【手続補正書】
【提出日】令和2年2月20日(2020.2.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法であって、
前記生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ
を含む、方法。
【請求項２】
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも３つのタンパク質が、ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８からなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記決定するステップが、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルを決定するステップを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；ならびに
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップ
を含む、方法。
【請求項９】
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７  ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）
でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、
ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
定量的スコアを、卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度の指標とする方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；ならびに
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の前記定量的スコアを計算するステップ
を含み、
前記定量的スコアによって前記患者の臨床転帰の尤度が予測されることを特徴とする、方法。
【請求項２４】
前記定量的スコアの増加が、ポジティブな臨床転帰の尤度の減少と相関し、前記定量的スコアの減少が、ポジティブな臨床転帰の尤度の増加と相関する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記患者のネガティブな臨床転帰の尤度が、現在の卵巣がん治療を中止することおよび／または卵巣がん治療を開始することの指標であり、前記患者のポジティブな臨床転帰の尤度が、前記卵巣がんの進行をモニタリングすることおよび／または現在の卵巣がん治療を継続することの指標である、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ポジティブな臨床転帰が全生存期間の増加である、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ポジティブな臨床転帰が無増悪生存期間である、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記卵巣がんが最初に診断されたときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記卵巣がんが最初の処置の６〜２４カ月後に最初に再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記卵巣がんが最初の処置後の任意の時点で再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
臨床転帰の前記尤度が、最初の診断後の任意の時点で予測される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記最初の処置が外科手術および／または化学療法を含む、請求項２３〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項２３〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、請求項２３〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、請求項２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈＯＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、請求項２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、
ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
卵巣がんを有する患者における３つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、前記バイオマーカーが、ＡＮＧ２、ＥＧＦＲ、ＨＥ４、ＩＬ８およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット。
【請求項４８】
前記試薬が結合分子である、請求項４７に記載の試薬セット。
【請求項４９】
前記結合分子が抗体である、請求項４８に記載の試薬セット。
【請求項５０】
請求項４７に記載の試薬セットを含む、試験キット。
【請求項５１】
被験体における卵巣がんの尤度を予測するバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む、請求項５０に記載の試験キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
また、卵巣がんを有する患者における２つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、バイオマーカーが、ＡＮＧ２、ＥＧＦＲ、ＨＥ４、ＩＬ８およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セットを含む試験キットが提供される。一部の実施形態では、試験キットは、被験体における卵巣がんの尤度を予測するためのバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法であって、
前記生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ
を含む、方法。
（項目２）
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記少なくとも３つのタンパク質が、ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８からなる、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目７）
前記決定するステップが、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルを決定するステップを含む、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；ならびに
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップ
を含む、方法。
（項目９）
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、項目８または９に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、項目８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、項目８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７  ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、項目８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）
でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、
ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度を予測する方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップ；ならびに
前記定量的スコアに基づいて前記患者の臨床転帰の尤度を予測するステップ
を含む、方法。
（項目２４）
前記定量的スコアの増加が、ポジティブな臨床転帰の尤度の減少と相関し、前記定量的スコアの減少が、ポジティブな臨床転帰の尤度の増加と相関する、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記患者のネガティブな臨床転帰の尤度が、現在の卵巣がん治療を中止する決定および／または卵巣がん治療を開始する決定を通知し、前記患者のポジティブな臨床転帰の尤度が、前記卵巣がんの進行をモニタリングする決定および／または現在の卵巣がん治療を継続する決定を通知する、項目２３または２４に記載の方法。
（項目２６）
前記ポジティブな臨床転帰が全生存期間の増加である、項目２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記ポジティブな臨床転帰が無増悪生存期間である、項目２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、項目２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記卵巣がんが最初に診断されたときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、項目２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記卵巣がんが最初の処置の６〜２４カ月後に最初に再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、項目２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記卵巣がんが最初の処置後の任意の時点で再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、項目２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
臨床転帰の前記尤度が、最初の診断後の任意の時点で予測される、項目２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記最初の処置が外科手術および／または化学療法を含む、項目２３〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、項目２３〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、項目２３〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、項目２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈＯＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目３７に記載の方法。
（項目４１）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、項目２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、項目４２に記載の方法。
（項目４６）
前記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、
ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
卵巣がんを有する患者における３つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、前記バイオマーカーが、ＡＮＧ２、ＥＧＦＲ、ＨＥ４、ＩＬ８およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット。
（項目４８）
前記試薬が結合分子である、項目４７に記載の試薬セット。
（項目４９）
前記結合分子が抗体である、項目４８に記載の試薬セット。
（項目５０）
項目４７に記載の試薬セットを含む、試験キット。
（項目５１）
被験体における卵巣がんの尤度を予測するバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む、項目５０に記載の試験キット。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０９】
図６Ａおよび図６Ｂは、１０個の等間隔に分割され、推定ではなく、観察された死亡率に対してプロットされた、ＰＦＳモデル（図６Ａ）およびＯＳモデル（図６Ｂ）からのＰＲＯＦＩＬＥ−Ｏｖスコアのプロットを示す。観察された死亡率は、研究の過程でイベントが観察された患者の百分率である。グラフ上に暗い影で示される９５％信頼区間は、５０００ブートストラップ試料を使用することによって得られた。
実施形態
実施形態の以下のリストは、先の記載を置き換えるまたは優先するというよりはむしろ、補足することが意図される。
（実施形態１）
卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法であって、
上記生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ
を含む、方法。
（実施形態２）
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態１に記載の方法。
（実施形態３）
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態１または２に記載の方法。
（実施形態４）
上記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、先行する実施形態のいずれかに記載の方法。
（実施形態５）
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態４に記載の方法。
（実施形態６）
上記少なくとも３つのタンパク質が、ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８からなる、先行する実施形態のいずれかに記載の方法。
（実施形態７）
上記決定するステップが、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルを決定するステップを含む、実施形態１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態８）
卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法であって、
上記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；ならびに
上記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、上記患者の定量的スコアを計算するステップ
を含む、方法。
（実施形態９）
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態８に記載の方法。
（実施形態１０）
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態８または９に記載の方法。
（実施形態１１）
上記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、実施形態８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態１２）
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態１１に記載の方法。
（実施形態１３）
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、実施形態８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態１４）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態１３に記載の方法。
（実施形態１５）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７  ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態１４に記載の方法。
（実施形態１６）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態１３に記載の方法。
（実施形態１７）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態１６に記載の方法。
（実施形態１８）
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、実施形態８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態１９）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態１８に記載の方法。
（実施形態２０）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態１９に記載の方法。
（実施形態２１）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態１８に記載の方法。
（実施形態２２）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態２１に記載の方法。
（実施形態２３）
卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度を予測する方法であって、
上記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも３つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも３つのタンパク質が、ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８から選択される、ステップ；
上記少なくとも３つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、上記患者の定量的スコアを計算するステップ；ならびに
上記定量的スコアに基づいて上記患者の臨床転帰の尤度を予測するステップ
を含む、方法。
（実施形態２４）
上記定量的スコアの増加が、ポジティブな臨床転帰の尤度の減少と相関し、上記定量的スコアの減少が、ポジティブな臨床転帰の尤度の増加と相関する、実施形態２３に記載の方法。
（実施形態２５）
上記患者のネガティブな臨床転帰の尤度が、現在の卵巣がん治療を中止する決定および／または卵巣がん治療を開始する決定を通知し、上記患者のポジティブな臨床転帰の尤度が、上記卵巣がんの進行をモニタリングする決定および／または現在の卵巣がん治療を継続する決定を通知する、実施形態２３または２４に記載の方法。
（実施形態２６）
上記ポジティブな臨床転帰が全生存期間の増加である、実施形態２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態２７）
上記ポジティブな臨床転帰が無増悪生存期間である、実施形態２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態２８）
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態２９）
上記卵巣がんが最初に診断されたときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３０）
上記卵巣がんが最初の処置の６〜２４カ月後に最初に再発したときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３１）
上記卵巣がんが最初の処置後の任意の時点で再発したときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３２）
臨床転帰の上記尤度が、最初の診断後の任意の時点で予測される、実施形態２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３３）
上記最初の処置が外科手術および／または化学療法を含む、実施形態２３〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３４）
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態２３〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３５）
上記少なくとも３つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、実施形態２３〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３６）
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態３５に記載の方法。
（実施形態３７）
ＡＮＧ−２、ＨＥ４、プロスタシン、ＥＧＦＲおよびＩＬ８のレベルが決定される、実施形態２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態３８）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態３７に記載の方法。
（実施形態３９）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（１．２１３ＡＮＧ２＋０．１７１ＨＥ４＋０．１０２プロスタシン−１．４０６ＥＧＦＲ＋０．２０７ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態３８に記載の方法。
（実施形態４０）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈＯＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＡＮＧ２＋〜Ｂ＊ＨＥＦ＋〜Ｃ＊プロスタシン−〜Ｄ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｅ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態３７に記載の方法。
（実施形態４１）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．０７７ＡＮＧ２＋０．１２３ＨＥ４＋０．００８プロスタシン−０．５４５ＥＧＦＲ＋０．１５６ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態４０に記載の方法。
（実施形態４２）
ＥＧＦＲ、ＨＥ４およびＩＬ８のレベルが決定される、実施形態２３〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（実施形態４３）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態４２に記載の方法。
（実施形態４４）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＯＳ（ｔ）＝ｈ０ＯＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．２３４ＨＥ４−１．４６４ＥＧＦＲ＋０．２７３ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＯＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＯＳ（ｔ）は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態４３に記載の方法。
（実施形態４５）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（〜Ａ＊ＨＥ４−〜Ｂ＊ＥＧＦＲ＋〜Ｃ＊ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数Ａ、ＢおよびＣは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態４２に記載の方法。
（実施形態４６）
上記定量的スコアが、アルゴリズム：ｈＰＦＳ（ｔ）＝ｈ０ＰＦＳ（ｔ）ｅｘｐ（０．１２４ＨＥ４−０．５３８ＥＧＦＲ＋０．１６１ＩＬ８）に基づいて計算され、ここで、ｈＰＦＳ（ｔ）は時間（ｔ）でのハザードであり、ｈ０ＰＦＳ（ｔ）は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態４５に記載の方法。
（実施形態４７）
卵巣がんを有する患者における３つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、上記バイオマーカーが、ＡＮＧ２、ＥＧＦＲ、ＨＥ４、ＩＬ８およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット。
（実施形態４８）
上記試薬が結合分子である、実施形態４７に記載の試薬セット。
（実施形態４９）
上記結合分子が抗体である、実施形態４８に記載の試薬セット。
（実施形態５０）
実施形態４７に記載の試薬セットを含む、試験キット。
（実施形態５１）
被験体における卵巣がんの尤度を予測するバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む、実施形態５０に記載の試験キット。