【手続補正書】
【提出日】令和2年4月17日(2020.4.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者におけるループス又はプレループスを同定する方法であって、
患者の血液試料を受け取ることと、
前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行ない、患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む患者の血液試料データを生成することと、
前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、Ｃ４遺伝子コピー数がＣ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者はループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、その患者のＣ４  ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を計算し、１又は複数の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルに補正因子を掛け算して１又は複数の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを作成し、前記ＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの前記対照レベルを含む前記対照データセットにアクセスし、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記対照レベルより高いかどうかを判定し、補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、及び
患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することと、を含む、方法。
【請求項２】
患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることと、
前記患者のゲノムのＣ４Ａ及びＣ４Ｂのそれぞれに対する患者のＣ４遺伝子コピー数を決定することと、をさらに含む、請求項１の方法。
【請求項３】
前記Ｃ４遺伝子コピー数は、Ｃ４Ａ遺伝子コピー数又はＣ４Ｂ遺伝子コピー数を含む、請求項１の方法。
【請求項４】
前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを決定することをさらに含み、前記決定は、
前記対照データセットにアクセスすることと、
前記対照データセットの患者毎に遺伝子コピー数の平均値又は中央値を同定することと、
前記Ｃ４遺伝子のコピー数を、同定された遺伝子コピー数の平均値又は中央値から１又は複数の標準偏差に等しいレベルとして設定すること、とによって行われる、請求項１の方法。
【請求項５】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項１の方法。
【請求項６】
患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いことを示すとして分類されるべきであるとの決定は、
患者が分類基準の少なくとも閾値レベルを満たす場合、その患者はループスを有すると決定することと、
患者が前記分類基準の少なくとも閾値レベルを満たさないが、前記基準の少なくとも１つを満たす場合、その患者はループス発症リスクが高いことを示すとして分類することと、を含む、請求項１の方法。
【請求項７】
前記分類基準は、漿膜炎、口腔潰瘍、関節炎、光線過敏性、血液疾患、腎障害、抗核抗体、免疫現象、神経障害、蝶形紅斑及び円板状紅斑を含む、請求項６の方法。
【請求項８】
患者のループス又はプレループスを診断する方法であって、
患者の血液試料を受け取ることと、
前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行なって、前記患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む血液試料データを生成することと、
前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
患者レベルの前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
患者レベルの前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合、
患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、
患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定し、患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高いかどうかを判定し、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルの前記対照レベルよりも高い場合、患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルの前記対照レベルより高くない場合、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、及び
患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することと、を含む、方法。
【請求項９】
患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることと、
前記患者のゲノムのＣ４Ａ及びＣ４Ｂのそれぞれに対する患者のＣ４遺伝子コピー数を決定することと、をさらに含む、請求項８の方法。
【請求項１０】
前記Ｃ４遺伝子コピー数は、Ｃ４Ａ遺伝子コピー数又はＣ４Ｂ遺伝子コピー数を含む、請求項８の方法。
【請求項１１】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項８の方法。
【請求項１２】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項８の方法。
【請求項１３】
第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項８の方法。
【請求項１４】
患者における全身性エリテマトーデスの疾病活性をモニタリングする方法であって、
患者の血液試料を受け取ることと、
前記血液試料に対して１又は複数の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行ない、患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む患者の血液試料データを生成することと、
その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定されたＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルを超えていない場合は、その患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことを含み、及び
患者の全身性エリテマトーデスの疾病活性レベルの表示を含む報告を作成することと、を含み、
前記患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
患者のＣ４  ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を計算することと、
１又は複数の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルに前記補正因子を掛け算して１又は複数の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを作成することと、
その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定されたＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む前記対照データセットにアクセスすることと、
患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないとの決定をすることを含む、方法。
【請求項１５】
患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定された前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰに対する対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないとの決定をすることを含む、請求項１４の方法。
【請求項１６】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項１４の方法。
【請求項１７】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項１５の方法。
【請求項１８】
前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項１５の方法。
【請求項１９】
患者のループス分類を判定するシステムであって、
対照被験体集団の血液試料データの対照データセットを保有するデータ保存装置であって、前記対照被験体集団の第１グループの被験体はループスを有することが知られており、前記対照被験体集団の第２グループの被験体はループスを有しないことが知られており、前記血液試料データが、各被験体の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）のレベルを含む、データ保存装置と、
処理デバイスと、
前記処理デバイスに対して下記ステップの実行を指令するよう構成されたプログラミング命令を含むコンピュータ可読媒体であって、前記ステップが、
患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベル血液試料セットを受け取ることと、
前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
その患者を、ループスを有する分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分することを含み、
患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者を、ループスを有していない分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示さない分類に区分することを含み、
前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、その患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことを含み、
患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することを含む、ステップである、コンピュータ可読媒体と、を含み、
前記プログラミング命令において、前記患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰに対する対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高い場合は、その患者を、ループスを有する分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分し、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高くない場合は、患者を、ループスを有していない分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示さない分類に区分するよう、指令することを含む、システム。
【請求項２０】
前記患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定された前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む前記対照データセットにアクセスすることと、
患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセット中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルと比較して、前記第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記第１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであると決定し、
前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないと決定するよう、指令することを含む、請求項１９のシステム。
【請求項２１】
前記対照データセットにアクセスし、
前記対照データセットの患者毎に遺伝子コピー数の平均値又は中央値を同定し、
前記Ｃ４遺伝子のコピー数を、同定された遺伝子コピー数の平均値又は中央値から１又は複数の標準偏差に等しいレベルとして設定するよう、追加のプログラミング命令をさらに含む、請求項１９のシステム。
【請求項２２】
前記処理デバイスに対して、患者が１又は複数の分類基準に該当するかどうかを判定することを指令するよう構成された追加の命令をさらに含み、
前記命令が、前記処理デバイスに対して、患者をループスを有する分類に区分すること、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分することを指令し、前記分類基準を用いて、患者をループスを有する分類に区分するか、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分するかを判定する命令をさらに含む、請求項１９のシステム。