【手続補正書】
【提出日】令和2年10月19日(2020.10.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記式（Ｉ）の融合構築物：
Ｘ−Ａ−リンカー−Ｂ−Ｚ    （Ｉ）
（式中、
（１）ＡおよびＢは、同一または異なり、独立して下記である：
（ａ）ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＣ＿００２９５１．２に記載の黄色ブドウ球菌ＣＯＬ（ＳＡＣＯＬ）ゲノムに由来する遺伝子命名法に基づいた、図２４に示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ００２９ポリペプチド（配列番号５および１２１〜１３１）、ＳＡＣＯＬ０２６４ポリペプチド（配列番号１８５）、図２２Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０４４２ポリペプチド（配列番号２９および８２〜９２）、ＳＡＣＯＬ０７１８ポリペプチド（配列番号１８６）、図２３Ｉ〜Ｋに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０７２０ポリペプチド（配列番号１１および１０９〜１２０）、ＳＡＣＯＬ１３５３ポリペプチド（配列番号１８７）、ＳＡＣＯＬ１４１６ポリペプチド（配列番号１８８）、ＳＡＣＯＬ１６１１ポリペプチド（配列番号１８９）、図２５Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ１８６７ポリペプチド（配列番号１５２〜１６４）、ＳＡＣＯＬ１９１２ポリペプチド（配列番号４３）、ＳＡＣＯＬ１９４４ポリペプチド（配列番号１９０）、ＳＡＣＯＬ２１４４ポリペプチド（配列番号１９１）、ＳＡＣＯＬ２３６５ポリペプチド（配列番号１９２）、ＳＡＣＯＬ２３８５ポリペプチド（配列番号５０）またはＳＡＣＯＬ２５９９ポリペプチド（配列番号１９３）を含んでなるポリペプチド、
（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド、
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド、
（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド、または
（ｅ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチド、
（２）リンカーが少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸配列である、または存在しない、
（３）Ｘが存在しない、または少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸配列である、かつ
（４）Ｚが存在しない、または少なくとも１つのアミノ酸のアミノ酸配列である）。
【請求項２】
（１）（ａ）が、図２４に示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ００２９ポリペプチド（配列番号５および１２１〜１３１）、図２２Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０４４２ポリペプチド（配列番号２９および８２〜９２）、図２３Ｉ〜Ｋに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０７２０ポリペプチド（配列番号１１および１０９〜１２０）、または図２５Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ１８６７ポリペプチド（配列番号１５２〜１６４）を含んでなるポリペプチドである、請求項１に記載の構築物。
【請求項３】
ＡおよびＢの少なくとも１つが、（ａ）図２４に示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ００２９ポリペプチドを含んでなるポリペプチド（配列番号５および１２１〜１３１）；（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；（ｃ）（ａ）または（ｂ）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または（ｅ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチドであり、かつ、ＡおよびＢの他方が、（ａ’）図２５Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ１８６７ポリペプチドを含んでなるポリペプチド（配列番号１５２〜１６４）；（ｂ’）（ａ’）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；（ｃ’）（ａ’）または（ｂ’）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；（ｄ’）（ａ’）〜（ｃ’）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または（ｅ’）（ａ’）〜（ｃ’）のいずれか１つの少なくとも１２個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチド
である、請求項２に記載の構築物。
【請求項４】
ＡおよびＢの少なくとも１つが、（ａ）図２２Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０４４２ポリペプチドを含んでなるポリペプチド（配列番号２９および８２〜９２）；（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；（ｃ）（ａ）または（ｂ）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチドであり、かつ、ＡおよびＢの他方が、（ａ’）図２３Ｉ〜Ｋに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０７２０ポリペプチドを含んでなるポリペプチド（配列番号１１および１０９〜１２０）；（ｂ’）（ａ’）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；（ｃ’）（ａ’）または（ｂ’）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；（ｄ’）（ａ’）〜（ｃ’）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または（ｅ’）（ａ’）〜（ｄ’）のいずれか１つの少なくとも１２個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチドである、請求項２に記載の構築物。
【請求項５】
ＡおよびＢが、同一または異なり、（ａ）図２３Ｉ〜Ｋに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０７２０ポリペプチドを含んでなるポリペプチド（配列番号１１および１０９〜１２０）；（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；（ｃ）（ａ）または（ｂ）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチドである、請求項２に記載の構築物。
【請求項６】
前記免疫原性フラグメント（ｄ）が、下記アミノ酸配列：ＫＤＴＩＮＧＫＳＮＫＳＲＮＷ（配列番号３４）；およびＫＤＧＧＫＹＴＬＥＳＨＫＥＬＱ（配列番号１）のうち１つ以上を含んでなる、請求項１、２および４のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項７】
前記免疫原性フラグメント（ｄ）が、下記アミノ酸配列のうち１つ以上を含んでなる、請求項６に記載の構築物：
【化１】
2019531100.tif 000001
【請求項８】
前記免疫原性フラグメント（ｄ）が、下記アミノ酸配列のうち１つ以上を含んでなる、請求項１〜２および４〜５のいずれか一項に記載の構築物：
ＱＦＧＦＤＬＫＨＫＫＤＡＬＡ（配列番号２１）；
ＴＩＫＤＱＱＫＡＮＱＬＡＳ（配列番号２２）；
ＫＤＩＮＫＩＹＦＭＴＤＶＤＬ（配列番号２３）；および
ＤＶＤＬＧＧＰＴＦＶＬＮＤ（配列番号２４）。
【請求項９】
前記免疫原性フラグメント（ｄ）が、下記アミノ酸配列のうち１つ以上を含んでなる、請求項８に記載の構築物：
【化２】
2019531100.tif 000002
【請求項１０】
前記免疫原性フラグメント（ｃ’）が、下記アミノ酸配列のうち１つ以上を含んでなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の構築物：
ＰＹＮＧＶＶＳＦＫＤＡＴＧＦ（配列番号１６５）；
ＡＨＰＮＧＤＫＧＮＧＧＩＹＫ（配列番号１６７）；
ＳＩＳＤＹＰＧＤＥＤＩＳＶＭ（配列番号１６９）；
ＲＧＰＫＧＦＮＦＮＥＮＶＱＡ（配列番号１７２）；
ＱＦＥＳＴＧＴＩＫＲＩＫＤＮ（配列番号１７５）；および
ＧＮＳＧＳＰＶＬＮＳＮＮＥＶ（配列番号１７８）。
【請求項１１】
前記免疫原性フラグメント（ｄ）が、下記アミノ酸配列を含んでなる、請求項１０に記載の構築物：
【化３】
2019531100.tif 000003
【請求項１２】
リンカーが、グリシン、セリン、アラニン、アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩およびリジンからなる群から選択される少なくとも４つの同一または異なるアミノ酸を含んでなる、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項１３】
リンカーが、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号６７）、（ＥＲＫＹＫ）ｎ（配列番号６１）；または（ＥＡＡＡＫ）ｎ（配列番号６３）を含んでなり、ｎ＝１〜５である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項１４】
前記Ｘが、６〜１０個のアミノ酸のポリヒスチジンを含んでなる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項１５】
前記Ｘが存在しない、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項１６】
前記Ｚが存在しない、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の構築物。
【請求項１７】
請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物をコードする単離核酸分子。
【請求項１８】
請求項１７に定義される単離核酸を含んでなるベクター。
【請求項１９】
請求項１８に定義されるベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項２０】
弱毒生型の黄色ブドウ球菌である、請求項１９に記載の細胞。
【請求項２１】
弱毒生型の黄色ブドウ球菌が、安定化した小コロニー変異体（ＳＣＶ）表現型を有する、請求項２０に記載の細胞。
【請求項２２】
安定化したＳＣＶ表現型を有する弱毒生型の黄色ブドウ球菌が、ΔｈｅｍＢΔ７２０黄色ブドウ球菌である、請求項２１に記載の細胞。
【請求項２３】
下記を含んでなる、組成物：
（Ａ）請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物のうち少なくとも１つ；請求項１７に定義される核酸分子のうち少なくとも１つ；請求項１８に定義されるベクターのうち少なくとも１つ；または請求項１９〜２２のいずれか一項に定義される細胞のうち少なくとも１つ；および
（Ｂ）（ｉ）請求項１〜１１のいずれか一項に定義されるポリペプチド；
（ｉｉ）弱毒生型黄色ブドウ球菌；
（ｉｉｉ）薬学的に許容可能な賦形剤；
（ｉｖ）アジュバント；または
（ｖ）（ｉ）〜（ｉｖ）のうち少なくとも２つの組み合わせ。
【請求項２４】
弱毒生型の黄色ブドウ球菌が、下記を発現する、請求項２３に記載の組成物：
（ａ）ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＣ＿００２９５１．２に記載の黄色ブドウ球菌ＣＯＬ（ＳＡＣＯＬ）ゲノムに由来する遺伝子命名法に基づいた、図２４に示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ００２９ポリペプチド（配列番号５および１２１〜１３１）、ＳＡＣＯＬ０２６４ポリペプチド（配列番号１８５）、図２２Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０４４２ポリペプチド（配列番号２９および８２〜９２）、ＳＡＣＯＬ０７１８ポリペプチド（配列番号１８６）、図２３Ｉ〜Ｊに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ０７２０ポリペプチド（配列番号１１および１０９〜１２０）、ＳＡＣＯＬ１３５３ポリペプチド（配列番号１８７）、ＳＡＣＯＬ１４１６ポリペプチド（配列番号１８８）、ＳＡＣＯＬ１６１１（配列番号１８９）、図２５Ｄに示す配列のいずれか１つに記載のＳＡＣＯＬ１８６７ポリペプチド（配列番号１５２〜１６４）、ＳＡＣＯＬ１９１２ポリペプチド（配列番号４３）、ＳＡＣＯＬ１９４４（配列番号１９０）、ＳＡＣＯＬ２１４４ポリペプチド（配列番号１９１）、ＳＡＣＯＬ２３６５ポリペプチド（配列番号１９２）、ＳＡＣＯＬ２３８５ポリペプチド（配列番号５０）またはＳＡＣＯＬ２５９９ポリペプチド（配列番号１９３）を含んでなるポリペプチド；
（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードする遺伝子と同じオペロンに由来する遺伝子によりコードされるポリペプチド；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の少なくとも１３個の連続したアミノ酸の免疫原性フラグメントを含んでなるポリペプチド；
（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つのポリペプチドの配列と全体が少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド；または
（ｅ）（ａ）〜（ｃ）のいずれか１つの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含んでなる免疫原性変異体を含んでなるポリペプチド。
【請求項２５】
弱毒生型の黄色ブドウ球菌が、安定化した小コロニー変異体（ＳＣＶ）表現型を有する、請求項２３または２４に記載の組成物。
【請求項２６】
アジュバントが、ミョウバン、油、サポニン、環状ジグアノシン−５’−一リン酸（ｃ−ｄｉ−ＧＭＰ）、ポリホスファジン、インドリシジン、病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰＳ）、リポソームまたはそのうち少なくとも２つの組み合わせを含んでなる、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２７】
哺乳類におけるブドウ球菌乳腺内感染（ＩＭＩ）の予防および／または処置のための、請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物；請求項１７に定義される核酸分子；請求項１８に定義されるベクター；請求項１９〜２２のいずれか一項に定義される細胞；または請求項２３〜２６に定義される組成物を含んでなる、医薬組成物。
【請求項２８】
前記ブドウ球菌ＩＭＩが、１つ以上の黄色ブドウ球菌株によって引き起こされる、請求項２７に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記哺乳類が雌ウシである、請求項２７または２８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
哺乳類におけるブドウ球菌乳腺内感染（ＩＭＩ）を予防および／または処置するための、（ｉ）請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物；（ｉｉ）請求項１７に定義される核酸分子；（ｉｉｉ）請求項１８に定義されるベクター；請求項１９〜２２のいずれか一項に定義される細胞；（ｉｖ）請求項２３〜２６のいずれか一項に定義される組成物；または（ｖ）（ｉ）〜（ｉｖ）のうち少なくとも２つの組み合わせの有効量の使用。
【請求項３１】
前記ブドウ球菌ＩＭＩが、１つ以上の黄色ブドウ球菌株によって引き起こされる、請求項３０に記載の使用。
【請求項３２】
前記哺乳類が雌ウシである、請求項３０または３１に記載の使用。
【請求項３３】
哺乳類におけるブドウ球菌乳腺内感染（ＩＭＩ）の予防および／または処置に使用するための、請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物；請求項１７に定義される核酸分子；請求項１８に定義されるベクター；請求項１９〜２２のいずれか一項に定義される細胞；請求項２３〜２６のいずれか一項に定義される組成物、またはそのうち少なくとも２つの組み合わせ。
【請求項３４】
前記ブドウ球菌ＩＭＩが、１つ以上の黄色ブドウ球菌株によって引き起こされる、請求項３３に記載の構築物、核酸分子、ベクター、細胞、組成物、または組み合わせ。
【請求項３５】
前記哺乳類が雌ウシである、請求項３３または３４に記載の構築物、核酸分子、ベクター、細胞、または組成物。
【請求項３６】
下記を含んでなる、哺乳類におけるブドウ球菌乳腺内感染（ＩＭＩ）を予防および／または処置するためのキット：
（Ａ）（ｉ）請求項１〜１６のいずれか一項に定義される構築物のうち少なくとも１つ；（ｉｉ）請求項１７に定義される核酸分子のうち少なくとも１つ；（ｉｉｉ）請求項１８に定義されるベクターのうち少なくとも１つ；（ｉｖ）請求項１９〜２２のいずれか一項に定義される細胞のうち少なくとも１つ；または（ｖ）（ｉ）〜（ｉｖ）のうち少なくとも２つの組み合わせ、および
（Ｂ）（ｉ）請求項１〜１１のいずれか一項に定義されるポリペプチド；
（ｉｉ）弱毒生型黄色ブドウ球菌；
（ｉｉｉ）薬学的に許容可能な賦形剤；
（ｉｖ）アジュバント；
（ｖ）哺乳類におけるブドウ球菌乳腺内感染（ＩＭＩ）を予防および／または処置するためのキットの使用に関する使用説明書；または
（ｖｉ）（ｉ）〜（ｖ）のうち少なくとも２つの組み合わせ。