【事件の表示】
　特願２０１２−２８７１２４「質量分析データ解析方法」拒絶査定不服審判事件〔平成２５年　３月２８日出願公開、特開２０１３−　５７６９５、請求項の数（１）〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　原査定を取り消す。
　本願の発明は、特許すべきものとする。
【理　由】
第１　手続の経緯　
　本願は、平成１８年４月１８日を出願日とする出願である特願２００６−１１５０３１号の一部を平成２４年１２月２８日に新たな特許出願としたものであって、同日に手続補正書が提出され、平成２６年１月２７日付けで拒絶の理由が通知され、これに対して、同年４月７日に意見書が提出され、同年１０月９日付けで拒絶の理由が通知され、これに対して、同年１２月１５日に意見書が提出されたが、平成２７年４月３０日付けで拒絶査定（以下、「原査定」という。）がなされた。
　これに対して、同年８月７日に拒絶査定不服審判の請求がなされ、当審において平成２８年６月７日付けで拒絶の理由（以下、「当審拒絶理由」という。）が通知され、これに対して、同年８月１２日に意見書及び手続補正書が提出された。
第２　本願発明
　本願の請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、平成２８年８月１２日付けの手続補正で補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により、以下のとおり特定されるものである。
「　【請求項１】
未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSn分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法であって、
a)既知物質と構造が類似する未知物質を選出し、該未知物質と構造が類似する既知物質の情報を得るステップと、
b)前記MSn分析により得られた未知物質のマススペクトルと、前記ステップで得られる未知物質と構造が類似する既知物質のMSn分析により得られるマススペクトル又は該既知物質の構造からMSn分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークを抽出するステップと、
c)予め記憶された前記既知物質の各フラグメントイオンピークに対応する部分構造の情報を参照して、該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、
d)前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、
を有することを特徴とする質量分析データ解析方法。」
第３　原査定の理由について
１　原査定の理由の概要
　本願発明は、その出願前に日本国内又は外国において、頒布された下記の刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　　　　　　　　　　　　　　　　　記
引用文献１：特開２００４−２８７８２号公報
引用文献２：特開平８−１２４５１９号公報
　引用文献１には、試料の作成過程などから構造を推定する方法や、親イオンの質量分析データに基づいて、親イオン候補（既知物質に相当する）を選び、親イオン候補が複数のイオンに解離する場合に生成すると予測できる解離イオンを解離イオン候補として導出し、解離イオンの実測値であるＭＳ２データ（ＭＳｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルに相当する）と、導出された解離イオン候補（既知物質の構造からＭＳｎ分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルに相当する）とを比較し、実測定値のピークと解離イオン候補のｍ／ｚ値のずれに基づいて親イオン候補として推測した構造の妥当性を評価する方法が記載されている（【０００７】−【００２５】、図１−図５）。
　引用文献２には、ＭＳ／ＭＳ質量分析装置において、走査信号（娘イオン質量ｍｄ）に基づいて質量スペクトルを作成し、所定の基準によりその中のピークを全て検出し、検出した各ピークについてその質量ｍｄを検出し、このデータをピーク解析部に渡して、ピーク解析部では、各ピークの娘イオン質量ｍｄをピークデータベースのデータと照合することにより、その質量ｍｄを有するピーク候補イオンを全て抽出し、それらのデータを親イオン推定部に送って親イオンの構造を推定することが記載されている（【００１３】−【００１５】）。そして、質量ｍｄを有するピーク候補イオンを抽出することは、部分構造を特定することに相当する。
　引用文献１には、既知物質と類似する未知物質を選出することは明記されていないが、何らかの方法で解析対象である親イオンを選択していることは自明であること、試料の作成過程などから構造を推定することが記載されていること、既知の親イオンの構造を推測していることから、結果として既知物質に類似する未知物質（親イオン）が選出されていること、請求項１に係る発明では、どのようにして既知物質と類似する未知物質を選出するかは何ら特定されていないこと、を勘案すれば、例えば試料作成過程から推定した親イオン候補の質量電荷比に該当する物質を解析対象として選択することは、当業者が容易になし得たことである。
　また、引用文献１に記載された発明において、親イオン候補として推測した構造の妥当性の評価の際に、引用文献２に記載された発明と同様に、実測した解離イオンの質量を有する解離イオン候補を抽出し、それらのデータを親イオン推定部に送って親イオンの構造を推定することは当業者が容易になし得たことであり、実測した解離イオンの質量を有する解離イオン候補を抽出することが部分構造を特定することに相当することは上記のとおりである。
　したがって、本願発明は、引用文献１及び２に記載された発明より、当業者が容易に想到し得たものである。
２　原査定の理由の判断
（１）引用文献の記載事項及び引用文献に記載された発明
ア　引用文献１の記載事項
　引用文献１には、次の事項が記載されている（下線は、参考のために当審が付与した。）。
（ア）「【請求項１】
イオン化した試料について計測した質量分析データと、前記試料を親イオンとして、これを開裂して得られる解離イオンの質量分析データとに基づいて前記試料の構造を解析する解析方法であって、
前記質量分析データに基づいて取得した前記親イオンの候補について熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくとも一つを計算して親イオン候補の構造上の特性を導出し、この特性に基づいて親イオン候補についての解離イオンを解離イオン候補として導出し、前記解離イオン候補と計測した前記解離イオンの質量スペクトルを比較することで前記親イオン候補を評価し、前記親イオンを同定することを特徴とする質量分析データの解析方法。」
（イ）「【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、質量分析データを解析処理する解析方法および質量分析データの解析装置および質量分析データの解析プログラムならびにソリューション提供システムに関するものである。」
（ウ）「【０００７】
【発明の実施の形態】
（第一実施形態）
本発明の第一実施形態について図面を参照しながら詳細に説明する。
図１は質量分析データの解析装置である質量分析装置の構成を示すブロック図であり、図２は質量分析装置の処理を示すフローチャートである。
本実施形態は、試料の質量分析結果を基に推定した構造に対して、分子軌道解析を用いて熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくとも一つを演算し、その演算結果に基づいて推定した構造の妥当性を評価し、
試料の構造解析を行う
質量分析装置２４を用いて
【０００８】
質量分析データの解析装置である質量分析装置２４は、解析対象となる試料について測定した質量分析データ１に対して分子軌道解析を行うデータ処理部１２と、解析結果を表示する表示部１３とを有して
質量分析データの測定は、
質量分析部１０で質量に応じて分離したイオンをイオン検出部１１で検出することにより行われ
【０００９】
質量分析部１０は、イオン化した試料を衝突解離（ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ　ｉｎｄｕｃｅｄ　ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）により開裂させて、質量数の少ない解離イオン（娘イオン）を生成させるための解離手段を備え
解離手段を用い、解離イオンについても質量分析する方法をタンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ分析法）とい
この方法によれば、親イオン（試料イオン）の構成分子についての情報
得ることができ、これに基づいて親イオンの構造推定を行うことが可能になる
【００１０】
データ処理部１２は、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ　Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ　Ｕｎｉｔ）や、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ　Ｏｎｌｙ　Ｍｅｍｏｒｙ）、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ　Ａｃｃｅｓｓ　Ｍｅｍｏｒｙ）などから構成されており、質量分析データ解析用の解析プログラムが展開・起動することで、後に説明する親イオンの分子軌道解析などを行い、親イオンの同定を行う。
表示部１３としては、ＣＲＴ（Ｃａｔｈｏｄｅ−Ｒａｙ　Ｔｕｂｅ）ディスプレイや、液晶ディスプレイを用いることができる。表示部１３は、その他のデータ処理部１２が行うデータ処理の結果を表示させることが可能であればその他の手段であっても良い。
【００１１】
このような質量分析装置２４により得られる親イオン、解離イオンの質量分析データ１の一例を図３（ａ），（ｂ）に示す。図３（ａ）は親イオンの質量分析データ１であり、親イオンは質量対電荷比（以下、ｍ／ｚとする）の値が３４０ａｍｕのイオンであることがわかる。図３（ｂ）は、この親イオンを衝突解離させて得られた解離イオンの質量分析データ１であり、ｍ／ｚ＝１７９ａｍｕおよびｍ／ｚ＝３１０ａｍｕの位置にピークが観測されている。これは、図１に示す質量分析部１０の解離手段により、ｍ／ｚ＝３４０ａｍｕの親イオンから、ｍ／ｚ＝１７９ａｍｕの解離イオンと、ｍ／ｚ＝３１０ａｍｕの解離イオンが生成されることを意味する。
【００１２】
本実施形態は、このような親イオン、解離イオンについて得られる質量分析データ１に基づいて、親イオンの構造を解析するものである。この解析過程を図２のフローチャートに従って説明する。なお、
親イオンとしてその構造解析をする試料としては、蛋白質、ペプチド、糖鎖といった生物に関係する高分子、あるいは、薬剤などの合成分子についての未知構造の低分子などがあげられるが、試料の分子量や種類などはこれに限定されるものではな
【００１３】
最初に、図２の
ステップＳ１で質量分析部１０などを用いて親イオンについての質量分析データ１を取得
ここで得られる質量分析データ１は、
親イオンの質量分析データ
、および、解離手段を用いて生成した解離イオンの質量分析データ
からなる
【００１４】
続くステップＳ２では、親イオンの構造を推測
ここで用いられる推測方法としては、試料の作製過程などから構造を推測する方法や、親イオンの質量分析データ１に基づいて、ユーザが経験などにより粗く見積もる方法
【００１５】
前記のステップで推測された親イオン候補２ａの構造に対して、ステップＳ３において分子構造上の、熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくともの一つを計算する分子軌道解析が行われ
【００１６】
親イオン候補２ａについての解析結果は、ステップＳ４で表示部１３
に表示され
【００１７】
なお、結合強さσを小さい方から二つ選択したのは、そのような結合が切断されて解離イオンが生成する確率が高いとみなせるので、生成確率の高い解離イオンに着目することで効率的に親イオンの構造を評価するためである。着目する結合強さσの数は、試料の質量数や構造などにより異なるので、ユーザによる選択操作や、データ処理部１２の処理により一つもしくは複数に変更可能であることが望ましい（以下、着目するデータとして表示されるものの数が複数ある場合について同じ）。また、解析結果画面３，４は、親イオン候補２ａの平面構造を表示するものであっても構わない。
【００１８】
さらに、
ステップＳ３で分子軌道解析して得られる結合強さσに基づいて、親イオン候補２ａが複数のイオンに解離する場合に生成すると予測できる解離イオンを解離イオン候補としてステップＳ５で導出
【００１９】
解離イオン候補についての解析結果は、その構造、ｍ／ｚ値の確認や、その導出根拠をユーザが容易に把握することができるように、ステップＳ６で表示部１３に表示され
【００２０】
ここまでの処理で、親イオン候補２ａについての分子軌道法を用いた構造解析が終了するので、
続くステップＳ７で、構造解析により導出された解離イオン候補
と、計測された解離イオンの実測値であるＭＳ
２
データ
とを比較し、その結果を
対応画面６として出力
【００２１】
そして、ステップＳ８で親イオン候補２ａとして推測した構造の妥当性を評価し、その結果を
評価画面７として表示する
ここで、妥当性の評価とは、解離イオンのｍ／ｚ値の実測値と、解離イオン候補
のｍ／ｚ値の計算値との一致率を算出し、その結果を、あらかじめ推測していた親イオン候補２ａの構造の信頼度として表示することを意味する
この評価画面７を表示させることで、質量分析装置２４における質量分析データ解析処理が終了する。
【００２２】
なお、ステップＳ２で構造が推測される親イオン候補が複数ある場合には、推測されたすべての親イオン候補について、解離イオン候補の導出（ステップＳ５）および解析結果とＭＳ２データの比較（ステップＳ７）を行い、各親イオンの妥当性を評価する（ステップＳ８）。データ処理部１２は、解離イオンについてのｍ／ｚ値の比較結果である一致率を導出し、一致率の高い順に、そのような解離イオンを与える親イオン候補に順位を付けて表示する。なお、順位の代わりに、または、これと併用して一致率を数値で表示しても良い。
【００２３】
また、ステップＳ６の解離イオン候補についての分子軌道解析の結果の表示（図４（ｂ），（ｃ））をせずに、最終的に得られる解離イオン候補（図５（ａ）の解離イオン候補５ａおよび解離イオン候補５ｂ）を表示させても良い。ただし、解析結果画面５において、熱的、化学的、エネルギ的な計算を行った結果であること、および／または、解析を行った物性値について明示する。また、ユーザが、解離イオン候補の導出の根拠となる熱的、化学的、エネルギ的な計算結果をいつでも閲覧し、利用できるように、データをファイル保存することが望ましい。あるいは、ユーザが指定すれば表示されるような機能を持たせても良い。ファイル保存は、図示しない記憶装置にデータを保存したり、記録媒体にデータを保存したりして行う。
【００２４】
さらに、ステップＳ３からステップＳ８までの処理である質量分析データの解析は、図１の質量分析装置２４のデータ処理部１２に解析プログラムを搭載させて、オンサイトで質量分析データの解析を行えるものとして説明したが、質量分析装置２４とは別に設けた計算機において実行しても良い。なお、質量分析データの解析装置とは、少なくとも質量分析データに基づいて解析処理を行い、解析結果を表示する装置であるので、データ処理部１２および表示部１３と、制御部１４の関連部分を必須の要素とし、前処理系８、イオン化部９、質量分析部１０、イオン検出部１１は必ずしも具備する必要はない。
【００２５】
本実施形態によれば、あらかじめ推測された親イオンの構造に対して熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくとも一つについて計算を行うことで、解離イオンを高精度に推測できる。このことから、あらかじめ推測された親イオンの妥当性が高精度に評価できるため、親イオンの同定、あるいは、親イオンの構造推定を高精度に支援することが可能となる。
また、表示部１３を利用して、解析結果画面３などを提供することにより、ユーザが解析結果や、その根拠となるデータを容易に把握することが可能になる。」
（エ）図２には、以下の図面が示されている。
イ　引用文献１に記載された発明の認定
　上記ア（ア）〜（エ）を含む引用文献１全体の記載を総合すると、引用文献１には、次の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
「イオン化した試料について計測した質量分析データと、前記試料を親イオンとして、これを開裂して得られる解離イオンの質量分析データとに基づいて前記試料の構造を解析する解析方法であって、
　質量分析装置２４を用いて試料の構造解析を行うものであり、
　質量分析データの解析装置である質量分析装置２４は、解析対象となる試料について測定した質量分析データ１に対して分子軌道解析を行うデータ処理部１２と、解析結果を表示する表示部１３とを有しており、質量分析データの測定は、質量分析部１０で質量に応じて分離したイオンをイオン検出部１１で検出することにより行われ、質量分析部１０は、イオン化した試料を衝突解離（ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ　ｉｎｄｕｃｅｄ　ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）により開裂させて、質量数の少ない解離イオン（娘イオン）を生成させるための解離手段を備え、解離手段を用い、解離イオンについても質量分析する方法を、タンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ分析法）といい、この方法によれば、親イオン（試料イオン）の構成分子についての情報を得ることができ、これに基づいて親イオンの構造推定を行うことが可能になるものであり、
　親イオンとしてその構造解析をする試料としては、蛋白質、ペプチド、糖鎖といった生物に関係する高分子、あるいは、薬剤などの合成分子についての未知構造の低分子などがあげられるが、試料の分子量や種類などはこれに限定されるものではなく、
　ステップＳ１で質量分析部１０などを用いて親イオンについての質量分析データ１を取得し、ここで得られる質量分析データ１は、親イオンの質量分析データ、および、解離手段を用いて生成した解離イオンの質量分析データからなるものであり、
　続くステップＳ２では、親イオンの構造を推測し、ここで用いられる推測方法としては、試料の作製過程などから構造を推測する方法や、親イオンの質量分析データ１に基づいて、ユーザが経験などにより粗く見積もる方法であり、
　前記のステップで推測された親イオン候補２ａの構造に対して、ステップＳ３において分子構造上の、熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくともの一つを計算する分子軌道解析が行われ、
　親イオン候補２ａについての解析結果は、ステップＳ４で表示部１３に表示され、
　ステップＳ３で分子軌道解析して得られる結合強さσに基づいて、親イオン候補２ａが複数のイオンに解離する場合に生成すると予測できる解離イオンを解離イオン候補としてステップＳ５で導出し、
　解離イオン候補についての解析結果は、その構造、ｍ／ｚ値の確認や、その導出根拠をユーザが容易に把握することができるように、ステップＳ６で表示部１３に表示され、
　続くステップＳ７で、構造解析により導出された解離イオン候補と、計測された解離イオンの実測値であるＭＳ２データとを比較し、その結果を対応画面６として出力し、
　そして、ステップＳ８で親イオン候補２ａとして推測した構造の妥当性を評価し、その結果を評価画面７として表示するものであり、ここで、妥当性の評価とは、解離イオンのｍ／ｚ値の実測値と、解離イオン候補のｍ／ｚ値の計算値との一致率を算出し、その結果を、あらかじめ推測していた親イオン候補２ａの構造の信頼度として表示することを意味するものである、
　試料の構造を解析する解析方法。」
ウ　引用文献２の記載事項
　引用文献２には、次の事項が記載されている（下線は、参考のために当審が付与した。）。
（ア）「【請求項１】  
第１質量フィルタ部で親イオンを選択し、開裂部でその親イオンを開裂し、開裂により生成した娘イオンの質量スペクトルを第２質量フィルタ部で採取するＭＳ／ＭＳ質量分析装置用のデータ処理装置であって、
a)各種質量のそれぞれに対応するイオン種の情報を格納したピークデータベースと、
b)開裂により脱離する可能性のある脱離基の質量と脱離基種の情報を格納した脱離基データベースと、
c)上記採取された質量スペクトルからピークを検出し、各ピークについてピーク質量と親イオンの質量とからそのピーク質量を減算した脱離質量を求めるピーク検出手段と、
d)各ピークについて、ピークデータベースを参照することによりそのピーク質量に対応するイオン種の候補を抽出するとともに、脱離基データベースを参照することによりその脱離質量に対応する脱離基の候補を抽出するピーク解析手段と、
e)各種娘イオンと脱離基とから親イオンを構築する際の規則を格納した構造構築規則データベースと、
f)構造構築規則データベースを参照することにより、親イオンの質量、ピーク解析手段による解析結果及び各ピークの高さに基づいて親イオンの候補を決定する親イオン推定手段と、を備えることを特徴とするＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理装置。
（イ）「【００１２】制御部３０はＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭを備えたコンピュータであり、そこには外部記憶装置３１、ディスプレイ３２等が接続されている。制御部３０は機能的には上記第１、第３ＱＰ制御部４１、４２の他、ピーク検出部４３、ピーク解析部４４及び親イオン推定部４５等により構成されている。また、外部記憶装置３１内には、ピークデータベース４６、脱離基データベース４７及び構造構築規則データベース４８が備えられている。
ピークデータベース４６は各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したものであり、脱離基データベース４７は各種質量とその質量を有する脱離基（通常、中性）を対照表として格納したものである。
【００１３】制御部３０が行なうデータ処理の手順を図３のフローチャートにより説明する。まず、ピーク検出部４３が検出器１７からの検出信号及び第３ＱＰ制御部４２からの走査信号（娘イオン質量ｍd）に基づいて質量スペクトルを作成し、所定の基準によりその中のピークを全て検出する（ステップＳ１）。このときのピーク検出の基準としては、例えばスペクトルカーブの傾きが所定値以上となった点をピークの開始点とし、その後傾きがゼロとなり、マイナスとなった後、その絶対値が所定値以下になった点をピーク終了点とする、等の方法をとることができる。全てのピーク検出が終了すると、次に、検出した各ピークについて、その質量ｍdを検出する（ステップＳ２）。また、第３ＱＰ制御部４２の制御信号から得られる親イオンの質量ｍpからそのピーク質量ｍdを減算し、脱離質量ｍr（＝ｍp−ｍd）を算出する（ステップＳ３）。
【００１４】上記処理によりピーク検出部４３が全てのピークについてｍd及びｍrを検出した後（ステップＳ４）、これらのデータがピーク解析部４４に渡される。
ピーク解析部４４では、各ピークの娘イオン質量ｍdをピークデータベース４６のデータと照合することにより、その質量ｍdを有するイオン（ピークイオン候補）を全て抽出する（ステップＳ５）。また、脱離質量ｍrを脱離基データベース４７のデータと照合することにより、その質量ｍrを有する脱離基（脱離基候補）を全て抽出する（ステップＳ６）。
【００１５】こうしてピーク解析部４４が全てのピークについてピークイオン候補及び脱離基候補を抽出した後、それらのデータは親イオン推定部４５に送られる。
親イオン推定部４５は、質量スペクトルのデータとイオン候補及び脱離基候補のデータを基に、まず、質量ｍpとなり得る娘イオンと脱離基の組み合わせを作成する。
次に、可能な組み合わせの各々に対して構造構築規則データベース内の規則を参照することにより、そのような組み合わせの可能性を算出する。そして、質量スペクトルのピーク高さと照合することにより、蓋然性の高い順に親イオンの構造を推定する（ステップＳ７）。
（ウ）図３には以下の図面が示されている。
（２）本願発明と引用発明との対比・判断
ア　対比
　本願発明と引用発明とを対比する。
（ア）引用発明の「試料」は、「構造を解析」されるものであるから、本願発明の「未知物質」に相当し、引用発明の「解離イオン」は、本願発明の「フラグメントイオン」に相当する。また、引用発明の「イオン化した試料」と「親イオン（試料イオン）」は、同じ意味であり、両者はいずれも本願発明の「未知物質に由来するプリカーサイオン」に相当する。
　そして、引用発明は、「タンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ分析法）」により、「イオン化した試料を衝突解離（ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ　ｉｎｄｕｃｅｄ　ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）により開裂させて、質量数の少ない解離イオン（娘イオン）を生成させ」、「解離イオンの実測値であるＭＳ２データ」を「計測」して「試料の構造を解析」する「解析方法」に関するものであるから、引用発明の当該「解析方法」は、本願発明の「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSn分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法」（n=2の場合。以下、同じくn=2の場合で対比する。）を満たす。
（イ）引用発明の「構造を解析」する「試料」は、「蛋白質、ペプチド、糖鎖といった生物に関係する高分子、あるいは、薬剤などの合成分子についての未知構造の低分子などがあげられるが、試料の分子量や種類などはこれに限定されるものではな」いものから選ばれるものである。
　また、引用発明の「親イオン候補」は、「試料」からの「質量分析データ」に基づいて得られるものであり、また、引用発明は、「続くステップＳ２では、親イオンの構造を推測し、ここで用いられる推測方法としては、試料の作製過程などから構造を推測する方法や、親イオンの質量分析データ１に基づいて、ユーザが経験などにより粗く見積もる方法であり、前記のステップで推測された親イオン候補２ａの構造に対して、ステップＳ３において分子構造上の、熱的、化学的、エネルギ的な特性の少なくともの一つを計算する分子軌道解析が行われ」るものであるから、引用発明の当該「親イオン候補」は、「試料」に関連する既知物質のイオンであるといえる。
　したがって、引用発明の「試料」を選ぶこと、及び、当該「試料」に関連する「親イオン候補」を得ることと、本願発明の「a)既知物質と構造が類似する未知物質を選出し、該未知物質と構造が類似する既知物質の情報を得るステップ」とは、「a)未知物質を選出し、該未知物質と関連する既知物質の情報を得るステップ」で共通する。
（ウ）引用発明の「実測値であるＭＳ２データ」は、本願発明の「MSn分析により得られた未知物質のマススペクトル」を満たし、引用発明の「親イオン候補」を「分子軌道解析」して得られる「解離イオン候補」の「ｍ／ｚ値の計算値」を含むデータは、本願発明の「既知物質のMSn分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトル」を満たす。
　また、引用発明の「解離イオン」の「ｍ／ｚ」は、本願発明の「フラグメントイオンピーク」に相当する。
　したがって、引用発明において、「ＭＳ２データ」から得られる「解離イオンのｍ／ｚ値の実測値」と、「親イオン候補」を「分子軌道解析」して得られる「解離イオン候補」の「ｍ／ｚ値の計算値」との「一致率を算出」することと、本願発明の「b)前記MSn分析により得られた未知物質のマススペクトルと、前記ステップで得られる未知物質と構造が類似する既知物質のMSn分析により得られるマススペクトル又は該既知物質の構造からMSn分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークを抽出するステップ」とは、「b)前記MSn分析により得られた未知物質のマススペクトルと、前記ステップで得られる未知物質と構造が類似する既知物質の構造からMSn分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークを選別するステップ」という点で共通する。
（エ）引用発明は、「解離イオンのｍ／ｚ値の実測値と、解離イオン候補のｍ／ｚ値の計算値との一致率を算出」して、「親イオン候補２ａとして推測した構造の妥当性を評価」することで、「試料」の「構造を解析」するものであるから、引用発明の当該「親イオン候補」から「試料」の「構造を解析」することと、本願発明の「c)予め記憶された前記既知物質の各フラグメントイオンピークに対応する部分構造の情報を参照して、該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、d)前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップ」とは、「c),d) 前記既知物質の各フラグメントイオンピークの情報を参照して、該共通するフラグメントイオンピークに基づいて、未知物質の構造を決定するステップ」という点で共通する。
（オ）したがって、本願発明と引用発明１とは、
（一致点）
「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSn分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法であって、
a)未知物質を選出し、該未知物質と関連する既知物質の情報を得るステップと、
b)前記MSn分析により得られた未知物質のマススペクトルと、前記ステップで得られる未知物質と構造が類似する既知物質の構造からMSn分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークを選別するステップと、
c),d) 前記既知物質の各フラグメントイオンピークの情報を参照して、該共通するフラグメントイオンピークに基づいて、未知物質の構造を決定するステップと、
を有する質量分析データ解析方法。」
　の点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）
「未知物質を選出し、該未知物質と関連する既知物質の情報を得る」ことについて、本願発明は「既知物質と構造が類似する未知物質を選出」し、「該未知物質と構造が類似する既知物質の情報を得る」ものであるのに対して、引用発明はそのような構成を有するか不明である点。
（相違点２）
「共通に存在するフラグメントイオンピークを選別」し、「未知物質の構造を決定」するステップについて、本願発明は、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークを「抽出」し、「予め記憶された前記既知物質の各フラグメントイオンピークに対応する部分構造の情報を参照して、該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定」し、「前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定する」ものであるのに対して、引用発明は、そのような構成を有しない点。
イ　判断
　上記（相違点２）を検討する。
　引用文献２（上記（１）ウを参照）には、「ＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理」に関する技術であって、「ピークデータベース」と「脱離基データベース」を参照して、「開裂により生成した娘イオンの質量スペクトル」から「親イオン」を推定することは記載されているものの、当該「ピークデータベース」や「脱離基データベース」に格納されているデータは、それぞれが個別の物質（イオン種、脱離基）に関する「娘イオン質量」や「脱離質量」であって、上記（相違点２）のような、「予め記憶された前記既知物質の各フラグメントイオンピークに対応する部分構造の情報」とはいえない。
　したがって、引用発明において、引用文献２に記載された技術を採用したとしても、上記（相違点２）の構成とはならない。
　また、引用発明において、上記（相違点２）の構成を採用することは、単なる設計的事項ともいえない。
ウ　小括
　よって、本願発明は、その余の相違点について検討するまでもなく、当業者が引用発明及び引用文献２に記載の技術に基づいて容易に発明をすることができたとはいえない。
　よって、原査定の理由によっては、本願を拒絶することはできない。
第４　当審拒絶理由について
１　当審拒絶理由の概要
（１）この出願は、特許請求の範囲の記載が下記の点で、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 
  
 　　　　　　　　　　　　　　　　　記 
ア　請求項１には、「a)既知物質と類似する未知物質を選出し、該未知物質と類似する既知物質の情報を得るステップ」と記載されているが、「未知物質と類似する既知物質を選出」するのではなく、「既知物質と類似する未知物質を選出」すると記載した請求項１の意図が不明である。
イ　請求項１には、「a)既知物質と類似する未知物質を選出し、該未知物質と類似する既知物質の情報を得るステップ」と記載されているが、「類似」とは既知物質の何と未知物質の何が似ていることを意図しているのか不明である。
  
ウ　請求項１には、「該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップ」と記載されているが、「部分構造」が具体的にどのようにして特定されるのか記載がないため、発明が不明確である。
（２）この出願は、発明の詳細な説明の記載について下記の点で、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 
  
 　　　　　　　　　　　　　　　　　記 
ア　発明の詳細な説明の段落【００２５】〜【００３０】では、図２〜図４を引用して、既知物質のＭＳ２スペクトルと未知物質のＭＳ２スペクトルを比較しているが、この記載が以下の２点で不明である。
（ア）図３及び図４では、m/zが「４０２．１９２３」と「３４６．１５０４」の物質（プリカーサーイオン）から生じるフラグメントイオンのスペクトルを比較しており、このようなプリカーサーイオンから生じるフラグメントのスペクトルが大きく異なっているもの同士が「同じ組成式となる」物質とはいえないことから、上記「４０２．１９２３」と「３４６．１５０４」の差を技術的にどのように理解した上で、請求項１の「未知物質と類似する既知物質」を選出して比較すればよいのかが不明である。
（イ）段落【００２９】では、「m/z＝227のピークとm/z＝268のフラグメントイオンピークが共通している」と述べているが、「m/z＝268」のピークは、図３（ｂ）には見られない。また、図３（ｂ）のm/z＝267.0873のピークと図４（ｂ）のm/z＝268.0832のピークでは、１程度の差があり、このように１程度の差があるものを同じ構造とする根拠が発明の詳細な説明に記載されていない。
イ　段落【００２０】〜【００２５】には、「所定の既知物質」から「未知物質」を選出することが記載されているが、「既知物質」から「未知物質」を選出する意図が不明である。また、「所定の既知物質」がどのような基準で選択されているのかも不明である。 
２　当審拒絶理由の判断
（１）上記１（１）の拒絶理由について
　平成２８年８月１２日に提出された手続補正書によって、請求項１において、「既知物質と類似する未知物質」との記載が、「既知物質と構造が類似する未知物質」と補正されるとともに、「該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップ」として、「予め記憶された前記既知物質の各フラグメントイオンピークに対応する部分構造の情報を参照して」という事項がさらに特定された。
　また、平成２８年８月１２日に提出された意見書において、「本願発明は、構造が類似する、すなわち共通の骨格を持つ化合物の構造情報を基に未知物質の構造推定を行うことを特徴として」いること等の釈明がなされた。
　したがって、請求項１に係る発明は、明確となった。
（２）上記１（２）の拒絶理由について、
　平成２８年８月１２日に提出された手続補正書によって、段落【００２９】の「m/z＝227のピークとm/z＝268のピークが共通している」及び「m/z＝227とm/z＝268のフラグメントイオンピークに対応する部分構造を有していると推定することができる」との記載が、「m/z＝227のピークが共通している」及び「m/z＝227のフラグメントイオンピークに対応する部分構造を有していると推定することができる」と補正された。
　また、平成２８年８月１２日に提出された意見書において、「『４０２．１９２３』（既知物質）の構造式と既知の構造変化パターン（例えば、置換基の置き換え、付加、脱離など）とを組み合わせることにより、『３４６．１５０４』（未知物質）のm/zから推定される組成式（Ｓ１２）と同様の組成式が得られるような構造候補を作成します（Ｓ１４）」等の釈明がなされるとともに、「本願発明は、構造が類似する、すなわち共通の骨格を持つ化合物の構造情報を基に未知物質の構造推定を行うことを特徴として」いる等の釈明がなされた。
　したがって、発明の詳細な説明の記載は、当業者が本願発明を実施できる程度に明確かつ十分となった。
（３）よって、もはや、当審で通知した拒絶理由によって本願を拒絶することはできない。
第５　むすび
　以上のとおり、原査定の理由及び当審拒絶理由によっては、本願を拒絶することはできない。
　また、他に本願を拒絶すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり審決する。