【手続補正書】
【提出日】令和2年3月24日(2020.3.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物ライブラリーを基板上にインサイチュで合成する方法、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、該方法は以下を含む：
（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；
（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；
ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【請求項２】
合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、請求項１記載の方法。
【請求項３】
入力生物学的配列が疾患関連エピトープ、ペプチド配列、エピトープ配列またはランダム配列を含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項１記載の方法。
【請求項６】
ライブラリー中の少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項７】
ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付ける方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）工程（ｂ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付ける工程。
【請求項９】
ペプチドアレイが以下の工程によってインサイチュで合成される、請求項８記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項１０】
標的タンパク質における抗体エピトープを同定する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ａ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの標的タンパク質にアライメントする工程。
【請求項１１】
標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された入力ペプチド配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成する工程、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｃ）前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定する工程；および
（ｄ）複数の競合ペプチドの存在下において、前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、工程（ｃ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｃ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定する工程；および
（ｅ）個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントし、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける工程。
【請求項１２】
ペプチドアレイが酸化条件下で環化できる、またはエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項９記載の方法。
【請求項１３】
表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｃｙｓ、Ｃｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓ、またはＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｌｙｓｉｎｅである、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
基板が親水性単分子層でコートされている、請求項９記載の方法。
【請求項１５】
親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、請求項１４記載の方法。