【手続補正書】
【提出日】平成21年1月26日(2009.1.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下からなる群より選択される、実質的に純粋なポリペプチド：
(a) SEQ ID NO:4のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(b) SEQ ID NO:4のアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:4と少なくとも約80%の相同性を有する配列を含むポリペプチド；
(c) SEQ ID NO:4のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、配列内の1つまたは複数のアミノ酸が欠失、付加、挿入、および/または他のアミノ酸による置換によって修飾され、かつ変異の数が典型的に全アミノ酸の35%以下であるポリペプチドであり、SEQ ID NO:4のいずれか1つのアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド；および
(d) SEQ ID NO:3のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。
【請求項２】
請求項1記載のポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
請求項2記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項４】
請求項2記載のポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞。
【請求項５】
請求項1記載のポリペプチドを産生する方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 請求項1記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞を培養する段階；
(b) 宿主細胞にポリペプチドを発現させる段階；および
(c) 発現されたポリペプチドを回収する段階。
【請求項６】
請求項1記載のポリペプチドに結合する抗体であって、SEQ ID NO:4の304〜588のアミノ酸配列を含む抗原決定基に結合する抗体。
【請求項７】
SEQ ID NO:3のポリヌクレオチドまたはその相補鎖と相補的であり、かつ少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドであって、SEQ ID NO:3の988〜1842位を含むヌクレオチド配列とハイブリダイズするポリヌクレオチド。
【請求項８】
SEQ ID NO:3のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAであって、アンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAの標的配列が、SEQ ID NO:3の988〜1842位から選択されるヌクレオチド配列を含む、アンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNA。
【請求項９】
膀胱癌を診断する方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 生体試料における、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする遺伝子の発現レベルを検出する段階；および
(b) 発現レベルの上昇を膀胱癌と関連づける段階。
【請求項１０】
発現レベルが以下からなる群より選択される方法のいずれか1つによって検出される、請求項9記載の方法：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするmRNAを検出する段階；
(b) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質を検出する段階；および
(c) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する段階。
【請求項１１】
膀胱癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 被験化合物を、以下からなる群より選択されるポリペプチドと接触させる段階：
(1) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(2) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該配列と少なくとも約80%の相同性を有する配列を含むポリペプチド；および
(3) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド；
(b) ポリペプチドと被験化合物との結合活性を検出する段階；ならびに
(c) ポリペプチドに結合する化合物を選択する段階。
【請求項１２】
膀胱癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 被験化合物を、以下からなる群より選択されるポリペプチドと接触させる段階：
(1) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(2) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列、または該配列と少なくとも約80%の相同性を有する配列を含むポリペプチド；および
(3) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド；
(b) 段階(a)のポリペプチドの生物活性を検出する段階；ならびに
(c) 被験化合物の非存在下で検出される生物活性と比較して、ポリペプチドの生物活性を抑制する化合物を選択する段階。
【請求項１３】
生物活性が細胞増殖活性である、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
膀胱癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 被験化合物を、SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む1つまたは複数のポリヌクレオチドを発現する細胞と接触させる段階；および
(b) 被験化合物の非存在下で検出される発現レベルと比較して、SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む1つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを低下させる化合物を選択する段階。
【請求項１５】
細胞が膀胱癌細胞である、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
膀胱癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 被験化合物を、SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135のヌクレオチド配列のいずれか1つを含む1つまたは複数のマーカー遺伝子の転写制御領域およびその転写制御領域の調節下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターを導入した細胞と接触させる段階；
(b) 該レポーター遺伝子の発現レベルまたは活性を測定する段階；および
(c) 被験化合物の非存在下で検出される該レポーター遺伝子の発現レベルまたは活性と比較して、該レポーター遺伝子の発現レベルまたは活性を低下させる化合物を選択する段階。
【請求項１７】
膀胱癌を治療または予防するための組成物であって、当該組成物は活性成分としてのポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAの薬学的有効量および薬学的に許容される担体を含むものであり、ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択されるポリペプチドをコードする組成物：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；および
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。
【請求項１８】
低分子干渉RNAが標的配列としてSEQ ID NO:25、21、または144のヌクレオチド配列を含む、請求項17記載の組成物。
【請求項１９】
siRNAが一般式5'-[A]-[B]-[A']-3'を有し、
式中、[A]はSEQ ID NO:25、21、または144のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり、
[B]は3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり、かつ
[A']は[A]の相補配列からなるリボヌクレオチド配列である、
請求項18記載の組成物。
【請求項２０】
組成物がトランスフェクション促進剤を含む、請求項17記載の組成物。
【請求項２１】
膀胱癌を治療または予防するための組成物であって、以下からなる群より選択されるポリペプチドに対する活性成分としての抗体の薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む組成物：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；および
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。
【請求項２２】
膀胱癌を治療または予防する方法であって、以下からなる群より選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAの薬学的有効量を投与する段階を含む方法：
(1) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(2) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；および
(3) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。
【請求項２３】
siRNAが標的配列としてSEQ ID NO:25、21、または144のヌクレオチド配列を含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
siRNAが一般式5'-[A]-[B]-[A']-3'を有し、
式中、[A]はSEQ ID NO:25、21、または144のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり、
[B]は3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり、かつ
[A']は[A]の相補配列からなるリボヌクレオチド配列である、
請求項23記載の方法。
【請求項２５】
組成物がトランスフェクション促進剤を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
膀胱癌を治療または予防する方法であって、以下からなる群より選択されるポリペプチドに対する抗体の薬学的有効量を投与する段階を含む方法：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；および
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。
【請求項２７】
膀胱癌を治療または予防する方法であって、(a)〜(c)からなる群より選択されるポリペプチド、または該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの薬学的有効量を投与する段階を含む方法：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。
【請求項２８】
抗腫瘍免疫をインビトロで誘導する方法であって、(a)〜(c)からなる群より選択されるポリペプチドを抗原提示細胞と接触させるか、またはポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドを含むベクターを抗原提示細胞に導入する段階を含む方法：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。
【請求項２９】
膀胱癌を治療または予防するための薬学的組成物であって、活性成分としての、(a)〜(c)の群より選択されるポリペプチドまたは該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物：
(a) SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片；
(b) 1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加され、かつSEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
(c) SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。
【請求項３０】
ポリヌクレオチドが発現ベクターに組み込まれている、請求項29記載の薬学的組成物。
【請求項３１】
膀胱癌を診断するための診断薬であって、試薬が、SEQ ID NO:4、2、6、130、132、134、および136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、または該ポリペプチドに結合する抗体を含む診断薬。
【請求項３２】
センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖分子であって、センス鎖がSEQ ID NO:25、21、または144に対応するリボヌクレオチド配列を含み、かつアンチセンス鎖が該センス鎖と相補的なリボヌクレオチド配列を含み、該センス鎖と該アンチセンス鎖が相互にハイブリダイズして二本鎖分子を形成し、SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列からなる遺伝子の少なくともいずれか1つを発現する細胞に導入した場合に、該遺伝子の発現を阻害する二本鎖分子。
【請求項３３】
センス鎖が、SEQ ID NO:3、1、5、129、131、133、および135からなる群より選択されるヌクレオチド配列のいずれか1つに由来する約19〜約25個の連続したヌクレオチドを含む、請求項32記載の二本鎖分子。
【請求項３４】
センス鎖がSEQ ID NO:25、21、または144に対応するリボヌクレオチド配列からなる、請求項32記載の二本鎖分子。
【請求項３５】
単一のリボヌクレオチド転写産物がセンス鎖およびアンチセンス鎖を含む、請求項32記載の二本鎖分子であって、該センス鎖と該アンチセンス鎖を連結する一本鎖リボヌクレオチド配列をさらに含む二本鎖分子。
【請求項３６】
請求項32記載の二本鎖分子をコードするベクター。
【請求項３７】
二次構造を有する転写産物をコードする請求項36記載のベクターであって、転写産物がセンス鎖およびアンチセンス鎖を含むベクター。
【請求項３８】
転写産物が、センス鎖とアンチセンス鎖を連結する一本鎖リボヌクレオチド配列をさらに含む、請求項36記載のベクター。
【請求項３９】
(a) BLC番号87、1〜86、88〜1666の遺伝子からなる群より選択される2つもしくはそれ以上の核酸配列、または(b) それらによってコードされるポリペプチドに結合する検出試薬を含むキット。