【手続補正書】
【提出日】令和2年5月18日(2020.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法における使用のための試薬またはキットであって、前記試薬またはキットが、表１の複数の分類指標バイオマーカーのうちの１つの核酸分子の一部分に対して各々実質的に相補的である複数のオリゴヌクレオチドを含み、前記方法が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現レベルを検出するステップを含み、前記複数の分類指標バイオマーカーの前記発現レベルの前記検出が、終末呼吸単位（ＴＲＵ）、近位増殖性（ＰＰ）、または近位炎症性（ＰＩ）ＡＤサブタイプを特異的に特定する、試薬またはキット。
【請求項２】
前記方法が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照ＡＤ  ＴＲＵ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＰ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＩ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類するステップとをさらに含む、請求項１に記載の試薬またはキット。
【請求項３】
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現レベルデータと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現レベルデータとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、請求項２に記載の試薬またはキット。
【請求項４】
前記複数の分類指標バイオマーカーの前記発現レベルが、核酸レベルで検出される、請求項１〜３のいずれかに記載の試薬またはキット。
【請求項５】
前記核酸レベルがＲＮＡまたはｃＤＮＡである、請求項４に記載の試薬またはキット。
【請求項６】
前記発現レベルを検出するステップが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、請求項４または５に記載の試薬またはキット。
【請求項７】
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、請求項６に記載の試薬またはキット。
【請求項８】
前記発現レベルの前記検出が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの各々に特異的な少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、請求項７に記載の試薬またはキット。
【請求項９】
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項１０】
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、請求項９に記載の試薬またはキット。
【請求項１１】
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の少なくとも２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも８種の分類指標バイオマーカー、少なくとも１６種の分類指標バイオマーカー、少なくとも２４種の分類指標バイオマーカー、少なくとも３２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも４０種の分類指標バイオマーカー、または少なくとも４８種の分類指標バイオマーカーを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項１に記載の試薬またはキット。
【請求項１２】
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の分類指標バイオマーカーのすべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項１から１１のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項１３】
患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法における使用のための試薬またはキットであって、前記試薬またはキットが、表１に記載されている複数の分類指標バイオマーカーのうちの１つの核酸分子の一部分に対して各々実質的に相補的である複数のオリゴヌクレオチドを含み、前記方法が、肺がん細胞において特異的な発現パターンを有する前記分類指標バイオマーカーの前記核酸分子の発現レベルを検出するステップを含み、前記分類指標バイオマーカーが、表１に記載されている分類指標バイオマーカーからなる群から選択され、前記方法が、（ａ）前記患者から得られた前記肺組織試料から核酸物質を単離するステップと、（ｂ）前記核酸物質を、前記複数の分類指標バイオマーカーの前記核酸分子の前記一部分に対して実質的に相補的である前記複数のオリゴヌクレオチドと混合するステップと、（ｃ）前記複数の分類指標バイオマーカーの発現を検出するステップとを含む試薬またはキット。
【請求項１４】
前記方法が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照ＡＤ  ＴＲＵ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＰ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＩ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類するステップとをさらに含む、請求項１３に記載の試薬またはキット。
【請求項１５】
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現データと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現データとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、請求項１４に記載の試薬またはキット。
【請求項１６】
前記発現レベルを検出する前記ステップが、ｑＲＴ−ＰＣＲまたは任意のハイブリダイゼーションベースの遺伝子アッセイを行うことを含む、請求項１３から１５のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項１７】
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、請求項１６に記載の試薬またはキット。
【請求項１８】
前記発現レベルの前記検出が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの各々に特異的な少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、請求項１７に記載の試薬またはキット。
【請求項１９】
前記方法が、前記複数の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルに基づいて、肺腺癌（ＡＤ）のサブタイプを処置するための療法に対する応答を予測するステップをさらに含む、請求項１３から１８のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項２０】
前記療法が、化学療法、血管新生阻害剤、および／または免疫療法である、請求項１９に記載の試薬またはキット。
【請求項２１】
肺ＡＤの前記サブタイプがＴＲＵであり、前記療法が化学療法または血管新生阻害剤である、請求項２０に記載の試薬またはキット。
【請求項２２】
肺ＡＤの前記サブタイプがＰＰであり、前記療法が化学療法である、請求項２０に記載の試薬またはキット。
【請求項２３】
肺ＡＤの前記サブタイプがＰＩであり、前記療法が免疫療法である、請求項２０に記載の試薬またはキット。
【請求項２４】
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、請求項１３から２３のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項２５】
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、請求項２４に記載の試薬またはキット。
【請求項２６】
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の少なくとも２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも５種の分類指標バイオマーカー、少なくとも１０種の分類指標バイオマーカー、少なくとも２０種の分類指標バイオマーカー、または少なくとも３０種の分類指標バイオマーカーを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項１３に記載の試薬またはキット。
【請求項２７】
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の分類指標バイオマーカーのすべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項１３から２６のいずれか一項に記載の試薬またはキット。
【請求項２８】
対象において肺がんを処置するための医薬であって、前記医薬が、免疫療法剤を含み、
前記対象が、前記対象から得られた肺がん試料中の少なくとも１種のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップによって判定された肺がんのサブタイプを有し、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１に列挙される一組のバイオマーカーから選択され、前記少なくとも１種のバイオマーカーの前記発現レベルが、前記肺がんの前記サブタイプを示す、医薬。
【請求項２９】
前記肺がんのサブタイプが、表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照腺癌ＴＲＵ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照腺癌ＰＰ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照腺癌ＰＩ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて前記第１の試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩに分類するステップとによって判定されている、請求項２８に記載の医薬。
【請求項３０】
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現データと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現データとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、請求項２９に記載の医薬。
【請求項３１】
前記肺がん試料が、腺癌の肺がん試料である、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項３２】
前記一組のバイオマーカーから選択される前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも８種のバイオマーカー核酸、少なくとも１６種のバイオマーカー核酸、少なくとも３２種のバイオマーカー核酸、または４８種のバイオマーカー核酸すべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、請求項３１に記載の医薬。
【請求項３３】
前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項３４】
前記過去の診断が組織学的検査によるものであった、請求項３３に記載の医薬。
【請求項３５】
前記肺がんのサブタイプが、さらなる一組のバイオマーカーからの少なくとも１種のバイオマーカーの発現レベルを測定するステップによって判定されている、請求項２８から３４のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項３６】
前記さらなる一組のバイオマーカーが、自然免疫細胞（ＩＩＣ）、適応免疫細胞（ＡＩＣ）、１つもしくは複数の個々の免疫バイオマーカー、１つもしくは複数のインターフェロン（ＩＦＮ）遺伝子、１つもしくは複数の主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ（ＭＨＣＩＩ）遺伝子、またはそれらの組合せの遺伝子発現シグネチャーを含む、請求項３５に記載の医薬。
【請求項３７】
前記さらなる一組のバイオマーカーが、表４Ａ、４Ｂ、５、６、７、またはそれらの組合せから選択される遺伝子を含む、請求項３６に記載の医薬。
【請求項３８】
ＡＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ａから選択される、請求項３７に記載の医薬。
【請求項３９】
ＩＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ｂから選択される、請求項３７に記載の医薬。
【請求項４０】
前記１つまたは複数の個々の免疫バイオマーカーが、表５から選択される、請求項３７に記載の医薬。
【請求項４１】
前記１つまたは複数のＩＦＮ遺伝子が、表６から選択される、請求項３７に記載の医薬。
【請求項４２】
前記１つまたは複数のＭＨＣＩＩ遺伝子が、表７から選択される、請求項３７に記載の医薬。
【請求項４３】
前記発現レベルを測定する前記ステップが、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して遂行される、請求項２８から４２のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項４４】
前記増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、請求項４３に記載の医薬。
【請求項４５】
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、請求項４４に記載の医薬。
【請求項４６】
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、請求項２８から４５のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項４７】
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、請求項４６に記載の医薬。
【請求項４８】
前記対象の腺癌サブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）から選択される、請求項２８から４７のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項４９】
前記肺がんサブタイプが近位炎症性であり、前記免疫療法剤がチェックポイント阻害剤を含む、請求項４８に記載の医薬。
【請求項５０】
前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を標的とする、請求項４９に記載の医薬。
【請求項５１】
前記チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４を標的とする、請求項５０に記載の医薬。
【請求項５２】
前記チェックポイント阻害剤が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、またはそれらの抗原断片結合性断片である、請求項５１に記載の医薬。
【請求項５３】
前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブまたはその抗原結合性断片である、請求項５２に記載の医薬。
【請求項５４】
前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される少なくとも１種のバイオマーカー核酸を含み、前記複数のバイオマーカー核酸の前記発現レベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、請求項２８に記載の医薬。
【請求項５５】
前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される前記バイオマーカー核酸のすべてを含み、前記複数のバイオマーカー核酸の前記発現レベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、請求項２８に記載の医薬。
【請求項５６】
前記公的に利用可能な肺腺癌データセットが、ＴＣＧＡ肺ＡＤ  ＲＮＡｓｅｑデータセットである、請求項５４または５５に記載の医薬。
【請求項５７】
表１の複数の分類指標バイオマーカーのうちの１つの核酸分子の一部分に対して各々実質的に相補的である複数のオリゴヌクレオチドの使用であって、前記使用が、患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法において使用するための試薬またはキットの製造における使用であり、前記方法が、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現レベルを検出するステップを含み、前記複数の分類指標バイオマーカーの前記発現レベルの前記検出が、終末呼吸単位（ＴＲＵ）、近位増殖性（ＰＰ）、または近位炎症性（ＰＩ）ＡＤサブタイプを特異的に特定する、使用。
【請求項５８】
表１に記載されている複数の分類指標バイオマーカーのうちの１つの核酸分子の一部分に対して各々実質的に相補的である複数のオリゴヌクレオチドの使用であって、前記使用が、患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法において使用するための試薬またはキットの製造における使用であり、前記方法が、肺がん細胞において特異的な発現パターンを有する前記分類指標バイオマーカーの前記核酸分子の発現レベルを検出するステップを含み、前記分類指標バイオマーカーが、表１に記載されている前記分類指標バイオマーカーからなる群から選択され、前記方法が、（ａ）前記患者から得られた前記肺組織試料から核酸物質を単離するステップと、（ｂ）前記核酸物質を、前記複数の分類指標バイオマーカーの前記核酸分子の前記一部分に対して実質的に相補的である前記複数のオリゴヌクレオチドと混合するステップと、（ｃ）前記複数の分類指標バイオマーカーの発現を検出するステップとを含む、使用。
【請求項５９】
対象において肺がんを処置するための医薬の製造における、免疫療法剤を含む医薬組成物の使用であって、
前記対象が、前記対象から得られた肺がん試料中の少なくとも１種のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップであって、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１に列挙される一組のバイオマーカーから選択され、前記少なくとも１種のバイオマーカーの前記発現レベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、ステップによって判定された肺がんのサブタイプを有する、使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
１つの態様では、本明細書において提供されるのは、対象において肺がんを処置する方法であって、前記対象から得られた肺がん試料中の少なくとも１種のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップであって、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１に列挙される一組のバイオマーカーから選択され、前記少なくとも１種のバイオマーカーの存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、ステップと、前記肺がんの前記サブタイプに基づいて免疫療法剤を投与するステップとを含む、方法である。一部の場合では、前記肺がん試料が、腺癌の肺がん試料である。一部の場合では、前記一組のバイオマーカーから選択される前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも８種のバイオマーカー核酸、少なくとも１６種のバイオマーカー核酸、少なくとも３２種のバイオマーカー核酸、または４８種のバイオマーカー核酸すべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。一部の場合では、前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された。一部の場合では、前記過去の診断が組織学的検査によるものであった。一部の場合では、前記方法は、さらなる一組のバイオマーカーからの少なくとも１種のバイオマーカーの発現を測定するステップをさらに含む。一部の場合では、前記さらなる一組のバイオマーカーが、自然免疫細胞（ＩＩＣ）、適応免疫細胞（ＡＩＣ）、１つもしくは複数の個々の免疫バイオマーカー、１つもしくは複数のインターフェロン（ＩＦＮ）遺伝子、１つもしくは複数の主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ（ＭＨＣＩＩ）遺伝子、またはそれらの組合せの遺伝子発現シグネチャーを含む。一部の場合では、前記さらなる一組のバイオマーカーが、表４Ａ、４Ｂ、５、６、７、またはそれらの組合せから選択される遺伝子を含む。一部の場合では、ＡＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ａから選択される。一部の場合では、ＩＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ｂから選択される。一部の場合では、前記１つまたは複数の個々の免疫バイオマーカーが、表５から選択される。一部の場合では、前記１つまたは複数のＩＦＮ遺伝子が、表６から選択される。一部の場合では、前記１つまたは複数のＭＨＣＩＩ遺伝子が、表７から選択される。一部の場合では、前記発現レベルを測定する前記ステップが、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して遂行される。一部の場合では、前記増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む。一部の場合では、前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される。一部の場合では、前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である。一部の場合では、前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である。一部の場合では、前記対象の腺癌サブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）から選択される。一部の場合では、前記肺がんサブタイプが近位炎症性であり、前記免疫療法剤がチェックポイント阻害剤を含む。一部の場合では、前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を標的とする。一部の場合では、前記チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４を標的とする。一部の場合では、前記チェックポイント阻害剤が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、またはそれらの抗原断片結合性断片である。一部の場合では、前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブまたはその抗原結合性断片である。一部の場合では、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される少なくとも１種のバイオマーカー核酸を含み、前記複数のバイオマーカー核酸の存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す。一部の場合では、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される前記バイオマーカー核酸のすべてを含み、前記複数のバイオマーカー核酸の存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す。一部の場合では、前記公的に利用可能な肺腺癌データセットが、ＴＣＧＡ肺ＡＤ  ＲＮＡｓｅｑデータセットである。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法であって、前記方法が、表１の少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現レベルを検出するステップを含み、前記分類指標バイオマーカーの前記発現レベルの前記検出が、終末呼吸単位（ＴＲＵ）、近位増殖性（ＰＰ）、または近位炎症性（ＰＩ）ＡＤサブタイプを特異的に特定する、方法。
（項目２）
表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照ＡＤ  ＴＲＵ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＰ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＩ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類するステップとをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現データと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現データとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記分類指標バイオマーカーの前記発現レベルが、核酸レベルで検出される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記核酸レベルがＲＮＡまたはｃＤＮＡである、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記発現レベルを検出するステップが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、項目４または５に記載の方法。
（項目７）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記発現レベルの前記検出が、表１の少なくとも１種の分類指標バイオマーカーに特異的な少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーが、複数の分類指標バイオマーカーを含む、前記項目のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の少なくとも２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも８種の分類指標バイオマーカー、少なくとも１６種の分類指標バイオマーカー、少なくとも２４種の分類指標バイオマーカー、少なくとも３２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも４０種の分類指標バイオマーカー、または少なくとも４８種の分類指標バイオマーカーを含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーが、表１の分類指標バイオマーカーのすべてを含む、項目１から１０のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
肺がん細胞において特異的な発現パターンを有する分類指標バイオマーカーをコードする少なくとも１種の核酸分子の発現レベルを検出するステップを含む、患者から得られた肺組織試料の腺癌（ＡＤ）サブタイプを判定するための方法であって、前記分類指標バイオマーカーが、表１に記載されている分類指標遺伝子からなる群から選択され、前記方法が、（ａ）患者由来の肺組織試料から核酸物質を単離するステップと、（ｂ）前記核酸物質を、前記分類指標バイオマーカーの核酸分子の一部分に対して実質的に相補的であるオリゴヌクレオチドと混合するステップと、（ｃ）前記分類指標バイオマーカーの発現を検出するステップとを含む方法。
（項目１５）
表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照ＡＤ  ＴＲＵ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＰ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照ＡＤ  ＰＩ試料からの表１の前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類するステップとをさらに含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現データと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現データとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記発現レベルを検出する前記ステップが、ｑＲＴ−ＰＣＲまたは任意のハイブリダイゼーションベースの遺伝子アッセイを行うことを含む、項目１４から１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記発現レベルの前記検出が、表１の少なくとも１種の分類指標バイオマーカーに特異的な少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルに基づいて、肺腺癌（ＡＤ）のサブタイプを処置するための療法に対する応答を予測するステップをさらに含む、項目１４から１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記療法が、化学療法、血管新生阻害剤、および／または免疫療法である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
肺ＡＤの前記サブタイプがＴＲＵであり、前記療法が化学療法または血管新生阻害剤である、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
肺ＡＤの前記サブタイプがＰＰであり、前記療法が化学療法である、項目２１に記載の方法。
（項目２４）
肺ＡＤの前記サブタイプがＰＩであり、前記療法が免疫療法である、項目２１に記載の方法。
（項目２５）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、項目１４から２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
分類指標バイオマーカーをコードする前記少なくとも１種の核酸分子が、複数の分類指標バイオマーカーをコードする複数の核酸分子を含む、項目１４から２６のいずれかに記載の方法。
（項目２８）
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１の少なくとも２種の分類指標バイオマーカー、少なくとも５種の分類指標バイオマーカー、少なくとも１０種の分類指標バイオマーカー、少なくとも２０種の分類指標バイオマーカー、または少なくとも３０種の分類指標バイオマーカーを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記少なくとも１種の分類指標バイオマーカーが、表１の分類指標バイオマーカーのすべてを含む、項目１４から２６のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
患者から得られた肺組織試料中のバイオマーカーを検出する方法であって、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して、表１から選択される複数のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップを含む方法。
（項目３１）
前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記過去の診断が組織学的検査によるものであった、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、項目３０から３２のいずれかに記載の方法。
（項目３４）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記発現レベルの前記検出が、表１から選択される前記複数のバイオマーカー核酸の各々あたり少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、項目３０から３５のいずれかに記載の方法。
（項目３７）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも１０種のバイオマーカー核酸、少なくとも２０種のバイオマーカー核酸、少なくとも３０種のバイオマーカー核酸、少なくとも４０種のバイオマーカー核酸、少なくとも５０種のバイオマーカー核酸、少なくとも６０種のバイオマーカー核酸、または少なくとも７０種のバイオマーカー核酸を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目３０から３７のいずれかに記載の方法。
（項目３９）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の分類指標バイオマーカー核酸のすべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目３０から３７のいずれかに記載の方法。
（項目４０）
患者から得られた肺組織試料中のバイオマーカーを検出する方法であって、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して、表１から選択される複数のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップから本質的になる方法。
（項目４１）
前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記過去の診断が組織学的検査によるものであった、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、項目４０から４２のいずれかに記載の方法。
（項目４４）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記発現レベルの前記検出が、表１から選択される前記複数のバイオマーカー核酸の各々あたり少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、項目４０から４５のいずれかに記載の方法。
（項目４７）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも１０種のバイオマーカー核酸、少なくとも２０種のバイオマーカー核酸、少なくとも３０種のバイオマーカー核酸、少なくとも４０種のバイオマーカー核酸、少なくとも５０種のバイオマーカー核酸、少なくとも６０種のバイオマーカー核酸、または少なくとも７０種のバイオマーカー核酸を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目４０から４７のいずれかに記載の方法。
（項目４９）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の分類指標バイオマーカー核酸のすべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目４０から４７のいずれかに記載の方法。
（項目５０）
患者から得られた肺組織試料中のバイオマーカーを検出する方法であって、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して、表１から選択される複数のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップからなる方法。
（項目５１）
前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記過去の診断が組織学的検査によるものであった、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、項目５０から５２のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記発現レベルの前記検出が、表１から選択される前記複数のバイオマーカー核酸の各々あたり少なくとも一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、項目５０から５５のいずれかに記載の方法。
（項目５７）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも１０種のバイオマーカー核酸、少なくとも２０種のバイオマーカー核酸、少なくとも３０種のバイオマーカー核酸、少なくとも４０種のバイオマーカー核酸、少なくとも５０種のバイオマーカー核酸、少なくとも６０種のバイオマーカー核酸、または少なくとも７０種のバイオマーカー核酸を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目５０から５７のいずれかに記載の方法。
（項目５９）
前記複数のバイオマーカー核酸が、表１の分類指標バイオマーカー核酸のすべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目５０から５７のいずれかに記載の方法。
（項目６０）
腺癌患者が免疫療法に応答する可能性が高いかどうかを判定する方法であって、
前記患者由来の肺組織試料の腺癌サブタイプを判定するステップであって、前記腺癌サブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、およびマグノイド（近位増殖性）からなる群から選択される、ステップと、
前記サブタイプに基づいて、前記患者が免疫療法に応答する可能性が高いかどうかを査定するステップと
を含む方法。
（項目６１）
免疫療法のための腺癌患者を選択するための方法であって、前記患者由来の肺組織試料の腺癌サブタイプを判定するステップと、前記サブタイプに基づいて、免疫療法のための前記患者を選択するステップとを含む方法。
（項目６２）
前記免疫療法がチェックポイント阻害剤療法を含む、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６３）
前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を標的とする、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４を標的とする、項目６２に記載の方法。
（項目６５）
前記チェックポイント阻害剤が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、またはそれらの抗原断片結合性断片である、項目６３に記載の方法。
（項目６６）
前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブまたはその抗原結合性断片である、項目６４に記載の方法。
（項目６７）
前記患者が腺癌を有することが試料の組織学的解析により初めに判定される、項目６０から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記患者の腺癌分子サブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）から選択され、前記患者から得られた試料の組織学的解析によって判定される、項目６０から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、または前記患者から得られた体液である、項目６７から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記腺癌サブタイプを判定する前記ステップが、複数の分類指標バイオマーカーの発現レベルを判定することを含む、項目６０から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記複数の分類指標バイオマーカーの前記発現レベルを判定することが、ＲＮＡ配列決定、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、またはハイブリダイゼーションベースの解析を行うことにより核酸レベルでなされる、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記腺癌サブタイプを判定するための前記複数の分類指標バイオマーカーが、公的に利用可能な肺腺癌データセットから選択される、項目７１または７２に記載の方法。
（項目７４）
前記公的に利用可能な肺腺癌データセットが、ＴＣＧＡ肺ＡＤ  ＲＮＡｓｅｑデータセットである、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記腺癌サブタイプを判定するための前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１から選択される、項目７２に記載の方法。
（項目７６）
前記ＲＴ−ＰＣＲが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記ＲＴ−ＰＣＲが、表１の前記複数の分類指標バイオマーカーに特異的なプライマーを用いて行われる、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの前記検出された発現レベルを、少なくとも１種のサンプルトレーニングセットにおける表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１種のサンプルトレーニングセットが、参照腺癌ＴＲＵ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照腺癌ＰＰ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、参照腺癌ＰＩ試料からの表１の前記複数の分類指標バイオマーカーの発現データ、またはそれらの組合せを含む、ステップと、前記比較するステップの結果に基づいて第１の試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩに分類するステップとをさらに含む、項目７１から７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記比較するステップが、前記試料から得られた前記発現データと、前記少なくとも１種のトレーニングセットからの前記発現データとの間の相関を判定することを含む、統計的アルゴリズムを適用することと、前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記試料をＴＲＵ、ＰＰ、またはＰＩサブタイプに分類することとを含む、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記複数の分類指標バイオマーカーが、表１に記載されている分類指標バイオマーカーの各々を含む、項目７１から７９のいずれかに記載の方法。
（項目８１）
対象において肺がんを処置する方法であって、
前記対象から得られた肺がん試料中の少なくとも１種のバイオマーカー核酸の発現レベルを測定するステップであって、前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１に列挙される一組のバイオマーカーから選択され、前記少なくとも１種のバイオマーカーの存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、ステップと、
前記肺がんの前記サブタイプに基づいて免疫療法剤を投与するステップと
を含む、方法。
（項目８２）
前記肺がん試料が、腺癌の肺がん試料である、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記一組のバイオマーカーから選択される前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、表１の少なくとも２種のバイオマーカー核酸、少なくとも８種のバイオマーカー核酸、少なくとも１６種のバイオマーカー核酸、少なくとも３２種のバイオマーカー核酸、または４８種のバイオマーカー核酸すべてを含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記肺組織試料が腺癌であると過去に診断された、項目８１から８３のいずれかに記載の方法。
（項目８５）
前記過去の診断が組織学的検査によるものであった、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
さらなる一組のバイオマーカーからの少なくとも１種のバイオマーカーの発現を測定するステップをさらに含む、項目８１から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記さらなる一組のバイオマーカーが、自然免疫細胞（ＩＩＣ）、適応免疫細胞（ＡＩＣ）、１つもしくは複数の個々の免疫バイオマーカー、１つもしくは複数のインターフェロン（ＩＦＮ）遺伝子、１つもしくは複数の主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ（ＭＨＣＩＩ）遺伝子、またはそれらの組合せの遺伝子発現シグネチャーを含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記さらなる一組のバイオマーカーが、表４Ａ、４Ｂ、５、６、７、またはそれらの組合せから選択される遺伝子を含む、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
ＡＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ａから選択される、項目８７に記載の方法。
（項目９０）
ＩＩＣの前記遺伝子発現シグネチャーが、表４Ｂから選択される、項目８７に記載の方法。
（項目９１）
前記１つまたは複数の個々の免疫バイオマーカーが、表５から選択される、項目８７に記載の方法。
（項目９２）
前記１つまたは複数のＩＦＮ遺伝子が、表６から選択される、項目８７に記載の方法。
（項目９３）
前記１つまたは複数のＭＨＣＩＩ遺伝子が、表７から選択される、項目８７に記載の方法。
（項目９４）
前記発現レベルを測定する前記ステップが、増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイを使用して遂行される、項目８１から９３のいずれかに記載の方法。
（項目９５）
前記増幅、ハイブリダイゼーション、および／または配列決定アッセイが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡｓｅｑ、マイクロアレイ、遺伝子チップ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現高速解析（ＲＡＧＥ）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロッティング、または任意の他の均等な遺伝子発現検出技術を行うことを含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記発現レベルが、ｑＲＴ−ＰＣＲを行うことにより検出される、項目９５に記載の方法。
（項目９７）
前記試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮なもしくは冷凍組織試料、エキソソーム、洗浄液、細胞ペレット、または前記患者から得られた体液である、項目８１から９６のいずれかに記載の方法。
（項目９８）
前記体液が、血液もしくはその画分、尿、唾液、または喀痰である、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記対象の腺癌サブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）から選択される、項目８１から９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記肺がんサブタイプが近位炎症性であり、前記免疫療法剤がチェックポイント阻害剤を含む、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を標的とする、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４を標的とする、項目１００に記載の方法。
（項目１０３）
前記チェックポイント阻害剤が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、またはそれらの抗原断片結合性断片である、項目１０１に記載の方法。
（項目１０４）
前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブまたはその抗原結合性断片である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０５）
前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される少なくとも１種のバイオマーカー核酸を含み、前記複数のバイオマーカー核酸の存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、項目８１に記載の方法。
（項目１０６）
前記少なくとも１種のバイオマーカー核酸が、複数のバイオマーカー核酸であり、前記複数のバイオマーカー核酸が、公的に利用可能な肺腺癌データセットからの１つまたは複数のバイオマーカー核酸と組み合わせた、表１に列挙される前記バイオマーカー核酸のすべてを含み、前記複数のバイオマーカー核酸の存在、非存在、および／またはレベルが、前記肺がんのサブタイプを示す、項目８１に記載の方法。
（項目１０７）
前記公的に利用可能な肺腺癌データセットが、ＴＣＧＡ肺ＡＤ  ＲＮＡｓｅｑデータセットである、項目１０５または１０６に記載の方法。