【手続補正書】
【提出日】令和2年10月30日(2020.10.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする捕捉部分改変プライマーとを、ハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程；
（ｂ）ハイブリダイズした捕捉部分改変プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｃ）該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、捕捉部分を含む２本鎖核酸を生成する工程；
（ｄ）アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションして、該捕捉部分を含むライゲーション生成物を生成する工程；
（ｅ）該ライゲーション生成物と該捕捉部分の結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程；および
（ｆ）該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該捕捉したライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程、
を包含する方法。
【請求項２】
（ｇ）前記標的特異的プライマーの５’テール部分の相補的配列に特異的にアニールする３’部分を含むテールプライマーおよび前記アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第２のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｆ）の増幅生成物を増幅する工程であって、ここで該テールプライマーは、該標的特異的プライマーの相補的配列に特異的にアニールしない５’部分を含む工程、
をさらに包含する請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（ｄ）は、前記アダプター核酸、前記２本鎖核酸、およびリガーゼを、該リガーゼが該アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションする条件下で合わせる工程を包含し、ここで該２本鎖核酸と合わされた該アダプター核酸は、二重鎖部分およびオーバーハング配列を含み、ここで該オーバーハング配列は、該２本鎖核酸の３’末端におけるオーバーハング配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む；または
工程（ｄ）は、前記アダプター核酸、前記２本鎖核酸、およびリガーゼを、該リガーゼが該アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションする条件下で合わせる工程を包含し、ここで該２本鎖核酸と合わされた該アダプター核酸は、１本鎖である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記捕捉部分改変プライマーは、少なくとも１つの捕捉部分改変ヌクレオチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記捕捉部分はビオチン部分である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記結合パートナーは、ストレプトアビジンである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｄ）において、前記２本鎖核酸は、クラウディング剤の存在下で前記アダプター核酸にライゲーションされる、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第２鎖合成反応は、前記第１鎖合成反応の生成物にハイブリダイズした前記核酸分子のフラグメントによってプライムされる；または
前記第２鎖合成は、複数のランダムプライマーを使用してランダムにプライムされる、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸分子はｍＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記核酸分子は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、白血球またはこれらの混合物を含むサンプルから得られるものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記サンプルは、Ｔ細胞悪性腫瘍またはＢ細胞悪性腫瘍を有するかまたは有すると疑われる被験体から得られるものである；あるいは
前記サンプルは、移植を受けた被験体または移植を受ける予定の被験体から得られるものである；あるいは
前記サンプルは、処置に対する免疫応答が評価されている最中である被験体から得られるものである；あるいは
前記サンプルは、白血球悪性腫瘍を有するか、または有すると疑われる被験体から得られるものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記被験体はヒトまたは脊索動物である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的ヌクレオチド配列は、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）遺伝子またはＢ細胞レセプター（ＢＣＲ）遺伝子の一部に相当するヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記捕捉部分改変プライマーは、免疫レセプター遺伝子または免疫グロブリン遺伝子に相補的であるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記標的特異的プライマーは、ＣＤＲ３の下流にある定常領域またはＪセグメントに特異的にアニールする；あるいは
前記標的特異的プライマーは、定常領域とＪセグメントとの間に形成されるエキソン−エキソン接合部に特異的にアニールし、ここで該エキソン−エキソン接合部は、ＣＤＲ３の下流にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１のアダプタープライマーおよび前記第２のアダプタープライマーは同じである；または
前記第１のアダプタープライマーおよび前記第２のアダプタープライマーは異なる；または
前記第２のアダプタープライマーは、前記第１のアダプタープライマーに対してネスト化される、請求項２に記載の方法。
【請求項１７】
前記テールプライマーの５’部分は、サンプルインデックス領域、分子バーコード領域、およびシーケンシングプライマー部位領域のうちの少なくとも１つを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１８】
前記ビオチン部分は、ビオチン−トリエチレングリコール、ビス−ビオチン、光切断性ビオチン、デスチオビオチン、デスチオビオチン−トリエチレングリコール、またはアジ化ビオチンを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１９】
前記ストレプトアビジンは、基材に付着している、請求項６に記載の方法。
【請求項２０】
前記基材は固体表面を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記固体表面は、常磁性ビーズを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数のランダムプライマーは、６塩基長〜１５塩基長の間である、請求項８に記載の方法。
【請求項２３】
前記Ｔ細胞悪性腫瘍または前記Ｂ細胞悪性腫瘍は、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性リンパ芽球性白血病、および慢性リンパ性白血病からなる群より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項２４】
前記捕捉部分改変プライマーは、相補性決定領域３（ＣＤＲ３）の下流にある定常領域に特異的にアニールする、請求項１４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
本開示の他の利点および新規な特徴は、添付の図面とともに考慮される場合に、本発明の種々の非限定的実施形態の以下の詳細な説明から明らかになる。本明細書および参考として援用される文献が矛盾するおよび／または一致しない開示を含む場合には、本明細書が優先するものとする。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする捕捉部分改変プライマーとを、ハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程；
（ｂ）ハイブリダイズした捕捉部分改変プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｃ）該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、捕捉部分を含む２本鎖核酸を生成する工程；
（ｄ）アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションして、該捕捉部分を含むライゲーション生成物を生成する工程；
（ｅ）該ライゲーション生成物と該捕捉部分の結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程；および
（ｆ）該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該捕捉したライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程、
を包含する方法。
（項目２）
（ｇ）前記標的特異的プライマーの５’テール部分の相補的配列に特異的にアニールする３’部分を含むテールプライマーおよび前記アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第２のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｆ）の増幅生成物を増幅する工程であって、ここで該テールプライマーは、該標的特異的プライマーの相補的配列に特異的にアニールしない５’部分を含む工程、
をさらに包含する項目１に記載の方法。
（項目３）
前記テールプライマーの５’部分は、サンプルインデックス領域、分子バーコード領域、およびシーケンシングプライマー部位領域のうちの少なくとも１つを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
工程（ｄ）は、前記アダプター核酸、前記２本鎖核酸、およびリガーゼを、該リガーゼが該アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションする条件下で合わせる工程を包含し、ここで該２本鎖核酸と合わされた該アダプター核酸は、二重鎖部分およびオーバーハング配列を含み、ここで該オーバーハング配列は、該２本鎖核酸の３’末端におけるオーバーハング配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む、前述の項目のうちのいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
工程（ｄ）は、前記アダプター核酸、前記２本鎖核酸、およびリガーゼを、該リガーゼが該アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションする条件下で合わせる工程を包含し、ここで該２本鎖核酸と合わされた該アダプター核酸は、１本鎖である、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
前記捕捉部分改変プライマーは、少なくとも１つの捕捉部分改変ヌクレオチドを含む、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目７）
前記捕捉部分改変プライマーは、捕捉部分に付着した第２の化学カップリング基に結合するように構成された第１の化学カップリング基を含む、項目１〜５のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記捕捉部分はビオチン部分である、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目９）
前記ビオチン部分は、ビオチン−トリエチレングリコール、ビス−ビオチン、光切断性ビオチン、デスチオビオチン、デスチオビオチン−トリエチレングリコール、またはアジ化ビオチンを含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記結合パートナーは、ストレプトアビジンである、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１）
前記ストレプトアビジンは、基材に付着している、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記基材は固体表面を含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記固体表面は、常磁性ビーズを含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
工程（ｄ）の後でかつ工程（ｅ）の前に洗浄工程をさらに包含する、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５）
工程（ｅ）の後でかつ工程（ｆ）の前に：
ｉ）前記捕捉部分を含む前記２本鎖核酸を、常磁性基材上に固定化する工程；および
ｉｉ）該固定化した２本鎖核酸を洗浄する工程、
をさらに包含する、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
工程ｉｉ）の後に：
ｉｉｉ）前記洗浄した固定化２本鎖核酸を前記常磁性基材から放出する工程、
をさらに包含する、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
工程（ｃ）の後でかつ工程（ｄ）の前に、前記２本鎖核酸を５’リン酸化する工程をさらに包含する、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
工程（ｃ）の後でかつ工程（ｄ）の前に、前記２本鎖核酸を末端修復して、平滑末端化した２本鎖核酸を生成する工程をさらに包含する、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記平滑末端化した２本鎖核酸の３’末端に１またはこれより多くのヌクレオチドを付加する工程をさらに包含する、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記１またはこれより多くのヌクレオチドは、デオキシアデノシンヌクレオチドを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記アダプター核酸は、前記平滑末端化した２本鎖核酸の３’末端に付加した前記１またはこれより多くのヌクレオチドに相補的な１またはこれより多くのヌクレオチドを含む３’末端においてヌクレオチド配列を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記アダプター核酸の３’末端における前記ヌクレオチド配列は、１またはこれより多くのデオキシチミジンヌクレオチドを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記アダプター核酸は、前記３’末端において前記ヌクレオチド配列を含む増幅鎖にアニールしたブロッキング鎖をさらに含み、該３’末端における該ヌクレオチド配列は、該ヌクレオチド配列がオーバーハング配列を形成するように不対化される、項目２１に記載の方法。
（項目２４）
末端修復後に、
ｉ）前記捕捉部分を含む前記２本鎖核酸を、常磁性基材上に固定化する工程；
ｉｉ）該固定化した２本鎖核酸を洗浄する工程；および
ｉｉｉ）該洗浄した固定化２本鎖核酸を該常磁性基材から放出する工程、
をさらに包含する、項目１８に記載の方法。
（項目２５）
末端修復後に、
ｉ）前記捕捉部分を含む前記２本鎖核酸を、常磁性基材上に固定化する工程；および
ｉｉ）該固定化した２本鎖核酸を洗浄する工程、
をさらに包含する、項目１８に記載の方法。
（項目２６）
末端修復の後でかつ工程ｉ）の前に、洗浄工程をさらに包含する、項目２４または項目２５に記載の方法。
（項目２７）
（ｈ）工程（ｇ）の増幅生成物を常磁性基材上に固定化する工程；
（ｉ）該固定化した増幅生成物を洗浄する工程；および
（ｊ）該洗浄した固定化増幅生成物を該常磁性基材から放出する工程、
をさらに包含する、いずれか１項の項目２〜２６に記載の方法。
（項目２８）
工程（ｇ）の後でかつ工程（ｈ）の前に、洗浄工程をさらに包含する、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
工程（ｄ）において、前記２本鎖核酸は、クラウディング剤の存在下で前記アダプター核酸にライゲーションされる、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
工程（ｂ）の後でかつ工程（ｃ）の前に、前記核酸分子とリボヌクレアーゼ酵素とを接触させる工程をさらに包含する、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
前記第２鎖合成反応は、前記第１鎖合成反応の生成物にハイブリダイズした前記核酸分子のフラグメントによってプライムされる、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記第２鎖合成は、複数のランダムプライマーを使用してランダムにプライムされる、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３３）
前記複数のランダムプライマーは、６塩基長〜１５塩基長の間である、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記核酸分子はｍＲＮＡを含む、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３５）
前記核酸分子は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはこれらの混合物を含むサンプルから得られる、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
前記サンプルは、Ｔ細胞悪性腫瘍またはＢ細胞悪性腫瘍を有するかまたは有すると疑われる被験体から得られる、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記Ｔ細胞悪性腫瘍または前記Ｂ細胞悪性腫瘍は、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性リン
パ芽球性白血病、および慢性リンパ性白血病からなる群より選択される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記サンプルは、移植を受けた被験体または移植を受ける予定の被験体から得られる、項目３５〜３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目３９）
前記サンプルは、処置に対する免疫応答が評価されている最中である被験体から得られる、項目３５〜３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目４０）
前記サンプルは、白血球悪性腫瘍を有するか、または有すると疑われる被験体から得られる、項目３５〜３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記被験体はヒトである、項目３６〜４０のいずれか１項に記載の方法。
（項目４２）
前記被験体は脊索動物である、項目３６〜４０のいずれか１項に記載の方法。
（項目４３）
前記核酸分子は、白血球を含むサンプルから得られる、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４４）
前記標的ヌクレオチド配列は、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）遺伝子またはＢ細胞レセプター（ＢＣＲ）遺伝子の一部に相当するヌクレオチド配列を含む、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記捕捉部分改変プライマーは、免疫レセプター遺伝子または免疫グロブリン遺伝子に相補的であるヌクレオチド配列を含む、前述の項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４６）
前記捕捉部分改変プライマーは、相補性決定領域３（ＣＤＲ３）の下流にある定常領域に特異的にアニールする、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記標的特異的プライマーは、ＣＤＲ３の下流にある定常領域またはＪセグメントに特異的にアニールする、項目４５または４６に記載の方法。
（項目４８）
前記標的特異的プライマーは、定常領域とＪセグメントとの間に形成されるエキソン−エキソン接合部に特異的にアニールし、ここで該エキソン−エキソン接合部は、ＣＤＲ３の下流にある、項目４５または４６に記載の方法。
（項目４９）
前記第１のアダプタープライマーおよび前記第２のアダプタープライマーは同じである、項目２〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５０）
前記第１のアダプタープライマーおよび前記第２のアダプタープライマーは異なる、項目２〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５１）
前記第２のアダプタープライマーは、前記第１のアダプタープライマーに対してネスト化される、項目２〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５２）
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）既知の標的ヌクレオチド配列および未知の標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と、該既知の標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする捕捉部分改変プライマーとをハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程；
（ｂ）ハイブリダイズした捕捉部分改変プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｃ）該核酸分子のフラグメントによってプライムされかつ該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、捕捉部分を含む２本鎖核酸を生成する工程；
（ｄ）該２本鎖核酸を末端修復して、該捕捉部分を含む平滑末端化した２本鎖核酸を生成する工程；
（ｅ）アダプター核酸を該平滑末端化した２本鎖核酸にライゲーションして、ライゲーション生成物を生成する工程であって、ここで該ライゲーション生成物は、該アダプター核酸および該捕捉部分に隣接した該未知の標的ヌクレオチド配列を含む工程；
（ｆ）該ライゲーション生成物と該捕捉部分の固定化した結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程；
（ｇ）該既知の標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該ライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該標的特異的プライマーは、該既知の標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程；
（ｈ）該標的特異的プライマーの５’テール部分の相補的配列に特異的にアニールするテールプライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第２のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｇ）の増幅生成物を増幅する工程；ならびに
（ｉ）工程（ｈ）の増幅生成物を洗浄する工程、
を包含する方法。
（項目５３）
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする第１の標的特異的プライマーとをハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程；
（ｂ）ハイブリダイズした第１の標的特異的プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｃ）該核酸分子のハイブリダイズしたフラグメントによってプライムされかつ該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、２本鎖核酸を生成する工程；
（ｄ）アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションして、ライゲーション生成物を生成する工程；
（ｅ）該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む第２の標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該ライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該第２の標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程；ならびに
（ｆ）該第２の標的特異的プライマーの５’テール部分の相補的配列に特異的にアニールする３’部分を含むテールプライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第２のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｅ）の増幅生成物を増幅する工程であって、ここで該テールプライマーは、該第２の標的特異的プライマーの相補的配列に特異的にアニールしない５’部分を含む工程、
を包含する方法。
（項目５４）
前記第１の標的特異的プライマーは、捕捉部分を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
工程（ｄ）の後でかつ工程（ｅ）の前に、前記ライゲーション生成物と該捕捉部分の結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程をさらに包含する、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記第１鎖合成反応は、捕捉部分改変ヌクレオチドの少なくとも１つのタイプを使用して行われ、該第１鎖合成反応の生成物は、少なくとも１つの捕捉部分を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５７）
工程（ｄ）の後でかつ工程（ｅ）の前に、前記ライゲーション生成物と前記少なくとも１つの捕捉部分の固定化された結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程をさらに包含する、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
工程（ｃ）の後でかつ工程（ｄ）の前に、前記２本鎖核酸と前記少なくとも１つの捕捉部分の固定化された結合パートナーとを接触させることによって、該２本鎖核酸を捕捉する工程をさらに包含する、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
サンプル中の免疫レパートリーを決定する方法であって、該方法は、
（ａ）免疫レセプターおよび免疫グロブリンのうちの少なくとも一方をコードする核酸分子を含むサンプルを得る工程；
（ｂ）該サンプルからの該核酸分子と該核酸分子の標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする第１の標的特異的プライマーとをハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程；
（ｃ）ハイブリダイズした第１の標的特異的プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｄ）該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、２本鎖核酸を生成する工程；
（ｅ）アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションして、ライゲーション生成物を生成する工程；
（ｆ）該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む第２の標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該ライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該第２の標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程；
（ｇ）該第２の標的特異的プライマーの５’テール部分の相補的配列に特異的にアニールする３’部分を含むテールプライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第２のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｆ）の増幅生成物を増幅する工程であって、ここで該テールプライマーは、該第２の標的特異的プライマーの相補的配列に特異的にアニールしない５’部分を含む工程；ならびに
（ｈ）第１のおよび第２のシーケンシングプライマーを使用して、工程（ｇ）の増幅生成物をシーケンシングする工程、
を包含する方法。
（項目６０）
前記免疫レセプターはＴＣＲを含み、前記免疫グロブリンはＢＣＲを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記標的ヌクレオチド配列は、遺伝的に組み換えた配列に相当する、項目５９に記載の方法。
（項目６２）
前記サンプルは、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはこれらの混合物を含む、項目５９に記載の方法。
（項目６３）
前記サンプルは被験体から得られる、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記被験体はヒトである、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする第１の標的特異的プライマーとを、プライマーがハイブリダイズした核酸分子を生成する条件下で接触させる工程；
（ｂ）該プライマーがハイブリダイズした核酸分子と、該核酸分子に相補的である第１鎖へと組み込むための複数のタイプのヌクレオチドとを接触させる工程であって、ここで該複数のタイプのヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、捕捉部分を含む工程；
（ｃ）該プライマーがハイブリダイズした核酸分子の該第１の標的特異的プライマーによってプライムされかつ該プライマーがハイブリダイズした核酸分子の該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程であって、ここで該第１鎖合成反応の生成物は、少なくとも１つの捕捉部分を含む工程；
（ｄ）該核酸分子のフラグメントによってプライムされかつ該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、該少なくとも１つの捕捉部分を含む２本鎖核酸を生成する工程；
（ｅ）アダプター核酸を該２本鎖核酸にライゲーションして、該少なくとも１つの捕捉部分を含むライゲーション生成物を生成する工程；ならびに
（ｆ）該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分を含む第２の標的特異的プライマーおよび該アダプター核酸の相補的配列に特異的にアニールする第１のアダプタープライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該ライゲーション生成物を増幅する工程であって、ここで該第２の標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程、
を包含する方法。
（項目６６）
工程（ｅ）の後でかつ工程（ｆ）の前に、前記ライゲーション生成物と前記捕捉部分の固定化された結合パートナーとを接触させることによって、該ライゲーション生成物を捕捉する工程をさらに包含する、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
工程（ｄ）の後でかつ工程（ｅ）の前に、前記２本鎖核酸と前記捕捉部分の固定化された結合パートナーとを接触させることによって、該２本鎖核酸を捕捉する工程をさらに包含する、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
分析用の核酸を調製する方法であって、該方法は、
（ａ）標的ヌクレオチド配列を含む核酸分子と、ハイブリダイゼーション条件下で該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分および該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む捕捉部分改変プライマーとを、接触させる工程；
（ｂ）ハイブリダイズした捕捉部分改変プライマーによってプライムされかつ該核酸分子をテンプレートとして使用する第１鎖合成反応を行う工程；
（ｃ）該第１鎖合成反応の生成物と複数のランダムプライマーとを、ハイブリダイゼーション条件下で接触させる工程であって、ここで該複数のランダムプライマーの各々は、共通配列を含む非ランダム５’テール部分を含む工程；
（ｄ）該複数のランダムプライマーのうちの少なくとも１つによってプライムされかつ該第１鎖合成反応の生成物をテンプレートとして使用する第２鎖合成反応を行って、該捕捉部分を含む２本鎖核酸を生成する工程；
（ｅ）該２本鎖核酸と該捕捉部分の結合パートナーとを接触させることによって、該捕捉部分を含む２本鎖核酸を捕捉する工程；
（ｆ）第１のテールプライマーおよび該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする第１の標的特異的プライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、該２本鎖核酸を増幅する工程であって、ここで該第１のテールプライマーは、該共通配列の相補体に特異的にアニールする３’部分および該共通配列の相補体に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程；ならびに
（ｇ）第２の標的特異的プライマーおよび該第１のテールプライマーの５’テール部分の相補体に特異的にアニールする第２のテールプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって、工程（ｆ）の増幅生成物を増幅する工程であって、ここで該第２の標的特異的プライマーは、該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールする３’部分および該標的ヌクレオチド配列に特異的にアニールしない５’テール部分を含む工程、
を包含する方法。