【手続補正書】
【提出日】令和2年7月3日(2020.7.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノム編集によって細胞内で電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット９（ＳＣＮ９Ａ）遺伝子を編集するための方法において使用するための、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含む組成物であって、
前記方法は、前記細胞に１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子またはＳＣＮ９Ａ制御エレメント内またはその近傍で１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）を行い、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子内またはその近傍に少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的挿入、欠失または変異をもたらし、それによって、ＳＣＮ９Ａ遺伝子産物の発現または機能を低減または除去することを含む、組成物。
【請求項２】
ＳＣＮ９Ａ関連状態または障害を有する患者を処置するための、末梢神経系のニューロンを含む組成物であって、
前記末梢神経系のニューロンが、
（ａ）患者特異的誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）を電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット９（ＳＣＮ９Ａ）遺伝子または前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子の制御エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集すること；及び
（ｂ）前記編集されたｉＰＳＣを末梢神経系のニューロンに分化させること、
によって調製され、
前記組成物が前記患者に投与される、組成物。
【請求項３】
前記編集ステップが、前記ｉＰＳＣに１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子またはＳＣＮ９Ａ制御エレメント内またはその近傍で１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）を行い、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子内またはその近傍に少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的挿入、欠失または変異をもたらし、それによって、ＳＣＮ９Ａ遺伝子産物の発現または機能を低減または除去することを含む、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
ＳＣＮ９Ａ関連状態または障害を有する患者を処置するための、末梢神経系のニューロンを含む組成物であって、
前記末梢神経系のニューロンが、
（ａ）間葉系幹細胞を電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット９（ＳＣＮ９Ａ）遺伝子または前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子の制御エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集すること；及び
（ｂ）前記編集された間葉系幹細胞を末梢神経系のニューロンに分化させること、
によって調製され、
前記組成物が前記患者に投与される、組成物。
【請求項５】
前記編集ステップが、前記間葉系幹細胞に１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子またはＳＣＮ９Ａ制御エレメント内またはその近傍で１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）を行い、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子内またはその近傍に少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的挿入、欠失または変異をもたらし、それによって、ＳＣＮ９Ａ遺伝子産物の発現または機能を低減または除去することを含む、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
ＳＣＮ９Ａ関連障害を有する患者を処置するためのｉｎ  ｖｉｖｏ方法において使用するための、電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット９（ＳＣＮ９Ａ）遺伝子を編集するための、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含む組成物であって、
前記方法は、前記患者の細胞内で前記電位依存性ナトリウムチャネルアルファサブユニット９（ＳＣＮ９Ａ）遺伝子を編集することを含む、組成物。
【請求項７】
前記編集ステップが、前記細胞に１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子またはＳＣＮ９Ａ制御エレメント内またはその近傍で１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）を行い、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子内またはその近傍に少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的挿入、欠失または変異をもたらし、それによって、ＳＣＮ９Ａ遺伝子産物の発現または機能を低減または除去することを含む、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記細胞が末梢神経系のニューロンである、請求項６または７に記載の組成物。
【請求項９】
前記１種または複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、直接的な神経節内もしくは髄腔内注射、または髄腔内送達を介して前記末梢神経系のニューロンに送達される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
細胞内でＳＣＮ９Ａ遺伝子の連続ゲノム配列を変化させる方法において使用するための、１種または複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含む組成物であって、
前記方法は、前記細胞を前記組成物と接触させて、１種または複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）を行うことを含む、組成物。
【請求項１１】
前記連続ゲノム配列の変化が前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子の１つまたは複数のエキソンで生じる、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
前記１種または複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、配列番号１〜６２０の配列のいずれか、及び配列番号１〜６２０において開示されている配列のいずれかに対して少なくとも９０％相同性を有するバリアントから選択される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１３】
前記１種または複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが１つまたは複数のタンパク質またはポリペプチドである、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１種または複数のポリヌクレオチドである、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１５】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）である、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、１つまたは複数の化学修飾ＲＮＡである、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、前記コード領域で化学修飾されている、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記１つもしくは複数のポリヌクレオチドまたは１つもしくは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）がコドン最適化されている、請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記細胞に、１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡを導入することをさらに含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記ＳＣＮ９Ａ遺伝子内またはその近傍のＤＮＡ配列に対して相補的であるスペーサー配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが化学修飾されている、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼと事前複合体化されている、請求項１９〜２１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記事前複合体化が、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１種もしくは複数のｓｇＲＮＡと前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼとの共有結合を伴う、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼがリポソームまたは脂質ナノ粒子に製剤化されている、請求項１２〜２３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２５】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡも含むリポソームまたは脂質ナノ粒子に製剤化されている、請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２６】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼがＡＡＶベクター粒子内でコードされる、請求項１０、１９および２０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２７】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡがＡＡＶベクター粒子内でコードされる、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２８】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡもコードするＡＡＶベクター粒子内でコードされる、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２９】
前記ＡＡＶベクター粒子が、配列番号４７３４〜５３０２及び表２に開示されているもののうちのいずれかからなる群から選択される、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３０】
配列番号５３０５〜１２５４６９のいずれかに対応するＲＮＡ配列である少なくとも１つのスペーサー配列を含む、一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３１】
前記一分子ガイドＲＮＡがスペーサーエクステンション領域をさらに含む、請求項３０に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３２】
前記一分子ガイドＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡエクステンション領域をさらに含む、請求項３０に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３３】
前記一分子ガイドＲＮＡが化学修飾されている、請求項３０〜３２に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３４】
ＤＮＡエンドヌクレアーゼと事前複合体化している、請求項３０〜３３のいずれか１項に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３５】
前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＣａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼである、請求項３４に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３６】
前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  Ｃａｓ９、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ  Ｃａｓ９、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＲＩＳＰＲ１  Ｃａｓ９、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＲＩＳＰＲ  ３  Ｃａｓ９、Ｔ．ｄｅｎｔｉｃｏｌａ  Ｃａｓ９、Ｌ．ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＤ２００６  Ｃｐｆ１及びＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＶ３Ｌ６  Ｃｐｆ１、ならびに前記エンドヌクレアーゼに対して少なくとも９０％相同性を有するバリアントからなる群から選択される、請求項３５に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３７】
前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼが１つまたは複数の核移行シグナル（ＮＬＳ）を含む、請求項３６に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３８】
少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのアミノ末端に、またはその５０アミノ酸以内にあり、及び／または少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのカルボキシ末端に、またはその５０アミノ酸以内にある、請求項３７に記載の一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３９】
請求項３０〜３３のいずれか１項に記載の一分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡ。