(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法であって、被験物質が標的タンパク質Ｙの機能を調節し得るか否かを評価することを含み、
以下の工程（ａ）〜（ｃ）：
（ａ）溶液中で、被験物質、生理活性物質Ｘを標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程；
を含み、
生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、
（ａ１）セファクロールと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；または
（ａ２）ウベニメックスと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ
である、方法。
【請求項２】
生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、セファクロールと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せである、請求項１記載の方法。
【請求項３】
生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、ウベニメックスと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せである、請求項１記載の方法。
【請求項４】
標的タンパク質Ｙに関連する機能を調節し得る物質のスクリーニング方法であって、被験物質が標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する生理活性物質Ｘの結合能を調節し得るか否かを評価することを含み、
以下の工程（ａ）〜（ｃ）：
（ａ）溶液中で、被験物質、生理活性物質Ｘを標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程；
を含み、
標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、
（ｂ１）配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロール、ウベニメックスまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せ
である、方法。
【請求項５】
標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロールまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せである、請求項４記載の方法。
【請求項６】
標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、ウベニメックスまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せである、請求項４記載の方法。
【請求項７】
キットであって、以下（ｉ）、（ｉｉ）：
（ｉ）生理活性物質Ｘまたはその塩；
（ｉｉ）標的タンパク質Ｙ、該タンパク質をコードする核酸、該核酸を含む発現ベクター、あるいは標的タンパク質Ｙをコードする遺伝子を発現可能な細胞；
を含み、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、
（ａ１）セファクロールと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ２）ウベニメックスと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ｂ１）配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロール、ウベニメックスまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せ；
のいずれかである、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】  本発明は、生理活性物質の開発、例えば創薬に有用な標的タンパク質および標的遺伝子；生理活性物質のスクリーニング方法および該スクリーニング方法により得られる物質；生理活性の調節剤；生理活性物質の誘導体および該誘導体の製造方法；ならびに生理活性物質とその標的タンパク質とを含む複合体および当該複合体の製造方法などに関する。
【背景技術】  従来、新薬開発研究は極めて成功率の低いものであり、約１００個の研究プロジェクトのうち上市にまで至るものは１〜２個にすぎない（Ｄ．Ｂｒｏｗｎ  ａｎｄ  Ｇ．Ｓｕｐｅｒｔｉ−Ｆｕｒｇａ，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ，Ｄｅｃ，２００３）。これは多くの場合、開発候補化合物の経済性、安全性あるいは効能のいずれかに問題が生じ、開発が中止されてしまうことによる（Ｄｉｍａｓｉ，Ｃｌｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ，６９，２９７−３０７，２００１）。
製薬企業は売上高の１０〜２０％を研究開発費に費やしており、研究開発費の効率的な運用が企業の競争力を確保するために極めて重要である。さらに研究開発費の約８０％が開発段階における高コストの臨床試験に費やされるため、開発段階に移行する前の初期段階で適切な候補化合物の選択を行うことが最も重要であるといえる。
一方、近年、世界的なレベルで様々な生物のゲノム配列の解明とその解析が進められており、特にヒトのゲノムについては世界的な協力体制のもとでその解析が進められて、２００３年４月に全配列解析の終了が宣言された。全ゲノム配列が解明されたことにより、全ての遺伝子の機能や制御、あるいは遺伝子間、タンパク質間、細胞間さらには個体間における相互作用のネットワークとして複雑な生命現象を解析することが可能になりつつある。このようなゲノム情報は単に学術分野における重要性のみならず、医薬品開発等の各種産業にも大きな変革をもたらしている。
例えば、これまでに汎用されてきた医薬品の標的タンパク質は約４８０種であり、また、それら標的タンパク質は、膜受容体、酵素、イオンチャネル、あるいは核内受容体等に限定されることが報告されている（Ｊ．Ｄｒｅｗｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１９６０−１９６４，２０００）。これに対して、ゲノム情報に基づく標的タンパク質探索が行われることによって、従来の標的タンパク質の範疇に属さない新規タンパク質も含め、極めて多数の標的タンパク質が次々と見出され、その総数は約１，５００種類になるのではないかと予想されている（Ａ．Ｌ．Ｈｏｐｋｉｎｓ  ＆  Ｃ．Ｒ．Ｇｒｏｏｍ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ；Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，１，７２７−７３０，２００２）。
しかし、ゲノム情報のような大量のデータに対応するためのインフラ整備と、臨床開発費用の高騰等によって、製薬企業の研究開発費はますます増大しているにも関わらず、新薬の承認数はむしろ減少する傾向にある（Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ；Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｆｅｂ，２００３）。これは、上記のようなゲノム情報の活用が実際には効率的に行われていないことを示している。
これらの状況を解決するための手段として、永島らは「医療および他の用途に用いる化合物の発見および創製のための方法、システム、装置、および機器」を発明し、特許出願した（特表２００４−５０９４０６号公報）。
この出願では、化合物とタンパク質との相互作用を評価するために有用でありかつ医療および他の分野における化合物の発見を目的とするそのような評価の結果として生ずる情報を利用するために有用な方法、システム、データベース、ユーザーインターフェース、ソフトウェア、媒体、およびサービスが開示されており、さらに創薬のための新規標的タンパク質の非常に大きなプール、新規薬物を設計するための新規な方法および治療的な目的のための従前には思いもよらない仮想的に合成された低分子のプールを生成することをめざした。
詳細には、この出願には、以下の工程を含む、新規の創薬標的として適当であるタンパク質または部分タンパク質を同定する方法：
（ｉ）選択された標的化合物に対して所望の親和性および特異性をもつ複数のタンパク質または部分タンパク質を選択する工程；
（ｉｉ）該タンパク質または該部分タンパク質の構造および機能を特定する工程；および
（ｉｉｉ）所望の機能をもつ単一タンパク質または単一部分タンパク質を選択する工程
であり、また、以下の段階を含む、薬物の発見方法：
（ｉ）上記の方法を用いて選択された該標的化合物の化学構造を検討する工程；および
（ｉｉ）選択された該標的化合物の構造を化学的に修飾して、新規の薬物標的として適当である該タンパク質または該部分タンパク質に対して、修飾された化合物の親和性および特異性を最適化する工程
が開示されていた。
さらにここで開示された方法の特徴は、選択された該標的化合物が医療用として承認されたものであることであった。
従来、使用されてきた医薬品には、その標的タンパク質が知られていないもの、あるいは標的タンパク質が知られていても、そのタンパク質を介したメカニズムでは、その医薬品の薬効や副作用のすべてを説明できないもの、が数多く存在する。
代表的な例として、最も古くから使われてきた医薬品のひとつであるアスピリンの例を挙げることができる。アスピリンは１００年以上前にはじめて市販された当時は、その抗炎症作用のメカニズムは不明であった。それから約７０年を経て、アスピリンがシクロオキシゲナーゼ（ＣＯＸ）阻害作用を有することが明らかになった。その後さらに２０年を経て、ＣＯＸにはＣＯＸ−１とＣＯＸ−２のサブタイプが存在し、アスピリンの主薬効はＣＯＸ−２阻害によるものであり、ＣＯＸ−１阻害作用が胃腸障害等の副作用の原因であることが解明された。しかし、それでもまだ、アスピリンの標的タンパク質の全てが明らかになったわけではない。近年、アスピリンに制癌作用や抗痴呆作用があることが臨床的に明らかになっているが、これらの薬効はＣＯＸ阻害では説明できない。一方、最近になってアスピリンがＩＫＫβのような転写因子やＰＰＡＲ−γのような核内受容体に作用するとの報告が数多くなされているが、これらとアスピリンの種々の薬効との関連は今のところ明確ではない。
このようなことから、従来使用されてきた医薬品の標的タンパク質を解明することは、新規の創薬標的タンパク質を発見するうえで、非常に有効な方法であるといえる。
また、上記の公開特許の発明者の一人である平山らは、日本国内で市販されている約１，５００種類の医薬品について、それらの構造と物性データを統合したデータベースを作成し、既存の医薬品化合物に共通の構造的な特徴があることを見出している（Ｃｈｅｍ−Ｂｉｏ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｊｏｕｒｎａｌ，１，１８−２２，２００１）。従来汎用されてきた医薬品は、その開発過程において、体内移行性や安全性の問題をクリアしてきた優等生である。それら医薬品をプローブとして新規標的タンパク質探索を行い、さらにそれら医薬品の構造を基に新規開発候補化合物を考案することは、非常に合理的かつ効率的と考えられる。
次に、新規標的タンパク質を探索する過程において、どのようにゲノム情報を活用していくかが問題となる。単にゲノム配列が決定されただけで、全ての遺伝子の機能が明らかになり、創薬標的タンパク質が見出されるわけではない。ヒトには約３〜４万種類の遺伝子が存在すると推測されており、さらにオルタナティブスプライシングによるバリアントも考慮に入れると１０万種以上のｍＲＮＡが存在すると言われている。そこで、ゲノム配列から明らかにされてくる膨大な量の新しい遺伝子のなかで、医薬品開発等の産業利用において有用な機能を有するものを、効率的に選別同定していくことが重要となる。
真核生物のゲノム配列は多くの場合、一つの遺伝子がイントロンによって複数のエキソンに分断されているため、遺伝子の配列情報だけからそれによってコードされるタンパク質の構造を正確に予測することはできない。これに対して、イントロンが除かれたｍＲＮＡから作製されるｃＤＮＡでは、タンパク質のアミノ酸配列の情報が一つの連続した配列情報として得られるため、容易にその一次構造を明らかにすることが可能である。
特に完全長ｃＤＮＡを対象とした解析を行うことにより、その５’末端配列からゲノム配列上でのｍＲＮＡ転写開始点が特定できる上、その配列の中に含まれるｍＲＮＡの安定性や翻訳段階での発現制御に関わる因子の解析が可能である。また、翻訳開始点であるＡＴＧコドンを５’側に含むことから、正しいフレームでタンパク質への翻訳を行うことができる。したがって、適当な遺伝子発現系を適用することで、そのｃＤＮＡがコードするタンパク質を大量に生産したり、タンパク質を発現させてその生物学的活性を解析することも可能になる。このように、全長ｃＤＮＡから発現されたタンパク質を用いた解析を行うことにより、ゲノム配列解析のみでは得られない重要な情報が得られ、さらには従来の創薬標的タンパク質の範疇に属さないような新規標的タンパク質を発見することが可能であると考えられる。
【発明の開示】
本発明は、生理活性物質開発（例えば、創薬）の標的タンパク質および標的遺伝子、並びにこれらを利用する新規生理活性物質を開発し得る種々の手段などを提供することを目的とする。
本発明者らは、ヒトタンパク質と医薬品または生理活性物質として使用されてきた化合物の相互作用を表面プラズモン共鳴を利用して解析することにより、生理活性物質の開発に有用であり得る新規標的タンパク質について鋭意探索したところ、生理活性物質の開発、例えば創薬に有用な新規標的タンパク質および新規標的遺伝子を見出した。この知見より、本発明者らは、これらの遺伝子の発現または機能を調節する物質が、種々の生理活性を調節し得る物質であること、並びに種々の生理活性を調節し得る物質を開発するためには、これらの遺伝子の発現または機能を調節する物質をスクリーニングすればよいこと、あるいはこれら生理活性物質を、その標的遺伝子の発現または機能を調節し得るように誘導体化すればよいことなどを着想し、本発明を完成するに至った。
即ち、本発明は、下記の通りである：
〔１〕生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法であって、被験物質が標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現または機能を調節し得るか否かを評価することを含み、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、以下（ａ１）〜（ａ８）（以下、必要に応じて組合せＡと省略する）のいずれかである、方法：
（ａ１）セファクロールと、配列番号２、配列番号６、配列番号８または配列番号１２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ２）ウベニメックスと、配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ３）アクラルビシンと、配列番号４で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ４）セファドロキシルと、配列番号６で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ５）ウルソール酸と、配列番号１０で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ６）ジクロキサシリンと、配列番号１４で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ７）ケタンセリンと、配列番号１６で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ；
（ａ８）アンピシリンと、配列番号１８で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質との組合せ、
〔２〕以下の工程（ａ）〜（ｃ）を含む、上記〔１〕の方法：
（ａ）被験物質を標的タンパク質Ｙに接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における該タンパク質の機能レベルを測定し、該機能レベルを被験物質の非存在下における該タンパク質の機能レベルと比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、該タンパク質の機能レベルの変化をもたらす被験物質を選択する工程、
〔３〕以下の工程（ａ）〜（ｃ）を含む、上記〔１〕の方法：
（ａ）被験物質と標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程；
（ｂ）被験物質を接触させた細胞における該遺伝子の発現量を測定し、該発現量を被験物質を接触させない対照細胞における該遺伝子の発現量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、該遺伝子の発現量を調節する被験物質を選択する工程、
〔４〕以下の工程（ａ）〜（ｃ）を含む、上記〔１〕の方法：
（ａ）被験物質を標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の該タンパク質に対する結合能を測定する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の結果に基づいて、該タンパク質に結合能を有する被験物質を選択する工程、
〔５〕以下の工程（ａ）〜（ｃ）を含む、上記〔１〕の方法：
（ａ）被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質を標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程、
〔６〕標的タンパク質Ｙに関連する機能を調節し得る物質のスクリーニング方法であって、被験物質が標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する生理活性物質Ｘの結合能を調節し得るか否かを評価することを含み、標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、以下（ｂ１）〜（ｂ９）（以下、必要に応じて組合せＢと省略する）のいずれかである、方法：
（ｂ１）配列番号２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロール、ウベニメックスまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せ；
（ｂ２）配列番号４で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、アクラルビシンまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ３）配列番号６で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロール、セファドロキシルまたは該タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体との組合せ；
（ｂ４）配列番号８で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロールまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ５）配列番号１０で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、ウルソール酸または該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ６）配列番号１２で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、セファクロールまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ７）配列番号１４で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、ジクロキサシリンまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ８）配列番号１６で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、ケタンセリンまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ；
（ｂ９）配列番号１８で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質と、アンピシリンまたは該タンパク質に結合能を有するその誘導体との組合せ、
〔７〕以下の工程（ａ）〜（ｃ）を含む、上記〔６〕の方法：
（ａ）被験物質、生理活性物質Ｘを標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程、
〔８〕上記〔１〕〜〔７〕のいずれかの方法により得られる物質、
〔９〕上記〔１〕〜〔７〕のいずれかの方法により得られる物質を含有してなる、生理活性の調節剤、
〔１０〕上記〔１〕、〔４〕〜〔７〕のいずれかの方法により得られる物質を含有してなる、生理活性物質の標的タンパク質に対する結合剤、
〔１１〕生理活性物質Ｘに関連する作用の調節剤であって、標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現または機能を調節する物質を含有してなり、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、組合せＡのいずれかである、剤、
〔１２〕標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現または機能を調節する物質が、該遺伝子の発現または機能を抑制する物質である、上記〔１１〕の剤、
〔１３〕標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現または機能を抑制する物質が、以下（ｉ）、（ｉｉ）のいずれかである、上記〔１２〕の剤：
（ｉ）アンチセンス核酸、リボザイム、デコイ核酸、ｓｉＲＮＡ、抗体をコードする核酸、ドミナントネガティブ変異体をコードする核酸からなる群より選ばれる核酸、または当該核酸を含む発現ベクター；あるいは
（ｉｉ）抗体、ドミナントネガティブ変異体からなる群より選ばれるタンパク質、
〔１４〕標的タンパク質Ｙ、又は該タンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターを含有してなる、上記〔１１〕の調節剤、
〔１５〕標的タンパク質Ｙに関連する機能の調節剤であって、生理活性物質Ｘを含有してなり、標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、組合せＢのいずれかである、剤、
〔１６〕標的タンパク質Ｙに対する結合剤である、上記〔１１〕〜〔１５〕のいずれかの剤、
〔１７〕生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法であって、標的タンパク質Ｙまたはそれをコードする遺伝子の発現または機能を調節し得るように生理活性物質Ｘを誘導体化することを含み、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、組合せＡのいずれかである、方法、
〔１８〕標的タンパク質Ｙに関連する機能を調節し得る物質の誘導体の製造方法であって、標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する結合能を調節し得るように生理活性物質Ｘを誘導体化することを含み、標的タンパク質Ｙと生理活性物質Ｘとの組合せが、組合せＢのいずれかである、方法、
〔１９〕上記〔１７〕または〔１８〕の方法により得られる、生理活性物質の誘導体、
〔２０〕上記〔１７〕または〔１８〕の方法により得られる生理活性物質の誘導体を含有してなる、生理活性の調節剤、
〔２１〕上記〔１７〕または〔１８〕の方法により得られる生理活性物質の誘導体を含有してなる、生理活性物質の標的タンパク質に対する結合剤、
〔２２〕生理活性物質Ｘとその標的タンパク質Ｙとを含む複合体であって、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、組合せＡあるいは組合せＢのいずれかである、複合体、
〔２３〕生理活性物質とその標的タンパク質とを接触させることを含む、上記〔２２〕の複合体の製造方法、
〔２４〕キットであって、以下（ｉ）、（ｉｉ）：
（ｉ）生理活性物質Ｘまたはその塩；
（ｉｉ）標的タンパク質Ｙ、該タンパク質をコードする核酸、該核酸を含む発現ベクター、標的タンパク質Ｙをコードする遺伝子の発現を測定可能な細胞、あるいは標的タンパク質Ｙをコードする遺伝子の転写調節領域及び該領域に機能可能に連結されたレポーター遺伝子を含む発現ベクター；
を含み、生理活性物質Ｘと標的タンパク質Ｙとの組合せが、組合せＡあるいは組合せＢのいずれかである、キット。
【発明を実施するための最良の形態】１．生理活性物質の標的タンパク質及び標的遺伝子
本発明は、生理活性物質開発の標的タンパク質および標的遺伝子を提供する。
生理活性物質とは、生体に何らかの作用を及ぼす任意の物質を意味する。生理活性物質は、薬物、ビタミン、生薬成分、食品成分等の外因性物質、ならびにサイトカイン、成長因子、ホルモン等の内因性物質であり得る。所定の生理活性物質を意図する場合、必要に応じて、生理活性物質Ｘと表現する。
生理活性物質Ｘとしては、後述する標的遺伝子Ｙの発現または機能を調節し得る生理活性物質、例えば、標的タンパク質Ｙに結合能を有する生理活性物質が挙げられる。詳細には、生理活性物質Ｘは、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリンまたはアンピシリン、あるいは標的タンパク質Ｙに結合能を有するそれらの誘導体（後述）、あるいはそれらの塩であり得る。
また、生理活性物質は、その調節可能な活性の種類の観点から、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質、および標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る物質に大別することもできる。
生理活性物質開発の標的タンパク質、標的遺伝子は、好ましくは、創薬の標的タンパク質、標的遺伝子であり得る。なお、所定の標的タンパク質、所定の標的遺伝子を意図する場合、必要に応じて、標的タンパク質Ｙ、標的遺伝子Ｙとそれぞれ表現する。また、タンパク質は翻訳産物と、標的遺伝子Ｙは標的タンパク質Ｙに対応する遺伝子とそれぞれ同義であり、交換可能に使用される。
例えば、標的タンパク質Ｙは、上記生理活性物質Ｘの標的タンパク質であり得る。詳細には、標的タンパク質Ｙは、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６または配列番号１８で表されるアミノ酸配列を含むタンパク質であり得る。なお、本明細書中、本発明の標的タンパク質は、上記のヒトタンパク質に限定されず、異種動物のオルソログをも含む。参考のため、各タンパク質についてヒトタンパク質を取り上げ、ＦＬＪ番号（ＮＥＤＯ（新エネルギー・産業技術総合開発機構）タンパク質ｃＤＮＡ構造解析プロジェクトにおける登録番号）、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号、Ｈ−Ｉｎｖｉｔａｔｉｏｎａｌデータベース（Ｈ−Ｉｎｖ  ＤＢ）におけるＨ−Ｉｎｖ  ｃＤＮＡ  ＩＤおよびＨ−Ｉｎｖ  ローカスＩＤ、ならびに本発明者らにより見出された結合する生理活性物質の例を、表１にそれぞれ示す。
【表１】
0004975444.tif 000002
また、本発明によれば、生理活性物質Ｘに結合能を有する上記タンパク質の変異タンパク質が提供される。該変異タンパク質は、例えば、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６または配列番号１８で表されるアミノ酸配列において、１又は複数のアミノ酸が置換、欠失、付加または挿入されたアミノ酸配列を含み、且つ生理活性物質に対して相互作用を示すタンパク質であり得る。
置換、欠失、付加または挿入されるアミノ酸の数は、機能が保持される限り限定されないが、例えば約１〜３０個、好ましくは約１〜２０個、より好ましくは約１〜１０個、さらにより好ましくは約１〜５個、最も好ましくは１または２個である。アミノ酸の置換、欠失、付加または挿入が施される部位は、機能が保持される限り限定されないが、例えば、機能上重要なドメイン以外の部位であり得る。
さらに、本発明の変異タンパク質は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６または配列番号１８で表されるアミノ酸配列において、例えば約５０％以上、好ましくは約７０％以上、より好ましくは約８０％以上、さらにより好ましくは約９０％以上、最も好ましくは約９５％以上の相同性（但し、１００％の相同性を除く）を有するアミノ酸配列からなり、且つ生理活性物質に対して相互作用を示すタンパク質であり得る。ここで、上記相同性の数値は、配列解析ソフトウェアであるＤＮＡＳＩＳ（日立ソフトウェアエンジニアリング）を用いて、例えば、マキシマムマッチング法のコマンドを実行することにより算出される。その際のパラメータは、デフォルトの設定（初期設定）とする。
本発明の標的タンパク質を使用する場合、該タンパク質は標識されていても未標識であってもよく、また、標識タンパク質と未標識タンパク質を所定の割合で含む混合物も使用できる。標識用物質としては、例えば、ＦＩＴＣ、ＦＡＭ等の蛍光物質、ルミノール、ルシフェリン、ルシゲニン等の発光物質、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、１２３Ｉ等の放射性同位体、ビオチン、ストレプトアビジン等の親和性物質などが挙げられる。
本発明の標的遺伝子は、本発明の標的タンパク質をコードするものである限り限定されない。例えば、本発明の標的遺伝子は、上記アミノ酸配列からなるタンパク質に対応するものであり得る。好ましくは、本発明の標的遺伝子は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５または配列番号１７で表されるヌクレオチド配列からなる。なお、本明細書中、本発明の標的遺伝子は、上記のヒト遺伝子に限定されず、異種動物のオルソログをも含む。
また、本発明によれば、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５または配列番号１７で表されるヌクレオチド配列と相補的な配列に対してストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列からなり、且つ生理活性物質に対して相互作用を示すタンパク質に対応する遺伝子も提供される。ここで、ストリンジェント条件下でハイブリダイズするとは、例えば、６×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミドの溶液中で４２℃にて加温した後、０．１×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳの溶液中で６８℃にて洗浄する条件でも依然として陽性のハイブリダイゼーションシグナルが観察されることを意味する。
本発明の標的タンパク質および標的遺伝子は、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、または標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態に対する医薬の開発、あるいは該疾患または状態に対する研究用試薬の開発などに使用され得る。生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態について以下詳述する。
（生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態）
「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」とは、生理活性物質Ｘが適用される疾患または生理活性物質Ｘの副作用に相当する疾患、あるいは生理活性物質Ｘの適用が所望される状態（例えば、生理活性物質Ｘが欠乏した状態）または生理活性物質Ｘにより引き起こされる望ましくない状態（例えば、生理活性物質Ｘの過剰摂取により引き起こされる望ましくない状態）に相当する状態を意味する。生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態は、生理活性物質Ｘにより改善または増悪され得る。
「生理活性物質Ｘに関連する作用」とは、生理活性物質Ｘが実際に示す作用（薬理作用、副作用を含む）と同種の作用または反対の作用を意味する。換言すれば、生理活性物質Ｘに関連する作用は、「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」の改善または増悪を引き起こし得る作用である。即ち、「生理活性物質Ｘに関連する作用」は、生理活性物質Ｘがウルソール酸である場合には抗炎症作用・炎症作用等を示し、ケタンセリンである場合には血圧低下作用・血圧上昇作用等を示す。
「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」、「生理活性物質Ｘに関連する作用」は、生理活性物質Ｘの種類に応じて異なる。以下、生理活性物質Ｘとして代表的な物質を取り上げ、「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」について説明する。なお、「生理活性物質Ｘに関連する作用」は、「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」の改善または増悪を引き起こし得る任意の作用であるため、「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」の説明により「生理活性物質Ｘに関連する作用」についても自ずと明らかになるであろう。
セファクロール
セファクロールに関連する疾患とは、セファクロールが適用される疾患またはセファクロールの副作用に相当する疾患を意味する。セファクロールは、第一世代のセフェム系抗生物質などとして知られている。また、セファクロールは、神経保護作用を有する可能性がある。セファクロールが適用される疾患としては、ブドウ球菌属、連鎖球菌属（腸球菌を除く）、インフルエンザ菌、大腸菌、クレブシエラ属のうちセファクロール感性菌による感染症（咽喉頭炎、扁桃炎、気管支炎、蜂巣炎、感染性粉瘤、皮下膿瘍、ひょう疽、リンパ節炎、中耳炎）の他、神経変性疾患、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）等が例示される。一方、セファクロールの副作用としては、ショック、アナフィラキジー様症状、急性腎不全、汎血球減少、無顆粒球症、血小板減少、偽膜性大腸炎、皮膚粘膜眼症候群（Ｓｔｅｖｅｎｓ−Ｊｏｈｎｓｏｎ症候群）、中毒性表皮壊死症（Ｌｙｅｌｌ症候群）、間質性肺炎、ＰＩＥ症候群、肝機能障害、黄疸等が例示される。セファクロールに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号２、配列番号６、配列番号８または配列番号１２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。
ウベニメックス
ウベニメックスに関連する疾患とは、ウベニメックスが適用される疾患またはウベニメックスの副作用に相当する疾患を意味する。ウベニメックスは、抗悪性腫瘍剤などとして知られている。ウベニメックスが適用される疾患としては、成人急性非リンパ性白血病に対する完全寛解導入後の維持強化化学療法剤との併用による生存期間の延長等が例示される。一方、ウベニメックスの副作用としては、肝臓障害（ＡＳＴ（ＧＯＴ）・ＡＬＴ（ＧＰＴ）上昇等）、皮膚障害（発疹・発赤、そう痒感等）、消化器障害（悪心・嘔吐、食欲不振等）等が例示される。ウベニメックスに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。
アクラルビシン
アクラルビシンに関連する疾患とは、アクラルビシンが適用される疾患またはアクラルビシンの副作用に相当する疾患を意味する。アクラルビシンは、抗腫瘍性抗生物質などとして知られている。アクラルビシンが適用される疾患としては、胃癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、悪性リンパ腫、急性白血病の自覚的ならびに他覚的症状の寛解および改善が例示される。一方、アクラルビシンの副作用としては、心筋障害、骨髄抑制等が例示される。アクラルビシンに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。なお、アクラルビシンの標的としては、ＤＮＡトポイソメラーゼＩＩが知られている。
セファドロキシル
セファドロキシルに関連する疾患とは、セファドロキシルが適用される疾患またはセファドロキシルの副作用に相当する疾患を意味する。セファドロキシルは、第一世代のセフェム系抗生物質などとして知られている。また、セファドロキシルは、神経保護作用を有する可能性がある。セファドロキシルが適用される疾患としては、ブドウ球菌属、溶血連鎖球菌、肺炎球菌、大腸菌、プロテウス・ミラビリスのうちセファドロキシル感性菌による感染症（咽喉頭炎、扁桃炎、気管支炎、膀胱炎、腎盂腎炎、毛のう（包）炎（膿疱性ざ瘡を含む）、せつ、せつ腫症、よう、皮下膿瘍、蜂巣炎、集簇性ざ瘡、汗腺炎、感染性粉瘤）の他、神経変性疾患、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）等が例示される。一方、セファドロキシルの副作用としては、ショック、偽膜性大腸炎、皮膚粘膜眼症候群（Ｓｔｅｖｅｎｓ−Ｊｏｈｎｓｏｎ症候群）が例示される。セファドロキシルに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。
ウルソール酸
ウルソール酸に関連する状態とは、ウルソール酸の適用が所望される状態またはウルソール酸により引き起こされる所望されない状態に相当する状態を意味する。ウルソール酸は、ハーブの一種であるローズマリーなどの抽出エキスに含まれる。ウルソール酸は、一般に抗炎症作用や血行促進作用を有し、ストレスによる肌荒れ、バリア機能の低下を予防、改善し、皮膚の再生を促す効果があること等が知られている。従って、ウルソール酸に関連する作用としては、これらの作用またはその反対の作用などが挙げられる。ウルソール酸に関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号１０で表されるタンパク質と密接に関係し得る。
ジクロキサシリン
ジクロキサシリンに関連する疾患は、ジクロキサシリンが適用される疾患またはジクロキサシリンの副作用に相当する疾患を意味する。ジクロキサシリンは、ペニシリン系抗生物質などとして知られている。また、ジクロキサシリンは、神経保護作用を有する可能性がある。ジクロキサシリンが適用される疾患としては、細菌性肺炎、気管支肺炎、気管支拡張症・慢性気管支炎・肺気腫および気管支喘息の感染時、肺化膿症、膿胸、肺結核二次感染、複雑性尿路感染症の他、神経変性疾患、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）等が例示される。一方、ジクロキサシリンの副作用としては、ショック、皮膚粘膜眼症候群（Ｓｔｅｖｅｎｓ−Ｊｏｈｎｓｏｎ症候群）、中毒性表皮壊死症（Ｌｙｅｌｌ症候群）、無顆粒球症、溶血性貧血、急性腎不全等の重篤な腎障害、偽膜性大腸炎等の血便を伴う重篤な大腸炎が例示される。ジクロキサシリンに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号１４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。
ケタンセリン
ケタンセリンに関連する疾患とは、ケタンセリンが適用される疾患またはケタンセリンの副作用に相当する疾患を意味する。ケタンセリンは、５−ＨＴ２Ａ受容体拮抗剤、抗高血圧薬などとして知られている。ケタンセリンが適用される疾患としては、高血圧症が例示される。一方、ケタンセリンの副作用としては、ＱＴ延長が例示される。ケタンセリンに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号１６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。なお、ケタンセリンの標的とし、ては、５−ヒドロキシトリプタミン２Ｃ受容体が知られている。
アンピシリン
アンピシリンに関連する疾患とは、アンピシリンが適用される疾患またはアンピシリンの副作用に相当する疾患を意味する。アンピシリンは、ペニシリン系抗生物質などとして知られている。また、アンピシリンは、神経保護作用を有する可能性がある。アンピシリンが適用される疾患としては、敗血症、細菌性心内膜炎、せつ、よう、膿痂疹、膿皮症、蜂か織炎、乳腺炎、リンパ節炎、骨髄炎、扁桃炎、咽頭炎、喉頭炎、気管支炎、肺炎、肺化膿症、膿胸、腹膜炎、急性膵炎、肝膿瘍、胆管炎、胆のう炎、細菌性赤痢、腎盂腎炎、膀胱炎、尿道炎、子宮内感染、淋疾、梅毒、猩紅熱、眼瞼膿瘍、麦粒腫、匐行性角膜潰瘍、中耳炎、副鼻腔炎、急性辺縁性化膿性歯根膜炎、急性根端性化膿性歯根膜炎、智歯周囲炎、歯槽膿瘍、歯槽骨炎、急性顎炎、抜歯後感染、創傷・熱傷および手術後の二次感染、重症熱傷の二次感染の予防、放線菌症、炭疽の他、神経変性疾患、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）等が例示される。一方、アンピシリンの副作用としては、ショック、皮膚粘膜眼症候群（Ｓｔｅｖｅｎｓ−Ｊｏｈｎｓｏｎ症候群）、中毒性表皮壊死症（Ｌｙｅｌｌ症候群）、無顆粒球症、溶血性貧血、急性腎不全等の重篤な腎障害、偽膜性大腸炎等の血便を伴う重篤な大腸炎等が例示される。アンピシリンに関連する作用は、その標的タンパク質（標的遺伝子）、例えば配列番号１８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と密接に関係し得る。
（標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態）
「標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙ）に関連する疾患または状態」とは、標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙ）、または標的遺伝子Ｙが関与するシグナル伝達系において標的遺伝子Ｙの下流に位置付けられる遺伝子（下流遺伝子）の機能の変化（例えば、変異（例えば、多型）に伴う機能の変化）、または発現量の変化に伴い引き起こされ得る疾患または状態をいう。標的遺伝子Ｙまたはその下流遺伝子の機能の変化は、例えば、該遺伝子の変異（例えば、多型）によりもたらされ得る。該変異としては、例えば、コーディング領域におけるその機能を促進または抑制させる変異、非コーディング領域におけるその発現を促進または抑制させる変異などが挙げられる。発現量の変化としては、発現量の増加または低下が挙げられる。標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態は、標的タンパク質Ｙにより改善または増悪され得る。
「標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙ）に関連する機能」とは、標的タンパク質Ｙが実際に示す機能と同種の機能または反対の機能を意味する。換言すれば、標的遺伝子Ｙに関連する機能は、「標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙ）に関連する疾患または状態」の改善または増悪を引き起こし得る機能である。即ち、「標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙ）に関連する機能」は、標的遺伝子Ｙが免疫反応などを促進する因子をコードする場合には、免疫反応を促進または抑制する機能等を示す。
標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態としては、標的遺伝子Ｙが生体内で種々の生理学的機能を担っていると考えられることを考慮すれば、実に様々な疾患または状態が想定される。可能性のある疾患または状態の一例は、標的遺伝子Ｙのアノテーションより類推される疾患または状態である。当業者は、相同性検索により相同遺伝子を同定し、次いで該相同遺伝子の機能あるいはそれが関与する疾患または状態を公知の方法により精査することで、このような疾患または状態を類推できる。アノテーション解析を行う方法には各種あるが、本出願における生理活性物質の標的遺伝子について、生理活性物質の標的遺伝子として代表的なヒト遺伝子の配列をクエリー配列として使用し、各種の方法でアノテーションを行った結果について、以下に示す。
アミノ酸としての解析１
ＢＬＡＳＴＰによる相同性解析
計算プログラムはｂｌａｓｔａｌｌ  ２．２．６を使用し、ｔａｒｇｅｔ  ＤＢとして、ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔ：１４６７２０（２００４．０３．２９）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｈｓ：２１１７０（２００４．０５．０６）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｍｏｕｓｅ：１７０８９（２００４．０５．０６）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｒａｔ：４８９３（２００４．０５．０６）を用いた。ｃｕｔｏｆｆ値は１．００Ｅ−０５とした。また、以下のデータについてフィルター処理を行った。
Ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔに対して、
・「ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ａｌｕ  ｓｕｂｆａｍｉｌｙ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「！！！！  ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ｂ−ＣＥＬＬ  ＧＲＯＷＴＨ  ＦＡＣＴＯＲ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＮＲＫ２」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＰＲＯＬＩＮＥ−ＲＩＣＨ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＧＬＹＣＩＮＥ−ＲＩＣＨ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＥＸＴＥＮＳＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＯＬＬＡＧＥＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「１００ＫＤ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＲＥＴＲＯＶＩＲＵＳ−ＲＥＬＡＴＥＤ  ＰＯＬ  ＰＯＬＹＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＵＴＩＣＬＥ  ＣＯＬＬＡＧＥＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＨＹＰＯＴＨＥＴＩＣＡＬ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＳＡＬＩＶＡＲＹ  ＰＲＯＬＩＮＥ−ＲＩＣＨ  ＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＩＭＭＥＤＩＡＴＥ−ＥＡＲＬＹ  ＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・アクセッションＮｏが「Ｐ４９６４６」であるもの
Ｒｅｆ−ｓｅｑに対して、
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＦＬＪ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＫＩＡＡ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＤＫＦＺ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＤＫＦＺ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＭＧＣ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＰＰ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｔｈｒｅａｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｃｌｏｎｅ  ＦＬＢ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＰＲＯ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＰＲＯ０４８３  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＭＮＣ」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＭＯＳＴ−１」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＴＰＲ  ｇｅｎｅ  ｏｎ  Ｙ」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＨＳＰＣ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＧＩ−」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・自分自身のみで構成されるＲｅＦＳｅｑ配列（ＬＬ＿ｔｍｐｌより情報を参照している）
本解析法により得られたアノテーション情報を表２−１〜表２−２に示す。
【表２−１】
0004975444.tif 000003
【表２−２】
0004975444.tif 000004
アミノ酸としての解析２
Ｐｆａｍによるモチーフ解析
計算プログラムはｈｍｍｐｆａｍ（ｖ２．３．２）を使用し、ｔａｒｇｅｔ  ＤＢとして、Ｐｆａｍ  ＤＢ  ｅｎｔｒｙ：７４２６  ｆａｍｉｌｉｅｓ（Ｐｆａｍ１３．０，Ｐｆａｍ＿ｌｓ）．（Ａｐｒｉｌ  ２００４）を用いた。ｃｕｔｏｆｆ値は１Ｅ−１０とした。本解析法により得られたアノテーション情報を表３に示す。
【表３】
0004975444.tif 000005
アミノ酸としての解析３
ＳｉｇｎａｌＩＰによる分泌シグナル配列予測
計算プログラムはＳｉｇｎａｌＰ  ｖｅｒ３．０（Ｍａｙ  １８，２００４）を使用した。本解析法によりＦＬＪ１４４６７由来するタンパク質が分泌シグナルを有することが予測された。
アミノ酸としての解析４
ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙによる機能カテゴリー分類
以下の方法で実施する。
１）ＢＬＡＳＴＰでの相同性解析結果（フィルターありのＲｅｆＳｅｑ・ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ）の各上位３つ計６つのＢＬＡＳＴ結果より以下の条件を満たすＥ−ｖａｌｕｅのものを抽出。
条件１：１Ｅ−５０以下のものは全て使用する
条件２：１Ｅ−１０以上のものは全て使用しない
条件３：１Ｅ−５０より大きい場合、Ｔｏｐ  ＨｉｔとのＥ−ｖａｌｕｅ格差が１Ｅ＋２０以内であれば使用する
条件４：Ｔｏｐ  ＨｉｔのＥ−ｖａｌｕｅが０の場合、１Ｅ−５０以下のみ使用する
２）ＳｗｉｓｓＰｒｏｔのＫｅｙｗｏｒｄよりｓｐｋｗ２ｇｏを使ってＧＯを検索。
３）ＳｗｉｓｓＰｒｏｔのアクセッション番号よりｘｒｅｆ．ｇｏａを検索しＲｅｆｓｅｑＩＤを取得し、さらにＲｅｆｓｅｑＩＤよりＬＬ＿ｔｍｐｌを使ってＬＯＣＵＳ  ＩＤを取得し、ＬＯＣＵＳ  ＩＤよりｌｏｃ２ｇｏを使ってＧＯ  ｔｅｒｍを取得する。
４）Ｒｅｆｓｅｑのアクセッション番号よりＬＬ＿ｔｍｐｌを使ってＬＯＣＵＳ  ＩＤを取得し、ＬＯＣＵＳ  ＩＤよりｌｏｃ２ｇｏを使ってＧＯ  ｔｅｒｍを取得する。
５）取得した各ＧＯｔｅｒｍについて、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｔｅｘｔ  ｆｉｌｅ・Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓ  ｔｅｘｔ  ｆｉｌｅ・Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ｔｅｘｔ  ｆｉｌｅを参照して各ＧＯ  ｔｅｒｍの上位カテゴリー情報を取得する。
６）上記１）−５）で取得した各ＧＯｔｅｒｍ情報の重複を除き出力する。
本解析法により得られたアノテーション情報を表４−１及び表４−２に示す。
【表４−１】
0004975444.tif 000006
【表４−２】
0004975444.tif 000007
核酸としての解析１
ＢＬＡＳＴＸによる相同性解析１
計算プログラムはｂｌａｓｔａｌｌ  ２．２．６を使用し、ｔａｒｇｅｔ  ＤＢとして、ｎｒ：１５５２０１１（２００４．０７．１６）を用いた。ｃｕｔｏｆｆ値は１．００Ｅ−０５とした。また、以下のデータについてフィルター処理を行った。
・「ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ａｌｕ  ｓｕｂｆａｍｉｌｙ」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「！！！！  ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｓｃａｆｆｏｌｄ」で始まるもの
・「Ｈｕｍａｎ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｆｒｏｍ」で始まるもの
・「ｇｅｎｏｍｉｃ  ＤＮＡ」を含むもの
・「ＢＡＣ  ｃｌｏｎｅ」を含むもの
・「ＰＡＣ  ｃｌｏｎｅ」を含むもの
・「ｃｏｓｍｉｄ」を含むもの
・「ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｇｅｎｏｍｅ」を含むもの
・「ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ」で終わるもの
・「ｇｅｎｏｍｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ」を含むもの
・「ｅｘｏｎ」を含むもの
・ＨＩＴ  ＬＥＮＧＨＴ（ヒット配列の配列長）が５００００以上本解析法により得られたもの
本解析法により得られたアノテーション情報を表５−１〜表５−３に示す。
【表５−１】
0004975444.tif 000008
【表５−２】
0004975444.tif 000009
【表５−３】
0004975444.tif 000010
核酸としての解析２
ＢＬＡＳＴＸによる相同性解析２
計算プログラムはｂｌａｓｔａｌｌ  ２．２．６を使用し、ｔａｒｇｅｔ  ＤＢとして、ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔ：１４６７２０（２００４．０３．２９）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｈｓ：２１１７０（２００４．０５．０６）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｍｏｕｓｅ：１７０８９（２００４．０５．０６）、（Ｒｅｆｓｅｑ）ｒａｔ：４８９３（２００４．０５．０６）を用いた。ｃｕｔｏｆｆ値は１．００Ｅ−０５とした。また、以下のデータについてフィルター処理を行った。
Ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔに対して、
・「ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ａｌｕ  ｓｕｂｆａｍｉｌｙ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「！！！！  ＡＬＵ  ＳＵＢＦＡＭＩＬＹ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ｂ−ＣＥＬＬ  ＧＲＯＷＴＨ  ＦＡＣＴＯＲ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＮＲＫ２」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＰＲＯＬＩＮＥ−ＲＩＣＨ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＧＬＹＣＩＮＥ−ＲＩＣＨ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＥＸＴＥＮＳＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＯＬＬＡＧＥＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「１００ＫＤ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＲＥＴＲＯＶＩＲＵＳ−ＲＥＬＡＴＥＤ  ＰＯＬ  ＰＯＬＹＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＵＴＩＣＬＥ  ＣＯＬＬＡＧＥＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＨＹＰＯＴＨＥＴＩＣＡＬ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＳＡＬＴＶＡＲＹ  ＰＲＯＬＩＮＥ−ＲＩＣＨ  ＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＩＭＭＥＤＩＡＴＥ−ＥＡＲＬＹ  ＰＲＯＴＥＩＮ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・アクセッションＮｏが「Ｐ４９６４６」であるもの
Ｒｅｆ−ｓｅｑに対して、
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＦＬＪ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＫＩＡＡ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＤＫＦＺ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＤＫＦＺ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＭＧＣ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＰＰ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｔｈｒｅａｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｃｌｏｎｅ  ＦＬＢ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＰＲＯ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＰＲＯ０４８３  ｐｒｏｔｅｉｎ」であるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＭＮＣ」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＭＯＳＴ−１」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＴＰＲ  ｇｅｎｅ  ｏｎ  Ｙ」を含むｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＨＳＰＣ」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・「ＣＧＩ−」で始まるｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎのもの
・自分自身のみで構成されるＲｅＦＳｅｑ配列（ＬＬ＿ｔｍｐｌより情報を参照している）
本解析法により得られたアノテーション情報を表６−１〜表６−３に示す。
【表６−１】
0004975444.tif 000011
【表６−２】
0004975444.tif 000012
【表６−３】
0004975444.tif 000013
可能性のある疾患または状態の別の例は、ＯＭＩＭに登録されている疾患または状態である。このような疾患または状態は、例えば、Ｈ−Ｉｎｖ  ＤＢにおいてＨ−Ｉｎｖ  ＩＤ番号またはＨ−ＩｎｖクラスターＩＤ番号を入力することで容易に検索できる。本出願における生理活性物質の標的遺伝子について、その遺伝子の存在する染色体、遺伝子ローカス、遺伝子クラスター番号と、その遺伝子が関連することが予想されるオーファン疾患のＯＭＩＭ情報を、表７−１〜表７−２にそれぞれ示す。
【表７−１】
0004975444.tif 000014
【表７−２】
0004975444.tif 000015
可能性のある疾患または状態の別の例は、標的遺伝子Ｙの発現部位における、または標的遺伝子Ｙが単離されたライブラリーが由来する組織における異常を伴う疾患または状態である。該発現部位および該組織は、例えば、Ｈ−Ｉｎｖ  ＤＢにおいてＨ−Ｉｎｖ  ＩＤ番号またはＨ−ＩｎｖクラスターＩＤ番号を入力することで容易に検索でき、これより、当業者であれば、疾患または状態についても類推できる。
例えば、幾つかの標的遺伝子Ｙの発現部位は、下記の通りである。
ＦＬＪ１０３３５由来遺伝子は、脳幹、小脳、脳梁、グリア、脊髄、脾臓、子宮、前立腺、精巣、心臓、筋肉、結腸、肝臓、肺、腎臓、副腎、乳腺、下垂体等で発現し得る。
ＦＬＪ１０８８９由来遺伝子は、脳幹小脳、脳梁、グリア、網膜、大動脈、皮膚、卵巣、胎盤、前立腺、精巣、心臓、筋肉  結腸、胃、肝臓、肺、副腎、乳腺、膵臓等で発現し得る。
ＦＬＪ１１０４５由来遺伝子は、脳幹、胎盤、精巣、心臓、結腸、膵臓等で発現し得る。
ＦＬＪ１１４７４由来遺伝子は、大脳、小脳、眼、脊髄、子宮、卵巣、前立腺、精巣、筋肉、結腸、肝臓、肺、腎臓、副腎、乳腺、膵臓等で発現し得る。
ＦＬＪ１２５０２由来遺伝子は、脳幹、小脳、リンパ節、血液、脾臓、前立腺、精巣、心臓、筋肉、結腸、胃、肝臓、肺、腎臓、副腎、膵臓、下垂体等で発現し得る。
ＦＬＪ１４４６７由来遺伝子は、脳幹、小脳、網膜、骨髄、脾臓、骨、皮膚、子宮、卵巣、胎盤、前立腺、精巣、心臓、筋肉、結腸、小腸、肺、腎臓、副腎、乳腺、下垂体、甲状腺等で発現し得る。
ＦＬＪ１４５８３由来遺伝子は、脳幹、大脳小脳、脳梁、グリア、脊髄、骨髄、骨、皮膚、卵巣、胎盤、前立腺、精巣、心臓、筋肉、小腸、肝臓、肺、乳腺、膵臓、下垂体、唾液腺等で発現し得る。
ＦＬＪ１４７９７由来遺伝子は、脳幹、小脳、脳梁、グリア、脊髄、骨髄、胸腺、胎盤、前立腺、精巣、筋肉、結腸、肝臓、肺、腎臓、乳腺、膵臓、下垂体等で発現し得る。
ＦＬＪ３１１４６由来遺伝子は、脳幹、大脳、眼、脾臓、胸腺、骨、皮膚、子宮、胎盤、前立腺、精巣、筋肉、結腸、肺、副腎、乳腺等で発現し得る。
本発明の標的タンパク質、標的遺伝子は、例えば、所定の疾患または状態に対する医薬の開発、あるいは該疾患または状態に対する研究用試薬の開発などに有用である。
２．スクリーニング方法、および該方法により得られる成果物
本発明は、被験物質が生理活性物質の標的タンパク質またはそれをコードする遺伝子（以下、必要に応じて「標的タンパク質Ｙ」あるいは「標的遺伝子Ｙ」と省略する場合がある）の発現または機能を調節し得るか否かを評価することを含む、生理活性物質のスクリーニング方法、およびその成果物を提供する。本発明のスクリーニング方法は、スクリーニングされる生理活性物質の種類の観点から、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質、および標的タンパク質Ｙに関連する機能を調節し得る物質をスクリーニングする方法に大別できる。本発明のスクリーニング方法はまた、インビトロ、インビボまたはインシリコで行うことができる。なお、本発明のスクリーニング方法により得られる標的タンパク質Ｙの発現を調節し得る物質は、標的タンパク質Ｙの量を調節し得る物質と同義であり、所定の組織または細胞における標的タンパク質Ｙの存在量、あるいは所定の細胞内位置における標的タンパク質Ｙの存在量を変化させ得る物質であり得る。従って、標的タンパク質Ｙの発現を調節し得る物質としては、例えば、標的遺伝子Ｙからの標的タンパク質Ｙの生合成を調節し得る物質のみならず、標的タンパク質Ｙの細胞内局在を調節し得る物質、標的タンパク質Ｙの体内動態を調節し得る物質、標的タンパク質Ｙの代謝（例えば、代謝による合成、分解）を調節し得る物質もまた含まれる。以下、それぞれのスクリーニング方法を詳述する。
２．１．生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法Ｉ）
本発明は、被験物質が標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得るか否かを評価することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法を提供する。
本スクリーニング方法を、必要に応じて「スクリーニング方法Ｉ」と省略する。
スクリーニング方法Ｉは、被験物質が標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得るか否かを評価し、標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得る被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法Ｉａ）、並びに被験物質が標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得るか否かを評価し、標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得ない被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用（なかでも、既知標的分子に関連する作用）を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法Ｉｂ）に大別できる。スクリーニング方法Ｉａは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の調節薬の開発などに有用であり得る。また、スクリーニング方法Ｉｂは、既知標的分子に関連する作用の調節能を有し、且つ生理活性物質Ｘが示す副作用が低減した医薬の開発などに有用であり得る。
２．１．１．標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得る被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法Ｉａ）
本発明は、被験物質が標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得るか否かを評価し、標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得る被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法を提供する。
スクリーニング方法に供される、被験物質は、いかなる公知化合物及び新規化合物であってもよく、例えば、核酸、糖質、脂質、タンパク質、ペプチド、有機低分子化合物、コンビナトリアルケミストリー技術を用いて作製された化合物ライブラリー、固相合成やファージディスプレイ法により作製されたランダムペプチドライブラリー、あるいは微生物、動植物、海洋生物等由来の天然成分等が挙げられる。
被験物質は、標識されていても未標識であってもよく、また、標識体と未標識体を所定の割合で含む混合物も被験物質として使用できる。標識用物質は、上述したものと同様である。
一実施形態では、スクリーニング方法Ｉａは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質を標的タンパク質Ｙに接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における該タンパク質の機能レベルを測定し、該機能レベルを被験物質の非存在下における該タンパク質の機能レベルと比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、該タンパク質の機能レベルの変化をもたらす被験物質を選択する工程。
上記（ａ）〜（ｃ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論Ｉ」と省略する。
方法論Ｉの工程（ａ）では、被験物質が標的タンパク質Ｙと接触条件下におかれる。被験物質の該タンパク質に対する接触は、溶液中での単離された標的タンパク質Ｙと被験物質との接触、あるいは標的タンパク質Ｙを発現可能な細胞又は組織と被験物質との接触により行われ得る。
標的タンパク質Ｙは自体公知の方法により調製できる。例えば、上述した発現組織から標的タンパク質Ｙを単離・精製できる。しかしながら、迅速、容易かつ大量に標的タンパク質Ｙを調製し、また、ヒト標的タンパク質Ｙを調製するためには、遺伝子組換え技術により組換えタンパク質を調製するのが好ましい。組換えタンパク質は、細胞系、無細胞系のいずれで調製したものでもよい。
標的タンパク質Ｙを発現可能な細胞は、標的タンパク質Ｙを発現するものである限り特に限定されず、標的タンパク質Ｙの発現組織由来の細胞、標的タンパク質Ｙ発現ベクターで形質転換された細胞などであり得る。該細胞は、当業者であれば容易に同定又は調製でき、初代培養細胞、当該初代培養細胞から誘導された細胞株、市販の細胞株、セルバンクより入手可能な細胞株などを使用できる。標的タンパク質Ｙを発現可能な組織は、上述した発現組織を使用できる。
方法論Ｉの工程（ｂ）では、被験物質の存在下における該タンパク質の機能レベルが測定される。機能レベルの測定は、タンパク質の種類に応じて自体公知の方法により行われ得る。例えば、標的タンパク質Ｙが転写因子である場合には、標的タンパク質Ｙとそれが結合する転写調節領域とを用いてレポーターアッセイを行うことにより、標的タンパク質Ｙに関連する機能を調節する物質をスクリーニングできる。
また、標的タンパク質Ｙが酵素の場合には、当該酵素の触媒活性の変化に基づき機能レベルの測定を行うこともできる。酵素の触媒活性は、酵素の種類に応じて基質、補酵素等を適宜選択することで、自体公知の方法により測定できる。
さらに、標的タンパク質Ｙが膜タンパク質（例えば、受容体、トランスポーター）の場合には、当該膜タンパク質の機能の変化に基づき、機能レベルの測定を行うことができる。例えば、標的タンパク質Ｙが受容体である場合には、当該受容体により媒介される細胞内事象（例えば、イノシトールリン脂質の産生、細胞内ｐＨ変動、カルシウムイオン・塩素イオン等のイオンの細胞内動態）に基づき、本発明のスクリーニング方法が行われ得る。また、標的タンパク質Ｙがトランスポーターである場合には、当該トランスポーターの基質の細胞内濃度変化に基づき、本発明のスクリーニング方法が行われ得る。
また、機能レベルは、標的タンパク質Ｙの総機能レベルに基づいて測定するのではなく、標的タンパク質Ｙの個々のアイソフォーム（例えば、スプライシングバリアント）に対する機能レベルあるいはアイソフォーム間の機能レベル比に基づいて測定してもよい。
次いで、被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベルが、被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベルと比較される。機能レベルの比較は、好ましくは、有意差の有無に基づいて行なわれる。被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベルは、被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベルの測定に対し、事前に測定した機能レベルであっても、同時に測定した機能レベルであってもよいが、実験の精度、再現性の観点から同時に測定した機能レベルであることが好ましい。
方法論Ｉの工程（ｃ）では、該タンパク質の機能レベルの変化をもたらす被験物質が選択される。該タンパク質の変化をもたらす被験物質は、標的タンパク質Ｙの機能を促進または抑制し得る。このように選択された被験物質は、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の調節に有用であり得る。
なお、方法論Ｉは、標的タンパク質Ｙに加え、その共役因子の存在下で行ってもよい。例えば、標的タンパク質Ｙの共役因子として標的タンパク質Ｙの阻害因子を併用した場合、標的タンパク質Ｙとその共役因子との相互作用を妨げる物質は、標的タンパク質Ｙの機能を促進し得ると考えられる。また、標的タンパク質Ｙの共役因子として標的タンパク質Ｙの活性化因子を併用した場合、標的タンパク質Ｙとその共役因子との相互作用を妨げる物質は、標的タンパク質Ｙの機能を抑制し得ると考えられる。このように方法論Ｉを標的タンパク質Ｙの共役因子の存在下で行うこともまた有益である。
別の実施形態では、スクリーニング方法Ｉａは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質と標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞とを接触させる工程；
（ｂ）被験物質を接触させた細胞における標的遺伝子Ｙの発現量を測定し、該発現量を被験物質を接触させない対照細胞における標的遺伝子Ｙの発現量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、標的遺伝子Ｙの発現量を調節する被験物質を選択する工程。
上記（ａ）〜（ｃ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＩＩ」と省略する。
方法論ＩＩの工程（ａ）では、被験物質が標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞と接触条件下におかれる。標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞に対する被験物質の接触は、培養培地中で行われ得る。
「標的遺伝子Ｙ（または標的タンパク質Ｙに対応する遺伝子）の発現を測定可能な細胞」とは、標的遺伝子Ｙの産物、例えば、転写産物、翻訳産物の発現レベルを直接的又は間接的に評価可能な細胞をいう。標的遺伝子Ｙの産物の発現レベルを直接的に評価可能な細胞は、標的遺伝子Ｙを天然で発現可能な細胞であり得、一方、標的遺伝子Ｙの産物の発現レベルを間接的に評価可能な細胞は、標的遺伝子Ｙ転写調節領域についてレポーターアッセイを可能とする細胞であり得る。
標的遺伝子Ｙを天然で発現可能な細胞は、標的遺伝子Ｙを潜在的に発現するものである限り特に限定されず、標的遺伝子Ｙを恒常的に発現している細胞、標的遺伝子Ｙを誘導条件下（例えば、薬物での処理）で発現する細胞などであり得る。該細胞は、当業者であれば容易に同定でき、初代培養細胞、当該初代培養細胞から誘導された細胞株、市販の細胞株、セルバンクより入手可能な細胞株などを使用できる。
標的遺伝子Ｙ転写調節領域についてレポーターアッセイを可能とする細胞は、標的遺伝子Ｙ転写調節領域、当該領域に機能可能に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞である。標的遺伝子Ｙ転写調節領域、レポーター遺伝子は、発現ベクター中に挿入されている。
標的遺伝子Ｙ転写調節領域は、標的遺伝子Ｙの発現を制御し得る領域である限り特に限定されないが、例えば、転写開始点から上流約２ｋｂｐまでの領域、あるいは該領域の塩基配列において１以上の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、且つ標的遺伝子Ｙの転写を制御する能力を有する領域などを挙げることができる。
レポーター遺伝子は、検出可能なタンパク又は酵素をコードする遺伝子であればよく、例えばＧＦＰ（緑色蛍光タンパク質）遺伝子、ＧＵＳ（β−グルクロニダーゼ）遺伝子、ＬＵＳ（ルシフェラーゼ）遺伝子、ＣＡＴ（クロラムフェニコルアセチルトランスフェラーゼ）遺伝子等が挙げられる。
標的遺伝子Ｙ転写調節領域、当該領域に機能可能に連結されたレポーター遺伝子が導入される細胞は、標的遺伝子Ｙ転写調節機能を評価できる限り、即ち、該レポーター遺伝子の発現量が定量的に解析可能である限り特に限定されない。しかしながら、標的遺伝子Ｙに対する生理的な転写調節因子を発現し、標的遺伝子Ｙの発現調節の評価により適切であると考えられることから、該導入される細胞としては、標的遺伝子Ｙを天然で発現可能な細胞が好ましい。
被験物質と標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞とが接触される培養培地は、用いられる細胞の種類などに応じて適宜選択されるが、例えば、約５〜２０％のウシ胎仔血清を含む最少必須培地（ＭＥＭ）、ダルベッコ改変最少必須培地（ＤＭＥＭ）、ＲＰＭＩ１６４０培地、１９９培地などである。培養条件もまた、用いられる細胞の種類などに応じて適宜決定されるが、例えば、培地のｐＨは約６〜約８であり、培養温度は通常約３０〜約４０℃であり、培養時間は約１２〜約７２時間である。
方法論ＩＩの工程（ｂ）では、先ず、被験物質を接触させた細胞における標的遺伝子Ｙの発現量が測定される。発現量の測定は、用いた細胞の種類などを考慮し、自体公知の方法により行われ得る。
例えば、標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞として、標的遺伝子Ｙを天然で発現可能な細胞を用いた場合、発現量は、標的遺伝子Ｙの産物、例えば、転写産物又は翻訳産物を対象として自体公知の方法により測定できる。例えば、転写産物の発現量は、細胞からｔｏｔａｌ  ＲＮＡを調製し、ＲＴ−ＰＣＲ、ノザンブロッティング等により測定され得る。また、翻訳産物の発現量は、細胞から抽出液を調製し、免疫学的手法により測定され得る。免疫学的手法としては、放射性同位元素免疫測定法（ＲＩＡ法）、ＥＬＩＳＡ法（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．７０：４１９−４３９（１９８０））、蛍光抗体法などが使用できる。
一方、標的遺伝子Ｙの発現を測定可能な細胞として、標的遺伝子Ｙ転写調節領域についてレポーターアッセイを可能とする細胞を用いた場合、発現量は、レポーターのシグナル強度に基づき測定され得る。
また、発現量は、標的遺伝子Ｙの総発現量に基づいて測定するのではなく、標的遺伝子Ｙの個々のアイソフォーム（例えば、スプライシングバリアント）に対する発現量あるいはアイソフォーム間の発現比に基づいて測定してもよい。
さらには、標的遺伝子Ｙが細胞内に局在する因子の遺伝子である場合、発現量は、細胞内局在に基づいて測定することもできる。所定の細胞内器官に局在する標的タンパク質Ｙの量は、自体公知の方法により測定できる。例えば、ＧＦＰ遺伝子等の蛍光タンパク質をコードする遺伝子と融合させた標的遺伝子Ｙを適切な細胞に導入し、培養培地において被験物質の存在下で培養する。次いで、共焦点顕微鏡により所定の細胞内器官における蛍光シグナルを観察し、被験物質の非存在下での該器官における蛍光シグナルと比較すればよい。また、標的タンパク質Ｙに対する抗体を用いる免疫染色によっても、所定の細胞内器官に局在する標的タンパク質Ｙの量を測定できる。
次いで、被験物質を接触させた細胞における標的遺伝子Ｙの発現量が、被験物質を接触させない対照細胞における標的遺伝子Ｙの発現量と比較される。発現量の比較は、好ましくは、有意差の有無に基づいて行なわれる。被験物質を接触させない対照細胞における標的遺伝子Ｙの発現量は、被験物質を接触させた細胞における標的遺伝子Ｙの発現量の測定に対し、事前に測定した発現量であっても、同時に測定した発現量であってもよいが、実験の精度、再現性の観点から同時に測定した発現量であることが好ましい。
方法論ＩＩの工程（ｃ）では、標的遺伝子Ｙの発現量を調節する被験物質が選択される。標的遺伝子Ｙの発現量の調節は、発現量の促進または抑制であり得る。このように選択された被験物質は、生理活性物質Ｘに関連する作用の調節に有用であり得る。
別の実施形態では、スクリーニング方法Ｉａは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質を標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の該タンパク質に対する結合能を測定する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の結果に基づいて、該タンパク質に結合能を有する被験物質を選択する工程。
上記（ａ）〜（ｃ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＩＩＩ」と省略する。
方法論ＩＩＩの工程（ａ）では、被験物質が標的タンパク質Ｙまたはその変異タンパク質と接触条件下におかれる。被験物質の該タンパク質に対する接触は、溶液中での被験物質と該タンパク質との混合により行われ得る。
標的タンパク質Ｙは自体公知の方法により調製できる。例えば、上述した標的遺伝子Ｙの発現組織から標的タンパク質Ｙを単離・精製できる。しかしながら、迅速、容易かつ大量に標的タンパク質Ｙを調製し、また、ヒト標的タンパク質Ｙを調製するためには、遺伝子組換え技術により組換えタンパク質を調製するのが好ましい。組換えタンパク質は、細胞系、無細胞系のいずれで調製したものでもよい。生理活性物質Ｘに結合能を有する変異タンパク質もまた、当業者であれば、自体公知の方法により容易に調製できる。変異タンパク質は上述の通りである。
方法論ＩＩＩの工程（ｂ）では、該タンパク質に対する被験物質の結合能が測定される。結合能の測定は、自体公知の方法により行われ得る。また、結合能の他、結合強度、該タンパク質に対する結合における被験物質の濃度依存性などがさらに測定できる。結合強度、濃度依存性は、測定手段を適宜選択することで測定できる。
結合能の測定は、例えば、ＳＥＣ／ＭＳ（サイズ排除クロマトグラフィー／質量分析）法により行われ得る（Ｍｏｙ，Ｆ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，２００１，７３，５７１−５８１参照）。ＳＥＣ／ＭＳ法では、（１）精製したタンパク質に混合した多重化化合物標品を添加した後、遊離の化合物とタンパク質とをＳＥＣで分離する工程と、（２）タンパク質分画に含まれる結合化合物をＭＳによって同定する解析工程とから構成される。ＳＥＣ／ＭＳ法は、タンパク質、被験物質の双方とも非修飾、非固定の状態で結合能を解析できる点で優れている。ＳＥＣ／ＭＳ法では、被験物質のタンパク質に対する結合能のみならず、タンパク質に対する結合における被験物質の濃度依存性などについても同時に測定できる。
結合能の測定はまた、表面プラズモン共鳴を利用した測定手段、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅにより行われ得る。Ｂｉａｃｏｒｅでは、チップ上に固定したタンパク質において、被験物質のタンパク質に対する結合及び解離を測定し、被験物質を含有しない溶液をチップ上にロードした場合と比較する。そして、結合及び解離の速度あるいは結合量についての結果に基づいて、タンパク質に結合能を有する被験物質が選択される。Ｂｉａｃｏｒｅでは、被験物質のタンパク質に対する結合能のみならず、結合強度（例えば、Ｋｄ値）などについても同時に測定できる。
結合能を測定し得る他の方法としては、例えば、水晶振動子マイクロバランス（Ｑｕａｒｔｚ  Ｃｒｙｓｔａｌ  Ｍｉｃｒｏｂａｌａｎｃｅ：ＱＣＭ）法、二面偏波式干渉計（Ｄｕａｌ  Ｐｏｌａｒｉｓａｔｉｏｎ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｅｒ：ＤＰＩ）法、Ｃｏｕｐｌｅｄ  Ｗａｖｅｇｕｉｄｅ  Ｐｌａｓｍｏｎ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ法等のＳＰＲあるいは光学的な手法、免疫沈降法、等温滴定および示差走査カロリメトリー、キャピラリー電気泳動法、エナジートランスファー、蛍光相関分析等の蛍光分析法、さらにはＸ線結晶構造解析、Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ（ＮＭＲ）等の構造解析法が挙げられる。
また、結合能の測定に際しては、標的タンパク質Ｙ結合性物質をコントロールとして用いることもできる。
「標的タンパク質Ｙ結合性物質」とは、標的タンパク質Ｙまたはその変異タンパク質と直接的に相互作用可能な化合物であり、例えば、タンパク質、核酸、糖質、脂質、低分子有機化合物であり得る。好ましくは、標的タンパク質Ｙ結合性物質は、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリン、アンピシリン、または標的タンパク質Ｙ（生理活性物質Ｘの種類に応じて決定される）に結合能を有するそれらの誘導体（後述）、あるいはそれらの塩から選択され得る。
塩としては、特に限定されないが、医薬上許容され得る塩が好ましく、例えば無機塩基（例えば、ナトリウム、カリウムなどのアルカリ金属；カルシウム、マグネシウムなどのアルカリ土類金属；アルミニウム、アンモニウム）、有機塩基（例えば、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ピリジン、ピコリン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、ジシクロヘキシルアミン、Ｎ，Ｎ−ジベンジルエチレンジアミン）、無機酸（例えば、塩酸、臭化水素酸、硝酸、硫酸、リン酸）、有機酸（例えば、ギ酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、フマル酸、シュウ酸、酒石酸、マレイン酸、クエン酸、コハク酸、リンゴ酸、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸）、塩基性アミノ酸（例えば、アルギニン、リジン、オルニチン）または酸性アミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）との塩などが挙げられる。
さらに、結合能は、標的タンパク質Ｙの総結合能に基づいて測定するのではなく、標的タンパク質Ｙの個々のアイソフォーム（例えば、スプライシングバリアント）に対する結合能あるいはアイソフォーム間の結合能比に基づいて測定してもよい。
また、結合能の測定は、インシリコで行うこともできる。例えば、結合能の測定は、ＳＢＤＤ（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−Ｂａｓｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ：ＳＢＤＤ）、ＣＡＤＤ（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ−Ａｉｄｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ）に基づいて行われ得る。このようなスクリーニングの例としては、バーチャルスクリーニング、ｄｅ  ｎｏｖｏデザイン、ファーマコフォー分析、ＱＳＡＲ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）などが挙げられる。このようなスクリーニングの際にタンパク質自体、あるいはタンパク質の標的部位の立体構造の情報が必要とされる場合、ＮＭＲ、Ｘ線結晶解析、放射光解析等の構造解析法により立体構造が判明しているならばその情報が使用され、立体構造が判明していないならばｈｏｍｏｌｏｇｙ法、Ｔｈｒｅａｄｉｎｇ法等の構造予測法により得られる情報などが使用される。また、バーチャルスクリーニングでは、自体公知のプログラムを用いることができ、このようなプログラムとしては、例えば、ＤＯＣＫ（Ｋｕｎｔｚ，Ｉ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９２，２５７，１０７８）、Ｇｏｌｄ（Ｊｏｎｅｓ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９５，２４５，４３）、ＦｌｅｘＸ（Ｒａｒｅｙ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９６，２６１，４７０）、ＡｕｔｏＤｏｃｋ（Ｍｏｒｒｉｓ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，１９，１６３９）、ＩＣＭ（Ａｂａｇｙａｎ，Ｒ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．，１９９４，１５，４８８）などが挙げられる。
方法論ＩＩＩの工程（ｃ）では、標的タンパク質Ｙまたはその変異タンパク質に結合能を有する被験物質が選択される。該タンパク質に結合能を有する被験物質は、標的タンパク質Ｙの機能を促進または抑制し得る。このように選択された被験物質は、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の調節に有用であり得る。
さらに別の実施形態では、スクリーニング方法Ｉａは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質を、標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質に結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程。
上記（ａ）〜（ｃ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＩＶ」と省略する。
方法論ＩＶの工程（ａ）では、被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質のいずれもが標的タンパク質Ｙまたはその変異タンパク質と接触条件下におかれる。被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する接触は、溶液中での被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質、該タンパク質の混合により行われ得る。また、該タンパク質に対して被験物質、標的タンパク質Ｙ結合性物質を接触させる順番は特に限定されず、いずれかを先に該タンパク質に接触させても、同時に接触させてもよい。
標的タンパク質Ｙおよび生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質は自体公知の方法により調製できる。例えば、該タンパク質の調製は、方法論ＩＩＩで上述した方法により行われ得る。
標的タンパク質Ｙ結合性物質は、標識されていても未標識であってもよく。また、標識体と未標識体を所定の割合で含む混合物も標的タンパク質Ｙ結合性物質として使用できる。標識用物質は上述の通りである。
方法論ＩＶの工程（ｂ）では、先ず、被験物質の存在下、標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量が測定される。結合量の測定は、用いた標的タンパク質Ｙ結合性物質の種類、標識の有無などを考慮し、自体公知の方法により行われ得る。また、結合量の他、結合強度（例えば、Ｋｄ値）、該タンパク質に対する結合における被験物質の濃度依存性などがさらに測定できる。結合強度、濃度依存性は、測定手段を適宜選択することで測定できる。
結合量の測定は、例えば、標識された標的タンパク質Ｙ結合性物質を用いて行われ得る。該タンパク質に結合した標的タンパク質Ｙ結合性物質と未結合の標的タンパク質Ｙ結合性物質は、結合量の測定前に分離され得る。
結合量の測定はまた、方法論ＩＩＩで上述したＳＥＣ／ＭＳ（サイズ排除クロマトグラフィー／質量分析）法、表面プラズモン共鳴を利用した測定手段により行われ得る。
結合量を測定し得る他の方法としては、例えば、ＱＣＭ法、ＤＰＩ法、Ｃｏｕｐｌｅｄ  Ｗａｖｅｇｕｉｄｅ  Ｐｌａｓｍｏｎ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ法等のＳＰＲあるいは光学的な手法、免疫沈降法、等温滴定および示差走査カロリメトリー、キャピラリー電気泳動法、エナジートランスファー、蛍光相関分析等の蛍光分析法、さらにはＸ線結晶構造解析、Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ（ＮＭＲ）等の構造解析法が挙げられる。
また、結合能は、標的タンパク質Ｙの総結合量に基づいて測定するのではなく、標的タンパク質Ｙの個々のアイソフォーム（例えば、スプライシングバリアント）に対する結合能あるいはアイソフォーム間の結合能比に基づいて測定してもよい。
次いで、被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量が、被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量と比較される。結合量の比較は、好ましくは、有意差の有無に基づいて行われる。被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量は、被験物質の存在下における標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量の測定に対し、事前に測定した結合量であっても、同時に測定した結合量であってもよいが、実験の精度、再現性の観点から同時に測定した結合量であることが好ましい。
方法論ＩＶの工程（ｃ）では、標的タンパク質Ｙ結合性物質の該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質が選択される。結合量の変化は、例えば、結合量の低下または増加であり得るが、結合量の低下が好ましい。このように選択された被験物質は、生理活性物質Ｘに関連する作用の調節に有用であり得る。
スクリーニング方法Ｉａは、（ｄ）（ｉ）選択された被験物質が生理活性物質Ｘに関連する作用を調節、例えば促進または抑制し得ることを確認する工程（確認工程）、または（ｉｉ）選択された被験物質が有する作用の種類を同定する工程（同定工程）をさらに含むことができる。確認工程または同定工程は、例えば、正常な動物に対し、あるいは「生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態」の動物またはモデル動物に対し、選択された被験物質を投与することで行なわれ得る。あるいは、これらの工程は、被験物質を細胞に接触させ、接触後の細胞の表現型の変化を評価することで行うこともできる。また、かかる同定工程によれば、選択された被験物質が有する「生理活性物質Ｘに関連する作用」の種類を決定でき、選択された被験物質が医薬または研究用試薬のいずれか、あるいはその両方として使用可能であるか否かを、および該被験物質が使用可能な医薬または研究用試薬の種類を確認できる。
スクリーニング方法Ｉａはまた、動物への被験物質の投与により行うこともできる。この場合、例えば、標的遺伝子Ｙの発現量のみならず、標的タンパク質Ｙの発現量（例えば、被験物質が投与された動物の所定の組織または細胞における標的タンパク質Ｙの存在量、細胞内局在量）もまた測定され得る。該動物としては、例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ、イヌ、サル等の哺乳動物、ニワトリ等の鳥類が挙げられる。動物を用いて本発明のスクリーニング方法が行われる場合、例えば、標的遺伝子Ｙの発現量を調節する被験物質が選択され得る。
スクリーニング方法Ｉａはさらに、標的遺伝子Ｙの種類に応じた種々の方法論にて行われ得る。例えば、標的遺伝子Ｙが転写因子の遺伝子である場合には、標的タンパク質Ｙとそれが結合する転写調節領域とを用いてレポーターアッセイを行うことにより、標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節する物質をスクリーニングできる。
また、標的遺伝子Ｙが細胞内に局在する因子の遺伝子である場合には、標的タンパク質Ｙの細胞内局在の変化に基づき、スクリーニング方法Ｉａを行うこともできる。所定の細胞内器官に局在する標的タンパク質Ｙの量は、自体公知の方法により測定できる。例えば、ＧＦＰ遺伝子等の蛍光タンパク質をコードする遺伝子と融合させた標的遺伝子Ｙを適切な細胞に導入し、培養培地において被験物質の存在下で培養する。次いで、共焦点顕微鏡により所定の細胞内器官における蛍光シグナルを観察し、被験物質の非存在下での該器官における蛍光シグナルと比較すればよい。また、標的タンパク質Ｙに対する抗体を用いる免疫染色によっても、所定の細胞内器官に局在する標的タンパク質Ｙの量を測定できる。
さらに、標的遺伝子Ｙが酵素の遺伝子の場合には、当該酵素の触媒活性の変化に基づき、スクリーニング方法Ｉａを行うこともできる。酵素の触媒活性は、酵素の種類に応じて基質、補酵素等を適宜選択することで、自体公知の方法により測定できる。
また、標的遺伝子Ｙが膜タンパク質（例えば、受容体、トランスポーター）の遺伝子の場合には、当該膜タンパク質の機能の変化に基づき、スクリーニング方法Ｉを行うことができる。例えば、標的遺伝子Ｙが受容体の遺伝子である場合には、当該受容体により媒介される細胞内事象（例えば、イノシトールリン脂質の産生、細胞内ｐＨ変動、カルシウムイオン・塩素イオン等のイオンの細胞内動態）に基づき、本発明のスクリーニング方法が行われ得る。また、標的遺伝子Ｙがトランスポーターの遺伝子である場合には、当該トランスポーターの基質の細胞内濃度変化に基づき、本発明のスクリーニング方法が行われ得る。
さらに、標的遺伝子Ｙが可溶性（分泌）因子の遺伝子である場合には、動物における当該因子の血中濃度の変化に基づき、スクリーニング方法Ｉａが行われ得る。動物への被験物質の投与、動物からの採血、および因子の血中濃度の測定は、自体公知の方法により行われ得る。
スクリーニング方法Ｉａは、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニングを可能とする。従って、スクリーニング方法Ｉａは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の予防・治療剤、並びに該疾患または該状態の研究用試薬の開発などに有用である。
２．１．２．標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得ない被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法Ｉｂ）
本発明は、被験物質が標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得るか否かを評価し、標的タンパク質Ｙの発現または機能を調節し得ない被験物質を選択することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用（なかでも、既知標的分子に関連する作用および／または生理活性物質Ｘが実際に示す薬理作用）を調節し得る物質（例えば、生理活性物質Ｘが実際に示す薬理作用を有する、生理活性物質Ｘと同様の医薬用途に用いられ得る物質であって、生理活性物質Ｘが実際に示す副作用を有しないまたは該副作用が低減された物質）のスクリーニング方法を提供する。
スクリーニング方法Ｉｂは、上述した方法論Ｉ〜ＩＶの工程（ｃ）において変化をもたらさない、あるいは結合能又は調節能を有しない被験物質を選択すること以外は、方法論Ｉ〜ＩＶと同様に行われ得る。
スクリーニング方法Ｉｂでは、用いられる被験物質は、既知の標的分子の発現または機能を調節し得るもの、あるいは被験物質が生理活性物質Ｘに関連する作用（なかでも、生理活性物質Ｘが実際に示す薬理作用）を有するものであり得る。従って、スクリーニング方法Ｉｂは、被験物質が既知の標的分子の発現または機能を調節し得るか否かを評価することを含む、既知の標的分子に関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法と組合せて用いることができる。既知の標的分子に関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法は、上述したスクリーニング方法Ｉａと同様に行われ得る。あるいは、スクリーニング方法Ｉｂは、被験物質が生理活性物質Ｘに関連する作用（なかでも、生理活性物質Ｘが実際に示す薬理作用）を調節し得るか否かを評価することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る物質のスクリーニング方法と組合せて用いることができる。このようなスクリーニング方法は、動物または細胞を用いて、上述したスクリーニング方法Ｉａの工程（ｄ）と同様に行われ得る。
スクリーニング方法Ｉｂは、既知標的分子に関連する作用の調節能および／または生理活性物質Ｘが実際に示す薬理作用を有し、且つ生理活性物質Ｘが示す副作用が低減した医薬の開発を可能とする。従って、スクリーニング方法Ｉｂは、既知標的分子に関連する作用の調節能を有する既存医薬の改良などに有用である。
２．２．標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る物質のスクリーニング方法（スクリーニング方法ＩＩ）
本発明は、被験物質が標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する生理活性物質Ｘの結合能を調節し得るか否かを評価することを含む、標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る物質のスクリーニング方法を提供する。
本スクリーニング方法を、必要に応じて「スクリーニング方法ＩＩ」と省略する。
一実施形態では、スクリーニング方法ＩＩは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質を標的タンパク質Ｙに接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における該タンパク質の機能レベルを測定し、該機能レベルを生理活性物質Ｘの存在下における該タンパク質の機能レベルと比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、該タンパク質の機能レベルの変化をもたらす、被験物質を選択する工程。
上記の工程（ａ）〜（ｃ）を含む方法論は、工程（ｂ）の比較対照が「被験物質の非存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベル」ではなく「生理活性物質Ｘの存在下における標的タンパク質Ｙの機能レベル」であること以外は、方法論Ｉと同様である。
別の実施形態では、スクリーニング方法ＩＩは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質と標的タンパク質Ｙ又はそれをコードする遺伝子の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程；
（ｂ）被験物質を接触させた細胞における発現量を測定し、該発現量を生理活性物質Ｘを接触させた対照細胞における発現量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、発現量を調節する被験物質を選択する工程。
上記の工程（ａ）〜（ｃ）を含む方法論は、工程（ｂ）の比較対照が「被験物質を接触させない対照細胞における発現量」ではなく「生理活性物質Ｘを接触させた対照細胞における発現量」であること以外は、方法論ＩＩと同様である。
一実施形態では、スクリーニング方法ＩＩは、下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）を含む：
（ａ）被験物質、生理活性物質Ｘを、標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に接触させる工程；
（ｂ）被験物質の存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量を測定し、該結合量を被験物質の非存在下における生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量と比較する工程；
（ｃ）上記（ｂ）の比較結果に基づいて、生理活性物質Ｘの該タンパク質に対する結合量の変化をもたらす被験物質を選択する工程。
上記の工程（ａ）〜（ｃ）を含む方法論は、「標的タンパク質Ｙ結合性物質」の代わりに「生理活性物質Ｘ」を用いること以外は、方法論ＩＶと同様である。
スクリーニング方法ＩＩは、例えば、標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る物質、あるいは標的タンパク質Ｙに対するプローブのスクリーニングなどを可能とする。従って、スクリーニング方法ＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の予防・治療剤、並びに該疾患または該状態の研究用試薬のスクリーニングなどに有用である。
２．３．スクリーニング方法により得られる成果物
本発明は、上記スクリーニング方法、例えばスクリーニング方法Ｉ、ＩＩにより得られる成果物を提供する。
本発明のスクリーニング方法により提供される成果物は、本発明のスクリーニング方法により得られる物質、および該スクリーニング方法により得られる物質を含有してなる、生理活性の調節剤（後述）であり得る。
本発明のスクリーニング方法により提供される成果物は、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、あるいは標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の予防・治療に、あるいは該疾患または該状態の研究用試薬などとして有用である。
３．調節剤
本発明は、生理活性物質の標的遺伝子の発現または機能を調節する物質を含有してなる、生理活性の調節剤を提供する。本発明の調節剤は、調節される生理活性の観点から、生理活性物質Ｘに関連する作用の調節剤、および標的遺伝子Ｙに関連する機能の調節剤に大別できる。以下、それぞれの調節剤を詳述する。
３．１．生理活性物質Ｘに関連する作用の調節剤（調節剤Ｉ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの発現又は機能を調節する物質を含有してなる、生理活性物質Ｘに関連する作用の調節剤を提供する。
本調節剤を、必要に応じて「調節剤Ｉ」と省略する。
標的遺伝子Ｙの発現又は機能を調節する物質は、例えば、標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質であり得る。発現とは、標的遺伝子Ｙ翻訳産物が産生され且つ機能的な状態でその作用部位に局在することをいう。従って、発現を抑制する物質は、遺伝子の転写、転写後調節、翻訳、翻訳後修飾、局在化及びタンパク質フォールディング等の、いかなる段階で作用するものであってもよい。
詳細には、標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質としては、転写抑制因子、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤、ＲＮＡ分解酵素、タンパク質合成阻害剤、核内移行阻害剤、タンパク質分解酵素、タンパク質変性剤等が例示されるが、細胞内で発現する他の遺伝子・タンパク質に及ぼす悪影響を最小限にするためには、標的分子に特異的に作用し得る物質であることが重要である。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質の例は、標的遺伝子Ｙの転写産物、詳細にはｍＲＮＡもしくは初期転写産物に対するアンチセンス核酸である。「アンチセンス核酸」とは、標的ｍＲＮＡ（初期転写産物）を発現する細胞の生理的条件下で該標的ｍＲＮＡ（初期転写産物）とハイブリダイズし得る塩基配列からなり、且つハイブリダイズした状態で該標的ｍＲＮＡ（初期転写産物）にコードされるポリペプチドの翻訳を阻害し得る核酸をいう。アンチセンス核酸の種類はＤＮＡであってもＲＮＡであってもよいし、あるいはＤＮＡ／ＲＮＡキメラであってもよい。また、天然型のアンチセンス核酸は、細胞中に存在する核酸分解酵素によってそのリン酸ジエステル結合が容易に分解されるので、本発明のアンチセンス核酸は、分解酵素に安定なチオリン酸型（リン酸結合のＰ＝ＯをＰ＝Ｓに置換）や２’−Ｏ−メチル型等の修飾ヌクレオチドを用いて合成もできる。アンチセンス核酸の設計に重要な他の要素として、水溶性及び細胞膜透過性を高めること等が挙げられるが、これらはリポソームやマイクロスフェアを使用するなどの剤形の工夫によっても克服できる。
アンチセンス核酸の長さは、標的遺伝子Ｙの転写産物と特異的にハイブリダイズし得る限り特に制限はなく、短いもので約１５塩基程度、長いものでｍＲＮＡ（初期転写産物）の全配列に相補的な配列を含むような配列であってもよい。合成の容易さや抗原性の問題等から、例えば約１５塩基以上、好ましくは約１５〜約３０塩基からなるオリゴヌクレオチドが例示される。
アンチセンス核酸の標的配列は、アンチセンス核酸がハイブリダイズすることにより、標的遺伝子Ｙもしくはその機能的断片の翻訳が阻害される配列であれば特に制限はなく、ｍＲＮＡの全配列であっても部分配列であってもよいし、あるいは初期転写産物のイントロン部分であってもよいが、アンチセンス核酸としてオリゴヌクレオチドを使用する場合は、標的配列は標的遺伝子ＹのｍＲＮＡの５’末端からコード領域のＣ末端までに位置することが望ましい。
さらに、アンチセンス核酸は、標的遺伝子Ｙの転写産物とハイブリダイズして翻訳を阻害するだけでなく、二本鎖ＤＮＡ形態の標的遺伝子Ｙと結合して三重鎖（トリプレックス）を形成し、ｍＲＮＡへの転写を阻害し得るものであってもよい。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質の別の例は、標的遺伝子Ｙ転写産物、詳細にはｍＲＮＡもしくは初期転写産物を、コード領域の内部（初期転写産物の場合はイントロン部分を含む）で特異的に切断し得るリボザイムである。「リボザイム」とは核酸を切断する酵素活性を有するＲＮＡをいうが、最近では当該酵素活性部位の塩基配列を有するオリゴＤＮＡも同様に核酸切断活性を有することが明らかになっているので、本発明では配列特異的な核酸切断活性を有する限りＤＮＡをも包含する概念として用いるものとする。リボザイムとして最も汎用性の高いものとしては、ウイロイドやウイルソイド等の感染性ＲＮＡに見られるセルフスプライシングＲＮＡがあり、ハンマーヘッド型やヘアピン型等が知られている。また、リボザイムを、それをコードするＤＮＡを含む発現ベクターの形態で使用する場合には、細胞質への移行を促進するために、ｔＲＮＡを改変した配列をさらに連結したハイブリッドリボザイムとすることもできる［Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２９（１３）：２７８０−２７８８（２００１）］。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質のさらに別の例は、デコイ核酸である。デコイ核酸とは、転写調節因子が結合する領域を模倣する核酸分子をいい、標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質としてのデコイ核酸は、標的遺伝子Ｙに対する転写活性化因子が結合する領域を模倣する核酸分子であり得る。
デコイ核酸としては、例えば、リン酸ジエステル結合部分の酸素原子を硫黄原子で置換したチオリン酸ジエステル結合を有するオリゴヌクレオチド（Ｓ−オリゴ）、又はリン酸ジエステル結合を電荷を持たないメチルホスフェート基で置換したオリゴヌクレオチドなど、生体内でオリゴヌクレオチドが分解を受けにくくするために改変したオリゴヌクレオチドなどが挙げられる。デコイ核酸は転写活性化因子が結合する領域と完全に一致していてもよいが、標的遺伝子Ｙに対する転写活性化因子が結合し得る程度の同一性を保持していればよい。デコイ核酸の長さは転写活性化因子が結合する限り特に制限されない。また、デコイ核酸は、同一領域を反復して含んでいてもよい。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質のさらに別の例は、標的遺伝子Ｙ転写産物、詳細にはｍＲＮＡもしくは初期転写産物のコード領域内の部分配列（初期転写産物の場合はイントロン部分を含む）に相補的な二本鎖オリゴＲＮＡ、いわゆるｓｉＲＮＡである。短い二本鎖ＲＮＡを細胞内に導入するとそのＲＮＡに相補的なｍＲＮＡが分解される、いわゆるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）と呼ばれる現象は、以前から線虫、昆虫、植物等で知られていたが、最近、この現象が動物細胞でも起こることが確認されたことから［Ｎａｔｕｒｅ，４１１（６８３６）：４９４−４９８（２００１）］、リボザイムの代替技術として注目されている。ｓｉＲＮＡとしては、後述の通り自ら合成したものを使用できるが、市販のものを用いてもよい。
アンチセンスオリゴヌクレオチド及びリボザイムは、標的遺伝子ＹのｃＤＮＡ配列もしくはゲノミックＤＮＡ配列に基づいて標的遺伝子Ｙ転写産物、詳細にはｍＲＮＡもしくは初期転写産物の標的配列を決定し、市販のＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機（アプライド・バイオシステムズ社、ベックマン社等）を用いて、これに相補的な配列を合成することにより調製できる。デコイ核酸、ｓｉＲＮＡは、センス鎖及びアンチセンス鎖をＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機でそれぞれ合成し、適当なアニーリング緩衝液中、約９０〜約９５℃で約１分程度変性させた後、約３０〜約７０℃で約１〜約８時間アニーリングさせることにより調製できる。また、相補的なオリゴヌクレオチド鎖を交互にオーバーラップするように合成して、これらをアニーリングさせた後リガーゼでライゲーションすることにより、より長い二本鎖ポリヌクレオチドを調製できる。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質の別の例は、標的タンパク質Ｙに対する抗体である。該抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体のいずれであってもよく、周知の免疫学的手法により作製できる。また、該抗体は、抗体のフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２）、組換え抗体（例えば、単鎖抗体）であってもよい。さらに、該抗体をコードする核酸（プロモーター活性を有する核酸に機能可能に連結されたもの）もまた、標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質として好ましい。
例えば、ポリクローナル抗体は、標的タンパク質Ｙあるいはそのフラグメント（必要に応じて、ウシ血清アルブミン、ＫＬＨ（Ｋｅｙｈｏｌｅ  Ｌｉｍｐｅｔ  Ｈｅｍｏｃｙａｎｉｎ）等のキャリアタンパク質に架橋した複合体とすることもできる）を抗原として、市販のアジュバント（例えば、完全または不完全フロイントアジュバント）とともに、動物の皮下あるいは腹腔内に２〜３週間おきに２〜４回程度投与し（部分採血した血清の抗体価を公知の抗原抗体反応により測定し、その上昇を確認しておく）、最終免疫から約３〜約１０日後に全血を採取して抗血清を精製することにより取得できる。抗原を投与する動物としては、ラット、マウス、ウサギ、ヤギ、モルモット、ハムスターなどの哺乳動物が挙げられる。
また、モノクローナル抗体は、細胞融合法（例えば、渡邊武、細胞融合法の原理とモノクローナル抗体の作成、谷内昭、高橋利忠編、「モノクローナル抗体とがん−基礎と臨床−」、第２−１４頁、サイエンスフォーラム出版、１９８５年）により作成することができる。例えば、マウスに該因子を市販のアジュバントと共に２〜４回皮下あるいは腹腔内に投与し、最終投与の約３日後に脾臓あるいはリンパ節を採取し、白血球を採取する。この白血球と骨髄腫細胞（例えば、ＮＳ−１，Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８など）を細胞融合して該因子に対するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを得る。細胞融合はＰＥＧ法［Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，８１（２）：２２３−２２８（１９８５）］でも電圧パルス法［Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，７（６）：６２７−６３３（１９８８）］であってもよい。所望のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマは、周知のＥＩＡまたはＲＩＡ法等を用いて抗原と特異的に結合する抗体を、培養上清中から検出することにより選択できる。モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマの培養は、インビトロ、またはマウスもしくはラット、このましくはマウス腹水中等のインビボで行うことができ、抗体はそれぞれハイブリドーマの培養上清および動物の腹水から取得できる。
しかしながら、ヒトにおける治療効果と安全性を考慮すると、本発明の抗体は、キメラ抗体、ヒト化又はヒト型抗体であってもよい。キメラ抗体は、例えば「実験医学（臨時増刊号），Ｖｏｌ．６，Ｎｏ．１０，１９８８」、特公平３−７３２８０号公報等を、ヒト化抗体は、例えば特表平４−５０６４５８号公報、特開昭６２−２９６８９０号公報等を、ヒト抗体は、例えば「Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｖｏｌ．１５，ｐ．１４６−１５６，１９９７」、「Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｖｏｌ．７，ｐ．１３−２１，１９９４」、特表平４−５０４３６５号公報、国際出願公開ＷＯ９４／２５５８５号公報、「日経サイエンス、６月号、第４０〜第５０頁、１９９５年」、「Ｎａｔｕｒｅ，Ｖｏｌ．３６８，ｐ．８５６−８５９，１９９４」、特表平６−５００２３３号公報等を参考にそれぞれ作製することができる。
標的遺伝子Ｙの発現又は機能を調節する物質はまた、標的遺伝子Ｙの機能を抑制する物質であり得る。
標的遺伝子Ｙの機能を抑制する物質としては、標的遺伝子Ｙの作用を妨げ得る物質である限り特に限定されないが、他の遺伝子・タンパク質に及ぼす悪影響を最小限にするためには、標的分子に特異的に作用し得る物質であることが重要である。標的遺伝子Ｙの機能を特異的に抑制する物質としては、標的タンパク質Ｙのドミナントネガティブ変異体、該変異体をコードする核酸（プロモーター活性を有する核酸に機能可能に連結されたもの）が例示される。
標的タンパク質Ｙのドミナントネガティブ変異体とは、標的タンパク質Ｙに対する変異の導入によりその活性が低減したものをいう。該ドミナントネガティブ変異体は、天然の標的タンパク質Ｙと競合することで間接的にその活性を阻害することができる。該ドミナントネガティブ変異体は、標的遺伝子Ｙをコードする核酸に変異を導入することによって作製することができる。変異としては、例えば、機能性ドメインにおける、当該ドメインが担う機能の低下をもたらすようなアミノ酸の変異（例えば、１以上のアミノ酸の欠失、置換、付加）が挙げられる。該変異は、ＰＣＲや公知のキットを用いる自体公知の方法により導入できる。
標的遺伝子Ｙの発現を抑制する物質が、核酸分子である場合、本発明の調節剤は、該核酸分子をコードする発現ベクターを有効成分とすることもできる。当該発現ベクターは、上記の核酸分子をコードするオリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドが、投与対象である哺乳動物の細胞内でプロモーター活性を発揮し得るプロモーターに機能的に連結されていなければならない。使用されるプロモーターは、投与対象である哺乳動物で機能し得るものであれば特に制限はないが、例えば、ＳＶ４０由来初期プロモーター、サイトメガロウイルスＬＴＲ、ラウス肉腫ウイルスＬＴＲ、ＭｏＭｕＬＶ由来ＬＴＲ、アデノウイルス由来初期プロモーター等のウイルスプロモーター、並びにβ−アクチン遺伝子プロモーター、ＰＧＫ遺伝子プロモーター、トランスフェリン遺伝子プロモーター等の哺乳動物の構成タンパク質遺伝子プロモーターなどが挙げられる。
発現ベクターは、好ましくは核酸分子をコードするオリゴ（ポリ）ヌクレオチドの下流に転写終結シグナル、すなわちターミネーター領域を含有する。さらに、形質転換細胞選択のための選択マーカー遺伝子（テトラサイクリン、アンピシリン、カナマイシン、ハイグロマイシン、ホスフィノスリシン等の薬剤に対する抵抗性を付与する遺伝子、栄養要求性変異を相補する遺伝子等）をさらに含有することもできる。
発現ベクターとして使用される基本骨格のベクターは特に制限されないが、ヒト等の哺乳動物への投与に好適なベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス、ポックスウイルス、ポリオウイルス、シンドビスウイルス、センダイウイルス等のウイルスベクターが挙げられる。アデノウイルスは、遺伝子導入効率が極めて高く、非分裂細胞にも導入可能である等の利点を有する。但し、導入遺伝子の宿主染色体への組込みは極めて稀であるので、遺伝子発現は一過性で通常約４週間程度しか持続しない。治療効果の持続性を考慮すれば、比較的遺伝子導入効率が高く、非分裂細胞にも導入可能で、且つ逆位末端繰り返し配列（ＩＴＲ）を介して染色体に組み込まれ得るアデノ随伴ウイルスの使用もまた好ましい。
標的タンパク質Ｙの発現又は機能を調節する物質はまた、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリン、アンピシリン、または標的タンパク質Ｙに結合能を有するそれらの誘導体（後述）、あるいはそれらの塩であり得る。
調節剤Ｉは、標的遺伝子Ｙの発現又は機能を調節する物質に加え、任意の担体、例えば医薬上許容され得る担体を含むことができる。
医薬上許容され得る担体としては、例えば、ショ糖、デンプン、マンニット、ソルビット、乳糖、グルコース、セルロース、タルク、リン酸カルシウム、炭酸カルシウム等の賦形剤、セルロース、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ポリプロピルピロリドン、ゼラチン、アラビアゴム、ポリエチレングリコール、ショ糖、デンプン等の結合剤、デンプン、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルスターチ、ナトリウム−グリコール−スターチ、炭酸水素ナトリウム、リン酸カルシウム、クエン酸カルシウム等の崩壊剤、ステアリン酸マグネシウム、エアロジル、タルク、ラウリル硫酸ナトリウム等の滑剤、クエン酸、メントール、グリシルリシン・アンモニウム塩、グリシン、オレンジ粉等の芳香剤、安息香酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、メチルパラベン、プロピルパラベン等の保存剤、クエン酸、クエン酸ナトリウム、酢酸等の安定剤、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ステアリン酸アルミニウム等の懸濁剤、界面活性剤等の分散剤、水、生理食塩水、オレンジジュース等の希釈剤、カカオ脂、ポリエチレングリコール、白灯油等のベースワックスなどが挙げられるが、それらに限定されるものではない。
経口投与に好適な製剤は、水、生理食塩水、オレンジジュースのような希釈液に有効量の物質を溶解させた液剤、有効量の物質を固体や顆粒として含んでいるカプセル剤、サッシェ剤または錠剤、適当な分散媒中に有効量の物質を懸濁させた懸濁液剤、有効量の物質を溶解させた溶液を適当な分散媒中に分散させ乳化させた乳剤等である。
非経口的な投与（例えば、皮下注射、筋肉注射、局所注入、腹腔内投与など）に好適な製剤としては、水性および非水性の等張な無菌の注射液剤があり、これには抗酸化剤、緩衝液、制菌剤、等張化剤等が含まれていてもよい。また、水性および非水性の無菌の懸濁液剤が挙げられ、これには懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、防腐剤等が含まれていてもよい。当該製剤は、アンプルやバイアルのように単位投与量あるいは複数回投与量ずつ容器に封入することができる。また、有効成分および医薬上許容され得る担体を凍結乾燥し、使用直前に適当な無菌のビヒクルに溶解または懸濁すればよい状態で保存することもできる。
調節剤Ｉの投与量は、有効成分の活性や種類、病気の重篤度、投与対象となる動物種、投与対象の薬物受容性、体重、年齢等によって異なり一概に云えないが、通常、成人１日あたり有効成分量として約０．００１〜約５００ｍｇ／ｋｇである。
調節剤Ｉは、生理活性物質Ｘに関連する作用の調節、例えば抑制又は促進を可能とする。従って、調節剤Ｉは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の予防・治療に、並びに該疾患または該状態の研究用試薬などに有用である。
３．２．標的遺伝子Ｙに関連する機能の調節剤（調節剤ＩＩ）
本発明は、生理活性物質Ｘを含有してなる標的遺伝子Ｙに関連する機能の調節剤を提供する。
本調節剤を、必要に応じて「調節剤ＩＩ」と省略する。
生理活性物質Ｘは、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリン、アンピシリン、または標的タンパク質Ｙに結合能を有するそれらの誘導体（後述）、あるいはそれらの塩であり得る。
調節剤ＩＩは、生理活性物質Ｘに加え、任意の担体、例えば、医薬上許容され得る担体を含むことができる。調節剤ＩＩの投与量は、調節剤Ｉと同様である。
調節剤ＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する機能の調節、例えば抑制又は促進を可能とする。従って、調節剤ＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の予防・治療に、並びに該疾患の研究用試薬などに有用である。
４．誘導体の製造方法、および該方法により得られる成果物
本発明は、標的遺伝子の発現または機能を調節し得るように生理活性物質を誘導体化することを含む、生理活性物質の誘導体の製造方法、及びその成果物を提供する。本発明の製造方法は、本製造方法により得られる誘導体の作用または機能の種類の観点から、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る生理活性物質Ｘの誘導体、および標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法に大別できる。以下、それぞれの製造方法を詳述する。
４．１．生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る、生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法（製造方法Ｉ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの発現または機能を調節し得るように生理活性物質Ｘを誘導体化することを含む、生理活性物質Ｘに関連する作用を調節し得る生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法を提供する。
本製造方法を、必要に応じて「製造方法Ｉ」と省略する。
誘導体化とは、リード化合物中の特定の原子または基を、他の原子または基で置換することにより得られる化合物、あるいはリード化合物に対する付加反応により得られる化合物を仮想的に、または実際に合成することを意味する。
生理活性物質Ｘの誘導体化は、標的遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を保持するように、必要に応じて、得られる誘導体の水溶性／脂溶性、安定性、体内動態、バイオアベイラビリティー、毒性等のその他の性質についても考慮するように行われ得る。生理活性物質Ｘの誘導体化は、例えば、標的遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を向上し得るように誘導体化され得る。生理活性物質Ｘの誘導体化はまた、標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得るように誘導体化され得る。
標的遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を保持するような生理活性物質Ｘの誘導体化は、例えば、ＳＢＤＤ（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−Ｂａｓｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ）、ＣＡＤＤ（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ−Ａｉｄｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ）に基づいて行われ得る。このような設計の例としては、バーチャルスクリーニング、ｄｅ  ｎｏｖｏデザイン、ファーマコフォー分析、ＱＳＡＲ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）などが挙げられる。このような設計の際にタンパク質自体、あるいはタンパク質の標的部位の立体構造の情報が必要とされる場合、ＮＭＲ、Ｘ線結晶解析、放射光解析等の構造解析法により立体構造が判明しているならばその情報が使用され、立体構造が判明していないならばｈｏｍｏｌｏｇｙ法、Ｔｈｒｅａｄｉｎｇ法等の構造予測法により得られる情報などが使用される。また、バーチャルスクリーニングでは、自体公知のプログラムを用いることができ、このようなプログラムとしては、例えば、ＤＯＣＫ（Ｋｕｎｔｚ，Ｉ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９２，２５７，１０７８）、Ｇｏｌｄ（Ｊｏｎｅｓ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９５，２４５，４３）、ＦｌｅｘＸ（Ｒａｒｅｙ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９６，２６１，４７０）、ＡｕｔｏＤｏｃｋ（Ｍｏｒｒｉｓ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，１９，１６３９）、ＩＣＭ（Ａｂａｇｙａｎ，Ｒ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．，１９９４，１５，４８８）などが挙げられる。
標的遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を保持するような生理活性物質Ｘの誘導体化はまた、例えば、生物学的検証に基づいて行われ得る。この場合、例えば、上述の方法論Ｉ〜ＩＩＩが用いられ得る。さらに、上述したＳＢＤＤ、ＣＡＤＤ等の方法と生物学的検証とを併用してもよい。
誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ（リード化合物）中の特定の原子は、リード化合物中に存在する原子である限り限定されず、例えば、水素原子、ハロゲン原子（例えば、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子）、酸素原子、硫黄原子、窒素原子、炭素原子などが挙げられる。
誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ中の特定の基は、生理活性物質Ｘ中に存在する基である限り限定されず、例えば分子量１〜５００、好ましくは分子量１〜３００、より好ましくは分子量１〜２００、最も好ましくは分子量１〜１００の基であり得る。該特定の基としては、例えば、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８炭化水素基、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８アシル基、置換されていてもよい芳香族または非芳香族のＣ３〜Ｃ１４炭化水素環基、あるいは置換されていてもよい芳香族または非芳香族のＣ３〜Ｃ１４複素環基、アミノ基、炭素数１〜４のアルキル基あるいは炭素数２〜８のアシル基でモノあるいはジ置換されたアミノ基、アミジノ基、カルバモイル基、炭素数１〜４のアルキル基でモノあるいはジ置換されたカルバモイル基、スルファモイル基、炭素数１〜４のアルキル基でモノあるいはジ置換されたスルファモイル基、カルボキシル基、炭素数２〜８のアルコキシカルボニル基、ヒドロキシ基、１〜３個のハロゲン原子で置換されていてもよい炭素数１〜６のアルコキシ基、１〜３個のハロゲン原子で置換されていてもよい炭素数２〜５のアルケニルオキシ基、炭素数３〜７のシクロアルキルオキシ基、炭素数７〜９のアラルキルオキシ基、炭素数６〜１４のアリールオキシ基、チオール基、１〜３個のハロゲン原子で置換されていてもよい炭素数１〜６のアルキルチオ基、炭素数７〜９のアラルキルチオ基、炭素数６〜１４のアリールチオ基、スルホ基、シアノ基、アジド基、ニトロ基、ニトロソ基などが挙げられる。
置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８炭化水素基は、例えば、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８アルキル基、置換されていてもよいＣ２〜Ｃ８アルケニル基、置換されていてもよいＣ２〜Ｃ８アルキニル基であり得る。
置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８アルキル基のＣ１〜Ｃ８アルキル基としては、直鎖または分岐鎖のいずれでもよく、好ましくは炭素数１〜６であり、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル等が挙げられる。
置換されていてもよいＣ２〜Ｃ８アルケニル基のＣ２〜Ｃ８アルケニル基としては、直鎖または分岐鎖のいずれでもよく、好ましくは炭素数２〜６であり、例えば、エテニル、１−プロペニル、２−プロペニル、２−メチル−１−プロペニル、１−ブテニル、２−ブテニル、３−ブテニル等が挙げられる。
置換されていてもよいＣ２〜Ｃ８アルキニル基のＣ２〜Ｃ８アルキニル基としては、直鎖または分岐鎖のいずれでもよく、好ましくは炭素数２〜６であり、例えば、エチニル、１−プロピニル、２−プロピニル、１−ブチニル、２−ブチニル、３−ブチニル等が挙げられる。
置換されていてもよいＣ１〜Ｃ８アシル基のＣ１〜Ｃ８アシル基としては、直鎖または分岐鎖のいずれでもよく、好ましくは炭素数２〜６であり、例えば、ホルミル、アセチル、プロピノイル、ブタノイル、２−メチルプロピノイル等が挙げられる。
置換されていてもよい芳香族Ｃ３〜Ｃ１４炭化水素環基の芳香族Ｃ３〜Ｃ１４炭化水素環基としては、単環式、二環式または三環式のいずれでもよく、好ましくは炭素数３〜１２であり、例えば、フェニル、ナフチルが挙げられる。
置換されていてもよい非芳香族Ｃ３〜Ｃ１４炭化水素環基の非芳香族Ｃ３〜Ｃ１４炭化水素環基としては、飽和または不飽和の単環式、二環式または三環式のいずれでもよく、好ましくは炭素数３〜１２であり、例えば、シクロアルキル基（例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル）、シクロアルケニル基（例えば、２−シクロペンテン−１−イル、３−シクロペンテン−１−イル、２−シクロヘキセン−１−イル、３−シクロヘキセン−１−イル）、シクロアルカジエニル基（例えば、２，４−シクロペンタジエン−１−イル、２，４−シクロヘキサジエン−１−イル、２，５−シクロヘキサジエン−１−イル）等が挙げられる。
置換されていてもよい芳香族Ｃ３〜Ｃ１４複素環基の芳香族Ｃ３〜Ｃ１４複素環基としては、環構成原子として炭素原子以外に酸素原子、硫黄原子および窒素原子から選ばれるヘテロ原子を１〜５個含有する単環式、二環式または三環式の芳香族複素環基であり、好ましくは炭素数３〜１２である。単環式芳香族Ｃ３〜Ｃ１４複素環基の例としては、フリル、チエニル、ピロリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、オキサジアゾリル、フラザニル、チアジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ピリジル、ピリミジニル、ピリダジニル、ピラジニル、トリアジニルなどが挙げられる。また、２環式または３環式の芳香族複素環基の例としては、ベンゾフラニル、イソベンゾフラニル、ベンゾ［ｂ］チエニル、インドリル、イソインドリル、１Ｈ−インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、１Ｈ−ベンゾトリアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリル、キナゾリル、キノキサリニル、フタラジニル、ナフチリジニル、プリニル、プテリジニル、カルバゾリル、α−カルボニリル、β−カルボニリル、γ−カルボニリル、アクリジニル、フェノキサジニル、フェノチアジニル、フェナジニル、フェノキサチイニル、チアントレニル、インドリジニル、ピロロ［１，２−ｂ］ピリダジニル、ピラゾロ［１，５−ａ］ピリジル、イミダゾ［１，２−ａ］ピリジル、イミダゾ［１，５−ａ］ピリジル、イミダゾ［１，２−ｂ］ピリダジニル、イミダゾ［１，２−ａ］ピリミジニル、１，２，４−トリアゾロ［４，３−ａ］ピリジル、１，２，４−トリアゾロ［４，３−ｂ］ピリダジニルなどが挙げられる。
置換されていてもよい非芳香族Ｃ３〜Ｃ１４複素環基の非芳香族Ｃ３〜Ｃ１４複素環基としては、環構成原子として炭素原子以外に酸素原子、硫黄原子および窒素原子から選ばれるヘテロ原子を１〜５個含有する単環式、二環式または三環式の飽和又は不飽和の複素環基であり、好ましくは炭素数３〜１２であり、例えば、オキシラニル、アゼチジニル、オキセタニル、チエタニル、ピロリジニル、テトラヒドロフリル、テトラヒドロピラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペラジニル、ピロリジニル、ピペリジノ、モルホリノ、チオモルホリノなどが挙げられる。
置換されていてもよい任意の基における置換基の種類は、誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ中の特定の基（上述）と同様であり得る。
誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ中の特定の原子または基の数は、製造される誘導体が、遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を有し得る限り、例えば標的タンパク質Ｙに結合能を有する限り特に限定されないが、例えば１〜１０個、好ましくは１〜５個、より好ましくは１〜３個、さらにより好ましくは１〜２個、最も好ましくは１個であり得る。
置換に使用される特定の原子または基（即ち、置換部位に導入される原子または基）の種類は、誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ中の特定の原子または基と同様であり得る。
誘導体の製造のため生理活性物質Ｘに付加される原子または基（即ち、付加反応に使用される原子または基）は、誘導体の製造のため置換される生理活性物質Ｘ中の特定の原子または基（上述）のうち、付加反応が可能なもの、例えば、水素原子、ハロゲン原子等の原子、求核試薬または求電子試薬として作用し得る基である。
誘導体の製造のため生理活性物質Ｘに付加される原子または基の数は、製造される誘導体が、遺伝子Ｙの発現または機能の調節能を有し得る限り、例えば標的タンパク質Ｙに結合能を有する限り特に限定されないが、例えば６個未満、好ましくは４個未満、より好ましくは２個未満であり得る。
製造方法Ｉは、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の予防・治療剤、あるいは該疾患または該状態の研究用試薬の開発などに有用である。
４．２．標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る、生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法（製造方法ＩＩ）
本発明は、標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する結合能を調節し得るように生理活性物質Ｘを誘導体化することを含む、標的遺伝子Ｙに関連する機能を調節し得る生理活性物質Ｘの誘導体の製造方法を提供する。
本製造方法を、必要に応じて「製造方法ＩＩ」と省略する。
生理活性物質Ｘの誘導体化は、標的タンパク質Ｙまたは生理活性物質Ｘに結合能を有するその変異タンパク質に対する結合能を保持するように、必要に応じて、得られる誘導体の水溶性／脂溶性、安定性、体内動態、バイオアベイラビリティー、毒性等のその他の性質についても考慮するように行われ得る。生理活性物質Ｘの誘導体化は、例えば、該結合能を向上し得るように誘導体化され得る。
該結合能を保持するような生理活性物質Ｘの誘導体化は、例えば、ＳＢＤＤ、ＣＡＤＤに基づいて行われ得る。
該結合能を保持するような生理活性物質Ｘの誘導体化はまた、例えば、生物学的検証に基づいて行われ得る。この場合、例えば、上述の方法論ＩＩＩと同様に行われ得る。さらに、上述したＳＢＤＤ、ＣＡＤＤ等の方法と生物学的検証とを併用してもよい。
誘導体の製造のため置換されるリード化合物中の特定の原子および基、並びにそれらの数は、上述と同様であり得る。置換に使用される特定の原子または基（即ち、置換部位に導入される原子または基）、誘導体の製造のため生理活性物質Ｘに付加される原子または基（即ち、付加反応に使用される原子または基）、それらの数についても、上述と同様である。
製造方法ＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の予防・治療剤、あるいは該疾患または該状態の研究用試薬の開発などに有用である。
４．３．誘導体の製造方法により得られる成果物
本発明は、上記製造方法Ｉ、ＩＩにより得られる成果物を提供する。
上記製造方法により提供される成果物は、本発明の製造方法により得られる生理活性物質Ｘの誘導体、および該誘導体を含有してなる、生理活性の調節剤（上述）であり得る。
上記製造方法により提供される成果物は、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、あるいは標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の予防・治療に、あるいは該疾患または該状態の研究用試薬などとして有用である。
５．複合体、及びその製造方法
本発明は、生理活性物質とその標的タンパク質とを含む複合体を提供する。
生理活性物質は、例えば、上述した生理活性物質Ｘであり得る。詳細には、生理活性物質Ｘは、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリンまたはアンピシリン、あるいは標的タンパク質Ｙに結合能を有するそれらの誘導体であり得る。生理活性物質Ｘの種類は、標的タンパク質Ｙの種類に応じて適宜選択され得る。
生理活性物質の標的タンパク質は、例えば、上述した標的タンパク質Ｙであり得る。詳細には、標的タンパク質Ｙは、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６または配列番号１８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、あるいは生理活性物質に結合能を有するそれらの変異タンパク質であり得る。該変異タンパク質は、上述の通りである。複合体の形成に用いられる標的タンパク質Ｙの種類は、生理活性物質Ｘの種類に応じて適宜選択され得る。
一実施形態では、本発明の複合体は、セファクロール、ウベニメックス、アクラルビシン、セファドロキシル、ウルソール酸、ジクロキサシリン、ケタンセリンまたはアンピシリン、あるいは標的タンパク質に結合能を有するそれらの誘導体と、その標的タンパク質との組合せに従う複合体であり得る。
別の実施形態では、本発明の複合体は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６または配列番号１８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質または生理活性物質に結合能を有するその変異タンパク質と、該タンパク質に結合能を有する生理活性物質との組合せに従う複合体であり得る。
好ましくは、本発明の複合体は、下記（１）〜（８）の組合せに従う複合体であり得る：
（１）セファクロールと、配列番号２、配列番号６、配列番号８または配列番号１２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（２）ウベニメックスと、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（３）アクラルビシンと、配列番号４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（４）セファドロキシルと、配列番号６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（５）ウルソール酸と、配列番号１０で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（６）ジクロキサシリンと、配列番号１４で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（７）ケタンセリンと、配列番号１６で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ；
（８）アンピシリンと、配列番号１８で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質に対応する遺伝子との組合せ。
本発明はまた、生理活性物質とその標的タンパク質とを接触させることを含む、生理活性物質とその標的タンパク質とを含む複合体の製造方法を提供する。該接触は、例えば、溶液中での生理活性物質、標的タンパク質の混合により行われ得る。
本発明の複合体、及び当該複合体の製造方法は、例えば、本発明のスクリーニング方法、本発明の誘導体の製造方法を行う際に、あるいは、複合体の構造解析を行い、生理活性物質とその標的タンパク質との相互作用の様式を精査する場合などに有用であり得る。
６．キット
本発明は、生理活性物質またはその塩を含むキットを提供する。
一実施形態では、本発明のキットは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）生理活性物質またはその塩；
（ｉｉ）生理活性物質の標的タンパク質、該タンパク質をコードする核酸、該核酸を含む発現ベクター、生理活性物質の標的遺伝子の発現を測定可能な細胞、あるいは生理活性物質の標的遺伝子の転写調節領域及び該領域に機能可能に連結されたレポーター遺伝子を含む発現ベクター。
本発明のキットが生理活性物質の標的タンパク質を含む場合、該タンパク質は生理活性物質と複合体を形成していない状態にある。
生理活性物質、その標的タンパク質・標的遺伝子、および生理活性物質とその標的タンパク質との組合せは、上述の通りである（例えば、「５．複合体、及びその製造方法」を参照）。また、発現ベクター、生理活性物質の標的遺伝子の発現を測定可能な細胞、生理活性物質の標的遺伝子の転写調節領域及び該領域に機能可能に連結されたレポーター遺伝子についても、上述と同様である（例えば、「２．スクリーニング方法、及び該方法により得られる成果物」を参照）。
本発明の上記キットは、例えば、本発明のスクリーニング方法、本発明の誘導体の製造方法、並びに本発明の複合体の製造方法を行う際などに有用であり得る。
７．疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法および判定用キット
本発明は、所定の疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法・判定用キットを提供する。本発明の判定方法・判定用キットは、測定される対象の観点から、発現量および多型の測定に基づく判定方法・判定用キットに大別でき、さらに、発症または発症リスクの判定が所望される疾患または状態の観点から、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、ならびに標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法・判定用キットに分類できる。以下、それぞれの判定方法・判定用キットを詳述する。
７．１．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法および判定用キット
７．１．１．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法（判定方法Ｉ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの発現量を測定することを含む、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症または発症リスクの判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法Ｉ」と省略する。
一実施形態では、判定方法Ｉは、以下の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの発現量を測定する工程；
（ｂ）標的遺伝子Ｙの発現量に基づき生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症または発症可能性を評価する工程。
上記（ａ）〜（ｂ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論Ｖ」と省略する。
方法論Ｖの工程（ａ）では、動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの発現量が測定される。動物は特に限定されないが、例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ等の実験動物、ブタ、ウシ、ヤギ、ウマ、ヒツジ等の家畜、イヌ、ネコ等のペット、サル、オランウータン、チンパンジー、ヒト等の霊長類などの哺乳動物が挙げられる。
生体試料は、標的遺伝子Ｙの発現組織を含む試料である限り特に限定されない。標的遺伝子Ｙの発現組織は、例えば、Ｈ−Ｉｎｖ  ＤＢを使用して調べることができる。
標的遺伝子Ｙの発現量は、標的遺伝子Ｙの産物、例えば転写産物又は翻訳産物を対象として自体公知の方法により測定できる。
方法論Ｖの工程（ｂ）では、標的遺伝子Ｙの発現量に基づき、動物が生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患しているか否かが評価される。詳細には、先ず、測定された標的遺伝子Ｙの発現量が、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患していない動物（例えば、正常な動物）における標的遺伝子Ｙの発現量と比較される。発現量の比較は、好ましくは、有意差の有無に基づいて行われる。生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患していない動物における標的遺伝子Ｙの発現量は、自体公知の方法により決定できる。
次いで、標的遺伝子Ｙの発現量の比較結果より、動物が生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患している可能性があるか否か、あるいは将来的に罹患する可能性が高いか低いかが判断される。生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙとの組合せは上述の通りである。特定の疾患を発症した動物では、当該疾患に関連する遺伝子の発現の変化がしばしば観察されることが知られている。また、特定の疾患の発症前に、特定の遺伝子の発現の変化がしばしば観察されることが知られている。従って、標的遺伝子Ｙの発現量の解析より、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症あるいは発症可能性を判断することが可能である。
判定方法Ｉは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の有無、あるいは該疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定方法Ｉは、例えば、該疾患または状態の容易且つ早期の発見などに有用である。
７．１．２．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症または発症リスクの判定用キット（判定用キットＩ）
本発明は、判定方法Ｉを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＩ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＩは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの発現量を測定し得る手段；
（ｉｉ）生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙの発現量との関係を記録した媒体。
標的遺伝子Ｙの発現量を測定し得る手段は、標的遺伝子Ｙの発現量を定量可能である限り特に限定されず、例えば標的タンパク質Ｙを定量可能な手段（例えば、抗体、生理活性物質Ｘ）、標的遺伝子Ｙ転写産物を定量可能な手段（例えば、核酸プローブ、プライマー対）に大別される。該手段は、標識用物質で標識されていてもよい。また、該手段が標識用物質で標識されていない場合、本発明の判定用キットは、該標識用物質をさらに含むこともできる。標識用物質は上述の通りである。
判定用キットＩは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の有無、あるいは該疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定用キットＩは、例えば、該疾患または状態の容易且つ早期の発見などに有用である。
７．２．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、疾患または状態の発症リスクの判定方法および判定用キット
７．２．１．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症リスクの判定方法（判定方法ＩＩ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの多型を測定することを含む、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症リスクの判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法ＩＩ」と省略する。
一実施形態では、判定方法ＩＩは、以下の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの多型を測定する工程；
（ｂ）多型のタイプに基づき生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症可能性を評価する工程。
上記（ａ）〜（ｂ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＶＩ」と省略する。
方法論ＶＩの工程（ａ）では、動物から採取された生体試料において標的遺伝子Ｙの多型のタイプが測定される。動物は上述の通りである。
生体試料は、方法論Ｖで上述したものを使用できるが、本方法論ＶＩによれば、生体試料として毛髪、爪、皮膚、粘膜等のゲノムＤＮＡを含む任意の組織も使用できる。入手の容易性、人体への負担等を考慮すれば、生体試料は、毛髪、爪、皮膚、粘膜、血液、血漿、血清、唾液などが好ましい。
標的遺伝子Ｙの多型とは、ある母集団において、標的遺伝子Ｙを含むゲノムＤＮＡに一定頻度で見出されるヌクレオチド配列の変異を意味し、標的遺伝子Ｙを含むゲノムＤＮＡにおける１以上のＤＮＡの置換、欠失、付加（例えば、ＳＮＰ、ハプロタイプ）、並びに該ゲノムＤＮＡの反復、逆位、転座などであり得る。標的遺伝子Ｙの多型は、例えば、Ｈ−Ｉｎｖ  ＤＢ等の公知のデータベースに登録されている。本判定方法に用いられる標的遺伝子Ｙの多型のタイプは、標的遺伝子Ｙにおける全てのタイプの多型のうち、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患した動物と罹患していない動物との間で頻度が異なるヌクレオチド配列の変異であり、例えば、標的遺伝子Ｙの発現の変化、または標的遺伝子Ｙに関連する機能（例えば、生理活性物質Ｘに対する標的タンパク質Ｙの結合能）の変化をもたらすものであり得る。このような多型のタイプは、連鎖解析等の自体公知の方法により決定できる。
多型のタイプの測定は、自体公知の方法により行われ得る。例えば、ＲＦＬＰ（制限酵素切断断片長多型）法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析）法、ＡＳＯ（Ａｌｌｅｌｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）ハイブリダイゼーション法、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法、インベーダー法などが使用できる。
方法論ＶＩの工程（ｂ）では、多型のタイプに基づき、動物が生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患する可能性が高いか低いかが評価される。生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙとの組合せは上述の通りである。特定の疾患を発症しやすい動物では、当該疾患に関連する遺伝子に特定のタイプの多型をしばしば有することが知られている。従って、多型の解析より、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症可能性を判断することが可能である。
判定方法ＩＩは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定方法ＩＩは、該疾患または状態の予防を目的とする生活習慣改善の契機などを提供するため有用である。
７．２．２．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態の発症リスクの判定用キット（判定用キットＩＩ）
本発明はまた、判定方法ＩＩを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＩＩ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＩＩは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの多型を測定し得る手段（例えば、核酸プローブ、プライマー対）；
（ｉｉ）生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙの多型との関係を記録した媒体。
判定用キットＩＩは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定用キットＩＩは、該疾患または状態の予防を目的とする生活習慣改善の契機などを提供するため有用である。
７．２．３．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の発症リスクの判定方法（判定方法ＩＩＩ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの多型を測定することを含む、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の発症リスクの判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法ＩＩＩ」と省略する。
一実施形態では、判定方法ＩＩＩは、下記の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの多型のタイプを測定する工程；
（ｂ）多型のタイプに基づき標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の発症可能性を評価する工程。
判定方法ＩＩＩでは、発症リスクの判定に使用される多型のタイプは、標的タンパク質Ｙの生理活性物質Ｘに対する結合性を変化させるものである。このような多型のタイプは、バインディングアッセイ等の自体公知の方法により決定できる。
判定方法ＩＩＩにおける上記（ａ）、（ｂ）の工程を含む方法論は、測定されるべき標的遺伝子Ｙの多型のタイプを除き、方法論ＶＩと同様である。
判定方法ＩＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定方法ＩＩＩは、該疾患または状態の予防を目的とする生活習慣改善の契機などを提供するため有用である。
７．２．４．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態の発症リスクの判定用キット（判定用キットＩＩＩ）
本発明はまた、判定方法ＩＩＩを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＩＩＩ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＩＩＩは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの多型を測定し得る手段；
（ｉｉ）標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙの多型との関係を記録した媒体。
判定用キットＩＩＩでは、発症リスクの判定に使用される多型のタイプは、標的タンパク質Ｙの生理活性物質Ｘに対する結合性を変化させるものである。このような多型のタイプは、バインディングアッセイ等の自体公知の方法により決定できる。
判定用キットＩＩＩの構成要素は、測定されるべき標的遺伝子Ｙの多型のタイプを除き、判定用キットＩＩと同様である。
判定用キットＩＩＩは、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態に罹患する可能性の判定を可能とする。従って、判定用キットＩＩＩは、該疾患または状態の予防を目的とする生活習慣改善の契機などを提供するため有用である。
８．生理活性物質に対する感受性の判定方法および判定用キット
本発明は、生理活性物質に対する感受性の判定方法・判定用キットを提供する。本発明の判定方法・判定用キットは、発現量の測定、および多型の測定に基づく判定方法・判定用キットに大別でき、さらに、感受性の判定が所望される疾患または状態の観点から、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態、ならびに標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における判定方法・判定用キットに分類できる。以下、それぞれの判定方法・判定用キットを詳述する。
８．１．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、生理活性物質に対する感受性の判定方法および判定用キット
８．１．１．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法（判定方法ＩＶ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの発現量を測定することを含む、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法ＩＶ」と省略する。
一実施形態では、判定方法ＩＶは、以下の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの発現量を測定する工程；
（ｂ）標的遺伝子Ｙの発現量に基づき生理活性物質Ｘの効果を予測する工程。
上記（ａ）〜（ｂ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＶＩＩ」と省略する。
方法論ＶＩＩの工程（ａ）は、方法論Ｖの工程（ａ）と同様である。
方法論ＶＩＩの工程（ｂ）では、標的遺伝子Ｙの発現量に基づき、生理活性物質Ｘの動物に及ぼし得る効果が評価される。詳細には、先ず、測定された標的遺伝子Ｙの発現量が、標的遺伝子Ｙの発現量と生理活性物質Ｘに対する感受性との相関性に関するデータと照合される。標的遺伝子Ｙの発現量と生理活性物質Ｘに対する感受性との相関性は、自体公知の方法により決定できる。
次いで、照合結果より、生理活性物質Ｘに対する感受性が推定される。生理活性物質Ｘと標的遺伝子Ｙとの組合せは上述の通りである。生理活性物質の標的遺伝子を高発現している動物では、生理活性物質に対する感受性が高い（または低い）と考えられ、低発現する動物は、感受性が低い（または高い）と考えられる。従って、標的遺伝子Ｙの発現量の解析より、生理活性物質Ｘに対する感受性を判断することが可能である。例えば、生理活性物質Ｘが薬物である場合、薬物の効き易さまたは効き難さ、あるいは薬物の副作用が発現する確率を判断することが可能である。
判定方法ＩＶは、生理活性物質Ｘに対する感受性の判定を可能とする。従って、判定方法ＩＶは、例えば、特定の動物に対する生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
８．１．２．標的遺伝子Ｙの発現量の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定用キット（判定用キットＩＶ）
本発明は、判定方法ＩＶを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＩＶ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＩＶは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの発現量を測定し得る手段；
（ｉｉ）生理活性物質Ｘの効果と標的遺伝子Ｙの発現量との関係を記録した媒体。
判定用キットＩＶの構成要素は、（ｉｉ）の媒体以外は、判定用キットＩと同様である。
判定用キットＩＶは、生理活性物質Ｘに対する感受性の容易な判定を可能とする。従って、判定用キットＩＶは、例えば、特定の動物に対する生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
８．２．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法および判定用キット
８．２．１．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法（判定方法Ｖ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの多型を測定することを含む、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法Ｖ」と省略する。
一実施形態では、判定方法Ｖは、以下の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの多型を測定する工程；
（ｂ）多型の特定のタイプの有無に基づき標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの効果を予測する工程。
上記（ａ）〜（ｂ）の工程を含む方法論を、必要に応じて「方法論ＶＩＩＩ」と省略する。
方法論ＶＩＩＩの工程（ａ）は、方法論ＶＩＩの工程（ａ）と同様である。
方法論ＶＩＩＩの工程（ｂ）では、標的遺伝子Ｙの多型のタイプに基づき、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの効果が評価される。詳細には、先ず、測定された標的遺伝子Ｙの多型のタイプが、標的遺伝子Ｙの多型のタイプと、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性との相関性に関するデータと照合される。該相関性は、自体公知の方法により決定できる。
次いで、照合結果より、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性が予想される。生理活性物質Ｘと標的遺伝子Ｙとの組合せは上述の通りである。生理活性物質に対する感受性が高い動物では、該生理活性物質の標的遺伝子に特定のタイプの多型をしばしば有することが知られている。従って、多型の解析より、生理活性物質Ｘに対する感受性を判断することが可能である。例えば、生理活性物質Ｘが薬物である場合、薬物の効き易さまたは効き難さ、あるいは薬物の副作用が発現する確率を判断することが可能である。
判定方法Ｖは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の容易な判定を可能とする。従って、判定方法Ｖは、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
８．２．２．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定用キット（判定用キットＶ）
本発明はまた、判定方法Ｖを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＶ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＶは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの多型を測定し得る手段；
（ｉｉ）生理活性物質Ｘの効果と遺伝子Ｙの多型との関係を記録した媒体。
判定用キットＶの構成要素は、（ｉｉ）の媒体以外は、判定用キットＩＩと同様である。
判定用キットＶは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定を可能とする。従って、判定用キットＶは、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
８．２．３．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法（判定方法ＶＩ）
本発明は、標的遺伝子Ｙの多型を測定することを含む、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定方法を提供する。
本判定方法を、必要に応じて「判定方法ＶＩ」と省略する。
一実施形態では、判定方法ＶＩは、下記の工程（ａ）、（ｂ）を含む：
（ａ）動物から採取した生体試料において標的遺伝子Ｙの多型のタイプを測定する工程；
（ｂ）多型の特定のタイプの有無に基づき標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの効果を予測する工程。
本判定方法では、感受性の判定に使用される多型のタイプは、標的タンパク質Ｙの生理活性物質Ｘに対する結合性を変化させるものである。このような多型のタイプは、バインディングアッセイ等の自体公知の方法により決定できる。生理活性物質に対する結合能が増強または低下するような多型のタイプを含む標的遺伝子を有する動物では、生理活性物質に対する感受性が高い（または低い）と考えられ、該結合能が低下するような多型のタイプを含む標的遺伝子を有する動物は、感受性が低い（または高い）と考えられる。従って、このような多型のタイプの解析より、生理活性物質Ｘに対する感受性を判断することが可能である。
判定方法ＶＩにおける上記（ａ）、（ｂ）の工程を含む方法論は、測定されるべき標的遺伝子Ｙの多型のタイプを除き、方法論ＶＩＩＩと同様である。
判定方法ＶＩは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の容易な判定を可能とする。従って、判定方法ＶＩは、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
８．２．４．標的遺伝子Ｙの多型の測定に基づく、標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定用キット（判定用キットＶＩ）
本発明はまた、判定方法ＶＩを容易に行うことを可能とする判定用キットを提供する。
本判定用キットを、必要に応じて「判定用キットＶＩ」と省略する。
一実施形態では、判定用キットＶＩは、以下（ｉ）、（ｉｉ）を含む：
（ｉ）標的遺伝子Ｙの多型を測定し得る手段；
（ｉｉ）標的遺伝子Ｙに関連する疾患または状態と標的遺伝子Ｙの多型との関係を記録した媒体。
判定用キットＶＩでは、発症リスクの判定に使用される多型のタイプは、標的タンパク質Ｙの生理活性物質Ｘに対する結合性を変化させるものである。このような多型のタイプは、バインディングアッセイ等の自体公知の方法により決定できる。
判定用キットＶＩの構成要素は、測定されるべき標的遺伝子Ｙの多型のタイプを除き、判定用キットＶと同様である。
判定用キットＶＩは、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘに対する感受性の判定を可能とする。従って、判定用キットＶＩは、例えば、生理活性物質Ｘに関連する疾患または状態における生理活性物質Ｘの作用の評価などに有用である。
本明細書中で挙げられた特許および特許出願明細書を含む全ての刊行物に記載された内容は、本明細書での引用により、その全てが明示されたと同程度に本明細書に組み込まれるものである。
以下に実施例を挙げ、本発明を更に詳しく説明するが、本発明は下記実施例等に何ら制約されるものではない。
【実施例】  以下、実施例を用いて本発明をより詳細に説明するが、本発明の技術的範囲は以下の実施例に限定されるものではない。
［参考例１］  ヒト完全長ｃＤＮＡクローンからのタンパク質発現方法
１．発現プラスミドの作成
ヒト完全長ｃＤＮＡクローンの目的遺伝子に対して、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのＧａｔｅｗａｙシステムを用いキットのプロトコールに従い、ＰＣＲクローニングベクターＧａｔｅｗａｙｐＤＯＮＲ２０１とＢＰ反応を行うことによりエントリーベクターを得た。Ｇａｔｅｗａｙシステムのデスティネーションベクターとしては、東洋紡績（株）の小麦胚芽抽出液を用いた無細胞タンパク質合成システム（ＰＲＯＴＥＩＯＳ）に適応するｐＥＵ３−ＮＩＩ（東洋紡績）を基にして、Ｇａｔｅｗａｙシステムが利用できるようＧａｔｅｗａｙ組換え配列を有するＧａｔｅｗａｙカセットを導入し、さらに発現タンパク質のＮ末端領域にヒスチジンタグとＦＬＡＧタグ配列を有するペプチドが発現するようにＰＣＲ法を用いて改変したダブルタグデスティネーションベクターを作成した。
作成したダブルタグデスティネーションベクターとエントリーベクターを用い、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのＧａｔｅｗａｙシステムを用いプロトコールに従いＢＰ反応を実施し、大腸菌コンピテントセルＤＨ５αに形質転換し、発現ベクターが導入されたクローンを選択した。得られたクローンからＱＩＡｆｉｌｔｅｒ  Ｍｉｄｉ  ｋｉｔ（キアゲン）を用いて、キットのプロトコールに従ってプラスミドを調製した。得られたプラスミドは、ＰＲＯＴＥＩＯＳ（東洋紡績）のプロトコールに従い、フェノール・クロロホルム処理を行いＲＮＡ分解酵素の不活化処理を施し、精製発現プラスミドを得た。
２．精製タンパク質の取得
東洋紡績（株）の小麦胚芽抽出液を用いた無細胞タンパク質合成システム（ＰＲＯＴＥＩＯＳ）により組換えタンパク質を合成した。上記１．に記載した方法で取得した発現プラスミドからＰＲＯＴＥＩＯＳのプロトコールに従いｍＲＮＡを作成した。取得したｍＲＮＡを２０μｇ使用し、９６穴マイクロタイタープレートの２穴分でＰＲＯＴＥＩＯＳのプロトコールに従いタンパク質を合成させた。合成したタンパク質は、高速遠心分離処理により沈殿を除去し、取得した可溶性の画分を抗ＦＬＡＧタグ抗体を固定化したＡＮＴＩ−ＦＬＡＧ  Ｍ２  Ａｆｆｉｎｉｔｙ  Ｇｅｌ（ＳＩＧＭＡ社）を用い、プロトコールに従い精製を行い、精製タンパク質を得た。
［参考例２］  ビアコアを用いたヒトタンパク質−医薬品相互作用における結合解離定数の決定方法
ビアコア社市販のＳ５１用ＣＭ５センサーチップを１Ｍ  ＥＤＣ、１．３３Ｍ  ＮＨＳ及び１６ｍｇ／ｍｌ  ＡＢ−ＮＴＡ（ｐＨ９．２）を用いてセンサーチップ表面のＮＴＡ化を施し、Ｓ５１用ＮＴＡセンサーチップとした。これに小麦胚芽系で発現させ、ＦＬＡＧ  ｔａｇで精製した蛋白質を固定化した。固定化は、０．５Ｍ  ＮｉＣｌ２、０．４Ｍ  ＥＤＣ、０．１Ｍ  ＥＤＣ、リガンド溶液（蛋白質）、１Ｍ  Ｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ、ｐＨ８．５を順次、Ｂｉａｃｏｒｅ  Ｓ５１の流路系にインジェクションして行った。固定化の際のＲｕｎｎｉｎｇ  ＢｕｆｆｅｒはＰＢＳ（ｐＨ７．４）を用いた。リガンドが固定化されたセンサーチップを用いて以下のＡｓｓａｙを行った。Ｒｕｎｎｉｎｇ  ＢｕｆｆｅｒとしてＨＢＳ（１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．６）、０．００５％  Ｐ２Ｏ、１００μＭ  ｍｉｎｅｒａｌ  ｉｏｎ  ｃｏｃｋｔａｉｌ（Ｃａ（ＯＡｃ）２、Ｚｎ（ＯＡｃ）２・２Ｈ２Ｏ、Ｃｕ（ＯＡｃ）２・Ｈ２Ｏ、Ｃｏ（ＯＡＣ）２・４Ｈ２Ｏ、Ｍｎ（ＯＡｃ）２・４Ｈ２Ｏ、Ｍｇ（ＯＡｃ）２・４Ｈ２Ｏ、ＦｅＣｌ３・６Ｈ２Ｏ）にＤＭＳＯをｆｉｎａｌ  ５％になるように加えて調製したものを用いた。測定化合物は６２．５μＭ〜０．２４４μＭまで１／２希釈ずつ９ｐｏｉｎｔ調製した。溶媒の組成がＲｕｎｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒと同様になるように調製し、０濃度測定として化合物の含まれていない溶媒だけのものを調製した。また、化合物溶液、Ｒｕｎｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ中に含まれるＤＭＳＯの効果の補正（ｓｏｌｖｅｎｔ  ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ）として、３．８−５．１％のＤＭＳＯ（８ｐｏｉｎｔ）を含むＲｕｎｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒと同様の溶液を調製し、これらの測定結果をもとにして補正を行った。Ｂｉａｃｏｒｅ  Ｓ５１のＣｏｍｐｏｕｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  Ａｓｓａｙプログラムを実施し、固定化されたリガンド（蛋白質）とアナライト（化合物；６２．５μＭ〜０．２４４μＭ）の相互作用を測定し、専用ソフトウェアにて解析を行った。
［実施例１］  ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とセファクロール（Ｃｅｆａｃｌｏｒ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１０３３５よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってセファクロールとＦＬＪ１０３３５から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、セファクロールの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、セファクロールはＦＬＪ１０３３５由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝５．４９３×１０−６Ｍであった。
以上より、セファクロールとＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質はセファクロールの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例２］  ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とウベニメックス（Ｕｂｅｎｉｍｅｘ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１０３３５よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってウベニメックスとＦＬＪ１０３３５から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、ウベニメックスの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、ウベニメックスはＦＬＪ１０３３５由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝６．４３０×１０−６Ｍであった。
以上より、ウベニメックスとＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質はウベニメックスの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１０３３５由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例３］  ＦＬＪ１０８８９由来タンパク質とアクラルビシン（Ａｃｌａｒｕｂｉｃｉｎ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１０８８９よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってアクラルビシンとＦＬＪ１０８８９から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、アクラルビシンの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、アクラルビシンはＦＬＪ１０８８９由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝１．６４１×１０−６Ｍであった。
以上より、アクラルビシンとＦＬＪ１０８８９由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１０８８９由来タンパク質はアクラルビシンの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１０８８９由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１０８８９由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例４］  ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とセファクロールの相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１１０４５よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってセファクロールとＦＬＪ１１０４５から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、セファクロールの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、セファクロールはＦＬＪ１１０４５由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝１．２４４×１０−５Ｍであった。
以上より、セファクロールとＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質はセファクロールの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例５］  ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とセファドロキシル（Ｃｅｆａｄｒｏｘｉｌ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１１０４５よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってセファドロキシルとＦＬＪ１１０４５から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、セファドロキシルの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、セファドロキシルはＦＬＪ１１０４５由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝１．１５３×１０−５Ｍであった。
以上より、セファドロキシルとＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質はセファドロキシルの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１１０４５由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例６］  ＦＬＪ１１４７４由来タンパク質とセファクロールの相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１１４７４よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってセファクロールとＦＬＪ１１４７４から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、セファクロールの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、セファクロールはＦＬＪ１１４７４由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝７．５５４×１０−６Ｍであった。
以上より、セフアクロールとＦＬＪ１１４７４由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１１４７４由来タンパク質はセファクロールの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１１４７４由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１１４７４由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例７］  ＦＬＪ１２５０２由来タンパク質とウルソール酸（ｕｒｓｏｌｉｃ  ａｃｉｄ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１２５０２よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってウルソール酸とＦＬＪ１２５０２から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、ウルソール酸の用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、ウルソール酸はＦＬＪ１２５０２由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｊａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝８．１０１×１０−６Ｍであった。
以上より、ウルソール酸とＦＬＪ１２５０２由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１２５０２由来タンパク質はウルソール酸の標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１２５０２由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１２５０２由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例８］  ＦＬＪ１４４６７由来タンパク質とセファクロールの相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１４４６７よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってセファクロールとＦＬＪ１４４６７から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、セファクロールの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、セファクロールはＦＬＪ１４４６７由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝４．００５×１０−６Ｍであった。
以上より、セファクロールとＦＬＪ１４４６７由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１４４６７由来タンパク質はセファクロールの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１４４６７由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１４４６７由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例９］  ＦＬＪ１４５８３由来タンパク質とジクロキサシリン（Ｄｉｃｌｏｘａｃｉｌｌｉｎ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１４５８３よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってジクロキサシリンとＦＬＪ１４５８３から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、ジクロキサシリンの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、ジクロキサシリンはＦＬＪ１４５８３由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝２．３００×１０−５Ｍであった。
以上より、ジクロキサシリンとＦＬＪ１４５８３由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１４５８３由来タンパク質はジクロキサシリンの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１４５８３由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１４５８３由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例１０］  ＦＬＪ１４７９７由来タンパク質とケタンセリン（Ｋｅｔａｎｓｅｒｉｎ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ１４７９７よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってケタンセリンとＦＬＪ１４７９７から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、ケタンセリンの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、ケタンセリンはＦＬＪ１４７９７由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝５．９４１×１０−６Ｍであった。
以上より、ケタンセリンとＦＬＪ１４７９７由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ１４７９７由来タンパク質はケタンセリンの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ１４７９７由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ１４７９７由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
［実施例１１］  ＦＬＪ３１１４６由来タンパク質とアンピシリン（Ａｍｐｉｃｉｌｌｉｎ）の相互作用解析
参考例１の方法に従ってＦＬＪ３１１４６よりタンパク質の発現精製を行い、参考例２の方法に従ってアンピシリンとＦＬＪ３１１４６から発現精製したタンパク質の相互作用を解析した。その結果、アンピシリンの用量に依存して結合量が増大し、かつ高用量では結合の飽和がみられたことから、アンピシリンはＦＬＪ３１１４６由来タンパク質と特異的に相互作用することが確認された。ＢｉａｃｏｒｅＳ５１専用ソフトウェアを用いて結合解離定数を算出したところ、Ｋｄ＝８．２０７×１０−６Ｍであった。
以上より、アンピシリンとＦＬＪ３１１４６由来タンパク質とが相互作用することが明らかとなった。したがって、ＦＬＪ３１１４６由来タンパク質はアンピシリンの標的タンパク質であることが判明した。このことより、ＦＬＪ３１１４６由来タンパク質とスクリーニング候補物質とを作用させることで、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。すなわち、ＦＬＪ３１１４６由来タンパク質と候補物質との相互作用を、例えば参考例２の方法で検出するような系を構築することによって、新規医薬品のスクリーニングを行うことができる。
本実施例で確認された薬物とタンパク質との特異的相互作用に関する結合強度（Ｋｄ値）を表８に示す。
【表８】
0004975444.tif 000016
ごく最近のＲｏｔｈｓｔｅｉｎらの報告（Ｎａｔｕｒｅ，（２００５），４３３，７３−７７）によると、ＦＤＡから認可されている医薬品あるいは栄養食品１，０４０種について、グルタミン酸トランスポーターＧＬＴ１の発現上昇を指標としたスクリーニングを行ったところ、βラクタム系抗生物質１５化合物がヒットした。ＧＬＴ１の輸送能力もβラクタム系抗生物質により増強されることが確認され、さらにグルタミン酸毒性による神経細胞死に対して抑制作用を示すことが確認された。さらに、ＡＬＳ様症状を示す変異ＳＯＤトランスジェニックマウスに、βラクタム系抗生物質セフトリアキソンを腹腔内投与したところ、脊髄におけるＧＬＴ１の発現が上昇し、ニューロン数の回復および筋力の増加がみられたという。これらに基づきβラクタム系抗生物質の神経保護作用が注目されており、さらにはＡＬＳに対する臨床治験も開始された（Ｓｃｉｅｎｃｅ，（２００５），３０７，３６１−３６２）。
一方、今回出願の相互作用ペアのなかには、βラクタム系抗生物質が４種（Ａｍｐｉｃｉｌｌｉｎ，Ｃｅｆａｃｌｏｒ，Ｃｅｆａｄｒｏｘｉｌ、Ｄｉｃｌｏｘａｃｉｌｌｉｎ）含まれている。本出願において、これらの化合物がヒトタンパク質に特異的に結合することを見出したことにより、βラクタム系抗生物質の神経保護作用に本出願の創薬標的タンパク質が関与していることが考えられる。さらに、βラクタム系抗生物質が結合を示したタンパク質のうちＦＬＪ１０３３５およびＦＬＪ３１１４６はいずれもユビキチンと関連するドメインを有するタンパク質であり、またＦＬＪ１１４７４はＧタンパク質様の構造を有するタンパク質であることがアノテーション解析から明らかになっている。このことから、βラクタム系抗生物質の神経保護作用が、ユビキチンを介したタンパク質の分解系、あるいはＧタンパク質を介した細胞内情報伝達系に由来するものであることが考えられる。
【産業上の利用可能性】  本発明の標的タンパク質および標的遺伝子は、生理活性物質の開発、例えば創薬などを可能とする。本発明のスクリーニング方法および本発明の誘導体の製造方法は、種々の疾患または状態の予防・治療剤、並びに該疾患または該状態の研究用試薬の開発などを可能とする。本発明の調節剤および誘導体は、種々の疾患または状態の予防・治療に、並びに該疾患または該状態の研究用試薬などを可能とする。本発明の複合体およびキットは、本発明のスクリーニング方法の実行、本発明の誘導体の製造などを可能とする。本発明の判定方法および判定用キットは、動物における種々の疾患または状態の発症または発症可能性の評価、並びに生理活性物質に対する感受性の評価などを可能とする。
本発明の標的タンパク質および標的遺伝子は、生理活性物質の開発、例えば創薬などに有用である。本発明のスクリーニング方法および本発明の誘導体の製造方法は、種々の疾患または状態の予防・治療剤、並びに該疾患または該状態の研究用試薬の開発などに有用である。本発明の調節剤および誘導体は、種々の疾患または状態の予防・治療に、並びに該疾患または該状態の研究用試薬などとして有用である。本発明の複合体およびキットは、本発明のスクリーニング方法、本発明の誘導体の製造方法などに有用である。本発明の判定方法および判定用キットは、動物における種々の疾患または状態の発症または発症可能性の評価、並びに生理活性物質に対する感受性の評価などに有用である。
本出願は、日本で出願された特願２００４−３２５５３７（出願日：２００４年１１月９日）を基礎としており、その内容は本明細書に全て包含されるものである。
【配列表】
0004975444000001.xml