【手続補正書】
【提出日】平成21年2月23日(2009.2.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者からのサンプルの染色体３ｑのゲノム増幅をアッセイすることからなる、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の状態を評価するための方法。
【請求項２】
前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
検出可能なマーカー、及び第３染色体又は第７染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブ（centromere enumeration probe）に対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記プローブの核酸配列が、異所性ウイルス組み込み部位１、骨髄異形成症候群１、ミオネウリン(myoneurin)、Ｇタンパク質共役型受容体１６０、プロテインキナーゼＣ、ＳＫＩ様、クローディン１１、真核細胞翻訳開始因子５Ａ２、ＴＲＡＦ２及びＮＣＫ相互作用キナーゼ、ホスホリパーゼＤ１、成長ホルモン分泌促進因子受容体、腫瘍壊死因子１０、上皮細胞形質転換配列２発癌遺伝子、ｐ５３標的ジンクフィンガータンパク質、ホスホイノシチド３−キナーゼ（phosphoinositide-3-kinase）、マイトフュージン１（mitofusin1）及びユビキチン特異的プロテアーゼ１３からなる群より、選択される相補的な核酸配列である、請求項３又は４に記載の方法。
【請求項６】
患者からのサンプルにおけるテロメラーゼ遺伝子又はその一部のゲノム増幅を検出することを含んでなる、腺癌を評価するための方法。
【請求項７】
染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び請求項１〜６の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての低悪性度の子宮頸部形成異常の状態又は腺癌を評価するための説明書を含んでなる、患者において低悪性度の子宮頸部形成異常の状態又は腺癌を評価するためのキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
本発明の態様をさらに詳細に示せば以下のとおりである。
（１）低悪性度の子宮頸部形成異常を有しているか又は以前に有していた患者からのサンプルの染色体３ｑのゲノム増幅を検出し、それにより患者の症状の高悪性度の子宮頸部形成異常又は癌への変化を評価することを含んでなる、
低悪性度の子宮頸部形成異常の患者の症状の高悪性度の子宮頸部形成異常又は癌の症状への変化を評価するための方法。
（２）染色体３ｑのゲノム増幅を検出することが、患者の症状の高悪性度の子宮頸部形成異常への進行を示す、前記（１）に記載の方法。
（３）前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、前記（１）に記載の方法。
（４）前記低悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード１の子宮頸部上皮内新生物である、前記（１）に記載の方法。
（５）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード２の子宮頸部上皮内新生物である、前記（１）に記載の方法。
（６）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード３の子宮頸部上皮内新生物である、前記（１）に記載の方法。
（７）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、生体内原位置での（in situ）癌腫である、前記（１）に記載の方法。
（８）前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、前記（３）に記載の方法。
（９）前記プローブの核酸配列が、テロメラーゼ遺伝子又はその一部に対して相補的である、前記（８）に記載の方法。
（１０）前記検出可能なマーカーが、蛍光シグナルを発する、前記（８）に記載の方法。
（１１）前記検出可能なマーカーが、発色性である、前記（８）に記載の方法。
（１２）検出可能なマーカー、及び第３染色体又は第７染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブ（centromere enumeration probe）に対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（８）に記載の方法。
（１３）前記ゲノム増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応法によって検出される、前記（３）に記載の方法。
（１４）前記ゲノム増幅が、テロメラーゼポリペプチドの量を測定することによって検出される、前記（３）に記載の方法。
（１５）前記サンプルが、子宮頸部からの調製物である、前記（１）に記載の方法。
（１６）前記調製物が、パップスメア又は細胞の薄層懸濁物である、前記（１３）に記載の方法。
（１７）染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び前記（１）〜（１６）の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての低悪性度の子宮頸部形成異常の患者の症状の高悪性度の子宮頸部形成異常の症状への変化を評価するための説明書を含んでなる、低悪性度の子宮頸部形成異常の患者の症状の高悪性度の子宮頸部形成異常の症状への変化を評価するためのキット。
（１８）ｉ）低悪性度の子宮頸部形成異常；又は
ｉｉ）形成異常なし
の何れかの症状を有することが既知の患者から得たサンプルで、染色体３ｑのゲノム増幅の第１の同定を行い、それにより侵襲性の子宮頸部癌を発症するリスクのある患者を同定することを含んでなる、侵襲性の子宮頸部癌を発症するリスクのある患者を同定するための方法。
（１９）前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、前記（１８）に記載の方法。
（２０）前記低悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード１の子宮頸部上皮内新生物である、前記（１８）に記載の方法。
（２１）細胞学的に正常なパップスメアが、形成異常を全く有さない患者から得られる、前記（１８）に記載の方法。
（２２）前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、前記（１９）に記載の方法。
（２３）前記プローブの核酸配列が、テロメラーゼ遺伝子又はその一部に対して相補的である、前記（２２）に記載の方法。
（２４）前記検出可能なマーカーが、蛍光シグナルを発する、前記（２３）に記載の方法。
（２５）前記検出可能なマーカーが、発色性である、前記（２３）に記載の方法。
（２６）検出可能なマーカー及び第３染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（２２）に記載の方法。
（２７）前記ゲノム増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応法によって検出される、前記（１９）に記載の方法。
（２８）前記ゲノム増幅が、テロメラーゼポリペプチドの量を測定することによって検出される、前記（１９）に記載の方法。
（２９）前記サンプルが、子宮頸部からの調製物である、前記（１８）に記載の方法。
（３０）前記調製物が、パップスメア又は細胞の薄層懸濁物である、前記（２９）に記載の方法。
（３１）染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び前記（１８）〜（３０）の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての侵襲性の子宮頸癌を発症するリスクのある患者を同定するための説明書を含んでなる、侵襲性の子宮頸癌を発症するリスクのある患者を同定するためのキット。
（３２）低悪性度の子宮頸部形成異常を有しているか又は以前に有していた患者からのサンプルの染色体３ｑのゲノム増幅についてアッセイし、それにより低悪性度の子宮頸部形成異常の症状から高悪性度の子宮頸部形成異常の症状へのシフトをモニターすることを含んでなる、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状から高悪性度の子宮頸部形成異常の症状へのシフトをモニターするための方法。
（３３）染色体３ｑのゲノム増幅が、前記サンプルに存在することを確定する工程を更に含んでなる、前記（３２）に記載の方法。
（３４）染色体３ｑのゲノム増幅が、前記サンプルに存在しないことを確定する工程を更に含んでなる、前記（３２）に記載の方法。
（３５）前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、前記（３２）に記載の方法。
（３６）前記低悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード１の子宮頸部上皮内新生物である、前記（３２）に記載の方法。
（３７）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード２の子宮頸部上皮内新生物である、前記（３２）に記載の方法。
（３８）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード３の子宮頸部上皮内新生物である、前記（３２）に記載の方法。
（３９）前記高悪性度の子宮頸部形成異常が、生体内原位置での癌腫である、前記（３２）に記載の方法。
（４０）前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、前記（３５）に記載の方法。
（４１）前記プローブの核酸配列が、テロメラーゼ遺伝子又はその一部に対して相補的である、前記（４０）に記載の方法。
（４２）前記検出可能なマーカーが、蛍光シグナルを発する、前記（４０）に記載の方法。
（４３）前記検出可能なマーカーが、発色性である、前記（４０）に記載の方法。
（４４）検出可能なマーカー及び第３染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（４０）に記載の方法。
（４５）前記ゲノム増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応法によって検出される、前記（３５）に記載の方法。
（４６）前記ゲノム増幅が、テロメラーゼポリペプチドの量を測定することによって検出される、前記（３５）に記載の方法。
（４７）前記サンプルが、子宮頸部からの調製物である、前記（３２）に記載の方法。
（４８）前記調製物が、パップスメア又は細胞の薄層懸濁物である、前記（４７）に記載の方法。
（４９）染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び前記（３２）〜（４８）の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての低悪性度の子宮頸部形成異常の症状から高悪性度の子宮頸部形成異常の症状へのシフトをモニターするための説明書を含んでなる、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状から高悪性度の子宮頸部形成異常の症状へのシフトをモニターするためのキット。
（５０）ａ）低悪性度の子宮頸部形成異常を有しているか又は以前に有していた患者からのサンプルの染色体３ｑのゲノム増幅についてアッセイすること、及び
ｂ）工程ａ）のゲノム増幅が存在しないことを確定すること、
ここにおいて、工程ａ）のゲノム増幅の存在しないことが、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状の維持又は退行を示すこと、
を含んでなる、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状の維持又は退行を評価するための方法。
（５１）前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、前記（５０）に記載の方法。
（５２）前記低悪性度の子宮頸部形成異常が、グレード１の子宮頸部上皮内新生物である、前記（５０）に記載の方法。
（５３）退行が、患者からの細胞学的に正常なパップスメアを得ることにより検出される、前記（５０）に記載の方法。
（５４）前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、前記（５１）に記載の方法。
（５５）前記プローブの核酸配列が、テロメラーゼ遺伝子又はその一部に対して相補的である、前記（５０）に記載の方法。
（５６）前記検出可能なマーカーが、蛍光シグナルを発する、前記（５０）に記載の方法。
（５７）前記検出可能なマーカーが、発色性である、前記（５０）に記載の方法。
（５８）検出可能なマーカー、及び第３染色体又は第７染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（５０）に記載の方法。
（５９）前記ゲノム増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応法によって検出される、前記（５１）に記載の方法。
（６０）前記ゲノム増幅が、テロメラーゼポリペプチドの量を測定することによって検出される、前記（５１）に記載の方法。
（６１）前記サンプルが、子宮頸部からの調製物である、前記（５０）に記載の方法。
（６２）前記調製物が、パップスメア又は細胞の薄層懸濁物である、前記（６１）に記載の方法。
（６３）染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び前記（５０）〜（６２）の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状の維持又は退行を評価するための説明書を含んでなる、患者の低悪性度の子宮頸部形成異常の症状の維持又は退行を評価するためのキット。
（６４）前記プローブの核酸配列が、異所性ウイルス組み込み部位１、骨髄異形成症候群１、ミオネウリン(myoneurin)、Ｇタンパク質共役型受容体１６０、プロテインキナーゼＣ、ＳＫＩ様、クローディン１１、真核細胞翻訳開始因子５Ａ２、ＴＲＡＦ２及びＮＣＫ相互作用キナーゼ、ホスホリパーゼＤ１、成長ホルモン分泌促進因子受容体、腫瘍壊死因子１０、上皮細胞形質転換配列２発癌遺伝子、ｐ５３標的ジンクフィンガータンパク質、ホスホイノシチド３−キナーゼ（phosphoinositide-3-kinase）、マイトフュージン１（mitofusin1）及びユビキチン特異的プロテアーゼ１３からなる群より、選択される相補的な核酸配列である、前記（８）、（２２）、（４０）又は（５０）に記載の方法。
（６５）正常との診断を有しているか又は以前に有していた患者からのサンプルの染色体３ｑのゲノム増幅を検出し、それにより患者の症状の低悪性度の子宮頸部形成異常、高悪性度の子宮頸部形成異常又は癌への変化を評価することを含んでなる、患者の正常な状態から低悪性度の子宮頸部形成異常、高悪性度の子宮頸部形成異常又は癌への変化を評価するための方法。
（６６）染色体３ｑのゲノム増幅を検出することが、患者の症状の低悪性度又は高悪性度の子宮頸部形成異常への進行を示す、前記（６５）に記載の方法。
（６７）前記ゲノム増幅が、染色体３ｑの３ｑ２６遺伝子座内である、前記（６５）に記載の方法。
（６８）対象におけるテロメラーゼ遺伝子又はその一部のゲノム増幅を検出することを含んでなる、対象における腺癌を診断する方法。
（６９）前記ゲノム増幅が、検出可能なマーカー及び３ｑ２６遺伝子座の核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、プローブに対してサンプルをハイブリダイズすることによって検出される、前記（６８）に記載の方法。
（７０）前記プローブが、５つの重複するＢＡＣクローンのコンティグを含んでなる、前記（６９）に記載の方法。
（７１）前記プローブの核酸配列が、テロメラーゼ遺伝子又はその一部に対して相補的である、前記（６８）に記載の方法。
（７２）前記サンプルが、子宮頸部からの調製物である、前記（６８）に記載の方法。
（７３）検出可能なマーカー及び第３染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（６８）に記載の方法。
（７４）検出可能なマーカー及び第７染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対して前記サンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（６８）に記載の方法。
（７５）検出可能なマーカー並びに第３染色体及び第７染色体のセントロメアに近接する核酸配列に対して相補的である核酸配列を包含する、セントロメア計数プローブに対してサンプルをハイブリダイズさせることを更に含んでなる、前記（６８）に記載の方法。
（７６）染色体３ｑのゲノム増幅を検出するためのプローブ、及び前記（６８）〜（７４）の何れか一項に記載の方法に従って、当該プローブを用いての腺癌をモニターするための説明書を含んでなる、患者において腺癌をモニターするためのキット。
本発明の他の態様は、以下の開示に記載されるか又は以下の開示から明白であり、そして本発明の範囲内である。