【手続補正書】
【提出日】平成21年2月4日(2009.2.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
DNAポリメラーゼの逆転写酵素(rt)のアミノ酸残基番号181におけるアラニン(A)(rtA181)、アミノ酸残基番号233におけるイソロイシン(I)(rtI233)、アミノ酸残基番号236におけるアスパラギン(N)(rtN236)、およびアミノ酸残基番号250におけるメチオニン(M)(rtM250)に対する、アミノ酸の置換、付加、または欠失を含み、少なくとも2つのヌクレオシド類似体またはヌクレオチド類似体に対する耐性を付与する、アミノ酸の共変異(co-mutation)を、DNAポリメラーゼの逆転写酵素(rt)内に含む、単離されたB型肝炎ウイルス(HBV)のバリアント。
【請求項２】
アミノ酸残基番号53におけるアスパラギン(N)(rtN53)に対するアミノ酸の置換、付加、または欠失をさらに含む、請求項1記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項３】
アミノ酸残基番号116におけるセリン(S)(rtS116)に対するアミノ酸の置換、付加、または欠失をさらに含む、請求項1記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項４】
アミノ酸残基番号134におけるアスパラギン酸(D)(rtD134)に対するアミノ酸の置換、付加、または欠失をさらに含む、請求項1記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項５】
アミノ酸残基番号139におけるアスパラギン(N)(rtN139)に対するアミノ酸の置換、付加、または欠失をさらに含む、請求項1記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項６】
DNAポリメラーゼの逆転写酵素(rt)のアミノ酸残基番号181におけるアラニン(A)(rtA181)、アミノ酸残基番号233におけるイソロイシン(I)(rtI233)、アミノ酸残基番号236におけるアスパラギン(N)(rtN236)、アミノ酸残基番号250におけるメチオニン(M)(rtM250)、アミノ酸残基番号53におけるアスパラギン(N)(rtN53)、アミノ酸残基番号116におけるセリン(S)(rtS116)、アミノ酸残基番号134におけるアスパラギン酸(D)(rtD134)、およびアミノ酸残基番号139におけるアスパラギン(N)(rtN139)に対する、アミノ酸の置換、付加、または欠失を含み、少なくとも2つのヌクレオシド類似体もしくはヌクレオチド類似体に対する耐性を付与する、アミノ酸の共変異を、DNAポリメラーゼの逆転写酵素(rt)内に含む、単離されたHBVのバリアント。
【請求項７】
少なくとも1つのヌクレオシド類似体がラミブジン(LMV)である、請求項1または6記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項８】
少なくとも1つのヌクレオチド類似体がアデフォビル(ADV)である、請求項1または6記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項９】
少なくとも2つのヌクレオシド類似体もしくはヌクレオチド類似体がLMVおよびADVである、請求項1または6記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項１０】
rtA181におけるバリン(V)での置換(rtA181V)、rtI233におけるバリン(V)での置換(rtI233V)、rtN236におけるトレオニン(T)での置換(rtN236T)、およびrtM250におけるロイシン(L)での置換(rtM250L)を含む、請求項1または6または9のいずれか一項記載の単離されたHBV。
【請求項１１】
rtN53におけるリジン(L)またはアスパラギン(N)での置換(rtN53D)をさらに含む、請求項10記載の単離されたHBV。
【請求項１２】
rtS116におけるプロリン(P)での置換(rtS116P)をさらに含む、請求項10記載の単離されたHBV。
【請求項１３】
rtD134におけるバリン(V)での置換(rtD134V)をさらに含む、請求項10記載の単離されたHBV。
【請求項１４】
rtN139におけるグルタミン酸(E)での置換(rtN139E)をさらに含む、請求項10記載の単離されたHBV。
【請求項１５】
置換変異rtA181V、rtI233V、rtN236T、rtM250L、rtN53D、rtS116P、rtD134V、およびrtN139Eを含む、請求項6または9記載の単離されたHBVのバリアント。
【請求項１６】
HBVのDNAもしくは対応するmRNAを対象に、DNAポリメラーゼのrtのrtA181、rtI233、rtN236、およびrtM250におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失につながると考えられる共変異に関するスクリーニングを行う段階を含む、2つまたはそれ以上のヌクレオシド類似体もしくはヌクレオチド類似体に対してHBVが耐性を示す可能性が高いか否かを判定する診断法。
【請求項１７】
rtN53におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
rtI233におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
rtS116におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
rtD134におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２１】
rtN139におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２２】
HBVのDNAもしくは対応するmRNAを対象に、DNAポリメラーゼのrtのrtA181、rtI233、rtN236、rtM250、rtN53、rtS116、rtD134、およびrtN139におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失につながると考えられる共変異に関するスクリーニングを行う段階を含む、2つまたはそれ以上のヌクレオシド類似体もしくはヌクレオチド類似体に対してHBVが耐性を示す可能性が高いか否かを判定する診断法。
【請求項２３】
少なくとも1つのヌクレオシド類似体がラミブジン(LMV)である、請求項16または22記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも1つのヌクレオチド類似体がアデフォビル(ADV)である、請求項16または22記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも2つのヌクレオシド類似体もしくはヌクレオチド類似体がLMVおよびADVである、請求項16または22記載の方法。
【請求項２６】
rtA181におけるバリン(V)での置換(rtA181V)、rtI233におけるバリン(V)での置換(rtI233V)、rtN236におけるトレオニン(T)での置換(rtN236T)、およびrtM250におけるロイシン(L)での置換(rtM250L)に関するスクリーニングを行う段階を含む、請求項16または22または25のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
rtN53におけるアスパラギン酸Dでの置換(rtN53D)に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
rtS116におけるプロリン(P)での置換(rtS116P)に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
rtD134におけるバリン(V)での置換(rtD134V)に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
rtN139におけるグルタミン酸(E)での置換(rtN139E/)に関するスクリーニングを行う段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項３１】
置換変異rtA181V、rtI233V、rtN236T、rtM250L、rtN53D、rtS116P、rtD134V、およびrtN139Eに関するスクリーニングを行う段階を含む、請求項21または25記載の方法。
【請求項３２】
HBVのDNAもしくは対応するmRNAを対象に、rtL180およびrtM204における、ならびにrtS202および/またはrtM250の1つまたは複数におけるアミノ酸の置換、付加、または欠失につながると考えられる共変異に関するスクリーニングを行う段階を含む、2つまたはそれ以上のヌクレオシド類似体にHBVが耐性を示す可能性が高いか否かを判定する診断法。
【請求項３３】
共変異がrtL180、rtM204、およびrtS202である、請求項32記載の診断法。
【請求項３４】
共変異が、rtL180M、rtM204V、およびrtS202Cの置換につながる、請求項33記載の診断法。
【請求項３５】
共変異が、rtL180M、rtM204V、およびrtM250Lの置換につながる、請求項34記載の診断法。