【手続補正書】
【提出日】令和2年4月30日(2020.4.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
1 つ以上のゲノム・サンプル内のゲノム領域の、エピジェネティック・ポテンシャル・エネルギー・ランドスケープ（potential energy landscape（PEL））、又は対応する同時確率分布（joint probability distribution）を計算することを含むエピジェネティック解析を実施するための方法であって、ここで、PEL を計算することが、以下：
ａ）ゲノムを別々のゲノム領域に分節すること；
ｂ）パラメトリック統計モデル（ザ・モデル（The Model））を、個々のメチル化部位におけるメチル化状態間の依存性を考慮し、及びその領域内のメチル化部位の数内で幾何学級数的よりも穏やかに増えるパラメータの数を有する、メチル化データに合わせることによって、ゲノム領域内のメチル化状態を解析すること；及び、
ｃ）前記ゲノム領域及び／若しくはそのサブ領域並びに／又は併合した超領域内の PEL 又は対応する同時確率分布を計算及び解析し、それによってエピジェネティック解析を実行すること；
を含む方法。
【請求項２】
各別々のゲノム領域が約3000 塩基対の長さであり、前記サブ領域が約150 塩基対の長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記PEL を、
VX(x）＝φ0−logPX(x）、
によって定義し、
ここで：
・VX(x)はゲノム領域内のPEL であり、
・PX(x)は、モデル化されたメチル化部位のメチル化状態を表し、前記ゲノム領域内で値 x をとる確率変数 X の同時確率であり、及び
・φ0 は定数である、
請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記PEL を以下：
【数１】
2019522285.tif 000001
のように計算し、
ここで：
・VX(x)はゲノム領域内のPEL であり、
・N は前記ゲノム領域内のモデル化されたメチル化部位の数であり、及び
・{a 1、…、a N} 及び {c 2、…、c N} は前記モデルのパラメータである、
請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記PEL パラメータ {a 1、…、a N} 及び {c 2、…、c N} を an=α+βρn及び cn=γ/dn と設定することによって指定し、ここで、ρnは n 番目のモデル化されたメチル化部位の CpG 密度であり、dnは n 番目のモデル化されたメチル化部位の、その「最近傍（nearest-neighbor）」のモデル化されたメチル化部位 n-1 からの距離である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記パラメータα、β、γを、最尤アプローチを使用して、メチル化データから推定する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ゲノム領域の同時確率分布を、以下：
【数２】
2019522285.tif 000002
によって計算し、
ここで、
・PX(x)は、モデル化されたメチル化部位のメチル化状態を表し、前記ゲノム領域内で値 x をとる確率変数 X の同時確率であり、
・VX(x)はゲノム領域内のPEL であり、及び
・Z は再帰的方法で計算される分配関数である、
請求項１に記載の方法。
【請求項８】
第 1 ゲノムのゲノム領域について計算した前記PEL 又はそれに関連した同時確率分布を、対応する第 2 ゲノムのゲノム領域について計算した別のPEL 又はそれに関連した同時確率分布と比較することを更に含む、任意選択的にここで、PEL 比較を、第 1 及び第 2 ゲノム全体にわたるゲノム領域について行う、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記PEL を解析することが、ゲノム・サブ領域内のメチル化レベルを定量することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
ゲノム・サブ領域内のメチル化レベルを、以下：
【数３】
2019522285.tif 000003
を使用して定量化し、
ここで、
・L はゲノム・サブ領域内のメチル化レベルであり、
・N はゲノム・サブ領域内のモデル化されたメチル化部位の数であり、及び
・Xn は、ゲノム・サブ領域の n 番目のモデル化されたメチル化部位がメチル化されていない場合は 0、前記部位がメチル化されている場合は 1 となる確率変数である、
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ゲノム・サブ領域内のメチル化レベルについて確率分布を計算することを更に含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記メチル化レベルの確率分布を以下：
【数４】
2019522285.tif 000004
のように計算し、
ここで、
・PL(l)はメチル化レベルについての確率変数 L がゲノム・サブ領域内で値 l をとる確率であり、
・Px(x)は、モデル化されたメチル化部位のメチル化状態を表し、前記ゲノム領域内で値 x をとる確率変数 X の同時確率であり、請求項７の方法によって計算され、
・S(lN) は、正確に l x N個のモデル化されたメチル化部位がメチル化される、ゲノム・サブ領域内の全てのメチル化状態のセットであり、及び
・N はゲノム・サブ領域内のモデル化されたメチル化部位の数である、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ゲノムの特徴と重なる前記同時確率分布又はデリバティブ・サマリー（derivative summaries）を解析することによって、前記ゲノムの特徴にアノテーションを付けることを更に含む、任意選択的にここで、前記ゲノムの特徴が、遺伝子、遺伝子プロモーター、イントロン、エクソン、転写開始部位（transcription start sites（TSSs））、CpG アイランド（CpG islands（CGIs））、CGI アイランド・ショア（CGI island shores）、CGI シェルフ（CGI shelves）、メチル化可変領域（differentially methylated regions（DMRs））、エントロピー・ブロック（entropy blocks（EBs））、トポロジカル関連ドメイン（topologically associating domains（TADs））、低メチル化ブロック、ラミン関連ドメイン（lamin-associated domains（LADs））、ラージ・オーガナイズド・クロマチンK9‐修飾（large organized chromatin K9-modifications（LOCKs））、インプリンティング制御領域（imprinting control regions（ICRs））、及び転写因子結合部位、からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
全ゲノム・バイサルファイトDNA シークエンシング（whole genome bisulfite DNA sequencing）、PCR‐ターゲティッド・バイサルファイトDNA シークエンシング（PCR-targeted bisulfite DNA sequencing）、キャプチャー・バイサルファイト・シークエンシング（capture bisulfite sequencing）、ナノポアに基づくシークエンシング（nanopore-based sequencing）、単一分子リアルタイム・シークエンシング（single molecule real-time sequencing）、バイサルファイト・パイロシークエンシング（bisulfite pyrosequencing）、GemCode シークエンシング（GemCode sequencing）、454 シークエンシング（454 sequencing）、インサーション・タグド・シークエンシング（insertion tagged sequencing）、又はその他の関連する方法からなる群から選択される 1 つ以上の技術からメチル化データを取得することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
コンピュータ・プログラムで符号化され、前記プログラムが、1 つ以上プロセッサによって実行されると、請求項１‐１４に係る方法を実行する動作を 1 つ以上のプロセッサに実行させる命令を含む、非一時的なコンピュータ可読保存媒体。