【手続補正書】
【提出日】令和2年6月8日(2020.6.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒストン３リジン２７（Ｈ３Ｋ２７）メチル化の１つ以上の阻害剤を含む処置の利益を受け得るがんを有する患者を特定する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することを含み、参照発現レベルと比較して減少した前記試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルにより、前記患者が前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者として特定される、前記方法。
【請求項２】
がんを有する患者の処置の治療有効性を最適化する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することを含み、参照発現レベルと比較して減少した前記試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルにより、前記患者が１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項３】
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置に対するがんを有する患者の応答性を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することを含み、参照発現レベルと比較して減少した前記試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルにより、前記患者が１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項４】
がんを有する患者のために処置を選択する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することを含み、参照発現レベルと比較して減少した前記試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルにより、前記患者が１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項５】
前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルが、前記参照レベルと比べて少なくとも約１０％減少する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルが、発現レベルの中央値又は平均値である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記参照発現レベルが、（ｉ）前の時点で前記患者から得られた試料中の前記ＳＭＡＲＣＡ２の発現レベル、（ｉｉ）参照集団内の前記ＳＭＡＲＣＡ２の発現レベル、または（ｉｉｉ）ＳＭＡＲＣＡ２について事前に割り当てられた発現レベルからなる群から選択される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＳＭＡＲＣＡ２の参照発現レベルが、発現レベルの中央値又は平均値である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記発現レベルがｍＲＮＡ発現レベルである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ｍＲＮＡ発現レベルが、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、インサイツハイブリダイゼーション、遺伝子発現プロファイリング、遺伝子発現の逐次分析、またはマイクロアレイ分析によって決定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記発現レベルがタンパク質発現レベルである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記タンパク質発現レベルが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光、質量分析、フローサイトメトリー、及びウエスタンブロットからなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記タンパク質発現レベルがＩＨＣによって決定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することをさらに含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得るがんを有する患者を特定する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することを含み、参照占有レベルと比較して増加した前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルにより、前記患者が前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者として特定される、前記方法。
【請求項１６】
がんを有する患者の処置の治療有効性を最適化する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することを含み、参照占有レベルと比較して増加した前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルにより、前記患者が１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項１７】
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置に対するがんを有する患者の応答性を予測する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することを含み、参照占有レベルと比較して増加した前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルにより、前記患者が前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項１８】
がんを有する患者のために処置を選択する方法であって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することを含み、参照占有レベルと比較して増加した前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルにより、前記患者が１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受ける増加した可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項１９】
前記患者から得られた試料中のＨ３Ｋ２７の占有レベルが、前記参照占有レベルと比べて少なくとも約１０％増加する、請求項１４〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおける前記Ｈ３Ｋ２７の占有レベルが、発現レベルの中央値又は平均値である、請求項１４〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記参照占有レベルが、（ｉ）前の時点で前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベル、（ｉｉ）参照集団内のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベル、または（ｉｉｉ）事前に割り当てられたＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルからなる群から選択される、請求項１４〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の前記参照占有レベルが、発現レベルの中央値又は平均値である、請求項１４〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の前記参照占有レベルが、ＣｈＩＰ−ｓｅｑまたはＣｈＩＰ−ＰＣＲによって決定される、請求項１４〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することをさらに含む、請求項１５〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
ヌクレオソーム再構成タンパク質をコードする１つ以上の遺伝子における突然変異を特定することをさらに含む、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記ヌクレオソーム再構成タンパク質が、ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質が、ＢＲＧ１、ＳＮＦ５（ＩＮＩ１）、ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体１５５ｋＤａサブユニット、ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体１７０ｋＤａサブユニット、ＢＡＦ、ｚｉｐｚａｐタンパク質、またはＢＡＦ１８０である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子が、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＡＲＣＣ１、ＳＭＡＲＣＣ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ２、及びＰＢＲＭ１からなる群から選択される、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記患者から得られた前記試料が、細胞試料、組織試料、全血試料、血漿試料、または血清試料である、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記細胞試料が腫瘍細胞試料である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記組織試料が腫瘍組織試料である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記がんが、ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子における突然変異を含む、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子が、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＡＲＣＣ１、ＳＭＡＲＣＣ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ２、及びＰＢＲＭ１からなる群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記がんが、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、またはＡＲＩＤ１Ａのうちの１つ以上における突然変異を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記がんが、卵巣癌、肺癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、膀胱癌、乳癌、皮膚癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、リンパ癌、子宮頸癌、腹膜癌、膵臓癌、膠芽腫、肝臓癌、膀胱癌、結腸癌、直腸癌、子宮内膜癌、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肛門癌、陰茎癌、及び頭頸部癌からなる群から選択される、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記癌が卵巣癌である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記卵巣癌が卵巣明細胞癌又は卵巣の小細胞癌である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記卵巣の小細胞癌が高カルシウム血症型の卵巣の小細胞癌である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記がんが肺癌、胃癌、または膀胱癌である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記がんがラブドイド腫瘍である、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記ラブドイド腫瘍が腎臓癌または脳腫瘍である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記ラブドイド腫瘍が悪性ラブドイド腫瘍である、請求項４０または４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記悪性ラブドイド腫瘍がＳＭＡＲＣＢ１変異型悪性ラブドイド腫瘍である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、Ｈ３Ｋ２７トリメチル化の阻害剤を含む、請求項１〜４３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
前記Ｈ３Ｋ２７トリメチル化の阻害剤がＥＺＨ２阻害剤である、請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＥＺＨ２阻害剤が小分子である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＥＺＨ２阻害剤が、ＥＰＺ−６４３８、ＣＰＩ−１６９、ＣＰＩ−１２０５、ＥＰＺ００５６８７、ＧＳＫ−１２６、ＧＳＫ３４３、及びＧＳＫ５０３からなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、ポリコーム抑制性複合体２（ＰＲＣ２）の形成または活性を妨害する、請求項１〜４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、ＳＵＺ１２アンタゴニスト、ＥＥＤアンタゴニスト、またはｊｕｍｏｎｊｉアンタゴニストを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記患者がヒトである、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
がんに罹患している患者を処置する方法において使用するための１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む組成物であって、前記患者から得られた試料が、参照発現レベルと比較して減少した試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを有することが決定されている、前記組成物。
【請求項５２】
がんに罹患している患者を処置する方法において使用するための１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む組成物であって、前記患者から得られた試料が、参照占有レベルと比較して増加した試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを有することが決定されている、前記組成物。
【請求項５３】
前記患者がヒトである、請求項５１または５２に記載の組成物。
【請求項５４】
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者を特定するためのキットであって、
（ａ）試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、
（ｂ）前記ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを使用して１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者を特定するための説明書と、を含む、前記キット。
【請求項５５】
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者を特定するためのキットであって、
（ａ）試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定することができる試薬と、
（ｂ）前記試薬を使用して１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置から利益を受け得る患者を特定するための説明書と、を含む、前記キット。
【請求項５６】
前記患者がヒト患者である、請求項５４または５５に記載のキット。
【請求項５７】
Ｈ３Ｋ２７メチル化の１つ以上の阻害剤を含む処置の利益を受け得るがんを有する患者を特定する；
がんを有する患者の処置の治療有効性を最適化する；
１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤を含む処置に対するがんを有する患者の応答性を予測する；または
がんを有する患者のために処置を選択する
ためのキットであって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルを決定する手段を含むキット。
【請求項５８】
Ｈ３Ｋ２７メチル化の１つ以上の阻害剤を含む処置の利益を受け得るがんを有する患者を特定する；
がんを有する患者の処置の治療有効性を最適化する；
がんを有する患者の応答性を予測する；または
がんを有する患者のために処置を選択する
ためのキットであって、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルを決定する手段を含むキット。
【請求項５９】
がんを有する患者を治療するための医薬であって、治療有効量のＨ３Ｋ２７メチル化の１つ以上の阻害剤を含み、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルが、参照発現レベルと比較して減少していることが決定されている医薬。
【請求項６０】
前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルが決定されている、請求項５９に記載の医薬。
【請求項６１】
前記患者から得られた試料中のＨ３Ｋ２７の占有レベルが、参照占有レベルと比べて少なくとも約１０％減少している、請求項６０に記載の医薬。
【請求項６２】
前記参照占有レベルが、（ｉ）前の時点で前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベル、（ｉｉ）参照集団内のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベル、または（ｉｉｉ）事前に割り当てられたＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルからなる群から選択される、請求項６１に記載の医薬。
【請求項６３】
前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の前記参照占有レベルが、発現レベルの中央値又は平均値である、請求項６１または６２に記載の医薬。
【請求項６４】
前記ＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の前記参照占有レベルが、ＣｈＩＰ−ｓｅｑまたはＣｈＩＰ−ＰＣＲによって決定される、請求項６１〜６３のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項６５】
がんを有する患者を治療するための医薬であって、治療有効量のＨ３Ｋ２７メチル化の１つ以上の阻害剤を含み、前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２プロモーターにおけるＨ３Ｋ２７の占有レベルが、参照発現レベルと比較して増加していることが決定されている医薬。
【請求項６６】
前記患者から得られた試料中のＳＭＡＲＣＡ２の発現レベルが決定されている、請求項６５に記載の医薬。
【請求項６７】
ヌクレオソーム再構成タンパク質をコードする１つ以上の遺伝子における突然変異が特定されている、請求項５９〜６６のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項６８】
前記ヌクレオソーム再構成タンパク質が、ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質である、請求項６７に記載の医薬。
【請求項６９】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質が、ＢＲＧ１、ＳＮＦ５（ＩＮＩ１）、ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体１５５ｋＤａサブユニット、ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体１７０ｋＤａサブユニット、ＢＡＦ、ｚｉｐｚａｐタンパク質、またはＢＡＦ１８０である、請求項６８に記載の医薬。
【請求項７０】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子が、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＡＲＣＣ１、ＳＭＡＲＣＣ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ２、及びＰＢＲＭ１からなる群から選択される、請求項６８または６９に記載の医薬。
【請求項７１】
前記患者から得られた前記試料が、細胞試料、組織試料、全血試料、血漿試料、または血清試料である、請求項５９〜７０のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項７２】
前記細胞試料が腫瘍細胞試料である、請求項７１に記載の医薬。
【請求項７３】
前記組織試料が腫瘍組織試料である、請求項７１に記載の医薬。
【請求項７４】
前記がんが、ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子における突然変異を含む、請求項５９〜７３のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項７５】
前記ＳＷＩ／ＳＮＦファミリータンパク質をコードする１つ以上の遺伝子が、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＡＲＣＣ１、ＳＭＡＲＣＣ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ２、及びＰＢＲＭ１からなる群から選択される、請求項７４に記載の医薬。
【請求項７６】
前記がんが、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、またはＡＲＩＤ１Ａのうちの１つ以上における突然変異を含む、請求項７５に記載の医薬。
【請求項７７】
前記がんが、卵巣癌、肺癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、膀胱癌、乳癌、皮膚癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、リンパ癌、子宮頸癌、腹膜癌、膵臓癌、膠芽腫、肝臓癌、膀胱癌、結腸癌、直腸癌、子宮内膜癌、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肛門癌、陰茎癌、及び頭頸部癌からなる群から選択される、請求項５９〜７６のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項７８】
前記癌が卵巣癌である、請求項７７に記載の医薬。
【請求項７９】
前記卵巣癌が卵巣明細胞癌又は卵巣の小細胞癌である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記卵巣の小細胞癌が高カルシウム血症型の卵巣の小細胞癌である、請求項７９に記載の医薬。
【請求項８１】
前記がんが肺癌、胃癌、または膀胱癌である、請求項７７に記載の医薬。
【請求項８２】
前記がんがラブドイド腫瘍である、請求項５９〜７６のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項８３】
前記ラブドイド腫瘍が腎臓癌または脳腫瘍である、請求項８２に記載の医薬。
【請求項８４】
前記ラブドイド腫瘍が悪性ラブドイド腫瘍である、請求項８２または８３に記載の医薬。
【請求項８５】
前記悪性ラブドイド腫瘍がＳＭＡＲＣＢ１変異型悪性ラブドイド腫瘍である、請求項８４に記載の医薬。
【請求項８６】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、Ｈ３Ｋ２７トリメチル化の阻害剤を含む、請求項５９〜８５のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項８７】
前記Ｈ３Ｋ２７トリメチル化の阻害剤がＥＺＨ２阻害剤である、請求項５９〜８６のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項８８】
前記ＥＺＨ２阻害剤が小分子である、請求項８７に記載の医薬。
【請求項８９】
前記ＥＺＨ２阻害剤が、ＥＰＺ−６４３８、ＣＰＩ−１６９、ＣＰＩ−１２０５、ＥＰＺ００５６８７、ＧＳＫ−１２６、ＧＳＫ３４３、及びＧＳＫ５０３からなる群から選択される、請求項８８に記載の医薬。
【請求項９０】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、ポリコーム抑制性複合体２（ＰＲＣ２）の形成または活性を妨害する、請求項５９〜８９のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項９１】
前記１つ以上のＨ３Ｋ２７メチル化の阻害剤が、ＳＵＺ１２アンタゴニスト、ＥＥＤアンタゴニスト、またはｊｕｍｏｎｊｉアンタゴニストを含む、請求項９０に記載の医薬。
【請求項９２】
前記患者がヒトである、請求項５９〜９１のいずれか１項に記載の医薬。