【手続補正書】
【提出日】平成23年5月19日(2011.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
２個以上の生体分子の間の交叉点の適応度を評価するためのプログラムであって、該プログラムが、以下：
ｉ）基準生体分子の基準配列を提供する工程；
ｉｉ）前記基準配列に関して、接触マップを作成する工程；
ｉｉｉ）第１の生体分子の第１の配列と、第２の生体分子の第２の配列を提供し、それらの間で１つ以上の交叉点が決定される工程；
ｉｖ）第１の配列および第２の配列を基準配列と整列する工程；
ｖ）第１の配列からの部分配列を、第２の配列からの部分配列と交換し、前記部分配列が選択された交叉点で終了するようなキメラ生体分子配列を作製する工程；
ｖｉ）前記接触マップと前記キメラ生体分子配列を比較し、前記キメラ生体分子配列中に、前記基準生体分子の前記接触マップ中の近位要素に対応する２つ以上の要素を選択する工程；ならびに
ｖｉｉ）選択された要素を得点化する工程であって、該得点化が、前記キメラ生体分子配列が前記基準生体分子と同一、または類似の特性を有する可能性の尺度を提供することを特徴とし、かつ該得点化が、該キメラ生体分子配列中の該２つ以上の選択された要素の接触エネルギーを計算する工程を包含し、そしてさらに、該得点化が、該接触マップで接触している残基に対応する、該キメラ生体分子配列中の全残基の接触エネルギーを合計する工程を包含する、工程
をコンピューターに実行させる、プログラム。
【請求項２】
ｖｉｉｉ）少なくとも１つの選択された追加の交叉点についてｖ）〜ｖｉｉ）を反復し、そしてそれらの相対的な得点に基づいて該選択された交叉点から１つの交叉点を選択する工程をさらに包含する、請求項１に記載のプログラム。
【請求項３】
前記生体分子がポリペプチドまたはタンパク質を含み、かつ前記要素がアミノ酸残基を含むことを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項４】
前記生体分子が核酸を含み、かつ前記要素がヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項５】
前記基準配列が前記第１の配列であることを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項６】
前記接触マップを作成する工程が、前記生体分子中の要素の１つ以上の間隔を決定し、相互の有意な距離内に２つ以上の近位要素を同定する工程を包含することを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項７】
前記有意な距離の範囲が約２オングストロームから約６．５オングストロームであることを特徴とする、請求項６に記載のプログラム。
【請求項８】
前記有意な距離が約４．５オングストローム未満であることを特徴とする、請求項６に記載のプログラム。
【請求項９】
前記第１の配列および前記第２の配列を提供する工程が、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムおよび初期パラメータを用いて決定されるような、アミノ酸配列、または核酸配列を提供し、約６０％以下のアミノ酸配列同一性を有する２つのタンパク質を得る工程を包含することを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１０】
前記基準生体分子と同一、または類似の特性が、酵素活性、またはタンパク質安定性を含むことを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１１】
前記接触エネルギーがＭｉｙａｚａｗａ−Ｊｅｒｎｉｇａｎエネルギー・マトリックスを用いて計算されることを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１２】
前記得点化する工程が三角形輪郭プロットにおける得点の提示が含まれることを特徴とする、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１３】
１つ以上のキメラ生体分子を合成する工程をさらに包含する、請求項１に記載のプログラム。
【請求項１４】
前記１個以上のキメラ生体分子を合成する工程が、１つ以上の組換え構築物を提供する工程を包含する、請求項１３に記載のプログラム。
【請求項１５】
前記１個以上のキメラ生体分子を合成する工程が、２つ以上の親配列に１つ以上の組換え操作を行い、それによって、前記キメラ生体分子をコードする１つ以上の組換え構築物を作製する工程を包含する、請求項１３に記載のプログラム。
【請求項１６】
前記方法が、１つ以上のキメラ生体分子をアッセイする工程をさらに包含する、請求項１３に記載のプログラム。
【請求項１７】
基準生体分子と類似または同一の安定性または活性に基づくキメラ生体分子の配列を得点化するためのコンピューター・コードを含むコンピューター読み取り可能な媒体であって、前記コンピューター・コードが、
ｉ）前記基準生体分子の基準配列を入力し；
ｉｉ）前記基準配列に関する接触マップを作成し；
ｉｉｉ）第１の配列および第２の配列を基準配列と整列させ；
ｉｖ）第１の配列上の第１の交叉部位および第２の交叉部位を含む部分配列を、第２の配列に由来する対応する部分配列で交換してキメラ配列を作製し；
ｖ）前記接触マップと前記キメラ配列とを比較して、前記接触マップの近位要素に対応する２つ以上の要素を、前記キメラ・アミノ酸配列の中で選択し；そして
ｖｉ）選択された要素を得点化する
工程をコンピューターに実行させることを特徴とし、ここで、前記得点化が、キメラ・アミノ酸配列中の１対のアミノ酸の接触エネルギーを計算する工程を包含し、その対の残基が、前記接触マップで接触している残基に対応し、そしてさらに、前記得点化が、前記接触マップで接触している残基に対応する、前記キメラ・アミノ酸配列中の全残基の接触エネルギーを合計する工程を包含することを特徴とする、コンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項１８】
ｖｉｉ）少なくとも１回、ｉｖ）〜ｖｉ）を反復し、前記キメラ・アミノ酸配列の相対的な得点に基づいてキメラ配列の交叉点を選択することをさらに包含する、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項１９】
前記コンピューター・コードがまた、少なくとも１つの追加交叉部位に関してｉｖ）〜ｖｉ）を反復することを特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２０】
（ｉ）が、既知の生体分子のアミノ酸配列を提供する工程、または前記既知の生体分子をコードする核酸配列を提供する工程を包含する請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２１】
核酸データベースまたは、生体分子データベースに尋ねる工程が入力に包含されることを特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２２】
接触マップを作成する工程が、前記基準生体分子の結晶モデルまたはＮＭＲモデルからアミノ酸間隔を決定し、相互に有意な距離内にある残基を同定する工程を包含する工程を特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２３】
前記接触マップを作成する工程が、前記基準生体分子のタンパク質折り畳み分析からアミノ酸間隔を決定し、相互に有意な距離内にある残基を同定する工程を包含することを特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２４】
前記有意な距離がアミノ酸間相互作用の特性によって変化することを特徴とする、請求項２２に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２５】
前記有意な距離が約４．５オングストローム未満であることを特徴とする、請求項２２に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２６】
前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列を整列する工程が、核酸データベースまたはタンパク質データベースに尋ねる工程を包含することを特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２７】
前記得点化が、Ｍｉｙａｚａｗａエネルギー・マトリックスを用いて、相互作用する残基の接触エネルギーを計算する工程を包含することを特徴とする、請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２８】
前記得点化が、グラフィカル・ユーザー・インターフェースでユーザーに得点を提示する工程を包含することを特徴とする、請求項１７に記載の任意の１つのコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項２９】
前記得点化が、三角プロットで得点を提示する工程を包含することを特徴とする、請求項１７に記載の任意の１つのコンピューター読み取り可能な媒体。
【請求項３０】
交叉部位を査定するための総合システムであって、該総合システムが、以下：
請求項１７に記載のコンピューター読み取り可能な媒体；および
グラフィック・インターフェース
を含む、総合システム。