【誤訳訂正書】
【提出日】令和2年1月7日(2020.1.7)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】発明の名称
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【発明の名称】ＨＰＶ誘発の侵食癌および高度前駆病変の分子診断マーカーＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００１】
発明の分野
本発明は、癌の予防および医療診断の分野に関連し、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）により誘発された侵食子宮頸部癌および子宮頸部前癌病変のような侵食癌および高度前駆病変の分子診断マーカーに関する。特に、本発明は、ｈｒＨＰＶ誘発の侵襲性前癌病変およびｈｒＨＰＶ誘発の侵食癌のマーカーとして、ＰＲＤＭ１４のゲノム配列および調節配列とＦＡＭ１９Ａ４のゲノム配列および調節配列との使用に関する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００３】
子宮頸部扁平上皮癌の進行は、前癌病変により特徴付けられる。前癌病変は、子宮頸部上皮内腫瘍（ＣＩＮ）とも称され、それぞれ軽度の形成異常（ＣＩＮ１）、中度の形成異常（ＣＩＮ２）および重度の形成異常／上皮内癌（ＣＩＮ３）の１〜３に分級される。また、ＣＩＮ１は、低度扁平上皮内病変（ＬＳＩＬ）と呼ばれ、ＣＩＮ２およびＣＩＮ３はともに、高度扁平上皮内病変（ＨＳＩＬ）と呼ばれている。子宮頸腺癌の場合、上皮内腺癌（ＡＣＩＳ）は、公認された前駆病変である。原則として、これらの前癌病変は、可逆的である。しかしながら、病変がより深刻になれば、自然退縮の可能性がより低くなる。子宮頸部癌は、その前癌段階が剥離細胞診により検出することができ、必要に応じて、わずかな副作用で比較的容易に治療できるため、予防できると考えられる。子宮頸部検診は、高度な前癌であるが治療可能な前癌病変（すなわち、ＣＩＮ２、ＣＩＮ３および上皮内腺癌）を早期診断することを目的とし、侵食子宮頸部癌による死亡率を減少する。子宮頸部癌の発症を予防するために、一般的な医療行為は、形態学的に確認されたＣＩＮ２、ＣＩＮ３および上皮内腺癌を患うすべての女性に対する治療を含む。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００４】
過去１０年間において、子宮頸部発癌が高危険性のヒト乳頭腫ウイルス（ｈｒＨＰＶ）の感染により誘発されることは、確証された。それぞれｐ５３およびＲｂ腫瘍抑制経路を妨害するウイルス発癌遺伝子Ｅ６およびＥ７の発現が腫瘍形成の発症および悪性表現型の維持の両方に必須であることは、証明された。したがって、ｈｒＨＰＶの検出は、魅力的な一次検診ツールとして現れた。しかしながら、ｈｒＨＰＶ感染細胞から侵食癌細胞に進行するためには、発癌の多段階に一致して、宿主細胞ゲノムにおける追加的改変が必要である。高危険性のＨＰＶに感染された女性のうち、わずか一部は、高度子宮頸部前癌病変（ＣＩＮ２／３）に進行し、治療しない場合に子宮頸部癌に進行する。子宮頸部前癌病変を患うほとんどの女性に、病変が自然に退縮する。集団検診に参加した女性のうち、約５〜６％のｈｒＨＰＶ検査が陽性である。そのうち、最大２０％（参加した女性の１％）がＣＩＮ２／３以上の病変をもつ。したがって、ｈｒＨＰＶ検査陽性の女性をＣＩＮ２／３および上皮内腺癌以上の病変危険性に層別化することを可能にする子宮頸部癌検査にマーカーを適用しなければ、ｈｒＨＰＶ検査による一次検診は、女性の間に、多くの冗長なフォローアップ手順および不必要な不安を引き起こす。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００５】
主な課題は、ＨＰＶ検査陽性の女性の百分率を臨床的に意味のある病変をもつ女性の百分率に減少することである。１つの方法は、ｈｒＨＰＶ陽性の女性に対し、細胞診を二次検査（いわゆるトリアージ）として行うことである。細胞診を行っても、ｈｒＨＰＶ陽性の女性のうち、細胞診が正常である女性は、まだ多く（集団検診を受ける女性の３．５％）残される。そのうちの１０％は、ＣＩＮ３以上の病変をもっているまたは患っている。また、細胞診は、自宅で自己採取した子宮頸部膣頸の標本に適用できない。その理由は、自宅で自己サンプリングした頸膣標本が子宮頸部の細胞学的状態を代表するものではないからである。別の方法は、ＨＰＶ１６／１８の遺伝子型判定を使用することである。しかしながら、この方法は、より少なかったにもかかわらず、非ＨＰＶ１６／１８型と判定されたが、ＣＩＮ２／３および上皮内腺癌以上の病変危険性をもつ女性がまだ残される。したがって、ｈｒＨＰＶ陽性の女性を、ＣＩＮ２／３以上の病変および上皮内腺癌をもつ人間と、もたない人間とに層別化する補足的なトリアージツールまたは代替的なトリアージツールが必要とされる。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
発明の概要
発明者らは、ＨＰＶ誘発の高度前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌を検出するための方法を発見した。この方法は、細胞におけるＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４遺伝子の過剰メチル化の検出を含む。過剰メチル化は、ＨＰＶ誘発の侵襲性前駆病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌の有無を示す。好ましくは、このような方法において、ＨＰＶ誘発の高度前癌病変またはＨＰＶ誘発の侵食癌は、高度子宮頸部前癌病変または侵食子宮頸部癌であり、より好ましくは、ＨＰＶ誘発の高危険性の侵食癌である。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１２】
また、本発明の一部は、ＨＰＶ誘発の高度前癌病変またはＨＰＶ誘発の侵食癌を検出するための分子診断マーカーとして、ＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４１４の使用に係る。好ましくは、このような使用において、マーカーのメチル化は、病変または癌の発生を予兆する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１３】
また、本発明は、ＨＰＶ誘発の高度前癌病変またはＨＰＶ誘発の侵食癌を検出するための方法に使用される部品キットを含む。このキットは、ＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４のメチル化を検出するための手段を備え、この手段は、図１のＰＲＤＭ１４ヌクレオチド配列および／または図２のＦＡＭ１９Ａ４ヌクレオチド配列に特異的なプローブおよび／またはプライマーを含む。このキットは、ＨＰＶ感染を検出するための手段を備え、この手段は、ＨＰＶに特異的なプローブおよびプライマーを含む。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１７】
「前癌病変」および「前駆病変」という用語は、細胞が癌に進行する多段階のうち、癌に進行する可能性が非常に高い段階を指す。病理学者は、伝統的な形態学を用いて、患者個体において、このような病変が進行するまたは退行するかを予測することができない。本発明は、侵食癌または高度前駆病変を予測できる方法に関する。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
「高度子宮頸部前癌病変」という用語は、細胞が子宮頸部癌に進行する多段階のうち、子宮頸部癌に進行する可能性が非常に高い段階を指す。「特異的にハイブリダイズすることができる」という表現は、１つの核酸配列が相補的核酸配列と特異的な塩基対を形成することによって、相補的核酸配列に結合し、核酸二重鎖を形成することができることを指す。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２６】
ゲノム全域のＤＮＡメチル化スクリーニングを使用することによって分かったのは、遺伝子コード化ＰＲドメインジンクフィンガータンパク質１４（ＰＲＤＭ１４とも称される。遺伝子バンク受入番号：ＮＭ＿０２４５０４．２）、配列類似性を有する遺伝子コード化ファミリ１９（ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ））、およびメンバＡ４（ＦＡＭ１９Ａ４とも呼ばれる。遺伝子バンク受入番号：ＮＭ＿００１００５５２７．２）が、ウイルス性発癌遺伝子（ＨＰＶ１６Ｅ６Ｅ７）による発現後、主要ケラチン合成細胞においてＤＮＡメチル化の標的とされること、およびＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化がｈｒＨＰＶ誘発の発癌の重要因子であることである。よって、ＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４のゲノム配列および調節配列は、侵食子宮頸部癌および高度前駆病変を診断する貴重なマーカーとなる。さらに、本発明は、非子宮頸部ｈｒＨＰＶ関連の侵食癌および高度前駆病変を診断するのに好適である。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
子宮頸部癌は、殆ど例外なくヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）の感染に関連している。ヒト乳頭腫ウイルスは、ＤＮＡ配列における変異によって同定されたように、１００種類を超えるウイルスの群を構成する。さまざまなＨＰＶは、種々の皮膚疾患または粘膜疾患を引き起こす。ＨＰＶは、感染細胞において悪性変化を誘発する能力に基づき、低危険性種および高危険性種に広く分類される。１、２、４、６、１１、１３および３２などの低危険性種のＨＰＶは、主に、良性病変または尋常性疣贅に関連し、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６６および６８などの高危険性種のＨＰＶは、主に、前癌性上皮病変および悪性上皮病変に関連している。ＨＰＶ−６およびＨＰＶ−１１などの低危険性種のＨＰＶによって引き起こされた疣贅に比べて、高危険性のＨＰＶによって引き起こされた腫瘍は、通常平坦で、ほぼ無形である。現在分かったのは、高危険性種のＨＰＶが子宮頸部侵食癌を引き起こすとともに、肛門性器部領域および／または頭頸部領域の他の箇所に侵食癌を引き起こすということである。したがって、本発明は、ＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４に関連する侵食子宮頸部癌およびその前駆病変段階ではなく、ＨＰＶ特に高危険性種のＨＰＶによって誘発された他の侵食癌およびその前駆段階を検出するのに好適である。したがって、本発明は、任意のＨＰＶ誘発の高度前癌病変または侵食癌の危険性を評価するための方法を提供する。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
本発明者らは、ＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４両方の遺伝子のプロモーターおよび第１イントロンなどのＣｐＧに富む領域のメチル化が、扁平上皮癌組織型、腺扁平上皮癌組織型、腺癌組織型および神経内分泌癌組織型ならびにそれらの高度前駆病変の両方の子宮頸部癌においてよくある現象であることを実証した。インビトロ研究では、子宮頸部癌の進行に機能的に関与するＰＲＤＭ１４の不活性化、たとえば、ＨＰＶ１６を含む子宮頸癌細胞株ＳｉＨａおよびＣａＳｋｉの細胞におけるＰＲＤＭ１４の過剰発現は、アポトーシスを誘発することを明らかにした。このことは、ＰＲＤＭ１４が子宮頸部癌において腫瘍抑制遺伝子として機能することを示しており、以前の記載によりこのたんぱく質がリンパ腫および乳癌細胞において発癌性機能を有するという事実（Dettmanら, Oncogene 2011, 30: 2859-73; Nishikawaら, Cancer Res 2007, 67:9649-57）を考慮すれば、非常に注目すべきである。ＦＡＭ１９Ａ４の正確な機能は、まだ定義されていない。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３２】
最も興味深いことに、本発明者らは、ＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーター（およびイントロン配列）の過剰メチル化は、子宮頸部の掻き取りサンプルから検出することができ、この特徴を用いて、高度ＣＩＮ病変または侵食癌の有無を予測することができることを示した。また、本発明者らは、ＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化は、自己サンプリングによって収集した頸膣標本から検出することができ、潜在的な高度ＣＩＮ病変または侵食子宮頸部癌の有無に関連していることを見出した。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３３】
したがって、本発明は、ＨＰＶ誘発の高度前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌を検出するための方法を提供する。この方法は、細胞におけるＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４遺伝子の過剰メチル化の検出を含む。過剰メチル化は、ＨＰＶ誘発の侵襲性前駆病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌の有無を示す。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３５】
本発明の方法は、高危険性のＨＰＶによって誘発され、ＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４に関連した高度前癌病変および侵食癌の検出に特に好適である。ＨＰＶ誘発の侵襲性高度前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌を検出する方法は、ＰＲＤＭ１４および／またはＦＡＭ１９Ａ４プロモーターおよび第１イントロンの測定を含んでもよい。
【誤訳訂正１７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５５】
疾患検出のための診断方法は、検査用のサンプルを提供する方法を含む。サンプルは、子宮頸部または他の組織からの細胞調製物を含む。好ましくは、このようなサンプルは、塗抹標本または他の細胞学的サンプルとして提供される。
【誤訳訂正１８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６０】
（自己採取した）頸管塗抹サンプルにおいてＨＰＶ誘発の高度前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食癌の存在を検出または予測する方法に、ｈｓａ−ｍｉＲ１２４過剰メチル化の分析手法を使用ことは、国際公開公報２０１３／０３９３９４およびWiltingら（Mol. Cancer 2010: 9, 167）により記載されている。
【誤訳訂正１９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７１】
実施例３：高度ＣＩＮ病変、子宮頸部扁平上皮癌、腺癌、腺癌および神経内分泌癌に共通であるＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化
次に、我々は、実施例１に説明した定量メチル化特異的ＰＣＲ（ｑＭＳＰ）を用いて、子宮頸部組織標本におけるＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化を解析した。ハウスキーピング遺伝子β−アクチン（ＡＣＴＢ）は、すべてのＤＮＡ入力の測定基準として選択された。すべてのサンプルに対し、メチル化されたＤＮＡの測定量をＡＣＴＢの量で除して、所定のカットオフ値（たとえば、正常対照平均比率（主要な外れ値を除く）＋２．５８×標準偏差）を超える比率を有するサンプルは、陽性に分類された。
【誤訳訂正２０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８５】
実施例７：自己採取した標本におけるＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化
我々は、前向き研究の期間中（www.trialregister.nl, 試験番号：NTR962 (PROHTECT試験)）に、二次リマインダーを送っても子宮頸部定期検診の要請に応答しなかった女性に合計４５０００自己採取パッケージを送った。そして、我々は、VibaBrush（登録商標、Rovers Medical Devices、Oss、オランダ）またはデルファイスクリーナー（Delphi BioScience、Scherpenzeel BV、オランダ）のいずれかを用いて自己採取された頸膣標本を分析した。定期検診の要請に応答しなかった女性にｈｒＨＰＶ検査用の自己採取パッケージを提供することは、最大３０％の女性を検診プログラムに再誘致した（Gokら，BMJ 2010; 340:cl040）。ＨＰＶ検査に関して、自己採取されたサンプルは、医師採取したものと同等である（Brinkら, J Clin Microbiol 2006; 44:2518-23）。この集団において、自己採取したサンプルに対するｈｒＨＰＶ検査は、同じ規模の女性応答者の集団で定期検診によって検出したＣＩＮ２以上の病変と少なくとも同様な数の病変を検出した（Baisら, Int J Cancer: 2007, 120: 1505-1510; Gokら, BMJ 2010; 340:c1040）。しかしながら、ＨＰＶ自己サンプリングに対し、ｈｒＨＰＶ陽性の女性をＣＩＮ２／３以上の病変および上皮内腺癌を患うものとそれを患っていないものとに分類するトリアージツールが必要とされる。従来の細胞診が自己採取した頸膣標本に確実に実行することができないが（Brinkら, J Clin Microbiol 2006; 44:2518-23）、ＤＮＡメチル化解析は、自己採取した頸膣洗浄物に適用することができる（Eijsinkら, Gynecol Oncol 2011; 120:280-3）。重要なことに、この発見は、メチル化マーカーＦＡＭ１９Ａ４およびＰＲＤＭ１４が自己採取の頸膣洗浄標本だけではなく、自己採取の膣ブラシサンプルにも適用されても、潜在的なＣＩＮ２＋を検出できることを示している。自己採取の膣ブラシサンプルは、従来の既知マーカーがしばしば低い臨床的感度で行われている標本である。したがって、ＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４マーカーは、医師採取の子宮頸部塗抹標本、自己採取の洗浄サンプルおよび自己採取の掻き取りサンプルに対し、同等に機能する汎用検出マーカーとして見なすことができる。
【誤訳訂正２１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８９】
これらのデータは、自己採取した膣ブラシサンプルおよび自己採取した頸膣洗浄標本の両方から得られた自己採取材料に対するＰＲＤＭ１４およびＦＡＭ１９Ａ４プロモーターのメチル化解析が十分可能であり、潜在的な高度子宮頸部疾患の検出を向上できることを示している。特に、ＦＡＭ１９Ａ４は、自己採取した膣ブラシサンプルおよび自己採取した頸膣洗浄標本の両方において、他のメチル化マーカーまたはＨＰＶ１６／１８の遺伝子型判定を超える高感度および高特異度（７０％、７０％）を達成した。ＦＡＭ１９Ａ４を単独に使用する場合に比べて、ＦＡＭ１９Ａ４およびＨＳＡ−ミール１２４−２の組合わせ解析は、５０％および６０％の特異度で優れていることを示した。
【誤訳訂正２２】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＰＶ誘発の高度子宮頸部前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食子宮頸部癌の改善された検出方法であって、
前記方法は、子宮頸部細胞におけるＦＡＭ１９Ａ４遺伝子のプロモーターのメチル化およびｈｓａ−ｍｉＲ１２４−２のプロモーターのメチル化の検出を含み、
前記ＦＡＭ１９Ａ４遺伝子のプロモーターのメチル化およびｈｓａ−ｍｉＲ１２４−２のプロモーターのメチル化は、ＨＰＶ誘発の高度子宮頸部前癌病変およびＨＰＶ誘発の侵食子宮頸部癌の有無を示し、
ここにおいて、メチル化されたＤＮＡの測定量が正常対照平均比率などの所定のカットオフ値を超えた場合に陽性と判断される、方法。
【請求項２】
前記ＨＰＶ誘発の侵食子宮頸部癌は、ハイリスク型ＨＰＶ誘発の侵食子宮頸部癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＦＡＭ１９Ａ４遺伝子のプロモーターのメチル化およびｈｓａ−ｍｉＲ１２４−２のプロモーターのメチル化は、進行ＣＩＮ３病変の有無を示す、請求項１または２に記載の前記方法。
【請求項４】
前記ＦＡＭ１９Ａ４遺伝子のプロモーターのメチル化は、配列番号９におけるＣｐＧに富む配列から検出される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＦＡＭ１９Ａ４遺伝子のプロモーターのメチル化は、同等な正常細胞と比較して、被検細胞におけるＦＡＭ１９Ａ４のＣｐＧに富むプロモーターの増加したメチル化である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
メチル化の検出において、ＢｓｓＨＩＩ、ＭｓｐＩ、ＮｏｔＩおよびＨｐａＩＩからなる群から選択されるメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼが用いられる、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
メチル化の検出において、ＤＮＡの亜硫酸水素塩修飾に基づくメチル化特異的ＰＣＲが行われ、続いてＣｐＧに富む配列を標的にする特異的ＰＣＲ反応が行われる、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
配列番号９で表される核酸配列ＦＡＭ１９Ａ４遺伝子に結合する核酸プローブまたはプライマーが使用される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸プローブまたはプライマーは、検出可能な標識を有する、請求項８に記載の方法。