(57)【要約】  本発明は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）のイメージング、診断、又は予後診断のための、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡに選択的に結合する結合部分を提供する。場合によって、前記部分は、抗体又はその抗原結合断片である。有利には、前記部分は、容易に検出可能な部分も含む。本発明は、ＥＯＣ細胞のイメージング方法及び個体におけるＥＯＣの診断又は予後診断方法も提供する。本発明の更なる態様は、試験する細胞サンプルにおける遺伝子発現パターンを分析する工程、及びそれを既知のリンパ腫細胞のサンプルの遺伝子発現パターンと比較する工程を含む、ＥＯＣと関連する細胞を同定する方法を提供する。好ましくは、試験する細胞は、Ｓｏｘ１１発現が正常なＢ細胞と比較して上方制御されている場合には、ＥＯＣ細胞と同定される。好ましくは、ＥＯＣ細胞は、Ｓｏｘ１１発現が非癌性上皮性卵巣細胞と比較して上方制御されている場合には、改善した無再発生存率に関連するものであると同定される。好ましくは、ＥＯＣ細胞は、Ｓｏｘ１１発現が、非癌性上皮性卵巣細胞と比較して類似しているか又は下方制御される場合には、減少した無再発生存率と関連するものとして同定される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断及び／又は予後診断に使用するための、Ｓｏｘ１１タンパク質又はＳｏｘ１１タンパク質をコードする核酸分子に選択的に結合することができる結合部分。
【請求項２】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を検出するための、Ｓｏｘ１１タンパク質又はＳｏｘ１１タンパク質をコードする核酸分子に選択的に結合することができる結合部分。
【請求項３】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断のための、請求項１に記載の結合部分。
【請求項４】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の予後診断のための、請求項１に記載の結合部分。
【請求項５】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項１から４のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項６】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項５に記載の結合部分。
【請求項７】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項５に記載の結合部分。
【請求項８】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項５に記載の結合部分。
【請求項９】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項５に記載の結合部分。
【請求項１０】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能なＥＯＣである、請求項５に記載の結合部分。
【請求項１１】
インビボで使用するための、請求項１から１０のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１２】
インビトロで使用するための、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１３】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための唯一のバイオマーカーとしてＳｏｘ１１発現の検出に使用するための、請求項１から１２のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１４】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための１つ又は複数の追加のバイオマーカーを検出するための１つ又は複数の追加の結合部分と組み合わせて使用するための、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１５】
２０未満の追加の結合部分、例えば、１５、１０、８，６、５、４、３、若しくは２未満、又は１の追加の結合部分と組み合わせて使用するための、請求項１４に記載の結合部分。
【請求項１６】
Ｓｏｘ１１の核及び／又は細胞質の発現を検出するための、請求項１から１５のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１７】
Ｓｏｘ１１タンパク質に選択的に結合することができる、請求項１から１６のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項１８】
配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチド及び／又はその天然のバリアントに選択的に結合することができる、請求項１７に記載の結合部分。
【請求項１９】
ポリペプチドを含むか又はからなる、請求項１から１８のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項２０】
抗体又はその抗原結合断片若しくはバリアントを含むか又はからなる、請求項１９に記載の結合部分。
【請求項２１】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項２０に記載の結合部分。
【請求項２２】
前記抗体又はその抗原結合断片若しくはバリアントが、Ｆｖ断片、Ｆａｂ様断片、単一可変ドメイン、及びドメイン抗体からなる群から選択される、請求項２０又は２１に記載の結合部分。
【請求項２３】
前記抗体又はその抗原結合断片若しくはバリアントがヒト化されている、請求項２０から２２のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項２４】
Ｓｏｘ１１タンパク質をコードする核酸分子に選択的に結合することができる、請求項１から１６のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項２５】
配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチド及び／又はその天然のバリアントをコードする核酸分子に選択的に結合することができる、請求項２４に記載の結合部分。
【請求項２６】
核酸分子を含むか又はからなる、請求項２４又は２５に記載の結合部分。
【請求項２７】
ＤＮＡ分子を含むか又はからなる、請求項２４に記載の結合部分。
【請求項２８】
配列番号２のヌクレオチド配列の断片、その相補的配列、又はそのバリアントを含むか又はからなる、請求項２４から２７のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項２９】
前記核酸分子が５から１００ヌクレオチド長である、請求項２６から２８のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項３０】
前記核酸分子が１５から３５ヌクレオチド長である、請求項２９に記載の結合部分。
【請求項３１】
検出可能な部分を含む、請求項１から３０のいずれか一項に記載の結合部分。
【請求項３２】
前記検出可能な部分が放射性原子を含むか又はからなる、請求項３１に記載の結合部分。
【請求項３３】
前記放射性原子が、テクネチウム−９９ｍ、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１２５、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、リン−３２、硫黄−３５、重水素、三重水素、レニウム−１８６、レニウム−１８８、及びイットリウム−９０からなる群から選択される、請求項３２に記載の結合部分。
【請求項３４】
個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を診断する方法であって、
（ａ）個体由来の上皮性卵巣細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する個体の指標である、方法。
【請求項３５】
高レベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する個体の指標である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項３４又は３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４１】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能ＥＯＣである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】
個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の予後診断をする方法であって、
（ａ）個体由来の上皮性卵巣癌細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが無再発生存率（ＲＦＳ）の改善した個体の指標である、方法。
【請求項４３】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能ＥＯＣである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４９】
高レベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、無再発生存率（ＲＦＳ）の改善した個体の指標である、請求項４２から４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
低レベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、無再発生存率（ＲＦＳ）が低下した個体の指標である、請求項４２から４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を検出する方法であって、
（ａ）個体由来の上皮性卵巣細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を有する個体の指標である、方法。
【請求項５２】
高レベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を有する細胞の指標である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項５１又は５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能ＥＯＣである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５９】
インビボで実施される、請求項３４から５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
インビトロで実施される、請求項３４から５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
Ｓｏｘ１１が唯一のバイオマーカーとして使用される、請求項３４から６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
Ｓｏｘ１１がＥＯＣを診断又は予後診断するための１又は複数の追加のバイオマーカーと組み合わせて使用される、請求項３４から６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
２０未満の追加のバイオマーカー、例えば、１５、１０、８、６、５、４、３、若しくは２未満、又は１の追加のバイオマーカーを使用する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
Ｓｏｘ１１の核及び／又は細胞質の発現を検出する工程を含む、請求項３４から６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
試験する前記細胞サンプルが組織サンプルの形態にある、請求項３４から６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
前記サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程が、請求項１から３１のいずれか一項に記載の結合部分を使用して実施される、請求項３４から６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
試験する細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を、対照サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量と比較する工程をさらに含む、請求項３４から６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記対照サンプルが、非癌性上皮性卵巣細胞を含むか又はからなる陰性対照サンプルである、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記対照サンプルが、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を含むか又はからなる陽性対照サンプルである、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞が、高い無再発生存率（ＲＦＳ）に関連するＥＯＣ細胞である、請求項６７に記載の方法。
【請求項７１】
前記上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞が、低い無再発生存率（ＲＦＳ）に関連するＥＯＣ細胞である、請求項６７に記載の方法。
【請求項７２】
マクロアレイスクリーニング、マイクロアレイスクリーニング、ナノアレイスクリーニング、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、又はインサイチュＰＣＲからなる群から選択される方法を使用して工程（ｂ）が実施される、請求項３４から７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
請求項１から３３のいずれか一項に記載の結合部分の有効量を個体に投与する工程を含む、個体の身体内における上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞をイメージングする方法。
【請求項７４】
個体における前記結合部分の位置を検出する工程をさらに含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を診断するための医薬の調製における、請求項１から３３のいずれか一項に記載の結合部分の使用。
【請求項７６】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を予後診断するための医薬の調製における、請求項１から３３のいずれか一項に記載の結合部分の使用。
【請求項７７】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を診断するためのバイオマーカーとしての、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はＳｏｘ１１タンパク質をコードするｍＲＮＡの使用。
【請求項７８】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を予後診断するためのバイオマーカーとしての、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はＳｏｘ１１タンパク質をコードするｍＲＮＡの使用。
【請求項７９】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項７５から７８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項８０】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項７９に記載の使用。
【請求項８１】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項７９に記載の使用。
【請求項８２】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項７９に記載の使用。
【請求項８３】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項７９に記載の使用。
【請求項８４】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能ＥＯＣである、請求項７９に記載の使用。
【請求項８５】
Ｓｏｘ１１が唯一のバイオマーカーとして使用される、請求項７７から８４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項８６】
Ｓｏｘ１１が１つ又は複数の追加のバイオマーカーと組み合わせて使用される、請求項７７から８４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項８７】
２０未満の追加のバイオマーカー、例えば、１５、１０、８、６、５、４、３、若しくは２未満、又は１の追加のバイオマーカーを使用する、請求項８６に記載の使用。
【請求項８８】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断及び／又は予後診断における有効性を有する分子のスクリーニング方法であって、
（ａ）Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はＳｏｘ１１タンパク質をコードするｍＲＮＡ（又は前記タンパク質若しくはｍＲＮＡの断片）と試験する分子を接触させる工程；及び
（ｂ）前記タンパク質及び／又はｍＲＮＡ（又はそれらの断片）及び試験する分子を含む複合体の存在を検出する工程
を含む、方法。
【請求項８９】
前記ＥＯＣが、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記ＥＯＣが漿液ＥＯＣである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記ＥＯＣが粘液ＥＯＣである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９２】
前記ＥＯＣが類内膜ＥＯＣである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９３】
前記ＥＯＣが明細胞ＥＯＣである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９４】
前記ＥＯＣが未分化又は分類不可能ＥＯＣである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９５】
本明細書に実質的に開示されている、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための結合部分。
【請求項９６】
本明細書に実質的に開示されている、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞の検出のための結合部分。
【請求項９７】
本明細書に実質的に開示されている、個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断方法。
【請求項９８】
本明細書に実質的に開示されている、個体の身体における上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞のイメージング方法。
【請求項９９】
本明細書に実質的に開示されている、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための医薬の調製における結合部分の使用。
【請求項１００】
本明細書に実質的に開示されている、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞のマーカーとしての、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はＳｏｘ１１タンパク質をコードするｍＲＮＡの使用。
【請求項１０１】
本明細書に実質的に開示されている、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断、予後診断、及び／又は治療における有効性を有する分子のスクリーニング方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断、予後診断、及びイメージングのための新規薬剤並びにその使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）は、婦人科悪性腫瘍による死亡の主要な原因であり、女性の死亡に関連する癌の５番目に最も一般的な原因である。２００８年には、２１６５０人の新しい卵巣癌のケースが米国において診断され、１５５２０人が前記疾患で死亡していると見積もられている（Jemal A, Siegel R, Ward E, et al. Cancer statistics, 2008. CA: a cancer journal for clinicians 2008;58:71-96）。ＥＯＣの発生率に対する生存の乏しい比率は、進行した段階において診断されるケースの割合が高いこと、及び進行した難治性疾患について効果的な治療方法が存在しないことに関連する。手術技術における改善及びベバシズマブなどのより標的化された治療法の出現にもかかわらず、ＥＯＣ患者の生存率は、５年で４５％である（Jemal A, Siegel R, Ward E, et al. Cancer statistics, 2008. CA: a cancer journal for clinicians 2008;58:71-96）。その様な芳しくない予後統計は、より良好な予後診断及び診断アッセイを開発し、新規治療標的を同定するように、ＥＯＣの分子機構の理解を改善することが緊急に必要とされていることを示す。
【０００３】
上皮性卵巣癌は、３つの主要な組織学的サプタイプ：漿液、粘液、及び類内膜を含む。漿液ＥＯＣは、漿液嚢腫、漿液良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性及び核異常を有するが浸潤性破壊的増殖（低悪性度又は境界悪性）を有しない漿液嚢胞腺腫、並びに漿液嚢胞腺癌を含む。粘液ＥＯＣは、粘液嚢腫、粘液良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性及び核異常を有するが浸潤性破壊的増殖（低悪性度又は境界悪性）を有しない粘液嚢胞腺腫、並びに粘液嚢胞腺癌を含む。類内膜ＥＯＣは、類内膜腫瘍（類内膜における腺癌に類似）、類内膜良性嚢胞、上皮細胞の増殖活性及び核異常を有するが浸潤性破壊的増殖（低悪性度又は境界悪性）を有しない類内膜腫瘍、並びに類内膜腺癌を含む。
【０００４】
２種のさらなる有病率の低い組織学的サブタイプも存在し、それらは明細胞及び未分化である。
【０００５】
加えて、ＥＯＣは、卵巣を越えて広がる程度に依存する、「ステージ」によって分類され得る。かくして、ステージＩは、１つ又は双方の卵巣に限定される卵巣癌として定義される。ステージＩＩは、骨盤内器官（例えば、子宮、卵管）に広がっているが、腹部器官には広がっていない卵巣癌として定義される。ステージＩＩＩは、腹部器官又はリンパ系（例えば、骨盤内又は腹部リンパ節、肝臓のリンパ節、腸のリンパ節）に広がった卵巣癌として定義される。最後に、ステージＩＶは、離れた部位（例えば、肺、肝臓内部、脳、首のリンパ節）に広がった卵巣癌として定義される。
【０００６】
ＥＯＣは、癌細胞の外観によっても悪性度を決定し得る。低い悪性度（又はグレード１）は、癌細胞が卵巣の正常細胞に非常に類似していることを意味する。それらは、通常、ゆっくりと増殖し、広がる可能性が低い。中程度の悪性度（又はグレード２）は、細胞が低い悪性度の細胞よりも異常に見えることを意味する。高い悪性度（又はグレード３）は、細胞が非常に異常に見えることを意味する。それらは、より速く増殖し、広がる可能性が高い。
【０００７】
かくして、大半の他の癌と同様に、ＥＯＣは、複雑な異種疾患であり、多くの悪性表現型をもたらす多数の遺伝的及びエピジェネティックな変化に影響を受けて制御される（Martin L and Schilder R. Novel approaches in advancing the treatment of epithelial ovarian cancer: the role of angiogenesis inhibition. Journal of clinical oncology 2007;25:2894-901; Naora H and Montell DJ. Ovarian cancer metastasis: integrating insights from disparate model organisms. Nature reviews 2005;5:355-66）。個々の腫瘍の特徴及びその一生は、経時的に得られる多数の体細胞変異（例えば、ＴＰ５３、ＰＴＥＮ、ＲＡＳ）及び環境要因（例えば、エストロゲン又はタバコに対する曝露）に対する宿主反応の継続的発展に由来することが現在よく認識されている（West M, Ginsburg G, Huang A, and Nevins J. Embracing the complexity of genomic data for personalized medicine. Genome Res 2006;16:559-66）。あるケースにおいては、これらの体細胞変異が、遺伝的な生殖細胞系の変異（例えば、ＢＲＣＡ１／２）に存在する（West M, Ginsburg G, Huang A, and Nevins J. Embracing the complexity of genomic data for personalized medicine. Genome Res 2006;16:559-66; Prat J, Ribe A, and Gallardo A. Hereditary ovarian cancer. Human pathology 2005;36:861-70）。治療的観点から、ＥＯＣは、腫瘍表現型、疾患転帰、及び治療に対する応答における広範な天然の不均一性によって表わされる、複雑な相互に関係する疾患の集まりであると解するのが最もよい。ＥＯＣの不均一性を正確に説明することができる診断及び予後診断用バイオマーカーを同定及び徹底的に評価することは、大きな課題である。加えて、正確な予測バイオマーカーは、現在の治療プロトコールを導き、新たな標的化治療法の開発及び適用を導くことが必要とされる。
【０００８】
ＤＮＡマイクロアレイ、質量分析器に基づくプロテオミクス、及びメタボロミクスなどの技術は、腫瘍形成の分子的及び遺伝的基礎の理解を改善する助けとなり、臨床腫瘍学の実践に新たな手法を加える機会を与えることによって、最近十年間にわたって翻訳研究に役立ってきた。「オミックテクノロジー」の基本的前提は、ゲノム（ＤＮＡ）、トランスクリプトーム（ＲＮＡ）、プロテオーム（タンパク質）、又はメタボローム（代謝産物）における変化の包括的な試験が、現在利用可能なものよりも優れた診断試験及び治療効果を提供することによって、疾患の生理及び機構の理解を与え得ることである（Brennan DJ, Kelly C, Rexhepaj E, et al. Contribution of DNA and Tissue Microarray Technology to the Identification and Validation of Biomarkers and Personalised Medicine in Breast Cancer. Cancer Genomics and Proteomics 2007;4:3-16）。癌生物学に対するＤＮＡマイクロアレイの適用は、特に、腫瘍の病態生理学的経路及び相互作用の複雑性の理解を増え続けさせるという結果をもたらした（Duffy MJ, Kelly ZD, Culhane AC, O'Brien S, and Gallagher WM. DNA microarray-based gene expression profiling in cancer: aiding cancer diagnosis, assessing prognosis and predicting response to therapy. Current Pharmacogenomics 2005;3:289-304; Brennan DJ, O'Brien SL, Fagan A, et al. Application of DNA microarray technology in determining breast cancer prognosis and therapeutic response. Expert Opin Biol Ther 2005;5:1069-83）。癌などの疾患状態及び正常状態の双方における遺伝子の機能分類を解明する目的で、トランスクリプトミクス評価によって、遺伝子型−表現型の相関関係の研究が促進された（Brennan D, O'Brien S, Fagan A, et al. Application of DNA microarray technology in determining breast cancer prognosis and therapeutic response. Expert Opin Biol Ther 2005;5:1069-83）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Jemal A, Siegel R, Ward E, et al. Cancer statistics, 2008. CA: a cancer journal for clinicians 2008;58:71-96
【非特許文献２】Martin L and Schilder R. Novel approaches in advancing the treatment of epithelial ovarian cancer: the role of angiogenesis inhibition. Journal of clinical oncology 2007;25:2894-901
【非特許文献３】Naora H and Montell DJ. Ovarian cancer metastasis: integrating insights from disparate model organisms. Nature reviews 2005;5:355-66
【非特許文献４】West M, Ginsburg G, Huang A, and Nevins J. Embracing the complexity of genomic data for personalized medicine. Genome Res 2006;16:559-66
【非特許文献５】Prat J, Ribe A, and Gallardo A. Hereditary ovarian cancer. Human pathology 2005;36:861-70
【非特許文献６】Brennan DJ, Kelly C, Rexhepaj E, et al. Contribution of DNA and Tissue Microarray Technology to the Identification and Validation of Biomarkers and Personalised Medicine in Breast Cancer. Cancer Genomics and Proteomics 2007;4:3-16
【非特許文献７】Duffy MJ, Kelly ZD, Culhane AC, O’Brien S, and Gallagher WM. DNA microarray-based gene expression profiling in cancer: aiding cancer diagnosis, assessing prognosis and predicting response to therapy. Current Pharmacogenomics 2005;3:289-304
【非特許文献８】Brennan DJ, O'Brien SL, Fagan A, et al. Application of DNA microarray technology in determining breast cancer prognosis and therapeutic response. Expert Opin Biol Ther 2005;5:1069-83
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
しかしながら、ＥＯＣの診断及び予後診断のための薬剤及び方法を改善する必要が依然として存在する。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
本発明の第一の態様は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断に使用するための、Ｓｏｘ１１タンパク質又はそれをコードする核酸分子に選択的に結合することができる結合部分を提供することである。
【００１２】
本発明は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断剤の調製における、Ｓｏｘ１１タンパク質又はそれをコードする核酸分子に選択的に結合することができる結合部分の使用も提供すると解されるであろう。
【００１３】
「Ｓｏｘ１１タンパク質」は、本明細書に添付した図４に示すヒトＳｏｘ１１並びにその天然のホモログのアミノ酸配列を含む。
【００１４】
かくして、データベース登録番号ＢＡＡ８８１２２、ＡＡＨ２５７８９、ＡＡＢ０８５１８、ＡＡＨ２５７８９、及びＰ３５７１６によって特定されるＳｏｘ１１タンパク質も含む。
【００１５】
本発明者は、驚くべきことに、免疫組織化学分析を使用して、ＥＯＣの新規診断／予後診断用抗原としてＳｏｘ１１を同定した。これは、ＥＯＣ細胞におけるＳｏｘ１１の過剰発現だけでなく、低リスクのＥＯＣ群に対する高リスクのＥＯＣ群におけるＳｏｘ１１の異なる発現を示す最初の報告である。かくして、Ｓｏｘ１１は、ＥＯＣ患者を診断するための有益なマーカーを提供し、この進行した悪性度の正確な診断及び／又は予後診断に役立つ。
【００１６】
「診断」は、個体が罹患している可能性がある癌の存在及び／又はタイプを同定するための行為又は方法を含む。かくして、１つの実施態様では、診断は、１つ又は複数の他の癌からの特定の癌のタイプ、すなわち、ＥＯＣの区別も含む。代替的な実施態様では、本発明の結合部分は、全生存率及び／又は癌特異的生存率に基づく臨床的に関連する群にＥＯＣ患者を分類するのに使用するためのものである。
【００１７】
「予後診断」は、起こり得る癌の経過及び結果を予測する、例えば、生存確率及び／又は無再発生存（ＲＦＳ）確率を決定する行為又は方法を含む。
【００１８】
「結合部分」は、Ｓｏｘ１１タンパク質又はそれをコードするｍＲＮＡに結合することができる分子又は存在を意味する。
【００１９】
本発明の結合部分は、任意の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、未分化又は分類不可能）のＥＯＣの診断又は予後診断のために使用され得ると当業者に理解されるであろう。
【００２０】
１つの実施態様では、前記結合部分は、特定の組織学的サブタイプに属するＥＯＣを診断又は予後診断するのに使用するためのものである。かくして、ＥＯＣは、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能からなる群から選択される組織学的サブタイプに属するものであり得る。
【００２１】
同様に、前記結合部分は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞に関連するＥＯＣを診断又は予後診断するのに使用するためのものであり得る。
【００２２】
本発明の結合部分はインビボ又はインビトロで使用され得るとも解されるであろう。
【００２３】
１つの実施態様では、本発明の結合部分は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）のための唯一のバイオマーカーとしてＳｏｘ１１発現の検出に使用するためのものである。例えば、Ｓｏｘ１１発現は、１つ又は複数の他の癌からＥＯＣを区別するための唯一のバイオマーカーとして使用され得る。
【００２４】
代替的に、本発明の結合部分は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）のための１つ又は複数の追加のバイオマーカーを検出する１つ又は複数の追加の結合部分と組み合わせて使用するためのものであり得る。かくして、前記結合部分は、２０未満の追加の結合部分、例えば、１５、１０、８、６、５、４、３、若しくは２未満又は１の追加の結合部分と組み合わせて使用するためのものであり得る。
【００２５】
１つの特定の実施態様では、本発明の結合部分は、Ｓｏｘ１１の核及び／又は細胞質発現を検出するためのものである。
【００２６】
「選択的に結合する」は、他のポリペプチド又は核酸よりもＳｏｘ１１に強力に、好ましくは少なくとも１０倍強力に、より好ましくは少なくとも５０倍強力に、さらに好ましくは少なくとも１００倍強力に結合する結合部分を含む。好ましくは、前記結合部分は、Ｓｏｘ１１ポリペプチド又は核酸にのみ結合する。
【００２７】
本明細書で使用する用語「ポリペプチド」は、ペプチド結合を介して共に結合している複数のアミノ酸を意味する。用語「ペプチド」は用語「ポリペプチド」と互換的に使用され得るが、ペプチドは２以上のポリペプチドからなってよい。
【００２８】
本明細書で使用する用語「アミノ酸」は、標準的な２０の遺伝子にコードされるアミノ酸、並びに「Ｄ」体（天然の「Ｌ」体に対して）の対応する立体異性体、オメガアミノ酸、他の天然アミノ酸、特殊なアミノ酸（例えば、α，α−二置換アミノ酸、Ｎ−アルキルアミノ酸など）、及び化学的に誘導体化したアミノ酸を含む。
【００２９】
アミノ酸が具体的に、例えば、「アラニン」又は「Ａｌａ」又は「Ａ」と列挙される際は、そうではないと明示されていない限り、その用語はＬ−アラニン及びＤ−アラニンの双方を示す。他の特殊なアミノ酸も、所望の機能特性がポリペプチドによって保持される限り、本発明のポリペプチドに適切な成分であり得る。示されるペプチドについて、各々のコードされるアミノ酸残基は、適当な場合には、従来のアミノ酸の慣用名に対応する一文字表記によって表わされる。
【００３０】
本発明の核酸に基づく結合部分は、好ましくはＤＮＡであるが、ＲＮＡ又はＰＮＡなどの人工核酸であり得る。
【００３１】
本発明の第二の態様は、サンプル中の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞の検出に使用するための、Ｓｏｘ１１タンパク質又はそれをコードする核酸に選択的に結合することができる結合部分を提供する。
【００３２】
１つの実施態様では、前記結合部分は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣの検出に使用するためのものである。
【００３３】
同様に、前記結合部分は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞に関連するＥＯＣの検出に使用するためのものであり得る。
【００３４】
本発明の１つの実施態様は、Ｓｏｘ１１タンパク質に選択的に結合することができる第一又は第二の態様の結合部分を提供することである。好ましくは、Ｓｏｘ１１タンパク質はヒトタンパク質である。
【００３５】
好都合には、前記結合部分は、配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチド（図４参照のこと）及び／又はその天然のバリアントに選択的に結合することができる。
【００３６】
「天然のバリアント」は、天然で認められるＳｏｘ１１タンパク質、例えば、対立遺伝子バリアントを含む。
【００３７】
ポリペプチドのバリアントは、既知のアミノ酸配列に対して少なくとも６０％の同一性、好ましくは前記配列に対して少なくとも７０％又は８０％又は８５％又は９０％の同一性、より好ましくは配列番号１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する配列を含むポリペプチドを含む、
【００３８】
同一性の割合は、例えばパラメータとしてグローバルアラインメントオプション(global alignment option)、スコアリングマトリックス(scoring matrix) ＢＬＯＳＵＭ６２、オープニングギャップペナルティー(opening gap penalty)−１４、エクステンディングギャップぺナルティー(extending gap penalty)−４を使うエクスパシーファシリティーサイト（http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html）のＬＡＬＩＧＮプログラム（Huang and Miller, Adv. Appl. Math. (1991) 12:337-357）によって決定することができる。代替的には、２つのポリペプチド間の配列同一性の割合は、適切なコンピュータプログラム、例えば、ウィスコンシン大学ジェネティックコンピューティンググループ(the University of Wisconsin Genetic Computing Group)のＧＡＰプログラムを使用して決定してよく、同一性の割合は、その配列を至適に整列させたポリペプチドに対して算出されると解されるであろう。
【００３９】
好ましくは、前記結合部分は、ポリペプチドを含むか又はからなる。
【００４０】
ポリペプチドの結合部分は、スクリーニングによって同定することができる。標的タンパク質又はポリペプチドに選択的に結合するペプチド又は他の分子を同定するための適切な方法又はスクリーニングは、結合が生じる条件下において標的タンパク質又はポリペプチドを試験ペプチド又は他の分子と接触させ、次いで、試験分子又はペプチドが標的タンパク質又はペプチドに結合するか否かを測定する工程を含み得る。
【００４１】
２つの部分の間の結合を検出する方法は、生化学の技術分野でよく知られている。好ましくは、ファージディスプレイといった既知の技術を使用して、結合部分として使用するのに適切なペプチド又は他のリガンド分子を同定する。代替的な方法には、酵母ツーハイブリッドシステムが含まれる。
【００４２】
より好ましくは、前記結合部位は、抗体、抗原結合断片、又はそれらのバリアントを含むか又はそれらからなる。
【００４３】
「抗体」は、実質的に完全な抗体分子、並びにキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体（天然のヒト抗体に対して少なくとも１つのアミノ酸が変異している）、単鎖抗体、二特異性抗体、抗体重鎖、抗体軽鎖、抗体重鎖及び／又は軽鎖のホモ二量体及びヘテロ二量体、及び抗原結合断片、並びにそれらのバリアントを含む。
【００４４】
「抗原結合断片」は、Ｓｏｘ１１タンパク質に結合することができる抗体の機能的断片を意味する。
【００４５】
好ましくは、前記抗源結合断片は、Ｆｖ断片（例えば、単鎖Ｆｖ及びジスルフィド結合したＦｖ）、Ｆａｂ様断片（例えば、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、及びＦ（ａｂ）２断片）、単鎖可変ドメイン（例えば、ＶＨ及びＶＬドメイン）、及びドメイン抗体（ｄＡｂ、シングルフォーマット及びデュアルフォーマット［すなわち、ｄＡｂ−リンカー−ｄＡｂ］を含む）からなる群から選択される。
【００４６】
抗体全体ではなく、抗体断片を使用する利点は数倍ある。より小さなサイズの断片は、固形組織に良好に浸透するなどの改善された薬理学的特性をもたらし得る。さらに、Ｆａｂ、Ｆｖ、ＳｃＦｖ、及びｄＡｂ抗体断片などの抗原結合断片は、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）で発現及び分泌させ、前記断片の容易な大量生産が可能である。
【００４７】
修飾された態様の抗体及びその抗原結合断片、例えば、ポリエチレングリコール又は他の適切なポリマーの共有結合によって修飾されたものも本発明の範囲内である。
【００４８】
抗体及び抗体断片を産生する方法は、当該技術分野においてよく知られている。例えば、抗体は、抗体分子のインビボ生産の誘導、免疫グロブリンライブラリーのスクリーニング（Orlandi. et al, 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86:3833-3837; Winter et al., 1991, Nature 349:293-299)）、又は培養細胞株によるモノクローナル抗体分子の産生を利用する幾つかの方法のいずれか１つによって産生し得る。これらは、ハイブリドーマ技術、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、及びエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）ハイブリドーマ技術（Kohler et al., 1975. Nature 256:4950497; Kozbor et al., 1985. J. Immunol. Methods 81:31-42; Cote et al., 1983. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:2026-2030; Cole et al., 1984. Mol. Cell. Biol. 62:109-120）を含むが、それらに限らない。
【００４９】
選択した抗原に対する適切なモノクローナル抗体は、既知の技術、例えば、“Monoclonal Antibodies:  A manual of techniques”, H Zola (CRC Press, 1988)及び“Monoclonal Hybridoma Antibodies:  Techniques and Applications”, J G R Hurrell (CRC Press, 1982)に開示されているものによって調製され得る。
【００５０】
抗体断片は、当該技術分野でよく知られた方法を使用して得ることができる（例えば、Harlow & Lane, 1988, “Antibodies: A Laboratory Manual”, Cold Spring Harbor Laboratory, New Yorkを参照のこと）。例えば、本発明に係る抗体断片は、抗体のタンパク質分解性の加水分解又は断片をコードするＤＮＡの大腸菌又は哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞培養物又は他のタンパク質発現系）による発現によって調製することができる。代替的に、抗体断片は、従来の方法による全抗体のペプシン又はパパイン消化によって得ることができる。
【００５１】
ヒトの治療法又は診断方法にヒト化抗体が好ましく使用されると、当業者に解されるであろう。非ヒト（例えば、マウス）抗体のヒト化形態は、好ましくは非ヒト抗体由来の最小部分を有する遺伝子操作したキメラ抗体又は抗体断片である。ヒト化抗体は、ヒト抗体（受容者抗体）の相補性決定領域が所望の機能性を有するマウス、ラット、又はウサギなどの非ヒトの種（ドナー抗体）の相補性決定領域由来の残基に置き換えられた抗体を含む。ある場合においては、ヒト抗体のＦｖフレームワーク残基が、対応する非ヒト残基によって置き換えられる。ヒト化抗体は、受容者抗体及び取り込んだ相補性決定領域又はフレームワーク配列のいずれにも認められない残基も含み得る。一般的には、ヒト化抗体は、相補性決定領域の全て又は実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、フレームワーク領域の全て又は実質的に全てが関連するヒト共通配列のものに対応する、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含むであろう。ヒト化抗体は、最適には、典型的にはヒト抗体に由来する、Ｆｃ領域などの抗体定常領域の少なくとも一部も含む（例えば、Jones et al., 1986. Nature 321:522-525; Riechmann et al., 1988, Nature 332:323-329; Presta, 1992, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596を参照のこと）。
【００５２】
非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野でよく知られている。一般的には、ヒト化抗体は、非ヒトの供給源から導入された１つ又は複数のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、導入残基と称される場合が多く、導入された可変ドメインから典型的に受け継がれる。ヒト化は、本質的には、対応するげっ歯類相補性決定領域でヒト相補性決定領域を置換することによって、開示されているように実施することができる（例えば、Jones et al., 1986, Nature 321:522-525; Reichmann et al., 1988. Nature 332:323-327; Verhoeyen et al., 1988, Science 239:1534-1536l;  US 4,816,567を参照のこと）。したがって、その様なヒト化抗体は、実質的には完全ではないヒト可変ドメインが非ヒトの種由来の対応する配列に置換されている、キメラ抗体である。実際には、ヒト化抗体は、典型的には、幾つかの相補性決定領域残基及びおそらく幾つかのフレームワーク残基がげっ歯類抗体の類似領域に由来する残基によって置換されている、ヒト抗体であり得る。
【００５３】
ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリー（例えば、Hoogenboom & Winter, 1991, J. Mol. Biol. 227:381; Marks et al., 1991, J. Mol. Biol. 222:581; Cole et al., 1985, In: Monoclonal antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, pp. 77; Boerner et al., 1991. J. Immunol. 147:86-95を参照のこと）を含む、当該技術分野で既知の各種の技術を使用して同定することもできる。
【００５４】
適切な抗体が得られたら、例えばＥＬＩＳＡによって、活性を試験し得る。
【００５５】
本発明の更なる実施態様は、Ｓｏｘ１１タンパク質をコードする核酸分子に選択的に結合することができる結合部分を提供することである。
【００５６】
好ましくは、前記結合部分は、配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチド及び／又はその天然のバリアントをコードする核酸分子に選択的に結合することができる。
【００５７】
より好ましくは、前記結合部分は、核酸分子を含むか又はからなる。更に好ましくは、前記結合部分は、ＤＮＡ分子を含むか又はからなる。有利には、前記結合部分は、配列番号２（図５参照のこと）の核酸配列の断片、又はその相補的配列若しくはその断片、又はバリアントを含むか又はからなる。好都合には、前記核酸分子は、５から１００ヌクレオチド長である。より好都合には、前記核酸分子は、１５から３５ヌクレオチド長である。
【００５８】
好ましくは、結合部分は検出可能な部分を含む。
【００５９】
「検出可能な部分」は、患者への本発明の化合物の投与後に標的部位に位置する際に、典型的には体外から非侵襲的に、位置する標的部位において、検出され得る部分という意味を含む。かくして、本発明の当該実施態様の化合物は、イメージング及び診断に有用である。
【００６０】
典型的には、前記検出可能な部分は、イメージングに有用である放射性原子であるか又はそれを含む。適切な放射性原子は、シンチグラフ検査のための９９ｍＴｃ及び１２３Ｉを含む。他の容易に検出可能な部分は、例えば、１２３Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎ、１９Ｆ、１３Ｃ、１５Ｎ、１７Ｏ、ガドリニウム、マンガン、又は鉄などの磁気共鳴映像法（ＭＲＩ）のためのスピン標識を含む。明らかに、本発明の化合物は、分子が容易に検出可能となるために十分な適当な同位体原子を有する必要がある。
【００６１】
放射性又は他の標識は、既知の方法で本発明の化合物に取り込まれ得る。例えば、結合部分がポリペプチドである場合は、生体合成されるか、又は、水素の代わりに例えばフッ素−１９を含む適切なアミノ酸前駆体を使用する化学的なアミノ酸合成によって合成され得る。９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１８６Ｒｈ、１８８Ｒｈ、及び１１１Ｉｎなどの標識は、例えば、結合部分のシステイン残基を介して結合し得る。イットリウム−９０は、リジン残基を介して結合し得る。ＩＯＤＯＧＥＮ法（Fraker et al., 1978, Biochem. Biophys. Res. Comm. 80:49-57）を使用して、１２３Ｉを取り込ませることができる。参考文献（“Monoclonal Antibodies in Immunoscintigraphy”, J-F Chatal, CRC Press, 1989）は、他の方法を詳細に開示している。
【００６２】
かくして、本発明の更なる実施態様では、放射性原子は、テクネチウム−９９ｍ、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１２５、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、リン−３２、硫黄−３５、重水素、三重水素、レニウム−１８６、レニウム−１８８、及びイットリウム−９０からなる群から選択される。
【００６３】
本発明の第三の態様は、個体における上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断方法であって、
（ａ）個体由来の上皮性卵巣細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する個体の指標である、方法を提供することである。
【００６４】
特に、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの高いレベルは、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する個体の指標である。
【００６５】
１つの実施態様では、前記方法は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣを診断するためのものである。
【００６６】
同様に、前記方法は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞と関連するＥＯＣを診断するためのものであり得る。
【００６７】
１つの実施態様では、前記方法は、前記診断を確認するために、上皮性卵巣細胞に対してＥＯＣについての１つ又は複数の追加の診断試験を実施する工程をさらに含む。
【００６８】
本発明の第四の態様は、個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の予後診断方法であって、
（ａ）個体由来の上皮性卵巣癌細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが個体の無再発生存率の指標である、方法を提供することである。
【００６９】
１つの実施態様では、前記方法は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣを予後診断するためのものである。
【００７０】
同様に、前記方法は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞に関連するＥＯＣを予後診断するためのものであり得る。
【００７１】
「無再発生存率」は、一年、二年、三年、五年、十年、又はそれ以上などの所定の期間にわたって生存する個体の可能性を意味する。
【００７２】
１つの実施態様では、高いレベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、改善された無再発生存率（ＲＦＳ）を有する個体の指標である。
【００７３】
「改善された無再発生存率」は、上皮性卵巣細胞（ＥＯＣ）患者の平均集団と比較した際に、無再発生存率がより高いことを意味し、例えば、無再発生存率が少なくとも０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、又はそれ以上増大し得る。
【００７４】
代替的な実施態様では、低いレベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡが、減少した無再発生存率（ＲＦＳ）を有する個体の指標である。
【００７５】
「減少した無再発生存率」は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）患者の平均集団と比較した際に、無再発生存率がより低いことを意味し、例えば、無再発生存率が少なくとも０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、又はそれ以上減少し得る。
【００７６】
本発明の第五の態様は、個体の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を検出する方法であって、
（ａ）個体由来の細胞のサンプルを準備する工程；及び
（ｂ）細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する工程
を含み、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルが上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞を有する個体の指標である、方法を提供することである。
【００７７】
１つの実施態様では、前記方法は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣの細胞を検出するためのものである。
【００７８】
同様に、前記方法は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞と関連するＥＯＣの細胞を検出するためのものであり得る。
【００７９】
特に、高いレベルのＳｏｘ１１及び／又はｍＲＮＡは、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する個体の指標である。
【００８０】
「高いレベルのＳｏｘ１１及び／又はｍＲＮＡ」は、非癌性（例えば、健康な）上皮性卵巣細胞よりも少なくとも１０％大きい、例えば、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２０％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、１５００％、２０００％、３０００％、４０００％、５０００％、１００００％又はそれ以上に大きいＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を意味する。
【００８１】
「低いレベルのＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡ」は、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量が、非癌性上皮性卵巣細胞のものとは統計的に異なることを意味する。
【００８２】
本発明の方法は、インビボ又はインビトロで実施され得ると当業者に解されるであろう。
【００８３】
１つの実施態様では、前記方法は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための唯一のバイオマーカーとしてのＳｏｘ１１発現の検出を含む（上述）。
【００８４】
代替的に、本発明の結合部分は、ＥＯＣの診断又は予後診断のための１つ又は複数の追加のバイオマーカーを検出するための１つ又は複数の結合部分と組み合わせて使用し得る。かくして、前記結合部分は、２０未満の追加の結合部分、例えば、１５、１０、８、６、５、４、３、若しくは２未満、又は１の追加の結合部分と組み合わせて使用し得る。
【００８５】
１つの実施態様では、前記方法は、Ｓｏｘ１１の核及び／又は細胞質発現を検出する工程を含む。
【００８６】
好ましくは、試験する細胞サンプルは、組織サンプルの形態にある。
【００８７】
好都合には、本発明の第一又は第二の態様に係る結合部分を使用して、サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を測定する。
【００８８】
本発明の方法の更なる実施態様は、試験する細胞サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量を、対照サンプル中のＳｏｘ１１タンパク質及び／又はｍＲＮＡの量と比較することを含む。
【００８９】
有利には、前記対照サンプルは、非癌性上皮性卵巣細胞を含むか又はそれからなる陰性対照サンプルである。
【００９０】
代替的に又は追加的に、前記対照サンプルは、上皮性卵巣癌細胞を含むか又はそれからなる陽性対照サンプルである。前記卵巣上皮細胞は、高い無再発生存率（ＲＦＳ）に関連するＥＯＣ細胞又は低い無再発生存率（ＲＦＳ）に関連するＥＯＣ細胞であり得る。
【００９１】
典型的には、本発明の方法の工程（ｂ）は、マクロアレイ、マイクロアレイ（組織マイクロアレイを含む）、ナノアレイ、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、又はインサイチュＰＣＲからなる群から選択される方法を使用して実施する。
【００９２】
本発明の第三又は第四の態様の更なる実施態様は、ｐ５３、エストロゲン受容体、及び／又はプロゲステロン受容体などの、試験細胞サンプル中の追加のＥＯＣバイオマーカータンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。
【００９３】
本発明の第六の態様は、本発明の第一又は第二の態様に係る結合部分の有効量を個体に投与する工程を含む、個体の身体内の上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞のイメージング方法を低要することである。
【００９４】
１つの実施態様では、前記方法は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣの細胞をイメージングするためのものである。
【００９５】
同様に、前記方法は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞と関連するＥＯＣの細胞をイメージングするためのものであり得る。
【００９６】
本明細書で使用する用語「有効量」は、所定の投与計画に関して、十分に検出可能なシグナルを提供する量を示す。これは、必要とされる添加剤及び希釈剤、すなわち、担体又は投与媒体と関連して所望のシグナル強度を生じるように計算された活性物質の所定量である。当業者に理解されるように、化合物の量は、その特定の活性に依存して変化し得る。適切な投与量は、必要とされる希釈剤と関連して所望のシグナル強度を生じるように計算された活性組成物の所定量を含み得る。本発明の組成物の製造のための方法又は使用において、有効量の活性成分が提供される。有効量は、当該技術分野において知られているような、年齢、体重、性別、状態、合併症、他の疾患などの患者の特徴に基づいて、通常の知識を有する医学又は獣医学従事者によって決定され得る。
【００９７】
典型的には、本発明の第六の態様は、個体における結合部分の位置を検出する工程を含む。好ましくは、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はそれをコードするｍＲＮＡは、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞のためのマーカーとして使用される。
【００９８】
本発明の第七の態様は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断又は予後診断のための医薬の調製における上述の結合部分の使用を提供することである。
【００９９】
本発明は、さらに、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞のためのバイオマーカーとして、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はそれをコードするｍＲＮＡの使用を第八の態様として提供する。
【０１００】
１つの実施態様では、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はそれをコードするｍＲＮＡは、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜、明細胞、及び未分化又は分類不可能）に属するＥＯＣのためのバイオマーカーとして使用するためのものである。
【０１０１】
同様に、Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はそれをコードするｍＲＮＡは、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）に属するＥＯＣのためのバイオマーカーとして使用するためのものであり得る。
【０１０２】
Ｓｏｘ１１は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）のための唯一のバイオマーカーとして使用され得ると解されるであろう。
【０１０３】
代替的に、Ｓｏｘ１１は、１又は複数の追加のバイオマーカーと組み合わせて使用し得る。しかしながら、好ましくは、Ｓｏｘ１１は、２０未満の追加のバイオマーカー、例えば、１５、１０、８、６、５、４、３、若しくは２未満、又は１の追加のバイオマーカーと組み合わせて使用する。
【０１０４】
本発明の第九の態様は、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の診断及び／又は予後診断に効力を有する分子のスクリーニング方法であって、
（ａ）Ｓｏｘ１１タンパク質及び／又はそれをコードするｍＲＮＡ（又は前記タンパク質若しくはｍＲＮＡの断片）と試験する分子を接触させる工程；及び
（ｂ）前記タンパク質及び／又はｍＲＮＡ（又はその断片）及び試験する分子を含む複合体の存在を検出する工程
を含む、方法を提供する。
【０１０５】
１つの実施態様では、前記方法は、特定の組織学的サブタイプ（例えば、漿液、粘液、類内膜）に属するＥＯＣの診断及び／又は予後診断に効力を有する分子のスクリーニングのためのものである。
【０１０６】
同様に、前記方法は、特定の悪性度（例えば、高い悪性度）の細胞と関連するＥＯＣの診断及び／又は予後診断に効力を有する分子のスクリーニングのためのものであり得る。
【０１０７】
タンパク質及び／又は核酸の濃度の検出及び／又は測定の方法は、当業者によく知られている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ（上記）を参照のこと。
【０１０８】
タンパク質の検出及び／又は測定のための好ましい方法は、ウエスタンブロット、ノースウエスタンブロット、免疫溶媒アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗体マイクロアレイ、組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）、免疫沈降、インサイチュハイブリダイゼーション、及び他の免疫組織化学技術、放射免疫測定（ＲＩＡ）、免疫免疫放射定量測定法（ＩＲＭＡ）、及び免疫酵素アッセイ（ＩＥＭＡ）、例えば、モノクローナル及び／又はポリクローナル抗体を使用するサンドイッチアッセイを含む。例示のサンドイッチアッセイは、参照によって本明細書に取り込む米国特許第４，３７６，１１０号及び第４，４８６，５３０号においてＤａｖｉｄらによって開示されている。スライド上における細胞の抗体染色は、当業者によく知られているような、細胞学研究所の診断試験においてよく知られた方法で使用され得る。
【０１０９】
典型的には、ＥＬＩＳＡは、通常は固相アッセイにおいて、着色した反応産物を与える酵素の使用を伴う。セイヨウワサビペルオキシダーゼ及びホスファターゼなどの酵素が広く使用されている。ホスファターゼ反応の増幅方法は、ＮＡＤＰを基質として使用して、第二の酵素系で補酵素として働くＮＡＤを産生することである。大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）由来のピロホスファターゼは、組織中に存在せず、安定で、良好な呈色反応を与えるため、良好な接合体を与える。ルシフェラーゼなどの酵素に基づく化学ルミネセンス系を使用することもできる。
【０１１０】
酵素に結合したアビジン又はストレプトアビジン（ビオチンが大きな特異性及び親和性で結合する）との反応によって容易に検出することができるため、ビタミンであるビオチンとの接合体は頻繁に使用される。
【０１１１】
核酸（例えば、ｍＲＮＡ）の検出及び／又は測定のための好ましい方法は、サザンブロット、ノーザンブロット、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ナノアレイ、マクロアレイ、オートラジオグラフィ、及びインサイチュハイブリダイゼーションを含む。
【０１１２】
典型的な実施態様では、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）細胞の存在が、細胞の核及び／又は細胞質におけるＳｏｘ１１タンパク質及び／又は核酸の検出によって検出される。好ましくは、リンパ腫細胞の核／細胞質は、例えばインサイチュハイブリダイゼーション分析の間の核の明るい染色によって示される、相対的に大量のＳｏｘ１１タンパク質及び／又は核酸を発現する。
【０１１３】
ここで、本発明の所定の態様を具体化する好ましい非制限的な実施例を、添付の図面と共に開示する。
【図面の簡単な説明】
【０１１４】
【図１】卵巣癌におけるＳｏｘ１１の発現を示す。Ｓｏｘ１１の免疫組織化学的染色によって、細胞質のみの発現（Ａ）並びに細胞質及び核の発現（Ｂ）を示す。デコンボリューションアルゴリズムの対応するマークアップした図は、青で間質、黄色及びオレンジ色で細胞質染色、並びに赤で核発現を示す。
【図２】卵巣癌におけるＳｏｘ１１タンパク質発現及び生存率を示す。Ｓｏｘ１１発現は、ヒストグラムに基づいて、低、中、高に分類した（Ａ）。ＲＦＳのＫａｐｌａｎ Ｍｅｉｅｒ予測は３つのＳｏｘ１１群に基づく（Ｂ）。ＲＦＳのＫａｐｌａｎ Ｍｅｉｅｒ予測は、低レベルのＳｏｘ１１に対する高及び中レベルのＳｏｘ１１の比較に基づく（Ｃ）。
【図３】ホモサピエンスＳｏｘ１１タンパク質のアミノ酸配列を示す。
【図４】ホモサピエンスＳＯＸ１１ｍＲＮＡの核酸配列を示す。
【図５】類内膜卵巣癌の全生存率（２５年）を示す。１０％超又は未満のＳｏｘ１１陽性腫瘍細胞を有する患者の２５年全生存率を比較する。患者が打ち切られる（死亡以外の理由で試験から除かれる）際は、線上においてチェックマークで示す。
【図６】類内膜卵巣癌の全生存率（５年）を示す。１０％超又は未満のＳｏｘ１１陽性腫瘍細胞を有する患者の５年全生存率を比較する。患者が打ち切られる（死亡以外の理由で試験から除かれる）際は、線上においてチェックマークで示す。
【図７】類内膜卵巣癌における癌特異的生存率（５年）を示す。１０％超又は未満のＳｏｘ１１陽性腫瘍細胞を有する患者の５年癌特異的生存率を比較する。患者が打ち切られる（死亡以外の理由で試験から除かれる）際は、線上においてチェックマークで示す。
【図８】高い悪性度のＥＯＣについての全生存率（２５年）を示す。１０％超又は未満のＳｏｘ１１陽性腫瘍細胞を有する高悪性度の患者の２５年全生存率を比較する。患者が打ち切られる（死亡以外の理由で試験から除かれる）際は、線上においてチェックマークで示す。
【図９】高い悪性度のＥＯＣについての癌特異的生存率（２５年）を示す。１０％超又は未満のＳｏｘ１１陽性腫瘍細胞を有する高悪性度の患者の２５年癌特異的生存率を比較する。患者が打ち切られる（死亡以外の理由で試験から除かれる）際は、線上においてチェックマークで示す。
【実施例】
【０１１５】
（実施例Ａ）
イントロダクション
転写因子Ｓｏｘ１１は、Ｓｏｘ遺伝子ファミリーの一員であり、染色体２ｐ２５．３にマップされている（Azuma T, Ao S, Saito Y, et al. Human SOX11, an upregulated gene during the neural differentiation, has a long 3' untranslated region. DNA research 1999;6:357-60）。Ｓｏｘタンパク質は、雄性の性別決定遺伝子であるＳｒｙのＨＭＧドメインと高いアミノ酸ホモロジー（通常、＞５０％）を有する、ＤＮＡ結合高移動度群（ＨＭＧ）ドメインを含むタンパク質として同定されている（Wegner M. From head to toes: the multiple facets of Sox proteins. Nucleic acids research 1999;27:1409-20）。２０超のオーソロガスＳｏｘ遺伝子がヒト及びマウスゲノムで同定され、ファミリーメンバーが、ＨＭＧドメインの内部及び外部のホモロジーの程度にしたがって８つのサブグループに分けられている（Schepers GE, Teasdale RD, and Koopman P. Twenty pairs of sox: extent, homology, and nomenclature of the mouse and human sox transcription factor gene families. Developmental cell 2002;3:167-70）。Ｓｏｘタンパク質は、ＤＮＡのマイナーグルーブに結合し、ＤＮＡを鋭く曲げさせて、転写エンハンサー複合体のアセンブルにおける重要な構造因子としての役割を担わせることによって転写因子として働く（Dy P, Penzo-Mendez A, Wang H, et al. The three SoxC proteins Sox4, Sox11 and Sox12 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008;36:3101-17; van de Wetering M and Clevers H. Sequence-specific interaction of the HMG box proteins TCF-1 and SRY occurs within the minor groove of a Watson-Crick double helix. The EMBO journal 1992;11:3039-44）。タンパク質−ＤＮＡ相互作用に加えて、Ｓｏｘタンパク質は、各種の他の転写因子と相互作用して、それらの作用の効率及び特異性を増大させる（Dy P, Penzo-Mendez A, Wang H, et al. The three SoxC proteins Sox4, Sox11 and Sox12 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008;36:3101-17）。
【０１１６】
Ｓｏｘ１１は、Ｓｏｘ４及びＳｏｘ１２とともにＣサブグループに属し（Schepers GE, Teasdale RD, and Koopman P. Twenty pairs of sox: extent, homology, and nomenclature of the mouse and human sox transcription factor gene families. Developmental cell 2002;3:167 70）、３つのタンパク質全てが、Ｃ末端トランス活性化ドメイン及びＨＭＧドメインの双方に高度のホモロジーを示す（Dy P, Penzo-Mendez A, Wang H, et al. The three SoxC proteins Sox4, Sox11 and Sox12 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008;36:3101-17; Jay P, Goze C, Marsollier C, et al. The human SOX11 gene: cloning, chromosomal assignment and tissue expression. Genomics 1995;29:541-5）。Ｓｏｘ１１及びＳｏｘ４は、心臓、神経、及び他の主要な胚期プロセスにおいて主要な役割を担うが、Ｓｏｘ１２についてはあまり知られていない（Dy P, Penzo-Mendez A, Wang H, et al. The three SoxC proteins Sox4, Sox11 and Sox12 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008;36:3101-17）。
【０１１７】
本発明者は、核のＳｏｘ１１が、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）において特異的に上方制御され、他のＢ細胞リンパ腫からＭＣＬを区別することを示した（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5）。Ｓｏｘ４は、Ｂ細胞及びＴ細胞系統のリンパ球の代表的な転写因子であり（Wegner M. From head to toes: the multiple facets of Sox proteins. Nucleic acids research 1999;27:1409-20; van de Wetering M, Oosterwegel M, van Norren K, and Clevers H. Sox-4, an Sry-like HMG box protein, is a transcriptional activator in lymphocytes. The EMBO journal 1993;12:3847-54）、Ｂ細胞において重要であるが（Smith E and Sigvardsson M. The roles of transcription factors in B lymphocyte commitment, development, and transformation. Journal of leukocyte biology 2004;75:973-81）、Ｓｏｘ１１は既知のリンパ球新生機能は有さず、Ｂ細胞では発現しない（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5）。Ｓｏｘ４とＳｏｘ１１の双方が、髄芽腫で発現し（Lee CJ, Appleby VJ, Orme AT, Chan WI, and Scotting PJ. Differential expression of SOX4 and SOX11 in medulloblastoma. Journal of neuro-oncology 2002;57:201-14）、Ｓｏｘ１１は悪性の神経膠腫でも過剰発現する（Weigle B, Ebner R, Temme A, et al. Highly specific overexpression of the transcription factor SOX11 in human malignant gliomas. Oncology reports 2005;13:139-44）。加えて、Ｓｏｘ４は膀胱癌で発現し、発現レベルの増大は改善した患者の結果と関連する（Aaboe M, Birkenkamp-Demtroder K, Wiuf C, et al. SOX4 expression in bladder carcinoma: clinical aspects and in vitro functional characterization. Cancer research 2006;66:3434-42）。
【０１１８】
この試験は、多数の正常な組織及び腫瘍におけるＳｏｘ１１ｍＲＮＡの発現の概要を説明するものであり、Ｓｏｘ１１ｍＲＮＡが多数の悪性腫瘍で過剰発現することを明らかにする。加えて、本発明者は、特に、ＥＯＣにおけるＳｏｘ１１タンパク質発現を試験し、Ｓｏｘ１１タンパク質のレベルの増大が、画像分析によって決定されたとおり、無再発生存率（ＲＦＳ）の改善と関連することを実証した。
【０１１９】
材料及び方法
転写プロファイリング
多くのヒト組織のＳＯＸ１１遺伝子ｍＲＮＡ発現レベルを、アフィメトリックス遺伝子発現マイクロアレイを使用して分析した１４，０９５サンプルのメタ分析に由来するデータを含むインシリコトランスクリプトミクス（ＩＳＴ）データベースから得た。
【０１２０】
患者及び腫瘍サンプル
本試験で使用するＴＭＡは、４．３年の中央値の追跡を行ったダブリンのＮａｔｉｏｎａｌ Ｍａｔｅｒｎｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌにおいて原発侵襲性上皮性卵巣癌と診断された７６人の患者の治療継続群から構成された。その患者群を表１にまとめている。標準的な手術法は、腹式子宮全摘出、両側卵管卵巣摘除術、及び腹水又は流出液の細胞学的評価を用いた大網切除であった。残存疾患は、可能性がある部位を２ｃｍ未満まで切除した。残存疾患のステージ及び容量（残存疾患なし、２ｃｍ超又は未満の残存疾患）は、全てのケースで記録した。アジュバント化学療法は、１９９２年以前はシスプラチン又はカルボプラチンからなり、１９９２年から２００２年はパクリタキセルと組み合わせた。いずれの患者も新補助化学療法は受けていなかった。良性又は境界卵巣癌、非上皮性卵巣癌、及び続発性卵巣癌に典型的な組織学的特徴を有するケースは試験から除外した。アイルランドのダブリンのＮａｔｉｏｎａｌ Ｍａｔｅｒｎｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌにおいて、診断用検体は全て、ホルマリンで固定化し、パラフィンに埋め込んだ。全ての組織ブロックは、ＴＭＡの製造前に当該部門に保存した。ダブリンのＮａｔｉｏｎａｌ Ｍａｔｅｒｎｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌの倫理委員会から、全ての倫理的な認証を得た。
【０１２１】
組織マイクロアレイ及び免疫組織化学
７６のパラフィンに埋め込んだ腫瘍検体を、組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）作製に使用した。侵襲性の癌を代表する領域を、ヘマトキシリン・エオシン染色スライド上で標識して、手動組織アレイヤー（ＭＴＡ−１，Ｂｅｅｃｈｅｒ Ｉｎｃ，ＷＩ）を使用してＴＭＡを作製した。前記アレイは、一人の患者ごとに４つのコアからなる。２つの１．０ｍｍコアを各ドナーブロックから取り出して、受容ブロックに取り付けた。受容ブロックは各々約１００のコアに制限した。一般的には、腫瘍が非常に明確な境界を有する場合には、腫瘍の辺縁部位からコアを回収した。より拡散して増殖した腫瘍では、最も高い腫瘍細胞密度を有する領域を主に標的とした。壊死組織は避けた。
【０１２２】
ＴＭＡ切片（４μｍ）を乾燥させ、パラフィンを除去し、再水和して、下降する濃度のエタノールに通した。ｐＨ９．０においてＢＯＲＧｄｅｃｌｏａｋｅｒ（Ｂｉｏｃａｒｅ，Ｃｏｎｃｏｒｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）で熱媒介抗原回復を実施し、次いで、切片を一次ウサギ抗ヒトＳｏｘ１１抗体（１：１００）で室温において２５分間にわたって染色した。この特異的な抗体は、以前に開示されているように作製した（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008; 111:800 5）。当該抗体は、以下のタンパク質配列：
FMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSEKIPFIREAERLRLKHMADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSPEKSAAGGGGGSAGGGAGGAKTSKGSSKK 
［配列番号３］
を標的とする。
【０１２３】
二次ビオチン化ヤギ抗ウサギ／マウス抗体、ストレプトアビジン／セイヨウワサビペルオキシダーゼ複合体、及び３，３’−ジアミノベンジジンを含むＤａｋｏ ＲＥＡＬ検出系を使用して、製造業者のプロトコールにしたがって、シグナルを検出した。スライドをＭａｙｅｒｓヘマトキシリン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を使用して対比染色した。
【０１２４】
画像獲得、管理、及び自動分析
Ａｐｅｒｉｏ ＳｃａｎＳｃｏｐｅ ＸＴ Ｓｌｉｄｅ Ｓｃａｎｎｅｒ（Ａｐｅｒｉｏ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｖｉｓｔａ，ＣＡ）システムを使用して、２０×対物レンズで全てのスライドデジタル画像を得た。スライドをアレイから取り外して、ＴＭＡ Ｌａｂ（Ａｐｅｒｉｏ）を使用して各コアを可視化した。カラーデコンボリューションアルゴリズム（Ａｐｅｒｉｏ）を使用して、Ｓｏｘ１１発現の定量スコアリングを開発した。
【０１２５】
統計分析
スピアマンのＲｈｏ相関を使用して、個々の腫瘍に由来するコア間の関係を推定し、高い及び低いＳｏｘ１１発現を有するサンプル間の臨床データの分布及び腫瘍の特徴における相違（下述）は、χ２試験を使用して評価した。Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ分析及びログランク試験を使用して、ＲＦＳの間の相違を示した。Ｃｏｘ回帰比例ハザードモデルを使用して、ＲＦＳ及びＳｏｘ１１、ステージ及び悪性度の関係を推定した。ＳＰＳＳ ｖｅｒｓｉｏｎ１１．０（ＳＰＳＳ Ｉｎｃ，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）を使用して、全ての計算を実施した。０．０５未満のＰ値は統計的に有意であると解した。
【０１２６】
結果
正常及び腫瘍組織におけるＳｏｘ１１ｍＲＮＡ発現
アフィメトリックス遺伝子発現マイクロアレイを使用して分析した１４，０９５サンプルにおいて、Ｓｏｘ１１ｍＲＮＡ発現レベルのメタ分析を実施した。
【０１２７】
Ｓｏｘ１１ｍＲＮＡ発現レベルの増大は、上皮性卵巣癌サンプルにおいて明らかであった（データ示さず）。
【０１２８】
卵巣癌におけるＳｏｘ１１タンパク質発現
上皮性卵巣癌細胞において過剰発現する遺伝子としてＳｏｘ１１を同定したので、図１に示すとおり、ＥＯＣにおいてＩＨＣを使用してＳｏｘ１１タンパク質発現を試験した。Ｓｏｘ１１発現は腫瘍上皮においてのみ認められ、ＩＨＣシグナルは核及び細胞質の双方で明らかであった。Ｓｏｘ１１の核発現は、細胞質シグナルを伴う際にのみ存在していたが、所定の割合（４９％）の腫瘍は、核シグナルの不在下で細胞質発現を示した（図１）。
【０１２９】
画像分析によって決定されるＳｏｘ１１発現の定量測定
次いで、画像分析法を使用して、特に、市販のカラーデコンボリューションアルゴリズム（Ａｐｅｒｉｏ）によって、Ｓｏｘ１１発現の定量測定を実施した。アルゴリズム結果としてプソイドカラー「メイクアップ」画像を作成し、かくして、アルゴリズムが正確に上皮及び間質のピクセルを同定することを確認できるようにした（図１）。アルゴリズムの全内容は最近公開された（Brennan DJ, Rexhepaj E, O'Brien SL, et al. Altered Cytoplasmic-to-Nuclear Ratio of Survivin Is a Prognostic Indicator in Breast Cancer. Clinical cancer research 2008;14:2681-9）。
【０１３０】
前記アルゴリズムを使用して、各コアのＳｏｘ１１について全強度（ＴＩ）を算出した。ＴＩについて個々の腫瘍からの４つのコアの間の強力な相関関係があり（スピアマンのＲｈｏ＝０．８５８、ｐ＜０．００１）、Ｓｏｘ１１が卵巣癌において一様の発現パターンを有し、ＴＭＡに基づく分析に適していることが示された。腫瘍を四つ組で配列したため、各腫瘍の中央値をさらなる分析に使用した。前記アルゴリズムは、組織病理学者によって確認されたとおり、全てのコアにおける核及び細胞質染色の間の正確に区別した。
【０１３１】
群全体についてのＳｏｘ１１画像分析データのヒストグラムを図２ａに示す。このヒストグラムを使用して、画像分析によって決定されるとおりに、腫瘍を３つの分類、すなわち、高、中、及び低レベルのＳｏｘ１１発現に分けた。画像分析による分類に基づいて、画像分析によって決定されるとおりに、２０％（ｎ＝１７）の腫瘍を高レベルであると分類し、４３％（ｎ＝３５）を中レベルとし、２９％（ｎ＝２４）は低／ネガティブレベルのＳｏｘ１１発現に分類した。高発現の群の全てにおける腫瘍は、核及び細胞質のＳｏｘ１１発現を示したが、中レベルの群における腫瘍は一般的には細胞質のＳｏｘ１１のみを示した。Ｓｏｘ１１発現及び年齢、疾患の悪性度又はステージの間に関係は認められなかった。
【０１３２】
自動画像分析によって決定されるＳｏｘ１１発現と生存率との間の関係
Ｓｏｘ１１発現に基づくＲＦＳのＫａｐｌａｎ Ｍｅｉｅｒ分析は、高、中、及び低レベルの群の間のＲＦＳにおける段階的な減少を明らかにした（ｐ＝０．０３３）（図２ｂ）。更なるサブセットの分析は、高及び中レベルのＳｏｘ１１発現と比較した画像分析によって決定されるとおりに、低レベルのＳｏｘ１１発現を有する患者におけるＲＦＳの顕著な低減を明らかにした（ｐ＝０．０２）（図２ｃ）。本発明者は、ＲＦＳの多変数Ｃｏｘ回帰分析の実施を進めて、Ｓｏｘ１１発現が、悪性度及びグレードと比較した際のＲＦＳの独立した予測因子であることを明らかにした（ＨＲ＝０．５６、９５％ Ｃｌ＝０．３１９−０．９９７、ｐ＝０．０４９）。
【０１３３】
ディスカッション
本試験において、本発明者は、トランスクリプトミクスデータのメタ分析、ＴＭＡ、及び自動画像分析を組み合わせて、上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）の予後診断用バイオマーカーとしてＳｏｘ１１を同定及び評価した。本試験は、ＥＯＣにおけるＳｏｘ１１発現と予後との間の関係を初めて開示するものである。ＭＣＬの新規診断用マーカーとしてＳｏｘ１１が既に同定されていたため（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5）、本発明者は、アフィメトリックス遺伝子発現マイクロアレイを使用して分析した１４，０９５のサンプルのメタ分析に由来するデータを含むＩＳＴデータベースを使用して、ＥＯＣ細胞中のＳｏｘ１１ｍＲＮＡの発現のプロファイルを進めた。
【０１３４】
次いで、本発明者は、ＴＭＡ及びＩＨＣの定量自動化分析を使用して、無再発生存率に関して、ＥＯＣにおけるＳｏｘ１１タンパク質発現を評価することを進めた。これにより、核及び細胞質の区画の双方における上皮特異的Ｓｏｘ１１発現が明らかになった。Ｓｏｘ１１、特に核のＳｏｘ１１のレベルの増大がＲＦＳの増大と関連しており、Ｃｏｘ回帰多変数分析によって、Ｓｏｘ１１が、悪性度及びグレードを考えて調整を行う際にＲＦＳの独立した予測因子であることが明らかになった（表２参照のこと）。
【０１３５】
Ｓｏｘ１１は、胚形成及び組織リモデリングにおいて重要な役割を担い、そのため、胚の原腸形成及び早期原腸形成後発生の間に存在する（Hargrave M, Wright E, Kun J, et al. Expression of the Sox11 gene in mouse embryos suggests roles in neuronal maturation and epithelio-mesenchymal induction. Developmental dynamics 1997;210:79-86; Sock E, Rettig SD, Enderich J, et al. Gene targeting reveals a widespread role for the high-mobility-group transcription factor Sox11 in tissue remodeling. Molecular and cellular biology 2004;24:6635-44）。発生後期において、Ｓｏｘ１１は、神経系の発生時及び上皮間葉相互作用が生じている胚の多くの部位において顕著に発現する（Hargrave M, Wright E, Kun J, et al. Expression of the Sox11 gene in mouse embryos suggests roles in neuronal maturation and epithelio-mesenchymal induction. Developmental dynamics 1997;210:79-86）。上皮間葉相互作用の部位において、Ｓｏｘ１１は、間葉又は上皮の区画において認められ、誘導リモデリングに関与すると仮定されている（Hargrave M, et al., 1997）。大半の組織におけるＳｏｘ１１発現は、一過性のものであり、その結果として、胚形成の間において広く発現しているのとは対照的に、Ｓｏｘ１１発現は最終的に分化した成体組織では殆ど認められない（Sock E, Rettig SD, Enderich J, et al. Gene targeting reveals a widespread role for the high-mobility-group transcription factor Sox11 in tissue remodeling. Molecular and cellular biology 2004;24:6635-44）。本発明者の発見は、Ｓｏｘ１１発現が正常組織には存在しなかったという、これらのデータと相補的なものである。
【０１３６】
腫瘍形成におけるＳｏｘ１１の役割は完全には理解されていないままである。既に言及したとおり、Ｓｏｘ１１ｍＲＮＡの顕著な上方制御は、ＥＯＣ細胞において明らかであった。成体組織におけるＳｏｘ１１の正確な機能的役割は完全には理解されていないが、Ｓｏｘタンパク質は（ｉ）ＤＮＡ結合及び（ｉｉ）転写パートナー選択（特定の遺伝子に個々のＳｏｘタンパク質を選択的にリクルートさせ得る）という２つの役割を担うようである（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5）。多数の試験によって神経膠腫（Weigle B, Ebner R, Temme A, et al. Highly specific overexpression of the transcription factor SOX11 in human malignant gliomas. Oncology reports 2005;13:139-44）、神経芽細胞腫（Lee CJ, Appleby VJ, Orme AT, Chan WI, and Scotting PJ. Differential expression of SOX4 and SOX11 in medulloblastoma. Journal of neuro-oncology 2002;57:201-14）、及びＭＣＬ（Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K, and Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Sox11 transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5）におけるＳｏｘ１１発現が開示されているが、これらの腫瘍における機能的役割は完全には理解されていない。
【０１３７】
要するに、本願は、ＥＯＣにおけるＳｏｘ１１の差別的な発現を初めて開示するものである。本発明者の発見によって、Ｓｏｘ１１がＥＣＯにおけるＲＦＳの改善の独立した予測因子であることが示される。
【０１３８】
【表１】
2012501318.tif 000002
【０１３９】
【表２】
2012501318.tif 000003
【０１４０】
（実施例Ｂ）
イントロダクション
上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）は、３つの主な組織学的サブタイプ（漿液、粘液、及び類内膜）を含み、ステージ及び悪性度に基づいてもサブグループに分けることができる。類内膜腫瘍は、全ての卵巣腫瘍の約２から４％を占め、それらの多く（約８０％）は悪性であり、卵巣癌の１０から２０％を占める。
【０１４１】
材料及び方法
高い悪性度のＥＣＯ及び類内膜ＥＯＣの切片を、Ｓｏｘ１１について染色し、上述のように分析した（Brennan et al., 2009, European Journal of Cancer, 45(8):1510-1517）。
【０１４２】
結果及びディスカッション
図５、６、及び７に示すとおり、全生存率及び癌特異的生存率を、類内膜ＥＯＣについてＳｏｘ１１を使用して予測することができる。また、図８及び９に示すとおり、全生存率及び癌特異的生存率を、高い悪性度のＥＯＣについてＳｏｘ１１を使用して予測することができる。
【０１４３】
癌特異的生存率を算出する際は、全生存率を算出する際とは対照的に、癌に関連する死亡のデータのみを使用する。
【０１４４】
これらのデータは、Ｓｏｘ１１を、全生存率及び癌特異的生存率に基づいて臨床的に関連する群に患者を分類するために高い悪性度のＥＯＣ及び類内膜卵巣癌の双方において使用することができることを示す。
【０１４５】
結論として、Ｓｏｘ１１は、一群としてのＥＯＣの有用なバイオマーカーであるだけでなく、異なる臨床的及び／又は組織学的特徴を有する患者のサブグループに使用することもできる。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図３】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図４−３】
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【図４−４】
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【図４−５】
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【図４−６】
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【図２】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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