(57)【要約】      （修正有）【課題】感染症の診断、予防および治療のためのChlamydia trachomatisゲノム配列およびポリペプチド、それらのフラグメントの提供。【解決手段】分泌型もしくは特異的であるか、または代謝、複製プロセスもしくはビルレンスに関与する細胞エンベロープポリペプチドなどのChlamydia trachomatisのポリペプチドをコードするゲノム配列およびヌクレオチド配列、そのような配列によってコードされるポリペプチド、ならびに前記配列を含むベクターおよびこれらのベクターを形質転換した細胞もしくは動物。微生物の成長を制御するために使用することができるアンチセンスおよびリボザイム分子などのChlamydia trachomatisゲノムの転写遺伝子産物。これらの核酸またはポリペプチドを指令する方法およびChlamydia trachomatis感染を診断するためのキット。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号１の48585位で始まり48178位で終わるORF52のヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号１の342597位で始まり343370位で終わるORF347のヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号１の502863位で始まり501808位で終わるORF508のヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号１の687341位で始まり688360位で終わるORF693のヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号１の905725位で始まり906474位で終わるORF923のヌクレオチド配列、
（ｆ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも80％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｇ）ORF52、347、508、693または923に97％より大きい同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｈ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも99.9％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｉ）20塩基より長く、かつ上記（ａ）〜（ｅ）のいずれか１つにより示されるヌクレオチド配列に高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、または
（ｊ）20塩基より長い上記（ａ）〜（ｈ）のいずれか１つのフラグメントであって、該ヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドがChlamydia pneumoniaeにおいて見出されないフラグメント
を含む、Chlamydia trachomatisゲノムのオープンリーディングフレーム（ORF）のヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
異種ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに読み枠を合わせて連結された請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項３】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項４】
遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項５】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項６】
宿主細胞中での遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項７】
ポリペプチドを産生する方法であって、
（ａ）請求項６に記載の遺伝子操作された宿主細胞を前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを産生するのに適切な条件下で培養すること、および
（ｂ）培養物から前記ポリペプチドを回収すること
を含む、上記方法。
【請求項８】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドによりコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項９】
Chlamydia trachomatisに感染された個体のセロポジティブ血清と免疫反応する請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体。
【請求項１１】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）プライマーの伸長を可能にする条件下で、ポリメラーゼ酵素およびヌクレオチドの存在下、サンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプライマーとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のプライマー伸長産物の存在を検出し、その際、プライマー伸長産物の検出がサンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プライマーはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１２】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）相補塩基対のハイブリダイゼーションを可能にする条件下でサンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のハイブリダイゼーション複合体の存在を検出し、その際、ハイブリダイゼーション複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プローブはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１３】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項１０に記載の抗体とを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１４】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項８または９に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの少なくとも１つを含むポリヌクレオチドのアレイを含有するDNAチップ。
【請求項１６】
請求項８に記載のポリペプチドの少なくとも１つを含むポリペプチドのアレイを含有するタンパク質チップ。
【請求項１７】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む免疫原性組成物。
【請求項１８】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項１９】
Chlamydia trachomatisに対して免疫するための医薬の製造における、請求項１７に記載の免疫原性組成物の使用。
【請求項２０】
請求項４に記載の発現ベクターを含むDNA免疫原性組成物。
【請求項２１】
Chlamydia trachomatisの中和エピトープの発現を指令する、請求項２０に記載のDNA組成物。
【請求項２２】
（ａ）試験化合物と請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２３】
（ａ）試験化合物と請求項８に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２４】
請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドを含有する容器を含むキット。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドがプライマーまたはプローブである、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドがプライマーであり、前記キットがポリメラーゼを含有する容器をさらに含む、請求項２４に記載のキット。
【請求項２７】
デオキシヌクレオチド三リン酸を含有する容器をさらに含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２８】
請求項８に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含有する容器を含むキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の主題は、分泌型もしくは特異的であるか、または代謝、複製プロセスもしくはビルレンスに関与する細胞エンベロープポリペプチドなどのChlamydia trachomatisのポリペプチドをコードするゲノム配列およびヌクレオチド配列、そのような配列によってコードされるポリペプチドならびに前記配列を含むベクターおよびこれらのベクターを形質転換した細胞もしくは動物である。本発明はまた、例えば、微生物の成長を制御するために使用することができるアンチセンスおよびリボザイム分子などのChlamydia trachomatisゲノムの転写遺伝子産物に関する。本発明はまた、これらの核酸またはポリペプチドを検出する方法およびChlamydia trachomatis感染を診断するためのキットに関する。本発明はまた、細菌感染を変調し得る化合物を選択する方法および前記ヌクレオチドまたは前記ポリペプチドを用いて目的の分子を生合成または生分解する方法に関する。最後に、本発明は、細菌（特にChlamydia trachomatis）感染を予防および／または治療するための薬学的（特にワクチン）組成物を含む。
【背景技術】
【０００２】
Chlamydia属は４つの種、Chlamydia pstittaci、Chlamydia pecorum、Chlamydia pneumoniaeおよびChlamydia trachomatisから成る。
Chlamydia pstittaciは、多くの種を含み、それらの宿主は陸生脊椎動物ならびにトリおよび時折ヒトである。
Chlamydia pecorumは反芻動物の病原体である。
Chlamydia pneumoniaeはヒトの肺疾患、静脈洞炎および動脈障害の原因である。
Chlamydia trachomatis（Ct）は以下のような多くのヒト疾患の原因である。
眼疾患：通常のトラコーマ、非地方病性トラコーマ、パラトラコーマ（paratrachoma）、新生児および成人の封入体結膜炎、
生殖器疾患：非淋菌性尿管炎、副睾丸炎、卵管炎または耳管炎、肝周囲炎およびバルトリン腺炎ならびに乳児の肺疾患、
全身性疾患：性病性リンパ芽肉腫症（LGV）。
【０００３】
これらの疾患は世界中の極めて多くの男女に影響を及ぼす（6億を超える個体がトラコーマの担体であり、Chlamydia性感染症の症例は9000万を超える）。従って、この細菌に関連する生理病理学の理解を可能にする基礎および応用研究は公衆衛生に極めて重要である。（非特許文献１及び２）。
【０００４】
Chlamydia trachomatisによる眼障害は、トラコーマおよび封入体結膜炎を引き起こす。トラコーマは慢性結膜炎である。それは、失明に至る治療可能な眼疾患の主な原因である。世界中の視力喪失の2000万症例はそれによると推測されている。さらに、封入体結膜炎はChlamydia trachomatisによって引き起こされる目の炎症であり、性病経路によって伝達される。封入体結膜炎は生殖器分泌物に暴露された成人および新生児に影響する。
【０００５】
Chlamydia trachomatis種の因子によって引き起こされる眼疾患の2つの型を区別することができる。通常のトラコーマ疾患は地方病性領域において見出される。眼から眼へおよび手を介して伝達するか、または非地方病性領域の場合、伝達は生殖器を通して生じ、それはハエによって伝えられ得る。それは通常結膜炎を生じるのみで、ほとんどの場合、関連の角膜炎を伴わない場合が多い。トラコーマに類似のパンヌスまたは瘢痕が生じるのはまれである。この結膜障害はパラトラコーマと呼ばれており、眼経路によって伝達される通常の地方病性トラコーマとは区別される。トラコーマの重症度および症例数は最近40年間の間に減少している。これには衛生および生活条件の改善が関与している。しかし、トラコーマは、アフリカ、中東およびいくつかの領域では依然として回避可能な失明の主な原因である。地方性疾患の伝達は、特にヒトとの密接な接触を介して、反復形態で２次暴露が存在する領域で生じる。しばしば、感染症も潜伏性である。米国などのいくつかの工業国では、軽度のトラコーマはまだいくつかの民族グループにおいて存在する。時々、免疫抑制治療の後に遅発性トラコーマが見出され得る。封入体結膜炎およびパラトラコーマなどのChlamydia trachomatisによって引き起こされる眼障害もまた、一般の性病感染による合併症である。これらの感染症はそれほど多くはない。それらは青少年において最も多く生じる。新生児の眼障害は、出生中の母体生殖経路を通過する間に生じる。理論的には、成人の地方病性トラコーマおよび封入体結膜炎は結膜炎の形で出現し、後者はリンパ濾胞の存在によって特徴付けられる。地方病性疾患が深刻な領域では、該疾患はしばしば２歳前に発病し、再感染が頻繁に起こる。この場合、白血球浸潤に表在性血管新生が加わる。次いで、結膜瘢痕は睫毛乱生および内反を引き起こす。腐食した角膜は細菌起源の角膜潰瘍の担体となる。角膜上の瘢痕は失明を引き起こす。涙腺の障害は角膜の乾燥の病像をもたらす。乾燥症に伴い続発性の細菌性潰瘍が併発する。次いで、瘢痕が進行して失明に至るが、これはほぼ独占的に成人に影響する。暴露が低い領域では、この場合、感染プロセスの速度が低く、そして成人は慢性疾患の担体である。
【０００６】
トラコーマの陽性診断は、ほとんどの場合、以下の臨床的観察によって確立することができる：リンパ濾胞が上瞼結膜上に認められる；結膜瘢痕が典型的である。血管性パンヌスも存在する。地方病性領域では、しばしば臨床診断で十分である。しかし、封入体結膜炎の単離された症例は、特にウイルス性結膜炎と区別するための鑑別診断でなければならない。
【０００７】
前記疾患の地方病形態に対する公衆衛生手段は、テトラサイクリンまたはエリスロマイシン点眼剤による全ての小児の大衆治療を提供する。該治療はまた、レンズの外科的補正を提供する。他の結膜障害はテトラサイクリンまたはエリスロマイシンによる全身治療に良好に応答する。健康手段および生活手段の改善によって、トラコーマ疾患の予防は十分である。さらに、トラコーマの伝播を回避するために、抗生物質点眼剤を使用してもよい。
【０００８】
多くの生殖障害におけるChlamydia trachomatisの役割については、最近30年の間に明らかにされている。Chlamydia trachomatisは、この場合、Neisseria gonorrhoeaeで観察される障害と合致し得る病理の原因である。生殖レベルでChlamydia trachomatisが原因であり得る病理は性病経路によって獲得され、性感染症の主な供給源である。
【０００９】
Chlamydia trachomatisの生殖感染症の疫学では、米国で毎年400万を超える新たな症例、欧州では300万を超える新たな症例が認められている。他の性病感染症と同様に、Chlamydia trachomatisは若年被験体に影響する。性的パートナーと疾患の頻度との間には直接的関係がある。例えば、Chlamydia trachomatis感染の頻度は、妊娠女性におけるNeisseria gonorrhoeaeの頻度の５〜10倍であるようである。Chlamydia trachomatis感染はおそらく、そのNeisseria gonorrhoeae相同体よりも離散的である。このような相対的臨床的沈黙状態は、女性では感染の50％または70％とも見積もられており、このことは、何故Chlamydia trachomatis状態の総罹患率が高いのかを説明している。従って、時には感染の無症状担体である患者において診断を要請しなければならない。
【００１０】
Chlamydia trachomatisは約30％の非淋菌性尿道炎、またはNGUの原因である。Chlamydia trachomatis尿道炎は離散的であり得、次いで該疾患は慢性の特定形態に進行する。該疾患の他の臨床形態に対するのと同様に、該診断は後に利用する。
【００１１】
Chlamydia trachomatisは性行動期間中のヒトにおける副睾丸炎の原因である。尿道、尿、精液または副睾丸から吸引により回収したサンプルにおいて細菌が見出され得る。該細菌は、特に35歳未満に見出される。該疾患に関連する尿道からの排出物は、Chlamydia状態または時々淋菌性状態の診断を示唆する。
【００１２】
治療されたライター症候群は、尿道炎を伴う場合、Chlamydia trachomatis状態を誘発する。
【００１３】
Chlamydia trachomatisは、淋病の臨床的担体である（または接触があった）女性の30％〜40％、性病起源を有する女性の10％〜20％、診察時に特定の起源が認められなかった女性の５％に影響を及ぼす。
【００１４】
Chlamydia trachomatis感染の間、頚は正常である場合が多い。しかし、肥大性頚部紅斑が認められる場合は前記感染が疑われる。Chlamydia trachomatisは子宮頚内膜炎の原因であり、ここで、ウイルス障害が子宮頚膣部炎をもたらす。非淋菌性子宮頚内膜炎では、テトラサイクリンで患者およびパートナーを治療する必要がある。
【００１５】
Chlamydia trachomatisは多くの急性卵管炎または耳管炎の原因である。該病像はしばしば急性腹膜炎または肝周囲炎を併発する。
【００１６】
妊娠の場合、危険性は出生時における新生児への感染が最も重要な危険性である。しかし、分娩後合併症の危険性が存在する（子宮内膜炎または卵管炎もしくは耳管炎）。
【００１７】
Chlamydia trachomatisを診断するための対照方法は細胞培養時の細菌の単離である。すべての感染症に対してサンプルを回収することは、綿球の援助により適切なサンプルを得ることを可能にする。このサンプルは非常に優れた条件下で研究室へ輸送すべきである。特に、低温系列（cold chain）を絶対的に維持しなければならない。マウス繊維芽細胞の細胞培養物に置くことは当業者によって行われる。標識抗体によるChlamydia trachomatisの識別および顕微鏡下での細胞培養物の観察は、培養物に置いて２日後に行う。これらの必須事項を見る限り、細胞培養は信頼し得る技術である。しかし、この技術には制限が多い。研究室に細胞培養のための装置が備えられていなければならないだけではなく、さらに、高度な熟練者がこのタイプの診断を処理しなければならない。
【００１８】
遺伝物質を同定するための技術は、Chlamydia trachomatisの検出のために明らかに使用することができる。これの技術のうち、酵素的遺伝子増幅が当業者に支持されている。該技術は高感度かつ完全な特異性ででChlamydia trachomatisを同定することを可能にする。最初は専門的な研究室で使用されていたが、現在ではPCRは医学研究室で実施される。この診断アプローチは重要である。何故なら、該アプローチでは低度の条件下で輸送されたサンプルであっても検出が可能であるからである。
【００１９】
テトラサイクリンなどの抗生物質またはキノロン系薬剤（quinolones）によるChlamydia尿道炎の治療は極めて有効である。治療期間は７〜14日の間で変動する。妊娠女性を治療する場合は、テトラサイクリンに対する禁忌の問題が生じる。
【００２０】
Chlamydia trachomatisにより引き起こされる新生児への感染は、頚におけるこれらの細菌の頻度によって説明される。いくつかの研究において、５％〜13％の障害が無症状妊娠女性の頚において観察されている。Chlamydia trachomatisは小児眼から単離することができるだけではなく、鼻咽腔およびまた直腸から持続的に単離することができる。出生時の混入の結果、肺疾患および耳炎媒体も見出される。
【００２１】
淋菌性眼炎では、新生児において封入体結膜炎の鑑別診断が必要とされる。淋菌性眼炎の場合、潜伏期間は１〜３日である一方、新生児封入体結膜炎は排出物および膜の形成または結膜瘢痕を伴う急性初期段階を有する。
【００２２】
治療は、kg重量あたり40〜50 mgの用量での２〜３週間の経口エリスロマイシンである。非地方病性トラコーマ領域では、この疾患は慢性に進行することは決してない。
【００２３】
最後に、小児肺疾患について言及するべきであろう。該症候群については良好に規定されている。1000出生あたり10未満の小児がChlamydia trachomatis肺疾患に罹患する。この場合、該症候群は常に初期年齢（４ヶ月未満）において見出される。
【００２４】
性病性リンパ肉芽種は性的接触を介して伝達される感染症であり、Chlamydia trachomatis L1、L2およびL3株による。ヒトにおいて、通過１次生殖病変（passing primary genital lesion）に続いて、しばしば化膿性および多領域性リンパ節症が認められる。この疾患は熱および白血球数上昇を伴う全身性疾患である。該疾患が慢性に進行する場合、該疾患は生殖器象皮病、狭窄または生殖器、ペニス、尿道および直腸のフィステルを併発する。
【００２５】
３つのChlamydia trachomatis L1、L2およびL3株は性病性リンパ肉芽種の原因である。これらのChlamydia株は、トラコーマおよびSTDの原因の株よりビルレントである。性病性リンパ肉芽種が主にリンパ組織に影響を及ぼす全身性疾患であることに注目するのは極めて重要である。一般に、性的経路によって伝達されると、Chlamydia trachomatis Lはまた、直接接触を介するまたは粗末な研究室での取扱い中での混入を引き起こす。これらの可変様式の伝達にもかかわらず、これらの疾患について最も高い発症率の年齢は、性交がより多い年齢に対応する。性病性リンパ肉芽種は南アメリカ、アフリカおよび時々アジアでもまだ地方病性である。確実に診断を行うのが困難であったため、長い間性病性リンパ肉芽種の有病率を確立するのは困難であった。女性よりも男性が多く罹患することも注目するべきである。地方病性が低い領域では、微生物の貯蔵所を認識することが困難である。このような状況は、性病性リンパ肉芽種を引き起こす株を無症状被験体から首尾よく単離することがまれであるという事実から説明される。
【００２６】
性病性リンパ肉芽種による臨床障害は、小さな無痛性小疱露出の３〜21日後小さな潰瘍の出現によって現れる。男女とも、病変はほとんどの場合無症状性である。この障害は数日内に消失し、機能的不快を引き起こさず、目に見える瘢痕を残さないため、該疾患はしばしば遅れて認識される。性病性リンパ肉芽種株は、鼡径部アデノパシーを有する患者の尿道および子宮頚内膜に見出され得る。次いで、これらの領域は感染の初期部位とみなされる。性病性リンパ肉芽種株の特徴は、Chlamydiaが感染初期部位からリンパ管による排出で拡散することである。次いで、該疾患は接種部位を排出する領域の神経節障害を併発する。例えば、肛門直腸感染は深刻なアデノパシーを引き起こす。これらのアデノパシーは変動性および化膿性神経節塊を形成する腺周囲炎の出現を特徴とする。該疾患の減退中はフィステルが出現する。該疾患のこの段階で全身徴候が認められる場合、これはしばしば悪性リンパ腫と混同される。他の全身性合併症がまれに観察される。臨床検査により、生物学者は脳脊髄液または血液からChlamydiaを単離することができる。多くの症例（５％）において、性病性リンパ肉芽種は慢性浮腫を併発する。これは生殖器の象皮病である。
【００２７】
性病性リンパ肉芽種の診断には、該疾患に関与するChlamydia株を単離することが必要である。しかし、細胞培養における単離がまれに使用されるが、免疫学的反応を使用してもよい。
【００２８】
性病性リンパ肉芽種をその初期相において治療することは他のChlamydia感染症を治療することと同一である。慢性相では、抗生物質は該疾患の進行にほとんど効果を示さないが、抗生物質は重感染の場合には有用である。薦められる治療兵力は同一であるが、少なくとも４週間の期間治療を延長するのが望ましい。この治療に加えて、尿道、ペニスまたは直腸狭窄の場合、ならびにフィステルの治療には再建手術が有用であり得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００２９】
【非特許文献１】Raulston JE., Mol Microbiol 1995 15:607-616.
【非特許文献２】Hackstadt T., Trends Microbiol. 1996 5:288-293.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００３０】
結論として、再発を伴わない短期かつ有効な治療、ならびにChlamydia trachomatis感染症に対する十分安全な治療が依然として所望される。
【課題を解決するための手段】
【００３１】
これまでのところより必要とされていることは、それぞれの株に特異的であり、高感度であり、簡便かつ迅速に行うことができ、そして感染の早期検出を可能にする診断に関する。
【００３２】
Chlamydia trachomatisに対するワクチンは現在利用可能ではない。満足し得るワクチンを開発するためには、該疾患の生理学および病理学における免疫防御の役割について理解するべきであろう。
【００３３】
これらの株、それらの宿主との相互作用、感染力の関連減少および特に宿主の免疫防御を免れる株、ならびに最後にこれらの関連病理の発達におけるそれらの関与に関するより詳細な情報があれば、これらの機構をより理解することができるであろう。特にChlamydia trachomatis感染を制御する手段の限界を示す先の記載を考慮すると、現在では一方で特にChlamydia trachomatisの遺伝子に関する詳しい知識から分子的道具を開発することも必須であるが、また新規の予防的および治療的処置、新規の診断方法ならびに特異的、有効かつ安全な新規のワクチン戦略も必須である。これが正に本発明の目的である。
【００３４】
本発明の主題は、Chlamydia trachomatis LGV2ゲノムの配列番号１の配列を有するヌクレオチド配列である。しかし、本発明は配列番号１に限定されず、ゲノムおよび株改変体のポリペプチドをコードするヌクレオチド、多型、対立改変体、変異体を含む。
【００３５】
従って、本発明の主題は、以下：
ａ）配列番号１のヌクレオチド配列、配列番号１の配列に少なくとも99.9％の同一性を示すヌクレオチド配列、ECACC受託番号98112618内に含有されるゲノムDNAのヌクレオチド配列、ECACC受託番号98112617内のクローン挿入物のヌクレオチド配列（これらは仮受託番号である）、
ｂ）配列番号１の配列に相同なヌクレオチド配列、
ｃ）以下に記載の高度または中度にストリンジェントな条件下でａ）のヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列：
（ｉ）例えば、高度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターのプレハイブリダイゼーションを、６×SSC、50 mM Tris-HCl（pH 7.5）、１mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール、0.02％BSA、および500μg／ml変性サケ精子DNAから成る緩衝液中で65℃で８時間〜１晩行う。フィルターを、100μg／ml変性サケ精子DNAおよび５〜20×10６cpmの32Ｐ標識プローブを含有するプレハイブリダイゼーション混合物において65℃（好適なハイブリダイゼーション温度）で48時間ハイブリダイズさせる。あるいは、ハイブリダイゼーション工程を、SSC緩衝液（１×SSC は0.15M NaClおよび0.05Mクエン酸Naに対応する）の存在下65℃で行うことができる。次に、２×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール、および0.01％ BSAを含有する溶液中37℃で１時間フィルターを洗浄し、続いて0.1× SSC中50℃で45分間洗浄することができる。あるいは、２×SSCおよび0.1％SDS、または0.5×SSCおよび0.1％SDS、または0.1×SSCおよび0.1％SDSを含有する溶液中68℃で15分間隔でフィルターの洗浄を行うことができる。洗浄工程後、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の高度にストリンジェントな条件も当該分野において周知であり、Sambrookら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y., 9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。
（ii）例えば、中度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターをプレハイブリダイズし、次いで、５×SSC緩衝液および標識プローブの存在下60℃の温度でハイブリダイズする。次に、２×SSCを含有する溶液中50℃でフィルターの洗浄を行い、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の中度にストリンジェントな条件は当該分野において周知であり、Sambrook ら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y.,9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。
ｄ）配列番号1の配列に相補的であるかまたはａ）、ｂ）もしくはｃ）に規定のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、およびそれらの対応するRNAのヌクレオチド配列、
ｅ）配列番号１の配列の代表的フラグメント、またはａ）、ｂ）、ｃ）もしくはｄ）に規定のヌクレオチド配列の代表的フラグメントのヌクレオチド配列、
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）もしくはｅ）に規定の配列を含むヌクレオチド配列、
ｇ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）もしくはｆ）に規定のヌクレオチド配列から得ることが可能なヌクレオチド配列、ならびに
ｈ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）もしくはｇ）に規定のヌクレオチド配列改変されたヌクレオチド配列、から選択されることを特徴とするヌクレオチド配列を含む。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１】Chlamydia trachomatis配列産生のためのライン。
【図２】配列および組み立ての分析。
【図３】完成技術。図３ａは、アセンブリ地図。図３ｂは、コンティグのオーファン末端の決定および使用。
【発明を実施するための形態】
【００３７】
Chlamydia trachomatisのゲノムの配列、またはゲノム配列とは、Chlamydia trachomatisのプラスミド配列とは対照的に、Chlamydia trachomatisの染色体の配列を意味すると理解される。
【００３８】
ヌクレオチド配列、ポリヌクレオチドまたは核酸とは、本発明に従えば、二本鎖DNA、一本鎖DNAまたは前記DNAの転写産物のいずれかを意味すると理解される。
【００３９】
本発明は天然の環境、即ち自然の状態におけるChlamydia trachomatisのゲノムの配列に関するものではないことを理解すべきである。それらは、例えば、イオン交換クロマトグラフィー、分子サイズ排除クロマトグラフィーまたはアフィニティークロマトグラフィーなどの分離方法、あるいはさまざまな溶媒における溶解度に基づく分画技術、あるいは増幅、クローニングまたはサブクローニングなどの遺伝子工学的方法（ベクターによって本発明の配列を保有することができる）により単離、精製または部分精製され得る配列である。
【００４０】
配列番号１のヌクレオチド配列は、クローンの挿入物の蛍光自動化配列決定およびソフトウェアによるヌクレオチドフラグメント（挿入物）のこれらの配列の組み立て後の定方向配列決定（directed sequencing）の方法によりChlamydia trachomatis LGV2ゲノムを配列決定することによって得た（実施例を参照のこと）。配列番号１の配列が高度に正確であるにもかかわらず、該配列はChlamydia trachomatis LGV2ゲノムのヌクレオチド配列を完全に100％示すものではなく、配列番号１の配列にはまれな数個の配列決定エラーまたは不確定がなお存在する可能性がある。本発明では、アミノ酸についての不確定を「Xaa」で示し、ヌクレオチドについての不確定を以下に列挙した配列では「Ｎ」で示す。これらのまれな数個の配列決定エラーまたは不確定は容易に検出され、全染色体および／または本発明によるその代表的フラグメントならびに標準的な増幅、クローニングおよびサブクローニング方法を使用して当業者によって補正され得る。得られる配列は、特にコンピュータソフトウェアによりおよび例えば以下に記載のような本発明の配列を記録するためのコンピュータ読み取り可能な媒体を使用して容易に比較することが可能である。これらの可能なまれな数個の配列決定エラーまたは不確定を補正した後、得られる配列はなお、配列番号１の配列に少なくとも99.9％の同一性を示す。そのようなまれな数個の配列決定エラーまたは不確定は、ECACC受託番号98112617またはECACC受託番号98112618（仮番号）内に含有されるDNA内には存在せず、配列番号１内に存在するいかなるまれな配列不確定もECACC寄託物のDNAを利用して日常的に補正することができる。
【００４１】
本発明の目的のための相同ヌクレオチド配列とは、配列番号１のヌクレオチド配列の塩基に少なくとも80％、好ましくは90％および95％の同一性百分率を有するヌクレオチド配列を意味すると理解される。この百分率は純粋に統計的なものであり、前記２つのヌクレオチド配列の間の差異はそれらの全長にわたって無作為に分布することが可能である。配列番号１のヌクレオチド配列の塩基に少なくとも80％、好ましくは90％および95％の同一性百分率を示す前記相同性配列は、例えば、ゲノム配列または上記のChlamydia pneumoniae、Chlamydia pstittaciおよびChlamydia pecorum種を含むChlamydia科に属する細菌の該配列の代表的フラグメントに対応する配列、ならびにゲノム配列またはChlamydia trachomatis種の改変体に属する細菌の該配列の代表的フラグメントに対応する配列を含み得る。本発明では、科および属という用語は交換可能であり、改変体、血清型、株および亜種という用語もまた交換可能である。従って、これらの相同配列は同種内または種間の変異に関連する変動に対応し得、そして特に短縮（truncation）、置換、欠失および／または少なくとも１つのヌクレオチドの付加に対応し得る。前記相同配列もまた、遺伝コードの縮重または科、種もしくはChlamydiaに存在する可能性のある改変体に特異的な遺伝コードの偏りに関連する変動に対応し得る。
【００４２】
タンパク質および／または核酸配列相同体は、当該分野において公知の様々な配列比較アルゴリズムおよびプログラムのいずれかを用いて評価し得る。そのようなアルゴリズムとして、TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA、およびCLUSTALW（Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85(8):2444-2448; Altschul ら、1990, J. Mol. Biol. 215(3):403-410；Thompsonら、1994, Nucleic Acids Res. 22(2):4673-4680；Higginsら、1996, Methods Enzymol. 266:383-402；Altschulら、1990, J. Mol. Biol. 215(3):403-410；Altschulら、1993, Nature Genetics 3:266-272）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００４３】
特に好ましい実施態様において、タンパク質および核酸相同体は、当該分野において周知であるベーシック  ローカル  アラインメント  サーチ  ツール（「BLAST」）を用いて評価される（例えば、KarlinおよびAltschul, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2267-2268；Altschulら、1990, J. Mol. Biol. 215:403-410；Altschulら、1993, Nature Genetics 3:266-272；Altschulら、1997, Nuc. Acids Res. 25:3389-3402を参照のこと）。特に、５つの特定のBLASTプログラムを使用して以下の処理： 
（１）BLASTPおよびBLAST3はタンパク質配列データベースに対してアミノ酸疑問配列を比較する、
（２）BLASTNはヌクレオチド配列データベースに対してヌクレオチド疑問配列を比較する、
（３）BLASTXはタンパク質配列データベースに対して疑問ヌクレオチド配列（両鎖）の６つのフレームの概念的翻訳産物を比較する、
（４）TBLASTNは全ての６つのリーディングフレーム（両鎖）において翻訳されるヌクレオチド配列データベースに対して疑問タンパク質配列を比較する、ならびに
（５）TBLASTXはヌクレオチド配列データベースの６つのフレーム翻訳に対してヌクレオチド疑問配列の６つのフレーム翻訳を比較する、を行う。
BLASTプログラムは、疑問アミノ酸または核酸配列と試験配列（タンパク質または核酸配列データベースから好適に得られる）との間の類似セグメント（本明細書では「高スコアセグメント対」という）を同定することによって相同配列を同定する。高スコアセグメント対はスコアマトリクスによって好ましく同定（即ち整合）され、その多くが当該分野において公知である。好ましくは、使用されるスコアマトリクスはBLOSUM62マトリクス（Gonnetら、1992, Science 256:1443-1445；HenikoffおよびHenikoff, 1993, Proteins 17:49-61）である。それほど好ましくはないが、PAMまたはPAM250マトリクス使用してもよい（例えば、SchwartzおよびDayhoff編、1978, Matrices for Detecting Distance Relationships:  Atlas of Protein Sequence and Structure, Washington:  National Biomedical Research Foundationを参照のこと）。
【００４４】
BLASTプログラムは、同定された全ての高スコアセグメント対の統計的有意性を評価し、好ましくは、使用者が特定した相同性％などの有意性に関する使用者が特定した閾値を満足するセグメントを選択する。好ましくは、Karlinの統計的有意性公式（例えば、Karlin and Altschul, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2267-2268を参照のこと）を用いて、高スコアセグメント対の統計的有意性を評価する。
【００４５】
本発明の配列に相補的なヌクレオチド配列とは、そのヌクレオチドが本発明の配列のヌクレオチドに相補的であり、方向が逆である（逆平行配列）任意のDNAを意味すると理解される。
【００４６】
本発明は、上記のａ）〜ｈ）の配列のフラグメントをさらに含む。本発明の配列の代表的フラグメントとは、少なくとも８連続ヌクレオチド、好ましくは少なくとも12連続ヌクレオチド、そしてより好ましくは、該フラグメントが誘導される配列の少なくとも15または少なくとも20連続ヌクレオチドを有する任意のヌクレオチドフラグメントを意味すると理解される。そのようなフラグメントは、短に、公的に利用可能なデータベースには現在列挙されていない配列番号１の部分を言及することが理解される。
【００４７】
これらの代表的フラグメントのうち、ストリンジェントな条件下で本発明のヌクレオチド配列にハイブリダイズ可能なフラグメントが好ましい。ストリンジェントな条件下のハイブリダイゼーションとは、２つの相補DNAフラグメント間でハイブリダイゼーションを維持することができるように選択される温度およびイオン強度条件を意味する。
【００４８】
その例示として、上記のヌクレオチドフラグメントを規定する目的のためのハイブリダイゼーション工程の高度にストリンジェントな条件は以下が有利である。
【００４９】
ハイブリダイゼーションは、SSC緩衝液（１×SSCは 0.15M NaClおよび0.05Mクエン酸Naに対応する）の存在下、65℃の好ましい温度で行われる。洗浄工程は、例えば、以下の通りであり得る：
室温で２×SSC、0.1％SDS、続いて１×SSC、0.1％SDSで３回洗浄；0.5×SSC、0.1％SDS；68℃で15分間0.1×SSC、0.1％SDS。
【００５０】
例えば、５×SSC緩衝液の存在下で60℃の温度を使用する中度にストリンジェントな条件、または例えば、５×SSC緩衝液の存在下で50℃の温度を使用する低度にストリンジェントな条件は、それぞれ、２つの配列間でハイブリダイゼーションを行うための全体的により低い相補性を必要とする。
【００５１】
約300塩基のサイズのポリヌクレオチドに対する上記のストリンジェントハイブリダイゼーション条件が、Sambrookら（1989）の教義に従い、当業者によってより大きなサイズまたはより小さなサイズのオリゴヌクレオチドに適応される。
【００５２】
本発明の代表的フラグメントのうち、相補配列または本発明のそれらの代表的フラグメントを得るか、あるいは配列番号１の配列において不完全であることが見出されているかまたはエラーもしくは不確定を保有するゲノムフラグメントを再構成することが可能な方法において、プライマーまたはプローブとして使用することができるフラグメントも好ましく、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、クローニングおよび核酸の配列決定などのこれらの方法は当業者に周知である。変異または種間もしくは種内改変体に対応するこれらの相同ヌクレオチド配列、ならびに再構成され得る完全ゲノム配列またはその代表的フラグメントのうち１つは、もちろん、本発明の一部を形成する。
【００５３】
前記代表的フラグメントのうち、Chlamydia trachomatisまたは先に規定されたその関連微生物の存在の診断を可能にする方法においてプライマーまたはプローブとして使用することができる代表的フラグメントも好ましい。
【００５４】
Chlamydia trachomatisもしくはその関連微生物のうち１つの遺伝子の発現を変調、調節、阻害または誘導し得、および／または宿主細胞および／または生物においてChlamydia trachomatisもしくはその関連微生物のうち１つの複製サイクルを変調し得る代表的フラグメントも好ましい。複製サイクルは、侵入、増殖、細胞内局在化、特に液胞における保持およびリソソームに対する融合プロセスの阻害、ならびにChlamydia trachomatisまたはその関連微生物のうち１つの宿主細胞から宿主細胞への伝播を表すことを意図する。
【００５５】
前記代表的フラグメントのうち、ORF（ORFはオープンリーディングフレームの略）と呼ばれるオープンリーディングフレームに対応するヌクレオチド配列に対応し、そして例えば、以下に記載のORF配列など（ただし、それらに限定されない）のポリペプチドをコードするフラグメントが最終的に好ましい。
【００５６】
本発明の代表的フラグメントは、例えば、PCRなどの特異的増幅によって、または制限酵素による本発明のヌクレオチド配列の消化後に得ることができる。これらの方法は、特にSambrookら（1989）によるマニュアルに記載されている。前記代表的フラグメントはまた、それらのサイズがそれほど大きくない場合は、当業者に周知の方法に従い化学合成によって得ることができる。例えば、ECACC受託番号98112618のゲノムDNAのフラグメントまたはECACC受託番号98112617（これらは仮番号）で存在するクローン挿入物を単離することによって得ることができる。
【００５７】
本発明の代表的フラグメントは、例えば、前記代表的フラグメント（特にこれらのフラグメントでは、配列の一部が失われているかまたは不完全である可能性がある）のいくつかを増幅、クローニングまたは配列決定技術などの当業者に周知の方法により再構成するためのプライマーとして使用することができる。
【００５８】
改変されたヌクレオチド配列とは、当業者に周知の技術による変異誘発により得られる任意のヌクレオチド配列であって、正常な配列に対して改変、例えば、ペプチドを発現するための調節および／またはプロモーター配列における変異を示し、特に前記ペプチドの発現レベルの改変または複製サイクルを導く上記配列を意味すると理解される。
【００５９】
改変されたヌクレオチド配列とはまた、先に記載の改変されたポリペプチドをコードする任意のヌクレオチド配列を意味すると理解される。
【００６０】
本発明の主題はまた、オープンリーディングフレーム（ORF）、即ちORF2〜ORF1197配列のヌクレオチド配列から選択されることを特徴とするChlamydia trachomatisヌクレオチド配列を含む。
【００６１】
ORF2〜ORF1197ヌクレオチド配列を以下の表１および２に規定し、配列番号１の配列上におけるそれらの位置で表している。例えば、ORF10配列は、配列番号１上のヌクレオチド9828位〜10430位の間のヌクレオチド配列で規定される。ORF2〜ORF1197は相同性分析および潜在的ORF開始部位の分析を介して同定されており、以下の実施例に記載されている。本発明のそれぞれの同定されたORFは、前のORFの終止コドンに対して直ぐ3'側のコドンからORFヌクレオチド配列対して読み枠を合わせてある配列番号１における次の終止コドンに対する5'側コドンまでの連続ヌクレオチド配列にわたるヌクレオチド配列を含むことが理解される。以下の表２は、それぞれのORF2〜1197の初め、終わりおよび潜在的開始部位を列挙している。１つの実施態様において、ORFは、ORF終止コドンに対して下流（即ち3'）側の潜在的ORF開始部位からORF終止コドン（またはORF終止コドンの直ぐ隣の上流側ORFコドン）までにわたる連続ヌクレオチド配列を含む。ORF2〜ORF1197は配列番号２〜配列番号1197のポリペプチドをコードする。
【００６２】
小さなフレームシフトを導入すると、特定のここのORFはより大きな「結合型」ORFを含み得る。そのような推定「結合型」ORFの列挙を以下の表３に示す。例えば、結合型ORFは、介在インフレームヌクレオチド配列を含むORF1076およびORF1073を含み得る。それぞれの「結合型」ORF内のORFの順（5'から3'）を列挙する。本明細書においてORF2〜ORF1197について言及する場合、そのような記載も「結合型」ORFを含むことを意味する。そのような「結合型」ORFによってコードされるポリペプチドも本発明の一部である。
【００６３】
表３
ORF 1076、ORF 1073；
ORF 3、ORF 2；
ORF 23、ORF 22、ORF 21；
ORF 1141、ORF 477、ORF 478、ORF 479；
ORF 487、ORF 486、ORF 485、ORF 484、ORF 483、ORF 482、ORF 481；
ORF 488、ORF 489；
ORF 573、ORF 572、ORF 571；
ORF 817、ORF 818；
ORF 819、ORF 820；
ORF 1037、ORF 1038；
ORF 1071、ORF 1070；
ORF 17、ORF 1077；
ORF 1185、ORF 933、ORF 934；
ORF 1060、ORF 1059；
ORF 155、ORF 156；
ORF 679、ORF 680；
ORF 879、ORF 878；
ORF 1028； ORF 1029、
および代表的フラグメント。
【００６４】
表１はまた、公的に公開されたデータベースに存在する配列に対してそれぞれのORFによりコードされるポリペプチドの配列を比較する相同性研究の結果を示す。１つの実施態様において、公的に公開されたデータベースに存在するポリペプチドに対して約95%を超える同一性を示す表１に列挙されたポリペプチドは、本発明の部分とはみなされないことが理解される。同様に、本実施態様において、そのようなポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は本発明の部分とはみなされない。もう１つの実施態様において、公的に公開されたデータベースに存在するポリペプチドに対して約99%を超える同一性を示す表１に列挙されたポリペプチドは、本発明の部分とはみなされないことが理解される。同様に、本実施態様において、そのようなポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は本発明の部分とはみなされない。
【００６５】
本発明はまた、以下：
ａ）ORF2〜ORF1197、結合型ORFヌクレオチド配列、ECACC受託番号98112618内に含有されるゲノムDNAのヌクレオチド配列または本発明のECACC受託番号98112617におけるクローン挿入物のヌクレオチド配列、
ｂ）本発明のORF2〜ORF1197ヌクレオチド配列全体にわたって少なくとも80％の同一性を示すかまたはａ）に規定される相同ヌクレオチド配列、
ｃ）以下に記載の高度または中度にストリンジェントな条件下でORF2〜ORF1197にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列：
（ｉ）例えば、高度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターのプレハイブリダイゼーションを、６×SSC、50 mM Tris-HCl（pH 7.5）、１mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール、0.02％BSA、および500μg／ml変性サケ精子DNAから成る緩衝液中で65℃で８時間〜１晩行う。フィルターを、100μg／ml変性サケ精子DNAおよび５〜20×10６cpmの32Ｐ標識プローブを含有するプレハイブリダイゼーション混合物において65℃（好適なハイブリダイゼーション温度）で48時間ハイブリダイズさせる。あるいは、ハイブリダイゼーション工程を、SSC緩衝液（１×SSC は0.15M NaClおよび0.05Mクエン酸Naに対応する）の存在下65℃で行うことができる。次に、２×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール、および0.01％ BSAを含有する溶液中37℃で１時間フィルターを洗浄し、続いて0.1× SSC中50℃で45分間洗浄することができる。あるいは、２×SSCおよび0.1％SDS、または0.5×SSCおよび0.1％SDS、または0.1×SSCおよび0.1％SDSを含有する溶液中68℃で15分間隔でフィルターの洗浄を行うことができる。洗浄工程後、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の高度にストリンジェントな条件も当該分野において周知であり、Sambrookら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y.,9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。
（ii）例えば、中度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターをプレハイブリダイズし、次いで、５×SSC緩衝液および標識プローブの存在下60℃の温度でハイブリダイズする。次に、２×SSCを含有する溶液中50℃でフィルターの洗浄を行い、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の中度にストリンジェントな条件は当該分野において周知であり、Sambrook ら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y., 9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。好ましくは、そのような配列はORF2〜ORF1197のうち１つによってコードされるポリペプチドの相同体をコードする。１つの実施態様において、そのような配列はChlamydia trachomatisポリペプチドをコードする。
ｄ）本発明のORF2〜ORF1197に対応するかまたはａ）、ｂ）もしくはｃ）に規定される相補的またはRNAヌクレオチド配列、
ｅ）本発明のORF2〜ORF1197配列の代表的フラグメントまたはａ）、ｂ）、ｃ）もしくはｄ）に規定される配列のヌクレオチド配列、
ｆ）本発明のまたはａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）もしくはｅ）に規定のORF2〜ORF1197配列から得ることが可能なヌクレオチド配列、ならびに
ｇ）本発明のまたはａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）もしくはｆ）に規定のORF2〜ORF1197配列の改変されたヌクレオチド配列、
から選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とするヌクレオチド配列に関する。
【００６６】
ORF2〜ORF1197ヌクレオチド配列との相同性については、ORF2〜ORF1197ヌクレオチド配列に少なくとも80％、好ましくは90％および95％の同一性百分率を示す相同配列が好ましい。そのような相同配列は、例えば上記および以下の実施例に記載のアルゴリズムにより日常的に同定される。前記相同配列は上記の相同配列に対応し、そして例えば、上記のChlamydia pneumoniae種、Chlamydia pstittaci種およびChlamydia pecorum種を含むChlamydia科に属する細菌のORF配列に対応する配列、ならびにChlamydia trachomatis種の改変体に属する細菌のORF配列に対応する配列を含み得る。同様に、相同配列は、同種内または種間の変異に関連する変動に対応し得、そして特に短縮、置換、欠失および／または少なくとも１つのヌクレオチドの付加に対応し得る。前記相同配列もまた、遺伝コードの縮重または科、種もしくはChlamydiaに存在する可能性のある改変体に特異的な遺伝コードの偏りに関連する変動に対応し得る。
【００６７】
本発明は、本発明のヌクレオチド配列、好ましくは配列番号１の配列の代表的フラグメントによってコードされるポリペプチドを含み、ORF配列、特に配列番号２〜配列番号1197の配列およびそれらの代表的フラグメントから選択されることを特徴とするChlamydia trachomatisポリペプチドに対応する。しかし、本発明は、配列番号1内のORFによってコードされるポリペプチドに限定されず、ORF配列に対応するが、株改変体、多型、対立改変体、変異体を含む。
【００６８】
従って、本発明はまた、以下： 
ａ）配列番号1のポリヌクレオチド配列（例えば、ORF2〜ORF1197に対応するポリヌクレオチド配列によってコードされる任意のポリペプチド）および／または本発明のそれらの代表的フラグメント、
ｂ）本発明の、またはａ）に規定されるポリペプチドに相同なポリペプチド、
ｃ）以下に記載の高度または中度にストリンジェントな条件下で配列番号１またはORF2〜ORF1197にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド：
（ｉ）例えば、高度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターのプレハイブリダイゼーションを、６×SSC、50 mM Tris-HCl（pH 7.5）、１mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール、0.02％BSA、および500μg／ml変性サケ精子DNAから成る緩衝液中で65℃で８時間〜１晩行う。フィルターを、100μg／ml変性サケ精子DNAおよび５〜20×10６cpmの32Ｐ標識プローブを含有するプレハイブリダイゼーション混合物において65℃（好適なハイブリダイゼーション温度）で48時間ハイブリダイズさせる。あるいは、ハイブリダイゼーション工程を、SSC緩衝液（１×SSC は0.15M NaClおよび0.05Mクエン酸Naに対応する）の存在下65℃で行うことができる。次に、２×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール、および0.01％ BSAを含有する溶液中37℃で１時間フィルターを洗浄し、続いて0.1× SSC中50℃で45分間洗浄することができる。あるいは、２×SSCおよび0.1％SDS、または0.5×SSCおよび0.1％SDS、または0.1×SSCおよび0.1％SDSを含有する溶液中68℃で15分間隔でフィルターの洗浄を行うことができる。洗浄工程後、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の高度にストリンジェントな条件も当該分野において周知であり、Sambrook ら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y.,9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。
（ii）例えば、中度にストリンジェントな条件を用いる手順は以下の通りであるがそれらに限定されない：DNAを含有するフィルターをプレハイブリダイズし、次いで、５×SSC緩衝液および標識プローブの存在下60℃の温度でハイブリダイズする。次に、２×SSCを含有する溶液中50℃でフィルターの洗浄を行い、ハイブリダイズしたプローブをオートラジオグラフィーで検出することができる。使用し得る他の中度にストリンジェントな条件は当該分野において周知であり、Sambrookら、1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Press, N.Y.,9.47-9.57頁、およびAusubelら、1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y.に引用されているが、それらの全体を本明細書に組み入れる。好ましくは、そのような配列はORF2〜ORF1197のうち１つによってコードされるポリペプチドの相同体をコードする。１つの実施態様において、そのような配列はChlamydia trachomatisポリペプチドをコードする。
ｄ）本発明の、またはａ）、ｂ）もしくはｃ）に規定されるポリペプチドの少なくとも５アミノ酸のフラグメント、
ｅ）本発明の、またはａ）、ｂ）、ｃ）もしくはｄ）に規定されるポリペプチドの生物学的に活性なフラグメント、
ｆ）本発明のまたはａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）もしくはｅ）に規定のポリペプチドの改変されたポリペプチド、
から選択されるポリペプチドを含むことを特徴とするポリペプチドを含む。
【００６９】
本明細書では、ポリペプチド、ペプチドおよびタンパク質という用語は交換可能である。
【００７０】
本発明は、天然の形態のポリペプチドは関するものではない。即ち、それらは天然の環境においては認められないが、天然の供給源からは単離または得ることができるか、あるいは遺伝子組換え、または化学合成によって得られ、この場合、それらは以下に記載のように非天然のアミノ酸を含み得る。
【００７１】
相同ポリペプチドは、天然のポリペプチドと比較して、特に、少なくとも１アミノ酸の欠失、付加または置換、短縮、伸張、キメラ融合、および／または変異などの特定の改変を示すポリペプチド、あるいは翻訳後改変を示すポリペプチドを表すことが理解される。相同ポリペプチドのうち、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列に少なくとも80％、好ましくは90％の相同性または同一性を示す相同ポリペプチドが好ましい。置換の場合、1以上の連続または非連続アミノ酸が「等価」なアミノ酸によって置換される。本明細書では、発現「等価」アミノ酸は、基本構造において、しかし、対応ペプチドの生物学的活性を本質的に改変することなくアミノ酸の１つについて置換され得る任意のアミノ酸を表すことを意味しており、以下に規定される。
【００７２】
タンパク質および／または核酸配列相同体は、当該分野において公知の様々な配列比較アルゴリズムおよびプログラムのいずれかを用いて評価し得る。そのようなアルゴリズムとして、TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA、およびCLUSTALW（Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85(8):2444-2448; Altschul ら、1990, J. Mol. Biol. 215(3):403-410；Thompsonら、1994, Nucleic Acids Res. 22(2):4673-4680；Higginsら、1996, Methods Enzymol. 266:383-402；Altschulら、1990, J. Mol. Biol. 215(3):403-410；Altschulら、1993, Nature Genetics 3:266-272）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７３】
特に好ましい実施態様において、タンパク質および核酸相同体は、当該分野において周知であるベーシック  ローカル  アラインメント  サーチ  ツール（「BLAST」）を用いて評価される（例えば、KarlinおよびAltschul, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2267-2268；Altschulら、1990, J. Mol. Biol. 215:403-410；Altschulら、1993, Nature Genetics 3:266-272；Altschulら、1997, Nuc. Acids Res. 25:3389-3402を参照のこと）。特に、５つの特定のBLASTプログラムを使用して以下の処理：
（１）BLASTPおよびBLAST3はタンパク質配列データベースに対してアミノ酸疑問配列を比較する、
（２）BLASTNはヌクレオチド配列データベースに対してヌクレオチド疑問配列を比較する、
（３）BLASTXはタンパク質配列データベースに対して疑問ヌクレオチド配列（両鎖）の６つのフレームの概念的翻訳産物を比較する、
（４）TBLASTNは全ての６つのリーディングフレーム（両鎖）において翻訳されるヌクレオチド配列データベースに対して疑問タンパク質配列を比較する、ならびに
（５）TBLASTXはヌクレオチド配列データベースの６つのフレーム翻訳に対してヌクレオチド疑問配列の６つのフレーム翻訳を比較する、
を行う。
BLASTプログラムは、疑問アミノ酸または核酸配列と試験配列（タンパク質または核酸配列データベースから好適に得られる）との間の類似セグメント（本明細書では「高スコアセグメント対」という）を同定することによって相同配列を同定する。高スコアセグメント対はスコアマトリクスによって好ましく同定（即ち整列）され、その多くが当該分野において公知である。好ましくは、使用されるスコアマトリクスはBLOSUM62マトリクス（Gonnetら、1992, Science 256:1443-1445；HenikoffおよびHenikoff, 1993, Proteins 17:49-61）である。それほど好ましくはないが、PAMまたはPAM250マトリクス使用してもよい（例えば、SchwartzおよびDayhoff編、1978, Matrices for Detecting Distance Relationships:  Atlas of Protein Sequence and Structure, Washington:  National Biomedical Research Foundationを参照のこと）。
【００７４】
BLASTプログラムは、同定された全ての高スコアセグメント対の統計的有意性を評価し、好ましくは、使用者が特定した相同性％などの有意性に関する使用者が特定した閾値を満足するセグメントを選択する。好ましくは、Karlinの統計的有意性公式（例えば、KarlinおよびAltschul, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2267-2268を参照のこと）を用いて、高スコアセグメント対の統計的有意性を評価する。
【００７５】
等価なアミノ酸は、置換の対象となるアミノ酸との構造的相同性か、または実施され得る様々なポリペプチド間の生物学的活性の比較試験の結果に基づいて決定され得る。
【００７６】
例えば、対応する改変されたポリペプチドの生物学的活性の実質的な改変をもたらさずに行い得る置換（例えば、ロイシンのバリンまたはイソロイシンによる置換、アスパラギン酸のグルタミン酸による置換、グルタミンのアスパラギンによる置換、アルギニンのリジンによる置換など）の可能性について言及し得、逆の置換も同条件で可能である。
【００７７】
相同ペプチドもまた、先に規定される相同ヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドに対応し、従って、本明細書の規定において、変異されたポリペプチドまたはChlamydiaに存在し得る種間もしくは種内改変に対応するペプチドを含み、そして特に短縮、置換、欠失および／または少なくとも１つのヌクレオチドの付加に対応する。
【００７８】
本発明のポリペプチドの生物学的に活性なフラグメントは、以下に記載のように、特に：
Chlamydia trachomatisに対して指令される免疫応答を誘発し得る子と、および／または
本発明のポリペプチドに対して特異的な抗体によって認識され得ること、および／または
Chlamydia trachomatisのポリペプチドまたはヌクレオチド配列に結合し得ること、および／または
Chlamydia trachomatisもしくはその関連微生物のうち１つの遺伝子の発現を変調、調節、誘導または阻害し得、および／または宿主細胞および／または生物においてChlamydia trachomatisもしくはその関連微生物のうち１つの複製サイクルを変調し得ること、および／または
例えば、構造活性（細胞エンベロープ、リボソーム）、酵素（代謝）活性、輸送活性、分泌またはビルレンスにおける活性などの部分的生理学的活性を作用し得ること、
という点において、本発明のポリペプチドの特徴の少なくとも１つを示すポリペプチドフラグメントを特に表す。
【００７９】
本発明の代表的ポリペプチドフラグメントは、最低でも５アミノ酸、好ましくは10アミノ酸、または好ましくは15アミノ酸を含むポリペプチドを表すと理解される。そのようなフラグメントとは、公的に利用可能なデータベースには現在列挙されていないORF2〜ORF1197によってコードされるポリペプチドの一部のみを言うことが理解される。
【００８０】
本発明のポリペプチドはChlamydia trachomatisに天然に存在するかまたはChlamydia trachomatisにより分泌される単離もしくは精製されたフラグメントに対応し得るか、あるいはトリプシンもしくはキモトリプシンもしくはコラゲナーゼなどのタンパク質分解酵素、または臭化シアン（CNBr）などの化学試薬で前記ポリペプチドを切断することによって、あるいは前記ポリペプチドを高い酸性環境、例えばpH 2.5に置くことによって得ることができるフラグメントに対応し得る。そのようなポリペプチドフラグメントは、化学合成によって、調節および／または発現に適切なエレメントの制御下に置かれ前記フラグメントの発現を可能にする核酸を含有する本発明の発現ベクターで形質転換された宿主を用いて、同様に調製され得る。
【００８１】
本発明のポリペプチドの「改変されたポリペプチド」とは、以下に記載のように遺伝子組換えまたは化学合成によって得られ、正常な配列と比較して少なくとも1つの改変を示すポリペプチドを表すと理解される。これらの改変は特に、特異性もしくは活性の効率の原因であるか、または構造的コンホメーション、電荷もしくは疎水性、ならびに本発明のポリペプチドの多量体化および膜挿入の能力の原因であるアミノ酸に影響し得る。従って、等価な、増加したまたは減少した活性、および等価な、より狭いまたはより広い特異性を有するポリペプチドを作製することが可能である。改変されたポリペプチドのうち、５アミノ酸までを改変するか、ＮまたはＣ末端で短縮するか、あるいは欠失または付加し得るポリペプチドについて言及し得る。
【００８２】
示されるように、ポリペプチドの改変は特に：
Chlamydia、特にChlamydia trachomatisおよびその改変体、もしくはその関連微生物のうち１つの遺伝子の発現を変調、調節、阻害または誘導し得、および／または宿主細胞および／または生物においてChlamydia、特にChlamydia trachomatisおよびその改変体、もしくはその関連微生物のうち１つの複製サイクルを変調し得ること、
生合成もしくは生分解、またはそのワクチン組成物への組込みの方法におけるその使用を可能にすること、
臨床使用のための化合物としてのそのバイオアベイラビリティーを改変すること、
を目標とし得る。
【００８３】
前記改変されたポリペプチドも、前記改変されたポリペプチドが遺伝子の発現を調節、阻害または誘導し得るか、あるいは前記細胞または前記微生物の成長もしくは複製サイクルを調製し得るための任意の細胞または微生物において使用し得る。真核または原核細胞において前記調節を示し得る方法は、当業者に周知である。前記細胞または微生物は、特に、腫瘍細胞または感染性微生物から選択され、そして前記改変されたポリペプチドは、前記細胞または前記微生物の存在に関連する病理の予防または治療のために使用し得る。前記改変されたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、前記病理を予防または治療することを目的として、例えば本発明のベクターの仲介による前記調節のために使用さえることが明らかに理解され、以下にも記載されている。
【００８４】
上記の改変されたポリペプチドは、コンビナトリー(combinatory)ケミストリーを用いて得ることができ、該コンビナトリー(combinatory)ケミストリーでは、最も活性が高いか、もしくは所望される特性を示す化合物を選択するために、それらをモデル、細胞培養物または微生物に対して試験する前に該ポリペプチドの一部を変更することが可能である。
【００８５】
化学合成はまた：
非天然のアミノ酸、または
非ペプチド結合、
を使用し得る利点を有する。
【００８６】
従って、本発明のポリペプチドの寿命を延長するためには、非天然のアミノ酸、例えばＤ型、あるいはアミノ酸類似体、例えば、特にイオウを含有する形態を使用するのが有利であり得る。
【００８７】
最後に、本発明のポリペプチドの構造、その相同または改変された形態、ならびに対応するフラグメントは、ペプチド型などの化学構造に組込まれ得る。従って、ＮおよびＣ末端でプロテアーゼに認識されない化合物を提供することは有利であり得る。
【００８８】
また、本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、本発明の一部を形成している。特に好ましい特徴を示すポリペプチドをコードするORFヌクレオチド配列については、以下に記載されている。以下に記載の好ましいORFポリペプチドのそれぞれの群について、列挙されている個々のORFに加えて、そのようなORFが「結合型」ORFとして存在する場合、該「結合型」ORFもまた好ましい群に含まれるべきであることが理解される。
【００８９】
特に、本発明の主題は、細胞エンベロープ、好ましくはChlamydia trachomatis外側細胞エンベロープまたはその代表的フラグメントのうち1つ（例えば、外膜の主要タンパク質、粘着タンパク質またはChlamydia壁の組成物へ侵入するタンパク質など）をコードすることを特徴とするヌクレオチド配列である。これらの配列のうち、以下の配列：
ORF3、ORF19、ORF51、ORF189、ORF212、ORF213、ORF324、ORF477、ORF478、ORF479、ORF481、ORF482、ORF483、ORF484、ORF486、ORF488、ORF489、ORF490、ORF572、ORF573、ORF742、ORF817、ORF818、ORF820、ORF1035、ORF1036、ORF1037、ORF1038、ORF1070、ORF1071、ORF1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む配列が最も好ましい。
【００９０】
細胞質膜および細菌の壁の構造は、関連タンパク質に依存する。細胞質膜の構造は、水、水溶性物質および小さなサイズの分子（イオン、小さな無機分子、ペプチドまたはタンパク質）を透過させない。細胞または細菌への妨害を確実にするために、リガンドは、細胞質膜において足場を形成するタンパク質（受容体）との特別な関係を確立しなければならない。膜上で足場を形成するこれらのタンパク質は代謝において重要な役割を果たす。何故なら、上記タンパク質は細菌における交代を制御するからである。これらの交代は、細菌に対して目的の分子（糖および小さなペプチドなどの小さな分子）ならびに抗生物質または重金属などの細菌に対して所望されない分子に適用する。
【００９１】
膜の脂質二重層構造には、αへリックスを形成する約20アミノ酸の疎水性ドメインを有するための該構造に挿入されるタンパク質を必要とする。主な疎水性および潜在的な膜貫通領域は、それ自体がヌクレオチド配列から予想されるタンパク質の１次構造から予測され得る。１以上の予想膜貫通ドメインが存在すると、細胞質膜に結合し、そして個々で重要な代謝的役割を果たし得るタンパク質か、あるいは潜在的に保護エピトープを示し得るために露出されたタンパク質の可能性が生じる。
【００９２】
膜に挿入されるタンパク質が、静電結合を介して相互に作用し得るいくつかの膜貫通ドメインを示す場合、これらのタンパク質は多くの物質を透過し得るようになる膜を横切る孔を形成し得る。膜貫通ドメインを有さないタンパク質もまた細胞質膜における脂肪酸の仲介によって足場を形成し得、ある場合には細菌外へのタンパク質の放出の原因となっているタンパク質と足場との間の結合を切断することが可能である。
【００９３】
好ましくは、本発明は、１〜３個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、そして以下の配列：
ORF2、ORF3、ORF5、ORF8、ORF9、ORF10、ORF11、ORF12、ORF17、ORF21、ORF26、ORF27、ORF28、ORF29、ORF30、ORF31、ORF33、ORF35、ORF37、ORF39、ORF40、ORF41、ORF42、ORF43、ORF44、ORF45、ORF46、ORF47、ORF48、ORF49、ORF52、ORF53、ORF55、ORF56、ORF58、ORF65、ORF66、ORF68、ORF70、ORF74、ORF75、ORF76、ORF78、ORF79、ORF81、ORF82、ORF83、ORF86、ORF91、ORF92、ORF94、ORF97、ORF100、ORF102、ORF103、ORF105、ORF106、ORF107、ORF109、ORF110、ORF111、ORF112、ORF113、ORF114、ORF115、ORF116、ORF117、ORF120、ORF122、ORF123、ORF130、ORF134、ORF135、ORF137、ORF140、ORF141、ORF143、ORF144、ORF145、ORF147、ORF148、ORF149、ORF150、ORF151、ORF155、ORF156、ORF162、ORF163、ORF164、ORF165、ORF166、ORF167、ORF168、ORF169、ORF170、ORF171、ORF173、ORF175、ORF176、ORF177、ORF181、ORF183、ORF184、ORF186、ORF187、ORF188、ORF190、ORF191、ORF192、ORF194、ORF195、ORF196、ORF197、ORF198、ORF199、ORF201、ORF202、ORF204、ORF206、ORF207、ORF209、ORF212、ORF213、ORF217、ORF219、ORF220、ORF221、ORF222、ORF223、ORF224、ORF225、ORF227、ORF228、ORF231、ORF232、ORF234、ORF236、ORF237、ORF243、ORF244、ORF245、ORF247、ORF248、ORF249、ORF252、ORF254、ORF257、ORF260、ORF261、ORF263、ORF265、ORF266、ORF267、ORF270、ORF271、ORF272、ORF274、ORF276、ORF277、ORF278、ORF279、ORF282、ORF283、ORF284、ORF285、ORF287、ORF289、ORF290、ORF291、ORF294、ORF298、ORF305、ORF306、ORF310、ORF311、ORF313、ORF315、ORF316、ORF319、ORF320、ORF322、ORF323、ORF325、ORF326、ORF327、ORF328、ORF330、ORF331、ORF332、ORF333、ORF334、ORF335、ORF336、ORF338、ORF339、ORF340、ORF341、ORF344、ORF345、ORF348、ORF349、ORF350、ORF351、ORF352、ORF353、ORF356、ORF357、ORF358、ORF361、ORF362、ORF366、ORF367、ORF368、ORF370、ORF372、ORF373、ORF375、ORF377、ORF378、ORF379、ORF380、ORF382、ORF383、ORF384、ORF385、ORF387、ORF389、ORF390、ORF391、ORF393、ORF396、ORF398、ORF399、ORF403、ORF404、ORF406、ORF407、ORF413、ORF414、ORF417、ORF418、ORF420、ORF421、ORF424、ORF426、ORF427、ORF428、ORF430、ORF433、ORF434、ORF435、ORF436、ORF437、ORF440、ORF443、ORF446、ORF448、ORF450、ORF451、ORF454、ORF455、ORF457、ORF458、ORF459、ORF463、ORF464、ORF466、ORF467、ORF468、ORF469、ORF470、ORF473、ORF474、ORF475、ORF476、ORF477、ORF479、ORF480、ORF481、ORF483、ORF484、ORF485、ORF486、ORF487、ORF488、ORF491、ORF493、ORF496、ORF497、ORF498、ORF500、ORF501、ORF503、ORF504、ORF508、ORF512、ORF513、ORF514、ORF519、ORF521、ORF523、ORF524、ORF526、ORF527、ORF529、ORF530、ORF531、ORF532、ORF534、ORF536、ORF537、ORF538、ORF540、ORF541、ORF542、ORF543、ORF544、ORF545、ORF546、ORF547、ORF551、ORF552、ORF553、ORF555、ORF558、ORF559、ORF560、ORF561、ORF562、ORF566、ORF567、ORF568、ORF569、ORF571、ORF572、ORF574、ORF575、ORF576、ORF580、ORF582、ORF585、ORF587、ORF589、ORF592、ORF593、ORF595、ORF596、ORF597、ORF599、ORF601、ORF602、ORF603、ORF604、ORF608、ORF609、ORF610、ORF611、ORF615、ORF616、ORF617、ORF618、ORF621、ORF622、ORF623、ORF624、ORF625、ORF628、ORF632、ORF633、ORF634、ORF635、ORF637、ORF638、ORF640、ORF641、ORF643、ORF646、ORF648、ORF649、ORF651、ORF652、ORF653、ORF654、ORF655、ORF658、ORF664、ORF665、ORF666、ORF668、ORF669、ORF670、ORF671、ORF672、ORF673、ORF674、ORF676、ORF677、ORF678、ORF680、ORF682、ORF683、ORF684、ORF686、ORF688、ORF689、ORF690、ORF691、ORF692、ORF693、ORF695、ORF696、ORF698、ORF701、ORF703、ORF704、ORF705、ORF706、ORF707、ORF709、ORF710、ORF711、ORF712、ORF713、ORF714、ORF715、ORF717、ORF718、ORF720、ORF721、ORF722、ORF724、ORF726、ORF728、ORF729、ORF730、ORF731、ORF732、ORF733、ORF734、ORF737、ORF738、ORF739、ORF740、ORF742、ORF743、ORF744、ORF745、ORF746、ORF748、ORF750、ORF751、ORF752、ORF753、ORF754、ORF755、ORF757、ORF758、ORF759、ORF760、ORF764、ORF766、ORF768、ORF769、ORF771、ORF772、ORF773、ORF774、ORF775、ORF776、ORF777、ORF778、ORF779、ORF780、ORF781、ORF782、ORF783、ORF786、ORF787、ORF788、ORF789、ORF790、ORF793、ORF798、ORF800、ORF802、ORF803、ORF806、ORF808、ORF809、ORF810、ORF811、ORF813、ORF814、ORF817、ORF820、ORF822、ORF824、ORF825、ORF827、ORF828、ORF829、ORF830、ORF833、ORF834、ORF835、ORF837、ORF838、ORF839、ORF840、ORF841、ORF842、ORF843、ORF845、ORF848、ORF849、ORF850、ORF851、ORF852、ORF854、ORF855、ORF856、ORF857、ORF859、ORF860、ORF862、ORF863、ORF864、ORF866、ORF869、ORF872、ORF873、ORF874、ORF878、ORF879、ORF880、ORF881、ORF883、ORF884、ORF885、ORF886、ORF887、ORF892、ORF893、ORF894、ORF895、ORF897、ORF899、ORF900、ORF901、ORF904、ORF906、ORF909、ORF910、ORF912、ORF914、ORF917、ORF920、ORF921、ORF922、ORF923、ORF924、ORF925、ORF926、ORF927、ORF930、ORF933、ORF934、ORF935、ORF936、ORF937、ORF940、ORF941、ORF942、ORF943、ORF944、ORF945、ORF947、ORF948、ORF951、ORF952、ORF953、ORF954、ORF955、ORF956、ORF957、ORF958、ORF960、ORF961、ORF962、ORF963、ORF964、ORF966、ORF967、ORF969、ORF970、ORF971、ORF973、ORF974、ORF979、ORF980、ORF981、ORF982、ORF984、ORF988、ORF989、ORF990、ORF991、ORF995、ORF996、ORF999、ORF1001、ORF1003、ORF1004、ORF1005、ORF1006、ORF1007、ORF1009、ORF1010、ORF1011、ORF1012、ORF1013、ORF1014、ORF1016、ORF1017、ORF1018、ORF1020、ORF1021、ORF1025、ORF1026、ORF1027、ORF1029、ORF1030、ORF1031、ORF1035、ORF1036、ORF1037、ORF1038、ORF1039、ORF1040、ORF1044、ORF1045、ORF1047、ORF1048、ORF1050、ORF1051、ORF1052、ORF1053、ORF1055、ORF1056、ORF1057、ORF1058、ORF1061、ORF1062、ORF1063、ORF1064、ORF1065、ORF1066、ORF1068、ORF1069、ORF1072、ORF1074、ORF1076およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【００９４】
好ましくは、本発明は、４〜６個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、そして以下の配列：
ORF7、ORF14、ORF16、ORF32、ORF34、ORF36、ORF38、ORF50、ORF57、ORF59、ORF61、ORF62、ORF63、ORF64、ORF67、ORF69、ORF72、ORF77、ORF80、ORF84、ORF87、ORF93、ORF95、ORF99、ORF108、ORF119、ORF125、ORF126、ORF129、ORF131、ORF136、ORF139、ORF146、ORF152、ORF154、ORF160、ORF161、ORF172、ORF179、ORF182、ORF185、ORF200、ORF203、ORF205、ORF239、ORF242、ORF250、ORF253、ORF256、ORF259、ORF262、ORF268、ORF275、ORF281、ORF286、ORF288、ORF292、ORF295、ORF296、ORF297、ORF299、ORF300、ORF308、ORF314、ORF317、ORF318、ORF324、ORF342、ORF343、ORF355、ORF360、ORF374、ORF376、ORF386、ORF388、ORF392、ORF394、ORF395、ORF402、ORF405、ORF411、ORF415、ORF416、ORF422、ORF423、ORF429、ORF432、ORF441、ORF442、ORF444、ORF449、ORF452、ORF456、ORF460、ORF461、ORF465、ORF471、ORF472、ORF482、ORF489、ORF492、ORF494、ORF495、ORF502、ORF505、ORF506、ORF509、ORF516、ORF517、ORF520、ORF525、ORF533、ORF539、ORF549、ORF554、ORF557、ORF563、ORF570、ORF573、ORF581、ORF590、ORF591、ORF600、ORF607、ORF612、ORF613、ORF620、ORF626、ORF629、ORF630、ORF639、ORF644、ORF647、ORF656、ORF659、ORF661、ORF685、ORF687、ORF699、ORF700、ORF708、ORF716、ORF719、ORF725、ORF747、ORF749、ORF756、ORF765、ORF767、ORF794、ORF796、ORF797、ORF799、ORF801、ORF807、ORF821、ORF823、ORF826、ORF847、ORF853、ORF861、ORF870、ORF871、ORF875、ORF882、ORF888、ORF889、ORF898、ORF902、ORF903、ORF911、ORF916、ORF931、ORF939、ORF975、ORF976、ORF978、ORF983、ORF986、ORF987、ORF992、ORF993、ORF1000、ORF1002、ORF1008、ORF1019、ORF1022、ORF1032、ORF1034、ORF1046、ORF1054、ORF1060、ORF1071およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【００９５】
好ましくは、本発明は、少なくとも７個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、そして以下の配列：
ORF4、ORF6、ORF13、ORF20、ORF51、ORF71、ORF88、ORF118、ORF128、ORF132、ORF133、ORF158、ORF159、ORF174、ORF180、ORF189、ORF210、ORF211、ORF214、ORF215、ORF226、ORF229、ORF233、ORF235、ORF240、ORF246、ORF251、ORF255、ORF273、ORF354、ORF364、ORF369、ORF371、ORF397、ORF401、ORF409、ORF412、ORF419、ORF439、ORF453、ORF462、ORF490、ORF510、ORF511、ORF518、ORF535、ORF548、ORF550、ORF564、ORF565、ORF578、ORF579、ORF614、ORF631、ORF636、ORF650、ORF662、ORF667、ORF679、ORF681、ORF702、ORF727、ORF741、ORF763、ORF791、ORF792、ORF815、ORF816、ORF832、ORF846、ORF858、ORF865、ORF867、ORF868、ORF877、ORF891、ORF896、ORF907、ORF908、ORF918、ORF919、ORF932、ORF959、ORF977、ORF994、ORF998、ORF1024、ORF1028、ORF1042、ORF1067、ORF1070、ORF1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【００９６】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatis表面露出ポリペプチド（例えば、外膜タンパク質）またはその代表的フラグメントのうち１つをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF 2、ORF 3、ORF 21、ORF 22、ORF 23、ORF 53、ORF 77、ORF 187、ORF 203、ORF 383、ORF 477、ORF 478、ORF 479、ORF 481、ORF 482、ORF 483、ORF 484、ORF 485、ORF 486、ORF 487、ORF 488、ORF 489、ORF 490、ORF 571、ORF 572、ORF 573、ORF 593、ORF 670、ORF 693、ORF 742、ORF 749、ORF 801、ORF 817、ORF 818、ORF 819、ORF 820、ORF 851、ORF 902、ORF 923、ORF 1035、ORF 1036、ORF 1037、ORF 1038、ORF 1069、ORF 1070、ORF 1071、ORF 1073、ORF 1076、ORF 1095、ORF 1096、ORF 1141、ORF 1181、およびそれらの代表的フラグメントから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【００９７】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatisリポタンパク質またはその代表的フラグメントのうち１つをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF 29、ORF 42、ORF 66、ORF 72、ORF 76、ORF 78、ORF 148、ORF 154、ORF 180、ORF 182、ORF 184、ORF 187、ORF 200、ORF 242、ORF 245、ORF 250、ORF 253、ORF 272、ORF 274、ORF 275、ORF 308、ORF 350、ORF 362、ORF 383、ORF 394、ORF 396、ORF 399、ORF 422、ORF 488、ORF 535、ORF 568、ORF 573、ORF 578、ORF 593、ORF 607、ORF 625、ORF 662、ORF 669、ORF 688、ORF 690、ORF 716、ORF 773、ORF 778、ORF 781、ORF 783、ORF 788、ORF 817、ORF 848、ORF 851、ORF 853、ORF 857、ORF 875、ORF 877、ORF 886、ORF 898、ORF 902、ORF 923、ORF 938、ORF 976、ORF 978、ORF 990、ORF 1005、ORF 1021、ORF 1035、ORF 1069、ORF 1083、ORF 1088、ORF 1089、ORF 1091、ORF 1092、ORF 1095、ORF 1096、ORF 1100、ORF 1105、ORF 1108、ORF 1117、ORF 1120、ORF 1121、ORF 1124、ORF 1128、ORF 1133、ORF 1135、ORF 1139、ORF 1140、ORF 1157、ORF 1159、ORF 1163、ORF 1165、ORF 1167、ORF 1168、ORF 1169、ORF 1171、ORF 1173、ORF 1174、ORF 1177、ORF 1180、ORF 1181、ORF 1186、ORF 1194、ORF 1197、およびそれらの代表的フラグメントから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【００９８】
好ましくは、本発明は、リポ多糖（LPS）生合成に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 17、ORF 201、ORF 691、ORF 807、ORF 936、ORF 983、ORF 1019、ORF 1077およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【００９９】
好ましくは、本発明は、以下をコードすることを特徴とする本発明のさらなるLPS関連ヌクレオチド配列に関する：
（ａ）Chlamydia trachomatis KDO（3-デオキシ-D-マンノ-オクツロソン酸）関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 41、ORF 242、ORF 269、ORF 772およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、
（ｂ）Chlamydia trachomatisホスホマンノムターゼ関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 139およびその代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、
（ｃ）Chlamydia trachomatisホスホマンノムターゼ関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 567およびその代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、ならびに
（ｄ）Chlamydia trachomatisリピドＡ成分関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 4、ORF 933、ORF 934、ORF 935、ORF 1185およびその代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０１００】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatis III型、非III型分泌型ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 180、ORF 181、ORF 207、ORF 208、ORF 372、ORF 391、ORF 399、ORF 477、ORF 486、ORF 749、ORF 758、ORF 819、ORF 878、ORF 888、ORF 896、ORF 897、ORF 900、ORF 902、ORF 923、ORF 1015、ORF 1018、ORF 1059、ORF 1060、ORF 1069、ORF 1071、ORF 1073、ORF 1076、ORF 1189、およびそれらの代表的フラグメントから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０１０１】
好ましくは、本発明は、RGD（Arg-Gly-Asp）付着部位を含有するChlamydia trachomatisポリペプチドその代表的フラグメントのうち１つをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する：
（ａ）外膜タンパク質であるRGD含有タンパク質は、おそらく細胞付着において役割を果たすであろう。RGD配列を含有するタンパク質をコードし、また外膜タンパク質として分類されたORFはORF 488、ORF 489、ORF 571、ORF 572、ORF 573またはORF 716、およびその代表的フラグメントである。
（ｂ）Chlamydiaの外膜は、分子内および分子間ジスルフィド結合の両方のネットワークを形成するシステイン富化タンパク質から作製される。Chlamydiaは、他のグラム陰性菌が有するペプチドグリカン層を欠くため、これは膜の完全性に寄与する。システイン不可タンパク質は、それらの１次アミノ酸配列において3.0％を超えるシステインを有する（ゲノムORFシステイン含量を超える）タンパク質として規定される。対応するORFは、ORF 1144およびその代表的フラグメントのうち１つである。
（ｃ）Chlamydiaの外膜はまた、ジスルフィド結合によって形成されるネットワークに寄与し得るＮおよびＣ末端においてシステインを有する小さなタンパク質を含有し得る。これらのタンパク質は、それらのＮ末端を介して外膜において足場を形成し得、そして露出されたそれらのＣ末端を有し得、次いで、宿主細胞と相互作用することができる。あるいは、これらのタンパク質はＮおよびＣ末端の両方を介して外膜において足場を形成し得、そして順に宿主細胞と相互作用することができる露出され得る領域を中間に有し得る。最初の30アミノ酸においてシステインを含有し、またRGD配列を含有するポリペプチドをコードするORFは、ORF 101、ORF 122、ORF 308、ORF 488、ORF 489、ORF 571、ORF 572、ORF 573、ORF 651、ORF 679、ORF 680、ORF 705、ORF 716、ORF 763、ORF 870、ORF 878、ORF 879、ORF 995、ORF 1028、ORF 1029、ORF 1176、およびそれらの代表的フラグメントのうち1つである。
（ｄ）Chlamydia pneumoniae由来のRGD含有ORFに相同なRGD含有ORFは、ORF 28、ORF 101、ORF 125、ORF 155、ORF 156、ORF 286、ORF 571、ORF 572、ORF 573、ORF 763、ORF 870、およびそれらの代表的フラグメントのうち1つである。
【０１０２】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatis固定表面ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち1つをコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 662、ORF 681、ORF 1182、ORF 1192およびそれらの代表的フラグメントから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０１０３】
好ましくは、本発明は、Chlamydia pneumoniae中に見出されないChlamydia trachomatisポリペプチド（Blastp P＞ｅ-10）をコードすることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関し、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF 2、ORF 18、ORF 60、ORF 66、ORF 67、ORF 68、ORF 69、ORF 70、ORF 81、ORF 89、ORF 107、ORF 108、ORF 109、ORF 134、ORF 147、ORF 191、ORF 194、ORF 216、ORF 217、ORF 218、ORF 219、ORF 220、ORF 221、ORF 222、ORF 223、ORF 224、ORF 225、ORF 228、ORF 235、ORF 257、ORF 276、ORF 277、ORF 278、ORF 279、ORF 280、ORF 281、ORF 282、ORF 283、 ORF 284、ORF 285、ORF 289、ORF 291、ORF 298、ORF 313、ORF 314、ORF 315、ORF 316、ORF 334、ORF 335、ORF 336、ORF 337、ORF 338、ORF 339、ORF 340、ORF 381、ORF 393、ORF 413、ORF 418、ORF 419、ORF 420、ORF 421、ORF 422、ORF 423、ORF 436、ORF 460、ORF 475、ORF 476、ORF 480、ORF 485、ORF 487、ORF 491、ORF 492、ORF 493、ORF 494、ORF 496、ORF 500、ORF 504、ORF 514、ORF 527、ORF 559、ORF 569、ORF 570、ORF 575、ORF 580、ORF 582、ORF 593、ORF 598、ORF 632、ORF 640、ORF 651、ORF 671、ORF 690、ORF 694、ORF 698、ORF 710、ORF 722、ORF 723、ORF 724、ORF 770、ORF 771、ORF 782、ORF 783、ORF 784、ORF 790、ORF 795、ORF 798、ORF 805、ORF 810、ORF 817、ORF 829、
ORF 830、ORF 864、ORF 866、ORF 876、ORF 887、ORF 892、ORF 899、ORF 913、ORF 921、ORF 933、ORF 938、ORF 949、ORF 956、ORF 1010、ORF 1017、ORF 1018、ORF 1027、ORF 1030、ORF 1037、ORF 1038、ORF 1047、ORF 1072、ORF 1074、ORF 1075、ORF 1078、ORF 1079、ORF 1081、ORF 1083、ORF 1084、ORF 1087、ORF 1088、ORF 1089、ORF 1091、ORF 1092、ORF 1094、ORF 1095、ORF 1096、ORF 1098、ORF 1104、ORF 1105、ORF 1106、ORF 1108、ORF 1110、ORF 1114、ORF 1115、ORF 1116、ORF 1117、ORF 1119、ORF 1128、ORF 1132、ORF 1133、ORF 1135、ORF 1136、ORF 1139、ORF 1140、ORF 1141、ORF 1142、ORF 1144、ORF 1148、ORF 1151、ORF 1155、ORF 1157、ORF 1159、ORF 1161、ORF 1162、ORF 1165、ORF 1166、ORF 1167、ORF 1168、ORF 1169、ORF 1171、ORF 1172、ORF 1173、ORF 1174、ORF 1175、ORF 1176、ORF 1177、ORF 1178、ORF 1180、ORF 1181、ORF 1183、ORF 1184、ORF 1186、ORF 1187、ORF 1188、ORF 1192、ORF 1194、ORF 1197およびそれらの代表的フラグメントから選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０１０４】
好ましくは、本発明はまた、例えば、トリオースリン酸イソメラーゼまたはピルビン酸キナーゼなどの中間代謝、特に、糖および／または補因子の中間代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF10、ORF44、ORF45、ORF46、ORF47、ORF93、ORF101、ORF102、ORF103、ORF106、ORF107、ORF120、ORF121、ORF130、ORF135、ORF140、ORF143、ORF144、ORF145、ORF158、ORF159、ORF160、ORF161、ORF192、ORF193、ORF196、ORF197、ORF198、ORF199、ORF227、ORF229、ORF236、ORF236、ORF239、ORF243、ORF245、ORF264、ORF265、ORF297、ORF331、ORF333、ORF359、ORF360、ORF374、ORF404、ORF405、ORF405、ORF410、ORF415、ORF415、ORF416、ORF417、ORF432、ORF460、ORF461、ORF462、ORF495、ORF513、ORF515、ORF566、ORF566、ORF566、ORF589、ORF613、ORF645、ORF646、ORF647、ORF652、ORF653、ORF654、ORF672、ORF673、ORF674、ORF682、ORF684、ORF692、ORF700、ORF725、ORF801、ORF802、ORF835、ORF836、ORF837、ORF860、ORF861、ORF862、ORF863、ORF869、ORF869、ORF925、ORF964、ORF983ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１０５】
好ましくは、本発明はまた、例えば、CTP合成酵素もしくはGMP合成酵素などのヌクレオチドまたは核酸の中間代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF142、ORF142、ORF169、ORF256、ORF268、ORF325、ORF352、ORF366、ORF435、ORF444、ORF528、ORF529、ORF530、ORF548、ORF549、ORF601、ORF602、ORF617、ORF619、ORF644、ORF745、ORF971、ORF972、ORF1023およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１０６】
好ましくは、本発明はまた、例えば、DNAポリメラーゼまたはDNA トポイソメラーゼなどの核酸の代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF5、ORF12、ORF82、ORF96、ORF97、ORF98、ORF99、ORF100、ORF105、ORF118、ORF136、ORF137、ORF163、ORF190、ORF204、ORF259、ORF260、ORF262、ORF290、ORF300、ORF301、ORF302、ORF387、ORF427、ORF434、ORF441、ORF444、ORF471、ORF595、ORF596、ORF597、ORF599、ORF600、ORF605、ORF612、ORF624、ORF625、ORF650、ORF657、ORF658、ORF702、ORF703、ORF704、ORF708、ORF719、ORF766、ORF767、ORF775、ORF779、ORF787、ORF788、ORF794、ORF841、ORF842、ORF883、ORF884、ORF907、ORF918、ORF924、ORF928、ORF929、ORF962、ORF962、ORF963、ORF969、ORF970、ORF975、ORF979、ORF995、ORF1031、ORF1032およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１０７】
好ましくは、本発明はまた、例えば、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼもしくは転移RNAにアミノ酸を充填するタンパク質などのアミノ酸またはポリペプチドの代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF27、ORF41、ORF55、ORF56、ORF57、ORF59、ORF62、ORF63、ORF64、ORF65、ORF119、ORF132、ORF240、ORF241、ORF277、ORF278、ORF279、ORF382、ORF406、ORF428、ORF442、ORF446、ORF447、ORF453、ORF454、ORF541、ORF542、ORF591、ORF608、ORF609、ORF610、ORF618、ORF648、ORF649、ORF660、ORF661、ORF677、ORF717、ORF765、ORF797、ORF871、ORF875、ORF920、ORF922、ORF937、ORF998、ORF1020、ORF1021、ORF1034、ORF1044、ORF1046、ORF1049およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１０８】
好ましくは、本発明はまた、例えば、プロテインキナーゼまたはプロテアーゼなどのポリペプチドの代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF21、ORF22、ORF23、ORF24、ORF25、ORF26、ORF75、ORF84、ORF86、ORF92、ORF133、ORF151、ORF152、ORF157、ORF179、ORF209、ORF307、ORF326、ORF343、ORF344、ORF345、ORF371、ORF429、ORF519、ORF557、ORF586、ORF587、ORF630、ORF656、ORF706、ORF707、ORF730、ORF751、ORF752、ORF786、ORF847、ORF885、ORF923、ORF978、ORF1039、ORF1048およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１０９】
好ましくは、本発明はまた、例えば、スクシニル-CoAを合成するタンパク質またはホスファチジルセリンシンテターゼなどの脂肪酸の代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF4、ORF15、ORF16、ORF141、ORF173、ORF205、ORF205、ORF206、ORF207、ORF208、ORF312、ORF355、ORF415、ORF550、ORF558、ORF560、ORF561、ORF574、ORF574、ORF577、ORF578、ORF590、ORF614、ORF772、ORF808、ORF809、ORF904、ORF905、ORF905、ORF933、ORF934、ORF934、ORF936およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１０】
好ましくは、本発明はまた、例えば、KDOトランスフェラーゼ、および露出されたタンパク質上への特定の糖の付着の原因であるタンパク質などの壁の合成に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：ORF87、ORF196、ORF242、ORF269、ORF628、ORF629、ORF634、ORF635、ORF637、ORF638、ORF1019ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１１】
好ましくは、本発明はまた、例えば、開始因子、RNAポリメラーゼもしくは特定のシャペロンタンパク質などの転写、翻訳および／または成熟プロセスに関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF112; ORF113; ORF332; ORF212; ORF213; ORF350; ORF362; ORF363; ORF364; ORF407; ORF451; ORF546; ORF643; ORF744; ORF746; ORF833; ORF868; ORF981; ORF982; ORF1003; ORF1011; ORF1042ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１２】
好ましくは、本発明はまた、例えば、リボソームタンパク質L21、L27およびS10などのChlamydia trachomatisリボソームポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF114、ORF115、ORF116、ORF328、ORF361、ORF375、ORF445、ORF543、ORF584、ORF585、ORF743、ORF813、ORF941、ORF942、ORF944、ORF946、ORF947、ORF948、ORF950、ORF951、ORF952、ORF953、ORF954、ORF955、ORF955、ORF957、ORF958、ORF960、ORF961、ORF1040、ORF1041、ORF1043、ORF1063、ORF1064ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１３】
好ましくは、本発明はまた、例えば、アミノ酸、糖および特定のオリゴペプチドを輸送するためのタンパク質などのChlamydia trachomatis輸送ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF6、ORF50、ORF51、ORF80、ORF125、ORF126、ORF128、ORF129、ORF215、ORF246、ORF248、ORF249、ORF251、ORF252、ORF253、ORF255、ORF271、ORF275、ORF293、ORF309、ORF323、ORF324、ORF398、ORF401、ORF449、ORF511、ORF512、ORF564、ORF565、ORF667、ORF679、ORF680、ORF711、ORF712、ORF713、ORF714、ORF715、ORF730、ORF731、ORF736、ORF737、ORF738、ORF870、ORF908、ORF919、ORF977、ORF987、ORF988、ORF992、ORF993、ORF994、ORF1028、ORF1029ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１４】
好ましくは、本発明はまた、例えば、Escherichia coli vacBタンパク質に類似のタンパク質などのChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF20、ORF815、ORF816、ORF898、ORF1059、ORF1060およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１５】
好ましくは、本発明はまた、例えば、SalmonellaeもしくはYersiniaeなどの特定の細菌の分泌系におけるタンパク質に相同なタンパク質などの分泌系に関与するおよび／または分泌されるChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF758、ORF888、ORF889、ORF890、ORF891、ORF896、ORF897、ORF898ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１６】
好ましくは、本発明はまた、Chlamydiaに特異的なポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードし、前記ヌクレオチド配列は、以下の配列：
ORF22、ORF29、ORF31、ORF32、ORF34、ORF35、ORF39、ORF40、ORF43、ORF48、ORF49、ORF50、ORF52、ORF53、ORF54、ORF72、ORF77、ORF78、ORF87、ORF90、ORF95、ORF108、ORF110、ORF111、ORF122、ORF123、ORF124、ORF127、ORF138、ORF144、ORF146、ORF153、ORF155、ORF164、ORF166、ORF175、ORF182、ORF184、ORF186、ORF187、ORF188、ORF202、ORF210、ORF247、ORF258、ORF266、ORF267、ORF270、ORF273、ORF274、ORF295、ORF296、ORF305、ORF306、ORF309、ORF318、ORF319、ORF322、ORF326、ORF342、ORF357、ORF376、ORF379、ORF380、ORF388、ORF390、ORF400、ORF431、ORF433、ORF438、ORF443、ORF456、ORF457、ORF458、ORF464、ORF468、ORF470、ORF473、ORF486、ORF489、ORF497、ORF501、ORF503、ORF504、ORF508、ORF512、ORF521、ORF522、ORF523、ORF524、ORF533、ORF535、ORF536、ORF537、ORF538、ORF539、ORF540、ORF554、ORF563、ORF572、ORF579、ORF595、ORF603、ORF604、ORF606、ORF607、ORF615、ORF616、ORF622、ORF641、ORF642、ORF659、ORF668、ORF670、ORF693、ORF695、ORF696、ORF699、ORF703、ORF704、ORF716、ORF726、ORF728、ORF739、ORF742、ORF747、ORF750、ORF751、ORF755、ORF757、ORF759、ORF761、ORF762、ORF763、ORF764、ORF773、ORF780、ORF781、ORF789、ORF800、ORF803、ORF804、ORF818、ORF820、ORF822、ORF823、ORF824、ORF827、ORF828、ORF839、ORF849、ORF850、ORF851、ORF852、ORF855、ORF856、ORF857、ORF858、ORF859、ORF860、ORF861、ORF862、ORF863、ORF865、ORF868、ORF869、ORF870、ORF871、ORF872、ORF873、ORF874、ORF875、ORF877、ORF878、ORF880、ORF882、ORF884、ORF886、ORF893、ORF901、ORF906、ORF910、ORF912、ORF915、ORF916、ORF917、ORF926、ORF929、ORF933、ORF965、ORF967、ORF968、ORF984、ORF986、ORF989、ORF990、ORF996、ORF997、ORF1001、ORF1002、ORF1013、ORF1016、ORF1031、ORF1033、ORF1035、ORF1049、ORF1051、ORF1052、ORF1054、ORF1056、ORF1057、ORF1058、ORF1062、ORF1070、ORF1071、ORF1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つから選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする本発明のヌクレオチド配列に関する。
【０１１７】
本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、およびそのようなポリペプチドを含む融合ポリペプチドもまた、本発明の一部を形成する。１つの実施態様において、該ポリペプチドおよび融合ポリペプチドは、Chlamydia trachomatisに感染した個体のセロポジティブ血清と免疫反応する。例えば、特に好ましい特徴を示すポリペプチド配列について以下に記載されている。以下に記載の好ましいポリペプチドのそれぞれの群について、そのようなポリペプチドが「結合型」ORFの一部としてコードされる場合、列挙された個々のポリペプチドに加えて、そのような「結合型」ポリペプチドも好ましい群に含まれるべきである。
【０１１８】
本発明の主題はまた、Chlamydia trachomatisの細胞エンベロープ、好ましくは外側細胞エンベロープのポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであることを特徴とする本発明のポリペプチドである。本発明に従えば、前記ポリペプチドは好ましくは以下の配列：
配列番号３、配列番号19、配列番号51、配列番号189、配列番号212、配列番号213、配列番号324、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号481、配列番号482、配列番号483、配列番号484、配列番号486、配列番号488、配列番号489、配列番号490、配列番号572、配列番号573、配列番号742、配列番号817、配列番号818、配列番号820、配列番号1035、配列番号1036、配列番号1037、配列番号1038、配列番号1070、配列番号1071、配列番号1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される。
【０１１９】
好ましくは、本発明は、１〜３個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号17、配列番号21、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号52、配列番号53、配列番号55、配列番号56、配列番号58、配列番号65、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号78、配列番号79、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号86、配列番号91、配列番号92、配列番号94、配列番号97、配列番号100、配列番号102、配列番号103、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号120、配列番号122、配列番号123、配列番号130、配列番号134、配列番号135、配列番号137、配列番号140、配列番号141、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号151、配列番号155、配列番号156、配列番号162、配列番号163、配列番号164、配列番号165、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号170、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号176、配列番号177、配列番号181、配列番号183、配列番号184、配列番号186、配列番号187、配列番号188、配列番号190、配列番号191、配列番号192、配列番号194、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号198、配列番号199、配列番号201、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号207、配列番号209、配列番号212、配列番号213、配列番号217、配列番号219、配列番号220、配列番号221、配列番号222、配列番号223、配列番号224、配列番号225、配列番号227、配列番号228、配列番号231、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号237、配列番号243、配列番号244、配列番号245、配列番号247、配列番号248、配列番号249、配列番号252、配列番号254、配列番号257、配列番号260、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号266、配列番号267、配列番号270、配列番号271、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号277、配列番号278、配列番号279、配列番号282、配列番号283、配列番号284、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号290、配列番号291、配列番号294、配列番号298、配列番号305、配列番号306、配列番号310、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号316、配列番号319、配列番号320、配列番号322、配列番号323、配列番号325、配列番号326、配列番号327、配列番号328、配列番号330、配列番号331、配列番号332、配列番号333、配列番号334、配列番号335、配列番号336、配列番号338、配列番号339、配列番号340、配列番号341、配列番号344、配列番号345、配列番号348、配列番号349、配列番号350、配列番号351、配列番号352、配列番号353、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号361、配列番号362、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号370、配列番号372、配列番号373、配列番号375、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号387、配列番号389、配列番号390、配列番号391、配列番号393、��列番号396、配列番号398、配列番号399、配列番号403、配列番号404、配列番号406、配列番号407、配列番号413、配列番号414、配列番号417、配列番号418、配列番号420、配列番号421、配列番号424、配列番号426、配列番号427、配列番号428、配列番号430、配列番号433、配列番号434、配列番号435、配列番号436、配列番号437、配列番号440、配列番号443、配列番号446、配列番号448、配列番号450、配列番号451、配列番号454、配列番号455、配列番号457、配列番号458、配列番号459、配列番号463、配列番号464、配列番号466、配列番号467、配列番号468、配列番号469、配列番号470、配列番号473、配列番号474、配列番号475、配列番号476、配列番号477、配列番号479、配列番号480、配列番号481、配列番号483、配列番号484、配列番号485、配列番号486、配列番号487、配列番号488、配列番号491、配列番号493、配列番号496、配列番号497、配列番号498、配列番号500、配列番号501、配列番号503、配列番号504、配列番号508、配列番号512、配列番号513、配列番号514、配列番号519、配列番号521、配列番号523、配列番号524、配列番号526、配列番号527、配列番号529、配列番号530、配列番号531、配列番号532、配列番号534、配列番号536、配列番号537、配列番号538、配列番号540、配列番号541、配列番号542、配列番号543、配列番号544、配列番号545、配列番号546、配列番号547、配列番号551、配列番号552、配列番号553、配列番号555、配列番号558、配列番号559、配列番号560、配列番号561、配列番号562、配列番号566、配列番号567、配列番号568、配列番号569、配列番号571、配列番号572、配列番号574、配列番号575、配列番号576、配列番号580、配列番号582、配列番号585、配列番号587、配列番号589、配列番号592、配列番号593、配列番号595、配列番号596、配列番号597、配列番号599、配列番号601、配列番号602、配列番号603、配列番号604、配列番号608、配列番号609、配列番号610、配列番号611、配列番号615、配列番号616、配列番号617、配列番号618、配列番号621、配列番号622、配列番号623、配列番号624、配列番号625、配列番号628、配列番号632、配列番号633、配列番号634、配列番号635、配列番号637、配列番号638、配列番号640、配列番号641、配列番号643、配列番号646、配列番号648、配列番号649、配列番号651、配列番号652、配列番号653、配列番号654、配列番号655、配列番号658、配列番号664、配列番号665、配列番号666、配列番号668、配列番号669、配列番号670、配列番号671、配列番号672、配列番号673、配列番号674、配列番号676、配列番号677、配列番号678、配列番号680、配列番号682、配列番号683、配列番号684、配列番号686、配列番号688、配列番号689、配列番号690、配列番号691、配列番号692、配列番号693、配列番号695、配列番号696、配列番号698、配列番号701、配列番号703、配列番号704、配列番号705、配列番号706、配列番号707、配列番号709、配列番号710、配列番号711、配列番号712、配列番号713、配列番号714、配列番号715、配列番号717、配列番号718、配列番号720、配列番号721、配列番号722、配列番号724、配列番号726、配列番号728、配列番号729、配列番号730、配列番号731、配列番号732、配列番号733、配列番号734、配列番号737、配列番号738、配列番号739、配列番号740、配列番号742、配列番号743、配列番号744、配列番号745、配列番号746、配列番号748、配列番号750、配列番号751、配列番号752、配列番号753、配列番号754、配列番号755、配列番号757、配列番号758、配列番��759、配列番号760、配列番号764、配列番号766、配列番号768、配列番号769、配列番号771、配列番号772、配列番号773、配列番号774、配列番号775、配列番号776、配列番号777、配列番号778、配列番号779、配列番号780、配列番号781、配列番号782、配列番号783、配列番号786、配列番号787、配列番号788、配列番号789、配列番号790、配列番号793、配列番号798、配列番号800、配列番号802、配列番号803、配列番号806、配列番号808、配列番号809、配列番号810、配列番号811、配列番号813、配列番号814、配列番号817、配列番号820、配列番号822、配列番号824、配列番号825、配列番号827、配列番号828、配列番号829、配列番号830、配列番号833、配列番号834、配列番号835、配列番号837、配列番号838、配列番号839、配列番号840、配列番号841、配列番号842、配列番号843、配列番号845、配列番号848、配列番号849、配列番号850、配列番号851、配列番号852、配列番号854、配列番号855、配列番号856、配列番号857、配列番号859、配列番号860、配列番号862、配列番号863、配列番号864、配列番号866、配列番号869、配列番号872、配列番号873、配列番号874、配列番号878、配列番号879、配列番号880、配列番号881、配列番号883、配列番号884、配列番号885、配列番号886、配列番号887、配列番号892、配列番号893、配列番号894、配列番号895、配列番号897、配列番号899、配列番号900、配列番号901、配列番号904、配列番号906、配列番号909、配列番号910、配列番号912、配列番号914、配列番号917、配列番号920、配列番号921、配列番号922、配列番号923、配列番号924、配列番号925、配列番号926、配列番号927、配列番号930、配列番号933、配列番号934、配列番号935、配列番号936、配列番号937、配列番号940、配列番号941、配列番号942、配列番号943、配列番号944、配列番号945、配列番号947、配列番号948、配列番号951、配列番号952、配列番号953、配列番号954、配列番号955、配列番号956、配列番号957、配列番号958、配列番号960、配列番号961、配列番号962、配列番号963、配列番号964、配列番号966、配列番号967、配列番号969、配列番号970、配列番号971、配列番号973、配列番号974、配列番号979、配列番号980、配列番号981、配列番号982、配列番号984、配列番号988、配列番号989、配列番号990、配列番号991、配列番号995、配列番号996、配列番号999、配列番号1001、配列番号1003、配列番号1004、配列番号1005、配列番号1006、配列番号1007、配列番号1009、配列番号1010、配列番号1011、配列番号1012、配列番号1013、配列番号1014、配列番号1016、配列番号1017、配列番号1018、配列番号1020、配列番号1021、配列番号1025、配列番号1026、配列番号1027、配列番号1029、配列番号1030、配列番号1031、配列番号1035、配列番号1036、配列番号1037、配列番号1038、配列番号1039、配列番号1040、配列番号1044、配列番号1045、配列番号1047、配列番号1048、配列番号1050、配列番号1051、配列番号1052、配列番号1053、配列番号1055、配列番号1056、配列番号1057、配列番号1058、配列番号1061、配列番号1062、配列番号1063、配列番号1064、配列番号1065、配列番号1066、配列番号1068、配列番号1069、配列番号1072、配列番号1074、配列番号1076およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１２０】
好ましくは、本発明は、４〜６個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号７、配列番号14、配列番号16、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号50、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号67、配列番号69、配列番号72、配列番号77、配列番号80、配列番号84、配列番号87、配列番号93、配列番号95、配列番号99、配列番号108、配列番号119、配列番号125、配列番号126、配列番号129、配列番号131、配列番号136、配列番号139、配列番号146、配列番号152、配列番号154、配列番号160、配列番号161、配列番号172、配列番号179、配列番号182、配列番号185、配列番号200、配列番号203、配列番号205、配列番号239、配列番号242、配列番号250、配列番号253、配列番号256、配列番号259、配列番号262、配列番号268、配列番号275、配列番号281、配列番号286、配列番号288、配列番号292、配列番号295、配列番号296、配列番号297、配列番号299、配列番号300、配列番号308、配列番号314、配列番号317、配列番号318、配列番号324、配列番号342、配列番号343、配列番号355、配列番号360、配列番号374、配列番号376、配列番号386、配列番号388、配列番号392、配列番号394、配列番号395、配列番号402、配列番号405、配列番号411、配列番号415、配列番号416、配列番号422、配列番号423、配列番号429、配列番号432、配列番号441、配列番号442、配列番号444、配列番号449、配列番号452、配列番号456、配列番号460、配列番号461、配列番号465、配列番号471、配列番号472、配列番号482、配列番号489、配列番号492、配列番号494、配列番号495、配列番号502、配列番号505、配列番号506、配列番号509、配列番号516、配列番号517、配列番号520、配列番号525、配列番号533、配列番号539、配列番号549、配列番号554、配列番号557、配列番号563、配列番号570、配列番号573、配列番号581、配列番号590、配列番号591、配列番号600、配列番号607、配列番号612、配列番号613、配列番号620、配列番号626、配列番号629、配列番号630、配列番号639、配列番号644、配列番号647、配列番号656、配列番号659、配列番号661、配列番号685、配列番号687、配列番号699、配列番号700、配列番号708、配列番号716、配列番号719、配列番号725、配列番号747、配列番号749、配列番号756、配列番号765、配列番号767、配列番号794、配列番号796、配列番号797、配列番号799、配列番号801、配列番号807、配列番号821、配列番号823、配列番号826、配列番号847、配列番号853、配列番号861、配列番号870、配列番号871、配列番号875、配列番号882、配列番号888、配列番号889、配列番号898、配列番号902、配列番号903、配列番号911、配列番号916、配列番号931、配列番号939、配列番号975、配列番号976、配列番号978、配列番号983、配列番号986、配列番号987、配列番号992、配列番号993、配列番号1000、配列番号1002、配列番号1008、配列番号1019、配列番号1022、配列番号1032、配列番号1034、配列番号1046、配列番号1054、配列番号1060、配列番号1071およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１２１】
好ましくは、本発明は、少なくとも７個の膜貫通ドメインを有するChlamydia trachomatis膜貫通ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号４、配列番号６、配列番号13、配列番号20、配列番号51、配列番号71、配列番号88、配列番号118、配列番号128、配列番号132、配列番号133、配列番号158、配列番号159、配列番号174、配列番号180、配列番号189、配列番号210、配列番号211、配列番号214、配列番号215、配列番号226、配列番号229、配列番号233、配列番号235、配列番号240、配列番号246、配列番号251、配列番号255、配列番号273、配列番号354、配列番号364、配列番号369、配列番号371、配列番号397、配列番号401、配列番号409、配列番号412、配列番号419、配列番号439、配列番号453、配列番号462、配列番号490、配列番号510、配列番号511、配列番号518、配列番号535、配列番号548、配列番号550、配列番号564、配列番号565、配列番号578、配列番号579、配列番号614、配列番号631、配列番号636、配列番号650、配列番号662、配列番号667、配列番号679、配列番号681、配列番号702、配列番号727、配列番号741、配列番号763、配列番号791、配列番号792、配列番号815、配列番号816、配列番号832、配列番号846、配列番号858、配列番号865、配列番号867、配列番号868、配列番号877、配列番号891、配列番号896、配列番号907、配列番号908、配列番号918、配列番号919、配列番号932、配列番号959、配列番号977、配列番号994、配列番号998、配列番号1024、配列番号1028、配列番号1042、配列番号1067、配列番号1070、配列番号1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１２２】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがChlamydia trachomatis表面露出またはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号２、配列番号３、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号53、配列番号77、配列番号187、配列番号203、配列番号383、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号481、配列番号482、配列番号483、配列番号484、配列番号485、配列番号486、配列番号487、配列番号488、配列番号489、配列番号490、配列番号571、配列番号572、配列番号573、配列番号593、配列番号670、配列番号693、配列番号742、配列番号749、配列番号801、配列番号817、配列番号818、配列番号819、配列番号820、配列番号851、配列番号902、配列番号923、配列番号1035、配列番号1036、配列番号1037、配列番号1038、配列番号1069、配列番号1070、配列番号1071、配列番号1073、配列番号1076、配列番号1095、配列番号1096、配列番号1141、配列番号1181、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１２３】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatisリポタンパク質またはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号29、配列番号42、配列番号66、配列番号72、配列番号76、配列番号78、配列番号148、配列番号154、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号187、配列番号200、配列番号242、配列番号245、配列番号250、配列番号253、配列番号272、配列番号274、配列番号275、配列番号308、配列番号350、配列番号362、配列番号383、配列番号394、配列番号396、配列番号399、配列番号422、配列番号488、配列番号535、配列番号568、配列番号573、配列番号578、配列番号593、配列番号607、配列番号625、配列番号662、配列番号669、配列番号688、配列番号690、配列番号716、配列番号773、配列番号778、配列番号781、配列番号783、配列番号788、配列番号817、配列番号848、配列番号851、配列番号853、配列番号857、配列番号875、配列番号877、配列番号886、配列番号898、配列番号902、配列番号923、配列番号938、配列番号976、配列番号978、配列番号990、配列番号1005、配列番号1021、配列番号1035、配列番号1069、配列番号1083、配列番号1088、配列番号1089、配列番号1091、配列番号1092、配列番号1095、配列番号1096、配列番号1100、配列番号1105、配列番号1108、配列番号1117、配列番号1120、配列番号1121、配列番号1124、配列番号1128、配列番号1133、配列番号1135、配列番号1139、配列番号1140、配列番号1157、配列番号1159、配列番号1163、配列番号1165、配列番号1167、配列番号1168、配列番号1169、配列番号1171、配列番号1173、配列番号1174、配列番号1177、配列番号1180、配列番号1181、配列番号1186、配列番号1194、配列番号1197、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１２４】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがリポ多糖（LPS）生合成に関与するChlamydia trachomatisリポタンパク質であり、そして以下の配列：配列番号17、配列番号201、配列番号691、配列番号807、配列番号936、配列番号983、配列番号1019、配列番号1077、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１２５】
好ましくは、本発明は、本発明のさらなるLPS関連ポリペプチドに関し、該ポリペプチドは：
（ａ）Chlamydia trachomatis KDO（3-デオキシ-D-マンノ-オクツロソン酸）関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、そして該ポリペプチドは、以下の配列：配列番号41、配列番号242、配列番号269、配列番号、およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される、
（ｂ）Chlamydia trachomatisホスホマンノムターゼ関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、そして該ポリペプチドは、以下の配列：配列番号139、およびその代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される、
（ｃ）Chlamydia trachomatisホスホマンノムターゼ関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、そして該ポリペプチドは、以下の配列：配列番号567およびその代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される、ならびに
（ｄ）Chlamydia trachomatisリピドＡ成分関連ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであって、そして該ポリペプチドは、以下の配列：配列番号４、配列番号933、配列番号934、配列番号935、配列番号1185およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される。
【０１２６】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがRGD配列を含有するChlamydia trachomatisポリペプチドおよびその代表的フラグメントであり、そして以下の配列：配列番号488、配列番号489、配列番号571、配列番号572、配列番号573、配列番号716およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１２７】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがシステイン富化であり、RGD配列を含有するChlamydia trachomatisポリペプチドおよびその代表的フラグメントであり、そして以下の配列：配列番号144およびその代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１２８】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドが最初の30アミノ酸においてシステインを含有し、またRGD配列を含有するChlamydia trachomatis外膜ポリペプチドであり、そして以下の配列：配列番号101、配列番号122、配列番号308、配列番号488、配列番号489、配列番号571、配列番号572、配列番号573、配列番号651、配列番号679、配列番号680、配列番号705、配列番号716、配列番号763、配列番号870、配列番号878、配列番号879、配列番号995、配列番号1028、配列番号1029、配列番号1176、およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１２９】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがRGD配列を含有するChlamydia pneumoniaeポリペプチドに相同なRGD配列を含有するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：配列番号28、配列番号101、配列番号125、配列番号155、配列番号156、配列番号286、配列番号571、配列番号572、配列番号573、配列番号763、配列番号870、およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１３０】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがChlamydia trachomatis III型もしくは非III型分泌型ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号180、配列番号181、配列番号207、配列番号208、配列番号372、配列番号391、配列番号399、配列番号477、配列番号486、配列番号749、配列番号758、配列番号819、配列番号878、配列番号888、配列番号896、配列番号897、配列番号900、配列番号902、配列番号923、配列番号1015、配列番号1018、配列番号1059、配列番号1060、配列番号1069、配列番号1071、配列番号1073、配列番号1076、配列番号1189、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１３１】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがChlamydia trachomatis 細胞壁固定表面ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：配列番号662、配列番号681、配列番号1182、配列番号1192、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１３２】
好ましくは、本発明は、本発明のポリペプチドがChlamydia pneumoniae中に見出されないChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つ（Blastp P＞ｅ-10）であり、そして以下の配列：
配列番号２、配列番号18、配列番号60、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号81、配列番号89、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号134、配列番号147、配列番号191、配列番号194、配列番号216、配列番号217、配列番号218、配列番号219、配列番号220、配列番号221、配列番号222、配列番号222、配列番号223、配列番号224、配列番号225、配列番号228、配列番号235、配列番号257、配列番号276、配列番号277、配列番号278、配列番号279、配列番号280、配列番号281、配列番号282、配列番号283、 配列番号284、配列番号285、配列番号289、配列番号291、配列番号298、配列番号284、配列番号313、配列番号314、配列番号315、配列番号316、配列番号334、配列番号335、配列番号336、配列番号337、配列番号338、配列番号339、配列番号340、配列番号381、配列番号393、配列番号413、配列番号418、配列番号419、配列番号419、配列番号420、配列番号421、配列番号422、配列番号423、配列番号436、配列番号460、配列番号475、配列番号476、配列番号480、配列番号485、配列番号487、配列番号491、配列番号492、配列番号493、配列番号494、配列番号496、配列番号500、配列番号504、配列番号514、配列番号527、配列番号559、配列番号569、配列番号570、配列番号575、配列番号580、配列番号582、配列番号593、配列番号598、配列番号632、配列番号640、配列番号651、配列番号671、配列番号690、配列番号694、 ID No. 698、配列番号710、配列番号722、配列番号723、配列番号724、配列番号770、配列番号771、配列番号782、配列番号783、配列番号784、配列番号790、配列番号795、配列番号798、配列番号805、配列番号810、配列番号817、配列番号829、配列番号830、配列番号864、配列番号866、配列番号876、配列番号887、配列番号892、配列番号899、配列番号913、配列番号921、配列番号933、配列番号938、配列番号949、配列番号956、配列番号1010、配列番号1017、配列番号1018、配列番号1027、配列番号1030、配列番号1037、配列番号1038、配列番号1047、配列番号1072、配列番号1074、配列番号1075、配列番号1078、配列番号1079、配列番号1081、配列番号1083、配列番号1084、配列番号1087、配列番号1088、配列番号1089、配列番号1091、配列番号1092、配列番号1094、配列番号1095、配列番号1096、配列番号1098、配列番号1104、配列番号1105、配列番号1106、配列番号1108、配列番号1110、配列番号1114、配列番号1115、配列番号1116、配列番号1117、配列番号1119、配列番号1128、配列番号1132、配列番号1133、配列番号1135、配列番号1136、配列番号1139、配列番号1140、配列番号1141、配列番号1142、配列番号1144、配列番号1148、配列番号1151、配列番号1155、配列番号1157、配列番号1159、配列番号1161、配列番号1162、配列番号1165、配列番号1166、配列番号1167、配列番号1168、配列番号1169、配列番号1171、配列番号1172、配列番号1173、配列番号1174、配列番号1175、配列番号1176、配列番号1177、配列番号1178、配列番号1180、配列番号1181、配列番号1183、配列番号1184、配列番号1186、配列番号1187、配列番号1188、配列番号1192、配列番号1194、配列番号1197、およびそれらの代表的フラグメントを有するポリペプチドから選択される点において本発明のポリペプチドに関する。
【０１３３】
好ましくは、本発明は、中間代謝、特に糖および／または補因子の代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号10、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号93、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号106、配列番号107、配列番号120、配列番号121、配列番号130、配列番号135、配列番号140、配列番号143、配列番号144、配列番号145、配列番号158、配列番号159、配列番号160、配列番号161、配列番号192、配列番号193、配列番号196、配列番号197、配列番号198、配列番号199、配列番号227、配列番号229、配列番号236、配列番号236、配列番号239、配列番号243、配列番号245、配列番号264、配列番号265、配列番号297、配列番号331、配列番号333、配列番号359、配列番号360、配列番号374、配列番号404、配列番号405、配列番号405、配列番号410、配列番号415、配列番号415、配列番号416、配列番号417、配列番号432、配列番号460、配列番号461、配列番号462、配列番号495、配列番号513、配列番号515、配列番号566、配列番号566、配列番号566、配列番号589、配列番号613、配列番号645、配列番号646、配列番号647、配列番号652、配列番号653、配列番号654、配列番号672、配列番号673、配列番号674、配列番号682、配列番号684、配列番号692、配列番号700、配列番号725、配列番号801、配列番号802、配列番号835、配列番号836、配列番号837、配列番号860、配列番号861、配列番号862、配列番号863、配列番号869、配列番号869、配列番号925、配列番号964、配列番号983ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３４】
好ましくは、本発明は、ヌクレオチドまたは核酸の中間代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号142、配列番号142、配列番号169、配列番号256、配列番号268、配列番号325、配列番号352、配列番号366、配列番号435、配列番号444、配列番号528、配列番号529、配列番号530、配列番号548、配列番号549、配列番号601、配列番号602、配列番号617、配列番号619、配列番号644、配列番号745、配列番号971、配列番号972、配列番号1023およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３５】
好ましくは、本発明は、核酸の代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号5、配列番号12、配列番号82、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号105、配列番号118、配列番号136、配列番号137、配列番号163、配列番号190、配列番号204、配列番号259、配列番号260、配列番号262、配列番号290、配列番号300、配列番号301、配列番号302、配列番号387、配列番号427、配列番号434、配列番号441、配列番号444、配列番号471、配列番号595、配列番号596、配列番号597、配列番号599、配列番号600、配列番号605、配列番号612、配列番号624、配列番号625、配列番号650、配列番号657、配列番号658、配列番号702、配列番号703、配列番号704、配列番号708、配列番号719、配列番号766、配列番号767、配列番号775、配列番号779、配列番号787、配列番号788、配列番号794、配列番号841、配列番号842、配列番号883、配列番号884、配列番号907、配列番号918、配列番号924、配列番号928、配列番号929、配列番号962、配列番号962、配列番号963、配列番号969、配列番号970、配列番号975、配列番号979、配列番号995、配列番号1031、配列番号1032およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３６】
好ましくは、本発明は、アミノ酸もしくはポリペプチドの代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号27、配列番号41、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号59、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号119、配列番号132、配列番号240、配列番号241、配列番号277、配列番号278、配列番号279、配列番号382、配列番号406、配列番号428、配列番号442、配列番号446、配列番号447、配列番号453、配列番号454、配列番号541、配列番号542、配列番号591、配列番号608、配列番号609、配列番号610、配列番号618、配列番号648、配列番号649、配列番号660、配列番号661、配列番号677、配列番号717、配列番号765、配列番号797、配列番号871、配列番号875、配列番号920、配列番号922、配列番号937、配列番号998、配列番号1020、配列番号1021、配列番号1034、配列番号1044、配列番号1046、配列番号1049およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３７】
好ましくは、本発明は、ポリペプチドの代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号75、配列番号84、配列番号86、配列番号92、配列番号133、配列番号151、配列番号152、配列番号157、配列番号179、配列番号209、配列番号307、配列番号326、配列番号343、配列番号344、配列番号345、配列番号371、配列番号429、配列番号519、配列番号557、配列番号586、配列番号587、配列番号630、配列番号656、配列番号706、配列番号707、配列番号730、配列番号751、配列番号752、配列番号786、配列番号847、配列番号885、配列番号923、配列番号978、配列番号1039、配列番号1048およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３８】
好ましくは、本発明は、脂肪酸の代謝に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号4、配列番号15、配列番号16、配列番号141、配列番号173、配列番号205、配列番号205、配列番号206、配列番号207、配列番号208、配列番号312、配列番号355、配列番号415、配列番号550、配列番号558、配列番号560、配列番号561、配列番号574、配列番号574、配列番号577、配列番号578、配列番号590、配列番号614、配列番号772、配列番号808、配列番号809、配列番号904、配列番号905、配列番号905、配列番号933、配列番号934、配列番号934、配列番号936およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１３９】
好ましくは、本発明は、壁の合成に関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号87、配列番号196、配列番号242、配列番号269、配列番号628、配列番号629、配列番号634、配列番号635、配列番号637、配列番号638、配列番号1019およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４０】
好ましくは、本発明は、転写、翻訳および／または成熟プロセスに関与するChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号112、配列番号113、配列番号332、配列番号212、配列番号213、配列番号350、配列番号362、配列番号363、配列番号364、配列番号407、配列番号451、配列番号546、配列番号643、配列番号744、配列番号746、配列番号833、配列番号868、配列番号981、配列番号982、配列番号1003、配列番号1011、配列番号1042ならびにそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４１】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatisリボソームポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号328、配列番号361、配列番号375、配列番号445、配列番号543、配列番号584、配列番号585、配列番号743、配列番号813、配列番号941、配列番号942、配列番号944、配列番号946、配列番号947、配列番号948、配列番号950、配列番号951、配列番号952、配列番号953、配列番号954、配列番号955、配列番号955、配列番号957、配列番号958、配列番号960、配列番号961、配列番号1040、配列番号1041、配列番号1043、配列番号1063、配列番号1064およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４２】
好ましくは、本発明は、Chlamydia trachomatis輸送ポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号６、配列番号50、配列番号51、配列番号80、配列番号125、配列番号126、配列番号128、配列番号129、配列番号215、配列番号246、配列番号248、配列番号249、配列番号251、配列番号252、配列番号253、配列番号255、配列番号271、配列番号275、配列番号293、配列番号309、配列番号323、配列番号324、配列番号398、配列番号401、配列番号449、配列番号511、配列番号512、配列番号564、配列番号565、配列番号667、配列番号679、配列番号680、配列番号711、配列番号712、配列番号713、配列番号714、配列番号715、配列番号730、配列番号731、配列番号736、配列番号737、配列番号738、配列番号870、配列番号908、配列番号919、配列番号977、配列番号987、配列番号988、配列番号992、配列番号993、配列番号994、配列番号1028、配列番号1029およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４３】
好ましくは、本発明は、ビルレンスプロセスに関与するChlamydia trachomatisポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号20、配列番号815、配列番号816、配列番号898、配列番号1059、配列番号1060およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４４】
好ましくは、本発明は、分泌系に関与するおよび／または分泌されるChlamydia trachomatisポリペプチドあるいはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号758、配列番号888、配列番号889、配列番号890、配列番号891、配列番号896、配列番号897、配列番号898およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４５】
本発明のIII型および他の非III型分泌型ポリペプチドを含む分泌型ポリペプチド、ならびに対応するヌクレオチド配列は、例えば、ルシフェラーゼのluc遺伝子またはアルカリホスファターゼのPhoA遺伝子などのエキスポートマーカー（export marker）に融合された前記ポリペプチドの発現を可能にするベクターと組み合わされたクローニングを使用する技術などの当業者に公知の技術によって検出され得る。
【０１４６】
好ましくは、Chlamydiaに特異的なポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つであり、そして以下の配列：
配列番号22、配列番号29、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号39、配列番号40、配列番号43、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号72、配列番号77、配列番号78、配列番号87、配列番号90、配列番号95、配列番号108、配列番号110、配列番号111、配列番号122、配列番号123、配列番号124、配列番号127、配列番号138、配列番号144、配列番号146、配列番号153、配列番号155、配列番号164、配列番号166、配列番号175、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号187、配列番号188、配列番号202、配列番号210、配列番号247、配列番号258、配列番号266、配列番号267、配列番号270、配列番号273、配列番号274、配列番号295、配列番号296、配列番号305、配列番号306、配列番号309、配列番号318、配列番号319、配列番号322、配列番号326、配列番号342、配列番号357、配列番号376、配列番号379、配列番号380、配列番号388、配列番号390、配列番号400、配列番号431、配列番号433、配列番号438、配列番号443、配列番号456、配列番号457、配列番号458、配列番号464、配列番号468、配列番号470、配列番号473、配列番号486、配列番号489、配列番号497、配列番号501、配列番号503、配列番号504、配列番号508、配列番号512、配列番号521、配列番号522、配列番号523、配列番号524、配列番号533、配列番号535、配列番号536、配列番号537、配列番号538、配列番号539、配列番号540、配列番号554、配列番号563、配列番号572、配列番号579、配列番号595、配列番号603、配列番号604、配列番号606、配列番号607、配列番号615、配列番号616、配列番号622、配列番号641、配列番号642、配列番号659、配列番号668、配列番号670、配列番号693、配列番号695、配列番号696、配列番号699、配列番号703、配列番号704、配列番号716、配列番号726、配列番号728、配列番号739、配列番号742、配列番号747、配列番号750、配列番号751、配列番号755、配列番号757、配列番号759、配列番号761、配列番号762、配列番号763、配列番号764、配列番号773、配列番号780、配列番号781、配列番号789、配列番号800、配列番号803、配列番号804、配列番号818、配列番号820、配列番号822、配列番号823、配列番号824、配列番号827、配列番号828、配列番号839、配列番号849、配列番号850、配列番号851、配列番号852、配列番号855、配列番号856、配列番号857、配列番号858、配列番号859、配列番号860、配列番号861、配列番号862、配列番号863、配列番号865、配列番号868、配列番号869、配列番号870、配列番号871、配列番号872、配列番号873、配列番号874、配列番号875、配列番号877、配列番号878、配列番号880、配列番号882、配列番号884、配列番号886、配列番号893、配列番号901、配列番号906、配列番号910、配列番号912、配列番号915、配列番号916、配列番号917、配列番号926、配列番号929、配列番号933、配列番号965、配列番号967、配列番号968、配列番号984、配列番号986、配列番号989、配列番号990、配列番号996、配列番号997、配列番号1001、配列番号1002、配列番号1013、配列番号1016、配列番号1031、配列番号1033、配列番号1035、配列番号1049、配列番号1051、配列番号1052、配列番号1054、配列番号1056、配列番号1057、配列番号1058、配列番号1062、配列番号1070、配列番号1071、配列番号1073およびそれらの代表的フラグメントのうち１つを有するポリペプチドから選択されることを特徴とする本発明のポリペプチドに関する。
【０１４７】
一般に、本発明では、本発明のポリペプチドが属する機能的群、およびその対応するヌクレオチド配列は、すでに公知の配列との比較類似性か、あるいは生化学、免疫親和性、免疫標識による局在化、分画抽出、酵素活性の測定、発現を誘導もしくは抑制する活性の研究またはE. coliにおける発現の研究などの遺伝子工学の技術と組み合わされた細胞学の標準的技術を使用するかのいずれかによって決定される。
【０１４８】
一方、本発明において、機能群によって列挙されているヌクレオチド配列（ORF）およびアミノ酸配列（配列番号２〜配列番号1197）は、考慮された群内にあるものが全てではないことが明らかに理解される。さらに、本発明において、所定の機能群内において言及されるヌクレオチド配列（ORF）またはアミノ酸配列はまた、例えば、列挙された群間の相互関係を考慮して、別の群の一部であり得ることも明らかに理解される。従って、この相互関係の例として、エキスポートされたおよび／または分泌されたポリペプチドならびにそのコーディングヌクレオチド配列はまた、感染宿主細胞の防御機構を改変することによってChlamydia trachomatisビルレンスプロセスに関与し得るか、あるいは膜貫通ポリペプチドまたはそのコーディングヌクレオチド配列はまた細胞エンベロープのポリペプチドもしくはコーディングヌクレオチド配列の一部である。
【０１４９】
本発明の主題はまた、本発明のヌクレオチドおよび／またはポリペプチド配列であり、前記配列が配列記録媒体と呼ばれる媒体上に記録され、該媒体のタイプおよび性質により前記配列の読み出し、分析および利用が可能である。これらの媒体はまた、もちろん、特に既に公知の配列との類似性などの本発明から抽出される他の情報を含有し得、これらは本明細書の表１に記載されており、および／またはさらに、得られる結果の比較分析および利用が可能であるように、他の微生物のヌクレオチドおよび／またはポリペプチド配列に関する情報を含有し得る。
【０１５０】
記録媒体のうち、例えば、フロッピィーディスク、CD-ROMまたは記録用カセットなどの磁気、光学、電気およびハイブリッド媒体などのコンピュータ読み取り可能な媒体が特に好ましい。
【０１５１】
本発明はまた、プライマーまたはプローブとして使用することができるヌクレオチド配列に関し、前記配列は本発明のヌクレオチド配列から選択されることを特徴とする。
【０１５２】
本発明はさらに、ヌクレオチド配列を検出および／または増幅するためのプライマーまたはプローブとしての本発明のヌクレオチド配列の使用に関する。
【０１５３】
本発明のヌクレオチド配列は、特にPCR（ポリメラーゼ連鎖反応）技術（Erlich、1989；Innisら、1990；Rolfsら、1991；およびWhiteら、1997）によってヌクレオチド配列を増幅するために使用され得る。
【０１５４】
オリゴデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチドプライマーは代表的ヌクレオチドフラグメントに対応し、そして少なくとも８ヌクレオチド、好ましくは少なくとも12ヌクレオチド、15ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも20ヌクレオチドの長さが有利である。
【０１５５】
標的核酸を増幅するための他の技術もPCRの代替として有利に使用され得る。
【０１５６】
本発明のヌクレオチド配列、特に本発明のプライマーはまた、標的核酸を増幅するための他の方法、例えば：
Kwohら、1989により記載のTAS（転写に基づく増幅系）技術、
Guatelliら、1990により記載の3SR（自己持続的配列複製）技術、
Kievitisら、1991により記載のNASBA（核酸配列に基づく増幅）技術、
SDA（鎖置換増幅）技術（Walkerら、1992）、
TMA（転写仲介増幅）技術、
においても使用され得る。
本発明のポリヌクレオチドはまた、増幅するかまたはプローブとして作用する核酸を改変するための技術、例えば：
Landegrenら、1988によって記載され、耐熱性リガーゼを使用してBaranyら、1991によって完成されたLCR（リガーゼ連鎖反応）技術、
Segev、1992によって記載されたRCR（修復連鎖反応）技術、
Duckら、1990によって記載されたCPR（循環プローブ反応）技術、
Mieleら、1983によって記載され、特にChuら、1986；Lizardiら、1988；および次いでBurgらならびにStoneら、1996により完成されたQ-β-レプリカーゼ増幅技術、
においても使用され得る。
【０１５７】
本発明はまた、本発明の少なくとも１プライマーの援助による増幅によって得ることができるフラグメントのヌクレオチド配列に関する。本発明は、ハイブリダイゼーションプローブおよびプライマーの両方を含む。一般に、相補プローブは、標的配列との安定した複合体を形成するのに十分な長さであるべきである。プライマーは標的配列に相補的である一方、標的配列のみと安定なハイブリダイゼーション複合体を形成する必要はない。むしろ、プライマーは、プライマーの伸長を可能にするポリメラーゼの存在下で標的配列と安定な複合体を形成する。
【０１５８】
検出しようとする標的ポリヌクレオチドがRNA、例えばmRNAである可能性がある場合、本発明の少なくとも１プライマーの援助による増幅反応の使用または本発明の少なくとも１プライマーの援助による検出方法の使用の前に、生物学的サンプルに含有されるRNAからcDNAを得るために逆転写型酵素を使用することが可能である。次いで、得られるcDNAは、本発明の増幅または検出方法においてプライマーまたはプローブに対する標的として作用する。
【０１５９】
検出プローブが標的配列または標的配列から生じるアンプリコン（amplicon）とハイブリダイズするように、該検出プローブは選択される。そのような検出プローブは、配列として少なくとも12ヌクレオチド、15ヌクレオチド、特に20ヌクレオチド、好ましくは少なくとも100ヌクレオチドの配列を有するのが有利である。
【０１６０】
本発明はまた、本発明のプローブまたはプライマーとして使用することができるヌクレオチド配列を含み、該配列は放射性化合物または非放射性化合物で標識されることを特徴とする。
【０１６１】
非標識ヌクレオチド配列を直接プローブまたはプライマーとして使用してもよいが、多くのアプリケーションにおいて使用することができるプローブを得るために、該配列は一般に放射性元素（32Ｐ、35Ｓ、３Ｈ、125Ｉ）または非放射性分子（ビオチン、アセチルアミノフルオレン、ギゴキシゲニン、5-ブロモ-デオキシウリジン、フルオレセイン）で標識される。
【０１６２】
ヌクレオチド配列の非放射性標識化の例については、例えば、仏国特許第78,10975号またはUrdeaらもしくはSanchez-Pescadorら、1988に記載されている。
【０１６３】
後者の場合、特許FR-2422956号およびFR-2518755号に記載の標識化方法のうち1つを使用してもよい。
【０１６４】
本発明はまた、本発明の少なくとも1プローブの援助によるハイブリダイゼーションによって得ることができるフラグメントのヌクレオチド配列に関する。
【０１６５】
ハイブリダイゼーション技術は様々な方法で達成され得る（Matthewsら、1988）。最も一般的な方法は、C. trachomatis細胞から抽出される核酸を支持体（ニトロセルロース、ナイロン、ポリスチレンなど）上に固定化し、固定化された標的核酸とプローブとを良好に規定された条件下でインキュベートすることから成る。ハイブリダイゼーション後、過剰のプローブを除き、適切な方法（放射能、蛍光またはプローブに結合した酵素の活性の測定）で形成されたハイブリッド分子を検出する。
【０１６６】
本発明はまた本発明のヌクレオチド配列を含み、該配列は支持体上に共有的または非共有的に固定化されることを特徴とする。
【０１６７】
本発明のヌクレオチド配列のもう１つの有利な実施態様に従えば、後者は支持体上に固定化され得、従って、試験しようとする生物学的サンプルから得られる標的核酸を特異的ハイブリダイゼーションを介して捕獲するするように作用し得る。必要であれば、固体支持体をサンプルから分離し、次いでいわゆる捕獲プローブと標的核酸との間で形成したハイブリダイゼーション複合体を、容易に検出可能なエレメントで標識された検出プローブと呼ばれる第２のプローブによって検出する。
【０１６８】
本発明のヌクレオチド配列はまた、新規の分析系であるDNAチップにおいて使用され得、これは配列決定、遺伝子の変異および発現の研究を可能にする。該DNAチップはサイズが極めて小さく、分析数について高い能力を有することを考えると、現時点で興味ある手段といえる。
【０１６９】
これらのチップの操作の原理は分子プローブ、最も多くの場合オリゴヌクレオチドに基づき、これらは、一般に数センチ平方メートルのオーダーの縮小化された表面上に付着されている。分析の間、例えば増幅後に、分析しようとする標的核酸のフラグメント、例えば、標識されたDNAまたはRNAを含有するサンプルを、あらかじめプローブで支持体を被覆してあるDNAチップ上に置く。標識された標的配列をプローブと接触させると、J.D. WatsonおよびF. Crickによって規定された対形成の法則に従って、ハイブリダイゼーションを介して二本鎖が形成される。洗浄工程後、標的に結合している標識物から放射されるシグナルによりチップの表面を分析すると、有効なハイブリダイゼーションの局在化が可能である。この分析からハイブリダイゼーションフィンガープリントが作成され、適切なコンピュータ処理によってサンプル中の特異的フラグメントの存在、配列の決定および変異の存在などの情報を決定することができる。
【０１７０】
該チップは多数の分子プローブから成り、表面が縮小化された固体支持体上で正確に組織化されるかまたは配列される。それは、他のエレメント（画像システム、コンピュータ）がハイブリダイゼーションフィンガープリントの獲得および解釈を可能にするシステムの中心部にある。
【０１７１】
ハイブリダイゼーション支持体は、様々な材料から成る平面または（ウェルで穿孔された）孔表面の形で提供される。支持体の選択は、その物理化学的特性、より正確には、後者とプローブの合成または付着中またはチップの使用中に支持体が置かれる条件との間の関係によって決定される。従って、特定の支持体の使用を考慮する前に、pHに対する支持体の安定性、物理的強度、反応性および化学的安定性ならびに支持体が非特異的に核酸に結合する能力などの特徴を考慮する必要がある。ガラス、シリコンおよびポリマーなどの材料が一般に使用される。「官能基化」と呼ばれる第１の工程では、それらの表面は、該表面上に付着することが所望される基に対して反応性となる。官能基化後、スペーサーと呼ばれる分子が活性化された表面上でグラフト化される。表面とプローブとの間の中間媒体物として使用されるさまざまなサイズのこれらの分子は、支持体の表面特性に重要ではないが、しばしばプローブの合成または付着およびハイブリダイゼーションに問題となる。
【０１７２】
ハイブリダイゼーション支持体のうち、例えば、Affymetrix社 （E.L. Sheldon, 1993）によって開発された光化学アドレシング（addressing）によるオリゴヌクレオチドのin situ合成の方法では、シランによってガラス表面が活性化される。Genosensor Consortium （P. Merel、1994）も３mm間隔でウェルを有するガラススライドを使用し、この支持体はエポキシシランによって活性化される。
【０１７３】
これらのハイブリダイゼーション支持体のうち、ポリマーまたはシリコンについても言及され得る。例えば、Andrein Mirzabekovのチームは、シラン化ガラス表面上で重合されたポリアクリルアミドスクエア（square）から成るチップを開発した（G. Yershovら、1996）。いくつかのチームがシリコンを用い、特にEcole Centrale of LyonのIFOS研究所では、シリコンの原子価とは異なる原子価の結晶構造原子にシリコンを導入することによってｐ添加（p-doped）されたシリコン半導体基板を使用する。様々な型の金属、特に金および白金も支持体として使用され得る（Genosensor Consortium（K. Beattieら、1993））。
【０１７４】
本発明のプローブはDNAチップの支持体上でin situで直接合成してもよい。このin situ合成は、光化学アドレシング（Affymax社によって開発され（アルステルダム、オランダ）、その子会社であるAffymetrix社（米国）によって、産業的に利用された）によってか、または光化学的指向性コンビナトリアル合成の方法ならびに固相化学を組み合わせる方法の原理、光不安定性保護基およびフォトリソグラフィーの使用に基づくVLSIPS（超大規模固定化ポリマー合成）技術（S.P.A. Fodorら、1991）に基づいて、行われ得る。
【０１７５】
本発明のプローブは、電気化学的アドレシング、自動化アドレシングまたはプローブプリンターの使用などの様々な方法（T. Livache ら、1994；G. Yershovら、1996；J. Derisiら、1996、およびS. Borman、1996）でDNAチップに付着され得る。
【０１７６】
DNAチップの支持体上に置かれたまたはin situで合成された本発明のプローブと分析しようとするサンプルとの間のハイブリダイゼーションの表示は、例えば、蛍光シグナルの測定、放射能計数または電子検出によって決定され得る。
【０１７７】
フルオレセインなどの蛍光分子の使用は、最も一般的なサンプルを標識する方法を構成する。それは、ハイブリダイゼーションの直接的または間接的表示を可能にし、そしてさまざまなフッ化クロムの使用を可能にする。
【０１７８】
Affymetrixは現在遺伝子チップを読み取るように設計された装置またはスキャナを提供している。それは、共焦点顕微鏡法におけるチップの表面を走査することによってハイブリダイゼーションを検出することができる（R.J. Lipshutzら、1995）。蛍光シグナルを検出する他の方法も試験されており、蛍光外顕微鏡（epifluorescence microscope）とCCDカメラとを組み合わせたもの（G. Yershovら、1996）、光ファイバー回収システムの使用（E.L. Sheldon、1993）がある。従来の方法は、適切な装置、Phosphorimager（Molecular Dynamicsより市販されている）によって標的配列を32Ｐで末端標識化することから成る。電子検出は２核酸分子のハイブリダイゼーションが、特定の条件下で定量化され得る物理現象を伴うという原理に基づいている（Ecole Centrale of Lyonによって開発され、GEN-FET（GEN電界効果トランジスタ）と呼ばれるシステム）。Genosensor Consortiumおよび電子チップまたはPermittivity Chipsを開発しているBeckman Instruments社についても言及され得る（K. Beattieら、1993）。
【０１７９】
従って、本発明のヌクレオチド配列をDNAチップ中で使用して、変異の分析を行うことができる。この分析は、本発明のヌクレオチド配列のそれぞれの塩基を分析し得るチップの生成に基づく。特にこの目的のために、DNAチップ上で微量配列決定（microsequencing）技術を使用することが可能である。変異は、検出しようとする変異型ヌクレオチドの位置に隣接する位置で分析される配列のテンプレートにハイブリダイズする固定化されたプライマーを伸張することによって検出される。分析しようとする配列の一本鎖のテンプレート、RNAまたはDNAは、PCR型技術に従う増幅された産物から、従来の方法に従って有利に調製される。次いで、こうして得られた一本鎖のDNA、またはRNAのテンプレートは、固定化されたプライマーに対して特異的なハイブリダイゼーションが可能な条件下でDNAチップ上に置かれる。耐熱性ポリメラーゼ、例えばTthまたはT7 DNAポリメラーゼは、様々な部位の位置において、ヌクレオチドに相補的な標識されたヌクレオチド類似体で、固定化されたプライマーの3'末端を特異的に伸長する。例えば、温度サイクルは、蛍光ジデオキシリボヌクレオチドの存在下で実施される。実験条件は、特に使用されるチップ、固定化されたプライマー、使用するポリメラーゼおよび選択される標識化システムに適応される。プローブのハイブリダイゼーションに基づく技術と比較すると、微量配列決定の利点の１つは、均一な条件下で光学的識別によって全てのさまざまなヌクレオチドを同定することができ、DNAチップ上で使用する場合は、多様な変異の日常的ならびに産業的検出用の光学的解像度および特異性を可能にすることである。
【０１８０】
本発明のヌクレオチド配列をDNAチップ中で使用して、Chlamydia trachomatis遺伝子発現の分析を行うこともできる。このChlamydia trachomatis遺伝子発現の分析は、所定の遺伝子を特徴付けするためのチップの特異性を対象に選択された本発明のプローブが存在するチップを使用することに基づいている（D.J. Lockhartら、1996；D.D. Shoemaker ら、1996）。DNAチップを使用して遺伝子発現を分析する方法のために、対照は、例えば、in situでの合成のためかまたは予め合成されたプローブのアドレシングおよび付着のためのD.J. Lockhartら（1996）およびSosnowskyら（1997）に記載の方法で作製され得る。分析しようとする標的配列は標識され、そして一般にチップ上でハイブリダイズされる前に約50〜100ヌクレオチドの配列にフラグメント化される。例えばD.J. Lockhartら（1996）に記載のように洗浄および異なる電場の適用（Sosnowskyら、1997）後、標識された化合物は検出され、そして定量化され、ハイブリダイゼーションは少なくなくとも二連で行われる。異なるサンプル対する同一プローブおよび／または同一サンプルで異なるプローブについて得られるシグナル強度を比較分析すると、サンプル由来のRNAまたはDNAの示差的発現（differential expression）が決定される。
【０１８１】
さらに、本発明のヌクレオチド配列は、他の微生物に特異的な他のヌクレオチドプローブも存在するDNAチップにおいて使用され得、そしてサンプル中の微生物の存在を迅速に同定することができる連続試験の実施を可能にする。
【０１８２】
従って、本発明の主題はまた、DNAチップの支持体上で固定化されることを特徴とする本発明のヌクレオチド配列である。
【０１８３】
チップの支持体上で固定化される本発明の少なくとも1つのヌクレオチド配列を含有することを特徴とする上記チップも本発明の一部を形成する。
【０１８４】
上記チップは、好ましくは、より大きな確実性で分析しようとするサンプル中の標的配列または所望される変異の特異性を同定するように、異なる長さのおよび／または異なる遺伝子に対応する本発明のいくつかのプローブまたはヌクレオチド配列を含有する。
【０１８５】
従って、DNAチップなどの支持体上で固定化される本発明のプライマーおよび／またはプローブによって行われる分析は、例えば、サンプル中の種内改変などの改変に関連する変異を同定することが可能である。これらの改変は、同定される改変体に特異的な病理に相関または関連し得、そして適切な処置を選択することが可能である。
【０１８６】
従って、本発明は、上記チップの支持体上で固定化されたChlamydia trachomatisとは異なる微生物の少なくとも１つのヌクレオチド配列をさらに含むことを特徴とする本発明のDNAチップを含み、このましくは、異なる微生物は、関連微生物、Chlamydia科の細菌、およびChlamydia trachomatis種の改変体から選択される。
【０１８７】
本発明のもう１つの主題は、クローニングのためのベクターおよび／または本発明のヌクレオチド配列を含有することを特徴とする配列の発現である。
【０１８８】
本発明の上記ベクターのうち、Chlamydia trachomatisの細胞の、好ましくは細胞外エンベロープのポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードするヌクレオチド配列を含有するベクターが好ましい。
【０１８９】
特定の実施態様においては、Chlamydia trachomatisより分泌されたポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つをコードするか、あるいは輸送ポリペプチド、表面露出ポリペプチド、リポタンパク質もしくはその代表的フラグメント、リポ多糖（LPS）生合成に関与するポリペプチド、III型もしくは非III型分泌型ポリペプチド、RGD付着部位を含有するポリペプチド、細胞壁固定表面ポリペプチド、Chlamydia pneumoniae中に見出されないポリペプチド、リボソームポリペプチドもしくはタンパク質の分泌、転写、翻訳、変異に関与するポリペプチド、壁の合成に関与するポリペプチド、ビルレンスに関与するポリペプチド、中間代謝、特に糖および／または補因子の代謝に関与するポリペプチド、Chlamydia trachomatisのヌクレオチド、アミノ酸、核酸もしくは脂肪酸の代謝に関与するポリペプチド、またはChlamydiaに特定のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含有するベクターもまた好ましい。
【０１９０】
本発明に従えば、該ベクターは、所定の宿主細胞における上記ヌクレオチド配列の発現および／または分泌を可能にするのに必要なエレメントを含み、そしてまた本発明の一部を形成する。
【０１９１】
この場合、該ベクターは翻訳の開始および終了のためのプロモーター、シグナル、ならびに転写の調節のための適切な領域を含むべきである。該ベクターは宿主細胞において安定に維持され得るべきであり、必要に応じて翻訳されるタンパク質の分泌を指定する特定のシグナルを有していてもよい。これらの異なるエレメントは、使用される宿主細胞に従って選択される。この意味では、本発明のヌクレオチド配列を選択された宿主内で独立して複製するベクターに挿入しても、または選択された宿主の統合ベクターに挿入してもよい。
【０１９２】
DNAフラグメントのベクターへの挿入について当業者に公知の標準的方法のいずれかを使用して、適切な転写／翻訳制御シグナルおよびタンパク質コード配列から成るキメラ遺伝子を含有する発現ベクターを構築してもよい。これらの方法は、in vitro組換えDNAおよび合成技術およびin vivo組換え体（遺伝子組換え）を含み得る。
【０１９３】
配列番号１または配列番号１に含有されるORFのポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド、ペプチドもしくは派生体、またはそれらの類似体の発現は、該タンパク質またはペプチドが組換えDNA分子で形質転換された宿主内で発現されるように、第２の核酸配列によって調節され得る。例えば、タンパク質またはペプチドの発現は、当該分野において公知の任意のプロモーター／エンハンサーエレメントによって制御され得る。発現を制御するために使用され得るプロモーターとしては、CMVプロモーター、SV40初期プロモーター領域（Bernoist およびChambon, 1981, Nature 290:304-310）、ラウス肉腫ウイルスの3'末端反復配列（LTR）（Yamamotoら、1980, Cell 22:787-797）に含有されるプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター（Wagnerら、1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445）、メタロチオネイン遺伝子の調節配列（Brinsterら、1982, Nature 296:39-42）；β-ラクタマーゼプロモーター（Villa-Kamaroffら、1978, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75:3727-3731）、またはtacプロモーター（DeBoerら、1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80:21-25）などの原核生物発現ベクター；Scientific American, 1980, 242:74-94の「組換え細菌由来の有用タンパク質」も参照のこと；ノパリン（nopaline）シンテターゼプロモーター領域（Herrera-Estrellaら、1983, Nature 303:209-213）またはカリフラワーモザイクウイルス35S RNAプロモーター（Gardnerら、1981, Nucl. Acids Res. 9:2871）を含む植物発現ベクター、および光合成酵素リブロース二リン酸カルボキシラーゼのプロモーター（Herrera-Estrellaら、1984, Nature 310:115-120）；Gal 4プロモーター、ADC（アルコールデヒドロゲナーゼ）プロモーター、PGK（ホスホグリセロールキナーゼ）プロモーター、アルカリホスファターゼプロモーターなどの酵母または他の菌類のプロモーターエレメント、ならびに組織特異性を示し、トランスジェニック動物で利用されている以下の動物転写制御領域：膵臓腺房細胞（pancreatic acinar cell）において活性なエラスターゼＩ遺伝子制御領域（Swiftら、1984, Cell 38:639-646；Ornitzら、1986, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 50:399-409；MacDonald, 1987, Hepatology 7:425-515）；膵臓β細胞において活性なインシュリン遺伝子制御領域（Hanahan, 1985, Nature 315:115-122）、リンパ球細胞において活性な免疫グロブリン遺伝子制御領域（Grosschedl ら、1984, Cell 38:647-658；Adamら、1985, Nature 318:533-538；Alexanderら、1987, Mol. Cell. Biol. 7:1436-1444）、精巣細胞、胸部細胞、リンパ球および肥満細胞において活性な哺乳動物腫瘍ウイルス制御領域（Lederら、1986, Cell 45:485-495）、肝臓において活性なアルブミン遺伝子制御領域（Pinkert ら、1987, Genes and Devel. 1:268-276）、肝臓において活性なαフェトプロテイン遺伝子制御領域（Krumlaufら、1985, Mol. Cell. Biol. 5:1639-1648；Hammerら、1987, Science 235:53-58）、肝臓において活性なα1アンチトリプシン遺伝子制御領域（Kelseyら、1987, Genes and Devel. 1:161-171）、骨髄細胞において活性なβグロブリン遺伝子制御領域（Mogramら、1985, Nature 315:338-340；Kolliasら、1986, Cell 46:89-94）、脳のオリゴデンドログリア細胞において活性なミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域（Readheadら、1987, Cell 48:703-712）、骨格筋において活性なミオシン軽鎖-２遺伝子制御領域（Sani, 1985, Nature 314:283-286）、および視床下部において活性な性腺刺激ホルモン放出ホルモン遺伝子制御領域が挙げられるが、それらに限定されない。
【０１９４】
本発明のベクターは、例えばウイルス由来のプラスミドのベクターである。特定の実施態様では、タンパク質もしくはペプチドをコードする配列番号１、または配列番号１内に含有されるORFの核酸配列に作動可能に連結されたプロモーター、１以上の複製開始点、および必要に応じて１以上の選択マーカー（例えば、抗生物質耐性遺伝子）を含む。発現ベクターは、所望の宿主細胞における遺伝子発現を含む遺伝子発現を制御する調節配列を含む。本発明のポリペプチドの発現に好ましいベクターとしては、pET型プラスミドベクター（Promega）またはpBADベクター（Invitrogen）が挙げられる。さらに、本発明のベクターは、本発明のヌクレオチド配列をクローニングまたは発現するための宿主細胞を形質転換するのに有用である。
【０１９５】
標的化相同組換えを用いてクローニングされたゲノムDNA中に存在するChlamydia trachomatis遺伝子を活性化しても発現を達成することができる。相同調節エレメントは、標的化相同組換えなどの当業者に周知の技術（例えば、Chappel米国特許第4,215,051号およびSkoultchi、WO 91/06667を参照のこと、これらのそれぞれについてその全体を本明細書に組み入れる）を用いて該エレメントがクローニングされたゲノムに存在する内因性Chlamydia trachomatis遺伝子に作動可能に連結されるように、安定な細胞系係またはクローニングされた微生物に挿入され得る。
【０１９６】
ポリペプチド、ペプチドもしくは派生体またはそれらの類似体をコードする配列番号１または配列番号１内のORFのポリヌクレオチド配列の挿入物を含有する発現ベクター／宿主細胞系は、３つの一般的なアプローチ：（ａ）核酸ハイブリダイゼーション、（ｂ）「マーカー」遺伝子の機能の存在または非存在、および（ｃ）挿入された配列の発現によって同定することができる。第１のアプローチでは、発現ベクターに挿入されたポリヌクレオチド配列の存在を、挿入されたポリヌクレオチド配列に相同な配列を含むプローブを用いる核酸ハイブリダイゼーションによって検出することができる。第２のアプローチでは、組換えベクター／宿主系を、ベクターのポリヌクレオチド配列の挿入によって生じる特定の「マーカー」遺伝子の機能（例えば、チミジンキナーゼ活性、抗生物質に対する耐性、形質転換表現型、バキュロウイルスにおける封入体（occlusion body）の形成など）の存在または非存在に基づいて同定および選択することができる。例えば、配列番号１または配列番号１内のORFのポリヌクレオチド配列をベクターのマーカー遺伝子の配列内に挿入する場合、挿入物を含有する組換え体を該マーカー遺伝子の機能の非存在によって同定することができる。第３のアプローチでは、組換え体によって発現されるポリヌクレオチド配列の産物をアッセイすることによって組換え配列ベクターを同定することができる。そのようなアッセイは、例えば、in vitroアッセイ系、例えば、抗体との結合、細胞増殖の促進における発現されたポリペプチドの物理的または機能的特性に基づく。
【０１９７】
特定の組換えDNA分子を同定および単離したら、当該分野において公知のいくつかの方法を用いて該分子を増幅してもよい。同定されたクローンは、リポフェクション、エレクトロポレーション、および熱ショックなどの標準的な方法により適切な宿主細胞に導入され得る。適切な宿主系および成長条件を確立したら、組換え発現ベクターを増幅して大量に調製することができる。
【０１９８】
本発明はまた、本発明のベクターによって形質転換された宿主細胞を含む。これらの細胞は、宿主細胞に上記で規定されたベクターに挿入されてヌクレオチド配列を導入し、次いでトランスフェクトされたヌクレオチド配列の複製および／または発現を可能にする条件化で上記細胞を培養することによって得ることができる。
【０１９９】
宿主細胞は、例えば、細菌細胞（OlinsおよびLee、1993）、しかしまた酵母細胞（Buckholz、1993）などの真核または原核頚、ならびに動物細胞、特に哺乳動物細胞（EdwardsおよびAruffo、1993）、および特にチャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、しかしまた例えばバキュロウイルスを用いる方法において使用され得る昆虫細胞（Luckow、1993）から選択され得る。
【０２００】
さらに、挿入された配列の発現を変調するか、または所望される特定の様式で遺伝子産物を改変して所有する宿主細胞株を選択することができる。特定のプロモーターからの発現は、特定のインデューサーの存在下で上昇させることができ、このようにして遺伝子操作されたポリペプチドの発現を制御し得る。さらに、異なる宿主細胞は、タンパク質の翻訳および翻訳後プロセシングおよび修飾（例えば、グリコシル化、リン酸化）の特徴的および特異的機構を有する。適切な細胞系または宿主系を選択して、発現される外来性タンパク質の所望される修飾およびプロセシングを確実にすることができる。例えば、細菌系の発現を使用して、グリコシル化されていないコアタンパク質産物を産生することができる。酵母における発現は、グリコシル化された産物を産生する。哺乳動物細胞における発現を使用して、異種タンパク質の「天然の」グリコシル化を確実にすることができる。さらに、異なるベクター／宿主発現系は、異なる程度でプロセシング反応を生じ得る。
【０２０１】
本発明のタンパク質の発現のための好ましい宿主細胞は、グラム陰性細菌などの原核細胞から成る。
【０２０２】
本発明のさらなる宿主細胞は、Chlamydia科に属するか、より好ましくはChlamydia trachomatis種に属するか、またはChlamydia trachomatis種に関連の微生物から選択される細菌である。
【０２０３】
他の特定の実施態様では、ポリペプチド、ペプチドもしくは派生体、またはそれらの類似体は、融合、またはキメラタンパク質産物（（異なるタンパク質の）異種相同タンパク質配列に結合したペプチドを介して結合されるタンパク質、フラグメント、類似体、または派生体）として発現され得る。そのようなキメラ産物は、当該分野において既知の方法により所望されるアミノ酸配列をコードする適切な核酸配列を適切なコードフレーム内に相互に連結し、当該分野において一般に知られている方法によりキメラ産物を発現させることによって作製することができる。あるいは、そのようなキメラ産物は、タンパク質合成技術、例えば、ペプチド合成機を使用することによって作製され得る。
【０２０４】
ゲノム配列を翻訳遺伝子産物（即ち、ペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質）または転写遺伝子産物（即ち、アンチセンスおよびリボザイム）としてクローニングしそして発現させることができる。
【０２０５】
本発明はさらに、外因性配列からの転写による配列番号１のアンチセンス核酸配列の細胞内産生に関する。例えば、in vivoでベクターを誘導し、該ベクターを細胞に取り込ませて該細胞内で該ベクターまたはそのタンパク質を転写し、本発明のアンチセンスヌクレオチド（RNA）を産生させる。そのようなベクターは、アンチセンス核酸をコードする配列を含有する。そのようなベクターは、該ベクターが転写されて所望されるアンチセンスRNAを産生し得る限り、エピソームの状態を保つことも染色体上に組込まれることも可能である。そのようなベクターは、当該分野において標準的な組換えDNA技術によって構築することができる。ベクターは、プラスミド、ウイルス、または哺乳動物細胞において複製および発現のために使用される他の当該分野において公知のものであり得る。アンチセンスRNAをコードする配列の発現は、哺乳動物、好ましくはヒトの細胞において当該分野で公知の任意のプロモーターによって可能である。そのようなプロモーターは誘導性であるかまたは構成性であり得る。そのようなプロモーターとしては、CMVプロモーター、SV40初期プロモーター領域（Bernoist およびChambon, 1981, Nature 290:304-310）、ラウス肉腫ウイルスの3N末端反復配列（Yamamotoら、1980, Cell 22:787-797）に含有されるプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター（Wagnerら、1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445）、メタロチオネイン遺伝子の調節配列（Brinsterら、1982, Nature 296:39-42）などが挙げられる。
【０２０６】
特定の実施態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、触媒RNA、またはリボザイムを含む（例えば、PCT国際公開WO 90/11364号、公開1990年10月４日；Sarverら、1990, Science 247:1222-1225を参照のこと）。もう１の実施態様では、オリゴヌクレオチドは2N-O-メチルリボヌクレオチド（Inoueら、1987, Nucl. Acids Res. 15:6131-6148）、またはキメラRNA-DNA類似体（Inoueら、1987, FEBS Lett. 215:327-330）である。
【０２０７】
もう１つの実施態様では、本発明のアンチセンス核酸は、配列番号１のポリヌクレオチド配列のRNA転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかし、絶対的な相補性は、好ましくはあるが必要ではない。本明細書において言及される「RNAの少なくとも一部に相補的な」配列とは、RNAとハイブリダイズし得るのに十分な相補性を有し、安定な二本鎖を形成する配列を意味する。従って、二本鎖アンチセンス核酸配列の場合、二本鎖DNAのうち一本鎖を試験し得るか、または三本鎖形成をアッセイし得る。ハイブリダイズ能は、相補性およびアンチセンス核酸の長さの両方に依存する。一般に、ハイブリダイズする核酸が長い程、配列番号１から転写されるRNAはより多くの塩基のミスマッチを含有し、さらに安定な二本鎖（または三本鎖の場合もあり得る）を形成する。当業者であれば、標準的な手順を使用することによって、許容可能な程度のミスマッチを確認し、ハイブリダイズした複合体の融点を決定することができる。
【０２０８】
本発明は、本発明の上記の形質転換された細胞の１つを含むヒトを除く動物に関する。
【０２０９】
１以上のChlamydia trachomatis遺伝子を過剰発現する本発明のトランスジェニック動物の生成は、好ましくはウイルスまたは非ウイルストランスフェクションなどの当業者に周知の方法に従ってラット、マウスまたはウサギで行われる。１以上の上記遺伝子を過剰発現するトランスジェニック動物は、遍在的性質を有するか、または１つの型の組織に選択的である強力なプロモーターの制御下で上記遺伝子の複数のコピーをトランスフェクションすることによって得ることができる。トランスジェニック動物はまた、胚性幹細胞に対する相同組換え、これらの幹細胞の胚への移入、生殖系列のレベルで影響を受けるキメラ、および上記キメラの成長によっても得ることができる。
【０２１０】
形質転換された細胞および本発明のトランスジェニック動物は、組換えポリペプチドを調製する方法に使用することができる。
【０２１１】
今や、本発明の発現ベクターで形質転換された細胞または本発明のトランスジェニック動物を使用する遺伝子工学により比較的大量の組換えポリペプチドを生成することが可能である。
【０２１２】
組換え形態で本発明のポリペプチドを調製する方法は、ベクターおよび／または本発明のベクターで形質転換された細胞および／または本発明の形質転換された細胞のうち１つを含むトランスジェニック動物を使用することを特徴とし、該方法自体が本発明に含まれる。
【０２１３】
組換え形態で本発明のポリペプチドを調製する上記方法のうち、ベクター、および／または上記ベクターで形質転換された細胞および／または上記形質転換された細胞のうち１つを含むトランスジェニック動物を使用し、Chlamydia trachomatisの細胞エンベロープのポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つ、より好ましくはChlamydia trachomatisの外側細胞エンベロープのポリペプチドまたはそのフラグメントのうち１つをコードするヌクレオチド配列を含有する調製方法が好ましい。
【０２１４】
組換え形態で本発明のポリペプチドを調製する上記方法のうち、ベクター、および／または上記ベクターで形質転換された細胞および／または上記形質転換された細胞のうち１つを含むトランスジェニック動物を使用し、Chlamydia trachomatis分泌型ポリペプチドもしくはその代表的フラグメントのうち１つ、または輸送ポリペプチド、表面露出ポリペプチド、リポタンパク質もしくはその代表的フラグメントのうち１つ、リポ多糖生合成に関与するポリペプチド、RGD付着部位を含有するポリペプチド、細胞壁固定表面ポリペプチド、Chlamydia pneumoniae中に見出されないポリペプチド、リボソームポリペプチドもしくはタンパク質の分泌、転写、翻訳、成熟プロセスに関与するポリペプチド、細胞壁の合成に関与するポリペプチド、ビルレンスに関与するポリペプチド、中間代謝、特に糖および／または補因子の代謝に関与するポリペプチド、Chlamydia trachomatisのヌクレオチド、アミノ酸、核酸もしくは脂肪酸の代謝に関与するポリペプチドまたはその代表的フラグメントのうち１つ、あるいはChlamydiaに特異的なポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含有する調製方法が好ましい。
【０２１５】
上記のようにして得られる組換えポリペプチドは、グリコシル化または非グリコシル化された形態のいずれかで提供され得、そして天然の４次構造を有してもまたは有していなくてもよい。
【０２１６】
好ましい改変体は「担体」タンパク質（キメラタンパク質）に融合された組換えポリペプチドを産生することにある。この系の利点は、組換え産物の安定化およびタンパク質分解の減少、in vitroで再生中での溶解度の増加および／または融合パートナーが特異的なリガンドに親和性を有する場合の精製の簡素化を可能にすることである。
【０２１７】
より詳細には、本発明は、本発明のポリペプチドを調製する方法に関し、以下の工程：
ａ）本発明の核酸配列を有する組換えポリペプチドの発現を可能にする条件下での形質転換細胞の培養、
ｂ）適切には、上記組換えポリペプチドの回収、
を含む。
【０２１８】
本発明のポリペプチドを調製する方法で本発明のトランスジェニック動物を使用する場合、組換えポリペプチドは上記動物から抽出される。
【０２１９】
本発明の主題はまた、上記のような本発明の方法によって得ることが可能なポリペプチドである。
【０２２０】
本発明はまた、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列を使用することを特徴とする合成ペプチドの調製方法を含む。
【０２２１】
本発明はまた、本発明の方法によって得られる合成ポリペプチドに関する。
【０２２２】
本発明のポリペプチドはもまた、ペプチド合成の分野における従来の技術によって本発明のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを産生するのに適した条件下で調製され得る。この合成は、均質な溶液中または固相上で行われて回収され得る。
【０２２３】
例えば、Houbenweyl（1974）により記載の均質溶液における合成技術を使用してもよい。
【０２２４】
本合成方法は、必要とされる順序で連続するアミノ酸を一対ずつ縮合するか、またはアミノ酸と予め形成され適切な順序でいくつかのアミノ酸を既に含有するフラグメントもしくは予め調製されたフラグメントとを縮合することから成り、ペプチド合成において周知の方法に従い、ペプチド結合の形成に通常加わる一方のアミン官能基および他方のカルボキシル官能基またはその逆を除いて、これらのアミノ酸またはフラグメントが保有する全ての反応性官能基を予め保護するように考慮することが理解される。
【０２２５】
本発明のもう１の好ましい技術に従えば、Merrifieldにより記載の技術が使用される。
【０２２６】
Merrifieldの方法に従ってペプチド鎖を製造するためには、鎖の第１のＣ末端アミノ酸が付着した高多孔性高分子樹脂を使用する。このアミノ酸はカルボキシル基を介して樹脂に結合され、そしてそのアミン官能基が保護される。このようにペプチド鎖を構成するアミノ酸を次々に、既に形成され樹脂に付着しているペプチド鎖の部分のその都度予め脱保護されたアミン基に付着させる。所望するペプチド鎖全体が形成されたら、ペプチド鎖を構成する様々なアミノ酸から保護基を脱離させ、酸の援助により該ペプチドを樹脂から取り外す。
【０２２７】
本発明は、さらに、本発明の少なくとも１ポリペプチドまたはその代表的フラグメントを有するハイブリッド（融合）ポリペプチド、およびヒトまたは動物において免疫応答を誘導し得るポリペプチドの配列に関する。
【０２２８】
有利なことに、抗原決定基は、体液性および／または細胞性応答を誘導し得るようなものである。
【０２２９】
抗原決定基は、Chlamydia trachomatisゲノムの発現ライブラリーを、Chlamydia trachomatis種に属する細菌に感染した患者の血清に含有される抗体でスクリーニングすることによって同定され得る。抗原決定基は、複数のエピトープに対する抗体の合成を誘導し得る免疫原性組成物を得るために使用される本発明のポリペプチドまたはそのフラグメントのうち１つをグリコシル化された形態で含み得る。上記ポリペプチドはまたはそれらのグリコシル化されたフラグメントも本発明の一部を形成する。
【０２３０】
ハイブリッド分子は、ある程度、抗原性であり得る部分、特にジフテリアトキシン、破傷風毒素、Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原（仏国特許第7921811号）、ポリオウイルスVP1抗原あるいは他の任意のウイルスまたは細菌毒素もしくは抗原のエピトープと組み合わされる本発明のポリペプチドまたはそれらの代表的フラグメントのための担体分子から成る。
【０２３１】
ハイブリッド分子の合成方法としては、所望するポリペプチド配列をコードするハイブリッド分子を構築するために遺伝子工学において使用される方法が挙げられる。例えば、Minton（1984）により記載の融合タンパク質をコードする遺伝子を産生する技術が有利に参照され得る。
【０２３２】
ハイブリッドポリペプチドおよび本発明のハイブリッドポリペプチドをコードするハイブリッドヌクレオチド配列は、上記ハイブリッドヌクレオチド配列の発現によって得られる組換えポリペプチドであることを特徴とし、該配列もまた本発明の一部を形成する。
【０２３３】
本発明はまた、上記ハイブリッドヌクレオチド配列のうち１つを含有することを特徴とするベクターを含む。上記ベクターによって形質転換された宿主細胞、上記形質転換された細胞を含むトランスジェニック動物ならびに上記ベクター、上記形質転換された細胞および／または上記トランスジェニック動物を使用して組換えポリペプチドを調製する方法もまたもちろん本発明の一部を形成する。
【０２３４】
本発明のポリペプチド、以下に記載の本発明の抗体、および本発明のヌクレオチド配列は、Chlamydia trachomatis種に属する細菌を、それらを含有している可能性のある生物学的サンプル（生物学的組織または液体）において検出および／または同定するためのin vitroおよび／またはin vivo方法で使用され得る。これらの方法は、使用する本発明のポリペプチド、抗体およびヌクレオチド配列の特異性に依存し、特に選択される本発明のポリペプチド、抗体およびヌクレオチド配列によって検出され得るChlamydia trachomatis種に属する細菌および関連微生物を検出および／または同定し得る。例えば、Chlamydia科に特異的な本発明のポリペプチド、抗体および／またはヌクレオチド配列を選択することによってChlamydia科の任意の細菌を検出し得る本発明のポリペプチド、抗体またはヌクレオチド配列を選択するのが有利であり得、あるいは対照的に、標的化された改変体に特異的な本発明のポリペプチド、抗体および／またはヌクレオチド配列を選択することによって上記標的化された改変体に特異的な病理の誘発もしくは増悪の原因であるChlamydia trachomatis種の改変体を標的化するのに有利である。
【０２３５】
本発明のポリペプチドは、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を、それらを含有している可能性のある生物学的サンプル（生物学的組織または液体）において検出および／または同定するための方法で使用され得、該方法は以下の工程：
ａ）該生物学的サンプルと本発明のポリペプチドまたはその代表的フラグメントとを（前記ポリペプチドと該生物学的サンプル中に存在し得る抗体との間の免疫学的反応を可能にする条件下で）接触させること、
ｂ）形成され得る抗原-抗体複合体を検出すること、
を含むことを特徴とする。
【０２３６】
好ましくは、生物学的サンプルは液体、例えば、ヒトまたは動物の血清、血液または生検から成る。
【０２３７】
従来の任意の手順を使用して、形成され得る抗原-抗体複合体のそのような検出を行ってもよい。
【０２３８】
例えば、好ましい方法では、ELISA技術に基づく酵素標識抗体手順、免疫抗体手順またはラジオイムノアッセイ手順（radioimmunological procedure）（RIA）などが使用される。
【０２３９】
従って、本発明はまた、酵素、蛍光または放射能型の標識などの適切な標識の援助によって標識される本発明のポリペプチドに関する。
【０２４０】
そのような方法は、例えば以下の工程：
本発明の規定された量のポリペプチドをマイクロタイタープレートのウェル内に置くこと、
該マイクロタイタープレートをインキュベーションすること、
該マイクロタイタープレートのウェル内にヒトまたは動物の免疫グロブリンに対する標識された抗体を導入ことであって、これらの抗体は基質を加水分解し得る酵素から選択された酵素の援助によって標識されており、それによって少なくとも規定された波長（例えば、550 nm）での該基質の吸光度を改変する、
対照と比較して加水分解された基質の量を検出すること、
を含む。
【０２４１】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は以下の成分：
本発明のポリペプチド、
適切には、免疫学的または特異的反応に適切な媒体を構成するための試薬、
本発明のポリペプチドと該生物学的サンプル中に存在し得る抗体との間の免疫学的反応によって生成される抗原-抗体複合体の検出を可能にする試薬であって、これらの試薬は標識を保有するか、またはより詳細には本発明のポリペプチドが標識されていない場合、標識された試薬によって認識され得ることが可能である試薬、
適切には、本発明のポリペプチドによって認識される抗体を含まない参照生物学的サンプル（陰性対照）、
適切には、本発明のポリペプチドによって認識される所定の量の抗体を含有する参照生物学的サンプル（陽性対照）、
を含むことを特徴とする。
【０２４２】
本発明に従えば、配列番号１に記載のポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド、ペプチド、融合タンパク質もしくは派生体またはそれらの類似体を免疫原として使用し、そのような免疫原に免疫特異的に結合する抗体を作製してもよい。そのような抗体としては、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体、ヒト化またはキメラ抗体、一本鎖の抗体、Fabフラグメント、F(ab')2フラグメント、Fab発現ライブラリーによって産生されるフラグメント、抗イデオタイプ（抗Id）抗体、および上記のうち任意のエピトープ結合フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施態様では、配列番号１のポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド、ペプチドもしくは派生体、またはそれらの類似体に対する抗体は、二重特異性抗体である（概要については例えば、FangerおよびDrakeman, 1995, Drug News and Perspectives 8: 133-137を参照のこと）。そのような二重特異性抗体は遺伝子工学的に操作され、（１）エピトープと（２）様々な「誘発」分子、例えば、骨髄細胞上のFc受容体、ならびに細胞障害性Ｔ細胞に特定の標的を破壊させることが可能であることが同定されているＴ細胞上のCD3およびCD4との両方を認識する。そのような二重特異性抗体は、化学的複合、ハイブリドーマ、または当業者に公知の組換え分子生物学的技術のいずれかによって調製することができる。
【０２４３】
配列番号１のポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド、ペプチドもしくは他の派生体、またはそれらの類似体に対するポリクローナル抗体を産生するための当該分野で公知の様々な手順を使用し得る。抗体の産生のために、ポリペプチド、ペプチドもしくは派生体、またはそれらの類似体を注入することによって、ウサギ、マウス、ラットなどのを含むがそれらに限定されない様々な動物を免疫することができる。宿主の種に依存する様々なアジュバントを使用して、免疫学的応答を増加し得、そして該アジュバントとしては、StimulonTM QS-21（Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Framingham, MA）、MPL TM（3-O-脱アセチル化モノホスホリルリピドＡ；RIBI ImmunoChem Research, Inc., Hamilton, MT）リン酸アルミニウム、IL-12（Genetics Institute, Cambridge, MA）、フロイント（完全および不完全）、水酸化アルミニウムなどの鉱物ゲル、リソレシチン、プルロニックポリオール（pluronic polyol）、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、スカシガイのヘモシアニン、ジニトロフェノール、BCG（bacille Calmette-Guerin）、ならびにCorynebacterium parvumが挙げられる。あるいは、本発明のポリペプチドをあらかじめ付着させておいたアフィニティーカラム上でChlamydia trachomatis種に属する細菌に感染した患者の血清中に含有される抗体を精製することによってポリクローナル抗体を調製することができる。
【０２４４】
ポリペプチド、ペプチドもしくは他の派生体、または類似体に対するモノクローナル抗体の調製のために、細胞系の連続培養により抗体分子の産生を提供する任意の技術を使用してもよい。例えば、本来KohlerおよびMilstein（1975, Nature 256:495-497）によって開発されたハイブリドーマ技術、ならびにトリオーマ（torioma）技術、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Kozborら、1983, Immunology Today 4:72）、およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのEBVハイブリドーマ技術（Coleら、1985, in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., 77-96頁）。本発明のさらなる実施態様において、モノクローナル抗体は、PCT/US90/02545に記載の技術を利用して菌を含まない動物において産生させることができる。本発明のもう１の実施態様では、WO 98/24893およびWO 96/33735に記載の技術を利用して、ヒト抗体を産生するためのトランスジェニック非ヒト動物を使用することができる。本発明に従えば、ヒト抗体を使用してもよく、これはヒトハイブリドーマ（Coteら、1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80:2026-2030）を使用することによるかまたはEBVウイルスをin vitroでヒトＢ細胞を形質転換する（Coleら、1985, in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss、77-96頁）ことによって得ることができる。実際に本発明に従えば、ポリペプチド、ペプチドもしくは他の派生体、または類似体に特異的なマウス抗体分子を適切な生物学的活性のヒト抗体由来の遺伝子と共にスプライシングすることによる「キメラ抗体」の産生のために開発された技術（Morrisonら、1984, PROC. NATL. ACAD. SCI. U.S.A. 81:6851-6855；Neubergerら、1984, Nature 312:604-608；Takedaら、1985, Nature 314:452-454）を使用することができ、そのような抗体も本発明の範囲内にある。
【０２４５】
本発明に従えば、一本鎖の抗体の産生について記載されている技術（米国特許第4,946,778号）を適用して、ポリペプチドまたはペプチド特異的一本鎖抗体を産生することができる。本発明のさらなる実施態様では、Fab発現ライブラリーの構築について記載されている技術（Huseら、1989, Science 246:1275-1281）を利用して、ポリペプチド、派生体、または類似体に対する所望の特異性を有するモノクローナルFabフラグメントを迅速かつ容易に同定することができる。
【０２４６】
イデオタイプの分子を含有する抗体フラグメントを既知の方法によって作製することができる。例えば、そのようなフラグメントとしては、抗体分子のペプシン消化によって産生され得るF(ab')2フラグメント；F(ab')2フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって作製され得るFab'フラグメント、抗体分子をペプシンおよび還元剤、ならびにFvフラグメントで処理することによって作製され得るFabフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２４７】
さらに、キメラ化（例えば、Boss, M.ら、米国特許第4,816,397号；およびCabilly, S.ら、米国特許第5,585,089号を参照のこと、これらのそれぞれは、参照によりその全体を本明細書に組み入れる）ヒト化抗体（Queen、米国特許第5,585,089号、本文献は、参照によりその全体を本明細書に組み入れる）を産生するための技術が開発されている。免疫グロブリンの軽鎖または重鎖の可変領域は、相補性決定領域（CDR）と呼ばれる３つの超可変領域によって分断される「フレームワーク領域」から成る。フレームワーク領域およびCDRの程度は正確に規定されている（"Sequences of Proteins of Immunological Interest", Kabat, E.ら、U.S. Department of Health and Human Services（1983）を参照のこと）。簡単に説明すると、ヒト化抗体は非ヒト種由来の１以上のCDRおよびヒト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する非ヒト種由来の抗体分子である。
【０２４８】
本発明はの抗体はまた、酵素、蛍光または放射能型標識化などの本発明の核酸プローブについて上に記載されているのと同じ分子において標識され得る。
【０２４９】
本発明はさらに、生物学的サンプル中のChlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定する方法に関し、該方法は以下の工程：
ａ）該生物学的サンプルと本発明のモノクローナルまたはポリクローナル抗体とを（上記抗体とと該生物学的サンプル中に存在し得るChlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌のポリペプチドとの間の免疫学的反応を可能にする条件下、即ち、免疫複合体を形成するのに適切な条件下で）接触させること、
ｂ）形成され得る抗原-抗体複合体を検出すること、
を含むことを特徴とする。
【０２５０】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は以下の成分：
適切には標識される本発明のポリクローナルまたはモノクローナル抗体、
適切には、免疫学的反応を行うのに適切な媒体を構成するための試薬、
該免疫学的反応によって生じる抗原-抗体複合体の検出を可能にする試薬であって、本試薬は標識を保有するか、またはより詳細には上記モノクローナルまたはポリクローナル抗体が標識されていない場合、標識された試薬によって認識され得ることが可能である試薬、
適切には、試験されるサンプルにおいて細胞の溶解を行うための試薬、
を含むことを特徴とする。
【０２５１】
上記で説明したDNAチップの原理を使用して、本発明のポリペプチドもしくは抗体、またはそのアレイで被覆されている支持体上にDNAの代わりにタンパク質「チップ」を生成してもよい。これらのタンパク質「チップ」は、例えば、表面プラズマ共鳴（SPR）によって例えばタンパク質で被覆された支持体上の標的分析物の親和性捕獲によって誘導される二分子相互作用（BIA）を分析することが可能である。例えば、EP 524 800に記載の固相支持体にタンパク質を結合するための方法またはBIAコア型技術（Pharmacia）などのバイオセンサー型タンパク質チップの使用について記載している方法（Arlinghausら、1997；Kroneら、1997；Chatelierら、1995）が参照され得る。このように、分析しようとするサンプル由来の抗体またはポリペプチドに特異的に結合し得る本発明のこれらのポリペプチドまたは抗体を、サンプル中のタンパク質を検出および／または同定するためのタンパク質チップにおいて使用してもよい。上記タンパク質チップは特に感染診断のために使用され得、好ましくは、チップ毎に様々な特異性を有する本発明のいくつかのポリペプチドおよび／または抗体、および／またはChlamydia trachomatisとは異なる微生物を認識し得るポリペプチドおよび／または抗体を含有し得る。
【０２５２】
従って、本発明の主題はまた、支持体、特にタンパク質チップに固定化されることを特徴とする本発明のポリペプチドおよび抗体である。
【０２５３】
タンパク質チップの支持体上に固定化された本発明の少なくとも１ポリペプチドまたは１抗体を含有することを特徴とする上記タンパク質チップもまた、本発明の一部を形成する。
【０２５４】
本発明はさらに、タンパク質チップの支持体上に固定化されたChlamydia trachomatisとは異なる微生物の少なくとも１ポリペプチドかまたはChlamydia trachomatisとは異なる微生物の化合物に対する少なくとも１抗体をさらに含有することを特徴とする本発明の上記タンパク質チップを含む。
【０２５５】
本発明はさらに、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するか、あるいは微生物を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は本発明のタンパク質チップを含むことを特徴とする。
【０２５６】
本発明の主題はまた、生物学的サンプル中のChlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定する方法に関し、該方法は本発明のヌクレオチド配列を使用することを特徴とする。
【０２５７】
より詳細には、本発明は生物学的サンプル中のChlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定する方法に関し、該方法は以下の工程：
ａ）適切には、分析しようとする生物学的サンプルからDNAを単離するか、または必要に応じて生物学的サンプルのRNAからcDNAを調製すること、
ｂ）Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌のDNAを本発明の少なくとも１プライマーの援助により特異的に増幅すること、
ｃ）増幅産物を検出すること、
を含むことを特徴とする。
【０２５８】
これらは、例えば本発明の核酸プローブを使用する分子ハイブリダイゼーション技術によって検出される。このプローブは非放射能（コールドプローブ）または放射能プローブで有利に標識される。
【０２５９】
本発明の目的のために、「生物学的サンプルのDNA」または「生物学的サンプルに含有されるDNA」とは、生物学的サンプル中に存在するDNAか、または必要に応じて上記生物学的サンプル中に存在するRNAに対する逆転写酵素型酵素の反応後に得られるcDNAのいずれか一方を意味すると理解される。
【０２６０】
本発明のもう１つの目的は本発明の方法にあり、該方法は以下の工程：
ａ）本発明のヌクレオチドプローブと生物学的サンプルとを接触させることであって、適切には該生物学的サンプルに含有されるDNAは、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌のDNAの相補塩基対に対するプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、予めハイブリダイゼーションへのアクセスが可能にされている、
ｂ）該ヌクレオチドプローブと生物学的サンプル中のDNAとの間のハイブリダイゼーション複合体を検出すること、
を含むことを特徴とする。
【０２６１】
本発明はまた、本発明の方法にに関し、該方法は以下の工程：
ａ）本発明の支持体に固定化されたヌクレオチドプローブと生物学的サンプルとを接触させことであって、適切には該DNAは、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌のDNAに対するプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、予めハイブリダイゼーションへのアクセスが可能にされている、
ｂ）支持体上で固定化されたヌクレオチドプローブおよび適切には該プローブにハイブリダイズしない生物学的サンプル中のDNAの除去後の該生物学的サンプルに含有されるDNAの間に形成されるハイブリッドと本発明の標識ヌクレオチドプローブとを接触させること、
ｃ）工程ｂ）において形成された新たなハイブリッドを検出すること、
を含むことを特徴とする。
【０２６２】
先に規定された検出および／または同定のための方法の有利な実施態様によれば、それは、工程ａ）の前に生物学的サンプルのDNAはプライマー伸長されおよび／または予め本発明の少なくとも１プライマーの援助により増幅されることを特徴とする。
【０２６３】
本発明はさらに、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は以下の成分：
ａ）本発明のヌクレオチドプローブ、
ｂ）適切には、ハイブリダイゼーション反応を行うのに必要な試薬、
ｃ）適切には、本発明の少なくとも１プライマーならびにDNA増幅反応に必要な試薬（例えば、ポリメラーゼおよび／またはデオキシヌクレオチド三リン酸）、
を含むことを特徴とする。
【０２６４】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は以下の成分：
ａ）捕獲プローブと呼ばれる本発明のヌクレオチドプローブ、
ｂ）検出プローブと呼ばれる本発明のオリゴヌクレオチドプローブ、
ｃ）適切には、本発明の少なくとも１プライマーならびにDNA増幅反応に必要な試薬（例えば、ポリメラーゼおよび／またはデオキシヌクレオチド三リン酸）、
を含むことを特徴とする。
【０２６５】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、該キットまたは組は以下の成分：
ａ）本発明の少なくとも１プライマー、
ｂ）適切には、DNA増幅反応を行うのに必要な試薬、
ｃ）適切には、増幅されたフラグメント、より詳細には本発明のオリゴヌクレオチドプローブの配列を確認することが可能である成分、
を含むことを特徴とする。
【０２６６】
本発明はさらに、Chlamydia trachomatis種または関連微生物に属する細菌を検出および／または同定するか、あるいは微生物を検出および／または同定するためのキットまたは組に関し、本発明のDNAチップを含むことを特徴とする。
【０２６７】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種に属する細菌を検出および／または同定するための方法またはキットまたは組に関し、本発明の上記プライマーおよび／または上記プローブはChlamydia trachomatis種に特異的なヌクレオチド配列から選択され、本発明の上記ポリペプチドはChlamydia trachomatis種に特異的なポリペプチドから選択され、本発明の上記抗体はChlamydia trachomatis種に特異的なポリペプチドから選択される本発明のポリペプチドに対する抗体から選択されることを特徴とする。
【０２６８】
好ましくは、Chlamydia trachomatis種に属する細菌を検出および／または同定するための本発明の上記方法または上記キットまたは組は、前記プライマーおよび／または前記プローブもしくは前記ポリペプチドが、Chlamydia trachomatis種に特異的であることが同定されている本発明のヌクレオチド配列またはポリヌクレオチドから選択され、そして上記本発明の抗体が、Chlamydia trachomatis種に特異的であることが同定されているポリペプチドから選択される本発明のポリペプチドに対する抗体から選択されることを特徴とする。
【０２６９】
本発明はさらに、Chlamydia trachomatis感染によって誘発または増悪される生殖器疾患の素因または該疾患によって生じる状態を診断するための本発明の方法またはキットまたは組に関する。
【０２７０】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis感染によって誘発または増悪される眼疾患の素因または該疾患によって生じる状態を診断するための本発明の方法またはキットまたは組に関する。
【０２７１】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis感染によって誘発または増悪される特にリンパ系の全身性疾患の素因または該疾患によって生じる状態を診断するための本発明の方法またはキットまたは組に関する。
【０２７２】
本発明のもう１つの局面に従えば、有機もしくは無機化合物の生合成または生分解にを対象とする本発明の主題は本発明のポリペプチド、本発明のベクターで形質転換された細胞および／または本発明の形質転換された動物の使用である。
【０２７３】
上記の通り、例えば、有機もしくは無機分子の生合成または生分解に関与する酵素ペプチドのポリペプチドあるいはフラグメントをコードすることが知られている配列との相同性により本発明のヌクレオチド配列を同定した。
【０２７４】
従って、産業あるいは治療目的での有機または無機化合物（目的の化合物と呼ばれる）の生合成もしくは生分解と同様の方法で本発明の上記ポリペプチドを使用することが可能である。
【０２７５】
これらのポリペプチドのうち、特にタンパク質分解酵素、アミノトランスフェラーゼ、グルコース代謝などに関与する酵素、あるいは糖、アミノ酸、脂肪酸、ポリペプチド、ヌクレオチド、核酸または他の任意の有機もしくは無機化合物の生合成または有機もしくは無機化合物の生分解に使用され得る酵素について言及され得る。
【０２７６】
これらのペプチドのうち、さらに例えば、目的の化合物の生成、食品産業、製紙産業または化学および製薬産業に適用される製造残余の再処理などの産業レベルでの有機もしくは無機化合物の生合成または生分解に使用され得る本発明の変異または改変されたポリペプチドに対応する変異または改変された酵素について言及され得る。
【０２７７】
本発明のポリペプチドまたはその代表的フラグメント、本発明の形質転換された細胞およびまたは本発明の形質転換された動物を使用することを特徴とする有機もしくは無機化合物を生合成または生分解する方法もまた本発明の一部を形成する。
【０２７８】
本発明はさらに、遺伝子の発現を変調、調節、誘導もしくは阻害し得る、および／または真核もしくは原核細胞の細胞複製を改変し得るかあるいはChlamydia trachomatisまたはその関連微生物のうち１つによる感染に関連する病理を誘導、阻害または増悪し得る有機もしくは無機化合物を選択するための本発明のヌクレオチド配列、本発明のポリペプチド、本発明の抗体、本発明の細胞、および／または本発明の形質転換された動物の使用に関する。
【０２７９】
本発明はまた、本発明のポリペプチド、融合ポリペプチド、もしくはその代表的フラグメントのうち１つに結合し得るか、本発明のヌクレオチド配列に結合し得るか、または本発明の抗体を認識し得るか、および／または遺伝子の発現を変調、調節、誘導もしくは阻害し得るか、および／または真核もしくは原核細胞の成長もしくは細胞複製を改変し得るか、あるいは動物またはヒト生物において、Chlamydia trachomatisまたはその関連微生物のうち１つによる感染に関連する病理を誘導、阻害または増悪し得る化合物を選択する方法を含むスクリーニングアッセイを含み、それは以下の工程：
ａ）上記化合物と本発明の形質転換された細胞に伴う上記ポリペプチド、上記ヌクレオチド配列と接触させることおよび／または上記化合物を本発明の形質転換された動物に投与すること、
ｂ）上記化合物が上記ポリペプチドまたは上記ヌクレオチド配列に結合するか、あるいは遺伝子の発現を変調、調節、誘導または阻害するか、あるいは成長または細胞複製を変調するか、あるいは上記形質転換された動物においてChlamydia trachomatisもしくはその関連微生物のうち１つによる感染に関連する病理を誘導、阻害または増悪する能力を測定すること、
を含むことを特徴とする。
【０２８０】
本発明の形質転換された細胞および／または動物は、モデルとして有利に作用し得、そしてChlamydia trachomatisによって誘導もしくは増悪される病理の原因となり得るか、あるいは例えば、生殖器、眼もしくは特にリンパ系の全身性疾患などのこれらの病理を予防および／または治療し得る化合物を研究、同定および／または選択するための方法において使用され得る。特に、形質転換された細胞、特に本発明のベクターでの形質転換がその感染力を増加もしくは阻害し得るか、または感染によって通常誘導もしくは増悪される病理を変調し得るChlamydia科の細菌は、病理の発症を監視しようとする動物に感染させるのに使用され得る。例えば形質転換されたChlamydia細菌を感染させた形質転換されていない動物は、研究モデルとして作用し得る。同様に、本発明の形質転換された動物は、例えば、生殖器および／または眼および／または特にリンパ系の全身性疾患の素因を示し得、従って、上記疾患を予防および／または治療し得る化合物を選択するための方法において使用され得る。上記形質転換された細胞および／または形質転換された動物を使用する上記方法は本発明の一部を形成する。
【０２８１】
選択され得る化合物は、ポリペプチドもしくは炭水化物などの有機化合物または既に公知である他の任意の有機もしくは無機化合物、または分子モデリング技術を使用して生成されるおよび化学もしくは生化学合成により得られる新規の有機化合物であってもよく、これらの技術は当業者に公知である。
【０２８２】
上記選択される化合物は、Chlamydia trachomatisもしくは他の任意の関連微生物の成長および／または細胞複製を変調し、それによってこれらの化合物による感染を制御するのに使用され得る。本発明の上記化合物はまた、特定の腫瘍細胞および感染微生物において全ての真核もしくは原核細胞の成長および／または細胞複製を変調するために使用さえ得、ここで、上記化合物は該腫瘍細胞および感染微生物に対して活性となり、該方法により当業者に周知の上記変調を測定することが可能である。
【０２８３】
微生物の成長を変調し得る化合物とは、上記微生物の発育、成長、増殖速度および／または生存力に作用、変調、制限および／または減少をもたらし得る任意の化合物を表すと理解される。
【０２８４】
このような変調は、例えばタンパク質に結合し、それによりその生物学的活性を阻害するかもしくは増強し得るか、または微生物の該表面の膜タンパク質に結合して上記微生物の宿主細胞への透過を阻止するかまたは上記微生物に対する感染された生物の免疫系の作用を促進し得る薬剤によって達成され得る。このような変調はまた、微生物のDNAもしくはRNAのヌクレオチド配列に結合し得、そして例えば生物学的または構造的活性が上記微生物の成長もしくは生殖に必要であるポリペプチドの発現を阻止し得る薬剤によっても達成され得る。
【０２８５】
関連微生物とは、本発明において遺伝子発現が変調、調節、誘導もしくは阻害され得るか、または成長もしくは細胞複製もまた本発明の化合物によって変調され得る任意の微生物を表すと理解される。関連微生物はまた、本発明において本発明のヌクレオチド配列またはポリペプチドを含有する任意の微生物を表すと理解される。これらの微生物は、場合により、本発明のポリペプチドもしくはヌクレオチド配列に同一もしくは相同なポリペプチドもしくはヌクレオチド配列を含有し得、また本発明の検出および／または同定方法もしくはキットにより検出および／または同定され得、そしてまた本発明の化合物のための標的として作用し得る。
【０２８６】
本発明は、本発明の選択方法によって選択され得る化合物に関する。
本発明はまた、以下の化合物：
本発明のヌクレオチド配列、
本発明のポリペプチドまたは融合ポリペプチド、
本発明のベクター、
本発明の抗体、および
必要に応じて製薬上許容されるビヒクルまたは担体と組み合わされる本発明の選択方法によって選択され得る化合物、
から選択される化合物を含む医薬組成物に関する。
【０２８７】
有効量とは、Chlamydia trachomatisもしくは関連微生物の成長を変調し得る上記化合物または抗体、あるいは本発明のポリペプチドの十分量を表すと理解される。
【０２８８】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種に属する細菌もしくは関連微生物による感染を予防または治療するための本発明の薬学的化合物に関する。
【０２８９】
本発明はさらに、本発明の１以上のポリペプチドおよびまたは本発明の１以上のハイブリッドポリペプチドを含むことを特徴とする免疫原および／またはワクチン組成物に関する。
【０２９０】
本発明はまた、ワクチン組成物を調製するための本発明の形質転換された細胞の使用に関する。
【０２９１】
本発明はまた、本発明の核酸配列、本発明のベクターおよび／または本発明の形質転換された細胞を含有することを特徴とするワクチン組成物に関する。
【０２９２】
本発明はまた、Chlamydia trachomatis種に属する細菌もしくは関連微生物による感染を予防または治療するための本発明のワクチン組成物に関する。
【０２９３】
本発明はまた、ワクチン組成物として製剤化しようとするChlamydia trachomatisのポリペプチド、特に抗原決定基をコードするDNAの使用に関する。本発明のこのような局面に従えば、目的のDNAは操作されて、DNAの発現を促進する調節エレメント、即ちプロモーターまたはエンハンサーエレメントの制御下にあるベクターとなる。１つの好ましい実施態様において、プロモーターエレメントは細胞特異的であり得、所定の細胞においてのみDNAの実質的な転写が可能である。該DNAは、裸のDNAとして宿主に直接導入され得る（米国特許第5,679,647号、参照により該文献の全体を本明細書に組み入れる）か、あるいはウイルスベクター、即ちアデノウイルスベクターを含むDNAの取り込みを容易にし得る他の薬剤か、またはブピバカイン（bupivicaine）および他の局所麻酔薬（米国特許第5,593,972647号、該文献の全体を参照により本明細書に組み入れる）、サポニン類（米国5,739,118号、該文献の全体を参照により本明細書に組み入れる）、およびカチオン性ポリアミン類（国際出願公開WO 96/10038、該文献の全体を参照により本明細書に組み入れる）などの免疫化を容易にする薬剤と共に製剤化され得る。
【０２９４】
抗原ポリペプチドおよび調節エレメントをコードするDNA配列は、標的化相同組換えなどの技術を用いて安定な細胞系またはクローニングされた微生物に挿入してもよい。該技術は当業者に周知であり、例えば、Chappel、米国特許第4,215,051号；Skoultchi, WO 91/06667に記載されており、それぞれの全体を本明細書に参照により組み入れる。
【０２９５】
そのような細胞系および微生物は、ワクチンの目的で製剤化され得る。もう１つの実施態様では、抗原ペプチドおよび調節エレメントをコードするDNA配列は哺乳動物宿主に伝達され、相同組換え（Chappel、米国特許第4,215,051号；Skoultchi, WO 91/06667、それぞれの全体を本明細書に参照により組み入れる）により宿主ゲノムに導入され得る。
【０２９６】
好ましくは、本発明の免疫原および／またはワクチン組成物は、Chlamydia trachomatisもしくは関連微生物による感染を予防または治療することを目的とし、Chlamydia trachomatisの細胞エンベロープのタンパク質、またはその代表的フラグメントのうち１つに対応するポリペプチドもしくはその代表的フラグメントのうち１つを含む免疫原および／またはワクチン組成物から選択される。ヌクレオチド配列を含むワクチン組成物はまた、好ましくはChlamydia trachomatisの細胞エンベロープのタンパク質、またはその代表的フラグメントのうち１つに対応するポリペプチドもしくはその代表的フラグメントのうち１つをコードするヌクレオチド配列を含む。
【０２９７】
これらの好ましい免疫原および／またはワクチン組成物のうち、最も好ましい組成物は、この機能的群において同定され、上記で列挙されたヌクレオチドまたはアミノ酸配列から配列が選択されるポリペプチドもしくはその代表的フラグメントのうち１つ、またはヌクレオチド配列もしくはその代表的フラグメントのうち１つを含む組成物である。
【０２９８】
本発明の免疫原性組成物に入る本発明のポリペプチドまたはそれらの代表的フラグメントは、例えば、上記ポリペプチドがＴ細胞を刺激する能力（例えば、Ｔ細胞の増殖またはインターロイキンの分泌をもたらし、そして上記ポリペプチドに対する抗体の産生を導く）に基づいて当業者に公知の技術により選択され得る。
【０２９９】
ヒトに使用される用量に相当する重量のワクチン組成物を投与したマウスにおいて、血清を回収することによって抗体反応を試験し、続いて血清中に存在する抗体とワクチン組成物の抗原との間の複合体の形成について通常の技術に従って研究する。
【０３００】
本発明に従えば、上記ワクチン組成物は好ましくは製薬上許容されるビヒクル、適切には１以上の適切な免疫アジュバントと組み合わされる。
【０３０１】
感染症からヒトを保護するための様々な型のワクチンが現在利用可能である：弱毒生微生物（M. bovis - 結核のためのBCG）、不活化微生物（インフルエンザウイルス）、非細胞性抽出物（百日咳のためのBordetella pertussis）、組換えタンパク質（Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原）、ポリ多糖（pneumococci）。合成ポリペプチドまたは異種抗原を発現する遺伝的に改変された微生物から調製されるワクチンについて実験が行なわれている。より最近では、保護抗原をコードする遺伝子を保有する組換えプラスミドDNAが代替的ワクチン法として考え出された。この型のワクチン接種は、in vivoで複製せず、ワクチンタンパク質のみをコードするE. coliプラスミド由来の特定のプラスミドにより行われる。単に裸のDNAを筋肉に注入することによって動物が免疫された。この技術によりin situでのワクチンタンパク質の発現ならびに細胞性（CTL）および体液性（抗体）免疫応答が誘導される。この免疫応答の二重導入は、裸のDNAによるワクチン接種技術の主な利点の１つである。
【０３０２】
宿主、例えばヒトへの投与の前に、in vitroおよびin vivo動物モデルで本発明のワクチン組成物を評価することができる。例えば、Petersonら、（1988）により記載されたアッセイなどのin vitro中和アッセイが利用できる。Petersonら、（1988）により記載されたアッセイは、Chlamydia trachomatisまたはChlamydia pneumoniaeのいずれか一方に対するワクチン組成物を試験するのに適切である。
【０３０３】
簡単に説明すると、高度免疫抗血清を、補体供給源として、５％モルモット血清を含有するPBSで希釈する。Chlamydiae（10４IFU；封入体形成単位）を抗血清希釈物に添加する。抗原-抗体混合物を37℃で45分間インキュベートし、接種前にPBSで２回洗浄しておいたガラスバイアル（例えば、15×45 mm）に含有される重複全面Hep-2またはHeLa細胞単層に接種する。単層細胞を1000×ｇで１時間遠心分離し、続いて37℃で１時間静置インキュベーションすることにより感染させる。感染された単層を48または72時間インキュベートして固定化し、C. trachomatisに対する抗MOMPなどのChlamydiae特異的抗体で染色する。倍率200倍で10視野において封入体を有する細胞を計数する。対照単層／IFUと比較して50％の阻害率を示す希釈物を基準に中和力価を割り当てる。
【０３０４】
Chlamydia trachomatis感染症の動物モデル、例えばモルモットまたはマウスをワクチン組成物で攻撃（challenging）することによってワクチン組成物の効力を評価することができる。例えば、Chlamydia trachomatis感染症のモルモットモデルにおけるin vivoワクチン組成物攻撃研究を実施することができる。簡単に説明すると、体重450〜500ｇの雌モルモットを環境制御した12時間明暗サイクルの部屋に収容し、さまざまな免疫化経路によるワクチン組成物で免疫した。ワクチン接種後、HeLaまたはMcCoy細胞において成長しているモルモット封入体結膜炎（GPIC）の因子（Rankら、（1988））をモルモットの生殖管に感染させる。それぞれの動物に0.05 mlのスクロース-リン酸-グルタミン酸緩衝液、pH 7.4（Schacter, J.（1980））に含有される約1.4×10７封入体形成単位（IFU）を投与する。GPIC特異的抗血清による間接免疫蛍光法、または生殖管からの掻き出し物由来のスメアのギムザ染色で封入体保有細胞の割合を測定することによって感染症の経過を監視する。酵素免疫吸着測定法により血清中の抗体力価を測定する。
【０３０５】
あるいは、Chlamydia trachomatisのマウスモデルにおいてin vivoでのワクチン組成物攻撃研究を行うことができる（Morrisonら、1995）。簡単に説明すると、７〜12周齢の雌マウスに膣感染の10および３日前に2.5 mgのデポプロベラ（depoprovera）を皮下投与する。ワクチン接種後、５mlのスクロース-リン酸-グルタミン酸緩衝液、pH 7.4に含有される1,500封入体形成単位のChlamydia trachomatisをマウスの生殖管に感染させる。Chlamydia trachomatis特異的抗血清による間接免疫蛍光法、または感染されたマウスの生殖管からの掻き出し物由来のスメアのギムザ染色で封入体保有細胞の存在を決定することによって感染症の経過を監視する。酵素免疫吸着測定法によりマウス血清中の抗体力価の存在を測定する
【０３０６】
ヌクレオチド配列または上記ヌクレオチド配列が挿入されるベクターを含むワクチン組成物については、特に国際出願WO 90/11092およびまた国際出願WO 95/11307に記載されている。
【０３０７】
本発明のワクチン組成物を構成するヌクレオチド配列は、本ポリヌクレオチドの細胞内への透過を促進する化合物に結合させた後、宿主に注入され得る。得られるコンジュゲートは、国際出願WO 94/27238 （Medisorb Technologies International）に記載の高分子微粒子にカプセル封入され得る。
【０３０８】
本発明のワクチン組成物のもう１つの実施態様に従えば、ヌクレオチド配列、好ましくはDNAはDEAE-デキストラン（Paganoら、1967）もしくは核タンパク質（Kanedaら、1989）、脂質（Felgnerら、1987）と複合体を形成するかまたはリポソームにカプセル封入される（Fraleyら、1980）かあるいは該配列の細胞へのトランスフェクションを容易にするゲルの形態で導入される（Midouxら、1993；Pastoreら、1994）。本発明のポリヌクレオチドまたはベクターは、緩衝溶液において懸濁状態であり得るかまたはリポソームと組み合わせられ得る。
【０３０９】
有利なことに、そのようなワクチンは、TacsonらまたはHuygenら（1996）により記載の技術あるいはDavisら（国際出願WO 95/11307）に記載の技術にしたがって調製される。
【０３１０】
そのようなワクチンはまた、本発明のベクターを含有する組成物の形態で調製され得、ヒトまたは動物においてその発現を可能にする調節配列の制御下に置かれる。例えば、目的のペプチド抗原をin vivoで発現するためのベクター、プラスミドpcDNA3またはプラスミドpcDNA1/neo（両者ともInvitrogen（R & D Systems, Abingdon, United Kingdom）より発売されている）を使用することが可能である。また、Shiverら（1995）により記載のプラスミドV1Jns.tPAを使用することも可能である。そのようなワクチンは、組換えベクターに加えて、有利に生理食塩水、例えば塩化ナトリウム溶液を含む。
【０３１１】
本発明の免疫原性組成物は免疫化方法の一部として利用することができ、ここで、そのような方法は宿主、例えばヒト宿主に免疫量の本発明の免疫原性組成物を投与することを含む。好ましい実施態様では、該免疫方法はChlamydia trachomatisに対する免疫方法である。
【０３１２】
製薬上許容されるビヒクルとは、副作用を引き起こさずに例えば、有効な化合物の投与を容易にするか、体内におけるその寿命および／またはその効力を増強するか、溶液中のその溶解度を増大するかあるいはその保存を増大することが可能な薬学的もしくはワクチン組成物に入る化合物または化合物の組み合わせを表すと理解される。これらの製薬上許容されるビヒクルは周知であり、選択される有効な化合物の性質または投与の様式に従って当業者によって適応される。
【０３１３】
ワクチン製剤について、これらは当業者に公知のアジュバント、例えば、水酸化アルミニウム、N-アセチルムラミルのペプチド派生体のうち１つなどのムラミルペプチドのファミリーの代表物、あるいはフロイント不完全アジュバント、StimulonTMQS-21（Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Framinham, MA）、MPLTM （3-0-deacylated monophosphoryl lipid A; RIBI ImmunoChem Research, Inc., Hamilton, MT）、リン酸アルミニウム、IL-12（Genetics Institute, Cambridge, MA）などの当業者に公知の適切な免疫アジュバントを含み得る。
【０３１４】
好ましくは、これらの化合物は、全身経路、特に静脈内経路、鼻腔内、筋肉内、皮内もしくは皮下経路、または経口経路によって投与される。より好ましくは、本発明のポリペプチドを含むワクチン組成物は、皮内または皮下経路により期間中数回に分けて投与される。
【０３１５】
それらの適切な投与様式、用量および生薬形態は、患者に適応される治療を確立するのに一般的に考慮される基準、例えば、患者の年齢または体重、患者の一般状態の重度、治療の許容性および観察される副作用によって決定され得る。
【０３１６】
本発明は、Chlamydia trachomatisによって誘導もしくは増悪される生殖器疾患を治療または予防するために本発明の組成物を使用することを含む。
【０３１７】
最後に、本発明は、Chlamydia trachomatisの存在によって誘導もしくは増悪される眼疾患を治療または予防するために本発明の組成物を使用することを含む。
【０３１８】
最後に、本発明は、Chlamydia trachomatisの存在によって誘導もしくは増悪される特にリンパ系の全身性疾患を治療または予防するために本発明の組成物を使用することを含む。
【０３１９】
本発明の他の特徴および利点については、以下の実施例および図に示す。
【実施例】
【０３２０】
細胞
使用したChlamydia trachomatis LGV2株は、Chlamydia trachomatis serovar L2/434/Bu株の外膜タンパク質配列omp1（CHTMOMPA）およびomp2（CHTOMP2A）に98％を超える相同性を有すると同定されている。
【０３２１】
Chlamydia trachomatis LGV2株を、アメリカンタイプカルチャーコレクションより参照ATCC CRL-1696で入手したマウス線維芽細胞（McCoy細胞）上で培養する。
【０３２２】
細胞の培養
マウス線維芽細胞を75ml細胞培養フラスコ（Corning）中で培養する。培養培地は、MEMアミノ酸（Gibco BRL番号04301140）Ｌ（培地500 mlあたり５ml）および５％ウシ胎児血清（Gibco BRL番号10270バッチ40G8260K）を補充し抗生物質または抗真菌剤を含まないDulbecco改変細胞培養培地（Gibco BRL番号04101965）である。
【０３２３】
細胞培養ストックは以下の様式で維持する。細胞培養物を倒立顕微鏡下で調べる。コンフルエンスの24時間後、それぞれの細胞ローン（lawn）をPBS（Gibco BRL番号04114190）で洗浄し、濯ぎ、次いで５分間３mlのトリプシン（Gibco BRL番号25200056）の存在下でオーブン中に置く。次いで、細胞ローンを取り外し、次いで120 mlの培養培地中に再懸濁し、細胞懸濁液を均質にするために全体を撹拌する。次いで、細胞培養フラスコあたりこの本懸濁液を30 ml分配する。フラスコをCO２オーブン（５％）中で48時間37℃の温度に保つ。連日16フラスコのサブコンフルエント細胞が利用できるように細胞ストックを維持する。これらのサブコンフルエント細胞は、Chlamydiaに感染されるために使用される。25ml細胞培養フラスコも使用する。これらのフラスコは同様の様式で調製されるが、細胞を維持するために使用される容積は以下の通りである：25mlフラスコあたり１mlのトリプシン、細胞を再懸濁するための28 mlの培養培地、７mlの培養培地を使用する。
【０３２４】
Chlamydiaによる細胞の感染
はじめに、Chlamydiaeを（-70℃で）冷凍した状態で１ミリリットルの容積の懸濁液として入手する。この調製物をゆっくりと解凍し、500μlを集めて、１mlの培地を含有する25ml細胞培養フラスコ中で上記のように得られるサブコンフルエント細胞に該細胞を覆うように接触させる。次いで、フラスコをマイクロタイタープレート用「スイング」ローター中2000 rpmで遠心分離する。ここで、遠心分離機は35℃の温度で維持されている。遠心分離後、２つのフラスコを35℃で６時間オーブン中に置く。次いで、シクロヘキシミド（１μg／ml）を含有する６mlの培養培地を添加し、該フラスコを35℃で保存する。48時間後、直接免疫蛍光法および細胞に対して引き起こされる細胞変性効果によって感染のレベルを評価する。
【０３２５】
直接免疫蛍光法
上記のように得られた感染された細胞から開始し、パスツールピペットを使って細胞のスメアを顕微鏡スライド上に置く。該細胞スメアをアセトンで10分間固定し、アセトンを排出させた後、フルオレセインイソチオシアネートで標識されたChlamydiaの MOMP（主要外膜タンパク質）に対するマウスモノクローナル抗体の30μlで該スメアを覆う。次いで、全体を37℃で湿式チャンバ内でインキュベートする。次いで、該スライドを水で濯ぎ、僅かに乾燥させ、次いで１滴のマウンティング培地をおいた後、読み取り前にカバーガラスをマウントする。読み取りは必要なフィルター（励起490 nm、放射520 nm）を備えた蛍光顕微鏡の援助により行われる。
【０３２６】
Chlamydia trachomatisの回収
上記のようにして行われる直接免疫蛍光法により感染を確認した後、滅菌キャビネット下で該培養フラスコを開け、ミリメートルのオーダーの直径を有する滅菌ガラスビーズを該フラスコに置く。該フラスコを閉め、次いで低部の細胞ローンを水平に維持しながら激しく撹拌し、該ガラスビーズが該細胞ローンに対して機械的に作用し得るようにする。このようにしてほとんどの細胞は取り外されるかまたは破壊される。撹拌の効果は、Chlamydiaの適切な有利が確実になるように光学顕微鏡下で観察される。
【０３２７】
細胞培養物の大規模感染
Chlamydiaの回収産物（培養培地および細胞破砕物）をピペットで集め、上記のようにして得られるサブコンフルエントＬ細胞を含有する３つの細胞培養フラスコに分配する。このようにして該細胞を接種し、穏やかな撹拌（スイング）条件下で35℃でオーブン中に置く。１時間後、該培養培地が３時間該細胞を覆うように、該フラスコをオーブン中で水平に保つ。次いで、アクチジオン（actydione）（1μ／ml）を含有する30 mlの培養培地をそれぞれのフラスコに添加する。次いで、該培養フラスコを35℃で48時間保存する。24時間後、このようにして感染された細胞を光学顕微鏡下で観察し、倒立顕微鏡下で認められる細胞質封入体の出現により細胞変性効果を評価する。48時間後、Chlamydiaeを含有する液胞は細胞の細胞質を占め、細胞の核を側方へ押す。この段階で、多くの細胞が自発的に破壊され、培養培地中に遊離の基本本体を残す。Chlamydiaeを上記のように回収し、-80℃で冷凍するかまたは別の伝播のために使用する。
【０３２８】
Chlamydiaの精製
-80℃で保存されたChlamydia回収産物を水浴中室温で解凍する。解凍後、それぞれのチューブを１分間激しく撹拌し、１分間超音波タンク（BRANSON 1200）に浸漬する。次いで、2000 rpmで５分間遠心分離する前に、該チューブを転倒により撹拌する。上清を注意深く除去し、冷温（氷）を保つ。上清を激しく撹拌し、次いで支持体（Nalgene）上に置かれた直径５ミクロンの孔を有するナイロンフィルターで濾過する。ここで該支持体は、ナイロンフィルターのもとでデリケートな減圧を確立するのを可能にする。それぞれの濾過について３つのナイロンフィルターを重ね合わせる。これらのフィルターは濾液が40 mlになる毎に取り替える。200ミリリットルの濾過産物を冷温に保ち、次いで転倒による撹拌後、10,000 rpmで90分間遠心分離し、上清を除去し、ペレットを10 mlの10 mM Tris中に取り出し、ボルテックスミキサーで激しく撹拌し、次いで10,000 rpmで90分間遠心分離する。上清を除去し、ペレットを緩衝液（20 mM Tris pH 8.0、50 mM KCl、５mM MgCl2）中に取り出し、これに800単位のDNAse I（Boehringer）を添加した。全体を37℃で1時間保った。次いで、１mlの0.5 M EDTAを添加し、全体をボルテックスミキサーで撹拌し、-20℃で凍結した。
【０３２９】
DNAの調製
上記で精製されたChlamydiaを解凍し、10 mlの最終容積でプロテイナーゼＫ（Boehringer）消化に供する。消化の条件は以下の通りである： 0.1 mg／mlプロテイナーゼＫ、0.1％SDS、55℃にて10分毎に撹拌。次いで、消化産物をフェノール-クロロホルムによる二重抽出に供し、2容積のエタノールを添加し、一端がかぎ状になっているパスツールピペットでDNAを直接回収する。DNAをチューブの端で乾燥させ、500μlの２mM Tris pH 7.5に再懸濁する。DNAはクローニングに使用する前に少なくとも24時間４℃で保存する。
【０３３０】
DNAのクローニング
沈殿後、260 nmで光学密度を測定することによってDNAを定量する。30μgのChlamydia DNAを10の1.5 mlチューブに分け、300μlの水に希釈する。それぞれのチューブをソニケーター（Unisonix XL2020）中で0.5秒間超音波を継続する10アプリケーションに供する。次いで、10チューブの内容物を集め、以下の様式でブタノール（Sigma B1888）による連続抽出で濃縮する：２容積のブタノールを希釈DNA混合物に添加する。撹拌後、全体を５分間2500 rpmで遠心分離し、ブタノールを除去する。水相が１ml未満になるまでこの操作を繰り返す。次いで、エタノールおよび0.5 M酢酸ナトリウム、pH 5.4の存在下でDNAを沈殿させ、次いで、30分間、15,000 rpm、冷温（４℃）で遠心分離する。ペレットを75％エタノールで洗浄し、５分間、15,000 rpmで遠心分離し、室温で乾燥させる。調製物の10分の１を0.8％アガロースゲル上で分析する。典型的に、このように分析されるDNAフラグメントのサイズは200〜8000塩基対である。
【０３３１】
得られたDNAのクローニングを可能にするために、末端を修復する。DNAを10μg／チューブの量で以下の反応媒体に分配する：100μlの最終容積、1H緩衝液（Biolabs 201L）、0.5μl BSA 0.05μmg／ml、0.1 mM dATM、0.1 mMの各dGTP、dCTPまたはdTTP、60,000 IUのT4 DNAポリメラーゼ。反応物を30分間16℃でインキュベートする。次いで、フェノール-クロロホルム抽出の前にそれぞれのチューブの内容物を集め、次いで、上記の水相を沈殿させる。この工程後、このう用にして調製されたDNAをリン酸化する。そのために、DNAをチューブあたり10μgの量でチューブに分配し、次いで50μlの最終容積、以下の様式で反応物を調製する：１mM ATP、1×キナーゼ緩衝液、10 IU T4ポリヌクレオチドキナーゼ（Biolabs 201L）。調製物を30分間37℃でインキュベートする。チューブの内容物を合わせ、そしてフェノール-クロロホルム抽出および次いでDNAを沈殿させるための沈殿を行った。次いで、該DNAを１μlの水に懸濁し、次いでDNAフラグメントをそれらのサイズにしたがって0.8％アガロースゲル（１×TAE）上で分離する。DNAを５Ｖ／cmの電解に供し、次いでUVテーブル上で可視化する。ゲルを切り出すことによって1200〜2000塩基対の範囲のサイズを有するフラグメントを選択する。このようにして単離されたゲルフラグメントをチューブ内に置き、次いで、該DNAを製造者によって提供される手順に従いQiaexキット（20021 Qiagen）で精製する。
【０３３２】
ベクターの調製
14μgのクローニングベクターpGEM-5Zf（Promega P2241）を150μlの最終容積に希釈し、製造者によって提供されるプロトコルに従い制限酵素EcoRV 300 IU（Biolabs 195S）による消化に供する。全体を37℃で150分に置き、次いで、５Ｖ／cmの電解に供された0.8％アガロースゲルのウェルに分配する。線状化されたベクターをUVテーブル上で可視化し、ゲルを切り出すことによって単離し、次いで製造者の推薦に従いQiaexキット（Qiagen 20021）で精製する。精製産物をチューブ内に集め、容積を測定し、次いで２分の１容積のフェノールを添加し、全体を１分間激しく撹拌する。２分の１容積のクロロホルム-イソアミルアルコール24：１を添加し、１分間激しく撹拌する。全体を15,000 rpmで５分間、４℃で遠心分離し、水相を取り出してチューブに移す。0.3 Ｍ酢酸ナトリウム、pH 5.4および３容積のエタノールの存在下でDNAを沈殿し、-20℃で１時間置く。次いで、DNAを15,000 rpmで30分間、４℃で遠心分離し、上清を除去してペレットを残し、70％エタノールで２回洗浄する。室温で乾燥後、DNAを25μlの水中に懸濁する。
【０３３３】
ベクターのリン酸化
先の工程で調製された25μlのベクターを、以下の反応混合物の500μlの最終容積に希釈する。
【０３３４】
修復後、DNAをフェノール-クロロホルム抽出および沈殿に供し、次いでペレットを10μlの水中に取り、260 nmで光学密度を測定することによってDNAを定量化する。定量化されたDNAを、制限酵素EcoRVによって調製し、そして脱リン酸化されたベクターPGEm-5Zf(+)（ベクターの調製を参照のこと）に連結する。ベクター分子の数と挿入分子の数との間の割合が異なる３つの条件下で連結反応を行う。典型的に、等モル、１：３の割合および３：１の割合を連結反応に使用し、さらに、以下の条件下で該反応を行う：ベクターPGEm-5Zf(+) 25ng、切断されたDNA、T4 DNAリガーゼ（Amersham E70042X）を有する最終容積20μlの連結反応緩衝液。次いで全体を１晩、冷蔵庫中に置き、次いで従来の様式でフェノール-クロロホルム抽出および沈殿を行う。ペレットを５μlの水中に取る。
【０３３５】
細菌の形質転換
細菌のプレート化
アンピシリン（50μg／ml）、Xgal（280μg／ml）［5-ブロモ-4-クロロ-インドリル-β-D-ガラクトピラノシド（Sigma B-4252）］、IPTG（140μg／ml）［イソプロピル-β-D-チオガラクトシド（Sigma I-6758）］を含有するLB寒天培地を含有するペトリ皿を使用し、50および100μlの細菌をそれぞれの連結反応のために置く。ペトリ皿をオーブン中で37℃で15〜16時間倒置する。白色コロニーおよびベクターのみを含有すると思われる青色コロニーを計数することによって「組換え」陽性クローンの数を評価する。
【０３３６】
「組換え」陽性クローンの評価：
94白色コロニーおよび２青色コロニーを滅菌コーン（cone）で集め、増幅技術を行うために設計されたプレートのウェルの底に置く。30μlの以下の反応混合物をそれぞれのウェルに添加する：1.7 mM MgCl2、0.2 mMのそれぞれのdATP、dCTP、dGTPおよびdTTP、クローニング部位のいずれか一方の側に隣接して挟み、収束様式（0.5μM RPおよびPUプライマー、１U TAQポリメラーゼ（GibcoBRL 18038-026））で該DNAの合成方向を決定する配列に対応する２つの合成オリゴヌクレオチド。
【０３３７】
このようにして調製されたコロニーを94℃の温度に５分間供し、次いで以下の工程から成る30の温度サイクルに供する：94℃40秒間、50℃30秒間、72℃180秒間。次いで、反応物を７分間72℃に保ち、次いで４℃に保つ。
【０３３８】
複製産物をアガロースゲル（0.8％）上に置き、臭化エチジウムで染色し、電気泳動に供し、次いで紫外線テーブル上で分析する。500塩基対を超えるサイズを有する増幅フラグメントの存在は挿入物の存在を示す。次いで、それらの挿入物の配列を研究するために、細菌のクローンを調製する。
【０３３９】
配列決定
上記で得られたクローンの挿入物の配列を決定するために、該挿入物に隣接して挟むベクターに対するプライマーを使用して１晩行われた細菌培養物に対するPCRによってこれらを増幅した。（それぞれの側において平均500塩基の）これらの挿入物の配列を、ABIプライムDNA配列決定分析ソフトウェア（バージョン2.1.2）を備えたABI 377配列決定機における自動化蛍光配列決定によって決定した。
【０３４０】
配列の分析
高収率ライン（図１）における配列決定によって得られた配列をデータベースに保存する。この部分の産物は配列のいずれの処置からも独立している。データベースから配列を抽出し、不適切な質の全ての領域、即ち配列上において95%を超える不確かさが認められる領域を回避する。抽出後、配列をプロセシングライン（その線図を図２に示す）に導入する。このプロセシングラインの第１の経路では、R. Staden由来のGap4ソフトフェア（Bonfieldら、1995）（OS UNIX/SUN Solaris）によって配列を組み立てる。このソフトフェアによって得られる結果は２つのファイルの形で保たれ、これらは以後の配列決定に使用される。これらのファイルのうち第１のファイルは、得られるそれぞれのコンティグの配列に関する情報を提供する。第２のファイルは全てのコンティグの組成および代表的コンティグに対するそれらの位置に関与する全てのクローンを表す。
【０３４１】
第２のプロセシング経路は、配列アセンブラー（TIGR-AsmgアセンブラーUNIX/SUN Solaris）を使用する。この第２のプロセッシング経路の結果をTIGR-Asmg形式のファイルの形で保存する。該ファイルは組み立てのために選択される配列間に存在する関係に関する情報を提供する。このアセンブラーは時々末端が数百塩基対を超えて重複するコンティグを結合することができない。
【０３４２】
これらの２つのアセンブラーから得られる結果をBLASTプログラムの援助によって比較する。一方の組み立て経路から誘導されるそれぞれのコンティグを他方の経路から誘導されるコンティグと比較する。
【０３４３】
２つのプロセシング経路のために、厳密な組み立てパラメータを適合する（95%相同性、30超位置（superposition）ヌクレオチド）。これらのパラメータにより、Chlamydia trachomatis由来のクローンから得られる配列と取り違えられる真核細胞由来の３〜５％のクローンが回避される。しかし、真核性物の配列は本プロジェクトの経過中は保存される。導入される方法については以下に記載するが、これは特にクローンを混入していることから誘導されるこれらの配列によって妨げられないように設計される。
【０３４４】
これらの2アセンブラーの結果は、本プロジェクトのために開発されたソフトウェアに所有される。このソフトウェアは、Windows NTのプラットホーム上で作動し、そしてSTADENソフトウェアから導入される結果および／またはTIGR-Asmgアセンブラーから誘導される結果をデータとして受け入れ、該ソフトフェアは、該データのプロセシング後、相互に比較したコンティグの近似関係および配向を示す組み立て地図（図３ａ）を決定する。この組立て地図を用いて、該ソフトウェアは該プロジェクトを終了するのに必要な全てのプライマーを決定する。この処置については以下に記載するが、該処置は、小サイズ化された配列が確立するコンティグとの関係により明らかに該プロジェクトに組み入れられる該小サイズ化された配列が混入（真核細胞のDNA（the DNA eukaryotic cells）による）することによって誘導される単離された配列を区別するという利点を有する。エラーの危険性を伴うことなく相互に比較したコンティグの配置およびは以降を可能にするために、「コンティグ化（contigation）」の結果から配列の名称「名前付け」の正確性の統計的評価を行う。この評価はそれぞれのクローンプレート、およびそれぞれのサブセットプレート、このプレートまたはこのプレートのサブセットから得られる配列の「名前付け」に存在しそうなエラーの割合に反比例する重み（weight）を示すことが可能である。エラーの割合が低いにもかかわらず、クローンおよび配列の生成の工程を通してエラーが発生し得る。これらの工程は数が多く、反復的であり、それらのほとんどは自動化されているが、その他はシークエンサーへの蓄積と同様に手動である。この型のエラーは、実際には存在しない（コンティグ間の）関係が生じるためにコンティグ間の定方向配列決定の試みが失敗することによってその後のデータのプロセシングに影響を及ぼす。２つの隣接するコンティグを分離する配列を得るためテンプレートとして作用する全てのクローンを決定することが可能となり得る組み立て地図の確立が可能であるのは、名前付けのエラーの評価が特に重要であるからである。親出願である米国出願第60/107077号（出願日1998年11月４日）の表２、仏国出願97-16034（出願日1997年12月７日）（これらのそれぞれはその全体を参照により本明細書に組み入れる）には、初期の操作中に初期に使用されるプライマーのクローンおよび配列が示されている。
【０３４５】
従来の生物学的手段によりクローンを順に並べ、次いで調製することから成る工程を回避するために、まだ配列決定されていない領域に対する外側および内側プライマーをソフトウェアによって規定する。このようにして決定されたプライマーは、PCRによって、決定されていない領域を含むテンプレートを調製することが可能である。いわゆる外側プライマー（決定しようとする領域から最も遠いプライマー）を使用して、このテンプレートを調製する。次いでテンプレートを調製し、そして２つの配列決定反応（ここでそれぞれの該配列決定反応では２つの内側プライマーのうち1つが使用される）の間に２つの鎖のうちそれぞれ対する配列を得る。このアプローチの使用を容易にするために、２つの外側プライマーおよび２つの内側プライマーを調製し、次いで４つの異なる96ウェルプレートの同じ位置に保存する。該外側プレートを含有する２つのプレートを使用して、テンプレートを調製するのに役立つPCRを実施する。これらのテンプレートはプレートのトフォグラフィーを保存しながら精製カラム上で精製する。一方のプレート上次いで内側プライマーを含有する他方のプレート上に設置されたプライマーを用いてそれぞれの配列を得る。この分布は該プロセスの極めて広範な自動化を可能にし、そしてまだ配列決定されていない領域を完成するために使用するのに簡単な方法をもたらす。米国出願第60/107077号（出願日1998年11月４日）の表３、仏国出願97-15041（出願日1997年11月28日）（これらのそれぞれはその全体を参照により本明細書に組み入れる）にはChlamydia trachomatisを完成するために使用されるプライマーの名称および配列が示されている。
【０３４６】
最後に、多くのコンティグは、接続クローンの関係によってコンティグ末端が他のいずれのコンティグ末端とも結合していない形状（図３ｂ）で存在する（接続クローンはコンティグ上で一方の配列末端およびもう１つのコンティグ上のその配列の他方の末端を有するクローンとして規定され、さらに、このクローンは、名前付けの品質が適切なプレートまたはプレートのサブセットから誘導されなければならない）。Chlamydia trachomatisプロジェクトでは、この特定の事例は37回生じた。共通配列の末端に対するDNAの合成を配向する２つの隣接するPCRプライマーを、共通配列のオーファン末端のそれぞれについて規定する。配列の末端に最も近いプライマーを内側プライマーと呼び、該配列の末端からより遠いプライマーを外側プライマーと呼ぶ。外側プライマーは、異なるコンティグのオーファン末端間の相互関係を探査するために使用される。１つのPCR産物および明らかに内側プライマーを使用してこの産物を増幅する可能性が存在すれば、コンティグ間における可能性のある関係を誘発される。ここで、該コンティグ上において増幅を可能にしたプライマーが設置される。この関係は配列決定によって確認され、共通配列のオーファン末端間の接続を可能にする。この方法によりChlamydia trachomatis染色体の完全な地図を得、そして該プロジェクトを完成することが可能である。
【０３４７】
質の制御
染色体の配列において確実性を有して決定されていない全ての配列に注目し、そして全染色体に対する不確実性の密度を測定した。不確実性が高い領域に注目し、そしてこれらの領域に渡るPCRプライマーについて記述したが、これらは米国出願第60/107077号（出願日1998年11月４日）の表４、仏国出願97-15041（出願日1997年11月28日）（これらのそれぞれはその全体を参照により本明細書に組み入れる）に示されている。
【０３４８】
データバンク
部分的に再編成を施した公知の主なバンクを使用した。使用したタンパク質のバンクは、Genpeptバンク（GenBankの自動化された翻訳、NCBI；Bensonら、1996）の重複を含まない融合物から成る。
【０３４９】
配列とタンパク質または核酸データバンクとの間の相同性を調査するための全BLASTソフトウェア（公知のドメイン、Altschulら、1990）を使用した。使用した有意性のレベルは、試験した領域の長さおよび複雑性ならびに対照バンクのサイズに依存する。それらを調整し、そしてそれぞれの分析に適応した。
【０３５０】
本発明の配列とタンパク質または核酸データバンクとの間の相同性を調査した結果を以下の表１にまとめて示す。
【０３５１】
表１：コード染色体領域ならびにこれらの領域と配列バンクとの間の相同性のリスト
表１の説明：GenMarkソフトウェア（バージョン2.３A（GenePro））によりオープンリーディングフレームを同定する。使用したテンプレートは、12ヌクレオチドのウィンドウおよび0.5の最小シグナルを有する196ヌクレオチドの長さにおいてオーダー4のChlamydia trachomatisである。ORF2から開始して染色体の出現順に従い、これらのリーディングフレームに番号を付す（ORFのカラム）。次いで、初めおよび終わりの位置をカラム２（位置）に示す。初めの位置が終わりの位置より大きい場合、これは、領域が配列番号１の配列に示された配列に相補的な鎖によってコードされることを意味する。
【０３５２】
全ての推定産物を、パラメータとして、（配列番号２〜配列番号1076に対する）10-5で予想されるＥセット値および（配列番号1077〜配列番号1197に対する）ｅ-10でのＰ値を除くデフォルトパラメータを有するGENPEPT（BLASTpソフトウェア（Altschulら、1990）により配列番号２〜配列番号1076に対して103を放出し、そして配列番号1077〜配列番号1197に対して108を放出する）における相同性のための調査に共した。続いて、30％を超える同一性（Ｉ％カラム）のみについて考慮した。ほとんどの相同性配列の説明を相同性カラムに示す。後者の配列に対する鑑定物をIDのカラムに示し、そしてこの配列が属する動物種を種のカラムに示す。相同性のそれぞれの領域に対するブラストスコア（blast score）の合計によって相同性スコアを評価し、スコアのカラムに示す。表１はまた、以下に規定されるようなさらなるORF検出プログラム由来のデータを表す。
【０３５３】
材料および方法：膜貫通ドメイン
著者ら（Cserzoら、1997）が薦める通りDASソフトウェアを使用した。本方法では、膜貫通ドメインを予測するために、選択されるタンパク質のサンプルから誘導されるテンプレートを使用する。プログラムによって1.5を超える「カットオフ値」が見出された全ての領域について考慮した。
【０３５４】
さらなるORF検出プログラム
本分析のために、２つのさらなるORF検出プログラム（Glimmer（Salzberg, S.L.、Delcher, A.、Kasif, S.、およびW. White.、1998。改訂されたMarkovモデルを使用する微生物遺伝子の同定。Nucleic Acids Res. 26:544-548）、および所内で作製されたプログラム）を使用して、最小の長さが74アミノ酸の潜在的オープンリーディングフレームを予測した。所内プログラムでは、極めて簡単な調査プログラムを使用した。該分析では、ゲノムDNA配列のテキストが5'から3'の方向にあり、ゲノムが環状であること、そしてTAA、TAG、およびTGAが終止コドンであることが必要である。調査パラメータは以下の通りである：
（１）GTGコドンから始まるORFの調査を行った。GTGコドンが認められない場合は、ATGコドンについての調査を行った。しかし、GTGコドンが認められた場合は、ATGコドンについて下流の調査を行った。全ての開始および終止位置を記録した。
（２）TTGコドンから始まるORFの調査を行った。TTGコドンが認められない場合は、ATGコドンについての調査を行った。しかし、TTGコドンが認められた場合は、ATGコドンについて下流の調査を行った。全ての開始および終止位置を記録した。
（３）工程１および２に記載の分析をDNA配列の対向鎖について繰り返した。
（４）同じリーディングフレームにおける開始および終止位置を使用して全てのORFの長さを決定するORFについての調査を行った。
（５）DNAの長さが225ヌクレオチド未満である全てのORFを該調査から排除した。
【０３５５】
表面露出タンパク質の調査基準
潜在的な細胞表面ワクチン標的物は、タンパク質、リポタンパク質、付着物および他の非組込みタンパク質などの外膜タンパク質である。Chlamydia pstittaciでは、主な免疫原は推定外膜タンパク質（POMP）の群であり、従来の分析（Longbottom, D.、Russell, M.、Dunbar, S.M.、Jones, G.E.、およびA.J. Herring、1998、ヒツジにおいて流産を引き起こすChlamydia psittaciサブタイプ由来の90キロダルトンエンベロープタンパク質の高度免疫原クラスターをコードする遺伝子の分子クローニングおよび特徴付け。Infect Immun 66:1317-1324）では、Chlamydia trachomatisとChlamydia trachomatisとの間に相同性は認められていない。しかし、以下に記載の基準を利用して、外膜タンパク質をコードするいくつかのORFをChlamydia trachomatisにおいて同定した。これらの全てがワクチン候補を表し得る。以下の基準のいずれか１つに適合する任意のORFは表面露出タンパク質をコードするとみなした。
【０３５６】
Blastp 2.0ツール（Altschul, S.F.、Madden, T.L.、Schaffer, A.A.、Zhang, J.、Zhang, Z.、Miller, W.、およびD.J. Lipman. 1997。ギャップかされた（Gapped）BLASTおよびPSI-BLAST：新世代のタンパク質データベース調査プログラム。Nucleic Acids Res. 25:3389-3402）を使用して、翻訳されたORFのタンパク質相同性調査を行った。翻訳されたORFが既知、または仮定、または推定表面露出タンパク質にｅ-10未満のＰスコアで相同性を有する場合、該ORFを表面露出と標識した。
【０３５７】
分泌経路によって細菌の膜に局在するタンパク質は、全てではないがほとんどの場合シグナルペプチドを含有する。ソフトウェアプログラムSignalPを使用して、そのようなシグナルペプチド（Nielsen, H.、Engelbrecht. J.、Brunak, S.、およびG. von Heijne. 1997。原核生物および真核生物のシグナルペプチドおよびそれらの切断部位の予測。Protein Engineering 10:1-6.）に対するORFのアミノ酸配列を分析した。それぞれのORFの最初のＮ末端アミノ酸を、グラム陰性ソフトウェアデータベースを使用してSignalPにより分析した。出力値は、４つの個別の値、最大Ｃ、最大Ｙ、最大Ｓ、および平均Ｓを生じる。Ｓスコア、またはシグナル領域は、シグナルペプチドが属する位置の確率である。Ｃスコア、または切断部位は、成熟タンパク質において第１にある位置の確率である。Ｙスコアは、Ｃスコアのゲノム平均およびＳスコアの均しくされた派生体である。それぞれのスコアの隣にありまたはなしの結論を示す。４つの全ての結論がありで、かつＣ末端アミノ酸がフェニルアラニン（Ｆ）またはチロシン（Ｙ）のいずれかである場合、ORFを外膜と標識した（Struyve, M.、Moons, M.、およびJ. Tommassen. 1991。カルボキシ末端のフェニルアラニンは細菌外膜タンパク質の正確な組み立てに必須である。J. Mol. Biol. 218:141-148）。
【０３５８】
Psortと呼ばれるプログラムを使用して、そのシグナル配列、膜貫通セグメントの認識、およびそのアミノ酸組成に基づくタンパク質の局在化を決定した（Nakai, K.、およびM. Kanehisa、1991。グラム陰性菌におけるタンパク質の局在を予測するための専門システムProteins 11:95-110）。出力データより0.5以上の確実値でORFが外膜と予測され、該値が次に予測される局在化された確実値の少なくとも２倍の大きさである場合、該ORFを外膜タンパク質とみなす。
【０３５９】
最後に、上記の基準に基づき外膜または表面露出であると予測されたORFをさらに分析した。既知の細胞表面露出タンパク質を示唆する様々な一般的および特定のキーワードを使用して、これらのORFに関するBlastp出力データを調査した。一致するキーワードがｅ-10未満のＰスコアでBlastpヒットを有し、他を示す良好なデータがない場合、ORFを表面露出と標識する。以下は調査されたキーワードのリストである：
Adhesion        Adhesin        Invasin
Invasion          Extension    Omp
Outer Surface    Porin          Outer Membrane
Cell Surface      Cell Wall      Pilin
Flagellar sheath  Cir            ChuA
CopB            ExeD          FadL
FecA            FepA          FhuA
FmdC            FomA        FrpB
GspD            HemR        HgbA
Hgp            HmbR          HmuR
HMW            HrcC          Hrp
InvG            LamB          LbpA
LcrQ            Lmp1          MxiD
MOMP          PilE            HpaA
NolW            NspA          OpcP
OpnP            Opr            OspA
PhoE            PldA            Por
PscC            PulD            PupA
QuiX            RafY            ScrY
SepC            ShuA            SomA
SpiA            Tbp1            Yop
YscC            mip            Tol
Pilus            BtuB
上記の調査基準に基づく外膜タンパク質の最小要件に適合せず、Chlamydia pneumoniaeにおいて同定された外膜に相同であったそれらのORFを含めた。上記の調査基準を用いてChlamydia pneumoniaeのゲノム（仏国特許出願第97-14673号（出願日1997年11月21日））を分析し、多くの外膜ORFを同定した。次いで、Blastpを用い、Chlamydia trachomatisゲノムに対してChlamydia pneumoniae ORFを試験した。他を示す良好なデータがない場合、Chlamydia pneumoniaeに対してｅ-10未満のBlastpＰ値を有する任意のChlamydia trachomatis ORFをこのセクションに含めた。推定表面露出タンパク質をコードするChlamydia trachomatisゲノムにおけるORFのリストについては、本明細書において上述している。
【０３６０】
Chlamydia trachomatisのゲノムにおける推定リポタンパク質の同定
リポタンパク質は、最も豊富な翻訳後修飾細菌分泌タンパク質である（Pugsley, A. P.、1993。グラム陰性菌における完全な一般的分泌経路。Microbiol. Rev. 57:50-108）。リポタンパク質の特徴は、チオール結合型ジアシルグリセリドおよびシグナルペプチダーゼIIによるシグナルペプチド切断後にアミノ末端残基となるシステイン上のアミン結合型モノアシル基である（Pugsley, A. P.、1993。グラム陰性菌における完全な一般的分泌経路。Microbiol. Rev. 57:50-108）。プロリポタンパク質の修飾およびプロセシング反応に対する共通配列に類似のシグナルペプチダーゼII切断部位を有するシグナルペプチドの存在について、同定されたORFの予想されたアミノ酸配列を調べることによりChlamydia trachomatisのゲノム配列決定から推定リポタンパク質を同定した（Hayashi, S.、およびH. C. Wu、1992。細菌における脂質修飾タンパク質の同定および特徴付け、261〜285頁。N. M. HooperおよびA. J. Turner （編）Lipid modification of proteins：A practical approach. Oxford University Press, New York；Sutcliffe, I. C.およびR. R. B. Russell.、1995。グラム陽性菌のリポタンパク質。J. Bacteriol. 177:1123-1128）。
【０３６１】
はじめに、最も基本的なリポタンパク質の特徴、予想されたタンパク質の最初の30アミノ酸におけるシステインを対象に、Chlamydia trachomatis ORFの予想されたアミノ酸配列をスクリーニングした。最初の30アミノ酸の直接分析のために、標準的な開始コドン（ATG、GTG、またはTTG）を伴い１以上の以下の特徴を有するORFを選択した：
（ａ）有意なシグナルＰ値（４つの値のうち少なくとも２つがある）。
（ｂ）膜通過（IM-内膜、ペリプラズム、またはOM-外膜）を示すPSORT値。
（ｃ）ORF Blastpデータ組間の用語リポタンパク質の同定。
（ｄ）Chlamydia pneumoniae由来の推定リポタンパク質によるｅ-10未満のBlastp値（仏国出願第97-14673号（出願日1997年11月21日））。
【０３６２】
リポタンパク質において共通に見出される特徴について、この組のそれぞれのORFによってコードされる最初の30アミノ酸を分析した（Pugsley, A. P.、1993。グラム陰性菌における完全な一般的分泌経路。Microbiol. Rev. 57:50-108；Hayashi, S.およびH. C. Wu、1992。細菌における脂質修飾タンパク質の同定および特徴付け、261〜285頁。N. M. HooperおよびA. J. Turner（編）Lipid modification of proteins：A practical approach. Oxford University Press, New York；Sutcliffe, I. C.およびR. R. B. Russell、1995。グラム陽性菌のリポタンパク質。J. Bacteriol. 177:1123-1128）。推定リポタンパク質はアミノ酸10〜30の間にシステインを有し、リポタンパク質シグナルペプチドについての以下の基準に基づく３つのうち最小のスコアに達する必要があった：
（ａ）共通シグナルペプチダーゼII切断部位の一部であるシステイン周辺の特定の位置の特定のアミノ酸の同定（Hayashi, S.およびH. C. Wu、1992。細菌における脂質修飾タンパク質の同定および特徴付け、261〜285頁。N. M. HooperおよびA. J. Turner（編）Lipid modification of proteins：A practical approach. Oxford University Press, New York；Sutcliffe, I. C.およびR. R. B. Russell、1995。グラム陽性菌のリポタンパク質。J. Bacteriol. 177:1123-1128）。切断部位の同定は、推定リポタンパク質を同定するのに最も重要な要因であるため、それぞれ正確に位置付けされたアミノ酸は３つのうち最小スコアに達するのに寄与した。
（ｂ）切断部位の前のアラニンおよびロイシンが豊富な疎水領域（Pugsley, A. P.、1993。グラム陰性菌における完全な一般的分泌経路。Microbiol. Rev. 57:50-108）は３つのうち最小スコアに達するのに寄与した。
（ｃ）１以上の親水性アミノ酸、通常Ｎ末端のメチオニンに続くリジンまたはアルギニンの短いストレッチ（Pugsley, A. P.、1993。グラム陰性菌における完全な一般的分泌経路。Microbiol. Rev. 57:50-108）は３つのうち最小スコアに達するのに寄与した。
【０３６３】
推定リポタンパク質をコードするChlamydia trachomatisゲノムのORFのリストについては、本明細書において上述している。
【０３６４】
Chlamydia trachomatis のLPS関連ORF
リポポリ多糖（LPS）は、Chlamydia細胞の重要な主要表面抗原である。in vitroおよびin vivoの両方でChlamydia pneumoniaeの感染力を中和することができるChlamydia pneumoniaeのLSPに対するモノクローナル抗体（Mab）が同定されている。Chlamydia trachomatisのLPSに対するモノクローナル抗体を利用して、同様の結果が予想される。LPSは、リピドＡおよびコアオリゴ糖タンパク質から成り、そして粗型（R-LPS）の表現型を示す（Lukacova, M.、Baumann, M.、Brade, L.、Mamat, U.、Brade, H、1994。Chlamydia属の細菌におけるリポ多糖平滑-粗相変異。Infect. Immun. June 62(6):2270-2276）。リピドＡ成分は外膜においてLPSを足場形成するように作用する脂肪酸から成る。コア成分は糖および3-デオキシ-D-マンノ-オクツロン酸（KDO）の三糖などの糖誘導体を含有する（Reeves, P.R.、Hobbs, M.、Valvano, M.A.、Skurnik, M.、Whitfield, C.、Coplin, D.、Kido, N.、Klena, J.、Maskell, D.、Raetz, C.R.H.、Rick, P.D、1996。Bacterial Polysaccharide Synthesis and Gene Nomenclature 、10071〜10078頁、Elsevier Science Ltd.）KDO遺伝子産物は多機能性グリコトランスフェラーゼであり、そしてChlamydia間で共有されるエピトープを表す。LPS生合成の概説については、例えば、Schnaitman, C.A.、Klena, J.D.、1993。腸内細菌におけるリポポリ多糖生合成の遺伝学。Microbiol. Rev. 57:655-682を参照のこと。
【０３６５】
ORF Blastpのテキスト調査では、ｅ-10未満のＰスコアを有するChlamydia LPS産物に関与する同定されたいくつかの遺伝子が得られる。テキスト調査では、以下の重要用語：KDO、CPS（カプセル多糖生合成）、カプセル、LPS、rfa、rfb、rfc、rfe、rha、rhl、コア、エピメラーゼ、イソメラーゼ、トランスフェラーゼ、ピロホスホリラーゼ、ホスファターゼ、アルドラーゼ、ヘプトース、マンノ、グルコース、lpxB、フィブロネクチン、フィブリノーゲン、フコシルトランスフェラーゼ、lic、lgt、pgm、tolC、rol、ChoP、ホスホリルコリン、waaF、PGL-Tb1を使用した。LPS生合成に関与する推定ポリペプチドをコードするChlamydia trachomatisゲノムのORFのリストについては、本明細書において上述している。
【０３６６】
III型および他の分泌型産物
III型の分泌によりグラム陰性細菌は病原性タンパク質を親核生物宿主細胞の細胞質ゾルに分泌および注入することができる（Hueck, C. J.、1998。動物および植物の細菌性病原体におけるIII型タンパク質分泌系。Microbiology and Molecular Biology Reviews. 62:379-433）。これらの分泌型因子はしばしば、真核生物のシグナル形質導入因子に類似しており、これにより細菌は宿主細胞の機能を切り換えることができる（Lee, C.A.、1997。III型分泌系：細菌タンパク質を親核細胞に送達するための機構？Trends Microbiol. 5:148-156）。それにもかかわらず、正常な細胞機能を崩壊する試みにおいて、宿主の細胞質ゾルに注入されたChlamydia病原性因子は細胞質の構成要素として主要組織適合複合体（MHCクラスＩ）に関連してプロセシングされ、提示される。例えば、これらの病原性タンパク質はMHCクラスＩ抗原を提示し、細胞性免疫に重要な役割を果たす。また、ワクチン成分として役割を果たし得る分泌型非III型産物もこの組に含まれる。
【０３６７】
ORF Blastpのテキスト調査では、ｅ-10未満のＰスコアを有するChlamydia trachomatisタンパク質の分泌に関与する同定された遺伝子が得られる。テキスト調査では、表面局在型または分泌型産物を同定する努力におけるテキスト調査において、以下の重要用語：Yop、Lcr、Ypk、Exo、Pcr、Pop、Ipa、Vir、Ssp、Spt、Esp、Tir、Hrp、Mxi、溶血素、毒素、IgAプロテアーゼ、細胞溶解素、tox、hap、分泌型およびMipを使用した。
【０３６８】
上記のキーワード調査基準に適合しないが、該調査基準に適合するChlamydia pneumoniaeにおいて相同物を有するChlamydia trachomatis ORFも本明細書に含まれる。上記の調査基準を用いてChlamydia pneumoniaeのゲノム（仏国特許出願第97-14673号（出願日1997年11月21日））を分析し、多くのORFを同定した。Blastpを用い、Chlamydia trachomatisゲノムに対してChlamydia pneumoniae ORFを試験した。Chlamydia pneumoniae相同物に対してBlastpＰ値＜ｅ-10を示す任意のChlamydia trachomatis ORFを含めた。推定表面タンパク質をコードするChlamydia trachomatisゲノムにおけるORFのリストについては、本明細書において上述している。
【０３６９】
Chlamydia trachomatis RGD認識配列
Arg-Gly-Asp（RGD）付着部位を含有するタンパク質は、それらのレポーターとして作用するインテグリンと共に、細胞付着のための主な認識系を構成する。RGD配列は多くの付着細胞マトリクス、血液、および細胞表面タンパク質の細胞付着部位であり、そして公知のインテグリンの半数近くは、それらの付着タンパク質リガンドのこの配列を認識する。アデノウイルスのペントンタンパク質、コクサッキーウイルス、口蹄疫ウイルスおよびペルタクチン（pertactin）、微生物が細胞表面上のインテグリンに結合し、そして細胞に侵入する際に介するリガンドとして作用するBordetella pertussisの69 kDa（キロダルトン）の表面タンパク質などの微生物タンパク質を含有する多くのRGDが存在する。以下のものが、微生物の接着におけるRGDの重要性を支持する証拠を提供する：
ａ）アデノウイルス塩基性タンパク質は細胞を丸くする活性（cell rounding activity）を有し、そしてペントン塩基性がE. coliで発現された場合、それは細胞を丸くし、そして細胞はタンパク質で被覆されたポリスチレンウェルに付着した。RGD配列のアミノ酸置換を有するウイルス変異体は、HeLa S3細胞にそれほど付着せず、ウイルスの生殖でも遅れた（Bai, M.、Harfe, B.、およびFreimuth, P.、1993.アデノウイルス2型ペントン塩基性タンパク質のRGD配列を変更する変異は細胞を丸くする活性を廃止し、扁平細胞におけるウイルスの生殖を遅らせる。J. Virol. 67:5198-5205）。
ｂ）コクサッキーウイルスA9のGMK細胞への付着および侵入はキャプシドタンパク質VP1のRGDモチーフに依存したことが明らかにされている。またVP1は、ビトロネクチン受容体であるαＶβ３インテグリンに結合することが明らかにされている（Roivainen, M.、Piirainen, L.、Hovi, T.、Virtanen, I.、Riikonen, T.、Heino, J.、およびHyypia, T.、1994。コクサッキーウイルスA9の宿主細胞への侵入：Specific Interactions with αvβ3 Integrin, the Vitronectin Receptor Virology, 203:357-65）。
ｃ）百日咳の経過中に、Bordetella pertussisは肺胞マクロファージおよび気道上皮上の他の白血球と相互作用する。全細菌が２つのタンパク質、線維状赤血球凝集素（FHA）および百日咳毒素によって付着する。FHAはマクロファージ上の２つのクラスの分子、ガラクトース含有複合糖質およびインテグリンCR3と相互作用する。CR3とFHAとの間の相互作用はFHAの1097〜1099位のRGD配列の認識に関与する（Relman, D.、Tuomanen, E.、Falkow, S.、Golenbock, D. T.、Saukkonen, K.、およびWright,  S. D.「インテグリンによる細菌接着の認識：マクロファージCR3はBordetella pertussisの線維状赤血球凝集素に結合する」Cell, 61:1375-1382 (1990)）。
ｄ）ペルタクチンはBordetella pertussisの69 kDaの外膜タンパク質であり、チャイニーズハムスター卵巣細胞（CHO）の付着を促進することが明らかにされている。この付着は、CHO細胞上のインテグリンによるペルタクチンのRGD配列の認識によって媒介され、そしてペルタクチンのRGDに相同なペプチドを含有する合成RGDによって阻害され得る（Leininger, E.、Roberts, M.、Kenimer, J. G.、Charles, I. G.、Fairweather, N.、Novotny, P.、およびBrennan, M. J.、1991。哺乳動物細胞の付着を促進するペルタクチン、およびArg-Gly-Asp含有Bordetella pertussis表面タンパク質。Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:345-349）。
ｅ）RGD配列は口蹄疫ウイルス（FMDV）のVP1タンパク質において高度に保存されている。FMDVのハムスター新生仔腎臓細胞（BHK）への付着はRGD配列によるVP1タンパク質によって媒介されることが明らかにされている。VP1のRGD配列に対する抗体はBHK細胞へのウイルスの付着を阻止した（Fox, G.、Parry, N. R.、Barnett, P. V.、McGinn, B.、Rowland, D. J.、およびBrown, F.、1989。口蹄疫ウイルス上の細胞付着部位はアミノ酸配列RGD（アルギニン-グリシン-アスパラギン酸）を含む。J. Gen. Virol., 70:625-637）。
【０３７０】
細菌の付着は細菌付着RGD配列とインテグリンとの相互作用に基づき得、そして細菌の付着は真核生物の細胞外マトリックスタンパク質の複数の結合部位特性を有し得ることが実証されている。RGD認識は、親核細胞に進入するために微生物が使用する重要な機構の1つである。
【０３７１】
Chlamydia trachomatisゲノムの全推定タンパク質配列をRGD配列の存在について調査した。１以上のRGD配列を有するORFが合計で38存在した。RGDを含有する全てのタンパク質が細胞付着を媒介する訳ではない。RGD配列の直ぐ後にプロリンを有するRGD含有ペプチドは、細胞付着アッセイにおいて不活性である（PierschbacherおよびRuoslahti、1987。細胞付着の結合特異性に対する配列Arg-Gly-Asp-Xaaの立体化学の影響。J. Biol. Chem. 262:17294-98）。RGD配列の後のアミノ酸としてプロリンを有するRGDを有するORFはリストから除外した。また、RGD配列はタンパク質の表面で利用可能でなくてもよく、またはインテグリンの結合に適合しない場合に存在してもよい。RGD認識配列を有するポリペプチドをコードするChlamydia trachomatisゲノムのORFにリストについては、本明細書において上述している。
【０３７２】
非Chlamydia pneumoniae ORF
Blastpを使用して、Chlamydia trachomatis ORFをChlamydia pneumoniaeゲノムのORF（仏国特許出願第97-14673号（出願日1997年11月21日））と比較した。Chlamydia pneumoniae ORFに対してｅ-10を超える（即ち、＞ｅ-10）Blastp「Ｐ」値を有する任意のChlamydia trachomatis ORFををこのセクションに含めた。Chlamydia pneumoniae中に見出されないChlamydia trachomatisゲノムにおけるORFのリストについては本明細書において上述している。
【０３７３】
細胞壁足場表面ORF
多くの表面タンパク質は、保存されたLPXTGモチーフによりグラム陽性細菌の細胞壁に足場形成する（Schneewind, O.、Fowler, A.、およびFaull, K.F.、1995。Staphylococcus aureusにおける表面タンパク質の細胞壁足場の構造。Science 268:103-106）。LPXTGを使用して、Chlamydia trachomatis ORFによってコードされるタンパク質の調査を行った。細胞壁に足場形成するポリペプチドをコードするChlamydia trachomatisゲノムにおけるORFのリストについては本明細書において上述している。
【０３７４】
ECACCへの寄託
Chlamydia trachomatisのサンプルを、1998年11月26日付けでヨーロピアンコレクションオブセルカルチャー（ECACC）、Salisbury, Wiltshire SP4 OJG, UKへ寄託し、仮受託番号98112618を割り当てられた。細胞を成長させ、回収し、そして精製することができ、上記のようにDNAを調製することができる。染色体の特定のフラグメントの回収を可能にするために、当業者に公知の標準的手順に従って標的化されたPCR反応を行うことができ、次いでその増幅産物の配列を決定しおよび／または任意の適切なベクターにクローニングすることができる。
【０３７５】
さらに、Chlamydia trachomatisのゲノムを含むクローンのプールを1998年11月26日付でECACCに寄託し、仮受託番号98112617を割り当てられた。該クローンのプールは、共に取得する場合10を僅かに超える重複度を有する染色体全体を含む一連のクローンを含有する。サンプル中のクローンの合計数は13,572である。
【０３７６】
表４は、当業者に公知の標準的手順に従ってORF 2〜1197のそれぞれを増幅するために使用されるオリゴヌクレオチドの群を列挙している。そのようなオリゴヌクレオチドは配列番号1198〜5981として列挙している。それぞれのORFについて、以下のものを列挙している：ORFの初めより2,000 bp上流に位置する１つの前方向プライマー；ORFの初めより200 bp上流に位置する１つの前方向プライマー；ORFの終わりより2,000 bp下流にある１つの逆方向プライマーであって、相補鎖上のORFの末端部位より2,000 bp上流にあるプライマー；およびORFの終わりより200 bp下流にある１つの逆方向プライマーであって、相補鎖上のORFの終了部位より200 bp上流にあるプライマー。プライマーについて対応する配列番号を表４に列挙しているが、ここでFpは近位の前方向プライマーであり、Fbは遠位の前方向プライマーであり、Bpは近位の逆方向プライマーであり、Bdは遠位の逆方向プライマーである。配列番号１のヌクレオチド配列におけるこれらのそれぞれのプライマーの5'末端の位置を表５に示す。
【０３７７】
本明細書に記載の特定の実施態様は本発明の個々の局面を単に例示として表すことを目的としており、本発明を限定するものではない。また機能的に等価な方法および成分は本発明の範囲内にある。実際に、本発明の様々な改変、さらに本発明において示され記載されている改変は、上記の説明および添付の図面から当業者には明らかであろう。そのような改変も添付の請求の範囲内にあることが意図される。
【０３７８】
本明細書に記載のすべての出版物および特許出願は、あたかもそれぞれの個々の出版物または特許出願が参考として組み入れるように具体的かつ個別に示唆されているかのごとく同程度に、本明細書に参考として組み入れる。
【０３７９】
【表１】
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【０３８０】
【表２】
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【０３８１】
【表４】
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【０３８２】
【表５】
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【０３８３】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【配列表】
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