【手続補正書】
【提出日】令和2年9月3日(2020.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１０００ユニークオリゴヌクレオチド種を含む組成物であって、各ユニークオリゴヌクレオチド種が、少なくとも７ヌクレオチドを含む分子バーコードを含むバーコード領域を含み、
前記ユニークオリゴヌクレオチド種がそのバーコード領域に異なる核酸配列を含み、かつ
（ａ）前記組成物がユニークオリゴヌクレオチド種から本質的になり、ここで各分子バーコードが５０％未満のＧ含有率を有するか、または
（ｂ）前記組成物中のすべてのユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードが全体として１２．５％以下のＧ含有率を有するか、
の少なくとも一方である、組成物。
【請求項２】
前記バーコード領域が、少なくとも３ヌクレオチドを含むサンプルバーコードをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
各ユニークオリゴヌクレオチド種が前記バーコード領域の３’側にユニフォーム領域をさらに含む、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記ユニフォーム領域が、免疫細胞レセプターまたは免疫グロブリンの可変領域コード配列にフランキングする配列を含む標的特異的領域を含む、請求項３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
前記免疫細胞レセプターの可変領域コード配列が、Ｔ細胞レセプターの可変領域コード配列、Ｂ細胞レセプターの可変領域コード配列、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記ユニフォーム領域が前記バーコード領域の３’側に標的特異的領域をさらに含み、前記標的特異的領域が標的核酸に相補的な少なくとも１０ヌクレオチドを含む、請求項３〜５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
前記標的特異的領域がオリゴｄＴ配列を含む、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記組成物がユニークオリゴヌクレオチド種から本質的になり、ここで各分子バーコードが５０％未満のＧ含有率を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
前記組成物中のすべてのユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードが全体として１２．５％以下のＧ含有率を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１０】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種が少なくとも２つの空間分離されたプールに配設され、各プールが前記ユニークオリゴヌクレオチド種の少なくとも１００ユニークオリゴヌクレオチドを含み、同一のプールのユニークオリゴヌクレオチドが同一のサンプルバーコード配列を含み、かつ同一のプールの異なるユニークオリゴヌクレオチドが異なる分子バーコード配列を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
各プールのユニークオリゴヌクレオチド種が基材に固定されており、各基材に固定されたオリゴヌクレオチド種の分子バーコードではなくサンプルバーコードが同一である、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種の少なくとも９５％は分子バーコードのいずれのＧも他のＧに隣接しない、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードの少なくとも９５％が配列ＨＮＨＮＨＮＨＮを含み、各「Ｈ」がＡ、Ｃ、またはＴのいずれか１つであり、かつ各「Ｎ」がＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのいずれか１つである、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種の各分子バーコードが配列ＨＨＨＨＨＨＨＨを含み、かつ各「Ｈ」がＡ、Ｃ、またはＴのいずれか１つである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
各オリゴヌクレオチド種が２４〜１４０ヌクレオチド長を有する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
前記組成物が少なくとも６，５００ユニークオリゴヌクレオチド種を含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
前記組成物が同一のユニークオリゴヌクレオチド種の少なくとも２オリゴヌクレオチドを含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８】
２以上のサンプル由来の複数の核酸に特異的にバーコードを付ける方法であって、
各サンプルが核酸を含み、
下記の工程を含む、前記方法：
各サンプルと少なくとも１００ユニークオリゴヌクレオチド種を含むプールとを接触させる工程、ここで、
各サンプルは他のサンプルから空間分離した状態で接触され、各ユニークオリゴヌクレオチド種が、少なくとも７ヌクレオチドを含む分子バーコードを含むバーコード領域を含み、
各プールのユニークポリヌクレオチド種が同一のサンプルバーコードを含むとともに異なる分子バーコードを含み、かつ
（ａ）前記サンプルに接触させる前記ユニークオリゴヌクレオチド種が、ユニークオリゴヌクレオチド種から本質的になり、ここで各分子バーコードが５０％未満のＧ含有率を有するか、または
（ｂ）すべてのユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードが全体として１２．５％以下のＧ含有率を有するか、
の少なくとも一方である；
前記ユニークオリゴヌクレオチド種の少なくともいくつかのオリゴヌクレオチドの標的特異的領域を前記サンプルの核酸の少なくともいくつかにハイブリダイズさせる工程；並びに
ハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドを伸長させることにより、前記ユニークオリゴヌクレオチド種のオリゴヌクレオチドと前記標的に相補的な配列とを含む鎖を生成する工程、ここで、
各サンプルでは、前記鎖が同一のサンプルバーコードと異なる分子バーコードとを含み、かつ異なるサンプルでは、サンプルバーコードが異なっている。
【請求項１９】
前記バーコード領域が、少なくとも３ヌクレオチドを含むサンプルバーコードをさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
各ユニークオリゴヌクレオチド種が前記バーコード領域の３’側にユニフォーム領域をさらに含む、請求項１８または請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ユニフォーム領域が前記バーコード領域の３’側に標的特異的領域をさらに含み、前記標的特異的領域が標的核酸に相補的な少なくとも１０ヌクレオチドを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
すべての前記ユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードが全体として１２．５％以下のＧ含有率を有する、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種のオリゴヌクレオチドと前記標的に相補的な配列とを含む鎖の核酸配列を確認する工程をさらに含む、請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
各プールの少なくとも１００ユニークオリゴヌクレオチド種が基材に固定されており、所与の基材に固定されたユニークオリゴヌクレオチド種が同一のサンプルバーコードを含みかつ前記基材に固定された異なるユニークオリゴヌクレオチド種が異なる分子バーコードを含む、請求項１８〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ユニークオリゴヌクレオチド種の分子バーコードが全体として１２．５％未満のＧ含有率を有する、請求項１８〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
下記工程を含む、ユニークオリゴヌクレオチドを含む組成物を作製する方法：
それぞれ少なくとも３ヌクレオチドを含む複数の異なるサンプルバーコードを用意する工程；
それぞれ少なくとも７ヌクレオチドを含む複数の異なる分子バーコードを用意する工程；
複数のユニークオリゴヌクレオチド種を合成する工程、ここで
各ユニークオリゴヌクレオチド種は、サンプルバーコードと分子バーコードとを含むバーコード領域を含み、下記（ａ）または（ｂ）：
（ａ）前記複数のユニークオリゴヌクレオチド種が、ユニークオリゴヌクレオチド種から本質的になり、ここで各分子バーコードが５０％未満のＧ含有率を有するか、または
（ｂ）前記複数のユニークオリゴヌクレオチド種すべての分子バーコードが全体として１２．５％以下のＧ含有率を有するか、
の少なくとも一方である；並びに
空間分離されたプールに前記ユニークオリゴヌクレオチド種を配設する工程、ここで、
各プールが複数のユニークオリゴヌクレオチド種を含み、同一のプールのユニークオリゴヌクレオチド種が同一のサンプルバーコード配列を含み、かつ同一のプールの異なるユニークオリゴヌクレオチド種が異なる分子バーコード配列を含み、
各プールが少なくとも１０００ユニークオリゴヌクレオチド種を含む。
【請求項２７】
各ユニークオリゴヌクレオチド種が前記バーコード領域の３’側にユニフォーム領域をさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ユニフォーム領域が前記バーコード領域の３’側に標的特異的領域をさらに含み、前記標的特異的領域が標的核酸に相補的な少なくとも１０ヌクレオチドを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
基材上に各プールのユニークオリゴヌクレオチド種を固定することをさらに含み、前記複数の基材のそれぞれに固定された前記オリゴヌクレオチド種の分子バーコードではなくサンプルバーコードが同一である、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
請求項４または５に記載の組成物を含むキットであって、前記標的特異的領域によってハイブリダイズされる鎖に対して相補的な鎖にハイブリダイズするように構成されたプライマーをさらに含み、前記標的特異的領域によってハイブリダイズされる鎖は、前記可変領域コード配列を含み、且つ前記プライマーは、前記標的特異的領域を含むユニークオリゴヌクレオチド種と共に前記可変領域コード配列を増幅するように構成されている、前記キット。
【請求項３１】
請求項４または５に記載の組成物を含むキットであって、前記標的特異的領域を含むユニークオリゴヌクレオチド種と共に前記可変領域コード配列を増幅するように構成されているプライマーをさらに含む、前記キット。
【請求項３２】
前記プライマーと、前記標的特異的領域を含むユニークオリゴヌクレオチド種とが、前記可変領域コード配列を含む少なくとも１ｋｂの核酸を増幅するように構成されている、請求項３０又は３１に記載のキット。