【手続補正書】
【提出日】令和2年9月15日(2020.9.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物配列データセットを、生物学的試料と関係するユーザーの微生物関連状態の指標とする、改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・エンドヌクレアーゼ、および前記微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記生物学的試料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成することと、
・前記末端領域セットを、アダプター配列を共有し、前記標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように構成されたアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域セット、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットを増幅させることと、
・増幅させた前記標的セットに基づいて、前記ユーザーの微生物配列データセットを生成することと、
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することとを含み、ここで前記マイクロバイオームに関係する特徴付けが、前記微生物関連状態の状況を改善する際に、前記ユーザーの前記マイクロバイオームの修正を容易にするように構成されている、方法。
【請求項２】
前記標的セットを増幅させることが、増幅バイアスを低減させるために、前記プライマー配列を共有するプライマーからなる前記プライマーセットに基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記標的セットを増幅させることが、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体を用いて、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づく多重増幅を実施することを含み、前記微生物配列データセットを生成することが、前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、前記微生物配列データセットを生成することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、オンターゲット活性を最適化するために、ｇＲＮＡ設計因子セットに基づいて、ｇＲＮＡ配列をランク付けすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ｇＲＮＡ設計因子が、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ｇＲＮＡが、１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域と関係する標的セットに対するものである、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）のうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記微生物関連状態が、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎臓結石、心血管系健康状態、および不安症のうちの少なくとも１つを含む腸関連状態を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記微生物関連状態について、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームフィーチャーの存在、前記マイクロバイオームフィーチャーの不在、前記分類群セットの分類学的群の相対存在量、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの組成フィーチャーの多様性、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの機能フィーチャーの多様性、前記分類群セットと関係する前記マイクロバイオームフィーチャーのうちの少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類群セット間の相互作用、および前記分類群セット間の系統学的距離のうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記ユーザーの前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームの組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオームの機能多様性フィーチャーのうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ｇＲＮＡ複合体の前記エンドヌクレアーゼが、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、ｃｍｒ、およびＣＲＩＳＰＲに関係するタンパク質ファミリーのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・タンパク質、および微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域を生成することと、
・前記末端領域を、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットのシークエンシングを実施することと、
・シークエンシングした前記標的セットに基づいて、マイクロバイオームの組成多様性データセットおよびマイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つを生成することと
を含む、方法。
【請求項１３】
前記微生物核酸材料を処理することが、前記ｇＲＮＡ複合体を用いて、被験体の集団に由来する生物学的試料を処理することを含み、前記方法が、以下：
・少なくとも前記被験体の集団のサブセットと関係する補足的データセットを受容することであって、前記補足的データセットが、前記微生物関連状態の情報を提供する、受容することと、
・前記補足的データセット、ならびに前記マイクロバイオームの組成多様性データセットおよび前記マイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つから抽出されるフィーチャーを、前記微生物関連状態の特徴付けモデルに変換することと
をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
以下：
・配列を前記タンパク質および前記ｇＲＮＡと共有するユーザーに関係するｇＲＮＡ複合体、前記アダプター配列を共有するユーザーに関係するアダプター、および前記プライマー配列を共有するユーザーに関係するプライマーに基づいて、標的配列を前記標的セットと共有する前記ユーザー標的セットをシークエンシングすることであって、前記ユーザー標的セットはユーザーから収集されたユーザー生物学的試料に含まれる、ことと、
・シークエンシングした前記ユーザー標的セットに基づいて、ユーザーのマイクロバイオームデータセットを生成することと、
・前記ユーザーのマイクロバイオームデータセットおよび前記特徴付けモデルに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することと
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記マイクロバイオームに関係する特徴付けおよび治療モデルが、前記微生物関連状態を有する前記ユーザーに治療が奨励されるべきかどうかを示し、前記治療が、前記微生物関連状態の状況を改善するように、ユーザーのマイクロバイオームの組成を調節する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つに基づいて、ｇＲＮＡ配列を選択することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、前記標的セットに付随した平滑末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成するためのエンドヌクレアーゼを含み、前記末端領域をライゲーションすることが、前記平滑末端領域セットを、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記分類群セットに対応する前記標的セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ
ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）のうちの少なくとも１つと関係する複数の標的を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットおよび前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットが、前記複数の標的の実質的に同時のシークエンシングを容易にする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットが、次世代シークエンシングプラットフォームを用いる次世代シークエンシングを容易にし、前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づいて、前記次世代シークエンシングプラットフォームを用いて、次世代シークエンシングを実施することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項２１】
前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記アダプター配列に付随する前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットに基づいて、前記標的セットの増幅を実施することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項２２】
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃａｓ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、およびｃｍｒのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項１２に記載の方法。
【請求項２３】
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、Ｃａｓ９およびＣｐｆ１のうちの少なくとも１つを含むタンパク質タイプと関係する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記末端領域を生成することが、以下：
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した粘着末端領域を生成することと、
・前記粘着末端領域を処理して、前記標的セットに付随した平滑末端領域を生成することとを含み、ここで前記末端領域を、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることが、前記平滑末端領域を前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項２５】
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ（属）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ（属）、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（科）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（属）、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ（属）、Ｇｅｍｅｌｌａ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ（目）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ（属）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ（属）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ（属）、Ｍｏｒｙｅｌｌａ（属）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ（属）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ（科）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ（属）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｓｎｅａｔｈｉａ（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ（属）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ａｌｇｏｒｉｐｈａｇｕｓ  ａｑｕａｔｉｌｉｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｔｒａｄｉｕｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｓｈｃｈｉｎｏｅｎｓｉｓ（種）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．  ｓｕｉｓ（種）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ  ｅｘｔｒｕｃｔａ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｆｕｎｇｏｒｕｍ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｈｅｎｏｌｉｒｕｐｔｒｉｘ（種）、Ｃａｌｄｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔ��ｒ  ｓｐｐ．（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｒｕｓｅｉ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｉｒｅｒｄｉｉ（種）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（種）、Ｃｈｏｎｄｒｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｂｕｓｔｕｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ＢＶＡＢ２（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ＢＶＡＢ３（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｖｅｎｄｉｓｈｉｉ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ（種）、Ｃｒｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｙｃｈｒｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｄｉｃｋｅｙａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｇｇｅｒｔｈｉａ  ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｅｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ（種）、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｙｌｉｃｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ（種）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ（種）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ＢＶＡＢ１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  Ｓｈｉｒｏｔａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ＦＪ８６１１１１．１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ株Ｓ−ＰＴ８４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（株ＢＭＸ  ５４）（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＢＭＸ  ５４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＲ−１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．（属）、Ｍａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．（属）、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｍｕｌｉｅｒｉｓ（種）、Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｇｌｙｃｅｒｉｎｉ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｍｕｒｉｓ（種）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（種）、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ（種）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．（属）、Ｐａｒａｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｈａｒｅｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉａｅ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｌｅｖｉｉ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｕｅｎｏｎｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｍｎｉｉ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｉｖｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｉｓｉｅｎｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｐｉｃｋｅｔｔｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｓａｎｇｕｉｂａｃｔｅｒ  ｋｅｄｄｉｅｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ａｍｎｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｉａｅ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｐｈｏ  ａｔｌａｎｔｉｃｕｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｖｉｒｇａ  ｌｉｅｎｉｉ（種）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ（種）、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａ  ｂｅｒｎａｒｄｉａｅ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｍｏｎｔｐｅｌｌｉｅｒｅｎｓｉｓ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ（種）、Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｒｏｏｍｉｉ（種）、Ｚｏｂｅｌｌｉａ  ｌａｍｉｎａｒｉａｅ（種）、ＨＰＶ  ３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  １６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  １８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ４３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ４５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５２（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５４（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ（ウイルス）、およびＨＰＶ（複数の型）（ウイルス）のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
当業者であれば、前述の詳細な説明、ならびに図面および特許請求の範囲から認識するように、本発明の実施形態には、以下の特許請求の範囲に定められている本発明の範囲から逸脱することなく、修正および変更をなし得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
生物学的試料と関係するユーザーの微生物関連状態を特徴付けるための改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・エンドヌクレアーゼ、および前記微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記生物学的試料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成することと、
・前記末端領域セットを、アダプター配列を共有し、前記標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように構成されたアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域セット、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットを増幅させることと、
・増幅させた前記標的セットに基づいて、前記ユーザーの微生物配列データセットを生成することと、
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することとを含み、ここで前記マイクロバイオームに関係する特徴付けが、前記微生物関連状態の状況を改善する際に、前記ユーザーの前記マイクロバイオームの修正を容易にするように構成されている、方法。
(項目２)
前記標的セットを増幅させることが、増幅バイアスを低減させるために、前記プライマー配列を共有するプライマーからなる前記プライマーセットに基づく、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記標的セットを増幅させることが、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体を用いて、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づく多重増幅を実施することを含み、前記微生物配列データセットを生成することが、前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、前記微生物配列データセットを生成することを含む、項目１に記載の方法。
(項目４)
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、オンターゲット活性を最適化するために、ｇＲＮＡ設計因子セットに基づいて、ｇＲＮＡ配列をランク付けすることを含む、項目１に記載の方法。
(項目５)
前記ｇＲＮＡ設計因子が、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つを含む、項目４に記載の方法。
(項目６)
前記ｇＲＮＡが、１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域と関係する標的セットに対するものである、項目４に記載の方法。
(項目７)
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）のうちの少なくとも１つを含む、項目１に記載の方法。
(項目８)
前記微生物関連状態が、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎臓結石、心血管系健康状態、および不安症のうちの少なくとも１つを含む腸関連状態を含む、項目７に記載の方法。
(項目９)
前記微生物関連状態について、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームフィーチャーの存在、前記マイクロバイオームフィーチャーの不在、前記分類群セットの分類学的群の相対存在量、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの組成フィーチャーの多様性、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの機能フィーチャーの多様性、前記分類群セットと関係する前記マイクロバイオームフィーチャーのうちの少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類群セット間の相互作用、および前記分類群セット間の系統学的距離のうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、項目１に記載の方法。
(項目１０)
前記ユーザーの前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームの組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオームの機能多様性フィーチャーのうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、項目１に記載の方法。
(項目１１)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記エンドヌクレアーゼが、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、ｃｍｒ、およびＣＲＩＳＰＲに関係するタンパク質ファミリーのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、項目１に記載の方法。
(項目１２)
改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・タンパク質、および微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域を生成することと、
・前記末端領域を、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットのシークエンシングを実施することと、
・シークエンシングした前記標的セットに基づいて、マイクロバイオームの組成多様性データセットおよびマイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つを生成することと
を含む、方法。
(項目１３)
前記微生物核酸材料を処理することが、前記ｇＲＮＡ複合体を用いて、被験体の集団に由来する生物学的試料を処理することを含み、前記方法が、以下：
・少なくとも前記被験体の集団のサブセットと関係する補足的データセットを受容することであって、前記補足的データセットが、前記微生物関連状態の情報を提供する、受容することと、
・前記補足的データセット、ならびに前記マイクロバイオームの組成多様性データセットおよび前記マイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つから抽出されるフィーチャーを、前記微生物関連状態の特徴付けモデルに変換することと
をさらに含む、項目１２に記載の方法。
(項目１４)
以下：
・ユーザーから、ユーザー生物学的試料を収集することであって、前記ユーザー生物学的試料が、標的配列を前記標的セットと共有するユーザー標的セットを含む、収集することと、
・配列を前記タンパク質および前記ｇＲＮＡと共有するユーザーに関係するｇＲＮＡ複合体、前記アダプター配列を共有するユーザーに関係するアダプター、および前記プライマー配列を共有するユーザーに関係するプライマーに基づいて、前記ユーザー標的セットをシークエンシングすることと、
・シークエンシングした前記ユーザー標的セットに基づいて、ユーザーのマイクロバイオームデータセットを生成することと、
・前記ユーザーのマイクロバイオームデータセットおよび前記特徴付けモデルに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することと
をさらに含む、項目１３に記載の方法。
(項目１５)
前記マイクロバイオームに関係する特徴付けおよび治療モデルに基づいて、前記微生物関連状態を有する前記ユーザーに治療を奨励することをさらに含み、前記治療が、前記微生物関連状態の状況を改善するように、ユーザーのマイクロバイオームの組成を調節する、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つに基づいて、ｇＲＮＡ配列を選択することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目１７)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、前記標的セットに付随した平滑末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成するためのエンドヌクレアーゼを含み、前記末端領域をライゲーションすることが、前記平滑末端領域セットを、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
前記分類群セットに対応する前記標的セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ
ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）のうちの少なくとも１つと関係する複数の標的を含む、項目１２に記載の方法。
(項目１９)
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットおよび前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットが、前記複数の標的の実質的に同時のシークエンシングを容易にする、項目１８に記載の方法。
(項目２０)
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットが、次世代シークエンシングプラットフォームを用いる次世代シークエンシングを容易にし、前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づいて、前記次世代シークエンシングプラットフォームを用いて、次世代シークエンシングを実施することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２１)
前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記アダプター配列に付随する前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットに基づいて、前記標的セットの増幅を実施することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２２)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃａｓ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、およびｃｍｒのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、項目１２に記載の方法。
(項目２３)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、Ｃａｓ９およびＣｐｆ１のうちの少なくとも１つを含むタンパク質タイプと関係する、項目２２に記載の方法。
(項目２４)
前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記末端領域を生成することが、以下：
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した粘着末端領域を生成することと、
・前記粘着末端領域を処理して、前記標的セットに付随した平滑末端領域を生成することとを含み、ここで前記末端領域を、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることが、前記平滑末端領域を前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２５)
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ（属）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ（属）、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（科）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（属）、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ（属）、Ｇｅｍｅｌｌａ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ（目）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ（属）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ（属）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ（属）、Ｍｏｒｙｅｌｌａ（属）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ（属）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ（科）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ（属）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｓｎｅａｔｈｉａ（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ（属）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ａｌｇｏｒｉｐｈａｇｕｓ  ａｑｕａｔｉｌｉｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｔｒａｄｉｕｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｓｈｃｈｉｎｏｅｎｓｉｓ（種）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．  ｓｕｉｓ（種）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ  ｅｘｔｒｕｃｔａ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｆｕｎｇｏｒｕｍ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｈｅｎｏｌｉｒｕｐｔｒｉｘ（種）、Ｃａｌｄｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔ��ｒ  ｓｐｐ．（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｒｕｓｅｉ（種）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｉｒｅｒｄｉｉ（種）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（種）、Ｃｈｏｎｄｒｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｂｕｓｔｕｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ＢＶＡＢ２（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ＢＶＡＢ３（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｖｅｎｄｉｓｈｉｉ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ（種）、Ｃｒｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｙｃｈｒｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｄｉｃｋｅｙａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｇｇｅｒｔｈｉａ  ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｅｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ（種）、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｙｌｉｃｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ（種）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ（種）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ＢＶＡＢ１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  Ｓｈｉｒｏｔａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ＦＪ８６１１１１．１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ株Ｓ−ＰＴ８４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（株ＢＭＸ  ５４）（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＢＭＸ  ５４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＲ−１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．（属）、Ｍａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．（属）、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｍｕｌｉｅｒｉｓ（種）、Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｇｌｙｃｅｒｉｎｉ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｍｕｒｉｓ（種）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（種）、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ（種）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．（属）、Ｐａｒａｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｈａｒｅｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉａｅ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｌｅｖｉｉ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｕｅｎｏｎｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｍｎｉｉ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｉｖｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｉｓｉｅｎｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｐｉｃｋｅｔｔｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｓａｎｇｕｉｂａｃｔｅｒ  ｋｅｄｄｉｅｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ａｍｎｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｉａｅ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｐｈｏ  ａｔｌａｎｔｉｃｕｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｖｉｒｇａ  ｌｉｅｎｉｉ（種）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ（種）、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａ  ｂｅｒｎａｒｄｉａｅ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｍｏｎｔｐｅｌｌｉｅｒｅｎｓｉｓ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ（種）、Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｒｏｏｍｉｉ（種）、Ｚｏｂｅｌｌｉａ  ｌａｍｉｎａｒｉａｅ（種）、ＨＰＶ  ３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  １６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  １８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ３９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ４３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ４５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５２（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５４（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ５９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ  ６８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ（ウイルス）、およびＨＰＶ（複数の型）（ウイルス）のうちの少なくとも１つを含む、項目１２に記載の方法。