【手続補正書】
【提出日】令和1年12月23日(2019.12.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
プロリン、アラニン、および任意選択でセリンからなるポリペプチドをコードするヌク
レオチド配列を含む核酸分子であって、
前記核酸の前記ヌクレオチド配列が、少なくとも３００ヌクレオチドの長さを有し、
前記ヌクレオチド配列が、５０，０００未満のヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）を有
し、
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、数式：
【数１】
2019508020.tif 000001
により決定され、式中、
Ｎｔｏｔは、前記ヌクレオチド配列の長さであり、
ｎは、前記ヌクレオチド配列内の反復の長さであり、
ｆｉ（ｎ）は、前記長さｎの反復の頻度であり、
１つよりも多くの長さｎの反復が存在する場合、ｋ（ｎ）は、前記長さｎの反復の前記
異なる配列の数であり、そうでなければ、前記長さｎの反復についてｋ（ｎ）は１である
、核酸分子。
【請求項２】
前記コードされたポリペプチドが、プロリンおよびアラニンからなる、請求項１に記載
の核酸分子。
【請求項３】
前記プロリン残基が、前記コードされたポリペプチドの約１０％超および約７５％未満
を構成する、請求項２に記載の核酸分子。
【請求項４】
前記コードされたポリペプチドが、プロリン、アラニン、およびセリンからなる、請求
項１に記載の核酸分子。
【請求項５】
前記プロリン残基が、前記コードされたポリペプチドの４％超および４０％未満を構成
する、請求項４に記載の核酸分子。
【請求項６】
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、１０００未満、１００未満、５０未満、または３５未満である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項７】
前記核酸の前記ヌクレオチド配列が、少なくとも９００ヌクレオチドの長さを有する、
請求項１〜６のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項８】
増強された遺伝子安定性を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項９】
前記ヌクレオチド配列が、前記反復を含み、前記反復が、最大長ｎｍａｘを有し、ｎｍ
ａｘが、数式：
【数２】
2019508020.tif 000002
により決定され、式中、Ｎｔｏｔが、前記ヌクレオチド配列の長さである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１０】
前記反復が、約１４、１５、１６、または１７ヌクレオチドから約５５ヌクレオチドま
での最大長を有する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１１】
前記コードされたポリペプチドが、複数のアミノ酸反復を有する反復性アミノ酸配列を
含み、９個以下の連続アミノ酸残基が同一であり、前記ポリペプチドがランダムコイルを
形成する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１２】
（ａ）配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配
列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号８７
、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号
９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列
番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番
号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番
号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番
号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番
号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１９２、および
配列番号１９３からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む核酸
分子；
（ｂ）配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号１５３、
配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７、配列番号１５８、
配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、
配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、
配列番号１６９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、および／または配
列番号１７３からなるヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェント
な条件下でハイブリダイズする核酸分子；
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のいずれか１つで規定されるヌクレオチド配列と
少なくとも６６．７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；ならびに
（ｅ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果
として縮重している核酸分子
からなる群から選択される、請求項１〜３および６〜１１のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１３】
（ａ）配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配
列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号１２３、配列番号１
２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１
２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１
３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１
３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１
４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１
４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１９４、および配列
番号１９５からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む核酸分子
；
（ｂ）配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号１７４、
配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、
配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８４、配列番号１８５、
配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、
および配列番号１９１からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェント
な条件下でハイブリダイズする核酸分子；
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のいずれか１つで規定されるヌクレオチド配列と
少なくとも５６％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｅ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果
として縮重している核酸分子
からなる群から選択される、請求項１および４〜１１のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１４】
生理活性タンパク質をコードする核酸と同じリーディングフレームに作動可能に連結さ
れた、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１５】
前記生理活性タンパク質が、治療上有効なタンパク質である、請求項１４に記載の核酸分子。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１７】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の核酸分子を含む宿主もしくは宿主細胞、請求項１６に記載のベクターを含む宿主もしくは宿主細胞、または請求項２１に記載のベクター
で形質転換された宿主もしくは宿主細胞。
【請求項１８】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の核酸分子を調製するための方法であって、請求項１７に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生された核酸分子を単離することを含む方法。
【請求項１９】
請求項１６に記載のベクターを調製するための方法であって、請求項１７に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生されたベクターを単離することを含む方法。
【請求項２０】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の核酸分子によりコードされるポリペプチドを調製するための方法であって、請求項１７に記載の宿主または宿主細胞を培養／成長させること、および任意選択で、産生されたポリペプチドを単離することを含む方法。
【請求項２１】
薬物コンジュゲートを調製するための方法であって、
前記薬物コンジュゲートが、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の核酸分子によりコードされるポリペプチドを含み、
（ｉ）生理活性タンパク質および／または（ｉｉ）低分子および／または（ｉｉｉ）炭水化物をさらに含み、
前記方法が、請求項１７に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生されたポリペプチドおよび／または薬物コンジュゲートを単離することをさらに
含む方法。
【請求項２２】
前記生理活性タンパク質が、治療上有効なタンパク質である、請求項２１に記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
【請求項２３】
遺伝子的に安定な核酸分子を選択するための方法であって、前記核酸分子が、プロリン
、アラニン、および任意選択でセリンからなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配
列を含み、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも３００ヌクレオチドの長さを有し、
前記方法が、５０，０００未満のヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）を有するヌクレオ
チド配列を含む核酸分子を選択するステップを含み、
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、数式：
【数３】
2019508020.tif 000003
により決定され、式中、
Ｎｔｏｔは、前記ヌクレオチド配列の長さであり、
ｎは、前記ヌクレオチド配列内の反復の長さであり、
ｆｉ（ｎ）は、前記長さｎの反復の頻度であり、
１つよりも多くの長さｎの反復が存在する場合、ｋ（ｎ）は、前記長さｎの反復の前記
異なる配列の数であり、そうでなければ、前記長さｎの反復についてｋ（ｎ）は１である
、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３８０】
この手順により、凝集の徴候がない均質なタンパク質調製物が、０．８ｍｇ／Ｌ細菌培
養の最終収量で得られた。タンパク濃度は、８６０５Ｍ−１ｃｍ−１の計算吸光係数（Gi
ll (1989) loc. cit.）を使用して、２８０ｎｍの吸光を測定することにより決定した。
１０％高モル濃度Ｔｒｉｓ緩衝液系（Fling (1986) loc. cit.）を使用してＳＤＳ−ＰＡ
ＧＥを実施した（図１３Ａ）。溶出したタンパク質を、１００００倍容積の１０ｍＭ酢酸
アンモニウムｐＨ５．５で２回透析し、陽イオンモードを使用してｍａＸｉｓ  Ｑ−ＴＯ
Ｆ機器（Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｃｓ、ブレーメン、ドイツ）で、ＥＳＩ質量分析
により分析した。ＰＡ＃１（６００）−ｈｕ−Ｌｅｐｔｉｎ（Ｗ１００Ｑ）のデコンボリ
ューションスペクトルは、６４２４９．５３Ｄａの質量を明らかにした（図１３Ｂ）。こ
れは、この融合タンパク質の計算質量（６４２４９．８０Ｄａ）と本質的に一致する。こ
れは、本発明による遺伝子的に安定な低反復性核酸分子によりコードされたＰＡ＃１（６
００）−ｈｕ−Ｌｅｐｔｉｎ（Ｗ１００Ｑ）融合タンパク質を、その完全な形態で大腸菌
（E. coli）にて産生させることができることを明らかに示す。
本発明は以下の態様を含む。
＜１＞
プロリン、アラニン、および任意選択でセリンからなるポリペプチドをコードするヌク
レオチド配列を含む核酸分子であって、
前記核酸の前記ヌクレオチド配列が、少なくとも３００ヌクレオチドの長さを有し、
前記ヌクレオチド配列が、５０，０００未満のヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）を有
し、
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、数式：
【数１】
2019508020.tif 000004
により決定され、式中、
Ｎｔｏｔは、前記ヌクレオチド配列の長さであり、
ｎは、前記ヌクレオチド配列内の反復の長さであり、
ｆｉ（ｎ）は、前記長さｎの反復の頻度であり、
１つよりも多くの長さｎの反復が存在する場合、ｋ（ｎ）は、前記長さｎの反復の前記
異なる配列の数であり、そうでなければ、前記長さｎの反復についてｋ（ｎ）は１である
、核酸分子。
＜２＞
前記コードされたポリペプチドが、プロリンおよびアラニンからなる、＜１＞に記載の核酸分子。
＜３＞
前記プロリン残基が、前記コードされたポリペプチドの約１０％超および約７５％未満を構成する、＜２＞に記載の核酸分子。
＜４＞
前記コードされたポリペプチドが、プロリン、アラニン、およびセリンからなる、＜１＞に記載の核酸分子。
＜５＞
前記プロリン残基が、前記コードされたポリペプチドの４％超および４０％未満を構成する、＜４＞に記載の核酸分子。
＜６＞
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、１００未満である、＜１＞〜＜５＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜７＞
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、５０未満である、＜１＞〜＜６＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜８＞
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、３５未満である、＜１＞〜＜７＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜９＞
前記核酸の前記ヌクレオチド配列が、少なくとも９００ヌクレオチドの長さを有する、＜１＞〜＜８＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１０＞
増強された遺伝子安定性を有する、＜１＞〜＜９＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１１＞
前記ヌクレオチド配列が、前記反復を含み、前記反復が、最大長ｎｍａｘを有し、ｎｍａｘが、数式：
【数２】
2019508020.tif 000005
により決定され、式中、Ｎｔｏｔが、前記ヌクレオチド配列の長さである、＜１＞〜＜１０＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１２＞
前記反復が、約１４、１５、１６、または１７ヌクレオチドから約５５ヌクレオチドまでの最大長を有する、＜１＞〜＜１１＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１３＞
前記コードされたポリペプチドが、複数のアミノ酸反復を有する反復性アミノ酸配列を
含み、９個以下の連続アミノ酸残基が同一であり、前記ポリペプチドがランダムコイルを
形成する、＜１＞〜＜１２＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１４＞
（ａ）配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配
列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号８７
、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号
９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列
番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番
号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番
号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番
号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番
号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１９２、および
配列番号１９３からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む核酸
分子；
（ｂ）配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号１５３、
配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７、配列番号１５８、
配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、
配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、
配列番号１６９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、および／または配
列番号１７３からなるヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェント
な条件下でハイブリダイズする核酸分子；
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のいずれか１つで規定されるヌクレオチド配列と
少なくとも６６．７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；ならびに
（ｅ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果
として縮重している核酸分子
からなる群から選択される、＜１＞〜＜３＞および＜６＞〜＜１３＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１５＞
（ａ）配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配
列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号１２３、配列番号１
２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１
２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１
３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１
３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１
４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１
４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１９４、および配列
番号１９５からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む核酸分子
；
（ｂ）配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号１７４、
配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、
配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８４、配列番号１８５、
配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、
および配列番号１９１からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェント
な条件下でハイブリダイズする核酸分子；
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のいずれか１つで規定されるヌクレオチド配列と
少なくとも５６％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｅ）（ａ）または（ｂ）で規定されるヌクレオチド配列に対する遺伝子コードの結果
として縮重している核酸分子
からなる群から選択される、＜１＞および＜４＞〜＜１３＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１６＞
生理活性タンパク質をコードする核酸と同じリーディングフレームに作動可能に連結さ
れた、＜１＞〜＜１５＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜１７＞
前記生理活性タンパク質が、治療上有効なタンパク質である、＜１６＞に記載の核酸分子。
＜１８＞
前記生理活性タンパク質が、結合タンパク質、抗体断片、サイトカイン、成長因子、ホ
ルモン、酵素、タンパク質ワクチン、ペプチドワクチン、最大５０個のアミノ酸残基から
なるペプチド、またはペプチド模倣体からなる群から選択される、＜１６＞または＜１７＞に記載の核酸分子。
＜１９＞
前記結合タンパク質が、抗体、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、単鎖
可変断片（ｓｃＦｖ）、（単一）ドメイン抗体、抗体の単離された可変領域（ＶＬ領域お
よび／またはＶＨ領域）、ＣＤＲ、免疫グロブリンドメイン、ＣＤＲ由来ペプチド模倣体
、レクチン、タンパク質スキャフォールド、フィブロネクチンドメイン、テネイシンドメ
イン、プロテインＡドメイン、ＳＨ３ドメイン、アンキリン反復ドメイン、およびリポカ
リンからなる群から選択される、＜１８＞に記載の核酸分子。
＜２０＞
前記生理活性タンパク質が、インターロイキン１受容体アンタゴニスト、レプチン、酸
性スフィンゴミエリナーゼ、アデノシンデアミナーゼ、アガルシダーゼアルファ、アルフ
ァ−１アンチトリプシン、アルファ心房性ナトリウム利尿ペプチド、アルファ−ガラクト
シダーゼ、アルファ−グルコシダーゼ、アルファ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ、ア
ルテプラーゼ、アメジプラーゼ、アミリン、アミリン類似体、抗ＨＩＶペプチド融合阻害
剤、アルギニンデイミナーゼ、アスパラギナーゼ、Ｂドメイン欠損第ＶＩＩＩ因子、骨形
態形成タンパク質、ブラジキニンアンタゴニスト、Ｂ型ナトリウム利尿ペプチド、ブーガ
ニン、成長ホルモン、絨毛性ゴナドトロピン、ＣＤ３受容体アンタゴニスト、ＣＤ１９ア
ンタゴニスト、ＣＤ２０アンタゴニスト、ＣＤ４０アンタゴニスト、ＣＤ４０Ｌアンタゴ
ニスト、セレブロシドスルファターゼ、凝固第ＶＩＩａ因子、凝固第ＸＩＩＩ因子、凝固
第ＩＸ因子、凝固第Ｘ因子、補体成分Ｃ３阻害剤、補体成分５ａアンタゴニスト、Ｃ−ペ
プチド、ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト、Ｃ型ナトリウム利尿ペプチド、ディフェンシン、
デオキシリボヌクレアーゼＩ、ＥＧＦＲ受容体アンタゴニスト、上皮成長因子、エリスロ
ポエチン、エキセンディン−４、エズリンペプチド１、ＦｃγＩＩＢ受容体アンタゴニス
ト、線維芽細胞成長因子２１、卵胞刺激ホルモン、胃抑制ポリペプチド（ＧＩＰ）、ＧＩ
Ｐ類似体、グルカゴン、グルカゴン受容体アゴニスト、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ
−１）、ＧＬＰ−１類似体、グルカゴン様ペプチド２（ＧＬＰ−２）、ＧＬＰ−２類似体
、ゴナドレリン、ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニスト、ゴナドトロピン放出ホルモン
アンタゴニスト、ｇｐ１２０、ｇｐ１６０、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆
粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、グレリン、グレリン類似体、成
長ホルモン、成長ホルモン放出ホルモン、ヘマタイド、肝細胞成長因子、肝細胞成長因子
受容体（ＨＧＦＲ）アンタゴニスト、ヘプシジンアンタゴニスト、ヘプシジン模倣体、Ｈ
ｅｒ２／ｎｅｕ受容体アンタゴニスト、ヒストレリン、ヒルジン、ｈｓｐ７０アンタゴニ
スト、ヒューマニン、ヒアルロニダーゼ、加水分解性リソソームグルコセレブロシド特異
的酵素、イズロネート−２−スルファターゼ、ＩｇＥアンタゴニスト、インスリン、イン
スリン類似体、インスリン様成長因子１、インスリン様成長因子２、インターフェロン−
アルファ、インターフェロン−アルファアンタゴニスト、インターフェロン−アルファス
ーパーアゴニスト、インターフェロン−アルファ−ｎ３、インターフェロン−ベータ、イ
ンターフェロン−ガンマ、インターフェロン−ラムダ、インターフェロンタウ、インター
ロイキン、インターロイキン２融合タンパク質、インターロイキン−２２受容体サブユニ
ットアルファ（ＩＬ−２２ｒａ）アンタゴニスト、イリシン、島ネオゲネシス関連タンパ
ク質、ケラチノサイト成長因子、Ｋｖ１．３イオンチャネルアンタゴニスト、ランチペプ
チド、リパーゼ、黄体形成ホルモン、ルトロピンアルファ、リソスタフィン、マンノシダ
ーゼ、Ｎ−アセチルガラクトサミン−６−スルファターゼ、Ｎ−アセチルグルコサミニダ
ーゼ、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン、オクトレオチド、ω−コノトキシン、オルニ
トドロス・モウバタ（Ornithodoros moubata）補体阻害剤、骨形成タンパク質−１、オス
テオプロテゲリン、シュウ酸デカルボキシラーゼ、Ｐ１２８、副甲状腺ホルモン、フィロ
マー（Phylomer）、ＰＤ−１アンタゴニスト、ＰＤＧＦアンタゴニスト、フェニルアラニ
ンアンモニアリアーゼ、血小板由来成長因子、プロインスリン、プロテインＣ、リラキシ
ン、リラキシン類似体、セクレチン、ＲＧＤペプチド、リボヌクレアーゼ、センレボター
ゼ、セリンプロテアーゼ阻害剤、可溶性１型補体受容体、可溶性ＤＣＣ受容体、可溶性Ｔ
ＡＣＩ受容体、可溶性腫瘍壊死因子Ｉ受容体（ｓＴＮＦ−ＲＩ）、可溶性腫瘍壊死因子Ｉ
Ｉ受容体（ｓＴＮＦ−ＲＩＩ）、可溶性ＶＥＧＦ受容体Ｆｌｔ−１、可溶性ＦｃγＩＩＢ
受容体、ソマトスタチン、ソマトスタチン類似体、ストレプトキナーゼ、Ｔ細胞受容体リ
ガンド、テネクテプラーゼ、テリパラチド、トロンボモジュリンアルファ、チモシンアル
ファ１、ｔｏｌｌ様受容体阻害剤、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）、腫瘍壊死因子αアンタゴ
ニスト、ウリカーゼ、血管作用性腸ペプチド、バソプレッシン、バソプレッシン類似体、
ＶＥＧＦアンタゴニスト、フォンビルブラント因子からなる群から選択される、＜１６＞〜＜１８＞のいずれかに記載の核酸分子。
＜２１＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子を含むベクター。
＜２２＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子を含む宿主もしくは宿主細胞、＜２１＞に記載のベクターを含む宿主もしくは宿主細胞、または＜２１＞に記載のベクターで形質転換された宿主もしくは宿主細胞。
＜２３＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子を調製するための方法であって、＜２２＞に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生された核酸分子を単離することを含む方法。
＜２４＞
＜２１＞に記載のベクターを調製するための方法であって、＜２２＞に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生されたベクターを単離することを含む方法。
＜２５＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子によりコードされるポリペプチドを調製するための方法であって、＜２２＞に記載の宿主または宿主細胞を培養／成長させること、および任意選択で、産生されたポリペプチドを単離することを含む方法。
＜２６＞
薬物コンジュゲートを調製するための方法であって、
前記薬物コンジュゲートが、＜１＞〜＜１５＞のいずれかに記載の核酸分子によりコードされるポリペプチドを含み、
（ｉ）生理活性タンパク質および／または（ｉｉ）低分子および／または（ｉｉｉ）炭
水化物をさらに含み、
前記方法が、＜２２＞に記載の宿主または宿主細胞を培養すること、および任意選択で、産生されたポリペプチドおよび／または薬物コンジュゲートを単離することをさらに含む方法。
＜２７＞
前記生理活性タンパク質が、治療上有効なタンパク質である、＜２６＞に記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
＜２８＞
前記生理活性タンパク質が、結合タンパク質、抗体断片、サイトカイン、成長因子、ホ
ルモン、酵素、タンパク質ワクチン、ペプチドワクチン、最大５０個のアミノ酸残基から
なるペプチド、またはペプチド模倣体からなる群から選択される、＜２６＞または＜２７＞に記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
＜２９＞
前記結合タンパク質が、抗体、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、単鎖
可変断片（ｓｃＦｖ）、（単一）ドメイン抗体、抗体の単離された可変領域（ＶＬ領域お
よび／またはＶＨ領域）、ＣＤＲ、免疫グロブリンドメイン、ＣＤＲ由来ペプチド模倣体
、レクチン、タンパク質スキャフォールド、フィブロネクチンドメイン、テネイシンドメ
イン、プロテインＡドメイン、ＳＨ３ドメイン、アンキリン反復ドメイン、およびリポカ
リンからなる群から選択される、＜２８＞に記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
＜３０＞
前記生理活性タンパク質が、インターロイキン１受容体アンタゴニスト、レプチン、酸
性スフィンゴミエリナーゼ、アデノシンデアミナーゼ、アガルシダーゼアルファ、アルフ
ァ−１アンチトリプシン、アルファ心房性ナトリウム利尿ペプチド、アルファ−ガラクト
シダーゼ、アルファ−グルコシダーゼ、アルファ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ、ア
ルテプラーゼ、アメジプラーゼ、アミリン、アミリン類似体、抗ＨＩＶペプチド融合阻害
剤、アルギニンデイミナーゼ、アスパラギナーゼ、Ｂドメイン欠損第ＶＩＩＩ因子、骨形
態形成タンパク質、ブラジキニンアンタゴニスト、Ｂ型ナトリウム利尿ペプチド、ブーガ
ニン、成長ホルモン、絨毛性ゴナドトロピン、ＣＤ３受容体アンタゴニスト、ＣＤ１９ア
ンタゴニスト、ＣＤ２０アンタゴニスト、ＣＤ４０アンタゴニスト、ＣＤ４０Ｌアンタゴ
ニスト、セレブロシドスルファターゼ、凝固第ＶＩＩａ因子、凝固第ＸＩＩＩ因子、凝固
第ＩＸ因子、凝固第Ｘ因子、補体成分Ｃ３阻害剤、補体成分５ａアンタゴニスト、Ｃ−ペ
プチド、ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト、Ｃ型ナトリウム利尿ペプチド、ディフェンシン、
デオキシリボヌクレアーゼＩ、ＥＧＦＲ受容体アンタゴニスト、上皮成長因子、エリスロ
ポエチン、エキセンディン−４、エズリンペプチド１、ＦｃγＩＩＢ受容体アンタゴニス
ト、線維芽細胞成長因子２１、卵胞刺激ホルモン、胃抑制ポリペプチド（ＧＩＰ）、ＧＩ
Ｐ類似体、グルカゴン、グルカゴン受容体アゴニスト、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ
−１）、ＧＬＰ−１類似体、グルカゴン様ペプチド２（ＧＬＰ−２）、ＧＬＰ−２類似体
、ゴナドレリン、ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニスト、ゴナドトロピン放出ホルモン
アンタゴニスト、ｇｐ１２０、ｇｐ１６０、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆
粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、グレリン、グレリン類似体、成
長ホルモン、成長ホルモン放出ホルモン、ヘマタイド、肝細胞成長因子、肝細胞成長因子
受容体（ＨＧＦＲ）アンタゴニスト、ヘプシジンアンタゴニスト、ヘプシジン模倣体、Ｈ
ｅｒ２／ｎｅｕ受容体アンタゴニスト、ヒストレリン、ヒルジン、ｈｓｐ７０アンタゴニ
スト、ヒューマニン、ヒアルロニダーゼ、加水分解性リソソームグルコセレブロシド特異
的酵素、イズロネート−２−スルファターゼ、ＩｇＥアンタゴニスト、インスリン、イン
スリン類似体、インスリン様成長因子１、インスリン様成長因子２、インターフェロン−
アルファ、インターフェロン−アルファアンタゴニスト、インターフェロン−アルファス
ーパーアゴニスト、インターフェロン−アルファ−ｎ３、インターフェロン−ベータ、イ
ンターフェロン−ガンマ、インターフェロン−ラムダ、インターフェロンタウ、インター
ロイキン、インターロイキン２融合タンパク質、インターロイキン−２２受容体サブユニ
ットアルファ（ＩＬ−２２ｒａ）アンタゴニスト、イリシン、島ネオゲネシス関連タンパ
ク質、ケラチノサイト成長因子、Ｋｖ１．３イオンチャネルアンタゴニスト、ランチペプ
チド、リパーゼ、黄体形成ホルモン、ルトロピンアルファ、リソスタフィン、マンノシダ
ーゼ、Ｎ−アセチルガラクトサミン−６−スルファターゼ、Ｎ−アセチルグルコサミニダ
ーゼ、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン、オクトレオチド、ω−コノトキシン、オルニ
トドロス・モウバタ（Ornithodoros moubata）補体阻害剤、骨形成タンパク質−１、オス
テオプロテゲリン、シュウ酸デカルボキシラーゼ、Ｐ１２８、副甲状腺ホルモン、フィロ
マー（Phylomer）、ＰＤ−１アンタゴニスト、ＰＤＧＦアンタゴニスト、フェニルアラニ
ンアンモニアリアーゼ、血小板由来成長因子、プロインスリン、プロテインＣ、リラキシ
ン、リラキシン類似体、セクレチン、ＲＧＤペプチド、リボヌクレアーゼ、センレボター
ゼ、セリンプロテアーゼ阻害剤、可溶性１型補体受容体、可溶性ＤＣＣ受容体、可溶性Ｔ
ＡＣＩ受容体、可溶性腫瘍壊死因子Ｉ受容体（ｓＴＮＦ−ＲＩ）、可溶性腫瘍壊死因子Ｉ
Ｉ受容体（ｓＴＮＦ−ＲＩＩ）、可溶性ＶＥＧＦ受容体Ｆｌｔ−１、可溶性ＦｃγＩＩＢ
受容体、ソマトスタチン、ソマトスタチン類似体、ストレプトキナーゼ、Ｔ細胞受容体リ
ガンド、テネクテプラーゼ、テリパラチド、トロンボモジュリンアルファ、チモシンアル
ファ１、ｔｏｌｌ様受容体阻害剤、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）、腫瘍壊死因子αアンタゴ
ニスト、ウリカーゼ、血管作用性腸ペプチド、バソプレッシン、バソプレッシン類似体、
ＶＥＧＦアンタゴニスト、フォンビルブラント因子からなる群から選択される、＜２６＞〜＜２８＞のいずれかに記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
＜３１＞
前記低分子が、血管新生阻害剤、抗アレルギー薬、制吐薬、抗うつ薬、抗高血圧薬、抗
炎症薬、抗感染症薬、抗精神病薬、抗増殖（細胞毒性および細胞増殖抑制）薬、カルシウ
ムアンタゴニストおよび他の循環器薬、コリン作動性アゴニスト、中枢神経系に作用する
薬物、呼吸器系に作用する薬物、ホルモン、ステロイド、ポリケチド、炭水化物、オリゴ
糖、核酸、核酸誘導体、アンチセンス核酸、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロ
ＲＮＡ（ｍｉＲ）阻害剤、マイクロＲＮＡ模倣体、ＤＮＡアプタマー、およびＲＮＡアプ
タマーからなる群から選択される、＜２６＞〜＜３０＞に記載の薬物コンジュゲートを調製するための方法。
＜３２＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子を配列決定するための方法。
＜３３＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子を増幅するための方法。
＜３４＞
＜１＞〜＜２０＞のいずれかに記載の核酸分子をクローニングするための方法。
＜３５＞
遺伝子的に安定な核酸分子を選択するための方法であって、前記核酸分子が、プロリン
、アラニン、および任意選択でセリンからなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配
列を含み、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも３００ヌクレオチドの長さを有し、
前記方法が、５０，０００未満のヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）を有するヌクレオ
チド配列を含む核酸分子を選択するステップを含み、
前記ヌクレオチド反復スコア（ＮＲＳ）が、数式：
【数３】
2019508020.tif 000006
により決定され、式中、
Ｎｔｏｔは、前記ヌクレオチド配列の長さであり、
ｎは、前記ヌクレオチド配列内の反復の長さであり、
ｆｉ（ｎ）は、前記長さｎの反復の頻度であり、
１つよりも多くの長さｎの反復が存在する場合、ｋ（ｎ）は、前記長さｎの反復の前記
異なる配列の数であり、そうでなければ、前記長さｎの反復についてｋ（ｎ）は１である
、方法。