【事件の表示】
　特願２００５−　８０２７３「遺伝的ワクチンおよび酵素の非確率論的生成」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年　９月１５日出願公開、特開２００５−２４５４５３〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯、本願発明
　本願は、平成１７年３月１８日の出願であって、平成１２年２月４日を国際出願日とする特願２０００−５９７４０６号（優先権主張　平成１１年２月４日　米国）の一部を特許法第４４条第１項の規定に基づいて分割出願したものであり、 平成２３年７月２８日付けで拒絶査定がなされ、これに対し、同年１２月２日に拒絶査定不服審判の請求がなされ、平成２７年４月１３日付けで当審より拒絶理由が通知され、同年１０月１４日に意見書が提出されるともに、同日付けで手続補正がなされたものである。
　そして、本願の請求項１、２に係る発明は、平成２７年１０月１４日に補正された特許請求の範囲の請求項１、２に記載されたとおりのものであり、そのうち本願の請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、請求項１に記載された以下のとおりのものと認める。
　
【請求項１】
　鋳型ポリペプチドから予め決められた分子構造を有する一組の子孫ポリペプチドを製造する方法であって、該子孫ポリペプチドは、全アミノ酸位に示された非確率論的範囲の単一のアミノ酸置換を含み、該方法は、
 (a)　コドンを含む、環状二本鎖の鋳型ポリヌクレオチドを、変異すべき各コドンに対する３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いるポリメラーゼに基づく増幅に供し、一組の子孫ポリヌクレオチドを生成するステップ（ここで、該３２倍縮重オリゴヌクレオチドの各々は、第１の相同配列、縮重N,N,G/Tトリプレット配列、および第２の相同配列を含む）；
および
 (b)　上記一組の子孫ポリヌクレオチドを、クローナルな増幅に供し、該子孫ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを発現するステップ；
を含み、それによって、親ポリペプチド鋳型に対して全アミノ酸位において全２０種のアミノ酸変化を生成する手段を提供するものであり、上記鋳型ポリヌクレオチドは少なくとも１００アミノ酸のポリペプチドをコードする、上記方法。
　
　
第２．当審の判断
１．引用例・引用発明
（１）引用例１
　本願優先日前に頒布された刊行物である、特表８−５０３４８９号公報（以下「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている。
ア「
２工程特定部位のＰＣＲ突然変異
  
単一アミノ酸置換変異体は，ｈＩＬ−３の位置１７〜１２３において．ＰＣＲによる２つの特定部位突然変異法（Ｂａｕｅｒら，原稿作成中）によって創製された
  
ｈＩＬ−３の位置９４〜１０５における単一アミノ酸置換変異体
最初の突然変異工程
第二の突然変異工程
３２通りの縮重オリゴヌクレオチドを用いて置換された．縮重オリゴヌクレオチドは縮重位置での縮合反応に際して等モル比の所望のヌクレオシドを機械混合することにより合成された．縮重オリゴヌクレオチドは単一コドンの第一および第二の位置にＧ，Ａ，ＴまたはＣを，第三の位置にＧまたはＣを有する．オリゴヌクレオチド中の他の塩基はｈＩＬ−３配列に相当する．縮重オリゴヌクレオチドは単一の位置に，理論的には，すべての２０のアミノ酸と翻訳停止コドンをコードする３２の異なるコドンを含有する．他の９つの塩基では，ＤＮＡ配列はネイティブなｈＩＬ−３タンパク質配列を維持させた．単一位置における単一アミノ酸置換のこのプールは「ライブラリー」と呼ばれる．
  
ｈＩＬ−３（１５−１２５）の位置１７〜９３および１０６〜１２３における単一アミノ酸置換変異体
第一の突然変異工程
  
第二の突然変異工程
イ「
リゲーション混合物からの組換えプラスミドの回収，および組換えプラスミドＤＮＡによる大腸菌細胞の形質転換
  ・・・・
　 
大腸菌細胞が産生した細胞質中のｈＩＬ−３タンパク質の分画
  大腸菌培養液からの，ｈＩＬ−３ムテインを産生するプラスミドが繋留された細胞をナリジキシン酸で誘導した．３時間後，ｈＩＬ−３ムテインは屈折小体に蓄積した．ｈＩＬ−３ムテインの精製の第一工程は細胞の超音波処理であった．細胞ぺレットから培養液のアリコートを超音波処理緩衝液：１０ｍＭトリスｐＨ８．０，１ｍＭ  ＥＤＴＡ，５０ｍＭ  ＮａＣｌおよび０．１ｍＭ  ＲＭＳＦ中に再懸濁した．これらの再懸濁細胞を，Ｈｅａｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ−Ｕｌｔｒａｓｏｎｉｃｓ  Ｉｎｃ．（Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）製超音波処理細胞破壊装置Ｗ−３７５型のマイクロチップを用い，数回反復して超音波バーストに付した．超音波処理の程度は光学顕微鏡下にホモジネートを検査してモニタリングした．ほぼすべての細胞が破壊されたならば，ホモジネートを遠心分離によって分画した．大部分の屈折小体を含有するぺレットにｈＩＬ−３ムテインが高度に濃縮される．」（第１４８頁２６行〜第１５３頁１５行）
ウ「１〜３個のアミノ酸置換を含有し，（１−１３３）ｈＩＬ−３からなる配列番号：１５，１６，１７，１８および１２９に相当するポリペプチドは，上述の操作および以下の例の操作を使用して，適当なオリゴヌクオチドに出発し，ついでポリペプチドをコードするＤＮＡを構築して，それを適当な宿主細胞中で発現させることによって作成することができる．同様にして，配列番号：１９，２０，２１，２２および１３０に相当し，また１〜３個のアミノ酸置換を有し，さらにＮ−末端より１〜１４のアミノ酸が順次欠失しているか，もしくはＣ−末端より１〜１５のアミノ酸が欠失しているか，またはＮ−末端およびＣ−末端両者にアミノ酸の欠失があるポリペプチドもまた，適当な出発原料から開始し，上述のおよび以下の例における操作によって作成することができる．」（第２０２頁下から１０〜末行）
　
エ「好ましいｈＩＬ−３（１５−１２５）変異遺伝子を創製する一つの方法にカセット突然変異誘発がある［Ｗｅｌｌｓら（１９８５）］．これはプラスミド中のｈＩＬ−３のコード配列の一部分を，２つの制限部位の間の遺伝子部分における所望のアミノ酸置換をコードする合成オリゴヌクレオチドによって置換する方法である．同様にして，
アミノ酸置換は，完全長ｈＩＬ−３遺伝子，またはＮ−末端から１〜１４個のアミノ酸の欠失および／もしくはＣ−末端から１〜１５個のアミノ酸の欠失を有するｈＩＬ−３の変異体をコードする遺伝子中に行うことができる
　
（２）引用例２
　本願優先日前に頒布された刊行物である、国際公開９８／５４３１１号（以下「引用例２」という。）には、以下の事項が記載されている。（なお、英文であるため、引用例２のパテントファミリーである特表２００２−５０２２４９号公報の記載を翻訳として援用する。）
オ「
突然変異誘発を行うためには任意の部位特異的突然変異誘発の方法を採用できるが、修飾されるジンクフィンガータンパク質のセグメントをランダム化するのに使用される方法は、好ましくは式NNSまたはNNK（及びその相補物NNM）(ここでSはGまたはCであり、KはGまたはTであり、MはCまたはA（NNKの相補物）であり、NはA、C、GまたはTである)を持つ複数のトリプレットコドンを含む縮重オリゴヌクレオチドプライマーのプールを利用する。
　
（３）引用発明
　引用例１の上記アより、引用例１には、ｈＩＬ−３タンパク質の単一アミノ酸置換変異体を『２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法』により製造することが記載されており、この『２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法』の第二の工程は、３２通りの縮重オリゴヌクレオチド（N,N,G/Cトリプレット配列)プライマーを用いる方法であると認められる。そして、ｈＩＬ−３タンパク質は親タンパク質であり、単一アミノ酸置換変異体は子孫タンパク質であるといえ、この単一アミノ酸置換は、ｈＩＬ−３タンパク質の「位置９４〜１０５」、「位置１７〜９３および１０６〜１２３」、つまり「位置１７〜１２３」の範囲のアミノ酸について行うことが記載されていると認められる。
　さらに、上記アには、単一アミノ酸置換を有し、他のＤＮＡ配列はネイティブなｈＩＬ−３タンパク質配列が維持された「ライブラリー」と呼ばれるプラスミドのプール（これを「プラスミド変異体ライブラリー」と呼ぶ。）が製造されたことが記載されていると認められる。
　そして、上記アに続く上記イには、組換えプラスミドを用いて大腸菌を形質転換し、タンパク質を製造することが記載されており、上記ウの記載も合わせると、引用例１には、ｈＩＬ−３タンパク質を親タンパク質とし、この親タンパク質の位置１７〜１２３の範囲のアミノ酸を対象として上記の『２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法』を行い、複数の子孫タンパク質を製造する方法が記載されていると認められる。
　したがって、引用例１には、以下の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
　「ｈＩＬ−３タンパク質を親タンパク質とし、ｈＩＬ−３タンパク質の位置１７〜１２３における単一アミノ酸置換変異体からなる、複数の子孫タンパク質を製造する方法であって、
（１）ｈＩＬ−３遺伝子を含有するプラスミドをＰＣＲ反応の鋳型として、プラスミド変異体ライブラリーを製造する工程、
　該工程は、第一、第二の工程からなる２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法であり、該第二の工程は３２通りの縮重オリゴヌクレオチド（N,N,G/Cトリプレット配列)プライマーを用いてＰＣＲ増幅することによって、単一アミノ酸置換変異体である複数の子孫タンパク質をコードするプラスミド変異体ライブラリーを製造する工程を含み、及び、
（２）プラスミド変異体ライブラリーを用いて大腸菌を形質転換し、該プラスミド変異体ライブラリーがコードするｈＩＬ−３タンパク質変異体を発現する工程、を含む上記方法。」
　
２．対比、判断
　本願発明と引用発明を対比する。
　まず、引用発明の「ｈＩＬ−３タンパク質」は、本願発明の「ポリペプチド」に相当し、引用発明の「ＰＣＲ反応の鋳型」の「プラスミド」は、本願発明の「環状二本鎖の鋳型ポリヌクレオチド」に相当する。
　次に、引用発明の「複数の子孫タンパク質」をコードする「プラスミド変異体ライブラリー」は、ｈＩＬ−３遺伝子を含有するプラスミドをＰＣＲ反応の鋳型とし、この鋳型プラスミドにおいて、ｈＩＬ−３タンパク質のアミノ酸位置１７〜１２３に対応する部分のアミノ酸に対して「３２通りの縮重オリゴヌクレオチド（N,N,G/Cトリプレット配列)プライマーを用いてＰＣＲ増幅すること」によって製造されるものであるから、『単一アミノ酸置換に対応する３２通りの縮重配列を含むセット』となると認められる。
　一方、本願発明の「一組の子孫ポリヌクレオチド」は、「(a)　コドンを含む、環状二本鎖の鋳型ポリヌクレオチドを、変異すべき各コドンに対する３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いるポリメラーゼに基づく増幅に供し、一組の子孫ポリヌクレオチドを生成するステップ（ここで、該３２倍縮重オリゴヌクレオチドの各々は、第１の相同配列、縮重N,N,G/Tトリプレット配列、および第２の相同配列を含む）」というステップにより生成するものであるから、同じく『単一アミノ酸置換に対応する３２通りの縮重配列を含むセット』であると認められる。そして、本願発明の非確率論的な単一のアミノ酸置換を含む「一組の子孫ポリペプチド」とは、この３２通りの縮重配列を含む「一組のポリヌクレオチド」にコードされるものであると認められる。
　そうすると、引用発明の「プラスミド変異体ライブラリー」がコードする、ｈＩＬ−３タンパク質の「単一アミノ酸置換変異体からなる、複数の子孫タンパク質」は、本願発明の「一組の子孫ポリヌクレオチド」がコードする「非確率論的範囲の単一のアミノ酸置換」を含む「一組の子孫ポリペプチド」に相当すると認められる。そして、引用発明のｈＩＬ−３の子孫タンパク質が、ｈＩＬ−３鋳型タンパク質から製造されることは明らかである。
　また、引用発明の「（２）プラスミド変異体ライブラリーを用いて大腸菌を形質転換し、該プラスミド変異体ライブラリーがコードするｈＩＬ−３タンパク質変異体を発現する工程」は、本願発明の「(b)　上記一組の子孫ポリヌクレオチドを、クローナルな増幅に供し、該子孫ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを発現するステップ」に相当し、３２通りの縮重配列を含むポリヌクレオチドから「全２０種のアミノ酸変化」が生成するから、引用発明は、本願発明と同様に、親ポリペプチド鋳型に対して全２０種のアミノ酸変化を生成する手段を提供するものであることは明らかである。
　さらに、引用発明における鋳型ポリヌクレオチドがコードするポリペプチド、すなわち鋳型（親）ポリペプチドであるｈＩＬ−３タンパク質は、１３３アミノ酸（アミノ酸置換の対象とされる位置１７〜１２３で１０７アミノ酸）であり、すなわち、少なくとも１００アミノ酸からなるものである。
　したがって、両者は、
　「鋳型ポリペプチドから一組の子孫ポリペプチドを製造する方法であって、該子孫ポリペプチドは、非確率論的な単一のアミノ酸置換を含み、該方法は、
 (a)　コドンを含む、環状二本鎖の鋳型ポリヌクレオチドを、変異すべき各コドンに対する３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いるポリメラーゼに基づく増幅に供し、一組の子孫ポリヌクレオチドを生成するステップ（ここで、該３２倍縮重オリゴヌクレオチドの各々は、第１の相同配列、縮重トリプレット配列、および第２の相同配列を含む）；
および
 (b)　上記一組の子孫ポリヌクレオチドを、クローナルな増幅に供し、該子孫ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを発現するステップ；を含み、それによって、親ポリペプチド鋳型に対して全２０種のアミノ酸変化を生成する手段を提供するものであり、上記鋳型ポリヌクレオチドは少なくとも１００アミノ酸のポリペプチドをコードする、上記方法。」である点で一致し、以下の点で相違する。
　
（相違点１）
　本願発明では、子孫ポリペプチドが「予め決められた分子構造を有する」のものであるのに対し、引用発明ではこのことが特定されていない点。
（相違点２）
　親ポリペプチド鋳型の全２０種のアミノ酸変化、子孫ポリペプチドの単一のアミノ酸置換の対象となる位置について、本願発明では「全アミノ酸位」であることが特定されているのに対して、引用発明では「ｈＩＬ−３タンパク質の位置１７〜１２３」である点。
（相違点３）
　縮重オリゴヌクレオチドが、本願発明では「N,N,G/Tトリプレット配列」を含むのに対し、引用発明では「N,N,G/Cトリプレット配列」を含む点。
　
（相違点１）について
　本願発明にいう「予め決められた分子構造を有する」とは、何を意味するか、必ずしも明確ではないが、この特定の根拠とされる本願明細書の段落【０００４】の第６パラグラフには、「以下のような非確率論的突然変異誘発法の開発に対する需要があることは即座に認識されることである。
  １）予め決められた分子構造を有する多数の子孫分子を作製するために使用でき、
  ２）より多くの突然変異の型を容易に作製するために使用でき、
  ３）対応してより多様な子孫突然変異分子を産生でき、
  ４）望ましくないバックグラウンド生成物の産生が減少し、
  ５）全ての可能性を枯渇させるようなやり方で使用でき、そして
  ６）合成的かつ非反復的な方法で子孫分子を産生できる方法。
  本発明はこれらの需要を全て満たすものである。」と記載されており、この記載から、「予め決められた分子構造を有する」とは、「 １）予め決められた分子構造を有する多数の子孫分子を作製するために使用でき」る、という効果を意味しており、この効果は、３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いる「非確率論的突然変異誘発法」なる方法を採用することによってもたらされることが理解される。
　一方、引用発明において製造されるプラスミド変異体ライブラリーは、本願発明と同様に、３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いる方法によって製造されるものであるから、引用発明のプラスミド変異体ライブラリーにコードされる複数の子孫タンパク質も、「予め決められた分子構造を有する」と認められる。
　したがって、相違点１は実質的な相違点ではない。
　
（相違点２）について
　引用例１には、ｈＩＬ−３の位置１７〜１２３以外のアミノ酸位置について、アミノ酸を置換することは記載されていないが、タンパク質の性質を研究したり向上させる目的で、タンパク質にアミノ酸置換等の変異を導入することは、当業者の常套手段であり、変異の対象を「全アミノ酸位」とすることは周知であると認められる（必要であれば、特開平９−１３１１８５号公報【００２０】【００２１】、特開平９−１０７９７４号公報【００１２】【００１３】、特開平８−２３１４１２号公報【００１１】【００１２】、国際公開９８／０１５８１号の４、２４頁を参照。）。そして、引用発明はｈＩＬ−３のほとんどの位置をアミノ酸置換の対象とするものであるから、残りのわずかなアミノ酸位置についても単一アミノ酸置換の対象とする程度のことは、当業者が容易になし得ることである。
　しかも、引用例１には、位置１７〜１２３以外の部分（位置１〜１６、位置１２４〜１３３）のうち、Ｎ−末端から１〜１４アミノ酸（位置１〜１４）、Ｃ−末端から１〜１５アミノ酸（位置１１９〜１３３）は、欠失してもよいことが記載されており（上記エ）、位置１７〜１２３以外の部分はｈＩＬ−３の活性に関与しない部分と考えられるから、そのような部分を有さないｈＩＬ−３を親（鋳型）ポリペプチドとすることもできるといえ、そのような場合には、引用例１においてアミノ酸置換の対象とされないのは、わずかに２つのアミノ酸位置（位置１５、１６）である。
　したがって、相違点２は、当業者が容易になし得ることである。
　
（相違点３）について
　引用例２には、突然変異誘発を行うための縮重トリプレット配列として、NNS、NNK(SはGまたはC、KはGまたはT）、すなわち、N,N,G/CとN,N,G/Tが並記されており（上記オ）、両者は置換可能な手段であると認められるから、引用発明の縮重N,N,G/Cトリプレット配列を、縮重N,N,G/Tトリプレット配列に換えることは、当業者が容易になし得ることである。
　　
　そして、本願発明において、全アミノ酸位をアミノ酸置換の対象とし、縮重N,N,G/Tトリプレット配列を採用したことによって、引用例１、２の記載から予測できないような効果が奏されたとは認められない。
　
　
３．審判請求人の主張について
　審判請求人は、平成２７年１０月１４日付け意見書において、概ね以下の主張をしている。
　（１）本願発明の方法では、子孫のセットは、全ての可能性を網羅するやり方で、親鋳型の全長にわたって全アミノ酸位において全２０種のアミノ酸変化を有することを必要とします。・・・これに対し、引用例１は特定のタンパク質（すなわち、ＩＬ−３）であって、かつ（Ｎ末端およびＣ末端を含まない）該タンパク質の特定の領域の変異に限定されており、全ての可能性のあるアミノ酸置換を有するフルセットの子孫を製造するものではありません。
　（２）本願発明は、親鋳型に対して全ての可能性のある変異およびアミノ酸をコードする変異を含む全ての可能性のある子孫を生成する迅速方法に関するものです。引用例１に記載の方法は、ＩＬ−３に対して全ての可能性のあるアミノ酸変異体の製造を開示するものではありません。
　
　（１）について
　本願発明は「一組の子孫ポリペプチド」を製造する方法に関するものであって、子孫ポリペプチドの「フルセット」に関するものではないから、審判請求人の主張は請求項１の特定に基づかず、失当である。
　そして、上記２．で述べたとおり、ｈＩＬ−３タンパク質の「全アミノ酸位」それぞれに対して、引用発明の方法でそれぞれ「一組の子孫ポリペプチド」を製造することは、当業者が容易になし得ることである。
　
　（２）について
　本願発明には「全ての可能性のある変異およびアミノ酸をコードする変異を含む全ての可能性のある子孫を生成する」こと、すなわち、全ての子孫ポリペプチドを含むもの（これは、上記（１）について、の“子孫ポリペプチドの「フルセット」”と同じであると認められる。）を生成することは特定されていないから、この点を前提とする審判請求人の主張は採用できない。
　そして、引用発明の「２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法」は、本願発明の「(a)工程の方法（非確率論的突然変異誘発法）」と同様に、３２倍縮重オリゴヌクレオチドを用いる方法であることから、引用発明の「２工程ＰＣＲ特定部位の突然変異法」は、本願発明と同様に迅速な方法であると認められ、本願発明において、格別の効果が奏されたとは認められない。
　
　
４．むすび
　以上のとおり、本願発明は、引用例１、２に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　よって、結論のとおり審決する。