【手続補正書】
【提出日】令和2年8月24日(2020.8.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、解析のための試料を調製するための方法：
ａ）試料を、界面活性剤とキレート剤とを含む第１の溶解溶液と混合すること、
ｂ）リゾチームを含む第２の溶解溶液を、段階ａ）の混合物に添加すること、及び
ｃ）カオトロピック剤を含む第３の溶解溶液を、段階ｂ）の混合物に添加すること。
【請求項２】
前記第１の溶解溶液が、１つもしくは複数の緩衝剤、１つもしくは複数の穏和な界面活性剤、及び／または１つもしくは複数のプロテアーゼをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第３の溶解溶液が、ＳＤＳなどの界面活性剤をさらに含む、任意で、前記第３の溶解溶液が、約０．１〜１０％ｗ／ｖの使用濃度でＳＤＳを含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤が酢酸リチウムであり、かつ前記混合物が、次に、熱ショック処理に供される、かつ／または、任意で、
前記混合物が、前記第３の溶解溶液での処理の後に、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と同一であってもまたは異なっていてもよい第２のカオトロピック剤と、プロテイナーゼＫとを含む第４の溶解溶液で処理される、任意で、
前記第２のカオトロピック剤が、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と同一である、または、
前記第２のカオトロピック剤が、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と異なる、
請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記試料が、前記第１の溶解溶液での処理の前に、前記試料中に存在する任意の細菌胞子及び／または真菌胞子の発芽を誘導する前処理段階に供される、任意で、
前記前処理段階が、前記試料を、Ｔｗｅｅｎ−８０などの穏和な界面活性剤と混合することを含む、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
（ｉ）物理的溶解を生じさせる機械的処理段階をさらに含む方法であって、該機械的処理段階が、超音波処理、ビーズによる混合、ビーズミルによるホモジナイゼーション、加圧、及び顕微溶液化などを含む、かつ／または、任意で、
（ｉｉ）そこから抽出された任意の遺伝物質をメタゲノム解析に供することをさらに含む、かつ／または、任意で、
前記試料が、市販のプロバイオティクスまたは栄養補助食品のものである、または
前記試料が、対象の腸から得られる、
前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
以下を含む、対象のプロバイオティクス治療をモニターする方法：
対象から得られた第１の試料中に存在する任意の微生物から遺伝物質を抽出することであって、該遺伝物質が、請求項１〜６（ｉ）のいずれか１項に従って抽出される、前記抽出すること、
前記第１の試料から抽出された前記遺伝物質をメタゲノム解析に供すること、
前記対象をプロバイオティクスで治療すること、及びその後、前記第１の試料からの遺伝物質の前記抽出と同一の様式で、前記対象から得られた第２の試料中に存在する任意の微生物から遺伝物質を抽出すること、
前記第２の試料から抽出された前記遺伝物質に対してメタゲノム解析を実施すること、ならびに
前記第１の試料の前記メタゲノム解析の結果と、前記第２の試料の前記メタゲノム解析の結果とを比較すること。
【請求項８】
前記対象において所望の微生物集団を得るために前記プロバイオティクス治療を修正することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
適切なプロバイオティクス治療を決定するためにメタボロームマーカーを解析することをさらに含む、かつ／または、任意で、
抗生物質、化学療法、薬剤、環境変化、旅行、汚染物消化、腸（ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ）もしくは腸（ｇｕｔ）の梗塞、ストレス、または他の、微生物集団の崩壊を起こし得る作用がもたらされた後に、プロバイオティクス治療が行われる、
請求項７〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
マイクロバイオームの調節によって、個体が健康であると認められたときの以前の微生物集団を該個体が取り戻すようになる、または、
プロバイオティクス及び／またはプレバイオティクスによるマイクロバイオームの調節によって、データベースで内部的にかまたは公的なデータベースで外部的にかのいずれかで定義される正常な腸へとマイクロバイオームプロファイルが回復するようになる、任意で、
正常が、糞便物質移植において使用されるが、ディスバイオシスを回復させるためのプロバイオティクス／プレバイオティクスとして使用される糞便物質リポジトリ試料のマイクロバイオームプロファイルと類似であるとして定義される、
請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
メタゲノム解析が、
（ｉ）生物のゲノムデータを有し、そのような生物の同定に有用なデータベース
の使用を含む、任意で、
前記データベースが、全ゲノムとして処理され得るか、高次元のものに共通しかつ特定のものに特有のさまざまな長さのｋ  ｍｅｒとして処理され得るか、またはゲノムをシークエンシング結果と一致させるためにゲノムのバーコーディングを行う他の手段として処理され得る、または、
メタゲノム解析が、前記データベースへとシークエンシング情報をアライメントすることを含み、
該アライメントは、
該シークエンシング情報を、特定の長さのｋ  ｍｅｒへと断片化し、完全な断片として使用し、スキャフォールドにし、かつ大きな参照ゲノムへとアライメントし得るソフトウェアもしくはシステム
を使用することによって実施されるか、または
同定された生物、同定された生物の相対存在量、ゲノムサイズ、アライメントされた総断片、または株、種、属、科、目、綱、門、界、もしくはドメインにおいてアライメントされた特有の断片に関する報告を作製するための他の方法
を使用することによって実施される、または、
（ｉｉ）メタゲノム解析が、シークエンシング情報の前処理を含み、該前処理が、重複を除去すること、アダプターシークエンシングを除去すること、ベースコールのクオリティを改善するために５’シークエンシングまたは３’シークエンシングを除去すること、特定のクオリティ（すなわち、Ｑ２０以上）のベースコールのみを含めること、ヒトのリードをフィルタリングすること、ペアリードを作製するまたはそれらを分離すること、及びリードのオーバーラップを制限することから選択される、
請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
マイクロバイオームプロファイルによって、疾患、障害、またはディスバイオシスを示す特定のシグネチャーを同定することが可能になり、ここで、プロバイオティクス及び／または栄養補助食品による治療は、根底にあるプロファイルを改善すべくマイクロバイオームを調節するために適用され得る、任意で、
人口統計情報、表現型情報、または診断情報に基づいて群が作製され、かつプロファイルの該群にバーコードが割り当てられる、任意で、
個体のマイクロバイオームプロファイルがデータベースにおける既知の群とどのくらい密接に関連するかを決定するために、統計解析が使用される、任意で、
（ｉ）統計解析が、主成分分析及び／または多因子分析を含む、または、
（ｉｉ）人口統計、表現型、診断、疾患、障害、またはプロファイルとの関連付けに使用するために、前記群にバーコードが割り当てられる、
請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
追加の化学的検査または遺伝子検査を伴うかまたは伴わずに、腸において検出されたプロバイオティクス生物からプロバイオティクススコアを計算することを含む方法であって、任意で、前記スコアが、個体のマイクロバイオームプロファイル内で評価されるカテゴリーの加重平均を示す、前記方法。
【請求項１４】
マイクロバイオームに対するスコアを計算することを含む方法であって、該スコアは、該マイクロバイオームがディスバイオシス、中立的、または安定的であるかを評価するために使用される、任意で、
前記スコアが、ウイルス、細菌、真菌、古細菌、原生動物、アメーバ、または蠕虫の潜在的に病原性の種の検出に基づいて計算される、
前記方法。
【請求項１５】
メモリと、該メモリに結合された１つまたは複数のプロセッサとを含むコンピュータシステムであって、該１つまたは複数のプロセッサが、請求項７〜１４のいずれか１項に記載の方法を実施するための演算を実施するように構成される、前記コンピュータシステム。
【請求項１６】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法を実施するための、自動化プラットフォーム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
前述の一般的な説明と下記の詳細な説明とは両方共、例示及び説明にすぎず、請求される本発明の追加説明を提供することを意図する。添付の図面はいずれも、本発明の理解促進のために含められており、こうした図面は、本明細書に組み込まれ、その一部を構成し、本発明のいくつかの実施形態を示すと共に、説明と併せて本発明の原理説明に役立つものである。
[本発明1001]
以下を含む、解析のための試料を調製するための方法：
ａ）試料を、界面活性剤とキレート剤とを含む第１の溶解溶液と混合すること、
ｂ）リゾチームを含む第２の溶解溶液を、段階ａ）の混合物に添加すること、及び
ｃ）カオトロピック剤を含む第３の溶解溶液を、段階ｂ）の混合物に添加すること。
[本発明1002]
前記第１の溶解溶液が、１つもしくは複数の緩衝剤、１つもしくは複数の穏和な界面活性剤、及び／または１つもしくは複数のプロテアーゼをさらに含む、[本発明1001]の方法。
[本発明1003]
前記第３の溶解溶液が、ＳＤＳなどの界面活性剤をさらに含む、[本発明1001]または[本発明1002]の方法。
[本発明1004]
前記第３の溶解溶液が、約０．１〜１０％ｗ／ｖの使用濃度でＳＤＳを含む、[本発明1003]の方法。
[本発明1005]
前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤が酢酸リチウムであり、かつ前記混合物が、次に、熱ショック処理に供される、[本発明1001]〜[本発明1004]のいずれかの方法。
[本発明1006]
前記混合物が、前記第３の溶解溶液での処理の後に、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と同一であってもまたは異なっていてもよい第２のカオトロピック剤と、プロテイナーゼＫとを含む第４の溶解溶液で処理される、[本発明1001]〜[本発明1005]のいずれかの方法。
[本発明1007]
前記第２のカオトロピック剤が、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と同一である、[本発明1006]の方法。
[本発明1008]
前記第２のカオトロピック剤が、前記第３の溶解溶液の前記カオトロピック剤と異なる、[本発明1006]の方法。
[本発明1009]
前記試料が、前記第１の溶解溶液での処理の前に、前記試料中に存在する任意の細菌胞子及び／または真菌胞子の発芽を誘導する前処理段階に供される、[本発明1001]〜[本発明1008]のいずれかの方法。
[本発明1010]
前記前処理段階が、前記試料を、Ｔｗｅｅｎ−８０などの穏和な界面活性剤と混合することを含む、[本発明1009]の方法。
[本発明1011]
物理的溶解を生じさせる機械的処理段階をさらに含む方法であって、該機械的処理段階が、超音波処理、ビーズによる混合、ビーズミルによるホモジナイゼーション、加圧、及び顕微溶液化などを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1012]
そこから抽出された任意の遺伝物質をメタゲノム解析に供することをさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記試料が、市販のプロバイオティクスまたは栄養補助食品のものである、[本発明1001]〜[本発明1012]のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記試料が、対象の腸から得られる、[本発明1001]〜[本発明1012]のいずれかの方法。
[本発明1015]
以下を含む、対象のプロバイオティクス治療をモニターする方法：
対象から得られた第１の試料中に存在する任意の微生物から遺伝物質を抽出することであって、該遺伝物質が、[本発明1001]〜[本発明1011]のいずれかに従って抽出される、前記抽出すること、
前記第１の試料から抽出された前記遺伝物質をメタゲノム解析に供すること、
前記対象をプロバイオティクスで治療すること、及びその後、前記第１の試料からの遺伝物質の前記抽出と同一の様式で、前記対象から得られた第２の試料中に存在する任意の微生物から遺伝物質を抽出すること、
前記第２の試料から抽出された前記遺伝物質に対してメタゲノム解析を実施すること、ならびに
前記第１の試料の前記メタゲノム解析の結果と、前記第２の試料の前記メタゲノム解析の結果とを比較すること。
[本発明1016]
前記対象において所望の微生物集団を得るために前記プロバイオティクス治療を修正することをさらに含む、[本発明1015]の方法。
[本発明1017]
適切なプロバイオティクス治療を決定するためにメタボロームマーカーを解析することをさらに含む、[本発明1015]〜[本発明1016]のいずれかの方法。
[本発明1018]
抗生物質、化学療法、薬剤、環境変化、旅行、汚染物消化、腸（ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ）もしくは腸（ｇｕｔ）の梗塞、ストレス、または他の、微生物集団の崩壊を起こし得る作用がもたらされた後に、プロバイオティクス治療が行われる、[本発明1015]〜[本発明1017]のいずれかの方法。
[本発明1019]
マイクロバイオームの調節によって、個体が健康であると認められたときの以前の微生物集団を該個体が取り戻すようになる、[本発明1016]の方法。
[本発明1020]
プロバイオティクス及び／またはプレバイオティクスによるマイクロバイオームの調節によって、データベースで内部的にかまたは公的なデータベースで外部的にかのいずれかで定義される正常な腸へとマイクロバイオームプロファイルが回復するようになる、[本発明1016]の方法。
[本発明1021]
正常が、
糞便物質移植において使用されるが、ディスバイオシスを回復させるためのプロバイオティクス／プレバイオティクスとして使用される糞便物質リポジトリ試料
のマイクロバイオームプロファイルと類似であるとして定義される、[本発明1020]の方法。
[本発明1022]
メタゲノム解析が、
生物のゲノムデータを有し、そのような生物の同定に有用なデータベース
の使用を含む、[本発明1015]の方法。
[本発明1023]
前記データベースが、全ゲノムとして処理され得るか、高次元のものに共通しかつ特定のものに特有のさまざまな長さのｋ  ｍｅｒとして処理され得るか、またはゲノムをシークエンシング結果と一致させるためにゲノムのバーコーディングを行う他の手段として処理され得る、[本発明1022]の方法。
[本発明1024]
メタゲノム解析が、シークエンシング情報の前処理を含み、該前処理が、重複を除去すること、アダプターシークエンシングを除去すること、ベースコールのクオリティを改善するために５’シークエンシングまたは３’シークエンシングを除去すること、特定のクオリティ（すなわち、Ｑ２０以上）のベースコールのみを含めること、ヒトのリードをフィルタリングすること、ペアリードを作製するまたはそれらを分離すること、及びリードのオーバーラップを制限することから選択される、[本発明1015]の方法。
[本発明1025]
メタゲノム解析が、前記データベースへとシークエンシング情報をアライメントすることを含み、
該アライメントは、
該シークエンシング情報を、特定の長さのｋ  ｍｅｒへと断片化し、完全な断片として使用し、スキャフォールドにし、かつ大きな参照ゲノムへとアライメントし得るソフトウェアもしくはシステム
を使用することによって実施されるか、または
同定された生物、同定された生物の相対存在量、ゲノムサイズ、アライメントされた総断片、または株、種、属、科、目、綱、門、界、もしくはドメインにおいてアライメントされた特有の断片に関する報告を作製するための他の方法
を使用することによって実施される、
[本発明1022]の方法。
[本発明1026]
マイクロバイオームプロファイルによって、疾患、障害、またはディスバイオシスを示す特定のシグネチャーを同定することが可能になり、ここで、プロバイオティクス及び／または栄養補助食品による治療は、根底にあるプロファイルを改善すべくマイクロバイオームを調節するために適用され得る、[本発明1015]の方法。
[本発明1027]
人口統計情報、表現型情報、または診断情報に基づいて群が作製され、かつプロファイルの該群にバーコードが割り当てられる、[本発明1026]の方法。
[本発明1028]
個体のマイクロバイオームプロファイルがデータベースにおける既知の群とどのくらい密接に関連するかを決定するために、統計解析が使用される、[本発明1027]の方法。
[本発明1029]
統計解析が、主成分分析及び／または多因子分析を含む、[本発明1028]の方法。
[本発明1030]
人口統計、表現型、診断、疾患、障害、またはプロファイルとの関連付けに使用するために、前記群にバーコードが割り当てられる、[本発明1028]の方法。
[本発明1031]
追加の化学的検査または遺伝子検査を伴うかまたは伴わずに、腸において検出されたプロバイオティクス生物からプロバイオティクススコアを計算することを含む方法。
[本発明1032]
前記スコアが、個体のマイクロバイオームプロファイル内で評価されるカテゴリーの加重平均を示す、[本発明1031]の方法。
[本発明1033]
マイクロバイオームに対するスコアを計算することを含む方法であって、該スコアは、該マイクロバイオームがディスバイオシス、中立的、または安定的であるかを評価するために使用される、前記方法。
[本発明1034]
前記スコアが、ウイルス、細菌、真菌、古細菌、原生動物、アメーバ、または蠕虫の潜在的に病原性の種の検出に基づいて計算される、[本発明1033]の方法。
[本発明1035]
メモリと、該メモリに結合された１つまたは複数のプロセッサとを含むコンピュータシステムであって、該１つまたは複数のプロセッサが、[本発明1015]〜[本発明1034]のいずれかの方法を実施するための演算を実施するように構成される、前記コンピュータシステム。
[本発明1036]
[本発明1001]〜[本発明1014]のいずれかの方法を実施するための、自動化プラットフォーム。