【手続補正書】
【提出日】令和2年5月8日(2020.5.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
膵臓癌に関連した病態を決定するための方法であって、
（ｂ）試験される個体に由来する試験試料中の、表Ａに定義される群から選択される１つ以上のバイオマーカーの存在および／または量を測定することによって、前記試験試料のバイオマーカーシグネチャーを決定するステップ、
を含むか、またはそれからなり、
表Ａに定義される群から選択される前記１つ以上のバイオマーカーの前記試験試料中の存在および／または量が、前記個体における前記膵臓癌に関連した病態を示す、方法。
【請求項２】
前記膵臓癌に関連した病態が、
（ｉ）早期膵臓癌の病期分類、および
（ｉｉ）膵臓癌の病期分類、からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ステップ（ｂ）が、表Ａに列挙される１つ以上のバイオマーカー、例えば、表Ａに列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、または８５個の存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記膵臓癌に関連した病態が早期膵臓癌である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記方法が、病期Ｉ期または病期ＩＩ期の膵臓癌の決定のためのものであり、任意で、
ステップ（ｂ）が、
（ｉ）表Ａ（Ｉ）、例えば、表Ａ（Ｉ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、もしくは５個、
（ｉｉ）表Ａ（ＩＩＩ）、例えば、表Ａ（ＩＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、
（ｉｉｉ）表Ａ（Ｖ）、例えば、表Ａ（Ｖ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、および
（ｉｖ）表Ａ（ＸＩ）、例えば、表Ａ（ＸＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２もしくは３個、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、ならびに/または
ステップ（ｂ）が、
（ｉ）表Ａ（ＩＩ）、例えば、表Ａ（ＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは１６個、
（ｉｉ）表Ａ（ＩＶ）、例えば、表Ａ（ＩＶ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２個、
（ｉｉｉ）表Ａ（ＶＩ）、例えば、表Ａ（ＶＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、もしくは１３個、および
（ｉｖ）表Ａ（ＸＩＩ）、例えば、表Ａ（ＸＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記方法が、病期Ｉ期の膵臓癌の決定のためのものであって、任意で、
ステップ（ｂ）が、
（ｉ）表Ａ（Ｉ）、例えば、表Ａ（Ｉ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、もしくは５個、
（ｉｉ）表Ａ（ＩＩＩ）、例えば、表Ａ（ＩＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、
（ｉｉｉ）表Ａ（ＶＩＩ）、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、ならびに/または
ステップ（ｂ）が、
（ｉ）表Ａ（ＩＩ）、例えば、表Ａ（ＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは１６個、
（ｉｉ）表Ａ（ＩＶ）、例えば、表Ａ（ＩＶ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２個、および
（ｉｉｉ）表Ａ（ＶＩＩＩ）、例えば、表Ａ（ＶＩＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在ならびに／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記方法が、病期ＩＩ期の膵臓癌の決定のためのものであり、任意で、ステップ（ｂ）が、
（ｉｖ）表Ａ（Ｉ）、例えば、表Ａ（Ｉ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、もしくは５個、
（ｖ）表Ａ（Ｖ）、例えば、表Ａ（Ｖ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、もしくは６個、
（ｖｉ）表Ａ（ＩＸ）、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、ならびに/または
ステップ（ｂ）が、
（ｉｖ）表Ａ（ＩＩ）、例えば、表Ａ（ＩＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、もしくは１６個、
（ｖ）表Ａ（ＶＩ）、例えば、表Ａ（ＶＩ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、もしくは１３個、および
（ｖｉ）表Ａ（Ｘ）、例えば、表Ａ（Ｘ）に列挙される前記バイオマーカーのうちの少なくとも２、３、または４個、
に列挙される１つ以上のバイオマーカーの存在ならびに／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、
請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記膵臓癌に関連した病態が膵臓癌であり、任意で
ステップ（ｂ）が、ＣＨＰ−１、ＭＡＰＫＫ２、ＵＢＰ７、ＰＲＤ１４、ＳＴＡＴ１、ＡＧＡＰ−２、ＰＧＡＭ５、ＬＵＭ、ＰＴＰＲＯおよびＵＳＰ０７からなる群から選択される１つ以上のバイオマーカー、例えば、これらのバイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、ならびに/または
ステップ（ｂ）が、Ａｐｏ−Ａ１、ＢＴＫ、Ｃ１ｑ、Ｃ５、ＣＤＫ−２、ＩｇＭ、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−６、ＪＡＫ３、ＭＡＰＫ８、ＭＣＰ−１、ＭＵＣ−１、プロパージン、ＶＥＧＦ、Ｃ３、ＩＣＡＭ−１、ＩＬ−１３、ＡＴＰ−５Ｂ、Ｃ４、Ｈｅｒ２／ＥｒＢ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−３、ＩＬ−８、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−９、ＬＤＬ、およびＯＲＰ３からなる群から選択される１つ以上のバイオマーカー、例えば、これらのバイオマーカーのうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、または２９個の存在および／または量を測定することを含むか、またはそれからなる、
請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ステップ（ｂ）が、表Ａに列挙される前記バイオマーカーのうちの全ての存在および／または量を測定することを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
ｄ）ステップ（ｂ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの対照試料中の存在および／または量を測定することによって、前記１つ以上の対照試料のバイオマーカーシグネチャーを決定するステップ、
をさらに含むか、もしくはそれらからなり、
前記１つ以上の対照試料が、
ｉ．膵臓癌に罹患していない個体、および／または
ｉｉ．膵臓癌に罹患している個体
に由来し、前記試験試料とは異なる病期のものであり、
ステップ（ｂ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの試験試料中の存在および／または量が、ステップ（ｄ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの対照試料中の存在および／もしくは量と異なる場合に、膵臓癌に関連した病態が同定される、ならびに/または、
ｆ）ステップ（ｂ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの対照試料中の存在および／または量を測定することによって、前記対照試料のバイオマーカーシグネチャーを決定するステップ、
をさらに含むか、もしくはそれらからなり、
前記１つ以上の対照試料が、
ｉ．膵臓癌に罹患している個体（すなわち、陽性対照）、および／または
ｉｉ．膵臓癌に罹患している個体
に由来し、前記試験試料と同じ病期のものであり、
ステップ（ｂ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの試験試料中の存在および／または量が、ステップ（ｆ）で測定された１つ以上のバイオマーカーの対照試料中の存在および／または量に対応する場合に、膵臓癌に関連した病態が同定される、
請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記膵臓癌が、膵臓腺癌（例えば、膵管腺癌）である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法が反復される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
ステップ（ｂ）が、前記１つ以上のバイオマーカー（複数可）のタンパク質またはポリペプチドの発現を測定することを含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
ステップ（ｂ）、（ｄ）、および／またはステップ（ｆ）が、表Ａに列挙されるバイオマーカーに結合することが可能な１つ以上の第１の結合剤を使用して実施され、
任意で、前記第１の結合剤が、抗体またはその抗原結合フラグメントを含むか、またはそれからなり、
任意で、前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、組み換え抗体またはその抗原結合フラグメントであり、任意で、
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、免疫グロブリン分子の結合ドメインからなる群から選択される、
請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
ステップ（ｂ）、（ｄ）、および／またはステップ（ｆ）が、アレイを使用して実施される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記方法が、
（ｉ）前記試料中に存在するバイオマーカーをビオチンで標識することと、
（ｉｉ）前記ビオチン標識タンパク質を、その表面上の別々の位置に固定化された複数のｓｃＦｖを含むアレイと接触させることであって、ｓｃＦｖが、表Ａのタンパク質のうちの１つ以上に対する特異性を有する、接触させることと、
（ｉｉｉ）前記固定化されたｓｃＦｖを、蛍光色素を含むストレプトアビジン抱合体と接触させることと、
（ｉｖ）前記アレイ表面上の別々の位置における前記色素の存在を検出することと、
を含み、
前記アレイ表面上の前記色素の発現が、前記試料中の表ＩＩＩからのバイオマーカーの発現を示す、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
ステップ（ｂ）、（ｄ）、および／またはステップ（ｆ）が、前記１つ以上のバイオマーカーをコードする核酸分子の発現を測定することを含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記対照および/または試験試料が、未分画血液、血漿、血清、組織液、膵臓組織、乳、胆汁、および尿からなる群から選択される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１４に定義される１つ以上の結合剤を含み、任意で、
前記１つ以上の結合剤が、表Ａに定義される前記タンパク質の全てに結合することが可能である、
個体における膵臓癌の存在を決定するためのアレイ。
【請求項２０】
個体における膵臓癌の存在を決定するためのバイオマーカーとしての、表Ａに定義される群から選択される１つ以上のバイオマーカーの使用であって、任意で表Ａに定義される前記タンパク質の全てが、個体における膵臓癌の存在を決定するための診断マーカーとして使用される、使用。
【請求項２１】
個体における膵臓癌の存在を決定するための、請求項１４に定義される１つ以上の結合部分の使用であって、任意で、表Ａに定義される前記タンパク質の全てに対するバイオマーカーが使用される、使用。
【請求項２２】
膵臓癌の存在を判断するためのキットであって、
Ａ）請求項１４に定義される１つ以上の結合剤、または請求項１９に記載のアレイと、
Ｂ）請求項１〜１８のいずれか１項に定義される方法を実施するための説明書と、
を含む、キット。