(57)【要約】  本発明者らは、作製したユーカリESTデータベースを用いて、マイクロアレイ解析によるユーカリ樹幹基部と中央部の木部（木繊維形成組織）において、師部と比較して発現が変動する遺伝子群の抽出を行った。その結果、遺伝子群は、詳細な発現様式から８グループに大別された。これら遺伝子群を用いることで、植物の樹幹木部の生長状態、木繊維の形成状態、成熟状態の検査、および有用な形質を有する植物の選抜ができる。本発明者らは、作製したユーカリESTデータベースを用いて、マイクロアレイ解析によるユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹の木部（木繊維形成組織）において、師部と比較して発現が変動する遺伝子群の抽出を行った。その結果、遺伝子群は、詳細な発現様式から８グループに大別された。これら遺伝子群を用いることで、ユーカリの樹幹木部の種、生長状態、木繊維の形成状態、成熟状態の検査、および有用な形質を有するユーカリの選抜ができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAであって、植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA。
（ａ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項２】
請求項１に記載のDNAの部分DNA。
【請求項３】
植物がユーカリである、請求項１または２に記載のDNA。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれかに記載のDNAが固定化された基板。
【請求項５】
植物の樹幹の師部側および木部側において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、植物の樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項６】
異なる２つの樹幹木部において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、異なる２つの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：１〜１４７、５０３〜１１５２または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜１４７、５０３〜１１５２または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項７】
植物がユーカリである、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAであって、ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA。
（ａ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項９】
請求項８に記載のDNAの部分DNA。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のDNAが固定化された基板。
【請求項１１】
ユーカリの樹幹の師部側および木部側において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、ユーカリの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項１２】
異なる２つのユーカリの樹幹木部において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つのユーカリの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、異なる２つのユーカリの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：４４１１〜４４８９、４６７１〜４９５６、５３２８〜５４０４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜４４８９、４６７１〜４９５６、５３２８〜５４０４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
【請求項１３】
請求項１〜３、８または９に記載のDNAを有する組換えベクター。
【請求項１４】
請求項１３に記載のベクターが導入された形質転換細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA、並びにその利用に関する。
本発明はまた、ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA、並びにその利用に関する。
【背景技術】
【０００２】
人類は長い間、樹幹・根・葉・枝等の木質バイオマスを、製紙、建築、飼料、燃料等の多岐にわたる産業分野で利用してきた。世界の木質バイオマス消費量は毎年増加傾向にあり、用途別にみると、薪炭用材の消費が過半数を占め、開発途上地域では今でも増加傾向を示している。製材、製紙用の木材チップなどの産業用材も、先進地域の消費量は若干の減少に転じたものの、開発途上国地域における消費量は増加している。先進地域では文明の発達とともに、森林の農地への転用や資材としての利用等により森林を大きく減少させてきたが、最近植林活動によってわずかながら増加している。しかし、開発途上地域では、かつては先進国の商業伐採により、近年は人口増加にともなって、生活燃料や農地の需要が拡大し、世界全体における森林面積が急激に減少しつづけている。こうしたことから、二酸化炭素固定化能の低下による地球温暖化などの問題が挙げられるようにもなってきた。これらの問題を解決しつつ、近年、産業的に製材、製紙用木材チップの安定供給などを目指した植林事業が世界各地で盛んに行われている。【０００３】
このような植林事業の現場では、植林木の生長状態は外見で判断しており、またパルプ原料としての質を知るためには、伐採後に化学的な手法でパルプ原料である樹幹の木繊維の分析（材質分析）を行っている。生長状態については、経験と勘に頼っているため、外見では判別できない栄養分の不足等の問題点は把握できない。そして、伐採後にしかその材質が分からないため、生長中の植林木の木繊維形成（材質）がどのような状況であるのか、将来どのような木繊維が形成されるのか等はわからず、良い材質を作り出すための施業（施肥や間伐等）方針もたたない。また、優良な植林木を選抜する場合、生長中であれば外見上判断できる生長量（樹高・直径）を指標にするしかなく、材質を予測して選抜することができない。このように、樹幹の木繊維形成（材質）を生長中に予測することは、植林地での施業や選抜・育種、質の良い製紙原料の確保を考える上で大変重要である。【０００４】
ところで、木繊維細胞の細胞壁成分・導管分布密度・繊維長・繊維直径等は、木繊維の性質を決める主要要素であり、工業原材料として利用する場合、各製品仕様にあった多様な性質が求められる。例えば、引っ張り強度に優れた紙を製造する場合、長い繊維細胞が求められる。また、印刷の仕上がりを良好にする場合は、導管の少ない繊維細胞が求められる。【０００５】
この木繊維細胞の性質は、広葉樹・針葉樹を問わず、地上高により変動することが知られている。地上高による木繊維性質の変動現象については、古くから材質の樹幹内垂直変動として知られる（非特許文献１、非特許文献２）。各地上高（基部・中央部・樹冠部）を相互比較すると、中央部（胸高部以上〜樹冠部未満）では細胞壁成分については、セルロースが増大し、リグニン、ヘミセルロースが減少する。また、形態的観察では、導管分布密度が少なく、繊維長は増加が認められる。さらに、細胞壁の厚さは、樹冠部から基部に向かって増加していく。詳細は不明であるが、各地上高の木繊維形成組織の成熟度合いにより、形成される木繊維性質の差が発生しているものと考えられている。【０００６】
この木繊維細胞の性質はまた、広葉樹・針葉樹を問わず、種により変動することが知られている（非特許文献１、非特許文献２）。種による木繊維性質の変動現象については、古くから材質の樹種間変動として知られる。ユーカリ属カマルドレンシス種とグロブルス種を比較すると、グロブルス種では細胞壁成分については、セルロースが増大し、リグニン、ヘミセルロースが減少する。また、形態的観察では、導管分布密度が少なく、繊維長・細胞壁の厚みの増加が認められ、材質（パルプ品質）としては優れている（非特許文献３）。詳細は不明であるが、種によって木繊維形成組織の性質が異なり、形成される木繊維性質の差が発生しているものと考えられている。【０００７】
近年、植物の育種においてＤＮＡを指標にした分子マーカーが用いられてきている（特許文献１、特許文献２）。しかしながら、このような従来のＤＮＡ分子マーカーでは、遺伝的な潜在能力を識別しているにすぎず、多様な環境下での遺伝的能力の発揮状態や、その結果生じる生長状態を検査することはできない。従って、分子マーカーによって事前に優良であると判断された植物系統であっても、植林地の環境条件や施業によっては、不良な形質しか示さない。【０００８】
農業や植林現場での施業とは、言い換えれば植物が持っている遺伝的能力を、最大限発揮できるようにすることである。従って、様々な施業の効果を評価する場合、遺伝的能力が良好に発揮できているかどうかが重要な基準となる。このことはつまり、遺伝的能力を識別検査するという従来の概念に基づいたマーカーではなく、遺伝的能力の発揮状態を検査するという新規概念に基づくマーカーが必要であるということを意味する。しかしながら、これまでにそのようなマーカーは開発されていなかった。【０００９】
前述のように、植物は同じ種・同じ個体内でも木繊維形成状態等の生長状態に関して違いがあり、それは外見上判別できないことがよく知られている。また、既存の分子マーカーでは、遺伝的な潜在能力を識別しているにすぎず、多様な環境下で生育している植物において、木繊維形成関連遺伝子群の発現状態や木繊維生長状態を検査することはできない。そのため、生長中に木繊維形成（材質）を予測するための検査マーカーが必要とされてきた。しかしながら、これまでに木繊維形成状態の検査マーカーは開発されていなかった。【００１０】
なお、本出願の発明に関連する先行技術文献情報を以下に記す。
【特許文献１】特開２００２−０３４５６２
【特許文献２】特表２００２−５４０７６２
【非特許文献１】島地謙・須藤彰司・原田浩著「木材の組織」、森北出版、1976、111-215
【非特許文献２】古野毅・澤辺攻著「木材科学講座2・組織と材質」、海青社、1994、109-137
【非特許文献３】Wood Science and Technology. 2001;35:229-243.
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
本発明の課題は、植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA、並びにその利用方法を提供することにある。
本発明の課題はまた、ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA、並びにその利用方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本発明者らは、鋭意研究を重ねた結果、生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、ゲノム科学的な手法により木部側と師部側での発現を比較することを考えた。植物の樹幹は、形成層を境に、師部側と木部側に区別される。木部側では木繊維形成が盛んであり、師部側では樹皮形成が盛んである。従って、木部側での遺伝子発現は木繊維形成部位や生長状態を同定するための指標になる。本願では木部側を師部側と相対比較することで、木部側の遺伝子発現状態が把握できると考えられることから、師部側と比較して木部側で発現が上昇または減少している遺伝子を同定し、その遺伝子発現パターンを、木繊維形成部位を同定するための指標とすることを考えた。【００１３】
次に、本発明者らは、生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、基部と中央部で発現を比較することを考えた。樹幹の基部は、未熟な形成層組織から分化するため、一般的に未熟な木繊維（未熟材：短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）を形成し、一方中央部では、成熟した形成層組織から分化するため、成熟した木繊維（成熟材：長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）を形成することが知られている。これらの部位それぞれで、木部側と師部側を比較した発現情報を得ることで、成熟した木繊維が形成される状態で増減するＤＮＡや、未熟な木繊維が形成される状態で増減するＤＮＡの同定ができると期待される。また、両部位の木部側同士の比較を行うことで、師部側との比較無しに成熟・未熟を判断できるＤＮＡ情報が得られるはずである。これらの情報から検査マーカーを作製すれば、被検植物の木繊維が基部のものなのか中央部のものなのか、成熟した木繊維が形成されているのかどうか、どちらがより成熟した木繊維なのかどうかを判別する技術の開発が期待できる。このような理由から、本願では樹幹基部と中央部を比較することで、成熟・未成熟木繊維形成過程で発現が上昇または減少している遺伝子を同定し、その遺伝子発現パターンを、木繊維形成状態を同定するための指標とすることを考えた。【００１４】
本発明者らは、生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、パルプの原料として、また植林木として一般的に用いられており代表的であるカマルドレンシスを使用した。植林木と同じ状態の情報を得るため、伐採時期である5年生のものを使用した。この５年生のカマルドレンシスの基部や中央部の師部側・木部側の状態は、前述の特徴を持っているため、成熟・未成熟な状態の木繊維形成時の遺伝子発現情報を得る点で好ましい。また、同じ種でも生育状態によって生長量等は変化するが、基本的に伐期といわれる５〜１０年生の植物においては、基部や中央部の特徴（成熟・未成熟な状態）は同じであり、かつ本願の生育条件では、一般的に植林されている温帯地域の気候条件で十分な施業を施しており、植林現場と同一である点でよい。このような理由で、本発明者らは生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、5年生のカマルドレンシスを使用した。【００１５】
本研究の遂行に当たり、ユーカリにおける解析リソースの整備を行い、具体的には各種遺伝子ライブラリー、樹幹部、葉部、根部の各組織毎にESTデータベースを作製した。
本発明者らは、作製したユーカリESTデータベースを用いて、マイクロアレイ解析によるユーカリ樹幹基部と中央部の木部（木繊維形成組織）において、師部と比較して発現が変動する遺伝子群の抽出を行った。その結果、遺伝子群は、詳細な発現様式から、「樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」、「樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」、「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」、「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」、「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」の８グループに大別された。【００１６】
即ち、本発明は、以下の〔１〕〜〔９〕を提供するものである。
〔１〕以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAであって、植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA。
（ａ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔２〕〔１〕に記載のDNAの部分DNA。
〔３〕植物がユーカリである、〔１〕または〔２〕に記載のDNA。
〔４〕〔１〕〜〔３〕のいずれかに記載のDNAが固定化された基板。
〔５〕植物の樹幹の師部側および木部側において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、植物の樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔６〕異なる２つの樹幹木部において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、異なる２つの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：１〜１４７、５０３〜１１５２または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜１４７、５０３〜１１５２または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔７〕植物がユーカリである、〔５〕または〔６〕に記載の方法。
〔８〕〔１〕〜〔３〕のいずれかに記載のDNAを有する組換えベクター。
〔９〕〔８〕に記載のベクターが導入された形質転換細胞。【００１７】
次に、本発明者らは、生長中の植物樹幹の種と木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、ユーカリ属カマルドレンシスとユーカリ属グロブルスで発現を比較することを考えた。樹幹のユーカリ属カマルドレンシスの木繊維は、一般的に低収量・低品質なパルプ（短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）となり、一方ユーカリ属グロブルスの木繊維は、高収量・高品質なパルプ（長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）となることが知られている。これらの部位それぞれで、木部側と師部側を比較した発現情報を得ることで、高収量・高品質なパルプとなる木繊維が形成される状態で増減するＤＮＡや、低収量・低品質なパルプとなる木繊維が形成される状態で増減するＤＮＡの同定ができると期待される。また、両部位の木部側同士の比較を行うことで、師部側との比較無しに木繊維の性質（パルプ品質）を判断できるＤＮＡ情報が得られるはずである。これらの情報から検査マーカーを作製すれば、被検植物の形成中の木繊維が、高品質であるのかどうか、どちらがより優れた木繊維性質を有するのかどうかを判別する技術の開発が期待できる。このような理由から、本願ではユーカリ属カマルドレンシスとユーカリ属グロブルスを比較することで、高品質・低品質木繊維（パルプ）形成過程で発現が上昇または減少している遺伝子を同定し、その遺伝子発現パターンを、木繊維形成状態（パルプ品質）を同定するための指標とすることを考えた。【００１８】
本発明者らは、生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、パルプの原料として、また植林木として一般的に用いられており代表的であるカマルドレンシスとグロブルスを使用した。植林木と同じ状態の情報を得るため、伐採時期である5年生のものを使用した。この５年生のカマルドレンシスとグロブルスの樹幹の師部側・木部側の状態は、前述の特徴を持っているため、高品質・低品質な状態の木繊維形成時の遺伝子発現情報を得る点で好ましい。また、同じ種でも生育状態によって生長量等は変化するが、基本的に伐期といわれる５〜１０年生の植物においては、種間の違い（高品質・低品質な状態）は同じであり、かつ本願の生育条件では、一般的に植林されている温帯地域の気候条件で十分な施業を施しており、植林現場と同一である点でよい。このような理由で、本発明者らは生長中の植物樹幹の木繊維形成状態の検査マーカーの開発のため、５年生のカマルドレンシスとグロブルスを使用した。【００１９】
本研究の遂行に当たり、ユーカリにおける解析リソースの整備を行い、具体的には各種遺伝子ライブラリー、樹幹部、葉部、根部の各組織毎にESTデータベースを作製した。本発明者らは、作製したユーカリESTデータベースを用いて、マイクロアレイ解析によるユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹の木部（木繊維形成組織）において、師部と比較して発現が変動する遺伝子群の抽出を行った。【００２０】
本発明者らは、作製したユーカリESTデータベースを用いて、マイクロアレイ解析によるユーカリ木繊維形成組織において種の違いにより、発現が変動する遺伝子の抽出を行った。
その結果、遺伝子群は、詳細な発現様式から、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」の８グループに大別された。【００２１】
即ち、本発明は、以下の〔１〕〜〔７〕を提供するものである。
〔１〕以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAであって、ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA。
（ａ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔２〕〔１〕に記載のDNAの部分DNA。
〔３〕〔１〕または〔２〕に記載のDNAが固定化された基板。
〔４〕ユーカリの樹幹の師部側および木部側において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、ユーカリの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜８５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔５〕異なる２つのユーカリの樹幹木部において、以下の（ａ）〜（ｃ）に記載の少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つのユーカリの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較する工程を含む、異なる２つのユーカリの樹幹木部の生長状態を検査する方法。
（ａ）配列番号：４４１１〜４４８９、４６７１〜４９５６、５３２８〜５４０４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：４４１１〜４４８９、４６７１〜４９５６、５３２８〜５４０４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
〔６〕〔１〕または〔２〕に記載のDNAを有する組換えベクター。
〔７〕〔６〕に記載のベクターが導入された形質転換細胞。
【発明の効果】
【００２２】
本発明のDNAは、植物の樹幹木部の検査用マーカーとして利用することができる。本発明のDNAを用いることで、植物の樹幹木部の生長状態、木繊維の形成状態、成熟状態の検査、および有用な形質を有する植物の選抜ができる。【００２３】
本発明のDNAはまた、ユーカリの樹幹木部の検査用マーカーとして利用することができる。本発明のDNAを用いることで、ユーカリの樹幹木部の生長状態、木繊維の形成状態、パルプ品質の検査、および有用な形質を有するユーカリの選抜ができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２４】
本発明は、植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNAを提供する。【００２５】
樹幹において、師部と木部では、木部側でのみ木繊維形成が行われることが知られている。よって、「師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「木繊維形成部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。また、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部では、樹幹基部の木部と比較して樹幹中央部の木部の方が、木繊維形成（性質）のうち木繊維長は長く、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、木繊維率と比重は高くなる（成熟材である）ことが知られている。また、樹幹中央部の木部と比較して樹幹基部の木部の方が、木繊維形成のうち木繊維長は短く、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、木繊維率と比重は低くなる（未熟材である）ことが知られている。よって、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「未熟材形成部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。また、「植物の樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「成熟材形成部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。【００２６】
本発明において、師部側とは分裂組織である維管束形成層より外側を意味し、好ましくは師部側の樹皮形成部位を意味する。ここで、樹皮形成部位とは師細胞、師管、柔細胞、じん皮細胞等へ分化中またはその分化能力を有する部位である。また、本発明において、木部側とは維管束形成層より内側を意味し、好ましくは木部側の木繊維形成部位を意味する。ここで、木繊維形成部位とは木繊維細胞、仮導管、導管、柔細胞等へ分化中またはその分化能力を有する部位である。【００２７】
本発明において、樹幹基部とは、一般的にいわれる胸高部未満を指し、例えば、ユーカリの５年生の植物体の場合、地上高約１ｍ未満を指す。また、樹幹中央部とは、一般的に樹高の中間部付近を指し、例えば、樹高１０ｍ以上のユーカリの５年生の植物体の場合、地上高約５ｍ付近を指す。【００２８】
本発明のDNAの由来する植物としては、特に制限はなく、例えば、穀類、野菜、果樹等の有用農作物（飼料作物を含む）、パルプ等の繊維原材料植物、観葉植物等の鑑賞用植物等が挙げられる。該植物としては特に制限はなく、ユーカリ、マツ、アカシア、ポプラ、スギ、ヒノキ、タケ、イチイ、イネ、トウモロコシ、コムギ、オオムギ、ライムギ、ジャガイモ、タバコ、サトウダイコン、サトウキビ、ナタネ、ダイズ、ヒマワリ、ワタ、オレンジ、ブドウ、モモ、ナシ、リンゴ、トマト、ハクサイ、キャベツ、ダイコン、ニンジン、カボチャ、キュウリ、メロン、パセリ、ラン、キク、ユリ、サフラン等を例示することができる。【００２９】
本発明の「植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAまたはその部分DNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【００３０】
上記ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、0.1xSSC溶液中にて、60℃、一晩放置の条件またはこれと同等のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件が挙げられる。このような条件において、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとハイブリダイズするDNAが単離できる。
具体的には、植物より、DNAを抽出し、遺伝子ライブラリーを構築し、同様の条件によりスクリーニングを行うか、もしくは、抽出したDNAに対して、60merの配列（配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列）より、任意の20mer程度の配列をプライマーに用いて、劉らによって確立されたTAIL-PCR法により、連続する近傍配列を容易に取得できる。【００３１】
また、上記の配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNAは、当業者においては、一般的に公知の方法により単離することが可能である。例えば、ハイブリダイゼーション技術（Southern, EM., J Mol Biol, 1975, 98, 503.）やポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技術（Saiki, RK. et al., Science, 1985, 230, 1350.、Saiki, RK. et al., Science 1988, 239, 487.）を利用する方法が挙げられる。すなわち、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAもしくはその一部をプローブとして、また、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをプライマーとして、植物から、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAと高い相同性を有するDNAを単離することは、当業者にとって通常行い得ることである。【００３２】
このようなDNAを単離するためには、好ましくはストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーション反応を行う。本発明においてストリンジェントなハイブリダイゼーション条件とは、6M 尿素、0.4％ SDS、0.5×SSCの条件またはこれと同等のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件を指す。よりストリンジェンシーの高い条件、例えば、6M 尿素、0.4％ SDS、0.1×SSCの条件下では、より相同性の高いDNAを単離できると期待される。こうして単離されたDNAは、アミノ酸レベルにおいて、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAからコードされるアミノ酸配列、または配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列と高い相同性を有すると考えられる。高い相同性とは、アミノ酸配列全体で少なくとも50％以上、好ましくは70％以上、より好ましくは80％以上、さらに好ましくは90％以上、さらにより好ましくは95％以上、最も好ましくは98％以上の配列の同一性を指す。このようなDNAには、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAの縮重変異体も含まれる。【００３３】
アミノ酸配列や塩基配列の同一性は、カーリンおよびアルチュールによるアルゴリズムBLAST（Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1990, 87, 2264-2268.、Karlin, S. & Altschul, SF., Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1993, 90, 5873.）を用いて決定できる。BLASTのアルゴリズムに基づいたBLASTNやBLASTXと呼ばれるプログラムが開発されている（Altschul, SF. et al., J Mol Biol, 1990, 215, 403.）。BLASTNを用いて塩基配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝100、wordlength＝12とする。また、BLASTXを用いてアミノ酸配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝50、wordlength＝3とする。BLASTとGapped BLASTプログラムを用いる場合は、各プログラムのデフォルトパラメーターを用いる。これらの解析方法の具体的な手法は公知である（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。【００３４】
また、本発明のDNAには、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列において、１または複数のアミノ酸が置換、欠失、付加、および／または挿入されたアミノ酸配列からなるタンパク質をコードするDNAが含まれる。
上記のDNAを調製するために、当業者によく知られた方法としては、例えば、DNAに対し、site-directed mutagenesis法（Kramer, W. & Fritz, HJ., Methods Enzymol, 1987, 154, 350.）により変異を導入する方法が挙げられる。【００３５】
タンパク質におけるアミノ酸の改変は、通常、全アミノ酸の50アミノ酸以内であり、好ましくは30アミノ酸以内であり、さらに好ましくは10アミノ酸以内であり、さらに好ましくは3アミノ酸以内である。アミノ酸の改変は、例えば、変異や置換であれば「Transformer Site-directed Mutagenesis Kit」や「ExSite PCR-Based Site-directed Mutagenesis Kit」（Clontech社製）を用いて行うことが可能であり、また、欠失であれば「Quantum leap Nested Deletion Kit」（Clontech社製）などを用いて行うことが可能である。
また、塩基配列が変異していても、その変異がタンパク質中のアミノ酸の変異を伴わない場合（縮重変異）があり、このような縮重変異DNAも本発明に含まれる。【００３６】
本発明のDNAは、本発明のタンパク質をコードし得るものであれば特に制限はなく、ゲノムDNA、cDNA、化学合成DNAなどが含まれる。ゲノムDNAは、例えば、文献（Rogers and Bendich, Plant Mol. Biol., 1985, 5, 69.）記載の方法に従って調製したゲノムDNAを鋳型として、本発明のDNAの塩基配列（例えば、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列）を基に作製したプライマーを用いてPCR（Saiki et al. Science, 1988, 239, 487.）を行うことにより調製することが可能である。また、cDNAであれば、常法（Maniatis et al. Molecular Cloning Cold Spring harbor Laboratry Press）により植物からmRNAを調製し、逆転写反応を行い、上記と同様のプライマーを用いてPCRを行うことにより調製することが可能である。また、ゲノムDNAやcDNAは、常法によりゲノムDNAライブラリーまたはcDNAライブラリーを作製し、このライブラリーに対し、例えば本発明のDNAの塩基配列（例えば、配列番号：１〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列）を基に合成したプローブを用いてスクリーニングすることによっても調製することが可能である。なお、得られたDNAの塩基配列は、例えば「シークエンサーModel373」（ABI社製）を利用することにより容易に決定することが可能である。【００３７】
上記「植物の樹幹基部もしくは樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」またはその部分DNAは、植物の樹幹木部（好ましくは樹幹基部または樹幹中央部の木部）の生長状態の検査用マーカーとして利用できる。すなわち、上記DNAまたはその部分DNAを少なくとも１つ利用することで、植物の樹幹木部（好ましくは樹幹基部または樹幹中央部の木部）の生長状態を検査することができる。【００３８】
より具体的には、以下の（１）〜（１０）の場合に、植物の樹幹木部が、木繊維形成が盛んな木部であると判定される。さらに、（３）〜（６）の場合に、植物の樹幹木部が、未熟材が形成されている木部、または将来的に未熟材が形成される木部であると判定される。ここで、未熟材とは、未熟な形成層組織から分化・形成される木繊維を意味し、同様な条件で採取された樹幹中央部の木部と比較して、木繊維長は短く、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、木繊維率と比重は低いという特徴を有する。また、（７）〜（１０）の場合に、植物の樹幹木部が、成熟材が形成されている木部、または将来的に成熟材が形成される木部であると判定される。ここで、成熟材とは、成熟した形成層組織から分化して形成される木繊維を意味し、同様な条件で採取された樹幹基部の木部と比較して、木繊維長は長く、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、木繊維率と比重は高いという特徴を有する。
本発明の検査に用いられる植物は、好ましくはユーカリ、より好ましくはユーカリ属カマルドレンシス種である。【００３９】
また、本発明の検査方法を利用することで材質の量的・質的な事前予測が可能となる。また、植林事業において、生長状態をもとに適切な施業（除草・間伐等）を適切な時期に施すことができる。例えば、本発明における樹幹基部の師部と木部での発現パターンと本発明の検査方法で得られた発現パターンに相関があれば（好ましくはピアソンの相関係数0.5以上、より好ましくは0.7以上、以下同じ）、被検樹幹木部に、質的には未熟な繊維（未熟材：短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）が形成されている、もしくは将来的に形成される状態であり、木繊維量（容積重）も少ないもしくは将来的に少なくなる（平均的な容積重450〜500kg/m3以下）という予測ができる。一方、本発明における樹幹中央部の師部と木部での発現パターンと本発明の検査方法で得られた発現パターンに相関があれば、被検樹幹木部に、質的には成熟した繊維（成熟材：長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）が形成されている、もしくは将来的に形成される状態であり、木繊維量（容積重）も多いもしくは将来的に多くなる（平均的な容積重450〜500kg/m3以上）という予測ができる。さらに、上記のような材質予測により、植物の生長状態の善し悪しが明らかとなるため、悪いと判断されれば、貧栄養地では施肥を行ったり、雑草が茂っていれば除草作業を早期に行ったり、植裁密度が高ければ間伐を行ったり、といった施業を迅速かつ適切に行うことが可能になる。現在、前述のような材質予測や施業方針の決定は、多分に現場の経験や勘、もしくは事後の化学分析等に頼っており、本願で示すような事前に判別できる科学的指標は無い。【００４０】
（１）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部または樹幹中央部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つ（好ましくは複数、より好ましくは全て。以下同じ）のDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「植物の樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜８８８のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜８８８のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１〜８８８のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１〜１４０、１４８〜４５９または５０３〜８６３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１〜９４、１４８〜３３９または５０３〜８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４１】
（２）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部または樹幹中央部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「植物の樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：８８９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：８８９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：８８９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：８８９〜１１３３、１１５３〜１５８６または１６３９〜１８０７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：８８９〜１０６０、１１５３〜１３９２または１６３９〜１７３７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４２】
（３）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１８３０〜１９２６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１８３０〜１９２６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１８３０〜１９２６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１８３０〜１８９０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１８３０〜１８５２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４３】
（４）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１９２７〜２０１９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１９２７〜２０１９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１９２７〜２０１９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１９２７〜１９８３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１９２７〜１９４０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４４】
（５）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２０２０〜２４１５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：２０２０〜２４１５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：２０２０〜２４１５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２０２０〜２１９８のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２０２０〜２０６７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４５】
（６）植物の樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２４１６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：２４１６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：２４１６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２４１６〜２５７３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２４１６〜２４４９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４６】
（７）植物の樹幹（好ましくは樹幹中央部）の師部側および木部側において、上記「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合【００４７】
（８）植物の樹幹（好ましくは樹幹中央部）の師部側および木部側において、上記「植物の樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合【００４８】
（９）植物の樹幹（好ましくは樹幹中央部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「植物の樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２８０１〜３６１２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：２８０１〜３６１２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：２８０１〜３６１２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２８０１〜３３９０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２８０１〜３０８２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００４９】
（１０）植物の樹幹（好ましくは樹幹中央部）の師部側および木部側において、「植物の樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、植物の樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「植物の樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：３６１３〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：３６１３〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：３６１３〜４４０１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：３６１３〜４０８０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：３６１３〜３７４５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００５０】
さらに、本発明においては、異なる２つの樹幹木部の生長状態（成熟度）を検査する方法を提供する。すなわち、異なる２つの樹幹木部うち、どちらが成熟しているのか、または未熟であるのかを検査する方法を提供する。本発明において、「異なる２つの樹幹木部」には、異なる２つの植物における樹幹木部、および、１つの植物における異なる２つの樹幹木部が含まれる。上記方法は、複数の樹幹木部から、成熟した、または未熟な樹幹木部を選別することにも使用できる。
より具体的には、以下の（１１）または（１２）の場合に、異なる２つの樹幹木部のうち、片方の樹幹木部（以下、樹幹木部Aと称す）と比較して他方の樹幹木部（以下、樹幹木部Bと称す）は、成熟している木部であり、樹幹木部Bと比較して樹幹木部Aは、未熟な木部であると判定される。従って、以下の（１１）または（１２）は、例えば育種現場において、エリート木やプラスツリーと呼ばれる優良系統を選抜するときの指標になる。現在、エリート木等の選抜は、樹高や直径などの外見上の数値や伐採後の材質分析値を指標に行われており、上記指標で選抜する技術（概念）は無い。【００５１】
（１１）異なる２つの樹幹木部において、「植物の樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較した結果、該DNAの発現レベルが、樹幹木部Bと比較して樹幹木部Aで上昇している場合
本発明において、「植物の樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜１４７または８８９〜１１５２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜１４７または８８９〜１１５２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【００５２】
「配列番号：１〜１４７または８８９〜１１５２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１、５、８、９、１２、１３、１７、１８、２２、２４、２６、２９、３１〜３４、３６、３８、３９、４１〜４３、４７〜４９、５１、５２、５４、５６、５８、５９、６１、６２、６６〜６８、７１、７５、７９、８１、８８〜９０、９２、９７、９８、１００〜１０３、１０５、１０８、１１０、１１１、１１３、１１９、１２１、１３０、１３４、１３５、１３７、１４０、８８９、８９０、８９２〜９０３、９０５〜９０７、９０９〜９１１、９１３〜９１５、９１７、９１８、９２０、９２１、９２３〜９２６、９３０〜９３３、９３５、９３６、９３８〜９４０、９４３、９４４、９４７〜９５１、９５３〜９５８、９６１〜９７３、９７５、９７６、９７７〜９８０、９８２、９８３、９８５〜９８７、９８９〜９９３、９９５〜９９９、１００３〜１０１６、１０１８、１０２０、１０２４、１０２６、１０２８、１０２９、１０３４〜１０３７、１０３９〜１０４１、１０４４、１０４５、１０４９、１０５０、１０５２、１０５４、１０５７、１０５９、１０６１〜１０６３、１０６５、１０７０、１０７４、１０８０、１０８１、１０８３、１０８４、１０８７、１０９２、１０９３、１０９５、１０９８、１１０５〜１１０７、１１０９、１１１０、１１１２、１１１４、１１１５、１１１７、１１１８、１１２４、１１２５、１１２９、１１３０、１１３２、１１３３、１１３６〜１１４０または１１５０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１、１２、１７、２６、３１、３２、３６、３８、４１、４２、５２、５９、６１、６２、９７、９８、１０１、１０８、１１３、１１９、１３５、８９０、８９２〜８９４、８９６〜８９９、９０１、９０３〜９０７、９１３〜９１５、９１７、９１８、９２０、９２１、９２３〜９２６、９３０〜９３３、９３５、９３６、９３９、９４０、９４３、９４７〜９５１、９５３〜９５６、９５８、９６１〜９６３、９６５〜９６９、９７１〜９７３、９７５〜９７７、９７９、９８０、９８２、９８３、９８５、９８９〜９９２、９９５、９９６、９９８、９９９、１００４〜１００６、１０１３、１０１５、１０１６、１０１８、１０２４、１０２９、１０３９、１０４１、１０４５、１０５０、１０５４、１０６１、１０６３、１０８７、１０９３、１１０６、１１３６または１１５０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００５３】
（１２）異なる２つの樹幹木部において、「植物の樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較した結果、該DNAの発現レベルが、樹幹木部Bと比較して樹幹木部Aで減少している場合
本発明において、「植物の樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：５０３〜８８８または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：５０３〜８８８または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【００５４】
「配列番号：５０３〜８８８または１６３９〜１８２９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：５０３〜５０５、５０７、５０８、５１１、５１２、５１５〜５２５、５２７〜５３４、５３６〜５４１、５４３〜５６０、５６２、５６４〜５７３、５７７、５７９〜５８３、５８６、５８９〜６０１、６０３、６０６〜６１０、６１２〜６１９、６２１、６２３〜６２５、６２７、６２９〜６３２、６３４、６３５、６３７〜６４２、６４４〜６４６、６４８〜６５５、６５７〜６５９、６６１、６６２、６６６〜６７０、６７２〜６７５、６７７〜６９０、６９２〜６９６、６９８〜７０３、７０５、７０７〜７０９、７１１、７１２、７１４〜７２２、７２４、７２５、７２８〜７３３、７３５、７３６、７３８、７４０、７４１、７４３〜７４５、７４７〜７４９、７５１、７５３〜７６０、７６２、７６５、７６８〜７７０、７７２、７７４、７７６、７７８、７８０、７８２〜７８４、７８６、７８８、７９０、７９４、７９５、７９７〜８００、８０２、８０４、８０６、８０９、８１２〜８１４、８１６、８１７、８１９、８２１〜８２３、８２７、８２９〜８３１、８３３、８３６、８３８、８４１、８４４、８４７、８４８、８５０、８５１、８５５、８５７〜８５９、８６２、８６５、８６８〜８７０、８７６、８７８〜８８０、８８７、１６３９〜１６４５、１６４７、１６４８、１６４９〜１６５１、１６５５〜１６６０、１６６７〜１６６９、１６７１、１６７２、１６７５、１６７７、１６８１〜１６８７、１６８９〜１６９３、１６９５、１６９６、１６９８、１７００、１７０２、１７０５、１７０７、１７０８、１７１４、１７１７、１７１８、１７２０、１７２２、１７２３、１７２７、１７２８、１７３１、１７３４、１７３９、１７４０、１７４２〜１７４５、１７４７、１７４８、１７５０〜１７５３、１７６１、１７６５、１７６６、１７６８、１７７２、１７７５、１７７７、１７８６、１７８７、１７９０、１７９２、１８０１、１８０９、１８１０、１８１３、１８２０、１８２６または１８２７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：５０４、５０５、５０７、５０８、５１５〜５１９、５２１〜５２５、５２７、５２９〜５３１、５３４、５３６、５３７、５３９、５４１、５４３、５４７、５４８、５５１、５５２、５５４〜５５８、５６０、５６２、５６４〜５６６、５６９、５７０、５７９〜５８１、５８３、５８９、５９０、５９１、５９３、５９６、６００、６０１、６０７、６０９、６１２、６１３、６１５、６１７、６１８、６１９、６２３〜６２５、６２９、６３１、６３７、６４０、６４２、６４５、６４６、６４８〜６５０、６５２〜６５４、６５７、６６１、６６２、６６９、６７２、６７８〜６８２、６８５、６８７〜６９０、６９３〜６９６、６９８、７００、７０２、７０３、７１１、７１２、７１４、７１６、７２１、７２２、７２４、７２５、７２８、７３２、７３３、７３６、７３８、７４０、７４３〜７４５、７４７、７５４、７５５、７６９、７７０、７７４、７８３、７８４、７８６、７８８、７９９、８１２、８１９、８２１、８５０、１６３９、１６４０、１６４１、１６４４、１６４８、１６４９、１６５０、１６５７、１６６７、１６６９、１６７２、１６８４、１７０５、１７３９、１７５２または１７９２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００５５】
本発明の検査方法を利用することで、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当する木部または該木部を有する植物を選択し、選択された木部または該木部を有する植物から均一なパルプを作製することが可能であり、パルプ製造の効率化、コストの削減、新規な特性を持った紙の製造が可能となる。なお、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当する木部または該木部を有する植物を選択後、当業者に周知の方法に従って、選択された木部間または該木部を有する植物間で木繊維状態が均一であるかを確認（材質分析）した後に、パルプを作製することもできる。また、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当しない木部または該木部を有する植物を集めて、任意の配合のパルプを作製することもできる。【００５６】
上記検査は、公知の種々の方法で実施することができる。例えば、まず、被検植物の所望の組織からRNA試料を調製する。次いで、該RNA試料に含まれるターゲットRNAの量を測定する。次いで、測定されたRNAの量を対照と比較する。このような方法としては、ノーザンブロッティング法、または、RT-PCR法等を例示することができる。また、上記検査は、DNAアレイ法によっても実施することができる。【００５７】
本発明において、ヌクレオチドの固定（アレイ）方法として、Affymetrix社開発によるオリゴヌクレオチドを基本としたアレイが例示できる。オリゴヌクレオチドのアレイにおいて、オリゴヌクレオチドは通常in situで合成される。例えば、photolithographicの技術（Affymetrix社）、および化学物質を固定させるためのインクジェット(Rosetta Inpharmatics社)技術等によるオリゴヌクレオチドのインサイチュ合成法が既に知られており、いずれの技術も本発明の基板の作製に利用することができる。【００５８】
本発明において「基板」とは、ヌクレオチドプローブを固定することが可能な板状の材料を意味する。本発明の基板は、ヌクレオチドプローブを固定することができれば特に制限はないが、一般にDNAアレイ技術で使用される基板を好適に用いることができる。一般にDNAアレイは、高密度に基板にプリントされた何千ものヌクレオチドで構成されている。通常これらのDNAは非透過性(non- porous)の基板の表層にプリントされる。基板の表層は、一般的にはガラスであるが、透過性(porous)の膜、例えばニトロセルロースメンブレムを使用することができる。【００５９】
基板に固定するヌクレオチドプローブは、本発明のDNAの発現を検出することができるものであれば、特に制限されない。即ち該プローブは、本発明のDNAにハイブリダイズするようなプローブである。特異的なハイブリダイズが可能であれば、ヌクレオチドプローブは、本発明のDNAに対し、完全に相補的である必要はない。本発明において基板に結合させるヌクレオチドプローブの長さは、特に制限されないが、通常10〜100bpであり、好ましくは10〜50bpであり、さらに好ましくは15〜25bpである。【００６０】
本方法においては、本発明のDNAと該基板を接触させる。この過程により、上記ヌクレオチドプローブに対し、本発明のDNAをハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションの反応液および反応条件は、基板に固定するヌクレオチドプローブの長さ等の諸要因により変動しうるが、一般的に当業者に周知の方法により行うことができる。
本方法においては、次いで、本発明のDNAと該基板に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの強度を検出する。この検出は、例えば、本発明のDNAに標識した蛍光色素の蛍光シグナルをスキャナー等によって読み取ることによって行うことができる。【００６１】
さらに本発明は、上記DNAを含む組換えベクターを提供する。本発明のベクターは、宿主細胞内において本発明のDNAを保持させるために有用である。
大腸菌を宿主とする場合には、ベクターを大腸菌（例えば、JM109、DH5α、HB101、XL1Blue）などで大量に増幅させ大量調製するために、大腸菌で増幅されるための「ori」をもち、さらに形質転換された大腸菌の選抜遺伝子（例えば、なんらかの薬剤（アンピシリンやテトラサイクリン、カナマイシン、クロラムフェニコール）により判別できるような薬剤耐性遺伝子）を有すれば特に制限はない。【００６２】
ベクターの例としては、M13系ベクター、pUC系ベクター、pBR322、pBluescript、pCR-Scriptなどが挙げられる。また、cDNAのサブクローニング、切り出しを目的とした場合、上記ベクターの他に、例えば、pGEM-T、pDIRECT、pT7、pBI101（クロンテック社）などのように大腸菌とアグロバクテリウムの双方で増幅可能なシャトルベクターなどが挙げられる。【００６３】
また、本発明のDNAの導入により形質転換した細胞を効率的に選択するために、上記組み換えベクターは、適当な選抜マーカー遺伝子を含む、もしくは選抜マーカー遺伝子を含むプラスミドベクターと共に細胞へ導入するのが好ましい。この目的に使用する選抜マーカー遺伝子は、例えば抗生物質ハイグロマイシンに耐性であるハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子、カナマイシンまたはゲンタマイシンに耐性であるネオマイシンホスホトランスフェラーゼ、および除草剤ホスフィノスリシンに耐性であるアセチルトランスフェラーゼ遺伝子等が挙げられる。【００６４】
また、本発明は、本発明のベクターが導入された形質転換細胞を提供する。本発明のベクターが導入される宿主細胞としては特に制限はなく、種々の細胞を用いることが可能である。【００６５】
真核細胞を使用する場合、例えば、動物細胞、植物細胞、真菌細胞を宿主に用いることができる。動物細胞としては、哺乳類細胞、例えば、CHO（J.Exp. Med. (1995)108, 945）、COS、3T3、ミエローマ、BHK（baby hamster kidney）、HeLa、Vero、両生類細胞、例えばアフリカツメガエル卵母細胞（Valle, et al., Nature (1981) 291, 358-340）、あるいは昆虫細胞、例えば、Sf9、Sf21、Tn5が知られている。CHO細胞としては、特に、DHFR遺伝子を欠損したCHO細胞であるdhfr-CHO（Proc. Natl. Acad. Sci. USA(1980) 77, 4216-4220）やCHO K-1（Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1968) 60, 1275）を好適に使用することができる。宿主細胞へのベクターの導入は、例えば、リン酸カルシウム法、DEAEデキストラン法、カチオニックリボソームDOTAP（ベーリンガーマンハイム社製）を用いた方法、エレクトロポーレーション法、リポフェクションなどの方法で行うことが可能である。【００６６】
原核細胞を使用する場合、細菌細胞を用いることができる。細菌細胞としては、大腸菌（E. coli）、例えば、JM109、DH5α、HB101等が挙げられ、その他、枯草菌が知られている。【００６７】
真菌細胞としては、酵母、例えば、サッカロミセス（Saccharomyces）属、例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）、糸状菌、例えば、アスペルギルス（Aspergillus）属、例えば、アスペルギルス・ニガー（Aspergillus niger）が知られている。【００６８】
植物細胞としては、ニコチアナ・タバカム（Nicotiana tabacum）由来の細胞が知られており、これをカルス培養すればよい。また、例えば、例えば、イネ、トウモロコシ、コムギ、オオムギ、ライムギ、ジャガイモ、タバコ、サトウダイコン、サトウキビ、ナタネ、ダイズ、ヒマワリ、ワタ、オレンジ、ブドウ、モモ、ナシ、リンゴ、トマト、ハクサイ、キャベツ、ダイコン、ニンジン、カボチャ、キュウリ、メロン、パセリ、ラン、キク、ユリ、サフラン、ユーカリ、マツ、アカシヤ、ポプラ、スギ、ヒノキ、タケ、イチイなどの植物の細胞が挙げられる。本発明の植物細胞には、培養細胞の他、植物体中の細胞も含まれる。また、プロトプラスト、苗条原基、多芽体、毛状根も含まれる。ベクターの宿主細胞への導入は、当業者に周知の方法によって実施することができる。【００６９】
以下、本明細書の００７１段落〜０１０２段落、０１３２段落〜０１５６段落において記載されている配列番号は、次の表１−１〜表１−１５に示された配列番号に読み替えられる。表１−１〜表１−１５において、（ａ）は、本願明細書に添付した配列表における配列番号を意味し、また（ｂ）は、本明細書の００７１段落〜０１０２段落、０１３２段落〜０１５６段落における配列番号を意味する。よって、例えば、前記段落においては、配列番号：１は、表１−１に従い、配列番号：４４１１に読み替えられる。【００７０】
【表１−１】
2006109420.tif 000002
【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【００７１】
本発明はまた、ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNAを提供する。【００７２】
樹幹において、師部と木部では、木部側でのみ木繊維形成が行われることが知られている。よって、「師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「木繊維形成部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。【００７３】
さらに、カマルドレンシス樹幹の木部とグロブルス樹幹の木部では、カマルドレンシス樹幹の木部よりグロブルス樹幹の木部の方が、木繊維形成（パルプ品質）のうち木繊維長は長く、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、木繊維率と比重は高くなることが知られている。また、グロブルス樹幹の木部よりカマルドレンシス樹幹の木部の方が、木繊維長は短く、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、木繊維率と比重は低くなることが知られている。よって、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「木繊維長は短く、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、木繊維率と比重は低い、という低品質なパルプ特性を有する木繊維形成部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。また、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」は、「木繊維長は長く、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、木繊維率と比重は高い、という高品質なパルプ特性を有する木繊維を形成する部位で発現レベルが上昇または減少しているDNA」と表現することもできる。【００７４】
本発明において、師部側とは分裂組織である維管束形成層より外側を意味し、好ましくは師部側の樹皮形成部位を意味する。ここで、樹皮形成部位とは師細胞、師管、柔細胞、じん皮細胞等へ分化中またはその分化能力を有する部位である。また、本発明において、木部側とは維管束形成層より内側を意味し、好ましくは木部側の木繊維形成部位を意味する。ここで、木繊維形成部位とは木繊維細胞、仮導管、導管、柔細胞等へ分化中またはその分化能力を有する部位である。【００７５】
本発明の「ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAまたはその部分DNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【００７６】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、0.1xSSC溶液中にて、60℃、一晩放置の条件またはこれと同等のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件が挙げられる。このような条件において、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとハイブリダイズするDNAが単離できる。
具体的には、植物より、DNAを抽出し、遺伝子ライブラリーを構築し、同様の条件によりスクリーニングを行うか、もしくは、抽出したDNAに対して、60merの配列（配列番号：１〜２５３７のいずれかに記載の塩基配列）より、任意の20mer程度の配列をプライマーに用いて、劉らによって確立されたTAIL-PCR法により、連続する近傍配列を容易に取得できる。【００７７】
また、本発明は、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNAも提供する。このようなDNAは、当業者においては、一般的に公知の方法により単離することが可能である。例えば、ハイブリダイゼーション技術（Southern, EM., J Mol Biol, 1975, 98, 503.）やポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技術（Saiki, RK. et al., Science, 1985, 230, 1350.、Saiki, RK. et al., Science 1988, 239, 487.）を利用する方法が挙げられる。すなわち、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAもしくはその一部をプローブとして、また、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをプライマーとして、植物から配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAと高い相同性を有するDNAを単離することは、当業者にとって通常行い得ることである。【００７８】
このようなDNAを単離するためには、好ましくはストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーション反応を行う。本発明においてストリンジェントなハイブリダイゼーション条件とは、6M 尿素、0.4％ SDS、0.5×SSCの条件またはこれと同等のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件を指す。よりストリンジェンシーの高い条件、例えば、6M 尿素、0.4％ SDS、0.1×SSCの条件下では、より相同性の高いDNAを単離できると期待される。こうして単離されたDNAは、アミノ酸レベルにおいて配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列と高い相同性を有すると考えられる。高い相同性とは、アミノ酸配列全体で少なくとも50％以上、好ましくは70％以上、より好ましくは80％以上、さらに好ましくは90％以上、さらにより好ましくは95％以上、最も好ましくは98％以上の配列の同一性を指す。このようなDNAには、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAの縮重変異体も含まれる。【００７９】
アミノ酸配列や塩基配列の同一性は、カーリンおよびアルチュールによるアルゴリズムBLAST（Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1990, 87, 2264-2268.、Karlin, S. & Altschul, SF., Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1993, 90, 5873.）を用いて決定できる。BLASTのアルゴリズムに基づいたBLASTNやBLASTXと呼ばれるプログラムが開発されている（Altschul, SF. et al., J Mol Biol, 1990, 215, 403.）。BLASTNを用いて塩基配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝100、wordlength＝12とする。また、BLASTXを用いてアミノ酸配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝50、wordlength＝3とする。BLASTとGapped BLASTプログラムを用いる場合は、各プログラムのデフォルトパラメーターを用いる。これらの解析方法の具体的な手法は公知である（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。【００８０】
また、本発明のDNAには、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAからコードされるアミノ酸配列、または、該アミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するアミノ酸配列において１または複数のアミノ酸が置換、欠失、付加、および／または挿入されたアミノ酸配列からなるタンパク質をコードするDNAが含まれる。
上記のDNAを調製するために、当業者によく知られた方法としては、例えば、DNAに対し、site-directed mutagenesis法（Kramer, W. & Fritz, HJ., Methods Enzymol, 1987, 154, 350.）により変異を導入する方法が挙げられる。【００８１】
タンパク質におけるアミノ酸の改変は、通常、全アミノ酸の50アミノ酸以内であり、好ましくは30アミノ酸以内であり、さらに好ましくは10アミノ酸以内であり、さらに好ましくは3アミノ酸以内である。アミノ酸の改変は、例えば、変異や置換であれば「Transformer Site-directed Mutagenesis Kit」や「ExSite PCR-Based Site-directed Mutagenesis Kit」（Clontech社製）を用いて行うことが可能であり、また、欠失であれば「Quantum leap Nested Deletion Kit」（Clontech社製）などを用いて行うことが可能である。
また、塩基配列が変異していても、その変異がタンパク質中のアミノ酸の変異を伴わない場合（縮重変異）があり、このような縮重変異DNAも本発明に含まれる。【００８２】
本発明のDNAは、本発明のタンパク質をコードし得るものであれば特に制限はなく、ゲノムDNA、cDNA、化学合成DNAなどが含まれる。ゲノムDNAは、例えば、文献（Rogers and Bendich, Plant Mol. Biol., 1985, 5, 69.）記載の方法に従って調製したゲノムDNAを鋳型として、本発明のDNAの塩基配列（例えば、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列）を基に作製したプライマーを用いてPCR（Saiki et al. Science, 1988, 239, 487.）を行うことにより調製することが可能である。また、cDNAであれば、常法（Maniatis et al. Molecular Cloning Cold Spring harbor Laboratry Press）により植物からmRNAを調製し、逆転写反応を行い、上記と同様のプライマーを用いてPCRを行うことにより調製することが可能である。また、ゲノムDNAやcDNAは、常法によりゲノムDNAライブラリーまたはcDNAライブラリーを作製し、このライブラリーに対し、例えば本発明のDNAの塩基配列（例えば、配列番号：１〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列）を基に合成したプローブを用いてスクリーニングすることによっても調製することが可能である。なお、得られたDNAの塩基配列は、例えば「シークエンサーModel373」（ABI社製）を利用することにより容易に決定することが可能である。【００８３】
上記「ユーカリ属カマルドレンシスもしくはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇または減少しているDNA」またはその部分DNAは、ユーカリの樹幹木部（好ましくは樹幹基部の木部）の生長状態の検査用マーカーとして利用できる。すなわち、上記DNAまたはその部分DNAを少なくとも１つ利用することで、ユーカリの樹幹木部（好ましくは樹幹基部の木部）の生長状態を検査することができる。【００８４】
より具体的には、以下の（１）〜（１０）の場合に、ユーカリの樹幹木部が、木繊維形成が盛んな木部であると判定される。さらに、（３）〜（６）の場合に、ユーカリの樹幹木部が、同様な条件で採取されたグロブルスの樹幹の木部と比較して、木繊維長は短く、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、木繊維率と比重は低い、というパルプ特性を有する木繊維が形成されている木部、または将来的に該パルプ特性を有する木繊維が形成される木部であると判定される。また、（７）〜（１０）の場合に、ユーカリの樹幹木部が、同様な条件で採取されたカマルドレンシス樹幹の木部と比較して、木繊維長は長く、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、木繊維率と比重は高い、という優れたパルプ特性を有する木繊維が形成されている木部、または将来的に該パルプ特性を有する木繊維が形成される木部であると判定される。
本発明の検査に用いられる植物は、好ましくはユーカリ属カマルドレンシス種またはユーカリ属グロブルス種である。【００８５】
また、本発明の検査方法を利用することで材質の量的・質的な事前予測が可能となる。また、植林事業において、生長状態をもとに適切な施業（除草・間伐等）を適切な時期に施すことができる。例えば、本発明におけるユーカリ属カマルドレンシス樹幹の師部と木部での発現パターンと本発明の検査方法で得られた発現パターンに相関があれば（好ましくはピアソンの相関係数0.5以上、より好ましくは0.7以上、以下同じ）、被検樹幹木部に、質的には低レベルな木繊維（低品質パルプ：短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）が形成されている、もしくは将来的に形成される状態であり、木繊維量（容積重）も少ないもしくは将来的に少なくなる（平均的な容積重450〜500kg/m3以下）という予測ができる。一方、本発明におけるユーカリ属グロブルス樹幹の師部と木部での発現パターンと本発明の検査方法で得られた発現パターンに相関があれば、被検樹幹木部に、質的には優れた繊維（高品質パルプ：長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）が形成されている、もしくは将来的に形成される状態であり、木繊維量（容積重）も多いもしくは将来的に多くなる（平均的な容積重450〜500kg/m3以上）という予測ができる。さらに、上記のような材質予測により、植物の生長状態の善し悪しが明らかとなるため、悪いと判断されれば、貧栄養地では施肥を行ったり、雑草が茂っていれば除草作業を早期に行ったり、植裁密度が高ければ間伐を行ったり、といった施業を迅速かつ適切に行うことが可能になる。現在、前述のような材質予測や施業方針の決定は、多分に現場の経験や勘、もしくは事後の化学分析等に頼っており、本願で示すような事前に判別できる科学的指標は無い。【００８６】
（１）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つ（好ましくは複数、より好ましくは全て。以下同じ）のDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜３７２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA 
（ｂ）配列番号：１〜３７２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１〜３７２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：配列番号：１〜７８または８０〜２２０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２６１〜３６９１〜６９、８０〜１３４または２６１〜３４２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００８７】
（２）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：３７３〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA  
（ｂ）配列番号：３７３〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：３７３〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：３７３〜５３６、５４７〜８２９または９１８〜９９２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：３７３〜４９６、５４７〜６７９または９１８〜９８４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００８８】
（３）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：９９５〜１３５３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA  
（ｂ）配列番号：９９５〜１３５３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：９９５〜１３５３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：９９５〜１２４８のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：９９５〜１１４７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００８９】
（４）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１３５４〜１６４５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA  
（ｂ）配列番号：１３５４〜１６４５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１３５４〜１６４５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１３５４〜１５８５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１３５４〜１４５７のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００９０】
（５）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１６４６〜２２９５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA  
（ｂ）配列番号：１６４６〜２２９５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：１６４６〜２２９５のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：１６４６〜２０４９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：１６４６〜１８２４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００９１】
（６）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２２９６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA  
（ｂ）配列番号：２２９６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：２２９６〜２８００のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２２９６〜２５６６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２２９６〜２３７９のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００９２】
（７）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、上記「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルス樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合【００９３】
（８）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、上記「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合【００９４】
（９）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で上昇している場合
本発明において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２８０１〜３５２１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：２８０１〜３５２１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：２８０１〜３５２１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２８０１〜３２４１のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２８０１〜３０１０のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００９５】
（１０）ユーカリの樹幹（好ましくは樹幹基部）の師部側および木部側において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、師部側および木部側における該DNAの発現レベルを比較した結果、ユーカリの樹幹における該DNAの発現レベルが、師部側と比較して木部側で減少している場合
本発明において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等なDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：３５２２〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：３５２２〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA
「配列番号：３５２２〜４１５６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：３５２２〜３８９３のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：３５２２〜３６７２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【００９６】
さらに、本発明においては、異なる２つのユーカリの樹幹木部の生長状態（パルプ品質）を検査する方法を提供する。すなわち、異なる２つのユーカリの樹幹木部うち、どちらが優れたパルプ品質なのか、または劣るのかを検査する方法を提供する。この方法は、複数のユーカリの樹幹木部から、優れた、または劣った樹幹木部を選別することにも使用できる。【００９７】
より具体的には、以下の（１１）または（１２）の場合に、異なる２つのユーカリの樹幹木部のうち、片方のユーカリ（以下、ユーカリAと称す）の樹幹木部と比較して他方のユーカリ（以下、ユーカリBと称す）の樹幹木部は、優れたパルプ品質を有する木部であり、樹幹木部Bと比較して樹幹木部Aは、劣ったパルプ品質を有する木部であると判定される。従って、以下の（１１）または（１２）は、例えば育種現場において、エリート木やプラスツリーと呼ばれる優良系統を選抜するときの指標になる。現在、エリート木等の選抜は、樹高や直径などの外見上の数値や伐採後の材質分析値を指標に行われており、上記指標で選抜する技術（概念）は無い。【００９８】
（１１）異なる２つのユーカリの樹幹木部（好ましくは樹幹基部の木部）において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現レベルが上昇しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つのユーカリの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較した結果、該DNAの発現レベルが、ユーカリBと比較してユーカリAで上昇している場合
本発明において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現レベルが上昇しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜７９または３７３〜５４６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：１〜７９または３７３〜５４６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【００９９】
「配列番号：１〜７９または３７３〜５４６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２、３、６、８、１２、１３、１６〜３６、３８、３９、４１〜４３、４５、４６、４８、５０〜５３、５５、５７、６０〜６２、６４、６７、６８、７５、７６、３７３〜４０５、４０７〜４１７、４１９〜４２６、４２８〜４３８、４４０、４４１、４４３〜４５１、４５４、４５６〜４５８、４６０、４６１、４６５〜４７２、４７５、４７８、４７９、４８１、４８４、４８５、４８９、４９０、４９２〜４９４、４９７、５００〜５０２、５０６または５１４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２、３、６、８、１２、１６〜２３、２５〜２９、３１〜３４、３８、４２、４５、５０、５５、３７３〜３７７、３７９〜３８５、３８７〜３９４、３９６〜３９９、４０１、４０４、４０５、４０７、４０８、４１１、４１３、４１５、４１６、４１９、４２１〜４２５、４２９、４３０、４３２、４３８、４４０、４６６または４７２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【０１００】
（１２）異なる２つのユーカリの樹幹木部（好ましくは樹幹基部の木部）において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現レベルが減少しているDNA」のうち少なくとも１つのDNAの発現レベルを検出し、異なる２つのユーカリの樹幹木部における該DNAの発現レベルを比較した結果、該DNAの発現レベルが、ユーカリBと比較してユーカリAで減少している場合
本発明において、「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現レベルが減少しているDNA」としては、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のDNAが挙げられる。
（ａ）配列番号：２６１〜３７２または９１８〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA
（ｂ）配列番号：２６１〜３７２または９１８〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNA
（ｃ）（ｂ）に記載のDNAからコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質と50％以上の相同性を有するタンパク質をコードするDNA【０１０１】
「配列番号：２６１〜３７２または９１８〜９９４のいずれかに記載の塩基配列からなるDNA」としては、配列番号：２６１、２６２、２６４〜２７１、２７３〜２７７、２７９〜２８２、２８４〜２８７、２８９〜２９２、２９４〜２９６、２９８〜３０１、３０４〜３０９、３１２〜３１８、３２１〜３２３、３２５〜３２７、３２９、３３１、３３２、３３４、３３８、３４０、３４２、３４６、３４７、３６３、３６９、９１９〜９２７、９２９〜９５２、９５４、９５５、９５７、９６１、９６２、９６４、９６５、９６８〜９７２、９７４、９７６、９７９、９８２または９８６のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAが好ましく、配列番号：２６１、２６２、２６４〜２７１、２７３、２７６、２７７、２８０、２８２、２８９〜２９１、２９５、３０４、３０５、３２３、３６３、９１９〜９２３、９２６、９２７、９３０〜９３６、９４０、９４２〜９４４、９４６、９４９、９５１または９５２のいずれかに記載の塩基配列からなるDNAがより好ましいが、これらに限定されるものではない。【０１０２】
本発明の検査方法を利用することで、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当する木部または該木部を有する植物を選択し、選択された木部または該木部を有する植物から均一なパルプを作製することが可能であり、パルプ製造の効率化、コストの削減、新規な特性を持った紙の製造が可能となる。なお、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当する木部または該木部を有する植物を選択後、当業者に周知の方法に従って、選択された木部間または該木部を有する植物間で木繊維状態が均一であるかを確認した後に、パルプを作製することもできる。また、上記（１）〜（１２）のいずれかに該当しない木部または該木部を有する植物を集めて、任意の配合のパルプを作製することもできる。
上記検査は、前述したように、公知の種々の方法で実施することができる。
なお本明細書において引用された全ての先行技術文献は、参照として本明細書に組み入れられる。
【実施例】
【０１０３】
以下実施例により本発明をさらに詳しく説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。なお、実験手法に関しては、特に記載のない限り、「クローニングとシークエンス」（渡辺格監修、杉浦昌弘編集、農村文化社（1989年））や、「Molecular Cloning（Sambrookら(1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press）」などの実験書に従った。【０１０４】
（実施例１）ユーカリESTデータベースの作製
（１）ユーカリからのRNA抽出
抽出の対象となるユーカリ組織については、幹の肥大成長部（２次壁肥厚帯；形成層に富む組織）、葉、根とし、傾斜刺激、塩溶液暴露によるストレス付与等様々な状況からの遺伝子発現を想定している。抽出の基本的な方法は、日尾野らの方法（特願平6−219187）に記載の方法である。下記にはその実施例として、水耕栽培によるユーカリの根を材料に用いたRNAの抽出方法を詳細に説明する。【０１０５】
２ヶ月間生育したユーカリ（Eucalyptus camaldulensis）幼植物体を水耕培養槽に移植した。水耕栽培はHoagland-Arnonらの培養液を用いて行った。水耕培養液の組成は、5.0mM KNO3、3.0mM Ca(NO3)2、2.0mＭ NH4H2PO4、2.0mM MgSO4、47μM H3BO3、9.0μM MnCl2、36μM FeSO4、3.1μM ZnSO4、0.16μM CuSO4、75nM (NH4)6Mo7O24であり、脱塩水を用いて調製し、pHは毎日0.1MのNaOHあるいはKOHで6.0に調整した。更に、１週間毎に培養液すべてを交換した。ストレス処理を行う場合は、この培養液に栽培１日目以降４日目まで最終濃度が順次50,100,200,300mMになるようにNaClを添加した培養液をストレス処理区、NaCl無添加培養液をコントロールとした。４日目に根10gを小片にし、液体窒素中で磨砕した。これを50ml遠心チューブ（NUNC社製）に移し、ガラスビーズを10g加えた後、ホモジナイザーで５分間摩砕した。これにジチオスレイトール（１mg/ml）を含むメタノール溶液を用いて上清に着色が認められなくなるまで（３回程度）摩砕試料の溶媒抽出を繰り返した。抽出終了後、試料を凍結乾燥させた。この凍結乾燥試料を25mlのpH9 100mM CHES 緩衝液（使用直前に20ミリグラムのジチオスレイトール、10mMバナジルリボヌクレオシド化合物溶液を添加）と混合し65℃で30分間保温した。保温終了後の試料溶液中に、5M塩化ナトリウム溶液及び10%CTAB溶液を添加した。この際、添加後の試料溶液中における塩化ナトリウム濃度は1.4Ｍ、CTAB濃度は１％（w/v）となるようにした。試料溶液をよく混合した後65℃で10分間保温した後、等量のクロロホルム：イソアミルアルコール（＝２４：１）溶液を添加し、緩やかに、かつ充分に混合した。混合後、遠心操作により上清を回収した。上清に対し、55%容のイソプロパノールを添加し、１時間氷冷した。遠心操作により沈殿を得、これを水に溶解させた後、フェノール抽出を行った。フェノール抽出後の上清に10%容の3M酢酸ナトリウム溶液および60%容のイソプロパノールを添加し、よく混合した後、遠心操作により沈殿を回収した。沈殿を滅菌水にて溶解した後、終濃度3Mとなるように12M 塩化リチウム溶液を添加し、よく混合した後、１時間氷冷した。遠心操作によりRNA沈殿を回収し、洗浄、乾燥を経て、最終的に水100μLに溶解させ、totalRNA画分を得た。この結果、ストレス処理区の根、コントロールの根から、それぞれ610μgの全RNAを得ることが出来た。全RNA画分からのmRNAの精製はPolyATtract mRNA Isolation SystemIII &IVキット（Cat.# Z5300& Z5310 プロメガ社製  USA）を用いた。この結果、610μgのtotalRNAからストレス処理区サンプルからは1.3μg、コントロールサンプルからは1.8μgのmRNAを得た。【０１０６】
（２）cDNAライブラリーの構築
（１）で示した方法により得られた各種組織、状況由来のユーカリmRNAを、クロンテック社のSmart cDNA library construction kitを用いてcDNAを合成し、最終的にファージミドライブラリーとした。こうして作成されたゲノムDNAライブラリーは、各々が１×10６pfu以上の独立のクローンからなるものであった。尚、ライブラリーの増幅は作製した一部に対して行い、クローンの解析には増幅をかけずに供した。【０１０７】
（３）cDNAクローンの解読とデータベース構築
各組織由来のユーカリファージミドcDNAライブラリーより、クローンをランダムに選抜し、プラスミドを精製後、アマシャム社のダイターミネーターシークエンスキットによる酵素反応を経て、同社の大規模高速シーケンサーを用いて、塩基配列データの取得を行った。
データ解析は、プラスミド由来の既知配列を削除した後、解析ソフトウェアにより、クラスタリング操作により相同配列の抽出を行った。その後、遺伝子情報データベースの１つである米国・GenBankの全データベースとの比較検索により、おおよその機能予測（アノテーション）をおこなった。【０１０８】
（実施例２）ユーカリ樹幹の地上高による材質の変動（垂直変動）
木繊維性質の主要要素である細胞壁成分・導管分布密度・繊維長等については、広葉樹・針葉樹を問わず、地上高により変動する組織形成を行うことが知られている。この地上高による木繊維性質の変動現象については、古くから樹幹内の材質の垂直変動として知られる。各地上高（基部・中央部・樹冠部）を相互比較すると、中央部（胸高部以上〜樹冠部未満）では細胞壁成分については、セルロースが増大し、リグニン、ヘミセルロースが減少する。また、形態的観察では、導管分布密度が少なく、繊維長は約２０％の増加が認められる。さらに、細胞壁の厚さは、樹冠部から基部に向かって増加していく。詳細は不明であるが、各地上高の木繊維形成組織の成熟度合いにより、形成される木繊維性質の差が発生しているものと考えられている（島地謙・須藤彰司・原田浩著「木材の組織」、古野毅・澤辺攻著「木材科学講座2・組織と材質」）。【０１０９】
本発明者らは、一般的に言われている材質の垂直変動を確認するため、ユーカリ属カマルドレンシス種の５年生クローン系統（CPT1）を材料に、以下に示す実施例のように材質分析を行った。一般的に、5年生のカマルドレンシスは、樹幹基部では低生長で未熟な木繊維（未熟材：短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）を形成すること、中央部では高生長で成熟した木繊維（成熟材：長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）を形成することが知られている。この特徴は、伐採される５〜１０年生のカマルドレンシスに共通している。【０１１０】
５年生の植物体の基部（地上高１ｍ未満）と中央部（地上高約５ｍ）の樹幹を用いた。それぞれの樹幹から樹皮を除き、厚さ２５ｍｍのディスクに切り分け十分に乾燥させた後、粉砕してチップにしチップミキサーで３分間よく混合し分析に用いた。パルプ精製と材質分析の方法は、基本的に紙パルプ技術協会発行［紙パルプ製造技術シリーズ］第１巻「クラフトパルプ」、第３巻「パルプの洗浄・精選・漂白」、第９巻「紙パルプの試験法」に記載されている常法に従った。蒸解は、13.2%のNa2Sにて１７０℃で９０分間行い、カッパー価１８を基準としてパルプデータを補正した。【０１１１】
前述の方法によって得られた材質分析の結果、５年生ユーカリ植物体の基部では、容積重が432kg/m2、パルプ収率が43.8％、繊維長が0.66mmであった。一方、中央部では容積重が525kg/m2、パルプ収率が53.4％、繊維長が0.86mmであった。これらの結果から、一般的に言われている垂直変動が、本実施例のサンプルでも確認された。また、材質としては高容積重・高パルプ収率で長い繊維を持つ中央部の方が優れていることも確認された。【０１１２】
（実施例３）ユーカリ木繊維形成組織において地上高により発現変動する遺伝子の抽出
（１）ユーカリ樹幹特異的オリゴマイクロアレイの作製
上述のユーカリESTデータベースより、ユーカリオリゴマイクロアレイの作製を行った。なお、実際の作製は、アジレントテクノロジー社（日本国内代理店は、横河アナリティカルシステムズ）に委託した。詳細については下記ホームページに記述されている。 http://www.chem.agilent.com/cag/country/JP/products/PCol494.htm
このようにして作製したユーカリオリゴマイクロアレイは、8400個のオリゴDNAを収録しており、ユーカリ樹幹部で発現を認める遺伝子の大部分を網羅可能である。【０１１３】
（２）マイクロアレイ解析によるユーカリ樹幹木繊維形成組織において地上高により発現変動する遺伝子の抽出
前述のような材質の垂直変動を生じている組織に対し、網羅的な遺伝子解析手法であるゲノム科学的解析を行うことで、木繊維形成時において、特に垂直方向の性質の違いを担う一連の遺伝子を総括的に捉えることが可能となる。加えて、ESTデータを用いたマイクロアレイ解析による遺伝子発現解析を組み合わせることにより、各構成遺伝子の発現差を捉えることも可能である。【０１１４】
そこで本発明者らは、実施例１に示したRNA抽出方法に従って、実施例２で用いたユーカリ属カマルドレンシス種の５年生クローン系統CPT1植物体の基部（地上高１ｍ未満）と中央部（地上高約５ｍ）の樹皮側（師部）と木繊維形成組織側（木部）を材料に全RNAを抽出した。【０１１５】
本個体から得られた全RNAから、プロメガ社製のPolyATract mRNA Isolation Systemにより、mRNAを精製した。このようにして得られた合計4種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った（図１と２）。標識を含むハイブリダイゼーションの方法はアジレントテクノロジーより提示の解析プロトコルに従った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、ユーカリ樹幹基部と中央部における遺伝子群の発現情報を得た。【０１１６】
より具体的には、各遺伝子の木部側平均蛍光強度と師部側平均蛍光強度とそれぞれの誤差から、その発現情報が有意であるかどうかを判別した。有意であると判断されたものの中で、木部側平均蛍光強度／師部側平均蛍光強度の計算式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であれば、木部側で発現が上昇（師部側で減少）していると判断し、逆の師部側平均蛍光強度／木部側平均蛍光強度の計算式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であれば、木部側で発現が減少（師部側で上昇）していると判断した。有意でないもしくは平均強度がほぼ同じであれば、発現は同等であると判断した（木部と師部の蛍光強度が1.0〜1.1倍未満またはP>0.001）。この判断基準から、樹幹基部および／または樹幹中央部で、師部側と比較して木部側で発現が上昇または減少する4401個の遺伝子群、また、樹幹基部および樹幹中央部で、師部側と木部側で発現が同等な3135個の遺伝子群を見出した。
また、4401個の遺伝子群は、詳細な発現様式から、以下の（１）〜（８）に大別された（表２）。【０１１７】
【表２】
2006109420.tif 000017
【０１１８】
（１）888個の「樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」（配列番号：１〜８８８）
888個の遺伝子群には、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜１４０、１４８〜４５９、５０３〜８６３）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜９４、１４８〜３３９、５０３〜８００）が含まれる。樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜１３、２０、２１、２３、２７、３０、４４、４９〜６４、１４８〜１８４、１８６〜１８８、１９０、１９２、２０２、２０６、２０７、２０９、２１４、２１７、２２０、２２２、２２４、２２７、２２９、２３１、２３５、２３６、２４２、２４３、２５１、２５３、２６１〜２８９、５０３〜５７１、５７３〜５７５、５７９〜５８３、５８５、５８６、５８８〜５９１、５９３〜５９８、６００〜６０２、６０５〜６０８、６１０、６１２、６１３、６１５〜６２０、６２２〜６２５、６２７〜６３０、６３２〜６３５、６３７、６３９、６４３、６４５〜６５０、６５５、６５７、６６０、６６２、６６６、６６８、６６９、６７２、６７４、６７５、６７７〜７２７）樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜６、１１、２７、４４、４９、５０〜５５、１４８〜１７２、１７４、１８３、１９０、２０４、２１４、２１７、２２０、２２４、２２７、２３５、２４２、２４３、２５１、２５３、２６０〜２６９、５０３〜５３１、５３３、５３４、５３６〜５３９、５４１〜５５８、５６０〜５６２、５６４、５６６〜５６９、５７３、５７９〜５８１、５８３、５８５、５８９〜５９１、５９３〜５９７、６００、６０２、６０５、６０６、６０８、６１３、６１６〜６２０、６２２、６２４６２８、６２９、６３３、６３４、６４３、６４５、６４７、６４９、６５０、６５７、６６２、６６６、６６９、６７２、６７５、６７７〜７００）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜３、１１、２７、４９、５０、１４８〜１５６、１６０、１６４、１６７、１６９、１７１、１７４、１８３、１８８、２０４、２１４、２１７、２２７、２５１、２６１〜２６３、５０３〜５１８、５２０〜５２７、５２９〜５３１、５３３、５３４、５３６〜５３９、５４２、５４３、５４５、５４７〜５５２、５５５、５５７、５５８、５６０、５６２、５６４、５６６、５６８、５７３、５７９〜５８１、５８３、５８９、５９０、５９３、５９４、６００、６０２、６０８、６１３、６１６〜６１９、６２４、６２８、６２９、６３３、６４３、６６２、６６６、６６９、６７２、６７７〜６９０）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が10倍以上である遺伝子群（配列番号：１、３、１４８〜１５０、１６７、１７４、５０３〜５０５、５０７、５０８、５１０、５１５、５２２、５２３、５３１、５３４、５３６、５４３、５４５、５４７、５５７、５５８、５６０、５６６、５６８、５９３、６１７〜６１９、６７９）が含まれる。【０１１９】
888個の遺伝子について、樹幹基部と樹幹中央部の木部側での遺伝子発現を直接比較した結果、147個の「樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」（配列番号：１〜１４７）、355個の「樹幹基部の木部側と樹幹中央部の木部側での発現が同等な遺伝子群」（配列番号：１４８〜５０２）、386個の「樹幹基部の木部側と比較して樹幹中央部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」（配列番号：５０３〜８８８）に大別された。より具体的には、実験によって得られた平均蛍光強度の数値を、樹幹基部／中央部または中央部／樹幹基部の式により計算した。有意である各遺伝子の発現情報から、樹幹基部／中央部の式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であるものを「樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」と、中央部／樹幹基部の式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であるものを「樹幹基部の木部側と比較して樹幹中央部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」と、有意でないもしくは平均強度がほぼ同じもの（中央部の木部と基部の木部の蛍光強度比が1.0〜1.1倍未満またはP>0.001）を「樹幹基部の木部側と樹幹中央部の木部側での発現が同等な遺伝子群」と判断し、分類した。【０１２０】
147個の遺伝子群には、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１、５、８、９、１２、１３、１７、１８、２２、２４、２６、２９、３１〜３４、３６、３８、３９、４１〜４３、４７〜４９、５１、５２、５４、５６、５８、５９、６１、６２、６６〜６８、７１、７５、７９、８１、８８〜９０、９２、９７、９８、１００〜１０３、１０５、１０８、１１０、１１１、１１３、１１９、１２１、１３０、１３４、１３５、１３７、１４０）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１、１２、１７、２６、３１、３２、３６、３８、４１、４２、５２、５９、６１、６２、９７、９８、１０１、１０８、１１３、１１９、１３５）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１２、３１、３８、６１、１０８）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：１２、６１）が含まれる。【０１２１】
386個の遺伝子群には、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：５０３〜５０５、５０７、５０８、５１１、５１２、５１５〜５２５、５２７〜５３４、５３６〜５４１、５４３〜５６０、５６２、５６４〜５７３、５７７、５７９〜５８３、５８６、５８９〜６０１、６０３、６０６〜６１０、６１２〜６１９、６２１、６２３〜６２５、６２７、６２９〜６３２、６３４、６３５、６３７〜６４２、６４４〜６４６、６４８〜６５５、６５７〜６５９、６６１、６６２、６６６〜６７０、６７２〜６７５、６７７〜６９０、６９２〜６９６、６９８〜７０３、７０５、７０７〜７０９、７１１、７１２、７１４〜７２２、７２４、７２５、７２８〜７３３、７３５、７３６、７３８、７４０、７４１、７４３〜７４５、７４７〜７４９、７５１、７５３〜７６０、７６２、７６５、７６８〜７７０、７７２、７７４、７７６、７７８、７８０、７８２〜７８４、７８６、７８８、７９０、７９４、７９５、７９７〜８００、８０２、８０４、８０６、８０９、８１２〜８１４、８１６、８１７、８１９、８２１〜８２３、８２７、８２９〜８３１、８３３、８３６、８３８、８４１、８４４、８４７、８４８、８５０、８５１、８５５、８５７〜８５９、８６２、８６５、８６８〜８７０、８７６、８７８〜８８０、８８７）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：５０４、５０５、５０７、５０８、５１５〜５１９、５２１〜５２５、５２７、５２９〜５３１、５３４、５３６、５３７、５３９、５４１、５４３、５４７、５４８、５５１、５５２、５５４〜５５８、５６０、５６２、５６４〜５６６、５６９、５７０、５７９〜５８１、５８３、５８９、５９０、５９１、５９３、５９６、６００、６０１、６０７、６０９、６１２、６１３、６１５、６１７、６１８、６１９、６２３〜６２５、６２９、６３１、６３７、６４０、６４２、６４５、６４６、６４８〜６５０、６５２〜６５４、６５７、６６１、６６２、６６９、６７２、６７８〜６８２、６８５、６８７〜６９０、６９３〜６９６、６９８、７００、７０２、７０３、７１１、７１２、７１４、７１６、７２１、７２２、７２４、７２５、７２８、７３２、７３３、７３６、７３８、７４０、７４３〜７４５、７４７、７５４、７５５、７６９、７７０、７７４、７８３、７８４、７８６、７８８、７９９、８１２、８１９、８２１、８５０）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：５０７、５０８、５１７、５２２、５２３、５３０、５３９、５４３、５５１、５５４、５５５、５５７、５５８、５６６、５８１、５９６、６１３、６１７〜６１９、６２５、６４６、６４９、６５７６６９、６８２、６８７、６８８、７００、７０３、７３２、７４４、８２１）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：５３９、５４３、５５４、５５７、５５８、５８１、６１３、６１９、７００、７３２、７４４）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：５４３、５５７、５５８、７００）が含まれる。【０１２２】
（２）941個の「樹幹基部および樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している（木部側と比較して師部側で発現レベルが上昇している）遺伝子群」（配列番号：８８９〜１８２９）
941個の遺伝子群には、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９〜１１３３、１１５３〜１５８６、１６３９〜１８０７）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９〜１０６０、１１５３〜１３９２、１６３９〜１７３７）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９〜９１６、９１８、９２０〜９２５、９２８〜９４０、９４２、９４３、９４９、９５１、９５３、９５５、９５６、９５８、９５９、９６１〜９９４、１１５３〜１２０８、１２１０、１２１１、１２２０、１２２３、１２２４、１２３２、１２３３、１２３５、１２３６、１２４２、１２４６、１２４８〜１２５１、１２６８、１２６９、１２７４、１２７９、１２８７、１２９８〜１３１２、１６３９〜１６７４、１６７６、１６７９、１６８３、１７０６、１７１４、１７２４、１７２５）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９〜９００、９０２、９０４〜９０７、９０９〜９１６、９１８、９２０〜９２５、９３０〜９３２、９３５、９３６、９３９、９４０、９５６、９６１〜９７４、１１５３〜１１９１、１１９６、１１９９、１２００、１２０６、１２０８、１２２０、１２２３、１２３２、１２４２、１２４９、１２８７、１２９９〜１３０５、１６３９、１６４０、１６４２〜１６４７、１６５１1、１６５２、１６５４、１６５５、１６６４）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９〜８９４、８９６、８９７、８９９、９００、９０２、９０４〜９０７、９１０、９１３〜９１５、９１８、９２０、９２３、９２４、９３０〜９３２、９３５、９４０、９６１〜９７１、１１５３〜１１７１、１１７３、１１７４、１１７６、１１８０、１１８５、１１８８、１１９１、１１９９、１２００、１２０８、１２４２、１２４９、１２９９〜１３０２、１６３９、１６４２〜１６４５、１６４７、１６５２、１６５４）、樹幹基部または樹幹中央部のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が10倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９、８９０、８９３、８９４、８９７、８９９、９０７、９１３、９１５、９６２、９６３、１１５３〜１１５９、１１６３、１１６８、１２９９〜１３０１、１６３９〜１６４１、１６５４）が含まれる。【０１２３】
941個の遺伝子について、樹幹基部と樹幹中央部の木部側での遺伝子発現を直接比較した結果、264個の「樹幹中央部の木部側と比較して樹幹基部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」（配列番号：８８９〜１１５２）、486個の「樹幹基部の木部側と樹幹中央部の木部側での発現が同等な遺伝子群」（配列番号：１１５３〜１６３８）、191個の「樹幹基部の木部側と比較して樹幹中央部の木部側で発現が上昇している遺伝子群」（配列番号：１６３９〜１８２９）に大別された。【０１２４】
264個の遺伝子群には、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：８８９、８９０、８９２〜９０３、９０５〜９０７、９０９〜９１１、９１３〜９１５、９１７、９１８、９２０、９２１、９２３〜９２６、９３０〜９３３、９３５、９３６、９３８〜９４０、９４３、９４４、９４７〜９５１、９５３〜９５８、９６１〜９７３、９７５、９７６、９７７〜９８０、９８２、９８３、９８５〜９８７、９８９〜９９３、９９５〜９９９、１００３〜１０１６、１０１８、１０２０、１０２４、１０２６、１０２８、１０２９、１０３４〜１０３７、１０３９〜１０４１、１０４４、１０４５、１０４９、１０５０、１０５２、１０５４、１０５７、１０５９、１０６１〜１０６３、１０６５、１０７０、１０７４、１０８０、１０８１、１０８３、１０８４、１０８７、１０９２、１０９３、１０９５、１０９８、１１０５〜１１０７、１１０９、１１１０、１１１２、１１１４、１１１５、１１１７、１１１８、１１２４、１１２５、１１２９、１１３０、１１３２、１１３３、１１３６〜１１４０、１１５０）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：８９０、８９２〜８９４、８９６〜８９９、９０１、９０３〜９０７、９１３〜９１５、９１７、９１８、９２０、９２１、９２３〜９２６、９３０〜９３３、９３５、９３６、９３９、９４０、９４３、９４７〜９５１、９５３〜９５６、９５８、９６１〜９６３、９６５〜９６９、９７１〜９７３、９７５〜９７７、９７９、９８０、９８２、９８３、９８５、９８９〜９９２、９９５、９９６、９９８、９９９、１００４〜１００６、１０１３、１０１５、１０１６、１０１８、１０２４、１０２９、１０３９、１０４１、１０４５、１０５０、１０５４、１０６１、１０６３、１０８７、１０９３、１１０６、１１３６、１１５０、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：８９０，８９９、９０４、９０７、９１４、９１５、９３０、９３１、９３６、９６２、９６３、９６５〜９６９、９７１、９７２、９８２、９９０〜９９２、９９８、９９９、１００４、１０１３、１０１６、１０２４、１０２９、１０５０、１０５４、１１３６）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：８９９、９０４、９０７、９１４、９１５、９３０、９３６、９６２、９６３、９６８、９６９、９７１、９７２、９８２、９９１、９９２、９９９、１０１６、１０５４）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：８９９、９０４、９０７、９１５、９３０、９６２、９６３、９６８、９６９、９９２、１０５４）が含まれる。【０１２５】
191個の遺伝子群には、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１６３９〜１６４５、１６４７、１６４８、１６４９〜１６５１、１６５５〜１６６０、１６６７〜１６６９、１６７１、１６７２、１６７５、１６７７、１６８１〜１６８７、１６８９〜１６９３、１６９５、１６９６、１６９８、１７００、１７０２、１７０５、１７０７、１７０８、１７１４、１７１７、１７１８、１７２０、１７２２、１７２３、１７２７、１７２８、１７３１、１７３４、１７３９、１７４０、１７４２〜１７４５、１７４７、１７４８、１７５０〜１７５３、１７６１、１７６５、１７６６、１７６８、１７７２、１７７５、１７７７、１７８６、１７８７、１７９０、１７９２、１８０１、１８０９、１８１０、１８１３、１８２０、１８２６、１８２７）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１６３９〜１６４１、１６４４、１６４８、１６４９、１６５０、１６５７、１６６７、１６６９、１６７２、１６８４、１７０５、１７３９、１７５２、１７９２）、樹幹基部の木部と樹幹中央部の木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４９が含まれる。【０１２６】
（３）97個の「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」（配列番号：１８３０〜１９２６）
97個の遺伝子群には、樹幹基部において、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上、または樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１８３０〜１８９０）、樹幹基部において、師部側と比べ木部側での発現差が2倍以上、または樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１８３０〜１８５２）樹幹基部において、師部側と比べ木部側での発現差が3倍以上、または樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１８３０、１８３３、１８３７〜１８４２）、樹幹基部において、師部側と比べ木部側での発現差が4倍以上、または樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号： １８３３、１８３７〜１８３９が含まれる。【０１２７】
（４）93個の「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」（配列番号：１９２７〜２０１９）
93個の遺伝子群には、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上、または樹幹中央部において、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１９２７〜１９８３）、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上、または樹幹中央部において、師部側と比べ木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１９２７〜１９４０）、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上、または樹幹中央部において、師部側と比べ木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１９３０）が含まれる。【０１２８】
（５）396個の「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：２０２０〜２４１５）
396個の遺伝子群には、樹幹基部において、師部側と木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２０２０〜２１９８）、樹幹基部において、師部側と木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２０２０〜２０６７）、樹幹基部において、師部側と木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２０２０〜２０２６）が含まれる。【０１２９】
（６）385個の「樹幹基部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少（木部側と比較して師部側で発現レベルが上昇）し、樹幹中央部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：２４１６〜２８００）
385個の遺伝子群には、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２４１６〜２５７３）、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２４１６〜２４４９）、樹幹基部において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２４１６〜２４１８）が含まれる。【０１３０】
（７）812個の「樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：２８０１〜３６１２）
812個の遺伝子群には、樹幹中央部において、師部側と比べて木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜３３９０）、樹幹中央部において、師部側と比べて木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜３０８２）、樹幹中央部において、師部側と比べて木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８７８）、樹幹中央部において、師部側と比べて木部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８３８）、樹幹中央部において、師部側と比べて木部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８１７）が含まれる。【０１３１】
（８）789個の「樹幹中央部において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少（木部側と比較して師部側で発現レベルが上昇）し、樹幹基部において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：３６１３〜４４０１）
789個の遺伝子群には、樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：３６１３〜４０８０）、樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：３６１３〜３７４５）、樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：３６１３〜３６３５）、樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：３６１３〜３６２２）、樹幹中央部において、木部側と比べ師部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：３６１３〜３６１８）が含まれる。【０１３２】
（実施例４）4401個の遺伝子群の発現プロファイルに基づいた材質の検査
（１） 発現プロファイルの比較
実施例３によって示された4401遺伝子の発現プロフィール分類表に従い、被検サンプルの材質検査を行った。被検サンプルとしては、２個体（Ｓ１、２）の７年生ユーカリカマルドレンシスの樹幹中央部を用いた。RNAの抽出、マイクロアレイ実験、材質分析の各方法は、実施例１〜３に従った。得られた各サンプルの発現プロフィールを表２中の分類群と比較し、基部側のプロフィールに似ているのか中央部側のに似ているのかを調べることで、被検サンプルの材質が未熟材に近い（質が劣る）のか、成熟材に近い（質が優れている）のかが判別できる。被検サンプル部位は、樹幹基部でも中央部でもそれ以外のどこでも良い。樹幹中央部を使った場合、その部分が個体内で最も優れた材質を持っていると一般的に予想されるので、判別された材質はその個体内の最良の材質であると言える。樹幹基部の場合は、その逆である。【０１３３】
（２） サンプル１（Ｓ１）の検査（木部 vs 師部のプロフィール）
表２で逆相関、cam1特異的、cam5特異的に分類された2572遺伝子の、Ｓ１での発現プロフィールは以下のようであった。
逆相関を示す97遺伝子のプロフィール：基部的なプロフィール（X>P）を示す遺伝子は48個、中央部的なプロフィール（X<P）を示す遺伝子は4個であった。
逆相関を示す93遺伝子：基部的（X<P）な遺伝子は60個、中央部的（X<P）な遺伝子は5個であった。
cam1（基部）特異的にX>Pを示す396遺伝子：基部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は287個、中央部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は106個であった。
cam1（基部）特異的にX<Pを示す385遺伝子：基部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は287個、中央部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は95個であった。
cam5（中央部）特異的にX>Pを示す812遺伝子：基部的なプロフィール（X=P）の遺伝子608個、中央部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は166個であった。
cam5（中央部）特異的にX<Pを示す789遺伝子：基部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は601個、中央部的なプロフィール（X<P）の遺伝子は171個であった。
総合すると、基部的なプロフィールの遺伝子の総数は全体の73.5%にあたる1891個で、中央部的なプロフィールの遺伝子の総数は、21.3%にあたる547個であった。以上の結果から、Ｓ１のプロフィールは基部に非常に近いがやや中央部的であることがわかった。したがって、Ｓ１の材質はcam1（基部）よりも少し優れていると判別される。【０１３４】
（３） サンプル２（Ｓ２）の検査（木部 vs 師部のプロフィール）
表２で逆相関、cam1特異的、cam5特異的に分類された2572遺伝子の、Ｓ２での発現プロフィールは以下のようであった。
逆相関を示す97遺伝子のプロフィール：基部的なプロフィール（X>P）を示す遺伝子は26個、中央部的なプロフィール（X<P）を示す遺伝子は23個であった。
逆相関を示す93遺伝子：基部的（X<P）な遺伝子は33個、中央部的（X<P）な遺伝子は13個であった。
cam1（基部）特異的にX>Pを示す396遺伝子：基部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は213個、中央部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は163個であった。
cam1（基部）特異的にX<Pを示す385遺伝子：基部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は189個、中央部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は183個であった。
cam5（中央部）特異的にX>Pを示す812遺伝子：基部的なプロフィール（X=P）の遺伝子491個、中央部的なプロフィール（X>P）の遺伝子は260個であった。
cam5（中央部）特異的にX<Pを示す789遺伝子：基部的なプロフィール（X=P）の遺伝子は523個、中央部的なプロフィール（X<P）の遺伝子は230個であった。
総合すると、基部的なプロフィールの遺伝子の総数は、全体の57.3%にあたる1475個で、中央部的なプロフィールの遺伝子の総数は、33.9%のあたる872個であった。この結果から、Ｓ２のプロフィールは基部的ではあるがかなり中央部的な要素が含まれていることがわかった。したがって、Ｓ２の材質はcam1（基部）とcam5（中央部）のほぼ中間程度と判別される。【０１３５】
（４） サンプル１と２の相対比較（木部 vs 木部のプロフィール）
Ｓ１とＳ２の材質を相対比較するため、Ｓ１とＳ２の木部間でマイクロアレイ実験を行った。その結果、表２で木部間で差があった988遺伝子(147+386+264+191)の発現プロフィールは、以下のようであった。
X>P でかつ1>5である147遺伝子のプロフィール：S1>S2の遺伝子は99個、S1=S2の遺伝子は47個、S1<S2の遺伝子は1個で、cam1（材質が悪い方）で発現が強い本グループの遺伝子は、S1で多く発現していた。
X>P でかつ1<5である386遺伝子：S1>S2の遺伝子は13個、S1=S2の遺伝子は211個、S1<S2の遺伝子は162個で、cam5（材質が良い方）で発現が強い本グループの遺伝子は、S2で多く発現していた。
X<P でかつ1>5である264遺伝子：S1>S2の遺伝子は95個、S1=S2の遺伝子は159個、S1<S2の遺伝子は10個で、cam1（材質が悪い方）で発現が強い本グループの遺伝子は、S1で多く発現していた。
X<P でかつ1<5である191遺伝子：S1>S2の遺伝子は3個、S1=S2の遺伝子は90個、S1<S2の遺伝子は98個で、cam5（材質が良い方）で発現が強い本グループの遺伝子は、S2で多く発現していた。
全体としてcam1（材質が悪い方）で発現が強い遺伝子群はＳ１で、cam5（材質が良い方）で発現が強い遺伝子群はＳ２で多く発現していたことから、Ｓ２の方がＳ１よりも優れた材質を持っていると判別される。（２）（３）の検査では、Ｓ１に比べより中央部に近いと判断されたＳ２が材質的に優れているという結果であった。木部同士の直接比較の結果も、それを支持する結果であった。【０１３６】
（５） 被検サンプルの材質分析
Ｓ１とＳ２の材質を、実施例２に記載の方法で分析した。その結果、容積重がＳ１で449kg/m2、Ｓ２で488kg/m2、パルプ収率がＳ１で45.7％、Ｓ２で50.1％、繊維長がＳ１で0.69mm、Ｓ２で0.75mmであった。したがって、材質は前述の検査結果に基づく予想通り、Ｓ１は基部に近い材質であり、Ｓ２は基部的ではあるがやや中央部的な材質であった。また、両方を比較すると、予想通りＳ２の方が相対的に優れていた。このように、本願で示された発現プロフィールに基づく比較により、生きたまま被検サンプルの材質を判別することができる。【０１３７】
（実施例５）ユーカリ木繊維形成組織において種により発現変動する遺伝子の抽出
（１）ユーカリ樹幹の種による材質の変動（樹種間変動）
木繊維性質の主要要素である細胞壁成分・導管分布密度・繊維長等については、広葉樹・針葉樹を問わず、種により変動する組織形成を行うことが知られている（島地謙・須藤彰司・原田浩著「木材の組織」、古野毅・澤辺攻著「木材科学講座2・組織と材質」）。この種による木繊維性質の変動現象については、古くから材質の樹種間変動として知られる。【０１３８】
例えば、ユーカリ属・カマルドレンシス種とグロブルス種を比較すると、一般的に、グロブルス種の方が、セルロースが増大し、リグニン、ヘミセルロースが減少する。また、形態的観察では、導管分布密度が少なく、繊維長は増加が認められる。さらに、細胞壁は厚い。詳細は不明であるが、種によって木繊維形成組織の性質が異なり、形成される木繊維性質の差が発生しているものと考えられている。【０１３９】
本発明者らは、一般的に言われている材質の樹種間変動を確認するため、５年生のユーカリ属カマルドレンシス種クローン系統（CPT1）とグロブルス種クローン系統（GAL1）を材料に、実施例２に示す方法で材質分析を行った。一般的に、５年生のカマルドレンシスの樹幹では、グロブルスに比べ劣った木繊維（低品質パルプ：短繊維、直径は細く、細胞壁は薄く、フィブリル傾角は急で、低木繊維率と低比重）を形成すること、5年生のグロブルスの樹幹では、優れたパルプ（長繊維、直径は太く、細胞壁は厚く、フィブリル傾角は緩く、高木繊維率と高比重）を形成することが知られている。この特徴は、伐採される５〜１０年生のカマルドレンシスおよびグロブルスも同じである。【０１４０】
本発明においては、５年生のユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部（実施例２と同じ）とユーカリ属グロブルスの樹幹基部（共に地上高１ｍ未満）を用い、実施例２に記載のクラフトパルプ精製の定法に従った。材質分析の結果、５年生カマルドレンシス植物体の基部では、容積重が432kg/m2、パルプ収率が43.8％、繊維長が0.66mmであった。一方、グロブルスの樹幹基部では容積重が574kg/m2、パルプ収率が57.1％、繊維長が0.95mmであった。これらの結果から、一般的に言われている樹種間変動が、本実施例のサンプルでも確認された。また、材質としては高容積重で長い繊維を持つグロブルス樹幹基部の方が優れていることも確認された。【０１４１】
（２）マイクロアレイ解析によるユーカリ樹幹木繊維形成組織において種により発現変動する遺伝子の抽出
上述のような樹種間変動が生じている組織に対し、ゲノム科学的解析を行うことで、木繊維形成時において、特に種間の性質の違いを担う一連の遺伝子を総括的に捉えることが可能となる。加えて、ESTデータを用いたマイクロアレイ解析による遺伝子発現解析を組み合わせることにより、各構成遺伝子の発現差を捉えることも可能である。【０１４２】
本発明者らは、実施例1に示したRNA抽出方法に従って、上述のユーカリ属の５年生のカマルドレンシス種とグロブルス種を材料に、各植物体の樹皮側（師部）と木繊維形成組織側（木部）から全RNAを抽出した。各個体の各部から得られた全RNAから、プロメガ社製のPolyATract mRNA Isolation Systemにより、mRNAを精製した。このようにして得られた合計4種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った（図３と４）標識を含むハイブリダイゼーションの方法はアジレントテクノロジーより提示の解析プロトコルに従った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部とユーカリ属グロブルスの樹幹基部（共に地上高１ｍ未満）における遺伝子群の発現情報を得た。【０１４３】
より具体的には、各遺伝子の木部側平均蛍光強度と師部側平均蛍光強度とそれぞれの誤差から、その発現情報が有意であるかどうかを判別した。有意であると判断されたものの中で、木部側平均蛍光強度／師部側平均蛍光強度の計算式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であれば、木部側で発現が上昇（師部側で減少）していると判断し、逆の師部側平均蛍光強度／木部側平均蛍光強度の計算式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であれば、木部側で発現が減少（師部側で上昇）していると判断した。有意でないもしくは平均強度がほぼ同じであれば、発現は同等であると判断した（木部と師部の蛍光強度が1.0〜1.1倍未満またはP>0.001）。この判断基準から、ユーカリ属カマルドレンシス種樹幹および／またはグロブルス種樹幹で、師部側と比較して木部側で発現が上昇または減少する4156個の遺伝子群、また、ユーカリ属カマルドレンシス種樹幹およびユーカリ属グロブルス種樹幹で、師部側と木部側で発現が同等な3380個の遺伝子群を見出した。
また、4156個の遺伝子群は、詳細な発現様式から、以下の（１）〜（８）に大別された（表３）。【０１４４】
【表３】
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【０１４５】
（１）372個の「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」（配列番号：１〜３７２）
372個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜７８、８０〜２２０、２６１〜３６９）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜６９、８０〜１３４、２６１〜３４２）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜８、１０、１２、１３、１５〜３３、８０〜８９、２６１〜２９４）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜３、６、８、１２、１６〜２５、８０、２６１〜２８１）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：１〜３、６、８、１６〜２１、８０、２６１〜２８０）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、発現差が10倍以上である遺伝子群（配列番号：２、３、１７、１８、２６１〜２７０）が含まれる。【０１４６】
372個の遺伝子について、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部の木部側およびユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部側での遺伝子発現を直接比較した結果、79個の「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現が上昇している遺伝子群」（配列番号：１〜７９）、181個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側とユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側での発現が同等な遺伝子群」（配列番号：８０〜２６０）、112個「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現が減少している遺伝子群」（配列番号：２６１〜３７２）に大別された。より具体的には、実験によって得られた平均蛍光強度の数値を、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部の木部／ユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部の式またはユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部／ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部の木部の式により計算した。各遺伝子の発現情報から、ユーカリ属カマルドレンシス／ユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部の式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であるものを「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現が上昇している遺伝子群」と、ユーカリ属グロブルスの樹幹基部／ユーカリ属カマルドレンシスの木部の式によって得られる数値が1.1以上かつP<=0.001であるものを「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側で発現が上昇している遺伝子群」と、有意でないもしくは平均強度がほぼ同じもの（ユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部に比べてユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部の木部の蛍光強度比が1.0〜1.1倍未満またはP>0.001）を「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側とユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側での発現が同等な遺伝子群」と判断し、分類した。【０１４７】
79個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２、３、６、８、１２、１３、１６〜３６、３８、３９、４１〜４３、４５、４６、４８、５０〜５３、５５、５７、６０〜６２、６４、６７、６８、７５、７６、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２、３、６、８、１２、１６〜２３、２５〜２９、３１〜３４、３８、４２、４５、５０、５５）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２、３、６、８、１７、１８、２０、２１、２３）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：２、３、６、１７、１８）が含まれる。【０１４８】
112個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２６１、２６２、２６４〜２７１、２７３〜２７７、２７９〜２８２、２８４〜２８７、２８９〜２９２、２９４〜２９６、２９８〜３０１、３０４〜３０９、３１２〜３１８、３２１〜３２３、３２５〜３２７、３２９、３３１、３３２、３３４、３３８、３４０、３４２、３４６、３４７、３６３、３６９）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２６１、２６２、２６４〜２７１、２７３、２７６、２７７、２８０、２８２、２８９〜２９１、２９５、３０４、３０５、３２３、３６３）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２６１、２６２、２６４、２６６〜２７１、２７３、２７６、２８０）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が４倍以上である遺伝子群（配列番号：２６２、２６４、２６７、２６９〜２７１、２７３）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：２６２、２６４、２６７、２７１、２７３）が含まれる。【０１４９】
（２）622個の「ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少（木部側と比較して師部側で発現レベルが上昇している）している遺伝子群」（配列番号：３７３〜９９４）
622個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜５３６、５４７〜８２９、９１８〜９９２）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜４９６、５４７〜６７９、９１８〜９８４）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜４４４、５４７〜５５０、５５２〜５５８、５６２〜５６４、５６６、５６８、５６９、５７１、５７５、５７７、５８６、５９１、６０９、６１２、６２９、６３０、６４３、６４９〜６５１、９１８〜９２７、９２９、９３１〜９５５）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜４１４、５４７〜５５０、５５２、５５４、５５６〜５５８、５６２、５６３、５７７、６１２、６３０、６４３、９１８〜９２７、９２９、９３１〜９４５）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜４０４、５４７〜５５０、５５２、５５４、５５７、５６２、６１２、９１８〜９２３、９２６、９２７、９２９、９３１〜９３７）、ユーカリ属カマルドレンシスおよびユーカリ属グロブルスの樹幹のいずれかにおいて、木部側と比べ師部側での発現差が10倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜３８０、５４７、９１８〜９２１、９２３、９３１〜９３３）が含まれる。【０１５０】
622個の遺伝子について、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹基部の木部側およびユーカリ属グロブルスの樹幹基部の木部側での遺伝子発現を直接比較した結果、174個の「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現が上昇している遺伝子群」、371個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側とユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側での発現が同等な遺伝子群」、77個「ユーカリ属グロブルスの樹幹の木部側と比較してユーカリ属カマルドレンシスの樹幹の木部側で発現が減少している遺伝子群」に大別された。【０１５１】
174個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜４０５、４０７〜４１７、４１９〜４２６、４２８〜４３８、４４０、４４１、４４３〜４５１、４５４、４５６〜４５８、４６０、４６１、４６５〜４７２、４７５、４７８、４７９、４８１、４８４、４８５、４８９、４９０、４９２〜４９４、４９７、５００〜５０２、５０６、５１４）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜３７７、３７９〜３８５、３８７〜３９４、３９６〜３９９、４０１、４０４、４０５、４０７、４０８、４１１、４１３、４１５、４１６、４１９、４２１〜４２５、４２９、４３０、４３２、４３８、４４０、４６６、４７２）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜３７７、３７９〜３８５、３８７、３８９、３９０、３９２〜３９４、４０１）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：３７３〜３７５、３７７、３７９〜３８１、３８３、３８４、３８９、３９２、３９４）が含まれる。【０１５２】
77個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：９１９〜９２７、９２９〜９５２、９５４、９５５、９５７、９６１、９６２、９６４、９６５、９６８〜９７２、９７４、９７６、９７９、９８２、９８６）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：９１９〜９２３、９２６、９２７、９３０〜９３６、９４０、９４２〜９４４、９４６、９４９、９５１、９５２）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：９１９〜９２１、９３１、９３４〜９３６、９４６）、ユーカリ属カマルドレンシスの木部とユーカリ属グロブルスの木部での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：９２０、９２１、９３４）が含まれる。【０１５３】
（３）359個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少している遺伝子群」（配列番号：９９５〜１３５３）
359個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：９９５〜１２４８）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べ木部側での発現差が2倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：９９５〜１１４７）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べ木部側での発現差が3倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：９９５〜１０１７、１０４１、１０４９、１０６５、１０８５〜１１０４）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べ木部側での発現差が4倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：９９５〜１００４、１００５、１０４９、１０６５、１０８５〜１０９６）が含まれる。【０１５４】
（４）292個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇している遺伝子群」（配列番号：１３５４〜１６４５）
292個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が1.5倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べ木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１３５４〜１５８５）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が2倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において師部側と比べ木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１３５４〜１４５７）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が3倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において師部側と比べ木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１３５４〜１３７６、１３８４、１３９０、１４０６、１４１３〜１４２９）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べ師部側での発現差が4倍以上、またはユーカリ属グロブルスの樹幹において師部側と比べ木部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：１３５４〜１３６４、１３９０、１４１３〜１４２３）が含まれる。【０１５５】
（５）650個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：１６４６〜２２９５）
650個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４６〜２０４９）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４６〜１８２４）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４６〜１７０２）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４６〜１６７０）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：１６４６〜１６５２）が含まれる。【０１５６】
（６）505個の「ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：２２９６〜２８００）
505個の遺伝子群には、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２２９６〜２５６６）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２２９６〜２３７９）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２２９６〜２３１２）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：２２９６〜２３０２）、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：２２９６、２２９７）が含まれる。【０１５７】
（７）721個の「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが上昇し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：２８０１〜３５２１）
721個の遺伝子群には、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜３２４１）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜３０１０）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８６６）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８３２）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比べて木部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：２８０１〜２８２４）が含まれる。【０１５８】
（８）635個の「ユーカリ属グロブルスの樹幹において、師部側と比較して木部側で発現レベルが減少し、ユーカリ属カマルドレンシスの樹幹において、師部側と木部側で発現レベルが同等な遺伝子群」（配列番号：３５２２〜４１５６）
635個の遺伝子群には、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が1.5倍以上である遺伝子群（配列番号：３５２２〜３８９３）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が2倍以上である遺伝子群（配列番号：３５２２〜３６７２）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が3倍以上である遺伝子群（配列番号：３５２２〜３５６３）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が4倍以上である遺伝子群（配列番号：３５２２〜３５４５）、ユーカリ属グロブルスの樹幹において、木部側と比べて師部側での発現差が5倍以上である遺伝子群（配列番号：３５２２〜３５３５）が含まれる。【０１５９】
（実施例６）4156個の遺伝子群の発現プロファイルに基づいた種と材質の検査
（１） 発現プロファイルの比較
実施例５によって示された4156遺伝子の発現プロフィール分類表に従い、被検サンプルの材質検査を行った。被検サンプルとしては、７年生ユーカリカマルドレンシス（Ｃ１：実施例４のＳ１と同じ）と７年生ユーカリグロブルス（Ｇ１）を各１個体用いた。RNAの抽出、マイクロアレイ実験、材質分析の各方法は、実施例１〜３に従った。得られた各サンプルの発現プロフィールを表３の分類群と比較し、カマルドレンシスのプロフィールに似ているのかグロブルスに似ているのかを調べることで、被検サンプルの種と材質（カマルドレンシス的かグロブルス的か）が判別できる。被検サンプル部位は、樹幹基部でも中央部でもそれ以外のどこでも良い。【０１６０】
（２） カマルドレンシスサンプル（Ｃ１）の検査（木部 vs 師部のプロフィール）
表３で逆相関、cam特異的、glo特異的に分類された3162遺伝子のＣ１での発現プロフィールは以下のようであった。
逆相関を示す359遺伝子のプロフィール：カマルドレンシス的なプロフィール（X>P）を示す遺伝子は277個、グロブルス的なプロフィール（X<P）を示す遺伝子は3個であった。
逆相関を示す292遺伝子：カマルドレンシス的（X<P）な遺伝子は219個、グロブルス的（X<P）な遺伝子は4個であった。
カマルドレンシス特異的にX>Pを示す650遺伝子：カマルドレンシス的（X>P）な遺伝子は536個、グロブルス的（X=P）な遺伝子は111個であった。
カマルドレンシス特異的にX<Pを示す505遺伝子：カマルドレンシス的（X>P）な遺伝子は391個、グロブルス的（X=P）な遺伝子は110個であった。
グロブルス特異的にX>Pを示す721遺伝子：カマルドレンシス的（X=P）な遺伝子は576個、グロブルス的（X>P）な遺伝子は112個であった。
グロブルス特異的にX<Pを示す635遺伝子：カマルドレンシス的（X=P）な遺伝子は443個、グロブルス的（X<P）な遺伝子は157個であった。
総合すると、カマルドレンシス的なプロフィールの遺伝子の総数は、全体の77.2%にあたる2442個で、グロブルス的なプロフィールの遺伝子の総数は、15.7%のあたる497個であった。この結果から、Ｃ１のプロフィールはカマルドレンシス的ではあるが、若干グロブルス的な要素も多く含むことがわかった。したがって、Ｃ１の種は確かにカマルドレンシスであるが、材質は一般的なカマルドレンシスよりもややグロブルス的（良質）であると判別される。【０１６１】
（３） グロブルスサンプル（Ｇ１）の検査（木部 vs 師部のプロフィール）
表３で逆相関、cam特異的、glo特異的に分類された3162遺伝子のＧ１での発現プロフィールは以下のようであった。
逆相関を示す359遺伝子：カマルドレンシス的なプロフィール（X>P）を示す遺伝子は64個、グロブルス的なプロフィール（X<P）を示す遺伝子は137個であった。
逆相関を示す292遺伝子：カマルドレンシス的（X<P）な遺伝子は22個、グロブルス的（X<P）な遺伝子は129個であった。
カマルドレンシス特異的にX>Pを示す650遺伝子：カマルドレンシス的（X>P）な遺伝子は61個、グロブルス的（X=P）な遺伝子は352個であった。
カマルドレンシス特異的にX<Pを示す505遺伝子：カマルドレンシス的（X>P）な遺伝子は41個、グロブルス的（X=P）な遺伝子は292個であった。
グロブルス特異的にX>Pを示す721遺伝子：カマルドレンシス的（X=P）な遺伝子は112個、グロブルス的（X>P）な遺伝子は501個であった。
グロブルス特異的にX<Pを示す635遺伝子：カマルドレンシス的（X=P）な遺伝子は111個、グロブルス的（X<P）な遺伝子は340個であった。
総合すると、カマルドレンシス的なプロフィールの遺伝子の総数は、全体の14.5%にあたる457個で、グロブルス的なプロフィールの遺伝子の総数は、55.4%のあたる1751個であった。この結果から、Ｇ１のプロフィールはグロブルス的であることがわかった。したがって、Ｇ１の種は確かにグロブルスであるが、材質は一般的なグロブルスよりもカマルドレンシス的（低質）であると判別される。【０１６２】
（４） Ｃ１とＧ１の相対比較（木部 vs 木部のプロフィール）
Ｃ１とＧ１の木部のプロフィールを直接比較するため、Ｃ１とＧ１の木部間でマイクロアレイ実験を行った。その結果、表３において木部間で差があった442遺伝子(79+112+174+77)の発現プロフィールは、以下のようであった。
X>P でかつcam>gloである79遺伝子：C1>G1の遺伝子は61個、C1=G1の遺伝子は16個、C1<G1の遺伝子は2個で、カマルドレンシスで発現が強い本グループの遺伝子は、Ｃ１で多く発現していた。
X>P でかつcam<gloである112遺伝子：C1>G1の遺伝子は5個、C1=G1の遺伝子は11個、C1<G1の遺伝子は96個で、グロブルスで発現が強い本グループの遺伝子は、Ｇ１で多く発現していた。
X<P でかつcam>gloである174遺伝子：C1>G1の遺伝子は138個、C1=G1の遺伝子は25個、C1<G1の遺伝子は11個で、カマルドレンシスで発現が強い本グループの遺伝子は、Ｃ１で多く発現していた。
X<P でかつcam<gloである77遺伝子：C1>G1の遺伝子は3個、C1=G1の遺伝子は9個、C1<G1の遺伝子は65個で、グロブルスで発現が強い本グループの遺伝子は、Ｇ１で多く発現していた。
全体としてカマルドレンシスで発現が強い遺伝子群はＣ１で、グロブルスで発現が強い遺伝子群はＧ２で多く発現していたことから、木部同士の直接比較の結果も、（２）（３）の検査と同様に、Ｃ１はカマルドレンシスで、Ｇ１がグロブルスであると判別された。したがって、材質もグロブルスであるＧ１が優れていると推定できる。【０１６３】
（５） 材質の分析
Ｃ１とＧ１の材質を、実施例２に記載の方法で分析した。その結果、容積重がＣ１で449kg/m2、Ｇ１で534kg/m2、パルプ収率がＣ１で45.7％、Ｇ１で53.6％、繊維長がＣ１で0.69mm、Ｇ１で0.86mmであった。したがって、材質は前述の検査結果に基づく予想通り、Ｃ１がカマルドレンシス的な材質であり、Ｇ１はグロブルス的な材質であった。また、両方を比較すると、予想通りＧ１の方が相対的に優れていた。このように、本願で示された発現プロフィールに基づく比較により、生きたまま被検サンプルの種と材質を判別することができる。
【図面の簡単な説明】
【０１６４】
【図１】ユーカリの樹幹基部の遺伝子発現強度を示す図である。樹幹基部の師部側、および木部側より抽出した2種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、ユーカリ樹幹基部における主要遺伝子群の発現相対強度を表した。図中2本の検量線のうち上の線付近またはその上の領域にある+（黒）は木繊維形成部位で発現上昇が有意に認められるもの、2本の検量線のほぼ中間にある＋（薄いグレー）は発現減少が有意に認められるもの、2本の検量線のうち下の線付近またはその下の領域にある＋（濃いグレー）は発現に変化が認められないものを示す。
【図２】ユーカリの樹幹中央部の遺伝子発現強度を示す図である。樹幹中央部の師部側、および木部側より抽出した2種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、ユーカリ樹幹中央部における主要遺伝子群の発現相対強度を表した。図中2本の検量線のうち上の線付近またはその上の領域にある+（黒）は木繊維形成部位で発現上昇が有意に認められるもの、2本の検量線のほぼ中間にある＋（薄いグレー）は発現減少が有意に認められるもの、2本の検量線のうち下の線付近またはその下の領域にある＋（濃いグレー）は発現に変化が認められないものを示す。
【図３】ユーカリ属カマルドレンシス種樹幹の遺伝子発現強度を示す図である。樹幹の師部側、および木部側より抽出した2種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、カマルドレンシス種樹幹における主要遺伝子群の発現相対強度を表した。図中2本の検量線のうち上の線付近またはその上の領域にある+（黒）は木繊維形成部位で発現上昇が有意に認められるもの、2本の検量線のほぼ中間にある＋（薄いグレー）は発現減少が有意に認められるもの、2本の検量線のうち下の線付近またはその下の領域にある＋（濃いグレー）は発現に変化が認められないものを示す。
【図４】ユーカリ属グロブルス種樹幹の遺伝子発現強度を示す図である。樹幹の師部側、および木部側より抽出した2種のmRNAを鋳型に合成した各cRNAを、各々2種の蛍光色素（cy3.cy5）により標識し、オリゴマイクロアレイ解析におけるプローブとして用い、ハイブリダイゼーションを行った。スキャンして得られた画像から蛍光強度を算出し、ロゼッタ社製の解析ソフトウェア(Luminator Ver. 1.0)にて解析し、反復実験全てを統計的信頼度99.999%にて統合し、グロブルス種樹幹における主要遺伝子群の発現相対強度を表した。図中2本の検量線のうち上の線付近またはその上の領域にある+（黒）は木繊維形成部位で発現上昇が有意に認められるもの、2本の検量線のほぼ中間にある＋（薄いグレー）は発現減少が有意に認められるもの、2本の検量線のうち下の線付近またはその下の領域にある＋（濃いグレー）は発現に変化が認められないものを示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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