【手続補正書】
【提出日】令和1年11月29日(2019.11.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第1のサブユニットおよび第2のサブユニットを含む融合タンパク質であって、該第1のサブユニットが、血管内皮増殖因子A（VEGF-A）に特異的な抗原結合分子から構成されており、かつ該第2のサブユニットが、アンギオポエチン-2（Ang-2）に対する結合特異性を有するヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)ムテインを含む、融合タンパク質。
【請求項２】
約1nMまたはそれ未満のEC50値でVEGF-Aに結合することができる、請求項1記載の融合タンパク質。
【請求項３】
約1nMまたはそれ未満のEC50値でAng-2に結合することができる、請求項1または2記載の融合タンパク質。
【請求項４】
VEGF-AおよびAng-2に同時に結合することができる、請求項1〜3のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項５】
VEGF-AおよびAng-2に同時に結合することができ、
VEGF-Aに結合するサブユニットが、約1nMまたはそれ未満のEC50値でその標的に結合でき、
Ang-2に結合するサブユニットが、約1.5nMまたはそれ未満のEC50値でその標的に結合できる、
請求項1〜4のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項６】
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO: 1)と比較して、hNGALムテインが、以下の変異アミノ酸残基の少なくとも1つを含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の融合タンパク質:
Leu 36 → Gln, Glu, His, Val, MetまたはPhe; Ala 40 → Val, Tyr, HisまたはTrp; Ile 41 → His, Tyr, Trp, Arg, Glu, AspまたはVal; Gln 49 → Gly, Ile, GluまたはVal; Tyr 52 → Trp, His, ThrまたはSer; Ser 68 → Gly, Asp, Gln, GluまたはIle; Leu 70 → Ser, Thr, Gly, Arg, TyrまたはAla; Arg 72 → Gly, Ala, Trp, ThrまたはGlu; Lys 73 → Pro, Phe, Leu, Arg, AlaまたはGln; Asp 77 → Asn, Lys, SerまたはVal; Trp 79 → Thr, Arg, SerまたはAsn; Arg 81 → Trp, HisまたはTyr; Asn 96 → Gly, Ala, Pro, GlnまたはAsp; Tyr 100 → Pro, Trp, Gly, Ser, LeuまたはAsp; Leu 103 → Gly, Glu, Asp, MetまたはGln; Tyr 106 → Thr, Leu,またはPro; Lys 125 → His, ThrまたはGly; Ser 127 → Leu, Tyr,またはMet; Tyr 132 → Phe, TrpまたはVal; およびLys 134 → Ala, GluまたはTrp。
【請求項７】
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO: 1)と比較して、hNGALムテインが、以下の変異アミノ酸置換のセットの1つを含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の融合タンパク質:
Gln28→His;Asn65→Asp;Lys74→Glu;Cys87→Ser;Asn116→Asp;Val126→Met、およびAsn129→Asp。
【請求項８】
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO: 1)と比較して、hNGALムテインが、以下の変異アミノ酸残基のセットの1つを含み:
(a) Leu 36 → Gln; Ala 40 →Tyr; Gln 49 → Gly; Tyr 52 → Trp; Ser 68 → Gly; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Pro; Asp 77→ Asn; Trp 79 → Thr; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Pro; Leu 103 → Gly; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(b) Leu 36 → Phe; Ala 40 →His; Ile 41 → Arg; Gln 49 → Gly; Tyr 52 → His; Ser 68 → Asp; Leu 70 → Thr; Arg 72 → Ala; Lys 73 → Phe; Asp 77→ Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → His; Tyr 100 → Trp; Leu 103 → Glu; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → Thr; Ser 127 → Met; Tyr 132 → Trp; Lys 134 → Trp;
(c) Leu 36 → Val; Ala 40 → Trp; Ile 41 → Tyr; Gln 49 → Ile; Tyr 52 → Thr; Ser 68 → Gln; Leu 70 → Gly; Arg 72 → Glu; Lys 73 → Gln; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Ser; Arg 81 → His; Asn 96 → Asp; Tyr 100 → Trp; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Leu; Lys 125 → Gly; Ser 127 → Met; Tyr 132 → Val; Lys 134 → Ala;
(d) Leu 36 → Glu, Ala 40 →Val; Ile 41 → Glu; Gln 49 → Val; Tyr 52 →Thr; Ser 68 → Glu; Leu 70 → Arg; Arg 72 → Trp; Lys 73 → Leu; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Asn; Arg 81 → His; Asn 96 → Ala; Tyr 100 → Gly; Leu 103 → Met; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → Thr; Ser 127 → Met; Tyr 132 → Trp; Lys 134 → Trp;
(e) Leu 36 → Gln; Ala 40 → Tyr; Ile 41 → Trp; Gln 49 → Ile; Tyr 52 → Ser; Ser 68 → Ile; Leu 70 → Tyr; Arg 72 → Thr; Lys 73 → Arg; Asp 77 → Ser; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Tyr; Asn 96 → Pro; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Tyr; Tyr 132 → Trp; Lys 134 → Glu;
(f) Leu 36 → Gln; Ala 40 → Tyr; Gln 49 → Glu; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Gly; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Pro; Asp 77 → Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Ser; Leu 103 → Gln; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(g) Leu 36 → His; Ala 40 →Tyr; Gln 49 → Glu; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Glu; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Pro; Asp 77 → Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Pro; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(h) Leu 36 → Gln; Ala 40 →Tyr; Gln 49 → Gly; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Glu; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Ala; Asp 77 → Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Asp; Leu 103 → Gly; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(i) Leu 36 → His; Ala 40 →Tyr; Gln 49 → Gly; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Glu; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Pro; Asp 77 → Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Pro; Leu 103 → Gly; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(j) Leu 36 → Gln; Ala 40 → Tyr; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Gly; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Ala; Asp 77 → Val; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Pro; Leu 103 → Gly; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(k) Leu 36 → Gln; Ala 40 →Tyr; Gln 49 → Val; Tyr 52 → Trp; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Glu; Leu 70 → Ser; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Pro; Asp 77 → Asn; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Trp; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Leu; Leu 103 → Gly; Tyr 106 → Thr; Lys 125 → His; Ser 127 → Leu; Tyr 132 → Phe; Lys 134 → Glu;
(l) Leu 36 → Val; Ala 40 →Tyr; Ile 41 → Tyr; Gln 49 → Ile; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Gln; Leu 70 → Gly; Arg 72 → Glu; Lys 73 → Gln; Lys 74 → Glu; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Ser; Arg 81 → His; Tyr 100 → Trp; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Pro; Asn 116 → Asp; Lys 125 → Gly; Ser 127 → Met; Asn 129 → Asp; Tyr 132 → Val; Lys 134 → Ala; 
(m) Leu 36 → Val; Ala 40 →Trp; Ile 41 → Tyr; Gln 49 → Ile; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Gln; Leu 70 → Gly; Arg 72 → Glu; Lys 73 → Gln; Lys 74 → Glu; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Ser; Arg 81 → His; Asn 96 → Asp; Tyr 100 → Trp; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Pro; Lys 125 → Gly; Val 126 → Met; Ser 127 → Met; Asn 129 → Asp; Tyr 132 → Val; Lys 134 → Ala; または
(n) Leu 36 → Met; Ala 40 → Trp; Ile 41 → Asp; Gln 49 → Ile; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Gln; Leu 70 → Ala; Arg 72 → Glu; Lys 73 → Gln; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Ser; Arg 81 → His; Asn 96 → Gln; Tyr 100 → Trp; Leu 103 → Asp; Tyr 106 → Pro; Lys 125 → Gly; Ser 127 → Met; Tyr 132 → Val; Lys 134 → Ala、
変異アミノ酸残基の各セットが、変異Gln28→Hisおよび/またはCys87→Serを任意でさらに含む、
請求項1〜7のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項９】
hNGALムテインが、SEQ ID NO: 2、3、および86〜97、ならびにそれらの機能的断片または変種からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１０】
ムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO: 2、3、および86〜97からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも97％、または少なくとも98％の配列同一性を有する、請求項1〜9のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１１】
抗原結合分子が、抗体またはその抗原結合ドメインである、請求項1〜10のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１２】
抗体が、SEQ ID NO: 8の重鎖に含まれる重鎖相補性決定領域(CDR)およびSEQ ID NO: 9の軽鎖に含まれる軽鎖CDRを有する、請求項11記載の融合タンパク質。
【請求項１３】
抗体がベバシズマブである、請求項11記載の融合タンパク質。
【請求項１４】
融合タンパク質のアミノ酸配列が、SEQ ID NO: 9および10、SEQ ID NO: 8および11、SEQ ID NO: 9および12、SEQ ID NO: 8および13、SEQ ID NO: 9および14、SEQ ID NO: 8および15、SEQ ID NO: 9および16、ならびにSEQ ID NO: 8および17より選択される配列に対して、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％の配列同一性を有する、請求項1〜13のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
SEQ ID NO: 9および10のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および11のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および12のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および13のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および14のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および15のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および16のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および17のアミノ酸を含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
約1nMまたはそれ未満のEC50値で、ヒトTie-2へのヒトAng-2の結合を妨害することができる、請求項1〜15のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
VEGF-Aの生物学的機能の少なくとも1つを低減もしくは妨害することができる、または、細胞増殖を阻害もしくは低減させることができる、請求項1〜16のいずれか一項記載の融合タンパク質。
【請求項１８】
請求項1〜17のいずれか一項記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１９】
請求項1〜17のいずれか一項記載の融合タンパク質を作製する方法であって、該融合タンパク質をコードする核酸配列を発現する段階を含む、方法。
【請求項２０】
請求項1〜17のいずれか一項記載の融合タンパク質を含む、薬学的組成物。
【請求項２１】
血管新生の阻害または低減において使用するための、請求項1〜17のいずれか一項記載の1つもしくは複数の融合タンパク質、またはそのような融合タンパク質を含む1つもしくは複数の組成物。
【請求項２２】
無秩序な血管新生に関連している疾患または障害の治療、予防、または改善において使用するための、請求項1〜17のいずれか一項記載の1つもしくは複数の融合タンパク質、またはそのような融合タンパク質を含む1つもしくは複数の組成物。
【請求項２３】
疾患または障害が、腫瘍増殖、眼障害、血管疾患、炎症性疾患または感染症、癌、眼の新血管新生疾患、関節炎、および乾癬からなる群から選択される、請求項22に記載の1つもしくは複数の融合タンパク質または1つもしくは複数の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
「抗体」という用語はまた、本明細書において使用される場合、完全な抗体分子の抗原結合断片も含む。抗体の「抗原結合部分」および抗体の「抗原結合断片」などの用語は、本明細書において使用される場合、抗原に特異的に結合して複合体を形成する、天然に存在するか、酵素的に得ることができるか、合成であるか、または遺伝的に操作された、任意のポリペプチドまたは糖タンパク質を含む。抗体の抗原結合断片は、任意の適切な標準的技術、例えば、タンパク質消化、または抗体の可変ドメインおよび任意で定常ドメインをコードするDNAの操作および発現を伴う組換え遺伝子工学技術を用いて、例えば、完全な抗体分子から誘導してもよい。このようなDNAは公知であり、かつ/または例えば商業的供給源であるDNAライブラリー(例えばファージ抗体ライブラリーを含む)から容易に入手可能であるか、もしくは合成することもできる。DNAを、化学的にまたは分子生物学的技術を用いることによって配列決定および操作して、例えば、1つもしくは複数の可変ドメインおよび/もしくは定常ドメインを適切な立体配置に配列させるか、またはコドンを導入するか、システイン残基を作り出すか、アミノ酸を改変、付加、もしくは欠失させるなど、することができる。抗原結合断片の非限定的な例には、(i)Fab断片、(ii)F(ab')2断片、(iii)Fd断片、(iv)Fv断片、(v)単鎖Fv(scFv)分子、(vi)dAb断片、および(vii)抗体の超可変領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位(例えば、単離された相補性決定領域(CDR))が含まれる。ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびミニボディなどの他の操作された分子もまた、本明細書において使用される場合、「抗原結合断片」という表現に包含される。典型的には、抗体の抗原結合断片は、少なくとも1つの可変ドメインを含む。可変ドメインは、任意のサイズまたはアミノ酸組成のものであってよく、通常、1つまたは複数のフレームワーク配列に隣接しているか、またはそれとインフレームである(in frame with)、少なくとも1つのCDRを含む。VLドメインと結合しているVHドメインを有する抗原結合断片において、VHドメインおよびVLドメインは、任意の適切な配置で互いに対して位置していてよい。例えば、可変領域は二量体であってよく、VH-VH、VH-VL、またはVL-VL二量体を含んでよい。あるいは、抗体の抗原結合断片は、単量体のVHドメインまたはVLドメインを含んでもよい。
[本発明1001]
第1のサブユニットおよび第2のサブユニットを含む融合ポリペプチドであって、該第1のサブユニットが、VEGF-Aに特異的な免疫グロブリンまたはその抗原結合ドメインから構成されており、該第2のサブユニットが、Ang-2に特異的なヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)ムテインから構成されている、融合ポリペプチド。
[本発明1002]
約1nMまたはそれ未満のEC50値でVEGF-Aに結合することができる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1003]
約200pMまたはそれ未満のEC50値でVEGF-Aに結合することができる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1004]
約1nMまたはそれ未満のEC50値でAng-2に結合することができる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1005]
約250pMまたはそれ未満のEC50値でAng-2に結合することができる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1006]
VEGF-AおよびAng-2に同時に結合することができ、
VEGF-Aに結合するサブユニットが、約1nMまたはそれ未満のEC50値でその標的に結合できる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1007]
VEGF-AおよびAng-2に同時に結合することができ、
VEGF-Aに結合するサブユニットが、約500pMまたはそれ未満のEC50値でその標的に結合できる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1008]
VEGF-AおよびAng-2に同時に結合することができ、
Ang-2に結合するサブユニットが、約1.5nMまたはそれ未満のEC50値でその標的に結合できる、本発明1001の融合ポリペプチド。
[本発明1009]
ムテインが、成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO: 1)の位置28、36、40、41、49、52、65、68、70、72〜74、77、79、81、87、96、100、103、106、116、125、126、127、129、132、および134に対応する位置に、1つまたは複数の変異アミノ酸残基を含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1010]
ムテインが、成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列の位置36、40、41、49、52、68、70、72〜73、77、79、81、96、100、103、106、125、127、132、および134に、1つまたは複数の変異アミノ酸残基を含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1011]
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列と比較して、ムテインが、以下のアミノ酸置換のセットの1つを含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド:
2019505565.tif 000001
。
[本発明1012]
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列と比較して、ムテインが、以下の変異アミノ酸置換のセットの1つを含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド:
Gln28→His;Asn65→Asp;Lys74→Glu;Cys87→Ser;Asn116→Asp;Val126→Met、およびAsn129→Asp。
[本発明1013]
ムテインが、成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO: 1)の配列位置28、36、40、41、49、52、65、68、70、72〜74、77、79、81、87、96、100、103、106、116、125、126、127、129、132、および134に、少なくとも1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、または21個の変異アミノ酸残基を含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1014]
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列と比較して、ムテインが、以下のアミノ酸置換のセットの1つを含み:
2019505565.tif 000002
2019505565.tif 000003
2019505565.tif 000004
アミノ酸置換の各セットが、置換Gln28→HisおよびCys87→Serを任意でさらに含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1015]
第2のサブユニットが、SEQ ID NO: 2および3からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するムテインおよびその機能的断片または変種を含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1016]
ムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO: 2および3からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも97％、または少なくとも98％の配列同一性を有する、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1017]
免疫グロブリンがモノクローナル抗体である、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。
[本発明1018]
モノクローナル抗体が、SEQ ID NO: 8の重鎖に含まれる重鎖相補性決定領域(CDR)およびSEQ ID NO: 9の軽鎖に含まれる軽鎖CDRを有する、本発明1017の融合ポリペプチド。
[本発明1019]
モノクローナル抗体がベバシズマブである、本発明1017の融合ポリペプチド。
[本発明1020]
SEQ ID NO: 9および10のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および11のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および12のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および13のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および14のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および15のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 9および16のアミノ酸、またはSEQ ID NO: 8および17のアミノ酸を含む、前記本発明のいずれかの融合ポリペプチド。