【手続補正書】
【提出日】令和2年5月13日(2020.5.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
可変重鎖領域（ＶＨ）、可変軽鎖領域（ＶＬ）、およびリンカーを含む単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質であって、
ここで、ＶＨは相補性決定領域ＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、およびＨＣ  ＣＤＲ３を含み、
ここで、ＶＬは相補性決定領域ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、およびＬＣ  ＣＤＲ３を含み、
ここで、
（ａ）ＨＣ  ＣＤＲ１のアミノ酸配列はＧＸ１Ｘ２Ｘ３ＮＸ４ＹＸ５Ｘ６Ｎ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２）に記載される通りであり、Ｘ１はフェニルアラニンまたはアスパラギンであり、Ｘ２はトレオニン、グルタミン酸、またはメチオニンであり、Ｘ３はフェニルアラニンまたはチロシンであり、Ｘ４はリジン、トレオニン、グリシン、アスパラギン、またはグルタミン酸であり、Ｘ５はアラニンまたはプロリンであり、Ｘ６はメチオニン、ロイシン、バリン、またはイソロイシンであり；
（ｂ）ＨＣ  ＣＤＲ２のアミノ酸配列はＲＩＲＳＸ７Ｘ８ＮＸ９ＹＸ１０ＴＸ１１ＹＸ１２ＤＸ１３ＶＫ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３）で記載される通りであり、Ｘ７はリジンまたはグリシンであり、Ｘ８はチロシンまたはセリンであり、Ｘ９はアスパラギンまたはリジンであり、Ｘ１０はアラニンまたはグルタミン酸であり、Ｘ１１はチロシンまたはグルタミン酸であり、Ｘ１２はアラニンまたはリジンであり、Ｘ１３はセリン、グルタミン酸、アスパラギン酸、アラニン、またはグルタミンであり；
（ｃ）ＨＣ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列はＨＸ１４ＮＦＸ１５Ｘ１６ＳＸ１７ＩＳＹＷＡＸ１８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４）で記載される通りであり、Ｘ１４はグリシン、アラニン、またはトレオニンであり、Ｘ１５はグリシンまたはアスパラギンであり、Ｘ１６はアスパラギンまたはアスパラギン酸であり、Ｘ１７はチロシン、ヒスチジン、プロリン、グルタミン、ロイシン、またはグリシンであり、Ｘ１８はチロシンまたはトレオニンであり；
（ｄ）ＬＣ  ＣＤＲ１のアミノ酸配列はＸ１９Ｘ２０Ｘ２１Ｘ２２ＧＸ２３ＶＸ２４Ｘ２５ＧＸ２６ＹＰＮ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５）に記載される通りであり、Ｘ１９はグリシンまたはアラニンであり、Ｘ２０はセリンまたはグルタミン酸であり、Ｘ２１はセリンまたはチロシンであり、Ｘ２２はトレオニン、フェニルアラニン、リジン、またはセリンであり、Ｘ２３はアラニンまたはチロシンであり、Ｘ２４はトレオニンまたはバリンであり、Ｘ２５はセリン、アスパラギン酸、リジン、ヒスチジン、またはバリンであり、Ｘ２６はアスパラギンまたはチロシンであり；
（ｅ）ＬＣ  ＣＤＲ２のアミノ酸配列はＧＸ２７Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６）で記載される通りであり、Ｘ２７はトレオニンまたはイソロイシンであり、Ｘ２８はリジン、グルタミン酸、チロシン、アスパラギン、またはセリンであり、Ｘ２９はフェニルアラニン、ロイシン、グルタミン酸、イソロイシン、メチオニン、またはバリンであり、Ｘ３０はロイシン、アスパラギン、またはグリシンであり、Ｘ３１はアラニンまたはバリンであり；および、
（ｆ）ＬＣ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列はＸ３２ＬＷＹＸ３３ＮＸ３４ＷＸ３５（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７）で記載される通りであり、Ｘ３２はバリン、トレオニン、またはアラニンであり、Ｘ３３はセリン、アスパラギン酸、またはアラニンであり、Ｘ３４はアルギニンまたはセリンであり、Ｘ３５はバリン、イソロイシン、またはアラニンであり、
ここで、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６、Ｘ２７、Ｘ２８、Ｘ２９、Ｘ３０、Ｘ３１、Ｘ３２  Ｘ３３、Ｘ３４、およびＸ３５は、同時に、それぞれフェニルアラニン、トレオニン、フェニルアラニン、リジン、アラニン、メチオニン、リジン、チロシン、アスパラギン、アラニン、チロシン、アラニン、セリン、グリシン、グリシン、アスパラギン、チロシン、チロシン、グリシン、セリン、セリン、トレオニン、アラニン、トレオニン、セリン、アスパラギン、トレオニン、リジン、フェニルアラニン、ロイシン、アラニン、バリン、セリン、アルギニン、およびバリンではなく、単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２２で記載されるアミノ酸配列に少なくとも８０％同一である、単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項２】
前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９４、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９５からなる群から選択されたアミノ酸配列を有する、請求項１に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項３】
前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、以下の式：
ｆ１−ｒ１−ｆ２−ｒ２−ｆ３−ｒ３−ｆ４−ｒ４−ｆ５−ｒ５−ｆ６−ｒ６−ｆ７
を含み、
式中、ｒ１はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２であり；ｒ２はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３であり；ｒ３はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４であり；ｒ４はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５であり；ｒ５はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６であり；および、ｒ６はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７であり；ここで、ｆ１、ｆ２、ｆ３、ｆ４、ｆ５、ｆ６、およびｆ７はフレームワーク残基であり、前記リンカーはｒ１、ｒ２、およびｒ３を含むＶＨと、ｒ４、ｒ５、およびｒ６を含むＶＬとを接続する、請求項１に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項４】
ｒ１はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３９であり、ｒ２はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４９であり、ｒ３はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５１であり、ｒ４はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６１であり、ｒ５はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８６であり、および、ｒ６はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８７である、請求項３に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項５】
ｒ１は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．３９、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４０を含み；ｒ２は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．４９、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５０を含み；ｒ３は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．５０、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６０を含み；ｒ４は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７３を含み；ｒ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７６、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．７９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８５、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８６を含み；および、ｒ６は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．８９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．９３を含む、請求項３に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項６】
前記リンカーは、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）で記載される通りのアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項７】
前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．２２（ｗｔ抗ＣＤ３）として記載される配列を含む単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質であり、
ここで、アミノ酸位置２７、２８、２９、３１、３３、３４、５４、５５、５７、５９、６１、６３、６５、１０２、１０５、１０６、１０８、１１４、１６３、１６４、１６５、１６６、１６８、１７０、１７１、１７３、１９３、１９４、１９５、１９６、１９７、２３１、２３５、２３７、および２３９から選択された１つ以上のアミノ酸残基が置換され、
ここで、１つ以上のアミノ酸残基の置換は：
アミノ酸位置２７はアスパラギンで置換され、
アミノ酸位置２８はグルタミン酸またはメチオニンで置換され、
アミノ酸位置２９はチロシンで置換され、
アミノ酸位置３１はアスパラギン、グリシン、グルタミン酸、またはトレオニンで置換され、
アミノ酸位置３３はプロリンで置換され、
アミノ酸位置３４はバリン、ロイシン、またはイソロイシンで置換され、
アミノ酸位置５４はグリシンで置換され、
アミノ酸位置５５はセリンで置換され、
アミノ酸位置５７はリジンで置換され、
アミノ酸位置５９はグルタミン酸で置換され、
アミノ酸位置６１はグルタミン酸で置換され、
アミノ酸位置６３はリジンで置換され、
アミノ酸位置６５はアスパラギン酸、グルタミン酸、アラニン、またはグルタミンで置換され、
アミノ酸位置１０２はアラニンまたはトレオニンで置換され、
アミノ酸位置１０５はアスパラギンで置換され、
アミノ酸位置１０６はアスパラギン酸で置換され、
アミノ酸位置１０８はヒスチジン、プロリン、グルタミン、グリシン、またはロイシンで置換され、
アミノ酸位置１１４はトレオニンで置換され、
アミノ酸位置１６３はアラニンで置換され、
アミノ酸位置１６４はグルタミン酸で置換され、
アミノ酸位置１６５はチロシンで置換され、
アミノ酸位置１６６はフェニルアラニン、リジン、またはセリンで置換され、
アミノ酸位置１６８はチロシンで置換され、
アミノ酸位置１７０はバリンで置換され、
アミノ酸位置１７１はアスパラギン酸、リジン、バリン、またはヒスチジンで置換され、
アミノ酸位置１７３はチロシンで置換され、
アミノ酸位置１９３はイソロイシンで置換され、
アミノ酸位置１９４はグルタミン酸、チロシン、アスパラギン、またはセリンで置換され、
アミノ酸位置１９５はロイシン、グルタミン酸、イソロイシン、メチオニン、またはバリンで置換され、
アミノ酸位置１９６はアスパラギンまたはグリシンで置換され、
アミノ酸位置１９７はバリンで置換され、
アミノ酸位置２３１はトレオニンまたはアラニンで置換され、
アミノ酸位置２３５はアスパラギン酸またはアラニンで置換され、
アミノ酸位置２３７はセリンで置換され、および、
アミノ酸位置２３９はアラニンまたはイソロイシンで置換される、
からなる群から選択される、請求項１に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項８】
単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、アミノ酸位置２７、２８、２９、３１、３３、３４、５４、５５、５７、５９、６１、６３、６５、１０２、１０５、１０６、１０８、１１４、１６３、１６４、１６５、１６６、１６８、１７０、１７１、１７３、１９３、１９４、１９５、１９６、１９７、２３１、２３５、２３７、および２３９以外のアミノ酸位置において１つ以上の追加の置換基を含む、請求項７に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項９】
前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、ｗｔ抗ＣＤ３で記載される通りのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２）を含み、前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、可変重鎖領域（ＶＨ）、可変軽鎖領域（ＶＬ）、および、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）で記載される通りのアミノ酸配列を含むリンカーを含み、ここで、ＶＨは相補性決定領域（ＣＤＲ）ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ここで、ＶＬは相補性決定領域ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、またはＬＣ  ＣＤＲ３を含み、および、前記単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質は、ＶＨのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、またはＣＤＲ３中に少なくとも１つの突然変異と、ＶＬのＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２、またはＬＣ  ＣＤＲ３中に少なくとも１つの突然変異とを含み、ここで、少なくとも１つの突然変異は、アミノ酸位置２６、３０、３２、３５、５０、５１、５２、５３、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６７、１０１、１０３、１０４、１０７、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１６７、１６９、１７２、１７４、１７５、１７６、１９２、１９８、２３２、２３３、２３４、２３６、または２３８にはない、請求項１に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項１０】
２７、２８、２９、３１、３３、３４、５４、５５、５７、５９、６１、６３、６５、１０２、１０５、１０６、１０８、１１４、１６３、１６４、１６５、１６６、１６８、１７０、１７１、１７３、１９３、１９４、１９５、１９６、１９７、２３１、２３５、２３７、および２３９からなる群から選択されたアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、請求項９に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項１１】
請求項１−１０のいずれか１つの単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１１のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１３】
請求項１２のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項１４】
（ｉ）請求項１−１０のいずれか１つの単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質、請求項１１のポリヌクレオチド、請求項１２のベクター、または請求項１３の宿主細胞、および、（ｉｉ）薬学的に許容可能な担体を含む、医薬組成物。
【請求項１５】
請求項１−１０のいずれか１つの単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質の産生のためのプロセスであって、
前記プロセスは、単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項１−１０のいずれか１つの単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質をコードする核酸配列を含むベクターで形質転換されたまたはトランスフェクトされた宿主を培養すること、および、培養物から生成されたタンパク質を回収および精製することを含む、プロセス。
【請求項１６】
被験体における増殖性疾患、腫瘍性疾患、炎症性疾患、免疫学的障害、自己免疫性疾患、感染症、ウイルス性疾患、アレルギー反応、寄生虫性反応、移植片対宿主病、または宿主対移植片病の処置または改善で使用するための請求項１−１１のいずれか１つに記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項１７】
被験体はヒトである、請求項１６に記載の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質。
【請求項１８】
請求項１の単鎖可変フラグメントＣＤ３結合タンパク質を含む、多特異性の結合タンパク質。