【手続補正書】
【提出日】令和2年4月10日(2020.4.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がんを有する患者が、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物に応答する可能性が高いかどうかを予測する方法であって、該方法は、前記患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上の存在又は不在を決定するステップを含み、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、前記再編成シグネチャの1つがサンプルに存在する場合、患者は、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物に応答する可能性が高い、方法。
【請求項２】
PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を用いた治療についてがんを有する患者を選択する方法であって、該方法は、前記患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上の存在又は不在を同定するステップ、ここで、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、及び前記再編成シグネチャの1つがサンプルに存在する場合、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を用いた治療について患者を選択するステップを含む、方法。
【請求項３】
再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上を有する患者におけるがんの治療方法に使用するためのPARP阻害剤又は白金ベースの薬物を含む組成物であって、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされる、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を含む組成物。
【請求項４】
患者におけるがんの治療方法に使用するためのPARP阻害剤又は白金ベースの薬物を含む組成物であって、該方法は、
(i)再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上が、前記患者から得られたDNAサンプルに存在するかどうかを決定するステップ、ここで、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、及び
(ii)前記再編成シグネチャの1つが前記サンプルに存在する場合、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を患者に投与するステップ
を含む、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を含む組成物。
【請求項５】
患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1〜6のいずれか1つの存在を決定する方法であって、再編成シグネチャは、表１に定義され、特定の再編成シグネチャに関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、その特定の再編成シグネチャの存在を示すと見なされる、方法。
【請求項６】
サンプルにおける再編成シグネチャの存在又は不在を決定するステップが、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類するそのサンプルについての再編成カタログを生成するステップを含む、請求項１、２及び５のいずれか一項に記載の方法又は３若しくは４に記載の組成物。
【請求項７】
再編成変異の分類が、
変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定すること、
変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定すること、及び場合によりタンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化することを含む、請求項６に記載の方法又は組成物。
【請求項８】
サンプルにおける再編成シグネチャの存在又は不在を決定するステップが、さらに、
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップを含む、請求項６又は７に記載の方法又は組成物。
【請求項９】
前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、コピー数多型、及び公知の配列決定アーティファクトのうちの1つ以上を除去するさらなるステップを含む、請求項８に記載の方法又は組成物。
【請求項１０】
フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用する、又は
フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、請求項９に記載の方法又は組成物。
【請求項１１】
変異が、個々の患者のサンプルについての再編成の全ゲノム平均密度の少なくとも10倍大きい再編成ブレークポイントの平均密度を有する場合、クラスタ化されていると同定する、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の方法又は組成物。
【請求項１２】
このサンプルのカタログ
2019519248.tif 000001
と
2019519248.tif 000002
との間のコサイン類似度(
2019519248.tif 000003
):
【数１】
2019519248.tif 000004
に比例する、i番目の公知の変異シグネチャ
2019519248.tif 000005
に関連する再編成カタログにおける再編成の数Eiを決定するステップをさらに含み、ここで、
【数２】
2019519248.tif 000006
であり、
2019519248.tif 000007
及び
2019519248.tif 000008
は、それぞれ公知の再編成シグネチャ及び再編成カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の再編成シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
【数３】
2019519248.tif 000009
及び
【数４】
2019519248.tif 000010
という要件によってさらに制約されている、請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法又は組成物。
【請求項１３】
再編成の数を決定するステップが、カタログとの相関がより小さいシグネチャから、カタログとの相関がより大きいシグネチャへ1つ以上の再編成を再割り当てすることによって、各シグネチャに割り当てられると決定された再編成の数をフィルタリングするステップをさらに含む、請求項１２に記載の方法又は組成物。
【請求項１４】
フィルタリングのステップが、貪欲アルゴリズムを使用して、カタログ
2019519248.tif 000011
と、再構築されたカタログ
【数５】
2019519248.tif 000012
との間のコサイン類似度を改善するか、又は変更しない、シグネチャへの再編成の代替的割り当てを反復的に見出すものであり、
2019519248.tif 000013
は、シグネチャiからシグネチャjへ変異を移動させることによって得られるベクトル
2019519248.tif 000014
のバージョンであり、各反復において、シグネチャ間の全ての可能な移動の影響が推定され、これらの可能な再割り当ての全てがコサイン類似度に負の影響を与える場合、フィルタリングステップは終了する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
DNAサンプルにおける変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30を検出する方法であって、変異シグネチャ26及び30は、表２に定義され、該方法は、前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、そのサンプルについての変異カタログを生成するステップ; 前記カタログにおける変異と、スカラー因子によってスケーリングされた複数の公知の変異シグネチャの組み合わせから予測される変異との間の差を表す関数を一緒になって最小化する、複数の前記公知の変異シグネチャのそれぞれについてのスカラー因子を決定することによって、変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30を含む公知の変異シグネチャの前記変異カタログへの寄与を決定するステップ; 及び変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30に対応するスカラー因子が、所定の閾値を超える場合に、前記サンプルを、対応する変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30をそれぞれ含有すると同定するステップを含む、方法。
【請求項１６】
前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、又は公知の配列決定アーティファクトのいずれか、又は両方を除去するさらなるステップを含み、場合により、
フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用するものである、及び／又は
フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数の公知の変異シグネチャを、全ての公知の変異シグネチャのサブセットとして選択するステップをさらに含み、場合により
変異シグネチャのサブセットが、DNAサンプル又は変異シグネチャ又は両方についての生物学的知識に基づいて選択される、請求項１５又は１６に記載の方法。
【請求項１８】
決定するステップが、フロベニウスノルム:
【数６】
2019519248.tif 000015
を最小化するスカラーEiを決定し、
2019519248.tif 000016
及び
2019519248.tif 000017
は、それぞれコンセンサス変異シグネチャ及び変異カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の変異シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
【数７】
2019519248.tif 000018
及び
【数８】
2019519248.tif 000019
という要件によってさらに制約されている、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６５】
【表２】
2019519248.tif 000020
2019519248.tif 000021
2019519248.tif 000022
本開示は以下の実施形態を包含する。   
[１]  がんを有する患者が、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物に応答する可能性が高いかどうかを予測する方法であって、該方法は、前記患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上の存在又は不在を決定するステップを含み、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、前記再編成シグネチャの1つがサンプルに存在する場合、患者は、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物に応答する可能性が高い、方法。
[２]  PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を用いた治療についてがんを有する患者を選択する方法であって、該方法は、前記患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上の存在又は不在を同定するステップ、ここで、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、及び前記再編成シグネチャの1つがサンプルに存在する場合、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を用いた治療について患者を選択するステップを含む、方法。
[３]  再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上を有する患者におけるがんの治療方法に使用するためのPARP阻害剤又は白金ベースの薬物であって、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされる、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物。
[４]  再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上を有すると決定された患者におけるがんの治療方法であって、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、該方法は、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を前記患者に投与するステップを含む、方法。
[５]  患者におけるがんの治療方法に使用するためのPARP阻害剤又は白金ベースの薬物であって、該方法は、
(i)再編成シグネチャ1、3、及び/又は5の1つ以上が、前記患者から得られたDNAサンプルに存在するかどうかを決定するステップ、ここで、再編成シグネチャ1、3、及び5は、表１に定義され、前記再編成シグネチャのそれぞれ又は組み合わせの1つ以上に関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、再編成シグネチャの存在を示すと見なされ、及び
(ii)前記再編成シグネチャの1つが前記サンプルに存在する場合、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物を患者に投与するステップ
を含む、PARP阻害剤又は白金ベースの薬物。
[６]  患者から得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャ1〜6のいずれか1つの存在を決定する方法であって、再編成シグネチャは、表１に定義され、特定の再編成シグネチャに関連すると決定されたその再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超える場合に、DNAサンプルは、その特定の再編成シグネチャの存在を示すと見なされる、方法。
[７]  サンプルにおける再編成シグネチャの存在又は不在を決定するステップが、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類するそのサンプルについての再編成カタログを生成するステップ; 及び
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップ
を含む、実施形態１、２、４、又は６のいずれかに記載の方法。
[８]  前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、コピー数多型、及び公知の配列決定アーティファクトのうちの1つ以上を除去するさらなるステップを含む、実施形態７に記載の方法。
[９]  フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用する、実施形態８に記載の方法。
[１０]  フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、実施形態８に記載の方法。
[１１]  再編成変異の分類が、変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定することを含む、実施形態７〜１０のいずれかに記載の方法。
[１２]  変異が、個々の患者のサンプルについての再編成の全ゲノム平均密度の少なくとも10倍大きい再編成ブレークポイントの平均密度を有する場合、クラスタ化されていると同定する、実施形態１１に記載の方法。
[１３]  再編成変異の分類が、変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定することを含む、実施形態７〜１２のいずれかに記載の方法。
[１４]  再編成変異の分類が、タンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化することを含む、実施形態１３に記載の方法。
[１５]  このサンプルのカタログ
2019519248.tif 000023
と
2019519248.tif 000024
との間のコサイン類似度(
2019519248.tif 000025
):
2019519248.tif 000026
に比例する、i番目の公知の変異シグネチャ
2019519248.tif 000027
に関連する再編成カタログにおける再編成の数Eiを決定するステップをさらに含み、ここで、
2019519248.tif 000028
であり、
2019519248.tif 000029
及び
2019519248.tif 000030
、それぞれ公知の再編成シグネチャ及び再編成カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の再編成シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
2019519248.tif 000031
及び
2019519248.tif 000032
という要件によってさらに制約されている、実施形態７〜１４のいずれかに記載の方法。
[１６]  再編成の数を決定するステップが、カタログとの相関がより小さいシグネチャから、カタログとの相関がより大きいシグネチャへ1つ以上の再編成を再割り当てすることによって、各シグネチャに割り当てられると決定された再編成の数をフィルタリングするステップをさらに含む、実施形態１５に記載の方法。
[１７]  フィルタリングのステップが、貪欲アルゴリズムを使用して、カタログ
2019519248.tif 000033
と、再構築されたカタログ
2019519248.tif 000034
との間のコサイン類似度を改善するか、又は変更しない、シグネチャへの再編成の代替的割り当てを反復的に見出すものであり、
2019519248.tif 000035
は、シグネチャiからシグネチャjへ変異を移動させることによって得られるベクトル
2019519248.tif 000036
のバージョンであり、各反復において、シグネチャ間の全ての可能な移動の影響が推定され、これらの可能な再割り当ての全てがコサイン類似度に負の影響を与える場合、フィルタリングステップは終了する、実施形態１６に記載の方法。
[１８]  DNAサンプルにおける変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30を検出する方法であって、変異シグネチャ26及び30は、表２に定義され、該方法は、前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、そのサンプルについての変異カタログを生成するステップ; 前記カタログにおける変異と、スカラー因子によってスケーリングされた複数の公知の変異シグネチャの組み合わせから予測される変異との間の差を表す関数を一緒になって最小化する、複数の前記公知の変異シグネチャのそれぞれについてのスカラー因子を決定することによって、変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30を含む公知の変異シグネチャの前記変異カタログへの寄与を決定するステップ; 及び変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30に対応するスカラー因子が、所定の閾値を超える場合に、前記サンプルを、対応する変異シグネチャ26又は変異シグネチャ30をそれぞれ含有すると同定するステップを含む、方法。
[１９]  前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、又は公知の配列決定アーティファクトのいずれか、又は両方を除去するさらなるステップを含む、実施形態１８に記載の方法。
[２０]  フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用する、実施形態１９に記載の方法。
[２１]  フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、実施形態１９又は実施形態２０に記載の方法。
[２２]  前記複数の公知の変異シグネチャを、全ての公知の変異シグネチャのサブセットとして選択するステップをさらに含む、実施形態１８〜２１のいずれかに記載の方法。
[２３]  変異シグネチャのサブセットが、DNAサンプル又は変異シグネチャ又は両方についての生物学的知識に基づいて選択される、実施形態２２に記載の方法。
[２４]  決定するステップが、フロベニウスノルム:
2019519248.tif 000037
を最小化するスカラーEiを決定し、
2019519248.tif 000038
及び
2019519248.tif 000039
は、それぞれコンセンサス変異シグネチャ及び変異カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の変異シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
2019519248.tif 000040
及び
2019519248.tif 000041
という要件によってさらに制約されている、実施形態１８〜２３のいずれかに記載の方法。