【手続補正書】
【提出日】令和2年11月5日(2020.11.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つの第１のポリペプチドと少なくとも１つの第２のポリペプチドを含む単離されたヘテロダイマーであって、ここで第１のポリペプチドと第２のポリペプチドは界面で出会い、第１のポリペプチドの界面は、第２のポリペプチドの界面にある設計された腔に配置することができる設計された隆起を含み；および、
（ｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；または、
（ｉｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含む、
単離されたヘテロダイマー。
【請求項２】
隆起は１つ以上の非天然のアミノ酸残基を含む、請求項１に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項３】
隆起は、フェニルアラニン、アルギニン、チロシン、トリプトファン、およびシステインから選択される１つ以上のアミノ酸を含む、請求項１または２に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項４】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３に記載のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１から３のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項５】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に記載のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項６】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドはＣＨ３ドメインを含み、およびＣＨ３ドメインは、Ｓ３５４Ｃ、Ｔ３６６Ｗ、およびＳ３５４ＣとＴ３６６Ｗの両方（ＥＵの番号付け）から成るリストから選択される少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項７】
腔は非天然のアミノ酸残基を含む、請求項１に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項８】
腔は、アラニン、セリン、トレオニン、バリン、およびシステインから選択される１つ以上のアミノ酸を含む、請求項１または７に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項９】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１に記載のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１、７、または８のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１０】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２に記載のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項９に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１１】
単離されたヘテロダイマーの第１または第２のポリペプチドはＣＨ３ドメインを含み、およびＣＨ３ドメインは、Ｙ３４９Ｃ、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、Ｙ４０７Ｖ（ＥＵの番号付け）、およびそれらの組み合わせから成るリストから選択される少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１２】
第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドの一方または両方は、異種の二量体化ドメインを含まない、請求項１から１１のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１３】
第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドの一方または両方は、ロイシンジッパーを含まない、請求項１から１１のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１４】
第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドの一方または両方は、部位特異性のビオチン化部位を含まない、請求項１から１１のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１５】
自己免疫疾患関連の抗原をさらに含む、請求項１から１４のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１６】
自己免疫疾患関連の抗原は、少なくとも１１のアミノ酸の長さのポリペプチドを含む、請求項１５に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１７】
自己免疫疾患関連の抗原は、柔軟なリンカーによってＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインに結合される、請求項１５または１６に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１８】
抗原は、抗原ペプチドに関連するシステインアミノ酸と、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインのシステインアミノ酸との間に形成されたジスルフィド結合によって、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインに共有結合で結合される、請求項１５から１７のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項１９】
ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインのシステインアミノ酸は、ＭＨＣクラスＩＩ結合溝の一部を形成する残基の１０アミノ酸内にある、請求項１８に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項２０】
ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインのシステイン残基は、ＭＨＣクラスＩＩ結合溝の一部を形成する残基の３アミノ酸内にある、請求項１９に記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項２１】
ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインのシステインアミノ酸は、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインの天然の配列に導入されている、請求項１８から２０のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項２２】
自己免疫疾患を診断された、または自己免疫疾患を患っている疑いのある個体の処置に使用するための、請求項１から２１のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項２３】
請求項１から２１のいずれか１つに記載の第１または第２のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項２４】
請求項２３に記載のポリヌクレオチドの配列を含む宿主細胞。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドはゲノムに安定的に統合される、請求項２４に記載の宿主細胞。
【請求項２６】
少なくとも１つのヘテロダイマーは、ヘテロダイマー・ナノ粒子結合体を形成するためにナノ粒子に結合され、ここでナノ粒子は非リポソームであり、および／またはソリッドコアを有する、請求項１から２１のいずれか１つに記載の単離されたヘテロダイマー。
【請求項２７】
ソリッドコアは、金、鉄、または酸化鉄のコアである、請求項２６に記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項２８】
ソリッドコアの直径は１００ナノメートル未満である、請求項２６または２７に記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項２９】
少なくとも１つのヘテロダイマーはナノ粒子に共有結合で連結される、請求項２６から２８のいずれか１つに記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項３０】
少なくとも１つのヘテロダイマーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含むリンカーによってナノ粒子に共有結合で連結される、請求項２９に記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項３１】
ポリエチレングリコールはマレイミドで官能化される、請求項３０に記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項３２】
ポリエチレングリコールは５ｋＤ未満である、請求項３１に記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体。
【請求項３３】
請求項２６から３２のいずれか１つに記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体、および医薬賦形剤、安定剤または希釈剤を含む医薬組成物。
【請求項３４】
自己免疫疾患または炎症性疾病を処置する方法に使用するための、請求項２６から３２のいずれか１つに記載のヘテロダイマー・ナノ粒子結合体、または請求項３３に記載の医薬組成物。
【請求項３５】
第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを含むヘテロダイマーを調製する方法であって、ここで第１のポリペプチドと第２のポリペプチドは界面で出会い、第１のポリペプチドの界面は、第２のポリペプチドの界面にある設計された腔に配置することができる設計された隆起を含み；および、
（ｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；または、
（ｉｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；
該方法は、
（ｉｉｉ）界面を含む第１のポリペプチドと第２のポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を培養する工程であって、ここで第１のポリペプチドの界面をコードする核酸は、隆起をコードするために第１のポリペプチドの元々の界面をコードする核酸から変質しており、または第２のポリペプチドの界面をコードする核酸は、腔をコードするために第２のポリペプチドの元々の界面をコードする核酸から変質しており、またはその両方であり、および第１のポリペプチドと第２のポリペプチドが発現するように培養が行われる、工程；および、
（ｉｖ）宿主細胞の培養からヘテロダイマーを回収して精製する工程、
を含む、方法。
【請求項３６】
第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを含むヘテロダイマーを調製する方法であって、ここで第１のポリペプチドと第２のポリペプチドは界面で出会い、第１のポリペプチドの界面は、第２のポリペプチドの界面にある設計された腔に配置することができる設計された隆起を含み；および、
（ｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；または、
（ｉｉ）第１のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩβ２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；および、第２のポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメイン、ＭＨＣクラスＩＩα２ドメイン、またはそれらの組み合わせを含み；
該方法は、
（ｉｉｉ）第１のポリペプチドをコードする核酸を含む第１の宿主細胞を培養する工程；
（ｉｖ）第２のポリペプチドをコードする核酸を含む第２の宿主細胞を培養する工程；
（ｖ）宿主細胞培養から第１および第２のポリペプチドを回収する工程；および、
（ｖｉ）第１と第２のポリペプチドを一緒にインキュベートすることによってヘテロダイマーを形成する工程、
を含み、ここで第１のポリペプチドの界面をコードする核酸は、隆起をコードするために第１のポリペプチドの元々の界面をコードする核酸から変質しており、または第２のポリペプチドの界面をコードする核酸は、腔をコードするために第２のポリペプチドの元々の界面をコードする核酸から変質しており、またはその両方である、方法。
【請求項３７】
第１のポリペプチドと第２のポリペプチドをコードする核酸は、宿主細胞のゲノムへと安定して統合される、請求項３５または３６に記載の方法。
【請求項３８】
宿主細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
第１と第２の宿主細胞はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
単一または複数の宿主細胞培養からポリペプチドを回収する工程は、液体クロマトグラフィーカラムにヘテロダイマーを含む液体を適用する工程を含む、請求項３５から３９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項４１】
液体クロマトグラフィーカラムは、タンパク質Ａ、タンパク質Ｇ、タンパク質Ｌ、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項４０に記載の方法。