【手続補正書】
【提出日】令和2年3月3日(2020.3.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それを必要とする被験体においてアレルギー性炎症を処置または防止するための方法における使用のための組成物であって、該組成物は、少なくともＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐの単離体を含む細菌集団を含む、使用のための組成物。
【請求項２】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項３】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項４】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項５】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項６】
前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．が、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項７】
前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項８】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項９】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓであり、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項１０】
前記細菌集団が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．をさらに含む、請求項１から９までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１１】
前記Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅである、請求項１０に記載の使用のための組成物。
【請求項１２】
前記細菌集団が、２０種類未満の種の細菌を含む、請求項１から１１までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１３】
前記細菌集団が、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．をさらに含む、請求項１から１２までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１４】
経口または直腸投与のために製剤化されている、請求項１から１３までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１５】
凍結乾燥形態または液体形態である、請求項１から１４までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１６】
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項１から１５までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１７】
食品または飲料である、請求項１から１６までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１８】
前記アレルギー性炎症が、喘息または小児アレルギー性喘息である、請求項１から１７までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【請求項１９】
真菌微生物をさらに含む、請求項１から１８までのいずれか一項に記載の使用のための組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
ある態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
それを必要とする被験体においてディスバイオシスを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
（項目２）
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、項目１に記載の方法。
（項目３）
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ
ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓである、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞を含む粉末の形態である、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記被験体に約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を投与する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記細菌集団が、細菌組成物の一部を形成する、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記細菌組成物が、約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の細菌種を含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記細菌組成物が、糞便移植物ではない、項目７に記載の方法。
（項目１０）
前記細菌組成物が、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、項目７に記載の方法。
（項目１１）
前記細菌組成物を経口または直腸投与する、項目７に記載の方法。
（項目１２）
前記被験体が、炎症性疾患を有する、項目７に記載の方法。
（項目１３）
前記被験体が、炎症性疾患に罹患するリスクがある、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記被験体が、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも１名、２名、３名、または４名有する、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記炎症性疾患が、小児アレルギー性喘息または炎症性腸疾患である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記被験体が、便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫、および／または腹痛に苦しんでいる、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記被験体が、最近１、２、３、または４カ月以内に抗生物質を投与されている、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記被験体が新生児である、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記有効量が、
（ｉ）前記被験体におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、クレードＩＶもしくはＸＩＶに属するＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｓｐ．、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｓｐ．、および／もしくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．のレベルを上昇させる；
（ｉｉ）前記被験体の糞便中のｐＨを低下させる；
（ｉｉｉ）前記被験体の糞便中の乳酸のレベルを上昇させる；
（ｉｖ）前記被験体における循環イタコネートのレベルを上昇させる；
（ｖ）被験体におけるアレルギー性炎症を処置、軽減、もしくは防止する；
（ｖｉ）前記被験体の気道における適応免疫応答を低減させる；
（ｖｉｉ）胃腸関連腸間膜リンパ節における樹状細胞活性化を低減させる；
（ｖｉｉｉ）前記被験体の肺、血液、血清、もしくは血漿中の修復マクロファージのレベルを上昇させる；
（ｉｘ）前記被験体における抗炎症性化合物のレベルを上昇させる；
（ｘ）前記被験体における炎症促進性化合物のレベルを低下させる；
（ｘｉ）前記被験体におけるエオタキシンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる；ならびに／または
（ｘｉｉ）前記被験体におけるムチンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる
のに有効である、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記有効量が、前記被験体の肺におけるムチンの分泌および／または分泌のレベルを低下させるのに有効である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記抗炎症性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記抗炎症性化合物がＩＬ−１７である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記炎症促進性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
前記炎症促進性化合物が、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＩＬ−１３、ＴＮＦ−α、またはＭＵＣ５Ｂである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記被験体に（ａ）Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、（ｂ）Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、または（ｃ）真菌微生物を投与するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３０）
それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
（項目３１）
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
それを必要とする被験体においてウイルス性呼吸器感染症を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
（項目３３）
前記ウイルス性呼吸器感染症が、呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、またはライノウイルスによって引き起こされる、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記ウイルス性呼吸器感染症が、細気管支炎、感冒、クループ、または肺炎である、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
それを必要とする被験体においてアレルギーを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
（項目３６）
前記アレルギーが、乳、卵、魚、甲殻類、ナッツ類、ピーナッツ、小麦、ネコ、イヌ、もしくは齧歯類からの鱗屑、虫刺され、花粉、ラテックス、チリダニ、または大豆に対するアレルギーである、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記アレルギーが、小児アレルギー性喘息、枯草熱、またはアレルギー性気道感作である、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
それを必要とする被験体において抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または炎症促進性化合物のレベルを低下させる方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ
ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
（項目３９）
前記被験体の糞便、血液、血漿、血清、気管支肺胞洗浄液、汗、唾液、痰、リンパ液、脊髄液、尿、涙、胆汁、房水、硝子体液、羊水、母乳、脳脊髄液、耳垢、鼻の粘液、粘液、または皮脂において前記抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または前記炎症促進性化合物のレベルを低下させるための、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記抗炎症性化合物が、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、項目３８の一項に記載の方法。
（項目４１）
被験体が、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に罹患している、項目３８に記載の方法。
（項目４２）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む組成物。
（項目４３）
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を含む、項目４２に記載の組成物。
（項目４５）
糞便移植物ではない、項目４２に記載の組成物。
（項目４６）
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、項目４２に記載の組成物。
（項目４７）
カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤、クリーム剤、油剤、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である、項目４２に記載の組成物。
（項目４８）
粉末、固体、半固体、または液体の形態である、項目４２に記載の組成物。
（項目４９）
２０℃における、約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する、項目４２に記載の組成物。
（項目５０）
食品または飲料である、項目４２に記載の組成物。
（項目５１）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、粉末の形態である、項目４２に記載の組成物。
（項目５２）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、凍結乾燥されたものである、項目４２に記載の組成物。
（項目５３）
それを必要とする被験体において炎症促進性化合物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の該炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
（項目５４）
前記被験体が、ディスバイオシスを有するまたはそれを発症するリスクがある、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記被験体が、炎症性疾患を有する、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、項目５３に記載の方法。
（項目５７）
前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、項目５３に記載の方法。
（項目５８）
前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、項目５３に記載の方法。
（項目５９）
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、項目５３に記載の方法。
（項目６０）
前記生体試料が体液である、項目５３に記載の方法。
（項目６１）
前記体液が、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液である、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記体液が糞便水分である、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記炎症促進性化合物を検出するステップが、抗原提示細胞を前記生体試料と接触させることを含む、項目５３に記載の方法。
（項目６４）
前記抗原提示細胞が樹状細胞である、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記炎症促進性化合物を検出するステップが、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目６６）
前記接触したＴ細胞および／または該接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記炎症促進性化合物が、
（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；
（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または
（ｖ）前記接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合
に検出される、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう該被験体を指導するステップをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目６９）
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体に項目５２から６２までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目７０）
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体を、ディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると診断するステップをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目７１）
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）項目６３から８０までのいずれか一項に記載の方法に従って炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
（項目７２）
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
（項目７３）
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを有するかどうかを決定するステップをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目７４）
項目７１に記載の方法に従ってディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると決定された被験体においてディスバイオシスまたは炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体にディスバイオシスまたは前記炎症性疾患に対する処置を施すステップを含む方法。
（項目７５）
ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
（項目７６）
被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
（項目７７）
炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップとを含む方法。
（項目７８）
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、該標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む方法。
（項目７９）
炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）第１の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性または炎症促進性代謝産物の前記第２の発現レベルを抗炎症性または炎症促進性代謝産物の該第１の発現レベルと比較し、それにより、該被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む方法。
（項目８０）
被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、該被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体における該炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む方法。