【手続補正書】
【提出日】令和2年9月16日(2020.9.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
認識可能な反復モチーフを有しない非構造的ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、下限臨界溶液温度（ＬＣＳＴ）よりも低い温度では可溶性であるか、上限臨界溶液温度（ＵＣＳＴ）よりも高い温度では可溶性であるか、又はそれらの組み合わせであり、前記ＬＣＳＴ及びＵＣＳＴが、それぞれ独立して約０℃から約１００℃である、ポリペプチド。
【請求項２】
前記ＬＣＳＴ及びＵＣＳＴが、それぞれ独立して約２５℃から約３７℃である、請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項３】
前記非構造的ポリペプチドが、少なくとも５０アミノ酸の配列を含み、
前記アミノ酸の少なくとも１０％が、プロリン（Ｐ）であり、及び
前記アミノ酸の少なくとも２０％が、グリシン（Ｇ）である、
請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項４】
前記非構造的ポリペプチドが、配列を含み、前記アミノ酸の少なくとも４０％がバリン（Ｖ）、アラニン（Ａ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、スレオニン（Ｔ），イソロイシン（Ｉ）、チロシン（Ｙ）、セリン（Ｓ）、及びフェニルアラニン（Ｆ）からなる群から選択される、請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項５】
言語的複雑性スコアが１５よりも大きい、請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項６】
前記非構造的ポリペプチドが、配列番号７〜１８のいずれかの５０アミノ酸サブ配列を含む、請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項７】
前記非構造的ポリペプチドが、３つの連続した同一アミノ酸を含有しない配列を含み、
いずれの５〜１０アミノ酸サブ配列も、前記非構造的ポリペプチド中に、一度よりも多くは出現せず、及び
前記非構造的ポリペプチドが、プロリン（Ｐ）から開始及び終了するサブ配列を含む場合、前記サブ配列が、少なくとも１つのグリシン（Ｇ）をさらに含む、
請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項８】
前記非構造的ポリペプチドが、少なくとも５０アミノ酸の配列を含み、
前記アミノ酸の少なくとも１０％が、プロリン（Ｐ）であり、
前記アミノ酸の少なくとも２０％が、グリシン（Ｇ）であり、
前記アミノ酸の少なくとも４０％が、バリン（Ｖ）、アラニン（Ａ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、スレオニン（Ｔ）、イソロイシン（Ｉ）、チロシン（Ｙ）、セリン（Ｓ）、及びフェニルアラニン（Ｆ）からなる群から選択され、
前記配列が、３つの連続した同一アミノ酸を含有せず、
いずれの５〜１０アミノ酸サブ配列も、前記非構造的ポリペプチド中に、一度よりも多くは出現せず、及び
前記非構造的ポリペプチドが、プロリン（Ｐ）から開始及び終了するサブ配列を含む場合、前記サブ配列が、少なくとも１つのグリシン（Ｇ）をさらに含む、
請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項９】
配列番号７〜１８から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の非構造的ポリペプチド。
【請求項１０】
少なくとも１つの結合ポリペプチド及び少なくとも１つの請求項１〜９のいずれか一項に記載の非構造的ポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項１１】
前記融合タンパク質が、複数の非構造的ポリペプチドを含む、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項１２】
前記融合タンパク質が、複数の結合ポリペプチドを含む、請求項１０又は１１に記載の融合タンパク質。
【請求項１３】
少なくとも２つの近接した結合ポリペプチドの間に配置されるリンカーをさらに含む、請求項１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１４】
少なくとも２つの近接した非構造的ポリペプチドの間に配置されるリンカーをさらに含む、請求項１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
前記リンカーが、少なくとも１つのグリシン及び少なくとも１つのセリンを含む、請求項１３又は１４に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
前記リンカーが、配列番号２１（（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）3）からなるアミノ酸配列を含む、請求項１５に記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
前記リンカーが、配列番号２２（ＰＱＰＱＰＫＰＱＰＫＰＥＰＥＰＱＰＱＧ）からなるアミノ酸配列を含む、請求項１３又は１４に記載の融合タンパク質。
【請求項１８】
複数の結合ポリペプチドが、オリゴマーを形成する、請求項１２〜１７のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１９】
前記結合ポリペプチドが、標的に結合し、前記融合タンパク質が、１つよりも多い標的に結合する、請求項１０〜１８のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項２０】
前記結合ポリペプチドが、プロテインＡを含む、請求項１０〜１９のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項２１】
少なくとも１つの非構造的ポリペプチドが、熱応答性ポリペプチドを含む、請求項１０〜２０のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの結合ポリペプチドと前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドとの間に配置される、少なくとも１つのリンカーをさらに含む、請求項１０〜２１のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項２３】
前記融合タンパク質が、前記少なくとも１つの結合ポリペプチドと前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドとの間に配置される、複数のリンカー含む、請求項２２に記載の融合タンパク質。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの結合ポリペプチドが、前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドのＮ末端に配置される、請求項１０〜２３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項２５】
前記少なくとも１つの結合ポリペプチドが、前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドのＣ末端に配置される、請求項１０〜２３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８３】
濁度特性は、ＰＢＳ中で２５μＭである全ての構成物に対し、約０℃と約１００℃との間の加熱曲線又は冷却曲線からなり、当該濁度特性が、Ａ［０．２］（配列番号７及び９）及びＡ［０．５］（配列番号８及び１０）の非反復版が、それらの反復性対照物（配列番号３及び５並びに配列番号４及び６）と同様に、転移温度を有するＬＣＳＴ相挙動を維持することを示した。さらに、非構造的ポリペプチドは、０℃と１００℃との間で下限臨界溶液温度（ＬＣＳＴ）挙動を示した（図３（Ａ）〜（Ｂ）及び図４（Ａ）〜（Ｂ）を参照されたい）。
【表２−１】
2020500150.tif 000001
【表２−２】
2020500150.tif 000002
【表２−３】
2020500150.tif 000003
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕認識可能な反復モチーフを有しない非構造的ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、下限臨界溶液温度（ＬＣＳＴ）よりも低い温度では可溶性であるか、上限臨界溶液温度（ＵＣＳＴ）よりも高い温度では可溶性であるか、又はそれらの組み合わせであり、前記ＬＣＳＴ及びＵＣＳＴが、それぞれ独立して約０℃から約１００℃である、ポリペプチド。
〔２〕前記ＬＣＳＴ及びＵＣＳＴが、それぞれ独立して約２５℃から約３７℃である、前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔３〕前記非構造的ポリペプチドが、少なくとも５０アミノ酸の配列を含み、
前記アミノ酸の少なくとも１０％が、プロリン（Ｐ）であり、及び
前記アミノ酸の少なくとも２０％が、グリシン（Ｇ）である、
前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔４〕前記非構造的ポリペプチドが、配列を含み、前記アミノ酸の少なくとも４０％がバリン（Ｖ）、アラニン（Ａ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、スレオニン（Ｔ），イソロイシン（Ｉ）、チロシン（Ｙ）、セリン（Ｓ）、及びフェニルアラニン（Ｆ）からなる群から選択される、前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔５〕言語的複雑性スコアが１５よりも大きい、前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔６〕前記非構造的ポリペプチドが、配列番号７〜１８のいずれかの５０アミノ酸サブ配列を含む、前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔７〕前記非構造的ポリペプチドが、３つの連続した同一アミノ酸を含有しない配列を含み、
いずれの５〜１０アミノ酸サブ配列も、前記非構造的ポリペプチド中に、一度よりも多くは出現せず、及び
前記非構造的ポリペプチドが、プロリン（Ｐ）から開始及び終了するサブ配列を含む場合、前記サブ配列が、少なくとも１つのグリシン（Ｇ）をさらに含む、
前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔８〕前記非構造的ポリペプチドが、少なくとも５０アミノ酸の配列を含み、
前記アミノ酸の少なくとも１０％が、プロリン（Ｐ）であり、
前記アミノ酸の少なくとも２０％が、グリシン（Ｇ）であり、
前記アミノ酸の少なくとも４０％が、バリン（Ｖ）、アラニン（Ａ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、スレオニン（Ｔ）、イソロイシン（Ｉ）、チロシン（Ｙ）、セリン（Ｓ）、及びフェニルアラニン（Ｆ）からなる群から選択され、
前記配列が、３つの連続した同一アミノ酸を含有せず、
いずれの５〜１０アミノ酸サブ配列も、前記非構造的ポリペプチド中に、一度よりも多くは出現せず、及び
前記非構造的ポリペプチドが、プロリン（Ｐ）から開始及び終了するサブ配列を含む場合、前記サブ配列が、少なくとも１つのグリシン（Ｇ）をさらに含む、
前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔９〕配列番号７〜１８から選択されるアミノ酸配列を含む、前記〔１〕に記載の非構造的ポリペプチド。
〔１０〕少なくとも１つの結合ポリペプチド及び少なくとも１つの前記〔１〕〜〔９〕のいずれか一項に記載の非構造的ポリペプチドを含む、融合タンパク質。
〔１１〕前記融合タンパク質が、複数の非構造的ポリペプチドを含む、前記〔１０〕に記載の融合タンパク質。
〔１２〕前記融合タンパク質が、複数の結合ポリペプチドを含む、前記〔１０〕又は〔１１〕に記載の融合タンパク質。
〔１３〕少なくとも２つの近接した結合ポリペプチドの間に配置されるリンカーをさらに含む、前記〔１２〕に記載の融合タンパク質。
〔１４〕少なくとも２つの近接した非構造的ポリペプチドの間に配置されるリンカーをさらに含む、前記〔１２〕に記載の融合タンパク質。
〔１５〕前記リンカーが、少なくとも１つのグリシン及び少なくとも１つのセリンを含む、前記〔１３〕又は〔１４〕に記載の融合タンパク質。
〔１６〕前記リンカーが、配列番号２１（（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）3）からなるアミノ酸配列を含む、前記〔１５〕に記載の融合タンパク質。
〔１７〕前記リンカーが、配列番号２２（ＰＱＰＱＰＫＰＱＰＫＰＥＰＥＰＱＰＱＧ）からなるアミノ酸配列を含む、前記〔１３〕又は〔１４〕に記載の融合タンパク質。
〔１８〕複数の結合ポリペプチドが、オリゴマーを形成する、前記〔１２〕〜〔１７〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔１９〕前記結合ポリペプチドが、標的に結合し、前記融合タンパク質が、１つよりも多い標的に結合する、前記〔１０〕〜〔１８〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２０〕前記結合ポリペプチドが、プロテインＡを含む、前記〔１０〕〜〔１９〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２１〕少なくとも１つの非構造的ポリペプチドが、熱応答性ポリペプチドを含む、前記〔１０〕〜〔２０〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２２〕前記少なくとも１つの結合ポリペプチドと前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドとの間に配置される、少なくとも１つのリンカーをさらに含む、前記〔１０〕〜〔２１〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２３〕前記融合タンパク質が、前記少なくとも１つの結合ポリペプチドと前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドとの間に配置される、複数のリンカー含む、前記〔２２〕に記載の融合タンパク質。
〔２４〕前記少なくとも１つの結合ポリペプチドが、前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドのＮ末端に配置される、前記〔１０〕〜〔２３〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２５〕前記少なくとも１つの結合ポリペプチドが、前記少なくとも１つの非構造的ポリペプチドのＣ末端に配置される、前記〔１０〕〜〔２３〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
〔２６〕疾患の治療を、それを必要とする対象において行う方法であって、有効量の前記〔１０〕〜〔２５〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質を前記対象に投与する工程を含む方法。
〔２７〕前記融合タンパク質が、放出制御製剤の形で投与される、前記〔２６〕に記載の方法。
〔２８〕前記融合タンパク質が、対象への投与時にデポ剤を形成する、前記〔２６〕に記載の方法。
〔２９〕前記融合タンパク質が、前記対象に、静脈内、動脈内、又は腹腔内投与される、前記〔２６〕〜〔２８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０〕前記疾患が、癌を含む、前記〔２６〕〜〔２９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３１〕前記融合タンパク質が、腫瘍組織内に投与される、前記〔３０〕に記載の方法。
〔３２〕前記疾患が、前記少なくとも１つの結合ポリペプチドの標的と関連する疾患である、前記〔２６〕〜〔３１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３３〕対象における疾患を診断する方法であって、
対象からの試料と前記〔１０〕〜〔２５〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質とを接触させる工程；及び
前記融合タンパク質の前記標的への結合を検出して、前記試料中の標的の存在を判定する工程であって、前記試料中の前記標的の存在が、前記対象における前記疾患を示す工程、
を含む方法。
〔３４〕前記疾患が、癌、代謝疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、及び整形外科的障害から選択される、前記〔３３〕に記載の方法。
〔３５〕試料中の標的の存在を判定する方法であって、
前記試料と前記〔１０〕〜〔２５〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質とを、前記融合タンパク質と前記試料中の前記標的との間で複合体が形成されることを可能にする条件下において、接触させる工程；及び
前記複合体の存在を検出する工程であって、前記複合体の存在が前記試料中の前記標的を示す工程、
を含む方法。
〔３６〕前記試料は対象から得られ、及び前記方法が、疾患を診断するか、予後予測するか、又は前記対象の治療の効力を評価する工程をさらに含む、前記〔３５〕に記載の方法。
〔３７〕前記方法が、前記対象の治療の効力を評価する工程をさらに含む場合、必要に応じて前記対象の治療を改変して効力を改善する工程をさらに含む、前記〔３６〕に記載の方法。
〔３８〕疾患についての治療の有効性の判定を、それを必要とする対象において行う方法であって、
前記対象からの試料と前記〔１０〕〜〔２５〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質とを、前記融合タンパク質と前記試料中の標的との間で複合体が形成されることを可能にする条件下において、接触させる工程；
前記試料中の複合体のレベルを判定する工程であって、前記複合体のレベルは前記試料中の前記標的のレベルを示す工程；及び
前記試料中の前記標的のレベルを前記標的の対照レベルと比較する工程であって、前記標的のレベルが前記対照レベルと異なる場合に、前記治療が前記疾患の治療において有効である又は有効でないと判定する工程、
を含む方法。
〔３９〕対象における疾患を診断する方法であって、
前記対象からの試料と前記〔１０〕〜〔２５〕のいずれか一項に記載の融合タンパク質とを接触させる工程；
前記試料中の標的のレベルを判定する工程；及び
前記試料中の前記標的のレベルを前記標的の対照レベルと比較する工程であって、前記標的のレベルが前記対照レベルと異なることが、前記対象における疾患を示す工程、
を含む方法。
〔４０〕前記対照レベルが、前記対象が治療を開始した期間よりも前又はその期間中の時点の、
前記対象における前記レベルに対応し、及び前記試料が、より遅い時点で前記対象から採取される、前記〔３８〕又は〔３９〕に記載の方法。
〔４１〕前記試料が、前記対象の治療中の期間の時点で前記対象から採取され、及び前記対照レベルが、無疾患レベル又は前記対象が治療を開始した期間よりも前の時点における前記レベルに対応する、前記〔３８〕又は〔３９〕に記載の方法。
〔４２〕前記方法が、前記治療が前記疾患の治療において有効でないと判定された場合に、前記治療を改変するか、又は前記対象に異なる治療を施与することをさらに含む、前記〔３８〕及び〔４０〕〜〔４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４３〕前記融合タンパク質が、レポーターにより標識される、前記〔２６〕〜〔４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４〕前記疾患が、癌、代謝疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、及び整形外科的障害から選択される、前記〔２６〕〜〔４３〕のいずれか一項に記載の方法。