(57)【要約】大腸菌のいくつかの病原性菌株由来の１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）、およびＳｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１  １）は、すべての大腸菌にわたって保存されているタンパク質内の領域を有すると同定された。保存された領域に対応する断片、特に免疫原性断片、例えば、線状Ｂエピトープが提供される。加えて、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ２８２０）の改変体、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）の２つの異なる断片が、本明細書で提供され、これらは、天然タンパク質と比較して溶解性が上昇しており、対応する天然タンパク質と実質的に類似の免疫応答を被験体になお惹起する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）からなる群より選択される大腸菌タンパク質を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項２】
配列番号１〜１０５に対して少なくとも８０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性、少なくとも９６％の同一性、少なくとも９７％の同一性、少なくとも９８％の同一性、少なくとも９９％の同一性、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含むものである、請求項１に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３】
請求項１に記載の単離または組換えポリペプチドであって、ここで、該ポリペプチドは、ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１〜１０５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有する、アミノ酸を含み、ここで、ｘは３０であり、ｙは０．７５である、単離または組換えポリペプチド。
【請求項４】
配列番号１〜１０５のいずれかの少なくとも１０の連続したアミノ酸を含む単離または組換えポリペプチドであって、該少なくとも１０の連続したアミノ酸が免疫原性である、単離または組換えポリペプチド。
【請求項５】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｏｒｆ３５３であり、配列番号１〜２の１６０未満、１５０未満、１４０未満、または１３０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項６】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号２１１〜２１８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７】
配列番号１〜２の少なくともアミノ酸２１〜１６２を含むものである、請求項５に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）であり、配列番号３〜１８の１４１０未満、１４００未満、１３９０未満、または１３８０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項９】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号２１９〜３０７および６８３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項８に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号３〜１８の少なくともアミノ酸５９５〜１００８を含むものである、請求項８に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１１】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）であり、配列番号１９〜４０の１０４０未満、１０３０未満、１０２０未満、または１０１０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項１２】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号３０８〜３５０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１３】
配列番号１９〜４０の少なくともアミノ酸５３〜６２０を含むものである、請求項１１に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１４】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）であり、配列番号４１〜４７の４５０未満、４４０未満、４３０未満、または４２０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項１５】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号３５１〜３６８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１６】
配列番号４１〜４７の少なくともアミノ酸１５〜４５７を含むものである、請求項１４に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１７】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）であり、配列番号４８〜６０の３２０未満、３１０未満、３００未満、または２９０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項１８】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号３６９〜３８４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１７に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項１９】
配列番号４８〜６０の少なくともアミノ酸３２〜３２５を含むものである、請求項１７に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２０】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）であり、配列番号６１〜７１の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号３８５〜３９８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２２】
配列番号６１〜７１の少なくともアミノ酸１６〜１８９を含むものである、請求項２０に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２３】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）であり、配列番号７２〜７９の７１０未満、７００未満、６９０未満、または６８０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項２４】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号３９９〜４２５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２５】
配列番号７２〜７９の少なくともアミノ酸２９〜７１３を含むものである、請求項２３に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２６】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）であり、配列番号８０〜８１の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項２７】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号４２６〜４３２であるアミノ酸配列を含む、請求項２６に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２８】
配列番号８０〜８１の少なくともアミノ酸２５〜１８７を含むものである、請求項２６に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２９】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｕｐｅｃ−９４８であり、配列番号８２〜８４の１５０未満、１４０未満、１３０未満、または１２０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項３０】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号４９３〜４９９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２９に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３１】
配列番号８２〜８４の少なくともアミノ酸２４〜１５１を含むものである、請求項２９に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３２】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｕｐｅｃ−１２３２であり、配列番号８５〜９１の１５０未満、１４０未満、１３０未満、または１２０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項３３】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号５００〜５０６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３２に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３４】
配列番号８５〜９１の少なくともアミノ酸２６〜１５１を含むものである、請求項３２に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３５】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）であり、配列番号９２〜９８の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項３６】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号５０７〜５１５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３５に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３７】
配列番号９２〜９８の少なくともアミノ酸２４〜１８７を含むものである、請求項３５に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３８】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）であり、配列番号９９〜１００の２６４０未満、２６２０未満、２６００未満、または２５８０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項３９】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号５１６〜６３８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３８に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項４０】
配列番号９９〜１００の少なくともアミノ酸９８４〜１４９５を含むものである、請求項３８に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項４１】
請求項３８に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号９９〜１００の少なくともアミノ酸１４９６〜１８７６を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項４２】
請求項４に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドが、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）であり、配列番号１０１〜１０５の１０２０未満、１０１０未満、１０００未満、または９９０未満のアミノ酸を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項４３】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号４３３〜４９２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４２に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項４４】
配列番号１０１〜１０５の少なくともアミノ酸２１〜１０２４を含むものである、請求項４２に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項４５】
ｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）からなる群より選択される完全長タンパク質を含まないものである、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項４６】
配列番号１〜１０５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含まないものである、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単離または組換え免疫原性ポリペプチド。
【請求項４７】
アジュバントをさらに含む、請求項１〜４６のいずれか１項に記載の単離または組換え免疫原性ポリペプチド。
【請求項４８】
請求項１〜４６のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項４９】
配列番号１０６〜２１０からなる群より選択される核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するものである、請求項４８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５０】
請求項１〜４５いずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む大腸菌細胞。
【請求項５１】
ｏｒｆ４０５タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドであって、該断片は、該大腸菌ｏｒｆ４０５に対する欠失を有し、該欠失は、完全長タンパク質と比較して該断片の溶解性を増加させ、該断片は、該大腸菌ｏｒｆ４０５と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する、免疫原性ポリペプチド。
【請求項５２】
前記欠失が、推定上のアミノ末端トランスロケータードメインを含む、請求項５１に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５３】
前記ｏｒｆ４０５タンパク質が、配列番号６４２のアミノ酸配列に対応する、請求項５１に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５４】
前記断片が、前記ｏｒｆ４０５タンパク質の１２００未満のアミノ酸、１１００未満のアミノ酸、１０００未満のアミノ酸、９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５９０未満のアミノ酸、または５８０未満のアミノ酸を含む、請求項５１〜５３のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５５】
前記ｏｒｆ４０５のアミノ酸配列が、
（ａ）配列番号３〜１８からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号３〜１８と比較して１〜１０の単一のアミノ酸変更、
（ｃ）配列番号３〜１８のいずれか１つに対して少なくとも８５％の配列同一性、および／または
（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号３〜１８のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有し、ｘが３０であり、ｙが０．７５であること、
を含む、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５６】
単離されているか、精製されているか、または組換え型である、請求項５１〜５５のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５７】
アジュバントをさらに含む、請求項５１〜５６のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項５８】
請求項５１〜５５のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項５９】
請求項５１〜５５のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む宿主細胞。
【請求項６０】
インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドであって、該断片は、該大腸菌インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）に対する欠失を有し、該欠失は、完全長タンパク質と比較して該断片の溶解性を増加させ、該断片は、該大腸菌インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する、免疫原性ポリペプチド。
【請求項６１】
前記欠失が、カルボキシル末端βバレルドメインを含む、請求項６０に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６２】
前記インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質が、配列番号６５２のアミノ酸配列に対応する、請求項６０に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６３】
前記断片が、前記インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質の９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４４０未満のアミノ酸、または４３０未満のアミノ酸を含む、請求項６０〜６２のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６４】
前記インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）のアミノ酸配列が、
（ａ）配列番号１９〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号１９〜４０と比較して１〜１０の単一のアミノ酸変更、
（ｃ）配列番号１９〜４０のいずれか１つに対して少なくとも８５％の配列同一性、および／または
（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１９〜４０のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有し、ｘが３０であり、ｙが０．７５であること、
を含む、請求項６０〜６３のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６５】
単離されているか、精製されているか、または組換え型である、請求項６０〜６４のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６６】
アジュバントをさらに含む、請求項６０〜６５のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項６７】
請求項６０〜６４のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項６８】
請求項４６〜６４のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む宿主細胞。
【請求項６９】
ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドであって、該断片は、該大腸菌ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）に対する欠失を有し、該欠失は、完全長タンパク質と比較して該断片の溶解性を増加させ、該断片は、該大腸菌ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する、免疫原性ポリペプチド。
【請求項７０】
前記ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）タンパク質が、配列番号６４４、配列番号６４６、配列番号６４８、または配列番号６５０のアミノ酸配列に対応する、請求項６９に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項７１】
前記断片が、前記ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）タンパク質の２５００未満のアミノ酸、２０００未満のアミノ酸、１７５０未満のアミノ酸、１５００未満のアミノ酸、１４００未満のアミノ酸、１３００未満のアミノ酸、１２００未満のアミノ酸、１１００未満のアミノ酸、１０００未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４００未満のアミノ酸、または３９０未満のアミノ酸を含む、請求項６９または請求項７０に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項７２】
前記ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）のアミノ酸配列が、
（ａ）配列番号９９〜１００からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号９９〜１００と比較して１〜１０の単一のアミノ酸変更、
（ｃ）配列番号９９〜１００のいずれか１つに対して少なくとも８５％の配列同一性、および／または
（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号９９〜１００のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有し、ｘが３０であり、ｙが０．７５であること、
を含む、請求項６９〜７１のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項７３】
単離されているか、精製されているか、または組換え型である、請求項６９〜７２のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項７４】
アジュバントをさらに含む、請求項６９〜７３のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項７５】
請求項６９〜７２のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項７６】
請求項６９〜７２のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む宿主細胞。
【請求項７７】
溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドであって、該断片は、該大腸菌溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）に対する欠失を有し、該欠失は、完全長タンパク質と比較して該断片の溶解性を増加させ、該断片は、該大腸菌溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する、免疫原性ポリペプチド。
【請求項７８】
前記欠失が、膜挿入および孔形成に必要なアミノ末端疎水性ドメイン（疎水性αへリックス領域）、カルボキシル末端シグナル配列、および翻訳後のアシル化の後の孔形成活性に必要なドメインを含む、請求項７７に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７９】
前記溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）タンパク質が、配列番号６４０のアミノ酸配列に対応する、請求項７７に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項８０】
前記断片が、前記溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）タンパク質の１０００未満のアミノ酸、９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４００未満のアミノ酸、３９０未満のアミノ酸、３８０未満のアミノ酸、３５０未満のアミノ酸、３００未満のアミノ酸、２５０未満のアミノ酸、２４０未満のアミノ酸、２３０未満のアミノ酸、または２２０未満のアミノ酸を含む、請求項７７〜７９のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項８１】
前記溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）のアミノ酸配列が、
（ａ）配列番号１０１〜１０５からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号１０１〜１０５と比較して１〜１０の単一のアミノ酸変更、
（ｃ）配列番号１０１〜１０５のいずれか１つに対して少なくとも８５％の配列同一性、および／または
（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１０１〜１０５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有し、ｘが３０であり、ｙが０．７５であること、
を含む、請求項７７〜８０のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項８２】
単離されているか、精製されているか、または組換え型である、請求項７７〜８１のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項８３】
アジュバントをさらに含む、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチド。
【請求項８４】
請求項７７〜８１のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項８５】
請求項７７〜８１のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む宿主細胞。
【請求項８６】
エシェリキア属Ｓｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
配列番号６５３〜６５５に対して少なくとも８０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性、少なくとも９６％の同一性、少なくとも９７％の同一性、少なくとも９８％の同一性、少なくとも９９％の同一性、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含むものである、請求項８６に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
請求項８６に記載の単離または組換えポリペプチドであって、該ポリペプチドは、ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号６５３〜６５５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有する、アミノ酸を含み、ここで、ｘは３０であり、ｙは０．７５である、単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
配列番号６５３〜６５５のいずれかの少なくとも１０の連続したアミノ酸を含む単離または組換えポリペプチドであって、該少なくとも１０の連続したアミノ酸が免疫原性である、単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
配列番号６５３〜６５５の４８０未満、４７０未満、４６０未満、４５０未満、４２５未満、４００未満、３５０未満、２００未満、または２５０未満のアミノ酸を含むものである、請求項８９に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
前記少なくとも１０の連続したアミノ酸が、配列番号６５６〜６７５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項９０に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９２】
完全長の前記エシェリキア属Ｓｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）を含まないものである、請求項８６〜８９のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９３】
配列番号６５３〜６５５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含まないものである、請求項８６〜８９のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９４】
アジュバントをさらに含む請求項８６〜９３のいずれか１項に記載の単離または組換え免疫原性ポリペプチド。
【請求項９５】
請求項８６〜９３のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項９６】
配列番号６５３〜６５５の１つをコードする核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するものである、請求項９５に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９７】
請求項８６〜９３のいずれか１項に記載の免疫原性ポリペプチドをコードするプラスミドを含む大腸菌細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（技術分野）
本発明は、病原性大腸菌株に対する免疫化に関する。
【背景技術】
【０００２】
（背景分野）
大腸菌株は、伝統的に、片利共生または病原性のいずれかとして分類され、病原性菌株は、腸内菌株または腸外菌株にさらに分類される。病原性大腸菌は、非特許文献１（参考文献１）でより詳細に検討され、多数の異なる病原型（すなわち共通の一組の毒性因子を用いて共通の疾患を引き起こす大腸菌株の群）に分けられる。菌株の病原型の分類（ｐａｔｈｏｔｙｐｉｎｇ）は、遺伝子型または表現型にて行うことができる通常の技術である。ある最近の遺伝子型に基づいた病原型の分類法（非特許文献２［２］）はＤＮＡマイクロアレイを使用する。
【０００３】
腸内菌株の中で、少なくとも６つの十分に説明されている病原型：腸管病原性（ＥＰＥＣ）、腸管出血性（ＥＨＥＣ）、腸管凝集性（ＥＡＥＣ）、腸管侵入性（ＥＩＥＣ）、腸管毒素原性（ＥＴＥＣ）、および拡散付着性（ＤＡＥＣ）は公知である。
【０００４】
大腸菌の腸外病原性菌株（または「ＥｘＰＥＣ」菌株（非特許文献３、４［３、４］））には、尿路病原性（ＵＰＥＣ）菌株、新生児髄膜炎（ＮＭＥＣ）菌株、および敗血症関連菌株（ＳＥＰＥＣ）が含まれる。ＥｘＰＥＣは、尿路感染の最も一般的な原因であり、ヒトの新生児髄膜炎および新生児敗血症の主な原因の１つであり、重篤な合併症および死をもたらす可能性がある。他の種類の腸外感染には、骨髄炎、肺、腹内、軟組織、および血管内デバイスに関連した感染が含まれる。ヒト以外の別のＥｘＰＥＣ病原型は、鳥病原性（ＡＰＥＣ）であり、家禽に腸外感染を引き起こす。
【０００５】
ほとんどの以前からあるＥｘＰＥＣワクチンは、細胞溶解物または細胞構造物をベースとしている。ＳＯＬＣＯＵＲＯＶＡＣＴＭには、６つのＥｘＰＥＣ菌株を含む１０の異なる加熱死細菌が含まれる。ＵＲＯ−ＶＡＸＯＭＴＭは、１８の選択された大腸菌株の凍結乾燥細菌溶解物を含む、経口用の錠剤型ワクチンである。Ｂａｘｔｅｒ  Ｖａｃｃｉｎｅｓによって、６〜１０の異なる菌株に由来する線毛をベースとしたＵＴＩワクチンが開発された。ＭｅｄＩｍｍｕｎｅによって、ＦｉｍＨ付着複合体をベースとするＭＥＤＩ５１６と呼ばれる製品が開発された。対照的に、特許文献１および２（参考文献５および６）には、ＮＭＥＣ菌株およびＵＰＥＣ菌株の両方に対する規定ワクチンの基礎として使用することができるＥｘＰＥＣ菌株由来の特異的免疫原が開示されている。
【０００６】
しかしながら、なお、幅広いスペクトルの腸内大腸菌株および腸外大腸菌株から防御するワクチンを提供することへの必要性がある。大腸菌は、新たな生態的地位に適合して幅広いスペクトルの疾患を引き起こす改善された能力を有する変わりやすい微生物である。微生物は、様々な組織および宿主に適合できるように、適合係数、毒性因子、および集落形成因子を変更することができる。したがって、潜在的抗原が、高い選択圧を受け、結果として、異なる菌株間での配列変動性を有し得る。
【０００７】
ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖで利用可能なゲノムのデータベースには、ゲノムとして２１の病原性および非病原性大腸菌ゲノムが列記され、タンパク質は、少なくとも４，１２６、多くとも５，３３９であった。しかしながら、このような列記は、病原性大腸菌の重要な部分にわたってどれが保存されているか、そのように保存されているタンパク質における保存された領域が何であるか、または、病原性大腸菌から防御する十分な免疫応答を引き起こすために、数千もの有望なタンパク質のうちのどのタンパク質をワクチンに使用できるか（最適な候補を同定するためには、多数のタンパク質のスクリーニングが必要である）を同定していない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】国際公開第２００６／０８９２６４号
【特許文献２】国際公開第２００６／０９１５１７号
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｋａｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（２００４）２（２）：１２３−４０
【非特許文献２】Ａｎｊｕｍ  ｅｔ  ａｌ．Ａｐｐｌ  Ｅｎｖｉｒｏｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００７）７３：５６９２−７
【非特許文献３】Ｒｕｓｓｏ＆Ｊｏｈｎｓｏｎ  Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ（２０００）１８１：１７５３−１７５４
【非特許文献４】Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｆｏｏｄｂｏｒｎｅ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ  Ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ（２００７）４：１３４−６３
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
本発明の目的は、病原性大腸菌株、より具体的には、腸内病原型（例えば、ＥＡＥＣ、ＥＩＥＣ、ＥＰＥＣ、およびＥＴＥＣ菌株）、ならびにＥｘＰＥＣ病原型に対する免疫化に使用されるさらなるよりよい抗原を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
（発明の開示）
参考文献５に開示されている多数の抗原の内の１つは、「ｏｒｆ３５３」（参考文献５の中の配列番号７０５および７０６）と注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ２３６」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ０３６８」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿０２４８としても知られている。参考文献５に開示されている別のこのような抗原は、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質として（または「ｏｒｆ４０５」として、配列番号８０９および８１０）注釈が付けられており、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ２８４」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ０４１５」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿０３６７としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、インフルエンザ抗原４３タンパク質として（または「ｏｒｆ１３６４」として、配列番号２７２７および２７２８）注釈が付けられており、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１１０９」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ１２７３」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿３００９としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出（ｅｆｆｌｕｘ）トランスポータータンパク質として（または「ｏｒｆ１７６７」として、配列番号３５３３および３５３４）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１４８８」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ１７６５」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿１３４６としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、ｇｓｐＫ一般分泌経路タンパク質として（または「ｏｒｆ３５１５」として、配列番号７０２９および７０３０）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３３３２」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ３７０２」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿３０３９としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、ｇｓｐＪ一般分泌経路タンパク質として（または「ｏｒｆ３５１６」として、配列番号７０２９および７０３０）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３３３３」および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿３０４０としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｔｏｎＢ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｓｉｄｅｒｏｐｈｏｒｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）として（または「ｏｒｆ３５９７」として、配列番号７１９３および７１９４）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３４１５」、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ３７７５」、および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿３１２１としても知られている。参考文献５に開示されているなお別のこのような抗原は、線毛タンパク質として（または「ｏｒｆ３６１３」として、配列番号７２２５および７２２６）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３４３１」および大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ３７９１」としても知られている。国際公開第２００８／０��０３３０号に開示されているなお別のこのような抗原は、溶血素Ａタンパク質として（または「ｒｅｃｐ３７６８」として、配列番号３）注釈が付けられており、これは、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ３５７０」および大腸菌株５３６由来ｅｃｐ＿３８２７としても知られている。大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｕｐｅｃ９４８」タンパク質は、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ０９７５」としても知られている。大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｕｐｅｃ１２３２」タンパク質は、参考文献６（配列番号１３８）に開示され、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ１２７５」としても知られている。参考文献６に開示されているなお別のこのような抗原は、１型線毛タンパク質、Ａ鎖前駆体として（または「ｕｐｅｃ１８７５」として、配列番号２２１）注釈が付けられており、これは、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１６４２」および大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ１９３６」としても知られている。参考文献６に開示されているなお別のこのような抗原は、ＹａｐＨホモログタンパク質として（または「ｕｐｅｃ２８２０」として、配列番号３０７）注釈が付けられており、これは、大腸菌株ＣＦＴ０７３由来「ｃ２８９５」としても知られている。参考文献５、参考文献６、国際公開第２００８／０２０３３０号、および他の参考文献は、ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４またはＵＰＥＣ菌株の配列を開示し、本発明の特定の態様は、ＡＰＥＣ、ＵＰＥＣ、ＥＡＥＣ、ＥＩＥＣ、ＥＰＥＣ、およびＥＴＥＣ菌株を含む、さらなる病原型で同定されたＥｘＰＥＣ「ｏｒｆ３５３」、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質、インフルエンザ抗原４３タンパク質、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポータータンパク質、ｇｓｐＫ一般分泌経路タンパク質、ｇｓｐＪ一般分泌経路タンパク質、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体、線毛タンパク質、「ｕｐｅｃ９４８」タンパク質、「ｕｐｅｃ１２３２」、１型線毛タンパク質、Ａ鎖前駆体、およびＹａｐＨホモログタンパク質の改変体に基づいている。参考文献５の開示とは異なり、これらの改変体は、腸内病原型の処置に特に有用であり得る。したがって、本発明は、このような改変体と共に、大腸菌感染に対する患者の免疫化におけるこれらの使用を提供する。加えて、本開示は、すべての大腸菌病原型のタンパク質：細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）、およびＳｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）のそれぞれの断片を包含し、これらの断片は、複数の菌株にわたって保存されているため、いくつかの菌株に対する防御を提供する免疫応答を被験体にもたらすことができる。
【００１２】
（本発明に使用されるポリペプチド）
本発明は、それぞれが本明細書により詳細に記載されるｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）、およびＳｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）に由来するアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。
【００１３】
（ｏｒｆ３５３タンパク質）
大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ３５３」タンパク質は、参考文献５（配列番号７０５および７０６）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ２３６」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ０３６８」、および５３６由来ｅｃｐ＿０２４８としても知られている。
【００１４】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ３５３タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ３５３配列は、配列番号１〜２に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００１５】
他の好ましいｏｒｆ３５３配列は、配列番号１〜２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ３５３のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号１〜２のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００１６】
【化１】
2012532600.tif 000003
（ｏｒｆ４０５タンパク質）
細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ４０５」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ４０５」タンパク質は、参考文献５（配列番号８０９および８１０）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ２８４」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ０４１５」、および５３６由来ｅｃｐ＿０３６７としても知られている。
【００１７】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ４０５タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ４０５配列は、配列番号３〜１８に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００１８】
他の好ましいｏｒｆ４０５配列は、配列番号３〜１８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ４０５のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号３〜１８のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。加えて、溶解性および免疫原性について試験した３つの断片、４０５Ａ、４０５Ｂ、および４０５Ｃは、それぞれ、「Ａ」、「Ｂ」、および「Ｃ」を付して明示した。
【００１９】
【化２】
2012532600.tif 000004
【００２０】
【化３】
2012532600.tif 000005
【００２１】
【化４】
2012532600.tif 000006
【００２２】
【化５】
2012532600.tif 000007
【００２３】
【化６】
2012532600.tif 000008
【００２４】
【化７】
2012532600.tif 000009
【００２５】
【化８】
2012532600.tif 000010
【００２６】
【化９】
2012532600.tif 000011
【００２７】
【化１０】
2012532600.tif 000012
【００２８】
【化１１】
2012532600.tif 000013
【００２９】
【化１２】
2012532600.tif 000014
【００３０】
【化１３】
2012532600.tif 000015
（ｏｒｆ１３６４タンパク質）
インフルエンザ抗原４３タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ１３６４」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ１３６４」タンパク質は、参考文献５（配列番号２７２７および２７２８）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１１０９」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ１２７３」、および５３６由来ｅｃｐ＿３００９としても知られている。
【００３１】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ１３６４タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ１３６４配列は、配列番号１９〜４０に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００３２】
他の好ましいｏｒｆ１３６４配列は、配列番号１９〜４０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ１３６４のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号１９〜４０のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００３３】
【化１４】
2012532600.tif 000016
【００３４】
【化１５】
2012532600.tif 000017
【００３５】
【化１６】
2012532600.tif 000018
【００３６】
【化１７】
2012532600.tif 000019
【００３７】
【化１８】
2012532600.tif 000020
【００３８】
【化１９】
2012532600.tif 000021
【００３９】
【化２０】
2012532600.tif 000022
【００４０】
【化２１】
2012532600.tif 000023
【００４１】
【化２２】
2012532600.tif 000024
【００４２】
【化２３】
2012532600.tif 000025
（ｏｒｆ１７６７タンパク質）
ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポータータンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ１７６７」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ１７６７」タンパク質は、参考文献５（配列番号３５３３および３５３４）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１４８８」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ１７６５」、および５３６由来ｅｃｐ＿１３４６としても知られている。
【００４３】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ１７６７タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ１７６７配列は、配列番号４１〜４７に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００４４】
他の好ましいｏｒｆ１７６７配列は、配列番号４１〜４７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ１７６７のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号４１〜４７のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００４５】
【化２４】
2012532600.tif 000026
【００４６】
【化２５】
2012532600.tif 000027
【００４７】
【化２６】
2012532600.tif 000028
（ｏｒｆ３５１５タンパク質）
ｇｓｐＫ一般分泌経路タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ３５１５」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ３５１５」タンパク質は、参考文献５（配列番号７０２９および７０３０）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３３３２」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ３７０２」、および５３６由来ｅｃｐ＿３０３９としても知られている。
【００４８】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ３５１５タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ３５１５配列は、配列番号４８〜６０に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００４９】
他の好ましいｏｒｆ３５１５配列は、配列番号４８〜６０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ３５１５のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号４８〜６０のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である
【００５０】
【化２７】
2012532600.tif 000029
【００５１】
【化２８】
2012532600.tif 000030
【００５２】
【化２９】
2012532600.tif 000031
（ｏｒｆ３５１６タンパク質）
ｇｓｐＪ一般分泌経路タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ３５１６」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ３５１６」タンパク質は、参考文献５（配列番号７０３１および７０３２）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３３３３」および５３６由来ｅｃｐ＿３０４０としても知られている。
【００５３】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ３５１６タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ３５１６配列は、配列番号６１〜７１に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００５４】
他の好ましいｏｒｆ３５１６配列は、配列番号６１〜７１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ３５１６のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号６１〜７１のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００５５】
【化３０】
2012532600.tif 000032
【００５６】
【化３１】
2012532600.tif 000033
（ｏｒｆ３５９７タンパク質）
ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ３５９７」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ３５９７」タンパク質は、参考文献５（配列番号７１９３および７１９４）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３４１５」、ＣＦＴ０７３由来「ｃ３７７５」、および５３６由来ｅｃｐ＿３１２１としても知られている。
【００５７】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ３５９７タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ３５９７配列は、配列番号７２〜７９に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００５８】
他の好ましいｏｒｆ３５９７配列は、配列番号７２〜７９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ３５９７のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号７２〜７９のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００５９】
【化３２】
2012532600.tif 000034
【００６０】
【化３３】
2012532600.tif 000035
【００６１】
【化３４】
2012532600.tif 000036
【００６２】
【化３５】
2012532600.tif 000037
（ｏｒｆ３６１３タンパク質）
線毛タンパク質は、本明細書では「ｏｒｆ３６１３」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｏｒｆ３６１３」タンパク質は、参考文献５（配列番号７２２５および７２２６）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ３４３１」およびＣＦＴ０７３由来「ｃ３７９１」としても知られている。
【００６３】
本発明にしたがって使用される場合、ｏｒｆ３６１３タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｏｒｆ３６１３配列は、配列番号８０〜８１に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００６４】
他の好ましいｏｒｆ３６１３配列は、配列番号８０〜８１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｏｒｆ３６１３のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号８０〜８１のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００６５】
【化３６】
2012532600.tif 000038
（ｒｅｃｐ３７６８タンパク質）
溶血素Ａタンパク質は、本明細書では「ｒｅｃｐ３７６８」と呼ばれる。大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｒｅｃｐ３７６８」タンパク質は、参考文献国際公開第２００８／０２０３３０号（配列番号３）に開示され、ＣＦＴ０７３由来「ｃ３５７０」および５３６由来ｅｃｐ＿３８２７としても知られている。
【００６６】
本発明にしたがって使用される場合、ｒｅｃｐ３７６８タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｒｅｃｐ３７６８配列は、配列番号１０１〜１０５に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００６７】
他の好ましいｒｅｃｐ３７６８配列は、配列番号１０１〜１０５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｒｅｃｐ３７６８のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号１０１〜１０５のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００６８】
【化３７】
2012532600.tif 000039
【００６９】
【化３８】
2012532600.tif 000040
【００７０】
【化３９】
2012532600.tif 000041
【００７１】
【化４０】
2012532600.tif 000042
（ｕｐｅｃ９４８タンパク質）
大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｕｐｅｃ９４８」タンパク質は、ＣＦＴ０７３由来「ｃ０９７５」としても知られている。
【００７２】
本発明にしたがって使用される場合、ｕｐｅｃ９４８タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｕｐｅｃ９４８配列は、配列番号８２〜８４に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００７３】
他の好ましいｕｐｅｃ９４８配列は、配列番号８２〜８４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｕｐｅｃ９４８のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号８２〜８４のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００７４】
【化４１】
2012532600.tif 000043
（ｕｐｅｃ１２３２タンパク質）
大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｕｐｅｃ１２３２」タンパク質は、参考文献６（配列番号１３８）に開示され、ＣＦＴ０７３由来「ｃ１２７５」としても知られている。
【００７５】
本発明にしたがって使用される場合、ｕｐｅｃ１２３２タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｕｐｅｃ１２３２配列は、配列番号８５〜９１に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００７６】
他の好ましいｕｐｅｃ１２３２配列は、配列番号８５〜９１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｕｐｅｃ１２３２のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号８５〜９１のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００７７】
【化４２】
2012532600.tif 000044
【００７８】
【化４３】
2012532600.tif 000045
（ｕｐｅｃ１８７５タンパク質）
１型線毛タンパク質、Ａ鎖前駆体は、本明細書では「ｕｐｅｃ１８７５」と呼ばれる。大腸菌ＵＰＥＣ由来「ｕｐｅｃ１８７５」タンパク質は、参考文献６（配列番号２２１）に開示され、大腸菌ＮＭＥＣ菌株ＩＨＥ３０３４由来「ｏｒｆ１６４２」およびＣＦＴ０７３由来「ｃ１９３６」としても知られている。
【００７９】
本発明にしたがって使用される場合、ｕｐｅｃ１８７５タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｕｐｅｃ１８７５配列は、配列番号９２〜９８に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００８０】
他の好ましいｕｐｅｃ１８７５配列は、配列番号９２〜９８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｕｐｅｃ１８７５のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号９２〜９８のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００８１】
【化４４】
2012532600.tif 000046
【００８２】
【化４５】
2012532600.tif 000047
（ｕｐｅｃ２８２０タンパク質）
ｙａｐＨホモログタンパク質は、本明細書では「ｕｐｅｃ２８２０」と呼ばれる。大腸菌ＮＭＥＣ由来「ｕｐｅｃ２８２０」タンパク質は、参考文献６（配列番号３０７）に開示され、ＣＦＴ０７３由来「ｃ２８９５」としても知られている。
【００８３】
本発明にしたがって使用される場合、ｕｐｅｃ２８２０タンパク質は、様々な形態をとり得る。好ましいｕｐｅｃ２８２０配列は、配列番号９９〜１００に対して５０％以上（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００８４】
他の好ましいｕｐｅｃ２８２０配列は、配列番号９９〜１００の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｕｐｅｃ２８２０のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号９９〜１００のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００８５】
【化４６】
2012532600.tif 000048
【００８６】
【化４７】
2012532600.tif 000049
【００８７】
【化４８】
2012532600.tif 000050
【００８８】
【化４９】
2012532600.tif 000051
【００８９】
【化５０】
2012532600.tif 000052
【００９０】
【化５１】
2012532600.tif 000053
【００９１】
【化５２】
2012532600.tif 000054
【００９２】
【化５３】
2012532600.tif 000055
（ｕｐｅｃ−５２１１ポリペプチド）
Ｓｅｌ  １反復含有タンパク質は、本明細書では「ｕｐｅｃ−５２１１」と呼ばれる。大腸菌由来「ｕｐｅｃ−５２１１」ポリペプチドは、ＣＦＴ０７３由来「ｃ５３２１」、ＥＤ１ａ由来「ＥＣＥＤ１＿５０８１」、およびＥ．ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ  ＡＴＣＣ３５４６９由来「ＥＦＥＲ＿４３０３」としても知られている。
【００９３】
本発明にしたがって使用される場合、ｕｐｅｃ−５２１１ポリペプチドは、様々な形態をとり得る。好ましいｕｐｅｃ−５２１１配列は、配列番号６５３〜６５５に対して５０％以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８７．５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有する。これには、改変体（例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体など）も含まれる。
【００９４】
他の好ましいｕｐｅｃ−５２１１配列は、配列番号６５３〜６５５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、このｎは、７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）である。好ましい断片は、ｕｐｅｃ−５２１１のエピトープまたは免疫原性断片を含む。他の好ましい断片は、配列番号６５３〜６５５のＣ末端および／またはＮ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれ以上）が欠失している。例示的な断片は、以下の配列アラインメントで同定された、保存された断片（配列番号）である。
【００９５】
【化５４】
2012532600.tif 000056
【００９６】
【化５５】
2012532600.tif 000057
（本発明に使用される特定のポリペプチド）
本発明の態様は、ｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）からなる群より選択される大腸菌タンパク質を含む単離または組換えポリペプチドを包含する。
【００９７】
特定の実施形態では、この単離または組換えポリペプチドは、配列番号１〜１０５に対して少なくともａ％の同一性を有するアミノ酸配列を有し得る。
【００９８】
特定の実施形態では、このポリペプチドは、ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１〜１０５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウ（ｍｏｖｉｎｇ  ｗｉｎｄｏｗ）が、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有する、アミノ酸を含み、このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる。
【００９９】
特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号１〜１０５のいずれかの少なくともｂ個の連続したアミノ酸を含み、この少なくともｂ個の連続したアミノ酸は免疫原性である。
【０１００】
単離または組換えポリペプチドがｏｒｆ３５３である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号１〜２の１６０未満、１５０未満、１４０未満、または１３０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号２１１〜２１８を含む。
【０１０１】
単離または組換えポリペプチドが細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号３〜１８の１４１０未満、１４００未満、１３９０未満、または１３８０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号２１９〜３０７および６８３を含む。
【０１０２】
単離または組換えポリペプチドがインフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号１９〜４０の１０４０未満、１０３０未満、１０２０未満、または１０１０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号３０８〜３５０を含む。
【０１０３】
単離または組換えポリペプチドがＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号４１〜４７の４５０未満、４４０未満、４３０未満、または４２０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号３５１〜３６８を含む。
【０１０４】
単離または組換えポリペプチドがｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号４８〜６０の３２０未満、３１０未満、３００未満、または２９０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号３６９〜３８４を含む。
【０１０５】
単離または組換えポリペプチドがｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号６１〜７１の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号３８５〜３９８を含む。
【０１０６】
単離または組換えポリペプチドがｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号７２〜７９の７１０未満、７００未満、６９０未満、または６８０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号３９９〜４２５を含む。
【０１０７】
単離または組換えポリペプチドが線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号８０〜８１の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号４２６〜４３２を含む。
【０１０８】
単離または組換えポリペプチドがｕｐｅｃ−９４８である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号８２〜８４の１５０未満、１４０未満、１３０未満、または１２０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号４９３〜４９９を含む。
【０１０９】
単離または組換えポリペプチドがｕｐｅｃ−１２３２である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号８５〜９１の１５０未満、１４０未満、１３０未満、または１２０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号５００〜５０６を含む。
【０１１０】
単離または組換えポリペプチドが１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号９２〜９８の１８０未満、１７０未満、１６０未満、または１５０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号５０７〜５１５を含む。
【０１１１】
単離または組換えポリペプチドがｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号９９〜１００の２６４０未満、２６２０未満、２６００未満、または２５８０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号５１６〜６３８を含む。
【０１１２】
単離または組換えポリペプチドが溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）である特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号１０１〜１０５の１０２０未満、１０１０未満、１０００未満、または９９０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号４３３〜４９２を含む。特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、大腸菌溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）の断片を含み、この断片は、完全長タンパク質と比較して断片の溶解性を増加させる、大腸菌ＡｃｆＤタンパク質に対する欠失を有し、この断片は、大腸菌ＡｃｆＤタンパク質と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する。
【０１１３】
前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、ポリペプチドは、対応する完全長タンパク質（例えば、ｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８））を含まない。このような対応する完全長タンパク質の例には、配列番号１〜１０５が含まれる。
【０１１４】
本発明の態様は、エシェリキア属Ｓｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）を含む単離または組換えポリペプチドを包含する。
【０１１５】
特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号６５３〜６５５に対して少なくともａ％の同一性を有するアミノ酸配列を有し得る。
【０１１６】
特定の実施形態では、このポリペプチドは、ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号６５３〜６５５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有する、アミノ酸を含み、このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる。
【０１１７】
特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号６５３〜６５５のいずれかの少なくともｂ個の連続したアミノ酸を含み、この少なくともｂ個の連続したアミノ酸は免疫原性である。
【０１１８】
特定の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、配列番号６５３〜６５５の４８０未満、４７０未満、４６０未満、４５０未満、４２５未満、４００未満、３５０未満、２００未満、または２５０未満のアミノ酸を含む。好ましい例は、配列番号６５６〜６７６を含む。
【０１１９】
本明細書に開示されるいずれのポリペプチドも、ワクチンの成分としての有用性を有する。したがって、別の実施形態では、単離または組換えポリペプチドは、アジュバントと共に用いられる。
【０１２０】
本発明の別の態様は、前述のポリペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１０６〜２１０からなる群より選択される核酸配列に対してａ％の配列同一性を有する。
【０１２１】
本発明の別の態様は、ｏｒｆ４０５タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドを包含し、この断片は、完全長タンパク質と比較して断片の溶解性を増加させる、大腸菌ｏｒｆ４０５に対する欠失を有し、この断片は、大腸菌ｏｒｆ４０５と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する。このような一例は、配列番号６４２である。特定の実施形態では、ｏｒｆ４０５タンパク質の断片は、ｏｒｆ４０５タンパク質の１２００未満のアミノ酸、１１００未満のアミノ酸、１０００未満のアミノ酸、９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５９０未満のアミノ酸、または５８０未満のアミノ酸を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したｏｒｆ４０５の断片は、（ａ）配列番号３〜１８からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）配列番号３〜１８と比較して１〜１０個の単一のアミノ酸変更；配列番号３〜１８のいずれか１つに対する少なくともａ％の配列同一性；かつ／または（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号３〜１８のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有すること（このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる）を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したｏｒｆ４０５の断片は、単離されているか、精製されているか、または組換え型である。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、この免疫原性ポリペプチドは、アジュバントと組み合わせることができる。
【０１２２】
本発明の別の態様は、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドを包含し、この断片は、完全長タンパク質と比較して断片の溶解性を増加させる、大腸菌インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）に対する欠失を有し、この断片は、大腸菌インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する。このような一例は、配列番号６５２である。特定の実施形態では、大腸菌インフルエンザ抗原４３は、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質の９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４４０未満のアミノ酸、または４３０未満のアミノ酸を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したインフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）の断片は、（ａ）配列番号１９〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）配列番号１９〜４０と比較して１〜１０個の単一のアミノ酸変更；（ｃ）配列番号１９〜４０のいずれか１つに対する少なくともａ％の配列同一性；かつ／または（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１９〜４０のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有すること（このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる）を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したインフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）の断片は、単離されているか、精製されているか、または組換え型である。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、この免疫原性ポリペプチドは、アジュバントと組み合わせることができる。
【０１２３】
本発明の別の態様は、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドを包含し、この断片は、完全長タンパク質と比較して断片の溶解性を増加させる、大腸菌ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）に対する欠失を有し、この断片は、大腸菌ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する。このような例は、配列番号６４４、配列番号６４６、配列番号６４８、または配列番号６５０である。特定の実施形態では、大腸菌ｙａｐＨホモログの断片は、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）タンパク質の２５００未満のアミノ酸、２０００未満のアミノ酸、１７５０未満のアミノ酸、１５００未満のアミノ酸、１４００未満のアミノ酸、１３００未満のアミノ酸、１２００未満のアミノ酸、１１００未満のアミノ酸、１０００未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４００未満のアミノ酸、または３９０未満のアミノ酸を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）の断片は、（ａ）配列番号９９〜１００からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）配列番号９９〜１００と比較して１〜１０個の単一のアミノ酸変更；（ｃ）配列番号９９〜１００のいずれか１つに対する少なくともａ％の配列同一性；かつ／または（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号９９〜１００のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有すること（このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる）を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加したｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）の断片は、単離されているか、精製されているか、または組換え型である。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、この免疫原性ポリペプチドは、アジュバントと組み合わせることができる。
【０１２４】
本発明の別の態様は、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）タンパク質の断片を含む免疫原性ポリペプチドを包含し、この断片は、完全長タンパク質と比較して断片の溶解性を増加させる、大腸菌溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）に対する欠失を有し、この断片は、大腸菌溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）と実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する。このような一例は、配列番号６４０である。特定の実施形態では、大腸菌溶血素Ａの断片は、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）タンパク質の１０００未満のアミノ酸、９５０未満のアミノ酸、９００未満のアミノ酸、８５０未満のアミノ酸、８００未満のアミノ酸、７５０未満のアミノ酸、７００未満のアミノ酸、６５０未満のアミノ酸、６００未満のアミノ酸、５５０未満のアミノ酸、５００未満のアミノ酸、４５０未満のアミノ酸、４００未満のアミノ酸、３９０未満のアミノ酸、３８０未満のアミノ酸、３５０未満のアミノ酸、３００未満のアミノ酸、２５０未満のアミノ酸、２４０未満のアミノ酸、２３０未満のアミノ酸、または２２０未満のアミノ酸を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加した溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）の断片は、（ａ）配列番号１０１〜１０５からなる群より選択されるアミノ酸配列；（ｂ）配列番号１０１〜１０５と比較して１〜１０個の単一のアミノ酸変更；（ｃ）配列番号１０１〜１０５のいずれか１つに対する少なくともａ％の配列同一性；かつ／または（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを用いて配列番号１０１〜１０５のいずれかと整列させられたときに、Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各移動ウインドウが、少なくともｘ・ｙ個の同一の整列したアミノ酸を有すること（このｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され、ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合は、最も近い整数に切り上げられる）を有する。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、溶解性が増加した溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）の断片は、単離されているか、精製されているか、または組換え型である。前述のいずれかの実施形態と組み合わせることができる特定の実施形態では、この免疫原性ポリペプチドは、アジュバントと組み合わせることができる。
【０１２５】
同一性パーセントの決定に好ましいペアワイズアラインメントアルゴリズムは、デフォルトパラメーター（例えば、ギャップ・オープニング・ペナルティー＝１０．０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．５、ＥＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用）を使用するＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈグローバル・アラインメント・アルゴリズム［７］である。このアルゴリズムは、ＥＭＢＯＳＳパッケージ［８］のｎｅｅｄｌｅツールで適宜実行された。
【０１２６】
これらのポリペプチドは、対立遺伝子改変体、多型、ホモログ、オルソログ、パラログ、変異体などを含む配列番号１〜１０５の改変体、ならびに配列番号６５３〜６５５の改変体を含む。
【０１２７】
ａの値は、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８７．５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上から選択することができる。
【０１２８】
ｂの値は、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上から選択することができる。好ましい断片には、配列番号１〜１０５のエピトープまたは免疫原性断片、ならびに配列番号６５３〜６５５のエピトープまたは免疫原性断片が含まれる。他の好ましい断片は、好ましくは、配列番号１〜１０５の少なくとも１つのエピトープまたは免疫原性断片を維持したまま、配列番号１〜１０５のＣ末端の１つ以上のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５，またはそれ以上）および／またはＮ末端の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５，またはそれ以上）のアミノ酸が欠失しているか、または、好ましくは、配列番号６５３〜６５５の少なくとも１つのエピトープまたは免疫原性断片を維持したまま、配列番号６５３〜６５５のＮ末端の１つ以上のアミノ酸が欠失している。他の断片は、例えば、シグナルペプチド、細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞外ドメインなどの除外など、１つ以上のタンパク質ドメインが除外されている。溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）断片（Ｂ４）を、膜内挿入および孔形成に必要なアミノ末端疎水性ドメイン（疎水性αへリックス領域）、カルボキシル末端シグナル配列、および転写後のアシル化後の孔形成活性に必要なドメインを除去することによって得た。得られた可溶性断片は、カルボキシル末端βシートおよびカルシウムへの結合に必要なグリシンリッチ領域である。インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）断片を、パッセンジャードメイン（アミノ酸５３〜６２０）を維持したまま、カルボキシル末端βバレルドメインを除外することによって得た。ｏｒｆ４０５断片を、４つの予想される免疫グロブリン結合様ドメイン（アミノ酸５９５〜１００８）を維持したまま、推定上のアミノ末端トランスロケーター（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｏｒ）ドメインの除去によって得た。
【０１２９】
断片内のエピトープは、Ｂ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであり得る。このようなエピトープは、実験的に同定することができ（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［９、１０］または同様の方法を用いて）、推定することもできる（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原指標［１１］、マトリックスをベースとした手法［１２］、ＭＡＰＩＴＯＰＥ［１３］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［１４、１５］、神経回路網［１６］、ＯｐｔｉＭｅｒ＆ＥｐｉＭｅｒ［１７、１８］、ＡＤＥＰＴ［１９］、Ｔｓｉｔｅｓ［２０］、親水性［２１］、抗原指標［２２］、または参考文献２３〜２４に開示されている方法などを用いて）。エピトープは、抗体またはＴ細胞受容体の抗原結合部位によって認識されて結合される抗原の一部であり、「抗原決定基」とも呼ばれることがある。
【０１３０】
上述の配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５の免疫原性断片には、限定されるものではないが、アジュバント（限定されるものではないが、以下の「免疫原性組成物および薬物」のセクションに列記または記載される任意のアジュバントを含む）を含み得る適切な組成物において、またはポリペプチドに結合された適切なキャリアにおいて被験体に投与されると、それぞれ、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５（免疫原性断片はこれらに由来する）の単離された完全長ポリペプチドを認識する抗体またはＴ細胞媒介免疫応答を惹起する免疫原性断片が含まれる。
【０１３１】
本発明のポリペプチドは、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５のいずれか１つと比較して、保存的な置換（すなわち、あるアミノ酸の、関連した側鎖を有する別のアミノ酸での置換）などの１つ以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９など）のアミノ酸の置換を含み得る。遺伝的にコードされるアミノ酸は、一般に、４つのファミリー：（１）酸性、すなわちアスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわちリシン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわちアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン：および（４）非電荷極性、すなわちグリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシンに分けられる。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、時には、芳香族アミノ酸として一緒に分類される。一般に、これらのファミリー内での単一アミノ酸の置換は、生物学的活性に大きな影響を与えない。
【０１３２】
ポリペプチドは、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５のいずれか１つに対する１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９など）の単一アミノ酸の欠失を有し得る。同様に、ポリペプチドは、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５のいずれか１つに対する１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９など）の挿入（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つのアミノ酸のそれぞれ）を含み得る。
【０１３３】
群（ｃ）内において、欠失または置換は、Ｎ末端および／またはＣ末端であっても、または２つの末端の間であっても良い。したがって、切断は、欠失の一例である。切断は、Ｎ末端および／またはＣ末端における最大４０（またはそれ以上）のアミノ酸の欠失を有し得る。上述のように、例えば、Ｎ末端からＧＧＧＳＧ配列までを除去する切断を使用することができる。
【０１３４】
一般に、本発明のポリペプチドが、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５の完全な１つに同一ではない配列を含む場合（例えば、このポリペプチドが、１つの完全な配列に対して１００％未満の配列同一性で列記された配列を含む場合、またはこのポリペプチドが、１つの完全な配列の断片を含む場合）は、好ましくは、このポリペプチドは、完全な配列番号の配列からなるポリペプチドを認識する抗体、すなわち前記配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５の１つ以上に結合する抗体を誘導し得る。このような抗体は、配列番号１〜１０５または配列番号６５３〜６５５のそれぞれに特異的に結合し得るが、非特異的結合参照基準としてのヒト血清アルブミンに対する上記抗体の非特異的親和性よりも有意に高い親和性で、ホモログではない他のタンパク質に結合することはない。
【０１３５】
本発明のポリペプチドは、金属イオン、例えば、ポリペプチド鎖において１つ以上のアミノ酸が配位された金属イオンを含み得る。例えば、このポリペプチドは、１価、２価、または３価の金属カチオンを含み得る。２価のカチオンは、典型的には、Ｍｎ２＋、Ｆｅ２＋、Ｃｏ２＋、Ｎｉ２＋、Ｃｕ２＋などである。２価のカチオンは、好ましくはＺｎ２＋である。このようなイオンは、ＨＥＡＧＨまたはＨＥＶＧＨアミノ酸配列によって配位され得る。
【０１３６】
本発明に使用されるポリペプチドは、様々な形態（例えば、天然、融合、グリコシル化、非グリコシル化、脂質化、非脂質化、リン酸化、非リン酸化、ミリストイル化、非ミリストイル化、単量体、多量体、粒子、変性など）をとり得る。例えば、本発明のポリペプチドは、脂質化Ｎ末端システインを有し得る。
【０１３７】
本発明に使用されるポリペプチドは、様々な手段（例えば、組換え発現、細胞培養物からの精製、化学合成など）によって調製することができる。組換えにより発現されるタンパク質が好ましい。
【０１３８】
本発明に使用されるポリペプチドは、好ましくは、精製された形態または実質的に精製された形態、すなわち、他のポリペプチド（例えば、天然に存在するポリペプチド）、特に他の大腸菌または宿主細胞のポリペプチドを実質的に含まない形態で提供され、一般に、少なくとも約５０％（重量）純粋、通常は少なくとも約９０％純粋、すなわち、組成物の約５０％未満、より好ましくは約１０％未満（例えば、５％）が、他の発現されたポリペプチドからなる。したがって、組成物中の抗原は、分子が発現される生物全体から分離されている。
【０１３９】
本発明に使用されるポリペプチドは、好ましくは大腸菌ポリペプチドである。このようなポリペプチドは、ＮＭＥＣ、ＡＰＥＣ、ＵＰＥＣ、ＥＡＥＣ、ＥＩＥＣ、ＥＰＥＣ、およびＥＴＥＣ大腸菌ポリペプチドからさらに選択することができる。
【０１４０】
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸ポリマーを指す。このポリマーは、線状でも分岐でも良く、修飾されたアミノ酸を含み得、非アミノ酸によって中断され得る。この用語はまた、天然に修飾されたか、または介入；例えば、ジスルフィド結合の形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作もしくは修飾、例えば、標識成分との結合などによって修飾されたアミノ酸ポリマーも包含する。また、例えば、１つ以上のアミノ酸の類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）を含むポリペプチド、ならびに当技術分野で公知の他の修飾も包含される。ポリペプチドは、１本鎖または結合鎖として存在し得る。
【０１４１】
本発明は、配列−Ｐ−Ｑ−または−Ｑ−Ｐ−を含むポリペプチドを提供し、この−Ｐ−は、上で定義したアミノ酸配列であり、−Ｑ−は、上で定義した配列ではなく、すなわち本発明は、融合タンパク質を提供する。−Ｐ−のＮ末端コドンがＡＴＧではなく、このコドンがポリペプチドのＮ末端に存在しない場合は、Ｍｅｔではなくそのコドンに標準のアミノ酸として翻訳される。しかしながら、このコドンがポリペプチドのＮ末端にある場合は、Ｍｅｔとして翻訳される。−Ｑ−部分の例には、限定されるものではないが、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）、マルトース結合タンパク質、またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）が含まれる。
【０１４２】
本発明はまた、本発明のポリペプチドを含むオリゴマータンパク質も提供する。オリゴマーは、２量体、３量体、４量体などであり得る。オリゴマーは、ホモオリゴマーまたはヘテロオリゴマーであり得る。オリゴマー中のポリペプチドは、共有結合または非共有結合され得る。
【０１４３】
本発明はまた、完全長タンパク質によって惹起される免疫応答と実質的に同様の免疫応答を被験体に惹起する、完全長タンパク質よりも溶解性の高い、完全長ｏｒｆ４０５、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）（配列番号３〜１８、配列番号１９〜４０、配列番号９９〜１００、および配列番号１０１〜１０５のそれぞれが、これらの代表的な例である）の断片である大腸菌ポリペプチドも提供する。このような免疫原性ポリペプチド断片の例には、配列番号６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、および６５２のいずれも含まれる。溶解性の増加は、当業者に利用可能な任意の手段によって測定することができる。１つの単純な方法では、断片を細菌で過剰に発現させて、全細菌溶解物のサンプルと遠心分離後の細菌溶解物の上清サンプルとの比較、または遠心分離後の細菌溶解物のペレットのサンプルと遠心分離後の細菌溶解物の上清のサンプルとの比較を行う。当業者であれば、標準的な技術（例えば、断片を発現するｐＥＴ２１発現ベクターでＢＬ２１（ＤＥ３）細菌を形質転換し、ＬＢ中で細菌を０．６  ＯＤ６００まで増殖させ、１ｍＭ  ＩＰＴＧで誘導し、誘導後に３時間培養する）を用いてこのような免疫原性ポリペプチド断片を増加および発現させることができる。このようなサンプルを、ＳＤＳ  ＰＡＧＥ（例えば、４〜１２％ＭＯＰＳ）にかけて、得られた染色ゲルをスキャニングして、バンドの相対サイズを測定することによって大まかに定量化することができる。本明細書で使用される溶解性の増加は、２５℃で決定される。このような溶解性の増加は、可溶性ポリペプチドの１０％の増加、可溶性ポリペプチドの２０％の増加、可溶性ポリペプチドの３０％の増加、可溶性ポリペプチドの５０％の増加、可溶性ポリペプチドの７５％の増加、可溶性ポリペプチドの１００％（すなわち２倍）の増加、可溶性ポリペプチドの３倍の増加、可溶性ポリペプチドの４倍の増加、可溶性ポリペプチドの５倍の増加、可溶性ポリペプチドの７倍の増加、可溶性ポリペプチドの１０倍の増加であり得る。
【０１４４】
このポリペプチドによって被験体に惹起される免疫応答と、完全長タンパク質によって惹起される免疫応答との比較を、当業者に利用可能な任意の手段を使用して行うことができる。以下の実施例で使用される１つの単純な方法では、マウスなどのモデル被験体を免疫化し、次いで致死量の大腸菌でチャレンジすることを含む。正確な比較のために、当業者は、当然、完全フロイントアジュバントなどの同じアジュバントを選択する。このような試験では、本発明の免疫原性ポリペプチド断片は、例えば、このポリペプチドが、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも７０％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも８０％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも８５％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも９０％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも９５％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも９７％、完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも９８％、または完全長タンパク質によって提供される防御の少なくとも９９％を提供する場合に、実質的に類似の免疫応答を被験体に惹起する（すなわち、致死量のチャレンジに対して実質的に同じ防御を提供する）。
【０１４５】
免疫原性ポリペプチド断片が比較される（溶解性および惹起される免疫応答の両方について）対応するタンパク質は、限定されるものではないが、配列番号１〜１０５および配列番号６５３〜６５５を含む任意の代表的な対応する大腸菌タンパク質であり得る。好ましい実施形態では、このようなタンパク質は、免疫原性ポリペプチド断片が得られる対応する完全長タンパク質である。
【０１４６】
一部の実施形態では、このような免疫原性ポリペプチドは、溶解性を増加させる、対応する大腸菌タンパク質に対する欠失を有する。この欠失は、完全長配列の高疎水性または膜貫通領域、例えば、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ３７６８）タンパク質のアミノ末端孔形成ドメイン、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質のβバレルドメイン、およびｏｒｆ４０５タンパク質の推定上のトランスロケータードメインなどの実質的にすべての除去を含み得る。
【０１４７】
本発明はまた、ポリペプチドの発現を誘導する条件下で本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を培養するステップを含む、本発明のポリペプチドを生産するプロセスも提供する。次いで、このポリペプチドを、例えば、培養上清から精製することができる。
【０１４８】
本発明は、本発明のポリペプチドをコードするプラスミドを含む大腸菌を提供する。大腸菌細胞の染色体は、適切なタンパク質（例えば、ｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、および溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８））のホモログを含んでも良いし、またはこのようなホモログが存在しなくても良いが、いずれの場合も本発明のポリペプチドを、このプラスミドから発現させることができる。プラスミドは、マーカーなどをコードする遺伝子を含み得る。適切なプラスミドのこれらおよび他の詳細は以下に説明する。
【０１４９】
本発明のポリペプチドの発現は、大腸菌株で起こり得るが、本発明は、通常は、発現用の異種宿主を使用する。異種宿主は、原核生物（例えば、細菌）または真核生物とすることができる。適切な宿主には、限定されるものではないが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが含まれる。
【０１５０】
本発明は、ポリペプチドの少なくとも一部を化学手段によって合成するステップを含む、本発明のポリペプチドを生産するプロセスを提供する。
【０１５１】
任意および全ての前述のタンパク質、ポリペプチド、ハイブリッドポリペプチド、エピトープ、および免疫原性断片は、限定されるものではないが、組換え型、単離された形態、または（天然の状態でこのようなタンパク質、ポリペプチド、ハイブリッドポリペプチド、エピトープ、および免疫原性断片と共存する物質から）実質的に精製された形態を含む、様々な形態のいずれか１つとすることができる。
【０１５２】
（核酸）
本発明はまた、本発明のポリペプチドおよびハイブリッドポリペプチドをコードする核酸も提供する。本発明はまた、本発明の１つ以上のポリペプチドまたはハイブリッドポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸も提供する。
【０１５３】
本発明はまた、このようなヌクレオチド配列に対して配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸も提供する。配列間の同一性は、好ましくは、上記のＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。このような核酸には、同じアミノ酸をコードする代替のコドンを用いる核酸も含まれる。
【０１５４】
本発明はまた、これらの核酸にハイブリダイズできる核酸も提供する。ハイブリダイゼーション反応は、異なる「ストリンジェンシー」の条件下で行うことができる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーを高める条件は、当分野で周知であり、公表されている（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（２００１）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ）の頁７．５２）。関連する条件の例は、（ストリンジェンシーが高くなる順に）：２５℃、３７℃、５０℃、５５℃、および６８℃のインキュベーション温度；１０×ＳＳＣ、６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ（ＳＳＣは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌおよび１５ｍＭ  クエン酸緩衝液）の緩衝液濃度および他の緩衝系を用いたそれらの同等物；０％、２５％、５０％、および７５％のホルムアミド濃度；５分〜２４時間のインキュベーション時間；１回、２回、またはそれ以上の洗浄ステップ；１分、２分、または１５分の洗浄インキュベーション時間；および６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、または脱イオン水の洗浄液を含む。ハイブリダイゼーション技術およびそれらの最適化は、当技術分野で周知である（例えば、参考文献２５、２６、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（２００１）などを参照されたい）。
【０１５５】
一部の実施形態では、本発明の核酸を、低いストリンジェンシー条件下で標的にハイブリダイズさせ；他の実施形態では、本発明の核酸を、中程度のストリンジェンシー条件下で標的にハイブリダイズさせ；好ましい実施形態では、本発明の核酸を、高いストリンジェンシー条件下で標的にハイブリダイズさせる。低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、５０℃および１０×ＳＳＣである。中程度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、５５℃および１×ＳＳＣである。高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、６８℃および０．１×ＳＳＣである。
【０１５６】
本発明は、これらの配列に相補的な配列を含む核酸（例えば、アンチセンスまたはプローブ用、またはプライマーとして使用のため）を包含する。
【０１５７】
本発明の核酸は、ハイブリダイゼーション反応（例えば、ノーザンまたはサザーンブロット、または核酸マイクロアレイすなわち「遺伝子チップ」）、増幅反応（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）、および他の核酸技術に使用することができる。
【０１５８】
本発明による核酸は、様々な形態（例えば、１本鎖、２本鎖、ベクター、プライマー、プローブ、標識化など）をとり得る。本発明の核酸は、環状または分岐でも良いが、一般的には線状である。特段の記載または必要がなければ、核酸を利用する本発明のどの実施形態も、２本鎖の形態、および２本鎖の形態を構成するそれぞれが相補的な２つの１本鎖の形態の両方を利用することができる。プライマーおよびプローブは、アンチセンス核酸であるため、一般に１本鎖である。
【０１５９】
本発明の核酸は、好ましくは、精製された形態または実質的に精製された形態、すなわち、他の核酸（例えば、自然発生の核酸）、特に他の大腸菌または宿主細胞の核酸を実質的に含まない形態で提供され、一般に、少なくとも約５０％（重量）純粋、通常は少なくとも約９０％純粋である。本発明の核酸は、好ましくは、大腸菌核酸である。
【０１６０】
本発明の核酸は、様々な方法、例えば、全部または一部の化学合成（例えば、ＤＮＡのホスホラミダイト合成）によって、ヌクレアーゼ（例えば、制限酵素）を用いた長い核酸の消化によって、短い核酸またはヌクレオチドの連結（例えば、リガーゼまたはポリメラーゼを用いる）によって、ゲノムまたはｃＤＮＡライブラリーなどから、調製することができる。
【０１６１】
本発明の核酸は、固体支持体（例えば、ビーズ、プレート、フィルター、フィルム、スライド、マイクロアレイ支持体、樹脂など）に付着させることができる。本発明の核酸は、例えば、放射性標識もしくは蛍光標識、またはビオチン標識で標識することができる。これは、核酸が検出技術に使用される場合、例えば、核酸がプライマーまたはプローブである場合に特に有用である。
【０１６２】
用語「核酸」は、一般に、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指し、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および／またはそれらの類似体が含まれる。核酸には、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドが含まれる。また、核酸には、ＤＮＡまたはＲＮＡ類似体、例えば、修飾された骨格（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）もしくはホスホロチオエート）または修飾された塩基を含むものも含まれる。したがって、本発明は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、リボザイム、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、組換え核酸、分岐核酸、プラスミド、ベクター、プローブ、プライマーなどを包含する。本発明の核酸がＲＮＡの形態をとる場合は、本発明の核酸は、５’キャップを備えても備えていなくても良い。
【０１６３】
本発明の核酸は、ベクターの一部、すなわち１つ以上の細胞型の形質導入／トランスフェクション用にデザインされた核酸構築物の一部とすることができる。ベクターは、例えば、挿入されたヌクレオチドの単離、増幅、および複製用にデザインされた「クローニングベクター」、宿主細胞でのヌクレオチド配列の発現用にデザインされた「発現ベクター」、組換えウイルスもしくはウイルス様粒子の生産をもたらすようにデザインされた「ウイルスベクター」、または２種類以上のベクターの性質を有する「シャトルベクター」とすることができる。好ましいベクターは、上述の通りプラスミドである。「宿主細胞」には、外来核酸のレシピエントであり得るか、または外来核酸のレシピエントである個々の細胞または細胞培養物が含まれる。宿主細胞には、単一宿主細胞の子孫が含まれ、この子孫は、天然、偶発的、または計画的な変異および／または変化により、元の親細胞と必ずしも完全に同一（形態において、またはすべてのＤＮＡ相補体において）でなくても良い。宿主細胞には、インビボまたはインビトロで、本発明の核酸でトランスフェクトまたは感染された細胞が含まれる。
【０１６４】
核酸がＤＮＡである場合は、ＲＮＡ配列中の「Ｕ」は、ＤＮＡ中では「Ｔ」に置き換えられることを理解されたい。同様に、核酸がＲＮＡである場合は、ＤＮＡ配列中の「Ｔ」は、ＲＮＡ中では「Ｕ」に置き換えられることを理解されたい。
【０１６５】
用語「相補体」または「相補的な」は、核酸に関連して使用される場合、ワトソン−クリック塩基対合を指す。したがって、Ｃの相補体はＧであり、Ｇの相補体はＣであり、Ａの相補体はＴ（またはＵ）であり、Ｔ（またはＵ）の相補体はＡである。また、相補体ピリミジン（ＣまたはＴ）に対して、例えば、Ｉ（プリンイノシン）などの塩基を使用することも可能である。
【０１６６】
本発明の核酸は、例えば：ポリペプチドを生産するために；生物学的サンプル中の核酸の検出用のハイブリダイゼーションプローブとして；核酸のさらなるコピーを作製するために；リボザイムもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製するために；１本鎖ＤＮＡプライマーもしくはプローブとして；または３本鎖形成オリゴヌクレオチドとして、使用することができる。
【０１６７】
本発明は、本発明の核酸を作製するためのプロセスを提供し、この核酸は、一部またはすべてが化学手段を用いて合成される。
【０１６８】
本発明は、本発明の核酸配列を含むベクター（例えば、クローニングベクターまたは発現ベクター）およびこのようなベクターで形質転換された宿主細胞を提供する。
【０１６９】
本発明による核酸の増幅は、定量的および／またはリアルタイムとすることができる。
【０１７０】
本発明の特定の実施形態では、核酸は、好ましくは、少なくとも７個のヌクレオチド長である（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００のヌクレオチド、またはそれよりも長い）。
【０１７１】
本発明の特定の実施形態では、核酸は、好ましくは、多くとも５００個のヌクレオチド長である（例えば、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１４０、１３０、１２０、１１０、１００、９０、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５ヌクレオチド、またはそれよりも短い）。
【０１７２】
本発明のプライマーおよびプローブ、ならびにハイブリダイゼーションに使用される他の核酸は、好ましくは、１０〜３０ヌクレオチド長である（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド）。
【０１７３】
（免疫原性組成物および薬物）
本発明のポリペプチドは、免疫原性組成物中の活性成分（免疫原）として有用であり、このような組成物は、ワクチンとして有用であり得る。本発明によるワクチンは、予防用（すなわち、感染を防止する）または治療用（すなわち、感染を処置する）のいずれかとすることができるが、典型的には予防用である。
【０１７４】
免疫原性組成物は、薬学的に許容され得る。免疫原性組成物は、通常は、抗原に加えて成分を含み、例えば、これらの成分は、典型的には、医薬キャリア（複数可）、賦形剤（複数可）、および／またはアジュバント（複数可）の１つ以上を含む。キャリアおよび賦形剤の詳細な議論は、参考文献１５５に記載されている。ワクチンアジュバントの詳細な議論は、参考文献２７および２８に記載されている。
【０１７５】
組成物は、一般に、水性形態で哺乳動物に投与される。しかしながら、投与前は、組成物は、非水性形態であっても良い。例えば、ある種のワクチンは、水性形態で製造され、次いで、同様に水性形態で充填され、供給され、投与されるが、他のワクチンは、製造中に凍結乾燥され、使用時に水性形態に再構成される。したがって、本発明の組成物は、凍結乾燥処方物のように乾燥させても良い。
【０１７６】
組成物は、チオメルサールまたは２−フェノキシエタノールなどの保存剤を含み得る。しかしながら、好ましくは、ワクチンは、水銀物質を実質的に含まない（すなわち、５μｇ／ｍｌ未満）、例えば、チオメルサールを含まないようにすべきである。水銀を含まないワクチンがより好ましい。保存剤を含まないワクチンが特に好ましい。
【０１７７】
熱安定を改善するために、組成物は、熱防御剤を含み得る。
【０１７８】
張度を調節するために、生理学的塩、例えば、ナトリウム塩を含めることが好ましい。塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）が好ましく、これは、１〜２０ｍｇ／ｍｌ、例えば、約１０±２ｍｇ／ｍｌ  ＮａＣｌで存在しても良い。存在しても良い他の塩には、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、無水リン酸二ナトリウム（ｄｉｓｏｄｉｕｍ  ｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｄｅｈｙｄｒａｔｅ）、塩化マグネシウム、塩化カルシウムなどが含まれる。
【０１７９】
組成物は、一般的には、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ〜４００ｍＯｓｍ／ｋｇ、好ましくは２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの重量オスモル濃度を有し、より好ましくは、２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲である。
【０１８０】
組成物は、１つ以上の緩衝液を含み得る。典型的な緩衝液には：リン酸緩衝液；トリス緩衝液；ホウ酸緩衝液；コハク酸緩衝液；ヒスチジン緩衝液（特に水酸化アルミニウムアジュバントと共に使用）；またはクエン酸緩衝液が含まれる。緩衝液は、典型的には、５〜２０ｍＭの範囲で含められる。
【０１８１】
組成物のｐＨは、一般的には、５．０〜８．１、より典型的には、６．０〜８．０、例えば、６．５〜７．５、または７．０〜７．８である。
【０１８２】
組成物は、好ましくは、滅菌組成物である。組成物は、好ましくは、非発熱性であり、例えば、１用量当たり＜１ＥＵ（エンドトキシン単位、標準的尺度）、好ましくは、１用量当たり＜０．１ＥＵを含む。組成物は、好ましくはグルテンを含まない。
【０１８３】
組成物は、単回免疫化用の物質を含んでも良いし、または複数回免疫化用の物質を含んでも良い（すなわち、「複数用量」キット）。複数用量準備では、保存剤を含めることが好ましい。複数用量組成物に保存剤を含める代わりとして（またはこれに加えて）、組成物は、物質を取り出すための無菌アダプターを備えた容器に含めることができる。
【０１８４】
ヒトワクチンは、典型的には、約０．５ｍｌの投与量で投与されるが、子供には半分の用量（すなわち、約０．２５ｍｌ）で投与することができる。
【０１８５】
本発明の免疫原性組成物は、１つ以上の免疫調節剤も含み得る。好ましくは、免疫調節剤の１つ以上は、１つ以上のアジュバントを含む。アジュバントは、以下に詳述するＴＨ１アジュバントおよび／またはＴＨ２アジュバントを含み得る。
【０１８６】
本発明の組成物に使用できるアジュバントには、限定されるものではないが、以下のものが含まれる。
【０１８７】
（Ａ．ミネラル含有組成物）
本発明においてアジュバントとして使用するのに適したミネラル含有組成物は、ミネラル塩、例えば、アルミニウム塩およびカルシウム塩（またはそれらの混合物）を含む。カルシウム塩には、リン酸カルシウム（例えば、参考文献２９に開示されている「ＣＡＰ」粒子）が含まれる。アルミニウム塩には、水酸化物、リン酸塩、硫酸塩などが含まれ、塩は、任意の適当な形態（例えば、ゲル、結晶、非晶質など）をとる。これらの塩に対する吸着が好ましい。ミネラル含有組成物は、金属塩の粒子としても処方することができる［３０］。
【０１８８】
水酸化アルミニウムおよびリン酸アルミニウムとして知られているアジュバントを使用することができる。これらの名称は、いずれも存在する実際の化合物の正確な記載ではないため、慣習的であり、便宜上のためだけに使用されるものである（例えば、参考文献２７の第９章を参照されたい）。本発明は、一般にアジュバントとして使用される「水酸化物」アジュバントまたは「リン酸塩」アジュバントのいずれも使用することができる。「水酸化アルミニウム」として知られるアジュバントは、典型的には、オキシ水酸化アルミニウム塩であり、オキシ水酸化アルミニウム塩は、通常は少なくとも部分的に結晶である。「リン酸アルミニウム」として知られるアジュバントは、典型的には、少量の硫酸塩も含む場合が多いヒドロキシリン酸アルミニウム（すなわち、硫酸ヒドロキシリン酸アルミニウム）である。これらのアジュバントは、沈殿によって得ることができ、沈殿中の反応条件および濃度が、塩におけるホスフェートでのヒドロキシルの置換度に影響を与える。
【０１８９】
繊維形態（例えば、透過電子顕微鏡写真で見られるような）は、水酸化アルミニウムアジュバントの典型である。水酸化アルミニウムアジュバントのｐＩは、典型的には約１１であり、すなわちアジュバント自体が、生理的ｐＨで正の表面電荷を有する。ｐＨ７．４で、Ａｌ＋＋＋  １ｍｇ当たり１．８〜２．６ｍｇのタンパク質の吸着能が、水酸化アルミニウムアジュバントで報告されている。
【０１９０】
リン酸アルミニウムアジュバントは、一般に、０．３〜１．２、好ましくは０．８〜１．２、より好ましくは０．９５±０．１のＰＯ４／Ａｌモル比を有する。リン酸アルミニウムは、一般に、非晶質であり、特にヒドロキシリン酸塩については非晶質である。典型的なアジュバントは、０．６ｍｇ  Ａｌ３＋／ｍｌで含まれる、ＰＯ４／Ａｌモル比が０．８４〜０．９２の非晶質ヒドロキシリン酸アルミニウムである。このリン酸アルミニウムは、一般に、粒子状である（例えば、透過電子顕微鏡写真で見られるようなプレート状の形態）。粒子の典型的な直径は、任意の抗原を吸着した後で０．５〜２０μｍの範囲（例えば、約５〜１０μｍ）である。ｐＨ７．４で、Ａｌ＋＋＋  １ｍｇ当たり０．７〜１．５ｍｇのタンパク質の吸着能が、リン酸アルミニウムアジュバントで報告されている。
【０１９１】
リン酸アルミニウムのゼロ電荷点（ＰＺＣ）は、ヒドロキシルのホスフェートでの置換度に反比例し、この置換度は、沈殿による塩の調製に使用される反応条件および反応物の濃度によって異なり得る。ＰＺＣはまた、溶液中の遊離リン酸イオンの濃度を変化させることによって（ホスフェートが多い＝より酸性のＰＺＣ）、またはヒスチジン緩衝液などの緩衝液を添加することによって（ＰＺＣがより塩基性になる）変更される。本発明にしたがって使用されるリン酸アルミニウムは、一般に、４．０〜７．０、より好ましくは５．０〜６．５、例えば、約５．７のＰＺＣを有する。
【０１９２】
本発明の組成物を調製するために使用されるアルミニウム塩の懸濁物は、緩衝液（例えば、リン酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液、またはトリス緩衝液）を含み得るが、これは、必ずしも含む必要はない。懸濁物は、好ましくは、無菌であり、発熱物質を含まない。懸濁物は、遊離型の水性リン酸イオンを含み得、例えば、１．０〜２０ｍＭ、好ましくは５〜１５ｍＭ、より好ましくは約１０ｍＭの濃度で存在する。懸濁物は、塩化ナトリウムも含み得る。
【０１９３】
本発明は、水酸化アルミニウムおよびリン酸アルミニウムの両方の混合物を使用することができる。この場合、水酸化アルミニウムよりもリン酸アルミニウムの方が多く存在し得、例えば、少なくとも２：１、例えば、≧５：１、≧６：１、≧７：１、≧８：１、≧９：１などの重量比とすることができる。
【０１９４】
患者に投与される組成物中のＡｌ＋＋＋の濃度は、好ましくは、１０ｍｇ／ｍｌ未満、例えば、≦５ｍｇ／ｍｌ、≦４ｍｇ／ｍｌ、≦３ｍｇ／ｍｌ、≦２ｍｇ／ｍｌ、≦１ｍｇ／ｍｌなどである。好ましい範囲は、０．３〜１ｍｇ／ｍｌである。最大０．８５ｍｇ／用量が好ましい。
【０１９５】
（Ｂ．油エマルジョン）
本発明においてアジュバントとして使用するのに適した油エマルジョン組成物には、スクアレン−水エマルジョン、例えば、ＭＦ５９［参考文献２７の第１０章；参考文献３１も参照されたい］（マイクロフルイダイザーを用いてサブミクロン粒子に処方された５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０、および０．５％Ｓｐａｎ８５）が含まれる。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）も使用することができる。
【０１９６】
様々な水中油型エマルジョンアジュバントが知られており、このようなアジュバントは、典型的には、少なくとも１つの油および少なくとも１つの界面活性剤を含み、油（複数可）および界面活性剤（複数可）は、生体分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルジョン中の油滴は、一般に直径が５μｍであり、理想的には直径がサブミクロンであり、これらの微小サイズは、安定したエマルジョンを提供するためにマイクロフルイダイザーで達成される。ろ過滅菌に供することができるように、サイズが２２０ｎｍ未満の液滴が好ましい。
【０１９７】
エマルジョンは、動物（例えば、魚）または植物供給源由来のような油を含み得る。植物油の供給源には、堅果、種子、および穀物が含まれる。ピーナッツ油、大豆油、ココナツ油、およびオリーブ油は、最も入手しやすく、堅果油の例である。例えば、ホホバ豆から得られるホホバ油も使用することができる。種子油には、ベニバナ油、綿実油、ヒマワリ種子油、およびゴマ種子油などが含まれる。穀物群では、コーン油が、最も入手しやすいが、他の穀類、例えば、コムギ、オートムギ、ライムギ、コメ、テフ、およびライコムギなどの油も使用することができる。グリセロールおよび１，２−プロパンジオールの６〜１０炭素脂肪酸エステルは、種子油では自然に発生しないが、堅果油および種子油に由来する適切な材料の加水分解、分離、およびエステル化によって調製することができる。哺乳動物乳由来の脂肪および油は、代謝可能であるため、本発明の実施に使用することができる。動物供給源由来の純粋な油を得るために必要な分離、精製、鹸化、および他の手段の手順は、当技術分野で周知である。殆どの魚は、容易に収集できる代謝可能な油を含んでいる。例えば、タラ肝油、サメ肝油、および鯨ろうなどの鯨油は、本発明に使用できるいくつかの魚油の例である。多数の分岐鎖油が、５炭素イソプレン単位で生化学的に合成され、一般にテルペノイドと呼ばれる。サメ肝油には、スクアレン、２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２−テトラコサヘキサエンとして知られている分岐不飽和テルペノイドが含まれ、これは、本発明に特に好ましい。スクアレンの飽和類似体であるスクアランも好ましい油である。スクアレンおよびスクアランを含む魚油は、販売元から容易に入手可能であり、当技術分野で公知の方法によって得ることもできる。他の好ましい油は、トコフェロール（以下を参照されたい）である。油の混合物も使用することができる。
【０１９８】
界面活性剤は、その「ＨＬＢ」（親水性／親油性バランス）によって分類することができる。本発明の好ましい界面活性剤は、少なくとも１０、好ましくは少なくとも１５、より好ましくは少なくとも１６のＨＬＢを有する。本発明は、限定されるものではないが、以下を含む界面活性剤と共に使用することができる：ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（一般的にはＴｗｅｅｎと呼ばれる）、特にポリソルベート２０およびポリソルベート８０；ＤＯＷＦＡＸＴＭの商品名で販売されているエチレンオキシド（ＥＯ）、プロピレンオキシド（ＰＯ）、および／またはブチレンオキシド（ＢＯ）のコポリマー、例えば、線状ＥＯ／ＰＯブロックコポリマー；オクトキシノール、これは反復エトキシ（オキシ−１、２−エタンジイル）基の数が異なることがあり、オクトキシノール９（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）が特に重要である；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール（ＩＧＥＰＡＬ  ＣＡ−６３０／ＮＰ−４０）；リン脂質、例えば、ホスファチジルコリン（レシチン）；ノニルフェノールエトキシレート、例えば、ＴｅｒｇｉｔｏｌＴＭＮＰシリーズ；ラウリルアルコール、セチルアルコール、ステリルアルコール、およびオレイルアルコールに由来するポリオキシエチレン脂肪エーテル（Ｂｒｉｊ界面活性剤として知られている）、例えば、トリエチレングリコールモノラウリルエーテル（Ｂｒｉｊ３０）；およびソルビタンエステル（一般にＳＰＡＮとして知られている）、例えば、ソルビタントリオレアート（Ｓｐａｎ８５）およびソルビタンモノラウレート。非イオン性界面活性剤が好ましい。エマルジョンに含めるのに好ましい界面活性剤は、Ｔｗｅｅｎ８０（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレアート）、Ｓｐａｎ８５（ソルビタントリオレアート）、レシチン、およびＴｒｉｔｏｎＸ−１００である。
【０１９９】
界面活性剤の混合物、例えば、Ｔｗｅｅｎ８０／Ｓｐａｎ８５混合物を使用することができる。ポリオキシエチレンソルビタンエステル、例えば、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレアート（Ｔｗｅｅｎ８０）とオクトキシノール、例えば、ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）の組み合わせも適切である。別の有用な組み合わせには、ラウレス９とポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび／またはオクトキシノールが含まれる。
【０２００】
界面活性剤の好ましい量（重量％）は：ポリオキシエチレンソルビタンエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ８０）が０．０１〜１％、特に約０．１％；オクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００またはＴｒｉｔｏｎシリーズの他の洗浄剤）が０．００１〜０．１％、特に０．００５％〜０．０２％；ポリオキシエチレンエーテル（例えば、ラウレス９）が０．１〜２０％、好ましくは０．１〜１０％、特に０．１〜１％または約０．５％である。
【０２０１】
好ましいエマルジョンアジュバントは、＜１μｍ、例えば、≦７５０ｎｍ、≦５００ｎｍ、≦４００ｎｍ、≦３００ｎｍ、≦２５０ｎｍ、≦２２０ｎｍ、≦２００ｎｍ、またはそれ未満の平均液滴サイズを有する。これらの液滴サイズは、マイクロフルイダイゼーションなどの技術によって適宜達成することができる。
【０２０２】
本発明に有用な特定の水中油型エマルジョンアジュバントには、限定されるものではないが、以下のものが含まれる。
【０２０３】
・スクアレン、Ｔｗｅｅｎ８０、およびＳｐａｎ８５のサブミクロンエマルジョン。エマルジョンの組成（容積）は、約５％スクアレン、約０．５％ポリソルベート８０、約０．５％Ｓｐａｎ８５とすることができる。重量では、これらの割合は、４．３％スクアレン、０．５％ポリソルベート８０、０．４８％Ｓｐａｎ８５となる。このアジュバントは、「ＭＦ５９」［３２〜３３］として知られており、さらなる詳細は、参考文献３４の第１０章および参考文献３５の第１２章に記載されている。ＭＦ５９エマルジョンは、例えば、１０ｍＭクエン酸ナトリウム緩衝液などのクエン酸イオンを含むと有利である。
【０２０４】
・スクアレン、トコフェロール、およびＴｗｅｅｎ８０のエマルジョン。このエマルジョンは、リン酸緩衝生理食塩水を含み得る。このエマルジョンは、Ｓｐａｎ８５（例えば、１％で）および／またはレシチンも含み得る。これらのエマルジョンは、２〜１０％スクアレン、２〜１０％トコフェロール、０．３〜３％Ｔｗｅｅｎ８０を含み得、スクアレン：トコフェロールの重量比は、≦１がより安定なエマルジョンを提供するため、≦１が好ましい。スクアレンおよびＴｗｅｅｎ８０は、約５：２の容積比で存在し得る。１つのこのようなエマルジョンは、Ｔｗｅｅｎ８０をＰＢＳに溶解して２％溶液にし、次いでこの溶液９０ｍｌを混合物（ＤＬ−α−トコフェロール５ｇおよびスクアレン５ｍｌ）と混合して、この混合物をマイクロフルイダイズして作製することができる。得られるエマルジョンは、例えば、１００〜２５０ｎｍ、好ましくは約１８０ｎｍの平均直径であるサブミクロンの油滴を有し得る。
【０２０５】
・スクアレン、トコフェロール、およびＴｒｉｔｏｎ洗浄剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のエマルジョン。このエマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬ（以下を参照されたい）を含み得る。このエマルジョンは、リン酸緩衝液を含み得る。
【０２０６】
・ポリソルベート（例えば、ポリソルベート８０）、Ｔｒｉｔｏｎ洗浄剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）、およびトコフェロール（例えば、コハク酸α−トコフェロール）を含むエマルジョン。このエマルジョンは、約７５：１１：１０（例えば、７５０μｇ／ｍｌのポリソルベート８０、１１０μｇ／ｍｌのＴｒｉｔｏｎＸ−１００、および１００μｇ／ｍｌのコハク酸α−トコフェロール）の質量比でこれら３つの成分を含み得、そしてこれらの濃度は、これらの成分の抗原からのあらゆる寄与を含むはずである。このエマルジョンはまた、スクアレンを含み得る。このエマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬ（以下を参照）を含み得る。この水相は、リン酸緩衝液を含み得る。
【０２０７】
・スクアレン、ポリソルベート８０、およびポロキサマー４０１（「ＰｌｕｒｏｎｉｃＴＭＬ１２１」）のエマルジョン。このエマルジョンは、ｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水で処方することができる。このエマルジョンは、ムラミルジペプチドに有用な送達ビヒクルであり、「ＳＡＦ−１」アジュバント［３６］（０．０５〜１％のＴｈｒ−ＭＤＰ、５％スクアレン、２．５％Ｐｌｕｒｏｎｉｃ  Ｌ１２１、および０．２％ポリソルベート８０）においてトレオニル−ＭＤＰと共に使用された。このエマルジョンは、「ＡＦ」アジュバント［３７］（５％スクアレン、１．２５％Ｐｌｕｒｏｎｉｃ  Ｌ１２１、および０．２％ポリソルベート８０）のように、Ｔｈｒ−ＭＤＰを用いずに使用することもできる。マイクロフルイダイゼーションが好ましい。
【０２０８】
・スクアレン、水性溶媒、ポリオキシエチレンアルキルエーテル親水性非イオン性界面活性剤（例えば、ポリオキシエチレン（１２）セトステアリルエーテル）、および疎水性非イオン性界面活性剤（例えば、ソルビタンエステルまたはマンニドエステル、例えば、ソルビタンモノオレアートまたは「Ｓｐａｎ８０」）を含むエマルジョン。このエマルジョンは、好ましくは、熱可逆性であり、かつ／または少なくとも９０容積％の、サイズが２００ｎｍ未満の油滴を有する［３８］。このエマルジョンはまた、アルジトール；凍結防止剤（例えば、糖、例えば、ドデシルマルトシドおよび／またはスクロース）；および／またはアルキルポリグリコシドの１つ以上も含み得る。このようなエマルジョンは、凍結乾燥させることができる。
【０２０９】
・スクアレン、ポリキサマー１０５、およびＡｂｉｌ−Ｃａｒｅ［３９］のエマルジョン。アジュバントワクチン中のこれらの成分の最終濃度（重量）は、５％スクアレン、４％ポリキサマー１０５（プルロニックポリオール）、および２％Ａｂｉｌ−Ｃａｒｅ８５（Ｂｉｓ−ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６  ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ジメチコーン；トリカプリルグリセリド／トリカプリン酸グリセリド）である。
【０２１０】
・０．５〜５０％の油、０．１〜１０％のリン脂質、および０．０５〜５％の非イオン性界面活性剤を有するエマルジョン。参考文献４０に記載されているように、好ましいリン脂質成分は、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、およびカルジオリピンである。サブミクロンの液滴サイズが有利である。
【０２１１】
・代謝不可能な油（例えば、軽油）および少なくとも１つの界面活性剤（例えば、レシチン、Ｔｗｅｅｎ８０、またはＳｐａｎ８０）のサブミクロン水中油型エマルジョン。添加物には、例えば、ＱｕｉｌＡサポニン、コレステロール、サポニン−親油性結合体（例えば、参考文献４１に記載され、グルクロン酸のカルボキシル基を介してデスアシルサポニン（ｄｅｓａｃｙｌｓａｐｏｎｉｎ）に脂肪族アミンを付加することにより産生されるＧＰＩ−０１００）、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド（ｄｉｍｅｔｈｙｉｄｉｏｃｔａｄｅｃｙｌａｍｍｏｎｉｕｍ  ｂｒｏｍｉｄｅ）、および／またはＮ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ，Ｎ−ビス（２−ヒドロキシエチル）プロパンジアミンが含まれ得る。
【０２１２】
・サポニン（例えば、ＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１）およびステロール（例えば、コレステロール）がらせん状のミセルとして会合したエマルジョン［４２］。
【０２１３】
・鉱油、非イオン性の親油性エトキシル化脂肪アルコール、および非イオン性の親水性界面活性剤（例えば、エトキシル化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン［４３］。
【０２１４】
・鉱油、非イオン性の親水性エトキシル化脂肪アルコール、および非イオン性の親油性界面活性剤（例えば、エトキシル化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン［４３］。
【０２１５】
一部の実施形態では、エマルジョンは、送達時に即席に抗原と混合され得るため、アジュバントおよび抗原は、使用時の最終処方に備えて、パッケージングされたワクチンまたは配布ワクチンにおいて別個に保つことができる。他の実施形態では、エマルジョンは、製造中に抗原と混合されるため、組成物は、液体アジュバントの形態でパッケージングされる。ワクチンが、２つの液体を混合することによって最終的に調製されるように、抗原は、一般に水性形態である。混合される２つの液体の容積比は、様々にすることができるが（例えば、５：１〜１：５）、一般に約１：１である。成分の濃度が、上記記載の特定のエマルジョンにおいて示されている場合、これらの濃度は、典型的には希釈されていない組成物に対するものであるため、抗原溶液との混合後の濃度は低下する。
【０２１６】
組成物がトコフェロールを含む場合、α、β、γ、δ、ε、またはζトコフェロールのいずれも使用できるが、α−トコフェロールが好ましい。このトコフェロールは、いくつかの形態、例えば、異なる塩および／または異性体をとり得る。塩には、有機塩、例えば、コハク酸塩、酢酸塩、ニコチン酸塩などが含まれる。Ｄ−α−トコフェロールおよびＤＬ−α−トコフェロールの両方を使用することができる。トコフェロールは、高齢患者（例えば、６０歳以上）用のワクチンに含めると有利である。なぜならば、ビタミンＥは、この患者群の免疫応答に対してプラスの効果を有することが報告されているからである［４４］。トコフェロールはまた、エマルジョンの安定化に役立ち得る抗酸化特性も有する［４５］。好ましいα−トコフェロールは、ＤＬ−α−トコフェロールであり、このトコフェロールの好ましい塩は、コハク酸塩である。このコハク酸塩は、インビボでＴＮＦ関連リガンドと協働することが分かっている。
【０２１７】
（Ｃ．サポニン処方物［参考文献２７の第２２章］）
サポニン処方物も、本発明のアジュバントとして使用することができる。サポニンは、多種多様な植物種の樹皮、葉、茎、根、および花にさえも見られるステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異質性の群である。Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒｉａ  Ｍｏｌｉｎａ樹の樹皮に由来するサポニンは、アジュバントとして広く研究されている。サポニンはまた、Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ））、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ブライズベール（ｂｒｉｄｅｓ  ｖｅｉｌ））、およびＳａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ソープルート（ｓｏａｐ  ｒｏｏｔ））から購入することができる。サポニンアジュバント処方物には、精製処方物、例えば、ＱＳ２１、ならびに脂質処方物、例えば、ＩＳＣＯＭが含まれる。ＱＳ２１は、ＳｔｉｍｕｌｏｎＴＭとして市販されている。
【０２１８】
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを用いて精製されている。これらの技術を用いて精製された特定の画分が同定されており、これらの画分には、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃが含まれる。好ましくは、このサポニンは、ＱＳ２１である。ＱＳ２１の製造方法は、参考文献４６に開示されている。サポニン処方物はまた、ステロール、例えば、コレステロールも含み得る［４７］。
【０２１９】
サポニンとコレステロールとの組み合わせを使用して、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる独特の粒子を形成することができる［参考文献２７の第２３章］。また、ＩＳＣＯＭには、典型的には、リン脂質、例えば、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンが含まれる。あらゆる周知のサポニンも、ＩＳＣＯＭに使用することができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭは、ＱｕｉｌＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣの１つ以上を含む。ＩＳＣＯＭは、参考文献４７〜４８にさらに記載されている。任意選択で、ＩＳＣＯＭは、追加の洗浄剤を含まなくても良い［４９］。
【０２２０】
サポニンをベースとしたアジュバントの開発の概要は、参考文献５０および５１で見ることができる。
【０２２１】
（Ｄ．ビロソームおよびウイルス様粒子）
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）も、本発明においてアジュバントとして使用することができる。これらの構造物は、一般に、任意選択でリン脂質と組み合わせられるか、またはリン脂質と処方されるウイルス由来の１つ以上のタンパク質を含む。これらは、一般に、非病原性、非複製性であり、一般に、天然のウイルスゲノムを一切含まない。これらのウイルスタンパク質は、組換えにより作製しても良いし、またはウイルス全体から単離しても良い。ビロソームまたはＶＬＰに使用するのに適したこれらのウイルスタンパク質には、インフルエンザウイルスに由来するタンパク質（例えば、ＨＡまたはＮＡ）、Ｂ型肝炎ウイルスに由来するタンパク質（例えば、コアタンパク質またはカプシドタンパク質）、Ｅ型肝炎ウイルスに由来するタンパク質、麻疹ウイルスに由来するタンパク質、シンドビスウイルスに由来するタンパク質、ロタウイルスに由来するタンパク質、口蹄疫ウイルスに由来するタンパク質、レトロウイルスに由来するタンパク質、ノーウォークウイルスに由来するタンパク質、ヒトパピローマウイルスに由来するタンパク質、ＨＩＶに由来するタンパク質、ＲＮＡファージに由来するタンパク質、Ｑβファージに由来するタンパク質（例えば、コートタンパク質）、ＧＡファージに由来するタンパク質、ｆｒファージに由来するタンパク質、ＡＰ２０５ファージに由来するタンパク質、およびＴｙに由来するタンパク質（例えば、レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１）が含まれる。ＶＬＰは、参考文献５２〜５３でさらに議論されている。ビロソームは、例えば、参考文献５４でさらに議論されている。
【０２２２】
（Ｅ．細菌誘導体または微生物誘導体）
本発明に使用するのに適したアジュバントには、細菌誘導体または微生物誘導体、例えば、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、リピドＡ誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチド、ならびにＡＤＰリボシル化トキシンおよびその無毒化誘導体が含まれる。
【０２２３】
ＬＰＳの無毒化誘導体には、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が含まれる。３ｄＭＰＬは、４、５または６アシル化鎖を伴なう３脱Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの混合物である。３脱Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの好ましい「小粒子」形態は、参考文献５５に開示されている。このような３ｄＭＰＬの「小粒子」は、０．２２μｍ膜に通されて滅菌濾過されるように十分に小さい［５５］。他の非毒性ＬＰＳ誘導体には、モノホスホリルリピドＡ模倣物、例えば、アミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体、例えば、ＲＣ−５２９が含まれる［５６、５７］。
【０２２４】
リピドＡ誘導体には、大腸菌由来のリピドＡ誘導体、例えば、ＯＭ−１７４が含まれる。ＯＭ−１７４は、例えば、参考文献５８および５９に記載されている。
【０２２５】
本発明においてアジュバントとして使用するのに適した免疫刺激オリゴヌクレオチドには、ＣｐＧモチーフ（グアノシンにリン酸結合により連結された非メチル化シトシンを含むジヌクレオチド配列）を含むヌクレオチド配列が含まれる。２本鎖ＲＮＡおよびパリンドローム配列またはポリ（ｄＧ）配列を含むオリゴヌクレオチドも、免疫刺激性であることが示されている。
【０２２６】
ＣｐＧは、ヌクレオチド修飾／類似体、例えば、ホスホロチオエート修飾を含み得、２本鎖または１本鎖であり得る。参考文献６０、６１、および６２は、可能な類似体の置換、例えば、グアノシンの２’−デオキシ−７−デアザグアノシンでの置換を開示している。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参考文献６３〜６４でさらに議論されている。
【０２２７】
ＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９、例えば、ＧＴＣＧＴＴモチーフまたはＴＴＣＧＴＴモチーフに向けられ得る［６５］。ＣｐＧ配列、例えば、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮは、Ｔｈ１免疫応答の誘導に特異的であり得、または、例えば、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、Ｂ細胞応答の誘導により特異的であり得る。ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、参考文献６６〜６７で議論されている。好ましくは、上記ＣｐＧは、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【０２２８】
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端が受容体認識のためにアクセス可能であるように構築される。任意選択で、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列を、それらの３’末端で付着して「イムノマー（ｉｍｍｕｎｏｍｅｒ）」を形成することができる。例えば、参考文献６５および６８〜６９を参照されたい。
【０２２９】
有用なＣｐＧアジュバントは、ＰｒｏＭｕｎｅＴＭ（Ｃｏｌｅｙ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ．）としても知られているＣｐＧ７９０９である。もう１つは、ＣｐＧ１８２６である。ＣｐＧ配列の使用の代替として、またはこれに加えて、ＴｐＧ配列を使用することができ［７０］、これらのオリゴヌクレオチドは、非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくても良い。免疫刺激オリゴヌクレオチドは、ピリミジンリッチであり得る。例えば、免疫刺激オリゴヌクレオチドは、２つ以上の連続したチミジンヌクレオチド（例えば、参考文献７０に開示されているＴＴＴＴ）を含み得、かつ／またはチミジンが＞２５％（例えば、＞３５％、＞４０％、＞５０％、＞６０％、＞８０％など）のヌクレオチド組成を有し得る。例えば、免疫刺激オリゴヌクレオチドは、２つ以上の連続したシトシンヌクレオチド（例えば、参考文献７０に開示されているＣＣＣＣ）を含み得、かつ／またはシトシンが＞２５％（例えば、＞３５％、＞４０％、＞５０％、＞６０％、＞８０％など）のヌクレオチド組成を有し得る。これらのオリゴヌクレオチドは、非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくても良い。免疫刺激オリゴヌクレオチドは、典型的には、少なくとも２０のヌクレオチドを含む。免疫刺激オリゴヌクレオチドは、１００未満のヌクレオチドを含み得る。
【０２３０】
免疫刺激オリゴヌクレオチドをベースとした特に有用なアジュバントは、ＩＣ−３１ＴＭとして知られている［７１］。したがって、本発明に使用されるアジュバントは、（ｉ）少なくとも１つ（および好ましくは複数）のＣｐＩモチーフ（すなわち、シトシンがイノシンに連結されてジヌクレオチドを形成している）を含むオリゴヌクレオチド（例えば、１５〜４０ヌクレオチド）と（ｉｉ）ポリカチオンポリマー、例えば、少なくとも１つ（および好ましくは複数）のＬｙｓ−Ａｒｇ−Ｌｙｓトリペプチド配列（複数可）を含むオリゴペプチド（例えば、５〜２０のアミノ酸）との混合物を含み得る。オリゴヌクレオチドは、２６マー配列５’−（ＩＣ）１３−３’（配列番号６８４）を含むデオキシヌクレオチドであり得る。ポリカチオンポリマーは、１１マーアミノ酸配列ＫＬＫＬＬＬＬＬＫＬＫ（配列番号６８５）を含むペプチドであり得る。
【０２３１】
細菌ＡＤＰリボシル化トキシンおよびその無毒化誘導体は、本発明においてアジュバントとして使用することができる。好ましくは、このタンパク質は、大腸菌（大腸菌熱不安定性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ菌（「ＣＴ」）、または百日咳菌（「ＰＴ」）に由来する。無毒化ＡＤＰリボシル化トキシンの粘膜アジュバントとしての使用が、参考文献７２に記載されており、非経口的アジュバントとしての使用が、参考文献７３に記載されている。このトキシンまたはトキソイドは、好ましくは、ＡサブユニットおよびＢサブユニットの両方を含むホロトキシンの形態である。好ましくは、このＡサブユニットは、無毒化変異を含み；好ましくは、このＢサブユニットは、変異していない。好ましくは、このアジュバントは、無毒化ＬＴ改変体、例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２およびＬＴ−Ｇ１９２である。ＡＤＰリボシル化トキシンおよびその無毒化誘導体、特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２のアジュバントとしての使用は、参考文献７４〜７５で確認することができる。有用なＣＴ改変体は、ＣＴ−Ｅ２９Ｈである［７６］。アミノ酸置換についての数値の言及は、好ましくは、参考文献７７に記載されているＡＤＰリボシル化トキシンのＡサブユニットとＢサブユニットとのアラインメントに基づいている。参考文献７７は、アラインメントおよびその中でのアミノ酸の番号付与のためだけに参照によりその全容が本明細書に明確に組み入れられる。
【０２３２】
（Ｆ．ヒト免疫調節因子）
本発明においてアジュバントとして使用するのに適したヒト免疫調節因子には、サイトカイン、例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［７８］など）［７９］、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子が含まれる。好ましい免疫調節因子は、ＩＬ−１２である。
【０２３３】
（Ｇ．生体付着物および粘膜付着物）
生体付着物および粘膜付着物も、本発明においてアジュバントとして使用することができる。適した生体付着物には、エステル化ヒアルロン酸マイクロスフェア［８０］または粘膜付着物、例えば、ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体が含まれる。キトサンおよびその誘導体もまた、本発明においてアジュバントとして使用することができる［８１］。
【０２３４】
（Ｈ．微粒子）
微粒子も、本発明においてアジュバントとして使用することができる。微粒子（すなわち、直径が約１００ｎｍ〜約１５０μｍ、より好ましくは、直径が約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは、直径が約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）は、生分解性かつ無毒性である材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成され、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）が好ましく、任意選択で、負に荷電した表面を有するように（例えば、ＳＤＳを使用）、または正に荷電した表面を有するように（例えば、カチオン性洗浄剤、例えば、ＣＴＡＢを使用）処理される。
【０２３５】
（Ｉ．リポソーム（参考文献２７の第１３章および第１４章））
アジュバントとしての使用に適したリポソーム処方物の例が、参考文献８２〜８３に記載されている。
【０２３６】
（Ｊ．ポリオキシエチレンエーテル処方物およびポリオキシエチレンエステル処方物）
本発明での使用に適しているアジュバントには、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが含まれる［８４］。このような処方物には、オクトキシノールと組み合わせられたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤［８５］、ならびに少なくとも１つの追加の非イオン性界面活性剤、例えば、オクトキシノールと組み合わせられたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤［８６］がさらに含まれる。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、次の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステアリルエーテル（ｓｔｅｏｒｙｌｅｔｈｅｒ）、ポリオキシエチレン−８−ステアリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
【０２３７】
（Ｋ．ホスファゼン）
ホスファゼン、例えば、参考文献８７および８８に記載されているポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン］（「ＰＣＰＰ」）などを使用することができる。
【０２３８】
（Ｌ．ムラミルペプチド）
本発明においてアジュバントとしての使用に適したムラミルペプチドの例には、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−トレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）が含まれる。
【０２３９】
（Ｍ．イミダゾキノロン化合物）
本発明においてアジュバントとしての使用に適したイミダゾキノロン化合物の例には、イミキモドおよび（「Ｒ−８３７」）［８９、９０］、レシキモド（「Ｒ−８４８」）［９１］、およびそれらの類似体；およびそれらの塩（例えば、塩酸塩）が含まれる。免疫刺激イミダゾキノリンについてのさらなる詳細は、参考文献９２〜９３で見ることができる。
【０２４０】
（Ｎ．置換尿素）
アジュバントとして有用な置換尿素には、式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩの化合物：
【０２４１】
【化５６】
2012532600.tif 000058
またはそれらの塩が含まれる。参考文献９４に、例えば、「ＥＲ８０３０５８」、「ＥＲ８０３７３２」、「ＥＲ８０４０５３」、ＥＲ８０４０５８」、「ＥＲ８０４０５９」、「ＥＲ８０４４４２」、「ＥＲ８０４６８０」、「ＥＲ８０４７６４」、「ＥＲ８０３０２２」、または「ＥＲ８０４０５７」として定義されている。例えば：
【０２４２】
【化５７】
2012532600.tif 000059
である。
【０２４３】
（Ｏ．さらなるアジュバント）
本発明に使用できるさらなるアジュバントには以下のものが含まれる。
【０２４４】
・アミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体、例えば、ＲＣ−５２９［９５、９６］。
【０２４５】
・チオセミカルバゾン化合物、例えば、参考文献９７に開示されている化合物。活性化合物の処方、製造、およびスクリーニングの方法も参考文献９７に記載されている。チオセミカルバゾンは、サイトカイン、例えば、ＴＮＦ−αの産生のためのヒト末梢血単核細胞の刺激に特に有効である。
【０２４６】
・トリプタントリン化合物、例えば、参考文献９８に開示される化合物。活性化合物について処方、製造およびスクリーニングする方法も参考文献９８に記載されている。チオセミカルバゾンは、サイトカイン、例えば、ＴＮＦ−αの産生のためのヒト末梢血単核細胞の刺激に特に有効である。
【０２４７】
・ヌクレオシド類似体、例えば：（ａ）イサトラビン（Ｉｓａｔｏｒａｂｉｎｅ）（ＡＮＡ−２４５；７−チア−８−オキソグアノシン）：
【０２４８】
【化５８】
2012532600.tif 000060
およびそのプロドラッグ；（ｂ）ＡＮＡ９７５；（ｃ）ＡＮＡ−０２５−１；（ｄ）ＡＮＡ３８０；（ｅ）参考文献９９〜１００に開示されている化合物、ロキソリビン（７−アリル−８−オキソグアノシン）［１０１］。
【０２４９】
・次のもの含む参考文献１０２に開示されている化合物：アシルピペラジン化合物、インドールジオン化合物、テトラヒドライソキノリン（ＴＨＩＱ）化合物、ベンゾシクロジオン化合物、アミノアザビニル化合物、アミノベンズイミダゾールキノリノン（ＡＢＩＱ）化合物［１０３、１０４］、ヒドラフタラミド（Ｈｙｄｒａｐｔｈａｌａｍｉｄｅ）化合物、ベンゾフェノン化合物、イソキサゾール化合物、ステロール化合物、キナジリノン（Ｑｕｉｎａｚｉｌｉｎｏｎｅ）化合物、ピロール化合物［１０５］、アントラキノン化合物、キノキサリン化合物、トリアジン化合物、ピラゾロピリミジン（Ｐｙｒａｚａｌｏｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅ）化合物、およびベンザゾール化合物［１０６］。
【０２５０】
・リン酸を含む非環式骨格に連結された脂質を含む化合物、例えば、ＴＬＲ４アンタゴニストＥ５５６４［１０７、１０８］。
【０２５１】
・ポリオキシドニウムポリマー［１０９、１１０］または他のＮ−酸化ポリエチレン−ピペラジン誘導体。
【０２５２】
・メチルイノシン５’−１リン酸（「ＭＩＭＰ」）［１１１］。
【０２５３】
・ポリヒドロキシル化ピロリジジン化合物［１１２］、例えば、以下の式を有する化合物：
【０２５４】
【化５９】
2012532600.tif 000061
式中、Ｒは水素、線状または分岐、非置換または置換、飽和または不飽和アシル基、アルキル基（例えば、シクロアルキル基）、アルケニル基、アルキニル基、およびアリール基、またはそれらの薬学的に許容され得る塩もしくは誘導体を含む群より選択される。例として、限定されるものではないが：カスアリン、カスアリン−６−α−Ｄ−グルコピラノース、３−エピ−カスアリン、７−エピ−カスアリン、３，７−ジエピ−カスアリンなどが挙げられる。
【０２５５】
・ＣＤ１ｄリガンド、例えば、α−グリコシルセラミド［１１３〜１１４］（例えば、α−ガラクトシルセラミド）、フィトスフィンゴシン含有α−グリコシルセラミド、ＯＣＨ、ＫＲＮ７０００［（２Ｓ，３Ｓ，４Ｒ）−１−Ｏ−（α−Ｄ−ガラクトピラノシル）−２−（Ｎ−ヘキサコサノイルアミノ）−１，３，４−オクタデカントリオール］、ＣＲＯＮＹ−１０１、３’’−Ｏ−スルホ−ガラクトシルセラミドなど。
【０２５６】
・ガンマイヌリン［１１５］またはその誘導体、例えば、アルガムリン（ａｌｇａｍｍｕｌｉｎ）：
【０２５７】
【化６０】
2012532600.tif 000062
など。
【０２５８】
（アジュバントの組み合わせ）
本発明はまた、上で同定された１つ以上のアジュバントの態様の組み合わせも含み得る。例えば、次のアジュバント組成物を本発明で使用することができる：（１）サポニンおよび水中油型エマルジョン［１１６］；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）［１１７］；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（任意選択で、＋ステロール）［１１８］；（５）３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ［１１９］；（６）サブミクロンエマルジョンにマイクロフルイダイズされたか、またはボルテックスされて大きな粒径のエマルジョンにされた、１０％スクアラン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０ＴＭ、５％プルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含むＳＡＦ；（７）２％スクアレンと、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０と、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコラート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群からの１つ以上の細菌細胞壁成分、好ましくは、ＭＰＬ＋ＣＷＳ（ＤｅｔｏｘＴＭ）とを含むＲｉｂｉＴＭアジュバント系（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；および（８）１つ以上のミネラル塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの非毒性誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）。
【０２５９】
免疫刺激剤として作用する他の物質は、参考文献２７の第７章に開示されている。
【０２６０】
水酸化アルミニウムアジュバントおよび／またはリン酸アルミニウムアジュバントの使用が特に好ましく、抗原は、一般にこれらの塩に吸着される。リン酸カルシウムは、別の好ましいアジュバントである。他の好ましいアジュバントの組み合わせには、Ｔｈ１アジュバントとＴｈ２アジュバントとの組み合わせ、例えば、ＣｐＧとアラム（ａｌｕｍ）またはレシキモドとアラムの組み合わせが含まれる。リン酸アルミニウムと３ｄＭＰＬとの組み合わせも使用することができる。
【０２６１】
本発明の組成物は、細胞媒介免疫応答および体液性免疫応答の両方を誘発することができる。この免疫応答は、好ましくは、持続性（例えば、中和）抗体、および肺炎球菌への曝露の際に迅速に応答し得る細胞媒介免疫を誘導する。
【０２６２】
ＣＤ４細胞およびＣＤ８細胞の２種類のＴ細胞は、一般に、細胞媒介免疫および体液性免疫を開始させ、かつ／または増強するために必要であると考えられている。ＣＤ８Ｔ細胞は、ＣＤ８共受容体を発現することができ、これは、一般に細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）と呼ばれる。ＣＤ８Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示された抗原を認識することができ、またはこの抗原と相互作用することができる。
【０２６３】
ＣＤ４Ｔ細胞は、ＣＤ４共受容体を発現することができ、これは、一般にＴヘルパー細胞と呼ばれている。ＣＤ４Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原ペプチドを認識することができる。ＭＨＣクラスＩＩ分子との相互作用の際に、ＣＤ４細胞は、サイトカインなどの因子を分泌することができる。これらの分泌されたサイトカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、マクロファージ、および免疫応答に関与する他の細胞を活性化させることができる。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、次の２つの機能的に異なるサブセット：サイトカインおよびエフェクター機能が異なるＴＨ１表現型と、ＴＨ２表現型とにさらに分けることができる。
【０２６４】
活性化されたＴＨ１細胞は、細胞性免疫（抗原特異的ＣＴＬ産生の増加を含む）を増強し、したがって、細胞内感染に対する応答で特に有益である。活性化されたＴＨ１細胞は、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βの１つ以上を分泌し得る。ＴＨ１免疫応答は、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞、およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を活性化させることによって局所炎症反応を引き起こし得る。ＴＨ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２でＢ細胞およびＴ細胞の増殖を刺激することによって免疫応答を拡大するように作用し得る。ＴＨ１で刺激されたＢ細胞は、ＩｇＧ２ａを分泌し得る。
【０２６５】
活性化されたＴＨ２細胞は、抗体の産生を促進し、したがって細胞外感染に対する応答で有益である。活性化されたＴＨ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０の１つ以上を分泌し得る。ＴＨ２免疫応答は、ＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、および記憶Ｂ細胞（将来の防御のため）の産生を引き起こし得る。
【０２６６】
免疫応答の増強には、ＴＨ１免疫応答の増強およびＴＨ２免疫応答の増強の１つ以上が含まれ得る。
【０２６７】
ＴＨ１免疫応答には、ＣＴＬの増加、ＴＨ１免疫応答に関連する１つ以上のサイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−β）の増加、活性化されたマクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａ産生の増加の１つ以上が含まれ得る。好ましくは、ＴＨ１免疫応答の増強には、ＩｇＧ２ａの産生の増加が含まれる。
【０２６８】
ＴＨ１免疫応答は、ＴＨ１アジュバントを使用して誘発することができる。ＴＨ１アジュバントは、一般に、アジュバントを使用しない抗原の免疫化と比較して、ＩｇＧ２ａの産生レベルの増加を誘発する。本発明での使用に適したＴＨ１アジュバントには、例えば、サポニン処方物、ビロソームおよびウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチドが含まれ得る。免疫刺激オリゴヌクレオチド、例えば、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドなどは、本発明での使用に好ましいＴＨ１アジュバントである。
【０２６９】
ＴＨ２免疫応答には、ＴＨ２免疫応答に関連するサイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０）の１つ以上の増加、またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、および記憶Ｂ細胞の産生の増加の１つ以上が含まれ得る。好ましくは、ＴＨ２免疫応答の増強には、ＩｇＧ１産生の増加が含まれる。
【０２７０】
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２アジュバントを用いて誘発することができる。ＴＨ２アジュバントは、一般に、アジュバントを使用しない抗原の免疫化と比較して、ＩｇＧ１の産生レベルの増加を誘発する。本発明での使用に適切なＴＨ２アジュバントには、例えば、ミネラル含有組成物、油エマルジョン、ならびにＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒化誘導体が含まれる。ミネラル含有組成物、例えば、アルミニウム塩は、本発明での使用に好ましいＴＨ２アジュバントである。
【０２７１】
好ましくは、本発明は、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物を包含する。好ましくは、このような組成物は、ＴＨ１応答の増強およびＴＨ２応答の増強、すなわちアジュバントを使用しない免疫化と比較して、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの両方の産生の増加を誘発する。なおより好ましくは、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物は、単一アジュバントを使用した免疫化と比較して（すなわち、ＴＨ１アジュバントのみを使用した免疫化またはＴＨ２アジュバントのみを使用した免疫化と比較して）、ＴＨ１免疫応答の増強および／またはＴＨ２免疫応答の増強を誘発する。
【０２７２】
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答は、ＴＨ１応答の増強およびＴＨ２応答の増強の一方または両方をもたらす。
【０２７３】
免疫応答の増強は、全身免疫応答および粘膜免疫応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答は、全身免疫応答の増強および粘膜免疫応答の増強の一方または両方をもたらす。好ましくは、粘膜免疫応答は、ＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答には、ＩｇＡの産生の増加が含まれる。
【０２７４】
大腸菌は、様々な解剖学的部位に疾患を引き起こし得るため［４］、本発明の組成物は、様々な形態で調製することができる。例えば、本組成物は、液体溶液または懸濁物のいずれかの注射可能物として調製することができる。注射前の液体ビヒクルにおける溶液または懸濁物に適した固体形態も調製することができる（例えば、凍結乾燥組成物またはスプレー凍結乾燥組成物）。組成物は、例えば、軟膏、クリーム、または粉末として局所投与用に調製することができる。組成物は、例えば、錠剤もしくはカプセル、スプレー、またはシロップ（任意選択で、矯味矯臭される）として経口投与用に調製することができる。組成物は、微粉末またはスプレーを用いて、例えば、吸入剤として肺投与用に調製することができる。組成物は、座剤またはペッサリーとして調製することができる。組成物は、例えば、滴剤として、点鼻投与、点耳投与、または点眼投与用に調製することができる。組成物は、患者への投与直前に組み合わせた組成物が再構成されるようにデザインされたキット形態にすることができる。このようなキットは、１つ以上の液体形態の抗原および１つ以上の凍結乾燥抗原を含み得る。
【０２７５】
組成物が、使用前に即席で調製されるものであり（例えば、成分が凍結乾燥形態で存在する場合）、かつキットとして存在する場合、キットは、２つのバイアルを含むか、または１つの予め充填されたシリンジと１つのバイアルとを含むことができ、シリンジの内容物は、注射前にバイアルの内容物を再活性化するために使用される。
【０２７６】
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原（複数可）、ならびに必要に応じて任意の他の成分も含む。「免疫学的有効量」は、単回投与または連続投与の一部のいずれかでの個体への投与量が、処置または予防に有効であることを意味する。この量は、処置される個体の健康および身体の状態、年齢、処置される個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系が抗体を合成する能力、望ましい防御の程度、ワクチンの処方、処置する医師の医学的状態の評価、および他の関連する因子によって異なる。この量は、ルーチンの試験によって決定することができる比較的広い範囲であると予想される。
【０２７７】
（処置方法およびワクチンの投与）
本発明はまた、有効量の本発明の組成物を投与するステップを含む、哺乳動物に免疫応答を惹起する方法も提供する。免疫応答は、好ましくは防御免疫応答であり、好ましくは抗体媒介免疫および／または細胞媒介免疫を伴う。この方法は、追加免疫応答を惹起し得る。
【０２７８】
本発明はまた、薬物として使用される、例えば、哺乳動物における免疫応答の惹起に使用される本発明のポリペプチドも提供する。
【０２７９】
本発明はまた、哺乳動物で免疫応答を惹起するための薬物の製造における本発明のポリペプチドの使用も提供する。
【０２８０】
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物が予め充填された送達デバイスも提供する。
【０２８１】
これらの使用および方法による哺乳動物における免疫応答の惹起により、哺乳動物を、ＥｘＰＥＣ菌株および非ＥｘＰＥＣ菌株を含む大腸菌感染から防御することができる。本発明は、腸内病原型、例えば、ＥＰＥＣ、ＥＡＥＣ、ＥＩＥＣ、ＥＴＥＣ、およびＤＡＥＣ病原型を含む病原性大腸菌に対する広範囲の防御を提供するのに特に有用である。したがって、哺乳動物は、限定されるものではないが、腹膜炎、腎盂腎炎、膀胱炎、心内膜炎、前立腺炎、尿路感染（ＵＴＩ）、髄膜炎（特に、新生児髄膜炎）、敗血症（またはＳＩＲＳ）、脱水症、肺炎、下痢（乳児下痢、旅行者の下痢、急性の下痢、持続性の下痢など）、細菌性赤痢、溶血尿毒症症候群（ＨＵＳ）、心膜炎、細菌尿症などを含む疾患から防御され得る。
【０２８２】
哺乳動物は、好ましくはヒトであるが、大腸菌疾患は、例えば、ウシ、ブタ、ニワトリ、ネコ、またはイヌなどの種でも問題であるため、これらの種でも良い［４］。ワクチンが予防用である場合は、ヒトは、好ましくは子供（例えば、幼児または乳児）または十代であり；ワクチンが治療用である場合は、ヒトは、好ましくは十代または成人である。子供用のワクチンは、例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために成人にも投与して良い。
【０２８３】
治療処置の効力をチェックする１つの方法では、本発明の組成物の投与後の大腸菌感染のモニタリングが行われる。予防処置の効力をチェックする１つの方法では、本発明の組成物の投与後の、この組成物中の抗原に対する全身免疫応答のモニタリング（例えば、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの産生レベルのモニタリング）および／または粘膜免疫応答のモニタリング（例えば、ＩｇＡの産生レベルのモニタリング）が含まれる。典型的には、抗原特異的血清抗体応答は、チャレンジ前ではなく免疫化後に決定されるが、抗原特異的粘膜抗体応答は、免疫化後およびチャレンジ後に決定される。
【０２８４】
本発明の組成物の免疫原性を評価する別の方法では、免疫ブロットおよび／またはマイクロアレイによる患者の血清または粘膜分泌物のスクリーニングのために組換えによりタンパク質を発現させる。タンパク質と患者のサンプルとの間の陽性反応は、患者が問題のタンパク質に対して免疫応答を開始したことを示す。この方法はまた、免疫優性抗原および／または抗原中のエピトープを同定するためにも使用することができる。
【０２８５】
ワクチン組成物の効力はまた、大腸菌感染の動物モデル、例えば、モルモットまたはマウスをワクチン組成物でチャレンジすることによってインビボで決定することができる。ＥｘＰＥＣおよび致死性敗血症のマウスモデルが参考文献１２０に記載されている。コットンラットモデルが、参考文献１２１に開示されている。
【０２８６】
本発明の組成物は、一般に、患者に直接投与される。直接送達は、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、または組織の間質腔へ）、または経粘膜投与、例えば、直腸投与、経口投与（例えば、タブレット、スプレー）、膣投与、局所投与、経皮投与（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）もしくは経皮投与（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、鼻腔投与、眼投与、耳投与、肺投与、または他の粘膜投与によって行うことができる。新規の直接送達形態はまた、食物における本明細書に開示されるポリペプチドのトランスジェニック発現を含み得る（例えば、ポテトにおけるトランスジェニック発現）。
【０２８７】
本発明は、全身免疫および／または粘膜免疫を誘発するため、好ましくは全身免疫および／または粘膜免疫の増強を誘発するために使用することができる。
【０２８８】
好ましくは、全身免疫および／または粘膜免疫の増強は、ＴＨ１免疫応答および／またはＴＨ２免疫応答の増強に反映される。好ましくは、免疫応答の増強には、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの産生の上昇が含まれる。
【０２８９】
投与は、単回投与スケジュールまたは複数回投与スケジュールによるものとすることができる。複数回投与は、一次免疫化スケジュールおよび／または追加免疫化スケジュールに使用することができる。複数回投与スケジュールでは、様々な用量を、同じかまたは異なる経路、例えば、非経口の一次と粘膜の追加、粘膜の一次と非経口の追加などによって投与することができる。複数回投与は、典型的には、少なくとも１週間（例えば、約２週間、約３週間、約４週間、約６週間、約８週間、約１０週間、約１２週間、約１６週間など）の間隔で投与する。
【０２９０】
本発明のワクチンは、子供および成人の両方の処置に使用することができる。したがって、ヒト患者は、１歳未満、１〜５歳、５〜１５歳、１５〜５５歳、または少なくとも５５歳であり得る。ワクチン投与に好ましい患者は、高齢者（例えば、≧５０歳、≧６０歳、および好ましくは≧６５歳）、幼若者（例えば、≦５歳）、入院患者、医療従事者、軍人および兵士、妊婦、慢性疾患患者、または免疫不全患者である。しかしながら、ワクチンは、これらの群のみに適しているのではなく、ある集団でより広く使用することができる。
【０２９１】
本発明のワクチンは、外科手術を予定している患者、または他の入院患者に特に有用である。本発明のワクチンはまた、カテーテルが挿入されている患者にも有用である。本発明のワクチンはまた、青年期の女性（例えば、１１〜１８歳）および慢性尿路感染の患者にも有用である。
【０２９２】
本発明のワクチンは、他のワクチンと実質的に同時に（例えば、同じ診察中、または医療従事者もしくはワクチンセンターを訪問中）、例えば、麻疹ワクチン、流行性耳下腺炎ワクチン、風疹ワクチン、ＭＭＲワクチン、水痘ワクチン、ＭＭＲＶワクチン、ジフテリアワクチン、破傷風ワクチン、百日咳ワクチン、ＤＴＰワクチン、結合Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  ｂ型ワクチン、不活化ポリオウイルスワクチン、Ｂ型肝炎ウイルスワクチン、髄膜炎菌結合ワクチン（例えば、４価Ａ−Ｃ−Ｗ１３５−Ｙワクチン）、ＲＳウイルスワクチンなどと実質的に同時に患者に投与することができる。
【０２９３】
（核酸免疫法）
上記の免疫原性組成物には、ポリペプチド抗原が含まれる。しかしながら、いずれの場合も、ポリペプチド抗原は、核酸免疫法に基づいて組成物、方法、および使用を提供するために、これらのポリペプチドをコードする核酸（典型的にはＤＮＡ）によって置き換えることができる。核酸免疫法は、現在は発展した分野である（例えば、参考文献１２２〜１２３などを参照）。
【０２９４】
免疫原をコードする核酸は、患者への送達後にインビボで発現され、次いで発現された免疫原が免疫系を刺激する。活性成分は、典型的には、（ｉ）プロモーター；（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結された免疫原をコードする配列；および任意選択で（ｉｉｉ）選択マーカーを含む、核酸ベクターの形態をとる。好ましいベクターは、（ｉｖ）複製起点；および（ｖ）（ｉｉ）に作動可能に連結された下流の転写ターミネーターをさらに含み得る。一般に、（ｉ）および（ｖ）は、真核生物性であり、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は、原核生物性である。
【０２９５】
好ましいプロモーターは、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）由来のウイルスプロモーターである。ベクターは、プロモーターに加えて転写調節配列（例えば、エンハンサー）も含み得、この転写調節配列は、プロモーターと機能的に相互作用する。好ましいベクターには、前初期ＣＭＶエンハンサー／プロモーターが含まれ、より好ましいベクターには、ＣＭＶイントロンＡも含まれる。プロモーターは、免疫原をコードする配列の発現がプロモーターの制御下となるように、免疫原をコードする下流の配列に作動可能に連結されている。
【０２９６】
マーカーが使用される場合、マーカーは、好ましくは微生物宿主内（例えば、原核生物内、細菌内、酵母内）で機能する。マーカーは、好ましくは原核生物選択マーカー（例えば、原核生物のプロモーターの制御下で転写される）である。便宜上、典型的なマーカーは、抗生物質耐性遺伝子である。
【０２９７】
本発明のベクターは、好ましくは、自律複製エピソームベクターまたは染色体外ベクター、例えば、プラスミドである。
【０２９８】
本発明のベクターは、好ましくは複製起点を含む。この複製起点は、真核生物ではなく原核生物で活性であることが好ましい。
【０２９９】
したがって、好ましいベクターは、ベクター選択用の原核生物マーカー、原核生物の複製起点、免疫原をコードする配列の転写を駆動する真核生物のプロモーターを含む。したがって、ベクターは、（ａ）原核生物宿主では、ポリペプチドが発現されずに増幅され選択されるが、（ｂ）真核生物宿主では、増幅されずに発現される。この取り合わせが、核酸免疫法ベクターにとって理想的である。
【０３００】
本発明のベクターは、コード配列の下流の真核生物転写ターミネーター配列を含み得る。これは、転写レベルを増進させることができる。コード配列が独自のものを有さない場合は、本発明のベクターは、好ましくはポリアデニル化配列を含む。好ましいポリアデニル化配列は、ウシ成長ホルモン由来である。
【０３０１】
本発明のベクターは、複数のクローニング部位を含み得る。
【０３０２】
免疫原およびマーカーをコードする配列に加えて、ベクターは、第２の真核生物コード配列を含み得る。ベクターは、免疫原と同じ転写物からの第２の真核生物ポリペプチドの翻訳を可能にするために、前記第２の配列の上流のＩＲＥＳも含み得る。別法では、免疫原コード配列は、ＩＲＥＳの下流でも良い。
【０３０３】
本発明のベクターは、非メチル化ＣｐＧモチーフ、例えば、２つの５’プリンおよび２つの３’ピリミジンが隣接した、グアノシンの前のシトシンを共通して有する非メチル化ＤＮＡ配列を含み得る。これらの非メチル化形態において、これらのＤＮＡモチーフは、いくつかの種類の免疫細胞の強力な刺激因子であることが実証された。
【０３０４】
ベクターは、標的化方法で送達することができる。受容体媒介ＤＮＡ送達技術が、例えば、参考文献１２４〜１２５に記載されている。核酸を含む治療組成物は、遺伝子治療プロトコルで、局所投与としてＤＮＡ約１００ｎｇ〜約２００ｍｇの範囲で投与される。また、約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇの濃度範囲のＤＮＡも、遺伝子治療プロトコル中に使用することができる。因子、例えば、作用方法（例えば、コードされた遺伝子産物のレベルの増進または阻害のための）ならびに形質転換および発現の効力は、最終的な効力に必要な投与量に影響を与える検討事項である。組織の広い領域にわたる高い発現が望ましい場合は、様々な隣接または近接した組織部分へのより多量のベクターまたは、連続的な投与プロトコルもしくは何回かの投与で再投与される同量のベクターが、良好な治療結果を得るために必要なこともある。いずれの場合も、臨床試験でのルーチンの実験で、最適な治療効果についての特定の範囲を決定する。
【０３０５】
ベクターは、遺伝子送達ビヒクルを用いて送達することができる。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルスまたは非ウイルス起源とすることができる（参考文献１２６〜１２７を全体的に参照されたい）。
【０３０６】
望ましい核酸の送達用および望ましい細胞での発現用のウイルスベースのベクターは、当技術分野で周知である。例示的なウイルスベースのビヒクルには、限定されるものではないが、組換えレトロウイルス（例えば、参考文献１２８〜１２９）、アルファウイルスベースのベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ  ＶＲ１２４９；ＡＴＣＣ  ＶＲ−５３２）；これらのウイルスのハイブリッドまたはキメラも使用することができる）、ポックスウイルスベクター（例えば、ワクシニア、鶏痘、カナリア痘、改変ワクシニアアンカラなど）、アデノウイルスベクター、およびアデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、参考文献１３０〜１３１を参照されたい）が含まれる。死滅アデノウイルスに連結されたＤＮＡの投与［１３２］も利用することができる。
【０３０７】
限定されるものではないが、死滅アデノウイルス単独に連結された、または連結されていないポリカチオン凝縮ＤＮＡ［例えば、１３２］、リガンド連結ＤＮＡ［１３３］、真核細胞送達ビヒクル細胞［例えば、参考文献１３４〜１３５］、および核電荷中和または細胞膜融合を含め、非ウイルス送達ビヒクルおよび方法も利用することができる。裸ＤＮＡも利用することができる。例示的な裸ＤＮＡの導入方法が、参考文献１３６および１３７に記載されている。遺伝子送達ビヒクルとして機能し得るリポソーム（例えば、免疫リポソーム）が、参考文献１３８〜１３９に記載されている。さらなるアプローチが、参考文献１４０および１４１に記載されている。
【０３０８】
使用に適したさらなる非ウイルス送達には、機械送達系、例えば、参考文献１４１に記載されているアプローチが含まれる。さらに、コード配列およびこの発現産物は、光重合ヒドロゲル材料の堆積または電離放射線の使用によって送達され得る［例えば、参考文献１４２および１４３］。コード配列の送達に使用できる遺伝子送達の他の従来の方法には、例えば、ハンドヘルド型遺伝子導入パーティクルガンの使用［１４４］または導入された遺伝子を活性化させるための電離放射線の使用［１４２および１４３］が含まれる。
【０３０９】
ＰＬＧ｛ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）｝微粒子を使用するＤＮＡ送達は、特に好ましい方法であり、例えば、微粒子に吸着させることによって行われ、微粒子は、任意選択で、負に帯電した表面（例えば、ＳＤＳで処理）または正に帯電した表面（例えば、カチオン性洗浄剤、例えば、ＣＴＡＢで処理）を有するように処理される。
【０３１０】
（抗体）
大腸菌抗原に対する抗体を、受動免疫化に使用することができる［１４５］。したがって、本発明は、配列番号１〜２からなる両方のｏｒｆ３５３タンパク質に結合する抗体を提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号２１１〜２１８からなる群より選択されるｏｒｆ３５３の断片に結合する。
【０３１１】
本発明はまたは、配列番号３〜１８からなる１６の細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６すべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号２１９〜３０７および６８３からなる群より選択される細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）の断片に結合する。
【０３１２】
本発明はまた、配列番号１９〜４０からなる２２のインフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）タンパク質の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６すべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号３０８〜３５０からなる群より選択されるインフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）の断片に結合する。
【０３１３】
本発明はまた、配列番号４１〜４７からなる７つのＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号３５１〜３６８からなる群より選択されるＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）の断片に結合する。
【０３１４】
本発明はまた、配列番号４８〜６０からなる１３のｇｓｐＫタンパク質（ｏｒｆ３５１５）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３すべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号３６９〜３８４からなる群より選択されるｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）の断片に結合する。
【０３１５】
本発明はまた、配列番号６１〜７１からなる１１のｇｓｐＪタンパク質（ｏｒｆ３５１６）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、または１１すべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号３８５〜３９８からなる群より選択されるｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）の断片に結合する。
【０３１６】
本発明はまた、配列番号７２〜７９からなる８つのｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、または８つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号３９９〜４２５からなる群より選択されるｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）の断片に結合する。
【０３１７】
本発明はまた、配列番号８０〜８１からなる両方の線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号４２６〜４３２からなる群より選択される線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）の断片に結合する。
【０３１８】
本発明はまた、配列番号８２〜８４からなる３つのｕｐｅｃ−９４８タンパク質の少なくとも２つ（または３つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号４９３〜４９９からなる群より選択されるｕｐｅｃ−９４８の断片に結合する。
【０３１９】
本発明はまた、配列番号８５〜９１からなる７つのｕｐｅｃ−１２３２タンパク質の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号５００〜５０６からなる群より選択されるｕｐｅｃ−１２３２の断片に結合する。
【０３２０】
本発明はまた、配列番号９２〜９８からなる７つの１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号５０７〜５１５からなる群より選択される１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）の断片に結合する。
【０３２１】
本発明はまた、配列番号９９〜１００からなるｙａｐＨホモログタンパク質の両方に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号５１６〜６３８からなる群より選択されるｙａｐＨホモログの断片に結合する。
【０３２２】
本発明はまた、配列番号１０１〜１０５からなる５つの溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）の少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、または５つすべて）に結合する抗体も提供する。特定の実施形態では、この抗体は、配列番号４３３〜４９２からなる群より選択される溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）の断片に結合する。
【０３２３】
本発明はまた、治療におけるこのような抗体の使用も提供する。本発明はまた、薬物の製造におけるこのような抗体の使用も提供する。本発明はまた、本発明の有効量の抗体を投与するステップを含む哺乳動物を処置する方法も提供する。免疫原性組成物について上記したように、これらの方法および使用により、大腸菌の感染に対して哺乳動物を防御することができる。
【０３２４】
用語「抗体」には、インタクトな免疫グロブリン分子、ならびに抗原に結合できるその断片が含まれる。これらには、ハイブリッド（キメラ）抗体分子［１４６、１４７］；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）断片ならびにＦｖ分子；非共有結合へテロ二量体［１４８、１４９］；１本鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）［１５０］；二量体および三量体抗体断片構築物；ミニボディー（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）［１５１、５２］；ヒト化抗体分子［１５３〜１５４］；およびこのような分子から得たあらゆる機能的な断片、ならびにファージディスプレイなどの慣習的ではないプロセスによって得られる抗体が含まれる。好ましくは、抗体は、モノクローナル抗体である。モノクローナル抗体を得る方法は、当技術分野で周知である。ヒト化または完全ヒト抗体が好ましい。
【０３２５】
（一般）
本発明の実施には、特段の記載がない限り、当業者の技術範囲内の化学、生化学、分子生物学、免疫学、および薬理学の従来の方法を利用する。このような技術は、参考文献に詳細に説明されている。例えば、参考文献１５５〜１５６などを参照されたい。
【０３２６】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、Ｘを「含む」組成物は、Ｘのみからなっても良いし、または、例えば、Ｘ＋Ｙのように追加を含んでも良い。
【０３２７】
数値ｘについての用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０３２８】
本明細書では「ＧＩ」番号付けが使用される。ＧＩ番号または「ＧｅｎＩｎｆｏ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ」は、配列がＮＣＢＩのデータベースに加えられたときにＮＣＢＩによって処理された各配列記録に対して連続的に割り当てられる連続した数字である。ＧＩ番号は、配列記録のアクセッション番号との類似性はない。配列が更新されると（例えば、修正のため、またはさらなる注釈や情報を付け加えるため）、その配列には、新しいＧＩ番号が付される。したがって、所定のＧＩ番号が付された配列は、不変である。
【０３２９】
２つのアミノ酸配列間のパーセント配列同一性について述べる場合は、整列されたときに、２つの配列の比較においてアミノ酸が同じであるパーセントを意味する。このアラインメントおよびパーセント相同性または配列同一性は、当技術分野で周知のソフトウエアプログラム、例えば、参考文献１５７のセクション７．７．１８に記載されているものを用いて決定することができる。好ましいアラインメントは、ギャップ・オープン・ペナルティーが１２およびギャップ伸長ペナルティーが２で、ＢＬＯＳＵＭマトリックスが６２のアフィンギャップ検索を用いて、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参考文献１５８に開示されている。
【０３３０】
当業者であれば、「単離された」は、天然の状態からの「人間の手による」変更を意味することを理解できよう。すなわちこのような変更が天然で起きた場合、元の環境から変化させられたかまたは除去されたか、あるいはその両方が行われている。例えば、生きている生物において自然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、そのような生きている生物に存在するときは「単離されて」いないが、天然の状態で共存する材料から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本開示で使用される用語では「単離された」である。さらに、形質転換、遺伝子操作、または任意の他の組換え法によって生物に導入されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、前記生物が生きていてもいなくても、前記生物になお存在していても、「単離された」と理解される。ただし、このような形質転換、遺伝子操作、または他の組換え法が、他の点では天然に生じている生物と区別できない生物を作り出す場合は除かれる。
【０３３１】
図１〜図１３は、開示される大腸菌タンパク質についてのアミノ酸同一性を示している。すべての図面において、♯♯は１００％の同一性である。
【図面の簡単な説明】
【０３３２】
【図１】図１は、ｏｒｆ３５３の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。図１は、ｏｒｆ３５３アミノ酸配列間の％同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；１０１−１（ＥＡＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；５３６３８（ＥＩＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図２】図２は、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＨＳ（片利共生菌株）；Ｂ（非病原性菌株）；８７３９（非病原性菌株）；Ｃ（非病原性菌株）；ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；ＥＤＬ３３３（ＥＨＥＣ菌株）；Ｓａｋａｉ（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ５０８（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ８６３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０２４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４２（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０５４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０７６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１９６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４２０６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４８６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４５０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＴＷ１４５８８（ＥＨＥＣ菌株）；１０１−１（ＥＡＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図３】図３は、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＭＧ１６５５（非病原性菌株）；ＤＨ１０Ｂ（非病原性菌株）；ＨＳ（片利共生菌株）；Ｂ（非病原性菌株）；８７３９（非病原性菌株）；Ｃ（非病原性菌株）；ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；ＥＤＬ３３３（ＥＨＥＣ菌株）；Ｓａｋａｉ（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ５０８（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ８６３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０２４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４２（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０５４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０７６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１９６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４２０６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４８６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４５０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＴＷ１４５８８（ＥＨＥＣ菌株）；１０１−１（ＥＡＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；５３６３８（ＥＩＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図４】図４は、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；ＥＤＬ３３３（ＥＨＥＣ菌株）；Ｓａｋａｉ（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ５０８（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ８６３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０２４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４２（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０５４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０７６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１９６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４２０６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４８６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４５０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＴＷ１４５８８（ＥＨＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図５】図５は、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＨＳ（片利共生菌株）；Ｂ（非病原性菌株）；８７３９（非病原性菌株）；Ｃ（非病原性菌株）；ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；１０１−１（ＥＡＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；５３６３８（ＥＩＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図６】図６は、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＨＳ（片利共生菌株）；ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；１０１−１（ＥＡＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；５３６３８（ＥＩＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図７】図７は、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；ＥＤＬ３３３（ＥＨＥＣ菌株）；Ｓａｋａｉ（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ５０８（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ８６９（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０２４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４２（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０７６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１９６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４２０６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４８６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４５０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＴＷ１４５８８（ＥＨＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図８】図８は、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；およびＯ４２（ＥＡＥＣ菌株）である。
【図９】図９は、ｕｐｅｃ−９４８の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＨＳ（片利共生菌株）；Ｂ（非病原性菌株）；Ｃ（非病原性菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；およびＥ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）である。
【図１０】図１０は、ｕｐｅｃ−１２３２の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；およびＨ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）である。
【図１１】図１１は、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＩＨＥ３０３４（ＮＭＥＣ菌株）；ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；ＥＤＬ３３３（ＥＨＥＣ菌株）；Ｓａｋａｉ（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ５０８（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ８６９（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０２４（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４２（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０４５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４０７６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１３（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１１５（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４１９６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４２０６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４４８６（ＥＨＥＣ菌株）；ＥＣ４５０１（ＥＨＥＣ菌株）；ＴＷ１４５８８（ＥＨＥＣ菌株）；Ｏ４２（ＥＡＥＣ菌株）；Ｂ１７１（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２２（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ２３４８／６９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図１２】図１２は、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図１３】図１３は、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）の配列対の間のアミノ酸同一性を示している。表示は、左から右および上から下に：ＲＳ２１８（ＮＭＥＣ菌株）；ＡＰＥＣ０１（ＡＰＥＣ菌株）；ＣＦＴ０７３（ＵＰＥＣ菌株）；５３６（ＵＰＥＣ菌株）；ＵＴＩ８９（ＵＰＥＣ菌株）；Ｆ１１（ＵＰＥＣ菌株）；Ｅ１１００１９（ＥＰＥＣ菌株）；Ｂ７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｅ２４３７７Ａ（ＥＴＥＣ菌株）；Ｈ１０４０７（ＥＴＥＣ菌株）；およびＳＥＣＥＣ（抗生物質耐性菌株）である。
【図１４】記載なし
【発明を実施するための形態】
【０３３３】
（配列表の簡単な説明）
【０３３４】
【表１−１】
2012532600.tif 000063
【０３３５】
【表１−２】
2012532600.tif 000064
【０３３６】
【表１−３】
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（本発明を実施するための様式）
それぞれが本明細書により詳細に記載されたｏｒｆ３５３、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）、ｕｐｅｃ−９４８、ｕｐｅｃ−１２３２、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）、およびＳｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）を発現、精製し、これらは、敗血症動物モデルにおけるＥｘＰＥＣ菌株に対する防御を提供する。
【０３３７】
様々な他の大腸菌株のオルソログの配列を得た。
【０３３８】
タンパク質：ｏｒｆ３５３（配列番号１のアミノ酸２１〜１６２）、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）（配列番号９のアミノ酸５９５〜１００８）、インフルエンザ抗原４３（ｏｒｆ１３６４）（配列番号２７のアミノ酸５３〜６２９）、ＮｏｄＴファミリー外膜因子リポタンパク質排出トランスポーター（ｏｒｆ１７６７）（配列番号４１のアミノ酸１５〜４５７）、ｇｓｐＫ（ｏｒｆ３５１５）（配列番号５６のアミノ酸３２〜３２５）、ｇｓｐＪ（ｏｒｆ３５１６）（配列番号６５のアミノ酸１６〜１８９）、ｔｏｎＢ依存性シデロホア受容体（ｏｒｆ３５９７）（配列番号７４のアミノ酸２９〜７１３）、線毛タンパク質（ｏｒｆ３６１３）（配列番号８０のアミノ酸２８〜１８７）、ｕｐｅｃ−９４８（配列番号８２のアミノ酸２４〜１５１）、ｕｐｅｃ−１２３２（配列番号８９のアミノ酸２６〜１５１）、１型線毛タンパク質のＡ鎖前駆体（ｕｐｅｃ−１８７５）（配列番号９７のアミノ酸２５〜１８７）、ｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０）（配列番号９９）、溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）（配列番号１０３のアミノ酸２４〜１０２４）、およびＳｅｌ  １反復含有タンパク質（ｕｐｅｃ−５２１１）（配列番号６５３）のそれぞれの例示的な抗原を、ｐＥＴ−２１ｂベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）にクローニングし、増幅用のＤＨ５α−Ｔ１化学的コンピテント細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に形質転換した。ＢＬ２１（ＤＥ３）化学的コンピテント細胞を発現用に使用した。すべての候補をクローニングし、シグナル配列を用いずにｈｉｓタグ融合タンパク質として発現させた。候補を、親和性クロマトグラフィーによって精製した。
【０３３９】
防御を、敗血症動物モデルで評価した。Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  ＩｔａｌｉａのＣＤ１非近交系雌性マウス（５週齢）を、フロイントアジュバント中の組換えタンパク質２０μｇで第１日目、第２１日目、および第３５日目に皮下注射によって免疫化した。陽性コントロールを、フロイントアジュバント（Ｓｉｇｍａ）の生理溶液０．１５ｍｌ中の１０８の熱不活化細菌（６５℃３０分）で免疫化する一方、陰性コントロールを、フロイントアジュバントの生理溶液で免疫化した。第４９日目に、腹腔内注射（菌株ＩＨＥ３０３４およびＣＦＴ０７３について）または静脈内注射（菌株５３６について）によって、１０７の新鮮な細菌培養物／マウス（ＬＤ８０）の用量でチャレンジを行った。ヘパリン化された血液サンプルを、チャレンジの２４時間後に生き残ったマウスから採取して菌血症レベルを決定し、チャレンジ後４日間にわたって死亡率を観察した。
【０３４０】
【表２】
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上記の特定の候補は、完全長タンパク質（溶血素Ａ（ｒｅｃｐ−３７６８）、インフルエンザ抗原４３断片（ｏｒｆ１３６４）、細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質（ｏｒｆ４０５）、およびｙａｐＨホモログ（ｕｐｅｃ−２８２０））としては制限された溶解性または非溶解性を示した。したがって、断片を構築し、溶解性について試験した。上昇した溶解性を示した断片は、上記したような敗血症動物モデルで防御を提供する能力についてさらに試験した。
【０３４１】
【表３】
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溶血素Ａタンパク質断片Ｂ４（３７６８−Ｂ４）の、他の菌株に対して交差防御を提供する能力を実証するために、上記の溶血素Ａタンパク質断片Ｂ４（３７６８−Ｂ４）で免疫化したマウスを、以下の表に示されるように異なる大腸菌株でチャレンジした。
【０３４２】
【表４】
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細菌Ｉｇ様ドメイン（群１）タンパク質断片（ｏｒｆ４０５）の３つの断片の様々な組み合わせを、上記された敗血症のマウスモデルで試験した。この結果が以下の表に示されている。
【０３４３】
【表５】
2012532600.tif 000069
本発明は、ほんの一例として記載されており、本発明の範囲および精神を維持したまま改変が可能であることを理解されたい。
【０３４４】
【数１】
2012532600.tif 000070
【０３４５】
【数２】
2012532600.tif 000071
【０３４６】
【数３】
2012532600.tif 000072
【０３４７】
【数４】
2012532600.tif 000073
【０３４８】
【数５】
2012532600.tif 000074
【０３４９】
【数６】
2012532600.tif 000075
【０３５０】
【数７】
2012532600.tif 000076
【０３５１】
【数８】
2012532600.tif 000077
【０３５２】
【数９】
2012532600.tif 000078
【０３５３】
【数１０】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
2012532600.tif 000090
【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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