(57)【要約】【課題】癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法、特に胃癌及び膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法を提供すること。【解決手段】抗癌剤投与前の胃癌又は膵臓癌患者から採取された癌細胞について、全遺伝子網羅型マイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行い、遺伝子発現量と実際に抗癌剤治療を行なったときの効果との関係を鋭意検討した結果、抗癌剤の効果が認められた症例群（ＰＲ群）と認められなかった症例群（ｎｏｎ−ＰＲ群）における遺伝子発現の程度を比較した結果、発現の差が認められる遺伝子が、胃癌においては５番染色体上に、膵臓癌においては１番染色体上に偏って存在すること、さらに、これらの遺伝子のＰＲ群における発現レベルは、いずれもｎｏｎ−ＰＲ群での発現レベルと比較して有意に低いことを確認した。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
胃癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測する方法であって、癌患者より採取された胃癌細胞の５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測することを特徴とする抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２】
５番染色体長腕領域が、ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域であることを特徴とする請求項１記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項３】
５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子が、ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子であることを特徴とする請求項１記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項４】
５番目染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価することを特徴とする請求項１〜３のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項５】
５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１〜４のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項６】
ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、又はＤＮＡマイクロアレイ法によりｍＲＮＡ発現量を測定することを特徴とする請求項５記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項７】
５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質の発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１〜４いずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項８】
ウエスタンブロット法又はＥＬＩＳＡ法によりタンパク質発現量を測定することを特徴とする請求項７記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項９】
５番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１〜４のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１０】
アレイＣＧＨ（Comparative genomic hybridization）法、ＤＮＡ  ＦＩＳＨ（DNA fluorescence in situ hybridization）法、ＬＯＨ（loss of heterozygosity）解析法、又はサザンハイブリダイゼーション法により、５番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することを特徴とする請求項９記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１１】
抗癌剤が、５−ＦＵ、シスプラチン、又はイリノテカンであることを特徴とする請求項１〜１０のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１２】
ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キット。
【請求項１３】
ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キット。
【請求項１４】
膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測する方法であって、癌患者より採取された膵臓癌細胞の１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測することを特徴とする抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１５】
１番染色体長腕領域が、ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域であることを特徴とする請求項１４記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１６】
１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子が、ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子であることを特徴とする請求項１４記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１７】
１番目染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価することを特徴とする請求項１４〜１６のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１８】
１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１４〜１７のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項１９】
ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、又はＤＮＡマイクロアレイ法によりｍＲＮＡ発現量を測定することを特徴とする請求項１８記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２０】
１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質の発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１４〜１７いずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２１】
ウエスタンブロット法又はＥＬＩＳＡ法によりタンパク質発現量を測定することを特徴とする請求項２０記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２２】
１番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することにより発現レベルを測定することを特徴とする請求項１４〜１７のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２３】
アレイＣＧＨ（Comparative genomic hybridization）法、ＤＮＡ  ＦＩＳＨ（DNA fluorescence in situ hybridization）法、ＬＯＨ（loss of heterozygosity）解析法、又はサザンハイブリダイゼーション法により、１番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することを特徴とする請求項２２記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２４】
抗癌剤が、Ｇｅｍｃｉｔａｎｉｎｅであることを特徴とする請求項１４〜２３のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法。
【請求項２５】
ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キット。
【請求項２６】
ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法、特に胃癌や膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法に関するものである。
【背景技術】
【０００２】
抗癌剤による化学治療は、外科手術ならびに放射線照射とともに主要な癌治療法の一つであり、種々の癌に対する多数の抗癌剤が開発されている。化学療法に使用される抗癌剤は、主にアルキル化剤、抗生物質、体謝拮抗剤、生物学的薬剤、ホルモン剤、および植物由来薬剤の６つの範疇に分類することができる。これらの薬剤はいずれも、なんらかの形で細胞の分裂／増殖調節機構に影響を及ぼすことにより、癌細胞の増殖阻害又はアポトーシス誘導などの作用を示すと考えられている。抗癌剤は癌細胞のような増殖能の高い細胞の殺細胞効果を目的としてはいるが、その作用は癌細胞に選択的なものではなく、正常細胞、特に細胞増殖能の高い骨髄細胞等にも大きなダメージを与え、その結果、多くの患者で重い副作用が見られる。それにも関わらず、抗癌剤を単独投与した際の効果は概ね３０％程度であるとされており、現時点での化学療法は効果と比較して副作用が高いといわれている。  
【０００３】
さらに、抗癌剤の作用は癌細胞の特性に依存しており、その効果は個人により大きく異なることから、効果が見られるかどうかは実際に抗癌剤を投与した後でなければ判定できないのが現状である。このため、現在の化学療法は抗癌剤投与後の治療効果を見ながら試行錯誤的に行われており、結果として効果のない抗癌剤の投与による無駄な治療が行われる上、薬剤の副作用による苦痛を患者に与えている場合もある。これらのことから、化学療法開始前に抗癌剤の有効性を予測／判定することが可能となれば、治療方針を立てる上で非常に有益である。
【０００４】
従来、抗癌剤の有効性の予測に関しては、生体から採取した組織の性質を判定する組織性質判定装置であって、前記組織から調製した試料に含まれる第１サイクリン依存性キナーゼの活性を反映する第１データを取得する第１データ取得手段と、前記第１サイクリン依存性キナーゼの発現量を反映する第２データを取得する第２データ取得手段と、前記第１データ及び第２データより得られる第１の値に基づいて組織の性質に関する情報を取得する解析手段とを備え、癌の悪性度の判断、または、精度の高い抗癌剤治療の有効性の予測を行うために有用な組織性質判定装置（例えば、特許文献１参照）や、抗がん剤を少なくとも一度投与した生体から採取した腫瘍細胞のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）の活性値、発現量、及び活性値と発現量との比からなる群より選択される少なくとも１つのパラメータと、選択されたパラメータに対応する閾値とを比較する工程（第１比較工程）；及び得られた比較結果（第１比較結果）に基づいて、前記生体に対する前記抗がん剤治療の有効性を予測する工程；を含む抗がん剤治療の有効性予測方法（例えば、特許文献２参照）が知られている。
【０００５】
また、抗癌剤感受性予測の対象となる試料についてｈＲＦＩの発現を検討する工程と、検討して得られたｈＲＦＩの発現から抗癌剤感受性を予測する工程とを含む、抗癌剤感受性予測方法（例えば、特許文献３参照）や、乳癌における術後補助ホルモン療法における治療有効性を有する薬物を選別するにあたり、メニンを治療効果判定マーカーとして使用することを特徴とする治療薬選別法又は治療効果予測法（例えば、特許文献４参照）や、被験細胞のBCRPの遺伝子多型を同定することを特徴とする被験細胞の抗癌剤に対する感受性の判定法（例えば、特許文献５参照）や、スペルミジン／スペルミンＮ1 −アセチルトランスフェラーゼを誘導するポリアミン同族体を含む抗癌剤を用いて、化学療法に対する哺乳動物の腫瘍タイプの応答性を予測するための方法であって、前記方法が、（ａ）生検を行い、腫瘍細胞を得る工程、（ｂ）前記腫瘍細胞又は腫瘍組織を培養中に導入する工程、（ｃ）培養中の前記腫瘍細胞に対して治療的に有効な量の前記ポリアミン同族体を投与する工程、及び（ｄ）前記ポリアミン同族体に曝された前記腫瘍細胞中のスペルミジン／スペルミンＮ1 −アセチルトランスフェラーゼの誘導のレベルを検出する工程を含むことを特徴とする、化学療法に対する哺乳動物の腫瘍タイプの応答性を予測するための方法（例えば、特許文献６参照）が知られている。
【０００６】
そしてまた、抗癌活性剤を投与することにより癌について処置されている患者の応答のモニター方法であって、（ａ）該抗癌活性剤での処置前に該患者から採取した第一の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルを測定する段階；（ｂ）該抗癌活性剤での処置後に該患者から採取した少なくとも第二の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルを測定する段階；および（ｃ）第二の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルを、第一の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルと比較する段階を含んでなり；かつ、第一の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルに比較した第二の生物学的サンプル中の１種以上の遺伝子又は遺伝子産物の発現のレベルの変化が、該抗癌活性剤での処置の有効性を示すモニター方法（例えば、特許文献７参照）や、被験者から得られた生物試料において、ＰＴＫ７ポリペプチドを検出する、および／または定量するステップを含む、被験者における癌のスクリーニングおよび／または診断または予後を予測する、および／または癌療法の有効性をモニタリングする方法（例えば、特許文献８参照）が知られている。
【０００７】
さらに、癌であることがわかっているか、またはその疑いのある患者の癌治療の有効性を診断、予測、またはモニターする方法であって、a)抗体-EphA2結合に適する条件下で、前記患者の細胞を、EphA2アゴニスト抗体、EphA2癌細胞表現型阻害抗体、露出EphA2エピトープ抗体、またはEphA2を3×10-3s-1未満のKoffで結合する抗体であるEphA2抗体と接触させること、b)EphA2抗体の前記細胞への結合を測定すること、を含み、EphA2抗体の結合レベルが対照よりも高く検出されることにより患者が癌であることが示される方法（例えば、特許文献９参照）や、該検体をＩ型インターフェロン投与後の該患者から採取するかまたは該測定前にＩ型インターフェロンでインビトロ処理し、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４により規定されるアミノ酸配列のコード配列または天然に存在するその変異体または対応するｍＲＮＡの該患者の細胞検体中レベルを測定することからなるＩ型インターフェロンで治療する患者の反応性の予測方法（例えば、特許文献１０参照）や、固形癌細胞が抗癌剤タキソール感受性であるか否かを判定する方法であって、固形癌細胞のcyclin B1遺伝子発現を測定し、タキソール非感受性固形癌細胞よりもcyclin B1遺伝子発現の多い細胞をタキソール感受性細胞と判定することを特徴とする方法（例えば、特許文献１１参照）が知られている。
【０００８】
【特許文献１】特開２００７−７４９７５号公報
【特許文献２】特開２００７−３７５４０号公報
【特許文献３】特開２００５−３４１８６２号公報
【特許文献４】特開２００４−１０１３５６号公報
【特許文献５】特開２００３−１９９５８５号公報
【特許文献６】特開平６−６２８９６号公報
【特許文献７】特表２００７−５１３６３５号公報
【特許文献８】特表２００６−５０７２４３号公報
【特許文献９】特表２００６−５０７０１３号公報
【特許文献１０】特表２００４−５０８８２０号公報
【特許文献１１】特開２００５−２３７２５３号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
本発明の課題は、癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法、特に胃癌及び膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測／判定する方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、抗癌剤投与前の胃癌又は膵臓癌患者から採取された癌細胞について、全遺伝子網羅型マイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行い、遺伝子発現量と実際に抗癌剤治療を行なったときの効果との関係を鋭意検討した結果、抗癌剤の腫瘍縮小効果が認められた症例群（ＣＲ＋ＰＲ群）と認められなかった症例群（ＳＤ＋ＰＤ群）における遺伝子発現の程度を比較した結果、発現の差が認められる遺伝子が、胃癌においては５番染色体上に、膵臓癌においては１番染色体上に偏って存在すること、さらに、これらの遺伝子のＰＲ群における発現レベルは、いずれもＳＤ＋ＰＤ群での発現レベルと比較して有意に低いことを確認した。以上の結果から、本発明者らは、胃癌患者では５番染色体上の遺伝子発現レベルを指標として、膵臓癌患者では１番染色体上の遺伝子発現レベルを指標として、抗癌剤の有効性の予測／判定が行えることを見い出し、本発明を完成した。
【００１１】
すなわち本発明は、
（１）胃癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測する方法であって、癌患者より採取された胃癌細胞の５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測することを特徴とする抗癌剤の有効性予測方法や、
（２）５番染色体長腕領域が、ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域であることを特徴とする上記（１）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（３）５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子が、ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子であることを特徴とする上記（１）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（４）５番目染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価することを特徴とする上記（１）〜（３）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（５）５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１）〜（４）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（６）ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、又はＤＮＡマイクロアレイ法によりｍＲＮＡ発現量を測定することを特徴とする上記（５）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（７）５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質の発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１）〜（４）いずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（８）ウエスタンブロット法又はＥＬＩＳＡ法によりタンパク質発現量を測定することを特徴とする上記（７）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（９）５番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１）〜（４）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１０）アレイＣＧＨ（Comparative genomic hybridization）法、ＤＮＡ  ＦＩＳＨ（DNA fluorescence in situ hybridization）法、ＬＯＨ（loss of heterozygosity）解析法、又はサザンハイブリダイゼーション法により、５番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することを特徴とする上記（９）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１１）抗癌剤が、５−ＦＵ、シスプラチン、又はイリノテカンであることを特徴とする上記（１）〜（１０）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法に関する。
【００１２】
また本発明は、
（１２）ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キットや、
（１３）ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キットに関する。
【００１３】
さらに本発明は、
（１４）膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測する方法であって、癌患者より採取された膵臓癌細胞の１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測することを特徴とする抗癌剤の有効性予測方法や、
（１５）１番染色体長腕領域が、ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域であることを特徴とする上記（１４）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１６）１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子が、ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子であることを特徴とする上記（１４）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１７）１番目染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価することを特徴とする上記（１４）〜（１６）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１８）１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１４）〜（１７）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（１９）ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、又はＤＮＡマイクロアレイ法によりｍＲＮＡ発現量を測定することを特徴とする上記（１８）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（２０）１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質の発現量を測定することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１４）〜（１７）いずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（２１）ウエスタンブロット法又はＥＬＩＳＡ法によりタンパク質発現量を測定することを特徴とする上記（２０）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（２２）１番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することにより発現レベルを測定することを特徴とする上記（１４）〜（１７）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（２３）アレイＣＧＨ（Comparative genomic hybridization）法、ＤＮＡ  ＦＩＳＨ（DNA fluorescence in situ hybridization）法、ＬＯＨ（loss of heterozygosity）解析法、又はサザンハイブリダイゼーション法により、１番目染色体長腕領域ゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することを特徴とする上記（２２）記載の抗癌剤の有効性予測方法や、
（２４）抗癌剤が、Ｇｅｍｃｉｔａｎｉｎｅであることを特徴とする上記（１４）〜（２３）のいずれか記載の抗癌剤の有効性予測方法に関する。
【００１４】
また本発明は、
（２５）ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キットや、
（２６）ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含む、抗癌剤の有効性予測用判定キットに関する。
【発明の効果】
【００１５】
胃癌患者や膵臓癌患者由来の癌細胞の特定領域に存在する遺伝子の発現量を調べることにより、化学治療開始前に前記患者における抗癌剤の有効性を予測／判定することが可能になる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本発明の胃癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測（判定）する方法としては、胃癌患者より採取された胃癌細胞の５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測する抗癌剤の有効性予測方法であれば特に制限されず、より具体的には、胃癌細胞の５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価する抗癌剤の有効性予測方法を好適に例示することができる。また、上記抗癌剤としては、５−ＦＵ、ＴＳ−１、シスプラチン、イリノテカン等を挙げることができる。
【００１７】
上記５番染色体長腕領域としては、ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域を挙げることができるが、中でも、５ｑ１５、５ｑ２３−ｑ３１の領域を好適に挙げることができる。
【００１８】
また、上記５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子としてより具体的には、ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子を挙げることができるが、中でも、ＥＬＬ２、ＵＢＥ２Ｂを好適に挙げることができる。
【００１９】
本発明の膵臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測（判定）する方法としては、膵臓癌患者より採取された膵臓癌細胞の１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルを測定し、発現レベルの多寡と抗癌剤の有効性とが逆相関関係にあることを指標として前記癌患者における抗癌剤の有効性を予測する抗癌剤の有効性予測方法であれば特に制限されず、より具体的には、膵臓癌細胞の１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の発現レベルの測定値を、予め決定した発現レベルの閾値と比較し、前記発現レベルの測定値が前記閾値より低い場合に抗癌剤が有効であると評価する抗癌剤の有効性予測方法を好適に例示することができる。また、上記抗癌剤としては、Ｇｅｍｃｉｔａｎｉｎｅ（ゲムシタビン、商品名  ジェムザール）を挙げることができる。
【００２０】
上記１番染色体長腕領域としては、ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域を挙げることができるが、中でも、１ｑ２２、１ｑ２５．２−ｑ２５．３の領域を好適に挙げることができる。
【００２１】
また、上記１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子としてより具体的には、ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子を挙げることができるが、中でも、ＡＣＢＤ６、ＲＩＴ１を好適に挙げることができる。
【００２２】
上記発現レベルの測定方法としては、ヒト５番染色体長腕領域やヒト１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定する方法や、ヒト５番染色体長腕領域やヒト１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質の発現量を測定する方法の他、便宜上ヒト５番目染色体長腕領域やヒト１番染色体長腕領域のゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出することにより発現レベルを測定（調査）する方法を挙げることができる。
【００２３】
上記ｍＲＮＡの発現量の測定方法としては、ノーザンハイブリダイゼーション法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ＦＩＳＨ法、リアルタイムＰＣＲ法、コンペティティブＰＣＲ法又はＤＮＡマイクロアレイ法を挙げることができる。これらの方法に用いられるプローブやプライマーは、ヒト５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の配列情報に基づいて適宜設計し、適当なオリゴヌクレオチド合成装置を用いて適宜作製することができる。
【００２４】
上記ノーザンハイブリダイゼーション法におけるハイブリダイゼーションは、例えばモレキュラー・クローニング、ア・ラボラトリーマニュアル（Molecular cloning,A laboratorymanual）、第２版、第９．５２−９．５５頁（１９８９）に記載の方法で行うことができる。また、使用されるプローブの標識化に用いられる標識剤としては、例えば、放射性同位元素、酵素、蛍光物質、発光物質、ランタニド元素、スピン試薬などを挙げることができる。放射性同位元素としては、例えば、〔１２５Ｉ〕、〔１３１Ｉ〕、〔３Ｈ〕、〔１４Ｃ〕、〔３２Ｐ〕、〔３３Ｐ〕、〔３５Ｓ〕、〔５９Ｆｅ〕などが用いられる。上記酵素としては、安定で比活性の大きなものが好ましく、例えば、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素などを用いることができ、蛍光物質としては、例えば、シアニン蛍光色素（例、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７（ＧＥヘルスケアバイオサイエンス社製）など）、フルオレスカミン、フルオレッセンイソチオシアネートなどを用いることができ、発光物質としては、例えば、ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニンなどを用いることができる。
【００２５】
上記ＲＴ−ＰＣＲ法は、当業者において周知の技術を用いて容易に行なうことができる。具体的には、検査対象胃癌細胞中のヒト５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の転写産物であるｍＲＮＡ又はその断片に対して相補的な一本鎖ＤＮＡを合成し、該ＤＮＡ又はその断片を特異的に増幅することができるプライマーにより該ＤＮＡ又はその断片をＰＣＲ増幅した後、増幅産物を電気泳動などで検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲ法については、例えば、Ishikawaら, J.Clin.  Oncol., 28:723-728, 1998などを参照して行なうこともできる。また、ＦＩＳＨ（Fluorescent in situ hybridization）法により、検査対象胃癌細胞中のヒト５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子の転写状態を検出することができる。
【００２６】
上記リアルタイムＰＣＲ法としては、例えば、細胞内のトータルＲＮＡやｍＲＮＡから逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成し、このｃＤＮＡを鋳型に目的領域をＰＣＲで増幅し、リアルタイムモニタリング用試薬を用いて増幅産物の生成過程をリアルタイムでモニタリングし、解析する方法があげられる。前記リアルタイムモニタリング試薬としては、例えば、ＳＹＢＲＧｒｅｅｎＩ（登録商標：MolecularProbes社製）や、ＴａｑＭａｎ（登録商標：Applied Biosystems社製）プローブ等があげられる。リアルタイムＰＣＲ法は、微量のＲＮＡであっても簡便にｍＲＮＡを検出又は定量することができるので特に好ましく挙げられる。
【００２７】
また、定量的ＰＣＲとして知られている上記コンペティティブＰＣＲ法としては、例えば、細胞内のトータルＲＮＡやｍＲＮＡから逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成し、このｃＤＮＡとＤＮＡコンペティターとを同一チューブ内で反応させる方法や、さらに前記逆転写反応時にｍＲＮＡとともにＲＮＡコンペティターを加えて反応させる方法等があげられる。またコンペティターのプライマー配列以外の内部配列としては、例えば、増幅目的ｍＲＮＡの配列と相同配列でもよく、非相同な配列でもよい。
【００２８】
上記マイクロアレイ（マイクロチップ）法に用いられる、マイクロアレイやマイクロチップは、プローブが支持体上の定められた領域に固定されているアレイ又はチップであり、アレイ又はチップの支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであればよく、例えばガラス、シリコン、プラスチックなどの基板や、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等を好適に用いることができる。マイクロアレイやマイクロチップの製造方法は特に制限されず、例えば、以下に示す文献に記載されたような当業者に公知の任意の方法で製造することが出来る（ＤＮＡマイクロアレイ実戦マニュアル、林崎良英 監修（羊土社）；DNA Microarrays -A Practical Approach-, Edited by Mark Schene, Oxford University Press 1999；Lockhart DJ, Dong H, Byrne MC, Follettie MT, Gallo MV, Chee MS, Mittmann M, Wang C, Kobayashi M, Horton H, Brown EL. Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays；Nat Biotechnol. 1996 Dec;14(13):1675-80；Wodicka L, Dong H, Mittmann M, Ho MH, Lockhart DJ. Genome-wide expression monitoring in Saccharomyces cerevisiae；Nat Biotechnol. 1997 Dec;15(13):1359-67）。
【００２９】
マイクロアレイやマイクロチップに用いるプローブは、ＤＮＡであってもよいし、ＲＮＡであってもよいが、プローブの安定性に優れていることからＤＮＡプローブであることが好ましい。マイクロアレイやマイクロチップを用いることにより、ヒト５番染色体長腕領域に含まれる遺伝子を非常に簡便に検出又は定量することができる。胃癌細胞からｍＲＮＡを調製し、該ｍＲＮＡを鋳型とした逆転写反応を行う際に、適切な標識を付したプライマーや標識ヌクレオチドを使用することにより、標識されたｃＲＮＡを得ることができる。この標識化ｃＲＮＡとマイクロアレイやマイクロチップ表面上に固定されたプローブとの間でハイブリダイゼーションを行わせ、ヒト５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするｍＲＮＡ発現量を測定することができる。ハイブリダイゼーションは公知の方法で実施すればよく、その条件は使用するマイクロアレイ（マイクロチップ）や標識ｃＤＮＡに適したものを適宜選択すればよい。例えば、モレキュラー・クローニング、ア・ラボラトリーマニュアル（Molecular cloning,A laboratorymanual）、第２版、第９．５２−９．５５頁（１９８９）に記載を参考にしてハイブリダイゼーション条件を選択することができる。上記標識化ｃＤＮＡの作製に用いられる標識物質としては、前述した放射性同位元素、蛍光物質、化学発光物質、発光団を有する物質等の物質を用いることができる。
【００３０】
上記タンパク質の発現量の測定方法としては、ウエスタンブロット法又はＥＬＩＳＡ法を好適に例示することができる。
【００３１】
上記ウエスタンブロット法は、タンパク質をＳＤＳを含むポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）で分画し、ニトロセルロースフィルターに移し、これを抗体により検出する方法である。フィルターへ付着したタンパク質はこれらタンパク質に対する抗体をプローブとすることによって同定できる。抗体検出には標識化二次抗体法を用いる。ゲルからフィルターへのトランスファーは多くの場合エレクトロブロッティングによって行うことができる。５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質に対する抗体はモノクローナル抗体のほかポリクローナル抗体でもよく、これら抗体は常法により作製することができる。
【００３２】
上記ＥＬＩＳＡ法は、サンドイッチ法（非競合法）と競合法の二つに大別される。サンドイッチ法は、マイクロプレートのウェルやプラスチックチューブなどの固相に、あらかじめ目的物質（５番染色体長腕領域や１番染色体長腕領域に含まれる遺伝子がコードするタンパク質）に対する抗体を結合させておき、これにサンプルを添加してサンプル中の目的物質を抗原抗体反応により固相に結合させ、夾雑物を洗い流した後、酵素標識した第二の抗体を添加すると再度抗原抗体反応が起こり、固相化抗体−目的物質−酵素標識抗体のサンドイッチ構造が構築される。ここで遊離の酵素標識抗体を洗い流し、発色基質を添加すると、サンドイッチ構造の量（すなわちサンプル中の目的物質量）に比例して生起する発色反応により目的物質量を定量することができる。また競合法は、あらかじめ目的物質に対する抗体を結合させた固相に、サンプルと酵素標識抗原を添加して抗原抗体複合体を形成させ、固相に結合しなかった酵素標識抗原を洗い流した後に発色基質を添加し、生成した発色物質の吸光度を吸光度計で測定することによりサンプル中の目的物質量を定量することができる。
【００３３】
上記ヒト５番目染色体長腕領域やヒト１番染色体長腕領域のゲノムＤＮＡの少なくとも一部の欠損の有無を検出する方法としては、アレイＣＧＨ（Comparative genomic hybridization）法、ＤＮＡ  ＦＩＳＨ（DNA fluorescence in situ hybridization）法、ＬＯＨ（loss of heterozygosity）解析法、又はサザンハイブリダイゼーション法等を挙げることができる。
【００３４】
上記アレイＣＧＨ法は、スライドガラス上にヒトゲノムＤＮＡ断片（ＢＡＣクローン）を高密度にスポットしたゲノムＤＮＡアレイ（ＢＡＣアレイ）を作製し、このアレイに対して蛍光標識した癌細胞ＤＮＡと正常ＤＮＡを競合ハイブリダイズさせ、スポット毎の蛍光シグナルを解析することで、癌細胞で生じている染色体コピー数の増加・欠失領域を同定するものである。
【００３５】
アレイＣＧＨ法は異常の有無を調べたいゲノム領域に相当するＤＮＡ配列（ＢＡＣクローン、ＰＣＲ産物、合成オリゴＤＮＡなど；以後プローブＤＮＡと呼ぶ）を固相（スライドグラス、ガラスや金属、樹脂性の板状チップ、マイクロビーズ、繊維状担体など）に共有結合や非共有結合等により固定化したもの（以後プローブアレイと呼ぶ）を用いる。例えばアミノシランで表面をコーティングしたスライドガラス上に、精製したＢＡＣクローンＤＮＡをクローンごとにスポットして固定化したものを用いることができる。ＤＮＡはＢＡＣベクターにゲノムＤＮＡが挿入されたもの、それを超音波等でさらに短いＤＮＡに断片化したもの、ＰＣＲ等によりＢＡＣクローンＤＮＡの一部あるいは全体を増幅させたものなどが考えられる。ＢＡＣマイクロアレイは市販のものを入手することも可能である（例えば、Macrogen社のGenomArray(商標)、米国Spectral Genomics社のSpectralChip（商標）等）。
【００３６】
アレイＣＧＨ法を用いる場合、調べたい対象の癌細胞由来ＤＮＡ（被検ＤＮＡ）および対照として正常細胞由来ＤＮＡ（対照ＤＮＡ）を用いる。癌細胞ＤＮＡは手術摘出腫瘍組織、病理組織切片、生検（バイオプシー）により得た組織などから一般的な手法により抽出精製する。例えば市販のＤＮＡ精製キットなどが簡便である。ＲＮＡやたんぱく質などの夾雑物はできるだけ除去することが望ましい。また、癌組織内に混在する正常間質細胞等をマイクロダイセクション法などで除いたほうが異常領域の検出感度が高くなる。得られるＤＮＡが微量の場合には、ＰＣＲ法などで増幅してから用いることも可能である。使用するＤＮＡ量としては、アレイの大きさや実験形態にもよるが、スライドグラス上の２２ｍｍｘ４０ｍｍのエリアにアレイ化されていて、蛍光標識法を適用する場合、０．１〜１．０μｇのＤＮＡを用いるのが適当である。
【００３７】
検出のために、被検ＤＮＡおよび対照ＤＮＡに対して、それぞれ異なる標識物質により標識を行う。蛍光色素による直接標識、放射性同位元素、間接標識のための試薬、異なる物理的・光学的特性を有する粒子などを用いることができる。蛍光による直接標識法では、サンプルＤＮＡをテンプレートとしてｒａｎｄｏｍ  ｐｒｉｍｅｒ法やｎｉｃｋ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ法を用いれば、蛍光標識テストＤＮＡおよび蛍光標識対照ＤＮＡを合成できる。Ｃｙ３−ｄＣＴＰあるいはＣｙ５−ｄＣＴＰなどの蛍光標識核酸を用いてｒａｎｄｏｍ  ｐｒｉｍｅｒ法をを適用した場合、鎖長１００〜５００ｂｐのＣｙ５標識被検ＤＮＡおよびＣｙ３標識対照ＤＮＡを得ることができる。
【００３８】
上記ＤＮＡ  ＦＩＳＨ法とは、クローン化された遺伝子やＤＮＡ断片を非アイソトープ化合物で標識後、スライドグラス上の染色体ＤＮＡとハイブリダイゼーションし、その分子雑種形成部位を蛍光シグナルとして直接染色体上に検出する方法である。具体的には、間期細胞核あるいは分裂期染色体展開標本に対し、蛍光標識したプローブＤＮＡ（調べたいゲノム領域に相当するＤＮＡ配列を有するＢＡＣクローン、ＰＣＲ産物など）をハイブリダイズさせ、それにより得られる蛍光シグナルの数量を蛍光顕微鏡下で計数する手法である。サンプルとしては癌組織病理切片、組織塊を分散処理して調製した細胞などを用い、一般的なＦＩＳＨ法に準じてハイブリダイゼーションを行えばよい。請求項に記しているゲノム領域に相当するDNA配列を蛍光標識したＤＮＡプローブを調製し、サンプル標本に対してハイブリダイゼーションを行い、その後蛍光顕微鏡により蛍光色素のシグナルスポットを計数する。調べたい対象領域と同一染色体上のセントロメア近傍領域（αサテライト配列）に対するプローブを異なる蛍光で標識し、同時にハイブリダイゼーションを行うと、コピー数異常をより正確に評価することが可能となる。
【００３９】
上記ＬＯＨ解析法は、例えばジーンスキャン解析、サザンブロット法を用いたＲＦＬＰ法や，ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法、ＰＣＲ法を用いた一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析法〔ＰＣＲ−ＳＳＣＰ(single-stranded conformation polymorphism)〕 法等により行うことができる（バイオマニュアルシリーズ１，遺伝子工学の基礎技術，山本 雅編，羊土社(1993)等）。
【００４０】
例えば、ＳＳＣＰ法によりＬＯＨの解析を行う場合、解析する遺伝子多型部位を含む近傍の遺伝子を、ＰＣＲ法を用いて増幅し、得られたＰＣＲ産物を、１本鎖に変性後、非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行う。その結果、配列の違いを１本鎖ＤＮＡにおける高次構造の差異による移動度の変化として解析することができる。このような解析の結果、遺伝子検体由来細胞及び／又は正常細胞に由来するＤＮＡのピークやバンドが、両方のアレル由来の数を示す場合には、その個体は、その遺伝子多型において「ヘテロ接合性」であるが、遺伝子検体のＤＮＡ由来のピークやバンドが、２つのアレル由来のシグナル強度のバランスが崩れた場合、ヘテロ接合性の消失とみなし、ＬＯＨと判定する。
【００４１】
上記サザンハイブリダイゼーション法は、ＤＮＡを制限酵素で切断し、熱変性させたＤＮＡを電気泳動で分画し、ニトロセルロースやナイロンなどの膜へ拡散もしくは吸引によってブロット（転写）し、これをプローブにより検出する方法である。転写した核酸はＵＶもしくは煮沸によりメンブレン上に固定する。その後ラベルしたプローブとハイブリダイズさせ目的のＤＮＡの存在を検出する。プローブのラベルにはリンの放射性同位体の他、ディゴキシジェニン（ＤＩＧ）アルカリフォスタファーゼ付加などが用いられる。これらプローブは常法により作製することができる。
【００４２】
本発明の胃癌用の抗癌剤の有効性予測用判定キットとしては、ヒト染色体５ｑ１１．２、５ｑ１２．１、５ｑ１２．３、５ｑ１３．３、５ｑ１４．１、５ｑ１４．２、５ｑ１４．３、５ｑ１５、５ｑ１５−ｑ２１、５ｑ１５−ｑ２２、５ｑ２２．２、５ｑ２２．３、５ｑ２３、５ｑ２３．１、５ｑ２３．３、５ｑ２３−ｑ３１、５ｑ３１、５ｑ３１．１、５ｑ３１．３、及び５ｑ３３．１領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含むキットや、ＧＰＢＰ１、ＳＯＡＴ１、ＦＬＪ９０７０９、ｍｉｍｉｔｉｎ、ＹＩＰＦ５、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＭＡＳＴ４、ＲＡＳＡ１、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＣＮＨ、ＴＢＣＡ、ＭＧＣ２３９０９、ＡＲＲＤＣ３、ＭＧＣ３３２１４、ＬＹＳＭＤ３，ＥＬＬ２、ＲＩＯＫ２、ＣＨＤ１、ＡＰＣ，ＳＲＰ１９、ＤＣＰ２、ＴＭＥＤ７，ＣＡＭＬＧ、ＧＰＸ３、ＳＮＸ２、ＴＮＦＡＩＰ８、ＫＩＡＡ１９６１、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＦ４、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＺＣＣＨＣ１０、ＰＰＰ２ＣＡ、ＳＲＡ１、及びＳＬＣ３６Ａ１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含むキットであれば特に制限されず、かかるプローブとしては、上記の遺伝子のセンス鎖又はアンチセンス鎖と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜１００-mer、好ましくは１０〜５０-mer、より好ましくは１５〜３０-merの塩基長を有するプローブ用のヌクレオチドを好ましく例示することができる。また、抗癌剤の有効性予測用判定キットとして、ヒト５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質に特異的に結合する分子を備えたキットを例示することができる。ヒト５番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質に特異的に結合する分子としては、かかるタンパク質に特異的に結合する抗体やアプタマー等を好ましく例示することができる。また、これらのキットには、ハイブリダイズ試薬、洗浄剤等他の試薬を含んでいてもよい。これらのキットを用いることにより、胃癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測することができる。
【００４３】
本発明の膵臓癌用の抗癌剤の有効性予測用判定キットとしては、ヒト染色体１ｑ１２、１ｑ２１．２、１ｑ２１．３、１ｑ２２、１ｑ２２−ｑ２５、１ｑ２３．３、１ｑ２４．１、１ｑ２４．２、１ｑ２５、１ｑ２５．１、１ｑ２５．２−ｑ２５．３、１ｑ２５．３、１ｑ３２．１、１ｑ３２．３、１ｑ４１−４２．２、１ｑ４２．１２、１ｑ４２．２、及び１ｑ４４領域から選択される１又は２以上の領域の一部の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含むキットや、ＲＢＭ８Ａ、ＰＳＭＤ４、ＴＡＲＳＬ１、ＳＮＡＰＡＰ、ＳＮＸ２７、ＲＩＴ１、ＴＭＣＯ１、ＵＨＭＫ１、ＰＯＧＫ、ＳＦＴ２Ｄ２、ＳＣＹＬ１ＢＰ、Ｃ１ｏｒｆ２７、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＴＰＲ、ＸＰＲ１、ＡＣＢＤ６、ＳＴＸ６、ＣＡＭＳＡＰ１、ＴＩＭＭ１７Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７５、ＮＶＬ、ＤＥＧＳ１、ＴＴＣ１３、及びＣ１ｏｒｆ２１から選択される１又は２以上の遺伝子をコードする塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブを含むキットであれば特に制限されず、かかるプローブとしては、上記の遺伝子のセンス鎖又はアンチセンス鎖と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜１００-mer、好ましくは１０〜５０-mer、より好ましくは１５〜３０-merの塩基長を有するプローブ用のヌクレオチドを好ましく例示することができる。また、抗癌剤の有効性予測用判定キットとして、ヒト１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質に特異的に結合する分子を備えたキットを例示することができる。ヒト１番染色体長腕領域に含まれる１又は２以上の遺伝子がコードするタンパク質に特異的に結合する分子としては、かかるタンパク質に特異的に結合する抗体やアプタマー等を好ましく例示することができる。また、これらのキットには、ハイブリダイズ試薬、洗浄剤等他の試薬を含んでいてもよい。これらのキットを用いることにより、脾臓癌治療における抗癌剤の有効性を抗癌剤投与前に予測することができる。
【００４４】
以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
【実施例１】
【００４５】
[胃癌患者からの検体の採取]
５−ＦＵ（ＴＳ−１，メソトレキセート／５−ＦＵを含む）またはシスプラチン・イリノテカン併用療法による抗癌剤治療前の、原発巣又は転移巣を有する切除不能胃癌患者で、かつ、文書でインフォームド・コンセントの得られた胃癌患者４１例より検体を採取した。内視鏡生検を用いた検体の採取は抗癌剤投与前に行われ、癌患者４１例の胃癌部からそれぞれ一ヶ所採取した。検体は連結可能匿名化を行った後、−８０℃で凍結保存した。その後、４１患者のうち、３０例は５−ＦＵによる、１１例はシスプラチン・イリノテカン併用による抗癌剤治療が行われた。その結果、９例において抗癌剤の効果が認められ（抗癌剤効果あり群：ＣＲ例＋ＰＲ例）、３２例においては抗癌剤の効果が認められなかった（抗癌剤効果なし群：ＳＤ例＋ＰＤ例）。抗癌剤治療効果の判定法は、RECIST 判定規準に従って行った。（固形がんの治療効果判定のための新ガイドライン  RECISTガイドライン−日本語訳JCOG版−）（CR：Complete Response、ＰＲ：Partial Response、SD：Stable  Disease、PD：Progressive disease）。
【実施例２】
【００４６】
[マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析]
実施例１の４１検体の各々からトータルＲＮＡを抽出し、各トータルＲＮＡ試料中の全遺伝子のｍＲＮＡ量を測定した。各検体につき２μｇのトータルＲＮＡを、Affymetrix社製の全遺伝子型マイクロアレイ（GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array）による遺伝子発現解析に用いた。マイクロアレイによる解析には、Affymetrix社製のプローブを用い、同社のプロトコール（Expression Analysis Technical Manual）に準じて行った。
【００４７】
マイクロアレイデータの解析はＢＲＢ  ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（developed by Dr. Richard Simon and Amy Peng Lam）を用い、ＣＲ＋ＰＲ群とＳＤ＋ＰＤ群間での各遺伝子発現レベルの差について検討した。マイクロアレイのデータから得られた全遺伝子の発現値を中央値により正規化した後、２群間の差をＴ検定により検定した。その結果、１９４プローブで２群間の有意な差（ｐ＜０．００５）が認められた。１９４プローブに対応する１６３遺伝子の染色体上の位置を調べた結果、１６３遺伝子のうち３４遺伝子（４５プローブ）が５番染色体上の遺伝子であった。結果を図１に示す。この結果は、期待値５％に対して４倍の２１％の遺伝子が５番染色体上の遺伝子に偏っていることを示している。また、表１に示すように、この５番染色体上の３４遺伝子の各発現値の平均を比較した結果、３４の全遺伝子においてＣＲ＋ＰＲ群（抗癌剤の効果が認められた群）の値が、ＳＤ＋ＰＤ群（抗癌剤の効果が認められなかった群）よりも低いことが明らかとなった。さらに、４６遺伝子の全発現値の平均を出し、Ｍａｎｎ−ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定により解析した結果においても、ＣＲ＋ＰＲ群（抗癌剤の効果が認められた群）の値は、ＳＤ＋ＰＤ群（抗癌剤の効果が認められなかった群）よりも有意に（ｐ＜０．００１）低いことが明らかとなった。
【実施例３】
【００４８】
［胃癌被検サンプルの値の判定方法］
マイクロアレイのシグナル値をｌｏｇ２変換し、各症例における５番染色体の４５遺伝子の発現平均値を求めた。その値に対し、６プローブ（２１２５８１＿ｘ＿ａｔ，２１３４５３＿ｘ＿ａｔ，２１７３９８＿ｘ＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿３＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿５＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿Ｍ＿ａｔ）のグリセルアルデヒド三リン酸脱水素酵素（ＧＡＰＤ）の平均値で割り、正規化（Normalization）を行った。ＣＲ＋ＰＲ群（抗癌剤の効果が認められた群）の値が、ＳＤ＋ＰＤ群（抗癌剤の効果が認められなかった群）における正規化後の４５遺伝子発現平均値の２群間比較をＴ−ＴＥＳＴにより検定した結果、ＣＲ＋ＰＲ群の値は、ＳＤ＋ＰＤ群よりも有意に（ｐ＝０．００４）低いことが明らかとなった。さらに、ＳＤ＋ＰＤ群の正規化後の４５遺伝子発現平均値における、２５％四分位点は０．６４６１５であった。この値を閾値とし、これより低い場合は化学療法効果あり、高いと効果なしとすると、４１例中３１例（７６％）の正答率であった。
【００４９】
【表１】
2009050189.tif 000002
【実施例４】
【００５０】
[膵臓癌患者からの検体の採取]
Gemcitabineによる抗癌剤治療前の、原発巣又は転移巣を有する膵臓癌患者で、かつ、文書でインフォームド・コンセントの得られた癌患者３４例より検体を採取した。超音波下経皮的針生検による検体の採取は抗癌剤投与前に行われ、癌患者３４例の膵臓癌部からそれぞれ一ヶ所採取した。検体は連結可能匿名化を行った後、−８０度で凍結保存した。その後、３４患者はGemcitabineによる抗癌剤治療が行われ、その結果、１３例において抗癌剤の効果が認められ（抗癌剤効果あり群：ＣＲ例＋ＰＲ例）、２１例においては抗癌剤の効果が認められなかった（抗癌剤効果なし群：ＳＤ例＋ＰＤ例）。抗癌剤治療効果の判定法は、RECIST 判定規準に従って行った。（固形がんの治療効果判定のための新ガイドライン  RECISTガイドライン−日本語訳JCOG版−）（CR：Complete Response、ＰＲ：Partial Response、SD：Stable  Disease、PD：Progressive disease）。
【実施例５】
【００５１】
[マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析]
実施例３の３４検体からトータルＲＮＡを抽出し、各トータルＲＮＡ試料中の全遺伝子のｍＲＮＡ量を測定した。各検体につき２μｇのトータルＲＮＡを、Affymetrix社製の全遺伝子型マイクロアレイ（GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array）による遺伝子発現解析に用いた。マイクロアレイによる解析には、Affymetrix社製のプローブを用い、同社のプロトコール（Expression Analysis Technical Manual）に準じて行った。
【００５２】
マイクロアレイデータの解析はＢＲＢ  ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（developed by Dr. Richard Simon and Amy Peng Lam）を用い、ＣＲ＋ＰＲ群とＳＤ＋ＰＤ群間での各遺伝子発現レベルの差について検討した。マイクロアレイのデータから得られた全遺伝子の発現値を中央値により正規化した後、２群間の差をＴ検定により検定した。その結果、８８プローブで２群間の有意な差（ｐ＜０．００５）が認められた。８８プローブに対応する８４遺伝子の染色体上の位置を調べた結果、８４遺伝子のうち２４遺伝子（２５プローブ）が１番染色体上の遺伝子であった。結果を図２に示す。この結果は、期待値１１％に対して３倍の３３％の遺伝子が１番染色体上の遺伝子に偏っていることを示している。
【００５３】
【表２】
2009050189.tif 000003
【実施例６】
【００５４】
［膵癌被検サンプルの値の判定方法］
マイクロアレイのシグナル値をｌｏｇ２変換し、各症例における１番染色体長腕の２５遺伝子の発現平均値を求めた。その値に対し、６プローブ（２１２５８１＿ｘ＿ａｔ，２１３４５３＿ｘ＿ａｔ，２１７３９８＿ｘ＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿３＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿５＿ａｔ，ＡＦＦＸ−ＨＵＭＧＡＰＤＨ／Ｍ３３１９７＿Ｍ＿ａｔ）のグリセルアルデヒド三リン酸脱水素酵素（ＧＡＰＤ）の平均値で割り、正規化（Normalization）を行った。ＣＲ＋ＰＲ群（抗癌剤の効果が認められた群）の値が、ＳＤ＋ＰＤ群（抗癌剤の効果が認められなかった群）における正規化後の２８遺伝子発現平均値の２群間比較をＴ−ＴＥＳＴにより検定した結果、ＣＲ＋ＰＲ群の値は、ＳＤ＋ＰＤ群よりも有意に（ｐ＝０．００００６）低いことが明らかとなった。さらに、ＳＤ＋ＰＤ群の正規化後の２５遺伝子発現平均値における、２５％四分位点は０．６８３６であった。この値を閾値とし、これより低い場合は化学療法効果あり、高いと効果なしとすると、２７例中３４例  （８７％）の正答率であった。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】胃癌化学療法感受性解析で特定された遺伝子の染色体上の位置を示す図である。
【図２】膵臓癌化学療法感受性解析で特定された遺伝子の染色体上の位置を示す図である。
【図１】
2009050189.tif 000004
【図２】
2009050189.tif 000005