【手続補正書】
【提出日】令和2年11月6日(2020.11.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
シグナル細胞標識を特定する方法であって、
（ａ）複数のバーコード付き標的の配列データを取得することであって、前記複数のバーコード付き標的は、複数のバーコードを使用してバーコーディングされた複数の細胞中の複数の標的から作成され、前記複数のバーコードのそれぞれは、細胞標識及び分子標識を含む、取得することと、
（ｂ）前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数に基づいて、前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれのランクを決定することと、
（ｃ）前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｂ）において決定された前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれの前記ランクに基づいて、細胞標識閾値を決定することと、
（ｄ）前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｃ）において特定された前記細胞標識閾値に基づいて、前記細胞標識のそれぞれをシグナル細胞標識又はノイズ細胞標識として識別することと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数を特定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数を特定することは、前記配列データから、前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた非一意の分子標識に関連付けられた配列情報を除去することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｂ）において決定された前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれの前記ランクに基づいて、前記細胞標識閾値を決定することは、
前記細胞標識の各ランクの累積和を特定することであって、前記ランクの前記累積和は、より低いランクを有する前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数の和を含む、特定することと、
前記ランクｎの累積及び次のランクｎ＋１の累積和における最大変化を有する前記細胞標識のランクｎを決定することであって、前記累積和及び前記次のランクｎ＋１の前記累積和における最大変化を有する前記細胞標識の前記ランクｎは、前記細胞標識閾値に対応する、決定することと、
を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数に基づいて前記細胞標識閾値を決定することは、
ランクｎを有する前記細胞標識の累積和及び次のランクｎ＋１を有する前記細胞標識の累積和における最大変化を有する前記細胞標識を特定することであって、前記細胞標識に関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数は、前記細胞標識閾値に対応する、特定すること
を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｂ）において決定された前記複数のバーコードの前記細胞標識のそれぞれの前記ランクに基づいて、前記細胞標識閾値を決定することは、
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｂ）において決定された前記細胞標識の前記ランクに基づいて、累積和プロットを生成することと、
前記累積和プロットの二次導関数プロットを生成することと、
前記累積和プロットの前記二次導関数プロットの最小を特定することであって、前記二次導関数プロットの前記最小は前記細胞標識閾値に対応する、特定することと、
を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数及び（ｂ）において決定された前記細胞標識のそれぞれの前記ランクに基づいて、前記累積和を生成することは、
前記細胞標識の各ランクの累積和を特定することであって、前記ランクの前記累積和は、より低いランクを有する前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数の和を含む、特定すること
を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記累積和プロットの前記二次導関数プロットを生成することは、前記細胞標識の第１のランクの累積和と、前記細胞標識の第２のランクの累積和との差が、前記第１のランクと前記第２のランクとの差を超えると判断することを含む、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１のランクと前記第２のランクとの前記差は１である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記累積和プロットは、ｌｏｇ−ｌｏｇプロット又はｌｏｇ10−ｌｏｇ10プロットである、請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記最小は大域的最小である、請求項６〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記二次導関数プロットの前記最小を特定することは、前記二次導関数プロットの最小が、前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識の最小数の閾値を超えると判断することを含む、請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識の最小数の閾値は、前記複数の細胞における細胞の数に基づいて決定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記二次導関数プロットの前記最小を特定することは、前記二次導関数プロットの最小が、前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識の最大数の閾値を下回ると判断することを含む、請求項６〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識の最大数の閾値は、前記複数の細胞における細胞の数に基づいて決定される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
（ｄ）において、前記複数のバーコードの細胞標識がノイズ細胞標識として識別される場合、（ａ）において取得された前記配列データから、前記識別された細胞標識に関連付けられた配列情報を除去することを含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数の標的のうちの標的に関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数が、分子標識発生閾値を超える場合、（ａ）において取得された前記配列データから、前記複数の標的のうちの前記標的に関連付けられた別個の配列を有する分子標識に関連付けられた配列情報を除去することを含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞標識のそれぞれは、特定された前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識を有する分子標識の数が、前記細胞標識閾値よりも大きい場合、前記シグナル細胞標識として識別される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞標識のそれぞれは、特定された前記細胞標識のそれぞれに関連付けられた分子標識を有する分子標識の数が、前記細胞標識閾値よりも大きくない場合、前記ノイズ細胞標識として識別される、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数のバーコードを使用して前記複数の細胞における前記複数の標的をバーコーディングして、複数のバーコード付き標的を作成することであって、前記複数のバーコードのそれぞれは、前記細胞標識及び前記分子標識を含む、バーコーディングしてバーコード付き標的を作成することを含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
（ｄ）において、前記複数のバーコードの細胞標識がノイズ細胞標識として識別される場合、前記識別された細胞標識に関連付けられた配列情報を（ａ）において得られた前記配列データから除去することを含む、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数の標的のうちの標的に関連付けられた別個の配列を有する前記分子標識の数が、分子標識発生閾値を上回る場合、（ａ）において得られた前記配列データから、前記複数の標的のうちの前記標的に関連付けられた別個の配列を有する前記分子標識に関連付けられた配列情報を除去することを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
（ｅ）前記複数の標的の１つ又は複数について、
（１）前記配列データ中の前記標的に関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数をカウントすることと、
（２）（１）においてカウントされた前記配列データ中の前記標的に関連付けられた別個の配列を有する分子標識の数に基づいて、前記標的の数を推定することと、
を含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
標的の数を特定するコンピュータシステムであって、
ハードウェアプロセッサと、
命令が記憶された非一時的メモリと、
を備え、前記命令は、前記ハードウェアプロセッサによって実行されると、前記プロセッサに、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法を実行させる、コンピュータシステム。
【請求項２５】
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法を実行する方法を実行するコードを含むコンピュータ可読媒体。