【手続補正書】
【提出日】令和2年5月29日(2020.5.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳類の血液試料を分析する方法であって、
アッセイから得られたシグナルに基づいて、１つ以上の差次的にメチル化された領域の、血液試料のセルフリー混合物中のメチル化または非メチル化ＤＮＡ断片の第１の数を検出することと、ここで、前記セルフリー混合物は、複数の細胞系譜由来のセルフリーＤＮＡを含み、前記１つ以上の差次的にメチル化された領域の各々は、他の細胞系譜と比較して低メチル化または高メチル化されていることによって特定の血球系譜に特異的である、
前記第１の数を用いてメチル化レベルを決定することと、
前記哺乳類における血液学的障害の分類を決定する一環として、前記メチル化レベルを１つ以上のカットオフ値と比較することと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域における前記セルフリー混合物中のＤＮＡ断片の総数を決定することと、
前記第１の数および前記総数を用いて前記メチル化レベルを決定することと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記セルフリー混合物の体積を決定することをさらに含み、前記メチル化レベルが、前記第１の数および前記セルフリー混合物の前記体積を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記セルフリー混合物を得ることが、
血漿または血清を含む前記セルフリー混合物を前記血液試料から分離することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記特定の血球系譜および前記他の細胞系譜を含む複数の細胞系譜の各々について、複数の部位のメチル化指数を得ることと、
前記複数の部位の各部位の、前記複数の細胞系譜の前記メチル化指数を比較することと、
第１のメチル化閾値を下回る／上回る前記特定の血球系譜におけるメチル化指数と、第２のメチル化閾値を上回る／下回る前記他の細胞系譜の各々におけるメチル化指数と、を有する前記複数の部位の１つ以上の部位を特定することと、
前記１つ以上の部位を含有する１つ以上の差次的にメチル化された領域のうちの１つを特定することと、
によって、前記１つ以上の差次的にメチル化された領域のうちの１つを特定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
複数の試料を得ることと、ここで、各試料が前記血液学的障害の特定の分類を有することが既知であり、前記複数の試料が、前記血液学的障害の少なくとも２つの分類を有する、
前記複数の試料の各々について、前記１つ以上の差次的にメチル化された領域の試料メチル化レベルを決定することと、
前記血液学的障害の第１の分類を有する第１の試料セットを特定することと、
前記血液学的障害の第２の分類を有する第２の試料セットを特定することと、ここで、前記第１の試料セットが、前記第２の試料セットよりも統計的に高いメチル化レベルを集約的に有する、
指定された特異性および感度内で前記第１の試料セットと前記第２の試料セットとを区別するカットオフ値を決定することと、
を含む、前記１つ以上のカットオフ値を決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記血液学的障害の前記分類を決定することが、前記血液学的障害の特定のタイプを特定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記哺乳類が前記血液学的障害を有することを前記血液学的障害の分類が示すと決定することに応答して、前記哺乳類を前記血液学的障害について治療することと、
治療後に、前記アッセイを反復して、最新のメチル化レベルを決定することと、
前記最新のメチル化レベルに基づいて、前記治療を行い続けるかどうかを判断することと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記治療を行い続けるかどうかを判断することが、
前記最新のメチル化レベルが、前記メチル化レベルと比べて指定された閾値内へと変化しなかった場合、前記治療を中止すること、治療用量を増加させること、または異なる治療を続行することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記治療を行い続けるかどうかを判断することが、
前記最新のメチル化レベルが、前記メチル化レベルと比べて指定された閾値内へと変化した場合、前記治療を継続することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記メチル化レベルを前記１つ以上のカットオフ値と比較することに基づいて、血液学的障害が存在することを判断することと、
前記血液学的障害が存在することを判断することに応答して骨髄生検を行うことと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記アッセイが、ＰＣＲアッセイまたは配列決定アッセイである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域が、ＣｐＧ部位を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域の第１の領域が、互いの１００ｂｐの範囲内にある複数のＣｐＧ部位を含み、前記複数のＣｐＧ部位がすべて低メチル化または高メチル化されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のＣｐＧ部位が、前記哺乳類に対応する参照ゲノムの１００ｂｐ以下に及ぶ、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記特定の血球系譜が赤血球である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記血液試料のヘモグロビンレベルを測定することと、
前記ヘモグロビンレベルをヘモグロビン閾値と比較することと、
前記ヘモグロビンレベルと前記ヘモグロビン閾値との比較にさらに基づいて、前記血液学的障害の分類を決定することと、
をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記血液学的障害が貧血であり、前記分類を決定することが、β−サラセミアに由来する増加した赤血球産生活性と、鉄欠乏性貧血に由来する中程度の赤血球産生活性と、再生不良性貧血または慢性腎不全に由来する減少した赤血球産生活性とを識別する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域のうちの１つが、ＦＥＣＨ遺伝子にある、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域のうちの１つが、ゲノム座標４８２２７６８８〜４８２２７７０１の第１２番染色体にある、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域のうちの１つが、ゲノム座標４８２２８１４４〜４８２２８１５４の第１２番染色体にある、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記血液学的障害が貧血である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２３】
前記血液学的障害の分類が、増加した赤血球産生活性、中程度の赤血球産生活性、または低減した赤血球産生活性に対応する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記血液学的障害の分類が、β−サラセミアに由来する増加した赤血球産生活性である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記血液学的障害の分類が、鉄欠乏性貧血に由来する中程度の赤血球産生活性である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記血液学的障害の分類が、再生不良性貧血または慢性腎不全に由来する低減した赤血球産生活性である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域が低メチル化されている、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記セルフリー混合物が血漿である、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
生物学的試料中の特定の細胞系譜の細胞量を測定する方法であって、
アッセイから得られたシグナルに基づいて、１つ以上の差次的にメチル化された領域の、生物試料のセルフリー混合物中のメチル化されたか、またはメチル化されていないＤＮＡ断片の第１の数を検出することと、ここで、前記セルフリー混合物は、複数の細胞系譜由来のセルフリーＤＮＡを含み、前記１つ以上の差次的にメチル化された領域の各々は、他の細胞系譜と比較して低メチル化または高メチル化されていることによって特定の血球系譜に特異的である、
前記第１の数を使用して第１のメチル化レベルを決定することと、
１つ以上の較正データ点を得ることと、ここで、前記１つ以上の較正データ点の各々は（１）前記特定の細胞系譜の細胞較正量および（２）較正メチル化レベルを指定し、前記１つ以上の較正データ点が複数の較正試料から決定される、
前記第１のメチル化レベルを少なくとも１つの前記１つ以上の較正データ点の較正メチル化レベルと比較することと、
前記比較することに基づいて、前記生物学的試料中の前記特定の細胞系譜の前記細胞量を概算することと、を含む、方法。
【請求項３０】
前記特定の細胞系譜が、特定の血球系譜である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記１つ以上の較正データ点が、複数の較正データ点であり、前記較正データ点が較正曲線を形成する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
血液試料のセルフリー混合物を得ること、
前記セルフリー混合物中のＤＮＡ断片を、１つ以上の差次的にメチル化された領域に対応するアッセイと接触させることと、
を更に含み、
前記１つ以上の差次的にメチル化された領域の各々は、他の細胞系譜と比較して低メチル化または高メチル化されていることによって特定の血球系譜に特異的である、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法を実施するようにシステムを制御するための複数の命令を保存するコンピュータ可読媒体。
【請求項３４】
請求項３３に記載のコンピュータ可読媒体と、
前記コンピュータ可読媒体上に保存された命令を実行するための１つ以上のプロセッサと、を備えた、システム。
【請求項３５】
請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法を実施するように構成された、システム。