【手続補正書】
【提出日】令和2年10月29日(2020.10.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
改変型ウイルスＲＮＡレプリコンをコードしている核酸配列を含む核酸分子であって、前記改変型ウイルスＲＮＡレプリコンは、
１つ以上のＲＮＡステムループを含むウイルスキャプシドエンハンサーのうちの１つ以上の構造エレメントをコードしている第１の核酸配列であって、前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、前記ウイルスＲＮＡレプリコンに対して異種である、第１の核酸配列と、
少なくとも１つの非構造ウイルスタンパク質またはその一部分をコードしている第２の核酸配列と、を含み、
前記第１の核酸配列が、前記第２の核酸配列の上流に作動可能に連結されている、核酸分子。
【請求項２】
前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、トガウイルス科のアルファウイルス属に属するウイルス種のキャプシド遺伝子に由来し、好ましくは、前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、東部ウマ脳炎ウイルス（ＥＥＥＶ）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）、エバーグレーズウイルス（ＥＶＥＶ）、ムカンボウイルス（ＭＵＣＶ）、セムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、ピクスナウイルス（ＰＩＸＶ）、ミドレブルクウイルス（ＭＩＤＶ）、チクングニアウイルス（ＣＨＩＫＶ）、オニョンニョンウイルス（ＯＮＮＶ）、ロスリバーウイルス（ＲＲＶ）、バーマフォレストウイルス（ＢＦ）、ゲタウイルス（ＧＥＴ）、サギヤマウイルス（ＳＡＧＶ）、ベバルウイルス（ＢＥＢＶ）、マヤロウイルス（ＭＡＹＶ）、ウナウイルス（ＵＮＡＶ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮＶ）、アウラウイルス（ＡＵＲＡＶ）、ワタロアウイルス（ＷＨＡＶ）、ババンキウイルス（ＢＡＢＶ）、キジラガウイルス（ＫＹＺＶ）、西部ウマ脳炎ウイルス（ＷＥＥＶ）、ハイランドＪウイルス（ＨＪＶ）、フォートモーガンウィルス（ＦＭＶ）、Ｎｄｕｍｕ（ＮＤＵＶ）、およびＢｕｇｇｙ  Ｃｒｅｅｋウイルスからなる群から選択されるウイルス種の下流ループ（ＤＬＰ）モチーフを含む、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項３】
前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、配列番号４６〜５２のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９５％の配列同一性を呈する核酸配列を含み、好ましくは、前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、配列番号４６〜５２のうちの１つの核酸配列を含み、より好ましくは、前記ウイルスキャプシドエンハンサーが、配列番号４６（例えば配列番号３８）の核酸配列を含む、請求項２に記載の核酸分子。
【請求項４】
前記改変型ウイルスＲＮＡレプリコンをコードする前記核酸配列が、前記第１の核酸配列の下流および前記第２の核酸配列の上流に作動可能に連結されている自己プロテアーゼペプチドのコード配列をさらに含み、好ましくは、前記自己プロテアーゼペプチドが、ブタテッショウウイルス−１  ２Ａ（Ｐ２Ａ）、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）２Ａ（Ｆ２Ａ）、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）２Ａ（Ｅ２Ａ）、Ｔｈｏｓｅａ  ａｓｉｇｎａウイルス２Ａ（Ｔ２Ａ）、細胞質多角体病ウイルス２Ａ（ＢｍＣＰＶ２Ａ）、軟化病ウイルス２Ａ（ＢｍＩＦＶ２Ａ）、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるペプチド配列を含み、より好ましくは、前記自己プロテアーゼペプチドが、Ｐ２Ａのペプチド配列（例えば配列番号３のＰ２Ａ配列）を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項５】
前記第２の核酸配列が、対応する未改変型ウイルスＲＮＡレプリコンの天然ウイルス非構造タンパク質の前記コード配列を実質的にすべて含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項６】
前記改変型ウイルスＲＮＡレプリコンが、トガウイルス科のアルファウイルス属（例えば、東部ウマ脳炎ウイルス（ＥＥＥＶ）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）、エバーグレーズウイルス（ＥＶＥＶ）、ムカンボウイルス（ＭＵＣＶ）、セムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、ピクスナウイルス（ＰＩＸＶ）、ミドレブルクウイルス（ＭＩＤＶ）、チクングニアウイルス（ＣＨＩＫＶ）、オニョンニョンウイルス（ＯＮＮＶ）、ロスリバーウイルス（ＲＲＶ）、バーマフォレストウイルス（ＢＦ）、ゲタウイルス（ＧＥＴ）、サギヤマウイルス（ＳＡＧＶ）、ベバルウイルス（ＢＥＢＶ）、マヤロウイルス（ＭＡＹＶ）、ウナウイルス（ＵＮＡＶ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮＶ）、アウラウイルス（ＡＵＲＡＶ）、ワタロアウイルス（ＷＨＡＶ）、ババンキウイルス（ＢＡＢＶ）、キジラガウイルス（ＫＹＺＶ）、西部ウマ脳炎ウイルス（ＷＥＥＶ）、ハイランドＪウイルス（ＨＪＶ）、フォートモーガンウィルス（ＦＭＶ）、Ｎｄｕｍｕ（ＮＤＵＶ）、サケ科アルファウイルス（ＳＡＶ）、およびＢｕｇｇｙ  Ｃｒｅｅｋウイルス）に属するウイルス種に由来の改変型ＲＮＡレプリコン、またはアルテリウイルス科のアルテリウイルス属（例えば、ウマ動脈炎ウイルス（ＥＡＶ）、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）、乳酸脱水素酵素上昇ウイルス（ＬＤＶ）、およびサル出血熱ウイルス（ＳＨＦＶ））に属するウイルス種に由来の改変型ＲＮＡレプリコンである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項７】
前記改変型ＲＮＡレプリコンが、ＶＥＥＶに由来し、
前記核酸分子が、５’末端から３’末端への順に、
（１）５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）、
（２）前記ＶＥＥＶのｎｓｐ１のアミノ末端断片をコードするヌクレオチド配列、
（３）シンドビスウイルス（ＳＩＮＶ）由来の下流ループ（ＤＬＰ）モチーフ、
（４）２Ａプロテアーゼ配列（Ｐ２Ａ）をコードするヌクレオチド配列、および
（５）ＶＥＥＶの非構造タンパク質ｎｓｐ１、ｎｓｐ２、ｎｓｐ３およびｎｓｐ４の少なくとも1つの配列を含むポリタンパク質をコードするヌクレオチド配列
を含み、
好ましくは、前記核酸分子が５’末端から３’末端への順に、
（１）配列番号１９の１〜４５番目のヌクレオチドを含む５’−ＵＴＲ、
（２）配列番号１９の４６〜２４０番目のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列、
（３）配列番号３８のヌクレオチド配列を含むＤＬＰモチーフ、
（４）配列番号３のヌクレオチド配列を有するＰ２Ａをコードするヌクレオチド配列、および
（５）ＶＥＥＶの非構造タンパク質ｎｓｐ１、ｎｓｐ２、ｎｓｐ３およびｎｓｐ４の配列を含むポリタンパク質をコードするヌクレオチド配列
を含み、
より好ましくは、前記核酸分子が配列番号１９のヌクレオチド配列を含む、
請求項６に記載の核酸分子。
【請求項８】
前記改変型ＲＮＡレプリコンが、ＥＡＶに由来し、
前記核酸分子が、５’末端から３’末端への順に、
（１）５’−非翻訳領域（５’−ＵＴＲ）、
（２）前記ＥＡＶの非構造ｐｐ１ａｂのアミノ末端断片をコードするヌクレオチド配列、
（３）シンドビスウイルス（ＳＩＮＶ）由来の下流ループ（ＤＬＰ）モチーフ、
（４）２Ａプロテアーゼ配列（Ｐ２Ａ）をコードするヌクレオチド配列、および
（５）ＥＡＶの非構造ｐｐ１ａｂの配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
を含み、
好ましくは、前記核酸分子が５’末端から３’末端への順に、
（１）配列番号２の１〜２２４番目のヌクレオチドを含む５’−ＵＴＲ、
（２）配列番号２の２２５〜３０３番目のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列、
（３）配列番号３８のヌクレオチド配列を含むＤＬＰモチーフ、
（４）場合により、配列番号３のヌクレオチド配列を有するＰ２Ａをコードするヌクレオチド配列、および
（５）ＥＡＶの非構造ｐｐ１ａｂの配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
を含み、
より好ましくは、前記核酸分子が配列番号２のヌクレオチド配列を含む、
請求項６に記載の核酸分子。
【請求項９】
前記改変型ＲＮＡレプリコンが、１つ以上の発現カセットをさらに含み、前記１つ以上の発現カセットのうちの少なくとも１つは、目的遺伝子（ＧＯＩ）のコード配列に作動可能に連結されているプロモーターを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１０】
前記１つ以上の発現カセットのうちの少なくとも１つが、前記改変型アルテリウイルスＲＮＡレプリコンの転写調節配列（ＴＲＳ）の下流に作動可能に位置付けられ、前記ＴＲＳが、ＴＲＳ１、ＴＲＳ２、ＴＲＳ３、ＴＲＳ４、ＴＲＳ５、ＴＲＳ６、およびＴＲＳ７からなる群から選択される、請求項９に記載の核酸分子。
【請求項１１】
前記１つ以上の発現カセットのうちの少なくとも１つが、１つ以上のＲＮＡステムループを含むウイルスキャプシドエンハンサーの１つ以上の構造エレメントをコードしている第３の核酸配列をさらに含み、前記第３の核酸配列が、前記ＧＯＩの前記コード配列の上流に作動可能に連結されており、場合により、前記改変型ＲＮＡレプリコンをコードする前記核酸配列が、前記第３の核酸配列の下流および前記ＧＯＩの前記コード配列の上流に作動可能に連結されている自己プロテアーゼペプチドのコード配列をさらに含む、請求項９または１０に記載の核酸分子。
【請求項１２】
前記ＧＯＩの前記コード配列が、治療用ポリペプチド、予防用ポリペプチド、診断用ポリペプチド、栄養補助食品用ポリペプチド、工業用酵素、レポーターポリペプチド、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される前記ポリペプチド（例えば、抗体、抗原、免疫調節剤、サイトカイン、酵素、およびこれらの任意の組み合わせ）をコードする、請求項９〜１１のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の核酸分子を含む組換え細胞。
【請求項１４】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の核酸分子または請求項１３に記載の組換え細胞と薬学的に許容される担体とを含む組成物。
【請求項１５】
対象において目的のポリペプチドを産生するための方法であって、前記方法は、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の核酸分子を前記対象に投与することを含み、前記目的のポリペプチドは前記目的遺伝子（ＧＯＩ）によりコードされている、前記方法。