【手続補正書】
【提出日】令和2年6月2日(2020.6.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図15に記載の遺伝子のCpGジヌクレオチドか、図16に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図16に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図21に記載の第一のSNPまたは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項２】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図17に記載の遺伝子か、図18に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図18に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図22に記載の第一のSNPまたは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項３】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図19に記載の遺伝子のCpGジヌクレオチドか、図20に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図20に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図23に記載の第一のSNPまたは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項４】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs347027に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項５】
rs347027がGアレルを含む、請求項4記載のキット。
【請求項６】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項4記載のキット。
【請求項７】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4937276に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項８】
第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項7記載のキット。
【請求項９】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs17355663に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項１０】
コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項9記載のキット。
【請求項１１】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs235807に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項１２】
ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項11記載のキット。
【請求項１３】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs11579814に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項１４】
第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項13記載のキット。
【請求項１５】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs2275187に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項１６】
NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項15記載のキット。
【請求項１７】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4336803に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項１８】
ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項17記載のキット。
【請求項１９】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4951158に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項２０】
サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項19記載のキット。
【請求項２１】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs925613に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項２２】
ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第三の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項21記載のキット。
【請求項２３】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、1つまたは複数のヌクレオチド類似体または1つまたは複数の合成もしくは非天然ヌクレオチドを含み、かつ、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー
を含む、前記キット。
【請求項２４】
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、請求項23記載のキット。
【請求項２５】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項23または24記載のキット。
【請求項２６】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項23または24記載のキット。
【請求項２７】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項24記載のキット。
【請求項２８】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項24記載のキット。
【請求項２９】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項24記載のキット。
【請求項３０】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、請求項29記載のキット。
【請求項３１】
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項29記載のキット。
【請求項３２】
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項30記載のキット。
【請求項３３】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)）遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；ならびに
酵素標識、蛍光標識、および発色標識からなる群より選択される、検出可能な標識
を含む、前記キット。
【請求項３４】
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、請求項33記載のキット。
【請求項３５】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項33または34記載のキット。
【請求項３６】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項33または34記載のキット。
【請求項３７】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項34記載のキット。
【請求項３８】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項34記載のキット。
【請求項３９】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項34記載のキット。
【請求項４０】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、請求項39記載のキット。
【請求項４１】
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項39記載のキット。
【請求項４２】
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項40記載のキット。
【請求項４３】
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
該少なくとも1つの第一の核酸プライマーが結合している固体基体
を含む、前記キット。
【請求項４４】
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、請求項43記載のキット。
【請求項４５】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項43または44記載のキット。
【請求項４６】
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、請求項43または44記載のキット。
【請求項４７】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、請求項43記載のキット。
【請求項４８】
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、請求項47記載のキット。
【請求項４９】
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項47記載のキット。
【請求項５０】
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、請求項48記載のキット。
【請求項５１】
患者由来の生物学的試料中の心血管疾患(CVD)と関連するバイオマーカーの存在を予測する方法であって、
（a）該生物学的試料から第一のアリコートを準備して、該第一の生物学的試料由来のDNAとバイサルファイトとをアルカリ条件下で接触させる、工程；
（b）該生物学的試料から第二のアリコートを準備する工程；ならびに
（c）(i) 該第一のアリコートを、トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs347027に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(ii) 該第一のアリコートを、第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4937276に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(iii) 該第一のアリコートを、コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs17355663に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(iv) 該第一のアリコートを、ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs235807に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(v) 該第一のアリコートを、第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs11579814に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(vi) 該第一のアリコートを、NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs2275187に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(vii) 該第一のアリコートを、ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4336803に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(viii) 該第一のアリコートを、サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4951158に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、ならびに／または
(ix) 該第一のアリコートを、ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、rs925613に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、工程を含み、
TGFBR3遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチド、cg20636912、cg16947947、cg05916059、cg04567738、cg16603713、cg05709437、cg12081870、および／またはcg18070470のメチル化と、第1染色体の1618766位のG、またはrs4937276、rs17355663、rs235807、rs11579814、rs2275187、rs4336803、rs4951158、および／もしくはrs925613における多型とが、CVDと関連する、前記方法。
【請求項５２】
前記生物学的試料が唾液試料である、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
患者由来の生物学的試料中の心血管疾患(CVD)と関連するバイオマーカーの存在を予測する方法であって、表3に記載のSNPおよびCpGの1つまたは複数の対を検出する工程を含む、前記方法。
【請求項５４】
心血管疾患(CVD)のリスクのある対象由来の核酸試料についてrs347027におけるGアレルの1つまたは複数のコピーおよび第1染色体の92203667位のCpGのメチル化状態を検出するための方法であって、
（a）rs347027多型のGアレルの1つまたは複数のコピーの存在を検出するために、該ヒト対象の核酸試料についてジェノタイピングアッセイを実施する工程；および
（b）第1染色体の92203667位のCpGがメチル化されていないかどうかを判定するために、該ヒトの核酸試料についてメチル化評価を実施する、工程
を含む、前記方法。
【請求項５５】
前記CVDが冠動脈心疾患(CHD)である、請求項51〜54のいずれか一項記載の方法。
【請求項５６】
前記CVDが鬱血性心不全(CHF)である、請求項51〜54のいずれか一項記載の方法。
【請求項５７】
前記CVDが脳卒中である、請求項51〜54のいずれか一項記載の方法。
【請求項５８】
患者試料中のCHDと関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該少なくとも1つのSNPが、図21に記載の第一のSNPおよび／もしくは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡（R＞0.3）にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図15に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図16に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図16に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにする少なくとも1つのアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
【請求項５９】
患者試料中の脳卒中と関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該少なくとも1つのSNPが、図22に記載の第一のSNPおよび／もしくは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図17に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図18に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図18に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにするアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
【請求項６０】
患者試料中のCHFと関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該SNPが、図23に記載の第一のSNPおよび／もしくは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡（R＞0.3）にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図19に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図20に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図20に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにするアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
【請求項６１】
前記少なくとも1つの交互作用効果が、遺伝子-環境交互作用（SNP×CpG）効果、遺伝子-遺伝子交互作用(SNP×SNP)効果、および環境-環境交互作用（CpG×CpG）効果からなる群より選択される、請求項58〜60のいずれか一項記載の方法。
【請求項６２】
結果が、図16に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位と、図21に記載のSNPまたは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６３】
結果が、図15に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図16に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６４】
結果が、図16に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６５】
結果が、図18に記載の第一のCpGと共線関係（R＞0.3）にある第二のCpG部位と、図22に記載のSNPまたは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、請求項59記載の方法。
【請求項６６】
結果が、図17に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図18に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項59記載の方法。
【請求項６７】
結果が、図18に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項59記載の方法。
【請求項６８】
結果が、図20に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位と、図23に記載の第一のSNPまたは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、請求項60記載の方法。
【請求項６９】
結果が、図19に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図20に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項60記載の方法。
【請求項７０】
結果が、図20に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、請求項60記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
別段の定めがない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、主題の方法および組成物が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等の方法および材料を、主題の方法および組成物の実施または試験に使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。加えて、その材料、方法、および例は、例証でしかなく、限定することを意図したものではない。本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によってその全体が組み入れられる。
[本発明1001]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図15に記載の遺伝子のCpGジヌクレオチドか、図16に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図16に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図21に記載の第一のSNPまたは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1002]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図17に記載の遺伝子か、図18に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図18に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図22に記載の第一のSNPまたは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1003]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の遺伝子型を判定するためのキットであって、
図19に記載の遺伝子のCpGジヌクレオチドか、図20に記載のCpG部位のCpGジヌクレオチドか、または図20に記載のCpG部位と共線関係（R＞0.3）にあるCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
図23に記載の第一のSNPまたは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPのDNA配列またはバイサルファイト変換されたDNA配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーであって、該連鎖不平衡がR＞0.3の値を有する、少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1004]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs347027に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1005]
rs347027がGアレルを含む、本発明1004のキット。
[本発明1006]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1004のキット。
[本発明1007]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4937276に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1008]
第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1007のキット。
[本発明1009]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs17355663に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1010]
コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1009のキット。
[本発明1011]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs235807に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1012]
ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1011のキット。
[本発明1013]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs11579814に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1014]
第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1013のキット。
[本発明1015]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs2275187に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1016]
NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1015のキット。
[本発明1017]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4336803に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1018]
ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1017のキット。
[本発明1019]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs4951158に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1020]
サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1019のキット。
[本発明1021]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態および少なくとも1つの単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在を判定するためのキットであって、
ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
SNP rs925613に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1022]
ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第三の核酸プライマーであって、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出する、少なくとも1つの第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1021のキット。
[本発明1023]
前記少なくとも1つの第一のプライマーが少なくとも10ヌクレオチド長であり、かつ、前記少なくとも1つの第二のプライマーが少なくとも10ヌクレオチド長である、本発明1001〜1022のいずれかのキット。
[本発明1024]
前記少なくとも1つの第一のプライマーが少なくとも12ヌクレオチド長であり、かつ、前記少なくとも1つの第二のプライマーが少なくとも12ヌクレオチド長である、本発明1001〜1022のいずれかのキット。
[本発明1025]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数のヌクレオチド類似体を含む、本発明1001〜1024のいずれかのキット。
[本発明1026]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数の合成または非天然ヌクレオチドを含む、本発明1001〜1024のいずれかのキット。
[本発明1027]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが結合している固体基体をさらに含む、本発明1001〜1026のいずれかのキット。
[本発明1028]
前記基体が、ポリマー、ガラス、半導体、紙、金属、ゲル、またはヒドロゲルである、本発明1027のキット。
[本発明1029]
前記固体基体が、マイクロアレイまたはマイクロ流体カードである、本発明1027のキット。
[本発明1030]
検出可能な標識をさらに含む、本発明1001〜1029のいずれかのキット。
[本発明1031]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、1つまたは複数のヌクレオチド類似体または1つまたは複数の合成もしくは非天然ヌクレオチドを含み、かつ、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー
を含む、前記キット。
[本発明1032]
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、本発明1031のキット。
[本発明1033]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1031または1032のキット。
[本発明1034]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1031または1032のキット。
[本発明1035]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1032のキット。
[本発明1036]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1032のキット。
[本発明1037]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1032のキット。
[本発明1038]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、本発明1037のキット。
[本発明1039]
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1037のキット。
[本発明1040]
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1038のキット。
[本発明1041]
前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、1つまたは複数のヌクレオチド類似体を含む、本発明1032のキット。
[本発明1042]
前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、1つまたは複数の合成または非天然ヌクレオチドを含む、本発明1033のキット。
[本発明1043]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが結合している固体基体をさらに含む、本発明1032のキット。
[本発明1044]
前記基体が、ポリマー、ガラス、半導体、紙、金属、ゲル、またはヒドロゲルである、本発明1043のキット。
[本発明1045]
前記固体基体が、マイクロアレイまたはマイクロ流体カードである、本発明1043のキット。
[本発明1046]
検出可能な標識をさらに含む、本発明1031〜1045のいずれかのキット。
[本発明1047]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)）遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；ならびに
酵素標識、蛍光標識、および発色標識からなる群より選択される、検出可能な標識
を含む、前記キット。
[本発明1048]
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、本発明1047のキット。
[本発明1049]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1047または1048のキット。
[本発明1050]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1047または1048のキット。
[本発明1051]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1048のキット。
[本発明1052]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1048のキット。
[本発明1053]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1048のキット。
[本発明1054]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、本発明1053のキット。
[本発明1055]
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1053のキット。
[本発明1056]
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1054のキット。
[本発明1057]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数のヌクレオチド類似体を含む、本発明1047〜1056のいずれかのキット。
[本発明1058]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数の合成または非天然ヌクレオチドを含む、本発明1047〜1056のいずれかのキット。
[本発明1059]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが結合している固体基体をさらに含む、本発明1047〜1058のいずれかのキット。
[本発明1060]
前記基体が、ポリマー、ガラス、半導体、紙、金属、ゲル、またはヒドロゲルである、本発明1059のキット。
[本発明1061]
前記固体基体が、マイクロアレイまたはマイクロ流体カードである、本発明1059のキット。
[本発明1062]
少なくとも1つのCpGジヌクレオチドのメチル化状態を判定するためのキットであって、
トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第一の核酸プライマーであって、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドのいずれかを検出する、少なくとも1つの第一の核酸プライマー；および
該少なくとも1つの第一の核酸プライマーが結合している固体基体
を含む、前記キット。
[本発明1063]
前記キットが、TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含むバイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも1つの第二の核酸プライマーをさらに含み、該少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない該CpGジヌクレオチドまたはメチル化されている該CpGジヌクレオチドを検出し、それとは逆の該CpGジヌクレオチドが、前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーによって検出される、本発明1062のキット。
[本発明1064]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1062または1063のキット。
[本発明1065]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1062または1063のキット。
[本発明1066]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1063のキット。
[本発明1067]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、メチル化されている前記CpGジヌクレオチドを検出し、かつ、前記少なくとも1つの第二の核酸プライマーが、メチル化されていない前記CpGジヌクレオチドを検出する、本発明1063のキット。
[本発明1068]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの上流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第三の核酸プライマーをさらに含む、本発明1063のキット。
[本発明1069]
TGFBR遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドの下流にある核酸配列に相補的である、少なくとも8ヌクレオチド長の少なくとも第四の核酸プライマーをさらに含む、本発明1068のキット。
[本発明1070]
前記少なくとも第三の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1068のキット。
[本発明1071]
前記少なくとも第四の核酸プライマーが、バイサルファイト変換された核酸配列に相補的である、本発明1069のキット。
[本発明1072]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数のヌクレオチド類似体を含む、本発明1062〜1071のいずれかのキット。
[本発明1073]
前記少なくとも1つの第一の核酸プライマーが、1つまたは複数の合成または非天然ヌクレオチドを含む、本発明1062〜1071のいずれかのキット。
[本発明1074]
前記基体が、ポリマー、ガラス、半導体、紙、金属、ゲル、またはヒドロゲルである、本発明1062〜1073のいずれかのキット。
[本発明1075]
前記固体基体が、マイクロアレイまたはマイクロ流体カードである、本発明1062〜1073のいずれかのキット。
[本発明1076]
検出可能な標識をさらに含む、本発明1062〜1075のいずれかのキット。
[本発明1077]
患者由来の生物学的試料中の心血管疾患(CVD)と関連するバイオマーカーの存在を予測する方法であって、
（a）該生物学的試料から第一のアリコートを準備して、該第一の生物学的試料由来のDNAとバイサルファイトとをアルカリ条件下で接触させる、工程；
（b）該生物学的試料から第二のアリコートを準備する工程；ならびに
（c）(i) 該第一のアリコートを、トランスフォーミング増殖因子β受容体III(TGFBR3)遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs347027に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(ii) 該第一のアリコートを、第15染色体の遺伝子間領域内にある38364951位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4937276に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(iii) 該第一のアリコートを、コエンザイムQ2 4-ヒドロキシ安息香酸ポリプレニルトランスフェラーゼ(COQ2)遺伝子内にある第4染色体の84206068位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs17355663に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(iv) 該第一のアリコートを、ヘパラン硫酸3-O-スルホトランスフェラーゼ4(HS3ST4)遺伝子内にある第16染色体の26146070位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs235807に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(v) 該第一のアリコートを、第1染色体の遺伝子間領域の91171013位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs11579814に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(vi) 該第一のアリコートを、NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質5(NDUFS5)遺伝子内にある第1染色体の39491936位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs2275187に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(vii) 該第一のアリコートを、ホスデューシン遺伝子内にある第1染色体にマッピングされる186426136位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4336803に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、
(viii) 該第一のアリコートを、サイクリン依存性キナーゼ18(CDK18)遺伝子内にある第1染色体の205475130位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、SNP rs4951158に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、ならびに／または
(ix) 該第一のアリコートを、ATPase, Ca++ Transporting, Type 2C, Member 1(ATP2C1)遺伝子内にある第3染色体の130614013位のCpGジヌクレオチドを含む配列に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の第一のオリゴヌクレオチドプローブと接触させ、かつ、該第二のアリコートを、rs925613に相補的である少なくとも8ヌクレオチド長の核酸プライマーと接触させる、工程を含み、
TGFBR3遺伝子内にある第1染色体の92203667位のCpGジヌクレオチド、cg20636912、cg16947947、cg05916059、cg04567738、cg16603713、cg05709437、cg12081870、および／またはcg18070470のメチル化と、第1染色体の1618766位のG、またはrs4937276、rs17355663、rs235807、rs11579814、rs2275187、rs4336803、rs4951158、および／もしくはrs925613における多型とが、CVDと関連する、前記方法。
[本発明1078]
前記生物学的試料が唾液試料である、本発明1077の方法。
[本発明1079]
患者由来の生物学的試料中の心血管疾患(CVD)と関連するバイオマーカーの存在を予測する方法であって、表3に記載のSNPおよびCpGの1つまたは複数の対を検出する工程を含む、前記方法。
[本発明1080]
心血管疾患(CVD)のリスクのある対象由来の核酸試料についてrs347027におけるGアレルの1つまたは複数のコピーおよび第1染色体の92203667位のCpGのメチル化状態を検出するための方法であって、
（a）rs347027多型のGアレルの1つまたは複数のコピーの存在を検出するために、該ヒト対象の核酸試料についてジェノタイピングアッセイを実施する工程；および
（b）第1染色体の92203667位のCpGがメチル化されていないかどうかを判定するために、該ヒトの核酸試料についてメチル化評価を実施する、工程
を含む、前記方法。
[本発明1081]
前記CVDが冠動脈心疾患(CHD)である、本発明1077〜1080のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記CVDが鬱血性心不全(CHF)である、本発明1077〜1080のいずれかの方法。
[本発明1083]
前記CVDが脳卒中である、本発明1077〜1080のいずれかの方法。
[本発明1084]
患者試料中のCHDと関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該少なくとも1つのSNPが、図21に記載の第一のSNPおよび／もしくは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡（R＞0.3）にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図15に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図16に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図16に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにする少なくとも1つのアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
[本発明1085]
患者試料中の脳卒中と関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該少なくとも1つのSNPが、図22に記載の第一のSNPおよび／もしくは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図17に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図18に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図18に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにするアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
[本発明1086]
患者試料中のCHFと関連するバイオマーカーの存在を判定する方法であって、
（a）該患者試料から核酸試料を単離する工程；
（b）少なくとも1つのSNPの存在を検出するために該核酸試料の第一アリコートについてジェノタイピングアッセイを実施して遺伝子型データを得る工程であって、該SNPが、図23に記載の第一のSNPおよび／もしくは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡（R＞0.3）にある第二のSNPである、工程；ならびに／または
（c）該核酸の第二のアリコート中の核酸をバイサルファイト変換して、図19に記載の少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態および／もしくは図20に記載の第一のCpG部位のメチル化状態および／もしくは図20に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位のメチル化状態を検出するために該核酸試料の第二のアリコートについてメチル化評価を実施し、特定のCpG残基がメチル化されていないかどうかに関するメチル化データを得る工程；ならびに
（d）工程（b）からの遺伝子型および／もしくは工程（c）からのメチル化データを、少なくとも1つのSNPの主効果および／もしくは少なくとも1つのCpGの主効果および／もしくは少なくとも1つの交互作用効果の寄与を明らかにするアルゴリズムに入力する工程
を含む、前記方法。
[本発明1087]
前記少なくとも1つの交互作用効果が、遺伝子-環境交互作用（SNP×CpG）効果、遺伝子-遺伝子交互作用(SNP×SNP)効果、および環境-環境交互作用（CpG×CpG）効果からなる群より選択される、本発明1084〜1086のいずれかの方法。
[本発明1088]
結果が、図16に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位と、図21に記載のSNPまたは図21に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、本発明1084の方法。
[本発明1089]
結果が、図15に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図16に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1084の方法。
[本発明1090]
結果が、図16に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1084の方法。
[本発明1091]
結果が、図18に記載の第一のCpGと共線関係（R＞0.3）にある第二のCpG部位と、図22に記載のSNPまたは図22に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、本発明1085の方法。
[本発明1092]
結果が、図17に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図18に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1085の方法。
[本発明1093]
結果が、図18に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1085の方法。
[本発明1094]
結果が、図20に記載の第一のCpGと共線関係にある第二のCpG部位と、図23に記載の第一のSNPまたは図23に記載の第一のSNPと連鎖不平衡にある第二のSNPとの間の遺伝子-環境交互作用効果（SNP×CpG）を含む、本発明1086の方法。
[本発明1095]
結果が、図19に記載の少なくとも2つの遺伝子および／または図20に記載の少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1086の方法。
[本発明1096]
結果が、図20に記載の第一のCpG部位と共線関係にある少なくとも2つのCpG部位の間の少なくとも1つの環境-環境交互作用効果（CpG×CpG）を含む、本発明1086の方法。