【誤訳訂正書】
【提出日】令和2年1月29日(2020.1.29)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸配列を決定する方法であって、
支持体に結合した核酸を少なくとも１つ提供するステップと、
（ｉ）少なくとも１つの核酸の同一鎖に異なる位置でハイブリダイズすることが可能な少なくとも２つのプライマーと、（ｉｉ）ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＵＴＰ、およびｄＡＴＰから選択される少なくとも１つのヌクレオチドをそれぞれ含む４つの標識部分の存在下で、ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップを含み、前記４つの標識部分はそれぞれ、その他の３つの標識部分の固有の標識とは異なる固有の標識を有する、ステップと、
前記少なくとも２つのプライマーを前記核酸の同一鎖にハイブリダイズするステップと、
前記核酸の同一鎖上で前記少なくとも２つのプライマーそれぞれにおいて、プライマー伸長を行い、複数の伸長リードを提供する、ここで前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも２つのプライマーの一方から伸長し、前記４つの標識部分と同じセットが各伸長に用いられる、ステップと、
前記プライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも１つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得るステップと、
前記シグナルデータから、前記ヌクレオチド塩基の正体を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるステップとを含む、方法。
【請求項２】
未結合の標識部分を除去するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記複数の伸長リードは同時に起きる伸長リードを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記４つの標識部分はそれぞれ、単一の可逆的に終結させるヌクレオチドアナログ、または、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＵＴＰ、およびｄＡＴＰから選択される可逆的ターミネータアナログを含む、請求項１〜３の何れかに記載の方法。
【請求項５】
前記酵素にはポリメラーゼまたはリガーゼが含まれる、請求項１〜４の何れかに記載の方法。
【請求項６】
前記支持体はチップまたはビーズを含む、請求項１〜５の何れかに記載の方法。
【請求項７】
前記固有の標識には色素、フルオロフォア、クロモフォア、コンビナトリアル蛍光エネルギー移動タグ、質量タグ、またはエレクトロホアが含まれる、請求項１〜６の何れかに記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも２つのプライマーは、重複配列を有する、及び／又は単一塩基の追加により異なる、請求項１〜７の何れかに記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも２つのプライマーは、各伸長リードを化学的に区別するためにブロックプライマーおよび非ブロックプライマーを含み、及び／又はバイオインフォマティクス情報を用いて前記塩基を前記伸長リードに割り当てる、請求項１〜８の何れかに記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも２つのプライマー伸長のそれぞれに対応するシグナルデータは、同時に得られる、請求項１〜９の何れかに記載の方法。
【請求項１１】
前記ヌクレオチド塩基の正体を判定するステップは、前記複数の伸長リードのそれぞれで検出される前記固有の標識に対応するシグナル強度プロファイルを解析するステップを含む、請求項１〜１０の何れかに記載の方法。
【請求項１２】
前記シグナルデータは１つまたは複数の画像を含み、任意で前記シグナルデータは、前記プライマー伸長において取り込まれた複数のヌクレオチドアナログに対応する色シグナルとして検出され、各色シグナルは、異なるヌクレオチドアナログまたはヌクレオチドアナログの組み合わせに対応する、１〜１１の何れかに記載の方法。
【請求項１３】
１つまたは複数のシグナルデコンボリューション、シグナル改良、およびシグナル選択を含むシグナル処理のステップを含む、請求項１〜１２の何れかに記載の方法。
【請求項１４】
多数のベースコールが各ハイブリダイゼーションサイクルで作成される、請求項１〜１３の何れかに記載の方法。
【請求項１５】
前記塩基を伸長リードに割り当てるステップは、前記ヌクレオチド塩基の位置を決定するステップを含む、及び／又は前記塩基を伸長リードに割り当てるステップは、各伸長リードに対し暫定ベースコールと最終ベースコールを提供するステップを含み、
ここで、任意に、前記最終ベースコールは、前記暫定ベースコールデータと参照ゲノムとの比較により提供される、請求項１〜１４の何れかに記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１４】
本発明の一態様は核酸配列を決定するための方法を提供し、該方法は、
支持体に結合した核酸を少なくとも１つ提供するステップと、
少なくとも２つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズするステップと、
前記核酸の同一鎖において、前記少なくとも２つのプライマーのそれぞれでプライマー伸長を行うステップと、
前記プライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも１つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得るステップと、
前記シグナルデータから、前記ヌクレオチド塩基の正体を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるステップとを含む。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
本発明の一態様は、以下のステップの実行を含む、核酸配列を決定する方法を提供する：
（ａ）支持体に結合した核酸を少なくとも１つ提供するステップと、
（ｂ）（ｉ）前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも２つのプライマーと、（ｉｉ）ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＵＴＰ、およびｄＡＴＰから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも１つ含む４つのプローブの存在下で、伸長リードを複数提供するハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップであって、前記４つのプローブはそれぞれ、その他の３つのプローブの固有の標識とは異なる固有の標識を有し、前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも２つのプライマーの一方から伸長する、ステップと、
（ｃ）未結合のプローブを除去するステップと、
（ｄ）前記対応する固有標識の正体を判定することにより、ステップ（ｂ）で取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの正体を判定するステップと、
（ｅ）ヌクレオチド塩基を伸長リードに割り当てるステップ。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４９】
ある実施形態では、ヌクレオチドアナログの正体を判定するステップは、複数の伸長リードに対応するシグナルデータを検出するステップを含む。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５１】
ヌクレオチドアナログの正体を判定するステップは、伸長リードのそれぞれで検出される固有標識に対応するシグナル強度プロファイルを解析するステップを含み得る。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６７】
本明細書に従い、配列決定する核酸のそれぞれの残基に対し以下のステップを実行することを含む、核酸配列を決定する方法を提供する：
（ａ）支持体に結合した核酸を少なくとも１つ提供するステップと、
（ｂ）（ｉ）前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも２つのプライマーと、（ｉｉ）４つの可逆的に終結させるヌクレオチドアナログ、または、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＵＴＰ、およびｄＡＴＰのアナログから選択される可逆的ターミネータの存在下で、ポリメラーゼが核酸合成に触媒作用を及ぼして複数の伸長リードを提供することを可能にする条件下で、前記核酸を核酸ポリメラーゼと接触させるステップであって、前記４つのアナログはそれぞれ、その他の３つのアナログの固有標識とは異なる固有標識を有し、前記伸長リードはそれぞれプライマーから伸長する、ステップと、
（ｃ）未結合のヌクレオチドアナログを除去するステップと、
（ｄ）前記対応する固有標識の正体を判定することにより、ステップ（ｂ）で取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの正体を判定するステップと、
（ｅ）前記塩基を伸長リードに割り当てるステップ。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６８】
本発明のさらに別の態様は、少なくとも１つの核酸を固定するための固体支持体を有するシーケンシング装置、ならびに、
（ｉ）前記核酸の同一鎖の異なる位置にハイブリダイズすることが可能な少なくとも２つのプライマーと、（ｉｉ）ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＵＴＰ、およびｄＡＴＰから選択されるヌクレオチドアナログを少なくとも１つ含む４つのプローブの存在下で、複数の伸長リードを提供するハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、前記核酸を酵素と接触させるステップであって、前記４つのプローブはそれぞれ、その他の３つのプローブの固有標識とは異なる固有標識を有し、前記伸長リードはそれぞれ前記少なくとも２つのプライマーの一方から伸長する、ステップと、
未結合のプローブを除去するステップと、
前記対応する固有標識の正体を判定することにより、取り込まれた前記ヌクレオチドアナログの正体を判定するステップと、
ヌクレオチド塩基を伸長リードに割り当てるステップとにより核酸配列を決定する手段を含む、核酸配列を決定するためのシステムを提供する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７０】
本発明のさらに別の態様は、少なくとも１つの核酸を固定するための固体支持体を有するシーケンシング装置と、
支持体に結合した核酸を少なくとも１つ提供し、
少なくとも２つのプライマーを核酸の同一鎖にハイブリダイズし、
前記核酸の同一鎖上の前記少なくとも２つのプライマーそれぞれにおいて、少なくとも２つのプライマー伸長を実行し、
前記少なくとも２つのプライマー伸長のそれぞれで取り込まれた少なくとも１つのヌクレオチド塩基に対応するシグナルデータを得て、
前記シグナルデータから前記ヌクレオチド塩基の正体を判定し、前記塩基を伸長リードに割り当てるための手段とを含む、核酸配列を決定するためのシステムを提供する。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９６】
一部の実施形態は、シーケンシング・バイ・ライゲーション技法を利用することが可能である。このような技法は、ＤＮＡリガーゼを利用してオリゴヌクレオチドを取込み、そのようなオリゴヌクレオチドの取り込みを特定する。オリゴヌクレオチドは、典型的には、オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする配列における特定のヌクレオチドの正体と相互に関連する異なる標識を有する。他のＳＢＳ法のように、画像を、核酸フィーチャのアレイを標識化シーケンシング試薬で処置した後に得ることが可能である。各画像は、取り込まれた特定の種類の標識を有する核酸フィーチャを示すだろう。別個のフィーチャが、各フィーチャの異なる配列内容のために、別個の画像に存在することも存在しないこともあるだろうが、フィーチャの相対的位置は、画像において不変だろう。ライゲーションに基づくシーケンシング法により得られる画像は、本明細書に記載するように格納、処理、および解析することが可能である。本明細書に記載の方法およびシステムとともに利用することが可能な例示的なＳＢＳシステムおよび方法は、米国特許第６９６９４８８号明細書、同第６１７２２１８号明細書、および同第６３０６５９７号明細書に記載されており、これらの開示はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。