【手続補正書】
【提出日】令和2年11月9日(2020.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
情報を核酸配列に書き込むための方法であって、前記方法は、
前記情報をシンボルの文字列に翻訳することと、
前記シンボルの文字列を複数の識別子にマッピングすることであって、前記複数の識別子の各個々の識別子は、一意の核酸配列に対応し、対応する複数の構成要素を備え、前記複数の構成要素のうちの各構成要素は、別個の核酸配列を備え、各識別子は、前記シンボルの文字列内の個々のシンボルに対応する、ことと、
前記対応する複数の構成要素をコンパートメントに置くことによって前記複数の識別子の少なくとも１つの個々の識別子を形成することであって、前記複数の構成要素は、１つ以上の反応を介して前記コンパートメント内において組み立て、前記少なくとも１つの個々の識別子を形成する、ことと
を含む、方法。
【請求項２】
各シンボルは、２つの可能なシンボル値のうちの１つである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記２つの可能なシンボル値のうちの第１のシンボル値は、前記複数の識別子のうちの別個の識別子の不在によって表され、前記２つの可能なシンボル値のうちの第２のシンボル値は、前記別個の識別子の存在によって表され、または逆も同様である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
２つ以上の構成要素は、前記１つ以上の反応を介して組み立て、各々が、前記対応する別個の識別子の前記存在によって表されているシンボル値を有するシンボルに対応する、識別子を形成する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
各個々の構成要素の前記別個の核酸配列は、任意の個々のシンボルに非固有である、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
各構成要素は、第１および第２の末端と、前記第１の末端上の第１のハイブリダイゼーション領域と、前記第２の末端上の第２のハイブリダイゼーション領域とを伴う、別個の核酸配列を備える、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記複数の構成要素の各々は、Ｍ層のうちの１つに属し、前記Ｍ層の各々からの１つの構成要素は、前記少なくとも１つの識別子を形成するように組み立てる、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記Ｍ層の各層は、別個のセットの構成要素を備える、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
各層内において、前記構成要素は、共通第１のハイブリダイゼーション領域と共通第２のハイブリダイゼーション領域とを有する、請求項７〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記コンパートメント内の各構成要素は、第１および第２のハイブリダイゼーション領域を有し、各構成要素の前記第１または第２のハイブリダイゼーション領域は、別の構成要素の前記第１または第２のハイブリダイゼーション領域に相補的であり、前記１つ以上の反応は、前記第１および第２の相補的なハイブリダイゼーション領域のハイブリダイゼーションを備える、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記１つ以上の構成要素は、非順序依存の様式で組み立てる、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の識別子のサブセットは、多重方式で１つの反応を介して形成される、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記１つ以上の反応は、オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ポリメラーゼサイクリングアセンブリ、粘着末端ライゲーション、リガーゼサイクリング反応、または鋳型指向ライゲーションを含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１つ形成された識別子を備える識別子ライブラリを生成することをさらに含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記識別子ライブラリは、別個のバーコード、前記情報のメタデータ、または両方を備える、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
情報を核酸配列に書き込むためのシステムであって、前記システムは、
核酸分子を組み立てるように構成され、コンパートメントを備える、アセンブリユニットと、
前記アセンブリユニットに動作可能に結合された１つ以上のコンピュータプロセッサと
を備え、
前記１つ以上のコンピュータプロセッサは、
（ｉ）前記情報をシンボルの文字列に翻訳することと、
（ｉｉ）前記シンボルの文字列を複数の識別子にマッピングすることであって、前記複数の識別子の各個々の識別子は、一意の核酸配列に対応し、対応する複数の構成要素を備え、前記複数の構成要素のうちの各構成要素は、別個の核酸配列を備え、各識別子は、前記シンボルの文字列内の個々のシンボルに対応する、ことと、
（ｉｉｉ）前記対応する複数の構成要素を前記コンパートメントに置くことによって前記複数の識別子の少なくとも１つの個々の識別子を形成することであって、前記複数の構成要素は、１つ以上の反応を介して前記コンパートメント内において組み立て、前記少なくとも１つの個々の識別子を形成する、ことと
を行うよう個々にまたは集合的にプログラムされている、システム。
【請求項１７】
各シンボルは、２つの可能なシンボル値のうちの１つであり、前記２つの可能なシンボル値のうちの第１のシンボル値は、前記複数の識別子のうちの別個の識別子の不在によって表され、前記２つの可能なシンボル値のうちの第２のシンボル値は、前記別個の識別子の存在によって表され、または逆も同様である、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】
前記複数の構成要素の各々は、Ｍ層のうちの１つに属し、前記Ｍ層の各々からの１つの構成要素は、前記少なくとも１つの識別子を形成するように組み立てる、請求項１６〜１７のいずれかに記載のシステム。
【請求項１９】
前記コンパートメント内の各構成要素は、第１および第２のハイブリダイゼーション領域を有し、各構成要素の前記第１または第２のハイブリダイゼーション領域は、別の構成要素の前記第１または第２のハイブリダイゼーション領域に相補的であり、前記１つ以上の反応は、前記第１および第２の相補的なハイブリダイゼーション領域のハイブリダイゼーションを備える、請求項１６〜１８のいずれかに記載のシステム。
【請求項２０】
前記１つ以上の反応は、オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ポリメラーゼサイクリングアセンブリ、粘着末端ライゲーション、リガーゼサイクリング反応、または鋳型指向ライゲーションを含む、請求項１６〜１９のいずれかに記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
本開示の追加の態様および利点は、以下の詳細な説明から、当業者に容易に明らかになろう。本開示の例示的な実施形態のみが、図示および説明される。諒解されるように、本開示は、他のおよび異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、すべて本開示から逸脱することなく、種々の明白な点における修正が可能である。したがって、図面および説明は、本質的に、限定的ではなく、例示的とみなされるべきである。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
情報を核酸配列に書き込むための方法であって、
（ａ）前記情報をシンボルの文字列に翻訳することと、
（ｂ）前記シンボルの文字列を複数の識別子にマッピングすることであって、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列を含み、前記複数の識別子の前記個々の識別子が前記シンボルの文字列の個々のシンボルに対応する、マッピングすることと、
（ｃ）前記複数の識別子の少なくともサブセットを含む識別子ライブラリを構築することと
を含む方法。
（項目２）
前記シンボルの文字列の各シンボルが１つまたは複数の可能なシンボル値のうちの１つである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記シンボルの文字列内の各シンボルが２つの可能なシンボル値のうちの１つである、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記シンボルの文字列の各位置における１つのシンボル値が、前記識別子ライブラリ内の別個の識別子の不在によって表され得る、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記２つの可能なシンボル値が０および１のビット値であり、前記シンボルの文字列内の０の前記ビット値をもつ前記個々のシンボルが、前記識別子ライブラリ内の別個の識別子の不在によって表され得、前記シンボルの文字列内の１の前記ビット値をもつ前記個々のシンボルが、前記識別子ライブラリ内の前記別個の識別子の存在によって表され得、逆も同様である、項目３に記載の方法。
（項目６）
前記識別子ライブラリ内の前記個々の識別子を構築することが、前記１つまたは複数の構成要素を１つまたは複数の層から組み立てることを含み、前記１つまたは複数の層の各層が、構成要素の別個のセットを含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記識別子ライブラリからの前記個々の識別子が、前記１つまたは複数の層の各層からの１つの構成要素を含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記１つまたは複数の構成要素が、固定順序で組み立てられる、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記１つまたは複数の構成要素が、任意の順序で組み立てられる、項目７に記載の方法。
（項目１０）
前記１つまたは複数の構成要素が、前記１つまたは複数の層のうちの異なる層からの２つの構成要素間に設置された１つまたは複数のパーティション構成要素と組み立てられる、項目７に記載の方法。
（項目１１）
前記個々の識別子が、前記１つまたは複数の層のサブセットの各層からの１つの構成要素を含む、項目６に記載の方法。
（項目１２）
前記個々の識別子が、前記１つまたは複数の層の各々からの少なくとも１つの構成要素を含む、項目６に記載の方法。
（項目１３）
前記１つまたは複数の構成要素が、オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ポリメラーゼサイクリングアセンブリ、粘着末端ライゲーション、バイオブリックアセンブリ、ゴールデンゲートアセンブリ、ギブソンアセンブリ、リコンビナーゼアセンブリ、リガーゼサイクリング反応、または鋳型指向ライゲーションを使用して組み立てられる、項目６に記載の方法。
（項目１４）
前記識別子ライブラリ内の前記個々の識別子を構築することが、核酸編集酵素を親識別子に適用することによって前記親識別子内の少なくとも１つの構成要素を削除、交換、または挿入することを含む、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記親識別子が、ヌクレアーゼ特異的標的部位、リコンビナーゼ認識部位、または別個のスペーサ配列によって隣接された複数の構成要素を含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記核酸編集酵素が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、およびその機能的変異体からなる群から選択される、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記識別子ライブラリが複数の核酸配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記複数の核酸配列が、前記情報のメタデータを記憶する、および／または前記情報を隠蔽する、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記メタデータが、前記情報の源、前記情報の意図されたレシピエント、前記情報の元のフォーマット、前記情報を符号化するために使用される機器類および方法、前記情報を前記識別子ライブラリに書き込む日付および時間、前記情報に対してなされる修正、ならびに／または他の情報への参照に対応する二次情報を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
１つまたは複数の識別子ライブラリが組み合わされ、前記１つまたは複数の識別子ライブラリの各識別子ライブラリが、別個のバーコードでタグ付けされる、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記識別子ライブラリ内の各個々の識別子が、前記別個のバーコードを含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記複数の識別子が、読取り動作、書込み動作、アクセス動作、コピー動作、および削除動作を容易にするために選択される、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記複数の識別子が、書込みエラー、突然変異、分解、および読取りエラーを最小にするように選択される、項目１に記載の方法。
（項目２４）
核酸配列内に符号化された情報をコピーするための方法であって、
（ａ）シンボルの文字列を符号化する識別子ライブラリを提供することであって、前記識別子ライブラリが複数の識別子を含み、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列を含み、前記複数の識別子の前記個々の識別子が前記シンボルの文字列の個々のシンボルに対応する、提供することと、
（ｂ）前記識別子ライブラリの１つまたは複数のコピーを構築することと
を含む方法。
（項目２５）
前記複数の識別子が１つまたは複数のプライマー結合部位を含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記識別子ライブラリが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用してコピーされる、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ＰＣＲが、従来のＰＣＲまたはリニアＰＣＲであり、前記識別子ライブラリのコピーの数がそれぞれ、各ＰＣＲサイクルとともに２倍になるまたは線形的に増加する、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記識別子ライブラリ内の前記個々の識別子が、ＰＣＲの前に環状ベクターにライゲーションされ、前記環状ベクターが、前記個々の識別子の各末端においてバーコードを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２９）
前記識別子ライブラリが複数の核酸配列を含む、項目２４に記載の方法。
（項目３０）
前記複数の核酸配列がコピーされる、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
１つまたは複数の識別子ライブラリが、コピーの前に組み合わされ、前記１つまたは複数の識別子ライブラリの各ライブラリが、別個のバーコードを含む、項目２４に記載の方法。
（項目３２）
核酸配列内に符号化された情報にアクセスするための方法であって、
（ａ）シンボルの文字列を符号化する識別子ライブラリを提供することであって、前記識別子ライブラリが複数の識別子を含み、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列を含み、前記複数の識別子の前記個々の識別子が前記シンボルの文字列の個々のシンボルに対応する、提供することと、
（ｂ）前記複数の識別子の標的サブセットを前記識別子ライブラリから抽出することと
を含む方法。
（項目３３）
複数のプローブが前記識別子ライブラリと組み合わされる、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記複数のプローブが、前記識別子ライブラリの前記標的サブセットの前記個々の識別子の前記１つまたは複数の構成要素との相補性を共有する、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記複数のプローブが、前記識別子ライブラリ内の前記複数の識別子の前記標的サブセットの一部分とハイブリダイゼーションする、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記複数のプローブが１つまたは複数の親和性タグを含み、前記１つまたは複数の親和性タグが、親和性ビーズまたは親和性カラムによってキャプチャされる、項目３４に記載の方法。
（項目３７）
前記識別子ライブラリが、前記複数のプローブの１つまたは複数のサブセットと順次組み合わされ、前記識別子ライブラリの前記標的サブセットの一部分が、前記複数のプローブの前記１つまたは複数のサブセットに結合する、項目３３に記載の方法。
（項目３８）
前記複数のプローブの前記１つまたは複数のサブセットに結合する前記識別子ライブラリの前記一部分が、前記識別子ライブラリへの前記複数のプローブの別のサブセットの追加の前に除去される、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記複数の識別子の前記個々の識別子が、１つもしくは複数の共通プライマー結合領域、１つもしくは複数の可変プライマー結合領域、またはそれらの任意の組合せを含む、項目３２に記載の方法。
（項目４０）
前記識別子ライブラリが、前記１つもしくは複数の共通プライマー結合領域にまたは前記１つもしくは複数の可変プライマー結合領域に結合するプライマーと組み合わされる、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記１つまたは複数の可変プライマー結合領域に結合する前記プライマーが、前記識別子ライブラリの前記標的サブセットを選択的に増幅するために使用される、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
識別子の一部分が、選択的ヌクレアーゼ切断によって前記識別子ライブラリから除去される、項目３２に記載の方法。
（項目４３）
前記識別子ライブラリがＣａｓ９およびガイドプローブと組み合わされ、前記ガイドプローブが、指定された識別子を前記識別子ライブラリから除去するために前記Ｃａｓ９をガイドする、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記個々の識別子が一本鎖であり、前記識別子ライブラリが、一本鎖特異的エンドヌクレアーゼと組み合わされる、項目４２に記載の方法。
（項目４５）
前記識別子ライブラリが、前記一本鎖特異的エンドヌクレアーゼの追加の前に標的の個々の識別子を分解から保護する個々の識別子の相補セットと混合される、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記選択的ヌクレアーゼ切断によって切断されない前記個々の識別子が、サイズ選択的クロマトグラフィによって分離される、項目４２に記載の方法。
（項目４７）
前記選択的ヌクレアーゼ切断によって切断されない前記個々の識別子が増幅され、前記選択的ヌクレアーゼ切断によって切断される前記個々の識別子が増幅されない、項目４２に記載の方法。
（項目４８）
前記識別子ライブラリが複数の核酸配列を含み、前記複数の核酸配列が、前記識別子ライブラリ内の前記複数の識別子の前記標的サブセットで抽出される、項目３２に記載の方法。
（項目４９）
核酸配列内に符号化された情報を読み取るための方法であって、
（ａ）複数の識別子を含む識別子ライブラリを提供することであって、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列を含む、提供することと、
（ｂ）前記識別子ライブラリ内の前記複数の識別子を識別することと、
（ｃ）（ｂ）において識別された前記複数の識別子から複数のシンボルを生成することであって、前記複数のシンボルの個々のシンボルが前記複数の識別子の前記個々の識別子に対応する、生成することと、
（ｄ）前記情報を前記複数のシンボルからコンパイルすることと
を含む方法。
（項目５０）
前記識別子ライブラリ内の個々の識別子の存在が２進文字列内の第１のシンボル値に対応し、前記識別子ライブラリからの前記個々の識別子の不在が２進文字列内の第２のシンボル値に対応する、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記第１のシンボル値が１のビット値であり、前記第２のシンボル値が０のビット値である、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記第１のシンボル値が０のビット値であり、前記第２のシンボル値が１のビット値である、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
前記複数の識別子を識別することが、前記複数の識別子を配列決定することを含む、項目４９に記載の方法。
（項目５４）
配列決定することが、デジタルポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的ＰＣＲ、マイクロアレイ、合成による配列決定、または超並列配列決定を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記識別子ライブラリが複数の核酸配列を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５６）
前記複数の核酸配列が、前記情報のメタデータを記憶する、および／または前記情報を隠蔽する、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
１つまたは複数の識別子ライブラリが組み合わされ、前記１つまたは複数の識別子ライブラリ内の各識別子ライブラリが、別個のバーコードを含む、項目４９に記載の方法。
（項目５８）
前記バーコードが前記情報のメタデータを記憶する、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
核酸を使用して２進配列データを符号化するためのシステムであって、
識別子ライブラリを構築するように構成されたデバイスであって、前記識別子ライブラリが複数の識別子を含み、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列である、デバイスと、
前記デバイスに動作可能にカップリングされた１つまたは複数のコンピュータプロセッサであって、（ｉ）前記情報をシンボルの文字列に翻訳すること、（ｉｉ）前記シンボルの文字列を前記複数の識別子にマッピングすることであって、前記複数の識別子の前記個々の識別子が前記シンボルの文字列の個々のシンボルに対応する、マッピングすること、および（ｉｉｉ）前記複数の識別子を含む識別子ライブラリを構築することを行うように個々にまたは集合的にプログラムされる、１つまたは複数のコンピュータプロセッサと
を含むシステム。
（項目６０）
前記デバイスが複数のパーティションを含み、前記識別子ライブラリが、前記複数のパーティションのうちの１つまたは複数の中で生成される、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記複数のパーティションがウェルを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６２）
前記識別子ライブラリ内の前記個々の識別子を構築することが、前記１つまたは複数の構成要素を１つまたは複数の層から組み立てることを含み、前記１つまたは複数の層の各層が、構成要素の別個のセットを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６３）
前記１つまたは複数の層の各層が前記デバイスの別々の一部分内に記憶され、前記デバイスが、前記１つまたは複数の層からの前記１つまたは複数の構成要素を組み合わせるように構成される、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記識別子ライブラリが複数の核酸配列を含む、項目５９に記載の方法。
（項目６５）
１つまたは複数の識別子ライブラリが前記デバイスの単一のエリア内で組み合わされ、前記１つまたは複数の識別子ライブラリの各識別子ライブラリが、別個のバーコードを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６６）
核酸配列内に符号化された情報を読み取るためのシステムであって、
複数の識別子を含む識別子ライブラリを記憶するデータベースであって、前記複数の識別子の個々の識別子が１つまたは複数の構成要素を含み、前記１つまたは複数の構成要素の個々の構成要素が核酸配列を含む、データベースと、
前記データベースに動作可能にカップリングされた１つまたは複数のコンピュータプロセッサであって、（ｉ）前記識別子ライブラリ内の前記複数の識別子を識別すること、（ｉｉ）（ｉ）において識別された前記複数の識別子から複数のシンボルを生成することであって、前記複数のシンボルの個々のシンボルが前記複数の識別子の前記個々の識別子に対応する、生成すること、および（ｉｉｉ）前記複数のシンボルからの前記情報をコンパイルすることを行うように個々にまたは集合的にプログラムされる、１つまたは複数のコンピュータプロセッサと
を含むシステム。
（項目６７）
複数のパーティションを含むデバイスをさらに含む、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記パーティションがウェルである、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記複数のパーティションの所与のパーティションが１つまたは複数の識別子ライブラリを含み、前記１つまたは複数の識別子ライブラリの各識別子ライブラリが別個のバーコードを含む、項目６６に記載の方法。
（項目７０）
前記システムが、前記識別子ライブラリ内の前記複数の識別子を識別するように構成された検出ユニットをさらに含む、項目６６に記載の方法。