【手続補正書】
【提出日】令和2年4月28日(2020.4.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１のアミノ酸配列を含む第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合し、野生型（ＷＴ）第ＩＸ因子に結合しない、抗体またはその抗原結合性断片。
【請求項２】
配列番号１のエピトープと結合し、前記エピトープは、アミノ酸配列ＤＲＡＴＣＬＬＳＴＫＦＴ（配列番号３）内の線状エピトープである、請求項１に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項３】
配列番号１のエピトープに結合し、前記エピトープは、アミノ酸配列ＬＶＤＲＡＴＣＬＬＳＴＫＦＴＩＹＮＮＭＦＣＡＧＦＨ（配列番号５）のフォールディングされた構造のコンフォメーショナルエピトープである、請求項１に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項４】
前記フォールディングされた構造が、ジスルフィド架橋を含む、請求項３に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項５】
アミノ酸配列（配列番号２）を含むＷＴ第ＩＸ因子に結合しない、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項６】
ＤＲＡＴＣＬＲＳＴＫＦＴ（配列番号１４）またはＬＶＤＲＡＴＣＬＲＳＴＫＦＴＩＹＮＮＭＦＣＡＧＦＨ（配列番号１５）のアミノ酸配列に結合しない、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項７】
約１００ｎＭまたはそれ未満のＫＤで前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項８】
約２５ｎＭ〜約７５ｎＭまたは約５０ｎＭ〜約６０ｎＭの範囲のＫＤで前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合する、請求項７に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項９】
ヒト血漿を含むサンプル中の前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合し、ＷＴ第ＩＸ因子に結合しない、請求項１〜８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項１０】
前記サンプルは、少なくとももしくは約５％、少なくとももしくは約１０％、または少なくとももしくは約２０％のヒト血漿を含み、前記サンプルは、少なくともまたは約５μｇ／ｍＬのＷＴ第ＩＸ因子を含む、請求項９に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項１１】
第ＩＩ因子ポリペプチド、第Ｘ因子ポリペプチドまたは第ＩＩ因子ポリペプチドおよび第Ｘ因子ポリペプチドの両方に結合しない、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項１２】
（ｉ）ＦａｂまたはＦａｂ２’抗体断片である、（ｉｉ）単一特異性である、（ｉｉｉ）完全にヒトのものである、（ｉｖ）二価である、（ｖ）二量体化されたＦａｂ断片を含む、（ｖｉ）二量体化されたＦａｂミニ抗体を含む、（ｖｉｉ）リンカーを介した二量体化されたＦａｂ断片である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項１３】
（ｉ）ＳＳＹＡＩＳ（配列番号６）、ＧＩＶＰＡＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧ（配列番号７）、ＳＷＧＶＩＳＦＡＹ（配列番号８）、ＲＡＳＱＤＩＳＳＹＬＮ（配列番号９）、ＡＡＳＮＬＱＳ（配列番号１０）およびＭＱＹＤＳＬＰＦＴＦ（配列番号１１）のアミノ酸配列、（ｉｉ）配列番号２４もしくは配列番号２５のアミノ酸配列、（ｉｉｉ）配列番号２４および２５のアミノ酸配列、（ｉｖ）配列番号２６もしくは配列番号２７のアミノ酸配列、あるいは（ｖ）配列番号２６および２７のアミノ酸配列を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
【請求項１４】
配列番号６〜１１から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項１５】
異種成分にコンジュゲートした、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、あるいは請求項１４に記載のポリペプチドを含むコンジュゲート。
【請求項１６】
前記異種成分が、ポリマー、炭水化物、脂質、核酸、オリゴヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質および検出剤からなる群より選択される、請求項１５に記載のコンジュゲート。
【請求項１７】
前記抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドが、（ｉ）アガロース、セルロース、デキストラン、ポリアクリルアミド、ラテックスまたは制御多孔質ガラスにコンジュゲートされている、（ｉｉ）フルオロフォア、発色団、放射性同位体、酵素標識、またはビオチンにコンジュゲートされている、または（ｉ）および（ｉｉ）の両方にコンジュゲートされている、請求項１５または１６に記載のコンジュゲート。
【請求項１８】
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、請求項１４に記載のポリペプチド、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載のコンジュゲート、あるいはそれらの断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項１９】
請求項１８に記載の核酸を含むベクター。
【請求項２０】
請求項１８に記載の核酸または請求項１９に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２１】
（ｉ）請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合性断片、請求項１４に記載のポリペプチド、請求項１５から１７のいずれか一項に記載のコンジュゲート、請求項１８に記載の核酸、請求項１９に記載のベクター、および／または請求項２０に記載の宿主細胞を含む、キット。
【請求項２２】
ヒト血漿、もしくはその希釈された画分、および／またはヒト組織もしくはその細胞を含む、ヒトから得られた生体サンプルと混合された、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物。
【請求項２３】
ヒト血漿タンパク質を含む、ヒトから得られた生体サンプルと混合された、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物であって、前記ヒト血漿タンパク質の少なくとも１つは、第ＩＸ因子、またはそのバリアント、第ＩＩ因子、および第Ｘ因子からなる群より選択される、組成物。
【請求項２４】
サンプル中の第ＩＸ因子Ｐａｄｕａを検出するための、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、請求項１４に記載のポリペプチド、請求項１５から１７のいずれか一項に記載のコンジュゲート、請求項１８に記載の核酸、請求項１９に記載のベクター、請求項２０に記載の宿主細胞、および／または請求項２１に記載のキットの使用。
【請求項２５】
被験体から得られたサンプル中の第ＩＸ因子Ｐａｄｕａを検出する方法であって、（ｉ）前記サンプルを、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、請求項１４に記載のポリペプチド、または請求項１５から１７のいずれか一項に記載のコンジュゲートと接触させて、前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａと、前記抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドまたはコンジュゲートとを含む複合体を形成するステップ、および（ｉｉ）前記サンプル中の前記複合体を検出するステップを含む、方法。
【請求項２６】
前記抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドが、検出剤および／または固体支持体にコンジュゲートされているか、あるいは前記コンジュゲートが、検出剤を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記サンプルを、検出剤を含む二次抗体と接触させるステップを含み、前記二次抗体は、前記抗体もしくは抗原結合性断片もしくはポリペプチドまたはコンジュゲートに結合する、請求項２５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本明細書で提供されるこのような結合性構築物は、例えば、サンプル、例えば野生型ＦＩＸを含む、例えば臨床または前臨床サンプル中のＦＩＸ  Ｐａｄｕａの、一義的または特異的な検出を可能にする検出方法において有用である。したがって、本明細書は、被験体から得られたサンプル中の配列番号１のアミノ酸配列を含む第ＩＸ因子Ｐａｄｕａを検出する方法を提供する。例示的な実施形態において、本方法は、（ｉ）サンプルを、結合性構築物（例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドまたはコンジュゲート）と接触させて、ＦＩＸｐと結合性構築物とを含む複合体、例えば免疫複合体を形成すること、および（ｉｉ）サンプル中の複合体を検出することを含む。  本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
配列番号１のアミノ酸配列を含む第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合し、アミノ酸配列（配列番号２）を含む野生型（ＷＴ）第ＩＸ因子に結合しない、抗体またはその抗原結合性断片。
（項目２）
配列番号１のエピトープと結合し、前記エピトープは、アミノ酸配列ＤＲＡＴＣＬＬＳＴＫＦＴ（配列番号３）内の線状エピトープである、項目１に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目３）
配列番号１のエピトープに結合し、前記エピトープは、アミノ酸配列ＬＶＤＲＡＴＣＬＬＳＴＫＦＴＩＹＮＮＭＦＣＡＧＦＨ（配列番号５）のフォールディングされた構造のコンフォメーショナルエピトープであり、任意選択で前記フォールディングされた構造は、ジスルフィド架橋を含む、項目１に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目４）
ＤＲＡＴＣＬＲＳＴＫＦＴ（配列番号１４）またはＬＶＤＲＡＴＣＬＲＳＴＫＦＴＩＹＮＮＭＦＣＡＧＦＨ（配列番号１５）のアミノ酸配列に結合しない、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目５）
約１００ｎＭまたはそれ未満のＫＤで前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合する、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目６）
約２５〜約７５ｎＭの範囲のＫＤで前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合し、任意選択で、約５０ｎＭ〜約６０ｎＭの範囲のＫＤで前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合する、項目５に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目７）
ヒト血漿を含むサンプル中の前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａに結合し、ＷＴ第ＩＸ因子に結合せず、任意選択で、前記サンプルは、少なくとももしくは約５％、少なくとももしくは約１０％、または少なくとももしくは約２０％のヒト血漿を含み、前記サンプルは、少なくともまたは約５μｇ／ｍＬのＷＴ第ＩＸ因子を含む、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目８）
第ＩＩ因子ポリペプチドまたは第Ｘ因子ポリペプチドに結合せず、任意選択で、第ＩＩ因子にも第Ｘ因子にも結合しない、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目９）
ＦａｂまたはＦａｂ２’抗体断片である、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１０）
単一特異性である、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１１）
完全にヒトのものである、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１２）
二価である、前述項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１３）
二量体化されたＦａｂ断片または二量体化されたＦａｂミニ抗体を含む、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１４）
リンカーを介した二量体化されたＦａｂ断片である、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１５）
（ｉ）ＳＳＹＡＩＳ（配列番号６）；ＧＩＶＰＡＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧ（配列番号７）；ＳＷＧＶＩＳＦＡＹ（配列番号８）；ＲＡＳＱＤＩＳＳＹＬＮ（配列番号９）；ＡＡＳＮＬＱＳ（配列番号１０）；およびＭＱＹＤＳＬＰＦＴＦ（配列番号１１）のアミノ酸配列、あるいは（ｉｉ）配列番号２４もしくは配列番号２５または配列番号２４および２５のアミノ酸配列あるいは（ｉｉｉ）配列番号２６もしくは配列番号２７または配列番号２６および２７のアミノ酸配列を含む、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１６）
配列番号６〜１１の各々を含むアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、任意選択で、（ｉ）配列番号６〜１１の各々の間に、１つもしくは複数のアミノ酸が存在し、ならびに／または（ｉｉ）前記ポリペプチドは、任意選択で、ＤＹＫＤＤＤＤＫ（配列番号１２）を含むＦＬＡＧタグおよび／もしくはＨＨＨＨＨＨ（配列番号１３）を含むヘキサＨｉｓタグをさらに含み、任意選択で、前記ＦＬＡＧタグおよび／または前記ヘキサＨｉｓタグは、前記ポリペプチドのＣ末端に配置されている、ポリペプチド。
（項目１７）
任意選択で、ポリマー、炭水化物、脂質、核酸、オリゴヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質および検出剤からなる群より選択される異種成分にコンジュゲートした、前述の項目のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドを含むコンジュゲート。
（項目１８）
前記抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドが、アガロース、セルロース、デキストラン、ポリアクリルアミド、ラテックスまたは制御多孔質ガラスにコンジュゲートされている、項目１７に記載のコンジュゲート。
（項目１９）
前記抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドが、フルオロフォア、発色団、放射性同位体、酵素標識、またはビオチンにコンジュゲートされている、項目１７または１８に記載のコンジュゲート。
（項目２０）
項目１４に記載のポリペプチドのホモ二量体を含み、任意選択で、前記二量体の前記ポリペプチドは、へリックス−ターン−へリックス構造を介して連結されている、項目１７から１９のいずれか一項に記載のコンジュゲート。
（項目２１）
前述の項目のいずれか一項に記載の抗体、抗原結合性断片、ポリペプチド、コンジュゲート、またはそれらの断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
（項目２２）
項目２１に記載の核酸を含むベクター。
（項目２３）
項目２１に記載の核酸または項目２２に記載のベクターを含む宿主細胞。
（項目２４）
（ｉ）項目１から１５のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合性断片、項目１６に記載のポリペプチド、項目１７から２０のいずれか一項に記載のコンジュゲート、項目２１に記載の核酸、項目２２に記載のベクター、および／または項目２３に記載の宿主細胞、および任意選択で使用のための指示、ならびに任意選択で（ｉｉ）（ｉ）の抗体、抗原結合性断片、ポリペプチド、もしくはコンジュゲートに結合する二次抗体を含む、キット。
（項目２５）
固体支持体をさらに含む、項目２４に記載のキット。
（項目２６）
前記抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドまたはコンジュゲートが、前記固体支持体上にプレコーティングされている、項目２５に記載のキット。
（項目２７）
前記固体支持体が、ポリマービーズ、マイクロタイタープレート、膜、またはフィルターである、項目２５または２６に記載のキット。
（項目２８）
約１００ｎｇまたはそれより多く、約１５０ｎｇまたはそれより多く、約２００ｎｇまたはそれより多く、約５００ｎｇまたはそれより多くの前記抗原結合性断片を含む溶液でプレコーティングされた固体支持体を含む、項目２６または２７に記載のキット。
（項目２９）
ヒト血漿、もしくはその希釈された画分、および／またはヒト組織もしくはその細胞を含む、ヒトから得られた生体サンプルと混合された、項目１から１５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物であって、任意選択で、検出剤を含む組成物。
（項目３０）
ヒト血漿タンパク質を含む、ヒトから得られた生体サンプルと混合された、項目１から１５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物であって、前記ヒト血漿タンパク質の少なくとも１つは、第ＩＸ因子、またはそのバリアント、第ＩＩ因子、および第Ｘ因子からなる群より選択され、任意選択で、前記組成物は検出剤を含む、組成物。
（項目３１）
サンプル中の第ＩＸ因子Ｐａｄｕａを検出するための、項目１から１５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、項目１６に記載のポリペプチド、項目１７から２０のいずれか一項に記載のコンジュゲート、項目２１に記載の核酸、項目２２に記載のベクター、項目２３に記載の宿主細胞、および／または項目２４から２７のいずれか一項に記載のキットの使用。
（項目３２）
被験体から得られたサンプル中の第ＩＸ因子Ｐａｄｕａを検出する方法であって、（ｉ）前記サンプルを、項目１から１５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片、項目１６に記載のポリペプチド、または項目１７から２０のいずれか一項に記載のコンジュゲートと接触させて、前記第ＩＸ因子Ｐａｄｕａと、前記抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドまたはコンジュゲートとを含む複合体を形成するステップ、および（ｉｉ）前記サンプル中の前記複合体を検出するステップを含む、方法。
（項目３３）
前記抗体または抗原結合性断片もしくはポリペプチドが、検出剤および／または固体支持体にコンジュゲートされているか、あるいは前記コンジュゲートが、検出剤を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記サンプルを、検出剤を含む二次抗体と接触させるステップを含み、前記二次抗体は、前記抗体もしくは抗原結合性断片もしくはポリペプチドまたはコンジュゲートに結合する、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記複合体を検出するステップが、前記検出剤のシグナルを検出することを含む、項目３３または３４に記載の方法。
（項目３６）
前記シグナルが、酵素活性、結合活性および／または色素形成活性である、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記サンプルが、血液サンプル、血清サンプル、または血漿サンプルである、項目３２から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記被験体が、第ＩＸ因子Ｐａｄｕａをコードするヌクレオチド配列を含むベクターで処置されている、項目３２から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
本明細書に記載の結合性構築物。