【手続補正書】
【提出日】令和2年9月18日(2020.9.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルの定量分析方法であって、
（ａ）サンプルの１つまたは複数の特徴を表す単一のマーカーを提供するステップであって、前記サンプルはホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプルであり、前記マーカーの単一ユニットの集団を含む、ステップと、
（ｂ）ドットブロット分析を用いて前記マーカーを検出するステップであって、定量的結果はサンプル中の前記マーカーの単一ユニットの集団の絶対量であり、タンパク質重量によって正規化される、ステップと、
（ｃ）前記マーカーの定量的結果に基づいて、前記サンプルの１つ以上の特徴の測定を得るステップと、を含む
サンプルの定量分析方法。
【請求項２】
前記ステップ（ｂ）には、定量ドットブロット（ＱＤＢ）分析により前記マーカーを検出することを含む、請求項１に記載の定量分析方法。
【請求項３】
前記ステップ（ｂ）には、
（ｂ１）結合因子を含む溶液と共にサンプルをインキュベートするステップであって、前記結合因子は、前記マーカーの単一ユニットに特異的に結合することができ、且つ、前記結合因子は、前記ドットブロット分析によって定量化することができる、ステップと、
（ｂ２）前記結合因子のＱＤＢ分析により前記マーカーを検出するステップと、を含む、請求項２に記載の定量分析方法。
【請求項４】
前記マーカーはタンパク質マーカーであり、そして前記結合因子は抗体である、請求項３に記載の定量分析方法。
【請求項５】
前記抗体は分析物特異的試薬（ａｎａｌｙｔｅ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｒｅａｇｅｎｔ：ＡＳＲ）抗体もしくはインビトロ診断（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ：ＩＶＤ）抗体であり、または免疫組織化学でアッセイすることができる、請求項４に記載の定量分析方法。
【請求項６】
前記サンプルは被検対象からの生検組織である、請求項１に記載の定量分析方法。
【請求項７】
被検対象は癌患者である、請求項６に記載の定量分析方法。
【請求項８】
（ｄ）マーカーの定量的結果に基づいて患者を評価するステップをさらに含む、請求項７に記載の定量分析方法。
【請求項９】
前記ステップ（ｄ）において、患者を評価することは、患者に対して癌の診断および予後を含む、請求項８に記載の定量分析方法。
【請求項１０】
前記癌の診断および予後は、無病生存率、全生存率、ハザード比、および治療案の予測を含む、請求項９に記載の定量分析方法。
【請求項１１】
前記ステップ（d）において、患者を評価することは、市販のキットによって行われる、請求項10に記載の条量分析方法。
【請求項１２】
患者からのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプル中のマーカーの抗体による定量分析に基づき、患者の癌を診断するための参照データベースであって、
複数の参照プロフィールを含み、前記複数の参照プロフィールのそれぞれは、
（ａ）確定診断された癌患者からのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルを提供するステップと、
（ｂ）定量ドットブロット（ＱＤＢ）分析により前記マーカーを検出するステップであって、定量的結果は、生検組織サンプル中の前記マーカーの絶対量であり、タンパク質重量によって正規化される、ステップと、
（ｃ）前記定量的結果を癌患者の確定診断と関連づけることにより参照プロフィールを得るステップとによって得られる、
参照データベース。
【請求項１３】
前記ステップ（ｂ）には、
（ｂ１）前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルを、前記マーカーに特異的に結合する結合因子を含む溶液と共にインキュベートするステップと、
（ｂ２）前記結合因子のＱＤＢ分析により前記マーカーを検出するステップとを含む、請求項１２に記載の参照データベース。
【請求項１４】
前記マーカーはタンパク質マーカーであり、そして前記結合因子は抗体である、請求項１３に記載の参照データベース。
【請求項１５】
患者からの生検組織サンプル中のマーカーの定量分析に基づき、患者の癌を診断するための参照データベースの構築方法であって、
前記参照データベースは、複数の参照プロフィールを含み、前記複数の参照プロフィールのそれぞれは、
（ａ）確定診断された癌患者からのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルを提供するステップと、
（ｂ）定量ドットブロット（ＱＤＢ）分析により前記マーカーを検出するステップであって、定量的結果は、生検組織サンプル中の前記マーカーの絶対量であり、タンパク質重量によって正規化される、ステップと、
（ｃ）前記定量的結果を癌患者の確定診断と関連づけることにより参照プロフィールを得るステップとによって得られる、参照データベースの構築方法。
【請求項１６】
患者の癌を診断するための方法であって、
請求項１２に記載の参照データベースを提供するステップと、
患者からホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルを得るステップと、
ＱＤＢ分析法により患者の前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおいて前記参照データベースに使用されるマーカーの含有量を検出するステップであって、検出結果が前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの絶対量である、ステップと、
前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果を、前記参照データベースに記憶された参照プロフィールのそれぞれに比較するステップと、
前記参照データベースから、前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果とのベストマッチを有する参照プロフィールを検索し、検索された参照プロフィールに関連する既知の診断結果を出力するステップとを含む、方法。
【請求項１７】
請求項１２に記載の参照データベースを含み、またはインターネットを介して請求項１２に記載の参照データベースにアクセスするように構成されているユニットを含む、患者の癌を診断するための装置。
【請求項１８】
請求項１７に記載の装置であって、前記参照データベースを利用して、
ＱＤＢ分析法により患者のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおいて前記参照データベースに使用されるマーカーの含有量を検出するステップであって、検出結果が前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの絶対量である、ステップと、
前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果を、前記参照データベースに記憶された参照プロフィールのそれぞれに比較するステップと、
前記参照データベースから、前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果とのベストマッチを有する参照プロフィールを検索し、検索された参照プロフィールに関連する既知の診断結果を出力するステップとの操作を実行する、患者の癌を診断するための装置。
【請求項１９】
請求項１２に記載の参照データベースを含み、またはインターネットを介して請求項１２に記載の参照データベースにアクセスするように構成されているユニットを含む、患者の癌を診断するためのキット。
【請求項２０】
請求項１２に記載の参照データベースの、請求項１７に記載の装置の製造における使用。
【請求項２１】
請求項１２に記載の参照データベースの、請求項１９に記載のキットの製造における使用。
【請求項２２】
患者からの生検組織サンプル中のマーカーの定量分析に基づき、患者の癌を診断するための参照データベースの使用であって、
ＱＤＢ分析法により患者のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおいて前記参照データベースに使用されるマーカーの含有量を検出し、検出結果が前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの絶対量であり、
前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果を、前記参照データベースに記憶された参照プロフィールのそれぞれに比較し、
前記参照データベースから、前記ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）生検組織サンプルにおける前記マーカーの定量的結果とのベストマッチを有する参照プロフィールを検索し、検索された参照プロフィールに関連する既知の診断結果を出力する、参照データベースの使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２０】
ドットブロット分析
図に示すように精製ＨＥＲ２タンパク質を段階希釈し、ＦＦＰＥ切片から抽出した全タンパク質と共に膜上にスポットした。これらのサンプルは、Ｌｉ−ＣｏｒのＣ−Ｄｉｇｉｔ  Ｗｅｓｔｅｒｎブロットスキャナーを使用して画像が取り込まれるまで、典型的なドットブロット法で処理された。Ｌｉ−Ｃｏｒ社に由来のＩｍａｇｅＱｕａｎｔｉプログラムを使用して画像をデジタルに変換し、そしてタンパク質標準曲線を確立して、患者サンプルからの画像収集をバイオマーカーの絶対レベルに変換した。
【手続補正３】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２Ｂ
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２Ｂ】
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