【手続補正書】
【提出日】令和2年6月17日(2020.6.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明の他の目的は、乳がん患者の化学治療(chemotherapy)の有用性を予測する方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現水準を測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(c)前記乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-レベルを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、前記(c)段階での腫瘍の大きさ、及びpN-レベルを、下記の[式1]と[式2]に代入し数値を計算する段階;
［式1］
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
［式2］
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節の転移の病理学的判断によって判定される値を示す。前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど、化学治療の有用性が大きいと予測する段階
を含む方法を提供することである。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、乳がん患者の化学治療(chemotherapy)の有用性を予測する方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現水準を測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(c)前記の乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-レベルを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、前記(c)段階での腫瘍の大きさ及びpN-レベルを、下記の[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階
［式1］
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+ d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算され標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節の転移の病理学的判断によって判定される値を示す。前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど、化学治療の有用性が高いと予測する段階
を含む方法を提供することである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
本発明において、前記の乳がんは好ましくは、早期乳がんであり、より好ましくは、pN0又はpN1期に該当する乳がんであり、最も好ましくは、TNMの病期による１期又は２期に分類されることがあるが、これに制限されることではない。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５８】
本発明は、乳がん患者の化学治療の有用性予測方法であって、下記段階:
(a)乳がんの患者から生物学的試料を得る段階;
(b)前記(a)段階の試料からUBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2からなる予後予測用遺伝子及びCTBP1、CUL1及びUBQLN1からなる標準遺伝子のmRNA発現水準を測定する段階;
(c)前記標準遺伝子を利用して前記予後予測用遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(d)前記乳房癌患者の腫瘍の大きさ、及びpN-レベルを評価する段階;
(e)前記(c)段階における標準化の値、前記(d)段階での腫瘍の大きさ、及びpN-レベルを、下記の[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節の転移の病理学的判断によって判定される値を示す。前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52、及びhは0.19乃至2.25である);及び
(f)前記(e)段階で計算された数値が大きいほど、化学治療の有用性が大きいと予測する段階
を含む方法を提供することである。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
[式2](BCT score計算式)
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３７】
[BCT score(BS)計算式]
BCT score=0 if 0.8*U-BS-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
【手続補正７】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳がん患者の化学治療(chemotherapy)の有用性を予測する方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)及びMKI67(Marker of proliferation Ki-67)からなる群から選択される一つ以上の増殖関連遺伝子、及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)免疫関連遺伝子のmRNA発現水準を測定する段階;
(b)前記(a)段階で測定されたmRNAの発現水準を標準化する段階;及び
(c)前記(b)段階で標準化された一つ以上の増殖関連遺伝子及び免疫関連遺伝子の組み合わせにより乳がん患者の化学治療の有用性を予測する段階であって、前記増殖関連遺伝子が過発現した場合、化学治療の有用性が大きいものとして、及び前記免疫関連遺伝子が過発現した場合、化学治療の有用性が小さいものとして予測する段階
を含む方法。
【請求項２】
前記化学治療の有用性の予測は、化学治療後の再発、転移及び転移性再発からなる群から選択される一つ以上が発生するかどうかを予測することを特徴とする請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記乳がんは、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、又はエストロゲン受容体及びプロゲステロン受容体が陽性でありながらHER2が陰性である乳がんであることを特徴とする請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記乳がんは、癌転移分類(Tumor Node Metastasis:TNM)システムによって１期又は２期に分類される初期乳がんであることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記(a)段階以降に、腫瘍の大きさ及びpN-レベルを評価する段階をさらに含み、前記(c)段階において、腫瘍の大きさが大きいほど、及びpN-レベルが高いほど、化学治療の有用性が高いものと判断することを特徴とする請求項1記載の方法。
【請求項６】
前記標準化は、CTBP1(C-terminal-binding protein 1)、CUL1(cullin 1)及びUBQLN1(Ubiquilin-1)からなる群から選択される一つ以上の標準遺伝子の平均発現量に対する比を算出することによって行われることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記試料は、患者のがん細胞を含む組織のホルマリン固定パラフィン包埋(formalin-fixed paraffin-embedded、FFPE)試料、新鮮組織(fresh tissue)及び凍結組織からなる群から選択されることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項８】
前記遺伝子の発現量を測定するための方法は、マイクロアレイ、PCR(polymerase chain reaction)、RT-PCR、定量的RT-PCR(qRT-PCR)、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(real-time PCR)、ノーザンブロット(northern blot)、DNAチップ及びRNAチップからなる群から選択されるいずれか一つの方法であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項９】
乳がん患者の化学治療(chemotherapy)の有用性を予測する方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現水準を測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(c)前記乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-レベルを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、前記(c)段階での腫瘍の大きさ、及びpN-レベルを、下記[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階:
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+ d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節の転移の病理学的判断によって判定される値を示す。前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど、化学治療の有用性が高いと予測する段階
を含む方法。
【請求項１０】
前記(d)段階での数値が4以上の場合、化学治療の有用性が大きいものと予測し、4未満の場合、化学治療の有用性が小さいものと予測することを特徴とする請求項９記載の方法。
【請求項１１】
UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤を含む乳がん患者の化学治療の有用性の予測用の組成物。
【請求項１２】
前記組成物は、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１１記載の組成物。
【請求項１３】
前記発現量を測定する製剤は、UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子に特異的に結合するプライマー対であることを特徴とする請求項１２記載の組成物。
【請求項１４】
前記プライマー対は、配列番号1乃至12の配列からなることを特徴とする請求項１３記載の組成物。
【請求項１５】
UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤を含む乳がん患者の化学治療の有用性の予測用キット。
【請求項１６】
前記キットは、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１５記載のキット。
【請求項１７】
乳がん患者の化学治療の有用性予測用製剤を製造するためのUBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤の使用。
【請求項１８】
前記発現量を測定する製剤は、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１７記載の製剤の使用。
【手続補正８】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
2019535286.tif 000001