【事件の表示】
　特願２０１２−５０７４０６「検出可能なタンパク質を用いた細胞分析」拒絶査定不服審判事件〔平成２２年１０月２８日国際公開、ＷＯ２０１０／１２４１５７、平成２４年１０月１８日国内公表、特表２０１２−５２４９０７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は、平成２２年４月２３日（パリ条約による優先権主張　平成２１年４月２４日　米国）を国際出願日とする国際特許出願であって、平成２５年１２月４日付けで拒絶理由が通知され、平成２６年４月１０日に意見書及び手続補正書が提出されたが、同年１１月６日付けで拒絶査定がなされ、これに対し、平成２７年３月１０日に拒絶査定不服審判が請求されたものである。 
 　  
第２　本願発明について  
　本願の請求項１ないし６０に係る発明は、平成２６年４月１０日付け手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１ないし６０に記載された事項により特定されるものであるところ、そのうち、請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。
「　　【請求項１】
　ａ）標的タンパク質および核酸相互作用モチーフを含む検出可能なタンパク質を；
　　ｉ）固体支持体に固定された、目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質に結合するが、前記細胞プロセスによって修飾されていない標的タンパク質には結合しない抗体；および
　　ｉｉ）核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー；
　と接触させる工程；ならびに
　ｂ）抗体を結合した検出可能なタンパク質に結合した、核酸オリゴマーの存在を検出する工程；を具え：
　ｃ）工程ｂ）における核酸オリゴマーの存在は、目的の細胞プロセスによるタンパク質の修飾の存在を示す、
　ｄ）目的の細胞プロセスによって修飾されたタンパク質を検出する方法。」
　（当審注：ｃ）及びｄ）は、整理のため当審で付記したものである。また、「工程（ｂ）における・・・」の「工程（ｂ）」は、前述されている工程が「ｂ）」であることに照らし、「工程ｂ）」の誤記であると認めた。）
 　 
第３　引用例及びその記載事項 
　１　引用例１の記載事項
　原査定の拒絶の理由に引用され、本願の優先権主張日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能とされた国際公開第２００８／００５３１０号（以下、「引用例１」という。）には、検出可能な核酸タグ（核酸オリゴマー）と、それを使用したキット及び方法について、次の事項が図面とともに記載されている。（下線は、当審で付与。）
  
　(引１ア)「 38.
 A method for identifying a protein of interest that binds to a ligand, comprising:
  
contacting the ligand, which is immobilized on a solid support
with a fusion
protein comprising (a) a first domain comprising the protein of interest, and (b) a second domain comprising a nucleic acid-interacting motif
 wherein the protein of interest and the nucleic acid-interacting motif differ from each other;
  
adding a nucleic acid oligomer comprising a nucleic acid sequence that binds the nucleic acid-interacting motif of the fusion protein
  
removing unbound nucleic acid oligomer and/or unbound fusion protein; and
  
detecting whether the nucleic acid oligomer is bound to the fusion protein;
  
whereby detection of bound nucleic acid oligomer indicates the protein of interest binds to the ligand.
（当審訳：38．　 
リガンドに結合する対象のタンパク質を同定する方法であって、
  固体支持体上に固定化された該リガンドを、融合タンパク質と接触させ、
　該融合タンパク質は、
(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン、及び
(b)該核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン、
からなり、ここで、
対象のタンパク質及び核酸相互作用モチーフが互いに異なるものであり；
  該融合タンパク質の該核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマーを添加し；
  
未結合の核酸オリゴマー及び／又は未結合の融合タンパク質を除去し；
  該核酸オリゴマーが該融合タンパク質に結合しているかどうかを検出し；
　それにより、結合した核酸オリゴマーの検出は、該対象のタンパク質が該リガンドに結合することを示す、
ことを含む方法。
　
　(引１イ)「[0002]  
Traditional techniques for quantifying and detecting the presence of proteins
a new, highly sensitive and selective method of protein detection using the nucleic acid tags
　　　　　SUMMARY
[0003]  Provided herein is a nucleic acid tag that is linked to or capable of linking to a protein, which allows the protein to be detected with a high degree of sensitivity. In one embodiment, 
the nucleic acid tag is an oligonucleotide
（当審訳：[0002]  
タンパク質の存在を定量及び検出するための従来の技術
核酸タグを用いるタンパク質検出の新しい非常に高感度で選択的な方法
　　　　　　　概要
[0003]  ここでは、タンパク質と連結するか又は連結することができ、そのタンパク質の高感度検出を可能にする核酸タグを提供する。一実施態様では、
核酸タグ
オリゴヌクレオチド
　
　（引１ウ）「[0029] 　As used herein, 
a protein of interest can be any conceivable polypeptide or protein that may be of interest, such as to study
（当審訳：[0029] 　ここで用いられている、
「対象のタンパク質」は
研究
対象となり得る、すべての考え得るポリペプチド又はタンパク質であり得る
　
　(引１エ)　「[0006] Also provided herein is a protein of interest, which is linked or otherwise complexed to a nucleic acid tag or capable of linking or otherwise complexing to the nucleic acid tag, and which is therefore detectable when, for example, its function, activity or presence is being studied or monitored. ・・・」
(当審訳：[0006] 本件出願は、核酸タグと連結若しくはその他の形で複合体を形成し、又は核酸タグと連結若しくはその他の形で複合体を形成することができ、したがって、例えば
その機能、活性
を研究又はモニターする場合に検出可能である
対象とするタンパク質も提供す
　 
　(引１オ)「[0051] The reference ligand (bait) can be captured using any standard procedure, for example, by biotinylation of the reference ligand, followed by capture of biotinylated reference ligand using immobilized streptavidin (for example, streptavidin immobilized on magnetic beads or a column). Proteins of interest that bind to the reference ligand (and  nucleic acid tags, which bind to the proteins of interest) will remain bound to the solid support, while unbound binding reagents (proteins of interest and/or nucleic acid tags) are washed away. Following capture of bound protein of interest, a nucleic acid tag that has bound a target in the sample (e.g., or protein of interest of a panel of proteins of interest) is detected simply by performing a PCR reaction using primers which hybridize to the amplicon portion of the nucleic acid tag. In certain embodiments, the PCR reaction is carried out using standard quantitative methods (for example, using Taq Man by Perkin-Elmer). In some embodiments, multiple protein of interest-nucleic acid tag complexes are retained by the solid support, in which case the individual members of the isolated pool can be identified, such as through the amplification of each unique nucleic acid tag, which is specific for a particular protein of interest, e.g., in a panel.」
(当審訳： [0051] 参照リガンド(ベイト)は、任意の標準手順を用いて、例えば、参照リガンドのビオチン化と続く固定化ストレプトアビジン(例えば、磁性ビーズ若しくはカラムの上で固定化されたストレプトアビジン)の使用によるビオチン化参照リガンドの捕捉によって捕捉することができる。参照リガンドに結合する対象とするタンパク質(及び対象とするタンパク質に結合する核酸タグ)は固体支持体に結合したままであるが、未結合の結合試薬(対象とするタンパク質及び/又は核酸タグ)は洗い流される。
結合した対象とするタンパク質の捕捉に続き、試料中
の標的に結合した核酸タグは、核酸タグのアンプリコン部分にハイブリダイズするプライマーを用いるPCR反応を実施することによって、簡単に検出される
　
　２　引用例１に記載された発明 
　（１）上記請求項３８(引１ア)に記載の方法は、「リガンドに結合する対象のタンパク質を同定する方法」であり、同定できるということは検出できることを要するから、「リガンドに結合する対象のタンパク質を検出し同定する方法」が記載されていると理解される。
　
　（２）上記請求項３８(引１ア)に記載の方法の「工程」に該当する特定事項を強調して整理すると、次のような工程に整理される。
（Ｉ）「固体支持体上に固定化された該リガンドを、融合タンパク質と接触させ」る工程
（ＩＩ）「該融合タンパク質の該核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマーを添加し」、該融合タンパク質と該核酸オリゴマーを接触させる工程
（ＩＩＩ）「未結合の核酸オリゴマー及び／又は未結合の融合タンパク質を除去」する工程
（ＩＶ）「該核酸オリゴマーが該融合タンパク質に結合しているかどうかを検出」する工程
（Ｖ）「それにより、結合した核酸オリゴマーの検出は、該対象のタンパク質が該リガンドに結合することを示す」ものとする工程
　
　（３）上記請求項３８(引１ア)に記載の融合タンパク質に関する事項を整理すると、
「該融合タンパク質は、
(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン、及び
(b)核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン、
を含み、さらに、
(c)該対象のタンパク質及び該核酸相互作用モチーフは互いに異なるもの」であると整理できる。
　
　（４）以上のことを整理すると、引用例１には次の発明(以下、「引用発明」という。)が記載されていると認められる。
「　リガンドに結合する対象のタンパク質を検出し同定する方法であって、
（Ｉ）固体支持体上に固定化された該リガンドを、融合タンパク質と接触させる工程
　ここで、該融合タンパク質は、
(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン、及び
(b)核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン、
を含み、さらに、
(c)該対象のタンパク質及び該核酸相互作用モチーフは互いに異なる
（ＩＩ）該融合タンパク質の該核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマーを添加し、該融合タンパク質と該核酸オリゴマーを接触させる工程
（ＩＩＩ）未結合の核酸オリゴマー及び／又は未結合の融合タンパク質を除去する工程
（ＩＶ）該核酸オリゴマーが該融合タンパク質に結合しているかどうかを検出する工程
（Ｖ）それにより、結合した核酸オリゴマーの検出は、該対象のタンパク質が該リガンドに結合することを示すものとする工程
を含む方法。」
　
　３　引用例２の記載事項
　同じく、原査定の拒絶の理由に引用され、本願の優先権主張日前に頒布された特開２００５−６９７８８号公報（以下、「引用例２」という。）には、リン酸化蛋白質の検出方法について、次の事項が記載されている。（下線は、当審で付与。）
　
　（引２ア）「【特許請求の範囲】
【請求項１】
基板の表面に生体由来物を捕捉する物質である捕捉物を固定し、該捕捉物との相互作用により蛋白質又はペプチドである被捕捉物を特異的に捕捉し
、該被捕捉物のリン酸化の有無を識別するリン酸化蛋白質の検出方法
【請求項２】
捕捉物が蛋白質、ペプチド、又は核酸の何れか一つを含む請求項１記載のリン酸化蛋白質の検出方法。
【請求項３】
捕捉物である蛋白質が抗体である請求項２記載のリン酸化蛋白質の検出方法。
【請求項４】
被捕捉物と抗リン酸化蛋白質抗体を相互作用させる
　
　（引２イ）「【０００２】
  
蛋白質のリン酸化は細胞の分化、増殖、細胞死に至るまでさまざまな細胞活動に関与している
蛋白質のリン酸化によって調節されている生命現象の全体像を知るためには、もっと多くのリン酸化情報が必要である
　
第４　対比、判断 
　１　対比
　そこで、本願発明と引用発明とを対比する。
　ア　本願発明ａ）の特定事項について
　引用発明の「融合タンパク質」の一部である「(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン」と、本願発明の「ａ）標的タンパク質」とは、「標的」であるという限りにおいて一致する。
　また、引用発明の「融合タンパク質」の一部である「(b)核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン」は、本願発明の「核酸相互作用モチーフ」に相当する。
　さらに、引用発明の「（ＩＶ）該核酸オリゴマーが該融合タンパク質に結合しているかどうかを検出する工程」では、「融合タンパク質」が存在する場合にのみ「該核酸オリゴマー」が結合するのであるから、当該結合していることを検出することで「融合タンパク質」が検出されるものといえる。
　以上のことから、引用発明の「(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン、及び(b)核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン」を含む「融合タンパク質」は、検出可能であって、本願発明の「ａ）標的タンパク質および核酸相互作用モチーフを含む検出可能なタンパク質」に対応する。
　
　(ア)　本願発明ａ）のｉ）の特定事項について
　引用例１の（引１ウ）の「対象のタンパク質は、研究・・・対象となり得るすべての考え得る・・・タンパク質であり得る。」との記載及び（引１オ）の「
結合した対象とするタンパク質の捕捉に続き、試料中
の標的に結合した核酸タグは、核酸タグのアンプリコン部分にハイブリダイズするプライマーを用いるPCR反応を実施することによって、簡単に検出される
　
　ところで、引用例１には、引用発明の「リガンド」について具体的な定義がなされていないので、本願優先権主張日前における一般的な技術常識を示すものとして「岩波生物学辞典　第４版」（株式会社岩波書店、第４版第３刷　1997年4月10日）を参照するに、その「リガンド」の項には、
「c　リガンド　[英 ligand 　独 Ligand]　[同]配位子　もともと錯体(例えば蛋白質)の中心原子に配位している原子または原子団のことで、通常は蛋白質に特異的に結合する低分子をいう。例えば、酵素分子と特異的に結合する基質、補酵素、調節因子のほか、細胞膜上に存在する種々の受容体蛋白質分子と特異的に結合するレクチン、抗原、
抗体
と記載されている。
　そして、引用発明において「対象タンパク質」と結合する「リガンド」を規定していること及び上記の「リガンド」の定義についての技術常識に照らせば、引用発明における「リガンド」とは、「タンパク質と特異的に結合する分子」をいうものと解することが相当である。
　
　そうすると、引用発明の「リガンドに結合する対象のタンパク質を検出」するための「（Ｉ）固体支持体上に固定化された該リガンド」は、対象のタンパク質を検出する、すなわち、特異的に対象タンパク質と結合する分子であるから、本願発明の「ｉ）固体支持体に固定された、目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質に結合するが、前記細胞プロセスによって修飾されていない標的タンパク質には結合しない抗体」とは、「ｉ）固体支持体に固定された、特異的に標的タンパク質と結合する分子」という点で共通する。
　
　（イ)　本願発明ａ）のｉｉ）の特定事項について
  引用発明の「（ＩＩ）該融合タンパク質の該核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー」は、本願発明の「ｉｉ）核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー」に相当する。
　
　（ウ)　本願発明ａ）の特定事項についての小括
　以上のことから、引用発明の
「（Ｉ）固体支持体上に固定化された該リガンドを、融合タンパク質と接触させる工程
ここで、該融合タンパク質は、
(a)該対象のタンパク質を含む第一のドメイン、及び
(b)核酸相互作用モチーフを含む第二のドメイン、
を含み、さらに、
(c)該対象のタンパク質及び該核酸相互作用モチーフは互いに異なる
（ＩＩ）該融合タンパク質の該核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマーを添加し、該融合タンパク質と該核酸オリゴマーを接触させる工程」
は、本願発明の
「ａ）標的タンパク質および核酸相互作用モチーフを含む検出可能なタンパク質を；
　　ｉ）固体支持体に固定された、目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質に結合するが、前記細胞プロセスによって修飾されていない標的タンパク質には結合しない抗体；および
　　ｉｉ）核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー；
　と接触させる工程」
と、
「ａ）標的タンパク質および核酸相互作用モチーフを含む検出可能なタンパク質を；
　　ｉ）固体支持体に固定された、特異的に標的タンパク質と結合する分子；および
　　ｉｉ）核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー；
　と接触させる工程」
という点で共通する。
　
　イ　本願発明のｂ）の特定事項について
　引用発明の「（Ｉ）固体支持体上に固定化された該リガンドを、融合タンパク質と接触させる工程」で該リガンドに結合した融合タンパク質についての「（ＩＶ）該核酸オリゴマーが該融合タンパク質に結合しているかどうかを検出する工程」と、本願発明の「ｂ）抗体を結合した検出可能なタンパク質に結合した、核酸オリゴマーの存在を検出する工程」とは、上記「(ア)　本願発明ａ）のｉ）の特定事項について」で述べたことに照らし、「ｂ）特異的に標的タンパク質と結合する分子を結合した検出可能なタンパク質に結合した、核酸オリゴマーの存在を検出する工程」という点で共通する。
　
　ウ　本願発明のｃ）の特定事項について　
　本願発明ｃ）の「目的の細胞プロセスによるタンパク質の修飾」について、本願発明ｉ）の「目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質」との事項に照らし、「目的の細胞プロセスによる
標的
　
　してみると、引用発明の「（Ｖ）それにより、結合した核酸オリゴマーの検出は、該対象のタンパク質が該リガンドに結合することを示すものとする工程」と、本願発明の「ｃ）　工程ｂ）における核酸オリゴマーの存在は、目的の細胞プロセスによるタンパク質の修飾の存在を示す」こととは、「先の工程における核酸オリゴマーの存在が検出目的とするものの存在を示す」ものである点で共通する。
　
　エ　本願発明のｄ）の特定事項について
　本願発明ｄ)の「目的の細胞プロセスによって修飾されたタンパク質」とは、本願発明ｉ）の「目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質」を意味するものと解される。
　そうすると、引用発明においては、対象のタンパク質の修飾を規定してないから、引用発明の「リガンドに結合する対象のタンパク質を検出し同定する方法」と、本願発明の「目的の細胞プロセスによって修飾されたタンパク質を検出する方法」とは、「標的タンパク質を検出する方法」である点で共通する。
　
　オ　以上のことから、両発明は、
（共通点）
「ａ）標的タンパク質および核酸相互作用モチーフを含む検出可能なタンパク質を；
　　ｉ）固体支持体に固定された、特異的に標的タンパク質と結合する分子；および
　　ｉｉ）核酸相互作用モチーフに結合する核酸配列を含む核酸オリゴマー；
　と接触させる工程；ならびに
　ｂ）特異的に標的タンパク質と結合する分子を結合した検出可能なタンパク質に結合した、核酸オリゴマーの存在を検出する工程；を具え：
　ｃ）工程ｂ）における核酸オリゴマーの存在が検出目的とするものの存在を示す、
　ｄ）標的タンパク質を検出する方法。」
である点で共通し、次の点で相違する。
　
（相違点１）
　ｃ）工程の「検出目的とするものの存在」及びｄ）工程の検出する「標的タンパク質」が、本願発明ではｃ）工程における「目的の細胞プロセスによる」標的「タンパク質の修飾」の存在であり、ｄ）工程における「目的の細胞プロセスによって修飾された」標的「タンパク質」であるのに対して、引用発明では、対象のタンパク質の存在、ここでは対象のタンパク質と該リガンドとの結合の存在であり、対象タンパク質が、目的の細胞プロセスによって修飾されたものではない点。
　
（相違点２）
　固体支持体に固定された、特異的に標的タンパク質と結合する分子が、本願発明では、「目的の細胞プロセスによって修飾された標的タンパク質に結合するが、前記細胞プロセスによって修飾されていない標的タンパク質には結合しない抗体」であるのに対し、引用発明では、「リガンド」である点。
　
　２　判断
　ア　相違点１について
　（ア）引用例２には、「蛋白質のリン酸化は細胞の分化、増殖、細胞死に至るまでさまざまな細胞活動に関与し」、細胞内での「蛋白質のリン酸化によって調節されている生命現象の全体像を知るためには、もっと多くのリン酸化情報が必要である」（引２イ）ことが記載され、細胞内でのタンパク質のリン酸化に関するリン酸化情報、すなわち、細胞内のリン酸化プロセスによってどの程度のリン酸化蛋白質が生じたのかを知る必要があるという示唆がある。
　
　（イ）上記「第４　１　ア(ア)　本願発明ａ）のｉ）の特定事項について」で説示したように、引用発明の検出対象である「対象のタンパク質」が特に制限されるものではないことは明らかである。
　そして、引用例１に「例えばその機能、活性又は存在を研究又はモニターする場合に検出可能である、対象とするタンパク質も提供する。」(引１エ)と記載されていることからすれば、引用例１においては、機能や活性、更には、それをモニターすることを目的として引用発明により「対象のタンパク質」を核酸タグと連結した複合体として検出することについても示唆されているものと認められる。
　
　（ウ）　上記（ア）に記した引用例２の記載の示唆、及び、上記（イ）に記した引用例１の記載の示唆に照らせば、本件優先権主張日前の技術常識として、細胞内のリン酸化プロセスによってどの程度のリン酸化タンパク質が生じたのかを検出することが求められていること、そして、引用発明の検出方法を用いて、機能や活性、それらをモニターすることを目的として対象のタンパク質を検出することができる旨示唆されているのであるから、これらの記載に接した当業者であれば、細胞内でのリン酸化プロセスによって生じたリン酸化タンパク質を引用発明を用いて検出することで、モニターすることに十分な動機があったものといえる。
　そうすると、引用発明において、細胞でのリン酸化をモニターすべく、刊行物２記載の事項に従い、「対象のタンパク質」として、リン酸化という細胞プロセスによって修飾されたリン酸化蛋白質を選ぶこと、そして、それに伴い先の工程における「核酸オリゴマーの存在」により「細胞プロセスによるタンパク質のリン酸化」、すなわち修飾の存在を示すようにすることは、当業者が容易に想到し得るものというべきである。
　　
　イ　相違点２について
　上記第４の１ア（ア）で示したように、本願優先権主張日前の一般的技術常識を示すものとして示した「岩波生物学辞典　第４版」（株式会社岩波書店、第４版第３刷　1997年4月10日）の「リガンド」の項に、その例示として「抗体」が記載されていることに照らせば、本願優先権主張日前の当業者であれば、引用発明の「対象タンパク質」と結合する「リガンド」に抗体が含まれると認識するといえる。
　
　他方、引用例２（引２ア）には、タンパク質の「リン酸化の有無を識別するリン酸化蛋白質の検出方法」(請求項１)に用いる、「抗リン酸化蛋白質抗体」(請求項４)が記載されている。
　
　上記「ア　相違点１について」の（ア）に記した引用例２の記載の示唆、及び、同（イ）に記した引用例１の記載の示唆に照らし、細胞内のリン酸化プロセスによって生じたリン酸化タンパクタンパク質を引用発明を用いて検出することでモニターすることに十分な動機があり、引用発明の「対象のタンパク質」としてリン酸化タンパク質を選びそれを検出すべく、「リガンド」として引用例２記載のリン酸化の有無を識別するための「抗リン酸化蛋白質抗体」を採用することにより、相違点２に係る本願発明の特定事項のごとく構成することは当業者が容易になし得たことといえる。
　
　ウ　本願発明の効果について
　本願発明の効果は、引用例１、引用例２及び技術常識から当業者が予測できる程度のものであって、格別顕著なものとはいえない。
　
第５　むすび  
　以上のとおり、本願発明は、本願の優先権主張日前に頒布され、又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能とされた引用例１に記載された発明、引用例２記載の事項、及び、技術常識に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 
　したがって、他の請求項について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。