【手続補正書】
【提出日】令和2年6月8日(2020.6.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１象限の転帰、第２象限の転帰、第３象限の転帰および第４象限の転帰のうちの少なくとも１つから転帰を選択すること、ならびに
第１の転帰の選択に応じて、第１の５’切断されたＬＣＲを含む第１のウイルス送達系を得ることであって、前記第１の５’切断されたＬＣＲが約５５０塩基対未満の断片長を含む、こと、
第２の転帰の選択に応じて、少なくとも１つのイニシエータータンパク質および第２の５’切断されたＬＣＲを含む第２のウイルス送達系を得ることであって、前記第２の５’切断されたＬＣＲが約５５０塩基対未満の断片長を含む、こと、
第３の転帰の選択に応じて、少なくとも１つのイニシエータータンパク質、および全長ＬＣＲまたは第３の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つを含む第３のウイルス送達系を得ることであって、前記第３の５’切断されたＬＣＲが約５５０塩基対を超える断片長を含む、こと、または
第４の転帰の選択に応じて、全長ＬＣＲまたは第４の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つを含む第４のウイルス送達系を得ることであって、前記第４の５’切断されたＬＣＲが約５５０塩基対を超える断片長を含む、こと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、ＡＰ１転写因子結合部位またはその任意のタンパク質を欠く、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、１個以下のＡＰ１転写因子結合部位またはそのタンパク質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、２個以下のＡＰ１転写因子結合部位またはそのタンパク質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第３の５’切断されたＬＣＲおよび前記第４の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、少なくとも１個のＡＰ１転写因子結合部位を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、約２００塩基対未満の長さを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、約２００塩基対から約３００塩基対の長さを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、約３００塩基対から約５５０塩基対の長さを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記第３の５’切断されたＬＣＲおよび前記第４の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、約５５０塩基対から約７００塩基対の長さを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、配列番号３、４および５のいずれか１つと少なくとも８０％の配列同一性を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１の５’切断されたＬＣＲおよび前記第２の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、配列番号３、４および５のいずれか１つを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記全長ＬＣＲ、前記第３の５’切断されたＬＣＲまたは前記第４の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、配列番号１および２のいずれか１つと少なくとも８０％の配列同一性を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記全長ＬＣＲ、前記第３の５’切断されたＬＣＲまたは前記第４の５’切断されたＬＣＲのうちの少なくとも１つは、配列番号１および２のいずれか１つを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
細胞と、前記第１のウイルス送達系、前記第２のウイルス送達系、前記第３のウイルス送達系または前記前記第４のウイルス送達系を接触させることをさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第１のウイルス送達系および前記第２のウイルス送達系は第１の遺伝子カーゴをさらに含み、前記第３のウイルス送達系および前記第４２のウイルス送達系は第２の遺伝子カーゴをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞と、前記第１のウイルス送達系を接触させることが、細胞当たり約０．０２よりも多くの前記第１の遺伝子カーゴの基底エピソームコピーをもたらす、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞と、前記第４のウイルス送達系を接触させることが、細胞当たり約０．０２未満の前記第１の遺伝子カーゴの基底エピソームコピーをもたらす、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記転帰が処置経過または生理学的転帰のうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
前記第１象限の転帰が遺伝子編集または安全性研究のうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記第２象限の転帰が、細胞リプログラミング、長期作用成長因子またはチェックポイント抑制のうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記第３象限の転帰が、受動免疫、免疫刺激または転写／分化因子のうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記第４象限の転帰が、プラセボ対照または用量増加のうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３８】
本発明のある特定の好ましい実施形態を本明細書において記載し、具体的に例示してきたが、本発明がこのような実施形態に限定されることを意図してはいない。これに対する様々な修正が、本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく行われ得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
ａ．欠陥のあるインテグラーゼ遺伝子を含有するウイルス担体、
ｂ．異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点、
ｃ．前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列であって、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列の発現が誘導性である、配列、および
ｄ．少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡ
を含む、非組み込みウイルス送達系。
(項目２)
前記ウイルス担体がレンチウイルスである、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目３)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点がパピローマウイルスに由来する、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目４)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点がヒトパピローマウイルスまたはウシパピローマウイルスに由来する、項目３に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目５)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点がヒトパピローマウイルス１６型（ＨＰＶ１６）に由来する、項目４に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目６)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点がＨＰＶ１６の長制御領域（ＬＣＲ）に由来する、項目５に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目７)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が配列番号１を含む、項目６に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目８)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が配列番号１の５’トランケーションを含む、項目６に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目９)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、配列番号１の少なくとも約２００ヌクレオチド、または少なくとも約３００ヌクレオチド、または少なくとも約４００ヌクレオチド、または少なくとも約５００ヌクレオチド、または少なくとも約６００ヌクレオチド、または少なくとも約７００ヌクレオチドの５’トランケーションを含む、項目６に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１０)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、ＨＰＶ１６の前記ＬＣＲのＦｒａｇ１（配列番号２）、Ｆｒａｇ２（配列番号３）、Ｆｒａｇ３（配列番号４）、またはＦｒａｇ４（配列番号５）と少なくとも約８０％の配列同一性、または少なくとも約８５％の配列同一性、または少なくとも約９０％の配列同一性、または少なくとも約９５％の配列同一性、または少なくとも約９８％の配列同一性を含む、項目６に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１１)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、ＨＰＶ１６の前記ＬＣＲのＦｒａｇ１（配列番号２）、Ｆｒａｇ２（配列番号３）、Ｆｒａｇ３（配列番号４）、またはＦｒａｇ４（配列番号５）を含む、項目６に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１２)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質がＥ１またはその作動可能な断片を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１３)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質がＥ２またはその作動可能な断片を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１４)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質がＥＢＮＡ−１またはその作動可能な断片を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１５)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも２つのイニシエータータンパク質を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１６)
前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも２つのイニシエータータンパク質がＥ１およびＥ２またはそれらの作動可能な断片である、項目１５に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１７)
前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列が単一の別個のプラスミドまたは非組み込みウイルスベクターに存在する、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１８)
前記系が、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも２つのイニシエータータンパク質を含み、前記少なくとも２つのイニシエータータンパク質をコードする配列が、単一の別個のプラスミドまたは非組み込みウイルスベクターに存在する、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目１９)
前記系が、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも２つのイニシエータータンパク質を含み、ここで、第１のイニシエータータンパク質のための配列および第２のイニシエータータンパク質のための配列が、別個のプラスミドまたは非組み込みウイルスベクターに存在する、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目２０)
前記少なくとも１つの遺伝子産物が、抗体、抗体断片、または増殖因子を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目２１)
前記抗体が、抗ＨＥＲ２抗体またはその断片を含む、項目２０に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目２２)
前記増殖因子が、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）またはそのバリアントを含む、項目２０に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目２３)
前記ｍｉＲＮＡが、ＣＣＲ５  ｍｉＲＮＡを含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目２４)
項目１に記載の前記非組み込みウイルス送達系および少なくとも１つの薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
(項目２５)
少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡを細胞中で発現させる方法であって、
前記細胞を、有効量の非組み込みウイルス送達系に接触させること
を含み、ここで、前記系が、
ｉ．欠陥のあるインテグラーゼ遺伝子を含有するウイルス担体、
ｉｉ．異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点、
ｉｉｉ．前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列であって、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列の発現が誘導性である、配列、および
ｉｖ．少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡ
を含む、方法。
(項目２６)
少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡを、それを必要とする対象中で発現させる方法であって、
前記対象に、有効量の非組み込みウイルス送達系を投与することを含み、ここで、前記系が、
ｉ．欠陥のあるインテグラーゼ遺伝子を含有するウイルス担体、
ｉｉ．異種ウイルスエピソーム複製起点、
ｉｉｉ．異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列であって、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に特異的な前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列の発現が誘導性である、配列、および
ｉｖ．少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡ
を含む、方法。
(項目２７)
前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質をコードする配列が、単一の別個のプラスミドに存在し、前記少なくとも１つのイニシエータータンパク質が、Ｅ１またはＥ２である、項目２６に記載の方法。
(項目２８)
前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの第１の発現レベルを開始させるための第１の量の前記単一の別個のプラスミドを、それを必要とする前記対象に投与することをさらに含む、項目２７に記載の方法。
(項目２９)
前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの第２の発現レベルを開始させるための第２の量の前記単一の別個のプラスミドを、それを必要とする前記対象に投与することをさらに含む、項目２８に記載の方法。
(項目３０)
前記第２の量が前記第１の量より低いとき、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの発現レベルが減少する、項目２９に記載の方法。
(項目３１)
前記第２の量が前記第１の量より高いとき、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの発現レベルは増加する、項目２９に記載の方法。
(項目３２)
前記系が、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの低レベルの基底発現を生じるように最適化されており、ここで、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、配列番号１またはＨＰＶ１６のＬＣＲのＦｒａｇ１（配列番号２）と少なくとも約８０％の配列同一性、または少なくとも約８５％の配列同一性、または少なくとも約９０％の配列同一性、または少なくとも約９５％の配列同一性、または少なくとも約９８％の配列同一性を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目３３)
前記系が、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの低レベルの基底発現を生じるように最適化されており、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、配列番号１またはＨＰＶ１６のＬＣＲのＦｒａｇ１（配列番号２）を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目３４)
前記系が、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの中等度レベルの基底発現を生じるように最適化されており、ここで、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、ＨＰＶ１６のＬＣＲのＦｒａｇ２（配列番号３）、Ｆｒａｇ３（配列番号４）、またはＦｒａｇ４（配列番号５）と少なくとも約８０％の配列同一性、または少なくとも約８５％の配列同一性、または少なくとも約９０％の配列同一性、または少なくとも約９５％の配列同一性、または少なくとも約９８％の配列同一性を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目３５)
前記系が、前記少なくとも１つの目的の遺伝子、遺伝子産物、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他のＲＮＡの中等度レベルの基底発現を生じるように最適化されており、前記異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点が、ＨＰＶ１６のＬＣＲのＦｒａｇ２（配列番号３）、Ｆｒａｇ３（配列番号４）、またはＦｒａｇ４（配列番号５）を含む、項目１に記載の非組み込みウイルス送達系。
(項目３６)
最適化された非組み込みウイルス送達系を選択する方法であって、
基底発現レベルを選択すること
を含み、ここで、レベルＸが選択されるとき、対応するＹが選択され、ここでＹは、前記非組み込みウイルス送達系に組み入れられるように選択される異種ウイルスエピソームＤＮＡ複製起点に対応し、
Ｘ＝カーゴの基底発現の第１の規定されたレベルの場合、Ｙは、ＬＣＲ（配列番号１）またはＦｒａｇ１（配列番号２）を含み、
Ｘ＝カーゴの基底発現の第２の規定されたレベルの場合、Ｙは、ＨＰＶ１６のＬＣＲのＦｒａｇ２（配列番号３）、Ｆｒａｇ３（配列番号４）、またはＦｒａｇ４（配列番号５）を含む、方法。
(項目３７)
前記第１の規定されたレベルが、１細胞当たり０．０２０未満のカーゴのエピソームコピーを含む、項目３６に記載の方法。
(項目３８)
前記第２の規定されたレベルが、１細胞当たり０．０２０またはそれよりも高いカーゴのエピソームコピーを含む、項目３６に記載の方法。