【手続補正書】
【提出日】令和2年10月30日(2020.10.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原または抗原特異的TCR識別方法であって、以下のステップ：
a）一以上の抗原特異的T細胞受容体（TCR）発現性細胞集団を提供すること；
b）一以上の標的細胞集団を提供することであり、そこでは標的細胞集団は一以上の主要組織適合性複合体（MHC）対立遺伝子上で一以上の抗原ペプチドを提示すること；
c）一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団を一以上の標的細胞集団と接触させることであり、そこでは接触させることには、一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団の少なくとも一の抗原特異的TCR発現性細胞について一以上の標的細胞集団の少なくとも一の標的細胞を特異的に結合するのに十分な条件を提供することが含まれ、およびそこでは一以上の膜成分は、少なくとも一の抗原特異的TCR発現性細胞および少なくとも一の標的細胞間で結合の後に移されること；
d）次のものを分離すること、または分離したこと、
i）少なくとも一の標的細胞であり、そこでは少なくとも一の標的細胞には、接触させるステップ（c）の後に少なくとも一の抗原特異的TCR発現性細胞から移される一以上の膜成分が含まれるもの、および／または
ii）少なくとも一の抗原特異的TCR発現性細胞であり、
そこでは少なくとも一のTCR発現性細胞には、接触させるステップ（c）の後に少なくとも一の標的細胞から移される一以上の膜成分が含まれるもの、または、
そこでは興味あるTCR発現性細胞は、接触させるステップ（c）の後に少なくとも一の抗原特異的TCR発現性細胞から移される一以上の膜成分の損失を実証するもの；および
e）次のものを決定すること、または決定したこと、
i）少なくとも一の標的細胞に関連する一以上の抗原ペプチドの配列、
ii）少なくとも一のTCR発現性細胞に関連するTCRペプチドのTCR配列の少なくとも一部分、および／または
iii）少なくとも一の標的細胞に関連する一以上の抗原ペプチドの配列および少なくとも一のTCR発現性細胞に関連するTCRペプチドのTCR配列の少なくとも一部分
を含む、方法。
【請求項２】
一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団には、不死化細胞系が含まれる、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団には、一以上の抗原特異的T細胞集団が含まれる、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
一以上の抗原特異的T細胞集団の少なくとも一はガンを有することが知られるか、または疑われる対象から分離される、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団の少なくとも一には、一以上の外因性TCRsが含まれ、随意にそこでは一以上の抗原特異的TCR発現性細胞集団は内因性TCRを発現しない、請求項1-4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６】
一以上の外因性TCRsは腫瘍サンプルにおいて識別されるか、または識別されている、請求項5に記載の方法。
【請求項７】
一以上の標的細胞集団には、不死化細胞系またはプロフェッショナル抗原提示細胞（APC）集団が含まれる、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
一以上のMHC対立遺伝子の少なくとも一には、外因性MHC対立遺伝子が含まれ、随意にそこでは一以上の標的細胞集団は内因性MHC対立遺伝子を発現しない、請求項1-7のいずれか1項に記載の方法。
【請求項９】
一以上のMHC対立遺伝子の少なくとも一には、単鎖三量体（SCT）が含まれる、請求項1-8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０】
一以上の抗原ペプチドには、ネオエピトープが含まれ、一以上の体細胞変異を識別するために対象からの腫瘍、ウイルス、または細菌のシーケンシングデータを分析してネオエピトープを選択することを含む、請求項1-9のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１１】
一以上の膜成分の少なくとも一には、
TCR、TCR共受容体、CD3 TCR共受容体、CD4 TCR共受容体、およびCD8 TCR共受容体からなる群より選ばれる抗原特異的TCR発現性細胞膜成分、または
MHC対立遺伝子が含まれる標的細胞膜成分、
が含まれる、請求項1-10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１２】
一以上の膜成分の少なくとも一には、標識膜成分が含まれる、請求項1-11のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１３】
一以上の膜成分には、一以上の標的細胞集団の特異的標的細胞集団に特有である一以上のオリゴヌクレオチドバーコードが含まれる、請求項1-12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１４】
特異的標的細胞集団は、特有の抗原ペプチド、特有のMHC対立遺伝子、または特有の抗原ペプチドおよびMHC対立遺伝子対を発現する、請求項13の組成物。
【請求項１５】
一以上の標的細胞集団には、二以上の異なる標的細胞集団が含まれ、各別個の標的細胞には、各特有の抗原ペプチド、各特有のMHC対立遺伝子、または各特有の抗原ペプチドおよびMHC対立遺伝子対の同一性に作動可能に関連する特有の、規定されたバーコード配列が含まれる、請求項14の組成物。
【請求項１６】
請求項1-15のいずれか1項に記載の方法によって生産される分離された興味ある標的細胞または興味あるTCR発現性細胞。
【請求項１７】
請求項1-15のいずれか1項に記載の方法によって生産される一以上の配列が含まれるデータベース。
【請求項１８】
分離された標的細胞であって、そこでは次の：
i）一以上のT細胞膜関連成分であり、そこでは標的細胞は一以上のT細胞膜成分をコードする内因性ポリヌクレオチド配列を含まないもの；および
ii）一以上の主要組織適合性複合体（MHC）対立遺伝子であり、そこでは一以上の抗原ペプチドは一以上の主要組織適合性複合体（MHC）対立遺伝子上で提示されるもの
を含む、標的細胞。
【請求項１９】
リガンド識別にあたり、次のステップ：
a）一以上のリガンド特異的結合性分子発現性細胞集団を提供すること；
b）一以上の標的細胞集団を提供することであり、そこでは標的細胞集団は一以上のリガンド特異的結合性分子によって結合される能力がある一以上のリガンドを提示すること；
c）一以上のリガンド特異的結合性分子発現性細胞集団を一以上の標的細胞集団と接触させることであり、そこでは接触させることには、少なくとも一のリガンド特異的結合性分子発現性細胞について少なくとも一の標的細胞に特異的に結合するのに十分な条件を提供することが含まれ、およびそこでは一以上の膜成分は少なくとも一のリガンド特異的結合性分子発現性細胞と少なくとも一の標的細胞の間で結合の後に移されること；
d）次のものを分離すること、または分離したこと、
i）少なくとも一の標的細胞であり、そこでは少なくとも一の標的細胞には、接触させるステップ（c）の後にリガンド特異的結合性分子発現性細胞から移される一以上の膜成分が含まれるもの；および／または
ii）少なくとも一のリガンド特異的結合性分子発現性細胞であり、そこでは興味あるリガンド特異的結合性分子発現性細胞には、接触させるステップ（c）の後に標的細胞から移される一以上の膜成分が含まれるもの；および
e）次のものを決定すること、または決定したこと、
i）少なくとも一の標的細胞に関連する一以上のリガンドをコードする配列の少なくとも一部分、または
ii）興味ある結合性分子リガンド特異的発現性細胞に関連する結合性分子ペプチドをコードする結合性分子配列の少なくとも一部分
を含む、方法。
【請求項２０】
リガンド特異的結合性分子は、次の：免疫受容体、免疫グロブリン、抗体またはそのフラグメント、受容体、キメラ受容体、キメラ抗原受容体（CAR）、シグナル伝達受容体、細胞表面受容体、および膜貫通受容体からなる群より選ばれ、
一以上のリガンドは、次の：抗原、表面抗原、エピトープ、非古典的MHC提示抗原、および受容体リガンドからなる群より選ばれる、請求項19の方法。