(57)【要約】本発明は、被験体において多発性硬化症（ＭＳ）を診断するための方法およびキットに関する。特に、本発明は被験体において、再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）、二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）、一次性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）ならびにパターンＩおよびパターンＩＩ  ＭＳ病変から選択されるＭＳ病変の病理学的サブタイプから選択されるＭＳのサブタイプを診断するための方法およびキットに関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体において多発性硬化症（ＭＳ）のサブタイプを診断する方法であって、前記被験体から獲得された試料中の抗体の、表１〜４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定すること、これにより、前記試料の前記複数の抗原に対する反応性パターンを決定すること、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターンと比較することを含み、前記ＭＳのサブタイプは、下記からなる群より選択される、方法：
（ｉ）再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）（前記複数の抗原が、表１に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉ）一次性進行型多発性硬化症（ＰＰＭＳ）（前記複数の抗原が、表２に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉｉ）二次性進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）（前記複数の抗原が、表３に列挙される抗原からなる群より選択される）、ならびに
（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変から選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記複数の抗原が、表４に列挙される抗原からなる群より選択される）。
【請求項２】
前記被験体から獲得された前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、前記被験体が前記ＭＳのサブタイプを患うことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記差は学習およびパターン認識アルゴリズムを使用して計算される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記複数の抗原は表１に列挙される抗原から選択され、前記対照反応性パターンは健康な被験体から獲得される、被験体において再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を診断するための請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記複数の抗原は、表１に列挙される前記抗原の少なくとも５つの異なる抗原を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記複数の抗原は、表１に列挙される前記抗原を全て含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記複数の抗原は、約１３０以下の抗原を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記複数の抗原は表２に列挙される前記抗原から選択され、前記対照反応性パターンは健康な被験体から獲得される、被験体において一次性進行型多発性硬化症（ＰＰＭＳ）を診断するための請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の抗原は、表２に列挙される前記抗原の少なくとも５つの異なる抗原を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の抗原は、表２に列挙される前記抗原を全て含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の抗原は、約１００以下の抗原を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の抗原は表３に列挙される前記抗原から選択され、前記対照反応性パターンはＲＲＭＳ被験体から獲得される、被験体において二次性進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）を診断するための請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の抗原は、表３に列挙される前記抗原の少なくとも５つの異なる抗原を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の抗原は、表３に列挙される前記抗原を全て含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数の抗原は、約１００以下の抗原を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数の抗原は表４に列挙される前記抗原から選択され、前記対照反応性パターンはパターンＩＩ病変を有する被験体から獲得される、ＭＳを有する被験体においてパターンＩ病変を診断するための請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数の抗原は表４に列挙される前記抗原から選択され、前記対照反応性パターンはパターンＩ病変を有する被験体から獲得される、ＭＳを有する被験体においてパターンＩＩ病変を診断するための請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記対照は、少なくとも１つの個体由来の試料、一組の個体由来の対照試料のパネル、および対照個体由来の保存データセットからなる群より選択される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記試料は血清試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料中の抗体の反応性を決定する前に、前記試料を１：１０に希釈することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の抗原は抗原アレイの形態で使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
（ｉ）表１に列挙される前記抗原からなる群より選択されるＲＲＭＳを診断するための複数の抗原、
（ｉｉ）表２に列挙される前記抗原からなる群より選択されるＲＲＭＳを診断するための複数の抗原、
（ｉｉｉ）表３に列挙される前記抗原からなる群より選択されるＳＰＭＳを診断するための複数の抗原、および／または
（ｉｖ）表４に列挙される前記抗原からなる群より選択される、ＭＳを有する被験体においてパターンＩ病変とパターンＩＩ病変の間で区別するための複数の抗原、
を含む、ＭＳのサブタイプを診断するためのキット。
【請求項２３】
表１に列挙される前記抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＲＲＭＳを診断するための請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
表１に列挙される前記抗原を全て含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２５】
前記複数の抗原は、表１に列挙される前記抗原の、少なくとも５、少なくとも１０または少なくとも１５の異なる抗原を含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２６】
表２に列挙される前記抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＰＰＭＳを診断するための請求項２２に記載のキット。
【請求項２７】
表２に列挙される前記抗原を全て含む、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
前記複数の抗原は、表２に列挙される前記抗原の、少なくとも５、少なくとも１０または少なくとも１５の異なる抗原を含む、請求項２６に記載のキット。
【請求項２９】
表３に列挙される前記抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＳＰＭＳを診断するための請求項２２に記載のキット。
【請求項３０】
表３に列挙される前記抗原を全て含む、請求項２９に記載のキット。
【請求項３１】
前記複数の抗原は、表３に列挙される前記抗原の、少なくとも５、少なくとも１０または少なくとも１５の異なる抗原を含む、請求項２９に記載のキット。
【請求項３２】
表４に列挙される前記抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＭＳを有する被験体においてパターンＩ病変とパターンＩＩ病変の間で区別するための請求項２２に記載のキット。
【請求項３３】
抗原アレイの形態である、請求項２２記載のキット。
【請求項３４】
試料中の抗体の、前記複数の抗原に対する反応性を決定するための手段をさらに含む、請求項２２記載のキット。
【請求項３５】
異なる試料中の抗体の前記複数の抗原に対する反応性パターンを比較するための手段をさらに含む、請求項２２記載のキット。
【請求項３６】
反応性パターンを比較するための前記手段は、学習およびパターン認識アナライザーを含む請求項３５記載のキット。
【請求項３７】
表１に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項３８】
表２に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項３９】
表３に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項４０】
表４に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項４１】
請求項３７〜４０のいずれか一項記載の抗原プローブセットを含む製造物品。
【請求項４２】
ＭＳのサブタイプを診断するための診断組成物を調製するための抗原プローブセットの使用であって、前記抗原プローブセットは表１〜４の１つに列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含み、前記ＭＳのサブタイプは、
（ｉ）ＲＲＭＳ（前記複数の抗原が、表１に列挙される前記抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉ）ＰＰＭＳ（前記複数の抗原が、表２に列挙される前記抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉｉ）ＳＰＭＳ（前記複数の抗原が、表３に列挙される前記抗原からなる群より選択される）、ならびに
（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変から選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記複数の抗原が、表４に列挙される前記抗原からなる群より選択される）
からなる群より選択される、使用。
【請求項４３】
前記診断組成物は、試料中の抗体の反応性を決定し、よって前記複数の抗原に対する前記試料の反応性パターンを決定するために使用され、前記試料の前記反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、ＭＳのサブタイプを示す、請求項４２記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、被験体において多発性硬化症（ＭＳ）を診断するための方法およびキットに関する。特に、本発明は被験体においてＭＳのサブタイプを診断するための方法およびキットに関し、サブタイプは、再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）、二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）、一次性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）ならびにパターンＩおよびパターンＩＩＭＳ病変から選択されるＭＳ病変の病理学的サブタイプから選択される。
【背景技術】
【０００２】
多発性硬化症（ＭＳ）は、推定される自己免疫性病因の中枢神経系（ＣＮＳ）の慢性炎症性疾患である。MSは、進行性神経機能障害に至る脳および脊髄内の局所性病変（プラーク）により特徴づけられる。ＭＳの病因はわかっていないが、遺伝的要因および環境要因の組み合わせの結果であると考えられている。現在のところ、ＭＳを診断するための特異的な試験は存在せず、診断は、被験体の臨床的病歴の認識にかかっている。診断は、脳および脊髄のＭＲＩ、脳脊髄液の分析、ならびに視覚および体性感覚路の誘発電位研究によりサポートすることができる。さらに、同様の症状を伴う全身性または感染性病因は排除されなければならない。多発性硬化症は予測不能に進行し、退行し得るが、いくつかの症状のパターンがある。約８５〜９０％の患者が再発寛解型（ＲＲＭＳ）過程で始まり、４０％が最終的には進行性（二次性進行型ＭＳ、ＳＰＭＳ）となり、１０％で、ＭＳは一次性進行型過程（ＰＰＭＳ）を表す。異なるＭＳサブタイプは、疾患の過去の過程（例えば、神経減少の予測不能な再発、寛解および進行）により特徴づけられる。臨床的観点から、異なる疾患過程を有する患者は、異なる治療応答を示す。例えば、再発寛解型ＭＳを有する患者は、進行性疾患過程を有する患者よりも免疫調節療法に応答し易い(Bitsch and Bruck, CNS Drugs, 2002;16(6):405-18)。このように、ＭＳサブタイプを特徴づけることは、予後だけでなく、治療決定のために重要である。
【０００３】
ＭＳは、臨床症状および進行速度においてだけでなく、療法に対するその応答および病理組織学的所見において不均一である(Lucchinetti et al., 2000, Ann Neurol 47, 707-17)。活動性脱髄パターンは、ある所定のＭＳ患者から検査した多発性病変間で同一であるが、患者間で不均一であり、病原不均一が示唆される。パターンＩはＴ細胞／マクロファージ媒介脱髄により特徴づけられる。パターンＩＩは、抗体／補体関連脱髄により特徴づけられる。パターンＩＩＩは、遠位オリゴデンドログリオパチーにより規定され、パターンＩＶは、プラーク周囲白質におけるオリゴデンドロサイト変性により特徴づけられ、現在まで、パターンＩＶは、剖検例においてのみ同定されている。パターンＩおよびＩＩ病変は、ＭＳ病変の病理学的特徴であり、古典的自己免疫機構の結果であると考えられる典型的な静脈周囲分布および鋭い境界を示す(Lucchinetti, et al., 2004, Ann Neurol 56, 308)。インビボでＭＳを視覚化するためにＭＲＩが一般に使用される。しかしながら、ＭＳ病変を研究するためのＭＲＩの使用は限られており、というのも、病変の病理学的組成についての情報を提供することができないからである。臨床学的観点から、パターンＩＩを有するが、パターンＩを有さない患者は、プラスマフェレーシスに応答することが報告されている(Keegan et al., 2005, Lancet 366, 579-82)。このように、プラスマフェレーシスを用いた治療に応答する患者を同定する必要がある。
【０００４】
多発性硬化症（ＭＳ）の初期の正確な診断を容易にするためのガイドラインとして、ＭｃＤｏｎａｌｄ基準が２００１年に導入され、２００５年に改訂された(Polman et al., 2006, Ann Neurol.;59(4):727-8)。診断分類は、ａ）ＭＳを有する、ｂ）ＭＳを有しない、またはｃ）ＭＳを有する可能性があるに要約される。基準の利点としては、単一症状発症後、または一次性進行型過程の状況のいずれかにおいて、ＭＳの決定的な診断が可能であることが挙げられる。しかしながら、診断分類スキームおよびＭＲＩ基準は複雑で退屈なままであり、この複雑さが毎日の実行における使用を制限する。さらに、これらの基準の特異性はかなり低く、他の診断を排除する際の臨床的判断の重要性が強調される。さらに、研究から、標準ＭＳ疾患修飾医薬は、これらの診断基準をまだ満たしていない患者に利益をもたらすことができることが観察された。最後に、ＭｃＤｏｎａｌｄ基準は、ＭＳ診断に必要な時間を実質的に減少させたが、依然として、ＭＳの可能性があると診断された個体、または最終的にＰＰＭＳの診断を受けるものに対しては制限されている。
【０００５】
ＭＳはＴ細胞媒介疾患と考えられ、いくつかの証拠がその疾患におけるＢ細胞の役割を支持する(Archelos
et al., 2000, Ann Neurol. 47,
694-706)。Ｂ細胞は、それらの抗体およびサイトカイン分泌により、または病原性Ｔ細胞を活性化するための抗原提示細胞（ＡＰＣ）として作用することにより、ＭＳ進行に寄与する可能性がある。Ｂ細胞は、それらが産生する抗体により認識される抗原を処理および提示するのに著しくより効率的である。このように、直鎖ＢおよびＴ細胞エピトープは、ＭＳのヒトおよび実験モデルにおいて自己免疫応答により標的されるＣＮＳ抗原中に共存する。(Meinl et al., 2006, Ann Neurol. 59, 880-92;
Wucherpfennig et al., 1997, J Clin Invest. 100, 1114-22)。
【０００６】
免疫系バイオマーカー
先天および獲得アームの両方における免疫系は、生物学的健康維持系の型として考えることができる。生理学的観点では、免疫系を含む細胞および分子は、炎症を管理するように作用すると考えられる(Cohen, 2000, Academic Press, London)。炎症は古典的には、治癒に至る損傷により活性化される集合的過程として規定される。免疫系は、炎症を開始し管理する様式によって、創傷を治癒し、病原体を含み、結合組織の構造を構築し、血管を増殖（新生）または破壊し、ある臓器の再生を誘発し、老化細胞および回復不能なＤＮＡ損傷を有する細胞のアポトーシスを活性化し、異常分子の蓄積を分解し、廃棄物を処分し、他の生命活動を実行することにより身体を維持する(Cohen, 2000)。これらの様々な炎症の発現は、新生物、環境傷害および感染、代謝産物、廃棄物および他の中毒の蓄積、ならびに容赦ないエントロピーの進行によるその苛酷な発生後の分解に応答して、生物の完全性を維持する。
【０００７】
ＭＳ患者における脳脊髄液（ＣＳＦ）抗体が、ミエリン自己抗原に対する応答として生成される可能性が、詳細に調査されている。いくつかのＣＮＳ抗原と反応する抗体が記載されており、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）、オリゴデンドロサイト−特異タンパク質（ＯＳＰ）、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）、プロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ）、ミエリン関連糖タンパク質、２’，３’−環状ヌクレオチド３’ホスホジエステラーゼ（ＣＮＰａｓｅ）およびａｂ−クリスタリンに対するものが挙げられる。分析すると、これらの抗体のサブクラスは炎症促進性免疫応答と相関した。これらの自己抗体の多くは、血液中でも検出されている(Lalive et al., 2006, Proc Natl Acad Sci US. 103, 2280-5)。さらに、非ミエリン自己抗原(Annunziata et al., 1999, J
Neurol Sci. 168, 32-6; Barned et al., 1995, Neurology. 45, 384-5; Colaco et al., 1987, Clin Exp Immunol. 68, 313-9; Roussel
et al., 2000, J Autoimmun. 14,
259-65; Spadaro et al., 1999, . Mult
Scler. 5, 121-5)および病原体(Cepok et al., 2005, J Clin Invest. 115, 1352-60)と反応するより高い力価の抗体もまたＭＳ患者において見出されている。
【０００８】
ＭＳにおいて抗体が果たす役割は、依然として、さらなる分類を待っている。ＭＯＧにおける立体構造エピトープＴに対する抗体が、ＭＳ病変から精製されており、ＣＮＳ細胞の生理機能を変化させることが示されている(Lalive et al., 2006)。したがって、米国特許出願公開第２００５／０００９０９６号はＭＳの診断または予後のためにミエリン／ＭＯＧ構成要素の特異エピトープに対する自己抗体の検出または定量を使用する方法を提供する。
【０００９】
ＣＮＳ抗原中の直鎖エピトープと反応する抗体もまた、ＭＳ病変から単離されており(Dalakas, 2006, Pharmacol Ther. 112, 57-70;
Genain et al., 1999, Nat Med. 5,
170-5)、それらはまたＭＳ病理において直接的な役割を果たすことが示唆される。さらに、ＭＳ患者から単離されたＭＢＰに対する抗体は、直接的なタンパク質分解活性を有することが示されている(Ponmarenko et al., 2006, Proc
Natl Acad Sci US. 103, 281-6)。米国特許出願公開第２００３／００９２０８９号は、ＭＢＰ自己抗体をＭＢＰ自己抗体検出するためのアッセイ法、または同時に、ＭＳおよび関連疾患と関連する他のバイオマーカーの測定に関連する。
【００１０】
バイオマーカーは、特定の疾患状態に関連する解剖学的、生理学的、生化学的または分子パラメータである。ＭＳバイオマーカーに対する捜索は、炎症過程の一般的な活性の指標に焦点が当てられている。いくつかのバイオマーカーは炎症過程それ自体ではなく、その結果、例えば神経変性および軸索損失を追跡することを目的とする。このように、神経フィラメント軽鎖、タウおよび１４−３−３タンパク質のレベル変化がＭＳ患者における軸索損失と相関することが記載されている。
【００１１】
ＭＳは臓器特異的自己免疫障害であると考えられるので、免疫バイオマーカーは、疾患活動度およびその療法に対する応答を反映する可能性がある。いくつかの大規模プロテオミクス研究は、ＭＳ患者における未だわかっていない自己免疫攻撃の標的を同定することを目的とし、ＣＳＦおよび血清中の抗体のキャラクタリゼーションを試みていた(Lefran et al., 2004, J Immunol 172, 669-78)。さらに、特異抗体がＭＳにおけるバイオマーカーとして調べられており、ＣＳＦおよび／または血清中のミエリン抗原に対するいくつかの上方制御された抗体が同定された。しかしながら、これらのバイオマーカーは、ＭＳ患者の大半に対し一般化可能ではなく、または、独立した研究では確認できなかった(Rinaldi and Gallo, 2005, Neurol
Sci. 26, S215-7; Lim et al., 2005, Mult Scler. 11, 492-4)。糖尿病(Quintana
et al., 2004, Proc Natl Acad Sci,
14615-21)および全身性エリテマトーデス (Li et al., 2005, J Clin Invest. 115, 3428-39)などの他の自己免疫疾患において観察されるものと同様に、単一のバイオマーカーが決定的なものではなく、むしろ、フィンガープリントを形成するいくつかのバイオマーカーのパターンが要求されるであろう。
【００１２】
抗原チップ
抗原マイクロアレイは、免疫応答のハイスループットキャラクタリゼーションのために新たに開発された手段であり(Robinson
et al., 2002, Nat Med 8,
295-301)、ワクチン接種および自己免疫疾患における免疫応答を分析するために使用されている(Robinson
et al., 2002; Robinson et al., 2003, Nat
Biotechnol. 21, 1033-9; Quintana et al., 2004; Kanter et al., 2006, Nat Med 12, 138-43)。健康および疾患のマウス(Quintana et al., 2004; Quintana et al., 2001, J Autoimmun 17, 191-7)およびヒト(Merbl et al., 2007, J Clin
Invest 117, 712-8; Quintana et al., 2003, J Autoimmun 21, 65-75)の自己免疫レパートリーの以前の分析において示されるように、複数の反応性のパターンが単一の抗原−抗体関係よりも明らかであり得ること(Quintana et al., 2006, Lupus 15, 428-30)が仮定されている。このように、自己抗体レパートリーは、疾患の原因への両方の新規見識を提供し、疾患過程の免疫バイオマーカー(Cohen, 2007, Nat Rev
Immunol. 7, 569-74)として機能する可能性を有する。
【００１３】
全身性エリテマトーデス、関節リウマチおよび視神経脊髄炎における血清自己抗体を特徴づけるために抗原マイクロアレイが使用されている。しかしながら、血清中でいずれかの規則性を有する、ＭＳにおける高親和性特異抗体は報告されていない(Meinl et al., 2006, Ann
Neurol. 59, 880-92; O’Connor et al., 2007, Nat Med 12, 12; Zhou et al., 2006, Proc Natl Acad Sci US.
103, 19057-62)。血清中の自己抗体とは対照的に、Ｋａｎｔｅｒおよびその仲間はマイクロアレイを使用して、ＣＳＦ中の脂質(Kanter et al., 2006)およびαＢ−クリスタリン(Ousman et
al., 2007, Nature. 448, 474-9)反応性抗体を検出した。著しく、αＢ−クリスタリンに対する抗体は、親和性が低く、１：２０希釈で検出可能であった(Ousman et al., 2007)。
【００１４】
本発明の発明者らの幾人かへのＰＣＴ公開第ＷＯ  ０２／０８７５５号は、疾患の診断または治療のモニタリングが必要な患者被験体由来の血清の決定されていない免疫グロブリンと反応する予め規定された抗原をクラスタリングし、これにより同定するための方法、システムおよび製造物品に関する。公開’７５５号は、様々な疾患に苦しむ被験体由来の血清の免疫グロブリンと反応する抗原を同定するための抗原アレイの使用を開示する。複数の抗原の抗原サブセットをクラスタリングする工程であって、前記抗原サブセットは、免疫系の障害を有し、疾患に苦しむ複数の患者由来の複数の抗体と反応する工程、および被験体の抗体を得られたクラスターと会合または解離させる工程を含む、診断方法、およびこれらの方法において有用なシステムが、さらに開示される。ＷＯ  ０２／０８７５５号は、他の自己免疫疾患の中でＭＳの診断において有用な方法を開示するが、ＭＳの異なるサブタイプを診断し、またはＭＳの進行をモニタする開示はない。
【００１５】
本発明の発明者らの幾人かへの米国特許出願公開第２００５／０２６０７７０号は、抗原アレイシステムおよびその診断的使用を開示する。出願は、抗原プローブセットの各抗原プローブに特異的に結合する被験体の免疫グロブリンの能力を決定することを含む、被験体における免疫疾患、特にI型糖尿病、またはその素因の診断方法を提供する。抗原プローブセットは、細胞／組織構造分子の少なくとも一部、熱ショックタンパク質の少なくとも一部、免疫系分子の少なくとも一部、ホモポリマポリペプチドの少なくとも一部、ホルモンの少なくとも一部、代謝酵素の少なくとも一部、微生物抗原の少なくとも一部、軟体動物抗原の少なくとも一部、核酸の少なくとも一部、植物抗原の少なくとも一部、血漿分子の少なくとも一部、および組織抗原の少なくとも一部からなる群より選択される複数の抗原プローブを含み、被験体の免疫グロブリンの結合能力は、免疫疾患またはその素因を示す。しかしながら、先行技術のいずれも、ＭＳを診断するため、特にＭＳの異なるサブタイプを識別する、疾患進行を予測またはモニタするための特異的で、信頼でき、正確で識別力のあるアッセイ法を提供することができる抗原アレイを開示していない。そのような識別力のあるアッセイ法は、各患者に対し十分な治療アプローチを調整するのに非常に有益であろう。
【００１６】
ＰＣＴ公開第ＷＯ  ０７／１３７４１０号は、ＭＳ、ＭＳの異なる形態または別の脱髄障害を診断するための方法に関する。特にＷＯ  ０７／１３７４１０号は、それらの分子量により同定される、臨床的に診断されたＭＳまたは他の神経障害と正常な患者の間で異なる存在量または強度を有することがわかっている特定の代謝産物に関する。それにもかかわらず、ＷＯ  ０７／１３７４１０号はＭＳの異なるサブタイプにおいて特有のシグネチャーパターンを同定するための、さらに、ＭＳを有する患者と、他の神経障害に苦しむ患者との間で区別するための、抗体反応性パターンの試験の使用を開示せず、言及もしていない。
【００１７】
このように、依然として、被験体におけるＭＳの診断、特にＭＳのサブタイプの診断に有用な改善された診断方法およびキットが必要である。
【発明の概要】
【００１８】
本発明は被験体において多発性硬化症（ＭＳ）を診断するための方法およびキット、そのような診断を実施するための抗原プローブアレイ、ならびにそのようなアレイを作成するための抗原プローブセットを提供する。特に、本発明は、被験体においてＭＳのサブタイプを診断するための方法およびキットを提供し、ここで、ＭＳのサブタイプは、再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）、二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）、一次性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）ならびにパターンＩおよびパターンＩＩ  ＭＳ病変から選択されるＭＳ病変の病理学的サブタイプから選択される。
【００１９】
本発明は、抗原アレイを用いてＭＳ患者の抗体反応性を試験した場合に得られる予想外の結果に一部基づいている。分析から、自己抗体反応性の特有のシグネチャーパターンが同定された。以下、特有の自己抗体シグネチャーパターンは、中枢神経系（ＣＮＳ）抗原、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）および脂質抗原に対する反応性に基づき、ＭＳのサブタイプ、すなわち、再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）、二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）、および一次性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）を特徴づけることが初めて開示される。際だったことに、特有の自己抗体シグネチャーパターンは、ＭＳサブタイプを他の神経または自己免疫誘発疾患、例えばアルツハイマー病（ＡＤ）、副腎白質ジストロフィー（ＡＬＤ）およびエリテマトーデスから識別した。特有の自己抗体シグネチャーパターンは、脂質およびＣＮＳ由来のペプチドに対する反応性に基づき、ＭＳ病変の異なる免疫病理学的パターンを特徴づけ、よって、初めて、ＭＳクラスおよび段階をサブタイプ化するためのバイオマーカーに基づきアッセイ法を提供することがさらに開示される。
【００２０】
このように、本発明はＭＳのサブタイプを診断するための方法およびキットに関する。本発明の原理によれば、キットは、本明細書では抗原プローブセットとも呼ばれる複数の抗原を含む。複数の抗原を含むこれらの抗原プローブセットは、ＭＳを有する被験体の血清と特異的に反応する。本発明の原理によれば、複数の抗原は、抗原アレイの形態で有利に使用され得る。いくつかの実施形態によれば、抗原アレイは、抗原チップの形態で都合よく配列される。
【００２１】
本発明は、ＭＳのサブタイプに関連する抗原のクラスターを同定し、試験血清対対照血清を用いて観察される反応性を規定する。それだけでＭＳを有する被験体またはＭＳのサブタイプを十分に診断するのに十分な単一の抗原は同定されなかったが、本明細書において下記表１〜４で詳述されるように、これらの抗原の特定の組み合わせが、各抗原単独の場合よりも、患者と対照被験体とを区別するのに著しくより正確であり、信頼できた。下記で詳述されるように、表１はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７、１４、２３−８３および９８−１００、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−６、１０および１２由来のフラグメント、ならびに非ペプチド部分ラクトセレブロシドを含む。下記で詳述されるように、表２はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７、８、１３、１６、２２、２９、４２、５１、６０、６７−７１、８４、８５および１０１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−６、９、１０、１２および２０由来のフラグメント、ならびに非ペプチド部分Ｓ．ミネソタ（ｍｉｎｎｅｓｏｔａ）ＬＰＳ、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＬＰＳおよびコンドロイチン４−硫酸を含む。下記で詳述されるように、表３はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、７、１９、２１、２５、２６、２８、２９、３１、３２、３５−３８、４０−４２、４４、４８、５３、５５、５６、６４、７０、７３、７５、８５−９６、１００、１０２および１０３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−６、１０、１２および１５由来のフラグメント、ならびに非ペプチド部分アシアロガングリオシド−ＧＭ２、カルジオリピンおよびコレステロールを含む。下記で詳述されるように、表４はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７、２９、４３、８５および９７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５および１２由来のフラグメント、ならびに非ペプチド部分：１５−ケトコレスタン、１５α−ヒドロキシコレスタン、ガングリオシド−ＧＭ４、１５−ケトコレステン、テトラシアロガングリオシド−ＧＱ１Ｂ、脳Ｌ−α−リゾホスファチジルセリンおよびラクトシルセラミドを含む。
表１−ＰＲＭＳおよび健康な対照（ＨＣ）を区別する抗原
【表１】
2012508865.tif 000002
2012508865.tif 000003
2012508865.tif 000004
表２−ＰＰＭＳおよび健康な対照（ＨＣ）を区別する抗原
【表２】
2012508865.tif 000005
2012508865.tif 000006
表３−ＳＰＭＳおよびＰＲＭＳを区別する抗原
【表３】
2012508865.tif 000007
2012508865.tif 000008
2012508865.tif 000009
表４−病変パターンＩおよびパターンＩＩを区別する抗原
【表４】
2012508865.tif 000010
表５−表１〜４で列挙されるタンパク質のアクセッション番号およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．
【表５】
2012508865.tif 000011
【００２２】
第１の態様によれば、本発明は被験体において多発性硬化症（ＭＳ）のサブタイプを診断する方法を提供し、方法は、被験体から獲得された試料中の抗体の、表１〜４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定すること、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定すること、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターンと比較することを含み、ＭＳのサブタイプは、下記からなる群より選択される：
（ｉ）再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）（前記複数の抗原が、表１に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉ）一次性進行型多発性硬化症（ＰＰＭＳ）（前記複数の抗原が、表２に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉｉ）二次性進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）（前記複数の抗原が、表３に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変により特徴づけられるＭＳから選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記複数の抗原が、表４に列挙される抗原からなる群より選択される）。
【００２３】
この態様のある実施形態によれば、被験体から獲得された前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、被験体がＭＳのサブタイプを患うことを示す。
【００２４】
本明細書では、「複数の抗原」に対する「試料中の抗体の反応性」は、試料中の各抗体の、複数の抗原から選択される特定の抗原に対する免疫反応性を示す。抗体の抗原に対する免疫反応性、すなわち、その特異的に抗原に結合する能力は、試料中の抗体の量を決定するために使用され得る。このように、試料の反応性パターンは、試料中の試験抗体の各１つのレベルを反映する。
【００２５】
典型的には、試料中の抗体の複数の抗原に対する反応性の決定は、イムノアッセイを使用して実施される。有利なことに、複数の抗原が、抗原アレイの形態で使用され得る。
【００２６】
異なる実施形態において、反応性パターン間での「有意差」は、統計学的に有意な差、または他の実施形態では、当業者により認識される有意な差を示す。有利なことに、本発明の方法は、対照被験体の反応性パターンとＭＳのサブタイプを有する患者の反応性パターンとの間で区別するために、学習およびパターン認識アナライザー、クラスタリングアルゴリズムなどを使用し得る。そのようなものとして、この用語は特異的に、例えば、試験試料中の抗体の複数の抗原に対する反応性を決定し、得られた反応性パターンを陰性および陽性対照試料（例えば、それぞれ、ＭＳのサブタイプを患っていない対照被験体または試験されるＭＳサブタイプを患う患者から獲得される試料）の反応性パターンと、そのようなアルゴリズムおよび／またはアナライザーを用いて比較することにより測定される差を含む。ある実施形態によれば、対照試料はＭＳの別のサブタイプを患う患者から獲得される（すなわち、試料は、ＳＰＭＳに対して試験することができ、対照試料はＰＲＭＳ患者から獲得される）。差は、試験試料の反応性パターンを、そのような様式で得られる予め決められた分類規則と比較することにより測定され得る。
【００２７】
このように、別の実施形態では、試験試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差（差は、学習およびパターン認識アルゴリズムを用いて計算される）は、被験体がＭＳのサブタイプを患うことを示す。例えば、アルゴリズムは、限定はされないが、統計アルゴリズムを含む監視または非監視分類器を含むことができ、例えば、主成分分析（ＰＣＡ）、部分最小二乗法（ＰＬＳ）、多重線形回帰（ＭＬＲ）、主成分回帰（ＰＣＲ）、識別関数分析（ＤＦＡ）、例えば線形識別関数（ＬＤＡ）、およびクラスター分析、例えば最近接、人工神経ネットワーク、結合二方向クラスタリングアルゴリズム、多層パーセプトロン（ＭＬＰ）、一般化回帰神経ネットワーク（ＧＲＮＮ）、ファジー推論システム（ＦＩＳ）、自己組織化マップ（ＳＯＭ）、遺伝的アルゴリズム（ＧＡＳ）、神経ファジーシステム（ＮＦＳ）、適応共鳴理論（ＡＲＴ）が挙げられるが、それらに限定されない。
【００２８】
本発明の方法のある実施形態によれば、対照は、少なくとも１つの個体由来の試料、一組の個体由来の対照試料のパネル、および対照個体由来の保存データセットからなる群より選択される。
【００２９】
さらなる実施形態によれば、試料は血清試料である。別の実施形態によれば、試料は脳脊髄液（ＣＳＦ）である。他の特定の実施形態では、試験試料および対照試料はＩｇＧおよび／またはＩｇＭ抗体を含み得る。他の実施形態では、本発明の方法およびキットの表１〜４は、ＩｇＧおよびＩｇＭ抗体の反応性を決定するために特定の抗原の二つ組を含む（例えば、表２におけるＰＬＰ  ２１５−２３２、ウシＭＢＰおよびＣＮＰ  １−２０ならびに表３におけるＰＬＰ  １−１９、ＯＳＰ  １２１−１４およびＣＮＰ  ２４０−２５９）。別の実施形態では、１つの抗体の特定の抗原（複数の抗原由来）に対する反応性は、上方制御される。別の実施形態では、１つの抗体の特定の抗原に対する反応性は、下方制御される。
【００３０】
いくつかの実施形態によれば、方法は、試料中の抗体の反応性を決定する前に、試料を例えば１：１０以上に希釈することをさらに含む。
【００３１】
他の実施形態によれば、複数の抗原が抗原アレイの形態で使用される。いくつかの実施形態によれば、抗原アレイは抗原チップの形態で配列される。
【００３２】
ある実施形態によれば、ＭＳのサブタイプは再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）であり、複数の抗原は表１から選択される。この特定の実施形態によれば、対照反応性パターンは、健康な患者または健康な患者由来の保存データセットから獲得される。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表１に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表１に列挙される抗原を全て含む。好ましくは、診断と患者の病状との間で信頼できる、正確な相関を提供するのに必要とされる抗原セットは、１００以下、好ましくは１１５以下、より好ましくは１３０以下、最も好ましくは１５０以下の抗原から構成される。別の実施形態では、複数の抗原は表１で列挙される抗原から構成される。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００３３】
ある実施形態によれば、ＭＳのサブタイプは一次性進行型多発性硬化症（ＰＰＭＳ）であり、複数の抗原は表２から選択される。この特定の実施形態によれば、対照反応性パターンは、健康な患者または健康な患者由来の保存データセットから獲得される。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表２に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表２に列挙される抗原を全て含む。好ましくは、診断と患者の病状との間で信頼できる、正確な相関を提供するのに必要とされる抗原セットは、５０以下、好ましくは７０以下、より好ましくは８０以下、最も好ましくは１００以下の抗原から構成される。別の実施形態では、複数の抗原は表２で列挙される抗原から構成される。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００３４】
ある実施形態によれば、ＭＳのサブタイプは二次性進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）であり、複数の抗原は表３から選択される。この特定の実施形態によれば、対照反応性パターンは、ＲＲＭＳを患う少なくとも１つの個体由来の試料、ＲＲＭＳを患う一組の個体由来の対照試料のパネル、およびＲＲＭＳを患う対照個体由来の保存データセットからなる群より選択される。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表３に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表３に列挙される抗原を全て含む。好ましくは、診断と患者の病状との間で信頼できる、正確な相関を提供するのに必要とされる抗原セットは、８０以下、好ましくは９０以下、最も好ましくは１００以下の抗原から構成される。別の実施形態では、複数の抗原は表３で列挙される抗原から構成される。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００３５】
いくつかの実施形態によれば、ＭＳのサブタイプはパターンＩ  ＭＳ病変およびパターンＩＩ  ＭＳ病変から選択されるＭＳの病理学的パターンであり、複数の抗原は表４から選択される。１つの実施形態によれば、本発明は、ＭＳを有する被験体においてパターンＩを診断するための方法を提供し、対照反応性パターンはパターンＩＩ病変を有する患者から獲得される。別の実施形態によれば、本発明は、ＭＳを有する被験体においてパターンＩＩを診断するための方法を提供し、対照反応性パターンはパターンＩ病変を有する患者から獲得される。別の実施形態によれば、本発明は、ＭＳを患う被験体において、病変パターンＩを有する被験体と病変パターンＩＩを有する被験体間で識別するための方法を提供する。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表４に列挙される抗原の少なくとも４、少なくとも６、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表４に列挙される抗原を全て含む。好ましくは、診断と患者の病状との間で信頼できる、正確な相関を提供するのに必要とされる抗原セットは、２０以下、好ましくは３０以下、最も好ましくは５０以下の抗原から構成される。別の実施形態では、複数の抗原は表４で列挙される１４の抗原から構成される。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００３６】
ある実施形態によれば、本発明は被験体においてＭＳのサブタイプを診断するための方法を提供し、方法は、
（ａ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表１に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを健康な被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｂ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表２に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを健康な被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｃ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表３に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを、ＲＲＭＳを患う被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｄ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを、パターンＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンと、および／またはパターンＩＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
を含み、ここで、
（ｉ）（ａ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＲＲＭＳを患うことを示し、
（ｉｉ）（ｂ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＰＰＭＳを患うことを示し、
（ｉｉｉ）（ｃ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＳＰＭＳを患うことを示し、
（ｉｖ）（ｄ）の反応性パターンとパターンＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンとの有意差は、被験体がパターンＩＩ病変を患うことを示し、（ｄ）の反応性パターンとパターンＩＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンとの有意差は、被験体がパターンＩ病変を患うことを示す。
【００３７】
いくつかの実施形態によれば、表１および表２に対する対照反応性パターンは、健康な対照被験体または健康な対照被験体由来の保存データセットから獲得される。別の実施形態によれば、表３に対する対照反応性パターンは、ＲＲＭＳを患う被験体またはＲＲＭＳを患う被験体由来の保存データセットから獲得される。
【００３８】
別の態様によれば、本発明は、
（ｉ）表１に列挙される抗原からなる群より選択されるＲＲＭＳを診断するための複数の抗原、
（ｉｉ）表２に列挙される抗原からなる群より選択されるＰＰＭＳを診断するための複数の抗原、
（ｉｉｉ）表３に列挙される抗原からなる群より選択されるＳＰＭＳを診断するための複数の抗原、
（ｉｖ）表４に列挙される抗原からなる群より選択される、ＭＳを有する被験体においてパターンＩ病変とパターンＩＩ病変の間で区別するための複数の抗原、
を含む、ＭＳのサブタイプを診断するためのキットを提供する。
【００３９】
ある実施形態によれば、本発明は、表１に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＲＲＭＳを診断するためのキットを提供する。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表１に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表１に列挙される抗原を全て含む。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００４０】
ある実施形態によれば、本発明は、表２に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＰＰＭＳを診断するためのキットを提供する。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表２に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表２に列挙される抗原を全て含む。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００４１】
ある実施形態によれば、本発明は、表３に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＳＰＭＳを診断するためのキットを提供する。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表３に列挙される抗原の少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表３に列挙される抗原を全て含む。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００４２】
ある実施形態によれば、本発明は、表４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含む、ＭＳを有する被験体においてパターンＩ病変とパターンＩＩ病変の間で区別するためのキットを提供する。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、表４に列挙される抗原の少なくとも４、少なくとも６、少なくとも８、少なくとも１０、少なくとも１２の異なる抗原を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は表４に列挙される抗原を全て含む。各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。
【００４３】
他の実施形態では、キットは、試料中の抗体の複数の抗原に対対する反応性を決定するための手段をさらに含み得る。例えば、キットは、本発明の抗原プローブへの抗体の特異結合を測定するために使用され得る、試薬、検出可能な標識および／または容器を含み得る。特定の実施形態では、前記キットは抗原アレイの形態である。他の実施形態では、前記キットは、陰性／陽性対照試料をさらに含み得る。例えば、陰性対照試料は、少なくとも１つの健康な個体またはＭＳの別のサブタイプを有することが同定された少なくとも１つの個体由来の試料を含み得る（例えば、ＲＲＭＳを患う少なくとも１の個体から獲得された試料は、キットが試験試料中のＳＰＭＳを診断する手段のためのものである間、陰性対照として使用される）。陽性対照は、診断されるＭＳのサブタイプを患う少なくとも１の個体由来の試料を含み得る。他の非制限的な例は、一組の健康な個体のまたは疾患個体由来の対照試料のパネル、または対照個体由来の保存データセットである。
【００４４】
他の実施形態では、キットは、複数の抗原に対する、異なる試料中の抗体の反応性パターンを比較するための手段を含む。特定の実施形態では、反応性パターンを比較するための手段は、学習およびパターン認識アナライザーを含む（例えば、本明細書で詳述される学習およびパターン認識アルゴリズムを使用する）。
【００４５】
他の実施形態によれば、本発明の方法およびキットは、ＭＳ進行をモニタリングするために有用である。
【００４６】
別の態様によれば、本発明は表１に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは、本明細書で詳述されるように、表１に列挙される抗原のサブセットを含む。
【００４７】
別の態様によれば、本発明は表２に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは、本明細書で詳述されるように、表２に列挙される抗原のサブセットを含む。
【００４８】
別の態様によれば、本発明は表３に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは、本明細書で詳述されるように、表３に列挙される抗原のサブセットを含む。
【００４９】
別の態様によれば、本発明は表４に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは、本明細書で詳述されるように、表４に列挙される抗原のサブセットを含む。
【００５０】
別の態様によれば、本発明は本発明の抗原プローブセットを含む製造物品を提供する。
【００５１】
別の態様によれば、本発明はＭＳのサブタイプを診断するための診断組成物を調製するための抗原プローブセットの使用を提供し、抗原プローブセットは表１〜４の１つに列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原を含み、ＭＳのサブタイプは、
（ｉ）ＲＲＭＳ（前記複数の抗原が、表１に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉ）ＰＰＭＳ（前記複数の抗原が、表２に列挙される抗原からなる群より選択される）、
（ｉｉｉ）ＳＰＭＳ（前記複数の抗原が、表３に列挙される抗原からなる群より選択される）、ならびに
（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変から選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記複数の抗原が、表４に列挙される抗原からなる群より選択される）
からなる群より選択される。
【００５２】
１つの実施形態では、診断組成物は、試料中の抗体の反応性を決定する、よって前記複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定するのに有用であり、前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、ＭＳのサブタイプを示す。
【００５３】
本発明の他の目的、特徴および利点は、下記説明および図面から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００５４】
【図１Ａ−１Ｃ】抗原マイクロアレイの性能を示す図である。ＲＲＭＳおよび健康な対照（ＨＣ）血清試料を抗原マイクロアレイ上で、異なる濃度でハイブリダイズさせ、マイクロアレイ上にスポット（散在）させたＣＮＳ、ＨＳＰまたは脂質抗原に対する平均ＩｇＧ（図１Ａ）およびＩｇＭ（図１Ｂ）反応性を測定した。結果は、各希釈でのＣＮＳ、ＨＳＰまたは脂質抗原に対するＩｇＧおよびＩｇＭ反応性の平均＋ＳＥＭとして表される。同じ希釈で試験したＨＣ試料と比較した場合、＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１および＊＊＊Ｐ＜０．００１（二元配置ＡＮＯＶＡ）。図１Ｃは、異なる濃度のＰＬＰ２６１−２７７またはＨＳＰ６０１−２０でプレインキュベートさせたＲＲＭＳ血清（１：１０希釈）を示し、ＰＬＰ２６１−２７７に対するＩｇＧ反応性を抗原マイクロアレイ上で測定した。競合相手なしでプレインキュベートさせた試料と比較した場合の＊＊Ｐ＜０．０１および＊＊＊Ｐ＜０．００１（一元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図２Ａ−２Ｈ】ＲＲＭＳ、ＰＰＭＳおよびＳＰＭＳにおける血清抗体反応性を示す図である。図２Ａおよび２Ｂは、ＲＲＭＳ（図２Ａ）またはＰＰＭＳ（図２Ｂ）をＨＣから区別する抗体反応性を示す。各列が患者を表すヒートマップはＲＲＭＳ（図２Ａ）、ＰＰＭＳ（図２Ａ）またはＨＣ（図２Ａおよび図２Ｂ）試料に対応するかどうかを示すように底部で色分けされ、各行は、左に見られる比色分析スケールにより抗原に対する正規化された抗体反応性（下記実施例２および３で詳述）を示す。図２Ｃ〜２Ｄは、ＲＲＭＳおよびＰＰＭＳにおける抗原特異性を示す。ＲＲＭＳおよびＰＰＭＳにおける区別抗体の特異性は、ＨＣに対しＭＳにおいて上方または下方制御されることが見出されている（それぞれ、図２Ｃおよび２Ｄ）ＣＮＳ、ＨＳＰまたは脂質抗原の相対寄与（区別抗原の総数に対する％）として示される。図２ＥはＳＰＭＳおよびＲＲＭＳ試料における抗体反応性を図示するヒートマップを示す。図２Ｆおよび２Ｇは、ＲＲＭＳに対しＳＰＭＳにおいて上方または下方制御されることが見出されている（それぞれ、図２Ｆおよび２Ｇ）ＣＮＳ、ＨＳＰまたは脂質抗原の相対寄与（区別抗原の総数に対する％）として示されるＳＰＭＳにおける抗原特異性を示す。図２Ｈは、ＲＲＭＳ、ＳＰＭＳおよびＰＰＭＳと関連する免疫特徴をまとめた図である。
【図３】脳病理と関連する抗体反応性を示す。各列が患者を表し、パターンＩまたはパターンＩＩ試料に対応するかどうかを示すように底部で色分けされたヒートマップは、左に見られる比色分析スケールにより抗原に対する正規化された抗体反応性を示す。このヒートマップを構築するために使用される抗体反応性は下記実施例５で列挙される。
【図４Ａ−４Ｄ】酸化コレステロール誘導体のＥＡＥへの投与の効果を示す。図４Ａは、酸化コレステロール誘導体のＥＡＥへの投与はＥＡＥを悪化させることを示す。図４Ｂ〜ＢＤは、ＭＯＧ３５−５５、ＭＯＧ３５−５５＋ｏｘＣｈｏｌまたはＭＯＧ３５−５５＋ｏｘＣｈｏｌ＋ＡＩＱマウスの細胞浸潤物（図４Ｂ）、脱髄（図４Ｃ）および脊髄上の軸索喪失（図４Ｄ）の定量を示す。
【発明を実施するための形態】
【００５５】
本発明は被験体において多発性硬化症（ＭＳ）を診断する方法、そのような診断を実施するための抗原プローブアレイの使用を提供し、そのようなアレイを生成させるための特定の抗原プローブセットを同定する。いくつかの実施形態によれば、本発明は、ＭＳを早期診断し、その進行をモニタするための自己抗体に基づくバイオマーカー試験に関する。特に、本発明の方法およびキットは、被験体においてＭＳの型（すなわち、ＲＲＭＳ、ＳＰＭＳまたはＰＰＭＳ）を識別することができる。さらに、本発明の方法およびキットは、ＭＳ患者において、病変パターンを、特に病変パターンＩと病変パターンＩＩの間で識別することができる。
【００５６】
本明細書において下記で例示されるように、自己抗体の抗原−マイクロアレイ分析は、ＭＳの異なる臨床形態および病理学的サブタイプと関連する血清およびＣＳＦ自己抗体シグネチャーを同定することができ、シグネチャーは、単一の自己抗体反応性ではなく、集合的な自己抗体パターンに基づいていた。これらの情報パターンは、ミエリン分子およびＨＳＰのペプチド、タンパク質および脂質に結合した自己抗体から現れた。さらに、情報パターンはＨＣにおいて見られるものに対する自己抗体反応性の減少および増加を含んだ。
【００５７】
さらに、特有の抗体パターンはＭＳ病理の異なるパターンと関連した。パターンＩＩＭＳ病理はＨＳＰ６０、ＯＳＰ、ＭＯＧおよびＰＬＰペプチドエピトープに対するＩｇＧ抗体の増加と関連し、ガングリオシド、ラクトシルセラミドおよびＬ−a−リゾホスファチジルセリンに対する抗体反応性の増加はパターンＩと関係した。ラクトシルセラミドおよびＬ−a−リゾホスファチジルセリンに対する抗体はＭＳ患者およびＥＡＥマウスのＣＳＦにおいて記載されている(Kanter et al., 2006)。パターンＩ血清試料はまた、酸化コレステロール誘導体（１５−ケトコレステン、１５−ケトコレスタンおよび１５ａ−ヒドロキシコレステン）に対する抗体を含んだ。７−ケトコレステロール、コレステロールの関連酸化誘導体のレベルの増加が、ＭＳ患者のＣＳＦにおいて見出されている。とりわけ、７−ケトコレステロールおよびガングリオシドは、それぞれ、ＰＡＲＰおよびトール様受容体４依存経路によりミクログリア細胞を活性化する。
【００５８】
本明細書で示される研究の重大な所見は、ＭＳ患者のＣＳＦおよび血清中の抗体レパートリーが明確に区別できたことであった。これらの結果は、ＭＳ被験体のＣＳＦにおける免疫応答の区分と一致した。ＣＳＦ中の抗体はＭＳにおいて広く調査されてきたが、本明細書で記載される特有の抗体免疫シグネチャーは以前に記載されていない。
【００５９】
初期研究は、特有の特徴が療法および疾患進行に対する応答と関係づけられ得ることを示唆する。例えば、ＲＭＳＳ患者の約５０％がＳＰＭＳとなり、この転換は免疫および神経変性メカニズムにおける変化と関係する。本明細書において下記で示されるように、抗原アレイを用いたＳＰＭＳの研究は、ＲＲＭＳおよびＰＰＭＳ患者の両方の特徴を共有する抗体シグネチャーを明らかにし、抗原アレイが疾患パターンにおけるこの変化をモニタするのに有用であることを示唆する。さらに、これらの抗体パターンが疾患過程の初期に確立される場合、それらは少量の血清中で測定することができるので、ＭＳ罹患率に対する早期診断およびスクリーニングのために有用である。このように、本明細書で提示される所見は、血清マイクロアレイ抗体パターンは、ＭＳをモニタする、例えば、疾患の予後を決定する、かつ疾患の免疫病理学的メカニズムを特徴づけるために新たな道を提供することを証明する。
【００６０】
抗原プローブおよび抗原プローブセット
さらなる実施形態によれば、本発明は、本明細書で詳述されるように、ＭＳの診断のために有用な抗原プローブおよび抗原プローブセットを提供する。
【００６１】
本発明の原理によれば、本発明は、本明細書において、抗原プローブセットとも呼ばれる複数の抗原をさらに提供する。複数の抗原を含むこれらの抗原プローブセットは、ＭＳを有する被験体の血清と特異的に反応する。本発明の原理によれば、複数の抗原は、抗原アレイの形態で有利に使用され得る。いくつかの実施形態によれば、抗原アレイは都合よく、抗原チップの形態で配列される。
【００６２】
本明細書では「プローブ」は構成要素に特異的結合することができる任意の化合物を意味する。１つの態様によれば、本発明は表１に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは表１に列挙される抗原のサブセットを含む。ある実施形態によれば、本発明の抗原プローブセットは、ＲＲＭＳの診断のために、本明細書で詳述されるように、表１から選択される複数の抗原を含む。好ましくは、複数の抗原は、表１に列挙される抗原のセットを含む。さらに他の実施形態では、抗原プローブセットは、そのサブセット、例えば、それぞれ表１で特定されるリストから選択される少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０の異なる抗原を含み、またはそれらから構成され、各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。そのようなサブセットは、診断アッセイの最適感度および／または特異性が得られるように選択され得る。他の実施形態では、プローブセットは最大１１５、他の実施形態では最大１３０または１５０までの異なる抗原を含む。他の実施形態では、表１で特定される抗原からなるプローブセットは、ＲＲＭＳ患者と、ＲＲＭＳを患っていない健康な個体間で区別するのに十分である。そのようなプローブセットはＲＲＭＳを有する被験体を確実に同定するために十分であると考えられ、ある実施形態では、本発明の抗原プローブセットは、より多くの抗原、例えば約１３０以上の抗原を含む抗原アレイの形態で都合よく使用され得ることに注意すべきである。
【００６３】
別の態様によれば、本発明は表２に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは表２に列挙される抗原のサブセットを含む。他の実施形態によれば、本発明の抗原プローブセットは、ＰＰＭＳの診断のために、本明細書で詳述されるように、表２から選択される複数の抗原を含む。好ましくは、複数の抗原は、表２に列挙される抗原のセットを含む。さらに他の実施形態では、抗原プローブセットは、そのサブセット、例えば、それぞれ表２で特定されるリストから選択される少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５の異なる抗原を含み、またはそれらから構成され、各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。そのようなサブセットは、診断アッセイの最適感度および／または特異性が得られるように選択され得る。他の実施形態では、プローブセットは最大５０、他の実施形態では最大７０または１００までの異なる抗原を含む。他の実施形態では、表２で特定される抗原からなるプローブセットは、ＰＰＭＳ患者と、ＰＰＭＳを患っていない健康な個体間で区別するのに十分である。そのようなプローブセットはＰＰＭＳを有する被験体を確実に同定するために十分であると考えられ、ある実施形態では、本発明の抗原プローブセットは、より多くの抗原、例えば約１００以上の抗原を含む抗原アレイの形態で都合よく使用され得ることに注意すべきである。
【００６４】
別の態様によれば、本発明は表３に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは表３に列挙される抗原のサブセットを含む。ある実施形態によれば、本発明の抗原プローブセットは、ＳＰＭＳの診断のために、本明細書で詳述されるように、表３から選択される複数の抗原を含む。好ましくは、複数の抗原は、表３に列挙される抗原のセットを含む。さらに他の実施形態では、抗原プローブセットは、そのサブセット、例えば、それぞれ表３で特定されるリストから選択される少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０の異なる抗原を含み、またはそれらから構成され、各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。そのようなサブセットは、診断アッセイの最適感度および／または特異性が得られるように選択され得る。他の実施形態では、プローブセットは最大８０、他の実施形態では最大１００または１５０までの異なる抗原を含む。他の実施形態では、表３で特定される抗原からなるプローブセットは、ＳＰＭＳ患者と、ＲＲＭＳ患者の間で区別するのに十分である。そのようなプローブセットはＳＰＭＳを有する被験体を確実に同定するために十分であると考えられ、ある実施形態では、本発明の抗原プローブセットは、より多くの抗原、例えば約１３０以上の抗原を含む抗原アレイの形態で都合よく使用され得ることに注意すべきである。
【００６５】
別の態様によれば、本発明は表４に列挙される抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。ある実施形態によれば、抗原プローブセットは表４に列挙される抗原のサブセットを含む。ある実施形態によれば、本発明の抗原プローブセットは、パターンＩおよびパターンＩＩ  ＭＳ病変間で識別するために、本明細書で詳述されるように、表４から選択される複数の抗原を含む。好ましくは、複数の抗原は、表４に列挙される１４の抗原のセットを含む。さらに他の実施形態では、抗原プローブセットは、そのサブセット、例えば、それぞれ表４で特定されるリストから選択される４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３の異なる抗原を含み、またはそれらから構成され、各可能性は、本発明の別個の実施形態を表す。そのようなサブセットは、診断アッセイの最適感度および／または特異性が得られるように選択され得る。他の実施形態では、プローブセットは最大２０、他の実施形態では最大３０または５０までの異なる抗原を含む。他の実施形態では、表４で特定される１４の抗原からなるプローブセットは、パターンＩまたはパターンＩＩＭＳ病変を有する患者の間で区別するのに十分である。そのようなプローブセットはＭＳパターンを確実に同定するために十分であると考えられ、ある実施形態では、本発明の抗原プローブセットは、より多くの抗原、例えば約５０以上の抗原を含む抗原アレイの形態で都合よく使用され得ることに注意すべきである。
【００６６】
本発明のアッセイにおいて使用される抗原プローブは、当技術分野でよく知られた方法を用いて精製または合成され得る。例えば、抗原タンパク質またはペプチドは、既知の組換えまたは合成方法を用いて生成させることができ、例えば、固相（例えば、Ｂｏｃまたはｆ−Ｍｏｃ化学）および液相合成法(Stewart
and Young, 1963; Meienhofer, 1973; Schroder and Lupke, 1965; Sambrook et al., 2001)が挙げられるが、それらに限定されない。当業者は本発明の抗原プローブを得る、または合成するのに要求される専門知識を有するであろう。抗原プローブのいくつかはまた、本明細書において下記で詳述されているように、例えば、Ｓｉｇｍａ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）、Ａｂｎｏｖａ（Ｔａｉｐｅｉ  Ｃｉｔｙ，Ｔａｉｗａｎ）、Ｍａｔｒｅｙａ  ＬＬＣ（Ｐｌｅａｓａｎｔ  Ｇａｐ，ＰＡ，ＵＳＡ）、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ（Ａｌａｂａｓｔｅｒ，ＡＬ，ＵＳＡ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）、Ｃｈｅｍｉｃｏｎ（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ，ＵＳＡ）、ＧｅｎｅＴｅｘ（Ｓａｎ  Ａｎｔｏｎｉｏ，ＴＸ，ＵＳＡ）、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，ＣＯ，ＵＳＡ）、ＡｓｓａｙＤｅｓｉｇｎｓ（Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，ＭＩ，ＵＳＡ）、ＰｒｏＳｃｉ  Ｉｎｃ．（Ｐｏｗａｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）、Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，ＭＩ，ＵＳＡ）、ＨｙＴｅｓｔ（Ｔｕｒｋｕ，Ｆｉｎｌａｎｄ）、Ｍｅｒｉｄｉａｎ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｍｅｍｐｈｉｓ，ＴＮ  ＵＳＡ）およびＢｉｏｄｅｓｉｇｎ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（Ｓａｃｏ，ＭＥ，ＵＳＡ）から市販されている。
【００６７】
本発明は表１〜４で説明されているアミノ酸配列を有する抗原プローブ、ならびにそのホモログ、フラグメントおよび誘導体を、これらのホモログ、フラグメントおよび誘導体がこれらの抗原プローブと免疫学的に交差反応性である限り、使用することに注意すべきである。本明細書では「免疫学的に交差反応性」という用語は、同じ抗体が特異的に結合する同じ２つ以上の抗原を示す。本明細書では「ホモログ」という用語は、抗原のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％または少なくとも９０％同一であるペプチドを示す。公差反応性は、多くのイムノアッセイ技術のいずれか、例えば、競合アッセイ（試験抗原の、その既知の抗原に対する抗体の結合を競合的に阻害する能力を測定する）により決定することができる。
【００６８】
ペプチドという用語は典型的には、最大約５０アミノ酸残基までの長さのポリペプチドを示す。特定の実施形態によれば、本発明の抗原ペプチドは１０〜５０アミノ酸長とすることができ、典型的には、約１０〜３０または約１５〜２５アミノ酸長である。
【００６９】
その用語は、天然ペプチド（分解生成物、合成的に合成されたペプチド、または組換えペプチドのいずれか）、ペプチド模倣物（典型的には、合成的に合成されたペプチド）、ペプチド類似体ペプトイドおよびセミペプトイドを含み、例えば、ペプチドを体内でより安定にする、または細胞内によりよく浸透することができるようにする修飾を有し得る。そのような修飾としては、Ｎ−末端修飾、Ｃ−末端修飾、ペプチド結合修飾、例えば限定されないがＣＨ２−ＮＨ、ＣＨ２−Ｓ、ＣＨ２−Ｓ＝Ｏ、Ｏ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ２−Ｏ、ＣＨ２−ＣＨ２、Ｓ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ＝ＣＨ、およびＣＦ＝ＣＨ、主鎖修飾および残基修飾が挙げられるが、それらに限定されない。
【００７０】
末端カルボン酸を、カルボキシアミドとして、還元された末端アルコールとして、または任意の薬学的に許容される塩として、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウムまたはカルシウム塩を含む金属塩として、あるいは有機塩基との塩として、または硫酸、塩酸もしくはリン酸を含む鉱酸または有機酸、例えば酢酸もしくはマレイン酸との塩として有する本発明の抗原が使用され得る。
【００７１】
官能性誘導体は、前記ペプチドのアミノ酸側鎖ならびに／またはカルボキシルおよび／もしくはアミノ部分への化学修飾からなる。そのような誘導体化分子としては、例えば、自由なアミノ基が誘導体化されアミン塩酸塩、ｐ−トルエンスルホニル基、カルボベンゾキシ基、ｔ−ブチルオキシカルボニル基、クロロアセチル基またはホルミル基を形成する分子が挙げられる。自由カルボキシル基は、誘導体化され、塩、メチルおよびエチルエステルまたは他の型のエステルまたはヒドラジドを形成し得る。自由ヒドロキシル基は誘導体化されＯ−アシルまたはＯ−アルキル誘導体を形成し得る。ヒスチジンのイミダゾール窒素は誘導体化され、Ｎ−ｉｍ−ベンジルヒスチジンを形成し得る。化学誘導体として、それらのポリペプチドもまた含まれ、それらは２０の標準アミノ酸残基の１つ以上の天然のまたは修飾されたアミノ酸誘導体を含む。例えば、プロリンの代わりに４−ヒドロキシプロリンに置換されてもよく、リシンの代わりに５−ヒドロキシリシンに置換されてもよく、ヒスチジンの代わりに３−メチルヒスチジンに置換されてもよく、セリンの代わりにホモセリンに置換されてもよく、リシンの代わりにオルニチンに置換されてもよい。
【００７２】
本明細書で記載されるアミノ酸残基は、別記されない限り、「Ｌ」異性体である。しかしながら、ペプチドが実質的に所望の抗体特異性を保持する限り、任意のＬ−アミノ酸残基の代わりに「Ｄ」異性体中の残基に置換させることができる。
【００７３】
好適な類似体は、現在標準のペプチド合成法および装置または組換え法により容易に合成され得る。そのような類似体は全て本質的に、それらのアミノ酸配列に関しては本発明の抗原に基づいているが、１つ以上のアミノ酸残基の欠失、置換または付加を有するであろう。アミノ酸残基が置換される場合、想定されるそのような保存的置換は、ポリペプチドの構造または抗原性を有意に変化させないものである。例えば、塩基性アミノ酸は他の塩基性アミノ酸で置換され、酸性アミノ酸は酸性アミノ酸で置換され、中性アミノ酸は中性アミノ酸で置換される。上記で詳述される保存的置換を含む類似体の他に、非保存的アミノ酸置換を含む類似体が、これらの類似体が本発明のペプチドと免疫学的に交差反応性である限り、さらに企図される。
【００７４】
他の態様では、これらのペプチドをコードする核酸、これらの核酸を含むベクターおよびそれらを含む宿主細胞が提供される。これらの核酸、ベクターおよび宿主細胞は、当技術分野において知られている組換え法により容易に生成される(例えば、Sambrook et al., 2001を参照されたい)。例えば、本発明の抗原をコードする単離された核酸配列は、その天然源から、全体の（すなわち、完全）遺伝子またはその一部として獲得することができる。核酸分子はまた、組換えＤＮＡ技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅、クローニング）または化学合成を用いて生成させることができる。核酸配列は天然核酸配列およびそのホモログを含み、例えば、天然の対立遺伝子変異型および、修飾が本質的に核酸分子の、本発明の機能性ペプチドをコードする能力を妨害しないようにヌクレオチドが挿入され、欠失され、置換されおよび／または反転された修飾核酸配列が挙げられるが、それらに限定されない。
【００７５】
本発明のアッセイにおいて使用される脂質抗原は、当技術分野においてよく知られた方法を用いて精製または合成され得る（例えば、Biochemistry of Lipids,
Lipoproteins, and Membranes, 4.sup.th Ed. (2002; Vance D E and Vance, J E,
editors; Elsevier, Amsterdam, Boston); Enzymes in Lipid Modification (2000;
Bornsheuer, U T, editor; Wiley-VCH, Weinheim, N.Y.); Lipid Synthesis and
Manufacture (1999; Gunstone, F D, editor; Sheffield Academic Press, Sheffield, England;
CRC Press, Boca Raton, Fla.); Lipid Biochemistry, 5.sup.th Ed (2002; Gurr, M I,
Harwood, J L, and Frayn, K N, editors; Blackwell Science, Oxford, Malden, Massを参照されたい。別の実施形態では、本発明のアッセイにおいて使用される脂質抗原は、本明細書において下記で詳述されるように商業的に購入され得る。
【００７６】
診断方法
いくつかの実施形態によれば、本発明はＭＳ、特にＲＲＭＳ、ＰＰＭＳおよびＳＰＭＳを検出するのに有用な診断方法を提供する。別の実施形態では、本発明はＭＳ脱髄パターン、特にパターンＩおよびパターンＩＩ  ＭＳ病変を区別するのに有用な診断方法を提供する。
【００７７】
いくつかの実施形態によれば、本発明の方法は、試験被験体から獲得された試料中の抗体の、表１〜表４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより試料の複数の抗原への反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターンと比較することにより実施される。１つの実施形態では、前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、被験体がＭＳを患うことを示す。１つの実施形態によれば、抗原はＲＲＭＳの診断に対しては表１から選択され、対照反応性パターンは健康な患者から獲得される。別の実施形態によれば、抗原はＰＰＭＳの診断に対しては表２から選択され、対照反応性パターンは健康な患者から獲得される。別の実施形態によれば、抗原はＳＰＭＳの診断に対しては表３から選択され、対照反応性パターンはＲＲＭＳを患う患者から獲得される。別の実施形態によれば、抗原はパターンＩとパターンＩＩ  ＭＳ病変の間の区別に対しては表４から選択される（すなわち、試料はパターンＩ  ＭＳに対して試験され、対照反応性パターンはパターンＩＩ  ＭＳ病変を有する患者から獲得され、または試料はパターンＩＩ  ＭＳに対して試験され、対照反応性パターンはパターンＩ  ＭＳ病変を有する患者から獲得される）。特定の実施形態によれば、抗原は表１〜表４のいずれか一つに列挙される抗原からなる群より選択され、前記試料の前記反応性パターンは被験体におけるＭＳの段階を示し、ここで、（ｉ）表１から選択される複数の抗原に対する試料の反応性パターンと対照反応性パターンとの有意差は被験体がＲＲＭＳを有することを示し、（ｉｉ）表２から選択される複数の抗原に対する試料の反応性パターンと対照反応性パターンとの有意差は被験体がＰＰＭＳを有することを示し、（ｉｉｉ）表３から選択される複数の抗原に対する試料の反応性パターンとの対照反応性パターンとの有意差は被験体がＳＰＭＳを有することを示し、（ｉｖ）表４から選択される複数の抗原に対する試料の反応性パターンと対照反応性パターンとの有意差は被験体がパターンＩまたはパターンＩＩ  ＭＳ病変を有することを示す。
【００７８】
本明細書では、「複数の抗原」に対する「試料中の抗体の反応性」は、試料中の各抗体の複数の抗原から選択される特定の抗原に対する免疫反応性を示す。抗体の抗原に対する免疫反応性、すなわち、抗原に特異的に結合するその能力は、試料中の抗体の量を決定するのに使用され得る。試料中の試験された抗体のそれぞれの計算されたレベルは、選択的に、試料のこれらの抗原に対する反応性パターンと呼ばれる。例えば、下記実施例では、各抗原の反応性が計算され、各スポット（抗原）のスケーリングされた平均対数強度として表された。
【００７９】
他の実施形態では、方法は、被験体から獲得された試料中、表１〜４で列挙された抗原からなる群より選択される複数の抗原に向けられる抗体のレベルを決定することを含み、被験体から獲得された試料中の抗体のレベルと対照群における抗体レベルとの統計学的に有意な差は、被験体がＭＳのサブタイプを患うことを示し、ＭＳのサブタイプは、（ｉ）ＲＲＭＳ（前記複数の抗原が、表１に列挙される抗原からなる群より選択される）、（ｉｉ）ＰＰＭＳ（前記複数の抗原が、表２に列挙される抗原からなる群より選択される）、（ｉｉｉ）ＳＰＭＳ（前記複数の抗原が、表３に列挙される抗原からなる群より選択される）、ならびに（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変から選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記複数の抗原が、表４に列挙される抗原からなる群より選択される）からなる群より選択される。
【００８０】
本明細書では、抗原に「向けられた」抗体は、抗原に特異的に結合することができる抗体である。複数の抗原に向けられる抗体のレベルの決定は、試料中の各抗体のレベルの測定を含み、各抗体は表１〜４に列挙される抗原のうちの１つの特定の抗原に向けられる。この工程は、典型的には、本明細書で詳述されるようにイムノアッセイを用いて実施される。
【００８１】
他の実施形態では、方法は、被験体から獲得された試料中の複数の抗体のレベルを決定することを含み、各抗体は、表１〜４で列挙される抗原からなる群より選択される抗原に向けられ、被験体から獲得された試料中の抗体のレベルと抗体の対照レベルとの有意差は、被験体が（ｉ）ＲＲＭＳ（前記抗原が、表１に列挙される抗原から選択される）、（ｉｉ）ＰＰＭＳ（前記抗原が、表２に列挙される抗原からなる群より選択される）、（ｉｉｉ）ＳＰＭＳ（前記抗原が、表３に列挙される抗原から選択される）、ならびに（ｉｖ）パターンＩ病変およびパターンＩＩ病変から選択されるＭＳの病理学的サブタイプ（前記抗原が、表４に列挙される抗原からなる群より選択される）からなる群より選択されるＭＳのサブタイプを患うことを示す。
【００８２】
他の実施形態では、前記複数の抗原に対する前記試料中の抗体の反応性（および試料中の試験された抗体の各々のレベル）を決定することは、
試料を、特定の抗原抗体複合体が形成され得るような条件下で、前記複数の抗原を含む抗原プローブセットと接触させること、および
各抗原プローブに対して形成された抗原抗体複合体の量を提供すること
を含む方法により実施される。抗原抗体複合体の量は、試料中の試験された抗体のレベル（または抗原との試料の反応性）を示す。
【００８３】
ある実施形態によれば、本発明は被験体におけるＭＳの識別診断のための方法を提供し、方法は、
（ａ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表１に列挙される抗原からなる群から選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを健康な被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｂ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表２に列挙される抗原からなる群から選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを健康な被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｃ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表３に列挙される抗原からなる群から選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを、ＲＲＭＳを患う被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
（ｄ）被験体から獲得された試料中の抗体の、表４に列挙される抗原からなる群から選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを、パターンＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンと、および／またはパターンＩＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンと比較すること、
を含み、ここで、
（ｉ）（ａ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＲＲＭＳを患うことを示し、
（ｉｉ）（ｂ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＰＰＭＳを患うことを示し、
（ｉｉｉ）（ｃ）の反応性パターンと前記対照反応性パターンとの有意差は、被験体がＳＰＭＳを患うことを示し、
（ｉｖ）（ｄ）の反応性パターンとパターンＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンとの有意差は、被験体がパターンＩＩ病変を患うことを示し、（ｄ）の反応性パターンとパターンＩＩ病変を有する被験体から獲得された対照反応性パターンとの有意差は、被験体がパターンＩ病変を患うことを示す。
【００８４】
いくつかの実施形態によれば、表１および表２に対する対照反応性パターンは、健康な対照被験体、または健康な対照被験体由来の保存データセットから獲得される。別の実施形態によれば、表３に対する対照反応性パターンは、ＲＲＭＳを患う被験体、またはＲＲＭＳを患う被験体由来の保存データセットから獲得される。別の実施形態によれば、本発明の方法およびキットの対照反応性パターンは他の自己免疫または変性疾患（例えば、ＳＬＥ、ＡＬＤおよびＡＤ）を患う患者から獲得される。別の実施形態によれば、疾患進行をモニタするために、試料の反応性パターンは同じ被験体から以前獲得された対照反応性パターン（例えば、保存データセットとして維持されたもの）と比較される。対照試料および被験体から獲得された試料の抗体レパートリーは同じコンパートメントから獲得される（例えば、血清対照試料の抗体レパートリーは被験体の血清から獲得された試料の抗体レパートリーと比較される）ことが理解されるべきである。
【００８５】
別の実施形態では、診断の必要な被験体においてＭＳのサブタイプ（すなわち、ＲＲＭＳ、ＰＰＭＳ、ＳＰＭＳ、病変パターンＩおよび病変パターンＩＩ）を診断する方法であって、
ａ）被験体から抗体含有生物試料（例えば、血清）を獲得すること、
ｂ）試料を、抗原抗体複合体が形成され得るような条件下で、本明細書の表１〜表４で特定される複数の抗原（またはその免疫フラグメント、類似体、誘導体および塩）を含む抗原プローブセットと接触させること、および
ｃ）前記試料の抗体の、抗原プローブセットの複数の抗原に特異的に結合する能力を決定すること
を含み、前記能力と対照試料（例えば、ＭＳを有しない被験体から獲得される試料）の能力との有意差は、被験体がＭＳサブタイプを患うこと示す、方法が提供される。
【００８６】
別の実施形態によれば、本発明は被験体において再発寛解型多発性硬化症（ＲＲＭＳ）を診断する方法を提供し、方法は、被験体から獲得された試料中の抗体の、表１に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターン（例えば、健康な対照から獲得された試料）と比較することを含み、被験体から獲得された前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、被験体がＲＲＭＳを患うこと示す。
【００８７】
別の実施形態によれば、本発明は被験体において一次性進行型多発性硬化症（ＰＰＭＳ）を診断する方法を提供し、方法は、被験体から獲得された試料中の抗体の、表２に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターン（例えば、健康な対照から獲得された試料）と比較することを含み、被験体から獲得された前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、被験体がＰＰＭＳを患うこと示す。
【００８８】
別の実施形態によれば、本発明は被験体において二次性進行型多発性硬化症（ＳＰＭＳ）を診断する方法を提供し、方法は、被験体から獲得された試料中の抗体の、表３に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターン（例えば、ＲＲＭＳを患う患者から獲得された試料）と比較することを含み、被験体から獲得された前記試料の反応性パターンと対照試料の反応性パターンとの有意差は、被験体がＳＰＭＳを患うこと示す。
【００８９】
別の実施形態によれば、本発明はＭＳを有する被験体において病変パターンＩを有する被験体と病変パターンＩＩを有する被験体の間で区別する（すなわち、識別する）方法を提供し、方法は、被験体から獲得された試料中の抗体の、表４に列挙される抗原からなる群より選択される複数の抗原に対する反応性を決定し、これにより、試料の複数の抗原に対する反応性パターンを決定し、前記試料の反応性パターンを対照反応性パターンと比較することを含む。ある実施形態によれば、１５−ケトコレスタン、１５ａ−ヒドロキシコレステン、ガングリオシド−ＧＭ４、テトラシアロガングリオシド−ＧＱ１Ｂ、脳Ｌ−α−リゾホスファチジルセリン、ラクトシルセラミドまたは１６０  ｋＤａ神経フィラメントからなる群より選択される複数の抗原に対する抗体の反応性の差（例えば、増加）は、被験体がパターンＩ病変を有すること示し、ＨＳＰ６０、ＭＯＧ、ＯＳＰおよびＰＬＰペプチドエピトープからなる群より選択される複数の抗原に対する抗体の反応性の差（例えば、増加）は、被験体がパターンＩＩ病変を有すること示す。別の実施形態では、病変パターンＩを有する被験体と病変パターンＩＩを有する被験体の間で区別するための抗体は、ＩｇＭおよび／またはＩｇＧ抗体から選択される。特定の実施形態では、表４に列挙される抗原と反応する抗体は、ＩｇＭ抗体である１６０  ｋＤａ神経フィラメントと反応する抗体を除き、全てＩｇＧ抗体である。
【００９０】
ある実施形態では、試験試料および対照試料はＩｇＭおよび／またはＩｇＧ抗体を含み得る。別の実施形態では、表１〜４に列挙される複数の抗原に由来する特定の抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性が上方制御される。別の実施形態では、特定の抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性が下方制御される。
【００９１】
特定の実施形態によれば、健康な患者からＲＲＭＳを識別するための反応性パターンは、９４の抗体の反応性からなる。１つの実施形態によれば、前記反応性パターンは９０の上方制御された反応性と４の下方制御された反応性からなる。別の実施形態では、被験体から獲得された試料中の抗体はＩｇＧ抗体であり、抗体はＭＢＰ  ３１−５０、ＨＳＰ７０  ４８１−５００、ＰＬＰ  ６５−８４およびＧＦＡＰからなる群より選択される抗原と反応する。別の実施形態では、被験体から獲得された試料中の抗体はＩｇＭ抗体であり、抗体はＨＳＰ７０  ５１１−５３０、ＭＢＰ  ４１−６０、ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＨＳＰ７０  １５１−１７０、ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、ＭＢＰ  ８４−９４、ＯＳＰ  ６１−８０、ＨＳＰ７０  ３１−５０、ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＨＳＰ６０  １０６−１２５、ＯＳＰ  ３１−５０、Ｐ２  ６１−８０、ＭＢＰ  １１−３０、ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＨＳＰ７０  １３６−１５５、Ｐ２  ４６−６５、ＯＳＰ  １３６−１５５、Ｐ２  １−２０、ＭＯＧ  ９１−１１０、ＨＳＰ６０  ３６１−３８０、ＨＳＰ７０  ４５１−４７０、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＨＳＰ６０  ２４０−２５９、ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＯＳＰ  ７６−９５、ＰＬＰ  １７８−１９１、ＣＮＰ  ２７１−２９０、Ｐ２  ７６−９５、ＨＳＰ７０  ６３１−６４０、ＰＬＰ  ２４８−２５９、ＨＳＰ６０  １９５−２１４、ＣＮＰ  ６１−８０、ＭＯＧ  １９６−２１５、ＨＳＰ６０  ４６−６５、ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ＨＳＰ７０  ４３６−４５５、ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＭＢＰ  １０４−１２３、ＭＢＰ  ７１−９２、ＰＬＰ  １８０−１９９、ＨＳＰ７０  ２５５−２７５、ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＨＳＰ６０  １６−３５、ＨＳＰ６０  ３０１−３２０、ＭＯＢＰ  １５１−１７０、ＣＮＰ  ９１−１１０、ＨＳＰ７０  １０６−１２５、ＣＮＰ  ４０６−４２１、ＨＳＰ６０  ４２１−４０、ＨＳＰ６０  ６１−８０、アミロイドβ  １０−２０、ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、Ｌａｃｔｏｃｅｒｅｂｒｏｓｉｄｅ、ＨＳＰ７０  ４０６−４２５、ＭＯＧ  ７６−９５、ＨＳＰ７０  ３１６−３３５、ＨＳＰ６０  ２２５−２４４、ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＭＯＧ  １０６−１２５、ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＣＮＰ  １−２１、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＨＳＰ７０  １２１−１４０、アミロイドβ  １−４２、ＭＢＰ  ８９−１０１、ＣＮＰ  ３０１−３２０、ＨＳＰ７０  １−２０、ＭＢＰ  ５１−７０、ＨＳＰ７０  ４９６−５１５、ＣＮＰ  １６−３５、ＣＮＰ  ７６−９５、ＰＬＰ  １０−２９、ＰＬＰ  １９０−２０９、ＨＳＰ６０  ３４６−３６５、ＨＳＰ６０  １５１−１７０、ＨＳＰ７０  ３７６−３９５、ウシＭＢＰ、ＨＳＰ７０  ５５６−５７５、ＣＮＰ  ３９１−４１０、ＭＯＧ  ２１１−２３０、ＰＬＰ  ２２０−２４９、ＨＳＰ７０  ６１６−６３５、アミロイドβ  １−１２、ＨＳＰ６０  ５５６−５７３、およびＰＬＰ  ２５０−２６９からなる群より選択される抗原と反応する。
【００９２】
さらなる実施形態によれば、表１で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は上方制御され、ここで、抗原は、ＨＳＰ７０  ５１１−５３０、ＭＢＰ  ４１−６０、ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＨＳＰ７０  １５１−１７０、ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、ＭＢＰ  ８４−９４、ＯＳＰ  ６１−８０、ＨＳＰ７０  ３１−５０、ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＨＳＰ６０  １０６−１２５、ＯＳＰ  ３１−５０、Ｐ２  ６１−８０、ＭＢＰ  １１−３０、ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＨＳＰ７０  １３６−１５５、Ｐ２  ４６−６５、ＯＳＰ  １３６−１５５、Ｐ２  １−２０、ＭＯＧ  ９１−１１０、ＨＳＰ６０  ３６１−３８０、ＨＳＰ７０  ４５１−４７０、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＨＳＰ６０  ２４０−２５９、ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＯＳＰ  ７６−９５、ＰＬＰ  １７８−１９１、ＣＮＰ  ２７１−２９０、Ｐ２  ７６−９５、ＨＳＰ７０  ６３１−６４０、ＰＬＰ  ２４８−２５９、ＨＳＰ６０  １９５−２１４、ＣＮＰ  ６１−８０、ＭＯＧ  １９６−２１５、ＨＳＰ６０  ４６−６５、ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ＨＳＰ７０  ４３６−４５５、ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＭＢＰ  １０４−１２３、ＭＢＰ  ７１−９２、ＰＬＰ  １８０−１９９、ＨＳＰ７０  ２５５−２７５、ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＨＳＰ６０  １６−３５、ＨＳＰ６０  ３０１−３２０、ＭＯＢＰ  １５１−１７０、ＣＮＰ  ９１−１１０、ＨＳＰ７０  １０６−１２５、ＣＮＰ  ４０６−４２１、ＨＳＰ６０  ４２１−４０、ＨＳＰ６０  ６１−８０、アミロイドβ  １０−２０、ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、ラクトセレブロシド、ＨＳＰ７０  ４０６−４２５、ＭＯＧ  ７６−９５、ＨＳＰ７０  ３１６−３３５、ＨＳＰ６０  ２２５−２４４、ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＭＯＧ  １０６−１２５、ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＣＮＰ  １−２１、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＨＳＰ７０  １２１−１４０、アミロイドβ  １−４２、ＭＢＰ  ８９−１０１、ＣＮＰ  ３０１−３２０、ＨＳＰ７０  １−２０、ＭＢＰ  ５１−７０、ＨＳＰ７０  ４９６−５１５、ＣＮＰ  １６−３５、ＣＮＰ  ７６−９５、ＰＬＰ  １０−２９、ＰＬＰ  １９０−２０９、ＨＳＰ６０  ３４６−３６５、ＨＳＰ６０  １５１−１７０、ＨＳＰ７０  ３７６−３９５、ウシＭＢＰ  、ＨＳＰ７０  ５５６−５７５、ＣＮＰ  ３９１−４１０、ＭＯＧ  ２１１−２３０、ＰＬＰ  ２２０−２４９、ＨＳＰ７０  ６１６−６３５、アミロイドβ  １−１２、ＨＳＰ６０  ５５６−５７３およびＰＬＰ  ２５０−２６から選択される。他の実施形態によれば、表１で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は下方制御され、ここで、抗原は、ＭＢＰ  ３１−５０、ＨＳＰ７０  ４８１−５００、ＰＬＰ  ６５−８４およびＧＦＡＰから選択される。
【００９３】
特定の実施形態によれば、健康な患者からＰＰＭＳを識別するための反応性パターンは、３９の抗体反応性からなる。別の実施形態では、被験体から獲得された試料中の抗体は、ＩｇＧ抗体であり、ここで、抗体は、ＰＬＰ  ２１５−２３２、ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ウシＭＢＰ、ＰＬＰ  １３７−１５０、ＭＯＧ  ４６−６５、ＣＮＰ  ４０６−４２１、Ｐ２  ３１−５０、ＣＮＰ  １−２０、ＭＯＧ  １６−３５、Ｐ２  ７６−９５、ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＭＯＧ  １５１−１７０、Ｐ２  １−２０、ＯＳＰ  ６１−８０、ＰＬＰ  １７８−１９１、ＨＳＰ７０  １６−３５、ＨＳＰ７０  １２１−１４０、およびＯＳＰ  １−２０からなる群より選択される抗原と反応する。別の実施形態では被験体から獲得された試料中の抗体は、ＩｇＭ抗体であり、ここで、抗体は、ＰＬＰ  ２１５−２３２、ｍＭＢＰ、ｓｍＬＰＳ、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、コンドロイチン４−硫酸、ウシＭＢＰ、神経フィラメント  ６８ｋＤａ、βアミロイド、ＡＢ  １−４０、ＰＬＰ  １６１−１８０、ＰＬＰ  ４０−５９、ＰＬＰ  １３７−１５０、分泌されたＡＰＰα、ｇｐＭＢＰ、ＭＢＰ  １０４−１２３、ＳＯＤ、ＣＮＰ  １−２０、ｅｃＬＰＳおよびＭＯＢＰ  ６１−８０からなる群より選択される抗原と反応する。
【００９４】
さらなる実施形態によれば、表２で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は上方制御され、ここで、抗原は、βアミロイド、ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＡＢ  １−４０、ＰＬＰ  １６１−１８０、ＰＬＰ  ４０−５９、ＰＬＰ  １３７−１５０、ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＭＯＧ  １５１−１７０、Ｐ２  １−２０、ＯＳＰ  ６１−８０、分泌されたＡＰＰα、ＰＬＰ  １７８−１９１、ｇｐＭＢＰ、ＨＳＰ７０  １６−３５、ＭＢＰ  １０４−１２３、ＳＯＤ、ＣＮＰ  １−２０、ｅｃＬＰＳ、ＨＳＰ７０  １２１−１４０、ＭＯＢＰ  ６１−８０およびＯＳＰ  １−２０から選択される。他の実施形態によれば、表２で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は下方制御され、ここで、抗原は、ＰＬＰ  ２１５−２３２、ＰＬＰ  ２１５−２３２、ｍＭＢＰ、ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ｓｍＬＰＳ、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、コンドロイチン４−硫酸、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ウシＭＢＰ、ＰＬＰ  １３７−１５０、ＭＯＧ  ４６−６５、ＣＮＰ  ４０６−４２１、Ｐ２  ３１−５０、ＣＮＰ  １−２０、ＭＯＧ  １６−３５、Ｐ２  ７６−９５および神経フィラメント  ６８ｋＤａから選択される。
【００９５】
特定の実施形態によれば、健康な患者からＳＰＭＳを識別するための反応性パターンは、６６の抗体反応性からなる。別の実施形態では、被験体から獲得された試料中の抗体は、ＩｇＭ抗体であり、ここで、抗体は、ＭＯＧ  ６１−８０、ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＭＯＧ  ３１−５０、ＣＮＰ  ３６１−３８０、アミロイドβ  １−２３、ＣＮＰ  ３４６−３６５、ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＯＳＰ  １−２０、ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、ＯＳＰ  ６１−８０、ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＨＳＰ７０  ６０１−６２０、ＨＳＰ６０  ２１０−２２９、ＨＳＰ６０  ４５１−４７０、ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＭＢＰ  １３８−１４７、ＣＮＰ  １９５−２１４、ＭＢＰ  １−２０、ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、Ｐ２  １−２０、ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＭＢＰ  １５５−１７８、Ｐ２  ４６−６５、ＨＳＰ６０  １９５−２１４、Ｐ２  ３１−５０、ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＨＳＰ７０  １３６−１５５、ＰＬＰ  １５０−１６３、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＨＳＰ６０  １６−３５、ウシＭＢＰ、ＣＮＰ  １８１−１９９、ＣＮＰ  １２１−１４０、アシアロガングリオシド−ＧＭ２、アミロイドβ  １−１２、ＯＳＰ  １２１−１４０、分泌されたＡＰＰβ、カルジオリピン、ＨＳＰ７０  ４０６−４２５、およびＩｇＭ＿ＰＬＰ  １−１９からなる群より選択される抗原と反応する。別の実施形態では、被験体から獲得された試料中の抗体は、ＩｇＧ抗体であり、ここで、抗体は、ＨＳＰ６０  ３６１−３８０、アミロイドβ  １７−４０、コレステロール、アミロイドβ  １−４２、ＰＬＰ  ８０−９９、ＰＬＰ  ６５−８４、ＰＬＰ  ４０−５９、ＰＬＰ  １−１９、ＰＬＰ  １５１−１７３、ＨＳＰ７０  ４２１−４４０、ｈｕＭＢＰ、ＭＯＢＰ  １６−３５、ＣＮＰ  １６−３５、ＲＢＰ、ＨＳＰ７０  ３３１−３５０、ＯＳＰ  １２１−１４０、ＭＢＰ  １１３−１３２、βクリスタリン、ＣＮＰ  ２４０−２５９、およびＰＬＰ  １７８−１９１からなる群より選択される抗原と反応する。
【００９６】
さらなる実施形態によれば、表３で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は上方制御され、ここで、抗原は、アミロイドβ  １７−４０、コレステロール、アミロイドβ  １−４２、ＰＬＰ  ８０−９９、ＰＬＰ  ６５−８４、ＰＬＰ  ４０−５９、ＰＬＰ  １−１９、ＰＬＰ  １−１９、ＰＬＰ  １５１−１７３、ＨＳＰ７０  ４２１−４４０、ｈｕＭＢＰ、ＭＯＢＰ  １６−３５、ＣＮＰ  １６−３５、ＲＢＰ、ＨＳＰ７０  ３３１−３５０、ＯＳＰ  １２１−１４０、ＭＢＰ  １１３−１３２、βクリスタリン、ＣＮＰ  ２４０−２５９およびＰＬＰ  １７８−１９１から選択される。他の実施形態によれば、表３で列挙される複数の抗原から選択される特定の抗原、またはそのサブセットに対する少なくとも１つの抗体の反応性は下方制御され、ここで、抗原は、ＭＯＧ  ６１−８０、ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＭＯＧ  ３１−５０、ＣＮＰ  ３６１−３８０、アミロイドβ  １−２３、ＣＮＰ  ３４６−３６５、ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＯＳＰ  １−２０、ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、ＯＳＰ  ６１−８０、ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＨＳＰ７０  ６０１−６２０、ＨＳＰ６０  ２１０−２２９、ＨＳＰ６０  ４５１−４７０、ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＭＢＰ  １３８−１４７、ＣＮＰ  １９５−２１４、ＭＢＰ  １−２０、ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、Ｐ２  １−２０、ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＭＢＰ  １５５−１７８、Ｐ２  ４６−６５、ＨＳＰ６０  １９５−２１４、Ｐ２  ３１−５０、ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＨＳＰ７０  １３６−１５５、ＰＬＰ  １５０−１６３、ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＨＳＰ６０  １６−３５、ウシＭＢＰ、ＣＮＰ  １８１−１９９、ＣＮＰ  １２１−１４０、アシアロガングリオシド−ＧＭ２、アミロイドβ  １−１２、ＯＳＰ  １２１−１４０、分泌されたＡＰＰβ、カルジオリピン、ＨＳＰ７０  ４０６−４２５およびＨＳＰ６０  ３６１−３８０から選択される。
【００９７】
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、本明細書で詳述されるように、ＭＳのサブタイプに対する特異的なバイオマーカーとして抗体の情報提供パターンを情報提供するように特徴づけるための抗原マイクロアレイシステムを採用する。
【００９８】
抗体、試料およびイムノアッセイ
抗体、または免疫グロブリンはジスルフィド結合により共に結合された２つの重鎖および２つの軽鎖を含み、各軽鎖は個々の重鎖に結合され、Ｙ字形状の構造となる。各重鎖は一端に可変ドメイン（ＶＨ）、続いて多くの定常ドメイン（ＣＨ）を有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＬ）、その他端に定常ドメイン（ＣＬ）を有し、軽鎖可変ドメインは重鎖の可変ドメインと整列され、軽鎖定常ドメインは重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）と整列されている。軽鎖および重鎖の各対の可変ドメインは抗原結合部位を形成する。
【００９９】
重鎖のアイソタイプ（γ、α、δ、εまたはμ）は、免疫グロブリンクラス(それぞれ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥまたはＩｇＭ)を決定する。軽鎖は全ての抗体クラスで見られる２つのアイソタイプ（カッパκまたはラムダλ）のいずれかである。
【０１００】
「抗体（"antibody"または"antibodies"）」という用語が使用される場合、これは、無傷の抗体、例えばポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体（ｍＡｂｓ）、ならびにそれらのタンパク質分解フラグメント、例えばＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２フラグメントを含むことが理解されるべきである。さらに、キメラ抗体、組換えおよび改変抗体、ならびにそれらのフラグメントは本発明の範囲内に（例えば、本明細書で詳述されるように、イムノアッセイ試薬として）含まれる。
【０１０１】
軽鎖および重鎖の両方の全てまたは本質的に全ての可変領域を含む例示的な機能的抗体フラグメントは下記の通り規定される：
（ｉ）Ｆｖ、２つの鎖として発現された軽鎖の可変領域と重鎖の可変領域からなる遺伝子改変されたフラグメントとして規定される、
（ｉｉ）単鎖Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）、好適なポリペプチドリンカーにより結合された、軽鎖の可変領域と重鎖の可変領域を含む遺伝子改変された単鎖分子、
（ｉｉｉ）Ｆａｂ、全抗体をパパイン酵素を用いて処理し、無傷の軽鎖と重鎖のＦｄフラグメントを得ることにより獲得された、抗体分子の一価抗原結合部分を含む抗体分子のフラグメントであり、Ｆｄフラグメントはその可変ドメインおよびＣＨ１ドメインからなる、
（ｉｖ）Ｆａｂ’、全抗体を、ペプシン酵素を用いて処理し、続いて還元することにより得られた、抗体分子の一価抗原結合部分を含む抗体分子のフラグメント（２つのＦａｂ’フラグメントが１抗体分子につき得られる）、
（ｖ）Ｆ（ａｂ’）２、全抗体を、ペプシン酵素を用いて処理することにより得られた、抗体分子の一価抗原結合部分を含む抗体分子のフラグメント（２つのジスルフィド結合により共に保持されるＦａｂ’フラグメントの二量体）。
【０１０２】
本明細書では「抗原」という用語は、抗体が結合できる分子または分子の一部である。抗原は典型的には、その抗原のエピトープに結合することができる抗体を動物に産生させるように誘発することができる。抗原は１つ以上のエピトープを有し得る。上記で言及される特異反応は、抗原が、高い選択的な様式で、その対応する抗体と反応し、他の抗原により誘発され得る多くの他の抗体とは反応しないことを示すことを意味する。「抗原ペプチド」は抗体に特異的に結合することができるペプチドである。
【０１０３】
別の実施形態では、抗体の、特異的に抗原プローブに結合する能力の検出は、特定の抗原−抗体複合体形成を定量することにより実施され得る。本明細書では「特異的に結合する」という用語は、抗体の抗原プローブへの結合が関係のない分子の存在により競合的に阻害されないことを意味する。
【０１０４】
ある実施形態では、本発明の方法は、本発明のペプチドの、被験体から単離されたＩｇＧアイソタイプの抗体または、他の実施形態では、ＩｇＭまたはＩｇＥアイソタイプの抗体に特異的に結合する能力を決定することにより、実施される。
【０１０５】
被験体から好適な抗体含有生物試料を獲得するための方法は、十分当業者の能力の範囲内である。典型的には、好適な試料は全血およびそれらから誘導される生成物、例えば血漿および血清を含む。他の実施形態では、他の抗体含有試料、例えば、ＣＳＦ、尿および唾液試料が使用され得る。試験被験体から血清試料を獲得する非制限的例が、下記実施例セクションにおいて提示される。
【０１０６】
本発明によれば、対象ペプチドと共に任意の好適なイムノアッセイを使用することができる。そのような技術は、当業者によく知られており、多くの標準免疫学マニュアルおよびテキストにおいて記載されている。ある好ましい実施形態では、抗原プローブに特異的に結合する抗体の能力の決定は、抗原プローブアレイに基づく方法を用いて実施される。好ましくは、アレイは被験体の好適に希釈された血清（例えば１：１０希釈）と共にインキュベートされ、血清に含まれる抗体と固定された抗原プローブとの間の特異的結合が可能になり、結合していない血清がアレイから洗い流され、洗浄されたアレイが所望のアイソタイプの抗体の検出可能な標識結合リガンドと共にインキュベートされ、結合していない標識がアレイから洗い流され、各抗原プローブに結合された標識のレベルが測定される。
【０１０７】
いくつかの態様によれば、本発明の方法は、本発明の発明者等の幾人かに対するＷＯ０２／０８７５５号およびＵ．Ｓ．２００５／０２６０７７０号で開示される抗原アレイを用いて実施することができる。ＷＯ０２／０８７５５号は、疾患の診断または治療のモニタリングが必要な患者被験体由来の血清の未定免疫グロブリンと反応する予め規定された抗原をクラスタリングし、よって同定するためのシステムおよび製造物品に関する。さらに、複数の抗原のうちの抗原のサブセットをクラスタリングし、前記抗原のサブセットは複数の患者由来の複数の抗体と反応し、被験体の抗体を得られたクラスターと会合または解離させる工程を含む診断方法、およびこれらの方法において有用なシステムが開示される。本発明の発明者等の幾人かに対する米国特許出願公開第２００５／０２６０７７０号は、抗原アレイシステムおよびその診断的使用を開示する。出願は、被験体の免疫グロブリンの、抗原プローブセットの各抗原プローブに特異的に結合する能力を決定することを含む、免疫疾患、特にＩ型糖尿病、またはその素因を被験体において診断する方法を提供する。前記開示の教示は、本明細書で完全に明記されるかのうように、その全体が組み込まれる。
【０１０８】
他の実施形態では、様々な他のイムノアッセイを使用することができ、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、マルチプレックスビーズを用いたフローサイトメトリー（例えばＬｕｍｉｎｅｘにより製造されたシステム）、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、エリプソメトリー、ならびに、例えば、レーザ走査、光検出、光電子増倍管を介する光子検出、デジタルカメラに基づくシステムまたはビデオシステムを用いた撮影法、放射線計測、蛍光検出、電子、磁気検出および抗原抗体結合の定量的測定を可能にする任意の他のシステムが挙げられるが、それらに限定されない。
【０１０９】
本発明の方法に好適なアレイを調製するための様々な方法が開発されている。最新式の方法は抗原プローブを含む明確な溶液を、平面支持体、典型的にはガラス支持体、例えば顕微鏡スライドの表面上の密集した特異的なアドレス可能な位置に適用または「スポット」するために、ロボット装置を使用することを含み、これはその後に、好適な熱および／または化学処理により処理され、支持体表面に抗原プローブが付着される。都合よく、ガラス表面は化学処理により最初に活性化され、表面上にエポキシ基などの反応性基の層が残り、これは自由アミンまたはチオール基を含む任意の分子と共有結合により結合する。好適な支持体としては、ケイ素、ニトロセルロース、紙、セルロース支持体などが挙げられ得る。
【０１１０】
好ましくは、アレイの特定のアドレス可能な位置に付着された本発明の各抗原プローブ、または抗原プローブの明確なサブセットは、統計学的にロバストなデータの発生を可能にするために、独立して、アレイの少なくとも２、より好ましくは少なくとも３つの別個の特定のアドレス可能な位置に付着される。
【０１１１】
本発明の抗原プローブの他に、アレイは、有利に対照抗原プローブまたは他の標準化学薬品を含み得る。そのような対照抗原プローブは正規化対照プローブを含み得る。正規化対照プローブから得られた信号は、結合条件、標識強度、「読み取り」効率および所定の結合抗体−プローブリガンド相互作用の信号を変動させ得る他の因子における変化に対して対照を提供する。例えば、抗原プローブアレイの全ての他の抗原プローブから読み取られた信号、例えば蛍光強度は、正規化対照プローブからの信号（例えば、蛍光強度）により除算され、これにより、測定値が正規化される。正規化対照プローブは、抗原プローブアレイ上の様々なアドレス可能な位置に結合させることができ、抗体−リガンドプローブ効率の空間変動に対して制御される。好ましくは、正規化対照プローブは周縁効果に対して制御するためにアレイの角または縁に、ならびにアレイの中央に配置される。
【０１１２】
標識された抗体リガンドは、抗体リガンドの様々な好適な型のいずれかを有し得る。好ましくは、抗体リガンドは、使用される被験体の抗体のＦｃ部分に特異的に結合することができる抗体である。例えば、被験体の抗体がＩｇＭアイソタイプである場合、抗体リガンドは好ましくは被験体のＩｇＭ抗体のＦｃ領域に特異的に結合することができる抗体である。
【０１１３】
被験体の抗体のリガンドは、様々な型の検出可能な標識のいずれかとコンジュゲートさせることができる。好ましくは、標識はフルオロフォア、最も好ましくはＣｙ３である。また、フルオロフォアは様々なフルオロフォア、例えば、Ｃｙ５、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ）、ローダミン、テキサスレッドなどのいずれかとすることができる。特異的なアイソタイプの抗体に対し特異的な好適なフルオロフォアコンジュゲート抗体が広く市場供給者から入手可能であり、それらの製造方法は十分確立されている。
【０１１４】
被験体の抗体は、適用および目的によって、様々な様式のいずれかで、それらの抗原プローブ結合能力の分析のために単離され得る。被験体の抗体は、血液血清もしくは血漿またはその希釈物（例えば、１：１０希釈）の形態で好適に、かつ都合よく存在し得るが、抗体は抗原プローブに特異的に結合する能力に対して試験される前に任意の所望の程度の精製に供せられ得る。本発明の方法は、被験体の全抗体、または抗体可変領域を含む被験体の抗体フラグメントを用いて実施することができる。
【０１１５】
データ分析
有利なことに、本発明の方法は、ＭＳのサブタイプを有する被験体の反応性パターンを対照被験体と区別するために、学習およびパターン認識アナライザー、クラスタリングアルゴリズムなどを使用し得る。例えば、方法は、複数の抗原に対する試験試料中の抗体の反応性を決定すること、得られたパターンを陰性および陽性対照試料の反応性パターンと、そのようなアルゴリズムおよび／またはアナライザーを使用して比較することを含む。
【０１１６】
ある実施形態では、予め決められたカットオフに対して（例えば、多くの予め決められたカットオフに対して）試験試料中で定量された各抗体の量を比較するために、１つ以上のアルゴリズムまたはコンピュータプログラムが使用され得る。また、ヒトにより必要な工程を手動で実施するための１つ以上の命令を提供することができる。
【０１１７】
パターン分析を決定および比較するためのアルゴリズムとしては、主成分分析、フィッシャー線形分析、神経ネットワークアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、ファジー論理パターン認識などが挙げられるが、それらに限定されない。分析が完了した後、得られた情報は、例えば、ディスプレイ上に表示され、ホストコンピュータに伝送され、またはその後の検索のために記憶装置に保存され得る。
【０１１８】
アルゴリズムの多くは神経ネットワークに基づくアルゴリズムである。神経ネットワークは、入力層、処理層および出力層を有する。神経ネットワークにおける情報は、処理層全体に分配される。処理層はノードへの相互接続によりニューロンを刺激するノードから作成される。データ集合物中の潜在するパターンを明らかにする統計学的分析と同様に、神経ネットワークは、予め決められた基準に基づき、データ集合物において一貫したパターンを位置づける。
【０１１９】
好適なパターン認識アルゴリズムとしては、主成分分析（ＰＣＡ）、フィッシャー線形判別分析（ＦＬＤＡ）、クラス類似のソフト独立モデリング（soft independent modeling
of class analogy）（ＳＩＭＣＡ）、Ｋ−近傍法（ＫＮＮ）、神経ネットワーク、遺伝的アルゴリズム、ファジー論理、および他のパターン認識アルゴリズムが挙げられるが、それらに限定されない。いくつかの実施形態では、フィッシャー線形判別分析（ＦＬＤＡ）および正準判別分析（ＣＤＡ）ならびにそれらの組み合わせが、出力シグネチャとデータベースから入手可能なデータを比較するために使用される。
【０１２０】
他の実施形態では、主成分分析が使用される。主成分分析（ＰＣＡ）は多くの相関変数をより少数の無相関変数に変換する数学技術を含む。より少数の無相関変数は主成分として知られている。第１の主成分または固有ベクトルが可能な限り大きなデータ中の変動性の一因となり、続いて起こる各成分が可能な限り大きな残りの変動性の一因となる。ＰＣＡの主目的は、データセットの次元を減少させ、新たな潜在変数を同定することである。
【０１２１】
主成分分析は、階層的に２つ以上の共分散行列の構造を比較する。例えば、１つの行列は、行列の各要素に単一の定数を掛けることを除き、もう一方と同一である。このように、行列は互い比例する。より特定的には、行列は同一の固有ベクトル（または主成分）を共有するが、それらの固有値は定数だけ異なっている。行列間の別の関係は、それらが共通する主成分を共有するが、それらの固有値は異なっていることである。主成分分析で使用される数学技術は固有分析(eigenanalysis)と呼ばれる。最も大きな固有値と関連する固有ベクトルは第１の主成分と同じ方向を有する。第２に大きな固有値と関連する固有ベクトルは、第２の主成分の方向を決定する。固有値の和は正方行列のトレースに等しく、固有ベクトルの最大数はこの行列の行の数に等しい。
【０１２２】
別の実施形態では、アルゴリズムは分類器である。１つの型の分類器は、アルゴリズムを、トレーニングセット由来のデータを用いて「トレーニング」することにより作成され、その性能は試験セットデータを用いて評価される。本発明と共に使用される分類器の例は、判別分析、決定木解析、受信者動作曲線またはスプリットアンドスコア分析である。
【０１２３】
「決定木」という用語は、分類のために使用されるフローチャート様木構造を有する分類器を示す。決定木は、データセットのサブセットへの繰り返しスプリットから構成される。各スプリットは１つの変数に適用される簡単な規則から構成され、例えば、「「変数１」の値が「しきい値１」よりも大きい場合、左に行き、そうでなければ、右へ行く」。したがって、与えられた特徴空間が長方形セットに分割され、各長方形は１つのクラスに割り当てられる。
【０１２４】
「試験セット」または「未知」または「確認セット」という用語は、トレーニングセットに含まれるそれらのエントリーからなる有効な全データセットのサブセットを示す。試験データは分類器性能を評価するために適用される。
【０１２５】
「トレーニングセット」または「既知のセット」または「参照セット」という用語は、個々の有効な全データセットのサブセットを示す。このサブセットは典型的にはランダムに選択され、分類器構築目的のためだけに使用される。
【０１２６】
有利なことに、ＭＳの一形態（例えば、サブタイプ）を有する患者と対照個体（例えば、健康な個体またはＭＳの別の形態を患う個体）の間の区別は、多次元空間で実施される。例えば、本明細書の表１で列挙される抗原からなる抗原アレイを用いて実施される診断試験は、９４次元で実施される。都合よく、そのような分析は空間を、下記で例示されるように、患者特有の領域および対照個体のためのものに分割することにより実施される。
【０１２７】
下記実施例は、本発明のいくつかの実施形態をより完全に説明するために提示される。しかしながら、これらの実施例は、いかなる意味でも本発明の広い範囲を制限するものと解釈してはならない。
【０１２８】
実施例
手順
ＥＬＩＳＡ
抗原（タンパク質に対してはリン酸緩衝生理食塩水中１ｍｇ／ｍｌ、脂質に対してはエタノール中５ｍｇ／ｍｌ）を、９６ウェルＭａｘｉｓｏｒｐ  ＥＬＩＳＡプレート(NalgeNunc, Rochester, NY)中でコートさせ、ＥＬＩＳＡを記載されるように実施した(Quintana et al., J Autoimmun 21,
65-75, 2003)。
【０１２９】
抗原マイクロアレイチップ
ＰＢＳ中で希釈した抗原を３８４ウェルプレート中、０．１〜１ｍｇ／ｍｌの濃度で配置した。直径０．２ｍｍの固体スポッティングピンを有するロボットＭｉｃｒｏＧｒｉｄアレイヤー（ＢｉｏＲｏｂｏｔｉｃｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｕ．Ｋ．）を使用し、抗原をＡｒｒａｙＩｔ  ＳｕｐｅｒＥｐｏｘｉマイクロアレイ基材スライド（ＴｅｌｅＣｈｅｍ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）上にスポットさせた。各抗原を３または４回スポットさせた。スポットさせたマイクロアレイを４℃で保存した。
【０１３０】
チップをＰＢＳで洗浄し、１時間３７℃で、１％  ＢＳＡを用いてブロックし、２時間３７℃で、湿潤環境中カバースリップ下で、ブロッキング緩衝液中試験血清の１：１０希釈物と共にインキュベートした。その後、アレイを洗浄し、４５分間、３７℃で、ヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｃｙ３コンジュゲート抗体およびＣｙ５にコンジュゲートさせたヤギ抗ヒトＩｇＭの１：５００希釈混合物（どちらも、Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ，Ｗｅｓｔ  Ｇｒｏｖｅ，ＰＡから購入）と共にインキュベートした。アレイをＳｃａｎＡｒｒａｙ  ４０００Ｘスキャナ（ＧＳＩ  Ｌｕｍｉｎｏｍｉｃｓ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡ）を用いて走査し、ＩｇＭおよびＩｇＧ結果を別々に記録した。結果をＴＩＦＦファイルとして記録した。
【０１３１】
画像およびデータ処理
ＴＩＦＦファイル中の各スポットおよび局所背景を構成する画素を、ヒストグラム分割を用いて同定した。各スポットおよびその局所背景の強度を、対応する画素強度の平均として計算した。抗原を含むスポットはいずれも飽和を示さなかった。技術的に欠陥のあるスポットを、目視検査により同定し、データセットから除去した。各スポットに対し、局所背景強度をスポット強度から減算した。負の強度を有するスポットはデータセットから除去した。
【０１３２】
強度の対数ベース２変換により、全ての強度レベルで適度に一定な変動性が得られた。各抗原の対数強度は、各スライド上の複製の対数強度の平均として計算した。各アレイ上の複製間の変動性の計数は１０％未満であった。アレイ間の強度の全体の差を除去するために、アレイ上の全ての抗原の平均対数強度のメジアンを減算することにより各アレイ上の各抗原の平均対数強度をスケーリングした。抗原のスケーリングした平均対数強度は、抗原の反応性を示した。
【０１３３】
生データを、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇソフトウエア（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて正規化し分析した。抗原反応性は、マイクロアレイ上のその抗原の複製への結合の平均強度により規定した。データを、ノンパラメトリックＷｉｌｃｏｘｏｎ−Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ試験により、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を使用し、０．０５（ＲＲＭＳおよびＰＰＭＳ試料の分析）または０．２（免疫病理学的パターンＩおよびＩＩ試料の分析）のフォールスディスカバリレートを用いて分析し、有意性を決定した。トレーニングセットにおけるリーブワンアウト交差検定分析（ＬＯＯＣＶ）および試験セットに対する試料の分類を、トレーニングセット上で差別的であると同定される抗体反応性に基づき試料を分類するサポートベクターマシンを用いて実施した。
【０１３４】
患者および血清試料
血清試料を臨床的寛解中の未処置ＲＲＭＳ、ＰＰＭＳ患者またはＨＣからＰａｒｔｎｅｒｓ  ＭＳセンターで収集した。患者は他の自己免疫障害を示さなかった。生検診断によるＣＮＳ炎症性脱髄疾患を有する６２人の患者を、７８０の元のコホートから、ＭＳ病変プロジェクト（ＭＳＬＰ）に属する中枢神経系炎症性脱髄疾患（ＣＮＳ  ＩＤＤ）生検症例であると同定した。ＭＳＬＰデータベースは、詳述された病理学的、臨床的、画像および血清学的材料を有する生検診断によるＣＮＳ  ＩＤＤ症例の特有の集合物からなる（ＮＭＳＳ  ＲＧ３１８４−Ｂ−３−０２）。活動脱髄病変は、前に公表された基準(Lucchinetti et al., 2000)に基づきパターンＩまたはＩＩのいずれかに分類された。血清および対面神経学的評価は、経過観察時の全ての包含される患者について獲得した。対のＣＳＦおよび血清試料を大学病院、医科大学、セビラ大学で、くも膜下腔内ＩｇＧ分泌およびＩｇＧオリゴクローナルバンドが確認されたＲＲＭＳ患者から収集した。患者の臨床的特徴、病理学的コホートおよび健康な対照を本明細書において、下記の表６で列挙する。対照試料は年齢、性別および民族性について一対適合させた。
表６：患者および健康な対照（ＨＣ）の特徴
【表６】
2012508865.tif 000012
【０１３５】
本明細書では、「ＥＤＳＳ」はＫｕｒｔｚｋｅ拡大機能障害スケール（ＥＤＳＳ）を示し、当技術分野において、多発性硬化症における機能障害を定量化するための方法として知られている。ＥＤＳＳは８つの機能系（すなわち、錐体路、小脳、脳幹、感覚、腸および膀胱、視覚、大脳、および他の系）における機能障害を定量化し、これにより神経内科医は各系において機能系スコアを割り当てることができる。ＥＤＳＳステップ１．０〜４．５は、完全に歩行可能なＭＳを有するヒトを示す。ＥＤＳＳステップ５．０〜９．５は歩行運動の障害により規定される。
【０１３６】
アルツハイマー病患者由来の血清およびＣＳＦ試料が、神経疾患センター、ブリガムアンドウィメンズ病院、ハーバード大学医学部（ｔｈｅ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｂｒｉｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｗｏｍｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，  Ｈａｒｖａｒｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｃｈｏｏｌ），Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡのＤｅｎｉｓ  Ｓｅｌｋｏｅ博士から提供された。ＳＬＥ患者由来の血清試料は、リウマチ／免疫学部、ブリガムアンドウィメンズ病院（ｔｈｅ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ／Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｂｒｉｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｗｏｍｅｎ‘ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ），Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡのＰｅｔｅｒ  Ｈ．Ｓｃｈｕｒ博士から提供された。
【０１３７】
試料は下記のように収集した：血液試料は滅菌試験管中に収集し，試験管を室温で３０分間放置することにより凝血させた。次に、試験管を２０００ｇで１５分間遠心分離させた。液相を新しい試験管に移し、アリコートに分割させ、−２０℃以下で保存した。
【０１３８】
抗原
ペプチドをハーバード大学医学部の生物化学および分子薬理学部のバイオポリマー施設（ｔｈｅ  Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｈａｒｖａｒｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｃｈｏｏｌ）（ＨＭＳ）で合成した。組換えタンパク質および脂質をＳｉｇｍａ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，  ＭＯ，  ＵＳＡ）、Ａｂｎｏｖａ（Ｔａｉｐｅｉ  Ｃｉｔｙ，Ｔａｉｗａｎ）、Ｍａｔｒｅｙａ  ＬＬＣ（Ｐｌｅａｓａｎｔ  Ｇａｐ，  ＰＡ，  ＵＳＡ）、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ（Ａｌａｂａｓｔｅｒ，  ＡＬ，  ＵＳＡ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  ＣＡ，  ＵＳＡ）、Ｃｈｅｍｉｃｏｎ（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ，ＵＳＡ）、ＧｅｎｅＴｅｘ（Ｓａｎ  Ａｎｔｏｎｉｏ，ＴＸ，ＵＳＡ）、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，  ＣＯ，  ＵＳＡ）、Ａｓｓａｙ  Ｄｅｓｉｇｎｓ（Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，  ＭＩ，  ＵＳＡ）、ＰｒｏＳｃｉ  Ｉｎｃ．（Ｐｏｗａｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  ＣＡ，  ＵＳＡ）、Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，  ＭＩ，  ＵＳＡ）、ＨｙＴｅｓｔ（Ｔｕｒｋｕ，  Ｆｉｎｌａｎｄ）、Ｍｅｒｉｄｉａｎ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｍｅｍｐｈｉｓ，ＴＮ  ＵＳＡ）およびＢｉｏｄｅｓｉｇｎ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  （Ｓａｃｏ，ＭＥ，ＵＳＡ）から購入した。
【０１３９】
抗原マイクロアレイの構築に使用される抗原は下記の通りとした：熱ショックタンパク質２７ｋＤａ（ＨＳＰ２７）、ＨＳＰ３２、ＨＳＰ４０、ＨＳＰ４７、ＨＳＰ６０、結核菌ＨＳＰ６５、ＨＳＰ７０、結核菌ＨＳＰ７１、ＨＳＰ９０およびＧｒｏＥＬ（全てＳｔｒｅｓｓｇｅｎから購入）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−１９９、１９５−２１４、２１０−２２９、２２５−２４４、２４０−２５９、２５５−２７５、２７１−２９０、２８６−３０５、３０１−３２０、３１−５０、３１６−３３５、３３１−３５０、３４６−３６５、３６１−３８０、３７６−３９５、３９１−４１０、４０６−４２５、４２１−４４０、４３６−４５５、４５１−４７０、４６６−４８５、４６−６５、４８１−５００、４９６−５１５、５１１−５３０、５２６−５４５、５４１−５６０、５５６−５７３、６１−８０、７６−９５および９１−１１０からなるＨＳＰ６０ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−１９９、１９５−２１４、２１０−２２９、２２５−２４４、２４０−２５９、２５５−２７５、２７１−２９０、２８６−３０５、３０１−３２０、３１−５０、３１６−３３５、３３１−３５０、３４６−３６５、３６１−３８０、３７６−３９５、３９１−４１０、４０６−４２５、４２１−４４０、４３６−４５５、４５１−４７０、４６６−４８５、４６−６５、４８１−５００、４９６−５１５、５１１−５３０、５２６−５４５、５４１−５６０、５５６−５７５、５７１−５９０、５８６−６０５、６０１−６２０、６１６−６３５、６１−８０、６３１−６４０、７６−９５および９１−１１０からなるＨＳＰ７０ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）。
【０１４０】
アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−２００、１９５−２１５、２１１−２３０、２２６−２４５、２４１−２６０、２５６−２７５、２７１−２９０、２８６−３０５、３０１−３２０、３１−５０、３１６−３３５、３３１−３５０、３４６−３６５、３６１−３８０、３７６−３９５、３９１−４１０、４０６−４２１、４６−６５、６１−８０、７６−９５および９１−１１０（すべてＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）からなるＣＮＳタンパク質２’，３’−環状ヌクレオチド３’−ホスホジエステラーゼペプチド（ＣＮＰ）；アセチルコリンエステラーゼ、ＡＤＡＭ−１０、β−クリスタリン、ウシミエリン塩基性タンパク質、脳抽出物Ｉ、脳抽出物ＩＩ、脳抽出物ＩＩＩ、モルモットミエリン塩基性タンパク質、ヒトミエリン塩基性タンパク質（全てＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから購入）；α−クリスタリン（Ｓｔｒｅｓｓｇｅｎから購入）；グリアフィラメント酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）（Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃから購入）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−２００、３１−５０、４６−６５、６１−８０、７６−９５および９１−１１０からなるミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質（ＭＯＢＰ）ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−２００、１９６−２１５、２１１−２３０、２２６−２４７、３１−５０、３５−５５、４６−６５、６１−８０、７６−９５および９１−１１０からなるミエリン／オリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；マウスミエリン塩基性タンパク質（ｍＭＢＰ）およびミエリン関連糖タンパク質（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから購入）；アミノ酸１０４−１２３、１１−３０、１１３−１３２、１−２０、１２１−１３８、１２４−１４２、１３８−１４７、１４１−１６１、１４３−１６８、１５５−１７８、２６−３５、３１−５０、４１−６０、５１−７０、６１−８０、７１−９２、８４−９４、８９−１０１および９３−１１２からなるミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１３２、１６−３５、３１−５０、４６−６５、６１−８０、７６−９５および９１−１１０からなるミエリンタンパク質２（Ｐ２）ペプチド（Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；神経フィラメント１６０ｋｄ、神経フィラメント２００ｋｄ、神経フィラメント６８ｋｄ（全てＣｈｅｍｉｃｏｎから購入）；神経エノラーゼ（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍから購入）；ニカストリン（ＧｅｎｅＴｅｘから購入）；ＮＭＤＡ受容体（Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓから購入）；ＮＯＧＯ（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから購入）；アミノ酸１０６−１２５、１−２０、１２１−１４０、１３６−１５５、１５１−１７０、１６−３５、１６６−１８５、１８１−１９９、１９５−２１７、３１−５０、４６−６５、６１−８０、７６−９５および９１−１１０からなるオリゴデンドロサイト特異タンパク質（ＯＳＰ）ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；プロテオリピドタンパク質（Ａｂｎｏｖａ）；アミノ酸１００−１１９、１０−２９、１１０−１２９、１−１９、１２５−１４１、１３７−１５０、１３７−１５４、１５０−１６３、１５１−１７３、１５８−１６６、１６１−１８０、１７８−１９１、１８０−１９９、１９０−２０９、２０−３９、２０５−２２０、２１５−２３２、２２０−２３９、２２０−２４９、２４８−２５９、  ２５０−２６９、２６５−２７７、３５−５０、４０−５９、５０−６９、６５−８４、８０−９９および９１−１１０からなるプロテオリピドタンパク質ペプチド（全てＢｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＨＭＳで合成）；レチノール結合タンパク質、スーパーオキシドジムスターゼ、βシヌクレイン、γシヌクレイン（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ）；およびＳ１００βタンパク質（Ａｓｓａｙ  Ｄｅｓｉｇｎｓ）。
【０１４１】
組織抗原（ＰｒｏＳｃｉ  Ｉｎｃ．から購入）：扁桃体、扁桃体ＡＤ、脳ライセート、脳組織膜、小脳脚、脳髄膜、脳梁、脳梁ＡＤ、間脳、胎児脳、前頭葉、前頭葉ＡＤ、海馬、海馬  ＡＤ、島、後頭葉、後頭葉ＡＤ、嗅部、視神経、頭頂葉、頭頂葉ＡＤ、橋、橋ＡＤ、中止後回、中止後回ＡＤ、中止前回、中止前回ＡＤ、脊髄、側頭葉、側頭葉ＡＤ、視床および視床ＡＤ．
【０１４２】
ＡＤ関連抗原: アミロイドβ（ＡＢ）、ＡＢ１０−２０、ＡＢ１−１２、ＡＢ１２−２８、ＡＢ１−２３、ＡＢ１−３８、ＡＢ１７−４０、ＡＢ２５−３５、ＡＢ３４−４２、アミロイドｂｒｉタンパク質前駆体２２７、アミロイドＤＡＮタンパク質、フラグメント１−３４、アミロイド前駆体タンパク質、アミロイドタンパク質非ＡＢ成分、分泌されたアミロイド前駆体タンパク質（ＳＡＰ）ベータ、タウアイソフォーム変異体０Ｎ３Ｒ、タウアイソフォーム変異体１Ｎ３Ｒ、タウアイソフォーム変異体０Ｎ４Ｒ、タウアイソフォーム変異体２Ｎ３Ｒ、タウホスホＳｅｒ４１２、タウホスホＳｅｒ４４１およびタウホスホＴｈｒ１８１（全てＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから購入）およびタウタンパク質ヒト（ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入）。
【０１４３】
脂質抗原:１パルミトイル−２−（５’オキソ−バレロイル）−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン、１５ａ−ヒドロキシコレステン、１５−ケトコレスタン、１５−ケトコレステン、１−パルミトイル−２−（９’オキソ−ノナノイル）−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン、１−パルミトイル−２−アゼラオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン、１−パルミトイル−２−グルタロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン、５α−コレスタン−３β，１５α−ジオール、脳セラミド、脳Ｄ−エリスロスフィンゴシン、脳リゾホスファチジルエタノールアミン、脳Ｌ−α−リゾホスファチジルセリン、脳Ｌ−α−ホスファチジルコリン、脳Ｌ−α−ホスファチジル−エタノールアミン、脳Ｌ−α−ホスファチジルセリン、脳極性脂質抽出物、脳スフィンゴミエリン、脳スルファチド、脳総脂質抽出物、ガングリオテトラオシルセラミドアシアロ−ＧＭ１、総脳ガングリオシドおよび総セレブロシド（全てＡｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓから購入）；９（Ｓ）−ＨＯＤＥ、（±）９−ＨＯＤＥ、イソプロスタンＦ２  Ｉ（Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）；アシアロガングリオシド−ＧＭ１、アシアロガングリオシド−ＧＭ２、カルジオリピン、セラミド、セラミド１−リン酸、コレステロール、ジシアロガングリオシド−ＧＤ１Ｂ、ジシアロガングリオシド−ＧＤ２、ジシアロガングリオシドＧＤ１ａ、ガラクトセレブロシド、ガングリオシド混合物、ＨＤＬ、ヘキサコサン酸（２６）、ヒドロキシ脂肪酸セラミド、ラクトセレブロシド、ＬＤＬ、脂質Ａ、ジホスホリル、サルモネラ菌由来、大腸菌由来のリポ多糖、緑膿菌由来のリポ多糖、サルモネラ菌由来のリポ多糖、モノシアロガングリオシドＧＭ１、モノシアロガングリオシドＧＭ２、Ｎ−ヘキサノイル−Ｄ−スフィンゴシン、非ヒドロキシ脂肪酸セラミド、ホスファチジルイノシトール−４リン酸、スクアレン、スルファチド、テトラコサン酸（２４）、ＴＮＰＡＬガラクトセレブロシドおよびトリシアロガングリオシド−ＧＴ１Ｂ（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ）；ジシアロガングリオシドＧＤ３およびトリシアロガングリオシドＧＴ１ａ（ＨｙＴｅｓｔ）；フコシル−ＧＭ１、ガングリオシド−ＧＭ４、ラクトシルセラミド、リゾ−ＧＭ１およびテトラシアロガングリオシド−ＧＱ１Ｂ（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）；ならびにモノシアロガングリオシドＧＭ３（全てＭｅｒｉｄｉａｎから購入）。
【０１４４】
実施例１
ＭＳにおける特異的なマイクロアレイ自己抗体を検出するための条件
抗原マイクロアレイを、ＭＳと関連する疑いのあるＣＮＳ抗原、他の神経変性疾患と関連する疑いのあるＣＮＳ抗原および熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）を含む３６２のミエリンおよび炎症関連抗原（本明細書において上記で列挙）を用いて抗原マイクロアレイを構築した。抗原を前に記載されたロボットアレイヤー(Quintana et al., 2004)を用いてエポキシガラススライド上にスポットさせた。
【０１４５】
抗原マイクロアレイ技術の感度を、標準ＥＬＩＳＡのそれと、ＣＮＳ、ＨＳＰおよび脂質抗原に対する市販のモノクローナルおよびポリクローナル抗体を用いて比較した。抗原マイクロアレイは、ＥＬＩＳＡ法を用いて検出された反応性に比べ１〜２対数大きい、ｌｏｇ１０希釈での抗原反応性を検出した（表７）。このように、抗原マイクロアレイは標準ＥＬＩＳＡアッセイよりも高感度であると考えられる。
表７−ＥＬＩＳＡとの抗原マイクロアレイの比較
【表７】
2012508865.tif 000013
【０１４６】
どの血清希釈物が、ＭＳにおいて免疫シグネチャーを調べるのに最適であるかを決定するために、健康な対照（ＨＣ）およびＲＲＭＳ被験体の反応性を、ＩｇＧおよびＩｇＭ抗体の両方に対し、１：１０、１：１００および１：１０００の希釈で分析した。図１Ａに示されるように、ＭＳでは、ＣＮＳ抗原、脂質および熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）に対する平均ＩｇＧ抗体反応性が、１：１００および１：０００（最小反応性が観察された）に比べ１：１０で最も高くなった（Ｐ＜０．０００１、二元配置ＡＮＯＶＡ）。平均ＩｇＧ反応性はまた、ＨＣにおいて１：１０希釈で最も高かった（Ｐ＜０．０００１、二元配置ＡＮＯＶＡ）が、この反応性はＭＳ被験体において明らかになったものより低く（それぞれ、ＣＮＳ抗原、脂質および熱ショックタンパク質に対し、Ｐ＜０．００１、Ｐ＜０．００１およびＰ＜０．０５、二元配置ＡＮＯＶＡ）、実際、１：１００および１：１０００の希釈では、ＨＣと比較したＭＳのＩｇＧ反応性の大きさには差はなかった。対照におけるＩｇＭ反応性は、ＭＳ被験体においてよりも高くはない場合、同じ高さであった（図１Ｂ）。これは、健康なヒトはミエリン抗原および熱ショックタンパク質に対するＩｇＭ自己抗体を有して生まれるという観察と一致する(Merbl et al., 2007, J Clin Invest 117, 712-8)。ＭＳ被験体は１：１０希釈で著しく上昇した血清ＩｇＧ自己抗体を示したので、抗原マイクロアレイとの血清抗体パターンをこの希釈を用いて調査した。
【０１４７】
１：１０希釈で検出された反応性が特異的であることを確立するために、阻害実験を実施し、抗原アレイ上のＰＬＰ２６１−２７７に対する反応性は血清の過剰の未結合ＰＬＰ２６１−２７７とのプレインキュベーションにより阻害され得るが、対照ペプチド、ＨＳＰ６０１−２０を用いるとそうではないことを証明した（図１Ｃ）。
【０１４８】
実施例２
抗体パターン分析はＲＲＭＳに対する免疫シグネチャーを同定する
ＲＲＭＳにおける特有抗体シグネチャーが同定されるかについて調べるために、ＲＲＭＳを有する３８の患者および３０の健康な対照（ＨＣ）被験体における抗体レパートリーを研究した。試料をトレーニングセット（２４ＲＲＭＳおよび２０対照）およびランダムに選択した試験セット（１４ＲＲＭＳおよび１０対照）に割り当てた。トレーニングセットを使用して、ＲＲＭＳを対照試料から区別することができる抗体反応性のパターンが同定され得るかどうかを決定した。そのようなパターンが見られた場合、それらをその後、試験セット上で確認した。トレーニングセットを、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ−Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ試験を用いて分析し、フォールスディスカバリレートは、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇの方法を用いて制御した(Cohen, I. R.,  2007, Nat Rev Immunol. 7,
569-74)。患者およびＨＣの臨床特徴は表６に列挙される。
【０１４９】
図２Ａのヒートマップに示されるように、ＨＣからＲＲＭＳを識別する反応性のパターン（Ｐ＜０．０００１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）が同定された。図２Ａで示されるヒートマップに含まれる抗体反応性は本明細書で列挙される（ヒートマップと同じ順で、すなわち上部から底部）：ＩｇＧ＿ＭＢＰ  ３１−５０、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  ４８１−５００、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  ６５−８４、ＩｇＧ＿ＧＦＡＰ、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ５１１−５３０、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  ４１−６０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １５１−１７０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  ８４−９４、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  ６１−８０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ３１−５０、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １０６−１２５、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  ３１−５０、ＩｇＭ＿Ｐ２  ６１−８０、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １１−３０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １３６−１５５、ＩｇＭ＿Ｐ２  ４６−６５、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  １３６−１５５、ＩｇＭ＿Ｐ２  １−２０、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  ９１−１１０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ３６１−３８０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４５１−４７０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２４０−２５９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  ７６−９５、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １７８−１９１、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ２７１−２９０、ＩｇＭ＿Ｐ２  ７６−９５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ６３１−６４０、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  ２４８−２５９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １９５−２１４、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ６１−８０、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  １９６−２１５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ４６−６５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４３６−４５５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １０４−１２３、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  ７１−９２、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １８０−１９９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２５５−２７５、ＩｇＭ＿ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １６−３５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ３０１−３２０、ＩｇＭ＿ＭＯＢＰ  １５１−１７０、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ９１−１１０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １０６−１２５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ４０６−４２１、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ４２１−４０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ６１−８０、ＩｇＭ＿アミロイドβ  １０−２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、ＩｇＭ＿ラクトセレブロシド、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４０６−４２５、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  ７６−９５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ３１６−３３５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２２５−２４４、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  １０６−１２５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １−２１、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １２１−１４０、ＩｇＭ＿アミロイドβ  １−４２、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  ８９−１０１、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ３０１−３２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １−２０、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  ５１−７０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４９６−５１５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １６−３５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ７６−９５、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １０−２９、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １９０−２０９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ３４６−３６５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １５１−１７０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ３７６−３９５、ＩｇＭ＿ウシＭＢＰ、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ５５６−５７５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ３９１−４１０、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  ２１１−２３０、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  ２２０−２４９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ６１６−６３５、ＩｇＭ＿アミロイドβ  １−１２、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ５５６−５７３、およびＩｇＭ＿ＰＬＰ  ２５０−２６９。
【０１５０】
このパターンは、９４の抗体反応性から構成された。９４の反応性のうち、ＭＳ対対照（ＨＣ）では、９０は上方制御され、４が下方制御された。このように、ＲＲＭＳは特定の自己反応性の獲得または損失の両方と関連する。上方制御される反応性うち、５０％がＣＮＳ抗原のペプチドに結合するＩｇＭ抗体であり、４９％が熱ショックタンパク質のペプチドに結合するＩｇＭ抗体であった。ＭＳ対対照を識別する能力は、１：１００または１：１０００希釈で見られなかった。
【０１５１】
図２Ａに示される区別パターンを確認するために、リーブワンアウト交差検定分析（ＬＯＯＣＶをトレーニングセットにおいて実施し(Stekel, D., 2003, Microarray
Bioinformatics, Cambridge University Press, Cambridge)、その後、試験セットに対して確認した。トレーニングセットにおけるＬＯＯＣＶでは、トレーニングセットにおいて真（正）および偽（不正）分類の数が計算され、成功率、陽性的中率（ＰＰＶ）、陰性的中率（ＮＰＶ）が評価された。ＬＯＯＣＶは、０．７５の陽性的中率（ＰＰＶ）（抗原マイクロアレイ反応性によりＲＲＭＳとして同定されたＲＲＭＳ患者の割合として規定される）および０．９０の陰性的中率（ＮＰＶ）（抗原マイクロアレイ反応性によりＨＣとして同定されたＨＣの割合として規定される）を明らかにし、成功率は０．８３（Ｐ＜０．０００１）であった。最も厳密な確認は、トレーニングセットにおいて同定されたパターンを、それらが試験セットにおいてＨＣからＭＳ被験体を差別することができるかどうか決定するために、試験することである。重大なことに、トレーニングセットにおいて同定されたパターンは試料の試験セットを０．８５のＰＰＶ、０．８０のＮＰＶ、および０．８３の成功率で分類することができた（Ｐ＝０．００４、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）。
【０１５２】
これらの所見をさらに確認するために、スペインのセビリア大学（ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｅｖｉｌｌｅ，Ｓｐａｉｎ）から獲得した５１の未処置ＲＲＭＳを分析し、ＲＲＭＳが、別の施設および地理的領域由来の試料の独立したコホートを使用して、ＨＣから識別できるかどうかを決定した。同定されたパターンはこの独立したコホートにおいて、０．６９の成功率、０．７３のＰＰＶ、０．５８のＮＰＶでＲＲＭＳをＨＣから区別することができた（Ｐ＝０．０１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）。
【０１５３】
ＭＳにおいて検出されたパターンに対する特異性対照として、全身性エリテマトーデス （ＳＬＥ）、副腎白質ジストロフィー（ＡＬＤ）およびアルツハイマー病（ＡＤ）を有する患者由来の血清を調べた。ＳＬＥは広範囲の自己抗原に対する循環抗体により特徴づけられる慢性自己免疫疾患である。ＡＬＤは、非常に長鎖の脂肪酸の蓄積により特徴づけられる変性障害であり、ＭＳと特徴を共有するＣＮＳ神経炎症性過程である。ＡＤは自己免疫疾患とは考えられないが、β−アミロイド誘導ペプチドに対する免疫応答が報告されている。重大なことに、抗原マイクロアレイ上で検出された抗体パターンは、ＲＲＭＳをＳＬＥ、ＡＬＤおよびＡＤ試料から区別した（Ｐ＜０．０００１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）。
【０１５４】
実施例３
自己抗体パターン分析はＰＰＭＳに対する免疫シグネチャーを同定する
ＰＰＭＳはＲＲＭＳとは異なる臨床経過を有し、ＰＰＭＳにはＲＲＭＳとは異なる疾患メカニズムが関与する可能性があることが示唆されている(Miller & Leary, ,2007, Lancet
Neurol. 6, 903-12)。トレーニングセットにおける２４のＰＰＭＳおよび２５の年齢（および性別）が一致したＨＣ、ならびに試料の試験セットにおける１３のＰＰＭＳおよび１２の対照について研究した。
【０１５５】
図２Ｂで示されるヒートマップに含まれる抗体反応性は本明細書で列挙される（ヒートマップと同じ順で、すなわち上部から底部）：ＩｇＭ＿ＰＬＰ  ２１５−２３２、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  ２１５−２３２、ＩｇＭ＿ｍＭＢＰ、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  １９５−２１４、ＩｇＭ＿ｓｍＬＰＳ、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＩｇＭ＿コンドロイチン４−硫酸、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＩｇＧ＿ウシＭＢＰ、ＩｇＭ＿ウシＭＢＰ、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  １３７−１５０、ＩｇＧ＿ＭＯＧ  ４６−６５、ＩｇＧ＿ＣＮＰ  ４０６−４２１、ＩｇＧ＿Ｐ２  ３１−５０、ＩｇＧ＿ＣＮＰ  １−２０、ＩｇＧ＿ＭＯＧ  １６−３５、ＩｇＧ＿Ｐ２  ７６−９５、ＩｇＭ＿神経フィラメント  ６８ｋＤａ、ＩｇＭ＿Βアミロイド、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  ４６６−４８５、ＩｇＭ＿ＡＢ  １−４０、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １６１−１８０、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  ４０−５９、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １３７−１５０、ＩｇＧ＿ＨＳＰ６０  ７６−９５、ＩｇＧ＿ＭＯＧ  １５１−１７０、ＩｇＧ＿Ｐ２  １−２０、ＩｇＧ＿ＯＳＰ  ６１−８０、ＩｇＭ＿分泌された  ＡＰＰα、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  １７８−１９１、ＩｇＭ＿ｇｐＭＢＰ、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  １６−３５、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １０４−１２３、ＩｇＭ＿ＳＯＤ、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １−２０、ＩｇＭ＿ｅｃＬＰＳ、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  １２１−１４０、ＩｇＭ＿ＭＯＢＰ  ６１−８０、およびＩｇＧ＿ＯＳＰ  １−２０。
【０１５６】
ヒートマップ（図２Ｂ）は、有意性試験を通過し、ＰＰＭＳとＨＣをトレーニングセット（Ｐ＜０．０００１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）と試験セット（Ｐ＜０．０１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）の両方で区別することができる抗体反応性を示す。学習セットに対するＬＯＯＣＶは、８６％の全体効率、ＰＰＶ＝０．８７およびＮＰＶ＝０．８５を明らかにした。試験セットに対する効率は７２％であり、ＰＰＶ＝０．７９およびＮＰＶ＝０．７５であった。ＲＲＭＳのように、抗原マイクロアレイは、１：１０希釈で、ＰＰＭＳを対照被験体から区別することができたが、１：１００または１：１０００の希釈ではできなかった。さらに、ＲＲＭＳのように、抗原マイクロアレイ分析は、ＰＰＭＳと他の疾患（ＳＬＥ、ＡＬＤ、ＡＤ、Ｐ＜０．００１、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）を区別した。
【０１５７】
ＰＰＭＳにおける区別反応性はＩｇＧ（５１％）およびＩｇＭ（４９％）であり、主にＣＮＳ抗原に対して向けられた（図２Ｂ〜２Ｄ）。ＰＰＭＳ免疫シグネチャーにおけるＣＮＳ抗原はＲＲＭＳシグネチャーにおけるものとは異なった。ＲＲＭＳ  ＣＮＳシグネチャーはＣＮＳ１と称せられ、ＰＰＭＳ  ＣＮＳシグネチャーはＣＮＳ２と称された（図２Ｈおよび表８）。ＲＲＭＳとＰＰＭＳのさらなる比較から、ＰＰＭＳでは観察されなかった、ＲＲＭＳにおけるＨＳＰ６０またはＨＳＰ７０に対する顕著な反応性が明らかになった（図２Ａ〜２Ｄ）。さらに、ＰＰＭＳにおける区別反応性の４６％は、ＨＣに比べＰＰＭＳにおいて減少した抗体から構成され、一方、ＲＲＭＳでは、区別抗体の４％しかＨＣに比べ減少しなかった（図２Ｂ〜２Ｄおよび表８および９）。ＨＣと比較してＰＰＭＳを区別する反応性とＲＲＭＳを区別する反応性の間にはわずかな重なりしかなかった。この所見は、異なる免疫過程がこれらのＭＳの２つの形態で起こるという見解(Miller
& Leary, 2007)と適合した。
【０１５８】
実施例４
抗体パターン分析はＳＰＭＳに対する免疫シグネチャーを同定する
ＲＲＭＳ患者の約５０％が進行性となる（ＳＰＭＳ）。ＳＰＭＳへの移行に関連するメカニズムについては合意はないが、いくつかの研究から、炎症応答の性質の変化および神経変性過程の出現はＭＳに二次性進行期において起こることが示唆される。ＨＳＰに対する反応性の増加およびＣＮＳ抗原に対する反応性の特有のパターン（ＣＮＳ１）からなるＲＲＭＳにおける自己抗体シグネチャーを同定し、３７ＲＲＭＳ対３０ＳＰＭＳ試料における抗体反応性を比較することによりＳＰＭＳに関連する抗体シグネチャーを研究した（図２Ｅ）。
【０１５９】
図２Ｅに示されるヒートマップに含まれる抗体反応性は本明細書で列挙される（ヒートマップと同じ順で、すなわち上部から底部）：ＩｇＭ＿ＭＯＧ  ６１−８０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ３７６−３９５、ＩｇＭ＿ＭＯＧ  ３１−５０、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ３６１−３８０、ＩｇＭ＿アミロイドβ  １−２３、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ３４６−３６５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ４９６−５１５、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  １−２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ５１１−５３０、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  ６１−８０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ２４０−２５９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ６０１−６２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２１０−２２９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ４５１−４７０、ＩｇＭ＿ＭＯＢＰ  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １３８−１４７、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １９５−２１４、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １−２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ５２６−５４５、ＩｇＭ＿Ｐ２  １−２０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＭＢＰ  １５５−１７８、ＩｇＭ＿Ｐ２  ４６−６５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １９５−２１４、ＩｇＭ＿Ｐ２  ３１−５０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２７１−２９０、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １３６−１５５、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  ２８６−３０５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ２１０−２２９、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １３６−１５５、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １５０−１６３、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  １６６−１８５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  ２５５−２７５、ＩｇＭ＿ＨＳＰ６０  １６−３５、ＩｇＭ＿ウシＭＢＰ、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １８１−１９９、ＩｇＭ＿ＣＮＰ  １２１−１４０、ＩｇＭ＿アシアロガングリオシド−ＧＭ２、ＩｇＭ＿アミロイドβ  １−１２、ＩｇＭ＿ＯＳＰ  １２１−１４０、ＩｇＭ＿分泌されたＡＰＰβ、ＩｇＭ＿カルジオリピン、ＩｇＭ＿ＨＳＰ７０  ４０６−４２５、ＩｇＧ＿ＨＳＰ６０  ３６１−３８０、ＩｇＧ＿アミロイドβ  １７−４０、ＩｇＧ＿コレステロール、ＩｇＧ＿アミロイドβ  １−４２、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  ８０−９９、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  ６５−８４、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  ４０−５９、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  １−１９、ＩｇＭ＿ＰＬＰ  １−１９、ＩｇＧ＿ＰＬＰ  １５１−１７３、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  ４２１−４４０、ＩｇＧ＿ｈｕＭＢＰ、ＩｇＧ＿ＭＯＢＰ  １６−３５、ＩｇＧ＿ＣＮＰ  １６−３５、ＩｇＧ＿ＲＢＰ、ＩｇＧ＿ＨＳＰ７０  ３３１−３５０、ＩｇＧ＿ＯＳＰ  １２１−１４０、ＩｇＧ＿ＭＢＰ  １１３−１３２、ＩｇＧ＿βクリスタリン、ＩｇＧ＿ＣＮＰ  ２４０−２５９、およびＩｇＧ＿ＰＬＰ  １７８−１９１。
【０１６０】
結果から、７１％の成功率（Ｐ＝０．００７３）でＳＰＭＳはＲＲＭＳから区別することができることが示される。ＳＰＭＳはＲＲＭＳにおいて見られたＨＳＰ６０およびＨＳＰ７０へのＩｇＭ抗体の減少により特徴づけられた（図２Ｅならびに表８および９）。このように、ＳＰＭＳおよびＰＰＭＳはどちらもＨＳＰに対してほんのわずかの反応性しか有しないという点で類似する。ＳＰＭＳにおけるＣＮＳ反応性試験から、ＲＲＭＳでは上方制御されたＣＮＳ  ＩｇＭ抗体の減少、およびＣＮＳ反応性ＩｇＧ抗体の増加が明らかになった。ＳＰＭＳに対するＣＮＳシグネチャーはＲＲＭＳおよびＰＰＭＳの両方と異なり、ＣＮＳ３と称された（図２Ｅ〜２Ｈ、表８）。
表８：ＲＲＭＳ、ＰＰＭＳおよびＳＰＭＳにおけるＣＮＳ抗原に対する反応性
【表８】
2012508865.tif 000014
表９−ＲＲＭＳ、ＳＰＭＳおよびＰＰＭＳにおけるＨＳＰに対する反応性
【表９】
2012508865.tif 000015
【０１６１】
ＣＮＰおよびＨＳＰに対する抗体反応性における有意の変化の検出は、表８および９において黒マスとして示され、一方、ＨＣ（ＲＲＭＳおよびＰＰＭＳでは）またはＲＲＭＳ（ＳＰＭＳでは）に対し、「ｓ」は上方制御を示し、「ｔ」は下方制御を示す。
【０１６２】
実施例５
自己抗体パターンはＭＳの病理学的サブタイプを識別する
Ｌｕｃｃｈｉｎｅｔｔｉ、ＢｒｕｃｋおよびＬａｓｓｍａｎはＭＳの４つの免疫病理学的パターンを規定した(Lucchinetti et al., 200;
Lucchinetti et al., 2004)。調査を１５のパターンＩ被験体および３０のパターンＩＩ被験体由来の脳生検時に採取した血清に対して実施した。
【０１６３】
図３に示されるヒートマップに含まれる抗体反応性は本明細書で列挙される（ヒートマップと同じ順で、すなわち上部から底部）：ＩｇＧ＿１５−ケトコレスタン、ＩｇＧ＿１５a−ヒドロキシコレステン、ＩｇＧ＿ガングリオシド−ＧＭ４、ＩｇＧ＿１５−ケトコレステン、ＩｇＧ＿テトラシアロガングリオシド−ＧＱ１Ｂ、ＩｇＧ＿脳  Ｌ−α−リゾホスファチジルセリン、ＩｇＧ＿ラクトシルセラミド、ＩｇＭ＿１６０  ｋＤａ．  神経フィラメント、ＩｇＧ＿ＨＳＰ６０  ２４０−２５９、ＩｇＧ＿ＯＳＰ  １６６−１８５、ＩｇＧ＿ＭＯＧ  １９６−２１５、ＩｇＧ＿ＯＳＰ  ６１−８０、ＩｇＧ＿ＯＳＰ  １−２０、およびＩｇＧ＿ＰＬＰ  ２１５−２３２。図３に示されるように、自己抗体パターンは、パターンＩをパターンＩＩから区別することができた（Ｐ＝０．００８２、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）。この所見を確認するために、２３の新しいパターンＩＩ試料とランダムに混合された上記分析のために使用される１５のパターンＩを含む盲検セットの試料に対して分析を実施した。この確認試験では、パターンＩはパターンＩＩから識別された（Ｐ＝０．００１７、Ｆｉｓｈｅｒ抽出試験）。学習セットに対するＬＯＯＣＶから、成功率０．７８、ＰＰＶ＝０．７８およびＮＰＶ＝０．６７が明らかになり、試験セットに対する成功率は０．７８であり、ＰＰＶ＝０．８２およびＮＰＶ＝０．７３となった。
【０１６４】
パターンＩをパターンＩＩから識別する免疫シグネチャーは、脂質、ＨＳＰおよびＣＮＳ抗原に対する１３のＩｇＧおよび１のＩｇＭ反応性から構成された（図３）。パターンＩＩ被験体はＨＳＰ６０、ＭＯＧ、ＯＳＰおよびＰＬＰペプチドエピトープに対するＩｇＧ反応性の増加を示した。特に、パターンＩ被験体における上方制御された反応性は７の脂質に対するＩｇＧ抗体であり、これらの脂質のうちの３つはコレステロールの酸化誘導体であった（１５−ケトコレステン、１５−ケトコレスタンおよび１５ａ−ヒドロキシコレステン）。
【０１６５】
実施例６
コレステロール誘導体は実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）を悪化させる
コレステロールの酸化誘導体、７−ケトコレステロールは、ポリＡＤＰリポースポリメラーゼ−１酵素（ＰＡＲＰ）依存性経路を介してミクログリア細胞を活性化することによりＭＳ病理の一因となることが仮定されている。酸化コレステロール誘導体（ｏｘＣｈｏｌ）に対する自己抗体と疾患病理の間の関係を調査するために、実施例５で見られる脂質の効果をＥＡＥ、ＭＳの免疫モデルについて試験した。
【０１６６】
ＥＡＥを、ＭＯＧ３５−５５を有するＣ５７ＢＬ／６マウスで誘発し、１５−ケトコレステン、１５−ケトコレスタンおよび１５ａ−ヒドロキシコレステンをＥＡＥ誘発後０、４、７および１０日に投与した（１０μｇ／マウス）。ＡＩＱを毎日腹腔内投与した（６０μｇ／マウス）。これらのマウスにおけるＥＡＥの経過を平均ＥＡＥスコア＋ｓ．ｅ．ｍ．として示す（ＭＯＧ３５−５５ｎ＝２２、ＭＯＧ３５−５５＋ｏｘＣｈｏｌｎ＝２４、ＭＯＧ３５−５５＋ｏｘＣｈｏｌ＋ＡＩＱｎ＝１８）。
【０１６７】
脊髄を１９日に採取し、ヘマトキシシリンおよびエオシン、ルクソールファーストブルーまたは銀染色を用いて染色し、それぞれ、細胞浸潤物、脱髄および軸索損失を定量した。各列は少なくとも８切片の分析から得られた平均±ＳＥＭを表す。ｏｘＣｈｏｌの投与は、臨床上測定されるようにＥＡＥを増加させ（図４Ａ、Ｐ＜０．０００１、二元配置ＡＮＯＶＡ）、炎症性浸潤（図４Ｂ、Ｐ＜０．０５、一元配置ＡＮＯＶＡ）、脱髄（図４Ｃ、Ｐ＜０．０１、一元配置ＡＮＯＶＡ）および軸索損失（図４Ｄ、Ｐ＜０．００１、一元配置ＡＮＯＶＡ）を増強させ、これらの効果はＡＩＱを用いた処置により阻害された（Ｐ＜０．００１、一元ＡＮＯＶＡ）。
【０１６８】
さらに、ＥＡＥに対するｏｘＣｈｏｌの効果がＰＡＲＰにより媒介されたかどうかを決定するためにさらなる調査を実施した。ＰＡＲＰ阻害剤、５−アミノイソキノリノン（ＡＩＱ）を用いると、ＡＩＱは、臨床的に（Ｐ＜０．０００１、二元配置ＡＮＯＶＡ）および病理組織学的に（Ｐ＜０．００１、一元配置ＡＮＯＶＡ）、ｏｘＣｈｏｌにより引き起こされたＥＡＥの悪化を抑制した（図４Ａ〜Ｄ）が、サイトカイン（ＩＦＮ−γおよびＩＬ−１７）または増殖により測定されるＭＯＧ３５−５５に対するＴ細胞応答に影響しなかったことが見出された。さらに、ｏｘＣｈｏｌ−処置マウス由来の血清の移行はＥＡＥを増強しなかった。統合すると、これらの結果から、ｏｘＣｈｏｌのＥＡＥへの効果はｏｘＣｈｏｌのＰＡＲＰを介した効果によるものであり、抗脂質抗体の誘発またはＭＯＧ３５−５５に対する適応Ｔ細胞応答への影響によるものではないことが示唆される。
【０１６９】
特定の実施形態の前記説明は本発明の一般的性質を完全に明らかにしており、現在の知識を適用することにより、他のものは、現在の知識を適用することにより、様々な用途、例えば特定の実施形態に対し、必要のない実験なしで、一般概念から逸脱せずに、容易に改変および／または適合させることができ、そのため、そのような適合および改変は、開示された実施形態の等価物の意味および範囲内に含まれるよう意図されている。本明細書で使用される表現または専門用語は、説明目的のためであり、制限するものではないことが理解されるべきである。様々な開示された機能を実施するための手段、材料および工程は、本発明から逸脱せずに様々な別形態をとることができる。
【図１Ａ】
2012508865.tif 000016
【図１Ｂ】
2012508865.tif 000017
【図１Ｃ】
2012508865.tif 000018
【図２Ａ】
2012508865.tif 000019
【図２Ｂ】
2012508865.tif 000020
【図２Ｃ】
2012508865.tif 000021
【図２Ｄ】
2012508865.tif 000022
【図２Ｅ】
2012508865.tif 000023
【図２Ｆ】
2012508865.tif 000024
【図２Ｇ】
2012508865.tif 000025
【図２Ｈ】
2012508865.tif 000026
【図３】
2012508865.tif 000027
【図４Ａ】
2012508865.tif 000028
【図４Ｂ】
2012508865.tif 000029
【図４Ｃ】
2012508865.tif 000030
【図４Ｄ】
2012508865.tif 000031
【配列表】
2012508865000001.xml
【国際調査報告】
2012508865.tif 000088