【手続補正書】
【提出日】令和1年12月13日(2019.12.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
＜参照による組み込み＞
本明細書で言及される出願公開、特許、および特許出願はすべて、あたかも個々の出願公開、特許、あるいは特許出願がそれぞれ参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示されるかのような同じ程度、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］  被験体の細胞によって標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの発現を増加させることにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、
細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、及び、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
［項目２］  保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有する細胞により、ＰＣ−２である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、及び、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＰＣ−２タンパク質をコードし、
前記方法は、
ＰＣ−２タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ−２タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ−２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞中のＰＣ−２タンパク質の発現を増加させる、方法。
［項目３］  標的タンパク質はＰＣ−２である、項目１に記載の方法。
［項目４］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、項目１に記載の方法。
［項目５］  細胞は、ＰＣ−２タンパク質の不足している量又は活性によって引き起こされた疾病を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものである、項目２に記載の方法。
［項目６］  標的タンパク質の不足している量は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子とを有し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、項目１〜５のいずれか１つに記載の方法。
［項目７］  被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、及び／又は、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、項目１〜５のいずれか１つに記載の方法。
［項目８］  標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目９］  標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目１０］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９７の領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１２］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１３］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、あるいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１４］  標的タンパク質はＰＣ−２である、項目１〜１３のいずれか１つに記載の方法。
［項目１５］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１６］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、項目１４に記載の方法。
［項目１７］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１８］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１９］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して−２０４ｅ〜＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋２１２ｅの領域内にある、項目１４に記載の方法。
［項目２０］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目１９に記載の方法。
［項目２１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して−２０４ｅ〜−４ｅの領域内のエクソン５にある、項目１４に記載の方法。
［項目２２］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜４３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目２１に記載の方法。
［項目２３］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１４に記載の方法。
［項目２４］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４〜１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目２３に記載の方法。
［項目２５］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１４に記載の方法。
［項目２６］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４１〜２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目２５に記載の方法。
［項目２７］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目１４に記載の方法。
［項目２８］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３８〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目２７に記載の方法。
［項目２９］  アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡ又は標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１〜２８のいずれか１つに記載の方法。
［項目３０］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１〜２９のいずれか１つに記載の方法。
［項目３１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、又は野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目１〜３０のいずれか１つに記載の方法。
［項目３２］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目１〜３１のいずれか１つに記載の方法。
［項目３３］  生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、項目１〜３２のいずれか１つに記載の方法。
［項目３４］  アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成された標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で生成された標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１〜３３のいずれか１つに記載の方法。
［項目３５］  アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量として、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１〜３４のいずれか１つに記載の方法。
［項目３６］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目１〜３５のいずれか１つに記載の方法。
［項目３７］  アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目１〜３６のいずれか１つに記載の方法。
［項目３８］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目１〜３７のいずれか１つに記載の方法。
［項目３９］  それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目３８に記載の方法。
［項目４０］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、項目１〜３９のいずれか１つに記載の方法。
［項目４１］  アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１〜４０のいずれか１つに記載の方法。
［項目４２］  細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は少なくとも１つの保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
［項目４３］  最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの少なくとも１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項４２に記載の方法。
［項目４４］  細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１〜４３のいずれか１つに記載の方法。
［項目４５］  ２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項４４に記載の方法。
［項目４６］  前記方法はＰＣ−２タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目１〜４５のいずれか１つに記載の方法。
［項目４７］  アンチセンスオリゴマーはＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０から選択される配列である、項目１〜４６のいずれか１つに記載の方法。
［項目４８］  被験体はヒトである、項目１〜４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目４９］  被験体はヒト以外の動物である、項目１〜４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目５０］  被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目１〜４８のいずれか１つに記載の方法。
［項目５１］  細胞はエクスビボである、項目１〜４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目５２］  アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、項目１〜５１のいずれか１つに記載の方法。
［項目５３］  ５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１〜５２のいずれか１つに記載の方法。
［項目５４］  保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１〜５３のいずれか１つに記載の方法。
［項目５５］  項目１〜５４のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー。
［項目５６］  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、アンチセンスオリゴマー。
［項目５７］  項目５５又は５６のアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目５８］  腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって、項目５７の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目５９］  不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡに関連付けられる被験体の多発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の構成的なスプライシングを増強し、
ここで、
標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
ここで、
機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、及び３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生成あるいは活性を増加させる、組成物。
［項目６０］  被験体においてＰＣ−２タンパク質に関連する疾病を処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によってＰＣ−２タンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、及び、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体がＰＣ−２タンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程であって、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ−２タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞においてＰＣ−２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＰＣ−２タンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
［項目６１］  疾病は疾患又は障害である、項目６０に記載の組成物。
［項目６２］  疾患又は障害は多発性嚢胞腎である、項目６１に記載の組成物。
［項目６３］  標的タンパク質とＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、請求項６２に記載の組成物。
［項目６４］  アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５９〜６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６５］  アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９７の領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目５９〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６６］  アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５９〜６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６７］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、項目５９〜６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６８］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、あるいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域、
の内部にある、項目５９〜６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６９］  標的タンパク質はＰＣ−２である、項目５９〜６８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７０］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目６９に記載の組成物。
［項目７１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、項目６９に記載の組成物。
［項目７２］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目６９に記載の組成物。
［項目７３］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目６９に記載の組成物。
［項目７４］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して−２０４ｅ〜＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋２１２ｅの領域内にある、項目６９に記載の組成物。
［項目７５］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目７４に記載の組成物。
［項目７６］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して−２０４ｅ〜−４ｅの領域内のエクソン５にある、項目６９に記載の組成物。
［項目７７］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜４３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目７６に記載の組成物。
［項目７８］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６９に記載の組成物。
［項目７９］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４〜１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目７８に記載の組成物。
［項目８０］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６９に記載の組成物。
［項目８１］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４１〜２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目８０に記載の組成物。
［項目８２］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目６９に記載の組成物。
［項目８３］  ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３８〜２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目８２に記載の組成物。
［項目８４］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目５９〜８３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８５］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮＡ又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目５９〜８４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８６］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目５９〜８５のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８７］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目５９〜８６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８８］  生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、項目５９〜８７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８９］  保持されたイントロンは律速イントロンである、項目５９〜８８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９０］  前記保持されたイントロンは前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである、項目５９〜８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９１］  保持されたイントロンは前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである、項目５９〜８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９２］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目５９〜９１のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９３］  前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目５９〜９２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９４］  アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目５９〜９３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９５］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目５９〜９４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９６］  それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目９５に記載の組成物。
［項目９７］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、項目５９〜９６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９８］  項目５９〜９７の組成物のいずれか１つのアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目９９］  腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって項目９８の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目１００］  不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズされるアンチセンスオリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む、
医薬組成物。
［項目１０１］  不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物である、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０２］  ＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０３］  ＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０４］  ＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０５］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０６］  アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０７］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０８］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０９］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１０］  アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１１］  ＰＫＤ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８１内にある、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１２］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
［項目１１３］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１４］  医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目１００〜１１３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目１１５］  ＰＣ−２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリダイズする工程であって、不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ−２タンパク質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程と、
（ｃ）ＰＣ−２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ−２タンパク質の機能的な形態を翻訳する工程、
を含む、方法。
［項目１１６］  保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目１１５に記載の方法。
［項目１１７］  不足しているＰＫＤ２  ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２  ｍＲＮＡ前駆体転写産物である、項目１１５に記載の方法。
［項目１１８］  ＰＣ２タンパク質の量と活性の不足によって引き起こされた疾病を抱える被験体を処置する方法であって、
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＰＣ−２タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む医薬組成物であって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、及び保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞においてＡＳＯがＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に結合することにより、保持されたイントロンはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ−２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを細胞内で増加させる、前記医薬組成物。
【請求項２】
医薬として使用するための、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
被検体において多発性嚢胞腎の処置に使用するための、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６領域内にある、請求項１〜３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
ＡＳＯが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３〜２８０から選択される配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
ＰＣ−２タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して：
ｉ）  機能が低下した形態；又は
ｉｉ）  十分に機能的な形態、
で生成される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
ＡＳＯは、ホスホロチオエート結合若しくはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾；又は修飾された糖部若しくは糖アナログを含み、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル部分、２’−フルオロ部分、又は２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含んでいてもよい、請求項１〜８のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
ＡＳＯが、８〜５０の核酸塩基から成る、請求項１〜９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
ＰＣ−２タンパク質が、処置すべき被検体において量又は活性が不足している、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
ＰＣ−２タンパク質が、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、ＰＣ−２タンパク質の不足した量は、ＰＣ−２タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、被検体は、機能的なＰＣ−２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及びＰＣ−２タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子又は非機能的ＰＣ−２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
ＰＣ−２タンパク質が、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、被検体は、第１の変異対立遺伝子及び第２の変異対立遺伝子を有し、ＰＣ−２タンパク質は：
（ａ）  第１の変異対立遺伝子から：
（ｉ）  野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ）  同等の野生型ＰＣ−２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ）  生成されない、及び
（ｂ）  第２の変異対立遺伝子から：
（ｉ）  野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ）  同等の野生型ＰＣ−２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ）  生成されない、
ここで、被検体が、第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有する場合、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）又は（ｂ）（ｉｉ）であり、被検体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有する場合、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）又は（ａ）（ｉｉ）であり、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）若しくは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子又は（ｂ）（ｉ）若しくは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写されるである、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
ＡＳＯが、髄空内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射によって投与される、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
ＡＳＯが、ＰＣ−２タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することによって細胞内のＰＣ−２タンパク質又はＰＣ−２タンパク質をコードするｍＲＮＡの量を増加させない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の医薬組成物。