【手続補正書】
【提出日】令和2年6月15日(2020.6.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
必須遺伝子、非必須遺伝子、および／または消費されてよい（ｅｘｐｅｎｄａｂｌｅ）ゲノムアイランドに関して、細菌細胞の集団をスクリーニングする方法であって、
細菌細胞の前記集団に、（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、それにより、形質転換された細菌細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌細胞の前記集団における欠失の存在または不存在を判定するステップ
ここで、形質転換された細菌細胞の前記集団における欠失の存在は、前記標的領域が非必須遺伝子および／または消費されてよいゲノムアイランド内に含まれることを示し、および、前記集団における欠失の不存在は、前記標的領域が必須遺伝子内に含まれることを意味する
を含む、
方法。
【請求項２】
必須遺伝子、非必須遺伝子、および／または消費されてよいゲノムアイランドに関して、細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団をスクリーニングする方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、
（ａ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
（ｃ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
それにより、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団における欠失の存在または不存在を判定するステップ
ここで、形質転換された細菌、古細菌または酵母細胞の前記集団における欠失の存在は、前記標的領域が非必須遺伝子および／または消費されてよいゲノムアイランド内に含まれることを意味し、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団における欠失の不存在は、前記標的領域が必須遺伝子内に含まれることを意味する、
を含む、
方法。
【請求項３】
細菌細胞の集団内の１つまたは複数の細菌細胞を死滅させる方法であって、
細菌細胞の前記集団に、（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイ（ｃｒＲＮＡ、ｃｒＤＮＡ）を含む異種核酸構築物を導入するステップを含み、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、それにより、細菌細胞の前記集団内の前記標的領域を含む１つまたは複数の細菌細胞を死滅させる、
方法。
【請求項４】
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団内の１つまたは複数の細胞を死滅させる方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、
（ａ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
（ｃ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップを含み、
それにより、それらのゲノム内の前記標的領域を含む細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団内の１つまたは複数の細胞を死滅させる、
方法。
【請求項５】
請求項３または４の方法であって、
前記標的領域は、必須遺伝子または非必須遺伝子内にある、
方法。
【請求項６】
細菌遺伝子と関連する表現型を同定する方法であって、
細菌細胞の集団に、（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列およびリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、ポリペプチドまたは機能性核酸をコードするオープンリーディングフレームの少なくとも一部を含み、それにより、前記標的領域を含む前記細胞を死滅させ、そして、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する；
および、
前記集団の表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。
【請求項７】
請求項６の方法であって、
分析するステップの前に、形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖させるステップ；および
前記の個々のコロニーの表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。
【請求項８】
細菌、古細菌、藻類または酵母遺伝子の表現型を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、
（ａ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
（ｃ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
それにより、前記標的領域を含む前記の細菌、古細菌または酵母細胞を死滅させ、そして、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団の表現型を分析するステップ、および／または、（ｉ）形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌、藻類または酵母コロニーを増殖させるステップ、および、（ｉｉ）前記の個々のコロニーの表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。
【請求項９】
請求項１、３、６、または７のいずれか一項の方法であって、
前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、ＩＶ型、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲアレイである、
方法。
【請求項１０】
請求項９の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列は、野生型Ｉ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＶ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、または、野生型Ｖ型ＣＲＩＳＰＲアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。
【請求項１１】
請求項２、４、５または８のいずれか一項の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列は、野生型ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。
【請求項１２】
請求項１から１１のいずれか一項の方法であって、
前記標的領域は、無作為に選択される、または、特異的に選択される、
方法。
【請求項１３】
請求項１２の方法であって、
無作為に選択される標的領域は、細菌、古細菌または酵母ゲノム内のＰＡＭ配列に隣接して配置された、任意の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドから選択される、
方法。
【請求項１４】
請求項１２の方法であって、
特異的に選択される標的領域は、細菌、古細菌、藻類または酵母ゲノム内のＰＡＭ配列に隣接する少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、遺伝子、オープンリーディングフレームまたは推定のオープンリーディングフレームから選択される、
方法。
【請求項１５】
請求項２、４、５、８、１１から１４のいずれか一項の方法であって、
トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む前記異種核酸構築物およびＣＲＩＳＰＲアレイを含む前記異種核酸構築物は、場合によりＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物をさらに含むＣＲＩＳＰＲガイド（ｇＲＮＡ、ｇＤＮＡ）内に含まれる、
方法。
【請求項１６】
請求項１５の方法であって、
前記ＣＲＩＳＰＲガイドは、プロモーターに動作可能に連結される、
方法。
【請求項１７】
細菌細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌細胞を選択する方法であって、
細菌細胞の集団に、（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、細菌細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌細胞を選択する、
を含む、
方法。
【請求項１８】
細菌細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌細胞を選択する方法であって、
細菌細胞の集団に、以下の（ａ）および（ｂ）を導入するステップ；
（ａ）（ｉ）前記細菌細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも３００個の連続したヌクレオチドと少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、１つまたは複数の異種核酸構築物、または、（ｉｉ）少なくとも１つのトランスポゾンを含む２以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第１および第２のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌細胞の集団を生産する；
および
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に導入された前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、および／または、前記の第１のトランスポゾンおよび第２のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、トランスジェニック細菌細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌細胞を選択する、
を含む、
方法。
【請求項１９】
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、
（ａ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、
（ｂ）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列および前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および
（ｃ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する、
を含む、
方法。
【請求項２０】
細菌、古細菌または酵母細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、以下の（ａ）および（ｂ）を導入するステップ；
（ａ）（ｉ）前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも３００個の連続したヌクレオチドと少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、１つまたは複数の異種核酸構築物、または、（ｉｉ）少なくとも１つのトランスポゾンを含む２以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第１および第２のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
（ｂ）（ｉ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、（ｉｉ）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物；ここで、前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列および前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、および、（ｉｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、および／または、前記の第１のトランスポゾンおよび第２のトランスポゾンの間に位置し、および、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、トランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する、
を含む、
方法。
【請求項２１】
細菌の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する方法であって、
細菌細胞の集団に、（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖させるステップ
それにより、形質転換された細菌の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する、
を含む、
方法。
【請求項２２】
細菌の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する方法であって、
細菌細胞の前記集団に、以下の（ａ）および（ｂ）を導入するステップ；
（ａ）（ｉ）前記細菌細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも３００個の連続したヌクレオチドと少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、１つまたは複数の異種核酸構築物、または、（ｉｉ）少なくとも１つのトランスポゾンを含む２以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第１および第２のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌細胞の集団を生産する
；および
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に導入された前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、および／または、前記の第１のトランスポゾンおよび第２のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖するステップ
それにより、細菌の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する、
を含む、
方法。
【請求項２３】
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、以下の（ａ）〜（ｃ）を導入するステップ；
（ａ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、
（ｂ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および
（ｃ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌または酵母コロニーを増殖させるステップ
それにより、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する、
を含む、
方法。
【請求項２４】
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、以下の（ａ）および（ｂ）を導入するステップ；
（ａ）（ｉ）前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも３００個の連続したヌクレオチドと少なくとも８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、１つまたは複数の異種核酸構築物、または、（ｉｉ）少なくとも１つのトランスポゾンを含む２以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第１および第２のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
（ｂ）（ｉ）トランスコード化ＣＲＩＳＰＲ（ｔｒａｃｒ）核酸を含む異種核酸構築物、（ｉｉ）（５’から３’に）リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも１つのリピート−スペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含む異種核酸構築物；ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の１つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム（染色体および／またはプラスミド）内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、および、（ｉｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に組み込まれた前記の１つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも３００個の連続したヌクレオチドの間、および／または、前記の第１のトランスポゾンおよび第２のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する；
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌または酵母コロニーを増殖させるステップ
それにより、前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも１つの単離物を同定する、
を含む、
方法。
【請求項２５】
請求項１７、１８、２１、または２２のいずれか一項の方法であって、
前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、ＩＶ型、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲアレイである、
方法。
【請求項２６】
請求項２５の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列は、野生型Ｉ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、野生型ＩＶ型ＣＲＩＳＰＲアレイ、または、野生型Ｖ型ＣＲＩＳＰＲアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。
【請求項２７】
請求項１９、２０、２３、または２４のいずれか一項の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも１つのリピート−スペーサー配列は、野生型ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。
【請求項２８】
請求項１５から２７のいずれか一項の方法であって、
前記標的領域は、無作為に選択される、または、特異的に選択される、
方法。
【請求項２９】
請求項２８の方法であって、
無作為に選択される標的領域は、細菌、古細菌または酵母ゲノム内のＰＡＭ配列に隣接して配置された任意の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドから選択される、
方法。
【請求項３０】
請求項２８の方法であって、
特異的に選択される標的領域は、細菌、古細菌、藻類または酵母ゲノム内のＰＡＭ配列に隣接する少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、遺伝子、オープンリーディングフレームまたは推定のオープンリーディングフレームから選択される、
方法。
【請求項３１】
請求項３から５または請求項９から１５のいずれか一項の方法であって、
前記の導入されるＣＲＩＳＰＲアレイは、死滅される前記の１つまたは複数の細菌細胞におけるＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムと適合し、細菌細胞の前記集団内の少なくとも１つまたは複数の細菌細胞の前記ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓシステムと適合しない、
方法。