(57)【要約】  ＤＮＡ部位のメチル化状態が、癌の再発の可能性を示唆する、ＤＮＡ部位を含む、メチル化分類リストが供される。さらに、癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測する、方法、装置及び使用が供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ部位を含むメチル化分類リストであって、
前記ＤＮＡ部位のメチル化状態が、癌の再発の可能性を示し、
当該メチル化分類リストは、配列識別番号が１〜２５２を含む群の少なくとも１つである配列を含む、メチル化分類リスト。
【請求項２】
配列識別番号：１から配列識別番号：２５２までの配列を含む、請求項１に記載のメチル化分類リスト。
【請求項３】
配列識別番号：１３５、７８、２３０、８２、１２０、６０、７５、６３及び１７３の配列を含む、請求項１に記載のメチル化分類リスト。
【請求項４】
知られている臨床病理病歴を持った癌患者から腫瘍ＤＮＡを供与する、供与段階；
前記腫瘍ＤＮＡのメチル化状態を分析し、統計的に処理されたメチル化データの選抜を含むメチル化分類リストをもたらし、前記選抜は、対象者の無再発生存の確率を予測するに適する、分析段階；
を含み、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、請求項１乃至３のいずれか一項に記載のメチル化分類リストを得るための方法。
【請求項５】
前記分析段階は、ｐ値が０．０５又はそれより小さい部位を発見する、発見段階を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測する方法であって：
請求項１乃至３のいずれか一項に記載のメチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネルを作成する、作成段階；
前記対象者からＤＮＡを供与する、供与段階；
統計的な処理が施されたメチル化データを含む、部分的なメチル化分類リストをもたらす前記マーカーパネルに対応して、前記対象者からの前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析する、分析段階；
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者に関する無再発生存の予測確率を得る、統計的分析段階
を含む、方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法を実行するよう構成され、癌と診断されている対象者の無再発生存の確率を予測するための装置であって：
請求項１乃至３のいずれか一項に記載のメチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネルを作成する、第一ユニット；
前記対象者からDNAを供する、第二ユニット；
統計的な処理が施されたメチル化データを含む部分的なメチル化分類リストをもたらす前記マーカーパネルに対応して、前記対象者の前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析する、第三ユニット；
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者の無再発生存の予測された確率を得る、第四ユニット；
を含む、装置。
【請求項８】
癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測するための、請求項１乃至３のいずれか一項に記載のメチル化分類リストの使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般的に、統計データ処理の分野に関する。より具体的には、本発明は、癌の再発の可能性を示唆するための、臨床病理情報に相関があるメチル化分類に関する。
【背景技術】
【０００２】
ＤＮＡメチル化、オリジナルのＤＮＡ配列を変更することなく遺伝され、実質的に除去され得る化学修飾の１種、は、遺伝子制御の最も良く研究された後成的機構である。ＤＮＡ内には、ＣｐＧアイランドと呼ばれ、直鎖状塩基配列にあるグアニンヌクレオチドに隣接して、シトシンヌクレオチドが発生する領域がある。
【０００３】
プロモータ領域に含まれる、前記アイランドのＤＮＡメチル化は、遺伝子抑制のためのメカニズムとして働く。種々のメチル化ハイブリダイゼーション、メチル化特異的シークエンシング、ＨＥＬＰアッセイ、亜硫酸水素塩シークエンシング、ＣｐＧアイランドアレイ等のような、異なるメチル化を実験的に見出すために、手法が存在する。
【０００４】
ＣｐＧアイランドは、正常細胞内では通常多量にメチル化される。しかしながら、腫瘍形成の間、これらのアイランドで低メチル化が起こり、ある繰り返し体の発現につながり得る。さらに、低メチル化は、ＤＮＡ切断及びゲノム不安定性に相関がある。これらの低メチル化事象はまた、いくつかの癌の重症度に相関がある。癌、インプリンティング、成長、組織特異性又はＸ染色体不活化のような、ある条件下において、アイランドに関連する遺伝子は、多量にメチル化され得る。具体的に、癌において、腫瘍に近いアイランドのメチル化は、第二対立遺伝子が欠失により失われる場合（ヘテロ結合性の消失、ＬＯＨ）にしばしば起こる、頻繁に起こる事象である。メチル化されたアイランドで通常見られるいくつかの腫瘍抑制遺伝子は、ｐ１６、Ｒａｓｓｆｌａ、ＢＲＣＡ１である。
【０００５】
結腸直腸癌及び前立腺癌のための後成的バイオマーカーが報告されている。例えば、Ｅｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓ  ＡＧ（ベルリン、ドイツ）は、血漿中でスクリーニングする結腸直腸癌のためのマーカーとして、Ｓｅｐｔｉｎ９を有する。癌の種々の治療反応性を予測するためにメチル化部位を使用し、適切な治療を提言する方法は、ＵＳ２００５００２１２４０Ａ１で開示されている。しかしながら、この方法により予測された結果は、制限される。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
その技術内で知られている方法は、ノッティンガム予後因子（ＮＰＩ）のような臨床予後因子を決定するために、腫瘍サイズ、ＥＲ／ＰＲ状態、リンパ節陰性等のような、免疫病理学変数の使用を伴う。そのような因子の問題は、非常に保守的であることが示されるということであり、したがって、低リスクの病気の再発が存在する場合でさえ、通常、患者に積極的治療を受けるようにさせる。
【０００７】
その技術内で知られている代替手段は、通常およそ７０の、多数の遺伝子の発現量の測定を伴い、遺伝子の相対的な発現量に基づいてリスク点数を計算する。これらの予後検査は、あまり明確でなく、また、組織取扱要件の観点から非常に費用のかかるままである。ＲＮＡは、非常に速く分解し、より注意深い取扱いを要するため、ＲＮＡを使用することは困難である。
【０００８】
そのため、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを得るための改良された方法が、有意であり、特に、増大する柔軟性、費用対効果、及び／又は統計的に正しい予後データを可能にさせる方法が、有意である。
【０００９】
したがって、本発明は、上記に示した、技術の不備及び欠点個々に又は如何なる組み合わせの１つ又はそれより多くを、軽減し、緩和し、又は排除するよう好ましく求め、添付した特許請求の範囲に従った方法及び配列表を供することにより、少なくとも上述の問題を解決する。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明の様態によると、ＤＮＡ部位（Ｌｏｃｉ  ＤＮＡ）を含む、メチル化分類リストが供される。ＤＮＡ部位のメチル化状態は、癌の再発の可能性を示唆する。メチル化分類リストは、配列識別（ＳＥＱ  ＩＤ）番号：１から配列識別番号：２５２を含む群の少なくとも１つの配列を含む。
【発明の効果】
【００１１】
メチル化分類リストの効果は、臨床業務で広く使用される、臨床予後検査ができるということである。
【００１２】
他の様態によると、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを含むメチル化分類リストを得る方法が供される。その方法は、少なくとも、知られている臨床病理病歴を持った癌患者から腫瘍ＤＮＡを供する段階を含む。その後、前記腫瘍ＤＮＡのメチル化状態が分析され、メチル化分類リストをもたらす。前記リストは、統計的に処理が行われたメチル化データの選抜（ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）を含み、前記選抜は、対象者の無再発生存の確率を予測するのに適している。ＤＮＡメチル化は、遺伝子発現のようなデータと比較して、臨床の場でずっとより容易に測定することができ、結果、高有益な臨床予後検査が可能であるので、このことは有意である。さらなる効果は、臨床医が、患者を良又は不良の予後グループに、確実に層別化し、それにより、発見されたＤＮＡメチル化マーカーを使用して、適切な最適な治療をできることである。
【００１３】
更に他の様態によると、癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測する方法が供される。前記方法は、前記メチル化分類リストから少なくとも１つのポスト（ｐｏｓｔ）を含むマーカーパネルを作ること、前記対象者からＤＮＡを供すること、前記対象者から前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析すること、前記マーカーパネルに対応することを含む。結果は、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、部分的な（ｌｏｃａｌ）メチル化分類リストである。前記部分的なメチル化分類リストは、統計的に分析され、前記対象者のための無再発生存の予測確率を与える。
【００１４】
他の様態によると、癌と診断されている、対象者の無再発生存の確率を予測するための装置が供与される。前記装置は、前記メチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネルを作る、第一ユニットを含む。前記装置はまた、前記対象者からＤＮＡを供する、第二ユニット及び前記マーカーパネルに対応して、前記対象者の前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析する、第三ユニットを含む。出力は、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、部分的なメチル化分類リストである。前記装置はさらに、前記対象者の無再発生存の予測確率を供する、前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析する、第四ユニットを含む。ユニットは互いに動作可能なように結合される。
【００１５】
さらなる様態によると、癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測するための、前記メチル化分類リストの使用が開示される。
【００１６】
本発明の更なる実施様態は、独立特許請求の範囲及び実施形態の説明で特徴付けられる。
【００１７】
本発明が可能とする、これら及び他の様態、特徴及び効果は、添付の図面を参照して、下記の発明を実施するための形態から明らかかつ解明される。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】図１は、一実施形態に従う方法の概略図である。
【図２】図２は、他の実施形態に従う方法の概略図である。
【図３】図３は、一実施形態に従う装置のブロック図である。
【図４】図４は、一実施形態に従って使用される、カプラン−マイヤー曲線の例図を示している。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
本発明のいくつかの実施形態は、当業者が本発明を実施できるように、添付の図面を参照して、下記により詳細に記載されるであろう。しかしながら、本発明は多くの異なる形態で具現化することができ、ここで４つに設定された実施形態に制限されると受け取るべきではない。むしろ、この公開が徹底的で完全であり、かつ、当業者に本発明の目的を十分に伝えるために、これらの実施形態が供される。本実施形態は、本発明を制限しないが、本発明は添付の特許請求の範囲により制限されるだけである。さらに、添付の図面内で記載される、特定の実施形態の詳細な説明で使用される専門用語は、本発明を制限する意図はない。
【００２０】
下記の説明は、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを含むメチル化分類リストを得るための方法に適用できる、本発明の一実施形態に焦点を当てる。
【００２１】
一実施形態において、図１によると、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを含むメチル化分類リスト（１２）を得るための方法（１０）が供される。方法は、知られている臨床病理病歴を持った癌患者の腫瘍から供される（１１０）ＤＮＡ（１１）の統計的分析（１２０）に基づいて、メチル化分類リスト（１２）を作ることを含む。腫瘍は、例えば、８９の腫瘍で、その８３は、例えば１０年の、費やした期間における、再発偶発要素又は無発生データのような、臨床病理記録と関連する、であっても良い。方法は、下記でさらに詳細に述べられるであろう。
【００２２】
図２による一実施形態において、癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測するための方法（２０）が供される。その方法は、次の段階を含む。第一に、マーカーパネル（２３）が作られる（２３０）。マーカーパネル（２３）は、メチル化分類リスト（１２）から少なくとも１つのポストを含む。その後、ＤＮＡ（２４）が、対象者から供される（２４０）。マーカーパネル（２３）に対応する、対象者からのＤＮＡ（２４）の各部のメチル化状態は、分析され（２５０）、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、部分的なメチル化分類リスト（２５）をもたらす。次に、部分的なメチル化分類リスト（２５）は、統計的に分析され（２６０）、それにより、対象者の無再発生存の予測確率（２６）を与える。
【００２３】
メチル化分類リストに基づいて、メチル化分類リストから少なくとも１つのポストを選択することにより、マーカーパネルが作られる。分類のための部位の選択は、下記に述べられる、カプラン−マイヤー生存推定に基づく。表から検査のための特定の部位を選択するために、メチル化状態及び再発可能性の間の違いのＰ値といった、種々の基準が使用される。トープ（Ｔｏｐｅ）実行する部位が好ましい。
【００２４】
単一の部位単独よりも、再発に関するより良い予測をする、２つの部位の間の相乗効果を計算することにより、２つの部位の組み合わせをなすことができる。
【００２５】
メチル化アッセイの性能及び容易さは、他方の部位より一方の部位を選択するときに考慮に入れられるであろう。
【００２６】
腫瘍悪性度及び腫瘍サイズのような他の情報は、分類体系に入れられるが、表には存在しない。
【００２７】
次に、ＤＮＡが供される。即ち、対象物から、例えば、知、組織、尿、唾液等から、抽出を実行することにより。抽出は、エタノール沈殿又はキアゲンのＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ＆  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔを使用することによるといった、当業者に良く知られる方法により実行される。これにより、対象ＤＮＡ（Ｓｕｂｊｅｃｔ  ＤＮＡ）をもたらす。
【００２８】
その後、マーカーパネル内の配列に対応する、対象ＤＮＡの各々の配列のメチル化状態が、種々のメチル化ハイブリダイゼーション、メチル化特異的シークエンシング、ＨＥＬＰアッセイ、亜硫酸水素塩シークエンシング、又はＣｐＧアイランドマイクロアレイを使用することのような、当業者に良く知られる方法を使用して分析される。その結果は、メチル化リストである。
【００２９】
一実施形態において、メチル化リストは、マーカーパネルと比較され、マーカーパネル内のポストと適合するメチル化リストのポストが選択される。選択されるポストのメチル化状態、即ちＤＮＡ配列、は、さらに下記に述べられる、部分的なメチル化分類を使用してチェックされ、それにより、部分的なメチル化分類リストを作る。部分的なメチル化分類リストは、その後、さらに下記に述べられる、診断多変量解析の対象となる。多変量解析の結果は、対象者の無再発生存の予測確率である。
【００３０】
［メチル化分類］
最も高い予後診断見込みを有する部位を発見するために、メチル化分類リストが、次の手段で構成される。ＤＮＡの抽出は、エタノール沈殿のような、又はキアゲンのＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ＆  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔを使用することによる、当業者に良く知られる方法により実行される。これは、分類ＤＮＡ（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ＤＮＡ）をもたらす。
【００３１】
分類ＤＮＡ、各部位、の各配列のメチル化状態は、種々のメチル化ハイブリダイゼーション、メチル化特異的シークエンシング、ＨＥＬＰアッセイ、亜硫酸水素塩シークエンシング、又はＣｐＧアイランドマイクロアレイを使用することのような、当業者に良く知られる方法を使用して決定される。分類ＤＮＡに基づく、もたらされたメチル化リストは、メチル化分類の対象となる。
【００３２】
メチル化分類は、生存時間関数のカプラン−マイヤー推定器を用いて、下記に述べられるように、実行される。
【００３３】
８９の腫瘍からもたらした１５９，４３６の部位の、各々の部位が、２値、即ち、良又は不良の予後に結び付いて、分類される。これは、非メチル化され、部分的にメチル化され、又は、メチル化された、特定の部位のメチル化状態を最初に分類することにより、なされる。部位のこれら３つの取りうる状態は、対象者の３つの取りうるグループ分けに対応する。
【００３４】
当業者に良く知られる、カプラン−マイヤー推定器は、上述のグループ分け内の各患者に関して、再発する時間を使用し、グループ分け内にいる患者が、所定の長さの時間、再発することなく生存する確率である、生存確率、Ｓ（ｔ）、を計算する。特定のグループ分け内にＮの患者がいたと仮定して、Ｎのサンプルの各々に関して再発に対する観測時間は、ｔ１≦ｔ２≦ｔ３・・・≦ｔＮであった。
【００３５】
各時間ｔｉに対応するものは、ｔｉの直前に再発のリスクがある患者の数、ｎｉ、及び時間ｔｉに再発を経験した患者の数、ｄｉ、とする。カプラン−マイヤー生存関数は、その時、
【００３６】
【数１】
2012513197.tif 000003
で定義される。
【００３７】
このカプラン−マイヤー推定器は、各々のメチル化部位により定義される３つのグループ分けの各々に関して、無再発生存関数を導くために使用される。これらの生存関数は、時間に対してプロットされた場合、我々に生存曲線を与える。生存曲線は、Ｘ軸に時間と、Ｙ軸に無再発生存の確率と、を有する。したがって、１つの生存曲線は、特定の部位のメチル化状態を使用して、生じた各グループ分けに関して描かれる。
【００３８】
図４は、カプラン−マイヤー曲線の例示グラフを示す。図４Ａは、Ｔｏｐｏｌ  １４４７７７を用いたグラフの例であり、図４Ｂは、ＪＭＪＤ２Ｃ  ６７６７５を用いたグラフの例であり、図４Ｃは、ＤＬＧ１  ３１３７５を用いたグラフの例であり、図４Ｄは、Ｇｏｏｓｅｃｏｉｄ  １０３３７０を用いたグラフの例である。各々のグラフの上の曲線は、メチル化状態  ０を表し、下の曲線はメチル化状態  −１を表す。カプラン−マイヤー生存曲線は、Ｘ軸に月で測定された時間と、Ｙ軸に無再発生存の確率を有する。各患者の層別化グループは、このグループにいる患者が再発する傾向があるという速度をとらえる、１つのカプラン−マイヤー曲線により表される。したがって、急勾配で降下する曲線により表される患者グループは、このグループにいる患者は、再発の高いリスクにあるということを示唆する一方で、比較的平坦な曲線のグループにいる患者は、再発のより低いリスクにあるということを示唆する。如何なる２つのカプラン−マイヤー曲線を前提として、我々は、２つのグループにいる患者に関して、再発のリスクの違いを見積もるために、如何なる所定の時間での曲線の違いを読み取ることができる。さらに、如何なる所定の時間における、カプラン−マイヤー曲線の値がより低いということは、曲線により表されるグループに属する患者に関して、再発のより高いリスクを示唆する。
【００３９】
我々はその後、カプラン−マイヤー曲線の違いについて、ログ−ランク検定又はマンテル−ヘンツェル検定を使用して、各々の部位に関する３つのカプラン−マイヤー生存曲線間の統計的に有意な違いを確認する。ログ−ランク検定統計量は、各々の観察された事象時間での、如何なる２つのグループの生存関数の推定を比較する。ログ−ランク検定統計量は、各々の観察された事象時間でグループの１つについて、観察され、かつ、予想される事象の数を計算し、その後、事象が存在する全ての時点にわたって、全体の概要を得るために、これらを加えることにより、組み立てられる。ｊ＝１，・・・，Ｊを、如何なるグループにおける、癌の観察された再発の確かな時間とする。各々の時間ｊに関して、Ｎ１ｊ及びＮ２ｊを、それぞれ、各グループにおける、再発のリスクにある患者の数とする。Ｎｊ＝Ｎ１ｊ＋Ｎ２ｊとする。Ｏ１ｊ及びＯ２ｊを、それぞれ、時間ｊにおけるグループ内の再発の数とし、Ｏｊ＝Ｏ１ｊ＋Ｏ２ｊとする。もし、時間ｊにおける両グループにわたって起こった事象Ｏｊが、グループ分けが純粋にランダムであったという帰無仮説で、超幾何分布を有するならば：
【００４０】
【数２】
2012513197.tif 000004
かつ、分散
【００４１】
【数３】
2012513197.tif 000005
に等しいということを意味する。
【００４２】
ログ−ランク統計量は、その後、帰無仮説下で、各Ｏｊをその期待値と比較し、
【００４３】
【数４】
2012513197.tif 000006
として定義される。
【００４４】
上述のＺ値は、その後、生存関数が、単に偶然、異なっているという、確率である、
ｐ値に、二乗統計量を使用することにより、ｐ＝Ｐｒ（ｘ２（１）≧Ｚ）で変換することができる。
【００４５】
上で計算されたｐ値は、二つの生存曲線におくえる観察される違いが、単に偶然であるという確率を与える。０．０５又はそれより低いｐ値は、２つの曲線間の観察された違いが、確かに、単に偶然によるものではない、と、実質的に確信できるということを示唆するよう解釈される。少なくとも０．０５又はそれより低いｐ値（統計的有意性）を達成するあらゆる部位が、良又は不良の予後グループへの患者の層別化に関する優れたバイオマーカーになる可能性がある。我々は、上述の手法で、１５９，４３６の部位全てを評価する。少なくとも０．０５又はそれより低い統計的有意性を有する部位が、対象者を良又は不良の予後グループに層別化する能力とともに、表１に示される、リストに貯蔵される。もたらすメチル化分類リストは、配列識別（ＳＥＱ  ＩＤ）番号：１から配列識別番号：２５２として供される。ｐ値は、リスト内の部位を含む手段として使用されるが、特定の部位が含まれた時点で、主要素は、その部位に関連する生存曲線である。これらの生存曲線は、初期診断後の如何なる所定の時点において、患者の再発のリスクを確認する手段を供し、その後、下記の診断多変量解析のセクションで述べられるように、診断の実施形態で使用されるであろう。なお、添付する特許請求の範囲における請求項の、配列識別番号とは、表１の配列識別番号を示す。
【００４６】
【表１】
2012513197.tif 000007
2012513197.tif 000008
2012513197.tif 000009
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2012513197.tif 000011
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2012513197.tif 000021
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本発明は、配列識別番号：１３５、７８、２３０、８２、１２０、６０、７５、６３及び１７３が有意であるということが分かっている。前記配列の部位は、患者の良又は不良の予後グループへの層別化に関して、驚いたことに優れたバイオマーカーである。
【００４７】
［部分的なメチル化分類］
メチル化分類リスト（１２）から、部分的なメチル化分類リスト（２５）を次のように得ることができる。メチル化状態は、その技術分野で知られる如何なる方法に従って、決定される。ＤＮＡの抽出は、エタノール沈殿又はキアゲンのＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ＆  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔを使用することによる、といった、当業者に良く知られる方法に従って、実行される。抽出されたＤＮＡから、分類ＤＮＡ、各々の部位、の各配列のメチル化状態が、種々のメチル化ハイブリダイゼーション、メチル化特異的シークエンシング、ＨＥＬＰアッセイ、亜硫酸水素塩シークエンシングといった、当業者に良く知られる方法を使用して決定される。これらから得られる結果は、２成分変数−０又は１の形で与えられる、検定された部位の各々のメチル化状態であろう。
【００４８】
一実施様態において、マーカー１、２、５、１０は、メチル化分類リストから選択される。その後、患者のサンプルからのＤＮＡが評価され、マーカー１、２、５及び１０に対応するこれら部位の各々に関する、メチル化状態が決定される。結果は、表２に示される。
【００４９】
【表２】
2012513197.tif 000023
メチル化状態値は、その後、「診断多変量解析」のセクションで述べられる、リスクモデルに入力され、結局、これらの部位のメチル化の測定に基づく患者の再発リスクの確率を与える出力が存在する。
【００５０】
如何なる種類のマーカーが、配列識別番号：１から配列識別番号：２５２から選択することができる。その上、そのマーカーの各々でのメチル化状態を、測定し、表２に示されるリストと同様の出力を与えるであろう、分類モデルに入力することができる。
【００５１】
［診断多変量解析］
本発明の一実施形態において、診断アッセイは、投入された部位のリストからポストのちょうど１つを含み、その後、それを単変量診断アッセイとすることができる。この実施形態では、乳癌との診断において、所定の患者は、上述のように、診断検査をすぐに受け、特定の部位のメチル化レベルが推定されるであろう。メチル化レベルが、非メチル化、部分的メチル化又はメチル化であるかどうかに依存して、患者は、適切なグループ分けに配置される。それとともに、患者の無再発生存関数が、特定のグループ分け及び上のリスト内の特定の部位に関して導き出されるものと同じであるということを意味する。
【００５２】
例えば、メチル化された状態にある、部位ｉに関する生存関数は、Ｓi=Methylated(t)である。メチル化状態である患者に関する再発のリスクは、上記生存関数から、R(t)=S  i=Methylated(t)と推定される。
【００５３】
それ故、もし、患者に、５年での再発のリスクを与えることを望むなら、上述のリスク関数は、ｔ＝５年で評価される。
【００５４】
本発明の他の実施形態において、診断アッセイは、独立したリスクファクターとして、リストからいくつかの部位を含むことができる。これらの独立したリスクファクターは、上述のように測定され、独立したメチル化レベルが確認される。ファクターの各々のリスク関数は、その後、先の実施形態で述べられた例と同様に、抽出される。これらの独立したリスクは、その後、色々なやり方を使用して結合することができる。そのうちの１つは、次のようである。
【００５５】
Riを、Ｋの部位を含む診断検査において、部位ｉのメチル化レベルmjに基づく、所定の患者に関する５年での再発確率とする。所定の患者の再発の全リスクは、
【００５６】
【数５】
2012513197.tif 000024
と計算することができる。
【００５７】
他の実施形態において、診断アッセイにおける、個別の部位からのリスク評価は、年齢、腫瘍サイズ、ホルモン状態等のような他のリスクファクターと、さらに結合することができる。これら個別のファクターからのリスクは、上記のように、非依存性を仮定して、又は更なる解析に依存して、結合することができ、ファクターは、多変量診断でのことを含むふうな、種々のリスクファクターの間で相乗効果を特定する他の方法で結合することができる。
【００５８】
一実施形態において、図３によると、癌と診断されている、対象者の無再発生存の確率を予測する装置（３０）が供される。前記装置は、請求項１乃至３のいずれか一項に記載のメチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネル（２３）を作る、第一ユニット（３３０）を含む。前記装置はさらに、前記対象者からＤＮＡ（２４）を供する、第二ユニット（３４０）と、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、部分的なメチル化分類リスト（２５）をもたらす前記マーカーパネル（２３）に対応して、前記対象者からの前記ＤＮＡ（２４）の各部のメチル化状態を分析する、第三ユニットと、を含む。前記装置はまた、前記部分的なメチル化分類リスト（２５）を統計的に分析し、それ故に、前記対象者の無再発生存の予測確率（２６）を得る、第四ユニット（３６０）を含む。ユニットは、互いに動作可能なように結合される。
【００５９】
本発明は、特定の実施形態を参照して、上述されているが、ここに示した特定の形態に制限されることを意図しない。むしろ、本発明は、付随した特許請求の範囲によりのみ制限され、上記明細書より他の実施形態が、これら添付した特許請求の範囲の目的内において、同様に確かである。
【００６０】
特許請求の範囲における、「含む／含んでいる」という専門用語は、他の要素又は段階の存在を除外しない。さらに、個々にリストされているが、複数の手段、要素又は方法段階は、例えば、単一のユニット又はプロセッサーにより実行されても良い。さらに、個々の特徴が種々の特許請求の範囲で含まれるかもしれないが、これらは、場合により有意に組み合わされても良く、種々の特許請求の範囲での包含は、特徴の組み合わせが実現可能でない及び／又は有意でないということを、意味しない。さらに、単一の参照は複数を除外しない。「１つ」、「第一」、「第二」等の専門用語は、複数を排除しない。特許請求の範囲内の参照符号は、単に例を明確にするように供され、特許請求の範囲の目的を如何なるようにも制限するように解釈されない。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【手続補正書】
【提出日】平成23年6月27日(2011.6.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ部位を含むメチル化分類リストであって、
前記ＤＮＡ部位のメチル化状態が、乳癌の再発の可能性を示し、
当該メチル化分類リストは、配列識別番号が１３５、７８、２３０、８２、１２０、６０、７５、６３及び１７３である配列を含む、メチル化分類リスト。
【請求項２】
配列識別番号１から配列識別番号２５２までの配列を含む、請求項１に記載のメチル化分類リスト。
【請求項３】
乳癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測する方法であって：
請求項１又は２に記載のメチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネルを作成する、作成段階；
前記対象者からＤＮＡを供与する、供与段階；
前記マーカーパネルに対応する、前記対象者からの前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析し、統計的な処理が施されたメチル化データを含む部分的なメチル化分類リストをもたらす、分析段階；
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者に関する無再発生存の予測確率を得る、統計的分析段階
を含む、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法を実行するよう構成され、乳癌と診断されている対象者の無再発生存の確率を予測するための装置であって：
請求項１又は２に記載のメチル化分類リストから少なくとも１つのポストを含むマーカーパネルを作成する、第一ユニット；
前記対象者からＤＮＡを供する、第二ユニット；
前記マーカーパネルに対応する、前記対象者の前記ＤＮＡの各部のメチル化状態を分析し、統計的な処理が施されたメチル化データを含む部分的なメチル化分類リストをもたらす、第三ユニット；
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者の無再発生存の予測された確率を得る、第四ユニット；
を含む、装置。
【請求項５】
乳癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測するための、請求項１又は２に記載のメチル化分類リストの使用。
【国際調査報告】
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