【手続補正書】
【提出日】平成21年2月3日(2009.2.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）の位置７９０において、トレオニンのメチオニンによる置換をコードするＥＧＦＲ遺伝子の突然変異に対し、５′側のポリヌクレオチド配列のセンス鎖またはアンチセンス鎖に対して適切なＰＣＲ条件下でハイブリダイズするポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーであって、該ＰＣＲプライマーは、該突然変異位置の２００ヌクレオチド以内に結合する、ＰＣＲプライマー。
【請求項２】
長さが２００ヌクレオチド以下の請求項１に記載のＰＣＲプライマーであって、該ＰＣＲプライマーは、第１ヌクレオチド配列を含み、該第一ヌクレオチド配列は、
ａ）配列番号４−７および１２−１５から成る群から選ばれる配列；
ｂ）パラグラフａ）において与えられる配列の断片であって、少なくとも１１ヌクレオチド長の連続塩基配列から成り、該選ばれた配列よりもたかだか１塩基短い断片；
ｃ）パラグラフａ）において与えられる配列と最大５ヌクレオチド異なる配列；または、
ｄ）ａ）−ｃ）において与えられる配列の相補体、
から成る、請求項１に記載のＰＣＲプライマー。
【請求項３】
野生型上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）ポリペプチドをコードする第１ポリヌクレオチド、またはそのポリヌクレオチド断片に対して、適切なＰＣＲ条件下でハイブリダイズするＰＣＲプライマーであって、該プライマーは、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において野生型Ｃを含むセンス鎖またはアンチセンス鎖に対してはハイブリダイズし、該ＰＣＲ条件下で、位置２３６９において突然変異Ｔを含む第２ＥＧＦＲポリヌクレオチドに対しては僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない、ＰＣＲプライマー。
【請求項４】
長さが２００ヌクレオチド以下の請求項３に記載のＰＣＲプライマーであって、該プライマーは第一ヌクレオチド配列を含み、該第一ヌクレオチド配列は、
ａ）配列番号１４および１５から成る群から選ばれる配列；
ｂ）パラグラフａ）において与えられる配列の断片であって、少なくとも１１ヌクレオチド長の連続塩基配列から成り、該選ばれた配列よりもたかだか１塩基短い断片；
ｃ）パラグラフａ）において与えられる配列と最大５ヌクレオチド異なる配列；または、
ｄ）ａ）−ｃ）において与えられる配列の相補体、
から成る、ＰＣＲプライマー。
【請求項５】
突然変異型上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）ポリペプチドをコードする第１ポリヌクレオチドまたはそのポリヌクレオチド断片に対して、適切なＰＣＲ条件下でハイブリダイズするＰＣＲプライマーであって、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において突然変異Ｔを含むセンス鎖配列またはアンチセンス鎖配列に対してはハイブリダイズするが、該ＰＣＲ条件下で、位置２３６９において野生型Ｃを含む第２ＥＧＦＲポリヌクレオチドに対しては僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない、ＰＣＲプライマー。
【請求項６】
長さが２００ヌクレオチド以下の請求項５に記載のＰＣＲプライマーであって、該プライマーは、第一ヌクレオチド配列を含み、該第一ヌクレオチド配列は、
ａ）配列番号１２および１３から成る群から選ばれる配列；
ｂ）パラグラフａ）において与えられる配列の断片であって、少なくとも１１ヌクレオチド長の連続塩基配列から成り、該選ばれた配列よりもたかだか１塩基短い断片；
ｃ）パラグラフａ）において与えられる配列と最大５ヌクレオチド異なる配列；または、
ｄ）ａ）−ｃ）において与えられる配列の相補体、
から成る、請求項５に記載のＰＣＲプライマー。
【請求項７】
サンプルにおいて上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）突然変異遺伝子を検出する方法であって、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において突然変異Ｔを含むヌクレオチド配列を選択的に検出する手段によって該サンプルを探査すること、および、該位置における塩基がＴであることを特定すること、を含む、方法。
【請求項８】
前記手段が、前記位置における突然変異Ｔの検出と野生型Ｃの検出とを区別する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルが、癌または悪性であるか、あるいはそれが疑われる組織または細胞を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプルまたはその一部が、前記探査前に拡大される、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記サンプルまたはその一部の核酸が、前記探査前に増幅される、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記探査が、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において前記突然変異Ｔを含む、前記センス鎖配列または前記アンチセンス鎖配列にはハイブリダイズするが、前記ＰＣＲ条件下で、位置２３６９において野生型Ｃを含む第２ＥＧＦＲポリヌクレオチドに対しては僅かしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない第１ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーを含む組成物に、該サンプルから得られた該核酸を接触させること；および、
ｃ）第２ＰＣＲプライマーの存在下でＰＣＲ反応を実行し、塩基２３６９に対応する位置において突然変異Ｔを含むＰＣＲアンプリコンを得ること、
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＰＣＲ反応が、前記ＰＣＲアンプリコン中に標識を組み込み、前記特定が、該標識を検出することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記探査は、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して適切なＰＣＲ条件下でハイブリダイズする一対のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーであって、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置を挟持することによってＰＣＲ混合物を与える一対のプライマーを含む組成物に、該サンプルから得られた該核酸を接触させること；
ｃ）該混合物に対してＰＣＲ反応を実行して、塩基２３６９に対応する位置を含むＰＣＲアンプリコンを得ること；および、
ｄ）以下：
ｉ）塩基２３６９に対応する位置に突然変異Ｔを持つアンプリコンを、該位置の６塩基内で切断するが、該位置に野生型Ｃを持つアンプリコンについてはそのように切断しないことによってか、または、
ｉｉ）塩基２３６９に対応する位置に野生型Ｃを持つアンプリコンを、該位置の６塩基内で切断するが、該位置に突然変異Ｔを持つアンプリコンについてはそのように切断しないことによって、
のいずれかによって該アンプリコンを切断する切断手段に、該アンプリコンを接触させること、
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＰＣＲ反応が、前記ＰＣＲアンプリコン中に標識を組み込み、前記特定が、切断され標識された該ポリヌクレオチドについて長さ多型を検出することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記探査が、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）固相支持体の上に、該サンプルから得られた該核酸の少なくとも一部を固定すること；および、
ｃ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブ・オリゴヌクレオチドに、該固定された核酸を接触さること、ここで、該プローブの配列は、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３９６に対応する位置における突然変異Ｔに対して相補的な塩基を含み、かつ、適切なハイブリダイゼーション条件下で、該プローブは、位置２３６９において野生型Ｃを含むポリヌクレオチドに対して、僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない、
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１７】
前記プローブオリゴヌクレオチドが標識を含み、前記特定が該標識を検出することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記探査は、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブ・オリゴヌクレオチドを固相支持体に固定すること、ここで、該プローブの配列は、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３９６に対応する位置における突然変異Ｔに対して相補的な塩基を含み、該プローブは、位置２３６９において野生型Ｃを含むポリヌクレオチドに対し、僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしないこと；および、
ｃ）適切なハイブリダイゼーション条件下において、前記固定されたプローブに、該サンプルから得られた該核酸の少なくとも一部を接触させること
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１９】
前記核酸が標識を含み、前記特定が該標識を検出することを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
癌を患っているか、または癌が疑われる被験体においてゲフィチニブまたはエルロチニブの治療作用に対する耐性を予測する方法であって、
ａ）ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置に突然変異Ｔを含むヌクレオチド配列を選択的に検出する手段によって、該被験体から得られたサンプルを探査すること；
ｂ）該位置における塩基がＴであることを特定すること；
を含み、それによって、該被験体は、ゲフィチニブまたはエルロチニブによる治療に対して耐性を持つと予測される、前記方法。
【請求項２１】
前記手段が、前記位置における突然変異Ｔの検出と野生型Ｃの検出とを区別する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記サンプルが、癌または悪性であるか、それが疑われる組織または細胞を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記サンプルまたはその一部が、前記探査の前に拡大される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記サンプルまたはその一部の中の核酸が、前記探査の前に増幅される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記探査が、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）ＥＦＧＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において前記突然変異Ｔを含む、前記センス鎖配列または前記アンチセンス鎖配列に対してハイブリダイズする第１ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーであって、前記ＰＣＲ条件下において、位置２３６９において野生型Ｃを含む第２ＥＧＦＲポリヌクレオチドに対しては、僅かしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない第１ＰＣＲプライマーを含む組成物に、該サンプルから得られた該核酸を接触させること；および、
ｃ）第２ＰＣＲプライマーの存在下においてＰＣＲ反応を実行し、塩基２３６９に対応する位置において突然変異Ｔを含むＰＣＲアンプリコンを得ること、
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＰＣＲ反応が、前記ＰＣＲアンプリコンの中に標識を組み込み、前記特定が該標識を検出することを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記探査は、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して適切なＰＣＲ条件下でハイブリダイズする一対のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーであって、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置を挟持することによってＰＣＲ混合物を与える一対のプライマーを含む組成物に、該サンプルから得られた該核酸を接触させること；
ｃ）該混合物に対してＰＣＲ反応を実行して、塩基２３６９に対応する位置を含むＰＣＲアンプリコンを得ること；および、
ｄ）以下、
ｉ）塩基２３６９に対応する位置に突然変異Ｔを持つアンプリコンを、該位置の６塩基内で切断するが、該位置に野生型Ｃを持つアンプリコンについてはそのように切断しないこと、または、
ｉｉ）塩基２３６９に対応する位置に野生型Ｃを持つアンプリコンを、該位置の６塩基内で切断するが、ただし該位置に突然変異Ｔを持つアンプリコンについてはそのように切断しないこと
のいずれかによってアンプリコンを切断する切断手段に、該アンプリコンを接触させること、
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＰＣＲ反応が、前記ＰＣＲアンプリコンの中に標識を組み込み、前記特定が、切断され標識された該ポリヌクレオチドの長さ多型を検出することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記探査は、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる前記核酸を放出させること；
ｂ）固相支持体の上に該サンプルから得られた該核酸の少なくとも一部を固定すること；および、
ｃ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブ・オリゴヌクレオチドに該固定された核酸を接触させることであって、ここで、該プローブの配列は、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３９６に対応する位置における突然変異Ｔに対して相補的な塩基を含み、適切なハイブリダイゼーション条件下で、該プローブは、位置２３６９において野生型Ｃを含むポリヌクレオチドに対して、僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしないこと、
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項３０】
前記プローブ・オリゴヌクレオチドが標識を含み、前記特定が該標識を検出することを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記探査は、
ａ）所望される場合、前記サンプルを処理してその中に含まれる核酸を放出させること；
ｂ）ＥＧＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするプローブ・オリゴヌクレオチドを固相支持体に固定することであって、該プローブの配列は、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３９６に対応する位置における突然変異Ｔに対して相補的な塩基を含み、かつ該プローブは、位置２３６９において野生型Ｃを含むポリヌクレオチドに対し、僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしないこと、；および、
ｃ）適切なハイブリダイゼーション条件下において、該固定されたプローブに、該サンプルから得られた該核酸の少なくとも一部を接触させること
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項３２】
前記核酸が標識を含み、前記特定工程が、該標識を検出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
癌に罹患しているか、または癌が疑われる被験体においてゲフィチニブまたはエルロチニブの治療作用に対する耐性を予測するためのキットの製造における、ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置に突然変異Ｔを含むヌクレオチド配列を選択的に検出する手段の使用。
【請求項３４】
少なくとも１個の容器と、該容器に含まれる、少なくとも１個のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーを含む組成物とを含むキットであって、該ＰＣＲプライマーは、適切なＰＣＲ条件下において、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）の位置７９０においてトレオニンのメチオニンによる置換をコードするＥＧＦＲ遺伝子の突然変異に対し５′側のポリヌクレオチド配列のセンス鎖またはアンチセンス鎖にハイブリダイズし、ここで、該ＰＣＲプライマーは、該突然変異位置の２００ヌクレオチド以内に結合する、キット。
【請求項３５】
以下、
ａ）ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置に突然変異Ｔを持つポリヌクレオチドを、該位置の６塩基内で切断するが、該位置に野生型Ｃを持つポリヌクレオチドについてはそのように切断しないこと、または、
ｂ）ＥＧＦＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置に野生型Ｃを持つポリヌクレオチドを、該位置の６塩基内で切断するが、該位置に突然変異Ｔを持つポリペプチドについてはそのように切断しないこと、
のいずれかによってＥＧＦＲポリヌクレオチドを切断する切断手段をさらに含む、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
少なくとも１個の容器と、該容器に含まれるＰＣＲプライマーを含む組成物とを含むキットであって、該ＰＣＲプライマーは、適切なＰＣＲ条件下において、突然変異上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）ポリペプチドをコードする第１ポリヌクレオチドまたはそのポリヌクレオチド断片にハイブリダイズし、該プライマーは、ＥＦＧＲ  ｃＤＮＡの塩基２３６９に対応する位置において突然変異Ｔを含むセンス鎖配列またはアンチセンス鎖配列に対してはハイブリダイズし、かつ該プライマーは、該ＰＣＲ条件下で、位置２３６９において野生型Ｃを含む第２ＥＧＦＲポリヌクレオチドに対しては、僅かにしかハイブリダイズしないかまたは全くハイブリダイズしない、キット。