【手続補正書】
【提出日】令和2年6月1日(2020.6.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
水溶液から洗浄剤を除去するための洗浄剤除去システムであって、
ａ．塩；
ｂ．式Ｉ：
Ｒ１−ＯＨ      Ｉ
（式中、Ｒ１は、任意に置換されてもよい直鎖、分枝、または環式Ｃ４−Ｃ１２アルキルである）の水不混和性アルコール；および
ｃ．水不混和性のハロカーボンを含み、前記ハロカーボンが、前記式Ｉのアルコールと混和性であり、
水性混合物の処理時に、水相および非水相を含む２相が形成され、前記非水相がほぼ全ての洗浄剤を含む、システム。
【請求項２】
前記洗浄剤が陰イオン洗浄剤、例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）やサルコシルである、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記システムは、洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子を前記水溶液からさらに除去し、任意に、前記洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子がタンパク質、例えば、酵素阻害物質である、請求項１または２に記載のシステム。
【請求項４】
（ａ）前記塩、前記水不混和性アルコールおよび前記水不混和性のハロカーボンが、別々の容器で提供される、  （ｂ）前記塩、前記水不混和性アルコールおよび前記水不混和性のハロカーボンが、単一の容器で提供される、
（ｃ）前記水不混和性アルコールおよび前記水不混和性のハロカーボンが、第一の容器で単一の組成物として提供され、前記塩が、別々の第二の容器で提供される、または
（ｄ）前記システムが、試料収集容器を追加で含み、前記試料収集容器が必要に応じ、洗浄剤含有溶液を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記非水相が、ほぼ全ての存在する洗浄剤関連タンパク質または洗浄剤結合タンパク質を含み、前記水相が下流の用途での直接使用に好適であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項１〜４のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項６】
前記酵素阻害物質が、下流の用途の阻害物質であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項３に記載のシステム。
【請求項７】
洗浄剤を含む水溶液から洗浄剤を除去する方法であって、前記水溶液を、
ａ．塩；
ｂ．式Ｉ：
Ｒ１−ＯＨ      Ｉ
（式中、Ｒ１は、任意に置換されてもよい直鎖、分枝、または環式Ｃ４−Ｃ１２アルキルである）の水不混和性アルコール；および
ｃ．水不混和性のハロカーボンであって、前記式Ｉのアルコールと混和性であるハロカーボン、
と混合して、２相混合物を形成するステップを含み、ほぼ全ての前記洗浄剤が非水相中に存在する、方法。
【請求項８】
前記洗浄剤が、陰イオン洗浄剤、例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）またはサルコシルである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子を前記水溶液からさらに除去し、任意に、前記洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子がタンパク質、例えば酵素阻害物質である、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記アルコールおよび前記ハロカーボンが、前記水溶液と混合される前に、混ぜ合わされ、
任意に、前記方法は水相を前記２相混合物から分離するステップをさらに含み、
任意に、混合物を遠心処理して２相の分離を容易にするステップをさらに含む、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記２相混合物の水相中の塩の濃度が、約３０ｍＭ〜約０．５Ｍである、および／または
前記ハロカーボンが、有機相の密度を前記水相の密度より高めるのに十分な濃度で存在し、任意に、前記アルコール中のハロカーボンの濃度が、最大約８０％（ｖ／ｖ）、例えば、約５０％（ｖ／ｖ）である、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記塩＋前記アルコール＋前記ハロカーボンの合計体積の、前記洗浄剤を含む水溶液の体積に対する比率が、約１：９〜約２：１、または約１：５である、請求項７〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記２相混合物に由来の水相の一部を、下流の用途のために直接使用するステップをさらに含み、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記酵素阻害物質が、下流の用途の阻害物質であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
２相組成物であって、
ａ．塩；
ｂ．式Ｉ：
Ｒ１−ＯＨ      Ｉ
（式中、Ｒ１は、任意に置換されてもよい直鎖、分枝、または環式Ｃ４−Ｃ１２アルキルである）の水不混和性アルコール；および
ｃ．水不混和性のハロカーボンであって、式Ｉのアルコールと混和性であるハロカーボン；を、
ｄ．洗浄剤を含む水溶液；と混合して、
水相および非水相を含む２相混合物が形成され、それにより、ほぼ全ての前記洗浄剤が非水相中に存在する、２相組成物。
【請求項１６】
前記洗浄剤が陰イオン洗浄剤、例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）またはサルコシルである、請求項１５に記載の２相組成物。
【請求項１７】
前記水溶液が、洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子をさらに含み、前記２相混合物中で、前記洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子が非水相中に存在し、任意に、前記洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子がタンパク質、例えば、酵素阻害物質である、請求項１５または１６に記載の２相組成物。
【請求項１８】
前記水相が、下流の用途での直接使用に好適であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の２相組成物。
【請求項１９】
前記酵素阻害物質が、下流の用途の阻害物質であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項１７に記載の２相組成物。
【請求項２０】
洗浄剤を含む水溶液から洗浄剤を除去するためのキットであって、
ａ．塩；
ｂ．式Ｉ：
Ｒ１−ＯＨ      Ｉ
（式中、Ｒ１は、任意に置換されてもよい直鎖、分枝、または環式Ｃ４−Ｃ１２アルキルである）の水不混和性アルコール；
ｃ．水不混和性のハロカーボンであって、前記式Ｉのアルコールと混和性であるハロカーボン、
ｄ．少なくとも１種の試薬容器；および場合により、
ｅ．使用説明書、を含むキット。
【請求項２１】
前記洗浄剤が、陰イオン洗浄剤、例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）またはサルコシルである、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
さらに、洗浄剤関連分子および／または洗浄剤結合分子を前記水溶液から除去するためであり、任意に、前記洗浄剤関連分子または洗浄剤結合分子がタンパク質、例えば、酵素阻害物質である、請求項２０または２１に記載のキット。
【請求項２３】
試料収集容器をさらに含む、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２４】
下流の用途で直接使用するためのものであり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項２０〜２３のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２５】
前記酵素阻害物質が、下流の用途の阻害物質であり、任意に、前記下流の用途が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライブラリー調製、またはヌクレオチドシーケンシングであり、  前記ＰＣＲが任意にＲＴ−ＰＣＲである、請求項２２に記載のキット。
【請求項２６】
（ａ）前記塩が、四級アンモニウム塩またはアルカリ金属塩であり、任意に、前記塩が、酢酸アンモニウム、塩化アンモニウム、硫酸アンモニウム、ベタイン塩、塩化コリン、ジエチルアミン塩酸塩、ジメチルエタノールアミン、エタノールアミン、エチルアンモニウムクロリド、メチルアンモニウムクロリド、テトラ−ｎ−ブチルアンモニウムアセテート、テトラエチルアンモニウムクロリド一水和物、テトラメチルアンモニウムクロリド、テトラ−ｎ−プロピルアンモニウムクロリド、メチルトリ−ｎ−ブチルアンモニウムクロリド、トリエチルアミン塩酸塩、トリエチルメチルアンモニウムクロリド、トリメチルアミン塩酸塩、１−ブチルアミンの酸性塩、１−ペンチルアミンの酸性塩、１−ヘキシルアミンの酸性塩、１−ドデシルアミンの酸性塩、塩化リチウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、またはこれらの組み合わせである、
（ｂ）前記水不混和性アルコールが、１−ブタノール、３−メチル−１−ブタノール、２−ブタノール、１−ヘプタノール、１，２−ヘキサンジオール、１−ヘキサノール、２−ノナノール、１−ペンタノール、４−メチル−２−ペンタノール、シクロペンタノール、１−ウンデカノールまたはこれらの組み合わせである、
（Ｃ）前記ハロカーボンが、１−ブロモ−３−クロロプロパン、１−ブロモ−６−クロロヘキサン、ブロモジクロロメタン（ＢＤＣＭ）、クロロジブロモメタン、クロロホルム、２−ヨードプロパン、ポリ（クロロトリフルオロエチレン）、またはこれらの組み合わせである、および／または
（ｄ）前記洗浄剤が、ＳＤＳである、
請求項１〜６のいずれか１項に記載のシステム、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の２相組成物、または請求項２０〜２５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２７】
（ａ）前記塩が、塩化アンモニウムである、
（ｂ）前記水不混和性アルコールが、１−ブタノール、１−ペンタノール、シクロペンタノール、１−ヘキサノール、１−ヘプタノール、２−ノナノール、または１−ウンデカノールである、および／または
（Ｃ）前記ハロカーボンが、ＢＤＣＭまたはポリ（クロロトリフルオロエチレン）である、
請求項１〜６のいずれか１項に記載のシステム、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の２相組成物、または請求項２０〜２５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２８】
前記水溶液が生物試料であり、任意に、前記生物試料が、試料貯蔵、溶解または抽出組成物を含む変性生物試料であり、
前記生物試料が、任意に、唾液、喀痰、頬側スワブ、血清、血漿、血液、咽頭、鼻部／鼻部咽頭または洞スワブまたは分泌物、咽頭スワブまたは擦過物、口腔洗浄試料、尿、粘液、糞便、キームス、吐瀉物、胃液、膵液、精液／精子、脳脊髄液、乳汁分泌または月経生成物、卵黄、羊水、水様液、硝子体液、頸部分泌物またはスワブ、膣液／分泌物／スワブまたは擦過物、骨髄吸引液、胸水、汗、膿、涙液、リンパ液、気管支、気管または肺洗浄液または吸引液、細胞培養液、細胞懸濁液、結合組織、上皮、粘膜、筋組織、胎盤組織、臓器組織、神経組織、毛髪、皮膚、爪、植物、植物抽出物、藻類、微生物、土壌試料、下水、廃水、食糧、または産業廃水を含み、任意に、前記微生物が、ウイルス、細菌、酵母、真菌、古細菌、および／または原生生物を含む、
請求項１〜６のいずれか１項に記載のシステム、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の２相組成物、または請求項２０〜２５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２９】
前記塩が塩化アンモニウムであり、前記水不混和性アルコールが１−ペンタノールであり、且つ前記ハロカーボンがＢＤＣＭまたはポリ（クロロトリフルオロエチレン）である、請求項１〜６のいずれか１項に記載のシステム、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の２相組成物、または請求項２０〜２５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項３０】
（ａ）還元剤、（ｂ）キレート化剤および／または緩衝液、および／または（ｃ）親油性染色剤をさらに含み、
前記還元剤（ａ）が、任意に、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）、メルカプトヘキサノール、メルカプトウンデカノール、ジメルカプトプロパノールまたはメルカプトブタノールである、
前記キレート化剤（ｂ）が、エチレングリコール四酢酸（ＥＧＴＡ）、（２−ヒドロキシエチル）エチレンジアミン三酢酸（ＨＥＤＴＡ）、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、ニトリロ三酢酸（ＮＴＡ）、エチレンジアミン三酢酸（ＥＤＴＡ）、シクロヘキサンジアミン四酢酸（ＣＤＴＡ）、クエン酸塩無水物、クエン酸ナトリウム、クエン酸カルシウム、クエン酸アンモニウム、二クエン酸アンモニウム、クエン酸、クエン酸二アンモニウム、クエン酸鉄アンモニウム、クエン酸リチウム、またはこれらの任意の組み合わせである、および／または
前記親油性染色剤（ｃ）が、任意に、ナイルレッド、９−アントリルジアゾメタン、Ｆｌｕｏｒｏｌ  Ｙｅｌｌｏｗ０８８、Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチル−４−（６−フェニル−１，３，５−ヘキサトリエン−１−イル）フェニルアンモニウム  ｐ−トルエンスルホネート（ＴＭＡ−ＤＰＨ）、３，３’−ジオクタデシルオキサカルボシアニンペルコロレート、１，６−ジフェニル−１，３，５−ヘキサトリエン、Ｓｕｄａｎ  ＩＩＩ、Ｓｕｄａｎ  Ｏｒａｎｇｅ  Ｇ、Ｎｉｌｅ  ＢｌｕｅクロリドまたはＳｏｌｖｅｎｔ  Ｂｌｕｅ  ３７である、
請求項１〜６のいずれか１項に記載のシステム、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の２相組成物、または請求項２０〜２５のいずれか１項に記載のキット。