【手続補正書】
【提出日】令和1年12月13日(2019.12.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
＜引用による組み込み＞
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］  被験体の細胞により標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによって被験体の結節性硬化症を処置する方法であって、
ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
被験体の細胞を、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
［項目２］  保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はツベリンタンパク質をコードし、
前記方法は、
細胞を、ツベリンタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、方法。
［項目３］  標的タンパク質はツベリンである、項目１に記載の方法。
［項目４］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、項目１に記載の方法。
［項目５］  細胞は、ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する、項目２に記載の方法。
［項目６］  標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、又は非機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、項目１〜５のいずれか１つに記載の方法。
［項目７］  被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、
ここで、被験体は、
ａ．
ｉ．標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ｉｉ．標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
ｉｉｉ．標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
ｂ．
ｉ．標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ｉｉ．標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
ｉｉｉ．標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子ａ．ｉｉｉ．を有するとき、第２の変異対立遺伝子はｂ．ｉ．あるいはｂ．ｉｉ．であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子ｂ．ｉｉｉ．を有するとき、第１の変異対立遺伝子はａ．ｉ．あるいはａ．ｉｉ．であり、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ａ．ｉ．あるいはａ．ｉｉ．である第１の変異対立遺伝子、及び／又は、ｂ．ｉ．あるいはｂ．ｉｉ．である第２の変異対立遺伝子から転写される、項目１〜５のいずれか１つに記載の方法。
［項目８］  標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目９］  標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目１０］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１２］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、＋６から＋５００、＋６から＋４９５、又は＋６から＋１００の領域、又は、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、−１６から−５００、−１６から−４００、又は−１６から−１００の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１３］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、項目１〜９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１４］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目１〜１３のいずれか１つに記載の方法。
［項目１５］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２〜８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１〜１４のいずれか１つに記載の方法。
［項目１６］  アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡ又は標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１〜１５のいずれか１つに記載の方法。
［項目１７］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１〜１５のいずれか１つに記載の方法。
［項目１８］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、又は野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目１〜１７のいずれか１つに記載の方法。
［項目１９］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目１〜１８のいずれか１つに記載の方法。
［項目２０］  生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請求項１〜１９のいずれか１つに記載の方法。
［項目２１］  アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１〜２０のいずれか１つに記載の方法。
［項目２２］  アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１〜２１のいずれか１つに記載の方法。
［項目２３］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目１〜２２のいずれか１つに記載の方法。
［項目２４］  アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目１〜２３のいずれか１つに記載の方法。
［項目２５］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目１〜２４のいずれか１つに記載の方法。
［項目２６］  それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目２５に記載の方法。
［項目２７］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、項目１〜２６のいずれか１つに記載の方法。
［項目２８］  アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１〜２７のいずれか１つに記載の方法。
［項目２９］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０９７〜５１０５から選択される配列内にある、項目１〜２８のいずれか１つに記載の方法。
［項目３０］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項１〜２９のいずれか１つに記載の方法。
［項目３１］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目１〜２９のいずれか１つに記載の方法。
［項目３２］  細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１〜３１のいずれか１つに記載の方法。
［項目３３］  最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、項目３２に記載の方法。
［項目３４］  細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１〜３１のいずれか１つに記載の方法。
［項目３５］  ２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項３４に記載の方法。
［項目３６］  疾病は疾患又は障害である、項目５〜３５のいずれか１つに記載の方法。
［項目３７］  疾患又は障害は結節性硬化症である、項目３６に記載の方法。
［項目３８］  標的タンパク質とＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＴＳＣ２遺伝子によってコードされる、請求項３７に記載の方法。
［項目３９］  前記方法はＴＳＣ２タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目１〜３８のいずれか１つに記載の方法。
［項目４０］  アンチセンスオリゴマーはツベリンＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へ結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、及び５７から選択された配列内にある、項目１〜３９のいずれか１つに記載の方法。
［項目４１］  被験体はヒトである、項目１〜４０のいずれか１つに記載の方法。
［項目４２］  被験体はヒト以外の動物である、項目１〜４０のいずれか１つに記載の方法。
［項目４３］  被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
［項目４４］  細胞はエクスビボである、項目１〜４２のいずれか１つに記載の方法。
［項目４５］  アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、項目１〜４２のいずれか１つに記載の方法。
［項目４６］  ５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１〜４５のいずれか１つに記載の方法。
［項目４７］  保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１〜４６のいずれか１つに記載の方法。
［項目４８］  項目１〜３９のいずれか１つの方法に使用されるアンチセンスオリゴマー。
［項目４９］  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマー。
［項目５０］  項目４８又は４９のアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物。
［項目５１］  皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目５０に記載の医薬組成物を投与することによって、被験体を処置する方法。
［項目５２］  不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡに関係する被験体の結節性硬化症を処置するために細胞によって標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
ここで、不足しているタンパク質又は機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の構成的スプライシングを増強し、
ここで、標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは、
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
ここで、機能的ＲＮＡは、
（ａ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｂ）被験体において不足している機能的ＲＮＡを機能的に増強又は交換する、補償する機能的ＲＮＡであり、
ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの生成又は活性を増加させる、組成物。
［項目５３］  被験体においてツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体がツベリンタンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
［項目５４］  疾病は疾患又は障害である、項目５３に記載の組成物。
［項目５５］  疾患又は障害は結節性硬化症である、項目５４に記載の組成物。
［項目５６］  標的タンパク質とＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＴＳＣ２遺伝子によってコードされる、請求項５５に記載の組成物。
［項目５７］  アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５２〜５６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目５８］  アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から＋１００の領域、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６から−１００の領域、の内部の保持されたイントロンにある、項目５２〜５７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目５９］  アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約５００、４００、３００、２００、又は１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００、２００、３００、４００、又は５００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５２〜５６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６０］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、項目５２〜５６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６１］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目５２〜６０のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６２］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２〜８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目５２〜６１のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６３］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目５２〜６２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６４］  アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮＡ又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目５２〜６２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６５］  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、又は野生型のｍＲＮＡ前駆体からの部分的なスプライシングによって生成された、項目５２〜６４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６６］  標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目５２〜６５のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６７］  生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、項目５２〜６６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６８］  保持されたイントロンは律速イントロンである、項目５２〜６７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６９］  前記保持されたイントロンは前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである、項目５２〜６８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７０］  保持されたイントロンは前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである、項目５２〜６８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７１］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目５２〜７０のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７２］  前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目５２〜７１のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７３］  アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目５２〜７２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７４］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目５２〜７３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７５］  それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目７４に記載の組成物。
［項目７６］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、項目５２〜７５のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７７］  アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目５２〜７６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７８］  アンチセンスオリゴマーは、ツベリン  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０９７〜５１０５から選択される配列内にある、項目５２〜７７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目７９］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項５２〜７８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８０］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目５２〜７８のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８１］  項目５２〜８０の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー及び賦形剤を含む医薬組成物。
［項目８２］  皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目８１に記載の医薬組成物を投与することによって被験体を処置する方法。
［項目８３］  不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、
医薬組成物。
［項目８４］  不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物は、ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、項目８３に記載の医薬組成物。
［項目８５］  ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、項目８３又は８４に記載の医薬組成物。
［項目８６］  ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目８３〜８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目８７］  ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２〜８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目８３〜８６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目８８］  アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目８３〜８７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目８９］  アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目８３〜８８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９０］  アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、項目８３〜８９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９１］  アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目８３〜９０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９２］  アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基を含む、項目８３〜９１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９３］  アンチセンスオリゴマーは、ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目８３〜９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９４］  ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０９７〜５１０５から選択される配列内にある、項目８３〜９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９５］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項８３〜９４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９６］  アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目８３〜９４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９７］  医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目８３〜９５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
［項目９８］  ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＴＳＣ２  ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）アンチセンスオリゴマーを不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物が、ツベリンタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程と、
（ｃ）ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＴＳＣ２  ｍＲＮＡ転写産物を生成するために不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む、方法。
［項目９９］  保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目９８に記載の方法。
［項目１００］  不足しているＴＳＣ２  ｍＲＮＡの転写産物は、ＴＳＣ２  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、項目９８又は９９に記載の方法。
［項目１０１］  ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法であって、
前記方法は、
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９〜５０９６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ツベリンをコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む医薬組成物であって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞においてＡＳＯがＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に結合することにより、保持されたイントロンは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させる、前記医薬組成物。
【請求項２】
医薬として使用するための、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
被検体において結節性硬化症の処置に使用するための、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６の領域内にある、請求項１〜３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２〜８から選択される配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０９７〜５１０５から選択される配列内にある、請求項１〜５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
ＡＳＯが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０１、９〜４００、又は４０２〜５０９６から選択される配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性である配列を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
ツベリンが、同等の野生型タンパク質と比較して：
ｉ）  機能が低下した形態；又は
ｉｉ）  十分に機能的な形態、
で生成される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
ＡＳＯが、ホスホロチオエート結合若しくはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾；又は修飾された糖部若しくは糖アナログを含み、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル部分、２’−フルオロ部分、又は２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含んでいてもよい、請求項１〜８のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
ＡＳＯが、８〜５０の核酸塩基から成る、請求項１〜９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足している、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、ツベリンの量の不足は、ツベリンのハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被検体は、機能的なツベリンをコードする第１の対立遺伝子、及びツベリンが生成されない第２の対立遺伝子又は非機能的なツベリンをコードする第２の対立遺伝子を有し、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、被検体は、第１の変異対立遺伝子及び第２の変異対立遺伝子を有し、ツベリンは、
ａ．  第１の変異対立遺伝子から：
ｉ．  野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
ｉｉ．  同等の野生型ツベリンと比較して機能が低下した形態で生成される；又は
ｉｉｉ．  生成されない、及び
ｂ．  第２の変異対立遺伝子から：
ｉ．  野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベル生成される；
ｉｉ．  同等の野生型ツベリンと比較して機能が低下した形態で生成される；又は
ｉｉｉ．  生成されない、
ここで、被検体が第１の変異対立遺伝子ａ．ｉｉｉ．を有する場合、第２の変異対立遺伝子はｂ．ｉ．又はｂ．ｉｉ．であり、被検体が第２の変異対立遺伝子ｂ．ｉｉｉ．を有する場合、第１の変異対立遺伝子はａ．ｉ．又はａ．ｉｉ．であり、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ａ．ｉ．若しくはａ．ｉｉ．である第１の変異対立遺伝子又はｂ．ｉ．若しくはｂ．ｉｉ．である第２の変異対立遺伝子から転写される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
ＡＳＯが、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射によって投与される、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
ＡＳＯが、ツベリンをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することによって細胞内のツベリン又はツベリンをコードするｍＲＮＡの量を増加させない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の医薬組成物。