【手続補正書】
【提出日】令和2年2月21日(2020.2.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
心血管外科的介入前に被験体における急性腎傷害のリスクを同定するための方法であって、
a)心血管外科的介入前に被験体から取得された血液試料を用意するステップと;
b)配列が配列番号2〜5の1つ以上に対する85%以上の同一性を有する5〜316個の塩基を含む第2のDNA配列セグメントにホスホジエステル結合により接続された配列番号1に対する88%以上の同一性を有する第1のDNA配列セグメントを含む、血液試料から非天然DNA配列を生成するステップと;
c)該非天然DNA配列のレベルを検出するステップと
を含む、前記方法。
【請求項２】
ステップ(a)の血液試料から末梢血Tリンパ球を単離することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
d)非天然DNA配列のレベルと、非天然DNA配列の予め決定された閾値レベルとを比較するステップと;
e)非天然DNA配列のレベルが、非天然DNA配列の予め決定された閾値レベルと等しいか、又はそれより高い場合、被験体を急性腎傷害のリスクがあると同定するステップと
をさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
合計組合せ配列の長さが30〜150個の塩基を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
方法が約30%〜約100%の感度を有する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
方法が約30%〜約100%の特異度を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
予め決定された閾値がROC分析により決定されたものである、請求項３〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
心血管外科的介入前に被験体における急性腎傷害のリスクを同定するための方法であって、
a)被験体が心血管外科的介入を受ける前に被験体から取得された血液試料を用意するステップと;  b)試料中のp14ARF又はp16INK4aの遺伝子発現レベルを検出するステップと;
c)試料中のp14ARF又はp16INK4aの遺伝子発現レベルと、遺伝子発現の予め決定された閾値レベルとを比較するステップと;
d)p14ARF又はp16INK4aの少なくとも一方の遺伝子発現レベルが、遺伝子発現の予め決定された閾値レベルと等しいか、又はそれより高い場合、被験体を急性腎傷害のリスクがあると同定するステップと
を含む、前記方法。
【請求項９】
ステップ(a)の血液試料から末梢血Tリンパ球を単離するステップと、該試料に由来する末梢血Tリンパ球中のp14ARF又はp16INK4aの発現レベルを検出するステップとをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
遺伝子発現のレベルが、定量PCR、マイクロアレイ、又はRNA配列決定を含む方法により検出される、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
遺伝子発現のレベルが、試料中のp14ARF又はp16INK4aの遺伝子産物を検出することにより検出される、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
予め決定された閾値がROC分析により決定される、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
心血管外科的介入が、心臓カテーテル処置を含む、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
方法が約30%〜約100%の感度を有する、請求項８〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
方法が約30%〜約100%の特異度を有する、請求項８〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
心血管外科的介入前に被験体における急性腎傷害のリスクを同定するためのキットであって、
a)プライマーとプローブのセットを含む定量的PCRにより被験体の生物学的試料から請求項１〜７のいずれか一項に記載の非天然DNA配列を調製し、増幅するための試薬のセット;
c)参照又は対照RNA;
d)被験体が急性腎傷害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための指示書のセットを含む、前記キット。
【請求項１７】
非天然DNA配列を調製し、増幅するためのプライマーとプローブのセットが、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号16、配列番号17、若しくは配列番号18、又はその組合せを含む、請求項１６に記載のキット。
【請求項１８】
心血管外科的介入前に被験体における急性腎傷害のリスクを同定するための方法のためのキットの製造における、非天然DNA配列を調製し、増幅するための試薬のセットの使用であって、前記方法が
a) 心血管外科的介入前に被験体から血液試料を取得すること、
b) 該血液試料から非天然DNA配列を生成させること、ここで該配列は配列番号2〜5の1つ以上に対する85%以上の同一性を有する5〜316個の塩基を含む第2のDNA配列セグメントにホスホジエステル結合により接続された配列番号1に対する88%以上の同一性を有する第1のDNA配列セグメントを含む、および
c) 非天然DNA配列のレベルを検出すること、を含む、前記使用。
【請求項１９】
方法が、ステップ(a)の血液試料から末梢血Tリンパ球を単離することをさらに含む、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
方法がさらに、
d)非天然DNA配列のレベルと、非天然DNA配列の予め決定された閾値レベルとを比較するステップと;
e)非天然DNA配列のレベルが、非天然DNA配列の予め決定された閾値レベルと等しいか、又はそれより高い場合、被験体を急性腎傷害のリスクがあると同定するステップと
をさらに含む、請求項１８又は１９に記載の使用。
【請求項２１】
合計組合せ配列の長さが30〜150個の塩基を含む、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２２】
配列が配列番号6、7、若しくは25又はその組合せを含む、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２３】
方法が約30%〜約100%の感度を有する、請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２４】
方法が約30%〜約100%の特異度を有する、請求項１８〜２３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２５】
予め決定された閾値がROC分析により決定されたものである、請求項２０〜２４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２６】
心血管外科的介入前に被験体における急性腎傷害のリスクを同定するための方法であって、
a)第１の臨床検査を要求すること、ここで該第１の臨床検査は、
i)被験体が心血管外科的介入を受ける前に被験体から取得された血液試料を用意するステップと;
ii)試料中のp14ARFの、又はp16INK4aの、又はp14ARF及びp16INK4aの遺伝子発現レベルを検出するステップと;
ｉｉｉ)試料中のp14ARFの、又はp16INK4aの、又はp14ARF及びp16INK4aの遺伝子発現レベルと、遺伝子発現の予め決定された閾値レベルとを比較するステップとを含み、
b) 1以上の追加の臨床マーカー又は患者特性を検出することを含む、少なくとも１つの追加の臨床検査を要求すること、
c)p14ARF又はp16INK4aの少なくとも一方の遺伝子発現レベルと、1以上の追加の臨床マーカー又は患者特性との組み合わせに基づく合成結果を生成するステップ、並びに
d) 前記合成結果を、予め決定された合成結果の閾値レベルと比較することにより、被験体を急性腎傷害のリスクがあると同定するステップと
を含む、前記方法。
【請求項２７】
検出される１以上の追加の臨床マーカー又は患者特性が染色体遺伝子座9p21における遺伝型を検出し、かつ、血清クレアチニンレベルを検出することを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
染色体遺伝子座9p21における遺伝型の検出が、rs10757278、rs2383206、rs2383207及びrs1075727から選択される１以上の一塩基多型を検出することを含む、請求項２７に記載の方法。