【手続補正書】
【提出日】平成21年10月9日(2009.10.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のタンパク質の存在に関する質量分析ベースの検定法であって、
タンパク質のタンパク質分解断片の１つ以上を、該タンパク質のアミノ酸配列及び該タンパク質の遺伝子配列の翻訳の１つ以上に基づき予想する工程；
該タンパク質分解断片を衝突誘起解離に供する場合に、該タンパク質の該タンパク質分解断片の１つ以上から産生される断片の１つ以上を予想する工程；
タンパク質のタンパク質分解断片を含む試料を提供する工程；
該試料の少なくとも一部をクロマトグラフィーカラムに充填する工程；
該クロマトグラフィーカラムからの溶離液の少なくとも一部をマルチプルリアクションモニタリングに供する工程であって、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの透過された親イオンのｍ／ｚ範囲が、該タンパク質の該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含み、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの透過された娘イオンのｍ／ｚ範囲が、該予想されたタンパク質分解断片の該予想された衝突誘起解離断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含む、工程；
該マルチプルリアクションモニタリングを使用して、該予想された衝突誘起解離断片のｍ／ｚ値の１つ以上を包含する該ｍ／ｚ値範囲のイオンシグナルを測定する工程；
該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の衝突誘起解離断片に対応する測定されたイオンシグナルが、指定されたシグナル閾値を超える場合に、予想されたタンパク質分解断片のｍ／ｚ値を包含するｍ／ｚ値範囲について実質的に完全な産物イオンスキャンを行う工程；
該実質的に完全な産物イオンスキャンの親娘イオン遷移に伴うイオンシグナルを測定する工程；並びに
試料中の該タンパク質の存在を検定するための親娘イオン遷移として、該実質的に完全な産物イオンスキャンの親娘イオン遷移を選択する工程であって、該検定用の選択された親娘イオン遷移が、該透過された親イオンが該タンパク質のタンパク質分解断片である場合の遷移に対応し、該選択された親娘イオン遷移が、該タンパク質のその他の親娘イオン遷移に伴う測定されたイオンシグナルに比べて、ほぼ最高のイオンシグナル及びほぼ最高のシグナルノイズ比のうちの１つ以上を有する、工程、
を含む、方法。
【請求項２】
タンパク質のタンパク質分解断片を含む前記試料が、生理学的流体、細胞溶解物、組織溶解物、及びこれらの組み合わせの少なくとも１つに由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生理学的流体が、血液、血清、血漿、汗、涙液、尿、脳脊髄液、腹膜液、リンパ、膣分泌物、精液、髄液、腹水液、唾液、痰、胸滲出物、及びこれらの組み合わせの１つ以上を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記生理学的流体が血液を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記タンパク質のタンパク質分解断片化の前に、前記血液試料から少なくとも６種類の最も豊富なタンパク質が枯渇されている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記血液試料が血漿又は血清である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記血液試料が約１０万アトモル／マイクロリットル未満、約１万アトモル／マイクロリットル未満、約１０００アトモル／マイクロリットル未満、約１００アトモル／マイクロリットル未満、約１０アトモル／マイクロリットル未満または約１アトモル／マイクロリットル未満の濃度の前記タンパク質を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記タンパク質のタンパク質分解断片がトリプシンペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
タンパク質のタンパク質分解断片を含む前記試料が更に、該タンパク質の前記予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の濃度標準も含み、該濃度標準が、該生体試料中の該タンパク質の存在の検定として選択された親娘イオン遷移に基づいて選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記クロマトグラフィーカラムからの溶離液の少なくとも一部をマルチプルリアクションモニタリングに供する工程が、三連四重極イオントラップ質量分析計を使用することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記イオントラップがリニアトラップを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記マルチプルリアクションモニタリングを使用して、前記予想された衝突誘起解離断片のｍ／ｚ値の１つ以上を包含する前記ｍ／ｚ値範囲のイオンシグナルを測定する工程が、
該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の衝突誘起解離断片に対応する測定されたイオンシグナルが、前記指定されたシグナル閾値を超える場合に、前記透過された親イオンの配列を決定すること；並びに
該配列決定され透過された親イオンの配列が、前記タンパク質のタンパク質分解断片に対応する場合に、該配列決定され透過された親イオンを包含するｍ／ｚ値範囲について実質的に完全な産物イオンスキャンを行うこと、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の衝突誘起解離断片に対応する前記測定されたイオンシグナルが、指定されたシグナル閾値を超える場合に、前記透過された親イオンの電荷状態を測定する工程も更に含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記測定された完全な産物イオンスキャンの少なくとも１つ以上に基づいて、前記タンパク質の前記予想されたタンパク質分解断片の質量値、及び前記改善され予想されたタンパク質分解断片の前記予想された衝突誘起解離断片の質量値を改善する工程；
前記クロマトグラフィーカラムからの溶離液の少なくとも一部をマルチプルリアクションモニタリングに供する工程であって、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの前記透過された親イオンのｍ／ｚ範囲が、該タンパク質の該改善され予想されたタンパク質分解断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含み、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの前記透過された娘イオンのｍ／ｚ範囲が、該予想されたタンパク質分解断片の該改善され予想された衝突誘起解離断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含む、工程；並びに
該マルチプルリアクションモニタリングを使用して、前記改善され予想された衝突誘起解離断片のｍ／ｚ値の１つ以上を包含するｍ／ｚ値範囲のイオンシグナルを測定する工程、
も更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
試料中のタンパク質の存在に関する質量分析ベースの検定法であって、
タンパク質のタンパク質分解断片の１つ以上を、該タンパク質のアミノ酸配列に基づいて予想する工程；
該タンパク質分解断片を衝突誘起解離に供する場合に、該タンパク質の該タンパク質分解断片の１つ以上から産生される断片の１つ以上を予想する工程；
タンパク質のタンパク質分解断片を含む試料を提供する工程；
該試料の少なくとも一部をクロマトグラフィーカラムに充填する工程；
該クロマトグラフィーカラムからの該溶離液の少なくとも一部をマルチプルリアクションモニタリングに供する工程であって、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの透過された親イオンのｍ／ｚ範囲が、該タンパク質の該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含み、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの透過された娘イオンのｍ／ｚ範囲が、該予想されたタンパク質分解断片の該予想された衝突誘起解離断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含む、工程；
該マルチプルリアクションモニタリングを使用して、該予想された衝突誘起解離断片のｍ／ｚ値の１つ以上を包含する該ｍ／ｚ値範囲のイオンシグナルを測定する工程；
該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の衝突誘起解離断片に対応する該測定されたイオンシグナルが、指定されたシグナル閾値を超える場合に、該透過された親イオンの電荷状態を測定する工程；
該予想されたタンパク質分解断片の１つ以上の衝突誘起解離断片に対応する該測定されたイオンシグナルが、該指定されたシグナル閾値を超える場合に、該透過された親イオンの配列を決定する工程；
該配列決定され透過された親イオンの配列が、該タンパク質のタンパク質分解断片に対応する場合に、該配列決定され透過された親イオンを包含するｍ／ｚ値範囲について実質的に完全な産物イオンスキャンを行う工程；
該実質的に完全な産物イオンスキャンの親娘イオン遷移に伴うイオンシグナルを測定する工程；並びに
生体試料中の該タンパク質の存在を検定するための親娘イオン遷移として、該親娘イオン遷移を選択する工程であって、該親娘イオン遷移が、該タンパク質のその他の親娘イオン遷移に伴う測定されたイオンシグナルに比べて、ほぼ最高のイオンシグナル及びほぼ最高のシグナルノイズ比のうちの１つ以上を有する、工程、
を含む、方法。
【請求項１６】
前記測定された完全な産物イオンスキャンの少なくとも１つ以上に基づいて、前記タンパク質の前記予想されたタンパク質分解断片の質量値、及び前記改善され予想されたタンパク質分解断片の前記予想された衝突誘起解離断片の質量値を改善する工程；
前記クロマトグラフィーカラムからの溶離液の少なくとも一部をマルチプルリアクションモニタリングに供する工程であって、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの前記透過された親イオンのｍ／ｚ範囲が、該タンパク質の該改善され予想されたタンパク質分解断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含み、各マルチプルリアクションモニタリングスキャンの前記透過された娘イオンのｍ／ｚ範囲が、該予想されたタンパク質分解断片の該改善され予想された衝突誘起解離断片の１つ以上のｍ／ｚ値を含む、工程；並びに
該マルチプルリアクションモニタリングを使用して、該改善され予想された衝突誘起解離断片のｍ／ｚ値の１つ以上を包含する該ｍ／ｚ値範囲のイオンシグナルを測定する工程、
も更に含む、請求項１５に記載の方法。