【手続補正書】
【提出日】令和2年9月15日(2020.9.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物に関係する分類群のセットに関連した腸関係の状態のパネルを特徴付けるためのシステムであって、以下：
・前記腸関係の状態のパネルに関連した前記分類群のセットについての参照相対存在量範囲のセットを含む分類学的データベース；
・生物学的材料からユーザーについての微生物配列データセットを決定するように作動可能なシーケンサーシステムを含む、前記ユーザー由来の前記生物学的材料を含む容器を収集するように作動可能なハンドリングシステム；
・以下：
○前記微生物配列データセットに基づいて、前記ユーザーについての前記分類群のセットについてのユーザー相対存在量範囲のセットを決定し；
○前記ユーザー相対存在量範囲のセットと前記参照相対存在量範囲のセットとの比較を生成し；
○前記比較に基づいて、前記ユーザーについての前記腸関係の状態のパネルについてのパネル特徴付けを決定する
ように作動可能なパネル特徴付けシステム；および
・前記パネル特徴付けに基づいて、前記腸関係の状態のパネルの腸関係の状態についての治療を奨励するように作動可能な処置システム
を含む、システム。
【請求項２】
前記分類学的データベースが、以下：
・前記腸関係の状態のパネルに関連した分類群の標的セットを決定すること；
・参照マーカーのセットを決定すること；および
・前記参照マーカーのセットと前記分類群の標的セットとの比較に基づいて選択された前記分類群のセットについての前記参照相対存在量範囲のセットを決定すること
から導かれた前記参照相対存在量範囲のセットを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記参照マーカーのセットを決定することが、複数の分類学的群にわたって共有されたマーカー特徴に基づいて選択されたプライマーのセットから導かれた予測リードに基づいて、前記参照マーカーのセットを決定することを含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記参照マーカーのセットと前記分類群の標的セットとの前記比較が、前記予測リードと、前記分類群の標的セットに関連した参照微生物配列との間の配列類似性を含む、請求項３に記載のシステム。
【請求項５】
前記ハンドリングシステムが、前記プライマーのセットのプライマーを使用する前記生物学的材料由来の核酸の増幅に基づいて、前記微生物配列データセットを決定するように作動可能であり、前記プライマーが、前記腸関係の状態に関連した分類学的群に対応する微生物配列を標的とし、前記分類群のセットが前記分類学的群を含む、請求項３に記載のシステム。
【請求項６】
前記処置システムが、前記パネル特徴付けに基づいた消耗品治療の提供を促進するように作動可能であり、前記消耗品治療が、前記腸関係の状態の状況の改善を奨励する際に、前記腸関係の状態に関連したマイクロバイオーム組成およびマイクロバイオーム機能の少なくとも１つについて前記ユーザーに影響を及ぼすように作動可能である、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記分類群のセットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）の少なくとも１つを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項８】
前記分類群のセットが、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉ���ｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）の少なくとも１つをさらに含む、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
前記治療が、前記腸関係の状態についてのプロバイオティクス関係の治療を含み、前記プロバイオティクス関係の治療が、前記分類群のセットに関連付けられ、前記処置システムが、前記分類群のセット由来の分類学的群に関連した前記プロバイオティクス関係の治療を奨励するためのインターフェースを含む、請求項８に記載のシステム。
【請求項１０】
ユーザーについての微生物配列データセットを、分類群のセットに関連した微生物関係の状態のパネルの指標とする方法であって、以下：
・前記分類群のセットに関連した参照フィーチャーを含む分類学的データベースを生成すること；
・ユーザーから収集された生物学的試料に基づいて、前記ユーザーについての微生物配列データセットを生成すること；
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記ユーザーについてのパネル関連フィーチャーのセットを抽出すること；
・前記参照フィーチャーと前記ユーザーについての前記パネル関連フィーチャーのセットとの比較を決定すること；
・前記比較に基づいて、前記微生物関係の状態のパネルに関して前記ユーザーについてのパネル特徴付けを決定すること；
を含み、前記パネル特徴付けは、前記微生物関係の状態のパネルの微生物関係の状態についての治療が奨励されるべきかどうかを示す、方法。
【請求項１１】
前記パネル特徴付けは、プロバイオティクス消耗品が前記ユーザーに奨励されるべきかどうかを示し、前記プロバイオティクス消耗品が、前記微生物関係の状態のパネルの複数の前記微生物関係の状態を改善させるように作動可能である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ユーザーの食事行動に関連した食事関連の補足的データセットを収集することをさらに含み、前記食事関連の補足的データセットおよび前記パネル特徴付けに基づいて、前記プロバイオティクス消耗品が前記ユーザーに奨励される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記パネル関連フィーチャーのセットのマイクロバイオーム組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオーム機能多様性フィーチャーを抽出することを含み、前記比較を決定することが、前記参照フィーチャーの、前記マイクロバイオーム組成多様性フィーチャーおよび前記マイクロバイオーム機能多様性フィーチャーとの比較を決定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記微生物関係の状態のパネルが、抗生物質に関連した腸関係の状態のセットを含み、前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記パネル関連フィーチャーのセットのマイクロバイオーム薬理ゲノミクスフィーチャーを抽出することを含み、前記マイクロバイオーム薬理ゲノミクスフィーチャーに基づいて、前記腸関係の状態のセットについての抗生物質関連治療が奨励される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、マイクロバイオーム組成フィーチャーの存在、前記マイクロバイオーム組成フィーチャーの非存在、前記分類群のセットの分類学的群についての相対存在量、分類学的フィーチャーおよび機能フィーチャーを含むマイクロバイオーム組成の多様性、前記分類群のセットに関連した少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類学的群の間での相互作用、および前記分類学的群の間での系統学的距離の少なくとも１つに関連しているような前記パネル関連フィーチャーのセットを決定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
以下：
・前記分類学的データベースを生成することが、前記分類群のセットについての参照相対存在量範囲のセットを決定することを含み、前記参照相対存在量範囲のセットが、前記微生物関係の状態のパネルに関連付けられ、
・前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記分類群のセットについてのユーザー相対存在量範囲のセットを抽出することを含み、
・前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、前記参照相対存在量範囲のセットと前記ユーザー相対存在量範囲のセットとの比較を決定することを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記分類群のセットについての前記参照相対存在量範囲のセットを決定することが、以下：
・ユーザーの集団についての補足的生物学的試料のセットおよび補足的データセットのセットを収集すること；
・前記微生物関係の状態のパネルに関連したプライマーのセットを使用して、前記補足的生物学的試料のセットを処理して、補足的微生物配列データセットを生成すること；ならびに
・前記補足的微生物配列データセットおよび前記補足的データセットのセットに基づいて、前記参照相対存在量範囲のセットを決定すること
を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、予測分析、多重仮説検定、ランダムフォレスト検定、主成分分析、有意性インデックス分析、リスクスコア分析、およびメタ分析の少なくとも１つを実施することを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記治療が、前記微生物関係の状態についてのプロバイオティクス関係の治療を含み、前記プロバイオティクス関係の治療が、前記分類群のセットに関連付けられ、前記分類群のセットが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）の少なくとも１つを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項２０】
前記分類群のセットが、以下：
Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ（種）、およびＷｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）の少なくとも１つをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記微生物関係の状態のパネルが、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘症、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎結石、心血管の健康、および不安症の少なくとも１つを含む、請求項１０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７１】
図は、好ましい実施形態、構成例、およびそれらのバリエーションによる、組成、方法、およびシステムの可能な実装のアーキテクチャ、機能性、および操作を例証する。一部の代替実装において、言及された機能が、図において言及された順序から外れて起こり得ることもまた留意されるべきである。例えば、連続して示された態様が、実際、実質的に同時に実行され得、またはその態様が、含まれる機能性に依存して、逆の順序で実行される場合がある。実施形態は、任意のバリエーション、例、および特定の例を含む、様々なシステムコンポーネントおよび様々な方法プロセスのあらゆる組み合わせおよび順列を含む。当業者は、前の詳述された記載から、ならびに図および特許請求の範囲から認識しているだろうように、実施形態に、その範囲から逸脱することなく、改変および変化を加えることができる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
微生物に関係する分類群のセットに関連した腸関係の状態のパネルを特徴付けるためのシステムであって、以下：
・前記腸関係の状態のパネルに関連した前記分類群のセットについての参照相対存在量範囲のセットを含む分類学的データベース；
・生物学的材料からユーザーについての微生物配列データセットを決定するように作動可能なシーケンサーシステムを含む、前記ユーザー由来の前記生物学的材料を含む容器を収集するように作動可能なハンドリングシステム；
・以下：
○前記微生物配列データセットに基づいて、前記ユーザーについての前記分類群のセットについてのユーザー相対存在量範囲のセットを決定し；
○前記ユーザー相対存在量範囲のセットと前記参照相対存在量範囲のセットとの比較を生成し；
○前記比較に基づいて、前記ユーザーについての前記腸関係の状態のパネルについてのパネル特徴付けを決定する
ように作動可能なパネル特徴付けシステム；および
・前記パネル特徴付けに基づいて、前記腸関係の状態のパネルの腸関係の状態についての治療を奨励するように作動可能な処置システム
を含む、システム。
(項目２)
前記分類学的データベースが、以下：
・前記腸関係の状態のパネルに関連した分類群の標的セットを決定すること；
・参照マーカーのセットを決定すること；および
・前記参照マーカーのセットと前記分類群の標的セットとの比較に基づいて選択された前記分類群のセットについての前記参照相対存在量範囲のセットを決定すること
から導かれた前記参照相対存在量範囲のセットを含む、項目１に記載のシステム。
(項目３)
前記参照マーカーのセットを決定することが、複数の分類学的群にわたって共有されたマーカー特徴に基づいて選択されたプライマーのセットから導かれた予測リードに基づいて、前記参照マーカーのセットを決定することを含む、項目２に記載のシステム。
(項目４)
前記参照マーカーのセットと前記分類群の標的セットとの前記比較が、前記予測リードと、前記分類群の標的セットに関連した参照微生物配列との間の配列類似性を含む、項目３に記載のシステム。
(項目５)
前記ハンドリングシステムが、前記プライマーのセットのプライマーを使用する前記生物学的材料由来の核酸の増幅に基づいて、前記微生物配列データセットを決定するように作動可能であり、前記プライマーが、前記腸関係の状態に関連した分類学的群に対応する微生物配列を標的とし、前記分類群のセットが前記分類学的群を含む、項目３に記載のシステム。
(項目６)
前記処置システムが、前記パネル特徴付けに基づいた消耗品治療の提供を促進するように作動可能であり、前記消耗品治療が、前記腸関係の状態の状況の改善を奨励する際に、前記腸関係の状態に関連したマイクロバイオーム組成およびマイクロバイオーム機能の少なくとも１つについて前記ユーザーに影響を及ぼすように作動可能である、項目１に記載のシステム。
(項目７)
前記分類群のセットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）の少なくとも１つを含む、項目１に記載のシステム。
(項目８)
前記分類群のセットが、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉ���ｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）の少なくとも１つをさらに含む、項目７に記載のシステム。
(項目９)
前記治療が、前記腸関係の状態についてのプロバイオティクス関係の治療を含み、前記プロバイオティクス関係の治療が、前記分類群のセットに関連付けられ、前記処置システムが、前記分類群のセット由来の分類学的群に関連した前記プロバイオティクス関係の治療を奨励するためのインターフェースを含む、項目８に記載のシステム。
(項目１０)
分類群のセットに関連した微生物関係の状態のパネルを特徴付けるための方法であって、以下：
・前記分類群のセットに関連した参照フィーチャーを含む分類学的データベースを生成すること；
・ユーザーから収集された生物学的試料に基づいて、前記ユーザーについての微生物配列データセットを生成すること；
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記ユーザーについてのパネル関連フィーチャーのセットを抽出すること；
・前記参照フィーチャーと前記ユーザーについての前記パネル関連フィーチャーのセットとの比較を決定すること；
・前記比較に基づいて、前記微生物関係の状態のパネルに関して前記ユーザーについてのパネル特徴付けを決定すること；および
・前記パネル特徴付けに基づいて、前記微生物関係の状態のパネルの微生物関係の状態についての治療を奨励すること
を含む、方法。
(項目１１)
前記治療を奨励することが、前記パネル特徴付けに基づいて、プロバイオティクス消耗品を前記ユーザーに奨励することを含み、前記プロバイオティクス消耗品が、前記微生物関係の状態のパネルの複数の前記微生物関係の状態を改善させるように作動可能である、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
前記ユーザーの食事行動に関連した食事関連の補足的データセットを収集することをさらに含み、前記プロバイオティクス消耗品を奨励することが、前記食事関連の補足的データセットおよび前記パネル特徴付けに基づいて、前記プロバイオティクス消耗品を前記ユーザーに奨励することを含む、項目１１に記載の方法。
(項目１３)
前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記パネル関連フィーチャーのセットのマイクロバイオーム組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオーム機能多様性フィーチャーを抽出することを含み、前記比較を決定することが、前記参照フィーチャーの、前記マイクロバイオーム組成多様性フィーチャーおよび前記マイクロバイオーム機能多様性フィーチャーとの比較を決定することを含む、項目１０に記載の方法。
(項目１４)
前記微生物関係の状態のパネルが、抗生物質に関連した腸関係の状態のセットを含み、前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記パネル関連フィーチャーのセットのマイクロバイオーム薬理ゲノミクスフィーチャーを抽出することを含み、前記治療を奨励することが、前記マイクロバイオーム薬理ゲノミクスフィーチャーに基づいて、前記腸関係の状態のセットについての抗生物質関連治療を奨励することを含む、項目１０に記載の方法。
(項目１５)
前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、マイクロバイオーム組成フィーチャーの存在、前記マイクロバイオーム組成フィーチャーの非存在、前記分類群のセットの分類学的群についての相対存在量、分類学的フィーチャーおよび機能フィーチャーを含むマイクロバイオーム組成の多様性、前記分類群のセットに関連した少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類学的群の間での相互作用、および前記分類学的群の間での系統学的距離の少なくとも１つに関連しているような前記パネル関連フィーチャーのセットを決定することを含む、項目１０に記載の方法。
(項目１６)
以下：
・前記分類学的データベースを生成することが、前記分類群のセットについての参照相対存在量範囲のセットを決定することを含み、前記参照相対存在量範囲のセットが、前記微生物関係の状態のパネルに関連付けられ、
・前記パネル関連フィーチャーのセットを抽出することが、前記微生物配列データセットに基づいて、前記分類群のセットについてのユーザー相対存在量範囲のセットを抽出することを含み、
・前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、前記参照相対存在量範囲のセットと前記ユーザー相対存在量範囲のセットとの比較を決定することを含む、項目１５に記載の方法。
(項目１７)
前記分類群のセットについての前記参照相対存在量範囲のセットを決定することが、以下：
・ユーザーの集団についての補足的生物学的試料のセットおよび補足的データセットのセットを収集すること；
・前記微生物関係の状態のパネルに関連したプライマーのセットを使用して、前記補足的生物学的試料のセットを処理して、補足的微生物配列データセットを生成すること；ならびに
・前記補足的微生物配列データセットおよび前記補足的データセットのセットに基づいて、前記参照相対存在量範囲のセットを決定すること
を含む、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
前記参照フィーチャーと前記パネル関連フィーチャーのセットとの前記比較を決定することが、予測分析、多重仮説検定、ランダムフォレスト検定、主成分分析、有意性インデックス分析、リスクスコア分析、およびメタ分析の少なくとも１つを実施することを含む、項目１５に記載の方法。
(項目１９)
前記治療を奨励することが、前記微生物関係の状態についてのプロバイオティクス関係の治療を奨励することを含み、前記プロバイオティクス関係の治療が、前記分類群のセットに関連付けられ、前記分類群のセットが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）の少なくとも１つを含む、項目１０に記載の方法。
(項目２０)
前記分類群のセットが、以下：
Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ（種）、およびＷｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）の少なくとも１つをさらに含む、項目１９に記載の方法。
(項目２１)
前記微生物関係の状態のパネルが、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘症、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎結石、心血管の健康、および不安症の少なくとも１つを含む、項目１０に記載の方法。
(項目２２)
前記微生物関係の特徴付けパネルを特徴付けることが、腸関係の状態のパネルと診断することおよびそれを処置することの少なくとも１つを含む、項目１０に記載の方法。