【手続補正書】
【提出日】令和2年11月4日(2020.11.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
顔面肩甲上腕型筋ジストロフィーを有する対象を処置するための医薬組成物であって、対象にＤＵＸ４遺伝子発現のエピジェネティックな修飾因子の有効量を含み、ここで、前記エピジェネティックな修飾因子が、対象の筋細胞においてＤＵＸ４遺伝子発現を低下させる、前記組成物。
【請求項２】
エピジェネティックな修飾因子が、対象の筋細胞においてＺＳＣＡＮ４遺伝子発現を低下させる、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
ＤＵＸ４遺伝子発現のエピジェネティックな修飾因子が、対象の筋細胞においてＴＲＩＭ４３またはＺＳＣＡＮ４を阻害しない、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
ＤＵＸ４遺伝子発現のエピジェネティックな修飾因子が、１つ以上の筋原性制御遺伝子を阻害しない、請求項１または請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
１つ以上の筋原性制御遺伝子が、ミオゲニン（ＭｙｏＧ）、ｍｙｏＤ、およびミオシン重鎖（ＭｙＨＣ）である、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
エピジェネティックな修飾因子が、ＪＱ１、またはＪＱ１のアナログではない、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、デメチラーゼ酵素の阻害剤である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
デメチラーゼが、リジン特異的デメチラーゼである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
リジン特異的デメチラーゼが、ＫＤＭ４Ａ、ＫＤＭ４Ｂ、ＫＤＭ４Ｃ、ＫＤＭ４Ｄ、ＫＤＭ６Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、およびＰＨＦ２からなる群より選択される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
リジン特異的デメチラーゼが、ＫＤＭＣ４Ｃであり、エピジェネティックな修飾因子が、ＫＤＭ４Ｃを特異的に阻害する、請求項８または９に記載の組成物。
【請求項１１】
エピジェネティックな修飾因子が、ブロモドメイン含有タンパク質（ＢＲＤ）の阻害剤である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＲＤ２、ＢＲＤ３、ＢＲＤＴ、ＡＳＨ１Ｌ、ＢＲＰＦ１、ＢＲＰＦ３、ＢＰＴＦ、ＢＡＺ１Ａ、ＢＡＺ１Ｂ、またはＢＡＺ２Ａである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＲＤ２であり、エピジェネティックな修飾因子が、ＢＲＤ２を特異的に阻害する、請求項１１または１２に記載の組成物。
【請求項１４】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＡＺ１Ａであり、エピジェネティックな修飾因子が、ＢＡＺ１Ａを特異的に阻害する、請求項１１または１２に記載の組成物。
【請求項１５】
エピジェネティックな修飾因子が、クロマチンリモデリングタンパク質の阻害剤である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
クロマチンリモデリングタンパク質が、ＳＭＡＲＣＡ５またはＳＭＡＲＣＢ１である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
クロマチンリモデリングタンパク質が、ＳＭＡＲＣＡ５であり、エピジェネティックな修飾因子が、ＳＭＡＲＣＡ５を特異的に阻害する、請求項１５または１６に記載の組成物。
【請求項１８】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、メチルトランスフェラーゼ酵素の阻害剤である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
メチルトランスフェラーゼが、ＣＡＲＭ１、ＤＯＴ１Ｌ、ＫＭＴ２Ａ、ＫＭＴ２Ｃ、ＫＭＴ２Ｅ、ＰＲＭＴ１、ＳＥＴＤ１Ａ、ＳＥＴＤ１Ｂ、ＳＭＹＤ３、またはＡＳＨ１Ｌである、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
メチルトランスフェラーゼが、ＡＳＨ１Ｌであり、エピジェネティックな修飾因子が、ＡＳＨ１Ｌを特異的に阻害する、請求項１８または１９に記載の組成物。
【請求項２１】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、核酸、ポリペプチド、または小分子である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２２】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、核酸である、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、およびアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）からなる群より選択される干渉性核酸である、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、表１において列記される干渉性核酸である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、ポリペプチドである、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
ポリペプチドが、抗体である、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子が、小分子である、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２８】
筋細胞が、最終分化した筋細胞である、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２９】
有効量が、対象の筋細胞にex vivoで投与される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３０】
転写活性ＤＵＸ４遺伝子の存在に基づいて、ＦＳＨＤを有する対象が同定される、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３１】
筋細胞が、エピジェネティックな修飾因子の有効量の投与の前に、染色体４ｑ３５においてエピジェネティックに調節不全となったＤ４Ｚ４アレイを含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３２】
エピジェネティックに調節不全となったＤ４Ｚ４アレイが、１１個より少ない反復単位を含む、請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
投与の前および／または後に、対象のＤＵＸ４発現レベルが評価され、ここで、ＤＵＸ４発現レベルの変化が、処置の有効性を示す、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３４】
ＤＵＸ４遺伝子発現のエピジェネティックな修飾因子を同定するための方法であって、以下：
（ｉ）ＤＵＸ４の発現により特徴づけられる細胞を、ＤＵＸ４の推定のクロマチンモディファイアーの発現または活性を修飾するための候補の剤と接触させること；
（ｉｉ）細胞におけるＤＵＸ４の発現レベルを検出すること；ならびに、
（ｉｉｉ）候補の剤との接触の後でＤＵＸ４の発現レベルが対照細胞と比較して低下した場合に、候補の剤を、ＤＵＸ４のエピジェネティックな修飾因子として同定すること
を含む、前記方法。
【請求項３５】
ＤＵＸ４がＤＵＸ４全長（ＤＵＸ４−ｆｌ）である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
細胞が、筋細胞、任意に最終分化した筋細胞である、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
細胞が、ＦＳＨＤを有するか、またはこれを有することが疑われる対象から得られる、請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
細胞が、染色体４ｑ３５において、エピジェネティックに調節不全となったＤ４Ｚ４アレイを含む、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
Ｄ４Ｚ４アレイが、１１個より少ない反復単位を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
候補の剤が、化合物ライブラリーから選択される、請求項３４〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
ライブラリーが、デメチラーゼ阻害剤を含むか、またはこれからなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
デメチラーゼ阻害剤が、リジン特異的デメチラーゼ阻害剤である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
ライブラリーが、ブロモドメイン阻害剤を含むか、またはこれからなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
ライブラリーが、クロマチンリモデリングタンパク質の阻害剤を含むか、またはこれからなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
ライブラリーが、メチルトランスフェラーゼ阻害剤を含むか、またはこれからなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
候補の剤が、核酸、ポリペプチド、または小分子である、請求項３４〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
候補の剤が、核酸である、請求項３４〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
核酸が、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、およびアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）からなる群より選択される干渉性核酸である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
候補の剤が、ポリペプチドである、請求項３４〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
ポリペプチドが、抗体である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
候補の剤が、小分子である、請求項３４〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
検出が、ハイブリダイゼーションベースのアッセイ、ウェスタンブロット、フローサイトメトリー、定量リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）またはＦＡＣＳにより行われる、請求項３４〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
細胞においてＤＵＸ４の発現を阻害するための方法であって、細胞を、組み換え遺伝子編集複合体の有効量と接触させることを含み、ここで、遺伝子編集複合体は、細胞において、リジン特異的デメチラーゼ、ＢＲＤタンパク質、メチルトランスフェラーゼ、またはクロマチンリモデリングタンパク質の発現を阻害する、前記方法。
【請求項５４】
組み換え遺伝子編集複合体が、Ｃａｓタンパク質、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはメガヌクレアーゼを含む、請求項５３に記載の方法
【請求項５５】
Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９タンパク質、Ｃｐｆ１タンパク質、またはそのバリアントである、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
Ｃａｓタンパク質が、不活性型Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）タンパク質である、請求項５４または５５に記載の方法。
【請求項５７】
Ｃａｓタンパク質が、配列番号３１において記載される配列を含む、請求項５４〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
組み換え遺伝子編集複合体が、転写抑制因子ドメインをさらに含む、請求項５３〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
転写抑制因子ドメインが、ＫＲＡＢドメインである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
遺伝子編集複合体が、配列番号２９において記載される配列を含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
組み換え遺伝子編集複合体は、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、任意に一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）をさらに含む、請求項５５〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、リジン特異的デメチラーゼ、ＢＲＤタンパク質、メチルトランスフェラーゼ、またはクロマチンリモデリングタンパク質をコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズする、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
リジン特異的デメチラーゼが、ＫＤＭ４Ｃである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＲＤ２である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＡＺ１Ａである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６６】
メチルトランスフェラーゼが、ＡＳＨ１Ｌである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６７】
クロマチンリモデリングタンパク質が、ＳＭＡＲＣＡ５である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６８】
組み換え遺伝子編集複合体が、ウイルスベクター、任意にレンチウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターにより細胞に送達される、請求項５３〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
細胞が、筋細胞、任意に最終分化した筋細胞である、請求項５３〜６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
以下：
（ｉ）組み換え遺伝子編集タンパク質；および
（ｉｉ）リジン特異的デメチラーゼ、ＢＲＤタンパク質、メチルトランスフェラーゼ、またはクロマチンリモデリングタンパク質をコードする標的遺伝子に特異的にハイブリダイズするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ここで、細胞における標的遺伝子へのガイド鎖の結合が、細胞におけるＤＵＸ４遺伝子発現の阻害をもたらす、
を含む、組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７１】
組み換え遺伝子編集タンパク質が、Ｃａｓタンパク質、任意にＣａｓ９タンパク質、Ｃｆｐ１タンパク質、またはそのバリアントを含む、請求項７０に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７２】
Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９タンパク質または不活性型Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）タンパク質であり、任意にここで、ｄＣａｓ９タンパク質が、配列番号２９において記載される配列を含む、請求項７１に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７３】
組み換え遺伝子編集複合体が、転写抑制因子ドメインをさらに含む、請求項７０〜７２のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７４】
転写抑制因子ドメインが、ＫＲＡＢドメインである、請求項７３に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７５】
リジン特異的デメチラーゼが、ＫＤＭ４Ｃである、請求項７０〜７４のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７６】
ＢＲＤタンパク質が、ＢＲＤ２またはＢＡＺ１Ａである、請求項７０〜７４のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７７】
メチルトランスフェラーゼが、ＡＳＨ１Ｌである、請求項７０〜７４のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７８】
クロマチンリモデリングタンパク質が、ＳＭＡＲＣＡ５である、請求項７０〜７４のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体。
【請求項７９】
ガイド鎖が、配列番号２０〜２７から選択される配列を含むか、またはこれからなる、請求項７０〜７８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８０】
請求項７０〜７９のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体、およびウイルスベクター、任意にレンチウイルスベクターまたは組み換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクターを含む、組成物。
【請求項８１】
薬学的に受入可能な賦形剤を含む、請求項８０に記載の組成物。
【請求項８２】
それを必要とする対象において顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）を処置するための医薬組成物であって、対象に、請求項７０〜７９のいずれか一項に記載の組み換え遺伝子編集複合体または請求項８０または８１に記載の組成物の治療有効量を含む、前記組成物。
【請求項８３】
組み換え遺伝子編集複合体が、ウイルスベクター、任意にレンチウイルスベクターまたは組み換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクターにより、対象に投与される、請求項８２に記載の組成物。
【請求項８４】
対象が、哺乳動物、任意にヒトである、請求項８２または８３に記載の組成物。
【請求項８５】
注射、任意に筋肉内注射または静脈内注射によって投与されるものである、請求項８２〜８４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８６】
組み換え遺伝子編集複合体が、対象の筋細胞、任意に対象の最終分化した筋細胞、筋幹細胞、筋サテライト細胞、または筋芽細胞に投与される、請求項８２〜８５のいずれか一項に記載の組成物。