【手続補正書】
【提出日】令和2年5月11日(2020.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｒｏｒ２タンパク質に特異的に結合する単離ポリペプチドであって、重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、前記重鎖可変領域は、Ｈ１、Ｈ２、およびＨ３配列を有する３つの相補性決定領域を含み、
（ａ）前記Ｈ１配列は、ＧＹＴＸ1ＴＥＸ2Ｘ3Ｘ4Ｈ（配列番号１）またはＧＹＳＩＴＴＧＸ29ＹＷＮ（配列番号４）であり；
（ｂ）前記Ｈ２配列は、Ｘ5Ｘ6Ｘ7Ｘ8ＮＮＧＧＴＧＹＮＱＫＦＫＧ（配列番号２）またはＹＩＴＹＤＧＳＸ30ＮＹＮＰＳＬＫＮ（配列番号５）であり；
（ｃ）前記Ｈ３配列は、Ｘ9Ｘ10Ｘ11ＳＸ12ＹＸ13ＹＸ14Ｘ15ＳＹＦＸ16Ｘ17Ｘ18（配列番号３）またはＣＳＸ31Ｘ32Ｘ33Ｘ34ＶＸ35Ｘ36Ｘ37ＬＤＸ38（配列番号６）であり；
Ｘ1は、ＦまたはＥであり、
Ｘ2は、ＹまたはＤであり、
Ｘ3は、ＴまたはＣであり、
Ｘ4は、ＭまたはＤまたはＥまたはＹであり、
Ｘ5は、ＧまたはＳであり、
Ｘ6は、ＩまたはＥであり、
Ｘ7は、ＮまたはＣまたはＬまたはＶであり、
Ｘ8は、ＴまたはＤまたはＥであり、
Ｘ9は、ＡまたはＩまたはＭまたはＳまたはＴであり、
Ｘ10は、ＲまたはＱまたはＨであり、
Ｘ11は、ＧまたはＥであり、
Ｘ12は、ＬまたはＦであり、
Ｘ13は、ＳまたはＧであり、
Ｘ14は、ＧまたはＤであり、
Ｘ15は、ＮまたはＥであり、
Ｘ16は、ＤまたはＬであり、
Ｘ17は、ＹまたはＣまたはＴであり、
Ｘ18は、ＷまたはＬであり、
Ｘ29は、ＹまたはＥまたはＲまたはＴであり、
Ｘ30は、ＫまたはＳであり、
Ｘ31は、ＲまたはＧまたはＨまたはＷまたはＹであり、
Ｘ32は、ＦまたはＣまたはＮまたはＱであり、
Ｘ33は、ＥまたはＳであり、
Ｘ34は、ＧまたはＥまたはＦまたはＨまたはＭまたはＱまたはＳであり、
Ｘ35は、ＷまたはＡまたはＩまたはＰまたはＱまたはＴまたはＶであり、
Ｘ36は、ＹまたはＧまたはＮまたはＱであり、
Ｘ37は、ＧまたはＳまたはＴであり、
Ｘ38は、ＹまたはＩであり、
前記軽鎖可変領域は、Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３配列を有する３つの相補性決定領域を含み、
（ａ）前記Ｌ１配列は、ＳＡＴＳＳＸ19Ｘ20Ｘ21ＭＸ22（配列番号７）またはＲＡＳＥＳＶＤＲＹＧＮＳＸ39ＩＨ（配列番号１０）であり；
（ｂ）前記Ｌ２配列は、Ｘ23ＴＳＮＬＡＳ（配列番号８）またはＸ40ＴＹＸ41ＬＥＳ（配列番号１１）であり；
（ｃ）前記Ｌ３配列は、ＱＸ24Ｘ25ＳＸ26ＹＰＦＸ27Ｘ28（配列番号９）またはＱＱＸ42ＮＸ43ＤＰＸ44ＴＸ45（配列番号１２）であり；
Ｘ19は、ＶまたはＥであり、
Ｘ20は、ＳまたはＤであり、
Ｘ21は、ＹまたはＣまたはＤであり、
Ｘ22は、ＨまたはＧまたはＬであり、
Ｘ23は、ＧまたはＣまたはＨまたはＰであり、
Ｘ24は、ＱまたはＥであり、
Ｘ25は、ＲまたはＨであり、
Ｘ26は、ＳまたはＤまたはＧまたはＩまたはＱまたはＶであり、
Ｘ27は、ＴまたはＤであり、
Ｘ28は、ＦまたはＤまたはＥであり、
Ｘ39は、ＦまたはＳまたはＴであり、
Ｘ40は、ＲまたはＣまたはＤまたはＥまたはＷであり、
Ｘ41は、ＮまたはＤであり、
Ｘ42は、ＴまたはＤまたはＩまたはＰであり、
Ｘ43は、ＥまたはＶであり、
Ｘ44は、ＷまたはＴであり、
Ｘ45は、ＦまたはＳである、
単離ポリペプチド。
【請求項２】
前記重鎖可変領域が、配列番号１８〜２６の配列から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記軽鎖可変領域が、配列番号１３〜１７および２７から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１または２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４】
前記Ｘ29が、Ｙである、請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
前記Ｘ29が、Ｅである、請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記軽鎖相補性決定領域が配列番号１０〜１２のアミノ酸配列をそれぞれ有する、請求項１〜２および４〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
前記ポリペプチドの重鎖および／または軽鎖が、親ポリペプチドの重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域とそれぞれ比較して単一の点突然変異のみを有し、前記親ペプチドではＸ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｘ6、Ｘ7、Ｘ8、Ｘ9、Ｘ10、Ｘ11、Ｘ12、Ｘ13、Ｘ14、Ｘ15、Ｘ16、Ｘ17、Ｘ18、Ｘ29、Ｘ30、Ｘ31、Ｘ32、Ｘ33、Ｘ34、Ｘ35、Ｘ36、Ｘ37、Ｘ38、Ｘ19、Ｘ20、Ｘ21、Ｘ22、Ｘ23、Ｘ24、Ｘ25、Ｘ26、Ｘ27、Ｘ28、Ｘ39、Ｘ40、Ｘ41、Ｘ42、Ｘ43、Ｘ44、およびＸ45がそれぞれＦ、Ｙ、Ｔ、Ｍ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｔ、Ａ、Ｒ、Ｇ、Ｌ、Ｓ、Ｇ、Ｎ、Ｄ、Ｙ、Ｗ、Ｙ、Ｋ、Ｒ、Ｆ、Ｅ、Ｇ、Ｗ、Ｙ、Ｇ、Ｙ、Ｖ、Ｓ、Ｙ、Ｈ、Ｇ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｆ、Ｆ、Ｒ、Ｎ、Ｔ、Ｅ、ＷおよびＦである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項８】
前記重鎖可変領域が、親ポリペプチドの重鎖可変領域と比較して１つの単一の点突然変異を有し、前記親ポリペプチドではＸ1、Ｘ2 、Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｘ6、Ｘ7、Ｘ8、Ｘ9、Ｘ10、Ｘ11、Ｘ12、Ｘ13、Ｘ14、Ｘ15、Ｘ16、Ｘ17、Ｘ18、Ｘ29、Ｘ30、Ｘ31、Ｘ32、Ｘ33、Ｘ34、Ｘ35、Ｘ36、Ｘ37およびＸ38がそれぞれＦ、Ｙ、Ｔ、Ｍ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｔ、Ａ、Ｒ、Ｇ、Ｌ、Ｓ、Ｇ、Ｎ、Ｄ、Ｙ、Ｗ、Ｙ、Ｋ、Ｒ、Ｆ、Ｅ、Ｇ、Ｗ、Ｙ、ＧおよびＹである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項９】
前記軽鎖可変領域が、親ポリペプチドの軽鎖可変領域と比較して単一の点突然変異を有し、前記親ペプチドではＸ19、Ｘ20、Ｘ21、Ｘ22、Ｘ23、Ｘ24、Ｘ25、Ｘ26、Ｘ27、Ｘ28、Ｘ39、Ｘ40、Ｘ41、Ｘ42、Ｘ43、Ｘ44およびＸ45がそれぞれＶ、Ｓ、Ｙ、Ｈ、Ｇ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｆ、Ｆ、Ｒ、Ｎ、Ｔ、Ｅ、ＷおよびＦである、請求項１および８のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む抗Ｒｏｒ２抗体または抗体断片。
【請求項１１】
腫瘍微小環境中の条件の値において、非腫瘍微小環境中で生じる同一条件の異なる値と比較してＲｏｒ２タンパク質に対する高い結合親和性を有する、請求項１０に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１２】
前記条件が、ｐＨである、請求項１１に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１３】
前記腫瘍微小環境中のｐＨが、５．８〜６．８の範囲であり、前記非腫瘍微小環境中のｐＨが、７．０〜７．６の範囲である、請求項１２に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１４】
少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも３：１、少なくとも４：１、少なくとも５：１、少なくとも６：１、少なくとも７：１、少なくとも８：１、少なくとも９：１、少なくとも１０：１、少なくとも２０：１、少なくとも３０：１、少なくとも５０：１、少なくとも７０：１、または少なくとも１００：１の、腫瘍微小環境中の条件の値におけるＲｏｒ２タンパク質に対する結合親和性と、非腫瘍微小環境中の同一条件の異なる値におけるＲｏｒ２タンパク質に対する結合親和性との比を有する、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１５】
キメラ抗体、多重特異的抗体、またはヒト化抗体である、請求項１０〜１４のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１６】
請求項１０〜１５のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片を含む免疫コンジュゲート。
【請求項１７】
化学療法剤、放射性原子、細胞増殖抑制剤および細胞毒性剤から選択される少なくとも１つの薬剤を含む、請求項１６に記載の免疫コンジュゲート。
【請求項１８】
少なくとも２つの前記薬剤を含む、請求項１７に記載の免疫コンジュゲート。
【請求項１９】
前記抗体または抗体断片および少なくとも１つまたは２つの薬剤が、リンカー分子に共有結合している、請求項１７または１８に記載の免疫コンジュゲート。
【請求項２０】
前記少なくとも１つまたは２つの薬剤が、メイタンシノイド、アウリスタチン、ドラスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、およびアントラサイクリンから選択される、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の免疫コンジュゲート。
【請求項２１】
請求項１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１０〜１５のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗体断片、または請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の免疫コンジュゲート；および
薬学的に許容可能な担体
を含む医薬組成物。
【請求項２２】
等張化剤をさらに含む、請求項２１に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
請求項２１または２２に記載の医薬組成物を、癌を有する患者に投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項２４】
診断または治療用キットであって、請求項１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１０〜１５のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗体断片、または請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の免疫コンジュゲート、または請求項２１もしくは２２に記載の医薬組成物ならびに前記抗体もしくは抗体断片、前記免疫コンジュゲートおよび／または前記医薬組成物を診断または治療に使用するための説明書を含むキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
一態様において、本発明は、Ｒｏｒ２タンパク質に特異的に結合する単離重鎖可変領域ポリペプチドを提供する。ポリペプチドは、３つの相補性決定領域Ｈ１、Ｈ２、およびＨ３配列を含み、
Ｈ１配列は、ＧＹＴＸ1ＴＥＸ2Ｘ3Ｘ4Ｈ（配列番号１）またはＧＹＳＩＴＴＧＸ29ＹＷＮ（配列番号４）であり；
Ｈ２配列は、Ｘ5Ｘ6Ｘ7Ｘ8ＮＮＧＧＴＧＹＮＱＫＦＫＧ（配列番号２）またはＹＩＴＹＤＧＳＸ30ＮＹＮＰＳＬＫＮ（配列番号５）であり；
Ｈ３配列は、Ｘ9Ｘ10Ｘ11ＳＸ12ＹＸ13ＹＸ14Ｘ15ＳＹＦＸ16Ｘ17Ｘ18（配列番号３）またはＣＳＸ31Ｘ32Ｘ33Ｘ34ＶＸ35Ｘ36Ｘ37ＬＤＸ38（配列番号６）であり；
Ｘ1は、ＦまたはＥであり、
Ｘ2は、ＹまたはＤであり、
Ｘ3は、ＴまたはＣであり、
Ｘ4は、ＭまたはＤまたはＥまたはＹであり、
Ｘ5は、ＧまたはＳであり、
Ｘ6は、ＩまたはＥであり、
Ｘ7は、ＮまたはＣまたはＬまたはＶであり、
Ｘ8は、ＴまたはＤまたはＥであり、
Ｘ9は、ＡまたはＩまたはＭまたはＳまたはＴであり、
Ｘ10は、ＲまたはＱまたはＨであり、
Ｘ11は、ＧまたはＥであり、
Ｘ12は、ＬまたはＦであり、
Ｘ13は、ＳまたはＧであり、
Ｘ14は、ＧまたはＤであり、
Ｘ15は、ＮまたはＥであり、
Ｘ16は、ＤまたはＬであり、
Ｘ17は、ＹまたはＣまたはＴであり、
Ｘ18は、ＷまたはＬであり、
Ｘ29は、ＹまたはＥまたはＲまたはＴであり、
Ｘ30は、ＫまたはＳであり、
Ｘ31は、ＲまたはＧまたはＨまたはＷまたはＹであり、
Ｘ32は、ＦまたはＣまたはＮまたはＱであり、
Ｘ33は、ＥまたはＳであり、
Ｘ34は、ＧまたはＥまたはＦまたはＨまたはＭまたはＱまたはＳであり、
Ｘ35は、ＷまたはＡまたはＩまたはＰまたはＱまたはＴまたはＶであり、
Ｘ36は、ＹまたはＧまたはＮまたはＱであり、
Ｘ37は、ＧまたはＳまたはＴであり、
Ｘ38は、ＹまたはＩである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
別の態様において、この単離重鎖可変領域ポリペプチドは、３つの相補性決定領域Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３配列を含み、
Ｌ１配列は、ＳＡＴＳＳＸ19Ｘ20Ｘ21ＭＸ22（配列番号７）またはＲＡＳＥＳＶＤＲＹＧＮＳＸ39ＩＨ（配列番号１０）であり；
Ｌ２配列は、Ｘ23ＴＳＮＬＡＳ（配列番号８）またはＸ40ＴＹＸ41ＬＥＳ（配列番号１１）であり；
Ｌ３配列は、ＱＸ24Ｘ25ＳＸ26ＹＰＦＸ27Ｘ28（配列番号９）またはＱＱＸ42ＮＸ43ＤＰＸ44ＴＸ45（配列番号１２）であり；
Ｘ19は、ＶまたはＥであり、
Ｘ20は、ＳまたはＤであり、
Ｘ21は、ＹまたはＣまたはＤであり、
Ｘ22は、ＨまたはＧまたはＬであり、
Ｘ23は、ＧまたはＣまたはＨまたはＰであり、
Ｘ24は、ＱまたはＥであり、
Ｘ25は、ＲまたはＨであり、
Ｘ26は、ＳまたはＤまたはＧまたはＩまたはＱまたはＶであり、
Ｘ27は、ＴまたはＤであり、
Ｘ28は、ＦまたはＤまたはＥであり、
Ｘ39は、ＦまたはＳまたはＴであり、
Ｘ40は、ＲまたはＣまたはＤまたはＥまたはＷであり、
Ｘ41は、ＮまたはＤであり、
Ｘ42は、ＴまたはＤまたはＩまたはＰであり、
Ｘ43は、ＥまたはＶであり、
Ｘ44は、ＷまたはＴであり、
Ｘ45は、ＦまたはＳである、
単離軽鎖可変領域と組み合わせられている。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
Ａ．抗Ｒｏｒ２抗体
一態様において、本発明は、ヒトＲｏｒ２タンパク質に特異的に結合する単離重鎖可変領域ポリペプチドを提供する。重鎖可変領域ポリペプチドは、３つの相補性決定領域Ｈ１、Ｈ２、およびＨ３配列を含み、
Ｈ１配列は、ＧＹＴＸ1ＴＥＸ2Ｘ3Ｘ4Ｈ（配列番号１）またはＧＹＳＩＴＴＧＸ29ＹＷＮ（配列番号４）であり；
Ｈ２配列は、Ｘ5Ｘ6Ｘ7Ｘ8ＮＮＧＧＴＧＹＮＱＫＦＫＧ（配列番号２）またはＹＩＴＹＤＧＳＸ30ＮＹＮＰＳＬＫＮ（配列番号５）であり；
Ｈ３配列は、Ｘ9Ｘ10Ｘ11ＳＸ12ＹＸ13ＹＸ14Ｘ15ＳＹＦＸ16Ｘ17Ｘ18（配列番号３）またはＣＳＸ31Ｘ32Ｘ33Ｘ34ＶＸ35Ｘ36Ｘ37ＬＤＸ38（配列番号６）であり；
Ｘ1は、ＦまたはＥであり、
Ｘ2は、ＹまたはＤであり、
Ｘ3は、ＴまたはＣであり、
Ｘ4は、ＭまたはＤまたはＥまたはＹであり、
Ｘ5は、ＧまたはＳであり、
Ｘ6は、ＩまたはＥであり、
Ｘ7は、ＮまたはＣまたはＬまたはＶであり、
Ｘ8は、ＴまたはＤまたはＥであり、
Ｘ9は、ＡまたはＩまたはＭまたはＳまたはＴであり、
Ｘ10は、ＲまたはＱまたはＨであり、
Ｘ11は、ＧまたはＥであり、
Ｘ12は、ＬまたはＦであり、
Ｘ13は、ＳまたはＧであり、
Ｘ14は、ＧまたはＤであり、
Ｘ15は、ＮまたはＥであり、
Ｘ16は、ＤまたはＬであり、
Ｘ17は、ＹまたはＣまたはＴであり、
Ｘ18は、ＷまたはＬであり、
Ｘ29は、ＹまたはＥまたはＲまたはＴであり、
Ｘ30は、ＫまたはＳであり、
Ｘ31は、ＲまたはＧまたはＨまたはＷまたはＹであり、
Ｘ32は、ＦまたはＣまたはＮまたはＱであり、
Ｘ33は、ＥまたはＳであり、
Ｘ34は、ＧまたはＥまたはＦまたはＨまたはＭまたはＱまたはＳであり、
Ｘ35は、ＷまたはＡまたはＩまたはＰまたはＱまたはＴまたはＶであり、
Ｘ36は、ＹまたはＧまたはＮまたはＱであり、
Ｘ37は、ＧまたはＳまたはＴであり、
Ｘ38は、ＹまたはＩである。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８６】
別の態様において、本発明は、ヒトＲｏｒ２タンパク質に特異的に結合する単離軽鎖可変領域ポリペプチドを提供する。軽鎖可変領域ポリペプチドは、３つの相補性決定領域Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３配列を含み、
Ｌ１配列は、ＳＡＴＳＳＸ19Ｘ20Ｘ21ＭＸ22（配列番号７）またはＲＡＳＥＳＶＤＲＹＧＮＳＸ39ＩＨ（配列番号１０）であり；
Ｌ２配列は、Ｘ23ＴＳＮＬＡＳ（配列番号８）またはＸ40ＴＹＸ41ＬＥＳ（配列番号１１）であり；
Ｌ３配列は、ＱＸ24Ｘ25ＳＸ26ＹＰＦＸ27Ｘ28（配列番号９）またはＱＱＸ42ＮＸ43ＤＰＸ44ＴＸ45（配列番号１２）であり；
Ｘ19は、ＶまたはＥであり、
Ｘ20は、ＳまたはＤであり、
Ｘ21は、ＹまたはＣまたはＤであり、
Ｘ22は、ＨまたはＧまたはＬであり、
Ｘ23は、ＧまたはＣまたはＨまたはＰであり、
Ｘ24は、ＱまたはＥであり、
Ｘ25は、ＲまたはＨであり、
Ｘ26は、ＳまたはＤまたはＧまたはＩまたはＱまたはＶであり、
Ｘ27は、ＴまたはＤであり、
Ｘ28は、ＦまたはＤまたはＥであり、
Ｘ39は、ＦまたはＳまたはＴであり、
Ｘ40は、ＲまたはＣまたはＤまたはＥまたはＷであり、
Ｘ41は、ＮまたはＤであり、
Ｘ42は、ＴまたはＤまたはＩまたはＰであり、
Ｘ43は、ＥまたはＶであり、
Ｘ44は、ＷまたはＴであり、
Ｘ45は、ＦまたはＳである。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
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