【手続補正書】
【提出日】令和2年8月11日(2020.8.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的分子とリガンド候補との間の反応速度を測定する方法であって、
ａ）目的の結合部位と目的の結合部位内またはその近傍にあるチオール基とを含む標的分子を提供する、工程；
ｂ）反応混合物中で標的分子をリガンド候補と接触させる工程、リガンド候補は、前記チオール基と不可逆的共有結合を形成することができる官能基を含む、工程；
ｃ）標的分子のチオール基とリガンド候補の官能基との間で不可逆的な共有結合を形成させ、それによって標的分子−リガンドコンジュゲートを形成させる、工程；
ｄ）反応中の定義された時点で前記反応混合物またはそのアリコートをチオール定量化試薬と接触させる工程、前記チオール定量化試薬は、遊離チオール基に結合して、前記反応混合物またはそのアリコートに生物物理学的方法によって評価可能な生物物理学的性質を付与する定量化コンジュゲートを形成することができる、工程；
ｅ）前記反応混合物またはそのアリコートの前記生物物理学的性質を測定する、工程；ならびに
ｆ）前記標的分子と前記リガンド候補との間の反応速度を計算する、工程；を含む方法。
【請求項２】
工程ｄ）が、
ｉ）前記反応混合物のアリコートを前記チオール定量化試薬と接触させることを含み、工程ｄ）およびｅ）がさらに１回以上繰り返され、各繰り返しの間、工程ｄ）が反応中の１つ以上のさらなる異なる時点で実施される、または、
ｉｉ）前記反応混合物全体またはその実質的な割合を前記チオール定量化試薬と接触させることを含み、工程ａ）〜ｅ）がさらに１回以上繰り返され、各繰り返しの間、工程ｄ）が反応中の１つ以上のさらなる異なる時点で実施される、または、
ｉｉｉ）反応中の単一の時点で実施され、工程ｆ）がその時点での前記標的分子の前記標的分子−リガンド候補への変換を計算することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程ｆ）が、前記標的分子−リガンドコンジュゲートの形成についての速度定数の近似値を計算することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程ｆ）が、前記標的分子−リガンドコンジュゲートの形成についての速度定数を計算することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
ａ）前記標的分子が、タンパク質、ポリペプチド、核タンパク質、糖ペプチド、およびリンタンパク質からなる群より選択される、および／または、
ｂ）前記チオール基がシステイン残基によって提供される、および／または、
ｃ）前記リガンド候補がフラグメントである、および／または、
ｄ）前記官能基が求電子剤である、および／または、
ｅ）前記チオール定量化試薬がチオール反応性染料である、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記リガンド候補が薬物様フラグメントである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記求電子剤が、アクリルアミド、アクリレート、α，β−不飽和ケトン、ビニルスルホンアミド、ビニルスルホン、ビニルスルホネート、α−ハロゲン化カルボニル誘導体、エポキシド、ニトリル誘導体、ＳＮＡｒ基質、ならびにそれらの置換誘導体からなる群から選択される、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記求電子剤がマイケルアクセプターである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記標的分子と前記リガンド候補とを還元剤の存在下で接触させる、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記還元剤が固定化されている、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ｇ）前記標的分子の代わりにモデルチオールを用いて工程ａ）〜ｆ）を繰り返し、同じリガンド候補を用いて、前記モデルチオールと前記リガンド候補との間の反応速度を計算する工程；ならびに
ｈ）前記標的分子と前記リガンド候補との間の反応速度を、前記モデルチオールと前記リガンド候補との間の反応速度と比較することによって、前記リガンド候補についての速度増大を計算する工程；をさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記モデルチオールがグルタチオンである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ｉ）前記リガンド候補についての速度増大が、選択された閾値レベルを上回るかどうかを決定する工程、この閾値レベルを上回る速度増大を伴うリガンド候補はヒットリガンドとして分類される、工程、をさらに含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
ｊ）１つ以上のさらなるリガンド候補を用いて工程ａ）〜ｉ）を繰り返す工程をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記リガンド候補が、リガンド候補のライブラリーを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
ｋ）ヒットリガンドを薬物または他の阻害剤に開発する工程をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記チオール基が標的分子に対して内因性であり、かつ
ａ）前記ヒットリガンドが不可逆的な共有結合的阻害剤に開発されるか；または
ｂ）前記ヒットリガンドが非共有結合的類似体に修飾されて、可逆的な阻害剤に開発されるか；のいずれかである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的分子が前記チオール基を含むように修飾され、かつ前記ヒットリガンドが非共有結合的類似体に修飾されて、可逆的な阻害剤に開発される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
チオールと、前記チオールと反応することができる分子との間の反応速度を測定する方法であって、
ａ）チオールを、前記チオールと反応することができる分子と接触させて、反応混合物中に反応生成物を形成する工程；
ｂ）反応中の定義された時点で前記反応混合物またはそのアリコートをチオール定量化試薬と接触させる工程、前記チオール定量化試薬は、遊離チオール基に結合して、前記反応混合物またはそのアリコートに生物物理学的方法によって評価可能な生物物理学的性質を付与する定量化コンジュゲートを形成することができる、工程；
ｃ）前記反応混合物またはそのアリコートの前記生物物理学的性質を測定する工程；ならびに
ｄ）前記チオールと、前記チオールと反応することができる分子との間の反応速度を計算する工程；を含む方法。
【請求項２０】
前記工程ｂ）が、
ｉ）前記反応混合物のアリコートを前記チオール定量化試薬と接触させることを含み、工程ｂ）およびｃ）がさらに１回以上繰り返され、各繰り返しの間、工程ｂ）が反応中の１つ以上のさらに異なる時点で実施される、または、
ｉｉ）前記反応混合物全体またはその実質的な割合を前記チオール定量化試薬と接触させることを含み、工程ａ）〜ｃ）がさらに１回以上繰り返され、各繰り返しの間、工程ｂ）が反応中の１つ以上のさらに異なる時点で実施される、または、
ｉｉｉ）反応中の単一の時点で実施され、工程ｄ）がその時点での前記チオールの前記反応生成物への変換を計算することを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
工程ｄ）が、反応生成物の形成についての速度定数の近似値を計算することを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
工程ｄ）が、反応生成物の形成についての速度定数を計算することを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
工程ａ）において、前記チオールを、前記チオールと反応することができる分子と並行して還元剤とも接触させ、前記還元剤は、前記反応混合物またはそのアリコートをチオール定量化試薬と接触させる前に、工程ｂ）において除去される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
前記チオール定量化試薬が前記チオールに不可逆的に結合する、請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
標的分子とリガンド候補との間の解離定数を測定する方法であって、
ａ）目的の結合部位と、目的の結合部位内またはその近傍にあるチオール基とを含む標的分子を提供する工程；
ｂ）反応混合物中で標的分子をリガンド候補と接触させる工程、リガンド候補は、チオール基と不可逆的な共有結合を形成することができる官能基を含む、工程；
ｃ）標的分子のチオール基とリガンド候補の官能基との間で不可逆的な共有結合を形成させ、それによって標的分子−リガンドコンジュゲートを形成させる工程；
ｄ）反応中の定義された時点で前記反応混合物またはそのアリコートをチオール定量化試薬と接触させる工程、前記チオール定量化試薬は、遊離チオール基に結合して、前記反応混合物またはそのアリコートに生物物理学的方法によって評価可能な生物物理学的性質を付与する定量化コンジュゲートを形成することができる、工程；
ｅ）前記反応混合物またはそのアリコートの前記生物物理学的性質を測定する工程；
ｆ）前記標的分子と前記リガンド候補との間の反応速度を計算する工程；
ｇ）複数の異なる濃度の前記リガンド候補を用いて工程ａ）〜ｆ）を繰り返す工程；ならびに
ｈ）標的分子とリガンド候補との間の解離定数を計算する工程；を含む方法。