【誤訳訂正書】
【提出日】平成21年8月19日(2009.8.19)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３２】
各オリゴヌクレオチド内のGの数は、L を前記配列の塩基数とした場合、L/4 をこえないことが又好ましい。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３３】
下記で説明する理由から、前記各オリゴヌクレオチドのGの数は、オリゴヌクレオチド全部におけるGの平均数から1よりも多く変動しないことが好まれる。さらに好ましくは前記各オリゴヌクレオチドのGの数はほかのすべてのオリゴヌクレオチドと同じである。オリゴヌクレオチドが試験された下記の実施例では、各配列は24塩基長であり、各オリゴヌクレオチドはG を6個含む。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７３】
ファミリーに含めるためには、配列はその組成に関するいくつかのルールを満たさなければならない。例を挙げれば、4かそれ以上の同様の塩基(例、AAAAまたはTTTT)あるいはG 対のようなハイブリダイゼーション問題を起こす可能性がある反復性領域は禁止される。別のルールは、大体等温性である配列を持つために、各配列が正確に6個のG を含み、C をまったく含まないというものである。又、24merを含むためには、隣接したすべてのG 対の間は多くても6塩基でなければならない。これを別の言い方で述べると、任意の2つの連続したG の間には多くとも6 個の非G が存在する。又オリゴヌクレオチド（表I に書かれている左手側（それぞれ右手側）の5'末端(それぞれ 3'末端) に一番近いGの各々は、第一から第七位置のうちの一つを占有することが要求されていた（5'-末端（それぞれ 3'-末端）を第一位置とみなす）。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９５】
もっとも好ましくはA、T、Gである天然塩基のサブ集団でポリヌクレオチド配列を構成することができる。1種類の塩基が欠乏している配列は、役立つ特徴をもっている。例で言えば、二次構造形成の可能性を減少したり、天然の核酸とクロスハイブリダイゼーションする可能性を減少する。又等温性の挙動を示す標識配列を持つのも好ましい。これは例えば、各配列に6 G、18 AまたはTのような一定の塩基組成を配列全部に維持することによって実現される。さらなる配列集団は、元のクロスハイブリダイゼーションを生じない配列ファミリーをもとにこの分野で知られている簡単な方法で外挿することによって設計することができる。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０５】
もう一度表Iの配列を例として取り上げれば、全てのTはA に転換することが出来、逆も同じである。そして、クロスハイブリダイゼーション特性には大きな変化が見られることはないと予想される。全てのG がC に転換された場合もこれが当てはまる。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０８】
特定のファミリーの配列は同じかおおよそ同じ長さであることが好ましい。本発明の配列ファミリーの配列全部がファミリーの平均塩基長から5塩基以内の長さであることが好ましい。好ましくは全配列は平均塩基長から4塩基以内である。更に好ましくは、全部あるいはほとんど全部の配列はファミリーの平均塩基長から3塩基以内である。更に好ましくは、全部あるいはほとんど全部の配列はファミリーの平均塩基長から2以内の長さである。更によりよいのは、ファミリーの平均塩基長から1以内の長さである。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の最小限に交差ハイブリダイズするオリゴヌクレオチド標識補体を含む組成物であって、
（a）各オリゴヌクレオチドはシトシンもしくはグアニン残基のいずれかを含んでおらず、 
（b）1つのオリゴヌクレオチド中で2個のシトシンもしくはグアニン残基が互いに隣接して位置することはなく、2個のシトシンもしくはグアニン残基は多くとも6個の非シトシンもしくは非グアニン残基でそれぞれ分離されており、
（c）各オリゴヌクレオチド中のシトシンもしくはグアニン残基の数はL／4を超えず、ここでLはオリゴヌクレオチド中の塩基の数であり、
（d）各オリゴヌクレオチドの長さは、組成物中の全オリゴヌクレオチドの平均長から5塩基より多く違わず、
（e）各オリゴヌクレオチドは4個以上連続する同一のヌクレオチドを含まず、
（f）各オリゴヌクレオチド中のグアニンもしくはシトシン残基の数は、組成物の他のすべてのオリゴヌクレオチド中のグアニンもしくはシトシン残基の平均数から1より多く違わず、
（g）各標識補体はオリゴヌクレオチドの末端の7残基中にそれぞれ、グアニン残基もしくはシトシン残基を含んでおり、
各オリゴヌクレオチドが配列番号：１，１６，２４，３７，４３，５９，６２，９３，９６，１００，１２５，１２８，１４９，１５３，１５４，１６５，１８４，１９３，１９８，２０９，２１０，２２１，２２３，２３９，２４１，２４３，２４７，２５８，２５９，２６６，２７０，２８６，３０９，３１４，３５７，３７２，３７４，４０２，４１０，４１５，４１７，４６６，４７０，４７８，４８５，５１０，５２１，５２９，５４７，５５３，５６７，５９５，５９６，５９９，６００，６３４，６４３，６４７，６４８，６６１，７０５，７２２，７２７，７３０，７３３，７４４，７５２，７８４，７８９，７９２，７９４，８１８，８３２，８５０，８６１，８６３，８６５，８７１，８７４，８８８，８９８，９１２，９１８，９２３，９２８，９７５，１０１７，１０２０，１０３３，１０４７，１０６０，１０６２，１０６８，１０７５，１０８２，１１１４，１１１７，１１２５，１１４０もしくは１１４６またはこれらに相補的なオリゴヌクレオチドから選択されるオリゴヌクレオチドから成る、組成物。
【請求項２】
標識補体が固相担体に付着されている、請求項1のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３】
担体が複数の空間的にアドレス指定可能な領域を含む平面状基質である、請求項2に記載の組成物。
【請求項４】
標識補体が微粒子に共有結合で連結されている、請求項2に記載の組成物。
【請求項５】
一つ以上の固相担体を含み、各担体が一つ以上の空間的に分離した領域を持ち、各領域はそれに共有結合している実質的に同一な標識補体の均一な集団を持っており、各標識補体は請求項1のいずれか一項で定義されたオリゴヌクレオチド組成物から選択されている、ポリヌクレオチドの分類と識別用のキット。
【請求項６】
一つ以上の固相担体が平面基質であり、一つ以上の空間的に分離した領域が空間的にアドレス可能な複数の領域である、請求項5記載のキット。
【請求項７】
一つ以上の固相担体が複数の微粒子である、請求項5に記載のキット。
【請求項８】
微粒子が5〜40μmの範囲の直径を有している、請求項7記載のキット。
【請求項９】
各微粒子が、異なったオリゴヌクレオチドが結合している互いの微粒子とは異なり、分光光度的に固有である、請求項7もしくは請求項8記載のキット。
【請求項１０】
各核酸遺伝子座における突然変異か多形性の存在について、多数の核酸分子を含む生体試料を解析する方法であって、各核酸分子について： 
（a）分子とプライマーをハイブリダイズさせる段階であって、プライマーは5'配列を持ち、各プライマーは請求項1〜4のいずれか一項で定義された標識補体ファミリーに属する標識補体配列に相補的な標識配列を有する5'配列、および最隣接の遺伝子座に伸長する3'末端を有する段階； 
（b）それぞれ（i）増大するヌクレオチド鎖の3'末端に酵素的に組み入れることが可能であり；（ii）伸長の終結を引き起こし；（iii）互いに示差検出が可能である、複数のヌクレオチド三リン酸塩誘導体の存在下で、プライマーの3'末端を酵素的に伸長し、該遺伝子座に存在する可能性のある各ヌクレオチドに相補的な誘導体が存在する段階； 
（c）段階（b）で形成された伸長したプライマーを、（a）の標識補体配列を持つ標識補体に特異的にハイブリダイズさせる段階； 
（d）核酸分子の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、段階（b）のプライマーに組み込まれたヌクレオチド誘導体を検出する段階
を含み、(a)の各標識は各核酸分子にとって固有であり、段階（a）と（b）は、相互の存在下で核酸分子を用いて行なわれる方法。
【請求項１１】
各別々の補体が、一つ以上の固相担体上の空間的に分離した領域中の、実質的に同一の補体の均一集団として結合している、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
各標識補体がラベルを含み、そのような各ラベルは別々の補体で異なり、段階（d）が結合標識と標識補体のハイブリダイゼーション複合体の異なったラベルを検出する段階を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
混合物に含まれると推定されるターゲットを決定する方法であって、以下の段階を含む方法：
（i）第一ラベルでターゲットをラベルする段階； 
（ii）ターゲットへの特異的な結合が可能であり、第一標識を含む第一検出部分を提供する段階； 
（iii）前記部分とターゲットの特異的結合を可能にするのに適した条件下で、混合物のサンプルを検出部分に露出する段階； 
（iv）請求項1〜4のいずれか一項で定義された標識補体ファミリーを提供する段階であって、ここでファミリーは、第一標識の配列に相補的な配列を持つ、第一標識補体を含有している段階； 
（v）第一標識とその標識補体の特異的ハイブリダイゼーションを可能にするのに適した条件下で、サンプルを標識補体ファミリーに露出する段階； 
（vi）混合物中にターゲットが存在するか否かを決定するため、第一標識補体にハイブリダイズした第一検出部分が、ラベルされたターゲットに結合されているかどうかを決定する段階。
【請求項１４】
第一標識補体が担体の特異位置で固体担体に結合されており、段階（vi）が特異位置の第一ラベルの検出も含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
第一標識補体が第二ラベルを含み、段階（vi）が部分と第一標識補体のハイブリダイズした複合体における、第一ラベルと第二ラベルの検出を含む、請求項13もしくは請求項14記載の方法。
【請求項１６】
ターゲットが有機分子、抗原、タンパク質、ポリペプチド、抗体、および核酸から成る配列群から選択される、請求項13〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
ターゲットが抗原であり、第一分子が前記抗原に特異的な抗体である、請求項13〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
抗原がポリペプチドまたはタンパク質であり、ラベル付け段階が蛍光分子の接合、ジゴキシゲニン、ビオチン標識などの共役を含む、請求項13〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
ターゲットが核酸であり、ラベル付け段階が蛍光分子、放射標識されたヌクレオチド、ジゴキシゲニン、ビオチン標識などの組み込みを含む、請求項13〜16のいずれか一項記載の方法。