【手続補正書】
【提出日】令和2年8月5日(2020.8.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト免疫不全ウイルス(HIV)を有する対象又はHIV感染(AIDS)を有すると疑われる対象においてHIVを検出する方法であって、対象から得た生体サンプル中のR領域核酸のPCR増幅を実施するステップであって、増幅が、HIVの長末端反復(LTR)のR領域内に位置する配列とハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを含むステップ、並びに続いていずれかの増幅を検出するステップを含み、増幅の検出が、対象におけるHIVの存在を示す方法。
【請求項２】
増幅の検出が、増幅されるR領域配列内の配列とハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプローブを用いて実施される、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
核酸が、DNA又は逆転写されたRNA(cDNA)である、請求項1から2のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
HIVが、HIV-1又はHIV-2である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
(i)HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV DNAコピー数を定量化する工程であって、
(a)請求項1から4のいずれか一項に記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、及び
(b)対応するHIVプラスミド標準に対する参照によって増幅されたHIV-R領域配列を定量化して、サンプルの容量あたりのHIV DNAのコピー数を得るステップ
を含む工程、並びに/あるいは、
(ii)HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV RNAコピー数を定量化する工程であって、
(a)逆転写されたHIV RNA R領域配列上で請求項1から4のいずれか一項に記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、及び
(b)対応するHIVプラスミド標準に対する参照によって増幅されたHIV-R領域配列を定量化して、サンプルの容量あたりのHIV RNAのコピー数を得るステップ
を含む工程
を含む、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
増幅が、リアルタイムPCR又はエンドポイントPCRである、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
(i)DNA標準に対してHIV DNAコピー数を正規化して、生体サンプル中の細胞あたりのHIV DNAコピー数を得るステップ、又は、
(ii)RNA標準に対してHIV RNAコピー数を正規化して、生体サンプル中の細胞あたりのHIV RNAコピー数を得るステップ
をさらに含む、請求項5又は6に記載の方法。
【請求項８】
(i)DNA又はRNAが抽出されているサンプルのアリコートを得るステップ、
(ii)アリコートを、HIV DNA又は逆転写されたHIV RNA(cDNA)の長末端反復(LTR)のR領域配列とハイブリダイズする標識された加水分解オリゴヌクレオチドプローブと接触させるステップ、
(iii)アリコートを、HIV DNA又は逆転写されたHIV RNA(cDNA)のR領域配列内の配列とハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーと接触させるステップ、
(iv)PCRによってR領域配列を増幅するステップ、
(v)標識されたオリゴヌクレオチドから得られたシグナルを、HIV標準の段階希釈物の対応する増幅によって得られた標準曲線に外挿して、アリコート中のDNA又はRNAの容量あたりのHIV-R領域DNA又はRNAコピー数を導くステップ
を含む、請求項5から7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
フォワード又はリバースプライマーが、ビオチンで標識され、プローブが、ジゴキシゲニン(Dig)で標識される、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
HIV陽性対象に投与されている抗レトロウイルス療法(ART)をモニタリングする方法であって、少なくとも2つの時点にわたって、請求項5から9のいずれか一項に記載のHIV DNAコピー数を定量化するステップ、及び少なくとも2つの時点間のHIV R領域DNAコピー数の相違を比較するステップを含み、HIV R領域DNAコピー数の減少が、対象が、最適な/有効なARTを受けていることを示す方法。
【請求項１１】
対象に投与されるARTの用量又は種類を調整するステップをさらに含む、請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
HIV陽性対象に投与された抗レトロウイルス療法(ART)の有効性を評価する方法であって、
(i)請求項5から8のいずれか一項に記載のHIV-R領域DNAコピー数を定量化するステップ、
(ii)請求項5から8のいずれか一項に記載のHIV-R領域RNAコピー数を定量化するステップ、
(iii)ステップ(i)で得られた値を、ステップ(ii)で得られたもので除すことによって、サンプル中の正規化されたHIV RNAコピー数を決定するステップ、及び
(iv)正規化されたHIV RNAコピー数の値を、同一対象から得られた1以上の既に正規化された値に対して比較するステップ
を含み、
正規化されたHIV RNAコピー数の減少が、対象が、最適な/有効なARTを受けていることを示す方法。
【請求項１３】
対象から生体サンプルを得るステップ、並びにサンプルからDNA及びRNAを調製するステップをさらに含み、生体サンプルが、血液又は組織又はHIV感染細胞が存在する任意のその他の生物学的流体から選択される細胞の集団であり、例えば生体サンプルがPBMCである、請求項12に記載の方法。
【請求項１４】
R領域配列が、配列番号1又は配列番号2に示される配列からなる、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
(i)オリゴヌクレオチドプローブが、
(a)配列番号1に示されるHIV-1 R領域配列内の約13〜40の連続するヌクレオチドを含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、
(b)配列5'TAAGCAGTGGGTTCCCT3'(配列番号3)を含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、又は、
(c)配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号45、配列番号46、配列番号47又は配列番号48の配列を含む又はからなり、並びに、
(ii)フォワードプライマーが、
(a)配列番号7若しくは配列番号29の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなるHIV-1プライマーである、又は、
(b)配列5'-CAGAGAGCTCCCAGGCTC-3'(配列番号8)を含む若しくはからなるHIV-1 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズし、並びに、
(iii)リバースプライマーが、
(a)配列番号9若しくは配列番号30の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなるHIV-1プライマーである、又は、
(b)配列5'GCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGT3'(配列番号10)を含む若しくはからなるHIV-1 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズする、
請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
(i)オリゴヌクレオチドプローブが、
(a)配列番号2に示されるHIV-2 R領域配列内の約17〜30の連続するヌクレオチドを含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、又は、
(b)配列5'GCCTGGGTGTTCCCTGCTAGACTCT3'(配列番号11)を含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、又は、
(c)配列番号12、配列番号13、配列番号37、配列番号38、配列番号39又は配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52又は配列番号53の配列を含む又はからなり、並びに、
(ii)HIV-2フォワードプライマーが、
(a)配列番号14、配列番号31、配列番号33若しくは配列番号35に記載の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなる、又は、
(b)配列5'-GAGAACCTCCCAGGGCTC-3'(配列番号15)を含む若しくはからなるHIV-2 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズし、並びに、
(iii)HIV-2リバースプライマーが、配列番号16、配列番号32、配列番号34若しくは配列番号36の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなる、
請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
以下のうち1以上の組合せから選択されるプローブ、フォワード及びリバースプライマーの組合せを含む又はからなる標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含むHIV-1核酸を増幅するための組成物:
(i)オリゴヌクレオチドプローブ:配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号45、配列番号46、配列番号47又は配列番号48、
(ii)フォワードプライマー:配列番号7又は配列番号29、及び
(iii)リバースプライマー:配列番号9又は配列番号30。
【請求項１８】
以下のうち1以上の組合せから選択されるプローブ、フォワード及びリバースプライマーの組合せを含む又はからなる標識されたオリゴヌクレオチドを含むHIV-2核酸を増幅するための組成物:
(i)オリゴヌクレオチドプローブ:配列番号12、配列番号13、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52又は配列番号53、
(ii)フォワードプライマー:配列番号14、配列番号31、配列番号33又は配列番号35、
(iii)リバースプライマー:配列番号16、配列番号32、配列番号34又は配列番号36。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２４】
本発明は、例えば以下の実施形態を包含する：
［１］ヒト免疫不全ウイルス(HIV)を有する対象又はHIV感染(AIDS)を有すると疑われる対象においてHIVを検出する方法であって、対象から得た生体サンプル中のR領域核酸のPCR増幅を実施するステップであって、増幅が、HIVの長末端反復(LTR)のR領域内に位置する配列とハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを含むステップ、並びに続いていずれかの増幅を検出するステップを含み、増幅の検出が、対象におけるHIVの存在を示す方法。
［２］増幅の検出が、増幅されるR領域配列内の配列とハイブリダイズする標識されたオリゴヌクレオチドプローブを用いて実施される、実施形態1に記載の方法。
［３］核酸が、DNA又は逆転写されたRNA(cDNA)である、実施形態1から2のいずれかに記載の方法。
［４］HIVが、HIV-1又はHIV-2である、実施形態1から3のいずれかに記載の方法。
［５］PCRが、リアルタイムPCRである、実施形態1から4のいずれかに記載の方法。
［６］PCRが、エンドポイントPCRである、実施形態1から4のいずれかに記載の方法。
［７］HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV DNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)実施形態1に記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、及び
(ii)対応するHIVプラスミド標準に対する参照によって増幅されたHIV-R領域配列を定量化して、サンプルの容量あたりのHIV DNAのコピー数を得るステップ
を含む方法。
［８］増幅が、リアルタイムPCR又はエンドポイントPCRである、実施形態7に記載の方法。
［９］DNA標準に対してHIV DNAコピー数を正規化して、生体サンプル中の細胞あたりのHIV DNAコピー数を得るステップをさらに含む、実施形態7又は8に記載の方法。
［１０］標準に対して正規化することによって、HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV DNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)実施形態1から6のいずれかに記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、
(ii)対応するHIV標準に対する参照によってサンプル中のDNAの容量あたりのHIV-R領域コピー数を、定量的PCRによって定量化するステップ、
(iii)対応するハウスキーピング標準を使用する定量的PCRによって内因性ハウスキーピング遺伝子を定量化して、サンプル中に存在するDNAの容量あたりのハウスキーピング遺伝子のコピーとして表される内因性遺伝子のコピー数を得るステップ、
(iv)得られたコピー数を、細胞中の内因性遺伝子のコピーの数によって除して、サンプル中のDNAの容量あたりの細胞数を導くステップ、並びに
(v)(i)で得られた値を(iii)で得られた値で除すことによって、細胞あたりのHIV-R領域DNAコピー数を算出することによってHIV DNAコピー数を正規化して、生体サンプル中のHIV R領域DNAコピー数(コピー/細胞)を得るステップ
を含む方法。
［１１］DNA標準がアクチンである、実施形態10に記載の方法。
［１２］HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV DNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)実施形態1から6のいずれかに記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、
(ii)サンプル中のDNAの吸光度を測定することによって、サンプル中の容量あたりのDNAの質量(w/v)を定量化するステップ、
(iii)DNA吸光度に基づいて、サンプル中のDNAの容量あたりの細胞数を算出するステップ、並びに
(v)(ii)で得られた値を(iv)で得られた値で除すことによって、細胞あたりのHIV-R領域DNAコピー数を算出することによってHIV DNAコピー数を正規化して、生体サンプル中のHIV R領域DNAコピー数(コピー/細胞)を得るステップ
を含む方法。
［１３］サンプル中の容量あたりのDNAの質量を定量化するステップが、DNAインターカレート性色素及び色素から発せられる蛍光を測定するステップを含む、実施形態12に記載の方法。
［１４］(i)DNAが抽出されているサンプルのアリコートを得るステップ、
(ii)アリコートを、HIV DNAの長末端反復(LTR)のR領域配列とハイブリダイズする標識された加水分解オリゴヌクレオチドプローブと接触させるステップ、
(iii)アリコートを、R領域配列内の配列とハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーと接触させるステップ、
(iv)PCRによってR領域配列を増幅するステップ、
(v)標識されたオリゴヌクレオチドから得られたシグナルを、HIV標準の段階希釈物の対応する増幅によって得られた標準曲線に外挿して、アリコート中のDNAの容量あたりのHIV-R領域DNAコピー数を導くステップ
を含む、実施形態7から13のいずれかに記載の方法。
［１５］フォワード又はリバースプライマーが、ビオチンで標識され、プローブが、ジゴキシゲニン(Dig)で標識される、実施形態1から4又は7から8のいずれかに記載の方法。
［１６］フォワードプライマーが、配列番号29、配列番号33又は配列番号35に記載の配列を含む又はからなる、実施形態15に記載の方法。
［１７］リバースプライマーが、配列番号30、配列番号34又は配列番号36に記載の配列を含む又はからなる、実施形態15又は16に記載の方法。
［１８］標識されたプローブが、配列番号4、配列番号12、配列番号37、配列番号41、配列番号45、配列番号47、配列番号49又は配列番号51に記載の配列を含む又はからなる、実施形態15から17のいずれかに記載の方法。
［１９］HIV陽性対象に投与されている抗レトロウイルス療法(ART)をモニタリングする方法であって、少なくとも2つの時点にわたって、実施形態7から18のいずれかに記載のHIV DNAコピー数を定量化するステップ、及び少なくとも2つの時点間のHIV R領域DNAコピー数の相違を比較するステップを含み、HIV R領域DNAコピー数の減少が、対象が、最適な/有効なARTを受けていることを示す方法。
［２０］対象に投与されるARTの用量又は種類を調整するステップをさらに含む、実施形態19に記載の方法。
［２１］HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV RNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)逆転写されたHIV RNA R領域配列上で実施形態1から6のいずれかに記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、及び
(ii)対応するHIVプラスミド標準に対する参照によって増幅されたHIV-R領域配列を定量化して、サンプルの容量あたりのHIV RNAのコピー数を得るステップ
を含む方法。
［２２］増幅が、リアルタイムPCR又はエンドポイントPCRである、実施形態21に記載の方法。
［２３］RNA標準に対してHIV RNAコピー数を正規化して、生体サンプル中の細胞あたりのHIV RNAコピー数を得るステップをさらに含む、実施形態21又は22に記載の方法。
［２４］標準に対して正規化することによって、HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象由来の生体サンプル中のHIV RNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)逆転写されたHIV RNA R領域配列上の実施形態1から6のいずれかに記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、
(ii)対応するHIV標準に対する参照によってサンプル中のRNAの容量あたりのHIV-R領域コピー数を、定量的PCRによって定量化するステップ、
(iii)対応するハウスキーピング標準を使用する定量的PCRによって内因性ハウスキーピング遺伝子を定量化して、サンプル中に存在するRNAの容量あたりのハウスキーピング遺伝子のコピーとして表される内因性遺伝子のコピー数を得るステップ、
(iv)得られたコピー数を、細胞中の内因性遺伝子のコピーの数によって除して、サンプル中のRNAの容量あたりの細胞数を導くステップ、並びに
(v)(i)で得られた値を(iii)で得られた値で除すことによって、細胞あたりのHIV-R領域RNAコピー数を算出することによってHIV RNAコピー数を正規化して、生体サンプル中のHIV R領域RNAコピー数(コピー/細胞)を得るステップ
を含む方法。
［２５］RNA標準がGAPDHである、実施形態24に記載の方法。
［２６］HIVを有する、又はHIV感染を有すると疑われる対象から得た生体サンプル中のHIV RNAコピー数を定量化する方法であって、
(i)逆転写されたHIV RNA R領域配列上で実施形態1から6のいずれかに記載のHIV-R領域配列を増幅及び検出するステップ、
(ii)サンプル中のRNAの吸光度を測定することによって、サンプル中の容量あたりのRNAの質量(w/v)を定量化するステップ、
(iii)RNA吸光度に基づいて、サンプル中のRNAの容量あたりの細胞数を算出するステップ、並びに
(iv)(ii)で得られた値を(iv)で得られた値で除すことによって、細胞あたりのHIV-R領域RNAコピー数を算出することによってHIV RNAコピー数を正規化して、生体サンプル中のHIV R領域RNAコピー数(コピー/細胞)を得るステップ
を含む方法。
［２７］サンプル中の容量あたりのRNAの質量を定量化するステップが、RNAインターカレート性色素及び色素から発せられる蛍光を測定するステップを含む、実施形態25に記載の方法。
［２８］HIV-R領域が、
(i)RNAが抽出されたサンプルのアリコートを得ること、
(ii)アリコートを、逆転写されたHIV RNA(cDNA)の長末端反復(LTR)のR領域配列とハイブリダイズする標識された加水分解オリゴヌクレオチドプローブと接触させること、
(iii)アリコートを、逆転写されたHIV RNA(cDNA)のR領域内の配列とハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーとさらに接触させること、
(iv)PCRによってR領域配列を増幅すること、
(v)標識されたオリゴヌクレオチドから得られたシグナルを、HIV標準の段階希釈物の対応する増幅によって得られた標準曲線に外挿して、アリコート中のRNAの容量あたりのHIV-R領域RNAコピー数を導くこと
によって定量化される、実施形態21から27のいずれかに記載の方法。
［２９］対象から生体サンプルを得るステップ、及びサンプルからRNAを調製するステップをさらに含む、実施形態21から28のいずれかに記載の方法。
［３０］HIV陽性対象に投与された抗レトロウイルス療法(ART)の有効性を評価する方法であって、
(i)実施形態7から14のいずれかに記載のHIV-R領域DNAコピー数を定量化するステップ、
(ii)実施形態21から29のいずれかに記載のHIV-R領域RNAコピー数を定量化するステップ、
(iii)ステップ(i)で得られた値を、ステップ(ii)で得られたもので除すことによって、サンプル中の正規化されたHIV RNAコピー数を決定するステップ、及び
(iv)正規化されたHIV RNAコピー数の値を、同一対象から得られた1以上の既に正規化された値に対して比較するステップ
を含み、
正規化されたHIV RNAコピー数の減少が、対象が、最適な/有効なARTを受けていることを示す方法。
［３１］対象から生体サンプルを得るステップ、並びにサンプルからDNA及びRNAを調製するステップをさらに含む、実施形態30に記載の方法。
［３２］生体サンプルが、血液又は組織又はHIV感染細胞が存在する任意のその他の生物学的流体から選択される細胞の集団である、実施形態1〜31のいずれかに記載の方法。
［３３］生体サンプルがPBMCである、実施形態32に記載の方法。
［３４］R領域配列が、配列番号1又は配列番号2に示される配列からなる、実施形態1〜33のいずれかに記載の方法。
［３５］加水分解オリゴヌクレオチドが、TAQMAN(登録商標)プローブである、実施形態1〜34のいずれかに記載の方法。
［３６］オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号1に示されるHIV-1 R領域配列内の約13〜40の連続するヌクレオチドを含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、実施形態1〜35のいずれかに記載の方法。
［３７］オリゴヌクレオチドプローブが、配列5'TAAGCAGTGGGTTCCCT3'(配列番号3)を含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、実施形態32に記載の方法。
［３８］オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号45、配列番号46、配列番号47又は配列番号48の配列を含む又はからなる、実施形態36又は37に記載の方法。
［３９］フォワードプライマーが、配列番号7若しくは配列番号29の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなるHIV-1プライマーである、実施形態1〜38のいずれかに記載の方法。
［４０］フォワードプライマーが、配列5'-CAGAGAGCTCCCAGGCTC-3'(配列番号8)を含む若しくはからなるHIV-1 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズする、実施形態1〜39のいずれかに記載の方法。
［４１］リバースプライマーが、配列番号9若しくは配列番号30の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなるHIV-1プライマーである、実施形態1〜40のいずれかに記載の方法。
［４２］リバースプライマーが、配列5'GCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGT3'(配列番号10)を含む若しくはからなるHIV-1 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズする、実施形態1〜41のいずれかに記載の方法。
［４３］オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号2に示されるHIV-2 R領域配列内の約17〜30の連続するヌクレオチドを含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、実施形態1〜42のいずれかに記載の方法。
［４４］オリゴヌクレオチドが、配列5'GCCTGGGTGTTCCCTGCTAGACTCT3'(配列番号11)を含む若しくはからなる配列又はそれと少なくとも70%同一の配列と結合する、実施形態43に記載の方法。
［４５］オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号12、配列番号13、配列番号37、配列番号38、配列番号39又は配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52又は配列番号53の配列を含む又はからなる、実施形態43又は44に記載の方法。
［４６］HIV-2フォワードプライマーが、配列番号14、配列番号31、配列番号33若しくは配列番号35に記載の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなる、実施形態1〜45のいずれかに記載の方法。
［４７］フォワードプライマーが、配列5'-GAGAACCTCCCAGGGCTC-3'(配列番号15)を含む若しくはからなるHIV-2 R領域配列又はそれと少なくとも75%同一の配列とハイブリダイズする、実施形態1〜46のいずれかに記載の方法。
［４８］HIV-2リバースプライマーが、配列番号16、配列番号32、配列番号34若しくは配列番号36の配列又はそれと少なくとも75%同一の配列を含む又はからなる、実施形態1〜47のいずれかに記載の方法。
［４９］以下のうち1以上の組合せから選択されるプローブ、フォワード及びリバースプライマーの組合せを含む又はからなる標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含むHIV-1核酸を増幅するための組成物:
(i)オリゴヌクレオチドプローブ:配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号45、配列番号46、配列番号47又は配列番号48、
(ii)フォワードプライマー:配列番号7又は配列番号29、及び
(iii)リバースプライマー:配列番号9又は配列番号30。
［５０］以下のうち1以上の組合せから選択されるプローブ、フォワード及びリバースプライマーの組合せを含む又はからなる標識されたオリゴヌクレオチドを含むHIV-2核酸を増幅するための組成物:
(i)オリゴヌクレオチドプローブ:配列番号12、配列番号13、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52又は配列番号53、
(ii)フォワードプライマー:配列番号14、配列番号31、配列番号33又は配列番号35、
(iii)リバースプライマー:配列番号16、配列番号32、配列番号34又は配列番号36。
［５１］HIV陽性対象を治療する方法であって、実施形態1から48のいずれかに記載のレンチウイルス核酸又はHIV DNA及び/又はRNAを検出又は定量化するステップ、及びARTを対象に投与するステップを含む方法。
［５２］HIV-1を検出するための、又はHIV-1を検出するために使用されるキットであって、実施形態49に記載の組成物を、実施形態1から48のいずれかに記載のHIV-1の検出及び定量化に適した試薬及び説明書と一緒に含むキット。
［５３］HIV-2を検出するための、又はHIV-2を検出するために使用されるキットであって、実施形態50に記載の組成物を、実施形態1から48のいずれかに記載のHIV-2の検出及び定量化に適した試薬及び説明書と一緒に含むキット。
当業者によって、本開示の広範な一般的範囲から逸脱することなく上記の実施形態に多数の変法及び/又は改変を行うことができるということは理解されるであろう。したがって、本実施形態は、すべての点で例示的であり、制限的ではないと考えられるべきである。本開示は、以下の限定されない実施例を含む。