(57)【要約】  炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に関連した生物マーカー、ならびに疾患の診断、評価および疾患の進行のモニターのためのそのような生物マーカーの使用方法を提供する。該生物マーカーはタンパク質レベルまたは遺伝子発現レベルで測定されうる。生物マーカーは個別に又は２以上の群として追跡されうる。開示されている生物マーカーは、ＩＬ−２３アンタゴニストでの治療のような療法の経過のモニターにおいて特に有用でありうる。生物マーカーレベルの変化は、標的関与および治療効力を確認するためにも用いられうる。生物マーカーの変化は、治療計画の変更、例えば抗ＩＬ−２３または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体のような治療用物質の投与量の増加または減少を知らせる場合にも用いられうる。
2012507723.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＩＬ−２３アンタゴニストの投与後の患者における有益な応答の存在または非存在を検出するための方法であって、該方法が、
ａ）該患者から生物学的サンプルを得、
ｂ）２以上の生物マーカーのレベルまたは２以上の生物マーカーの発現のレベルを該サンプルにおいて測定し、
ｃ）該レベルを該生物マーカーのレベルの対照値と比較し、
ｄ）該サンプルと該対照との間のレベルにおける相違が該患者における有益な応答を表すか否かを決定することを含み、
前記の２以上の生物マーカーが、カルプロテクチン（配列番号１８および２０の複合体）、ＰＡＰ／ＲＥＧ３α（配列番号１４）、ＭＩＦ（配列番号１０）、ＤＭＢＴ１（配列番号８）、ＬＣＮ２（配列番号１２）、ＩＬ−２２（配列番号２２）、ハプトグロビン（配列番号２４）、ＣＣＬ２０（配列番号６）、ＣＲＰ（配列番号２６）、ＩＬ−６（配列番号２８）、ＩＬ−１７（配列番号３０）およびラクトフェリン（配列番号３２）よりなる群から選択される、方法。
【請求項２】
生物マーカーポリペプチドのレベルを測定する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
該患者がＩＢＤに罹患している、請求項２記載の方法。
【請求項４】
該患者がクローン病に罹患している、請求項３記載の方法。
【請求項５】
該患者が潰瘍性大腸炎に罹患している、請求項３記載の方法。
【請求項６】
ＩＢＤに罹患していない被験者からのサンプルを使用して該対照値を算出する、請求項３記載の方法。
【請求項７】
既知ＩＢＤ患者からのサンプルを使用して該対照値を決定する、請求項３記載の方法。
【請求項８】
該患者から採取した少なくとも１つの過去のサンプルを使用して該対照値を決定する、請求項３記載の方法。
【請求項９】
該生物マーカーがＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０である、請求項３記載の方法。
【請求項１０】
該生物マーカーがカルプロテクチン、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびＩＬ−２２である、請求項３記載の方法。
【請求項１１】
該生物マーカーがカルプロテクチン、ＣＲＰ、ＩＬ−６およびＩＬ−２２である、請求項３記載の方法。
【請求項１２】
該生物学的サンプルが血液、血漿または血清サンプルである、請求項９、１０または１１のいずれか１項記載の方法。
【請求項１３】
該生物マーカーがＩＬ−１７、ＩＬ−２２、ラクトフェリン、カルプロテクチンおよびＰＡＰ／ＲＥＧ３αである、請求項３記載の方法。
【請求項１４】
該生物マーカーがＩＬ−１７、ラクトフェリンおよびカルプロテクチンである、請求項３記載の方法。
【請求項１５】
該生物マーカーがカルプロテクチンおよびＰＡＰ／ＲＥＧ３αである、請求項３記載の方法。
【請求項１６】
該生物学的サンプルが糞便サンプルである、請求項１３、１４または１５のいずれか１項記載の方法。
【請求項１７】
該ＩＬ−２３アンタゴニストが、ヒトＩＬ−２３に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）である、請求項３記載の方法。
【請求項１８】
該ＩＬ−２３アンタゴニストが、成熟ヒトＩＬ−２３ｐ１９（配列番号１の残基２０−１８９）に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）である、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
該ＩＬ−２３アンタゴニストが、ヒトＩＬ−２３受容体に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）である、請求項３記載の方法。
【請求項２０】
該ＩＬ−２３アンタゴニストが、成熟ヒトＩＬ−２３Ｒ（配列番号３の残基２４−６２９）に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）である、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
生物マーカーポリペプチドのレベルをＥＬＩＳＡにより決定する、請求項３記載の方法。
【請求項２２】
生物マーカーポリペプチドのレベルをウエスタンブロットにより決定する、請求項３記載の方法。
【請求項２３】
潜在的治療用物質がＩＢＤの治療において有効であるかどうかを決定するための方法であって、該方法が、
ａ）該潜在的治療用物質で治療される前のＩＢＤ患者から第１生物学的サンプルを得、
ｂ）該ＩＢＤ患者を該潜在的治療用物質で治療し、
ｃ）該潜在的治療用物質で治療された後の該ＩＢＤ患者から第２生物学的サンプルを得、
ｄ）２以上の生物マーカーのレベルまたは２以上の生物マーカーの発現のレベルを該第１および第２サンプルにおいて測定し、
ｅ）該第２サンプルにおける該生物マーカーレベルを該第１サンプルにおけるレベルと比較することを含み、
該第２サンプルにおける、該第１サンプルより低い生物マーカーレベルが、該潜在的治療用物質が有効であることを示し、
さらに、前記の２以上の生物マーカーが、カルプロテクチン（配列番号１８および２０の複合体）、ＰＡＰ／ＲＥＧ３α（配列番号１４）、ＭＩＦ（配列番号１０）、ＤＭＢＴ１（配列番号８）、ＬＣＮ２（配列番号１２）、ＩＬ−２２（配列番号２２）、ハプトグロビン（配列番号２４）、ＣＣＬ２０（配列番号６）、ＣＲＰ（配列番号２６）、ＩＬ−６（配列番号２８）、ＩＬ−１７（配列番号３０）およびラクトフェリン（配列番号３２）よりなる群から選択される、方法。
【請求項２４】
対象における炎症性腸障害の治療方法であって、
ａ）前記請求項のいずれか１項記載の方法に基づき、該対象の治療を開始すべきかどうか、治療用量を変更すべきかどうか、投与間隔を変更すべきかどうか、または治療を中止すべきかどうかを決定し、
ｂ）該決定に基づき、治療計画を変更することを含む方法。
【請求項２５】
カルプロテクチン（配列番号１８および２０の複合体）、ＰＡＰ／ＲＥＧ３α（配列番号１４）、ＭＩＦ（配列番号１０）、ＤＭＢＴ１（配列番号８）、ＬＣＮ２（配列番号１２）、ＩＬ−２２（配列番号２２）、ハプトグロビン（配列番号２４）、ＣＣＬ２０（配列番号６）、ＣＲＰ（配列番号２６）、ＩＬ−６（配列番号２８）、ＩＬ−１７（配列番号３０）およびラクトフェリン（配列番号３２）よりなる群から選択される２以上の生物マーカーに特異的に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）を含むＥＬＩＳＡキット
【請求項２６】
ＩＢＤのモニターにおける該キットの使用のための説明を更に含む、請求項２４記載のＥＬＩＳＡキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、全般的には、被験者（対象）における炎症性腸疾患の診断およびその進行のモニター、例えば、薬物治療の経過のモニターに関する。そのような薬物はＩＬ−２３の活性を抑制することが可能であり、モノクローナル抗体でありうる。診断およびモニターは、タンパク質および／または遺伝子発現レベルで生物マーカーのレベルを測定することにより達成される。
【背景技術】
【０００２】
免疫系は、感染因子、例えば細菌、多細胞生物およびウイルス、ならびに癌から、個体を防御するように機能する。この系は、幾つかのタイプのリンパ系および骨髄性細胞、例えば単球、マクロファージ、樹状細胞（ＤＣ）、好酸球、Ｔ細胞、Ｂ細胞および好中球を含む。これらのリンパ系および骨髄性細胞は、しばしば、サイトカインとして公知のシグナリングタンパク質を産生する。免疫応答は、炎症、すなわち、全身または身体の特定の部位における免疫細胞の蓄積を含む。感染因子または外来物質に応答して、免疫細胞はサイトカインを分泌し、そしてこれは免疫細胞の増殖、発生、分化または遊走をモジュレーションする。免疫応答は、例えば、それが自己免疫障害の場合のように過剰免疫を伴うと、病的影響を及ぼしうる。例えば、Ａｂｂａｓら（編）（２０００）Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗ．Ｂ．Ｓａｎｎｄｅｒｓ  Ｃｏ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ；ＯｐｐｅｎｈｅｉｍおよびＦｅｌｄｍａｎｎ（編）（２００１）Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ；ｖｏｎ  ＡｎｄｒｉａｎおよびＭａｃｋａｙ（２０００）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４３：１０２０−１０３４；ＤａｖｉｄｓｏｎおよびＤｉａｍｏｎｄ（２００１）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４５：３４０−３５０を参照されたい。
【０００３】
クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と総称され、胃腸管の慢性炎症疾患である。どちらの障害も、異常な疼痛、下痢（しばしば血便）、様々な「腸管外」徴候の一群（例えば、関節炎、ブドウ膜炎、皮膚変化など）ならびに小腸および結腸内の炎症細胞の蓄積により特徴づけられる。ＩＢＤの他の症状、態様、徴候または兆候には、食物の吸収不良、腸運動性の変化、感染、発熱、直腸出血、体重減少、栄養不良の徴候、肛門周囲疾患、腹部塊および成長不全、ならびに腸合併症、例えば狭窄、フィステル、中毒性巨大結腸、穿孔および癌が含まれ、内視鏡的所見、例えば脆弱、アフタ性および線状潰瘍、敷石像、偽ポリープおよび直腸障害、そしてまた、抗酵母抗体が含まれる。例えば、Ｐｏｄｏｌｓｋｙ（２００２）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ  Ｊ．Ｍｅｄ．３４７：４１７−４２９；Ｈａｎａｕｅｒ（１９９６）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３４：８４１−８４８；ＨｏｒｗｉｔｚおよびＦｉｓｈｅｒ（２００１）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ，Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：１８４６−１８５０を参照されたい。
【０００４】
ＩＢＤは子供および大人の両方を冒し、双峰性年齢分布を示す（１つのピークは約２０歳、第２のピークは約４０歳）。ＩＢＤは生涯にわたる慢性疾患であり、しばしば、「自己免疫」障害（例えば、慢性関節リウマチ、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症など）と共に分類される。ＩＢＤは、ほとんど全て、産業化世界において見出される。推定１００万人の米国人がＩＢＤを有し、その半数はＣＤを有し、その半数はＵＣを有すると考えられている（Ｈａｎａｕｅｒ（２００６）Ｉｎｆｌａｍｍ．Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ．１２：Ｓ３）。ＩＢＤ、特にクローン病の頻度が米国および欧州で増加する傾向にあり、その詳細は明らかでない。
【０００５】
ＩＢＤの治療は様々である。第一線級の治療は、典型的には、経口投与または直腸内投与されるサリチル酸誘導体（例えば、５−ＡＳＡ）である。また、コルチコステロイドが、不都合な副作用があるにもかかわらず使用され、アザチオプリンおよび６−メルカプトプリンのような免疫調節薬が使用される。より新しい治療選択肢は、代謝拮抗薬（例えば、メトトレキセート、６−メルカプトプリン）、ならびにＴＮＦ−αに対するキメラ抗体であるインフリキシマブ（ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ）（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））および他のＴＮＦ−αアンタゴニスト、例えばアダリムマブ（ａｄａｌｉｍｕｍａｂ）（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、セルトリズマブペゴール（ｃｅｒｔｏｌｉｚｕｍａｂ  ｐｅｇｏｌ）（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標））、ゴリムマブ（ｇｏｉｉｍｕｍａｂ）（Ｓｉｍｐｏｎｉ）およびナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標））のような免疫調節薬を含む。
【０００６】
炎症性腸障害は免疫系の細胞およびサイトカインにより引き起こされる。例えば、クローン病はＩＬ−１２およびＩＦＮγの増加に関連しており、潰瘍性大腸炎はＩＬ−５、ＩＬ−１３およびトランスフォーミング増殖因子−ベータ（ＴＧＦ−β）の増加に関連している。クローン病および潰瘍性大腸炎においてはＩＬ−１７の発現も増加しうる。例えば、Ｐｏｄｏｌｓｋｙ（２００２）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４７：４１７−４２９；ＢｏｕｍａおよびＳｔｒｏｂｅｒ（２００３）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３：５２１−５３３；Ｂｈａｎら（１９９９）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．１６９：１９５−２０７；Ｈａｎａｕｅｒ（１９９６）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３４：８４１−８４８；Ｇｒｅｅｎ（２００３）Ｔｈｅ  Ｌａｎｃｅｔ  ３６２：３８３−３９１；ＭｃＭａｎｕｓ（２００３）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ  Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：２５７３−２５７４；ＨｏｒｗｉｔｚおよびＦｉｓｈｅｒ（２００１）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ  Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：１８４６−１８５０；Ａｎｄｏｈら（２００２）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１０：６３１−６３４；Ｎｉｅｌｓｅｎら（２００３）Ｓｃａｎｄ  Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  ３８：１８０−１８５；Ｆｕｊｉｎｏら（２００３）Ｇｕｔ  ５２：６５−７０を参照されたい。
【０００７】
インターロイキン−１２（ＩＬ−１２）は、ｐ３５およびｐ４０サブユニットから構成されるヘテロ二量体分子である。ＩＬ−１２は、ＩＦＮγを分泌するＴ−ヘルパー１型ＣＤ４＋リンパ球へのナイーブＴ細胞の分化において決定的に重要な役割を果たしていることを、研究は示している。ＩＬ−１２はインビボにおける多数のＴ細胞依存性免疫および炎症応答に必須であることも示されている。例えば、Ｃｕａら（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  ４２１：７４４−７４８を参照されたい。ＩＬ−１２受容体はＩＬ−１２Ｒβ１およびＩＬ−１２Ｒβ２サブユニットから構成される。Ｐｒｅｓｋｙら（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４００２を参照されたい。
【０００８】
インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）は、２つのサブユニット（すなわち、ＩＬ−２３に特有のｐ１９およびＩＬ−１２と共有されているｐ４０）から構成されるヘテロ二量体サイトカインである。ｐ１９サブユニットはＩＬ−６、顆粒球−コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、およびＩＬ−１２のｐ３５サブユニットに構造的に関連している。ＩＬ−２３は、ＩＬ−２３受容体に特有のＩＬ−２３ＲおよびＩＬ−１２受容体と共有されているＩＬ−１２Ｒβ１から構成されるヘテロ二量体受容体に結合することにより、シグナリングを媒介する。Ｐａｒｈａｍら（２０００）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６８：５６９９を参照されたい。
【０００９】
多数の初期研究は、ｐ４０ノックアウト（ＫＯ）マウスにおけるｐ４０における遺伝的欠損の影響が、ｐ３５ＫＯマウスにおいて見出されるものより大きいことを示した。これらの結果の幾つかは最終的には、ＩＬ−２３の発見により、およびｐ４０ＫＯがＩＬ−１２の発現だけでなくＩＬ−２３の発現をも妨げるという認識により説明された。例えば、Ｏｐｐｍａｎｎら（２０００）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １３：７１５−７２５；Ｗｉｅｋｏｗｓｋｉら（２００１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６６：７５６３−７５７０；Ｐａｒｈａｍら（２００２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６８：５６９９−７０８；Ｆｒｕｃｈｔ（２００２）Ｓｃｉ  ＳＴＫＥ  ２００２，Ｅ１−Ｅ３；Ｅｌｋｉｎｓら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ７０：１９３６−１９４８を参照されたい。
【００１０】
ｐ４０ＫＯマウスの使用による最近の研究は、ＩＬ−２３およびＩＬ−１２の両方の遮断が種々の炎症および自己免疫障害に対する有効な治療となることを示唆している。しかし、ｐ４０を介したＩＬ−１２の遮断は日和見微生物感染症に対する感受性の増強のような有害な全身的影響を及ぼしうる（Ｂｏｗｍａｎら（２００６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１９：２４５）。
【００１１】
ＩＬ−２３Ｒは決定的に重要な遺伝的因子として炎症性腸障害に関与している（Ｄｕｅｒｒら（２００６）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：１４６１）。ゲノム全体の患者対照関連分析は、ＩＬ−２３Ｒの遺伝子がクローン病に強く関連づけられ、一般的でないコード変異体（Ａｒｇ３８１Ｇｌｎ）が該疾患に対する強力な防御をもたらすことを見出した。この遺伝的関連性はそれ以前の生物学的知見（Ｙｅｎら（２００６）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  １１６：１２１８）を証明しており、ＩＬ−２３およびその受容体（ＩＬ−２３Ｒを含む）がＩＢＤの治療のための新規治療アプローチの有望な標的であることを示唆している。
【００１２】
サイトカイン活性を遮断するために治療用抗体が使用されうる。抗体をインビボで治療剤として使用する場合の大きな制約は抗体の免疫原性である。ほとんどのモノクローナル抗体はげっ歯類に由来するため、ヒトでの反復使用は該治療用抗体に対する免疫応答の生成を引き起こす。そのような免疫応答は治療効力の喪失から致死的アナフィラキシー応答まで様々でありうる。げっ歯類抗体の免疫原性を軽減するための初期の試みは、マウス可変領域がヒト定常領域に融合されたキメラ抗体の製造を含むものであった（Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：３４３９−４３）。この分野における更なる進歩は、治療用抗体の免疫原性を最小にするために相補性決定領域（ＣＤＲ）以外の抗体配列の全てがヒト配列で置換されたヒト化抗体へとつながった。全ての配列がヒト由来であるヒト抗体も開発されている。
【００１３】
ＩＢＤの治療に関する研究は、種々の治療計画および物質の有効性を評価するために患者をモニターすることを要する。そのようなモニターは、診療所における患者の治療の方向を定める際にも有用である。症状の自己申告は本質的に主観的であり非定量的である（Ｌａｎｇｈｏｒｓｔら（２００８）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０３：１６２；Ｃｏｏｎｅｙら（２００７）Ｔｒｉａｌｓ  ８：１７）。より侵襲的な技術、例えばＳ状結腸鏡検査、結腸内視術および生検は、バリウムＸ線検査またはＣＴスキャンのようなイメージング技術と同様に、不快感を伴い、不便であり、高価である。例えば、Ｗｉｎｔｈｅｒら（１９９８）Ｄｒｕｇｓ  ｏｆ  Ｔｏｄａｙ  ３４：９３５を参照されたい。疾患進行の信頼しうる尺度がなければ、治療計画の有効性を評価すること、またはいずれの個々の患者の投与をも最適化することは困難である。全般的には、Ｃａｒｔｙ  ＆  Ｒａｍｐｔｏｎ（２００３）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５６：３５１を参照されたい。
【００１４】
糞便中のカルプロテクチンに関するアッセイがＩＢＤの診断およびモニターに関して承認されている（Ｖｏｎ  Ｒｏｏｎら（２００７）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０２：８０３）。炎症細胞数、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、オロソムコイド、ハプトグロビンおよび赤血球沈降速度のような一般的全身性炎症マーカーならびに栄養不足、電解質およびアルブミンの尺度を評価するための血液検査も用いられうる。ＩＢＤの再発に既に関連づけられている血清マーカーには、α−１糖タンパク質、α−１アンチトリプシン、γ−グロブリン、オロソムコイドおよびフィブリノーゲンが含まれるが、そのようなマーカーは低い感度および特異性を有する傾向にある（Ａｍｏｔｔら（２００２）Ａｌｉｍｅｎｔ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．１６：８５７）。抗ＴＮＦ−α抗体でのクローン病患者の治療の成功はα−１−酸糖タンパク質（オロソムコイド）、ハプトグロビン、コリンエステラーゼおよびプレアルブミンのレベルの変化に関連づけられている（Ｋｕｐｃｏｖａら（２００３）Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｒｅｓ．５２：８９）。
【００１５】
潰瘍性大腸炎における生物マーカーとして使用する、特に、抗ＴＮＦ−α剤に対する非応答者の特定および治療のモニターにおいて使用する遺伝子のパネルがＷＯ  ２００８／０２８０４４およびＷＯ  ２００８／０２８０３１に開示されている。乾癬における生物マーカーとして使用する、特に、抗ＩＬ−１２／２３  ｐ４０抗体に対する非応答者の特定および治療のモニターにおいて使用する遺伝子のパネルがＷＯ  ２００７／０７６５２３に開示されている。
【００１６】
ＩＢＤの進行をモニターするための改良された方法が必要とされている。そのような方法は、好ましくは、疾患の重症度を反映する１以上の遺伝子または遺伝子産物（生物マーカー）のレベルの検出により被験者の病態の客観的決定を可能にするであろう。好ましくは、該生物マーカーは、ＩＢＤの治療のための１以上の治療用物質（例えば、ＩＬ−２３アンタゴニスト）で治療されている被験者における病態を表すであろう。
【発明の概要】
【００１７】
発明の概括
本発明は、レベルがＩＢＤの病態を表す遺伝子および遺伝子産物（「生物マーカー」）のセットを提供することにより、当技術分野におけるこれらの要求を十分に満足させるものである。該生物マーカーレベルは、ＩＬ−２３アンタゴニスト、例えば抗ＩＬ−２３ｐ１９または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体で治療された被験者における病態を表す。
【００１８】
１つの態様においては、本発明は、ＩＢＤの進行または病態を評価するために使用されうる１つ、２つ又はそれ以上の生物マーカーのセット、生物マーカーのセットの使用方法を提供する。種々の実施形態において、本発明は、本明細書に開示されている生物マーカーの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ又はそれ以上を使用するＩＢＤ評価を提供する。１つの実施形態においては、該方法は糞便サンプルの取扱いを要しない。
【００１９】
１つの実施形態においては、前記の１つ、２つ又はそれ以上の生物マーカーは、ＣＣＬ２０、ＤＭＢＴ１、ＭＩＦ、ＬＣＮ２（リポカリン２）、ＰＡＰ、Ｓ１００Ａ８／Ａ９（カルプロテクチン）、インターロイキン−２２（ＩＬ−２２）、ハプトグロビン、インターロイキン−６（ＩＬ−６）、インターロイキン−１７（ＩＬ−１７）、ラクトフェリン、ＧＰ−３９（ＹＫＬ−４０）、ＧＰＸ−２、ＧＰＸ−３、好中球エラスターゼ、ＴＮＦ−αおよびＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）よりなる群から選択される。もう１つの実施形態においては、前記の１つ、２つ又はそれ以上の生物マーカーは、Ｓ１００Ａ８／Ａ９（カルプロテクチン）、ＰＡＰ、ＬＣＮ２（リポカリン２）、ＭＩＦ、ＤＭＢＴ１、インターロイキン−２２（ＩＬ−２２）、ハプトグロビンおよびＣＣＬ２０よりなる群から選択される。さらにもう１つの実施形態においては、前記の１つ、２つ又はそれ以上の生物マーカーは、Ｓ１００Ａ８／Ａ９（カルプロテクチン）、ＰＡＰ、ＬＣＮ２（リポカリン２）、ＭＩＦおよびＤＭＢＴ１よりなる群から選択される。
【００２０】
種々の実施形態においては、前記の１以上の生物マーカーは血液（血漿または血清を含む）または糞便（例えば、便サンプル）において検出され、あるいは少なくとも１つの生物マーカーは血液、血漿または血清において検出され、少なくとも１つの他の生物マーカーは糞便において測定される。他の実施形態においては、前記の１以上の生物マーカーは組織サンプル、例えば生検において検出される。
【００２１】
１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＣＲＰ、ＩＬ−６、ＩＬ−１７、ＩＬ−２２、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは血清において測定される。もう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＩＬ−２２、ＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは血清において測定される。さらにもう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＣＲＰ、ＩＬ−６、ＩＬ−２２およびＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは血清において測定される。
【００２２】
もう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＩＬ−１７、ＩＬ−２２、ラクトフェリン、ＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは糞便において測定される。もう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは糞便において測定される。さらにもう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＩＬ−１７、ラクトフェリンおよびＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９を含み、該生物マーカーのレベルは糞便において測定される。
【００２３】
さらにもう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＳ１００Ａ８／Ａ９およびＩＬ−２２を含み、該生物マーカーのレベルは血清および／または糞便において測定される。
【００２４】
もう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＣＣＬ２０、ＬＣＮ２、ＰＡＰおよび場合によってはＧＰ−３９を含み、該生物マーカーのレベルは血清において測定され、該炎症性腸疾患はクローン病である。もう１つの実施形態においては、クローン病を示唆する生物マーカーのセットはＣＣＬ２０、ＬＣＮ２およびＧＰ−３９を含む。１つの実施形態においては、ＬＣＮ−２のレベルが血清において約５７ｎｇ／ｍｌ以上である場合、またはＣＣＬ−２０およびＧＰ−３９のレベルが血清においてそれぞれ約２１ｐｇ／ｍｌ以上および約９３ｎｇ／ｍｌ以上である場合、被験者はクローン病を有すると診断される。
【００２５】
さらにもう１つの実施形態においては、生物マーカーのセットはＭＩＦおよびＧＰＸ−３を含み、該生物マーカーのレベルは血清において測定され、該炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎である。１つの実施形態においては、潰瘍性を示唆する生物マーカーのセットはＭＩＦおよびＬＣＮ２を含む。１つの実施形態においては、ＭＩＦのレベルが血清において約４．１ｎｇ／ｍｌ以上である及びＬＣＮ２のレベルが血清において約６．３ｎｇ／ｍｌ以上である場合、被験者は潰瘍性大腸炎を有すると診断される。
【００２６】
診断実施形態においては、潰瘍性大腸炎ではなくクローン病にヒト被験者が罹患しているかどうかを判定するために、ＣＣＬ２０、ＰＡＰ、ＧＰ−３９、ＭＩＦおよびＧＰＸ−３よりなる群から選択される２以上の生物マーカーが測定される。そのような診断実施形態においては、ＣＣＬ２０、ＬＣＮ２およびＰＡＰとの比較した場合のＧＰＸ−３およびＭＩＦのレベルの上昇は、クローン病ではなく潰瘍性大腸炎を示唆する。一方、ＧＰＸ−３およびＭＩＦと比較した場合のＣＣＬ２０、ＬＣＮ２およびＰＡＰのレベルの上昇は、クローン病ではなく潰瘍性大腸炎を示唆する。
【００２７】
１つの実施形態においては、生物マーカーデータは、多変量判別分析を用いて評価される。もう１つの実施形態においては、生物マーカーデータは、決定木分析を用いて評価される。
【００２８】
幾つかの実施形態においては、該方法は、免疫学的検出手段、例えばＥＬＩＳＡ、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ（登録商標））、ウエスタンブロットまたは他の免疫学的タンパク質検出方法による生物マーカータンパク質レベルの検出を含む。他の実施形態においては、該生物マーカータンパク質は、非免疫学的検出手段、例えば質量分析またはクロマトグラフィー手段により測定される。さらに他の実施形態においては、生物マーカーは、遺伝子発現検出手段により、例えば、核酸ハイブリダイゼーションに基づく技術（例えば、アレイまたはチップ）または増幅に基づく技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、ＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイム定量ＰＣＲ分析）を用いて例えばｍＲＮＡのレベルを検出することにより、遺伝子発現レベルで測定される。
【００２９】
他の実施形態においては、生物マーカーのレベルが、予め決定された基準サンプル（例えば、ＩＢＤを有さない被験者からのもの、または何らかの過去の時点の被験者からのもの、または該被験者の非罹患組織からのもの）のレベルと比べて、定められた倍数、例えば１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、７倍、１０倍、１５倍，２０倍、５０倍、１００倍またはそれ以上異なる場合、該生物マーカーのレベルは該基準サンプルのレベルより高い又は低いと判断される。関連実施形態においては、生物マーカー（例えば、血清濃度）の絶対的レベルは、既知ＩＢＤ患者および非ＩＢＤ対照において検出されたレベルに基づいて、陽性結果だとみなされるものに関するカットオフ（すなわち、活性ＩＢＤに合致する生物マーカーレベル）として選択される。
【００３０】
もう１つの実施形態においては、発現比のレベルにおける相違が、表２、３Ｂまたは４Ｂに開示されている比に類似している場合に、サンプルは異なると判断される。一般に、生物マーカーの「上昇（した）」レベルとみなされるものに関する「カットオフ」は、非罹患被験者に対する罹患被験者における発現の比より若干低いであろう。例えば、表２におけるデータに基づけば、ＭＩＦのレベルは、それが対照非罹患被験者におけるレベルより約３倍高ければ、上昇しているとみなされうるであろう。ＰＡＰのレベルは、それが対照非罹患被験者におけるレベルより約１．５倍高ければ、「上昇している」とみなされうるであろう。カルプロテクチンのレベルは、それが対照非罹患被験者におけるレベルより約１．３倍高ければ、「上昇している」とみなされうるであろう。
【００３１】
さらに他の実施形態においては、ＩＢＤ（ＣＤまたはＵＣ）に関する病態は、２以上の生物マーカー、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ又はそれ以上の生物マーカーの測定により評価される。幾つかのそのような実施形態において、病態の第１の決定が病態の第２の決定より高い又は低いと評価されるのは、該決定における相違が該検出方法の固有の変動性より大きい場合である。１つの実施形態においては、ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮおよびＣＣＬ２０の１以上の血清レベルが異なると判定されれば、病態は異なると評価される。もう１つの実施形態においては、被験者におけるＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０の１以上の血清レベルが非ＩＢＤ被験者におけるレベルと異なると判定されれば、被験者はＩＢＤを有すると診断される。
【００３２】
異なる測定は、異なる時点で同一被験者から、または異なる被験者（例えば、ＩＢＤ被験者および非ＩＢＤ被験者、または治療された被験者および未治療の被験者）から、または症状の重症度が異なる被験者の群から、または単一被験者における異なる組織（罹患組織および非罹患組織）から採取されたサンプルに基づくものでありうる。
【００３３】
もう１つの態様においては、本発明は、ＩＢＤ、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎の診断方法に関する。
【００３４】
さらにもう１つの態様においては、本発明は、治療用物質による標的または経路関与の評価方法に関する。そのような方法は、臨床治験において、そしてまた、規制機関の承認の後に診療所において有用でありうる。標的には、ＩＬ−２３、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬ−２３受容体、ＩＬ−２３ＲおよびＴｈ１７細胞が含まれるが、これらに限定されるものではない。経路には、ＩＬ−２３シグナリング経路、Ｔｈ１７経路またはそれらの両方が含まれるが、これらに限定されるものではない。臨床治験においては、治療利益が得られないことが観察された場合に、それが該治療用物質の不関与により引き起こされたのか、あるいは治療利益をもたらす標的経路への不介入により引き起こされたのかどうかを判定するのに、標的関与の実証は有用である。診療所においては、治療用物質が活性であるかどうかを判定するのに、例えば、薬物がその所望の生物活性を、例えば見掛け上の利益または症状の緩和を示さない被験者において、保有するかどうかを判定するのに、標的関与の実証は有用である。
【００３５】
種々の実施形態においては、本発明の生物マーカーの１以上は、ＩＢＤに対する治療を受けている被験者における疾患進行を追跡するために使用される。満足できる結果を患者が得ることが保証されるよう、用量、投与頻度（間隔）または他の治療パラメーターは、少なくとも部分的には、生物マーカーの測定に基づいて変更されうる。そのような方法は、患者による症状の主観的評価ではなく、臨床検査の結果に基づく客観的なものである。患者は、例えば、臨床治験における被験者、または承認された治療を受けている患者でありうる。
【００３６】
幾つかの実施形態においては、該治療はＩＬ−２３アンタゴニストによるものである。種々の実施形態においては、該ＩＬ−２３アンタゴニストは、ＩＬ−２３またはそのサブユニット、すなわち、ＩＬ−２３ｐ１９またはＩＬ−１２／２３ｐ４０に結合する抗体（またはその抗原結合性フラグメント）、あるいはＩＬ−２３受容体またはそのサブユニット、すなわち、ＩＬ−２３ＲまたはＩＬ−１２Ｒβ１に結合する抗体である。種々の実施形態においては、該抗体は、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化または完全ヒト抗体である。他の実施形態においては、該ＩＬ−２３アンタゴニストは、ＩＬ−２３またはその受容体またはそれらのいずれかの任意のサブユニットを標的とする核酸分子、例えばアンチセンス核酸またはｓｉＲＮＡである。さらに他の実施形態においては、該ＩＬ−２３アンタゴニストは小分子化合物である。
【００３７】
幾つかの実施形態においては、ＩＢＤに対する治療を受けている被験者において疾患の進行を追跡し、基準値と比較して、例えば治療的に有効な物質に関するスクリーニングの一形態として該治療計画の効力（有効性）を評価する。基準値は、例えば、非罹患被験者から、またはプラシボで治療された被験者のマッチングされた対照群から得られる。幾つかの実施形態においては、該治療計画はＩＬ−２３アンタゴニストの投与を含む。
【００３８】
本発明の種々の実施形態においては、ＩＢＤは、一般的炎症マーカー（例えば、Ｃ反応性タンパク質，ＣＲＰ）または標準的臨床尺度（例えば、クローン病活動指数，ＣＤＡＩ）に基づいて評価される。
【００３９】
本発明は更に、ＩＢＤに罹患している被験者における本発明の１以上の生物マーカーの発現を第１時点において測定し、治療用物質を投与し、前記の１以上の生物マーカーを第２時点で再測定し、第１測定と第２測定との結果を比較し、場合によっては、該比較に基づいて治療計画を変更することを含む治療方法を提供する。１つの実施形態においては、第１時点は該治療用物質の投与の前であり、第２時点は該治療用物質の投与の後である。１つの実施形態においては、第１時点は該被験者への初めての該治療用物質の投与の前である。１つの実施形態においては、用量（いずれかの１回の投与時に投与される治療用物質の量と定義される）は該比較に応じて増加または減少される。もう１つの実施形態においては、投与間隔（連続的投与の間の時間と定義される）は該比較に応じて増加または減少される（治療の完全な中止も含まれる）。投与間隔は投与頻度に逆相関する。
【００４０】
もう１つの態様においては、本発明は、本明細書に開示されている生物マーカーの１以上のレベルを測定するためのキットに関する。そのようなキットは、そのような生物マーカーの発現のレベルを測定するための手段を含みうる。幾つかの実施形態においては、該キットは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＩＨＣ、ＦＡＣＳ（登録商標）、ウエスタンブロットまたは他の免疫学的タンパク質検出法のための試薬、例えば、捕捉抗体、検出（一次）抗体、二次抗体、比色試薬（例えば、酵素基質）、マイクロタイタープレートおよび使用説明よりなる群から選択される１以上の成分を含む。他の実施形態においては、該検出装置は、例えばチップ（または他の形態のマイクロアレイ）、または増幅に基づく検出方法において使用するプライマーのセットのように、生物マーカー遺伝子発現を測定するよう設計される。
【００４１】
本発明はまた、１以上のＩＬ−２３アンタゴニストと、ＩＢＤのモニターにおける本発明の生物マーカーの使用を記載している文書とを含む製造品を提供する。特に、本発明は、一緒にパッケージおよび／または販売される、ＩＬ−２３アンタゴニスト（または医薬上許容される担体を含むその医薬組成物）と、該ＩＬ−２３アンタゴニストが投与される被験者のＩＢＤ状態が本発明の１以上の生物マーカー、例えば血清において測定されるＰＡＰ、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０または糞便において測定されるＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ａ９の測定によりモニターされうることを示す文書とを含む製造品を提供する。
【００４２】
もう１つの態様においては、本発明は、ＩＬ−２３アンタゴニストで治療するための被験者、例えばＩＢＤ患者の選択方法に関する。１つの実施形態においては、ＩＬ−２３のレベルおよび／または本発明の生物マーカーの１つ、２つ又は３つのレベルを、ＩＢＤに合致する徴候または症状を示す被験者からのサンプル（例えば、血清、糞便または腸生検）において決定し、その結果を少なくとも部分的に用いて、被験者をＩＬ−２３アンタゴニストで治療するかどうかの判断を得る。該サンプルにおけるＩＬ−２３のレベルの上昇および／または本発明の生物マーカーの１つ、２つ若しくは３つのレベルの上昇（ＩＢＤに罹患していない被験者から得た基準サンプルと比較した場合）は、該被験者が、ＩＬ−２３アンタゴニスト、例えば抗ＩＬ−２３抗体での治療のための良好な候補者であることを示唆しうる。種々の実施形態においては、ＩＬ−２３の上昇のレベルおよび／または本発明の生物マーカーの１つ、２つ若しくは３つの上昇レベルは１．５倍、２倍、３倍、５倍、１０倍、２０倍またはそれ以上である。
【００４３】
もう１つの態様においては、本発明は、炎症性腸疾患に罹患している被験者、例えばクローン病患者または潰瘍性大腸炎患者の治療方法を提供し、ここで、該治療計画は、少なくとも部分的に、本発明の生物マーカーの１以上の分析に基づいて変更される。種々の実施形態においては、該治療計画の変更は、治療開始、用量の変更、投与間隔の変更、または治療中止を含む。種々の実施形態においては、治療は、ＩＬ−２３アンタゴニストの投与、例えば、ＩＬ−２３（またはそのサブユニット）またはＩＬ−２３受容体（またはそのサブユニット）に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の投与を含む。
【００４４】
詳細な説明
添付の特許請求の範囲を含む本明細書において用いる単数形の語は、文脈に明らかに矛盾しない限り、それらの対応する複数形を含む。後記表５は、本出願で使用される配列識別名の一覧を示す。特に示さない限り、または文脈に明らかに矛盾しない限り、本明細書に記載されている全てのタンパク質、遺伝子および実験は、それぞれ、ヒトタンパク質および遺伝子、ならびにヒト系で行われる実験である。
【００４５】
本明細書中に引用されている全ての参考文献を、各個の刊行物、データベースエントリー（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリー）、特許出願または特許が参照により本明細書に組み入れられると具体的かつ個別に示されているのと同様に、参照により本明細書に組み入れることとする。本明細書中で言及されている核酸およびタンパク質配列に関するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号は本出願の出願日の時点のデータベースの内容を意味する。そのようなデータベースエントリーは後に変更されうるが、ＧｅｎＢａｎｋは日付に応じて該配列の旧版の全ての公開記録を維持していて、そのようなデータベースエントリーを、特定の配列に対する明白な照会対象としている。
【００４６】
参照により組み入れるというこの陳述は、そのような引用が、参照により組み入れるという宣誓（ｄｅｄｉｃａｔｅｄ）陳述の直前直後にない場合であっても、３７  Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（１）に従い、各個の刊行物、データベースエントリー（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリー）、特許出願または特許[それらのそれぞれは３７  Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（２）に従い明らかに特定されるものである］に関連づけることを出願人が意図しているものである。参照により組み入れるという宣誓陳述が明細書中に含まれている場合、それは、参照により組み入れるというこの一般的（ｇｅｎｅｒａｌ）陳述を何ら弱めるものではない。本明細書における参考文献の引用は、該参考文献が関連先行技術であると自認するものではなく、また、それは、これらの刊行物または文書の内容または日付に関して何ら自認するものでもない。
【００４７】
Ｉ．定義
「投与」および「治療（処理）」は、それが動物、ヒト、実験対象、細胞、組織、器官または生物学的流体に適用される場合には、動物、ヒト、対象（被験者）、細胞、組織、器官または生物学的流体との外的な医薬、治療用物質（治療剤）、診断用物質または組成物の接触を意味する。「投与」および「治療（処理）」は、例えば、治療、薬物動態学、診断、研究および実験方法を意味しうる。細胞の治療（処理）は、該細胞との試薬の接触、および流体との試薬の接触を含み、ここで、該流体は該細胞に接触している。「投与」および「治療（処理）」は、試薬、診断剤、結合性組成物による、または別の細胞による、例えば細胞のインビトロおよびエキソビボでの治療（処理）をも意味する。「治療（処理）」は、それがヒト、獣医学または研究対象に適用される場合には、治療的処理、防御的または予防的手段、研究および診断用途を意味しうる。ＩＢＤのような再発／寛解型疾患の場合、再発を予防し、遅延させ、またはその重症度を軽減する治療（処理）は、疾患全体を「治療（処理）」する、または再発を防御的に「予防」すると称されうるため、治療（処理）と予防（防御）との区別は困難である。本明細書中で用いる「治療（処理）」なる語は、療法の開始中に活動的なＩＢＤエピソードの徴候もしくは症状の軽減または持続期間もしくは重症度の軽減を意味し、一方、「予防」は、療法の開始後に始まるＩＢＤエピソードの予防、遅延またはその重症度の軽減を意味する。尤も、いずれかの与えられた治療計画は、本明細書中で用いる治療（処理）および予防の両方に相当しうる。「治療（処理）」は、それがヒト、獣医学もしくは研究対象または細胞、組織もしくは器官に適用される場合には、動物対象、細胞、組織、生理的区画または生理的流体との物質の接触を含む。「細胞の処理」は、該物質が、例えば流体相またはコロイド相中で、ＩＬ−２３またはその受容体（ＩＬ−２３Ｒ／ＩＬ−１２Ｒβ１ヘテロ二量体）と接触する状況をも含む。
【００４８】
「病態」は、疾患、例えばＩＢＤの徴候または症状の重症度を意味する。病態の増進は、例えば急激な再燃（「フレア」）中のＩＢＤ被験者における、より重症な疾患を表す。軽度の病態は、例えば非ＩＢＤ患者における、または寛解中のＩＢＤ患者における、より低い重症度または無徴候もしくは無症状を表す。「病期分類」は、例えば治療の方向づけにおいて用いるための、ＩＢＤ患者における疾患の重症度の分類を意味する。例えば、Ｗａｌｆｉｓｈ  ＆  Ｓａｃｈａｒ（２００７）Ｉｎｆｌａｍｍ．Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ．１３：１５７３を参照されたい。
【００４９】
本明細書中で用いる「被験者（対象）」は、関心のある特定の個体、通常はヒトを意味する。「患者」は、疾患もしくは障害（例えば、ＩＢＤ）を有すると診断された又は該疾患もしくは障害を有する疑いのある及び／又は疾患もしくは障害に対して治療中のヒト被験者（ヒト対象）である。
【００５０】
本明細書中で用いる「生物学的サンプル」は、被験者から得られたいずれかのサンプル、例えば全血、血漿、血清、糞便（便サンプル）、唾液、尿または生検組織（例えば、結腸、小腸または他の胃腸組織）（これらに限定されるものではない）を含みうる。「近位流体」は、罹患部位に近い又は直接接触している流体、例えば脳脊髄液、滑液、気管支肺胞洗浄液、尿、乳頭吸引液、糞便および結腸洗浄液である。近位流体は、限られた数の組織のみにそれらがさらされているため、特定の疾患過程に、より特異的でありうる。例えば、糞便は、該生物マーカータンパク質が糞便において安定である場合（すなわち、タンパク質分解に抵抗性である場合。なぜなら、通常のＥＬＩＳＡはタンパク質分解産物を検出できないことがあるからである）には、ＩＢＤの分析のための好ましいサンプルでありうる。タンパク質分解は、タンパク質断片を直接的に検出する分析方法（例えば、質量分析法）ではそれほど問題にならない。
【００５１】
本明細書中で用いる「非罹患レベル」は非ＩＢＤ被験者における生物マーカーの典型的または平均的レベルを意味し、「罹患レベル」は、治療されていない場合および疾患が活動的である場合のＩＢＤ患者における生物マーカーの典型的または平均レベルを意味する。本明細書中で用いる「戻り（復帰）」は非罹患レベルへの生物マーカーレベルの減少を意味し、「再燃」は罹患レベルへの生物マーカーレベルの増加を意味する。「有益応答」または「有益効果」は、疾患または障害、例えばＩＢＤの徴候または症状の１以上における改善、あるいは疾患重症度における他の軽減を意味する。そのような有益効果は治療的介入の目標である。
【００５２】
特に示されていない限り、「生物マーカー」に対する言及は、ヒトから得られた生物学的サンプル中に天然で見出されるポリペプチドの形態に関するものである。例えば、シグナル配列を有するタンパク質は、典型的には、それらの成熟形態（シグナルペプチドを欠く形態）で存在するであろう。生物マーカーは、シグナル配列を含む配列識別名に対する言及により特定されうるが、サンプルにおいて実際に検出される生物マーカーは、実際には、成熟（切断）形態でありうる。本明細書中で用いる、生物マーカーの「レベル」は、サンプル中に存在する生物マーカーポリペプチドの量に関するものであり、「発現レベル」または発現の「レベル」は、該生物マーカーをコードするｍＲＮＡの量に関するものである。特に示されていない限り、「本発明の生物マーカー」は、表１に列挙されているタンパク質を意味する。ただし、表３Ａおよび４Ａに列挙されているタンパク質も、文脈に応じて、生物マーカーと称されうる。
【００５３】
本明細書中で用いる「抗体」なる語は、所望の生物活性を示す任意の形態の抗体を意味しうる。したがって、それは広義に用いられ、所望の生物活性を示す限り、特にモノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、キメラ抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体などを含む。
【００５４】
抗体に言及する場合に本明細書中で用いる「その結合性フラグメント」または「その抗原結合性フラグメント」なる語は、対応標的への結合能を尚も実質的に保有する、抗体のフラグメントまたは誘導体を含む。抗体フラグメントの具体例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖフラグメント；ジアボディ；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子、例えばｓｃ−Ｆｖ；ならびに抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が含まれる。典型的には、結合性フラグメントまたは誘導体は、その標的に対するそのアフィニティの少なくとも１０％（例えば、解離平衡結合定数（Ｋｄ）における１０倍以下の変化）を保有する。所望の生物学的効果を発揮するのに十分なアフィニティを有するいずれの結合性フラグメントも有用であるが、好ましくは、結合性フラグメントまたは誘導体はその結合アフィニティの少なくとも２５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％または１００％（またはそれ以上）を保有する。特記されている場合には、結合性フラグメントは、その生物活性を実質的に改変しない保存的アミノ酸置換を有する配列変異体を含みうることも意図される。
【００５５】
「ＩＬ−２３アンタゴニスト」は、いずれかの様態でＩＬ−２３の活性を抑制する分子である。幾つかの実施形態においては、本発明の抗体またはその抗原結合性フラグメントは、例えば、ＩＬ−２３またはその受容体のサブユニットに結合することによりＩＬ−２３受容体を介してＩＬ−２３シグナリングを抑制するＩＬ−２３アンタゴニストである。他の実施形態においては、ＩＬ−２３アンタゴニストは小分子またはポリヌクレオチド、例えばアンチセンス核酸またはｓｉＲＮＡである。
【００５６】
本明細書中で用いる「モノクローナル抗体」なる語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味する。すなわち、該集団を構成する個々の抗体は、少量で存在しうる可能な天然に生じる突然変異またはグリコシル化変異体以外は同一である。モノクローナル抗体は単一の抗原エピトープに対して高度に特異的である。これとは対照的に、通常の（ポリクローナル）抗体調製物は、典型的には、種々のエピトープに対する（または特異的な）多数の抗体を含む。「モノクローナル」なる修飾語は、実質的に均一な集団から得られたという、抗体の特性を示し、いずれかの特定の方法による該抗体の産生を要すると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従い使用されるモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５に最初に記載されたハイブリドーマ法により製造されることが可能であり、あるいは組換えＤＮＡ法により製造されることが可能である（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）。「モノクローナル抗体」は、例えばＣｌａｃｋｓｏｎら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８およびＭａｒｋｓら（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７に記載されている技術を用いるファージ抗体ライブラリーからも単離されうる。
【００５７】
本明細書におけるモノクローナル抗体には、所望の生物活性を示す限り、特に、重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来する又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応配列と同一または相同である一方で、該鎖の残部が、別の種に由来する又は別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応配列と同一または相同である「キメラ」抗体（免疫グロブリン）、ならびにそのような抗体のフラグメントが含まれる（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５）。
【００５８】
「ドメイン抗体」は、重鎖の可変領域または軽鎖の可変領域のみを含有する免疫学的に機能的な免疫グロブリンフラグメントである。幾つかの場合には、２以上のＶＨ領域がペプチドリンカーと共有結合して２価ドメイン抗体を形成している。２価ドメイン抗体の、２つのＶＨ領域は、同じ又は異なる抗原を標的としうる。
【００５９】
「２価抗体」は２つの抗原結合部位を含む。幾つかの場合には、それらの２つの結合部位は同じ抗原特異性を有する。しかし、２価抗体は二重特異性である。
【００６０】
本明細書中で用いる「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体は、抗体のＶＨおよびＶＬドメインを含む抗体フラグメントを意味し、ここで、これらのドメインは単一ポリペプチド鎖内に存在する。一般に、Ｆｖポリペプチドは更に、該ｓｃＦｖが抗原結合のための所望の構造を形成するのを可能にする、ＶＨおよびＶＬドメイン間のポリペプチドリンカーを含む。ｓｃＦｖの概説としては、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ（１９９４）ＴＨＥ  ＰＨＡＲＭＡＣＯＬＯＧＹ  ＯＦ  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ，ｖｏｌ．１１３，ＲｏｓｅｎｂｕｒｇおよびＭｏｏｒｅ編，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５を参照されたい。
【００６１】
本明細書におけるモノクローナル抗体には、ラクダ化単一ドメイン抗体も含まれる。例えば、Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓら（２００１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２６：２３０；Ｒｅｉｃｈｍａｎｎら（１９９９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２３１：２５；ＷＯ  ９４／０４６７８；ＷＯ  ９４／２５５９１；米国特許第６，００５，０７９号）を参照されたい。１つの実施形態においては、本発明は、単一ドメイン抗体が形成されるような修飾を伴う２つのＶＨドメインを含む単一ドメイン抗体を提供する。
【００６２】
本明細書中で用いる「ジアボディ」なる語は、２つの抗原結合部位を有する小型抗体フラグメントを意味し、該フラグメントは、同一ポリペプチド鎖内で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む（ＶＨ−ＶＬまたはＶＬ−ＶＨ）。同一鎖上の２つのドメイン間のペア形成を可能にするには短すぎるリンカーを用いることにより、それらのドメインは別の鎖の相補的ドメインとのペア形成を強要され、２つの抗原結合部位を形成する。ジアボディは、例えばＥＰ  ４０４，０９７、ＷＯ  ９３／１１１６１およびＨｏｌｌｉｇｅｒら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８に更に詳しく記載されている。操作された抗体変異体の概説としては、全般的には、ＨｏｌｌｉｇｅｒおよびＨｕｄｓｏｎ（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２３：１１２６−１１３６を参照されたい。
【００６３】
本明細書中で用いる「ヒト化抗体」なる語は、非ヒト（例えば、マウス）抗体およびヒト抗体からの配列を含有する抗体の形態を意味する。そのような抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する。一般に、該ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ここで、超可変ループの全て又は実質的に全ては非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全て又は実質的に全てはヒト免疫グロブリン配列のものである。ヒト化抗体は、場合によっては、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）（典型的にはヒト免疫グロブリンのもの）の少なくとも一部を含む。接頭辞「ｈｕｍ」、「ｈｕ」または「ｈ」は、ヒト化抗体を親げっ歯類抗体から区別するために、必要に応じて、抗体クローンの名称に付加される（ただし、これらの同じ名称は、文脈に応じて、特定のタンパク質のヒト形態をも示しうる。）。アフィニティーを増加させるため、またはヒト化抗体の安定性を増強するため、または他の理由により、あるアミノ酸置換が含まれうるが、げっ歯類抗体のヒト化形態は、一般に、該親げっ歯類抗体の同一ＣＤＲ配列を含む。
【００６４】
抗体には、エフェクター機能の改変をもたらすために修飾された（または遮蔽された）Ｆｃ領域を有する抗体も含まれる。例えば、米国特許第５，６２４，８２１号、ＷＯ  ２００３／０８６３１０、ＷＯ  ２００５／１２０５７１、ＷＯ  ２００６／００５７７０２、Ｐｒｅｓｔａ（２００６）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖ．５８：６４０−６５６を参照されたい。そのような修飾は、診断および療法における可能な有益な効果を伴って免疫系の種々の反応を増強または抑制するために用いられうる。Ｆｃ領域の改変には、アミノ酸変化（置換、欠失および挿入）、グリコシル化または脱グリコシル化および複数のＦｃの付加が含まれる。該Ｆｃに対する改変は治療用抗体における抗体の半減期をも変化させうる。より長い半減期はより低頻度の投与につながり、それに伴い、簡便さの向上および物質の使用量の減少をもたらしうる。Ｐｒｅｓｔａ（２００５）Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１６：７３１（７３４−３５）を参照されたい。
【００６５】
抗体には、完全エフェクター機能をもたらす無傷Ｆｃ領域を有する抗体、例えば、ヒトイソタイプＩｇＧ１の抗体も含まれ、これは標的細胞において補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）または抗体依存性細胞性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を誘導する。幾つかの実施形態においては、本発明の抗体は、細胞の集団からＩＬ−２３Ｒ陽性細胞を選択的に枯渇させるために投与される。１つの実施形態においては、ＩＬ−２３Ｒ陽性細胞のこの枯渇は病原性Ｔｈ１７細胞の枯渇である。そのような病原性Ｔ細胞サブセットの枯渇は、自己免疫疾患の再発／寛解の状態にある被験者において生じた場合に、持続的寛解をもたらしうる。
【００６６】
本発明の抗体には、細胞傷害性を有する積荷（ｐａｙｌｏａｄ）、例えば細胞傷害性物質または放射性核種にコンジュゲート化（結合）した抗体も含まれる。そのような抗体コンジュゲートは、ＩＬ−２３Ｒを表面上で発現する細胞を選択的に標的化し殺すために免疫療法において使用されうる。典型的な細胞傷害性物質には、リシン、ビンカアルカロイド、メトトレキセート、シュードモナス（Ｐｓｕｅｄｏｍｏｎａｓ）外毒素、サポニン、ジフテリア毒素、シスプラチン、ドキソルブシン、アブリン毒素、ゲロニンおよび洋種ヤマゴボウ抗ウイルス性タンパク質が含まれる。本発明の抗体と共に免疫療法において使用される典型的な放射性核種には、１２５Ｉ、１３１Ｉ、９０Ｙ、６７Ｃｕ、２１１Ａｔ、１７７Ｌｕ、１４３Ｐｒおよび２１３Ｂｉが含まれる。例えば、米国特許出願公開第２００６／００１４２２５号を参照されたい。
【００６７】
「完全ヒト抗体」なる語は、ヒト免疫グロブリンタンパク質配列のみを含む抗体を意味する。完全ヒト抗体は、マウスにおいて、またはマウス細胞において、またはマウス細胞由来のハイブリドーマにおいて産生された場合には、マウス炭水化物鎖を含有しうる。同様に、「マウス抗体」または「ラット抗体」は、それぞれ、マウスまたはラット免疫グロブリン配列のみを含む抗体を意味する。完全ヒト抗体は、ヒトにおいて、またはヒト免疫グロブリン生殖系列配列を有するトランスジェニック動物において、またはファージディスプレイもしくは他の分子生物学的方法により産生されうる。
【００６８】
「結合性化合物」は、標的に結合しうる分子、小分子、巨大分子、ポリペプチド、抗体またはそのフラグメントもしくは類似体あるいは可溶性受容体を意味する。「結合性化合物」は、標的に結合しうる、分子の複合体、例えば非共有結合性複合体、イオン化分子、および共有結合または非共有結合により修飾された分子、例えばリン酸化、アシル化、架橋、環化または限定的な切断により修飾された分子をも意味する。抗体に関して用いる場合の「結合性化合物」は抗体およびその抗原結合性フラグメントの両方を意味する。「結合」は該結合性化合物と標的との会合を意味し、ここで、該結合性化合物が溶液中に溶解または懸濁されうる場合には、該会合は該結合性化合物の正常なブラウン運動における軽減をもたらす。「結合性組成物」は、安定剤、賦形剤、塩、バッファー、溶媒または添加剤と組合された、標的に結合しうる分子、例えば結合性化合物を意味する。
【００６９】
「有効量」は医学的状態の症状または徴候を改善または予防するのに十分な量を含む。そのような有効量はそのような症状または徴候を完全に改善または予防することを必ずしも要しない。有効量は、診断を可能または容易にするのに十分な量をも意味する。個々の患者または獣医学的対象に対する有効量は、治療される状態、患者の全体的な健康状態、投与の方法、経路および用量、ならびに副作用の重症度のような要因によって様々となりうる。例えば、米国特許第５，８８８，５３０号を参照されたい。有効量は、有意な副作用または毒性効果を回避する最高用量または投与プロトコールでありうる。有効量は、典型的には、少なくとも５％、通常は少なくとも１０％、より通常は少なくとも２０％、最も通常は少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、最も好ましくは少なくとも６０％、理想的には少なくとも７０％、より理想的には少なくとも８０％、最も理想的には少なくとも９０％、診断尺度またはパラメーターの改善をもたらし、ここで、１００％は、正常被験者により示される診断パラメーターと定義される。例えば、Ｍａｙｎａｒｄら（１９９６）Ａ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  ＳＯＰｓ  ｆｏｒ  Ｇｏｏｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｉｎｔｅｒｐｈａｒｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，ＦＬ；Ｄｅｎｔ（２００１）Ｇｏｏｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ａｎｄ  Ｇｏｏｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｕｒｃｈ  Ｐｕｂｌ．，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫを参照されたい。
【００７０】
「炎症障害」は、病変が全体的または部分的に例えば免疫系の細胞の数の変化、遊走速度の変化または活性化の変化を引き起こす、障害または病的状態を意味する。免疫系の細胞には、例えばＴ細胞、Ｂ細胞、単球またはマクロファージ、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、樹状細胞、ミクログリア、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、好中球、好酸球、マスト細胞、または免疫学に特異的に関連しているいずれかの他の細胞、例えばサイトカイン産生内皮または上皮細胞が含まれる。
【００７１】
「ＩＬ−１７産生細胞」は、古典的Ｔｈ１型Ｔ細胞でもなく古典的Ｔｈ２型Ｔ細胞でもない、Ｔｈ１７細胞と称されるＴ細胞を意味する。Ｔｈ１７細胞は、ＣｕａおよびＫａｓｔｅｌｅｉｎ（２００６）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：５５７−５５９；ＴａｔｏおよびＯ’Ｓｈｅａ（２００６）Ｎａｔｕｒｅ  ４４１：１６６−１６８；ＩｗａｋｕｒａおよびＩｓｈｉｇａｍｅ（２００６）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１１６：１２１８−１２２２に、より詳細に考察されている。「ＩＬ−１７産生細胞」は、米国特許出願公開第２００４／０２１９１５０号の表１０Ｂの遺伝子またはポリペプチド（例えば、マイトジェン応答性Ｐ−タンパク質；ケモカインリガンド２；インターロイキン−１７（ＩＬ−１７）；転写因子ＲＡＲ関連体；および／またはサイトカインシグナリング３の抑制因子）を発現するＴ細胞をも意味し、ここで、ＩＬ−２３アゴニストでの処理による発現はＩＬ−１２アゴニストでの処理の場合より大きく、この場合の「より大きい（より大きく）」は以下のとおりに定義される。ＩＬ−２３アゴニストでの発現は、ＩＬ−１２処理の場合より通常は少なくとも５倍大きく、典型的には少なくとも１０倍大きく、より典型的には少なくとも１５倍大きく、最も典型的には少なくとも２０倍大きく、好ましくは少なくとも２５倍大きく、最も好ましくは少なくとも３０倍大きい。発現は、実質的に純粋なＩＬ−１７産生細胞の集団の処理により測定されうる。Ｔｈ１７応答は、Ｔｈ１７細胞の活性および／または増殖が典型的にはＴｈ１応答の抑制と共役して増強される免疫応答である。
【００７２】
さらに、「Ｔｈ−１７産生細胞」は、細胞発生または細胞分化の経路において、前記で定義されたとおりのＩＬ−１７産生細胞へと分化するように拘束される始原または前駆細胞も含む。ＩＬ−１７産生細胞の始原または前駆細胞は流出リンパ節（ＤＬＮ）において見出されうる。また、「ＩＬ−１７産生細胞」は、例えばホルボールエステル、イオノホアおよび／または発癌物質により例えば活性化されている、更には、例えばアポトーシス、タンパク質分解または脂質酸化により分化、貯蔵、凍結、乾燥、不活性化、部分分解されている、あるいは例えば組換え技術により修飾されている、前記で定義されたとおりのＩＬ−１７産生細胞を含む。
【００７３】
本明細書中で用いる「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」は、例えば米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているとおりに核酸、ＲＮＡおよび／またはＤＮＡの微量の特異的断片が増幅される方法または技術を意味する。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計されうるよう関心領域の末端以降からの配列情報が入手可能である必要があり、これらのプライマーは、増幅されるべき鋳型の対抗鎖と配列において同一または類似であろう。それらの２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは該増幅物質の末端と一致しうる。ＰＣＲは、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特定のＤＮＡ配列、および全細胞ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列を増幅するために使用されうる。全般的には、Ｍｕｌｌｉｓら（１９８７）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５１：２６３；Ｅｒｌｉｃｈ編，（１９８９）ＰＣＲ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．）を参照されたい。本明細書中で用いるＰＣＲは、核酸の特異的断片を増幅または作製するための核酸ポリメラーゼとプライマーとしての既知核酸との使用を含む核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例であり、唯一の例ではないとみなされる。
【００７４】
「小分子」は、１０ｋＤａ未満、典型的には２ｋＤａ未満、好ましくは１ｋＤａ未満の分子量を有する分子と定義される。小分子には、無機分子、有機分子、無機成分を含有する有機分子、放射性原子を含む分子、合成分子、ペプチド模倣体および抗体模倣体が含まれるが、これらに限定されるものではない。治療用物質（治療剤）としては、小分子は、大分子より細胞に対して浸透性であり、より分解を受けにくく、免疫応答を惹起する傾向がより低い。小分子、例えば抗体のペプチド模倣体およびサイトカインならびに小分子毒素が記載されている。例えば、Ｃａｓｓｅｔら（２００３）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．３０７：１９８−２０５；Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７４：２７７−３０２；Ｌｉ（２０００）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８：１２５１−１２５６；Ａｐｏｓｔｏｌｏｐｏｕｌｏｓら（２００２）Ｃｕｒｒ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．９：４１１−４２０；Ｍｏｎｆａｒｄｉｎｉら（２００２）Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ．Ｄｅｓ．８：２１８５−２１９９；Ｄｏｍｉｎｇｕｅｓら（１９９９）Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．６：６５２−６５６；ＳａｔｏおよびＳｏｎｅ（２００３）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３７１：６０３−６０８；米国特許第６，３２６，４８２号を参照されたい。
【００７５】
リガンド／受容体、抗体／抗原、または他の結合性ペアに言及する場合の「特異的」または「選択的」な結合は、タンパク質および他の生物学的物質の不均一集団におけるタンパク質の存在に決定的である結合反応を示す。したがって、示されている条件下、特定されているリガンドは特定の受容体に結合し、該サンプル中に存在する他のタンパク質には有意量で結合しない。本明細書中で用いる抗体が、与えられた配列を含むポリペプチドに特異的に結合すると称されるのは、それが、該ポリペプチド配列を含むポリペプチドには結合するが、該ポリペプチド配列を欠くタンパク質には結合しない場合である。例えば、ＩＬ−２３Ｒを含むポリペプチドに特異的に結合する抗体はＩＲ−２３ＲのＦＬＡＧ（登録商標）タグ付き形態に結合しうるが、他のＦＬＡＧ（登録商標）タグ付きタンパク質には結合しないであろう。
【００７６】
想定される方法の抗体、または抗体の抗原結合部位に由来する結合性組成物は、無関係な抗原に対するアフィニティより少なくとも２倍大きい、好ましくは少なくとも１０倍大きい、より好ましくは少なくとも２０倍大きい、最も好ましくは少なくとも１００倍大きいアフィニティで、その抗原に結合する。好ましい実施形態においては、該抗体は、例えばスキャッチャード分析（Ｍｕｎｓｅｎら（１９８０）Ａｎａｌｙｔ．Ｂｌｏｃｈｅｍ．１０７：２２０−２３９による測定で約１０９  リットル／ｍｏｌ以上のアフィニティを有するであろう。
【００７７】
ＩＩ．全般的説明
本発明は、被験者においてＩＢＤを評価するための生物マーカー、および例えば潜在的治療方法の効力の評価における又はＩＢＤ患者の治療の経過の方向づけにおける該生物マーカーの使用方法を提供する。１つの実施形態においては、該治療方法は、Ｔｈ１７経路のアンタゴニスト、例えば、ＩＬ−２３シグナリングのアンタゴニスト、例えば、ＩＬ−２３、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬ−２３受容体またはＩＬ−２３Ｒに結合する抗体（これらに限定されるものではない）の投与を含む。
【００７８】
そのような生物マーカーは幾つかの状況において有用でありうる。該生物マーカーは、ＩＢＤ患者を診断するのに、または疾患の重症度に関して被験者を病期分類するのに有用でありうる。生物マーカーレベルに基づく診断は、疾患陽性とみなされるものに関する「カットオフ」としてのレベルが選択されることを要する。このカットオフレベルは、クローン病または潰瘍性大腸炎を有することが既知の被験者におけるレベル、および該疾患を有さないことが既知の対照被験者におけるレベルを観察することにより決定されうる。選択されるカットオフは、罹患サンプルと非罹患サンプルとを最もよく識別する値である。カットオフは、絶対的な値（例えば、ｎｇ／ｍｌ血清）として、またはより一般的には、罹患値／対照値の比として表されうる。典型的には、カットオフは、（絶対的な値として表された場合には）罹患レベルと正常レベルとの間のどこかに位置するか、あるいは罹患／対照比より若干低い比となるであろう。カットオフレベルを選択する際に考慮すべき要因には、測定値における変動性（ばらつき）（アッセイ変動性および被験者間変動性の両方によるもの）および偽陽性結果と偽陰性結果との相対的有害性が含まれる。例えば、疾患診断において包括的なものとしたい（すなわち、偽陰性が偽陽性より望ましくない）場合には、カットオフ値は、そうでない場合より低くなりうる。すなわち、より低い絶対的な値（またはより低い罹患／対照比）が疾患陽性とみなされうる。そのような考慮事項は診断試験の分野で一般的であり、分析（解析）の分野における技量の範囲内である。
【００７９】
該生物マーカーは、ＩＬ−２３アンタゴニストでの治療に応答する可能性のある患者亜集団を選択するためにも使用されうる。本発明は、動物がＩＬ−２３アンタゴニスト（例えば、抗ＩＬ−２３ｐ１９、抗ＩＬ−２３Ｒおよび抗ＩＬ−１２／２３ｐ４０）で治療された場合およびヒトがＴＮＦαアンタゴニスト（例えば、抗ＴＮＦα抗体）で治療された場合には、本明細書に開示されている生物マーカーが非罹患レベルに戻ることを示している。したがって、これらの生物マーカーのレベルの上昇を示すＩＢＤ患者は、該生物マーカーのレベルを非罹患レベルに戻す治療のための可能な候補者とみなされうる。逆に、該生物マーカーのレベルの上昇を伴わないＩＢＤ患者はＩＬ−２３アンタゴニストでの治療に不適な候補者でありうる。また、ＩＬ−２３のレベルの上昇を伴うＩＢＤ患者はＩＬ−２３アンタゴニストでの治療のための可能な候補者であるとみなされうる。
【００８０】
また、そのような生物マーカーは、ＩＬ−２３経路の関与を証明するために、および治療の効力（および必要に応じて治療計画の変更）を評価するために、および患者の全身的進行をモニターするために、例えばＩＬ−２３アンタゴニストでの治療を受けている被験者において有用でありうる。与えられた治療方式が患者における標的経路、例えばＩＬ−２３／ＩＬ−２３受容体経路に有効に関与しているが、治療利益をもたらさないことを結果が示した場合には、少なくとも特定の患者においては、ＩＢＤにおけるＩＬ−２３シグナリングの実用的重要性は相対的に低い可能性がある（Ｃａｒｔｙ  ＆  Ｒａｍｐｔｏｎ（２００３）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ５６：３５１）。
【００８１】
また、そのような生物マーカーは、診療所における患者の処置において、例えば、必要に応じて治療計画の変更を知らせる場合に有用でありうる。既存療法に患者が応答している程度に応じて、投与量を増加すべきか、減少すべきか、または多少頻繁にすべきかを決定するのを補助するために、臨床家は、本発明の方法を用いて本発明の生物マーカーの１以上をモニターすることが可能である。投与頻度の減少は「用量」の減少に相当しうることに注意すべきである。なぜなら、投与期間が単一投与間隔より長い場合、被験者は、与えられた期間にわたって、より少量の薬物の投与を受けることになるからである。本発明の生物マーカーのレベルの測定は、どの被験者が治療に有利に応答するかを、標準的な臨床疾患尺度（それらの幾つかは少なくとも部分的には症状の軽減に基づいている）を用いた場合より早い時点で（すなわち、治療後、より早期に）決定することが可能となりうるという利点を有する。応答者を非応答者から早期に識別することは投与の変更または中止をより早期に可能にする。該治療計画の早期変更は治療の成功にかかる時間を短縮し、または無効な薬物に対する不必要な曝露のリスクの低下（ならびにそれに伴う、出費および副作用の軽減）をもたらしうる。
【００８２】
ＩＢＤに対する与えられた治療計画の効力の評価は患者のケアの管理に重要であり、臨床治験の場合と同様に潜在的治療用物質の評価に不可欠である。ＩＢＤの典型的な尺度には、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ）、ハーヴェー・ブラッドショー（Ｈａｒｖｅｙ−Ｂｒａｄｓｈａｗ）「単純指数（ｓｉｍｐｌｅ  ｉｎｄｅｘ）」（ＳＩ）、パウエル・タック（Ｐｏｗｅｌｌ−Ｔｕｃｋ）指数、および単純大腸炎臨床活動指数（ＳＣＣＡＩ）が含まれる（Ｃａｒｔｙ  ＆  Ｒａｍｐｔｏｎ（２００３）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５６：３５１，３５４（その開示の全体を参照により本明細書に組み入れることとする））。そのような手段は、しばしば、少なくとも部分的には、症状の自己申告に基づくものであり、これは本質的に主観的であり非定量的である。潜在的治療用物質の効力は、これらの指数の１つにおける一定の変化（例えば、ＣＤＡＩにおける７０ポイントの低下）または寛解の達成（ＣＤＡＩ＜１５０と定義される）と定義されうる（Ａｍｏｔｔら（２００２）Ａｌｉｍｅｎｔ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．１６：８５７）。疾患の進行を評価するために、より侵襲的な技術、例えばＳ状結腸鏡検査、結腸内視術、生検および１１１Ｉｎ標識好中球顆粒球糞便排出も用いられる（Ｓａｖｅｒｕｍｕｔｔｕ（１９８６）Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ  ３３：７４，Ｒｏｓｅｔｈら（ｌ９９９）Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．３４：５０）。
【００８３】
カルプロテクチン、ラクトフェリン、およびＵＣに関する高い診断精度をもたらす多形核好中球エラスターゼを含む糞便生物マーカーのパネルを他の研究者が提示している（Ｌａｎｇｈｏｒｓｔら（２００８）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  １０３：１６２）。Ｌａｎｇｈｏｒｓｔらは、以下の３つの測定範疇を含む包括的な活動指数を提示している：ｉ）３つの前記生物マーカーのうちの２つの、糞便における、予め決められたカットオフレベルを超える上昇、ｉｉ）Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の血清レベルの上昇、およびｉｉｉ）ＣＡＩ（「大腸炎活動指数」）またはＣＤＡＩのいずれかに関する陽性スコア。それらの３つの範疇のいずれか２つにおいて陽性結果を示す被験者はＵＣに関して陽性と評価される。Ｌａｎｇｈｏｒｓｔらは、カルプロテクチンに関する＞４８μｇ／ｍｌの「最適化」カットオフを使用した。１つのＥＬＩＳＡキット製造業者（Ｉｍｍｕｎｄｉａｇｎｏｓｔｉｋ，Ｂｅｎｓｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）は、糞便におけるカルプロテクチンの正常範囲が＜１５μｇ／ｍｌであることを示唆しており、アッセイ間で４〜１７％の変動係数（ＣＶ）を報告している。もう１つのＥＬＩＳＡキット製造業者（ＨｙＣｕｌｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｂ．Ｖ．，Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）は、血漿におけるカルプロテクチンの正常範囲が０．５〜３μｇ／ｍｌであることを示唆している。
【００８４】
ＩＩＩ．ＩＢＤ生物マーカー
本発明は、容易に入手可能な生物学的サンプルにおいて測定されうる、ＩＢＤに関する改良された生物マーカーを提供する。ヒトＩＢＤおよび非ＩＢＤサンプルにおいて見出されるタンパク質の比較（実施例２）、ＩＢＤの動物モデルにおける候補生物マーカーの検出、およびどの生物マーカーレベルがＩＬ−２３インヒビターでの有効な治療に応じて変化するのかを決定すること（実施例３）、ならびに遺伝子発現およびタンパク質レベルの両方でＩＢＤマウスおよびヒト罹患サンプルにおいて生物マーカーとしてのそれらの値を更に確認することを含む多工程法により、ＩＢＤに関する潜在的生物マーカーを得た。本発明の典型的な生物マーカーを表１に示す。
【００８５】
全結腸ライセートにおいて、またはＩＢＤマウスからの結腸上皮細胞において、他のタンパク質が上昇し、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での処理の直後に正常に戻ることが判明した。これらのタンパク質およびそれらの推定ヒトオルソログを表３Ａおよび４Ａに示す。これらは実施例２〜４に更に詳細に記載されている。これらのタンパク質のヒトオルソログもＩＢＤの生物マーカーとして役立つ可能性があり、あるいは治療的介入の潜在的標的として役立つ可能性がある。
【００８６】
本発明の種々の生物マーカーを、実施例１８に記載されているとおり、予防および治療の両方のプロトコールを用いて、マウスにおけるＴ細胞導入大腸炎モデルにおいて更に研究した。図１１〜１２も参照されたい。大腸炎への先天性免疫系の寄与を主として表す実施例３および４に記載されているＴ細胞非依存性大腸炎モデルとは異なり、該Ｔ細胞導入モデルは必然的に大腸炎へのＴ細胞媒介性寄与を含み、したがってヒト疾患に関する特徴的モデルに相当する。また、実施例１８は、疾患過程の早期ではなく大腸炎の確立の後に抗ＩＬ−２３抗体が加えられた治療プロトコールを含む。そのような治療プロトコール実験は、発病後まで患者が治療されない状況をより良好に模擬すると予想されるであろう。この筋書きは、おそらくは疾患症状の存在に基づいて治療を受けに行くヒト被験者で最も一般的なものに相当しうる。これとは対照的に、予防モデルにおいて得られる結果はＩＢＤの予防的治療（例えば、症状の再燃を予防するための再発性寛解炎症性腸疾患患者における寛解中の治療）に対して特に深い関連性を有しうる。
【００８７】
本発明において、多数の遺伝子が動物モデルおよびヒト被験者の両方においてＩＢＤの病態に関連していることが判明した。そのようなマーカーは、Ｔｈ１７経路の阻害を目的とした治療、特に、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療と相関していることも判明している。マウスＩＢＤモデルにおいてはアップレギュレーションされないがヒト罹患サンプルにおいてはアップレギュレーションされることが判明している他の生物マーカーも本明細書において提示されている。更に他の生物マーカーも、疾患経路とのそれらの関連性に基づいて提示されている。
【００８８】
表１はこれらの生物マーカーの幾つかに関する情報を示す。ＧｅｎｅＩＤ（遺伝子識別）番号およびＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号が記載されており、それらは、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ’Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）のウェブサイトから入手可能な情報に関連づけられている。表１に記載されているデータベースエントリーに含まれる全配列および他の情報の全体を明示的に参照により本明細書に組み入れることとする。
【表１】
2012507723.tif 000003
【００８９】
ＣＣＬ２０（ケモカインリガンド２０、ＭＩＰ−３α）は、樹状細胞のトラフィッキングにおいて及び活性化Ｔ細胞のリクルートメントにおいて重要な役割を果たしていることが公知である。それは活性化Ｔｈ１７細胞により産生され（Ｗｉｌｓｏｎら（２００７）Ｎａｔｕｒｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：９５０）、結腸上皮細胞はＩＢＤにおけるＣＣＬ２０産生の主要部位であることが公知である（Ｋａｓｅｒら（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：７４）。ＣＣＬ２０はＩＢＤに対する潜在的感受性遺伝子としても示唆されている（Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ−Ｂｏｒｅｓら（２００７）Ｗｏｒｌｄ  Ｊ  Ｇａｓｔｅｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１３：５５６０）。ＣＣＬ２０のシグナル配列は２６アミノ酸長であり、このことは、配列番号６の残基２７−９６が成熟ＣＣＬ２０に対応することを意味する。ＣＣＬ２０アイソフォーム１（９６アミノ酸）が本明細書に記載されており、一方、アイソフォーム２（９５アミノ酸、ＮＭ ００１１３００４６．１およびＮＰ ００１１２３５１８．１）は２７位のアラニンを欠いていて、アイソフォーム１のＮ末端アラニン残基を欠く成熟ポリペプチドである。
【００９０】
ＤＭＢＴ１（Ｄｅｌｅｔｅｄ  ｉｎ  Ｍａｌｉｇｎａｎｔ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｕｍｏｒｓ  １）（悪性脳腫瘍内欠失１）はスカベンジャー受容体システインリッチ遺伝子ファミリーに属する。それは上皮細胞の分極および分化の調節因子である。また、それはＧＲＡＭ陽性およびＧＲＡＭ陰性細菌に結合し、それらを凝集させる。ＤＭＢＴ１はクローン病に関連づけられており、腸粘膜防御および炎症予防において或る役割を果たしているものとして関連づけられている（Ｒｏｓｅｎｓｔｉｅｌら（２００７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７８：８２０３；Ｒｅｎｎｅｒら（２００７）Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１３３：１４９９）。ＤＭＢＴ１のシグナル配列は２５アミノ酸長であり、このことは、配列番号８の残基２６−２４１３が成熟ＤＭＢＴ１に対応することを意味する。転写産物変異体２（アイソフォームｂ前駆体）が本明細書に記載されており、一方、転写産物変異体１（アイソフォームａ前駆体、ＮＭ ００４４０６．２およびＮＰ ００４３９７．２）は幾つかのエキソンを欠いている。ＤＭＢＴ１の検出のための典型的なＥＬＩＳＡがＭｕｌｌｅｒら（２００７）Ｒｅｓｐ．Ｒｅｓ．８：６９に記載されている。
【００９１】
ＭＩＦ（マクロファージ遊走抑制因子（グリコシル化抑制因子））は大腸炎モデルにおいて関連づけられており、ここで、ＭＩＦ欠損マウスは大腸炎を発生せず、確立された大腸炎は抗ＭＩＦ免疫グロブリンで治療できた（Ｄｅ  Ｊｏｎｇら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：１０６１）。ＭＩＦはＮ末端シグナル配列を有さないらしい（Ｅｉｃｋｈｏｆｆら（２００１）Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．７：２７）。
【００９２】
ＬＣＮ２（リポカリン２）はクローン病結腸内の白血球および結腸上皮細胞において発現される抗微生物性タンパク質である。ＬＣＮ２の抗微生物機能は病原体からの鉄の隔離によりもたらされると考えられている（Ｃｓｉｌｌａｇら（２００７）Ｓｃａｎ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．４２：４５４）。ＬＣＮ２は２０アミノ酸のシグナル配列を有し、このことは、配列番号１２の残基２１−１９８が成熟ＬＣＮ２に対応することを意味する。Ｂｕｎｄｇａａｒｄら（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．２０２：１４６８；ＷＯ  ２００６／０９１０３５；米国特許出願公開第２００５／０２６１１９１号；ＥＭＢＬ  Ａｃｃ．Ｎｏ．Ｘ８３００６を参照されたい。
【００９３】
マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ（再生島由来３ベータおよびガンマ）は、細胞の成長および分化に関連づけられている細胞表面認識に関与することが知られているＣ型レクチンファミリーのメンバー、ＲＥＧ３ファミリーのタンパク質のメンバーである。ヒトＲＥＧ３αおよびＲＥＧ３γポリペプチドは８５％の配列相同性を共有している。ヒトＲＥＧ３αは膵炎関連タンパク質（ＰＡＰ）としても公知である。ＲＥＧ３α／ＰＡＰ  ｍＲＮＡは、活動性ＩＢＤを有する患者からの結腸粘膜において上昇し、ＰＡＰの血清レベルは疾患の重症度と相関することが判明した（Ｇｉｒｏｎｅｌｌａら（２００５）Ｇｕｔ  ５４：１２４４）。ＰＡＰはＩＢＤにおいて抗炎症効果を及ぼすと提示されている（同誌）。また、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γは結腸上皮細胞のバリヤー機能の維持に関与している可能性があることが示唆されている（Ｈｏｇａｎら（２００６）Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  ＣＩｍ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１８：２５７；Ｚｈｅｎｇら（２００８）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １４：２８２）。ＰＡＰ転写産物変異体２が本明細書に記載されているが、それは変異体１（ＮＭ ００２５８０．１およびＮＰ ００２５７１．１）および変異体３（ＮＭ １３８９３７．１およびＮＰ ６２０３５４．１）としても見出される。ＰＡＰは２６アミノ酸のシグナル配列を有し、このことは、配列番号１４の残基２７−１７５が成熟ＰＡＰに対応することを意味する。ヒトＲＥＧ３γ転写産物変異体１が本明細書に記載されているが、同じポリペプチドをコードする第２の転写産物変異体がＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ １９８４４８．２に開示されている。ヒトＲＥＧ−３γは推定２６アミノ酸のシグナル配列を有し、このことは、配列番号１６の残基２７−１７５が成熟ヒトＲＥＧ３γに対応することを意味する。
【００９４】
カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）は、炎症条件下で好中球、単球および上皮細胞により産生されるカルシウム結合性タンパク質である（Ｆｏｅｌｌら（２００７）Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  Ｂｉｏｌ．８１：２８）。それは、栄養素Ｍｎ＋＋およびＺｎ＋＋のキレート化により膿瘍内のスタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｏｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）の増殖を抑制しうる（Ｃｏｒｂｉｎら（２００８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１９：９６２）。Ｓ１００Ａ８もＳ１００Ａ９も古典的なシグナル配列を有さない（Ｒａｍｍｅｓら（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏ．Ｃｈｅｍ．２７２：９４９６）。Ｓ１００Ａ８（Ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ８）はカルグラヌリンＡ、嚢胞性線維症抗原、骨髄関連タンパク質８および顆粒球Ｌ１タンパク質としても公知である。Ｓ１００Ａ９（Ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ９）はカルグラヌリンＢ、嚢胞性線維症抗原Ｂおよび骨髄関連タンパク質１４としても公知である。カルプロテクチンに関する命名はＦａｇｅｒｈｏｌ（１９９６）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐａｔｈｏｌ．４９：Ｍ７４に記載されている。
【００９５】
カルプロテクチンは古くから腸炎症に関連づけられており、ＩＢＤに関するマーカーとして提示されている。例えば、Ｌｕｇｅｒｉｎｇら（１９９５）Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ  ５６：４０６；ｖｏｎ  Ｒｏｏｎら（２００７）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０２：８０３；Ｌｅａｃｈら（２００７）Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．４２：１３２１；Ｌａｎｇｈｏｒｓｔら（２００８）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０３：１６２を参照されたい。糞便におけるその測定は、活動性ＩＢＤを検出するのに、および疾患の再発を予想するのに有用であることが示されている（Ａｎｇｒｉｍａｎら（２００７）Ｃｌｉｎｉｃａ  Ｃｈｉｍｉｃａ  Ａｃｔａ  ３８１：６３）。２００６年にＵ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ＆  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）は、ＰｈｉＣａｌ（登録商標）糞便カルプロテクチンイムノアッセイ（Ｆｅｃａｌ  Ｃａｉｐｒｏｔｅｃｔｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）（Ｇｅｎｏｖａ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ａｓｈｅｖｉｌｌｅ，Ｎ．Ｃａｒｏｌｉｎａ，ＵＳＡ；Ｃａｌｐｒｏ  ＡＳ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）をＩＢＤの診断における使用に関して承認した。米国特許第４，８３３，０７４号、第５，４５５，１６０号、第６，２２５，０７２号；ＦＤＡ  Ｎｅｗ  Ｄｅｖｉｃｅ  Ｃｌｅａｒａｎｃｅ  Ｋ０５０００７（２００６年４月２６日）を参照されたい。該試験は、比色測定を伴うＥＬＩＳＡアッセイを含む。ヒトカルプロテクチン検出キットも、例えばＩｍｍｕｎｏｄｉａｎｏｓｔｉｋ  ＡＧ，Ｂｅｎｓｈｅｉｍ，ＧｅｒｍａｎｙおよびＣｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（登録商標），Ｃａｎｔｏｎ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡから商業的に入手可能である。糞便カルプロテクチンアッセイは、無症状な場合であっても腸炎症を測定するための非侵襲的方法である（Ａｒｎｏｔｔら（２００２）Ａｌｉｍｅｎｔ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ．１６：８５７）。米国特許第６，２２５，０７２号も参照されたい。１００μｇ／ｇ糞便を超えるレベルの糞便カプロテクチンの検出がＩＢＤの診断となる（ｖｏｎ  Ｒｏｏｎら（２００７）Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０２：８０３）。ＰｈｉＣａｌ（登録商標）試験（Ｃａｌｐｒｏ  ＡＳ．Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）と共に提供される文書によると、ＩＢＤ患者における１７００μｇ／ｇ（例えば、２００〜２０，０００μｇ／ｇ）を超える半糞便カルプロテクチンレベルおよび健常被験者の２５μｇ／ｇに基づいて、５０μｇ／ｇを超える糞便カルプロテクチンレベルが「陽性」結果とみなされる。
【００９６】
ＩＬ−２２（インターロイキン２２）は、Ｔｈ１７細胞から発現されることが知られている炎症性サイトカインである（Ｗｉｌｓｏｎら（２００７）Ｎａｔｕｒｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．８：９５０）。ＩＬ−２２の血清レベルの上昇もＩＢＤに関連づけられている（Ｓｃｈｍｅｃｈｅｌら（２００８）Ｉｎｆｌａｍｍ．Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ．１４：２０４：Ｂｒａｎｄら（２００６）Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ．Ｌｉｖｅｒ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．２９０：Ｇ８２７−Ｇ８３８）。ＩＬ−２２は肝細胞においてハプトグロビン発現を誘導すること（Ｄｕｍｏｕｔｉｅｒら（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９７：１０１４４）、結腸上皮細胞においてＲＥＧ３α、ＲＥＧ３γ、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９およびハプトグロビンの発現をアップレギュレーションすること（Ｚｈｅｎｇら（２００８）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １４：２８２）、ならびにケラチノサイトにおいてＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９の発現をアップレギュレーションすること（Ｂｏｎｉｆａｃｅら（２００５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７４：３６９５）が示されている。ＩＬ−２２は３３アミノ酸のシグナル配列を有し、このことは、配列番号２２の残基３４−１７９が成熟ＩＬ−２２に対応することを意味する（Ｘｉｅら（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５：３１３３５）。
【００９７】
ハプトグロビンは２本のアルファ鎖と２本のβ鎖との四量体である。開示されている配列（ＮＰ ００５１３４．１、配列番号２４）は、プロセシングされてアルファおよびベータ鎖を生成するプレプロタンパク質である。ハプトグロビンは遊離血漿ヘモグロビンに結合し、これは、分解性酵素が該ヘモグロビンに接近するのを可能にするのと同時に、腎臓からの鉄の喪失を防ぎ、ヘモグロビンによる損傷から腎臓を保護する。ハプトグロビンは、とりわけ、糖尿病性腎症、Ｉ型糖尿病およびクローン病における冠状動脈疾患に関連づけられている。ハプトグロビンもクローン病および潰瘍性大腸炎患者において上昇することが報告されている（Ｖｕｃｅｌｉｃら（１９９１）Ａｃｔａ  Ｍｅｄ．Ａｕｓｔｒｉａｃａ  １８：１００（ａｂｓｔｒａｃｔ））。ＩＬ−２２は肝細胞においてハプトグロビン発現を誘導することが知られている（Ｄｕｍｏｕｔｉｅｒら（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９７：１０１４４）。ハプトグロビンは１８アミノ酸のシグナル配列を有し、このことは、配列番号２４の残基１９−３４７が成熟ハプトグロビンに対応することを意味する。ハプトグロビン転写産物変異体１が本明細書に記載されているが、２つのエキソンを欠く転写産物２はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ ００１１２６１０２．１およびＮＰ ００１１１９５７４．１に開示されている。ヒトハプトグロビンに関する臨床診断アッセイは、ハプトグロビンＳＰＱ  ＩＩキット（ＤｉａＳｏｒｉｎ  Ｓ．ｐ．Ａ．，Ｖｅｒｃｅｌｌｉ，Ｉｔａｌｙ）、Ｔｉｎａ−Ｑｕａｎｔ（登録商標）ハプトグロビンキット（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  Ｃｏｒｐ．，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，Ｉｎｄｉａｎａ，ＵＳＡ）、ハプトグロビンに関するＮＯＲ−Ｐａｒｔｉｇｅｎ（登録商標）免疫拡散プレート（Ｓｉｅｍｅｎｓ，Ｄａｄｅ  Ｂｅｈｒｉｎｇ，Ｅｓｃｈｂｏｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、ハプトグロビンに関するＫ−アッセイ（Ｋａｍｉｙａ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，ＵＳＡ）およびＭＩＮＩＮＥＰＨベンチトップ・レーザー・ネフェロメーター・ハプトグロビン・アッセイ（Ｔｈｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＵＫ）を含む。
【００９８】
ＩＬ−６（インターロイキン−６）は、２１２アミノ酸の前駆体として発現される炎症性サイトカインであり、それから２９アミノ酸のシグナルペプチドが切断されて１８３アミノ酸の成熟ＩＬ−６ポリペプチドが生じる。ＩＬ−６は炎症において及びＢ細胞の成熟において或る役割を果たしている。それは典型的には急性または慢性炎症の部位において産生され、該部位において血清中に分泌される。ＩＬ−６の上昇は幾つかの癌の予後不良に関連づけられている。ＩＬ−６アンタゴニスト（例えば、トシリズマブ（ｔｏｃｉｌｉｚｕｍａｂ））は多数の炎症障害（Ｎｉｓｈｉｍｏｔｏ  ＆  Ｋｉｓｈｉｍｏｔｏ（２００８）Ｈａｎｄｂ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１８１：１５１）および癌の治療に関して提示されている。
【００９９】
ＩＬ−１７（インターロイキン−１７、ＣＴＬＡ−８）は、１５５アミノ酸前駆体として発現される炎症性サイトカインであり、それから２３アミノ酸のシグナルペプチドが切断されて、１３２アミノ酸の成熟ＩＬ−１７ポリペプチドが生じる。ＩＬ−１７は、Ｔｈ１７  Ｔ細胞サブセットにより産生される特徴的なサイトカインである。Ｔｈ１７細胞は、炎症性腸疾患を含む多数の自己免疫および炎症障害に関連づけられている（Ｆｏｕｓｅｒら（２００８）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２２６：８７）。ＩＬ−２３は、Ｔｈ１７細胞の発生および維持に関与する中心的なサイトカインであり、その受容体（ＩＬ−２３Ｒ）の遺伝子における突然変異はゲノム・エイド・アソーシエーション（ｇｅｎｏｍｅ−ａｉｄｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）研究において炎症性腸疾患に関連づけられた（Ｄｕｅｒｒら（２００６）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：１４６１）。高レベルのＩＬ−１７は幾つかの慢性炎症疾患、例えば慢性関節リウマチ、乾癬および多発性硬化症に関連している。
【０１００】
ラクトフェリンは７１０アミノ酸の前駆体として発現され、それから１９アミノ酸のシグナル配列が切断される。ラクトフェリンは好中球の二次顆粒において見出される。該タンパク質は主要鉄結合性タンパク質であり、鉄恒常性、広範囲の微生物感染に対する宿主防御、抗炎症活性、細胞の成長および分化の調節、ならびに癌の発生および転移に対する防御に関与すると考えられている。糞便ラクトフェリンは抗ＴＮＦα抗体インフリキシマブでのＩＢＤの治療のモニターにおける生物マーカーとして提示されている（Ｂｕｄｅｒｕｓら（２００４）Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ａｎｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ４９：１０３６）。
【０１０１】
ＧＰ−３９（軟骨糖タンパク質−３９、ＹＫＬ−４０）は、炎症および組織リモデリングに関与する３８３アミノ酸のキチナーゼ様タンパク質である。それは３８３アミノ酸のポリペプチドとして産生され、それから２１アミノ酸のシグナル配列が切断される。ＧＰ−３９は喘息に関する血清生物マーカーとして（Ｏｂｅｒら（２００８）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３５８：１７２５）および種々の癌に関する生物マーカーとして（Ｒｏｓｌｉｎｄ  ＆  Ｊｏｈａｎｓｅｎ（２００８）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ５１１：１５９）提示されている。
【０１０２】
ＧＰＸ−２（グルタチオンペルオキシダーゼ２）は、主に胃腸組織において検出されるセレン依存性グルタチオンペルオキシダーゼである。その１９０アミノ酸のポリペプチド鎖の４０位が、通常は終結コドンであるＴＧＡによりコードされるセレノシステインである。この残基は該タンパク質の触媒活性。すなわち、還元型グルタチオンによる反応性酸素種の還元に関与している。
【０１０３】
ＧＰＸ−３（グルタチオンペルオキシダーゼ３）はセレン依存性グルタチオンペルオキシダーゼである。それは２０アミノ酸のシグナルペプチドを有し、その切断は２０６アミノ酸の可溶性成熟形態を与える。その２２６アミノ酸のポリペプチド鎖の７３位が、ＴＧＡによりコードされるセレノシステインであり、ＴＧＡは通常は終結コドンであるが、メッセージの３’非翻訳領域内のステム−ループ構造によりアミノ酸をコードするよう読み取られる。残基７３は該タンパク質の触媒活性。すなわち、還元型グルタチオンによる反応性酸素種の還元に関与している。
【０１０４】
好中球エラスターゼは、主に好中球により分泌されるセリンプロテアーゼである。それは２６７アミノ酸のポリペプチドであり、そのうちの最初の２９アミノ酸はシグナル配列である。それは炎症の部位において分泌されると、重篤な組織損傷を引き起こす。幾つかの細菌病原体に対する宿主防御にとって中心的ではあるが、好中球エラスターゼは肺気腫、関節炎、腎炎および或る皮膚疾患に関連づけられている。健常者からの血漿は約５５ｎｇ／ｍｌ（２９〜８６ｎｇ／ｍｌ）の好中球エラスターゼを含有する［Ｐｒｏｄｕｃｔ  Ｄａｔａ  Ｓｈｅｅｔ  ｆｏｒ  ＥＬＩＳＡ  Ｋｉｔ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ  Ｅｌａｓｔａｓｅ，ＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｂ．Ｖ．（Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）］。
【０１０５】
ＴＮＦ−α（腫瘍壊死因子アルファ）は、宿主防御および炎症応答における役割を有する炎症性サイトカインである。それは２３３アミノ酸の前駆体として産生され、切断されて７６アミノ酸のＮ末端タンパク質が除去され、残基７７−２３３が成熟可溶性形態として生じる。配列番号４０（これにおける配列内の番号づけは、前駆体ではなく成熟形態に基づくものである）を参照されたい。ＴＮＦ−αの上昇は、喘息、２型糖尿病、クローン病および慢性関節リウマチを含む多数の自己免疫疾患に関連づけられている。Ｃｈａｔｚａｎｔｏｎｉ  ＆  Ｍｏｕｚａｋｉ（２００６）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．６：１７０７を参照されたい。ＴＮＦ−αインヒビター、例えば抗ＴＮＦ−α抗体（インフリキシマブ、アダリムマブ）および可溶性受容体（エタネルセプト）は、クローン病、慢性関節リウマチ、強直性脊椎炎および乾癬性関節炎を含む多数の自己免疫および炎症障害の治療に関して承認されている（Ｎａｓｈ  ＆  Ｆｌｏｒｉｎ（２００５）Ｍｅｄ．Ｊ．Ａｕｓｔ．１８３：２０５）。
【０１０６】
ＣＲＰ（Ｃ反応性タンパク質）は、１８アミノ酸のシグナル配列を有する２２４アミノ酸のポリペプチドであり、２０６アミノ酸の成熟形態となる。ＣＲＰは古くから、組織損傷または炎症後に濃度が劇的に上昇する急性相反応体として認識されている。ＣＲＰレベルの上昇は冠状動脈疾患に関連づけられている。ＣＲＰは古くから、炎症性腸疾患、特にクローン病に関するマーカーとして使用されている。例えば、Ｖｅｒｍｅｒｉｅら（２００４）Ｉｎｆｌａｍｍ．Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ．１０：６６１およびＫｅｓｈｅｔら（２００９）Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｓｃｉ．３３７：２４８を参照されたい。ヒトにおいて生物マーカーとして使用する場合には、ＣＲＰレベルは、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイを用いて、あるいは例えば、商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えば、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＣＲＰイムノアッセイキット（カタログＤＣＲＰ００）およびＡｓｓａｙＰｒｏ（Ｓｔ．Ｃｈａｒｌｅｓ，Ｍｉｓｓｏｕｒｉ，ＵＳＡ）のＡｓｓａｙＭａｘヒトラクトフェリンＥＬＩＳＡキット（カタログＥＬ２００１−１）を使用して決定されうる。
【０１０７】
非罹患被験者（ヒトまたはマウス）から得たサンプルに対する、罹患被験者（ヒトまたはマウス）から得たサンプルに関する、本発明の種々の生物マーカーのレベルの比を計算し、それを表２に示す。使用したカルプロテクチンＥＬＩＳＡは、個々のサブユニットではなくＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９複合体を検出するため、ヒト血清のＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９に関する結果を合わせた。
【表２】
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【０１０８】
表２に示す比は、活動性ＩＢＤに対応する与えられた生物マーカーの発現のレベルを推定するために用いられうる。表２における比に加えて、図１〜１２も、タンパク質または遺伝子発現レベルのいずれかの、本発明の種々の生物マーカーのレベルにおける差に関する定量的値を示す。これらのデータの精査は、活動性ＩＢＤに相当するものを決定するための適当な「カットオフ」レベルの選択を導きうる。例えば、実施例５〜１２および１９〜２６を参照されたい。もちろん、本明細書に開示されている生物マーカーのレベルがヒト被験者において決定された場合、例えば、本出願において提供されている図面の幾つかの場合、または臨床治験の経過においては、より確固たる結論が導き出されうる。
【０１０９】
前記生物マーカーは、ＩＢＤを予測またはモニターするために、順列または組合せにおいて使用されうる。１つの実施形態においては、ＩＢＤをモニターまたは予測するために、Ｓ１００Ａ８／Ａ９およびＰＡＰを糞便において測定する。もう１つの実施形態においては、ＩＢＤをモニターまたは予測するために、Ｓ１００Ａ８／Ａ９、ＭＩＦ、ＰＡＰ、ＬＣＮ２、ＣＣＬ２０、ＩＬ−２２およびハプトグロビンを血清サンプルにおいて測定する。１つの特定の実施形態においては、該組合せはＩＬ−２２、ＰＡＰおよびＳ１００Ａ８／Ａ９を含む。もう１つの特定の実施形態においては、該組合せはＩＬ−２２およびＳ１００Ａ８／Ａ９を含む。さらにもう１つの実施形態においては、該組合せはＰＡＰ、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０を含む。
【０１１０】
ＩＶ．ＩＬ−２３アンタゴニスト
ＩＢＤは、ＩＬ−２３のアンタゴニストを使用して治療されうる。ＩＬ−２３のアンタゴニストには、ｐ１９およびｐ４０サブユニットを含むＩＬ−２３に結合する抗体またはそのフラグメントのような物質が含まれる。ヒトＩＬ−２３ｐ１９（ＧｅｎｅＩＤ  ５１５６１，ＩＬ２３Ａ）の配列はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ ０５７６６８．１（配列番号１）において見出され、ヒトＩＬ−１２／ＩＬ−２３ｐ４０（ＧｅｎｅＩＤ  ３５９３，ＩＬ１２Ｂ）の配列はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｐ２９４６０（配列番号２）において見出される。ｐ１９の成熟形態（１９アミノ酸のシグナル配列が除去されたもの）は配列番号１の残基２０−１８９を含む。ＩＬ−２３ｐ１９はＩＬ−Ｂ３０、ＳＧＲＦおよびＭＧＣ７９３８８としても公知である。ｐ４０の成熟形態（２２アミノ酸のシグナル配列が除去されたもの）は配列番号２の残基２３−３２８を含む。ＩＬ−１２／２３ｐ４０はＣＬＭＦ、ＮＫＳＦ、ＣＬＭＦ２およびＮＫＳＦ２としても公知である。
【０１１１】
ＩＬ−２３のアンタゴニストには、ＩＬ−２３ＲおよびＩＬ−１２Ｒβ１サブユニットを含むＩＬ−２３受容体を介するＩＬ−２３シグナリングを抑制する抗体またはそのフラグメントのような物質も含まれる。ヒトＩＬ−２３Ｒ（ＧｅｎｅＩＤ  １４９２３３，ＩＬ２３Ｒ）のアミノ酸配列はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ ６５３３０２．２（配列番号３）において見出される。ＩＬ−２３Ｒ（２３アミノ酸のシグナル配列が除去されたもの）の成熟形態は配列番号３の残基２４−６２９を含む。ヒトＩＬ−１２Ｒβ１（ＧｅｎｅＩＤ  ３５９４，ＩＬ１２ＲＢ１）のアミノ酸配列はＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ ００５５２６．１（配列番号４）において見出される。ＩＬ−１２Ｒβ１の成熟形態（２４アミノ酸のシグナル配列が除去されたもの）は配列番号４の残基２５−６６２を含む。
【０１１２】
また、本発明のＩＬ−２３アンタゴニストは、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７Ｆ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−ｌβ、ＩＬ−６およびＴＧＦ−β（これらに限定されるものではない）を含む他のサイトカインのアンタゴニスト（例えば、抗体）の１以上と組合せて使用されうる。例えば、Ｖｅｌｄｈｏｅｎ（２００６）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ２４：１７９−１８９；Ｄｏｎｇ（２００６）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６（４）：３２９−３３３を参照されたい。
【０１１３】
１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体は、共同で譲渡された国際特許出願公開第ＷＯ  ２００８／１０３４３２号に開示されているとおり、ヒト化抗体ｈｕ１３Ｂ８の重鎖および軽鎖可変ドメインを含む。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体は抗体ｈｕ１３Ｂ８のＣＤＲ配列の１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つを含む。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体はヒトＩＬ−２３への結合に関して抗体ｈｕ１３Ｂ８と競合する。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体は、ｈｕ１３Ｂ８と同じ、ヒトＩＬ−２３上のエピトープに結合する。他の実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体は、ＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８０３で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体へのヒトＩＬ−２３ｐ１９の結合を交差遮断アッセイにおいて遮断しうる。さらに他の実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３ｐ１９抗体は、ＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８０３で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体と同じエピトープに結合する。抗体１３Ｂ８（マウスＩｇＧ１カッパ）を発現するハイブリドーマは、ブダペスト条約に従い、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ−Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ，ＵＳＡ）に２００６年８月１７日に受託番号ＰＴＡ−７８０３で寄託された。
【０１１４】
もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体は
共同で譲渡された国際特許出願公開第ＷＯ  ２００８／１０６１３４号、米国仮特許出願第６１／０９２，３１２号（２００８年８月２７日付け出願）および第６１／２２３，９７１号（２００９年７月８日付け出願）に開示されているとおり、ヒト化抗体ｈｕ２０Ｄ７（変異体−ａ、−ｂまたは−ｃ）またはｈｕ８Ｂ１０（あるいは変異体−ｂまたは−ｃ）の重鎖および軽鎖可変ドメインを含む。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体は抗体ｈｕ２０Ｄ７（またはその変異体）またはｈｕ８Ｂ１０（またはその変異体）のＣＤＲ配列の１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つを含む。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体はヒトＩＬ−２３Ｒへの結合に関して抗体ｈｕ２０Ｄ７またはｈｕ８Ｂ１０と競合する。もう１つの実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体は、ｈｕ２０Ｄ７またはｈｕ８Ｂ１０と同じ、ヒトＩＬ−２３上のエピトープに結合する。他の実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体は、ＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８００で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体および／またはＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８０１で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体へのヒトＩＬ−２３Ｒの結合を交差遮断アッセイにおいて遮断しうる。さらに他の実施形態においては、該抗ヒトＩＬ−２３Ｒ抗体は、ＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８００で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体またはＡＴＣＣに受託番号ＰＴＡ−７８０１で寄託されたハイブリドーマにより産生された抗体と同じエピトープに結合する。抗体８Ｂ１０（ラットＩｇＧ２ａカッパ）および２０Ｄ７（マウスＩｇＧ１カッパ）を発現するハイブリドーマは、ブダペスト条約に従い、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ−Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ，ＵＳＡ）に２００６年８月１７日にそれぞれ受託番号ＰＴＡ−７８００およびＰＴＡ−７８０１で寄託された。
【０１１５】
典型的な抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体は、例えば、共同で譲渡された米国特許出願公開第２００７／００４８３１５号（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体を開示している）および国際特許出願公開第ＷＯ  ２００８／１０３４７３号に開示されている。追加的な典型的な抗ＩＬ−２３抗体は、例えば、米国特許第７，２４７．７１１号（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ；抗ＩＬ−２３ｐ４０特異的抗体を開示している）、米国特許第７，４９１，３９１号および米国特許出願公開第２００７／０２１８０６４（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ；抗ＩＬ−２３ｐｌ９抗体を開示している）、国際特許出願公開第ＷＯ  ２００７／０２４８４６号（Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ；抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体を開示している）、米国特許出願公開第２００９／０１２３４７９号（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ；抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体を開示している）、国際特許出願公開第ＷＯ  ２００９／０６８６２７号（Ａｂｌｙｎｘ；抗ＩＬ−２３ナノボディを開示している）、ならびに米国特許出願公開第２００８／００９５７７５号（Ｚｙｍｏｇｅｎｅｔｉｃｓ；ＩＬ−２３ｐ１９およびＩＬ−１７に対する二重特異性抗体を開示している）に開示されている。既に臨床治験に付されている典型的なＩＬ−１２／ＩＬ−２３（抗ｐ４０）抗体には、Ｃｅｎｔｏｃｏｒの完全ヒト抗体ウステキヌマブ（ｕｓｔｅｋｉｎｕｍａｂ）（ＣＮＴＯ  １２７５）およびＡｂｂｏｔｔの完全ヒト抗体ブリアキヌマブ（ｂｒｉａｋｉｎｕｍａｂ）（ＡＢＴ−８７４）が含まれる。
【０１１６】
種々の実施形態においては、本発明のＩＬ−２３アンタゴニストは抗体の抗原結合性フラグメント、例えば、本明細書中で言及されているＩＬ−２３アンタゴニスト抗体のいずれかのフラグメントを含む。そのようなフラグメントには、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ナノボディおよびジアボディが含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１１７】
他のＩＬ−２３アンタゴニストには、米国特許出願公開第２００７／０６６５５０号（Ａｒｃｈｅｍｉｘ；抗ＩＬ−１２／２３アプタマーを開示している）が含まれる。既に臨床治験に付されている典型的なＩＬ−１２／ＩＬ−２３小分子インヒビターとしては、Ｓｙｎｔａ  ＰｈａｍａｒｃｅｕｔｉｃａｌｓのＳＴＡ−５３２６が挙げられる。
【０１１８】
Ｖ．発現レベルの決定
１つの態様においては、本発明は、被験者からのサンプルが、対照レベルと比較した場合に１以上の生物マーカーのレベルの増加または減少を示すかどうかを決定することを含む。生物マーカーレベルは、質量分析、ウエスタンブロット、ＩＨＣまたはＥＬＩＳＡ（これらに限定されるものではない）を含む当技術分野で公知のいずれかの方法により定量されうる。本発明の生物マーカーのレベルの決定方法には、本明細書に開示されている方法およびそれらの均等物が含まれるが、これらに限定されるものではない。生物マーカーレベルの比較を用いて、例えば、（ＩＢＤを有する疑いのある被験者からのサンプルを、非ＩＢＤ被験者からのサンプルと比較して）ＩＢＤを診断すること、クローン病および潰瘍性大腸炎を鑑別診断すること、ＩＢＤ患者を病期分類すること、ＩＬ−２３アンタゴニストでの治療のための患者を選択すること、（再燃中または寛解中の被験者から採取されたサンプルを比較して）病態を評価すること、または（治療の前および後で得られたサンプルを比較して）療法の有効性を評価することが可能である。タンパク質は、例えば血漿および糞便において、非侵襲的に検出可能であるため、タンパク質レベルでの生物マーカーのレベルの決定は、遺伝子発現レベルの場合に比べて簡便である。
【０１１９】
１つの実施形態においては、生物マーカータンパク質レベルを、例えば以下のとおりに、ウエスタンブロット（免疫ブロット）により決定する。生物学的サンプルを１０％ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）上で電気泳動し、ニトロセルロースまたはポリビニリデンフルオリド（ＰＶＤＦ）またはその他の適当な膜上にトランスファー（例えば、電気ブロット）する。ついで該膜を、評価中の生物マーカータンパク質に結合する一次抗体と共にインキュベートし、洗浄し、場合によっては、一次抗体に結合する検出可能な様態で標識された二次抗体と共にインキュベートし、場合によっては、再び洗浄する。ついで二次抗体（または検出可能な様態で一次抗体が標識されている場合には該一次抗体）の存在を、例えば放射能、蛍光、発光、酵素活性（例えば、アルカリホスファターゼまたはホースラディッシュペルオキシダーゼ）または当業者に公知の他の検出もしくは可視化技術により検出する。１つの実施形態においては、該検出可能標識を使用してオートラジオグラフを得、これをスキャンして分析する。他の実施形態においては、該ゲルを、オートラジオグラフの使用を伴うことなく直接的にイメージングする。観察された生物マーカーバンドの強度を、場合によっては、該サンプル中に存在する対照タンパク質、例えばアクチンまたはチューブリンに対して正規化することが可能である。
【０１２０】
さらにもう１つの実施形態においては、生物マーカーレベルをＥＬＩＳＡにより決定する。サンドイッチＥＬＩＳＡを用いる１つの実施形態においては、関心のある生物マーカーに特異的な一次抗体（「捕捉抗体」）をプレート（例えば、９６ウェルマイクロタイタープレート）のウェルにおいてコートし、ついで該プレートを例えばウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはカゼインでブロッキングする。該サンプル中に存在する生物マーカーポリペプチドが該固定化抗体に結合しうるよう、標準物またはサンプルを該ウェル内にピペッティングする。該ウェルを洗浄し、（二次）ビオチン化抗生物マーカー抗体を加える。該生物マーカーが一次抗体に結合している場合であっても、この二次抗生物マーカー抗体は該生物マーカーに結合することが可能でなければならない。他の実施形態においては、例えば該生物マーカーが多量体を形成する場合には、二次抗体は一次抗体と同一である。幾つかの実施形態においては、二次抗体は特有の非交差反応性抗体である。さらに他の実施形態においては、例えば、検出すべき生物マーカーがヘテロ二量体複合体として存在する場合（例えば、カルプロテクチン）、二次抗体は全く別のポリペプチド鎖に結合する。未結合ビオチン化抗体を洗い落とした後、ＨＲＰ結合ストレプトアビジン（または何らかの機能的に同等の検出試薬）を該ウェルにピペッティングする。あるいは、該ビオチン化抗体を、直接検出可能な標識を有する抗体により置換することが可能であり、この場合、該ストレプトアビジン工程が省略されうる。該ウェルを再び洗浄し、ＴＭＢ基質溶液を該ウェルに加え、結合した生物マーカーの量に比例した呈色が生じる。停止溶液を該反応に加え、これは青から黄への変色をもたらし、該色の強度を４５０ｎｍで測定する。例えば、ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，ＧＡ，ＵＳＡ）のＨｕｍａｎ  ＩＧＦ−ＢＰ−２  ＥＬＩＳＡキット；およびＡｎｇｅｒｖｏら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．１８９：１１７７；Ｋｒａｔｚら（１９９２）Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ．２０２：３８１；およびＦｒｏｓｔら（１９９１）Ｊ．Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２６６：１８０８２を参照されたい。既知濃度の生物マーカーを用いた場合の標準曲線を用いて、該サンプル中の生物マーカーの濃度を決定することが可能である。
【０１２１】
マイクロタイターウェルにおいて該生物マーカーを固定化するために、捕捉抗体の代わりに、当技術分野でよく知られた他のＥＬＩＳＡ形態も使用されうる（例えば、該プレートへの直接吸着の利用）。競合的ＥＬＩＳＡも使用されうる。この場合、サンプル中の生物マーカーは、それが、アッセイ溶液中に存在する標識された生物マーカー分子と、該プレートへの結合に関して競合しうることにより検出される。関心のあるサンプル中の生物マーカーポリペプチドの濃度が高ければ高いほど、それは標識生物マーカーの結合をより著しく遮断して、観察されるシグナルを低下させる。
【０１２２】
側方流動形態イムノアッセイ（イムノクロマトグラフィーアッセイ）も使用されうる。この場合、水性サンプルを毛管作用により表面上に導く。該表面は、検出試薬（例えば、検出可能な様態で標識された抗体）が付着されている第１領域と、固定化捕捉試薬（例えば、抗体）を含む第２領域とを有する。該捕捉試薬および検出試薬は共に、関心のある生物マーカーに特異的に結合する。該サンプルが第１領域を通過して流動するにつれて、該検出試薬が可溶化され、該サンプル中に存在しうるアナライト（生物マーカー）に結合して複合体を形成する。該サンプルが流動し続けると、それは第２領域と接触し、ここで、複合体が存在すればそれは該捕捉試薬に結合し、濃縮される。着色粒子を検出可能標識として使用した場合には、第２領域における粒子の濃度は視認可能な色シグナルを生成する。ついでアナライト（生物マーカー）のレベルを、第２領域におけるシグナルの強度により、定性的または定量的に評価することが可能である。
【０１２３】
生物マーカーレベルはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によっても決定されうる。ＲＩＡは、関心のあるサンプルからの未標識または「非放射性」アナライトの存在下、既知量の放射性アナライト（例えば、１３１Ｉおよび１２５Ｉ−チロシンで標識されたもの）を、そのアナライトに対する抗体と混合すること、および置換された標識アナライトの量を測定することを含む。この場合、該アナライトは本発明の生物マーカーである。該サンプル中のアナライトは標識アナライトと競合し、該抗体へのその結合を低下させるであろう。未結合アナライトを除去し、標識結合アナライトを定量する。未結合アナライトは、例えば、該一次抗体に対する二次抗体で該アナライト−抗体複合体を沈降させることにより除去されうる。もう１つの実施形態においては、未結合アナライトが簡便に洗い落とされうるよう、該アナライト特異的抗体は試験管またはマイクロタイターウェルまたは何らかの他の固体基体の壁上に固定化されうる。
【０１２４】
関心のある生物マーカーを検出するために、いずれかの他の適当なアッセイ形態、例えばネフェロメトリー／比濁法、特に免疫比濁法が使用可能であり、これは懸濁不溶性抗原（生物マーカー）／抗体複合体の光散乱の測定を含む。例えば、米国特許第４，６０５，３０５号を参照されたい。他の方法には、放射状免疫拡散法（ＲＩＤ）が含まれ、これは、例えば寒天／アガローススラブにおける、抗原（生物マーカー）と抗体との間の複合体形成による沈降輪の観察である。例えば、米国特許第３，９４７，２５０号を参照されたい。そのような形態は臨床アッセイにおいて一般的に使用される。
【０１２５】
他の実施形態においては、該ＩＢＤ生物マーカーは質量分析法により検出されうる。質量分析法には、飛行時間型、磁気セクター、四極子フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクターアナライザーおよびこれらの混合法が含まれる。そのような実施形態においては、サンプル中のＩＢＤマーカーは、該サンプル中にスパイク化された同位体標識同一合成ペプチドを使用して特定され定量されうる。１つの実施形態においては、質量分析計はレーザー脱着／イオン化質量分析計である。レーザー脱着／イオン化質量分析計においては、アナライトを質量分析プローブの表面上に配置し、これによりアナライトはイオン化に付される。レーザー脱着質量分析計は、イオン・オプティック・アセンブリによる検出のためにアナライトを揮発させイオン化するために、典型的には紫外または赤外レーザーからのレーザーエネルギーを利用する。もう１つの質量分析実施形態においては、サンプルを、場合によってはクロマトグラフィーにより分画し、ついでＩＢＤ生物マーカーを生物アフィニティ樹脂（例えば、抗体で誘導体化された樹脂）上に捕捉する。ついで該生物マーカーを該樹脂から溶出し、ＭＡＬＤＩ、エレクトロスプレーまたは質量分析のための他のイオン化法により分析する。さらにもう１つの実施形態においては、サンプルをアニオン交換樹脂上で分画し、ＭＡＬＤＩまたはエレクトロスプレー質量分析法により直接的に検出する。
【０１２６】
他の実施形態においては、生物マーカー遺伝子の遺伝子発現のレベルが決定されうる。核酸レベルでの遺伝子発現は、ノーザンブロット分析、遺伝子チップ発現分析またはＲＴ−ＰＣＲ（リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応）（これらに限定されるものではない）を含む当技術分野で公知のいずれかの方法により定量されうる。例えば、Ｓｍｉｔｈら（１９９３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．Ｍｅｔａｂ．７７（５）：１２９４；Ｃｏｈｅｎら（１９９３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．Ｍｅｔａｂ．７６（４）：１０３１；Ｄａｗｃｚｙｎｓｋｉら（２００６）Ｂｏｎｅ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．３７：５８９；およびＣｌｅｍｍｏｎｓら（１９９１）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．Ｍｅｔａｂ．７３：７２７を参照されたい。
【０１２７】
ノーザンブロット分析はｍＲＮＡの検出および定量のための標準的な方法である。ＲＮＡを、アッセイすべきサンプル（例えば、結腸粘膜）から単離する。ＲＮＡを、変性条件下、アガロースゲルにおける電気泳動によりサイズにより分離し、膜にトランスファーし、架橋し、標識プローブにハイブリダイズさせる。本発明の１つの実施形態においては、ノーザンブロット分析は、放射能標識された又は非同位体により検出可能な様態で標識された核酸をハイブリダイゼーションプローブとして使用する。本発明の１つの実施形態においては、該ＲＮＡサンプルを担持する膜を、プローブハイブリダイゼーション前に、非特異的バックグラウンドを低下させるためにプレハイブリダイズまたは「ブロッキング」する。ハイブリダイズしていないプローブを洗浄により除去する。該洗浄のストリンジェンシーは、当技術分野で十分に理解されているとおりに調節されうる。放射能標識（または発光）プローブを使用する場合、該ブロットを、例えばシンチラントの存在下、オートラジオグラフィーのためにフィルムに露出させることが可能である。非同位体プローブを使用する場合、フィルム露出前に、検出可能なプローブのシグナルを生成させるために、該ブロットを典型的には非同位体検出試薬で処理する必要がある。アッセイされている発現の相対レベルは、例えば比濁法または目視評価を用いて定量されうる。観察された発現レベルは、豊富に発現される対照遺伝子（例えば、ユビキチン）の発現レベルに対して正規化されうる。
【０１２８】
もう１つの実施形態においては、生物マーカーの発現は、遺伝子チップを使用して決定されうる（プローブアッセイ）。関心のある生物学的サンプルを調製し、該チップにハイブリダイズさせ、ついでこれを洗浄し、染色し、スキャンする。ついでデータを処理する。標的の調製は、試験すべきサンプルからビオチン化標的ＲＮＡを調製することを含みうる。該標的ハイブリダイゼーション工程は、断片化標的、プローブアレイ対照、ＢＳＡおよびニシン精子ＤＮＡを含むハイブリダイゼーション混合物を調製することを含みうる。１つの実施形態においては、該標的を該プローブアレイに１６時間ハイブリダイズさせ、該プローブを洗浄し、ストレプトアビジン・フィコエリトリン・コンジュゲートで染色し、５７０ｎｍにおける発光に関してスキャンする。５７０ｎｍで放出される光の量は、該プローブアレイ上の各位置において結合した標的に比例する。商業的に入手可能な設備およびソフトウェアを使用するコンピュータ分析が可能である（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）。
【０１２９】
別の実施形態においては、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いて、生物マーカー発現を決定する。本発明の生物マーカーのＲＴ−ＰＣＲに要するプライマーおよびプローブの設計は、本明細書に記載されている配列を考慮すれば、当技術分野における技量の範囲内である。１つの実施形態においては、当技術分野でよく知られているとおり、ＲＮＡをＲＮアーゼ非含有条件下で単離し、逆転写酵素を使用してＤＮＡに変換する。ＲＴ−ＰＣＲプローブは、標的アンプリコン（生物マーカー遺伝子）にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを加水分解する（例えばＴａｑ）ＤＮＡポリメラーゼの５’−３’ヌクレアーゼ活性に依存する。ＲＴ−ＰＣＲプローブオリゴヌクレオチドは、５’末端に結合した蛍光レポーター色素と、３’末端に結合した消光部分とを有する（またはその逆）。これらのプローブは、ＰＣＲ産物の内部領域にハイブリダイズするように設計される。増幅中、該ポリメラーゼの５’−３’ヌクレアーゼ活性は該プローブを切断して、該蛍光色素を該消光部分から切り離す。より多数のプローブが切断されるにつれて、各サイクルにおいて蛍光が増加する。生じる蛍光シグナルを、標準的な商業的に入手可能な設備により、該増幅中にリアルタイムでモニターする。評価中のサンプルにおける生物マーカーＲＮＡの量は、既知量の増幅可能ＲＮＡを含有する標準物との比較により決定されうる。
【０１３０】
生物マーカーまたは生物マーカー遺伝子発現は、商業的に入手可能なキット（例えば、実施例に開示されているもの）を使用して、または当技術分野でよく知られた供給業者から入手される商業的に入手可能な抗生物マーカー抗体による特製アッセイを使用して、または特製アッセイおよび実施者により産生された抗体を使用して検出されうる。
【０１３１】
本明細書に開示されている検出手段は本質的に１つの状態から別の状態への物品の変換を含むことを、当業者は認識するであろう。典型的には、本明細書に開示されている検出手段は、アナライト（すなわち、検出すべき物質、例えば生物マーカーポリペプチド、またはそのポリペプチドをコードするｍＲＮＡ）を検出試薬（例えば、抗体または相補的核酸）との複合体に変換することを含む。例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロットなどのような免疫学的検出手段は、抗原−抗体複合体への生物マーカーポリペプチドの変換を含み、該複合体形成は該検出に必須である。もう１つの例においては、増幅（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標））、サザン／ノーザンブロット法および遺伝子チップに基づく方法のような、ハイブリダイゼーションに基づく検出手段は、単一の標準状態から二重の標準状態への、該生物マーカーをコードするｍＲＮＡの変換を含み、該複合体形成は該検出に必須である。
【０１３２】
本明細書に記載されているデータの多く（例えば、図面の多く）は、種々の動物またはヒト被験者から得られた値を表している。本発明の幾つかの実施形態においては、比較すべきサンプルは同一被験者（例えば、ＩＬ−２３アンタゴニストでの治療を受けているＩＢＤ患者）から得られ、したがって或る程度は「内的対照」されるであろう。そのような実施形態においては、タンパク質または遺伝子発現レベルにおける変化の識別能はアッセイの固有精度によってのみ制限され、個体間変動を含まない。したがって、個体間変動を含む類似データが統計的に有意でない場合であっても、単一被験者からのサンプルの間の小さな相違は統計的に有意となりうる。
【０１３３】
ＶＩ．データ分析
疾患の診断、患者の病期分類、病態のモニター、ＩＬ−２３アンタゴニストでの治療のための患者の選択、標的関与の証明および治療効力のモニター（これらに限定されるものではない）を含む種々の目的で、比較されているサンプルに応じて本発明の生物マーカーの発現レベルを用いることが可能である。典型的には、そのような方法は、関心のある被験者（「被験者」）から得たサンプルにおける本発明の１以上の生物マーカーのレベルを「基準サンプル」におけるレベルと比較することを含む。本発明の生物マーカーの場合、より高いレベルは疾患またはより重篤な病態に相関する。本明細書中で用いる「被験者における生物マーカーのレベル」および同様の表現は、該被験者から得られたサンプル、例えば血清、血液、尿、糞便などにおいて決定されたレベルを意味する。
【０１３４】
例えば、被験者における生物マーカーレベルを、ＩＢＤに罹患していない個体を含む基準サンプルの１以上と比較することにより、該被験者においてＩＢＤを診断することが可能である。該診断は典型的には医学的実施者の判断に基づくものであり、例えば、被験者におけるレベルが、予め決められた倍数または比率だけ増加するかどうかに基づくものでありうる。診断はまた、被験者における絶対的レベルに基づくものでありうる。尤も、そのような診断は基準サンプルにおけるレベル（例えば、実施者の一般的知識からのもの、あるいは専門的指針において定められたレベル）との比較に基づくであろう。「有意」な応答に関する最小閾値は必然的に当該検出方法の精度に左右されるであろう。なぜなら、応答が有意となるためには、それは必然的に該アッセイ自体における変動を超えなければならないからである。例えば、二次元差ゲル電気泳動（２Ｄ−ＤＩＧＥ）は、±１５％まで、タンパク質のレベルにおける差を検出可能である（Ｖｉｓｗａｎａｔｈａｎら（２００６）Ｎａｔ．Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  １：１３５１）。
【０１３５】
被験者におけるＩＢＤの病態は、該被験者における生物マーカーレベルを、該被験者から過去の時点で採取された基準サンプル、および／またはＩＢＤに罹患していない個体を含む基準サンプルにおけるレベルと比較することにより、モニターされうる。そのような比較は、標的関与、例えばＩＬ−２３駆動および／またはＴｈ１７疾患経路の関与を評価するためにも用いられうる。ＩＢＤの病態は再燃および寛解の自然パターンとして経時的に変動することがあり、あるいは治療的介入の結果として変動することがある。療法の経過中の異なる時点（例えば、療法の前、途中および／または後）における生物マーカーの測定は、治療計画の効力を評価するために、そして場合によっては、結果の改善のために該計画の変更を導くために用いられうる。
【０１３６】
療法を変更すべきかどうかの決定は典型的には医学的実施者の判断に基づくものであり、例えば、被験者における測定生物マーカーレベルが、予め決められた倍数または比率だけ、１つの別の値と異なるかどうかに基づくものでありうる。同様に、本発明の生物マーカーの発現のレベルにおける観察された変化が病態における有意な変化を反映しているかどうかを決定する際に、典型的には、医学的実施者の判断が必要であろう。そのような決定は、典型的には、少なくとも部分的には、特定の生物マーカーアッセイ自体の変動、被験者に関して全般的に観察される典型的なサンプル間の変動、ならびに罹患および非罹患サンプルにおけるレベル間の典型的な差に基づくであろう。
【０１３７】
本発明において提供される生物マーカーの特定を考慮すれば、該生物マーカーのレベル（またはそれらの発現レベル）を多数のヒト被験者（ＩＢＤを含むものと含まないものとの両方）において医学的実施者が決定することは当技術分野における技量の範囲内であろう。そのようなデータは、当該薬物（例えば、ＩＬ−２３アンタゴニスト抗体）の安全性および有効性（効力）を評価する臨床治験の経過中に蓄積されうるであろう。そのような生物マーカーのデータは、しばしば、臨床治験の経過中に収集され、当技術分野における通常のレベルの労力が費やされるにすぎない。これらのベースラインデータは、当該アッセイの精度を決定するために標準的な統計的アプローチを用いて、変動に関して分析されるであろう。生物マーカーを測定するために用いるアッセイにおける統計的変動性、および生物マーカーレベルにおける差が得られれば、熟練した医学的実施者は、（例えば、診断の一要素として）与えられたサンプルにおける該生物マーカーのレベルが活動性ＩＢＤに合致するかどうか、および／または与えられた治療計画が（例えば、患者の治療または臨床治験の実施において）非罹患レベルへと該生物マーカーのレベルをどの程度戻しているかを判断しうるであろう。
【０１３８】
本明細書における実施例（後記）の幾つかは、種々の図面に示されているヒトデータに基づいて、与えられたサンプルにおける生物マーカー（またはそれらの遺伝子発現）のどの程度のレベルが活動性ＩＢＤに合致するとみなされるかに関する典型的な分析を示している。そのような典型的な分析はＩＢＤの診断においてだけではなく、ＩＢＤ治療に対する治療応答のモニターにおいても有用でありうる。活動性ＩＢＤに関する値に近い治療後の値は治療効力の欠如を表し、一方、対照／寛解レベルに近い値は、有効であることを表すであろう。実施例に記載されている大雑把な分析は、もちろん、当技術分野において一般的である（そして前段落に記載されている）とおり、実際の臨床データが入手可能となればそれに基づいて更新されるであろう。
【０１３９】
図面の簡潔な説明
一元配置ＡＮＯＶＡ統計的有意性が本明細書中のデータの幾つかに関して示されており、ここで、*＝ｐ＜０．０５、**＝ｐ＜０．０１および***＝ｐ＜０．００１である。データ点に関する水平線は観測値の中央値を表す。誤差線は平均の標準偏差を表す。特に示さない限り、タンパク質レベルはＥＬＩＳＡにより測定し、遺伝子発現はＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイム定量ＰＣＲ分析により測定した（そしてユビキチン発現に対して正規化した）。
【図面の簡単な説明】
【０１４０】
【図１】図１は、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からの血清サンプルにおけるＣＣＬ２０タンパク質レベルを示す（実施例５に更に詳しく記載されている）。
【図２Ａ】図２は、ＤＭＢＴ１に関して得られた結果を示す（実施例６に更に詳しく記載されている）。図２Ａは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織におけるＤＭＢＴ１遺伝子発現を示す。
【図２Ｂ】図２は、ＤＭＢＴ１に関して得られた結果を示す（実施例６に更に詳しく記載されている）。図２Ｂは、非罹患、罹患および抗ＩＬ−２３Ｒ処理動物におけるマウス結腸組織における（ウエスタンブロットにより測定された）ＤＭＢＴ１タンパク質レベルを示す。
【図２Ｃ】図２は、ＤＭＢＴ１に関して得られた結果を示す（実施例６に更に詳しく記載されている）。図２Ｃは、対照被験者、活動的クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト腸生検サンプルにおけるＤＭＢＴ１遺伝子発現を示す。ヒト生検サンプルを使用して得たデータを示す本明細書中の全ての図面と同様に、データ点は、異なる生検サンプルを表し、それらの幾つかは同一被験者から得たものであり、それらの幾つかは異なる被験者から得たものである。
【図３Ａ】図３は、ＭＩＦに関して得られた結果を示す（実施例７に更に詳しく記載されている）。図３Ａは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織におけるＭＩＦ遺伝子発現を示す。
【図３Ｂ】図３は、ＭＩＦに関して得られた結果を示す（実施例７に更に詳しく記載されている）。図３Ｂは、非罹患、罹患および抗ＩＬ−２３Ｒ処理動物におけるマウス結腸組織における（ウエスタンブロットにより測定された）ＭＩＦタンパク質レベルを示す。図３Ｃは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照におけるヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＭＩＦタンパク質レベルを示す。
【図３Ｃ】図３は、ＭＩＦに関して得られた結果を示す（実施例７に更に詳しく記載されている）図３Ｃは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照におけるヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＭＩＦタンパク質レベルを示す。
【図４Ａ】図４は、ＬＣＮ２に関して得られた結果を示す（実施例８に更に詳しく記載されている）。図４Ａは、未処理およびＩＬ−２３アンタゴニスト（抗ＩＬ−２３Ｒ抗体）処理ＩＢＤマウスからのマウス固有層サンプルにおける（ウエスタンブロットにより測定された）ＬＣＮ２タンパク質レベルの時間経過を示す。
【図４Ｂ】図４は、ＬＣＮ２に関して得られた結果を示す（実施例８に更に詳しく記載されている）。図４Ｂは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＬＣＮ２タンパク質レベルを示す。
【図５Ａ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ａおよび５Ｂは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織における、それぞれ、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ遺伝子発現を示す。
【図５Ｂ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ａおよび５Ｂは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織における、それぞれ、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ遺伝子発現を示す。
【図５Ｃ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ｃは、非罹患、罹患および抗ＩＬ−２３Ｒ処理動物からの糞便における（ウエスタンブロットにより測定された）ＲＥＧ３γタンパク質レベルを示す。
【図５Ｄ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ｄは、対照被験者、活動的クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト腸生検サンプルにおけるＰＡＲ／ＲＥＧ３α遺伝子発現を示す。
【図５Ｅ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ｅは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＰＡＲ／ＲＥＧ３αタンパク質レベルを示す。
【図５Ｆ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ｆおよび５Ｇは、未処理およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理ＩＢＤマウスからの（ウエスタンブロットにより測定された）ＲＥＧ３γタンパク質レベルの時間経過を示し、ここで、図５Ｆはマウス結腸上皮細胞サンプルにおけるタンパク質レベルを表し、図５Ｇは糞便におけるタンパク質レベルを表す。
【図５Ｇ】図５は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αに関して得られた結果を示す（実施例９に更に詳しく記載されている）。図５Ｆおよび５Ｇは、未処理およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理ＩＢＤマウスからの（ウエスタンブロットにより測定された）ＲＥＧ３γタンパク質レベルの時間経過を示し、ここで、図５Ｆはマウス結腸上皮細胞サンプルにおけるタンパク質レベルを表し、図５Ｇは糞便におけるタンパク質レベルを表す。
【図６Ａ】６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ａおよび６Ｂは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織における、それぞれ、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現を示す。
【図６Ｂ】６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ａおよび６Ｂは、非罹患（ナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）およびＩＬ−２３アンタゴニスト処理動物からのマウス結腸組織における、それぞれ、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現を示す。
【図６Ｃ】図６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ｃは、非罹患、罹患および抗ＩＬ−２３Ｒ処理動物からの糞便における（ウエスタンブロットにより測定された）Ｓ１００Ａ８タンパク質レベルを示す。
【図６Ｄ】図６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ｄおよび６Ｅは、対照被験者、活動的クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト腸生検サンプルにおける、それぞれ、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現を示す。
【図６Ｅ】図６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ｄおよび６Ｅは、対照被験者、活動的クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト腸生検サンプルにおける、それぞれ、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現を示す。
【図６Ｆ】図６は、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９）に関して得られた結果を示す（実施例１０に更に詳しく記載されている）。図６Ｆは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体レベルを示す。
【図７Ａ】図７は、ＩＬ−２２に関して得られた結果を示す（実施例１１に更に詳しく記載されている）。図７Ａは、非罹患（プールナイーブ）、罹患（ＩＢＤ）および抗ＩＬ−２３ＲにおけるＩＬ−２２タンパク質レベルを示す。
【図７Ｂ】図７は、ＩＬ−２２に関して得られた結果を示す（実施例１１に更に詳しく記載されている）。図７Ｂは、未処理およびＩＬ−２３アンタゴニスト（抗ＩＬ−２３Ｒ抗体）処理ＩＢＤマウスからの血漿における（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＩＬ−２２タンパク質レベルの時間経過を示す。
【図７Ｃ】図７は、ＩＬ−２２に関して得られた結果を示す（実施例１１に更に詳しく記載されている）。図７Ｃは、対照被験者、活動的クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト腸生検サンプルにおけるＩＬ−２２遺伝子発現を示す。
【図７Ｄ】図７は、ＩＬ−２２に関して得られた結果を示す（実施例１１に更に詳しく記載されている）。図７Ｄは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）ＩＬ−２２レベルを示す。
【図８Ａ】図８は、ハプトグロビンに関して得られた結果を示す（実施例１２に更に詳しく記載されている）。図８Ａは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルにおける（ＥＬＩＳＡにより測定された）血清ハプトグロビンレベルを示す。
【図８Ｂ】図８は、ハプトグロビンに関して得られた結果を示す（実施例１２に更に詳しく記載されている）。図８Ｂおよび８Ｃは、非罹患対照（ナイーブ）、罹患ＩＢＤ対照（ＰＢＳ、ＩｇＧ１処理）およびＩＬ−２３アンタゴニスト（種々の用量）処理動物からのマウス結腸組織におけるハプトグロビン遺伝子発現を示し、ここで、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体は図８ＢにおけるＩＬ−２３アンタゴニストであり、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体は図８ＣにおけるＩＬ−２３アンタゴニストである。用量はミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）で表されている。
【図８Ｃ】図８は、ハプトグロビンに関して得られた結果を示す（実施例１２に更に詳しく記載されている）。図８Ｂおよび８Ｃは、非罹患対照（ナイーブ）、罹患ＩＢＤ対照（ＰＢＳ、ＩｇＧ１処理）およびＩＬ−２３アンタゴニスト（種々の用量）処理動物からのマウス結腸組織におけるハプトグロビン遺伝子発現を示し、ここで、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体は図８ＢにおけるＩＬ−２３アンタゴニストであり、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体は図８ＣにおけるＩＬ−２３アンタゴニストである。用量はミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）で表されている。
【図９Ａ】図９は、ＧＰ−３９に関して得られた結果を示す（実施例２２に更に詳しく記載されている）。図９Ａは、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清におけるＧＰ−３９のレベルを示す。
【図９Ｂ】図９は、ＧＰ−３９に関して得られた結果を示す（実施例２２に更に詳しく記載されている）。図９Ｂは、非罹患対照（ナイーブ）、罹患ＩＢＤ対照（ビヒクル、ＩｇＧ１処理）および抗ＩＬ−２３Ｒ抗体（種々の用量（ミリグラム／キログラム，ｍｐｋ））処理動物からのマウス結腸組織におけるＧＰ−３９遺伝子発現を示す。
【図１０】図１０は、クローン病患者、ＵＣ患者またはマッチングされたそれぞれの正常対照からのヒト血清におけるＧＰＸ−３のレベルを示す（例えば、実施例２４に更に詳しく記載されている）。
【図１１Ａ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｂ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｃ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｄ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｅ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｆ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｇ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｈ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｉ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｊ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｋ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１１Ｌ】図１１は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる予防的プロトコールで得られた結果を示す。該予防的プロトコールにおいては、Ｔ細胞導入と同じ日に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１１Ａ〜１１Ｇは、ＩＬ−２２（図１１Ａ），ＩＬ−１７（図１１Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１１Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１１Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１１Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１１Ｆ）、ＭＩＦ（図１１Ｇ）、ＩＬ−６（図１１Ｈ）、ラクトフェリン（図１１Ｉ）、ＧＰ−３９（図１１Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１１Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１１Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は以下のとおりである。白丸（○）は、抗ＣＤ３  Ｔ細胞のみが導入された場合の対照を表す。黒四角（■）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入されたがイソタイプ対照抗体で処理された動物を表す。黒三角（▲）は、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物を表す。群間の統計差は、有意である場合には、*（ｐ＜０．０５）、**（ｐ＜０．０１）または***（ｐ＜０．００１）により表される。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ａ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｂ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｃ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｄ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｅ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｆ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｇ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｈ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｉ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｊ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【図１２Ｋ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【０１４１】
本発明の広範な範囲は、以下の実施例を参照して最もよく理解され、これらの実施例は本発明を特定の実施形態に限定するものではない。
【図１２Ｌ】図１２は、マウスにおけるＴ細胞導入ＩＢＤモデルを用いる治療的プロトコールで得られた結果を示す。該治療的プロトコールにおいては、導入後第４週に、そしてその後は導入後第８週の犠死まで毎週、抗体を加えた。図１２Ａ〜１２Ｇは、ＩＬ−２２（図１２Ａ），ＩＬ−１７（図１２Ｂ）、ＴＮＦ−α（図１２Ｃ）、Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（カルプロテクチン）（図１２Ｄ）、ＲＥＧ３β／ＲＥＧ３γ（図１２Ｅ）、ＬＣＮ２（リポカリン２）（図１２Ｆ）、ＭＩＦ（図１２Ｇ）、ＩＬ−６（図１２Ｈ）、ラクトフェリン（図１２Ｉ）、ＧＰ−３９（図１２Ｊ）、ＧＰＸ−２（図１２Ｋ）および好中球エラスターゼ（図１２Ｌ）に関する相対ＲＮＡ発現レベル（ＲＵ、相対単位、ユビキチンに対するもの）を示す。データ点の記号は、白四角（□）が、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４  Ｔ細胞が導入され抗体処理を全く受けることなく導入後第４週に犠死された動物を表すこと以外は、図１１のとおりである。より詳細は実施例１８に記載されている。
【０１４２】
本発明の広範な範囲は、以下の実施例を参照して最もよく理解され、これらの実施例は本発明を特定の実施形態に限定するものではない。
【０１４３】
実施例
【実施例１】
【０１４４】
全般的方法
分子生物学における標準的な方法は、Ｍａｎｉａｔｉｓら（１９８２）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ；ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，３ｒｄｅｄ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ；Ｗｕ（１９９３）Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ，Ｖｏｌ．２１７，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ．に記載されている。標準的な方法は、Ａｕｓｂｅｌら（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ＶｏＩｓ．１−４，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹにも記載されており、これは、細菌細胞におけるクローニングおよびＤＮＡ突然変異誘発（Ｖｏｌ．１）、哺乳類細胞および酵母におけるクローニング（Ｖｏｌ．２）、複合糖質およびタンパク質発現（Ｖｏｌ．３）、ならびにバイオインフォマティクス（Ｖｏｌ．４）を記載している。
【０１４５】
免疫沈降、クロマトグラフィー、電気泳動、遠心分離および結晶化を含むタンパク質精製のための方法が記載されている（Ｃｏｌｉｇａｎら（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｏｌ．１，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａａｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）。化学分析、化学修飾、翻訳後修飾、融合タンパク質の製造、タンパク質のグリコシル化が記載されている。例えば、Ｃｏｌｉｇａｎら（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｏｌ．２，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ａｕｓｕｂｅｌら（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．３，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ，ＮＹ，ｐｐ．１６．０．５−１６．２２．１７；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｃｏ．（２００１）Ｐｒｏｄｕｃｔｓ  ｆｏｒ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ；ｐｐ．４５−８９；Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ（２００１）ＢｉｏＤｉｒｅｃｔｏｒｙ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．，ｐｐ．３８４−３９１を参照されたい。ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の製造、精製および断片化が記載されている（Ｃｏｌｉｇａｎら（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９９９）Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ；ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，前掲）。リガンド／受容体相互作用を特徴づけるための標準的な技術が利用可能である。例えば、Ｃｏｌｉｇａｎら（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．４，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい。
【０１４６】
蛍光標示式細胞分取検出系（ＦＡＣＳ（登録商標））を含むフローサイトメトリーのための方法が利用可能である。例えば、Ｏｗｅｎｓら（１９９４）Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ；Ｇｉｖａｎ（２００１）Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，２ｎｄｅｄ．；Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ：Ｓｈａｐｉｒｏ（２００３）Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪを参照されたい。核酸プライマーおよびプローブを含む核酸、ポリペプチドならびに抗体を修飾するための、例えば診断試薬として使用される蛍光試薬が入手可能である（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ（２００３）Ｃａｔａｌｏｇ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（２００３）Ｃａｔａｌｏｇ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）。
【０１４７】
免疫系の組織学の標準的方法が記載されている。例えば、Ｍｕｌｌｅｒ−Ｈａｒｍｅｌｉｎｋ（編）（１９８６）Ｈｕｍａｎ  Ｔｈｙｍｕｓ：Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ；Ｈｉａｔｔら（２０００）Ｃｏｌｏｒ  Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ａｎｄ  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａ，ＰＡ；Ｌｏｕｉｓら（２００２）Ｂａｓｉｃ  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ：Ｔｅｘｔ  ａｎｄ  Ａｔｌａｓ，ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹを参照されたい。
【０１４８】
統計分析は、ＪＭＰ（登録商標）Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，Ｎｏｒｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ，ＵＳＡ（これに限定されるものではない）を含む商業的に入手可能なソフトウェアを使用して行われうる。
【０１４９】
生物マーカーレベルは、後記実施例に記載されているとおり、商業的に入手可能なキットまたは商業的に入手可能な抗体を使用して決定されうる。特に示さない限り、市販キット（例えば、ＥＬＩＳＡキット）は、製造業者により推奨されているのと実質的に同じ方法で使用される。あるいはＥＩＳＡおよび他の免疫学的アッセイを、商業的に入手可能な抗体を使用して発展させることが可能であり、あるいは、適当な抗体が商業的に入手可能でない生物マーカに対する抗体を産生させることが可能である。生物マーカー遺伝子発現を、商業的に入手可能なプローブまたはプライマーを使用してモニターすることが可能であり、あるいはそのようなプローブまたはプライマーを、本明細書に（配列表において又はアクセッション番号および文献援用により）開示されている核酸配列に基づいて特別に合成することが可能である。
【実施例２】
【０１５０】
ヒトサンプルにおける潜在的ＩＢＤ生物マーカーの特定
対照（５０歳女性、非ＩＢＤ）、クローン病患者（未治療のクローン病を有する４７歳女性）および寛解中のクローン病患者（抗ＴＮＦα抗体インフリキシマブで治療された３９歳女性）から得たヒト血清サンプルの比較により、ＩＢＤに関する潜在的生物マーカーを特定した。サンプルは、Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ（Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）から入手した。
【０１５１】
３０ｋＤａ未満のタンパク質を富化させ、トリプシン消化し、精製した。ついで二次元液体クロマトグラフィータンデム質量分析（２Ｄ−ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）を以下のとおりに行った。第一次元液体クロマトグラフィーは強力カチオン交換（ＳＣＸ）カラム上のペプチド分離（７２画分を収集）を含み、第二次元は逆相カラムを含むものであった。得られた画分をタンデムＭＳに付し、種々の画分における与えられたタンパク質からのペプチドの出現の数を評価した。該対照サンプルは１７２個のタンパク質を示し、該クローン病サンプルは１７８個のタンパク質を示し、該寛解サンプルは１２８個のタンパク質を示し、全体で合計３３２個の異なるタンパク質が観察された。
【０１５２】
該活動性クローン病サンプルにおいては観察されたが対照サンプルにおいても寛解サンプルにおいても観察されなかったＣＣＬ−２０／ＭＩＰ−３αを含む幾つかのタンパク質の差動的レベルを、結果は示した。クローン病血清サンプルおよび対照血清サンプルにおけるＣＣＬ−２０／ＭＩＰ−３αの差動的発現に関しては、実施例５を参照されたい。
【実施例３】
【０１５３】
マウスＩＢＤモデルにおける潜在的ＩＢＤ生物マーカーの特定
後記に全般的に記載するとおり、２Ｄ−ＤＩＧＥショットガンプロテオミクス実験において、ＩＢＤマウスから得た種々のサンプル（血漿、糞便、結腸洗浄液、結腸組織ライセートおよび結腸上皮細胞）における差動的発現タンパク質に関してスクリーニングすることによっても、ＩＢＤに関する潜在的生物マーカーを得た。
【０１５４】
ＩＢＤのマウスモデルを以下のとおりに作製した。ＲＡＧ２  ＫＯマウスにアゴニスト抗ＣＤ４０抗体（１００〜２００μｇ／動物、例えば１２５μｇ／動物、ｉ．ｖ．）を投与して、消耗疾患、脾腫、血清炎症サイトカインの増加および大腸炎により特徴づけられる全身および局所炎症疾患を含むＩＢＤのマウスモデル（「ＩＢＤマウス」）を作製した（Ｕｈｌｉｇら（２００６）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ２５：３０９（ＲＡＧ１  ＫＯマウスで類似所見を報告している））。特に示さない限り、本明細書中で用いる「ＩＢＤマウス」は、実施例１８に記載されているＴ細胞導入モデルではなく、本実施例に記載されている抗ＣＤ４０  ＲＡＧ  ＫＯマウスモデルを意味する。抗ＣＤ４０抗体が投与されていないナイーブＲＡＧ  ＫＯマウスを非罹患対照として使用した。幾つかのＩＢＤマウス群を抗マウスＩＬ−２３ｐ１９抗体（ｍＡｂ  ４９０，Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ）、抗マウスＩＬ−２３Ｒ抗体（ｍＡｂ  ２１Ａ４，Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ）または抗マウスＩＬ−１２／２３ｐ４０抗体で処理し、他のＩＢＤマウスをイソタイプ対照抗体で処理した。全ての処理抗体は、第−１日（すなわち、疾患誘発の前日）に０．５〜１ｍｇ／動物  ｉ．ｖ．で投与した。ついで第０日に抗ＣＤ４０を投与（ｉ．ｐ．）し、特に示さない限り動物を７日間モニターし、ついで第７日に犠死させた。本実施例において用いる「処理」は、疾患誘発物質（この場合は抗ＣＤ４０抗体）の投与の前の治療用抗体の投与を含む。一般には第１、３、５および７日に時点設定した。血漿、結腸洗浄液、糞便および結腸組織サンプルを採集した。本明細書中で用いる「ＩＢＤマウス」は、抗ＩＬ−２３ｐ１９または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体で「処理」されたか否かに無関係に、抗ＣＤ４０抗体で処理されたＲＡＧ  ＫＯマウスを意味し、「対照」または「非罹患」マウスは、抗ＣＤ４０抗体が投与されなかったＲＡＧ  ＫＯマウスを意味する。
【０１５５】
血漿サンプル
マウス血漿サンプルを潜在的ＩＢＤ生物マーカーに関して以下のとおりにスクリーニングした。低分子量タンパク質（＜３０ｋＤａ）を表面増強レーザー脱着／イオン化飛行時間型（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析により分析した。糖タンパク質および非糖タンパク質画分に関して、別々の２Ｄ−差ゲル電気泳動（２Ｄ−ＤＩＧＥ）ゲルでの泳動を行った。該サンプル（ＩＢＤ、治療ＩＢＤおよび対照）において差動的に発現されたタンパク質を潜在的ＩＢＤ生物マーカーとみなした。
【０１５６】
特に、ＥＤＴＡ−血漿を動物から得、使用時まで−８０℃で保存した。各動物ごとに、１５０μｌの血漿を、ＣＯＭＰＬＥＴＥ（商標）ＥＤＴＡ非含有プロテアーゼインヒビター混合物（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  Ｃｏｒｐ．，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）（「Ｒｏｃｈｅ」）で補足された７５０μｌのバッファーＡ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）（「Ａｇｉｌｅｎｔ」）中で希釈し、０．２２μｍ遠心フィルター（Ａｇｉｌｅｎｔ）上で濾過し、４．６×１００ｍｍのマウスサンプル用Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ａｆｆｉｎｉｔｙ  Ｒｅｍｏｖａｌ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を該製造業者の説明に従い使用して高存在量タンパク質を除去した。このカラムは、マウス体液からアルブミン、ＩｇＧおよびトランスフェリンを除去するために抗体を使用する。イムノアフィニティクロマトグラフィーをＡＫＴＡ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）（「ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ」）上で行った。
【０１５７】
流動（フロースルー）画分をＰＢＳバッファー交換し、Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ（登録商標）Ｐｌｕｓ−２０（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡ）遠心分離フィルター装置を使用して濃縮した。ついで、コムギ胚芽凝集素（ＷＧＡ）レクチンカラム（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）（「Ｐｉｅｒｃｅ」）を該製造業者の説明に従い使用して、糖タンパク質および非糖タンパク質を分離した。ついでサンプルを、Ｚｅｂａ  Ｓｐｉｎ−Ｃｏｌｕｍｎ  Ｄｅｖｉｃｅ（Ｐｉｅｒｃｅ）を使用して脱塩し、―２０℃で一晩、アセトン沈殿させた。タンパク質ペレットを、７Ｍ  尿素、２Ｍ  チオ尿素、１％  （３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアミノ］−１−プロパンスルホナート（ＣＨＡＰＳ）、１％  ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１％  Ｎ−デシル−Ｎ−Ｎ’−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホナート（ＳＢ３−１０）、１％  アミドスルホベタイン−１４（ＡＳＢ−１４）、４０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．８、５ｍＭ  酢酸マグネシウムおよびＥＤＴＡ非含有プロテアーゼインヒビター混合物（Ｒｏｃｈｅ）を含む２００μｌの細胞溶解バッファーに再懸濁させた。タンパク質濃度を、Ｃｏｏｍａｓｓｉｅ  Ｂｌｕｅ  Ｐｌｕｓ（Ｐｉｅｒｃｅ）を使用して評価した。
【０１５８】
糖タンパク質および非糖タンパク質サンプルをタンパク質５０μｇ当たり２００ｐｍｏｌのＣｙＤｙｅ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で標識した。この場合、該サンプルにはＣｙ５またはＣｙ３を、そしてプール化内部標準物（該内部標準物は等重量の各サンプルの混合物を含んでいた）にはＣｙ２を使用した。Ａｌｂａｎら（２００３）Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ３：３６を参照されたい。暗所中の氷上の３０分間のインキュベーションの後、５μｌの１０ｍＭ  リシンで標識化をクエンチした。１容量の２×サンプルバッファーを各サンプルに加えた。該サンプルバッファーは６Ｍ  尿素、２Ｍ  チオ尿素、１％  ＣＨＡＰＳ、１％  ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１％  ＳＢ３−１０、１％  ＡＳＢ  １４、６５ｍＭ  ＤＴＴ、４％  Ｐｈａｒｍａｌｙｔｅｓ（登録商標）３−１０（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を含んでいた。ついで該Ｃｙ２、Ｃｙ３およびＣｙ５標識化反応を合わせ、ゲル当たり４５０μｌまで再水和バッファー（６Ｍ  尿素、２Ｍ  チオ尿素、１％  ＣＨＡＰＳ、１％  ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１％  ＳＢ３−１０、１％  ＡＳＢ  １４、６．５ｍＭ  ＤＴＴ、１％  Ｐｈａｒｍａｌｙｔｅｓ（登録商標）３−１０（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ））を加えた。
【０１５９】
ＩＰＧｐｈｏｒ等電点フォーカシングユニット（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して２Ｄ−ＤＩＧＥの第一次元分離を行った。この場合、該サンプルを再水和のために２４ｃｍストリップ（ｐＨ４〜ｐＨ７）に１２時間適用し、ついで合計９０ｋＶ−時間にわたり等電点フォーカシングを行った。ついでストリップを６Ｍ  尿素、２Ｍ  チオ尿素、２％  ＳＤＳ、０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ６．８中、０．５％  ＤＴＴ（ｗ／ｖ）で１５分間、ついで４．５％（ｗ／ｖ）ヨードアセトアミドで１５分間平衡化した。暗所中で１１時間にわたり、４．３Ｗ／ゲルにて、Ｅｔｔａｎ  ＤＡＬＴｔｗｅｌｖｅ系（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で、１２％  ポリアクリルアミドゲル上、該２Ｄ−ＤＩＧＥの第二次元分離を行った。２Ｄ−ＤＩＧＥの直後に、Ｔｙｐｈｏｏｎ  ９４００イメージャー（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して、ゲルをスキャンした。ＤｅＣｙｄｅｒ（商標）Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｖａｒｉａｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＶＡ）ソフトウェアｖ．６．５．１４（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用してイメージ分析を行った。
【０１６０】
ピッキングゲルを調製し、前記の分析用ゲルと並べて配置し、それに３００μｇの未標識糖タンパク質および５００μｇの未標識非糖タンパク質をローディングした。ピッキングゲルを１０％  メタノール、７％  酢酸中で一晩固定し、ＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｒｕｂｙ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）（「Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ」）で染色し、一晩脱塩した。該罹患群において統計的にアップまたはダウンレギュレーションされている及び該治療群において対照レベルに戻っているスポットを選び、消化し、質量分析により分析した。
【０１６１】
タンパク質は質量分析により検出され、後記のとおりに特定された。マウス血漿のスクリーニングの結果は、多数のタンパク質のなかでとりわけ、ヒトハプトグロビンおよびオロソムコイド１がＩＢＤに関する生物マーカーとして有用でありうることを示した。
【０１６２】
結腸サンプル
マウス結腸から得たサンプルも潜在的ＩＢＤ生物マーカーに関してスクリーニングした。結腸サンプルには、全結腸組織ライセート、上皮細胞調製物、糞便および洗浄液が含まれた。
【０１６３】
以下のとおり、血漿糖タンパク質および非糖タンパク質の２Ｄ−ＤＩＧＥ分析により、マウス糞便および結腸洗浄液サンプルを潜在的ＩＢＤ生物マーカーに関してスクリーニングした。マウス結腸を取り出し、糞便を抽出した。糞便を、ＣＯＭＰＬＥＴＥ（商標）ＥＤＴＡ非含有プロテアーゼインヒビター混合物（Ｒｏｃｈｅ）で補足された１ｍｌのＰＢＳでボルテックスし、氷上で２０分間放置した。結腸洗浄は、結腸内への１ｍｌの冷ＰＢＳ＋プロテアーゼインヒビター混合物の注入、およびそれに続く、４℃で穏やかな攪拌下の２０分間のインキュベーションよりなるものであった。ついで糞便および洗浄液を、エッペンドルフ微小遠心機（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  ｍｉｃｒｏ  ｃｅｎｔｒｉｆｕｇｅ）Ｍｏｄｅｌ  ５４１５−Ｃ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  ＡＧ，Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）中、４０００ｒｐｍで５分間遠心分離し、上清を４容量の冷アセトン中、−２０℃で一晩沈殿させた。ついでサンプルをＢｅｃｋｍａｎ  ＧＳ−６Ｒ遠心機（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｉｎｃ．，Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ，ＣＡ）中、２０００ｒｐｍで２５分間遠心分離し、タンパク質ペレットを４０〜８０μｌの２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．８／０．４％  ＳＤＳに再懸濁させた。等容量の各サンプルを、ＭＥＳバッファー中、４〜１２％  ＮｕＰａｇｅ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）上、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離した。該ゲルをＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｒｕｂｙ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で一晩染色し、Ｔｙｐｈｏｏｎ  ９４００イメージャー（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上でスキャンした。該分取用ゲルのローディングを決定する際に使用する相対サンプル濃度を、ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（登録商標）ｖ５．２イメージ定量分析ソフトウェア（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して得た。これは、各レーンにおけるバックグラウンドを超える画素の総和を、最弱シグナルを示すレーンにおけるバックグラウンドを超えるピクセルの総和に対して正規化することにより行った。
【０１６４】
分取用４〜１２％  ＮｕＰａｇｅゲルにおいて等重量の各サンプルを泳動させ、それをＧｅｌＣｏｄｅ（登録商標）Ｂｌｕｅ（Ｐｉｅｒｃｅ）で染色し、バンドを手動で切り出した。タンパク質は質量分析により検出され、後記のとおりに特定された。マウス糞便および結腸洗浄液のスクリーニングの結果は、多数のタンパク質のなかでとりわけ、ヒトＤＭＢＴ、ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＲＥＧ３γおよびカルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９）がＩＢＤに関する生物マーカーとして有用でありうることを示した。
【０１６５】
タンパク質の質量分析による検出および特定
質量分析のために、切り出されたバンドを、Ｐｒｏｇｅｓｔタンパク質消化ステーション（Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，ＭＩ，ＵＳＡ）上、シークエンシング等級の修飾トリプシンで消化した。４８ウェルＰａｒａｄｉｇｍ  ＡＳ１オートサンプラー（Ｍｉｃｈｒｏｍ  Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒｃｅｓ，Ｉｎｃ．，Ａｕｂｕｒｎ，ＣＡ，ＵＳＡ）（「Ｍｉｃｈｒｏｍ  Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒｃｅｓ」）によるサンプル導入およびＰａｒａｄｉｇｍ  ＭＳ４  ＨＰＬＣ系（Ｍｉｃｈｒｏｍ  Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒｃｅｓ）を伴う、ＬＣＱ  Ｄｅｃａ  Ｉｏｎ  Ｔｒａｐ質量分析（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｉｎｃ．，Ｗａｉｔｈａｍ．ＭＡ，ＵＳＡ）により、質量分析を行った。該カラムは長さ１０ｃｍであり、１５ミクロンの先端（Ｎｅｗ  Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｃ．，Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ，ＵＳＡ）を有し、該カラムにはＶｙｄａｃ（登録商標）Ｃ１８樹脂（５ミクロンビーズ、３００オングストローム細孔）が自己充填された。該クロマトグラフィー分離は、直線勾配溶出（溶媒Ａ：２％  アセトニトリル、０．１％  ギ酸および０．００５％  ヘプタフルロ酪酸；溶媒Ｂ：９０％  アセトニトリル、０．１％  ギ酸および０．００５％  ヘプタフルロ酪酸）を用いて行った。
【０１６６】
Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）非冗長タンパク質データベース（２００６年２月２８日現在の更新）のマウスサブセットに対して、Ｍａｓｃｏｔ  ｖ２．１．６（Ｍａｔｒｉｘ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｌｔｄ，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ）ソフトウェアパッケージを使用して、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ生ファイルを検索した。Ｐｅｒｋｉｎｓら（１９９９）Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２０：３５５１を参照されたい。検索パラメータは以下のものを含んでいた：分子量およびｐＩに関する無制限、システイン残基上の固定修飾（カルバミドメチル化）、メチオニン残基上の変動修飾（酸化）、＋／−１．５ダルトンのペプチド質量許容、＋／−０．８ダルトンの断片質量許容、および１個の欠損トリプシン切断。タンパク質の特定は少なくとも２つの合致（マッチング）ペプチドに基づくものであった。ただ１つの合致ペプチドとヒットしたタンパク質は手動精査され、少なくとも４ｂの伸長またはｙイオンが存在する場合に特定に加えられた。
【０１６７】
マウス全結腸および上皮細胞ライセート
全結腸組織ライセートおよび上皮細胞調製物を２Ｄ−差ゲル電気泳動（２Ｄ−ＤＩＧＥ）に付した。該サンプル（ＩＢＤ、治療ＩＢＤおよび対照）において差動的に発現されたタンパク質、すなわち、「ＩＢＤ関連タンパク質」は、潜在的ＩＢＤ生物マーカー、そしてまた、潜在的治療標的とみなされる。１つの研究においては、対照（非罹患）マウス、ＩＢＤマウスおよび抗マウスＩＬ−２３Ｒ抗体で治療されたＩＢＤマウスからの全結腸組織ライセートの間で、２Ｄ−ＤＩＧＥによりタンパク質発現を比較した。これらの及び他の実験においては、ＩＢＤ動物はＩＢＤに典型的な表現型特性を示したが、治療されたマウス（抗ＩＬ−２３Ｒまたは抗ＩＬ−２３ｐ１９のいずれか）は疾患表現型の軽減を示し、実際に、対照非罹患動物と表現型において区別できなかった。
【０１６８】
未治療対照マウスとＩＢＤマウスとの比較は、ＩＢＤにおいてモジュレーションされるタンパク質を示し、治療されたサンプルとの更なる比較は、これらのタンパク質のうちのどれが治療により元に戻ったのかを示した。ＩＢＤにおいてモジュレーションされた約３０個のタンパク質が治療により元に戻っていることが判明した。差動的に発現されたタンパク質を、まず、ＡＮＯＶＡ（ｐ＜０．０５）により特定し、ついでペアワイズｔ検定において、ｐ＜０．０５を有することを確認した。表３Ａは、これらのタンパク質、ならびに文献に基づくそれらの推定機能、および推定ヒトオルソログに関する他の特定情報を示す。
【表３】
2012507723.tif 000005
2012507723.tif 000006
【０１６９】
表３Ｂは、第７日に測定された、ＩＢＤ（罹患）マウス対ナイーブマウスにおける、および抗ＩＬ−２３Ｒ治療ＩＢＤマウス対未治療（罹患）ＩＢＤマウスにおける発現の比を示す。ＤｅＣｙｄｅｒ（商標）Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｖａｒｉａｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＶＡ）ソフトウェアｖ．６．５．１４（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用してイメージ分析を行った。分母が分子より大きい場合、すなわち、該比が１．０未満となる場合には、該比は負の数として表されている。これは、変化の方向には無関係に比の大きさの比較を容易にするために全ての比を＞１．０として表すために行われている。
【表４】
2012507723.tif 000007
2012507723.tif 000008
【０１７０】
もう１つの研究においては、２Ｄ−ＤＩＧＥにより測定されたタンパク質発現を、対照（非罹患）マウス、ＩＢＤマウスおよび抗マウスＩＬ−２３Ｒ抗体で治療されたＩＢＤマウスからの結腸上皮細胞の間で比較した。未治療対照マウスとＩＢＤマウスとの比較は、ＩＢＤにおいてモジュレーションされるタンパク質を示し、治療されたサンプルとの更なる比較は、これらのタンパク質のうちのどれが治療により元に戻ったのかを示した。ＩＢＤにおいてモジュレーションされた７個のタンパク質が治療により元に戻っていることが判明した。表４Ａは、これらのタンパク質、ならびに文献に基づくそれらの推定機能、および推定ヒトオルソログに関する他の特定情報を示す。
【表５】
2012507723.tif 000009
【０１７１】
表４Ｂは、第７日に測定された、ＩＢＤ（罹患）マウス対ナイーブマウスにおける、および抗ＩＬ−２３Ｒ治療ＩＢＤマウス対未治療（罹患）ＩＢＤマウスにおける発現の比を示す。ＤｅＣｙｄｅｒ（商標）Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｖａｒｉａｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＶＡ）ソフトウェアｖ．６．５．１４（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用してイメージ分析を行った。分母が分子より大きい場合、すなわち、該比が１．０未満となる場合には、該比は負の数として表されている。これは、変化の方向には無関係に比の大きさの比較を容易にするために全ての比を＞１．０として表すために行われている。
【表６】
2012507723.tif 000010
【０１７２】
表３Ａおよび４Ａに記載されているデータベースエントリーに含まれる全ての配列情報および他の情報の全体を参照により明示的に本明細書に組み入れることとする。複数のアイソフォームが公知である場合には、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号は主要な又は最長のアイソフォームに関してのみ記載されている。他のアイソフォームに関するアクセッション番号は２００８年9月２３日現在の遺伝子ＩＤ（ＧｅｎｅＩＤ）記録に開示されている。これらの結果は、これらのマウス遺伝子のヒトオルソログが、例えば結腸生検からの組織サンプルにおいて検出される場合に特に、ＩＢＤの生物マーカーとして有用でありうることを示唆している。
【０１７３】
表３Ａまたは４Ａに挙げられているタンパク質の１以上がＩＢＤの病理発生に機能的に関与していて、薬学的介入に対する標的として又は治療用物質自体として働きうる可能性もある。療法においては、疾患において過剰発現されるＩＢＤ関連タンパク質に関してはアンタゴニストが使用され、疾患において過少発現されるＩＢＤ関連タンパク質に関してはアゴニストが使用されるであろう。そのような標的タンパク質は、薬物発見において、例えば、小分子薬物に関してスクリーニングするためのアッセイにおいて、または抗体を産生させるための抗原（例えば、免疫原）として使用されうるであろう。ついで、非ヒト動物において産生されたいずれかの抗標的抗体は、ヒトにおける治療での使用のために、例えばキメラ化またはヒト化により修飾されうるであろう。そのようなタンパク質標的をコードする遺伝子も、核酸に基づくアンタゴニスト、例えばｓｉＲＮＡまたはアンチセンス核酸を設計するために使用されうるであろう。該標的のアゴニストの使用を要する状況においては、そのようなアゴニストには、該標的タンパク質自体（またはその生物学的に活性な断片または変異体）、小分子およびアゴニスト抗体が含まれるであろう。
【０１７４】
マウスの糞便および洗浄液
結腸からの糞便および洗浄液サンプルを、６ｋＤａ〜２００ｋＤａの範囲のタンパク質を分離するＩＤゲル上で泳動させた。ＤＭＢＴ１（Ｄｅｌｅｔｅｄ  ｉｎ  Ｍａｌｉｇｎａｎｔ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｕｍｏｒｓ  １）（悪性脳腫瘍内欠失１）、ＭＩＦ（マクロファージ遊走抑制因子）、ＬＣＮ２（リポカリン２）、ＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ（再生島由来３アルファおよびガンマ）ならびにＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９（カルプトテクチンと総称される）の全ては疾患においてアップレギュレーションされ、抗ＩＬ−２３Ｒおよび抗ＩＬ−２３ｐ１９のどちらの治療によっても元に戻ることが判明した。これらの潜在的生物マーカーが糞便および洗浄液サンプルにおける差動的発現により特定したら、それらを、ＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイム定量ＰＣＲ分析およびウエスタンブロットによる結腸組織におけるそれぞれ遺伝子およびタンパク質発現の測定により、更に妥当性評価した。特に示されていない限り、サンプルは治療の７日後に得た。
【実施例４】
【０１７５】
ＩＢＤ生物マーカーの妥当性評価
前記の２つの実施例において特定された潜在的生物マーカーを、以下のとおりに、そして後記実施例において具体的な生物マーカーに関して更に詳細に記載されているとおりに、ＩＢＤマウスから得たサンプルおよびヒトサンプルの分析により更に妥当性評価した。
【０１７６】
選択された潜在的ＩＢＤ生物マーカーを、ＩＢＤマウスにおける経時的研究において、ＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイム定量ＰＣＲ分析およびウエスタンブロットを用いて、更に妥当性評価した。この場合、差動的発現を、それが該モデルにおける病態の時間経過に従うことを確認するためにモニターした。また、用量反応研究を用いて、選択された潜在的マウスモデルＩＢＤ生物マーカーを妥当性評価した。この場合、差動的発現をＩＬ−２３アンタゴニストの用量の関数としてモニターした。ショットガンプロテオミクス分析において特定されたマウス遺伝子のヒトオルソログの選択物に対するプライマーを作製した。以下の実施例において種々の生物マーカーに関して記載されているとおりに、対照、罹患、抗ｐ１９および抗ＩＬ−２３Ｒ治療マウスからの結腸組織からメッセンジャーＲＮＡを調製し、リアルタイムＰＣＲを行った。
【０１７７】
マウスＩＢＤモデルにおけるショットガンプロテオミクス分析により見出されたＩＢＤ生物マーカーの幾つかのヒトオルソログがヒトＩＢＤの有用な生物マーカーであることを確認するために、ヒト組織を使用した。Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ（Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）から得た、対照被験者、活動性クローン病患者および寛解中のクローン病患者からのヒト結腸生検サンプルを使用して、本発明の生物マーカーの幾つかを妥当性評価した。Ｂｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎ，Ｉｎｃ．（Ｌｉｖｅｒｐｏｏｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ）から得た、活動性クローン病患者、ＵＣ患者、または性別および年齢が釣り合わされたそれぞれの正常対照からのヒト血清サンプルを使用して、本発明の生物マーカーの幾つかを妥当性評価した。Ｂｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎサンプルは性別および年齢が釣り合わされている（±５歳）。
【０１７８】
マウスおよびヒト実験の両方においてＩＢＤと相関することが判明した潜在的生物マーカーを、特に抗ＩＬ−２３ｐ１９または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体で治療されているヒト被験者におけるＩＢＤのモニターにおける及びＩＢＤの重要な生物マーカーである可能性のあるものとして選択した。
【実施例５】
【０１７９】
ＣＣＬ２０
ＣＣＬ２０（ケモカインリガンド２０、ＭＩＰ−３α）は、クローン病および潰瘍性大腸炎の両方の血清サンプルにおいて、対照サンプルと比較してレベルが上昇することが判明した（図１）。ＣＣＬ２０は、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）からのＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＣＣＬ２０−ＭＩＰ−３αイムノアッセイキット（カタログＤＭ３Ａ００）を使用して検出した。
【０１８０】
クローン病および潰瘍性大腸炎患者においては、対照と比較して血清ＣＣＬ２０レベルにおいて少なくとも約３倍の増加が存在することを、結果は示している。したがって、正常レベルに対して血清ＣＣＬ２０において３倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する３０％の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。この実施例および他の実施例において、疾患生物マーカーレベルにおける記載されている増加倍率は、該分析を歪めうる外れ値点の影響を最小にするために、厳密には平均または中央値ではなく大部分のデータ点間の相違に基づくものである。
【実施例６】
【０１８１】
ＤＭＢＴ１
ＤＭＢＴ１遺伝子発現は、ＩＢＤマウスにおいては、対照マウスと比較して２倍高く、抗ＩＬ−２３Ｒまたは抗ＩＬ−１２／２３ｐ４０抗体（そしてそれより低度ではあるが抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体）での治療はＤＭＢＴ１を対照レベルの近くまで戻した（図２Ａ）。ＤＭＢＴ１タンパク質発現は疾患においては高度にアップレギュレーションされており、抗ＩＬ−２３Ｒでの治療により（不完全ではあるが）有意に戻された（図２Ｂ）。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療は結腸上皮細胞におけるＤＭＢＴ１タンパク質発現を第１、３、５および７日において罹患前レベルで維持するが、未治療ＩＢＤマウスは第３日にＤＭＢＴ１発現の上昇を示し、第５および７日に最高発現を示すことを、更なる実験は示した（データ非表示）。マウス結腸におけるＤＭＢＴ１遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であり、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。
【０１８２】
活動性クローン病患者、寛解中のクローン病患者および対照被験者からのヒト腸生検の遺伝子発現分析により、ＤＭＢＴ１を更に妥当性評価した。ＤＭＢＴ１遺伝子発現は該活動性クローン病サンプルにおいてはアップレギュレーションされていたが、該寛解サンプルにおいては非罹患レベルの近くまで戻っていた。
【０１８３】
結果（図２Ｃ）は、クローン病患者（腸生検）においては、対照または寛解中の患者と比較してＤＭＢＴ１発現におけるｌｏｇ（対数）（〜３０倍）以上の増加が存在することを示している。したがって、腸生検において正常レベルに対してＤＭＢＴ１における２０倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する２倍の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。
【実施例７】
【０１８４】
ＭＩＦ
ＭＩＦ遺伝子発現は、ＩＢＤマウスにおいては、対照マウスと比較して上昇しており、抗ＩＬ−２３Ｒまたは抗ＩＬ−１２／２３ｐ４０抗体（そしてそれより低度ではあるが抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体）での治療はＭＩＦを対照レベルの近くまで戻した（図３Ａ）。ＭＩＦタンパク質レベルは疾患においては上昇しており、抗ＩＬ−２３Ｒでの治療により戻された（図３Ｂ）。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療はＭＩＦ遺伝子発現を、第１および３日においてはそれほど有効ではなかったものの、第５および７日においては罹患前レベルの近くまで低下させた。未治療ＩＢＤマウスは、第１日（試験された最も早い時点）からそれ以降に、最高ＭＩＦ遺伝子発現を示した。ＭＩＦ遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であり、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。
【０１８５】
クローン病および潰瘍性大腸炎患者ならびに対照被験者からのヒト血清サンプルのＥＬＩＳＡにより、ＭＩＦを更に妥当性評価した（図３Ｃ）。ヒトＭＩＦは、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）からのＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＭＩＦイムノアッセイキット（カタログＤＭＦ００）を使用して検出した。ＭＩＦ発現は、該クローン病および潰瘍性大腸炎のどちらのサンプルにおいても、対照と比較して上昇した。公開データは、クローン病患者の血漿におけるＭＩＦレベルの上昇が、抗ＴＮＦα抗体インフレキシマブでの治療により少なくとも部分的に対照レベルに戻ることを示している（Ｄｅ  Ｊｏｎｇら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：１０６１（それにおける図１））。
【０１８６】
結果（図３Ｃ）は、対照と比較して、クローン病患者においては血清ＭＩＦレベルにおける少なくとも約５倍の増加が、そして潰瘍性大腸炎患者においては血清ＭＩＦレベルにおける約２倍の増加が存在することを示している。したがって、正常レベルに対して血清ＭＩＦにおける３倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する５０％の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。正常レベルに対して血清ＭＩＦにおける２倍の増加を示すアッセイは、値のばらつきを考慮するとそのような増加は統計的に有意でないかもしれないが、潰瘍性大腸炎（またはもちろん、クローン病）の存在と合致するであろう。
【０１８７】
また、図１１Ｇおよび１２Ｇは、実施例１８に記載されているマウスＴ細胞導入大腸炎モデルにおいてＭＩＦが上昇すること、および予防（図１１Ｇ）および治療（図１２Ｇ）プロトコールの両方において、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療が、イソタイプ対照抗体で治療された動物と比較して、該レベルを減少させることを示している。
【実施例８】
【０１８８】
ＬＣＮ２
経時的研究は、抗ＣＤ４０抗体の投与の後でＩＢＤマウスの固有層においてＬＣＮ２が上昇することを示した。ＬＣＮ２は対照マウスにおいては検出不能であったが、それはＩＢＤマウスにおいては第１日に検出可能であり、第３日以降に最高レベルに達した。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療は第３日にＬＣＮ２レベルを有意に低下させ、それは第５および７日に対照（検出不能）レベルに戻った。ＬＣＮ２遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であり、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。
【０１８９】
クローン病および潰瘍性大腸炎患者ならびに対照被験者からのヒト血清サンプルのＥＬＩＳＡにより、ＬＣＮ２を更に妥当性評価した（図４Ｂ）。ヒトＬＣＮ２は、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）からのヒトＬｉｐｏｃａｉｉｎ−２／ＮＧＡＬ  ＤｕｏＳｅｔ（登録商標）ＥＬＩＳＡ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍ（カタログＤＹ１７５７）を使用して検出した。ＬＣＮ２発現は、該クローン病および潰瘍性大腸炎サンプルにおいて、対照と比較して上昇した。
【０１９０】
結果（図４Ｂ）は、対照と比較して、クローン病患者においては血清ＬＣＮ２レベルにおける少なくとも約５倍の増加が存在することを示している。したがって、正常レベルに対して血清ＬＣＮ２における３倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する５０％の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。
【０１９１】
ＬＣＮ２は、潰瘍性大腸炎からクローン病を識別するための有用なマーカーとしても役立ちうる。全てのクローン病患者が、約５０ｎｇ／ｍｌより大きなカルプロテクチンレベルを示すが、潰瘍性大腸炎被験者は１８名中７名しかそれを示さないことを、図４Ｂは示している。
【０１９２】
また、図１１Ｆおよび１２Ｆは、実施例１８に記載されているマウスＴ細胞導入大腸炎モデルにおいてＬＣＮ２が上昇すること、ならびに予防（図１１Ｆ）および治療（図１２Ｆ）プロトコールの両方において、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療が、イソタイプ対照抗体で治療された動物と比較して、該レベルを劇的に減少させることを示している。
【実施例９】
【０１９３】
マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γならびにヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３α
マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ遺伝子発現は、ＩＢＤマウスにおいては、対照マウスと比較して上昇しており、抗ＩＬ−２３Ｒまたは抗ＩＬ−１２／２３ｐ４０抗体（そしてそれより低度ではあるが抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体）での治療はマウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γを対照レベルの近くまで戻した（図５Ａおよび５Ｂ）。経時的研究（データ非表示）は、マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γが共に、抗ＣＤ４０投与後第１日にアップレギュレーションされ、第３日以降に最高レベルに達することを示した。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療はマウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ遺伝子発現を全時点においてほぼ罹患前レベルに維持した。マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γ遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であることが判明し、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。
【０１９４】
ＲＥＧ３γタンパク質のレベルもＩＢＤマウスにおいて上昇したが、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療により対照レベルの近くまで戻った（図５Ｃ）。
【０１９５】
活動性クローン病患者、寛解中のクローン病患者および対照被験者からのヒト腸生検の遺伝子発現分析により、ヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３γを更に妥当性評価した（図５Ｄ）。ＰＡＰ／ＲＥＧ３α発現は活動性クローン病においては上昇しており、寛解中では対照レベルまで戻っていた。クローン病および潰瘍性大腸炎患者ならびに対照被験者からのヒト血清サンプルのＥＬＩＳＡにより、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αを妥当性評価した（図５Ｅ）。ヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αは、Ｄｙｎａｂｉｏ  Ｓ．Ａ．（Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）のヒトＰＡＰアッセイ用ＰａｎｃｒｅＰＡＰ  Ｉｍｍｕｎｏｅｎｙｍａｔｉｃ  Ｋｉｔを使用して検出した。該ＰＡＰ／ＲＥＧ３αレベルは、該クローン病および潰瘍性大腸炎サンプルの両方において、僅かではあるが有意に上昇した。
【０１９６】
また、マウス結腸上皮細胞において及び糞便においてＲＥＧ３γレベルを経時的に測定した（図５Ｆおよび５Ｇ）。どちらの場合も、抗ＣＤ４０投与後、ＲＥＧ３γは第３日以降に最高レベルまで増加した。どちらの場合も、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療は、第１および３日においては、ＲＥＧ３γレベルを減少させるのに或る程度有効であり、第５および７日においては、ＲＥＧ３γを対照レベルまで回復させるのに十分に有効であった。
【０１９７】
結果（図５Ｄ）は、クローン病患者（腸生検）においては、対照または寛解中の患者と比較してＰＡＰ／ＲＥＧ３α発現レベルにおける２ｌｏｇ（〜１５０倍）以上の増加が存在することを示している。したがって、腸生検において正常レベルに対してＰＡＰ／ＲＥＧ３α発現における１００倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する２倍の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。また、結果（図５Ｅ）は、クローン病患者においては、対照と比較して血清ＰＡＰ／ＲＥＧ３α発現レベルにおけるｌｏｇ未満（〜２倍）の増加が存在することを示している。したがって、血清ＰＡＰ／ＲＥＧ３αにおいて正常レベルに対して２倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。
【０１９８】
マウスＲＥＧ３βおよびＲＥＧγレベルが該マウスＩＢＤモデルにおける病態を反映するということは、両方のヒトＲＥＧ３タンパク質（ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびＲＥＧ３γ）が、同じ遺伝子ファミリーの密接に関連したメンバーとして、ヒトにおける病態をも反映しうること、したがってＩＢＤ生物マーカーとして有用でありうることを示唆している。本明細書に記載されている実施形態の多数はヒトＰＡＰ／ＲＥＧ３αのレベル（またはその遺伝子発現のレベル）の測定、例えば糞便における測定を詳細に説明しているが、そのような実施形態においてはＰＡＰ／ＲＥＧ３αだけでなくヒトＲＥＧ３γも有用でありうる。また、カルプロテクチンのようなマウスＲＥＧ３γは室温で少なくとも７日間安定である。おれは、該ヒトオルソログも安定でありうること、したがって生物マーカーとしての使用に、より簡便でありうることを示唆している。
【０１９９】
また、図１１Ｅおよび１２Ｅは、実施例１８に記載されているマウスＴ細胞導入大腸炎モデルにおいてＲＥＧ３βおよびＲＥＧ３γレベルが上昇すること、ならびに抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療が、イソタイプ対照抗体で治療された動物と比較して、両方のレベルを劇的に減少させることを示している。これは、予防（図１１Ｅ）および治療（図１２Ｅ）の両方のプロトコールにおいて、どちらのポリペプチドにも当てはまる。
【実施例１０】
【０２００】
カルプロテクチン
カルプロテクチンはＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９サブユニットを含み、本明細書においてはＳ１００Ａ８／Ａ９と称される。該サブユニットの遺伝子の発現は、互いに独立して、ＴａｑＭａｎ（登録商標）リアルタイム定量ＰＣＲ分析により測定されるが、カルプロテクチンを検出するためのサンドイッチＥＬＩＳＡは、検出可能な複合体を形成させるためには両方のサブユニットが存在することを要する。
【０２０１】
Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現はＩＢＤマウスにおいては、対照マウスと比較して上昇し、抗ＩＬ−２３Ｒ、抗ＩＬ−１２／２３ｐ４０および抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療はＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９を対照レベルの近くまで戻した（図６Ａおよび６Ｂ）。該マウスＩＢＤモデルにおいて、Ｓ１００Ａ９発現はＳ１００Ａ８発現より遥かに劇的に上昇した。結腸におけるＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現は共に、抗ＣＤ４０投与後の第１日に上昇し、それによりそれぞれは最高レベル付近まで達したことを、経時的研究（データ非表示）は示した。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療は第１日にはＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現に影響を及ぼさなかったが、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９発現は第３および５日にかけて徐々に戻り、第７日までに罹患前レベルの近くまで戻った。糞便においては、Ｓ１００Ａ８タンパク質レベルは第１日には増加しなかったが、第３日までに最高レベルまで上昇し、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療は全時点で非罹患レベルを維持した（データ非表示）。Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であることが判明し、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。
【０２０２】
Ｓ１００Ａ８タンパク質のレベルもＩＢＤマウスにおいて上昇したが、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療により対照レベルの近くまで戻った（図６Ｃ）。
【０２０３】
活動性クローン病患者、寛解中のクローン病患者および対照被験者からのヒト腸生検の遺伝子発現分析により、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９を更に妥当性評価した（図６Ｄおよび６Ｅ）。Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９の発現は共に、活動性クローン病においては上昇しており、寛解中では対照レベルまで戻っていた。クローン病患者からの血清サンプルにおいて、そしてそれより低度ではあるが潰瘍性大腸炎患者からの血清サンプルにおいてもＳ１００Ａ８／Ａ９複合体が上昇していることを、ＥＬＩＳＡは示した（図６Ｆ）。ヒトカプロテクチンは、ＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｂ．Ｖ．（Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）のＨｕｍａｎ  Ｃａｌｐｒｏｔｅｃｔｉｎ  ＥＬＩＳＡ  Ｔｅｓｔ  Ｋｉｔ（カタログＨＫ３２５）を使用して検出した。
【０２０４】
結果（図６Ｄおよび６Ｅ）は、クローン病患者（腸生検）においては、対照または寛解中の患者と比較してそれぞれＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９発現レベルにおける約ｌｏｇ（〜１０倍）以上の増加が存在することを示している。したがって、腸生検において正常レベルに対してＳ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９発現における５倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する２倍の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。図６Ｆは、クローン病および潰瘍性大腸炎患者からの血清においては、対照と比較して、Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体レベルにおける２倍未満の増加が存在することを示している。
【０２０５】
また、カルプロテクチンの正常血漿レベルは５００〜３０００ｎｇ／ｍｌであり、したがって、より高いカルプロテクチンレベルはＩＢＤを示唆するであろう。糞便カルプロテクチンレベルは、活動性潰瘍性大腸炎を有する患者においては、正常結腸内視検査結果を有する被験者と比較して１０倍以上高いことが判明している（Ｒｏｓｅｔｈら（１９９７）Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ  ５８：１７６）。
【０２０６】
カルプロテクチンは、潰瘍性大腸炎からクローン病を識別するための有用なマーカーとしても役立ちうる。全てのクローン病患者が、約３００ｎｇ／ｍｌより大きなカルプロテクチンレベルを示すが、潰瘍性大腸炎被験者は１８名中５名しかそれを示さないことを、図６Ｆは示している。実施例２９を参照されたい。
【０２０７】
また、図１１Ｄおよび１２Ｄは、実施例１８に記載されているマウスＴ細胞導入大腸炎モデルにおいてカルプロテクチンレベルが上昇すること、ならびに予防（図１１Ｆ）および治療（図１２Ｆ）プロトコールの両方において、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療が、イソタイプ対照抗体で治療された動物と比較して、典型的には、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９の両方のレベルを劇的に減少させることを示している。これは、予防（図１１Ｄ）および治療（図１２Ｄ）の両方のプロトコールにおいて、どちらのポリペプチドにも当てはまる。
【実施例１１】
【０２０８】
ＩＬ−２２
ＩＬ２２遺伝子発現はＩＢＤマウス（全結腸組織ライセート）においては、対照マウスと比較して上昇し、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療は第７日までにＩＬ−２２を対照レベルまで有意に戻した（図７Ａ）。抗ＩＬ−２３Ｒ抗体での治療はＩＬ−２２遺伝子発現を全時点においてほぼ罹患前レベルに減少させることを、経時的実験（データ非表示）は示した。ＩＬ−２３ｐ１９抗体によるＩＬ−２２遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であることが判明し、抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（データ非表示）。また、ＩＢＤマウスの血漿において７日間にわたってＥＬＩＳＡによりＩＬ−２２を測定した（図７Ｂ）。抗ＩＬ−２３Ｒ治療はＩＬ−２２を全時点において対照値付近に維持した。
【０２０９】
活動性クローン病患者、寛解中のクローン病患者および対照被験者からのヒト腸生検の遺伝子発現分析により、ＩＬ−２２を更に妥当性評価した（図７Ｃ）。ＩＬ−２２発現は活動性クローン病においては幾らか上昇しており、寛解中では対照レベル（またはそれ以下）まで戻っていた。
【０２１０】
結果（図７Ｃ）は、活動性クローン病患者と寛解中のクローン病患者との間の見掛け上の（明らかでない）より大きな差が認められるものの、クローン病患者（腸生検）においては、対照と比較してＩＬ−２２発現レベルにおける０．５ｌｏｇ未満（〜２倍）の増加が存在することを示している。腸生検において正常レベルに対してＩＬ−２２発現における２倍の増加を示すアッセイはクローン病の存在と合致するであろう。一方、正常レベルに対する２０％の増加は（統計的に信頼可能であったとしても）特に有意とはみなされないであろう。
【０２１１】
図７Ｄに示されている結果は、統計的に有意ではなかったものの、Ｓｃｈｍｅｃｈｅｌら（２００８）Ｉｎｆｌａｍｍ．Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ．１４：２０４に報告されているとおり、クローン病および潰瘍性大腸炎患者の血清においては、対照被験者の血清より幾らか高いレベルのＩＬ−２２を示している。ヒトＩＬ−２２は、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のヒトＩＬ−２２  ＤｕｏＳｅｔ（登録商標）ＥＬＩＳＡ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍ（カタログＤＹ７８２）を使用して検出した。
【０２１２】
また、図１１Ａおよび１２Ａは、実施例１８に記載されているマウスＴ細胞導入大腸炎モデルにおいてＩＬ−２２レベルが上昇すること、ならびに抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療が、予防（図１１Ａ）および治療（図１２Ａ）の両方のプロトコールにおいて、イソタイプ対照抗体で治療された動物と比較して該レベルを減少させることを示している。
【実施例１２】
【０２１３】
ハプトグロビン
ハプトグロビンは、対照サンプルと比較して、ヒトクローン病血清サンプルにおいては非有意に上昇し、潰瘍性大腸炎血清サンプルにおいては減少することが判明した（図８Ａ）。ヒトハプトグロビンは、Ｇｅｎ  Ｗａｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡ）のヒトハプトグロビンＥＬＩＳＡ  Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（カタログ４０−２８８−２００８０Ｆ）を使用して検出した。ハプトグロビン遺伝子発現はＩＢＤマウスにおいては上昇しており、ハプトグロビン遺伝子発現の戻りは一般に用量反応性であり、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体または抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量の場合より完全な戻りを示した（図８Ｂおよび８Ｃ）。図８Ｂおよび８Ｃにおいては、「ナイーブ」は非罹患動物（抗ＣＤ４０が投与されていない動物）を意味するが、全ての他のデータは、ＰＢＳ、ビヒクルまたは種々の濃度の治療用もしくは対照抗体で治療されたＩＢＤマウスに関するものである。
【実施例１３】
【０２１４】
ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０を含む血清に関するクローン病生物マーカーパネルの妥当性評価
ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０を含む本発明の血清生物マーカーパネルを、ヒトクローン病サンプルに対して、以下のとおりに妥当性評価した。１８名のクローン病患者および１８名の非ＩＢＤ被験者から得た血清サンプルを、（前記実施例に記載されているのと実質的に同じ方法で）ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０のレベルに関してＥＬＩＳＡにより分析した。各アッセイに含まれる標準曲線との比較により、レベルを算出した。クローン病サンプルと非クローン病サンプルとを最良に識別しうる生物マーカーの組合せを決定する際には、多変量判別分析（ＪＭＰ（登録商標）Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，Ｎｏｒｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ，ＵＳＡ）を用いた。
【０２１５】
ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０の組合せがクローン病を特に良く予測することが判明した。ＬＣＮ２単独の場合には、４個（１１％）のサンプルの過誤分類を伴ってクローン病が予測された。ＬＣＮ２およびＰＡＰ／ＲＥＧ３αの結果を組合せた場合には、２個（５％）のサンプルのみが過誤分類された。ＬＣＮ２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびＣＣＬ２０の結果を組合せた場合には、１個（３％）のサンプルのみが過誤分類された。総合すると、ＬＣＮ２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびＣＣＬ２０の生物マーカーパネルは、９７％の信頼性を有する、クローン病の有力な予測因子に相当する。
【実施例１４】
【０２１６】
ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０を含む血清に関する生物マーカーパネルの使用
以下のとおりに、治療経過中に被験者においてＩＢＤの進行に関して臨床サンプルを評価する。被験者がクローン病を有する（本明細書においては患者と称される）ことを確認する。該治療方法として、抗ＩＬ−２３ｐ１９ヒト化モノクローナル抗体の投与を選択する。ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０のレベルの決定のために、活動性疾患の期間の患者から治療前血液サンプルを得る。ついで薬物（抗ＩＬ−２３ｐ１９ヒト化モノクローナル抗体）の投与の初日に、そしてその後は毎週１２週間にわたってサンプルを得る。該患者に２ｍｇ／ｋｇの薬物を隔週で１２週間にわたって投与（ｉ．ｖ．）する。
【０２１７】
該血液サンプルから血清を調製し、ＥＬＩＳＡにより生物マーカーレベルを測定する（前記実施例に記載されているのと実質的に同じ方法で行う）。アッセイは、該サンプルを入手した後の任意の時点で行うことが可能であり、その後のサンプルの入手の前には行う必要はない。簡潔に説明すると、それぞれＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０  ＥＬＩＳＡのために、マイクロタイタープレートのウェルに血清を二重に加える。標準曲線の作成において使用するために、それぞれのＥＬＩＳＡプレート上に各タンパク質の系列希釈物を（二重に）加える。室温で３０分間のインキュベーションの後、ウェルをＰＢＳで２回洗浄し、マウス抗ヒト（ＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０）ＩｇＧ検出抗体を含む１００μｌの検出溶液を加える。室温で更に３０分間のインキュベーションの後、プレートを２回洗浄し、二次抗体（ウサギ抗マウスＩｇＧ−ＨＲＰ）を含む１００μｌの溶液を加える。室温で更に３０分間のインキュベーションの後、プレートを再び２回洗浄し、１００μｌの発色基質（ｏ−ニトロフェニル  ８−Ｄ−ガラクトシド、ＯＮＰＧ、５ｍＭ  最終濃度）を加える。１０分間のインキュベーションの後、プレートを４２０ｎｍで読み取る。対照サンプルから得られたＯ．Ｄ．値を平均し、標準曲線を作成するために使用し、該標準曲線に対して該血清サンプルのＯ．Ｄ．値を比較して、元の生物サンプル中の該生物マーカーの濃度を推定する。
【０２１８】
生物マーカーＰＡＰ／ＲＥＧ３α、ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０のレベルの変化により評価した場合にいずれの時点においても病態の変化を該患者が示さない（すなわち、該生物マーカーが尚も活動性ＩＢＤを示唆している）場合には、該療法は失敗したとみなされる。医学的実施者および患者の判断により、療法は、例えば投与量を増加するように変更されることが可能であり、あるいはそれは（例えば、代替的な治療選択肢を優先して）完全に中止されうる。一方、最終時点における病態が非罹患被験者と実質的に同じである場合には、該療法は成功したとみなされ、再び医学的実施者および患者の判断により、治療は中止され（例えば、病態を維持するのに治療の継続が必要ないと考えられる場合）、あるいはそのまま継続され、あるいは変更されうる（例えば、用量が幾らか減少されうる）。
【０２１９】
治療経過の終了時に病態が活動性ＩＢＤと非罹患状態との中間である場合には、治療は少なくとも部分的に成功したとみなされる。再び医学的実施者および患者の判断により、治療はそのまま継続され（例えば、可能な更なる経時的改善をもたらすため、および／または症状が許容レベルまで改善している場合）、あるいは変更され（例えば、用量を増加させる）、あるいは中止される（例えば、投与量が増加できず、症状の緩和が不十分な場合）。
【実施例１５】
【０２２０】
ＩＬ−２２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを含む血清に関する生物マーカーパネルの使用
ＬＣＮ２およびＣＣＬ２０の代わりにＩＬ−２２およびカルプロテクチンを使用する以外は実施例１４に記載されているのと実質的に同じ様態で、ＩＢＤ患者における療法をモニターするために、ＩＬ−２２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを含む本発明の生物マーカーのパネルを用いる。
【０２２１】
モニターは実質的に以下のとおりに行う。ＩＢＤに罹患していると考えられる被験者を抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体での治療のために選択する。該生物マーカーの治療前（未治療）レベルの決定のために、該被験者から治療前血液サンプルを得る。ついで抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体を２ｍｇ／ｋｇで、１２週間の療法にわたり隔週で静脈内に投与する。生物マーカーレベルの決定のために、治療後血液サンプルを治療経過にわたり毎週採取する。
【０２２２】
ＥＬＩＳＡにおいて使用するために、集めた血液サンプルから血清サンプルを調製する。それぞれＩＬ−２２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチン  ＥＬＩＳＡのために、マイクロタイタープレートのウェルに血清を二重に加える。標準曲線の作成において使用するために、それぞれのＥＬＩＳＡプレート上に各タンパク質の系列希釈物を（二重に）加える。室温で３０分間のインキュベーションの後、ウェルをＰＢＳで２回洗浄し、マウス抗ヒト（ＩＬ−２２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチン）ＩｇＧ検出抗体を含む１００μｌの検出溶液を加える。室温で更に３０分間のインキュベーションの後、プレートを２回洗浄し、二次抗体（ウサギ抗マウスＩｇＧ−ＨＲＰ）を含む１００μｌの溶液を加える。室温で更に３０分間のインキュベーションの後、プレートを再び２回洗浄し、１００μｌの発色基質（ｏ−ニトロフェニル  ８−Ｄ−ガラクトシド、ＯＮＰＧ、５ｍＭ  最終濃度）を加える。１０分間のインキュベーションの後、プレートを４２０ｎｍで読み取る。対照サンプルから得られたＯ．Ｄ．値を平均し、標準曲線を作成するために使用し、該標準曲線に対して該血清サンプルのＯ．Ｄ．値を比較して、元の生物サンプル中の該生物マーカーの濃度を推定する。
【０２２３】
ついで、治療が非罹患レベルへの生物マーカーの低下をもたらしたかどうかを判定するために、治療後血清サンプルにおける該生物マーカーのレベルを治療前レベルと比較する。この実施例に記載されているのと実質的に同じ生物マーカーアッセイ方法を、非ＩＢＤ被験者から得たサンプル（すなわち、非罹患対照）に関して行うことにより、非罹患レベルを決定する。各時点におけるＩＬ−２２、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンのそれぞれに関して、非罹患基準レベルに対する治療後レベルの比を算出する。治療経過にわたり該比が減少するかどうか又はその度合を決定するために、該データをプロットする。
【０２２４】
そのようなモニターの結果を用いて、治療に対する患者の応答を評価し、必要に応じて治療を変更し、例えば、投与量を増加させたり、あるいは投与量を減少させる（投与間隔の変更を含む）（治療の中止を含む）。これらは医学的実施者にとっては通常の技量の範囲内である。実施例１４を参照されたい。
【実施例１６】
【０２２５】
ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを含む糞便に関する生物マーカーパネルの使用
血液ではなく糞便に基づいて決定を行うこと、およびＩＬ−２２を使用しないこと以外は実施例１５に記載されているのと実質的に同じ様態で、ＩＢＤ患者における療法をモニターするために、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを含む本発明の生物マーカーのパネルを用いる。
【０２２６】
０．１ｇの糞便サンプルを、ＣＯＭＰＬＥＴＥ（商標）ＥＤＴＡ非含有プロテアーゼインヒビター混合物（Ｒｏｃｈｅ）で補足された５ｍｌのＰＢＳ中で３０秒間ボルテックスし、回転装置上で室温で３０分間放置する。１ｍｌの該サンプルを１．５ｍｌの微小遠心管に移し、エッペンドルフ微小遠心機Ｍｏｄｅｌ  ５４１５−Ｃ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  ＡＧ，Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）内で１０，０００ｇで２０分間遠心分離する。ついで０．５ｍｌの透明上清を、ＥＬＩＳＡにおいて使用するために（例えば、適当な希釈液を調製することにより）調製し、あるいは後続の測定のために−２０℃で３ヶ月以内の保存に付す。
【０２２７】
ついで、前記実施例に記載されているのと実質的に同じ方法で、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンＥＬＩＳＡを行い、データを分析する（実施例１４に記載されているとおりに行う）。
【実施例１７】
【０２２８】
臨床治験におけるＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを含む糞便に関する生物マーカーパネルの使用
以下のとおりに、臨床治験において潜在的薬物（抗ＩＬ−２３抗体）の治療効力を評価するために、ＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンのレベルの測定を行う。
【０２２９】
潜在的薬物が投与されない対照群、第１用量の潜在的薬物が投与される被験者を含む第１治療群、より高い用量の潜在的薬物が投与される第２治療群、およびより高い用量の潜在的薬物が投与される第３治療群を被験者が構成すること以外は実施例１６に記載されているのと実質的に同じ方法で、被験者からの糞便サンプルにおいて生物マーカーＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンを測定する。
【０２３０】
該サンプル中の該生物マーカーの濃度に関する値を得るために、実施例１６と実質的に同じ方法でデータを分析する。該治療が有効であることの指標となる、より低いレベルの該生物マーカーを治療群が示すかどうか、そして場合によっては、該治療効果が用量反応性であるかどうかを決定するために、用量の関数として生物マーカーのレベルをプロットする。治療被験者におけるＰＡＰ／ＲＥＧ３αおよびカルプロテクチンのレベルの減少は、潜在的薬物が有効であることを示唆し、陽性の用量反応性（この場合には、より高い用量は、生物マーカーレベルにおける、より大きな減少を招く）が観察されればそれはその結論を裏付けるものである。しかし、用量反応性の欠如は、必ずしも、該潜在的薬物の有効性の欠如の証拠にはならない。
【実施例１８】
【０２３１】
マウスＴ細胞導入ＩＢＤモデルを使用する予防および治療プロトコールにおける生物マーカー
予防的状況との比較において治療的状況における本発明の生物マーカー関連性を示すために、Ｔ細胞導入ＩＢＤモデルにおいて確立された腸炎症を有するマウスにおける遺伝子発現レベルを決定した。そのような実験は、実施例３のＴ細胞非依存性抗ＣＤ４０誘発性ＩＢＤモデルと比較してＴ細胞媒介性ＩＢＤモデルにおいても、本発明の生物マーカーが有用であることを証明する。該抗ＣＤ４０誘発性ＩＢＤモデルは、機能的Ｔ細胞応答を欠くＲＡＧ２ＫＯマウスにおいて行われ、したがって、主として、大腸炎に対する先天性免疫系の寄与を表すものである。
【０２３２】
本実施例において使用するＴ細胞媒介性ＩＢＤモデルは、Ｅｌｓｏｎら（２００７）Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １３２：２３５９（その全体を参照により本明細書に組み入れることとする）に記載されているものと実質的に同様であった。簡潔に説明すると、３〜５匹のＣ３Ｈ／ＨｅＳｎＪ  ＳＣＩＤマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｍａｉｎｅ，ＵＳＡ）の群への盲腸細菌性抗原特異的Ｃ３Ｈ／ＨｅＪＢｉｒ（Ｃ３Ｂｉｒ）ＣＤ４＋  Ｔ細胞系（１×１０６細胞／マウス）の静脈内導入により、大腸炎を誘発した。Ｅｌｓｏｎ（前掲）により確立された病原性Ｂｉｒｌ４  ＣＤ４＋  Ｔ細胞はＩＬ−１７産生性ＣＤ４＋Ｔ細胞を含有する。抗ＣＤ３処理Ｔ細胞を対照として導入した。
【０２３３】
ＳＣＩＤレシピエントへの養子移入および予防（防御）または治療プロトコールのいずれかで抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理されたマウスにおける大腸炎の確立の後、遺伝子発現レベルを決定した。該予防プロトコールにおいては、細胞導入と同じ日に、そしてその後は第８週に犠死されるまで毎週、マウスを抗体で処理した。結果を図１１Ａ〜１１Ｌに示す。該治療プロトコールにおいては、第４週から犠死（第８週）まで毎週、マウスを抗体で処理（治療）した。結果を図１２Ａ〜１２Ｌに示す。Ｂｉｒ１４  ＣＤ４＋  Ｔ細胞導入モデルにおいて大腸炎が存在することが確保されるよう、抗体処理を行うことなく、対照群マウスを第４週に犠死させた。抗体処理は抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体またはアイソタイプ対照抗体を使用するものであった。抗体を１００μｇ／マウス／用量で投与（ｉ．ｐ．）した。犠死マウスに対して組織病理検査を行い、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析のために結腸から全ＲＮＡを得た。
【０２３４】
抗ＣＤ３活性化Ｔ細胞が投与されたマウスは大腸炎を発生しなかった。一方、Ｂｉｒ１４  ＣＤ４＋  Ｔ細胞系が投与されたマウスは、ＩＬ−６、ＧＰ−３９、ＩＬ−１７、ＩＬ−２２およびＴＮＦ−α遺伝子発現レベルの顕著な増加ならびにＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＲＥＧ３−β、ＲＥＧ３−γ、ＬＣＮ２およびＭＩＦの発現の増強を伴う強力な大腸（結腸）炎症を発生した。予防用または治療用に投与された抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体は該抗ＣＤ４０  ＩＢＤモデルにおいて観察された生物マーカー（実施例３）の多数の発現を減少させた。抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体の予防投与（図１１）および治療投与（図１２）は共に、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１７、ＩＬ−２２、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＲＥＧ３−β、ＲＥＧ３−γ、ＬＣＮ２およびＭＩＦを含む種々の生物マーカーのダウンレギュレーションを招いた。予防および治療の両方のプロトコールにおける抗ＩＬ−２３ｐ１９処理後に、ＩＬ−６、ラクトフェリン、ＧＰＸ−２およびＧＰ−３９を含む他の生物マーカーもダウンレギュレーションされた。これとは対照的に、ＤＭＢＴ１は疾患においてアップレギュレーションされたが、予防または治療のいずれのプロトコールにおいても、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体処理により減少しなかった（データ非表示）。
【０２３５】
遺伝子発現を測定することにより得られた、本実施例ならびに図１１および１２に記載されている結果は、対応タンパク質のレベルも増加すること、したがって、それらが病態および治療応答に関する良好な生物マーカーとなることを示唆している。
【実施例１９】
【０２３６】
ＩＬ−６
実施例１８に記載されているＴ細胞マウス大腸炎モデルにおいてＩＬ−６の遺伝子発現レベルを決定した。簡潔に説明すると、Ｔ細胞導入マウスをいずれの抗体でも処理しないか、またはアイソタイプ対照抗体で処理するか、または抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理した。予防様態（すなわち、Ｔ細胞導入と同じ日に抗体を加える）または治療様態（すなわち、大腸炎の発症後、すなわち、Ｔ細胞導入の４週間後に抗体を加える）のいずれかで、抗体を投与した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｈおよび１２Ｈに示す。どちらの場合も、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体はＩＬ−６発現をバックグラウンドレベルの近くまで減少させた。
【０２３７】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイ、または例えば商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えばＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＩＬ−６イムノアッセイキット（カタログＤ６０５０）を使用して、ＩＬ−６レベルを決定することが可能である。
【実施例２０】
【０２３８】
ＩＬ−１７
実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、ＩＬ−１７の遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｂおよび１２Ｂに示す。ＩＬ−１７発現は、予防様態において抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物においては幾分減少し（図１１Ｂ）、治療様態においては若干減少した。
【０２３９】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイ、または例えば商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えばＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＩＬ−１７イムノアッセイキット（カタログＤ１７００）を使用して、ＩＬ−７レベルを決定することが可能である。
【実施例２１】
【０２４０】
ラクトフェリン
実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、ラクトフェリンの遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｉおよび１２Ｉに示す。該治療データにおける外れ値データ点が該データの解釈を複雑にしているものの（図１２Ｉ）、どちらの場合にも、ラクトフェリン発現は、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物において減少した。
【０２４１】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイ、または例えば商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えばＨｙＣｕｌｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｂ．Ｖ．（Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）のヒトラクトフェリンＥＬＩＳＡキット（カタログＨＫ３２９）およびＡｓｓａｙＰｒｏ（Ｓｔ．Ｃｈａｒｌｅｓ，Ｍｉｓｓｏｕｒｉ，ＵＳＡ）のＡｓｓａｙＭａｘヒトラクトフェリンＥＬＩＳＡキット（カタログＥＬ２００１−１）を使用して、ラクトフェリンのレベルを決定することが可能である。
【実施例２２】
【０２４２】
ＧＰ−３９
ＧＰ−３９は、対照サンプルと比較してヒトクローン病血清サンプルにおいては有意に上昇すること、および潰瘍性大腸炎血清サンプルにおいては非有意に上昇することが判明した。
【０２４３】
ＧＰ−３９遺伝子発現はＩＢＤマウスにおいて上昇し、ＧＰ−３９遺伝子発現の戻りは一般に用量依存性であり、抗ＩＬ−２３Ｒ抗体の、より高い用量は、より低い用量より完全な戻りを示した（図９Ｂ）。図９Ｂにおいては、「ナイーブ」は非罹患動物（抗ＣＤ４０が投与されていない動物）を意味するが、全ての他のデータは、ＰＢＳ、ビヒクルまたは種々の濃度の治療用または対照抗体で処理（治療）されたＩＢＤマウスに関するものである。
【０２４４】
また、実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、ＧＰ−３９（ＹＫＬ−４０）の遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｊおよび１２Ｊに示す。どちらの場合にも、ＧＰ−３９発現は、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物において減少した。
【実施例２３】
【０２４５】
ＧＰＸ−２
実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、ＧＰＸ−２の遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｋおよび１２Ｋに示す。ＧＰＸ−２発現は、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物においては有意に減少した。
【０２４６】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイを使用して、または例えば商業的に入手可能な抗体、例えばＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のモノクローナル抗ヒトＧＰＸ２抗体（カタログＭＡＢ５４７０）の使用によるウエスタンブロットを行うことにより、ＧＰＸ−２のレベルを決定することが可能である。
【実施例２４】
【０２４７】
ＧＰＸ−３
クローン病患者およびＵＣ患者から、ならびにマッチングされた正常対照から得たヒト血清サンプルにおいて、ＧＰＸ−３タンパク質レベルを決定した。実施例４および１３を参照されたい。ＧＰＸ−３レベルはＵＣ患者においては有意に上昇したが、クローン病患者においてはそれより遥かに低い度合でそれが生じ、このことは、ＧＰＸ−３がＵＣとクローン病との鑑別診断に有用でありうることを示唆している。クローン病患者はいずれも、約８０００ｎｇ／ｍｌ（正常被験者で見られるレベルの約２倍）を超えるカルプロテクチンレベルを示さないが、潰瘍性大腸炎患者では１８名中１１名がそれを示したことを、図１０は示している。実施例２９を参照されたい。
【０２４８】
ＧＰＸ−３は、Ａｌｐｃｏ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，Ｎｅｗ  Ｈａｎｐｓｈｉｒｅ）のグルタチオンペルオキシダーゼ３  ＥＩＡ（カタログ４４−ＧＰＸＨＵ−Ｅ０ｌ）を使用して検出した。
【実施例２５】
【０２４９】
好中球エラスターゼ
実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、好中球エラスターゼの遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｋおよび１２Ｌに示す。好中球エラスターゼ発現は、治療プロトコールにおいては、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処理された動物において減少したが（図１２Ｌ）、低い絶対的発現レベルが該予防データの解釈を妨げている（図１１Ｌ）。
【０２５０】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイを使用して、または例えば商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えばＨｙＣｕＩｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｂ．Ｖ．（Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）のヒト好中球エラスターゼＥＬＩＳＡキット（カタログＨＫ３１９）を使用して、好中球エラスターゼレベルを決定することが可能である。
【実施例２６】
【０２５１】
ＴＮＦ−α
実施例１９にＩＬ−６に関して記載されているのと実質的に同じ方法により、該Ｔ細胞マウス大腸炎モデルにおいて、ＴＮＦ−αの遺伝子発現レベルを決定した。予防的および治療的処理実験の結果をそれぞれ図１１Ｃおよび１２Ｃに示す。ばらつきが該治療処理データ（図１２Ｃ）の解釈を複雑にしているものの、抗ＩＬ−２３ｐ１９抗体で処置された動物においてはＴＮＦ−α発現は実質的にバックグラウンドレベルまで減少した。
【０２５２】
ヒトにおける生物マーカーとしての使用のために、特別に設計されたＥＬＩＳＡアッセイを使用して、または例えば商業的に入手可能なＥＬＩＳＡキット、例えばＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，ＵＳＡ）のＱｕａｎｔｉｋｉｎｅ（登録商標）ヒトＴＮＦ−αイムノアッセイキット（カタログＤＴＡ００Ｃ）を使用して、ＴＮＦ−αレベルを決定することが可能である。
【実施例２７】
【０２５３】
ＧＰＸ−３およびＭＩＦを含む血清に関する潰瘍性大腸炎生物マーカーパネルの妥当性評価
実施例１３（前記）に記載されているのと実質的に同じ方法により、ＧＰＸ−３およびＭＩＦを含む本発明の血清生物マーカーパネルをヒト潰瘍性大腸炎サンプルに対して妥当性評価した。簡潔に説明すると、１８名の潰瘍性大腸炎患者および１８名の非ＩＢＤ被験者から得た血清サンプルを、（前記実施例に記載されているのと実質的に同じ方法により）ＧＰＸ−３およびＭＩＦのレベルに関してＥＬＩＳＡにより分析した。各アッセイに含まれる標準曲線との比較により、レベルを算出した。ＵＣと非ＵＣサンプルとを最良に識別しうる生物マーカーの組合せを決定する際には、多変量判別分析（ＪＭＰ（登録商標）Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，Ｎｏｒｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ，ＵＳＡ）を用いた。
【０２５４】
ＧＰＸ−３およびＭＩＦの組合せが潰瘍性大腸炎を特に良く予測することが判明した。ＧＰＸ３単独の場合には、７個（１９％）のサンプルの過誤分類を伴って潰瘍性大腸炎が予測されたが、ＧＰＸ−およびＭＩＦの結果を組合せた場合には、１個（３％）のサンプルのみが過誤分類された。総合すると、ＧＰＸ−３およびＭＩＦの生物マーカーパネルは、９７％の信頼性を有する、潰瘍性大腸炎の有力な予測因子に相当する。実施例１４〜１５（前記）に記載されているクローン病生物マーカーのパネルの使用の類推により、ＵＣ生物マーカーのこのパネルは有用でありうる。
【実施例２８】
【０２５５】
ＧＰ−３９、ＣＣＬ２０および／またはＬＣＮ２を含む血清に関するクローン病生物マーカーパネルの妥当性評価
ＧＰ−３９、ＣＣＬ２０および／またはＬＣＮ２を含む血清生物マーカーのセットは以下のとおりにクローン病患者に関する診断用となると判定された。実施例１３に記載されているとおりに、同じ１８個のクローン病サンプルおよび１８個の非クローン病サンプルを使用した。血清生物マーカータンパク質レベルをＥＬＩＳＡにより決定した。決定木分析を用いて、ＬＣＮ−２のレベルが約５７ｎｇ／ｍｌ以上である又はＣＣＬ−２０およびＧＰ−３９のレベルがそれぞれ約２１ｐｇ／ｍｌおよび９３ｎｇ／ｍｌ以上である場合に（対照非ＩＢＤ被験者との比較において）クローン病患者由来のものとしてサンプルが正確に分類されうることが判明した。
【実施例２９】
【０２５６】
ＬＣＮ２およびＭＩＦを含む血清に関するクローン病生物マーカーパネルの妥当性評価
ＬＣＮ２およびＭＩＦを含む血清生物マーカーのセットは以下のとおりに潰瘍性大腸炎患者に関する診断用となると判定された。実施例２６に記載されているとおりに、同じ１８個のＵＣサンプルおよび１８個の非ＵＣサンプルを使用した。血清生物マーカータンパク質レベルをＥＬＩＳＡにより決定した。決定木分析を用いて、ＭＩＦのレベルが約４．１ｎｇ／ｍｌ以上である、かつ、ＬＣＮ２のレベルが約６．３ｎｇ／ｍｌ以上である場合に（対照非ＩＢＤ被験者との比較において）潰瘍性大腸炎患者からのものとして被験者が正確に分類されうることが判明した。
【実施例３０】
【０２５７】
ＬＣＮ２、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体）およびＧＰＸ−３を使用するクローン病および潰瘍性大腸炎の鑑別診断
クローン病を有すると診断された統計的に有意な数のヒト被験者、潰瘍性大腸炎を有すると診断された統計的に有意な数のヒト被験者、およびいずれの形態の炎症性腸障害をも有さない対照被験者から、血液サンプルを得る。ついで血清を以下の生物マーカータンパク質のレベルに関して分析する：ＬＣＮ２、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体）およびＧＰＸ−３。タンパク質レベルをＥＬＩＳＡにより決定する。統計的有意性を得るのに必要な被験者の数は、群間で観察される生物マーカーレベルの差の大きさ、および群内の生物マーカーレベルにおける分散に左右され、この種の研究では一般的であるとおり、サンプルサイズの調節を要するかもしれない。クローン病患者をＵＣ患者から最良に識別しうる生物マーカーのレベルを決定するために、データを例えば決定木分析により分析する。
【０２５８】
これらの対照データが得られれば、大腸炎の症状を示す被験者は、以下のとおりに、クローン病または潰瘍性大腸炎を有すると診断されうる。血液サンプルを該患者から得、血清をＬＣＮ２、カルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体）およびＧＰＸ−３のレベルに関してＥＬＩＳＡにより分析する。ついで該被験者の生物マーカーレベルを既知のクローン病患者および潰瘍性大腸炎患者（前段落に記載されているとおり）の血清に関するレベルと比較する。クローン病サンプルにおけるレベルには類似しているが潰瘍性大腸炎サンプルにおけるレベルには非類似の生物マーカーレベルを有するサンプルは、クローン病を有する患者を示す（逆も成り立つ）。
【０２５９】
例えば、本明細書に記載されているデータに基づき、約５０ｎｇ／ｍｌ以上のＬＣＮ２の血清レベルを有する被験者は、約３００ｎｇ／ｍｌ以上のカルプロテクチン（Ｓ１００Ａ８／Ａ９複合体）の血清レベルを有する被験者と同様に、潰瘍性大腸炎よりもクローン病に罹患している可能性が高い。図４Ｂおよび６Ｆを参照されたい。約８０００ｎｇ／ｍｌ以上のＧＰＸ−３の血清レベルを有する被験者はクローン病よりも潰瘍性大腸炎に罹患している可能性が高い。図１０を参照されたい。前記観察の組合せがより確固たる診断につながる可能性がある。例えば、＞５０ｎｇ／ｍｌ  ＬＣＮ２、＞３００ｎｇ／ｍｌ  カルプロテクチンおよび＜８０００ｎｇ／ｍｌ  ＧＰＸ−３の血清レベルの２以上の組合せを有する被験者は、潰瘍性大腸炎ではなくクローン病に罹患している可能性が特に高いであろう。
【０２６０】
表５は配列表における配列の簡潔な説明を示す。
【表７】
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【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図５Ｇ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
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【図６Ｅ】
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【図６Ｆ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図１０】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１１Ｃ】
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【図１１Ｄ】
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【図１１Ｅ】
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【図１１Ｆ】
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【図１１Ｇ】
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【図１１Ｈ】
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【図１１Ｉ】
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【図１１Ｊ】
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【図１１Ｋ】
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【図１１Ｌ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１２Ｃ】
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【図１２Ｄ】
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【図１２Ｅ】
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【図１２Ｆ】
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【図１２Ｇ】
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【図１２Ｈ】
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【図１２Ｉ】
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【図１２Ｊ】
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【図１２Ｋ】
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【図１２Ｌ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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