【手続補正書】
【提出日】令和2年1月21日(2020.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がん性疾患のステージングおよび／またはタイピングのための方法であって、以下のステップ：
（ａ）１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数の播種性がん細胞（ＤＣＣ）のＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；および
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、前記ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ
を含み、前記ＤＣＣの体細胞進化が、前記がん性疾患のステージ／タイプを示し、前記がん性疾患がメラノーマである、前記方法。
【請求項２】
がん性疾患を処置する患者を選択するための方法であって、以下のステップ：
（ａ）対象の１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数のＤＣＣのＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、前記ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ；および
（ｃ）ステップ（ｂ）で決定された前記ＤＣＣの体細胞進化に基づいて、前記がん性疾患のステージ／タイプを決定するステップ
を含み、前記がん性疾患のステージ／タイプが、前記がん性疾患の療法を開始する、継続する、または中止するために使用され、前記がん性疾患がメラノーマである、前記方法。
【請求項３】
対象におけるがん性疾患を処置するのに使用するための医薬組成物であって、処置が、前記がん性疾患のステージ／タイプに基づいて開始され、継続され、または中止され、前記がん性疾患の前記ステージ／タイプが、
（ａ）対象の１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数のＤＣＣのＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、前記ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ；および
（ｃ）ステップ（ｂ）で決定された前記ＤＣＣの体細胞進化に基づいて、前記がん性疾患のステージ／タイプを決定するステップ
によって決定され、前記がん性疾患がメラノーマである、医薬組成物。
【請求項４】
前記ＤＣＣがセンチネルリンパ節から得られる、請求項１もしくは２に記載の方法または請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
ＤＣＣ密度（ＤＣＣＤ）の決定をさらに含み、前記ＤＣＣＤが、前記ＤＣＣを得るために使用される前記リンパ節中の細胞１００万個あたりのＤＣＣの数であり、前記ＤＣＣＤが、前記がん性疾患のステージ／タイプを示す、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法、または請求項３もしくは４に記載の医薬組成物。
【請求項６】
約５０個より多く約１００個までのＤＣＣＤが、転移の発生を示す、請求項５に記載の方法、または請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記体細胞変化が、ＢＲＡＦ変異、染色体９ｐ１１−１３の喪失、染色体９ｐ２１−２４の喪失、染色体７ｑ２１−３６の獲得、およびＮＲＡＳ変異からなる群から選択される少なくとも１つの体細胞変化を含む、請求項１、２および４〜６のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
ＢＲＡＦ変異、染色体９ｐ１１−１３の喪失、染色体９ｐ２１−２４の喪失、染色体７ｑ２１−３６の獲得、および／またはＮＲＡＳ変異が、ＤＣＣが転移に発達すると予想されることを示す、請求項１、２および４〜７のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
ステップ（ａ）が、前記ＤＣＣの増殖を評価するステップをさらに含み、前記ＤＣＣの増殖の増加が、前記ＤＣＣが転移に発達すると予想されることを示す、請求項１、２および４〜８のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
前記ＤＣＣがＢＲＡＦ変異を有することがわかっている場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、開始または継続されるべきであり、前記ＤＣＣがＢＲＡＦ変異を有さないことがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、中止されるべきである、請求項２および４〜９のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
ＢＲＡＦ変異を有する細胞に対する処置が、ＢＲＡＦ阻害剤の投与を含む、請求項１０に記載の方法、または請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記ＢＲＡＦ阻害剤が、ソラフェニブまたはベムラフェニブである、請求項１１に記載の方法、または請求項１１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記ＤＣＣがＮＲＡＳ変異を有することがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、開始または継続されるべきであり、前記ＤＣＣがＮＲＡＳ変異を有さないことがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、中止されるべきである、請求項２および４〜１０のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２３】
本明細書で提示される知見は、アジュバント療法の開発に関する含蓄を有する。第１に、古典的手法は進行性がん細胞に特徴的な分子（例えば、低いおよび高いＴステージを比較することによる）、次いで、標的進行関連変化を決定するためのものであったが、これは、早期全身性疾患とは無関係であり、したがって、よくても非生産的であり得る。むしろ、全身的に拡散したがん細胞が既に形成されたかどうかを決定することが決定的に関連するようになり得る。イエスの場合、コロニー形成を支援する遺伝子変化が原発腫瘍と共有され、標的化することができるより多くの機会がある。第２に、予め定着するＤＣＣは典型的な薬物標的を欠くため、定着前に転移種を根絶するためには、新規薬物が必要である。最後に、分子進化は、潜在疾患活性をモニタリングするための新規手段を必要とする。ＤＣＣにおける定着関連変化が、フォローアップ中にメラノーマで死亡する９人の患者のうちの１人を除く全員において認められることから、転移の兆候前のこの定着シグネチャーの診断は、アジュバント療法の選択およびタイミングのための新しい機会を提供することができる。ＢＲＡＦ変異を欠く患者にＢＲＡＦ変異を標的とする薬剤を投与することは、利益を欠くだけでなく、ＭＡＰＫ経路を刺激して腫瘍増殖を促進する可能性があった（Poulikakos (2010) Nature 464, 427-430）。したがって、ステージＩＩＣおよびステージＩＩＩの患者における野生型ＤＣＣではなくＢＲＡＦ変異原発腫瘍を有する患者における予期せぬ疾患促進のリスクは、以前に考えられていたものよりも高い。他方で、免疫チェックポイント遮断療法の成功のための新抗原多様性の最近理解された重要性を考慮すると（Snyder (2014) The New England journal of medicine 371, 2189-2199）、ＤＣＣの継続進化は、ＤＣＣにおけるこれらの変異および抗原の同定が、致死的転移を可能にする、および防止するために必須であると主張する。免疫チェックポイント遮断および他の免疫療法に関して、局所定着に対する腫瘍監視機構の局所損傷の依存性は、治療決定および患者階層化におけるその実現を必要とする。  本発明は以下を提供する。
[１]
がん性疾患のステージングおよび／またはタイピングのための方法であって、以下のステップ：
（ａ）１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数の播種性がん細胞（ＤＣＣ）のＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；および
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ
を含み、ＤＣＣの体細胞進化が、がん性疾患のステージ／タイプを示し、がん性疾患がメラノーマである、前記方法。
[２]
がん性疾患を処置するための方法であって、以下のステップ：
（ａ）対象の１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数のＤＣＣのＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ；および
（ｃ）ステップ（ｂ）で決定されたＤＣＣの体細胞進化に基づいて、がん性疾患のステージ／タイプを決定するステップ
を含み、前記がん性疾患のステージ／タイプが、前記がん性疾患の療法を開始する、継続する、または中止するために使用され、前記がん性疾患がメラノーマである、前記方法。
[３]
対象におけるがん性疾患を処置するのに使用するための医薬組成物であって、処置が、前記がん性疾患のステージ／タイプに基づいて開始され、継続され、または中止され、前記がん性疾患の前記ステージ／タイプが、
（ａ）対象の１つまたは複数のリンパ節から得られた１つまたは複数のＤＣＣのＤＮＡの体細胞変化を検出するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で検出された体細胞変化に基づいて、ＤＣＣの体細胞進化を決定するステップ；および
（ｃ）ステップ（ｂ）で決定されたＤＣＣの体細胞進化に基づいて、がん性疾患のステージ／タイプを決定するステップ
によって決定され、前記がん性疾患がメラノーマである、医薬組成物。
[４]
前記ＤＣＣがセンチネルリンパ節から得られる、請求項１もしくは２に記載の方法または請求項３に記載の医薬組成物。
[５]
ＤＣＣ密度（ＤＣＣＤ）の決定をさらに含み、前記ＤＣＣＤが、前記ＤＣＣを得るために使用される前記リンパ節中の細胞１００万個あたりのＤＣＣの数であり、前記ＤＣＣＤが、前記がん性疾患のステージ／タイプを示す、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法、または請求項３もしくは４に記載の医薬組成物。
[６]
約５０個より多く約１００個までのＤＣＣＤが、転移の発生を示す、請求項５に記載の方法、または請求項５に記載の医薬組成物。
[７]
前記体細胞変化が、ＢＲＡＦ変異、染色体９ｐ１１−１３の喪失、染色体９ｐ２１−２４の喪失、染色体７ｑ２１−３６の獲得、およびＮＲＡＳ変異からなる群から選択される少なくとも１つの体細胞変化を含む、請求項１、２および４〜６のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[８]
ＢＲＡＦ変異、染色体９ｐ１１−１３の喪失、染色体９ｐ２１−２４の喪失、染色体７ｑ２１−３６の獲得、および／またはＮＲＡＳ変異が、ＤＣＣが転移に発達すると予想されることを示す、請求項１、２および４〜７のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[９]
ステップ（ａ）が、前記ＤＣＣの増殖を評価するステップをさらに含み、前記ＤＣＣの増殖の増加が、前記ＤＣＣが転移に発達すると予想されることを示す、請求項１、２および４〜８のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[１０]
前記ＤＣＣがＢＲＡＦ変異を有することがわかっている場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、開始または継続されるべきであり、前記ＤＣＣがＢＲＡＦ変異を有さないことがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、中止されるべきである、請求項２および４〜９のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
[１１]
ＢＲＡＦ変異を有する細胞に対する処置が、ＢＲＡＦ阻害剤の投与を含む、請求項１０に記載の方法、または請求項１０に記載の医薬組成物。
[１２]
前記ＢＲＡＦ阻害剤が、ソラフェニブまたはベムラフェニブである、請求項１１に記載の方法、または請求項１１に記載の医薬組成物。
[１３]
前記ＤＣＣがＮＲＡＳ変異を有することがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、開始または継続されるべきであり、前記ＤＣＣがＮＲＡＳ変異を有さないことがわかった場合、前記変異を有する細胞に対する処置は、中止されるべきである、請求項２および４〜１０のいずれか一項に記載の方法、または請求項３〜１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。