【手続補正書】
【提出日】令和2年9月18日(2020.9.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（I）の化合物、またはその塩、メソメリー形態：
【化１】
2020504074.tif 000001
［式中、R1は
【化２】
2020504074.tif 000002
であり、ここで、R1は、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C-カルボキシ、O-カルボキシ、C-アミド、N-アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S-スルホンアミド、N-スルホンアミド、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリール、任意に置換されたシクロアルキル、および任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択される1つ以上の置換基で任意に置換され；
各R2、R3、R4、およびR5は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C-カルボキシ、O-カルボキシ、C-アミド、N-アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S-スルホンアミド、N-スルホンアミド、任意に置換されたカルボシクリル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールおよび任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択され；
R6は、カルボキシル、-C(O)OR12、または-C(O)NR13R14で置換されたアルキルであり；
R9はHであり；
各R10a、R10bおよびR10cは、独立して、アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アミノアルキル、ハロアルキル、ヘテロアルキル、アルコキシアルキル、およびスルホニルヒドロキシドからなる群より選択され；
各R7およびR8は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C-カルボキシ、O-カルボキシ、C-アミド、N-アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S-スルホンアミド、N-スルホンアミド、任意に置換されたカルボシクリル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールおよび任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択され；
Xは、O、S、NR11、およびSeからなる群より選択され；
R11は、H、アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アミノアルキル、カルボキシアルキル、スルホナトアルキル、ハロアルキル、ヘテロアルキル、アルコキシアルキル、スルホ、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリール、任意に置換されたカルボシクリル、および任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択され；
R12は、任意に置換されたアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリール、および任意に置換された3〜7員シクロアルキルからなる群より選択され；
各R13およびR14は、独立して、H、任意に置換されたアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールおよび任意に置換された3〜7員シクロアルキルから選択され；ならびに
実線と破線とで表される結合
2020504074.tif 000003
は、単結合および二重結合からなる群より選択されるが、ただし、
2020504074.tif 000004
が二重結合の場合、R3は存在しない］。
【請求項２】
R1が
【化３】
2020504074.tif 000005
である、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
XがOである、請求項２に記載の化合物。
【請求項４】
XがSである、請求項２に記載の化合物。
【請求項５】
R1が
【化４】
2020504074.tif 000006
である、請求項１に記載の化合物。
【請求項６】
R1が
【化５】
2020504074.tif 000007
である、請求項１に記載の化合物。
【請求項７】
以下からなる群より選択される、請求項１に記載の化合物：
【化６】
2020504074.tif 000008
2020504074.tif 000009
2020504074.tif 000010
、ならびにそれらの塩、メソメリー形態。
【請求項８】
請求項１に記載の化合物で標識されたヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
前記化合物が、R6を介して前記ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドに共有結合している、請求項８に記載の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
前記化合物が、R10a、R10bまたはR10cを介して前記ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドに共有結合しており、ここでR10a、R10bまたはR10cが置換アルキルである、請求項８に記載の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
前記化合物が、リンカー部位を介して、前記ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドのピリミジン塩基のC5位もしくは7-デアザプリン塩基のC7位に結合している、請求項８に記載の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドのリボースもしくはデオキシリボース糖に共有結合している3'-OHブロッキング基をさらに含む、請求項８に記載の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
1つ以上のヌクレオチドを含むキットであって、ここで少なくとも1つのヌクレオチドが請求項８に記載の標識ヌクレオチドである、キット。
【請求項１４】
2つ以上の標識ヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のキット。
【請求項１５】
前記標識ヌクレオチドのうちの2つが、単一レーザーを使用して励起される、請求項１３に記載のキット。
【請求項１６】
請求項８に記載のヌクレオチドを配列決定アッセイに組み込む工程を含む、配列決定方法。
【請求項１７】
前記ヌクレオチドを検出する工程をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
各R10a、R10bおよびR10cは、カルボキシル、カルボキシレート、スルホ、またはスルホネートで置換されたアルキルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
式（I）の化合物、またはその塩、メソメリー形態：
【化７】
2020504074.tif 000011
［式中、R1は
【化８】
2020504074.tif 000012
であり、ここで、R1は、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C-カルボキシ、O-カルボキシ、C-アミド、N-アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S-スルホンアミド、N-スルホンアミド、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリール、任意に置換されたシクロアルキル、および任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択される1つ以上の置換基で任意に置換され；
各R2、R3、R4、およびR5は、独立して、H、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C-カルボキシ、O-カルボキシ、C-アミド、N-アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S-スルホンアミド、N-スルホンアミド、任意に置換されたカルボシクリル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールおよび任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択され；
各R10a、R10bおよびR10cは、独立して、カルボキシル、カルボキシレート、スルホ、またはスルホネートで置換されたアルキルであり；
各R6およびR7は、それらが結合する分子とともに任意に置換された５〜１０員ヘテロシクリルを形成し；
R8は、H、アルキル、置換アルキル、アルコキシ、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アミノアルキル、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ヒドロキシアルキル、ヘテロアルキル、C‐カルボキシ、O‐カルボキシ、C‐アミド、N‐アミド、ニトロ、スルホニル、スルホ、スルフィノ、スルホネート、S‐スルホンアミド、N‐スルホンアミド、任意に置換されたカルボシクリル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールおよび任意に置換されたヘテロシクリルからなる群より選択され；ならびに
実線と破線とで表される結合
2020504074.tif 000013
は、単結合および二重結合からなる群より選択されるが、ただし、
2020504074.tif 000014
が二重結合の場合、R3は存在しない］。
【請求項２０】
各R6およびR7は、ともに、それらが結合する分子とともに任意に置換された６員ヘテロシクリルを形成する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
【化９】
2020504074.tif 000015
の構造を有する、請求項１９に記載の化合物、またはそれらの塩、メソメリー形態。
【請求項２２】
実線と破線とで表される結合
2020504074.tif 000016
は、単結合であり、R2およびR3のうち少なくとも１つはアルキルである、請求項２に記載の化合物。
【請求項２３】
R4およびR5のうち少なくとも１つはアルキルである、請求項２２に記載の化合物。
【請求項２４】
R10aは、カルボキシル、カルボキシレート、スルホ、またはスルホネートで置換されたアルキルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項２５】
実線と破線とで表される結合
2020504074.tif 000017
は、単結合であり、R2およびR3のうち少なくとも１つはアルキルである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２６】
R4およびR5のうち少なくとも１つはアルキルである、請求項２５に記載の化合物。