【手続補正書】
【提出日】令和2年10月16日(2020.10.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５０】
セクションの見出しは読者の便宜のために提供されており、本開示の範囲を限定するものではない。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
少なくとも第１および第２の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第１の増幅オリゴマーは、配列番号２の５、７、１２、および１５位のうちの少なくとも１つを含む、配列番号２のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第２の増幅オリゴマーは、配列番号３の５、７、１２、および１５位のうちの少なくとも１つを含む、配列番号３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第１および第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、組成物またはキット。
（項目２）
第３の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第３の増幅オリゴマーは、アンチセンスＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、ＨＣＶゲノムの７８位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目１に記載の組成物またはキット。
（項目３）
試料中のＣ型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料を少なくとも第１、第２、および第３の増幅オリゴマーと接触させ、それによって組成物を形成することと、
Ｃ型肝炎ウイルス核酸の存在下で１つ以上のアンプリコンを産生する核酸増幅反応を前記組成物中で実施することと、
前記アンプリコンを検出することと、を含み、
前記第１の増幅オリゴマーは、配列番号２の５、７、１２、および１５位のうちの少なくとも１つを含む、配列番号２のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第２の増幅オリゴマーは、配列番号３の５、７、１２、および１５位のうちの少なくとも１つを含む、配列番号３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第３の増幅オリゴマーは、アンチセンスＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、ＨＣＶゲノムの７８位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記第１および第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、
前記１つ以上のアンプリコンは、前記Ｃ型肝炎ウイルス核酸の存在下での前記第１および第３の増幅オリゴマーまたは第２および第３の増幅オリゴマーの伸長を通して産生される、方法。
（項目４）
少なくとも第１および第２の捕獲オリゴマーを含む組成物またはキットであって、前記第１の捕獲オリゴマーは、配列番号５４のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第２の捕獲オリゴマーは、配列番号５５のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第１および第２の捕獲オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、組成物またはキット。
（項目５）
試料からＣ型肝炎ウイルス核酸を単離する方法であって、
前記試料を少なくとも第１および第２の捕獲オリゴマーと、前記第１および第２の捕獲オリゴマーのＣ型肝炎ウイルス核酸へのアニーリングを許容する条件下で接触させ、それによってＣ型肝炎ウイルス核酸と捕獲オリゴマーとの少なくとも１つの複合体を形成することと、前記少なくとも１つの複合体を単離し、それによって前記複合体を含む組成物を提供することと、を含み、
前記第１の捕獲オリゴマーは、配列番号５４のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第２の捕獲オリゴマーは、配列番号５５のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第１および第２の捕獲オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、方法。
（項目６）
前記組成物またはキットが、配列番号６のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む初期増幅オリゴマーをさらに含む、項目１〜５のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目７）
前記組成物またはキットが、配列番号１３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドおよびＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含むプローブオリゴマーをさらに含む、項目１〜６のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目８）
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーが、ＨＣＶ核酸中の少なくとも１つの共通の位置にアニールする、項目７に記載のキット、組成物、または方法。
（項目９）
初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーを含むキットまたは組成物であって、
前記初期増幅オリゴマーは、配列番号６のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、
前記プローブオリゴマーは、配列番号１３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーはそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーは、ＨＣＶ核酸中の少なくとも１つの共通の位置にアニールする、キットまたは組成物。
（項目１０）
キットまたは組成物が、
ＨＣＶゲノムの８１位の上流に特異的にハイブリダイズするように構成された、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第１の増幅オリゴマーと、
ＨＣＶゲノムの８１位の上流に特異的にハイブリダイズするように構成された、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、前記第１の増幅オリゴマーとは異なる第２の増幅オリゴマーと、
ＨＣＶゲノムの９０位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成された、アンチセンスＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、初期増幅オリゴマーとは異なる第３の増幅オリゴマーと、のうちの少なくとも１、２、または３つをさらに含む、項目４もしくは７に記載のキットもしくは組成物、または項目５に記載の方法。
（項目１１）
キットまたは組成物が、アンチセンスＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む１つ以上の捕獲オリゴマーをさらに含む、項目１〜３または６〜１０のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１２）
試料中のＣ型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料を１つ以上の捕獲オリゴマーおよび初期増幅オリゴマーと接触させ、それによって少なくとも１つの捕獲オリゴマーおよび増幅オリゴマーを、存在する場合、ＨＣＶ核酸と会合させことと、
前記ＨＣＶ核酸と会合していない初期増幅オリゴマーを除去することと、
存在する場合、ＨＣＶ核酸と会合した初期増幅オリゴマーを伸長する伸長反応を実施することと、
存在する場合、伸長した初期増幅オリゴマーを鋳型として用いて増幅反応を実施し、それによってアンプリコンを産生することと、
プローブオリゴマーを用いて前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
前記初期増幅オリゴマーは、配列番号６のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、
前記プローブオリゴマーは、配列番号１３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、存在する場合、前記アンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーはそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーは、ＨＣＶ核酸中の少なくとも１つの共通の位置にアニールする、方法。
（項目１３）
前記増幅反応を実施することが、（ｉ）前記プローブオリゴマーの上流で前記鋳型またはアンプリコンにアニールする前記第１および第２の増幅オリゴマーのうちの少なくとも一方、および（ｉｉ）前記プローブオリゴマーの下流で前記鋳型またはアンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成された第３の増幅オリゴマーを付加することと、
前記鋳型が存在する場合、前記第１および第２の増幅オリゴマーを伸長させることと、を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号２のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む、項目９〜１１または１３のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１５）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む、項目９〜１１または１３〜１４のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１６）
前記第３の増幅オリゴマーが、少なくとも１つのＨＣＶ型において１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、または１５０位から選択されるＨＣＶゲノム位置の下流でアニールしない、項目２〜１５のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１７）
前記少なくとも１つのＨＣＶ型が、ＨＣＶ型１ａ、１ｂ、２ｂ、３ｂ、４ｂ、５ａ、および６ａのうちの１つ以上を含む、項目１６に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１８）
前記第３の増幅オリゴマーが、ＨＣＶゲノム８０〜１１９位のうちの少なくとも１つを含む部位に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目２〜１７のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
（項目１９）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号６または７のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１８に記載のキット、組成物、または方法。
（項目２０）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号３３〜３７のうちの少なくとも１、２、３、または４つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１９に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２１）
前記第３の増幅オリゴマーが配列番号７のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１個の連続したヌクレオチドを含む、項目１９または２０に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２２）
前記第３の増幅オリゴマーが配列番号７の配列を含む、項目２１に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２３）
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号４２〜４７のうちの少なくとも１、２、３、４、または５つの配列を含む、項目２〜２２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２４）
前記第３の増幅オリゴマーが配列番号５の配列を含む、項目２３に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２５）
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号２３〜２７のうちの少なくとも１、２、３、または４つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜２４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２６）
前記第１の増幅オリゴマーが配列番号２のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６個の連続したヌクレオチドを含む、項目１〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜２５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２７）
前記第１の増幅オリゴマーが配列番号２の配列を含む、項目２６に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２８）
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号２８〜３２のうちの少なくとも１、２、３、または４つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目１〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜２７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目２９）
前記第２の増幅オリゴマーが配列番号３のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６個の連続したヌクレオチドを含む、項目１〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜２８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３０）
前記第２の増幅オリゴマーが配列番号３の配列を含む、項目２９に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３１）
前記第１および第２の増幅オリゴマーが、約８．５：１．５〜約１．５：８．５、約７．５：２．５〜約２．５：７．５、約８：２〜約７：３、約７：３〜約６：４、約６：４〜約５：５、約５：５〜約４：６、約４：６〜約３：７、または約３：７〜約２：８の範囲の相対モル量（第１：第２）で存在する、項目１〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜３０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３２）
前記第１および第２の増幅オリゴマーが、約６：４〜約１．５：８．５、約４：６〜約６：４、または約４．５：５．５〜約５．５：４．５の範囲の相対モル量（第１：第２）で存在する、項目３１に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３３）
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号３３〜４１のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、または７つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４または７〜３２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３４）
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号６のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、または４４個の連続したヌクレオチドを含む、項目４または７〜３３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３５）
前記初期増幅オリゴマーが配列番号６の配列を含む、項目３４に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３６）
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号４２〜４７のうちの少なくとも１、２、３、４、または５つの配列を含む、項目４または７〜３５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３７）
前記初期増幅オリゴマーが配列番号４の配列を含む、項目３６に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３８）
前記プローブオリゴマーが、配列番号５０〜５２のうちの少なくとも１つまたは２つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目７〜３７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目３９）
前記プローブオリゴマーが、配列番号４８または４９の配列を含む、項目７〜３８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４０）
前記プローブオリゴマーが、配列番号１２のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、または１５個の連続したヌクレオチドを含む、項目７〜３９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４１）
前記プローブオリゴマーが、配列番号１３の少なくとも１１、１２、１３、１４、または１５個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４０に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４２）
前記プローブオリゴマーが、その５’末端に第１の自己相補的領域およびその３’末端に第２の自己相補的領域を含む、項目７〜４１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４３）
前記自己相補的領域がハイブリダイズして、約４〜７個のワトソン−クリック塩基対またはゆらぎ塩基対を形成し得る、項目４２に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４４）
前記自己相補的領域がハイブリダイズして、約５個のワトソン−クリック塩基対またはゆらぎ塩基対を形成し得る、項目４３に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４５）
前記プローブオリゴマーが配列番号１２の配列を含む、項目３９〜４４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４６）
前記プローブオリゴマーが、配列番号１３の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目４５に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４７）
前記プローブオリゴマーが、非ヌクレオチド検出可能標識を含む、項目７〜４６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４８）
前記非ヌクレオチド検出可能標識が蛍光標識である、項目４７に記載の組成物、キット、または方法。
（項目４９）
前記プローブオリゴマーが消光剤を含む、項目４７または４８に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５０）
前記非ヌクレオチド検出可能標識が蛍光標識であり、前記消光剤は、前記プローブが遊離しているときに、前記プローブが標的核酸にアニールされているときよりも大きな程度で蛍光を吸収する、項目４９に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５１）
前記蛍光標識がＦＡＭ、ＨＥＸ、またはアクリジンである、項目４８〜５０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５２）
前記消光剤がＤＡＢＣＹＬまたはＲＯＸである、項目４９〜５１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５３）
前記蛍光標識がプローブオリゴマーの５’末端に付着し、前記消光剤がプローブオリゴマーの３’末端に付着するか、または前記蛍光標識がプローブオリゴマーの３’末端に付着し、前記消光剤がプローブオリゴマーの５’末端に付着する、項目４９〜５２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５４）
前記プローブオリゴマー中の糖のうちの少なくとも約半分、少なくとも約９０％、または全てが、２’−Ｏ−メチル−リボースである、項目７〜５３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５５）
前記捕獲オリゴマーが、配列番号５４のうちの少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第１の捕獲オリゴマーを含む、項目４〜５または１１〜５４のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５６）
前記第１の捕獲オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号５７〜５９のうちの少なくとも１つまたは２つを含む、項目５５に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５７）
前記第１の捕獲オリゴマーが配列番号５４の配列を含む、項目５６に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５８）
前記捕獲オリゴマーが、配列番号５５のうちの少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕獲オリゴマーを含む、項目４〜５または１１〜５７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目５９）
前記第２の捕獲オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号６０〜６２のうちの少なくとも１つまたは２つを含む、項目５８に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６０）
前記第２の捕獲オリゴマーが配列番号５５の配列を含む、項目５９に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６１）
前記捕獲オリゴマーのうちの少なくとも１つが非ヌクレオチド親和性標識をさらに含む、項目４〜５または１１〜６０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６２）
前記捕獲オリゴマーのうちの少なくとも１つが、非ＨＣＶ配列をさらに含む、項目４〜５または１１〜６１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６３）
前記第１および第２の捕獲オリゴマーが非ＨＣＶ配列をさらに含む、項目６０に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６４）
捕獲オリゴマーの少なくとも１つまたは２つがポリ−Ｎ配列をさらに含む、項目６２または６３に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６５）
前記ポリ−Ｎ配列が、ポリ−Ａまたはポリ−Ｔ配列である、項目６４に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６６）
捕獲オリゴマーの少なくとも１つまたは２つが配列番号２１または配列番号２２の配列を含む、項目６５に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６７）
前記第１の捕獲オリゴマーが配列番号１６の配列を含む、項目６６に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６８）
前記第２の捕獲オリゴマーが配列番号１７の配列を含む、項目６６または６７に記載の組成物、キット、または方法。
（項目６９）
前記キットまたは組成物が、プロモーター−プライマーである少なくとも１つの増幅オリゴマーを含む、項目１〜６８のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７０）
前記第３の増幅オリゴマーがプロモーター−プライマーである、項目２〜３、６〜８、１０〜１１、または１３〜６９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７１）
前記プロモーター−プライマーのうちの１つ以上が、標的ハイブリダイズ配列の５’位に位置するＴ７プロモーターを含む、項目６９〜７０のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７２）
１つ以上のプロモーター−プライマーが配列番号８、９、１０、または１１の配列を含む、項目７１に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７３）
少なくとも１つの増幅オリゴマーが非ヌクレオチド検出可能標識を含む、項目１〜３または６〜７２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７４）
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーがそれぞれ、ＨＣＶゲノムまたはその相補体における８６〜９５位のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、または９個にアニールする、項目４または６〜７３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７５）
前記組成物がＨＣＶ核酸をさらに含む、項目１〜７４のいずれか一項に記載の組成物または方法。
（項目７６）
前記組成物またはキットが少なくとも１つのＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、項目１〜７５のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７７）
前記ＤＮＡポリメラーゼが逆転写酵素である、項目７６に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７８）
前記ＤＮＡポリメラーゼが好熱性である、項目７６または７７に記載の組成物、キット、または方法。
（項目７９）
前記ＤＮＡポリメラーゼが中温性である、項目７６または７７に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８０）
前記組成物またはキットがＲＮＡポリメラーゼをさらに含む、項目１〜７９のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８１）
前記ＲＮＡポリメラーゼがＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、項目８０に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８２）
前記組成物またはキットが、Ｍｇ２＋、緩衝液、およびｄＮＴＰのうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、またはそれらの各々をさらに含む、項目１〜８１のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８３）
前記組成物またはキットが、ｒＮＴＰをさらに含む、項目１〜８２のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８４）
前記組成物またはキットが、ＨＣＶに特異的にハイブリダイズしない第１の対照増幅オリゴマーおよび第２の対照増幅オリゴマーをさらに含む、項目１〜８３のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８５）
前記第１の対照増幅オリゴマーが、配列番号１８の配列うちの少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個の連続したヌクレオチドを含む、項目８４に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８６）
前記第２の対照増幅オリゴマーが、配列番号５６の配列のうちの少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、または２２個の連続したヌクレオチドを含む、項目８４または８５に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８７）
前記第１の対照増幅オリゴマーまたは前記第２の対照増幅オリゴマーが、プロモーター−プライマーである、項目８４〜８６のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８８）
前記組成物またはキットが、前記第１および第２の対照増幅オリゴマーから産生されるアンプリコンに特異的にハイブリダイズすることができる少なくとも１つの対照プローブオリゴマーをさらに含む、項目８４〜８７のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
（項目８９）
前記対照プローブオリゴマーが、配列番号２０の配列のうちの少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の連続したヌクレオチドを含む、項目８８に記載の組成物、キット、または方法。
（項目９０）
１つ、２つ、３つ、またはそれ以上の標的ハイブリダイズ配列が、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の連続したヌクレオチドを含む、項目１〜８９のいずれか一項に記載の方法、組成物、またはオリゴマー。
（項目９１）
少なくとも１つの増幅オリゴマーが伸長される線形増幅を実施することをさらに含む、項目１２〜９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
前記線形増幅の前に、前記増幅オリゴマーがＨＣＶ核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合し、前記複合体が固体支持体と会合し、前記方法が前記固体支持体を洗浄することを含む、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記固体支持体がマイクロビーズの集団である、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記集団の前記マイクロビーズが磁性である、項目９３記載の方法。
（項目９５）
洗浄ステップに続いて、前記方法が、ＨＣＶ核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合した増幅オリゴマーに対して反対向きの１つ以上のさらなる増幅オリゴマーを付加することを含む、項目９１〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
１つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーがプロモーター−プライマーである、項目９５に記載の方法。
（項目９７）
１つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーがプロモーター−プライマーではない、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
前記１つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーが、項目１、１０、１３、１４、または２５〜２７のいずれか一項に記載の第１の増幅オリゴマーを含む、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記１つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーが、項目１、１０、１３、１５、または２８〜３０のいずれか一項に記載の第２の増幅オリゴマーを含む、項目９７または９８に記載の方法。
（項目１００）
前記線形増幅に続いて指数関数的増幅を実施することをさらに含む、項目９０〜９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記指数関数的増幅が、項目２、１０、１３、１６、または１８〜２４のいずれか一項に記載の第３の増幅オリゴマーを伸長させることを含む、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記指数関数的増幅が等温増幅である、項目１００または１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記等温増幅が転写媒介増幅である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
前記方法によって産生された少なくとも１つのアンプリコンを定量することをさらに含む、項目３、６〜８、または１１〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０５）
前記アンプリコンがリアルタイムで定量化される、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
プロモーターおよび３’末端標的ハイブリダイズ配列を含む初期増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドおよびＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含む、初期増幅オリゴマー。
（項目１０７）
項目３３〜３７のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマーである、項目１０６に記載の初期増幅オリゴマー。
（項目１０８）
Ｔ７プロモーターを含む、項目１０７に記載の初期増幅オリゴマー。
（項目１０９）
配列番号８、９、１０、または１１の配列を含む、項目１０７に記載の初期増幅オリゴマー。
（項目１１０）
ＨＣＶゲノム８１〜９２位のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目１０６〜１０９のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマー。
（項目１１１）
ＨＣＶゲノム８１〜８９位のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、または９個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目１１０に記載の初期増幅オリゴマー。
（項目１１２）
配列番号１３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドおよびＣ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含むプローブオリゴマー。
（項目１１３）
項目３８〜５４のいずれか一項に記載のプローブオリゴマーである、項目１１２に記載のプローブオリゴマー。
（項目１１４）
ＨＣＶゲノム８１〜９２位のうちの少なくとも６、７、８、９、１０、１１、または１２個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目１１２または１１３に記載のプローブオリゴマー。
（項目１１５）
ＨＣＶゲノム８１〜９６位のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、または１６個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目１１２〜１１４のいずれか一項に記載のプローブオリゴマー。
（項目１１６）
項目１〜２、４、６〜９、または１４〜９０のいずれか一項に記載のキット。
（項目１１７）
項目１〜２、４、６〜９、または１４〜９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１１８）
水性、凍結型、または凍結乾燥型である、項目１１７に記載の組成物。
（項目１１９）
初期増幅オリゴマーの伸長産物をさらに含み、前記伸長産物は項目１０６〜１１１のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマーの配列と、Ｃ型肝炎核酸配列のうちの少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、または２０個のさらなる３’末端ヌクレオチドとを含む、項目１１７または１１８に記載の組成物。