【手続補正書】
【提出日】令和2年6月26日(2020.6.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)合成核酸分子の組合せを、MHC-E分子を発現する細胞に導入する工程であって、該合成核酸分子の組合せが、タンパク質抗原の組合せのタンパク質抗原をコードするコード配列をそれぞれが個別に含んでいる核酸を含む、前記工程；
(b) コードされているタンパク質抗原がタンパク質抗原の1種または複数種のペプチドを含むペプチドにプロセシングされる条件下で細胞をインキュベートする工程であって、前記タンパク質抗原の1種または複数種のペプチドがMHC-E分子に関連して細胞表面上にディスプレイされる、前記工程；および
(c) MHC-E分子に関連するタンパク質抗原の1種または複数種のペプチドを検出または同定する工程
を含む、インビトロでペプチドエピトープを同定する方法。
【請求項２】
MHC-E分子に関連するタンパク質抗原の1種または複数種のペプチドのうちの少なくとも1つに結合するペプチド結合分子またはその抗原結合性フラグメントを同定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
合成核酸分子の組合せが、タンパク質抗原の組合せをコードするコード配列をそれぞれが個別に含んでいる核酸を含む、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項４】
合成核酸の組合せが、cDNAライブラリの1種または複数種の核酸分子を含む、請求項3記載の方法。
【請求項５】
cDNAライブラリが腫瘍由来のcDNAライブラリである、請求項4記載の方法。
【請求項６】
腫瘍が、黒色腫、肉腫、乳がん、腎臓がん、肺がん、卵巣がん、前立腺がん、結腸直腸がん、膵臓がん、頭頸部の扁平上皮腫瘍または肺の扁平上皮がんである、請求項5記載の方法。
【請求項７】
合成核酸分子の組合せおよび/またはコードされているタンパク質抗原の組合せが、それぞれのプールが少なくとも2種またはそれ以上の異なる合成核酸分子および/またはコードされているタンパク質抗原を含む複数のオルソゴナルプール中に存在し、少なくとも1つの合成核酸分子および/またはコードされているタンパク質抗原は、少なくとも2つのオルソゴナルプールにおいて同一である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
ペプチドが、そのペプチドを含む少なくとも2つのオルソゴナルプールに、MHC-E分子からまたはMHC-E分子を発現する細胞から溶離または抽出される場合に、MHC-E分子に関連するタンパク質抗原のペプチドが検出または同定される、請求項7記載の方法。
【請求項９】
アレイで行われる、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
アレイがアドレス可能アレイまたは空間アレイである、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
細胞が、初代細胞である、または細胞株である、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
細胞がヒト細胞である、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
細胞が、線維芽細胞、B細胞、樹状細胞およびマクロファージの中から選択される、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
細胞が人工抗原提示細胞である、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
細胞が、MHC-E分子を発現するように遺伝子的または組換え的に改変される、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
(1) 細胞が、合成核酸分子の組合せを細胞に導入する前にまたは合成核酸分子の組合せを細胞に導入すると同時に、活性化剤または刺激剤と共にインキュベートされている、またはインキュベートされる；または
(2)合成核酸分子の組合せを細胞に導入する前にまたは合成核酸分子の組合せを細胞に導入すると同時に、細胞を活性化剤または刺激剤と共にインキュベートする工程をさらに含む、
請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
活性化剤または刺激剤と共にインキュベートする工程が、該活性化または該刺激が存在しない場合のMHC-E分子の発現と比較して、細胞表面におけるMHC-E分子の発現を増加させる、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
活性化または刺激がインターフェロンガンマの存在下で達成される、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
細胞が、古典的MHCクラスI分子をコードする遺伝子において抑制され、かつ/または破壊され、かつ/または古典的MHCクラスI分子を発現しない、請求項1〜18のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
同定または検出されたペプチドが抗原特異的免疫応答を誘発するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項1〜19のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
抗原特異的免疫応答が液性T細胞応答である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
抗原特異的免疫応答が細胞傷害性Tリンパ球応答である、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
細胞が試験細胞であり、かつ
方法が、
1種または複数種のペプチドと接触したことがない対照細胞の表面でMHC-E分子に関連するペプチドを検出または同定する工程；および
対照細胞と比較して試験細胞に特有の、MHC-Eに関連するペプチドを同定し、それによって、MHC-E分子に関連するタンパク質抗原の1種または複数種のペプチドを同定する工程
をさらに含む、請求項1〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
請求項1〜23のいずれか一項記載の方法によって同定されるペプチドエピトープ。
【請求項２５】
請求項24記載のペプチドエピトープを含む安定なMHC-Eペプチド複合体。
【請求項２６】
細胞表面に存在する、請求項25記載の安定なMHC-Eペプチド複合体。
【請求項２７】
ペプチド結合分子またはその抗原結合性フラグメントを同定する工程が、
(a) 細胞の表面への、複数の候補ペプチド結合分子またはその抗原結合性フラグメントの結合を評価すること；および
(b) 該複数の中から、MHC-E分子に関連するタンパク質抗原の1種または複数種のペプチドのうちの少なくとも1つに結合するペプチドに結合する1種または複数種のペプチド結合分子を同定すること
を含む、請求項2〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
(a) 請求項24または請求項25記載の安定なMHC-Eペプチド複合体への複数の候補ペプチド結合分子またはそれらの抗原結合性フラグメントの結合を評価する工程；および
(b) 該複数の中から、MHC-E分子に関連するタンパク質抗原のペプチドに結合する1種または複数種のペプチド結合分子を同定する工程
を含む、MHC-E分子に関連するペプチドに結合するペプチド結合分子またはその抗原結合性フラグメントを同定する方法。
【請求項２９】
(a) 請求項1〜23のいずれか一項記載の方法によってタンパク質抗原のペプチドを同定する工程；
(b) (a) のペプチドが結合しているMHC-E分子への複数の候補ペプチド結合分子またはそれらの抗原結合性フラグメントの結合を評価する工程；および
(c) 該複数の中から、MHC-E分子に関連するタンパク質抗原のペプチドに結合する1種または複数種のペプチド結合分子を同定する工程
を含む、MHC-E拘束性ペプチドに結合するペプチド結合分子またはその抗原結合性フラグメントを同定する方法。
【請求項３０】
複数の候補ペプチド結合分子が、1種または複数種のT細胞受容体（TCR）、TCRの抗原結合性フラグメント、抗体またはその抗原結合性フラグメントを含む、請求項27〜29のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
複数の候補ペプチド結合分子が、少なくとも2、5、10、100、103、104、105、106、107、108、109種またはそれ以上の異なる分子を含む、請求項27〜30のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
請求項2〜31のいずれか一項記載の方法によって同定される、ペプチド結合分子。
【請求項３３】
請求項32記載のペプチド結合分子を含む、組換え抗原受容体。
【請求項３４】
キメラ抗原受容体（CAR）である、請求項33記載の組換え抗原受容体。
【請求項３５】
請求項32記載のペプチド結合分子または請求項33もしくは請求項34記載の組換え受容体を発現する、遺伝子改変細胞。
【請求項３６】
T細胞である、請求項35記載の遺伝子改変細胞。
【請求項３７】
ペプチド結合分子またはペプチド結合分子を含む組換え受容体を発現するCD8＋遺伝子改変細胞であって、該ペプチド結合分子が、MHC-E分子に関連するペプチドエピトープに特異的に結合する、CD8＋遺伝子改変細胞。
【請求項３８】
組換え抗原受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、請求項37記載のCD8＋遺伝子改変細胞。
【請求項３９】
請求項32記載のペプチド結合分子、請求項33もしくは請求項34記載の組換え受容体、または請求項35〜38のいずれか一項記載の遺伝子改変細胞を含む、組成物。
【請求項４０】
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項39記載の組成物。
【請求項４１】
疾患または状態の処置における使用のための、請求項39または請求項40記載の薬学的組成物。
【請求項４２】
疾患または状態の処置における使用のための医薬の製造における、請求項39または請求項40記載の薬学的組成物の使用。
【請求項４３】
ペプチド結合分子または組換え受容体が疾患または状態に関連する抗原に結合する、請求項41記載の使用のための薬学的組成物または請求項42記載の使用。
【請求項４４】
疾患または状態が、腫瘍またはがんである、請求項41または請求項43記載の使用のための薬学的組成物または請求項42または43記載の使用。