【手続補正書】
【提出日】令和2年6月22日(2020.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のヌクレアーゼドメイン、第２のヌクレアーゼドメイン、第１のＦｃドメインおよび第２のＦｃドメインを含むヘテロ二量体であって、前記第１のヌクレアーゼドメインがＤＮａｓｅ１であり、前記第２のヌクレアーゼドメインがＲＮａｓｅ１であり、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端またはＣ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第２のＦｃドメインのＮ末端またはＣ末端に作動可能に連結されている、ヘテロ二量体。
【請求項２】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項３】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項４】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項５】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項６】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項７】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項８】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項９】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項１０】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、請求項１に記載のヘテロ二量体。
【請求項１１】
前記ＲＮａｓｅが、野生型ヒトＲＮａｓｅ１または変異体ＲＮａｓｅ、例えばアグリコシル化、低グリコシル化または脱グリコシル化ＲＮａｓｅ１、例えばヒトＲＮａｓｅ１  Ｎ３４Ｓ／Ｎ７６Ｓ／Ｎ８８Ｓである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項１２】
前記ＲＮａｓｅが野生型ヒトＲＮａｓｅ１である、請求項１１に記載のヘテロ二量体。
【請求項１３】
前記ＤＮａｓｅが、野生型ヒトＤＮａｓｅ１または変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆまたはアグリコシル化、低グリコシル化、脱グリコシル化変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｎ１８Ｓ／Ｎ１０６Ｓ／Ａ１１４Ｆ、もしくは変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｅ１３Ｒ／Ｎ７４Ｋ／Ａ１１４Ｆ／Ｔ２０５Ｋである、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項１４】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヒンジドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項１５】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、セリンによる３つのヒンジ領域システイン残基のうちの１つまたはそれよりも多くの置換を含む、請求項１４に記載のヘテロ二量体。
【請求項１６】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ、ＳＳＳ（残基２２０、２２６および２２９）、Ｇ２３６Ｒ、Ｌ３２８Ｒ、Ｌ２３４ＡおよびＬ２３５Ａからなる群より選択される変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項１５に記載のヘテロ二量体。
【請求項１７】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ変異（残基２２０、２２６および２２９）を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項１６に記載のヘテロ二量体。
【請求項１８】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、Ｐ２３８ＳおよびＰ３３１変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項１〜１７のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項１９】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヘテロ二量体を優先的に形成するための１つまたはそれを超えるＣＨ３変異を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項２０】
前記第１のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、前記第２のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｋ３９２Ｌ、Ｔ３９４Ｗを含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項１９に記載のヘテロ二量体。
【請求項２１】
前記リンカードメインが、ポリペプチドリンカー、例えばｇｌｙ−ｓｅｒリンカーまたはＮＬＧリンカー（ｖｄｇａｓｓｐｖｎｖｓｓｐｓｖｑｄｉ）である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項２２】
（ｉ）配列番号３に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号３に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号４に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号４に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉ）配列番号７に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号７に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号８に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号８に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉｉ）配列番号９に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号９に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１０に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１０に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｖ）配列番号１１に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１１に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１２に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１２に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｖ）配列番号１５に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１５に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１６に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１６に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド
からなる群より選択される第１のおよび第２のポリペプチド配列を含む、ヘテロ二量体。
【請求項２３】
第１のヌクレアーゼドメイン、第２のヌクレアーゼドメインおよび第１のＦｃドメインおよび第２のＦｃドメインを含むヘテロ二量体であって、前記第１のヌクレアーゼドメインがＤＮａｓｅ１であり、前記第２のヌクレアーゼドメインがＲＮａｓｅ１であり、
（ｉ）前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＣ末端に作動可能に連結されており、または
（ｉ）前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＣ末端に作動可能に連結されている、ヘテロ二量体。
【請求項２４】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項２３に記載のヘテロ二量体。
【請求項２５】
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項２３に記載のヘテロ二量体。
【請求項２６】
前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項２３に記載のヘテロ二量体。
【請求項２７】
前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、請求項２３に記載のヘテロ二量体。
【請求項２８】
前記ＲＮａｓｅが、野生型ヒトＲＮａｓｅ１または変異体ＲＮａｓｅ、例えばアグリコシル化、低グリコシル化または脱グリコシル化ＲＮａｓｅ１、例えばヒトＲＮａｓｅ１  Ｎ３４Ｓ／Ｎ７６Ｓ／Ｎ８８Ｓである、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項２９】
前記ＲＮａｓｅが野生型ヒトＲＮａｓｅ１である、請求項２８に記載のヘテロ二量体。
【請求項３０】
前記ＲＮａｓｅが、配列番号２７に記載されているアミノ酸配列、または配列番号２７に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３１】
前記ＤＮａｓｅが、野生型ヒトＤＮａｓｅ１または変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆまたはアグリコシル化、低グリコシル化、脱グリコシル化変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｎ１８Ｓ／Ｎ１０６Ｓ／Ａ１１４Ｆ、もしくは変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｅ１３Ｒ／Ｎ７４Ｋ／Ａ１１４Ｆ／Ｔ２０５Ｋである、請求項２３〜３０のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３２】
前記ＤＮａｓｅが、配列番号２５に記載されているアミノ酸配列、または配列番号２５に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２３〜３１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３３】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヒンジドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含む、請求項１〜３２のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３４】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、セリンによる３つのヒンジ領域システイン残基のうちの１つまたはそれよりも多くの置換を含む、請求項３３に記載のヘテロ二量体。
【請求項３５】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ、ＳＳＳ（残基２２０、２２６および２２９）、Ｇ２３６Ｒ、Ｌ３２８Ｒ、Ｌ２３４ＡおよびＬ２３５Ａからなる群より選択される変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項３４に記載のヘテロ二量体。
【請求項３６】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ変異（残基２２０、２２６および２２９）を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項３５に記載のヘテロ二量体。
【請求項３７】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、Ｐ２３８ＳおよびＰ３３１変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項１〜３６のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３８】
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヘテロ二量体を優先的に形成するための１つまたはそれを超えるＣＨ３変異を含む、請求項１〜３７のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項３９】
前記第１のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、前記第２のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｋ３９２Ｌ、Ｔ３９４Ｗを含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、請求項３８に記載のヘテロ二量体。
【請求項４０】
前記リンカードメインが、ポリペプチドリンカー、例えばｇｌｙ−ｓｅｒリンカーまたはＮＬＧリンカー（ｖｄｇａｓｓｐｖｎｖｓｓｐｓｖｑｄｉ）である、請求項１〜３９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
【請求項４１】
（ｉ）配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号５に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号６に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号６に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉ）配列番号１３に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１３に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１４に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１４に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド
からなる群より選択される第１のおよび第２のポリペプチド配列を含む、ヘテロ二量体。
【請求項４２】
請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体と、薬学的に許容され得る担体とを含む、組成物。
【請求項４３】
請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体をコードする、核酸分子。
【請求項４４】
請求項４３に記載の核酸分子を含む、組換え発現ベクター。
【請求項４５】
請求項４４に記載の組換え発現ベクターにより形質転換された、宿主細胞。
【請求項４６】
請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体を作製する方法であって、前記ヘテロ二量体をコードする核酸配列を含む宿主細胞を提供すること；および前記ヘテロ二量体が発現される条件下で前記宿主細胞を維持することを含む、方法。
【請求項４７】
異常免疫応答に関連する状態を処置または予防するための、請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体を含む、組成物。
【請求項４８】
前記状態が自己免疫疾患である、請求項４７に記載の組成物。
【請求項４９】
前記自己免疫疾患が、インスリン依存性真性糖尿病、多発性硬化症、実験的自己免疫性脳脊髄炎、関節リウマチ、実験的自己免疫性関節炎、重症筋無力症、甲状腺炎、実験型ブドウ膜網膜炎、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、早発閉経、男性不妊症、若年型糖尿病、グッドパスチャー症候群、尋常性天疱瘡、類天疱瘡、交感性眼炎、水晶体起因性ブドウ膜炎、自己免疫性溶血性貧血、特発性白血球減少症、原発性胆汁性肝硬変、活動性慢性肝炎Ｈｂｓ−ｖｅ、特発性肝硬変、潰瘍性大腸炎、シェーグレン症候群、強皮症、ヴェーゲナー肉芽腫症、多発性筋炎、皮膚筋炎、円板状ＬＥ、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）および結合組織病からなる群より選択される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記自己免疫疾患がＳＬＥである、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】
前記自己免疫疾患がシェーグレン症候群である、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５２】
前記自己免疫疾患がループス腎炎である、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５３】
ＳＬＥを処置するための、薬学的に許容され得る担体と、請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体とを含む組成物であって、前記ヘテロ二量体の量が、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含有する免疫複合体を分解するために有効である、組成物。
【請求項５４】
シェーグレン症候群を処置するための、薬学的に許容され得る担体と、請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体とを含む組成物であって、前記ヘテロ二量体の量が、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含有する免疫複合体を分解するために有効である、組成物。
【請求項５５】
ループス腎炎を処置するための、薬学的に許容され得る担体と、請求項１〜４１のいずれか一項に記載のヘテロ二量体とを含む組成物であって、前記ヘテロ二量体の量が、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含有する免疫複合体を分解するために有効である、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
本発明のこれらのおよび他の特徴、態様および利点は、以下の説明および添付の図面に関してより良く理解されるであろう。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
第１のヌクレアーゼドメイン、第２のヌクレアーゼドメイン、第１のＦｃドメインおよび第２のＦｃドメインを含むヘテロ二量体であって、前記第１のヌクレアーゼドメインがＤＮａｓｅ１であり、前記第２のヌクレアーゼドメインがＲＮａｓｅ１であり、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端またはＣ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第２のＦｃドメインのＮ末端またはＣ末端に作動可能に連結されている、ヘテロ二量体。
（項目２）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目３）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目４）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目５）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目６）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目７）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目８）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目９）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目１０）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第２のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されている、項目１に記載のヘテロ二量体。
（項目１１）
前記ＲＮａｓｅが、野生型ヒトＲＮａｓｅ１または変異体ＲＮａｓｅ、例えばアグリコシル化、低グリコシル化または脱グリコシル化ＲＮａｓｅ１、例えばヒトＲＮａｓｅ１  Ｎ３４Ｓ／Ｎ７６Ｓ／Ｎ８８Ｓである、項目１〜１０のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
（項目１２）
前記ＲＮａｓｅが野生型ヒトＲＮａｓｅ１である、項目１１に記載のヘテロ二量体。
（項目１３）
前記ＤＮａｓｅが、野生型ヒトＤＮａｓｅ１または変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆまたはアグリコシル化、低グリコシル化もしくは脱グリコシル化変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｎ１８Ｓ／Ｎ１０６Ｓ／Ａ１１４Ｆである、項目１〜１２のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
（項目１４）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヒンジドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含む、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目１５）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、セリンによる３つのヒンジ領域システイン残基のうちの１つまたはそれよりも多くの置換を含む、項目１４に記載のヘテロ二量体。
（項目１６）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ、ＳＳＳ（残基２２０、２２６および２２９）、Ｇ２３６Ｒ、Ｌ３２８Ｒ、Ｌ２３４ＡおよびＬ２３５Ａからなる群より選択される変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目１５に記載のヘテロ二量体。
（項目１７）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ変異（残基２２０、２２６および２２９）を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目１６に記載のヘテロ二量体。
（項目１８）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、Ｐ２３８ＳおよびＰ３３１変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目１９）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヘテロ二量体を優先的に形成するための１つまたはそれを超えるＣＨ３変異を含む、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目２０）
前記第１のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、前記第２のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｋ３９２Ｌ、Ｔ３９４Ｗを含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目１９に記載のヘテロ二量体。
（項目２１）
前記リンカードメインが、ポリペプチドリンカー、例えばｇｌｙ−ｓｅｒリンカーまたはＮＬＧリンカー（ｖｄｇａｓｓｐｖｎｖｓｓｐｓｖｑｄｉ）である、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目２２）
（ｉ）配列番号３に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号３に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号４に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号４に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉ）配列番号７に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号７に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号８に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号８に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉｉ）配列番号９に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号９に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１０に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１０に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｖ）配列番号１１に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１１に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１２に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１２に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｖ）配列番号１５に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１５に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１６に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１６に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド
からなる群より選択される第１のおよび第２のポリペプチド配列を含む、ヘテロ二量体。
（項目２３）
第１のヌクレアーゼドメイン、第２のヌクレアーゼドメインおよび第１のＦｃドメインおよび第２のＦｃドメインを含むヘテロ二量体であって、前記第１のヌクレアーゼドメインがＤＮａｓｅ１であり、前記第２のヌクレアーゼドメインがＲＮａｓｅ１であり、
（ｉ）前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＣ末端に作動可能に連結されており、または
（ｉ）前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＮ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによってまたはリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインのＣ末端に作動可能に連結されている、ヘテロ二量体。
（項目２４）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目２３に記載のヘテロ二量体。
（項目２５）
前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによってリンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目２３に記載のヘテロ二量体。
（項目２６）
前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによらずに前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目２３に記載のヘテロ二量体。
（項目２７）
前記ＲＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｎ末端に作動可能に連結されており、前記ＤＮａｓｅ１が、リンカーによって前記第１のＦｃドメインの前記Ｃ末端に作動可能に連結されている、項目２３に記載のヘテロ二量体。
（項目２８）
前記ＲＮａｓｅが、野生型ヒトＲＮａｓｅ１または変異体ＲＮａｓｅ、例えばアグリコシル化、低グリコシル化または脱グリコシル化ＲＮａｓｅ１、例えばヒトＲＮａｓｅ１  Ｎ３４Ｓ／Ｎ７６Ｓ／Ｎ８８Ｓである、項目２３〜２７のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
（項目２９）
前記ＲＮａｓｅが野生型ヒトＲＮａｓｅ１である、項目２８に記載のヘテロ二量体。
（項目３０）
前記ＤＮａｓｅが、野生型ヒトＤＮａｓｅ１または変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆまたはアグリコシル化、低グリコシル化もしくは脱グリコシル化変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｎ１８Ｓ／Ｎ１０６Ｓ／Ａ１１４Ｆである、項目２３〜２９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体。
（項目３１）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヒンジドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含む、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目３２）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、セリンによる３つのヒンジ領域システイン残基のうちの１つまたはそれよりも多くの置換を含む、項目３１に記載のヘテロ二量体。
（項目３３）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ、ＳＳＳ（残基２２０、２２６および２２９）、Ｇ２３６Ｒ、Ｌ３２８Ｒ、Ｌ２３４ＡおよびＬ２３５Ａからなる群より選択される変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目３２に記載のヘテロ二量体。
（項目３４）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ＳＣＣ変異（残基２２０、２２６および２２９）を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目３３に記載のヘテロ二量体。
（項目３５）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、Ｐ２３８ＳおよびＰ３３１変異を含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目３６）
前記第１のおよび第２のＦｃドメインが、ヘテロ二量体を優先的に形成するための１つまたはそれを超えるＣＨ３変異を含む、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目３７）
前記第１のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、前記第２のＦｃドメインが、ＣＨ３変異Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｋ３９２Ｌ、Ｔ３９４Ｗを含む（ナンバリングはＥＵインデックスに従う）、項目３６に記載のヘテロ二量体。
（項目３８）
前記リンカードメインが、ポリペプチドリンカー、例えばｇｌｙ−ｓｅｒリンカーまたはＮＬＧリンカー（ｖｄｇａｓｓｐｖｎｖｓｓｐｓｖｑｄｉ）である、上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体。
（項目３９）
（ｉ）配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号５に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号６に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号６に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または
（ｉｉ）配列番号１３に記載されているアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、もしくは配列番号１３に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド；および配列番号１４に記載されているアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド、もしくは配列番号１４に記載されているアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むポリペプチド
からなる群より選択される第１のおよび第２のポリペプチド配列を含む、ヘテロ二量体。
（項目４０）
上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体と、薬学的に許容され得る担体とを含む、組成物。
（項目４１）
上記項目のいずれかに記載のヘテロ二量体をコードする、核酸分子。
（項目４２）
項目４１に記載の核酸分子を含む、組換え発現ベクター。
（項目４３）
項目４２に記載の組換え発現ベクターにより形質転換された、宿主細胞。
（項目４４）
項目１〜３９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体を作製する方法であって、前記ヘテロ二量体をコードする核酸配列を含む宿主細胞を提供すること；および前記ヘテロ二量体が発現される条件下で前記宿主細胞を維持することを含む、方法。
（項目４５）
異常免疫応答に関連する状態を処置または予防するための方法であって、有効量の項目１〜３９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体を被験体に投与することを含む、方法。
（項目４６）
前記状態が自己免疫疾患である、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記自己免疫疾患が、インスリン依存性真性糖尿病、多発性硬化症、実験的自己免疫性脳脊髄炎、関節リウマチ、実験的自己免疫性関節炎、重症筋無力症、甲状腺炎、実験型ブドウ膜網膜炎、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、早発閉経、男性不妊症、若年型糖尿病、グッドパスチャー症候群、尋常性天疱瘡、類天疱瘡、交感性眼炎、水晶体起因性ブドウ膜炎、自己免疫性溶血性貧血、特発性白血球減少症、原発性胆汁性肝硬変、活動性慢性肝炎Ｈｂｓ−ｖｅ、特発性肝硬変、潰瘍性大腸炎、シェーグレン症候群、強皮症、ヴェーゲナー肉芽腫症、多発性筋炎、皮膚筋炎、円板状ＬＥ、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）および結合組織病からなる群より選択される、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記自己免疫疾患がＳＬＥである、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記自己免疫疾患がシェーグレン症候群である、項目４７に記載の方法。
（項目５０）
ＳＬＥを処置する方法であって、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含有する免疫複合体を分解するために有効な量のヘテロ二量体を被験体に投与することを含み、前記組成物が、薬学的に許容され得る担体と、項目１〜３９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体とを含む、方法。
（項目５１）
シェーグレン症候群を処置する方法であって、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含有する免疫複合体を分解するために有効な量のヘテロ二量体を被験体に投与することを含み、前記組成物が、薬学的に許容され得る担体と、項目１〜３９のいずれか一項に記載のヘテロ二量体とを含む、方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
本明細書で使用される場合、「ｇｌｙ−ｓｅｒポリペプチドリンカー」という用語は、グリシン残基およびセリン残基からなるペプチドを指す。例示的なｇｌｙ／ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ（配列番号５８）を含む。いくつかの実施形態では、ｎは、１またはそれを超えるもの、例えば２もしくはそれを超えるもの、３もしくはそれを超えるもの、４もしくはそれを超えるもの、５もしくはそれを超えるもの、６もしくはそれを超えるもの、７もしくはそれを超えるもの、８もしくはそれを超えるもの、９もしくはそれを超えるものまたは１０もしくはそれを超えるもの（例えば、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）１０（配列番号５９））である。別の例示的なｇｌｙ／ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ（配列番号６０）を含む。いくつかの実施形態では、ｎは、１またはそれを超えるもの、例えば２もしくはそれを超えるもの、３もしくはそれを超えるもの、４もしくはそれを超えるもの、５もしくはそれを超えるもの、６もしくはそれを超えるもの、７もしくはそれを超えるもの、８もしくはそれを超えるもの、９もしくはそれを超えるものまたは１０もしくはそれを超えるもの（例えば、Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）１０（配列番号６１））である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４６】
別の実施形態では、ポリペプチドリンカーは、ｇｌｙ−ｓｅｒリンカーを含むか、またはそれからなる。本明細書で使用される場合、「ｇｌｙ−ｓｅｒリンカー」という用語は、グリシンおよびセリン残基からなるペプチドを指す。例示的なｇｌｙ／ｓｅｒリンカーは、式（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ（配列番号６２）（式中、ｎは正の整数（例えば、１、２、３、４または５）である）のアミノ酸配列を含む。好ましいｇｌｙ／ｓｅｒリンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４（配列番号６３）である。別の好ましいｇｌｙ／ｓｅｒリンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３（配列番号３０）である。別の好ましいｇｌｙ／ｓｅｒリンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）５（配列番号６４）である。特定の実施形態では、ｇｌｙ−ｓｅｒリンカーは、ポリペプチドリンカーの２つの他の配列（例えば、本明細書に記載されるポリペプチドリンカー配列のいずれか）の間に挿入され得る。他の実施形態では、ｇｌｙ−ｓｅｒリンカーは、ポリペプチドリンカーの別の配列（例えば、本明細書に記載されるポリペプチドリンカー配列のいずれか）の一方または両方の末端に付着される。さらに他の実施形態では、２つまたはそれを超えるｇｌｙ−ｓｅｒリンカーは、ポリペプチドリンカーに直列に組み込まれる。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４８】
最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質において使用するために適切な他のリンカーは当技術分野で公知であり、例えば、米国特許第５，５２５，４９１号に開示されているセリンリッチリンカー、Ａｒａｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ  ２００１；１４：５２９−３２に開示されているヘリックス形成ペプチドリンカー（例えば、Ａ（ＥＡＡＡＫ）ｎＡ（ｎ＝２〜５）（配列番号６５））およびＣｈｅｎら、Ｍｏｌ  Ｐｈａｒｍ  ２０１１；８：４５７−６５に開示されている安定リンカー、すなわち、ジペプチドリンカーＬＥ、トロンビン感受性ジスルフィドシクロペプチドリンカーおよびαヘリックス形成リンカーＬＥＡ（ＥＡＡＡＫ）４ＡＬＥＡ（ＥＡＡＡＫ）４ＡＬＥ（配列番号５３）である。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４９】
他の例示的なリンカーとしては、ＧＳリンカー（すなわち、（ＧＳ）ｎ）（配列番号６６）、ＧＧＳＧ（配列番号７０）リンカー（すなわち、（ＧＧＳＧ）ｎ（配列番号６７））、ＧＳＡＴリンカー（配列番号４４）、ＳＥＧリンカーおよびＧＧＳリンカー（すなわち、（ＧＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号６８））（式中、ｎは正の整数（例えば、１、２、３、４または５）である）が挙げられる。最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質において使用するための他の適切なリンカーは、公的に利用可能なデータベース、例えばリンカーデータベース（ｉｂｉ．ｖｕ．ｎｌ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｌｉｎｋｅｒｄｂｗｗｗ）を使用して見出され得る。リンカーデータベースは、新規融合タンパク質におけるリンカー候補となる多機能酵素のドメイン間リンカーのデータベースである（例えば、Ｇｅｏｒｇｅら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ２００２；１５：８７１−９を参照のこと）。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５４】
例示的な最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質
本発明の最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質はモジュール式であり、様々な個別のドメインを組み込むように構成され得る。例えば、一実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、（配列番号２１）に記載されている変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆドメインを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、配列番号２４に記載されている変異体ヒトＤＮａｓｅ１  Ｎ１８Ｓ／Ｎ１０６Ｓ／Ａ１１４Ｆドメインを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、配列番号２７に記載されているヒト野生型ＲＮａｓｅ１ドメインを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、配列番号２８に記載されているヒト変異体ＲＮａｓｅ１  Ｎ３４Ｓ／Ｎ７６Ｓ／Ｎ８８Ｓドメインを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、配列番号３０に記載されている（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３リンカードメインを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、配列番号４１に記載されているＮＬＧリンカーを含み得る。別の実施形態では、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質は、ＶＫ３ＬＰリーダー（配列番号５４）を含み得る。当業者であれば、これらの個別のドメインを任意の順序で互いに作動可能にカップリングして、酵素的に活性な最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質を形成し得ると理解するであろう。例えば、以下の特定の実施例に詳述されているように、ＲＮａｓｅ１は、Ｆｃドメインに作動可能にカップリングされ得る。別の例では、ＲＮａｓｅ１は、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３（配列番号３０）リンカードメインを介してＦｃドメインに作動可能にカップリングされ得る。さらに別の例では、ＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆは、Ｆｃドメインに作動可能にカップリングされ得る。さらに別の例では、ＤＮａｓｅ１  Ａ１１４Ｆは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３（配列番号３０）リンカードメインを介してＦｃドメインに作動可能にカップリングされ得る。本明細書、図１および配列表に開示される非限定的な例示的な構成を用いて、他の様々な構成が可能である。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６４】
当業者であれば、リーダーおよびリンカー配列は任意選択のものであり、上記実施形態に記載されているものに限定されないことを理解するであろう。例えば、ＲＮａｓｅおよび／またはＤＮａｓｅドメインは、Ｆｃまたはそのバリアントもしくは断片のＮ末端および／またはＣ末端に直接融合され得る；リーダードメインは、その意図される目的のために、例えば、タンパク質の発現および／または分泌を増加させるために有用であることが当技術分野で公知のもののいずれであり得る（例えば、Ｇａｕｓｓｉａルシフェラーゼシグナルペプチド（ＭＧＶＫＶＬＦＡＬＩＣＩＡＶＡＥＡ；配列番号３１））；リンカーは、当技術分野で公知の任意のリンカー、例えば本明細書に記載される（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ（配列番号５８）、ＮＬＧ（ＶＤＧＡＳＳＰＶＮＶＳＳＰＳＶＱＤＩ；配列番号４１）、ＬＥ、トロンビン感受性ジスルフィドシクロペプチドリンカー、ＬＥＡ（ＥＡＡＡＫ）４ＡＬＥＡ（ＥＡＡＡＫ）４（配列番号３２）またはインビトロで切断可能なジスルフィドリンカーであり得る。ルーチンなクローニングおよび組換え方法を使用して、最適化二重ヌクレアーゼ融合タンパク質のアミノ酸配列に対して、対応する変更を行うことは当業者の能力の範囲内であることも理解されよう。アミノ酸がＮ結合型グリコシル化のアクセプターとして機能しない限り、ヌクレアーゼドメインにおけるアスパラギン残基（すなわち、ＲＮａｓｅ１におけるＮ３４、Ｎ７６およびＮ８８、ならびにＤＮａｓｅ１におけるＮ１８およびＮ１０６）をセリン以外のアミノ酸（例えば、グルタミン）で置換し得ることもまた理解されよう。