【手続補正書】
【提出日】平成21年10月13日(2009.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
偏性細胞内または膜会合の病原性細菌の持続型での感染に関して、個体を評価するための方法であって：
個体由来の無細胞血液試料を、特異的結合メンバーと接触させて、前記試料の分画を単離しそして／または精製し、
ここにおいて、特異的結合メンバーが、抗体、血清リポタンパク質、またはリポ多糖結合タンパク質からなるグループから選択される、１以上の宿主血漿／血清分子を含む複合体に結合し、そして；
ここにおいて、単離しそして／または精製した分画が、１以上の前記複合体を含む、そして；
前記分画中の病原性細菌由来の核酸の存在を決定する
工程を含む、前記方法。
【請求項２】
血液試料、あるいは単離しそして／または精製した分画から、ＤＮＡを濃縮しそして／または抽出し、そして；
濃縮しそして／または抽出した核酸中の病原体核酸の存在を決定する
工程によって、細胞の存在を決定する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
血液試料から宿主血液細胞を取り除いて、前記無細胞血液試料を産生する、ことを含む、請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
１以上の血漿／血清分子が抗体であり、そして複合体が免疫複合体である、請求項１〜３のいずれか１項記載の方法。
【請求項５】
特異的結合メンバーが免疫グロブリンに結合する、請求項４記載の方法。
【請求項６】
特異的結合メンバーがプロテインＡである、請求項５記載の方法。
【請求項７】
血漿／血清分子が血清リポタンパク質またはリポ多糖結合タンパク質である、請求項６記載の方法。
【請求項８】
特異的結合メンバーが前記血清リポタンパク質またはリポ多糖結合タンパク質に結合する、請求項７記載の方法。
【請求項９】
前記分画中の病原体核酸の存在が、個体における病原体感染の存在の指標となる、請求項１〜８のいずれか１項記載の方法。
【請求項１０】
前記分画中の病原体核酸の存在が、病原体感染と関連する障害の存在の指標となる、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
肺炎クラミジア（Ｃ．  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）核酸の存在が、個体におけるアテローム硬化性状態の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
トラコーマクラミジア（Ｃ．  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）核酸の存在が、個体の生殖機能障害の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１３】
トラコーマクラミジア核酸の存在が、膣炎、子宮頸管炎および尿道炎からなる群より選択される感染の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１４】
トラコーマクラミジア核酸の存在が、反応性関節炎（ライター病）の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１５】
トラコーマクラミジア核酸の存在が、慢性骨盤内炎症性疾患の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１６】
トラコーマクラミジア核酸の存在が、無症状感染の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１７】
マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）核酸の存在が、個体における呼吸障害、骨盤内炎症性疾患または生殖機能障害の存在の指標となる、請求項１０記載の方法。
【請求項１８】
単離しそして／または精製した分画中の病原体核酸の存在を、病原体特異的プライマーでの増幅によって決定し、
増幅産物の存在が病原体核酸の存在の指標となる、
請求項１〜１７のいずれか１項記載の方法。
【請求項１９】
病原体特異的プライマーを用いたＰＣＲによって、試料中の病原体核酸の存在を決定する、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
病原体がクラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）種である、請求項１〜１９のいずれか１項記載の方法。
【請求項２１】
クラミジア属種が、肺炎クラミジアまたはトラコーマクラミジアである、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
クラミジア属特異的プライマーを用いて、クラミジア属核酸の存在を決定することによって、クラミジア属細胞の存在を決定する、請求項２０または請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
クラミジア属が肺炎クラミジアである、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
クラミジア属特異的プライマーが、肺炎クラミジアの１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子のすべてまたは一部を増幅する、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
プライマーが：
【化１】
2009512426.tif 000001
からなる群より選択される、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
クラミジア属特異的プライマーが、肺炎クラミジアのＯｍｐＡ遺伝子のすべてまたは一部を増幅する、請求項２３記載の方法。
【請求項２７】
プライマーが：
【化２】
2009512426.tif 000002
からなる群より選択される、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
病原体がトラコーマクラミジアである、請求項２２記載の方法。
【請求項２９】
トラコーマクラミジア特異的プライマーが、トラコーマクラミジア潜在性プラスミドのすべてまたは一部を増幅する、請求項２８記載の方法。
【請求項３０】
プライマーが：
【化３】
2009512426.tif 000003
である、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
病原体がマイコプラズマ科種である、請求項１〜１９のいずれか１項記載の方法。
【請求項３２】
病原体がマイコプラズマである、請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
マイコプラズマがＭ．ゲニタリウム（Ｍ．  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）である、請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
マイコプラズマ・ゲニタリウム特異的プライマーを用いて、マイコプラズマ・ゲニタリウム核酸の存在を決定することによって、マイコプラズマ・ゲニタリウムの存在を決定する、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
マイコプラズマ・ゲニタリウム特異的プライマーが、ＭｇＰａ遺伝子のすべてまたは一部を増幅する、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
プライマーが：
【化４】
2009512426.tif 000004
である、請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
病原体がウレアプラズマである、請求項３１記載の方法。
【請求項３８】
ウレアプラズマがＵ．ウレアリティクム（Ｕ．  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）である、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
ウレアプラズマ・ウレアリティカ（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃａ）特異的プライマーを用いて、ウレアプラズマ・ウレアリティカ核酸の存在を決定することによって、ウレアプラズマ・ウレアリティカの存在を決定する、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
ウレアプラズマ・ウレアリティカ特異的プライマーが、ウレアーゼ遺伝子のすべてまたは一部を増幅する、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
プライマーが：
【化５】
2009512426.tif 000005
である、請求項４０記載の方法。
【請求項４２】
偏性細胞内または膜会合の病原性細菌に特異的な１以上のプライマー、
病原体特異的プライマーを用いて、血液試料から病原体特異的核酸を増幅するための試薬；
プライマーを用いて血清試料を増幅した産物を検出するための検出試薬、および
１以上の宿主血漿／血清分子を含む複合体に結合する、特異的結合メンバーであって、免疫グロブリン、リポタンパク質、またはリポ多糖結合タンパク質に結合するプロテインＡおよび抗体からなるグループから選択される、前記特異的結合メンバー
を含む、持続性病原体感染を検出するためのキット。
【請求項４３】
血液試料の除去、取り扱いおよび保存のための装置をさらに含む、請求項４２記載のキット。
【請求項４４】
血液試料から血液細胞を取り除くための手段をさらに含む、請求項４２または請求項４３記載のキット。
【請求項４５】
前記プライマーによる増幅のため、ＤＮＡを単離しそして／または精製するための装置を含む、請求項４２〜４４のいずれか１項記載のキット。
【請求項４６】
肺炎クラミジア、トラコーマクラミジア、マイコプラズマ・ゲニタリウムまたはウレアプラズマ・ウレアリティクムからなる群より選択される持続性偏性細胞内または膜会合の病原性細菌の単離基本小体。
【請求項４７】
細胞を感染させて、前記細菌の参照株に比較してＬＰＳ欠損性および抗生物質非感受性である網様体を産生する、請求項４６記載の単離基本小体。
【請求項４８】
病原性細菌がトラコーマクラミジアであり；
前記網様体がＯｍｐ２（６０ｋＤａ）、Ｏｍｐ３（９ｋＤａ）またはＰｍｐＤを発現せず、そして；
前記網様体が、トラコーマクラミジアの参照株に比較して、増加したレベルのＨｓｐ６０；および減少したレベルのＭＯＭＰを発現する
請求項４７記載の単離基本小体。
【請求項４９】
個体において、偏性細胞内または膜会合の病原性細菌での持続性感染を治療する際に、抗微生物化合物の有効性を決定する方法であって：
（ｉ）抗微生物化合物の投与前および投与後、個体から血液試料を得て、
（ｉｉ）以下の工程によって、前記試料中の、偏性細胞内または膜会合の病原性細菌の持続型の細胞の量または濃度を決定する；
（ａ）前記血液試料を、特異的結合メンバーと接触させて、前記試料の分画を単離しそして／または精製し、
ここにおいて、免疫グロブリン、リポタンパク質、またはリポ多糖結合タンパク質に結合するプロテインＡおよび抗体からなるグループから選択される、特異的結合メンバーが、１以上の宿主血漿／血清分子を含む複合体に結合する、そして、単離しそして／または精製した分画が、１以上の前記複合体を含む、そして；
（ｂ）前記試料の前記分画中の病原性細菌由来の核酸の存在を決定する
ここにおいて、投与前に得た試料に比較して、投与後に得た試料由来の前記分画中の病原性細菌由来の核酸量が減少していることが、抗微生物調製物が持続性感染を治療する際に有効であることの指標となる
工程を含む、前記方法。