【手続補正書】
【提出日】令和2年9月25日(2020.9.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）ＣａｓＹポリペプチド、または前記ＣａｓＹポリペプチドをコードする核酸分子、及び
ｂ）ＣａｓＹガイドＲＮＡ、または前記ＣａｓＹガイドＲＮＡをコードする１つ以上のＤＮＡ分子
を含んでおり、
前記ＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、標的核酸内のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、
前記ＣａｓＹポリペプチドが、前記ＣａｓＹガイドＲＮＡと複合体を形成し、前記標的核酸に結合する、
組成物。
【請求項２】
前記ＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み、及び／または、
前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、配列番号１１〜１５のいずれか１つに記載されるｃｒＲＮＡ配列と８０％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、
請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ＣａｓＹポリペプチドが、
（ａ）二本鎖標的核酸分子の一方の鎖のみを切断することができるニッカーゼであるか、または
（ｂ）触媒不活性なＣａｓＹポリペプチド（ｄＣａｓＹ）であり、
任意に、前記触媒不活性なＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１のＤ８２８、Ｅ９１４、及びＤ１０７４から選択されるものに対応する位置に１つ以上の変異を含む、
請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
ＤＮＡドナー鋳型をさらに含んでおり、任意に、前記ＤＮＡドナー鋳型が、標的核酸に対する相同性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５】
（ａ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＣａｓＹガイドＲＮＡと複合される際に標的核酸に結合するＣａｓＹポリペプチド、及び
（ｂ）異種ポリペプチド
を含む、ＣａｓＹ融合ポリペプチド。
【請求項６】
前記ＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項５に記載のＣａｓＹ融合ポリペプチド。
【請求項７】
前記ＣａｓＹポリペプチドが、
（ａ）二本鎖標的核酸分子の一方の鎖のみを切断することができるニッカーゼであるか、または
（ｂ）触媒不活性なＣａｓＹポリペプチド（ｄＣａｓＹ）であり、
任意に、前記触媒不活性なＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１のＤ８２８、Ｅ９１４、及びＤ１０７４から選択されるものに対応する位置に１つ以上の変異を含む、
請求項５または請求項６に記載のＣａｓＹ融合ポリペプチド。
【請求項８】
前記異種ポリペプチドが、
ａ）標的細胞または標的細胞型の細胞表面部分への結合性を備える標的化ポリペプチドであるか、
ｂ）標的ＤＮＡを修飾する酵素活性を示し、任意に、ヌクレアーゼ活性、メチルトランスフェラーゼ活性、デメチラーゼ活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン化活性、酸化活性、ピリミジン二量体形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポザーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、フォトリアーゼ活性、及びグリコシラーゼ活性から選択される１つ以上の酵素活性を示すか、
ｃ）標的核酸と会合する標的ポリペプチドを修飾する酵素活性を示し、任意に、ヒストン修飾活性を示し、任意に、メチルトランスフェラーゼ活性、デメチラーゼ活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、デアセチラーゼ活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性、脱ミリストイル化活性、グリコシル化活性、及び脱グリコシル化活性から選択される１つ以上の酵素活性を示すか、
ｄ）エンドソーム放出ポリペプチドであり、任意に、前記エンドソーム放出ポリペプチドが、ＧＬＦＸＡＬＬＸＬＬＸＳＬＷＸＬＬＬＸＡ（配列番号９４）及びＧＬＦＨＡＬＬＨＬＬＨＳＬＷＨＬＬＬＨＡ（配列番号９５）から選択されるアミノ酸配列を含み、ここで、各Ｘは独立して、リジン、ヒスチジン、及びアルギニンから選択されるか、
ｅ）葉緑体輸送ペプチドであり、任意に、前記葉緑体輸送ペプチドが、配列番号８３〜９３に記載されるアミノ酸配列から選択される配列であるか、
ｆ）転写を増加させるかまたは減少させるタンパク質であり、任意に、転写抑制因子ドメインまたは転写活性化ドメインから選択されるか、
ｇ）タンパク質結合ドメインであるか、または
ｈ）核移行シグナルである、
請求項５〜７のいずれか１項に記載のＣａｓＹ融合ポリペプチド。
【請求項９】
請求項５〜８のいずれか１項に記載のＣａｓＹ融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、任意に、前記ＣａｓＹ融合ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、プロモーターに機能的に連結される、核酸。
【請求項１０】
前記ＣａｓＹポリペプチドが、検出可能な標識を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組成物、または請求項５〜８のいずれか１項に記載のＣａｓＹ融合ポリペプチド。
【請求項１１】
（ａ）ＣａｓＹガイドＲＮＡ、及び
（ｂ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド
をコードし、
任意に、前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、配列番号１１〜１５のいずれか１つに記載されるｃｒＲＮＡ配列と８０％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、
１つ以上の核酸分子。
【請求項１２】
ａ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、
ｂ）前記ＣａｓＹポリペプチドをコードする核酸分子、
ｃ）ｉ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、及びｉｉ）異種ポリペプチドを含むＣａｓＹ融合ポリペプチド、
ｄ）前記ＣａｓＹ融合ポリペプチドをコードする核酸分子、
ｅ）ＣａｓＹガイドＲＮＡ、任意に、前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、配列番号１１〜１５のいずれか１つに記載されるｃｒＲＮＡ配列と８０％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、ならびに
ｆ）前記ＣａｓＹガイドＲＮＡをコードする核酸分子
のうち１つ以上を含んでおり、
ヒト胚性細胞でもヒト生殖細胞でもない、
真核細胞。
【請求項１３】
前記ＣａｓＹポリペプチドをコードする前記核酸分子を含み、前記核酸分子が細胞のゲノムＤＮＡに組み込まれている、請求項１２に記載の真核細胞。
【請求項１４】
植物細胞、哺乳動物細胞、昆虫細胞、クモ類細胞、真菌細胞、鳥類細胞、爬虫類細胞、両生類細胞、無脊椎動物細胞、マウス細胞、ラット細胞、霊長類細胞、非ヒト霊長類細胞、またはヒト細胞である、請求項１２または請求項１３に記載の真核細胞。
【請求項１５】
ａ）ｉ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、及びｉｉ）異種ポリペプチドを含むＣａｓＹ融合ポリペプチド、または
ｂ）前記ＣａｓＹ融合ポリペプチドをコードする核酸分子
を含んでおり、
任意に、前記ＣａｓＹ融合ポリペプチドをコードする前記核酸分子が細胞のゲノムＤＮＡに組み込まれており、
ヒト胚性細胞でもヒト生殖細胞でもない、
細胞。
【請求項１６】
標的核酸を修飾するインビトロまたはエクスビボでの方法であって、
前記標的核酸を
ａ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して、８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、及び
ｂ）前記標的核酸の標的配列にハイブリダイズするガイド配列を含むＣａｓＹガイドＲＮＡと接触させることを含み、
前記接触が、前記ＣａｓＹポリペプチドによる前記標的核酸の修飾をもたらし、
任意に、前記接触させることが、
（ｉ）前記ＣａｓＹポリペプチド、または前記ＣａｓＹポリペプチドをコードする核酸分子と、
（ｉｉ）前記ＣａｓＹガイドＲＮＡ、または前記ＣａｓＹガイドＲＮＡをコードする核酸分子と、任意に、
（ｉｉｉ）ＤＮＡドナー鋳型
を細胞に導入することを含み、
任意に、前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、配列番号１１〜１５のいずれか１つに記載されるｃｒＲＮＡ配列と８０％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、
任意に、前記ＤＮＡドナー鋳型が、前記標的核酸に対する相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
任意に、前記修飾が、前記標的核酸への前記ＤＮＡドナー鋳型の統合であり、
任意に、前記細胞が、真核細胞であり、
任意に、前記真核細胞が、真菌細胞、哺乳動物細胞、爬虫類細胞、昆虫細胞、鳥類細胞、魚類細胞、寄生生物細胞、節足動物細胞、無脊椎動物の細胞、脊椎動物の細胞、齧歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、霊長類細胞、非ヒト霊長類細胞、及びヒト細胞から選択される、
方法。
【請求項１７】
標的ＤＮＡからの転写を調節する、標的核酸を修飾する、または標的核酸と会合するタンパク質を修飾する方法であって、
前記標的核酸を
ａ）異種ポリペプチドに融合されたＣａｓＹポリペプチドを含む、ＣａｓＹ融合ポリペプチド、及び
ｂ）前記標的核酸の標的配列にハイブリダイズするガイド配列を含むＣａｓＹガイドＲＮＡと接触させることを含んでおり、
前記ＣａｓＹポリペプチドが、配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
任意に、前記ＣａｓＹポリペプチドが、触媒不活性なＣａｓＹポリペプチド（ｄＣａｓＹ）である、及び／または、配列番号１のＤ８２８、Ｅ９１４、及びＤ１０７４から選択されるものに対応する位置に１つ以上の変異を含み、
任意に、前記ＣａｓＹガイドＲＮＡが、配列番号１１〜１５のいずれか１つに記載されるｃｒＲＮＡ配列と８０％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、
任意に、前記接触させることが、
（ｉ）前記ＣａｓＹポリペプチド、または前記ＣａｓＹポリペプチドをコードする核酸分子、及び
（ｉｉ）前記ＣａｓＹガイドＲＮＡ、または前記ＣａｓＹガイドＲＮＡをコードする核酸分子
をインビトロまたはエクスビボにて細胞に導入することを含む、
方法。
【請求項１８】
ａ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、
ｂ）ｉ）配列番号１または配列番号２に記載されるアミノ酸配列に対して８５％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むＣａｓＹポリペプチド、及びｉｉ）異種ポリペプチドを含み、ＣａｓＹガイドＲＮＡと複合される際に標的核酸に結合するＣａｓＹ融合ポリペプチド、及び
ｃ）ＣａｓＹガイドＲＮＡ
のうち１つ以上をコードするヌクレオチド配列を含む導入遺伝子をゲノムに含む、
トランスジェニック多細胞非ヒト生物。