【手続補正書】
【提出日】令和2年10月3日(2020.10.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、前立腺癌の進行を予測する方法：
ａ）  患者から得られたサンプル中の少なくとも１００の遺伝子の発現ステータスを決定し、患者の発現プロフィールを提供すること、ここで前記の少なくとも１００の遺伝子は前立腺癌により発現レベルが変わることが知られている；
ｂ）  ラテントプロセスデコンポジション（ＬＰＤ）分析を、患者の発現プロフィールおよび異なる患者からの同じ少なくとも１００の遺伝子についての参照データセットについて行うこと；
ｃ）  任意に複数回、分析ステップｂ）を繰り返すこと；および
ｄ）  前立腺癌の進行を予測すること、
ここで、ＬＰＤ分析が個々の患者の発現プロフィールをグループに分け、
該グループは予後不良（ＤＥＳＮＴ）または予後不良ではない（非ＤＥＳＮＴ）ステータスに分けられ、
それぞれの発現プロフィールについて、ＬＰＤ分析が個々の患者の発現プロフィールについて、全体の発現プロフィールへの各グループの貢献（ｐｉ）を決定する。
【請求項２】
前記ステップａ）は、表１から選択された少なくとも５００の遺伝子の発現ステータスを決定することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
以下のいずれかを含む、請求項１または２記載の方法：
ａ）  患者の前立腺癌進行が、全体の患者の発現プロフィールへの予後不良（ＤＥＳＮＴ）のグループの貢献（ｐｉ値）により予測され、全体の患者の発現プロフィールへの予後不良（ＤＥＳＮＴ）のグループの貢献（ｐｉ値）が高いほど悪い予測とされる；
ｂ）  該患者の発現プロフィールが、全体の発現プロフィールに最も貢献するグループにより個々のグループに分けられる；
ｃ）  全体の発現プロフィールへの予後不良（ＤＥＳＮＴ）のグループの貢献が、全体の発現プロフィールへの他のグループの単一での貢献よりも大きい場合に、前立腺癌の進行が予測される；
ｄ）  全体の発現プロフィールへの予後不良（ＤＥＳＮＴ）のグループの貢献、患者の腫瘍のステージ、患者のグリーソンスコアおよび／または患者のＰＳＡスコアにより、前立腺癌の進行が予測される；
ｅ）  患者の癌サンプルの予後不良（ＤＥＳＮＴ）のグループに対するｐｉ値が、少なくとも０．１、少なくとも０．２、少なくとも０．３、少なくとも０．４あるいは少なくとも０．５である場合、前立腺癌の進行が予測される；
ｆ）  １グループのみが予後不良（ＤＥＳＮＴ）のステータスに分けられる；
ｇ）  １または複数の参照データセットから、患者のサンプルが予後不良（ＤＥＳＮＴ）の癌とグループ化された時、癌進行が予測される；
ｈ）  ＰＬＤ分析が複数回行なわれ、ＰＬＤ分析の少なくとも６０％の検定で、１または複数の参照データセットから予後不良（ＤＥＳＮＴ）の癌とグループ化された時、癌進行が予測される；
ｉ）  前記ステップｂ）が少なくとも２回、少なくとも３回、少なくとも５回、少なくとも２０回、少なくとも５０回、あるいは少なくとも１００回繰り返される；
ｊ）  異なるランダムなシードが各クラスタリング分析に使用される；
ｋ）  複数の遺伝子の発現ステータスを決定することが、複数の遺伝子の発現レベルを決定することを含む；
ｌ）  統計分析を行なう前に、参照データセットに対して患者の発現プロフィールを正規化することをさらに含む；
ｍ）  前記ステップａ）の遺伝子が表１にリストされた遺伝子から選ばれる；
ｎ）  前記ステップａ）は、少なくとも１０００の遺伝子の発現ステータスを決定することを含む；
ｏ）  前記ステップａ）は、表１にリストされた遺伝子から選ばれる少なくとも１００の遺伝子の発現ステータスを決定することを含む；
ｐ）  統計分析のためにその発現ステータスが決定されている遺伝子の部分集合を選択するステップをさらに含み、任意に該遺伝子の部分集合内のそれぞれの遺伝子の発現ステータスが、癌患者のサンプルで変化することが知られている；
ｑ）  統計分析の前に、患者の発現プロフィールにユニークなラベルを付することをさらに含む；
ｒ）  該参照データセット内のそれぞれの発現プロフィールの前立腺癌の予後不良（ＤＥＳＮＴ）ステータスが知られている；または、
ｓ）  該患者の発現プロフィールが、統計分析の前に少なくとも２つの参照データセットと組み合わされる。
【請求項４】
以下を含む、前立腺癌の進行を予測する方法：
ａ）  データセット中の個々の患者のサンプルの前立腺癌進行（ＤＥＳＮＴ）ステータスが知られている参照データセットを提供すること；
ｂ）  このデータセットから複数の遺伝子を選択すること、ここで複数の遺伝子が、表２にリストされたグループから選ばれた少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、あるいは少なくとも４５の遺伝子を含むか、または表３にリストされたグループから選ばれた少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５あるいは少なくとも２０の遺伝子を含む；
ｃ）  任意に：
（ｉ）  コントロールとして患者のサンプル中の少なくとも１つの異なる遺伝子の発現ステータスをさらに決定すること、ここでコントロール遺伝子は表２あるいは表３にリストされた遺伝子ではない；
（ｉｉ）  複数の遺伝子およびコントロール遺伝子の発現の相対的なレベルを決定すること；および
ｄ）  これらの選択された遺伝子の発現ステータスを使用し、データセットにスーパーバイズされた機械学習アルゴリズムを適用し、前立腺癌の進行の予測を得ること、ここで機械学習アルゴリズムはランダムフォレスト分析である；
ｅ）  患者から得られたサンプル中の同じ複数の遺伝子の発現ステータスを決定し、患者の発現プロフィールを提供すること；
ｆ）  任意に、参照データセットに対して患者の発現プロフィールを正規化すること；および
ｇ）  患者の発現プロフィールへ予測を適用し、前立腺癌の進行を予測すること。
【請求項５】
該複数の遺伝子が、表２にリストされたグループから選ばれた少なくとも４５の遺伝子を含むか、または表３にリストされたグループから選ばれた少なくとも２０の遺伝子を含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】
以下のいずれかを含む、請求項４または５記載の方法：
ａ）  前記の発現の相対的なレベルを決定することが、患者のデータセットと参照データセットのそれぞれの遺伝子対の発現の比率を決定することを含む；
ｂ）  前立腺癌の進行（ＤＥＳＮＴ）ステータスはＬＰＤを含む分析を使用してあらかじめ決定されており、任意に前立腺癌の進行（ＤＥＳＮＴ）ステータスは請求項１から３のいずれか１項記載の方法を使用してあらかじめ決定されている；
ｃ）  少なくとも１つのコントロール遺伝子は表６あるいは表７にリストされた遺伝子である；および／または
ｄ）  少なくとも２つのコントロール遺伝子の発現ステータスが決定される。
【請求項７】
以下のいずれかを含む、請求項１から６のいずれか１項記載の方法：
ａ）  サンプルは、尿サンプル、精液サンプル、前立腺の滲出液サンプル、あるいは前立腺に由来する高分子または細胞を含んでいる任意のサンプル、全血サンプル、漿液サンプル、唾液、あるいは生検試料であり、任意にサンプルは前立腺生検、前立腺摘除あるいはＴＵＲＰサンプルである；
ｂ）  少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも５のサンプルに対して方法が実行され、任意に方法は複数の患者サンプルに対して同時に行われる；および／または
ｃ）  １または複数のデータセットが複数の腫瘍、あるいは患者の発現プロフィールを含み、任意にデータセットは各々少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００あるいは少なくとも５００の患者もしくは腫瘍発現プロフィールを含み、さらに任意に、ｉ．  患者または腫瘍の発現プロフィールは、少なくとも１０、少なくとも４０、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００あるいは少なくとも１００００の遺伝子の発現ステータスについての情報を含むか、または
ｉｉ．  患者または腫瘍の発現プロフィールは、少なくとも１０、少なくとも４０、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００あるいは少なくとも１００００の遺伝子の発現レベルについての情報を含む。
【請求項８】
請求項１から７のいずれか１項記載の方法を実行するように構成されたコンピュータ装置、または請求項１から７のいずれか１項記載の方法を実行するようにプログラムされたコンピュータ読み取り可能なメディア。
【請求項９】
以下のいずれかの発現レベルまたは発現ステータスを決定することを含む、前立腺癌進行の予測のインビボ方法：
ａ．  表２にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、あるいは少なくとも４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、あるいは少なくとも２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされた遺伝子の少なくとも２０、少なくとも３０、あるいは３５のすべての遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子。
【請求項１０】
以下のいずれかの発現レベルまたは発現ステータスを決定することを含む、請求項９記載の方法：
ａ．  表２にリストされたすべての４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされたすべての２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされたすべての３５の遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子。
【請求項１１】
以下のいずれかである、請求項９または１０記載の方法：
ａ．  測定されたバイオマーカーの発現レベルまたは発現ステータスを１つ以上の参照遺伝子と比較することをさらに含み、任意に、１つ以上の参照遺伝子がハウスキーピング遺伝子であり、たとえばハウスキーピング遺伝子は表６あるいは表７の中の遺伝子から選ばれる；
ｂ．  遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスは、患者から得られたサンプルを使用して行われる；または、
ｃ．  方法は請求項１から７のいずれか１項で定義された方法により統計分析を行うことを含む。
【請求項１２】
以下の遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスを検知するための手段を含むキット：
ａ．  表２にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、あるいは少なくとも４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、あるいは少なくとも２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされた遺伝子の少なくとも２０、少なくとも３０あるいは３５のすべての遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子；
ここで、遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスを検知するための手段がマイクロアレイである。
【請求項１３】
以下の遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスを検知するための手段を含む、請求項１２記載のキット：
ａ．  表２にリストされたすべての４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされたすべての２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされたすべての３５の遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子。
【請求項１４】
さらに以下を含む、請求項１２または１３記載のキット：
ａ．  １以上のコントロールあるいは参照遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスを検知するための手段；
ｂ．  使用のための指示；および／または、
ｃ．   請求項８で定義されたコンピュータ読み取り可能なメディア。
【請求項１５】
以下の発現レベルまたは発現ステータスを検知するように構成されたマイクロアレイ：
ａ．  表２にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、あるいは少なくとも４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされた遺伝子から選択された少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、あるいは少なくとも２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされた遺伝子の少なくとも２０、少なくとも３０あるいは３５のすべての遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子；
【請求項１６】
バイオセンサーが、以下の発現レベルまたは発現ステータスを検知するように構成された、請求項１５記載のマイクロアレイ：
ａ．  表２にリストされたすべての４５の遺伝子；
ｂ．  表３にリストされたすべての２０の遺伝子；
ｃ．  表５にリストされたすべての３５の遺伝子；または、
ｄ．  表１にリストされたすべての５００の遺伝子。
【請求項１７】
マイクロアレイが、１以上のコントロールあるいは参照遺伝子の発現レベルまたは発現ステータスを検知するように構成される、請求項１５または１６記載のマイクロアレイ。