【手続補正書】
【提出日】令和2年10月30日(2020.10.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
デジタル情報を核酸配列にコード化するための方法であって、
（ａ）前記デジタル情報を記号の配列にコード化し、１つまたはそれを上回るコードブックを使用して前記記号の配列をコードワードに変換することと、
（ｂ）前記コードワードをコード化された記号の配列に解析することと、
（ｃ）前記コード化された記号の配列を複数の識別子にマップすることであって、前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る核酸配列を備える、ことと、
（ｄ）識別子ライブラリを列挙することであって、前記コード化された記号の配列のうちの各記号は、１つまたはそれを上回る識別子によって符号化される、ことと、
（ｅ）前記１つまたはそれを上回るコードブックおよび前記複数の識別子の説明を前記識別子ライブラリに付加することと
を含む、方法。
【請求項２】
前記コード化された配列を第２の記号の配列に変換することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第２の記号の配列は、形式的データ構造を備える、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記形式的データ構造は、ツリー構造、トライ構造、テーブル構造、キー値ディクショナリ構造、およびセットから成る群から選択される、１つまたはそれを上回る要素を備え、前記形式的データ構造は、範囲クエリ、ランククエリ、カウントクエリ、メンバーシップクエリ、最近傍クエリ、合致クエリ、選択クエリ、またはそれらの任意の組み合わせによってクエリ可能である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第２の記号の配列をワードの配列に解析することと、
前記１つまたはそれを上回るコードブックを使用して、前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することと、
前記１つまたはそれを上回るコードブックを使用して、前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することと
をさらに含み、
前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することは、前記第３の記号の配列の中の１つまたはそれを上回るタイプの記号の数を最小限にする、請求項２〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記コード化された記号の配列は、記号の固定アルファベットからとられる記号もしくは１つまたはそれを上回る記号のブロックのうちの少なくとも１つを備える、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することは、前記第３の記号の配列の中の前記１つまたはそれを上回る記号のブロックのうちの各記号のブロックの中で固定数の１つまたはそれを上回るタイプの記号を生成する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
コードブックは、１つまたはそれを上回るエラー保護記号を前記コードワードの配列のうちの個々のコードワードに付加し、前記１つまたはそれを上回るエラー保護記号は、前記ワードの配列のうちの１つまたはそれを上回るワードから算出される、請求項５〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記複数の識別子は、識別子の組み合わせ空間から選択される、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る成分を備え、前記１つまたはそれを上回る成分のうちの個々の成分は、明確に異なる核酸配列を備え、前記１つまたはそれを上回る識別子は、１つまたはそれを上回る成分の組み合わせアセンブリによって生成される、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記識別子ライブラリの中の前記個々の識別子の存在は、第１の記号値に対応し、前記識別子ライブラリからの前記個々の識別子の不在は、第２の記号値に対応する、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記第１の記号値および前記第２の記号値は、２進値である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記識別子ライブラリは、補助的核酸配列を備え、（１）前記補助的核酸配列は、前記第１の記号の配列または前記第１の記号の配列の符号化についてのメタデータを備えるか、または（２）前記補助的核酸配列は、デジタル情報に対応せず、前記補助的核酸配列は、前記識別子ライブラリ内で符号化される前記デジタル情報を隠す、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
１つまたはそれを上回る反応を使用して汎用識別子ライブラリを構築することをさらに含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記識別子ライブラリは、前記識別子ライブラリの中に存在しない前記個々の識別子を分解または除外することによって、前記汎用識別子ライブラリから構築される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記識別子ライブラリの中に存在しない前記個々の識別子に対応する前記１つまたはそれを上回る反応は、除去、削除、分解、もしくは阻害される、請求項１４〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
前記１つまたはそれを上回る反応は、成分、テンプレート、および試薬の群から選択される少なくとも１つを含み、前記成分、テンプレート、および試薬の群から選択される前記少なくとも１つは、フィルム、スレッド、ファイバ、もしくは他の基質上に装填される、請求項１４〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記成分、テンプレート、および試薬の群から選択される前記少なくとも１つは、前記フィルム、前記スレッド、前記ファイバ、もしくは前記他の基質を刻印、絡合、編組、挟持、または織成することによって、相互に隣接して分配される、もしくは配列される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
デジタル情報を核酸配列にコード化するためのシステムであって、
記号の配列を符号化する識別子ライブラリを生成するように構成される、アセンブリユニットであって、前記識別子ライブラリは、複数の識別子の少なくともサブセットを備える、アセンブリユニットと、
前記アセンブリユニットに動作可能に結合される、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサであって、前記１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサは、
（ｉ）前記デジタル情報を記号の配列にコード化し、１つまたはそれを上回るコードブックを使用して前記記号の配列をコードワードに変換することと、
（ｉｉ）前記コードワードをコード化された記号の配列に解析することと、
（ｉｉｉ）前記コード化された記号の配列を複数の識別子にマップすることであって、前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る核酸配列を備える、ことと、
（ｉｖ）識別子ライブラリを生成するように前記アセンブリユニットに指図することであって、前記コード化された記号の配列のうちの各記号は、１つまたはそれを上回る識別子によって符号化される、ことと、
（ｖ）前記１つまたはそれを上回るコードブックおよび前記複数の識別子の説明を前記識別子ライブラリに付加するように前記アセンブリユニットに指図することと
を行うように、個別に、もしくは集合的にプログラムされる、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサと
を備える、システム。
【請求項２０】
前記１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサは、
前記第２の記号の配列をワードの配列に解析することと、
前記１つまたはそれを上回るコードブックを使用して、前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することと、
前記コードワードの配列を第３の記号の配列に変換することと
を行うようにプログラムされ、
前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することは、前記第３の記号の配列の中の１つまたはそれを上回るタイプの記号の数を最小限にする、請求項１９に記載のシステム。
【請求項２１】
前記コード化された記号の配列は、１つまたはそれを上回る記号のブロックを備え、前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換することは、前記１つまたはそれを上回る記号のブロックのうちの各ブロックの中で固定数の１つまたはそれを上回るタイプの記号を生成する、請求項２０に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
本開示の付加的側面および利点は、本開示の例証的実施形態のみが示され、説明される、以下の発明を実施するための形態から、当業者に容易に明白となるであろう。認識されるであろうように、本開示は、他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、全て本開示から逸脱することなく、種々の明白な点で修正が可能である。故に、図面および説明は、制限的ではなくて本質的に例証的と見なされるものである。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
デジタル情報を核酸配列にコード化するための方法であって、
（ａ）前記デジタル情報を記号の配列にコード化し、１つまたはそれを上回るコードブックを使用して前記記号の配列をコードワードに変換するステップと、
（ｂ）前記コードワードをコード化された記号の配列に解析するステップと、
（ｃ）前記コード化された記号の配列を複数の識別子にマップするステップであって、前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る核酸配列を備える、ステップと、
（ｄ）識別子ライブラリを列挙するステップであって、前記コード化された記号の配列のうちの各記号は、１つまたはそれを上回る識別子によって符号化される、ステップと、
（ｅ）前記１つまたはそれを上回るコードブックおよび前記複数の識別子の説明を前記識別子ライブラリに付加するステップと、
を含む、方法。
（項目２）
前記コード化された記号の配列は、記号の固定アルファベットからとられる記号を備える、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記コード化された配列を第２の記号の配列に変換するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記第２の記号の配列は、形式的データ構造を備える、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記形式的データ構造は、ツリー構造、トライ構造、テーブル構造、キー値ディクショナリ構造、およびセットから成る群から選択される、１つまたはそれを上回る要素を備える、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記形式的データ構造は、範囲クエリ、ランククエリ、カウントクエリ、メンバーシップクエリ、最近傍クエリ、合致クエリ、選択クエリ、またはそれらの任意の組み合わせによってクエリ可能である、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記第２の記号の配列をワードの配列に解析するステップをさらに含む、項目４に記載の方法。
（項目８）
前記１つまたはそれを上回るコードブックを使用して、前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換するステップをさらに含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記コードワードの配列を第３の記号の配列に変換するステップをさらに含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換するステップは、前記第３の記号の配列の中の１つまたはそれを上回るタイプの記号の数を最小限にする、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記コード化された記号の配列は、１つまたはそれを上回る記号のブロックを備える、項目８に記載の方法。
（項目１２）
前記ワードの配列を前記コードワードの配列に変換するステップは、前記第３の記号の配列の中の前記１つまたはそれを上回る記号のブロックのうちの各記号のブロックの中で固定数の１つまたはそれを上回るタイプの記号を生成する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
コードブックは、１つまたはそれを上回るエラー保護記号を前記コードワードの配列のうちの個々のコードワードに付加する、項目８に記載の方法。
（項目１４）
前記１つまたはそれを上回るエラー保護記号は、前記ワードの配列のうちの１つまたはそれを上回るワードから算出される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記複数の識別子は、識別子の組み合わせ空間から選択される、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る成分を備える、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記１つまたはそれを上回る成分のうちの個々の成分は、核酸配列を備える、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記核酸配列は、明確に異なる配列である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記識別子ライブラリの中の前記個々の識別子の存在は、第１の記号値に対応し、前記識別子ライブラリからの前記個々の識別子の不在は、第２の記号値に対応する、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記第１の記号値は、「１」であり、前記第２の記号値は、「０」である、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記第１の記号値は、「０」であり、前記第２の記号値は、「１」である、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記識別子ライブラリは、補助的核酸配列を備える、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記補助的核酸配列は、前記第１の記号の配列または前記第１の記号の配列の符号化についてのメタデータを備える、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記補助的核酸配列は、デジタル情報に対応せず、前記補助的核酸配列は、前記識別子ライブラリ内で符号化される前記デジタル情報を隠す、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
前記１つまたはそれを上回る識別子は、１つまたはそれを上回る成分の組み合わせアセンブリによって生成される、項目１に記載の方法。
（項目２６）
汎用識別子ライブラリを構築するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２７）
前記識別子ライブラリは、前記識別子ライブラリの中に存在しない前記個々の識別子を分解または除外することによって、前記汎用識別子ライブラリから構築される、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記汎用識別子ライブラリを構築するステップは、１つまたはそれを上回る反応を使用することを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記識別子ライブラリの中に存在しない前記個々の識別子に対応する前記１つまたはそれを上回る反応は、除去、削除、分解、もしくは阻害される、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記１つまたはそれを上回る反応は、成分、テンプレート、および／または試薬を含み、前記成分、前記テンプレート、および／または前記試薬は、フィルム、スレッド、ファイバ、もしくは他の基質上に装填される、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記成分、前記テンプレート、および／または前記試薬は、前記フィルム、前記スレッド、前記ファイバ、もしくは前記他の基質を刻印、絡合、編組、挟持、または織成することによって、相互に隣接して分配される、もしくは配列される、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
デジタル情報を核酸配列にコード化するためのシステムであって、
（ａ）記号の配列を符号化する識別子ライブラリを生成するように構成される、アセンブリユニットであって、前記識別子ライブラリは、複数の識別子の少なくともサブセットを備える、アセンブリユニットと、
（ｂ）前記アセンブリユニットに動作可能に結合される、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサであって、（ｉ）前記デジタル情報を記号の配列にコード化し、１つまたはそれを上回るコードブックを使用して前記記号の配列をコードワードに変換し、（ｉｉ）前記コードワードをコード化された記号の配列に解析し、（ｉｉｉ）前記コード化された記号の配列を複数の識別子にマップし、前記複数の識別子のうちの個々の識別子は、１つまたはそれを上回る核酸配列を備え、（ｉｖ）識別子ライブラリを生成するように前記アセンブリユニットに指図し、前記コード化された記号の配列のうちの各記号は、１つまたはそれを上回る識別子によって符号化され、（ｖ）前記１つまたはそれを上回るコードブックおよび前記複数の識別子の説明を前記識別子ライブラリに付加するように前記アセンブリユニットに指図するように、個別に、もしくは集合的にプログラムされる、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサと、  を備える、システム。
（項目３３）
前記１つまたはそれを上回る識別子は、１つまたはそれを上回るアセンブリ反応においてアセンブルされる、項目３２に記載のシステム。
（項目３４）
前記１つまたはそれを上回るアセンブリ反応の１つまたはそれを上回る生成物は、前記識別子ライブラリを生成するように組み合わせられる、項目３３に記載のシステム。
（項目３５）
前記アセンブリユニットは、１つまたはそれを上回る容器を備える、項目３２に記載のシステム。
（項目３６）
前記１つまたはそれを上回る容器は、パーティションである、項目３５に記載のシステム。
（項目３７）
前記アセンブリユニットは、試薬、成分の１つまたはそれを上回る層、１つまたはそれを上回るテンプレート、もしくはそれらの任意の組み合わせを備える、項目３２に記載のシステム。
（項目３８）
前記アセンブリユニットは、試薬、成分の１つまたはそれを上回る層、１つまたはそれを上回るテンプレート、もしくはそれらの任意の組み合わせを受容するように構成される、項目３２に記載のシステム。
（項目３９）
前記アセンブリユニットは、前記識別子ライブラリを出力するように構成される、項目３２に記載のシステム。
（項目４０）
前記アセンブリユニットは、反応モジュールを備える、項目３２に記載のシステム。
（項目４１）
前記反応モジュールは、試薬、１つまたはそれを上回る層、１つまたはそれを上回るテンプレート、もしくはそれらの任意の組み合わせを収集するように構成される、項目４０に記載のシステム。
（項目４２）
前記試薬は、酵素、１つまたはそれを上回る核酸配列、緩衝剤、補因子、もしくはそれらの任意の組み合わせを含む、項目４１に記載のシステム。
（項目４３）
前記試薬は、前記反応モジュールに進入することに先立ってマスタ混合に合体される、項目４２に記載のシステム。
（項目４４）
前記反応モジュールは、アセンブリ反応をインキュベートまたは攪拌するように構成され、前記アセンブリ反応は、前記１つまたはそれを上回る識別子を生成する、項目４０に記載のシステム。
（項目４５）
前記反応モジュールは、検出器ユニットを備え、前記検出器ユニットは、前記１つまたはそれを上回る識別子のアセンブリを監視する、項目４０に記載のシステム。
（項目４６）
記憶ユニットをさらに備え、前記アセンブリユニットは、前記生成された識別子ライブラリを前記記憶ユニットに転送する、項目３２に記載のシステム。
（項目４７）
前記記憶ユニットは、１つまたはそれを上回るプール、容器、もしくはパーティションを備える、項目４６に記載のシステム。
（項目４８）
前記記憶ユニットは、１つまたはそれを上回る識別子ライブラリを、前記１つまたはそれを上回るプール、前記１つまたはそれを上回る容器、もしくは前記１つまたはそれを上回るパーティションに合体する、項目４７に記載のシステム。
（項目４９）
前記１つまたはそれを上回る識別子を選択するように構成される選択ユニットをさらに備える、項目３２に記載のシステム。
（項目５０）
前記選択ユニットは、サイズ選択モジュール、親和性捕捉モジュール、ヌクレアーゼ切断モジュール、またはそれらの任意の組み合わせを備える、項目４９に記載のシステム。
（項目５１）
前記１つまたはそれを上回る核酸配列を合成するように構成される核酸合成ユニットをさらに備える、項目３２に記載のシステム。
（項目５２）
前記１つまたはそれを上回る核酸配列は、塩基毎の合成を用いて構築される、項目５１に記載のシステム。
（項目５３）
前記アセンブリユニットは、前記１つまたはそれを上回る識別子をアセンブルするための複数の反応を生成する、項目２６に記載のシステム。
（項目５４）
前記アセンブリユニットは、前記識別子ライブラリの中の前記複数の識別子の前記少なくともサブセットを生成しない個々の反応を前記複数の反応から選択的に除去する、項目５３に記載のシステム。
（項目５５）
前記アセンブリユニットは、核酸配列がコーティングされた材料のエレクトロウェッティング、噴霧、印刷、レーザアブレーション、織成または編組もしくは絡合、スリップ技術、刻印、レーザ印刷、または液滴マイクロ流体工学のうちの１つまたはそれを上回るものを使用し、前記識別子ライブラリを生成する、項目３２に記載のシステム。
（項目５６）
前記１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサは、発見的技法を使用し、前記識別子ライブラリを生成するための反応の数を最小限にするように、または前記識別子ライブラリを生成するためのいくつかの反応を設定するために要する時間を最小限にするように、個別に、もしくは集合的にプログラムされる、項目３２に記載のシステム。
（項目５７）
前記発見的技法は、セット上被覆発見的問題解決法または装置の進行経路を最小限にする発見的問題解決法を備える、項目５６に記載のシステム。
（項目５８）
統合型核酸ベースの記憶システムであって、
１つまたはそれを上回る核酸配列にデジタル情報を書き込むように構成される、データ符号化ユニットであって、塩基毎の核酸合成がない場合に前記１つまたはそれを上回る核酸配列に前記デジタル情報を書き込む、データ符号化ユニットと、
前記デジタル情報を符号化する、前記１つまたはそれを上回る核酸配列を記憶するように構成される、記憶ユニットと、
前記１つまたはそれを上回る核酸配列内で符号化される前記デジタル情報にアクセスし、読み取るように構成される、読取ユニットと、
前記データ符号化ユニット、前記記憶ユニット、および前記読取ユニットに動作可能に結合される、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサであって、（ｉ）前記デジタル情報を前記１つまたはそれを上回る核酸配列に符号化するように前記データ符号化ユニットに指図し、（ｉｉ）前記１つまたはそれを上回る核酸配列に符号化される前記デジタル情報を記憶するように前記記憶ユニットに指図し、（ｉｉｉ）前記１つまたはそれを上回る核酸配列に記憶された前記デジタル情報にアクセスし、解読するように前記読取ユニットに指図するように、個別に、もしくは集合的にプログラムされる、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサと、
を備える、システム。
（項目５９）
前記１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサは、前記デジタル情報を複数の記号に解析する、項目５８に記載のシステム。
（項目６０）
前記複数の記号は、複数の識別子にマップされる、項目５９に記載のシステム。
（項目６１）
前記複数の記号のうちの個々の記号は、前記複数の識別子のうちの１つまたはそれを上回る識別子に対応する、項目６０に記載のシステム。
（項目６２）
前記複数の識別子は、複数の成分を備える、項目６０に記載のシステム。
（項目６３）
前記複数の成分のうちの個々の成分は、明確に異なる核酸配列を備える、項目６２に記載のシステム。
（項目６４）
前記データ符号化ユニットは、前記デジタル情報に対応する識別子の１つまたはそれを上回るセットを備える、１つまたはそれを上回る識別子ライブラリを生成する、項目６０に記載のシステム。
（項目６５）
前記デジタル情報を読み取るステップは、前記１つまたはそれを上回る識別子ライブラリの中の前記識別子の１つまたはそれを上回るセットを識別することを含む、項目６４に記載のシステム。
（項目６６）
前記システムは、自動化される、項目５８に記載のシステム。
（項目６７）
前記システムは、ネットワーク化される、項目５８に記載のシステム。
（項目６８）
前記システムは、ゼロまたは低重力環境内で動作するように構成される、項目５８に記載のシステム。
（項目６９）
前記システムは、大気圧を下回る、または真空下、もしくは大気圧を上回る圧力において動作するように構成される、項目５８に記載のシステム。
（項目７０）
前記システムは、電源または発電方法を備える、項目５８に記載のシステム。
（項目７１）
前記システムは、放射線遮蔽を備える、項目５８に記載のシステム。
（項目７２）
生成される前記識別子ライブラリは、汎用ライブラリである、項目５８に記載のシステム。
（項目７３）
複数のモジュールをさらに備える、項目５８に記載のシステム。
（項目７４）
第１のモジュールは、識別子ライブラリを作成する、項目７３に記載のシステム。
（項目７５）
第２のモジュールは、前記個々の識別子または識別子反応の削除を実装する、項目７３に記載のシステム。
（項目７６）
第３のモジュールは、前記識別子ライブラリの中に存在しない前記個々の識別子から、前記識別子ライブラリの中に存在する前記個々の識別子を分離する、項目７５に記載のシステム。
（項目７７）
第４のモジュールは、前記識別子ライブラリを１つまたはそれを上回るパーティションにグループ化もしくはプールする、項目７３に記載のシステム。
（項目７８）
１つまたはそれを上回る反応コンパートメント、容器、パーティション、もしくは基質は、前記識別子ライブラリまたは汎用ライブラリの生成の前、後、もしくは前および後の両方で、前記システムから分離しているディスク、プレート、ファイバ、テープ、またはスレッド上に搭載もしくは貯蔵される、項目７３に記載のシステム。
（参照による引用）