【手続補正書】
【提出日】令和2年4月30日(2020.4.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
固体支持体を含むゲルコーティングされた輪郭を有するパターン化された表面であって、前記固体支持体が、
表面であって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含む、表面と、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上のフォトレジスト層であって、前記フォトレジスト層がマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を含む、フォトレジスト層と、
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の内側のゲル材料の層であって、前記ゲル材料がオリゴヌクレオチドに共有結合することができる、ゲル材料の層と
を含む、パターン化された表面。
【請求項２】
前記輪郭が疎水性間隙領域によって分離され、（ａ）結合材料層または（ｂ）シラン層をさらに含み、前記結合材料層またはシラン層が、少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆っており、前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の少なくとも一部が前記疎水性コーティングを有しない、請求項１に記載のパターン化された表面。
【請求項３】
前記結合材料層またはシラン層がノルボルネン誘導体化シランを含む、請求項２に記載のパターン化された表面。
【請求項４】
前記疎水性コーティング層が、フッ素化ポリマー、全フッ素化ポリマーもしくはケイ素ポリマー、またはそれらの混合物を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
【請求項５】
前記疎水性コーティング層が、ＣＹＴＯＰ−Ｍ、ＣＹＴＯＰ−ＳもしくはＣＹＴＯＰ−Ａ、またはそれらの混合物を含む、請求項４に記載のパターン化された表面。
【請求項６】
前記疎水性コーティング層が前記表面と直接接触しているか、または前記疎水性コーティング層が、第１の接着促進層を介して前記表面と接触しており、任意選択で、前記第１の接着促進層が、ＣＹＴＯＰ−Ａ、（３−アミノプロピル）トリメトキシシラン（ＡＰＴＭＳ）もしくは（３−アミノプロピル）トリエトキシシラン（ＡＰＴＥＳ）、またはそれらの組合せを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
【請求項７】
前記フォトレジストが、前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と直接接触しているか、または前記フォトレジストが、第２の接着促進層を介して前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と接触しており、任意選択で、前記第２の接着促進層が１つまたは複数のフッ素化界面活性剤を含む、請求項１から６のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
【請求項８】
前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８００ＴＭシリーズのフォトレジストであり、任意選択で、前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８１８（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８１８ＴＭ）およびＳｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８０５（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８０５ＴＭ）から選択される、請求項１から７のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
【請求項９】
前記ゲル材料がＰＡＺＡＭを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
【請求項１０】
前記ゲル材料が、核酸に付着したＰＡＺＡＭを含む、請求項９に記載のパターン化された表面。
【請求項１１】
ゲルコーティングされた輪郭を有するパターン化された表面を調製する方法であって、
表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含むステップと、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上にフォトレジスト層を配置するステップと、
前記フォトレジスト層をパターン化して疎水性間隙領域によって分離された前記表面上にマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を形成するステップと、
ゲル材料の層を前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の内側に堆積させるステップであって、前記ゲル材料がオリゴヌクレオチドに共有結合することができる、ステップと
を含む方法。
【請求項１２】
前記フォトレジストを除去するステップと、
前記ゲル材料を堆積させるステップの前に、（ａ）結合材料層または（ｂ）シラン層を前記表面に適用して、少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆うステップと
をさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ゲル材料が、前記結合材料層または前記シラン層に共有結合的に付着されている、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭が、前記疎水性コーティング層の一部をエッチングして除去することによって形成される、請求項１１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭が、前記疎水性コーティング層を含む疎水性間隙領域によって互いに分離されている、請求項１１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記結合材料層またはシラン層がノルボルネン誘導体化シランを含み、前記ゲル材料がＰＡＺＡＭを含む、請求項１２から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ゲル材料を硬化させるステップをさらに含む、請求項１１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記フォトレジストを除去した後で、前記疎水性間隙領域が前記ゲル材料を実質的に含まない、請求項１１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記方法が、前記フォトレジストを配置する前の前記表面のプラズマデスカム処理を必要としない、請求項１１から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
ポリヌクレオチドのアレイを調製する方法であって、
オリゴヌクレオチドに共有結合することができるゲル材料でコーティングされたマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を含むパターン化された表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記パターン化された表面が請求項１１から１９のいずれか一項に記載の方法によって調製される、ステップと、
複数の第１のオリゴヌクレオチドおよび複数の第２のオリゴヌクレオチドを前記ゲル材料に共有結合的に付着させるステップと
を含む、方法。
【請求項２１】
前記ポリマーコーティングに付着した前記複数の第１のオリゴヌクレオチドを増幅すべき鋳型と接触させるステップであって、各鋳型が前記第１のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズできる配列を３’末端に、その相補体が前記第２のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズできる配列を５’末端に含む、ステップをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドを使用して前記鋳型を増幅し、それによりポリヌクレオチドのクラスター化されたアレイを生成するステップをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本明細書に記載した一部の実施形態は、ポリヌクレオチドのアレイを調製する方法に関し、該方法は、パターン化された表面を含む固体支持体を提供するステップであって、該表面がオリゴヌクレオチドに共有結合することができるゲル材料でコーティングされたマイクロスケールおよび／またはナノスケールの輪郭を含み、該表面が本明細書に記載した方法のいずれかによって調製される、ステップと、複数の第１のオリゴヌクレオチドおよび複数の第２のオリゴヌクレオチドをゲル材料に共有結合的に付着させるステップとを含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供します。
（項目１）
固体支持体を含むゲルコーティングされた輪郭を有するパターン化された表面であって、前記固体支持体が、
表面であって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含む、表面と、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上のフォトレジスト層であって、前記フォトレジスト層がマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を含む、フォトレジスト層と、
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の内側のゲル材料の層であって、前記ゲル材料がオリゴヌクレオチドに共有結合することができる、ゲル材料の層と
を含む、パターン化された表面。
（項目２）
前記輪郭が疎水性間隙領域によって分離され、少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆うシランの層をさらに含む、項目１に記載のパターン化された表面。
（項目３）
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の少なくとも一部が前記疎水性コーティングを有しない、項目１から２のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目４）
前記輪郭がウェルを含む、項目１から３のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目５）
前記疎水性コーティング層が、フッ素化ポリマー、全フッ素化ポリマーもしくはケイ素ポリマー、またはそれらの混合物を含む、項目１から４のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目６）
前記疎水性コーティング層が、非晶質フルオロポリマー、ＣＹＴＯＰ−Ｍ、ＣＹＴＯＰ−Ｓ、ＣＹＴＯＰ−Ａ、ポリテトラフルオロエチレン、テフロン（登録商標）、パリレン、フッ素化炭化水素、フルオロアクリルコポリマー、Ｃｙｔｏｎｉｘ  Ｆｌｕｏｒｏｐｅｌ、フルオロシラン、プラズマ堆積フルオロカーボン、ケイ素ポリマー、ポリジメチルシロキサンもしくはシロキサン、またはそれらの混合物を含む、項目５に記載のパターン化された表面。
（項目７）
前記疎水性コーティング層が全フッ素化ポリマーを含む、項目６に記載のパターン化された表面。
（項目８）
前記疎水性コーティング層が、ＣＹＴＯＰ−Ｍ、ＣＹＴＯＰ−ＳもしくはＣＹＴＯＰ−Ａ、またはそれらの混合物を含む、項目５に記載のパターン化された表面。
（項目９）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−Ｓを含む、項目７に記載のパターン化された表面。
（項目１０）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−Ｍを含む、項目７に記載のパターン化された表面。
（項目１１）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−ＳおよびＣＹＴＯＰ−Ａを含む、項目７に記載のパターン化された表面。
（項目１２）
前記疎水性コーティング層が前記表面と直接接触している、項目１から１１のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目１３）
前記疎水性コーティング層が、第１の接着促進層を介して前記表面と接触している、項目１から１１のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目１４）
前記第１の接着促進層が、ＣＹＴＯＰ−Ａ、ＡＰＴＭＳもしくはＡＰＴＥＳ、またはそれらの組合せを含む、項目１３に記載のパターン化された表面。
（項目１５）
前記フォトレジストが、前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と直接接触している、項目１から１４のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目１６）
前記フォトレジストが、第２の接着促進層を介して前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と接触している、項目１から１４のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目１７）
前記第２の接着促進層がフッ素化界面活性剤を含む、項目１６に記載のパターン化された表面。
（項目１８）
前記フッ素化界面活性剤が、Ｓｕｒｆｌｏｎ  Ｓ−６５１、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３０、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３２、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３４、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−５２１０、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳＮ−１００、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳ−３００、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳ−５００、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−１０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−３０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６１、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６３、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６４もしくはＣａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６５、またはそれらの組合せである、項目１７に記載のパターン化された表面。
（項目１９）
前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８００ＴＭシリーズのフォトレジストである、項目１から１８のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目２０）
前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８１８（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８１８ＴＭ）およびＳｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８０５（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８０５ＴＭ）から選択される、項目１９に記載のパターン化された表面。
（項目２１）
前記ゲル材料がＰＡＺＡＭを含む、項目１から１９のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目２２）
前記ゲル材料が、核酸に付着したＰＡＺＡＭを含む、項目２１に記載のパターン化された表面。
（項目２３）
前記パターン化された表面が（ａ）結合材料層または（ｂ）シラン層をさらに含み、前記結合材料層またはシラン層が任意選択でノルボルネン誘導体化シランを含み、前記結合材料層またはシラン層が少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆っている、項目１から２２のいずれか一項に記載のパターン化された表面。
（項目２４）
ゲルコーティングされた輪郭を有するパターン化された表面を調製する方法であって、
表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含むステップと、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上にフォトレジスト層を配置するステップと、
前記フォトレジスト層をパターン化して前記表面上にマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を形成するステップと、
ゲル材料の層を前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の内側に堆積させるステップであって、前記ゲル材料がオリゴヌクレオチドに共有結合することができる、ステップと
を含む方法。
（項目２５）
分析用途のためのパターン化された表面を調製する方法であって、
表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含むステップと、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上にフォトレジスト層を配置するステップと、
前記フォトレジスト層をパターン化して疎水性間隙領域によって分離された前記表面上にマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を形成するステップと、
前記フォトレジストを除去するステップと、
（ａ）結合材料層または（ｂ）シラン層を前記表面に適用して、少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆うステップと
を含む方法。
（項目２６）
分析用途のためのパターン化された表面を調製するための方法であって、
表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記表面が連続的疎水性コーティング層を含むステップと、
前記固体支持体の前記疎水性コーティング層上にフォトレジスト層を配置するステップと、
前記フォトレジスト層をパターン化して疎水性間隙領域によって分離された前記表面上にマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を形成するステップと、
（ａ）結合材料層または（ｂ）シラン層を前記表面に適用して、少なくとも前記輪郭の一部および前記疎水性間隙領域の一部を覆うステップと、
ゲル材料を前記結合材料層またはシラン層に共有結合的に付着させるステップと
を含む方法。
（項目２７）
前記疎水性コーティング層が、フッ素化ポリマー、全フッ素化ポリマーもしくはケイ素ポリマー、またはそれらの混合物を含む、項目２４から２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記疎水性コーティング層が、非晶質フルオロポリマー、ＣＹＴＯＰ−Ｍ、ＣＹＴＯＰ−Ｓ、ＣＹＴＯＰ−Ａ、ポリテトラフルオロエチレン、テフロン（登録商標）、パリレン、フッ素化炭化水素、フルオロアクリルコポリマー、Ｃｙｔｏｎｉｘ  Ｆｌｕｏｒｏｐｅｌ、フルオロシラン、プラズマ堆積フルオロカーボン、ケイ素ポリマー、ポリジメチルシロキサンもしくはシロキサン、またはそれらの混合物を含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記疎水性コーティング層が全フッ素化ポリマーを含む、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記疎水性コーティング層が、ＣＹＴＯＰ−Ｍ、ＣＹＴＯＰ−ＳもしくはＣＹＴＯＰ−Ａ、またはそれらの混合物を含む、項目２７に記載の方法。
（項目３１）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−Ｓを含む、項目２７に記載の方法。
（項目３２）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−Ｍを含む、項目２７に記載の方法。
（項目３３）
前記疎水性コーティング層がＣＹＴＯＰ−ＳおよびＣＹＴＯＰ−Ａを含む、項目２７に記載の方法。
（項目３４）
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭が、前記疎水性コーティング層の一部をエッチングして除去することによって形成される、項目２４から３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭が、前記疎水性コーティング層を含む疎水性間隙領域によって互いに分離されている、項目２４から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記結合材料層またはシラン層がノルボルネン誘導体化シランを含む、項目２５から３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記ゲル材料がＰＡＺＡＭを含む、項目２４または２６から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記ゲル材料が、核酸に付着したＰＡＺＡＭを含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記ゲル材料を硬化させるステップをさらに含む、項目２４または２６から３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記フォトレジストを除去するステップをさらに含む、項目２４から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記フォトレジストがアセトンによって除去される、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記フォトレジストを除去した後で、前記疎水性間隙領域が前記ゲル材料を実質的に含まない、項目２４または２６から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記マイクロスケールまたはナノスケールの輪郭の少なくとも一部が、前記疎水性コーティングを有しない、項目２４から４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記方法が、前記フォトレジストを配置する前の前記表面のプラズマデスカム処理を必要としない、項目２４から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記疎水性コーティング層が前記表面と直接接触している、項目２４から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記疎水性コーティング層が、第１の接着促進層を介して前記表面と接触している、項目２４から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記第１の接着促進層が、ＣＹＴＯＰ−Ａ、ＡＰＴＭＳもしくはＡＰＴＥＳ、またはそれらの組合せを含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記フォトレジストが、前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と直接接触している、項目２４から４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記フォトレジストが、第２の接着促進層を介して前記固体支持体の前記疎水性コーティング層と接触している、項目２４から４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記第２の接着促進層がフッ素化界面活性剤を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記フッ素化界面活性剤が、Ｓｕｒｆｌｏｎ  Ｓ−６５１、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３０、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３２、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−４４３４、Ｎｏｖｅｃ  ＦＣ−５２１０、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳＮ−１００、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳ−３００、Ｚｏｎｙｌ  ＦＳ−５００、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−１０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−３０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６０、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６１、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６３、Ｃａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６４もしくはＣａｐｓｔｏｎｅ  ＦＳ−６５、またはそれらの組合せから選択される、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８００ＴＭシリーズのフォトレジストから選択される、項目２４から５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記フォトレジストが、Ｓｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８１８（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８１８ＴＭ）およびＳｈｉｐｌｅｙ  Ｓ１８０５（ＭＩＣＲＯＰＯＳＩＴＴＭ  Ｓ１８０５ＴＭ）から選択される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記結合材料層またはシラン層にゲル材料を共有結合的に付着させるステップをさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目５５）
過剰のゲル材料を、前記疎水性間隙領域が前記ゲル材料を実質的に含まなくなるように除去するステップをさらに含む、項目２５から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
ポリヌクレオチドのアレイを調製する方法であって、
オリゴヌクレオチドに共有結合することができるゲル材料でコーティングされたマイクロスケールまたはナノスケールの輪郭を含むパターン化された表面を含む固体支持体を提供するステップであって、前記パターン化された表面が項目２４から５５のいずれか一項に記載の方法によって調製される、ステップと、
複数の第１のオリゴヌクレオチドおよび複数の第２のオリゴヌクレオチドを前記ゲル材料に共有結合的に付着させるステップと
を含む、方法。
（項目５７）
前記ポリマーコーティングに付着した前記複数の第１のオリゴヌクレオチドを増幅すべき鋳型と接触させるステップであって、各鋳型が前記第１のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズできる配列を３’末端に、その相補体が前記第２のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズできる配列を５’末端に含む、ステップをさらに含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドを使用して前記鋳型を増幅し、それによりポリヌクレオチドのクラスター化されたアレイを生成するステップをさらに含む、項目５７に記載の方法。