【手続補正書】
【提出日】令和2年7月10日(2020.7.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノム領域を含むゲノムデータをコード化するための方法であって、前記ゲノムデータはエントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵiに配置され、
・ファイルに情報を格納する場合、前記アクセスユニットから分離してコード化されたインデックステーブルにおける前記アクセスユニットＡＵiの開始座標ｓiおよび終了座標ｅiの値をコード化し、
・リードペアがコード化される前記ゲノムデータに存在する場合に、前記リードペアは単一のエンティティとしてコード化されるか、または別々にコード化されるように、前記ファイルのゲノムデータセットヘッダ（１６０２）に閾値ＭａｘＤをさらにコード化し、前記閾値ＭａｘＤは前記リードペアのペアリング距離が想定できる最大値を指定する、ことを含む方法。
【請求項２】
前記インデックステーブルは、デコーダにおいて前記アクセスユニットのエントロピーデコード化を必要とせずに、ポインタのベクトルを使用することによって、エントロピーコード化アクセスユニットをデータクラスに従って選択的に識別することができるようにマッピングされたアクセスユニットクラスをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＡＵiは、前記ＡＵiに含まれる全ゲノムレコードのうちのＡＵi開始位置と最も右のゲノムレコード位置との間に含まれるゲノム範囲を表す、アクセスユニット範囲と呼ばれる範囲情報を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＡＵiは、２つの異なるモードであり、
・同じＡＵiの異なる記述子からのデータのブロックが連続して格納される第１のモードと、
・同じ記述子に属するが異なるアクセスユニットに属するデータブロックがファイルの連続領域に格納される第２のモードと、を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記モードの情報は、パラメータセットのフィールドにコード化されてデータセットヘッダに含まれる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のモードは、さらに２つの異なるサブモードで表され、
・同じクラスのすべてのＡＵiがファイルに連続して格納される第１のサブモードと、
・同じゲノム領域のアクセスユニットがファイルに連続して格納される第２のサブモード、を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記インデックステーブルが、
・参照シークエンスに関する、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も左にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・参照シークエンスに関する、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も右にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・データセットペイロードの第１のバイトを基準にした、各アクセスユニットの各記述子データブロックの第１のバイトのバイト数として表されるオフセットのリスト、
・前記第１のモードが使用される場合の記述子ストリームサイズのリスト、
・前記第２のモードが使用される場合のアクセスユニットサイズのリスト、の情報を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記リードペアの距離は、参照系における塩基の数または座標として表される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ファイル内のゲノム領域に選択的にアクセスするための方法であって、前記ファイルは、エントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵiに配置され、
・ファイル格納情報の場合、ファイルに含まれ、前記ＡＵiから分離してコード化されたインデックステーブルから、前記アクセスユニットＡＵiの開始座標ｓiと終了座標ｅiの値を抽出し、および
・リードペアが前記ファイルに存在する場合、前記リードペアは単一のエンティティとしてコード化されるか、または別々にコード化されるように、前記ファイルのデータセットヘッダ（１６０２）から閾値ＭａｘＤを抽出し、前記閾値ＭａｘＤはリードペアのペアリング距離がとることができる最大値を特定する、ことを含む方法。
【請求項１０】
前記インデックステーブルは、前記アクセスユニットをエントロピーデコードする必要なしに、ポインタのベクトルを使用することによってデータのクラスに従ってエントロピーコード化されたアクセスユニットを選択的に識別するためにアクセスユニットのクラスを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ゲノムデータが請求項２乃至８の何れか１項に記載の方法に従ってコード化される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ゲノム領域を含む圧縮コード化ゲノムデータをデコード化するための方法であって、前記コード化ゲノムデータはエントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵiに配置され、
・ファイルに格納される情報の場合、前記アクセスユニットから分離してコード化されたインデックステーブルからの、前記アクセスユニットＡＵiの開始座標ｓiおよび終了座標ｅiの値を構文解析し、
・リードペアが前記コード化ゲノムデータに存在する場合、前記リードペアは単一のエンティティとしてコード化されるか、または別々にコード化されるように、前記ファイルのゲノムデータセットヘッダ（１６０２）から閾値ＭａｘＤをさらに解析し、前記閾値ＭａｘＤは、リードペアのペアリング距離が想定することができる最大値を指定する、ことを含む方法。
【請求項１３】
前記インデックステーブルは、前記アクセスユニットのエントロピーデコード化を必要とせずに、ポインタのベクトルを使用することによって、データのクラスに従ってエントロピーコード化アクセスユニットを選択的に識別できるようにマッピングされたアクセスユニットのクラスをさらに含む請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ゲノムデータが請求項２乃至８の何れか１項に記載の方法に従ってコード化される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
実行されると少なくとも１つのプロセッサに請求項１乃至１４の何れか１項に記載の方法を実行させる命令を含むコンピュータ可読媒体。
【請求項１６】
請求項１乃至８の何れか１項に記載の方法に従ってコード化されたゲノムデータを保存するサポートデータ。
【請求項１７】
ゲノムデータが、暗号化されたファイルフォーマットを形成するようにエンコードされる、請求項１乃至１４の何れか１項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１乃至１４の何れか１項に記載の方法を実施するための手段を含む装置。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２１】
３．  ６．４．３．１セクションで定義されているマスターインデックステーブルの座標は、次のように計算される。
ａ. Sequence_ID = Seq_Count
ｂ. ６．３．８セクションで定義されているブロックヘッダ内のClass_ID = Class_ID
ｃ. AU_ID = Seq_Blocks[SEQID]
ｄ. Block_Header_Flagが設定されていない場合、６．３．８．１セクションで定義されているブロックヘッダのDescriptor_ID = Descriptor_ID, そうでない場合（BlockJHeader_Flagが設定される）  Descriptor_ID = 0.
４.  Start_AU_Ref_Position [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID]という名前のマスター
インデックステーブルエントリは、次のように計算される。
ａ. Start_AU_Ref_Position[Sequence_ID][Class_ID][AU_ID] = Start_POS
５．  End_AU_Ref_Position [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID]という名前のマスターインデックステーブルエントリは、次のように計算される。
ａ. End_AU_Ref_Position[Sequence_ID][Class_ID][AU_ID] = End_POS
６．  データセットヘッダーフィールドBlock_Header_Flagはユーザー定義です。
７．Block_Header_Flagが設定されていない場合：
ａ. 新しい（Class_ID、Descriptor_ID）ベクトルによって識別されるトランスポートブロックが受信されるたびに、DSCN [Class_ID] [Descriptor_ID]という名前の新しい記
述子ストリームコンテナ（ｄｓｃｎ）が作成され、Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID]という変数が定義され０に初期化される。
ｂ. Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID]は、sizeof(gen_info) + Length of any gen_info child of DSCN[Class_ID][Descriptor_ID]だけ増加する。
ｃ. ブロックヘッダのClass_IDとDescriptor_IDで識別されるすべてのブロックのペイロードは、DSCN [Class_ID] [Descriptor_ID]のValue []フィールドにコピーされる。
ｄ. 上記の各ブロックについて、Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID] [AU_ID]と
いう名前の新しい変数が定義され、Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID]の現在の値が割り当てられる。
ｅ. 各ブロックについて、Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID]は、Block_size - Transport_Block_Header_Sizeによって増分され、Transport_Block_Header_Sizeは、転送ブロックヘッダーのサイズ（バイト単位）。
ｆ. セッションが終了し、結果のデータを出力ファイルに書き込む前に、DS_Offsetという名前の変数が定義され、０に初期化される。
ｇ. 各DSCN [Class_ID] [Descriptor_ID]を出力ファイルに書き込んだ後、DS_Offset
はsizeof(gen_info header) + Length(DSCN[Class_ID][Descriptor_ID])だけ増加する。
ｈ. 出力ファイルに書き込まれるDSCN [Class_ID] [Descriptor_ID]ごとに、Block_Byte_Offset [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID] [Descriptor_ID]という名前のマスターインデックステーブルエントリが次のように更新される。
Block_Byte_Offset [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID] [Descriptor_ID] = DS_Offset +
Block_Ptr [Class_ID] [Descriptor_ID] [AU_ID]
８．そうでない場合、BlockJHeader_Flagが設定されている場合：
ａ. DatasetPayloadという名前のバッファが作成される。
ｂ. 各ブロックについて、ブロックヘッダはトランスポートブロックヘッダから抽出
され格納される。
ｃ. 以前に抽出されたブロックヘッダーとブロックペイロードを含む各ブロックは、DatasetPayloadに書き込まれる。
ｄ. 各ブロックについて、Block_Byte_Offset [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID] [Descriptor_J]は、DatasetPayload内のブロックのバイトオフセットに等しい。
ｅ. AU_Size[Sequence_ID][Class_ID][AU_ID]と名付けられたマスターインデックステーブルエントリは、同じSequence_ID, Class_ID and AU_IDを有する各受信トランスポー
トブロックについての(Block_size - Transport_Block_Header_Size)の累積合計として計算される。
ｆ． セッションの終わりに、データペイロードは、５．４セクションで定義されてい
るように、データペイロードとして出力ファイルにダンプされる。
プロセスの終了時、通常はエンドユーザーがトランスポートプロセスの実行を停止したときは、マスターインデックステーブルの３番目のループ、つまり（AU_ID = 0; AU_ID <Seq_Blocks [Sequence_ID]; AU_ID ++）を再実行する必要がありる。 Sequence_IDインデックスとClass_IDインデックスの組み合わせごとに、Start_AU_Ref_Position [Sequence_ID] [Class_ID] [AU_ID]の値を大きくすることによって順序付けられる。
［項１］
ファイル内のゲノム領域に選択的にアクセスするための方法であって、前記ファイルはエントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵｉに配置され、
・ファイル格納情報の場合、前記ファイルに含まれ、前記ＡＵｉから分離してコード化されたインデックステーブルから、前記アクセスユニットＡＵｉの開始座標ｓｉと終了座標ｅｉの値を抽出し、および
・リードペアが前記ファイルに存在する場合、前記ファイルのデータセットヘッダ（１６０２）から閾値ＭａｘＤを抽出し、前記閾値ＭａｘＤはリードペアのペアリング距離がとることができる最大値を特定する、ことを含む方法。
［項２］
前記インデックステーブルテーブルは、前記アクセスユニットをエントロピーデコードする必要なしに、ポインタのベクトルを使用することによってデータのクラスに従ってエントロピーコード化されたアクセスユニットを選択的に識別するためにアクセスユニットのクラスを含む、項１に記載の方法。  
［項３］
前記ＡＵｉは、前記ＡＵに含まれる全ゲノムレコードのうちＡＵ開始位置と最も右のゲノムレコード位置との間に含まれるゲノム範囲を表す、アクセスユニット範囲と呼ばれる範囲情報を含む、項２に記載の方法。
［項４］
前記ＡＵは、２つの異なるモードからなり、
・同じＡＵの異なる記述子からのデータのブロックが連続して格納される第１のモードと、
・同じ記述子に属するが異なるアクセスユニットに属するデータブロックがファイルの連続領域に格納される第２のモードと、を含む、項３に記載の方法。
［項５］
前記モード情報は、パラメータセットのフィールドにコード化されて前記データセットヘッダに含まれる、項４に記載の方法。  
［項６］
前記第１のモードにおいて、さらに２つの異なるサブモードで表すことができ、
・同じクラスのすべてのＡＵｉがファイルに連続して格納される第１のサブモードと、
・同じゲノム領域のＡＵｉがファイルに連続して格納される第２のサブモード、を含む、項４に記載の方法。
［項７］
前記インデックステーブルが、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も左にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も右にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・データセットペイロードの第１のバイトを基準にした、各アクセスユニットの各記述子データブロックの第１のバイトのバイト数として表されるオフセット数のリスト、
・前記第１のモードが使用されている場合の記述子ストリームサイズのリスト、
・前記第２のモードが使用されている場合のアクセスユニットサイズのリスト、の情報を含む、項６に記載の方法。
［項８］
ストリーミング情報の場合、前記アクセスユニットＡＵｉの開始座標ｓｉおよび終了座標ｅｉの値が、各アクセスユニットＡＵｉのヘッダから抽出される、項７に記載の方法。
［項９］
前記リードペアの距離は、参照系における塩基の数または座標として表される、項８
に記載の方法。
［項１０］
ゲノム領域を含むゲノムデータをコード化するための方法であって、前記ゲノムデータはエントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵｉに配置され、
・ファイル格納情報の場合、前記アクセスユニットから分離してコード化されたインデックステーブルにおけるアクセスユニットＡＵｉの開始座標ｓｉおよび終了座標ｅｉの値をコード化し、
・−リードペアがコード化される前記ゲノムデータに存在する場合に、前記ファイルのゲノムデータセットヘッダ（１６０２）に閾値ＭａｘＤをさらにコード化し、前記閾値ＭａｘＤはリードペアのペアリング距離が想定できる最大値を指定する、ことを含む。
［項１１］
前記インデックステーブルはさらに、前記アクセスユニットのエントロピーデコード化を必要とせずに、デコーダでポインタのベクトルを使用することによって、エントロピーコード化アクセスユニットをデータクラスに従って選択的に識別することができるようにマッピングされたアクセスユニットクラスをさらに含む、項１０に記載の方法。
［項１２］
前記ＡＵｉは、ＡＵに含まれる全ゲノムレコードのうちのＡＵ開始位置と最も右のゲノムレコード位置との間に含まれるゲノム範囲を表す、アクセス単位範囲と呼ばれる範囲情報を含む、項１１に記載の方法。
［項１３］
前記ＡＵは、２つの異なるモードからなり、
・同じＡＵの異なる記述子からのデータのブロックが連続して格納される第１のモードと、
・同じ記述子に属するが異なるアクセスユニットに属するデータブロックがファイルの連続領域に格納される第２のモードと、を含む、項１２に記載の方法。
［項１４］
前記モード情報は、パラメータセットのフィールドにコード化されて前記データセットヘッダに含まれる、項１３に記載の方法。  
［項１５］
前記第１のモードにおいて、さらに２つの異なるサブモードで表すことができ、
・同じクラスのすべてのＡＵｉがファイルに連続して格納される第１のサブモードと、
・同じゲノム領域のＡＵｉがファイルに連続して格納される第２のサブモード、を含む、項１３に記載の方法。  
［項１６］
前記インデックステーブルが、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も左にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も右にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・データセットペイロードの第１のバイトを基準にした、各アクセスユニットの各記述子データブロックの第１のバイトのバイト数として表されるオフセット数のリスト、
・前記第１のモードが使用されている場合の記述子ストリームサイズのリスト、
・前記第２のモードが使用されている場合のアクセスユニットサイズのリスト、の情報を含む、項１５に記載の方法。
［項１７］
前記リードペアの距離は、参照系における塩基の数または座標として表される、項１６に記載の方法。
［項１８］
ゲノム領域を含む圧縮コード化ゲノムデータをデコード化するための方法であって、エントロピーコード化されたアクセスユニットＡＵに配置され、
・ファイル格納情報の場合、前記アクセスユニットから分離してコード化されたインデックステーブルからの、前記アクセスユニットＡＵの開始座標ｓおよび終了座標ｅの値を構文解析し、
−リードペアが前記ゲノムコード化データに存在する場合、前記ファイルのゲノムデータセットヘッダ（１６０２）から閾値ＭａｘＤをさらに解析し、前記閾値ＭａｘＤは、リードペアのペアリング距離が想定することができる最大値を指定する、ことを含む。
［項１９］
前記インデックステーブルは、前記アクセスユニットの前記エントロピーデコード化を必要とせずに、ポインタのベクトルを使用することによって、データのクラスに従ってエントロピーコード化アクセスユニットを選択的に識別できるようにマッピングされたアクセスユニットのクラスをさらに含む項１８に記載の方法。ニット  
［項２０］
前記アクセスユニットは、アクセスユニット範囲と呼ばれる範囲情報を含み、前記アクセスユニット範囲は、前記ＡＵに含まれる全ゲノムレコードのＡＵ開始位置と最も右側のゲノムレコード位置との間に含まれるゲノム範囲を表す、項１９に記載の方法。
［項２１］
前記ＡＵは、２つの異なるモードからなり、
・同じＡＵの異なる記述子からのデータのブロックが連続して格納される第１のモードと、
・同じ記述子に属するが異なるアクセスユニットに属するデータブロックがファイルの連続領域に格納される第２のモードと、を含む、項２０に記載の方法。
［項２２］
前記モード情報は、パラメータセットのフィールドから解析されて前記データセットヘッダに含まれる、項２１に記載の方法。  
［項２３］
前記第１のモードは、さらに２つの異なるサブモードで表すことができさらに２つの異なるサブモードで表すことができ、
・同じクラスのすべてのＡＵｉがファイルに連続して格納される第１のサブモードと、
・同じゲノム領域のＡＵｉがファイルに連続して格納される第２のサブモード、を含む、項２１に記載の方法。
［項２４］
前記インデックステーブルが、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も左にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・参照に関して、アクセスユニットに含まれるすべてのリードまたはリードペアの中で最も右にマッピングされた塩基のヌクレオチド数として表される位置情報、
・データセットペイロードの第１のバイトを基準にした、各アクセスユニットの各記述子データブロックの第１のバイトのバイト数として表されるオフセット数のリスト、
・前記第１のモードが使用されている場合の記述子ストリームサイズのリスト、
・前記第２のモードが使用されている場合のアクセスユニットサイズのリスト、の情報を含む、項２３に記載の方法。
［項２５］
前記リードペアの距離は、参照系における塩基の数または座標として表される、項２４に記載の方法。
［項２６］
実行されると少なくとも１つのプロセッサに項１に記載の選択的アクセス方法を実行させる命令を含むコンピュータ可読媒体。  
［項２７］
実行されると少なくとも１つのプロセッサに項１０に記載のコード化方法を実行させる命令を含むコンピュータ可読媒体。  
［項２８］
実行されると少なくとも１つのプロセッサに項１８のデコード方法を実行させる命令を含むコンピュータ可読媒体。  
［項２９］
項１０に記載の方法に従ってコード化されたゲノムデータを保存するサポートデータ。
［項３０］
項１０に記載の方法に従ってゲノムデータがコード化されているファイルフォーマット。  
［項３１］
前記コード化情報は暗号化されている項３０に記載のファイルフォーマット。  
［項３２］
項１に記載の選択的アクセスの工程を実行するための手段を含む、項１０に従ってコード化されたゲノム情報の選択的アクセスのための装置。