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　特願２０１１−５４４６３７「標的核酸の交差プライミング増幅」拒絶査定不服審判事件〔平成２２年　７月１５日国際公開、ＷＯ２０１０／０８０６９１、平成２４年　６月２８日国内公表、特表２０１２−５１４４６１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成２２（２０１０）年１月６日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　２００９年１月６日　米国（ＵＳ））を国際出願日とする特許出願であって、主な経緯は次のとおりである。
平成２６年　３月１３日付け　拒絶理由通知書
平成２６年　６月１７日　　　意見書・手続補正書
平成２６年１２月２５日付け　拒絶査定
平成２７年　４月２２日　　　審判請求書・手続補正書
第２　本願発明
　本願請求項１〜１６に係る発明は、平成２７年４月２２日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜１６に記載された事項により特定されるとおりのものであると認める。そのうち、本願請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という）は、以下のとおりのものである。
「標的核酸配列の増幅方法であって、
　ａ）少なくとも第１の交差増幅プライマー及び第２の交差増幅プライマーと、少なくとも第１の置換プライマー及び第２の置換プライマーとを設計する工程であって、
　前記第１の交差増幅プライマーが、標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列と、前記第２の交差増幅プライマーのハイブリッド形成配列と同じ互換配列と、前記ハイブリッド形成配列と前記互換配列とを連結する連結配列とを含み、
　前記第２の交差増幅プライマーが、標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列と、前記第１の交差増幅プライマーのハイブリッド形成配列と同じ互換配列と、前記ハイブリッド形成配列と前記互換配列とを連結する連結配列とを含み、
　前記第１の置換プライマーが前記第１の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第１の交差増幅伸長鎖を置き換え、
　第２の置換プライマーが前記第２の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第２の交差増幅伸長鎖を置き換える、工程と、
　ｂ）交差プライミングハイブリッド形成部位が標的核酸配列の末端に導入され、それにより交差増幅プライマー部位を含む標的核酸配列が産生されるように、等温条件下でＤＮＡポリメラーゼの存在下において前記交差増幅プライマー及び前記置換プライマーを標的配列に導入することにより、交差プライミング部位を生成する工程と、
　ｃ）前記交差ハイブリッド形成プライマーの反復的なハイブリッド形成及び伸長を介して、交差増幅プライマー部位を含む前記標的核酸配列を増幅する工程と、
を含む、方法。」
第３　引用例及び周知例の記載事項
１．引用例１
　原査定の拒絶理由で引用文献１として引用された、本願の優先日前に頒布された刊行物である、J.Clin. Microbiol.,2009,Vol.47,No.3,p.845-847 (Published ahead of print on  30 Dec.2008)（以下、「引用例１」という）には、次の事項が記載されている。なお、翻訳は当審によるものである。
（１−ａ）「交差プライミング増幅（ＣＰＡ）技術は、ウスターバイオテクノロジー株式会社による等温ＤＮＡ増幅システムからの最近の発明である。多数の交差結合されたプライマー（６〜８のプライマー）を用いることで、ＤＮＡ標的配列が一定温度で増幅されることが可能になる（図１）。」（８４５頁左欄１９〜２３行目）
　
（１−ｂ）「
図１．ＣＰＡスキーム。適切な一定温度（６５℃）の下で、ＤＮＡ分子の変性及びアニーリングがダイナミックに起こる。多数のプライマーを用いることで、ＰＣＲ産物が標的領域の区間タンデムリピートとして生成される。」（図１）
（１−ｃ）「ＴＢの迅速な診断のためのいくつかの他の手法が記述されている。ループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）は、Ｍ．ツベキュロシスを検出するための新しい有望な手法である（３，６）。」（８４７頁左欄７〜１０行目）
２．周知例１
　拒絶査定で「常套手段」として指摘した周知技術を示す、本願の優先日前に頒布された刊行物である、Nucleic Acids Res.,2000,Vol.28,No.12,e63（以下、「周知例１」という。）には、次の事項が記載されている。なお、翻訳は当審によるものである。
　また、下線は当審にて付記したものである。以下、同様である。
（２−ａ）「ＬＡＭＰ法
この方法は、高い鎖置換活性を有するＤＮＡポリメラーゼ、並びに２つの特別に設計されたインナー及び２つのアウタープライマーのセットによって行われる自動サイクリング鎖置換ＤＮＡ合成に依拠している。・・・インナープライマーはそれぞれフォワードインナープライマー（ＦＩＰ）及びバックワードインナープライマー（ＢＩＰ）と称され、そのそれぞれは、標的ＤＮＡのセンス及びアンチセンス配列に対応する２つの異なる配列を含み、一つは、最初の段階のプライミングのためであり、もう一つは後の段階の自己プライミングのためである。・・・
ＦＩＰは、Ｆ１ｃ、ＴＴＴＴスペーサー及びＦ２ｃと相補的な配列（Ｆ２）を含む。ＢＩＰは、Ｂ１と相補的な配列（Ｂ１ｃ）、ＴＴＴＴスペーサー及びＢ２を含む。
３．周知例２
　拒絶査定で「常套手段」として指摘した周知技術を示す、本願の優先日前に頒布された刊行物である、国際公開第２００７／０６６８３１号（以下、「周知例２」という。）には、次の事項が記載されている。なお、翻訳は対応する国内公表公報である特表２００９−５１８００１号公報によるものである。
（３−ａ）「本発明で用いる
増幅法「LAMP法」は、等温遺伝子増幅法の1種であり、
  ここで、LAMP法におけるプライマー設計及び得られる増幅産物について、図1および図2を参照して説明する。図1は、検出されるべき二本鎖DNAを示している。従来、LAMP増幅産物においては、ターゲット配列が、増幅産物のステム・アンド・ループ構造の中央に位置されていた(図2)。ターゲット配列を増幅・検出しようとする場合、該ターゲット配列の両側に位置する配列に基づいて、合計4種類のプライマー配列（FIPプライマー、Ｆ3プライマー、BIPプライマー、B3プライマー）を決定する。
FIPプライマーおよびBIPプライマーは、各々二つの領域（FIP＝F1c＋F2、BIP＝B2＋B1c）を含んでいる。
（３−ｂ）「本発明のプライマーは、これらのプライマー領域が、それぞれ直接連結されてもよく、または
スペーサーを介して連結されていてもよいことは当業者には明らかであろう。プライマーの各配列間、あるいは末端側には1〜100ヌクレオチド、好ましくは2〜30ヌクレオチド程度の配列（スペーサー）が含まれていても構わない。核酸プライマーの長さは15〜200ヌクレオチド程度であり、好ましくは20〜100ヌクレオチド、更に好ましくは40〜60ヌクレオチドである。
４．周知例３
　拒絶査定で「常套手段」として指摘した周知技術を示す、本願の優先日前に頒布された刊行物である、特表２００８−５４１６９９号公報（以下、「周知例３」という。）には、次の事項が記載されている。
（４−ａ）「他の態様では、ターゲットアンプリコン長は
キメラプライマーのターゲット特異的部分とキメラプライマーにおけるユニバーサル配列の間の少なくとも１個の「スペーサー」ヌクレオチドの付加により制御される。このようにアンプリコンに付加されるヌクレオチド数は限定されず、その結果、多重ＰＣＲ反応（ＵＭＰ−ＰＣＲ）で生成される複数のアンプリコンは（例えばキャピラリー電気泳動で分解されることにより）相互に区別可能な異なる長さをもつことができる。
第４　引用例１に記載された発明
　引用例１記載事項（１−ａ）、及び引用例１記載事項（１−ｂ）に示した図１より、引用例１には、５’側にＰＲａ、３’側にＰＦｓを含む交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）、及び当該ＰＲａ−ＰＦｓの５’側に位置する置換プライマー（ＤＰ１ｓ）が記載されており（Cross Priming Amplificationの枠内の左上）、５’側にＰＦｓ、３’側にＰＲａを含む交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）、及び当該ＰＦｓ−ＰＲａの５’側に位置する置換プライマー（ＤＰ２ａ）が記載されている（Cross Priming Amplificationの枠内の左下）。ここで、ＰＦｓはＤＮＡ標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッドを形成し、ＰＲａはＤＮＡ標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッドを形成していることが把握できる（図１Ａの上、真ん中）。
　また、図１Ａの上から真ん中への反応において、ＤＰ１ｓが伸長してＰＲａ−ＰＦｓによる増幅伸長鎖を置き換えており、図１Ａの真ん中から下への反応において、ＤＰ２ａが伸長してＰＦｓ−ＰＲａによる増幅伸長鎖を置き換えていることが把握できる。
　そして、一定温度下において、２つの交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ及びＰＦｓ−ＰＲａ）並びに２つの置換プライマー（ＤＰ１ｓ及びＤＰ２ａ）を用いたＢｓｔＤＮＡポリメラーゼによる伸長及び置換を行うことによって、ＤＮＡ標的配列を挟んでＰＦａの３’側にＰＲｓ、ＰＲａの５’側にＰＦｓが導入された交差プライミング部位（図１Ａの下）を生成することが記載されている。
　さらに、上記交差プライミング部位を利用して、上記交差プライマーを用いたＢｓｔＤＮＡポリメラーゼによる伸長を繰り返すことによって、上記交差プライミング部位を含むＤＮＡ標的配列を増幅することが記載されている（図１Ｂ）。
　以上の内容を整理すると、引用例１には、次の発明（以下、「引用発明」という）が記載されていると認められる。
「ＤＮＡ標的配列の増幅方法であって、
　ａ）交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）及び交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）と、置換プライマー（ＤＰ１ｓ）及び置換プライマー（ＤＰ２ａ）とを設計する工程であって、
　前記交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）が、ＤＮＡ標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列（ＰＦｓ）を含み、
　前記交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）が、ＤＮＡ標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列（ＰＲａ）を含み、
　前記置換プライマー（ＤＰ１ｓ）が前記交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）の５’側に位置しており、伸長時にＰＲａ−ＰＦｓによる増幅伸長鎖を置き換え、
　置換プライマー（ＤＰ２ａ）が前記交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）の５’側に位置しており、伸長時にＰＦｓ−ＰＲａによる増幅伸長鎖を置き換える、工程と、
　ｂ）交差プライミング部位がＤＮＡ標的配列を挟んで導入され、それにより交差プライミング部位を含む標的配列が増幅されるように、一定温度下においてＢｓｔＤＮＡポリメラーゼの存在下において前記交差プライマー及び前記置換プライマーをＤＮＡ標的配列に導入することにより、交差プライミング部位を生成する工程と、
　ｃ）前記交差プライマーを用いた伸長を繰り返すことによって、交差プライミング部位を含むＤＮＡ標的配列を増幅する工程と、
を含む、方法。」 
第５　対比
　本願発明と引用発明を対比する。
　引用発明の「ＤＮＡ標的配列」は本願発明の「標的核酸配列」に相当し、引用発明の「交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）」は本願発明の「第１の交差増幅プライマー」に相当し、引用発明の「交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）」は本願発明の「第２の交差増幅プライマー」に相当し、引用発明の「置換プライマー（ＤＰ１ｓ）」は本願発明の「第１の置換プライマー」に相当し、引用発明の「置換プライマー（ＤＰ２ａ）」は本願発明の「第２の置換プライマー」に相当する。
　また、引用発明の
「前記交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）が、ＤＮＡ標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列（ＰＦｓ）を含み、
　前記交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）が、ＤＮＡ標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列（ＰＲａ）を含み、」は、
　本願発明の
「前記第１の交差増幅プライマーが、標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列を含み、
　前記第２の交差増幅プライマーが、標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列を含み、」に相当する。
　そして、引用発明の
「前記置換プライマー（ＤＰ１ｓ）が前記交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）の５’側に位置しており、伸長時にＰＲａ−ＰＦｓによる増幅伸長鎖を置き換え、
　置換プライマー（ＤＰ２ａ）が前記交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）の５’側に位置しており、伸長時にＰＦｓ−ＰＲａによる増幅伸長鎖を置き換える、工程」は、
　本願発明の
「前記第１の置換プライマーが前記第１の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第１の交差増幅伸長鎖を置き換え、
　第２の置換プライマーが前記第２の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第２の交差増幅伸長鎖を置き換える、工程」に相当し、
　引用発明の
「ｂ）交差プライミング部位がＤＮＡ標的配列を挟んで導入され、それにより交差プライミング部位を含む標的配列が増幅されるように、一定温度下においてＢｓｔＤＮＡポリメラーゼの存在下において前記交差プライマー及び前記置換プライマーをＤＮＡ標的配列に導入することにより、交差プライミング部位を生成する工程」は、
　本願発明の
「ｂ）交差プライミングハイブリッド形成部位が標的核酸配列の末端に導入され、それにより交差増幅プライマー部位を含む標的核酸配列が産生されるように、等温条件下でＤＮＡポリメラーゼの存在下において前記交差増幅プライマー及び前記置換プライマーを標的配列に導入することにより、交差プライミング部位を生成する工程」に相当し、
　引用発明の
「ｃ）前記交差プライマーを用いた伸長を繰り返すことによって、交差プライミング部位を含むＤＮＡ標的配列を増幅する工程」は、
　本願発明の
「ｃ）前記交差ハイブリッド形成プライマーの反復的なハイブリッド形成及び伸長を介して、交差増幅プライマー部位を含む前記標的核酸配列を増幅する工程」に相当する。
　そうすると、両者は、
「標的核酸配列の増幅方法であって、
　ａ）少なくとも第１の交差増幅プライマー及び第２の交差増幅プライマーと、少なくとも第１の置換プライマー及び第２の置換プライマーとを設計する工程であって、
　前記第１の交差増幅プライマーが、標的配列のセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列を含み、
　前記第２の交差増幅プライマーが、標的配列のアンチセンス鎖と相補的なハイブリッド形成配列を含み、
　前記第１の置換プライマーが前記第１の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第１の交差増幅伸長鎖を置き換え、
　第２の置換プライマーが前記第２の交差増幅プライマーの５’側に位置しており、伸長時に第２の交差増幅伸長鎖を置き換える、工程と、
　ｂ）交差プライミングハイブリッド形成部位が標的核酸配列の末端に導入され、それにより交差増幅プライマー部位を含む標的核酸配列が産生されるように、等温条件下でＤＮＡポリメラーゼの存在下において前記交差増幅プライマー及び前記置換プライマーを標的配列に導入することにより、交差プライミング部位を生成する工程と、
　ｃ）前記交差ハイブリッド形成プライマーの反復的なハイブリッド形成及び伸長を介して、交差増幅プライマー部位を含む前記標的核酸配列を増幅する工程と、
を含む、方法。」
である点で一致し、以下の２点で相違する。
相違点１：本願発明の第１の交差増幅プライマーが、第２の交差増幅プライマーのハイブリッド形成配列と同じ互換配列を含み、かつ本願発明の第２の交差増幅プライマーが、第１の交差増幅プライマーのハイブリッド形成配列と同じ互換配列を含むのに対して、引用発明は互換配列に関する記載を有しない点。
相違点２：本願発明の第１及び第２の交差増幅プライマーは、ハイブリッド形成配列と互換配列とを連結する連結配列とを含むのに対して、引用発明は連結配列に関する特定を有しない点。
第６　当審の判断
　上記相違点１，２について検討する。
　
相違点１について：
　引用例１の図１には、交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）においてＰＦｓ配列が標的に対してハイブリッド形成をし、交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）においてＰＲａが標的に対してハイブリッド形成をする様子が図示されている（図１Ａの上及び真ん中）。そして、通常、同じ名称により示される配列は、特段の事情がない限り同じ配列を示すというのが本願優先日前における技術常識であるから、交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）におけるＰＲａは、交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）におけるＰＲａと同じ配列であり、かつ、交差プライマー（ＰＦｓ−ＰＲａ）におけるＰＦｓは、交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ）におけるＰＦｓと同じ配列であって、上記ＰＲａと上記ＰＦｓが、本願の「互換配列」に相当することは自明のことである。
　よって、上記相違点１は実質的な相違点ではない。
相違点２について：
　例えば、周知例１には、引用例１記載事項（１−ｃ）にも言及されており、引用例１と同様に等温増幅を行うＬＡＭＰ法において、Ｆ１ｃ（Ｂ１ｃ）領域とＦ２（Ｂ２）領域との間にＴＴＴＴスペーサーを含ませた、ＦＩＰ（ＢＩＰ）と称するプライマーが記載されており（周知例１記載事項（２−ａ））、周知例２には、同じくＬＡＭＰ法に用いるプライマーを設計する際に、各領域を１〜１００ヌクレオチドのスペーサーを介して連結させることが記載されている（周知例２記載事項（３−ａ），（３−ｂ））。また、周知例３には、ターゲット特異的部分とユニバーサル配列とを含むキメラプライマーにスペーサーヌクレオチドを付加することで、増幅産物の長さを調節することが記載されている（周知例３記載事項（４−ａ））。
　このように、複数のプライマー間にスペーサーを介在させて連結することは、本願優先日前当業者の周知技術であったものと認められる。
　そして、引用発明において、スペーサーの導入により増幅反応が阻害されると当業者が予測するような特段の事情も認められないから、引用発明の交差プライマー（ＰＲａ−ＰＦｓ及びＰＦｓ−ＰＲａ）について、周知例１〜３に記載の周知技術を適用し、ＰＲａとＰＦｓ（またはＰＦｓとＰＲａ）との間に適当な配列を連結配列として介在させることは、当業者が容易になし得たことである。
　そして、本願発明が「連結配列」を有することで引用例１の記載から予測できない程の格別な効果を奏するものともいえない。 
　したがって、本願発明は、引用例１に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明し得たものである。
第７　結び　
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、他の請求項に係る発明について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。　
　よって、結論のとおり審決する。