【手続補正書】
【提出日】令和2年3月16日(2020.3.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）
Ｐ−Ｌ−Ｚ  （Ｉ）
の化合物またはその塩；
（式中、
Ｐはタグまたは標識であり；
Ｌは、二価のＣ６〜１００炭化水素基であり、前記炭化水素基内に含まれる１個または複数の炭素原子は、それぞれ、Ｏ、ＳおよびＮから独立して選択されるヘテロ原子により任意選択で置き換えられ、前記炭化水素基内に含まれる１個または複数の炭素原子は、それぞれ、−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｓ）−ＮＲ１−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＳＯ２−ＮＲ１−および−ＮＲ１−ＳＯ２−からなる群から独立して選択される基により任意選択で置き換えられており、ＬはＰとＺとの間に少なくとも６原子の距離を与えるものであり；
Ｒ１は、水素またはＣ１〜４アルキルであり；および、
Ｚは、式Ｚ１：
【化１】
2019512546.tif 000001
（式中、
Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、前記アリールまたは前記ヘテロアリールは任意選択で置換され；
Ｂは、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクロアルキルであり、前記Ｂは任意選択で置換され；
ｍは、０または１であり；
Ｙは、結合、−（Ｃ１〜４アルキレン）−Ｏ−、−（Ｃ１〜４アルキレン）−ＮＲ２−、−（Ｃ０〜４アルキレン）−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ２−、または−（Ｃ０〜４アルキレン）−ＮＲ２−Ｃ（＝Ｏ）−であり；
Ｒ２は、水素またはＣ１〜４アルキルであり；
Ｄは、シクリルまたは−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルであり、ここで、シクリル、および−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルにおけるシクリル部分はそれぞれ任意選択で置換され；
シクロプロピル環上の基−（Ｂ−Ｙ）ｍ−Ａ−および−ＮＨ−Ｄは、トランス配置にある）の基である）。
【請求項２】
式（ＩＩ）：
【化８】
2019512546.tif 000002
の化合物またはその塩；
（式中、
Ｐは、タグまたは標識であり；
Ｄは、シクリルまたは−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルであり、ここで、シクリル、および−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルにおけるシクリル部分はそれぞれ任意選択で置換され；
Ｌ１は、二価のＣ６〜９０炭化水素基であり、前記炭化水素基内に含まれる１個または複数の炭素原子は、それぞれＯ、ＳおよびＮから独立して選択されるヘテロ原子により任意選択で置き換えられ、前記炭化水素基内に含まれる１個または複数の炭素原子は、それぞれ−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｓ）−ＮＲ１−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＳＯ２−ＮＲ１−および−ＮＲ１−ＳＯ２−からなる群から独立して選択される基により任意選択で置き換えられており、Ｌ１はＰとＸ１との間に少なくとも３原子の距離を与えるものであり；
Ｒ１は、水素またはＣ１〜４アルキルであり；
Ｘ１は、−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｓ）−ＮＲ１−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＳＯ２−ＮＲ１−、−ＮＲ１−ＳＯ２−または−Ｏ−であり；
Ｘ２は、Ｃ０〜５アルキレンであり；
Ｚ１およびＺ２の一方はＣＨまたはＮであり、Ｚ１およびＺ２の他方はＣＨであり；
ｓおよびｔは、それぞれ０、１および２から独立して選択され；
Ｒ５およびＲ６は、出現する毎に、Ｃ１〜４アルキル、ハロ、−ＮＨ２、−ＮＲａＲｃ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲｃ、ハロＣ１〜４アルキル、シクリル、シクリルＣ１〜４アルキル−、Ｃ１〜４アルキル−Ｏ−Ｃ１〜４アルキルから独立して選択され；
Ｒａは、水素、Ｃ１〜４アルキルおよびハロＣ１〜４アルキルから選択され；
Ｒｃは、Ｃ１〜４アルキル、ハロＣ１〜４アルキル、シクリル、シクリルＣ１〜４アルキル−、およびＣ１〜４アルキル−Ｏ−Ｃ１〜４アルキルから独立して選択され；
シクロプロピル環上のフェニルおよび−ＮＨ−Ｄ基は、トランス配置にある）。
【請求項３】
式（ＩＩａ）を有する請求項２に記載の化合物、またはその塩；
【化９】
2019512546.tif 000003
。
【請求項４】
Ｄが、シクロアルキル、ベンゾシクロアルキル、ヘテロシクロアルキルまたは−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルであり、ここで、シクロアルキル、ベンゾシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、および−（Ｃ１〜４アルキレン）−シクリルにおけるシクリル部分はそれぞれ任意選択で置換されている、請求項２または３に記載の化合物。
【請求項５】
式（ＩＩＩ）を有する請求項２に記載の化合物、またはその塩：
【化１０】
2019512546.tif 000004
（式中、シクロプロピル環上の置換基は、トランス配置にある）。
【請求項６】
式（ＩＩＩａ）を有する請求項５に記載の化合物、またはその塩：
【化１１】
2019512546.tif 000005
。
【請求項７】
Ｘ１が、−ＮＨＣ（＝Ｏ）−または−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ−、好ましくは−ＮＨＣ（＝Ｏ）−である、請求項２〜６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項８】
Ｘ１−Ｘ２が、下式：
【化１２】
2019512546.tif 000006
の基であり、ここで前記基は、炭素原子を介して環に、およびＮ原子を介してＬ１に連結している、請求項２〜６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項９】
Ｚ１およびＺ２のそれぞれがＣＨである、請求項２〜８のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１０】
ｓおよびｔのそれぞれが０である、請求項２〜９のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１１】
Ｌ１が式Ｘ４−Ｘ５の基であり、Ｘ４はＰに連結し、Ｘ５はＸ１に連結し、
ここで、Ｘ４は、−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｓ）−ＮＲ１−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−、−ＳＯ２−ＮＲ１−または−ＮＲ１−ＳＯ２−であり；
Ｘ５は、式（ｉ）または（ｉｉ）：
（ｉ）−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−（ＣＨ２）ｐ−（式中、ｎは６〜２０、好ましくは８〜１８の整数であり、ｐは１〜５の整数である）；または、
（ｉｉ）−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−（ＣＨ２）ｑ−Ｇ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｙ（ＣＨ２）ｒ−（式中、Ｇは−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｓ）−ＮＲ１−、−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−、−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−、もしくは−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−であり、好ましくは、Ｇは−ＮＲ１−Ｃ（＝Ｏ）−もしくは−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＲ１−であり、ここで、ｘおよびｙの一方は１〜１８の整数であり、ｘおよびｙの他方は０〜１７の整数であるが、但し、ｘ＋ｙは４〜１８であり、好ましくは、ｘ＋ｙは６〜１６であり、ｑおよびｒのそれぞれは１〜５から独立して選択される整数である）
の基である、請求項２〜１０のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１２】
Ｐがビオチンまたはビオチン誘導体である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１３】
Ｐが蛍光標識である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１４】
化合物が、
【化１３】
2019512546.tif 000007
およびそれらの塩から選択される、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１５】
化合物が、
【化１４】
2019512546.tif 000008
またはその塩である、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１６】
試料中の遊離ＫＤＭ１Ａのレベルをｉｎ  ｖｉｔｒｏで決定するための方法であって、
（ｉ）ＫＤＭ１Ａを化学プローブに接触させる、または曝露するステップであって、ここで、前記化学プローブは請求項１〜１５のいずれか１項に記載の化合物である；および、
（ｉｉ）前記試料において前記化学プローブを使用して遊離ＫＤＭ１Ａの前記レベルを決定するステップ；
を含む、前記方法。
【請求項１７】
前記試料中の全ＫＤＭ１Ａのレベルを決定することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記試料中のＫＤＭ１Ａ阻害剤の標的会合を決定するステップをさらに含む、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記標的会合の決定が、  
（ａ）試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと参照試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルとの間の比率を計算すること、または
（ｂ）試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと全ＫＤＭ１Ａレベルとの間の比率を計算すること、または
（ｃ）比率ＲＸ／ＲＲＥＦを計算することを含み、ここで、ＲＸは試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと全ＫＤＭ１Ａレベルの比率であり、ＲＲＥＦは参照試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと全ＫＤＭ１Ａレベルの比率である、
であり、
標的会合が、（ａ）、（ｂ）、または（ｃ）のいずれかに従って計算された比率を１から差し引いたものとして決定され、ここで、１は完全標的会合に対応し、０は標的会合の非存在に対応する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
試料中のＫＤＭ１Ａの阻害剤の標的会合をｉｎ  ｖｉｔｒｏで決定するための方法であって、
（ｉ）ＫＤＭ１Ａを化学プローブに接触させる、または曝露するステップであって、ここで、前記化学プローブは、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の化合物である；
（ｉｉ）前記試料において前記化学プローブを使用して遊離ＫＤＭ１Ａのレベルを決定するステップ；
（ｉｉｉ）前記試料中の全ＫＤＭ１Ａのレベルを決定するステップ；
（ｉｖ）参照試料において前記化学プローブを使用して遊離ＫＤＭ１Ａのレベルを決定するステップ；
（ｖ）前記参照試料中の全ＫＤＭ１Ａのレベルを決定するステップ；  
（ｖｉ）比率Ａ／Ｂを計算するステップであって、ここで、Ａは試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと全ＫＤＭ１Ａレベルの比率であり、Ｂは参照試料中の遊離ＫＤＭ１Ａレベルと全ＫＤＭ１Ａレベルの比率である；および、
（ｖｉｉ）ステップ（ｖｉ）において計算された比率を１から差し引いたものとして標的会合を決定するステップ；
含む、前記方法。
【請求項２１】
ＫＤＭ１Ａの前記阻害剤が、ＫＤＭ１Ａの不可逆的阻害剤である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
化学プローブが、遊離ＫＤＭ１Ａを捕捉または検出するために使用される、請求項１６〜２１のいずれか１項に記載の方法。