【手続補正書】
【提出日】令和2年10月26日(2020.10.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
本発明の新規の特色は、付属の特許請求の範囲において詳細に明示される。本発明の原理が用いられる例示的な事例と、付属の図面とを明示する、以下の詳細な記載を参照することにより、本発明の特色および利点のよりよい理解が得られるであろう。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
遺伝子改変細胞の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来する細胞の集団を提供するステップ；
クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を使用してサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子中に切断を導入することによって細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞を、ｅｘ  ｖｉｖｏで改変するステップ；および
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを、細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞に導入して、前記外因性トランス遺伝子を、前記切断において、前記少なくとも１個の細胞のゲノム中に組み込むステップ
を含み；前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むための前記ＡＡＶベクターの使用が、前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を同等の細胞に組み込むためのミニサークルベクターの使用と比較して細胞毒性を低減する、方法。
（項目２）
遺伝子改変細胞の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来する細胞の集団を提供するステップ；
クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を使用してサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子中に切断を導入することによって細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞を、ｅｘ  ｖｉｖｏで改変するステップ；および
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを、細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞に導入して、前記外因性トランス遺伝子を、前記切断において、前記少なくとも１個の細胞のゲノム中に組み込むステップ
を含み；細胞の前記集団が、前記ＡＡＶベクターを導入した約４日後に、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）によって測定された場合、少なくとも約９０％の生細胞を含む、方法。
（項目３）
遺伝子改変細胞の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来する細胞の集団を提供するステップ；
ガイドポリ核酸を含むクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を細胞の前記集団に導入するステップであって、前記ガイドポリ核酸が細胞の前記集団内の複数の細胞中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子に特異的に結合し、前記ＣＲＩＳＰＲ系が前記ＣＩＳＨ遺伝子中に切断を導入することによって、前記複数の細胞中でＣＩＳＨタンパク質機能を抑制する、ステップ；および
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを前記複数の細胞に導入することによって、遺伝子改変細胞の集団を産生するステップであって、前記ＡＡＶベクターが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を、前記切断において、前記複数の細胞のゲノム中に組み込む、ステップ
を含み；遺伝子改変細胞の前記集団中の細胞の少なくとも約１０％が、前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を発現する、方法。
（項目４）
ヒト対象におけるがんを処置する方法であって、
治療有効量のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団を投与するステップを含み、前記ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の少なくとも１個が、前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞中でのサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能の抑制をもたらす、ＣＩＳＨ遺伝子中のゲノム変化を含み、前記ゲノム変化がクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系によって導入され；前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする外因性トランス遺伝子をさらに含み、前記外因性トランス遺伝子が、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターによって、前記ＣＩＳＨ遺伝子中において、前記少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中に導入され；前記投与が、前記ヒト対象におけるがんを処置するか、またはがんの少なくとも１つの症状を改善する、方法。
（項目５）
ヒト対象における消化器がんを処置する方法であって、
治療有効量のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団を投与するステップを含み、前記ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の少なくとも１個が、前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞中でのサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能の抑制をもたらす、ＣＩＳＨ遺伝子中のゲノム変化を含み、前記ゲノム変化がクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系によって導入され；前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする外因性トランス遺伝子をさらに含み、前記外因性トランス遺伝子が、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターによって、前記ＣＩＳＨ遺伝子中において、前記少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中に導入され；前記投与が、前記ヒト対象におけるがんを処置するか、またはがんの少なくとも１つの症状を改善する、方法。
（項目６）
ヒト対象におけるがんを処置する方法であって、
治療有効量のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団を投与するステップを含み、前記ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の少なくとも１個が、前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞中でのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）タンパク質機能の抑制をもたらす、ＴＣＲ遺伝子中のゲノム変化および前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞中でのサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能の抑制をもたらす、ＣＩＳＨ遺伝子中のゲノム変化を含み、前記ゲノム変化がクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系によって導入され；前記少なくとも１個のｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする外因性トランス遺伝子をさらに含み、前記外因性トランス遺伝子が、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターによって、前記ＣＩＳＨ遺伝子中において、前記少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中に導入され；前記投与が、前記ヒト対象におけるがんを処置するか、またはがんの少なくとも１つの症状を改善する、方法。
（項目７）
少なくとも１個の遺伝子改変細胞中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能を抑制するＣＩＳＨ遺伝子中の外因性ゲノム変化と、前記ＣＩＳＨ遺伝子中における、前記少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中への挿入のためのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターとを含む、ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団。
（項目８）
ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団の少なくとも１個の遺伝子改変細胞中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能を抑制するＣＩＳＨ遺伝子中の外因性ゲノム変化と、前記ＣＩＳＨ遺伝子中における、前記ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団の少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中への挿入のためのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターとを含む、ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団。
（項目９）
少なくとも１個の遺伝子改変細胞中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）タンパク質機能を抑制するＣＩＳＨ遺伝子中の外因性ゲノム変化およびＴ細胞受容体（ＴＣＲ）タンパク質機能を抑制するＴＣＲ遺伝子中の外因性ゲノム変化と、前記ＣＩＳＨ遺伝子中における、前記少なくとも１個の遺伝子改変細胞のゲノム中への挿入のためのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターとを含む、ｅｘ  ｖｉｖｏで遺伝子改変された細胞の集団。
（項目１０）
少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を細胞に導入するための系であって、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチド、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含み、前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、少なくとも１個の細胞のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子中に二本鎖切断を導入し、前記ＡＡＶベクターが前記切断において、前記細胞のゲノム中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を導入し；前記系が、ミニサークルおよび前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含む同様の系と比較して、前記ゲノム中への前記トランス遺伝子のより高い導入効率を有し、より低い細胞毒性をもたらし、前記ミニサークルが前記ゲノム中に前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を導入する、系。
（項目１１）
少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を細胞に導入するための系であって、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチド、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含み、前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、少なくとも１個の細胞のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子およびＴ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子中に二本鎖切断を導入し、前記ＡＡＶベクターが前記切断において、前記細胞のゲノム中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を導入し；前記系が、ミニサークルおよび前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含む同様の系と比較して、前記ゲノム中への前記トランス遺伝子のより高い導入効率を有し、より低い細胞毒性をもたらし、前記ミニサークルが前記ゲノム中に前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を導入する、系。
（項目１２）
がんを処置する方法であって、
クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を使用して、ヒト対象に由来する細胞の集団中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子をｅｘ  ｖｉｖｏで改変するステップであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系が、前記ＣＩＳＨ遺伝子中に二本鎖切断を導入して、操作細胞の集団を生成する、ステップ；
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含むアデノ随伴ウイルス遺伝子送達系を使用して、前記操作細胞の集団中にがん応答性受容体を導入して、前記二本鎖切断に少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むことによって、がん応答性細胞の集団を生成するステップ；および
治療有効量の前記がん応答性細胞の集団を前記対象に投与するステップ
を含む、方法。
（項目１３）
消化器がんを処置する方法であって、
クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を使用して、ヒト対象に由来する細胞の集団中のサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子をｅｘ  ｖｉｖｏで改変するステップであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系が、前記ＣＩＳＨ遺伝子中に二本鎖切断を導入して、操作細胞の集団を生成する、ステップ；
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含むアデノ随伴ウイルス遺伝子送達系を使用して前記操作細胞の集団中にがん応答性受容体を導入して、前記二本鎖切断に少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むことによって、がん応答性細胞の集団を生成するステップ；および
治療有効量の前記がん応答性細胞の集団を前記対象に投与するステップ
を含む、方法。
（項目１４）
遺伝子改変細胞を作製する方法であって、
宿主細胞の集団を提供するステップ；
組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターと、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含むクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系とを導入するステップ
を含み；前記ヌクレアーゼがサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子中に切断を導入し、前記ＡＡＶベクターが前記切断に外因性核酸を導入し；
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むための前記ＡＡＶベクターの使用が、同等の細胞中で前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むためのミニサークルベクターの使用と比較して細胞毒性を低減し；
前記外因性核酸が、前記ＣＲＩＳＰＲ系と対応する野生型ＡＡＶベクターとが導入された同等の宿主細胞の集団と比較して、より高い効率で導入される、方法。
（項目１５）
遺伝子改変された腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来するＴＩＬの集団を提供するステップ；
前記ＴＩＬの集団に、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系をｅｘ  ｖｉｖｏで電気穿孔するステップであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）を含むヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含み；前記ｇＲＮＡがサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子と相補的な配列を含み、前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記ＴＩＬの集団中の少なくとも１個のＴＩＬの前記ＣＩＳＨ遺伝子中に二本鎖切断を導入し；前記ヌクレアーゼがＣａｓ９であるか、または前記ポリヌクレオチドがＣａｓ９をコードする、ステップ；および
前記ＣＲＩＳＰＲ系の電気穿孔の約１時間〜約４日後に前記ＴＩＬの集団中の前記少なくとも１個のＴＩＬにアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを導入して、前記二本鎖切断中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むステップ
を含む、方法。
（項目１６）
遺伝子改変された腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来するＴＩＬの集団を提供するステップ；
前記ＴＩＬの集団に、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系をｅｘ  ｖｉｖｏで電気穿孔するステップであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）を含むヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含み；前記ｇＲＮＡがサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子と相補的な配列を含み、前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記ＴＩＬの集団中の少なくとも１個のＴＩＬの前記ＣＩＳＨ遺伝子中に二本鎖切断を導入し；前記ヌクレアーゼがＣａｓ９であるか、または前記ポリヌクレオチドがＣａｓ９をコードする、ステップ；および
前記ＣＲＩＳＰＲ系の電気穿孔の約１時間〜約３日後に前記ＴＩＬの集団中の前記少なくとも１個のＴＩＬにアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを導入して、前記二本鎖切断中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むステップ
を含む、方法。
（項目１７）
遺伝子改変された腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来するＴＩＬの集団を提供するステップ；
前記ＴＩＬの集団に、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系をｅｘ  ｖｉｖｏで電気穿孔するステップであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドと、少なくとも１個のガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）とを含み；前記少なくとも１個のｇＲＮＡが、サイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子と相補的な配列を含むｇＲＮＡと、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子と相補的な配列を含むｇＲＮＡとを含み；前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記ＴＩＬの集団中の少なくとも１個のＴＩＬの前記ＣＩＳＨ遺伝子中に第１の二本鎖切断を導入し、前記ＴＣＲ遺伝子中に第２の二本鎖切断を導入し；前記ヌクレアーゼがＣａｓ９であるか、または前記ポリヌクレオチドがＣａｓ９をコードする、ステップ；および
前記ＣＲＩＳＰＲ系の電気穿孔の約１時間〜約４日後に前記ＴＩＬの集団中の前記少なくとも１個のＴＩＬにアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを導入して、前記第１の二本鎖切断または前記第２の二本鎖切断の少なくとも１つ中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むステップ
を含む、方法。
（項目１８）
遺伝子改変細胞の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来する細胞の集団を提供するステップ；
ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリペプチドと、ガイドポリ核酸とを使用してサイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子中に切断を導入することによって、細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞をｅｘ  ｖｉｖｏで改変するステップ；および
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを、細胞の前記集団中の少なくとも１個の細胞に導入して、前記切断において、前記少なくとも１個の細胞のゲノム中に前記外因性トランス遺伝子を組み込むステップ
を含み；前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むための前記ＡＡＶベクターの使用が、同等の細胞中で前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むためのミニサークルベクターの使用と比較して細胞毒性を低減する、方法。
（項目１９）
遺伝子改変細胞の集団を産生する方法であって、
ヒト対象に由来する細胞の集団を提供するステップ；
少なくとも１個のガイドポリ核酸を含むクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系を細胞の前記集団に導入するステップであって、前記少なくとも１個のガイドポリ核酸が、細胞の前記集団内の複数の細胞中でＴ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子に特異的に結合するガイドポリ核酸と、サイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質（ＣＩＳＨ）遺伝子に特異的に結合するガイドポリ核酸とを含み、前記ＣＲＩＳＰＲ系が前記ＴＣＲ遺伝子と前記ＣＩＳＨ遺伝子中に切断を導入することによって、前記複数の細胞中でのＴＣＲタンパク質機能とＣＩＳＨタンパク質機能とを抑制する、ステップ；および
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを前記複数の細胞に導入するステップであって、前記ＡＡＶベクターが、前記切断において、前記複数の細胞のゲノム中に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を組み込むことによって、遺伝子改変細胞の集団を産生する、ステップ
を含み；遺伝子改変細胞の前記集団中の細胞の少なくとも約１０％が前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を発現する、方法。
（項目２０）
ＣＲＩＳＰＲ系を使用して内因性ＴＣＲ遺伝子中に切断を導入するステップをさらに含む、項目１から２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
項目１から３および１８から１９のいずれか一項に記載の方法に従って調製された遺伝子改変細胞の集団。
（項目２２）
項目１５から１７のいずれか一項に記載の方法に従って調製された遺伝子改変された腫瘍浸潤リンパ球の集団。
（項目２３）
前記細胞または細胞の前記集団もしくは遺伝子改変細胞の前記集団が、腫瘍浸潤リンパ球または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の集団である、項目１から６、１２から１４、および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目７から８のいずれか一項に記載の集団、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目２４）
前記ＴＩＬがＴ細胞である、項目１５から１７および２３のいずれか一項に記載の方法、または項目２３に記載の系、または項目２３に記載の集団。
（項目２５）
前記ＴＩＬがＢ細胞である、項目１５から１７および２３のいずれか一項に記載の方法、または項目２３に記載の系、または項目２３に記載の集団。
（項目２６）
前記ＴＩＬがナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である、項目１５から１７および２３のいずれか一項に記載の方法、または項目２３に記載の系、または項目２３に記載の集団。
（項目２７）
前記細胞または細胞の前記集団もしくは遺伝子改変細胞の前記集団が、それぞれ、初代細胞または初代細胞の集団である、項目１から６、１２から１４、および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目７から８のいずれか一項に記載の集団、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目２８）
前記初代細胞または初代細胞の前記集団が、初代リンパ球または初代リンパ球の集団である、項目２７に記載の方法または集団または系。
（項目２９）
前記初代細胞または初代細胞の前記集団が、ＴＩＬまたはＴＩＬの集団である、項目２７に記載の方法または集団または系。
（項目３０）
前記改変が、ガイドポリ核酸を使用して改変することを含む、項目１から２および１２から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ガイドポリ核酸を含む、項目１から２、４から６、および１２から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記方法または前記集団または前記系が、それぞれ、ガイドポリ核酸をさらに含む、項目１から２、および１２から１４のいずれか一項に記載の方法、または項目７から９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目３３）
前記ガイドポリ核酸が、前記ＣＩＳＨ遺伝子に対する相補配列を含む、項目３、１８、１９、および３０から３２のいずれか一項に記載の方法、または項目３２に記載の集団、または項目３２に記載の系。
（項目３４）
前記ガイドポリ核酸が、前記ＴＣＲ遺伝子に対する相補配列を含む、項目３、１８、１９、および３０から３２のいずれか一項に記載の方法、または項目３２に記載の集団、または項目３２に記載の系。
（項目３５）
前記ガイドポリ核酸が、ガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）である、項目３、１８から１９、および３０から３４のいずれか一項に記載の方法、または項目３２から３４のいずれか一項に記載の集団、または項目３２から３４のいずれか一項に記載の系。
（項目３６）
前記ガイドポリ核酸が、ガイドデオキシリボ核酸（ｇＤＮＡ）である、項目３、１８から１９、および３０から３４のいずれか一項に記載の方法、または項目３２から３４のいずれか一項に記載の集団、または項目３２から３４のいずれか一項に記載の系。
（項目３７）
前記方法が、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、項目１から６、１２から１３、および１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記改変が、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを導入することを含む、項目１から２および１２から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記ＣＩＳＨ遺伝子および／または前記ＴＣＲ遺伝子中に切断を導入する、項目１４から１８および３７から３８のいずれか一項に記載の方法または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目４０）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記ＣＩＳＨ遺伝子および／または前記ＴＣＲ遺伝子の不活化または発現の低減を含む、項目１４から１８および３７から３８のいずれか一項に記載の方法または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目４１）
前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含む、項目３、１２から１３、および１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓのＣＲＩＳＰＲ系に由来する、項目１４から１８および３７から４０のいずれか一項に記載の方法または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目４３）
前記ＣＲＩＳＰＲ系が、ガイドポリ核酸をさらに含む、項目４２に記載の方法または系。
（項目４４）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、Ｃａｓ９およびＣａｓ９ＨｉＦｉからなる群から選択される、項目１４から１８および３７から４３のいずれか一項に記載の方法または項目１０から１１、３９から４０、および４２から４３のいずれか一項に記載の系。
（項目４５）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、Ｃａｓ９またはＣａｓ９をコードするポリヌクレオチドである、項目４４に記載の方法または系。
（項目４６）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、触媒的に不活性である、項目４４に記載の方法または系。
（項目４７）
前記ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、触媒的に不活性なＣａｓ９（ｄＣａｓ９）またはｄＣａｓ９をコードするポリヌクレオチドである、項目４６に記載の方法または系。
（項目４８）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が前記ゲノム中にランダムに挿入される、項目１から６、および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目７から９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目４９）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が、前記ゲノムのＣＩＳＨ遺伝子および／またはＴＣＲ遺伝子中に挿入される、項目４９に記載の方法または集団または系。
（項目５０）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が、前記ゲノムの前記ＣＩＳＨ遺伝子中に挿入される、項目１から４、６、１２、１４、１８、１９、および４９のいずれか一項に記載の方法、または項目７、９、および４９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０、１１、および４９のいずれか一項に記載の系。
（項目５１）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が、前記ゲノムの前記ＣＩＳＨ遺伝子中に挿入されない、項目１から４、６、１２、１４、１８、１９、および４９のいずれか一項に記載の方法、または項目７、９、および４９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０、１１、および４９のいずれか一項に記載の系。
（項目５２）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が、前記ゲノムの前記ＣＩＳＨ遺伝子中の切断に挿入される、項目１から４、６、１２、１４、１８、１９、４９、および５０のいずれか一項に記載の方法、または項目７、９、５１から５４、および５０のいずれか一項に記載の集団、または項目１０、１２、４９、および５０のいずれか一項に記載の系。
（項目５３）
前記外因性トランス遺伝子が、ＴＣＲ遺伝子中に挿入される、項目１から４、６、１２、１４、１８、１９、および４９のいずれか一項に記載の方法、または項目７、９、および４９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０、１１、および４９のいずれか一項に記載の系。
（項目５４）
前記外因性トランス遺伝子が、前記ＴＣＲ遺伝子中に挿入される、項目５、６、１３、１９、および４９のいずれか一項に記載の方法、または項目８、９、および４９のいずれか一項に記載の集団、または項目１１および４９のいずれか一項に記載の系。
（項目５５）
前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子が、ＣＩＳＨ遺伝子へと、ランダムに、かつ／または部位特異的に挿入される、項目１から６および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目７から９のいずれか一項に記載の集団、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目５６）
前記外因性トランス遺伝子が、前記ＣＩＳＨ遺伝子および／または前記ＴＣＲ遺伝子中の切断と相補的な操作部位で挟まれる、項目４９に記載の方法または集団または系。
（項目５７）
細胞の前記集団または遺伝子改変細胞の前記集団または遺伝子改変されたＴＩＬの前記集団中の細胞の少なくとも約１５％、または少なくとも約２０％、または少なくとも約２５％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約３５％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約４５％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約５５％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約６５％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％が、前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子を含む、項目１から６、１２から１３、１５から１７、および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目７から８のいずれか一項に記載の集団。
（項目５８）
遺伝子改変細胞の前記集団または腫瘍浸潤リンパ球の前記集団が、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）によって測定された場合、前記ＡＡＶベクターの導入後、約４日で少なくとも約９２％の細胞生存率を含む、項目１から６、１２から１３、および１５から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
遺伝子改変細胞の前記集団が、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）によって測定された場合、前記組換えＡＡＶベクターの導入後、約４日で少なくとも約９２％の細胞生存率を含む、項目１４に記載の方法。
（項目６０）
遺伝子改変細胞の前記集団または腫瘍浸潤リンパ球の前記集団が、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）によって測定された場合、前記ＡＡＶベクターの導入後、少なくとも約９０％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％の細胞生存率を含む、項目１から６、１２から１３、および１５から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
細胞生存率が、前記ＡＡＶベクターの導入後、約４時間、６時間、１０時間、１２時間、１８時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１０８時間、１２０時間、１３２時間、１４４時間、１５６時間、１６８時間、１８０時間、１９２時間、２０４時間、２１６時間、２２８時間、２４０時間で、または２４０時間よりも後に測定される、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記細胞生存率が、前記ＡＡＶベクターの導入後、約１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、４５日、５０日、６０日、７０日、９０日で、または９０日よりも後に測定される、項目６０に記載の方法。
（項目６３）
前記ＡＡＶベクターが対応する非修飾または野生型ＡＡＶベクターと比較して細胞毒性を低下させる、項目１から６、１２から１３、および１５から１９のいずれか一項に記載の方法または項目７から９のいずれか一項に記載の集団または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目６４）
治療有効量の項目７から９および２１から２３のいずれか一項に記載の集団を投与するステップを含む、がんを処置する方法。
（項目６５）
前記治療有効量の前記集団が、それぞれ、対応する非修飾もしくは野生型ＡＡＶベクターまたはミニサークルからもたらされる同じ治療効果を提供するのに必要とされる細胞数と比較して、より少数の細胞数を含む、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記方法または系が電気穿孔またはヌクレオフェクションを含む、項目１から６、１２から１４、および１８から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目６７）
前記ＡＡＶベクターが、細胞１つ当たり約１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、または最大で約９×１０９個のゲノムコピー／ウイルス粒子の感染多重度（ＭＯＩ）で導入される、項目１から６、１２から１３、および１５から１９のいずれか一項に記載の方法、または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目６８）
前記野生型ＡＡＶベクターが、細胞１つ当たり約１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、または最大で約９×１０９個のゲノムコピー／ウイルス粒子の感染多重度（ＭＯＩ）で導入される、項目１４に記載の方法。
（項目６９）
前記ＡＡＶベクターが、前記ＣＲＩＳＰＲまたは前記ヌクレアーゼもしくは前記ヌクレアーゼをコードするポリ核酸の導入後、１〜３時間、３〜６時間、６〜９時間、９〜１２時間、１２〜１５時間、１５〜１８時間、１８〜２１時間、２１〜２３時間、２３〜２６時間、２６〜２９時間、２９〜３１時間、３１〜３３時間、３３〜３５時間、３５〜３７時間、３７〜３９時間、３９〜４１時間、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１４日、１６日、２０日で、または２０日よりも後に前記細胞に導入される、項目３、１２から１８、１９、３７から３８、および４１から４４のいずれか一項に記載の方法、または項目１０から１１および４２から４４のいずれか一項に記載の系。
（項目７０）
前記ＡＡＶベクターが、前記ＣＲＩＳＰＲ系または前記ヌクレアーゼもしくは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドの導入の１５〜１８時間後に前記細胞に導入される、項目６９に記載の方法または系。
（項目７１）
前記ＡＡＶベクターが、前記ＣＲＩＳＰＲ系または前記ヌクレアーゼもしくは前記ヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドの導入の１６時間後に前記細胞に導入される、項目７０に記載の方法または系。
（項目７２）
前記ＡＡＶベクターによる前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子の組込みが、ミニサークルベクターまたは対応する非修飾もしくは野生型ＡＡＶベクターによる同等の細胞集団中の細胞への前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子の組込みと比較して細胞毒性を低減する、項目１から６、１２から１３、１５から１９のいずれか一項に記載の方法または項目１０から１１のいずれか一項に記載の系。
（項目７３）
前記毒性がフローサイトメトリーによって測定される、項目７２に記載の方法または系。
（項目７４）
前記毒性が、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％低減する、項目７２に記載の方法または系。
（項目７５）
前記毒性が、前記ＡＡＶベクターまたは前記対応する非修飾もしくは野生型ＡＡＶベクターまたは前記ミニサークルの導入後、約４時間、６時間、８時間、１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１０８時間、１２０時間、１３２時間、１４４時間、１５６時間、１６８時間、１８０時間、１９２時間、２０４時間、２１６時間、２２８時間、２４０時間で、または２４０時間よりも後に測定される、項目７２に記載の方法または系。
（項目７６）
前記毒性が、前記ＡＡＶベクターまたは前記対応する非修飾もしくは野生型ＡＡＶベクターまたは前記ミニサークルの導入後、約１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、４５日、５０日、６０日、７０日、９０日で、または９０日よりも後に測定される、項目７２に記載の方法または系。
（項目７７）
遺伝子改変細胞の前記集団の少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または最大で１００％が、前記ゲノムのＣＩＳＨ遺伝子中の切断に前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子の組込みを含む、項目７から９および５２のいずれか一項に記載の集団。
（項目７８）
遺伝子改変細胞の前記集団の少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または最大で１００％が、前記ゲノムのＴＣＲ遺伝子中の切断に前記少なくとも１個の外因性トランス遺伝子の組込みを含む、項目７から９および５２のいずれか一項に記載の集団。
（項目７９）
少なくとも１個の細胞へのＡＡＶベクターの前記導入が、前記切断を含む細胞へのＡＡＶベクターの導入を含む、項目１から２および１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記ＴＩＬが自家である、上記項目のいずれか一項に記載の方法。