(57)【要約】本発明は、対象が免疫調節組成物による治療に応答する可能性を正確に判定するための方法であって、対象由来の試料中の１以上のマーカーを検出する工程を含み、少なくとも１つのマーカーは、表１または３〜５に示す単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）と連鎖する方法と、治療または継続治療に対して好適な対象を選択するためのアッセイ結果に基づいて、対象に適切な治療を提供するためのプロセスを提供する。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫調節組成物による治療に応答する可能性を正確に判定するための方法であって、
対象由来の試料中の１以上のマーカーを検出することを含み、
少なくとも１つのマーカーが、表１に示す単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）と連鎖するか、または表１に示すＳＮＰを含むか、または、表１に示すＳＮＰを含むか表１に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされ、かつ、その１以上のマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示すとする
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
少なくとも１つのマーカーが、表３に示すＳＮＰと連鎖するか、または表３に示すＳＮＰを含むか、または表３に示すＳＮＰを含むか表３に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされる
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つのマーカーが、表４または５に示すＳＮＰと連鎖するか、または表４または５に示すＳＮＰを含むか、または、表４または５に示すＳＮＰを含むか表４または５に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされる
請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つのマーカーが、１ｐ３５の領域；３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間の領域；３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間の領域；４ｑ３２周辺の領域；４ｐ１３周辺の領域；４ｐ１６．１周辺の領域；６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間の領域；６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間の領域；６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間の領域；６ｑ１３周辺の領域；６ｑ２２．３１周辺の領域；８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺の間の領域；９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間の領域；１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間の領域；１１ｑ２１周辺の領域；１１ｑ２２．３周辺の領域；１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２の間の領域；１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間の領域；１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間の領域；１９ｑ１３．１３周辺の領域；及び２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３周辺の領域からなる群から個別にまたはまとめて選択される染色体領域内に含まれる
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１つのマーカーが、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１、ＩＬ２１Ｒ、ＮＰＳ及びＰＫＨＤ−１からなる群から個別にまたはまとめて選択される遺伝子と連鎖するか、または、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１、ＩＬ２１Ｒ、ＮＰＳ及びＰＫＨＤ−１からなる群から個別にまたはまとめて選択される遺伝子内に含まれるか、または、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１、ＩＬ２１Ｒ、ＮＰＳ及びＰＫＨＤ−１からなる群から個別にまたはまとめて選択される遺伝子を含むか、または、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１、ＩＬ２１Ｒ、ＮＰＳ及びＰＫＨＤ−１からなる群から個別にまたはまとめて選択される遺伝子によってコードされる
請求項１ないし４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つのマーカーが、
（ｉ）配列番号：１〜６０、６２、６４〜６７、６９、７１〜７４、７６、７８、７９、８１または８３〜１５８のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列中に多型ヌクレオチドを含む
請求項１ないし５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
（ｉ）配列番号：５、１０、６７、８５、８８、９１、９４、９７、１００、１０３、１０６、１０９、１１２、１１５、１１８、１２１、１２４、１２７、１３０、１３３、１３６、１３９、１４２、１４５、１４８、１５１、１５４及び１５７のいずれか１つに示す配列；並びに、
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の応答を示す、請求項１ないし５のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
（ｉ）配列番号：６、１１、６９、８６、８９、９２、９５、９８、１０１、１０４、１０７、１１０、１１３、１１６、１１９、１２２、１２５、１２８、１３１、１３４、１３７、１４０、１４３、１４６、１４９、１５２、１５５及び１５８のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項１ないし５のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１つのマーカーが、ＩＦＮ−λ３遺伝子と連鎖するか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子内に含まれるか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子を含むか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子によってコードされる
請求項１ないし８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも１つのマーカーが、
（ｉ）１〜６０、６２、６４〜６７、６９、７１〜７４、７６、７８、７９、８１または８３〜８９のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列中に多型ヌクレオチドを含む
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
（ｉ）配列番号：５、１０、６７、８５及び８８のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の応答を示す
請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
（ｉ）配列番号：６、１１、６９、８６及び８９のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも１つのマーカーが、多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされ、その配列が、配列番号：６０、６２、６７、６９、７４、７６、７９及び８１からなる群から選択される
請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも１つのマーカーが、多型アミノ酸を含むアミノ酸配列を含み、その配列が、配列番号：６１、６３、６８、７０、７５、７７、８０及び８２からなる群から選択される
請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、配列番号：６７中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：６８の配列を含み、その少なくとも１つのマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の応答を示す
請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、配列番号：６９中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：７０の配列を含み、その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
複数の前記マーカーを検出することを含む
請求項１ないし１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記マーカーのうちの２つを検出することを含む
請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記マーカーのうちの３つを検出することを含む
請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記マーカーのうちの６つを検出することを含む
請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
複数の前記マーカーを含むハプロタイプを検出することを含む
請求項１ないし２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記ハプロタイプが、ｒｓ８０９９９１７におけるアレルを含む
請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ハプロタイプが、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含み、そのアレルを含むハプロタイプの検出が前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記アレルが、ｒｓ８０９９９１７においてＣまたはＧヌクレオチドを含み、そのアレルを含むハプロタイプの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ハプロタイプが、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含み、そのアレルを含むハプロタイプの検出が前記組成物による治療に対する対象の治療の応答を示す
請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
対象由来の試料中の１以上の遺伝子の改変された発現レベルを検出することを含み、その改変された発現が前記組成物による治療に対する対象の応答を示す
請求項５または９に記載の方法。
【請求項２７】
前記遺伝子の発現が増大している
請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
１以上のその遺伝子の改変された発現レベルを検出することを含み、その改変された発現が前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項５または９に記載の方法。
【請求項２９】
前記遺伝子の発現が低下している
請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
核酸に基づくアッセイまたは抗原に基づくアッセイによって、その遺伝子の少なくとも１つの発現産物の改変されたレベルを検出することを含む
請求項２６ないし２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
対象由来の試料中のその遺伝子のｍＲＮＡ転写物を検出するために増幅反応を行なうことを含む
請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
対象から得られた生体試料を、そのマーカーのその遺伝子によってコードされるタンパク質のアレル変異体に特異的に結合することができる抗体またはリガンドと、複合体の形成に十分な時間及び条件下で接触させ、その後、前記複合体を検出することを含む
請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記試料中の発現を対照試料中の発現と比較することを含む
請求項２６ないし３２のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
前記対照試料が、
（ｉ）前記免疫調節組成物で治療されていない１以上の対象由来の試料；及び
（ｉｉ）（ｉ）の前記試料について以前に決定された発現の測定値を含むデータセット
からなる群から選択される
請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記試料が、有核細胞及び／またはその抽出物を含む
請求項１ないし３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
前記試料が、全血、血清、血漿、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、バフィーコート画分、唾液、尿、口腔細胞、肝生検及び皮膚細胞からなる群から選択される
請求項１ないし３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記試料が、対象に由来するか、対象から単離されているか、または対象から予め得られている
請求項１ないし３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記試料が、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質またはそれらの誘導体を含む
請求項１ないし３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
前記誘導体が、増幅されたＤＮＡまたはｃＤＮＡを含む
請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
その１以上のマーカーの検出が、
（ｉ）ウイルス除去の増強またはウイルス力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答；
（ｉｉ）癌からの回復または寛解または腫瘍または前癌病変の増殖の低下を含む応答；
（ｉｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化；及び
（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せ
からなる群から選択される応答を示す
請求項１ないし３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
前記１以上のマーカーの検出が、
（ｉ）ウイルス／細菌の除去の失敗またはウイルス力価または細菌数の低下の失敗またはその失敗に関連する対象に特徴的な他の健康の変化；
（ｉｉ）癌からの回復または癌からの緩解の失敗または腫瘍または前癌病変の増殖の低下の失敗；
（ｉｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がないこと；及び
（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せ
からなる群から選択される低い応答または無応答を示す
請求項１ないし３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
対象が白人である
請求項１ないし４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
対象がアフリカ人またはアジア人である
請求項１ないし４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
前記免疫調節組成物が、１以上のＩＦＮ及び／または１以上のＩＦＮの１以上の誘導体を含む
請求項１ないし４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
前記組成物が、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含む
請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記免疫調節組成物が、１以上のグアノシン類似体及び／または１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含む
請求項１ないし４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
前記組成物が、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドから選択される１以上のグアノシン類似体、並びに、それらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物を含む
請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記免疫調節組成物が、ＩＦＮ−α及びリバビリンを含む
請求項４４ないし４７のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮである
請求項４４、４５または４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
対象が免疫調節組成物によるＴｈ１介在性疾患及び／またはＴｈ２介在性疾患の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がなく、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項５１】
前記疾患が、多発性硬化症（ＭＳ）、関節リウマチ（ＲＡ）、Ｉ型糖尿病（ＩＤＤＭ）、強皮症、ＣｏｎＡ肝炎、アトピー性皮膚炎、喘息、アレルギー性鼻炎及びアレルギーからなる群から個別にまたはまとめて選択される
請求項５０に記載のプロセス。
【請求項５２】
対象が免疫調節組成物による１以上の細菌またはウイルス感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）ウイルスまたは細菌除去の増強またはウイルス力価または細菌数の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答であり、その応答は治療に対する応答を示す；及び、
（ｉｉ）ウイルスまたは細菌の除去の失敗またはウイルス力価または細菌数の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項５３】
前記細菌がグラム陰性細菌である
請求項５２に記載のプロセス。
【請求項５４】
前記ウイルスが一本鎖ＲＮＡウイルスである
請求項５２に記載のプロセス。
【請求項５５】
前記ウイルスが、ヒトパピローマウイルス、ピコルナウイルス、フラビウイルス、アレナウイルス、トガウイルス、ブンヤウイルス、フィロウイルス、パラミクソウイルス、ラブドウイルス、オルトミクソウイルス、及びコロナウイルスからなる群から選択される
請求項５４に記載のプロセス。
【請求項５６】
前記フラビウイルスが肝炎ウイルスである
請求項５５に記載のプロセス
【請求項５７】
前記ウイルスがＤＮＡウイルスである
請求項５９に記載のプロセス。
【請求項５８】
前記ウイルスがヘルペスウイルスである
請求項５７に記載のプロセス。
【請求項５９】
対象が免疫調節組成物による１以上の新生物または前癌状態の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）癌からの回復または寛解または腫瘍または前癌病変の増殖の低下を含む応答であり、その応答は治療に対する応答を示す；及び、
（ｉｉ）癌からの回復または癌からの緩解の失敗または腫瘍または前癌病変の増殖の低下の失敗、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項６０】
前記癌または前癌病変が、乳癌、肺癌、卵巣癌、ＨＰＶ関連癌（例えば、子宮頸部上皮内新生物及び／または子宮頸癌及び／または外陰部上皮内新生物及び／または陰茎上皮内新生物及び／または肛門上皮内新生物）、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、光線角化症、黒色腫、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫、腺癌または線維肉腫からなる群から選択される
請求項５２に記載のプロセス。
【請求項６１】
対象が免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）ＨＣＶ除去の増強またはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答、ここで、その応答は、治療に対する応答を示す；及び、
（ｉｉ）ＨＣＶ除去の失敗またはＨＣＶ力価の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項６２】
前記免疫調節組成物が、１以上のＩＦＮ及び／または１以上のＩＦＮの１以上の誘導体を含む
請求項６１に記載のプロセス。
【請求項６３】
前記組成物が、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含む
請求項６２に記載のプロセス。
【請求項６４】
前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮである
請求項６２または６３に記載のプロセス。
【請求項６５】
前記免疫調節組成物が、１以上のグアノシン類似体及び／または１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含む
請求項６１に記載のプロセス。
【請求項６６】
前記組成物が、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドから選択される１以上のグアノシン類似体、並びに、それらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物を含む
請求項６５に記載のプロセス。
【請求項６７】
対象がＩＦＮまたはその誘導体及びリバビリンまたはその誘導体を含む免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）ＨＣＶ除去の増強またはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化であり、治療に対する応答を示す；及び、
（ｉｉ）ＨＣＶ除去の失敗またはＨＣＶ力価の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項６８】
前記組成物が、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含む
請求項６７に記載のプロセス。
【請求項６９】
前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮである
請求項６７または６８に記載のプロセス。
【請求項７０】
前記リバビリンの誘導体が、ビラミジンまたはその誘導体、塩、溶媒和物または水和物である
請求項６７に記載のプロセス。
【請求項７１】
（ｉ）請求項１ないし７０のいずれかに記載の方法またはプロセスを行なうこと；及び、
（ｉｉ）免疫調節組成物を対象に投与または推奨すること
を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項７２】
（ｉ）請求項１ないし７０のいずれかに記載の方法またはプロセスの結果を得ること；及び、
（ｉｉ）免疫調節組成物を対象に投与または推奨すること
ことを特徴とするプロセス。
【請求項７３】
免疫調節組成物による治療を必要とする対象を選択するためのプロセスであって、
（ｉ）対象から得られた細胞を含む試料をインビトロで前記免疫調節組成物に曝露させること；及び、
（ｉｉ）請求項１ないし４３のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記免疫調節組成物による治療に応答する可能性が高い対象を特定すること；及び、
（ｉｉｉ）治療に応答する可能性が高い対象に免疫調節組成物を投与または推奨すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項７４】
免疫調節組成物による治療を必要とする対象を選択するためのプロセスであって、
（ｉ）対象から得られた細胞を含む試料をインビトロで前記免疫調節組成物に曝露させること；及び、
（ｉｉ）請求項１ないし４３のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記免疫調節組成物による治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を示す可能性が高い対象を特定すること；及び、
（ｉｉｉ）前記免疫調節組成物の代替療法を投与または推奨すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項７５】
対象がＨＣＶに感染している
請求項７３または７４に記載のプロセス。
【請求項７６】
前記細胞が、末梢血単核細胞または他のＤＮＡ供給源である
請求項７３または７４に記載のプロセス。
【請求項７７】
前記免疫調節組成物が、１以上のＩＦＮ及び／または１以上のＩＦＮの１以上の誘導体を含む
請求項７３ないし７６のいずれかに記載のプロセス。
【請求項７８】
前記組成物が、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含む
請求項７７に記載のプロセス。
【請求項７９】
前記免疫調節組成物が、１以上のグアノシン類似体及び／または１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含む
請求項７３ないし７６のいずれかに記載のプロセス。
【請求項８０】
前記組成物が、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドから選択される１以上のグアノシン類似体、並びに、それらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物を含む
請求項７９に記載のプロセス。
【請求項８１】
前記免疫調節組成物が、ＩＦＮ−α及びリバビリンを含む
請求項７７ないし８０のいずれかに記載のプロセス。
【請求項８２】
前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮである
請求項７７ないし８１のいずれかに記載のプロセス。
【請求項８３】
前記細胞が、対象への前記免疫調節組成物の任意のインビボ投与の前に対象から得られる
請求項７３ないし８２のいずれかに記載のプロセス。
【請求項８４】
必要とする対象が、前記免疫調節組成物の事前のインビボ投与を受けた対象であり、かつ前記治療が継続治療である
請求項７３ないし８２のいずれかに記載のプロセス。
【請求項８５】
ＨＣＶ感染対象を治療するためのプロセスであって、
その対象由来の試料に対して請求項７３ないし８４のいずれかに記載のプロセスを行なうこと、及び、
対象が治療に応答する可能性が高い場合、ＩＦＮを含む治療有効量の免疫調節組成物を対象に投与または推奨するか、または対象が、治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を生じる可能性が高い場合、代替療法を投与または推奨すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項８６】
対象の慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向を判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし４９のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、免疫調節組成物による治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を示す可能性が高い対象を特定すること、及び、
対象が慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向があると判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項８７】
対象におけるＨＣＶ感染の治療方法であって、
それを必要とする対象に対するＩＦＮ−λ２またはその誘導体及び／またはＩＦＮ−λ３またはその誘導体を含む免疫調節組成物を、対象に投与または推奨する、ことを含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項８８】
前記免疫調節組成物の投与が、対象においてウイルス除去を増強するかまたはウイルス力価を低下させるのに十分な時間及び条件下にある
請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記誘導体が、ペグ化ＩＦＮ−λ２及び／またはペグ化ＩＦＮ−λ３及び／またはアルブミン化ＩＦＮ−λ２及び／またはアルブミン化ＩＦＮ−λ３である
請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
対象にグアノシン類似体を投与することまたは対象へのグアノシン類似体の投与を推奨することを含む
請求項８７ないし８９のいずれかに記載の方法。
【請求項９１】
ＩＦＮ−α／βを用いて治療されることが知られている医学的状態を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ２及び／またはＩＦＮ−λ３の使用。
【請求項９２】
ＨＣＶの感染を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ２の使用。
【請求項９３】
ＨＣＶの感染を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ３の使用。
【請求項９４】
グラム陰性細菌の感染を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用。
【請求項９５】
多発性嚢胞腎またはそれに起因する合併症、移植後糖尿病を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用。
【請求項９６】
肺癌、卵巣癌、肝臓癌または乳癌を治療するための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用。
【請求項９７】
請求項１ないし９０のいずれかに記載の方法またはプロセスを実施するための単離された核酸または抗体を含むキット。
【請求項９８】
請求項１ないし９０のいずれかに記載の方法またはプロセスを実施するためのキットまたは固体基板の製造における単離された核酸または抗体の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願：本出願は、２００９年６月１５日に出願された特許文献１の優先権の恩典を主張するものであり、この特許文献１の内容は、その全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、免疫調節組成物を用いて治療される医学的状態の診断及び予後判定アッセイ、並びに、本発明の診断及び予後判定アッセイに基づく改善された治療方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
免疫調節組成物は、ウイルス性疾患、新生物、Ｔｈ１介在性疾患、Ｔｈ２介在性疾患、またはＴｈ１７介在性疾患の治療において免疫系の特定の重要な側面を調節することによって、つまり実質的に、自己免疫及び／もしくは感染性因子に対する免疫応答に関与する１以上のサイトカインの発現もしくは分泌を調節することによるか、またはサイトカインシグナル伝達経路の１以上の構成要素を調節することによって作用する薬物化合物を含む。
【０００４】
サイトカインは、インターフェロン（ＩＦＮ、例えば、Ｉ型ＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、もしくはＩＦＮ−ω）；もしくはＩＩ型ＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−γ）；もしくはＩＩＩ型ＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２、もしくはＩＦＮ−λ３））、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、もしくはＩＬ−３５）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦ−αもしくはＴＮＦ−β）、またはコロニー刺激因子（ＣＳＦ）であってもよい。ＩＦＮは、通常、宿主細胞内でのウイルス複製を阻害し、細胞傷害性Ｔ細胞及びマクロファージを活性化し、リンパ球への抗原提示を増大させ、ウイルス及び細胞内細菌の感染に対する耐性を誘導し、かつ腫瘍を制御することによって免疫応答を助ける。さらに、ＩＩＩ型ＩＦＮは、Ｔｈ２細胞への調節作用を発揮する。インターロイキンは、Ｔ細胞、Ｂ細胞及び造血細胞の発生及び分化を促進する。腫瘍壊死因子は、免疫系の細胞を調節して、急性期炎症応答を刺激し、アポトーシス細胞死を誘導し、腫瘍形成を阻害し、かつウイルス複製を阻害する。ＩＦＮはいくつかの異なる細胞によって産生され得るが、ＩＦＮ−γは、主にＴｈ１細胞によって産生され、インターロイキン及びＴＮＦ−αは、Ｔｈ１細胞及び／またはＴｈ２細胞によって産生される。
【０００５】
Ｔｈ１細胞及びＴｈ２細胞は、そのサイトカイン分泌プロファイルによって定義されるエフェクターＴ細胞である。Ｔｈ１細胞は細胞性免疫を媒介して、細胞傷害性Ｔリンパ球及び活性化マクロファージ並びに補体結合抗体及び補体オプソニン化抗体の作用によって細胞内の病原体及び免疫原から防御する。Ｔｈ１細胞はＩＬ−２を産生し、それによって、Ｔｈ１細胞により媒介されるＴ細胞応答の増殖及び分化が刺激されると同時に、ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−βが産生される。他方、Ｔｈ２細胞は液性免疫及びアレルギー応答を媒介して、Ｂ細胞、肥満細胞及び好酸球の作用によって細胞外の病原体及び抗原から防御する。Ｔｈ２細胞は、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、及びＩＬ−１０を産生し、それによって、ＩｇＥ抗体の産生、そしてまた、好酸球の動員、増殖、分化、維持及び生存を刺激する。
【０００６】
特定のＴｈ１介在性及びＴｈ２介在性疾患は、Ｔｈ１細胞とＴｈ２細胞のバランスの崩壊によって促進される。Ｔｈ１細胞とＴｈ２細胞のきめ細かなバランスは、サイトカイン分泌によって調節されており、通常の状況下では、Ｔｈ２細胞は、ＩＬ−４及びＩＬ−１０を分泌し、これらが、Ｔｈ１細胞を下方調節し、それによって、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−β及びＩＬ−２の産生が調節される。特に、ＩＬ−１０は、Ｔｈ１細胞の強力な阻害因子である。ＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−γ）はまた、Ｔｈ１細胞産生を促進する。逆に、ＩＬ−４はＴｈ２細胞産生を促進し、ＩＦＮ−γはＴｈ２細胞を阻害する。Ｔｈ１介在性疾患（例えば、多発性硬化症（ＭＳ）、関節リウマチ（ＲＡ）、Ｉ型糖尿病（ＩＤＤＭ）及び強皮症）では、ＣＤ４＋  Ｔｈ１細胞がＴｈ２細胞と比べて過剰に活性化されている臓器系において遅延型過敏症（ＤＴＨ）が生じる。ＭＳでは、中枢神経系におけるＴｈ１／Ｔｈ２不均衡が、炎症促進性ＣＤ４＋  Ｔｈ１細胞の増殖、ＩＦＮ−γ分泌、マクロファージ活性化並びに結果として起こる免疫介在性のミエリン及びオリゴデンドロサイトの損傷を引き起こし、この場合のＩＦＮ−γ放出は、Ｔｈ１細胞過剰産生を促進する可能性もある。ＩＤＤＭでは、Ｔｈ１／Ｔｈ２不均衡が胸腺及び末梢で生じ、自己反応性Ｔｈ１細胞が活性化されるようになり、膵島β細胞破壊をもたらすにつれて、機能的Ｔｈ２細胞が徐々に消失する。限局性強皮症では、ＩＬ−１２の投与によって、Ｔｈ１／Ｔｈ２免疫バランスが回復し得る。対照的に、Ｔｈ２介在性疾患（例えば、ＣｏｎＡ肝炎、アトピー性皮膚炎、喘息及びアレルギー）は、通常、Ｔｈ１／Ｔｈ２不均衡の結果としてのＩｇＥ抗体の過剰産生及び／または好酸球増加症を特徴とする。ＣｏｎＡ肝炎では、ＣｏｎＡの反復注射によって、初期のＴｈ１応答がＴｈ２及び前線維形成応答に変化し、肝臓におけるＩＬ−４、ＩＬ−１０及びＴＧＦ−βの過剰産生及び分泌が自然免疫応答の一部としてナチュラルキラーＴ細胞を活性化し、それによって、肝臓障害を引き起こす。
【０００７】
Ｔｈ１７細胞は、Ｔｈ１細胞及びＴｈ２細胞とは異なるエフェクターアームを提供し、Ｔｒｅｇ（ｉＴｒｅｇ）と同様に、ＴＧＦ−βによって調節される。Ｔｈ１７細胞分化は、例えば、細菌及び真菌に対する宿主防御に重要であり、Ｔｈ１７細胞機能の調節不良は、自己免疫及び炎症性疾患の免疫病因に関係している。
【０００８】
ヒトパピローマウイルス（例えば、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ６、ＨＰＶ１１）による感染；ヘルペスウイルス（例えば、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、ＶＺＶ、ＨＨＶ−６、ＨＨＶ−７、ＨＨＶ−８（ＫＳＨＶ）、ＨＣＭＶ及びＥＢＶ）による感染；ピコルナウイルス（例えば、コクサッキーＢウイルス及び脳心筋炎ウイルス（ＥＭＣＶ））による感染；フラビウイルス（例えば、脳炎ウイルス）及び肝炎ウイルス（例えば、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）及びＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ））による感染；アレナウイルス（例えば、ウイルス性出血熱と関連するもの）による感染；トガウイルス（例えば、ウマ脳炎ウイルス）による感染；ブンヤウイルス（例えば、リフトバレー熱ウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ハンターンハンタウイルス（Ｈａｎｔａａｎ  ｈａｎｔａｖｉｒｕｓ）（ＨＴＮＶ）及びアペウウイルス（Ａｐｅｕｖｉｒｕｓ）（ＡＰＥＵＶ））による感染；フィロウイルス（例えば、エボラウイルス及びマールブルグウイルス）による感染；パラミクソウイルス（例えば、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ））による感染；ラブドウイルス（例えば、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ））による感染；オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス（例えば、Ａ型インフルエンザウイルス（ＩＡＶ））による感染；並びにコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス）による感染を含む、いくつかの異なるウイルスによる感染は、免疫調節組成物を用いて治療される。また、新生物、例えば、ＨＰＶ関連癌（例えば、子宮頸部上皮内新生物、子宮頸癌、外陰部上皮内新生物、陰茎上皮内新生物、肛門上皮内新生物；肝細胞癌；基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、光線角化症、及び黒色腫）を免疫調節組成物を用いて治療する。また、特定のＴｈ２介在性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎）を免疫調節組成物を用いて治療する。
【０００９】
免疫調節組成物によるサイトカイン及びサイトカインシグナル伝達の調節に一部基づいて、サイトカインそれ自体を免疫調節組成物として用いることが知られている。
【００１０】
例えば、ＩＦＮは、一般に、抗ウイルス及び抗腫瘍特性、マクロファージ及びナチュラルキラー細胞活性化を刺激する能力、並びにＴ細胞への外来ペプチドの提示のためにＭＨＣクラスＩ及びＩＩ分子を増強する能力を有している。多くの場合、ＩＦＮの産生は、感染性因子、外来抗原、マイトジェン並びに他のサイトカイン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−１２、ＴＮＦ及びＣＳＦ）に応答して誘導される。したがって、ＩＦＮ及びＩＦＮ誘導因子は、感染症、新生物、Ｔｈ１介在性疾患及びＴｈ２介在性疾患の治療における治療剤としてよく受け入れられている。ＩＦＮは、例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス、ＨＢＶ、ＨＣＶ、コクサッキーＢウイルス、ＥＭＣＶを含む、いくつかのプラス鎖一本鎖ＲＮＡウイルス、すなわち、（＋）ｓｓＲＮＡウイルスによる感染の治療、並びに例えば、エボラウイルス、ＶＳＶ、ＩＡＶ、ＨＴＮＶ及びＡＰＥＵＶを含む、いくつかのマイナス鎖一本鎖ＲＮＡウイルス、すなわち、（−）ｓｓＲＮＡウイルスによる感染の治療に用いられることが知られている（例えば、非特許文献１、２）。
【００１１】
そのような製剤では、ＩＦＮ（特に、ＩＦＮ−α）は、ペグ化されていてもよい。ペグ化ＩＦＮ−λ１は、慢性ＨＣＶ感染の治療について現在臨床試験中であり、単離された細胞を、ＶＳＶ、ＥＭＣＶ、ＨＴＮＶ、ＡＰＥＵＶ、ＩＡＶ、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２及びＨＢＶから防御するのに有用であることが示されている（例えば、非特許文献２）。ＩＦＮ−αもまた、特定の病変及び新生物（例えば、尖圭コンジローム、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、黒色腫、非ホジキンリンパ腫）の治療に用いられることが知られているが、ＩＦＮ−βは、ヒト星状細胞腫／膠芽細胞腫細胞に対する強力な抗腫瘍活性を有することが示されており、一方、ＩＦＮ−λ１は、膠芽細胞腫細胞、胸腺腫細胞及び線維肉腫細胞に対する活性を有することが示され、また、ＩＦＮ−λ２は、黒色腫及び線維肉腫細胞に対する活性を有することが示されている（例えば、非特許文献２）。ＩＦＮ−βを再発性のＴｈ１介在性疾患（例えば、ＭＳ）の治療に用いることも知られている。ＩＦＮ−λ２は、特定のＴｈ２介在性疾患（例えば、喘息及びＣｏｎＡ誘導性肝炎）から防御することも示されている（例えば、非特許文献２）。
【００１２】
全てのＩＦＮ−λタンパク質の発現は、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β及びＩＦＮ−λ分子によって誘導されるので（例えば、非特許文献３〜５）、ＩＦＮ−α／βを含む免疫調節組成物は、少なくとも部分的には、エフェクター分子としてＩＦＮ−λタンパク質を誘導するように作用し得る。Ｉ型ＩＦＮの受容体複合体が、ヘテロ二量体のＩＦＮＡＲ１／ＩＦＮＡＲ２複合体からなるのに対し、ＩＩＩ型ＩＦＮは、ヘテロ二量体のＩＬ−２８Ｒα／ＩＬ−１０Ｒ２受容体を介してシグナルを伝達する（非特許文献２）。ＩＬ−２８Ｒα／ＩＬ−１０Ｒ２は、ＩＦＮＡＲ１／ＩＦＮＡＲ２よりもかなり少ない状況で発現する。これは、ＩＦＮ−α／βを含む免疫調節組成物を用いる治療が、ＩＦＮ−λを含む免疫調節組成物を用いる治療よりもあまり特異的でない可能性があることを示唆する。例えば、ＩＦＮ−α／βの投与は、両方の受容体型を、すなわち、ＩＦＮＡＲ１／ＩＦＮＡＲ２受容体に対するＩＦＮ−α／βの作用を介して直接的に、かつＩＦＮ−λの誘導及びその後のＩＬ−２８Ｒα／ＩＬ−１０Ｒ２受容体に対するＩＦＮ−λの作用を介して間接的に活性化し得る。逆に、ＩＦＮ−λの投与は、ＩＬ−２８Ｒα／ＩＬ−１０Ｒ２受容体を選択的に活性化する可能性が高い。そうであり得るにもかかわらず、全てのＩＦＮは、Ｊａｋ／ＳＴＡＴ経路を活性化し、かつ通常、ＩＦＮの生物学的作用を仲介する共通のインターフェロン刺激性遺伝子（ＩＳＧ）を誘導する（例えば、非特許文献２〜５）。
【００１３】
ＩＦＮ産生を誘導する様々な免疫調節組成物（例えば、ポリ（Ｉ）−ポリ（Ｃ）、ポリ（Ｉ）−ポリ（Ｃ１２−Ｕ）またはアンプリゲン、及びデアザネプラノシンＡ）はまた、例えば、コクサッキーＢウイルス、エボラウイルス並びにＩＦＮによる治療に適している特定のフラビウイルス及びブンヤウイルスによる感染の治療に用いられる（非特許文献１）。免疫調節化合物はまた、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化して、選択されたサイトカイン生合成を誘導することによって、その活性を発揮し得る。
【００１４】
免疫調節グアノシン類似体、例えば、７位及び／または８位に置換を有するもの（例えば、非特許文献６〜７）は、免疫系を刺激することが示されているが、２−アミノ−６−メトキシ−９−（β−Ｄ−アラビノフラノシル）−９Ｈ−プリンの５’−Ｏ−プロピオニル及び５’−Ｏ−ブチリルエステルは、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）を阻害する（例えば、Ｋｒｅｎｉｔｓｋｙの特許文献２）。他のグアノシン類似体、特に、アラビノフラノシルプリンの６−アルコキシ誘導体は、抗腫瘍療法に有用である（例えば、Ｋｒｅｎｉｔｓｋｙの特許文献３）。７−デアザグアノシン類似体は、マウスにおいて種々のＲＮＡウイルスに対する抗ウイルス活性を示すことが示されているが、３−デアザグアニン類似体は、特定のＤＮＡ及びＲＮＡウイルスに対する顕著な広域スペクトルの抗ウイルス活性を有し（例えば、非特許文献８）、特定の７−デアザグアニン及び９−デアザグアニン類似体は、セムリキ森林熱ウイルスの致死的攻撃から保護する（例えば、非特許文献９）。選択される６−スルフェナミド及び６−スルフィナミドプリンヌクレオシドもまた、実証された顕著な抗腫瘍活性を有するものとしてＲｏｂｉｎｓの特許文献４に開示されている。Ｗａｎｇらの特許文献５は、感染症、寄生、新生物、自己免疫疾患を治療するために、または免疫系の局面を調節するために用いられたプリンＬ−ヌクレオシド化合物及びその類似体も開示している。グアノシン類似体、例えば、リバビリン及びその誘導体（例えば、酢酸塩またはリバビリン５’−一リン酸塩もしくはリバビリン５’−二リン酸塩もしくはリバビリン５’−三リン酸塩もしくはリバビリン３’，５’−環状リン酸塩もしくは３−カルボキサミジン誘導体タリバビリン（ビラミジン）、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド）は、Ｔｈ１／Ｔｈ２バランスを変化させ、そのサイトカインプロファイルに応じてＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患の治療に有用である。
【００１５】
これらの化合物は、リンホカインのＩＬ−１、ＩＬ−６、ＩＦＮ−α及びＴＮＦ−αに対する様々な効果を発揮することが示されている（例えば、特許文献６、非特許文献１０〜１２）。例えば、７−ベンジル−８−ブロモグアニン及び９−ベンジル−８−ブロモグアニンは、Ｔｈ１サイトカイン産生（特に、ＩＬ−２及びＩＦＮ−γ）を選択的に阻害するので、活性化Ｔ細胞とＩＦＮ−γの過剰産生とが発現するＴｈ１関連の自己免疫疾患の治療において有用であり、かつ白血病及びリンパ腫細胞を標的とし得る（例えば、非特許文献１３）。対照的に、リバビリンは、免疫応答をＴｈ２からＴｈ１サイトカインプロファイルの方向に変化させ、Ｔｈ２介在性疾患の治療に有用である。リバビリンは、アレナウイルス（例えば、ラッサ熱またはクリミア・コンゴ出血熱を引き起こす）、ＨＴＮＶ、西ナイルウイルス、慢性ＨＣＶ感染、ＡＩＶ及びＲＳＶへの曝露の曝露後予防において有用である。
【００１６】
様々な他の免疫調節ヌクレオチド類似体、例えば、シドフォビル［（Ｓ）−１−（３−ヒドロキシ−２−ホスホニルメトキシプロピル）シトシン（ＨＰＭＰＣ）は、強力な抗ウイルス活性を有しており、ＨＰＶ関連癌においてｐ５３機能を回復させ得る（例えば、非特許文献１４）。シドフォビルは、ＡＩＤＳ患者におけるＨＣＭＶ網膜炎及び他のＨＣＭＶ感染並びにポックスウイルス感染を含むいくつかのウイルス性疾患の治療で用いられる。
【００１７】
他の部類の免疫調節組成物としては、有機小分子イミダゾキノリンアミン誘導体（例えば、特許文献７〜８）；プリン誘導体（例えば、特許文献９〜１０）；イミダゾピリジン誘導体（例えば、特許文献１１）；ベンズイミダゾール誘導体（例えば、特許文献１２）；アデニン誘導体（例えば、特許文献１０）；並びに３−β−Ｄ−リボフラノシルチアゾロ［４，５−ｄ］ピリミジン誘導体（例えば、特許文献１３）が挙げられる。免疫抑制剤ミコフェノール酸モフェチルは、コクサッキーＢ３ウイルス誘導性心筋炎を阻害する（例えば、  非特許文献１５）。
【００１８】
本明細書で提供される免疫調節組成物のリストは網羅的なものではなく、いくつかの他の化合物部類も当技術分野で公知である（例えば、特許文献１５〜１６）。
【００１９】
特定の適応症に対する免疫調節組成物の効力は、かなり変動がある場合があり、治療転帰は、宿主因子（例えば、対象の自然免疫応答と適応免疫応答の両方を支配する、ＨＬＡハプロタイプ効果を含む遺伝子型）による影響を受ける可能性が高い。人種の差も、免疫調節因子による治療に対する対象の好適性に影響を及ぼし得る。文献に報告されているような特定の治療剤の見かけ上の失敗は、そのような遺伝的寄与の認識がない中で、誇張されている場合がある。明らかに、いかなる治療効果の決定も、遺伝子型効果を最適に考慮すべきである。
【００２０】
多くの免疫調節組成物は有害な副作用ももたらし、治療利益が有害効果を上回る状況にその適用を限定する利益を示唆する。免疫調節組成物が治療においてもたらす免疫系の有益な変化の他に、アンバランスが生じる。例えば、ＩＦＮは、とりわけ、精神障害、鬱病、アナフィラキシー、血小板減少症、発作、心筋症、肝毒性、インフルエンザ様症状、発熱、疲労、頭痛、筋肉痛、痙攣、目まい、紅斑及び好中球減少症による免疫抑制を引き起こす可能性があり、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１）は、用量関連性の発熱及びインフルエンザ様症状を引き起こす可能性がある。別の例では、グアノシン類似体は、長時間の使用により催奇形性となる可能性がある。したがって、免疫調節組成物による治療に応答する可能性の高い患者を同定及び選択するための手段は、無応答者、低応答者または再発者のいずれかの患者クラスへの不適切な処方を回避し、その後の治療の失敗から生じる不安を軽減することによって、これらの患者に対する実質的な治療利益を提供するであろう。応答者に対するより正確な薬物の処方によって、保健機関による補助金も削減される。さらに、代替治療が利用可能な状況の場合、そのような手段は、特定の患者に対する最も適切な治療を選択をもたらし得る。
【００２１】
患者を免疫調節組成物による治療に応答するその能力によって区別するための手段が望ましいにもかかわらず、信用できる検査の利用可能性は限られている。小さい患者コホート（例えば、ゲノム規模の有意性に達するのが難しい１００人未満の対象）における単一核多型（ＳＮＰ）の関連に基づいて、多くの遺伝子検査が提案されている。正確な予後判定のためには、ゲノム規模の有意性に達する関連を明らかにすることを可能にするほど十分に大きい、例えば、人種背景、疾患／感染パラメータ、治療応答に関して十分に特徴付けられた患者コホートが望ましい。バリデーションのためには、複数の独立コホートの使用も望ましい。疾患状況によって、免疫調節組成物に対する治療転帰の好適な予後判定アッセイは、臨床的または商業的価値のために十分な精度を提供できるよう、有意性の高い関連（例えば、１×１０−３未満のｐ値）を必要とし得る。同様に、正確にマッチした比較群は、意味のある関連を導き出すのに必要である。マーカーのバリデーションのためには、機能的有意性（例えば、遺伝子発現及び／または治療転帰に対する１以上の遺伝子型の効果）も望ましい。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００２２】
【特許文献１】豪州特許出願第２００９９０２７２３号
【特許文献２】米国特許第５，５３９，０９８号
【特許文献３】米国特許第５，８２１，２３６号
【特許文献４】米国特許第４，３２８，３３６号
【特許文献５】ＷＯ９８／１６１８４号
【特許文献６】米国特許第４，７４６，６５１号
【特許文献７】米国特許第４，６８９，３３８号
【特許文献８】米国特許第６，０６９，１４９号
【特許文献９】米国特許第６，０２８，０７６号
【特許文献１０】米国特許第６，３７６，５０１号
【特許文献１１】米国特許第６，５１８，２６５号
【特許文献１２】米国特許第６，３８７，９３８号
【特許文献１３】米国特許公開第２００３０１９９４６１８号
【特許文献１４】米国特許第５，４４６，１５３号
【特許文献１５】米国特許第６，１９４，４２５号
【特許文献１６】米国特許第６，１１０，９２９号
【特許文献１７】米国特許第６，３０６，６１０号
【特許文献１８】欧州特許第３２０，３０８号
【特許文献１９】米国特許第４，８８３，７５０号
【特許文献２０】米国特許第６，１７４，６７０号
【特許文献２１】米国特許第６，５７４，７００号
【特許文献２２】ＷＯ９５／１１９９５号
【特許文献２３】米国特許第６，４６８，７４３号
【特許文献２４】米国特許第５，５６７，３０１号
【特許文献２５】米国特許第５，４８５，２７７号
【特許文献２６】米国特許第５，４９２，８４０号
【特許文献２７】米国特許出願第２００３００１００９７号
【特許文献２８】米国特許出願第２００２０１３６８２１号
【特許文献２９】米国特許出願第２００２０１９２６５４号
【特許文献３０】米国特許出願第２００２０１０２６１７号
【特許文献３１】米国特許第６，３９１，６２５号
【特許文献３２】米国特許出願第２００２０１３９７５１号
【特許文献３３】米国特許第６，３５０，４６６号
【特許文献３４】米国特許第６，３１６，０２４号
【非特許文献】
【００２３】
【非特許文献１】Ｄｅ  Ｃｌｅｒｑ  Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ２，７０４−７２０（２００４）
【非特許文献２】Ｌｉら，Ｊ．Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  Ｂｉｏｌ．，オンライン出版  ＤＯＩ：１０．１１８９／ｊｌｂ．１２０８７６１（２００９年４月３０日）
【非特許文献３】Ｓｉｒeｎら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７４，１９３２−１９３７（２００５）
【非特許文献４】Ａｎｋら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ  ８０，４５０１−４５０９（２００６）
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【非特許文献６】Ｒｅｉｔｚら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７，３５６１−３５７８（１９９４）
【非特許文献７】Ｍｉｃｈａｅｌら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６，３４３１−３４３６（１９９３）
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【非特許文献１１】Ｓｍｅｅら，Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｒｅｓ．１５，２２９（１９９１）
【非特許文献１２】Ｓｍｅｅら，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ａｇｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  ３３，１４８７−１４９２（１９８９）
【非特許文献１３】Ｐｏｌｕｅｋｔｏｖａら，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌ．２１，７７７−７９２（１９９９）
【非特許文献１４】Ａｂｄｕｌｋａｒｉｎら，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２１，２３３４−２３４６（２００２）
【非特許文献１５】Ｐａｄａｌｋｏら，ＢＭＣ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３，２５以下（２００３）
【非特許文献１６】Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ  ＆  Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，第２版（１９８９）、第Ｉ巻、第ＩＩ巻、及び第ＩＩＩ巻の全体
【非特許文献１７】ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，第Ｉ巻及び第ＩＩ巻（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ編，１９８５），ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，テキスト全体
【非特許文献１８】Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編，１９８４）  ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，テキスト全体、並びに、特にその中のＧａｉｔによる論文、ｐｐ１−２２；Ａｔｋｉｎｓｏｎらによる論文、ｐｐ３５−８１；Ｓｐｒｏａｔらによる論文、ｐｐ８３−１１５；及びＷｕらによる論文、ｐｐ１３５−１５１
【非特許文献１９】Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編，１９８５）  ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ、テキスト全体
【非特許文献２０】Ｗａｌｌａｃｅら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．６，３５４３，１９７９）
【非特許文献２１】Ｈｏｗｌｅｙら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５４，４８７６，Ｓａｎｔａ  Ｌｕｃｉａ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ，９５：１４６０−１４６５，１９９５
【非特許文献２２】Ｂｒｅｓｓｌａｕｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８３：３７４６−３７５０，１９８６
【非特許文献２３】Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ及びＤｖｅｋｓｌｅｒ（編）（ＰＣＲ  Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＮＹ，１９９５
【非特許文献２４】Ｓａｎｔａ  Ｌｕｃｉａ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，９５：１４６０−１４６５，１９９５
【非特許文献２５】Ｂｒｅｓｓｌａｕｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，８３：３７４６−３７５０，１９８６
【非特許文献２６】Ｇａｉｔ（編）（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８４
【非特許文献２７】Ｊ．Ｍｅｓｓｉｎｇ（１９８３）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，１０１，２０−７８
【非特許文献２８】Ｎａｒａｎｇら，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ  ６８：９０，１９７９）
【非特許文献２９】Ｂｅａｕｃａｇｅら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ２２：１８５９−１８６２，１９８１
【非特許文献３０】Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ，Ｍ．Ｈ．ら，“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，”  第１５４巻，ｐｐ．２８７−３１４（１９８８）
【非特許文献３１】Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ＤＮＡ  ａｎｄ  ＲＮＡ，  Ｓ．Ａ．Ｎａｒａｎｇ編，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７
【非特許文献３２】Ｎｉｅｌｓｅｎら，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎ  Ｔｒａｎｓ．，１：３４２３，１９９７
【非特許文献３３】Ｓｉｎｇｈ及びＷｅｎｇｅｌ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．１２４７，１９９８
【非特許文献３４】Ｅｇｈｏｌｍら，Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１４：１８９５，１９９２
【非特許文献３５】Ｅｇｈｏｌｍら，Ｎａｔｕｒｅ，３６５：５６６，１９９３
【非特許文献３６】Ｏｒａｍら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２１：５３３２，１９９３
【非特許文献３７】Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ（編）及びＤｖｅｋｓｌｅｒ（編）（ＰＣＲ  Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＮＹ，１９９５
【非特許文献３８】Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ８：７６９−７７６，１９９８
【非特許文献３９】Ａｕｓｕｂｅｌら（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ＩＳＢＮ  ０４７  １５０３３８，１９８７
【非特許文献４０】Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，第３版  ２００１）
【非特許文献４１】Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版，ＣＳＨＰ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８９）
【非特許文献４２】Ｚｙｓｋｉｎｄら，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，（Ａｃａｄ．Ｐｒｅｓｓ，１９８８）
【非特許文献４３】Ｌｉｕら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，７：３８９−３９８，１９９７
【非特許文献４４】Ｓｙ  Ｖaｍｅｎら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ９：３４１−３４２，１９９５
【非特許文献４５】Ｓｉｍｅｏｎｏｖ及びＮｉｋｉｆｏｒｏｖ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３０（１７）：１−５，２００２
【非特許文献４６】Ｏｒｕｍら，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４５：１８９８−１９０５，１９９９
【非特許文献４７】Ｍｈｌａｎｇ及びＭａｌｍｂｅｒｇ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２５：４６３−４７１，２００１
【非特許文献４８】Ｈａｃｉａら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１４：４４１，１９９６
【非特許文献４９】Ｌｉｖａｋら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，９：３４１−３４２，１９９５
【非特許文献５０】Ｓｙｖaｍｅｎら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１３：１００８−１０１７，１９９２
【非特許文献５１】Ｃｈｅｎ及びＫｗｏｋ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３４７−３５３，１９９７
【非特許文献５２】Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，８（８）：７６９−７７６，１９９８
【非特許文献５３】Ｃｏｒｄｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６１：９２１−９２３
【非特許文献５４】Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８
【非特許文献５５】Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１−５１９，１９７６
【非特許文献５６】Ｋｏｚｂａｒら，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ４：７２，１９８３）
【非特許文献５７】Ｃｏｌｅら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，１９８５  Ａｌｌｅｎ  Ｒ．Ｂｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，７７−９６頁
【非特許文献５８】Ｈｕｓｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６，１２７５，１９８９
【非特許文献５９】Ｍｅｎｄｏｚａら，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２７（４）：７７８−７８８，１９９９
【非特許文献６０】Ｓｃｏｐｅｓ（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，第３版，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，１９９４
【非特許文献６１】Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｃｕｅｌｌｏ，１９８４  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，ＡＳＩＮ  ０４７１９００５２４
【非特許文献６２】Ａｒｅｎｋｏｖら，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７５：１２３−１３１，２０００
【非特許文献６３】Ｎｅｌｓｏｎら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２１：１１５５−１１６３，２０００
【非特許文献６４】Ｋｉｎｇ（編），Ｒｏｔｔｅｒ（編）及びＭｏｔｕｌｓｋｉ（編），Ｔｈｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，第２版，ＩＳＢＮ  ０１９５１２５８２７
【非特許文献６５】Ｍｉｌｌｅｒ及びＣｒｏｎｉｎ（編），Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｔｏ  Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｔａｙｌｏｒ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｃｉｓ，初版，ＩＳＢＮ  ０７４８４０８２２３
【非特許文献６６】Ｄｅｖｌｉｎ及びＲｏｅｄｅｒ，Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ，５５：９９７−１００４，１９９９
【非特許文献６７】ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ａｐｐｒｏａｃｈ）（Ｐｒｉｔｃｈａｒｄら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，６７：１７０−１８１，２０００
【非特許文献６８】Ｍｏｒｒｉｓら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，６７：１５５−１６９，２００１
【非特許文献６９】Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，第１７版，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｐａ．，１９８５
【非特許文献７０】Ｈａｒｄｍａｎら，（２００１）  Ｇｏｏｄｍａｎ  ａｎｄ  Ｇｉｌｍａｎ’ｓ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．
【非特許文献７１】Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００）  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ａｎｄ  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．
【非特許文献７２】Ａｖｉｓら，（編）（１９９３）  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ
【非特許文献７３】Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら，（編）（１９９０）  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ
【非特許文献７４】Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら，（編）（１９９０）  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ
【非特許文献７５】Ｗｅｉｎｅｒ  ａｎｄ  Ｋｏｔｋｏｓｋｉｅ（２０００）  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ  Ｔｏｘｉｃｉｔｙ  ａｎｄ  Ｓａｆｅｔｙ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．
【非特許文献７６】Ｊｏｎｅｓら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ  ４８，１０１−１１１，１９９９
【非特許文献７７】Ｔｏｒｃｈｉｌｉｎ  Ｊ．Ｃｌｉｎ，ｒｅｌｅａｓｅ  ７３，１３７−１７２，２００１
【非特許文献７８】Ｙａｎｇら，Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４９：４２７−４３４，２００３
【非特許文献７９】Ｈｅｒｏｌｄら，Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４６：１６９２−１６９８，２００２
【非特許文献８０】Ｍａｙｎａｒｄら（１９９６）  Ａ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  ＳＯＰｓ  ｆｏｒ  Ｇｏｏｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｉｎｔｅｒｐｈａｒｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．
【非特許文献８１】Ｄｅｎｔ（２００１）  Ｇｏｏｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ａｎｄ  Ｇｏｏｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｕｒｃｈ  Ｐｕｂｌ．，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ
【非特許文献８２】Ｓｉｄｍａｎら，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  ２２：５４７−５５６，１９８３
【非特許文献８３】Ｌａｎｇｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｍａｔｅｒ．Ｒｅｓ．１５：１６７−２７７，１９８１
【非特許文献８４】Ｌａｎｇｅｒ  Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．１２：９８−１０５，１９８２
【非特許文献８５】Ｅｐｓｔｅｉｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：３６８８−３６９２，１９８５
【非特許文献８６】Ｈｗａｎｇら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：４０３０−４０３４，１９８０
【非特許文献８７】Ｓｙｄｎｅｙ  Ｗｅｓｔ  Ａｒｅａ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ａｔ  Ｗｅｓｔｍｅａｄ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｙｄｎｅｙ（ＨＲＥＣ  Ｎｏ．２００２／１２／４．９（１５６４）
【非特許文献８８】Ｂａｒｒｅｔｔら，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２１，２６３−２６５（２００５）
【非特許文献８９】Ｓａｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４７，３６０−３６５（２００２）
【非特許文献９０】Ｓｋｏｌら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３８，２０９−２１３（２００６）
【非特許文献９１】Ｐｒｉｃｅら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３８，９０４−９０９（２００６）
【非特許文献９２】Ｃｏｃｈｒａｎ  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  １０，４１７−４５１，１９５４
【非特許文献９３】Ａｒｍｉｔａｇｅ  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ  １１，３７５−３８６，１９５５
【非特許文献９４】ｄｅ  Ｂａｋｋｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３７，１２１７−１２２３（２００５）
【非特許文献９５】Ｂａｒｒｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２１，２６３−２６５，２００５
【非特許文献９６】Ｍｉｈｍら，Ｃ．Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．８４，１１４８−１１５９，２００４
【非特許文献９７】Ｄｏｙｌｅら，Ｈｅｐａｔｏｌ．４４，８９６−９０６（２００６）
【非特許文献９８】Ｒｏｂｅｋら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７９，３８５１−３８５４（２００５）
【非特許文献９９】Ｍａｒｃｅｌｌｏら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１３１，１８８７−１８９８（２００６）
【非特許文献１００】Ｚｈｕら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７７，５４９３−５４９８（２００３）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００２４】
本発明に至る研究において、本発明者らは、ＩＦＮ（特に、ＩＦＮ−α）を含む免疫調節組成物を投与された慢性ＨＣＶ感染個体におけるウイルス除去を仲介し得る新規の遺伝子座を解明し、同定しようとした。本発明者らは、比較的大きい、十分に特徴付けられた北欧系のオーストラリア人集団で最初にＧＷＡＳを行ない、英国、ドイツ、イタリア及びオーストラリア出身の北欧人のはるかにより大きい独立コホートで最も有意に関連するＳＮＰを検討した。このコホートサイズは、ゲノム規模の有意な関連の閾値をｐ＜１．６×１０−７とすることを可能にし、そのため、１．６×１０−７≦ｐ＜１．０×１０−４のＳＮＰは、治療に対する応答との極めて示唆的な関連を示すとみなすことができたし、１．０×１０−４≦ｐ＜１．０×１０−３のＳＮＰは、治療に対する応答との適度に示唆的な関連を示すとみなした。これらのカットオフ値を用いて、添付の表に記載されているＳＮＰを同定した。本発明者らが治療に対する高い応答または低い応答とのその関連において高い有意性を有すると本明細書で同定したＳＮＰは、これまでにそのような関連について記載されていないと考えられる。
【００２５】
したがって、一例では、本明細書で提供されるＳＮＰは、対象が免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を正確に判定するための手段を提供する。
【００２６】
本明細書では、「正確に判定する」または「正確な予後判定」という用語は、ＳＮＰ、もしくは特定のアレルもしくは遺伝子型もしくはハプロタイプと治療に対する高い応答（ＨＲ）もしくは低い応答（ＬＲ）との関連、またはＳＮＰ、もしくは特定のアレルもしくは遺伝子型もしくはハプロタイプと治療に対する無応答との関連、またはＳＮＰ（すなわち、特定のアレルもしくは遺伝子型もしくはハプロタイプ）と再発との関連が、有意に高い（例えば、ｐ＜１０−３、または好ましくはｐ＜１０−４、またはより好ましくはｐ＜１０−５もしくはｐ＜１０−６もしくはｐ＜１０−７）ことを意味するよう理解されるものとする。例えば、関連の有意性とは、集団の少なくとも９０％または少なくとも９５％または少なくとも９６％または少なくとも９７％または少なくとも９８％または少なくとも９９％または９９％を上回る症例において正確な予後判定の確率があることを意味する。この文脈において、「集団」という用語は、１００人を超えるマッチした個体または２００人を超えるマッチした個体または３００人を超えるマッチした個体または４００人を超えるマッチした個体または５００人を超えるマッチした個体の被験集団を意味する。「マッチした」とは、被験集団の個体が、同様のまたはほぼ同一の年齢、ＢＭＩ、ウイルス力価、及び治療レジメンを有することを意味する。実際に、本発明はまた、同じ医学的状態に罹患している個体（例えば、少なくとも民族性に関してマッチした同じ状態に罹患している個体）の「実社会」の集団における正確な予後判定を提供する。限定するものではなく、説明として、本発明の一例は、白人患者の集団における一次または慢性ＨＣＶ感染の治療の正確な予後判定を提供する。
【００２７】
本明細書では、「免疫調節組成物」という用語は、その最も幅広い文脈において、自己免疫及び／もしくは感染性因子に対する免疫応答に関与する１以上のサイトカインの発現もしくは分泌を調節することができるか、またはサイトカインシグナル伝達経路の１以上の構成要素を調節することによる１以上の化合物を含む組成物を意味するよう理解されるものとする。この文脈における「化合物」という用語は、タンパク質、小分子、抗体分子、または核酸（例えば、ＲＮＡｉ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイムもしくはｓｉＲＮＡ）を含む。
【００２８】
本発明は、ウイルス感染及び／もしくは新生物及び／もしくはＴｈ１介在性疾患及び／もしくはＴｈ２介在性疾患の治療で使用されることが知られている、並びに／またはウイルス感染及び／もしくは新生物及び／もしくはＴｈ１介在性疾患及び／もしくはＴｈ２介在性疾患の治療に有用であることが知られている、「免疫調節組成物」の投与を含む任意の治療に対する応答の正確な予後判定に対して明白な用途を有する。
【００２９】
例えば、本発明は、Ｔｈ１介在性疾患及び／またはＴｈ２介在性疾患、例えば、多発性硬化症（ＭＳ）、関節リウマチ（ＲＡ）、Ｉ型糖尿病（ＩＤＤＭ）、強皮症、ＣｏｎＡ肝炎、アトピー性皮膚炎、喘息、アレルギー性鼻炎及びアレルギーからなる群から個別にまたはまとめて選択される１以上の状態の治療のための「免疫調節組成物」の投与を含む治療に対する応答の正確な予後判定に好適である。
その代わりに、またはそれに加えて、本発明は、ヒトパピローマウイルス（例えば、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ６及びＨＰＶ１１から選択されるパピローマウイルス）、ヘルペスウイルス（例えば、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、ＶＺＶ、ＨＨＶ−６、ＨＨＶ−７、ＨＨＶ−８（ＫＳＨＶ）、ＨＣＭＶ及びＥＢＶから選択されるヘルペスウイルス）、ピコルナウイルス（例えば、コクサッキーＢウイルス及びＥＭＣＶから選択されるピコルナウイルス）、フラビウイルス（例えば、脳炎ウイルス並びにＨＡＶ及び／またはＨＢＶ及び／またはＨＣＶなどの肝炎ウイルスから選択されるフラビウイルス）、アレナウイルス（ウイルス性出血熱と関連するアレナウイルス）；トガウイルス（ウマ脳炎ウイルスから選択されるトガウイルス）、ブンヤウイルス（例えば、リフトバレー熱ウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ＨＴＮＶ及びＡＰＥＵＶから選択されるブンヤウイルス）、フィロウイルス（例えば、エボラウイルス及びマールブルグウイルスから選択されるフィロウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、ＲＳＶ）、ラブドウイルス（例えば、ＶＳＶ）、オルトミクソウイルス（例えば、ＩＡＶなどのインフルエンザウイルス）、並びにコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス、「ＳＡＲＳ−ＣｏＶ」）からなる群から個別にまたはまとめて選択されるウイルスによる１以上の感染の治療のための「免疫調節組成物」の投与を含む治療に対する応答の正確な予後判定に好適である。
例えば、本発明は、ＨＡＶ及び／またはＨＢＶ及び／またはＨＣＶなどの肝炎ウイルス（とりわけ、ＨＣＶ）による１以上の感染の治療のための「免疫調節組成物」の投与を含む治療に対する応答の予後判定のための手段を提供する。その代わりに、またはそれに加えて、本発明は、ＨＰＶ関連癌（例えば、子宮頸部上皮内新生物及び／または子宮頸癌及び／または外陰部上皮内新生物及び／または陰茎上皮内新生物及び／または肛門上皮内新生物）、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、光線角化症、黒色腫、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫、線維肉腫からなる群から個別にまたはまとめて選択される新生物及び前癌状態などの、１以上の新生物または前癌状態の治療のための「免疫調節組成物」の投与を含む治療に対する応答の正確な予後判定に好適である。
【００３０】
別の例では、本明細書で提供されるＳＮＰは、対象がＩＦＮを含む免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を正確に判定するための手段を提供する。
【００３１】
文脈上他の意味に解すべき場合を除き、本明細書では、「ＩＦＮ」という用語は、任意の既知のインターフェロン分子（例えば、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２、またはＩＦＮ−λ３）、複数の任意のインターフェロン分子（例えば、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される２以上の分子）を含む組成物、インターフェロン分子の１以上の誘導体（例えば、ペグ化インターフェロン）を含む組成物、並びに該１以上の誘導体と１以上の非誘導体インターフェロン分子との混合物を含むよう理解されるものとする。
【００３２】
例えば、本発明は、ウイルス感染及び／もしくは新生物及び／もしくはＴｈ１介在性疾患及び／もしくはＴｈ２介在性疾患の治療で使用されることが知られている、並びに／または、ウイルス感染及び／もしくは新生物及び／もしくはＴｈ１介在性疾患及び／もしくはＴｈ２介在性疾患の治療に有用であることが知られている、「ＩＦＮ」の投与を含む任意の治療に対する応答の予後判定に対して明白な用途を有する。例えば、本発明は、「ＩＦＮ」によって治療可能な感染に対する応答の予後判定に有用であり、ここで、感染は、１以上のｓｓＲＮＡウイルス、すなわち、１以上の（＋）ｓｓＲＮＡウイルスによる感染及び／または１以上の（−）ｓｓＲＮＡウイルス（例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）、ＨＢＶ、ＨＣＶ、コクサッキーＢウイルス、ＥＭＣＶ、エボラウイルス、ＶＳＶ、ＩＡＶ、ＨＴＮＶ、もしくはＡＰＥＵＶ）による感染、及び／または１以上の二本鎖ＤＮＡウイルス（例えば、ＨＳＶ−１もしくはＨＳＶ−２）によるものである。その代わりに、またはそれに加えて、本発明は、「ＩＦＮ」によって治療可能な前癌病変または新生物（例えば、尖圭コンジローム、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫及び線維肉腫からなる群から選択される前癌病変または新生物）の予後判定に有用である。その代わりに、またはそれに加えて、本発明は、「ＩＦＮ」によって治療可能なＴｈ１介在性疾患またはＴｈ２介在性疾患（例えば、ＭＳ、喘息及びＣｏｎＡ誘導性肝炎からなる群から選択される疾患）の予後判定に有用である。
【００３３】
別の例では、本明細書で提供されるＳＮＰは、患者がグアノシン類似体を含む免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を正確に判定するための手段を提供する。
【００３４】
文脈上他の意味に解すべき場合を除き、本明細書で使用される「グアノシン類似体」という用語は、任意の既知のグアノシン類似体、複数のグアノシン類似体を含む組成物、１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含む組成物並びに該１以上の誘導体と１以上の非誘導体グアノシン類似体との混合物を含むよう理解されるものとする。この文脈における好ましいグアノシン類似体は、Ｔｈ１及び／もしくはＴｈ２細胞のレベルを調節することができるか、または抗ウイルス及び／もしくは抗癌活性を有する化合物である。例示的なグアノシン類似体は、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド、並びにそれらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物（例えば、リバビリン５’−一リン酸塩、リバビリン５’−二リン酸塩、リバビリン５’−三リン酸塩、及びリバビリン３’，５’−環状リン酸塩）から選択される。
【００３５】
別の例では、本明細書で提供されるＳＮＰは、患者がＩＦＮ及びグアノシン類似体を含む免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を正確に判定するための手段を提供する。
【００３６】
当業者には知られているように、本明細書の表１で同定されているＳＮＰは、治療に対する高応答（ＨＲ）または治療に対する低応答（ＬＲ）と関連するアレル変異体を含む。したがって、本発明は、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、表１に示す任意のＨＲアレル及び／またはそれらのＬＲアレル、並びに任意のその組合せ（例えば、特定のハプロタイプ）の使用を明らかに包含する。表１のタグ付けされていないＳＮＰのＨＲ及びＬＲアレルを、本明細書中の他の場所にある例示された方法及び開示に従って容易に決定することができる。したがって、本発明はまた、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、表１に示す多型遺伝子座の任意の他のＨＲアレル及び／またはそれらのＬＲアレル、並びに任意のその組合せ（例えば、特定のハプロタイプ）の使用を包含する。
【００３７】
本発明はまた、ヒトゲノムの特定の領域と治療転帰との第１の関連を提供する。正確な予後判定を提供する本発明のＳＮＰの選択に対して本発明者らが適用する厳密さにより、これらの領域的染色体関連の値は高い。本発明はまた、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、表１に示す多型遺伝子座と連鎖する任意の染色体領域の使用、並びに表１に示す多型遺伝子座のＨＲアレル及び／またはＬＲアレル、並びに任意のその組合せ（例えば、特定のハプロタイプ）と連鎖する任意の染色体領域の使用を包含する。例えば、これらの染色体領域は、正確な予後判定に利用され得る。
【００３８】
一例では、そのような染色体領域は、１ｐ３５の領域；３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間の領域；３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間の領域；４ｑ３２周辺の領域；４ｐ１３周辺の領域；４ｐ１６．１周辺の領域；６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間の領域；６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間の領域；６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間の領域；６ｑ１３周辺の領域；６ｑ２２．３１周辺の領域；８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺の間の領域；９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間の領域；１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間の領域；１１ｑ２１周辺の領域；１１ｑ２２．３周辺の領域；１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２の間の領域；１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間の領域；１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間の領域；１９ｑ１３．１３周辺の領域；及び２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３周辺の間の領域からなる群から個別にまたはまとめて選択される。
【００３９】
別の例では、そのような染色体領域、例えば、１ｐ３５周辺の領域；３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間の領域；３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間の領域；４ｑ３２周辺の領域；４ｐ１３周辺の領域；４ｐ１６．１周辺の領域；６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間の領域；６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間の領域；６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間の領域；６ｑ１３周辺の領域；６ｑ２２．３１周辺の領域；８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺の間の領域；９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間の領域；１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間の領域；１１ｑ２１周辺の領域；１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２の間の領域；１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間の領域；１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間の領域；１９ｑ１３．１３周辺の領域；及び２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３周辺の間の領域からなる群から個別にまたはまとめて選択される染色体領域は、本明細書に記載されているような免疫調節剤による状態の治療における治療転帰と関連があることがこれまでに知られていない遺伝子と連鎖する。
【００４０】
別の例では、本明細書に開示されている染色体領域は、対象が本明細書の任意の例によって記載されているようなＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体を含む免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するのに好適である。
【００４１】
本明細書に提供されているデータはまた、本発明者らによって同定された特定のＳＮＰが、構造遺伝子の内部またはその近くに位置することを示している。例えば、本明細書の表１は、遺伝子と連鎖するいくつかのＳＮＰと治療転帰との間の顕著な関連を示している。
【００４２】
「遺伝子（ａ  ｇｅｎｅ）と連鎖した」または「遺伝子（ｇｅｎｅｓ）と連鎖した」とは、ＳＮＰが、構造遺伝子（すなわち、イントロンもしくはエキソン領域）の内部、または構造遺伝子の５’上流もしくは３’下流領域の内部に位置し、かつ構造遺伝子と連鎖不平衡であるように及び／または構造遺伝子の発現と関連があるように構造遺伝子に十分近接していることを意味する。ＳＮＰはまた、該ＳＮＰよりも対応する構造遺伝子部分の５’末端または３’末端から遠くに離れて位置する物理的または遺伝的マーカー（例えば、別のＳＮＰ）が構造遺伝子と連鎖不平衡であり、かつ／または構造遺伝子の発現と関連する場合に、遺伝子と連鎖しているとみなされる。例えば、ハプロタイプブロックの１以上のアレルが遺伝子と連鎖している場合、連鎖不平衡にあるマーカーを含むハプロタイプブロックは遺伝子と連鎖していることになる。ＳＮＰは、遺伝子の５’末端または３’末端の５ｋｂ以内に位置している場合、通常、遺伝子と連鎖しているが、必ずしもそうであるわけではない。
【００４３】
そのような基準によると、ＩＦＮ−λ３遺伝子について本発明者らにより同定され、特徴付けられたハプロタイプブロック（表６）、並びにＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３の発現が、対応するＨＲアレル（すなわち、Ｔアレル）の保有者と比べて、ｒｓ８０９９９１７のＬＲアレル（すなわち、Ｇアレル）の保有者で低下していることを示す発現データ（図１）は、ｒｓ４８０３２２４、ｒｓ１２９８０６０２及びｒｓ１０８５３７２８に例外の可能性があることを別にすれば、表１に示す第１９番染色体ＳＮＰの全てが、明らかにＩＦＮ−λ３遺伝子と連鎖していることを示している。これらの基準で除外されるＳＮＰは、ｒｓ８０９９９１７よりも構造遺伝子領域、すなわち、ＩＦＮ−λ３をコードする領域から離れている。したがって、本発明はまた、ＩＦＮ−λ３と連鎖した、治療転帰と関連する、例えば、５’上流領域またはイントロンまたはエキソンまたは３’下流領域におけるＳＮＰを提供する。同様に、本発明は、ＳＵＬＦ−２及び／またはＷＷＯＸ−１及び／またはＲＴＦＮ−１及び／またはＣＡＣＮＡ２Ｄ３及び／またはＣＡＳＰ−１及び／またはＲＩＭＳ−１及び／またはＰＫＨＤ−１及び／またはＩＬ２１Ｒ及び／またはＮＰＳと連鎖した、治療転帰と関連する、例えば、それらの遺伝子のいずれか１つまたは複数の１以上のイントロンにおけるＳＮＰを提供する。正確な予後判定を提供する本発明のＳＮＰの選択に対して本発明者らが適用する厳密さにより、これらの遺伝子内関連の値は高い。
【００４４】
したがって、本発明はまた、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、表１に示す多型遺伝子座と連鎖した遺伝子またはその断片の使用と、表１に示す多型遺伝子座のＨＲアレル及び／またはＬＲアレル、並びに任意のその組合せ（例えば、特定のハプロタイプ）と連鎖した任意の遺伝子の使用とを包含する。例えば、遺伝子または断片を正確な予後判定に利用し得る。この文脈における「断片」とは、多型と関連する遺伝子発現の検出に有用であるのに十分な長さの、及び／または本明細書に記載されているようなＳＮＰを同定するのに好適なプラットフォームで多型を直接同定するのに十分な長さの遺伝子の部分を意味する。
【００４５】
一例では、本発明は、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１、ＰＫＨＤ−１、ＩＬ２１Ｒ及びＮＰＳからなる群から個別にまたはまとめて選択される遺伝子の使用を包含する。別の例では、そのような遺伝子（例えば、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＲＩＭＳ−１、ＰＫＨＤ−１、ＩＬ２１Ｒ及びＮＰＳ）は、本明細書に記載されているような免疫調節剤による状態の治療において治療転帰と関連があることがこれまでに知られていない。別の例では、本明細書に開示されている遺伝子は、対象が本明細書の任意の例によって記載されているようなＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体を含む免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するのに好適である。明らかに、これらの例は、１以上の記述された遺伝子の遺伝子断片の使用にまで及ぶ。
【００４６】
このデータは、位置４４，４２０，０００と位置４４，４４０，０００の間、より具体的には、位置４４，４２３，０００周辺と位置４４，４３６，０００周辺の間の１９ｑ１３．１３にある変異（例えば、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）遺伝子と連鎖する変異）が、本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物による治療に応答する変動に寄与するという本発明者らの結論を支持する。ＩＬ２８Ｂ遺伝子における変異間の本関連は、位置４４，４２５，０００と位置４４，４３６，０００の間の１９ｑ１３．１３における遺伝子型、特に、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ−２８Ｂ）遺伝子型（表４及び５）を用いて薬物応答を予測することができることを示す程度に十分に強い。ｒｓ８０９９９１７のＬＲアレルのハプロタイプ効果及びＩＦＮ−λ３（ＩＬ−２８Ｂ）遺伝子と連鎖するＳＮＰ全体の連鎖不平衡（表６）はこの結論を支持する。最後に、このハプロタイプブロック中のｒｓ８０９９９１７におけるＬＲアレルとＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３遺伝子の低発現の間の相関は、本明細書中、特に、ＩＦＮ治療に関して記載された関連の機能的重要性も示している。
【００４７】
したがって、また別の例では、ＩＦＮλ３遺伝子またはその断片は、対象が本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体）を含む治療に応答する可能性を判定するのに特に好適である。本明細書に記載のＳＮＰは、５’上流領域、イントロン、エキソン、または３’下流領域の内部にあるので、これらの領域のいずれか１つまたは複数を包含する任意の遺伝子断片も、そのような断片が多型と関連する遺伝子発現の検出に有用であるのに十分な長さ及び／または多型を直接同定するのに十分な長さであるならば、治療転帰の予後判定に有用である。ＩＦＮλ３遺伝子の５’上流領域内及び／またはイントロン内及び／またはエキソン内及び／または３’下流領域内の断片も有用である。本発明はまた、対象が本明細書に記載されているような免疫調節組成物を含む治療に応答する可能性を判定するための、例えば、表１に示すようなＩＦＮλ３遺伝子の任意の多型遺伝子座の使用と、表１に示すような該多型遺伝子座の任意のＨＲアレル及び／またはＬＲアレル、並びに任意のその組合せ（例えば、特定のハプロタイプ、例えば、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７のアレルを含むハプロタイプ）の使用とを包含する。
【００４８】
本明細書で免疫調節組成物に対する治療転帰と関連付けられた連鎖したＳＮＰを有することが同定されている遺伝子の既知疾患関連は、免疫調節組成物で治療可能であることが知られていない疾患（例えば、癌腫及びグラム陰性細菌による感染）の治療における１以上のＩＦＮの用途をさらに示す。例えば、ＳＵＬＦ−２は、喘息、肝癌及び乳癌と関連し、ＷＷＯＸ−１及びＣＡＣＮＡ２Ｄ３は、乳癌、肺癌、腺癌、扁平上皮細胞癌、卵巣癌を含む様々な癌と関連する腫瘍抑制遺伝子であり、ＣＡＳＰ−１は、グラム陰性細菌（例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）及びネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）による感染と関連し、ＰＫＨＤ−１は、多発性嚢胞腎、多発性嚢胞腎を有する対象における移植後糖尿病及び移植後患者におけるＨＣＶ除去の不良と関連している。
【００４９】
したがって、また別の例では、ＩＦＮは、癌（例えば、乳癌、肝癌、肺癌、卵巣癌、腺癌、または扁平上皮細胞癌）の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５０】
また別の例では、ＩＦＮは、グラム陰性細菌（例えば、大腸菌またはネズミチフス菌）による感染の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５１】
また別の例では、ＩＦＮは、多発性嚢胞腎またはそれに起因する合併症（例えば、移植後糖尿病）の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５２】
ＨＣＶ感染の治療におけるＩＦＮ−αへの応答とＩＦＮ−λ３遺伝子における多型の間の強い関連もまた、ＩＦＮ−λ３及び／または構造的に類似したＩＦＮ−λ２が、ＩＦＮ−α／βを用いて治療されることが知られている医学的状態（特に、ＨＣＶ感染）の治療において一般的な有用性を有することを示唆する。
【００５３】
したがって、また別の例では、ＩＦＮ−λ２及び／またはＩＦＮ−λ３は、ＩＦＮ−α／βを用いて治療されることが知られている医学的状態、例えば、ウイルス感染及び／または新生物及び／またはＴｈ１介在性疾患及び／もしくはＴｈ２介在性疾患（例えば、１以上の（＋）ｓｓＲＮＡウイルスによる感染及び／もしくは１以上の（−）ｓｓＲＮＡウイルス（例えば、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）、ＨＢＶ、ＨＣＶ、コクサッキーＢウイルス、ＥＭＣＶ、エボラウイルス、ＶＳＶ、ＩＡＶ、ＨＴＮＶ、もしくはＡＰＥＵＶ）による感染及び／もしくは１以上の二本鎖ＤＮＡウイルス（例えば、ＨＳＶ−１もしくはＨＳＶ−２）による感染及び／もしくは前癌病変もしくは新生物（例えば、肉腫もしくはリンパ腫もしくは白血病（例えば、尖圭コンジローム、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫もしくは線維肉腫）並びに／またはＭＳ、喘息及びＣｏｎＡ誘導性肝炎からなる群から選択される疾患）の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５４】
好ましい例では、ＩＦＮ−λ２は、ＨＣＶによる感染（例えば、一次感染または慢性感染）の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５５】
特に好ましい例では、ＩＦＮ−λ３は、ＨＣＶによる感染（例えば、一次感染または慢性感染）の治療のための医薬品の調製に用いられる。
【００５６】
本明細書で免疫調節組成物に対する治療転帰と関連付けられた連鎖したＳＮＰを有することが本明細書で同定された遺伝子の既知疾患関連は、免疫調節組成物に応答することが必ずしも知られていない疾患の治療転帰の予測に対する本発明のさらなる用途を示す。
【００５７】
したがって、また別の例では、腫瘍抑制遺伝子（例えば、ＷＷＯＸ−１及び／もしくはＣＡＣＮＡ２Ｄ３）、または腫瘍抑制遺伝子の断片は、癌または前癌状態（例えば、乳癌、肺癌、腺癌、扁平上皮細胞癌、または卵巣癌）の治療において、対象が本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体）に応答する可能性を判定するのに好適である。
【００５８】
また別の例では、ＳＵＬＦ−２遺伝子またはその断片は、喘息、癌または前癌状態（例えば、肝癌または乳癌）の治療において、対象が本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体）に応答する可能性を判定するのに好適である。
【００５９】
また別の例では、ＰＫＨＤ−１遺伝子またはその断片は、多発性嚢胞腎またはそれに起因する合併症（例えば、移植後糖尿病）の治療において、対象が本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体）に応答する可能性を判定するのに好適である。
【００６０】
また別の例では、ＣＡＳＰ−１遺伝子またはその断片は、グラム陰性細菌（例えば、大腸菌またはネズミチフス菌）の感染の治療において、対象が本明細書の任意の例によって記載されているような免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及び／またはグアノシン類似体）に応答する可能性を判定するのに好適である。
【００６１】
本発明の範囲は、本出願とともに提出されている実施例に続く特許請求の範囲から明らかとなる。特許請求の範囲は、本明細書において説明に組み入れられる。本発明の範囲はまた、以下の特定の実施形態の説明から明らかとなる。
【００６２】
一例では、本発明は、対象が免疫調節組成物による治療に応答する可能性を正確に判定するための方法であって、対象由来の試料中の１以上のマーカーを検出することを含み、ここで、少なくとも１つのマーカーが、表１に示す単一核多型（ＳＮＰ）と連鎖するかまたは表１に示すＳＮＰを含むかまたは表１に示すＳＮＰを含むもしくは表１に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされ、かつ該１以上のマーカーの検出が、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す方法を提供する。
【００６３】
例えば、少なくとも１つのマーカーは、表３に示すＳＮＰと連鎖するか、もしくは表３に示すＳＮＰを含むか、もしくは表３に示すＳＮＰを含むもしくは表３に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされるか、または少なくとも１つのマーカーは、表４もしくは５に示すＳＮＰと連鎖するか、または表４もしくは５に示すＳＮＰを含むか、または４もしくは５に示すＳＮＰを含むもしくは表４もしくは５に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされる。
【００６４】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのマーカーは、１ｐ３５の領域；３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間の領域；３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間の領域；４ｑ３２周辺の領域；４ｐ１３周辺の領域；４ｐ１６．１周辺の領域；６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間の領域；６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間の領域；６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間の領域；６ｑ１３周辺の領域；６ｑ２２．３１周辺の領域；８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺の間の領域；９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間の領域；１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間の領域；１１ｑ２１周辺の領域；１１ｑ２２．３周辺の領域；１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２の間の領域；１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間の領域；１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間の領域；１９ｑ１３．１３周辺の領域；及び２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３の間の領域からなる群から選択される染色体領域内に含まれる。
【００６５】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのマーカーは、ＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１及びＰＫＨＤ−１からなる群から選択される遺伝子と連鎖しているか、またはＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１及びＰＫＨＤ−１からなる群から選択される遺伝子内に含まれるか、またはＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１及びＰＫＨＤ−１からなる群から選択される遺伝子を含むか、またはＩＦＮ−λ３、ＳＵＬＦ−２、ＷＷＯＸ−１、ＲＴＦＮ−１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＰ−１、ＲＩＭＳ−１及びＰＫＨＤ−１からなる群から選択される遺伝子によってコードされている。
【００６６】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのマーカーは、
（ｉ）配列番号：１〜６０、６２、６４〜６７、６９、７１〜７４、７６、７８、７９、８１または８３〜１５８のいずれか１つに示す配列；及び
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列中の多型ヌクレオチドを含む。
【００６７】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのマーカーは、免疫調節組成物による治療に対する陽性の応答または高い応答または強い応答と関連するアレルを含み、該アレルは、
（ｉ）配列番号：５、１０、６７、８５、８８、９１、９４、９７、１００、１０３、１０６、１０９、１１２、１１５、１１８、１２１、１２４、１２７、１３０、１３３、１３６、１３９、１４２、１４５、１４８、１５１、１５４及び１５７のいずれか１つに示す配列；並びに
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、ここで、該少なくとも１つのマーカーの検出は、該組成物による治療に対する対象の応答を示す。
【００６８】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのマーカーは、免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、ここで、該アレルは、
（ｉ）配列番号：６、１１、６９、８６、８９、９２、９５、９８、１０１、１０４、１０７、１１０、１１３、１１６、１１９、１２２、１２５、１２８、１３１、１３４、１３７、１４０、１４３、１４６、１４９、１５２、１５５及び１５８のいずれか１つに示す配列；並びに
（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
ここで、該少なくとも１つのマーカーの検出は、該組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す。
【００６９】
特定の例では、少なくとも１つのマーカーは、ＩＦＮ−λ３遺伝子と連鎖するか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子内に含まれるか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子を含むか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子によってコードされる。この例によれば、少なくとも１つのマーカーは、（ｉ）１〜６０、６２、６４〜６７、６９、７１〜７４、７６、７８、７９、８１または８３〜８９のいずれか１つに示す配列；及び（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列からなる群から選択される配列中の多型ヌクレオチドを含む。ＩＦＮ−λ３遺伝子と関連するマーカーを用いて陽性の応答を同定するために、少なくとも１つのマーカーは、免疫調節組成物による治療に対する応答と関連したアレルを含み得、ここで、該アレルは、（ｉ）配列番号：５、１０、６７、８５及び８８のいずれか１つに示す配列；並びに（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列からなる群から選択される配列内に含まれ、ここで、該少なくとも１つのマーカーの検出は、該組成物による治療に対する対象の応答を示す。あるいは、無応答者または弱い応答者を同定するために、少なくとも１つのマーカーは、免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み得、ここで、該アレルは、（ｉ）配列番号：６、１１、６９、８６及び８９のいずれか１つに示す配列；並びに（ｉｉ）（ｉ）の配列に相補的な配列からなる群から選択される配列内に含まれ、ここで、該少なくとも１つのマーカーの検出は、該組成物による治療に対する対象の治療に対する低い応答または無応答を示す。
【００７０】
その代わりに、またはそれに加えて、少なくとも１つのタンパク質マーカーは、多型ヌクレオチドを含む配列（ここで、該配列は、配列番号：６０、６２、６７、６９、７４、７６、７９及び８１からなる群から選択される）によってコードされ、例えば、多型アミノ酸を含むアミノ酸配列を含むマーカー（ここで、該配列は、配列番号：６１、６３、６８、７０、７５、７７、８０及び８２からなる群から選択される）である。これらのマーカーのうち、例示的なレスポンダーアレルまたは高応答アレル（すなわち、免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレル）は、配列番号：６７中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：６８の配列を含む。あるいは、例示的な非レスポンダーアレルまたは低応答アレル（すなわち、免疫調節組成物による治療に対する無応答または不良な応答と関連するアレル）は、配列番号：６９中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：７０の配列を含む。
【００７１】
本明細書の任意の例によって記載される複数のマーカー（例えば、２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つまたはそれより多くのマーカー）を検出することは、明らかに本発明の範囲内にある。
【００７２】
複数のマーカーを含むハプロタイプを検出することも、明らかに本発明の範囲内にあり、例えば、このハプロタイプは、ｒｓ８０９９９１７におけるアレルを含み、例えば、このハプロタイプは、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含み、該アレルを含むハプロタイプの検出は、該組成物による治療に対する対象の治療に対する低い応答または無応答を示す。例えば、ｒｓ８０９９９１７におけるＣまたはＧヌクレオチドを含むアレルは、該組成物による治療に対する対象の治療に対する低い応答または無応答を示す。あるいは、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含むハプロタイプは、該組成物による治療に対する対象の治療に対する応答を示し得る。
【００７３】
本発明は、改変された発現レベル（例えば、対象由来の試料中の１以上の遺伝子の発現の増大または低下）の検出も包含し、ここで、該改変された発現は、該組成物による治療に対する対象の応答を示す。あるいは、改変された発現（例えば、１以上の遺伝子の発現の増大または低下）、ここで、該改変された発現は、治療に対する低い応答または無応答を示し得る。改変された発現を検出するために、遺伝子の少なくとも１つの発現産物の改変されたレベルを、例えば、核酸に基づくアッセイまたは抗原に基づくアッセイによって検出する。例えば、増幅反応（例えば、等温増幅）またはＰＣＲ反応（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ）を行ない、対象由来の試料中の遺伝子のｍＲＮＡ転写物を検出する。あるいは、発現タンパク質を検出するために、対象に由来するタンパク質含有試料を、該マーカーの遺伝子によってコードされるタンパク質のアレル変異体に特異的に結合することができる抗体またはリガンドと、複合体の形成に十分な時間及び条件下で接触させ、この複合体を検出する。任意の標準的なイムノアッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡ（マイクロタイターウェル中またはラテラルフローもしくはフロースルーアッセイフォーマットで行なわれるサンドイッチＥＬＩＳＡを含む）を利用してもよい。発現を決定する任意のアッセイでは、例えば、試料中の発現を対照試料中の発現と比較することによって、変動を制御することができる。好ましい対照試料は、（ｉ）免疫調節組成物で治療されていない１以上の対象由来の試料；及び（ｉｉ）（ｉ）の試料についてこれまでに決定された発現の測定値を含むデータセットからなる群から選択される。
【００７４】
本発明の予後判定法、または本方法を利用する任意の診断もしくは治療アッセイもしくはプロセスを行なう際、試料は、通常、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質またはそれらの誘導体を含む。増幅された、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡに由来するＤＮＡまたはｃＤＮＡも有用である。したがって、アッセイが核酸に基づくものまたはタンパク質に基づくものである場合、有核細胞及び／またはタンパク質もしくは核酸を含むその抽出物が特に有用である。タンパク質に基づくアッセイ（例えば、イムノアッセイ）のために、試料は、マーカータンパク質を含むと考えられる細胞抽出物（例えば、ＩＦＮ−λ３を発現する細胞）を含むべきである。したがって、本発明は、全血、血清、血漿、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、バフィーコート画分、唾液、尿、口腔細胞、肝生検及び皮膚細胞またはこれらの組合せからなる群から選択される任意の試料の使用を包含する。
【００７５】
本発明をエクスビボで行ない得る、すなわち、試料は、対象に予め由来するか、対象から予め単離されているか、または対象から予め得られていることが理解されるべきである。
【００７６】
試料は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質またはそれらの誘導体を含み得る。
【００７７】
本明細書の任意の例によって記載されているような本発明の予後判定法によれば、陽性の応答は、（ｉ）ウイルス除去の増強またはウイルス力価の低下またはウイルス力価の低下もしくは除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答；（ｉｉ）癌からの回復もしくは寛解または腫瘍もしくは前癌病変の増殖の低下を含む応答；（ｉｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数もしくはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性もしくはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化；及び（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せからなる群から選択され得る。同様に、低い応答または無応答は、（ｉ）ウイルスの除去の失敗もしくはウイルス力価の低下の失敗または該失敗に関連する対象に特徴的な他の健康の変化；（ｉｉ）癌からの回復もしくは癌からの緩解の失敗または腫瘍もしくは前癌病変の増殖の低下の失敗；（ｉｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数もしくはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性もしくはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がないこと；及び（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せからなる群から選択され得る。
【００７８】
人種起源または遺伝的背景が応答との関連で意義を有する疾患及び状態の場合、対象はその人種背景に属するか、またはマッチした遺伝的背景を有することが好ましい。一例では、対象は白人（例えば、北欧人）である。あるいは、対象は、アフリカ人（例えば、ズール人）、またはアジア人（例えば、中国人）であってもよい。
【００７９】
免疫調節組成物は、１以上のＩＦＮ及び／または該１以上の該ＩＦＮの１以上の誘導体（例えば、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ並びに／または該ＩＦＮのいずれか１つもしくは複数の１以上の誘導体）も含み得る。その代わりに、またはそれに加えて、免疫調節組成物は、１以上のグアノシン類似体及び／または該１以上の該グアノシン類似体の１以上の誘導体（例えば、１以上のリバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド、並びにそれらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物）を含み得る。例えば、免疫調節組成物は、ＩＦＮ−α及びリバビリンを含む。ペグ化ＩＦＮに対する応答の試験も明らかに包含される。
【００８０】
別の例では、本発明は、対象が免疫調節組成物によるＴｈ１介在性疾患及び／またはＴｈ２介在性疾患の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、本明細書の任意の例によって記載されているような方法を実施し、それによって、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに
（ｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数もしくはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性もしくはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化、ここで、該応答は、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数もしくはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性もしくはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がないこと、ここで、該応答は、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定することを含む、プロセスを提供する。
【００８１】
この例によれば、疾患は、多発性硬化症（ＭＳ）、関節リウマチ（ＲＡ）、Ｉ型糖尿病（ＩＤＤＭ）、強皮症、ＣｏｎＡ肝炎、アトピー性皮膚炎、喘息、アレルギー性鼻炎及びアレルギーからなる群から選択され得る。
【００８２】
あるいは、本発明の別の例は、対象が免疫調節組成物による１以上の細菌またはウイルス感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、本明細書の任意の例によって記載されているような方法を実施し、それによって、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに
（ｉ）ウイルスもしくは細菌除去の増強またはウイルス力価もしくは細菌数の低下またはウイルス力価もしくは細菌数の低下もしくは除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答、ここで、該応答は、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）ウイルスもしくは細菌の除去の失敗もしくはウイルス力価もしくは細菌数の低下の失敗または該失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化、ここで、該応答は、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定することを含む、プロセスを提供する。
【００８３】
この例によれば、細菌はグラム陰性細菌であり、かつ／またはウイルスは一本鎖ＲＮＡウイルスであり、例えば、ウイルスは、ヒトパピローマウイルス、ピコルナウイルス、フラビウイルス（例えば、肝炎ウイルス）、アレナウイルス、トガウイルス、ブンヤウイルス、フィロウイルス、パラミクソウイルス、ラブドウイルス、オルトミクソウイルス、及びコロナウイルスからなる群から選択される。あるいは、ウイルスは、ＤＮＡウイルス（例えば、ヘルペスウイルス）である。
【００８４】
あるいは、本発明の別の例は、対象が免疫調節組成物による１以上の新生物または前癌状態の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、本明細書の任意の例によって記載されているような方法を実施し、それによって、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに
（ｉ）癌からの回復もしくは寛解または腫瘍もしくは前癌病変の増殖の低下を含む応答、ここで、該応答は、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）癌からの回復もしくは癌からの緩解の失敗または腫瘍もしくは前癌病変の増殖の低下の失敗、ここで、該応答は、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定することを含む、プロセスを提供する。
【００８５】
この例によれば、癌または前癌病変は、乳癌、肺癌、卵巣癌、ＨＰＶ関連癌（例えば、子宮頸部上皮内新生物及び／または子宮頸癌及び／または外陰部上皮内新生物及び／または陰茎上皮内新生物及び／または肛門上皮内新生物）、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、光線角化症、黒色腫、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫、腺癌並びに線維肉腫からなる群から選択される。
【００８６】
本発明のまた別の例は、対象が免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、本明細書の任意の例によって記載されているような方法を実施し、それによって、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに
（ｉ）ＨＣＶ除去の増強もしくはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下もしくは除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答、ここで、該応答は、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）ＨＣＶ除去の失敗もしくはＨＣＶ力価の低下の失敗または該失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化、ここで、該応答は、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定することを含む、プロセスを提供する。
【００８７】
また別の例では、本発明は、対象がＩＦＮまたはその誘導体及びリバビリンまたはその誘導体を含む免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、本明細書の任意の例によって記載されているような方法を実施し、それによって、該組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに
（ｉ）ＨＣＶ除去の増強もしくはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下もしくは除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答、ここで、該応答は、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）ＨＣＶ除去の失敗もしくはＨＣＶ力価の低下の失敗または該失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化、ここで、該応答は、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定することを含む、プロセスを提供する。
【００８８】
これらの前述の例において、免疫調節組成物は、本明細書の任意の他の例によって記載されているような１以上のＩＦＮ及び／または該１以上の該ＩＦＮの１以上の誘導体を含み得る。その代わりに、またはそれに加えて、免疫調節組成物は、本明細書の任意の他の例による１以上のグアノシン類似体及び／または該１以上の該グアノシン類似体の１以上の誘導体を含み得る。
【００８９】
別の例では、本発明は、免疫調節組成物による治療を必要とする対象を選択するためのプロセスであって、
（ｉ）対象から得られた細胞を含む試料をインビトロで免疫調節組成物に曝露させること；及び
（ｉｉ）試料に対して本明細書の任意の例によって記載されているような予後判定方法またはプロセスを実施し、それによって、免疫調節組成物による治療に応答する可能性が高い対象を特定すること；及び
（ｉｉｉ）治療に応答する可能性が高い対象に免疫調節組成物を投与または推奨すること
を含む、プロセスを提供する。
【００９０】
別の例では、本発明は、免疫調節組成物による治療を必要とする対象を選択するためのプロセスであって、
（ｉ）対象から得られた細胞を含む試料をインビトロで免疫調節組成物に曝露させること；及び
（ｉｉ）試料に対して本明細書の任意の例によって記載されているような予後判定方法またはプロセスを実施し、それによって、免疫調節組成物による治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を示す可能性が高い対象を特定すること；及び
（ｉｉｉ）免疫調節組成物の代替療法を投与または推奨すること
を含む、プロセスを提供する。
【００９１】
この選択プロセスは、免疫調節組成物を以前に投与されていない対象由来の試料に対してすぐに実施されるか、または免疫調節組成物の事前のインビボ投与を受けた対象において治療を継続するか否かを判定するためのものである。この方法は、ＨＣＶに感染した対象由来の試料に対する免疫調節組成物の効果を決定するのに特に適している。この例では、免疫調節組成物は、本明細書の任意の例によって記載されているような１以上のＩＦＮ及び／または該１以上の該ＩＦＮの１以上の誘導体を含み得る。その代わりに、またはそれに加えて、免疫調節組成物は、本明細書の任意の例によって記載されているような１以上のグアノシン類似体及び／または該１以上の該グアノシン類似体の１以上の誘導体を含み得る。例示的な試料は、末梢血単核細胞を含む。
【００９２】
関連する例では、本発明は、ＨＣＶ感染対象を治療するためのプロセスであって、対象由来の試料に対してエクスビボ選択プロセスを実施すること、及び対象が治療に応答する可能性が高い場合、ＩＦＮを含む治療有効量の免疫調節組成物を対象に投与もしくは推奨するか、または対象が治療に応答しない可能性が高いかもしくは治療に対する低い応答を生じる可能性が高い場合、代替療法を投与もしくは推奨することを含む、プロセスを提供する。
【００９３】
別の例では、本発明は、対象の慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向を判定するためのプロセスであって、本明細書に記載されているような予後判定方法を実施し、それによって、免疫調節組成物による治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を示す可能性が高い対象を特定すること、及び対象が慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向があると判定することを含む、プロセスを提供する。
【００９４】
また別の例では、本発明は、本明細書に記載の予後判定検査を利用する治療方法を提供する。例えば、本発明は、（ｉ）本明細書の任意の例によって記載されているような予後判定方法またはプロセスを実施すること；及び（ｉｉ）免疫調節組成物を対象に投与または推奨することを含むプロセスを提供する。別の例では、そのようなプロセスは、（ｉ）本明細書の任意の例によって記載されているような予後判定方法またはプロセスの結果を得ること；及び（ｉｉ）免疫調節組成物を対象に投与または推奨することを含む。
【００９５】
別の例では、本発明は、対象におけるＨＣＶ感染の治療方法であって、それを必要とする対象に対するＩＦＮ−λ２もしくはその誘導体及び／またはＩＦＮ−λ３もしくはその誘導体を含む免疫調節組成物を対象に投与または推奨することを含む方法を提供するものであり、例えば、免疫調節組成物の投与は、対象においてウイルス除去を増強するかまたはウイルス力価を低下させるのに十分な時間及び条件下にある。当業者には知られているように、誘導体はペグ化されていてもよく、例えば、本発明は、ペグ化ＩＦＮ−λ２及び／またはペグ化ＩＦＮ−λ３の投与を明らかに包含する。その代わりに、またはそれに加えて、誘導体は、アルブミンの付加により修飾されていてもよく（すなわち、「アルブミン化」されており）、例えば、本発明は、アルブミン化ＩＦＮ−λ２及び／またはアルブミン化ＩＦＮ−λ３の投与を明らかに包含する。場合により、本明細書の任意の例によって記載されているようなグアノシン類似体も対象に投与してもよい。
【００９６】
本発明のさらなる例は、ＩＦＮ−α／βを用いて治療されることが知られている医学的状態の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ２及び／またはＩＦＮ−λ３の使用を提供する。そのような医学的適応症は、本明細書における開示から明白である。
【００９７】
本発明のさらなる例は、ＨＣＶによる感染の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ２の使用を提供する。
【００９８】
本発明のさらなる例は、ＨＣＶによる感染の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮ−λ３の使用を提供する。
【００９９】
本発明のさらなる例は、グラム陰性細菌による感染の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用を提供する。
【０１００】
本発明のさらなる例は、多発性嚢胞腎またはそれに起因する合併症（例えば、移植後糖尿病）の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用を提供する。
【０１０１】
本発明のさらなる例は、肺癌、卵巣癌、肝臓癌または乳癌の治療のための医薬品の調製に用いられるＩＦＮの使用を提供する。
【０１０２】
本発明のさらなる例は、本明細書の任意の例による予後判定方法またはプロセスを実施するための複数の単離された核酸及び／または複数の抗体及び／または複数のペプチドを含むキットを提供する。
一例では、核酸は各々、表１に記載のＳＮＰのアレルを含み、かつ例えば、本明細書に示すヌクレオチド配列もしくはそれに相補的なヌクレオチド配列を含むということによって、または該ヌクレオチド配列の内部に含まれるということによって、同じ遺伝子座における他のアレルを区別することができる。別の例では、抗体は、表１に示すようなＩＦＮ−λ３ポリペプチド中のアミノ酸のアレル変異体を含むペプチドに結合し、かつ同じ遺伝子座における他のアレル変異体を区別することができる。別の例では、ペプチドは各々、表１に示すようなＩＦＮ−λ３ポリペプチド中のアミノ酸のアレル変異体を含み、かつ例えば、本明細書に示すアミノ酸配列を含むということによって、または該アミノ酸配列の内部に含まれるということによって、同じ遺伝子座における他のアレル変異体を区別することができる。複数の核酸、ペプチドまたは抗体を、例えば、固体基板表面に配置してもよい。好ましくは、キットは、ＩＦＮ−λ３遺伝子に由来する配列を含む複数の核酸を少なくとも含むか、またはＩＦＮ−λ３ポリペプチドの全長配列に由来する複数のペプチドを少なくとも含むか、または各々ＩＦＮ−λ３ポリペプチドの全長配列に由来するペプチドに結合することができる複数の抗体を少なくとも含む。複数の核酸、ペプチドまたは抗体を、例えば、固体基板表面に配置してもよい。さらなる例は、本明細書の任意の例による予後判定方法またはプロセスを実施するためのキットまたは固体基板の製造における、本明細書の任意の例によって記載されているような複数の単離された核酸またはペプチドまたは抗体の使用を提供する。
【０１０３】
文脈上他の意味に解すべき場合を除きまたは特に反対のことを記述しない限り、本明細書で、単数の整数、工程または要素として列挙された本発明の整数、工程または要素は、列挙された整数、工程または要素の単数形と複数形の両方を明らかに包含する。
【０１０４】
本明細書で言及されるヌクレオチド残基の名称は、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨されている名称であり、ここで、Ａはアデニンを表し、Ｃはシトシンを表し、Ｇはグアニンを表し、Ｔはチミンを表し、Ｙはピリミジン残基を表し、Ｒはプリン残基を表し、Ｍはアデニンまたはシトシンを表し、Ｋはグアニンまたはチミンを表し、Ｓはグアニンまたはシトシンを表し、Ｗはアデニンまたはチミンを表し、Ｈはグアニン以外のヌクレオチドを表し、Ｂはアデニン以外のヌクレオチドを表し、Ｖはチミン以外のヌクレオチドを表し、Ｄはシトシン以外のヌクレオチドを表し、Ｎは任意のヌクレオチド残基を表す。
【０１０５】
本明細書では、「由来する」という用語は、指定した完全体（ｉｎｔｅｇｅｒ）を特定の供給源から得てもよいことを示し、必ずしもその供給源から直接得られなくてもよいと理解されるものとする。
【０１０６】
本明細書を通じて、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という単語、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのバリエーションは、記述した工程もしくは要素もしくは整数または工程もしくは要素もしくは整数の群の包含を意味するのであって、任意の他の工程もしくは要素もしくは整数または要素もしくは整数の群の排除を意味するのではないことが理解されるものとする。
【０１０７】
本明細書を通じて、特に別途記述しない限りまたは文脈上他の意味に解すべき場合を除き、単一の工程、物質の組成物、工程の群または物質の組成物の群への言及は、１つまたは複数（すなわち、１以上）のそれらの工程、物質の組成物、工程の群または物質の組成物の群を包含すると理解されるものとする。
【０１０８】
本明細書に記載の各実施形態は、特に別途記述しない限り、必要な変更を加えて、各々及び全ての他の実施形態に適用されるものとする。
【０１０９】
本明細書に記載の発明には、具体的に記載されているバリエーション及び改変以外のバリエーション及び改変の余地があることを当業者は認識するであろう。本発明は全てのそのようなバリエーション及び改変を含むことが理解されるべきである。本発明はまた、本明細書で言及されるかまたは本明細書で示される全ての工程、特徴、組成物及び化合物を個別にまたは包括的に含み、また、該工程または特徴の任意の及び全ての組合せまたは任意の２以上の該ステップもしくは特徴を含む。
【０１１０】
本発明は、本明細書に記載の具体的な実施形態によって範囲を限定されるべきではなく、この具体的な実施形態は、単に例証目的のためのものである。機能的に等価な製品、組成物及び方法は、明らかに、本明細書に記載されるような発明の範囲内にある。
【０１１１】
本発明は、別途指定しない限り、分子生物学、発生生物学、哺乳動物細胞培養、組換えＤＮＡ技術、組織化学及び免疫組織化学並びに免疫学の従来技術を用いて、過度の実験を行うことなく実施される。そのような手順は、例えば、非特許文献１６〜１９に記載されており、これらのテキストは、参照により組み入れられる。
【図面の簡単な説明】
【０１１２】
【図１】ｒｓ８０９９９１７で異なる遺伝子型（ｘ軸）を有する患者についてＲＴ−ＰＣＲで決定したときのＩＦＮ−λ２とＩＦＮ−λ３の組み合わせた発現（ｙ軸）を示すグラフ。データは、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３の発現が、この遺伝子座における高応答（ＨＲ）Ｔアレルについてホモ接合である患者と比較して、この遺伝子座における低応答（ＬＲ）Ｇアレルについてホモ接合である患者では低下しており、また、Ｇ／Ｔヘテロ接合体では中間であることを示している。このデータはさらに、治療応答におけるｒｓ８０９９９１７  ＳＮＰの機能的重要性を示唆している。
【発明を実施するための形態】
【０１１３】
疾患または障害と関連するマーカー：
一例では、本発明のマーカーは、表１に、好ましくは表３または４〜５に示されている。
【０１１４】
好ましくは、マーカーは、配列表に示す配列もしくはそれに相補的な配列を含む核酸を含むか、またはそのような核酸からなる。そのような核酸マーカーは、例えば、多型、ＩＦＮ−λＡ３遺伝子もしくはその転写物への挿入、ＩＦＮ−λＡ３遺伝子もしくはその転写物からの欠失、ＩＦＮ−λＡ３遺伝子の転写物もしくはその断片、または選択的にスプライシングされたＩＦＮ−λＡ３の転写物もしくはその断片を含み、かつコピー数変異体または反転体（ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ）を含む。ヌクレオチド置換または欠失または挿入は、遺伝子の５’末端、遺伝子の３’末端、遺伝子のエキソンまたは遺伝子のイントロンにあり得る。あるいは、ヌクレオチド置換または欠失または挿入は、遺伝子間領域、すなわち、遺伝子と遺伝子の間にあり得る。ヌクレオチド置換または欠失または挿入は、遺伝子発現を改変し得、任意の理論または作用様式に束縛されるものではないが、この改変された発現は、治療応答、または無応答もしくは低応答の発達と関連し得る。
【０１１５】
予後を示す多型にまたがるタンパク質またはペプチドを含むマーカーもまた、本発明で提供される。
【０１１６】
一例では、本発明の方法は、治療応答と関連する複数のマーカーの存在を検出または決定することを含む。
【０１１７】
【表１Ａ】
2012529885.tif 000003
【表１Ｂ】
2012529885.tif 000004
【表１Ｃ】
2012529885.tif 000005
【表１Ｄ】
2012529885.tif 000006
【表１Ｅ】
2012529885.tif 000007
【表１Ｆ】
2012529885.tif 000008
【表１Ｇ】
2012529885.tif 000009
【表１Ｈ】
2012529885.tif 000010
【０１１８】
アッセイ法：
（ｉ）核酸マーカー検出
当業者には明らかであるように、治療応答と関連するかまたはその原因となるマーカーを特異的に検出することができるプローブまたはプライマーは、該マーカーを含むゲノムの領域、またはその発現産物に特異的にハイブリダイズすることができる任意のプローブまたはプライマーである。したがって、核酸マーカーは、（例えば、ロックされた核酸（ＬＮＡ）プローブを用いる検出のために）少なくとも約８ヌクレオチドの長さであることが好ましい。より特異的なハイブリダイゼーションをもたらすために、マーカーは、好ましくは少なくとも約１５ヌクレオチドの長さであり、またはより好ましくは少なくとも２０〜３０ヌクレオチドの長さである。そのようなマーカーは、核酸ハイブリダイゼーションに基づく検出手段アッセイ（例えば、ＰＣＲまたはリガーゼ連鎖反応の任意の既知のフォーマット）による検出に特に適している。
【０１１９】
一例では、好ましいプローブまたはプライマーは、
（ｉ）配列番号：１〜１５８からなる群から選択される配列と少なくとも約８０％相同な配列；
（ｉｉ）（ｉ）の配列によってコードされるアミノ酸配列をコードすることができる配列、例えば、配列番号：６８または７０に示す配列と少なくとも８０％相同な配列；及び
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に示す配列に相補的な配列
からなる群から選択される配列のうちの少なくとも２０のヌクレオチドと少なくとも約８０％同一なヌクレオチド配列を含む核酸を含むか、そのような核酸からなるか、またはそのような核酸の内部にある。
【０１２０】
通常、核酸マーカーを検出するための方法は、中等度から高度のストリンジェンシー条件下で対象由来試料中の核酸と連鎖するマーカーにオリゴヌクレオチドをハイブリダイスさせること、及び例えば、増幅反応またはハイブリダイゼーション反応などの検出手段を用いてオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出することを含む。
【０１２１】
これらの診断アッセイで使用されるストリンジェンシーのレベルを定義する目的のために、低いストリンジェンシーは、本明細書において、６×ＳＳＣバッファー、０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ中、２８℃で、または等価な条件で実施されるハイブリダイゼーション及び／または洗浄であると定義する。中等度のストリンジェンシーは、２×ＳＳＣバッファー、０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ中、４５℃〜６５℃の範囲の温度で、または等価な条件で実施されるハイブリダイゼーション及び／または洗浄であると定義する。高度のストリンジェンシーは、０．１×ＳＳＣバッファー、０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ、またはより低い塩濃度中、少なくとも６５℃の温度で、または等価な条件で実施されるハイブリダイゼーション及び／または洗浄であると定義する。本明細書中での特定のストリンジェンシーのレベルに関する言及は、当技術分野で公知のＳＳＣ以外の洗浄／ハイブリダイゼーション溶液を用いる等価な条件を包含する。
【０１２２】
通常、ストリンジェンシーは、ＳＳＣバッファーの濃度を下げること、並びに／またはＳＤＳの濃度を上げること、並びに／またはハイブリダイゼーション及び／もしくは洗浄の温度を上げることによって増大する。当業者であれば、試料ＤＮＡを支持するのに使用されるハイブリダイゼーションマトリックスの性質、及び／または使用されるハイブリダイゼーションプローブの種類によって、ハイブリダイゼーション及び／または洗浄の条件が異なる得ることを知っているであろう。
【０１２３】
別の例では、ストリンジェンシーは、プローブまたはプライマーが標的配列から解離する温度（すなわち、プローブもしくはプライマー融解温度またはＴｍ）に基づいて決定される。そのような温度は、例えば、方程式を用いるか、または実験的手段によって決定することができる。核酸のＴｍのいくつかの決定方法が当技術分野で公知である。例えば、ウォレス法では、オリゴヌクレオチド中のＧ＋Ｃ濃度とＴ＋Ａ濃度を決定し、この情報を用いて、理論的Ｔｍを算出する（非特許文献２０）。例えば、最近接法などの代替法が当技術分野で知られており、例えば、非特許文献２１〜２２に記載されている。プローブまたはプライマーの提案された変性温度と同様（例えば、５℃以内もしくは１０℃以内）または同等の温度は、高度のストリンジェンシーであると考えられる。中等度のストリンジェンシーは、プローブまたはプライマーの算出されたＴｍの１０℃〜２０℃または１０℃〜１５℃以内であると考えられるべきである。
【０１２４】
ａ）プローブ／プライマーの設計及び作製
当業者には明らかであるように、本発明のアッセイで使用される具体的なプローブまたはプライマーは、使用されるアッセイフォーマットによって決まる。明らかに、対象となるマーカーに優先的にもしくは特異的にハイブリダイズするか、またはそれに優先的にもしくは特異的にアニーリングするか、またはそれを優先的にもしくは特異的に検出することができるプローブまたはプライマーが好ましい。例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーション用のプローブ及び／またはプライマーを設計するための方法が公知であり、例えば、非特許文献２３）に記載されている。さらに、種々のアッセイのための最適なプローブ及び／またはプライマーを設計するいくつかのソフトウェアパッケージが一般に入手可能である（例えば、Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，ＵＳＡから入手可能なＰｒｉｍｅｒ  ３）。治療応答と関連するマーカーの検出に有用なプローブ及び／またはプライマーを評価して、ヘアピンを形成しないもの、自己プライミングしないもの、または（例えば、検出アッセイで使用される別のプローブもしくはプライマーとの）プライマーダイマーを形成しないものを決定する。
【０１２５】
さらに、プローブまたはプライマー（またはこれらの配列）を評価して、標的核酸から変性する温度（すなわち、プローブもしくはプライマー融解温度、またはＴｍ）を決定する。Ｔｍを決定する方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献２４〜２５に記載されている。
【０１２６】
アレル特異的ＰＣＲアッセイまたはリガーゼ連鎖反応アッセイでＳＮＰまたは突然変異を検出するのに有用なプライマーまたはプローブは、３’末端ヌクレオチドがＳＮＰまたは突然変異の部位にハイブリダイズするように設計される。３’末端ヌクレオチドは、ＳＮＰまたは突然変異の部位に存在することが知られているヌクレオチドのいずれかであり得る。相補的ヌクレオチドが、プローブまたはプライマー中に、及び多型の部位で存在する場合、プローブまたはプライマーの３’末端は、対象となるマーカーに完全にハイブリダイズし、例えば、ＰＣＲ増幅または別の核酸へのライゲーションを容易にする。したがって、標的核酸に完全にハイブリダイズするプローブまたはプライマーは、アッセイにおいて陽性の結果をもたらす。
【０１２７】
別の例では、プライマー伸長反応に有用なプライマーは、それが対象となる特定のヌクレオチド（例えば、ＳＮＰまたは突然変異）に隣接する領域に優先的にまたは特異的にハイブリダイズするように設計される。
【０１２８】
プローブまたはプライマーの特異的ハイブリダイゼーションは、例えば、ＢＬＡＳＴなどのソフトウェアを用いて、任意の核酸に対するプローブまたはプライマーの相同性の程度を決定することにより推定することができるが、プローブまたはプライマーの特異性は、当技術分野で公知の方法を用いて実験的にしか決定することができない。
【０１２９】
例えば、ハイブリダイゼーションによるＳＮＰまたは突然変異またはマイクロサテライトの検出に有用なロックされた核酸（ＬＮＡ）またはタンパク質核酸（ＰＮＡ）プローブまたは分子ビーコンは、少なくとも約８〜１２ヌクレオチドの長さである。好ましくは、ＳＮＰまたは突然変異またはマイクロサテライトの部位にハイブリダイズする核酸、またはその誘導体は、プローブのほぼ真ん中に位置付けられ、それにより、選択的ハイブリダイゼーション及び正確な検出が容易になる。
【０１３０】
本発明のプローブまたはプライマーを作製／合成するための方法は当技術分野で公知である。例えば、オリゴヌクレオチド合成は、非特許文献２６）に記載されている。例えば、プローブまたはプライマーは、生物学的合成によって（例えば、制限エンドヌクレアーゼを用いた核酸の消化によって）または化学合成によって得ることができる。短い配列（最大で約１００ヌクレオチド）については、化学合成が好ましい。
【０１３１】
より長い配列については、例えば、非特許文献２７によって記載されているような一本鎖ＤＮＡのためのＭ１３の使用などの、分子生物学で利用される標準的な複製方法が有用である。
【０１３２】
他のオリゴヌクレオチド合成方法としては、例えば、ホスホトリエステル法及びホスホジエステル法（非特許文献２８）並びに支持体表面での合成（非特許文献２９）並びにホスホルアミダート法（非特許文献３０〜３１）に記載されている他の方法、並びにこれらの文献中に含まれる参考文献が挙げられる。
【０１３３】
ＬＮＡ合成は、例えば、非特許文献３２〜３３に記載されている。一方、ＰＮＡ合成は、例えば、非特許文献３４〜３６記載されている。
【０１３４】
一例では、プローブまたはプライマーは、１以上の検出可能マーカーを含む。例えば、プローブまたはプライマーは、例えば、フルオレセイン（ＦＩＴＣ）、５，６−カルボキシメチルフルオレセイン、テキサスレッド、ニトロベンズ−２−オキサ−１，３−ジアゾール−４−イル（ＮＢＤ）、クマリン、ダンシルクロリド、ローダミン、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）、並びにシアニン色素のＣｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５及びＣｙ７、フルオレセイン（５−カルボキシフルオレセイン−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）、ローダミン（５，６−テトラメチルローダミン）などの蛍光標識を含む。これらの蛍光色素（ｆｌｕｏｒ）のそれぞれの最大吸収及び最大放出は、ＦＩＴＣ（４９０ｎｍ；５２０ｎｍ）、Ｃｙ３（５５４ｎｍ；５６８ｎｍ）、Ｃｙ３．５（５８１ｎｍ；５８８ｎｍ）、Ｃｙ５（６５２ｎｍ；６７２ｎｍ）、Ｃｙ５．５（６８２ｎｍ；７０３ｎｍ）及びＣｙ７（７５５ｎｍ；７７８ｎｍ）である。
【０１３５】
あるいは、プローブまたはプライマーは、例えば、蛍光半導体ナノ結晶（例えば、特許文献１７に記載されているもの）、放射性標識または酵素（例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）もしくはβ−ガラクトシダーゼ）で標識されている。
【０１３６】
そのような検出可能標識は、プローブまたはプライマー（例えば、プローブもしくはプライマーのハイブリダイゼーションまたはプローブもしくはプライマーを用いて生成された増幅産物の検出）を容易にする。そのような標識プローブまたはプライマーを作製するための方法は当技術分野で公知である。さらに、標識プローブまたはプライマーを作製するための市販供給源は当業者に公知である（例えば、Ｓｉｇｍａ−Ｇｅｎｏｓｙｓ，Ｓｙｄｎｅｙ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）。
【０１３７】
本発明は、治療に応答する傾向を診断または判定するための診断試薬の製造における本明細書に記載されているようなプローブまたはプライマーの使用をさらに想定している。
【０１３８】
ｂ）検出方法
核酸を検出するための方法は当技術分野で公知であり、これには、例えば、ハイブリダイゼーションに基づくアッセイ、増幅に基づくアッセイ及び制限エンドヌクレアーゼに基づくアッセイが含まれる。例えば、ゲノムの領域もしくはその発現産物の配列の変化（例えば、挿入、欠失、トランスバージョン、転移、選択的スプライシングなど）または遺伝子のスプライス形態の選好もしくは出現の変化は、とりわけ、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）鎖置換増幅、リガーゼ連鎖反応、サイクリングプローブ技術またはＤＮＡマイクロアレイチップなどの方法を用いて検出される。
【０１３９】
ＰＣＲの方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献３７）に記載されている。通常、ＰＣＲのために、長さが少なくとも約２０のヌクレオチド、より好ましくは長さが少なくとも３０のヌクレオチドを含む２つの非相補的核酸プライマー分子を、核酸鋳型分子の異なる鎖にハイブリダイズさせ、鋳型の特異的核酸分子コピーを酵素的に増幅させる。ＰＣＲ産物は、電気泳動及び核酸に結合する検出可能マーカーによる検出を用いて検出し得る。あるいは、１以上のオリゴヌクレオチドを検出可能マーカー（例えば、蛍光色素）で標識し、例えば、ライトサイクラー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ，Ｗｅｌｌｅｓｌｅｙ，ＭＡ，ＵＳＡ）を用いて増幅産物を検出する。本発明は、例えば、Ｔａｑｍａｎアッセイなどの定量型のＰＣＲも包含することが明らかである。
【０１４０】
鎖置換増幅（ＳＤＡ）は、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡポリメラーゼ及び制限エンドヌクレアーゼを用いて、標的配列を増幅する。オリゴヌクレオチドを標的核酸にハイブリダイズさせ、ポリメラーゼを用いて、この領域のコピーを産生する。次に、コピーされた核酸の始めにある配列を特異的に認識するエンドヌクレアーゼを用いて、コピーされた核酸と標的核酸の二重鎖にニックを入れる。ＤＮＡポリメラーゼはニックのあるＤＮＡを認識し、標的領域の別のコピーを産生し、同時に、先に生成された核酸を置換する。ＳＤＡの利点は、それが等温フォーマットで行なわれることにより、ハイスループットの自動解析が容易になることである。
【０１４１】
リガーゼ連鎖反応（特許文献１８〜１９に記載されている）は、標的核酸に結合する少なくとも２つのオリゴヌクレオチドを、それらが隣接する形で用いる。次に、リガーゼ酵素を用いて、これらのオリゴヌクレオチドを連結させる。熱サイクリングを用いると、ライゲートされたオリゴヌクレオチドは、次に、さらなるオリゴヌクレオチドの標的になる。次に、例えば、電気泳動、またはＭＡＬＤＩ−ＴＯＦを用いて、ライゲートされた断片を検出する。その代わりに、またはそれに加えて、１以上のプローブを検出可能マーカーで標識し、それにより、迅速な検出を容易にする。
【０１４２】
サイクリングプローブ技術では、標的配列にハイブリダイズすることができるＤＮＡ−ＲＮＡ−ＤＮＡを含む合成キメラプローブが用いられる。標的配列にハイブリダイズすると、形成されたＲＮＡ−ＤＮＡ二重鎖は、ＲＮアーゼＨの標的となり、それにより、プローブが切断される。次に、例えば、電気泳動またはＭＡＬＤＩ−ＴＯＦを用いて、切断されたプローブを検出する。
【０１４３】
好ましい例では、治療応答と関連するかまたはその原因とされるマーカーは、ゲノム遺伝子（例えば、ＩＦＮ−λ３遺伝子）のタンパク質コード領域内に存在し、かつその遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ中で検出可能である。例えば、そのようなマーカーは、ゲノム遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの選択的スプライシング形態（例えば、正常及び／もしくは健常な対照では見られないスプライス形態、あるいはマーカーを有する対象におけるスプライス形態のレベルの増加もしくは減少）であり得る。そのようなマーカーは、例えば、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）または核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）を用いて検出することができるが、任意のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡに基づくハイブリダイゼーション及び／または増幅プロトコルが本発明に適していることは明らかである。
【０１４４】
ＲＴ−ＰＣＲの方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献３７）に記載されている。
【０１４５】
ＴＭＡまたは自己持続性配列複製（３ＳＲ）の方法では、標的配列に隣接する２以上のオリゴヌクレオチド、ＲＮＡポリメラーゼ、ＲＮアーゼＨ及び逆転写酵素が用いられる。１つのオリゴヌクレオチド（これは、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位も含む）が標的配列を含むＲＮＡ分子とハイブリダイズし、逆転写酵素が、この領域のｃＤＮＡコピーを産生する。ＲＮアーゼＨを用いて、ＲＮＡ−ＤＮＡ複合体中のＲＮＡを消化し、第２のオリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡのコピーを産生する。次に、ＲＮＡポリメラーゼを用いて、ｃＤＮＡのＲＮＡのコピーを産生する。このプロセスを繰り返す。
【０１４６】
ＮＡＳＢＡシステムは、３つの酵素（逆転写酵素、ＲＮアーゼＨ及びＲＮＡポリメラーゼ）の同時活性に依存して、標的ｍＲＮＡ配列を選択的に増幅する。標的配列にハイブリダイズし、その５’末端にＲＮＡポリメラーゼ結合部位を含むオリゴヌクレオチドを用いる逆転写によって、ｍＲＮＡ鋳型をｃＤＮＡに転写する。鋳型ＲＮＡをＲＮアーゼＨで消化し、二本鎖ＤＮＡを合成する。次に、ＲＮＡポリメラーゼによって、ｃＤＮＡの多数のＲＮＡコピーが産生される。このプロセスを繰り返す。
【０１４７】
これらの方法のいずれかを用いる、治療応答と関連するマーカーへのハイブリダイゼーション及び／または治療応答と関連するマーカーの増幅が、例えば、電気泳動及び／または質量分析を用いて検出可能であることが明らかである。この点で、増幅反応で使用される１以上のプローブ／プライマー及び／または１以上のヌクレオチドを、検出可能マーカー、例えば、上記のようなマーカー、例えば、蛍光標識（例えば、Ｃｙ５もしくはＣｙ３）または放射性同位体（例えば、３２Ｐ）で標識して、マーカーの迅速な検出を容易にすることができる。
【０１４８】
あるいは、融解曲線解析法（例えば、特許文献２０に記載されている方法など）を用いて、核酸の増幅を連続的にモニタリングすることができる。
【０１４９】
本発明の１つの例示的な形態では、治療応答と関連するマーカーは、単一のヌクレオチド変化を含む。単一のヌクレオチド変化を検出する方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献３８に概説されている。
【０１５０】
例えば、ＤＮＡをエンドヌクレアーゼで消化し、例えば、サザンブロッティング（非特許文献３９〜４０に記載されているもの）を用いて対象となる断片を検出することによって、制限エンドヌクレアーゼの認識配列である配列を導入するかまたはそれを変化させる単一ヌクレオチド変化を検出する。あるいは、上記の核酸増幅法を用いて、単一ヌクレオチド変化を取り囲む領域を増幅する。次に、増幅産物をエンドヌクレアーゼとともにインキュベートし、例えば、電気泳動、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦまたはＰＣＲによって、得られるどんな断片も検出する。
【０１５１】
ジデオキシ鎖終結法またはマクサム・ギルバート法のいずれかを用いて、本発明の多型の配列の直接的な解析を遂行することができる（非特許文献４１〜４２）。
【０１５２】
あるいは、一本鎖構造多型（ＳＳＣＰ）解析を用いて、単一ヌクレオチド変化を検出する。ＳＳＣＰ解析は、核酸中の二次構造の形成及びこれらの二次構造の配列依存的な性質に依存する。この解析の１つの形態では、増幅法（例えば、上記の方法など）を用いて、単一ヌクレオチド変化を含む核酸を増幅する。次に、増幅された核酸を変性させ、冷却し、例えば、非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動、質量分析、または液体クロマトグラフィー（例えば、ＨＰＬＣもしくはｄＨＰＬＣ）を用いて解析する。異なる配列を含む領域は、異なる二次構造を形成し、結果として、例えば、ゲル及び／または荷電場の中を異なる速度で移動する。検出可能マーカーをＳＳＣＰ解析に有用なプローブ／プライマーの中に組み入れて、迅速なマーカー検出を容易にし得ることは明らかである。
【０１５３】
あるいは、例えば、質量分析またはキャピラリー電気泳動を用いて、任意のヌクレオチド変化を検出する。例えば、被験試料からの単一ヌクレオチド変化を含むＤＮＡの領域の増幅された産物を、正常／健常な個体由来の増幅された産物と混合する。これらの産物を変性させ、再びアニールさせておく。単一ヌクレオチド変化の位置に異なるヌクレオチドを含む試料は、正常／健常な個体由来の核酸分子と完全にはアニールしないため、完全にアニールした核酸と比較したとき、核酸の電荷及び／または構造を変化させることは明らかである。そのような不正確な塩基対形成は、例えば、質量分析を用いて検出可能である。
【０１５４】
質量分析は、短い増幅産物の分子量を検出するためにも有用である。ヌクレオチド変化は、核酸分子の分子量の変化を生じさせる（そのような方法は、例えば、特許文献２１に記載されている）。
【０１５５】
どちらかのアレルの単一ヌクレオチド変化の存在を判定するために、アレル特異的ＰＣＲ（例えば、非特許文献４３に記載されているもの）も有用である。オリゴヌクレオチドの最も３’の塩基が単一ヌクレオチド変化とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを設計する。ＰＣＲ反応の間、オリゴヌクレオチドの３’末端が標的配列とハイブリダイズしないならば、ＰＣＲ産物はほとんどまたは全く産生されない。これは、オリゴヌクレオチド中に存在する塩基以外の塩基が、試料中の単一ヌクレオチド変化の部位に存在することを示す。次に、例えば、ゲルもしくはキャピラリー電気泳動または質量分析を用いて、ＰＣＲ産物を検出する。
【０１５６】
プライマー伸長法（例えば、非特許文献３７）に記載されている）も単一ヌクレオチド変化の検出に有用である。単一ヌクレオチド変化に隣接する核酸の領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを用いる。次に、このオリゴヌクレオチドを、ポリメラーゼ及び単一ヌクレオチド変化で生じる可能性のある塩基のいずれかまたは全てに対応する遊離のヌクレオチドジホスファートとともに、プライマー伸長プロトコルで用いる。ヌクレオチドジホスファートを検出可能マーカー（例えば、蛍光色素）で標識することが好ましい。プライマー伸長後、未結合の標識ヌクレオチドジホスファートを、例えば、サイズ排除クロマトグラフィーもしくは電気泳動を用いて除去するか、または例えば、アルカリホスファターゼを用いて加水分解し、オリゴヌクレオチドへの標識ヌクレオチドの取込みを検出する。これは、単一ヌクレオチド変化の部位に存在する塩基を示す。その代わりに、またはそれに加えて、本明細書で例示されているように、質量分析（例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）を用いて、プライマー伸長産物を検出する。
【０１５７】
本発明は、例えば、ミニシークエンシング（非特許文献４４）などのハイスループット型のプライマー伸長解析にまで及ぶことが明らかである。そのような方法では、プローブもしくはプライマー（または複数のプローブもしくはプライマー）を固体支持体（例えば、ガラススライド）表面に固定する。次に、核酸を含む生体試料を、このプローブ／またはプライマーと直接接触させ、異なる検出可能マーカーで標識した各々の遊離のヌクレオチド塩基を用いて、プライマー伸長プロトコルを実施する。次に、各々のプローブ及び／またはプライマーに結合した検出可能マーカーを決定することによって、単一ヌクレオチド変化またはいくつかの単一ヌクレオチド変化に存在するヌクレオチドを決定する。
【０１５８】
蛍光標識されたロックされた核酸（ＬＮＡ）分子または蛍光標識されたタンパク質−核酸（ＰＮＡ）分子は、（非特許文献４５に記載されているような）ＳＮＰの検出に有用である。ＬＮＡ及びＰＮＡ分子は、高い親和性で、核酸（特に、ＤＮＡ）に結合する。ＬＮＡまたはＰＮＡプローブにコンジュゲートした蛍光色素（特に、ローダミンまたはヘキサクロロフルオレセイン）は、プローブが標的核酸にハイブリダイズすると、顕著により高いレベルで蛍光を発する。しかしながら、蛍光の増加のレベルは、１つでもヌクレオチドミスマッチが存在すると、同じレベルまで増強しない。したがって、試料中で検出される蛍光の程度は、例えば、ＳＮＰの存在下での、ＬＮＡまたはＰＮＡプローブと標的核酸の間のミスマッチの存在を示す。蛍光標識ＬＮＡまたはＰＮＡ技術を用いて、例えば、上記の増幅法を用いて以前に増幅された核酸中の単一塩基変化を検出することが好ましい。
【０１５９】
当業者には明らかであるように、ＬＮＡまたはＰＮＡ検出技術は、非特許文献４６に記載されているような、ＬＮＡまたはＰＮＡプローブを固体支持体表面に固定する１以上のマーカーのハイスループット検出に適している。
【０１６０】
同様に、分子ビーコンは、直接試料中でまたは増幅産物中で単一ヌクレオチド変化を検出するのに有用である（例えば、非特許文献４７）。分子ビーコンは、ステムループ構造を有する一本鎖核酸分子である。このループ構造は、対象となる単一ヌクレオチド変化を取り囲む領域と相補的である。ステム構造は、プローブ（ループ）の両側にある、互いに相補的な２つの「アーム」をアニールさせることによって形成される。蛍光部分が一方のアームに結合し、分子ビーコンが標的配列に結合していないときに検出可能な蛍光を抑制するクエンチング部分が、もう一方のアームに結合している。ループ領域がその標的核酸に結合すると、これらのアームが分離し、蛍光が検出可能となる。しかしながら、１塩基のミスマッチでさえも、試料中で検出される蛍光のレベルを顕著に変化させる。したがって、検出された蛍光のレベルによって、単一ヌクレオチド変化の部位における特定の塩基の有無が決定される。
【０１６１】
単一ヌクレオチド変化は、核酸アレイへのハイブリダイゼーションによって同定することもでき、その一例は、特許文献２２に記載されている。特許文献２２には、予め特徴付けられた多型の変異体形態の検出のために最適化されたサブアレイも記載されている。そのようなサブアレイは、第１の参照配列のアレル変異体である第２の参照配列に相補的となるように設計されたプローブを含む。第２グループのプローブは、プローブが第２の参照配列に対する相補性を示すことを除いて、同じ原理で設計される。第２グループ（またはさらなるグループ）を含めることは、プローブの長さに見合った短い距離の間に複数の突然変異（例えば、９〜２１塩基の中に２以上の突然変異）が存在すると考えられる一次参照配列の短いサブ配列を解析するのに特に有用であることができる。
【０１６２】
本発明は、例えば、ＳＮＰマイクロアレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘから入手可能なもの、もしくは例えば、特許文献２３もしくは非特許文献４８に記載されているもの）、Ｔａｑｍａｎアッセイ（非特許文献４９に記載されているもの）、固相ミニシークエンシング（非特許文献５０に記載されているもの）、ＦＲＥＴを用いるミニシークエンシング（非特許文献５１に記載されているもの）またはパイロミニシークエンシング（非特許文献５２に概説されているもの）などの、治療応答と関連する単一ヌクレオチド変化を検出する他の方法を包含することが明らかである。
【０１６３】
好ましい例では、本質的に非特許文献５３によって記載されているようなＴａｑｍａｎアッセイを用いて、治療応答と関連する単一ヌクレオチド変化を検出する。
【０１６４】
（ｉｉ）タンパク質マーカー検出
ａ）抗体
ポリペプチドを検出するための方法は、通常、標的ポリペプチドに優先的にまたは特異的に結合するリガンドまたは抗体を利用する。本明細書で使用するとき、「リガンド」という用語は、表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされるポリペプチド上の１以上の特定の部位に、共有結合であるかどうかを問わず、選択的に結合することができる、任意の化学的化合物、ポリヌクレオチド、ペプチド、タンパク質、脂質、糖質、小分子、天然産物、ポリマーなどを含むよう、その最も広い文脈において理解されるものとする。リガンドは、とりわけ、疎水相互作用、水素結合、静電相互作用、ファンデルワールス相互作用、πスタッキング、共有結合、または磁気相互作用を含む任意の手段を介して、その標的に結合することができる。リガンドが、ポリペプチドマーカーの特異的形態に特異的に結合することができることが特に好ましい。
【０１６５】
本明細書では、「抗体」という用語は、完全なモノクローナル抗体もしくはポリクローナル抗体、免疫グロブリン（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ）画分、ヒト化抗体、または組換え単鎖抗体、並びにこれらの断片、例えば、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片、及びＦｖ断片などを指す。
【０１６６】
抗体は、当業者に公知の種々の任意の技法により調製され、例えば、非特許文献５４）に記載されている。１つのそのような技法では、まず、抗原性ポリペプチドを含む免疫原を多種多様な動物のうちのいずれか１種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ヒト、イヌ、ブタ、ニワトリ及びヤギ）に注射する。免疫原は、天然の供給源に由来するか、組換え発現手段によって産生するか、または例えば、化学合成（例えば、ＢＯＣ化学反応もしくはＦＭＯＣ化学反応）によって人工的に作製する。表１に記載の任意の変異体アミノ酸を含むペプチドを抗体産生用の抗原として利用し得る。
【０１６７】
ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニンなどの担体タンパク質に結合させる。好ましくは、１回以上のブースター免疫感作を組み込んだ所定の日程に従って、免疫原、及び場合によりタンパク質の担体を動物宿主に注射し、該動物から定期的に血液を採取する。場合により、免疫原を、例えば、免疫原への対象の応答を増強するフロイント完全アジュバントまたはフロイント不完全アジュバント、リゾレシチン、及びジニトロフェノールなどのアジュバントの存在下で注射する。次に、例えば、好適な固体支持体に結合したポリペプチドを用いる親和性クロマトグラフィーによって動物から単離された血液から、ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を精製する。
【０１６８】
対象となる抗原性ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体は、例えば、非特許文献５５の技法、及びこれに対する改良法を用いて調製する。簡潔には、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、対象となるポリペプチドとの反応性）を有する抗体を産生することができる不死化細胞株の調製を伴う。そのような細胞株は、例えば、上記のように免疫感作された動物から得られる脾臓細胞から産生される。脾臓細胞は、例えば、骨髄腫細胞融合パートナー、好ましくは、免疫感作された動物と同系の融合パートナーとの融合によって不死化させる。種々の融合法が当技術分野で公知であり、例えば、脾臓細胞と骨髄腫細胞を、非イオン性界面活性剤と組み合わせるかまたは電気融合し、次に、ハイブリッド細胞の増殖は促進するが骨髄腫細胞の増殖は促進しない選択的培地中で増殖させる。好ましい選択法では、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミン）選択を用いる。十分な時間、通常は約１〜２週間の後、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一のコロニーを選択し、細胞が増殖した増殖培地を、ポリペプチド（免疫原）に対する結合活性を有する抗体の存在について検討する。高い反応性及び特異性を有するハイブリドーマが好ましい。
【０１６９】
モノクローナル抗体は、例えば、上記のような親和性精製などの方法を用いて、増殖するハイブリドーマコロニーの上清から単離する。
【０１７０】
抗体収量を増強するために、マウスなどの好適な脊椎動物宿主の腹腔内へのハイブリドーマ細胞株の注射などの、様々な技法も知られている。次に、そのような動物対象の腹水または血液からモノクローナル抗体を回収する。クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈殿、及び／または抽出など従来の技法によって、抗体から夾雑物を除去する。本発明の神経変性と関連するマーカーは、精製工程（例えば、親和性クロマトグラフィー工程）でも使用することができる。
【０１７１】
抗体の産生に使用される免疫原は、免疫原に結合し、好ましくは、高力価抗体である抗体の産生を刺激するのに十分に抗原性である免疫原であることが好ましい。一例では、免疫原は、完全タンパク質である。別の例では、免疫原は、ポリペプチドの断片に相当するペプチドからなる。そのような免疫原に対する抗体は、免疫原がそれに由来する、例えば、その天然状態における、または天然の構造を有する全長タンパク質も認識することが好ましい。
【０１７２】
その代わりに、またはそれに加えて、ペプチド免疫原に対する抗体は、タンパク質が変性したとき、免疫原がそれに由来する全長タンパク質を認識する。「変性した」とは、タンパク質の構造エピトープが、タンパク質の直鎖Ｂ細胞エピトープを保持する条件の下で破壊されることを意味する。当業者に知られているように、直鎖エピトープと構造エピトープとは重複する場合がある。
【０１７３】
あるいは、ＩＦＮ−λ３ポリペプチドまたはその断片の形態に結合することができるモノクローナル抗体は、例えば、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技法（非特許文献５６）、ヒトモノクローナル抗体を産生するＥＢＶハイブリドーマ技法（非特許文献５７）、またはコンビナトリアル抗体ライブラリーのスクリーニング（非特許文献５８）などの方法を用いて産生される。
【０１７４】
したがって、そのような抗体は、治療応答のマーカーの存在を検出する際に特に有用である。
【０１７５】
上記の方法は、任意の例によって本明細書に記載されているような抗体または抗体結合断片の産生にも好適である。
【０１７６】
ｂ）検出方法
一例では、本発明の方法は、ポリペプチド中のマーカーの存在を検出し、該マーカーは、治療応答と関連するかまたはその原因となる。
【０１７７】
ポリペプチドの量、レベルまたは存在は、例えば、免疫組織化学、免疫蛍光、イムノブロット、ウェスタンブロット、ドットブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素イムノアッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）、質量分析（タンデム質量分析、例えば、ＬＣ  ＭＳ／ＭＳを含む）、バイオセンサー法、エバネッセント波光ファイバー法またはタンパク質チップ法からなる群から選択される技法など、当業者に公知の種々の技法のいずれかを用いて決定される。
【０１７８】
一例では、タンパク質の量またはレベルを決定するのに用いられるアッセイは、半定量的アッセイである。別の例では、タンパク質の量またはレベルを決定するのに用いられるアッセイは、定量的アッセイである。
【０１７９】
ＩＦＮ−λ３ポリペプチド中の治療応答のマーカーと結合した抗体またはリガンドの量は、イムノアッセイを用いて決定することが好ましい。好ましくは、免疫組織化学、免疫蛍光、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、蛍光結合免疫吸着アッセイ（ＦＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、ＲＩＡ、バイオセンサーアッセイ、タンパク質チップアッセイ、質量分析アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動アッセイ及び免疫染色アッセイ（例えば、免疫蛍光）からなる群から選択されるアッセイを用いる。
【０１８０】
標準的な固相ＥＬＩＳＡまたはＦＬＩＳＡのフォーマットは、種々の試料に由来するタンパク質の濃度を決定する際に特に有用である。
【０１８１】
一形態では、そのようなアッセイは、生体試料を、例えば、ポリスチレンまたはポリカーボネートのマイクロウェルもしくはディップスティック、メンブレンまたはガラス支持体（例えば、ガラススライド）などの固体マトリックス表面に固定化することを伴う。治療応答のマーカー（例えば、ＩＦＮ−λ３ポリペプチドまたは表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされる他のポリペプチド）に特異的に結合する抗体を、固定化した生体試料と直接接触させ、該試料中に存在するその標的タンパク質のいずれかとの直接的な結合を形成させる。この抗体を、通常、例えば、ＦＬＩＳＡの場合は、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣもしくはテキサスレッド）もしくは蛍光半導体ナノ結晶（特許文献１７に記載されているもの）、またはＥＬＩＳＡの場合は、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、もしくはβ−ガラクトシダーゼ）などの検出可能レポーター分子で標識するか、もしくはその代わりに、一次抗体に結合する好適に標識された二次抗体を用いる。洗浄して、未結合の抗体を全て除去した後、蛍光標識の場合は直接、または酵素標識の場合は、例えば、過酸化水素、ＴＭＢ、もしくはトルイジン、もしくは５−ブロモ−４−クロロ−３−インドール−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（ｘ−ｇａｌ）などの基質を添加することによって、標識を検出する。
【０１８２】
そのようなＥＬＩＳＡまたはＦＬＩＳＡに基づくシステムは、例えば、単離された及び／もしくは組換えのＩＦＮ−γ３ポリペプチドまたはその免疫原性断片もしくはそのエピトープなどの、抗体が結合する既知量のタンパク質標準物質に対して検出システムを較正することにより、試料中のタンパク質量の定量に好適なものとなる。
【０１８３】
別の形態では、ＥＬＩＳＡは、ポリペプチドまたは表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされる他のポリペプチドと特異的に結合する抗体またはリガンドを、例えば、メンブレン、ポリスチレンもしくはポリカーボネートのマイクロウェル、ポリスチレンもしくはポリカーボネートのディップスティック、またはガラス支持体などの固体マトリックス表面に固相化することを含む。次に、試料を該抗体と物理的に関連させ、ポリペプチド内のマーカーを結合させるか、または「捕捉する」。次に、標識抗体を用いて、結合したタンパク質を検出する。例えば、マーカーをヒト試料から捕捉する場合、第１の（捕捉）抗体とは異なるエピトープに結合する標識抗ヒト抗体を用いて、捕捉したタンパク質を検出する。あるいは、第２の（検出）抗体と結合する第３の標識抗体を用いることもできる。
【０１８４】
本明細書に記載のアッセイフォーマットが、例えば、スクリーニング過程の自動化などのハイスループットフォーマット、または非特許文献５９に記載されているようなマイクロアレイフォーマットに適していることは、当業者に明らかであろう。さらに、例えば、競合ＥＬＩＳＡなどの、上記のアッセイの変化形も、当業者には明らかであろう。
【０１８５】
あるいは、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）を用いて、ＩＦＮ−λ３ポリペプチドまたは表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされる他のポリペプチド内のマーカーを検出する。このアッセイの基本原理は、抗体−抗原相互作用を検出するために放射性標識された抗体または抗原を使用することである。マーカーに特異的に結合する抗体またはリガンドを固体支持体に結合させ、試料を該抗体と直接接触させる。結合した抗原のレベルを検出するために、単離された及び／または組換えの形態の抗原を放射性標識し、同じ抗体と接触させる。洗浄後、結合した放射能のレベルを検出する。生体試料中の抗原はいずれも、放射性標識した抗原の結合を阻害するので、検出される放射能のレベルは、試料中の抗原のレベルに反比例する。そのようなアッセイは、単離された抗原の既知の増加濃度を用いる標準曲線を用いて定量化することができる。
【０１８６】
当業者には明らかであるように、そのようなアッセイは、放射性標識の代わりに、例えば、酵素または蛍光分子などの任意のレポーター分子を用いるように改変することができる。
【０１８７】
別の例では、ウェスタンブロットを用いて、ＩＦＮ−λ３ポリペプチドまたは表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされる他のポリペプチド内のマーカーのレベルを決定する。そのようなアッセイでは、当技術分野で知られ、かつ例えば、非特許文献６０）に記載されている技法を用いるドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）を用いて、試料由来のタンパク質を分離する。次に、分離されたタンパク質を、当技術分野で公知の方法（例えば、エレクトロトランスファー）を用いて、例えば、メンブレン（例えば、ＰＶＤＦメンブレン）などの固体支持体に転写する。次に、このメンブレンをブロッキングして、治療応答のマーカーに特異的に結合する標識された抗体またはリガンドでプロービングする。あるいは、標識された二次抗体もしくはリガンド、またはさらには三次抗体もしくはリガンドを用いて、特異的一次抗体の結合を検出する。次に、使用された標識に適切なアッセイを用いて、標識レベルを決定する。適切なアッセイは、当業者には明らかであろう。
【０１８８】
例えば、密度測定法などの、当技術分野で公知の方法を用いて、例えば、タンパク質マーカーのレベルまたは存在を決定する。一例では、タンパク質のバンドまたはスポットの強度は、当技術分野で公知の方法を用いて、ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルに充填されたタンパク質の総量に対して標準化される。あるいは、検出されるマーカーのレベルは、対照／参照タンパク質のレベルに対して標準化される。そのような対照タンパク質は当技術分野で公知であり、これには、例えば、例えば、アクチン、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）、β２マイクログロブリン、ヒドロキシ−メチルビランシンターゼ、ヒポキサンチンホスホリボシル−トランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ）、リボソームタンパク質Ｌ１３ｃ、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＡ、及びＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）が含まれる。
【０１８９】
代わりの例では、例えば、免疫組織化学または免疫蛍光などの当技術分野で公知の方法を用いて、治療応答のポリペプチドマーカーを細胞内で検出する。例えば、マーカーの存在を決定するために解析しようとする細胞または組織切片を固定し、細胞と細胞内に含まれるタンパク質の両方を安定化及び保護する。固定の方法は、マーカーの抗原性を破壊または破損し、それにより、マーカーを検出不能としないことが好ましい。細胞を固定する方法は当技術分野で公知であり、これには、例えば、パラホルムアルデヒドによる処理、アルコールによる処理、アセトンによる処理、メタノールによる処理、ブアン固定液による処理及びグルタルアルデヒドによる処理を含む。固定後、マーカーに結合することができるリガンドまたは抗体とともに、細胞をインキュベートする。リガンドまたは抗体を、例えば、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣもしくはテキサスレッド）、蛍光半導体ナノ結晶（例えば、特許文献１７に記載されているもの）、または酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、もしくはβ−ガラクトシダーゼ）などの検出可能なマーカーで標識する。あるいは、一次抗体に結合する標識二次抗体を用いて、一次抗体を検出する。洗浄して、未結合抗体を全て除去した後、関連する検出手段を用いて、該標識抗体への結合のレベルを検出する。蛍光標識を検出するための手段は、使用される標識の種類によって異なり、当業者には明らかであろう。
【０１９０】
場合により、免疫蛍光または免疫組織化学は、例えば、細胞透過処理（例えば、ｎ−オクチル−βＤ−グルコピラノシド、デオキシコール酸塩、Ｔｒｉｔｏｎ
Ｘ−１００  ＮＰ−４０などの非イオン性洗剤、例えば、ＳＤＳもしくはサポニンなどの低濃度のイオン性洗剤を用いる）、及び／または抗原賦活（例えば、熱を用いる）などのさらなる工程を含む。
【０１９１】
免疫蛍光を用いる方法は、定量的であるか、または少なくとも半定量的であるので好ましい。染色された細胞の蛍光度を定量化する方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献６１）に記載されている。
【０１９２】
バイオセンサー装置では、通常、アッセイ基板と組み合わせて装置内に組み込まれる電流またはインピーダンス測定エレメントと組み合わせた電極表面が使用される（例えば、特許文献２４に記載されている）。治療応答のマーカーに特異的に結合する抗体／リガンドは、バイオセンサー装置及び該機器に接触させた生体試料の表面に組み込まれることが好ましい。バイオセンサー装置によって検出される電流またはインピーダンスの変化は、該抗体へのタンパク質の結合を示す。当技術分野で公知のバイオセンサーのいくつかの形態はまた、表面プラズモン共鳴の反射表面の変化がリガンドまたは抗体へのタンパク質の結合を示す表面プラズモン共鳴法に依拠してタンパク質相互作用を検出する（特許文献２５〜２６）。
【０１９３】
バイオセンサーは、そのようなシステムをマイクロスケールまたはナノスケールに適合させる容易さのため、ハイスループット解析において特に有用である。さらに、そのようなシステムは、いくつかの検出用試薬を組み込み、単一のバイオセンサーユニット内における診断用試薬の多重化を可能とするように適合させるのにも好都合である。これにより、少量の体液中のいくつかのタンパク質またはペプチドの同時的な検出が可能になる。
【０１９４】
エバネッセント波バイオセンサーもまた、対象となるタンパク質を検出する前に生体試料を事前処理する必要がないので好ましい。エバネッセント波バイオセンサーは、通常、例えば、プローブの表面付近に付着し、標的ポリペプチドが抗体またはリガンドに結合すると異なる波長で蛍光を放出する蛍光抗体などの蛍光分子と相互作用する、所定の波長の光に依拠する。
【０１９５】
マイクロカンチレバーバイオセンサーまたはナノカンチレバーバイオセンサーもまた、検出可能な標識の使用を必要としないので好ましい。カンチレバーバイオセンサーでは、マイクロカンチレバーまたはナノカンチレバーの屈曲性アームの表面に結合する対象となる解析物を特異的に検出することができるリガンド及び／または抗体が使用される。対象となる解析物（例えば、ＩＦＮ−λ３ポリペプチドまたは表１のＳＮＰと連鎖する遺伝子によってコードされる他のポリペプチド内のマーカー）が結合すると、カンチレバーの屈曲性アームが垂直方向に（すなわち、上方または下方に）屈曲する。次に、屈曲性アームの屈曲変化を、例えば、原子間力顕微鏡法、屈曲性アームの振動変化、またはピエゾ抵抗の変化などの種々の方法のいずれかによって検出する。例示的なマイクロカンチレバーセンサーは、特許文献２７に記載されている。
【０１９６】
タンパク質チップを作製するために、対象となる特異的な抗体またはタンパク質に結合することができるタンパク質、ペプチド、ポリペプチド、抗体またはリガンドを、例えば、ガラス、ポリカーボネート、ポリテトラフルオロエチレン、ポリスチレン、二酸化ケイ素、金属または窒化ケイ素などの固体支持体に結合させる。この固相化は、直接的（例えば、シッフ塩基形成、ジスルフィド結合、もしくはアミド結合もしくは尿素結合の形成などの共有結合による）または間接的のいずれかである。タンパク質チップを作製する方法は当技術分野で公知であり、例えば、特許文献２８〜３１に記載されている。タンパク質を固体支持体に結合させるために、多くの場合、表面上に化学反応基を創出するように、固体支持体を（例えば、アルデヒド含有シラン試薬などで）処理する必要がある。あるいは、非特許文献６２に記載されているように、抗体またはリガンドを微細加工されたポリアクリルアミドゲルパッド表面で捕捉し、マイクロ電気泳動を用いてゲル内へと加速化させることもできる。
【０１９７】
タンパク質チップは、１種のタンパク質、リガンドまたは抗体しか含んでいなくてもよく、またこれを用いて、対象となる１種のポリペプチドの存在について１以上の患者試料をスクリーニングしてもよい。また、そのようなチップを用いて、対象となるポリペプチドについて多くの患者試料を同時にスクリーニングしてもよい。
【０１９８】
タンパク質チップを用いて解析するタンパク質試料は、例えば、当技術分野で公知の方法を用いて検出可能な蛍光分子、放射性分子、酵素、または抗体などのレポーター分子に付着させることが好ましい。したがって、タンパク質チップを標識された試料と接触させ、その後、洗浄して未結合タンパク質を全て除去することにより、例えば、ＤＮＡマイクロアレイリーダーを用いるなどの、当技術分野で公知の方法を用いて、結合タンパク質の存在を検出する。
【０１９９】
あるいは、生体分子相互作用解析−質量分析（ＢＩＡ−ＭＳ）を用いて、複合生体試料中に存在するタンパク質を低ｆｍｏｌレベルからｆｍｏｌ未満のレベルで迅速に検出し、特徴付ける（非特許文献６３）。タンパク質チップ解析で有用な１つの技法は、タンパク質チップに結合したタンパク質を特徴付けるための表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ）技術である。あるいは、特許文献３２に記載されているようなＥＳＩを用いてタンパク質チップを解析する。
【０２００】
前述の議論から明らかであるように、抗体またはリガンドに基づく検出システムを用いることは、そのようなアッセイがＩＦＮ−λ３ポリペプチド内の治療応答のマーカーの検出に適するので、特に好ましい。イムノアッセイフォーマットは、さらにより特に好ましい。
【０２０１】
生体試料：
本発明の例はゲノムＤＮＡ中のマーカーの検出に基づくので、ゲノムＤＮＡを含む任意の細胞または試料が、疾患もしくは障害及び／または疾患もしくは障害に対する素因を決定するのに有用である。細胞または試料は、ヒトに由来することが好ましい。有核細胞を含むことが好ましい。
【０２０２】
好ましい生体試料は、例えば、全血、血清、血漿、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、バフィーコート画分、唾液、尿、口腔細胞、尿、糞便物質、汗、肝生検または皮膚細胞を含む。
【０２０３】
好ましい例では、生体試料は、白血球、より好ましくは、リンパ球を含む。
【０２０４】
あるいは、生体試料は、羊水穿刺、絨毛膜絨毛サンプリング、胎児血液サンプリング（例えば、臍帯穿刺または経皮臍帯血サンプリング）及び他の胎児組織サンプリング（例えば、胎児皮膚生検）からなる群から選択される方法を用いて単離される細胞である。そのような生体試料は、治療応答に対する発生中の胚の傾向を判定するのに有用である。
【０２０５】
当業者には明らかであるように、生体試料のサイズは、使用される検出手段によって決まる。例えば、ＰＣＲまたは単一ヌクレオチドプライマー伸長などのアッセイを、単一の細胞を含む試料に対して行なうこともできるが、より多数の細胞が好ましい。核酸検出の代わりの形態では、単一の細胞よりも顕著に多くの細胞が必要となり得る。さらに、タンパク質に基づくアッセイでは、抗原に基づくアッセイに十分なタンパク質を提供するのに十分な細胞が必要となる。
【０２０６】
生体試料は、対象に予め由来するか、対象から予め単離されているか、または対象から予め得られていることが好ましい。したがって、本発明は、エクスビボ法も提供する。一例では、本発明の方法は、生体試料を単離すること、生体試料を得ることまたは生体試料を提供することもさらに含む。
【０２０７】
一例では、本方法は、例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはタンパク質などの生体試料からの抽出物を用いて行なわれる。
【０２０８】
本発明は、疾患または障害と関連するＩＦＮ−λ３遺伝子中のマーカーを（例えば、免疫蛍光を用いて）細胞内で検出することも含むので、「生体試料」という用語には、解析用に加工されているかどうかを問わず、１つまたは複数の細胞を含む試料も含まれる。
【０２０９】
前出の説明から明らかであるように、そのようなアッセイでは、例えば、定量化のための、適切な対照（例えば、正常な個体または典型的な集団）の使用が必要となり得る。
【０２１０】
本明細書では、「正常な個体」という用語は、免疫調節組成物による治療を受けていないことに基づき、対象が選択されることを意味すると理解されるものとする。
【０２１１】
例えば、正常な対象は、例えば、臨床的解析を用いて、治療が推奨されるいかなる形態の医学的状態も有さないと診断されている。その代わりに、またはそれに加えて、好適な対照試料は、治療が推奨される医学的状態に罹患しないことが知られている典型的な対照集団についてアッセイされているマーカーの測定値を含む対象データセットである。対象は、そのような医学的状態を発症する危険がなく、例えば、対象は、この疾患の家族歴を有さないことが好ましい。
【０２１２】
本文脈において、疾患もしくは障害に罹患することがなく、かつ／または治療応答のマーカーを含まないもしくは発現しないことが知られている対象に関する「典型的な集団」という用語は、例えば、治療応答を診断するための既知の方法を用いて検査され、疾患に罹患しないと判定され、かつ／または疾患マーカーの有無を判定するように検査された対象の集団または試料を指すと理解されるものとし、該対象は、正常及び／もしくは健常な対象、または疾患に罹患しないことが知られている対象の範囲を表している。
【０２１３】
一例では、参照試料はアッセイに含まれない。その代わりに、好適な参照試料は、典型的な集団から予め作成された確立されたデータセットに由来する。次に、被験試料を加工し、解析し、かつ／またはアッセイすることで得られたデータを、試料集団について得られたデータと比較する。
【０２１４】
集団を代表するように、十分に多数の参照試料から得られたデータによって、特定のパラメータの平均レベルを決定するためのデータセットの作成が可能となる。したがって、任意の個体集団、及び該個体に由来する任意の試料、アッセイ中の試料について決定される発現産物レベルとのその後の比較について、治療応答を診断する発現産物量を決定することができる。そのような標準化されたデータセットに依拠する場合、実施される各アッセイに内部対照を含めて、変動を制御することが好ましい。
【０２１５】
治療応答と関連するマーカーを決定するための方法
別の例では、本発明は、免疫調節因子による治療が推奨される医学的状態のいずれかの形態に対する治療応答のマーカーを決定することをさらに含む。
【０２１６】
さらに、ヒトＩＦＮ−λ３遺伝子または表１に記載された他の遺伝子の治療応答への密接な関連、及び治療応答と関連するいくつかのマーカーの提供を所与として、本発明は、新しい治療応答のマーカーを同定するための方法もさらに提供する。
【０２１７】
したがって、本発明は、治療応答と関連するマーカーを同定するための方法であって、
（ｉ）ＩＦＮ−λ３遺伝子または表１に記載された他の遺伝子またはその発現産物中の多型またはアレルまたは突然変異を同定すること、
（ｉｉ）一団の対象を解析して、免疫調節組成物によって治療可能な状態に罹患している者及び免疫調節組成物が投与される者を決定すること、ここで、この一団のメンバーが全て多型またはアレルまたは突然変異を含むわけではない、及び
（ｉｉｉ）免疫調節組成物に対する治療応答の発生における変動を決定すること、ここで、該変動は、多型またはアレルまたは突然変異が対象の応答と関連することを示す
を含む方法をさらに提供する。
【０２１８】
関連を判定するための方法は当技術分野で公知であり、例えば、非特許文献６４〜６５に概説されている。
【０２１９】
通常、マーカー（例えば、多型及び／またはアレル及び／またはスプライス形態及び／または突然変異）と事象（例えば、応答）との間の関連を判定することは、治療を受けている血縁関係のない個体の試料と、正常な集団におけるアレル分布を代表する適切な対照との間で、特定の遺伝子座における多型、アレル、スプライス形態、または突然変異の頻度を比較することを含む。
【０２２０】
いくつかの方法が関連を判定するのに有用であるが、こうした研究では、偽陽性の結果をもたらし得る、例えば、集団層別化などの困難を回避するいくつかのパラメータを考慮すべきである。
【０２２１】
集団層別化は、アレル頻度の異なる複数のサブグループが集団内に存在する場合に行なわれる。サンプリングされたサブグループにおける潜在的なアレル頻度の違いは、各群内の疾患、障害、及び／または表現型とは無関係であることもあり、結果として、連鎖不平衡または関連についての誤った結論をもたらすこともある。
【０２２２】
通常、集団層別化の問題は、適切な対照試料を用いることで回避される。例えば、疾患、障害、及び／または表現型を有する血縁関係のない発端者群と、互いに対してまたは発端者に対して血縁関係はないが、遺伝子型（例えば、性別、民族性及び／または年齢）に影響し得る（罹患状況以外の）関連する変数に関して発端者群とマッチしている対照（比較）個体群との間で比較がなされる、症例比較に基づく設計を用いることができる。
【０２２３】
あるいは、対照をスクリーニングして、疾患または治療の個人歴を有する対象を除外する。そのような「超健常」対照群は、疾患または治療による影響を受けない個体のアレル分布を表す。
【０２２４】
一般に、関連の解析を用いて、対象となる疾患／障害及び／または表現型によって影響を受ける対象内の１以上のアレル及び／または多型及び／またはスプライス変異体の非無作為的分布を検出する。被験集団と好適な対照集団との間の比較は、アレル及び／または多型が連鎖している遺伝子座が表現型に対して影響を及ぼさないという帰無仮説の下で行ない、この比較から、名目ｐ値が得られる。症例対照研究を用いる２アレルの多型または突然変異（例えば、ＳＮＰ）の解析では、２×２の分割表（アレルの解析用）または３×２の分割表（遺伝子型の解析用）に関するカイ二乗解析（または同等の検定）を用いる。
【０２２５】
家族ベースの関連研究を用いる解析では、各発端者の家族メンバーに由来するマーカーデータを用いて、予想される帰無分布を推定し、観察されるデータを予想されるデータと帰無仮説の下で比較する適切な統計学的検定を行なう。
【０２２６】
マーカーと疾患／障害及び／または表現型との関連の解析において有用な別の方法は、ゲノム対照法である（非特許文献６６）。候補アレル／多型の症例対照解析では、遺伝子対照法により、帰無遺伝子座と候補遺伝子座の両方についてのカイ二乗検定統計量を計算する。集団層別化及び／または対象間の未測定の遺伝子的関係が存在する場合、帰無遺伝子座について観察される検定統計量の変動及び／または大きさが増大する。次に、このデータを用いて、候補遺伝子座についての有意性検定の臨界値を調整するのに用いる乗数を導出する。この方法では、遺伝子対照により、偽陽性率の上昇なしに層別化された症例対照データの解析が可能となる。
【０２２７】
構造化された関連法（非特許文献６７）では、候補マーカーと連鎖しないマーカー遺伝子座を用いて、部分集団への帰属を推測する。潜在クラス解析を用いて、集団部分構造の影響を制御する。基本的には、帰無遺伝子座を用いて、部分集団数及び対象の各部分集団への帰属確率を推定する。その結果、この方法により、集団部分構造の結果としてのアレル／多型頻度の変化を説明することができる。
【０２２８】
その代わりに、またはそれに加えて、ベイズ統計法を用いて、遺伝子のアレル及び／または多型と治療に対する応答との間の関連の有意性を判定することができる。そのような手法では、検討される遺伝子座が対象となる治療応答に関与する事前確率が考慮される（例えば、非特許文献６８）。
【０２２９】
公的に入手可能なソフトウェアを用いて、関連を判定することができる。
【０２３０】
処方物：
任意の実施形態によって本明細書に記載されているような本発明のＩＦＮ化合物は、例えば、吸入または注射に好適な担体または賦形剤とともに治療または予防のために処方される。そのような処方物は、別の免疫調節組成物とともに、例えば、順次または同時に投与してもよい。そのような共投与は、両方の活性剤が同じ経路による処方及び投与に適している場合、同じ処方物中にあってもよい。例えば、ＩＦＮは、通常、注射剤として処方されるが、グアノシン類似体は、吸入、注射または経口処方物であってもよい。したがって、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または皮内経路による投与のための注射処方物は、特に好ましい。そのような処方物は、製薬の分野で公知の任意の方法によって、例えば、活性成分を担体、希釈剤または賦形剤と関連させることによって、調製することができる。
【０２３１】
医薬化合物の処方は、選択される投与の経路によって異なる（例えば、溶液、エマルジョン、カプセル）。溶液またはエマルジョンについては、好適な担体として、例えば、食塩水及び緩衝培地を含む、水溶液またはアルコール／水溶液、エマルジョンまたは懸濁液が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、例えば、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース、デキストロース及び塩化ナトリウム、乳酸リンゲルまたは固定油を挙げることができる。静脈内ビヒクルとしては、様々な添加物、防腐剤、または流体、栄養素または電解質補給液などを挙げることができる（一般には、非特許文献６９）。吸入のために、薬剤を可溶化し、投与に好適なディスペンサー（例えば、アトマイザー、噴霧器または加圧型エアロゾルディスペンサー）に充填することができる。
【０２３２】
そのような医薬処方物を調製するために、例えば、本発明の１以上の化合物を、例えば、凍結乾燥粉末、スラリー、水性溶液、または懸濁液の形態の、生理的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤と混合することにより、医薬として許容される担体または賦形剤と混合する（例えば、非特許文献７０〜７５）。
【０２３３】
当業者には明らかであるように、インビボで活性のある化合物は特に好ましい。ヒト対象で活性のある化合物はさらにより好ましい。したがって、疾患の治療に有用な化合物を製造する場合、処方物に添加されるいかなる成分も活性化合物の活性を阻害または改変しないことを保証することが好ましい。
【０２３４】
医薬処方物は、単位用量当たり所定量の活性成分を含む単位用量形態で提示し得る。そのような単位は、治療されている状態、投与の経路並びに患者の年齢、体重及び状態によって、例えば、１μｇ〜１０μｇ（例えば、０．０１ｍｇ〜１０００ｍｇ、または０．１ｍｇ〜２５０ｍｇ）の構造式Ｉ、構造式ＩＩ、構造式ＩＩＩまたは構造式ＩＶの化合物を含み得る。
【０２３５】
ａ）注射処方物
非経口投与に適した医薬処方物としては、酸化防止剤並びに緩衝剤、静菌剤及び処方物を意図されるレシピエントの血液と等張にする溶質を含み得る水性及び非水性滅菌注射溶液；並びに懸濁剤及び増粘剤を含み得る水性及び非水性滅菌懸濁液が挙げられる。処方物は、単位用量または複数回用量容器（例えば、密封アンプル及びバイアル）に入れて提供することができ、また、使用直前に滅菌液体担体（例えば、注射用水）の添加のみを必要とするフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存することができる。即席の注射溶液及び懸濁液は、滅菌粉末、顆粒及び錠剤から調製することができる。
【０２３６】
静脈内脂質エマルジョンまたは界面活性剤ミセルもしくはポリマーミセル中での本発明の調節因子または化合物の処方（例えば、非特許文献７６〜７７）は、特に好ましい。
【０２３７】
徐放性注射処方物は、例えば、調節因子または化合物を、医薬品及び約１μｍ〜１５０μｍの体積平均直径（例えば、約５μｍ〜２５μｍの直径）を有するマトリックス材料を含む多孔質微粒子に封入することにより産生する。一実施形態では、多孔質微粒子は、約５％〜９０体積％の平均空隙率を有する。一実施形態では、多孔質微粒子は、１以上の界面活性剤（例えば、リン脂質）をさらに含む。微粒子は、医薬として許容される注射用の水性または非水性ビヒクル中に分散させてもよい。そのような処方物に好適なマトリックス材料は、生体適合性合成ポリマー、脂質、疎水性分子、またはこれらの組合せを含む。
例えば、合成ポリマーは、例えば、ポリ（ヒドロキシ酸）（例えば、ポリ（乳酸）、ポリ（グリコール酸）、及びポリ（乳酸−コ−グリコール酸））、ポリ（ラクチド）、ポリ（グリコリド）、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）、ポリ無水物、ポリオルトエステル、ポリアミド、ポリカルボナート、ポリ（例えば、ポリエチレン及びポリプロピレン）、ポリアルキレングリコール（例えば、ポリ（エチレングリコール））、ポリアルキレンオキシド（例えば、ポリ（エチレンオキシド））、ポリアルキレンテレフタラート（例えば、ポリ（エチレンテレフタラート）、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルエステル、ポリビニルハライド（例えば、ポリ（ビニルクロリド）、ポリビニルピロリドン、ポリシロキサン、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルアセタート）、ポリスチレン、ポリウレタン及びそのコポリマー、誘導体化セルロース（例えば、アルキルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース、セルロースエーテル、セルロースエステル、ニトロセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシ−プロピルメチルセルロース、ヒドロキシブチルメチルセルロース、セルロースアセタート、セルロースピロピナート、セルロースアセタートブチラート、セルロースアセタートフタラート、カルボキシルエチルセルロース、セルローストリアセタート、及びセルローススルファートナトリウム塩）（本明細書では「合成セルロース」と総称する）、アクリル酸、メタクリル酸のポリマーまたはそのコポリマーもしくは誘導体（エステル、ポリ（メチルメタクリラート）、ポリ（エチルメタクリラート）、ポリ（ブチルメタクリラート）、ポリ（イソブチルメタクリラート）、ポリ（ヘキシルメタクリラート）、ポリ（イソデシルメタクリラート）、ポリ（ラウリルメタクリラート）、ポリ（フェニルメタクリラート）、ポリ（メチルアクリラート）、ポリ（イソプロピルアクリラート）、ポリ（イソブチルアクリラート）、及びポリ（オクタデシルアクリラート）を含む）（本明細書では「ポリアクリル酸」と総称する）、ポリ（酪酸）、ポリ（吉草酸）、及びポリ（ラクチド−コ−カプロラクトン）、これらのコポリマー、誘導体及び混合物からなる群から選択されるポリマーを含むことができる。好ましい実施形態では、合成ポリマーは、ポリ（乳酸）、ポリ（グリコール酸）、ポリ（乳酸−コ−グリコール酸）、またはポリ（ラクチド−コ−グリコリド）を含む。
【０２３８】
ｂ）吸入処方物
吸入による投与に適した医薬処方物としては、様々な種類の定量加圧型エアロゾル、噴霧器または散布器によって生成され得る微粒子ダストまたはミストが挙げられる。
【０２３９】
スプレー組成物は、例えば、好適な液状化高圧ガスの使用により、加圧式パック（例えば、定量吸入器）から送達されるエアロゾルとして処方することができる。
【０２４０】
吸入器または散布器の中で使用されるカプセル及びカートリッジ（例えば、ゼラチン）は、本発明の化合物及び好適な粉末基剤（例えば、ラクトースまたはデンプン）の吸入用粉末混合物を含めて処方することができる。
【０２４１】
エアロゾル処方物は、各々の定量のまたは「一吹きの」エアロゾルが約．００１μｇ〜約２０００μｇの本発明の調節因子または化合物を含むように設計されることが好ましい。
【０２４２】
経鼻投与に適した医薬処方物（その場合、担体は固体である）は、例えば、２０〜５００ミクロンの範囲の粒径を有する粗粉末を含み、これは、嗅ぎたばこを吸うようなやり方で、すなわち、鼻の近くに保持された粉末の容器から鼻腔を通して速やかに吸入することによって、投与される。鼻スプレーとしてまたは点鼻薬としての投与に好適な処方物（その場合、担体は液体である）としては、活性成分の水性または油性溶液が挙げられる。
【０２４３】
吸入器または散布器中のカプセル及びカートリッジによって送達される全体的な１日用量及び定量は、通常、エアロゾル処方物を用いた場合の２倍になる
【０２４４】
治療レジメン：
本明細書の任意の例によって記載されているような本発明のＩＦＮ−λ２／３化合物は、記載されているような担体または賦形剤とともに、治療または予防用に処方され、任意の好適な手段によって（例えば、吸入または注射によって）、それを必要とする対象に投与される。治療的組成物のための投与レジメンの選択は、その実体の血清または組織代謝回転速度、症状のレベル、その実体の免疫原性、及び生物学的マトリックス中での標的細胞の可触性を含む、いくつかの因子によって決まる。投与レジメンは、許容可能なレベルの副作用に相応の患者に送達される治療的化合物の量を最大化することが好ましい。したがって、送達される組成物の量は、ある程度は、特定の実体及び治療されている状態の重症度によって決まる。
【０２４５】
化合物は、例えば、連続注入によって、または例えば、１日、１週間の間隔での、もしくは週に１〜７回の投与によって提供することができる。組成物の投与は、静脈内、皮下、局所、口腔内、鼻腔内、直腸内、筋肉内、大脳内、膣内に、または吸入によって提供することができる。好ましい投与プロトコルは、望ましくない重大な副作用を回避する最大の用量または投与頻度を含むプロトコルである。１週間の総用量は、使用されている化合物の種類及び活性によって決まる。
例えば、そのような用量は、少なくとも約０．０５μｇ／ｋｇ体重、または少なくとも約０．２μｇ／ｋｇ、または少なくとも約０．５μｇ／ｋｇ、または少なくとも約１μｇ／ｋｇ、または少なくとも約１０μｇ／ｋｇ、または少なくとも約１００μｇ／ｋｇ、または少なくとも約０．２ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも約１．０ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも約２．０ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも約１０ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも約２５ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも約５０ｍｇ／ｋｇである（例えば、非特許文献７８〜７９）。
【０２４６】
特定の患者についての化合物の有効量は、治療されている状態、患者の全体的な健康、投与の方法、経路、及び用量並びに副作用の重症度などの因子によって異なり得る（例えば、非特許文献８０〜８１）。
【０２４７】
適切な用量の決定は、例えば、治療に影響を及ぼすかまたは治療に影響を及ぼすと予測される、当技術分野で知られているまたは疑われているパラメータまたは因子を用いて、臨床医が行なう。通常、用量は、最適用量よりもいくぶん少ない量から始め、それ以降、任意のネガティブな副作用と比べて所望のまたは最適な効果が得られるまで少しずつ増やす。重要な診断尺度には、治療されている疾患及び／または障害の症状に関する尺度が含まれる。使用される化合物は、治療の標的される対象と同じ種に由来するか、またはそのような種での使用に適しており、それにより、試薬に対する体液性応答が最小限に抑えられることが好ましい。
【０２４８】
有効量の治療薬は、例えば、上記のような疾患症状を、通常、少なくとも約１０％；通常、少なくとも約２０％；好ましくは少なくとも約３０％；より好ましくは少なくとも約４０％、及び最も好ましくは少なくとも約５０％減少させる。
【０２４９】
投与の経路は、例えば、静脈内、腹腔内、大脳内、筋肉内、眼内、動脈内、脳脊髄内、病変内、もしくは肺内経路による注射もしくは注入によるもの、または徐放システムまたはインプラントによるものであることが好ましい（例えば、非特許文献８２〜８６、特許文献３３〜３４）。
【０２５０】
本発明を、以下の非限定的な実施例を参照してさらに説明する。
【実施例】
【０２５１】
実施例１：インターフェロン（ＩＦＮ）を含む免疫調節組成物を用いる慢性Ｃ型肝炎の治療と関連するＳＮＰの同定
この実施例は、ＩＦＮを含む組成物を用いるＣ型肝炎ウイルス感染の治療に対する応答と関連する本発明のＳＮＰ及びアレルを示すものである。
【０２５２】
例えば、ここでのデータは、ウイルス除去によって決定したときの、高応答（ＨＲ）アレル（約１０−３未満の近似ｐ値）、すなわち、ＩＦＮ−α及びリバビリンを用いるＣ型肝炎治療に対する白人の迅速なまたは強力なまたは他の顕著な応答（表２）と関連するアレルを示す（表１及び３〜６）。このＨＲアレルは、ｒｓ８０９９９１７と命名された第１９番染色体ＳＮＰのアレルである。対応する低応答（ＬＲ）アレル、すなわち、治療に対する不良な応答または低い応答または無応答と関連するアレルは、この患者コホートにおいてｐ＞０．０５を有する（表１〜６）。第１９番染色体ＳＮＰのｒｓ８０９９９１７は、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）遺伝子の５’末端の、位置１９ｑ１３．１３にマッピングされる。
【０２５３】
次に、本発明者らは、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）遺伝子を包含する、位置４４，４２０，０００と位置４４，４４０，０００の間、より具体的には位置４４，４２３，０００周辺と位置４４，４３６，０００周辺の間の１９ｑ１３．１３の５ｋｂ領域と連鎖する他のＳＮＰを同定した（表１及び３）。例えば、ｒｓ８１０９８８６、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０３１４２及びｒｓ１２９８０２７５と命名されたこの領域内のＳＮＰについて、ＨＲアレル（約１０−３未満の近似ｐ値）及び／またはＬＲアレル（約０．０５を上回る近似ｐ値）が同定された（表４）。この領域内のｒｓ４８０３２２４、ｒｓ１２９８０６０２及びｒｓ１０８５３７２８というＳＮＰについて、弱いアレルも同定された（表４）。
【０２５４】
ＩＬ２８Ｂ関連データは、治療に対する応答との強い関連を示す１以上の第１９番染色体ＳＮＰ（例えば、遺伝子の５’末端にあるｒｓ８０９９９１７及び／またはエキソン２にあるｒｓ８１０３１４２及び／または遺伝子の３’末端にあるｒｓ１２９８０２７５）についてホモ接合である対象で確認する（表４及び５）。例えば、ｒｓ１２９８０２７５及びｒｓ８０９９９１７のＨＲアレルの二重ホモ接合体、並びにｒｓ８１０３１４２及びｒｓ８０９９９１７のＨＲアレルの二重ホモ接合体、並びにｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０３１４２及びｒｓ８０９９９１７のＨＲアレルの三重ホモ接合体が、治療に対する強い応答を示すのに対し（ｐ＜６×１０−４）、これらの遺伝子座におけるＬＲアレルの対応するホモ接合体は、表５に示すように、治療に対する一貫して低い応答を示す（ｐ＞０．０４）。別の例では、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７というＳＮＰのハプロタイプデータは、６つ全ての遺伝子座におけるＨＲアレルの存在が、治療に対する増強した応答と一貫してかつ顕著に関連するのに対し（１０−３未満のｐ値）、６つ全ての遺伝子座におけるＬＲアレルは、治療に対する不良な応答と一貫してかつ顕著に関連する（０．２５を上回るｐ値）ことも示す。
これらのデータは、位置４４，４２０，０００と位置４４，４４０，０００の間、より具体的には位置４４，４２３，０００周辺と位置４４，４３６，０００周辺の間の１９ｑ１３．１３における変異（例えば、ＩＬ２８Ｂ遺伝子と連鎖する変異）は、免疫調節組成物による治療に対する応答の変動に寄与するという本発明者らの結論を支持する。ＩＬ２８Ｂ遺伝子中の変異間の本関連は、位置４４，４２３，０００と位置４４，４３６，０００の間の１９ｑ１３．１３における遺伝子型（とりわけ、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ−２８Ｂ）遺伝子型）を用いて薬物応答を予測することができることを示す程度に十分に強い。これらのデータは、ＨＣＶ感染及び他のＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−αもしくはＩＦＮ−βまたはそれらの組合せ）を用いて現在治療されている他の疾患の治療のためのＩＦＮ−λ（例えば、ＩＦＮ−λ１及び／またはＩＦＮ−λ２及び／またはＩＦＮ−λ３）の使用も支持する。
【０２５５】
データは、以下の染色体位置である。
ａ）第１番染色体、１ｐ３５周辺、例えば、ＷＡＳＦ２遺伝子とＡＤＨＣ１遺伝子の間；並びに／または
ｂ）第３番染色体、３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間、例えば、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３遺伝子の内部（例えば、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３遺伝子のイントロンの内部）、及び／もしくは３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間、例えば、ＲＴＦＮ−１遺伝子の内部（例えば、ＲＴＦＮ−１遺伝子のイントロンの内部）；並びに／または
ｃ）第４番染色体、４ｑ３２周辺、及び／もしくは４ｐ１３周辺、及び／もしくは４ｐ１６．１周辺、例えば、ＣＴＢＰ１遺伝子付近；並びに／または
ｄ）第６番染色体、６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間、例えば、ＰＨＩＧＤ−１遺伝子の内部（例えば、ＰＨＩＧＤ−１のイントロンの内部）、及び／もしくは６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間、例えば、ＨＬＡ遺伝子クラスターの内部（例えば、ＨＬＡ偽遺伝子ＨＣＰ５Ｐ１０とＭＩＣＦの間）、及び／もしくは６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間、例えば、ＡＬＤＨ５Ａ１遺伝子とＰＲＬ遺伝子の間、及び／もしくは６ｑ１３周辺、例えば、ＲＩＭＳ−１遺伝子の内部（例えば、ＲＩＭＳ−１遺伝子のイントロンの内部）、及び／もしくは６ｑ２２．３１周辺、例えば、Ｃ６ｏｒｆ６８とＳＬＣ３５Ｆ１の間；並びに／または
ｅ）第８番染色体、８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺の間、例えば、ＣＲＨとＭＧＣ３３５１０の間（例えば、ＡＤＨＦＥ１とＭＧＣ３３５１０の間もしくはＲＲＳ１とＣＲＨの間）；並びに／または
ｆ）第９番染色体、９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間、例えば、遺伝子間領域；並びに／または
ｇ）第１０番染色体、１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間、例えば、ＮＰＳとＤＯＣＫ１の間；並びに／または
ｈ）第１１番染色体、１１ｑ２１周辺、例えば、ＫＩＡＡ１７３１遺伝子とＦＮ５遺伝子の間、及び／もしくは１１ｑ２２．３周辺、例えば、ＣＡＳＰ−１遺伝子の内部（例えば、ＣＡＳＰ−１遺伝子のイントロンの内部；並びに／または
ｉ）第１４番染色体、１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２周辺の間、例えば、ＤＡＣＴ１とＬＯＣ７２９６４６の間；並びに／または
ｊ）第１６番染色体、１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間、例えば、ＷＷＯＸ遺伝子内（例えば、ＷＷＯＸ遺伝子のイントロンの内部）、及び／もしくは１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間、例えば、ＩＬ２１ＲとＧＦＴ３Ｃ１の間；並びに／または
ｋ）第２０番染色体、２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３周辺の間、例えば、ＳＵＬＦ２遺伝子内（例えば、ＳＵＬＦ２遺伝子のイントロンの内部）
における１以上のＳＮＰのＨＲアレル（約１０−４未満の近似ｐ値）及び／またはＬＲアレル（ｐ値＞０．０１）も示している。これらの追加のＳＮＰ及びその関連を表１〜４に示す。
【０２５６】
これらのデータは、免疫調節組成物に対する治療の転帰を９０％を超える症例において正確に予測するための手段を提供する。
【０２５７】
患者コホート：
ステージ１のジェノタイピングのために、年齢、ＢＭＩ、ウイルス力価、及び治療レジメンについてマッチしている、十分に特徴付けられた３０２名の北欧系オーストラリア人の患者集団を利用した（表２）。患者は、ＨＢＶもしくはＨＩＶのいずれかに共感染していた場合または北欧系の子孫でない場合に、研究から除外された。この研究に含まれた全ての患者は、血清学検査及びウイルスＤＮＡ検査に基づいて遺伝子型１のＨＣＶに感染していると診断されており、標準コースのペグ化インターフェロン−アルファ（ＩＦＮ−α）及びリバビリンを投与されており、ウイルス除去によって判定される治療に対する６カ月での治療後応答が判明していた。治療に応答した全ての患者、及び非持続的ウイルス応答（「非−ＳＶＲ」）を有すると分類されたほとんどの患者は、１２カ月間の治療を受けていた。少数の非−ＳＶＲ症例は、１２週目でウイルスＲＮＡの低下を示さないので、４カ月の治療しか受けなかった。全ての患者は、それぞれの病院で経験のある肝臓専門医により診察された。
【０２５８】
また、英国、ドイツ、イタリア及びオーストラリア出身の約６００名の北欧人からなるより大きな独立コホートをステージ２のジェノタイピングに利用した（表２）。このコホートにおける研究対象の採用基準は、オーストラリア人コホートの場合と同じであった。
【０２５９】
サンプル収集及び処理：
両方の段階のオーストラリア人サンプルは、シドニー（Ｗｅｓｔｍｅａｄ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｎｅｐｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｓｔ  Ｖｉｎｃｅｎｔ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｐｒｉｎｃｅ  ｏｆ  Ｗａｌｅｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）及びブリスベン（Ｐｒｉｎｃｅｓｓ  Ａｌｅｘａｎｄｒａ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）で収集した。複製コホートの症例サンプルは、Ｕｎｉｖｅｒｓｔａｔ  Ｚｕ  Ｂｅｒｌｉｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ（ｎ＝２９８）、Ｒｈｅｉｎｉｓｃｈｅ  Ｆｒｉｅｄｒｉｃｈ−Ｗｉｌｈｅｌｍｓ−Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔａｔ，Ｂｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ（ｎ＝４３）、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔａ  ｄｅｇｌｉ  Ｓｔｕｄｉ  ｄｉ  Ｔｕｒｉｎｏ，Ｔｕｒｉｎ，Ｉｔａｌｙ（ｎ＝９３）及びＦｒｅｅｍａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ．，Ｎｅｗｃａｓｔｌｅ，ＵＫ（ｎ＝９１）で収集した。
【０２６０】
血液をＥＤＴＡチューブに採取した（オーストラリア人コホート）。５０ｎｇ／ｕｌに標準化された抽出されたＤＮＡを他のコホートについて得た。標準的なプロトコルでゲノムＤＮＡを抽出した。ナノドロップを用いて吸光度比ＯＤ２６０ｎｍ／２８０ｎｍを算出することにより、ＤＮＡの品質を評価した。
【０２６１】
倫理承認：
本研究の倫理承認は、非特許文献８７）によって与えられた。他の全ての場所は、そのそれぞれの倫理委員会からの承認を得た。書面によるインフォームドコンセントは全ての参加者から得られた。
【０２６２】
統計解析：
例えば、非特許文献８８によって記載されているような、ｔｈｅ  Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＳＡのＨａｐｌｏｖｉｅｗバージョン３．３１でカイ二乗検定を用いて、高い応答または低い応答を有する対象におけるハーディー・ワインベルグ平衡及びアレル分布を比較した。ゲノム規模の有意な関連の閾値は、ｐ＜１．６×１０−７、すなわち、０．０５／３１２，０００に設定した。１．６×１０−７≦ｐ＜１．０×１０−４のＳＮＰは、治療に対する応答との極めて示唆的な関連を示すとみなされた。１．０×１０−４≦ｐ＜１．０×１０−３のＳＮＰは、治療に対する応答との適度に示唆的な関連を示すとみなされた。コクラン・アーミテージ傾向検定を用いて、ステージ１及びステージ２で検討した全てのＳＮＰの関連を評価し、統合したｐ値を決定した。
【０２６３】
ＳＮＰジェノタイピング：
インフィニウム法（Ｉｎｆｉｎｉｕｍ）及びゴールデンゲート法（ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅ）によるＳＮＰジェノタイピング用のＨｕｍａｎＬｉｎｋａｇｅパネル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を用いるＳＮＰジェノタイピングのために、非特許文献８９に本質的に記載されているような２段階のアプローチを利用した。ＳｅｑｕｅｎｏｍマスアレイｉＰｌｅｘジェノタイピングプラットフォーム（Ｓｅｑｕｅｎｏｍｅ，Ｉｎｃ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を用いて、第１９番染色体上のＳＮＰを細かくマッピングした。０．２の疾患アレル頻度に対して１．５のリスク係数を検出する８７％の出力があると計算されるので、この２段階アプローチが好まれた（非特許文献９０）。
【０２６４】
ａ）ステージ１のジェノタイピング
Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ＨｕｍａｎＨａｐ３００またはＣＮＶ３７０ジェノタイピングＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を用いて、３０２個の患者サンプルをジェノタイピングした。Ｉｌｌｕｍｉｎａクラスター（すなわち、９５％未満のジェノタイピング効率）を用いて非常に低いコールレートを有するサンプルは削除した。データ処理の精度のために、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）のチェックを行ない、サンプルの０．０５％未満に生じるＳＮＰを削除した。ｐ値＞１０−４のハーディー・ワインベルグ平衡を与えるサンプルを保持した。ジェノタイピングコールレートが９０％未満であったので２名の個人を除外し、ＩＢＳ／ＩＢＤ解析により、これら２名が血縁関係にあることが明らかとなった。ジェノタイピング誤差の９９％信頼区間（ＣＩ）は、１．７％〜１．８％であると推定された。民族性は自己による同定または親の民族性による同定で決められるので、非特許文献９１によって本質的に記載されているようなＥＩＧＥＮＳＯＦＴソフトウェアを用いて、あり得る集団階層化の評価を行ない、主成分分析を遺伝子型データに適用して、変動の軸を推測した。これにより、５名の個人がさらなる解析から除外された。したがって、最終的なゲノム規模関連（ＧＷＡ）研究は、表２に示すような２９３名の患者からなっていた（１６２名は低い応答（ＬＲ）を有し、１３１名は高い応答（ＨＲ）を有する）。
【０２６５】
ステージ１のＳＮＰについてのゲノム位置に対するシグナル強度のマンハッタンプロット及びアレル関連の分位点−分位点プロット（図示せず）により、単なる偶然によって期待されるよりも関連のあるＳＮＰが同定された。その解析における１．００５というゲノム拡大係数（ｇｅｎｏｍｉｃ  ｉｎｆｌａｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ）λにより、例えば、集団階層化による偽陽性関連の可能性が低いことが示された。合計３１２，０００個のＳＮＰが、第１段階の品質フィルターを通過し、さらに解析された。合計６９５個のＳＮＰ（０．２２％）は、第１段階の品質フィルターを通過せず、後の解析から除外された。
【０２６６】
これらの３１２，０００個のＳＮＰから、ＳＮＰは、上記の「統計解析」の下で記載したように、治療応答と高度に関連するかまたは示唆的に関連すると分類された。
【０２６７】
ステージ１では、治療応答との高度なまたは示唆的な関連を有する、インターフェロンラムダ−３（ＩＦＮ−λ３）遺伝子と連鎖している３つの第１９番染色体ＳＮＰを同定した。第１９番染色体にマッピングされるＳＮＰについて、ゲノム規模関連の閾値を満たすものは他になかった。これら３つのＳＮＰに隣接するゲノム配列、その染色体位置及びＩＦＮ−λ３遺伝子内での位置を表３に示す。ＩＦＮ−λ３遺伝子に隣接する２つのＳＮＰ、すなわち、ＩＦＮ−λ３の５’末端にマッピングされるｒｓ８０９９９１７（ｐ＝７．０６×１０−０８）、及びＩＦＮ−λ３の３’末端にマッピングされるｒｓ１２９８０２７５（ｐ＝４．８１×１０−８）は、ステージ１における治療応答との有意な関連の閾値をはるかに下回っていた（表４）。３つ目のＳＮＰ、すなわち、ＩＦＮ−λ３の５’末端にマッピングされるｒｓ８１０９８８６（ｐ＝１．２９×１０−０４）は、ステージ１における治療応答との示唆的な関連を有するとみなされた（表４）。
【０２６８】
以下の染色体位置である。
ａ）ＷＡＳＦ２遺伝子とＡＤＨＣ１遺伝子の間にある、１ｐ３５周辺のｒｓ７５１２５９５；
ｂ）ＣＡＣＮＡ２Ｄ３遺伝子のイントロンの内部にある、３ｐ２１．２周辺と３ｐ２１．３１周辺の間のｒｓ６８０６０２０；及びＲＴＦＮ−１遺伝子のイントロンの内部にある、３ｐ２４．３周辺と３ｐ２５．１周辺の間のｒｓ１２４８６３６１；
ｃ）４ｑ３２周辺のｒｓ１００１８２１８；４ｐ１３周辺のｒｓ１５８１０９６；及びＣＴＢＰ１遺伝子の近くにある４ｐ１６．１周辺のｒｓ１２５０１０５；
ｄ）Ｃ６ｏｒｆ６８とＳＬＣ３５Ｆ１の間にある、６ｑ２２．３１周辺のｒｓ７７５０４６８；ＲＩＭＳ−１遺伝子のイントロン内部にある、６ｑ１３周辺のｒｓ２７４６２００；ＰＨＩＧＤ−１のイントロン内部にある、６ｐ１２．２周辺と６ｐ１２．３周辺の間のｒｓ９２７１８８；６ｐ２１．３３周辺と６ｐ２２周辺の間及びＨＬＡ偽遺伝子ＨＣＰ５Ｐ１０とＭＩＣＦの間のｒｓ２５１７８６１；並びに６ｐ２２．１周辺と６ｐ２２．２周辺の間、及びＡＬＤＨ５Ａ１遺伝子とＰＲＬ遺伝子の間のｒｓ２０２５５０３及びｒｓ２０６６９１１；
ｅ）８ｑ１２．２周辺と８ｑ１３．１周辺、例えば、ＣＲＨとＭＧＣ３３５１０の間（例えば、ＡＤＨＦＥ１とＭＧＣ３３５１０またはＲＲＳ１とＣＲＨの間）のｒｓ１０２８３１０３及びｒｓ２１１４４８７；
ｆ）遺伝子間領域内にある、９ｑ２２．１周辺と９ｑ２２．２周辺の間のｒｓ１００２９６０；
ｇ）１０ｑ２６．２周辺と１０ｑ２６．３周辺の間及びＮＰＳとＤＯＣＫ１の間のｒｓ１９３１７０４；
ｈ）ＫＩＡＡ１７３１遺伝子とＦＮ５遺伝子の間にある、１１ｑ２１周辺のｒｓ１９３９５６５；ＣＡＳＰ−１遺伝子のイントロン内部にあるｒｓ５６８９１０及びｒｓ５５７９０５、ここで、ｒｓ５６８９１０はイントロン２にあり、ｒｓ５５７９０５はイントロン６にある；
ｉ）ＤＡＣＴ１とＬＯＣ７２９６４６の間にある、１４ｑ２２．１周辺と１４ｑ２２．２の間のｒｓ１９３１７０４；
ｊ）１６ｐ１１．２周辺と１６ｐ１２．１周辺の間及びＩＬ２１ＲとＧＦＴ３Ｃ１の間のｒｓ３０９３３９０；並びにＷＷＯＸ遺伝子のイントロン内部にある、１６ｑ２３．１周辺と１６ｑ２３．２周辺の間のｒｓ７１９６７０２；並びに
ｋ）ＳＵＬＦ２遺伝子イントロン内部にある、２０ｑ１３．１２周辺と２０ｑ１３．１３周辺の間のｒｓ４４０２８２５
にマッピングされる、治療応答との少なくとも適度に示唆的な正の関連を有する他の染色体上のＳＮＰも同定した。これらの追加のＳＮＰ及びそれらの関連を表１〜４に示す。これらのＳＮＰのうち、ｒｓ７７５０４６８、ｒｓ２０６６９１１、ｒｓ６８０６０２０、ｒｓ２１１４４８７及びｒｓ１９３１７０４は、関連が高度に示唆的であるとみなされ、残りは、ステージ１のスクリーニングデータに基づいて、関連が適度に示唆的であるとみなされた。ｒｓ１９３１７０４と命名されたＳＮＰは、治療応答と非常に密接な関連があり（ｐ＝４．４２×１０−０７）、神経ペプチドＳ（ＮＰＳ）遺伝子と密接に連鎖していることが示された。
【０２６９】
合計５１２個の高度に及び適度に関連したＳＮＰをステージ１から選択した。
【０２７０】
ｂ）ステージ２のジェノタイピング
第２段階の全ゲノムスクリーンでは、そのゲノム位置とは無関係なｐ＜１．０×１０−４の有意水準を有する３０７個のＳＮＰと、遺伝子オントロジーによって免疫調節または抗ウイルスと分類された遺伝子と連鎖し、かつ１．０×１０−４≦ｐ＜１．０×１０−３の有意水準を有する２０６個のＳＮＰとが含まれた。ゴールデンゲート（Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ）技術（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）を用いて、ＳＮＰをジェノタイピングした。０．９０未満のコールレートを有する２つの症例、治療転帰のない８つのサンプルを除外した。残るサンプルのクラスタープロットを目視検査でチェックし、３８個の曖昧なコールと、ＭＡＦが０．０５未満のＳＮＰも、さらなる解析から除外した。ハーディー・ワインベルグ平衡における不良な有意性（すなわち、ｐ値＜１０−４）を有するものとして、さらに８個のＳＮＰを除外した。これは、ステージ２の解析が５７７名の個人を対象に行なわれ、そのうち、２９４名は、治療に対する低い応答を有し、２６１名は、治療に対する高い応答を有することを意味した（表２）。
【０２７１】
また、合計４６８個のＳＮＰが品質フィルターを通過し、ステージ２のジェノタイピングのために選択された。
【０２７２】
これら４６８個のＳＮＰは、上述の「統計解析」の下で記載したように、治療応答と高度にまたは示唆的に関連すると分類された。これらのうち、ステージ２では、４０個のＳＮＰが、複製期における治療応答との関連の示唆的証拠を表す閾値に達した（ｐ＜０．０５）。
【０２７３】
表４に示すように、ＩＦＮ−λ１（ＩＬ２８Ｂ）遺伝子と連鎖するＳＮＰは、遺伝子の５’末端にあるｒｓ８０９９９１７を含めて、治療応答との適度から強い関連を示し、これは、最も高度に有意な関連を与えた（ｐ＝９．３９×１０−０４；ＯＲ＝１．５６；及び９５％ＣＩ＝１．１９〜２．０４）。適度な関連は、ＩＦＮ−λ３の３’末端にマッピングされるｒｓ１２９８０２７５について認められ（ｐ＝１．２４×１０−４）、これは、先のコホートにおいてより高い有意値を与えていた（表４）。表４に示すように、適度な関連は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子のエキソン２にあるｒｓ８１０３１４２（ｐ＝３．８３×１０−４）及びＩＬ２８Ｂ遺伝子の３’末端にあるｒｓ８１０５７９０（ｐ＝３．７×１０−４）というＳＮＰについても認められた。
【０２７４】
他のゲノム領域にマッピングされたＳＮＰについては、適度の関連を示したｒｓ１００１８２１８及びｒｓ１００２９６０を除いて、治療転帰との関連は、ステージ２のコホートでより弱かった。
【０２７５】
ｃ）統合したデータ
コクラン・アーミテージ傾向検定（非特許文献９２〜９３）を用いて、ステージ１及びステージ２で検討した全てのＳＮＰの関連を評価し、統合したｐ値を決定した。
【０２７６】
表４に示すデータは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子の５’末端にあるｒｓ８１０９８８６の強い関連とともに、ｒｓ８０９９９１７と、第１９番染色体上のＩＬ２８Ｂ遺伝子に隣接するｒｓ１２９８０２７５とについての、発見及び複製群の全体的な解析でゲノム規模の有意性に達する応答との強い関連を明らかにしている。
【０２７７】
表４に示すデータは、１０−３未満の統合したＰ値で判定されるような、治療転帰との適度に示唆的なまたは極めて示唆的な関連を示す他の染色体上のＳＮＰも示している。特に、ステージ１及び／またはステージ２で同定されたこれらの他の染色体上の全てのＳＮＰは、これに基づいて適格性を判断した。
【０２７８】
高応答（ＨＲ）アレル及び低応答（ＬＲ）アレルを決定するためのＳＮＰジェノタイピング：
従来の方法、例えば、以下のもの並びにその組合せ及び変形から選択される方法を用いて、表１、３及び４に記載された様々なＳＮＰの遺伝子型を決定する：
（ｉ）例えば、高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下で、相補的ＤＮＡプローブをゲノムＤＮＡ中のＳＮＰ部位にハイブリダイスさせることによるもの；
（ｉｉ）蛍光標識したアレル特異的オリゴヌクレオチドを利用して、ストレプトアビジンカラムに結合した一本鎖ビオチン化ゲノムＤＮＡアンプリコンにハイブリダイズさせる動的アレル特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）によるもの；
（ｉｉｉ）野生型アレルまたは突然変異体アレルの配列を含む分子ビーコンを用いることによるもの；
（ｉｖ）いくつかの異なる位置のＳＮＰ部位を含むかまたはＳＮＰアレルとのミスマッチを含むプローブを用いてＳＮＰマイクロアレイを調べ、生成されたシグナル強度を比較し、それによって、ホモ接合アレル及びヘテロ接合アレルを決定することによるもの；
（ｖ）ＳＮＰを含む配列を区別する酵素を用いたゲノムＤＮＡの消化及び生成された断片のその長さに基づく分離によって生じる制限断片長多型（ＲＦＬＰ）を解析することによるもの；
（ｖｉ）ＰＣＲまたは例えば、異なる長さもしくは異なる標識で、かつＳＮＰ部位で重複する配列を含むＡＲＭＳプライマーを利用し、それによってアレルを増幅する他の増幅手段によるもの；
（ｖｉｉ）例えば、ｆｌａｐエンドヌクレアーゼ（ＦＥＮ）、例えば、ゲノムＤＮＡと２つの特異的オリゴヌクレオチドプローブとを含む３成分構造を消化するクリベースを利用するインベーダーアッセイによるもの、ここで、第１のプローブ（インベーダーオリゴヌクレオチド）は、ゲノムＤＮＡの３’末端に相補的であり、標的ゲノムＤＮＡ中のＳＮＰと重複するミスマッチのある３’末端ヌクレオチドを含み、第２のプローブ（アレル特異的オリゴヌクレオチド）は、標的ゲノムＤＮＡの５’末端に相補的であり、ＳＮＰヌクレオチドの３’側を超えて伸長し、ＳＮＰアレルに相補的なヌクレオチドを含み、したがって、ＳＮＰが標的ゲノムＤＮＡ中にある場合は、３成分構造が形成され、ミスマッチのあるアレルがアレル特異的オリゴヌクレオチド中に存在する場合は、クリベースによって３成分構造からアレル特異的プローブの３’末端が放出される；
（ｖｉｉ）各々が異なるｄｄＮＴＰを欠いているｄＮＴＰ／ｄｄＮＴＰミックスの混合物の存在下における、ＳＮＰヌクレオチドのすぐ上流のゲノムＤＮＡにハイブリダイズしているプローブからのＳＮＰ全体にわたるプライマー伸長及び生成される伸長産物のシークエンシングによるもの；
（ｖｉｉｉ）ｉＰＬＥＸ  ＳＮＰジェノタイピング（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）によるもの；
（ｉｘ）アレイ化されたプライマー伸長（ＡＰＥＸまたはＡＰＥＸ−２）によるもの；
（ｘ）プライマー伸長に基づくインフィニウムアッセイ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＵＳＡ）によるもの；
（ｘｉ）１つのＳＮＰに２つのオリゴヌクレオチドプライマーを利用して、ゲノムＤＮＡ中のアレルを含むアンプリコンを生成させるホモジニアスなマルチプレックスＰＣＲによるもの；
（ｘｉｉ）５’ヌクレアーゼ活性を有する熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを用いて、ミスマッチのあるプライマーではなく、マッチしたプライマーにハイブリダイズしているゲノムＤＮＡを分解する、例えば、リアルタイムで（例えば、Ｔａｑｍａｎアッセイフォーマット（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＵＳＡ）及び／またはマルチプレックスアッセイフォーマットで）行なわれる、５’ヌクレアーゼアッセイによるもの；
（ｘｉｉｉ）プローブが標的ゲノムＤＮＡと同一である場合に、上流または下流の不変のオリゴヌクレオチドへのライゲーションが起こることができるように、ＳＮＰ部位の全体にプローブをハイブリダイズさせることによって、マッチしたオリゴヌクレオチドとミスマッチのあるオリゴヌクレオチドを用いて、ＳＮＰを調べるリガーゼアッセイによるもの；
（ｘｉｖ）例えば、一本鎖ゲノムＤＮＡまたはそれから生成されるアンプリコンの移動度によって決定されるような、一本鎖構造多型を解析することによるもの；
（ｘｖ）ＳＮＰ部位を含む標的ＤＮＡを、標的ＤＮＡに対するミスマッチのあるアレルを含むアレル特異的プローブの存在下で変性させることと、この核酸を再アニールさせることと、温度勾配の存在下で生成物を分離することとを含む、標的ＤＮＡを用いる温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）または温度勾配キャピラリー電気泳動（ＴＧＣＥ）によるもの；
（ｘｖｉ）ＳＮＰ部位を含む標的ＤＮＡを、標的ＤＮＡに対するミスマッチのあるアレルを含むアレル特異的プローブの存在下で変性させることと、この核酸を再アニールさせることと、逆相ＨＰＬＣ条件下で生成物を分離することとを含む、変性ＨＰＬＣによるもの；
（ｘｖｉｉ）アンプリコンの高分解能融解によるもの；
（ｘｖｉｉｉ）ＳＮＰｌｅｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＵＳＡ）によるもの；並びに
（ｘｉｘ）例えば、パイロシークエンシングを用いて、ゲノムＤＮＡ中のＳＮＰ全体をシークエンシングすることによるもの。
【０２７９】
例えば、従来の方法を用いて、ＨＲアレル及びＬＲアレルを、本明細書に例示されているＳＮＰについて決定した。これらは、「ＳＮＰ効果」という見出しの列において、本明細書の表３にまとめられている。
【０２８０】
１つの特殊化した例では、Ｔｓｐ４５Ｉ制限酵素（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｅｙ，ＭＡ）を用いて、ＳＮＰのｒｓ８０９９９１７をＰＣＲ−ＲＦＬＰでタイピングした。１０μｌの反応液（Ｘ１バッファー、０．４Ｕの酵素、５μｌのＰＣＲ産物及びミリＱ水）中、６５℃で２時間、消化を行なった。消化産物を、２％（ｗ／ｖ）のＴＢＥゲル上で、１２０Ｖで１／２時間、電気泳動した。遺伝子型は、Ｔアレルについては、３２５ｂｐの断片として、Ｇアレルについては、２８６ｂｐ及び３９ｂｐの断片として決定された。内部対照Ｔｓｐ４５Ｉ部位での消化から生じるさらなる２１４ｂｐ断片の放出を用いて、消化の完全性を評価した。表４のデータは、ｒｓ８０９９９１７のＴアレル（及び反対のＤＮＡ鎖上の相補的Ａ残基）についての、ゲノム規模の有意性に達する治療応答との非常に強い関連を示す（統合したＰ値＝９．２５×１０−０９、ＯＲ＝１．８６、９５％ＣＩ＝１．４９〜２．３２）。ｒｓ８０９９９１７の高応答（ＨＲ）アレルの非保有者と比較して、ｒｓ８０９９９１７のＨＲアレルのヘテロ接合保有者では、１．６４（９５％ＣＩ＝１．１５〜２．３２）というオッズ比（ＯＲ）が得られ、ホモ接合保有者では、２．３９（９５％ＣＩ＝１．１６〜４．９４）というＯＲが得られた。
【０２８１】
表４に示すデータは、ｒｓ１２９８０２７５のＡアレル（及び反対のＤＮＡ鎖上の相補的Ｔ残基）についての、ゲノム規模の有意性に達する治療応答との非常に強い関連（統合したＰ値７．７４×１０−１０）も示す。
【０２８２】
表４に示すデータは、ＩＬ２８Ｂのエキソン２中のｒｓ８１０３１４２のＴアレル（及び反対のＤＮＡ鎖上の相補的Ａ残基）が、免疫調節組成物による治療的介入に対するより高い応答と関連する（すなわち、ＨＲアレルである）（ｐ＝３．８３×１０−４）のに対し、Ｃアレル（及び反対のＤＮＡ鎖上の相補的Ｇ残基）がより低い応答と関連する（すなわち、低応答（ＬＲ）アレルである）ことも示す。
【０２８３】
表５に示すデータは、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８０９９９１７及びｒｓ８１０３１４２を含む２つのＳＮＰ及び３つのＳＮＰの組合せのあり得る遺伝子型を示す。これらのデータは、個々のＳＮＰのＨＲアレル及び／またはＬＲアレルの組合せの使用を支持する。例えば、治療応答と、ｒｓ１２９８０２７５及びｒｓ８０９９９１７における両方のＨＲアレル（すなわち、ｒｓ１２９８０２７５における遺伝子型ＡＡ及びｒｓ８０９９９１７における遺伝子型ＴＴ）の組合せとの間に、極めて有意な関連がある（ｐ＝６．１３×１０−５；ＯＲ＝２．１１；９５％ＣＩ＝１．４６〜３．０４）。同様に、治療応答と、ｒｓ８１０３１４２及びｒｓ８０９９９１７における両方のＨＲアレル（すなわち、ｒｓ８１０３１４２における遺伝子型ＴＴ及びｒｓ８０９９９１７における遺伝子型ＴＴ）の組合せとの間に、極めて有意な関連がある（ｐ＝４．９２×１０−４；ＯＲ＝２．０３；９５％ＣＩ＝１．３６〜３．０５）。これらの遺伝子座におけるＨＲアレルの三重ホモ接合体（すなわち、ｒｓ１２９８０２７５における遺伝子型ＡＡ及びｒｓ８１０３１４２における遺伝子型ＴＴ及びｒｓ８０９９９１７における遺伝子型ＴＴ）もまた、高い有意性で治療応答と関連する（ｐ＝６．３×１０−４；ＯＲ＝２．０３；９５％ＣＩ＝１．３６〜３．０５）。
【０２８４】
総合すると、表４及び５に示すデータは、位置４４，４２０，０００と位置４４，４４０，０００の間、より具体的には、位置４４，４２３，０００周辺と位置４４，４３６，０００周辺の間の１９ｑ１３．１３における遺伝子型（とりわけ、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ−２８Ｂ）遺伝子型）が、免疫調節組成物（例えば、インターフェロン（例えば、ＩＦＮ−α）及び／またはＴｈ１／Ｔｈ２を調節する薬剤（例えば、リバビリン））に対する患者の応答性を予測することを示唆する。
【０２８５】
ＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）のハプロタイプ解析：
例えば、非特許文献９４に記載されているような、Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｏｆ  Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ  Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｈａｒｖａｒｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｃｈｏｏｌ，ＵＳＡ、及びｔｈｅ  Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＳＡのＨａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｔａｇｇｅｒソフトウェアを用いて、ＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）遺伝子と連鎖するＳＮＰのハプロタイプを選択した。Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｔａｇｇｅｒは、ペアワイズタギング法と多重マーカーによるハプロタイプ法とを組み合わせた、遺伝子型データからのＳＮＰを選択及び評価するためのツールである。遺伝子型データ及び／またはＳＮＰがマッピングされる染色体位置は、対象となる染色体領域の配列データに基づいて連鎖不平衡パターンを算出するためのソースとして提供される。Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｔａｇｇｅｒは、ＳＮＰのリストと、対象となる変異体を捕捉する対応する統計検定とを提供する。Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｔａｇｇｅｒは、スタンドアロンプログラムのｔｈｅ  Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＳＡのＨａｐｌｏｖｉｅｗ（例えば、バージョン３．３１）で実行してもよい（例えば、非特許文献９５）。
【０２８６】
一例では、Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｔａｇｇｅｒを用いて、ＳＮＰをＩＦＮ−λ遺伝子クラスター中に細かくマッピングし、ＩＦＮλ遺伝子クラスターを含む染色体領域中の共通のハプロタイプをタグ化した。その解析により、ＩＦＮ−λ３が、本明細書で治療応答と関連することが同定された遺伝子座におけるアレルの明確なハプロタイプブロックを有することが同定された（データは示さない）。
【０２８７】
ＩＦＮ−λ３のＳＮＰについてペアワイズ相関係数を決定し、被験集団内でのハプロタイプ分布を明らかにした。例えば、表６は、以下のＳＮＰの組合せのハプロタイプを示す。
（ａ）可能性のあるアレルがＡまたはＧであるｒｓ１２９８０２７５（配列番号：６４）；
（ｂ）可能性のあるアレルがＣまたはＴであるｒｓ８１０５７９０（配列番号：６３）；
（ｃ）可能性のあるアレルがＣまたはＴであるｒｓ８１０３１４２（配列番号：５７）；
（ｄ）可能性のあるアレルがＣまたはＴであるｒｓ１０８５３７２７（配列番号：２６）；
（ｅ）可能性のあるアレルがＡまたはＣであるｒｓ８１０９８８６（配列番号：７）；及び
（ｆ）可能性のあるアレルがＧまたはＴであるｒｓ８０９９９１７（配列番号：４）。
【０２８８】
表６に示すデータは、ｒｓ８０９９９１７のＧアレル（すなわち、ＬＲアレル）が、治療に対する低い応答と最も関連するハプロタイプをタグ化することを示す（ｐ＝３．０３×１０−９；ＯＲ＝２．０；９５％ＣＩ＝１．５８〜２．５０）。
【０２８９】
表６に示すデータはまた、ｒｓ１２９８０２７５のＨＲアレルが、被験集団の４５．２％でｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７におけるＨＲアレルと連鎖することと、ｒｓ８０９９９１７のＬＲアレルが、被験集団の２５．６％でｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７及びｒｓ８１０９８８６のＬＲアレルと関連することとを示し、これらのアレル間の連鎖不平衡を示唆する。したがって、ＩＦＮ−λ３と連鎖する特定のアレルの発生は、治療に対する高い応答または低い応答と関連するハプロタイプを予測し得る。
【０２９０】
ＩＦＮλ−３（ＩＬ２８Ｂ）の発現の決定：
標準的な手順に従って健常な対照の全血細胞からトータルＲＮＡを抽出し、製造元の指示書に従ってランダムヘキサマープライマー及びＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ逆転写酵素（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いる一本鎖ｃＤＮＡ合成の鋳型として用いた。本質的にＭｉｈｍら，Ｃ．Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．８４，１１４８−１１５９（２００４）に記載されているような、ＩＦＮ−λ１（ＩＬ２９）、ＩＦＮ−λ２（ＩＬ２８Ａ）及びＩＦＮ−λ３（ＩＬ２８Ｂ）用のプライマー及びプローブを用いて、ＲＴ−ＰＣＲを行なった。ｍＲＮＡの発現レベルをグリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）の発現中央値に対して標準化した。
【０２９１】
図１のデータは、ＩＦＮ−λ２とＩＦＮ−λ３の両方の発現レベルが、ｒｓ８０９９９１７のＨＲアレルを有するハプロタイプの保有者でより高いことを示す（Ｐ＜０．０４）。ハプロタイプは、例えば、表１に示すような、様々な状況及び様々な刺激において、例えば、ｍＲＮＡスプライシング、ｍＲＮＡ代謝回転、ｍＲＮＡ半減期、ｍＲＮＡ安定性、そのコグネート受容体に対するコードされたサイトカインの親和性のうちの１つまたは複数を変化させることによって、発現を変化させ得る。これらの因子のいずれか１つまたは複数は、高応答（ＨＲ）ハプロタイプを有する対象のウイルス除去の改善に寄与し得る。いずれにしても、このデータは、ハプロタイプとＨＣＶに対するペグ化インターフェロン−アルファ（ＩＦＮ−α）及びリバビリンの治療効力との間の相関における機能的有意性を示す。
【０２９２】
臨床的意義：
免疫調節組成物（例えば、ＩＦＮ及びリバビリン）を用いる現在のＨＣＶ−１治療は、重篤な有害反応をもたらすことがあり、また、いずれにしても、感染患者の約５０％で低いウイルス除去をもたらす。したがって、治療に応答する可能性が低い対象を同定し、それにより、その不快感を回避する診断方法及び予後判定方法を提供することには、明らかな利益がある。そのような診断方法及び予後判定方法は、従来の治療に応答する可能性が低い患者に対する補助療法または代替療法を提案する根拠も提供する。
【０２９３】
本研究で同定された低応答ハプロタイプは、北欧人の７０％が保有しており、この疾患のみの有効な治療について製薬産業が直面する問題の大きさをはっきりと示している。
【０２９４】
ＳＮＰ、及び本研究で同定された遺伝子座における特定のアレル変異体間の関連の規定は、免疫応答調節物質（例えば、インターフェロン、リバビリン及びそれらの組合せ）を用いる診断及び治療にとって明らかな臨床的意義を有する。例えば、本研究で同定されたＳＮＰ位置における低応答（ＬＲ）アレルを保有する対象の同定は、同じアレルの非保有者である対象と比較して、ウイルス（例えば、ＨＣＶ）を排除する可能性が低いことを示す。同様に、本研究で同定されたＳＮＰ位置における高応答（ＨＲ）アレルを保有する対象の同定は、ＬＲアレルの保有者と比較して、ウイルスを排除する可能性が高いことを示す。例えば、ｒｓ１０９９９１７遺伝子座におけるＧＧホモ接合体の６８％はＨＣＶを排除することができないのに対し、この遺伝子座におけるＴＴホモ接合体の４０％だけがＨＣＶを排除することができない。本明細書に記載されているような標準的なジェノタイピング法及びハプロタイピング法を用いて、対象の治療に対する応答の可能性を判定することができる。したがって、本明細書に示すデータは、北欧人の５０％を含めて、治療によってウイルスを排除し得る対象、及びウイルスを排除しない対象を同定する手段を提供する。
【０２９５】
本明細書で同定されたＳＮＰ（ＨＲハプロタイプ関連とＬＲハプロタイプ関連を含む）を用いて、従来の治療に対する高い応答を有することができる対象の約９０％を、その遺伝子型によって同定することができる。
【０２９６】
本研究で示したデータは、ＨＣＶ以外のウイルス感染の状況に対するＩＦＮ−λ３ジェノタイピング及び／またはハプロタイピングに基づく診断／予後判定アッセイの幅広い適用可能性も示唆している。第１に、ＩＦＮ−λ３とウイルス除去との関連は、抗ウイルスタンパク質としてのＩＦＮ−λ３の機能性、１型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ−α及びＩＦＮ−β）に対するＩＦＮ−λ３発現の応答性（非特許文献２）、及びＩＦＮ−λ３の発現がＨＣＶ感染患者の肝細胞及びＰＢＭＣで上方調節されるという観察（非特許文献９６）と一致している。第２に、ＩＦＮ−λ３は、肝細胞及び他の細胞において、ウイルス感染によって及び他のインターフェロンによって上方調節され（例えば、非特許文献３〜４、９７）、また、インビトロ系で、ＨＣＶから防御する（例えば、非特許文献９８〜９９）だけでなく、インビボで、他のＲＮＡウイルスからも防御する（例えば、非特許文献４〜５）。ＩＦＮ−λ３はまた、ＪＡＫ／ＳＴＡＴシグナル伝達を介してＩＦＮ−αと同様の遺伝子を調節するが、その組織標的の点でより特異的である。これを基に進めると、ＩＦＮ−λ３が、現在ＩＦＮを用いて治療されている医学的適応症の診断に対して根拠を与えるという結論を下すのが妥当である。ＩＦＮ−λ３が、他のＩＦＮ（例えば、ＩＦＮ−αまたはＩＦＮ−λ１）を用いる療法の代替療法に対して（例えば、ＩＦＮ−λ３発現及び活性に対応する医学的適応症に）根拠を与えるという結論を下すのも妥当である。
【０２９７】
入手可能なデータによって裏付けられているように、ＩＦＮ−λクラスターと連鎖しない本明細書に記載の他の関連性も、ウイルス除去の強い指標である。第１６番染色体上のＩＬ−２１Ｒ、第１１番染色体上のカスパーゼ−１（ＣＡＳＰ−１）及び第６番染色体上のＨＬＡ偽遺伝子クラスターと連鎖するＳＮＰとの関連は、特に興味深い。例えば、ＩＬ−２１は、Ｔ細胞増殖及びウイルス除去を促進し、エキソン構造（αヘリックスが別々のエキソンによってコードされている）の点で、ＩＦＮ−λと構造的に類似している。さらに、ＣＡＳＰ１は、後に炎症カスケードを促進するＩＬ−１を活性化し、インビトロでは、ＨＣＶ複製を阻害する（例えば、非特許文献１００）。
これを基に進めると、本明細書に記載の他の関連が、現在ＩＦＮ及び／またはリバビリン以外の免疫調節組成物（例えば、ＩＬ−１を含む組成物）を用いて治療されている任意の医学的適応症の状況において、診断／予後判定アッセイに対して根拠を与えるという結論を下すのが妥当である。
【０２９８】
【表２】
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【０２９９】
【表３Ａ】
2012529885.tif 000012
【表３Ｂ】
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【表３Ｃ】
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【表３Ｄ】
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【０３００】
【表４Ａ】
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【表４Ｂ】
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【表４Ｃ】
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【表４Ｄ】
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【表４Ｅ】
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【表４Ｆ】
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【０３０１】
【表５】
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【０３０２】
【表６】
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【図１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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