【手続補正書】
【提出日】令和1年12月20日(2019.12.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者から採取された試料中の標的生体分子が、グリコシル化の存在が干渉されるせいで診断アッセイにおいて検出下であるかどうかを決定する方法であって、前記方法が、
（ａ）前記試料を前記標的に特異的に結合する不動化された捕捉抗体に接触させる工程と；
（ｂ）前記不動化された捕捉抗体に結合された前記標的を、前記標的と特異的に結合する検出抗体に接触させる工程と；
（ｃ）前記不動化された捕捉抗体に結合された前記標的を、グリカン結合剤に接触させる工程と；
（ｄ）（ｂ）において前記検出抗体を介して結合された前記標的のレベルを測定する工程と；
（ｅ）（ｃ）において前記グリカン結合剤を介して結合された前記標的のレベルを測定する工程と；を含み、
前記標的がたんぱく質または炭水化物であり、並びに前記（ｂ）及び（ｃ）から得られた結果をコントロールと比較することによって、グリコシル化の存在が干渉されているせいで標的が検出下であるかどうかを決定する、方法。
【請求項２】
前記標的がたんぱく質である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（ｂ）および（ｃ）が同時に遂行される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｂ）および（ｃ）が、アッセイ基質における単一の離散試験領域に対して遂行されるか、あるいは物理的に分離された反応領域に対して遂行される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
（ｂ）において前記標的と特異的に結合する前記抗体、および（ｃ）における前記グリカン結合剤のうちの１つ以上が、同じレポーター分子を使用して検出され、且つ前記反応（ｂ）および（ｃ）が物理的に分離された反応部位にて遂行される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
（ｆ）前記試料を前記基質上に不動化された捕捉たんぱく質に接触させる工程と；
（ｇ）前記捕捉たんぱく質に結合する前記試料中の抗体（自己抗体）のレベルを測定する工程と；を更に含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
工程（ａ）および（ｆ）が同時に遂行され、または工程（ｂ）、（ｃ）および（ｇ）が単一のプロセスにて遂行される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｆ）および（ｇ）が、工程（ｂ）および（ｃ）の反応部位と比較して物理的に分離された反応部位に対して遂行される、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
（ｈ）前記試料を前記基質上に不動化された１つ以上の捕捉グリカンに接触させる工程と；
（ｉ）前記捕捉グリカンに結合する前記試料中の抗体（自己抗体）のレベルを測定する工程と；を更に含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ａ）および（ｈ）ならびに任意選択的に（ｆ）もまた同時に遂行され、または
工程（ｂ）、（ｃ）および（ｉ）ならびに任意選択的に（ｇ）もまた同時に遂行される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｈ）および（ｉ）が工程（ｂ）の反応部位と比較して物理的に分離された反応部位に対して遂行される、請求項９又は１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記捕捉抗体および検出抗体のいずれか一方または両方が、前記標的上の非グリコシル部位に対して特異的である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記測定された標的が、モノアミンオキシダーゼＢ（ＭＡＯ−Ｂ）、トロポミオシン、凝固第ＸＩＩＩ因子、アポリポたんぱく質Ｅ（ＡＰＯＥ）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼオメガ１（ＧＳＴＯ−１）、Ｐ−セレクチン、Ｌ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、単球走化性たんぱく質１（ＭＣＰ−１）、インターロイキン−１α（ＩＬ−１α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、インターフェロン−α（ＩＦＮ−α）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、内皮増殖因子（ＥＧＦ）、アファミン、α１−抗キモトリプシン、α２−マクログロブリン、アポリポたんぱく質Ｂ１００（ＡＰＯＢ１００）、補体Ｃ３、補体Ｃ５、ＴＡＮＫ結合キナーゼ１（ＴＢＫ−１）、ビタミンＤ結合たんぱく質、α１−Ｂ糖たんぱく質、ヘモペキシン、血清アルブミン、セルロプラスミン、α２抗プラスミン、アポリポたんぱく質Ａ１、補因子Ｈ、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）、免疫グロブリンＧ Ｆｃ結合たんぱく質、ホルネリン、フィブリノゲン、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、インターロイキン−２（ＩＬ−２）、トロンボモジュリン（ＴＭ）、Ｄダイマー、マトリックスメタロペプチダーゼ９（ＭＭＰ９）、ＭＭＰ９／ＮＧＡＬ複合体、Ｆａｓリガンド、Ｃ反応性たんぱく質（ＣＲＰ）、核マトリックスたんぱく質２２（ＮＭＰ２２）、膀胱腫瘍抗原（ＢＴＡ）、サイトケラチン１８（ＣＫ−１８）、インターロイキン−１（ＩＬ−１）、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、可溶性腫瘍壊死因子受容体１（ｓＴＮＦｒ１）、可溶性腫瘍壊死因子受容体２（ｓＴＮＦｒ２）、遊離型の前立腺特異抗原（ＦＰＳＡ）、全前立腺特異抗原（ＴＰＳＡ）、ヒアルロニダーゼ（ＨＡ）、インターロイキン−１０（ＩＬ−１０）、ヴォン・ヴィレブランド因子（ｖＷＦ）、第ＶＩＩ因子、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ−１）、脂肪酸結合たんぱく質１（ＦＡＢＰ１）、脂肪酸結合たんぱく質２（ＦＡＢＰ２）、脂肪酸結合たんぱく質３（ＦＡＢＰ３）、脂肪酸結合たんぱく質４（ＦＡＢＰ４）、脂肪酸結合たん
ぱく質５（ＦＡＢＰ５）、脂肪酸結合たんぱく質６（ＦＡＢＰ６）、脂肪酸結合たんぱく質７（ＦＡＢＰ７）、脂肪酸結合たんぱく質８（ＦＡＢＰ８）、脂肪酸結合たんぱく質９（ＦＡＢＰ９）、グリア線維性酸性たんぱく質（ＧＦＡＰ）、Ｓ１００カルシウム結合たんぱく質Ａ１０（Ｓ１００Ａ１０）、Ｓ１００カルシウム結合たんぱく質Ａ１１（Ｓ１００Ａ１１）、インターロイキン−１８（ＩＬ−１８）、インターロイキン−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ１−ｒａ）、α−グルタミルトランスペプチダーゼ（α−ＧＴ）、アスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）、シスタチンＣ（ＣｙｓＣ）、Ｃ３ａＤｅｓＡｒｇ、トロポニンＴ（ＴｎＴ）、トロポニンＩ（ＴｎＩ）、マクロファージ炎症たんぱく質１α（ＭＩＰ−１α）、アディポネクチン、分化抗原群２６（ＣＤ２６）、ＧＭＣＳＦ、インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）、インターロイキン−５（ＩＬ−５）、可溶性インターロイキン２α（ｓＩＬ−２α）、可溶性インターロイキン６受容体（ｓＩＬ−６ｒ）、ピルビン酸キナーゼアイソザイム型Ｍ２（Ｍ２−ＰＫ）、分泌性白血球プロテイナーゼ阻害剤（ＳＬＰＩ）、炭水化物抗原１２５（ＣＡ−１２５）、炭水化物抗原１９−９（ＣＡ−１９−９）、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、分化抗原群１５（ＣＤ１５）、分化抗原群２０（ＣＤ２０）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、分化抗原群４５（ＣＤ４５）、ヒト上皮増殖因子受容体２（ＨＥＲ−２）、脳性ナトリウム利尿ペプチド（Ｐｒｏ−ＢＮＰ）、グリコーゲンホスホリラーゼＢＢ（ＧＰＢＢ）、ミオグロビン、アスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）、乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）、クレアチンキナーゼ（ＣＫ）からなる群から選択される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
標的生体分子がＣＥＡ、ＣＡ１９−９およびＡ１ＡＧからなるリストから選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ＣＥＡ、ＣＡ１９−９およびＡ１ＡＧ測定値が任意の組み合わせで利用される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ＣＥＡ、ＣＡ１９−９およびＡ１ＡＧグリコシル化測定値が任意の組み合わせで利用される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記グリコシル化がフコシル化である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ＣＡ１９−９をＣＡ１９−９に特異的に結合する抗体と接触させ、結果として生じる不動化した精製材料を、グリカン結合剤によるグリコシル化に関して評価する、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ＣＡ１９−９をＣＡ１９−９に特異的に結合する抗体と接触させ、結果として生じる不動化した精製材料を、グリカン結合剤を用いたフコシル化に関して評価する、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
標的生体分子に特異的に結合する捕捉抗体が不動化されているアッセイチップと；その捕捉抗体を介して特異的に結合される生体分子が不動化されている更なるアッセイチップと；を含む基質。
【請求項２１】
患者から採取された試料中のグリカン自己抗体を介して特異的に認識されるグリカンが不動化されるアッセイチップを更に含む、請求項２０に記載の基質。
【請求項２２】
前記患者試料の一部をグリコシル化たんぱく質枯渇工程に供して、総たんぱく質含量に関して分析する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法における請求項２０又は２１に記載の基質の使用。
【請求項２３】
グリコシル化および合計の標的測定値を比較して、特定のグリコシル化の状態を同定する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
異常なグリコシル化が検出されたことによって疾患のリスクまたは疾患の存在が示唆される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記疾患が転移性疾患である、請求項２４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
本発明の態様のいずれかに係る好ましい実施形態において、患者から採取された試料中の標的は、モノアミンオキシダーゼＢ（ＭＡＯ−Ｂ）、トロポミオシン、凝固第ＸＩＩＩ因子、アポリポたんぱく質Ｅ（ＡＰＯＥ）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼオメガ１（ＧＳＴＯ−１）、Ｐ−セレクチン、Ｌ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、単球走化性たんぱく質１（ＭＣＰ−１）、インターロイキン−１α（ＩＬ−１α）、インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、インターフェロン−α（ＩＮＦ−α）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、内皮増殖因子（ＥＧＦ）、アファミン、α１−抗キモトリプシン、α２−マクログロブリン、アポリポたんぱく質Ｂ１００（ＡＰＯＢ１００）、補体Ｃ３、補体Ｃ５、ＴＡＮＫ結合キナーゼ１（ＴＢＫ−１）、ビタミンＤ結合たんぱく質、α１−Ｂ糖たんぱく質、ヘモペキシン、血清アルブミン、セルロプラスミン、α２抗プラスミン、アポリポたんぱく質Ａ１、補因子Ｈ、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）、免疫グロブリンＧのＦｃ結合たんぱく質、ホルネリン、フィブリノゲン、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、インターロイキン−２（ＩＬ−２）、トロンボモジュリン（ＴＭ）、Ｄダイマー、マトリックスメタロペプチダーゼ９（ＭＭＰ９）、ＭＭＰ９／ＮＧＡＬ複合体、Ｆａｓリガンド、Ｃ反応性たんぱく質（ＣＲＰ）、核マトリックスたんぱく質２２（ＮＭＰ２２）、膀胱腫瘍抗原（ＢＴＡ）、サイトケラチン１８（ＣＫ−１８）、インターロイキン−１（ＩＬ−１）、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、可溶性腫瘍壊死因子受容体１（ｓＴＮＦｒ１）、可溶性腫瘍壊死因子受容体２（ｓＴＮＦｒ２）、遊離型の前立腺特異抗原（ＦＰＳＡ）、全前立腺特異抗原（ＴＰＳＡ）、ヒアルロニダーゼ（ＨＡ）、インターロイキン−１０（ＩＬ−１０）、ヴォン・ヴィレブランド因子（ｖＷＦ）、第ＶＩＩ因子、ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ−１）、脂肪酸結合たんぱく質１（ＦＡＢＰ１）、脂肪酸結合たんぱく質２（ＦＡＢＰ２）、脂肪酸結合たんぱく質３（ＦＡＢＰ３）、脂肪酸結合たんぱく質４（ＦＡＢＰ４）、脂肪酸結合たんぱく質５（ＦＡＢＰ５）、脂肪酸結合たんぱく質６（ＦＡＢＰ６）、脂肪酸結合たんぱく質７（ＦＡＢＰ７）、脂肪酸結合たんぱく質８（ＦＡＢＰ８）、脂肪酸結合たんぱく質９（ＦＡＢＰ９）、グリア線維性酸性たんぱく質（ＧＦＡＰ）、Ｓ１００カルシウム結合たんぱく質Ａ１０（Ｓ１００Ａ１０）、Ｓ１００カルシウム結合たんぱく質Ａ１１（Ｓ１００Ａ１１）、インターロイキン−１８（ＩＬ−１８）、インターロイキン−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ１−ｒａ）、α−グルタミルトランスペプチダーゼ（α−ＧＴ）、アスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）、シスタチンＣ（ＣｙｓＣ）、Ｃ３ａＤｅｓＡｒｇ、トロポニンＴ（ＴｎＴ）、トロポニンＩ（ＴｎＩ）、マクロファージ炎症たんぱく質１α（ＭＩＰ−１α）、アディポネクチン、分化抗原群２６（ＣＤ２６）、ＧＭＣＳＦ、インターロイキン−１５（ＩＬ−１５���、インターロイキン−５（ＩＬ−５）、可溶性インターロイキン２α（ｓＩＬ−２α）、可溶性インターロイキン６受容体（ｓＩＬ−６ｒ）、ピルビン
酸キナーゼアイソザイム型Ｍ２（Ｍ２−ＰＫ）、分泌性白血球プロテイナーゼ阻害剤（ＳＬＰＩ）、炭水化物抗原１２５（ＣＡ−１２５）、炭水化物抗原１９−９（ＣＡ−１９−９）、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、分化抗原群１５（ＣＤ１５）、分化抗原群２０（ＣＤ２０）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、分化抗原群４５（ＣＤ４５）、ヒト上皮増殖因子受容体２（ＨＥＲ−２）、脳性ナトリウム利尿ペプチド（Ｐｒｏ−ＢＮＰ）、グリコーゲンホスホリラーゼＢＢ（ＧＰＢＢ）、ミオグロビン、アスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）、乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）、クレアチンキナーゼ（ＣＫ）からなる群から選択される。また、これらのたんぱく質の変種、断片またはドメインは、好適な標的となることが理解されるであろう。