【手続補正書】
【提出日】令和2年3月30日(2020.3.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるがんの処置において使用するための医薬組成物であって、
（ｉ）組換えもしくは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチド、または前記組換えネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（ｉｉ）薬学的に許容される賦形剤
を含み、前記ネオ抗原性ペプチドが、フレームシフトによってコードされる１つまたは複数の連続した変異アミノ酸を含む腫瘍特異的ネオエピトープを含み、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、前記対象のがん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされ、または前記対象のがん細胞によって発現され、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、前記対象の非がん細胞によって発現されず、または前記非がん細胞のＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされず、
前記ネオ抗原性ペプチドが、長さ８〜１００アミノ酸であり；
（ａ）前記対象が、ＨＬＡ  Ｂ０７：０２対立遺伝子によってコードされるＭＨＣを発現し、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＥＰＨＬＡＬＱＰＬまたはＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬである；
（ｂ）前記対象が、ＨＬＡ  Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされるＭＨＣを発現し、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＥＰＨＬＡＬＱＰＬ、ＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦ、ＩＭＫＰＫＲＤＧＹＭ、ＬＨＦＣＲＳＳＩＭ、ＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬまたはＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩである；
（ｃ）前記対象が、ＨＬＡ  Ａ２４：０２対立遺伝子によってコードされるＭＨＣを発現し、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＭＦＬＫＡＥＳＫＩまたはＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩである；
（ｄ）前記対象が、ＨＬＡ  Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされるＭＨＣを発現し、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＶＬＰＥＰＨＬＡＬである；かつ／または
（ｅ）前記対象が、ＨＬＡ  Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＭＨＣを発現し、前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＶＬＷＴＴＰＰＬＱＨである、
医薬組成物。
【請求項２】
前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
少なくとも２つの異なるネオ抗原性ペプチドを含み、前記少なくとも２つの異なるネオ抗原性ペプチドの各々の前記腫瘍特異的ネオエピトープをコードする遺伝子がＧＡＴＡ３である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＶＬＷＴＴＰＰＬＱＨ（配列番号１４３０）の配列を有し、前記対象がＡ０３：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＥＰＨＬＡＬＱＰＬ（配列番号５２９）の配列を有し、前記対象がＢ０７：０２またはＢ０８：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項６】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦ（配列番号５３６）の配列を有し、前記対象がＢ０８：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＩＭＫＰＫＲＤＧＹＭ（配列番号５５０）の配列を有し、前記対象がＢ０８：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＬＨＦＣＲＳＳＩＭ（配列番号５５６）の配列を有し、前記対象がＢ０８：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬ（配列番号５６７）の配列を有し、前記対象がＢ０７：０２またはＢ０８：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＭＦＬＫＡＥＳＫＩ（配列番号５６８）の配列を有し、前記対象がＡ２４：０２  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＶＬＰＥＰＨＬＡＬ（配列番号５９４）の配列を有し、前記対象がＡ０２：０１  ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記腫瘍特異的ネオエピトープがＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩ（配列番号５９８）の配列を有し、前記対象がＡ２４：０２またはＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子を発現する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記腫瘍特異的ネオエピトープが、ＡＰＳＥＳＰＣＳＰＦ（配列番号１４３１）、ＣＰＬＤＨＴＴＰＰＡ（配列番号１４３２）、ＦＬＱＥＱＹＨＥＡ（配列番号１４３３）、ＲＬＡＦＬＱＥＱＹＨ（配列番号１４３４）、ＳＰＣＳＰＦＲＬＡＦ（配列番号１４３５）またはＳＰＰＷＶＲＡＬＬ（配列番号１４３６）の配列を有する、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記がんが乳がんである、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記乳がんが、転移性乳がん、乳房侵襲性癌、乳房の管腔ＮＳ癌、ＨＥＲ２陽性乳がんおよびＭＳＩ＋乳がんからなる群から選択される、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
アジュバントをさらに含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
レトロゾールをさらに含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
フルベストラントをさらに含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
前記組換えネオ抗原性ペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドがＤＮＡである、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
前記組換えネオ抗原性ペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドがメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
前記組換えネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含む、請求項１８〜２１に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
前記ポリヌクレオチドが、前記ネオ抗原性ペプチドのコード領域の外側に免疫調節性配列をさらに含む、請求項１８〜２２に記載の医薬組成物。
【請求項２４】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドが、１０残基よりも多いアミノ酸を含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２５】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドが、全伸長物において疾患特異的アミノ酸を含む、請求項２４に記載の医薬組成物。
【請求項２６】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドが、内在的にプロセシングされる、請求項２５に記載の医薬組成物。
【請求項２７】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチド配列が、前記ポリペプチドの生化学的特性を改善するための１つまたは複数の変化を含む、請求項２５に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドが、前記ペプチドの効率的なプロテアソームプロセシングの可能性を改善するための１つまたは複数の変化を含む、請求項２７に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記組換えまたは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドがコンジュゲートされる、請求項２７に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
複数の組換えもしくは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチド、またはその複数の組換えもしくは合成ＨＬＡ一致ネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８５】
参照による組み込み
本明細書において述べるすべての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願それぞれが具体的におよび個別に参照により組み込まれると示されたのと同様に、すべての目的についてそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。例えば、本明細書において述べられるすべての刊行物および特許は、本明細書に記載される方法、キットおよび組成物と関連して使用され得る、刊行物において記載されるキット、組成物および方法を記載するおよび開示する目的のためにそれら全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書において考察される文書は、本出願の出願日に先行するそれらの開示についてだけ提供される。本明細書の記載は、先行する発明により、またはいかなる他の理由のためにも本明細書に記載される本発明者らがそのような開示に先行して権利を与えられないことの承認として解釈されるものではない。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各ＡおよびＣは、前記天然ポリペプチドに対応するアミノ酸を表し、
ｙは少なくとも１であり、Ｂは前記天然ポリペプチドのアミノ酸置換または挿入を表し、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、
前記少なくとも８個の連続したアミノ酸がＢｙを含み、
前記天然ポリペプチドが：
（ａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６６】
2019513373.tif 000001
であるＡＢＬ１；
（ｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６７】
2019513373.tif 000002
であるＡＬＫ；
（ｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６８】
2019513373.tif 000003
であるＢＲＡＦ；
（ｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６９】
2019513373.tif 000004
であるＢＴＫ；
（ｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７０】
2019513373.tif 000005
であるＥＥＦ１Ｂ２；
（ｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７１】
2019513373.tif 000006
であるＥＧＦＲ；
（ｇ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７２】
2019513373.tif 000007
であるＥＲＢＢ３；
（ｈ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７３】
2019513373.tif 000008
であるＥＳＲ１；
（ｉ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７４】
2019513373.tif 000009
であるＦＧＦＲ３；
（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７５】
2019513373.tif 000010
であるＦＲＧ１Ｂ；
（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７６】
2019513373.tif 000011
であるＨＥＲ２；
（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７７】
2019513373.tif 000012
であるＩＤＨ１；
（ｍ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７８】
2019513373.tif 000013
であるＫＩＴ；
（ｎ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７９】
2019513373.tif 000014
であるＭＥＫ；
（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８０】
2019513373.tif 000015
であるＭＹＣ；
（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８１】
2019513373.tif 000016
であるＰＤＧＦＲａ；
（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８２】
2019513373.tif 000017
であるＰＩＫ３ＣＡ；
（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８３】
2019513373.tif 000018
であるＰＯＬＥ；
（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８４】
2019513373.tif 000019
であるＰＴＥＮ；
（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８５】
2019513373.tif 000020
であるＲＡＣ１；および
（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８６】
2019513373.tif 000021
であるＴＰ５３
からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２）
前記天然ポリペプチドが前記ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ３またはＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、少なくとも１つのＢｙが細胞外で発現される、項目１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３）
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、前記天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
Ｂｙは、存在せず；
各Ｃは、前記天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり；
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり；
前記少なくとも８個の連続したアミノ酸が少なくとも１つのＣｚを含み；
前記天然ポリペプチドが：
（ａ）Ｃｚが
【化１８７】
2019513373.tif 000022
であるＡＰＣ；
（ｂ）Ｃｚが
【化１８８】
2019513373.tif 000023
であるＡＲＩＤ１Ａ；
（ｃ）Ｃｚが
【化１８９】
2019513373.tif 000024
であるβ２Ｍ；
（ｄ）Ｃｚが
【化１９０】
2019513373.tif 000025
であるＣＤＨ１；
（ｅ）Ｃｚが
【化１９１】
2019513373.tif 000026
であるＧＡＴＡ３；
（ｆ）Ｃｚが
【化１９２】
2019513373.tif 000027
であるＭＬＬ２；
（ｇ）Ｃｚが
【化１９３】
2019513373.tif 000028
であるＰＴＥＮ；
（ｈ）Ｃｚが
【化１９４】
2019513373.tif 000029
であるＴＰ５３；
（ｉ）Ｃｚが
【化１９５】
2019513373.tif 000030
であるＶＨＬ；
（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９６】
2019513373.tif 000031
であるＡＣＶＲ２Ａ；
（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９７】
2019513373.tif 000032
であるＣ１５ＯＲＦ４０；
（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９８】
2019513373.tif 000033
であるＣＮＯＴ１；
（ｍ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化１９９】
2019513373.tif 000034
であるＥＩＦ２Ｂ３；
（ｎ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化２００】
2019513373.tif 000035
であるＥＰＨＢ２；
（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０１】
2019513373.tif 000036
であるＥＳＲＰ１；
（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０２】
2019513373.tif 000037
であるＦＡＭ１１Ｂ；
（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０３】
2019513373.tif 000038
であるＧＢＰ３；
（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０４】
2019513373.tif 000039
であるＪＡＫ１；
（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０５】
2019513373.tif 000040
であるＬＭＡＮ１；
（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０６】
2019513373.tif 000041
であるＭＳＨ３；
（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０７】
2019513373.tif 000042
であるＮＤＵＦＣ２；
（ｖ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０８】
2019513373.tif 000043
であるＲＢＭ２７；
（ｗ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０９】
2019513373.tif 000044
であるＲＰＬ２２；
（ｘ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１０】
2019513373.tif 000045
であるＳＥＣ３１Ａ；
（ｙ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１１】
2019513373.tif 000046
であるＳＥＣ６３；
（ｚ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１２】
2019513373.tif 000047
であるＳＬＣ３５Ｆ５；
（ａａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１３】
2019513373.tif 000048
であるＳＭＡＰ１；
（ｂｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１４】
2019513373.tif 000049
であるＴＦＡＭ；
（ｃｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１５】
2019513373.tif 000050
であるＴＧＦＢＲ２；
（ｄｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１６】
2019513373.tif 000051
であるＴＨＡＰ５；
（ｅｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１７】
2019513373.tif 000052
であるＴＴＫ；および
（ｆｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１８】
2019513373.tif 000053
であるＸＰＯＴ
からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４）
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
各Ｃは、第２の天然ポリペプチドまたは前記第１の天然ポリペプチドの潜在性エクソンもしくはスプライスバリアントのエクソンに対応するアミノ酸であり、
各Ｂは、前記第１の天然ポリペプチド、前記第２の天然ポリペプチドまたは前記第１の天然ポリペプチドの前記潜在性エクソンに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中、
ｙは存在せず、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＡｘおよび少なくとも１つのＣｚを含み、または
ｙは少なくとも１であり、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＢｙを含み、
（ａ）前記第１の天然ポリペプチドがＢＣＲ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＡＢＬ遺伝子によってコードされ、
（ｉ）ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２１９】
2019513373.tif 000054
であり、または
（ｉｉ）ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２０】
2019513373.tif 000055
であり；
（ｂ）前記第１の天然ポリペプチドがＣ１１ｏｒｆ９５遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＥＬＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２１】
2019513373.tif 000056
であり；
（ｃ）前記第１の天然ポリペプチドがＣＢＦＢ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＭＹＨ１１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２２】
2019513373.tif 000057
であり；
（ｄ）前記第１の天然ポリペプチドがＣＤ７４遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＯＳ１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２３】
2019513373.tif 000058
であり；
（ｅ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドが、
（ｉ）ＳＥＰＴ１４遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２４】
2019513373.tif 000059
であり；または
（ｉｉ）ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２５】
2019513373.tif 000060
であり；
（ｆ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＭＬ４遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＡＬＫ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２６】
2019513373.tif 000061
であり、
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＴＡＣＣ３遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２７】
2019513373.tif 000062
であり、
（ｈ）前記第１の天然ポリペプチドがＮＡＢ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＴ６遺伝子によってコードされ、ｙは少なくとも１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２８】
2019513373.tif 000063
であり；
（ｉ）前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、
（ｉ）前記第１の天然ポリペプチドがＮＤＲＧ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２９】
2019513373.tif 000064
であり、または
（ｉｉ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３０】
2019513373.tif 000065
であり；
（ｊ）前記第１の天然ポリペプチドがＰＭＬ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＡＲＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３１】
2019513373.tif 000066
であり；
（ｋ）前記第１の天然ポリペプチドがＲＵＮＸ１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＣＢＦＡ２Ｔ１（ＲＵＮＸ１Ｔ１）遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３２】
2019513373.tif 000067
であり；
（ｌ）前記第１の天然ポリペプチドがＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、前記潜在性エクソンまたは前記スプライスバリアントのエクソンが前記ＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３３】
2019513373.tif 000068
である、単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目５）
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
各Ｂは、前記第１の天然ポリペプチドまたは第２の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、
各Ｃは、前記第２の天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり；
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中、
ｙは存在せず、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＣｚを含み、または
ｙは少なくとも１であり、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＢｙおよび／もしくは少なくとも１つのＣｚを含み；
（ａ）前記第１の天然ポリペプチドがＡＣ０１１９９７．１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＬＲＲＣ６９遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３４】
2019513373.tif 000069
であり、
（ｂ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＥＦ１ＤＰ３遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＦＲＹ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３５】
2019513373.tif 000070
であり、
（ｃ）前記第１の天然ポリペプチドがＭＡＤ１Ｌ１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＭＡＦＫ遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３６】
2019513373.tif 000071
であり、または
（ｄ）前記第１の天然ポリペプチドがＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＲＤ３遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３７】
2019513373.tif 000072
である、単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目６）
表１に記載の配列を含む、項目１から５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目７）
ｘ＋ｙ＋ｚが最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である、項目１から６のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目８）
ｘ＋ｙ＋ｚが少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である、項目１から７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目９）
ｚが最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である、項目１から８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１０）
ｚが少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である、項目１から９のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１１）
約８から約５００アミノ酸長である、項目１から１０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１２）
約８から約１００アミノ酸長である、項目１１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１３）
約８から約５０アミノ酸長である、項目１２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１４）
約１５から約３５アミノ酸長である、項目１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１５）
約８から約１５アミノ酸長である、項目１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１６）
約８から約１１アミノ酸長である、項目１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１７）
９または１０アミノ酸長である、項目１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１８）
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩに結合する、項目１から１７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目１９）
ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、項目１８に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２０）
ＭＨＣクラスＩに約２５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、項目１９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２１）
ＭＨＣクラスＩに約５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、項目１９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２２）
約８から約３０アミノ酸長である、項目１から２１のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２３）
約８から約２５アミノ酸長である、項目２２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２４）
約１５から約２４アミノ酸長である、項目２３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２５）
約９から約１５アミノ酸長である、項目２３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２６）
ＭＨＣクラスＩＩに結合する、項目１から１７および２２から２５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２７）
ＭＨＣクラスＩＩに１０００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、項目２６に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２８）
ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、項目２７に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目２９）
隣接するアミノ酸をさらに含む、項目１から２８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３０）
前記隣接するアミノ酸が天然の隣接するアミノ酸ではない、項目２９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３１）
少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０または少なくとも５００アミノ酸の全長を有する、項目１から３０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３２）
最大８、最大９、最大１０、最大１１、最大１２、最大１３、最大１４、最大１５、最大１６、最大１７、最大１８、最大１９、最大２０、最大２１、最大２２、最大２３、最大２４、最大２５、最大２６、最大２７、最大２８、最大２９、最大３０、最大４０、最大５０、最大６０、最大７０、最大８０、最大９０、最大１００、最大１５０、最大２００、最大２５０、最大３００、最大３５０、最大４００、最大４５０または最大５００アミノ酸の全長を有する、項目１から３１のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３３）
少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結された第１のネオ抗原性ペプチドである、項目１から３２のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３４）
ポリグリシンまたはポリセリンリンカーによって前記少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結される、項目３３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３５）
前記第２のネオ抗原性ペプチドがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約１０００ｎＭ未満の結合親和性で結合する、項目３３または３４に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３６）
前記第２のネオ抗原性ペプチドがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する、項目３５に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３７）
前記単離されたネオ抗原性ペプチドおよび前記第２のネオ抗原性ペプチドがヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−Ａ、−Ｂ、−Ｃ、−ＤＰ、−ＤＱまたは−ＤＲに結合する、項目３５または３６に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３８）
前記単離されたネオ抗原性ペプチドがクラスＩ  ＨＬＡに結合し、前記第２のネオ抗原性ペプチドがクラスＩＩ  ＨＬＡに結合する、項目３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目３９）
前記単離されたネオ抗原性ペプチドがクラスＩＩ  ＨＬＡに結合し、前記第２のネオ抗原性ペプチドがクラスＩ  ＨＬＡに結合する、項目３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４０）
ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期、細胞標的化、抗原取り込み、抗原プロセシング、ＭＨＣ親和性、ＭＨＣ安定性、抗原提示またはこれらの組合せを増大させる改変をさらに含む、項目３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４１）
前記改変が、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣物の付加または非天然アミノ酸の付加である、項目４０に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４２）
抗原提示細胞への細胞標的化を増大させる改変をさらに含む、項目４０または４１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４３）
前記抗原提示細胞が樹状細胞である、項目４２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４４）
前記樹状細胞が、ＤＥＣ２０５、ＸＣＲ１、ＣＤ１９７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２０９、ＣＤ２７３、ＣＤ２８３、ＣＤ２８９、ＣＤ１８４、ＣＤ８５ｈ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ８５ｋ、ＣＤ８５ｄ、ＣＤ８５ｇ、ＣＤ８５ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ８３、ＴＳＬＰ受容体、Ｃｌｅｃ９ａまたはＣＤ１ａマーカーを使用して標的化される、項目４３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４５）
前記樹状細胞が前記ＣＤ１４１、ＤＥＣ２０５、Ｃｌｅｃ９ａまたはＸＣＲ１マーカーを使用して標的化される、項目４４に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４６）
前記樹状細胞が自家細胞である、項目４２から４５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４７）
１つまたは複数の前記樹状細胞がＴ細胞に結合する、項目４２から４６のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４８）
前記Ｔ細胞が自家Ｔ細胞である、項目４７に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目４９）
表２に挙げた単離されたネオ抗原性ペプチドではない、項目１から４９のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目５０）
表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドに連結されている、項目１から４８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
（項目５１）
項目１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系。
（項目５２）
細胞透過性ペプチド、ナノ粒子封入、ウイルス様粒子、リポソームまたはこれらの任意の組合せを含む、項目５１に記載の送達系。
（項目５３）
前記細胞透過性ペプチドがＴＡＴペプチド、単純ヘルペスウイルスＶＰ２２、トランスポータン、Ａｎｔｐまたはこれらの任意の組合せである、項目５２に記載の送達系。
（項目５４）
項目１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む細胞。
（項目５５）
抗原提示細胞である、項目５４に記載の細胞。
（項目５６）
樹状細胞である、項目５５に記載の細胞。
（項目５７）
自家細胞である、項目５４から５６のいずれか一項に記載の細胞。
（項目５８）
Ｔ細胞に結合する、項目５４から５７のいずれか一項に記載の細胞。
（項目５９）
前記Ｔ細胞が自家Ｔ細胞である、項目５８に記載の細胞。
（項目６０）
項目１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む組成物。
（項目６１）
表１または２に記載の腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の前記単離されたネオ抗原性ペプチドを含む、項目６０に記載の組成物。
（項目６２）
約２個から約２０個のネオ抗原性ペプチドまたは約２個から約３０個のネオ抗原性ペプチドを含む、項目６１に記載の組成物。
（項目６３）
前記ネオ抗原が個々の対象の腫瘍に対して特異的である、項目６１または６２に記載の組成物。
（項目６４）
少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個または少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ペプチドをさらに含む、項目６０から６３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６５）
約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ペプチド、約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ペプチドを含む、項目６４に記載の組成物。
（項目６６）
少なくとも１つの前記追加のネオ抗原性ペプチドが個々の対象の腫瘍に対して特異的である、項目６０から６５のいずれかに記載の組成物。
（項目６７）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される、項目６６に記載の組成物。
（項目６８）
前記試料が新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である、項目６７に記載の組成物。
（項目６９）
前記配列差異が次世代配列決定によって決定される、項目６７または６８に記載の組成物。
（項目７０）
項目１から５０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
（項目７１）
ＤＮＡである、項目７０に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目７２）
ＲＮＡである、項目７０に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目７３）
前記ＲＮＡが自己増幅ＲＮＡである、項目７２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目７４）
前記ＲＮＡが、安定性を増大させ、細胞標的化を増大させ、翻訳効率、アジュバント活性、サイトゾル到達性を増大させ、かつ／または細胞傷害性を減少させるように改変されている、項目７２または７３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目７５）
前記改変が、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、ＧＣ含有量の増大、改変ヌクレオシドの組み込み、５’−ｃａｐまたはｃａｐ類似体の組み込み、および／またはアンマスクポリＡ配列の組み込みである、項目７４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（項目７６）
項目７０から７５のいずれかに記載のポリヌクレオチドを含む細胞。
（項目７７）
項目７０から７５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
（項目７８）
前記ポリヌクレオチドがプロモーターに作動可能に連結されている、項目７７に記載のベクター。
（項目７９）
自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである、項目７７または７８に記載のベクター。
（項目８０）
アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスまたはそのシュードタイプに由来する、項目７９に記載のベクター。
（項目８１）
項目７０から７５のいずれかに記載の単離されたポリヌクレオチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系。
（項目８２）
球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌性プラスミドまたはナノ粒子を含む、項目８１に記載の送達系。
（項目８３）
項目７７から８２のいずれかに記載のベクターまたは送達系を含む細胞。
（項目８４）
抗原提示細胞である、項目８３に記載の細胞。
（項目８５）
樹状細胞である、項目８４に記載の細胞。
（項目８６）
未成熟樹状細胞である、項目８５に記載の細胞。
（項目８７）
項目７０から７５のいずれかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物。
（項目８８）
少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の前記単離されたポリヌクレオチドを含む、項目８７に記載の組成物。
（項目８９）
約２個から約２０個の前記単離されたポリヌクレオチド、または約２個から約３０個の前記単離されたポリヌクレオチドを含む、項目８８に記載の組成物。
（項目９０）
前記ネオ抗原性ペプチドが１つまたは複数の前記単離されたポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされる、項目８７から８９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９１）
追加のネオ抗原性ペプチドをコードする少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドをさらに含む、項目８７から９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９２）
１つまたは複数の前記追加のネオ抗原性ペプチドが１つまたは複数の前記追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされる、項目８８から９１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９３）
約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチド、または約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含む、項目９１または９２に記載の組成物。
（項目９４）
前記単離されたポリヌクレオチドと前記追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドとが連結される、項目９１または９２に記載の組成物。
（項目９５）
前記ポリヌクレオチドがポリグリシンまたはポリセリンリンカーをコードする核酸を使用して連結される、項目９４に記載の組成物。
（項目９６）
少なくとも１つの前記追加のネオ抗原性ペプチドが個々の対象の腫瘍に対して特異的である、項目８７から９５のいずれかに記載の組成物。
（項目９７）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される、項目９６に記載の組成物。
（項目９８）
前記試料が新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である、項目９７に記載の組成物。
（項目９９）
前記配列差異が次世代配列決定によって決定される、項目９７または９８に記載の組成物。
（項目１００）
項目１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または項目１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
（項目１０１）
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、項目１００に記載のＴＣＲ。
（項目１０２）
抗原に結合できる抗体または抗体断片を含むドメインをさらに含む二重特異性ＴＣＲである、項目１００または１０１に記載のＴＣＲ。
（項目１０３）
前記抗原がＴ細胞特異的抗原である、項目１０２に記載のＴＣＲ。
（項目１０４）
前記抗原がＣＤ３である、項目１０２または１０３に記載のＴＣＲ。
（項目１０５）
前記抗体または抗体断片が抗ＣＤ３  ｓｃＦｖである、項目１０４に記載のＴＣＲ。
（項目１０６）
（ｉ）Ｔ細胞活性化分子；（ｉｉ）膜貫通領域；および（ｉｉｉ）項目１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または項目１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗原認識部分を含むキメラ抗原受容体。
（項目１０７）
ＣＤ３ゼータが前記Ｔ細胞活性化分子である、項目１０６に記載のキメラ抗原受容体。
（項目１０８）
少なくとも１つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む、項目１０６または１０７に記載のキメラ抗原受容体。
（項目１０９）
前記シグナル伝達ドメインが、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＩＴＡＭまたはＦｃイプシロンＲＩガンマである、項目１０６から１０８のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
（項目１１０）
前記抗原認識部分が、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる、項目１０６から１０９のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
（項目１１１）
ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む、項目１０６から１１０のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
（項目１１２）
前記ネオ抗原性ペプチドが腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している、項目１０６から１１１のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
（項目１１３）
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、項目１０６から１１２のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
（項目１１４）
項目１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含むＴ細胞であって、任意選択でヘルパーまたは細胞傷害性Ｔ細胞である、Ｔ細胞。
（項目１１５）
対象のＴ細胞である、項目１１４に記載のＴ細胞。
（項目１１６）
項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞であって、抗原提示細胞および項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数と共に、Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートされている、対象由来のＴ細胞の集団から単離されたＴ細胞である、Ｔ細胞。
（項目１１７）
ＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である、項目１１６に記載のＴ細胞。
（項目１１８）
対象由来の前記Ｔ細胞の集団が前記対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である、項目１１６または１１７に記載のＴ細胞。
（項目１１９）
項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数が対象特異的ネオ抗原性ペプチドである、項目１１６から１１８のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２０）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍に特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する、項目１１６から１１９のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２１）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である、項目１１６から１２０のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２２）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に結合する、項目１１６から１２１のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２３）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する、項目１１６から１２２のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２４）
活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞が前記抗原提示細胞から分離される、項目１１６から１２３のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２５）
前記抗原提示細胞が樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である、項目１１６から１２４のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２６）
前記抗原提示細胞が非形質転換細胞である、項目１１６から１２５のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２７）
前記抗原提示細胞が非感染細胞である、項目１１６から１２６のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２８）
前記抗原提示細胞が自家である、項目１１６から１２７のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１２９）
前記抗原提示細胞がそれらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている、項目１１６から１２８のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１３０）
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が前記細胞を約２６℃で培養するステップを含む、項目１２９に記載のＴ細胞。
（項目１３１）
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が、マイルドな酸溶液を用いて前記細胞を処置するステップを含む、項目１２９に記載のＴ細胞。
（項目１３２）
前記抗原提示細胞が、項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている、項目１１６から１３１のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１３３）
パルス処理ステップが、項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で前記抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む、項目１３２に記載のＴ細胞。
（項目１３４）
単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比が、約３０：１から３００：１の間である、項目１１６から１３３のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１３５）
単離されたＴ細胞の集団をインキュベートするステップが、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる、項目１１６から１３４のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１３６）
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、項目１１６から１３５のいずれか一項に記載のＴ細胞。
（項目１３７）
腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化するための方法であって、
（ａ）対象からＴ細胞の集団を単離するステップ；および
（ｂ）前記単離されたＴ細胞の集団を、抗原提示細胞および項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドと共に、前記Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートするステップ
を含む方法。
（項目１３８）
前記Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
対象由来の前記Ｔ細胞の集団が前記対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である、項目１３７または１３８に記載の方法。
（項目１４０）
項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数が対象特異的ネオ抗原性ペプチドである、項目１３７から１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍に特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する、項目１３７から１４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４２）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である、項目１３７から１４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に結合する、項目１３７から１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する、項目１３７から１４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４５）
前記抗原提示細胞から活性化Ｔ細胞を分離するステップをさらに含む、項目１３７から１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
前記活性化Ｔ細胞を項目１から５０のいずれかに記載のネオ抗原性ペプチドの少なくとも１つに対する反応性の証拠について試験するステップをさらに含む、項目１３７から１４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
前記抗原提示細胞が樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である、項目１３７から１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記抗原提示細胞が非形質転換細胞である、項目１３７から１４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４９）
前記抗原提示細胞が非感染細胞である、項目１３７から１４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５０）
前記抗原提示細胞が自家である、項目１３７から１４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５１）
前記抗原提示細胞がそれらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている、項目１３７から１５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が前記細胞を約２６℃で培養するステップを含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５３）
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が、マイルドな酸溶液を用いて前記細胞を処置するステップを含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５４）
前記抗原提示細胞が項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている、項目１３７から１５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５５）
パルス処理ステップが、項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で前記抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む、項目１５４に記載の方法。
（項目１５６）
単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比が約３０：１から３００：１の間である、項目１３７から１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５７）
前記単離されたＴ細胞の集団をインキュベートするステップが、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる、項目１３７から１５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５８）
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、項目１３７から１５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
項目１３７から１５８のいずれか一項に記載の方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を含む組成物。
（項目１６０）
対象におけるがんを処置する方法であって、項目１１６から１３６のいずれか一項に記載の、または項目１３７から１５８のいずれか一項に記載の方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞の治療有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
（項目１６１）
前記投与するステップが、約１０６から１０１２、約１０８から１０１１または約１０９から１０１０の前記活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を投与するステップを含む、項目１６０に記載の方法。
（項目１６２）
項目１１４から１６１のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸。
（項目１６３）
前記ＴＣＲが主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる、項目１６２に記載の核酸。
（項目１６４）
項目１０６から１１３のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸。
（項目１６５）
前記抗原認識部分が主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる、項目１６４に記載の核酸。
（項目１６６）
前記ネオ抗原性ペプチドが腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している、項目１６４に記載の核酸。
（項目１６７）
ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む、項目１６４から１６６のいずれかに記載の核酸。
（項目１６８）
項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または項目１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗体または抗体断片であって、任意選択で前記抗体断片が二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）である、抗体または抗体断片。
（項目１６９）
前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの細胞外部分に結合する、項目１６８に記載の抗体または抗体断片。
（項目１７０）
（ａ）前記天然ポリペプチドがβ２Ｍ遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２３８】
2019513373.tif 000073
であり；
（ｂ）前記天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３９】
2019513373.tif 000074
であり；
（ｃ）前記天然ポリペプチドがＢＴＫ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４０】
2019513373.tif 000075
であり；または
（ｄ）前記天然ポリペプチドがＥＳＲ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４１】
2019513373.tif 000076
であり；
（ｅ）前記天然ポリペプチドがＨＥＲ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４２】
2019513373.tif 000077
であり；
（ｆ）前記天然ポリペプチドがＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２４３】
2019513373.tif 000078
であり；または
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４４】
2019513373.tif 000079
である、項目１６８または１６９に記載の抗体または抗体断片。
（項目１７１）
二重特異性抗体または抗体断片である、項目１６８から１７０のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。
（項目１７２）
前記二重特異性抗体または抗体断片の１つの抗原結合ドメインが抗ＣＤ３結合ドメインである、項目１７１に記載の抗体または抗体断片。
（項目１７３）
項目１６２から１７２のいずれか一項に記載の核酸をトランスフェクトまたは形質導入された改変細胞。
（項目１７４）
Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、ＮＫ−Ｔ細胞、ＴＣＲ発現細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＮＫ細胞である、項目１７３に記載の改変細胞。
（項目１７５）
項目１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含む組成物。
（項目１７６）
項目１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含有する自家対象Ｔ細胞を含む組成物。
（項目１７７）
免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、項目１７５または１７６に記載の組成物。
（項目１７８）
少なくとも２種の免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、項目１７７に記載の組成物。
（項目１７９）
前記免疫チェックポイント阻害剤がそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、項目１７７または１７８に記載の組成物。
（項目１８０）
前記免疫チェックポイント阻害剤がそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、項目１７７または１７８に記載の組成物。
（項目１８１）
前記Ｔ細胞がＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞であり、任意選択で前記ＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞がＣＲＩＳＰＲシステムを使用して作製される、項目１７６から１８０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１８２）
免疫調節因子またはアジュバントをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１８３）
前記免疫調節因子が、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢである、項目１８２に記載の組成物。
（項目１８４）
前記免疫調節因子が少なくとも１つのがん細胞またはがん細胞抽出物である、項目１８２に記載の組成物。
（項目１８５）
前記がん細胞が前記組成物を必要とする前記対象に対して自家である、項目１８４に記載の組成物。
（項目１８６）
前記がん細胞が溶解され、またはＵＶ照射に曝露されている、項目１８５に記載の組成物。
（項目１８７）
アジュバントをさらに含む、項目１８２に記載の組成物。
（項目１８８）
前記アジュバントが：ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ１３１２ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ２０６ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５０Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５１ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロンからなる群から選択される、項目１８７に記載の組成物。
（項目１８９）
対象に投与された場合に液性応答を誘導する、項目１８７または１８８に記載の組成物。
（項目１９０）
対象に投与された場合にヘルパーＴ細胞１型を誘導する、項目１８９に記載の組成物。
（項目１９１）
腫瘍特異的ネオエピトープを発現している腫瘍細胞の増殖を阻害する方法であって、前記腫瘍細胞を、項目１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法。
（項目１９２）
対象の予防の方法であって、前記対象の細胞を、項目１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法。
（項目１９３）
（ａ）前記天然ポリペプチドがβ２Ｍ遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２４５】
2019513373.tif 000080
であり；
（ｂ）前記天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４６】
2019513373.tif 000081
であり；
（ｃ）前記天然ポリペプチドがＢＴＫ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４７】
2019513373.tif 000082
であり；または
（ｄ）前記天然ポリペプチドがＥＳＲ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４８】
2019513373.tif 000083
であり；
（ｅ）前記天然ポリペプチドがＨＥＲ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４９】
2019513373.tif 000084
であり；
（ｆ）前記天然ポリペプチドがＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２５０】
2019513373.tif 000085
であり；または
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２５１】
2019513373.tif 000086
である、項目１９２に記載の方法。
（項目１９４）
それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、項目１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞を前記対象に投与するステップを含む方法。
（項目１９５）
前記対象がヒトである、項目１９１から１９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９６）
前記対象ががんを有する、項目１９５に記載の方法。
（項目１９７）
前記がんが、泌尿生殖器、婦人科、肺、胃腸管、頭頸部がん、悪性神経膠芽腫、悪性中皮腫、非転移性または転移性乳がん、悪性メラノーマ、メルケル細胞癌または骨軟部組織肉腫、血液新生物、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群および急性リンパ性白血病、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、転移性結腸直腸がん、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、結腸直腸がん、卵巣がん、肝細胞がん、腎細胞がん、膵臓がん、胃がん（gastric cancer）、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、頭頸部扁平上皮がん、軟部組織肉腫ならびに小細胞肺がんからなる群から選択される、項目１９６に記載の方法。
（項目１９８）
項目１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、表１または表２に記載の対応するがんの処置における使用のためである、項目１９１から１９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９９）
項目１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、表１または表２に記載のＨＬＡ型に対応するＨＬＡ型を有する対象の処置における使用のためである、項目１９１から１９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２００）
前記対象が前記腫瘍の外科的除去を受けている、項目１９１から１９９のいずれかに記載の方法。
（項目２０１）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内または皮下投与を介して投与される、項目１９１から２００のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０２）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が、リンパ節領域に流入する解剖学的部位に投与される、項目２０１に記載の方法。
（項目２０３）
投与が複数のリンパ節領域になされる、項目２０２に記載の方法。
（項目２０４）
投与が皮下または皮内経路によってなされる、項目１９１から２０３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０５）
ペプチドが投与される、項目２０１に記載の方法。
（項目２０６）
投与が腫瘍内になされる、項目２０５に記載の方法。
（項目２０７）
ポリヌクレオチド、任意選択でＲＮＡが投与される、項目２０１に記載の方法。
（項目２０８）
前記ポリヌクレオチドが静脈内に投与される、項目２０１または２０７に記載の方法。
（項目２０９）
前記細胞がＴ細胞または樹状細胞である、項目２０１に記載の方法。
（項目２１０）
前記ペプチドまたはポリヌクレオチドが抗原提示細胞標的化部分を含む、項目２０１または２０９に記載の方法。
（項目２１１）
前記細胞が自家細胞である、項目２０１または２０９または２１０に記載の方法。
（項目２１２）
前記対象に少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を投与するステップをさらに含む、項目１９１から２１１のいずれかに記載の方法。
（項目２１３）
前記チェックポイント阻害剤が生物学的治療薬または小分子である、項目２１２に記載の方法。
（項目２１４）
前記チェックポイント阻害剤が、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体および融合タンパク質またはこれらの組合せからなる群から選択される、項目２１２または２１３に記載の方法。
（項目２１５）
前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である、項目２１２から２１４のいずれかに記載の方法。
（項目２１６）
前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、ペンブロリズマブおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目２１２から２１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１７）
前記チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドならびにこれらの任意の組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、項目２１２から２１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１８）
前記チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、項目２１２から２１７のいずれかに記載の方法。
（項目２１９）
２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤が投与される、項目２１２から２１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２０）
前記２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つがＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である、項目２１９に記載の方法。
（項目２２１）
前記２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つが、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブおよびペンブロリズマブからなる群から選択される、項目２１９に記載の方法。
（項目２２２）
前記チェックポイント阻害剤および前記組成物が同時にまたは任意の順で逐次的に投与される、項目２１２から２２１のいずれかに記載の方法。
（項目２２３）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が前記チェックポイント阻害剤に先行して投与される、項目２２２に記載の方法。
（項目２２４）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が前記チェックポイント阻害剤の後に投与される、項目２２２に記載の方法。
（項目２２５）
前記チェックポイント阻害剤の投与が、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療を通じて継続される、項目２２２に記載の方法。
（項目２２６）
前記ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療が、チェックポイント阻害剤治療に部分的にだけ応答するまたは応答しない対象に投与される、項目２１２から２２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２７）
前記組成物が静脈内または皮下投与される、項目１９１から２２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２８）
前記チェックポイント阻害剤が静脈内または皮下投与される、項目２１２から２２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２９）
前記チェックポイント阻害剤が前記組成物の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される、項目２１２から２２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３０）
前記組成物が前記チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される、項目２２９に記載の方法。
（項目２３１）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞を用いる処置に先行して、それと同時にまたはその後に追加の治療剤を前記対象に投与するステップをさらに含む、項目１９１から２３０のいずれかに記載の方法。
（項目２３２）
前記追加の薬剤が、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療、放射線、抗血管新生剤または免疫抑制を低減する薬剤である、項目２３１に記載の方法。
（項目２３３）
前記化学療法剤が、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗剤または抗有糸分裂剤である、項目２３２に記載の方法。
（項目２３４）
前記追加の薬剤が、抗グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子ファミリー受容体（ＧＩＴＲ）アゴニスト抗体もしくは抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセオール、シスプラチン、ＣＤ４０アゴニスト抗体もしくは抗体断片、ＩＤＯ阻害剤またはシクロホスファミドである、項目２３１に記載の方法。
（項目２３５）
ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する、項目１９１から２３４のいずれかに記載の方法。
（項目２３６）
ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する、項目１９１から２３５のいずれかに記載の方法。
（項目２３７）
対象における免疫応答を刺激するための方法であって、項目１７３から１９０のいずれかに記載の改変細胞または組成物の有効量を投与するステップを含む方法。
（項目２３８）
前記免疫応答が細胞傷害性および／または液性免疫応答である、項目２３７に記載の方法。
（項目２３９）
対象におけるＴ細胞媒介性免疫応答を刺激する、項目２３７に記載の方法。
（項目２４０）
前記Ｔ細胞媒介性免疫応答が標的細胞に対して方向付けられている、項目２３９に記載の方法。
（項目２４１）
前記標的細胞が腫瘍細胞である、項目２４０に記載の方法。
（項目２４２）
前記改変細胞がｉｎ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入される、項目２３７から２４１のいずれかに記載の方法。
（項目２４３）
前記改変細胞がｅｘ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入される、項目２３７から２４２のいずれかに記載の方法。
（項目２４４）
前記改変細胞が自家対象Ｔ細胞である、項目２３７から２４３のいずれかに記載の方法。
（項目２４５）
前記自家対象Ｔ細胞が、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けている対象から得られる、項目２４４に記載の方法。
（項目２４６）
前記ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンが少なくとも１つの個別化されたネオ抗原を含む、項目２４５に記載の方法。
（項目２４７）
前記ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンが表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドを含む、項目２４６に記載の方法。
（項目２４８）
前記対象が前記ネオ抗原ペプチドもしくは核酸ワクチンを受けることに先立っておよび／または受ける際に、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療または放射線を受けた、項目２４７に記載の方法。
（項目２４９）
前記対象が少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を用いる処置を受ける、項目２３７から２４８のいずれかに記載の方法。
（項目２５０）
前記自家Ｔ細胞が、ネオ抗原を含むＴ細胞治療を少なくとも１ラウンド既に受けている対象から得られる、項目２３７から２４９のいずれかに記載の方法。
（項目２５１）
養子Ｔ細胞治療をさらに含む、項目２３７から２５０のいずれかに記載の方法。
（項目２５２）
前記養子Ｔ細胞治療が自家Ｔ細胞を含む、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
前記自家Ｔ細胞が腫瘍抗原に対して標的化されている、項目２５２に記載の方法。
（項目２５４）
前記養子Ｔ細胞治療が同種異系Ｔ細胞をさらに含む、項目２５１または２５２に記載の方法。
（項目２５５）
前記同種異系Ｔ細胞が腫瘍抗原に対して標的化されている、項目２５４に記載の方法。
（項目２５６）
前記養子Ｔ細胞治療が前記チェックポイント阻害剤の前、前記チェックポイント阻害剤の後または前記チェックポイント阻害剤と同時に投与される、項目２５１から２５５のいずれかに記載の方法。
（項目２５７）
項目１７３から１９０のいずれかに記載の有効性を評価するための方法であって、（ｉ）前記改変細胞を投与する前に前記対象から得られた第１の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、（ｉｉ）前記改変細胞の投与後に前記対象から得られた第２の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、および（ｉｉｉ）前記第１の試料中の標的細胞の数または濃度と比較して前記第２の試料中の標的細胞の数または濃度の増大または減少を決定するステップを含む方法。
（項目２５８）
処置有効性が、臨床転帰；Ｔ細胞による抗腫瘍活性の増大、増強または延長；処置前の数と比較した抗腫瘍Ｔ細胞または活性化Ｔ細胞の数の増大；Ｂ細胞活性；ＣＤ４＋Ｔ細胞活性；またはこれらの組合せをモニタリングすることによって決定される、項目２５７に記載の方法。
（項目２５９）
処置有効性がバイオマーカーをモニタリングすることによって決定される、項目２５８に記載の方法。
（項目２６０）
前記バイオマーカーが、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、膀胱腫瘍抗原、サイログロブリン、アルファフェトプロテイン、ＰＳＡ、ＣＡ１２５、ＣＡ１９．９、ＣＡ１５．３、レプチン、プロラクチン、オステオポンチン、ＩＧＦ−ＩＩ、ＣＤ９８、ファスシン、ｓＰＩｇＲ、１４−３−３エータ、トロポニンＩ、循環腫瘍細胞ＲＮＡまたはＤＮＡおよびｂ型ナトリウム利尿ペプチドからなる群から選択される、項目２５９に記載の方法。
（項目２６１）
臨床転帰が、腫瘍退縮；腫瘍縮小；腫瘍壊死；免疫系による抗腫瘍応答；腫瘍の拡大、再発もしくは拡散；またはこれらの組合せからなる群から選択される、項目２５８に記載の方法。
（項目２６２）
前記処置の効果が、Ｔ細胞の存在によって、もしくはＴ細胞炎症を示す遺伝子シグネチャーの存在によって、またはこれらの組合せで予測される、項目２５８に記載の方法。
（項目２６３）
それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、前記対象に：
（ａ）項目１から１０６のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞；および
（ｂ）少なくとも１つのチェックポイント阻害剤
を投与するステップを含む方法。
（項目２６４）
免疫調節因子またはアジュバントの投与をさらに含む、項目２６３に記載の方法。
（項目２６５）
前記免疫調節因子またはアジュバントが、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ１３１２ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ
ＩＳＡ２０６ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５０Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５１ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロン、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢからなる群から選択される、項目２６４に記載の方法。
（項目２６６）
前記免疫調節因子またはアジュバントがポリＩＣＬＣである、項目２６５に記載の方法。
（項目２６７）
前記チェックポイント阻害剤が抗ＰＤｌ抗体または抗体断片である、項目２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６８）
前記抗ＰＤｌ抗体または抗体断片がニボルマブまたはペンブロリズマブである、項目２６７に記載の方法。
（項目２６９）
前記チェックポイント阻害剤が抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片である、項目２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７０）
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片がアベルマブ、デュルバルマブまたはアテゾリズマブである、項目２６７に記載の方法。
（項目２７１）
前記チェックポイント阻害剤が抗ＣＴＬＡ４抗体または抗体断片である、項目２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７２）
前記抗ＣＴＬＡ４抗体がイピリムマブまたはトレメリムマブである、項目２７１に記載の方法。
（項目２７３）
抗ＰＤ１抗体および抗ＣＴＬＡ４抗体の両方を投与するステップを含む、項目２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７４）
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より前に開始される、項目２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７５）
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より後に開始される、項目２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７６）
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始と同時に開始される、項目２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７７）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、静脈内または皮下投与される、項目２６３から２７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７８）
前記チェックポイント阻害剤が静脈内または皮下投与される、項目２６３から２７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７９）
前記チェックポイント阻害剤が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される、項目２６３から２７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８０）
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、前記チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される、項目２７９に記載の方法。
（項目２８１）
項目１から１３６、１５９または１６８から１９０のいずれか一項に記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体、細胞または組成物を含むキット。
（項目２８２）
前記がんが：副腎、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸直腸、神経膠芽腫、頭頸部、腎臓嫌色素性、腎臓明細胞、腎乳頭、肝臓、肺腺癌、肺扁平上皮、卵巣、膵臓、メラノーマ、胃、子宮体部内膜および子宮癌肉腫からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８３）
前記がんが：前立腺がん、膀胱、肺扁平上皮、ＮＳＣＬＣ、乳房、頭頸部、肺腺癌、ＧＢＭ、神経膠腫、ＣＭＬ、ＡＭＬ、テント上上衣腫、急性前骨髄球性白血病、孤立性線維性腫瘍およびクリゾチニブ耐性がんからなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８４）
前記がんが：ＣＲＣ、頭頸部、胃、肺扁平上皮、肺腺癌、前立腺、膀胱、胃、腎臓細胞癌および子宮からなる群から選択される、項目１０８に記載の方法。
（項目２８５）
前記がんが：メラノーマ、肺扁平上皮、ＤＬＢＣＬ、子宮、頭頸部、子宮、肝臓およびＣＲＣからなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８６）
前記がんが：リンパ系がん；バーキットリンパ腫、神経芽細胞腫、前立腺腺癌、結腸直腸腺癌；子宮／子宮内膜腺癌；ＭＳＩ＋；子宮内膜漿液性癌；子宮内膜癌肉腫−悪性中胚葉性混合腫瘍；神経膠腫；星状細胞腫；ＧＢＭ、ＭＤＳを伴う急性骨髄性白血病；慢性リンパ性白血病−小リンパ球性リンパ腫；骨髄異形成症候群；急性骨髄性白血病；乳房の管腔ＮＳ癌；慢性骨髄性白血病；膵臓の腺管癌；慢性骨髄単球性白血病；骨髄線維症；骨髄異形成症候群；前立腺腺癌；本態性血小板血症；および髄筋芽腫からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８７）
前記がんが：結腸直腸、子宮、子宮内膜および胃からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８８）
前記がんが：子宮頸部、頭頸部、肛門、胃、バーキットリンパ腫および上咽頭癌からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８９）
前記がんが：膀胱、結腸直腸および胃からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９０）
前記がんが：肺、ＣＲＣ、メラノーマ、乳房、ＮＳＣＬＣおよびＣＬＬからなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９１）
前記対象がチェックポイント阻害剤治療に対して部分的または非応答者である、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９２）
前記がんが：膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、乳房侵襲性癌（ＢＲＣＡ）、乳がん、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、腎臓腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝臓肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺がん、皮膚の皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）ならびに子宮体部類内膜癌（ＵＣＥＣ）からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９３）
前記がんが：結腸直腸がん、子宮がん、子宮内膜がん、胃がんおよびリンチ症候群からなる群から選択される、項目１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９４）
前記がんがＭＳＩ＋がんである、項目２９３に記載の方法。