【手続補正書】
【提出日】令和2年11月16日(2020.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドライブラリであって、ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００のポリヌクレオチドを含み、ゲノムフラグメントとのハイブリダイゼーションおよびハイブリダイズされたゲノムフラグメントのシーケンシングに続いて、ポリヌクレオチドライブラリが、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大５５倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも９０パーセントの少なくとも３０倍の読み取り深度を提供するような量で、少なくとも５０００のポリヌクレオチドの各々は存在する、ポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２】
ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大５５倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも９５パーセントの少なくとも３０倍の読み取り深度を提供する、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項３】
ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも９０パーセントの固有の読み取りを提供する、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項４】
ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約１．５倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも９０パーセントを提供する、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項５】
ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約１．５倍以内の読み取り深度を有する、１０パーセントから３０パーセントまたは７０パーセントから９０パーセントのＧＣの割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも９０パーセントを提供する、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項６】
ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約１．５倍以内の読み取り深度を有する、１０パーセントから３０パーセントまたは７０パーセントから９０パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも約８０パーセントを提供する、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項７】
ゲノムフラグメントの各々は、約１００塩基から約５００塩基の長さである、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項８】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも約８０パーセントは、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約１．５倍以内の量で表示される、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項９】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０パーセントは、１０パーセントから３０パーセントまたは７０パーセントから９０パーセントのＧＣの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１０】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドは、少なくとも１０００の遺伝子をコードする、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１１】
ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも１００，０００のポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１２】
ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも７００，０００のポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１３】
少なくとも５，０００のポリヌクレオチドは少なくとも１つのエクソン配列を含む、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１４】
少なくとも７００，０００のポリヌクレオチドは、総体として単一のエクソン配列を含むポリヌクレオチドの少なくとも１つのセットを含む、請求項１２に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１５】
少なくとも７００，０００のポリヌクレオチドは少なくとも１５０，０００セットを含む、請求項１４に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項１６】
ポリヌクレオチドライブラリを生成するための方法であって、該方法は：
ａ．少なくとも５０００のポリヌクレオチドをコードするあらかじめ決定された配列を提供する工程；
ｂ．少なくとも５０００のポリヌクレオチドを合成する工程；および
ｃ．ポリヌクレオチドライブラリを形成するためにポリメラーゼで少なくとも５０００のポリヌクレオチドを増幅する工程であって、ここで、少なくとも５０００のポリヌクレオチドの約８０パーセントより多くは、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約２倍以内の量で表示される、工程、
を含む、方法。
【請求項１７】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドの３０パーセントより多くが、１０パーセントから３０パーセントまたは７０パーセントから９０パーセントのＧＣの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
あらかじめ決定された配列は、少なくとも７００，０００のポリヌクレオチドをコードする、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
塩基の少なくとも９０パーセントの読み取り深度対理論上の読み取り深度の比率は、少なくとも０．５である、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２０】
ゲノムフラグメントは、合成により配列決定する工程を含む方法によって配列決定される、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２１】
ゲノムフラグメントは、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング器具で配列決定される、請求項２０に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２２】
シーケンシング読み取りの総数は少なくとも１０００万である、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２３】
ポリヌクレオチドは、少なくとも１０００万の塩基を含むゲノムフラグメントにハイブリダイズするように構成される、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２４】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドは、少なくとも５０００のエクソンをコードする配列を含む、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドライブラリは、多くの量の、第１のセットの配列の一部を有するポリヌクレオチドを含む第２のセットをさらに含み、ここで、第２のセットの存在は、ポリヌクレオチドに対応するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも９０パーセントの読み取り深度対理論上の読み取り深度の比率を増加させる、請求項１に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２６】
ポリヌクレオチドライブラリであって、該ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントにハイブリダイズするように構成される少なくとも５０００のポリヌクレオチドを含む第１のセットを含み、ここで、ゲノムフラグメントとのハイブリダイゼーションおよびゲノムフラグメントのシーケンシングに続いて、ポリヌクレオチドライブラリが、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも９０パーセントの観察された読み取り深度と、理論上の読み取り深度とを提供し、それによって、ゲノムフラグメントのすべての塩基が同じ読み取り深度を有するような量で、少なくとも５０００のポリヌクレオチドの各々は存在し、ここで、塩基の少なくとも９０パーセントの観察された読み取り深度対理論上の読み取り深度の比率は、少なくとも０．５である、ポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２７】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０パーセントは、１０パーセントから３０パーセントまたは７０パーセントから９０パーセントのＧＣの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項２６に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２８】
少なくとも５０００のポリヌクレオチドは少なくとも１０００の遺伝子をコードする、請求項２６に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
【請求項２９】
ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも１００，０００のポリヌクレオチドを含む、請求項２６に記載のポリヌクレオチドライブラリ。