【手続補正書】
【提出日】令和2年4月30日(2020.4.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法であって、方法が、
１以上の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して、少なくとも２つのプライマー対を用いた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイを実施すること、ここで各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては、３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、
およびＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得るかまたは提供して、試料中のがん特異的核酸の量を決定すること、
を含み、任意に、方法がさらに、試料中のがん特異的核酸の量を、結果に基づいて決定することを含む、または、結果が、試料中のがん特異的核酸の量を含む、前記方法。
【請求項２】
対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法であって、方法が：
１以上の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的それぞれについて、試料またはその一部に対して実施した、少なくとも２つのプライマー対を用いた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得ること、ここで各プライマー対は、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプラ イマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および
がん特異的核酸の量を、結果に基づいて評価すること、
を含み、任意に、試料中のがん特異的核酸の量が、ＰＣＲ定量アッセイなどの、増幅に基づいた定量アッ セイの結果に基づく、前記方法。
【請求項３】
少なくとも２つのプライマー対のもう１つのプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または、
量が、アッセイで測定された野生型または総核酸に対するがん特異的核酸の比率またはパーセンテージである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
結果が、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果である、および／または、
量が、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果に基づく、および／または、
方法がさらに、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果を選択することを含む、任意に、選択された情報提供的結果が、平均化されている、および／または、
ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果が、対象の遺伝子型に基づいて選択されている、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
方法がさらに、（ｉ）対象の遺伝子型を得ること、（ｉｉ）多数のＳＮＶ標的を得ること、および／または、（ｉｉｉ）１以上のＳＮＶ標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を得ることを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
１以上のＳＮＶ標的が、（ｉ）少なくとも１つのＳＮＶ標的である、（ｉｉ）少なくとも２つのＳＮＶ標的である、（ｉｉｉ）少なくとも３つのＳＮＶ標的である、（ｉｖ）少なくとも４つのＳＮＶ標的である、（ｖ）少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１ ４または１５のＳＮＶ標的である、または、（ｖｉ）ＫＲＡＳ遺伝子および／またはｐ５３遺伝子におけるＳＮＶ標的を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
（ａ）１以上のＳＮＶ標的が、それぞれ同じ種類のがんに特異的である、または、（ｂ）１以上のＳＮＶ標的のうちの１以上が、膵がんに特異的である、または、（ｃ）１以上のＳＮＶ標的が、それぞれ対象におけるがんに特異的である、任意に、方法がさらに、対象におけるがんの遺伝子型を得ることを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つのＳＮＶ標的が、１種類のがんに特異的であり、少なくとも１つの他のＳＮＶ標的が、別の種類のがんに特異的である、または、
１以上のＳＮＶ標的が、１、２、３、４または５種類以上のがんに特異的である、またはがん特異的変異と関連した１、２、３、４または５つ以上の遺伝子を由来とする、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも０．２５％、少なくとも０．５％、少なくとも０．７５％、少なくとも１％、少なくとも２％、または少なくとも５％である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
がん特異的核酸が、がん特異的無細胞（cell-free）ＤＮＡである、および／または、
ＰＣＲ定量アッセイが、リアルタイムＰＣＲアッセイまたはデジタルＰＣＲアッセイである、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
方法がさらに、対象におけるリスクを試料中のがん特異的核酸の量に基づいて、決定することを含み、
任意に、リスクが、がんに関連したリスクである、および／または、がん特異的核酸の量が、閾値よりも大きい場合に、リスクが増加している、または、がん特異的核酸の量が、閾値よりも少ない場合に、リスクが減少している、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
方法がさらに、（ｉ）対象の処置をがん特異的核酸の量に基づいて選択すること、（ｉｉ）がん特異的核酸の量に基づいて対象を処置すること、（ｉｉｉ）がん特異的核酸の量に基づいて対象の処置について情報を提供すること、（ｉｖ）経時的または後の時点での対象におけるがん特異的核酸の量をモニタリングすることまたはモニタリングを示唆すること、および／または、（ｖ）対象に投与する処置の効果を、がん特異的核酸の量に基づき評価することを含み、任意に、処置が、がんの処置である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
（ｉ）試料またはその一部を提供するまたは取得すること、（ｉｉ）核酸を試料から抽出すること、および／または、（ｉｉｉ）増幅前ステップを実施することをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
試料が、血液、血漿または血清を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
組成物またはキットであって、１以上のがん特異的ＳＮＶ標的それぞれについてのプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅する、ここで１以上のＳＮＶ標的を含み、
任意に、１以上のがん特異的ＳＮＶ標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含み、ここで別のプライマー対がＳＮＶ標的の別のアレルを増幅する、および／または、
任意に、１以上のがん特異的ＳＮＶ標的が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０ 、１１、１２、１３、１４または１５のＳＮＶ標的である、前記組成物またはキット。
【請求項１６】
（ｉ）がん特異的ＳＮＶ標的が、それぞれ同じ種類のがんに特異的である、（ｉｉ）１以上のＳＮＶ標的のうち１以上が、膵がんに特異的である、（ｉｉｉ）がん特異的ＳＮＶ標的が、ＫＲＡＳ遺伝子および／またはｐ５３遺伝子におけるＳＮＶ標的を含む、（ｉｖ）がん特異的ＳＮＶ標的が、対象におけるがんにそれぞれ特異的である、（ｖ）少なくとも１つのＳＮＶ標的が、１つの種類のがんに特異的であり、少なくとも１つの他のＳＮＶ標的が、別の種類のがんに特異的である、または、（ｖｉ）１以上のＳＮＶ標的が、１、２、３、４または５を超える種類のがんの種類に特異的である、または１、２、３、４または５を超えるがん特異的変異に関連した遺伝子に由来したものである、請求項１５に記載の組成物またはキット。
【請求項１７】
ＳＮＶ標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１５または１６のいずれか１項に記載の組成物またはキット。
【請求項１８】
（ｉ）緩衝液、（ｉｉ）ポリメラーゼ、（ｉｉｉ）プローブ、任意に、蛍光プローブ、および／または、（ｉｖ）使用説明書をさらに含み、使用説明書が、がんまたはがんを有すると疑いのある対象からの試料中のがん特異的核酸の量を決定するまたは評価するための説明書である、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の組成物またはキット。
【請求項１９】
請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法で使用するための、または、本明細書で提供される方法のいずれか１つで使用するための、請求項１５〜１８のいずれか１項に記載の組成物またはキット。
【請求項２０】
方法であって、 請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法に基づいてがん特異的核酸の量を得ること、および
がんのリスクがある、がんを有する、がんを有すると疑いのある、または、以前にがんを有していた対象において、リスクを、レベルまたは量に基づいて評価すること、
を含み、任意に、処置または処置もしくは無処置に関する情報が、評価されたリスクに基づいて対象について選択されるかまたは提供される、および／または、方法がさらに、対象におけるがん特異的核酸の量を経時的にモニタリングすることまたはモニタリングを示唆することを含む、前記方法。