【手続補正書】
【提出日】令和2年6月22日(2020.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単一トポロジーのポリユビキチンよりも混合トポロジーのポリユビキチンに対して大きな結合力を有する抗体であって、
混合トポロジーのポリユビキチンが、第１の連結及び第２の連結を含み、第１の連結及び第２の連結が、互いに異なり、
抗体が、第１及び第２の半抗体を含み、
ａ）第１及び第２のうちの半抗体の一方が、
（ｉ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含み、かつ
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、または
ｂ）第１及び第２のうちの半抗体の一方が、
（ｉ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含み、かつ
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、または
ｃ）第１及び第２のうちの半抗体の一方が、
（ｉ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含み、かつ
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、
抗体。
【請求項２】
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、
請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、
請求項１に記載の抗体。
【請求項４】
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
（ｉ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｉｉｉ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｉｖ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｖ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｖｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む、
請求項１に記載の抗体。
【請求項５】
ａ）第１及び第２の半抗体のうちの一方が、配列番号７と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号８と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含み、
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、配列番号２１と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号２２と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む、
ｂ）第１及び第２の半抗体のうちの一方が、配列番号７と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号８と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含み、
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、配列番号３５と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号３６と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む、または
ｃ）第１及び第２の半抗体のうちの一方が、配列番号７と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号８と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含み、
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、配列番号４９と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、及び配列番号５０と少なくとも約９５％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項６】
第１及び第２の半抗体のうちの一方が、配列番号７のＶＬ配列及び配列番号８のＶＨ配列を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項７】
第１及び第２の半抗体のうちの他方が、
ａ）配列番号２１のＶＬ配列及び配列番号２２のＶＨ配列、
ｂ）配列番号３５のＶＬ配列及び配列番号３６のＶＨ配列、または
ｃ）配列番号４９のＶＬ配列及び配列番号５０のＶＨ配列、を含む、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項８】
モノクローナル抗体である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項９】
ヒト化、またはキメラ抗体である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１０】
抗体が、ＩｇＧ抗体である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１１】
抗体が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体である、請求項１０に記載の抗体。
【請求項１２】
第１の半抗体が、ノブ変異を含む第１の重鎖定常領域を含み、第２の半抗体が、ホール変異を含む第２の重鎖定常領域を含む、または第１の半抗体が、ホール変異を含む第１の重鎖定常領域を含み、第２の半抗体が、ノブ変異を含む第２の重鎖定常領域を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１３】
抗体が、ＩｇＧ１抗体であり、ノブ変異が、Ｔ３６６Ｗ変異を含む、請求項１２に記載の抗体。
【請求項１４】
抗体が、ＩｇＧ１抗体であり、ホール変異が、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つの変異を含む、請求項１２または１３に記載の抗体。
【請求項１５】
抗体が、ＩｇＧ４抗体であり、ノブ変異が、Ｔ３６６Ｗ変異を含む、請求項１２に記載の抗体。
【請求項１６】
抗体が、ＩｇＧ４抗体であり、ホール変異が、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ変異から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つの変異を含む、請求項１２または１５に記載の抗体。
【請求項１７】
ａ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号４の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号１６の軽鎖配列及び配列番号２０の重鎖配列を含む、
ｂ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号４の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号３０の軽鎖配列及び配列番号３４の重鎖配列を含む、
ｃ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号４の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号４４の軽鎖配列及び配列番号４８の重鎖配列を含む、
ｄ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号６の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号１６の軽鎖配列及び配列番号１８の重鎖配列を含む、
ｅ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号６の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号３０の軽鎖配列及び配列番号３２の重鎖配列を含む、または
ｆ）第１の半抗体が、配列番号２の軽鎖配列及び配列番号６の重鎖配列を含み、
第２の半抗体が、配列番号４４の軽鎖配列及び配列番号４６の重鎖配列を含む
第１及び第２の半抗体を含む、抗体であって、
任意選択的に、Ｃ末端リジンが、１つ以上の重鎖から欠損している、
請求項１に記載の抗体。
【請求項１８】
混合トポロジーのポリユビキチンへの結合について、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の抗体と競合する、抗体。
【請求項１９】
標識にコンジュゲートされる、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項２０】
標識が、（ｉ）蛍光、酵素、または発色標識、あるいは（ｉｉ）放射性同位体であり、放射性同位体が任意選択的にポジトロン放出体であり、ポジトロン放出体が任意選択的に８９Ｚｒである、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
請求項１〜２０のいずれか１項に記載の抗体と、細胞毒性剤と、を含む、免疫コンジュゲート。
【請求項２２】
薬学的に許容される担体と、
ａ）請求項１〜２０のいずれか１項に記載の抗体、または
ｂ）請求項２１に記載の免疫コンジュゲート
のうちの少なくとも１つと、を含み、
任意選択的に、組成物が、単一特異性抗体、未組み立て半抗体、または単一特異性抗体及び未組み立て半抗体の両方、を実質的に含まない、薬学的製剤。
【請求項２３】
請求項１〜１８のいずれか１項に記載の抗体をコードする、単離された核酸。
【請求項２４】
請求項２３に記載の核酸を含む、宿主細胞。
【請求項２５】
抗体または半抗体が産生されるように、請求項２４に記載の宿主細胞を培養することを含む、抗体を産生する方法。
【請求項２６】
第１の半抗体及び第２の半抗体から抗体を形成することを含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の抗体を作製する方法。
【請求項２７】
生体試料中の（ｉ）混合トポロジーのポリユビキチン、または（ｉｉ）ポリユビキチン化タンパク質を検出する方法であって、
生体試料において、ポリユビキチン化タンパク質が、２つ以上の位置において少なくとも第１及び第２のポリユビキチンでポリユビキチン化され、第１及び第２のポリユビキチンが、異なる連結を有し、
混合トポロジーのポリユビキチンまたはポリユビキチン化タンパク質への抗体の結合を許容する条件下で、生体試料を請求項１〜２０のいずれか１項に記載の抗体と接触させることと、抗体と生体試料中の混合トポロジーのポリユビキチンまたはポリユビキチン化タンパク質との間に複合体が形成されたかを検出することと、を含む、
方法。