【手続補正書】
【提出日】令和2年5月7日(2020.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体から得られるサンプルにおいて検出される、核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ９１８４９０上の一塩基多型（ＳＮＰ）、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９１１１８６上のＳＮＰ、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１３８５４６５７上のＳＮＰ、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１０７４５３３０上のＳＮＰ、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１１６００７５７上のＳＮＰ、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ１３７９５６上のＳＮＰの存在を含む遺伝子型を有する被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の処置のための治療剤を含む組成物。
【請求項２】
核位置１０６１０６３５３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＣアレルを含むｒｓ１００１０３２５上のＳＮＰ、核位置１２８３９００６９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ７１２０８２２上のＳＮＰ、核位置１２８３８０９７４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１１２２１３３２上のＳＮＰ、核位置３９９６８１８８（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ６０７２３４３上のＳＮＰ、核位置９２２６４４１０（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ２２８２９７８上のＳＮＰ、核位置２５３２８５６７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ２６９０１１０上のＳＮＰ、核位置１０７２６０８５６（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ２８０８上のＳＮＰ、核位置７００５９１５（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ３７８５７９４上のＳＮＰ、および／または核位置３２５１７４３１（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９６０９４２９上のＳＮＰが、被験体から得られるサンプルにおいて検出される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
少なくとも２つのＳＮＰが被験体から得られるサンプルにおいて検出され、前記少なくとも２つのＳＮＰは、核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ９１８４９０上のＳＮＰおよび核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９１１１８６上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
少なくとも３つのＳＮＰが被験体から得られるサンプルにおいて検出され、前記少なくとも３つのＳＮＰは、核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ９１８４９０上のＳＮＰ、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９１１１８６上のＳＮＰ、および核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１３８５４６５７上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
ＳＮＰは、
（ａ）核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレル、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレルにハイブリダイズ可能なオリコ゛ヌクレオチト゛フ゜ローフ゛とサンプルを接触させ、および
（ｂ）オリゴヌクレオチドプローブと核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレル、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレルとの間のアレル特異的ハイブリダイゼーション複合体を検出する、ことによって、被験体から得られるサンプルにおいて検出される、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
治療剤は抗腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１５（ＴＬ１Ａ）治療剤である、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
抗−ＴＬ１Ａ治療剤は、抗−ＴＬ１Ａ抗体または抗原結合フラグメントである、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
治療剤は、抗腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）α治療剤である、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
ＩＢＤは、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＤ）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
被験体が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を患うリスクの指標として一塩基多型（ＳＮＰ）の存在または不在を使用するための方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からのサンプルを、核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ９１８４９０上のＳＮＰ、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９１１１８６上のＳＮＰ、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１３８５４６５７上のＳＮＰ、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１０７４５３３０上のＳＮＰ、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１１６００７５７上のＳＮＰ、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ１３７９５６上のＳＮＰを含む遺伝子型の存在または不在を決定するために適合するアッセイにさらす工程と、
（ｂ）遺伝子型の存在を検出する工程と、
（ｃ）リスクの指標として機能する（ｂ）で検出された遺伝子型の存在に基づいて、被験体はＩＢＤを患うリスクがあると同定する工程と、を含む方法。
【請求項１１】
工程（ａ）および（ｂ）は、
（ｄ）核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレル、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレルに対して特異的なオリコ゛ヌクレオチト゛フ゜ローフ゛とサンプルを接触させる工程と、
（ｅ）オリゴヌクレオチドプローブと核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレル、核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置７４４５６４７７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置１１３０８３４３９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、核位置３６４７３７８４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＡアレル、および／または核位置４０２９３４６３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）上のＧアレルとの間のアレル特異的ハイブリダイゼーション複合体を生成する工程と、
（ｆ）アレル特異的ハイブリダイゼーション複合体を検出する際に、遺伝子型の存在を検出する工程と、
（ｇ）アレル特異的ハイブリダイゼーション複合体を検出しない際には、遺伝子型の存在を検出しない工程、によって実行される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ａ）は、遺伝子型同定アッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ、定量ＰＣＲ、マイクロアレイ、ＤＮＡ配列決定、および／またはＲＮＡ配列決定によって実行される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
遺伝子型は、核位置１０６１０６３５３（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＣアレルを含むｒｓ１００１０３２５上のＳＮＰ、核位置１２８３９００６９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ７１２０８２２上のＳＮＰ、核位置１２８３８０９７４（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ１１２２１３３２上のＳＮＰ、核位置３９９６８１８８（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ６０７２３４３上のＳＮＰ、核位置９２２６４４１０（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ２２８２９７８上のＳＮＰ、核位置２５３２８５６７（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ２６９０１１０上のＳＮＰ、核位置１０７２６０８５６（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ２８０８上のＳＮＰ、核位置７００５９１５（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ３７８５７９４上のＳＮＰ、および／または核位置３２５１７４３１（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９６０９４２９上のＳＮＰをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
遺伝子型は、核位置４６３３８７２９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＧアレルを含むｒｓ９１８４９０上のＳＮＰおよび核位置２７１５０５９９（ｐｏｓ＿ｈｇ１９）においてＡアレルを含むｒｓ９１１１８６上のＳＮＰをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
ＩＢＤは、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＤ）である、請求項１０に記載の方法。