【手続補正書】
【提出日】令和2年7月27日(2020.7.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
二量体またはポリマー色素を調製するための方法であって、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物：
【化１】
2019527289.tif 000001
(I)
を、構造（ＩＩ）の化合物：
【化２】
2019527289.tif 000002
(II)
と反応させ、
（式中、
Ａ1およびＡ2は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ただし、Ａ1およびＡ2の少なくとも一方は、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｂ1およびＢ2は、それぞれ独立して、第１の官能基に対する相補的反応性を有する第２の官能基であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ｘ、ｙおよびｚは、独立して、１以上の整数である）
それにより、ｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物と構造（ＩＩ）の化合物との間に、Ｂ1と構造（Ｉ）の第１の化合物の第１の官能基との反応によって第１の結合を形成するステップと、ｉｉ）構造（Ｉ）の第２の化合物と構造（ＩＩ）の化合物との間に、Ｂ2と構造（Ｉ）の第２の化合物の第１の官能基との反応によって第２の結合を形成するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
二量体またはポリマー色素が、下記の構造（ＩＩＩ）を有する、請求項１に記載の方法。
【化３】
2019527289.tif 000003
(III)
（式中、
Ａ1およびＡ2は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ1およびＧ2は、それぞれ独立して、第１の官能基とそれぞれＢ1またはＢ2との反応によって生じる官能基を含む部分であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、ａおよびｂの少なくとも一方の整数値に対しては、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（ＩＩＩ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ａ、ｂおよびｃは、独立して、１以上の整数である）
【請求項３】
ａ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、Ｂ1、Ｂ2または両方に対する相補的反応性を有するか、
ｂ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、求核性官能基であるか、
ｃ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルであるか、
ｄ）Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、求電子性官能基であるか、
ｅ）Ｂ1およびＢ2が、酸ハロゲン化物、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、イソシアネート、イソチオシアネート、エポキシド、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、トリフレート、マレイミド、ホスフェートまたはアルケンであるか、
ｆ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、求電子性官能基であるか、
ｇ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、フェノレートエステル、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、ホスフェートまたはトリフレートであるか、
ｈ）Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、求核性官能基であるか、
ｉ）Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルであるか、
ｊ）Ａ1、Ａ2、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、核酸配列であり、Ａ1が、Ｂ1に対して相補的であり、Ａ2が、Ｂ2に対して相補的であるか、
ｋ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、アルキンであり、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、アジ化物であるか、
ｌ）Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、アジ化物であり、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、アルキンであるか、
ｍ）Ａ1およびＡ2の少なくとも一方が、付加環化反応性官能基を含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、相補的付加環化反応性官能基であるか、
ｎ）各付加環化反応性官能基が、アルケンを含むか、
ｏ）Ａ1およびＡ2が、ハロゲン化アリールを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、アルケンまたはアルキン官能基であるか、
ｐ）Ａ1およびＡ2が、ボロン酸またはボロン酸エステルを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基であるか、
ｑ）Ａ1およびＡ2が、アルキルスタンナンまたはアリールスタンナンを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基であるか、または、
ｒ）Ａ1およびＡ2が、アミンを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、
請求項１に記載の方法。
【請求項４】
Ｇ1およびＧ2が、それぞれ独立して、アミド、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、ホスホジエステル、アルケン、アルキンまたはトリアゾールを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
ａ）Ｌ4が、アルキレンであるか、
ｂ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有するか
【化４】
2019527289.tif 000004
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）、または、
ｃ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーである、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
二量体またはポリマー色素を調製するための方法であって、構造（Ｉ）の第１の化合物：
【化５】
2019527289.tif 000005
(I)
を、構造（Ｉ）の第２の化合物と反応させ、
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または、第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ａ2は、第２の官能基を含む部分であり、ここで、第２の官能基は、それ自体に対して相補的な反応性または第１の官能基に対して相補的な反応性を有し、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
ｘは、１以上の整数である）
それにより、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、ｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物上の第１の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との、またはｉｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって、結合を形成するステップ
を含む、方法。
【請求項７】
結合が、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第１の官能基と、構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって形成される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
二量体またはポリマー色素が、下記の構造（ＩＶ）を有する、請求項７に記載の方法。
【化６】
2019527289.tif 000006
(IV)
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または、第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ａ3は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカー、または第２の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ3は、第１の官能基と第２の官能基との反応によって生じる官能基を含む部分であり、Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（ＩＶ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
【請求項９】
ａ）第１の官能基が、求核性官能基であるか、
ｂ）第１の官能基が、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルであるか、
ｃ）第２の官能基が、求電子性官能基であるか、
ｄ）第２の官能基が、酸ハロゲン化物、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、イソシアネート、イソチオシアネート、エポキシド、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、トリフレート、マレイミド、ホスフェートまたはアルケンであるか、
ｅ）第１および第２の官能基が、それぞれ独立して、核酸配列であり、第１の官能基が、第２の官能基に対して相補的であるか、
ｆ）第１の官能基が、アルキンであり、第２の官能基が、アジ化物であるか、
ｇ）第１の官能基が、付加環化反応性官能基であり、第２の官能基が、相補的付加環化反応性官能基であるか、
ｈ）第１の官能基が、ハロゲン化アリールであり、第２の官能基が、アルケンまたはアルキン官能基であるか、
ｉ）第１の官能基が、ボロン酸またはボロン酸エステルであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基であるか、
ｊ）第１の官能基が、アルキルスタンナンまたはアリールスタンナンであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基であるか、または、
ｋ）第１の官能基が、アミンであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、請求項７〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
Ｇ3が、アミド、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、ホスホジエステル、アルケン、アルキンまたはトリアゾールを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
ａ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有するか
【化７】
2019527289.tif 000007
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）、または、
ｂ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーである、
請求項６から１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
結合が、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって形成される、請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
二量体またはポリマー色素が、下記の構造（Ｖ）を有する、請求項１２に記載の方法。
【化８】
2019527289.tif 000008
(V)
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｔは、存在しないか、またはポリマー末端基であり、
Ｇ4は、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって生じる官能基を含む部分であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｖ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
【請求項１４】
ａ）各第２の官能基が、付加環化反応性官能基であるか、または、
ｂ）各第２の官能基が、アクリレート官能基である、請求項１２または１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
下記の構造（ＩＩＩ）、（ＩＶ）または（Ｖ）の１つを有する、化合物。
【化９】
2019527289.tif 000009
（式中、
Ａ1、Ａ2およびＡ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または相補的官能基を含む部分との反応時にＧ1、Ｇ2、Ｇ3もしくはＧ4を形成することができる官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ1、Ｇ2、Ｇ3およびＧ4は、それぞれ独立して、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、アルケン、アルキンまたはトリアゾール官能基を含む部分であり、
Ｔは、存在しないか、またはポリマー末端基であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、ａおよびｂの少なくとも一方の整数値に対しては、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1およびＬ2は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ3は、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーであり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ａ、ｂおよびｃは、独立して、１以上の整数であり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
【請求項１６】
ａ）Ｌ4が、アルキレンであるか、
ｂ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有するか
【化１０】
2019527289.tif 000010
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）、
ｃ）Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーであるか、
ｄ）Ｒ1が、Ｈであるか、または、
ｅ）Ａ1、Ａ2およびＡ3が、それぞれ独立して、ＯＨまたは−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、請求項１５に記載の化合物。
【請求項１７】
ａ）Ｍが、蛍光性であるか、
ｂ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ジメチルアミノスチルベン、キナクリドン、フルオロフェニル−ジメチル−ＢＯＤＩＰＹ、ビス−フルオロフェニル−ＢＯＤＩＰＹ、アクリジン、テリレン、セキシフェニル、ポルフィリン、ベンゾピレン、（フルオロフェニル−ジメチル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、（ビス−フルオロフェニル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、クアテルフェニル、ビ−ベンゾチアゾール、テル−ベンゾチアゾール、ビ−ナフチル、ビ−アントラシル、スクアライン、スクアリリウム、９，１０−エチニルアントラセンまたはテル−ナフチル部分であるか、
ｃ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ｐ−テルフェニル、ペリレン、アゾベンゼン、フェナジン、フェナントロリン、アクリジン、チオキサンテン、クリセン、ルブレン、コロネン、シアニン、ペリレンイミドもしくはペリレンアミドであるか、
ｄ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、クマリン色素、レゾルフィン色素、ジピロメテンボロンジフルオリド色素、ルテニウムビピリジル色素、エネルギー移動色素、チアゾールオレンジ色素、ポリメチンまたはＮ−アリール−１，８−ナフタルイミド色素であるか、
ｅ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ピレン、ペリレン、ペリレンモノイミドもしくは６−ＦＡＭであるか、または、
ｆ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、下記の構造の１つを有する
【化１１】
2019527289.tif 000011
、請求項１５から１６のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１８】
以下の構造の１つを有する化合物。
【化１２】
2019527289.tif 000012
（式中、ｓＦは以下の構造を有し、
2019527289.tif 000013
Ｆは以下の構造を有し、
2019527289.tif 000014
Ａｌｋは以下の構造を有し、
2019527289.tif 000015
Ｈｅｘは以下の構造を有し、
2019527289.tif 000016
ｂＢは以下の構造を有する
2019527289.tif 000017
）
【請求項１９】
試料を染色する方法であって、前記試料に、請求項１５から１８のいずれか１項に記載の化合物を、前記試料が適切な波長で照射された場合に光学的応答を生成するために十分な量で添加するステップを含み、ここで前記試料が細胞を含み、かつ前記方法が前記細胞をフローサイトメトリーによって観察するステップをさらに含む、方法。
【請求項２０】
分析物分子を視覚的に検出するための方法であって、
（ａ）Ａ1、Ａ2またはＡ3が、分析物分子との共有結合を含むリンカーである、請求項１５に記載の化合物を準備するステップと、
（ｂ）化合物をその視覚的特性によって検出するステップと
を含む、方法。
【請求項２１】
分析物分子を視覚的に検出するための方法であって、
（ａ）Ａ1、Ａ2またはＡ3が、ＱまたはＱとの共有結合を含むリンカーである、請求項１５に記載の化合物を、分析物分子と混合するステップと、
（ｂ）化合物および分析物分子のコンジュゲートを形成するステップと、
（ｃ）コンジュゲートをその視覚的特性によって検出するステップと
を含む、方法。
【請求項２２】
請求項１５から１８のいずれか１項に記載の化合物と、１つまたは複数の分析物分子とを含む、組成物。
【請求項２３】
１つまたは複数の分析物分子の検出のための、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
ａ）Ｍが、蛍光性であるか、
ｂ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ジメチルアミノスチルベン、キナクリドン、フルオロフェニル−ジメチル−ＢＯＤＩＰＹ、ビス−フルオロフェニル−ＢＯＤＩＰＹ、アクリジン、テリレン、セキシフェニル、ポルフィリン、ベンゾピレン、（フルオロフェニル−ジメチル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、（ビス−フルオロフェニル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、クアテルフェニル、ビ−ベンゾチアゾール、テル−ベンゾチアゾール、ビ−ナフチル、ビ−アントラシル、スクアライン、スクアリリウム、９，１０−エチニルアントラセンまたはテル−ナフチル部分であるか、
ｃ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ｐ−テルフェニル、ペリレン、アゾベンゼン、フェナジン、フェナントロリン、アクリジン、チオキサンテン、クリセン、ルブレン、コロネン、シアニン、ペリレンイミドもしくはペリレンアミドであるか、
ｄ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、クマリン色素、レゾルフィン色素、ジピロメテンボロンジフルオリド色素、ルテニウムビピリジル色素、エネルギー移動色素、チアゾールオレンジ色素、ポリメチンまたはＮ−アリール−１，８−ナフタルイミド色素であるか、
ｅ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ピレン、ペリレン、ペリレンモノイミドもしくは６−ＦＡＭであるか、または
ｆ）Ｍが、それぞれの出現において、独立して、下記の構造の１つを有する
【化１２】
2019527289.tif 000018
、請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３１】
本明細書に引用されている米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許刊行物はすべて、本明細書と矛盾しない範囲でそれらの全体として参照により本明細書に組み込まれる。
前述のことから、本発明の具体的な実施形態を説明のために本明細書に記載したが、様々な修正を本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく行うことができると認識される。したがって、本発明は、添付の特許請求の範囲によって限定される以外、限定されない。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕二量体またはポリマー色素を調製するための方法であって、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物：
2019527289.tif 000019
(I)
を、構造（ＩＩ）の化合物：
2019527289.tif 000020
(II)
と反応させ、
（式中、
Ａ1およびＡ2は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ただし、Ａ1およびＡ2の少なくとも一方は、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｂ1およびＢ2は、それぞれ独立して、第１の官能基に対する相補的反応性を有する第２の官能基であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ｘ、ｙおよびｚは、独立して、１以上の整数である）
それにより、ｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物と構造（ＩＩ）の化合物との間に、Ｂ1と構造（Ｉ）の第１の化合物の第１の官能基との反応によって第１の結合を形成するステップと、ｉｉ）構造（Ｉ）の第２の化合物と構造（ＩＩ）の化合物との間に、Ｂ2と構造（Ｉ）の第２の化合物の第１の官能基との反応によって第２の結合を形成するステップと
を含む、方法。
〔２〕二量体またはポリマー色素が、下記の構造（ＩＩＩ）を有する、前記〔１〕に記載の方法。
2019527289.tif 000021
(III)
（式中、
Ａ1およびＡ2は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または、Ｂ1、Ｂ2もしくは両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ1およびＧ2は、それぞれ独立して、第１の官能基とそれぞれＢ1またはＢ2との反応によって生じる官能基を含む部分であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、ａおよびｂの少なくとも一方の整数値に対しては、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（ＩＩＩ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ａ、ｂおよびｃは、独立して、１以上の整数である）
〔３〕Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、Ｂ1、Ｂ2または両方に対する相補的反応性を有する第１の官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔４〕Ａ1、Ａ2が、それぞれ独立して、求核性官能基である、前記〔３〕に記載の方法。
〔５〕求核性官能基が、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルである、前記〔４〕に記載の方法。
〔６〕Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、求電子性官能基である、前記〔１〕または〔３〕から〔５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔７〕求電子性官能基が、酸ハロゲン化物、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、イソシアネート、イソチオシアネート、エポキシド、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、トリフレート、マレイミド、ホスフェートまたはアルケンである、前記〔６〕に記載の方法。
〔８〕Ａ1、Ａ2が、それぞれ独立して、求電子性官能基である、前記〔３〕に記載の方法。
〔９〕求電子性官能基が、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、フェノレートエステル、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、ホスフェートまたはトリフレートである、前記〔８〕に記載の方法。
〔１０〕Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、求核性官能基である、前記〔１〕、〔８〕または〔９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１１〕求核性官能基が、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルである、前記〔１０〕に記載の方法。
〔１２〕Ａ1、Ａ2、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、核酸配列であり、Ａ1が、Ｂ1に対して相補的であり、Ａ2が、Ｂ2に対して相補的である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１３〕Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、アルキンであり、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、アジ化物である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１４〕Ａ1およびＡ2が、それぞれ独立して、アジ化物であり、Ｂ1およびＢ2が、それぞれ独立して、アルキンである、前記〔１〕に記載の方法。
〔１５〕Ａ1およびＡ2の少なくとも一方が、付加環化反応性官能基を含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、相補的付加環化反応性官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１６〕各付加環化反応性官能基が、アルケンを含む、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１７〕Ａ1およびＡ2が、ハロゲン化アリールを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、アルケンまたはアルキン官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１８〕Ａ1およびＡ2が、ボロン酸またはボロン酸エステルを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１９〕Ａ1およびＡ2が、アルキルスタンナンまたはアリールスタンナンを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔２０〕Ａ1およびＡ2が、アミンを含み、Ｂ1およびＢ2のそれぞれが、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔１〕に記載の方法。
〔２１〕Ｇ1およびＧ2が、それぞれ独立して、アミド、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、ホスホジエステル、アルケン、アルキンまたはトリアゾールを含む、前記〔２〕に記載の方法。
〔２２〕Ｌ4が、アルキレンである、前記〔１〕から〔２１〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２３〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有する、前記〔１〕から〔２２〕のいずれか１項に記載の方法。
2019527289.tif 000022
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）
〔２４〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーである、前記〔１〕から〔２２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２５〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーである、前記〔１〕から〔２２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２６〕二量体またはポリマー色素を調製するための方法であって、構造（Ｉ）の第１の化合物：
2019527289.tif 000023
(I)
を、構造（Ｉ）の第２の化合物と反応させ、
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または、第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ａ2は、第２の官能基を含む部分であり、ここで、第２の官能基は、それ自体に対して相補的な反応性または第１の官能基に対して相補的な反応性を有し、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
ｘは、１以上の整数である）
それにより、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、ｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物上の第１の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との、またはｉｉ）構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって、結合を形成するステップ
を含む、方法。
〔２７〕結合が、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第１の官能基と、構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって形成される、前記〔２６〕に記載の方法。
〔２８〕二量体またはポリマー色素が、下記の構造（ＩＶ）を有する、前記〔２７〕に記載の方法。
2019527289.tif 000024
(IV)
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または、第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ａ3は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカー、または第２の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ3は、第１の官能基と第２の官能基との反応によって生じる官能基を含む部分であり、Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（ＩＶ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
〔２９〕第１の官能基が、求核性官能基である、前記〔２７〕〜〔２８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３０〕求核性官能基が、アミノ、アルキルアミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシルである、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３１〕第２の官能基が、求電子性官能基である、前記〔２７〕から〔３０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔３２〕求電子性官能基が、酸ハロゲン化物、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、イソシアネート、イソチオシアネート、エポキシド、ハロゲン化物、トシレート、メシレート、トリフレート、マレイミド、ホスフェートまたはアルケンである、前記〔３１〕に記載の方法。
〔３３〕第１および第２の官能基が、それぞれ独立して、核酸配列であり、第１の官能基が、第２の官能基に対して相補的である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３４〕第１の官能基が、アルキンであり、第２の官能基が、アジ化物である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３５〕第１の官能基が、付加環化反応性官能基であり、第２の官能基が、相補的付加環化反応性官能基である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３６〕第１の官能基が、ハロゲン化アリールであり、第２の官能基が、アルケンまたはアルキン官能基である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３７〕第１の官能基が、ボロン酸またはボロン酸エステルであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３８〕第１の官能基が、アルキルスタンナンまたはアリールスタンナンであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔３９〕第１の官能基が、アミンであり、第２の官能基が、ハロゲン化アリールまたはハロゲン化アルキル官能基である、前記〔２７〕に記載の方法。
〔４０〕Ｇ3が、アミド、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、ホスホジエステル、アルケン、アルキンまたはトリアゾールを含む、前記〔２８〕に記載の方法。
〔４１〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有する、前記〔２６〕から〔４０〕のいずれか１項に記載の方法。
2019527289.tif 000025
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）
〔４２〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーである、前記〔２６〕から〔４０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４３〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーである、前記〔２６〕から〔４０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４４〕結合が、構造（Ｉ）の第１および第２の化合物の間に、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって形成される、前記〔２６〕に記載の方法。
〔４５〕二量体またはポリマー色素が、下記の構造（Ｖ）を有する、前記〔２６〕に記載の方法。
2019527289.tif 000026
(V)
（式中、
Ａ1は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｑとの共有結合を含むリンカー、Ｌ’、または第２の官能基に対する相補的反応性を有する第１の官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｔは、存在しないか、またはポリマー末端基であり、
Ｇ4は、構造（Ｉ）の第１の化合物上の第２の官能基と構造（Ｉ）の第２の化合物上の第２の官能基との反応によって生じる官能基を含む部分であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｖ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
〔４６〕各第２の官能基が、付加環化反応性官能基である、前記〔４４〕または〔４５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４７〕各第２の官能基が、アクリレート官能基である、前記〔４４〕または〔４５〕のいずれか１項に記載の方法。
〔４８〕下記の構造（ＩＩＩ）、（ＩＶ）または（Ｖ）の１つを有する、化合物。
2019527289.tif 000027
（式中、
Ａ1、Ａ2およびＡ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルチオ、アルキルエーテル、−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ、Ｌ’、または相補的官能基を含む部分との反応時にＧ1、Ｇ2、Ｇ3もしくはＧ4を形成することができる官能基を含む部分であり、ここで、Ｒaは、ＯまたはＳであり、Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテルまたはチオホスホアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオンであり、
Ｇ1、Ｇ2、Ｇ3およびＧ4は、それぞれ独立して、尿素、カルバメート、ウレタン、チオカルバメート、アミノ−アルコール、チオエーテル−アルコール、エーテル−アルコール、アミン、チオエーテル、チオエステル、二本鎖核酸、アルケン、アルキンまたはトリアゾール官能基を含む部分であり、
Ｔは、存在しないか、またはポリマー末端基であり、
Ｍは、それぞれの出現において、独立して、蛍光性もしくは着色色素部分またはＱであり、ただし、Ｍの少なくとも１回の出現は、ａおよびｂの少なくとも一方の整数値に対しては、蛍光性または着色色素部分であり、
Ｒ1は、それぞれの出現において、独立して、Ｈ、アルキルまたはアルコキシであり、
Ｑは、それぞれの出現において、独立して、分析物分子、標的化部分、固体支持体または相補的反応性基Ｑ’と共有結合を形成することができる、反応性基を含む部分、または保護されたその類似体であり、
Ｌ’は、それぞれの出現において、独立して、Ｑとの共有結合を含むリンカー、標的化部分との共有結合を含むリンカー、分析物分子との共有結合を含むリンカー、固体支持体との共有結合を含むリンカー、固体支持体残基との共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドとの共有結合を含むリンカー、または構造（Ｉ）のさらなる化合物との共有結合を含むリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、それぞれの出現において、独立して、任意選択の二価リンカー部分であり、
Ｌ4は、任意選択の多価リンカー部分であり、
ａ、ｂおよびｃは、独立して、１以上の整数であり、
各ｘは、独立して、１以上の整数であり、
ｙは、１以上の整数である）
〔４９〕Ｌ4が、アルキレンである、前記〔４８〕に記載の化合物。
〔５０〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、下記の構造を有する、前記〔４８〕または〔４９〕に記載の化合物。
2019527289.tif 000028
（式中、
Ｒ4は、それぞれの出現において、独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲdまたはＳＲdであり、
Ｒ5は、それぞれの出現において、独立して、オキソ、チオキソであるかまたは存在せず、
ｍ1およびｘ1は、それぞれの出現において、独立して、０〜１０の整数であり、
Ｌ5は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、炭素環式またはヘテロ環式リンカーである）
〔５１〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、アミノ酸またはペプチドリンカーである、前記〔４８〕または〔４９〕に記載の化合物。
〔５２〕Ｌ3が、それぞれの出現において、独立して、１つまたは複数の荷電部分を含むリンカーである、前記〔４８〕または〔４９〕に記載の化合物。
〔５３〕Ｒ1が、Ｈである、前記〔４８〕から〔５２〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５４〕Ａ1、Ａ2およびＡ3が、それぞれ独立して、ＯＨまたは−ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、前記〔４８〕から〔５３〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５５〕Ｍが、蛍光性である、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５６〕Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ジメチルアミノスチルベン、キナクリドン、フルオロフェニル−ジメチル−ＢＯＤＩＰＹ、ビス−フルオロフェニル−ＢＯＤＩＰＹ、アクリジン、テリレン、セキシフェニル、ポルフィリン、ベンゾピレン、（フルオロフェニル−ジメチル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、（ビス−フルオロフェニル−ジフルオロボラ−ジアザ−インダセン）フェニル、クアテルフェニル、ビ−ベンゾチアゾール、テル−ベンゾチアゾール、ビ−ナフチル、ビ−アントラシル、スクアライン、スクアリリウム、９，１０−エチニルアントラセンまたはテル−ナフチル部分である、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５７〕Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ｐ−テルフェニル、ペリレン、アゾベンゼン、フェナジン、フェナントロリン、アクリジン、チオキサンテン、クリセン、ルブレン、コロネン、シアニン、ペリレンイミドもしくはペリレンアミドまたはそれらの誘導体である、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５８〕Ｍが、それぞれの出現において、独立して、クマリン色素、レゾルフィン色素、ジピロメテンボロンジフルオリド色素、ルテニウムビピリジル色素、エネルギー移動色素、チアゾールオレンジ色素、ポリメチンまたはＮ−アリール−１，８−ナフタルイミド色素である、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔５９〕Ｍが、それぞれの出現において、独立して、ピレン、ペリレン、ペリレンモノイミドもしくは６−ＦＡＭまたはそれらの誘導体である、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
〔６０〕Ｍが、それぞれの出現において、独立して、下記の構造の１つを有する、前記〔１〕から〔４７〕のいずれか１項に記載の方法または前記〔４８〕から〔５４〕のいずれか１項に記載の化合物。
2019527289.tif 000029
〔６１〕表２から選択される化合物。
〔６２〕試料を染色する方法であって、前記試料に、前記〔４８〕から〔６１〕のいずれか１項に記載の化合物を、前記試料が適切な波長で照射された場合に光学的応答を生成するために十分な量で添加するステップを含む、方法。
〔６３〕前記光学的応答が、蛍光性応答である、前記〔６２〕に記載の方法。
〔６４〕前記試料が、細胞を含む、前記〔６２〕から〔６３〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６５〕前記細胞をフローサイトメトリーによって観察するステップをさらに含む、前記〔６４〕に記載の方法。
〔６６〕蛍光応答を、検出可能なほど異なる光学特性を有する第２のフルオロフォアのものと識別するステップをさらに含む、前記〔６３〕に記載の方法。
〔６７〕分析物分子を視覚的に検出するための方法であって、
（ａ）Ａ1、Ａ2またはＡ3が、分析物分子との共有結合を含むリンカーである、前記〔４８〕に記載の化合物を準備するステップと、
（ｂ）化合物をその視覚的特性によって検出するステップと
を含む、方法。
〔６８〕分析物分子を視覚的に検出するための方法であって、
（ａ）Ａ1、Ａ2またはＡ3が、ＱまたはＱとの共有結合を含むリンカーである、前記〔４８〕に記載の化合物を、分析物分子と混合するステップと、
（ｂ）化合物および分析物分子のコンジュゲートを形成するステップと、
（ｃ）コンジュゲートをその視覚的特性によって検出するステップと
を含む、方法。
〔６９〕前記〔４８〕から〔６１〕のいずれか１項に記載の化合物と、１つまたは複数の分析物分子とを含む、組成物。
〔７０〕１つまたは複数の分析物分子の検出のための分析方法における、前記〔６９〕に記載の組成物の使用。