【手続補正書】
【提出日】令和2年9月24日(2020.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、及び／又はベイロネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物。
【請求項２】
前記細菌の集団の各々が、前記組成物において、少なくとも１０３ＣＦＵの濃度で存在する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、細菌の胞子として供給されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、ルミノコッカス科及び／又はクロストリジウム科に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項５】
前記細菌の集団が、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）又はフィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）に属する、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記細菌の集団が、ルミノコッカス・ブロミイ種（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）又はフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）に属する、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される種、亜種、又は細菌株のうちの１又は複数に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項８】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、配列番号１〜８７６から選択される１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列と少なくとも８０％同一な、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む種、亜種、又は細菌株である、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項９】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における種から選択される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１０】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団が、配列番号８７７〜９２６、配列番号９２７〜９７６、配列番号９７７〜１０２６、配列番号１０２７〜１０７６、配列番号１０７７〜１１２６、配列番号１１２７〜１１７６、配列番号１１７７〜１２２６、配列番号１２２７〜１２７６、配列番号１２７７〜１３２６、配列番号１３２７〜１３７６、配列番号１３７７〜１４２６、配列番号１４２７〜１４７６、配列番号１４７７〜１５２６、配列番号１５２７〜１５７６、配列番号１５７７〜１６２６、配列番号１６２７〜１６７６、配列番号１６７７〜１７２６、配列番号１７２７〜１７７６、配列番号１７７７〜１８２６、配列番号１８２７〜１８７６、配列番号１８７７〜１９２６、配列番号１９２７〜１９７６、配列番号１９７７〜２０２６、配列番号２０２７〜２０７６、配列番号２０７７〜２１２６、配列番号２１２７〜２１７６、配列番号２１７７〜２２２６、配列番号２２２７〜２２７６、配列番号２２７７〜２３２６、配列番号２３２７〜２３７６、配列番号２３７７〜２４２６、配列番号２４２７〜２４７６、配列番号２４７７〜２５２６、配列番号２５２７〜２５７６、配列番号２５７７〜２６２６及び配列番号２６２７〜２６７６からなる群から選択される共存遺伝子群（ＣＡＧ）配列に対する少なくとも８０パーセントの同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１１】
経口送達のために製剤化されている、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
有効量の請求項１〜１０のいずれか一項に記載の組成物を含む、医薬製剤。
【請求項１３】
対象におけるがんを処置又は防止するための、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
対象におけるがんを処置するための、免疫チェックポイント阻害剤を含む組成物であって、前記対象へと投与するステップを含み、前記対象が、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の前記細菌の集団のうちの１又は複数を有する腸管マイクロバイオームにおいて好適な微生物プロファイルを有することが決定されている、組成物。
【請求項１５】
対象におけるがんを処置又は防止するための、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物。
【請求項１６】
対象におけるがんを処置するための、治療有効量の酪酸、単離若しくは精製された酪酸産生菌集団を含む組成物であって、前記対象が、免疫チェックポイント阻害剤を投与されている組成物。
【請求項１７】
対象においてがんを処置するための医薬の製造におけることを特徴とする、免疫チェックポイント阻害剤を含む治療有効量の組成物であって、
前記対象が、腸管マイクロバイオームにおいて、（ａ）前記腸管マイクロバイオームの高いアルファ多様性；（ｂ）前記腸管マイクロバイオームにおける酪酸産生菌の高存在度；（ｃ）前記腸管マイクロバイオームにおけるエンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される１若しくは複数の細菌；又は（ｄ）前記腸管マイクロバイオームにおける、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を有することとして既定された好適な微生物プロファイルを有することが決定されている組成物。
【請求項１８】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置とともに投与されるのに適している、請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの抗がん処置が、腫瘍内投与、動脈内投与、静脈内投与、血管内投与、胸腔内投与、腹腔内投与、気管内投与、髄腔内投与、筋内投与、内視鏡時投与、病変内投与、経皮投与、皮下投与、局部投与、定位投与、経口投与、又は直接的注射若しくは灌流により投与される、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤及び／又は少なくとも１つのさらなる抗がん処置である、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、がんを有する患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、請求項１又は２に記載の組成物の前記細菌の集団のうちの１又は複数を含む場合は、前記免疫チェックポイント阻害剤に対する応答が好適である方法。
【請求項２２】
免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、がんを有する患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、（ａ）高いアルファ多様性；（ｂ）酪酸産生菌の高存在度；（ｃ）エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される１若しくは複数の細菌；又は（ｄ）レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を含む場合は、前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される方法。
【請求項２３】
免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、がんを有する患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、（ａ）酪酸産生菌の低存在度；又は（ｂ）非レスポンダー（ＮＲ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を含む場合は、前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される方法。
【請求項２４】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記微生物プロファイルが、腸管微生物プロファイルである、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ１モノクローナル抗体又は抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体である、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２７】
前記酪酸産生菌の集団が、クロストリジウム目の１又は複数の細菌種を含む、請求項２２に記載の方法。