(57)【要約】ＨＣＶ−１ａに感染した患者のインターフェロン処置に対する応答を予測するための方法。本発明の一局面において、本発明は、ＨＣＶ−１ａに感染した患者を、インターフェロンベースの処置で治療するための方法を包含する。上記方法は、ａ）上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；およびｂ）上記インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、上記基準は、以下の要素：ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列のインターフェロン感受性決定領域（ＩＳＤＲ）における変化の数；およびｉｉ）上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列、のうちの１つ以上を含む、工程を包含する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＣＶ−１ａに感染した患者を、インターフェロンベースの処置で処置するための方法であって、該方法は、
ａ）該患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；および
ｂ）該インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、ここで該基準は、以下の要素：
ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、該患者のＮＳ５Ａアミノ酸配列のインターフェロン感受性決定領域（ＩＳＤＲ）における変化の数；および
ｉｉ）該患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列
のうちの１つ以上を含む、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および前記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、前記ｂ）の下での前記基準の前記要素全てについて重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＥもしくはＭである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｍである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｅである、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｌである、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｖである、請求項３に記載の方法。
【請求項９】
前記基準は、前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列の要素をさらに含み、該基準は、前記３つの要素のうちの１つ以上を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および前記インターフェロンベースの処置に対する該患者の応答および該患者の応答に基づいて、重み付けパラメーターを、前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列の前記要素に割り当てる工程をさらに包含する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｐである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｑである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｒである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
前記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者の遺伝的多型性を分析する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記患者の前記遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者の前記部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程は、ポリメラーゼ連鎖反応機械を使用して、該部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子の一部を増幅する工程を包含する、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記インターフェロンベースの処置に対して前記患者が陽性に応答するか否かを決定する工程をさらに包含する、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者が、前記インターフェロンベースの処置に対して応答性であることが決定された場合、該インターフェロンベースの処置を該患者に施す工程をさらに包含する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準に従って、ＨＣＶ−１ａに感染した患者の処置のための医薬を調製物するためのインターフェロンの使用であって、ここで該基準は、以下の要素：
ａ）該患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列のアミノ酸２２６位；および
ｂ）標準的なＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、該患者の該ＮＳ５Ａアミノ酸配列の該インターフェロン感受性決定領域における変化の数、
のうちの１つ以上を含む、使用。
【請求項２４】
前記基準の前記要素は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および該患者それぞれの前記インターフェロンベースの処置に対する応答に基づいて、重み付けパラメーターを割り当てられる、請求項２３に記載の使用。
【請求項２５】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＭもしくはＥである、請求項２３に記載の使用。
【請求項２６】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ａである、請求項２５に記載の使用。
【請求項２７】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ｌである、請求項２５に記載の使用。
【請求項２８】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ｅである、請求項２５に記載の使用。
【請求項２９】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ｍである、請求項２５に記載の使用。
【請求項３０】
前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記アミノ酸２２６位は、Ｖである、請求項２５に記載の使用。
【請求項３１】
前記基準は、前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の要素をさらに含み、該基準は、前記３つの要素のうちの１つ以上を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３２】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである、請求項３１に記載の使用。
【請求項３３】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列において、前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｓである、請求項３２に記載の使用。
【請求項３４】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列において、前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｐである、請求項３２に記載の使用。
【請求項３５】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列において、前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｑである、請求項３２に記載の使用。
【請求項３６】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列において、前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｒである、請求項３２に記載の使用。
【請求項３７】
前記患者の前記ＮＳ５Ａアミノ酸配列において、前記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ａである、請求項３２に記載の使用。
【請求項３８】
前記医薬は、１種以上の抗ウイルス薬を含む、請求項２４〜３７のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３９】
前記１種以上の抗ウイルス薬は、リバビリン、ＨＣＶプロテアーゼインヒビター、もしくはＨＣＶポリメラーゼインヒビターを含む、請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＢＭＳ−７９００５２、ＭＫ７００９、ＢＩ  ２０１３３５、ＳＣＨ９００５１８、ＶＸ−９８５、ＳＣＨ５０３０３４、ＶＸ−９５０、ＶＸ−５００、Ｒ７２２７、ＩＴＭＮ−１９１、ＡＣＨ−１０９５もしくはＴＭＣ４３５３５０である、請求項３９に記載の使用。
【請求項４１】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＶＸ−９５０である、請求項３９に記載の使用。
【請求項４２】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３である、請求項３９に記載の使用。
【請求項４３】
前記ＨＣＶポリメラーゼインヒビターは、ＶＣＨ−９１６、ＩＤＸ−１８４、ＶＸ−２２２、フィリブビル、ＡＢＴ−０３３、ＡＢＴ−０７２、ＧＳ１９０、ＡＮＡ５９８、ＭＫ−３２８１、ＢＭＳ−６５００３２、もしくはＲ７１２８である、請求項３９に記載の使用。
【請求項４４】
前記医薬は、ＮＳ４Ａインヒビター、ＮＳ４Ｂインヒビター、サイクロフィリンインヒビターおよびこれらの組み合わせをさらに含む、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４５】
前記医薬は、ＡＣＨ−８０６、クレミゾール、Ｄｅｌｂｉｏ−０２５もしくはＮＩＭ８１１をさらに含む、請求項３８〜４４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４６】
前記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である、請求項２３〜４５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４７】
前記基準は、前記患者の遺伝的多型性をさらに含む、請求項２３に記載の使用。
【請求項４７】
前記患者の前記遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４８】
ＨＣＶ−１ａに感染した患者に治療レジメンおよび／もしくは継続期間を指示するための方法であって、該方法は、
ａ）該患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；および
ｂ）インターフェロン処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、ここで該基準は、以下の要素：
ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、該患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の該インターフェロン感受性決定領域における変化の数；および
ｉｉ）該患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列；
のうちの１つ以上を含む、工程；ならびに
ｃ）該患者の該治療レジメンおよび／もしくは継続期間を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４９】
ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および前記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、前記ｂ）下で前記基準の前記要素全てについて重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する、請求項４９に記載の方法。
【請求項５０】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＥもしくはＭである、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５１】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５２】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｌである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｍである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｅである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｖである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記基準は、前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列の要素をさらに含み、該基準は、前記３つの要素のうちの１つ以上を含む、請求項４９〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および前記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、該患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列の前記要素に重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する、請求項４８〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである、請求項５８に記載の方法。
【請求項５９】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６０】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｐである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｑである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｒである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の前記３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
前記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である、請求項４９〜６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
前記患者の治療のレジメンおよび／もしくは継続期間を決定する工程は、ＨＣＶ−プロテアーゼインヒビター、第２のＳＴＡＴ−Ｃ、インターフェロン、リバビリンもしくはこれらの組み合わせを該患者に投与する工程を包含する、請求項４９〜６５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
前記患者に投与する工程は、１２週間、３６週間もしくは４８週間の継続期間にわたって、該患者に投与する工程を包含する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６７】
前記患者に投与する工程は、１２週間の継続期間にわたって該患者に投与する工程を包含する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記患者に投与する工程は、３６週間の継続期間にわたって該患者に投与する工程を包含する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
前記患者に投与する工程は、４８週間の継続期間にわたって該患者に投与する工程を包含する、請求項６６に記載の方法。
【請求項７０】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３４、ＶＸ−９５０、ＶＸ−５００、Ｒ７２２７、ＩＴＭＮ−１９１、ＡＣＨ−１０９５もしくはＴＭＣ４３５３５０である、請求項６６〜７０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７１】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３４である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７２】
前記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＶＸ−９５０である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記第２のＳＴＡＴ−Ｃは、ＨＣＶポリメラーゼインヒビター、ＮＳ４Ａインヒビター、ＮＳ４Ｂインヒビターもしくはサイクロフィリンインヒビターである、請求項６６に記載の方法。
【請求項７４】
前記第２のＳＴＡＴ−Ｃは、ＶＣＨ−９１６、ＩＤＸ−１８４、ＶＸ−２２２、フィリブビル、ＡＢＴ−０３３、ＡＢＴ−０７２、ＧＳ１９０、ＡＮＡ５９８、ＭＫ−３２８１、ＢＭＳ−６５００３２、ＡＣＨ−８０６、クレミゾール、Ｄｅｌｂｉｏ−０２５、ＮＩＭ８１１もしくはＲ７１２８である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７５】
前記患者の遺伝的多型性を分析する工程をさらに包含する、請求項４９に記載の方法。
【請求項７６】
前記患者の前記遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７７】
前記患者の前記部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程は、ポリメラーゼ連鎖反応機械を使用して、該部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子の一部を増幅する工程を包含する、請求項４９〜７７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記インターフェロンベースの処置を前記患者に施す工程をさらに包含する、請求項４９〜７８のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願への相互参照）
本出願は、２００８年８月２８日に出願された米国出願第６１／０９２，５０３号に対する優先権を主張し、この出願の内容は、その全体が本明細書において参照として援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、ＨＣＶ−１ａに感染した患者の、インターフェロンを含む処置レジメンに対する応答を推定するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
Ｃ型肝炎ウイルス（「ＨＣＶ」）による感染は、人を動かさずにはおれない医学的問題である。ＨＣＶは、非Ａ型、非Ｂ型肝炎の大部分の症例の原因因子として認識されており、全世界で３％のヒト血清有病率と概算されている（Ａ．Ａｌｂｅｒｔｉら，「Ｎａｔｕｒａｌ  Ｈｉｓｔｏｒｙ  ｏｆ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ」，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，３１（Ｓｕｐｐｌ．１），ｐｐ．１７−２４（１９９９））。ほぼ４００万人の個体が、米国単独で感染している可能性がある（Ｍ．Ｊ．Ａｌｔｅｒら，「Ｔｈｅ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ」，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｃｌｉｎ．Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ．，２３，ｐｐ．４３７−４５５（１９９４）；Ｍ．Ｊ．Ａｌｔｅｒ「Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  Ｖｉｒｕｓ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ」，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，３１（Ｓｕｐｐｌ．１），ｐｐ．８８−９１（１９９９））。１９９０年代半ばにおける抗ＨＣＶスクリーニングを導入する前に、米国では、ＨＣＶは、輸血後肝炎症例の８０〜９０％を占めていた。ＨＣＶ感染の高い割合はまた、血液および血液製剤に頻繁に曝されている出血障害もしくは慢性腎不全の群の個体において認められる。
【０００４】
ＨＣＶに最初に曝されると、感染した個体のうちの約２０％が、急性の臨床的肝炎を発症するに過ぎない一方で、他は、上記感染を自然に解決しているようである。しかし、実例のうちのほぼ７０％において、上記ウイルスは、数十年間続き得る慢性感染を確立する（Ｓ．Ｉｗａｒｓｏｎ，「Ｔｈｅ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｃｏｕｒｓｅ  ｏｆ  Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ」，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，１４，ｐｐ．２０１−２０４（１９９４）；Ｄ．Ｌａｖａｎｃｈｙ，「Ｇｌｏｂａｌ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ」，Ｊ．Ｖｉｒａｌ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ，６，ｐｐ．３５−４７（１９９９））。長期化した慢性感染は、再発しかつ徐々に悪化する肝臓の炎症を悪化させ得る。上記炎症は、しばしば、より重篤な疾患状態（例えば、肝硬変および肝細胞癌）をもたらす（Ｍ．Ｃ．Ｋｅｗ，「Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  ａｎｄ  Ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ」，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，１４，ｐｐ．２１１−２２０（１９９４）；Ｉ．Ｓａｉｔｏら，「Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  Ｖｉｒｕｓ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｉｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ」，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７，ｐｐ．６５４７−６５４９（１９９０））。
【０００５】
ＨＣＶは、約９．５ｋｂの＋センスの一本鎖ＲＮＡゲノムを含むエンベロープに包まれたウイルスである。そのゲノムの組織化およびビリオン特性に基づいて、ＨＣＶは、フラビウイルス科（ペスチウイルスおよびフラビウイルスもまた含む科）ファミリーの中の別個の属として分類されてきた（Ａｌｔｅｒ，１９９５，Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．１５：５−１４）。上記ウイルスゲノムは、長い５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、約３０１１アミノ酸のポリプロテイン前駆体をコードする長いオープンリーディングフレーム、および短い３’ＵＴＲからなる。上記ポリプロテイン前駆体は、宿主およびウイルス両方のプロテアーゼによって切断されて、成熟したウイルス構造タンパク質および非構造タンパク質を生じる。ＨＣＶは、２つのプロテイナーゼ、亜鉛依存性メタロプロテイナーゼ（ＮＳ２−ＮＳ３領域によってコードされる）およびセリンプロテイナーゼ（ＮＳ３／ＮＳ４領域においてコードされる）をコードする。これらプロテイナーゼは、成熟ペプチドへ、上記前駆体ポリプロテインの特定の領域を切断するために必要とされる。非構造タンパク質５Ｂ、ＮＳ５Ｂのカルボキシル側半分は、ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼを含む。残りの非構造タンパク質ＮＳ４ＢおよびＮＳ５Ａのウイルス複製における正確な機能は、未知のままである。
【０００６】
インターフェロン−α（インターフェロン）は、慢性ＨＣＶ感染のためのＦＤＡが承認した治療薬である。インターフェロンの効果は、異なる細胞誘導性タンパク質（二本鎖ＲＮＡ活性化プロテインキナーゼ（ＰＫＲ）が挙げられる）を介して媒介される（Ｇａｌｅら，１９９７，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ２３０：２１７−２２７）。ＨＣＶ遺伝子型１を有する患者のうちの８〜１２％が、インターフェロン治療に対して継続した臨床ウイルス学的な応答（ＳＶＲ）を有するに過ぎない（Ｃａｒｉｔｈｅｒｓら，１９９７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２６：８３Ｓ−８８Ｓ；Ｌｉｎｄｓａｙ，１９９７，Ｈｅｐｔａｔｏｌｏｇｙ  ２６：７１Ｓ−７７Ｓ）。インターフェロンとグアノシンアナログであるリバビリン（ＲＢＶ）との組み合わせ治療は、継続した生化学的応答およびウイルス学的応答を生じることにおいて、インターフェロン単一療法より優れていることが示された（Ｐｏｙｎａｒｄら，１９９８，Ｌａｎｃｅｔ  ３５２：１４２６−１４３２）。しかし、継続した応答の割合の顕著な改善にも拘わらず、高力価ＨＣＶ遺伝子型１感染を有する患者のうちの６０％程度が、ｐｅｇ化インターフェロンおよびリバビリン治療に対して非応答性である。例えば、ＨＣＶ−１に感染した患者における応答率は、４０％未満である。プロトタイプ遺伝子型１ａに感染した米国の患者の応答率が同様に低いこともまた、報告された（Ｍａｈａｎｅｙら  １９９４，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０：１４０５−１４１１）。対照的に、ＨＣＶ遺伝子型２に感染した患者の応答率は、ほぼ８０％である（Ｆｒｉｅｄら，１９９５，Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．１５：８２−９１）。完全なＨＣＶポリプロテインの発現は、ヒトＵ２−ＯＳ骨肉腫細胞におけるインターフェロン誘導性シグナル伝達を阻害することが示された（Ｈｅｉｍら，１９９９，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７３：８４６９−８４７５）。どのＨＣＶタンパク質がこの作用を担うかどうかということは報告されなかった。
【０００７】
インターフェロン応答とＨＣＶの上記非構造５Ａ（ＮＳ５Ａ）配列との間の関係は、論議の的である。インターフェロン治療に対する応答は、ＨＣＶサブタイプの中でも違っており、ＨＣＶ−１ｂサブタイプは、インターフェロン処置に対して特に抵抗性である（Ａｌｔｅｒら，１９９８，ＭＭＷＲ  Ｒｅｃｏｍｍ．Ｒｅｐ．４７（ＲＲ−１９）：１−３９）。ＨＣＶ感染患者に由来するインターフェロン抵抗性ウイルスおよびインターフェロン感受性ウイルスの全長ＨＣＶ核酸配列の比較から、上記ＮＳ５Ａタンパク質のカルボキシ末端に対応するミスセンス置換が明らかになった（Ｅｎｏｍｏｔｏら，１９９５，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：２２４−２３０）。ＮＳ５Ａの対応する４０アミノ酸領域（上記ＨＣＶポリプロテインのアミノ酸２２０９〜２２４８）は、インターフェロン感受性決定領域、すなわち、ＩＳＤＲと称されてきた（Ｅｎｏｍｏｔｏら，１９９５）。上記ＩＳＤＲは、インビトロでＰＫＲに結合し、その機能を阻害することが示された、上記ＮＳ５Ａタンパク質における領域内に囲まれている（Ｇａｌｅら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８：５２０８−５２１８）。Ｅｎｏｍｏｔｏら（１９９６，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３４：７７−８１）は、インターフェロン治療に応答する患者が、（インターフェロン抵抗性ＨＣＶ  １ｂ−Ｊプロトタイプ配列と比較して）上記ＩＳＤＲにおいて複数の置換があるウイルスを有するモデルを提唱したのに対して、インターフェロン治療に失敗している患者は、上記ＩＳＤＲにおいてほとんど置換がないウイルスを有する。
【０００８】
インターフェロン抵抗性ウイルスおよびインターフェロン感受性ウイルスに由来するＩＳＤＲ配列を発表した研究のうち、９つが、上記Ｅｎｏｍｏｔｏモデルを支持し、５％有意レベルにおいて、データから、インターフェロン応答および上記ＩＳＤＲにおける置換が依存性であるという十分な証拠が提供されると結論づける（Ｅｎｏｍｏｔｏら，１９９５，１９９６；Ｃｈａｙａｍａら，１９９７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２５：７４５−７４９；Ｋｕｒｏｓａｋｉら，１９９７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２５：７５０−７５３；Ｆｕｋｕｄａら，１９９８，Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．１３：４１２−４１８；Ｓａｉｚら，１９９８，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１７７：８３９−８４７；Ｍｕｒａｓｈｉｍａら，１９９９，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．３１：２７−３２；Ｓａｒｒａｚｉｎら  １９９９，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．３０：１００４−１０１３；Ｓａｋｕｍａら，１９９９，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１８０：１００１−１００９）。他の１６の研究は、相関があると結論づけられなかった（Ｈｏｆｇａｒｔｎｅｒら，１９９７，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．５３：１１８−１２６；Ｋｈｏｒｓｉら，１９９７，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．２７：７２−７７；Ｓｑｕａｄｒｉｔｏら，１９９７，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １１３：５６７−５７２；Ｚｅｕｚｅｍら，１９９７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２５：７４０−７４４；Ｄｕｖｅｒｌｉｅら，１９９８，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．７９：１３７３−１３８１；Ｆｒａｎｇｕｅｌら，１９９８，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２８：１６７４−１６７９；Ｏｄｅｂｅｒｇら，１９９８，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．５６：３３−３８；Ｐａｗｌｏｔｓｋｙら，１９９８，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：２７９５−２８０５；Ｐｏｌｙａｋら，１９９８，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：４２８８−４２９６；Ｒｉｓｐｅｔｅｒら，１９９８，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．２９：３５２−３６１；Ｃｈｕｎｇら，１９９９，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．５８：３５３−３５８；Ｓａｒｒａｚｉｎら  １９９９，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．３０：１００４−１０１３；Ｓｑｕａｄｒｉｔｏら，１９９９，Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．３０：１０２３−１０２７；Ｉｂａｒｒｏｌａら，１９９９，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．９４：２４８７−２４９５；Ｍｉｈｍら，１９９９，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．５８：２２７−２３４；Ａｒａｓｅら，１９９９，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．３８：４６１−４６６）。興味深いことに、相関を裏付ける９つの研究のうちの７つは、日本からのＨＣＶ単離株に基づくのに対して、相関を裏付けない１６の研究のうちの１５は、欧州および北米の単離株に基づく。北米および欧州の研究において、インターフェロン応答とＩＳＤＲ配列との間の統計的に有意な相関は、一般に見いだされないが、関係性が存在するという証拠はある。ある個体研究のＩＳＤＲ配列の中間および変異クラスが組み合わされる場合、インターフェロンに対する応答率は、ＩＳＤＲ配列の野生型クラスを有する患者におけるものより高い（非特許文献１）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｈｅｒｉｏｎ  ａｎｄ  Ｈｏｏｆｎａｇｌｅ，１９９７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２５：７６９−７７１
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
（発明の要旨）
本発明は、ＨＣＶ−１ａサブタイプに感染したヒト被験体において、上記被験体に影響を与える上記ウイルスＮＳ５Ａ配列と、インターフェロンを含む処置レジメンに対する彼もしくは彼女の最終的応答との間に顕著な関連性があるという発見に基づく。
【００１１】
本発明の一局面において、本発明は、ＨＣＶ−１ａに感染した患者を、インターフェロンベースの処置で治療するための方法を包含する。上記方法は、
ａ）上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；および
ｂ）上記インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、上記基準は、以下の要素：
ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列のインターフェロン感受性決定領域（ＩＳＤＲ）における変化の数；および
ｉｉ）上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列、
のうちの１つ以上を含む、工程
を包含する。
【００１２】
具体的には、上記ＩＳＤＲにおいて高い変異性（例えば、コンセンサスからの３個以上の変化）および／または上記ＮＳ５Ａアミノ酸の２２６位においてメチオニン（Ｍ）もしくはグルタミン酸（Ｅ）を有するウイルスを含む患者は、ｐｅｇ化インターフェロンおよびリバビリン治療に対して迅速なウイルス学的応答（ＲＶＲ）を達成する可能性が高い。例えば、ＩＦＮ／ＲＢＶ治療が、治療の４週間において現在の検出限界（１０ＩＵ／ｍｌ）未満に上記ウイルスを減少させる能力（ＲＶＲ）は、継続したウイルス学的応答（ＳＶＲ）の達成を非常に推定するものである。逆に言えば、ＩＳＤＲ変化も、上記ＮＳ５Ａアミノ酸の２２６位において他のアミノ酸も有さないウイルスに感染した患者は、ＲＶＲを達成する可能性が低い。
【００１３】
特定の実施形態において、上記方法は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、ｂ）の下での基準の要素全てについて重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する。
【００１４】
特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＥもしくはＭである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｌである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｅである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｍである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｖである。
【００１５】
特定の実施形態において、上記基準は、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列の要素をさらに含む。上記基準は、３つの要素のうちの１つ以上を含む。特定の実施形態において、上記方法は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列の要素に重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する。
【００１６】
繰り返すと、上記ＩＳＤＲにおける特定の変化数および上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位においてメチオニン（Ｍ）もしくはグルタミン酸（Ｅ）を有することに加えて、ある患者が、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位においてＱ、ＲもしくはＡを含むウイルスに感染した場合、上記患者は、ｐｅｇ化インターフェロンおよびリバビリン治療に対して迅速なウイルス学的応答（ＲＶＲ）を達成する可能性が高い。反対に、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位においてＱ、ＲもしくはＡを含まないウイルスに感染した患者は、インターフェロンベースの処置に対してウイルス学的に非応答性である可能性が増大する。
【００１７】
一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである。特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓである。特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｐである。特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｑである。特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｒである。特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである。
【００１８】
特定の実施形態において、上記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である。
【００１９】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者の遺伝的多型性を分析する工程をさらに包含する。一実施形態において、上記患者の遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である。
【００２０】
特定の実施形態において、上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程は、ポリメラーゼ連鎖反応機械を使用して、上記部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子の一部を増幅する工程を包含する。
【００２１】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者が、上記インターフェロンベースの処置に対して陽性に応答するか否かを決定する工程をさらに包含する。
【００２２】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者が上記インターフェロンベースの処置に対して応答することが決定された場合に、上記インターフェロンベースの処置を上記患者に施す工程をさらに包含する。
【００２３】
本発明の別の局面において、本発明は、上記インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準に従って、ＨＣＶ−１ａに感染した患者の処置のための医薬を調製するためのインターフェロンの使用を提供し、ここで上記基準は、以下の要素：
ａ）上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸；および
ｂ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、上記患者のＮＳ５Ａアミノ酸配列の中のインターフェロン感受性決定領域における変化の数、
のうちの１つ以上を含む。
【００２４】
一実施形態において、上記基準の要素は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、重み付けパラメーターを割り当てられる。
【００２５】
一実施形態において、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＭもしくはＥである。一実施形態において、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸は、Ａである。一実施形態において、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸は、Ｌである。一実施形態において、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸は、Ｅである。一実施形態において、上記ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸は、Ｍである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｖである。
【００２６】
特定の実施形態において、上記基準は、上記患者のＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の要素をさらに含み、ここで上記基準は、３つの要素のうちの１つ以上を含む。特定の実施形態において、上記基準の要素は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、重み付けパラメーターが割り当てられる。
【００２７】
特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである。一実施形態において、上記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｓである。一実施形態において、上記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｐである。一実施形態において、上記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｑである。一実施形態において、上記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ｒである。一実施形態において、上記３１１位におけるアミノ酸残基は、Ａである。
【００２８】
一実施形態において、上記医薬は、１種以上の抗ＨＣＶ薬剤を含む。
【００２９】
一実施形態において、上記医薬は、リバビリン、ＨＣＶプロテアーゼインヒビターおよびＨＣＶポリメラーゼインヒビターを含む。一実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＢＭＳ−７９００５２、ＭＫ  ７００９、ＢＩ  ２０１３３５、ＳＣＨ９００５１８、ＶＸ−９８５、ＳＣＨ５０３０３４、ＶＸ−９５０、Ｒ７２２７、ＩＴＭＮ−１９１、ＡＣＨ−１０９５もしくはＴＭＣ４３５３５０である。別の実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＶＸ−９５０である。さらに別の実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３である。別の実施形態において、上記ＨＣＶポリメラーゼインヒビターは、ＶＣＨ−９１６、ＩＤＸ−１８４、ＶＸ−２２２、フィリブビル、ＡＢＴ−０３３、ＡＢＴ−０７２、ＧＳ１９０、ＡＮＡ５９８、ＭＫ−３２８１、ＢＭＳ−６５００３２、もしくはＲ７１２８である。
【００３０】
一実施形態において、上記医薬は、ＮＳ４Ａインヒビター、ＮＳ４Ｂインヒビター、サイクロフィリンインヒビターおよびこれらの組み合わせを含む。上記ＮＳ４Ａインヒビター、ＮＳ４Ｂインヒビターおよびサイクロフィリンインヒビターの例は、それぞれ、ＡＣＨ−８０６；クレミゾール；ならびにＤｅｂｉｏ−０２５およびＮＩＭ８１１である。
【００３１】
一実施形態において、上記インターフェロンベースの処置は、Ｒｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａ、Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）、Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）、およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎからなる群より選択される。
【００３２】
一実施形態において、上記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である。
【００３３】
特定の実施形態において、上記基準は、上記患者の遺伝的多型性をさらに含む。一実施形態において、上記患者の上記遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である。
【００３４】
本発明のさらに別の局面において、本発明は、ＨＣＶ−１ａに感染した患者について治療レジメンおよび／もしくは継続期間（ｄｕｒａｔｉｏｎ）を指示するための方法を提供する。上記方法は、
ａ）上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；および
ｂ）インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、ここで上記基準は、以下の要素：
ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列のインターフェロン感受性決定領域における変化の数；および
ｉｉ）上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列；
のうちの１つ以上を含む工程、ならびに
ｃ）上記患者の治療レジメンおよび／もしくは継続期間を決定する工程、
を包含する。
【００３５】
特定の実施形態において、上記方法は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、ｂ）の下での上記基準の上記要素全てについて重み付けパラメーターを割り当てる工程をさらに包含する。
【００３６】
特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａ、Ｌ、Ｖ、ＥもしくはＭである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｌである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｅである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｍである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｖである。
【００３７】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列の要素をさらに含む基準を含む。上記基準は、上記３つの要素のうちの１つ以上を含む。特定の実施形態において、上記方法は、ＨＣＶ−１ａ感染患者の集団の配列分析および上記インターフェロンベースの処置に対する該患者それぞれの応答に基づいて、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列の上記要素に重み付けパラメーターを割り当てる工程を包含する。
【００３８】
特定の実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓ、Ｐ、Ｑ、ＲもしくはＡである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｓである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｐである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｑである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ｒである。一実施形態において、上記患者のＨＣＶ  ＮＳ５Ａアミノ酸配列の３１１位におけるアミノ酸残基の配列は、Ａである。
【００３９】
特定の実施形態において、上記標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列は、Ｈ７７である。
【００４０】
特定の実施形態において、上記患者の治療のレジメンおよび／もしくは継続期間を決定する工程は、ＨＣＶプロテアーゼインヒビター、第２のＳＴＡＴ−Ｃ、インターフェロン、リバビリンもしくはこれらの組み合わせを上記患者に投与する工程を包含する。一実施形態において、上記患者に投与する工程は、１２週間、３６週間もしくは４８週間の継続期間にわたって、インターフェロンおよびリバビリンを上記患者に投与する工程を包含する。一実施形態において、上記患者に投与する工程は、１２週間の継続期間にわたって上記患者に投与する工程を包含する。一実施形態において、上記患者に投与する工程は、３６週間の継続期間にわたって上記患者に投与する工程を包含する。一実施形態において、上記患者に投与する工程は、４８週間の継続期間にわたって上記患者に投与する工程を包含する。
【００４１】
特定の実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３４、ＶＸ−９５０、Ｒ７２２７、ＩＴＭＮ−１９１、ＡＣＨ−１０９５もしくはＴＭＣ４３５３５０である。一実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＳＣＨ５０３０３４である。一実施形態において、上記ＨＣＶプロテアーゼインヒビターは、ＶＸ−９５０である。
【００４２】
特定の実施形態において、上記第２のＳＴＡＴ−Ｃは、ＨＣＶポリメラーゼインヒビター、ＮＳ４Ａインヒビター、ＮＳ４Ｂインヒビターもしくはサイクロフィリンインヒビターである。いくつかの実施形態において、上記第２のＳＴＡＴ−Ｃは、ＶＣＨ−９１６、ＩＤＸ−１８４、ＶＸ−２２２、フィリブビル、ＡＢＴ−０３３、ＡＢＴ−０７２、ＧＳ１９０、ＡＮＡ５９８、ＭＫ−３２８１、ＢＭＳ−６５００３２、ＡＣＨ−８０６、クレミゾール、Ｄｅｂｉｏ−０２５、ＮＩＭ８１１もしくはＲ７１２８である。
【００４３】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者の遺伝的多型性を分析する工程をさらに包含する。一実施形態において、上記遺伝的多型性は、ｒｓ１２９７９８６０である。
【００４４】
特定の実施形態において、上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程は、ポリメラーゼ連鎖反応機械を使用して、上記部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子の一部を増幅する工程を包含する。
【００４５】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者が上記インターフェロンベースの処置に対して陽性に応答するか否かを決定する工程をさらに包含する。
【００４６】
特定の実施形態において、上記方法は、上記患者が、上記インターフェロンベースの処置に対して応答することが決定された場合、上記インターフェロンベースの処置を上記患者に施す工程をさらに包含する。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１】図１は、上記被験体によるＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ応答のレベルを示すプロットである。ウイルスＲＮＡ負荷が４週目まで検出限界（ＬＯＤ）未満であった被験体を、迅速ウイルス応答者（ＲＶＲ）と称した一方で、１２週目までにＲＮＡ負荷がＬＯＤ未満に低下した被験体を、完全初期ウイルス応答者（ｃＥＶＲ）と称した。部分的初期ウイルス応答者（ｐＥＶＲ）は、１２週目までにＲＮＡ負荷において少なくとも２−ｌｏｇ低下を有し、非応答者（ＮＲ）は、上記研究の間にＲＮＡ負荷において２−ｌｏｇ未満の減少を有した。各患者群についてのトレンドラインは、各時点での平均±標準偏差を示す。
【図２】図２は、４０アミノ酸の４１個の重複ストレッチ（ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ  ｓｔｒｅｔｃｈ）、アミノ酸６〜４５までにわたる第１のウインドウ；アミノ酸１６〜５５までの第２のウインドウ；２６〜６５までの第３のウインドウなどへと切断されたＮＳ５Ａアミノ酸アラインメントを示すプロットである。ロジスティック回帰を使用して、ＩＦＮ感受性（すなわち、順番にスコア付けされた患者転帰群）が、これらウインドウのうちのいずれか内の遺伝的バリエーションの関数であるか否かを決定した（α＝０．０５，タイプＩエラーを制御するためにＢｏｎｅｆｅｒｒｏｎｉ手順を使用した）。ロジスティック回帰から生じるｐ値（「有意レベル」）は、上記ＮＳ５Ａアミノ酸の長さに対してプロットされ、各ウインドウの有意レベルは、その中間（ｍｅａｎ）の残基に対してプロットされた（例えば、残基６〜４５にわたるウインドウについてのｐ値０．６９３４は、残基２６においてプロットされる）。「インターフェロン感受性決定領域」（ＩＳＤＲ；ＡＡ２３６〜２７５）であると示唆された４０残基のストレッチが、灰色のボックスで囲まれている。このウインドウの中心に対応する点（ｐ＝０．０００３）は、ＩＦＮ感受性が、変異の数の関数である領域のみであり、顕著なことには、Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正した０．０５のαで有意である。
【図３】図３は、上記応答分類の各々におけるＩＳＤＲ変異の数のプロットである。迅速ウイルス応答者（ＲＶＲ）内の感染性ビリオンのＩＳＤＲは、互いの転帰群に対して変異が顕著に富化されている一方で、他の転帰群は、６つの独立したＭａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定ペア様式の比較によって決定される場合、いかなる他のものとも顕著に異ならない（有意に異なる群は、グラフのいちばん上での「ａ」および「ｂ」によって示される）。順位和に基づくノンパラメトリック比較を、統計学的検定に使用したが、各群についての平均値の菱形（ｍｅａｎｓ  ｄｉａｍｏｎｄ）（それらの高さにおいては平均に対する９５％信頼区間を示し、そしてそれらの幅においては相対的サンプルサイズに対する９５％信頼区間を示す）が示される。灰白色のバーは、上記データセットの全体的な平均を表す。
【図４】図４は、上記ＩＳＤＲ内の０個、１個、２個、および３個以上の変異についてのウイルス学的転帰群の構成（ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）を示す円グラフ（ｐｉｅ  ｇｒａｐｈ）を示しており、各チャートについては、グラフの下に表示されている。各群についてのサンプルサイズは、上記チャートの上に示され、各群の相対的面積で表される。凡例は、上記チャートの左側にボックスで囲まれている（ＲＶＲ，迅速ウイルス学的応答；ｃＥＶＲ，完全初期ウイルス学的応答；ｐＥＶＲ，部分的初期ウイルス学的応答；ＮＲ，非応答性）。
【図５】図５は、Ｈ７７の核酸配列（図５ａ）およびアミノ酸配列（図５ｂ）を示す。
【図６】図６は、上記インターフェロンベースの処置に対し様々な程度の応答を表す上記被験体からの核酸配列を示す。
【図７】図７は、図６の被験体からのアミノ酸配列を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
（発明の詳細な説明）
米国の遺伝子型１ａ患者におけるインターフェロンおよびＲＢＶに対する全長ＮＳ５Ａアミノ酸のウイルス配列多様性の影響を調査した。
【００４９】
上記ＮＳ５Ａアミノ酸を、多種性（ｑｕａｓｉｓｐｅｃｉｅｓ）の誘導を通じてＩＦＮ応答に影響を及ぼすことが示された（Ｍａｃｄｏｎａｌｄ  ２００４、Ｔａｎ  ２００１、Ｈｏｆｍａｎｎ  ２００４において総説されている）。ＨＣＶ生活環におけるＮＳ５Ａの正確な役割は未知である一方で、ＮＳ５Ａが、ＨＣＶゲノムの複製を触媒するマルチタンパク質複合体の重要な部分であることが実証された（Ｅｇｇｅｒ  ２００２）。ＨＣＶ複製におけるその直接的な役割とは無関係に、ＮＳ５Ａはまた、多くの細胞シグナル伝達分子に結合し得、これは次に、細胞増殖の調節に影響を及ぼし得、細胞のアポトーシス応答を阻害し得る（Ｍａｃｄｏｎａｌｄ，総説２００４）。
【００５０】
さらに、ＮＳ５Ａは、インターフェロン誘導性二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）活性化プロテインキナーゼＰＫＲに結合することが実証された（Ｇａｌｅ  １９９７）。ＰＫＲは、ｄｓＲＮＡへの結合によって活性化される。一旦活性化されると、ＰＫＲは、タンパク質合成開始因子２のαサブユニット２（ｅＩＦ−２α）をリン酸化し、ウイルスタンパク質翻訳の抑制をもたらすことが公知である（Ｍａｃｄｏｎａｌｄ  ２００４）。ｅＩＦ−２αに結合することによって、ＮＳ５Ａは、ＰＫＲのダイマー化および自己リン酸化を妨害し、従って、ＩＦＮ誘導性宿主ウイルス応答経路を阻害する（Ｇａｌｅ  １９９７）。
【００５１】
語句「ＮＳ５Ａ遺伝子の６７６位、６７７位および６７８位のヌクレオチド」は、アラインメントのための参照配列として、図５および図６において示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａ  ｃＤＮＡもしくはＲＮＡの６７６ヌクレオチド位、６７７ヌクレオチド位および６７８ヌクレオチド位における位置（ｌｏｃｕｓ）を意味し、ここで図５および図６に示される配列は、ＨＣＶ−１ａゲノムヌクレオチド配列のヌクレオチド位置６７５とヌクレオチド位置６７９との間のＮＳ５Ａコード領域を表す。
【００５２】
語句「ＮＳ５Ａタンパク質の２２６位のアミノ酸」とは、アラインメントのための参照配列として、図５および図６において示される配列に示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａタンパク質の２２６位のアミノ酸を意味し、ここで図５および図６に示される配列は、ＨＣＶ−１ａゲノムポリプロテインのアミノ酸位置２２５〜アミノ酸位置２２７にわたるＮＳ５Ａタンパク質のポリペプチド配列を表す。
【００５３】
語句「ＮＳ５Ａ遺伝子の９３１位、９３２位、および９３３位のヌクレオチド」とは、アラインメントのための参照配列として、図５および図６において示される配列に示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａ  ｃＤＮＡもしくはＲＮＡのヌクレオチド位置９３１、９３２、および９３３の位置を意味し、ここで上記図５および６：１に示される配列は、ＨＣＶ−１ａゲノムヌクレオチドのヌクレオチド位置９３０とヌクレオチド位置９３４との間のＮＳ５Ａコード領域を表す。
【００５４】
語句「ＮＳ５Ａタンパク質の３１１位のアミノ酸」とは、アラインメントのための参照配列として、図５および図７において示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａタンパク質の３１１位のアミノ酸を意味し、ここで図５および７は、ＨＣＶ−１ａゲノムポリプロテインのアミノ酸位置３１０からアミノ酸位置３１２にわたるＮＳ５Ａタンパク質のポリペプチド配列を表す。
【００５５】
語句「ＩＳＤＲ」とは、（１）アラインメントのための参照配列として、図５、図６、および図７において示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａ  ｃＤＮＡもしくはＲＮＡの７０５位と８２６位との間のヌクレオチド配列；および（２）図５、６および７に示される配列を有するＨＣＶ−１ａ  ＮＳ５Ａタンパク質の２３５位と２７６位との間のアミノ酸配列を意味する。しかし、上記ＩＳＤＲについてのアミノ酸配列中の位置は、僅かに変化し得る。
【００５６】
用語「ヌクレオチド置換（複数可）」および「ヌクレオチドバリエーション（複数可）」とは、交換可能に本明細書で使用され、特定の遺伝子の参照ヌクレオチド配列における位置のヌクレオチド変化（複数可）に言及する。
【００５７】
用語「アミノ酸変異」および「アミノ酸置換」とは、上記参照タンパク質をコードする上記参照ヌクレオチド配列におけるヌクレオチド置換もしくはバリエーションから生じる、参照タンパク質配列における位置でのアミノ酸変化に言及するために、本明細書で交換可能に使用される。
【００５８】
用語「遺伝子型決定」とは、特定の遺伝子座におけるヌクレオチド（複数可）を決定することを意味する。
【００５９】
用語「インターフェロンベースの処置」とは、インターフェロンの投与を含むＨＣＶ処置をいう。
【００６０】
インターフェロンでの処置に対する、用語「応答」とは、薬剤の投与に対する望ましい応答である。
【００６１】
インターフェロンでの処置に対する、用語「継続したウイルス学的応答」（ＳＶＲ）および「完全な応答」とは、本明細書で交換可能に使用され、処置終了のときおよび処置終了の２４週間後の両方において、ＲＴ−ＰＣＲによって感染被験体のサンプル中に検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡが存在しないことをいう。あるいは、「継続したウイルス応答」もしくは「ＳＶＲ」とは、投与が完了した後に、ウイルスＲＮＡレベルが検出不能なままであることを意味する。「ＳＶＲ１２」とは、投与が完了した後１２週間で、ウイルスＲＮＡレベルが検出不能なままであることを意味する。「ＳＶＲ２４」とは、投与が完了した後２４週間で、ウイルスＲＮＡレベルが検出不能なままであることを意味する。
【００６２】
用語「完全な初期ウイルス学的応答」（ｃＥＶＲ）とは、治療の１２週目においてＨＣＶ負荷（血中のＨＣＶ粒子の数）の少なくとも９９％（＞２  ｌｏｇ１０）低下として定義される。
【００６３】
本明細書で使用される用語「迅速ウイルス学的応答」（ＲＶＲ）とは、治療の４週目以降に、血中のＨＣＶが検出不能であることとして定義される。ＲＶＲの患者のうちの９０％は、ＳＶＲを有し、いくらかの患者は、僅か２４週間の処置しか要しない可能性がある。
【００６４】
「部分的な初期ウイルス学的応答」（ｐＥＶＲ）を有する被験体は、ＨＣＶ  ＲＮＡレベルにおいて１００分の１の低下を有するが、検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡを有し続ける。このような患者は、ｃＥＶＲを有する被験体よりＳＶＲを達成する可能性が低い。
【００６５】
インターフェロンでの処置に対する、用語「ウイルス学的非応答」および「非応答」（ＮＲ）とは、本明細書で交換可能に使用され、処置全体を通じておよび処置の終了のときに、ＲＴ−ＰＣＲおよび他の公知の従来法によって、感染被験体のサンプル中に検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡが存在することに言及する。あるいは、本明細書で使用される場合「非応答性」とは、標準的なｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置に対して継続したウイルス学的応答（ＳＶＲ）（処置の完了後２４週目で、ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能）を達成もしくは維持しない患者、および応答が欠如した患者を包含する。応答の欠如とは、ＨＣＶ  ＲＮＡのベースラインからの＜２−ｌｏｇ１０低下として、ＨＣＶウイルスの検出不能なレベルを達成できないとして、または処置の停止後の再発として定義される。上記で定義されるように、検出不能なＨＣＶ  ＲＮＡは、現在市販されているアッセイによって決定される場合、例えば、Ｒｏｃｈｅ  ＣＯＢＡＳ  ＴａｑＭａｎＴＭ  ＨＣＶ／ＨＰＳアッセイによって決定される場合、ＨＣＶ  ＲＮＡが、１０  ＩＵ／ｍＬ未満で存在することを意味する。例えば、「非応答性」は、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置に対する「４週目非応答者（ｎｕｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）」、「１２週目非応答者」、「２４週目非応答者」、「２６〜４８週目非応答者」、「部分的応答者」、「ウイルスブレイクスルー応答者（ｖｉｒａｌ  ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ  ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）」および「再発応答者（ｒｅｌａｐｓｅｒ  ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）」を含む。「４週目非応答者」は、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の４週目において、ＨＣＶ  ＲＮＡの＜１−ｌｏｇ１０低下（ＨＣＶ  ＲＮＡのベースラインからの≧１−ｌｏｇ１０低下を有さない）によって定義される。「１２週目非応答者」は、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の１２週目において、ＨＣＶ  ＲＮＡの＜２−ｌｏｇ１０低下（初期ウイルス応答（ＥＶＲ）を達成せず、１２週目においてＨＣＶ  ＲＮＡのベースラインからの≧２−ｌｏｇ１０低下）によって定義される。「２４週目非応答者」は、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の２４週目において、検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡを有した被験体として定義される。「２６〜４８週目非応答者」は、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の２６〜４８週目の間で検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡを有した被験体として定義される。「部分的応答者」とは、上記標準的ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の１２週目において≧２−ｌｏｇ１０低下であるが、２４週目において検出可能なＨＣＶ  ＲＮＡによって定義される。「ウイルスブレイクスルー応答者」は、ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の間に検出不能なＨＣＶ−ＲＮＡを達成した後の、検出可能なＨＣＶ−ＲＮＡによって定義される。ウイルスブレイクスルーは、ｉ）最低の記録された処置値と比較した場合、＞１−ｌｏｇ１０のＨＣＶ  ＲＮＡの増加、またはｉｉ）以前の時点でＨＣＶ  ＲＮＡが検出不可能であった患者における＞１００  ＩＵ／ｍＬのＨＣＶ  ＲＮＡレベル、として定義される。ウイルスブレイクスルー応答者の特定の例は、４週目〜２４週目の間にウイルスブレイクスルーを有する患者を含む。「再発応答者」とは、上記ｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ（事前処置（ｐｒｉｏｒ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ））（一般に、最後の投薬後６週間以内）の完了のときに、ＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能であったが、追跡の間（例えば、２４週間の後追跡（ｐｏｓｔ  ｆｏｌｌｏｗ−ｕｐ）の間）に再発した患者である。再発応答者は、４８週間のｐｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ処置の後に、再発し得る。
【００６６】
代表的なｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ処置レジメンは、１２週間、２４週間、３６週間および４８週間の処置を含む。種々のタイプのｐｅｇ−ＩＦＮが、例えば、調製され、予め測定された液剤として、または別個の希釈剤（混合流体）とともに凍結乾燥粉末として、バイアル中で、市販されている。Ｐｅｇ化インターフェロンα−２ｂ（Ｐｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標））およびＰｅｇ化インターフェロンα−２ａ（Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標））は、代表的な例である。本発明において使用され得る種々のタイプのインターフェロン（種々の剤形および処方タイプが挙げられる）が、市販されている（例えば、上記のインターフェロンの具体例を参照のこと）。例えば、種々のタイプのインターフェロンは、調製され、予め測定された液剤として、もしくは別個の希釈剤（混合流体）とともに凍結乾燥粉末として、バイアル中で、市販されている。Ｐｅｇ化インターフェロンα−２ｂ（Ｐｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標））およびＰｅｇ化インターフェロンα−２ａ（Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標））は、上記インターフェロンが結合したポリエチレングリコール（ＰＥＧ）の分子を有することによって、他のインターフェロンとは異なる。上記ＰＥＧは、上記インターフェロンをより長期間身体中に残すと考えられているので、上記インターフェロンの効果およびその有効性を持続させる。Ｐｅｇ化インターフェロンは、一般に、皮膚の下に（皮下に）注射によって投与される。Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）は、予め充填されたシリンジもしくはバイアル中に注射用溶液として手に入る。Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）の通常の投与量は、１８０μｇであり、１週間に１回投与される。ＰＥＧ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）は、一般に、粉末および滅菌水を含む予め充填されたペンで使われる；上記ペンを押し下げて、それらを一緒に混ぜる。ＰＥＧ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）の用量は、一般に、体重に依存し（１．５μｇ／ｋｇ（合計約５０μｇ〜約１５０μｇの間の範囲）であり、１週間に１回投与される。特定の実施形態において、ｐｅｇ化インターフェロン（例えば、ｐｅｇ化インターフェロン−α  ２ａもしくはｐｅｇ化インターフェロン−α  ２ｂ）は、本発明において使用される。代表的には、インターフェロンは、その市販の製品表示に記載される投与レジメンに従って投与され得る。
【００６７】
リバビリンは、代表的には、経口投与され、リバビリンの錠剤形態が、現在市販されている。一般的基準、リバビリン錠剤の１日用量（例えば、約２００ｍｇ錠剤）は、約８００ｍｇ〜約１２００ｍｇ（その市販の製品表示に記載される投与レジメンに従って）である。
【００６８】
用語「ＳＴＡＴ−Ｃ」とは、Ｃ型肝炎についての具体的に標的化された抗ウイルス治療（ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ａｎｔｉｖｉｒａｌ  ｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ）の略語である。この治療様式は、Ｃ型肝炎再生に必要とされる２つの酵素：セリンプロテアーゼおよびポリメラーゼを標的としている医薬（Ｃ型肝炎プロテアーゼインヒビターおよびポリメラーゼインヒビターとして公知）を含む。
【００６９】
用語「サンプル」もしくは「生物学的サンプル」とは、個体から単離された組織もしくは流体のサンプルに言及し、これらとしては、例えば、組織生検、血漿、血清、全血、脊髄液、リンパ液、皮膚の外部切片、呼吸器、腸管および尿生殖器管、涙液、唾液、乳汁、血液細胞、腫瘍、器官が挙げられるが、これらに限定されない。インビトロの細胞培養物の構成要素のサンプル（細胞培地中の細胞の増殖から生じる馴化培地、推定上のウイルス感染細胞、組換え細胞、および細胞成分が挙げられるが、これらに限定されない）もまた、含まれる。
【００７０】
本明細書で言及されるインターフェロンとしては、α−インターフェロン、β−インターフェロン、γ−インターフェロンおよびｐｅｇ化誘導体化インターフェロン−α化合物が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、用語「インターフェロン」および「インターフェロン−α」は、本明細書で交換可能に使用され、ウイルス複製および細胞増殖を阻害し、免疫応答を調節する、非常に相同の種特異的タンパク質のファミリーに言及する。代表的な適したインターフェロンとしては、組換えインターフェロンα−２ｂ（例えば、Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ，Ｎ．Ｊ．から入手可能なＩｎｔｒｏｎ  ＴＭ  Ａ  インターフェロン）、組換えインターフェロンα−２ａ（例えば、Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ，Ｎｕｔｌｅｙ，Ｎ．Ｊ．から入手可能なＲｏｆｅｒｏｎ  ＴＭ  −Ａ  インターフェロン）、組換えインターフェロンα−２Ｃ（例えば、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，Ｉｎｃ．，Ｒｉｄｇｅｆｉｅｌｄ，Ｃｏｎｎ．から入手可能なＢｅｒｏｆｏｒ  ＴＭ  ａｌｐｈａ  ２  インターフェロン）、インターフェロンα−ｎ１（天然のαインターフェロンの精製ブレンド（例えば、Ｓｕｍｉｔｏｍｏ，Ｊａｐａｎから入手可能なＳｕｍｉｆｅｒｏｎ  ＴＭ）もしくはＷｅｌｌｆｅｒｏｎ  ＴＭ  インターフェロンα−ｎ１（ＩＮＳ）（Ｇｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．，Ｌｏｎｄｏｎ，Ｇｒｅａｔ  Ｂｒｉｔａｉｎから入手可能な）、またはコンセンサスαインターフェロン（例えば、米国特許第４，８９７，４７１号および同第４，６９５，６２３号（特に、その実施例７、８もしくは９）に記載されるもの）およびＡｍｇｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗｂｕｒｙ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．から入手可能な特定の生成物、あるいはインターフェロンα−ｎ３、天然αインターフェロンの混合物（Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓによって作製されかつＰｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．，Ｎｏｒｗａｌｋ，Ｃｏｎｎ．，から、Ａｌｆｅｒｏｎ商品名の下で入手可能）が挙げられるが、これらに限定されない。インターフェロンα−２ａもしくはインターフェロンα−２ｂの使用が好ましい。
【００７１】
用語「ｐｅｇ化インターフェロンα」は、本明細書で使用される場合、インターフェロンα、好ましくは、インターフェロンα−２ａおよびインターフェロンα−２ｂのポリエチレングリコール改変結合体を意味する。代表的な適したｐｅｇ化インターフェロンαとしては、Ｐｅｇａｓｙｓ  ＴＭおよびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ  ＴＭが挙げられるが、これらに限定されない。
【００７２】
本明細書で使用される場合、用語「核酸」、「ヌクレオチド」、「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」とは、プライマー、プローブ、検出されるべきオリゴマーフラグメント、オリゴマーコントロールおよび非標識ブロッキングオリゴマーに言及し、ポリデオキシリボヌクレオチド（２−デオキシ−Ｄ−リボースを含む）、ポリリボヌクレオチド（Ｄ−リボースを含む）、およびプリンもしくはピリミジン塩基、または改変プリンもしくはピリミジン塩基のＮ−グリコシドである任意の他のタイプのポリヌクレオチドに対する包括的なものであるとする。
【００７３】
用語「インターフェロン感受性決定領域における変化」とは、ＮＳ５Ａの野生型と比較した場合、ＮＳ５Ａをコードする遺伝子の代替形態を構成するＮＳ５Ｒ遺伝子のアミノ酸配列における変化に言及する。変化は、挿入、付加、欠失、もしくは置換を含み得る。ヌクレオチド配列は、５’方向から３’方向に並べられる。
【００７４】
用語「標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列」とは、細胞培養系における最適な複製のために選択された十分に特徴付けられたＨＣＶ配列に由来する代表的アミノ酸配列をいう。標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列の例は、Ｈ７７である。
【００７５】
核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステル結合もしくは改変された結合（例えば、ホスホトリエステル、ホスホルアミデート、シロキサン、カーボネート、カルボキシメチルエステル、アセトアミデート、カルバメート、チオエーテル、架橋ホスホルアミデート、架橋メチレンホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロジチオエート、架橋ホスホロチオエート、もしくはスルホン結合、およびこのような結合の組み合わせを含み得る。
【００７６】
核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドは、５つの生物学的に存在する塩基（アデニン、グアニン、チミン、シトシンおよびウラシル）および／もしくは上記５つの生物学的に存在する塩基以外の塩基を含み得る。例えば、本発明のポリヌクレオチドは、以下が挙げられるが、これらに限定されない群から選択される少なくとも１つの改変塩基部分を含み得る：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルクエオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−メチルアデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ  マンノシルクエオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クエオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６−ジアミノプリン、および５−プロピニルピリミジン。
【００７７】
さらに、核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドは、１つ以上の改変糖部分（例えば、アラビノース、２−フルオロアラビノース、キシルロース、およびヘキソース）を含み得る。
【００７８】
本発明が核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドの供給源によって限定されることは、意図されない。核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドは、ヒトもしくは非ヒト哺乳動物、または任意の他の生物に由来し得るか、あるいは任意の組換え供給源に由来し得るか、あるいはインビトロでもしくは化学合成によって合成され得る。核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ−ＲＮＡ、ロックド核酸（ｌｏｃｋｅｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、上記のハイブリッドもしくは任意の混合物であり得、二本鎖形態、一本鎖形態もしくは部分的に二本鎖形態で存在し得る。本発明の核酸は、精製形態もしくは非精製形態において、核酸およびそのフラグメントの両方（遺伝子、染色体、プラスミド、生物学的物質のゲノム（例えば、微生物（例えば、細菌、酵母、ウイルス、ウイロイド、糸状菌、真菌、植物、動物、ヒトなど））が挙げられる）を含む。
【００７９】
用語核酸、ヌクレオチド、ポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドの間の長さに意図された区別はなく、これら用語は、交換可能に使用される。これら用語は、二本鎖および一本鎖のＤＮＡ、ならびに二本鎖および一本鎖のＲＮＡを含む。
【００８０】
「対応する」とは、指定された配列に同一であるかもしくは相補的であることを意味する。
【００８１】
モノヌクレオチドは、１つのモノヌクレオチドペントース環の５’ホスフェートが、ホスホジエステル結合を介して一方向にその隣の３’酸素に結合される様式で、オリゴヌクレオチドを作製するように反応し得るので、オリゴヌクレオチドの末端は、その５’ホスフェートがモノヌクレオチドペントース環の３’酸素に連結されていない場合に５’末端といわれ、その３’酸素がその後ろのモノヌクレオチドペントース環の５’ホスフェートに連結されていない場合、３’末端といわれる。本明細書で使用される場合、核酸配列はまた、より大きなオリゴヌクレオチドに対して内部にあるとしても、５’末端および３’末端を有するといわれる。
【００８２】
２つの異なる重複しないオリゴヌクレオチドが、同じ直鎖状相補的核酸配列の異なる領域にアニールし、１つのオリゴヌクレオチドの３’末端が他方の５’末端に向いているので、前者は、「上流」オリゴヌクレオチド、後者は、「下流」オリゴヌクレオチドといわれ得る。
【００８３】
用語「プライマー」とは、１つより多いプライマーもしくはプライマーの混合物に言及し得、精製された制限消化におけるように、天然に存在しようが、合成によって生成されようが、核酸鎖に対して相補的であるプライマー伸長生成物の合成が触媒される条件下で配置される場合に、相補鎖に沿ってポリヌクレオチド合成の開始点として作用し得るオリゴヌクレオチドをいう。このような条件は、代表的には、適切なバッファー（「バッファー」は、補因子あるか、ｐＨ、イオン強度に影響を及ぼす置換物（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）などを含む）中、および適切な温度において、４つの異なるデオキシリボヌクレオシドトリホスフェートおよび重合誘導剤（例えば、ＤＮＡポリメラーゼもしくは逆転写酵素）の存在を含む。上記プライマーは、好ましくは、増幅における最大効率のための一本鎖である。
【００８４】
ｒｓ１２９７９８６０は、第１９染色体上の多型であり、上記多型は、ＨＣＶ患者群においてＳＶＲと関連することが報告されている。上記多型は、ＩＬ２８Ｂ遺伝子（ＩＦＮ−λ−３をコードする）の３キロベース（ｋｂ）上流にある。いくつかの実施形態において、インターフェロンベースの処置に対するＨＣＶ−１ａに感染した患者の応答を推定するための本発明の方法は、以下の分析に基づき得る：
上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ  ＮＳ５Ａ遺伝子；および
上記患者の第１９染色体上の多型性。
【００８５】
核酸配列の相補体は、本明細書で使用される場合、１つの配列の５’末端が他の配列の３’末端と対形成するように、上記核酸配列と整列される場合、「逆平行会合」にあるオリゴヌクレオチドをいう。天然の核酸において通常見いだされない特定の塩基は、本発明の核酸に含まれ得、例えば、イノシン、７−デアザグアニンおよび上記のものを含む。相補性は、完全である必要はない；安定な二重鎖は、ミスマッチ塩基対もしくはマッチしない塩基を含み得る。核酸技術の当業者は、いくつかの変数（例えば、上記オリゴヌクレオチドの長さ、塩基組成および上記オリゴヌクレオチドの配列、イオン強度、ならびにミスマッチ塩基対の発生率が挙げられる）を経験的に考慮することによって、二重鎖安定性を決定し得る。
【００８６】
本明細書で使用される場合、用語「プローブ」とは、該プローブ中の少なくとも１つの配列と、ある核酸のある領域中の配列との相補性に起因して、該核酸の該領域と二重鎖構造を形成し得、そして検出することができるオリゴヌクレオチドに言及する。上記プローブは、好ましくは、５’ヌクレアーゼ反応においてプライマーの配列（複数可）に相補的な配列を含まない。以下で議論されるように、上記プローブは、標識されていてもよいし、標識されていなくてもよい。上記プローブの３’末端は、上記プローブのプライマー伸長生成物への組込みを妨げるために、「ブロック」し得る。「ブロッキング」とは、非相補的な塩基を使用することによって、または最後のヌクレオチドの３’ヒドロキシルに化学的部分（例えば、ビオチンもしくはホスフェート基）を付加することによって、達成され得る。これは、上記選択された部分に依存して、標識に結合した核酸のその後の検出もしくは捕捉のための、標識としても作用させることによって、二重の目的を果たし得る。ブロッキングはまた、上記３’−ＯＨを除去することによって、または３’−ＯＨを欠いているヌクレオチド（例えば、ジデオキシヌクレオチド）を使用することによって、達成され得る。
【００８７】
用語「標識」とは、本明細書で使用される場合、検出可能な（必要に応じて定量可能な）シグナルを提供するために使用され得、核酸もしくはタンパク質に結合され得る任意の原子もしくは分子をいう。標識は、蛍光、放射活性、比色分析、重量測定、Ｘ線回折もしくは吸収、磁性、酵素活性などによって検出可能なシグナルを提供する。本発明のための従来の標識としては、オリゴヌクレオチドフラグメントのサイズの検出を容易にするものが挙げられる。
【００８８】
本発明の特定の実施形態において、「標識」は、蛍光色素である。蛍光標識としては、負に荷電した色素（例えば、フルオレセインファミリーの色素）、もしくは電荷が中性の色素（例えば、ローダミンファミリーの色素）、もしくは正に荷電した色素（例えば、シアニンファミリーの色素）が挙げられ得る。上記フルオレセインファミリーの色素としては、例えば、ＦＡＭ、ＨＥＸ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、ＮＡＮおよびＺＯＥが挙げられる。上記ローダミンファミリーの色素は、テキサスレッド、ＲＯＸ、Ｒ１１０、Ｒ６Ｇ、およびＴＡＭＲＡが挙げられる。ＦＡＭ、ＨＥＸ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、ＮＡＮ、ＺＯＥ、ＲＯＸ、Ｒ１１０、Ｒ６Ｇ、およびＴＡＭＲＡは、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．）によって市販されており、テキサスレッドは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）によって市販されている。上記シアニンファミリーの色素としては、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、およびＣｙ７が挙げられ、上記色素は、Ａｍｅｒｓｈａｍ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｌａｃｅ，Ｌｉｔｔｌｅ  Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｂｕｃｋｉｎｇｈａｍｓｈｉｒｅ，Ｅｎｇｌａｎｄ）によって市販されている。
【００８９】
用語「クエンチャー」とは、本明細書で使用される場合、例えば、クエンチャーおよび蛍光色素の両方が共通のポリヌクレオチドに連結されている場合、蛍光色素から発せられるエネルギーを吸収する化学的部分に言及する。クエンチャーは、そのクエンチャーに特徴的なシグナル中に、蛍光色素から吸収されるエネルギーを再放出し得、従って、クエンチャーは、「標識」でもあり得る。この現象は、一般に、蛍光共鳴エネルギー移動すなわちＦＲＥＴとして公知である。あるいは、クエンチャーは、蛍光色素から吸収されるエネルギーを熱として散逸させ得る。ＦＲＥＴにおいて一般に使用される分子としては、例えば、フルオレセイン、ＦＡＭ、ＪＯＥ、ローダミン、Ｒ６Ｇ、ＴＡＭＲＡ、ＲＯＸ、ＤＡＢＣＹＬ、およびＥＤＡＮＳが挙げられる。蛍光色素が標識であるか否かに拘わらず、クエンチャーは、その励起および発光スペクトルによって定義され、上記蛍光色素は、クエンチャーと対形成される。例えば、ＦＡＭは、４８８ｎｍの波長を有する光によって最も効率的に励起され、５００〜６５０ｎｍのスペクトルおよび５２５ｎｍの発光最大を有する光を発する。ＦＡＭは、例えば、その励起最大を５１４ｎｍに有するクエンチャーとしてのＴＡＭＲＡとともに使用するための適切なドナー標識である。蛍光色素から吸収されるエネルギーを散逸させる例示的な非蛍光性クエンチャーとしては、Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｎｏｖａｔｏ，Ｃａｌｉｆ．）から市販されるＢｌａｃｋ  Ｈｏｌｅ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒｓ  ＴＭが挙げられる。
【００９０】
本明細書で定義される場合、「５’→３’ヌクレアーゼ活性」とは、テンプレート特異的核酸ポリメラーゼ（従来から、いくつかのＤＮＡポリメラーゼと関連する５’→３’エキソヌクレアーゼ活性（これによって、ヌクレオチドが、逐次的な様式でオリゴヌクレオチドの５’末端から除去される）（例えば、Ｅ．  ｃｏｌｉ  ＤＮＡポリメラーゼＩは、この活性を有するのに対して、Ｋｌｅｎｏｗフラグメントは有さない）、または切断が５’末端からの１つより多いホスホジエステル結合（ヌクレオチド）を発生させる５’→３’エンドヌクレアーゼ活性のいずれか、またはその両方を含む）の活性に言及する。いかなる特定の操作理論にも束縛されることを意図しないが、プローブ−テンプレートハイブリダイゼーション複合体に対する５’→３’エンドヌクレアーゼ活性依存性切断の好ましい基質は、置換された一本鎖核酸、フォーク様構造であり、加水分解は、Ｈｏｌｌａｎｄら，１９９１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：７２７６−８０（その全体が本明細書に参考として援用される）において議論されるように、上記置換された領域と、上記鎖の塩基対形成した部分とを連結するホスホジエステル結合において生じる。
【００９１】
用語「隣接している」とは、本明細書で使用される場合、上記テンプレート核酸の相補鎖に対する上記プロに関する上記プライマーの位置に言及する。上記プライマーおよびプローブは、２０ヌクレオチドより大きく、１〜約２０ヌクレオチド、より好ましくは、約１〜１０ヌクレオチド離されていてもよいし、あるいは重合非依存性プロセスでの検出に望ましい可能性がある場合には、互いに直接隣り合っていてもよい。あるいは、重合依存性プロセスにおける使用には、本発明の方法が、本明細書で教示されるように、ＰＣＲ増幅および検出法において使用される場合、「隣接（ａｄｊａｃｅｎｃｙ）」は、増幅されるべき配列内のどこでもよく、上記プローブの切断が起こるように、プライマー伸長が上記ポリメラーゼを位置づけるようにするプライマーの下流どこでもよい。
【００９２】
本明細書で使用される場合、用語「熱安定性核酸ポリメラーゼ」とは、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のヌクレオチドポリメラーゼと比較した場合に熱に対して比較的安定でありかつヌクレオシドトリホスフェートの重合を触媒する酵素をいう。一般に、上記酵素は、上記標的核酸にアニールした上記プライマーの３’末端で合成を開始し、上記テンプレートの５’末端に向かって新たな鎖の合成を継続する。そして５’→３’ヌクレアーゼ活性を有するのであれば、合成が終了するまでもしくはプローブフラグメントが上記標的核酸を融解する（ｍｅｌｔ  ｏｆｆ）まで、介在するアニールされたプローブを加水分解して、標識プローブフラグメントおよび非標識プローブフラグメントを放出する。Ｔｈｅｒｍｕｓ  ａｑｕａｔｉｃｕｓから単離された代表的な熱安定性酵素（Ｔａｑ）は、米国特許第４，８８９，８１８号に記載され、従来のＰＣＲにおいてそれを使用するための方法は、Ｓａｉｋｉら，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：４８７−９１に記載されている。
【００９３】
Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼは、ＤＮＡ合成依存性の鎖置換５’−３’エキソヌクレアーゼ活性を有する。ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｅｒｌｉｃｈ，Ｅｄ．，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），第２章におけるＧｅｌｆａｎｄ，「Ｔａｑ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ」を参照のこと。さらに、もしあるとしても、プローブの分解は、ほとんどない。
【００９４】
核酸、プライマーおよびプローブの「５’ヌクレアーゼ反応」という用語は、以下に詳細に記載されるように、上記プライマーが５’→３’ヌクレアーゼ活性を有する核酸ポリメラーゼによって伸長される場合、上記核酸にハイブリダイズしたプローブの分解に言及する。このような反応は、米国特許第６，２１４，９７９号、同第５，８０４，３７５号、同第５，４８７，９７２号および同第５，２１０，０１５号（これは、それらの全体が本明細書に参考として援用される）に記載されるものに基づく。
【００９５】
用語「標的核酸」とは、５’ヌクレアーゼ反応において、プライマーおよびプローブとハイブリダイズし得る核酸に言及し、１つ以上のヌクレオチドバリエーション部位を含む。
【００９６】
用語「ストリンジェント」もしくは「ストリンジェントな条件」とは、本明細書で使用される場合、当該分野で周知であるように、低イオン強度かつ高温のハイブリダイゼーション条件を示す。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｕｓｕｂｅｌら，ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８８）；Ｔｉｊｓｓｅｎ，１９９３，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ｐｒｏｂｅｓ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ）の「Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ａｓｓａｙｓ」（これらの各々は、本明細書に参考として援用される）を参照のこと。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨにおいて特定の配列の熱融解点（ｔｈｅｒｍａｌ  ｍｅｌｔｉｎｇ  ｐｏｉｎｔ）（Ｔｍ）より約５〜３０℃低いように選択される。あるいは、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨにおいて特定の配列のＴｍより約５〜１５℃低いように選択される。上記Ｔｍは、上記標的に相補的なプローブのうちの５０％が、平衡状態で（上記標的配列がＴｍにおいて、過剰に存在する場合、上記プローブのうちの５０％が平衡状態で占められる）、上記標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度の下での）温度である。例えば、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、塩濃度が約ｐＨ７．０〜約ｐＨ８．３において、約１．０Ｍ  ナトリウム（もしくは他の塩）イオンより低い、代表的には、約０．０１〜約１Ｍ  ナトリウムイオン濃度であり、かつ温度が短いプローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）については少なくとも約２５℃および長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチドより大きい）については少なくとも約５５℃である条件である。ストリンジェントな条件はまた、ハイブリダイゼーション不安定化剤（例えば、ホルムアミド）の添加で改変され得る。長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチドより長い）についての例示的なストリンジェントでないかもしくは低いストリンジェンシーの条件は、２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ，ｐＨ８．５、５０ｍＭ  ＫＣｌ、および２ｍＭ  ＭｇＣｌ２のバッファーおよび反応温度２５℃を含む。
【００９７】
本発明の実施は、別段示されなければ、分子生物学、微生物学および組換えＤＮＡ技術の従来技術（これらは、当業者の技術範囲内である）を使用する。このような技術は、文献中に十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８４）；Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ（Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，１９８４）；およびシリーズ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）を参照のこと。
【００９８】
完全なＨＣＶ−１ａゲノムのアミノ酸配列は、図５および７として提供される。
【００９９】
一実施形態において、本発明は、上記ＮＳ５Ａ遺伝子の６７６位、６７７位もしくは６７８位におけるヌクレオチド置換を検出し得るアッセイを提供する。
【０１００】
別の実施形態において、本発明は、上記ＮＳ５Ａ遺伝子の９３１位、９３２位もしくは９３３位におけるヌクレオチド置換を検出し得るアッセイを提供する。
【０１０１】
ヌクレオチドもしくはアミノ酸のバリエーションを検出するための多くの技術は、当該分野で公知であり、本発明の方法を実施するために使用され得る。上記配列バリエーションを同定するために使用される特定の方法は、本発明の重要な局面ではない。性能、コスト、および便利さを考慮すると、特定の方法が他のものより望ましくなるが、ＩＳＤＲにおいて変異体の数を決定し得、かつ図５および６の６７６位、６７７位、６７８位、９３１位、９３２位および９３３位におけるヌクレオチド、または図５および７の２２６位および／もしくは３１１位におけるアミノ酸を同定し得る任意の方法が、本発明を実施するために必要とされる情報を提供することが、望ましい。上記技術は、ポリヌクレオチドベースもしくはタンパク質ベースであり得る。いずれにしても、上記使用される技術は、単一のヌクレオチドもしくはアミノ酸のバリエーションを正確に検出するように、十分高感度でなければならない。上記技術の例としては、以下が挙げられ得るが、これらに限定されない：
・ポリヌクレオチドベースの検出法（すなわち、米国特許第５，３１０，６２５号；同第５，３２２，７７０号；同第５，５６１，０５８号；同第５，６４１，８６４号；および同第５，６９３，５１７号を参照のこと；Ｍｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｓｉｇｕａ，Ｍｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｓｉｇｕａ，Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＲＮＡ：Ｈｉｇｈ−ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ  ｒｅｖｅｒｓｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  ＤＮＡ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ．Ｉｎ：Ｍ．Ａ．Ｉｎｎｉｓ，Ｄ．Ｈ．Ｇｅｌｆａｎｄ  ａｎｄ  Ｊ．Ｊ．Ｓｎｉｎｓｋｙ，Ｅｄｉｔｏｒｓ，ＰＣＲ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ（１９９５），ｐｐ．５８-６８）もまた参照のこと）、ＤＮＡ配列決定法（すなわち、ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）によるＤＮＡ配列決定法；Ｓａｎｇｅｒら，１９７７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７４：５４６３−５４６７を参照のこと）；
・増幅ベースの遺伝子型決定法（すなわち、米国特許第４，６８３，１９５号；同第４，６８３，２０２号；および同第４，９６５，１８８号を参照のこと；ＰＣＲ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，１９９９，（Ｉｎｎｉｓら，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、ＰＣＲ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，１９９５，（Ｉｎｎｉｓら，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）；ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，１９９０，（Ｉｎｎｉｓら，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）；およびＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９８９，（Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）もまた参照のこと）；
・リガーゼ連鎖反応（すなわち、Ｗｕ  ａｎｄ  Ｗａｌｌａｃｅ  １９８８，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４：５６０−５６９）；鎖置換アッセイ（Ｗａｌｋｅｒら，１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：３９２−３９６、Ｗａｌｋｅｒら  １９９２，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：１６９１−１６９６、および米国特許第５，４５５，１６６号）；およびいくつかの転写ベースの増幅系（米国特許第５，４３７，９９０号；同第５，４０９，８１８号；および同第５，３９９，４９１号に記載される方法を含む）；転写増幅系（ＴＡＳ）（Ｋｗｏｈら，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）；および自己持続配列複製（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）（３ＳＲ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉら，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８およびＷＯ  ９２／０８８００）；
・配列特異的増幅もしくはプライマー伸長法（すなわち、米国特許第５，１３７，８０６号；同第５，５９５，８９０号；同第５，６３９，６１１号；および米国特許第４，８５１，３３１号）；
・動的ＰＣＲ法（すなわち、Ｈｉｇｕｃｈｉら，１９９２，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：４１３−４１７；Ｈｉｇｕｃｈｉら，１９９３，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １１：１０２６−１０３０；Ｈｉｇｕｃｈｉ  ａｎｄ  Ｗａｔｓｏｎ，ｉｎ  ＰＣＲ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（前出），第１６章；米国特許第５，９９４，０５６号；および欧州特許公開番号４８７，２１８および同第５１２，３３４号）；
・プローブベースの方法（これは、上記プローブと上記ヌクレオチド変異体との間で形成されたハイブリダイゼーション二重鎖の不安定性の差異（これは、相補性の程度とは異なる）に基づく（すなわち、Ｃｏｎｎｅｒら，１９８３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：２７８−２８２、および米国特許第５，４６８，６１３号；同第５，６０４，０９９号；同第５，３１０，８９３号；同第５，４５１，５１２号；同第５，４６８，６１３号；および同第５，６０４，０９９号））；
・質量分析法（すなわち、ＭＡＬＤＩ−ＭＳ；米国特許第６，２５８，５３９号）；
・タンパク質ベースの検出技術（すなわち、タンパク質配列決定、免疫親和性アッセイ、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；イムノラジオメトリックアッセイ（ＩＲＭＡ）および免疫酵素アッセイ（ＩＥＭＡ）；例えば、米国特許第４，３７６，１１０号および同第４，４８６，５３０号を参照のこと）
ポリヌクレオチドベースの検出法において、遺伝子型決定は、上記置換部位、図５および６のヌクレオチド９３１位、９３２位もしくは９３３位に存在するヌクレオチドを同定することによって達成される。ＨＣＶ−１ａポリヌクレオチドを含むＨＣＶ−１ａ感染個体に由来する生物学的サンプルの任意のタイプが、上記遺伝子型を決定するために使用されうる。遺伝子型決定は、当該分野で周知の標準的ＲＮＡ抽出法を使用して、ＨＣＶ  ＲＮＡを単離することによって行われうる。ＲＮＡの増幅は、例えば、ウイルス逆転写酵素を使用して、上記標的ＲＮＡを最初に逆転写し、次いで、得られたｃＤＮＡを増幅するか、または米国特許第５，３１０，６５２号；同第５，３２２，７７０号；同第５，５６１，０５８号；同第５，６４１，８６４号；および同第５，６９３，５１７号；各々は本明細書に参考として援用される（Ｍｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｓｉｇｕａ，１９９５，ＰＣＲ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ（前出），第５章もまた参照のこと）において記載されるように、組み合わされた高温逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用することによって、行われうる。単一のヌクレオチド位置に存在するヌクレオチドを同定するための多くの方法は、当該分野で公知である。
【０１０２】
本発明はまた、本発明の方法を実施するために有用な成分を含むキット、容器ユニットに関する。有用なキットは、上記ＮＳ５Ａ遺伝子の６７６位、６７６位、６７８位、９３１位、９３２位および９３３位におけるヌクレオチド置換を検出するために使用されるオリゴヌクレオチドを含み得る。いくつかの場合において、検出プローブは、適切な支持膜に固定されうる。上記キットはまた、上記置換部位（複数可）を含むＮＳ５Ａ遺伝子座の領域を増幅するための増幅プライマーを含み得る。よって、プライマーは、本発明の好ましい実施形態において有用である。あるいは、有用なキットは、上記ＮＳ５Ａ遺伝子の特異的増幅のための配列特異的プライマーを含む、プライマーセットを含み得る。上記キットの他の任意選択の成分は、本明細書に記載されるように、上記遺伝子型決定法において使用されるさらなる試薬を含む。例えば、キットはさらに、プライマー伸長生成物の合成を触媒する薬剤、基質ヌクレオシドトリホスフェート、核酸を標識および／もしくは検出するための手段（例えば、上記標識がビオチンである場合には、アビジン−酵素結合体および酵素基質および色原体）、増幅もしくはハイブリダイゼーション反応に適したバッファー、ならびに本発明の方法を実施するための説明書を含み得る。
【０１０３】
本明細書で開示される方法は、段階式の多変量オリジナルロジスティック回帰分析（ｓｔｅｐｗｉｓｅ  ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ  ｏｒｉｇｉｎａｌ  ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ）から得た。
【０１０４】
以下にしめされる本発明の実施例は、例示目的で提供されるに過ぎず、本発明の趣旨を限定するために提供されるのではない。実施例に続く特許請求の範囲内の本発明の多くの実施形態は、前述の本分および以下の実施例を読めば、当業者に明らかである。
【実施例】
【０１０５】
臨床試験のコントロールアームに登録した米国人患者に由来する全長ＮＳ５Ａタンパク質を、陽性のＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ応答を付与し得る領域を決定するために分析した。８０名の処置未経験の患者に、４８週間のＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶを受けさせた。ベースラインのウイルス遺伝子型は、集団配列決定（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）によって分析した。５５名の患者は、遺伝子型１ａのＨＣＶに感染していた。患者を、処置に対する最初の応答によってグループ分けした（すなわち、迅速ウイルス応答（ＲＶＲ）、完全初期ウイルス応答（ｃＥＶＲ）、部分的初期ウイルス応答（ｐａｒｔｉａｌ  ｅａｒｌｙ  ｖｉｒａｌ））。
【０１０６】
（実施例１：被験体集団）
その研究は、慢性の遺伝子型１  ＨＣＶ感染を有した２５０名の処置未経験の被験体を含んだ。全ての被験体は、１８〜６５歳の間であり、検出可能なベースライン血漿ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを有し、ＨＢｓＡｇおよびＨＩＶ抗体陰性であった。血漿ＨＣＶ  ＲＮＡレベルを、Ｒｏｃｈｅ  ＣＯＢＡＳ（登録商標）  ＴａｑＭａｎ  ＨＣＶ／ＨＰＳアッセイ（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．，Ｂｒａｎｃｈｂｕｒｇ，ＮＪ，ＵＳＡ）を使用して決定した。上記ＨＣＶ  ＲＮＡアッセイの定量の下限は、３０  ＩＵ／ｍＬであり、検出限界（ＬＯＤ）は、１０  ＩＵ／ｍＬであった。
【０１０７】
被験体を無作為化して、ＴＶＲ  ７５０ｍｇ  ｑ８ｈ、ｐｅｇインターフェロン−α−２ａ（Ｐｅｇ−ＩＦＮ）  １８０μｇ／週、および１２週間にわたるリバビリン（ＲＢＶ）  １０００〜１２００ｍｇ／日、その後０週間、１２週間、もしくは３６週間のＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ、または１２週間にわたるＴＶＲ／Ｐｅｇ−ＩＦＮ（ＲＢＶなし）を受けさせた。コントロール群には、４８週間のプラセボ／Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶを与えた。最初の処置結果は、治療薬の最初の投与後の特定の間隔で定量された血漿ＨＣＶ  ＲＮＡレベルに基づいた。迅速ウイルス応答者（ＲＶＲ）は、４週目において血漿中のＨＣＶ  ＲＮＡが検出不能（＜１０  ＩＵ／ｍＬ）であることによって分類した。完全初期ウイルス応答者（ｃＥＶＲ）は、１２週目においてＨＣＶ  ＲＮＡが検出限界未満（＜１０  ＩＵ／ｍＬ）であった。部分的初期ウイルス応答者（ｐＥＶＲ）は、１２週目にＨＣＶ  ＲＮＡの２  ｌｏｇ低下を有し、非応答者（ＮＲ）は、１２週目にＨＣＶ  ＲＮＡの０もしくは１  ｌｏｇ低下を有した（Ｈｏｅｆｓ  ２００７，Ｐｅａｌｍａｎ  ２００７）（図１）。
【０１０８】
（実施例２：被験体血漿由来のＨＣＶの増幅および配列決定）
全長ＮＳ５Ａの集団配列分析を、投与前に、遺伝子型１  ＨＣＶを有する２５０名の処置未経験被験体において行った（１日目）。４ｍＬの血液サンプルを、前腕の静脈穿刺によって被験体からＥＤＴＡ（Ｋ２）抗凝固剤を含むチューブへと採取した。血漿を、１０分間の遠心分離によって分離し、アリコートに分け、−８０℃において保存した。ＨＣＶの配列分析を、ＨＣＶポリプロテインコード領域にまたがる約９ｋｂのＨＣＶ  ＲＮＡフラグメントのネスト化逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）増幅によって行った。このＰＣＲからのＤＮＡを、ＱＩＡｑｕｉｃｋ  ９６  ＰＣＲ精製キット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して精製し、アガロースゲル上で分析した。上記精製したＰＣＲ生成物の質および量を、ＥｎＶｉｓｉｏｎTM  Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌ  Ｒｅａｄｅｒ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）によって測定した。精製したＰＣＲ生成物の配列決定を、完全なＮＳ５Ａ領域にまたがるように設計されたプライマーを使用して、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ（登録商標）  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）によって行った。上記配列決定アッセイは、＞１０００  ＩＵ／ｍＬのＨＣＶ  ＲＮＡを含むサンプル中で成功した。上記インターフェロンベースの処置に対する応答の程度を表す上記被験体の核酸配列（図６Ａ〜６Ｅに示される）を、アミノ酸配列（図７Ａ〜７Ｅにおいて示される）へと翻訳した。
【０１０９】
配列を、ソフトウェアＭｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ（ＳｏｆｔＧｅｎｅｔｉｃｓ，Ｓｔａｔｅ  Ｃｏｌｌｅｇｅ，ＰＡ）を使用してアラインおよび分析した。
【０１１０】
（実施例３：配列非依存性分析）
配列を、ＣｌｕｓｔａｌＸのデフォルトパラメーター（Ｇｏｎｎｅｔ  Ｍａｔｒｉｘ，ギャップオープニングペナルティー＝１０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．２［Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，１９９７］）を使用して、Ｃ型肝炎参照ゲノムＨ７７（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＣ＿００４１０２）に対してアラインした。この配列を、Ｅｎｏｍｏｔｏの１９９６年の研究における参照ＨＣＶゲノム  Ｄ９０２０８の使用と類似の様式で、各患者のアミノ酸配列における変異座位（ｖａｒｉａｂｌｅ  ｌｏｃｕｓ）の同定における参照として使用した。各患者配列を、バイナリマトリクスへと記録し、変異性の位置を「１」で表し、参照と同じ残基を有する位置を「０」の値に割り当てた。変異の分布が転帰群（すなわち、ＲＶＲ、ＥＶＲ、ｐＥＶＲ、およびＮＲ）にわたって通常に分布しているか否かを決定するために、χ２検定を、上記ＮＳ５Ａタンパク質の各残基において使用した。さらに、各残基についての上記変異頻度を、各転帰群について計算した。この変異頻度を、各転帰群内の変異が豊富もしくは貧弱な残基を決定するために、非応答患者（ＮＲ）の変異頻度に対して正規化した。
【０１１１】
データを分析して、人口統計学（性別、人種）、初期ウイルス負荷、もしくはＮＳ５Ａ内の意図された機能的に顕著な多くのドメイン（（ｉ）細胞保持（ｃｙｔｏｒｅｔｅｎｔｉｏｎ）を担う領域、（ｉｉ）過剰リン酸化ドメイン、（ｉｉｉ）インターフェロン感受性決定領域（ＩＳＤＲ）、（ｉｖ）ＰＫＲ結合ドメイン、（ｖ）核局在シグナル、および（ｖｉ）Ｖ３を含む）における変異数が、ｐｅｇ化インターフェロンに対するＨＣＶの応答性を推定するために使用し得るか否かを決定した。これら変数の各々を、適切に独立変数タイプに基づいて、χ２検定もしくはロジスティック回帰を使用する単変量分析における独立変数として使用した。上記独立変数の全てをまた組み合わせ、段階式の多重順序回帰（ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｏｒｄｉｎａｌ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ）混合（順方向および逆方向）モデルにおける予測変数として使用した。単変量統計学に基づくモデルへ入れるために必要とされるαレベルを、０．１５に設定した。全てのロジスティック回帰のために、各患者の応答を、以下の順序で、順序尺度へと記録した：ＮＲ（ｎ＝９）、ｐＥＶＲ（ｎ＝１１）、ＥＶＲ（ｎ＝２６）、ＲＶＲ（ｎ＝９）。
【０１１２】
転帰群をまた、上記に規定した機能的ドメインにおける変異数に関して、それらの間での有意差について検定するために比較した。パラメトリック試験の仮定が満たされた場合、事後Ｔｕｋｅｙ比較（ｐｏｓｔ  ｈｏｃ  Ｔｕｋｅｙ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ）での分散分析を、等しくないサンプルサイズ比較を可能にするために改変して使用した（Ｋｒａｍｅｒ，１９５６）。パラメトリック統計の仮定に違反が生じた場合、順位和検定（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）を使用した。全ての統計分析を、ＳＡＳ（ｖ．９．１，Ｓａｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｃａｒｙ，ＮＣ，  ＵＳＡ）もしくはＪＭＰ（ｖ．７．０，Ｓａｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）のいずれかを使用して行った。
【０１１３】
（実施例４：配列依存性分析）
ＮＳ５Ａクラスタ内のドメインの患者配列が、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対する患者の応答に基づくか否かを決定するために、上記ＮＳ５Ａ  アミノ酸アラインメントを、Ｇｅｎｅｄｏｃ（Ｎｉｃｈｏｌｓ  ａｎｄ  Ｎｉｃｈｏｌｓ，１９９７）を使用して、予め規定したドメインに分けた。Ｋｉｍｕｒａ置換マトリクス（Ｋｉｍｕｒａ，１９８０）を使用して、プログラムｐｒｏｔｄｉｓｔ（Ｐｈｙｌｉｐパッケージ、ｖ．３．６７の一部［Ｆｅｌｓｅｎｓｔｅｉｎ，２００７］）のデフォルトパラメーターを使用して、各ドメインアラインメントについて、距離マトリクスを生成した。配列クラスタを、最隣接結合アルゴリズム（ｎｅａｒｅｓｔ  ｎｅｉｇｈｂｏｒ−ｊｏｉｎｉｎｇ  ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）（Ｓａｉｔｏｕ  ａｎｄ  Ｎｅｉ，１９８７）を使用して生成した。スター系統発生（Ｓｔａｒ  ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ）を、上記ドメインにわたる配列類似性に基づいて配列がクラスタ化されたか否かを決定するために評価した。
【０１１４】
さらに、上記ＩＳＤＲ内での特定の残基における変異が、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対するＨＣＶのより高い感受性の付与を担い得るか否かを決定するために、本発明者らは、多変量段階的順序ロジスティック回帰で、ウイルス応答に対する各残基の特徴を回帰推定した（ｒｅｇｒｅｓｓｅｄ）。人種を、この分析における変数として含めた。なぜなら、「配列非依存性」多変量モデル（結果を参照のこと）におけるウイルス応答に顕著に影響を及ぼすことが示されたからである。この分析は、順方向（ｆｏｒｗａｒｄ）段階式回帰モデルを利用した；単変量統計に基づいて上記モデルへ入れるために必要とされる有意レベルを、０．１５に設定した一方で、多変量モデルに残るために必要とされる有意レベルを、０．１０に設定した。
【０１１５】
上記研究において５５名の遺伝子型１ａ患者の初期処置応答は、ＲＶＲを達成した７名の患者、およびｃＥＶＲを達成した２４名の患者、ｐＥＶＲを達成した１４名の患者、およびＮＲであった１０名の患者を含めた。上記データセットは、これら５５個のＮＳ５Ａ配列（合計すると、２４６９５個のアミノ酸位置）の４４６残基のアラインメントを含む。これら残基のうちの大部分（約９４．６％）は、Ｈ７７と同一であり、２７５個のアラインした位置（約６１％）は、上記アラインメントにわたって不変であった。本発明者らのデータセットにおいて認められた１３３８個の変異は、残りの１７４個のアラインされた位置の中に分布していた。
【０１１６】
ＮＳ５Ａにわたって、転帰群の間には有意差があった（Ｋｒｕｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ非パラメトリック一元配置分散分析；ｐ＝０．０３０６）。ＲＶＲ患者（患者１名あたりのＮＳ５Ａ変異のメジアン数＝３１）は、ｃＥＶＲ（メジアン＝２４）、ｐＥＶＲ（メジアン＝２１）、およびＮＲ患者（メジアン＝２６．５）より多い変異を有していた。ロジスティック回帰を使用して、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対するウイルス感受性が、上記ＮＳ５Ａタンパク質の任意の領域内の変異数の関数であるか否かを試験した。回帰を、４０個のアミノ酸残基が重複する４１個のストレッチとは無関係に行った。Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ感受性を、上記ＩＳＤＲ内のウイルス不均一性の関数である（ロジスティック回帰；χ２＝１３．０２、ｐ＝０．０００３）が、任意の他のＮＳ５Ａ領域内の不均一性と有意に相関しない（図２）ことが分かった。
【０１１７】
上記ＩＳＤＲ内で、上記ＲＶＲ転帰群（患者１名あたりのＩＳＤＲ変異のメジアン数＝３）は、上記ｃＥＶＲ（メジアン＝１；Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定，ｐ＝０．００１８）、ｐＥＶＲ（メジアン＝０．５；Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定，ｐ＝０．０００９）、およびＮＲ（メジアン＝１；Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定，ｐ＝０．００３１）群より有意に変異が多かった。上記他の転帰群のうちのいずれの間にも、有意差は検出されなかった（図３）。上記ＩＳＤＲ内の３個より少ない変異を有する１名の患者のみが、ＲＶＲを達成し、全ての他のＲＶＲ患者は、上記ＩＳＤＲ内に少なくとも３個の変異を有した（図４）。上記ＩＳＤＲにおいて３個以上の変異を有する全ての患者（ｎ＝１０）は、ｃＥＶＲもしくはＲＶＲのいずれかを達成した。
【０１１８】
Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶでの処置に対するウイルス感受性に影響を及ぼす他のパラメーターを同定するために、本発明者らは、患者人口統計学データ（性別、人種）、初期ウイルス負荷（範囲：１．４×１０５、３．１×１０７ＩＵ／ｍｌ）、および上記ＮＳ５Ａタンパク質における各残基のアミノ酸組成を利用する多変量モデルを開発した。さらに、上記ＩＳＤＲ内の変異数を、この変数に対するＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ感受性の単変量依存性を考慮して、予測変数として含めた。上記混合多変量順序ロジスティック回帰は、順方向の選択および逆方向選択を利用し、上記モデルに入れるための有意レベルを、０．１５に設定し、上記モデルに残るための変数に必要とされる有意レベル閾値を、０．１０に設定した。上記結果は、性別、および初期ウイルス負荷が、本発明者らのデータセット内のＰＲ感受性に影響を及ぼさないことを示す。重要なことに、上記ＩＳＤＲ内の変異数に加えて、ＮＳ５Ａにおける４４６個のＮＳ５Ａアミノ酸位置のうちの２個以内の変化は、ＩＦＮ感受性と相関することが分かった：ＡＡ２２６およびＡＡ３１１（ＨＣＶ参照Ｈ７７に基づいた番号付け）。ＡＡ２２６の場合に、メチオニンおよびグルタミン酸は、ＨＣＶのＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ感受性表現型と関連した一方で、アラニンおよびロイシンは、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ耐性表現型と関連した。バリンは、中間の表現型を表した。３１１位において、グルタミン、アルギニン、およびアラニンは、ＩＦＮ感受性と関連したのに対して、セリンおよびプロリンは、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ耐性と関連した（表１）。
【０１１９】
【表１】
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上記ＩＳＤＲ内の変異数およびＮＳ５Ａの２つの位置における特定のアミノ酸組成に対するＩＦＮ感受性についての依存性は、本発明者らがＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対する患者応答性をモデル化することを可能にした。これら３つの変数に基づくモデルは、本発明者らのデータセットに適用される場合、５５名の被験体のうちの３１名（約５６％）の応答は、正確に推定される。わずか１つの予測が１超の群に対して外れたが、そこでは、非応答者（ＮＲ）をｃＥＶＲであると予測したことが示されていた。
【０１２０】
この研究において、調査者は本発明者らのＰＲＯＶＥ１（第２相）臨床試験のコントロールアームに登録される、５５名の遺伝子型１ａの米国人患者に由来する全長ＮＳ５Ａタンパク質を分析して、陽性のＰｅｇ−ＩＦＮとＲＢＶ応答を付与し得る領域を決定した。ロジスティック回帰を使用して、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対する感受性が、上記ＮＳ５Ａタンパク質の任意の領域内の変異体の数の関数であるか否かを決定した。Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対するウイルス感受性は、上記ＩＳＤＲ内のみでのウイルス不均一性の関数であることが発見された（χ２＝１３．０２，ｐ＝０．０００３）。上記ＲＶＲ転帰群における患者は、他の処置転帰群（ｃＥＶＲ＝１、ｐＥＶＲ＝０．５およびＮＲ＝１）と比較した場合、上記ＩＳＤＲにおけるより有意に高い変異体の数を有した（メジアン＝３）。本発明者らの結果は、遺伝子型１ａ患者において行った以前の研究（Ｈｏｆｇａｒｔｎｅｒ  １９９７、Ｄａｌ  Ｐｅｒｏ  ２００７、およびＭｕｒｐｈｙ  ２００２）と矛盾する。この以前の研究において、調査者らは、ＩＦＮ感受性と、上記ＩＳＤＲにおける変異体の数との間に相関を見いだせなかった。本発明者らの結果は、Ｅｎｏｍｏｔｏら（１９９６）（ここで上記ＩＳＤＲにおいて高い配列変異性を有する被験体は、治療に対して感受性であり、その配列がコンセンサスと同一であった患者は、治療に応答しなかった）と一致している。
【０１２１】
Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶでの処置に対してウイルス感受性を付与し得る他の領域を同定するために、患者の人口統計学データ（性別、人種）、初期ウイルス負荷（ｉｎｉｔｉａｌ  ｖｉｒａｌ  ｌｏａｄ）および上記ＮＳ５Ａタンパク質における各残基のアミノ酸組成、ならびに上記ＩＳＤＲにおける変異体の数を利用する多変量モデルを、予測変数として含めた。人種、性別および初期ウイルス負荷を、ＩＦＮ応答においてそれらの関与があるという報告があるため、分析中に含めた（Ｌａｙｄｅｎ−Ａｌｍｅｒ，Ｋｅｍｍｅｒ，Ｂｏｕｌｅｓｔｉｎ，Ｊｅｓｓｎｅｒ，Ｎａｇａｋｉ，Ｄｏｌｉｎ）。これら因子は、患者の大部分が白色人種家系であることに起因して、ＩＦＮ応答に影響を有さず、ベースラインウイルス負荷は、２  ｌｏｇの範囲内であった。より大きくより多様な患者集団では、これらの因子は、処置応答に対してより顕著な影響を有した可能性がある。
【０１２２】
多変量解析からの結果は、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ感受性を付与するとして上記ＩＳＤＲにおける変異体の数を同定したのみならず；以前報告されなかった２つの残基ＡＡ２２６およびＡＡ３１１をも同定した。残基２２６においてメチオニンもしくはグルタミン酸を有する患者は、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶに対する感受性と関連し、この位置におけるアラニンもしくはロイシンは、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ治療に対して応答なしを生じた。残基３１１におけるグルタミン、アルギニンもしくはアラニンは、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ感受性と関連したのに対して、セリンもしくはプロリンは、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ応答なしと関連した。残基２２６は、上記ＩＳＤＲの下流の高度に保存されたリン酸化領域内であることが発見された。この領域は、ＮＳ５Ａの過剰リン酸化に必要とされるセリン残基２２４、２２８および２３１（ａａ  ２１９７、２２０１、２２０４）を含む（Ｔａｎｊｉ  １９９５）。ＮＳ５Ａ過剰リン酸化がＨＣＶ生活環においてどんな役割を果たすかは不明であるが、ＨＣＶ複製が、ＮＳ５Ａのリン酸化によって調節されるということが示唆されている（Ｋｏｃｈ  １９９９）。
【０１２３】
ＮＳ５Ａの別の示唆された機能は、宿主のＩＦＮ刺激抗ウイルス応答の調節（おそらく、ＰＫＲとのＮＳ５Ａ相互作用によって媒介される）である（Ｇａｌｅ  １９９７）。ＮＳ５ＡとＰＫＲとの間の相互作用は、ＮＳ５Ａの中心における６６残基を包含する（Ｋｏｃｈ  １９９９）。この相互作用に含まれるのは、ＮＳ５Ａの過剰リン酸化に必要とされる３つのセリン残基のうちの２つである。この領域のいずれの隣り合う側も、新規の残基２２６および３１１が存在する。ＮＳ５Ａのリン酸化が、ＰＫＲと相互作用するために必要とされるか否かは、未知である。上記ＩＳＤＲの外側の変異は、細胞性の抗ウイルス応答に影響を及ぼし得ることが推測された（Ｋｏｃｈ  １９９９）。Ｓａｒａｓｉｎ−Ｆｉｌｉｐｏｗｉｃｚらによれば、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ治療に不十分にしか応答しない患者は、彼らのＩＦＮ系の予備活性化（ｐｒｅａｃｔｉｖａｔｉｏｎ）を示す。上記ＩＦＮ系のこの最初の予備活性化により、非応答者を推測し得、例えば、この患者集団を、内因性のＩＦＮおよびＩＦＮ治療の両方に対して耐性にする（Ｓａｒａｓｉｎ−Ｆｉｌｉｐｏｗｉｃｚ  ２００８）。
【０１２４】
上記分析に基づいて、上記調査者らは、高い基礎（ｂａｓａｌ）ＩＦＮに耐えるように最も適合したウイルスが、ＮＳ５Ａにおける以下の配列識別特性（ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）：残基２２６におけるアラニンもしくはロイシン、残基３１１におけるセリンもしくはプロリンおよび上記ＩＳＤＲ中の＜３の変異体、を有するものであると結論づけた。さらに、低基礎ＩＦＮレベルを有する患者が、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ治療に十分応答することが結論づけられる。なぜなら上記ウイルスは、上記宿主細胞内の選択圧下になかったからである。そしてＰｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ治療が導入される場合に、上記ウイルスは排除される。低基礎ＩＦＮレベルを有する患者の配列識別特性は、以下である：残基２２６におけるメチオニンもしくはグルタミン、残基３１１におけるグルタミン、アルギニンもしくはアラニン、および上記ＩＳＤＲ中の≧３の変異体。上記調査者は、上記ＮＳ５Ａ領域を配列決定するとともに、Ｐｅｇ−ＩＦＮおよびＲＢＶ治療の前にＩＦＮレベルを試験することによって、本発明者らが、処置の最良の過程を決定するために、治療に対する上記患者の応答を推定し得ると考える。
【図２】
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【図３】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
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【図６Ｅ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図１】
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【図４】
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【国際調査報告】
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