(57)【要約】  本発明は消化管癌に関し、患者が罹患した消化管癌に対する治療を選択するための方法に関する。また、本発明は、消化管癌の存在を診断及び／又は消化管癌の重症度を分類する方法並びに治療前、治療中又は治療後に療法の効果を判定及び／又は患者の予後を判定する方法に関する。上記方法では、1以上の基準濃度よりも高いYKL−40濃度が、選択すべき治療、疾患の重症度、治療の効果及び／又は患者の予後を示す。通常、基準濃度は、健常者から得たYKL−40濃度又は同一の患者から得た過去のYKL−40濃度である。患者は、上部消化管癌及び転移性結腸直腸癌等の1以上の消化管癌に罹患していてもよい。また、本発明は、上記方法に使用することができるキット及び器具に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法。
【請求項２】
iii）治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
iv）前記YKL−40濃度を前記工程i）で得られたYKL−40濃度と比較することをさらに含み、
前記工程iii）で測定したYKL−40濃度が前記工程i）で得られたYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、前記工程iii）で測定したYKL−40濃度が前記工程i）で得られたYKL−40濃度よりも高い場合は前記患者が前記治療に応答を示さない可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも低い場合は前記患者が生物学的薬剤による治療に応答を示す傾向があると判定し、それに基づいて前記療法を開始するか否かを決定する、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項４】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた1つ以上の年齢調整基準濃度である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つが、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の70パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）として定義される70パーセンタイル値である、請求項5に記載の方法。
【請求項７】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つが、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の75パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）として定義される75パーセンタイル値である、請求項7に記載の方法。
【請求項９】
前記YKL−40基準濃度が、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の85パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項の1〜8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）として定義される85パーセンタイル値である、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つが、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）として定義される90パーセンタイル値である、請求項11に記載の方法。
【請求項１３】
前記YKL−40基準濃度が、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）として定義される95パーセンタイル値である、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つが、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の97．5パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記年齢調整カットオフ値が、ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）として定義される97．5パーセンタイル値である、請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、請求項5〜16の2項以上に記載のYKL−40年齢依存カットオフ値の組である、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、以下に定義される年齢依存カットオフ値の1つ以上である、請求項17に記載の方法:
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【請求項１９】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、以下に定義される年齢依存カットオフ値の1つ以上である、請求項17に記載の方法:
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40μg／L）=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び／又は
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40μg／L）=3．5＋0．02×年齢（歳）。
【請求項２０】
前記YKL−40年齢依存カットオフ値の組が以下の表によって定義される、請求項17に記載の方法。
2012502285.tif 000021
【請求項２１】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、健常者の年齢分布亜集団から得た試料におけるYKL−40濃度を測定することによって得られたYKL−40年齢依存基準濃度の組である、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記YKL−40年齢依存基準濃度の組が以下の表によって定義される、請求項21に記載の方法。
2012502285.tif 000022
【請求項２３】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度を、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lを加えることによって年齢調整し、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lを加えることによって年齢調整する、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍、より好ましくは少なくとも1．25倍、例えば1．30倍又は1．40倍、さらに好ましくは少なくとも1．50倍、例えば1．60倍又は1．70倍又は1．75倍、さらに好ましくは少なくとも1．75倍、例えば1．80倍又は1．90倍又は2倍、最も好ましくは少なくとも2倍、例えば2．10倍又は2．20倍又は2．25倍又は2．50倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍、より好ましくは少なくとも0．80倍、例えば0．70倍、さらに好ましくは少なくとも0．60倍、さらに好ましくは少なくとも0．50倍、最も好ましくは少なくとも0．48倍、例えば0．45倍又は0．43倍又は0．40倍又は0．38倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
同一の個体の過去の測定値として得られたYKL−40基準濃度の2倍、例えば少なくとも2倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記疾患又は障害がより重症度の高い段階に進んだことを有意に示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
同一の個体の過去の測定値として得られたYKL−40基準濃度の0．50倍、例えば少なくとも0．50倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移したことを有意に示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記YKL−40基準濃度に対して109％上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記YKL−40基準濃度に対して52％低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す、請求項1〜3、23及び24のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記工程i）における測定を治療の開始前に行う、請求項1〜30のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
患者が罹患した消化管癌に対する療法の効果を判定するための方法であって、
i）治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度と比較することを含み、
前記工程ii）において、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の過去のYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の過去のYKL−40濃度を超えている場合は前記患者が前記治療に応答を示さない可能性があることを示す方法。
【請求項３３】
前記過去に測定した1つ以上のYKL−40基準濃度が、請求項24〜30のいずれか一項に記載のYKL−40基準濃度である、請求項32に記載の方法。
【請求項３４】
上部消化管癌に罹患し、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を受けている患者の予後を判定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、特定の治療計画中又は特定の治療計画後の前記消化管癌の発達又は進行を示し、従って前記予後を示す、
方法。
【請求項３５】
前記工程i）における測定を治療の開始後に行う、請求項34に記載の方法。
【請求項３６】
前記工程i）における測定を、少なくとも2週間の治療後、好ましくは少なくとも4週間の治療後又は少なくとも6週間の治療後に行う、請求項34又は35に記載の方法。
【請求項３７】
前記工程i）における測定を、治療終了後、例えば、治療終了後少なくとも2週間が経過した後、好ましくは治療終了後少なくとも4週間が経過した後又は治療終了後少なくとも6週間が経過した後に行う、請求項34〜36のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項4〜22のいずれか一項に記載の基準濃度の1つ以上である、請求項34〜36のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項23〜30のいずれか一項に記載の基準濃度の1つ以上である、請求項34〜36のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項4〜30のいずれか一項に記載の基準濃度の2つ以上の組み合わせである、請求項34〜38のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
患者が罹患した上部消化管癌に対する、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定する方法。
【請求項４２】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項4〜30のいずれか一項に記載の基準濃度の1つ以上である、請求項41に記載の方法。
【請求項４３】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つが、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す、請求項41又は42に記載の方法。
【請求項４４】
患者における消化管癌の存在を診断するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、以下に定義される年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）、
前記基準濃度の1つ以上を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す方法。
【請求項４５】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項4〜30のいずれか一項に記載の基準濃度の1つ以上である、請求項44に記載の方法。
【請求項４６】
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、以下に定義される年齢依存カットオフ値の1つ以上である、請求項44に記載の方法:
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40μg／L）=3．5＋0．02×年齢（歳）、及び
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）。
【請求項４７】
患者が罹患した消化管癌の重症度を分類するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が前記消化管癌の重症度を示す方法。
【請求項４８】
患者が罹患した消化管癌の重症度を分類するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す、請求項47に記載の方法。
【請求項４９】
前記1つ以上の基準濃度が、請求項4〜30のいずれか一項に記載の基準濃度の1つ以上である、請求項47又は48に記載の方法。
【請求項５０】
前記消化管癌が、上部消化管癌及び／又は下部消化管癌である、請求項1〜33及び42〜49のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記消化管癌が上部消化管癌である、請求項1〜50のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記消化管癌が、食道癌、胃癌、膵臓癌及び胆道癌からなる群から選択される1以上の上部消化管癌である、請求項1〜51のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記消化管癌が膵臓癌である、請求項1〜52のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記消化管癌が、小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌及び肛門癌からなる群から選択される1以上の下部消化管癌である、請求項1〜33及び42〜50のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記消化管癌が、結腸直腸癌又は転移性結腸直腸癌である、請求項1〜33及び42〜50のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記消化管癌が転移性結腸直腸癌である、請求項1〜33及び42〜50のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記消化管癌の治療と共に監視を行う、請求項1〜56のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記治療が、外科手術、及び／又は化学療法及び／又は生物学的薬剤による治療、及び／又は放射線治療である、請求項1〜57のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
前記治療が、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及び／又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項1〜58のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
前記化学療法が、フルオロウラシル、カペシタビン、イリノテカン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、ドセタクセル、エルロチニブ及びロイコボリンからなる群から選択される1以上の化合物の投与を含む、請求項1〜59のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記治療が、生物学的物質及び化学療法剤からなる群から選択される1以上の物質を使用することを含む、請求項1〜60のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記治療が、EGFR阻害剤又はVEGF阻害剤等の生物学的物質を使用することを含む、請求項1〜61のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記治療が、セツキシマブ、パニツムマブ、ザルツムマブ、エルロチニブ等のEGFR阻害剤を使用することを含む、請求項1〜62のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記治療がセツキシマブを使用することを含む、請求項1〜63のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記YKL−40濃度を免疫検定法を使用して測定する、請求項1〜64のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
前記免疫検定法がELISAである、請求項65に記載の方法。
【請求項６７】
前記免疫検定法が競合的免疫検定法である、請求項65に記載の方法。
【請求項６８】
前記免疫検定法が、放射性同位体、酵素、蛍光分子、化学発光分子、生物発光分子、コロイド状金属からなる群から選択される検出可能な標識を使用してYKL−40を測定する、請求項65〜67のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記免疫検定法がモノクローナル抗体を使用してYKL−40を測定する、請求項65〜68のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
前記免疫検定法がポリクローナル抗体を使用してYKL−40を測定する、請求項65〜67のいずれか1項に記載の方法。
【請求項７１】
前記YKL−40濃度をPCR検定によって測定する、請求項1〜70のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記YKL−40濃度を測定するのと同一の前記試料中において1つ以上の他のバイオマーカーの濃度を測定する、請求項1〜71のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記1つ以上の他のバイオマーカーが、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、PTEN発現、マイクロサテライト不安定性（MSI）、AREG発現、EREG発現、CRP、ESR、CEA、CA19−9、LDH、メタロプロテイナーゼ組織阻害剤1（TIMP1）、インターロイキン、IL−4、IL−6、IL−8、VEGF、メタロプロテイナーゼ、可溶性UPAR（sUPAR）、腫瘍壊死因子α、I型及びIII型プロコラーゲンのアミノ末端プロペプチド（p−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、並びにアレイ研究によって特定された他の遺伝子、microRNA及びSNPバイオマーカーからなる群から選択される、請求項72に記載の方法。
【請求項７４】
前記1つ以上の他のバイオマーカーが、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、CEA、CA19−9からなる群から選択される、請求項72に記載の方法。
【請求項７５】
前記YKL−40濃度をディップスティックを使用して測定する、請求項1〜74のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
前記生体試料が、血液、血清又は血漿である、請求項1〜75のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記生体試料が血清又は血漿である、請求項1〜76のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記患者が哺乳動物、好ましくはヒトである、請求項1〜77のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
患者が罹患した消化管癌の療法を決定する、及び／又は治療を監視するための器具であって、試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、前記測定したYKL−40濃度を、以下に定義される年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、を含む器具:
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【請求項８０】
ディップスティックである、請求項79に記載の器具。
【請求項８１】
カットオフ値を示す単一の基準濃度を含む、請求項79又は80に記載の器具。
【請求項８２】
前記測定したYKL−40濃度を年齢調整YKL−40基準濃度の組と比較するための手段を含む、請求項79又は80に記載の器具。
【請求項８３】
前記測定したYKL−40濃度を以下の表に定義する年齢依存カットオフ値の組と比較するための手段を含む、請求項79に記載の器具。
2012502285.tif 000023
【請求項８４】
前記測定したYKL−40濃度を以下の表に定義する年齢依存基準濃度の組と比較するための手段を含む、請求項79に記載の器具。
2012502285.tif 000024
【請求項８５】
i）試料中のYKL−40濃度を測定するための手段、
ii）前記測定したYKL−40濃度を、以下に定義される年齢調整YKL−40基準濃度から選択される1つ以上のYKL−40基準濃度と比較する手段:
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40μg／L）=3．9＋0．02×年齢（歳）、
並びに
iii）前記試料を提供した患者の年齢に応じて前記YKL−40基準濃度を年齢調整する方法に関する使用説明書、
を含むキット。
【請求項８６】
他のバイオマーカーを測定するための手段をさらに含む、請求項85に記載のキット。
【請求項８７】
請求項79〜84のいずれか一項に記載の器具の少なくとも1つを含む、請求項85又は86に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、患者における消化管癌の重症度を分類し、患者における消化管癌に対する治療を選択し、及び／又は、治療前、治療中、及び治療後に当該疾患の進行を監視する方法であって、基準濃度(reference level)よりも高いYKL−40濃度(level)が治療を施す必要性を示す方法に関する。患者は、1以上のいずれの消化管癌に罹患していてもよい。また、本発明は、本発明の方法に使用されるキット又は器具（device）であって、試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、測定したYKL−40濃度を少なくとも1つのYKL−40基準濃度と比較するための手段と、を含むキット又は器具に関する。
【背景技術】
【０００２】
消化管癌は、欧州及び米国で最もよく見られる癌の1つである。残念ながら、上部及び下部消化管癌は後期になるまで比較的症状が現れない。上部消化管癌の症状は非特異的な場合が多く、嚥下障害、腹痛、おう吐、体重減少又は貧血等の警告症状が現れる時には、癌は進行した段階にある場合が多く、予後は不良である。従って、初期における生存のための診断を改善することが最も重要である。
【０００３】
上部消化管癌に罹患した患者の治療は、過去20年間における結腸直腸癌の治療のような進展は遂げていない。膵臓癌は米国における男女の癌による死因の第4位であり、2008年には約3万4千人が膵臓癌で死亡していると概算されている。胃癌は米国及び西欧で減少しており（非特許文献1〜3）、2008年における米国での胃癌による概算死者数は約1万880人である（非特許文献1）。胆嚢癌及びその他の肝外胆道癌の発生数は変化しておらず、2008年における米国での胆嚢癌等による概算死者数は約3，340人である（非特許文献1）。
【０００４】
上部消化管癌において唯一治癒の可能性を有する治療は手術である。膵臓癌に罹患した患者の85％は診断時に既に局所的に進行した疾患又は転移性疾患を有しているということが大きな問題であり、生存期間の中央値は6ヵ月に過ぎず、1年後の生存率は10％未満である。胃癌又は胆道癌に罹患した患者の場合には、より多くの場合診断時の重症度がより低く、それに応じて外科手術が成功する見込みも高いため、生存率は上昇傾向にある。しかしながら、1年後の生存率は50％未満である（米国では5年後の生存率は24％）（非特許文献1〜3）。大がかりな手術を行うことができない患者の治療オプションは、一時的な放射線療法又は化学療法であるが、それらの応答率は低い（非特許文献4〜6）。
【０００５】
所与の消化管癌に対する治療は、典型的には疾患の診断や、場合によっては疾患の重症度に基づいて行われ、その特定の消化管癌に罹患した個体の生理機能は考慮されない。同様に、消化管癌の継続的治療及び監視は、個々の患者に十分に注意を払うことなく、所定の計画に従って行われる場合が多い。
【０００６】
将来的にはより効果的な化学療法又は新たな生物学的治療が見出される可能性はあるが、上部消化管癌に罹患した患者の生存率を向上させる最良の方法は、患者を早期に診断することである。新たなバイオマーカーを特定することはこの方向への一ステップとなる。
【０００７】
効能が異なる治療の選択、及び／又は、所与の治療の実施前、実施中若しくは実施後における消化管癌の進行の監視又は病期の判定を容易にする単一のマーカー又は方法は、今日行われているこれらの選択及び監視のプロセスの容易性を大きく向上させる。
【０００８】
CA（carbohydrate  antigen）19−9は膵臓癌に罹患した患者において使用されている唯一のバイオマーカーだが、スクリーニング又は手術可能性の判定には使用することができず、また、CA19−9は胃癌又は胆道癌に罹患した患者においては有用ではない。血清CA19−9濃度は膵臓癌に罹患した患者の70〜80％で上昇し、転移性疾患の場合に最も高くなり、高い血清CA19−9濃度は生存期間の短さと関連する（非特許文献7，8）。しかしながら、良性の膵臓病に罹患した患者の10〜20％も高い血清CA19−9濃度を有する。局所進行転移性膵臓癌に罹患した患者においては治療の開始時及び治療期間中1〜3ヶ月毎に血清CA19−9濃度を測定することが推奨されている。血清CA19−9濃度の上昇は疾患の進行を反映する場合があり、例えばコンピュータ断層撮影によって確認すべきである（非特許文献7，8）。
【０００９】
最良の治療を選択することにより、消化管癌に罹患した個人の健康だけではなく、その個人及び病院の経済負担や社会全体としての経済という面においても利点が得られる。
【００１０】
特定の癌に関連するマーカーが知られている。例えば、特定の乳癌のマーカーであるHER2や、結腸直腸癌、膵臓癌、頭頚部癌、肺癌、多形性膠芽腫等に関連付けられているEGFRが挙げられる。
【００１１】
セツキシマブ（Erbitux（登録商標））は上皮成長因子受容体（EGFR）に対するマウス／ヒトのキメラモノクローナル抗体であり、転移性結腸直腸癌又は頭頚部の扁平上皮癌の患者に対する使用が認可されている。セツキシマブは、静脈内注射によって毎週（1回目:400mg／m2、その後250mg／m2／週）若しくは2週間毎に（1回目:400mg／m2、その後1回あたり500mg／m2）単独で投与するか、又は、イリノテカン、オキサリプラチン、及びフルオロウラシル（5−FU）（ロイコボリンとの組合せ）等の、転移性結腸直腸癌に対する標準的な化学療法と共に、又は、肛門癌又は頭頚部の扁平上皮癌に罹患した患者において放射線療法と共に、投与する（非特許文献1〜19）。
【００１２】
パニツムマブ（Vectibix（登録商標））はEGFRに対する完全ヒトモノクローナル抗体であり、転移性結腸直腸癌の患者に対する使用が認可されている。パニツムマブは、静脈内注射によって2週間毎（6mg／kg）に単独で投与するか、又は転移性結腸直腸癌に対する標準的な化学療法と共に投与する（非特許文献9及び20〜23）。
【００１３】
最近のデータによれば、転移性結腸直腸癌に罹患し、Kirsten  ras（KRAS）遺伝子（EGFRの下流の癌遺伝子）の突然変異を有する患者には、セツキシマブ及びパニツムマブによる治療は効果がないことが判明している。KRASがコードするタンパク質は低分子量GTPAseスーパーファミリーに属しており、KRAS遺伝子における1つのアミノ酸の置換によって活性化突然変異が生じる。2008年の夏以降、セツキシマブ及びパニツムマブによる治療は、野生型KRASを有する結腸直腸癌患者に対してのみ推奨されている。KRASは結腸直腸腫瘍の約30〜45％において突然変異し、恒常的に活性なEGFシグナル経路をもたらす（非特許文献6〜9，11，12，13，14，21，24，25，26）。抗EGFR療法に対する応答を示すバイオマーカーとしてKRASを特定することには明白な利点がある。第1に、転移性結腸直腸癌に罹患した患者の約半数において、かなりの毒性を引き起こす可能性のある効果のない療法に不必要に晒されるということが回避される。第2に、医療制度における潜在的な費用節減が非常に大きく、米国では毎年約6億ドルが節約される可能性がある（セツキシマブによる8週間の治療には約1万9千ドルかかる）。
【００１４】
しかしながら、KRAS突然変異は、抗EGFR抗体に対する応答に影響を及ぼす唯一の要因ではない。KRAS野生型を有する患者の約25〜40％は抗EGFR抗体に応答を示さない。これらの患者の約10％はBRAF遺伝子に突然変異を有する。これにより、癌細胞の転移及び増殖を増加させるBRAFタンパク質の変化が引き起こされる。BRAFはRAFのアイソフォームである。RAFタンパク質は、細胞増殖経路におけるRAS及びMAPKへの中間体である。典型的には、RAFタンパク質はリン酸化を介してRASにより活性化され、活性化されたRAFタンパク質はさらにリン酸化を介してMAPKを活性化させる。また、KRAS野生型を有する患者の中にはPTEN（腫瘍抑制遺伝子）のタンパク質発現がない人や、アンフィレグリン（AREG）又はエピレグリン（EREG）の発現が低い人がおり、これらの患者はセツキシマブに対して低い応答を示す（非特許文献9，12，26，27，28，29）。これらの最近の研究は確証する必要があり、セツキシマブ又はパニツムマブによる治療の前にBRAF突然変異又はPTEN、AREG若しくはEREGの発現について検査を行うことはまだ推奨されてはいない。例えKRASとBRAF等とがそのような治療に対する応答性を予測するために使用されたとしても、該治療に対して応答を示さない約40％のKRAS野生型患者が残る（非特許文献26，29）。
【００１５】
従って、EGFRに対する抗体による療法又はVEGFに対する抗体等の他の生物学的物質による治療のために、転移性結腸直腸癌等の消化管癌に罹患した患者をより良好に選別するためには、他の予測バイオマーカーを特定することが必須である。
【００１６】
消化管癌の理想的なバイオマーカーは、疾患の初期に患者を特定することができ、外科医が手術に適した患者を選択する助けとなるものでなければならない。当該バイオマーカーはまた、手術又は化学療法後に疾患の再発／進行を監視するために有用であり、より個人的な治療を施すために腫瘍学者が化学療法の効果を評価することを支援し得る。消化管癌、特に上部消化管癌に罹患した患者についてのそのようなバイオマーカーはこれまで見出されていない。
【００１７】
消化管癌に罹患した患者に可能なかぎり最適な治療を行うことにより、薬剤投与であろうと外科手術であろうとその他のことであろうと、また、該治療が予防的であるか治癒的であるか改善的であるかにかかわらず、あらゆる治療の効能を向上させることができる。消化管癌に罹患した患者を生存予後及び無増悪期間に従って分類することにより、最適な治療を決定し、治療効果を改善し、生存率を向上させ、再発リスクを低下させ、消化管癌罹患後のクオリティ・オブ・ライフを向上させることができる。
【００１８】
同様に、疾患の進行及び／又は状態に応じて患者に対する治療を監視することは、最も効果的なフォローアップ治療の決定に役立ち、例えば、消化管癌の罹患後の必要なライフスタイルの変更についてカウンセリングする際の指針となる。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１９】
【非特許文献１】Bokemeyer C, et al. Flourouracil, leucovorin, and oxaliplatin with and without cetuximab in the first-line treatment of metastatic colorectal cancer. J Clin Oncol 2009;27:663-70.
【非特許文献２】Bonner JA, et al. Radiotherapy plus cetuximab for squamous-cell carcinoma of the head and neck. N Engl J Med 2006;354:567-78.
【非特許文献３】Cascinu S et al. Cetuximab plus gemcitabine and cisplatin compared with gemcitabine and cisplatin alone in patients with advanced pancreatic cancer: a randomised, multicentre, phase II trial. Lancet Oncology 2008;9,39-44.
【非特許文献４】Chung KY, et al. Cetuximab shows activity in colorectal cancer patients with tumors that do not express the epidermal growth factor receptor by immunohistochemistry. J Clin Oncol 2005;23:1803-10.
【非特許文献５】Cunningham D, et al. Cetuximab monotherapy and cetuximab plus irinotecan in irinotecan-refractory metastatic colorectal cancer. N Engl J Med 2004;351:337-45.
【非特許文献６】De Reynies A, et al. KRAS mutation signature in colorectal tumors significantly overlaps with the cetuximab response signature. J Clin Oncol 2008;26:2228-31.
【非特許文献７】De Roock W, et al. KRAS wild-type state predicts survival and is associated to early radiological response in metastatic colorectal cancer treated with cetuximab. Ann Oncol 2008;19:508-15.
【非特許文献８】Di Fiore F, et al. Clinical relevance of KRAS mutation detection in metastatic colorectal cancer treated by cetuximab plus chemotherapy. Br J Cancer 2007;96:1166-9.
【非特許文献９】Di Nicolantonia F, et al. Wild-type BRAF is required for response to panitumumab or cetuximab in metastatic colorectal cancer. J Clin Oncol 2008;26:5705-12.
【非特許文献１０】Jonker DJ, et al. Cetuximab for the treatment of colorectal cancer. N Engl J Med 2007;357:2040-8.
【非特許文献１１】Karapetis CS, et al. K-ras mutations and benefit from cetuximab in advanced colorectal cancer. N Engl J Med 2008; 359:1757-65.
【非特許文献１２】Khambata-Ford S, et al. Expression of epiregulin and amphiregulin and K-ras mutation status predict disease control in metastatic colorectal cancer patients treated with cetuximab. J Clin Oncol 2007;25:3230-7.
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【非特許文献１５】Pfeiffer P, et al. Cetuximab and irinotecan as third line therapy in patients with advanced colorectal cancer after failure of irinotecan, oxaliplatin and 5-fluorouracil. Acta Oncol 2007;46:697-701.
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【非特許文献１８】Tol J, et al. Chemotherapy, bevacizumab, and cetuximab in metastatic colorectal cancer. N Engl J Med 2009;360:563-72.
【非特許文献１９】Vincenzi B, et al. Cetuximab and irinotecan as third-line therapy in advanced colorectal cancer patients: a single centre phase II trial. Br J Cancer 2006;94:792-7.
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【非特許文献２８】Winer E, et al. Clinical cancer advances 2008: Major research advances in cancer treatment, prevention, and screening - a report from the American society of clinical oncology. J Clin Oncol 2008:27:812-26.
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【非特許文献３４】Li D, et al. Pancreatic cancer. Lancet 2004;363:1049-57.
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【非特許文献３６】Johansen JS. Studies on serum YKL-40 as a biomarker in diseases with inflammation, tissue remodelling, fibrosis and cancer. Dan Med Bull 2006; 53: 172-209.
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【非特許文献３８】Johansen JS, et al. Diurnal, weekly, and long-time variation in serum concentrations of YKL-40 in healthy subjects. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2008;17:2603-8.
【発明の概要】
【００２０】
本発明は、患者において消化管癌を診断する、及び／又は消化管癌の重症度を分類する、及び／又は消化管癌に対する療法を決定する、及び／又は消化管癌の治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す、及び／又は前記癌の重症度を前記比較から推測する、及び／又は前記比較によって前記癌の進行及び／又は状態を推測する、及び／又は前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法に関する。
【００２１】
1つ以上のYKL−40基準濃度は、例えば、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた1つのYKL−40基準濃度又は1組のYKL−40基準濃度であってもよい。好ましくは、基準濃度は、健常者におけるYKL−40濃度の95パーセンタイル値である。
【００２２】
従って、本発明の第1の態様は、患者における消化管癌の存在を診断するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す方法に関する。
【００２３】
本発明の第2の態様は、患者が罹患した消化管癌の重症度を分類するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記1つ以上の基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が前記消化管癌の重症度を示す方法に関する。
【００２４】
本発明の第3の態様は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法に関する。
【００２５】
本発明の第4の態様は、特定の疾患の治療を受けている患者における消化管癌、好ましくは上部消化管癌に対する、好ましくは化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記1つ以上の基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定する方法に関する。
【００２６】
本発明の別の態様は、上部消化管癌に罹患し、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を受けている患者の予後を判定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、特定の治療計画中又は特定の治療計画後の前記消化管癌の発達又は進行を示し、従って予後を示す、方法に関する。
【００２７】
本発明の別の態様は、患者が罹患した消化管癌に対する療法の効果を判定するための方法であって、
i）治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度と比較することを含み、
前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記工程ii）における前記1つ以上の過去のYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記工程ii）における前記1つ以上の過去のYKL−40濃度を超えている場合は前記患者が前記治療に応答しない可能性があることを示す方法に関する。
【００２８】
本発明の上記4つの態様の一実施形態では、基準濃度は同一の患者から得られた基準濃度であり、従って一連の実施形態は以下のものに関する:患者において消化管癌を診断する、及び／又は消化管癌の重症度を分類する、及び／又は消化管癌に対する療法を決定する、及び／又は消化管癌の治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、前記患者について過去に測定したYKL−40濃度であるYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す、及び／又は前記癌の重症度を前記比較から推測する、及び／又は前記比較によって前記癌の進行及び／又は状態を推測する、及び／又は前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法に関する。
【００２９】
上述した方法は、任意で、前記消化管癌が、食道癌、胃癌、膵臓癌及び／又は胆道癌等の上部消化管癌であり、最も好ましくは、上部消化管癌が膵臓癌である実施形態に関する。
【００３０】
あるいは、上述した方法は、前記消化管癌が、小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌及び／又は肛門癌等の下部消化管癌であり、最も好ましくは、下部消化管癌が結腸直腸癌である実施形態に関する。
【００３１】
本発明の第3及び第4の態様の特定の実施形態は、手術後又は化学療法剤、放射線治療又は生物製剤（生物学的物質）による治療時の消化管癌の監視に関する。より具体的な実施形態は、化学療法剤による治療時の消化管癌の監視に関する。
【００３２】
また、本発明の第5の態様は、患者の消化管癌の療法を決定する、及び／又は治療を監視するための器具であって、試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、前記測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、を含む器具に関する。
【００３３】
また、本発明の第6の態様は、部品のキットであって、
i）試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、
ii）前記測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、
iii）前記試料を提供した患者の年齢に応じて前記YKL−40基準濃度を年齢調整する方法に関する使用説明書と、を含むキットに関する。
【図面の簡単な説明】
【００３４】
【図１】2116人の健康な女性及び1494人の健康な男性における年齢及び性別に応じた血漿YKL-40濃度を示す。参加者は、1991〜1994年の血液採取時に既知の疾患に罹患しておらず、16年間の追跡期間にわたって健康を維持した(すなわち、死亡したり、癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患、喘息、関節リウマチ、炎症性腸疾患、肺炎を発病したりしなかった)。これらの健康な参加者の血漿YKL-40濃度の中央値は42μg/Lだった(2.5%〜97.5%パーセンタイル値範囲14〜168μg/L:90%パーセンタイル値 92μg/L:95%パーセンタイル値 124μg/L)。男性及び女性において血漿YKL-40レベルは年齢と共に上昇した(傾向検定 p<0.0001)。血漿YKL-40濃度と年齢とのスピアマンρ相関係数は0.41だった(p<0.0001)。男性及び女性において血漿YKL-40の差はなかった(Mann-Whitney U:p=0.27)。
【図２】第1回目のYKL-40濃度測定を1991〜1994年の検査時に採取した血液によって行い、第2回目のYKL-40測定を2001〜2003年の検査時に採取した血液によって行った929人の健康な参加者(女性:463人、男性:466人)の群における血漿YKL-40濃度を示す。平均上昇率は、女性の場合には0.5μg/L/歳(四分位範囲:-0.6〜2.1μg/L/歳)であり、男性の場合には0.8μg/L/歳(四分位範囲:-0.3〜2.9μg/L/歳)だった。これは、健康を維持している被験者では血漿YKL-40が非常に安定していることを示し、回帰希釈率は0.8042と算出された。男女の間には統計的な差はなかった。
【図３Ａ】2116人の健康な女性及び1494人の健康な男性において血漿YKL-40濃度を測定した。参加者は、1991〜1994年の血液採取時に既知の疾患に罹患しておらず、16年間の追跡期間にわたって健康を維持した(すなわち、死亡したり、癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患、喘息、関節リウマチ、炎症性腸疾患、肺炎を発病したりしなかった)。図3Aは、これらの健康な参加者の年齢ごとの50%パーセンタイル血漿YKL-40濃度(丸印)、70%パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.1+0.02×年齢(歳)として定義)、75%パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.2+0.02×年齢(歳))、90%パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.5+0.02×年齢(歳))、及び95%パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.6+0.02×年齢(歳))を示す。女性と男性の数値を組み合わせた。
【図３Ｂ】図3Aに対応し、血漿YKL-40濃度の85パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.4+0.02×年齢(歳)として定義)及び97.5パーセンタイル値(ln(血漿YKL-40)=3.9+0.02×年齢(歳))をさらに含む。
【図４Ａ】血漿YKL-40濃度に応じた一般集団の寿命及び生存率を示す(5つの性別及び10年年齢層パーセンタイル値区分(0〜33%パーセンタイル、34〜66%、67〜90%、91〜95%、96〜100%)に分類)。左側切断(Left-truncated)年齢及び追跡時間をそれぞれ時間軸とした。追跡は血液採取時に開始し、死亡時又は2007年7月のいずれか早い方に終了した。女性と男性の数値を組み合わせた。比較として、同一の集団における喫煙状況の影響を示す。
【図４Ｂ】血漿YKL-40濃度パーセンタイル値区分、喫煙状況、性別及び年齢に応じた絶対10年死亡率を示す。Copenhagen City Heart Studyの1991〜1994年の検査に参加した8899人の参加者を16年間にわたって追跡した。P値はログランク傾向検定のためのものである。血漿YKL-40濃度パーセンタイル値区分0〜33%、34〜66%、67〜90%、91〜95%、96〜100%を、50歳未満、50〜70歳、70歳超の年齢グループの各々について左から右に向かって示す。
【図５】16人の健康被験者の血清YKL-40濃度の一日の変動。
【図６】38人の健康被験者の血清YKL-40濃度の3週間の変動。
【図７】それぞれ3週間に渡る4つのラウンドにおける、23人の血清YKL-40レベルの中央値(各バーは各被験者の1ラウンドの中央値を示す)。
【図８】30人の健康な女性の、4週間に渡って得られた血清YKL-40レベル、及び、その内21人の女性について、3年後に再び得られた血清YKL-40レベル。
【図９】A．転移性上部消化管癌に罹患した患者（n=70）及び健常者（n=234）の血漿YKL−40濃度。B．局所上部消化管癌（n=40、三角）、転移性上部消化管癌（n=70、白丸）、慢性膵炎（n=65、逆三角）及び健常者（n=234、灰色丸）の血漿YKL−40濃度。Y軸は対数スケールである。
【図１０】転移性上部消化管癌に罹患した患者における、ベースライン血漿YKL−40濃度（治療前血漿YKL−40濃度）と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。血漿YKL−40濃度は三分位数で分割している。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図１１】転移性上部消化管癌に罹患した患者のベースライン及び化学療法時の血漿YKL−40濃度を示すボックスプロット。Y軸は対数スケールである。
【図１２】転移性上部消化管癌に罹患した患者の4週間の化学療法後の血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。血漿YKL−40濃度は三分位数で分割している。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図１３】局所膵臓癌に罹患した患者の放射線化学療法の終了から4〜6週間後の血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。血漿YKL−40濃度は、ベースライン値に対する上昇又は低下／無変化に応じて二分。
【図１４】局所進行膵臓癌（CORGI研究）に罹患した患者の放射線化学療法の終了から4〜6週間後に採取した試料の血漿YKL−40濃度比と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。濃度比は、YKL−40ベースライン値（治療前濃度）に対する4〜6週間の治療後のYKL−40濃度として算出。上側の曲線は低い濃度比を有する群を示し、下側の曲線は高い濃度比を有する群を示す。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図１５】転移性膵臓癌（GITAC研究）に罹患した患者の化学療法の開始から4〜6週間後に採取した試料の血漿YKL−40濃度比と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。濃度比は、YKL−40ベースライン値（治療前濃度）に対する4〜6週間の治療後のYKL−40濃度として算出。上側の曲線は低い濃度比を有する群を示し、下側の曲線は高い濃度比を有する群を示す。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図１６】転移性結腸直腸癌に罹患し、2週間毎にイリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。血漿YKL−40濃度は三分位数で分割している。上側の曲線は最も低いYKL−40濃度の三分位数であり、中央の曲線は中間のYKL−40濃度の三分位数であり、下側の曲線は最も高いYKL−40濃度の三分位数である。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図１７Ａ−Ｂ】ディップスティックの実施形態を示す。ディップスティック担持材（1．）は、生体試料のための検定フィールド（2．）及び1つの対照若しくは標準フィールド（図17Aの3．）又は複数の対照若しくは標準フィールド（図17Bの4a．〜4e．）を有する。単一（3．）又は各種（例えば、各フィールドが1つの濃度を有し、上昇する又は下降する濃度順で並んでいる）YKL−40濃度を、対照又は標準フィールドに適用し、図17Aに示すディップスティックにおいて陽性／陰性の結果を読み取るか、又は、図17Bにおいて試料／検定フィールドと比較して最も近似する対照フィールドを見出すことによって生体試料中のおおよそのYKL−40濃度を評価する。
【図１８】研究2:転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血漿YKL−40濃度と無増悪生存率の連関を示すKaplan−Meier生存曲線。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は治療前血清YKL−40濃度に応じて三分位数に分割した。3群の患者は最も高い血清YKL−40濃度を有する。血清YKL−40濃度:1群:<94μg／L、2群:≧94かつ≦253μg／L、群3群:>253μg／L。
【図１９】研究1:転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線（図19A）。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は治療前血漿YKL−40濃度に応じて三分位数に分割した。3群の患者は最も高い血清YKL−40濃度を有する。血漿YKL−40濃度:1群:<84μg／L、2群:≧84かつ≦218μg／L、群3群:>218μg／L。  研究2:転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血清YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線（図19B）。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は治療前血清YKL−40濃度に応じて三分位数に分割した。3群の患者は最も高い血清YKL−40濃度を有する。血清YKL−40濃度:I群:<94μg／L、2群:≧94かつ≦253μg／L、群3群:>253μg／L。
【図２０】研究1:KRAS状態に応じた、転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線（図20A:野生型、図20B:変異型）。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は治療前血漿YKL−40濃度に応じて三分位数に分割した。3群の患者は最も高い血清YKL−40濃度を有する。血漿YKL−40濃度:1群:<84μg／L、2群:≧84かつ≦218μg／L、群3群:>218μg／L。  研究2:KRAS状態に応じた、転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血清YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線（図20C:野生型、図20D:変異型）。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は治療前血清YKL−40濃度に応じて三分位数に分割した。3群の患者は最も高い血清YKL−40濃度を有する。血清YKL−40濃度:I群:<94μg／L、2群:≧94かつ≦253μg／L、群3群:>253μg／L。
【図２１】研究1:健常者（年齢補正）の血漿YKL−40濃度のカットオフ値に応じた、転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血漿YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。図21A:90パーセンタイル値。図21B:95パーセンタイル値。図21C:97．5パーセンタイル値。図21D:99パーセンタイル値。図21E:99．5  パーセンタイル値。図21F:99．9パーセンタイル値。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図２２】研究2:健常者（年齢補正）の血清YKL−40濃度のカットオフ値に応じた、転移性結腸直腸癌に罹患し、イリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けた患者の治療前血清YKL−40濃度と全生存期間との連関を示すKaplan−Meier生存曲線。図22A:90パーセンタイル値。図22B:95パーセンタイル値。図22C:97．5パーセンタイル値。図22D:99パーセンタイル値。図22E:99．5  パーセンタイル値。図22F:99．9パーセンタイル値。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。
【図２３】A及びB．転移性結腸直腸癌に罹患した患者のリノテカン及びセツキシマブによる治療中のYKL−40濃度（μg／L）の個々の変化。研究1の結果をAに示し、研究2の結果をBに示す。
【図２４】A及びB．転移性結腸直腸癌に罹患した患者のリノテカン及びセツキシマブによる治療中のYKL−40濃度（比）（ベースライン値（治療前濃度）で除算した治療中の異なる時点における濃度）。研究1の結果をAに示し、研究2の結果をBに示す。
【図２５】A及びB．転移性結腸直腸癌に罹患した患者における、ベースラインYKL−40濃度に対するセツキシマブ治療開始2〜3ヶ月後に採取した血液試料のYKL−40濃度の比（2〜3ヶ月の治療後のYKL−40濃度をベースライン値（治療前濃度）で除算）と連関を示す、無増悪生存率（A）と全生存期間（B）のKaplan−Meier生存曲線。低い濃度比（≦1）は、2〜3ヶ月の時点におけるYKL−40が治療前濃度と比較して低下したことを示す。高い濃度比（>1）は、2〜3ヶ月の時点におけるYKL−40が治療前濃度と比較して上昇したことを示す。P値は階層均等化のためのログランク検定を示す。患者は高い又は低い比で2つの群に二分した。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
予期せぬことに、本願発明者らは、測定したYKL−40濃度と1つ以上のYKL−40基準濃度との比較に基づき、患者の消化管癌に対する療法を決定する、及び／又は治療を監視するためのバイオマーカーとしてYKL−40濃度を使用することができることを見出した。
【００３６】
また、本願発明者らは、消化管癌の進行を、またそれによって患者の予後（すなわち、消化管癌が重症度の高い状態に遷移するかあるいは低い状態に遷移するか）を追跡し、時間の経過に従って消化管癌の重症度を反復的及び／又は連続的に分類し、進行中の治療を継続するか、より効能の高い若しくは低い治療に変更するか、又は単に投与手段を変更するかを判断し、さらには、進行中の治療を終了してもよいかどうかを判断するためのマーカーとして、YKL−40濃度を使用することができることを見出した。本発明の一実施形態では、これは、患者のYKL−40測定値を、同一の患者の過去の測定値である1つ以上の基準濃度と比較する場合に特に有益かつ適切である。従って、本発明に係る方法により、患者のYKL−40濃度の測定値に基づいて治療を決定するだけではなく、患者のYKL−40濃度の監視又は変化に基づいてどの治療を継続するかを判断するためにYKL−40濃度を使用することができる。
【００３７】
また、本発明は、消化管癌の存在を示すバイオマーカーとしてYKL−40濃度を使用することができることを開示する。従って、本発明に係る方法により、消化管癌の存在を診断するためにYKL−40濃度を使用することができる。
【００３８】
本発明に係る方法は、消化管癌及び／又はその治療に関連して、YKL−40濃度という形の新規な汎用バイオマーカーを提供する。従って、本発明に係る方法は、テーラーメイド医療におけるコンパニオン診断検査（companion  diagnostic  test）に関連する診断手段として使用することもできる。これは、以下に詳細に説明するように、例えば、YKL−40リガンド又は消化管癌を治療するために使用されるその他の活性化合物、特に、EGFRリガンド等の生物学的物質との関連における使用であり得る。
【００３９】
本発明に関する説明を簡略化するために、用語の定義を以下に記載する。以下の定義は本発明を限定するものではなく、本発明の範囲は添付請求項及び明細書全体によって定義される。
【００４０】
本願明細書において使用する「消化管癌」、「疾患」及び「障害」という用語は、食道癌、胃癌、膵臓癌及び／又は胆道癌等の上部消化管癌、小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌及び／又は肛門癌等の下部消化管癌、GIST、腹膜及び／又は肝臓癌等のその他の消化管癌等のあらゆる消化管癌を意味する。特記しない場合には、消化管癌は局所消化管癌であっても転移性消化管癌であってもよい。
【００４１】
同じ疾患に罹患している患者でも、疾患の重症度（疾患がどれくらい深刻であるかの程度）の著しい差を示す場合がある。本願明細書において使用する「重症（重篤）段階」、「重症度」、「重症度が低い」、「重症度が高い」という用語は、例えば、回復の予後、生存の予後又は疾患の異なる所定の段階に応じた重症度の目盛（graduation）を意味する。そのような段階は、様々な症状、及び／又は従来から測定されてきたバイオマーカーや身体機能等のレべルに応じたものであってもよい。1人の患者の疾患の進行に注目する場合には、より重症度の高い段階は疾患の悪化を意味し、前回よりも重症度の低い段階は、例えば満足のいく治療計画による疾患の改善を意味する。また、該段階は、例えば、局所消化管癌と転移性消化管癌との対比に関連するものであってもよい。患者の予後は疾患の古典的な病期分類に依存しない場合があるため、本願明細書において使用する「重症度のより高い段階」及び「重症度のより低い段階」という用語は、患者の予後の悪化又は改善をそれぞれ意味する。消化管癌疾患に罹患した患者の場合には、予後とは、通常、進行までの予測時間又は死亡までの時間に関連する予後である。従って、予後の悪化は、生存期間の短縮に通常は対応する。
【００４２】
「療法及び／又は治療を決定」、「療法を決定」及び「治療を決定」という用語（表現）は、原則として、YKL−40濃度を測定し、1つ以上の基準濃度と比較した患者に対して当業者が行うあらゆる治療の決定を含む。上記用語（表現）は、好ましくは、最適な療法及び／又は治療の決定を含む。これは、不快感の改善、症状の軽減、疾患の治癒、患者に対する最良のクオリティ・オブ・ライフ等の提供のいずれかの点で各患者に最も適した治療を意味する。「療法」及び「治療」という用語は互換的に使用する。療法及び／又は治療に関連する「最良」、「最適」等という用語も互換的に使用する。
【００４３】
開始、継続、終了、修正又は変更する療法及び／又は治療は、薬剤の投与及び／又は外科手術等のあらゆる療法であってもよく、予防的、治癒的又は改善的なものであってもよい。
【００４４】
療法及び／又は治療は、それまで療法及び／又は治療を行っていなかった場合には開始することができ、既に療法及び／又は治療を行っていた場合には継続することができる。療法及び／又は治療は、適切ではないことが判明した場合や、別の療法及び／又は治療で置き換えることが必要な場合には終了することができる。治療を修正するとは、例えば、用量を増加又は減少させたり、医薬の濃度を増加又は減少させたり、投薬計画を変更するすることによって、治療を変更することを意味する。
【００４５】
本願明細書において使用する「改善」という用語は、病状に関連して、寛解又は治癒を含む、病状の重症度又は進行の減少あるいは疼痛の減少等の重症度の知覚される減少を意味する。
【００４６】
本願明細書において使用する「抗体」という用語は、YKL−40タンパク質のエピトープ決定基に結合することができる免疫グロブリン分子及びFab及びF（ab’）2等の免疫グロブリン分子の活性部分又はフラグメントを意味する。抗体は、例えば、完全な免疫グロブリン分子又は免疫学的活性を保持する免疫グロブリン分子のフラグメントである。抗体の例としては、上皮細胞成長因子受容体（EGFR）に対するモノクローナル抗体であるセツキシマブ（Cetuximab）が挙げられる。本願明細書において使用する「抗原」という用語は、YKL−40分子の免疫原性完全長分子又はフラグメントを意味する。
【００４７】
本願明細書において使用する「生体試料」という用語は、患者又は個体から得られた試料を意味する。
【００４８】
本願明細書において使用する「バイオマーカー」という用語は、病態又は生理状態等の、特定の生物学的性質の分子指標を意味する。
【００４９】
本願明細書において使用する「患者」及び／又は「個体」という用語は、種（好ましくは哺乳動物種）の一員を意味する。本願明細書において使用する「哺乳動物」という用語は、ヒト及びヒト以外の哺乳動物を含む。本願明細書において使用する「患者」という用語は、消化管癌に罹患した個体を意味する。
【００５０】
本願明細書において使用する「hnRNA」という用語は、異核RNAを意味する。本願明細書において使用する「mAb」という用語は、モノクローナル抗体を意味する。本願明細書において使用する「mRNA」という用語は、伝令RNAを意味する。本願明細書において使用する「RNA」という用語は、自然界に由来する若しくは自然界から分離された、又は合成された、あらゆる種類のRNAを意味する。本願明細書においてYKL−40に関して使用する「実質的に純粋」という用語は、自然界においてYKL−40と共に存在し得る他の分子を実質的に含まない、実質的にインタクトな分子を意味する。
【００５１】
本願明細書において患者に関連して使用する「化学療法未治療（chemonaive）」という用語は、消化管癌に関連して1種以上の化学療法剤による治療を過去に受けていない患者を意味する。
【００５２】
本願明細書においてYKL−40濃度に関連して使用する「治療前濃度」という用語は、ある治療の開始前、例えば特定の治療を開始する前、特定の治療から別の治療計画へ変更する前、又は既存の治療計画へ新たな治療を追加する前、等に患者において測定されたYKL−40等の濃度を意味する。例えば、患者が以前化学療法剤による治療を受けていた場合には、治療前濃度とは、新たな化学療法剤及び／又は生物学的物質の投与開始前の濃度である。治療前濃度は、例えば実施例においては、「ベースライン」濃度ということもできる。
【００５３】
本願明細書において化学療法剤又は生物製剤に関連して使用する「事前治療された」、「過去に治療された」「一次」、「二次」、「三次」等の用語は、特定の消化管癌に関連して化学療法剤又は生物製剤による治療が過去に行われたか、現在行われている患者を意味する。例えば、過去に一次化学療法剤による治療を受けた患者は、局所進行又は転移性癌に対する化学療法剤による治療を初めて受けた患者を意味する。同様に、二次化学療法剤による治療を受けている患者は、局所進行又は転移性癌に対するもう一つ別の化学療法（及び必要に応じて生物製剤による療法）を過去に受けた患者を意味する。同様に、三次化学療法剤による治療を受けている患者は、局所進行又は転移性癌に対する2種類の別の化学療法（及び必要に応じて生物製剤による療法）を過去に受けた患者を意味する。従って、患者は、現在の癌疾患の治療において化学療法剤による治療を受けていたか、又は現在も受けている。「事前に治療を受けた」及び「過去に治療を受けた」という用語（表現）は互換的に使用する。
【００５４】
本発明は、患者において消化管癌を診断する、及び／又は消化管癌の重症度を分類する、及び／又は消化管癌に対する療法を決定する、及び／又は消化管癌の治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す、及び／又は前記癌の重症度を前記比較から推測する、及び／又は前記比較によって前記癌の進行及び／又は状態を推測する、及び／又は前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法に関する。本発明に係る方法のより具体的な態様を、特に異なる態様に関する部分において詳細に説明する。
【００５５】
本発明に係る方法の一実施形態は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定及び／又は患者が罹患した消化管癌の治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、ここで、前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が消化管癌の進行及び／又は状態を示し、
iii）前記比較によって前記消化管癌の進行及び／又は状態を推測し、それに基づいて療法を開始、継続、終了又は変更することを決定する方法に関する。
【００５６】
本発明に係る方法のいくつかの実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度である。
【００５７】
従って、上述した本発明の方法のより具体的な実施形態は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定及び／又は患者が罹患した消化管癌の治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、前記患者について過去に測定したYKL−40濃度である1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、ここで、前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が消化管癌の進行及び／又は状態を示し、
iii）前記比較によって前記消化管癌の進行及び／又は状態を推測し、それに基づいて療法を開始、継続、終了又は変更することを決定し、
ここで、前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、例えば、より効能の高い療法を開始及び／又は進行中の療法よりも高い効能を有する療法を開始する必要があることを示し（例えば、YKL−40濃度の上昇は、患者が現在の治療計画に応答しないことを示し、現在の治療計画を終了及び／又は別の治療計画に変更できる）、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示し、例えば患者が治療に応答しており前記療法を継続することができることを示す、方法に関する。
【００５８】
本発明に係る方法は、例えば1以上の疾患又は障害のいずれか等、あらゆる消化管癌の重症度を分類し、最良の治療を決定するために適している。前記疾患又は障害は、例えばYKL−40濃度が上昇するあらゆる疾患又は障害であってもよい。前記1つ以上のYKL−40基準濃度が同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度である本発明に係る方法では、前記消化管癌は、過去に測定したYKL−40濃度の測定前、測定時又は測定後に診断されたものであってもよい。好適な実施形態では、消化管癌は過去に診断された消化管癌である。
【００５９】
本発明の別の目的は、生存の予後に関連して最良の治療を決定するために、1以上の疾患又は障害に罹患した個体の健康状態を監視するための方法であって、前記個体から得た生体試料中のYKL−40濃度を測定し、前記測定したYKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含む方法を提供することにある。
【００６０】
個体における血清又は血漿YKL−40濃度は長時間にわたって安定しており、日中及び週毎の変化を示さないことが判明している。また、YKL−40濃度は少なくとも20分間の運動では変化しないことが判明している。従って、本発明に係る方法においては、個体における血清又は血漿YKL−40濃度の1回の測定値を使用することができる。好ましくは、試料は、例えば、前日にアルコールを大量に摂取しておらず、細菌感染等の明白な症状を有していない患者から得ることができる。必要に応じて、後日（例えば2週間後）に2回目又はそれ以降の試料を得て、最初に測定したYKL−40濃度の結果を確認することができる。
【００６１】
本発明に係る方法は、CRPによって特定及び／又は分類することができる疾患の重症度を分類するために使用することができるが、CRP濃度の変化を示さない疾患を特定するためにも使用することができる。従って、本発明の一実施形態では、消化管癌は、C反応性タンパク濃度の上昇をもたらさない1以上の疾患又は障害又は疾患若しくは障害の群である。
【００６２】
本願明細書に記載する方法は、任意で、前記消化管癌が、食道癌、胃癌、膵臓癌及び／又は胆道癌等の上部消化管癌であり、最も好ましくは、上部消化管癌が膵臓癌である実施形態に関する。
【００６３】
あるいは、本願明細書に記載する方法は、前記消化管癌が、小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌及び／又は肛門癌等の下部消化管癌であり、最も好ましくは、下部消化管癌が結腸直腸癌である実施形態に関する。
【００６４】
本発明の第1の態様  −  診断方法
膵臓癌、胃癌又は胆道癌に罹患した患者（局所進行疾患に罹患した患者及び転移性疾患に罹患した患者）の多くは、診断時において、同一年齢の健常者と比較して高い血漿YKL−40濃度を有する。
【００６５】
本発明の第1の態様は、患者における消化管癌の存在を診断するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、以下に定義される年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み:
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す方法に関する。
【００６６】
本発明の第1の態様では、基準濃度は、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた1つ以上のYKL−40基準濃度であってもよい。YKL−40基準濃度及び好適な基準濃度のさらなる詳細は、「基準濃度」と題する節に記載されている。好ましくは、前記1つ以上の基準濃度の1つは、健常者の血清又は血漿YKL−40濃度の95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値であってもよい。より好ましくは、前記1つ以上の基準濃度の1つは、ln（血漿YKL−40）=3．6＋0．02×年齢（歳）として定義される95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。あるいは、又はこれ加えて、前記1つ以上の基準濃度の1つは、好ましくは、健常者の血清又は血漿YKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値であってもよい。より好ましくは、前記1つ以上の基準濃度の1つは、ln（血漿YKL−40）=3．5＋0．02×年齢（歳）として定義される90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。従って、本発明の第1の態様のより好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、以下の年齢依存カットオフ値の1以上である。
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、及び
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）。
【００６７】
本発明の第1の態様では、消化管（GI）癌は、本願明細書に開示する任意の消化管癌又は消化管癌群であってもよい。好ましくは、消化管癌は、転移性膵臓癌及び／又は転移性結腸直腸癌等の転移性消化管癌から選択されてもよい。より好ましくは、消化管癌は、転移性膵臓癌等の転移性上部消化管癌から選択されてもよい。
【００６８】
本発明の第2の態様  −  重症度を分類するための方法
膵臓癌、胃癌又は胆道癌に罹患した患者（局所進行疾患に罹患した患者及び転移性疾患に罹患した患者）の多くは、診断時において、同一年齢の健常者と比較して高い血漿YKL−40濃度を有する。また、膵臓癌、胃癌又は胆道癌等の転移性上部消化管癌に罹患した患者は、膵臓癌、胃癌又は胆道癌等の局所進行上部消化管癌に罹患した患者と比較して高いYKL−40濃度を有することが判明している。さらに、上部消化管癌に罹患し、最も高いYKL−40濃度を有する患者の生存期間は最も短い（実施例3を参照）。
【００６９】
本発明の第2の態様は、患者が罹患した消化管癌、好ましくは上部消化管癌の重症度を分類するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記1つ以上の基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が前記消化管癌の重症度を示す方法に関する。
【００７０】
すなわち、測定された試料中のYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することによって消化管癌を分類し、YKL−40濃度が高い程、特定の消化管癌の重症度が高いと分類し、必要に応じて、開始、継続又は変更する療法の効能を高めなければならない。同様に、YKL−40濃度が低い程、消化管癌の重症度が低いと分類し、必要に応じて、開始、継続、終了又は変更する療法の効能を低めなければならない。
【００７１】
本発明の第2の態様では、基準濃度は、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた1つ以上のYKL−40基準濃度であってもよい。YKL−40基準濃度及び好適な基準濃度のさらなる詳細は、「基準濃度」と題する節に記載されている。好ましくは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、例えば、以下の表に記載する1組のYKL−40年齢依存カットオフ値である。
【００７２】
2012502285.tif 000002
【００７３】
あるいは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、例えば、以下に記載する1組のYKL−40年齢依存基準濃度である。
【００７４】
2012502285.tif 000003
【００７５】
本発明の第2の態様では、消化管（GI）癌は、本願明細書に開示する任意の消化管癌又は消化管癌群であってもよい。消化管癌は、膵臓癌及び結腸直腸癌からなる群から選択されてもよい。本発明の第2の態様の一実施形態では、消化管癌は上部消化管癌であり、より好ましくは、上部消化管癌は膵臓癌である。
【００７６】
測定した試料中のYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、消化管癌の分類が提供され、また必要に応じて療法を開始、継続、終了又は変更するための証拠が得られる。
【００７７】
疾患の重症度の分類に関する本発明の第2の態様における基準濃度は、本願明細書に記載するいずれかの基準濃度又は以下に記載する基準濃度であってもよい。前記方法の特定の実施形態は、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、前記患者について過去に測定したYKL−40濃度である1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度は、当該疾患又は障害がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度は、前記疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移したことを示す。
【００７８】
本発明の第2の態様の好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は年齢調整されている。好ましくは、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度は、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lを加えることによって年齢調整し、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lを加えることによって年齢調整することができる。このような年齢調整基準濃度は、例えば、過去に得た基準濃度が3年以上、例えば5年以上、8年以上又は10年以上前のものである場合に適している。例えば、過去に得た基準濃度が10年よりも前に得たものである場合である。
【００７９】
一実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度（同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度）は、疾患又は障害の診断後に測定したYKL−40濃度である。この場合、疾患の重症度（疾患の重症度の上昇又は低下）を監視するために前記方法を使用することができる。
【００８０】
1つ以上の基準濃度に対する試料中のYKL−40濃度の上昇を判定することにより、重症度の変化が生じたか否かを判定することができる。本発明の第2の態様の一実施形態では、YKL−40基準濃度の少なくとも1．20倍、より好ましくは少なくとも1．25倍、例えば1．30倍又は1．40倍、さらに好ましくは少なくとも1．50倍、例えば1．60倍又は1．70倍又は1．75倍、さらに好ましくは少なくとも1．75倍、例えば1．80倍又は1．90倍又は2倍、最も好ましくは少なくとも2倍、例えば2．10倍又は2．20倍又は2．25倍又は2．50倍に上昇した試料中のYKL−40濃度は、疾患又は障害がより重症度の高い段階に進んだことを示す。算出例については上記を参照されたい。本発明の第2の態様のより好適な実施形態では、YKL−40基準濃度に対して109％以上の割合で上昇した試料中のYKL−40濃度は、疾患又は障害がより重症度の高い段階に進んだことを有意に示す。
【００８１】
同様に、本発明の第2の態様に係る疾患又は障害の重症度の分類は、1つ以上の基準濃度に対する試料中のYKL−40濃度の低下を判定することによって行うことができる。一実施形態では、YKL−40基準濃度の少なくとも0．80倍、より好ましくは少なくとも0．70倍、さらに好ましくは少なくとも0．60倍、さらに好ましくは少なくとも0．50倍、最も好ましくは少なくとも0．48倍、例えば0．45倍又は0．43倍又は0．40倍又は0．38倍に低下した試料中のYKL−40濃度は、疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移したことを示す。算出例については「基準濃度」と題する節を参照されたい。本発明の第2の態様のより好適な実施形態では、YKL−40基準濃度に対して52％以上の割合で低下した試料中のYKL−40濃度は、疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移したことを有意に示す。
【００８２】
本発明の第3の態様  −  療法を決定するための方法
「背景技術」の節に記載したように、KRAS変異型患者はEGFR阻害剤による治療に応答を示さないため、KRASの突然変異状態を判定することにより、EGFR阻害剤に応答を示さない患者を選別することができることが判明している。同様に、BRAFの突然変異状態によってEGFR阻害剤に対する応答性を予測できることが判明している。しかしながら、これらの知見は、BRAF及びKRASの突然変異を有しないにも関わらずEGFR阻害剤による治療に応答を示さない残りの約40％の患者群については考慮に入れていない。従って、これらの生物学的薬剤によって治療するべき正しい患者群を選択することは医学的及び経済的に有益であるため、そのような治療が有効な（そのような治療に応答を示す）患者群を決定するためのさらなるバイオマーカーを発見することが求められている。
【００８３】
本発明の一つの目的は、治療前YKL−40濃度を使用して特定の治療が消化管癌に罹患した患者に有効であるか否かを評価することにある。発明の第3の態様の一実施形態では、工程i）における測定を治療の開始前に行う（治療前濃度）。治療前濃度としての低いYKL−40濃度（1つ以上の基準濃度よりも低いYKL−40濃度）は、異なる種類の化学療法及び生物製剤に対する応答性を示し、生物学的薬剤、好ましくはEGFR阻害剤（より好ましくはセツキシマブ）による治療が患者に有効であるか否かを示す。消化管癌は任意の消化管癌であってもよく、好ましくは転移性結腸直腸癌であってもよい。治療前YKL−40濃度の使用は、化学療法未治療患者又は過去に化学療法剤による治療を受けた患者に適しており、KRAS状態、年齢、性別、一般状態及び血清CEAに依存しない。
【００８４】
また、化学療法未治療患者の場合には、治療前YKL−40濃度及び治療期間（例えば約4週間）後のYKL−40濃度が、化学療法又は生物学的薬剤、好ましくは生物学的治療、より好ましくはEGFR阻害剤による治療、さらに好ましくはセツキシマブによる治療が、患者に有効であるか否かを判断するために適している。過去に化学療法剤による治療を受けた患者の場合には、治療前YKL−40濃度（新たな治療薬による治療前の濃度）（例えば、生物学的薬剤による治療の開始前に測定したYKL−40濃度）が、新たな化学療法又は上述したような生物学的薬剤による治療が患者に有効であるか否かを判断するために特に適している。
【００８５】
本発明の第3の態様は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上の年齢調整YKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記比較に基づいて療法の開始、継続、終了又は変更を決定する方法に関する。前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、本願明細書（特に「基準濃度」と題する節）に記載する基準濃度であってもよい。
【００８６】
本発明の第3の態様のより好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、以下に定義される年齢依存カットオフ値の1つ以上である。
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【００８７】
本発明の第3の態様のより好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、以下に定義される年齢依存カットオフ値の1つ以上である。
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、及び
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）。
【００８８】
前記方法は、例えば、化学療法剤、放射線治療及び／又は生物学的物質等の療法、好ましくは、化学療法剤及び／又は上皮成長因子受容体（EGFR）阻害剤又は血管内皮成長因子（VEGF）阻害剤等の生物学的物質等の療法を開始、継続、終了又は変更するか否かを決定するために使用することができる。
【００８９】
本発明の第3の態様の一実施形態は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも低い場合は前記患者がEGFR阻害剤又はVEGF阻害剤等の生物学的薬剤による治療に応答を示す傾向があると判定し、それに基づいて前記療法を開始するか否かを決定する方法に関する。生物学的薬剤は本願明細書に開示する生物学的薬剤であってもよく、好ましくはセツキシマブであってもよい。前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、本願明細書（特に「基準濃度」と題する節）に記載する基準濃度であってもよい。好ましくは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、健常者のYKL−40濃度の年齢補正90パーセンタイル値、好ましくは95パーセンタイル値であってもよい。例えば、実施例5（例えば表7及び表8）に見られるように、セツキシマブによる治療に実際に応答する患者を特定するためにYKL−40濃度を使用することができる。
【００９０】
より具体的には、前記方法は、例えば、消化管癌に罹患した化学療法未治療患者に対して、生物学的薬剤による治療等の特定の治療を開始するか否かを決定するために使用することができる。化学療法未治療患者の治療前YKL−40濃度を測定し、治療前YKL−40濃度を1つ以上の基準濃度と比較することにより、測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高いか又は低いかを判定することができる。測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも低い場合には、患者は生物学的薬剤による特定の治療に応答を示す傾向がある可能性があり、治療を開始することができる。一方、測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、患者が前記特定の生物学的治療に応答を示す可能性は低く、リスク・ベネフィット比は、生物学的薬剤のみによる治療を開始すること又は生物学的薬剤による治療を開始することを否定するものとなる。従って、測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、生物学的薬剤のみによる治療の代わりに、好ましくは、生物学的薬剤と1以上の化学療法剤との組合せによる治療を開始することができる。あるいは、測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、生物学的薬剤による前記特定の治療をそもそも開始しない。
【００９１】
本発明の第3の態様の一実施形態は、化学療法未治療患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記比較に基づいて開始すべき療法を決定する方法に関する。前記療法は、好ましくは生物学的物質による療法であり、より好ましくはEGFR阻害剤又はVEGF阻害剤による療法であり、さらに好ましくはセツキシマブ、パニツムマブ、ザルツムマブ又はエルロチニブ等のEGFR阻害剤による療法である。より具体的には、測定したYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度よりも低い場合には、生物学的物質を含む療法を開始し、測定したYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、化学療法等の1以上の別の療法と組み合わせて生物学的物質を含む療法を開始するか、生物学的物質を含む療法をそもそも開始しない。好ましくは、前記1以上の基準濃度は、健常者のYKL−40濃度の年齢補正90パーセンタイル値、好ましくは95パーセンタイル値であってもよい。
【００９２】
あるいは、本発明の第3の態様に係る方法は、例えば、既に治療を受けている患者、好ましくは、既に化学療法剤による治療を受けている患者、より好ましくは、既に一次、二次又は三次化学療法剤による治療を受けている患者に対して、生物学的薬剤による特定の治療を開始するか否かを決定するために使用することができる。既に治療を受けている患者のYKL−40濃度を測定し、測定したYKL−40濃度を1つ以上の基準濃度と比較することにより、測定した濃度が1つ以上の基準濃度よりも高い又は低いかを判定することができる。測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも低い場合には、患者は、必要に応じて1以上の化学療法剤と組み合わせて使用する、例えば、上皮成長因子受容体（EGFR）阻害剤及び血管内皮成長因子（VEGF）阻害剤、好ましくは、セツキシマブ、パニツムマブ、ザルツムマブ又はエルロチニブ等のEGFR阻害剤からなる群から選択される生物学的薬剤による特定の治療に応答を示す傾向がある可能性があり、従って治療を開始することができる。一方、測定した濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、患者が前記特定の生物学的治療に応答を示す可能性はより低く、リスク・ベネフィット比は、前記生物学的治療の開始を否定するものとなる。このシナリオは実施例4に記載されている。実施例4では、生物学的薬剤はセツキシマブであり、患者は、かなりの化学療法剤による治療を既に受けており、転移性結腸直腸癌（mCRC）に罹患している。
【００９３】
本発明の第3の態様の別の実施形態は、化学療法剤による治療を既に受けている患者における消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも低い場合は前記患者がEGFR阻害剤又はVEGF阻害剤等の生物学的薬剤による治療に応答を示す傾向があると判定し、それに基づいて前記療法を開始するか否かを決定する方法に関する。前記療法は、好ましくはEGFR阻害剤又はVEGF阻害剤による療法であり、より好ましくはセツキシマブ、パニツムマブ、ザルツムマブ又はエルロチニブ等のEGFR阻害剤による療法であり、さらに好ましくはセツキシマブによる療法である。より特定的には、測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の基準濃度よりも高い場合には、生物学的薬剤による療法を開始しない。
【００９４】
従って、患者が所定の治療計画に応答するか否か、より好ましくは、患者がEGFR阻害剤による治療に応答を示す傾向があるか否かを判断するためにYKL−40濃度を有利に使用することができる。EGFR阻害剤に関しては、治療計画は、患者が化学療法未治療であるか又は化学療法剤による治療を受けているか、及び、YKL−40濃度が1つ以上のYKL−40基準濃度よりも高いか又は低いかに応じて選択する。
【００９５】
本発明の第3の態様及びその実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、本願明細書（特に「基準濃度」と題する節）に記載する基準濃度であってもよい。好ましくは、前記1つ以上の基準濃度は、健常者のYKL−40濃度に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、前記1つ以上の基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。適切なカットオフ値を決定する場合には、患者を誤って含めたり誤って除いたりするリスクを考慮に入れる必要がある。従って、特定の生物学的薬剤による治療に応答を示す傾向がある患者の大部分を含めるためには、1つ以上の好ましいカットオフ値の1つは健常者について測定した90パーセンタイル値にするが、より限定的なカットオフ値は健常者について測定した95パーセンタイル値である。
【００９６】
好ましくは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、例えば、以下の表で定義される1組のYKL−40年齢依存カットオフ値である。
【００９７】
2012502285.tif 000004
【００９８】
あるいは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、例えば、以下に記載する1組のYKL−40年齢依存基準濃度である。
【００９９】
2012502285.tif 000005
【０１００】
本発明の第3の態様では、消化管（GI）癌は、本願明細書に記載する任意の消化管癌又は消化管癌群であってもよい。好ましくは、消化管癌は、転移性結腸直腸癌及び膵臓癌からなる群から選択されてもよく、より好ましくは転移性結腸直腸癌である。
【０１０１】
治療計画を選択する前のYKL−40濃度の測定（化学療法未治療患者の場合には治療前濃度と呼ばれる）に加えて、一定の治療期間後にYKL−40濃度を測定することが有利である。この治療期間は、当該治療の内容及び予想応答時間等の要因に応じて異なる。好ましくは、2週間以上、例えば3週間以上、4週間以上又は5週間以上の治療後にYKL−40濃度を測定することができる。より好ましくは、約4週間の治療後にYKL−40濃度を測定することができる。これは、例えば、患者が生物学的薬剤及び／又は化学療法剤による治療を受けている場合に好適である。
【０１０２】
従って、本発明の第3の態様に係る方法は、
iii）一定の治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
iv）前記YKL−40濃度を前記工程i）で得られたYKL−40濃度と比較することをさらに含むことができ、
前記工程iii）で測定したYKL−40濃度が前記工程i）で得られたYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、前記工程iii）で測定したYKL−40濃度が前記工程i）で得られたYKL−40濃度よりも高い場合は前記患者が前記治療に応答を示さない可能性があることを示す。
【０１０３】
例えば、測定したYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度よりも高い場合において、消化管癌を患う化学療法未治療患者又は化学療法治療患者の治療を開始する場合には、一定の治療期間（例えば、約1週間、約2週間、約3週間、約4週間又は約5週間）後又は治療期間中の4週間又は8週間毎に治療を再評価することができる。測定したYKL−40濃度が以前に測定した濃度以下の場合には、患者は開始した治療に応答を示すか、又は疾患が安定していると判断することができ、治療を有利に継続することができる。一方、YKL−40濃度が以前に測定した濃度と比較してさらに上昇した場合には、患者は開始した治療に応答を示さないと判断することができ、治療を終了するか、別の治療に変更することができる。
【０１０４】
上述したように、患者が所与の治療に応答を示すか否かを特定するためにYKL−40濃度を使用することができ、従って、本発明の別の態様は、患者が罹患した消化管癌に対する療法の効果を判定するための方法であって、
i）一定の治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度と比較することを含み、
前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記工程ii）における1つ以上の過去のYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、また、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が前記工程ii）における1つ以上の過去のYKL−40濃度を超えている場合は前記患者が前記治療に応答しない可能性があることを示す方法に関する。本発明の本態様においても、本発明の第3の態様について述べたように、「基準濃度」と題する節に記載する基準濃度を使用することができる。本態様には、本発明の第3の態様について説明した内容が必要な変更を加えた上で当てはまる。
【０１０５】
好ましくは、前記工程i）における測定は、治療の開始後、例えば、少なくとも2週間の治療後、好ましくは、少なくとも4週間の治療後、例えば、少なくとも6週間の治療後、より好ましくは、少なくとも2ヵ月の治療後、例えば、少なくとも3ヵ月、少なくとも4ヵ月、少なくとも5ヵ月又は少なくとも6ヵ月の治療後に行う。YKL−40濃度は、治療期間において、治療計画に応じて例えば2週間又は1ヵ月毎に継続的に測定することができる。前記工程i）における測定は、治療終了後、例えば経過観察期間に定期的に行うことができる。経過観察期間における測定は、例えば、1ヵ月、2ヵ月又は3ヵ月毎に行うことができる。
【０１０６】
治療に対する応答は、好ましくは≦1の比率（測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の過去の濃度以下）で示され、≦1という比率は、1倍（例えば、0．90倍への低下）に対応する（「倍」の概念については「基準濃度」と題する節を参照）。比率又は倍率が低い程、患者が治療に応答しているというより強い徴候であり、予後がより良好となる。同様に、患者が治療に応答を示さない場合は1>の比率（測定したYKL−40濃度が前記1つ以上の過去の濃度よりも高い）で示され、1>という比率は、>1倍（例えば、1．10倍への上昇）に対応する（「基準濃度」と題する節を参照）。比率又は倍率が高い程、患者が治療に応答しないというより強い徴候である。「基準濃度」と題する節における倍率の上昇又は低下についての記載は、必要な変更を加えた上で本態様に当てはまる。
【０１０７】
また、本態様には、本発明の第3の態様について説明した内容が必要な変更を加えた上で当てはまる。基準濃度については、「基準濃度」と題する節に詳細に記載されている。
【０１０８】
また、YKL−40濃度は、CTスキャン、PET／CTスキャン、MRIスキャン又は超音波等の従来の監視及び／又は経過観察手順に関連して簡便に測定することができ、監視マーカーとして貢献できる。この場合、本発明の第3の態様の工程iii）又は本態様の工程i）における治療期間は、治療終了後の期間である。
【０１０９】
また、患者を監視するもう一つの方法は、特定の治療時又は特定の治療後に予後を判定することである。従って、本発明の別の態様は、消化管癌に罹患し、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を受けている患者の予後を判定するための方法であって、
i）一定の治療期間後に前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、当該特定の治療計画中又は治療計画後の前記消化管癌の進行を示し、従って予後を示す方法に関する。より具体的には、生存予後、例えば、月数（例えば、3ヵ月、6ヵ月、8ヵ月、10ヵ月、12ヵ月、14ヵ月又は16ヵ月超）で表される生存予後を判定する。
【０１１０】
好ましくは、前記工程i）における測定は、少なくとも2週間の治療後、より好ましくは少なくとも4週間の治療後、例えば少なくとも6週間の治療後に行うことができる。前記工程i）における測定は、治療期間において、例えば2週間、3週間、1ヵ月又は2ヵ月毎に継続的に行うことができる。あるいは、前記工程i）における測定は、治療終了後、例えば、治療終了後少なくとも2週間が経過した後、好ましくは治療終了後少なくとも4週間が経過した後、例えば、治療終了後少なくとも6週間が経過した後に行うことができる。
【０１１１】
本発明の方法はさらに、治療終了後に患者を監視するために使用することができる。特定の消化管癌に応じて、例えば、治療終了後の1年間又は5〜10年間の経過観察期間において患者を継続的に監視することが適切な場合がある。経過観察期間においてYKL−40濃度を測定することにより、再発を診断したり、予後を判定したり、新たな治療を開始したり、治療を再び行うことができる。これにより、患者に対して最良の治療を行うことができる。
【０１１２】
本発明の前記方法のより具体的な好適な実施形態は、
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記1つ以上の基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、特定の治療計画中又は特定の治療計画後の前記消化管癌の進行、従って前記予後を示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す方法に関する。
【０１１３】
本態様には、本発明の第3の態様について説明した内容が必要な変更を加えた上で当てはまる。基準濃度については、「基準濃度」と題する節に詳細に記載されている。
【０１１４】
本発明の第3の態様は、以下のように記載することもできる。すなわち、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較し、
iii）1以上の所定の段階への前記消化管癌の進行を推測することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行を示し、従って、開始、継続又は変更する前記療法を示す方法。
【０１１５】
前記方法のより具体的な実施形態は、患者が罹患した消化管癌に対する療法を決定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を、前記患者について過去に測定したYKL−40濃度である1つ以上のYKL−40基準濃度と比較し、
iii）1以上の所定の段階への前記消化管癌の進行を推測することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行を示し、従って、開始、継続又は変更する前記療法を示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進み、従って例えば、より効能の高い療法を開始する必要があることを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移し、従って前記消化管癌は前記療法に応答し、例えば、前記療法を継続することができるか、又はより効能の低い療法を開始する必要があることを示す方法に関する。
【０１１６】
本発明の第4の態様  −  治療を監視するための方法
本発明の第4の態様は、患者が罹患した上部消化管癌に対する、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法に関する。該監視は、前記患者の血漿YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することによって行う。基準濃度は、同一年齢の健常者について測定したYKL−40濃度であってもよく、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であってもよい。基準濃度が同一の患者について過去に測定したYKL−40濃度である場合には、例えば、消化管癌の発病前に測定したYKL−40濃度、治療前濃度として測定したYKL−40濃度、一定の治療期間後に測定したYKL−40濃度又は治療期間終了後に測定したYKL−40濃度であってもよい。従って、本発明の一つの目的は、YKL−40濃度を使用して、特定の治療計画中又は特定の治療計画後に消化管癌の進行を監視すること、従って患者に対して行われる特定の治療を監視することにある。
【０１１７】
低いYKL−40濃度（すなわち、1つ以上の基準濃度よりも低いYKL−40濃度）は、化学療法、放射線治療、生物製剤又はそれらの組み合わせ等の治療に対する応答性を示し、治療が患者に有効であるか否かを示す。
【０１１８】
治療計画を選択する前のYKL−40濃度の測定に加えて、一定の治療期間後にもYKL−40濃度を測定することが有利であり得る。この治療期間は、治療の内容及び予想応答時間等の要因に応じて異なる。好ましくは、2週間以上、例えば3週間以上、4週間以上又は5週間以上の治療後にYKL−40濃度を測定することができる。より好ましくは、約4週間の治療後にYKL−40濃度を測定することができる。これは、例えば、患者が生物学的薬剤及び／又は化学療法剤による治療を受けている場合に好適である。
【０１１９】
例えば、測定したYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度よりも高い場合に消化管癌に対する治療を開始する場合には、一定の治療期間（例えば、約1週間、約2週間、約3週間、約4週間又は約5週間）後又は治療期間中の4週間又は8週間毎に治療を評価することができる。測定したYKL−40濃度が過去に測定した濃度以下の場合には、患者は開始した該治療に応答を示すか、疾患が安定していると判断することができ、治療を有利に継続することができる。一方、YKL−40濃度が過去に測定した濃度と比較してさらに上昇した場合には、患者は開始した治療に応答を示さないと判断することができ、治療を終了するか、別の治療に変更することができる。
【０１２０】
また、前記消化管疾患の治療を監視する方法は、CTスキャン、PET／CTスキャン、MRIスキャン又は超音波等の従来の監視及び／又は経過観察手順に関連して簡便に使用することができ、これにより監視マーカーとして貢献できる。この場合、治療期間は治療終了後の期間であってもよい。
【０１２１】
本発明の第4の態様は、患者が罹患した消化管癌に対する治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記1つ以上の基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定する方法に関する。
【０１２２】
本発明の第4の態様の好適な実施形態は、患者が罹患した上部消化管癌に対する、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記1つ以上の基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定する方法に関する。
【０１２３】
本発明の第4の態様では、基準濃度は、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた1つ以上のYKL−40基準濃度であってもよい。YKL−40基準濃度及び好適な基準濃度のさらなる詳細は、「基準濃度」と題する節に記載されている。好ましくは、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の一つは、同一の患者について過去に測定したYKL−40濃度であってもよい。このYKL−40濃度は、本願明細書に定義する治療前濃度であってもよく、現在の治療の途中に同一の患者について測定したYKL−40濃度であってもよい。
【０１２４】
具体的には、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が同一の患者について過去に測定したYKL−40濃度以下の場合は前記治療への応答があることを示し、前記工程i）で測定したYKL−40濃度が同一の患者について過去に測定したYKL−40濃度よりも高い場合は前記患者が前記治療に応答を示さない可能性があることを示す。治療に対する応答が有る場合には、治療計画を継続することができ、患者が治療に応答を示さない場合には、治療計画を補充又は変更する（別の治療と組み合わせて進行中の治療を継続する場合を含む）必要がある。
【０１２５】
前記方法を、消化管癌の再発又は進行を発見するために治療終了後の継続的な監視方法として使用する場合には、YKL−40濃度は、最初の1〜2年間は頻繁（例えば、2週間毎、3週間毎、4週間毎、5週間毎、6週間毎、7週間毎又は8週間毎）に測定することが好ましく、1〜2年間経過後は、より長い間隔（例えば、2ヵ月毎、3ヵ月毎、4ヵ月毎、5ヵ月毎又は6ヵ月毎、好ましくは3〜6ヵ月毎、より好ましくは4ヵ月毎）で、外来及びスキャン等の経過観察処置に関連してYKL−40濃度を測定することができる。
【０１２６】
本発明の第4の態様の特定の実施形態は、患者の上部消化管癌に対する、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度は、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す方法に関する。
【０１２７】
実施例3は、治療（化学療法）開始から4週間後に測定したYKL−40濃度又は化学放射線療法の終了から4〜6週間後に測定したYKL−40濃度と全生存期間との相関に関する。この場合、全生存期間は消化管癌の重症度の尺度である。
【０１２８】
本発明の第4の態様のより具体的な実施形態は、患者が罹患した上部消化管癌に対する、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ（例えば、進行中の療法よりも効能の高い療法を開始する必要がある）ことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移し、従って前記療法に応答し、前記療法を継続することができる、例えば進行中の療法よりも効能の低い療法を開始する必要があることを示す方法に関する。
【０１２９】
消化管癌は、局所又は転移性上部消化管癌等の任意の上部消化管癌であってもよい。好ましくは、消化管癌は、食道癌、胃癌、膵臓癌及び胆道癌からなる群から選択される上部消化管癌あってもよく、より好ましくは膵臓癌である。
【０１３０】
治療は、例えば、転移性消化管癌の一次、二次又は三次治療又は局所消化管癌の補助療法等の消化管癌の任意の治療（化学療法剤、放射線治療、生物製剤又は手術）であってもよい。治療は、好ましくは、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、より好ましくは化学療法剤及び放射線治療からなる群から選択される。
【０１３１】
本発明の第3及び第4の態様の特定の実施形態は、化学療法剤、放射線治療又は生物製剤（生物学的物質）による治療中の消化管癌の監視に関する。より具体的な実施形態は、化学療法剤による治療時の消化管癌の監視に関する。
【０１３２】
また、患者の監視は、特定の治療時又は特定の治療後に予後を判定することによっても行うことができる。従って、本発明の別の態様は、上部消化管癌に罹患し、化学療法剤、生物学的薬剤、放射線治療及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療を受けている患者の予後を判定するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記特定の治療計画中又は特定の治療計画後の前記消化管癌の進行を、従って予後を示す方法に関する。より具体的には、生存予後、例えば、月数（例えば、3ヵ月、6ヵ月、8ヵ月、10ヵ月、12ヵ月、14ヵ月又は16ヵ月を超える）で表される生存予後を判定する。
【０１３３】
工程i）における測定は、好ましくは治療の開始後に行うことができる。好ましくは、工程i）における測定は、少なくとも2週間の治療後、より好ましくは少なくとも4週間の治療後、例えば少なくとも6週間の治療後に行う。工程i）における測定は、治療期間において、例えば2週間、3週間、1ヵ月又は2ヵ月毎に継続的に行うことができる。あるいは、前記工程i）における測定は、治療終了後、例えば、治療終了後少なくとも2週間が経過した後、好ましくは治療終了後少なくとも4週間が経過した後、例えば、治療終了後少なくとも6週間が経過した後に行うことができる。
【０１３４】
本発明の方法は、治療終了後に患者を監視するために使用することができる。特定の消化管癌に応じて、例えば、治療終了後の1年間又は5〜10年間の経過観察期間において患者を継続的に監視することが適切な場合がある。経過観察期間においてYKL−40濃度を測定することにより、再発を診断したり、予後を判定したり、新たな治療を開始したり、治療を再び行うことができる。これにより、患者に対して最良の治療を行うことができる。
【０１３５】
本発明の前記方法のより具体的な好適な実施形態は、
前記1つ以上のYKL−40基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記1以上の基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、特定の治療計画中又は特定の治療計画後の前記消化管癌の進行、従って前記予後を示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す方法に関する。
【０１３６】
本態様には、本発明の第4の態様について説明した内容が必要な変更を加えた上で当てはまる。基準濃度については、「基準濃度」と題する節に詳細に記載されている。
【０１３７】
本発明のさらなる態様
また、本発明の第5の態様は、患者の消化管癌の療法を決定する、及び／又は治療を監視するための器具であって、試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、前記測定したYKL−40濃度を、以下の年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、を含む器具に関する。
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【０１３８】
また、本発明の第6の態様は、部品のキットであって、
i）試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、
ii）前記測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、
iii）前記試料を提供した患者の年齢に応じて前記YKL−40基準濃度を年齢調整する方法に関する使用説明書と、を含むキットに関する。
【０１３９】
本発明の別の態様は、消化管癌の重症度を分類するためのバイオマーカーとしてのYKL−40の使用に関する。本発明の本態様の詳細については、上述した本発明の方法の説明から明らかだろう。従って、本発明の方法と関連して記載するあらゆる特徴は、必要な変更を加えた上で消化管癌の重症度を分類するためのバイオマーカーとしてのYKL−40の使用にも当てはまる。
【０１４０】
本発明のさらに別の態様は、本願明細書（特に本発明の第3の態様）に記載されているように、EGFR阻害剤及び／又はVEGF阻害剤等の生物学的物質による消化管癌の治療を開始するか否かを決定するためのバイオマーカーとしてのYKL−40の使用に関する。従って、本発明の第3の態様と関連して記載するあらゆる特徴は、必要な変更を加えた上で治療を開始するか否かを決定するためのバイオマーカーとしてのYKL−40の使用にも当てはまる。
【０１４１】
消化管癌
消化管は口から肛門までつながっており、食道、胃、小腸、大腸（結腸及び直腸）を含む。消化管癌は消化管の悪性疾患（症状）であり、食道、胃、肝臓、胆管系、膵臓、腸、肛門を含む消化管の任意の部分に影響を与え得る。
【０１４２】
消化管（GI）癌は、欧州及び米国で最もよく見られる癌の1つである。消化管癌の半分以上は結腸に生じ、食道癌、胃癌、膵臓癌がそれに続く。胃癌は、おそらくは食事に起因して日本と韓国で非常に多く見られる。本発明の目的は、消化管癌に罹患した個体のYKL−40濃度を測定し、測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度に関連付けることにより、該疾患の診断を補助し、疾患の重症度を分類を助け、究極的には、個体のYKL−40濃度を監視することによって最良の初期治療及び経過観察治療を選択する助けとなる方法を提供することにある。
【０１４３】
消化管癌は、消化管のあらゆる部分において生じ得る。消化管は、消化管、附属部分及び腹膜という3つの主要な部分からなる。消化管部分は上部及び下部消化管を含み、附属部分は肝臓、胆のう、輸胆管、膵を含み、腹膜は腹腔の膜である。
【０１４４】
本発明の一つの目的は、治療前、治療中又は治療後に、患者において消化管癌を診断する及び／又は消化管癌の重症度を分類する、及び／又は消化管癌に対する治療を決定する、及び／又は消化管癌に対する治療を監視する、及び／又は消化管癌の進行を監視することであり、ここで、1つ以上の基準濃度よりも高いYKL−40濃度は治療の必要性を示し、及び／又は前記比較から前記消化管癌の重症度を推測する。
【０１４５】
消化管癌は、上部消化管癌及び下部消化管癌に分けられ、上部消化管癌は、食道癌、胃癌、膵臓癌、胆道癌を含む。過去30年間において、上部消化管癌の人口統計は著しく変化してきた。食道扁平上皮癌（通常は食道中部3分の1に発症）及び遠位胃癌の発症は減少しており、食道腺癌（通常は食道下部3分の1に発症）及び近位胃癌の発症は（特に男性において）増加している。肥満及び慢性胃食道逆流が発症の増加に関係付けられている。食道癌及び胃癌によって毎年100万人を超える人々が死亡している。上部消化管癌は予後が非常に不良であるため、これらの癌の病因の発見並びに早期検出方法の改善が非常に重要である。
【０１４６】
上部消化管癌の唯一の潜在的な治癒的治療は手術である。膵臓癌に罹患した患者の85％は診断時に既に局所的に進行した疾患又は転移性疾患に罹患しており、生存期間の中央値はわずか6ヵ月であり、1年後の生存率は10％未満であることは、大きな問題である。胃癌又は胆道癌に罹患した患者の場合には、多くの患者は診断時に重症度が低く、外科手術が成功する見込みもそれに応じて高いため、生存率は上昇傾向にある。しかしながら、1年後の生存率は50％未満である（米国では5年後の生存率は24％）（欧州137．9／171、EU65／90）（30−32）。大きな手術を行うことができない患者にとっての治療オプションは放射線療法又は化学療法であるが、それらの応答率は低い（非特許文献33−35）。将来的にはより効果的な化学療法又は新たな生物学的治療が見出される可能性はあるが、上部消化管癌に罹患した患者の生存率を向上させる最良の方法は、患者を早期に診断し、患者にとって最良の治療を決定することである。新たなバイオマーカーを特定することはこの方向への一ステップとなる。
【０１４７】
下部消化管癌はあらゆる腸の癌（小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、肛門癌）を含む。腸（結腸直腸）癌は、癌関連死亡の（肺癌に続く）第2の原因であり、先進国では人口の6％が罹患し、約3％がこれで死亡している。先進国では全ての死亡の約25％が癌によって引き起こされており、腸癌がその12．5％を占めている。なお、「腸癌」及び「結腸直腸癌」という用語は互換的に使用する。
【０１４８】
本願明細書において、消化管癌は、特記しない限りいかなる消化管癌でもあり得、例えば、局所増殖や転移をしていない局所消化管癌（原発性癌）、局所進行消化管癌及び転移性消化管癌からなる群から選択することができる。
【０１４９】
消化管間葉系腫瘍（GIST）は上部及び下部消化管の両方において見られる癌である。上部及び下部消化管という分類系から外れる消化管癌としては、腹膜癌及び肝臓癌が挙げられる。本発明の一つの目的は、治療前、治療中又は治療後に、患者が罹患したGIST、腹膜癌及び／又は肝臓癌等の消化管癌の重症度を分類する、及び／又は患者が罹患した消化管癌に対する治療を選択する、及び／又は患者が罹患した消化管癌の進行を監視することであり、ここで、基準濃度よりも高いYKL−40濃度が治療の必要性を示し、及び／又は前記比較から前記消化管癌の重症度を推測する。本発明の一実施形態では、消化管癌は、好ましくはGIST、腹膜癌及び／又は肝臓癌の1以上であり、より好ましくはGISTである。
【０１５０】
ほとんどの消化管癌は、たとえ特定の体内区画における癌であっても、いくつかのサブタイプの内の1つであり得る。通常、消化管癌のサブタイプは癌が発生する組織に関連付けられる。最も典型的な消化管癌は扁平上皮癌及び腺癌である。従って、本発明の一つの目的は、治療前、治療中又は治療後に、患者において扁平上皮癌及び／又は腺癌等の消化管癌を診断する、及び／又は該消化管癌の重症度を分類する、及び／又は該消化管癌に対する治療を決定する、及び／又は該消化管癌に対する治療を監視する、及び／又は該消化管癌の進行を監視することであり、ここで、1つ以上の基準濃度よりも高いYKL−40濃度は治療の必要性を示し、及び／又は前記比較から前記消化管癌の重症度を推測する。好ましくは、消化管癌は腺癌であってもよい。
【０１５１】
本発明に係る方法の一実施形態は、1以上の上部消化管癌である消化管癌に関し、前記1以上の上部消化管癌は、好ましくは食道癌、胃癌、膵臓癌、胆道癌からなる群から選択され、より好ましくは膵臓癌である。本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記上部消化管癌は転移性上部消化管癌であり、より好ましくは転移性膵臓癌である。
【０１５２】
本発明に係る方法の別の実施形態は、1以上の下部消化管癌である消化管癌に関し、前記1以上の下部消化管癌は、好ましくは小腸癌、十二指腸癌、虫垂癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、転移性結腸直腸癌、肛門癌からなる群から選択され、より好ましくは結腸直腸癌又は転移性結腸直腸癌であり、さらに好ましくは転移性結腸直腸癌である。
【０１５３】
YKL−40
YKL−40は、その3つのN末端アミノ酸であるチロシン（Y）、リジン（K）及びロイシン（L）並びに約40kDaの分子量に基づいて命名された。ヒトYKL−40の完全なアミノ酸配列（SEQ  ID  NO:2）及びコード配列（SEQ  ID  NO:1）は、ジェンバンク（GenBank）に寄託番号M80927として登録されている。ヒトYKL−40は383個のアミノ酸からなる単鎖ポリペプチドを含み、系統学的に高度に保存されたヘパリン及びキチン結合性血漿糖タンパク質である。ヒトYKL−40と他の数種の哺乳動物の相同体との配列同一性は、ブタ（配列同一性:84％）、ウシ（配列同一性:83％）、ヤギ（配列同一性:83％）、ヒツジ（配列同一性:83％）、モルモット及びラット（配列同一性:80％）、マウス（配列同一性:73％）である。YKL−40は哺乳動物キチナーゼ様タンパク質だが、キチナーゼ活性は有していない。正常なヒト単球ではインビトロにおいてYKL−40は発現しないが、マクロファージの分化後期では活性化単球及び好中球、血管平滑筋細胞、癌細胞及び関節炎軟骨細胞によってYKL−40の発現が強く誘起される。生体内では、YKL−40  mRNA及びタンパク質は、アテローム斑、巨細胞動脈炎に罹患した個体の関節炎、炎症を起こした滑膜、類肉腫病変及び腫瘍周囲マクロファージ等の、炎症に罹患した組織中のマクロファージ亜集団によって発現される（非特許文献36）。
【０１５４】
YKL−40の誘発及びその正確な機能を決定する分子過程は未知である。YKL−40は分泌タンパク質であり、YKL−40の作用部位は細胞外である可能性が最も高いことを示唆している。しかしながら、YKL−40に特異的な細胞表面受容体又は可溶性受容体はこれまで特定されていない。YKL−40は線維芽細胞及び軟骨細胞の成長因子であり、IGF−1と相乗効果的に作用し、TNF及びIL−6によって調節され、NF−kappaBの持続的活性化を必要とする。線維芽細胞のYKL−40処理はAKTのリン酸化によるTNF及びIL−1に対する炎症反応を抑制し、ASK1媒介性シグナリング経路を減衰させる。これにより、メタロプロテイナーゼ及びIL−8の発現レベルが減少する。また、YKL−40はI型、II型及びIII型コラーゲンに結合し、I型コラーゲン原線維の形成速度を調節する。これらは、YKL−40は炎症性環境において保護的な役割を果たし、細胞外マトリックスの劣化を制限し、組織リモデリングを制御することを示唆している。また、YKL−40は内皮細胞の化学誘因剤として作用し、内皮細胞の移動を促し、血管平滑筋細胞の移動及び付着を促進する。これは、YKL−40が血管新生において何らかの役割を果たすことを示唆している。また、YKL−40は線維芽細胞の成長因子であり、組織リモデリング時に細胞外マトリックスを保存する抗異化効果を有する。さらに、アテローム斑におけるマクロファージ（特に病巣に深く侵入したマクロファージ）はYKL−40mRNAを発現し、YKL−40の発現はアテローム性動脈硬化症の初期病変におけるマクロファージで最大となる。また、YKL−40の血漿中又は血清中濃度はいくつかの炎症性疾患において増加するため、YKL−40は急性期タンパク質とみなすことができる（非特許文献36）。
【０１５５】
YKL−40の生物学的作用を媒介する細胞受容体は知られていないが、細胞質シグナル伝達経路が活性化されることから、YKL−40が細胞膜上でシグナル伝達成分と相互作用することが示唆される。
【０１５６】
本発明の一つの目的は、YKL−40遺伝子のあらゆる転写産物を検出することにある。従って、YKL−40遺伝子の転写産物は、hnRNA、mRNA、完全長タンパク質、断片化タンパク質又はYKL−40タンパク質のペプチドであることができる。1以上のタンパク質、RNA転写物、フラグメント及び/又はペプチドを同時に検出することができると理解される。また、本発明の一態様は、利用可能なあらゆる手段、例えば、YKL−40タンパク質、フラグメント又はペプチドの抗体検出等のイムノアッセイ、及びRT-PCRによるRNA検出等のPCRアッセイによって転写産物を検出する。
【０１５７】
YKL−40の検出
本発明のペプチド及びポリヌクレオチドは、YKL−40の機能性誘導体、YKL−40ペプチド及びそれらをコードするヌクレオチドを含む。機能性誘導体とは、分子のフラグメント、変異体、類似化合物又は化学的誘導体を意味する。本発明のDNA塩基配列等の分子のフラグメントは、分子のヌクレオチドサブセットを含む。そのような分子の「変異体」とは、分子全体又はフラグメントと実質的に類似した自然発生分子を意味する。分子の「類似化合物」とは、分子全体又はフラグメントと実質的に類似した非天然分子を意味する。
【０１５８】
分子が他の分子と「実質的に類似している」とは、それらの分子のアミノ酸配列が実質的に同一であることを意味する。実質的に類似したアミノ酸分子は、類似した生物学的活性を有する。従って、2つの分子が類似した活性を有していれば、一方の分子の他方の分子に見られないアミノ酸残基をさらに含んでいるか、アミノ酸残基の配列が同一ではない場合でも、それらは本願明細書において使用する変異体であるとみなされる。
【０１５９】
また、ある分子が通常はその分子の一部ではない化学部位を含む場合、その分子は通常の分子の「化学的誘導体」であるという。そのような部位は、分子の溶解性、吸収率、生物学的半減期等を向上させることができる。あるいは、そのような部位は、分子の毒性を減少させるか、分子の望ましくない副作用等を防止又は弱めることができる。そのような作用を仲介することができる部位は、例えば、Remington’s  Pharmaceutical  Sciences，16th  Ed．，Mack  Publishing  Co．，Easton，Pa．，1980に開示されている。
【０１６０】
YKL−40一次アミノ酸配列が僅かに変化すると、YKL−40ペプチドと実質的に類似した活性を有するタンパク質及びぺプチドが得られる場合がある。そのような変化は、意図的（部位特異的突然変異誘発等）又は自発的であることができる。YKL−40の生物学的活性が存在している限り、それらの変化によって生成されるあらゆるペプチドは本願明細書に含まれるものとする。また、1以上のアミノ酸の欠失により、生物学的活性を大きく変化させることなく分子の構造を変化させることができる。これにより、より広い有用性を有するより小さな活性分子を得ることができる。例えば、酵素が所望の触媒又は抗原活性を発揮するためには必要ではないアミノ又はカルボキシ末端アミノ酸を除去することができる。
【０１６１】
以下に説明する本発明の免疫検定法及び治療方法では、ポリクローナル又はモノクローナル抗体を使用することができる。いくつかの抗YKL−40抗体が市販されており、本願明細書に記載する方法又は公知の方法によって得ることもできる。ポリクローナル抗体は、実質的に純粋なYKL−40又は抗原性YKL−40ペプチドを適当なヒト以外の哺乳動物に皮下又は筋肉内注射することによって得ることができる。YKL−40ペプチドの抗原性は従来の方法によって決定することができ、ペプチドで免疫された動物の抗体反応の大きさを決定することができる。通常、抗YKL−40抗体を得るために使用されるYKL−40ぺプチドは、YKL−40に対して比較的高い親和性を有する、高力価抗体を生成させるものとする。本発明の一実施形態では、ディップスティックを使用してYKL−40濃度を測定する。
【０１６２】
必要に応じて、免疫用ペプチドは、周知の方法を使用して担体タンパク質に結合させることができる。化学的にペプチドを結合させる通常使用される担体としては、スカシガイヘモシアニン（KLH）、チログロブリン、ウシ血清アルブミン（BSA）、破傷風トキソイドが挙げられる。そして、担体に結合させたペプチドを使用して動物（例えば、マウス又はウサギ）を免疫する。YKL−40は哺乳動物種間で保存されていることがあり得るため、YKL−40タンパク質の免疫原性を高める担体タンパク質を使用することが好ましい。
【０１６３】
そして、哺乳動物から採取した血液試料から抗体を得る。ポリクローナル抗体を得るために使用される技術は公知である（例えば、Methods  of  Enzymology，Production  of  Antisera  With  Small  Doses  of  Immunogen:  Multiple  Intradermal  Injections，Langone，  et  al．eds．（Acad．Press，1981）を参照）。動物によって産生されたポリクローナル抗体は、例えば、抗体産生に使用したペプチドが結合したマトリックスに結合させ溶出させることによって、さらに精製することができる。当業者には、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体の精製及び/又は濃縮のための、免疫学分野において一般的な様々な技術が知られている（例えば、Coligan，  et  al．，Unit  9，Current  Protocols  in  Immunology，Wiley  Interscience，1991を参照）。
【０１６４】
好ましくは、製造するYKL−40抗体はモノクローナル抗体（「mAb」）である。モノクローナル抗体を製造する場合、マウス又はラットを免疫することが好ましい。本発明に関連して使用する「抗体」という用語は、エピトープ決定基に結合することができる完全な分子又はそのフラグメント（Fab及びF（ab’）2等）を含む。また、「本発明のmAb」とは、YKL−40に対して特異性を有するモノクローナル抗体を意味する。
【０１６５】
mAbsを分泌するハイブリドーマの製造に使用される方法は周知である（Kohler  and  Milstein，1975）。簡単に説明すると、Kohler  and  Milsteinに記載されているように、黒色腫、奇形癌頚癌、子宮頸癌、神経膠腫又は肺癌に罹患した5人の癌患者の局所排膿性（regional  draining）リンパ節からリンパ球を分離し（試料は外科標本から得る）、細胞をプールし、SHFP−1と融合させる。癌細胞株に結合する抗体を生成するハイブリドーマをスクリーニングした。
【０１６６】
mAbのYKL−40特異性は、対象となるmAbの素反応パターンを決定する比較的慣用的に使用されているスクリーニング技術（酵素免疫測定法（ELISA）等）を使用して確認することができる。また、本発明のmAbが上述したように分離されたYKL−40に結合することを、試験対象のmAbが妨げるか否かを決定することにより、過度の実験を行うことなく、試験対象のmAbが本発明のmAbと同じ特異性を有するか否かを判断することができ、本発明のmAbの結合の減少によって試験対象のmAbが本発明のmAbと競合することが示される場合には、これらのモノクローナル抗体は同一又は密接に関連する抗原決定基に結合する可能性が高い。mAbが本発明のmAbと同じ特異性を有するか否かは、本発明のmAbが通常は反応性を有する抗原を本発明のmAbと共に事前にインキュベートし、試験対象のmAbの該抗原への結合が阻害されるか否かを決定することによっても判断することできる。試験対象のmAbが阻害される場合には、試験対象のmAbは本発明のmAbと同一又は密接に関連する抗原決定基に対する特異性をほぼ確実に有する。
【０１６７】
免疫検定法
使用する免疫検定法は、疾患に罹患した個体におけるYKL−40濃度を健常者における正常なYKL−40濃度及び／又は個体において測定されたバックグラウンド濃度から区別することができるように定量的でなければならない。従って、（直接又は間接）検出可能な標識を使用した固相上における競合及びサンドイッチアッセイが好ましい。標識は、抗体のYKL−40抗原への結合を示す検出可能なシグナルをもたらす。抗体又は抗原は、検出可能なシグナルをもたらすように、放射性同位体、酵素、蛍光分子、化学発光分子、生物発光分子、コロイド状金等の公知の標識によって標識することができる。公知の検定法のうち、感度が優れているために放射標識免疫検定法（RIA）又は酵素結合免疫検定法（ELISA）が最も好ましい。従って、放射性同位体が好ましい標識である。最も好ましい免疫検定法はELISAである。
【０１６８】
従って、本発明に係る方法の特定の実施形態では、免疫検定法を使用してYKL−40濃度を測定する。本実施形態では、免疫検定法は競合的免疫検定であってもよい。
【０１６９】
本発明の一実施形態では、免疫検定法においてモノクローナル抗体を使用してYKL−40を測定する。本発明の別の実施形態では、免疫検定法においてポリクローナル抗体を使用してYKL−40を測定する。
【０１７０】
本発明の方法において免疫検定法を利用する場合には、放射性同位体、酵素、蛍光分子、化学発光分子、生物発光分子、コロイド状金属からなる群から選択される検出可能な標識を使用してYKL−40を測定することができる。
【０１７１】
抗体に直接するか、YKL−40抗原に間接的に結合することができる金属イオンは当業者には周知であり、例えば、125I、111In、97Ru、67Ga、68Ga、72As、89Zr、90Y、201Tlが挙げられる。抗原結合特異性を損なうことなく容易に結合させることができるため、125Iが好ましい（ナトリウム塩、Amersham（英国））。125IによるYKL−40の標識は、Salacinski，  et  al．（1981）に記載された方法に従って行うことができる。125I標識を行うために使用するヨードゲン（1，3，4，6−テトラクロロ−3α，6α−ジフェニルグリコールウリル）は、Pierce  and  Warriner（英国チェスター）から市販されている。
【０１７２】
本発明の好適な実施形態では、血漿YKL−40濃度は、ストレプトアビジンでコーティングされたマイクロプレートウェル、ビオチン化Fabモノクローナル捕捉抗体、アルカリホスファターゼで標識されたポリクローナル検出抗体を使用して2部位サンドイッチ型酵素免疫測定法（ELISA）（例えば、Quidel、米国カリフォルニア州）によって、デュプリケートで測定することができる。Quidelを使用した場合には、ELISAの回収率は102％であり、検出限界は10μg／Lだった。感度は、ゼロ結合値の標準偏差の2倍に相当する検出可能質量と定義される。通常、標準曲線は20〜300μg／Lにおいて直線的である。検定内変動係数は、5％（40μg／L）、4％（104μg／L）、4％（155μg／L）だった。検定間変動係数は<6％だった（非特許文献37）。
【０１７３】
本発明の別の実施形態では放射標識免疫検定法を使用し、標準試料又は試料を実質的に等量のYKL−40抗血清及びYKL−40トレーサーと共にインキュベートする。通常、標準試料及び試料は二重（in  duplicate）検定を行う。本発明のアッセイの感度（検出限界）は約10μg／Lである。感度は、ゼロ結合値の標準偏差の2倍に相当する検出可能質量と定義される。通常、標準曲線は20〜100μg／Lにおいて直線的である。実施例に記載する検定の検定内及び検定内変動係数はそれぞれ<6．5％及び<12％だった。
【０１７４】
必ずしもRIAと同等の感度は有していないが、放射性同位体以外の標識を使用する検定法も利点を有し、RIAの代わりに使用することもできる。例えば、酵素免疫測定法（ELISA）は、ELISAマイクロタイタプレートリーダ及び多くの研究・臨床機関で容易に利用可能な試薬を使用して容易に自動化することができる。検定において抗体が結合した抗原の量を定量化するためには放射性同位体ほど有用ではないが、蛍光、化学発光、生物発光標識には目視により検出可能であるという利点がある。
【０１７５】
PCR検定
また、生体試料中のYKL−40の存在を検出し、定量化するために、免疫検定法以外の手段を使用することもできる。例えば、YKL−40をコードするポリヌクレオチドは、公知の定量的ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）法を使用して検出することができる。従って、本発明に係る方法の一実施形態では、PCR検定を使用してYKL−40濃度を測定する。定量的PCRの性能のための好ましい方法は、ターゲットYKL−40遺伝子テンプレートと配列又は大きさが異なる競合体（competitor）を与える1以上の塩基対の誘発突然変異を含む競合テンプレートを使用して行う競合PCR法である。プライマーの1つをビオチン化、又は好ましくはアミノ化し、得られるPCR産物の鎖（通常はアンチセンス鎖）を、アミノ−カルボキシル、アミノ−アミノ、ビオチン−ストレプトアビジン又はその他の適当な結合を介して、適当な反応物質に結合した固相担体に固定することができる。より好ましくは、PCR産物、固相担体、反応物質の間の結合は共有結合であり、それによって変性条件下において結合を確実に維持することができる。
【０１７６】
PCR産物のアミノ化又はビオチン化鎖を固定した後、未結合の相補鎖をアルカリ変性洗浄によって分離し、反応環境から除去する。ターゲット及び競合核酸に対応する配列特異的オリゴヌクレオチド（sequence−specific  oligonucleotide（SSO））を検出タグで標識する。次に、除去した未結合のセンス鎖からの競合物が存在しない状態でSSOをアンチセンス鎖にハイブリダイズする。適当な検定試薬を添加し、ハイブリダイゼーション度を検出タグ及び固相担体手段に適したELISA測定手段（好ましくはELISAマイクロプレートリーダー）を使用して測定する。測定値を比較し、ターゲット及び競合物テンプレートを含むテンプレートを増幅するPCR反応から得られた標準曲線を使用してターゲット核酸の含有量を導出する。この方法は、定量的であり、PCRサイクル数に依存せず、PCR産物中のSSOプローブと相補鎖の競合に影響を受けないという点で有利である。
【０１７７】
あるいは、固相担体上で重合工程の一部及びハイブリダイゼーション工程全体を行うことができる。この方法では、PCR産物の鎖ではなく、ヌクレオチド重合プライマー（好ましくはオリゴヌクレオチド）が固相担体に捕捉される。次に、ターゲット及び競合核酸PCR産物の溶液を固相担体に添加し、重合工程を行う。上述した変性条件下で重合生成物の結合していないセンス鎖を除去する。
【０１７８】
競合核酸に対するターゲット核酸の比率は、適当な測定手段（好ましくはELISAリーダー）及び上述した標準曲線を使用して標識オリゴヌクレオチドSSOプローブを検出することによって決定することができる。この方法は非常に効率が良いため、重合工程における連鎖反応は不要とすることができ、方法を行うために要する時間を短縮することができる。また、最終重合生成物をハイブリダイゼーションのために反応チューブから固相担体に移す必要がないため、精度が高まり、それらの損失又はダメージの可能性が減少する。ただし、特定の試料において必要な場合には、別個の反応チューブ内でPCRを使用してターゲット及び競合核酸を増幅した後、固相担体上で最終的な重合を行うことができる。
【０１７９】
当業者に公知の、結合したPCR産物の形成を示す異なる検出可能なシグナルを与えることができる分子（例えば、ターゲット及び競合PCR産物の形成を示す異なる色を形成する標識ヌクレオチド発色団）を、反応の最後の数サイクルにおいて反応液に添加することができる。また、競合核酸に対するターゲット核酸の比率は、ELISA又はその他の適切な測定手段及び固定されたハイブリダイゼーションプライマーの3’末端に結合した検出タグと反応することができる試薬を使用して決定することもできる。また、この方法は、従来の非競合的PCR法を行うことによって（定量化することなく）特定の遺伝子が試料に存在するか否かを検出するためにも使用することができる。
【０１８０】
上記方法に使用する適当なプライマーの選択方法は当業者に知られているか、又は当業者が容易に確認することができる。上述した方法のさらなる詳細に関しては、Kohsaka，  et  al．，Nuc．Acids  Res．，21:3469−3472，1993;Bunn  et  al．，米国特許第5，213，961号;Innis  et  al．，PCR  Protocols:A  Guide  to  Methods  and  Applications，Acad．Press，1990を参照されたい。これらの文献の開示内容は、定量的PCR法の技術水準の説明のみを目的として上記参照によって本願明細書に援用する。
【０１８１】
基準濃度
所与の患者のYKL−40濃度が上昇しているか否かは、測定したYKL−40濃度を基準濃度と比較することによって決定することができる。基準濃度は、例えば、それぞれが消化管癌の重症度の上昇を反映する1つ以上の基準濃度であってもよく、患者が消化管癌に罹患する確率を反映する1つ以上の基準濃度であってもよく、同一の患者の試料に対する過去の測定によって得られた1つ以上の基準濃度であってもよい。
【０１８２】
YKL−40濃度は、例えば様々な疾患又は健常者（正常濃度）について報告されている。しかしながら、過去に報告された健常者の「正常」YKL−40濃度は、健常者がその後も健康な状態だったか否かを調査する追跡調査によって裏付けられていない。従って、過去に報告されたYKL−40濃度は採取時点において不明な病気にかかっていた可能性のある個体のYKL−40濃度を含み、真の「正常濃度」を表すものではない。そのような過去に報告された（例えば健常者から得られた）YKL−40濃度はまた、例えば年齢の影響を考慮していない平均の濃度である。
【０１８３】
本発明の実施例から明らかなように、本願発明者らは真の「正常濃度」を表す方法を特定した。この正常濃度は、健常者の大集団に基づいて特定したものであり、真の「健常者」であったか否かを確認するために個体について追跡調査を行った。健康を維持しなかった（例えば、癌に罹患した）個体は正常データから除いた。予期せぬことに、本願発明者らは、本発明に係る方法により、患者において疾患若しくは障害の存在を診断する、開始するべき治療を決定する、又は進行中の治療を継続するか終了するか変更するかを決定するために該治療を監視することに、当該特定された「正常濃度」を使用することができることを見出した。また、本願発明者らは、年齢はYKL−40濃度に大きな影響を与え、本発明に係る方法を使用する際に年齢の影響を考慮すべきであることを見出した。
【０１８４】
YKL−40基準濃度は様々な方法で表すことができる。従来は、基準濃度は様々な年齢の健常者の群に由来するものとする場合があった。本願発明者らは、YKL−40濃度に対する年齢の影響を調べ、測定したYKL−40濃度を特定年齢層のYKL−40濃度と比較することが好ましいことを見出した。
【０１８５】
個体の特定年齢層は、同一年又は特定の10年間に生まれた個体を含むことができ、あるいは、0〜10歳、10〜20歳、20〜30歳、30〜40歳、40〜50歳、50〜60歳、60〜70歳、70〜80歳、80〜90歳又は90〜100歳の個体を含む群等のように分類することもできる。区間は、2歳、3、4又は5歳、6、7、8、9又は10歳、12、15又は20歳以上の年齢差を包含するものとすることができる。また、区間は上限のない状態（例えば、20歳、30歳、40歳、50歳又は60歳を超えた個体）としてもよい。
【０１８６】
本願発明者らは、男性と女性の血漿YKL−40濃度には統計的に差がないことを見出した（実施例1を参照）。従って、基準濃度の算出の基礎となる個体群は、異なる性別又は同性の個体群であってもよい。また、基準濃度は、基準濃度と比較するYKL−40濃度の試料を得たのと同一の個体から得ることもできる。この場合、当該1つ以上の基準濃度は、例えば、消化管癌の診断前（発病前）及び／又は消化管癌の症状が確立される前（発症前）又は消化管癌の診断後に得られた1以上の試料について測定したYKL−40濃度であってもよい。従って、消化管癌は、YKL−40濃度の過去の測定前、測定時又は測定後に診断された癌であってもよい。本発明の方法によって治療、監視、分類又は診断する消化管癌は、過去に診断された消化管癌又は診断されていない消化管癌であってもよい。
【０１８７】
本発明の好適な実施形態では、1つ以上のYKL−40基準濃度は、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られ、より好ましくは、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた平均濃度である。より好適な実施形態では、このようにして得られた1つ以上のYKL−40基準濃度又は同一の患者の過去の測定から得られた1つ以上のYKL−40基準濃度は年齢調整基準濃度である。別の実施形態では、1つ以上のYKL−40基準濃度は、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度である。
【０１８８】
本発明の一実施形態では、平均濃度は、約14〜約168μg／L（2．5〜97．5パーセンタイル値）の血漿YKL−40濃度、好ましくは約124μg／L（95パーセンタイル値）未満の血漿YKL−40濃度、より好ましくは約92μg／L（90パーセンタイル値）未満の血漿YKL−40濃度である。好ましくは、平均濃度は、約35〜約55μg／Lの血漿YKL−40濃度、好ましくは約40〜約50μg／Lの血漿YKL−40濃度である。本発明のより具体的な実施形態では、血漿YKL−40濃度の中央値は約42μg／Lである。男性及び女性において血漿YKL−40濃度は年齢と共に上昇し、男女間で血漿YKL−40濃度の差はない。これらの血漿YKL−40濃度は、健康被験者の大集団の試料から見出したものであり、本発明に係る方法において使用することができる、根拠に裏打ちされた血漿YKL−40基準濃度である（実施例1を参照）。
【０１８９】
本発明において1つ以上の年齢調整基準濃度を使用する場合、基準濃度は、好ましくは、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lを加えることによって年齢調整し、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lを加えることによって年齢調整した血漿YKL−40濃度であってもよい。この年齢調整は、例えば、本発明の第4の態様に適しているように、同一の患者について過去に測定しYKL−40濃度に対して行うことが好ましい。あるいは、1つ以上の基準濃度は、健常者の年齢分布亜集団（上述した個体の特定年齢層（例えば、特定の10年間に生まれた個体））の試料におけるYKL−40濃度を測定することによって得られた1組の年齢依存YKL−40基準濃度であってもよい。例えば、1組の基準濃度は、30〜39歳、40〜49歳、50〜59歳、60〜69歳の年齢層の健常者の群の平均血漿YKL−40濃度であってもよい。好ましいYKL−40年齢依存基準濃度の組を下に記載する。
【０１９０】
本発明に係る方法の特定の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者から得た試料中のYKL−40濃度を測定することによって得られた濃度の平均値又は中央値である。
【０１９１】
基準濃度はカットオフ値を使用して特定することもできる。通常はカットオフ値は、複数の個体を、所定のカットオフ値を超えるYKL−40濃度を有する個体群及び該所定のカットオフ値未満のYKL−40濃度を有する個体群という2群に分類する値である。カットオフ値は、任意の種類の生体試料において測定されるか、当業者によって選択される生理的なYKL−40濃度を表す任意の数値であることができる。
【０１９２】
カットオフ値は、個体がある区分に含まれるか否かを示すイエス／ノー指標として使用することができる。本発明の場合にはこれは、消化管癌の存在（本発明の第1の態様に関連）又は消化管癌の重症度の段階（本発明の第2の態様に関連）又は特定の療法を開始、継続、終了又は変更することの適性（本発明の第3又は第4の態様に関連）に対応する。
【０１９３】
本発明に係る方法の同一又は別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の75パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。
【０１９４】
本発明に係る方法の同一又は別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の85パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。
【０１９５】
本発明に係る方法の同一又は別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。
【０１９６】
本発明に係る方法の同一又は別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。
【０１９７】
本発明に係る方法の同一又は別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度の1つは、健常者のYKL−40濃度の97．5パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。
【０１９８】
従って、本発明の好適な実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者の血漿YKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値であり、例えば、約50歳の患者では92μg／Lの血漿YKL−40濃度であり、約60歳の患者では111μg／Lの血漿YKL−40濃度である。より好ましくは、YKL−40基準濃度は、健常者における血漿YKL−40濃度の95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値であり、例えば、約50歳の患者では100μg／Lの血漿YKL−40濃度であり、約60歳の患者では124μg／Lの血漿YKL−40濃度である。95パーセンタイル血漿中濃度を年齢調節し、カットオフ値として使用する場合には、YKL−40濃度の個体差はより大きく許容される。95パーセンタイル値又は97．5パーセンタイル値の使用は、一人の患者に注目して本発明の方法を使用する場合に適し得る。ただし、本発明の方法において、90パーセンタイル血漿YKL−40濃度を使用することが好ましい場合もある。例えば、本発明の第3の態様に係る方法を、治療を開始するか否かを決定する（この場合は、YKL−40濃度が所定の値よりも低い場合には治療を開始する）ために使用する場合には、例えば95パーセンタイル値の代わりに90パーセンタイル値を使用することにより、より少ない数の高YKL−40濃度患者の数が含まれる。同様に、健常者における血漿YKL−40濃度の70パーセンタイル値、75パーセンタイル値又は85パーセンタイル値を使用することが適している場合もある。パーセンタイル値は所望の感度に応じて選択する。例えばカットオフ値として選択するパーセンタイル値が低い程、より高い感度が得られる。低いパーセンタイル値を使用することにより、疾患又は障害にほんの僅かしか冒されていない（例えば、疾患又は障害の初期にある）患者を発見することができる。
【０１９９】
また、カットオフ値は、3610人の健康被験者において定義された以下のパーセンタイル値に対応する血漿YKL−40濃度として年齢に応じて定義することができる。
70パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．2＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．5＋0．02×年齢（歳）、及び
95パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．6＋0．02×年齢（歳）。
【０２００】
また、カットオフ値は、3610人の健康被験者において定義された以下のパーセンタイル値に対応する血漿YKL−40濃度として年齢に応じて定義することができる。
70パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値：  ln（血漿YKL−40）=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【０２０１】
本発明に係る方法の好適な実施形態では、患者の年齢を使用して上記式に従ってYKL−40基準濃度を算出する。図3A及び図3Bにこれらの式を示す。図3A及び図3Bは、計算を必要することなくカットオフ値を決定するためのより直接的なアプローチにおいて使用することができる。また、図3A及び図3Bにより、測定したYKL−40濃度及び患者の年齢を90パーセンタイル値及び95パーセンタイル値と即座に比較することができる。これにより、測定したYKL−40濃度が基準濃度とどの程度異なるかを即座に示すことができる。90パーセンタイル値の式を使用すれば、約20歳、約30歳、約40歳、約50歳、約60歳及び約70歳の患者のカットオフ値は、それぞれ約49μg／L、約60μg／L、約74μg／L、約90μg／L、約110μg／L及び約134μg／LのYKL−40濃度となる。95パーセンタイル値の式を使用すれば、約20歳、約30歳、約40歳、約50歳、約60歳及び約70歳の患者のカットオフ値は、それぞれ約55μg／L、約67μg／L、約81μg／L、約99μg／L、約122μg／L及び約148μg／LのYKL−40濃度となる。
【０２０２】
本発明に係る方法の一実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の70パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．1＋0．02×年齢（歳）として定義される70パーセンタイル値である。
【０２０３】
本発明に係る方法の別の実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の75パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．2＋0．02×年齢（歳）として定義される75パーセンタイル値である。
【０２０４】
本発明に係る方法の別の実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の85パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．4＋0．02×年齢（歳）として定義される85パーセンタイル値である。
【０２０５】
本発明に係る方法の別の実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の90パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．5＋0．02×年齢（歳）として定義される90パーセンタイル値である。
【０２０６】
本発明に係る方法の別の実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の95パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．6＋0．02×年齢（歳）として定義される95パーセンタイル値である。
【０２０７】
本発明に係る方法の別の実施形態では、YKL−40基準濃度は、健常者における血清又は血漿YKL−40濃度の97．5パーセンタイル値に対応する年齢調整カットオフ値である。より好ましくは、年齢調整カットオフ値は、ln（血漿YKL−40）=3．9＋0．02×年齢（歳）として定義される97．5パーセンタイル値である。
【０２０８】
本発明に係る方法の一実施形態では、YKL−40基準濃度は、70パーセンタイル値、75パーセンタイル値、85パーセンタイル値、90パーセンタイル値、95パーセンタイル値及び97．5パーセンタイル値に対応する上述した年齢調整カットオフ値の2以上として定義されるYKL−40年齢依存カットオフ値の組である。
【０２０９】
本発明の方法の好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、以下の年齢依存カットオフ値の1つ以上である。
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【０２１０】
本発明の方法のより好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、以下の年齢依存カットオフ値の1つ以上である。
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、及び
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）。
【０２１１】
本発明の方法の別の好適な実施形態では、YKL−40基準濃度は、例えば、好ましくは上記式によって算出される、70パーセンタイル値、75パーセンタイル値、85パーセンタイル値、90パーセンタイル値、95パーセンタイル値及び97．5パーセンタイル値の2以上によって定義されるYKL−40年齢依存カットオフ値の組である。YKL−40年齢依存カットオフ値の組は、例えば、20〜29歳、30〜39歳、40〜49歳等の年齢層の組について算出することができ、例えば、カットオフ値は年齢層における最高値である。本発明の第1又は第4の態様の好適な実施形態では、カットオフ値の組は以下の通りである。
【０２１２】
2012502285.tif 000006
【０２１３】
本発明に係る方法に使用する好ましい年齢依存カットオフ値のより詳細な組は同様に上記式によって得られる。
【０２１４】
2012502285.tif 000007
【０２１５】
上述したように、YKL−40年齢依存基準濃度の組を本発明に係る方法において使用することができる。健常者のYKL−40年齢依存基準濃度の好ましい組は上記式によって算出することができる。従って、本発明に係る方法において使用する年齢依存基準濃度の好ましい組は以下の通りである。
【０２１６】
2012502285.tif 000008
【０２１７】
本発明に係る方法に使用する年齢依存基準濃度の好ましいより詳細な組は同様に上記式によって得られる。
【０２１８】
2012502285.tif 000009
【０２１９】
本発明の特定の実施形態では、約35〜約55μg／L、例えば約40〜約50μg／L、好ましくは約42μg／Lの血漿YKL−40濃度;約90〜約100μg／L、好ましくは約97μg／Lの血漿YKL−40濃度;約120〜約130μg／L、好ましくは約127μg／Lの血漿YKL−40濃度;約160〜約170μg／L、好ましくは約168μg／Lの血漿YKL−40濃度が、各々、本発明に係る方法に使用する1つ以上のYKL−40の基準濃度の1つであってもよい。これらの値は、単独又は2以上の値の組み合わせ、例えば、これらの値の3以上を含む1組の基準濃度として使用することができる。実施例から明らかなように、健常者の大集団から測定した特定の値は、中央値、90パーセンタイル値、95パーセンタイル値及び97．5パーセンタイル値にそれぞれ対応する。
【０２２０】
本発明に係る方法の別の実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、健常者の試料において測定した1組のYKL−40基準濃度を含み、第1の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の中央値であり、第2の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の75パーセンタイル値であり、第3の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の85パーセンタイル値であり、第4の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の90パーセンタイル値であり、第5の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の95パーセンタイル値であり、第6の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の97．5パーセンタイル値であり、第7の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の中央値の4．5倍（factor  4．5）であり、第8の基準濃度は健常者のYKL−40濃度の中央値の5倍（factor  5）である。
【０２２１】
従って、測定された試料中のYKL−40濃度が1以上の基準濃度よりも高いか否かを判定することにより、消化管癌の重症度を分類及び／又は消化管癌に罹患した患者の予後を判定することができる。すなわち、測定された試料中のYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することによって消化管癌を分類し、YKL−40濃度が高い程、消化管癌の重症度が高いと分類するか、予後が不良であると判定する。消化管癌の重症度が高い程、開始する療法により高い効能が必要となる。同様に、患者が既に治療を受けている場合には、患者の監視時に測定したYKL−40濃度が高い程、疾患の重症度が高く、より多くの薬を投与したり、薬の濃度を高くしたり、進行中の治療の代わりにより効率的な治療を行う等のように進行中の治療を修正する必要が高くなる。すなわち、消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ場合には、より効能の高い療法を開始及び／又は進行中の療法よりも効能の高い療法を開始する必要がある。また、YKL−40濃度の上昇は、患者が前記治療に応答を示さないことを示し、予後が非常に不良であるため、該特定の治療を終了でき、場合によっては他の治療を開始しないこともある。
【０２２２】
本発明に係る方法の一実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、消化管癌の診断後に同一の患者について測定した1つ以上の過去のYKL−40濃度である。これにより、過去の測定値と新たな測定値の比率を算出するか、例えば、上昇又は減少率を算出することができる。この場合、YKL−40濃度の上昇又は減少（又は無変化）を判定することによって疾患の重症度（疾患の重症度の上昇又は低下）を監視する、及び／又は治療の効果を判定する、及び／又は患者の予後を判定するために前記方法を使用することができる。そのような上昇又は減少に関する詳細は以下の説明から明らかになるだろう。
【０２２３】
本発明の方法の好適な実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は年齢調整されている。好ましくは、同一の患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度は、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lを加えることによって年齢調整し、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lを加えることによって年齢調整することができる。このような年齢調整基準濃度は、例えば、過去に得た基準濃度が3年以上、例えば5年以上、8年以上又は10年以上前のものである場合に適している。例えば、過去に得た基準濃度が10年よりも前に得たものである場合である。
【０２２４】
使用する基準濃度が過去に同一の患者から得たものである場合、試料中のYKL−40濃度が約109％以上上昇した場合に、測定した試料中のYKL−40濃度が基準濃度よりも有意に高く、基準濃度に対する測定したYKL−40濃度の上昇を有意に示すと判断する。本発明の方法のより好適な実施形態では、YKL−40基準濃度に対して109％上昇した試料中のYKL−40濃度は、予後が悪化した（例えば、消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ）ことを示す。例えば、過去に測定したYKL−40濃度が50μg／Lである場合、約109％上昇したYKL−40濃度は、50μg／L＋（50×1．09）μg／L=50μg／L＋54．5μg／L=104．5μg／Lと計算される。約109％以上の上昇には、方法に起因する変動、生物学的変動又はYKL−40濃度に影響を及ぼし得るその他の要因による変動が含まれる（実施例2を参照）。
【０２２５】
上述したように、本願発明者らは、YKL−40濃度の平均上昇率は、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lであり、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lであることを見出した。従って、YKL−40濃度が過去に測定した同一の患者のYKL−40濃度と比較して上述した値よりも上昇した場合には、消化管癌が存在する可能性又は例えば既存の消化管癌がより重症になっている可能性及び／又は予後が悪化した可能性がある。従って、109％未満に該当しない上昇は、疾患又は障害の存在又は疾患又は障害の悪化を示す場合がある。そのため、例えば、約25歳の女性について過去に測定したYKL−40濃度が約60μg／Lであり、5年後にYKL−40濃度を新たに測定した場合、年齢による上昇は約2．5μg／Lのはずである（すなわち、年齢補正値は約62．5μg／Lである）。測定値が約66μg／Lであれば、消化管癌が存在するか、より重症になっていることを示すものとなる。
【０２２６】
1つ以上の基準濃度に対する試料中のYKL−40濃度の上昇を判定することにより、重症度の変化及び／又は予後の変化が生じたか否かを判定することができる。同一の個体の過去の測定値から基準濃度を得る本発明の方法の特に好適な実施形態では、YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍、より好ましくは少なくとも1．25倍、例えば1．30倍又は1．40倍、さらに好ましくは少なくとも1．50倍、例えば1．60倍又は1．70倍又は1．75倍、さらに好ましくは少なくとも1．75倍、例えば1．80倍又は1．90倍又は2倍、最も好ましくは少なくとも2倍、例えば2．10倍又は2．20倍又は2．25倍又は2．50倍に上昇した試料中のYKL−40濃度は、予後が悪化した（例えば、消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ）ことを示す。消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ場合には、必要に応じて、より効能の高い療法を開始及び／又は進行中の療法よりも効能の高い療法を開始する必要がある。例えば、50μg／Lの基準濃度の1．10倍にYKL−40濃度が上昇した場合、新たなYKL−40濃度は55μg／Lである（50μg／L×1．10=55μg／L）。
【０２２７】
従って、上昇率が高い程、消化管癌が存在するか、既存の消化管癌がより重症になっている可能性が高いことを示すものとなる。本発明の方法の好適な実施形態では、同一の個体の過去の測定値から得られたYKL−40基準濃度の2倍、例えば少なくとも2倍に上昇した試料中のYKL−40濃度は、消化管癌の悪化（例えば、消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ）ことを示す。少なくとも2倍の上昇は、上述した109％以上の有意な上昇に対応する。
【０２２８】
例えば、同一の患者の過去に測定したYKL−40濃度が1つ以上の基準濃度（例えば、健常者のYKL−40濃度の95パーセンタイル値）よりも高かった場合、時間の経過に伴う上昇は、消化管癌が悪化していない限り、1歳当たり0．5μg／L（女性）又は0．8μg／L（男性）の年齢依存的な上昇を超えないと予測される。この場合、上昇率は低いことが特に好ましい。従って、好ましくは、YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した試料中のYKL−40濃度が、消化管癌がより重症度の高い段階に進んだことを示す。より重症度の高い段階とは、予後の悪化を意味する。
【０２２９】
同様に、本発明の方法に係る消化管癌の重症度の分類及び／又は消化管癌の治療の監視並びに療法の効果の判定及び／又は消化管癌に罹患した患者の予後の判定は、1つ以上の基準濃度に対する試料中のYKL−40濃度の低下を判定することによって行うことができる。
【０２３０】
従って、同一の個体の過去の測定値から基準濃度を得る本発明の方法の一実施形態では、YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍、より好ましくは少なくとも0．80倍、例えば0．70倍、さらに好ましくは少なくとも0．60倍、さらに好ましくは少なくとも0．50倍、最も好ましくは少なくとも0．48倍、例えば0．45倍又は0．43倍又は0．40倍又は0．38倍に低下した試料中のYKL−40濃度は、予後が改善した（例えば、消化管癌がより重症度の低い段階に遷移した）ことを示す。すなわち、消化管癌がより重症度の低い段階に遷移した場合には、任意で、より効能の低い療法を開始及び／又は進行中の療法よりも効能の低い療法を開始する必要があり得る。治療の監視に関連する本発明に係る方法では、YKL−40濃度の低下は、患者が治療に応答すること及び／又は予後が改善（例えば、全生存率が上昇）することを示す。
【０２３１】
例えば、100μg／Lの基準濃度の0．90倍にYKL−40濃度が低下した場合、新たな血漿YKL−40濃度は90μg／Lである（100μg／L×0．90=90μg／L）。「濃度が少なくとも0．90倍に低下した」とは、濃度が0．90倍、又は例えば0．80倍又は0．70倍等に低下した（すなわち、100μg／Lの濃度が少なくとも90μg／L以下に低下した）ことを意味する。
【０２３２】
本発明の方法のより好適な実施形態では、YKL−40基準濃度に対して52％低下した試料中のYKL−40濃度は、予後が改善した（例えば、消化管癌がより重症度の低い段階に遷移及び／又は患者が治療に応答した）ことを示す。これは、基準濃度が同一の患者について過去に測定したYKL−40濃度である本発明の方法の実施形態に特に関連がある。例えば、過去に測定したYKL−40濃度が100μg／Lである場合、52％低下したYKL−40濃度は、100μg／L−（100×0．52）μg／L=100μg／L−52μg／L=48μg／Lと計算される。約52％の低下には、方法変化、生物学的変化又はYKL−40濃度に影響を及ぼし得るその他の要因による変化が含まれる（実施例2を参照）。
【０２３３】
従って、YKL−40濃度の低下が大きい程、疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移及び／又は予後が改善したことを示す。本発明の第1の態様の好適な実施形態では、同一の個体の過去の測定値から得られたYKL−40基準濃度の0．50倍、例えば少なくとも0．50倍に低下した試料中のYKL−40濃度は、改善への変化が生じた（すなわち、疾患又は障害がより重症度の低い段階に遷移した）ことを示す。少なくとも0．50倍の低下は、上述した52％以上の有意な低下に対応する。
【０２３４】
本発明の別の実施形態では、試料中のYKL−40濃度が約25％以上、例えば、約50％以上、約60％以上、約70％以上、約80％以上、約90％以上、約100％以上、約110％以上、約120％以上、約130％以上又は約150％以上上昇した場合に、試料中のYKL−40濃度が基準濃度よりも高く、消化管癌の存在又は消化管癌の重症度の増加を示すと判断する。
【０２３５】
個体の分類
最良の治療は、各個体に適合し、各個体の疾患又は障害の段階／重症度に適合した治療である。本発明は、例えば、生存予後又は消化管癌の段階に応じて各個体を分類することができるように、消化管癌の重症度を分類する方法を提供する。また、本発明は、消化管癌の重症度を分類する方法であって、疾患又は障害の進行を監視して疾患又は障害が消化管癌のより重症度の高い段階に遷移したか又は低い段階に遷移したかを判定する方法を提供する。分類及び監視は、分類又は監視する個体から採取した生体試料中のYKL−40濃度の測定並びに測定したYKL−40濃度と1つ以上のYKL−40基準濃度との比較に基づいて行う。
【０２３６】
重症度及び／又は生存予後の分類に応じて治療を各個体に適合させることにより、治療の改善及び治療効果が向上し、患者全体としての生存率が向上し、再発リスクが低下し、クオリティ・オブ・ライフが向上する。また、投与する医薬の量を適切に調節することができるという金銭的な利点もある。個体群を監視し、疾患の重症度を判定できるということは、最も効果的な当面のフォローアップ治療を選択することに役立ち、例えば、必要なライフスタイルの変更についてカウンセリングする際の指針となる。
【０２３７】
YKL−40濃度に基づく個体の分類は、実施例に記載する結果に従って行うことができる。実施例に記載する結果から明らかなように、YKL−40濃度の上昇と死亡のハザード比の上昇には関連がある。高いハザード比は高い死亡リスクを示し、当業者に公知の方法で算出する。従って、本発明の方法によって消化管癌の重症度を分類する場合には、高いYKL−40濃度を有する患者は、低いYKL−40濃度を有する患者と比較して、疾病の進行時間及び死亡に至るまでの時間が短い（高いYKL−40濃度を有する患者は高いハザード比を有する）ことを示すcox分析によって疾患又は障害の重症度を推測することができる。これは、その他の危険因子とは独立している。また、転移性消化管癌に罹患した患者は最も高いYKL−40濃度を有し、予後は最も悪かった。
【０２３８】
実施例から明らかなように、統計的に上昇したYKL−40濃度は死亡リスクの上昇を示す。従って、YKL−40は、YKL−40濃度を測定した個体の生存予後を判定することを可能とするバイオマーカーである。予後は、臨床分野において公知の、健康状態についての他の徴候に関連付けることができる。YKL−40濃度が統計的に有意なレべルに増加した場合は、予後は死亡又は生存率の低下と判定される可能性がある。
【０２３９】
一例として、YKL−40濃度の20μg／Lの増分ごとに個体を分類することができる。すなわち、個体群0は、90μg／L未満の血清YKL−40濃度を有し、個体群1は、100±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群2は、120±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群3は、140±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群4は、160±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群5は、180±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群6は、200±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群7は、220±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群8は、240±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群9は、260±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群10は、280±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群11は、300±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群12は、320±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群13は、340±10μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群14は、350μg／Lを超える血清YKL−40濃度を有する。上記例では血清YKL−40濃度を使用しているが、他の生体試料から得られ、本願明細書に記載するようにタンパク質、RNA等として測定したYKL−40濃度も本発明の範囲に含まれる。また、群間のYKL−40濃度の増分は、2，4、5、6、8、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、80、95、90又は100μg／Lであってもよい。好ましくは、当該増分は血清において測定したYKL−40濃度として20又は30μg／Lである。20又は30μg／Lの増分は、50μg／Lの血清YKL−40濃度から開始してもよい。
【０２４０】
上記例の代わりに、上記例よりも低い血清YKL−40濃度で開始するように個体群を分類することができ、例えば、個体群0は、40±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群1は、50±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群2は、60±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群3は、70±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群4は、80±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群5は、90±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有し、個体群6は、100±5μg／Lの血清YKL−40濃度を有する。分類のための好ましいグループ分けは、分類する個体の年齢、病状、今後の治療等に関連する。
【０２４１】
分類方法の別の例を以下の表に示す。この例では、群は、生体試料において測定したYKL−40濃度範囲によって特徴付けられる。この例では、増分を25μg／Lとしているが、増分は、例えば、5、10、15又は20μg／Lとしてもよく、30、35、40、45、50、60、70、80、90又は100μg／Lとしてもよい。
【０２４２】
2012502285.tif 000010
【０２４３】
上記及び下記の全ての分類グループ分けにおいて、YKL−40濃度が高い程、消化管癌はより重症又は進行しており、生存予後は良くない。
【０２４４】
血清YKL−40濃度と随伴するハザード比との関係のために、算出したハザード比に従って分類対象の個体を分類することができる。また、個体群をパーセンタイル値に従って分類することもできる。例えば、全体を100％とし、最も低いYKL−40濃度を有する10％を個体群1とし、2番目に低いYKL−40濃度を有する10％を個体群2とする。パーセンタイル値は、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、12．5％、13％、14％、15％、20％、25％、30％、33％又は35％であってもよく、それらのパーセンタイル値間の又はそれらのパーセンタイル値を超えるパーセンタイル値としてもよい。
【０２４５】
重症度の分類
消化管癌の重症度を分類する場合には、その分類は、例えば、所与の消化管癌の所定の段階、生存予後、又は、消化管癌がより重症度の高い段階に遷移しているか低い段階に遷移しているかに関する評価、に関連し得る。患者の予後は疾患の古典的な病期分類に依存しない場合があるため、本願明細書において使用する「重症度の高い段階」及び「重症度の低い段階」という用語は、患者の予後の悪化又は改善をそれぞれ意味することも意図される。消化管癌疾患に罹患した患者の場合には、通常、予後は進行するまでの予測時間又は死亡するまでの時間に関連する予後である。従って、予後の悪化は、無増悪期間及び／又は生存期間の短縮に通常は対応する。
【０２４６】
癌の程度を判定するために、病期分類が行われる。癌の病期（通常はI〜IV）は、癌が広がった程度を示す。通常、病期は、腫瘍の大きさ、腫瘍が貫通した深さ、隣接する器官に侵入したか否か、転移したリンパ節の数（もしあるのならば）並びに離れた臓器に広がったか否か、を考慮に入れる。診断時の病期は生存の最も強力な予測因子であり、病期に基づいて治療を変更する場合が多いため、癌の病期分類は重要である。
【０２４７】
癌の病期分類は、臨床段階と病理学的段階に分けることができる。TNM（T:原発腫瘍、N:リンパ節転移、M:遠隔転移）分類では、病期の前に「c」及び「p」を付すことによって臨床段階と病理学的段階を表す（例えば、cT3N1M0又はpT2N0）。臨床段階は、腫瘍を除去する外科手術の前に得られる全ての情報に基づくものである。従って、身体検査、放射線検査及び内視鏡検査で得られた腫瘍の情報を含む。病理学的段階では、病理学者による腫瘍の顕微鏡観察によって得られた付加情報を加える。臨床段階と病理学的段階は異なる情報を使用するため、臨床段階と病理学的段階の病期分類は異なる場合が多い。病理学的病期分類では腫瘍及びその広がりを直接的に調べることができるため、体内の腫瘍を間接的に観察することによって情報を得る臨床病期分類と比較して、病理学的病期分類はより優れた又はより真実に近い病期分類であると考えられている。ただし、臨床病期分類と病理学的病期分類は互いに補完し合うべきである。あらゆる腫瘍を外科的に治療するわけではないため、病理学的病期分類は利用できない場合もある。また、腫瘍を小さくする化学療法や放射線療法等の他の治療の後に外科手術を行う場合もあるため、病理学的病期分類では真の病期を過小評価することがある。
【０２４８】
治療は病期に直接関連するため、正確な病期分類は重要である。従って、不正確な病期分類は、不適切な治療及び患者の生存可能性の低下につながる。しかしながら、正確な病期分類は困難な場合がある。特に、病理学者が組織の断片を観察する病理学的病期分類では、組織の視覚的識別（visual  discretion）とランダムサンプリングという2つの理由によって問題が生じ得る。「視覚的識別」とは、スライドガラス上において正常細胞と混在する単発性癌細胞を特定することを意味する。1つの細胞の見落としは病期分類ミスを意味し、重大で予期せぬ癌の転移（増殖）につながり得る。「ランダムサンプリング」とは、患者からリンパ節を無作為採取し、ランダム・サンプルが調べられることを意味する。リンパ節に存在する癌細胞が検査対象の組織にたまたま存在しない場合には、不正確な病期分類と不適切な治療が行われる可能性がある。
【０２４９】
本発明では、YKL−40濃度が消化管癌の重症度の分類（病期分類）の新たな手法であることが実証される。YKL濃度を使用する方法は、消化管癌の重症度の最も正確な分類（病期分類）を得るために単独又は他の病期分類法と組み合わせて使用することができる。実施例に示すように、疾患の重症度（の分類）は、全生存率、ハザード比及び／又は無増悪期間から算出することもできる。
【０２５０】
従って、本発明の一つの目的は、患者が罹患した消化管癌の重症度を分類するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記非特異的疾患又は障害の重症度を前記比較から推測する方法を提供することにある。
【０２５１】
YKL−40試料は、疾患の治療前、治療中又は治療後に採取することができる。
【０２５２】
個体の監視
本発明は、YKL−40濃度から測定される生存予後に基づく個体の監視に関する。測定したYKL−40濃度に基づく個体の監視は、個体の一般的な健康状態及び／又は治療の有効性を示すものとして使用することができる。個体又は患者は、特定の（診断された）消化管癌に罹患していてもよい。
【０２５３】
特定の消化管癌に罹患した個体の死亡予後としてYKL−40濃度を監視することにより、各個体に最適な治療を行うことが促進される。効果的な治療を行うことにより、治療の改善及び治療効果並びに個体の生存の可能性を向上させ、再発リスクを減少させることができる。従って、YKL−40は、消化管癌に罹患した患者の治療の十分性を監視し、消化管癌に罹患した個体（患者）の治療、改善及びクオリティ・オブ・ライフを向上させるために使用することができる。また、治療のコスト／ベネフィットを評価する観点からも最も効果的な治療を行うことが重要となる。
【０２５４】
従って、本発明の一態様は、生存予後に関連して個体の健康状態を監視するための方法であって、
前記個体から得た生体試料中のYKL−40濃度を測定し、
前記測定したYKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記YKL−40濃度が上昇（例えば、統計的に有意に上昇）した場合は、前記個体の生存期間が短いことを示す方法を提供する。
【０２５５】
患者が罹患した消化管癌の治療を監視するための方法は一般集団のマーカーに基づくものであってもよく、例えば、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定する。
【０２５６】
あるいは、基準濃度は、前記個体について過去に測定したYKL−40濃度であってもよく、前記方法は、例えば、
消化管癌の治療を受けている患者において、前記特定の疾患に対する治療を監視するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度が、前記患者について過去に測定した1つ以上のYKL−40濃度であり、
前記基準濃度に対する前記YKL−40濃度が、前記消化管癌の進行及び／又は状態、従って進行中の治療の効能を示し、
iii）前記比較に基づいて前記消化管癌の治療を継続、終了又は変更することを決定し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の高い段階に進んだ（従って進行中の療法よりも効能の高い療法を開始する必要がある）ことを示し、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍に低下した前記試料中のYKL−40濃度が、前記消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したことを示す方法であってもよい。
【０２５７】
治療と組み合わせた監視
消化管癌は、外科手術、化学療法、放射線治療、生物療法及びそれらの組み合わせの1以上によって通常は治療する。消化管癌に罹患した個体の状況を、該疾患の治療中に監視することも、本発明の重要な一態様である。
【０２５８】
消化管癌の治療に使用することができる化学療法剤及び生物学的薬剤の例としては、5−フルオロウラシル（5−FU）、カペシタビン（Xeloda（登録商標））、テガフール−ウラシル／Uftoral、S1、イリノテカン（Campto又はCamtosar（登録商標））、オキサリプラチン、ゲムシタビン、マイトマイシン、タキソテール、タキソール、カルボプラチン、エピルビシン、ドキソルビシン、ドセタクセル、エルロチニブ（Tarceva（登録商標））、スニチニブ（Sutent（登録商標））、ソラフェニブ（Nexavar（登録商標））;VEGF阻害剤:ベバシズマブ（Avastin（登録商標））、VEGF受容体のキナーゼ阻害薬、PDGF受容体KIT（CD117）RET、CSF−1R、flt3、スニチニブ（Sutent（登録商標））、EGF受容体を阻害するモノクローナル抗体、例えば、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））、パニツムマブ（Vectibix（登録商標））、及びザルツムマブ（HuMax−EGFr）、EGF受容体のキナーゼ阻害薬:ゲフィチニブ（Iressa）及びエルロチニブ（Tarceva）、M−Tor阻害剤:シロリムス、エベロリムス（Cartisan（登録商標））及びテムシロリムス（Torisel）、Raf／Mek／Erkシグナル経路を標的とする化合物（例えば、ソラフェニブ（Nexavar（登録商標）））が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２５９】
従って、本発明の一つの目的は、外科手術、化学療法剤及び／又は生物学的薬剤の投与及び／又は放射線治療及び／又はそれらの組み合わせによって治療されたか、治療されるか、又は治療されている患者における消化管癌に対する治療を監視することにある。また、本発明の一つの目的は、「本発明の第3の態様」と題する節に記載するように、療法の効果を判定することにある。好ましくは、前記治療は、5−フルオロウラシル、カペシタビン（Xeloda（登録商標））、テガフール−ウラシル（Ufteral）、S1、イリノテカン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、マイトマイシン、タキソテール、タキソール、カルボプラチン、エピルビシン、ドセタクセル、ドキソルビシン、エルロチニブ（Tarceva（登録商標））、スニチニブ（Sutent（登録商標））及びソラフェニブ（Nexavar（登録商標））の少なくとも1種の投与を含む治療等の化学療法である。好ましくは、化学療法は、フルオロウラシル、カペシタビン、イリノテカン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、ドセタクセル、エルロチニブ及びロイコボリンからなる群から選択される1以上の化合物の投与を含む。より好ましくは、該治療は、ドセタクセル、イリノテカン、5−FU、ロイコボリン、エルロチニブ（Tarceva（登録商標））及び／又はゲムシタビンの少なくとも1つの投与である。
【０２６０】
これらの物質は、個体が罹患した癌の種類に応じて当業者が任意に使用する。結腸直腸癌は、5−フルオロウラシル、カペシタビン（Xeloda（登録商標））、テガフール−ウラシル／Ufteral、S1、イリノテカン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、マイトマイシン、VEGF阻害剤:ベバシズマブ（Avastin（登録商標））、VEGF受容体のキナーゼ阻害薬、PDGF受容体KIT（CD117）RET、CSF−1R、flt3、スニチニブ（Sutent（登録商標））、EGF受容体を阻害するモノクローナル抗体、例えば、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））、パニツムマブ（Vectibix（登録商標））、及びザルツムマブ（HuMax−EGFr）、EGF受容体のキナーゼ阻害薬:ゲフィチニブ（Iressa）及びエルロチニブ（Tarceva）、M−Tor阻害剤:シロリムス、エベロリムス（Cartisan（登録商標））及びテムシロリムス（Torisel）、Raf／Mek／Erkシグナル経路を標的とする化合物（例えば、ソラフェニブ（Nexavar（登録商標）））の1以上で治療することが好ましい。胃癌及び食道癌の治療のための好ましい化合物の例としては、タキソテール、タキソール、カルボプラチン、エピルビシン、ドキソルビシン、イリノテカン、オキサリプラチン、マイトマイシンが挙げられるがこれらに限定されない。膵臓癌は、イリノテカン、ドセタクセル、5−FU、ロイコボリン、エルロチニブ（Tarceva（登録商標））及び／又はゲムシタビンのいずれか1つ以上で治療することが好ましく、原発性肝癌は、スニチニブ（Sutent（登録商標））及び／又はソラフェニブ（Nexavar（登録商標））で治療することが好ましい。
【０２６１】
上部消化管癌に罹患した患者は、将来的に、VEGF阻害剤:ベバシズマブ（Avastin（登録商標））、VEGF受容体のキナーゼ阻害薬、PDGF受容体KIT（CD117）RET、CSF−1R、flt3、スニチニブ（Sutent（登録商標））、EGF受容体を阻害するモノクローナル抗体、例えば、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））、パニツムマブ（Vectibix（登録商標））、及びザルツムマブ（HuMax−EGFr）、EGF受容体のキナーゼ阻害薬:ゲフィチニブ（Iressa）及びエルロチニブ（Tarceva）、M−Tor阻害剤:シロリムス、エベロリムス（Cartisan（登録商標））及びテムシロリムス（Torisel）、Raf／Mek／Erkシグナル経路を標的とする化合物（例えば、ソラフェニブ（Nexavar（登録商標）））で治療することができる可能性もある。これらの化合物は、本発明の方法に特に関連を有する。ベバシズマブ（Avastin（登録商標））、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））、パニツムマブ（Vectibix（登録商標））、ザルツムマブ（HuMax−EGFr）がより好ましく、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））、パニツムマブ（Vectibix（登録商標））、ザルツムマブ（HuMax−EGFr）がさらに好ましく、セツキシマブ（Erbitux（登録商標））がさらに好ましい。
【０２６２】
療法及び／又は治療の決定
測定し、少なくとも1つのYKL−40基準濃度と比較したYKL−40濃度に応じて患者を分類することにより、当業者は、かつてないほど、特定の消化管癌の最良の治療を決定すると共に療法の効果を判定する能力を得る。従って、当業者は、本願明細書に記載する方法に基づいて、癌に罹患した患者の療法又は治療を開始、継続、終了、修正又は変更することができる。例えば、療法が効果を示さないことが予想される場合や、患者が療法に応答を示さない場合に、療法又は治療を開始、継続、終了、修正又は変更することができる。
【０２６３】
本発明の方法に関連して、開始、継続、終了又は変更する療法及び／又は治療は、化学療法剤、生物学的物質等の消化管癌の任意の治療であってもよい。本発明のいくつかの実施形態では、治療は、生物学的物質及び化学療法剤からなる群から選択される1以上の物質を使用する（含む）。好適な実施形態では、療法及び／又は治療は、好ましくは生物学的物質を使用し、より好ましくはEGFR阻害剤又はVEGF阻害剤を使用し、さらに好ましくはEGFR阻害剤を使用し、さらに好ましくはセツキシマブ、パニツムマブ、ザルツムマブ又はエルロチニブからなる群から選択される1以上のEGFR阻害剤を使用する。セツキシマブを使用することが最も好ましい。
【０２６４】
消化管癌のマーカーとしてのYKL−40
消化管癌に罹患した患者ではYKL−40濃度が上昇するため、個体のYKL−40濃度に基づいて患者における消化管癌の存在を診断することができる。
従って、本発明の第1の態様は、患者における消化管癌の存在を診断するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度を超える前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す方法に関する。該消化管癌は、好ましくは上部消化管癌である。
【０２６５】
別の実施形態は、患者における消化管癌の存在を診断するための方法であって、
i）前記患者から得た試料中のYKL−40濃度を測定し、
ii）前記YKL−40濃度をYKL−40基準濃度と比較することを含み、
前記基準濃度が、前記患者について過去に測定したYKL−40濃度であり、
前記YKL−40基準濃度の少なくとも1．10倍に上昇した前記試料中のYKL−40濃度が消化管癌の存在を示す方法に関する。基準濃度の詳細については、「基準濃度」と題する節に記載されている。
【０２６６】
好ましくは、YKL−40基準濃度は、必要に応じて、女性の場合には1歳当たり0．5μg／Lを加え、男性の場合には1歳当たり0．8μg／Lを加えることによって得られる年齢調整基準濃度である。このような年齢調整基準濃度は、例えば、過去に得た基準濃度が3年以上、例えば5年以上、8年以上又は10年以上前のものである場合に適している。例えば、過去に得た基準濃度が10年よりも前に得たものである場合である。
【０２６７】
使用する基準濃度が過去に同一の患者から得たものである場合、試料中のYKL−40濃度が約109％以上上昇した場合に、測定した試料中のYKL−40濃度が基準濃度よりも有意に高く、消化管癌の存在を示すと判断する。例えば、過去に測定したYKL−40濃度が50μg／Lである場合、約109％上昇したYKL−40濃度は、50μg／L＋（50×1．09）μg／L=50μg／L＋54．5μg／L=104．5μg／Lと計算される。
【０２６８】
本発明に係る方法の特に好適な実施形態では、基準濃度が健常者の群から得たものであろうと同一の個体の過去の測定値として得たものであろうと、YKL−40基準濃度の1．10倍、より好ましくは少なくとも1．25倍、例えば1．30倍又は1．40倍、さらに好ましくは少なくとも1．50倍、例えば1．60倍又は1．70倍又は1．75倍、さらに好ましくは少なくとも1．75倍、例えば1．80倍又は1．90倍又は2倍、最も好ましくは少なくとも2倍、例えば2．10倍又は2．20倍又は2．25倍又は2．50倍に上昇した試料中のYKL−40濃度は消化管癌の存在を示す。例えば、50μg／Lの基準濃度の1．10倍にYKL−40濃度が上昇した場合、新たなYKL−40濃度は55μg／Lである（50μg／L×1．10=55μg／L）。
【０２６９】
また、基準濃度を健常者群から得るか、同一の個体の過去の測定値から得る本発明に係る方法の一実施形態では、基準濃度の0．90倍に低下した試料中のYKL−40濃度は疾患又は障害が改善したことを示す。従って、一実施形態では、YKL−40基準濃度の少なくとも0．90倍、より好ましくは少なくとも0．80倍、例えば0．70倍、さらに好ましくは少なくとも0．60倍、さらに好ましくは少なくとも0．50倍、最も好ましくは少なくとも0．48倍、例えば0．45倍又は0．43倍又は0．40倍又は0．38倍に低下した試料中のYKL−40濃度は、消化管癌がより重症度の低い段階に遷移したこと、あるいは治癒さえしたことを示す。例えば、100μg／Lの基準濃度の0．90倍にYKL−40濃度が低下した場合、低下した新たな血漿YKL−40濃度は90μg／Lである（100μg／L×0．90=90μg／L）。「濃度が少なくとも0．90倍に低下した」とは、濃度が0．90倍、又は例えば0．80倍又は0．70倍等に低下した（すなわち、100μg／Lの濃度が少なくとも90μg／L以下に低下した）ことを意味する。
【０２７０】
本発明の第1の態様のより好適な実施形態では、YKL−40基準濃度に対して52％低下した試料中のYKL−40濃度は、消化管癌がより重症度の低い段階に進んだことを示す。例えば、過去に測定したYKL−40濃度が100μg／Lである場合、52％低下したYKL−40濃度は、100μg／L−（100×0．52）μg／L=100μg／L−52μg／L=48μg／Lと計算される。
【０２７１】
他のバイオマーカー
YKL−40は消化管癌の重症度を分類するための独立したバイオマーカーであり、そのように使用し得る。ただし、C反応性タンパク（CRP）、ESR、癌胎児性抗原（CEA）、CA−125、ヒト上皮細胞成長因子受容体2（HER2）、CA19−9、乳酸脱水素酵素（LDH）、脳性ナトリウム利尿ペプチド（BNP）、インターロイキン、腫瘍壊死因子−α、ホモシステイン、アミロイドAタンパク質、妊娠関連血漿タンパク質A、トロポニン、可溶性細胞間接着分子1、可溶性UPAR、III型プロコラーゲンアミノ末端プロペプチド（p−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、成長分化因子15、虚血変性アルブミン、リポタンパク関連ホスホリパーゼA2、マトリックスメタロプロテイナーゼ、ペントラキシン3、IIA型分泌性ホスホリパーゼA2、細胞間接着分子1、心臓由来脂肪酸結合タンパク（H−FABP）、ミオシン軽鎖1（MLC−1）、P−セレクチン、CKMB等の他の公知のバイオマーカーと組み合わせてYKL−40を使用することもできる。これらの他のバイオマーカーのうち、UPAR及び可溶性UPAR、並びに細胞間接着分子1及び可溶性細胞間接着分子1等、可溶性及び不溶性タンパク質の両方が本発明に適している。上記マーカーの濃度は、血液、血清、血漿又は組織試料等の生体試料において測定でき、免疫検定法、PCR検定又は数種類の検定法の組み合わせ等の利用可能な手段によって測定することができる。
【０２７２】
最近のデータによれば、転移性結腸直腸癌に罹患し、Kirsten  ras（KRAS）遺伝子（EGFRの下流の癌遺伝子）の突然変異を有する患者には、セツキシマブ及びパニツムマブによる治療は効果がないことが示されている。KRASをコードするタンパク質は低分子量GTPAseスーパーファミリーに属しており、KRAS遺伝子における1つのアミノ酸の置換によって活性化突然変異が生じる。2008年の夏以降、セツキシマブ及びパニツムマブによる治療は、KRAS野生型を有する大腸癌患者に対してのみ推奨されている。KRASは結腸直腸腫瘍の約30〜45％において突然変異しており、恒常的に活性なEGFシグナル経路となる。
【０２７３】
抗EGFR療法に対する応答を予測するバイオマーカーとしてのKRASの特定には明白な利点がある。第1に、転移性結腸直腸癌に罹患した患者の約半数において、かなりの毒性を引き起こす可能性のある効果のない療法に不必要に晒されるということが回避される。第2に、医療制度における潜在的な費用節減が非常に大きく、米国では毎年約6億ドルが節約される可能性がある（セツキシマブによる8週間の治療には約1万9千ドルかかる）。
【０２７４】
しかしながら、KRAS突然変異は、抗EGFR抗体に対する応答に影響を及ぼす唯一の要因ではない。KRAS野生型を有する患者の約25〜40％は抗EGFR抗体に応答を示さない。これらの患者の約10％はBRAF遺伝子の突然変異を有する。これにより、癌細胞の転移及び増殖を増加させるBRAFタンパク質の変化が引き起こされる。BRAFはRAFのアイソフォームである。RAFタンパク質は、細胞増殖経路におけるRAS及びMAPKへの中間体である。典型的には、RAFタンパク質はリン酸化を介してRASにより活性化され、活性化されたRAFタンパク質はリン酸化を介してMAPKを活性化させる。また、KRAS野生型を有する患者の中にはPTEN（腫瘍抑制遺伝子）のタンパク質発現がない人や、アンフィレグリン（AREG）又はエピレグリン（EREG）の発現が低い人がおり、これらの患者はセツキシマブに対して低い応答を示す。これらの最近の研究は確証する必要があり、セツキシマブ又はパニツムマブによる治療の前にBRAF突然変異又はPTEN、AREG若しくはEREGの発現について検査を行うことはまだ推奨されてはいない。例えKRASとBRAF等とがそのような治療に対する応答性を予測するために使用されたとしても、該治療に対して応答を示さない約40％のKRAS野生型患者が残る
【０２７５】
従って、本発明に係る方法は、本発明の第1、第2、第3及び第4の態様に記載するように、疾患を診断する、及び／又は疾患の重症度を分類する、及び／又は疾患に対する療法を決定する、及び／又は疾患の治療を監視するための方法であって、1以上の他のバイオマーカーの濃度を測定する工程をさらに含む方法に関する。前記1以上の他のバイオマーカーは、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、PTEN発現、マイクロサテライト不安定性（MSI）、AREG発現、EREG発現、CRP、ESR、CEA、CA19−9、LDH、メタロプロテイナーゼ組織阻害剤1（TIMP1）、インターロイキン、IL−4、IL−6、IL−8、VEGF、メタロプロテイナーゼ、可溶性UPAR（sUPAR）、腫瘍壊死因子α、I型及びIII型プロコラーゲンのアミノ末端プロペプチド（p−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、並びにアレイ研究によって特定された他の遺伝子、microRNA及びSNPバイオマーカーからなる群から選択することができる。
【０２７６】
好ましくは、前記1以上の他のバイオマーカーは、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、PTEN発現、AREG発現、EREG発現、CRP、ESR、CEA、CA19−9、LDH、TIMP1、インターロイキン、IL−4、IL−6、IL−8、VEGF、メタロプロテイナーゼ、sUPAR、腫瘍壊死因子α、I型及びIII型プロコラーゲンのアミノ末端プロペプチド、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、並びにアレイ研究によって特定された他の遺伝子、microRNA及びSNPバイオマーカーからなる群から選択される。より好ましくは、前記1以上の他のバイオマーカーは、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、CEA、CA19−9からなる群から選択される。
【０２７７】
従って、本発明の一態様は、YKL−40濃度と組み合わされた、KRAS突然変異状態、BRAF突然変異状態、PTEN発現、マイクロサテライト不安定性（MSI）、AREG発現、EREG発現、C反応性タンパク（CRP）、ESR、癌胎児性抗原（CEA）、CA−125、ヒト上皮細胞成長因子受容体2（HER2）、CA19−9、乳酸脱水素酵素（LDH）、脳性ナトリウム利尿ペプチド（BNP）、TIMP−1、インターロイキン（IL）、IL−6、IL−8、IL−4、VEGF、腫瘍壊死因子−α、ホモシステイン、アミロイドAタンパク質、妊娠関連血漿タンパク質A、トロポニン、可溶性細胞間接着分子1、可溶性UPAR、III型プロコラーゲンアミノ末端プロペプチド（p−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、成長分化因子15、虚血変性アルブミン、リポタンパク関連ホスホリパーゼA2、マトリックスメタロプロテイナーゼ及びCKMB、等からなる群から選択される他のバイオマーカーの濃度に応じて、患者を診断するための手段及び／又は患者に対する療法を決定するための手段を提供する。これらの他のバイオマーカーのうち、C反応性タンパク、脳性ナトリウム利尿ペプチド、ホモシステイン並びにアレイ研究によって特定された他の遺伝子、microRNA及びSNPバイオマーカーが特に好ましい。C反応性タンパク、脳性ナトリウム利尿ペプチド及びホモシステインがさらに好ましい。
【０２７８】
上述した実施形態は、必要な医療機器又は試料採取機器、及び該機器の使用方法及び検定の実行方法に関する取扱説明書と共に、部品のキットに組み込むことができる。
【０２７９】
生体試料
生体試料は、被験者から得られた試料である。生体試料は、組織、血液、血清、血漿試料、尿、脳脊髄液、滑液、腹水及び唾液からなる群から選択される試料であってもよい。本発明に特に適した生体試料は血液、血清又は血漿試料であり、より好ましくは生体試料は血清又は血漿である。当業者は、特定の疾患又は障害又は一般的な健康状態の診断における使用に最も適した分析試料源を容易に判断することができるだろう。血漿と血清において測定したYKL−40濃度の差はわずかであるため、本願明細書に記載する値は血漿試料及び血清試料の両方に適用することができる。
【０２８０】
被験者
本願明細書において、被験者とは種（好ましくは哺乳動物種）の一員を意味する。あらゆる哺乳動物種が本発明の対象だが、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、ウサギ、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、サル及びヒトのいずれかの種が特に適している。最も好ましくは、本発明の対象となる被験者はヒトである。本願明細書では、被験者を患者又は個体ともいう。
【０２８１】
器具
本発明の第5の態様は、消化管癌の重症度を分類するための器具であって、
試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、
前記測定したYKL−40濃度を少なくとも1つのYKL−40基準濃度（例えば、1つ以上のYKL−40の基準濃度）と比較するための手段と、を含む器具に関する。試料中のYKL−40濃度を測定するための手段は、免疫検定法、PCR検定法又は酵素分析法等の上記検定法のいずれかを使用する試験システムであってもよい。本発明の器具においては免疫検定法が好ましい。
【０２８２】
本発明に係る器具は、例えば、生体試料におけるYKL−40濃度を測定するために固体担体に取り付けられた、迅速で定性的及び／又は定量的である試験システムを含むことができる。
【０２８３】
該固体担体は、上記検定、特に免疫検定法を行う際に任意の相で使用することができ、ディップスティック、膜、吸収性パッド、ビーズ、マイクロタイターウェル、試験管等が挙げられる。最小限の指導を受けたか、事前に指導を受けていない試験者又は患者（自己診断の場合）が簡便に使用できる試験器具が好ましい。そのような好ましい検査器具としては、ディップスティック及び膜検査システムが挙げられる。そのような従来の試験システムの調製と使用については、特許文献、医学文献及び科学文献に記載されている。ディップスティックを使用する場合には、抗体を結合させた端部を生体試料内又は生体試料上に浸すことができるように、抗YKL−40抗体をディップスティックの一端に結合させる。あるいは、ピペット、点滴器、ピンセット等を使用して抗体でコーティングされたディップスティック又は膜に試料を塗布するか、身体からディップスティックに直接噴きかける。従って、本発明の本態様の好適な実施形態では、器具はディップスティックである。
【０２８４】
本発明の本態様では、液体に変化させることができる生体試料が好ましい。特に、体液として体内から得られる生体試料が好ましく、例えば、血液、血清、血漿、尿、脳脊髄液、滑液、腹水、精液、唾液が例として挙げられる。血清及び血漿試料がより好ましい。
【０２８５】
抗YKL−40抗体は、いずれのアイソタイプであってもよく、例えばIgA、IgG、IgM、Fabフラグメント等であり得る。抗体はモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体のいずれであってもよく、Harlow  and  Lane，Antibodies，A  Laboratory  Manual，Cold  Spring  Harbor  Laboratory，1988に記載された方法によって製造することができる。上記文献の開示内容はこの参照によって本願明細書に援用する。「免疫検定法」と題する節も参照されたい。抗体は、直接又は間接的な手段によって固体担体に結合させることができる。間接的な結合により、YKL−40結合部位を検定溶液に最大限暴露することができる。これは、YKL−40結合部位が担体への結合には使用されないためである。ポリクローナル抗体はYKL−40の異なる複数の抗原決定基を認識して検定感度を高めることができるため、ポリクローナル抗体も使用することができる。あるいは、抗YKL−40モノクローナル抗体を使用することもできる。
【０２８６】
固体担体は、YKL−40抗体を固体担体に結合させた後に好ましくは非特異的にブロックされる。隣接領域の非特異的ブロッキングは、（誘導体化）ウシ血清アルブミン、他の動物のアルブミン、動物全血清、カゼイン、脱脂乳等を使用して行うことができる。
【０２８７】
試料をYKL40特異的抗体が結合した固体担体に添加し、抗体を介してYKL−40を固体担体に結合させる。試料の過剰及び未結合成分を除去し、好ましくは固体担体を洗浄し、抗体−抗原複合体を固体担体に保持させる。固体担体は、Tween−20、Tween−80又はドデシル硫酸ナトリウム等の洗浄剤を含む洗浄液で洗浄することができる。
【０２８８】
YKL−40を固体担体に結合させた後、YKL−40と反応する第2の抗体を添加する。第2の抗体は、（好ましくは可視標識によって）標識することができる。標識は可溶性又は粒子状であってもよく、染色した免疫グロブリン結合物質、単純色素、色素ポリマー、染色したラテックスビーズ、色素含有リポソーム、染色した細胞又は微生物、金属、有機、無機又は色素固体を含むことができる。標識は、周知の様々な手段によってYKL−40抗体に結合させることができる。本発明のいくつかの実施形態では、標識はシグナル産生系にカップリングさせることができる酵素であってもよい。可視標識の例としては、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、ワサビペルオキシダーゼ、ビオチンが挙げられる。酵素−色素体又は酵素−基質−色素体の多くの組み合わせが知られており、酵素結合検定に使用することができる。
【０２８９】
試料と同時に、既知量のYKL−40に対して対応する工程を行うことができ、そのような工程は検定の標準となり得る。本発明に係る方法の一実施形態では、前記1つ以上のYKL−40基準濃度は、疾患又は障害の1以上の所定の段階の基準濃度である。
【０２９０】
固体担体を再び洗浄して未結合標識化抗体を除去し、標識化抗体を可視化し、定量する。通常、標識の蓄積は目視により検出することができる。目視検出により、使用する標識に応じて異なる色、例えば、赤色、黄色、茶色又は緑色を検出することができる。また、蓄積された標識は、反射率分析器、動画像分析器等の光学的検出装置によって検出することができる。蓄積された標識の可視強度は、試料中のYKL−40濃度と相関を有する。蓄積された標識の可視強度とYKL−40の量の相関は、該可視強度を一組の標準と比較することによって得ることができる。好ましくは、標準は未知試料と同様に検査し、より好ましくは、試料と共に同一又は異なる固体担体上で検査する。使用する標準の濃度（YKL−40）は、溶液1リットル当たり約1μg〜約1mgであり得、血清試料の場合の好ましい範囲は40〜400μg／Lである。好ましくは、異なる濃度を有する複数のYKL−40標準を使用し、色強度の比較による未知試料の定量精度を高める。例えば、110μg／LのYKL−40と同様の色強度は、200μg／LのYKL−40と同様の色強度と比較して陰性であるとみなすことができる。
【０２９１】
このようにして、上述したディップスティック又は他の固体担体試験システム等の器具を、1以上の標準／対照フィールドとの比較によって生体試料におけるおおよそのYKL−40濃度を測定するために使用することができる。従って、YKL−40の濃度が、器具の標準／対照フィールドに添加した2つのYKL−40濃度間の範囲にあることを確認することができる。あるいは、YKL−40の濃度がYKL−40のカットオフ値を超えるか、カットオフ値未満であるかを判断することができる。カットオフ値のために選択された濃度はディップスティックの対照フィールドに適用される。器具内及び／又は器具上において利用可能な複数又は単一の基準濃度／標準がある場合がある。後者の場合には、試料中のYKL濃度を1つの基準濃度と比較するイエス／ノー試験として（すなわち、試料中のYKL濃度が基準濃度を超えるか、基準濃度未満であるかを判定するためのものとして）該器具を使用することができる。本発明に係る器具の好適な実施形態では、器具はカットオフ値を示す単一の基準濃度を含む。基準濃度は、「基準濃度」と題する節に記載した任意の基準濃度であってもよい。
【０２９２】
例えば、一実施形態では、該器具は、測定したYKL−40濃度を年齢調整YKL−40基準濃度の組と比較するための手段を含むことができる。好ましくは、基準濃度は、以下で定義される年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上の基準濃度である。
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【０２９３】
別の実施形態では、器具は、測定したYKL−40濃度を以下の表に定義する年齢依存カットオフ値の組と比較するための手段を含む。
【０２９４】
2012502285.tif 000011
【０２９５】
あるいは、該器具は、測定したYKL−40濃度を以下の表に定義する年齢依存カットオフ値の組と比較するための手段を含む。
【０２９６】
2012502285.tif 000012
【０２９７】
各工程は、容器を各工程後に洗浄するならば、同一の容器（試験管等）内で行うことができるが、各工程のために3つの別々の容器（試料の容器、洗浄用容器及び検出可能な標識を発色させるための容器）を使用することによって本発明に係るオンサイト検定を迅速かつ簡便に行うことができる。
【０２９８】
従って、本発明の一つの目的は、当該生体試料が由来する個体のYKL−40基準濃度に従った分類に使用するための生体試料のYKL−40濃度を、ディップスティックを使用して測定することにある（図17A及び図17Bを参照）。
【０２９９】
本発明の本態様の別の実施形態では、器具は、YKL−40以外の他のバイオマーカーを測定するための手段を含み、他のバイオマーカーは、例えば以下の非限定的な群から選択される1以上のバイオマーカーである:KRAS及びBRAF突然変異状態、マイクロサテライト不安定性（microsatelite  instability（MSI））、PTEN発現、アレイ研究で特定されたその他の遺伝子、microRNA及びSNPバイオマーカー、C反応性タンパク（CRP）、ESR、癌胎児性抗原（CEA）、CA−125、ヒト上皮細胞成長因子受容体2（HER2）、CA19−9、乳酸脱水素酵素（LDH）、TIMP1、インターロイキン（IL）、IL−6、IL−8、IL−4、VEGF、脳性ナトリウム利尿ペプチド（BNP）、インターロイキン、腫瘍壊死因子−α、ホモシステイン、アミロイドAタンパク質、妊娠関連血漿タンパク質A、トロポニン、可溶性細胞間接着分子1、可溶性UPAR、III型プロコラーゲンアミノ末端プロペプチド（P−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、成長分化因子15、虚血変性アルブミン、リポタンパク関連ホスホリパーゼA2、マトリックスメタロプロテイナーゼ、ペントラキシン3、IIA型分泌性ホスホリパーゼA2、細胞間接着分子1、心臓由来脂肪酸結合タンパク（H−FABP）、ミオシン軽鎖1（MLC−1）、P−セレクチン及びCKMB。あるいは、該器具は、「他のバイオマーカー」と題する節に記載する他のバイオマーカーを分析するための手段を含む。好ましくは、該器具は、C反応性タンパク及び／又は脳性ナトリウム利尿ペプチド及び／又はホモシステインを測定するための手段を含み、より好ましくは、C反応性タンパク、CA19−9、KRAS発現、BRAF発現、インターロイキン、IL−6、IL−8、IL−4、TIMP1、VEGF又はsUPARを測定するための手段を含む。
【０３００】
部品のキット
本発明に従ってYKL−40を測定（分析）するために必要な全ての材料と試薬はキットにまとめることができ、そのようなキットは、少なくとも、個体から得た生体試料におけるYKL−40濃度を評価するための構成要素と、その評価の行い方についての説明書と、を含む。
【０３０１】
前記構成要素は、免疫検定法等のYKL−40濃度を検出する方法であってもよく、YKL−40検出のための免疫検定法を行うために必要な部品であってもよい。必要に応じて、キットは、YKL−40を検出し、生体試料中のYKL−40濃度を測定するためにPCR検定を行うための構成要素を追加として又は代替として含むことができる。当該部品のキットはさらに、1以上の生体試料を得るための機器を含むことができ、前記機器は例えば注射器、ガラス瓶等であってもよい。部品のキットは、一回の使用又は反復使用のために包装することができ、含まれる構成要素は、例えば一回の使用後に処分される使い捨てであってもよく、反復使用することができる品質のものであってもよい。
【０３０２】
本発明の第6の態様は、部品のキットであって、
i）試料中のYKL−40濃度を測定するための手段と、
ii）前記測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段と、
iii）前記試料を提供した患者の年齢に応じて前記YKL−40基準濃度を年齢調整するやり方に関する使用説明書と、を含むキットに関する。
【０３０３】
試料中のYKL−40濃度を測定するための手段は、既知の濃度のYKL−40を含む1以上の溶液、洗浄液、直接又は間接的に基質に対する酵素の作用によって色又は明度が変化する色素体の溶液、検出することができるように標識に結合された抗YKL−40抗体、溶液を移すためのピペット、溶液のための試験管、及び、特に該試験管に挿入するように構成され、抗YKL−40ポリクローナル抗体を表面に担持した固体担体を含むことができる。また、該キットは、1以上の試料を同時又は個別に測定する際に使用する抗YKL−40抗体を担持した1以上の固体担体と、標識を発色させるために必要な試薬と、をさらに含むことができる。測定したYKL−40濃度を1つ以上のYKL−40基準濃度と比較するための手段は、未知試料と共に測定することができるYKL−40標準であってもよい。そのようなキットは、各試薬のための別々の容器を含むことができる。基準濃度は、「基準濃度」と題する節に記載した任意の基準濃度であってもよい。
【０３０４】
好ましくは、基準濃度は、以下に定義される年齢依存カットオフ値から選択される1つ以上の基準濃度である。
70パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．1＋0．02×年齢（歳）、
75パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．2＋0．02×年齢（歳）、
85パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．4＋0．02×年齢（歳）、
90パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．5＋0．02×年齢（歳）、
95パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．6＋0．02×年齢（歳）、及び
97．5パーセンタイル値:  ln（血漿YKL−40（μg／L））=3．9＋0．02×年齢（歳）。
【０３０５】
上記試験キットにおいて、試薬は保存瓶から供給してもよく、1以上の試験管に試薬又は対照を予め充填してもよい。
【０３０６】
キットの構成要素は、乾燥状態又は凍結乾燥状態で提供することができる。試薬又は構成要素を乾燥状態で提供する場合には、通常は適当な溶媒を添加して元の状態に戻す。溶媒は別の容器手段によって提供することもできる。
【０３０７】
本発明のキットは、通常、市販するために試薬を厳重に閉じこめるガラス瓶又はチューブ等の試薬を入れるための手段（所望のガラス瓶を保持する射出又はブロー成型プラスチック容器）を含む。また、キットは、アッセイ方法に関する1組の取扱説明書を含む。
【０３０８】
本発明の本態様の別の実施形態では、該キットは、YKL−40以外の他のバイオマーカーの検査を行うための手段を含み、他のバイオマーカーは、例えば以下の群から選択される1以上のバイオマーカーである:C反応性タンパク（CRP）、ESR、癌胎児性抗原（CEA）、CA−125、ヒト上皮細胞成長因子受容体2（HER2）、CA19−9、乳酸脱水素酵素（LDH）、KRAS発現、BRAF発現、インターロイキン、IL−6、IL−8、IL−4、TIMP1、VEGF、sUPAR、脳性ナトリウム利尿ペプチド（BNP）、インターロイキン、腫瘍壊死因子−α、ホモシステイン、アミロイドAタンパク質、妊娠関連血漿タンパク質A、トロポニン、可溶性細胞間接着分子1、可溶性UPAR、III型プロコラーゲンアミノ末端プロペプチド（p−III−NP）、単球遊走因子1、フィブリンDダイマー、成長分化因子15、虚血変性アルブミン、リポタンパク関連ホスホリパーゼA2、マトリックスメタロプロテイナーゼ、ペントラキシン3、IIA型分泌性ホスホリパーゼA2、細胞間接着分子1、心臓由来脂肪酸結合タンパク（H−FABP）、ミオシン軽鎖1（MLC−1）、P−セレクチン及びCKMB。あるいは、該器具は、「他のバイオマーカー」と題する節に記載する他のバイオマーカーを分析するための手段を含む。好ましくは、該キットは、C反応性タンパク及び／又は脳性ナトリウム利尿ペプチド及び／又はホモシステインをアッセイするための手段を含む。
【０３０９】
本発明に係るキットは、「器具」と題する節に記載した本発明に係る器具をさらに含むことができる。
【０３１０】
本願明細書に引用する全ての特許文献と非特許文献は、その全体を参照によって本願明細書に援用する。
【実施例】
【０３１１】
以下の実施例は例示のみを目的とするものであり、特許請求の範囲に記載された本発明の範囲を限定するものではない。
【０３１２】
実施例1
健常者の血漿YKL−40濃度及び独立危険因子としての血漿YKL−40
【０３１３】
方法
参加者
デンマーク人の一般集団についての集団プロスペクティブ調査（Copenhagen  City  Heart  Studyの1991〜1994年の検査）を使用した（非特許文献36，37）。コペンハーゲン居住者の性別及び年齢を5歳区間の群に階層化し、20歳以上の参加者をランダムに選択した。参加を募った17180人の患者のうち、10135人が参加し、8899人の参加者からYKL−40測定のために血漿を採取した。参加者固有のCentral  Person  Registry番号を使用して、1991〜1994年のベースラインから2007年7月まで参加者を16年間追跡した。追跡は100％完了した。約99％がデンマーク系の白人だった。血液採取時（1991〜1994年）に、1763人の参加者が血漿YKL−40濃度の増加を伴うことが知られている疾患（癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患、喘息、関節リウマチ、炎症性腸疾患又は肺炎）に罹患していた。追跡中に、3526人がこれらの疾患の少なくとも1つを発病した。3059人が死亡した。3610人の参加者が追跡終了時まで健康だった。
【０３１４】
2001〜2003年の検査において、Copenhagen  City  Heart  Study群の929人の参加者の血液試料中の血漿YKL−40濃度を再び測定した。これらの参加者は1991〜1994年及び2001〜2003年の検査において既知の疾患を有していないとして選定され、回帰希釈バイアス（regression  dilution  bias）の補正を可能にした（非特許文献36）。
【０３１５】
参加者は自己記入質問書に書き込み、出席日に参加者と調査官が確認した。参加者は喫煙習慣に関して報告し、喫煙習慣が全くなかった者、過去に喫煙習慣があった者及び現在喫煙習慣がある者に細分した。
【０３１６】
エンドポイント
参加者固有のDanish  Central  Person  Registry番号を使用して、死亡及び病気に関する情報を3つの集団登録から集めた。死亡に関する情報は、Danish  Civil  Registry  Systemから得た（非特許文献36）。1976年から2007年7月までのICD8及びICD10コードにおける病気に関する情報はDanish  Patient  Registry（非特許文献34）から入手し、血漿YKL−40濃度の増加を伴う疾患（虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患、喘息、関節リウマチ、炎症性腸疾患又は肺炎）に細分した。癌の診断は、デンマークにおける全ての癌の98％を特定する（非特許文献35，36）Danish  Cancer  Registry（1947年から2004年）、及びDanish  Patient  Registry（2004年から2007年7月）から入手した。
【０３１７】
倫理
全ての参加者は書面によるインフォームドコンセントを提供した。調査は、Herlev病院及びデンマーク倫理委員会（No．100．2039／91及び01−144／01、Copenhagen  and  Frederiksberg  committee）によって承認され、ヘルシンキ宣言に従って行われた。
【０３１８】
YKL−40分析
血漿YKL−40濃度は、12〜15年にわたって−80℃で凍結した試料を使用し、ストレプトアビジンでコーティングされたマイクロプレートウェル、ビオチン化Fabモノクローナル捕捉抗体、アルカリホスファターゼで標識されたポリクローナル検出抗体を使用して市販の2部位サンドイッチ型酵素免疫測定法（ELISA）（Quidel，米国カリフォルニア州）（非特許文献36）によって測定した。ELISAの回収率は102％であり、検出限界は10μg／Lだった。検定内変動係数は、5％（40μg／L）、4％（104μg／L）、4％（155μg／L）だった。検定間変動係数は<6％だった。
【０３１９】
統計分析
STATAバージョン10．0（Stata  Corp  LP、テキサス州College  Station）を使用した。両側P<0．05を有意であるとみなした。Mann−Whitney順位和検定とスピアマンのρ相関係数を使用した。血漿YKL−40濃度は、性別及び10歳年齢層における血漿YKL−40濃度パーセンタイル値に応じて区分に階層化した。パーセンタイル値区分は、0〜33％、34〜66％、67〜90％、91〜95％、96〜100％であった。表3では、3つのパーセンタイル値区分（0〜33％、34〜90％、91〜100％）のみを使用した。
【０３２０】
Kaplan−Meier曲線を使用して、全ての参加者について左側切断年齢及び追跡時間に対して累積生存率をプロットした。また、Kaplan−Meier曲線を使用して、癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患及び喘息に罹患した参加者の下位群について追跡時間に対して累積生存率をプロットした。血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分間の差をログランク検定を使用して調べた。死亡のハザード比及び95％信頼区間をCox回帰分析を使用して算出した。ハザード比は、血液採取時点の性別、年齢（十分位数）、喫煙習慣（なし／過去にあり／現在あり）等のその他の危険因子に応じて調節した。傾向検定では、0、1、2、3、4又は0、1、2（表3の結果についてのみ）とラベルした血漿YKL−40濃度上昇区分を連続型変数としてCox回帰分析において使用した。傾向検定のP値は、YKL−40区分のあるモデルにネストされたYKL−40区分のないモデルの尤度比検定のChi−二乗値（1df）を使用して算出した。Schonefeld残差に基づいて時間の経過に伴う危険の比例性を調べたが、バイオレーションは見られなかった。ベースライン共変量に関する情報は99％超完全だった。共変量に関する不完全な情報を有する個体は多因子解析から除いた。ハザード比は、ノンパラメトリック方法を使用して回帰希釈バイアスについて補正した（非特許文献36）。この補正では、1991〜1994年のベースライン検査及び2001〜2003年の追跡調査の両方に参加した929人の健常者の血漿YKL−40濃度を使用した。ただし、主な分析は全ての参加者（8899人）に対して行った。0．8042という回帰希釈率（regression  dilution  ratio）を算出した。
【０３２１】
血液採取時点の共変量（性別、年齢（<50、50〜70、>70）、喫煙習慣（なし／過去にあり／現在あり））を含むポアソン回帰モデルからの回帰係数を使用して、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分による絶対10年死亡率（absolute  10−year  mortality）を推定した。絶対死亡率は、推定発病率（事象／10年）（％）として示される。
【０３２２】
結果
健康な参加者の血漿YKL−40濃度
調査対象集団は、20〜95歳（平均:59歳）の8899人の参加者（女性:56％）からなる。表4に、年齢と性別について調整した血漿YKL−40パーセンタイル値区分による全参加者のベースライン特性を示す。7136人（80％）の参加者は、1991〜1994年の血液採取時点で既知の疾患に罹患していなかった。16年間の追跡期間中に、3576人が疾患を発病し、3610人の参加者が追跡終了時まで健康だった。これらの健康な参加者の血漿YKL−40濃度の中央値は42μg／Lだった（2．5〜97．5パーセンタイル値範囲:14〜168μg／L;90パーセンタイル値  92μg／L;95パーセンタイル値  124μg／L）。男性及び女性において血漿YKL−40濃度は年齢と共に上昇した（傾向検定  p<0．0001）（図1）。血漿YKL−40濃度と年齢とのスピアマンρ相関係数は0．41だった（p<0．0001）。男性及び女性において血漿YKL−40の差はなかった（Mann−Whitney  U;p=0．27）。
【０３２３】
図2は、第1回目のYKL−40濃度測定を1991〜1994年の検査時に採取した血液によって行い、第2回目のYKL−40測定を2001〜2003年の検査時に採取した血液によって行った929人の健康な参加者（女性:463人、男性:466人）の群における血漿YKL−40濃度を示す。平均上昇率は、女性の場合には0．5μg／L／歳（四分位範囲:−0．6〜2．1μg／L／歳）であり、男性の場合には0．8μg／L／歳（四分位範囲:−0．3〜2．9μg／L／歳）だった。これは、健康を維持している患者では血漿YKL−40が非常に安定していることを示し、回帰希釈率は0．8042と算出された。男女の間には統計的な差はなかった。
【０３２４】
1991〜1994年の血液採取時に既知の疾患に罹患しておらず、16年間の追跡期間にわたって健康を維持した（すなわち、癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患、喘息、関節リウマチ、炎症性腸疾患、肺炎を発病したり、死亡したりしなかった）2116人の健康な女性及び1494人の健康な男性の群におけるYKL−40の血漿中濃度を図3に示す。図3は、これらの健康な参加者の平均血漿YKL−40濃度、70パーセンタイル値（ln（血漿YKL−40）=3．1＋0．02×年齢（歳）として定義される）、75パーセンタイル値（ln（血漿YKL−40）=3．2＋0．02×年齢（歳）として定義される）、90パーセンタイル値（ln（血漿YKL−40）=3．5＋0．02×年齢（歳）として定義される）、95パーセンタイル値（ln（血漿YKL−40）=3．6＋0．02×年齢（歳）として定義される）を示す。女性と男性の数値を組み合わせた。
【０３２５】
血清CRP（Kushner  et  al，  2006）とは対照的に、男女間に血漿YKL−40濃度の差はなかった。また、健康な参加者の大集団において血漿YKL−40濃度が経時的に安定していることが証明された。
【０３２６】
第1回目のYKL−40濃度測定を1991〜1994年の検査時に採取した血液によって行い、第2回目のYKL−40測定を2001〜2003年の検査時に採取した血液によって行った929人の健康な参加者（女性:463人、男性:466人）の群における血漿YKL−40濃度の上昇率の中央値は、女性の場合には0．5μg／L／歳（四分位範囲:−0．6〜2．1μg／L／歳）であり、男性の場合には0．8μg／L／歳（四分位範囲:−0．3〜2．9μg／L／歳）だった。男女間の差は有意ではなかった。
【０３２７】
血漿YKL−40濃度の中央値は、健康を維持した参加者よりも、発病事象（癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患及び喘息）のあった参加者において高かった（表1）。
【０３２８】
炎症バイオマーカーである血清C反応性タンパク（CRP）の僅かな上昇によって健康な個体及び疾患に罹患した個体の両方で死亡が予測されることが示されているため（Kushner  et  al，  2006）、低い血漿CRP濃度（≦1．75mg／L）を有する参加者における血漿YKL−40濃度の予測的意義も調べた。血漿YKL−40濃度の予測的意義がCRPに依存していないか否かを調べた。低い血漿CRP濃度（≦1．75mg／L）を有する4453人の参加者では、死亡のハザード比は、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が34〜66％の場合には1．0（95％CI、0．8〜1．2）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が67〜90％の場合には1．4（1．1〜1．7）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が91〜95％の場合には2．3（1．6〜3．3）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が0〜33％の場合には3．4（2．5〜4．8）であった（傾向log10p:12．1）。同様な結果が血漿CRP濃度が>1．75mg／Lの参加者でも見られた（傾向log10p:18．3）（表2）。従って、これらの患者では、血漿YKL−40濃度が上昇すると死亡のハザード比が非常に有意に上昇し、血漿YKL−40濃度は血漿CRP濃度とは独立であることが確認された。
【０３２９】
高い血漿YKL−40濃度と高い死亡の危険性は、特定の種類の疾患に関連しておらず、1991〜1994年の血液採取時の前又は16年間の追跡期間において癌、虚血性心臓血管疾患、肝臓疾患、糖尿病、慢性閉塞性肺疾患と診断された参加者において見られた。
【０３３０】
高い血漿YKL−40濃度と高い死亡の危険性との連関は、喫煙の状況と死亡の危険性との連関と同等又はそれより高かった。また、喫煙状況、年齢、性別を含む多変量Cox分析により、血漿YKL−40が独立した危険因子であることが示された。すなわち、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分は、年齢、性別、血漿CRP濃度、喫煙状況又は疾患（癌、虚血性心臓血管疾患及び高い血漿YKL−40濃度を伴う他の疾患）とは独立した早期死亡のリスク因子であることが示された。血漿YKL−40濃度の上昇は喫煙に連関していた（傾向、p=0．0005）。
【０３３１】
デンマーク人の成人一般集団における調査により、高い血漿YKL−40濃度は早期死亡を予測するものであることが判明した。高い血漿YKL−40濃度を有する参加者と低い血漿YKL−40濃度を有する参加者との間の生存年齢の中央値の差は14歳であり、血液採取後に15年間の追跡において生存している参加者の割合の差は26％だった。
【０３３２】
特徴がよく理解された被験者の大規模な群において、長い追跡期間にわたって、追跡調査におけるロスを伴わずに、血漿YKL−40の予測的意義を評価したことが本調査の強みである。
【０３３３】
一般集団における死亡のリスク因子としての血漿YKL−40濃度
16年間の追跡期間中に8899人の参加者のうちの3059人が死亡した。高い血漿YKL−40濃度（5つの性別及び10歳年齢パーセンタイル値区分に分割）は、全ての原因の早期死亡のリスク増大と関連を有していた（ログランク試験、p=3．8＊10-46）（表3及び図4A）。低い血漿YKL−40濃度を有する参加者（パーセンタイル値0〜33％）の生存年齢中央値は83歳であり、15年生存率は70％だったのに対し、高い血漿YKL−40濃度を有する参加者（パーセンタイル値96〜100％）の生存年齢中央値は69歳であり、15年生存率は44％だった。従って、高い血漿YKL−40濃度の生存年齢中央値及び15年生存率に与える影響は、喫煙状況と同等であるか又はより高くすらあった（表3及び図4A）。
【０３３４】
複数の要因（血液採取時の性別、年齢、喫煙状況）によって調整した全死亡のハザード比は、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が0〜33％の場合に対して、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が34〜66％の場合には1．2（95％CI、1．1〜1．3）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が67〜90％の場合には1．6（1．4〜1．8）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が91〜95％の場合には2．3（1．9〜2．8）、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が96〜100％の場合には2．8（2．4〜3．4）だった（p−傾向、p=1．0＊10-37）。これらの推定値は、事故死について調整した後でも一定のままだった（表2）。死亡のハザード比（HR）は、血漿YKL−40濃度に応じて、性別及び10年年齢パーセンタイル値区分において算出した。
【０３３５】
癌に罹患した参加者、虚血性心血管疾患に罹患した参加者、及びその他の疾患に罹患した参加者では、高い血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分と多因子調整死亡ハザード比との間で非常に有意な関連が見られた（傾向log10pはそれぞれ11．4、12．5、及び15．1）（表2）。
【０３３６】
絶対10年死亡率
最も低い絶対10年死亡率は、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分0〜33％に属する50歳未満の喫煙したことのない女性における1．2％だった（図4B）。絶対10年死亡率は女性よりも男性で高く、年齢が上昇すると共に上昇し、喫煙状況が「なし」→「過去にあり」→「現在あり」という順で上昇した。最も高い絶対10年死亡率は、血漿YKL−40濃度パーセンタイル値区分が96〜100％の70歳を超える喫煙者の男女における78％及び90％だった（図4B）。
【０３３７】
結論として、一般集団からの被験者についてのこの大規模なプロスペクティブ調査において、喫煙の如何にかかわらず、高い血漿YKL−40濃度と早期死亡との強い連関が見出された。
【０３３８】
【表１】
2012502285.tif 000013
【０３３９】
【表２】
2012502285.tif 000014
【０３４０】
【表３】
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【０３４１】
【表４】
2012502285.tif 000016
【０３４２】
実施例2
健常者の血清YKL−40濃度の毎日、毎週及び長期の変動
【０３４３】
材料及び方法
基準区間
245人の健常者（女性／男性:134／111、年齢中央値:49歳、範囲:18〜79歳）から血清を採取した。
【０３４４】
毎日の変動
16人の健常者（女性／男性:10／6、年齢中央値:48歳、範囲:32〜66歳）から、24時間中に7回（1日目:午前10時、午後1時、午後4時、午後7時、午後10時、2日目:午前7時、午前10時）血清を採取した。
【０３４５】
3週間にわたる日ごとの変動
病院職員から募集した38人の被験者（女性／男性:21／17、年齢中央値:41歳、範囲:22〜66歳）から、3週間にわたって（1、2、8、15、22日目）5回、午前8時に血清を採取した。8日目には、午後2時にも血清を採取した。
【０３４６】
2年間にわたる週ごとの変動
病院職員から募集した23人の被験者（女性／男性:14／9、年齢中央値:42歳、範囲:31〜66歳）から、3週間に5回（1、2、8、15、22日目）午前8時に血清を採取し、6、12、24ヵ月後に採取を繰り返した。
【０３４７】
3年間における変動
30人の健康な女性（年齢中央値:48歳、範囲:24〜62歳）から、4週間に5回（1、8、15、22、29日目）午前8時及び午前10時に血清を採取し、21人の被験者については3年後に採取を繰り返した。
【０３４８】
運動後の変動
14人の健常者（女性／男性:10／4、範囲:35〜64歳）から、身体運動前、自転車エルゴメータを使用した25分間の二相性運動プログラムの直後、並びに運動の1時間後及び3時間後に血清を採取した。本調査に含まれる健常者は、病歴を有しておらず、いかなる症状も経験しておらず、疾患の兆候を有しておらず、いかなる薬も服用していなかった。
【０３４９】
倫理
調査は、地域科学倫理委員会によって承認され、ヘルシンキ宣言に従って行われた。被験者には口頭及び書面で調査について説明し、全ての被験者が書面によるインフォームドコンセントを提供した。いつでも調査への参加を止めることができることを全ての被験者に伝えた。
【０３５０】
YKL−40  ELISA
病気のプロセスに関連せず、方法に起因する変動性による血清YKL−40の変化を最小限にするために、血液試料を適切に取り扱うことが重要である（非特許文献36）。血液試料は室温で凝固させ、0．5〜2時間以内に最低2500gにて10分間遠心分離し、分析を行うまで血清を−80℃で保存した。血清YKL−40濃度は、ストレプトアビジンでコーティングされたマイクロプレートウェル、ビオチン化Fabモノクローナル捕捉抗体、アルカリホスファターゼで標識されたポリクローナル検出抗体を使用して市販の2部位サンドイッチ型酵素免疫測定法（ELISA）（Quidel，米国カリフォルニア州）（36）によって測定した。ELISAの回収率は102％であり、検出限界は20μg／Lだった（非特許文献36）。検定内変動係数（CV）は≦5．0％であり、検定間CVは≦10．2％だった（個人観察）。各被験者からの試料を同一のELISAプレート上で分析した（非特許文献38）。
【０３５１】
統計分析
血清YKL−40の記述統計は、中央値又は幾何平均、変動係数、95％信頼区間及び範囲によって示した。血清YKL−40の分布は非対称であり、従って対数変換(自然)を統計的推定に使用した。基準区間は、対数スケールのYKL−40の線形回帰を使用して推定した。経時的に分析した血清YKL−40の変動(24時間、3週間、6カ月、12カ月、24カ月、3年間における変動性)をCVによって表し、YKL−40 ELISAのアッセイ内及びアッセイ間CVと比較した。被験者内、被験者間及びラウンド間の分散成分を、対数変換され(複合モデル)、幾何平均の変動係数で示されるYKL−40のランダム効果モデルを想定して推定した（Kirkwood，1979）。単一個体におけるYKL−40の2つの測定値間の差の95％信頼限界は対数スケール上で算出し、逆変換した。全変動に対する被験者間の相対的均一性は級内相関係数によって推定した。長期的な日々変動と身体運動の分析における血清YKL-40は、反復測定による一般線形モデルを使用して分析した。P値<5％を有意であるとみなした。多重試験のP値は、ボンフェローニの補正を使用して補正した。全ての統計計算はSAS（9．1、SAS  Institute、米国ノースカロライナ州ケーリー）を使用して行った。
【０３５２】
結果
健常者の血清YKL−40濃度の中央値は43μg／L（範囲:20〜184μg／L;5−95％区間:20〜124）であり、男女間で差はなかった（P=0．54）。血清YKL−40濃度は年齢と共に上昇した（ρ=0．45;P<0．0001）。血清YKL−40濃度を従変数（対数変換）として、年齢及び性別を説明変数として、線形回帰によって年齢及び性別について調整した血清YKL−40濃度の正規化基準区間を作成した。上限は、所与の年齢及び性別について95パーセンタイル値と定義した。年齢調整した被験者間CVは45％だった。
【０３５３】
図5は、24時間のうちの7時点における血清YKL−40濃度の1日における変動を示す。平均血清YKL−40濃度は午前10時から午後10時（P=0．01）に23％上昇したが、多重試験について補正した場合には有意ではなかった。その他の有意差は観察されなかった。
【０３５４】
25分のサイクリング後に血清YKL−40濃度の変化は見られなかった（P>0．08、直線モデル）。
【０３５５】
図6は、3週間のうちの6時点における血清YKL−40濃度の1週毎の変動を示す（午前8時、1、2、8、15、22日目）。各被験者における測定日間の血清YKL−40濃度のCVの中央値は16％だった。8日目には試料を午前8時と午後2時に採取し、血清YKL−40濃度は僅かに上昇していた（47μg／Lから52μg／L、8％の差、P<0．0001）。
【０３５６】
図7は、3週間のうちの5時点における血清YKL−40濃度の変動（午前8時、1、2、8、15、22日目、第1ラウンド）、並びに6ヵ月後（第2ラウンド）、12ヵ月後（第3ラウンド）及び24ヵ月後（第4ラウンド）に繰り返した際の血清YKL−40濃度の変動を示す。各患者の血清YKL−40濃度の測定日間のCVの中央値は、全体で16％（範囲:0〜92％）、第1ラウンドが16％（範囲:0〜63％）、第2ラウンドが19％（範囲:5〜92％）、第3ラウンドが15％（範囲:0〜64％）、第4ラウンドが21％（範囲:0〜47％）だった。4つのラウンドにわたって系統的な上昇又は減少は検出されなかった（P=0．09）。対数変換した血清YKL−40濃度の無作為影響モデルを使用した分散成分の推定は、被験者内CVが27．3％、24ヶ月のCVが8．8％だった。経時的変動及び検定間変動を含む被験者内CVは24ヶ月の期間において30．2％だった。24ヵ月間の級内相関係数は72．4％だった。検定間変動を含んだ被験者内血清YKL−40濃度の推定変動は、第2のYKL−40濃度測定値が52％減少するか又は109％上昇した場合には、同一の被験者の2つの測定値間の差についての95％信頼限界となり、この規模の差は有意であって、分析前のコンディション、方法に起因する変動及び正常な生物学的変動を反映しているだけではない。
【０３５７】
図8は、1ヶ月のうちの5時点における血清YKL−40濃度の1週毎の変動及び3年後の同様な変動を示す。血清YKL−40濃度のCVの中央値は17％（第1ラウンド）及び13％（第2ラウンド）だった。両方のラウンドについて分析した被験者では（n=21）、2つの期間の間に血清YKL−40濃度の変化は見られなかった（P>0．37、直線モデル）。対数変換した血清YKL−40濃度の無作為影響モデルを使用した分散成分の推定は、被験者内CVが26．0％、3年間のCVが7．3％だった。経時的変動及び検定間変動を含む被験者内CVは28．8％だった。患者内変動及び経時的変動を含む被験者間変動は54％だった。3年間の級内相関係数は72．2％であり、被験者間変動に対して比較的低い被験者内変動を示唆している。
【０３５８】
結論
本調査により、短期間及び最大3年間の長期サンプリング期間にわたって、健常者における血清YKL−40濃度は、検定間変動を含む被験者内CVが〜30％の範囲で安定していることが証明された。血清YKL−40濃度の被験者間変動は正規化基準区間を判定する調査において45％であり、本研究における健常者に対するその他の調査と同様だった。
【０３５９】
2年間及び3年間の級内相関係数は72．4％及び72．2％であり、被験者間変動に対して比較的低い被験者内変動を示唆している。本調査における級内相関は、他の血清学的マーカーについて見られた級内相関と同様であり、例えば、Ockene  et  al．は高感度C−反応性タンパク質について66％の級内相関を報告している（Ockene  et  al．，2001）。
【０３６０】
検定間変動を含んだ、健康被験者内の血清YKL-40レベルのこの推定変動によって、>109％の上昇又は>52％の減少が有意であり、分析前のコンディション、方法に起因する変動及び正常な生物学的変動を反映しているだけではないと考えられることが断定された。
【０３６１】
結論として、本調査により、血清YKL−40レベルは1日の間に有意に変動せず、また、身体運動の影響も無いことが示された。血清YKL−40レベルは被験者間変動と比較して被験者内変動が相対的に低いことが実証され、YKL−40は信頼できるバイオマーカーであることが確認された。
【０３６２】
実施例3
上部消化管癌  −  YKL−40の予後的及び予測的意義
【０３６３】
本研究の目的は、上部消化管癌に罹患した患者における、局所疾患に対する化学／放射線療法又は転移性疾患に対する化学療法の場合の、YKL−40及びIL−6の血漿濃度の予後的及び予測的意義を調べることである。
【０３６４】
患者及び方法
研究対象集団
CORGI研究:局所上部消化管癌に罹患した40人の患者に対して化学／放射線療法の効果に関する長期研究を行った。Xelox（1日目:オキサリプラチン130mg／m2静脈投与、1〜14日目:カペシタビン1000mg／m2経口投与を1日2回、3週間毎）の2回のサイクル前後に血漿試料を採取した。次に、Xelox投与量を減少（1日目:オキサリプラチン30〜60mg／m2静脈投与、放射線治療中毎日:カペシタビン675〜750mg／m2経口投与を1日2回）させながら、肉眼的腫瘍体積に対して放射線治療（50．4Gy、1．8G毎）を行った。胃癌及び膵臓癌の患者では、放射線治療は隣接リンパ節に対しても行った（41．4Gy、1．8Gy毎）。化学放射線療法の終了から4〜6週間後に血漿試料を採取した。
【０３６５】
GITAC研究:転移性上部消化管癌に罹患した70人の患者に対して、ドセタクセル45mg／m2又はイリノテカン180mg／m2（2週間毎）及び5−FU／ロイコボリン（500mg／m2＋60mg／m2×2、Nordic  schedule、ただし胃癌患者はde  Gramont  schedule）による連続治療の効果に関する長期研究を行った。化学療法開始後2週間、4週間、6週間、8週間の時点で血漿試料を採取した。
【０３６６】
YKL−40分析
製造会社の取扱説明書に従い、2サイド・サンドイッチELISA（Quidel、米国カリフォルニア州）によって血漿YKL−40濃度を測定した。感度は20μg／Lであり、検定内変動係数及び検定間変動係数はそれぞれ≦5．0％及び≦8．4％だった。検定間変動を排除するために、各患者の試料は同一の検定で分析した。バッチ番号が同じであるELISAキットを全ての患者に使用した。
【０３６７】
健常者の血漿YKL−40濃度
薬物投与を受けておらず、関節、肝臓、代謝性又は内分泌系疾患又は悪性腫瘍等の既存の障害の兆候を示さない234人の健常者において血漿YKL−40の基準区間を測定した（非特許文献38）。
【０３６８】
統計的分析I  −  図9A、図9B、図10、図11、図12、図13、及び表5の根拠
このバイオマーカー研究の臨床エンドポイントは、化学療法前のベースライン血液採取からあらゆる原因による死亡までの時間として決定される、全生存期間とした。疾病状態と生存期間に関する全てのデータは、全ての患者が死亡していた2008年に更新した。血漿YKL−40濃度は、ベースライン時点ならびに1回目、2回目、3回目及び4回目の治療後に検討した。Kruskal−Wallis検定を使用してノンパラメトリックデータ分散を有する3以上の独立した群を比較した。全生存期間についての生存確率はKaplan−Meier法によって推定し、層間差の検定はログランク統計を使用して行った。Kaplan−Meier生存推定値を使用した血漿YKL−40濃度の表示では、三分位（正常、わずかに／中程度に上昇、著しく上昇）で患者をグループ化した。連続共変量の全生存の分析及び多変量解析はCox比例ハザードモデルを使用して行った。血漿YKL−40は、対数スケール上の実際の数値として入力した（底を2とする）。モデル評価は図式解法を使用して行った。治療中の更新された血漿YKL−40濃度の分析は時間依存Cox比例ハザードモデルを使用して行った。P値<5％を有意であるとみなした。全ての計算はSAS（9．1、SAS  Institute、米国ノースカロライナ州ケーリー）を使用して行った。
【０３６９】
統計分析II  −  図14及び図15の根拠
このバイオマーカー研究の臨床エンドポイントは、化学療法前のベースライン血液採取からあらゆる原因による死亡までの時間として決定される全生存期間とした。疾病状態と生存期間に関する全てのデータは、2008年9月（CORGI研究）及び2008年1月（GITAC研究）に更新した。血漿YKL−40濃度及び血漿IL−6濃度は、ベースライン時点及び治療中に検討した。血漿YKL−40濃度及び血漿IL−6濃度の記述統計は中央値及び範囲で示した。順位統計を位置及びパフォーマンスステータスの検定（Wilcoxon順位和）及び連関の測定（Spearman順位相関）に使用した。連続共変量の全生存の分析及び多変量解析はCox比例ハザードモデルを使用して行った。ベースライン時点の血漿YKL−40濃度及び血漿IL−6濃度は、対数スケール上の実際の数値として入力した（底を2とする）。放射線化学療法の終了から4〜6週間後の生存分析はCORGI研究のランドマーク法を使用して行い、化学療法の開始から2、4及び6週間後の生存分析はGITAC研究のランドマーク法を使用して行った。ベースライン値に対する血漿YKL−40濃度及び血漿IL−6濃度の比を時系列データの分析に使用した。モデル評価は図式解法を使用して行った。全生存期間についての生存確率はKaplan−Meierによって推定し、層間差の検定はログランク統計を使用して行った。患者は、ベースライン値と比較した血漿YKL−40濃度及び血漿IL−6濃度の中央比によって二分した。P値<5％を有意であるとみなした。全ての計算はSAS（9．1、SAS  Institute、米国ノースカロライナ州ケーリー）を使用して行った。
【０３７０】
結果
患者の治療前YKL−40濃度
局所上部消化管癌に罹患した患者のベースライン血漿YKL−40濃度の中央値（中央値:64μg／L、範囲:20〜545）は、健常者（中央値:34μg／L、範囲:20〜258）と比較して高かった（p<0．001）（表5）。転移性上部消化管癌に罹患した患者のベースライン血漿YKL−40濃度の中央値（中央値:127μg／L、範囲:20〜2869）は、健常者（中央値:34μg／L、範囲:20〜258）と比較して高かった（p<0．001）（表5）。局所膵臓癌に罹患した患者の33％、局所胆道癌又は胃癌に罹患した患者の50％、転移性膵臓癌に罹患した患者の81％、転移性胆道癌に罹患した患者の85％及び転移性胃癌に罹患した患者の77％において、血漿YKL−40濃度が上位（upper）正常濃度（健常者の年齢補正上側95パーセンタイル値と定義）よりも高かった（表5）。
【０３７１】
【表５】
2012502285.tif 000017
【０３７２】
図9Aは、転移性上部消化管癌に罹患した患者における、個々の血漿YKL−40濃度並びに年齢及び癌の種類を示す。比較として、健常者の血漿YKL−40濃度も示す。
【０３７３】
図9Bは、局所上部消化管癌に罹患した患者、転移性上部消化管癌に罹患した患者及び慢性膵炎に罹患した患者における個々の血漿YKL−40濃度を示す。比較として、健常者の血漿YKL−40濃度も示す。
【０３７４】
転移性上部消化管癌に罹患した患者では、治療前血漿YKL−40濃度はパフォーマンスステータスと関連を有さず（p=0．08）、血清CA19−9（p=0．39）及びCEA（p=0．78）との相関はなかった。
【０３７５】
治療前血漿YKL−40濃度と全生存  −  統計分析Iに基づく
局所上部消化管癌に罹患した患者では、治療前血漿YKL−40濃度（対数変換、連続共変量として扱った）は、YKL−40が全生存とは関連を有していないことを示した（HR=0．80、95％CI  0．51−1．24、p=0．31）。
【０３７６】
追跡時に転移性上部消化管癌の患者は全て死亡した。生存期間の中央値は8．6ヵ月（範囲:1〜38）だった。治療前血漿YKL−40濃度（三分位で分化）によって階層化したKaplan−Meier生存推定を図10に示す。診断群によって階層化した治療前血漿YKL−40濃度（対数変換、連続共変量として扱った）は、治療前YKL−40が転移性上部消化管癌に罹患した患者の全生存（HR=1．21、95％CI:0．93−1．58、p=0．15）及び無増悪生存（HR=1．12、95％CI:0．87−1．46、p=0．35）と関連を有していないことを示した。
【０３７７】
追跡時の血漿YKL−40濃度と全生存の予測  −  統計分析Iに基づく
放射線治療後に局所上部消化管癌の患者から試料を採取した。放射線治療終了後の血漿YKL−40濃度（ベースライン値に対する放射線治療終了時の血漿YKL−40濃度の比として定義）の単変量解析は、局所上部消化管癌に罹患した患者において、血漿YKL−40の上昇が全生存期間の短さと関連を有することを示した（HR=2．42、95％CI:1．16−5．04、p=0．019）。対応するKaplan−Meier生存推定を図13に示す。局所膵臓癌に罹患した患者のみについて分析した。
【０３７８】
化学療法後に転移性消化管癌の患者から試料を採取した。治療中、転移性膵臓癌の患者では血漿YKL−40濃度が上昇し（p<0．01）、胃癌及び胆道癌の患者では血漿YKL−40濃度は変化しなかった（図11）。4週間の放射線治療後の血漿YKL−40濃度（三分位で分化、ランドマーク検定）によって階層化したKaplan−Meier生存推定を図12に示す。治療の4週間後に高い血漿YKL−40濃度を有する患者は正常な血漿YKL−40濃度を有する患者よりも生存期間が有意に短かった（p=0．007、ログランク検定）。
【０３７９】
診断群、年齢、パフォーマンスステータス及び4週間の治療後の血漿YKL−40を含む多変量解析は、YKL−40が全生存期間（HR=1．54、1．08−2．19、p=0．017）及び無増悪期間（HR=1．46、1．01−2．02、p=0．04）を予測する上で有意であることを示した。
【０３８０】
治療前血漿YKL−40濃度と全生存期間  −  統計分析IIに基づく
CORGI研究:追跡時には1人の患者が生存していた。生存期間の中央値は12．0ヵ月（95％CI  9．0−16．8）だった。膵臓癌に罹患した患者の治療前血漿YKL−40濃度（対数変換、連続共変量）の単変量解析は、治療前YKL−40が全生存期間と関連を有していないことを示した（HR=0．86、95％CI  0．63−1．16、p=0．32）。
【０３８１】
GITAC研究:追跡時には全ての患者が死亡していた。中央生存期間は8．4ヵ月（範囲:1〜38、95％CI  7．7−10．7）だった。治療前血漿YKL−40濃度（対数変換、連続共変量）の単変量解析は、膵臓癌（HR=1．16、95％CI  0．84−1．62、p=0．36）、胃癌（HR=1．12、0．85−1．48、p=0．43）、胆道癌（HR=1．07、0．74−1．55、p=0．72）に罹患した患者において治療前YKL−40が全生存期間と関連を有していないことを示した。
【０３８２】
治療時及び追跡時の血漿YKL−40濃度と死亡予測  −  統計分析IIに基づく
CORGI研究:2回のXeloxサイクル後かつ放射線化学療法の開始直前において、膵臓癌に罹患している23人（85％）の患者で血漿YKL−40濃度が上昇していた。放射線化学療法の終了後4〜6週間では、10人（42％）の患者は治療前濃度よりも低い血漿YKL−40濃度を有していた。放射線化学療法の終了から4〜6週間後における膵臓癌の患者の血漿YKL−40濃度（ベースライン値に対する比、連続共変量）の単変量解析は、高いYKL−40比率は全生存期間の短さと関連を有することを示した（HR=3．27、1．40−7．63、p=0．006）。放射線化学療法終了4〜6週間後における対応するKaplan−Meier生存推定を図14に示す。多変量解析（PS、YKL−40及びIL−6、連続変量）は、治療終了から4〜6週間後における血漿YKL−40濃度が短い生存期間についての独立したバイオマーカーであることを示した（HR=2．91、1．09−7．75、p=0．032）。
【０３８３】
GITAC研究:治療中、膵臓癌の患者では血漿YKL−40濃度がベースライン値と比較して上昇した（YKL−40:2週間  p=0．006、4週間  p=0．0002、6週間  p=0．0002）。化学療法の開始から2、4及び6週間後における膵臓癌の患者の血漿YKL−40濃度（ベースライン値に対する比、連続共変量）の単変量解析は、4週間後における高いYKL−40比が全生存期間の短さと関連を有することを示した（HR=1．35、1．06−1．72、p=0．017）。化学療法の開始から4週間後における対応するKaplan−Meier  YKL−40比推定を図15に示す。
【０３８４】
4週目についての膵臓癌患者の単変量解析において、実際の血漿YKL−40濃度値（対数変換）は有意だった（YKL−40:HR=1．50、1．06−2．13、p=0．023）。
【０３８５】
結論
本研究では、局所上部消化管癌に罹患した患者の38％及び転移性上部消化管癌に罹患した患者の81％が診断時に高い血漿YKL−40濃度を有してることが見出された。これらの数値は他の腺癌と比較して高く、上部消化管癌に罹患した患者の非常に不良な予後を反映するものである可能性がある。興味深いことに、局所膵臓癌に罹患し、放射線化学療法の終了から4〜6週間後に血漿YKL−40濃度がベースライン値と比較して変化しなかったか又は低下した患者は、血漿YKL−40濃度が上昇した患者と比較して生存が良好だった。転移性膵臓癌に罹患した患者でも、化学療法の開始から4週間後の血漿YKL−40濃度比について同様な結果が得られた。これらは全て新規な知見であり、治療中又は治療後の血漿YKL−40濃度の変化は上部消化管癌に罹患した患者を監視するための有用なバイオマーカーであることを示唆している。
【０３８６】
実施例4
転移性結腸直腸癌に罹患し、セツキシマブによる治療を受けている患者の高い治療前血漿YKL−40濃度は短い生存期間と関連を有する。
【０３８７】
患者
5−FU、オキサリプラチン及びイリノテカンに耐性を有する転移性結腸直腸癌に罹患した140人の患者（年齢中央値:63歳、範囲:36〜87歳、パフォーマンスステータス:0〜2）の予測長期研究。KRAS状態にかかわらず、患者に対してイリノテカン（130mg／m2）及びセツキシマブ（500mg／m2）による治療を2週間毎に行った。追跡期間の中央値は15ヵ月（範囲:2．5〜25ヵ月）だった。86人の患者が死亡した。ELISA（Quidel）によって血漿YKL−40濃度を分析した。KRASは、DxS  KRAS試験キット（Roche）を使用して分析した。
【０３８８】
結果
全生存期間の中央値は9．6ヵ月だった。86人（61％）の患者のKRAS状態を分析した（野生型n=47、変異型n=39）。KRAS野生型を有する患者の全生存期間は12．1ヵ月であり、KRAS変異型を有する患者では7．0ヵ月だった（p=0．08）。
【０３８９】
患者の66％において、治療前血漿YKL−40濃度（中央値:131μg／L、範囲:15〜1766）が高かった（すなわち、年齢補正濃度について、健常者の95パーセンタイル値よりも高かった）。血漿YKL−40濃度はKRAS状態に関連付けられなかった（p=0．39）。YKL−40はCEAと相関を有していた（r=0．32、p=0．0004）。
【０３９０】
単変量解析（対数変換した連続共変量（底は2））は、高い治療前血漿YKL−40濃度が短い全生存期間と関連を有することを示した（HR=1．29、95％CI  1．12−1．49、p=0．0006）。この解析において、67μg／L（第1の四分線）、131μg／L（中央値）又は259μg／L（第3の四分線）の血漿YKL−40濃度を有する患者の8ヵ月生存率は、それぞれ62％（95％CI:52−72）、54％（95％CI:45−64）、45％（95％CI:36−56）だった。これらの3群の全生存期間に関するKaplan−Meier曲線を図16に示す。
【０３９１】
多変量Cox分析（血漿YKL−40濃度、年齢、性別、パフォーマンスステータス、血清CEA）は、治療前YKL−40濃度（HR=1．20、95％CI:1．03−1．40、p=0．03）及びパフォーマンスステータス（0vs．1:1．71、0．99−2．94;0vs．2:3．62、1．98−7．03、p=0．001）は全生存期間についての独立した因子であることを示した。血清CEA（p=0．30）及びKRAS状態（p=0．13）はこのモデルでは有意ではなかった。
【０３９２】
結論
転移性結腸直腸癌に罹患しセツキシマブ及びイリノテカンによる治療を受けている患者では、高い治療前血漿YKL−40濃度は、全生存期間の短さの独立した予後バイオマーカーだった。従って、血漿YKL−40濃度はセツキシマブに対する応答に関する新たな予測バイオマーカーとなり得る。
【０３９３】
実施例5
転移性結腸直腸癌に罹患しイリノテカン及びセツキシマブによる治療を受けている患者の高い治療前血漿及び血清YKL−40濃度は、短い全生存期間及び短い無増悪生存期間と関連を有し、KRASとは独立している。
【０３９４】
患者
研究1:フルオロウラシル（5−FU）、オキサリプラチン及びイリノテカンに耐性を有する転移性結腸直腸癌に罹患した196人の患者の予測長期研究。患者に対して、三次イリノテカン（調査期間中、14日間の各周期の1日目に体表面1m2あたり130mgを投与）及びセツキシマブ（KRAS状態とは無関係に、1回目は体表面1m2あたり400mgを投与、その後2週間毎に体表面1m2あたり500mgを投与）による治療を行った。患者は疾病が進行するまで治療した。追跡期間の中央値は19ヵ月（範囲:6〜31ヵ月）だった。148人の患者が死亡した。本研究は、全患者群を含む実施例4の続きである。
【０３９５】
研究2:フルオロウラシル（5−FU）、オキサリプラチン及びイリノテカンに耐性を有する転移性結腸直腸癌に罹患した134人の患者の予測長期研究。患者に対して、三次イリノテカン（調査期間中、14日間の各周期の1日目に体表面1m2あたり130mgを投与）及びセツキシマブ（KRAS状態とは無関係に、1回目は体表面1m2あたり400mgを投与、その後週1回、体表面1m2あたり250mgを投与）による治療を行った。患者は疾病が進行するまで治療した。追跡期間の中央値は30ヵ月（範囲:14〜50ヵ月）だった。98人の患者が死亡した。
【０３９６】
方法
研究1の185人の患者からYKL−40分析用に治療前血漿を採取した。研究2の134人の患者からYKL−40分析用に治療前血清を採取した。市販のELISA（Quidel、米国カリフォルニア州）によって血漿YKL−40濃度（研究1）及び血清YKL−40濃度（研究2）を分析した。
【０３９７】
研究1の180人の患者及び研究2の99人の患者からKRAS突然変異状態を分析するために原発性腫瘍のDNAを得た。KRASは、DxS  KRAS試験PCRキット（Roche）を使用して分析した。
【０３９８】
統計分析
この研究の主要な臨床エンドポイントは、セツキシマブによる治療前のベースライン血液採取からあらゆる原因による死亡までの時間として決定される全生存期間とした。疾病状態と生存期間に関する全てのデータは、2009年7月2日（研究1）及び2009年3月9日（研究2）に更新した。患者が当該日付まで生存していたケースは除外した。第2のエンドポイントは疾病の進行までの時間（研究2のみ）とした。
【０３９９】
血漿又は血清YKL−40濃度は、ベースライン時点、すなわち1回目のセツキシマブによる治療の前に測定した。健常者（年齢補正）の血漿YKL−40濃度（研究1）及び血清YKL−40濃度（研究2）の異なるカットオフ値を選択した。すなわち、90、95、97．5、99、99．5及び99．9パーセンタイル値である。また、2つの患者群の血漿及び血清YKL−40濃度を三分位数に分け、カットオフ値として使用した。記述統計は中央値及び範囲で示した。順位統計を、血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度とKRAS及びパフォーマンスステータスとの連関の検定（Wilcoxon順位和）、並びに連関の測定（Spearman順位相関）に使用した。Kruskal−Wallis検定を使用してノンパラメトリックデータ分散を有する3以上の独立した群を比較した。疾病の進行及び死亡までの時間の測定値の分析はCox比例ハザードモデルを使用して行った。血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度は、対数スケール上の実際の数値（対数変換）（底は2）又は高濃度対正常濃度（健常者の95パーセンタイル値をカットオフ値として使用）として入力した。完全なデータを得られた場合のみを多変量解析に含めた。セツキシマブに対する応答の分析はロジスティック回帰を使用して行い、95％信頼限界（CI）を有するオッズ比（OR）及び受診者動作特性曲線（ROC）下の面積（AUC）を使用して結果を表した。モデル評価は図式解法を使用して行った。全生存の生存確率はKaplan−Meierによって推定し、層間差の検定はログランク統計を使用して行った。Kaplan−Meier生存推定を使用した表示では、血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度の三分位又は健常者の年齢補正YKL−40濃度のカットオフ値（90％、95％、97．5％、99％、99．5％、99．9％）で患者をグループ化した。モデル評価は、図式解法、シェーンフィールド及びマルチンゲール残差を使用して行った。P値<5％を有意であるとみなした。全ての計算はSAS（9．1、SAS  Institute、米国ノースカロライナ州ケーリー）を使用して行った。
【０４００】
結果
治療前血漿及び血清YKL−40濃度及び患者の人口学的特性
研究1及び研究2における転移性結腸直腸癌に罹患した患者のベースライン人口学的特性を表6に示す。2つの研究対象集団は類似している。研究1では38％がKRAS突然変異を有し、研究2では45％がKRAS突然変異を有していた。患者は、健常者と比較して有意に（p<0．001）高い治療前血漿及び血清YKL−40濃度を有していた。研究1の患者の52％及び研究2の患者の68％において、血漿及び血清YKL−40濃度が正常濃度（95パーセンタイル値をカットオフ値として使用）よりも高かった。YKL−40濃度はKRAS状態に関連付けられなかった（研究1:p=0．34;研究2:p=0．45）。
【０４０１】
【表６】
2012502285.tif 000018
【０４０２】
治療前血清YKL−40濃度及びセツキシマブ療法に対する応答
研究2のデータのみ:RECIST評価基準に従って、20人の患者を応答者（全て野生型）、76人の患者を非応答者（KRAS野生型:33、KRAS変異型:43）として分類した。これらの3群の対応する血清YKL−40濃度を表7に示す。最も高い血清YKL−40濃度は、治療に対して応答を示さない患者に見られた。KRAS野生型群についてロジスティック回帰を使用して応答を分析した。オッズ比（OR）推定値は以下の通りである。対数スケール上（底は2）の実際の数値として入力された血清YKL−40濃度:OR=1．34、95％CI:0．89−2．01、p=0．16、AUC=0．61;二分化レべルとして入力された血清YKL−40濃度:OR=1．68、95％CI:0．63−4．48、p=0．33。95％CIが1を含むのは、サンプルサイズが小さいことによる可能性が高い。
【０４０３】
血清YKL−40濃度はKRAS突然変異状態とは独立していた。高い血清YKL−40濃度は、セツキシマブによる治療に対する低い応答と関連を有していた。従って、YKL−40は、KRAS野生型を有する患者の中の真の応答者群（20／53、すなわち全てのKRAS野生型の約40％）を見出すために使用することができる。
【０４０４】
【表７】
2012502285.tif 000019
【０４０５】
治療前血清YKL−40濃度及び無増悪生存
研究2のデータのみ:無増悪生存期間は、最初の治療の日付から疾病の進行までの時間である。105人が疾病の進行を示した。単変量Cox解析は、高い治療前血清YKL−40濃度（対数変換した連続共変量（底は2））が短い無増悪生存期間と関連を有することを示した（HR=1．18、95％CI:1．01−1．39、p=0．042）。多変量Cox分析（YKL−40及びKRAS）は、血漿YKL−40濃度が無増悪生存率についての独立したバイオマーカーであり（HR=1．20、95％CI:1．02−1．41、p=0．026）、KRAS状態とは独立していることを示した。YKL−40のHRは1．20である（すなわち、YKL−40が2倍になるごとにハザードが20％増加する）。
【０４０６】
患者における血清YKL−40濃度の増加のKaplan−Meier曲線（三分位数をカットオフ値として使用）及び無増悪生存率を図18に示す。治療前血清YKL−40濃度の三分位が上がるに従って生存期間が有意に短くなることが観察された。
【０４０７】
血清YKL−40濃度はKRAS突然変異状態とは独立していた。高い血清YKL−40濃度は、セツキシマブによる治療に対する応答の悪さ及び無増悪生存期間の短さと関連を有していた。従って、YKL−40は、KRAS野生型を有する患者の中の真の応答者群（20／53、すなわち全てのKRAS野生型の約40％）を見出すために使用することができる。
【０４０８】
治療前血漿及び血清YKL−40濃度及び全生存
研究1:
全生存期間の中央値は10．0ヵ月だった。KRAS野生型を有する患者の全生存期間は11．3ヵ月であり、KRAS変異型を有する患者では7．5ヵ月だった（p=0．004）。
【０４０９】
単変量Cox解析は、高い治療前血漿YKL−40濃度（対数変換した連続共変量（底は2））が短い全生存期間と関連を有することを示した（HR=1．23、95％CI:1．09−1．39、p=0．0006）（表8）。この解析では、<84μg／L（第1の三分位）、≧84μg／Lかつ≦218μg／L（第2の三分位）、及び>218μg／L（第3の三分位）の血漿YKL−40濃度を有する患者の6ヵ月生存率は、それぞれ68％、72％、及び46％だった。これらの3群の全生存期間に関するKaplan−Meier曲線を図19Aに示す。最も高い血漿YKL−40濃度を有する患者で有意に短い生存期間が観察された。
【０４１０】
多変量Cox分析（血漿YKL−40濃度及びKRAS状態）は、治療前血漿YKL−40濃度（対数変換した連続変量（底は2））（HR=1．23、95％CI:1．09−1．39、p=0．0007）及びKRAS状態（変異型vs野生型:HR=1．67、1．17−2．39、p=0．0044）は全生存期間についての独立したバイオマーカーであることを示した。健常者の血漿YKL−40濃度（年齢補正95％値をカットオフ値として使用）に従って血漿YKL−40濃度を二分した場合の対応する結果を表8に示すが、ここでも血漿YKL−40濃度は有意であり（HR=1．83、95％:1．28−2．60、p=0．0008）、KRASとは独立していた。別の多変量Cox解析（血漿YKL−40濃度、KRAS、パフォーマンスステータス、年齢及び性別を含む）でも、やはり血漿YKL−40濃度は有意だった（HR=1．17、95％CI:1．02−1．33、p=0．021）。
【０４１１】
KRAS野生型を有する患者の血漿YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線（三分位数をカットオフ値として使用）及び全生存期間を図20Aに示し、KRAS変異型を有する患者の血漿YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線（三分位数をカットオフ値として使用）及び全生存期間を図20Bに示す。いずれの患者群でも、最も高い血漿YKL−40濃度を有する患者で有意に短い生存期間が観察された。
【０４１２】
健常者の年齢補正血漿YKL−40濃度のカットオフ値（90％、95％、97．5％、99％、99．5％、99．9％）に応じた研究1の全ての患者の血漿YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線及び全生存期間を図21A〜図21Fに示す。カットオフ値が増加すると生存が短くなり、HRが増加した。
【０４１３】
研究2:
全生存期間の中央値は7．1ヵ月だった。KRAS野生型を有する患者の全生存期間は10．1ヵ月であり、KRAS変異型を有する患者では6．0ヵ月だった（p=0．043）。
【０４１４】
単変量Cox解析は、高い治療前血清YKL−40濃度（対数変換した連続共変量（底は2））が短い全生存期間と関連を有することを示した（HR=1．30、95％CI:1．09−1．56、p=0．003）（表8）。この解析では、<94μg／L（第1の三分位）、≧94μg／Lかつ≦253μg／L（第2の三分位）、及び>253μg／L（第3の三分位）の血清YKL−40濃度を有する患者の6ヵ月生存率は、それぞれ67％、53％、及び31％だった。これらの3群の全生存期間に関するKaplan−Meier曲線を図19Bに示す。最も高い血清YKL−40濃度を有する患者で有意に短い生存期間が観察された。
【０４１５】
多変量Cox分析（血清YKL−40濃度及びKRAS状態）は、治療前血清YKL−40濃度（対数変換した連続変量（底は2））（HR=1．41、95％CI:1．18−1．69、p=0．0002）及びKRAS状態（変異型vs野生型:HR=1．57、1．02−2．42、p=0．042）は全生存期間についての独立したバイオマーカーであることを示した。健常者の血清YKL−40濃度（年齢補正95％値をカットオフ値として使用）に従って血清YKL−40濃度を二分した場合の対応する結果を表8に示すが、ここでも血清YKL−40濃度は有意であり（HR=2．13、95％:1．40−3．33、p=0．0008）、KRASとは独立していた。多変量Cox解析（血清YKL−40濃度、KRAS、パフォーマンスステータスを含む）では、血清YKL−40濃度（HR=1．36、95％CI:1．13−1．62、p=0．0009）、KRAS（HR=1．58、95％CI:1．03−2．44、p=0．037）、及びパフォーマンスステータス（HR=1．69、  95％:1．20−2．39、p=0．0028）はいずれも生存についての有意なバイオマーカーだった。
【０４１６】
KRAS野生型を有する患者の血清YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線（三分位数をカットオフ値として使用）及び全生存期間を図20Cに示し、KRAS変異型を有する患者の血清YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線（三分位数をカットオフ値として使用）及び全生存期間を図20Dに示す。いずれの患者群でも、最も高い血清YKL−40濃度を有する患者で有意に短い生存期間が観察された。
【０４１７】
健常者の年齢補正血清YKL−40濃度のカットオフ値（90％、95％、97．5％、99％、99．5％、99．9％）に応じた研究2の全ての患者の血清YKL−40濃度のKaplan−Meier曲線及び全生存期間を図22A〜図22Fに示す。カットオフ値が増加すると生存が短くなり、HRが増加した。
【０４１８】
【表８】
2012502285.tif 000020
【０４１９】
結論
転移性結腸直腸癌に罹患し、三次セツキシマブ及びイリノテカンによる治療を受けている患者の2つの独立した研究において、高い治療前血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度は、全生存期間の短さについての予後バイオマーカーだった。いずれの研究でも、血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度はKRAS突然変異状態とは独立していた。一方の研究では、セツキシマブに対する応答及び無増悪生存期間に関するデータが得られ、高い血清YKL−40濃度は応答の悪さ及び無増悪生存期間の短さと関連を有していた。従って、YKL−40は、KRAS野生型を有する患者の中の真の応答者群（全てのKRAS野生型患者の約40％）を見出すために使用することができる。従って、血漿YKL−40濃度及び血清YKL−40濃度は、セツキシマブに対する応答に関する新たな予測バイオマーカー、及びセツキシマブによる治療を受けた患者の生存期間の短さの予後バイオマーカーの両方となり得る。また、治療期間中にYKL−40濃度を監視することにより、疾患の進行を監視し、それに応じて治療を適応させていくことができる。
【０４２０】
実施例6
転移性結腸直腸癌に罹患しセツキシマブ及びイリノテカンによる治療を受けている患者の、治療中の血漿及び血清YKL−40濃度は、無増悪生存期間及び全生存期間と関連を有する。
【０４２１】
患者及び方法
実施例5に記述した通り。
【０４２２】
統計分析
更新された血漿YKL−40濃度の分析は、時間依存共変量としてYKL−40を使用し、Cox比例ハザードモデルを使用して行った。このモデルは、治療（研究1及び研究2）とKRAS状態を含む。約2．5ヵ月のランドマークを使用したKaplan−Meier生存率推定を、無増悪生存率及び全生存率について行った。
【０４２３】
結果
研究1及び2の両方について:
図23A（研究1）及び図23B（研究2）は、セツキシマブ及びイリノテカンによる治療中の転移性結腸直腸癌患者のYKL−40濃度（μg／L）の個々の変化を示す。図24A（研究1）及び図24B（研究2）は、治療前濃度に対するYKL−40濃度の比の変化を示す。
【０４２４】
セツキシマブ及びイリノテカンによる治療中、転移性結腸直腸癌の患者の一部において治療前（ベースライン）濃度と比較してYKL−40濃度が上昇した（2週間平均比:1．21（95％CI:0．81−1．60）、2ヵ月平均比:1．17（95％CI:1．03−1．30）、4ヵ月平均比:1．04（95％CI:0．91−1．17）、6ヵ月平均比:1．11（95％CI:0．90−1．32）、8ヵ月平均比:1．12（95％CI:0．90−1．33））。
【０４２５】
更新されたYKL−40濃度の多変量分析は、高いYKL−40濃度が、短い無増悪生存期間（HR=1．30、95％CI:1．10−1．54、p=0．002）及び短い全生存期間（HR=1．38、95％CI:1．17−1．63、p=0．0002）と関連を有することを示した。また、対数変換して研究及びKRAS突然変異状態に応じて調節した、更新されたYKL−40濃度も、無増悪生存期間（HR=1．11、95％CI:1．04−1．20、p=0．002）及び全生存期間（HR=1．23、95％CI:1．14−1．33、p<0．0001）に関連付けられた。
【０４２６】
セツキシマブ及びイリノテカンによる治療を開始してから約2〜3月後の無増悪生存及び全生存のKaplan−Meier推定とランドマーク期間を図25A及び図25Bに示す。YKL−40濃度は、当該時点におけるYKL−40比（治療前YKL−40濃度と比較した場合の2〜3ヵ月後のYKL−40濃度として定義）が高いか低いかに従って二分した。研究1の104人の患者と研究2の53人の患者を組み合わせた。高い比とは1を超える比で、低い比とは1以下の比である（すなわち、YKL−40濃度の上昇又は無変化／低下に対応する）。
【０４２７】
結論
転移性結腸直腸癌に罹患した患者のセツキシマブ及びイリノテカンによる治療中において、更新されたYKL−40濃度値及び治療前濃度に対する更新YKL−40濃度の比は、無増悪生存及び全生存と関連を有し、高い値は予後不良を示す。これらの結果はKRAS状態とは独立していた。これらは新規な知見であり、セツキシマブによる治療中のYKL−40濃度の変化は結腸直腸癌に罹患した患者を監視するための有用なバイオマーカーになり得ることを示唆している。従って、YKL−40濃度は、セツキシマブによる治療に対する応答に関する新たなバイオマーカーである。
【図１】
2012502285.tif 000025
【図２】
2012502285.tif 000026
【図４Ａ】
2012502285.tif 000027
【図５】
2012502285.tif 000028
【図６】
2012502285.tif 000029
【図７】
2012502285.tif 000030
【図８】
2012502285.tif 000031
【図１３】
2012502285.tif 000032
【図１７】
2012502285.tif 000033
【図２３】
2012502285.tif 000034
【図２４】
2012502285.tif 000035
【図３Ａ】
2012502285.tif 000036
【図３Ｂ】
2012502285.tif 000037
【図４Ｂ】
2012502285.tif 000038
【図９Ａ】
2012502285.tif 000039
【図９Ｂ】
2012502285.tif 000040
【図１０】
2012502285.tif 000041
【図１１】
2012502285.tif 000042
【図１２】
2012502285.tif 000043
【図１４】
2012502285.tif 000044
【図１５】
2012502285.tif 000045
【図１６】
2012502285.tif 000046
【図１８】
2012502285.tif 000047
【図１９Ａ】
2012502285.tif 000048
【図１９Ｂ】
2012502285.tif 000049
【図２０Ａ】
2012502285.tif 000050
【図２０Ｂ】
2012502285.tif 000051
【図２０Ｃ】
2012502285.tif 000052
【図２０Ｄ】
2012502285.tif 000053
【図２１Ａ】
2012502285.tif 000054
【図２１Ｂ】
2012502285.tif 000055
【図２１Ｃ】
2012502285.tif 000056
【図２１Ｄ】
2012502285.tif 000057
【図２１Ｅ】
2012502285.tif 000058
【図２１Ｆ】
2012502285.tif 000059
【図２２Ａ】
2012502285.tif 000060
【図２２Ｂ】
2012502285.tif 000061
【図２２Ｃ】
2012502285.tif 000062
【図２２Ｄ】
2012502285.tif 000063
【図２２Ｅ】
2012502285.tif 000064
【図２２Ｆ】
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【図２５Ａ】
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【図２５Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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