【手続補正書】
【提出日】令和2年8月14日(2020.8.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
中胚葉に由来する結合組織細胞からなる操作された三次元組織構築物であって、該組織構築物の外面に線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜を呈し、該線維芽細胞からなる被膜が、該構築物の外形を維持しながら、該構築物の貫通または切開と、該構築物内への細胞材料の堆積とを可能にする固さを提供する、操作された三次元組織構築物。
【請求項２】
少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、請求項1に記載の操作された三次元組織構築物。
【請求項３】
以下の工程を含む、請求項1または2に記載の操作された三次元組織構築物を作製する方法:
(a)中胚葉に由来する結合組織細胞を含むバイオインクを調製する工程;
(b)前記バイオインクを生体適合面に堆積させて細胞のアレイを形成する工程;
(c)堆積した細胞のアレイを非静的条件下で細胞培養培地中で成熟させ、それによって、外面に線維芽細胞を有する操作された三次元組織構築物を生成する工程。
【請求項４】
前記バイオインクがバイオプリンティングによって堆積される、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
前記バイオインクが、55％〜75％の線維芽細胞、15％〜35％の内皮細胞、および0％〜20％の脂肪細胞、前脂肪細胞、またはそれらの混合物を含む、請求項3または4に記載の方法。
【請求項６】
非静的条件が、堆積した細胞のアレイに剪断応力を加える、および／または堆積した細胞のアレイを回転バイオリアクターの中で成熟させることによって作られる、請求項3〜5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記バイオインクが少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、請求項3〜6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜の中にある、分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞を含む生物学的癌モデルである、請求項1に記載の操作された三次元組織構築物。
【請求項９】
少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、請求項8に記載の操作された三次元生物学的癌モデル。
【請求項１０】
請求項8に記載の操作された三次元生物学的癌モデルが移植された非ヒト動物を含む、癌の非ヒト動物モデル。
【請求項１１】
アレイの形態である、請求項8に記載の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
【請求項１２】
以下の工程を含む、請求項8に記載の操作された三次元生物学的癌モデルを作製する方法:
(a)操作された三次元組織構築物に開口部を作る工程;
(b)分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞を前記開口部に挿入する工程;および
(c)操作された三次元生物学的癌モデルを細胞培養培地中で成熟させて前記開口部を閉じる工程。
【請求項１３】
以下の工程を含む、癌を処置するための治療剤を特定する方法:
(a)候補治療剤を、請求項8に記載の操作された三次元生物学的癌モデルまたは請求項11に記載の複数の操作された三次元生物学的癌モデルと接触させる工程;
(b)初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、および/または中胚葉に由来する結合組織細胞に対する効果を測定する工程;ならびに
(c)測定された効果に基づいて、癌を処置するための治療剤を選択する工程。
【請求項１４】
個体において癌を処置するための治療剤を特定するための方法であって、前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、該個体に由来する、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
以下の工程を含む、癌を処置するための候補治療剤を選択する方法:
(a)請求項10に記載の非ヒト動物モデルを候補治療剤と接触させる工程;
(b)初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、および/または中胚葉に由来する結合組織細胞に対する効果を測定する工程;ならびに
(c)測定された効果に基づいて、癌を処置するための治療剤を選択する工程。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２２】
一態様において、前記方法は、操作された三次元生物学的乳癌モデルに、候補治療剤を適用する工程;癌細胞の生存率を測定する工程;および測定された癌細胞の生存率に基づいて、個体のための治療剤を選択する工程をさらに含む。一態様において、候補治療剤は免疫療法である。一態様において、免疫療法は、養子T細胞移入、Tc細胞およびNK細胞を活性化させる免疫チェックポイント阻害剤、または免疫細胞のリプログラミングおよび枯渇である。
[本発明1001]
中胚葉に由来する結合組織細胞からなる操作された三次元組織構築物であって、該組織構築物の外面に線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜を呈する、操作された三次元組織構築物。
[本発明1002]
灌流可能な成熟血管網を含まないか、成熟赤血球を含まないか、神経分布を含まないか、神経組織を含まないか、またはそれらの組み合わせである、本発明1001の操作された三次元組織構築物。
[本発明1003]
前記結合組織細胞が間質細胞である、本発明1001の操作された三次元組織構築物。
[本発明1004]
前記間質細胞が、乳房間質細胞、肺間質細胞、肝臓間質細胞、腎臓間質細胞、前立腺間質細胞、腸間質細胞、膵臓間質細胞、または皮膚間質細胞である、本発明1003の操作された三次元組織構築物。
[本発明1005]
線維芽細胞または線維芽細胞様細胞と、内皮細胞、脂肪細胞、前脂肪細胞、筋芽細胞、周皮細胞、骨細胞、軟骨細胞、および星状細胞からなる群より選択される少なくとも1つの他の間質細胞タイプとを含む、本発明1001〜1004のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1006]
前記間質細胞が、ヒト乳房線維芽細胞、ヒト内皮細胞、ヒト脂肪細胞、前脂肪細胞、またはヒト脂肪細胞とヒト前脂肪細胞の混合物である、本発明1003〜1005のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1007]
各辺が1〜3mmである、本発明1001〜1006のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1008]
各辺が0.25〜1mmである、本発明1001〜1006のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1009]
線維芽細胞からなる被膜が、前記構築物の外形を維持しながら、前記構築物の貫通と、前記構築物内への細胞材料の堆積とを可能にする固さを提供する、本発明1001〜1008のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1010]
線維芽細胞からなる被膜が、前記構築物の外形を維持しながら、前記構築物の切開と、前記構築物内への細胞材料の堆積とを可能にする固さを提供する、本発明1001〜1008のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1011]
線維芽細胞からなる被膜が、前記構築物の外形を維持しながら、針による前記構築物の貫通と、前記構築物内への細胞材料の堆積とを可能にする固さを提供する、本発明1001〜1008のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1012]
少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、本発明1001〜1011のいずれかの操作された三次元組織構築物。
[本発明1013]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1012の操作された三次元組織構築物。
[本発明1014]
前記ミエロイド系列細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1013の操作された三次元組織構築物。
[本発明1015]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1012の操作された三次元組織構築物。
[本発明1016]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1015の操作された三次元組織構築物。
[本発明1017]
以下の工程を含む、本発明1001〜1016のいずれかの操作された三次元組織構築物を作製する方法:
(a)中胚葉に由来する結合組織細胞を含むバイオインクを調製する工程;
(b)前記バイオインクを生体適合面に堆積させて細胞のアレイを形成する工程;
(c)堆積した細胞のアレイを非静的条件下で細胞培養培地中で成熟させ、それによって、外面に線維芽細胞を有する操作された三次元組織構築物を生成する工程。
[本発明1018]
前記バイオインクがバイオプリンティングによって堆積される、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記バイオインクが、55％〜75％の線維芽細胞、15％〜35％の内皮細胞、および0％〜20％の脂肪細胞、前脂肪細胞、またはそれらの混合物を含む、本発明1017または1018の方法。
[本発明1020]
堆積した細胞のアレイが細胞培養培地中で4〜10日間成熟される、本発明1017〜1019のいずれかの方法。
[本発明1021]
非静的条件が、堆積した細胞のアレイに剪断応力を加える、本発明1017〜1020のいずれかの方法。
[本発明1022]
非静的条件が、堆積した細胞のアレイを回転バイオリアクターの中で成熟させることによって作られる、本発明1017〜1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
前記バイオインクが少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、本発明1017〜1022のいずれかの方法。
[本発明1024]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1023の方法。
[本発明1025]
前記ミエロイド系列細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1024の方法。
[本発明1026]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1023の方法。
[本発明1027]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1026の方法。
[本発明1028]
以下を含む、操作された三次元生物学的癌モデル：
(a)中胚葉に由来する結合組織細胞を含む、操作された三次元組織構築物であって、該組織構築物の外面に線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜を呈する、操作された三次元組織構築物、および
(b)(a)の操作された三次元組織構築物の中にある、分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞。
[本発明1029]
(a)操作された三次元組織構築物が、中胚葉に由来する結合組織細胞からなり、該組織構築物の外面に線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜を呈する、本発明1028の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1030]
以下を含む、操作された三次元生物学的癌モデル：
(a)中胚葉に由来する結合組織細胞を含む、操作された三次元組織構築物であって、任意で、該組織構築物の外面に線維芽細胞または線維芽細胞様細胞からなる被膜を呈する、操作された三次元組織構築物、および
(b)(a)の操作された三次元組織構築物の中にある、分離されていない、腸、肺、胃、前立腺、腎臓、皮膚、卵巣、子宮頸部、子宮、肝臓、膀胱、食道、膵臓、または精巣の初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞。
[本発明1031]
前記操作された三次元組織構築物が、灌流可能な成熟血管網を含まないか、成熟赤血球を含まないか、神経分布を含まないか、神経組織を含まないか、またはそれらの組み合わせである、本発明1028〜1030のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1032]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、乳房、肺、肝臓、腎臓、前立腺、腸、膵臓、または皮膚の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1028の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1033]
前記結合組織細胞が間質細胞である、本発明1028〜1032のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1034]
前記間質細胞が、線維芽細胞、内皮細胞、脂肪細胞、前脂肪細胞、脂肪細胞と前脂肪細胞の混合物、筋芽細胞、周皮細胞、骨細胞、軟骨細胞、および星状細胞である、本発明1033の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1035]
前記間質細胞が、ヒト乳房線維芽細胞、ヒト内皮細胞、ヒト脂肪細胞、ヒト前脂肪細胞、またはヒト脂肪細胞とヒト前脂肪細胞の混合物である、本発明1033の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1036]
各辺が1〜3mmである、本発明1028〜1035のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1037]
各辺が0.25〜1mmである、本発明1028〜1035のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1038]
複数の癌モデルがマルチウェルプレートのウェルの中にある、本発明1028〜1037のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1039]
少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、本発明1028〜1038のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1040]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1039の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1041]
前記ミエロイド系列細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1040の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1042]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1040の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1043]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1042の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1044]
中胚葉に由来する結合組織を含む前記操作された三次元組織構築物の内部に、複数の(i)分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、または(ii)複数の分離されていない、腸、肺、胃、前立腺、腎臓、皮膚、卵巣、子宮頸部、子宮、肝臓、膀胱、食道、膵臓、もしくは精巣の初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞を含む、本発明1028〜1043のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1045]
複数の(i)または(ii)が、(a)の操作された三次元組織構築物の内部にある別々の区画に存在する、本発明1044の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1046]
複数の(i)分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、または(ii)複数の分離されていない、腸、肺、胃、前立腺、腎臓、皮膚、卵巣、子宮頸部、子宮、肝臓、膀胱、食道、膵臓、もしくは精巣の初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞がそれぞれ、1つまたは複数の癌タイプのサブタイプである、本発明1044または1045の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1047]
固体支持体上に配置されている、本発明1028〜1046のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1048]
固体支持体上に配置された生体適合膜上に配置されている、本発明1047の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1049]
固体支持体がマルチウェルプレートである、本発明1047または1048の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1050]
本発明1028〜1046のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデルが非ヒト動物に移植されている、癌の非ヒト動物モデル。
[本発明1051]
前記非ヒト動物が免疫不全げっ歯動物である、本発明1050の非ヒト動物モデル。
[本発明1052]
アレイの形態である、本発明1028〜1046のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1053]
前記アレイが固体支持体上に配置されている、本発明1052の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1054]
前記アレイが、固体支持体上に配置された生体適合膜上に配置されている、本発明1053の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1055]
固体支持体がマルチウェルプレートである、本発明1053または1054の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1056]
各癌モデルが、1つまたは複数の癌タイプのサブタイプである、本発明1052〜1055のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1057]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、乳癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1058]
前記アレイが、乳癌サブタイプであるルミナール(luminal)A、ルミナールB、HER2高発現(HER2-enriched)(HER2E)、基底様(basal-like)、および正常乳腺様(normal breast-like)からなる群より選択される少なくとも2つの乳癌モデルを含む、本発明1057の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1059]
前記アレイが、ER+、ER-、PR+、PR-、HER2+、HER2-、およびER-/PR-/HER2-からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの乳癌モデルを含む、本発明1057の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1060]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、腸癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1061]
前記アレイが、結腸直腸サブタイプであるCMS1、CMS2、CMS3、およびCMS4からなる群より選択される少なくとも2つの結腸直腸癌モデルを含む、本発明1060の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1062]
前記アレイが、MLH1、MLH2、MSH3、MSH6、PMS2、POLE、およびPOLD1からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの結腸直腸モデルを含む、本発明1060の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1063]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、肺癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である。本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1064]
前記アレイが、肺癌サブタイプである扁平上皮癌、腺癌、大細胞癌、小細胞肺癌、および肺カルチノイド腫瘍からなる群より選択される少なくとも2つの肺癌モデルを含む、本発明1063の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1065]
前記アレイが、iNTR、TUBB3、RRM1、ECC1、BRCA1、p53、BCL-2、ALK、MRP2、MSH2、TS、ムチン、BAG-1、pERK1/2、pAkt-1、p27、PARP-1、ATM、およびTopIIAからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの肺癌モデルを含む、本発明1063の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1066]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、胃癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1067]
前記アレイが、胃癌サブタイプである間葉系様(mesenchymal-like)タイプ、マイクロサテライト不安定性(microsatellite-unstable)タイプ、腫瘍タンパク質53(TP53)活性タイプ、およびTP53不活性タイプからなる群より選択される少なくとも2つの胃癌モデルを含む、本発明1066の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1068]
前記アレイが、マイクロRNAであるmiR-1、miR-20a、miR-27a、miR-34、miR-196a、miR-378、miR-221、miR376c、miR-423-5p、let-7a、miR-17-5p、miR-21、miR-106a/b、miR-199a-3p、miR-218、miR-223、miR-370、miR-451、miR-486、miR-21、miR-106a、miR-129、およびmiR-421;TP53;PTKであるTIE-1およびMKK4;FYN;PLK1;GISP/RegIV;EGFR;ERBB2;VEGF;TGF;c-MET;IL-6;IL-11;サイクリンE;Bcl-2;Fas;サバイビング(surviving);Runx3;E-カドヘリン;WNT5A;IL-1;IL-10;癌胎児抗原(CEA);α-フェトプロテイン(AFP);CA19-9;CA72-4;遊離ヒト絨毛性ゴナドトロピンβサブユニット(B-HCG)、ならびにペプシノーゲンI/IIからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの胃癌モデルを含む、本発明1066の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1069]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、前立腺癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1070]
前記アレイが、遺伝子融合ERG、ETV1、ETV4、およびFLI1を発現する前立腺癌サブタイプからなる群より選択されるか、または変異SPOP、FOXA1、およびIDH1を発現する前立腺癌サブタイプからなる群より選択される少なくとも2つの前立腺癌モデルを含む、本発明1069の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1071]
前記アレイが、NKX3.1、MYC、TMPRSS2-ERG転座、PTEN、Akt/mTOR、Erk(p42/44)、Her2/NeuまたはSRCチロシンキナーゼ、WNT、APC、k-RAS、β-カテニン、FGFR1、FGF10、EZH2、PCA3、およびARからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの前立腺癌モデルを含む、本発明1069の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1072]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、腎臓癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1073]
前記アレイが、腎臓癌サブタイプである腎細胞癌および移行上皮癌からなる群より選択される少なくとも2つの腎臓癌モデルを含む、本発明1072の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1074]
前記腎細胞癌が、明細胞(通常の)(RCC)、乳頭状RCC、嫌色素性RCC、腎オンコサイトーマRCC、未分類RCC、集合管癌、髄質RCC、およびカルコマトイド(carcomatoid)DCCからなる群より選択される、本発明1072の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1075]
前記アレイが、神経細胞特異的エノラーゼ(NSE)、TRAF-1、Hsp27、IL-1、IL-6、TFF-α、血清アミロイドA(SAA)、C反応性タンパク質(CRP)、γ-グルタミルトランスフェラーゼ(GGT)、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘発リガンド(TRAIL)、サイトケラチン(CK)、血清M65(サイトケラチン18のインタクト型)、低酸素誘導性転写因子(HIF-1αおよびHIF-1β)、VEGF、フォンヒッペル・リンダウ(VHL)、プロリルヒドロキシラーゼ-3(PHD3)、ピルビン酸キナーゼアイソエンザイムタイプM2(TuM2-PK)、チミジンキナーゼ1(TK1)、20Sプロテアソーム、フェチュインA、オステオポンチン(OPN)、オステオプロテジェリン、NMP-22、NGAL、KIM-1、MMP、ならびにPLIN2からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの腎臓癌モデルを含む、本発明1072の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1076]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、皮膚癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1077]
前記アレイが、皮膚癌サブタイプである日光角化症、基底細胞癌、黒色腫、カルポジ(Karposi)肉腫、メルケル細胞癌、および扁平上皮癌からなる群より選択される少なくとも2つの皮膚癌モデルを含む、本発明1076の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1078]
前記黒色腫が、変異BRAF、変異RAS、変異NF1、およびトリプル野生型からなる群より選択される、本発明1077の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1079]
前記アレイが、変異BRAF、変異RAS、変異NF1、トリプルWT(野生型)、BRAF、NRAS、CDKN2A/B、TP53、PTEN、RAC1、MAP2K1、PPP6C、ARID2、F1、IDH1、RB1、DDX3X、RAC1、IDH1、MRPS31、RPS27、TERT、ホスホMAP2K1/MAP2K2(MEK1/2)、MAPK1/MAPK3(ERK1/2)、CDK4、およびCCND1からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの皮膚癌モデルを含む、本発明1076の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1080]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、卵巣癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1081]
前記アレイが、卵巣サブタイプである漿液性、類内膜、明細胞、および粘液性からなる群より選択される少なくとも2つの卵巣癌モデルを含む、本発明1080の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1082]
前記アレイが、B-RAF、K-RAS、TP53、BRCA1/2、CA125、CA19.9、CA15.3、TAG.72、MSH2、MLH1、MLH6、PMS1、PMS2、ESR2、BRIP1、MSH6、RAD51C、RAD51D、CDH1、CHEK2、PALB2、RAD50、OVX1、sFas、CYFRA21.1、VEGF、ヒトカリクレイン10(hK10)、α-フェトプロテイン(αFP)、M-CSF、ならびにLDH、インヒビンα、βA、およびβBサブユニットからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの卵巣癌モデルを含む、本発明1080の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1083]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、子宮頸癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1084]
前記アレイが、子宮頸癌サブタイプである扁平上皮癌および腺癌からなる群より選択される少なくとも2つの子宮頸癌モデルを含む、本発明1083の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1085]
前記アレイが、p16ink4a、MCM3および5、CDC6、ジェミニン、サイクリンA〜D、TOP02A、CDCA1、BIRC5、UBE2C、CCNB1、CCNB2、PLOD2、NUP210、MELK、CDC20、IL8、INDO、ISG15、ISG20、AGRN、DTXL、MMP1、MMP3、CCL18、STAT1、リボソームタンパク質S12、ミトコンドリアサブユニットNADHデヒドロゲナーゼ4、16SリボソームRNA(rRNA)、ならびにキャッピングタンパク質筋Z線α1からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの子宮頸癌モデルを含む、本発明1083の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1086]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、子宮癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1087]
前記アレイが、子宮癌サブタイプである類内膜、腺癌、漿液性腺癌、腺扁平上皮癌、および癌腫肉腫(carcinomasarcoma)からなる群より選択される少なくとも2つの子宮癌モデルを含む、本発明1086の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1088]
前記アレイが、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、EPCAM、PTEN、BRCA1、BRCA2、TP53、MUTYH、CDKN2A、PGR、およびCHEK2からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの子宮癌モデルを含む、本発明1086の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1089]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、肝臓癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1090]
前記アレイが、肝臓癌サブタイプである肝細胞癌(HCC)、胆管癌、血管肉腫、および肝芽腫からなる群より選択される少なくとも2つの肝臓癌モデルを含む、本発明1089の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1091]
前記アレイが、AFP-L1、AFP-L2、AFP-L3、HSP70、HSP27、グリピカン-3(GPC3)、扁平上皮癌抗原(SCCA)、ゴルジタンパク質73(GP73)(Golph2およびGOLM1としても知られる)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、亜鉛-α2-糖タンパク質(ZAG)、デス-γ-カルボキシプロトロンビン(DCP)、γ-グルタミルトランスフェラーゼ(GGT)、α-l-フコシダーゼ(AFU)、トランスフォーミング成長因子-β1(TGF-β1)、VEGF、マイクロRNA、例えば、miR-500、miR-122、miR-29、およびmiR-21; Δ様1ホモログ(DLK1)、ビリン1(Vil1)、TP53、CD34、RGS5、THY1、ADAMTS1、MMP2、MMP14、ケラチン17、ケラチン19、ならびにムチン1からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの肝臓癌モデルを含む、本発明1089の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1092]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、膀胱癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1093]
前記アレイが、膀胱癌サブタイプである尿路上皮癌、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、および小細胞型未分化癌からなる群より選択される少なくとも2つの膀胱癌モデルを含む、本発明1092の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1094]
前記アレイが、HRAS、NRAS、KRAS2、FGFR3、ERBB2、CCND1、MDM2、E2F3、RASSF1A、FHIT、CDKN2A、PTCH、DBC1、TSC1、PTEN、RB1、TP53、SULF1、リソソームシステインプロテイナーゼカテプシンB、K、およびL; RGS1、RGS2、THBS1、THBS2、VEGFC、NRP2、CTSE、MMP2、CCNA2、CDC2、CDC6、TOP2A、SKALP PRKAG1、GAMT、ACOX1、ASAH1、SCD、AF1Q、AREG、DUSP6、LYAR、MAL、およびRARRESからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの膀胱癌モデルを含む、本発明1092の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1095]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、食道癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1096]
前記アレイが、食道癌サブタイプである扁平上皮癌および腺癌からなる群より選択される少なくとも2つの食道癌モデルを含む、本発明1095の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1097]
前記アレイが、SMYD3、RUNX1、CTNNA3、RBFOX1、CDKN2A/2B、CDK14、ERBB2、EGFR、RB1、GATA4/6、CCND1、MDM2、TP53、ARID1A、およびSMARCA4からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの食道癌モデルを含む、本発明1095の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1098]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、膵臓癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1099]
前記アレイが、膵臓癌サブタイプである外分泌腫瘍および膵神経内分泌腫瘍(PNET)からなる群より選択される少なくとも2つの膵臓癌モデルを含む、本発明1098の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1100]
前記アレイが、膵臓癌サブタイプである扁平上皮、膵臓前駆細胞、免疫原性、および内分泌・外分泌異常分化(ADEX)からなる群より選択される少なくとも2つの膵臓癌モデルを含む、本発明1098の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1101]
前記アレイが、TP53、KDM6A、MLL2、MLL3、PDX1、MNX1、GATA6、HNF1B、転写因子PDX1、MNX1、HNF4G、HNF4A、HNF1B、HNF1A、FOXA2、FOXA3、HES1、NR5A2、MIST1(BHLHA15Aとしても知られる)、およびRBPJL; INS、NEUROD1、NKX2-2、MAFA、AMY2B、PRSS1、PRSS3、CEL、およびINSからなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの膵臓癌モデルを含む、本発明1098の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1102]
前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、精巣癌の腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞である、本発明1056の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1103]
前記アレイが、精巣癌サブタイプである生殖細胞腫瘍および間質腫瘍からなる群より選択される少なくとも2つの精巣癌モデルを含む、本発明1102の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1104]
前記アレイが、AFP、HCG、LDH、HMGA1、HMGA2、OCT3/4(オクタマー結合タンパク質ファミリーの転写因子(POUホメオドメインタンパク質としても知られる))、SOX2、SOX17、CDK10、ならびに、KITLG、TERT、SPRY4、BAK1、DMRT1、ATF7IP、HPGDS、SMARCAD1、SEPT4、TEX14、RAD51C、PPM1E、TRIM37、MAD1L1、TEX14、SKA2、SMARCAD1、RFWD3、およびRAD51Cの内部に位置する遺伝子座からなる群より選択されるマーカーを発現する少なくとも2つの精巣癌モデルを含む、本発明1102の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1105]
癌モデルと接触している、および/または癌モデルの内部にある培養培地中に少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、本発明1052〜1104のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1106]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1105の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1107]
前記ミエロイド細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1106の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1108]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1105の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1109]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1108の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1110]
非静的培養条件下で培養培地中にある、本発明1052〜1109のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1111]
非静的培養条件が癌モデルを横切るラテラルフローである、本発明1110の複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1112]
静的培養条件下で培養培地中にある、本発明1052〜1109のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1113]
ハイスループットアッセイにおいて使用するための、本発明1052〜1112のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデル。
[本発明1114]
以下の工程を含む、本発明1028〜1049のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデルを作製する方法:
(a)操作された三次元組織構築物に開口部を作る工程;
(b)分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞を前記開口部に挿入する工程;および
(c)操作された三次元生物学的癌モデルを細胞培養培地中で成熟させて前記開口部を埋める工程。
[本発明1115]
以下の工程を含む、癌を処置するための治療剤を特定する方法:
(a)候補治療剤を、本発明1028〜1049のいずれかの操作された三次元生物学的癌モデルまたは本発明1052〜1112のいずれかの複数の操作された三次元生物学的癌モデルと接触させる工程;
(b)初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、および/または中胚葉に由来する結合組織細胞に対する効果を測定する工程;ならびに
(c)測定された効果に基づいて、癌を処置するための治療剤を選択する工程。
[本発明1116]
個体において癌を処置するための治療剤を特定するための方法であって、前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、該個体に由来する、本発明1115の方法。
[本発明1117]
前記癌が、乳癌、肺癌、肝臓癌、腎臓癌、前立腺癌、腸癌、膵臓癌、または皮膚癌である、本発明1114または1115の方法。
[本発明1118]
前記癌が、胃癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮癌、膀胱癌、食道癌、または精巣癌である、本発明1114または1115の方法。
[本発明1119]
前記間質細胞が乳房間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、乳癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1120]
前記間質細胞が肺間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、肺癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1121]
前記間質細胞が肝臓間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、肝臓癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1122]
前記間質細胞が腎臓間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、腎臓癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1123]
前記間質細胞が前立腺間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、前立腺癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1124]
前記間質細胞が腸間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、腸癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1125]
前記間質細胞が膵臓細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、膵臓癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1126]
前記間質細胞が皮膚細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、皮膚癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1127]
前記間質細胞が胃間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、胃癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1128]
前記間質細胞が卵巣間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、卵巣癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1129]
前記間質細胞が子宮頸部間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、子宮頸癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1130]
前記間質細胞が子宮間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、子宮癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1131]
前記間質細胞が膀胱間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、膀胱癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1132]
前記間質細胞が食道間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、食道癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1133]
前記間質細胞が精巣間質細胞であり、かつ前記腫瘍、腫瘍断片、腫瘍細胞、または不死化細胞が、精巣癌を有する個体に由来する、本発明1114または1115の方法。
[本発明1134]
複数の癌モデルの各癌モデルが、特定の癌タイプのサブタイプである、本発明1114または1115のいずれかの方法。
[本発明1135]
前記癌モデルが非静的培養条件下で培養培地中にある、本発明1114〜1134のいずれかの方法。
[本発明1136]
非静的条件が、癌モデルを横切るラテラルフローである、本発明1135の方法。
[本発明1137]
前記癌モデルが静的培養条件下で培養培地中にある、本発明1114〜1134のいずれかの方法。
[本発明1138]
ハイスループットアッセイで行われた場合の、本発明1114〜1137のいずれかの方法。
[本発明1139]
前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞に対する効果が、
(a)前記初代腫瘍もしくは初代腫瘍断片のサイズの何らかの縮小を検出すること;
(b)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の成長の何らかの低下を検出すること;
(c)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるアポトーシスを検出すること;
(d)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の損傷の程度を検出すること;
(e)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の生存率の低下を検出すること;
(f)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の表面における細胞マーカーの出現、レベル、もしくは消失を検出すること;
(g)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の増殖もしくは成長の速度の変化を検出すること;
(h)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の染色の変化を検出すること;
(i)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるRNAもしくはDNAおよび/またはその発現の変化を検出すること;
(j)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるタンパク質発現の変化を検出すること;
(k)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるサイトカインの発現および/もしくは分泌および/もしくはレベルの変化を検出すること;あるいは
(l)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるT細胞動員、ミエロイド系列細胞動員、浸潤、および/もしくは活性化を検出すること
の1つまたは複数によって測定される、本発明1114〜1138のいずれかの方法。
[本発明1140]
以下の工程を含む、癌を処置するための候補治療剤の方法:
(a)本発明1050〜1051のいずれかの非ヒト動物モデルを候補治療剤と接触させる工程;
(b)初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞、および/または中胚葉に由来する結合組織細胞に対する効果を測定する工程;ならびに
(c)測定された効果に基づいて、癌を処置するための治療剤を選択する工程。
[本発明1141]
前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞に対する効果が、
(a)前記初代腫瘍もしくは初代腫瘍断片のサイズの何らかの縮小を検出すること;
(b)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の成長の何らかの低下を検出すること;
(c)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるアポトーシスを検出すること;
(d)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の損傷の程度を検出すること;
(e)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の生存率の低下を検出すること;
(f)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の表面における細胞マーカーの出現、レベル、もしくは消失を検出すること;
(g)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の増殖もしくは成長の速度の変化を検出すること;
(h)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞の染色の変化を検出すること;
(i)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるRNAもしくはDNAおよび/またはその発現の変化を検出すること;
(j)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるタンパク質発現の変化を検出すること;
(k)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるサイトカインの発現および/もしくは分泌および/もしくはレベルの変化を検出すること;あるいは
(l)前記初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、もしくは不死化細胞におけるT細胞動員、ミエロイド系列細胞動員、浸潤、および/もしくは活性化を検出すること
の1つまたは複数によって測定される、本発明1140の方法。
[本発明1142]
(a)間質組織および腫瘍組織を含む、操作された三次元組織構築物を含む、操作された三次元生物学的癌モデルであって、該腫瘍組織が該間質組織の中にあり、該間質組織が間質バイオインクからバイオプリントされたものである、操作された三次元生物学的癌モデルと、
(b)前記操作された三次元生物学的癌モデルを含む、非ヒト動物と
を含む、癌の非ヒト動物モデルであって、但し、前記癌モデルは、前記腫瘍組織が前記間質組織と密着した後に、前記非ヒト動物に移植されている、癌の非ヒト動物モデル。
[本発明1143]
前記非ヒト動物が、遺伝子操作されたげっ歯動物である、本発明1142の非ヒト動物モデル。
[本発明1144]
前記非ヒト動物が免疫不全げっ歯動物である、本発明1142または1143の非ヒト動物モデル。
[本発明1145]
前記操作された三次元生物学的癌モデルが、灌流可能な成熟血管網を含まないか、成熟赤血球を含まないか、神経分布を含まないか、神経組織を含まないか、またはそれらの組み合わせである、本発明1142〜1144のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1146]
前記腫瘍組織が、複数の分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞を含む、本発明1142〜1145のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1147]
前記間質組織が、線維芽細胞、内皮細胞、脂肪細胞、前脂肪細胞、脂肪細胞と前脂肪細胞の混合物、筋芽細胞、周皮細胞、骨細胞、軟骨細胞、および星状細胞からなる群より選択される間質細胞を含む、本発明1142〜1146のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1148]
前記間質組織が、乳房間質細胞、肺間質細胞、肝臓間質細胞、腎臓間質細胞、前立腺間質細胞、腸間質細胞、膵臓間質細胞、または皮膚間質細胞を含む、本発明1142〜1147のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1149]
前記腫瘍組織が、腸、肺、胃、前立腺、腎臓、皮膚、卵巣、子宮頸部、子宮、肝臓、膀胱、食道、膵臓、および精巣の腫瘍組織からなる群より選択される腫瘍組織を含む、本発明1142〜1148のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1150]
前記腫瘍組織が乳房腫瘍組織であり、かつ該乳房腫瘍組織が、ER+、ER-、PR+、PR-、HER2+、HER2-、ER-/PR-/HER2-、MCF-7、SKBR3、HCC1143、およびMDA-MB-231からなる群より選択される細胞株を含む、本発明1142〜1148のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1151]
前記腫瘍組織が膵臓腫瘍組織であり、かつ該膵臓腫瘍組織が、膵臓細胞株に由来するマーカーを含む、本発明1142〜1149のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1152]
前記膵臓細胞株が、OPTR3099C、CAPAN1、CAPAN2、PANC1、MIAPACA2、CFPAC1、ASPC1、COLO357、PANC89、およびHPAFIIからなる群より選択される、本発明1151の非ヒト動物モデル。
[本発明1153]
前記腫瘍組織が周囲を間質組織に囲まれている、本発明1142〜1152のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1154]
前記癌モデルが、前もって形成されたスキャフォールドを実質的に含まない、本発明1142〜1153のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1155]
前記腫瘍組織がバイオプリントされたものである、本発明1142〜1154のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1156]
前記癌モデルの各辺が約1〜約3mmである、本発明1142〜1155のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1157]
前記癌モデルの各辺が約0.25〜約1mmである、本発明1142〜1155のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1158]
少なくとも1つのタイプの免疫細胞をさらに含む、本発明1142〜1157のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1159]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1158の非ヒト動物モデル。
[本発明1160]
前記ミエロイド系列細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1159の非ヒト動物モデル。
[本発明1161]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1158の非ヒト動物モデル。
[本発明1162]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1161の非ヒト動物モデル。
[本発明1163]
(a)の操作された三次元生物学的癌モデルが非ヒト動物に皮下移植されたものである、本発明1142〜1162のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1164]
前記間質組織が、中胚葉に由来する結合組織細胞を含む、本発明1142〜1163のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1165]
前記腫瘍組織が、患者腫瘍に由来する初代癌細胞を含む、本発明1142〜1164のいずれかの非ヒト動物モデル。
[本発明1166]
以下の工程を含む、癌の非ヒト動物モデルを作製する方法:
間質組織を含む間質バイオインクをバイオプリンティングによって堆積させる工程;
腫瘍組織を間質組織の中に堆積させる工程;
堆積した間質組織および堆積した腫瘍組織を細胞培養培地中で成熟させて、間質組織を腫瘍組織と密着させて、操作された三次元生物学的癌モデルを形成する工程;ならびに
密着した操作された三次元生物学的癌モデルを非ヒト動物に移植する工程。
[本発明1167]
以下の工程を含む、癌に対する治療剤を特定する方法:
間質組織を含む間質バイオインクをバイオプリンティングによって堆積させる工程;
複数の癌細胞を含む腫瘍組織を間質組織の中に堆積させる工程;
堆積した間質組織および堆積した腫瘍組織を細胞培養培地中で成熟させて、間質組織を腫瘍組織と密着させて、操作された三次元生物学的癌モデルを形成する工程;
密着した操作された三次元生物学的癌モデルを非ヒト動物に移植する工程;
候補治療剤を癌モデルに適用する工程;
癌細胞の生存率を測定する工程;ならびに
測定された癌細胞の生存率に基づいて治療剤を選択する工程。
[本発明1168]
前記非ヒト動物が、遺伝子操作されたげっ歯動物である、本発明1166または1167の方法。
[本発明1169]
前記非ヒト動物が免疫不全げっ歯動物である。本発明1166〜1168のいずれかの方法。
[本発明1170]
前記操作された三次元生物学的癌モデルが、灌流可能な成熟血管網を含まないか、成熟赤血球を含まないか、神経分布を含まないか、神経組織を含まないか、またはそれらの組み合わせである、本発明1166〜1169のいずれかの方法。
[本発明1171]
前記腫瘍組織が、複数の分離されていない、初代腫瘍、初代腫瘍断片、初代腫瘍細胞、または不死化細胞を含む、本発明1166〜1170のいずれかの方法。
[本発明1172]
前記間質組織が、線維芽細胞、内皮細胞、脂肪細胞、前脂肪細胞、脂肪細胞と前脂肪細胞の混合物、筋芽細胞、周皮細胞、骨細胞、軟骨細胞、および星状細胞からなる群より選択される間質細胞を含む、本発明1166〜1171のいずれかの方法。
[本発明1173]
前記間質組織が、乳房間質細胞、肺間質細胞、肝臓間質細胞、腎臓間質細胞、前立腺間質細胞、腸間質細胞、膵臓間質細胞、または皮膚間質細胞を含む、本発明1166〜1172のいずれかの方法。
[本発明1174]
前記腫瘍組織が、腸、肺、胃、前立腺、腎臓、皮膚、卵巣、子宮頸部、子宮、肝臓、膀胱、食道、膵臓、および精巣の腫瘍組織からなる群より選択される腫瘍組織を含む、本発明1166〜1173のいずれかの方法。
[本発明1175]
前記腫瘍組織が乳房腫瘍組織であり、かつ該乳房腫瘍組織が、ER+、ER-、PR+、PR-、HER2+、HER2-、ER-/PR-/HER2-、MCF-7、SKBR3、HCC1143、およびMDA-MB-231からなる群より選択される細胞株を含む、本発明1166〜1173のいずれかの方法。
[本発明1176]
前記腫瘍組織が膵臓腫瘍組織であり、かつ該膵臓腫瘍組織が、膵臓細胞株に由来するマーカーを含む、本発明1166〜1174のいずれかの方法。
[本発明1177]
前記膵臓細胞株が、OPTR3099C、CAPAN1、CAPAN2、PANC1、MIAPACA2、CFPAC1、ASPC1、COLO357、PANC89、およびHPAFIIからなる群より選択される、本発明1176の方法。
[本発明1178]
前記腫瘍組織が周囲を間質組織に囲まれている、本発明1166〜1177のいずれかの方法。
[本発明1179]
前記癌モデルが、前もって形成されたスキャフォールドを実質的に含まない、本発明1166〜1178のいずれかの方法。
[本発明1180]
腫瘍組織をバイオプリンティングによって堆積させる工程をさらに含む、本発明1166〜1179のいずれかの方法。
[本発明1181]
前記バイオプリンティングが押出しによるものである、本発明1166〜1180のいずれかの方法。
[本発明1182]
前記癌モデルの各辺が約1〜約3mmである、本発明1166〜1181のいずれかの方法。
[本発明1183]
前記癌モデルの各辺が約0.25〜1mmである、本発明1166〜1181のいずれかの方法。
[本発明1184]
少なくとも1つのタイプの免疫細胞を堆積させる工程をさらに含む、本発明1166〜1183のいずれかの方法。
[本発明1185]
前記少なくとも1つのタイプの免疫細胞を堆積させる工程がバイオプリンティングによるものである、本発明1184の方法。
[本発明1186]
前記バイオプリンティングが押出しによるものである、本発明1185の方法。
[本発明1187]
前記免疫細胞がミエロイド系列細胞である、本発明1184〜1186のいずれかの方法。
[本発明1188]
前記ミエロイド系列細胞が、単球、マクロファージ、前分化マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、樹状細胞、巨核球、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1187の方法。
[本発明1189]
前記免疫細胞がリンパ球である、本発明1184〜1186のいずれかの方法。
[本発明1190]
前記リンパ球が、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、B細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1189の方法。
[本発明1191]
前記癌モデルを非ヒト動物に移植する工程が皮下移植によるものである、本発明1166〜1190のいずれかの方法。
[本発明1192]
腫瘍モデルが非ヒト動物の側腹部に移植される、本発明1191の方法。
[本発明1193]
前記間質組織が、中胚葉に由来する結合組織細胞を含む、本発明1166〜1192のいずれかの方法。
[本発明1194]
癌細胞が、患者腫瘍に由来する初代癌細胞である、本発明1166〜1193のいずれかの方法。
[本発明1195]
前記候補治療剤が、移植された癌モデルに適用される、本発明1166〜1194のいずれかの方法。
[本発明1196]
移植された癌モデルを非ヒト動物から取り出す工程であって、該癌モデルが非ヒト動物から取り出された後に、前記候補治療剤が該癌モデルに適用される、工程
をさらに含む、本発明1166〜1195のいずれかの方法。
[本発明1197]
前記候補治療剤が免疫療法である、本発明1115〜1141または1167〜1196のいずれかの方法。
[本発明1198]
前記免疫療法が、養子T細胞移入、Tc細胞およびNK細胞を活性化させる免疫チェックポイント阻害剤、または免疫細胞のリプログラミングおよび枯渇である、本発明1197の方法。
[本発明1199]
(a)線維芽細胞、内皮細胞、脂肪細胞、および単球を含む、乳房間質組織と、  
(b)乳癌細胞、線維芽細胞、内皮細胞、および単球を含む、乳癌腫瘍組織であって、操作された三次元生物学的乳癌モデルを形成するように周囲を間質組織に囲まれている、乳癌腫瘍組織と
を含む、操作された三次元生物学的乳癌モデルであって、但し、前記間質組織が間質バイオインクからバイオプリントされた、前記腫瘍組織が腫瘍バイオインクからバイオプリントされた、または前記間質組織と前記腫瘍組織の両方がそれぞれのバイオインクからバイオプリントされたものである、操作された三次元生物学的乳癌モデル。
[本発明1200]
前記モデルが、前もって形成されたスキャフォールドを実質的に含まない、本発明1199の乳癌モデル。
[本発明1201]
前記乳癌細胞が乳癌細胞株に由来する、本発明1199または1200の乳癌モデル。
[本発明1202]
前記乳癌細胞株が、ER+、ER-、PR+、PR-、HER2+、HER2-、およびER-/PR-/HER2-からなる群より選択される、本発明1201の乳癌モデル。
[本発明1203]
前記乳癌細胞が、患者腫瘍に由来する初代癌細胞である、本発明1199または1200の乳癌モデル。
[本発明1204]
前記乳癌腫瘍組織が、操作された三次元生物学的乳癌モデルを形成するように周囲を乳房間質組織に完全に囲まれている、本発明1199〜1203のいずれかの乳癌モデル。
[本発明1205]
単球から分化した複数のマクロファージをさらに含む、本発明1199〜1204のいずれかの乳癌モデル。
[本発明1206]
以下の工程を含む、操作された三次元生物学的乳癌モデルを製作する方法:
(a)間質バイオインクを調製する工程であって、該間質バイオインクが複数の間質細胞タイプを含み、該間質細胞タイプが、押出し化合物、線維芽細胞、内皮細胞、単球、および脂肪細胞を含む、工程;
(b)腫瘍バイオインクを調製する工程であって、該腫瘍バイオインクが、押出し化合物、乳癌細胞タイプ、線維芽細胞、および単球を含む、工程;
(c)前記腫瘍バイオインクが前記間質バイオインクの中に、かつ周囲を前記間質バイオインクと接触した状態で埋め込まれるように、前記間質バイオインクおよび前記腫瘍バイオインクを堆積させる工程;ならびに
(d)堆積した前記バイオインクを細胞培養培地中で成熟させて、押出し化合物を除去して、細胞を密着させて、操作された三次元生物学的乳癌モデルを形成する工程。
[本発明1207]
前記バイオインクがバイオプリンティングによって堆積される、本発明1206の方法。
[本発明1208]
前記乳癌細胞タイプが乳癌細胞株を含む、本発明1206または1207の方法。
[本発明1209]
前記乳癌細胞株が、ER+、ER-、PR+、PR-、HER2+、HER2-、およびER-/PR-/HER2-からなる群より選択される、本発明1208の方法。
[本発明1210]
前記癌細胞タイプが、患者腫瘍に由来する初代乳癌細胞を含む、本発明1206〜1209のいずれかの方法。
[本発明1211]
単球を複数のマクロファージに分化させる工程をさらに含む、本発明1206〜1210のいずれかの方法。
[本発明1212]
前記マクロファージを前記乳癌細胞タイプに向けて遊走させる工程をさらに含む、本発明1211の方法。
[本発明1213]
前記操作された三次元生物学的乳癌モデルに、候補治療剤を適用する工程;
癌細胞の生存率を測定する工程;および
測定された癌細胞の生存率に基づいて、個体のための治療剤を選択する工程
をさらに含む、本発明1206〜1212のいずれかの方法。
[本発明1214]
前記候補治療剤が免疫療法である、本発明1213の方法。
[本発明1215]
前記免疫療法が、養子T細胞移入、Tc細胞およびNK細胞を活性化させる免疫チェックポイント阻害剤、または免疫細胞のリプログラミングおよび枯渇である、本発明1214の方法。