(57)【要約】  核酸分析法において使用される複数のサイズスタンダード素子によって形成されるサイズスタンダードの性能を検証する方法が提供される。検証はサイズスタンダードを分析段階に導入し且つサイズスタンダードに対してサイズベースの分離を行うことによって達成される。サイズベース分離は各サイズスタンダード素子のために実験的な位置を定める。サイズスタンダード素子のための実験的な位置が予想位置に対応するか否かの比較が行われる。比較はサイズスタンダードを使用するか否かに関する決定が行われることを可能にし、それはサイズスタンダード素子の実験的な位置が予想位置に対応するか否かに依存する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸分析法における潜在的な使用のためのサイズスタンダードの性能を検証する方法であって、
ａ）サイズスタンダードを分析段階に導入するステップを含み、該サイズスタンダードは、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み、
ｂ）前記サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを含み、該サイズベース分離は、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために前記サイズスタンダード素子のための実験的な位置を定め、
ｃ）１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために１つ又はそれよりも多くの特性を定めるステップを含み、
ｄ）前記サイズスタンダード素子の前記実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かを検討するステップを含み、
ｅ）前記サイズスタンダード素子の前記実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存して、前記サイズスタンダードの使用を行うステップを含む、
方法。
【請求項２】
前記ステップｃ）に関して、実験的な位置が定められるサイズスタンダード素子と同じ大きさのサイズスタンダード素子のための理論的な位置を決定し、
前記ステップｄ）に関して、所与のサイズスタンダード素子のための前記実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かを検討し、
前記ステップｅ）に関して、前記所与のサイズスタンダード素子のための前記実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かに依存して、前記サイズスタンダードの使用を行うことを更に含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記サイズスタンダードから成る前記使用は、そのサイズスタンダードを核酸分析方法において使用しないことであり、前記所与のサイズスタンダード素子のための前記実験的な位置及び理論的な位置は互いに適合しない、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ステップｃ）に関して、３つ又はそれよりも多くの選択的なサイズスタンダード素子の各々のために、前記サイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定め、
前記ステップｄ）に関して、好ましくは、前記関係が直線関係であるか否かを確認し、
前記ステップｅ）に関して、前記関係が直線関係であるか否かに依存して、前記サイズスタンダードの使用を行うことを更に含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記サイズスタンダードから成る前記使用は、そのサイズスタンダードを核酸分析方法において使用しないことであり、前記関係は直線関係でない、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記関係は、好ましくは、ログ可動性に対するサイズのプロットとして表現されるとき、３つ又はそれよりも多くの選択的なサイズスタンダード素子の各々のために、前記サイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとを関連付ける等式である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ステップｃ）に関して、３つ又はそれよりも多く選択的なサイズスタンダード素子の各々のために、前記サイズスタンダード素子位置と前記サイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定め、
前記ステップｄ）に関して、更なるサイズスタンダード素子を選択し、前記更なるサイズスタンダード素子のために、前記サイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かを検討し、
前記ステップｅ）に関して、前記更なるサイズスタンダード素子のために、前記サイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かに依存して、前記サイズスタンダードの使用を行うことを更に含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記サイズスタンダードから成る前記使用は、そのサイズスタンダードを核酸分析法において使用しないことであり、前記更なるサイズスタンダード素子のために、前記サイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合しない、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記ステップｄ）は、前記サイズスタンダード素子の各々の前記実験的な位置に関して行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記ステップｄ）は、前記サイズスタンダード素子の各々の前記実験的な位置に関して行われる、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記ステップｄ）は、前記サイズスタンダード素子の各々の前記実験的な位置に関して行われる、請求項４に記載の方法。
【請求項１２】
前記ステップｄ）は、前記サイズスタンダード素子の各々の前記実験的な位置に関して行われる、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
１つ又はそれよりも多くの素子を含むサンプルを含む核酸を分析する方法であって、当該方法は、
分析段階にサンプルを導入するステップを含み、
前記サンプルに対してサイズベース分離を行うステップを含み、前記サイズベース分離は、前記１つ又はそれよりも多くの素子の各々のための位置をもたらし、
分析段階にサイズスタンダードを導入するステップを含み、前記サイズスタンダードは、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み、
前記サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを含み、前記サイズベース分離は、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置をもたらし、
少なくとも１つの素子の位置をサイズスタンダード素子の位置と比較するステップを含み、
前記位置の比較から前記素子の特性を定めるステップを含み、
サイズスタンダードの前記遂行を検証する方法を含む当該分析方法は、
ｃ）１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために、１つ又はそれよりも多くの特性を定めるステップを含み、
ｄ）前記サイズスタンダード素子のための前記実験的な位置が前記特性の１つ又はそれよりも多くに対応するか否かを検討するステップを含み、
ｅ）前記サイズスタンダード素子の前記実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存して、前記サイズスタンダードの使用を行うステップを含む、
方法。
【請求項１４】
サンプルを含む核酸を分析するための装置であって、
１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含むサイズスタンダードを導入するための通路と、
サイズベース分離段階と、
前記サイズスタンダード素子の１つ又はそれよりも多くのための実験的な位置を生成するための位置検出器と、
データプロセッサとを含み、該データプロセッサは、
１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のための実験的な位置のための入力部と、
１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために１つ又はそれよりも多くの特性を定めるためのメモリ又は論理部と、
前記サイズスタンダード素子のための前記実験的な位置が前記特性の１つ又はそれよりも多くに対応するか否かを検討するための比較器とを含む、
装置。
【請求項１５】
前記通路は、ガラス、シリコン、高分子材料、又は、他の可塑性材料の１つ又はそれよりも多くから選択される基板材料又は複数の基板材料から成る、請求項１４に記載の装置。
【請求項１６】
前記高分子材料は、ポリカーボネート、ポリエチレン、又は、環状オレフィンであり、或いは、ポリカーボネート、ポリエチレン、又は、環状オレフィンを含む、請求項１４に記載の装置。
【請求項１７】
当該装置は、少なくとも部分的に、熱エンボス加工、射出成形、刻印処理、ナノ刻印リソグラフィ、又は、従来的な半導体処理によって製造される、請求項１４に記載の装置。
【請求項１８】
埋設デジタルメモリ回路を含む、請求項１４に記載の装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この発明は、分析における改良、及び、分析に関する改良、具体的には、核酸を含むサンプルの分析に関する。
【背景技術】
【０００２】
核酸分析結果が検討のために利用可能とされる速度を向上するために、集中型研究所におけるよりもむしろ、現場における分析装置の使用に向かう衝動がある。これは研究所において直面する装置サイズと比べて小型化された装置を使用する願望をもたらす。
【０００３】
小型化装置の提供において、分析のために利用可能なキャピラリ（毛管）の数は減少される。これは、サンプルの分析のために使用される通路とは別に、サイズスタンダード(size  standard)のための通路を使用する能力に影響を与える。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明の潜在的な目的のうち、本発明の目的は、単純化された分析アプローチを提供することであり得る。本発明の潜在的な目的のうち、本発明の目的は、サイズスタンダードのみがサンプル分析用に使用されるキャピラリ内にある分析アプローチを提供することであり得る。本発明の潜在的な目的のうち、本発明の目的は、単一キャピラリベースの分析アプローチを提供することであり得る。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明の１つの特徴に従って、我々はサイズスタンダードの性能を検証する方法を提供し、当該方法は、
ａ）サイズスタンダードを分析段階に導入するステップを含み、サイズスタンダードは、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み、
ｂ）サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを含み、サイズベース分離は、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子のための実験的な位置を定め、
ｃ）１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために１つ又はそれよりも多くの特性を定めるステップを含み、
ｄ）サイズスタンダード素子の実験的な位置が特性の１つ又はそれよりも多くに対応するか否かを検討するステップを含み、
ｅ）サイズスタンダード素子の実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存して、サイズスタンダードの使用を行うステップを含む。
【０００６】
サイズスタンダードは、その質量、基本対の数、シーケンス、相対移動率又は速度の１つ又はそれよりも多くに関して標準的又は既知のものであり得る。
【０００７】
本方法は、好ましくは、ステップｃ）に関して、同じ大きさのサイズスタンダード素子のための理論的な位置を決定するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｄ）に関して、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かを検討するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｅ）に関して、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かに依存してサイズスタンダードの使用を行うステップを更に含み得る。
【０００８】
本方法は、更に、好ましくは、ステップａ）に関して、分析段階にサイズスタンダードを導入するステップを更に含んでもよく、サイズスタンダードは、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含む。本方法は、好ましくは、ステップｂ）に関して、サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを含んでもよく、サイズベース分離は、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置を定める。本方法は、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を選択するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｃ）に関して、選択的なサイズスタンダード素子の各々のために、サイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定めるステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｄ）に関して、前記関係が所定の形態、好ましくは、直線関係を有するか否かを確認するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｅ）に関して、前記関係が直線関係でないならば、サイズスタンダードの使用を行わないことを決定するステップを更に含み得る。
【０００９】
本方法は、好ましくは、ステップａ）に関して、分析段階にサイズスタンダードを導入するステップを含み、サイズスタンダードは、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｂ）に関して、サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを更に含んでもよく、サイズベース分離は、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置を定める。本方法は、２つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｃ）に関して、好ましくは、選択的なサイズスタンダード素子の各々のために、サイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定めるステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｄ）に関して、更なるサイズスタンダード素子を選択するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｄ）に関して、更なるサイズスタンダード素子のために、サイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かを検討するステップを更に含み得る。本方法は、好ましくは、ステップｅ）に関して、更なるサイズスタンダード素子のために、サイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合しないか否かに依存して、サイズスタンダード素子の使用を行わないことを決定するステップを更に含み得る。
【００１０】
本方法は、複数の異なるサイズスタンダード素子のために、ステップｄ）が反復されることを提供し得る。本方法は、異なるサイズスタンダード素子の各々のために、ステップｄ）が反復されることを提供し得る。本方法は、複数の異なるサイズスタンダード素子のために、ステップｅ）が反復されることを提供し得る。本方法は、異なるサイズスタンダード素子の各々のために、ステップｅ）が反復されることを提供し得る。
【００１１】
本方法は、実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かを検討することが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かを検討することが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。本方法は、サイズスタンダード素子の実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存してサイズスタンダード素子の使用を行うことが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、サイズスタンダード素子の実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存してサイズスタンダード素子の使用を行うことが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。
【００１２】
本方法は、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かを検討することが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かを検討することが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。本方法は、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かに依存してサイズスタンダードの使用を行うことが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、所与のサイズスタンダード素子のための実験的な位置及び理論的な位置が互いに適合するか否かに依存してサイズスタンダードの使用を行うことが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。
【００１３】
本方法は、選択的なサイズスタンダード素子の各々のためにサイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定めることが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、選択的なサイズスタンダード素子の各々のためにサイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定めることが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。本方法は、その関係が直線関係であるか否かを確認することが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復し得ることを提供し得る。本方法は、前記関係が直線関係であるか否かを確認することが、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。本方法は、その関係が直線関係でないならばサイズスタンダードの使用を行わないことを決定するステップを、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復し得ることを提供し得る。本方法は、その関係が直線関係でないならばサイズスタンダードの使用を行わないことを決定するステップを、異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復し得ることを提供し得る。
【００１４】
本方法は、更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズがその関係に適合するか否かを検討することが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズがその関係に適合するか否かを検討することが、複数の異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。本方法は、更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズがその関係に適合するか否かに依存してサイズスタンダード素子の使用を行わないことを決定するステップが、複数の異なるサイズスタンダード素子のために反復されることを提供し得る。本方法は、更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが適合しないか否かに依存してサイズスタンダードの使用を行わないことを決定するステップが、複数の異なるサイズスタンダード素子の各々のために反復されることを提供し得る。
【００１５】
値及び／又はデータ分類及び／又はカテゴリを使用して、特にステップｄ）の検討及び／又は確認を行い得る。ある範囲を使用して、ステップｄ）の検討及び／又は確認を行い得る。検討及び／又は確認は直線関係に対応し、且つ／或いは、直線関係に適合し、且つ／或いは、直線関係であるとみなされてもよく、その場合、その値は、ある範囲内にある。検討及び／又は確認は直線関係に対応せず、且つ／或いは、直線関係に適合せず、且つ／或いは、直線関係でないとみなされてもよく、その場合、その値は、ある範囲の外側にある。
【００１６】
特にステップｄ）において、検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子よりも大きいサイズの１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を使用し得る。特にステップｄ）において、検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子よりも小さいサイズの１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を使用し得る。好ましくは、特にステップｄ）において、検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダードよりも大きいサイズの少なくとも１つのサイズスタンダード、及び、検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダードよりも小さいサイズの少なくとも１つのサイズスタンダードが使用される。
【００１７】
好ましくは、特にステップｄ）において使用し得る検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子よりも大きいサイズの１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子の１つは、次の最大のサイズスタンダード素子である。好ましくは、特にステップｄ）において使用し得る検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子よりも小さいサイズの１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子の１つは、次の最小のサイズスタンダード素子である。
【００１８】
検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子がサイズスタンダードにおける最小のサイズスタンダード素子である場合、次の２つのより大きい大きさのサイズスタンダード素子を検討及び／又は確認において使用し得る。検討され且つ／或いは確認されるサイズスタンダード素子がサイズスタンダードにおける最大のサイズスタンダードである場合、次の２つの最小の大きさのサイズスタンダード素子を検討及び／又は確認において使用し得る。
【００１９】
好ましくは、本方法は、具体的には、サイズベース分離に包含されるキャピラリ又は通路距離の全体又は少なくとも一部に関して、サイズベース分離の一貫性、具体的には、移動の一貫性の検証をもたらす。
【００２０】
好ましくは、サイズスタンダードに対するサイズベース分離は、サンプルに対するサイズベース分離と同じキャピラリ又は通路内で行われる。
【００２１】
本発明の第一の特徴は、他の特徴を含む本文書内に提示される機能、選択肢、又は、可能性のいずれをも含み得る。
【００２２】
本発明の第二の特徴に従って、我々はサンプルを含む核酸を分析する方法を提供し、サンプルは１つ又はそれよりも多くの素子を含み、本方法は、
分析段階にサンプルを導入するステップを含み、
サンプルに対してサイズベース分離を行うステップを含み、サイズベース分離は、１つ又はそれよりも多くの素子の各々のための位置をもたらし、
分析段階にサイズスタンダードを導入するステップを含み、サイズスタンダードは、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み、
サイズスタンダードに対してサイズベース分離を行うステップを含み、サイズベース分離は、３つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置をもたらし、
少なくとも１つの素子の位置をサイズスタンダード素子の位置と比較するステップを含み、
位置の比較から素子の特性を定めるステップを含み、
サイズスタンダードの遂行を検証する方法を含む当該分析方法は、
ｃ）１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために、１つ又はそれよりも多くの特性を定めるステップを含み、
ｄ）サイズスタンダード素子のための実験的な位置が特性の１つ又はそれよりも多くに対応するか否かを検討するステップを含み、
ｅ）サイズスタンダード素子の実験的な位置が１つ又はそれよりも多くの特性に対応するか否かに依存して、サイズスタンダードの使用を行うステップを含む。
【００２３】
サイズスタンダードは、その質量、基本対の数、相対移動率又は速度の１つ又はそれよりも多くに関して標準的であり或いは既知であり得る。
【００２４】
前記位置をキャピラリ又は通路に沿う位置とみなし得る。前記位置を基準地点に対する距離とみなし得る。前記位置を空間特性及び／又は周波数特性とみなし得る。
【００２５】
１つ又はそれよりも多くの特性は、位置、及び／又は、物理化学特性、及び／又は、値、及び／又は、範囲であり得る。
【００２６】
検証方法は、
ａ）２つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を選択し、
ｂ）選択的なサイズスタンダード素子のために、サイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定め、
ｃ）更なるサイズスタンダード素子を選択し、
ｄ）更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かを検討し、
ｅ）更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かに依存してサイズスタンダードの使用を行うことを提供し得る。
【００２７】
好ましくは、サイズスタンダードに対するサイズベース分離は、サンプルに対するサイズベース分離と同じキャピラリ又は通路内で行われる。
【００２８】
好ましくは、少なくとも１つの素子の位置とサイズスタンダード素子の位置との比較は直接的に行われる。好ましくは、少なくとも１つの素子の位置とサイズスタンダード素子の位置との比較は相関によって行われる。好ましくは、少なくとも１つの素子の位置とサイズスタンダード素子の位置との比較は、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子に対する素子の位置を測定することによって行われる。
【００２９】
本方法は、サンプル内で核酸を分析する方法であり得る。１つ又はそれよりも多くの素子は核酸であり得る。本方法はサンプル内でＤＮＡを分析する方法であり得る。１つ又はそれよりも多くの素子はＤＮＡであり得る。本方法は、サンプル内で、対立遺伝子、具体的には、縦列型反復配列、及び／又は、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）又は他のバイオメーカを分析する方法であり得る。１つ又はそれよりも多くの素子は、対立遺伝子、具体的には、縦列型反復配列であり得る。本方法は、サンプル内で多数の遺伝子座を分析する方法であり得る。１つ又はそれよりも多くの素子は、１つ又はそれよりも多くの遺伝子座であり得る。
【００３０】
本方法は、１つ又はそれよりも多くの素子の同一性の決定を含み得る。その決定は、サンプルのための対立遺伝子プロファイルを提供し得る。その決定は、サンプルのためのプロファイル及び／又は遺伝子型を提供し得る。
【００３１】
本方法は、結果の生成を含み得る。本方法は、結果の貯槽を含み得る。本方法は、結果を輸出することを含み得る。本方法は、結果を表示することを含み得る。結果は、１つ又はそれよりも多くの素子の同一性、及び／又は、１つ又はそれよりも多くの素子のために存在する対立遺伝子、及び／又は、対立遺伝子プロファイル、及び／又は、遺伝子型であり得る。本方法をコンピュータで実施し得る。
【００３２】
電気泳動によってサイズベース分離を提供し得る。ゲル、ヒドロゲル、エーロゲル、又は、好ましくは多孔性媒体を形成し得る無機及び有機材料のハイブリッド混合物のような、ポリママトリックス内にサイズベース分離を提供し得る。移動するサイズスタンダード又はそれらの波生物のために調節された自由溶液のような流体内にサイズベース分離を提供し得る。通路又はキャピラリのような密閉環境内にサイズベース分離を提供し得る。
【００３３】
１つ又はそれよりも多くの素子の各々のための位置は、進行の方向に沿う距離であり得る。その位置はサンプルが導入される場所からの距離であり得る。
【００３４】
好ましくは、サンプルのための並びにサイズスタンダードのためのサイズベース分離は、同じ電気泳動によって提供される。好ましくは、サンプル及びサイズスタンダードのためのサイズベース分離は、ゲルのような同じ分離媒体内に提供される。好ましくは、サンプル及びサイズスタンダードのためのサイズベース分離は、同じキャピラリ内に提供される。
【００３５】
サイズスタンダードは、好ましくは、約５つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み得る。サイズスタンダードは、好ましくは、８つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含み得る。
【００３６】
本発明の第二の特徴は、他の特徴を含む本文書内に提示される機能、選択肢、又は、可能性のいずれかを含み得る。
【００３７】
本発明の第三の特徴に従って、我々はサンプルを分析する装置を提供し、装置は、
密閉環境、好ましくは、１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子を含むサイズスタンダードを導入するための通路と、
サイズベース分離段階と、
サイズスタンダード素子の１つ又はそれよりも多くのための実験的な位置を生成するための位置検出器と、
データプロセッサとを含み、データプロセッサは、
１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のための実験的な位置のための入力部と、
１つ又はそれよりも多くのサイズスタンダード素子のために１つ又はそれよりも多くの特性を定めるためのメモリ又は論理部と、
サイズスタンダード素子のための実験的な位置が特性の１つ又はそれよりも多くに対応するか否かを検討するための比較器とを含む。
【００３８】
装置は、
選択的なサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置とサイズスタンダード素子サイズとの間の関係を定めるメモリ又は論理部と、
更なるサイズスタンダード素子に関するサイズスタンダード素子位置のための入力部と、
更なるサイズスタンダード素子のためにサイズスタンダード素子位置及びサイズスタンダード素子サイズが前記関係に適合するか否かを計算する比較器とを含む、
データプロセッサを提供し得る。
【００３９】
本発明の第三の特徴は、他の特徴を含む本文書内に提示される機能、選択肢、又は、可能性のいずれかを含み得る。
【発明を実施するための形態】
【００４０】
本発明の様々な実施態様を今や一例によってのみ記載する。
【００４１】
核酸分析プロセスは、サンプル準備段階、サンプル増幅段階、及び、サンプル分析段階をしばしば含む。サンプル分析段階では、サンプルの関心の特性を特定する必要がある。次に、これらの特性は使用者に報告される。
【００４２】
１つの特性アプローチは、変化可能な１つ又はそれよりも多くの個性に存在する特別な個性を検討することである。そのようなアプローチの例は、可変であるとして知られる場所、遺伝子座で、対立遺伝子個性を検討することである。対立遺伝子は、それらの大きさの変化の故に、個性が異なる。大きさの変化は、これらの遺伝子座での縦列型反復配列（ＳＴＲ）シーケンスの形態における変異によって引き起こされる。典型的には、ＳＴＲシーケンスは、異なる数の各々の反復を伴う一連の４つの基本反復で構成される。しかしながら、存在する４つの基本反復の数及び種類とは別に、他の変化が起こり得る。存在する反復ユニット及び／又は存在する他の基本の数の変化は、異なる大きさの対立遺伝子を生じさせる。
【００４３】
法医科学の脈絡において、遺伝子座間の対立遺伝子個性における変化の検討は、多くの対立遺伝子が検討されるならば、生物学的種、具体的には、決定されるべきサンプルの源である個人に関する有用な情報、それらの遺伝子型を使用可能にする。遺伝子型を特有にするために個人間に十分な変動をもたらすために、遺伝子座の選択が行われる。例えば、人と他のサンプルとの間のリンクを形成するために、或いは、あらゆるそのようなリンクを捨てるために、人の遺伝子型を他のサンプルから明らかにされる特徴と比較し得る。
【００４４】
ＤＮＡを含むサンプルを含む、核酸を含むサンプルを分析する方法及び装置の脈絡において、小型化に向けた益々の衝動がある。小型化は、サンプルを遠隔の研究所に運搬することのとは対照的に、サンプルを収集する場所に持ち込み得る装置を使用して分析が行われることを可能にする。法医科学の脈絡において、具体的には、人間識別の場合において、これはサンプルが回収される犯罪舞台で或いは犯罪舞台に近接近して分析が行われることを可能にする。医療の脈絡において、それは病室又は医者の手術での分析を可能にする。更なる用途は、組織バイオバンキングを含み、そこでは、組織サンプルを処理し得るし、開示の方法に従って、サンプル追跡及び／又は監視能力を提供し得る。同様に、便宜に、そのようなアプローチを用いて、より一層速く結果が得られる。
【００４５】
しかしながら、小型化は使用される方法及び装置に制約をもたらす。
【００４６】
従来的なサンプル分析段階において、サンプルは、電気泳動装置の１つ又はそれよりも多くののキャピラリ又はレーンにおいて分析され、例えば、３２又は６４のキャピラリ又は通路が一度に処理される。
【００４７】
しかしながら、小型化された装置では、大きさ及びサンプル準備、一般的には、収集段階及び導入段階の簡単さの故に、単一のキャピラリ又は通路が望ましいことが多い。これはサンプル及び特性の同一性を正確に分析し得る要件を提示する。
【００４８】
従来的な分析段階では、正確なサイジングを保証するために、多数のキャピラリ又は通路を使用して、２つの異なる種類のサイズスタンダードが使用される。
【００４９】
第一に、未知のサンプルのために使用されるキャピラリ又は通路に隣接するキャピラリ又は通路において、対立遺伝子ラダー(allelic  ladder)が分析される。
【００５０】
対立遺伝子ラダーは、関心の一連の遺伝子座の各々のための一連の対立遺伝子を含む。遺伝子座のために、一連の対立遺伝子は、個々の間に見出されるべきＳＴＲシーケンスにおける変化に従って互いに異なる。よって、例えば、異なる変化シーケンスの６、７、８、最大で１８ロットの４つの基本反復を備える対立遺伝子を遺伝子座のために提供し得る。他の組の対立遺伝子が他の遺伝子座のために提供される。対立遺伝子は、シーケンス及び大きさにおいて、未知のサンプルにおいて起こることが一般的に予期される対立遺伝子に対応する。
【００５１】
電気泳動が起こると、対立遺伝子は、それらの大きさ、故に、相対的な可動性に従って、異なる距離を移動する。対立遺伝子ラダーの対立遺伝子の位置は、潜在的に重なり合う対立遺伝子を有する各遺伝子座のために異なる色素又はラベル（標識）を用いて、それらと関連付けられる色素又は他のラベルによって明らかにされる。均等な色素又はラベルが、未知のサンプルにおける均等の遺伝子座からの対立遺伝子と共に使用される。どの対立遺伝子が未知のサンプル中に存在するかを特定するために、対立遺伝子ラダーの対立遺伝子を未知のサンプルの対立遺伝子と比較し得る。対立遺伝子ラダーの対立遺伝子及び未知のサンプルは（シーケンス、大きさ、及び、ラベルに関して）同じであり、故に、互いに等しく動作することを予期し得るので、未知の対立遺伝子に対する対立遺伝子ラダーの対立遺伝子の比較に基づく位置の比較は望ましい。
【００５２】
第二に、未知のサンプルが検討されるキャピラリ又は通路と同じキャピラリ又は通路には、内部標準が提供される。内部レーン標準は、以前に既に知られた大きさの一組のオリゴヌクレオチドである。これらは無関係であり、それらのシーケンスに関して対立遺伝子と極めて異なる。再び、色素又は他のラベルは、それらの位置が明らかにされるよう、オリゴヌクレオチドと関連付けられる。色素又はラベルは、対立遺伝子ラダー及び未知のサンプルの場合に使用されるものと異なる。このようにして、電気泳動が行われるとき、内部レーン標準は、一連の規則的に離間したマーキングを引き起こし、マーキングは、如何なる対立遺伝子と比べても明確に着色される。
【００５３】
対立遺伝子ラダーが提供されるキャピラリ又は通路は、未知の対立遺伝子ラダーが提供されるキャピラリ又は通路と比べて特性において異なるので、第二の内部レーン標準が必要とされる。これは２つのキャピラリ又は通路内の同じ対立遺伝子によって覆われる異なる距離をもたらし、故に、誤った結果を与える。内部レーン標準の使用は、キャピラリ又は通路の性能を未知のサンプルを備える対立遺伝子ラダー及びキャピラリ又は通路と相互検証することを可能にすることを意味する。
【００５４】
よって、位置の分析は、２つのキャピラリ又は通路の相対的な性能を確認するために、隣接するキャピラリ又は通路内の対立遺伝子ラダーの対立遺伝子との比較プロセスにおいて内部レーン標準を使用する。次に、調節が適用される。対立遺伝子ラダーの対立遺伝子は、隣接する通路内の未知の対立遺伝子と比較され、それらの位置の故に未知の対立遺伝子の大きさを明らかにする。
【００５５】
内部レーン標準の直接的な使用又は未知のサンプルの対立遺伝子、内部レーン標準と同じレーン内の対立遺伝子との内部レーン標準の直接的な比較はない。
【００５６】
このアプローチは、単一の未知のサンプルを処理するために２つのキャピラリ又は通路が必要とされることを意味する。これはユニットの大きさを増大し、２つの別個のキャピラリ又は通路を提供することによって複雑性を増大し、そのために、均等な材料の導入及び均等な電気泳動が提供されることを必要とする。
【００５７】
本発明において、未知のサンプルの対立遺伝子は、単一のキャピラリ又は通路のみを使用して特徴付けられる。
【００５８】
多用な遺伝子座のためのその表示対立遺伝子への未知のサンプルの大きさに基づく分離をもたらすために、単一のキャピラリ又は通路が使用される。それらの対立遺伝子の位置は、関連する色素又は他のラベルによって明らかにされる。
【００５９】
内部レーン標準をその構成素子部分に同時に分離するために、同じ単一のキャピラリ又は通路も使用される。構成素子部分の位置は、内部レーン標準のために使用される異なる関連する色素又は他のラベルによって明らかにされる。
【００６０】
未知のサンプルの大きさ決定の配分を行う前に、単一のキャピラリ又は通路内への移動の一貫性が確認される。
【００６１】
これはその既知の大きさの故に予期される理論的な位置と比較された内部レーン標準内のオリゴヌクレオチドの各々のための実験的な位置を構築することによって行われる。
【００６２】
より詳細には、確認のために内部レーン標準内からの単一のオリゴヌクレオチドが選択される。実際には、それは未知の大きさのオリゴヌクレオチドとして処理される。確認プロセスにおける使用のために、より小さいサイズの隣接するオリゴヌクレオチド及びより大きいサイズの隣接する隣のオリゴヌクレオチドが選択される。例えば、これらの３つのオリゴヌクレオチドを使用して、可動性のログに対する大きさのプロット（位置）が行われる。プロットは、好ましくは、直線を備える直線関係を明らかにすることが予期され、それに対して検出されるあらゆる逸脱は一貫性のない移動を暗示する。更に、確認される単一のオリゴヌクレオチドは、その直線の上にも位置しなければならない。再び、その位置に対する逸脱は一貫性のない移動を暗示する。最後に、線上のそのオリゴヌクレオチドの位置は、その実験的な大きさを表示する。この実験的な大きさを内部レーン標準の構造から既知の理論的な大きさと比較し得る。再び、理論的な大きさと実験的な大きさとの間のあらゆる逸脱は、一貫性のない移動を表示する。
【００６３】
このプロセスは、順番に、内部レーン標準のオリゴヌクレオチドの各々のために反復される。
【００６４】
最低のオリゴヌクレオチドに関しては、次に、大きさにおいて隣接する２つ又は３つのオリゴヌクレオチドを使用し得る。同様に、最大のオリゴヌクレオチドのために、より小さい隣接する２つ又は３つのオリゴヌクレオチドを使用し得る。
【００６５】
確認プロセスにおける使用のために、より大きいサイズの隣接するオリゴヌクレオチド及びより小さいサイズの隣接する隣のオリゴヌクレオチドを同様に選択し得る。
【００６６】
このプロセスの結果、キャピラリ又は通路距離の全体に亘る移動の一貫性、結果的に、未知のサンプル内で遭遇する可能性がある対立遺伝子の全範囲を通じる移動の一貫性が確認される。確認プロセスは、キャピラリ又は通路の全体のための全体的な印象だけでなく、各部分のためにも詳細に行われる。
【００６７】
移動の一貫性が確認されるや否や、対立遺伝子に対する大きさ、故に、同一性の配分は、類似の方法で未知の対立遺伝子を内部レーン標準と比較することによって行われる。未知のサンプルの対立遺伝子の２つの既知の大きさ及び位置に対するプロットを定めるために、内部レーン標準の隣接するオリゴヌクレオチドが使用され、その上で、プロットはその大きさを決定する。
【００６８】
上述のアプローチは単一のキャピラリ又は通路のシナリオに特に有用であるが、単一のキャピラリ又は通路を使用して未知のサンプルを分析する能力は、複数のキャピラリ又は通路装置においても有益である。１つ又はそれよりも多くのキャピラリ又は通路（頻繁には極めて多数のキャピラリ又は通路）内に対立遺伝子ラダーを設ける必要は最早ないので、それらの通路は未知のものを処理するためにも利用可能である。これは益々の能力を装置にもたらし、故に、処理コストを削減する。
【国際調査報告】
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