【手続補正書】
【提出日】令和2年4月8日(2020.4.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以前に得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャを検出する方法であって、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類する、そのサンプルについての再編成カタログを生成するステップ; 及び
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップ
を含み、
再編成変異の分類には、変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定すること、並びに
タンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化すること、並びに
変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定すること、が含まれる、前記方法。
【請求項２】
前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、コピー数多型、及び公知の配列決定アーティファクトのうちの1つ以上を除去するさらなるステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
再編成変異の分類が、変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定することを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
変異が、個々の患者のサンプルについての再編成の全ゲノム平均密度の少なくとも10倍大きい再編成ブレークポイントの平均密度を有する場合、クラスタ化されていると同定する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
このサンプルのカタログ
2019519872.tif 000001
と
2019519872.tif 000002
との間のコサイン類似度(
2019519872.tif 000003
):
【数１】
2019519872.tif 000004
に比例する、i番目の公知の変異シグネチャ
2019519872.tif 000005
に関連する再編成カタログにおける再編成の数Eiを決定するステップをさらに含み、
ここで、
【数２】
2019519872.tif 000006
であり、
2019519872.tif 000007
及び
2019519872.tif 000008
は、それぞれ公知の再編成シグネチャ及び再編成カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の再編成シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
【数３】
2019519872.tif 000009
及び
【数４】
2019519872.tif 000010
という要件によってさらに制約されている、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
再編成の数を決定するステップが、カタログとの相関がより小さいシグネチャから、カタログとの相関がより大きいシグネチャへ1つ以上の再編成を再割り当てすることによって、各シグネチャに割り当てられると決定された再編成の数をフィルタリングするステップをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
フィルタリングのステップが、貪欲アルゴリズムを使用して、カタログ
2019519872.tif 000011
と、再構築されたカタログ
【数５】
2019519872.tif 000012
との間のコサイン類似度を改善するか、又は変更しない、シグネチャへの再編成の代替的割り当てを反復的に見出すものであり、
2019519872.tif 000013
は、シグネチャiからシグネチャjへ変異を移動させることによって得られるベクトル
2019519872.tif 000014
のバージョンであり、各反復において、シグネチャ間の全ての可能な移動の影響が推定され、これらの可能な再割り当ての全てがコサイン類似度に負の影響を与える場合、フィルタリングステップは終了する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記再編成シグネチャの1つに関連すると決定された再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超えるかどうかを決定し、超える場合には、前記再編成シグネチャがサンプルに存在すると決定するステップをさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
コンピュータ上で実行されると、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類する、そのサンプルについての再編成カタログを生成するステップ;及び
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップ
を実施するコンピュータプログラムを格納した非一時的メモリを含有するコンピュータプログラム製品、
ここで、再編成変異の分類には、変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定すること、並びに
タンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化すること、並びに
変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定すること、が含まれる、前記コンピュータプログラム製品。
【請求項１２】
プロセッサを有するコンピュータであって、該プロセッサは、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類するそのサンプルについての再編成カタログを生成し; 及び
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するように構成されている、コンピュータ、
ここで、再編成変異の分類には、変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定すること、並びに
タンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化すること、並びに
変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定すること、が含まれる、前記コンピュータ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
【表１】
2019519872.tif 000015
2019519872.tif 000016
本開示は以下の実施形態を包含する。   
[１]  以前に得られたDNAサンプルにおける再編成シグネチャを検出する方法であって、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類する、そのサンプルについての再編成カタログを生成するステップ; 及び
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップ
を含む、方法。
[２]  前記決定するステップの前に、前記カタログにおける変異をフィルタリングして、残存する生殖細胞系列変異、コピー数多型、及び公知の配列決定アーティファクトのうちの1つ以上を除去するさらなるステップを含む、実施形態１に記載の方法。
[３]  フィルタリングが、公知の生殖細胞系列多型のリストを使用する、実施形態２に記載の方法。
[４]  フィルタリングが、DNAサンプルと同じプロセスによって配列決定されたマッチングされていない正常ヒト組織のBAMファイルを使用し、前記BAMファイルの少なくとも2つにおける少なくとも2つの良好にマッピングされたリードに存在する任意の体細胞変異を捨てる、実施形態２に記載の方法。
[５]  再編成変異の分類が、変異をクラスタ化又は非クラスタ化されていると同定することを含む、実施形態１〜４のいずれかに記載の方法。
[６]  変異が、個々の患者のサンプルについての再編成の全ゲノム平均密度の少なくとも10倍大きい再編成ブレークポイントの平均密度を有する場合、クラスタ化されていると同定する、実施形態５に記載の方法。
[７]  再編成変異の分類が、変異を、タンデム重複、欠失、逆位、又は転座のうちの1つと同定することを含む、実施形態１〜６のいずれかに記載の方法。
[８]  再編成変異の分類が、タンデム重複、欠失、又は逆位と同定された変異を、サイズによりグループ化することを含む、実施形態７に記載の方法。
[９]  このサンプルのカタログ
2019519872.tif 000017
と
2019519872.tif 000018
との間のコサイン類似度(
2019519872.tif 000019
):
2019519872.tif 000020
に比例する、i番目の公知の変異シグネチャ
2019519872.tif 000021
に関連する再編成カタログにおける再編成の数Eiを決定するステップをさらに含み、
ここで、
2019519872.tif 000022
であり、
2019519872.tif 000023
及び
2019519872.tif 000024
は、それぞれ公知の再編成シグネチャ及び再編成カタログである、非負成分を有する等しいサイズのベクトルであり、qは、前記複数の公知の再編成シグネチャにおけるシグネチャの数であり、Eiは、
2019519872.tif 000025
及び
2019519872.tif 000026
という要件によってさらに制約されている、実施形態１〜８のいずれかに記載の方法。
[１０]  再編成の数を決定するステップが、カタログとの相関がより小さいシグネチャから、カタログとの相関がより大きいシグネチャへ1つ以上の再編成を再割り当てすることによって、各シグネチャに割り当てられると決定された再編成の数をフィルタリングするステップをさらに含む、実施形態９に記載の方法。
[１１]  フィルタリングのステップが、貪欲アルゴリズムを使用して、カタログ
2019519872.tif 000027
と、再構築されたカタログ
2019519872.tif 000028
との間のコサイン類似度を改善するか、又は変更しない、シグネチャへの再編成の代替的割り当てを反復的に見出すものであり、
2019519872.tif 000029
は、シグネチャiからシグネチャjへ変異を移動させることによって得られるベクトル
2019519872.tif 000030
のバージョンであり、各反復において、シグネチャ間の全ての可能な移動の影響が推定され、これらの可能な再割り当ての全てがコサイン類似度に負の影響を与える場合、フィルタリングステップは終了する、実施形態１０に記載の方法。
[１２]  前記再編成シグネチャの1つに関連すると決定された再編成カタログにおける再編成の数又は割合が、所定の閾値を超えるかどうかを決定し、超える場合には、前記再編成シグネチャがサンプルに存在すると決定するステップをさらに含む、実施形態１〜１１のいずれかに記載の方法。
[１３]  コンピュータ上で実行されると、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類する、そのサンプルについての再編成カタログを生成するステップ;
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するステップ
を実施するコンピュータプログラムを格納した非一時的メモリを含有するコンピュータプログラム製品。
[１４]  プロセッサを有するコンピュータであって、該プロセッサは、
前記サンプルにおける体細胞変異をカタログ化して、サンプルにおける同定された再編成変異を複数のカテゴリに分類するそのサンプルについての再編成カタログを生成し;
前記カタログにおける再編成変異と再編成変異シグネチャとの間のコサイン類似度を計算することによって、公知の再編成シグネチャの前記再編成カタログへの寄与を決定するように構成されている、コンピュータ。