【手続補正書】
【提出日】令和2年4月8日(2020.4.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
内分泌療法に対する感受性の指数（ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数）を、乳がんを患う対象の腫瘍内分泌感受性を決定するための指標とする方法であって、
該内分泌療法に対する感受性の指数（ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数）は、一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルに基づいて計算され、
該一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルは、試料から決定されることを特徴とする、方法。
【請求項２】
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子は、一組の解析的に信頼性のあるＥＲおよびＰＲ関連遺伝子としてさらに定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数の計算が、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の前記発現を、一組の参照遺伝子に対して正規化することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
計算が、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の平均発現と、前記一組の参照遺伝子の平均発現との間の差としてさらに定義される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
より高いＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して、より感受性が高いと識別する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
最適化定数の加算をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記最適化定数が２の値を有する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
０超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
０．５超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
１超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１０種を含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳ
Ｒ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７種を含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも５種を含む、請求項３から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも６、７、８、または９種を含む、請求項３から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる、請求項３から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記乳がんが転移性乳がんである、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記乳がんが、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、またはステージＩＶの乳がんである、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記乳がんがホルモン受容体陽性である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ホルモン受容体がＥＲおよび／またはＰＲである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記乳がんが、ＨＥＲ２の本質的に正常な発現を有する、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記内分泌療法がタモキシフェン療法またはアロマターゼ阻害薬療法である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記タモキシフェン療法が、タモキシフェン、トレミフェン、またはフルベストラントを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記アロマターゼ阻害薬療法が、レトロゾール、アナストロゾール、またはエキセメスタンを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記試料が、血液、唾液、尿、または組織生検である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記試料が血液である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記組織生検がホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）としてさらに定義される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記組織生検が腫瘍生検としてさらに定義される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記腫瘍生検が瞬間冷凍またはＲＮＡ安定化剤によって保存される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルの決定が、前記患者試料からＲＮＡを単離することを含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記発現レベルの決定が、逆転写定量的リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、マイクロアレイ解析、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ（登録商標）アッセイ、またはＲＮＡシーケンシングを行うことを含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記対象が過去に抗がん療法を施行されたことがある、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記抗がん療法が、化学療法および／または内分泌療法である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記対象が前記化学療法および／または内分泌療法に対して感受性を呈した、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記化学療法がタキサン−および／またはアントラサイクリン化学療法である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記抗がん療法が少なくとも５年間にわたり施行された、請求項３２に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数の計算が、ＥＳＲ１遺伝子の変異を含む転写物の割合を検出することをさらに含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記割合が、野生型ＥＳＲ１の発現と比べた変異ＥＳＲ１の発現として計算される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ＥＳＲ１遺伝子の前記変異が、Ｓ４６３Ｐ、Ｖ５３４Ｅ、Ｐ５３５Ｈ、Ｌ５３６Ｑ、Ｌ５３６Ｒ、Ｙ５３７Ｃ、Ｙ５３７Ｓ、Ｙ５３７Ｎ、またはＤ５３８Ｇである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記対象がヒトである、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
内分泌療法に対して感受性であることがＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて識別された対象において乳がんを処置するための有効量の内分泌療法を含む組成物。
【請求項４２】
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、前記対象に由来する試料中の一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルを決定すること、ならびに前記ＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の発現に基づいて前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数を計算することによって決定される、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記対象が、請求項１から４０のいずれか一項に記載の方法に従い、内分泌療法に対して感受性であることが前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて決定されている、請求項４１に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
続く図面は本明細書の一部を形成し、本発明のある特定の態様をさらに明示するために含まれている。本発明は、これらの図面のうちの１つまたは複数を本明細書において提示される特定の実施形態の詳細な記述と組み合わせて参照することによって、より深く理解することができる。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
患者において乳がんを処置する方法であって、
（ａ）患者試料中の一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルを決定するステップと、
（ｂ）前記ＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の発現に基づいて、内分泌療法に対する感受性の指数（ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数）を計算するステップと、
（ｃ）内分泌療法に対して感受性であることが前記（ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数）に基づいて識別された前記患者に有効量の内分泌療法を施行するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数を計算するステップが、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の前記発現を、一組の参照遺伝子に対して正規化することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
計算するステップが、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の平均発現と、前記一組の参照遺伝子の平均発現との間の差としてさらに定義される、項目２に記載の方法。
（項目４）
最適化定数の加算をさらに含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記最適化定数が２の値を有する、項目４に記載の方法。
（項目６）
０超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、患者を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５に記載の方法。
（項目７）
０．５超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、患者を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５に記載の方法。
（項目８）
１超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、患者を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５に記載の方法。
（項目９）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１０種を含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７種を含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選
択される遺伝子のうちの少なくとも５種を含む、項目２から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも６、７、８、または９種を含む、項目２から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる、項目２から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記乳がんが転移性乳がんである、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記乳がんが、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、またはステージＩＶの乳がんである、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記乳がんがホルモン受容体陽性である、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記ホルモン受容体がＥＲおよび／またはＰＲである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記乳がんがＨＥＲ２陰性である、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記内分泌療法が、エストロゲン受容体の阻害もしくは分解、エストロゲンのがん細胞への制限、またはエストロゲンの卵巣放出の抑制を含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記内分泌療法が、選択的エストロゲン受容体調節因子（ＳＥＲＭ）、アロマターゼ阻害薬、または選択的エストロゲン受容体分解因子（ＳＥＲＤ）を含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記内分泌療法が、タモキシフェン、トレミフェン、レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン、またはフルベストラントを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記患者試料が、血液、唾液、尿、または組織生検である、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記患者試料が血液である、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記組織生検がホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）としてさらに定義される、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記組織生検が腫瘍生検としてさらに定義される、項目２３に記載の方法。
（項目２７）
前記腫瘍生検が瞬間冷凍またはＲＮＡ安定化剤によって保存される、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
ステップ（ａ）が、前記患者試料からＲＮＡを単離することを含む、項目１から８の
いずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
単離することが、前記試料を溶解緩衝液で消化することを含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記発現レベルを決定するステップが、逆転写定量的リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、マイクロアレイ解析、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ（登録商標）ｎＣｏｕｎｔｅｒアッセイ、ピコドロップレットターゲティングおよび逆転写、またはＲＮＡシーケンシングを行うことを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記患者が過去に抗がん療法を施行されたことがある、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記抗がん療法が、化学療法、内分泌療法、および／または生物学的療法である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記患者が前記化学療法および／または内分泌療法に対して感受性を呈した、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記化学療法がタキサン−アントラサイクリン化学療法である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記抗がん療法が少なくとも５年間にわたり施行された、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
ステップ（ｂ）が、ＥＳＲ１遺伝子の変異を含む転写物の割合を検出するステップをさらに含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記割合が、野生型ＥＳＲ１の発現と比べた変異ＥＳＲ１の発現として計算される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記ＥＳＲ１遺伝子の前記変異が、Ｓ４６３Ｐ、Ｖ５３４Ｅ、Ｐ５３５Ｈ、Ｌ５３６Ｑ、Ｌ５３６Ｒ、Ｙ５３７Ｃ、Ｙ５３７Ｓ、Ｙ５３７Ｎ、またはＤ５３８Ｇである、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
少なくとも第２の抗がん療法を施行するステップをさらに含む。項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記抗がん療法が、化学療法、免疫療法、手術、照射療法、または生物学的療法である、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記抗がん療法が第２の内分泌療法である、項目３９に記載の方法。
（項目４２）
前記抗がん療法が細胞周期阻害薬である、項目３９に記載の方法。
（項目４３）
細胞阻害薬がパルボシクリブである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記抗がん療法がｍＴＯＲ／ＰＩ３Ｋ経路阻害薬である、項目３９に記載の方法。
（項目４５）
前記ｍＴＯＲ／ＰＩ３Ｋ経路阻害薬がエベロリムスである、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記第２の抗がん療法が前記内分泌療法の有効性を上昇させる、項目３９から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記内分泌療法および／または少なくとも第２の抗がん療法が、経口的に、静脈内に、腹腔内に、気管内に、腫瘍内に、筋肉内に、内視鏡的に、病巣内に、経皮的に、皮下に、局所的に、局部的に、または直接注射もしくは灌流によって施行される、項目３９から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記内分泌療法および／または少なくとも第２の抗がん療法が同時に施行される、項目３９から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記内分泌療法が、前記少なくとも第２の抗がん療法の前に施行される、項目３９から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記患者がヒトである、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
乳がんを患う対象の腫瘍内分泌感受性を決定する方法であって、
（ａ）試料中の一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルを決定するステップと、
（ｂ）前記ＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の発現に基づいて、内分泌療法に対する感受性の指数（ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数）を計算するステップと
を含む、方法。
（項目５２）
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数を計算するステップが、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の前記発現を、一組の参照遺伝子に対して正規化することを含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
計算するステップが、前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の平均発現と、前記一組の参照遺伝子の平均発現との間の差としてさらに定義される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
最適化定数の加算をさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記最適化定数が２の値を有する、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
０超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
０．５超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５５に記載の方法。
（項目５８）
１超のＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、対象を内分泌療法に対して感受性であると識別する、項目５５に記載の方法。
（項目５９）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１０種を含む、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳ
Ｒ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７種を含む、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記一組のＥＲおよびＰＲ関連遺伝子が、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＴＣ２、ＣＡ１２、ＥＳＲ１、ＰＤＺＫ１、ＮＰＹ１Ｒ、ＣＤ２、ＭＡＰＴ、ＱＤＰＲ、ＡＺＧＰ１、ＡＢＡＴ、ＡＤＣＹ１、ＣＤ３Ｄ、ＮＡＴ１、ＭＲＰＳ３０、ＤＮＡＪＣ１２、ＳＣＵＢＥ２、およびＫＣＮＥ４からなる、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも５種を含む、項目５２から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも６、７、８、または９種を含む、項目５２から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記一組の参照遺伝子が、ＬＤＨＡ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＶＤＡＣ２、ＤＡＲＳ、ＵＣＰ２、ＵＢＥ２Ｚ、ＡＫ２、ＷＩＰＦ２、ＡＰＰＢＰ２、およびＴＲＩＭ２からなる、項目５２から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記乳がんが転移性乳がんである、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記乳がんが、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、またはステージＩＶの乳がんである、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記乳がんがホルモン受容体陽性である、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記ホルモン受容体がＥＲおよび／またはＰＲである、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記乳がんが、ＨＥＲ２の本質的に正常な発現を有する、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記内分泌療法がタモキシフェン療法またはアロマターゼ阻害薬療法である、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記タモキシフェン療法が、タモキシフェン、トレミフェン、またはフルベストラントを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記アロマターゼ阻害薬療法が、レトロゾール、アナストロゾール、またはエキセメスタンを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記試料が、血液、唾液、尿、または組織生検である、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記試料が血液である、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記組織生検がホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）としてさらに定義される、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
前記組織生検が腫瘍生検としてさらに定義される、項目７３に記載の方法。
（項目７７）
前記腫瘍生検が瞬間冷凍またはＲＮＡ安定化剤によって保存される、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
ステップ（ａ）が、前記患者試料からＲＮＡを単離することを含む、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記発現レベルを決定するステップが、逆転写定量的リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、マイクロアレイ解析、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ（登録商標）アッセイ、またはＲＮＡシーケンシングを行うことを含む、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記対象が過去に抗がん療法を施行されたことがある、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記抗がん療法が、化学療法および／または内分泌療法である、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記対象が前記化学療法および／または内分泌療法に対して感受性を呈した、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記化学療法がタキサン−および／またはアントラサイクリン化学療法である、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記抗がん療法が少なくとも５年間にわたり施行された、項目８０に記載の方法。
（項目８５）
ステップ（ｂ）が、ＥＳＲ１遺伝子の変異を含む転写物の割合を検出するステップをさらに含む、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
前記割合が、野生型ＥＳＲ１の発現と比べた変異ＥＳＲ１の発現として計算される、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記ＥＳＲ１遺伝子の前記変異が、Ｓ４６３Ｐ、Ｖ５３４Ｅ、Ｐ５３５Ｈ、Ｌ５３６Ｑ、Ｌ５３６Ｒ、Ｙ５３７Ｃ、Ｙ５３７Ｓ、Ｙ５３７Ｎ、またはＤ５３８Ｇである、項目８５に記載の方法。
（項目８８）
前記対象がヒトである、項目５１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８９）
対象において乳がんを処置する方法であって、有効量の内分泌療法を前記対象に施行するステップを含み、前記対象が内分泌療法に対して感受性であることがＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて決定されている、方法。
（項目９０）
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、前記対象に由来する試料中の一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルを決定すること、ならびに前記ＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の発現に基づいて前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数を計
算することによって決定される、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記対象が、項目５１から８８のいずれか一項に記載の方法に従い、内分泌療法に対して感受性であることが前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて決定されている、項目８９に記載の方法。
（項目９２）
内分泌療法に対して感受性であることがＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて識別された対象において乳がんを処置するための有効量の内分泌療法を含む組成物。
（項目９３）
前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数が、前記対象に由来する試料中の一組のエストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰＲ）関連遺伝子の発現レベルを決定すること、ならびに前記ＥＲおよびＰＲ関連遺伝子の発現に基づいて前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数を計算することによって決定される、項目９２に記載の組成物。
（項目９４）
前記対象が、項目５１から８８のいずれか一項に記載の方法に従い、内分泌療法に対して感受性であることが前記ＳＥＴＥＲ／ＰＲ指数に基づいて決定されている、項目９２に記載の組成物。