【手続補正書】
【提出日】令和2年1月31日(2020.1.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象から得た試料を基体と接触させる工程であって、該基体が、第1の反射面と、該第1の反射面と実質的に平行な第2の反射面を提供する部分的に透明な層とを有し、該基体の表面が、該試料中に存在する循環細胞外小胞を該基体の第2の反射面に結合する1種または複数種の結合剤を含み、それによって細胞外小胞を単離する、工程;および
該基体の第2の反射面に結合した細胞外小胞を検出する工程
を含む、がん由来循環細胞外小胞を単離する方法。
【請求項２】
細胞外小胞がエキソソームである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
1種または複数種の結合剤が、循環細胞外小胞の表面上に発現している1種または複数種のグリピカンに特異的である、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
試料を1種または複数種の第2のマーカーと接触させる工程を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載方法。
【請求項５】
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-1、グリピカン-2、グリピカン-3、グリピカン-4、グリピカン-5、およびグリピカン-6からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項3または4記載の方法。
【請求項６】
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-1を含むかまたはグリピカン-1である、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-3を含むかまたはグリピカン-3である、請求項3〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
がんが腺がんを含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
がんが肺がんを含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
肺がんが非小細胞肺がんまたは小細胞肺がんを含む、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
がんが、食道がん、卵巣がん、結腸がん、膵臓がん、肺がん、乳がん、気管がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、直腸がん、皮膚がん、および前立腺がんからなる群より選択されるメンバーを含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記試料中の循環細胞外小胞のレベルを評価する工程をさらに含む、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体の第2の反射面または基体の第2の反射面の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞の数を評価する工程をさらに含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体の第2の反射面または基体の第2の反射面の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞の数に関連するパラメータの値を提供する工程を含む、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体の第2の反射面または基体の第2の反射面の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞のサイズを計測する工程をさらに含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
前記サイズが、基体の第2の反射面または基体の第2の反射面の予め決められた部分もしくは領域に結合した細胞外小胞の平均サイズである、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体の第2の反射面または基体の第2の反射面の予め決められた部分もしくは領域に結合した細胞外小胞の直径に関連するパラメータ(サイズパラメータ)の値を提供する工程を含む、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの値を参照値と比較する工程を含む、請求項1〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値との予め決められた関係性を満たす場合、前記試料および/または対象を分類する工程を含む、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きい場合、前記試料および/または対象を分類する工程を含む、請求項18または19記載の方法。
【請求項２１】
参照値が、予め選択された障害を有さない対象について計測された値である、請求項18〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
参照値が、予め選択された障害を有さない対象に由来する、存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の関数である、請求項18〜21のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きく、対象が、膵臓がんのリスクがあるか、または膵臓がんを有すると分類される、請求項18〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きい場合、前記試料および/または対象を分類する工程を含む、請求項18〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記試料が、以下:
a)予め選択されたがんの非存在;
b)予め選択されたがんの存在;
c)予め選択された組織の非がん性障害の存在;または
d)予め選択された組織の予め選択された前がん性病変部の存在
のいずれか1つまたは組み合わせを示すものであるとして分類される、請求項1〜24のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
対象が、以下:
a)予め選択されたがんを有さない;
b)予め選択されたがんを有する;
c)予め選択された組織の非がん性障害を有する;または
d)予め選択された組織の予め選択された前がん性病変部を有する
のいずれか1つまたは組み合わせの可能性が高いとして分類される、請求項1〜25のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
予め選択されたがんの進行または状態をモニタリングまたは評価する工程を含む、請求項1〜26のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が、予め選択されたがんの進行または状態と相関付けられる、請求項1〜27のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
評価、分類、または診断に応じて、対象の治療オプションを選択する工程を含む、請求項1〜28のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
がんについて対象を処置する工程を含む、請求項1〜29のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
1種または複数種の結合剤が、抗体分子、核酸、ポリペプチド、およびアプタマーからなる群より選択されるメンバーを含む、請求項1〜30のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
抗体分子が、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、およびその抗原結合断片からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
抗体分子が、がん細胞の表面に見出される抗原に特異的に結合する、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
基体の第2の反射面に結合する第1の結合剤が、循環細胞外小胞の表面にあるタンパク質に結合する前記1種または複数種の結合剤のうちの第2の結合剤と異なる、請求項33記載の方法。
【請求項３５】
循環細胞外小胞が膵臓がん細胞に由来する、請求項1〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
循環細胞外小胞が乳がん細胞に由来する、請求項1〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
前記試料が、血漿、血清、全血、唾液、脳脊髄液(CSF)、または尿を含む、請求項1〜36のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
前記試料が、分光反射率画像化システムを用いて評価される、請求項1〜37のいずれか一項記載の方法。
【請求項３９】
分光反射率画像化システムが、
前記第1の反射面と、前記第2の反射面を提供する部分的に透明な層とを有する前記基体;
第2の反射面に結合している、1種または複数種の結合剤を含む、バイオレイヤー;
照射光源;ならびに
基体の第2の反射面に向けられ、かつ第1の反射面によって反射された照射光源からの光と、第2の反射面によって反射された照射光源からの光と、第2の表面にある粒子による散乱光とを表す画像化信号を生成するように適合された、画像化装置
を備える、請求項38記載の方法。
【請求項４０】
第1の反射面がケイ素基体であり、部分的に透明な層が酸化ケイ素(SiO2)である、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
分光反射率画像化システムが、
画像化装置に接続され、かつ、画像化信号を受信してプログラム制御下でバイオレイヤーおよび/または第2の反射面にある粒子の画像を生成するように適合された、画像取得および画像処理システム
をさらに備える、請求項39または40記載の方法。
【請求項４２】
部分的に透明な層が、約10nm厚〜約100nm厚である、請求項39〜41のいずれか一項記載の方法。
【請求項４３】
部分的に透明な層が、約40nm厚〜約70nm厚である、請求項39〜42のいずれか一項記載の方法。
【請求項４４】
部分的に透明な層が、約60nm厚である、請求項39〜43のいずれか一項記載の方法。
【請求項４５】
第2の反射面に循環細胞外小胞を結合するための結合剤を、基体の第2の反射面に提供する工程;
1つまたは複数の波長の光を実質的に中心とする光を、第2の反射面に照射する工程;
前記画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;
基体の第2の反射面の分光反射率画像を生成する工程;および
画像上にある特徴を、第2の反射面にある別個の循環細胞外小胞と相関付ける工程
を含む、請求項39〜44のいずれか一項記載の方法。
【請求項４６】
部分的に透明な層が約60nm厚であり、狭い周波数帯域の1つが420nmである、請求項39〜45のいずれか一項記載の方法。
【請求項４７】
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、請求項39〜46のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、請求項39〜46のいずれか一項記載の方法。
【請求項４９】
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、請求項39〜48のいずれか一項記載の方法。
【請求項５０】
基体の第2の反射面に、標準的な明視野顕微鏡光学装置からの光源が照射され、反射光が接眼レンズに伝えられる、請求項39〜49のいずれか一項記載の方法。
【請求項５１】
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じ、画像化装置が単色カメラである、請求項39〜50のいずれか一項記載の方法。
【請求項５２】
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、請求項39〜51のいずれか一項記載の方法。
【請求項５３】
第2の反射面が、Siウェーハ上に層状に重ねられた約30〜100nmのSiO2にある任意の場所を含む、請求項39〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５４】
第2の反射面が、Siウェーハ上に層状に重ねられた約60nmのSiO2を含む、請求項39〜53のいずれか一項記載の方法。
【請求項５５】
第2の反射面に白色光が照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、請求項39〜54のいずれか一項記載の方法。
【請求項５６】
第2の反射面にRGB(赤色緑色青色)LEDが照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、請求項39〜55のいずれか一項記載の方法。
【請求項５７】
第2の反射面に広帯域光源が照射される、請求項39〜56のいずれか一項記載の方法。
【請求項５８】
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、請求項39〜57のいずれか一項記載の方法。
【請求項５９】
光が非干渉性である、請求項39〜58のいずれか一項記載の方法。
【請求項６０】
光の各波長が、別々の狭帯域光源によってまたは広帯域光源によって生じる、請求項39〜59のいずれか一項記載の方法。
【請求項６１】
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じる、請求項39〜60のいずれか一項記載の方法。
【請求項６２】
画像化装置が、単色CCDカメラ、CMOSセンサー、およびカラーカメラからなる群より選択されるメンバーを備える、請求項39〜61のいずれか一項記載の方法。
【請求項６３】
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、請求項62記載の方法。
【請求項６４】
粒子を検出する工程が、基体の第2の反射面上の粒子の結合を検出することを含む、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
基体の第2の反射面が、予め規定された粒子を結合する
ための結合剤を含み、溶液が、少なくとも1つの予め規定された粒子を含む、請求項64記載の方法。
【請求項６６】
循環細胞外小胞を結合するための結合剤が表面に配置されている基体であって、
第1の反射面および該第1の反射面と実質的に平行な第2の反射面を提供する部分的に透明な層；ならびに
該結合剤を含む、該第2の反射面に結合しているバイオレイヤー
を含む、基体。
【請求項６７】
前記結合剤に結合した循環細胞外小胞をさらに含む、請求項66記載の基体。
【請求項６８】
第1の反射面と、第2の反射面を提供する薄い部分的に透明な層とを有する基体;
循環細胞外小胞を結合するための1種または複数種の結合剤を含む、第2の反射面に結合しているバイオレイヤー;
1つの狭い周波数帯域の光を供給しかつその周波数帯域の光を基体の第2の反射面に向ける少なくとも1つの光源を備える、照射光源;ならびに
基体の第2の反射面に向けられ、かつ第1の反射面および第2の反射面によって反射された照射光源からの光を表す画像化信号を生成するように適合された、画像化装置
を備える、分光反射率画像化システム。
【請求項６９】
少なくとも1種または複数種の結合剤が、グリピカンに特異的である、請求項68記載の分光反射率画像化システム。
【請求項７０】
第1の反射面がケイ素基体であり、薄い部分的に透明な層が酸化ケイ素(SiO2)である、請求項68または69記載の分光反射率画像化システム。
【請求項７１】
画像化装置に接続され、かつ、画像化信号を受信してプログラム制御下で基体の第2の反射面にあるバイオレイヤーの画像を生成するように適合された、画像取得および画像処理システム
をさらに備える、請求項68〜70のいずれか一項記載の分光反射率画像化システム。
【請求項７２】
照射光源が白色光を発生させ、前記システムが、基体の第2の反射面に向けられる少なくとも3つの狭い周波数帯域のうちの1つの光線をそれぞれ発生させる少なくとも1つのフィルターを有する色相環をさらに備える、請求項68〜71のいずれか一項記載の分光反射率画像化システム。
【請求項７３】
がん細胞の表面に見出される抗原に特異的な1種または複数種の結合剤が表面に配置されている基体を備える、請求項68〜72のいずれか一項記載の分光反射率画像化システムによる分析のためのカセット。
【請求項７４】
循環細胞外小胞と基体との結合を検出するための方法であって、
該基体が、第1の反射面と、該第1の反射面と実質的に平行な第2の反射面を提供する部分的に透明な層とを有し、
方法が、
基体の第2の反射面に、基体の第2の反射面に結合している1種または複数種の結合剤を提供する工程;
1つまたは複数の波長を実質的に中心とする光を、第2の反射面に照射する工程;
画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;
基体の表面の画像を生成する工程;および
画像上にある特徴を、第2の反射面にある別個の循環細胞外小胞バイオマーカーと相関付ける工程
を含む、方法。
【請求項７５】
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、請求項74または75記載の方法。
【請求項７７】
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、請求項74〜76のいずれか一項記載の方法。
【請求項７８】
第2の反射面に、標準的な明視野顕微鏡光学装置からの光源が照射され、反射光が接眼レンズに伝えられる、請求項74〜77のいずれか一項記載の方法。
【請求項７９】
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じ、画像化装置が単色カメラである、請求項74〜78のいずれか一項記載の方法。
【請求項８０】
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、請求項79記載の方法。
【請求項８１】
部分的に透明な層が30〜100nmの範囲のSiO2にある任意の場所であり、第1の反射面がSiである、請求項74〜80のいずれか一項記載の方法。
【請求項８２】
部分的に透明な層が、Siウェーハ上の約60nmのSiO2である、請求項74〜81のいずれか一項記載の方法。
【請求項８３】
第2の反射面に白色光が照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、請求項74〜82のいずれか一項記載の方法。
【請求項８４】
第2の反射面にRGB(赤緑青)LEDが照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、請求項74〜83のいずれか一項記載の方法。
【請求項８５】
第2の反射面に広帯域光源が照射される、請求項74〜84のいずれか一項記載の方法。
【請求項８６】
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、請求項74〜85のいずれか一項記載の方法。
【請求項８７】
基体の表面にある粒子を検出するための方法であって、
該基体が、第1の反射面と、該第1の反射面と実質的に平行な第2の反射面を提供する部分的に透明な層とを有し、
方法が、
基体の第2の反射面に、結合剤を提供する工程;
エキソソームバイオマーカーを含む少なくとも1つの循環細胞外小胞を有する溶液を基体の第2の反射面と接触させる工程;
基体の第2の反射面に少なくとも1つの波長の光を照射する工程;
画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;および
基体の第2の反射面の画像を生成して、基体の表面にある細胞外循環小胞を検出する工程
を含む、方法。
【請求項８８】
結合剤が、1種または複数種のグリピカンに特異的な結合剤である、請求項87記載の方法。
【請求項８９】
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-1、グリピカン-2、グリピカン-3、グリピカン-4、グリピカン-5、およびグリピカン-6からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項88記載の方法。
【請求項９０】
基体の部分的に透明な層が、第1の反射面上に層状に重ねられたSiO2を含み、該第1の反射面がSi基体である、請求項87〜89のいずれか一項記載の方法。
【請求項９１】
光が非干渉性である、請求項87〜90のいずれか一項記載の方法。
【請求項９２】
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、請求項87〜91のいずれか一項記載の方法。
【請求項９３】
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じる、請求項92記載の方法。
【請求項９４】
光の各波長が白色光源によって生じる、請求項92記載の方法。
【請求項９５】
光の各波長が標準的な明視野顕微鏡光学装置によって生じ、反射光が接眼レンズに伝えられる、請求項92記載の方法。
【請求項９６】
画像化装置が単色CCDカメラまたはカラーカメラである、請求項87〜95のいずれか一項記載の方法。
【請求項９７】
カラーカメラが3-D CCDカメラである、請求項96記載の方法。
【請求項９８】
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、請求項87〜95のいずれか一項記載の方法。
【請求項９９】
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、請求項87〜98のいずれか一項記載の方法。
【請求項１００】
粒子を検出する工程が、基体の第2の反射面上でのエキソソームナノ粒子の結合を検出することを含む、請求項87〜99のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０１】
後続の照射ごとに増大する波長で光を基体に連続照射する工程を含む、請求項74〜100のいずれか一項記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７９】
本発明の一局面(例えば、方法)に関与する態様の要素は、本発明の他の局面が関与する態様において適用することができ、逆もまた同じである。
[本発明1001]
対象から得た試料を基体の表面と接触させる工程であって、該試料中に存在する循環細胞外小胞と基体の表面が(例えば吸着を介して、例えば1種または複数種の結合剤を介して)(例えば非共有結合により、例えば共有結合により)結合するように、基体の表面が、循環細胞外小胞の表面に発現している1種または複数種のグリピカンに特異的な1種または複数種の結合剤を任意で含み、それによって細胞外小胞を単離する、工程;および
基体の表面に結合した細胞外小胞を検出する工程
を含む、がん由来循環細胞外小胞(例えば、エキソソーム)を単離する方法。
[本発明1002]
対象から得た試料を基体の表面と接触させる工程であって、該試料中に存在する循環細胞外小胞と基体の表面が(例えば吸着を介して、例えば1種または複数種の結合剤を介して)(例えば非共有結合により、例えば共有結合により)結合するように、基体の表面が、循環細胞外小胞の表面に発現している1種または複数種のグリピカンに特異的な1種または複数種の結合剤の第1のセットを任意で含み、それによって細胞外小胞を単離する、工程;
(例えば、該試料中に存在する循環細胞外小胞と基体の表面が結合する前に)(例えば、該試料中に存在する循環細胞外小胞と基体の表面が結合した後に)該試料を1種または複数種の結合剤の第2のセットと接触させる工程;
基体の表面に結合した細胞外小胞を検出する工程
を含む、循環細胞外小胞(例えば、がん由来循環細胞外小胞)(例えば、エキソソーム)を単離する方法。
[本発明1003]
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-1、グリピカン-2、グリピカン-3、グリピカン-4、グリピカン-5、およびグリピカン-6からなる群より選択されるメンバーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-1を含むかまたはグリピカン-1である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1005]
1種または複数種のグリピカンが、グリピカン-3を含むかまたはグリピカン-3である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1006]
がんが腺がんを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1007]
がんが肺がんを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1008]
肺がんが非小細胞肺がんまたは小細胞肺がんを含む、本発明1007の方法。
[本発明1009]
がんが、食道がん、卵巣がん、結腸がん、膵臓がん、肺がん、乳がん、気管がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、直腸がん、皮膚がん、および前立腺がんからなる群より選択されるメンバーを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1010]
前記試料中の循環細胞外小胞のレベル(例えば量、例えば数、例えば濃度)を評価する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1011]
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体または基体の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞の数を評価する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1012]
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体または基体の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞の数に関連するパラメータ(例えば存在量パラメータ)の値を提供する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体または基体の予め決められた部分もしくは領域に結合した循環細胞外小胞のサイズ(例えば直径、例えば体積)を計測する工程をさらに含む(例えば直径が、約10nm〜約3100nm、例えば約50nm〜約2000nm、例えば約50nm〜約1000nm、例えば約20nm〜約300nm、例えば約30nm〜約100nm、例えば約50nm〜約200nm、例えば約200nm〜約3000nmである)、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記サイズが、基体または基体の予め決められた部分もしくは領域に結合した細胞外小胞の平均サイズである、本発明1013の方法。
[本発明1015]
前記試料中に存在するかまたは前記試料が得られた対象に存在する、基体または基体の予め決められた部分もしくは領域に結合した細胞外小胞の直径に関連するパラメータ(サイズパラメータ)の値を提供する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1016]
存在量パラメータ、サイズパラメータ(例えば直径パラメータ、例えば体積パラメータ)、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの値を参照値と比較する(例えばそれによって試料を評価する、例えばそれによって試料を特徴付ける、例えばそれによって対象を診断する)工程を含む、本発明1001〜1015のいずれかの方法。
[本発明1017]
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値との予め決められた関係性を満たす場合、前記試料または対象を分類する、本発明1016の方法。
[本発明1018]
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きい場合、前記試料または対象を分類する、例えば、がんのリスクがあるかまたはがんを有するとして対象を分類する、本発明1016または1017の方法。
[本発明1019]
参照値が、予め選択された障害、例えばがんを有さない対象について計測された値である、本発明1016〜1018のいずれかの方法。
[本発明1020]
参照値が、予め選択された障害、例えばがんを有さない対象に由来する、存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の関数である、本発明1016〜1019のいずれかの方法。
[本発明1021]
存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きく、対象が、膵臓がん、例えば膵臓腺がんのリスクがあるか、または膵臓がん、例えば膵臓腺がんを有すると分類される、本発明1016〜1020のいずれかの方法。
[本発明1022]
存在量パラメータ、直径パラメータ、または直径と存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が参照値より大きい場合、前記試料または対象を分類する、例えばがんのリスクがあるかまたはがんを有するとして対象を分類する、本発明1016〜1020のいずれかの方法。
[本発明1023]
前記試料が、以下:
a)予め選択されたがん(例えば膵臓がん、例えば膵臓腺がん、例えば乳がん、例えば肺がん、例えば結腸がん、例えばグリア芽細胞腫、例えば卵巣がん)の非存在;
b)予め選択されたがんの存在;
c)予め選択された組織(例えば膵臓、例えば肺、例えば結腸、例えば乳房、例えば脳、例えば卵巣)の非がん性障害の存在;または
d)予め選択された組織の予め選択された前がん性病変部の存在
のいずれか1つまたは組み合わせを示すものであるとして分類される、本発明1001〜1022のいずれかの方法。
[本発明1024]
対象が、以下:
a)予め選択されたがんを有さない;
b)予め選択されたがんを有する;
c)予め選択された組織の非がん性障害を有する;または
d)予め選択された組織の予め選択された前がん性病変部を有する
のいずれか1つまたは組み合わせの可能性が高いとして分類される、本発明1001〜1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
予め選択されたがんの進行または状態をモニタリングまたは評価する工程を含む、本発明1001〜1024のいずれかの方法。
[本発明1026]
存在量パラメータ、サイズパラメータ、またはサイズと存在量の両方に関連するパラメータの1つまたは複数の値が、予め選択されたがんの進行または状態と相関付けられる、本発明1001〜1025のいずれかの方法。
[本発明1027]
評価、分類、または診断に応じて、対象の治療オプションを選択する工程を含む、本発明1001〜1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
例えばがん(例えばがんが、食道がん、卵巣がん、結腸がん、膵臓がん、肺がん、乳がん、気管がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、直腸がん、皮膚がん、および前立腺がんからなる群より選択されるメンバーを含む)について対象を処置する工程を含む、本発明1001〜1027のいずれかの方法。
[本発明1029]
1種または複数種の結合剤が、抗体分子、核酸、ポリペプチド、およびアプタマーからなる群より選択されるメンバーを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1030]
抗体分子が、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、およびその抗原結合断片からなる群より選択されるメンバーを含む(例えば、1種または複数種の結合剤が、げっ歯類、ウサギ、マウス、またはラットの抗ヒト抗体またはその結合断片を含む)、本発明1029の方法。
[本発明1031]
抗体分子が、がん細胞の表面に見出される抗原(例えば、グリピカン(例えば、グリピカンが、グリピカン-1、グリピカン-2、グリピカン-3、グリピカン-4、グリピカン-5、およびグリピカン-6からなる群より選択されるメンバーを含む))に特異的に結合する(例えば、抗体分子がグリピカンの細胞外部分に特異的に結合する)、本発明1030の方法。
[本発明1032]
基体の表面に結合する第1の結合剤(例えば、グリピカン-1の細胞外部分に結合する第1の結合剤、例えば、グリピカン-3の細胞外部分を基体の表面に結合させる結合剤)が、循環細胞外小胞の表面にあるタンパク質に結合する(例えば、グリピカン-3の細胞外部分に結合する、例えば、グリピカン-1の細胞外部分に結合する)第2の結合剤と異なる(例えば、該タンパク質が、CD63、CD81、CD9、フロチリン-1、マンノース結合レクチン、およびレクチンからなる群より選択されるメンバーを含む)(例えば、第2の結合剤ががん特異的または疾患特異的である)(例えば、第2の結合剤が、基体の表面に結合する前に循環細胞外小胞に結合する)(例えば、第2の結合剤に標識(例えばナノ粒子、例えばフルオロフォア)が付加されている)、本発明1031の方法。
[本発明1033]
循環細胞外小胞が膵臓がん細胞に由来する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1034]
循環細胞外小胞が乳がん細胞に由来する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1035]
体液が、血漿、血清、全血、唾液、脳脊髄液(CSF)、または尿を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記試料が、反射率画像化システム、例えば本明細書に記載の画像化システムを用いて評価される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1037]
分光反射率画像化システムが、
第1の反射面と、第2の反射面を提供する部分的に透明な層とを有する基体;
第2の反射面に結合している、1種または複数種の結合剤の第1のセットを含む、バイオレイヤー;
照射光源、例えば、狭い周波数帯域の光を供給する少なくとも1つの光源を備えかつ該周波数帯域の光を基体に向ける照射光源(例えば、狭い周波数帯域の1つが、約300nm〜約800nm、例えば約400nm〜約600nm、例えば約405nm〜約455nmの範囲の、例えば約420nmの波長を含む);ならびに
基体の第2の反射面に向けられ、かつ第1の反射面によって反射された照射光源からの光と、第2の反射面によって反射された照射光源からの光と、第2の表面にある粒子による散乱光とを表す画像化信号を生成するように適合された、画像化装置
を備える、本発明1036の方法。
[本発明1038]
第1の反射面がケイ素基体であり、透明な層が酸化ケイ素(SiO2)である、本発明1037の方法。
[本発明1039]
分光反射率画像化システムが、
画像化装置に接続され、かつ、画像化信号を受信してプログラム制御下でバイオレイヤーおよび/または第2の反射面にある粒子の画像を生成するように適合された、画像取得および画像処理システム
をさらに備える、本発明1037または1038の方法。
[本発明1040]
透明な層が、約10nm厚〜約100nm厚、例えば約40nm厚〜約70nm厚、例えば約60ナノメートル厚である、本発明1037〜1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
循環細胞外小胞(例えば、グリピカンを含むエキソソーム)を結合するために、基体の第1の鏡面反射境界面に結合剤を提供する工程;
第1の鏡面反射境界面に実質的に平行でありかつ第1の鏡面反射境界面の下に置かれた第2の鏡面反射境界面を提供する工程;
1つまたは複数の波長の光を実質的に中心とする光を、前記表面に照射する工程;
画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;
基体の表面の分光反射率画像を生成する工程;および
画像上にある特徴(例えば、循環細胞外小胞の直径)を、該表面にある別個の循環細胞外小胞と相関付ける(例えば、それによって別個の循環細胞外小胞それぞれのサイズを評価する)工程
を含む、本発明1037〜1040のいずれかの方法。
[本発明1042]
透明な層が約60nm厚であり、狭い周波数帯域の1つが420nmである(例えば、基体を水溶液に浸漬している間に画像化が行われる、例えば、基体を乾燥させた後に画像化が行われる)、本発明1037〜1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、本発明1037〜1042のいずれかの方法。
[本発明1044]
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、本発明1037〜1042のいずれかの方法。
[本発明1045]
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、本発明1037〜1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記表面に、標準的な明視野顕微鏡光学装置からの光源が照射され、反射光が接眼レンズに伝えられる、本発明1037〜1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じ、画像化装置が単色カメラである、本発明1037〜1046のいずれかの方法。
[本発明1048]
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、本発明1037〜1047のいずれかの方法。
[本発明1049]
層状の基体が、Siウェーハ上に層状に重ねられた約30〜100nm(例えば、約60nm)のSiO2にある任意の場所を含む、本発明1037〜1048のいずれかの方法。
[本発明1050]
前記表面に白色光が照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、本発明1037〜1049のいずれかの方法。
[本発明1051]
前記表面にRGB(赤色緑色青色)LEDが照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、本発明1037〜1050のいずれかの方法。
[本発明1052]
前記表面に広帯域光源が照射される、本発明1037〜1051のいずれかの方法。
[本発明1053]
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、本発明1037〜1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
光が非干渉性である、本発明1037〜1053のいずれかの方法。
[本発明1055]
光の各波長が、別々の狭帯域光源によってまたは広帯域光源によって生じる、本発明1037〜1054のいずれかの方法。
[本発明1056]
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じる、本発明1037〜1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
画像化装置が、単色CCDカメラ、CMOSセンサー、およびカラーカメラからなる群より選択されるメンバーを備える、本発明1037〜1056のいずれかの方法。
[本発明1058]
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、本発明1057の方法。
[本発明1059]
粒子を検出する工程が、層状の基体の表面上の粒子の結合を検出することを含む、本発明1058の方法。
[本発明1060]
層状の表面の表面が、予め規定された粒子を結合するための結合剤を含み、溶液が、少なくとも1つの予め規定された粒子を含む、本発明1059の方法。
[本発明1061]
本明細書に記載の結合剤、例えばグリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6)に特異的な結合剤、例えば抗体分子
が表面に配置されている基体、例えば本明細書に記載の基体。
[本発明1062]
前記結合剤に結合した循環細胞外小胞(例えば、エキソソーム)をさらに含む、本発明1061の基体。
[本発明1063]
第1の反射面と、第2の反射面を提供する薄い半透明層とを有する基体;
グリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6)に特異的な1種または複数種の結合剤を含む、第2の反射面に結合しているバイオレイヤー;
1つの狭い周波数帯域の光を供給しかつその周波数帯域の光を基体に向ける少なくとも1つの光源を備える、照射光源;ならびに
基体の第2の反射面に向けられ、かつ第1の反射面および第2の反射面によって反射された照射光源からの光を表す画像化信号を生成するように適合された、画像化装置
を備える、分光反射率画像化システム。
[本発明1064]
第1の反射面がケイ素基体であり、半透明層が酸化ケイ素(SiO2)である、本発明1063の分光反射率画像化システム。
[本発明1065]
画像化装置に接続され、かつ、画像化信号を受信してプログラム制御下で第2の反射面にあるバイオレイヤーの画像を生成するように適合された、画像取得および画像処理システム
をさらに備える、本発明1063または1064の分光反射率画像化システム。
[本発明1066]
照射光源が白色光を発生させ、前記システムが、基体に向けられる少なくとも3つの狭い周波数帯域のうちの1つの光線をそれぞれ発生させる少なくとも1つのフィルターを有する色相環をさらに備える、本発明1063〜1065のいずれかの分光反射率画像化システム。
[本発明1067]
がん細胞の表面に見出される抗原(例えばグリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6))に特異的な結合剤(例えば、抗体分子)が表面に配置されている基体(例えば、本明細書に記載の基体)を備える、本発明1063〜1066のいずれかの分光反射率画像化システムによる分析のためのカセット。
[本発明1068]
循環細胞外小胞(例えば、エキソソーム)と基体の表面との結合を検出するための方法であって、
基体の第1の鏡面反射境界面に、1種または複数種の結合剤(例えばグリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6)に特異的な結合剤)を提供する工程;
第1の鏡面反射境界面に実質的に平行でありかつ第1の鏡面反射境界面の下に置かれた第2の鏡面反射境界面を提供する工程;
1つまたは複数の波長を実質的に中心とする光を、該表面に照射する工程;
画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;
基体の表面の画像を生成する工程;および
画像上にある特徴を、該表面にある別個の循環細胞外小胞バイオマーカー(グリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6))と相関付ける工程
を含む、方法。
[本発明1069]
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、本発明1068の方法。
[本発明1070]
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、本発明1068または1069の方法。
[本発明1071]
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、本発明1068〜1070のいずれかの方法。
[本発明1072]
前記表面に、標準的な明視野顕微鏡光学装置からの光源が照射され、反射光が接眼レンズに伝えられる、本発明1068〜1071のいずれかの方法。
[本発明1073]
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じ、画像化装置が単色カメラである、本発明1068〜1072のいずれかの方法。
[本発明1074]
画像化装置が単色CCDまたはCMOSカメラである、本発明1073の方法。
[本発明1075]
層状の基体が、Siウェーハ上に層状に重ねられた30〜100nmの範囲(例えば、60nm)のSiO2にある任意の場所を含む、本発明1068〜1074のいずれかの方法。
[本発明1076]
前記表面に白色光が照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、本発明1068〜1075のいずれかの方法。
[本発明1077]
前記表面にRGB(赤緑青)LEDが照射され、画像化装置がカラーカメラを備える、本発明1068〜1076のいずれかの方法。
[本発明1078]
前記表面に広帯域光源が照射される、本発明1068〜1077のいずれかの方法。
[本発明1079]
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、本発明1068〜1078のいずれかの方法。
[本発明1080]
層状の基体の表面にある粒子を検出するための方法であって、
層状の基体の表面に、結合剤、例えばグリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6)に特異的な結合剤を提供する工程;
エキソソームバイオマーカー(グリピカン(例えばグリピカン-1、例えばグリピカン-2、例えばグリピカン-3、例えばグリピカン-4、例えばグリピカン-5、例えばグリピカン-6))を含む少なくとも1つの循環細胞外小胞を有する溶液を基体の表面と接触させる工程;
該表面に少なくとも1つの波長の光を照射する工程;
画像化装置を用いて、基体から反射または透過された光を画像化する工程;および
基体の表面の画像を生成して、層状の基体の表面にある細胞外循環小胞(例えば、エキソソーム)を検出する工程
を含む、方法。
[本発明1081]
層状の基体が、Si基体上に層状に重ねられたSiO2を含む、本発明1080の方法。
[本発明1082]
光が非干渉性である、本発明1080または1081の方法。
[本発明1083]
光の各波長が別々の狭帯域光源によって生じる、本発明1081〜1082のいずれかの方法。
[本発明1084]
光の各波長が、異なる発光ピーク波長をそれぞれ有する別々の発光ダイオード(LED)によって生じる、本発明1083の方法。
[本発明1085]
光の各波長が白色光源によって生じる、本発明1083の方法。
[本発明1086]
光の各波長が標準的な明視野顕微鏡光学装置によって生じ、反射光が接眼レンズに伝えられる、本発明1083の方法。
[本発明1087]
画像化装置が単色CCDカメラまたはカラーカメラである、本発明1081〜1086のいずれかの方法。
[本発明1088]
カラーカメラが3-D CCDカメラである、本発明1087の方法。
[本発明1089]
画像化装置が、開口数が大きな高倍率対物レンズを有するカメラを備える、本発明1081〜1086のいずれかの方法。
[本発明1090]
カメラが、カメラの光軸上に空間フィルターをさらに備える、本発明1081〜1089のいずれかの方法。
[本発明1091]
粒子を検出する工程が、層状の基体の表面上でのエキソソームナノ粒子の結合を検出することを含む、本発明1081〜1090のいずれかの方法。
[本発明1092]
後続の照射ごとに増大する波長で光を基体に連続照射する工程を含む(例えば、複数の波長のうち後続のそれぞれの照射波長が、前回照射された波長より長い波長である)(例えば複数の波長がそれぞれ、約500nm〜約750nm、例えば約525nm〜約700nmの範囲内である)(例えば複数の波長のうちの第1の波長が約420nmであり、例えば複数の波長のうちの第2の波長が約535nmである)、本発明1068〜1091のいずれかの方法。