【手続補正書】
【提出日】令和2年10月23日(2020.10.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗うつ治療への患者の反応を同定するための方法であり、
前記患者の臨床的特徴を少なくとも１つ得るステップであって、前記少なくとも１つの臨床的特徴は、筋骨格系／外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、トラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いこと、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、前記少なくとも１つの臨床的特徴は、好ましくは、筋骨格系／外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、雇用状況、抵抗性、年齢、およびトラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いことを含む複数の臨床的特徴である、ステップと、
患者から取得した遺伝物質中の少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性を取得するステップであって、前記少なくとも２つの多型部位は、ｒｓｌ０５７０７９，ｒｓｌ０８９２６２９，ｒｓｌ２６２５５３１，ｒｓｌ３０３８６０，ｒｓｌ３４９６２０，ｒｓｌ３６１０３８，ｒｓｌ４７５７７４，ｒｓｌ４８８４６７，ｒｓｌ６９１２７４１，ｒｓｌ６９５９２１６，ｒｓｌ７０４９５２８，ｒｓｌ８５４６９６，ｒｓｌ８７３９０６，ｒｓｌ８９１９３２，ｒｓ３１２２１５５，ｒｓ４８４５８８２，ｒｓ５３０２９６，ｒｓ６２５１０９，ｒｓ６９１３６３９，ｒｓ７２０３３１５，ｒｓ７３２１２３，およびｒｓ９４８０２５からなる群から選択される、ステップと、
前記少なくとも１つの臨床的特徴または前記少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性にアンサンブル予測器を適用することを含む機械学習を適用するステップであって、前記アンサンブル予測器は、公知の治療応答を有する患者から得られた前記少なくとも１つの臨床的特徴および前記少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性のデータセットへ前記機械学習のアルゴリズムを適用することで得られ、これにより前記患者の治療応答を示すスコアが得られる、ステップとを含む、方法。
【請求項２】
前記患者に関する個人情報および／または人口統計学的情報を取得することであって、好ましくは、前記取得された個人情報は、雇用状況、居住地、年齢、民間の健康保険に加入していること、婚姻状況、およびこれらの任意の組み合わせに関し、好ましくは、前記取得された個人情報は、雇用状況、居住地、および年齢に関し、または、前記取得された個人情報は、雇用状況および民間の健康保険に加入していることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも２つの多型部位は、複数の多型部位を含み、前記複数の多型部位は、ｒｓ１０５７０７９、ｒｓ１０８９２６２９、ｒｓ１２６２５５３１、ｒｓ１３０３８６０、ｒｓ１３４９６２０、ｒｓ１３６１０３８、ｒｓ１４７５７７４、ｒｓ１４８８４６７、ｒｓ１６９１２７４１、ｒｓ１６９５９２１６、ｒｓ１７０４９５２８、ｒｓ１８５４６９６、ｒｓ１８７３９０６、ｒｓ１８９１９３２、ｒｓ３１２２１５５、ｒｓ４８４５８８２、ｒｓ５３０２９６、ｒｓ６２５１０９、ｒｓ６９１３６３９、ｒｓ７２０３３１５、ｒｓ７３２１２３、およびｒｓ９４８０２５を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
抗うつ治療への反応は、シタロプラム、パロキセチン、セルトラリン、ジメリジン、エスシタロプラム、インダルピン、ダポキセチン、フルボキサミン、フルオキセチン、タロプラム、タルスプラム、レボキセチン、ビロキサジン、アトモキセチン、ブプロピオン、デスオキシピプラドロール、エディボキセチン、アメダリン、デスベンラファキシン、ミルナシプラン（ｍｉｌｎａｃｉｐｒａｍ）、ダレダリン、ベンラファキシン、デュロキセチン、タンダミン、ロルタラミン、レボミルナシプラン、ジフェメトレックス、デクスメチルフェニデート、マプロチリン、ミルタザピン、ネファゾドン、トラゾドン、およびボルチオキセチン、またはこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される抗うつ薬に対する反応を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
抗うつ治療への反応は、シタロプラム治療への反応を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの臨床的特徴は、上部胃腸における問題の重症度レベル、異なる身体部位における疼痛もしくは痛みの報告、不安発作を起こす恐れの報告、向精神薬の服用歴があること、他の抗うつ剤に対する治療反応性が低いこと、悩みの報告、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、好ましくは、前記少なくとも１つの臨床的特徴は、上部胃腸における問題の重症度レベル、異なる身体部位における疼痛もしくは痛みの報告、不安発作を起こす恐れの報告、向精神薬の服用歴があること、他の抗うつ剤に対する治療反応性が低いこと、および悩みの報告を含む複数の臨床的特徴である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも２つの多型部位が、ｒｓ１７２９１３８８、ｒｓ５５８０２５、およびｒｓ７２０１０８２からなる群から選択され、好ましくは、前記少なくとも２つの多型部位が、ｒｓ１７２９１３８８、ｒｓ５５８０２５、およびｒｓ７２０１０８２を含む複数の多型部位である、請求項４から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
抗うつ治療に対する反応が、ベンラファキシンに対する反応を含み、前記ヌクレオチド同一性が、多数部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性を同定することを含み、好ましくは、前記ヌクレオチド同一性の同定が、さらに、前記遺伝物質中の多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性を同定することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がアデニン／アデニンまたはグアニン／グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記患者に処方および／または投与することを推奨することをさらに含むか、または、（ｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がグアニン／グアニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がグアニン／グアニンである場合、（ｉｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がアデニン／アデニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がグアニン／グアニンである場合、または（ｉｉｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がアデニン／アデニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がアデニン／グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記患者に処方および／または投与することを推奨することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がグアニン／アデニンである場合に、ベンラファキシンを前記患者に処方および／または投与することを控えることを推奨することをさらに含む、または、（ｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がグアニン／グアニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がアデニン／グアニンである場合、（ｉｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がアデニン／グアニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がグアニン／グアニンである場合、または（ｉｉｉ）前記多型部位ｒｓ２２８３３５１のヌクレオチド同一性がアデニン／グアニンであり、かつ、前記多型部位ｒｓ１０４９７３４０のヌクレオチド同一性がアデニン／グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記患者に処方および／または投与することを控えることを推奨することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記機械学習アルゴリズムは、非線形分類アルゴリズムを含む前記分類アルゴリズムを含むか、好ましくは、前記非線形分類アルゴリズムは、分類木および回帰木のアンサンブルを含むか、より好ましくは、前記分類木および回帰木のアンサンブルは、ランダムフォレスト分類器、サポートベクトルマシン（ＳＶＭ）、またはブースティングフレームワークを含むか、または、前記段階的スコアは、精度が０．５を超え、精度のｐ値が０．０５未満であり、ＡＵＣが０．５を超える、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記機械学習アルゴリズムを適用することは、特徴選択工程を含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
抗うつ治療への患者の反応を同定するためのシステムであって、前記システムは、
前記患者の臨床的特徴を少なくとも１つ受信するステップであって、前記少なくとも１つの臨床的特徴は、筋骨格系／外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、トラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いこと、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、前記少なくとも１つの臨床的特徴は、好ましくは、筋骨格系／外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、雇用状況、抵抗性、年齢、およびトラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いことを含む複数の臨床的特徴である、ステップと、
患者から取得した遺伝物質中の少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性を取得するステップであって、前記少なくとも２つの多型部位は、ｒｓｌ０５７０７９，ｒｓｌ０８９２６２９，ｒｓｌ２６２５５３１，ｒｓｌ３０３８６０，ｒｓｌ３４９６２０，ｒｓｌ３６１０３８，ｒｓｌ４７５７７４，ｒｓｌ４８８４６７，ｒｓｌ６９１２７４１，ｒｓｌ６９５９２１６，ｒｓｌ７０４９５２８，ｒｓｌ８５４６９６，ｒｓｌ８７３９０６，ｒｓｌ８９１９３２，ｒｓ３１２２１５５，ｒｓ４８４５８８２，ｒｓ５３０２９６，ｒｓ６２５１０９，ｒｓ６９１３６３９，ｒｓ７２０３３１５，ｒｓ７３２１２３，およびｒｓ９４８０２５からなる群から選択される、ステップと、
前記少なくとも１つの臨床的特徴または前記少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性にアンサンブル予測器を適用することを含む機械学習を適用するステップであって、前記アンサンブル予測器は、公知の治療応答を有する患者から得られた前記少なくとも１つの臨床的特徴および前記少なくとも２つの多型部位のヌクレオチド同一性のデータセットへ前記機械学習のアルゴリズムを適用することで得られる、ステップとを実行するよう構成されたプロセッサを含む、システム。