(57)【要約】  ウイルスデータを管理するためのシステムおよび方法は、ウイルスデータを迅速、効率的かつ柔軟に管理するようにあつらえられたソフトウェアを含むことができる。このシステムは、データ管理問題をより容易に克服することができる。さらにこのシステムは、データ管理の深刻なボトルネックを合理化し、データ収集と治療法の発見との間の時間を著しく縮めることができる。このシステムは、グラフィカルユーザインターフェイス（ＧＵＩ）ツール、およびデータ記憶／検索システムを含むことができる。このシステムは、商用リレーショナルデータベースエンジンも含むことができる。このシステムは、注釈ツール、アラインメントツール、系統学的ツール、および突然変異解析ツールを含むことができる。アラインメントツールは、問合せツールにリンクさせることができ、コンティグアセンブラを含むことができる。このシステムは、突然変異追跡ツール、レポート生成ツール、およびエントロピ測定ツール、ならびに統計的ルーチン、およびセキュリティ／導入パッケージを含むことができる。このシステムは、プレゼンテーション（ＧＵＩ）階層、ミドルウェア（ドメイン）階層、およびリレーショナルデータベース管理システム（ＲＤＢＭＳ）階層の３つの階層からなるソフトウェアアーキテクチャを含むことができる。
2012515402.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルスデータを管理するためのシステムであって、
１つまたは複数のグラフィカルユーザインターフェイス（ＧＵＩ）ツールと、
データ記憶（data-strage）／検索システム(retrieval system)（ＤＳＲＳ）と
を備え、前記ＤＳＲＳは遺伝的(genetic)、生物学的、臨床的(clinical)、および表現型(phenotypic)ウイルスデータを記憶し、前記１つまたは複数のＧＵＩツールは、前記データを管理し解析するための、前記システムのコントロールをもたらすように機能し、前記１つまたは複数のＧＵＩツールおよび前記ＤＳＲＳは、データをエクスポートする(exporting)ことなく前記ウイルスデータを前記管理するために統合される、システム。
【請求項２】
ユーザによって定義されるデータポイント(data points)の形をとる(in terms of)注釈を管理し、前記システムに固有の検索可能コンテキスト内に前記注釈を統合する(integrates)注釈(annotation)ツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記ＤＳＲＳに統合されるリレーショナルデータベースエンジンをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
個々の(individual)タンパク質および領域をウイルス配列から切り離す(separating)作業を自動化するインポートツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記ＧＵＩツールの少なくとも１つは、ヌクレオチドのビュー(views)およびアミノ酸のビューを提示し(presents)、前記ビューを切り替える(toggle between)よう機能することができる、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
配列に関連する注釈により、ユーザによって定義される遺伝的特徴を隔離する問合せ(query)ツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
アラインメント機能(alignment function)により１つまたは複数の問合せ属性(query attributes)を強調表示(highlighted)できるようにするために、前記問合せツールにリンクされるアラインメントツールをさらに備える、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記アラインメントツールが、完全なおよび部分的なゲノム配列を解析するコンティグ(contig)アセンブラを備える、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
データ列を色分け(color-code)し、タイムスタンプ(time-stamp)する進化系統樹(evolutionary trees)へとアラインメントをアセンブルする系統学(phylogeny)的ツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項１０】
生の(raw)電気泳動図(electropherogram)データを提示し、計量値をプロットするために線グラフまたは棒グラフの少なくとも一方をアセンブル(assembles)し、これらのグラフィックスを提示する、グラフィックツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項１１】
関係のあるウイルスデータセット(set)をリンクする問合せツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記配列に事前に関連付けられた(pre-associated)注釈のリストからのユーザ定義属性を用いて(via)ウイルス配列(sequences)を選択する、問合せツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記問合せツールは、ユーザによって選択され、問合せ結果を制御するようにセットされる注釈およびオペレータ(operators)を含む、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１４】
アラインメントツール、系統学的(polygenetics)ツール、および突然変異(mutation)解析ツールをさらに備え、前記アラインメントツール、系統学的ツール、および突然変異解析ツールは一ヶ所にまとめられる(integrated)、請求項１に記載のシステム。
【請求項１５】
前記アラインメントツール、系統学的ツール、および突然変異解析ツールは、ウイルスの複製(replication)速度および変異性ポリメラーゼ(error-prone polymerase)を数学的に計算するために特別にあつらえられる(tailored)、請求項１４に記載のシステム。
【請求項１６】
対話オブジェクト層を備える、プレゼンテーション階層、ミドルウェア階層、およびデータベース階層を含む３つの階層からなるアーキテクチャを備え、前記プレゼンテーション階層は、前記１つまたは複数のＧＵＩツールを含む１つまたは複数のＧＵＩコンポーネントを含み、前記ミドルウェア階層は、１つまたは複数のミドルウェアコンポーネントを含み、前記システムが使用する処理ロジックを収容し、前記データベース階層は、前記データ記憶／検索システムを含む１つまたは複数のデータコンポーネントを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１７】
前記１つまたは複数のＧＵＩツールの少なくとも１つは、前記プレゼンテーション階層からユーザに供給される１つまたは複数のｗｉｎｄｏｗｓフォームを含み、前記１つまたは複数のｗｉｎｄｏｗｓフォームは、前記ユーザから入力を取り込み、出力を表示し、前記処理ロジックは、前記入力を処理して前記出力を前記１つまたは複数のｗｉｎｄｏｗｓフォームに返す、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】
注釈ツール、アラインメントツール、コンティグアセンブラ、系統学的ツール、突然変異解析ツール、グラフィックスツール、問合せツール、突然変異追跡ツール、エントロピツール、マイクロアレイデータ処理ツール、および遺伝子型決定ツールのグループの少なくとも１つから選択される少なくとも１つのツールをさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項１９】
統計的ルーチンをさらに含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項２０】
再編成(retool)する必要なしに、前記システムを異種の(disperate)ハードウェアリソースにわたって拡張できる(scaled)ようにするＮ階層の構造をさらに備える、請求項１に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
[0001]関連出願の相互参照
本出願は、２００９年１月１４日に出願され、参照によりその開示が本明細書に組み込まれる米国仮出願第６１／２０５，０３３号の利益を主張する。
【０００２】
[0001]本発明は、一般にＣ型肝炎データを含むウイルスデータを管理するためのシステムおよび方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
[0002]Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は、具体的には米国国内で約４００万人が感染し、慢性肝疾患の主要原因である。ＨＣＶ関連の末期肝臓病が、今やＨＩＶ感染患者の中で一番多い死亡原因である。ＨＣＶの病変には、線維症、肝硬変、および肝細胞癌が含まれる。Ｃ型肝炎ウイルスの研究は難しく、現行の治療に対して５０％未満が順調な反応を示す状態で、抗ウイルス薬を用いて効果的には処置されておらず、効能のある選択肢ができるまでにはまだ数年かかる。
【０００４】
[0003]ＨＣＶは、エンベロープに包まれ、９ｋｂのプラス鎖ＲＮＡを含む。ＲＮＡゲノムは、タンパク質分解作用により１組の１０個の互いに異なる産物（ｐｒｏｄｕｃｔ）（ひし形が切断点を指し示す図１を参照）へと切断される、ポリタンパク質をコードする単一の読み枠（ＯＲＦ）をもち、それらの産物はウイルス粒子およびウイルス複製機構を含む。５’非翻訳領域は、その細胞リボソームおよびタンパク質の結合により、ＨＣＶ  ＯＲＦの翻訳を誘導する。ＨＣＶは、マクロファージおよび肝細胞に感染し、レトロウイルスとは異なり、宿主ゲノムに統合されない。
【０００５】
[0004]変異ホットスポットを構成する、ＨＣＶゲノムに沿った領域において突然変異が蓄積される。これらの超可変領域は、ＮＳ５Ｂタンパク質を含む５つの領域、Ｅ１タンパク質／Ｅ２タンパク質内の領域およびそれらのタンパク質間の領域、ならびにコアタンパク質内に集中する。ＨＣＶは、６つの同定された遺伝子型、およびそのヌクレオチド配列の点で３１〜３５％互いに異なる５０を超えるＨＣＶサブタイプを有する。
【０００６】
[0005]ＨＣＶタンパク質は容易に突然変異し、薬物耐性につながる。ＨＣＶは著しく繁栄した病原体である。ＨＣＶは、宿主の免疫反応を逃れる能力を有し、宿主の免疫反応を逃れることは、素早く複製すること、および校正能力を欠く変異性（ｅｒｒｏｒ−ｐｒｏｎｅ）ＨＣＶ  ＲＮＡ依存性ポリメラーゼにより突然変異を促進することによって果たされる。ＨＣＶが患者に感染すると、ウイルス複製の間、最も優勢な感染遺伝子型から新たな変異体（配列の点で１〜９％互いに異なる準種）が継続的に生じ、数百もの異種のＨＣＶゲノムをもたらす。これらの変異体のうちの最も適合したものが、複製環境においてその複製能、および抗ウイルス薬剤圧を含む選択圧に基づき継続的に選択される。感染中の所与の時点において、ＨＣＶ準種の分布は、新たな変異体の継続的生成間のバランス、本質的なウイルス機能を保存する必要性、および複製環境によって及ぼされる正の選択圧を反映する。したがって、科学者は、ウイルスの伝染と治療薬を使った治療後との間のＨＣＶの遺伝的変異を経時的に追跡しようと試みるので、ＨＣＶの感染は薬物設計に関して複雑な問題を引き起こす。
【０００７】
[0006]ＨＣＶの感染は、１組の互いに異なる解析問題を提起する。ＨＣＶの突然変異率が高いことは、日々の研究室での研究や臨床試験の実施において、膨大な数の新たな遺伝子配列データおよび関連する生物学データの蓄積をもたらす。データ管理は絶え間ない問題である。研究者は現在、自らのゲノムデータおよび生物学データをソートし、体系化し、解析するために、ホームスパンデータベース、汎用ソフトウェア製品、および公開ウェブリポジトリのツールを利用する。表１（以下）は、ＨＣＶ配列データを体系化し、解析するために日常的に行われる９つのステップ（左欄）を示す。右欄は、このデータを管理するために一般的に使用される対応するプログラムまたは手動ステップを示す。
【０００８】
【表１】
2012515402.tif 000003
【０００９】
[0007]研究室では、博士研究員が研究を行い、生じたデータを管理する。１日当たり１００個のＨＣＶクローン（すなわち１週間当たり５００〜６００個のクローン）を配列決定のために選択する日課を必要とするプロジェクトを考えられたい。新たな配列が毎日サーバ上に、またはコンピュータデスクトップ上のフォルダファイル内に記憶され、それらの配列に対して一連のルーチン動作が実行される（表１）。数日間の作業に由来するデータが蓄積してそのプロジェクトを行き詰らせる、手に負えないほどの極めて困難なデータ管理問題を示すことは珍しいことではない。
【００１０】
[0008]この業界では、試験にはしばしば何千人もの患者が関与する。１，０００〜２，０００患者／週の採血を行うと、１週間当たり１，０００〜２，０００個の配列または約２００個／１日の配列を生成する必要がある。データ管理は進行中の問題である。これらの配列に対して日々実行されるルーチン動作は、研究室で必要とされるルーチン動作と似ている（表１を参照）。蓄積するデータを管理するために、典型的には１人または複数の常勤者が割り当てられる。
【００１１】
[0009]ＨＣＶの突然変異率が高いことは、付随する深刻なデータ管理問題とともに、日々の研究室での研究や臨床試験の実施において膨大な数の新たな遺伝子配列データおよび関連する生物学データをもたらす。研究者は現在、自らのゲノムデータおよび生物学データをソートし、体系化し、解析するために、ホームスパンデータベース、汎用ソフトウェア製品、および公開ウェブリポジトリのツールを利用する。これらのツールは、しばしば特定のハードウェア構成またはソフトウェア構成に固有のものである。これらのツールは、ＨＣＶゲノム向けにあつらえられておらず、あるプログラムから次のプログラムにデータを移すことに大きな労力を要し、時間がかかり、かつエラーを起こしやすい。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
[0010]本発明は、Ｃ型肝炎データを含むウイルスデータを管理するためのシステムおよび方法に関する。このシステムは、ＨＣＶデータを含むウイルスデータを迅速、効率的かつ柔軟に管理するようにあつらえられたデスクトップソフトウェアを含むことができる。このシステムは、科学者がデータ管理問題をより容易に克服できるようにすることができる。さらにこのシステムは、データ管理の深刻なボトルネックを合理化し、データ収集と治療法の発見との間の時間を著しく縮めることができる。
【００１３】
[0011]このシステムは、特定のウイルス（例えばＨＣＶ）を解析するために特別に設計することができる、グラフィカルユーザインターフェイス（ＧＵＩ）ツール、およびデータ記憶／検索システム（ＤＳＲＳ）からなることができる。このシステムは、商用リレーショナルデータベースエンジンも含むことができる。
【００１４】
[0012]このシステムは、極めて重要な実験データポイントの捕捉、記憶、および管理を単純化し、ユーザによって定義されるこれらのデータポイント（注釈）を、本質的に組織的でありかつ構造化された検索可能コンテキストと同じ検索可能コンテキストに引き入れることができる注釈ツールを含むことができる。
【００１５】
[0013]このシステムは、ウイルス（例えばＨＣＶ）の複製速度およびその突然変異発生点（例えば変異性ポリメラーゼ）を数学的に計算するために特別にあつらえることができるアラインメントツール、系統学的ツール、および突然変異解析ツールをさらに含むことができる。
【００１６】
[0014]このシステムは、プレゼンテーション（ＧＵＩ）階層、ミドルウェア（ドメイン）階層、およびリレーショナルデータベース管理システム（ＲＤＢＭＳ）階層の３つの階層からなるソフトウェアアーキテクチャを含むことができる。
【００１７】
[0015]完全なおよび部分的なゲノム配列を解析するために、アラインメントツールは、問合せツールにリンクさせることができ、コンティグアセンブラ（ｃｏｎｔｉｇ  ａｓｓｅｍｂｌｅｒ）を含むことができる。系統学的ツールはアラインメントを進化系統樹へとアセンブルすることができ、その進化系統樹は入力配列を色分けし、タイムスタンプすることができる。グラフィックスツールは、生の電気泳動図データ（トレース）を提示し、計量値をプロットするために線グラフおよび棒グラフをアセンブルすることができる。
【００１８】
[0016]このシステムは、突然変異の追跡、レポート生成、およびエントロピ測定のための追加ツール、ならびに統計的ルーチン、およびセキュリティ／導入パッケージを含むことができる。
【００１９】
[0017]このシステムは、情報科学を基礎研究と併合し、迅速な発見を得ることができる。このシステムは、急速に発展しているＨＣＶ研究の市場に役立つことができる。その結果、このシステムは大幅に解析能力を改善し、データの処理時間を減らすことができる。このシステムは、生命情報科学分野および情報科学分野の基礎研究を促進し、多大な公益をもたらすこともできる。
【００２０】
[0018]このシステムは、再編成する必要なしに、ソフトウェアを異種のハードウェアリソースにわたって容易に拡張できるようにするＮ階層の構造を組み込むことができる。例えば、異なるオペレーティングシステムをそれぞれが実行する様々な異なるマシン上に個々の階層を実装することができ、それにもかかわらず、全システムは依然としてウイルスデータを効果的に伝達し、処理することができる。
【００２１】
[0019]添付図面に照らして読むとき、好ましい実施形態についての以下の詳細な説明から本発明の様々な利点が当業者に明らかになろう。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】[0020]ＨＣＶゲノムを表す図である。
【図２】[0021]ウイルスデータを管理するための例示的システムの一部を表す図である。
【図３】[0022]ウイルスデータを管理するための１組の例示的ツールを表す図である。
【図４】[0023]例示的アプリケーションアーキテクチャを示す図である。
【図５】[0024]例示的インポートツールを示す図である。
【図６】[0025]例示的データ管理ウィンドウを示す図である。
【図７】[0026]階層型のフォルダおよびファイル構造を示す図である。
【図８】[0026]階層型のフォルダおよびファイル構造を示す図である。
【図９】[0027]例示的注釈ツールのウィンドウを示す図である。
【図１０】[0028]例示的編集画面を示す図である。
【図１１】[0029]例示的問合せデザイナウィンドウ、および例示的問合せ結果ウィンドウを示す図である。
【図１２】[0030]問合せツールの例示的ウィンドウを示す図である。
【図１３】[0031]例示的アラインメントツールを表す図である。
【図１４】[0032]例示的コンティグアセンブリツールを表す図である。
【図１５】[0033]例示的系統樹ツールを表す図である。
【図１６】[0034]例示的階層状アーキテクチャの一実施形態を表す図である。
【図１７】[0035]例示的トレースビューワツールを表す図である。
【図１８】[0036]例示的グラフツールを表す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
[0037]次に図２を参照すると、ＨＣＶなどのウイルスを相手に作業する際、日常的に直面する主要なデータ管理問題に対処し、それを克服することができる例示的システムが示されている。このシステム１０は、グラフィカルユーザインターフェイス（ＧＵＩ）ツール１２（例えば、ユーザが利用可能な情報および動作を表すグラフィカルアイコンや視覚インジケータ）、およびデータ記憶／検索システム（ＤＳＲＳ）１４からなることができ、そのいずれもがＨＣＶ解析のために、または他のウイルスの解析のために特別に設計されてよい。システム１０は、商用リレーショナルデータベースエンジン１６（例えばデータの作成、検索、更新、削除（ＣＲＵＤ）を行うために使用することができるソフトウェアコンポーネント）も含むことができる。これらのコンポーネントは、遺伝的データ、生物学データ、臨床データ、および表現型データの統合、解析、および記憶を行えるようにし、そのデータを問い合わせる能力を使用可能にすることができる（下記参照）。
【００２４】
[0038]図３に示すように、このシステムは様々なツールからなることができる。図示のシステムは、極めて重要な実験データポイントの捕捉、記憶、および管理を単純化し、ユーザによって定義されるこれらのデータポイント（注釈）を、本質的に組織的でありかつ構造化された検索可能コンテキストと同じ検索可能コンテキストに引き入れることができる注釈ツール１８を含む。加えて、この注釈ツール１８は、それらのデータを検索するためのデータ操作言語（ＤＭＬ）を単純化することができる。その結果、ユーザは、多次元データセットについてのデータマイニングおよび解析の圧倒的な柔軟性を得ることができる。ＨＣＶ配列を含むウイルス配列は、ウイルス量、抗ウイルス阻害剤、株細胞、実験期間の長さ、肝酵素プロファイルなど、測定される多くの生物学的パラメータに関連させることができる。したがってこれらの配列は、ウイルス（例えばＨＣＶ）に固有の多次元性を有することができる。これらの生物学的パラメータは、記憶および操作の間中、各配列に追随することができる（現在、ＨＣＶの生物学者は手動でこれらの補足メモを添付し、用意する）。アラインメントツール２０、系統学的ツール２２、および突然変異解析ツール２４は、ウイルス（例えばＨＣＶ）の複製速度および突然変異発生点（例えば変異性ポリメラーゼ）を数学的に計算するために特別にあつらえることができることに留意すべきである。これらのツール２０、２２、２４を一ヶ所に組み合わせると、データの管理および操作の問題を大幅に合理化することができ、そのためウイルス学者は自らの研究をより効果的な方式で行うことができる。
【００２５】
[0039]アラインメントツール２０は、既存の問合せツールとすることができる問合せツール２６にリンクさせることができる。アラインメントツール２０は、ゲノム配列の断片をウイルス（例えばＨＣＶ）共通配列へとアセンブルするためのコンティグアセンブラ２８を含むことができる。アラインメントツール２０は、技術上の誤りまたはミスアラインメントから生じる間違った突然変異予測を抑制し、（例えば保存領域の間に散在する５つのＨＣＶ超可変領域（図１を参照）の中の）ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列のアラインメントを反復して改善することができる。アラインメントツール２０は、専用の配列アンカ、およびこれらの領域内のベースラインからの累積的突然変異に基づき距離を計算することができる修正アルゴリズムを使いこれらのことを達成することができる。系統学的ツール２２は、数ある使用法の中で特に、これらの特殊化したアラインメントを進化系統樹へとアセンブルし、例えば１人の患者またはクローンサンプルに由来する準種に従ってなど、所望の結果の組に基づいて入力配列を色分けし、タイムスタンプするために設けることができる。グラフィックスツール３０は、生の電気泳動図データ（トレース）を提示し、計量値をプロットするために線グラフおよび棒グラフをアセンブルすることができる。
【００２６】
[0040]突然変異の追跡、エントロピ測定、およびレポート生成のための追加ツールを設けることができる。システム１０は、統計的ルーチン３２、およびセキュリティ／導入パッケージも含むことができる。系統学的ツール２２、突然変異追跡ツール３４およびエントロピツール３６、ならびに統計的手続き３２は合わせて、例えばヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の突然変異プロファイル（多様性）、エントロピ（複雑性）、および遺伝距離（分岐：ｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅ）を計算することにより、準種配列内および準種配列間のウイルス変異の程度を定量化することができる。突然変異追跡ツール３４は、突然変異種の進化速度、ならびに環境圧下での準種の多様性に対する組換えの貢献度およびウイルス（例えばＨＣＶ）の適応進化に対する組換えの貢献度を求めるために、系統学的ツール２２にリンクさせることができる。
【００２７】
[0041]統計的ルーチン３２は、系統学的ツール２２、突然変異ツール２４、およびエントロピツール３６からの出力を公式化（ｆｏｒｍｕｌａｔｅ）して、ウイルス（例えばＨＣＶ）の遺伝的変異性を計算することができる。注釈ツール１８および問合せツール２６と組み合わせて使用することで、これらのツール３２、３４、３６は、研究者が抗ウイルス薬に対する遺伝子型の敏感性に関する極めて重要な解析を行えるようにすることができ、その解析には、１）準種分布およびウイルス根絶を調べること、２）抗ウイルス反応体と非反応体との間の遺伝的異質性を比較すること、および３）ウイルス（例えばＨＣＶ）の準種がウイルス遺伝子内またはウイルス遺伝子間の耐性突然変異をシャッフルして、薬剤耐性遺伝子型の多様性を高めるかどうか尋ねることが含まれる。統計的ルーチン３２は、例えば、所与の配列内で位置Ａにおけるヌクレオチドまたはアミノ酸の変化が、位置Ｂにおける突然変異または組換えに影響を及ぼすかどうかを判定するために、感染遺伝子型の共分散を計算するための公式を含むこともできる。
【００２８】
[0042]この例示的システム１０は、遺伝的データ、臨床データ、および表現型データを記憶し、統合し、解析することを容易にし、かつそのデータを問い合わせる能力を有するソフトウェアコンポーネントからなることができる。例えば図４に示すように、このソフトウェアアーキテクチャは、対話オブジェクト層を備える、プレゼンテーション階層３８、ミドルウェア／論理階層４０、およびデータベース階層４２からなることができる。例えばこれらの階層は、ＧＵＩコンポーネント、ミドルウェアコンポーネント、およびデータコンポーネントからなることができる。ＧＵＩコンポーネントは、それを使ってユーザが対話することができるＧＵＩツール１２としてプレゼンテーション階層からユーザに供給することができる形式（例えばｗｉｎｄｏｗｓフォーム）を含むことができる。ＧＵＩコンポーネントは、ユーザからの入力を取り込み、結果を表示することができる。ミドルウェアコンポーネントは、システム１０が入力を処理して出力をＧＵＩコンポーネント（例えばＧＵＩオブジェクト）に返すために使用する処理ロジック（例えばメソッド）を収容することができる。ミドルウェアコンポーネント（例えばミドルウェアオブジェクト）は、例えば記憶用のデータを作成／伝送し、データベースコンポーネントからデータを検索することにより、データベースコンポーネントと対話することができる。データベース階層は、データを永続的に記憶するためのリレーショナルデータベース管理システム（ＲＤＢＭＳ）４４、およびデータモデルを含むことができる。このソフトウェアアーキテクチャについては、本明細書の以下の記述の中でより詳細に説明する。
【００２９】
[0043]配列を入力することは、ユーザセッション中の複数のオプションにより容易に達成することができる。ウイルス配列は、例えばウイルス配列またはウイルス配列データを入力することができる任意の適切なデータ入力ツールを介してシステム１０に入力することができる。大量配列インポートツールを使用し、システム１０に配列を大量に提出することができることを理解すべきである。図５の中心に、例示的インポートツール４５を示す。インポートツールは、入力配列を生のインポートデータとしてそのままにしておくか、または自動的に翻訳したり自動的に同定したりするなど、何らかの方法で自動的に処理することを可能にするように構成できてよい。適切なツールは、遺伝子配列を、個別ファイル、ＦＡＳＴＡ形式ファイル、または他の任意の適切なデータソースとして受け入れるように設計することができる。そのように設計することは、配列決定装置または配列決定マシンからデータを生でインポートすることを可能にする。配列決定マシンは、このシステムもしくはソフトウェアに直接接続することができ、またはこのソフトウェアは、ファイルを生成することなく、配列決定装置または配列決定マシン内に組み込むことができる。このツールは、核酸（ｎｔｄ）配列やアミノ酸（ａａ）配列など、様々な種類の配列を受け入れるように設計することもできる。ユーザは、配列識別子を使用して、完全なおよび部分的なウイルス（例えばＨＣＶ）タンパク質を、遺伝子型決定し、翻訳し、同定することを選択することができる（図５を参照）。例示的配列翻訳ツールは、核酸の配列データをアミノ酸の配列データに翻訳することができる。例示的配列識別子は、既知のあらゆるウイルス（例えばＨＣＶ）の遺伝子型およびサブタイプを同定するために使用されるアルゴリズムからなるツールの形態をとることができる。配列が入力され次第、システム１０はタンパク質の正味荷電を自動的に計算し、全ての糖鎖付加部位およびリン酸化部位を記録することができる。オプションとして、遺伝子型の決定および翻訳をユーザに提示することができる。
【００３０】
[0044]図６には、ユーザが配列を入力した後に見ることができる、例示的データ管理ツール（例えばウィンドウ４６）が示されている。データ管理ウィンドウ４６は、ユーザが自らの配列データを容易に管理できるようにすることができる、柔軟な葉およびノード／樹木型オーガナイザ５０を含み得る、レコードエクスプローラ４８を含むことができる。ユーザは、階層型のファイルおよびフォルダ構造（図７および図８を参照）を作成することができ、その中に、これだけに限定されないが、配列バンク、アラインメント結果、トレース、および問合せ結果が含まれる様々なオブジェクトをロードすることができる。
【００３１】
[0045]例示的システム１０は、配列ビューワツール５１（例えばユーザが記憶済み配列を見ることを可能にする表示および編集ツール）をさらに含むことができる。ユーザは、単一のまたは複数の配列のバンク５２を表示させるために選択することができる。表示されると、編集、注釈付け、構成タンパク質ビューやヌクレオチド領域ビューなど、選択した配列を相手に作業するための様々なオプションが利用可能になり得る。ターゲット配列バンクに新たな配列を追加することができ、または複数の配列をアラインメントのために選択してもよい。この領域は、ユーザが自らの配列バンク内に記憶された配列を操作／閲覧することができる総合的作業領域である。システム１０は、この作業領域内からのおよび他の作業領域からの様々なツールが利用されることを許容することができる。
【００３２】
[0046]配列ビューワ５１内の配列を（図６に示すように）強調表示することにより、ユーザは、その配列内で同定される個々のタンパク質を（図６の場合はデータ管理ウィンドウ４６の下部パネルに示す）領域／タンパク質ビューワ画面５３内で見ることができる。この領域／タンパク質ビューワ５３は、ヌクレオチド配列および／またはタンパク質配列を、その構成タンパク質または領域それぞれにセグメント化したものとして表示することができる。この配列ビューワから、単一の配列をこのツール内に表示させるために選択することができる。ユーザは、タンパク質ビューとヌクレオチド領域ビューとを切り替えることができる。システム１０は、核酸コード領域およびタンパク質が、生データに関係付けられることを可能にすることができる。以下の説明の中でより明らかになるように、ユーザは、配列編集、翻訳、遺伝子型決定、注釈付け、保存または削除を行うために、メニュー項目から様々なオプションを選択することができる。データマネージャ４６は、ユーザがそれによりシステムと対話することができるグラフィカルユーザインターフェイス（ＧＵＩ）として機能することができるが、非グラフィカルデータマネージャをそのＧＵＩとは別にまたはそのＧＵＩと組み合わせて実装することができる。
【００３３】
[0047]注釈ツール１８を使い、ユーザによって定義される注釈も単一のまたは複数の配列にリンクさせることができる（図６の場合はデータ管理ウィンドウ４６右上の注釈画面５４を参照）。注釈ツール１８は、ユーザ定義データ提出ツールとして機能することができ、ユーザがデータエントリを見て、参照用に配列に添付することを可能にする。標準的注釈およびユーザによって定義される注釈をセッション中いつでも配列にリンクさせることができる。注釈画面５４は、ユーザが、自らの遺伝的データにリンクさせたい臨床データ、実験データ、および／または生物学データを表す値もしくはテキストについての定義を作成できるようにすることができる。このユーザ定義注釈システムは、収集した情報をどのように記憶するのかを研究者が選ぶことができるので、研究者が患者の秘密保持およびＨＩＰＰＡ基準を容易に遵守することを可能にし得る。
【００３４】
[0048]ユーザは、セッション中いつでも注釈を選択して配列に付け加えることができる。システム内で既に定義されている注釈は、新規注釈追加ウィンドウ５５（図９を見る場合右のパネル）内に示すように、選択項目として配列に添付することができる。新たな注釈は、注釈定義マネージャ５６（図９を見る場合下のパネル）内で作成することができる。ユーザは注釈の名前を入力することができ、ドロップダウンメニューの中で注釈の種類を定義し、その注釈が一定の値に制限されるかどうかを選択することができる。システム１０の例示的実施形態は、注釈が、テキスト、数、イメージ、ハイパーリンク、ファイルの関連付け、または他の有用なデータを含む事実上どんな形をとることも可能にすることができる。高い精度で注釈を定義できることは、問合せツール２６を使い複雑な検索を行えるようにする。
【００３５】
[0049]ユーザは、便宜上配列ビューワの隣に表示することができる注釈ツール１８内で注釈を付けたい配列を選択し、注釈を付けることができる。注釈は検索可能である。注釈定義マネージャ５６は、カスタマイズされた注釈（例えば患者ＩＤ、生検の種類、配列の日付等）のラベルおよび関連するデータタイプを、ユーザがあらかじめ定義することを可能にすることができる。注釈ツール１８は、ユーザが、例えば配列内の特定の位置における特別なパターンを見つけ、返す機能をカスタマイズすることも可能にすることができる。注釈ツール１８は、個々の配列または配列の組の既存の注釈の閲覧、追加、一新、および編集をユーザが行うことをさらに可能にすることができる。
【００３６】
[0050]（図６に示す）編集メニュー５７または編集ツールアイコン（不図示）から、配列編集メニュー項目のいずれかをクリックすることは、編集、翻訳または再翻訳、遺伝子型決定、および保存を行うための対象とする配列を現すことができる。図１０に、例示的配列編集ツール５７を示す。配列編集ツール５７は、ユーザが配列データを追加し、編集することを可能にすることができる。「次のダッシュ」ボタン５８は、ダッシュからダッシュへとカーソルを容易にジャンプさせ、手動編集の繰り返しを除去することができる。このウィンドウは、ＦＡＳＴＡでフォーマットされた配列（ｎｔｄまたはａａ）を適切なウィンドウ内に単純にペーストすることにより、単一の配列を入力することも可能にすることができる。ＦＡＳＴＡ配列ラベルは、「ラベル」ボックス５９内に自動的に構文解析されてよい。
【００３７】
[0051]ウイルス（例えばＨＣＶ）の遺伝的データ、臨床データ、および実験データのリンケージは、システム１０に高度な問合せ能力を与える。図１１および図１２に、例示的問合せツール２６を示す。問合せツール２６は、問合せデザイナウィンドウ６０、および結果または報告ウィンドウ６２を含むことができる。デザイナウィンドウ６０は、ユーザが、治療反応、糖鎖付加部位の数、配列の荷電などの属性を選択することを可能にする。関係のあるデータセットを対象とする簡単に設計される問合せは、治療的特徴、生物学的特徴、人口統計学的特徴、および臨床的特徴を使って特定の遺伝的ウイルス変化を同定し、相関させるのに役立つことができる。ユーザは、自らが定義する遺伝的特徴（修飾の検索、領域ＩＤ）により、または配列に関連する注釈により、情報の組を隔離することができる。
【００３８】
[0052]問合せ結果は、結果ウィンドウ６２内で報告されてよい。結果ウィンドウ６２は、検索したデータについての簡単なビューを提供することができる。図示の例では、結果ウィンドウ６２は、治療期間、反応結果、ならびにＥ１領域およびＥ２領域について見つかった糖鎖付加部位の数を示す。問合せ結果は、アラインメントツール１８を使って整列させることも、高等解析を行うためにシステム１０内の別のツールに通すこともできる。この例示的な問合せを可能にしたこれらの特別な翻訳後修飾部位について、ユーザは注釈ツール１８を使い自らの配列を検索し、それに注釈を付けることができる。
【００３９】
[0053]結果ウィンドウ６２から、ユーザは、アラインメント内の任意の位置における変異の割合についての計算を要求することができる。配列上で右クリックすると配列編集ツール５２を表示させることができ、これにより配列もしくは注釈、またはその両方を編集することができる。結果ウィンドウ６２は、Ｅｘｃｅｌファイルなどの様々な形式にエクスポートすることも、（例えば右クリックすることにより）アラインメントツール２０に送ることもできる。
【００４０】
[0054]問合せツール２６は、ユーザが、自らの注釈によってのみ限定される自らの配列データをマイニングすることを可能にし得る。このツールは、配列データの報告およびマイニングを容易にするために、問合せパラメータおよび出力フィールドを定めるための、ユーザフレンドリなポイントアンドクリックインターフェイスによって実施することができる。ユーザは、デフォルトのデータ構造に固有のフィールドのリストから選択することができるが、注釈ツール１８内でユーザによって定義されるカスタムフィールド（注釈）を検索することもできる。問合せ結果は、グリッド形式などの様々な形式で表示することができ、必要に応じてＣＶＳやＦＡＳＴＡなどの様々な形式にエクスポートすることができる。
【００４１】
[0055]問合せツール２６の例示的使用法は、以下の通りである。ユーザは、ウイルス感染価と免疫機能との間の予備相関を調べたい場合がある。ウイルスエンベロープタンパク質は、宿主細胞の指向性、感染力、および免疫反応において重要な役割を果たす。ＨＣＶ  Ｅ２上の正荷電レベルは、ウイルス感染価を高める可能性があり、プロリン残基の数がＥ２のアルファへリックス形成、およびそれ故にウイルス侵入に影響し、一方で、より低いＣＤ４＋数は、衰退している免疫機能およびＨＣＶ感染の進行を示唆する。
【００４２】
[0056]前述の相関を調べるために、ユーザは、ｉ）ａａ荷電が４を上回り（＞）、ＣＤ４＋数が１から５５の間にあり、プロリンの数が＞２０である全てのＥ２配列を探索し（図１２のオペレータ選択パネル６４を参照）、ｉｉ）結果として生じる組の中のＥ２ａａ配列データ、Ｅ２荷電および糖鎖付加数、患者ＩＤ番号、ならびにＣＤ４＋数の全てを取得するようにシステム１０に問い合わせることができる。この簡単な問合せは、研究者が細胞指向性に関連する配列を疾患進行パラメータに相関させることを可能にする、（図１２の結果ウィンドウ６２内に示す）１組の結果をもたらすことができる。糖鎖付加部位やリン酸化部位など、全てのモチーフおよび特定領域のカウントは、例えば（図１２の下のパネルとして図示する）強調表示ツール６６を使って強調表示することができる。
【００４３】
[0057]必要に応じて問合せは保存し、注釈を付けることができる。アラインメントツール２０を問合せツール１８にリンクさせ、関連する全ての問合せ属性をアラインメント内で強調表示できるようにすることができる。
【００４４】
[0058]次に再び図４を参照すると、複数の論理層からなることができるミドルウェア４０（すなわちドメイン層）が示されている。例示的システム１０では、このミドルウェア４０は２つの層からなることができる。１つは、ドメインロジックを処理するためのものであり、「ビジネスルール」６８と呼ばれる。この論理層６８は、プレゼンテーション層とデータアクセス層７０との間にあってよく、プレゼンテーション層からの要求／プレゼンテーション層への要求、およびデータアクセス層７０からの要求／データアクセス層７０への要求を処理する役割を担うことができる。ビジネスルール６８内に存在する全てのクラスは、妥当な場合、データアクセス層内に補完クラス（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ  ｃｌａｓｓ）を有することができる。データアクセス層７０は、ドメインロジック層６８とＲＤＢＭＳ４４との間にあってよく、「データアクセス」と呼ぶことができる。データアクセス層７０は、ＲＤＢＭＳシステム４４にデータを要求し、ＲＤＢＭＳシステム４４にデータを提出する役割を担う全てのクラスを含むことができる。データアクセス層７０内に存在する全てのクラスは、ビジネスルール層６８内に補完クラスを有することができるとともに、本明細書の以下に説明するデータモデル７２内に補完的テーブルを有することができる。
【００４５】
[0059]アプリケーションデータを永続的に記憶するために、データベース（ＲＤＢＭＳ）４４を使用することができる。このデータベースは、サードパーティー・リレーショナルデータベース管理システム（ＲＤＢＭＳ）およびデータモデル７２を含むことができる。データモデル７２は、テーブルエンティティを定義することができ、テーブルエンティティの相互依存性は、主キーおよび外部キーの関係によって定められる。このモデル７２は、配列、注釈、参照配列、および補足データ（遺伝子型ルックアップ、注釈データタイプ等）を含むエンティティを含むことができる。例示的なＲＤＢＭＳ４４は、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＳＱＬ  Ｓｅｒｖｅｒ  ２００５  ｅｘｐｒｅｓｓのフリーウェアバージョンを使用することができる。
【００４６】
[0060]上記に記載した例示的システム１０は、以下の技術を利用することができる。
ソフトウェア：
アプリケーションフレームワーク：Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＡＳＰ．ＮＥＴ
言語：
ＶＢ．Ｎｅｔ：ビューおよびプレゼンタオブジェクト
Ｃ＃．Ｎｅｔ：ビジネスルールおよびデータアクセスオブジェクト
Ｃ＋＋：サードパーティーアルゴリズム統合
Ｗｉｎｄｏｗｓ  Ｆｏｒｍｓ．ＮＥＴ：プレゼンテーション
Ｔ−ＳＱＬ：ストアドプロシージャを取り入れる（ｈａｒｖｅｓｔｉｎｇ）樹木ビューデータ
ＸＭＬ：樹木ビュー提示スキーマ
ＳＱＬ：ＤＤＬおよびＤＭＬ
ＲＤＢＭＳ（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＳＱＬ  Ｓｅｒｖｅｒ  ２００５  Ｅｘｐｒｅｓｓ）
ＩＤＥ（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｖｉｓｕａｌ  Ｓｔｕｄｉｏ．ＮＥＴ  ２００５）
ハードウェア：
メモリ：２ｇ  ＤＤＬ  Ｒａｍ
ＣＰＵ：１ｇ  Ｐｅｎｔｉｕｍ
ハードドライブ：８０ｇ  ７８００ｒｐｍ  Ｓｅａｇａｔｅ
[0061]上記に述べたように、システム１０は、プレゼンテーション階層、ミドルウェア階層、およびリレーショナルデータベースシステム（永続的データストア）階層からなる、Ｎ階層アーキテクチャ手法を使用することができる。プレゼンテーション階層３８は、ＧＵＩツール１２（例えばｗｉｎｄｏｗｓフォーム）などのビューコンポーネント、およびプレゼンタクラス（例えばイベント処理部および論理アプリケーションプロセッサ）からなることができる。ミドルウェア階層４０は、ドメインロジックなどのメインドメイン層（すなわちビジネスルール）６８、およびデータアクセス７０からなることができる。再編成する必要なく、ロードするために例示的システム１０を拡張できるように、このアーキテクチャ手法により暗に示される拡張性を活用することができる。したがってシステム１０は、実質的に再設計する必要なく、複数のコンピュータおよび複数のオペレーティングシステムにわたって容易に具体化することができる。システム１０は、モデルビュープレゼンタ（ＭＶＰ）設計パターンを使用して開発することができる。システムソフトウェアアプリケーションは、主にＣ＃．ＮＥＴ（または他の適切な言語）で書くことができ、ＵＩ（ビュー）層、アプリケーション（プレゼンタ）層、およびドメイン（モデル）層を含む３つの層に分割することができる。ＵＩ層は、ｗｉｎｄｏｗｓフォームコントロールをユーザに提示することができ、処理ニーズを、例えばイベント処理部および要求によりプレゼンタの対応するオブジェクトに委譲することができる。このビュー層は、ドメイン層またはアプリケーション層のオブジェクトに関係する処理ロジックを含まなくてよい。アプリケーション層のクラスは、インターフェイスを介して、対応するビュークラスとの間の通信を処理することができる。対応するビューオブジェクトのためのイベント処理部は、プレゼンテーション層にあってよい。プレゼンテーション層のオブジェクトは、アプリケーションワークフローの委譲、ユーザ入力の検証、メッセージング、およびドメイン層インターフェイス要求を処理することができる。アプリケーション層は、ビューとは無関係に、自動化されたテストルーチンのための付帯的バックグラウンドサービスからも要求を受け取ることができる。ドメイン層は、アプリケーション層から受け継がれる情報に関する論理的要求の処理、または要求により永続的データストアから戻される情報に関する論理的要求の処理に関係する全てのクラスを含むことができる。ドメイン層およびプレゼンタ層における対応するオブジェクト（例えばアルゴリズム的アラインメント処理オブジェクト、およびその結果生じる、ビュー層で表示する予定のリストオブジェクト）は、双方向にインターフェイスすることができる。
【００４７】
[0062]本開示の以下の節は、例示的システム１０および例示的ツール１７について詳述する。
[0063]図１３に、例示的配列アラインメントツールの全体を２０で示す。配列アラインメントツール２０は、配列間の機能的関係、構造的関係、または進化的関係の結果であり得る類似した領域を特定するために、ユーザがＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質の一次配列を整列させることを可能にすることができる。アラインメントは、ＨＣＶなどの素早く突然変異するウイルスに対しては精度が低くなりがちである。したがって、ゲノムに沿って散在する保存配列とは別に、任意の超可変領域（例えばＨＣＶに関して図示する５つ）を整列させ、１つまたは複数の感染ゲノムの複合変異プロファイルの累積スコアに基づいて距離を計算するためのアルゴリズムが含まれてよい。
【００４８】
[0064]配列アラインメントツール２０は、ユーザが次のことを行えるようにすることができ、それはつまり、ａ）ナビゲーションウィンドウから配列を選択すること、ｂ）ユーザが２つ以上の配列を選択するかどうかに基づき、システム１０にペアワイズアラインメントの選択とマルチプルアラインメントの選択とをそれぞれ自動的に識別させること、ｃ）様々な適切なアルゴリズム、スコア行列、およびギャップペナルティ値の中から選択すること、ｄ）バイオ企業から購入されるポリメラーゼ（例えばＴａｑＭａｎ）の一覧から選択することにより、偽陰性の突然変異を抑制すると決めること（アルゴリズムはポリメラーゼの誤り率を公式に組み込むことができる）、ｅ）アセンブルするために、保存領域とは別に５つの超可変領域の全てを検討するか、そのサブセットを検討するかを選ぶこと、ｆ）プログラムに様々な疾患特異的データポイント（例えば糖鎖付加、リン酸化、突然変異、またはユーザによって定義される修飾）を色分けさせること、ｇ）結果として生じるアラインメントの閲覧、保存、注釈付け、およびエクスポートを行うこと、ｈ）アラインメントもしくはコンティグのアセンブル、編集、および保存を行うこと、ならびに／または他の関連作業を行うことである。
【００４９】
[0065]これらの作業に対処するための、カスタムｗｉｎｄｏｗｓフォームユーザコントロール、論理的ドメインクラス、およびデータベースオブジェクトを作成することができる。ユーザは、整列させたい配列ビューワ内の各配列を選択することができる。配列ビューワ内で複数の配列が選択されると、配列ビューワ上でアラインメントボタンを使用可能にすることができ、このアラインメントボタンは、活性化されるとき、水平に分割されたコンテナパネルを発生させ、アラインメントパラメータの収集に充てることができる、カスタムユーザコントロールのインスタンスをロードすることができる。このコントロールは、例えば「アラインメントデザイナ」と呼ぶことができる。
【００５０】
[0066]アラインメントデザイナ７３は、２つのパネル、例えば左パネルと右パネルにさらに分けることができる、分割されたコンテナを含むことができる。左パネルは、配列ビューワの選択された配列に関連するラベルのリストでポピュレートすることができるリストコントロールを含むことができる。そのリストコントロールの右側に、イメージボタンコントロール（例えば上矢印ボタンや下矢印ボタン）を提示して、ユーザが好きなように配列を並べ替えることを可能にすることができる（これらのイメージボタンコントロールは、配列が出力内で現れ得る順序をユーザが指定することも可能にすることができる）。この右パネルは、アラインメントアルゴリズムのリストを含むことができ、ユーザはそのリストから選択することができる。このアルゴリズムのリストは、局所的／全体的、ペアワイズ／マルチプル、タンパク質および／またはヌクレオチドの様々なアラインメントアルゴリズムの名前でポピュレートすることができる。このアルゴリズムのリストは、整列させようとする配列の数に応じてポピュレートすることができる（例えばユーザが２つの配列を選択する場合、任意の利用可能なペアワイズアラインメントアルゴリズムの名前のリストをそのユーザに提示することができるのに対し、ユーザが３つ以上の配列を選択する場合、マルチプルアラインメントアルゴリズムのリストを提示することができる）。リストからアルゴリズムが選択されると、アルゴリズムのドロップダウンリストコントロールの下にパラメータオプションのリストが表示されてよく、このリストは、ユーザが選択されたアルゴリズムの要件に関するパラメータ（例えばギャップペナルティ、スコア行列等）を与えることを可能にすることができる。アルゴリズムのパラメータ値の下に、突然変異型に特有のパラメータのリスト、または色分けインジケータコントロールなど、ユーザによって定義される他のパラメータのリストを、カラーピッカーコントロールが結合されたドロップダウンリストなどの形式で提示することができる。これらのパラメータは、結果として生じるアラインメント表示内のＲＮＡ配列およびアミノ酸配列の重要な変化を強調表示するためにアプリケーションが使用することができる。そのような突然変異にはＲＮＡ突然変異が含まれてよく、ＲＮＡ突然変異は、対応するアミノ酸に機能上の変化を与え、それにより突然変異がそのアミノ酸を新たに翻訳後修飾のターゲット（例えば糖鎖付加部位やリン酸化部位）にし、またはタンパク質の構造的変化の原因にする。ユーザが全てのパラメータ値を十分に与えると、「整列」と題されたボタンを使用可能にすることができる。
【００５１】
[0067]ユーザがこの「整列」ボタンを活性化すると、パラメータ情報がコントローラインターフェイス７４に渡されてよく、このコントローラインターフェイス７４により、アラインメントの実行に充てられるドメイン論理プロセッサを起動することができる。このプロセスを補完するために、進捗インジケータコントロールウィンドウを作成することができる。この進捗インジケータコントロールウィンドウは、進捗インジケータバー、（プロセスの状態に関するテキストでポピュレートすることができる）ラベルコントロール、およびキャンセルボタンを含むことができ、キャンセルボタンは、活性化されるとき、現在のプロセスを中断して処分することができる。結果コントロール７６を作成することができる。結果コントロール７６は、ＤａｔａＧｒｉｄＶｉｅｗコントロールなど、ツールの出力の表示、およびキャンセルボタンや保存ボタンなどのボタンを含むことができる。このコントロールは、整列された配列をユーザに表示する。その後、ユーザはキャンセルボタンを活性化してこのコントロールを閉じ（したがってユーザはパラメータコントロールに戻される）、または保存ボタンを活性化してアラインメントデータを保持することができる。この保存動作を補完するために、コントロールを作成することができる。このコントロールは、アラインメントレコードがそこにあり、ユーザによって与えられたラベルデータポイントを使ってアイコンとして提示される、レコードエクスプローラ内のフォルダをユーザがポイントできるようにするブラウズ型ドロップダウンリストなど、ユーザがアラインメントおよびナビゲーション手段に名前をつけることを可能にするテキストボックスコントロールを含むことができる。必要に応じ、ユーザは、アラインメントコンテナにカスタム注釈を関連させる能力を有することができ、問合せツールによりそれらのオブジェクトを検索する能力を有することができる。
【００５２】
[0068]図１４に、例示的隣接アセンブリツール（「コンティグアセンブリツール」）の全体を２８で示す。このコンティグアセンブリツール２８は、アラインメントツール２０の一側面とすることができ、または別々に具体化することができる。コンティグアセンブリツール２８は、数千から何万もの断片に至るまで、配列決定プロジェクトからのどんなサイズの断片データも、単一の共通配列にアセンブルすることができる。コンティグアセンブリツール２８は、ユーザが次のことを行えるように設計することができ、それはつまり、ａ）マルチプルアラインメントのために配列断片をアラインメントツール２０に提出すること、ｂ）コンティグアセンブラが断片を突き合わせて整列させるための参照配列を提出すること、ｃ）低品質の３’末端または５’末端、最低限に達しない長さ読取り、およびベクター配列が含まれる信頼できないデータを特定して除去するための、コンティグアセンブリプロジェクトを設計すること、ｄ）結果として生じる共通配列を保存すること、およびｅ）パラメータ操作および再アセンブリを行うために、保存した配列を呼び戻すこと、ならびに／または他の関連作業を行うことである。
【００５３】
[0069]これらの要件に対処するための、カスタムｗｉｎｄｏｗｓフォームユーザコントロール、論理的ドメインクラス、およびデータベースオブジェクトを作成することができる。ユーザは、レコードエクスプローラ４８内の配列バンクオブジェクトから１組の断片を選択することができ、そのように選択することは、ひいてはその配列バンクオブジェクト内に記憶された断片で配列ビューワ５１をポピュレートすることができる。ユーザは、アラインメント参照として使用する配列も選択することができる。ユーザは、コンティグアセンブリツール２８に使用したいと思い得る、配列ビューワ５１内の各配列を選択することができる。配列ビューワ５１内で複数の配列が選択されると、配列ビューワ５１上でコンティグデザイナボタンを使用可能にすることができ、このコンティグデザイナボタンは、活性化されるとき、水平に分割されたコンテナパネルを発生させ、コンティグアセンブリパラメータの収集に充てることができる、カスタムユーザコントロールのインスタンスをロードすることができる。このコントロールは、「コンティグデザイナ」と呼ぶことができる。コンティグデザイナ７８は、アラインメントデザイナツールとほぼ同じ機能を使用することができ、それはコンティグが、連続した配列へと集約される前にまず参照配列に対して整列され得るからである。
【００５４】
[0070]コンティグデザイナ７８は、複数のパネル、例えば左パネルと右パネルにさらに分けることができる、分割されたコンテナを含むことができる。左パネルは、配列ビューワに関連するラベルのリスト、選択された断片配列、および参照配列でポピュレートすることができるリストコントロールを含むことができる。そのリストコントロールの右側に、イメージボタンコントロール（例えば上矢印ボタンや下矢印ボタン）を提示して、ユーザが好きなように配列を並べ替えることを可能にすることができる（これらのイメージボタンコントロールは、配列がコンティグプリアセンブリ、アラインメント（スキャン）出力内で現れ得る順序をユーザが指定することも可能にすることができる）。この右パネルは、マルチプルアラインメントアルゴリズムのリストを含むことができ、ユーザはそのリストから選択することができる。リストからアルゴリズムが選択されると、アルゴリズムのドロップダウンリストコントロールの下にパラメータオプションのリストが表示されてよく、このリストは、ユーザが選択されたアルゴリズムの要件に関するパラメータ（例えばギャップペナルティ、スコア行列等）を与えることを可能にすることができる。コンティグの最適なアセンブリ前アラインメントを得るためのデフォルト設定を構成することができる（例えばエンドギャップへのノーペナルティ、高いインターナルギャップコスト、高スコア／残渣との短い一致（ｓｈｏｒｔ  ｍａｔｃｈ））。アルゴリズムのパラメータ値の下に、チェックボックスのリストを提示することができる。これらのチェックボックスは、ａ）１つまたは複数のベクター配列の自動除去（サンガーデータを使用する場合は強く推奨される）、ｂ）１つまたは複数の汚染配列の除去、ｃ）１つまたは複数の反復配列の同定、ｄ）５’末端および３’末端の自動トリミング、ｅ）手動末端セッティング（ｍａｎｕａｌ  ｅｎｄ  ｓｅｔｔｉｎｇ）、ｆ）アセンブラが断片をアセンブルする順序を自ら最適化できるようにすることなど、ユーザが選択する追加のアセンブリ前オプションおよび／または他の関連オプションに関連させることができる。ユーザがアセンブリの設計を完了すると、「アセンブル」と題されたボタンを使用可能にすることができる。ユーザがこの「アセンブル」ボタンを活性化すると、パラメータ情報がコントローラインターフェイス７４に渡されてよく、このコントローラインターフェイス７４により、マルチプルアラインメントの実行およびその後の共通配列のアセンブリに充てられるドメイン論理プロセッサを起動することができる。このプロセスを補完するために、進捗インジケータコントロールウィンドウを設けることができる。この進捗インジケータコントロールウィンドウは、進捗インジケータバー、（プロセスの状態に関するテキストでポピュレートすることができる）ラベルコントロール、およびキャンセルボタンを含むことができ、キャンセルボタンは、活性化されるとき、アセンブリプロセスを中断して処分することができる。結果コントロール８０を設けることができる。結果コントロール８０は、テキストボックスコントロール、ＤａｔａＧｒｉｄＶｉｅｗコントロールなど、コンティグアセンブリツール２８の結果の表示、ならびにキャンセルボタンや保存ボタンなどの機能ボタンを含むことができる。テキストボックスは、共通配列でポピュレートすることができる。テキストボックスは、（例えば左右に）スクロール可能とすることができる。ＤａｔａＧｒｉｄＶｉｅｗは、整列された全ての配列断片を含む。その後、ユーザはキャンセルボタンを活性化してこのコントロールを閉じ（したがってユーザはコンティグデザイナに戻される）、または保存ボタンを活性化してコンティグアセンブリツール２８の結果を保持することができる。この保存動作を補完するために、コントロールを設けることができる。このコントロールは、アセンブリレコードがそこにあり、ユーザによって与えられたラベルデータポイントを使ってアイコンとして提示され得る、レコードエクスプローラ４８内のフォルダをユーザがポイントできるようにするブラウズ型ドロップダウンリストなど、ユーザがアラインメントおよびナビゲーション手段に名前をつけることを可能にするテキストボックスコントロールを含むことができる。必要に応じ、ユーザは、アラインメントコンテナにカスタム注釈を関連させる能力を有することができ、問合せツール２６によりそれらのオブジェクトを検索する能力を有することができる。
【００５５】
[0071]図１５に、例示的な系統学的ツールの全体を２２で示す。系統学的ツール２２は、超可変領域を考慮に入れる特殊化したアラインメントを進化系統樹へとアセンブルすることができ、その進化系統樹は、１人の患者またはクローンサンプルに由来する準種など、所望の側面に従って入力配列を色分けし、タイムスタンプすることができる。例示的な系統学的ツール２２は、ユーザが次のことを行えるようにすることができ、それはつまり、ａ）上記に開示したアラインメントステップによって説明したようにマルチプルアラインメントを設計し、行うこと、ｂ）突然変異型、または１人の患者もしくは樹木に由来するクローン内で選択圧下にある領域により準種を容易に追跡するために、配列または配列の領域を色分けすること、ｃ）有根系統樹を作成し、グラフィカルに表示すること、ｄ）結果として生じる樹木を、ＰＡＵＰ（＊．ｐａｕや＊．ｎｅｘ）形式などの識別可能な形式で保存すること、および／または他の関連作業を行うことである。
【００５６】
[0072]これらの要件に対処するための、カスタムｗｉｎｄｏｗｓフォームユーザコントロール、論理的ドメインクラス、およびデータベースオブジェクトを作成することができる。ユーザは、（上記に述べたように）アラインメント設計を行うために配列ビューワ５１から配列を選択することができる。アラインメントデザイナ７３の右側の分割されたコンテナは、「系統用に最適化する」と呼ばれるボタンコントロールを含むことができる。ユーザがこのボタンをクリックすると、デフォルトのアラインメントオプションが、系統樹構築に最適なアラインメントアルゴリズム（例えばＣｌｕｓｔａｌＶ）を選択し、系統構築用に最適化された値で関連するパラメータコントロールを自動的にポピュレートし、デザイナの入力パラメータをポピュレートすることができる（図１５の系統オプティマイザ８２を参照）。追加のパラメータコントロール（準種を容易に追跡するためのカラーピッカーなど）を作成し、表示することができる。要求される全てのアラインメントパラメータがポピュレートされた後、「樹木構築」と呼ばれるボタンを使用可能にすることができる。ユーザがこの「樹木構築」ボタンを活性化すると、パラメータ情報がコントローラインターフェイス７４に渡されてよく、このコントローラインターフェイス７４により、マルチプルアラインメントの実行およびその後の樹木のアセンブリに充てられるドメイン論理プロセッサを起動することができる。このプロセスを補完するために、進捗インジケータコントロールウィンドウを作成することができる。このコントロールは、進捗インジケータバー、（プロセスの状態に関するテキストでポピュレートすることができる）ラベルコントロール、およびキャンセルボタンを含むことができ、キャンセルボタンは、活性化されるとき、樹木構築プロセスを中断して処分することができる。「樹木ビュー」と呼ばれるカスタムユーザコントロール８４を作成することができる。このコントロール８４は、樹木構築プロセスの結果を表示できるカスタムコントロールをインスタンス化することができる。このコントロール出力の作成を果たすために、Ｗｉｎｄｏｗｓの描画オブジェクトまたは他の同様の手段を使用することができる。（妥当な場合）ユーザ入力パラメータに従って、色分けオプションを表示することができる。樹木構築プロセスの結果を保持／保存するためのオプションが利用可能であり得る。
【００５７】
[0073]様々なツールの処理を促進するために、対応するドメインオブジェクトを例えばＣ＃で作成することができる。ドメインロジックは、複数のカテゴリ、例えばビジネスルール６８およびデータアクセス７０にさらに分けることができる。様々なツールの各部に関係する対応するオブジェクトを、ドメインレベルにおいて、例えばビジネスルール６８用に１つ、データアクセス７０用にもう１つ作成することができる。
【００５８】
[0074]図１６にその全体を１０で示す例示的システムでは、「アラインメント」と名付けることができる補完的アプリケーション層オブジェクトに代わって要求を処理するために、同じく「アラインメント」と名付けられるビジネスルールオブジェクトを作成することができる。「アラインメント」ドメインオブジェクト要求に代わってデータベースとの対話を処理するために、「アラインメントアクセス」と名付けられるデータアクセスオブジェクトを作成することができる。「アラインメント」オブジェクトは、アラインメントデザイナ入力を入手しセットするためのプロパティ、アラインメントの結果を含むことができるプロパティ、アラインメントを行うための方法、またはアラインメントを処理して結果を返すサードパーティーコンポーネントとインターフェイスする方法からなることができる。「アラインメントアクセス」オブジェクトは、ＲＤＢＭＳエンジン４４との間の持続的な入力／出力の保存および検索を促進することができる、ＲＤＢＭＳブランド特有のＤＭＬを含むメソッドを含むことができる。同じく「アラインメント」と呼ばれる補完的アプリケーション層オブジェクトに代わって要求を処理するために、「コンフィグアセンブラ」と名付けられるビジネスルールオブジェクトを作成することができる。「コンフィグアセンブラ」ドメインオブジェクト要求に代わってデータベースとの対話を処理するために、「コンフィグアセンブラアクセス」と名付けられるデータアクセスオブジェクトを作成することができる。「コンフィグアセンブラ」オブジェクトは、コンティグデザイナ入力を入手しセットするためのプロパティ、コンティグプロジェクトの実行結果を含むことができるプロパティ、アラインメントを行うための方法、またはアラインメントを処理して結果を返すサードパーティーコンポーネントとインターフェイスする方法、および連続した共通配列をアセンブルする方法からなることができる。「アラインメントアクセス」オブジェクトは、ＲＤＢＭＳエンジン４４との間の持続的な入力／出力の保存および検索を促進することができる、ＲＤＢＭＳブランド特有のＤＭＬを含み得るメソッドを含むことができる。
【００５９】
[0075]サポートデータモデル７２は、複数のエンティティを含むことができる。例示的システム１０では、データモデル７２は、４つのエンティティからなる。第１のエンティティは「配列アラインメント」と呼ぶことができ、配列アラインメントのヘッダーレコードを記憶するために使用することができる。この「配列アラインメント」エンティティは、次のフィールド、つまり主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、名前フィールド（ｌａｂｅｌ）、およびパラメータ／ヘッダーフィールド（ｐａｒａｍｓ）を含むことができる。第２のエンティティは「アラインメント配列」と呼ぶことができ、アラインメントを構成する個々の配列および整列された配列へのポインタを記憶することができる。この「アラインメント配列」エンティティは、主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、外部キーフィールド（ｓｅｑ＿ａｌｉｇｎ＿ｕｉｄ）、配列テーブル内に記憶される配列の行のＵＩＰ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿ｕｉｄ）、およびアラインメントの結果に現れる通りに配列を含めるためのフィールドを含むことができる。第３のエンティティは、コンティグアセンブリセッションのためのヘッダーレコードとすることができ、このヘッダーレコードは、主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、名前フィールド（ｌａｂｅｌ）、およびパラメータ／ヘッダーフィールド（ｐａｒａｍｓ）を含むことができる。第４のエンティティは、コンティグアラインメントの結果を含むことができ、次のフィールド、つまり主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、外部キーフィールド（ｃｏｎｔｉｇ＿ａｓｓｅｍｂｌｙ＿ｕｉｄ）、配列テーブル内に記憶される配列の行のＵＩＰ、および配列が断片、コンティグ、または参照用かどうかをシステムに知らせるための３状態インジケータとして使用することができるフラグを有することができる。
【００６０】
[0076]例示的システム１０では、例えば「系統樹」と名付けられる補完的アプリケーション層オブジェクトに代わって要求を処理するために、同じく「系統樹」と名付けられるビジネスルールオブジェクトを作成することができる。「系統樹」のドメインオブジェクト要求に代わってデータベースとの対話を処理するために、「系統樹アクセス」と名付けられるデータアクセスオブジェクトを作成することができる。「系統樹」オブジェクトは、アラインメントデザイナ入力を入手しセットするためのプロパティ、アラインメントの結果を含むことができるプロパティ、アラインメントを行うための方法、および系統樹を作り出すための方法（例えば近隣結合）からなることができる。「系統樹アクセス」オブジェクトは、ＲＤＢＭＳ４４との間の永続的データの記憶および検索を促進することができる、ＲＤＢＭＳブランド特有のＤＭＬを含むメソッドを含むことができる。
【００６１】
[0077]サポートデータモデル７２は、複数のエンティティを含むことができる。例示的システム１０では、サポートデータモデル７２は、２つのエンティティを含むことができる。第１のエンティティは「系統配列アラインメント」と呼ぶことができ、初期配列アラインメントおよびその結果生じる樹木のヘッダーレコードを記憶するために使用することができる。この「系統配列アラインメント」エンティティは、次のフィールド、つまり主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、名前フィールド（ｌａｂｅｌ）、アラインメントパラメータ／ヘッダーフィールド（ａｌｉｇｎｍｅｎｔ＿ｐａｒａｍｓ）、および第２のパラメータ／ヘッダーフィールド（ｐｈｙｌｏ＿ｐａｒａｍｓ）を含むことができる。
【００６２】
[0078]第２のエンティティは「系統配列」と呼ぶことができ、初期アラインメントを構成することができる個々の配列へのポインタを記憶することができる。この「系統配列」エンティティは、主キー／ＩＤフィールド（ＵＩＰ）、外部キーフィールド（ｓｅｑ＿ａｌｉｇｎ＿ｕｉｄ）、配列テーブル内に記憶される配列の行のＵＩＰ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿ｕｉｄ）、および暫定的なマルチプルアラインメントの結果に現れる通りに配列を含めるためのフィールドを含むことができる。
【００６３】
[0079]ＨＣＶデータの解析において研究者を支援するためのグラフィックツールを開発することができる。グラフィックツールは、生の電気泳動図データ（トレース）を提示し、最高２つまでの計量値をプロットするために線グラフおよび棒グラフをアセンブルすることができる。グラフィックツールは、ユーザが自らの配列に関連するトレースファイルを記憶して見ること、および最高２つまでの計量値をプロットするために、アプリケーションに線グラフおよび棒グラフをアセンブルさせることを可能にすることができる。
【００６４】
[0080]ユーザがこれらの作業を達成することを、カスタムユーザコントロールが可能にすることができる。第１のコントロールは、図１７に示すトレースビューワとすることができ、第２のコントロールは、図１８に示すグラフィカルチャートジェネレータとすることができる。
【００６５】
[0081]ｗｉｎｄｏｗｓフォームコントロールは、システムに提出された配列に関連するクロマトグラムトレースファイルをユーザが見ることを可能にすることができる。トレースファイルを記憶できるようにするために、配列の編集および追加ツールを強化することができる。例示的システム１０では、配列編集コントロール５１に「トレースファイルの追加」と呼ばれるボタンコントロールを加えることができる。ユーザがこのボタンを活性化すると、トレースファイルの場所をローカルファイルシステムから、またはネットワークを介して選択するようユーザを促す、ｗｉｎｄｏｗｓファイルシステムのダイアログウィンドウが現れてよい。ユーザが、配列に関連させようとするトレースファイルを見つけると、ユーザはそのファイルを選択することができる。選択するのと同時に、ファイルシステムのダイアログウィンドウが閉じてよく、トレースファイルのパスがドメインメソッド（ｄｏｍａｉｎ  ｍｅｔｈｏｄ）に供給されてよく、そのドメインメソッドは、ファイルのコンテンツおよび完全なパスを、保存しようとする配列のプロパティ内に渡すことができる。その後、ユーザは保存ボタンを活性化してデータを保存することができ、その配列は更新されてよく、配列編集ウィンドウは閉じてよい。配列ビューワ５１内に示される配列の行は、配列レコードが対応するトレースファイルを含むことを示すアイコンを含むよう更新することができる。ユーザがこのアイコンを活性化すると、トレースファイルビューワウィンドウが表示され得る。
【００６６】
[0082]「トレースビュー」８６と呼ばれるカスタムユーザコントロールは、トレースファイルを読み取り解釈し得るカスタムコントロールをインスタンス化することができる。このコントロール出力の作成を果たすために、Ｗｉｎｄｏｗｓの描画オブジェクトを使用することができる。サポートされるタイプ別のトレースファイル（ＡＢＩやＳＣＦなど）を解釈し、（ヌクレオチドなどによって色分される）その配列および（ヌクレオチドなどによって色分される）対応するトレースグラフをペイントするためのクラスを作成することができる。ユーザは、トレース全体を見るために左右にスクロールできてよい。
【００６７】
[0083]カスタムウィンドウフォームコントロールは、システム内の配列に関連する、ウイルス（例えばＨＣＶ）特有の特殊化したカスタム注釈値に関係するグラフをユーザが見ることを可能にすることができる。注釈エクスプローラパネル内には、ビュー内の全ての配列に共通であり得る特定の注釈に関連するチェックボックスコントロールを追加することができる。これらの注釈は、共通のデータタイプを共有することができる。共通の注釈が選択されると、例えば一方が「線グラフ」と表記され、もう一方が「棒グラフ」と表記される２つの項目を有するラジオボタンコントロールを使用可能にすることができ、「グラフを見る」と題されたボタンコントロールを使用可能にすることができる。どちらか一方のラジオボタンを選択し、「グラフを見る」ボタンを活性化すると、「グラフビューワ」と呼ばれる新たなウィンドウがポップアップすることができる。このウィンドウは、共通配列注釈レコード値によって与えられるデータポイントに従ってこのシステムが描画した結果得られるグラフイメージを表示できるカスタムイメージコントロールと、結果として生じるイメージをユーザが（ＥｘｃｅｌやＰｏｗｅｒＰｏｉｎｔなど、他のプログラムおよび形式にエクスポートするために）ファイルシステムに保存できるようにするエクスポートボタンとを含むことができる。
【００６８】
[0084]Ｃ＃による対応するドメインオブジェクトは、上述したツールの処理を促進することができる。ドメインロジックは、複数のカテゴリ、例えばビジネスルール６８およびデータアクセス７０にさらに分けることができる。各ツールに関係する対応するオブジェクトを、ドメインレベルにおいて、例えばビジネスルール６８用に１つ、データアクセス７０用にもう１つ作成することができる。例示的システム１０には、「トレース」と名付けられる補完的アプリケーション層オブジェクトに代わって要求を処理するために、同じく「トレース」と名付けられるビジネスルール６８オブジェクトが含まれてよい。「トレースアクセス」と名付けることができるデータアクセスオブジェクトが、「トレース」ドメインオブジェクト要求に代わって（すなわち配列レコードからバイナリトレースデータを検索するために）データベースとの対話を処理することができる。ドメインロジック「トレース」オブジェクトは、トレースビューのパラメータ（ヌクレオチドやサイン波の色分けなど）を入手しセットするためのプロパティ、および視覚的トレース出力を作成するためにバイナリデータポイントを自己観察（ｉｎｔｒｏｓｐｅｃｔ）し、ｗｉｎｄｏｗｓの描画オブジェクトと対話する方法からなることができる。「トレースアクセス」オブジェクトは、配列に関連するトレースファイルに関係するＲＤＢＭＳエンジン４４との間の持続的な入力／出力の保存および検索を促進することができる、ＲＤＢＭＳブランド特有のＤＭＬを含むメソッドを含むことができる。ビジネスルールオブジェクトが、グラフデータの解釈をこなし、表示およびエクスポートを行うためにそのプロセスの結果をビットマップファイルに描画することができる。
【００６９】
[0085]数多くのウイルス（例えばＨＣＶ）変種がどのように宿主のゲノム反応に影響するのかに関し、根本的な理解の欠如がある。この反応を測るために、研究者は感染した宿主ゲノムの遺伝子発現プロファイルをマイクロアレイ技術を使用して解析することにより、それらの感染した宿主ゲノムを転写レベルで調べる。システム１０は、例えば５０，０００個の転写物に由来するマイクロアレイデータ用のデータベースを組み込むことができ、ウイルス（例えばＨＣＶ）配列を宿主のマイクロアレイプロファイルに直接リンクさせることができる。システム１０は、様々な化学基盤（例えば二色システム、リソグラフィー合成等）から生成されるマイクロアレイチップデータの正規化も可能にすることができる。ウイルス（例えばＨＣＶ）タンパク質とマイクロアレイファイルとは、共通のＩＤ番号を使ってリンクされる。システム１０は、継続的な探索能力を有する関係階層を維持することができる。またシステム１０は、ユーザが後続の発現および配列データをリンクさせる、またはリンクさせないオプションを有するように、ラテラルリンケージ（ｌａｔｅｒａｌ  ｌｉｎｋａｇｅ）能力を実装することができる。
【００７０】
[0086]遺伝子型決定ツールは、遺伝子型／血清型に特異的なウイルス参照配列内の（例えば３つの）領域（例えばＨＣＶにおける「Ｃ／Ｅ１／ＮＳ５Ｂ／５’ＵＴＲ」）内の（例えば３つの）小さなヌクレオチド領域と、入力ウイルスゲノムとを比較することにより、入力配列の遺伝子型および血清型を特定することができる。Ｍｕｒｐｈｙらの保存の発見（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ  ｆｉｎｄｉｎｇｓ）（２００７）に基づくこの遺伝子型決定戦略は大変正確であり、あらゆる既知のウイルス血清型を識別（例えばＨＣＶではｎ＝７７）し、他のあらゆる方法に勝る最新型のウイルス同定に相当する。この遺伝子型決定ツールは、ある領域（例えばＨＣＶ内のＮＳ５Ｂ）、次いで別の領域（例えばＨＣＶ内のＣ／Ｅ１）、そして最終的に末尾領域（例えばＨＣＶ内の５’ＵＴＲ）に対し、オリエンテーションおよび同定を行うために保存領域を利用する、配列オリエンテーションスキーマを使用することができる。この多重階層（例えば３階層）の検証手法は、遺伝子型／血清型の同定について約９０％の精度を保証することができる。このツールは、遺伝子型および血清型の他のウイルス配列にも容易に修正可能であり得る。
【００７１】
[0087]上記に述べたｗｉｎｄｏｗｓフォームコントロールのいかなる使用法も、他の様々な同様のプログラミング手段により、および他のオペレーティングプラットフォーム上で実施できることが当技術分野において理解されている。
【００７２】
[0088]特許法の条項に従い、本発明の原理および作動形態を、本発明の好ましい実施形態の中で説明し例証してきた。しかし本発明は、本発明の趣旨または範囲から逸脱することなく、具体的に説明し例証した方法とは別の方法で実施できることを理解する必要がある。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【国際調査報告】
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