【手続補正書】
【提出日】令和1年12月24日(2019.12.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍の第１の試料を、第１の治療剤のための第１の予測バイオマーカーについて組織化学的に染色すること；
自動ダイセクションツールで第１の試料から１つ又は複数の領域を切り出すことであって、切り出される領域が、領域が第１の治療剤に応答する可能性が低いことを示す第１の予測バイオマーカーについての染色パターンを有する、切り出すこと；
第１の試料の切り出された１つ又は複数の領域に由来する核酸試料における、１つ又は複数の更なる治療剤への応答を予測する１つ又は複数の変異を、次世代シークエンサーで検出すること；
試料中で同定される１つ又は複数の変異に相関する１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーについて１つ又は複数の更なる試料を染色することであって、１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーが１つ又は複数の更なる治療剤への応答を予測する、染色すること
を含む方法。
【請求項２】
対象のための治療コースを同定するレポートを生成することを更に含む、請求項１に記載の方法であって、前記治療コースが対象に：
第１の試料の少なくとも１つの領域が、腫瘍の少なくとも１つの部分が第１の治療剤に応答する可能性が高いことを示す第１の予測バイオマーカーについての染色パターンを有する場合は、第１の治療剤；及び
１つ又は複数の更なる試料の少なくとも１つの領域が、腫瘍の少なくとも１つの部分が更なる治療剤に応答する可能性が高いことを示す、対応する更なる予測バイオマーカーについての染色パターンを有する場合は、１つ又は複数の更なる治療剤
を投与することを含む、方法。
【請求項３】
腫瘍が固形腫瘍である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
固形腫瘍が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料であり、かつ第１の試料及び１つ又は複数の更なる試料が、ＦＦＰＥ組織試料のミクロトーム切片である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
第１の試料及び１つ又は複数の更なる試料が、連続切片である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
（ａ）（ａ１）腫瘍の第１の試料が付着した第１の顕微鏡スライドであって、第１の試料が、第１の治療剤のための第１の予測バイオマーカーについて組織化学的に染色された、顕微鏡スライド；
（ａ２）腫瘍の更なる試料が付着した、１つ又は複数の更なる非染色顕微鏡スライド
を含む顕微鏡スライドのセット；
（ｂ）腫瘍の少なくとも１つの部分が第１の治療剤に応答する可能性が低いことを示す第１の予測バイオマーカーについての染色パターンを有する、第１の試料の１つ又は複数の領域を同定するための画像解析システム；
（ｃ）第１の試料からの第１の治療剤への応答の欠如の特徴を示す第１の予測バイオマーカーについての染色パターンを有する、第１の試料の１つ又は複数の領域を切り出すようにプログラムされた自動ダイセクションツール；
（ｄ）自動ダイセクションツールによって切り出される第１の試料の領域に由来する核酸試料中の１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーに相関する変異の存在又は不在を同定するようにプログラムされる次世代シークエンサー；及び
（ｅ）１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーで１つ又は複数の更なるスライドを染色するようにプログラムされる自動スライド染色装置
を含む、システム。
【請求項７】
（ｆ）データベースを含む臨床検査情報システム（ＬＩＳ）を更に含む請求項６に記載のシステムであって、データベースが：
（ｆ１）次世代シークエンサーによる核酸試料の変異解析であって、変異解析が、少なくとも、１つ又は複数の更なる治療剤のための１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーに相関する核酸試料中の変異の存在又は不在を示す変異解析：及び
（ｆ２）変異解析によって同定される１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーで腫瘍の第２の試料を染色するよう自動スライド染色装置に命令するための指示
を含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
非染色顕微鏡スライドの少なくとも１つが、ＬＩＳによって生成されかつ自動スライド染色装置によって読み取り可能なラベルを添付され、ラベルが、スライドを自動スライド染色装置による（ｆ２）の指示の実行に適するものであると同定する、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
ラベルが、第２の試料上で指示を実行するように自動スライド染色装置に自動的に命令する、請求項８に記載のシステム。
【請求項１０】
ラベルが、第２の試料上で指示を実行するように自動スライド染色装置をプログラムするように手動の操作者に指示するレポートを、自動スライド染色装置の操作者のために生成する、請求項８に記載のシステム。
【請求項１１】
腫瘍に由来する診断試料のセットであって、
（ａ）腫瘍の第１の試料であって、第１の試料が、第１の治療剤のための第１の予測バイオマーカーについて染色され、第１の試料の少なくとも１つの部分が、腫瘍の少なくとも１つの部分が第１の治療剤に応答する可能性が低いことを示す第１の予測バイオマーカーについての第１の染色パターンを有する、試料；
（ｂ）（ｂ１）腫瘍の部分が第１の治療剤に応答する可能性が低いことを示す染色パターンを有する第１の試料の部分を自動ダイセクションツールで切り出すこと；及び
（ｂ２）次世代シークエンサーにおける核酸試料の使用に適合する方法で第１の試料の切り出された部分から核酸試料を抽出すること
を含む方法により取得される核酸試料；並びに
（ｃ）腫瘍の１つ又は複数の更なる試料であって、１つ又は複数の更なる試料が、１つ又は複数の更なる治療剤のための１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーについて染色され、１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーが、核酸試料中で同定される変異に対応する、試料
を含む、診断試料のセット。
【請求項１２】
腫瘍が、固形腫瘍である、請求項１１に記載の診断試料のセット。
【請求項１３】
固形腫瘍が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料であり、かつ腫瘍の試料がＦＦＰＥ組織試料のミクロトーム切片である、請求項１２に記載の診断試料のセット。
【請求項１４】
１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーについて染色される試料が、第１の予測バイオマーカーについて染色される試料の連続切片である、請求項１３に記載の診断試料のセット。
【請求項１５】
次世代シークエンサーが、パイロシークエンス、サイクリック可逆的ターミネーション、セミコンダクターシークエンシング技術、及びリン酸結合蛍光ヌクレオチドからなる群から選択される原理で作動する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法、又は請求項６〜１０のいずれか１項に記載のシステム、又は請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の診断試料のセット。
【請求項１６】
第１の予測バイオマーカー及び１つ又は複数の更なる予測バイオマーカーが、ＡＬＫ、ＡＴＭ、ＢＣＬ２、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ｃ−ＫＩＴ、ＣＡＩＸ、ＣＣＲ４、ＣＤ３０、クローディン、１７ｐ１３．１、ＤＬＬ３、ＥＧＦＲ１、エストロゲン受容体、ＥＲＥＧ、ＥＲＣＣ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ２ｂ、ＦＧＦＲ３、ＦＯＬＲ１、ヒアルロナン、ＨＥＲ２／ＮＥＵ、Ｋ−ｒａｓ、ＭＧＭＴ、ＭＳＬＮ、ｐ５３、ＭＤＭ２、プロゲステロン受容体、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＥＮ、及びチラミドホスホリラーゼからなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法、又は請求項６〜１０のいずれか１項に記載のシステム、又は請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の診断試料のセット。