【手続補正書】
【提出日】令和2年2月13日(2020.2.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
プライマー交換反応方法であって、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む初期触媒ヘアピン分子、
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）第２触媒ヘアピン分子の３’サブドメインと第２触媒ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第２触媒ヘアピン分子であって、前記第２触媒ヘアピン分子の３’トーホールドドメインが、前記初期触媒ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、第２触媒ヘアピン分子、
（ｃ）前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的なプライマー、
（ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ、並びに
（ｅ）デオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）
を反応バッファー中で合わせることより、反応混合物を形成した後；
一本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングをもたらす条件下で前記反応混合物をインキュベートすること
を含む、方法。
【請求項２】
プライマー交換反応方法であって、
（ａ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ及びデオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の存在下で、インプットプライマーを触媒分子と接触させるが、ここで、前記触媒分子は、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含み、前記インプットプライマーは、前記触媒分子の３’トーホールドドメインと相補的であり；
（ｂ）前記触媒分子の対ドメインを介して前記プライマーを延長することにより、前記置換鎖を置換して、延長アウトプットプライマーを形成し；
（ｃ）前記置換鎖と前記テンプレート鎖同士の分子内ヌクレオチド塩基対によって、前記ヘアピン分子から前記延長アウトプットプライマーを置換し；
（ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ及びｄＮＴＰの存在下で、（ｃ）の前記置換延長アウトプットプライマーを第２触媒分子と接触させることを含み、ここで、前記第２触媒分子は、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含み、前記延長アウトプットプライマーは、前記第２触媒分子の３’トーホールドドメインと相補的である、方法。
【請求項３】
一本鎖核酸を生成する方法であって、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子間ヌクレオチド塩基対により形成される、対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ヘアピンループドメインを含む初期ヘアピン分子、
（ｂ）各ヘアピン分子が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）複数のうち１ヘアピン分子の３’サブドメインと複数のうち１ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む、複数の異なるヘアピン分子であって、各ヘアピン分子の前記３’トーホールドドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、複数の異なるヘアピン分子、
（ｃ）前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー、
（ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ、並びに
（ｅ）デオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）
を反応バッファー中で合わせることにより、反応混合物を形成した後；
前記初期プライマーよりも長い一本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングをもたらす条件下で前記反応混合物をインキュベートすることを含む方法。
【請求項４】
以下の（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）、（Ｄ）、又は（Ｅ）を含むキットであって、
（Ａ）が
（ａ）不対３’トーホールドドメイン、及び前記トーホールドドメインから５’側に位置し、且つ置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、対ドメインを含む初期触媒分子；
（ｂ）前記不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー；並びに
（ｃ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含み、
（Ｂ）が
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む初期触媒ヘアピン分子；
（ｂ）前記３’トーホールドドメインと相補的で、これと結合する初期プライマー；並びに
（ｃ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含み、
（Ｃ）が
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の５’サブドメインと分子の３’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む初期触媒ヘアピン分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）第２ヘアピン分子の３’サブドメインと第２ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む第２触媒ヘアピン分子であって、前記第２ヘアピン分子の３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、第２触媒ヘアピン分子；並びに
（ｃ）前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー
を含み、
（Ｄ）が
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む初期核酸分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む第２核酸分子であって、前記第２核酸分子の不対３’トーホールドドメインが、前記初期核酸分子の置換鎖と相補的である、第２核酸分子；
（ｃ）前記初期核酸分子の不対３’トーホールドドメイン内に位置するヌクレオチドと相補的なプライマー
を含み、
（Ｅ）が
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む初期ヘアピン分子であって、標的生体分子と連結している初期ヘアピン分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第２ヘアピン分子であって、前記第２ヘアピン分子が、標的生体分子と連結しており、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、第２ヘアピン分子；
（ｃ）一方が、前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的であり、他方が、前記第２ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的である、２つのプライマー；
（ｄ）各分子が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む、複数の触媒ヘアピン分子であって、前記複数のヘアピン分子各々の５’サブドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のヘアピン分子の１つの３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のうちの別のヘアピン分子の３’トーホールドドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、複数の触媒ヘアピン分子；並びに
（ｅ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含む、キット。
【請求項５】
（ａ）不対３’トーホールドドメイン、及び前記トーホールドドメインから５’側に位置し、且つ置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、対ドメインを含む初期触媒分子；
（ｂ）前記不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー；並びに
（ｃ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含む、請求項４に記載のキット。
【請求項６】
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む初期触媒ヘアピン分子；
（ｂ）前記３’トーホールドドメインと相補的で、これと結合する初期プライマー；並びに
（ｃ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含む、請求項４に記載のキット。
【請求項７】
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の５’サブドメインと分子の３’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む初期触媒ヘアピン分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）第２ヘアピン分子の３’サブドメインと第２ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む第２触媒ヘアピン分子であって、前記第２ヘアピン分子の３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、第２触媒ヘアピン分子；並びに
（ｃ）前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー
を含む、請求項４に記載のキット。
【請求項８】
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む初期核酸分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む第２核酸分子であって、前記第２核酸分子の不対３’トーホールドドメインが、前記初期核酸分子の置換鎖と相補的である、第２核酸分子；
（ｃ）前記初期核酸分子の不対３’トーホールドドメイン内に位置するヌクレオチドと相補的なプライマー
を含む、請求項４に記載のキット。
【請求項９】
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む初期ヘアピン分子であって、標的生体分子と連結している初期ヘアピン分子；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第２ヘアピン分子であって、前記第２ヘアピン分子が、標的生体分子と連結しており、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、第２ヘアピン分子；
（ｃ）一方が、前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的であり、他方が、前記第２ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的である、２つのプライマー；
（ｄ）各分子が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む、複数の触媒ヘアピン分子であって、前記複数のヘアピン分子各々の５’サブドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のヘアピン分子の１つの３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のうちの別のヘアピン分子の３’トーホールドドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、複数の触媒ヘアピン分子；並びに
（ｅ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ
を含む、請求項４に記載のキット。
【請求項１０】
前記結合ドメインが、ループドメインである、請求項４〜９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１１】
（ｄ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）第２ヘアピン分子の３’サブドメインと第２ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第２触媒ヘアピン分子をさらに含み、ここで、前記第２ヘアピン分子の３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、請求項４〜１０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１２】
前記第２ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメイン内に位置するヌクレオチドと相補的なヌクレオチドを含む第２プライマーをさらに含む、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
（ｅ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）第３ヘアピン分子の３’サブドメインと第３ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第３触媒ヘアピン分子をさらに含み、ここで、前記第３ヘアピン分子の３’トーホールドドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、請求項１１又は１２に記載のキット。
【請求項１４】
前記第３ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的な第３プライマーをさらに含む、請求項１３に記載のキット。
【請求項１５】
複数の触媒ヘアピン分子をさらに含み、各ヘアピン分子は、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）前記複数のうち１ヘアピン分子の３’サブドメインと、前記複数のうち１ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含み、ここで、各ヘアピン分子の前記３’トーホールドドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、請求項１３に記載のキット。
【請求項１６】
複数のプライマーをさらに含み、各プライマーは、前記複数のうち１つのヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的である、請求項１３に記載のキット。
【請求項１７】
前記プライマーが、検出可能な分子と連結される、請求項４〜１０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１８】
請求項４〜１７のいずれか一項に記載のキットを含む細胞。
【請求項１９】
少なくとも２つの核酸を含み、これらの各々が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）触媒ヘアピン分子の３’サブドメインと、同じ前記触媒ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む触媒ヘアピン分子をコードする、ベクター。
【請求項２０】
少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つの核酸をコードし、これらの各々が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）触媒ヘアピン分子の３’サブドメインと、同じ前記触媒ヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む触媒ヘアピン分子をコードする、請求項１９に記載のベクター。
【請求項２１】
請求項１９又は２０に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項２２】
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む触媒ヘアピン分子であって、（ａ）（ｉ）及び（ａ）（ｉｉ）の前記ドメインが、タンデム反復配列を形成する、触媒ヘアピン分子、
（ｂ）（ｉ）３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む少なくとも１つの他の触媒ヘアピン分子であって、（ｂ）（ｉ）及び（ｂ）（ｉｉ）の前記ドメインが、シグナル配列により分断されるタンデム反復配列を形成し、（ｂ）（ｉ）の前記３’トーホールドドメインは、プロテクター鎖と不可逆的に結合している、少なくとも１つの他の触媒ヘアピン分子、並びに
（ｃ）（ａ）の前記触媒ヘアピン分子の３’トーホールドドメインと相補的で、且つ（ｂ）の前記触媒ヘアピン分子の３’トーホールドドメインと相補的であるドメインを含む核酸プライマー
を含む組成物。
【請求項２３】
標的分子をさらに含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
標的分子を検出する方法であって、
標的分子、鎖置換ポリメラーゼ、及びデオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含有する反応バッファー中で、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む触媒ヘアピン分子であって、（ａ）（ｉ）及び（ａ）（ｉｉ）の前記ドメインが、タンデム反復配列を形成する、触媒ヘアピン分子；
（ｂ）（ｉ）３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）結合ドメインを含む少なくとも１つの他の触媒ヘアピン分子であって、（ｂ）（ｉ）及び（ｂ）（ｉｉ）の前記ドメインは、シグナル配列により分断されるタンデム反復配列を形成し、（ｂ）（ｉ）の前記３’トーホールドドメインは、前記標的分子と結合することができるプロテクター鎖と不可逆的に結合している、少なくとも１つの他の触媒ヘアピン分子、並びに
（ｃ）（ａ）の前記触媒ヘアピン分子の３’トーホールドドメインと相補的で、且つ（ｂ）の前記触媒ヘアピン分子の３’トーホールドドメインと相補的であるドメインを含む核酸プライマー
を合わせ、
前記初期プライマーよりも長く、且つ前記シグナル配列の少なくとも１つを含む一本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングを達成する条件下で、前記反応混合物をインキュベートすることを含む方法。
【請求項２５】
分子事象間の時間を計測する方法であって、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ヘアピンループドメインを含む初期触媒ヘアピン分子、
（ｂ）各ヘアピン分子が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）ヘアピン分子の３’サブドメインとヘアピン分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む複数の異なる触媒ヘアピン分子であって、各ヘアピン分子の前記３’トーホールドドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の前記５’サブドメインと相補的である、複数の異なる触媒ヘアピン分子、
（ｃ）前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的な初期プライマー、
（ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ、並びに
（ｅ）デオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を反応バッファー中で合わせることにより、反応混合物を形成し；
第１分子事象に前記反応混合物を曝露し；
一本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングを達成する条件下で前記反応混合物をインキュベートした後；
第２分子事象に前記反応混合物を曝露することを含む方法。
【請求項２６】
標的生体分子間の距離を記録する方法であって、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む初期核酸分子であって、標的生体分子と連結している初期核酸分子、
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、及び（ｉｉ）置換鎖と、前記トーホールドドメインを含有するテンプレート鎖とのヌクレオチド塩基対により形成される、前記トーホールドドメインから５’側に位置する対ドメインを含む第２核酸分子であって、前記第２核酸分子の不対３’トーホールドドメインが、前記初期核酸分子の置換鎖と相補的であり、また、前記第２核酸分子が、標的生体分子と連結している、第２核酸分子、
（ｃ）前記初期核酸分子の不対３’トーホールドドメインと相補的なプライマー、
（ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ、並びに
（ｅ）デオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を反応バッファー中で合わせることにより、反応混合物を形成し；
一本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングを達成する条件下で前記反応混合物をインキュベートすることを含む方法。
【請求項２７】
標的生体分子間の距離を記録する方法であって、
（ａ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む初期ヘアピン分子（前記初期ヘアピン分子は、標的生体分子と連結している）；
（ｂ）（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む第２ヘアピン分子（前記第２ヘアピン分子は、標的生体分子と連結しており、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインは、前記第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である）；
（ｃ）一方が、前記初期ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的であり、他方が、前記第２ヘアピン分子の不対３’トーホールドドメインと相補的である、２つのプライマー；
（ｄ）各分子が、（ｉ）不対３’トーホールドドメイン、（ｉｉ）分子の３’サブドメインと分子の５’サブドメイン同士の分子内ヌクレオチド塩基対により形成される対ステムドメイン、及び（ｉｉｉ）ループドメインを含む、前記複数のヘアピン分子であって、前記複数のヘアピン分子各々の５’サブドメインが、前記複数のうち１つの他のヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のヘアピン分子の１つの３’トーホールドドメインが、前記初期ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的であり、前記複数のうち別のヘアピン分子の３’トーホールドドメインは、第２ヘアピン分子の５’サブドメインと相補的である、複数のヘアピン分子；並びに
（ｅ）鎖置換活性を有するポリメラーゼ並びにデオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を反応バッファー中で合わせることにより、前記反応混合物を形成した後；
二本鎖核酸記録を生成するのに十分な時間にわたって、核酸重合、鎖置換及びアニーリングを達成する条件下で前記反応混合物をインキュベートすることを含む方法。