己組織化して、少なくとも一つの追加の触媒活性MNAzymeを形成することができる、少なくとも一つの追加の組織化助長因子および少なくとも第三および第四のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階をさらに含む方法であって、
少なくとも一つの追加の基質がサンプル中に存在する場合には、該追加の基質を該追加のMNAzymeによって修飾することができ、該修飾が、追加の検出可能な作用をもたらし；ならびに
該第三もしくは第四のオリゴヌクレオチド成分または該追加の組織化助長因子または該追加の基質のうちの少なくとも一つが、該少なくとも一つの追加のターゲットに結合する少なくとも一つの追加のアプタマーまたはその一部分をさらに含み；
少なくとも一つの追加の阻害剤分子が、該追加のアプタマーの一部分に接触し、その結果、該追加のターゲットが不在の場合には該追加の触媒活性MNAzymeの自己組織化を阻害し；ならびに
該少なくとも一つの追加の組織化助長因子が、該追加のオリゴヌクレオチド成分の少なくとも一部分に接触する、
請求項24〜28のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
（a）二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が、核酸の配列変異体が存在する場合には自己組織化して、触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成する、段階；
（b）該第一のMNAzymeによって修飾することができる少なくとも一つの基質を提供する段階であって、該MNAzymeによる該基質の修飾が、検出可能な作用をもたらす、段階；
（c）配列変異体を含有すると推定されるサンプルと、該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を、
（1）該触媒活性MNAzymeの自己組織化、および
（2）該MNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（d）該検出可能な作用の存在を判定し、それによって、少なくとも一つの配列変異体の存在を検出する段階
を含む、少なくとも一つの核酸配列変異体の存在を検出するための方法。
【請求項３１】
配列変異体が、一塩基多型、多ヌクレオチド多型、挿入、欠失、重複、転座、フレームシフト配列変異体、ナンセンス配列変異体、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
第一のオリゴヌクレオチド成分と第二のオリゴヌクレオチド成分のいずれかまたは両方が、1つより多くの分子から構成される、請求項30または31記載の方法。
【請求項３３】
配列変異体を含有するサンプルが、亜硫酸水素塩修飾メチル化もしくは非メチル化DNA、亜硫酸水素塩修飾メチル化もしくは非メチル化RNA、亜硫酸水素塩修飾メチル化もしくは非メチル化DNAの少なくとも一つのアンプリコン、亜硫酸水素塩修飾メチル化もしくは非メチル化RNAの少なくとも一つのアンプリコン、またはそれらの組み合わせを含む群から選択される、請求項30〜32のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
（a）核酸が存在する場合に自己組織化して少なくとも第一の触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成することができる、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分を含む、二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階；
（b）該少なくとも第一のMNAzymeによって修飾することができる少なくとも第一の基質が存在する状態で、核酸を含有すると推定されるサンプルと該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分とを接触させる段階であって、該基質が、
（1）MNAzymeの自己組織化、および
（2）MNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で該少なくとも第一のMNAzymeによる基質の修飾に基づいて少なくとも第一の検出可能な作用をもたらすことができる検出可能な部分を含む、段階
を含み、
（c）触媒活性の不在が、該核酸における配列変異体の存在を示す、
核酸の配列変異体の存在を検出するための方法。
【請求項３５】
（a）二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が、メチル化核酸が存在する場合には自己組織化して、少なくとも一つの触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成する、段階；
（b）該第一のMNAzymeによって修飾することができる少なくとも第一の基質を提供する段階であって、該MNAzymeによる該基質の修飾が、少なくとも第一の検出可能な作用をもたらす、段階；
（c）メチル化核酸を含有すると推定されるサンプルと、該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を、
（1）触媒活性MNAzymeの自己組織化、および
（2）そのMNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（d）該少なくとも一つの検出可能な作用の存在を判定し、それによって、少なくとも一つのメチル化核酸の存在を検出する段階
を含む、少なくとも一つのメチル化核酸の存在を検出するための方法。
【請求項３６】
条件が、非メチル化核酸とではなく、メチル化核酸とのMNAzymeのハイブリダイゼーションを助長する温度をさらに含む、請求項35記載の方法。
【請求項３７】
検出可能な作用の増幅カスケードの使用による検出可能な作用の増幅をさらに含む、請求項20〜22または24〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
検出可能な作用の増幅カスケードが、リボザイム/リガーゼカスケード、環状核酸酵素カスケード、タンパク質酵素カスケード、もしくは支持体に取り付けられた一つまたは複数の酵素のうちの一つまたは複数、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
基質が、検出可能な部分およびクエンチャー部分を含み、MNAzymeによる該基質の修飾に基づいて、該検出可能な部分によってもたらされる検出可能な作用が、増加または減少される、請求項20〜38のいずれか一項記載の方法。
【請求項４０】
修飾が、切断、ライゲーション、ポルフィリンメタレーション、炭素-炭素結合、エステル結合もしくはアミド結合の形成を含む群から選択される、請求項20〜39のいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも一つの追加の検出可能な作用が、独自に検出可能である、請求項21、22または29のいずれか一項記載の方法。
【請求項４２】
追加の基質の各々が、同じである、異なる、またはそれらの組み合わせである、請求項21または29記載の方法。
【請求項４３】
各々の追加の基質のうちの少なくとも一つが、該追加の基質が追加のMNAzymeによって修飾されたときに該追加の基質の検出可能な部分およびクエンチャー部分のうちの一方だけが支持体に取り付けられた状態でとどまるように、不溶性支持体に取り付けられる、請求項21または29記載の方法。
【請求項４４】
（a）少なくとも第一の組織化助長因子が存在する場合に自己組織化して少なくとも第一の触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成する少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および少なくとも第二のオリゴヌクレオチド成分を含む、二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階；
（b）少なくとも第一の基質が取り付けられている不溶性支持体を提供する段階であって、該第一の基質が、該MNAzymeによって修飾することができ、該第一の基質が、少なくとも第三の分子を含み、該第三の分子が、該第一の基質が該第一MNAzymeによって修飾されると放出される少なくとも第一の触媒活性酵素を含む、段階；
（c）組織化助長因子を含有すると推定されるサンプルと、該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を、該第一の基質が取り付けられている不溶性支持体が存在する状態で、
（1）該MNAzymeの自己組織化、および
（2）該MNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階；ならびに
（d）少なくとも第二の基質が取り付けられている不溶性支持体を提供する段階であって、該第二の基質が、該第一の触媒活性酵素によって切断することができ、該第二の基質が、少なくとも第四の分子を含み、該第四の分子が、該第二の基質が該第一の酵素によって修飾されると放出される少なくとも検出可能な部分を含む、段階
を含み、
（e）該第一の触媒活性酵素が、多数の該第二の基質を修飾し、それによって多数の検出可能な部分を放出し；
（f）該第一の触媒活性酵素による該第二の基質の修飾後、該検出可能な部分を検出することができ；および
（g）該検出可能な部分の検出が、組織化助長因子の存在を示す、
増幅カスケードを使用して少なくとも一つの組織化助長因子を検出するための方法。
【請求項４５】
（a）少なくとも第一の組織化助長因子が存在する場合に自己組織化して少なくとも第一の触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成する少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および少なくとも第二のオリゴヌクレオチド成分を含む、二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を提供する段階；
（b）少なくとも第一の基質が取り付けられている不溶性支持体を提供する段階であって、該第一の基質が、該MNAzymeによって修飾することができ、該第一の基質が、少なくとも第三の分子を含み、該第三の分子が、該第一の基質が該第一MNAzymeによって修飾されると放出される少なくとも第一の触媒活性酵素を含む、段階；
（c）組織化助長因子を含有すると推定されるサンプルと、該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を、該第一の基質が取り付けられている不溶性支持体が存在する状態で、
（1）該MNAzymeの自己組織化、および
（2）該MNAzymeの触媒活性
を可能にする条件下で接触させる段階
を含み、
（d）MNAzymeの触媒活性が、少なくとも一つの組織化助長因子の存在を示す、
増幅カスケードを使用して少なくとも一つの組織化助長因子を検出するための方法。
【請求項４６】
検出可能な部分が、第一の基質を修飾し、それによって追加の触媒活性酵素を放出することができる、追加の第二の触媒活性酵素をさらに含む、請求項44記載の方法。
【請求項４７】
第一または第二の触媒活性酵素のうちの少なくとも一つが、MNAzyme、DNAzyme、リボザイム、加水分解酵素、制限エンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ、プロテアーゼ、プロテイナーゼ、ヒドロラーゼ、リティカーゼ、ペプチダーゼ、ジペプチダーゼ、エステラーゼ、カスパーゼ、カテプシン、デスルフヒドラーゼ、アミダーゼ、グリコシダーゼを含む群から選択される、請求項44〜46のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
ターゲットを同定、検出または定量することができる、請求項23〜27または29のいずれか一項記載の方法。
【請求項４９】
ターゲットが、核酸、タンパク質、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、核酸またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む群から選択される、請求項23〜27または29または48のいずれか一項記載の方法。
【請求項５０】
核酸を増幅する段階をさらに含む、請求項49記載の方法。
【請求項５１】
増幅中または後に検出可能な作用を検出する段階をさらに含む、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
配列変異体を含有する核酸を増幅する段階をさらに含む、請求項30〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項５３】
増幅中または後の核酸配列変異体の存在の判定をさらに含む、請求項51記載の方法。
【請求項５４】
（a）同定、検出または定量すべき多数の組織化助長因子を提供する段階；
（b）二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を設計する段階であって、
少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が、組織化助長因子が存在する場合には自己組織化して、触媒活性多成分核酸酵素（MNAzyme）を形成し、
該少なくとも第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の各々が、基質アーム部分、触媒コア部分およびセンサーアーム部分を含み；
自己組織化すると、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分のセンサーアーム部分が、該MNAzymeのセンサーアームを形成し、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分が、該MNAzymeの基質アームを形成し、ならびに該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が、該MNAzymeの触媒コアを形成し；
該MNAzymeのセンサーアームが組織化助長因子と相互作用して、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分を、それらのそれぞれの触媒コア部分が会合してMNAzymeの触媒コアを形成するように、近接した状態で維持し、該触媒コアが少なくとも一つの基質に対して作用することができ；ならびに
該MNAzymeの基質アームが、該MNAzymeの触媒コアが基質を修飾することができるように、基質に係合する、段階；
（c）該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分および触媒コア部分は不変であり、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の少なくとも一方のセンサーアーム部分は別の多数の組織化助長因子を認識することに適するように、該二つ以上のオリゴヌクレオチド成分を改変する段階；ならびに
（d）それらの多数の組織化助長因子の各々について該改変段階を繰り返す段階
を含む、各々が少なくとも一つの組織化助長因子を認識し、基質を修飾する、多数の多成分核酸酵素（MNAzyme）を製造するための方法。
【請求項５５】
多成分核酸酵素（MNAzyme）基質としての少なくとも一つのオリゴヌクレオチドの使用であって、該基質が、MNAzymeの基質アームによって係合した後にMNAzymeによって修飾される、使用。
【請求項５６】
（a）部分触媒コア配列へと分割するために、該DNAzyme配列中の位置を選択する段階；
（b）部分触媒コア配列をパートザイム（partzyme）に組み込む段階；および
（c）該パートザイム中の該部分触媒コア配列のどの組み合わせが活性MNAzymeの形成と適合性であるかを判定するために、パートザイムペアの触媒活性を検出する段階
を含む、DNAzyme由来の部分配列が組み込まれたMNAzymeを製造するための方法。
【請求項５７】
MNAzyme基質を含む組成物であって、該基質が、請求項1〜19のいずれか一項記載のMNAzymeの第一または第二のオリゴヌクレオチド成分の少なくとも一部に完全に相補的または部分的に相補的である核酸を含む、組成物。
【請求項５８】
基質がユニバーサル基質である、請求項57記載の組成物。
【請求項５９】
基質が、配列番号:79、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62または配列番号:83からなる群より選択される配列を有する、請求項57記載の組成物。