【事件の表示】
　特願２０１１−　４４５２４「リコンビナーゼポリメラーゼ増幅」拒絶査定不服審判事件〔平成２３年　６月　２日出願公開、特開２０１１−１０３９００〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯・本願発明 
　本願は、平成１７年４月１１日を国際出願日とする特願２００７−５１４２０１号出願（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００４年６月１日　米国、２００４年６月１日　米国、２００４年９月１日　米国、２００４年１０月２６日　米国、２００４年１２月２日　米国）の一部を平成２３年３月１日に特許法第４４条第１項の規定に基づき新たな出願としたものであり、平成２７年３月５日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに同日付けで手続補正がなされたものである。
　本願請求項１〜２６に係る発明は、平成２７年３月５日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜２６に記載された事項により特定される発明であると認められ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次の事項により特定されるものであると認める。 
 「【請求項１】
ＤＮＡの第１の鎖とＤＮＡの第２の鎖を含む二本鎖標的核酸分子のＤＮＡ増幅のリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）プロセスであって、該プロセスは、以下：
　（ａ）リコンビナーゼ因子を、第１の核酸プライマーおよび第２の核酸プライマーと接触させて、第１のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体と、第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体とを形成させる工程であって、該第１および第２の核酸プライマーの各々が、その３’末端に一本鎖領域を含む、工程；
　（ｂ）該第１および第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体を、該二本鎖標的核酸分子と接触させることよって、
　　（１）該第１の鎖の第１の部分における第１の二本鎖構造、および
　　（２）該第２の鎖の第２の部分における第２の二本鎖構造
を形成させ、その結果、該第１のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体および該第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体の各々の３’末端が、同一の二本鎖鋳型核酸分子上で互いに向かって配向される、工程；
　（ｃ）該第１および第２の核タンパク質プライマーの各々の３’末端をｄＮＴＰと１種以上のＤＮＡポリメラーゼを用いて伸長させて、第１の二本鎖核酸生成物、第２の二本鎖核酸生成物、核酸生成物の第１の被置換鎖、および、核酸生成物の第２の被置換鎖を生成する工程；ならびに
　（ｄ）（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該二本鎖標的核酸分子を増幅する工程；
を包含し、ここで、該プロセスの工程（ｂ）がさらに、１重量％または容量％〜１２重量％または容量％の濃度のクラウディング剤を含み、１重量％または容量％〜１２重量％または容量％の該クラウディング剤の存在が増幅を刺激する、ＲＰＡプロセス。」
 　 
　
第２　当審の判断
１．引用例、引用発明
（１）引用例１
　原査定で文献１として引用された、本願優先権主張日前に頒布された刊行物である、国際公開第２００３／０７２８０５号（以下「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるため、引用例１のパテントファミリーである特表２００５−５１８２１５号公報の記載を翻訳文として記載する。
「１．二本鎖標的配列のＤＮＡ増幅のＲＰＡプロセスであって、該標的配列は、ＤＮＡの第一鎖および第二鎖を含み、該プロセスは、以下の工程：
  （ａ）第一の核酸プライマーおよび第二の核酸プライマーとリコンビナーゼ因子とを接触させて、第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーを形成する工程；
  （ｂ）該第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーを、該二本鎖標的配列に接触させ、それによって、該第一鎖の第一の部分において第一の二本鎖構造を形成し、そして該第二鎖の第二の部分にて第二の二本鎖構造を形成し、その結果、該第一の核酸プライマーおよび第二の核酸プライマーの３’末端は、同じテンプレート核酸分子上で互いに向かい合う、工程；
  （ｃ）該第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーの３’末端を、１つ以上のポリメラーゼおよびｄＮＴＰを用いて伸長させて、第一の二本鎖核酸および第二の二本鎖核酸、ならびに第一の核酸置換鎖および第二の核酸置換鎖を生成する、工程、
  （ｄ）所望の程度の増幅が達成されるまで、（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該反応を継続する工程、
を包含する、プロセス。」 （特許請求の範囲、請求項１）
 　  
（２）引用例２
　原査定で文献２として引用された、本願優先権主張日前に頒布された刊行物である、国際公開第２００４／０２７０２５号（以下「引用例２」という。）には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるため、引用例２のパテントファミリーである特表２００６−５０００２８号公報の記載を翻訳文として記載する。また、下線は当審が付したものである。
　
「
他の化学物質
塩およびｐＨに加えて、他の化学物質、例えば、尿素やジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）などの変性剤をＨＤＡ反応に加えて、二本鎖ＤＮＡを部分的に変性または不安定化するようにしてもよい。ＨＤＡ反応は、ＳＳＢタンパク質の存在下または非存在下にて、変性剤の濃度を変えて比較することができる。このようにして、ＨＤＡ効率を高めるか、および／または一本鎖（ｓｓ）ＤＮＡ安定化においてＳＳＢの代わりとなる化学化合物を同定することができる。核酸やタンパク質などの生体マクロ分子の殆どが、生物細胞内ではｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験条件よりもはるかに高い濃度で機能および／またはそれらの天然の構造を形成するように設計される。
ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）は、水を排除し、溶質ポリカチオンと静電的相互作用を作り出すことにより、人工的な分子の込み合った状態を作り出すために用いられてきた
ＨＤＡへのＰＥＧまたは他の分子込み合い剤は、ＨＤＡ反応における酵素および核酸の有効濃度を高めることにより、反応時間および反応に必要なタンパク質の濃度を低減するかもしれない。
（３）引用例３
　原査定で文献４として引用された、本願優先権主張日前に頒布された刊行物である、特開平８−１０３３００号公報（以下「引用例３」という。）には、以下の事項が記載されている。なお、下線は当審が付したものである。
（３−１）「【０００９】
硫酸デキストランやポリエチレングリコールなどの体積排除剤の存在下では、こうした剤が占める溶液の体積から核酸が排除されるために、核酸のハイブリダイゼーション速度がかなり増加することが知られている
この排除効果が溶液中の核酸の有効濃度を高めることにより、ハイブリダイゼーション速度が増加する。
【００１０】しかしながら、ハイブリダイゼーション速度は体積排除剤によって増加するが、ハイブリダイゼーションの速度が通常遅い場合、又は核酸が反応において律速する場合を除いて、Sambrookらはそれらの使用を薦めてはいない。また、これらの剤は時として高いバックグラウンドをもたらすこと、さらには得られた溶液の粘度が高くなるためにその取扱いがより一層困難になることが知られている。こうして、当該技術分野では、体積排除剤は特定のハイブリダイゼーション条件に限定されるべきであるとされており、また上記特許明細書が示すように、実際には逆反応を前方へ「推進させる」場合にのみ体積排除剤が用いられている。というのは、そうしなければ反応が適当な速度で起こらないからである。」
　
（３−２）実施例５の表２には、体積排除剤である「ＰＥＧ」を１〜１０％の割合で用いたことが記載されている。（段落【００９９】）
　
（４）引用発明
　上記（１）より、引用例１には以下の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
「二本鎖標的配列のＤＮＡ増幅のＲＰＡプロセスであって、該標的配列は、ＤＮＡの第一鎖および第二鎖を含み、該プロセスは、以下の工程：
  （ａ）第一の核酸プライマーおよび第二の核酸プライマーとリコンビナーゼ因子とを接触させて、第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーを形成する工程；
  （ｂ）該第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーを、該二本鎖標的配列に接触させ、それによって、該第一鎖の第一の部分において第一の二本鎖構造を形成し、そして該第二鎖の第二の部分にて第二の二本鎖構造を形成し、その結果、該第一の核酸プライマーおよび第二の核酸プライマーの３’末端は、同じテンプレート核酸分子上で互いに向かい合う、工程；
  （ｃ）該第一の核タンパク質プライマーおよび第二の核タンパク質プライマーの３’末端を、１つ以上のポリメラーゼおよびｄＮＴＰを用いて伸長させて、第一の二本鎖核酸および第二の二本鎖核酸、ならびに第一の核酸置換鎖および第二の核酸置換鎖を生成する、工程、
  （ｄ）所望の程度の増幅が達成されるまで、（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該反応を継続する工程、
を包含する、プロセス。」
 　 
２．対比 
　本願発明と引用発明とを対比する。
　引用発明の「該標的配列は、ＤＮＡの第一鎖および第二鎖を含」む「二本鎖標的配列のＤＮＡ増幅のＲＰＡプロセス」は、本願発明の「ＤＮＡの第１の鎖とＤＮＡの第２の鎖を含む二本鎖標的核酸分子のＤＮＡ増幅のリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）プロセス」に相当し、引用発明の（ａ）〜（ｃ）工程は、本願発明の（ａ）〜（ｃ）工程に相当し、引用発明の「（ｄ）所望の程度の増幅が達成されるまで、（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該反応を継続する工程」は、本願発明の「（ｄ）（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該二本鎖標的核酸分子を増幅する工程」に相当すると認められる。
 　 
　したがって、両者は、 
　「ＤＮＡの第１の鎖とＤＮＡの第２の鎖を含む二本鎖標的核酸分子のＤＮＡ増幅のリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）プロセスであって、該プロセスは、以下：
　（ａ）リコンビナーゼ因子を、第１の核酸プライマーおよび第２の核酸プライマーと接触させて、第１のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体と、第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体とを形成させる工程であって、該第１および第２の核酸プライマーの各々が、その３’末端に一本鎖領域を含む、工程；
　（ｂ）該第１および第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体を、該二本鎖標的核酸分子と接触させることよって、
　　（１）該第１の鎖の第１の部分における第１の二本鎖構造、および
　　（２）該第２の鎖の第２の部分における第２の二本鎖構造
を形成させ、その結果、該第１のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体および該第２のリコンビナーゼ因子／核酸プライマー複合体の各々の３’末端が、同一の二本鎖鋳型核酸分子上で互いに向かって配向される、工程；
　（ｃ）該第１および第２の核タンパク質プライマーの各々の３’末端をｄＮＴＰと１種以上のＤＮＡポリメラーゼを用いて伸長させて、第１の二本鎖核酸生成物、第２の二本鎖核酸生成物、核酸生成物の第１の被置換鎖、および、核酸生成物の第２の被置換鎖を生成する工程；ならびに
　（ｄ）（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、該二本鎖標的核酸分子を増幅する工程；
を包含するＲＰＡプロセス。」である点で一致し、以下の点で相違する。 
 　  
（相違点）  
　本願発明では「該プロセスの工程（ｂ）がさらに、１重量％または容量％〜１２重量％または容量％の濃度のクラウディング剤を含み、１重量％または容量％〜１２重量％または容量％の該クラウディング剤の存在が増幅を刺激する」ことが特定されているのに対して、引用発明では特定されていない点。
　 
３．当審の判断 
　上記１．（２）のとおり、引用例２には、分子込み合い剤（クラウディング剤に相当）は、ＨＤＡ（ヘリカーゼ依存性増幅）反応における酵素および核酸の有効濃度を高めることにより反応時間を低減するかもしれないことが記載されており、また、上記１．（３）のとおり、引用例３には、体積排除剤（クラウディング剤に相当）の存在下では、核酸のハイブリダイゼーション速度が増加することが記載されている。
　そして、引用例２、３の記載に接した当業者であれば、ＤＮＡ増幅反応系にクラウディング剤を用いることによって、酵素や核酸の有効濃度が高まり、核酸のハイブリダイゼーション速度が増加し、増幅反応効率が高められて増幅反応に要する時間が低減される可能性があることを理解する。
　したがって、ＤＮＡ増幅系に関する引用発明において、より効率的で迅速な増幅反応を行う目的で反応系にクラウディング剤を含ませること、その際、クラウディング剤の機能についてＤＮＡ増幅系反応の「増幅を刺激する」と特定し、引用例３の記載からその割合を１〜１０（容量または重量）％程度とすることは当業者が容易になし得ることである。
　
　本願明細書の実施例には、クラウディング剤としてＰＥＧを用いた場合の効果については具体的に記載されているが、ＰＥＧ以外を用いた例は示されていない。しかも、図１５Ｂの記載から同じＰＥＧであっても分子量によって効果が異なること、図６５の記載から含有量の違いによって効果が異なることが理解される。
　そして、上記１．（３）のとおり、引用例３の段落【００１０】に、クラウディング剤は高いバックグラウンドをもたらす場合があること、溶液の粘度を高くしてしまうため、取扱いが困難になること、クラウディング剤の使用は特定のハイブリダイゼーション条件に限定されるべきであることなどが示されているから、クラウディング剤としてＰＥＧを用い、特定の反応条件によって行われた実施例の結果を、クラウディング剤の種類や反応条件を特定しない本願発明全体の効果として参酌することはできない。
　したがって、本願発明が引用例１〜３に記載から当業者が予測できない効果を奏するとは認められない。
　よって、本願発明は、引用例１〜３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
４．請求人の主張について 
　審判請求人は審判請求書において、概ね以下の点を主張している。
　引用文献２〜４はいずれも、リコンビナーゼにより駆動される鎖侵入を伴う反応においてクラウディング剤を用いることは開示してない。
　引用文献１の記載から、当業者は、効率的なＲＰＡプロセスはプロセスに関与する様々な成分の結合速度反応および解離速度反応の間のバランスを必要とすることを理解する。
　引用文献１には、ＡＴＰ−γ−Ｓの存在下で実施されるＲＰＡ実験について、「ＡＴＰの代わりのＡＴＰ−γ−Ｓの使用は…（中略）…より安定なＲｅｃＡ／ｓｓＤＮＡフィラメント構造をもたらす」こと、そして、ＡＴＰの代わりのＡＴＰ−γ−Ｓの使用が、フィラメントの分解を妨げ、増幅にとって有害であったことが記載されており、当業者は、ＲＰＡプロセスにおける解離反応速度を低下させるクラウディング剤が、ＲＰＡプロセスによって達成される増幅の量の全体的な減少を媒介し得ると予測する。
　対照的に、審判請求人は、ＲＰＡプロセスにおける１％〜１２％のクラウンディング剤（例えば、１％〜１２％のＰＥＧ）の使用が、増幅を有意に刺激することを発見した。 
 　　
　審判請求人の主張について検討する。
　上記３．のとおり、引用例２、３の記載に接した当業者は、ＤＮＡ増幅反応系にクラウディング剤を用いることによって、酵素や核酸の有効濃度が高まり、核酸のハイブリダイゼーション速度が増加し、増幅反応効率が高められて増幅反応に要する時間が低減されることを理解する。そして、引用発明のＲＰＡプロセスは、引用例２、３に記載される方法と同じくＤＮＡ増幅反応であるから、当業者は、引用発明において増幅反応効率等を高めることを目的としてクラウディング剤を使用することを動機付けられるといえる。
　審判請求人が指摘する引用例１の記載は、ＡＴＰ−γ−Ｓを使用するＺａｒｌｉｎｇ法に関するものであり、これは引用発明のＲＰＡプロセスとは異なる方法であると認められる。そして、この記載はＲｅｃＡ／ｓｓＤＮＡフィラメント構造の複合体の形成におけるＡＴＰとＡＴＰ−γ−Ｓの違いについて述べたものに過ぎず、この記載がＲＰＡプロセスにおけるクラウディング剤についてまで一般化できるとはいえない。
　仮に、クラウディング剤によってＲｅｃＡ／ｓｓＤＮＡ複合体の解離反応速度が低下することが予測されたとしても、一方で、引用例２，３の記載から、ハイブリダイゼーションのような結合反応の速度が向上すること、酵素や核酸の有効濃度が向上すること、反応条件によっては増幅反応が促進される場合があることが予測されるから、請求人が指摘する点は、クラウディング剤を含有させようとすることの阻害事由とはならない。
　そして、本願明細書の記載から、反応条件を特定せず、クラウディング剤としてＰＥＧ以外のものの使用を広く包含する本願発明全体において当業者が予測できない効果が奏されたとは認められない。
　
第３　むすび 
　以上のとおり、本願発明は、本願出願前に頒布された引用例１〜３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができず、本願は、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく拒絶すべきものである。 
 　よって、結論のとおり審決する。