【手続補正書】
【提出日】令和2年7月22日(2020.7.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ３領域と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むキャプシドタンパク質を含み、宿主細胞中で異種遺伝子の発現を制御する調節配列に作動可能に連結された異種遺伝子を含むトランス遺伝子をさらに含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）。
【請求項２】
前記キャプシドタンパク質が、（ｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ３領域のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＡＡＶ。
【請求項３】
ＡＡＶ逆方向末端反復をさらに含む、請求項１または２に記載のＡＡＶ。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶおよび生理学的に適合性の担体を含む、組成物。
【請求項５】
細胞にトランス遺伝子を送達する方法であって、前記細胞を請求項１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶと接触させることを含む、方法。
【請求項６】
前記細胞が筋細胞である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
（ｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１６、２８、２９、３０および３１のいずれか１つのＶＰ３領域と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）キャプシドタンパク質をコードする核酸配列を含む、ベクター。
【請求項９】
前記核酸配列が、宿主細胞中で前記キャプシドタンパク質の発現を制御する異種調節エレメントに作動可能に連結されている、請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１１】
障害または疾患の治療に使用するための、請求項１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶを含む組成物。
【請求項１２】
前記障害または疾患が内在性タンパク質の異常な活性に関連し、さらに前記ＡＡＶが前記タンパク質の生物学的に活性なコピーをコードするトランス遺伝子を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、請求項１２に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４５】
本明細書に記載される例示的な異種タンパク質には、β−グロビン、ヘモグロビン、組織プラスミノーゲン活性化因子、および凝固因子；コロニー刺激因子（ＣＳＦ）；インターロイキン、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９など；増殖因子、例えば、ケラチノサイト増殖因子（ＫＧＦ）、幹細胞因子（ＳＣＦ）、線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ、例えば塩基性ＦＧＦおよび酸性ＦＧＦ）、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、インスリン様増殖因子（ＩＧＦ）、骨形成タンパク質（ＢＭＰ）、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、増殖分化因子９（ＧＤＦ−９）、肝癌由来増殖因子（ＨＤＧＦ）、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養因子、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、トロンボポエチン（ＴＰＯ）、トランスフォーミング増殖因子α（ＴＧＦ−α）、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ−β）など；可溶性受容体、例えば、可溶性ＴＮＦ−α受容体、可溶性インターロイキン受容体（例えば、可溶性ＩＬ−１受容体および可溶性ＩＩ型ＩＬ−１受容体）、可溶性γ／ΔＴ細胞受容体、可溶性受容体のリガンド結合断片など；酵素、例えば、α−グルコシダーゼ、イミグルカナーゼ、β−グルコセレブロシダーゼ、およびアルグルセラーゼ（ａｌｇｌｕｃｅｒａｓｅ）；酵素活性化剤、例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子；ケモカイン、例えば、１Ｐ−１０、インターフェロン−γによって誘導されるモノカイン（Ｍｉｇ）、Ｇｒｏα／ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、ＭＣＰ−１、ＰＦ−４など；血管新生剤、例えば、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ、例えばＶＥＧＦ１２１、ＶＥＧＦ１６５、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−２）、神経膠腫由来増殖因子、アンギオゲニン、アンギオゲニン−２など；抗血管新生剤、例えば可溶性ＶＥＧＦ受容体；タンパク質ワクチン；神経活性ペプチド、例えば、神経成長因子（ＮＧＦ）、ブラジキニン、コレシストキニン、ガストリン、セクレチン、オキシトシン、ゴナドトロピン放出ホルモン、ベータエンドルフィン、エンケファリン、サブスタンスＰ、ソマトスタチン、プロラクチン、ガラニン、成長ホルモン放出ホルモン、ボンベシン、ダイノルフィン、ワーファリン，ニューロテンシン、モチリン、甲状腺刺激ホルモン、ニューロペプチドＹ、黄体形成ホルモン、カルシトニン、インスリン、グルカゴン、バソプレシン、アンジオテンシンＩＩ、甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン、血管作動性腸管ペプチド、睡眠ペプチドなど；血栓溶解剤；心房性ナトリウム利尿ペプチド；リラキシン；グリア線維性酸性タンパク質；卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）；ヒトα−１アンチトリプシン；白血病抑制因子（ＬＩＦ）；組織因子、黄体形成ホルモン；マクロファージ活性化因子；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；好中球走化性因子（ＮＣＦ）；メタロプロテイナーゼの組織阻害剤；血管作用性腸管ペプチド；アンギオゲニン；アンギオトロピン；フィブリン；ヒルディン；ＩＬ−１受容体アンタゴニスト；毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）；脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）；ニューロトロフィン３および４／５（ＮＴ−３および４／５）；グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）；芳香族アミノ酸脱炭酸酵素（ＡＡＤＣ）；第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、第Ｘ因子；ジストロフィンまたはミニジストロフィン；リソソーム酸性リパーゼ；フェニルアラニンヒドロキシラーゼ（ＰＡＨ）；グリコーゲン蓄積疾患関連酵素、例えば、グルコース−６−ホスファターゼ、酸性マルターゼ、グリコーゲン脱分枝酵素、筋グリコーゲンホスホリラーゼ、肝グリコーゲンホスホリラーゼ、筋ホスホフルクトキナーゼ、ホスホリラーゼキナーゼ、グルコーストランスポーター、アルドラーゼＡ、β−エノラーゼ、グリコーゲンシンターゼなど；ならびにリソソーム酵素が含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
（ｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ３領域と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むキャプシドタンパク質を含み、宿主細胞中で異種遺伝子の発現を制御する調節配列に作動可能に連結された異種遺伝子を含むトランス遺伝子をさらに含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）。
（項目２）
前記キャプシドタンパク質が、（ｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ３領域のアミノ酸配列を含む、項目１に記載のＡＡＶ。
（項目３）
ＡＡＶ逆方向末端反復をさらに含む、項目１または２に記載のＡＡＶ。
（項目４）
項目１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶおよび生理学的に適合性の担体を含む、組成物。
（項目５）
細胞にトランス遺伝子を送達する方法であって、前記細胞を項目１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶと接触させることを含む、方法。
（項目６）
前記細胞が筋細胞である、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目５または６に記載の方法。
（項目８）
内在性タンパク質の異常な活性に関連する障害または疾患に罹患している対象を治療する方法であって、前記方法は、有効量のキャプシドタンパク質を含むＡＡＶを前記対象に投与することを含み、前記キャプシドタンパク質は、（ｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ３領域と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含み、前記ＡＡＶは、前記タンパク質の生物学的に活性なコピーをコードするトランス遺伝子を含む、方法。
（項目９）
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目８に記載の方法。
（項目１０）
（ｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つ、（ｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ２領域、または（ｉｉｉ）配列番号１５〜８９のいずれか１つのＶＰ３領域と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）キャプシドタンパク質をコードする核酸配列を含む、ベクター。
（項目１１）
前記核酸配列が、宿主細胞中で前記キャプシドタンパク質の発現を制御する異種調節エレメントに作動可能に連結されている、項目１０に記載のベクター。
（項目１２）
項目１０または１１に記載のベクターを含む、細胞。
（項目１３）
障害または疾患の治療のための医薬の調製における、項目１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶの使用。
（項目１４）
前記障害または疾患が内在性タンパク質の異常な活性に関連し、さらに前記ＡＡＶが前記タンパク質の生物学的に活性なコピーをコードするトランス遺伝子を含む、項目１３に記載の使用。
（項目１５）
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目１４に記載の使用。
（項目１６）
疾患または障害の治療のための、項目１〜３のいずれか１項に記載のＡＡＶを含む組成物。
（項目１７）
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目１６に記載の組成物。
（項目１８）
可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩまたはＩＸの１つ以上が１つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されていることを除く、可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、およびＩＸを含むレシピエント骨格ＡＡＶキャプシドのＶＰ１アミノ酸配列を有するキメラキャプシドタンパク質を含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）。
（項目１９）
前記レシピエントＡＡＶキャプシド由来の１つの可変領域のみが、前記ドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されている、項目１８に記載のＡＡＶ。
（項目２０）
前記レシピエントＡＡＶキャプシド由来の２つ以上の可変領域が、単一のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されている、項目１８に記載のＡＡＶ。
（項目２１）
前記レシピエントＡＡＶキャプシド由来の２つ以上の可変領域が、２つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されている、項目１８に記載のＡＡＶ。
（項目２２）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドの９つすべての可変領域が、単一のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されている、項目１８に記載のＡＡＶ。
（項目２３）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドがＧＢＳ領域またはＧＨループ領域をさらに含み、前記ＧＢＳ領域または前記ＧＨループ領域が１つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する領域によって置換されている、項目１８〜２２のいずれか１項に記載のＡＡＶ。
（項目２４）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドの９つすべての可変領域および前記ＧＢＳ領域が、１つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域およびＧＢＳ領域によって置換されている、項目２３に記載のＡＡＶ。
（項目２５）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドの９つすべての可変領域および前記ＧＢＳ領域が、２つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域およびＧＢＳ領域によって置換されている、項目２３に記載のＡＡＶ。
（項目２６）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドの前記ＧＨループが、ドナーＡＡＶキャプシド由来の対応するＧＨループ領域によって置換されている、項目２３に記載のＡＡＶ。
（項目２７）
前記レシピエントＡＡＶキャプシドの９つすべての可変領域および前記ＧＨループ領域が、１つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域およびＧＨループ領域によって置換されている、項目２３に記載のＡＡＶ。
（項目２８）
前記レシピエントＡＡＶキャプシド配列が配列番号１〜１４のいずれか１つであり、前記ドナーＡＡＶキャプシド配列が配列番号１〜１４からなる配列の群から選択され、前記レシピエントＡＡＶキャプシド配列および前記ドナーＡＡＶキャプシド配列が異なる、項目１８〜２７のいずれか１項に記載のＡＡＶ。
（項目２９）
前記レシピエントＡＡＶキャプシド配列が配列番号１〜８９のいずれか１つであり、前記ドナーＡＡＶキャプシド配列が配列番号１〜８９からなる配列の群から選択され、前記レシピエントＡＡＶキャプシド配列および前記ドナーＡＡＶキャプシド配列が異なる、項目１８〜２７のいずれか１項に記載のＡＡＶ。
（項目３０）
前記キメラキャプシドタンパク質が、配列番号９０〜１５７のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、項目１８〜２７のいずれか１項に記載のＡＡＶ。
（項目３１）
ＡＡＶ逆方向末端反復と、宿主細胞中で異種遺伝子の発現を制御する調節配列に作動可能に連結された異種遺伝子を含むトランス遺伝子と、をさらに含む、項目１８〜２７のいずれか１項に記載のＡＡＶ。
（項目３２）
項目１８〜３１のいずれか１項に記載のＡＡＶおよび生理学的に適合性の担体を含む、組成物。
（項目３３）
細胞にトランス遺伝子を送達する方法であって、前記細胞を項目３１に記載のＡＡＶまたは項目３２に記載の組成物と接触させる工程を含む、方法。
（項目３４）
前記細胞が筋細胞であり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
内在性タンパク質の異常な活性に関連する障害または疾患に罹患している対象を治療する方法であって、前記方法は、有効量の項目３１に記載のＡＡＶを前記対象に投与することを含み、前記異種遺伝子は、前記タンパク質の生物学的に活性なコピーをコードする、方法。
（項目３６）
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
キメラアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）キャプシドタンパク質をコードする核酸配列を含むベクターであって、前記キメラＡＡＶキャプシドタンパク質が可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、およびＩＸを有するレシピエントＡＡＶキャプシド配列のＶＰ１アミノ酸配列を含み、可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、またはＩＸの１つ以上がドナーＡＡＶキャプシド配列由来の対応する可変領域によって置換され、前記キメラＡＡＶキャプシドタンパク質のアミノ酸配列および前記レシピエントキャプシド配列が異なる、ベクター。
（項目３８）
前記核酸配列が、宿主細胞中で前記キメラＡＡＶキャプシドタンパク質の発現を制御する異種調節エレメントに作動可能に連結される、項目３７に記載のベクター。
（項目３９）
可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、およびＩＸを含むレシピエント骨格ＡＡＶキャプシドのＶＰ１アミノ酸配列を有するキメラキャプシドタンパク質をコードする核酸配列を含むｃＤＮＡであって、可変領域Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩまたはＩＸの１つ以上が、１つ以上のドナーＡＡＶキャプシド由来の対応する可変領域によって置換されている、ｃＤＮＡ。
（項目４０）
項目３７もしくは３８に記載のベクターまたは項目３９に記載のｃＤＮＡを含む、細胞。
（項目４１）
障害または疾患の治療のための医薬の調製における、項目１８〜３１のいずれかに記載のＡＡＶの使用。
（項目４２）
前記障害または疾患が、前記ＡＡＶによって発現される遺伝子の異常な活性に関連する、項目４１に記載の使用。
（項目４３）
前記障害または疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目４２に記載の使用。
（項目４４）
疾患または障害の治療のための、項目１８〜３１のいずれか１項に記載のＡＡＶを含む組成物。
（項目４５）
前記疾患または障害がデュシェンヌ型筋ジストロフィーであり、前記トランス遺伝子がマイクロジストロフィンをコードする、項目４４に記載の組成物。
（項目４６）
筋細胞を項目１８〜３１のいずれか１項に記載のＡＡＶと接触させることを含む、筋細胞へのトランス遺伝子の標的化方法。
（項目４７）
項目１〜３または１８〜３１のいずれか１項に記載のアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）を生成する方法であって、
（ａ）宿主細胞中で異種遺伝子の発現を制御する調節配列に作動可能に連結された異種遺伝子を含むトランス遺伝子に隣接する５’および３’のＡＡＶ逆方向末端反復配列を含む第１の核酸ベクター、ならびにＡＡＶ  ｒｅｐおよびｃａｐ核酸配列を含む第２の核酸ベクターが導入されたウイルス産生細胞を培養することであって、前記ｃａｐ核酸配列は、配列番号１５〜１５７のいずれかと少なくとも９５％同一であるＡＡＶキャプシドをコードする、培養することと、
（ｂ）前記ウイルス産生細胞の培養物の上清から前記ＡＡＶを回収することとを含む、方法。
（項目４８）
前記ウイルス産生細胞が昆虫細胞である、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記昆虫細胞がＳｆ９細胞である、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記第１の核酸ベクターを含むバキュロウイルスによる前記ウイルス産生細胞の感染によって、前記第１の核酸ベクターが前記ウイルス産生細胞に導入される、項目４７に記載の方法。
（項目５１）
前記第１および第２の核酸ベクターが、前記第１の核酸ベクターを含む第１のバキュロウイルスおよび前記第２の核酸ベクターを含む第２のバキュロウイルスによる前記ウイルス産生細胞の感染によって前記ウイルス産生細胞に導入される、項目４７に記載の方法。
（項目５２）
項目４７〜５１のいずれか１項に記載の方法によって産生される、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）。