(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
MYB転写因子であるポリペプチドをコードするSEQ ID NO：332の核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドが、植物細胞の中で機能する転写因子である、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記ポリペプチドが、ユーカリ（Eucalyptus）の種で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記ポリペプチドが、被子植物で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、植物における遺伝子の発現をアップレギュレーションできる、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
(i) SEQ ID NO：332の核酸配列、(ii) ユーカリカフェイン酸3-O-メチルトランスフェラーゼ（COMT）プロモーター、および(iii) ポリペプチドをコードする所望の核酸配列、を含むDNA構築体であって、SEQ ID NO:332が、該プロモーターの活性を制御するMYB転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の核酸配列が作動可能に連結しているDNA構築体。
【請求項７】
(i) SEQ ID NO：332の核酸配列、(ii) ユーカリCOMTプロモーター、および (iii) ポリペプチドをコードする所望の核酸配列、を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、SEQ ID NO:332が、該プロモーターの活性を制御するMYB転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の核酸配列が作動可能に連結している植物細胞。
【請求項８】
トランスジェニック植物を産生するための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：332の核酸配列、(ii) ユーカリCOMTプロモーター、および (iii) ポリペプチドをコードする所望の核酸配列を含み、SEQ ID NO:332が、該プロモーターの活性を制御するMYB転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の核酸配列が作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する段階;
(b)該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する段階、ここで該植物はSEQ ID NO:332によりコードされるMYB転写因子および該所望の核酸配列の産生物の両方を植物内に発現する、
を含む方法。
【請求項９】
請求項7記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、転写因子をコードする植物より単離されたポリヌクレオチド配列、およびそのようなポリヌクレオチドによってコードされているポリペプチドに関する。具体的には、本発明は、ユーカリ（Eucalyptus）およびマツ（Pinus）から単離されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列、ならびに遺伝子転写および遺伝子発現を制御するためのそのようなポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列の使用に関する。なお、本出願は、2003年6月6日提出の米国仮出願番号第60/476,189の恩典を請求する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
転写中、RNAポリメラーゼの働きにより、転写されるDNA配列に相補的な単鎖RNAが形成される。真核細胞での転写の開始は、シス作用性DNAモチーフおよびトランス作用性タンパク質因子との間の複雑な相互作用によって制御されている。シス作用性制御領域は、プロモーターと呼ばれるDNAの配列である。プロモーターは、転写開始部位近くに位置しており、RNAポリメラーゼと直接または間接的に会合するヌクレオチド配列を含む。プロモーターは、通常近位（例えばTATAボックス）およびより遠位のエレメント（例えばCCAATボックス）とからなる。エンハンサーは、開始部位からの5-プライムおよび／または3-プライム位置になることができるシス作用性DNAモチーフである。
【０００３】
プロモーターおよびエンハンサーは共に、一般的には、複数の分離した、重複することの多いエレメントから構成されており、それぞれのエレメントは、一つまたは複数の、転写因子として知られるトランス作用性制御タンパク質によって認識される。あらゆる発生中の生物に観察される、空間的および時間的な、複雑な遺伝子発現パターンの制御は、エンハンサー結合およびプロモーター結合の、一般的なおよび組織優先的な転写因子とDNAとの相互作用から生じると考えられている（Izawa T, Foster R and Chua NH, 1993, J. Mol. Biol. 230:1131-1144; Menkens AE, Schindler U and Cashmore AR, 1995, Trends in Biochem Sci 13:506-510）。Drosophila melanogaster、Saccaromyces cerevisiae、Arabidopsis thalianaおよびPinus radiataといった多様な生物種での発生の決定は、転写因子によって制御されている。これらDNA結合性制御分子は、様々なタイプの細胞の分化、例えばArabidopsis thalianaでの葉の突起様構造および木質部組織の発生（Kirik V, Schnittger A, Radchuk V, Adler K, Hulskamp M and Baumlein H, 2001, Dev Biol. 235(2):366-77, Baima S, Possenti M, Matteucci A, Wisman E, Altamura MM, Ruberti I and Morelli G., 2001 Plant Physiol. 126(2):643-55、アフリカツメガエル（Xenopus laevis）では胚細胞からの内胚葉形成、および植物の環境および植物ホルモンストレスへの反応では、遺伝子発現の開始（Yanagisawa S and Sheen J, 1998, The Plant Cell 10:75-89）を担う遺伝子の発現を制御することが示されている。
【０００４】
転写因子は、一般的に、配列特異的な様式でDNAに結合し、転写開始を活性化または抑制する。これら相互作用の特異的メカニズムは、まだ完全には解明されていない。転写因子内には、少なくとも3つのタイプの別々のドメインが確認されている。一つは配列特異的DNA認識に必須であり、一つは転写開始の活性化／抑制に必須であり、そして一つはタンパク質タンパク質相互作用（二量体形成のような）にとって必須である。研究は、多くの植物の転写因子が、それらの保存的DNA結合ドメインに基づいて、別個のクラスにグループ分けできることを示している（Katagiri F and Chua NH, 1992, Trends Genet. 8:22-27; Menkens AE, Schindler U and Cashmore AR, 1995, Trends in Biochem Sci. 13:506-510; Martin C and Paz-Ares J, 1997, Trends Genet. 13:67-73）。これらファミリーの各メンバーは、異なる制御シグナルによって制御される複数の遺伝子プロモーターにしばしば見出される、別個のDNA配列モチーフと相互作用および結合する。
【０００５】
幾つかの転写因子ファミリーが植物で同定されている。例えば、次の転写因子ファミリーをコードするヌクレオチド配列が同定されている：アルフィン様、AP2（APETALA2）およびEREBPs（エチレン応答性エレメント結合タンパク質）、ARF、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT HAP3、CCAAT HAP5、CPP (Zn)、DRAP1、E2F/DP、GARP、GRAS、HMGボックス、ホメオボックス、HSF、ジュマンジ、LFY、LIM、MADSボックス (SEQ ID NO: 3668)、MYB、NAC、NIN様、ポリコーム様、RAV様、SBP、TCP、TFIID、トランスファクター、トリヘリックス、TUBBYおよびWRKY(SEQ ID NO: 3670)。
【０００６】
転写因子は、植物およびその他生物における転写を制御し、また遺伝子発現を演出していることから、転写因子遺伝子の発現の制御は、植物の表現形を変える強力な手段となる。植物表現形の多遺伝子制御は、表現形決定を担う遺伝子の決定において難題を呈す。植物の表現形に関与している遺伝子および遺伝子発現の差違を同定する上での大きな障害の一つは、多数の遺伝子の発現を同時に研究することの困難さである。植物の表現形に関与する遺伝子の発現および相互関係を同定し、理解することの別の困難さは、植物が示す環境因子に対する高い感受性である。
【０００７】
近年、全ゲノム的発現プロファイリングの利用により、進歩が見られる。特にDNAマイクロアレイの使用は、1回の実験で多数の遺伝子の発現を検証するのに有用である。発生および環境刺激に対する植物遺伝子の反応について、発現プロファイリングを用いて、幾つかの研究が実施されている。例えば、マイクロアレイ分析を用いて、イチゴの果実成熟期、Aharoniら、Plant Physiol. 129:1019-1031(2002), Arabodopsisでの創傷反応中、Cheongら、Plant Physiol. 129:661-7(2002), Arabodopsisの病原体反応時、Schenkら、Proc. Nat'l Acad. Sci. 97;11655-60(2000)、およびダイズのオーキシン応答時、Thibaud-Nissenら、Plant Physiol. 132:118、について遺伝子の発現が研究されている。Whettenら、Plant Mol. Biol. 47:275-91(2001)は、DNAプローブを用いたPinus taeda L.での細胞壁生合成遺伝子の発現プロフィールを開示している。Whettenらは、分化中の幼若木質部と成熟二次木質部との間で示差的に発現する遺伝子を調べた。これに加えて、遺伝子発現に対する特定の環境刺激の影響を決定するために、圧縮木部での遺伝子発現を正常木部と比較した。検査した2300のエレメントのうち合計156が示差的発現を示した。Whetten、上記285ページ。幼若木部と成熟木部との比較からは、188のエレメントが示差的に発現することが示された。同、286ページ。
【０００８】
発現プロファイリングおよび、特にDNAマイクロアレイは、全ゲノム的な発現分析にとって便利な道具となるが、それらの使用は、完全なゲノム配列または大規模なcDNAコレクションが利用できる生物に限られている。Hertzbergら、Proc. Nat'l Acad. Sci. 98:14732-7(2001a), Hertzbergら、Plant J., 25:585(2001b) 参照。例えば、Whettenは、上記に「この興味深い問題をより完全に分析するには、より大規模な、マツとポプラ両方のESTのセットの完成が待たれる」と記している、Whettenら、286ページ。さらに、cDNAまたはESTプローブを含むマイクロアレイは、遺伝子間の配列類似性のせいで、同一ファミリーの遺伝子を区別することはできないかもしれない。即ち、cDNAまたはESTは、マイクロアレイプローブとして使用されると、同一ファミーの1種類以上の遺伝子に結合するおそれがある。
【０００９】
遺伝子発現を操作し、より望ましい表現形を持った植物を作り出す方法は、様々なタイプの植物組織における、植物の各種発生段階での、そして様々な環境要因からの刺激を受けて起こる転写因子遺伝子発現をより深く理解することによって促進されるだろう。植物の構造および作物学的に重要な特性を制御する能力は、細胞周期遺伝子発現が植物組織の形成にどのように影響するか、細胞周期遺伝子発現がどのようにして植物細胞を細胞分裂に入らせるか、または出させるか、そして植物の成長と転写因子遺伝子とがどのように結びついているかをより深く理解することによって向上するだろう。植物発生中にその発現が変化しうる数多い転写因子遺伝子のなかで、ごく一部しか表現形に影響しないと思われる。
【００１０】
それゆえに、植物における遺伝子発現の制御に使用できる転写因子が求められている。
【発明の開示】
【００１１】
発明の概要
それゆえに、植物における遺伝子発現の制御に使用できる転写因子遺伝子およびポリヌクレオチドが求められている。これに加えて、転写因子発現の変化と表現形とを相関させることができるツールおよび方法が求められている。また、そのような方法に有用なポリヌクレオチドが求められている。さらに方法も必要とされている。植物の表現形に強い影響を与え、望まれる表現形を得るように操作できる転写因子遺伝子および遺伝子産物を同定する方法も求められている。
【００１２】
一つの局面では、本発明は、植物において (i) 核酸分子に結合すること、または (ii)遺伝子の発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００１３】
一つの態様では、ポリヌクレオチドは、植物細胞の中で機能する転写因子である。別の態様では、単離されたポリヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む。
【００１４】
一つの態様では、単離されたポリヌクレオチドは、ユーカリ（Eucalyptus）またはマツ（Pinus）の種で正常に発現する。別の態様では、ポリヌクレオチドは、グランディスユーカリ（Eucalyptus grandis）で正常に発現する。別の態様では、ポリヌクレオチドはラジアータマツ（Pinus radiata）で正常に発現する。
【００１５】
一つの態様では、単離されたポリヌクレオチドは、針葉樹の種で正常に発現する。更なる態様では、針葉樹は、ストローブマツ（Eastern white pine）、ウエスタンホワイト（Western white）、ゴヨウマツ（Sugar pine）、アカマツ（Red pine）、リギダマツ（Pitch pine）、バンクスマツ（Jack pine）、ダイオウショウマツ（Longleaf pine）、ショートリーフパイン（Shortleaf pine）、テーダマツ（Loblolly pine）、スラッシュパイン（Slash pine）、バージニアパイン（Virginia pine）、ポンデローサパイン（Ponderosa pine）、ジェフリーパイン（Jeffrey pine）、ならびにロッジポールパイン（Lodgepole pine）、ラジアータパイン（Radiata pine）、およびそれらの交配雑種からなる群より選択される。更なる態様では、針葉樹は、モミノキ（Abies firma）、ヒマラヤスギ（Cedrus deodara）、ヒマラヤスギ「アルボスピカ（Albospica）」、ヒマラヤスギ「オーレア（Aurea）」、ヒマラヤスギ「カシミール（Kashmir）」、ヒマラヤスギ「シャリマル（Shalimar）」、ヒマラヤスギ「シルバーミスト（Silver Mist）」、ヒマラヤスギ「ホワイトインプ（White Imp）」、レバノンスギ（Cedrus libani）（亜種アトランティカ（atlantica））グラウカ（glauca）、レバノンスギ（亜種アトランティカ）グラウカペンデュラ（glauca pendula）、レバノンスギ「ナナ（Nana）」、レバノンスギペンデュラ（Cedrus libani pendula）、レバノンスギブレヴィフォリア（Cedrus libani brevifolia）、レバノンスギ変種 stenacoma、ローソンヒノキ（Chamaecyparis lawsoniana）、アラスカヒノキ（Chamaecyparis nootkatensis）「ペンデュラ（Pendula）」、ヒノキ（Chamaecyparis obtusa）「クリプシー（Crippsii）」、サワラ（Chamaecyparis pisifera）「ブルーヴァード（Boulevard）」、サワラ「フィリフェラオーレア（Filifera Aurea）」、ヌマヒノキ（Chamaecyparis thyoides）「ブルースポート（Blue Sport）」、スギ（Cryptomeria japonica）「セッカンスギ（Sekkan Sugi）」、スギ「ヴィルモリニアーナ（Vilmoriniana）」、コウヨウザン（Cunninghamia lanceolata）「グラウカ」、ウスカワアリゾナイトスギ（Cuppressus arizonica）変種 グラブラ「ブルーアイス」、ウスカワアリゾナイトスギ「ブルーサファイア（Blue Sapphire）」、イチョウ（Ginkgo biloba）、イチョウ「オータムゴールド（Autumn Gold）」、スイショウ（Glyptostrobus pensilis）、ビャクシン（Juniperus chinensis）「トルローサ（Torulosa）」、コロラドビャクシン（Juniperus scopulorum）「トルソンズ（Tollesons）」、エンピツビャクシン（Juniperus virginiana）、カラマツ（Larix kaempferi）、メタセコイア（Metasequoia glyptostroboides）、ヨーロッパトウヒ（Picea abies）、ヨーロッパトウヒペンデュラ（Picea abies Pendula）、ヨーロッパトウヒ「レモンティー（Remontii）」、カナダトウヒ（Picea glauca）「サンダースブルー（Sanders Blue）」、ハッコウダゴヨウ（Pinus x hakkodensis）、ヨーロッパクロマツ（Pinus nigra）変種ニグラ（nigra）、オモリカトウヒ（Picea omorika）、アカマツ（Pinus densiflora）「アンブラキュリフェラ（Umbraculifera）」、バンクスマツ（Pinus elliottii）、フレキシマツ（Pinus flexilis）「ヴァンデルウォルフスピラミド（Vanderwolf Pyramid）」、イタリアカサマツ（Pinus pinea）、タイワンアカマツ（Pinus massoniana）、ストローブマツ（Pinus strobus）、ストローブマツ「ペンデュラ」、ヨーロッパアカマツ（Pinus sylvestris）「フレンチブルー（French Blue）」、ヨーロッパアカマツ「ミッチウィーピング（Mitsch Weeping）」、テーダマツ（Pinus taeda）、ラジアータマツ（Pinus radiata）、カイガンマツ（Pinus Pinascer)、クロマツ(Pinus thunbergiana）、バージニアマツ（Pinus virginiana）、ダグラスファー（Pseudotsuga menziesii）、イヌカラマツ（Pseudolarix amabilis）、セコイア（Sequoia sempervirens）、タチラクウショウ（Taxodium ascendens）、ラクウショウ（Taxodium distichum）、ニオイヒバ（Thuja occidentalis）「フィリフォルミス（Filiformis）」、カナダツガ（Tsuga Canadensis）「ゴールデンスプレンダー（Golden Splendor）」、x レイランディー（Cuppressocyparis leylandii）、x レイランディー「Post Sentinal」、x レイランディー「キャッスルウェラン（Caslewellan）」、x レイランディー「ネイラーズブルー（Naylors Blue）」、およびそれらの交配雑種からなる群より選択される。
【００１６】
一つの態様では、針葉樹はサザンイエローパインの木である。更なる態様では、サザンイエローパインは、テーダマツ、Pinus serotina、ダイオウショウ（Pinus palustris）およびバンクスマツならびに雑種からなる群より選択される。
【００１７】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドは、クリ、トネリコ、ブナ、シナノキ、カバノキ、ブラックチェリー、ブラックグルミ／バターグルミ、チンカピングリ、ハコヤナギ、ニレ、ユーカリノキ、エノキ、ヒッコリー、ホリー、ニセアカシア、モクレン、カエデ、オーク、ポプラ、アカシア、ハコヤナギ、チーク、レッドアルダー、キリ、サッサフラス、モミジバフウ、エジプトイチジク、ヌマミズキ、ヤナギおよびユリノキ、ならびにそれらの種内および種間交配雑種からなる群より選択される樹木で正常に発現する。
【００１８】
別の態様では、ポリヌクレオチドは、裸子植物または被子植物で正常に発現する。別の態様では、ポリヌクレオチドは、単子葉植物において (i) 核酸分子に結合すること、または(ii)遺伝子発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する。
【００１９】
別の態様では、単子葉植物は、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、オオムギ、ラン、アイリス、ユリ、タマネギ、サトウキビおよびモロコシからなる群より選択される。
【００２０】
別の態様では、シバは、コヌカグサ属（Agrostis spp.）、ナガハグサ（Poa pratensis）、ドクムギ属（Lolium spp.）、ナガハグサ（Kentucky Blueglass）とホソムギ（Perennial Ryegrass）混合; オニウシノケグサ（Festuca arundinacea）、イトウシノケグサ（Festuca rubra commutata）、ギョウギシバ（Cynodon dactylon）、キクユグラス（Pennisetum clandestinum）、イヌシバ（Stenotaphrum secundatum）、シバ（Zoysia japonica）、ならびにアオイゴケ（Dichondra micrantha）からなる群より選択される。
【００２１】
一つの態様では、ポリヌクレオチドは、双子葉植物において(i)核酸分子に結合すること、または (ii) 遺伝子発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する。
【００２２】
別の態様では、双子葉植物は、ワタ、タバコ、アラビドプシス（ナズナ）、トマト、ジャガイモ、ハコヤナギ、ユーカリノノキ、モミジバフウ、アカシア、ポプラ、ヤナギ、チーク、マホガニー、クリ、ニレ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウムおよびサボテンからなる群より選択される。
【００２３】
別の態様では、ポリペプチドは、植物のおける遺伝子の発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる。
【００２４】
別の態様では、遺伝子は植物ゲノムに対し内因性である。
【００２５】
別の態様では、少なくとも一つの細胞において単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、その細胞のいずれにおいても、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物の表現形と異なっている。
【００２６】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物と比べてリグニン質の差違を含む。
【００２７】
別の態様では、リグニン質の差違は、リグニン分子の構造の変化を特徴とする。
【００２８】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて木質組成の差違を含む。
【００２９】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて繊維組成の差違を含む。
【００３０】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞分裂の差違を含む。
【００３１】
別の態様では、単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形は、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞発生の差違を含む。
【００３２】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれか一つの配列またはその変種を含む単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００３３】
一つの態様では、変種は、植物において (i) 核酸分子に結合すること、または (ii) 遺伝子の発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする。
【００３４】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304、3593〜3666 のいずれか一つのアミノ酸配列、またはその変種を含む植物転写因子であって、植物において (i) 核酸分子に結合すること、または (ii) 遺伝子の発現を制御することの少なくとも一つが可能である転写因子を提供する。
【００３５】
一つの態様では、変種は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する。
【００３６】
一つの態様では、変種は、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304、3593〜3666のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する。
【００３７】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含み、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体を提供する。
【００３８】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、 3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しており、そして (c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現するDNA構築体を提供する。
【００３９】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして(b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドは作動可能に連結しているDNA構築体を提供する。
【００４０】
一つの態様では、プロモーターは、構成的プロモーター、強力プロモーター、または誘導性プロモーターからなる群より選択される。
【００４１】
別の態様では、プロモーターは制御可能なプロモーターである。
【００４２】
別の態様では、プロモーターは温度に感受性である。
【００４３】
別の態様では、制御可能なプロモーターは、オーキシン、エチレン、アブシジン酸、創傷、メチルジャスモナイトまたはジベレリン酸のいずれか一つにより制御される。
【００４４】
別の態様では、プロモーターは、時間的制御を受ける。
【００４５】
別の態様では、プロモーターは、組織特異的プロモーターである。
【００４６】
別の態様では、プロモーターは、維管束優先プロモーターである。
【００４７】
別の態様では、プロモーターは、SEQ ID NO：1642〜1643のいずれか一つで同定される核酸配列からなる群より選択される。
【００４８】
別の態様では、所望の核酸は、遺伝子である。
【００４９】
別の態様では、所望の核酸は、遺伝子である。
【００５０】
別の態様では、所望の核酸は、RNA転写体を生ずる。
【００５１】
別の態様では、RNA転写体は、植物細胞にとって内因性である遺伝子のアンチセンス配列を有する。
【００５２】
別の態様では、RNA転写体は、植物細胞で正常に発現する遺伝子のRNA干渉を誘導する。
【００５３】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結している、植物細胞を提供する。
【００５４】
一つの態様では、本発明は、植物細胞を含むトランスジェニック植物を提供する。
【００５５】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しており、そして(c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現する植物細胞を提供する。一つの態様では、本発明は植物細胞を含むトランスジェニック植物を提供する。
【００５６】
別の局面では、本発明は、(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして (b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結している、植物細胞を提供する。一つの態様では、本発明は植物細胞を含むトランスジェニック植物を提供する。
【００５７】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304、3593〜3666のいずれか一つの触媒ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、植物において (i) 核酸分子と結合すること、または (ii) 遺伝子発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。
【００５８】
別の局面では、本発明は、トランスジェニック植物を産生するための方法であって、(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含み、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程；(b) 該ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチドおよび該所望の核酸の産生物の両方が植物細胞内に発現し、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種の植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法を提供する。一つの態様では、植物細胞は植物外植組織内に置かれる。
【００５９】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする。
【００６０】
別の態様では、リグニン質の差違は、リグニン分子の構造の変化を特徴とする。
【００６１】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする。
【００６２】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする。
【００６３】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする。
【００６４】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする。
【００６５】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする。
【００６６】
一つの態様では、所望の核酸は遺伝子である。
【００６７】
別の局面では、本発明は、トランスジェニック植物を産生するための方法であって、(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含み、該ポリヌクレオチドおよび該プロモーターが作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程；ならびに (b) ポリヌクレオチドが、植物細胞のゲノムの一部に結合すること、または植物細胞ゲノムの遺伝子発現を制御することの少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードし、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法を提供する。
【００６８】
一つの態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする。
【００６９】
別の態様では、リグニン質の差違は、リグニン分子の構造の変化を特徴とする。
【００７０】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする。
【００７１】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする。
【００７２】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする。
【００７３】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現している植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする。
【００７４】
別の態様では、ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形は、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする。
【００７５】
別の態様では、所望の核酸は、遺伝子である。
【００７６】
一つの局面では、本発明は、植物転写因子により制御できるプロモーターに関するスクリーニングをするたもの方法であって、(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 構成的プロモーター、(iii) 候補プロモーター、および (iv) レポーター遺伝子を含み、該ポリヌクレオチドが植物転写因子をコードし、該候補プロモーターおよび該レポーター遺伝子が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該構成的プロモーターと作動可能に連結し、該構成プロモーターによって発現するDNA構築体を植物細胞内で発現させる工程; (b) 該レポーター遺伝子の発現レベルを検出する工程；ならびに (c) 該レポーター遺伝子の発現レベルを、該第2レポーター遺伝子と作動可能に連結した該候補プロモーターを含むDNA構築体を含有する植物細胞からの第2レポーター遺伝子発現レベルと比較する工程を含む方法を提供する。
【００７７】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：822〜1640、3593〜3596のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現する、トランスジェニック木から得た木材パルプを提供する。
【００７８】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：822〜1640、3593〜3596のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物であって、転写因子が、干ばつ耐性の増加、背丈の低下もしくは増加、分枝の低下もしくは増加、耐寒・耐凍性の上昇、活力向上、色彩の強化、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、生産量の増加、耐塩性の向上、耐重金属性の向上、耐病性の上昇、耐昆虫性の上昇、耐水ストレス性の上昇、甘さの向上、味覚の改善、食感の改善、リン含有量の低下、発芽率の上昇、微量元素取込みの上昇、デンプン組成の改善、花寿命の改善、および新規タンパク質もしくはペプチドの産生からなる群より選択される形質を植物に付与するトランスジェニック植物を提供する。
【００７９】
別の局面では、本発明は、同種野生型植物に比べて幼若期が短い、または長い、SEQ ID NO：822〜1640、3593〜3596のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物を提供する。
【００８０】
別の局面では、本発明は、自己離脱枝を有する、SEQ ID NO：822〜1640、3593〜3596のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物を提供する。
【００８１】
別の局面では、本発明は、同種野生型植物に比べて生殖発達が早いか、または遅い、SEQ ID NO：822〜1640、3593〜3596のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物を提供する。
【００８２】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のヌクレオチド配列と60%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８３】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のヌクレオチド配列のいずれかと65%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８４】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のヌクレオチド配列のいずれかと70%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物の遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８５】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のヌクレオチド配列のいずれかと75%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNA結合性タンパク質をコードする、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８６】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかと80%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物の遺伝子転写を媒介する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８７】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかと85%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８８】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592 のいずれかと90%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００８９】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：181〜188のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：181〜188のいずれかと79%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ遺伝子転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列を提供する。
【００９０】
別の局面では、本発明は、2種類のサンプル中のポリヌクレオチドの発現を関連付ける方法であって、
第1サンプル中のSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリペプチドの発現レベルを検出する工程；
第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル検出する工程；
第1サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程；および
第1および第2サンプル間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル差違を相関させる工程を含む方法を提供する。
【００９１】
一つの態様では、第1サンプルおよび第2サンプルは、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来するものである。
【００９２】
別の態様では、第1サンプルおよび第2サンプルは、同一組織に由来し、第1サンプルおよび第2サンプルはそれぞれ、ある年の異なる季節に収穫されたものである。
【００９３】
別の態様では、第1サンプルおよび第2サンプルは、異なる発生段階の植物から得られたのである。
【００９４】
別の局面では、本発明は、植物の表現形の獲得と一つまたは複数のポリヌクレオチドの植物におけるポリヌクレオチド発現レベルとを相関させる方法であって、
ある表現形を有する第1植物における、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592およびその保存的変種からなる群より選択される核酸によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
表現形を欠く第2植物における、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
第1植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程；および
第1および第2植物間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違と表現形の獲得とを相関させる工程を含む方法を提供する。
【００９５】
一つの態様では、第1および第2サンプルは共に、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木質部、篩部、根、花、球花、果実および種子からなる群より選択される植物組織から得られたものである。
【００９６】
一つの態様では、第1サンプルおよび第2サンプルの植物組織は、それぞれ異なるタイプの組織から得られたものである。
【００９７】
別の態様では、第1および第2サンプルはそれぞれ、異なる発生段階の植物組織から得られたものである。
【００９８】
別の態様では、第1および第2植物または植物細胞は共に、ユーカリおよびマツ種から選択される同一種のものである。
【００９９】
さらに別の態様では、第1および第2植物または植物細胞は、グランディスユーカリまたはラジアータマツから選択される種のものである。
【０１００】
さらに別の態様では、検出の工程は、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される。
【０１０１】
さらに別の態様では、検出の工程は、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列によってコードされているポリヌクレオチド発現産物にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される。
【０１０２】
別の態様では、検出の工程は、標識された核酸へのハイブリダイゼーションにより実施される。
【０１０３】
さらに別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドは、検出可能な標識で標識されている。
【０１０４】
さらに別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つは、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする。
【０１０５】
別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つは、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする。
【０１０６】
別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１０７】
別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドは、SEQ ID NO：2742〜3587からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１０８】
別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドは、DNAおよびRNAからなる群より選択される。
【０１０９】
別の態様では、一つまたは複数のポリヌクレオチドは、DNAおよびRNAからなる群より選択される。
【０１１０】
別の態様では、検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを増幅する工程。
【０１１１】
別の態様では、検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出可能な標識で標識する工程をさらに含む。
【０１１２】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せを提供する。
【０１１３】
別の局面では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にそれぞれハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せを提供する。
【０１１４】
別の態様では、本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の別の一つにハイブリダイゼーションする二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを提供する。
【０１１５】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の別の一つにコードされているヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする。
【０１１６】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする。
【０１１７】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１１８】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む。
【０１１９】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１２０】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１２１】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2(Zn) 、C2C2 (Co様) 、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス(SEQ ID:3668)、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKY(SEQ ID:3670)からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１２２】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、 CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス(SEQ ID:3668)、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリックス、TUBBY、およびWRKY(SEQ ID:3670)からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされた核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１２３】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１２４】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされた核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１２５】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なる遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１２６】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なる遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１２７】
別の態様では、組合せは、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む。
【０１２８】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、検出可能な標識で標識される。
【０１２９】
別の態様では、本発明は、固体支持体上に提供された請求項69〜85のいずれか一項記載の組合せを含み、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが該固体支持体上の固有の位置を占有しているマイクロアレイを提供する。
【０１３０】
別の局面では、本発明は、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出するための方法であって、
サンプルを、、標準的なハイブリダイゼーション条件において、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子にそれぞれハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドに接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている、一つまたは複数の対象のポリヌクレオチドを検出する工程を含む方法を提供する。
【０１３１】
別の局面では、本発明は、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされている一つまたは複数の核酸配列を検出するための方法であって、
サンプルを、標準的なハイブリダイゼーション条件下で、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子によりコードされている核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドと接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている一つまたは複数の核酸配列を検出する工程を含む方法を提供する。
【０１３２】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１３３】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１３４】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする。
【０１３５】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１３６】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む。
【０１３７】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１３８】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つは、SEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666からなる群より選択される核酸配列を含む。
【０１３９】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、ABI3/VP1、アルフィン様（Alfin-like）、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADS ボックス(SEQ ID NO: 3668)、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリヘリックス、TUBBY、およびWRKY(SEQ ID NO: 3670)からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１４０】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH9、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、Jumonji、LIM、MADS ボックス(SEQ ID NO: 3668)、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリヘリックス、TUBBYおおびWRKY(SEQ ID NO: 3670)からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１４１】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする。
【０１４２】
別の態様では、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする。
【０１４３】
別の態様では、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドは、固体支持体上に提供され、ここで二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、固体支持体上に固有の場所を占有する。
【０１４４】
別の態様では、固体支持体は二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む。
【０１４５】
別の態様では、接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を増幅する工程をさらに含む。
【０１４６】
別の態様では、接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を標識する工程をさらに含む。
【０１４７】
別の態様では、本発明は、マイクロアレイを、ヌクレオチドハイブリダイゼーション反応のための一つまたは複数のバッファーまたは試薬と一緒に含む、遺伝子発現を検出するためのキットを提供する。
【０１４８】
以下の詳細な説明を参照することにより、本発明の上記および追加の特徴ならびにそれらを獲得する方法は明瞭となり、また発明を最もよく理解されるだろう。本明細書に開示した全ての参照は、参照によって、それぞれを個別に組み込むのと同様に、それら全ては本明細書に組み込まれる。
【０１４９】
発明の詳細な説明
本発明は、植物転写因子をコードする単離されたポリヌクレオチド、およびそのようなポリヌクレオチドによってコードされている単離されたポリペプチドを提供する。
【０１５０】
遺伝子発現の制御に関わるタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を用いた植物の形質転換を利用して、セルロース合成、リグニン蓄積、木質発生のその他局面、花の発達、根の発達、分枝、分裂組織特性に対する光および寒冷制御のような季節反応、および疾病耐性のような特性を変更することができる。この目的のために、本発明は、植物転写因子の機能を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を提供する。本発明はまた、ポリヌクレオチド配列に作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体であって、該ポリヌクレオチド配列が植物転写因子をコードする構築体も提供する。これに加え、本発明は、発明の転写因子配列の活性をアッセイする方法、植物における成長、木部発生、および／または繊維蓄積を変更するために転写因子を用いる方法も提供する。
【０１５１】
本発明は、当業者に周知である用語および句を使用する。特に明記しない限り、本明細書中に使用する全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する当技術分野において、通常の知識を有する者によって一般的に理解されるものと同一の意味を有する。一般的には、本明細書で使用する細胞培養、分子遺伝学、ならびに本明細書に記載の核酸化学およびハイブリダイゼーションに関する命名法および研究方法は周知であり、また当技術分野で一般的に用いられている。組換え体核酸法、ポリヌクレオチド合成、微生物培養、細胞培養、組織培養、形質転換、トランスフェクション、形質導入、分析化学、有機合成化学、化学合成、化学分析、ならびに医薬品の調剤およびデリバリーに関しては、標準的な方法を用いる。一般的に、酵素反応ならびに精製および／または単離工程は、製造元の指示書に従って実施される。技術および手順は、一般的には、通常の方法論に従って実施される（Sambrook & Russel, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 2001）。
【０１５２】
A.  植物転写因子遺伝子およびタンパク質
ABI3/VP1：トウモロコシVp1遺伝子およびアラビドプシス（Arabidopsis）のabi3遺伝子は、突然変異表現形の類似性およびアミノ酸の保存性から、オルトログ遺伝子と信じられている。VP1は、発芽中、abi3突然変異に感受性であるアブシジン酸を完全に回復し、abi3の初期開花表現形を抑制する。VP1は、ABAおよびオーキシンシグナル伝達間に、新規の相互作用を媒介し、発生休止および遺伝子発現パターンを変える（Suzuki M, et al., Plant J. 2001 28:4:409-18）。オーキシンおよびアブシジン酸は、葉および根の発生を含め、多くの植物の発生過程で重要である（Brady SM, Sarkar SF, Bonetta D and McCourt P, 2003, Plant J. 34(1):67-75）。
【０１５３】
AP2：AP2（APETALA2）およびEREBP（エチレン応答性エレメント結合タンパク質）は、植物固有の転写因子ファミリーの原型メンバーであり、それらを識別する特徴は、いわゆるAP2 DNA結合ドメインを含むことである。AP2/EREBP遺伝子は大きな多遺伝子ファミリーを形成しており、それらは植物の生活環全体を通して様々な役割を果たしている。AP2/EREBP遺伝子は、花芽器官の特性決定および葉上皮細胞の特性を含む幾つかの発生プロセスの重要な制御因子である。アラビドプシス／和名シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）では、ホメオティック遺伝子APETALA2（AP2）は、発生中に次の3つの顕著なプロセスを制御することが示されている：(1) 花芽器官形成中の花芽器官特性の特異化（Jofuku et al., Plant Cell 6:1211-1225, 1994）; (2) 花分裂組織の特性の確立（Irish and Sussex, Plant Cell 2:8:741-753, 1990）；および (3) 花ホメオティック遺伝子活動の時間的および空間的制御（Drews et al., Cell 65:6:991-1002, 1991）。DNA配列分析は、AP2が、AP2ドメインと呼ばれる独特の68aaの反復モチーフを有する432aaの理論的ポリペプチドをコードすることを示唆している。このドメインは、AP2の機能にとって必須であること、および68aaの中に両親媒性αへリックスを形成すると予想される18個のアミノ酸コア領域を含むことが示されている（Jofuku et al., Plant Cell 6:1211-1225, 1994）。シロイヌナズナ（Okamuro et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:7076-7081, 1997）およびタバコの両方については、Ap2様ドメイン含有転写因子も同定されており、さらにエチレン応答性エレメント結合タンパク質（EREBP）が同定されている（Ohme-Takagi and Shinshi, Plant Cell 7:2:173-182, 1995）。アラビドプシスでは、これらRAP2（AP2に関係する）遺伝子は、AP2様およびEREBP様と呼ばれる、二つの異なるAP2ドメイン含有タンパク質のサブファミリーをコードする（Okamuro et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:7076-7081, 1997）。現在までのところ、インビトロでのDNAの結合は、RAP2タンパク質を用いては示されていない。AP2ドメイン内に、2カ所の非常に保存的なモチーフYRGおよびRAYD(SEQ ID NO: 3672)が存在することを根拠として、DNAの結合がAP2タンパク質の結合と類似の様式で起こることが提案されている。
【０１５４】
アグロバクテリウム（Agrobacterium）：当技術分野周知のように、植物細胞を形質転換するのに用いられるアグロバクテリア（Agrobacteria）は、通常は、ベクターを含有するアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）またはアグロバクテリウム・リゾゲネス（Agrobacterium rhizogenes）の無害化されたビルレント派生菌である。ベクターは、一般的には、所望ポリヌクレオチドを含有し、それはT-DNAの境界の間に配置される。
【０１５５】
アルフィン様：アルフィン1は、根で機能する転写因子である。アルフィン1の過剰発現も、トランスジェニック植物の塩耐性および根の成長を向上させる（Winicov I., 2000, Planta. 210(3):416-22）。
【０１５６】
被子植物：子房内に封じ込められた種子を有する維管束植物。被子植物は、結実する花を産する種子植物である。被子植物は、双子葉植物および単子葉植物に分けられる。
【０１５７】
ARF：オーキシン応答因子（「ARF」）は、最近発見された、一次または初期オーキシン応答性遺伝子のプロモーター内のオーキシン応答エレメント（AuxRE）に特異的に結合する転写因子ファミリーである。ARFは、トウモロコシの転写活性化因子VIVIPAROUS1のカルボキシル末端DNA結合ドメインと関係するアミノ末端DNA結合ドメインを有する。いくつかのARFは、転写活性化ドメインを含有するが、一方他のものは発現ドメインを含有する。ARFは、一次応答遺伝子のオーキシン制御遺伝子発現において中心的な役割を果たすと思われる（Guilfoyle TJ. Ulmasov T and Hagen G., 1998, Cell Mol Life Sci. 54(7):619-27）。アラビドプシスのAFR遺伝子は、胚の軸形成およびオーキシン依存性細胞拡大の両方の制御にとって重要であることが示されている（Hardtke CS,  Ckurshumova W, Vidaurre DP, Singh SA, Stamatiou G, Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ and Berleth T., 2004, Development. 131(5):1089-100）。オーキシン応答は、植物における分裂組織および木部の発生に重要である（Uggla C, Magel E, Moritz T and Sundberg B, 2001, Plant Physiol. 125(4):2029-39）。
【０１５８】
ARID：デッドリンガー（Dead ringer）（Dri）は、そのメンバーがA/Tリッチ相互作用ドメインと名付けられた保存されたDNA結合ドメインを共有する、最近定義されたDNA結合性タンパク質のARIDファミリーの創始メンバーである。このファミリーには、B細胞特異的因子のブライト（Bright）およびショウジョウバエ（Drosophila）因子アイリッド（Eyelid）（Osa)が含まれる。driは、発生的に制御されており、幾つかの神経細胞ならびに胃および唾液腺管の分化中の細胞を含む、限られた細胞のセットで発現する。Driは、アイリッドのように一般的な転写補助因子またはクロマチン修飾因子ではないと考えられているが、それはdri突然変異胚において転写が攪乱される遺伝子が少数だからである（Valentine, 1998 and Shandala, 1999）。
【０１５９】
ARIDドメインは、植物の多くのゲノム中に見出すことができ、少なくとも一つのARID遺伝子ファミリーは、複数の保存されたドメインの順序の保存によって、植物から後生動物（Rbbp2ファミリー）まで明瞭に辿ることができる。
【０１６０】
Driは、配列特異的DNA結合性タンパク質であることが示されている。Driのインビトロ配列特異性は、多くのホメオドメインタンパク質のそれに、驚くほど似ている。Driは、RuATTAA配列に優先して結合する。それ故に、dri突然変異胚が示す表現形は、調節遺伝子の発現が障害された結果と思われる。ARIDタンパク質は、細胞増殖、分化および発生の制御に関与している（Wilsker D, Patsialou A, Dallas PB and Moran E., 2002, Cell Growth Differ. 13(3):95-106）。
【０１６１】
AUX/IAA：インドール-3-酢酸（IAAまたはオーキシン）は、植物の生長および発生にとって不可欠である。このホルモンは、分裂組織および木部の発生に対する作用を含む各種オーキシンの作用を伝達すると考えられている選択された初期遺伝子のセットの転写を、数分以内に、迅速かつ特異的に活性化する。初期遺伝子または一次応答遺伝子の概念は、幾つかの生物系において、シグナル伝達経路の上流および下流部分へのアクセスおよび拡張にうまく利用されている。幾つかのグループが実施した分子的および遺伝学的研究は、Aux/IAAタンパク質が、オーキシン応答で中心的な役割を果たしていることを示している（Tiwari SB, Hagen G and Guilfoyle T., 2003, Plant Cell. 15(2):533-43, Moyle R, Schrader J, Stenberg A, Olsson O, Saxena S, Sandberg G and Bhalerao RP., 2002, Plant J. 31(6):675-85）。
【０１６２】
bZIP：塩基性／ロイシンジッパー（bZIP）は、塩基性／ロイシンジッパー（bZIP）モチーフにより規定される転写因子の保存されたファミリーである（Landschultz et al., Science 240:1759-1764(1988); McKnight, Sci. Am., 264:54-64(1991); Foster et al., FASEB J. 8:2:;192-200(1994))。遺伝子発現の転写制御は、対応する遺伝子のプロモーター領域内に存在する調節エレメントと相互作用する配列特異的転写因子の協奏作用を通し、bZIPおよびその他の転写因子ファミリーの両方によって媒介される。bZIPの二つに分れたDNA結合構造は、数個のアミノ酸を間にはさんで規則的に存在する複数個のロイシン残基を特徴とするロイシンジッパーに隣接する、塩基性アミノ酸（塩基性領域）に富む領域からなる（Vinson et al., Science 246:911-916, 1989）。塩基性領域はDNAと直接接触するが、ロイシンジッパーは、二つの□-へリックスの疎水性二量体化中間面の平行相互作用を介したホモ二量体化およびヘテロ二量体化を媒介し、コイルドコイル構造を生ずる（O'Shea et al., Science 243:538-542 (1989); Science 254:539-544 (1991); Hu et al., Science 250:1400-1403 (1990); Rasmussen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:561-564 (1991)）。
【０１６３】
Dofタンパク質は、比較的新しい転写因子の分類であり、bZIPタンパク質と近接する連結部位に結合しているその他タイプの転写因子との間の共同相互作用によって、植物遺伝子発現の幾つかのパターンについて、その一部の制御を媒介していると考えられている。このような共同相互作用の例は、bZIPおよびDof転写因子の間で観察されている（Singh, Plant Physiol. 118:1111-1120 (1998)）。これらDofタンパク質は、植物で高度に保存されている亜鉛フィンガーDNA結合ドメインを一つ有している（Yanagisawa, Trends Plant Sci. 1:213(1996)）。bZIP転写因子へのDofタンパク質の特異的結合が実証されており、この特異的相互作用が植物プロモーター内のDNA標的配列へのbZIP結合を刺激すると提唱されている（Chen et al., Plant J. 10-955-966 (1996)）。このようなDof/bZIP相互作用の例は、文献に報告されており、例えばbZIP結合部位と認知されているocsエレメントに近接して連結する、複数のDof結合部位を含むことが示されているシロイヌナズナのグルタチオニンS-トランスフェラーゼ-6遺伝子（GST6)プロモーターがある（Singh, Plant Physiol. 118:1111-1120 (1998)）。
【０１６４】
アラビドプシス由来のGボックス結合因子のbZIPファミリー（例えばGBF1、GBF2およびGBF3を含む）は、パリンドロームGボックスモチーフ（CCACGTGG）と相互作用する。しかしながら、このような転写因子、例えばGBF1のDNA結合特異性は、ACGTコア側面にくるヌクレオチドの性質により影響を受けることがある（Schindler et al., EMBO J. 11:1274-1289(1992a)。インビボでの一過性、およびトランスジェニック植物発現研究からは、これらACGTエレメントが転写の最大活性化に必要であること、およびそれらが様々な環境、生理学的および環境的なきっかけによって制御を受けている数多くの植物遺伝子に同定できることを示している。これら転写因子を、そのACGTコアモチーフへの結合能力に基づいて分類してみた結果、例えばGボックスと相互作用するタンパク質とは異なるDNA結合部位条件を示すCamV 35Sプロモーター-as-1-結合タンパク質を含む、比較的多様なタンパク質群を得た（Tabata et al., EMBO J. 10:1459-1467(1991)）。このように、そのDNA結合特異性に基づいてbZIPタンパク質を個別のクラスに定義することに加えて、そのようなタンパク質は、そのヘテロ二量体形成特性に基づいて分類することもできる（Cao et al., Genes Dev. 5:1538-1552, 1991; Schindler et al., EMBO J. 11:1261-1273 (1992b)）。
【０１６５】
環境誘導型プロモーターは、プロモーター活性にとって重要な二つのシス作用エレメントの存在を必要とし、その一つは比較的保存されているGボックス（CCACGTGG）である（deVetten et al., Plant Cell 4:10:1295-1307 (1992)）。二つのエレメントのうち一つに突然変異が生ずると、環境変化へ反応するプロモーターの能力は無効になるか、または大きく減ずる。Gボックス近くに位置する2番目のシス作用エレメントの配列は、異なる環境誘導型プロモーターには保存されていないが、同一シグナルで誘導されるプロモーターの間では類似性が認められることもある。Gボックスと第2シス作用エレメントとの間の距離が重要と考えられており、それぞれの結合因子が直接相互作用することが示唆されている（deVetten and Ferl, Int. J. Biochem. 26:9:1055-1068 (1994)); Ramachandran et al., Curr. Opin. Genet. Dev. 4:5:642-646, 1994)）。
【０１６６】
塩基性へリックス-ループ-へリックスジッパータンパク質は、文献に記載されたbZIP転写因子の別のクラスであり、例えばMycタンパク質を包含している。これらタンパク質は、転写因子に特徴的な2カ所の領域：幾つかのリン酸化部位からなるN末端トランス活性化ドメイン、および二量体化および3カ所のドメインを介した配列特異的DNA結合を媒介することが知られているC末端塩基性へリックス-ループ-へリックス（bHLH）ロイシンジッパーモチーフ：ロイシンジッパー、へリックス-ループ-へリックス、および塩基性領域を含む（Toledo-Ortiz G, Huq E and Quail PH., 2003, Plant Cell. 15(8):1749-70）。このTFのファミリーは、根の上皮細胞の運命を指定すること（Bernhardt C, Lee MM, Gonzalez A, Zhang F, Lloyd A and Schiefelbein J., 2003, Development. 130(26):641-9）、果実の発生（Liljegren SJ, Roeder AH, Kempin SA, Gremski K., Ostergaard L, Guimil S, Reyes DK and Yanofsky MF, 2004, Cell, 116(6):843-53）、ER体の形成（Matsushima R, Fukao Y, Nishimura M and Hara-Nishimura I., 2004, Plant Cell. May 21 [出版前に電子的に公開]）を含む植物細胞および組織の発生、ならびに植物の代謝に様々な役割を果たしていること、ならびにアントシアニン生合成に関係する（Ramsay NA, Walker AR, Mooney M and Gray JC, 2003, Plant Mol Biol. 52(3):679-88）と考えられている。
【０１６７】
CCAAT：Gelinasら（Nature 313[6000]:323-325, 1985）により同定されたCCAATボックスエレメントは、転写開始部位から80 bp〜300 bpの間にあって、いずれの方向にも機能し、複数のボックス（Tasanen et al., J Biol. Chem. 267:16:11513-11519(1992)）；または他の保存されたモチーフ（Muro et al., J. Biol. Chem. 267:18:12767-12774(1992)）；Rieping and Schoffl, Mol. Gen. Genet. 231:2:226-232(1992)）と協働的に相互作用する可能性を有している。CCAATボックス関連モチーフは、酵母（Hahn et al., Science 240:4850:317-321 (1988)）、ラット（Maity et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:14:5378-5382 (1990)）；Vuorio et al., J. Biol. Chem. 265:36:22480-22486 (1990)）；および植物（Rieping and Schoffl, Mol. Gen. Genet. 231:2:226-232 (1992)）；Kehoe et al., Plant Cell 6:8:1123-1134 (1994)）を含む様々な生物の、多くのプロモーターに同定されている。酵母および脊椎動物では、タンパク質複合体がCCAATモチーフに結合することが示されている。酵母では、複合体がHAP2、HAP3およびHAP5として知られる3つのタンパク質からなる（Pinkham and Guarente, Mol. Cell. Biol. 5:12:3410-3416 (1985)）。
【０１６８】
シロイヌナズナには、類似する「DR1」転写因子が存在する。シロイヌナズナにDr1様タンパク質が同定されたことは、このタンパク質が真核生物の属に普遍的に存在すること、およびDr1を含む転写開始を制御する保存されたメカニズムが存在することを強く示している（Kuromori & Yamamoto, Cloning of cDNAs from Arabidopsis thaliana that encode putative protein phosphatase 2C and a human Dr1-like protein by transformation of a fission yeast mutant, Nucleic Acids Res., 22:24:5296-301 (1994)）。
【０１６９】
CAATT結合因子は、セイヨウアブラナ（Brasica napus）（Levesque-Lemay M, Albani D, Aldcorn D, Hammerlindl J, Keller W and Robert LS, 2003, Plant Cell Rep. 21(8):804-8, Epub 2003 Mar 04）における植物稔性、および胚形成（Lee H, Fischer RL, Goldberg RB and Harada JJ. 2003, Proc Natl Acad Sci USA. 100(4):2152-6）に関係している。
【０１７０】
C2C2 Co様：アラビドプシスの発生では、植物期と生殖（開花）期は明瞭に分れている。開花の開始は、長日期により促進されるが、constans(co)突然変異は、野生型に比べ、これら条件で開花が遅くなる（Putterill J, Robson F, Lee K, Simon R and Coupland G, 1995, Cell. 80(6):845-57; Valverde F, Mouradov A, Soppe W, Ravenscroft D, Samach A and Coupland G, 2004 Science. 303(5660):1003-6）。COのコピーを過剰に含むいくつかのトランスジェニック植物は野生型に比べ開花が遅いことから、COの活性が開花時間を制限していることが示唆される。coおよび、ジベレリン酸反応、分裂組織の性質、またはフィトクロムの機能に影響を及ぼす突然変異を含む二重突然変異を作製し、それらの表現形から開花促進におけるCOの役割に関するモデルが提案されている。COとフィトクロム反応および分裂組織の性質とが相互作用することは、CO様遺伝子が様々な植物の発生プロセスにおいて、遺伝子制御の機能を果たしていることを意味する。
【０１７１】
アラビドプシスは、長日に反応して開花を促進し、コメは短日に反応して開花を促進するが、この反応を制御しているネットワークは、これらの関連性が非常に薄い植物の間でも高度に保存されており、Constansによって制御されていることが分かっている（Simpson GG. 2003, Bioessays. 25(9): 829-32）。
【０１７２】
C2C2 GATA：植物に広く見られる多くの光反応性プロモーターは、GATAモチーフを含んでおり、そして多くの核タンパク質がこれらエレメントと相互作用することが明らかにされている。タイプIV亜鉛フィンガータンパク質は、動物および真菌で詳しく調べられており、この配列を含むプロモーターエレメントに対し高い親和性を示すことから、それらはGATA因子と呼ばれている（Lowry JA and Atchley WR. 2000, J Mol Evol. 50(2):103-15）。
【０１７３】
C-X2-C-X20-C-X2-Cモチーフ含有ドメイン構造、CCTドメインおよび未確認の保存ドメインを含むタンパク質が植物にのみ見出されており、それらが植物特異的なCATAタイプ転写因子の新規ファミリーに属していることを示している。このような因子の一つであるZIMのアラビドプシスでの過剰発現は、胚軸および葉柄の伸長をもたらす（Shikata M, Matsuda Y, Ando K, Nishii A, Takemura M, Yokota A and Kohchi T., 2004, J Exp Bot. 55(397):631-9）。
【０１７４】
C2C2 YABBY：これら遺伝子の発現は、背軸細胞の運命が正常位置にない、減少する、または排除されている突然変異体での背軸細胞の運命と正確に関係している。この遺伝子ファミリーのメンバーは、アラビドプシスの葉および花器官のような側部器官の背軸細胞の運命の特定化を担っている（Siegfried KR, Eshed Y, Baum SF, Otsuga D, Drews GN and Bowman JL, 1999, Development. 126(18):4117-28）。Yabbyはまた、他の植物においてもある役割を果たしており、例えばコメの葉の中央域では細胞増殖を促進することを介して主脈形成を制御している（Yamaguchi T, Nagasawa N, Kawasaki S, Matsuoka M, Nagato Y and Hirano HY. 2004, Plant Cell. 16(2):500-9）。
【０１７５】
C2H2(Zn)：C2H2亜鉛フィンガータンパク質遺伝子は、遺伝子活性の制御に関係する核酸結合タンパク質をコードする。AtZEP1（シロイヌナズナ亜鉛フィンガータンパク質1）は、これまでアラビドプシスから特性が分析されてきたC2H2亜鉛フィンガーコード配列の小さなファミリーの1メンバーである。AtZEP1 cDNAに対応するゲノム配列が決定されている。分子の分析から、AtZEP1は、根および茎に強く発現している1100ヌクレオチドのmRNAをコードする、固有のイントロンを含まない遺伝子である（Chrispeels HE, Oettinger H, Janvier N and Tague BW. 2000, Plant Mol Biol. 42(2):279-90）。
【０１７６】
植物のC2H2亜鉛フィンガー転写因子は、花器官形成（Yun JY, Weigel D and Lee I. 2002, Plant Cell Physiol. 43(1):52-7）、開花時期（Kozaki A, Hake S and Colasanti J. 2004, Nucleic Acids Res. 32(5):1710-20）、葉誘導、側部シュート誘導、配偶子形成および種子の発生（Sagasser M, Lu GH, Hahlbrock K and Weisshaar B, 2002, Genes Dev. 16(1):138-49）において重要な役割を果たすものであることが確認されている。
【０１７７】
C3Hタイプ（Zn)：C3Hタイプ亜鉛フィンガータンパク質は、ヒトの腫瘍における細胞分裂の制御に関係することが知られており、植物でも同様の機能を果たすと思われる。
【０１７８】
CPP(ZN)：ダイズのレグヘモグロビン遺伝子Gmlbc3のプロモーターと相互作用する、新しいタイプのDNA結合性タンパク質（CPP1）が同定されている。CPP1のDNA結合ドメインは、それぞれ9個と10個のCysを持つ、類似のCysリッチドメインを二つ含んでいる。cpp1遺伝子は、根粒発生の後期に誘導され、その発現は根粒の中心感染組織の末端部分に限定されている。構成的なcpp1遺伝子の発現は、スズメノエンドウ（Vicia hirsuta）の根におけるGmlbc3プロモーター gusA レポーター構築体の発現を低下させる。それゆえに、これらのデータは、CPP1が、共生根の根粒におけるレグヘモグロビン遺伝子の制御に関係していることを示唆している（Cvitanich C, Pallisgaard, N, Nielsen KA, Hansen AC, Larsen K, Pihakaski-Maunsbach K, Marcker KA and Jensen EO, 2000, Proc Natl Acad Sci USA. 97(14):8163-8）。
【０１７９】
所望のポリヌクレオチド：本発明の所望のポリヌクレオチドは、プロモーター、エンハンサーまたはターミネータのような遺伝的エレメント、あるいはそのゲノム中に所望のポリヌクレオチドを含む形質転換細胞において転写および／または翻訳される遺伝子またはポリヌクレオチドである。所望のポリヌクレオチドが、タンパク質産物をコードする配列を含む場合は、コード域は、所望のポリヌクレオチドがコードする関連メッセンジャーRNA転写体および／またはタンパク質産物を発現させる、プロモーターおよびターミネータのような調節エレメントに作動可能に連結できる。このように「所望のポリヌクレオチド」は、5'-から3'-の方向に作動可能に連結しているプロモーター、タンパク質をコードする遺伝子およびターミネータである遺伝子を含むことができる。あるいは、所望のポリヌクレオチドは、その転写により植物細胞の内因性遺伝子の発現に影響を及ぼす核酸を生ずる遺伝子またはその断片を、「センス」または「アンチセンス」方向に含んでもよい。所望のポリヌクレオチドは、転写によって二本鎖RNA産物を生ずることができる、それによって所望のポリヌクレオチドが結合する遺伝子に、RNA干渉を誘導することができる。本発明の所望のポリヌクレオチドは、T-DNA内に、T-DNAの左または右端部配列が所望のポリヌクレオチドの左右いずれかの端部に並ぶか、重なるように配置される。本発明は、一つまたは複数の所望のポリヌクレオチドの、少なくとも一つの植物細胞のゲノム内への安定的な組込みを想定している。所望のポリヌクレオチドは突然変位していても、または野生型配列の変種でもよい。所望のポリヌクレオチドの全てまたは一部は、植物のゲノム内に組込めるものとする。また、用語「所望のポリヌクレオチド」は、一つまたは複数のそのようなポリヌクレオチドを包含するものとする。したがって、本発明のT-DNAは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10またはそれ以上の所望のポリヌクレオチドを含んでよい。
【０１８０】
双子葉植物（dicot）：その胚が2枚の初葉または子葉、分枝した葉脈、4または5の倍数の花部分を有する顕花植物である。双子葉植物の例としては、これに限定されないが、ユーカリ、ハコヤナギ（Populus）、フウ（Liquidamber）、アカシア、チーク、マホガニー、ワタ、タバコ、アラビドプシス（ナズナ）、トマト、ジャガイモ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミノキ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウム、アボガドおよびサボテンが挙げられる。
【０１８１】
DRAP1：NC2（Dr1-Drap1）はDPEまたはTATAボックスモチーフを通して遺伝子転写を示差的に制御する二機能塩基性転写因子である。精製した組換え体dNC2は、DPE駆動プロモーターを活性化し、TATA駆動プロモーターを抑制する。dNC2の突然変異体は、DPEプロモーターを活性化できるが、TATAプロモーターの抑制は不安定である。それゆえに、活性化と抑制の機能は異なっている。Rice（Song W, Solimeo H, Rupert RA, Yadav NS and Zhu Q, 2002, Plant Cell. 14(1):181-95）。
【０１８２】
E2F/DP：E2F/DP複合体は、動物でのG1/S移行の制御において中心的な役割を果たしている。最近、植物のE2FおよびDP関連相同体がクローン化された。植物のE2F相同体は、動物のものに類似した全体ドメイン構造を示すものの、系統樹分析はそれらが別のサブグループを形成していることを示している。それらは主に、S初期の細胞で、最も高い転写レベルを示す、活発に分裂している細胞に生ずる（Mariconti L, Pellegrini B, Cantoni R, Stevens R, Bergounioux C, Cella R and Albani D, 2002, J Biol Chem. 277(12): 9911-9）。タバコでは、アラビドプシスE2Fが高発現すると、S期から、有糸分裂活性が制限された最終分化細胞への移行が加速され、内生殖を促進し、さらに上昇したE2F活性は細胞型特異的な様式で細胞周期を変化させて、S期およびM期を保証している活性間のバランスに依存した植物の形態に影響を与える（Kosugi S and Ohashi Y. 2003, Plant Physiol. 132(4):2012-22）。既知のアラビドプシスプロモーターでは、E2F結合域は、細胞分裂に関係する遺伝子のプロモーター内に見出されている（Egelkrout EM, Mariconti L, Settlage SB, Cella R, Robertson D and Hanley-Bowdoin L. 2002, Plant Cell. 14(12):3225-36; Stevens R, Mariconti L, Rossignol P, Perennes C, Cella R and Bergounioux C. 2002, J Biol Chem. 277(36):32978-84）。
【０１８３】
EIL：野生型アラビドプシス植物でのEIN3またはEIL1の過剰発現は、構成的なエチレン表現形をもたらし、ERF1の発現を高める。これらの結果は、EIN3が、エチレンシグナル伝達経路のポジティブ制御因子として機能する転写因子であることを示している（Chao Q, Rothenberg M, Solano R, Roman G, Terzaghi W and Ecker JR, 1997, Cell. 89(7):1133-44）。エチレンは、成熟および木部形成を含む、多くの植物のプロセスで重要である。
【０１８４】
内因性とは、植物ゲノムにとって生得性の遺伝子を表す。
【０１８５】
繊維組成：本明細書で用いる場合、繊維組成とは、変更可能であって、繊維の構造、外観または使用を変化させる性質を表す。限定はされないが、繊維組成を決定する性質としては、繊維の長さ、粗さ、強度、色、断面および繊維密度が挙げられる。例えば、繊維の長さは強度を与えるが、繊維の粗さは触感および柔軟性を決定することが知られている。
【０１８６】
外来：核酸に関しては、「外来」とは、植物外の生物に由来する、または形質転換の対象となる植物と同種ではない植物に由来する、または形質転換の対象となる植物と交雑しない、標的植物の種に属さない植物に由来する核酸を意味する。本発明によれば、外来DNAまたはRNAとは、真菌、細菌、ウイルス、哺乳動物、魚類または鳥類を遺伝的に形作っている、天然に存在する核酸を表しており、形質転換の対象となる植物において天然に存在する核酸ではない。それゆえに、外来核酸とは、例えば、形質転換植物が自然に産生しないポリペプチドをコードする核酸である。外来核酸は、タンパク質産生物をコードしてはならない。
【０１８７】
GARP：GARP転写因子は、サイトキニンおよびエチレンに対する反応を媒介するアラビドプシス反応制御因子（ARR）遺伝子のファミリーによって代表される。ARRファミリーは、その配列およびドメイン構造が異なる二つのグループ、タイプAおよびタイプBに分けることができる。タイプA遺伝子は、サイトキニンに反応性であり、一方タイプB遺伝子は、エチレンおよび浸透圧によって誘導される。タイプAおよびタイプBファミリー遺伝子は共に、ヒスチジン-アスパルチルホスホリレーおよび反応制御因子レシーバーを含む、2-コンポーネントのシグナル伝達系を有する。Stock et al., Annu. Rev. Biochem. 69: 183-215 (2000)。
【０１８８】
遺伝子：遺伝子は、産物、ポリペプチド鎖またはRNA分子の合成に必要な全ての情報を含むDNA分子の断片であり、コーディングおよび非コーディング配列を含む。
【０１８９】
遺伝的エレメント：「遺伝的エレメント」は、これらに限定されないが、プロモーター、遺伝子、ターミネータ、イントロン、エンハンサー、スペーサー、5'非翻訳領域、3'非翻訳領域またはリコンビナーゼ認識部位のような、別個のヌクレオチド配列である。
【０１９０】
遺伝的修飾：分子および細胞生物学的方法を適用した、特定生物ゲノム内へのDNAの安定的な導入。
【０１９１】
裸子植物：本明細書で使用する場合、子房を持たない種子を持つ、種子植物を表す。裸子植物の例としては、針葉樹、ソテツ、イチョウおよびマオウが挙げられる。
【０１９２】
GRAS：GRAS（GAI、RGA、SCR）遺伝子ファミリーの産物の配列分析は、それらが可変アミノ末端および5つの認識可能なモチーフを含む、高度な保存性のカルボキシル末端を共有していることを示している。植物生物学におけるGRAS遺伝子ファミリーの重要性は、SCR、GAIおよびRGAの機能分析によって確立している。これら遺伝子は、茎、根および花の器官の発生にとって重要である、パターン形成、特に放射パターン形成に機能していると考えられている（Pysh, et al., Plant Journal 18:111-119 (1999)）。GRASタンパク質は、シグナル伝達、分裂組織の維持および発生といった、極めて多様なプロセスで重要な役割を果たしている（Bolle C., 2004, Planta. 218 (5):683-92）。
【０１９３】
ホメオティック転写因子：動物では、ホメオティック転写因子は、例えば昆虫および脊椎動物胚におけるパターン形成の制御、ならびに多くの組織における細胞分化の特定化を含む様々な発生プロセスに関係している（Ingham, Nature 335:25-34(1988)）；McGinnis and Krumlauf, Cell 68:283-302 (1992)）。ホメオドメインの二次構造は、細菌のDNA結合ドメインで最初に同定された明瞭なへリックス-ターン-へリックス配列を特徴とする。このへリックス-ターン-へリックス配列／構造モチーフは、約20アミノ酸のスパンを有し、90度の鋭角で屈曲または回転して分離している二つのへリックスを特徴とする（Harrison and Aggarwal, Ann. Rev. Biochem. 59:933-969 (1990)）。このへリックスは、DNAへリックスの主要グローブ内に結合することが示されている。
【０１９４】
植物のホメオボックス遺伝子は、シリイヌナズナ、トウモロコシ、パセリおよびダイズを含む複数の植物種で同定されている。トウモロコシのホメオボックス遺伝子ファミリーメンバーの発現パターン分析は、これら転写因子が、植物の頂端分裂組織内の特異的領域を規定することに関係していること、および葉構造の誘導に関係している可能性を示唆している（Jackson et al., Development 120:405-413 (1994)。このような観察は、植物のホメオボックス遺伝子が、動物のホメオボックス遺伝子と同様に、細胞運命の決定に関係していることを暗示している。
【０１９５】
ホメオドメインジッパー（HD-zip)は、ホメオドメインタンパク質の別のファミリーである。これらホメオドメインジッパータンパク質（HD-zip）は、別のロイシンジッパー二量体化モチーフに連結した特徴的なホメオドメイン有する。このファミリーには、例えばAthb-1およびAthb-2が含まれる（Sessa et al., EMBO J. 12:3507-3517 (1993)およびAthb-4（Carabelli et al., Plant J. 4:469-479 (1993)。
【０１９６】
HSF：熱ショック因子（HSF）は、熱ショック反応の転写活性化因子である。構成的に発現したHSFが、DNAと結合できる形に変換するには、酵母、ショウジョウバエ、ニワトリおよびヒトのHSFで見られるように、ロイシンジッパー相互作用を含むタンパク質の三量体化が必要である。他の後生動物のHSF同様、内因性のアラビドプシスのHSFは、ゲル阻止アッセイにおいて、熱ショック誘導性のDNA結合活性を示す（Hubel A, Lee JH, Wu C and Schoffl F, 1995, Mol Gen Genet. 248(2):136-41）。植物での熱ショックタンパク質の過剰発現は、熱耐性を示す植物を生ずる（Sanmiya K, Suzuki K, Egawa Y and Shono M. 2004, FEBS Lett. 557(1-3): 265-8; Sung DY and Guy CL. 2003, Plant Physiol. 132(2):979-87）。
【０１９７】
導入：本明細書で使用する場合、感染、トランスフェクション、形質転換または形質導入を含む方法により、細胞内に核酸配列を挿入することを表す。
【０１９８】
ジュモンジ（Jumonji）：植物でのジュモンジ転写制御因子に関する文献はない。しかし、動物では、このファミリーを扱った文献が僅かではあるが存在する。過剰発現により細胞増殖が低下することが示されており、細胞増殖シグナルの制御になんらかの役割を果たしていることが示唆されている（Ohno T, Nakajima K, Kojima M, Toyoda M and Takeuchi T, 2004, Biochem Biophys Res Commun. 317 (3):925-9; Kitajima K, Kojima M, Kondo S and Takeuchi T, 2001, Exp Hematol. 29(4):507-14）。ジュモンジタンパク質は、ARIDドメインおよびjmjCドメインを含有する。しばしば、ジュモンジタンパク質は小さなN末端jmjNドメイン、および／またはC末端 Zn C5HC2ドメイン、および／またはPHD Znフィンガーと結合する（Toyoda M, Kojima M, Takeuchi T. 2000, Biochem Biophys Res Commun. 274(2):332-6）。
【０１９９】
幼若性：若木と成熟した木との間の生理学的差違を表す。本発明では、幼若性とは、若木と成熟したきとの間の、微小繊維の角度、木部密度、セルロース産生量、再生能、および生殖能の差違を表す。例えば、植物組織が成熟すると、組織は再生能力を失うことが分かっている。
【０２００】
リグニン：本明細書で使用する場合は、モノリグノール、コニフェリル、クマリルおよびシナピルアルコールの重合誘導体を含む、フェニルプロパノイド単位から構成される重合組成物を表す。リグニン質とは、細胞壁マトリックスに強度を与える、水の輸送を補助する、および／または細胞壁多糖類の分解を遅らせるリグニン組成物の能力を指す。リグニン組成物またはリグニン構造は、各モノリグノールの相対量を変えること、またはリグニンのタイプを変えることによって変更できる。例えば、グアヤシルリグニン（フェルラ酸から誘導）は軟木質種に顕著であるが、一方グアヤシルシリンギルリグニン（フェルラ酸およびシナピン酸から誘導）は硬木質種に特徴的である。マツのような軟木質由来のリグニンを分解するには、硬木質からのリグニン除去に比べて、実質的によりアルカリ性の、より長時間のインキュベーションが必要である。さらに、リグニンの組成は、リグニン生合成に関わる酵素のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションにより制御されている。例えば、重要なリグニン生合成酵素としては、4-クマリン酸：補酵素Aリガーゼ（4CL）、ケイ皮アルコール脱水素酵素（CAD）およびシナピルアルコール脱水素酵素（SAD）が挙げられる。
【０２０１】
LIM：LIMドメインは、様々なタンパク質に見出されている、特殊な二重亜鉛フィンガーモチーフであり、ホメオドメイン（the sunflower pollen-specific SF3 transcription factor:Baltz et al., Plant J. 2:713-721 (1992)またはforming proteins composed primarily of LIM domains: Dawid et al., Trends Genet. 144:156-162 (1998)参照）のような、多様な機能を持つドメインと関係している。LIMドメインは、他のLIMドメインおよび多くの種類のタンパク質ドメインと特異的に相互作用する。LIMドメインは、タンパク質相互作用モジュールとして機能し、機能的複合体メンバー間の特異的接触を媒介し、構成タンパク質の幾つかの活性を変更する。LIMドメインによる核酸結合は、構造的な考察によって示唆されてはいるものの、証明されない可能性が残っている。しかしながら、ホメオドメインと一緒となって、Drosophila由来の対合（PRD）したグーズベリー（GSB）ホメオドメインタンパク質中に初めて同定された保存配列モチーフである、対合ボックスについて提案されているように、LIMドメインが発生制御遺伝子の制御領域に結合する可能性はある（Triesman et al., Genes Dev. 5:594-604 (1991)。PRDボックスはまた、ホメオドメイン無しでもDNAに結合できる。LIMドメインタンパク質は核内、細胞質内に存在することができ、またはコンパートメント間を行き来できる。動物の系では、幾つかの重要なLIMタンパク質が、細胞骨格に結合することが示されており、接着斑およびアクチン-マイクロフィラメント構築にある役割を有している。核LIMタンパク質のうち、LIMホメオドメインタンパク質は、動物発生中の細胞系列決定およびパターン構成に重要な役割を果たす主要サブファミリーを形成している。植物では、LIMタンパク質は、木部の発生に極めて重要である、リグニン生合成経路に関わる複数の遺伝子を制御することが実証されている（Kawaoka A, Ebinuma H 2001 Transcriptional control of lignin biosynthesis by tobacco LIM protein. Phytochemistry 57:1149-1157, Kawaoka et al. Plant J. 22:289-301 (2000)。
【０２０２】
MADS：MADSボックス(SEQ ID NO: 3668)転写因子は、MADSボックスとして知られるDNAの保存域と相互作用する。全てのMADSボックス(SEQ ID NO: 3668)転写因子は、MADSドメイン(SEQ ID NO: 3668)として知られる保存されたDNA結合／二量体化領域を含んでおり、これは異なる界全体で同定されている（Riechmann and Meyerowitz, Biol. Chem. 378:10:1079-1101 (1997)。植物から単離されたMADSボックス(SEQ ID NO: 3668)遺伝子の多くは、主に花分裂組織または花器官で発現しており、花序および花分裂組織を規定する、または花器官の特質を決定する役割を果たしていると考えられている。花分裂組織の特質および分裂組織発生のパターンを担う制御遺伝子の分類の一つは、シロイヌナズナ由来のAPETALA1(AP1)、APETALA2(AP2)、CAULIFLOWER(CAL)、LEAFY(LFY)およびAGAMOUS(AG)を包含する。LFYおよびAPIは共に、推定転写因子をコードすること（Weigel et al., Cell 69:843-859（1992)、そしてAPIおよびAGはそれぞれMADSボックスドメインファミリーの推定転写因子をコードすることが示されている（Yanofsky et al., Nature 346:35-39 (1990)。Lfy遺伝子の突然変異は、花から花序シュートへの部分的変換を起こす。MADSボックス(SEQ ID NO: 3668)遺伝子は、葯および花粉の成熟（Schreiber DN, Bantin J and Dresselhaus T. 2004, Plant Physiol. 134(3):1069-79）、植物の栄養増殖から生殖成長への移行（Murai K, Miyamae M, Kato H, Takumi S and Ogihara Y. 2003, Plant Cell Physiol. 44(12): 1255-65)、開花時期（Trevaskis B, Bagnall DJ, Ellis MH, Peacock WJ and Dennis ES. 2003, Proc Natl Acad Sci USA. 100(22): 13099-104) に必要である。
【０２０３】
単子葉植物（単子葉植物）：一葉の子葉またはシードリーフ、平行葉脈、および3の倍数の花部分を有する胚を持つ開花色植物。単子葉植物の例としては、これに限定されないが、シバ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、コムギ、オオムギ、サトウモロコシ、ラン、アヤメ、ユリ、タマネギおよびヤシが挙げられる。シバの例としては、これに限定されないが、Agrostis亜種（spp.）（コロニアルベントグラスおよび匍匐性ベントグラスを含むベントグラス種）、Poa pratensis（ケンタッキーブルーグラス）、Lolium亜種（一年生ライグラスおよび多年生ライグラスを含むライグラス種）、Festuca arundinacea（ヒロハノウシノケグサ）、Festuca rubra commutata（ファインフェスク）、Cynodon dactylon（Tifgreen, Tifway IIおよびSanta Anaを含む一般的なギョウギシバ、ならびにその雑種）；Pennisetum clandestinum（キクユグラス）、Stenotaphrum secundatum（セントオーガスチングラス／イヌシバ）、Zoysia japonica（ノシバ）、ならびにDichondra micrantha（アオイゴケ）が挙げられる。
【０２０４】
Myb：転写因子のMybファミリーは、植物および動物の両方に見られる、二つ（植物種）または3つ（動物種）の、約50アミノ酸の不完全な前後の繰返しを含む、保存されたアミノ末端DNA結合ドメインを特徴とする、機能的に多様な転写活性化因子のグループである（Rosinski and Atchley, J. Mol. Evol. 46:1:74-83(1998) Stober-Grasser et al., Oncogene 7:3:589-596 (1992)。代表的な植物と動物のMYBタンパク質のアミノ酸配列の比較から、異なるタンパク質の同一反復の間に、同一タンパク質のR2とR3反復の間より大きな保存が存在することが示された（Martin and Paz-Ares, Trends Genet. 13:2:67-73 (1997)。シロイヌナズナからは、100を超えるMYBが報告されている（Romero et al., Plant J. 14:3:273-284 (1998)、AtmybL2からは、他のmyb様タンパク質にみられるような典型的な二つまたは3つのトリプトファン反復を一つだけ含むようなMyb遺伝子が単離されている（Kirik & Baumlein, Gene, 183(1-2):109-13 (1996)）。これまでにmyb様遺伝子は、木質部発生長のテーダマツから単離されており、トランスジェニック植物で異所性に発現させると、植物は木質化の加速を示す（Patzlaff A, McInnis S, Courtenay A, Surman C, Newman LJ, Smith C, Bevan MW, Mansfield S, Whetten RW, Sederoff RR, Campbell MM. 2003, Plant J. 36(6):743-54）。マツのmyb遺伝子Pt MYB1は、マツ木部で、シス作用性ACエレメントからの転写を制御するだろう（Patzlaff A, Newman LJ, Dubos C, Whetten RW, Smith C, McInnis S, Bevan MW, Sederoff RR and Campbell MM. 2003, Plant Mol Biol. 53(4):597-608）。
【０２０５】
DNA結合研究は、植物のMYBタンパク質の間には結合特異性に差違はあるが、重複することも多く、これらタンパク質について認識されつつある機能は、別ではあるものの関連することも多いことを示している。MYB DNA結合ドメインにある8つの推定塩基接触残基に関する研究は、少なくとも6つの塩基が、現在までに同定された全ての植物MYBタンパク質で完全に保存されていること、および残りの2残基もこれらタンパク質で少なくとも80%保存されていることを示している（Martin and Paz-Ares, Trends Genet, 13:2:67-73 (1997)。塩基に接触しない残基を含む突然変異分析からは、MYBの配列特異的結合能が影響を受けること、そして植物MYBタンパク質の間に見られるDNA結合特異性の差違の一部は、これが基になっていることを示している（Solano et al., J. Biol. Chem. 272:5:2889-2895 (1997)。この大型の遺伝子ファミリーは、植物が示す発生および代謝可塑性の基礎となる制御上の柔軟性に寄与しているかもしれない。
【０２０６】
NAC：NACタンパク質は、DNAとその他タンパク質の両方に結合できる、それらの保存されたN末端NACドメインを特徴とする。NACドメインは、少数の螺旋エレメントによって取り囲まれている、ねじれたβ-シートからなる。NACタンパク質は、シュート頂端分裂組織、花器官よび側部シュートの形成を含む発生プロセス、ならびに植物ホルモン制御および防御に関係している（Ernst HA, Olsen AN, Larsen S AND Lo Leggio L. 2004, EMBO Rep. 5(3):297-303）。オーキシンは、側根形成に重要な役割を果たしているが、このプロセスに関するシグナル伝達経路についてはよく分かっていない。NACファミリーの新メンバーであるNAC1は、オーキシンにより誘導され、オーキシンのシグナルを介して、側根の発生を促進する。NAC1はDNAに結合するN末端保存NACドメインとC末端活性化ドメインからなる。この因子は、二つの、下流にあるオーキシン応答性遺伝子、DBPおよびAIR3の発現を活性化する。
【０２０７】
NIN様：NINタンパク質は、根粒発生を休止させる突然変異体の表現形から発見された。NINタンパク質は、感染糸および根粒原基の形成に必要なことが立証されている。NINタンパク質は、転写因子および、窒素関連プロセスに関係する他の植物タンパク質に類似の推定DNA結合／二量体化ドメインに類似の配列を有している（Schauser L, Roussis A, Stiller J and Stougaard J. 1999, Nature. 1999 402(6758):191-5）。転写因子のNIN様ファミリーは、RWP-RKドメイン(SEQ ID NO: 3669)を特徴とする（Borisov AY, Madsen LH, Tsyganov VE, Umehara Y, Voroshilova VA, Batagov AO, Sandal N, Mortensen A, Schauser L, Ellis N, Tikhonovich IA and Stougaard J. 2003, Plant Physiol. 131(3):1009-17）。N末端オクチコサペプチド（OPR）が、19の植物NIN様タンパク質のうち11に見出されている。
【０２０８】
作動可能に連結：二つまたはそれ以上の分子が、組合わさった形で、植物細胞内で適正に機能するように組み合わせること。例えば、プロモーターが構造遺伝子の転写を制御するとき、プロモーターは構造遺伝子に作動可能に連結している。
【０２０９】
表現形：表現形とは、植物を区別する特徴または特性であり、それらは、形質転換植物の少なくとも一つの植物細胞のゲノム内に、一つまたは複数の「所望のポリヌクレオチド」および／またはスクリーニング可能な／選択可能なマーカーを組込むことによって、本発明により変更できる。「所望のポリヌクレオチド」および／またはマーカーは、形質転換植物の細胞または植物の、数ある遺伝的、分子的、生化学的、生理学的、形態学的、または農学的特性または性質のうちのいずれか一つを全体として変更することによって、形質転換植物の表現形を変えることができる。このようにして、一つまたは複数の、安定して組込まれた所望のポリヌクレオチドが植物ゲノム内で発現して、これに限定されないが、干ばつ耐性の上昇、寒冷および凍結耐性の増強、活力の向上、色彩の増強、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、収量の増加、塩耐性の増強、重金属耐性の増強、疾病耐性の増加、昆虫耐性の増加、水ストレス耐性の増加、甘味の増強、活力の向上、味覚の向上、質感の向上、リン酸含有量の減少、発芽率の増加、微量元素取り込みの増加、デンプン組成の向上、および開花寿命の向上からなる群より選択される表現形を生むことができる。
【０２１０】
植物組織：「植物」とは、胚を産すること、クロロプラストを含有すること、およびセルロースの細胞壁を有することを特徴とする、植物界（Plantae）に属する、各種の、光合成を行う真核生物の多細胞生物である。植物の一部、即ち「植物組織」は、本発明の方法に従って処理し、トランスジェニック植物を産することができる。多くの好適植物組織は、本発明により形質転換でき、また、これに限定されないが、体細胞胚、花粉、葉、茎、カルス、ストロン、微根塊およびシュートを包含する。それゆえに、本発明は、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、オオムギ、カラスムギ、テンサイ、ジャガイモ、トマト、タバコ、アルファルファ、レタス、ニンジン、イチゴ、タピオカ、サツマイモ、ゼラニウム、ダイズ、オーク、マツ、モミ、アカシア、ユーカリノキ、クルミおよびヤシのような被子植物および裸子植物の形質転換を想定している。本発明によれば、「植物組織」は、植物細胞も包含する。植物細胞としては、浮遊培養、カルス、胚、分裂組織域、カルス組織、葉、根、シュート、配偶体、胞子体、花粉、種子および小胞子を挙げることができる。植物組織は、各種成熟段階でよく、液体または固形培養にて、またはポット、温室もしくは野外において土壌もしくは好適媒体にて生育できる。植物組織は、植物、種子、子孫、有性または無性的に発生した珠芽、および挿木もしくは種子のようなその子孫も表す。特に関心のあるものは、マツ、モミおよびトウヒのような針葉樹、ケンタッキーブルーグラス、匍匐性ベントグラス、トウモロコシおよびコムギのような単子葉植物、ならびにワタ、トマト、レタス、アラビドプシス、タバコおよびゼラニウムのような双子葉植物である。
【０２１１】
植物形質転換および細胞培養：広義には、植物細胞を遺伝的に変更し、そして適当な植物培養培地に移して維持し、さらに増殖し、そして／またはさらに発生させるプロセスを表す。このような方法は当業者周知である。
【０２１２】
ポリコーム（POLYCOMB）：ポリコーム群（PcG）タンパク質は、ショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）および哺乳動物の発生および遺伝子発現の後成的制御に重要な役割を果たしている。最近、PcGのアラビドプシス相同体もまた、植物の発生の制御にとって重要であることを示す証拠が得られている。植物を対象とした最近の研究は、PcGタンパク質が、哺乳動物同様に、様々な発生プロセスを制御していること、それらがホメオティック遺伝子の発現および細胞増殖の両方に影響することを示している（Reyes JC and Grossniklaus U. 2003, Semin Cell Dev Biol. 14(1):77-84）。PcGタンパク質は、ショウジョウバエにおいて、導入された遺伝子および内因性の遺伝子の発現を抑制することが示されている。ポリコームを基本とする抑制の例は全て、抑制的なクロマチン構造の形成を通して作動すると考えられている（Hsieh TF, Hakim O, Ohad N and Fischer RL. 2003, Trends Plant Sci. 8(9):439-45）。
【０２１３】
子孫：トランスジェニック植物の子孫のような、本発明の「子孫」とは、植物またはトランスジェニック植物から生まれた、により作られた、または由来するものである。それゆえに、「子孫」植物、即ち「F1」世代の植物とは、発明の方法により作られたトランスジェニック植物の子、または後裔である。トランスジェニック植物の子孫は、その細胞ゲノムの少なくとも一つ、いくつか、または全て、本明細書に記載の方法により親トランスジェニック植物の細胞に組込まれた所望のポリヌクレオチドを含むことができる。これにより所望のポリヌクレオチドは、子孫植物に「伝達」または「遺伝」する。こうして子孫植物に遺伝された所望のポリヌクレオチドはT-DNA構築体内に存在でき、T-DNA構築体もまたその親からの子孫植物に遺伝する。本明細書に使用する場合、用語「子孫」とは、植物群の子または後裔と考えることができる。
【０２１４】
プロモーター：プロモーターとは、RNAポリメラーゼおよび／またはその他の転写調節エレメントに結合する、核酸、このましくはDNAを意味する。他のプロモーター同様に、本発明のプロモーターもDNAまたはRNAの転写を促進または制御して、プロモーターと作動可能に連結している核酸分子からmRNAを生ずる。前述したように、生じたRNAは、タンパク質またはポリペプチドをコードでき、あるいはRNA干渉分子またはアンチセンス分子をコードできる。
【０２１５】
植物プロモーターとは、植物細胞にその起源があるか無いかを問わず、植物細胞において転写を開始できるプロモーターである。例示的な植物プロモーターとしては、これに限定されないが、植物、植物ウイルス、および植物細胞で発現する遺伝子を含むアグロバクテリウムまたはリゾビウム（Rhizobium）のような細菌から得たプロモーターを挙げることができる。発生制御を受けるプロモーターの例としては、木質部、葉、根または種子のような、特定組織での転写を優先的に開始するプロモーターを挙げることができる。このようなプロモーターは、組織優先プロモーターと呼ばれる。ある特定組織でのみ転写を開始するプロモーターは、組織特異的プロモーターと呼ばれる。細胞型特異的プロモーターは、一つまたは複数の器官の特定タイプ細胞、例えば根または葉の維管束細胞で、発現を主に起こすものである。誘導性または抑制性プロモーターは、環境制御を受けるプロモーターである。誘導性プロモーターによる転写に影響を及ぼす環境条件の例としては、嫌気条件または光の存在を挙げることができる。組織特異的、組織優先、細胞型特異的、および誘導性プロモーターは、非構成的プロモーターのクラスを形成している。構成的プロモーターとは、大部分の環境条件の下、大部分の植物の部分で活性であるプロモーターである。
【０２１６】
ポリヌクレオチドとは、配列をコードする遺伝子、またはその断片（少なくとも連続する15ヌクレオチド、好ましくは少なくとも連続する30ヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも連続する50ヌクレオチドを含む）、プロモーター、イントロン、エンハンサー領域、ポリアデニル化部位、翻訳開始部位、5'または3'非翻訳領域、レポーター遺伝子、選択可能なマーカー等を含む、ヌクレオチド配列である。ポリヌクレオチドは単鎖または二本鎖DNAまたはRNAを含んでよい。ポリヌクレオチドは、修飾塩基または修飾主鎖を含んでよい。ポリヌクレオチドは、ゲノミック、RNA転写体（mRNAのような）、加工されたヌクレオチド配列（cDNAのような）でよい。ポリヌクレオチドは、センスまたはアンチセンス方向の配列を含むことができる。
【０２１７】
単離されたポリヌクレオチドとは、その未変性状態にないポリヌクレオチド配列であり、例えば、ポリヌクレオチドは天然には見いだせないヌクレオチド配列を含むか、またはポリヌクレオチドは、通常その近傍にあるヌクレオチド配列から分離しているか、通常その近傍に存在しないヌクレオチド配列の近くに存在する。
【０２１８】
RAV様：RAV様転写因子は、高等植物に特有である。RAVは、ABI3/VP1関連（Related to ABI3/VP1）を表しており、それらはAP2ドメインを含むことから、AP2 EREBP転写因子ファミリーに分類されている。しかしながら、それらはB3ドメインに相同なドメインも含んでいる。AP2ドメインは、5'-CAACA-3'に結合し、B3ドメインは5'-CACCTG-3'に結合する。この二重結合は自律的であり、高い親和性および特異性を持つ結合を達成する（Kagaya Y, Ohmiya K and Hattori T. 1999, Nucleic Acids Res. 27(2):407-8）。興味深いことに、ユーカリで見いだされたような、いくつかのRAV様タンパク質は、B3ドメインだけを含んでいる。
【０２１９】
再生能：本明細書で使用する場合、脱分化組織から再分化する植物の能力を表す。
【０２２０】
SBP：シロイヌナズナSPL遺伝子ファミリーは、植物にのみ明らかに見いだせる推定転写因子をコードする、構造的に多様な遺伝子の群を表す。SPL遺伝子ファミリーの際だった特徴は、76アミノ酸長の保存されたタンパク質ドメイン、SBPドメインをコードするSBPボックスであり、このドメインはDNAとの相互作用を担っている。SBP遺伝子は、栄養器官および花器官両方で、植物器官分化に役割を果たしている（Unte US, Sorensen AM, et al. 2003, Plant Cell.; 15(4):1009-19; Cardon et al.; Gene 237:91-104(1999); Moreno et al.; Genes Dev. 11:616-628 (1997); Cardon et al.; Plant J. 12:367-377 (1997)）。SBPボックス遺伝子は、木から単離されており、花の発生の制御に関係している（Lannenpaa M, Janonen I, Holtta-Vuori M, Gardemeister M, Porali I and Sopanen T. 2004, Physiol Plant. 120(3):491-500）。
【０２２１】
種子：「種子」は、胚を含有する熟した植物の胚珠、および根茎または胞子のような植物の繁殖部分と考えることができる。種子は、例えば、アグロバクテリウム介在形質転換前に暗所でインキュベーションし、発芽を促進してもよい。種子はまた、インキュベーション前に、漂白剤を用いた短時間処理によって滅菌してもよい。こうして得た実生は、次に、所望のアグロバクテリウム株に暴露できる。
【０２２２】
選択可能／スクリーニング可能なマーカー：植物または植物組織で発現した場合に、その植物または植物組織と、その遺伝子が発現していない他の植物または植物組織とを区別できるようにする遺伝子。スクリーニングの手順は、スクリーニング可能なマーカー遺伝子がコードするタンパク質の発現のアッセイを要求してもよい。このようなマーカーの例としては、βグルクロニダーゼ（GUS）遺伝子およびルシフェラーゼ（LUX）遺伝子を挙げることができる。選択可能なマーカーの例としては、カナマイシンおよびジェネシチン（geneticin）耐性をコードするネオマイシンホスホトランスフェラーゼ（NPTII）遺伝子、ヒグロマイシンに対する耐性をコードするヒグロマイシンホスホトランスフェラーゼ（HPTまたはAPHIV）遺伝子、スルホニル尿素型除草剤に対する耐性をコードするアセトラクテート合成酵素（als）遺伝子、ホスフィノスリシン（LibertyまたはBasta）のようなグルタミン合成酵素の活性の阻害に働く除草剤に対する耐性をコードする遺伝子（BARおよび／またはPAT）、あるいは当技術分野において公知のその他類似の遺伝子を挙げることができる。
【０２２３】
配列同一性：本明細書で使用する、二つの核酸またはポリペプチド配列と関連する、「配列同一性」または「同一性」とは、指定された領域全体について最大の一致が得られるように配列を並べた時の、同一である2配列中の残基を指すことを包含する。タンパク質に関して配列同一性の割合を用いた場合、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なることが多く、この場合アミノ酸残基は、化学的特性（例えば電荷もしくは疎水性）が似ている他のアミノ酸残基によって置換されているために、分子の機能特性は変化しない。配列が保存的置換で異なっている場合は、パーセント配列同一性を上方調整して、置換の保存的な性質を補正してよい。このような保存的置換によって異なる配列は、「配列類似性」または「類似性」を有すると言われる。この調整を実施するための手段は、当業者に周知である。一般的には、この作業は、保存的置換を完全不一致ではなく、部分的不一致としてスコア化し、これによってパーセンテージ配列同一性を高くすることを含む。したがって、例えば同一アミノ酸をスコア1として、非保存的置換をスコアゼロとする場合は、保存的置換にはゼロから1の間のスコアが与えられる。保存的置換のスコア化は、プログラムPC/GENE（Intelligenetics, Mountain View, California, USA）で実施されているように、例えばMeyersとMillerアルゴリズム、Computer Applic. Biol. Sci., 4:11-17 (1988) のにしたがって計算される。
【０２２４】
本明細書で使用する配列同一性のパーセンテージは、比較ウインドウの中に最適に整列した二つの配列を比較することによって決定された値を意味するが、この場合比較ウインドウ内にあるポリヌクレオチド配列部分については、2配列を最適に整列するために、参照配列（付加または欠失を含まない）と比べた時に、付加または欠失（すなわちギャップ）を含んでもよい。パーセンテージは、両配列の核酸塩基またはアミノ酸残基が同一である位置の数を決定して一致位置数を割り出し、この一致位置数を比較ウインドウ内の全位置数で除し、その結果に100を乗じて計算し、配列同一性のパーセンテージを得る。
【０２２５】
「配列同一性」は、当技術分野で認知された手段であり、公開技術を用いて計算できる。
0004909072.tif 000002
を参照。2配列の同一性または類似性の判定に一般に用いられる方法としては、GUIDE TO HUGE COMPUTERS, Bishop, ed., (Academic Press, 1994)およびCrillo & Lipton、上記、に開示の方法が挙げられるが、これに限定されない。同一性および類似性を判定する方法は、コンピュータプログラムに組み込まれる。2配列の同一性および類似性を判定するための、好ましいコンピュータプログラム方法としては、これらに限定されないが、GCGプログラムパッケージ（Devereux et al., Nucleic Acids Research 12: 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, FASTA (Atschul et al., J. Mol. Biol. 215: 403 (1990)), and FASTDB (Brutlag et al., Comp. App. Biosci. 6: 237 (1990)）を挙げることができる。
【０２２６】
TCP：TCPファミリーは、その特徴が最初に分析されたメンバー（TB1、CYCおよびPCF）にしたがって命名された。それらは速やかな成長を示す花原基で発現している。これは、cycおよびtb1が分裂組織の増殖への影響に関与すると言われていることと合わせて、TCPファミリーの多くのメンバーが細胞分裂に影響することを示唆している（Cubas P, Lauter N, Doebley J and Coen E. 1999, Plant J. 18(2):215-22）。
【０２２７】
転写因子：転写因子とは、遺伝子コーディング配列と関係する一つまたは複数のヌクレオチド配列に直接結合することによって、または遺伝子コーディング配列と関係する一つまたは複数のヌクレオチド配列に直接結合する別のポリペプチドの活性に間接的に影響することによって、単一つまたは複数の遺伝子の発現を制御するポリペプチド配列である。転写因子は、単一つまたは複数の遺伝子の発現を活性化（アップレギュレーション）または抑制（ダウンレギュレーション）できる。転写因子は、DNA結合ドメイン、活性化ドメイン、またはタンパク質-タンパク質相互作用のためのドメインを含んでよい。本発明では、転写因子は、植物において（1）核酸配列に結合すること、または（2）遺伝子の発現を制御することの少なくとも一つが可能である。これに加え、発明のポリヌクレオチド配列および対応するポリペプチド配列は、被子植物および裸子植物を含む任意の植物種で転写因子として機能する。
【０２２８】
転写および翻訳ターミネータ：本発明の発現DNA構築体は、一般的には、転写開始制御領域とは反対側の端部に翻訳終止領域を有している。転写終止領域は、発現を高めるためのmRNAの安定性について、および／または遺伝子転写産物へ付加されるポリアデニル化テールの付加について選択できる。新生ポリペプチドの翻訳は、3種類ある鎖終止コドンのいずれかがリボソーム上のA部位に入った時点で終わる。翻訳終止コドンは、UAA、UAGおよびUGAである。
【０２２９】
転移DNA（T-DNA)：アグロバクテリウム T-DNAは、その境界中に含まれるヌクレオチド配列を、別のゲノムに組込むことができるエレメントとして周知な遺伝的エレメントである。これに関して、T-DNAには、一般的に二つの「境界」配列が隣接している。本発明の所望のポリヌクレオチドおよび選択マーカーは、T-DNAの左側境界様配列と右側境界様配列の間に配置できる。T-DNA内に含まれる所望のポリヌクレオチドおよび選択可能なマーカーは、様々な種類の植物特異的（すなわち固有の）核酸、または、その発現を促進する、すなわち所望のポリヌクレオチドまたは選択可能なマーカーによってコードされているDNA配列の転写および／または翻訳を促進するプロモーターおよびターミネータ調節エレメントのような外来核酸と作動可能に連結できる。
【０２３０】
植物細胞の形質転換：植物細胞のゲノム内に核酸を安定に挿入するプロセス。形質転換は、当技術分野において周知の様々な方法を用いて、自然および人工的な状態で起こすことができる。形質転換は、アグロバクテリウム介在形質転換プロトコル、ウイルス感染、針電極、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、ポリエチレングリコール-処理、熱ショック、リポフェクションおよびパーティクルボンバードを含む、核酸配列を原核または真核宿主細胞内に挿入するための公知の方法に拠って実施できる。
【０２３１】
トランスジェニック植物：本発明のトランスジェニック植物は、その中に外来性核酸が安定に組込まれている細胞ゲノムを少なくとも一つ含むトランスジェニック植物である。本発明によれば、トランスジェニック植物は、遺伝的に修飾された細胞および細胞ゲノムを一つだけ含む植物、または遺伝的に修飾された細胞を幾つか含む植物、または細胞のすべてが遺伝的に修飾されている植物である。本発明のトランスジェニック植物は、所望のポリヌクレオチド、すなわち外来性の核酸の発現が、植物の特定部分に限定されているトランスジェニック植物でもよい。したがって、トランスジェニック植物は、その構造の特定の部分に、遺伝的に修飾された細胞だけを含んでもよい。
【０２３２】
トリヘリックス：GT因子は、Myb DNA結合ドメインから離れて、1つまたは二つのトリヘリックスDNA結合ドメインを有している。トリヘリックスドメインは、多くの光反応答遺伝子のプロモーターに存在するGTエレメントと結合するタンパク質に発見された。これまでトリヘリックスモチーフを特徴とするDNA結合タンパク質は、植物だけに報告されており、したがって植物特異的なプロセスに関係すると思われる。Smalleら; Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 3318-3322 (1998)。トリヘリックス遺伝子は、光制御型遺伝子の発現にとって重要であることが示されている（Nagano Y, Inaba T, Furuhashi H and Sasaki Y. 2001, J Biol Chem. 276(25):22238-43 ; Wang R, Hong G and Han B, 2004,Gene. 324:105-15）。光反応性は、多くの植物の発生プロセスにおいて重要である。
【０２３３】
TUB：TUBおよびTUBBYは、元々マウスで特性分析された転写因子であり、マウスでは神経系の機能および発生に重要である（Carroll K, Gomez C and Shapiro L, 2004, Nat Rev Mol Cell Biol. 5(1):55-63）。類似の配列は植物でも見出されているが、それらの機能は不明である。アラビドプシスでは11種類のTubby様配列が同定されており、その一つについては、ABAシグナル伝達経路への関与の可能性が示されている（Lai CP, Lee CL, Chen PH, Wu SH, Yang CC and Shaw JF. 2004, Plant Physiol. 134(4):1586-97）。
【０２３４】
変種：本明細書で使用する「変種」とは、ある特定の遺伝子またはタンパク質の、標準的または提示されたヌクレオチドまたはアミノ酸配列から派生したヌクレオチドまたはアミノ酸配列を意味すると解釈される。用語「イソホーム」「イソタイプ」および「類似体」もまたヌクレオチドまたはアミノ酸配列の「変種」の形態を指している。一つまたは複数のアミノ酸の付加、除去または置換、あるいはヌクレオチド配列中の変化によって変更されたアミノ酸配列は、「変種」配列と考えられる。変種は、「保存的」変化を有してもよく、この場合置換アミノ酸は類似の構造または化学的性質を有しており、例を挙げるとロイシンのイソロイシンによる置換である。変種は「非保存的」変化を有してもよく、例を挙げるとグリシンのトリプトファンによる置換である。類似的な、軽微な変種は、アミノ酸欠失または挿入、あるいはその両方も包含する。どのアミノ酸残基が置換、挿入または欠失できるかの判定の案内は、Vector NTI Suite（InfoMax, MD）ソフトウエアのような、当技術分野において周知のコンピュータプログラムを用いて見い出してもよい。「変種」は、Maxygenに付与された特許に記載されているような「シャッフルド（shuffled）遺伝子」を指してもよい。例えば、本発明の変種は、参照により本明細書に組み入れられる米国特許第6,132,970号に開示の方法および原理にしたがって改良された、配列および所望のポリヌクレオチドの変種を包含できる。
【０２３５】
本明細書で使用する木材組成とは、木材の構造、外観または使用を変えるために変更できる形質を表す。これに限定されないが、木材組成を決定する形質としては、細胞壁の厚さ、細胞の長さ、細胞密度、微小繊維傾角、引っ張り強度、剪断力、木部の色、および細胞分裂の長さと頻度を挙げることができる。
【０２３６】
木材パルプとは、様々な精製度を有する、木材から作られた繊維を表す。木材パルプは、紙、板紙および化学製品の製造に用いることができる。
【０２３７】
本発明は、本発明の構築体を用いて形質転換した植物から、木材、木材パルプ、紙およびオイルを得る方法を提供する。形質転換するためおよびトランスジェニック植物を選択するための方法は、当技術分野において公知である。例えば、マツは、米国特許出願公開第2002/0100083号に記載のようにして、培養および増殖できる。ユーカリは、例えば、Mechanization in Short Rotation, Intensive Culture Forestry Conference, Mobile, AL, 1994年にてRydeliusらが発表したGrwoing Eucalyptus for Pulp and Energyのように、培養および増殖できる。木材、木材パルプ、紙およびオイルは、当技術分野において公知の任意の方法を用いて、植物から得ることができる。
【０２３８】
上記のように、本発明により得た木材および木材パルプは、これに限定されないが、リグニン組成、リグニン構造、木材組成、セルロース重合、繊維寸法、他植物成分に対する繊維の割合、植物細胞分裂、植物細胞の発生、面積当たりの細胞数、細胞のサイズ、細胞の形、細胞壁の組成、木材形成速度、木材の審美的外観、茎欠失の形成、成長速度、枝の栄養的発達に対する根の根形成速度の割合、葉の面積指数、および葉の形、リグニン含有量の増減、化学物質処理に対するリグニンのアクセシビリティの上昇、リグニンの反応性の向上、セルロース含有量の増減、寸法安定性の増大、引っ張り強度の増加、剪断力の増加、圧縮強度の増加、ショック耐性の増加、剛性の増加、硬度の増加または低下、螺旋度の低下、収縮性の低下ならびに重量、密度および比重の違いの一つまたは複数を含む改良された特性を示すことができる。
【０２３９】
表現形は、適切な手段によって評価できる。植物は、それらの全体的な形態に基づいて評価できる。トランスジェニック植物は、肉眼観察が可能であり、重量を、そしてそれらの高さを測ることができる。植物は、師部および形成層とよばれる植物組織の個別層に分けることにより検査でき、それはさらに分裂組織細胞、初期拡大、後期拡大、二次壁形成および後期細胞成熟に分類される。例えば、Hertzberg、上記を参照。植物は、顕微鏡分析または化学分析を用いても評価できる。
【０２４０】
顕微鏡分析は、細胞のタイプ、発生の段階、ならびに組織および細胞による染料の取込みの検査を包含する。繊維層の厚みや木材パルプ繊維のマイクロフィブリル傾角のような繊維の形態は、例えば顕微透過型偏光解析法を用いて観察できる。YeおよびSundstrom, Tappi J., 80:181(1997) 参照。湿った木材および立木の木材強度、密度、および顆粒勾配は、可視光および近赤外線スペクトルデータを測定し、多変数分析することで決定できる。米国特許出願公開第2002/0107644号および第2002/0113212号参照。ルーメンのサイズは、走査型電子顕微鏡を用いて測定できる。リグニンの構造および化学特性は、Maritaら、J. Chem. Soc., Perkin Trans. I 2939 (2001) に記載のように、核磁気共鳴分光法を用いて観察できる。
【０２４１】
リグニン、セルロース、炭水化物およびその他植物抽出物の生化学的特徴は、分光測光法、蛍光測光法、HPLC、質量分析装置、および組織染色法を含む、公知の標準的な分析方法により評価できる。
【０２４２】
WRKY（Zn）：WRKY(SEQ ID NO: 3670)タンパク質は、アラビドプシスに100程度の代表物がある転写因子のスーパーファミリーである。ファミリーのメンバーは、GAシグナル伝達、病原菌防御、老化および突起様構造の発生を含む、様々な植物固有の生理学的プログラムの制御に関係すると考えられている(Zhang ZL, Xie Z, Zou X, Casaretto J, Ho TH, Shen QJ. 2004, Plant Physiol. 134(4):1500-13; Kim CY and Zhang S., 2004, Plant J 38(1):142-51; Robatzek S and Somssich IE. 2002, Genes Dev. 16(9):1139-49; Johnson CS, Kolevski B and Smyth DR. 2002, Plant Cell. 14(6):1359-75)。それらのDNA結合ドメインは強く保存されているが、WRKY(SEQ ID NO: 3670)タンパク質の全体構造は極めて多様であり、それらの機能を反映すると思われる明瞭な群に分類できる。
【０２４３】
亜鉛フィンガー：Cys2His2型の亜鉛フィンガードメインは、真核生物の転写因子の中で最も多く見られるDNA結合モチーフであり、今日までに数千種類が同定されている（Berg and Shi, Science 271:5252:1081-1085 (1996)）。転写因子における亜鉛の構造的役割は、1983年に転写因子IIIA（TFIIIA）について初めて提案された（Hanas et al., J Biol. Chem. 258[23]:14120-14125, 1983）。Cys2His2亜鉛フィンガードメインは、配列C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H(SEQ ID NO: 3674)（この場合Xは可変性のアミノ酸を表す）の重複列を特徴とする。構造的には、亜鉛フィンガーは二つの逆平行式のα鎖と、それに続くα-へリックスからなっている（Lee et al., Science 245: 4918: 635-637 (1989)）。この構造配置により、システインおよびヒスチジン側鎖は亜鉛を配位でき、さらに他の3つの保存残基は金属配位単位に近接して疎水性コアを形成することができる（Berg and Shi, Science 271:5252:1081-1085 (1996)）。Cys2His2ドメインを有する多くのタンパク質が、配列特異的な様式でDNAと相互作用することが示されている。特異的なDNA標的に結合したマウス転写因子Zif268の結晶構造分析からは、タンパク質／DNA複合体中の亜鉛フィンガーは、二重へリックスの主要グローブ内に在って、接触残基と呼ばれるアミノ酸側鎖を介してDNAの塩基と相互作用することを示している（Pavletich and Pabo, Science 252:5007:809-817 (1991)）。亜鉛フィンガードメインのDNAに対する方向は、通常同一であり、各ドメインは連続する3塩基対の小部位に接触しており、その大部分は一つの鎖に向いている。ドメイン間の相互作用はほとんど無く、各亜鉛フィンガーによるDNA認識は、他のドメインとは無関係であると思われる（Berg and Shi, Science 271:5252:1081-1085 (1996)）。
【０２４４】
植物のC2H2亜鉛フィンガー転写因子は、花器官形成、発葉、側部シュートの発芽、側部器官発生、配偶子形成および種子発生において重要な役割を果たすものとされている。幾つかの例では、AtZEP1のように、同一遺伝子が複数の異なる発生プロセスに関係できる (Chrispeels HE, Oettinger H, Janvier N and Tague BW. 2000, Plant Mol Biol. 42(2):279-90; Dinneny JR, Yadegari R, Fischer RL, Yanofsky MF and Weigel D. 2004, Development. 131(5):1101-10; Weissig H, Narisawa S, Sikstrom C, Olsson PG, McCarrey JR, Tsonis PA, Del Rio-Tsonis K and Millan JL. 2003,FEBS Lett. 547(1-3):61-8; He Y, Gan S. 2004, Plant Mol Biol. 54(1):1-9)。
【０２４５】
本発明は、本明細書に記載した特定の方法論、プロトコル、ベクターおよび試薬等に限定されず、それらは変更可能であるものとする。さらに、本明細書で用いた用語は、具体的態様を記載することのみを目的として使用されており、本発明の範囲を限定することを意図しないものとする。本明細書および添付のクレームに使用する場合、単数形（「a」、「an」および「the」）は、文脈より特に明らかでない限り、複数形も包含していることを特に指摘する必要がある。したがって、例えば「遺伝子（a gene）」と表示されている場合は、一つまたは複数の遺伝子を表し、当業者公知等の均等物も包含する。実際に当業者は、本明細書に記載の方法を用いて、任意の自然状態の遺伝子（現在または今後明らかになる）を植物宿主系で発現できる。
【０２４６】
ポリヌクレオチド配列
本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択された配列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。本発明はさらに、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチド配列のいずれかに相補的な核酸、またはその断片、ならびに少なくとも15の連続する塩基を含み、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチド配列のいずれかにハイブリダイゼーションする核酸も提供する。
【０２４７】
本発明は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択される配列と配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明はまた、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。本発明はさらに、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載のポリヌクレオチド配列のいずれかに相補的な核酸、またはその断片、ならびに少なくとも15の連続する塩基を含み、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に列挙するポリヌクレオチド配列のいずれかにハイブリダイゼーションする核酸も提供する。
【０２４８】
本発明はまた、SEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択される配列を有するポリペプチドを含む単離されたポリペプチド配列に関する。本発明は、SEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。
【０２４９】
「単離された」核酸分子とは、その自然な環境から取出された核酸分子、DNAまたはRNAを意味する。例えば、DNA構築体内に含まれる組換えDNA分子は、本発明の目的のために単離されたと考えられる。単離されたDNA分子のさらなる例としては、異種宿主細胞に維持された組換え体DNA分子、または精製（部分的または実質的）DNA分子溶液が挙げられる。単離されたRNA分子としては、本発明のDNA分子のインビトロRNA転写体が挙げられる。本発明による単離された核酸分子は、さらに合成的に作られたこのような分子も包含する。
【０２５０】
本発明の核酸分子は、mRNAのようなRNAの形、またはクローニングにより得た、または合成的に作られたcDNAおよびゲノムDNAを含むDNAの形を取ることができる。DNAまたはRNAは二本鎖または一本鎖でよい。一本鎖DNAはセンス鎖としても知られるコーディング鎖でも、またはアンチセンス鎖としても知られる非コーディング鎖でもよい。
【０２５１】
特記のない限り、本明細書のDNA分子の配列分析により決定されたヌクレオチド配列はすべて自動DNAシーケンサー（Applied Biosystems, Inc.社製モデル373のような）を用いて決定され、また本明細書で決定したDNA分子がコードするポリペプチドのすべてのアミノ酸配列は、上記により決定されたDNA配列の翻訳から推測した。それ故に、この自動化法により決定されたDNA配列に関し当技術分野において公知であるように、本明細書に確定されている任意のヌクレオチド配列はエラーを含む可能性がある。自動化により決定したヌクレオチド配列は、配列決定したDNA分子の実際のヌクレオチド配列に対し、一般的に少なくとも約95%同一であり、より一般的には少なくとも約96%から少なくとも約99.9%同一である。実際の配列は、当技術分野において周知である手作業のDNA配列決定法を含むその他の方法によって、より正確に決定できる。さらに当技術分野において公知であるように、決定ヌクレオチド配列中の、実際の配列に対する単一の挿入または欠失がヌクレオチド配列の翻訳にフレームシフトを起こし、決定ヌクレオチド配列がコードする推定アミノ酸配列は、配列決定されたDNA分子が実際にコードするアミノ酸配列とは、そのような挿入または欠失のあった点から全く別のものになることもある。
【０２５２】
本明細書に記載の各「ヌクレオチド配列」は、デオキシリボヌクレオチド（A、G、CおよびTと略記）の配列として表している。しかしながら、核酸分子またはポリヌクレオチドの「ヌクレオチド配列」は、DNA分子またはポリヌクレオチドの場合はデオキシリボヌクレオチドの配列を意味しており、RNA分子またはポリヌクレオチドの場合はリボヌクレオチド（A、G、CおよびUと略記）の対応する配列を意味し、この時指定されたデオキシヌクレオチド配列中の各チミジンデオキシヌクレオチド（T）はリボヌクレオチドウリジン（U）で置き換えられる。
【０２５３】
本発明はまた、本明細書に記載の単離された核酸分子の断片に関する。SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に示すポリヌクレオチド配列を有する単離されたDNA分子の断片は、少なくとも15ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも20ヌクレオチド、さらにより好ましくは少なくとも30ヌクレオチドの長さを持つ目的のDNA断片であり、それらは以下に詳しく論ずる診断用プローブおよびプライマーとして有用である。もちろん、本発明の核酸分子の全長に至るまでの、より大きい核酸断片もまた、参照によって本明細書に組込まれているMolecular Cloning, A Laboratory Manual, 3rd. edition, SambrookおよびRussel編集、(2001）、Cold Spring Habor Laboratory Pressに記載されているように、通常のハイブリダイゼーション技術によるプローブとして、またはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）による標的配列の増幅のためのプライマーとして有用である。例えば、少なくとも20ヌクレオチドの長さの断片とは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に示すヌクレオチド配列に由来する、20またはそれ以上の連続する塩基を含む断片を意味する。SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1961〜1972、3588〜3592に掲載のヌクレオチド配列を含む核酸は、当業者にとって慣例である、通常のDNA合成方法を用いて作ることができる。例えば、制限エンドヌクレアーゼによる切断または超音波処理による剪断を用いて様々なサイズの断片を容易に作ることができる。または、本発明のDNA断片は、既知技術にしたがって合成的に作ることもできる。
【０２５４】
別の局面では、本発明は、厳密なハイブリダイゼーション条件下において、上記発明の核酸分子内のポリヌクレオチドの一部にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する。ポリヌクレオチドの「一部」にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドとは、参照ポリヌクレオチドの少なくとも約15ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約20ヌクレオチド、さらにより好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド、よりさらに好ましくは30を超えるヌクレオチドとハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド（DNAまたはRNA）を意味する。参照断片とハイブリダイゼーションするこれら断片は、診断用プローブおよびプライマーとして有用である。本明細書で使用する場合、プローブは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載の核酸配列の一つの少なくとも約100の連続する塩基と定義される。本発明の目的のため、二つの配列が6X SSC、0.5% SDS、5Xデンハルト溶液および非特異的キャリアDNA 100μgを含むハイブリダイゼーション溶液中で二本鎖複合体を形成するとき、それらはハイブリダイゼーションする。Ausubelら、2.9章、補遺27（1994）参照。配列は、6X SSC、0.5% SDS、5Xデンハルト溶液および非特異的キャリアDNA 100μgを含むハイブリダイゼーション溶液中、温度60℃として規定される「中程度の厳密度」でもハイブリダイゼーションできるだろう。「高度の厳密性の条件下」のハイブリダイゼーションのために、温度を68℃に上げる。中程度の厳密性の条件下のハイブリダイゼーション反応に続いて、ヌクレオチドを2X SSCに0.05% SDSを加えた溶液で5回、室温にて洗浄し、続いて0.1X SSCに0.1% SDSを加えた溶液で、60℃にて1時間洗浄する。高度の厳密性の条件にするために、洗浄温度を68℃に上げる。本発明の目的では、ハイブリダイゼーションしたヌクレオチドは、比放射活性10,000 cpm/ngを有する放射線標識したプローブ1 ngを用いて検出されるヌクレオチドであり、この時ハイブリダイゼーションしたヌクレオチドは、-70℃で72時間以下、X線フィルムに露光すると眼で明確に見ることができる。
【０２５５】
本出願は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載の核酸配列に少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一である核酸分子に関する。しかしながら、好ましい核酸分子は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に示す核酸配列に少なくとも95%、96%、97%、98%、99%または100%同一である核酸分子である。二つの核酸配列間の差は、参照ヌクレオチド配列の5'または3'末端位置に存在するか、あるいはこれら末端位置の間のいずれかの場所に、参照配列内の個々のヌクレオチド間に散在するか、または参照配列内の一つまたは複数の連続する群内に散在してよい。
【０２５６】
実際問題として、任意の核酸分子が参照核酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%または99%同一であるかは、当技術分野において周知の標準的なアルゴリズムを用いて2分子間の比較を行い、BLASTNアルゴリズムのような公的に使用可能なコンピュータプログラムを用いて通常に決定できる。Altschulら、Nucleic Acids Res. 25:3389-3402（1997）参照。
【０２５７】
ポリヌクレオチドは、関心対象のヌクレオチド配列（両鎖）の6-フレーム理論的翻訳産物を、タンパク質配列データベースと比較するBLASTXアルゴリズムを用いて分析できる。ポリペプチド配列の類似性は、BLASTPアルゴリズムを用いて検証できる。BLASTN、BLASTXおよびBLASTPプログラムは、National Center for Biotechnology Information（NCBI）National Library of Medicine, Building 38A, Room 8N805, Bethesda, MD 20894, USAより入手できる。本発明のポリヌクレオチドの変種判定に使用する場合は、BLASTNアルゴリズムVersion 2.0.4［Feb-24-1998］およびVersion 2.0.6［Sept-16-1998］は、アルゴリズムと一緒に配布されている説明書に記載された初期設定パラメータに設定することが好ましい。BLASTPアルゴリズムは、本発明のポリペプチド変種判定での使用に好ましい。コンピュータアルゴリズムFASTAは、David Hudson、Assistance Provost for Research, Univeristy of Virginia, PO Box 9025, Charlottesville, VAに連絡することで、バージニア大学より入手できる。説明書に記載の初期設定に設定された状態で、アルゴリズムと一緒に配布されたVersion 2.0u4 [February 1996]は、本発明の変種の判定に使用できる。FASTAアルゴリズムの使用は、Pearson and Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448、1988；およびPearson, Methods in Enzymol. 183:63-98, 1990に記載されている。
【０２５８】
以下の実行パラメータは、ポリヌクレオチド配列のE値および同一性パーセンテージ算出に役立つ、BLASTNを用いたアラインメントおよび類似性の判定に好ましい：Unix実行コマンド：blastall-p blastn -d embldb -e 10-G0 -E0 -r 1-v 30 -b 30 -i queryseq -o results; パラメータは次の通りである： -p プログラム名 [ストリング]；-d  データベース［ストリング］；-e  期待値（E）[測定値]；-G  ギャップ開始コスト（0の場合デフォルト設定となる）[整数]；-E  ギャップ継続コスト（0の場合、デフォルト設定となる）［整数］：-r ヌクレオチド一致の報奨（blastnのみ）[整数]；-v  一行記述の数（V）[整数]；-b  表示アラインメント数（B）[整数]；-i  問い合わせファイル[ファイルイン]；-o  BLASTレポート出力ファイル[ファイルアウト]オプション。
【０２５９】
以下の実行パラメータは、ポリペプチド配列のE値およびパーセンテージ同一性の一助となるBLASTPを用いたアラインメントおよび類似性の判定に好ましいものである：blastall -p blastp -d swissprotdb -e 10 G 0 -E 0 -v 30 -b 30 -i queryseq -o results； この場合のパラメータは次の通りである：-p プログラム名 [ストリング]；-d  データベース［ストリング］；-e  期待値（E）[実数]；-G  ギャップ開始コスト（0の場合デフォルト設定となる）［整数］；-E  ギャップ継続コスト（0の場合、デフォルトセット設定となる）［整数］；-v  一行記述の数（v）[整数]；-b  表示アラインメント数（b）[整数]；-I  問い合わせファイル[ファイルイン]；-o  BLASTレポート出力ファイル[ファイルアウト]オプション。
【０２６０】
BLASTN、FASTA、BLASTPまたは同様のアルゴリズムにより作られた問い合わせ配列による、一つまたは複数のデータベース配列に対する「ヒット」は、アラインメントがとられ、配列の類似部分が特定される。ヒットは、類似度および重複する配列の長さにしたがって整理される。データベース配列に対するヒットは、一般的に、問い合わせ配列の配列長の一部分とのみ重複する。
【０２６１】
BLASTN、FASTAおよびBLASTPアルゴリズムはまた、アラインメントの「期待」値も算出する。期待値（E）は、特定サイズのデータベースを検索した時に、ある数の連続配列を偶然見出すことが「期待」されるヒットの数を表す。期待値は、データベース、例えば好ましいEMBLデータベースに対するヒットが真の類似性を表すか否かを判定するための有意性閾値として用いられる。例えば、ポリヌクレオチドヒットに0.1のE値が割り当てられているということは、EMBLデータベースのサイズのデータベースでは、同様のスコアを持つ配列のアラインメント部分全体について、偶然に0.1の一致が期待できることを意味している。この基準によれば、ポリヌクレオチド配列のアラインメントを取って一致させた部分が同一である確率は90%となる。アラインメントを取り一致させた部分全体のE値が0.01以下である配列の場合、EMBLデータベースにおいて偶然一致を見出す確率は、BLASTNまたはFASTAアルゴリズムを用いた場合1%以下である。
【０２６２】
一つの態様によれば、「変種」ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドと比較したときに、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのそれぞれに対し同数または少ない核酸またはアミノ酸を有し、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに比べた時にE値が0.01以下である配列を含むのが好ましい。すなわち、変種ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、上記パラメータで設定したBLASTN、FASTAまたはBLASTPアルゴリズムを用いた時に、E値が0.01以下として測定される、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと同一である確率が少なくとも99%である任意の配列である。
【０２６３】
または、本発明の変種ポリヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に列挙されたポリヌクレオチド配列、またはそれら配列の相補配列、逆向き配列、もしくは逆向き相補配列と、厳密な条件下でハイブリダイゼーションする。
【０２６４】
本発明はまた、開示配列とは異なるが、遺伝子コードの縮重の結果として、本発明のポリヌクレオチドがコードするものと同一であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドも包含する。このように、保存的置換の結果として、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に列挙されたポリヌクレオチド配列；またはそれらの相補配列、逆向き配列もしくは逆向き相補配列とは異なる配列を含むポリヌクレオチドも本発明の意図するものであり、発明に含まれる。さらに、合計して、全配列長の10%未満である欠失および／または挿入の結果として、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に列挙されたポリヌクレオチド配列、またはその相補配列、逆向き相補配列、もしくは逆向き配列とは異なる配列を含むポリヌクレオチドもまた本発明の意図するものであり、その中に含まれる。同様に、合計して、全配列長の10%未満のアミノ酸の置換、挿入および／または欠失の結果として、SEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596に列挙されたポリペプチド配列とは異なる配列を含むポリペプチドは、本発明の意図するものであり、その中に含まれる。ある態様では、発明のポリペプチドの変種は、発明のポリペプチドの生物活性と同一または類似の活性を有する。このような変種ポリペプチドは、転写因子として機能し、それゆえに植物での遺伝子発現を変更できる。同様に、変種ポリヌクレオチドは、転写因子として機能するポリペプチドをコードできる。
【０２６５】
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対し指定のパーセンテージ同一性を有することに加えて、変種ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、さらに発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと共通の構造的および／または機能的特徴を有することが好ましい。本発明のポリペプチドに対し、指定の同一性度を有するポリペプチドは、それらの一次構造に高い類似度を共有しており、実質的に同等の機能的特性を有する。それらの一次構造に、本発明のポリヌクレオチドと高い類似度を共有することに加えて、発明のポリヌクレオチドに対して指定された同一度を有するか、またはそれらにハイブリダイゼーションできるポリヌクレオチドは、次の特徴の少なくとも一つを有する：(i) それらは、発明のポリヌクレオチドがコードするポリペプチドと実質的に同一の機能特性を有するポリペプチドをコードしているオープンリーディングフレームまたはオープンリーディングフレームの一部を含む；あるいは (ii) それらはドメインを共有する。
【０２６６】
プロモーター
本発明のポリヌクレオチドは、植物組織中のポリペプチドまたはタンパク質の発現を特異的に検出するのに使用できる。本発明の核酸は、標的遺伝子の発現を阻害するか、または完全に遮断するのに有益である、アンチセンスRNA、または小さな干渉性RNA（siRNA）のようなRNA干渉（RNAi）に関係するRNAの、植物組織における発現を特異的に検出することにも使用できる。本明細書に用いる維管束植物組織とは、木部、師部または維管束形成層を指す。好ましくは、本発明のプロモーターは、「木部優先」、「形成層優先」または「師部優先」であり、作動可能に連結した核酸分節の、それぞれ木部、形成層または師部発現を管理する。本明細書で使用する「コーディング産物」とは、プロモーターに作動可能に連結した核酸の、最終的な産物を意味することを意図する。例えば、タンパク質またはポリペプチドは、コーディング産物であり、同様にアンチセンスRNAまたはsiRNAは、アンチセンスRNAをコードしている核酸の最終産物である。コーディング産物はまた、非翻訳mRNAでもよい。ポリペプチドおよびタンパク質という用語は、本明細書では互換的に用いられている。例えば、木部優先とは、本発明の核酸分子が他の植物組織に比べて木部でより活性であることを意味することを意図する。最も好ましくは、本発明の核酸は、木部、形成層、または師部で特異的に活性であるプロモーターであり、すなわちプロモーターがそれぞれ植物の木部、形成層または師部組織でのみ活性であることを意味する。換言すれば、例えば「木部特異的」プロモーターは、植物の木部組織でのみ検出可能なレベルのコーディング産物が発現するようにコーディング産物を発現させる。しかしながら、植物の溶質運搬によって、木部、形成層または師部で特異的に発現するコーディング産物が植物の他所で見出されることもあり、したがってその存在が木部組織に限定される必要はなない。一方、維管束優先プロモーターは、木部、形成層、または師部のいずれか、または、これら3種類の組織の少なくとも二つで優先的に活性であってよい。維管束特異的プロモーターは、木部、形成層または師部、あるいはこれら3つの内の少なくとも二つで特異的に活性である。
【０２６７】
本明細書で用いるプロモーターとは、RNAポリメラーゼおよび／またはその他転写調節エレメントに結合する核酸、好ましくはDNAを意味することを意図している。いかなるプロモーターを使用する場合でも、本発明のプロモーターは、DNAまたはRNAの転写を促進または制御して、プロモーターと作動可能に連結している核酸分子からmRNA分子を生成する。RNAはタンパク質またはポリペプチドをコードしてもよく、あるいはRNA干渉分子またはアンチセンス分子をコードしてもよい。本明細書で用いる、「作動可能に連結した」とは、プロモーター核酸配列の組合せが、核酸配列からRNA分節へ転写するのに適した方向に形作られるようにDNAが化学的に融合、結合または合成されていることを表す。本発明のプロモーターは、結果として生じるmRNA転写体の5'非翻訳領域（5'UTR）のいくつか、またはすべてを含んでもよい。一方、本発明のプロモーターは、必ずしも5'UTRを有する必要はない。
【０２６８】
本明細書で用いるプロモーターは、その中に調節エレメントを含んでもよい。逆に、制御因子は、プロモーターから離れていてもよい。調節エレメントは、プロモーター領域に幾つかの重要な特徴を付与する。いくつかのエレメントは、作動可能に連結した核酸の転写速度を高める転写因子を結合する。別のエレメントは、転写活性を抑制するリプレッサーを結合する。プロモーター活性に及ぼす転写因子の効果は、プロモーター活性が高いか、または低いか、すなわちプロモーターが「強い」か、または「弱い」かを決定してもよい。
【０２６９】
好ましい態様では、本明細書に記載のプロモーターは、Eucalyptus CAD（シンナミルアルコール脱水素酵素）、Eucalyptus 4CL（4-クマリン酸：補酵素Aリガーゼ）、Eucalyptus SAD（シナピルアルコール脱水素酵素）、Eucalyptus LIMおよびマツのセルロース合成酵素からなる群より選択される。
【０２７０】
別の態様では、構成的プロモーターは、発明のポリヌクレオチド配列を発現させるために用いられる。TF配列を発現させるのに有用である構成的な植物プロモーターの例としては：大部分の植物組織に構成的な、高レベルの発現を付与するカリフラワーモザイクウイルス（CaMV）35Sプロモーター（Odel et al. Nature 313:810(1985)）；ノパリン合成酵素プロモーター（An et al. Plant Physiol. 88:547 (1988)）；およびオクトパイン合成酵素プロモーター（Fromm et al., Plant Cell 1:977 (1989)）が挙げられる。
【０２７１】
別の態様では、様々な誘導型植物遺伝子プロモーターを用いて発明のポリヌクレオチド配列を発現できる。誘導型プロモーターは、環境、ホルモンまたは化学的シグナルに反応して遺伝子発現を制御する。ホルモン誘導型プロモーターの例としては、オーキシン-誘導型プロモーター（Baumann et al. Plant Cell 11:323-334 (1999)）、サイトカイン-誘導型プロモーター（Guevara-Garcia Plant Mol. Biol. 38:743-753 (1998)）、およびジベレリン応答性プロモーター（Shi et al. Plant Mol. Biol. 38:1053-1060 (1998)）が挙げられる。これらに加えて、熱、光、創傷、病原菌抵抗、およびメチルジャスモナイトもしくはサリチル酸のような化学物質に対し応答するプロモーターを用いて、発明のポリヌクレオチド配列を発現してもよい。
【０２７２】
DNA構築体
本発明は、本発明の単離された核酸分子およびポリペプチド配列を含むDNA構築体を提供する。一つの態様では、本発明のDNA構築体は、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（A. tumefaciens）由来のTi-プラスミドである。
【０２７３】
本発明の核酸構築体の開発では、構築体またはその断片の各種構成要素は、通常は、一般的なクローニングベクター、例えば細菌宿主、例えば大腸菌（E.coli）内で複製できるプラスミドに挿入される。様々なベクターが存在し、文献に報告されており、その多くが市販されている。各クローニングの後、所望する挿入体を有するクローニングベクターを単離し、制限的消化、新規断片またはヌクレオチドの挿入、連結、欠失、突然変異導入、制限等の更なる操作を加えて、所望の配列の構成要素を目的に合わせて調整する。構築体が完成した後、宿主細胞の形質転換の様式に合わせてさらに操作を加えるために、次にそれを適当なベクターに移入してもよい。
【０２７４】
本発明の組換え体DNA分子は、一般的には選択マーカーを含んでいるので、形質転換細胞は容易に同定し、非形質転換細胞から選択できる。このようなマーカーの例としては、これに限定されないが、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ（nptII）遺伝子（Potrykus et al., Mol. Gen. Genet. 199:183-188(1985)）が挙げられるが、これはカナマイシン耐性を付与する。nptII遺伝子を発現する細胞は、カナマイシンまたはG418のような適当な抗生物質を用いて選択できる。その他の一般的に用いられている選択マーカーとしては、ビアラホス（bialaphos）耐性を付与するバー（bar）遺伝子；グリホサート耐性を付与する突然変異型EPSP合成酵素遺伝子（Hinchee et al., Bio/Technology 6:915-922(1998)）；およびイミダゾリノンまたはスルホニル尿素耐性を付与する突然変異型のアセトラクテート合成酵素（ALS）（欧州特許出願第154,204号、1985）が挙げられる。
【０２７５】
これに加えて、ベクターは、特定の宿主細胞に対する複製（replication）（replicon／レプリコン）起点を含んでもよい。様々な原核生物レプリコンが当業者に知られており、原核生物宿主細胞での自律的複製および組換え体分子の維持を指示する機能を果たす。
【０２７６】
好ましい態様では、本発明は、図1に示すpWVR8ベクターを利用する。
【０２７７】
別の態様では、pART27は、本発明の使用に好適である。Gleave, A.P. Plant Mol. Biol, 20:1203-1027（1992）参照。
【０２７８】
ベクターは、植物細胞での選択のための選択マーカーを含有することが好ましい。トランスフェクションされた植物細胞の選択に用いる数多い選択マーカーとしては、大腸菌、アグロバクテリウム・ツメファシエンスおよびその他細菌の培養については、これらに限定されないが、カナマイシン、グリホサート耐性遺伝子、およびテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性を挙げることができる。
【０２７９】
翻訳されたタンパク質を小胞体管腔内、細胞周辺腔、または細胞外環境へ分泌するために、発現されたポリペプチドに適当な分泌シグナルを組込んでもよい。シグナルは、ポリペプチドに対し内因性でもよく、またはそれらは異種性のシグナルであってもよい。
【０２８０】
一つの態様では、本発明のDNA構築体は、本明細書に記載のポリヌクレオチド配列が組織-特異的プロモーターに作動可能に連結されるように設計されている。好ましくは、ポリヌクレオチドは、植物のセルロースまたはリグニンの生合成に関係するポリペプチドをコードする。リグニン生合成に関係する多くの酵素をコードするポリヌクレオチドとしては、これに限定されないが、マツ由来のシンナミルアルコール脱水素酵素（CAD）、シンナメート4-ヒドロキシラーゼ（C4H）、クマル酸3-ヒドロキシラーゼ（C3H）、フェノラーゼ（PNL）、O-メチルトランスフェラーゼ（OMT）、シンナモイル-CoA還元酵素（CCR）、フェニルアラニンアンモニア-リアーゼ（PAL）、4-クマル酸：CoAリガーゼ（4CL）およびペルオキシダーゼ（POX）を挙げることができる。米国特許第6,204,434号。その他酵素としては、コニフェリンβ-グルコシダーゼ（CBG）、およびカフェイン酸3-O-メチルトランスフェラーゼ（COMT）が挙げられる。米国特許第5,451,514号、国際公開公報第94/23044号およびDharmawardhana et al., Plant Mol. Biol. 40: 365-72 (1999)。
【０２８１】
別の態様では、プロモーターと作動可能に連結したコーディング配列は、リグニン生合成に関係する酵素の発現または活性を抑制する遺伝子産物をコードしてよい。例えば、リグニン生合成の制御に関して特に興味深いものは、4CL、CAD、Lim、TED2、またはCOMTをコードするアンチセンス遺伝子である。
【０２８２】
さらなる態様では、本発明のDNA構築体は、本発明のポリヌクレオチド配列が、関心対象のポリペプチドをコードする遺伝子に対応し、その結果標的遺伝子産物の発現を低下させる、アンチセンスRNAまたは干渉RNAをコードするDNAまたはRNAと作動可能に連結するように設計される。好ましくは、抑制の標的となる遺伝子産物は、リグニン生合成に関係する酵素である。遺伝子発現のRNAi抑制の使用は、米国特許第6,506,559号に記載されており、植物での遺伝子発現抑制へのRNAiの使用は、国際公開公報第99/61631号に具体的に記載されており、これらは共に参照により本明細書に組み入れられる。
【０２８３】
アンチセンス技術を用いた、特定の植物遺伝子の発現の低下または抑制は、例えば欧州特許公開第271988号に記載されている。遺伝子発現の低下は、例えばトマトの果実におけるリコピン合成の欠如によって、赤い果実ではなく黄色の果実ができるといった巨視的な表現形の差、またはトマトの果実成熟中のポリガラクトツロナーゼ量の変化およびペクチンの脱重合の低下といったより微妙な生化学的レベルの差の形で、植物表現形に変化をもたらす（Smith et. al., Nature, 334:724-726 (1988); Smith et. al., Plant Mol. Biol., 14:369-379 (1990)）。このように、アンチセンスRNAは、植物における遺伝子の発現を低下させるのに有用である。
【０２８４】
一つの態様では、発明のポリヌクレオチド配列は植物内部で転写でき、植物内、例えば植物細胞内に導入されるアンチセンスRNA転写体を生じる。発明のポリヌクレオチドは、例えば、遺伝子配列の方向をそのプロモーターに対して逆転させることによって調製することができる。植物細胞内での外来性DNAの転写は、その遺伝子に対して「アンチセンス」である細胞内RNA転写体を生じる。
【０２８５】
本発明はまた、本発明のDNA構築体を含む宿主細胞を提供する。本明細書で用いる場合、宿主細胞とは、コーディング産物が最終的にその中で発現する細胞を意味する。したがって、宿主細胞は、個々の細胞、培養細胞または生物の一部としての細胞であってよい。宿主細胞は、胚、内胚乳、精子もしくは卵細胞、または受精卵の一部でもよい。
【０２８６】
したがって、本発明はまた、本発明のDNA構築体を含む植物、または植物細胞も提供する。好ましくは、植物は被子植物または裸子植物である。本発明の発現構築体は、様々な植物、単子葉植物（例えばイネ科植物、トウモロコシ、穀類植物、オートムギ、コムギおよびオオムギ）、双子葉植物（例えばアラビドプシス、タバコ、マメ科植物、アルファルファ、オーク、ユーカリ、カエデ）、ならびに裸子植物（例えばスコットパイン；Aronen, Finnish Forest Res. Papers, Vol 595, 1996参照）、カナダトウヒ（Ellis et al., Biotechnology 11:84-89, 1993）ならびにカラマツ（Huang et al., In Vitro Cell 27:201-207, 1991）を形質転換に用いることができる。
【０２８７】
好ましい態様では、発明の発現ベクターは、本明細書では、その幹が多年にわたり生存し、その直径が木質組織の追加により増す樹木または灌木として定義される木本植物を形質転換するのに用いられる。好ましくは、標的植物はユーカリノキおよびマツの種、最も好ましくはグランディスユーカリおよびその雑種、ならびにテーダマツからなる群より選択される。また好ましくは、標的植物は、バンクスマツ（Pinus banksiana）Pinus brutia、カリビアマツ（Pinus caribaea）、Pinus clasusa、ロッジボールマツ（Pinus contorta）、オオミマツ（Pinus coulteri）、エキナタマツ（Pinus echinata）、Pinus eldarica、Pinus ellioti、Pinus jeffreyi、シュガーパイン（Pinus lambertiana）、タイワンアカマツ（Pinus massoniana）、シロマツ（Pinus monticola）、ヨーロッパクロマツ（Pinus nigra）、ダイオウマツ（Pinus palustrus)、フランスカイガンマツ（pinus pinaster）、ポンデローサマツ（Pinus ponderosa）、ラジアータマツ(Pinus radiata)、レジノサマツ（Pinus resinosa）、リギダマツ（Pinus rigida）、Pinus serotina、ストローブマツ（Pinus strobus）、ヨーロッパアカマツ（Pinus sylvestris）、テーダマツ(Pinus taeda)、バージニアマツ（Pinus virginiana）、カナダヅカ（Abies amabilis）、Abies balsamea、コロラドモミ（Abies concolor）、グランドファー（Abies grandis）、アルプスモミ（Abies lasiocarpa）、カリフォルニアアカモミ（Abies magnifica）、ノーブルモミ（Abies procera）、ローソンヒノキ（Chamaecyparis lawsoniona）、アラスカヒノキ（Chamaecyparis nootkatensis）、ヌマヒノキ（Chamaecyparis thyoides）、エンピツビャクシン（Juniperus virginiana）、ヨーロッパカラマツ（Larix decidua）、アメリカカラマツ（Larix laricina）、カラマツ（Larix leptolepis）、セイヨウカラマツ（Larix occidentalis）、シベリアカラマツ（Larix siberica）、インセンスシーダ（Libocedrus decurrens）、ヨーロッパトウヒ（Picea abies）、ゲルマントウヒ（Picea engelmanni）、カナダトウヒ（Picea glauca）、マリアーナトウヒ（Picea mariana）、コロラドトウヒ（Picea pungens）、アカトウヒ（Picea rubens）、シトカトウヒ（Picea sitchensis）、ベイマツ（Pseudotsuga menziesii）、ジャイアントセコイア（Sequoia gigantea）、セコイア（Sequoia sempervirens）、ヌマスギ（Taxodium distichum）、カナダツガ（Tsuga canadensis）、アメリカツガ（Tsuga heterophylla）、マウンテンヘムロック（Tsuga mertensiana）、ニオイヒバ（Thuja occidentalis）、ベイスギ（Thuja plicata）、ユーカリプツスアルバ（Eucalyptus alba）、Eucalyptus bancroftii、ユーカリプツスボトロイデス（Eucalyptus botryoides）、ユーカリプツスブリジェシアーナ（Eucalyptus bridgesiana）、ユーカリプツスカロフィラ（Eucalyptus calophylla）、ユーカリプツスカマルドゥレンシス（Eucalyptus camaldulensis）、ユーカリプツスシトリオドラ（Eucalyptus citriodora）、ユーカリプツスクラドカリクス（Eucalyptus cladocalyx）、ユーカリプツスコキフェラ（Eucalyptus coccifera）、ユーカリプツスコキフェラ（Eucalyptus curtisii）、ユーカリプツスダルリンプレアナ（Eucalyptus dalrympleana）、ユーカリプツスデグルプタ（Eucalyptus deglupta）、ユーカリプツスデレガテンシス（Eucalyptus delagatensis）、Eucalyptus diversicolor、ユーカリプツスドゥーニー（Eucalyptus dunnii）、アカバナユーカリ（Eucalyptus ficifolia）、ユーカリプツスグロブルス（Eucalyptus globulus）、ユーカリプツスゴムフォケファラ（Eucalyptus gomphocephala）、ユーカリプツスグニー（Eucalyptus gunnii）、ユーカリプツスヘンリー（Eucalyptus henryi）、Eucalyptus laevopinea、ユーカリプツスマカルツリー（Eucalyptus macarthurii）、Eucalyptus macrorhyncha、ユーカリプツスマクラタ（Eucalyptus maculata）、ジャラ（Eucalyptus marginata）、Eucalyptus megacarpa、Eucalyptus melliodora、Eucalyptus nicholii、ユーカリプツスニテンズ（Eucalyptus nitens）、Eucalyptus nova-angelica、ユーカリプツスオブリクア（Eucalyptus obliqua）、Eucalyptus occidentalis、Eucalyptus obtusiflora、Eucalyptus oreades、ユーカリプツスパウキフロラ（Eucalyptus pauciflora）、ユーカリプツスポリブラクティア（Eucalyptus polybractea）、セイタカユーカリ（Eucalyptus regnans）、ユーカリプツスレシニフェラ（Eucalyptus resinifera）、テリハユーカリ（Eucalyptus robusta）、ユーカリプツスルディス（Eucalyptus rudis）、ユーカリプツスサリグナ（Eucalyptus saligna）、Eucalyptus sideroxylon、ユーカリプツスステュアーティアナ（Eucalyptus stuartiana）、フォレストレッドガム（Eucalyptus tereticornis）、Eucalyptus torelliana、Eucalyptus urnigera、Eucalyptus urophylla、ユーカリプツスビミナリス（Eucalyptus viminalis）、ユーカリプツスビリディス（Eucalyptus viridis）、Eucalyptus wandoo、およびEucalyptus youmanniの群からなる群より選択される。
【０２８８】
特には、トランスジェニック植物は、グランディスユーカリもしくはその雑種、ラジアータマツ、テーダマツL、ポプラ（セイヨウハコヤナギ）（Populus nigra）、Populus deltoides、ホワイトポプラ（Populus alba）、もしくはポプラ（Populus）雑種、アカシアマンギューム（Acacia mangium）、またはガム（Liquidamber styraciflua/マンサク科の広葉樹）の種である。用語「植物」は、通常の植物の意味を超え、植物の果実、種子、花、球花等も意味することを意図している。本発明の植物は、アグロバクテリウムを用いた場合のように、DNA構築体が植物内に直接導入されたことを意味する直接形質導入体でよく、または植物はトランスフェクションされた植物の子孫でよい。第2またはそれ以後の世代の植物が、有性生殖、すなわち受精によって生じても、生じなくともよい。さらには、植物は配偶体（半数体段階）または無性植物体（二倍体段階）でよい。
【０２８９】
一つの態様では、本発明は、遺伝子発現の制御に関係する植物転写因子をコードする、または部分的にコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。本発明のポリヌクレオチドは、グランディスユーカリおよびラジアータマツより単離されるが、任意の植物種から単離しても、または通常の合成技術を用いて合成してもよい。
【０２９０】
特定の態様では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592と同一と見なされる配列、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592と同一と見なされる配列の相補体、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592と同一と見なされる配列の逆向き相補体、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592と同一と見なされる配列の逆配列；上記ポリヌクレオチドの、いずれかの少なくとも指定された数の連続残基（χmers）を含む配列；上記ポリヌクレオチドのいずれかに対応する拡張配列；上記ポリヌクレオチドのいずれかに対応するアンチセンス配列；および本明細書に記載されている用語の意味の上記ポリヌクレオチドのいずれかの変種からなる群より選択される配列を含む。
【０２９１】
別の局面では、本発明はSEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596のポリヌクレオチドによってコードされる単離されたポリペプチドを提供する。
【０２９２】
グランディスユーカリおよびラジアータマツのcDNA発現ライブラリーは、成熟したシュート頂、早材の師部、花組織、葉組織、給水根、構造根、木部、または早材の木部から調製された。挿入体を含むポジティブクローンからのcDNA配列は、当技術分野において公知の方法を用いて得た。決定されたcDNA配列を、コンピュータアルゴリズムFASTAおよび／またはBLASTNを用いて、公開データベース（EMBL）の公知配列と比較した。重複する配列のアラインメントを複数用いて、信頼できるコンセンサス配列を構築した。決定されたcDNA配列を、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に示す。SEQ ID NO：1.820のポリヌクレオチド配列に対応する推定ポリペプチド配列は、SEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596に示す。
【０２９３】
他の植物種の既知配列との類似性から、単離されたポリヌクレオチド配列は、表1および2に詳しく示すように、転写因子をコードするものと同定された。ポリペプチド配列を、公開の注釈付けソフトウエアを用いて分析した。本ポリペプチド配列内のモチーフおよびドメインの同定には、EMBLの公開ソフトウエア「InterPro Scan」を用いた。InterProは、公知タンパク質に見出されている同定可能な特徴を未知のタンパク質配列に照会できる、タンパク質ファミリー、ドメインおよび機能部位のデータベースである。Mulder, N.J.et al. 2003, Nucl Acid Res. 31:315-318。
【０２９４】
表1および2に示すように、本発明のポリヌクレオチドは、転写因子をコードする。これら転写因子は、遺伝子発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる。
【０２９５】
（表１）グランディスユーカリから単離された転写因子
0004909072.tif 000003
0004909072.tif 000004
0004909072.tif 000005
【０２９６】
（表２）ラジアータマツから単離された転写因子
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【０２９７】
本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、発現して各種アッセイに用い、それらの生物学的活性を決定することができる。このようなポリペプチドは、抗体の向上、対応する相互作用するタンパク質またはその他化合物の単離、および相互作用するタンパク質またはその他化合物のレベルの定量的測定に用いてもよい。
【０２９８】
植物の形質転換および再生
本ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、標的宿主細胞内へ組換え配列導入に関して当技術分野において公知の標準的な方法によって、宿主植物細胞内に導入できる。このような方法としては、これに限定されないが、トランスフェクション、感染、形質転換、自然な取り込み、エレクトロポレーション、バイオリスティクス（biolistics／パーティクルガン技術）およびアグロバクテリウムが挙げられる。外来性遺伝子を植物内に導入する方法は、生物学的および物理的な形質転換プロトコルを含み、当技術分野において公知であり、本発明の構築体の植物宿主内への挿入に用いることができる。例えば、Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnology, Glick and Thompson、編集、CRC Press, Inc., Boca Raton, 67〜88ページのMiki et al., 1993, ”Procedure for Introducing Foreign DNA Into Plants”を参照。選択する方法は宿主植物によって様々であり、リン酸カルシウムのような化学的トランスフェクション方法、アグロバクテリウムのような微生物介在の遺伝子転移（Horsch et al., Science 227:1229-31, 1985）、エレクトロポレーション、マイクロ-インジェクション、およびバイオリスティクボンバードメント（biolistic bombardment／遺伝子統を用いる方法）などが挙げられる。
【０２９９】
したがって、本発明は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む植物または植物細胞も提供する。一つの態様では、植物は被子植物または裸子植物である。別の態様では、植物はユーカリ種およびマツ種から選択される。特には、トランスジェニック植物は、グランディスユーカリおよび雑種、ラジアータマツ、テーダマツL、ポプラニグラ（Populus nigra）、Populus deltoidesまたは、ガム（Liquidamber styraciflua／マンサク科の広葉樹）の種である。用語「植物」は、通常の植物の意味を超え、植物の果実、種子、花、球花等も意味することも意図している。本発明の植物は、アグロバクテリウムを用いた場合のように、ベクターが植物内に直接導入されたことを意味する直接形質導入体でよく、または植物はトランスフェクションされた植物の子孫でよい。子孫はトランスフェクションされた植物の無性生殖により得てもよい。第2またはそれ以後の世代の植物が、有性生殖、すなわち受精によって生じても、生じなくともよい。さらには、植物は配偶体（半数体段階）または無性植物体（二倍体段階）でよい。
【０３００】
木を形質転換する方法は当技術分野において周知である。限定するものではないが、外植体とは、形質転換の標的である植物組織を表し、インビボおよび／またはインビトロで成長した植物から収穫した葉、花弁、花および節間組織を包含できる。例えば、木は次のようにして形質転換できる。より高い形質転換の効率のために、木の外植体は、形質転換前に収穫して前培地で培養できる。前培地は、表3に示すように、アグロバクテリウムによる形質転換前に植物外植体を培養し、形質転換効率および植物の再生を増すために必要とされる栄養培地である。前培地は、場合により、オーキシンおよびサイトキニンを含む、植物増殖制御因子を含んでよい。または、その他前培地および培養時間を用いてもよい。
【０３０１】
（表３）植物前培地
0004909072.tif 000009
【０３０２】
本発明では、植物外植体を4日間、暗所で表3記載の前培地上で前培養した。本前培地には木本培地（Woody Plant Medium:WPM）塩（Loyd and McCown, 1980）を用いた；しかしながら、MS培地（Murashige and Skoog 1962）またはLepoivre培地のような他の塩培地を用いてもよい。この前培地はアセトシリンゴンを含むが、他のアグロバクテリウム誘導因子を用いてもよい。場合により、当該前培地はオーキシンおよびサイトキニンの両方を含む。他の前培地およびその他培養時間を用いてもよい。
【０３０３】
誘導アグロバクテリウム培養物は、当技術分野において公知の方法によって調製した。誘導培養物を、ピペットを使って各外植体に滴下した。十分なアグロバクテリウム培養物を滴下し、端部全体を菌液で確実に覆った。または、外植体は、真空濾過、花浸漬、その他のアグロバクテリウム仲介形質転換の方法によって形質転換してもよい。形質転換に続いて、アグロバクテリウム培養物で覆った外植体を暗所に4日間置いて、共培養した。または、外植体は、明条件下にアグロバクテリウムと共培養してもよい。また、外植体は明または暗条件下で、2〜10日間、好ましくは4日間、アグロバクテリウムと共培養してもよい。共培養後、外植体をチメンチン400 mg/lを含む再生培地（表4）に移した。外植体を洗浄する必要はない。外植体は、選択培地に移す前に、この培地で4日間培養した。本例では、選択培地は、チメンチンおよび除草剤選択剤の両方を補充した再生培地である。
【０３０４】
（表４）再生培地
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【０３０５】
選択後に残ったシュートの集りを、除草剤およびチメンチンを含有する再生培地で維持し、シュートが増殖して伸長を開始するまでそれらを3週毎継代した。GUSのようなレポーター遺伝子を用いた形質転換実験では、再生したシュート由来の葉および茎組織は、シュートが出たらすぐにGUS発現について染色する。GFPまたはルシフェラーゼのような任意のレポーター遺伝子も使用できるが、本発明では、GUS発現は、当技術分野において公知の方法でアッセイした。
【０３０６】
GUS染色を実施し、アグロバクテリウム感染の頻度をモニタリングし、選択したシュートが逸出植物またはキメラでないことを確認した。再生したシュート由来の葉および茎組織は、シュート発生後すぐにGUS発現について染色した。GUS活性を測定するために、外植体を100 mMリン酸バッファー（pH7.0）、0.05%ジメチルスルホキシド、0.05% Triton X-100、10 mM EDTA、0.5 mMフェリシアン化カリウム、および1.5 mg/mlの5-ブロモ-4-クロロ-3-インドリル-β-D-グルクロニド（X-gluc）を含む基質中でインキュベーションした。外植体は、10分間真空処理したのち、37℃で一夜インキュベーションした。一夜インキュベーションしたのち、GUSフォーカスをカウントした。
【０３０７】
B.  転写因子ポリヌクレオチドの発現プロファイリング
本発明はまた、転写因子ポリヌクレオチドの発現プロファイリングを実施するための方法およびツールも提供する。発現プロファイリングは、ポリヌクレオチドが転写されるか、または翻訳されるかの判定、異なる組織における特定ポリヌクレオチドに関する転写体レベルの比較、遺伝子型判定、DNAコピー数の推定、系統の同一性判定、mRNAの分解速度の測定、タンパク質結合部位の同定、遺伝子産物の細胞内分布の決定、ポリヌクレオチド発現と表現形またはその他現象との相互関係の解明、および特定遺伝子の操作が他ポリヌクレオチドに及ぼす影響の判定に有用である。発現プロファイリングは、複雑な、多遺伝子性の事象におけるポリヌクレオチドの発現の同定にとって特に有用である。それゆえに、発現プロファイリングは、ポリヌクレオチド発現と植物の表現形および植物の形成との相互関係の解明に有用である。
【０３０８】
ある時点のある組織サンプルでは、植物のゲノムの限られた遺伝子分画だけが発現しており、そして発現遺伝子のすべてが植物の表現形に影響するわけではない。関心対象の表現形に影響を及ぼすことができるポリヌクレオチドを同定するために、本発明は、例えば植物の発生のある点におけるポリヌクレオチド発現プロファイル、およびある組織サンプルの遺伝子発現プロファイルを決定するための方法およびツールを提供する。本発明はまた、その発現を操作して植物の表現形を変更できるか、あるいは転写因子、転写因子ポリヌクレオチドの転写および翻訳産物の生物学的活性を変化できる転写因子ポリヌクレオチドを同定するための方法およびツールも提供する。これら方法を支援するために、本発明はまた、同じファミリーの異なるポリヌクレオチドの発現を区別するための方法およびツールも提供する。
【０３０９】
本明細書で使用する「ポリヌクレオチド発現」は、DNA配列をRNA配列に転写し、続いてRNAをタンパク質に翻訳するプロセスを指し、この場合翻訳後プロセッシングは行われても、行われなくともよい。したがって、表現形および／または発生段階とポリヌクレオチド発現との間の関係は、RNAまたはタンパク質のレベルの変化を、定量的または定性的に検出することによって観察できる。本明細書で使用する場合、用語「生物学的活性」としては、これに限定されないが、酵素活性を含む、タンパク質遺伝子産物の活性を挙げることができる。
【０３１０】
本発明は、これら発現プロファイリング法に有用であるオリゴヌクレオチドを提供する。各オリゴヌクレオチドは、ある設定条件下において転写因子ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド産物とハイブリダイゼーションできる。発明の一つの局面では、複数のオリゴヌクレオチドが提供されるが、この場合、各オリゴヌクレオチドは、ある設定条件下において、異なる細胞周期遺伝子産物にハイブリダイゼーションする。本発明のオリゴヌクレオチドの例は、SEQ ID NO：2742〜3587を包含する。SEQ ID NO：2742〜3587の各オリゴは、標準条件下において、SEQ ID NO：1〜494、496〜820および1641〜1972、3588〜3592の一つの異なる遺伝子産物にハイブリダイゼーションする。発明のオリゴヌクレオチドは、上記方法のいずれかにおける、一つまたは複数の細胞周期遺伝子の決定に有用である。
【０３１１】
1.  細胞、組織、核酸およびタンパク質サンプル
本発明の方法で使用するサンプルは、植物組織に由来するものである。適切な植物組織としては、これに限定されないが、体性胚、花粉、葉、茎、カルス、匍匐枝、微小塊茎、シュート、木部、雄球花、花粉円錐、維管束組織、茎頂分裂組織、維管束形成層、木部、根、花および種子が挙げられる。
【０３１２】
本発明によれば、「植物組織」は、本明細書に前述した通りに用いられる。植物組織は、上記の型または種の植物から得ることができる。
【０３１３】
発明の局面の一つによれば、サンプルは、様々な発生段階にある植物組織、その年の様々な時期の植物組織（例えば春対夏）、様々な環境条件（例えば光および温度の変動）に曝した植物組織、および／または様々な型の植物組織および細胞から得ることができる。一つの態様によれば、植物組織は、様々な成熟度の間、および1年の異なる季節の間に得られる。例えば、植物組織は、茎の分裂細胞、分化中の木部、初期発生中の木質部細胞、分化した早材細胞、および分化した晩材細胞から集めることができる。別の例としては、発生中の木材を有する植物より得たサンプルでのポリヌクレオチド発現を、発生中の木材を持たない植物から得たサンプルでの遺伝子発現と比較することができる。
【０３１４】
分化中の木部は、圧縮材、横木、および正常な垂直木部から得たサンプルを包含する。発現プロファイリングのためのサンプルをマツおよびユーカリから得る方法は、公知である、例えば、Allona et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. 95:9693-8 (1998)、およびWhetton et al., Plant Mol. Biol. 47:275-91、およびKirst et al., INT'L UNION OF FORESTRY RESEARCH ORGANIZATIONS BIENNIAL CONFERENCE, S6.8 (June 2003, Umea, Sweden) を参照。
【０３１５】
発明の一つの態様では、ある型の組織でのポリヌクレオチド発現を異なる型の組織でのポリヌクレオチド発現と比較するか、異なる発生段階にある同一型組織のポリヌクレオチド発現と比較する。ポリヌクレオチド発現は、その年の別の時期（異なる季節）にサンプリングした、ある型の組織で比較することもできる。例えば、幼若二次木部でのポリヌクレオチド発現は、成熟した二次木部でのポリヌクレオチド発現と比較できる。同様に、形成層でのポリヌクレオチド発現を、木部でのポリヌクレオチド発現と比較することができる。さらには、茎頂分裂組織での遺伝子発現を、形成層での遺伝子の発現と比較することができる。
【０３１６】
発明の別の態様では、サンプルを特異的な表現形を有する植物から得て、そのサンプルでのポリヌクレオチド発現を、その表現形を有しない同一種の植物から得たサンプルと比較する。例えば、サンプルは早い成長速度を示す植物から得ることができ、遺伝子発現を通常または遅い成長速度を示す植物から得たサンプルのものと比較できる。このような比較から同定された、発現が異なるポリヌクレオチドは、成長速度と相関させることができ、それ故に成長速度の操作に有用である。
【０３１７】
さらなる態様では、サンプルはクローン継代されている植物から得られる。一つの態様では、クローン継代されている植物は、マツまたはユーカリ種である。同一遺伝子型から得た個々のラメートを、年間の異なる時期に使用する。これにより、遺伝子型について、少なくとも二つの、遺伝的に同一な木を、その季節の初期と季節の後期に用いることができる。これら木はそれぞれ、幼若（頂部）と成熟（基部）サンプルに分けることができる。さらに、組織サンプルは、例えば師部から木部にかけて、少なくとも5つの剥離層に分けることができる。これらサンプルそれぞれについて、表現形およびポリヌクレオチドの発現が評価できる。
【０３１８】
細胞構成要素が、ハイブリダイゼーションアッセイ、酵素アッセイ、リガンド結合アッセイ、または生物学的活性アッセイのような分析技術を妨害する場合、このような細胞構成要素からポリヌクレオチド発現産物を単離するのが望ましいだろう。核酸およびアミノ酸遺伝子産物を含む、ポリヌクレオチド発現産物は、当技術分野において公知の方法によって、細胞断片または溶解物から単離できる。
【０３１９】
発明に用いられる核酸は、様々な方法またはプロセスによって、あるいは当技術分野で知られつつあるその他のプロセスによって調製できる。核酸を単離するための通常技術は、例えばTijssen, LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY: HYBRIDIZATION WITH NUCLEIC ACID PROBES、3章（Elsevier Press, 1993）、Berger and Kimmel, Methods Enzymol. 152:1 (1987)、およびGIBCO BRL & LIFE TECHNOLOGIES TRIZOL RNA ISOLATION PROTOCOL, Form No. 3786 (2000)に詳しく書かれている。核酸サンプルを調製するための、およびマツおよびユーカリノキ由来のポリヌクレオチドの配列を決定するための技術は公知である。例えば、Allonaら、上記およびWhettonら、上記および米国特許出願第60/476,222号を参照。
【０３２０】
適切な核酸サンプルは、転写因子遺伝子またはポリペプチドの転写体に由来する核酸の任意の種類、すなわちそのRNAもしくはその一部配列、あるいは転写因子遺伝子から転写されたmRNAが鋳型となる核酸を含有できる。適切な核酸としては、転写体から逆転写されたcDNA、そのcDNAから転写したRNA、cDNAから増幅されたDNA、および増幅DNAから転写されたRNAが挙げられる。このような産物または派生産物が検出されることは、サンプル中に転写物が存在すること、および／または豊富にあることを表している。したがって、適切なサンプルは、これらに限定されないが、遺伝子またはポリヌクレオチドの転写物、転写物から逆転写されたcDNA、cDNAから転写されたcRNA、遺伝子から増幅されたDNA、および増幅DNAから転写されたRNAを包含する。本明細書で使用する場合、「転写物」の分類は、これに限定されないが、pre-mRNA短鎖転写体、転写プロセッシング中間体、および成熟mRNA、ならびにその分解産物を包含する。
【０３２１】
発明を実施するには、すべての型の転写体をモニタリングする必要はない。例えば、発明の発現プロファイリング法は、一つの型の転写体のみを検出すること、例えば成熟mRNAレベルのみを検出することによって実施できる。
【０３２２】
発明の一つの局面では、染色体DNAまたはcDNAライブラリー（例えば全細胞mRNAから合成した蛍光標識cDNAを含む）を、当技術分野で認められている方法に従ったハイブリダイゼーション法での使用を目的として調製する。上記Sambrookら参照。
【０３２３】
発明の別の局面では、mRNAは、例えばMessageAmpキット（Ambion）を用いて増幅される。さらなる局面では、mRNAは、検出可能な標識で標識される。例えば、mRNAは、CyDye（Amersham Biosciences）のような蛍光発色団で標識できる。
【０３２４】
いくつかの応用では、ハイブリダイゼーション技術で使用する前に、ホモジェネートまたは溶解物中に存在することが多いRNaseを抑制または破壊することが望ましい。ヌクレアーゼを抑制または破壊する方法は周知である。発明の一つの態様では、細胞または組織は、カオトロピック剤存在下にホモジェナイゼーションしてヌクレアーゼを抑制する。別の態様では、RNaseは、熱処理、それに続くプロテイナーゼ処理によって抑制または破壊される。
【０３２５】
タンパク質サンプルは、当技術分野において公知の任意の手段により得ることができる。発明の方法に有用なタンパク質サンプルとしては、粗細胞溶解物および粗組織ホモジェネートが挙げられる。または、タンパク質サンプルは、精製してもよい。当技術分野において周知の様々なタンパク質精製方法は、Marshak et al., STRATEGIES FOR PROTEIN PURIFICATION AND CHARACTERIZATION: A LABORATORY COURSE MANUAL (Cold Spring Harbor Laboratory Press 1996)に見出すことができる。
【０３２６】
2.  ポリヌクレオチド発現レベルの検出
ポリヌクレオチド発現レベルを検出することを含む発明の方法については、ポリヌクレオチド発現を観察するための任意の方法を用いることができるが、これに限定されない。このような方法としては、伝統的な核酸ハイブリダイゼーション技術、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を基本とする方法、およびタンパク質測定が挙げられる。本発明は、固相支持体を基本としたアッセイ形式を用いた検出方法、ならびに溶液を基本としたアッセイ形式の検出方法を包含する。
【０３２７】
発現レベルの絶対的測定は必要としないが、実施は可能である。本発明は、サンプル間の発現レベル差を比較することを含む方法を包含する。発現レベルの比較は、目視または手作業で実施でき、あるいは、例えば光学的検出手段を用いて、機械で自動化して実施できる。Subrahmanyam et al., Blood. 97:2457 (2001)；Prashar et al., Methods Enzymol. 303: 258 (1999)。遺伝子の発現差を分析するためのハードウエアおよびソフトウエアは入手可能であり、本発明の実施に用いることができる。GenStat SoftwareおよびGeneExpress（登録商標）GX Explorer（商標)トレーニングマニュアル、上記；Baxevanis & Francis-Quellette、上記、参照。
【０３２８】
本発明の一つの態様では、核酸ハイブリダイゼーション技術を用いてポリヌクレオチド発現を観察する。例示的ハイブリダイゼーション技術としては、ノーザンブロッティング、サザンブロッティング、溶液ハイブリダイゼーションおよびS1ヌクレアーゼプロテクションアッセイを挙げることができる。
【０３２９】
核酸ハイブリダイゼーションは、一般的には、オリゴヌクレオチドプローブと核酸を含むサンプルを、相補的塩基対合を通じてプローブがその相補的核酸と安定したハイブリッド二重鎖を形成できる条件下で接触させることを含む。例えば、PCT出願された国際公開公報第99/32660号; Berger & Kimmel, Methods Enzymol. 152: 1 (1987) 参照。次に、ハイブリッド二重鎖を形成しない核酸を洗い流し、一般的には結合している検出可能な標識の検出を通して検出されるハイブリダイゼーションした核酸を残す。検出可能な標識は、プローブに存在しても、または核酸サンプルに存在してもよい。一つの態様では、サンプルの核酸は、植物組織中に存在するmRNA転写体を表す（例えばcDNAライブラリー）検出可能な標識ポリヌクレオチドである。検出可能な標識は、一般には放射活性または蛍光標識物であるが、任意の検出可能な標識も使用できる。標識は、例えば国際公開公報第99/32660号（上記）に記載のいくつかの方法を用いて組み込むことができる。一つの局面では、RNAはMessageAmpキット（Ambion）を用い、アミノアリルUTPならびに遊離型UTPを加えて増幅できる。増幅されたRNA内に組み込まれたアミノアリル基は、CyDye（Amersham Biosciences）のような蛍光発色団と反応できる。
【０３３０】
核酸の二重鎖は、温度を上げることによって、または核酸を含有するバッファーの塩濃度を下げることによって不安定化する。低い厳密性の条件下（例えば低温および／または高塩濃度）では、アニールした配列が完全に相補的でない場合でもハイブリッド二重鎖（例えばDNA:DNA、RNA:RNAまたはRNA:DNA）を形成する。その結果、低い厳密性の場合、ハイブリダイゼーションの特異性は低下する。これとは逆に、高い厳密性の場合（例えば高温および／または低塩濃度および／または不安定化剤存在下）には、ハイブリダイゼーションがミスマッチを許容することは殆どない。
【０３３１】
一般的には、短いプローブ（例えば10〜50ヌクレオチド塩基）の厳しい条件は、pH7.0〜8.3での塩濃度が少なくとも約0.01〜1.0 Mであり、温度は少なくとも約30℃である条件である。厳しい条件はまた、ホルムアミドのような不安定化剤を添加することでも実現できる。
【０３３２】
いくつかの環境では、ハイブリダイゼーションを低い厳密性の条件、例えば37℃の6×SSPE-T（0.9 M NaCl, 60 mM NaH2PO4, pH 7.6, 6 mM EDTA, 0.005% トリトン）で実施して、ハイブリダイゼーションを確実にすることが望ましい場合がある。その後、続く洗浄を高い厳密性（例えば1×SSPE-T、37℃）で実施することで、ミスマッチのハイブリッド二重鎖は排除できる。その後の洗浄は、望まれるハイブリダイゼーション特異性レベルになるまで、厳密度を徐々に上げながら（例えば37℃〜50℃で0.25×SSPE-T程度まで下げる）行うことができる。
【０３３３】
一般的には、ハイブリダイゼーションの標準的条件は、厳密度（ハイブリダイゼーションの特異性）とシグナル強度のバランスをとったものである。それ故に発明の一つの態様では、ハイブリダイゼーションした核酸を徐々により高い厳密性の条件下で洗浄し、各条件の間に測定を行う。このようにして得たデータのセットを分析することで、ハイブリダイゼーションパターンが大きくは変化せず、かつ関心対象の特定オリゴヌクレオチドプローブにとって適切なシグナルを提供する厳密度を知ることができる。例えば、最終洗浄は、一定の結果をもたらすと同時に、バックグランド強度より約10%高いシグナル強度を提供する、最も高い厳密度の洗浄として選択できる。
【０３３４】
a.  オリゴヌクレオチドプローブ
本発明に用いる核酸ハイブリダイゼーション技術に有用なオリゴヌクレオチドプローブは、一つまたは複数のタイプの化学的結合を介した、通常は水素結合の形成を介した相補的塩基の対合を通して、相補的配列を有する核酸に結合できる。プローブは、通常の塩基（すなわちA、G、U、CもしくはT）または修飾塩基（7-デアザグアノシン、イノシン等）を含んでよい。これに加えて、プローブ中のヌクレオチド塩基は、ハイブリダイゼーションを妨害しない限りにおいて、ホスホジエステル結合以外の結合によっても結合できる。それゆえに、プローブは構成塩基がホスホジエステル結合以外のペプチド結合によって結合しているペプチド核酸でもよい。
【０３３５】
オリゴヌクレオチドプローブは、当技術分野において公知の手段によって調製できる。本発明で有用なプローブは、SEQ ID NO：1〜235および698〜717のいずれかのような、細胞周期遺伝子のヌクレオチド産物にハイブリダイゼーションできる。発明に有用なプローブは、SEQ ID NO：1〜235および698〜717に開示のヌクレオチド配列を用いて作ることができる。本発明は、SEQ ID NO：1〜235および698〜717のいずれかに対応する連続配列の少なくとも2、10、15、20、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85または100ヌクレオチドの断片を有するオリゴヌクレオチドプローブを包含する。本発明は、長さが少なくとも2、1、0.5、0.1または0.05kbより短いオリゴヌクレオチドを包含する。一つの態様では、オリゴヌクレオチドは60ヌクレオチド長である。
【０３３６】
オリゴヌクレオチドプローブは、当技術分野において公知の手段によって設計できる。例えばLi and Stormo, Bioinformatics 17:1067-76 (2001)参照。オリゴヌクレオチドプローブの設計は、ソフトウエアを用いて行うことができる。例示的なソフトウエアとしては、ArrayDesigner, GeneScanおよびProbeSelectが挙げられる。規定の核酸配列に相補的なプローブは化学的に合成でき、より長いヌクレオチドから制限酵素を用いて作製してもよく、あるいはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）のような技術を用いて得ることもできる。PCR法は周知であり、例えば、Innis et al. eds., PCR PROTOCOLS: A GUIDE TO METHODS AND APPLICATIONS, Academic Press Inc. San Diego, Calif. (1990) に記載されている。プローブは、例えば放射活性、ビオチン化、または蛍光タグで標識できる。場合によっては、サンプル中の核酸を標識し、プローブは標識しない。上記の方法で作製されたオリゴヌクレオチドプローブは、溶液中または固相支持体をベースとした方法で使用できる。
【０３３７】
本発明は、転写因子ポリヌクレオチドのコーディング領域または3'非翻訳領域（3'UTR）の産物にハイブリダイゼーションするオリゴヌクレオチドプローブを包含する。一つの態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれかの3'UTRにハイブリダイゼーションする。3'UTRは、一般的には、たとえ同じファミリーのメンバーの間であっても、遺伝子に固有の領域である。したがって、3'UTRの産物にハイブリダイゼーションできるプローブは、遺伝子のコーディング領域が高い相同性を示すファミリー内での個別遺伝子の発現を識別するのに有用である。これによって、それぞれが単一の遺伝子に対し特有に結合できる、複数のオリゴヌクレオチドのメンバーとして用いられるオリゴヌクレオチドプローブを設計することができる。別の態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQ ID NO：2742〜3587のいずれかを含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQ ID NO：2742〜3587のいずれかより成る。
【０３３８】
b.  オリゴヌクレオチドアレイ法
発明の一つの態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを組み合わせて用い、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592の遺伝子のような、一つまたは複数の転写因子ポリヌクレオチドの発現レベルを検出する。この一つの態様の局面では、二つまたはそれ以上の異なるポリヌクレオチドの発現レベルを検出する。二つまたはそれ以上のポリヌクレオチドは、上記の同一または異なる転写因子遺伝子ファミリーに由来するものでよい。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なる一つのポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションできる。
【０３３９】
発明の一つの態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用するが、その各プローブはSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に記載のポリヌクレオチドの転写体に由来するポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイゼーションする。別の態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、その内の少なくとも一つはSEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666の核酸配列を含む。別の態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、その内の少なくとも一つはSEQ ID NO：1973〜2304、3593〜3666より成る。
【０３４０】
オリゴヌクレオチドプローブは、約5〜約60ヌクレオチド塩基、または約15〜約60ヌクレオチド塩基を含む、約60〜約100ヌクレオチド塩基のような約5〜約500ヌクレオチド塩基を含んでよい。
【０３４１】
発明の一つの態様は、固相支持体に基づくオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法を用いて、遺伝子発現を検出する。本発明の実施に適切な固相支持体に基づく方法は、周知であり、例えば、PCT出願された国際公開公報第95/11755号; Huber et al., Anal. Biochem. 299: 24 (2001); Meiyanto et al., Biotechniques. 31:406 (2001); Relogio et al., Nucleic Acids Res. 30:e51 (2002) に記載されている。オリゴヌクレオチドが結合、共有結合または非共有結合できる任意の固相表面も用いることができる。このような固相支持体としては、フィルター、ポリ塩化ビニルディスク、ケイ素またはガラスを基材としたチップ等が挙げられる。
【０３４２】
一つの態様は、複数のポリヌクレオチド、遺伝子または遺伝子産物の発現を同時に観察できるオリゴヌクレオチドアレイ、すなわちマイクロアレイを用いる。オリゴヌクレオチドアレイは、固相支持体上に提供された、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ここで各プローブは支持体上に固有の位置を占めている。各プローブの位置は、ある場所での検出可能シグナルの検出が、既知オリゴヌクレオチドプローブへのハイブリダイゼーションを表すように前もって決めることができる。前もって決められた各位置は、1より多いプローブを含有できるが、事前に決められた位置の中の各分子は同一の配列を有する。このような事前に決められた位置はフィーチャ（feature）と呼ばれる。例えば、単一の固相支持体上には、このようなフィーチャが2から、10、100、1,000、2,000または5,000、あるいはそれ以上が存在できる。一つの態様では、各オリゴヌクレオチドは、アレイ上の固有の位置に、少なくとも2回、少なくとも3回、少なくとも4回、少なくとも5回、少なくとも6回、または少なくとも10倍回位置する。
【０３４３】
遺伝子発現を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブアレイは、例えば、Lockhart et al., Nat'l Biotech. 14: 1675 (1996), McGall et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 93: 13555 (1996)およびHughes et al., Nature Biotechnol. 19: 342 (2001) に記載の、通常技術にしたがって作製し、用いることができる。各種オリゴヌクレオチドアレイの設計が、本発明の実施に好適である。
【０３４４】
一つの態様では、一つまたは複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれが、特定の組織型に発現する異なるポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションする複数のオリゴヌクレオチドを包含する。例えば、組織は発生中の木質部でよい。
【０３４５】
一つの態様では、植物より得た核酸サンプルは増幅でき、場合により検出可能な標識で標識できる。このような目的に適切ないずれの核酸増幅方法およびいずれの検出可能標識物も用いることができる。例えば、増幅反応は、例えば「アンチセンス」RNAまたは「aRNA」（サンプル組織から抽出したRNAに対し核酸配列が相補的である）を作製する、Ambion社のMessageAmpを用いて実施できる。RNAは、場合により、CyDye蛍光標識を用いて標識できる。増幅段階中に、生じたaRNAにaaUTPが組み込まれる。CyDye蛍光標識は、非酵素的反応でaaUTPと結合する。増幅および標識工程に続いて、標識された増幅アンチセンスRNAを沈殿させ、適当なバッファーで洗浄してから次に純度をアッセイする。例えば、純度はNanoDrop分光光度計を用いてアッセイできる。次に核酸サンプルを、固相基質（「マイクロアレイスライド」）に結合している、サンプル中に存在する目的の核酸とハイブリダイゼーションできるオリゴヌクレオチドサンプルプローブを有するオリゴヌクレオチドアレイと接触させる。接触工程は、関心対象の核酸とアレイ上に存在するオリゴヌクレオチドプローブとの間にハイブリダイゼーションが起こり得る条件下で実施する。次にアレイを洗浄して非特異的に結合している核酸を除去し、なお固相基質上のオリゴヌクレオチドプローブとハイブリダイゼーションしている標識分子からのシグナルを検出する。検出工程は、使用する標識のタイプに合った方法を用いて達成できる。例えば、検出工程は、レーザースキャナおよび検出器を用いて達成できる。例えば、必要に応じてGenePix Proソフトウエアを用いてマイクロアレイのシグナル位置を分析する、Axonスキャナが使用できる。
【０３４６】
一つまたは複数のマイクロアレイからのデータは、当技術分野において公知の適当な方法を用いて分析できる。
【０３４７】
本発明の方法に用いるオリゴヌクレオチドプローブは、マイクロアレイ技術を含め、PCRを用いて作製できる。プローブ作製に用いるPCRプライマーは、例えば、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592の配列に基づいて選ばれ、転写因子ポリヌクレオチドの固有断片（すなわち、標準的ハイブリダイゼーション条件の下で、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のいずれか一つのポリヌクレオチドのみハイブリダイゼーションする断片）を増幅させる。必要な特異性および最適なハイブリダイゼーション特性を持ったプライマーの設計には、コンピュータプログラムが有用である。例えば、Li and Stormo、上記、段落1075では、全体遺伝子配列だけでなく同時にプロービングするその他遺伝子配列に基づいて最適なオリゴヌクレオチドプローブを選択するProbeSelectを用いたプローブ選択法について論じている。
【０３４８】
一つの態様では、オリゴヌクレオチドコントロールプローブも用いられる。例示的コントロールプローブは、本明細書において、(1) 標準化コントロール、(2) 発現レベルコントロール、および (3) 負の対照と呼ばれる3つの分類の少なくとも一つに分類できる。マイクロアレイ法では、本発明の転写因子関連オリゴヌクレオチドと共に、これらコントロールプローブの一または複数がアレイに提供されてもよい。
【０３４９】
標準化コントロールは、色素の偏り、組織の偏り、ゴミ、スライドの不規則性、スライドの変形スポット等を補正する。標準化コントロールは、スクリーニング対象の核酸サンプルに加えられる標識化された参照オリゴヌクレオチドまたはその他核酸配列に相補的なオリゴヌクレオチド、あるいはその他核酸プローブである。ハイブリダイゼーション後に標準化コントロールから得られるシグナルは、ハイブリダイゼーション条件、標識強度、測定効率、および完全なハイブリダイゼーションのシグナルをアレイ間で変動させる他の要因の制御を提供する。一つの態様では、方法で使用したその他すべてのプローブから読み取ったシグナル（例えば蛍光強度または放射活性）を、コントロールから読み取ったシグナルで除して、測定を標準化する。
【０３５０】
実質的には、いずれのプローブも標準化プローブとして用いることができる。しかしながら、ハイブリダイゼーションの効率は、塩基組成およびプローブの長さによって変化する。好ましい標準化プローブは、使用される他のプローブの平均長を反映するように選ばれるが、それらはまた長さの範囲をカバーするように選ぶこともできる。さらに、標準化コントロールは、使用される他のプローブの平均的な塩基組成を反映するように選ぶことができる。一つの態様では、1または数個の標準化プローブだけを用い、それらは良好に（すなわち二次構造を形成せずに）ハイブリダイゼーションするが、試験プローブとは一致しないように選ばれる。一つの態様では、標準化コントロールは、哺乳動物の遺伝子である。
【０３５１】
発現レベルコントロールプローブは、生物学サンプル中に存在して構成的に発現している遺伝子と特異的にハイブリダイゼーションする。実質的には、構成的に発現するいずれの遺伝子も、発現レベルコントロールプローブの適切な標的を提供する。一般的には、発現レベルコントロールプローブは、これに限定されないが、ある光合成遺伝子を含む、構成的に発現している「ハウスキーピング遺伝子」の一部配列に対し相補的な配列を有している。
【０３５２】
「負の対照」プローブは、試験オリゴヌクレオチド（すなわち、本発明の転写因子関連オリゴヌクレオチド）、標準化コントロール、または発現コントロールのいずれとも相補的でない。一つの態様では、負の対照は、サンプルに含まれる他の配列のいずれとも相補的でない哺乳動物の遺伝子である。
【０３５３】
用語「バックグランド」および「バックグランドシグナル強度」とは、標識された標的核酸（すなわち生物学的サンプル中に存在するmRNA）とオリゴヌクレオチドアレイの構成要素との間の非特異的結合またはその他相互作用から生じるハイブリダイゼーションシグナルを表す。バックグランドシグナルはまた、アレイ構成要素そのものの内因性蛍光から生じることもある。
【０３５４】
すべてのアレイについて単一のバックグランドシグナルを計算することも、または各標的核酸ごとに異なるバックグランドシグナルを計算することもできる。一つの態様では、バックグランドは、使用するオリゴヌクレオチドプローブの最低5〜10%について、または各標的遺伝子について異なるバックグランドシグナルを計算する場合には、各遺伝子のプローブの最低5〜10%についての、平均ハイブリダイゼーションシグナル強度として計算される。特異的な細胞周期遺伝子に対応するオリゴヌクレオチドプローブが良好にハイブリダイゼーションする場合、すなわち標的配列に特異的に結合する場合、それらはバックグランドシグナルの計算に用いてはならない。または、バックグランドは、サンプル中に存在するいずれの配列とも相補的でないプローブ（例えば、逆向きの核酸またはサンプルに見出せない遺伝子に対するプローブ）とのハイブリダイゼーションによって生じるハイブリダイゼーションシグナルの平均強度として計算することもできる。マイクロアレイ法では、バックグランドは、オリゴヌクレオチドプローブが全くないアレイ域によって生じる平均シグナル強度として計算できる。
【０３５５】
c.  PCRに基づく方法
別の態様では、PCRに基づく方法を用いてポリヌクレオチド発現を検出する。これらの方法としては、リアルタイムおよびエンドポイント定量逆転写介在ポリメラーゼ連鎖反応（Q-RTPCR）を含む、逆転写介在ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）を挙げることができる。これらの方法は、当技術分野において周知である。例えば、定量PCR法は、例えば、Applied BioSystemsおよびStratagene（登録商標）から市販されているキットおよび方法を用いて実施できる。Kochanowski, QUANTITATIVE PCR PROTOCOLS (Humana Press, 1999); Innis et al.、上記; Vandesompele et al., Genome Biol. 3: RESEARCH0034 (2002); Stein, Cell Mol. Life Sci. 59: 1235 (2002)も参照。
【０３５６】
ポリヌクレオチド発現は、Q-RTPCRを用いて、溶液中でも観察できる。Q-RTPCRは、PCR産物増幅中に、比例して生じる蛍光シグナルの検出に拠っている。Innis et al., 上記参照。伝統的なPCR法と同様に、この技術も、一般的には15〜30塩基長の、関心対象のDNA領域に隣接する反対鎖の領域とハイブリダイゼーションするPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いる。さらに、プローブ（例えばTaqMan（登録商標）、Applied Biosystems）を、PCR技術で伝統的に用いられるフォワードおよびリバースプライマーの間にある標的配列とハイブリダイゼーションするように設計する。プローブを、6-カルボキシフルオロセイン（6-FAM）のようなレポーター蛍光体と、6-カルボキシ-テトラメチル-ローダミン（TAMRA）のようなクエンチャー蛍光体を用いて、5'末端標識する。プローブが未変性である限り、蛍光エネルギー転移が起こり、その結果、クエンチング蛍光体によるレポーター蛍光体の蛍光発光の吸収が起こる。しかしながら、Taqポリメラーゼがプライマーを伸長すると、Taq内在性の5'から3'方向のヌクレアーゼ活性は、プローブを分解してレポーター蛍光体を放出する。増幅サイクル中に検出される蛍光シグナルの増加は、各サイクルで生じた産物量に比例する。
【０３５７】
フォワードおよびリバース増幅プライマー、ならびに内部ハイブリダイゼーションプローブを設計して、標的遺伝子の転写物に由来する一つのヌクレオチドと特異的かつ固有にハイブリダイゼーションするようにする。一つの態様では、プライマーおよびプローブ配列の選択基準には、TaqMan（登録商標）の要件を満たすためのヌクレオチド含有量およびサイズに関する制約事項が加わる。
【０３５８】
SYBR Green（登録商標）は、上記のTaqman（登録商標）型アッセイに代わる無プローブ式Q-RTPCRとして用いることができる。ABIPRISM（登録商標）7900 SEQUENCE DETECTION SYSTEM USER GUIDE APPLIED BIOSYSTEMS、1-8章、App. A-F. (2002)。
【０３５９】
装置は、PCR増幅中の蛍光発光強度の変化を測定する。測定は「リアルタイム」、すなわち増幅産物を反応物中に蓄積させながら行われる。別の方法を用いて、プローブの分解によって生じる蛍光の変化を測定することもできる。例えば、蛍光偏光は、分子の振動に基づいて大分子と小分子とを区別できる（米国特許第5,593,867号参照）。
【０３６０】
d.  タンパク質検出法
タンパク質は、免疫学的方法、酵素アッセイおよびタンパク質アレイ／プロテオミクス技術を含む、当技術分野既知の任意の方法により観察できる。
【０３６１】
翻訳状態の測定は、いくつかのタンパク質法に従い実施できる。例えば、タンパク質の全ゲノムのモニタリング（「プロテオーム」）は、結合部位が、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304、3593〜3666のアミノ酸配列を有する複数のタンパク質、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチドまたはその保存的変種がコードするタンパク質に対し特異的な、固定された、好ましくはモノクローナルである抗体を含むマイクロアレイを構築することによって実施できる。Wildt et al., Nature Biotechnol. 18:989 (2000)参照。ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を作製する方法は、例えばHarlow & Lane, ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988）に記載されているように、周知である。
【０３６２】
または、タンパク質は二次元ゲル電気泳動システムにより分離できる。二次元ゲル電気泳動は当技術分野において周知であり、一般には、一次元に沿った等電点フォーカシング、それに続く、二次元でのSDS-PAGE電気泳動を含む。例えばHames et al., GEL ELECTROPHORESIS OF PROTEINS: A PRACTICAL APPROACH (IRL Press, 1990）参照。得られた電気泳動像は、質量分析技術、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を用いたウエスタンブロッティングおよび免疫ブロット分析、ならびに内部およびN末端ミクロ配列分析を含む、様々な技術によって分析できる。
【０３６３】
3.  転写因子ポリヌクレオチドの発現と表現形および組織発生との相関
上記のように、本発明は、転写因子ポリヌクレオチドと植物の表現形とを関連付ける方法およびツールを提供する。転写因子ポリヌクレオチドの発現は、関心対象の表現形を有する植物で検査でき、その表現形を有していないか、または異なる表現形を有する植物と比較できる。このような表現形としては、これに限定されないが、干ばつ耐性の上昇、除草剤耐性、高さの低下または増加、分枝の減少または増加、耐寒・耐凍性の上昇、活力向上、色彩の強化、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、生産量の増加、耐塩性の向上、木の腐敗への耐性強化、真菌病への耐性強化、害虫に対する誘引効果の改造、耐重金属性の向上、耐病性の上昇、耐昆虫性の上昇、耐水ストレス性の上昇、甘さの向上、質感の改善、リン含有量の低下、発芽率の上昇、微量元素取込みの上昇、デンプン組成の改善、花の寿命の改善、新規樹脂の産生、および新規タンパク質もしくはペプチドの産生を挙げることができる。
【０３６４】
別の態様では、表現形は、次の特性の一つまたは複数を包含する：あて材を形成する性質、幼若期の短縮、幼若期の延長、自己脱落枝、再生発生の加速または再生発生の遅延。
【０３６５】
さらなる態様では、比較植物とは異なる表現形は、次の一つまたは複数を包含する：リグニン質、リグニンの構造、木材組成、木材の外観、木材の密度、木材の強度、木材の硬度、セルロール重合、繊維の寸法、ルーメンのサイズ、他の植物構成要素、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位面積当たりの細胞数、細胞の大きさ、細胞の形状、細胞壁の組成、木材形成の速度、木材の審美的外観、茎欠損の形成、平均微小繊維傾角、S2細胞壁層の幅、成長速度、枝の栄養的発達に対する根の根形成速度の割合、葉の面積指数、ならびに葉の形。
【０３６６】
表現形は、上記好適手段により評価できる。
【０３６７】
さらなる態様では、ポリヌクレオチド発現は、細胞周期のある点、植物発生のある点、およびある組織サンプルと相関させることができる。植物組織は、細胞周期の様々な段階において、様々な発生段階にある植物組織から、一年の様々な時期の植物組織から（例えば春対夏）、様々な環境条件（例えば光および温度の変動）に曝された植物組織から、そして／または様々な型の植物組織および細胞から検査できる。一つの態様によれば、植物組織は、様々な成熟段階の間、および1年の異なる季節の間に得られる。例えば、植物組織は、茎の分裂細胞、分化中の木部、初期発生中の木材細胞、分化した春材細胞、分化した夏材細胞から集めることができる。
【０３６８】
発明の精神または範囲から逸脱することなしに、様々な変更および変化を本発明の方法および組成物に加えることができることは、当業者に明らかであろう。それゆえに本発明は、それらが添付の特許請求の範囲内およびその均等物に相当する限りにおいては、本発明の変形および改変を包含するものとする。
【０３６９】
以下に実施例を示し、本発明を例示する。しかしながら、本発明は、これら実施例に記載の条件または説明に限定されないものとする。明細書全体を通して、米国特許を含め、公に利用可能な文書の参照はすべて、参照によってその全体が本質的に組み入れられている。
【０３７０】
実施例1
グランディスユーカリからのcDNAクローンの単離および特性分析
グランディスユーカリのcDNA発現ライブラリーを、成熟シュート芽、早材師部、花組織、葉組織（二つの独立したライブラリー）、栄養根、構造根、形成層または早材形成層から調製し、次のようにして構築、およびスクリーニングした。
【０３７１】
全RNAは、Changらのプロトコル（Plant Molecular Biology Reporter 11:113-116 (1993)を用いて、植物組織から抽出した。mRNAは、全RNA標本から、Poly(A) Quik mRNA Isolation Kit (Stratagene, La Jolla, CA）またはDynal Beads Oligo (dT)25（Dynal, Skogen, Norway）を用いて単離した。cDNA発現ライブラリーは、精製mRNAから逆転写酵素合成を行い、続いて得られたcDNAクローンを、ZAP Express cDNA Synthesis Kit（Stratagene)を、製造元のプロトコルに従い用いて、λZAP内に挿入した。こうして得たcDNAは、ライブラリーに応じて5μlのライゲーション反応液の一部（1〜5αl）を用い、Gigapack II Packaging Extract（Stratagene）を利用してパッケージングした。ライブラリーの大規模切り出しは、XL1-Blue MRF細胞およびXLOLR細胞（Stratagene)をExAssistヘルパーファージ（Stratagene)と一緒に用いて行った。切り出したファージミドをNZYブロス（Gibco BRL, Gaithersburg, MD）で希釈し、X-galおよびイソプロピルチオ-β-ガラクトシド（IPTG）を含有するLB-カナマイシン寒天プレートに接種した。
【０３７２】
接種し、DNAミニプレップで選択したコロニーのうち99%が、配列分析に適した挿入体を含んでいた。陽性のコロニーをカナマイシン含有NZYブロスで培養し、cDNAをアルカリ溶解およびポリエチレングリコール（PEG）沈殿によって精製した。1%のアガロースゲルを用いて、配列分析用の鋳型を染色体汚染についてスクリーニングした。ダイプライマー配列は、Turbo Catalyst 800装置（Perkin Elmer/Applied Biosystems Division, Foster City, CA）を、製造元のプロトコルに従い使用して調製した。
【０３７３】
陽性クローンのDNA配列は、Perkin Elmer/Applied Biosystems Division Prism 377シーケンサを用いて得た。cDNAクローンは、まず5'末端から配列分析し、そしていくつかの例については3'末端からも配列分析した。いくつかのクローンについて、異なるサイズのサブクローンのライブラリーをpBK-CMVに作るエキソヌクレアーゼIII欠失分析を利用して、または関心対象の遺伝子の特定領域について設計された遺伝子特異的プライマーを用いたダイレクトシーケンシングにより、内部配列を得た。
【０３７４】
決定されたcDNA配列を、コンピュータアルゴリズムFASTAおよび／またはBLASTNを用いて、EMBLデータベース内の既知配列と比較した。多重複配列の複数のアラインメントを用いて、信頼できるコンセンサス配列を構築した。決定したcDNA配列は、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592に示す。他植物種の既知配列との類似性に基づき、単離されたポリヌクレオチド配列は、表1および2に列挙するような、転写因子をコードするものであることが明らかになった。SEQ ID NO：1〜820のポリヌクレオチド配列に対応する推測ポリペプチド配列をSEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596に示す。
【０３７５】
実施例2
ラジアータマツからのcDNAクローンの単離および特性分析
ラジアータマツのcDNA発現ライブラリー（シュート芽組織、浮遊培養細胞、早材木部（二つの独立したライブラリー）、維管束形成層組織、雄球花、根（未知の系列）、栄養根、構造根、雌球花、円錐原基、雌予定円錐体および木部（二つの独立したライブラリー）から調製した）を、実施例1記載の通りに構築し、スクリーニングした。
【０３７６】
陽性クローンのDNA配列は、フォワードおよびリバースプライマーを用い、Perkin Elmer/Applied Biosystems Division Prism 377シーケンサーにより得て、決定した配列を上記に従いデータベース内の既知配列と比較した。
【０３７７】
他の植物種の既知配列との類似性に基づき、単離したポリヌクレオチド配列は上記表1に示す転写因子をコードすることが明らかにされた。SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972、3588〜3592のポリヌクレオチド配列に対応する推定ポリペプチド配列を、SEQ ID NO：821〜1640、3593〜3596に示す。
【０３７８】
実施例3
5'RACE単離
cDNAライブラリーの部分cDNA配列の5'または3'の付加配列を同定するために、SMART RACE cDNA増幅キット（Clontech Laboratories, Palo Alto, Calif.）を用いてcDNA末端の5'および3'高速増幅（RACE）を実施した。一般的には、この方法では、まずポリ(A) mRNAを単離し、第一および第二鎖cDNA合成を実施して二本鎖cDNAを作製し、cDNA末端を平滑化してからSMART RACEアダプターをcDNAに連結して、アダプター連結二本鎖cDNAのライブラリーを形成する。遺伝子特異的プライマーは、5'および3'RACE反応の両方について、アダプター特異的なプライマーと一緒に使用するように設計した。5'および3'RACE反応を用いて、5'および3'RACE断片を得て、配列分析し、クローン化した。このプロセスを全長遺伝子の5'および3'末端が同定されるまで繰り返してもよい。全長cDNAは、エンドツーエンド（end-to-end）PCRによって、遺伝子の5'および3'末端に特異的なプライマーを用いたPCRにより作ることができる。
【０３７９】
例えば、第一鎖cDNAで失われた遺伝子の5'領域を増幅するために、鋳型配列の反対鎖、および約100〜200 bpの鋳型配列の領域から、5'から3'方向にプライマーを設計した。増幅が成功すると、鋳型の5'末端とPCR産物との間に約100 bpのDNA配列の重複を得ることができる。
【０３８０】
RNAは、4種類のマツの組織、すなわち実生、木部、形成層および構造根から、Concert Reagent Protocol（Invitrogen, Carlsbad, CA）ならびに標準的な単離および抽出操作を用いて抽出した。次に、得られたRNAを、10U/μl のDNase I（Roche Diagnostics, Basel, Switzerland）を用いてDNase処理した。RNA100μgについて、10×DNaseバッファー（Invitrogen, Carlsbad, CA）9μl、Roche DNase I 10μl、RNase不含水90μlを用いた。次に、RNAを室温で15分間インキュベーションし、1/10容積の25 mM EDTAを加えた。RNeasyミニキット（Qiagen, Venlo, The Netherlands）を用いて、製造元のプロトコルに従いRNAを清浄にした。
【０３８１】
cDNAを合成するために、木部、形成層、種子および根から抽出したRNAを用い、SMART RACE cDNA増幅キット（Clontech Laboratories Inc, Palo Alto, CA）を製造元のプロトコル通りに用いた。RACE PCRのために、4種類の組織からのcDNAを一つにまとめた。PCRのマスターミックスは、木部、形成層、根および実生組織からのcDNAを等量混合して作製した。PCR反応は、96ウエルのPCRプレートで、プライマー希釈プレートから対応するウエル位置にプライマー1μl（10 mM）を加えて実施した。マスターミックス49μlを、プライマーと共にPCRプレートに分注した。サーマルサイクリングは、GeneAmp 9700（Applied BioSystems, Foster City, CA）で、次のパラメータにしたがって実施した：
95℃（5秒）
72℃（3分）、5サイクル；
94℃（5秒）、
70℃（10秒）
72℃（3分）、5サイクル；
94℃（5秒）、
68℃（10秒）、
72℃（3分）、25サイクル。
【０３８２】
cDNAは、標準的な手順にしたがって、アガロースゲルで分離した。ゲルの断片を切り出し、Qiagen 96-well Gel Elutionキットを用いて、製造元の取扱説明書に従いゲルから溶出した。
【０３８３】
PCR産物は、次の仕様にしたがって、96ウエルプレートの中で、pGEMTeasy（Promega, Madison, WI）に一晩連結し：DNA60〜80 ng、2×高速ライゲーションバッファー 5μl、pGEMTイージーベクター 0.5μl、DNAリガーゼ 0.1μl、水を加えて10μlにし、一晩インキュベーションした。
【０３８４】
各クローンは、標準的手順にしたがって大腸菌内に形質転換し、以下の標準的なプロトコルにしたがって12のクローンからDNAを抽出した。DNA抽出およびDNAの質は1%アガロースゲルで確認した。正しいサイズの挿入体が各クローン内に存在することは、制限エンドヌクレアーゼEcoRIを用いた制限消化および標準的な研究手順に従った電気泳動によって判定した。
【０３８５】
実施例4：
維管束優先または維管束特異的プロモーターの単離
【０３８６】
ラジアータマツおよびグランディスユーカリのcDNAライブラリーは、上記実施例1および2に従い構築し、スクリーニングした。維管束優先または維管束特異的プロモーターは、「Genome Walker」キット（Clontech, Palo Alto, CA）を用いてクローン化した。これはPCRに基づく方法で、4つのPCRプライマーを構築する必要があり、その内の二つは遺伝子特異的でなければならない。遺伝子特異的プライマーは、一般的には遺伝子の5'UTR内に設計される。断片を増幅し、次にTテール付きベクターの中に、レポーター遺伝子の前の位置にクローニングする。米国特許出願第10/703,091号は、維管束優先プロモーターの同定および単離を記載している。
【０３８７】
実施例5
プロモーターの組織特異性決定方法
上記概要を示した手順に従いプロモーターを同定、クローニングした後、プロモーターをレポーター遺伝子に作動可能に連結し、プロモーターが活性である組織の型を決定する。そのためには、まずプロモーターを含有する構築体を、エレクトロポレーションによってアグロバクテリウム・ツメファシエンスに形質転換する。簡単に述べると、希釈したAgL-1コンピテント細胞40μlを氷上に置き、プロモーター配列を含むpART27ベクター約10 ngと接触させる。エレクトロポレーションは、次のパラメータにしたがって実施する：
抵抗＝129オーム
荷電電圧＝1.44 kV
磁界強度＝14.4 kV/cm
パルス持続時間＝5.0 ms
【０３８８】
エレクトロポレーション後、YEP液体培地400μlを加え、細胞を1時間、室温で回復させた。次に、細胞を6000rpmで3分間遠心分離にかけ、約50μlのYEPに再懸濁した。細胞サンプルをYEP Kan50/Rif50プレート表面に広げ、パラフィンで密封してから29℃で2日間インキュベーションしてコロニーを生育した。
【０３８９】
次に野生型のシロイヌナズナcv. 'Columbia-0' 植物を、花浸漬浸透法を用いて、関心対象の構築体を含有するアグロバクテリウムで形質転換した。簡単に述べると、アグロバクテリウムの培養体を約8600rcfで10分間、20℃で遠心分離してから、光学密度約0.7〜0.8に再懸濁した。植物をアグロバクテリウム含有浸透液に5秒間浸した。植物から過剰の溶液を落とし、グローライトの下、周囲条件に置いた。24時間後、植物を霧吹きして維持し、種子を作らせた。T1種子は、表面を5%の市販漂白液を用いて殺菌し、カナマイシン（50 mg/l）およびチメンチン（250 mg/l）を含むMS培地上に置いて、推定形質転換体を選択した。
【０３９０】
うまく形質転換した植物を、次に作動性に連結したレポーター遺伝子の発現についてアッセイした。葉、茎、根および花部分を染色液（50 mM NaPO4, pH 7.2, 0.5% トリトン X-100, 1 mM X-グルクロニド、シクロヘキシミド塩（Ducheffa））に漬けた。真空を2回、5分間適用し、組織に染色液を浸透させた。次に、組織を一晩、37℃で振とうし続けて発色させた。組織は、3または4時点でチェックして発色を調べ、サンプルが早期に発色を示す場合は、組織片を70%エタノールで脱染色した。次に、この組織を、光学顕微鏡を用いてGUS発現について調べ、写真を撮影した。
【０３９１】
実施例6
導管要素（TE）誘導（FKH）および非誘導（FK）培地でのヒャクニチソウ（Zinnia elegans）葉肉細胞の単離および培養
ヒャクニチソウの実生の一次および二次対葉を、8つのパンネットから集めた。葉は、0.175%の次亜塩素酸ナトリウム溶液500mlで、10分間殺菌した。次に葉を500 mlの滅菌水で2回濯ぎ洗いした。1回に20〜30枚の葉を用い、葉を乳鉢と乳棒を用いて、25〜30 mlのFK培地と一緒に挽いた。細胞を40μmのナイロンメッシュに通して濾過した。このようにして合計90 mlの葉肉細胞を得た。200×g、2分間、20℃での遠心分離によって、細胞を沈殿させた。等量のFK培地を用いて、さらに1回沈殿を洗浄した。次に、沈殿を等量に2分割し、一方を45 mlのFK培地で、そして残りは45 mlのFKH培地で洗浄した。沈殿を60 mlのFK培地および60mlのFKH培地にそれぞれ再懸濁した。それらを、暗所、120rpmに設定されたロータリーシェーカーに乗せた6ウエルプレートの中で培養した。
【０３９２】
実施例7
FK培地およびFKH培地で1晩から3日間培養した葉または葉肉細胞からのヒャクニチソウ プロトプラストの単離
無菌のヒャクニチソウ一次葉（6〜8枚）を1 mm片にカットし、15 mlの細胞壁消化酵素混合液（1% Cellulase Onozuka R-10および0.2% Pectolyase Y23を含むプロトプラスト単離バッファー溶液）に入れた。FK培地（40 ml）またはFKH培地（40 ml）で培養した葉肉細胞は、200×gで2分間、20℃で遠心分離して沈殿させた。各沈殿は、Cellulase Onozuka R-10を200 mgとPectolyase Y23を40 mg含有する、20 mlの無菌プロトプラスト単離バッファーに再懸濁した。プロトプラストは、細胞懸濁液を、約70rpmに設定したロータリーシェーカー上で、CellStar培養プレートで2〜4時間、23℃でインキュベーションすることによって単離した。プレートの内容物を200×gで2分間遠心分離して、プロトプラストを沈殿させた。各沈殿を、24%ショ糖溶液20 mlに再懸濁した。
【０３９３】
実施例8
ヒャクニチソウ プロトプラストのトランスフェクション
ヒャクニチソウプロトプラストの24%ショ糖溶液にW5溶液を1 ml重層して、70×gで10分間、20℃、ブレーキをオフにした状態で遠心分離した。浮遊しているプロトプラストを集め、W5溶液10 mlに再懸濁した。プロトプラストは、70×gで10分間、20℃で遠心分離して、沈殿させた。プロトプラストはMaMg培地に再懸濁し（密度＝約5×106プロトプラスト/ml）、個別の15mlチューブに小分けした（300μl：1.5×106プロトプラスト）。DNA 5μg（各構築体の）およびサケ精子DNA 50μgをプロトプラスト懸濁液に加え、混合して、5分間、20℃でインキュベーションした。40% PEG溶液300μlを、小分けした各プロトプラストに加えて、混合して20分間、20℃でインキュベーションした。K3/0.4Mショ糖5 mlを、小分けされた、葉由来のトランスフェクションしたプロトプラスト、またはFK培地で培養した葉肉細胞に由来する、トランスフェクションしたプロトプラストそれぞれに加えて混合した。同様にK3/0.4M ショ糖＋0.1 ppm NAA＋0.2 ppm BAの5 mlを、FKH培地で培養した葉肉細胞に由来する、小分けされたトランスフェクションプロトプラストに加えて混合した。トランスフェクションしたプロトプラストの懸濁液は、一晩、23℃、暗所でインキュベーションした。
【０３９４】
実施例9
トランスフェクションしたヒャクニチソウ プロトプラストの回収およびレポーター遺伝子分析
上記のように調製した、トランスフェクションしたヒャクニチソウ プロトプラスト懸濁液は、W5溶液9.5mlを加えて、各チューブの内容物を混合し、70×gで10分間、20℃で遠心分離して個別に回収した。上清のバルクをデカントして取り除いてからプロトプラストの容積を900μlに調整した。ここから、5mlのポリスチレン丸底チューブにプロトプラスト300μlを小分けし、容積500μlのW5培地に再懸濁し、これを用いてレポーター遺伝子発現および細胞生存の分析を行った。プロトプラストと残った溶液は、個別の微量チューブに移し、420×gで2分間、20℃で遠心分離して沈殿させた。プロトプラストの沈殿を、Jefferson, R.A., 1987, Plant Mol. Biol. Rep. 5., 387の記載に従いGUSレポーター遺伝子発現についてアッセイした。GUS（MUG）アッセイは、Wallac (Turku, Finland）Victor2 1420 Multilabel Counterを用いて実施した。ウンベリフェロンは、355 nmの励起フィルターと460 nmの発光フィルターを用いて、1秒間検出した。
【０３９５】
実施例10
転写因子の細胞に基づくアッセイスクリーニング
マツおよびユーカリデータベースのプロモーターおよび転写因子の機能のスクリーニングには、細胞に基づくアッセイを用いた。アッセイを用いて、プロモーターが導管要素（TE）形成細胞中に誘導される（内因性因子）および／または形質転換により導入された（細胞内へのプラスミドDNA導入後の一時アッセイ）植物細胞内のトランス作用因子に反応するか判定することによって、導管分化およびリグニン化中に活性化している転写因子を同定した。アッセイは、ヒャクニチソウ葉肉細胞を単離すること、および TE誘導または維持培地中にそれらを培養することを含む。実施例6〜9参照。対照の、プロモーターを持たない構築体、またはTE形成中に活性であるプロモーター（レポーター遺伝子に連結している）を含む構築体を細胞、または細胞から調製したプロトプラストに導入した。上記実施例8に記すように、トランスフェクションしたプロトプラストを遠心分離によって収集し、生存力およびトランス遺伝子発現についてアッセイした。トランスフェクションの差から生じる可能性がある実験の変動を補正するために、プロトプラストは、これもフローサイトメトリーによって検知されるトランスフェクションマーカーとコトランスフェクションした。このシステムは、蛍光分析技術を用いてデータを集め、そしてインフォマチクスソフトウエアを用いてデータを分析する。このようにして、導入された遺伝子または遺伝子産物の影響をモニタリングできる。維管束優先のマツまたはユーカリプロモーターの転写抑制または活性化は、候補転写因子遺伝子に帰することができ、配列データの裏付けに用いることができる。
【０３９６】
TEアッセイには、4カラーフローサイトメトリーも使用できる。マツユビキチンプロモーターは、植物で高レベルに構成的に発現しており、それゆえにマツユビキチン発現DsRedExpressは、細胞に基づくアッセイシステムのコトランスフェクションマーカーとして用いることができる。ヒャクニチソウプロトプラストでは、マツユビキチンプロモーターの高レベル発現も見出される。マツユビキチン::DsRedExpressは、2カラー（緑および赤）TEアッセイを必要とする、トランスフェクション向けコトランスフェクションマーカーとして用いることができる。
【０３９７】
転写因子と木材の定性形質の転写制御とを相関させるために、細胞に基づくアッセイは2工程で実施した。まず、転写因子を、蛍光レポーター遺伝子に個別に融合したプロモーターと組み合わせて、活性について試験した。用いたプロモーターとしては、ユーカリ COMT（306 bp）、ユーカリ ホメオボックス8（691 bp）、マツユビキチン（2kb＋イントロン）、ユーカリ 4CL、ユーカリ CAD、ユーカリが挙げられる。ユーカリ COMTおよびホメオボックス8プロモーターは維管束特異的であるが、一方マツユビキチンプロモーター（米国特許第6,380,459B1号に記載）は構成的プロモーターである。これら二つのプロモーターの一つについて「ヒット」した（例えば転写をアップレギュレーションしたか、または転写をダウンレギュレーションした）転写因子について、さらにスクリーニングを行う。
【０３９８】
上記プロモーターの一つからの転写を活性化または抑制する転写因子を用いて、他の候補維管束特異的または維管束優先プロモーターの維管束特異活性をスクリーニングする。表5に、本発明の転写因子と共に使用できる、いくつかの候補維管束特異的プロモーターを掲載する。（当業者は、いずれの維管束優先プロモーターもこのアッセイでの使用に好適であることを認識するだろう）。
【０３９９】
（表５）維管束特異的プロモーター
0004909072.tif 000012
【０４００】
実施例11
ラジアータマツ由来エチレン応答エレメント／AP2によるマツユビキチンプロモーターの転写抑制
pFOR293ベクターは、発生中のラジアータマツ木部繊維から作製したcDNAライブラリーから単離した、SEQ ID NO：474の、エチレン応答エレメント／AP2クラスのタンパク質に類似するタンパク質をコードする遺伝子を含む。上記実施例10に記載のように、転写因子pFOR293を、マツユビキチン（2kb＋イントロン）プロモーターからの転写を活性化する、または抑制する能力についてアッセイした。
【０４０１】
pFOR293の注釈付きアミノ酸配列
0004909072.tif 000013
EARモチーフ
【０４０２】
上記プロトコルに続いて、ラジアータマツ転写因子構築体pFOR293を、そのマツユビキチンプロモーター活性化能について試験した。具体的には、ヒャクニチソウ プロトプラストに、3つある無関係な構築体のうちの二つをコトランスフェクションした。試験プロトプラストには、エフェクター構築体であるpFOR293、正の対照のpFOR263もしくはpFOR147、または負の対照のpART9をトランスフェクションした。pFORシリーズの構築体は、一次クローニングベクターpART7に基づいており、それはCaMV 35Sプロモーター、多数のクローニングサイト、オクトピン合成酵素遺伝子の転写終止領域を含む発現カートリッジを有している（Gleave, Plant Mol. Biol. 20:1203-1207, (1992)）。ベクターpFOR293は、その多数のクローニングサイト内にラジアータマツエチレン応答エレメント／AP2転写因子を含み、一方ベクターpFOR147およびpFOR263は正の対照転写因子を含んでいる。プロトプラストには、ラジアータマツユビキチンプロモーターによって作動する緑色蛍光タンパク質（EGFP）をコードする遺伝子、またはプロモーター欠損断片を含む第2プラスミドもトランスフェクションした。
【０４０３】
対照のプロトプラストは、pART7の改変版であり、その多数のクローニングサイト内にEGFP遺伝子を含むが、発現カートリッジからはCaMV 35Sプロモーターが除去されているプラスミドベクターであるpART9でトランスフェクションした。したがって、pART9は、いかなる遺伝子も発現せず、その長さおよび組成がpFORベクターと類似することから対照として用いられる、プロモーターを含まない構築体である。
【０４０４】
下記表6は：(i)EGFP（Clontech）と融合したマツユビキチンプロモーターおよび(ii)選択された木転写因子を有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウ プロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度（MFI）を示す。このスクリーニングでは、転写活性化の正の対照（pFOR147）および負の対照構築体（pART9は「転写因子なし」で表している）を用いた。
【０４０５】
（表６）
0004909072.tif 000014
【０４０６】
実施例12
ラジアータマツのエチレン応答エレメント／AP2によるユーカリCOMTプロモーターの転写抑制
上記プロトコルにしたがって、ラジアータマツ転写因子pFOR293を、維管束優先プロモーターであるグランディスユーカリCOMTプロモーターを活性化する能力について試験した。表7は：(i)EGFP（Clontech）と融合したユーカリCOMTプロモーターおよび (ii) 選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウ プロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度（MFI）を示す。
【０４０７】
（表７）
0004909072.tif 000015
【０４０８】
COMTプロモーターの活性が低レベルであることから、コトランスフェクションマーカーおよびレポーター遺伝子を発現する細胞の割合を決定することによって、抑制をより明瞭に視覚化できる。下記表8は：(i) EGFP（Clontech）に融合したCOMTプロモーターおよび (ii) 選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストの結果を示している。
【０４０９】
（表８）
0004909072.tif 000016
【０４１０】
実施例13
ラジアータマツのエチレン応答エレメント／AP2によるユーカリホメオボックス8プロモーターの転写抑制
上記実施例に記載のようにして、ラジアータマツ転写因子pFOR293を、グランディスユーカリ ホメオボックス8プロモーターを活性化する能力についてアッセイした。下記表9は：(i) EGFP（Clontech）と融合したユーカリ ホメオボックス8プロモーターおよび(ii)選択された木TFとを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウ プロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度（MFI）を示す。このスクリーニングでは、転写活性化の正の対照（pFOR263）および負の対照構築体（「転写因子なし」で表している）を用いた。
【０４１１】
（表９）
0004909072.tif 000017
【０４１２】
ホメオボックス8プロモーターの活性が低レベルであることから、コトランスフェクションマーカーおよびレポーター遺伝子を発現する細胞の割合を決定することによって、抑制をより明瞭に視覚化できる。下記表10は：(i) EGFP（Clontech）に融合したユーカリ ホメオボックス8プロモーターおよび (ii) 選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストの結果を示している。
【０４１３】
（表１０）
0004909072.tif 000018
【０４１４】
実施例14
グランディスユーカリおよびラジアータマツから単離した転写活性化因子およびリプレッサ
実施例1および2に記載のように、転写因子をグランディスユーカリおよびラジアータマツのcDNAライブラリーから単離し、同定した。単離後、転写因子をレポーター遺伝子と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体にクローニングするが、このとき転写因子はプロモーターレポーター遺伝子融合の活性を制御する。任意のプロモーターが使用できるが、本実施例では、維管束優先プロモーターを用いている。転写因子は、レポーター遺伝子の発現レベルに基づいて、転写因子配列を含まない野生型構築体に対して、転写活性化因子またはリプレッサとして同定することができる。転写活性化因子は、野生型構築体に比べて、レポーター遺伝子の発現を増加させる。転写リプレッサは、野生型構築体に比べ、レポーター遺伝子の発現を低下させる。表11〜12は、特異的プロモーターに伴う転写活性を有する転写因子を示している。転写活性は、1から5までの数値として定量化されているが、ここでは数値5が転写活性の最大値を表す。抑制はマイナス1からマイナス5までの数値で定量化されているが、ここでは数値マイナス5が転写活性の上向き最大値を表している。
【０４１５】
（表１１）グランディスユーカリ転写活性
0004909072.tif 000019
0004909072.tif 000020
0004909072.tif 000021
【０４１６】
（表１２）ラジアータマツ転写活性
0004909072.tif 000022
0004909072.tif 000023
0004909072.tif 000024
【０４１７】
実施例15
pFOR113ベクターは、亜鉛フィンガータンパク質のDOFクラスに類似のタンパク質をコードしており、そしてグランディスユーカリの木部繊維から作製したcDNAライブラリーより単離された遺伝子、SEQ ID NO：137を含む。
【０４１８】
上記実施例11に記載のようにして、転写因子構築体pFOR113を、マツユビキチン（2kb＋イントロン）プロモーターからの転写を活性化または抑制する能力についてアッセイした。
【０４１９】
図2に示すように、(i)EGFP（Clontech）と融合したマツユビキチンプロモーターおよび(ii) 選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度（MFI）。
【０４２０】
pFOR113の効果は、pFOR293に観察された効果より低く、それゆえに以下の実験を次に実施したことに注意すべきである。上記実施例12に記載のようにして、pFOR113に含まれており、またpFOR369の多数のクローニングサイト内にも含まれている遺伝子を、グランディスユーカリCOMTのプロモーター構築体を用いて試験した。図3に示すように、(i) EGFP（Clontech）および (ii) 選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウのプロトプラストを、EGFPの平均蛍光強度（MFI）についてアッセイした。
【０４２１】
実施例16
植物中のリグニン組成を増す方法
本発明のポリヌクレオチド配列を用いて、裸子植物および被子植物の両方を含む任意の、植物での遺伝子発現を制御することができる。木材の機械強度を上げるか、病原菌および害虫に対する抵抗力を高めることが望まれる場合には、リグニン生合成経路の鍵遺伝子の過剰発現が望まれるだろう。例えば、構築体pFOR434は、グランディスユーカリホメオボックス8プロモーターを含んでおり、これはMYB転写因子（SEQ ID NO：315）によって強力に活性化される。したがって、ホメオボックス8プロモーターは、リグニン生合成経路の遺伝子に作動可能に連結してもよい。MYB転写因子の存在では、ホメオボックス8プロモーターリグニン生合成遺伝子構築体から生じる遺伝子産物は、MYB転写因子の非存在での同一構築体の発現産物よりも多くなるはずである。
【０４２２】
例えば、フェルラ酸エステル-5-ヒドロキシラーゼ（F5H）は、シリンギルリグニンモノマーの生合成の鍵酵素である。Franke et al., Plant J 22:3:223-224(2000)。DNAベクターは、5FHをコードするセンスヌクレオチド配列と作動可能に連結したホメオボックス8プロモーターに結合する、MYB転写因子配列（SEQ ID NO：X）を有する形に構築できる。実施例4に記すように、任意の植物をこのDNA構築体で形質転換できる。
【０４２３】
5FH活性は、Frankeら、およびその中で引用されている参考文献にしたがって、形質転換植物でアッセイできる。リグニン含有量および組成は、Baucherらの方法、Plant Physiol. 112: 1479-90 (1996)によってアッセイできる。
【０４２４】
実施例17
植物のリグニン含有量を減少らす方法
状況によっては、植物でのリグニン生合成遺伝子の発現を下げることが望まれることがある。例えば、シンナミルアルコール脱水素酵素（CAD）は、リグニンモノマー合成の最終工程を触媒し、他プロモーターを用いたトランスジェニック植物において、アンチセンスを用いたリグニンのダウンレギュレーションを成功させる標的を提供する。Yohiaoui et al., Phytochemistry 49: 295-306 (1998）およびそこに引用されている参考文献を参照。CAD部分に対応するRNAi分子の発現は、酵素活性を低下させ、それに応じてトランスジェニック植物のリグニンのシンナミルアルデヒドの割合は増加する。
【０４２５】
本発明の新規なポリヌクレオチドを用いることによって、DNAベクターを、CADのコーディング領域の一部分に対応するRNA干渉（RNAi）分子をコードする遺伝子と作動可能に連結している維管束特異的プロモーターに結合する転写因子配列を有するように構築できる。例えば、DNAベクターは、CAD RNAi分子をコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結したグランディスユーカリCOMTプロモーターに結合するWRKY(SEQ ID NO: 3670)転写因子（SEQ ID NO：446）を有することができる。任意の植物を実施例4に記載のようにして、DNAベクターを用いて形質転換できる。トランスジェニック植物は、Baucherら、Plant Physiol. 112:1479-90 (1996)が採用したように、Wyrambikら、Eur. J. Biochem. 59:9-15 (1975）の方法を用いて、CAD活性についてアッセイできる。リグニン含有量および組成は、Baucher (1996）記載のようにして測定できる。
【０４２６】
アラビドプシス植物は、約6週齢で、リグニン分析のためにサンプリングする。凍結乾燥した短材をリングミルで挽く。粉末サンプルを最低1日間、55℃で乾燥させてから、使用時まで同温で保管する。細胞壁材料を、粉末材料を溶媒または溶液中に懸濁し、超音波洗浄機を用いて抽出し、遠心分離にかけてから上清をデカントすることによって、一連の段階のサンプルから単離する。以下の抽出順序を使用する：水性洗剤、2種類の濃度のNaCl、エタノール水溶液；CHCl3:MeOH；およびアセトン。デンプンを取り除くために、抽出した細胞壁材料を洗浄し、トリス酢酸バッファー中で加熱してデンプンをゼラチン化し、次にα-アミラーゼで処理する。酵素処理に続いて、懸濁液を遠心分離し、生じた沈殿物をエタノールおよびアセトンで洗浄し、一晩放置してから55℃で乾燥させる。単離した細胞物質は、Fukushima, R.S.およびHatfield, R.D. (2001) J. Ag. Food Chem. 49(7):3133-9に記載の手順を用いて実施される小スケールのリグニン測定に使用する。
【０４２７】
実施例18
HMGボックス転写因子を用いた根の成長変化
植物の生長および、根のような特定器官の成長は、発明のポリヌクレオチド配列を用いて制御できる。本実施例では、アラビドプシスを、カリフラワーモザイクウイルスプロモーターにより駆動した、SEQ ID NO：229のHMGボックス転写因子をコードする遺伝子を含む構築体で形質転換した。このDNA構築体を、シロイヌナズナを形質転換できるアグロバクテリウム・ツメファシエンス株に挿入し、上記の花浸漬法を用いて形質転換を行った。種子を収集し、ゲル化栄養媒地中、無菌条件下で発芽させた。実生の形態を、野生型の実生およびpART9で形質転換した実生の形態と比較した。これら対照の実生との比較から、SEQ ID NO：229を含む構築体による形質転換で生じた20の実生のうち16に、異常な成長表現形が認められた。具体的には、調べた20の実生のうち15は、一次根の分枝が多く、調べた20の実生のうち5は、根の表面積および栄養吸収の増加を伴う、異常に活性な生育を示した。このような表現形は、低栄養または乾燥条件で生育する森林樹木種および植物を含めたトランスジェニック植物において、潜在的価値を有している。
【０４２８】
実施例19
SBP転写因子を用いた植物での遺伝子発現の活性化
上記実施例のデータに基づき、植物遺伝子の発現は、本発明のポリヌクレオチド配列、例えばセンスまたはアンチセンス方向の本発明のポリヌクレオチド配列の一つを有するaDNA構築体を用いて調節することができる。例えばアラビドプシスは、SBP転写因子をコードする遺伝子を用いて形質転換できる。表12に示すように、SBP転写因子を用いて、遺伝子の発現を活性化できる。
【０４２９】
SEQ ID NO：781のSBP転写因子のコーディング領域を含む、SBP転写因子をコードする核酸配列を含むDNA構築体（pART7の多数のクローニングサイト内に挿入してpFOR462を作製）を、植物を形質転換できるアグロバクテリウム・ツメファシエンスの株に挿入する。さらにpFOR462構築体は、所望の遺伝子と作動可能に連結したEuc COMTプロモーターを含む。所望の遺伝子としては、木材発生に関係する任意の遺伝子が挙げられる。木材発生に関係する遺伝子としては、より高密度な細胞および／またはより長い細胞を作り出し、微小繊維傾角を制御し、細胞分裂を延長する遺伝子を挙げることができる。植物は、上記実施例5のようにして形質転換してもよい。
【０４３０】
実施例20
C2C2 GATA転写因子を用いた植物での遺伝子発現の抑制
上記実施例に示したように、植物の遺伝子の発現は、新規なポリヌクレオチド配列を用いて制御できる。ベクターは、センスまたはアンチセンス方向の本発明のポリヌクレオチド配列の一つを用いて構築できる。例えば、アラビドプシスは、C2C2 GATA転写因子をコードする遺伝子を用いて形質転換できる。実施例14に示すように、転写因子を含む構築体を用いて、遺伝子の発現を抑制できる。
【０４３１】
SEQ ID NO：142の転写因子のコーディング領域を含む、転写因子をコードする核酸配列を含むDNA構築体を、植物を形質転換できるアグロバクテリウム・ツメファシエンスの株に挿入する。さらに構築体は、所望の遺伝子と作動可能に連結したEuc COMTプロモーターを含む。所望の遺伝子としては、木材発生に関係する任意の遺伝子が挙げられる。木材発生に関係する遺伝子としては、より高密度の細胞および／またはより長い細胞を作り出し、微小繊維傾角を制御する遺伝子を挙げることができる。
【０４３２】
実施例21
ユーカリのインシリコ（in silico）データ
インシリコ遺伝子発現を用いて、コンセンスESTライブラリーとのメンバーシップを決定できる。各ライブラリーについて、コンセンサスは、任意の組織クラスのESTのメンバーを、あるクラス中のESTの総数で除してから1000を乗じて決定する。これらの値は、配列決定の程度によってライブラリーから偏りを受けない、正規化された数値を提供する。コンセンサス値について、生殖、芽生生殖、芽成長、果実、葉、師部、形成層、木部、根、茎、液栄養、全植物のライブラリーを含む複数のライブラリーをサンプリングした。
【０４３３】
以下に示すように、発明の転写因子配列のいくつかは、維管束優先発現（データベースを無作為に検索した時に、これら配列によるヒットの50%を超えるものが、発生中の維管束組織から作られたライブラリー中にある）を示し、それゆえに木材に関連する発生プロセスに関係すると思われる。残りの転写因子の多くは、栄養優先発現を示し、葉の発生プロセスおよび光合成関連プロセスでの発現を示唆するか、または根優先発現を示し、根の発生プロセスおよび水分や栄養分の取り込みでの発現を示唆している。データを、表13に示す。
【０４３４】
実施例22
グランディスユーカリ転写因子の表現形発現
実施例1に記載のように、グランディスユーカリのcDNAライブラリーから転写因子を単離した。単離および同定した後、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列をDNA構築体にクローン化し、レシピエント宿主細胞内に形質転換した。被子植物および裸子植物を含むいかなる植物をも、発明のポリヌクレオチドの一つを用いて形質転換できる。実施例5に概要を示したとおり、野生型シロイヌナズナcv. 'Columbia-0' 植物は、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体を含有するアグロバクテリウムで形質転換する。下記表14に示すように、宿主植物細胞での転写因子の発現は、植物の表現形を変更できる。
【０４３５】
（表１４）アラビドプシスでのグランディスユーカリ転写因子の発現
0004909072.tif 000025
【０４３６】
実施例23
ラジアータマツ転写因子の表現形発現
【０４３７】
実施例1に記載のように、転写因子をラジアータマツのcDNAライブラリーから単離した。単離および同定した後、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列をDNA構築体にクローン化し、レシピエント宿主細胞内に形質転換することができた。被子植物および裸子植物を含むいかなる植物をも、本発明のポリヌクレオチドの一つを用いて形質転換できる。実施例5に概要を示した通り、野生型シロイヌナズナcv. 'Columbia-0' 植物は、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体を含むアグロバクテリウムで形質転換する。下記表15に示すように、宿主植物細胞での転写因子の発現は、植物の表現形を変更できる。
【０４３８】
（表１５）アラビドプシスでのグランディスユーカリ転写因子の発現
0004909072.tif 000026
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【０４３９】
実施例24
EST配列のキュレーション
オリジナルの転写体またはそれらに対応するDNAは、cDNAライブラリー作製中に、それらが機能的タンパク質をコードするのを妨害するフィーチャを有することがある。すなわち、挿入、欠失、塩基置換されたか、またはスプライシングが行われないか、もしくは不適切にスプライシングされたイントロンが存在することがある。このようなフィーチャがある場合には、それらを特定して、変更できることが多い。EST番号011005PRAA002374HTと同等のコンセンサス配列のラジアータマツ_001720はそのような例の一つであるが、同様のキュレーションは、公開データベース内の配列に相同であるその他の配列にも実施できる。
【０４４０】
DNA配列決定後、BLAST分析は、それがアラビドプシス遺伝子のSHORT VEGETATIVE PHASEまたはSVP（公開されているアラビドプシスゲノム配列の遺伝子At2g22540）に関係することを示した。しかし、ラジアータマツ_001720は、約240アミノ酸ポリペプチドをコードするのではなく、わずか157アミノ酸残基の産物をコードすると推定された。このことは、DNA配列に誤りがあることを示唆している。真のコーディング域を特定するために、600位からEST末端までのDNA配列を、3種類の読み取り枠それぞれについて翻訳し、推定配列をSVPアミノ酸配列と並べた。その結果、924位〜1170位のDNAセグメントがSVPのカルボキシル末端に類似性を持つ配列をコードしていることを見出した。したがって、EST中にはスプライシングされていないイントロンが存在すると思われる。
【０４４１】
スプライシングされていないイントロンは、クローン化配列を、関心対象の遺伝子を過剰発現させる目的で使用する場合には比較的軽微な問題である。cDNAの転写により生じたRNAは、正常なプロセッシングを受け、イントロンを除去すると考えられる。アンチセンスおよびRNAi構築体もまた、関心対象の遺伝子を抑制する働きをすると予想される。別の場合には、除去できるように、正確なイントロンの境界を特定することが望まれることがある。関心対象の配列が、高い類似性を有する公開配列を有する場合、イントロンが配列GTで始まり、配列AGで終止するという知識を活用し、二つの配列のアラインメントを取り、配列が同一でなくなる場所を特定することによってイントロンを見つけることができる。
【０４４２】
ラジアータマツ_001720に関しては、可能なエクソン|イントロン連結部であるCAAAA|gtggg(SEQ ID NO: 3677)が存在する、552位までSVPと類似性がある可能性が高い。2番目の候補連結部は582位で、その部分の配列はTACCA|gtacc(SEQ ID NO: 3678)である。これら両例では、推定されるイントロン連結部は、コドンの第2と第3ヌクレオチドの間に位置する。イントロンの3'末端は、925位と思われるが、この場合推定イントロン|エクソン連結部はacaag|TGGAA(SEQ ID NO: 3679)であり、やはりコドンの第2と第3塩基の間に位置している。ラジアータマツ_001720のように、高い類似性を持つ配列がないために、イントロンの場所について疑問が残る場合は、イントロンの位置を実験的に検証できる。例えば、イントロンが位置すると推測される領域に隣接するDNAオリゴマーを合成することができる。ラジアータマツ_001720の場合は、センスプライマーは、400〜500位の領域内の配列に基づいて合成でき、またアンチセンスプライマーは、1000〜1100位の領域の配列に基づいて合成できた。ラジアータマツのRNAを単離して、これを鋳型に用い、逆転写酵素を用いてcDNAを作る。次に、選択したプライマーをPCR反応に用いて、cDNAの集団から正しくスプライシングされたDNAセグメント（推定サイズはオリジナルのコンセンサスに対応する部分より約350bp短い）を増幅する。次に増幅されたセグメントを配列分析にかけ、ラジアータマツ_001720と比較して違いを見つける。
【０４４３】
別のスプラインシング問題（一部のイントロンが残る場合、またはエクソンが一部消失している場合）が疑われる場合にも、同じ方法が利用できる。ESTに少数の塩基の挿入または欠失といった微小な変化がある場合でも、EST配列のコンピュータ分析は、間違ったサイズの翻訳産物が予想されるか、または明瞭なフレームシフトが起こった場合に、その位置を示すことができる。真の配列の確認は、上記にしたがってプライマーを合成し、新規cDNAを作製し、PCR増幅することで実施される。
【０４４４】
実施例25
実施例25は、どのようにすればラジアータマツの木材発生における転写因子ポリヌクレオチドの重要性を決定できるか、およびどのようにすればこれら遺伝子に特有に結合する、マイクロアレイで使用するオリゴヌクレオチドを設計、合成できるかを例示する。
【０４４５】
約16年齢の自然受粉した木を、テーダマツについては米国、ラジアータマツについてはニュージーランドの農園の栽培場所から選択した。木は春と夏に伐採し、これら異なる木材形成発生段階と関連する遺伝子の発現を比較する。木は個別に伐採し、根本から約1〜2メートルの底部および生きている樹冠の下1〜2メートル以内から樹幹部を取り出す。樹幹部の基端部より取り出した切片は、成熟木材を含んでいる。生存樹冠から取り出した切片は幼若木材を含む。春の間に採集したサンプルは、早材または春材と呼ばれ、一方夏の間に採集したサンプルは遅材または夏材と考えられる（Larson et al., Gen. Tech. Rep. FPL-GTR-129. Madison, WI: U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Forest Products Laboratory. 42p.）。
【０４４６】
樹幹部切片から組織を単離し、師部、形成層、発生中の木部、および成熟中の木部を取り出す。これら組織は、その年の年輪からのみ集める。それぞれ組織を取り出したら、材料は直ちに液体窒素に浸し、核酸およびその他構成要素を保存する。片から外皮を剥がし、カミソリの歯を用いて外皮内面から師部組織を取り出す。形成層組織は、剥離片の外面から、面を軽く掻き取って単離する。発生中の木部およびリグニン化中の木部は、残った組織を連続して、より強く掻き取り単離する。組織は、RNA抽出と続く分析を実施するまで、液体窒素から-70℃の長期保存用容器に移す。
【０４４７】
木材優先発現を示す遺伝子にハイブリダイゼーションする配列を含むcDNAクローンは、分子生物学の分野で周知の技術を用いてcDNAライブラリーから選択する。配列情報を用いて、オリゴヌクレオチドを、各オリゴヌクレオチドがライブラリー中の一つのcDNA配列に対してのみ特異的になるように設計する。オリゴヌクレオチド配列を表19に示す。60merのオリゴヌクレオチドプローブを、上記LiおよびStormoの方法を用いるか、またはArrayDesigner、GeneScan、およびProbeSelectのようなソフトウエアを用いて設計する。
【０４４８】
次に、オリゴヌクレオチドを、Hughesら、Nature Biotechnol. 19:324 (2002) に記載のように、またはKaneら、Nucleic Acids Res. 28:4552 (2000) に記載のようにしてインサイチューで合成する。オリゴヌクレオチドは、またSigma-Aldrich（Saint Louis, MO, USA）により合成できる。オリゴヌクレオチドは、体積正規化し、最終濃度が100μMになるように再度DNAse/RNAseを含まない水100μlに再溶解する。すべてのオリゴヌクレオチドを脱塩し、販売元の品質管理仕様にしたがってHPLCを用いてカートリッジ精製する。
【０４４９】
合成した60merのオリゴヌクレオチドは、Corning UltraGAPS、γ-アミノプロピルシランアミノシランでコーティングしたガラス製顕微鏡スライド（Corning、NY）の上に、Amersham社製Lucidea Arrayスポッタ（Amersham Biosciences, NY, USA）を用いて、2連でスポッティングする。各オリゴヌクレオチドの、スライド上の位置は分かっている。
【０４５０】
すべての、アレイ前およびアレイ後の工程は、「Methods and Kits for Labeling and Hybridizing cDNA for Microarray Analysis」（第60/390,142号、2002年、6月20日提出）の米国特許仮出願に記載の仕様に従い実施する。
【０４５１】
実施例26
実施例26は、グランディスユーカリの木材発生に重要な細胞周期遺伝子を決定する方法、およびこれら遺伝子にだけ結合する、マイクロアレイで使用するオリゴヌクレオチドの設計および合成方法を例示する。
【０４５２】
グランディスユーカリ種のユーカリの木は、自然光の下に生育する。組織サンプルは、例えばSterkyら、Proc. Nat'l Acad. Sci. 95: 13330 (1998) に記載のようにして調製する。具体的には、組織サンプルは、高さ5メートルの樹木から採集する。樹木の組織サンプルは、幹の形成層領域全体を通して接線片を取ることによって調製する。幹は、水平方向に切り取り、幼若（頂部）から成熟（底部）部までの範囲で切片にする。発生段階によって分けられた幹片は、師部、分化中師部、形成層、分化中木部、発生中木部、および成熟木部の区分に剥がすことによって、さらに5層に分ける。組織サンプルは、葉、芽、シュートおよび根を含め、ラジアータマツ種の実生からも調製する。
【０４５３】
上記Sterkyらに記載のように、RNAを単離し、ESTを作製する。発生中の木材を含むサンプルからのESTの核酸配列を、植物の細胞周期への関与が公知である遺伝子の核酸配列と比較する。発生中の木材を含まないサンプルからのESTも、植物の細胞周期への関与が公知である遺伝子の配列と比較する。インシリコハイブリダイゼーション分析は、例えば、AudicおよびClaverie, Genome Res. 7:986 (1997）に記載のように実施する。発生中の木材を含むサンプルから作られたESTとはインシリコハイブリダイゼーションするが、発生中の木材を含まないサンプルからのESTとはハイブリダイゼーションしない公知細胞周期遺伝子を選択して、さらに調べる。
【０４５４】
木材優先発現を示す遺伝子にハイブリダイゼーションする配列を含むcDNAクローンを、分子生物学の分野で周知の技術を用いて、cDNAライブラリーから選択する。配列情報を用いて、オリゴヌクレオチドを、各オリゴヌクレオチドがライブラリー中の一つのcDNA配列に対してのみ特異的になるように設計する。オリゴヌクレオチド配列を表20に示す。60merのオリゴヌクレオチドプローブを、上記LiおよびStormoの方法を用いるか、またはArrayDesigner、GeneScan、およびProbeSelectのようなソフトウエアを用いて設計する。
【０４５５】
次に、オリゴヌクレオチドを、Hughesら、Nature Biotechnol. 19:324 (2002)に記載のように、またはKaneら、Nucleic Acids Res. 28:4552 (2000)に記載のようにしてインサイチューで合成し、活性化したガラス製スライド（Sigma-Genosus, The Woodlands, TX）に、5'アミノリンカーを用いて固定する。スライド上の各オリゴヌクレオチドの位置は知られている。
【０４５６】
実施例27
実施例27は、実施例28で調製したオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いた、木材形成に重要であるPinus転写因子遺伝子の発現の検出方法を例示する。これは成熟期の師部（P）、形成層（C）、形成層下の層に存在する拡張中の木部（X1）および、同じ年輪の、より深い位置に存在する分化中の、リグニン化進行中の木部細胞（X2）から調製したaRNAサンプルを用いて行われた、釣り合い不完全ブロック計画実験の例である。本実施例では、細胞周期遺伝子の発現を、4種類のサンプル、すなわちP、C、X1およびX2の間で比較する。
【０４５７】
RNAは、Changら、Plant Molec. Biol. Rep. 11:113 (1993）のプロトコルにしたがって単離する。DNAは、DNaseI（Invitrogen, Carlsbad, CA）を、製造元指示書にしたがって用いて除去する。RNAサンプルの完全性は、Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent Technologies, USA）を用いて判定する。
【０４５８】
各組織から得た全RNA10μgをcDNAに逆転写する。cDNA合成および標識に関係するすべての実験段階は、「Methods and Kits for Labeling and Hybridizing cDNA for Microarray Analysis」の米国特許出願（上記）に記載の仕様にしたがって行われた。
【０４５９】
ラジアータマツの師部組織については、通常の標識手順に十分な量の全RNAを抽出するのが困難な場合がある。全RNAを前述同様にして抽出および処理してから、全RNA100ngを、NuGEN（商標）（CA、USA）のOvation（商標）Nanosample RNA Amplificationシステムを用いて増幅する。または、Ambion製造の同様の増幅キットを用いてもよい。増幅したRNAは、上記のようにcDNAに逆転写し、標識する。
【０４６０】
ハイブリダイゼーションおよび厳密な条件での洗浄は、「Methods and Kits for Labeling and Hybridizing cDNA for Microarray Analysis」の米国特許出願（上記）に記載のプロトコルを用いて、42℃で実施する。アレイ（スライド）は、ScanArray 4000 Microarray Analysis System（GSI Lumonics, Ottawa, ON, Canada）を用いて走査した。未処理の正規化していない強度値を、QUANTARRAYソフトウエアを用いて作製した（GSI Lumonics, Ottawa, ON, Canada）。
【０４６１】
完全釣り合い不完全ブロック実験計画（Kerr, M.K. and Churchill, G.A.2001, Statistical design and the analysis of gene expression microarray data. Gen. Res. 123:123-128）を用いて、分析データから最も多くの統計学的推定を可能にするアレイ実験を設計する。
【０４６２】
遺伝子発現データは、SAS（登録商標）Microarray Solutionソフトウエアパッケージを用いて分析する（The SAS Institute, Cary, NC USA）。得られたデータは、JMP（登録商標）（The SAS Institute, Cary, NC, USA）を用いて視覚化した。
【０４６３】
本実験について実施した分析は、混合モデル検定規定を用いたANOVA法である（Wolfinger et al. J. Comp. Biol. 8:625 (2001)）。遺伝子の優位性は、cDNAマイクロアレイ発現データから混合モデルを用いて評価する。2段階の線形混合モデルを用いる。第一段階の正規化モデルは、スライドレベルの全体の正規化に用いる。第2段階の遺伝子モデルは、各遺伝子に対し、厳密な統計的推定を行う場合に用いる。両モデルは、モデル（1）および（2）で表される。
0004909072.tif 000029
【０４６４】
Yijklsは、k番目の色素がi番目の細胞系列にj番目の処理を加えた時の、l番目のスライドの、s番目のスポットの強度を表す。θij、Dk、SlおよびDSklは、i番目の細胞系列でのj番目の処理平均効果、ｋ番目の色素の効果、l番目のスライドの変量効果、およびl番目のスライドでのk番目の色素のランダム相互作用効果を表す。wijklsは、確率誤差項である。R(g)ijklsは、モデル（1）のg番目の遺伝子の残余を表す。μ(g)ij、D(g)k、S(g)lおよびDS(g)klは、g番目の遺伝子に特異的であること以外は、θij、Dk、SlおよびDSklと同様の役割を表す。SS(g)lsは、g番目の遺伝子に関するスライド変量効果によってスポットを表す。ε(g)ijklsは、確率誤差項を表す。すべてのランダム項は、正規分布し、各モデル内で相互に独立していると仮定する。
【０４６５】
上記分析によると、特定のcDNAは、その一部を下記表16に示すが、示差的に発現していることが分かる。
【０４６６】
（表１６）
0004909072.tif 000030
【０４６７】
これらの特定遺伝子が木材発生に関与することは、木材発生の特定段階との遺伝子のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションの関係から推測される。遺伝子発現と木材発生とを関連付ける場合には、特定の季節および樹幹位置の区画（師部、形成層、発生中の木部、成熟中の木部）を超えた木材発生の空間的連続性、および季節と樹幹位置との関係の両方について考慮する。
【０４６８】
実施例28
実施例28は、転写因子遺伝子発現と、密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理といった作物栽培学的に重要な表現形とを相関させる方法を例示する。
【０４６９】
成熟した、クローン化して継代されているマツの木を、成長特性および重要な真菌病に対する耐性が優れていることが既知である親木の子孫から選択した。接線切片から外皮を取り除き、胸の高さで、5年目の年輪の平均木部密度、木部の剛性および強度、ならびに旋回木理について木を調べる。木は、その高さ、平均主要枝間距離、樹冠のサイズおよび分枝についても調べる。
【０４７０】
密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理、およびこれら特徴に影響する遺伝子と関連する可能性のあるその他特徴に影響する主要な遺伝子について分離する実生ファミリーを得るために、密度、剛性、強度、枝間距離および旋回木理について互いに最も大きな変差を示すという基準に立つ特殊な交配を目的として、共通の親を持たない木を選別する。したがって高密度、平均主要枝間距離が小さい、および旋回木理が大きな雄木の花粉を用い、低密度、平均主要枝間距離が大きく、旋回木理が小さいものとして選択された無関係な雄木から得た円錐体に受粉した。「雄木」の交配は、高密度な雄木の花粉を用い、高密度の別の雄木から得た発生中の円錐体に受粉し、また平均主要枝間距離が小さな雄木の花粉を用いて、平均主要枝間距離が小さな別の雄木から得た発生中の円錐体に受粉するようにして行うことを記しておくことは役立つだろう。
【０４７１】
これら計画的に受粉し、各種子に親の特性が維持されるよう栽培した木から種子を集め、これを用いて、複数のラミートが各遺伝子型を表現するように栄養繁殖する。栄養繁殖は、小規模繁殖、ヘッジング、または密錐花序切除を利用して行う。各遺伝子型の栄養繁殖体が露地栽培可能な大きさに生育する間、各遺伝子型のラミートを幾つか保存しておく。遺伝子型は、毎日の温度および降水を測定して記録する野外条件で、複数並べて栽培する。
【０４７２】
様々な樹齢の木を測定し、密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理、およびこれら特徴に影響する遺伝子と結びつくと思われるその他観察可能な特徴の発現および分離を決定する。セルロース含有量、リグニン含有量、セルロース微小繊維傾角、密度、強度、剛性、仮導管の形態、年輪幅等の特徴を分析するために、サンプルを収集する。サンプルは、実施例4記載の遺伝子発現についても調べる。各遺伝子型のラミートは、樹齢が異なる同一遺伝子型のラミートと比較し、これら特性に関する樹齢の相関性を明らかにする。
【０４７３】
実施例29
実施例29は、実施例25で調製したマイクロアレイを用いて、植物の発生段階および光や季節のような環境条件に対する反応と、転写因子遺伝子の発現とを相関させる方法を示す。具体的には、木材密度と関係する遺伝子発現の変化を調べる。
【０４７４】
3種類の、クローン継代したグランディスユーカリ雑種遺伝子型の木を、毎日の温度および降水を測定する測候設備がある場所で栽培する。春および続く夏の間に、遺伝的に同一な3種類の遺伝子型ラミートの最初の写真撮影を、植物の幼若および成熟部分の樹皮の特徴を示すのに十分な解像度で、南北の方向に印をつけて行い、それから実施例35のように伐採する。樹齢は、植樹記録から決定し、年輪数で確認する。これらの木それぞれでは、成熟木材は胸の高さより下の、木の最外年輪と定義し、幼若木材は胸の高さより上の、木の最も内側部分と定義する。各木を、次の部分に切り分ける：
NM-北側成熟部
SM-南側成熟部
NT-北側移行部
ST-南側移行部
NJ-北側幼若部
SJ-南側幼若部
【０４７５】
組織は、植物の樹幹ならびに幼若および成熟形の葉から集める。サンプルは直ちに、植物の形態および生化学的特徴を含む表現形分析および遺伝子発現分析のために調製する。各部分を採取した位置の、木の高さおよび直径を記録し、木の根本から、化学分析用の土壌サンプルを採取する。遺伝子発現分析用に調製したサンプルは、重量を測定した後、続くマイクロアレイ実験用RNAサンプルの調製に備えて液体窒素の中に入れる。組織は次のように表示する：
P-師部
C-形成層
X1-拡張中木部
X2-分化およびリグニン化中木部
【０４７６】
樹幹の各部分から得た接線切片および半径切片の薄切片は、解剖学検査および木材発生段階確認のために、Ruzin, Plant Microtechnique and Microscopy, Oxford University Press, Inc., New York, NY (1999)の記載に従い固定する。マイクロフィブリル傾角は、木材の各種発生段階、例えばグランディスユーカリ木材の幼若相、移行相、および成熟相について検査する。検査したその他特徴は、維管束要素に対する繊維の割合、および各断片の放射組織である。これに加えて、幼若木材と成熟木材の間、および春材と夏材の間で変化する繊維の形態、ルーメンのサイズ、S2（最も厚い）細胞壁層の幅のような特徴についてもサンプルを調べる。サンプルをさらに検査し、木材アッセイ当業者に周知な技術を用いて、第5年輪の密度を測定し、弾力係数を決定する。例えば、Wangら、Non-destructive Evaluations of Trees, Experimental Techniques, pp. 28-30 （2000）参照。
【０４７７】
生化学分析では、集めたサンプルそれぞれから50グラムを凍結乾燥し、単糖、アミノ酸、脂質、その他抽出物、リグニンおよびセルロースに関する植物生化学の当業者に周知である生化学アッセイを用いて分析する。例えばPettersen & Schwandt, J. Wood Chem. & Technol. 11:495 （1991）を参照。
【０４７８】
本実施例で比較対象として選ばれた表現形は、高密度木材、平均密度木材および低密度木材である。核酸サンプルは、実施例3に記載のようにして、春および夏に採取した木から調製する。ハイブリダイゼーションによる遺伝子発現プロファイリングおよびデータ分析は、実施例3および4に記載のようにして実施する。
【０４７９】
類似の技術およびクローン継代された個体を用いることで、細胞周期遺伝子を、強度、剛性および旋回木理のような他の複雑な木材特性に関連付けながら調査できる。
【０４８０】
実施例30
実施例30は、本発明のオリゴヌクレオチドプローブの、転写因子遺伝子ファミリーの高い相同性を持つメンバーを識別する能力を実証した。アレイ上の特定オリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションは、検査した他の遺伝子型に見られるよりも高密度の木材を有する遺伝子型により強く発現している固有のHMGボックス遺伝子を特定した。HMGボックス遺伝子はさらに、幼若木材に比べ成熟木材でより強く、春材に比べ夏材でより強く発現する。この遺伝子については、葉および芽での高レベルな発現は見いだせない。
【０４８１】
遺伝子発現パターンは、RT-PCRによって確認した。この遺伝子、推定「密度関連」遺伝子は、固定した半径断面のインサイチューハイブリダイゼーションに用いた。密度関連HMGボックス遺伝子は、木部が主に繊維で構成され、維管束要素および木部半径方向組織を殆ど持たない樹幹部分の維管束形成層に最も強くハイブリダイゼーションした。
【０４８２】
これらの結果は、HMGボックス遺伝子産物が、頂端部または葉で重要と思われる軸方向細胞分裂よりも、形成層で起こり、直径増加をもたらす半径方向細胞分裂に機能していることを示唆する。このような遺伝子は、遺伝子内に存在する強く保存された領域が、類似の触媒作用を有するが、軸方向または半径方向分裂に機能していない酵素をコードする遺伝子により攪乱されるために、cDNAマイクロアレイまたはその他従来のハイブリダイゼーション法で同定するのは困難であろう。さらには、配列類似性の基づく注釈が、この遺伝子産物が細胞分裂に機能することを示唆していること、およびこのRT-PCRおよびインシリコハイブリダイゼーションによって確認されたマイクロアレイハイブリダイゼーションパターンの観察から見て、この遺伝子産物は、発生中の二次木物で特異的に機能して、繊維の細胞分裂パターンを、この遺伝子の高発現によって、維管束要素または半径方向組織の産生に比べて繊維の産生がより高くなるようなパターンにする。繊維含有量は、基本密度を少なくとも10%変動させる主成分分析（PCA）の変化を示した。
【０４８３】
実施例31
実施例31は、商品としての木にとって重要な表現形特性、すなわち木材の外観、剛性、強度、密度、繊維の寸法、肌触り、セルロースおよびリグニン含有量、抽出物含有量等に関係する、遺伝子発現の差を特定するためのマイクロアレイを記載する。
【０４８４】
実施例25〜26と同様に、商業的に重要な木製品を産する属の樹木、本実施例ではマツおよびユーカリを、発生中の木部、形成層、師部、葉、芽、根およびその他組織からRNAを収集および単離するために、1年の様々な時期に、様々な場所で伐採する。RNAは、同じ属の実生からも単離する。
【０４８５】
すべてのコンティグを、発生中の木材を含むサンプルから単離したRNAより作製したESTおよび発生中の木材を含まない各種組織のRNAより作製したESTの配列の両方と比較した。発生中の木部を含まないサンプルから単離したRNAより作製したESTに比べ、発生中の木部を含むサンプルから単離したRNAより作製したESTに対し、より多くインシリコのハイブリダイゼーションを示す一次ESTを含むコンティグを、発生中の木材で特に発現している可能性のある新規遺伝子と判定する。次に、これらコンティグを用いて、公開されているドメイン配列に対してBLAST検索を行う。高度の厳密性の条件下で、未知遺伝子または「仮説タンパク質」とのみ注釈が付けられている遺伝子とハイブリダイゼーションするコンティグを選択して、次の段階に進んだ。これらコンティグは、木材優先発現を示す推定新規遺伝子と考えられる。
【０４８６】
cDNAライブラリーから、分子生物学の当業者に周知の技術を用いて、木材優先発現を示す推定新規遺伝子とハイブリダイゼーションする配列を含む、最も長いcDNAクローンを選択する。cDNAを配列分析し、可能であれば、完全長遺伝子、すなわち非翻訳隣接配列と一つになっているコード配列を得る。45〜80ヌクレオチドのストレッチ（またはオリゴヌクレオチド）を、木材優先発現を示す推定新規遺伝子の各配列から、各オリゴヌクレオチドプローブが、高度の厳密性の条件下において、同じ属の木または実生から単離したRNAより作製したESTを代表する一つの配列とのみハイブリダイゼーションするように選択する。
【０４８７】
次に、オリゴマーを化学合成し、実施例34に記載のマイクロアレイ上に配列する。各オリゴマーは、木材優先発現を示す推定新規遺伝子の特定配列に対応しており、同一属の木または実生から単離したRNAより作製したESTに配列が存在する他の遺伝子とは対応しない。
【０４８８】
サンプル調製およびハイブリダイゼーションは、実施例35記載のように実施する。本実施例で用いる技術は、シグナルの存在が、保存された機能ドメインまたは共通の進化歴からcDNAと類似性がある多くの遺伝子ではなく、むしろある特定遺伝子の発現の有意な証拠を表すことから、cDNAプローブを用いたマイクロアレイを使用するよりも効果的である。したがって、同一のファミリーに属するが、表現形決定で異なる機能を有しうる相同遺伝子を区別することが可能である。
【０４８９】
このようにして、実施例30の方法を用いて獲得したハイブリダイゼーションデータを用いることによって、実際にどの推定新規遺伝子が、既知遺伝子と同調的な発現パターン、特定の発生上の役割に一致する発現パターン、および／または価値ある形で発現を駆動するプロモーターを持つ遺伝子を示唆する発現パターンを有するかをユーザーが同定することを可能にする。
【０４９０】
この方法は、ハイブリダイゼーションデータをこのように用いて、発生中の春材（早材）において、最も低いセルロースマイクロフィブリル傾角を持つ仮導管に特有の発現パターンを示す推定新規遺伝子を同定できる。
【０４９１】
実施例32
実施例32は、ハイスループットトランスジェニック ハコヤナギ植物（Populus deltoides）を作製することを目的としている。トランスジェニック ハコヤナギ植物は、次のプラスミドを用いて形質転換する：35S(I)GUS；pFOR090；pFOR126；pFOR188；pFOR200；pFOR238およびpFOR292。対照植物は、形質転換しなかった。植物は、アグロバクテリウムを用いて、Horschら、Science 227:1229-31 (1985)に記載のようにして形質転換する。実生を適切なサイズまで生育させてから地植えに移す。すべての植物について、高さおよび直径を測定し、それらのデータから、平均実生体積指数を計算する。この体積指数は通常、高さまたは体積のみの測定に比べ実生のバイオマスとより強く相関する。
【０４９２】
pFor238プラスミドを含む植物は、形質転換ハコヤナギの早期生育の低下を示した（表1）。6系統中5系統で、Gus対照または非形質転換対照に比べて、生育が大きく低下した。残りの系統も、生育は対照に比べ良好ではなかった。pFOR090、pFOR188、pFOR126およびpFOR292の系統すべての平均生育速度は、対照に近かった。しかし、幾つかの個別系統は、対照に比べて高い生育速度を示した。表17参照。
【０４９３】
（表１７）
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【０４９４】
SEQ ID NO：269に関しては、26系統中5系統が、GUS対照に比べて少なくとも40%の早期体積増加を示した。SEQ ID NO：270に関しては、19系統中1系統が、GUS対照に比べて少なくとも40%の体積増加速度を示した。SEQ ID NO：538に関しては、21系統中3系統が、対照に比べて少なくとも40%の成長速度を示した。SEQ ID NO：127に関しては、3系統中1系統が、対照よりも高い成長速度を示した。合計では、10系統が、GUS対照に比べ、少なくとも40%の成長増加を示した。
【０４９５】
これら予備的結果はまた、様々な系統が様々な形で植物生産総量に影響することも示している。幾つかの系統は、不釣り合いな高さ増加を示す生育を表す。他の系統は、主に茎の直径増加による、対照より大きな体積の増加を示す。さらに他の系統では、高さおよび直径の生育増加によって茎の体積が増加する。生育増加の大きさを、初期測定値から推定することが奨励される。例えば、SEQ ID NO：188の系統1942は、GUS対照に比べて76%大きな実生体積を示す。圃場で生育中の木の高さおよび直径を測定する。これら測定値を用いて、これら研究中の生育に関して、年次間相関を明らかにする。その結果から、温室生産に最適な初期選別の方策を明らかにする。
【０４９６】
各プラスミドのすべての系統についての、平均の高さ、直径および実生体積を表18に示す。
【０４９７】
（表１８）
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【０４９８】
（表１９）DNA配列
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【０４９９】
（表２０）ペプチド配列
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【０５００】
（表２１）オリゴヌクレオチド配列リスト
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【図面の簡単な説明】
【０５０１】
【図１】SEQ ID NO：821のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図２】SEQ ID NO：822のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３】SEQ ID NO：823のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図４】SEQ ID NO：3598のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図５】SEQ ID NO：825のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図６】SEQ ID NO：826のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図７】SEQ ID NO：827のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図８】SEQ ID NO：828のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図９】SEQ ID NO：829のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１０】SEQ ID NO：830のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１１】SEQ ID NO：831のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１２】SEQ ID NO：833のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１３】SEQ ID NO：836のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１４】SEQ ID NO：837のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１５】SEQ ID NO：838のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１６】SEQ ID NO：840のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１７】SEQ ID NO：842のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１８】SEQ ID NO：844のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１９】SEQ ID NO：846のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２０】SEQ ID NO：847のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２１】SEQ ID NO：848のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図２２】SEQ ID NO：849のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２３】SEQ ID NO：850のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。.
【図２４】SEQ ID NO：851のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２５】SEQ ID NO：852のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２６】SEQ ID NO：853のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２７】SEQ ID NO：854のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２８】SEQ ID NO：855のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２９】SEQ ID NO：856のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３０】SEQ ID NO：857のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３１】SEQ ID NO：868のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDおよびHMGドメインを下線で示す。
【図３２】SEQ ID NO：869のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３３】SEQ ID NO：870のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３４】SEQ ID NO：871のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３５】SEQ ID NO：872のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３６】SEQ ID NO：873のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３７】SEQ ID NO：874のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３８】SEQ ID NO：875のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３９】SEQ ID NO：876のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４０】SEQ ID NO：877のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４１】SEQ ID NO：878のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４２】SEQ ID NO：879および880のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４３】SEQ ID NO：881のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４４】SEQ ID NO：882のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４５】SEQ ID NO：883のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４６】SEQ ID NO：884のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４７】SEQ ID NO：3599のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４８】SEQ ID NO：886のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４９】SEQ ID NO：887のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５０】SEQ ID NO：888のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５１】SEQ ID NO：889のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５２】SEQ ID NO：890のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−heリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５３】SEQ ID NO：891のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５４】SEQ ID NO：892のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５５】SEQ ID NO：893のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５６】SEQ ID NO：894のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５７】SEQ ID NO：895のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５８】SEQ ID NO：897のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５９】SEQ ID NO：898のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６０】SEQ ID NO：899のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６１】SEQ ID NO：904のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６２】SEQ ID NO：905のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。
【図６３】SEQ ID NO：906のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６４】SEQ ID NO：907のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６５】SEQ ID NO：908のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。
【図６６】SEQ ID NO：909のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６７】SEQ ID NO：910のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６８】SEQ ID NO：914のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIP ドメインを下線で示す。
【図６９】SEQ ID NO：3600のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７０】SEQ ID NO：920のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７１】SEQ ID NO：925のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７２】SEQ ID NO：930のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７３】SEQ ID NO：932のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図７４】SEQ ID NO：933のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７５】SEQ ID NO：934のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７６】SEQ ID NO：935のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図７７】SEQ ID NO：937のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７８】SEQ ID NO：938のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７９】SEQ ID NO：939のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８０】SEQ ID NO：942のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８１】SEQ ID NO：943のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８２】SEQ ID NO：944のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８３】SEQ ID NO：945のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。
【図８４】SEQ ID NO：3601のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８５】SEQ ID NO：947のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８６】SEQ ID NO：948のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８７】SEQ ID NO：949のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８８】SEQ ID NO：951のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８９】SEQ ID NO：952のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９０】SEQ ID NO：953のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９１】SEQ ID NO：954のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９２】SEQ ID NO：955のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９３】SEQ ID NO：956のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９４】SEQ ID NO：957のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９５】SEQ ID NO：959のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９６】SEQ ID NO：960のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９７】SEQ ID NO：961のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９８】SEQ ID NO：962のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９９】SEQ ID NO：963のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図１００】SEQ ID NO：964のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図１０１】SEQ ID NO：973のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０２】SEQ ID NO：974のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０３】SEQ ID NO：3602のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０４】SEQ ID NO：976のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０５】SEQ ID NO：977のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０６】SEQ ID NO：978のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０７】SEQ ID NO：979のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０８】SEQ ID NO：980のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０９】SEQ ID NO：981のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１０】SEQ ID NO：982のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１１】SEQ ID NO：983のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１２】SEQ ID NO：984のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１３】SEQ ID NO：985のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１４】SEQ ID NO：986のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１５】SEQ ID NO：987のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１６】SEQ ID NO：988のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１７】SEQ ID NO：989のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１８】SEQ ID NO：990のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１１９】SEQ ID NO：991のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、3つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２０】SEQ ID NO：992のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２１】SEQ ID NO：993のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２２】SEQ ID NO：994のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２３】SEQ ID NO：995のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、5つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２４】SEQ ID NO：996のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、6つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２５】SEQ ID NO：997のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２６】SEQ ID NO：3603のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２７】SEQ ID NO：999のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２８】SEQ ID NO：1000のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２９】SEQ ID NO：1001のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３０】SEQ ID NO：1002のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３１】SEQ ID NO：1003のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３２】SEQ ID NO：1004のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３３】SEQ ID NO：1005のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３４】SEQ ID NO：1006のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３５】SEQ ID NO：1007のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３６】SEQ ID NO：1009のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図１３７】SEQ ID NO：1010のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図１３８】SEQ ID NO：1011のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子E2F/二量体化化パートナー（TDP）ドメインを下線で示す。
【図１３９】SEQ ID NO：1016のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４０】SEQ ID NO：1017のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４１】SEQ ID NO：1018のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４２】SEQ ID NO：1019のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４３】SEQ ID NO：1020のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４４】SEQ ID NO：1021のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４５】SEQ ID NO：1022のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４６】SEQ ID NO：1032のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４７】SEQ ID NO：1033のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４８】SEQ ID NO：1038のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図１４９】SEQ ID NO：1039のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図１５０】SEQ ID NO：1040のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５１】SEQ ID NO：1041のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５２】SEQ ID NO：1042のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５３】SEQ ID NO：1043のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５４】SEQ ID NO：1044のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５５】SEQ ID NO：1045のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５６】SEQ ID NO：1047のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG-IおよびHMG-Y DNA結合（A+T-フック）ドメインを下線で示す。
【図１５７】SEQ ID NO：3604のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１５８】SEQ ID NO：1054のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１５９】SEQ ID NO：1056のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６０】SEQ ID NO：1057のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６１】SEQ ID NO：1058のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６２】SEQ ID NO：1059のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６３】SEQ ID NO：1060のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６４】SEQ ID NO：3605のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６５】SEQ ID NO：1068のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６６】SEQ ID NO：1069のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６７】SEQ ID NO：1070のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６８】SEQ ID NO：1073のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図
【図１６９】SEQ ID NO：1077のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１７０】SEQ ID NO：3606のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１７１】SEQ ID NO：1081のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７２】SEQ ID NO：1082のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７３】SEQ ID NO：1086のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７４】SEQ ID NO：1087のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７５】SEQ ID NO：3607のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子ジュモンジ（jumonji）、jmjCドメインを下線で示す。
【図１７６】SEQ ID NO：1089のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１７７】SEQ ID NO：1090のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合LIMドメインを下線で示す。
【図１７８】SEQ ID NO：1091のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１７９】SEQ ID NO：1092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８０】SEQ ID NO：3608のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８１】SEQ ID NO：1094のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合、LIMドメインを下線で示す。
【図１８２】SEQ ID NO：1095のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８３】SEQ ID NO：1096のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図１８４】SEQ ID NO：1098のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１８５】SEQ ID NO：1099のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１８６】SEQ ID NO：1100のアミノ酸配列。表1によりサポートされる、InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１８７】SEQ ID NO：1101のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図１８８】SEQ ID NO：1102のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図１８９】SEQ ID NO：1103のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９０】SEQ ID NO：1104のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９１】SEQ ID NO：1105のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９２】SEQ ID NO：3609のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９３】SEQ ID NO：3610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。
【図１９４】SEQ ID NO：1108のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。
【図１９５】SEQ ID NO：1109のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９６】SEQ ID NO：1110のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９７】SEQ ID NO：3611のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９８】SEQ ID NO：1112のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９９】SEQ ID NO：3612のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２００】SEQ ID NO：1114のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図２０１】SEQ ID NO：1115のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０２】SEQ ID NO：1116のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０３】SEQ ID NO：1117のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０４】SEQ ID NO：1118のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０５】SEQ ID NO：3613のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０６】SEQ ID NO：3614のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０７】SEQ ID NO：3615のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０８】SEQ ID NO：1126のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２０９】SEQ ID NO：1127のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１０】SEQ ID NO：3616のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１１】SEQ ID NO：1129のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１２】SEQ ID NO：3617のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１３】SEQ ID NO：1131のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１４】SEQ ID NO：1132のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１５】SEQ ID NO：1133のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１６】SEQ ID NO：1134のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１７】SEQ ID NO：1136のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１８】SEQ ID NO：1137のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１９】SEQ ID NO：1138のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２０】SEQ ID NO：1140のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２１】SEQ ID NO：1142のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２２】SEQ ID NO：1144のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２３】SEQ ID NO：3618のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２４】SEQ ID NO：1146のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２５】SEQ ID NO：1148のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２６】SEQ ID NO：1150のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２７】SEQ ID NO：3619のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２８】SEQ ID NO：1154のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２９】SEQ ID NO：3620のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３０】SEQ ID NO：1156のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３１】SEQ ID NO：1158のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３２】SEQ ID NO：1159のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３３】SEQ ID NO：1160のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３４】SEQ ID NO：3621のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３５】SEQ ID NO：1162のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３６】SEQ ID NO：1163のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３７】SEQ ID NO：1164のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３８】SEQ ID NO：1165のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３９】SEQ ID NO：1167のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４０】SEQ ID NO：1168のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４１】SEQ ID NO：3622のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４２】SEQ ID NO：3623のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４３】SEQ ID NO：1174のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４４】SEQ ID NO：1175のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４５】SEQ ID NO：1176のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４６】SEQ ID NO：3624のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４７】SEQ ID NO：1178のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４８】SEQ ID NO：1180のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４９】SEQ ID NO：1181のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５０】SEQ ID NO：1182のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５１】SEQ ID NO：1183のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５２】SEQ ID NO：1184のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５３】SEQ ID NO：3625のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５４】SEQ ID NO：3626のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５５】SEQ ID NO：1189のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５６】SEQ ID NO：1190のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５７】SEQ ID NO：1192のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織(No apical meristem)(NAM)タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２５８】SEQ ID NO：1193のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２５９】SEQ ID NO：1194のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６０】SEQ ID NO：1195のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６１】SEQ ID NO：3627のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６２】SEQ ID NO：1197のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６３】SEQ ID NO：1198のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６４】SEQ ID NO：1199のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６５】SEQ ID NO：3628のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６６】SEQ ID NO：1201のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６７】SEQ ID NO：1203のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６８】SEQ ID NO：1204のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６９】SEQ ID NO：1205のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７０】SEQ ID NO：1206のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７１】SEQ ID NO：1209のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７２】SEQ ID NO：1210のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７３】SEQ ID NO：1211のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７４】SEQ ID NO：1213のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７５】SEQ ID NO：1214のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７６】SEQ ID NO：1215のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７７】SEQ ID NO：1217のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７８】SEQ ID NO：1219のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７９】SEQ ID NO：1220のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８０】SEQ ID NO：1221のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８１】SEQ ID NO：1222のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８２】SEQ ID NO：1224のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８３】SEQ ID NO：1226のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８４】SEQ ID NO：1227のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８５】SEQ ID NO：1228のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８６】SEQ ID NO：1229のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８７】SEQ ID NO：1230のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWP-RKドメイン(SEQ ID NO：3669)を下線で示す。
【図２８８】SEQ ID NO：1231のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２８９】SEQ ID NO：1232のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９０】SEQ ID NO：3629のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９１】SEQ ID NO：1234のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９２】SEQ ID NO：1235のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９３】SEQ ID NO：1236のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図２９４】SEQ ID NO：1243のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９５】SEQ ID NO：1245のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９６】SEQ ID NO：1246のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９７】SEQ ID NO：1247のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９８】SEQ ID NO：1248のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図２９９】SEQ ID NO：1249のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３００】SEQ ID NO：1250のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０１】SEQ ID NO：1251のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０２】SEQ ID NO：1252のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０３】SEQ ID NO：1253のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０４】SEQ ID NO：1254のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０５】SEQ ID NO：1255のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０６】SEQ ID NO：1256のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０７】SEQ ID NO：1257のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０８】SEQ ID NO：1258のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０９】SEQ ID NO：1260のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１０】SEQ ID NO：1261のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１１】SEQ ID NO：1262のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１２】SEQ ID NO：1263のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１３】SEQ ID NO：1264のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１４】SEQ ID NO：1265のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１５】SEQ ID NO：1266のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１６】SEQ ID NO：1267のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１７】SEQ ID NO：1268のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３１８】SEQ ID NO：1269のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３１９】SEQ ID NO：1270のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２０】SEQ ID NO：1271のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２１】SEQ ID NO：1272のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２２】SEQ ID NO：1273のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２３】SEQ ID NO：1274のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２４】SEQ ID NO：1275のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２５】SEQ ID NO：1277のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２６】SEQ ID NO：1278のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２７】SEQ ID NO：1280のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２８】SEQ ID NO：1282のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２９】SEQ ID NO：1283のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３０】SEQ ID NO：1285のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３１】SEQ ID NO：1286のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３２】SEQ ID NO：1287のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３３】SEQ ID NO：1288のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３４】SEQ ID NO：1289のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３５】SEQ ID NO：1291のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３６】SEQ ID NO：1292のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３７】SEQ ID NO：1294のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３８】SEQ ID NO：1296のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３９】SEQ ID NO：1298のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４０】SEQ ID NO：1299のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４１】SEQ ID NO：1300のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４２】SEQ ID NO：1301のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４３】SEQ ID NO：1302のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４４】SEQ ID NO：1303のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４５】SEQ ID NO：1306のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４６】SEQ ID NO：1309のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４７】SEQ ID NO：1310のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４８】SEQ ID NO：1312のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４９】SEQ ID NO：1313のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2-ドメインを下線で示す。
【図３５０】SEQ ID NO：1315のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2-ドメインを下線で示す。
【図３５１】SEQ ID NO：1317のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図３５２】SEQ ID NO：1319のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５３】SEQ ID NO：1320のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５４】SEQ ID NO：1321のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５５】SEQ ID NO：1323のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５６】SEQ ID NO：3630のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/LAAドメインを下線で示す。
【図３５７】SEQ ID NO：1325のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAタンパク質ドメインを下線で示す。
【図３５８】SEQ ID NO：1326のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５９】SEQ ID NO：1327のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３６０】SEQ ID NO：1328のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６１】SEQ ID NO：1329のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６２】SEQ ID NO：1330のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６３】SEQ ID NO：1332のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６４】SEQ ID NO：1333のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６５】SEQ ID NO：1334のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６６】SEQ ID NO：1338のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６７】SEQ ID NO：1339のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６８】SEQ ID NO：1340のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６９】SEQ ID NO：1341のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３７０】SEQ ID NO：1342のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３７１】SEQ ID NO：1344のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７２】SEQ ID NO：1346のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７３】SEQ ID NO：1348のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７４】SEQ ID NO：1351のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７５】SEQ ID NO：1352のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７６】SEQ ID NO：3631のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７７】SEQ ID NO：1355のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７８】SEQ ID NO：1357のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３７９】SEQ ID NO：1358のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。
【図３８０】SEQ ID NO：1360のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８１】SEQ ID NO：1361のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８２】SEQ ID NO：1362のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８３】SEQ ID NO：1364のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８４】SEQ ID NO：1365のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８５】SEQ ID NO：1366のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８６】SEQ ID NO：1368のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８７】SEQ ID NO：1369のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８８】SEQ ID NO：1370のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８９】SEQ ID NO：1371のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９０】SEQ ID NO：1372のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９１】SEQ ID NO：1373のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９２】SEQ ID NO：1374のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９３】SEQ ID NO：1375のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９４】SEQ ID NO：1376のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９５】SEQ ID NO：1377のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９６】SEQ ID NO：1378のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９７】SEQ ID NO：1382のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図３９８】SEQ ID NO：1383のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図３９９】SEQ ID NO：1384のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４００】SEQ ID NO：1385のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０１】SEQ ID NO：1386のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０２】SEQ ID NO：1387のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０３】SEQ ID NO：1388のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０４】SEQ ID NO：1389のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2 型ドメインを下線で示す。
【図４０５】SEQ ID NO：1390のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０６】SEQ ID NO：1392のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０７】SEQ ID NO：1393のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０８】SEQ ID NO：1394のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０９】SEQ ID NO：1395のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１０】SEQ ID NO：1396のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１１】SEQ ID NO：1397のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１２】SEQ ID NO：1398のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１３】SEQ ID NO：1399のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１４】SEQ ID NO：1400のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１５】SEQ ID NO：1401のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１６】SEQ ID NO：1402のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１７】SEQ ID NO：1403のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１８】SEQ ID NO：1404のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１９】SEQ ID NO：1405のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４２０】SEQ ID NO：1406のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２１】SEQ ID NO：1407のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２２】SEQ ID NO：1408のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２３】SEQ ID NO：1409のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２４】SEQ ID NO：1410のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２５】SEQ ID NO：1411のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２６】SEQ ID NO：1413のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２７】SEQ ID NO：1414のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２８】SEQ ID NO：1415のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２９】SEQ ID NO：1416のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４３０】SEQ ID NO：1417のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン様転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストン、サブユニットAドメインを下線で示す。
【図４３１】SEQ ID NO：1418のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン−フォールド/TFIID-TAF/NF-Yドメインを下線で示す。
【図４３２】SEQ ID NO：3632のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４３３】SEQ ID NO：1421のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様 CXCドメインを下線で示す。
【図４３４】SEQ ID NO：1426のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図４３５】SEQ ID NO：1427のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図４３６】SEQ ID NO：1437のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図４３７】SEQ ID NO：1438のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図４３８】SEQ ID NO：1439のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図４３９】SEQ ID NO：1440のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４０】SEQ ID NO：1441のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４１】SEQ ID NO：1442のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高異動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４２】SEQ ID NO：1443のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４３】SEQ ID NO：3633のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４４】SEQ ID NO：1445のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDドメインおよびHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４５】SEQ ID NO：1446のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４６】SEQ ID NO：1448のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４７】SEQ ID NO：1454のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４８】SEQ ID NO：1455のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４９】SEQ ID NO：3634のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５０】SEQ ID NO：1457のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５１】SEQ ID NO：1458のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５２】SEQ ID NO：1459のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５３】SEQ ID NO：1460のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５４】SEQ ID NO：1461のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５５】SEQ ID NO：1462のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５６】SEQ ID NO：1463のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５７】SEQ ID NO：1464のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５８】SEQ ID NO：1465のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５９】SEQ ID NO：1466のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６０】SEQ ID NO：1467のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６１】SEQ ID NO：1468のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６２】SEQ ID NO：1469のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６３】SEQ ID NO：3635のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６４】SEQ ID NO：1471のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６５】SEQ ID NO：1472のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６６】SEQ ID NO：1473のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６７】SEQ ID NO：1474のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６８】SEQ ID NO：1475のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４６９】SEQ ID NO：1476のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７０】SEQ ID NO：1477のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７１】SEQ ID NO：1478のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７２】SEQ ID NO：1479のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７３】SEQ ID NO：1480のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７４】SEQ ID NO：1483のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。
【図４７５】SEQ ID NO：1484のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７６】SEQ ID NO：3636のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７７】SEQ ID NO：1486のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７８】SEQ ID NO：1487のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４７９】SEQ ID NO：1488のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８０】SEQ ID NO：1489のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８１】SEQ ID NO：1490のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８２】SEQ ID NO：1491のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８３】SEQ ID NO：1492のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８４】SEQ ID NO：1493のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８５】SEQ ID NO：1494のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８６】SEQ ID NO：1495のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)およびKボックスドメインを下線で示す。
【図４８７】SEQ ID NO：1496のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８８】SEQ ID NO：1497のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８９】SEQ ID NO：1498のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９０】SEQ ID NO：1499のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９１】SEQ ID NO：1500のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９２】SEQ ID NO：1501のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９３】SEQ ID NO：1502のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)およびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９４】SEQ ID NO：1503のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９５】SEQ ID NO：1504のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９６】SEQ ID NO：1506のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９７】SEQ ID NO：1507のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９８】SEQ ID NO：1508のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９９】SEQ ID NO：1509のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図５００】SEQ ID NO：1510のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０１】SEQ ID NO：1511のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０２】SEQ ID NO：1512のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図５０３】SEQ ID NO：1513のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０４】SEQ ID NO：1515のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０５】SEQ ID NO：1516のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０６】SEQ ID NO：1517のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０７】SEQ ID NO：1518のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５０８】SEQ ID NO：3637のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５０９】SEQ ID NO：1520のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１０】SEQ ID NO：3638のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１１】SEQ ID NO：1522のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１２】SEQ ID NO：3639のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１３】SEQ ID NO：1526のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１４】SEQ ID NO：3640のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１５】SEQ ID NO：3641のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１６】SEQ ID NO：3642のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１７】SEQ ID NO：1531のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１８】SEQ ID NO：1532のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１９】SEQ ID NO：1533のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２０】SEQ ID NO：1534のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２１】SEQ ID NO：1535のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２２】SEQ ID NO：1536のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２３】SEQ ID NO：1537のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２４】SEQ ID NO：1538のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２５】SEQ ID NO：1539のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２６】SEQ ID NO：1540のアミノ酸配列。SEQ ID NO：768のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２７】SEQ ID NO：1541のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２８】SEQ ID NO：1542のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２９】SEQ ID NO：1543のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３０】SEQ ID NO：1544のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３１】SEQ ID NO：1545のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３２】SEQ ID NO：1546のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３３】SEQ ID NO：1547のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３４】SEQ ID NO：1548のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３５】SEQ ID NO：1550のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３６】SEQ ID NO：1551のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３７】SEQ ID NO：1552のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３８】SEQ ID NO：1553のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３９】SEQ ID NO：1554のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４０】SEQ ID NO：1555のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４１】SEQ ID NO：1556のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４２】SEQ ID NO：1557のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４３】SEQ ID NO：1558のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４４】SEQ ID NO：3643のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４５】SEQ ID NO：1560のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４６】SEQ ID NO：1561のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４７】SEQ ID NO：1562のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合メインを下線で示す。
【図５４８】SEQ ID NO：1564のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合メインを下線で示す。
【図５４９】SEQ ID NO：1565のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５０】SEQ ID NO：1569のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５１】SEQ ID NO：1570のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５２】SEQ ID NO：1571のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５３】SEQ ID NO：1572のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５４】SEQ ID NO：1573のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５５】SEQ ID NO：3644のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５６】SEQ ID NO：1576のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５７】SEQ ID NO：1578のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５８】SEQ ID NO：1579のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５９】SEQ ID NO：1580のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６０】SEQ ID NO：1581のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６１】SEQ ID NO：1582のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６２】SEQ ID NO：1584のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６３】SEQ ID NO：1585のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６４】SEQ ID NO：1586のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６５】SEQ ID NO：1587のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６６】SEQ ID NO：1588のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６７】SEQ ID NO：1589のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６８】SEQ ID NO：1590のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６９】SEQ ID NO：1591のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７０】SEQ ID NO：1592のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７１】SEQ ID NO：1593のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７２】SEQ ID NO：1594のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７３】SEQ ID NO：1595のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７４】SEQ ID NO：1596のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWP-RKドメインを下線で示す。
【図５７５】SEQ ID NO：3645のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたクロモドメインを下線で示す。
【図５７６】SEQ ID NO：1598のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線で示す。
【図５７７】SEQ ID NO：1599のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線で示す。
【図５７８】SEQ ID NO：1603のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７９】SEQ ID NO：1605のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５８０】SEQ ID NO：3646のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５８１】SEQ ID NO：1607のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８２】SEQ ID NO：1608のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８３】SEQ ID NO：1609のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８４】SEQ ID NO：1610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８５】SEQ ID NO：1626のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８６】SEQ ID NO：1628のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８７】SEQ ID NO：1629のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８８】SEQ ID NO：1630のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５８９】SEQ ID NO：1631のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９０】SEQ ID NO：1632のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９１】SEQ ID NO：1633のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９２】SEQ ID NO：1634のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９３】SEQ ID NO：1635のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９４】SEQ ID NO：3647のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９５】SEQ ID NO：1637のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９６】SEQ ID NO：1638のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９７】SEQ ID NO：1639のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９８】SEQ ID NO：1640のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図５９９】ベクターpART27の略図を提示する。
【図６００】SEQ ID NO：832のアミノ酸配列。保存された病因関連の転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図６０１】SEQ ID NO：859のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示し、保存された転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。
【図６０２】SEQ ID NO：860のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０３】SEQ ID NO：861のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０４】SEQ ID NO：3648のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図６０５】SEQ ID NO：863のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０６】SEQ ID NO：864のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０７】SEQ ID NO：865のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０８】SEQ ID NO：866のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０９】SEQ ID NO：896のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図６１０】SEQ ID NO：900のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１１】SEQ ID NO：901のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１２】SEQ ID NO：902のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１３】SEQ ID NO：903のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。図607：912のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャー（signature）を太字で示す。
【図６１４】SEQ ID NO：912のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１５】SEQ ID NO：913のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１６】SEQ ID NO：915のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６１７】SEQ ID NO：916のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１８】SEQ ID NO：918のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１９】SEQ ID NO：921のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２０】SEQ ID NO：922のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６２１】SEQ ID NO：923のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６２２】SEQ ID NO：924のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２３】SEQ ID NO：926のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２４】SEQ ID NO：927のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２５】SEQ ID NO：928のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２６】SEQ ID NO：929のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６２７】SEQ ID NO：940のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６２８】SEQ ID NO：941のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図６２９】SEQ ID NO：950のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図６３０】SEQ ID NO：968のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図６３１】SEQ ID NO：970のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６３２】SEQ ID NO：971のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図６３３】SEQ ID NO：972のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６３４】SEQ ID NO：1008のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YB サブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図６３５】SEQ ID NO：1014のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図６３６】SEQ ID NO：1023のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６３７】SEQ ID NO：1024のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図６３８】SEQ ID NO：1031のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６３９】SEQ ID NO：1034のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４０】SEQ ID NO：1035のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４１】SEQ ID NO：1036のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４２】SEQ ID NO：1046のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図６４３】SEQ ID NO：1048のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。
【図６４４】SEQ ID NO：1050のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを太字／下線で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６４５】SEQ ID NO：1051のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図６４６】SEQ ID NO：1052のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６４７】SEQ ID NO：1060のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。
【図６４８】SEQ ID NO：1062のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図６４９】SEQ ID NO：1063のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。HD-ZIPのN-末端タンパク質ドメインを斜体で示す。
【図６５０】SEQ ID NO：1064のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６５１】SEQ ID NO：1066のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを太字で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを下線で示す。ラムダ図645：1067のアミノ酸配列。ELKドメインを下線で示し、KNOX1ドメインを太字で示し、KNOX2ドメインを太字／斜体で示す。
【図６５２】SEQ ID NO：1067のアミノ酸配列。ELKドメインを下線で示し、KNOX1ドメインを太字で示し、およびKNOX2ドメインを太字／斜体で示す。
【図６５３】SEQ ID NO：1071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。
【図６５４】SEQ ID NO：1072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図６５５】SEQ ID NO：1074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図６５６】SEQ ID NO：1075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、POXドメインを太字で示す。
【図６５７】SEQ ID NO：1076のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを斜体で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字／斜体で示す。
【図６５８】SEQ ID NO：1079のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図６５９】SEQ ID NO：1080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。I型不凍化タンパク質ドメインドメインを太字／斜体で示す。
【図６６０】SEQ ID NO：1083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６６１】SEQ ID NO：1084のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型 DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６６２】SEQ ID NO：1085のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図６６３】SEQ ID NO：1097のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。
【図６６４】SEQ ID NO：3649のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。
【図６６５】SEQ ID NO：1123のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図６６６】SEQ ID NO：1125のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ファミリードメインを下線で示す。
【図６６７】SEQ ID NO：1135のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、ヒストン H1/H5ドメインを太字で示す。
【図６６８】SEQ ID NO：1139のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６６９】SEQ ID NO：1141のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７０】SEQ ID NO：1143のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７１】SEQ ID NO：1149のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７２】SEQ ID NO：1152のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７３】SEQ ID NO：1157のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、2 Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７４】SEQ ID NO：1166のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７５】SEQ ID NO：1169のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、ヒストンH1/H5ドメインを太字で示す。
【図６７６】SEQ ID NO：1170のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７７】SEQ ID NO：1173のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７８】SEQ ID NO：3650のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図６７９】SEQ ID NO：1186のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６８０】SEQ ID NO：1187のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６８１】SEQ ID NO：1202のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図６８２】SEQ ID NO：1207のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８３】SEQ ID NO：1208のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８４】SEQ ID NO：1212のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８５】SEQ ID NO：1214のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８６】SEQ ID NO：1216のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８７】SEQ ID NO：1225のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８８】SEQ ID NO：1237のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図６８９】SEQ ID NO：1238のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図６９０】SEQ ID NO：1239のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６９１】SEQ ID NO：1243のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図６９２】SEQ ID NO：1244のアミノ酸配列。保存されたサイクリン様 Fボックスファミリードメインを下線で示し、tubbyファミリードメインを太字で示す。
【図６９３】SEQ ID NO：1245のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。
【図６９４】SEQ ID NO：1250のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図６９５】SEQ ID NO：1253のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図６９６】SEQ ID NO：1254のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図６９７】SEQ ID NO：1255のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図６９８】SEQ ID NO：1259のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図６９９】SEQ ID NO：1263のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図７００】SEQ ID NO：1264のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図７０１】SEQ ID NO：1265のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図７０２】SEQ ID NO：1266のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図７０３】SEQ ID NO：1267のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図７０４】SEQ ID NO：1973のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。
【図７０５】SEQ ID NO：3651のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。
【図７０６】SEQ ID NO：1975のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０７】SEQ ID NO：1976のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０８】SEQ ID NO：1977のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０９】SEQ ID NO：1978のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１０】SEQ ID NO：1979のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１１】SEQ ID NO：1980のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１２】SEQ ID NO：1981のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１３】SEQ ID NO：1982のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１４】SEQ ID NO：1983のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１５】SEQ ID NO：1984のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１６】SEQ ID NO：1985のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１７】SEQ ID NO：1986のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７１８】SEQ ID NO：1987のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７１９】SEQ ID NO：1988のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７２０】SEQ ID NO：1989のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２１】SEQ ID NO：1990のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２２】SEQ ID NO：1991のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２３】SEQ ID NO：1992のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図７２４】SEQ ID NO：1993のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図７２５】SEQ ID NO：1994のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７２６】SEQ ID NO：1995のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７２７】SEQ ID NO：1996のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７２８】SEQ ID NO：1997のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７２９】SEQ ID NO：1998のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３０】SEQ ID NO：1999のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３１】SEQ ID NO：2000のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３２】SEQ ID NO：2001のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３３】SEQ ID NO：2002のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３４】SEQ ID NO：2003のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３５】SEQ ID NO：2004のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３６】SEQ ID NO：2005のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３７】SEQ ID NO：2007のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７３８】SEQ ID NO：2008のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７３９】SEQ ID NO：2009のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４０】SEQ ID NO：2010のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４１】SEQ ID NO：2012のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４２】SEQ ID NO：2013のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４３】SEQ ID NO：2014のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーを下線で示し、constans亜鉛フィンガードメインを太字で示す。
【図７４４】SEQ ID NO：2015のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７４５】SEQ ID NO：2016のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７４６】SEQ ID NO：2018のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７４７】SEQ ID NO：2019のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７４８】SEQ ID NO：2020のアミノ酸配列。保存されたI型不凍化タンパク質ドメインを下線で示す。
【図７４９】SEQ ID NO：2021のアミノ酸配列。保存されC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７５０】SEQ ID NO：2022のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５１】SEQ ID NO：2024のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７５２】SEQ ID NO：2025のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５３】SEQ ID NO：2026のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７５４】SEQ ID NO：2027のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。
【図７５５】SEQ ID NO：2028のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５６】SEQ ID NO：2029のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７５７】SEQ ID NO：2030のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域 RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを太字で示す。
【図７５８】SEQ ID NO：2031のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７５９】SEQ ID NO：2032のアミノ酸配列。保存されたG-タンパク質ベータWD-40反複ドメインを下線で示し、Trp-Asp（WD）反復シグネチャーを太字で示す。C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを斜体で示す。
【図７６０】SEQ ID NO：2033のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図７６１】SEQ ID NO：2034のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。
【図７６２】SEQ ID NO：2035のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７６３】SEQ ID NO：2036のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、保存されたCysおよびHis残基を太字で、RNA結合領域RNP-1（RNA認識モチーフ）を太字／斜体で示す。
【図７６４】SEQ ID NO：2037のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６５】SEQ ID NO：2038のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図７６６】SEQ ID NO：2039のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YBサブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図７６７】SEQ ID NO：2040のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６８】SEQ ID NO：2041のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６９】SEQ ID NO：2042のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンを下線で示す。
【図７７０】SEQ ID NO：2043のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインドメインを太字で示す。
【図７７１】SEQ ID NO：2044のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７２】SEQ ID NO：2045のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７３】SEQ ID NO：2046のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７４】SEQ ID NO：2047のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。
【図７７５】SEQ ID NO：2049のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７６】SEQ ID NO：2050のアミノ酸配列。応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７７】SEQ ID NO：2051のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７８】SEQ ID NO：2052のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７９】SEQ ID NO：2053のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８０】SEQ ID NO：2054のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８１】SEQ ID NO：2055のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８２】SEQ ID NO：2056のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８３】SEQ ID NO：2057のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８４】SEQ ID NO：2058のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８５】SEQ ID NO：2059のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８６】SEQ ID NO：2060のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８７】SEQ ID NO：2061のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８８】SEQ ID NO：2062のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８９】SEQ ID NO：2063のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７９０】SEQ ID NO：2064のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図７９１】SEQ ID NO：2065のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスを下線で示す。
【図７９２】SEQ ID NO：2066のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図７９３】SEQ ID NO：2067のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図７９４】SEQ ID NO：2068のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図７９５】SEQ ID NO：2069のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図７９６】SEQ ID NO：2070のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス関連のロイシンジッパーを太字で示す。HD-ZIPタンパク質ドメインのN末端を斜体で示す。
【図７９７】SEQ ID NO：2071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字／斜体で示す。
【図７９８】SEQ ID NO：2072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、ならびにKNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図７９９】SEQ ID NO：2073のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８００】SEQ ID NO：2074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８０１】SEQ ID NO：2075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。
【図８０２】SEQ ID NO：3652のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／斜体で示し、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図８０３】SEQ ID NO：2077のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８０４】SEQ ID NO：2078のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスシグネチャー1を中抜き文字で示し、保存されたホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を二重線で、ロイシン残基を太字で示す。
【図８０５】SEQ ID NO：2079のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインシグネチャーを中抜き文字で示す。
【図８０６】SEQ ID NO：2080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８０７】SEQ ID NO：2081のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図８０８】SEQ ID NO：2082のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８０９】SEQ ID NO：2083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８１０】SEQ ID NO：2084のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示し、ジュモンジN（jmjN）ドメインを太字で示し、およびC5HC2型亜鉛フィンガーを太字／下線で示す。
【図８１１】SEQ ID NO：2085のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示す。
【図８１２】SEQ ID NO：2087のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示す。
【図８１３】SEQ ID NO：2088のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。
【図８１４】SEQ ID NO：3653のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図８１５】SEQ ID NO：2090のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADS ボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１６】SEQ ID NO：2091のアミノ酸配列。保存されたMADS ボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADS ボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１７】SEQ ID NO：2092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図８１８】SEQ ID NO：2095のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１９】SEQ ID NO：2098のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。
【図８２０】SEQ ID NO：2099のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８２１】SEQ ID NO：3654のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを太字で示す。
【図８２２】SEQ ID NO：3655のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２３】SEQ ID NO：2102のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２４】SEQ ID NO：3656のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２５】SEQ ID NO：2104のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２６】SEQ ID NO：2105のアミノ酸配列。保存されたMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２７】SEQ ID NO：2106のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２８】SEQ ID NO：2107のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図８２９】SEQ ID NO：2108のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示す。
【図８３０】SEQ ID NO：3657のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３１】SEQ ID NO：2110のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３２】SEQ ID NO：2111のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８３３】SEQ ID NO：2112のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３４】SEQ ID NO：2113のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３５】SEQ ID NO：2114のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３６】SEQ ID NO：2115のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３７】SEQ ID NO：2116のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８３８】SEQ ID NO：2117のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８３９】SEQ ID NO：2118のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４０】SEQ ID NO：2119のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４１】SEQ ID NO：2120のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４２】SEQ ID NO：2121のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４３】SEQ ID NO：2122のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４４】SEQ ID NO：2123のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４５】SEQ ID NO：2124のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４６】SEQ ID NO：2125のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４７】SEQ ID NO：2126のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４８】SEQ ID NO：2127のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４９】SEQ ID NO：2128のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８５０】SEQ ID NO：2129のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５１】SEQ ID NO：2130のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５２】SEQ ID NO：2131のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８５３】SEQ ID NO：2132のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５４】SEQ ID NO：2134のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８５５】SEQ ID NO：2136のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図８５６】SEQ ID NO：2138のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８５７】SEQ ID NO：2139のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図８５８】SEQ ID NO：2140のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図８５９】SEQ ID NO：2141のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図８６０】SEQ ID NO：1295のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図８６１】SEQ ID NO：1314のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図８６２】SEQ ID NO：1318のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示し、AUX/IAAファミリードメインを太字で示す。
【図８６３】SEQ ID NO：1322のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図８６４】SEQ ID NO：1347のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６５】SEQ ID NO：1350のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６６】SEQ ID NO：1356のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図８６７】SEQ ID NO：1381のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６８】SEQ ID NO：1391のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図８６９】SEQ ID NO：1412のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。
【図８７０】SEQ ID NO：1422のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。
【図８７１】SEQ ID NO：1423のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図８７２】SEQ ID NO：1429のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７３】SEQ ID NO：3658のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７４】SEQ ID NO：3659のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７５】SEQ ID NO：1432のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７６】SEQ ID NO：1433のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７７】SEQ ID NO：1434のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７８】SEQ ID NO：1436のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７９】SEQ ID NO：1447のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。
【図８８０】SEQ ID NO：3660のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８８１】SEQ ID NO：1452のアミノ酸配列。保存されたZF-HDクラスホメオボックスドメインを下線で示し、ZF-HDホメオボックスタンパク質 Cys/His-rich二量体化ドメインを太字で示す。
【図８８２】SEQ ID NO：3661のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８８３】SEQ ID NO：1481のアミノ酸配列。保存されたFloricaula/leafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８８４】SEQ ID NO：1482のアミノ酸配列。保存されたFloricaula/leafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８８５】SEQ ID NO：1505のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８８６】SEQ ID NO：1514のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。
【図８８７】SEQ ID NO：1523のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８８８】SEQ ID NO：1525のアミノ酸配列。保存されたMIPファミリードメインを下線で示し、MIPファミリーシグネチャーを太字で示す。図884：1549のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８８９】SEQ ID NO：1549のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９０】SEQ ID NO：1563のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９１】SEQ ID NO：1566のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８９２】SEQ ID NO：1567のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９３】SEQ ID NO：1568のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９４】SEQ ID NO：1577のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８９５】SEQ ID NO：1601のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメイを下線で示す。
【図８９６】SEQ ID NO：1604のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８９７】SEQ ID NO：3662のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８９８】SEQ ID NO：1613のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図８９９】SEQ ID NO：1625のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。
【図９００】SEQ ID NO：1627のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tub ファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様 Fボックスドメインを斜体で示す。
【図９０１】SEQ ID NO：2142のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９０２】SEQ ID NO：2143のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０３】SEQ ID NO：2144のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０４】SEQ ID NO：2145のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０５】SEQ ID NO：2146のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０６】SEQ ID NO：2147のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９０７】SEQ ID NO：2148のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０８】SEQ ID NO：2149のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０９】SEQ ID NO：2150のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１０】SEQ ID NO：2151のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１１】SEQ ID NO：2152のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１２】SEQ ID NO：2153のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１３】SEQ ID NO：2154のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１４】SEQ ID NO：2155のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１５】SEQ ID NO：2156のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１６】SEQ ID NO：2157のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１７】SEQ ID NO：2158のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１８】SEQ ID NO：2159のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１９】SEQ ID NO：2160のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２０】SEQ ID NO：2161のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２１】SEQ ID NO：2162のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２２】SEQ ID NO：2163のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２３】SEQ ID NO：2164のアミノ酸配列。保存されたARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを下線で示す。
【図９２４】SEQ ID NO：2165のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスを下線で示し、ARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを太字で示す。
【図９２５】SEQ ID NO：2166のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、ARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを太字で示す。
【図９２６】SEQ ID NO：2167のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図９２７】SEQ ID NO：2168のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図９２８】SEQ ID NO：2169のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９２９】SEQ ID NO：2170のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３０】SEQ ID NO：2171のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３１】SEQ ID NO：2173のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３２】SEQ ID NO：2174のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３３】SEQ ID NO：2175のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３４】SEQ ID NO：2176のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３５】SEQ ID NO：2178のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３６】SEQ ID NO：2179のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３７】SEQ ID NO：2180のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３８】SEQ ID NO：2181のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３９】SEQ ID NO：2182のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４０】SEQ ID NO：2183のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４１】SEQ ID NO：2184のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４２】SEQ ID NO：2185のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４３】SEQ ID NO：2186のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４４】SEQ ID NO：2187のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４５】SEQ ID NO：2188のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図９４６】SEQ ID NO：2189のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図９４７】SEQ ID NO：2190のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４８】SEQ ID NO：2191のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４９】SEQ ID NO：2193のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５０】SEQ ID NO：2194のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９５１】SEQ ID NO：2195のアミノ酸配列。保存されたGATA型亜鉛フィンガーンを下線で示す。
【図９５２】SEQ ID NO：2196のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５３】SEQ ID NO：2197のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９５４】SEQ ID NO：2198のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５５】SEQ ID NO：2199のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５６】SEQ ID NO：2201のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。
【図９５７】SEQ ID NO：2202のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９５８】SEQ ID NO：2203のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９５９】SEQ ID NO：2205のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６０】SEQ ID NO：2206のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９６１】SEQ ID NO：2207のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６２】SEQ ID NO：2208のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６３】SEQ ID NO：2209のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９６４】SEQ ID NO：2210のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図９６５】SEQ ID NO：2212のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域 RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを太字で示す。
【図９６６】SEQ ID NO：2213のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。
【図９６７】SEQ ID NO：2214のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図９６８】SEQ ID NO：2215のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９６９】SEQ ID NO：2216のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９７０】SEQ ID NO：2217のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YBサブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図９７１】SEQ ID NO：2218のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７２】SEQ ID NO：2219のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７３】SEQ ID NO：2220のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７４】SEQ ID NO：2221のアミノ酸配列。保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図９７５】SEQ ID NO：2222のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図９７６】SEQ ID NO：2223のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図９７７】SEQ ID NO：2224のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９７８】SEQ ID NO：2225のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図９７９】SEQ ID NO：2226のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図９８０】SEQ ID NO：2228のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８１】SEQ ID NO：2229のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを太字で示す。
【図９８２】SEQ ID NO：2230のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを下線で示す。
【図９８３】SEQ ID NO：2231のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８４】SEQ ID NO：2232のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８５】SEQ ID NO：2233のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。
【図９８６】SEQ ID NO：2234のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８７】SEQ ID NO：2235のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８８】SEQ ID NO：2236のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８９】SEQ ID NO：2237のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図９９０】SEQ ID NO：2238のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図９９１】SEQ ID NO：2239のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図９９２】SEQ ID NO：2240のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図９９３】SEQ ID NO：2241のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示す。
【図９９４】SEQ ID NO：2242のアミノ酸配列。保存されたPOXファミリードメインを下線で示す。
【図９９５】SEQ ID NO：2244のアミノ酸配列。保存されたPHDフィンガー亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９９６】SEQ ID NO：2246のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。
【図９９７】SEQ ID NO：2247のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたPOXドメインを斜体で示す。
【図９９８】SEQ ID NO：2248のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９９９】SEQ ID NO：2249のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図１０００】SEQ ID NO：2250のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ファミリードメインを下線で示す。
【図１００１】SEQ ID NO：2252のアミノ酸配列。保存されたLIM亜鉛結合タンパク質ドメインを下線で示し、LIMドメインシグネチャーを太字で示す。
【図１００２】SEQ ID NO：2255のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１００３】SEQ ID NO：2256のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、保存されたMADSボックスシグネチャー1を太字で示す。
【図１００４】SEQ ID NO：2257のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００５】SEQ ID NO：2258のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００６】SEQ ID NO：2259のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００７】SEQ ID NO：2260のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１００８】SEQ ID NO：2261のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、SHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図１００９】SEQ ID NO：2262のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１０】SEQ ID NO：2263のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１１】SEQ ID NO：2264のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１２】SEQ ID NO：3663のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１３】SEQ ID NO：2266のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１４】SEQ ID NO：2267のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１５】SEQ ID NO：2268のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１６】SEQ ID NO：2269のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１７】SEQ ID NO：2270のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１８】SEQ ID NO：2271のアミノ酸配列。InterproScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１９】SEQ ID NO：2272のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０２０】SEQ ID NO：2273のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０２１】SEQ ID NO：2274のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２２】SEQ ID NO：2275のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２３】SEQ ID NO：2276のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２４】SEQ ID NO：2277のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２５】SEQ ID NO：2278のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図１０２６】SEQ ID NO：2279のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２７】SEQ ID NO：3664のアミノ酸配列。保存された植物調整因子RWP-RKドメイン(SEQ ID NO：3669)を下線で示し、octicosapeptide/Phox/Bem 1pを太字で示す。
【図１０２８】SEQ ID NO：2281のアミノ酸配列。保存された糖輸送体ファミリードメインを下線で示し、糖輸送タンパク質シグネチャー1を太字で示し、および糖輸送タンパク質シグネチャー2を太字／斜体で示す。
【図１０２９】SEQ ID NO：2282のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示し、転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。
【図１０３０】SEQ ID NO：3665のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３１】SEQ ID NO：2284のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３２】SEQ ID NO：3666のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３３】SEQ ID NO：2286のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３４】SEQ ID NO：2287のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３５】SEQ ID NO：2288のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０３６】SEQ ID NO：2289のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３７】SEQ ID NO：2290のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３８】SEQ ID NO：2291のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３９】SEQ ID NO：2292のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０４０】SEQ ID NO：2293のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０４１】SEQ ID NO：2294のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０４２】SEQ ID NO：2295のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０４３】SEQ ID NO：2296のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様 Fボックスドメインを斜体で示す。
【図１０４４】SEQ ID NO：2297のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様 Fボックスドメインを斜体で示す。
【図１０４５】SEQ ID NO：2298のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１０４６】SEQ ID NO：2299のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図1042：2300のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０４７】SEQ ID NO：2300のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０４８】SEQ ID NO：2301のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１０４９】SEQ ID NO：2302のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０５０】SEQ ID NO：2303のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０５１】SEQ ID NO：2304のアミノ酸配列。3593-3666。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１０５２】pWVR8のベクター地図を提示する。
【図１０５３】形質転換したヒャクニチソウプロトプラスト（パインユビキチンプロモーター）の平均蛍光強度のデータを示す。
【図１０５４】転写因子pFOR369によるCOMTプロモーターの抑制を示しているグラフ。
【０５０２】
【図１】SEQ ID NO：821のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図２】SEQ ID NO：822のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３】SEQ ID NO：823のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図４】SEQ ID NO：3598のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図５】SEQ ID NO：825のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図６】SEQ ID NO：826のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図７】SEQ ID NO：827のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図８】SEQ ID NO：828のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図９】SEQ ID NO：829のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１０】SEQ ID NO：830のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１１】SEQ ID NO：831のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１２】SEQ ID NO：833のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１３】SEQ ID NO：836のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１４】SEQ ID NO：837のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１５】SEQ ID NO：838のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１６】SEQ ID NO：840のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１７】SEQ ID NO：842のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１８】SEQ ID NO：844のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図１９】SEQ ID NO：846のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２０】SEQ ID NO：847のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２１】SEQ ID NO：848のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを示す。
【図２２】SEQ ID NO：849のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２３】SEQ ID NO：850のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２４】SEQ ID NO：851のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２５】SEQ ID NO：852のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２６】SEQ ID NO：853のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２７】SEQ ID NO：854のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２８】SEQ ID NO：855のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２９】SEQ ID NO：856のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３０】SEQ ID NO：857のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３１】SEQ ID NO：868のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDおよびHMGドメインを下線で示す。
【図３２】SEQ ID NO：869のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３３】SEQ ID NO：870のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３４】SEQ ID NO：871のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３５】SEQ ID NO：872のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３６】SEQ ID NO：873のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３７】SEQ ID NO：874のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３８】SEQ ID NO：875のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図３９】SEQ ID NO：876のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４０】SEQ ID NO：877のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４１】SEQ ID NO：878のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４２】SEQ ID NO：879および880のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX_IAAドメインを下線で示す。
【図４３】SEQ ID NO：881のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４４】SEQ ID NO：882のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４５】SEQ ID NO：883のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４６】SEQ ID NO：884のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４７】SEQ ID NO：3599のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４８】SEQ ID NO：886のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図４９】SEQ ID NO：887のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５０】SEQ ID NO：888のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５１】SEQ ID NO：889のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５２】SEQ ID NO：890のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５３】SEQ ID NO：891のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５４】SEQ ID NO：892のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５５】SEQ ID NO：893のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５６】SEQ ID NO：894のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５７】SEQ ID NO：895のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５８】SEQ ID NO：897のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図５９】SEQ ID NO：898のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６０】SEQ ID NO：899のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６１】SEQ ID NO：904のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス−ループ−へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図６２】SEQ ID NO：905のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。
【図６３】SEQ ID NO：906のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６４】SEQ ID NO：907のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６５】SEQ ID NO：908のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。
【図６６】SEQ ID NO：909のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６７】SEQ ID NO：910のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）ドメインを下線で示す。
【図６８】SEQ ID NO：914のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIP ドメインを下線で示す。
【図６９】SEQ ID NO：3600のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７０】SEQ ID NO：920のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７１】SEQ ID NO：925のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図７２】SEQ ID NO：930のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７３】SEQ ID NO：932のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図７４】SEQ ID NO：933のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７５】SEQ ID NO：934のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７６】SEQ ID NO：935のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図７７】SEQ ID NO：937のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７８】SEQ ID NO：938のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図７９】SEQ ID NO：939のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８０】SEQ ID NO：942のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８１】SEQ ID NO：943のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図８２】SEQ ID NO：944のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８３】SEQ ID NO：945のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。
【図８４】SEQ ID NO：3601のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８５】SEQ ID NO：947のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８６】SEQ ID NO：948のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８７】SEQ ID NO：949のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８８】SEQ ID NO：951のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図８９】SEQ ID NO：952のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９０】SEQ ID NO：953のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９１】SEQ ID NO：954のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図９２】SEQ ID NO：955のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９３】SEQ ID NO：956のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９４】SEQ ID NO：957のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図９５】SEQ ID NO：959のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９６】SEQ ID NO：960のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９７】SEQ ID NO：961のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９８】SEQ ID NO：962のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図９９】SEQ ID NO：963のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図１００】SEQ ID NO：964のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図１０１】SEQ ID NO：973のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０２】SEQ ID NO：974のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０３】SEQ ID NO：3602のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０４】SEQ ID NO：976のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０５】SEQ ID NO：977のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０６】SEQ ID NO：978のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０７】SEQ ID NO：979のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０８】SEQ ID NO：980のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１０９】SEQ ID NO：981のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１０】SEQ ID NO：982のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１１】SEQ ID NO：983のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１２】SEQ ID NO：984のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１３】SEQ ID NO：985のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１４】SEQ ID NO：986のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１５】SEQ ID NO：987のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１６】SEQ ID NO：988のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１７】SEQ ID NO：989のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図１１８】SEQ ID NO：990のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１１９】SEQ ID NO：991のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、3つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２０】SEQ ID NO：992のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２１】SEQ ID NO：993のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２２】SEQ ID NO：994のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２３】SEQ ID NO：995のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、5つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２４】SEQ ID NO：996のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、6つの保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２５】SEQ ID NO：997のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２６】SEQ ID NO：3603のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２７】SEQ ID NO：999のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２８】SEQ ID NO：1000のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO: 3667)型ドメインを下線で示す。
【図１２９】SEQ ID NO：1001のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３０】SEQ ID NO：1002のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３１】SEQ ID NO：1003のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３２】SEQ ID NO：1004のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３３】SEQ ID NO：1005のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図１３４】SEQ ID NO：1006のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３５】SEQ ID NO：1007のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図１３６】SEQ ID NO：1009のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図１３７】SEQ ID NO：1010のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図１３８】SEQ ID NO：1011のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子E2F/二量体化化パートナー（TDP）ドメインを下線で示す。
【図１３９】SEQ ID NO：1016のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４０】SEQ ID NO：1017のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４１】SEQ ID NO：1018のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図１４２】SEQ ID NO：1019のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４３】SEQ ID NO：1020のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４４】SEQ ID NO：1021のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４５】SEQ ID NO：1022のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４６】SEQ ID NO：1032のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４７】SEQ ID NO：1033のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図１４８】SEQ ID NO：1038のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図１４９】SEQ ID NO：1039のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図１５０】SEQ ID NO：1040のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５１】SEQ ID NO：1041のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５２】SEQ ID NO：1042のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５３】SEQ ID NO：1043のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５４】SEQ ID NO：1044のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５５】SEQ ID NO：1045のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図１５６】SEQ ID NO：1047のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG-IおよびHMG-Y DNA結合（A+T-フック）ドメインを下線で示す。
【図１５７】SEQ ID NO：3604のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１５８】SEQ ID NO：1054のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１５９】SEQ ID NO：1056のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６０】SEQ ID NO：1057のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６１】SEQ ID NO：1058のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６２】SEQ ID NO：1059のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６３】SEQ ID NO：1060のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６４】SEQ ID NO：3605のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６５】SEQ ID NO：1068のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６６】SEQ ID NO：1069のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６７】SEQ ID NO：1070のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６８】SEQ ID NO：1073のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１６９】SEQ ID NO：1077のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１７０】SEQ ID NO：3606のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図１７１】SEQ ID NO：1081のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７２】SEQ ID NO：1082のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７３】SEQ ID NO：1086のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７４】SEQ ID NO：1087のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１７５】SEQ ID NO：3607のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子ジュモンジ（jumonji）、jmjCドメインを下線で示す。
【図１７６】SEQ ID NO：1089のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１７７】SEQ ID NO：1090のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合LIMドメインを下線で示す。
【図１７８】SEQ ID NO：1091のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１７９】SEQ ID NO：1092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８０】SEQ ID NO：3608のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８１】SEQ ID NO：1094のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合、LIMドメインを下線で示す。
【図１８２】SEQ ID NO：1095のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。
【図１８３】SEQ ID NO：1096のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図１８４】SEQ ID NO：1098のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１８５】SEQ ID NO：1099のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１８６】SEQ ID NO：1100のアミノ酸配列。表1によりサポートされる、InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス（SEQ ID NO：3668）ドメインを下線で示す。
【図１８７】SEQ ID NO：1101のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図１８８】SEQ ID NO：1102のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。
【図１８９】SEQ ID NO：1103のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９０】SEQ ID NO：1104のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９１】SEQ ID NO：1105のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９２】SEQ ID NO：3609のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９３】SEQ ID NO：3610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９４】SEQ ID NO：1108のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９５】SEQ ID NO：1109のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９６】SEQ ID NO：1110のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９７】SEQ ID NO：3611のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１９８】SEQ ID NO：1112のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。
【図１９９】SEQ ID NO：3612のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２００】SEQ ID NO：1114のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図２０１】SEQ ID NO：1115のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０２】SEQ ID NO：1116のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０３】SEQ ID NO：1117のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０４】SEQ ID NO：1118のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０５】SEQ ID NO：3613のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０６】SEQ ID NO：3614のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０７】SEQ ID NO：3615のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図２０８】SEQ ID NO：1126のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２０９】SEQ ID NO：1127のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１０】SEQ ID NO：3616のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１１】SEQ ID NO：1129のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１２】SEQ ID NO：3617のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１３】SEQ ID NO：1131のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１４】SEQ ID NO：1132のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１５】SEQ ID NO：1133のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１６】SEQ ID NO：1134のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１７】SEQ ID NO：1136のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１８】SEQ ID NO：1137のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２１９】SEQ ID NO：1138のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２０】SEQ ID NO：1140のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２１】SEQ ID NO：1142のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２２】SEQ ID NO：1144のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２３】SEQ ID NO：3618のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２４】SEQ ID NO：1146のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２５】SEQ ID NO：1148のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２６】SEQ ID NO：1150のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２７】SEQ ID NO：3619のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２８】SEQ ID NO：1154のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２２９】SEQ ID NO：3620のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３０】SEQ ID NO：1156のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３１】SEQ ID NO：1158のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３２】SEQ ID NO：1159のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３３】SEQ ID NO：1160のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３４】SEQ ID NO：3621のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３５】SEQ ID NO：1162のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３６】SEQ ID NO：1163のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３７】SEQ ID NO：1164のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３８】SEQ ID NO：1165のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２３９】SEQ ID NO：1167のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４０】SEQ ID NO：1168のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４１】SEQ ID NO：3622のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４２】SEQ ID NO：3623のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４３】SEQ ID NO：1174のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４４】SEQ ID NO：1175のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４５】SEQ ID NO：1176のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４６】SEQ ID NO：3624のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４７】SEQ ID NO：1178のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４８】SEQ ID NO：1180のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２４９】SEQ ID NO：1181のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５０】SEQ ID NO：1182のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５１】SEQ ID NO：1183のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５２】SEQ ID NO：1184のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５３】SEQ ID NO：3625のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５４】SEQ ID NO：3626のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５５】SEQ ID NO：1189のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５６】SEQ ID NO：1190のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図２５７】SEQ ID NO：1192のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織(No apical meristem)(NAM)タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２５８】SEQ ID NO：1193のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２５９】SEQ ID NO：1194のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６０】SEQ ID NO：1195のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６１】SEQ ID NO：3627のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６２】SEQ ID NO：1197のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６３】SEQ ID NO：1198のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６４】SEQ ID NO：1199のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６５】SEQ ID NO：3628のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６６】SEQ ID NO：1201のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６７】SEQ ID NO：1203のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６８】SEQ ID NO：1204のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２６９】SEQ ID NO：1205のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７０】SEQ ID NO：1206のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７１】SEQ ID NO：1209のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７２】SEQ ID NO：1210のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７３】SEQ ID NO：1211のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７４】SEQ ID NO：1213のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７５】SEQ ID NO：1214のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７６】SEQ ID NO：1215のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７７】SEQ ID NO：1217のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７８】SEQ ID NO：1219のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２７９】SEQ ID NO：1220のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８０】SEQ ID NO：1221のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８１】SEQ ID NO：1222のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８２】SEQ ID NO：1224のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８３】SEQ ID NO：1226のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８４】SEQ ID NO：1227のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８５】SEQ ID NO：1228のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８６】SEQ ID NO：1229のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２８７】SEQ ID NO：1230のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWP-RKドメイン(SEQ ID NO：3669)を下線で示す。
【図２８８】SEQ ID NO：1231のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図２８９】SEQ ID NO：1232のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９０】SEQ ID NO：3629のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９１】SEQ ID NO：1234のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９２】SEQ ID NO：1235のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図２９３】SEQ ID NO：1236のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図２９４】SEQ ID NO：1243のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９５】SEQ ID NO：1245のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９６】SEQ ID NO：1246のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９７】SEQ ID NO：1247のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図２９８】SEQ ID NO：1248のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図２９９】SEQ ID NO：1249のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３００】SEQ ID NO：1250のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０１】SEQ ID NO：1251のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０２】SEQ ID NO：1252のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０３】SEQ ID NO：1253のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０４】SEQ ID NO：1254のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０５】SEQ ID NO：1255のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０６】SEQ ID NO：1256のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０７】SEQ ID NO：1257のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０８】SEQ ID NO：1258のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３０９】SEQ ID NO：1260のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１０】SEQ ID NO：1261のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１１】SEQ ID NO：1262のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１２】SEQ ID NO：1263のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１３】SEQ ID NO：1264のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１４】SEQ ID NO：1265のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１５】SEQ ID NO：1266のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１６】SEQ ID NO：1267のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図３１７】SEQ ID NO：1268のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３１８】SEQ ID NO：1269のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３１９】SEQ ID NO：1270のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２０】SEQ ID NO：1271のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２１】SEQ ID NO：1272のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２２】SEQ ID NO：1273のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２３】SEQ ID NO：1274のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２４】SEQ ID NO：1275のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。
【図３２５】SEQ ID NO：1277のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２６】SEQ ID NO：1278のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２７】SEQ ID NO：1280のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２８】SEQ ID NO：1282のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３２９】SEQ ID NO：1283のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３０】SEQ ID NO：1285のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３１】SEQ ID NO：1286のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３２】SEQ ID NO：1287のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３３】SEQ ID NO：1288のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３４】SEQ ID NO：1289のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３５】SEQ ID NO：1291のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３６】SEQ ID NO：1292のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３７】SEQ ID NO：1294のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３８】SEQ ID NO：1296のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３３９】SEQ ID NO：1298のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４０】SEQ ID NO：1299のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４１】SEQ ID NO：1300のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４２】SEQ ID NO：1301のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４３】SEQ ID NO：1302のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４４】SEQ ID NO：1303のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４５】SEQ ID NO：1306のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４６】SEQ ID NO：1309のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４７】SEQ ID NO：1310のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４８】SEQ ID NO：1312のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。
【図３４９】SEQ ID NO：1313のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2-ドメインを下線で示す。
【図３５０】SEQ ID NO：1315のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2-ドメインを下線で示す。
【図３５１】SEQ ID NO：1317のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図３５２】SEQ ID NO：1319のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５３】SEQ ID NO：1320のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５４】SEQ ID NO：1321のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５５】SEQ ID NO：1323のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５６】SEQ ID NO：3630のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/LAAドメインを下線で示す。
【図３５７】SEQ ID NO：1325のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAタンパク質ドメインを下線で示す。
【図３５８】SEQ ID NO：1326のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３５９】SEQ ID NO：1327のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図３６０】SEQ ID NO：1328のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６１】SEQ ID NO：1329のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６２】SEQ ID NO：1330のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６３】SEQ ID NO：1332のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６４】SEQ ID NO：1333のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６５】SEQ ID NO：1334のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６６】SEQ ID NO：1338のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６７】SEQ ID NO：1339のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６８】SEQ ID NO：1340のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３６９】SEQ ID NO：1341のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３７０】SEQ ID NO：1342のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。
【図３７１】SEQ ID NO：1344のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７２】SEQ ID NO：1346のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７３】SEQ ID NO：1348のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７４】SEQ ID NO：1351のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７５】SEQ ID NO：1352のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７６】SEQ ID NO：3631のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７７】SEQ ID NO：1355のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図３７８】SEQ ID NO：1357のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３７９】SEQ ID NO：1358のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。
【図３８０】SEQ ID NO：1360のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８１】SEQ ID NO：1361のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８２】SEQ ID NO：1362のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８３】SEQ ID NO：1364のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８４】SEQ ID NO：1365のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８５】SEQ ID NO：1366のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図３８６】SEQ ID NO：1368のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８７】SEQ ID NO：1369のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８８】SEQ ID NO：1370のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３８９】SEQ ID NO：1371のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９０】SEQ ID NO：1372のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９１】SEQ ID NO：1373のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。
【図３９２】SEQ ID NO：1374のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９３】SEQ ID NO：1375のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９４】SEQ ID NO：1376のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９５】SEQ ID NO：1377のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９６】SEQ ID NO：1378のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。
【図３９７】SEQ ID NO：1382のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図３９８】SEQ ID NO：1383のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図３９９】SEQ ID NO：1384のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４００】SEQ ID NO：1385のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０１】SEQ ID NO：1386のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０２】SEQ ID NO：1387のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０３】SEQ ID NO：1388のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０４】SEQ ID NO：1389のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2 型ドメインを下線で示す。
【図４０５】SEQ ID NO：1390のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。
【図４０６】SEQ ID NO：1392のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０７】SEQ ID NO：1393のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０８】SEQ ID NO：1394のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４０９】SEQ ID NO：1395のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１０】SEQ ID NO：1396のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１１】SEQ ID NO：1397のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１２】SEQ ID NO：1398のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１３】SEQ ID NO：1399のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１４】SEQ ID NO：1400のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１５】SEQ ID NO：1401のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１６】SEQ ID NO：1402のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１７】SEQ ID NO：1403のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１８】SEQ ID NO：1404のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４１９】SEQ ID NO：1405のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図４２０】SEQ ID NO：1406のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２１】SEQ ID NO：1407のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２２】SEQ ID NO：1408のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２３】SEQ ID NO：1409のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２４】SEQ ID NO：1410のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２５】SEQ ID NO：1411のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２６】SEQ ID NO：1413のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２７】SEQ ID NO：1414のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２８】SEQ ID NO：1415のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４２９】SEQ ID NO：1416のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４３０】SEQ ID NO：1417のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン様転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストン、サブユニットAドメインを下線で示す。
【図４３１】SEQ ID NO：1418のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン−フォールド/TFIID-TAF/NF-Yドメインを下線で示す。
【図４３２】SEQ ID NO：3632のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図４３３】SEQ ID NO：1421のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図４３４】SEQ ID NO：1426のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。
【図４３５】SEQ ID NO：1427のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図４３６】SEQ ID NO：1437のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図４３７】SEQ ID NO：1438のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図４３８】SEQ ID NO：1439のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図４３９】SEQ ID NO：1440のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４０】SEQ ID NO：1441のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４１】SEQ ID NO：1442のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高異動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４２】SEQ ID NO：1443のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４３】SEQ ID NO：3633のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４４】SEQ ID NO：1445のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDドメインおよびHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４５】SEQ ID NO：1446のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスドメインを下線で示す。
【図４４６】SEQ ID NO：1448のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４７】SEQ ID NO：1454のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４８】SEQ ID NO：1455のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４４９】SEQ ID NO：3634のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５０】SEQ ID NO：1457のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５１】SEQ ID NO：1458のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５２】SEQ ID NO：1459のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５３】SEQ ID NO：1460のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５４】SEQ ID NO：1461のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５５】SEQ ID NO：1462のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５６】SEQ ID NO：1463のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５７】SEQ ID NO：1464のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５８】SEQ ID NO：1465のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４５９】SEQ ID NO：1466のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６０】SEQ ID NO：1467のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６１】SEQ ID NO：1468のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６２】SEQ ID NO：1469のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６３】SEQ ID NO：3635のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６４】SEQ ID NO：1471のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６５】SEQ ID NO：1472のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６６】SEQ ID NO：1473のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６７】SEQ ID NO：1474のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図４６８】SEQ ID NO：1475のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４６９】SEQ ID NO：1476のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７０】SEQ ID NO：1477のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７１】SEQ ID NO：1478のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７２】SEQ ID NO：1479のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７３】SEQ ID NO：1480のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子 (HSF)型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図４７４】SEQ ID NO：1483のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。
【図４７５】SEQ ID NO：1484のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７６】SEQ ID NO：3636のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７７】SEQ ID NO：1486のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質 LIMドメインを下線で示す。
【図４７８】SEQ ID NO：1487のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４７９】SEQ ID NO：1488のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８０】SEQ ID NO：1489のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８１】SEQ ID NO：1490のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８２】SEQ ID NO：1491のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８３】SEQ ID NO：1492のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８４】SEQ ID NO：1493のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８５】SEQ ID NO：1494のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８６】SEQ ID NO：1495のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)およびKボックスドメインを下線で示す。
【図４８７】SEQ ID NO：1496のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８８】SEQ ID NO：1497のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４８９】SEQ ID NO：1498のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９０】SEQ ID NO：1499のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９１】SEQ ID NO：1500のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９２】SEQ ID NO：1501のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９３】SEQ ID NO：1502のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)およびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９４】SEQ ID NO：1503のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９５】SEQ ID NO：1504のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９６】SEQ ID NO：1506のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９７】SEQ ID NO：1507のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図４９８】SEQ ID NO：1508のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図４９９】SEQ ID NO：1509のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図５００】SEQ ID NO：1510のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０１】SEQ ID NO：1511のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０２】SEQ ID NO：1512のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。
【図５０３】SEQ ID NO：1513のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０４】SEQ ID NO：1515のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０５】SEQ ID NO：1516のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０６】SEQ ID NO：1517のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図５０７】SEQ ID NO：1518のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５０８】SEQ ID NO：3637のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５０９】SEQ ID NO：1520のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１０】SEQ ID NO：3638のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１１】SEQ ID NO：1522のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１２】SEQ ID NO：3639のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１３】SEQ ID NO：1526のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１４】SEQ ID NO：3640のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１５】SEQ ID NO：3641のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１６】SEQ ID NO：3642のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１７】SEQ ID NO：1531のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１８】SEQ ID NO：1532のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５１９】SEQ ID NO：1533のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２０】SEQ ID NO：1534のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２１】SEQ ID NO：1535のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２２】SEQ ID NO：1536のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２３】SEQ ID NO：1537のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２４】SEQ ID NO：1538のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２５】SEQ ID NO：1539のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２６】SEQ ID NO：1540のアミノ酸配列。SEQ ID NO：768のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２７】SEQ ID NO：1541のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２８】SEQ ID NO：1542のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５２９】SEQ ID NO：1543のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３０】SEQ ID NO：1544のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３１】SEQ ID NO：1545のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３２】SEQ ID NO：1546のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３３】SEQ ID NO：1547のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３４】SEQ ID NO：1548のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３５】SEQ ID NO：1550のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３６】SEQ ID NO：1551のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３７】SEQ ID NO：1552のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３８】SEQ ID NO：1553のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５３９】SEQ ID NO：1554のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４０】SEQ ID NO：1555のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４１】SEQ ID NO：1556のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４２】SEQ ID NO：1557のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４３】SEQ ID NO：1558のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４４】SEQ ID NO：3643のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４５】SEQ ID NO：1560のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４６】SEQ ID NO：1561のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５４７】SEQ ID NO：1562のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合メインを下線で示す。
【図５４８】SEQ ID NO：1564のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合メインを下線で示す。
【図５４９】SEQ ID NO：1565のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５０】SEQ ID NO：1569のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５１】SEQ ID NO：1570のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５２】SEQ ID NO：1571のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図５５３】SEQ ID NO：1572のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５４】SEQ ID NO：1573のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５５】SEQ ID NO：3644のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５６】SEQ ID NO：1576のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５７】SEQ ID NO：1578のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５８】SEQ ID NO：1579のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５５９】SEQ ID NO：1580のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６０】SEQ ID NO：1581のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６１】SEQ ID NO：1582のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６２】SEQ ID NO：1584のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６３】SEQ ID NO：1585のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６４】SEQ ID NO：1586のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６５】SEQ ID NO：1587のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６６】SEQ ID NO：1588のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６７】SEQ ID NO：1589のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６８】SEQ ID NO：1590のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５６９】SEQ ID NO：1591のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７０】SEQ ID NO：1592のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７１】SEQ ID NO：1593のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７２】SEQ ID NO：1594のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７３】SEQ ID NO：1595のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７４】SEQ ID NO：1596のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWP-RKドメイン(SEQ ID NO：3669)を下線で示す。
【図５７５】SEQ ID NO：3645のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたクロモドメインを下線で示す。
【図５７６】SEQ ID NO：1598のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線で示す。
【図５７７】SEQ ID NO：1599のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線で示す。
【図５７８】SEQ ID NO：1603のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５７９】SEQ ID NO：1605のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５８０】SEQ ID NO：3646のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図５８１】SEQ ID NO：1607のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８２】SEQ ID NO：1608のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８３】SEQ ID NO：1609のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８４】SEQ ID NO：1610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図５８５】SEQ ID NO：1626のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８６】SEQ ID NO：1628のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８７】SEQ ID NO：1629のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図５８８】SEQ ID NO：1630のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５８９】SEQ ID NO：1631のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９０】SEQ ID NO：1632のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９１】SEQ ID NO：1633のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９２】SEQ ID NO：1634のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９３】SEQ ID NO：1635のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９４】SEQ ID NO：3647のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９５】SEQ ID NO：1637のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９６】SEQ ID NO：1638のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９７】SEQ ID NO：1639のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９８】SEQ ID NO：1640のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図５９９】。
【図６００】SEQ ID NO：832のアミノ酸配列。保存された病因関連の転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図６０１】SEQ ID NO：859のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示し、保存された転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。
【図６０２】SEQ ID NO：860のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０３】SEQ ID NO：861のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０４】SEQ ID NO：3648のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。
【図６０５】SEQ ID NO：863のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０６】SEQ ID NO：864のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０７】SEQ ID NO：865のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。
【図６０８】SEQ ID NO：866のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図６０９】SEQ ID NO：896のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図６１０】SEQ ID NO：900のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１１】SEQ ID NO：901のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１２】SEQ ID NO：902のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１３】SEQ ID NO：903のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６１４】SEQ ID NO：912のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１５】SEQ ID NO：913のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１６】SEQ ID NO：915のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６１７】SEQ ID NO：916のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１８】SEQ ID NO：918のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６１９】SEQ ID NO：921のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２０】SEQ ID NO：922のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６２１】SEQ ID NO：923のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示す。
【図６２２】SEQ ID NO：924のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２３】SEQ ID NO：926のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２４】SEQ ID NO：927のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２５】SEQ ID NO：928のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６２６】SEQ ID NO：929のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図６２７】SEQ ID NO：940のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６２８】SEQ ID NO：941のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図６２９】SEQ ID NO：950のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図６３０】SEQ ID NO：968のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図６３１】SEQ ID NO：970のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６３２】SEQ ID NO：971のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図６３３】SEQ ID NO：972のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図６３４】SEQ ID NO：1008のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YB サブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図６３５】SEQ ID NO：1014のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図６３６】SEQ ID NO：1023のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６３７】SEQ ID NO：1024のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図６３８】SEQ ID NO：1031のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６３９】SEQ ID NO：1034のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４０】SEQ ID NO：1035のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４１】SEQ ID NO：1036のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図６４２】SEQ ID NO：1046のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図６４３】SEQ ID NO：1048のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。
【図６４４】SEQ ID NO：1050のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを太字／下線で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６４５】SEQ ID NO：1051のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図６４６】SEQ ID NO：1052のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６４７】SEQ ID NO：1060のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。
【図６４８】SEQ ID NO：1062のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図６４９】SEQ ID NO：1063のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。HD-ZIPのN-末端タンパク質ドメインを斜体で示す。
【図６５０】SEQ ID NO：1064のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６５１】SEQ ID NO：1066のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを太字で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを下線で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフを斜体で示す。
【図６５２】SEQ ID NO：1067のアミノ酸配列。ELKドメインを下線で示し、KNOX1ドメインを太字で示し、およびKNOX2ドメインを太字／斜体で示す。
【図６５３】SEQ ID NO：1071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。
【図６５４】SEQ ID NO：1072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図６５５】SEQ ID NO：1074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図６５６】SEQ ID NO：1075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、POXドメインを太字で示す。
【図６５７】SEQ ID NO：1076のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを斜体で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字／斜体で示す。
【図６５８】SEQ ID NO：1079のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図６５９】SEQ ID NO：1080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。I型不凍化タンパク質ドメインドメインを太字／斜体で示す。
【図６６０】SEQ ID NO：1083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６６１】SEQ ID NO：1084のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型 DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図６６２】SEQ ID NO：1085のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図６６３】SEQ ID NO：1097のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。
【図６６４】SEQ ID NO：3649のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図６６５】SEQ ID NO：1123のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図６６６】SEQ ID NO：1125のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3671)ファミリードメインを下線で示す。
【図６６７】SEQ ID NO：1135のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、ヒストン H1/H5ドメインを太字で示す。
【図６６８】SEQ ID NO：1139のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６６９】SEQ ID NO：1141のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７０】SEQ ID NO：1143のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７１】SEQ ID NO：1149のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７２】SEQ ID NO：1152のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７３】SEQ ID NO：1157のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、二つの Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７４】SEQ ID NO：1166のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６７５】SEQ ID NO：1169のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、ヒストンH1/H5ドメインを太字で示す。
【図６７６】SEQ ID NO：1170のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７７】SEQ ID NO：1173のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６７８】SEQ ID NO：3650のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。
【図６７９】SEQ ID NO：1186のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６８０】SEQ ID NO：1187のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図６８１】SEQ ID NO：1202のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図６８２】SEQ ID NO：1207のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８３】SEQ ID NO：1208のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８４】SEQ ID NO：1212のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８５】SEQ ID NO：1214のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８６】SEQ ID NO：1216のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８７】SEQ ID NO：1225のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図６８８】SEQ ID NO：1237のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図６８９】SEQ ID NO：1238のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。
【図６９０】SEQ ID NO：1239のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図６９１】SEQ ID NO：1243のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図６９２】SEQ ID NO：1244のアミノ酸配列。保存されたサイクリン様Fボックスファミリードメインを下線で示し、tubbyファミリードメインを太字で示す。
【図６９３】SEQ ID NO：1245のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様 Fボックスドメインを斜体で示す。
【図６９４】SEQ ID NO：1250のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図６９５】SEQ ID NO：1253のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図６９６】SEQ ID NO：1254のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図６９７】SEQ ID NO：1255のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図６９８】SEQ ID NO：1259のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図６９９】SEQ ID NO：1263のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図７００】SEQ ID NO：1264のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図７０１】SEQ ID NO：1265のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図７０２】SEQ ID NO：1266のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図７０３】SEQ ID NO：1267のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図７０４】SEQ ID NO：1973のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。
【図７０５】SEQ ID NO：3651のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。
【図７０６】SEQ ID NO：1975のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０７】SEQ ID NO：1976のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０８】SEQ ID NO：1977のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７０９】SEQ ID NO：1978のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１０】SEQ ID NO：1979のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１１】SEQ ID NO：1980のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１２】SEQ ID NO：1981のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１３】SEQ ID NO：1982のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１４】SEQ ID NO：1983のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１５】SEQ ID NO：1984のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図７１６】SEQ ID NO：1985のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図７１７】SEQ ID NO：1986のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７１８】SEQ ID NO：1987のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７１９】SEQ ID NO：1988のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図７２０】SEQ ID NO：1989のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２１】SEQ ID NO：1990のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２２】SEQ ID NO：1991のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAドメインを下線で示す。
【図７２３】SEQ ID NO：1992のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図７２４】SEQ ID NO：1993のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図７２５】SEQ ID NO：1994のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７２６】SEQ ID NO：1995のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７２７】SEQ ID NO：1996のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７２８】SEQ ID NO：1997のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７２９】SEQ ID NO：1998のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３０】SEQ ID NO：1999のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３１】SEQ ID NO：2000のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３２】SEQ ID NO：2001のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３３】SEQ ID NO：2002のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図７３４】SEQ ID NO：2003のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３５】SEQ ID NO：2004のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３６】SEQ ID NO：2005のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図７３７】SEQ ID NO：2007のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７３８】SEQ ID NO：2008のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７３９】SEQ ID NO：2009のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４０】SEQ ID NO：2010のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４１】SEQ ID NO：2012のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４２】SEQ ID NO：2013のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図７４３】SEQ ID NO：2014のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーを下線で示し、constans亜鉛フィンガードメインを太字で示す。
【図７４４】SEQ ID NO：2015のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７４５】SEQ ID NO：2016のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７４６】SEQ ID NO：2018のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７４７】SEQ ID NO：2019のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７４８】SEQ ID NO：2020のアミノ酸配列。保存されたI型不凍化タンパク質ドメインを下線で示す。
【図７４９】SEQ ID NO：2021のアミノ酸配列。保存されC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７５０】SEQ ID NO：2022のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５１】SEQ ID NO：2024のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図７５２】SEQ ID NO：2025のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５３】SEQ ID NO：2026のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７５４】SEQ ID NO：2027のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。
【図７５５】SEQ ID NO：2028のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。
【図７５６】SEQ ID NO：2029のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図７５７】SEQ ID NO：2030のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域 RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを太字で示す。
【図７５８】SEQ ID NO：2031のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型Znフィンガードメインを下線で示す。
【図７５９】SEQ ID NO：2032のアミノ酸配列。保存されたG-タンパク質ベータWD-40反複ドメインを下線で示し、Trp-Asp（WD）反復シグネチャーを太字で示す。C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを斜体で示す。
【図７６０】SEQ ID NO：2033のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、保存されたZnフィンガー、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型ドメインを下線で示す。
【図７６１】SEQ ID NO：2034のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。
【図７６２】SEQ ID NO：2035のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図７６３】SEQ ID NO：2036のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、保存されたCysおよびHis残基を太字で、RNA結合領域RNP-1（RNA認識モチーフ）を太字／斜体で示す。
【図７６４】SEQ ID NO：2037のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６５】SEQ ID NO：2038のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンドメインを下線で示す。
【図７６６】SEQ ID NO：2039のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YBサブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図７６７】SEQ ID NO：2040のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６８】SEQ ID NO：2041のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。
【図７６９】SEQ ID NO：2042のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンを下線で示す。
【図７７０】SEQ ID NO：2043のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインドメインを太字で示す。
【図７７１】SEQ ID NO：2044のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７２】SEQ ID NO：2045のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７３】SEQ ID NO：2046のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７４】SEQ ID NO：2047のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。
【図７７５】SEQ ID NO：2049のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７６】SEQ ID NO：2050のアミノ酸配列。応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７７】SEQ ID NO：2051のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図７７８】SEQ ID NO：2052のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。
【図７７９】SEQ ID NO：2053のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８０】SEQ ID NO：2054のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８１】SEQ ID NO：2055のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８２】SEQ ID NO：2056のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８３】SEQ ID NO：2057のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８４】SEQ ID NO：2058のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８５】SEQ ID NO：2059のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８６】SEQ ID NO：2060のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８７】SEQ ID NO：2061のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８８】SEQ ID NO：2062のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７８９】SEQ ID NO：2063のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図７９０】SEQ ID NO：2064のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図７９１】SEQ ID NO：2065のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスを下線で示す。
【図７９２】SEQ ID NO：2066のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図７９３】SEQ ID NO：2067のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。
【図７９４】SEQ ID NO：2068のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図７９５】SEQ ID NO：2069のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。ELKドメインを斜体で示し、KNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図７９６】SEQ ID NO：2070のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で示す。ホメオボックス関連のロイシンジッパーを太字で示す。HD-ZIPタンパク質ドメインのN末端を斜体で示す。
【図７９７】SEQ ID NO：2071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字／斜体で示す。
【図７９８】SEQ ID NO：2072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、ならびにKNOX 1および2ドメインを太字で示す。
【図７９９】SEQ ID NO：2073のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８００】SEQ ID NO：2074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８０１】SEQ ID NO：2075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。
【図８０２】SEQ ID NO：3652のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／斜体で示し、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図８０３】SEQ ID NO：2077のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８０４】SEQ ID NO：2078のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスシグネチャー1を中抜き文字で示し、保存されたホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を二重線で、ロイシン残基を太字で示す。
【図８０５】SEQ ID NO：2079のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示し、保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインシグネチャーを中抜き文字で示す。
【図８０６】SEQ ID NO：2080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８０７】SEQ ID NO：2081のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図８０８】SEQ ID NO：2082のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８０９】SEQ ID NO：2083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８１０】SEQ ID NO：2084のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示し、ジュモンジN（jmjN）ドメインを太字で示し、およびC5HC2型亜鉛フィンガーを太字／下線で示す。
【図８１１】SEQ ID NO：2085のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示す。
【図８１２】SEQ ID NO：2087のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ドメインを下線で示す。
【図８１３】SEQ ID NO：2088のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。
【図８１４】SEQ ID NO：3653のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図８１５】SEQ ID NO：2090のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１６】SEQ ID NO：2091のアミノ酸配列。保存されたMADS ボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１７】SEQ ID NO：2092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図８１８】SEQ ID NO：2095のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８１９】SEQ ID NO：2098のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。
【図８２０】SEQ ID NO：2099のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８２１】SEQ ID NO：3654のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様 DNA結合ドメインを太字で示す。
【図８２２】SEQ ID NO：3655のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２３】SEQ ID NO：2102のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２４】SEQ ID NO：3656のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２５】SEQ ID NO：2104のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２６】SEQ ID NO：2105のアミノ酸配列。保存されたMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２７】SEQ ID NO：2106のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８２８】SEQ ID NO：2107のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図８２９】SEQ ID NO：2108のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示す。
【図８３０】SEQ ID NO：3657のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３１】SEQ ID NO：2110のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３２】SEQ ID NO：2111のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８３３】SEQ ID NO：2112のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３４】SEQ ID NO：2113のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３５】SEQ ID NO：2114のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３６】SEQ ID NO：2115のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８３７】SEQ ID NO：2116のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８３８】SEQ ID NO：2117のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８３９】SEQ ID NO：2118のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４０】SEQ ID NO：2119のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４１】SEQ ID NO：2120のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４２】SEQ ID NO：2121のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４３】SEQ ID NO：2122のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４４】SEQ ID NO：2123のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４５】SEQ ID NO：2124のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４６】SEQ ID NO：2125のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８４７】SEQ ID NO：2126のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４８】SEQ ID NO：2127のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８４９】SEQ ID NO：2128のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図８５０】SEQ ID NO：2129のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５１】SEQ ID NO：2130のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５２】SEQ ID NO：2131のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８５３】SEQ ID NO：2132のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。
【図８５４】SEQ ID NO：2134のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８５５】SEQ ID NO：2136のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。
【図８５６】SEQ ID NO：2138のアミノ酸配列。保存されたWRKY DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８５７】SEQ ID NO：2139のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図８５８】SEQ ID NO：2140のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメイン(SEQ ID NO：3670)を下線で示す。
【図８５９】SEQ ID NO：2141のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図８６０】SEQ ID NO：1295のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図８６１】SEQ ID NO：1314のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図８６２】SEQ ID NO：1318のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示し、AUX/IAAファミリードメインを太字で示す。
【図８６３】SEQ ID NO：1322のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図８６４】SEQ ID NO：1347のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６５】SEQ ID NO：1350のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６６】SEQ ID NO：1356のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図８６７】SEQ ID NO：1381のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図８６８】SEQ ID NO：1391のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図８６９】SEQ ID NO：1412のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。
【図８７０】SEQ ID NO：1422のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。
【図８７１】SEQ ID NO：1423のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図８７２】SEQ ID NO：1429のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７３】SEQ ID NO：3658のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７４】SEQ ID NO：3659のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７５】SEQ ID NO：1432のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７６】SEQ ID NO：1433のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７７】SEQ ID NO：1434のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７８】SEQ ID NO：1436のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８７９】SEQ ID NO：1447のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。
【図８８０】SEQ ID NO：3660のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８８１】SEQ ID NO：1452のアミノ酸配列。保存されたZF-HDクラスホメオボックスドメインを下線で示し、ZF-HDホメオボックスタンパク質 Cys/His-rich二量体化ドメインを太字で示す。
【図８８２】SEQ ID NO：3661のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８８３】SEQ ID NO：1481のアミノ酸配列。保存されたFloricaula/leafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８８４】SEQ ID NO：1482のアミノ酸配列。保存されたFloricaula/leafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８８５】SEQ ID NO：1505のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、MADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字／斜体で示す。
【図８８６】SEQ ID NO：1514のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。
【図８８７】SEQ ID NO：1523のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８８８】SEQ ID NO：1525のアミノ酸配列。保存されたMIPファミリードメインを下線で示し、MIPファミリーシグネチャーを太字で示す。
【図８８９】SEQ ID NO：1549のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９０】SEQ ID NO：1563のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９１】SEQ ID NO：1566のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図８９２】SEQ ID NO：1567のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９３】SEQ ID NO：1568のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図８９４】SEQ ID NO：1577のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図８９５】SEQ ID NO：1601のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメイを下線で示す。
【図８９６】SEQ ID NO：1604のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図８９７】SEQ ID NO：3662のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。
【図８９８】SEQ ID NO：1613のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図８９９】SEQ ID NO：1625のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。
【図９００】SEQ ID NO：1627のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tub ファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様 Fボックスドメインを斜体で示す。
【図９０１】SEQ ID NO：2142のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９０２】SEQ ID NO：2143のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０３】SEQ ID NO：2144のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０４】SEQ ID NO：2145のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０５】SEQ ID NO：2146のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０６】SEQ ID NO：2147のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９０７】SEQ ID NO：2148のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０８】SEQ ID NO：2149のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９０９】SEQ ID NO：2150のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１０】SEQ ID NO：2151のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１１】SEQ ID NO：2152のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１２】SEQ ID NO：2153のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１３】SEQ ID NO：2154のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９１４】SEQ ID NO：2155のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。
【図９１５】SEQ ID NO：2156のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１６】SEQ ID NO：2157のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１７】SEQ ID NO：2158のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１８】SEQ ID NO：2159のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９１９】SEQ ID NO：2160のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２０】SEQ ID NO：2161のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２１】SEQ ID NO：2162のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２２】SEQ ID NO：2163のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。
【図９２３】SEQ ID NO：2164のアミノ酸配列。保存されたARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを下線で示す。
【図９２４】SEQ ID NO：2165のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスを下線で示し、ARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを太字で示す。
【図９２５】SEQ ID NO：2166のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示し、ARID（AT-rich相互作用ドメイン）タンパク質ドメインを太字で示す。
【図９２６】SEQ ID NO：2167のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図９２７】SEQ ID NO：2168のアミノ酸配列。保存されたAUX/IAAファミリードメインを下線で示す。
【図９２８】SEQ ID NO：2169のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９２９】SEQ ID NO：2170のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３０】SEQ ID NO：2171のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３１】SEQ ID NO：2173のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３２】SEQ ID NO：2174のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３３】SEQ ID NO：2175のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３４】SEQ ID NO：2176のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３５】SEQ ID NO：2178のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３６】SEQ ID NO：2179のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９３７】SEQ ID NO：2180のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３８】SEQ ID NO：2181のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ドメインを下線で示す。
【図９３９】SEQ ID NO：2182のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４０】SEQ ID NO：2183のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４１】SEQ ID NO：2184のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４２】SEQ ID NO：2185のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（bHLH）二量体化ファミリードメインを下線で示す。
【図９４３】SEQ ID NO：2186のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４４】SEQ ID NO：2187のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４５】SEQ ID NO：2188のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図９４６】SEQ ID NO：2189のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図９４７】SEQ ID NO：2190のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４８】SEQ ID NO：2191のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパー（bZIP）転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９４９】SEQ ID NO：2193のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５０】SEQ ID NO：2194のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９５１】SEQ ID NO：2195のアミノ酸配列。保存されたGATA型亜鉛フィンガーンを下線で示す。
【図９５２】SEQ ID NO：2196のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５３】SEQ ID NO：2197のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９５４】SEQ ID NO：2198のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５５】SEQ ID NO：2199のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９５６】SEQ ID NO：2201のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。
【図９５７】SEQ ID NO：2202のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９５８】SEQ ID NO：2203のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９５９】SEQ ID NO：2205のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６０】SEQ ID NO：2206のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９６１】SEQ ID NO：2207のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６２】SEQ ID NO：2208のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９６３】SEQ ID NO：2209のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９６４】SEQ ID NO：2210のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図９６５】SEQ ID NO：2212のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域 RNP-1（RNA認識モチーフ）ファミリードメインを下線で示し、C-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを太字で示す。
【図９６６】SEQ ID NO：2213のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。
【図９６７】SEQ ID NO：2214のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーを下線で示す。
【図９６８】SEQ ID NO：2215のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。
【図９６９】SEQ ID NO：2216のアミノ酸配列。保存されたC-x8-C-x5-C-x3-H(SEQ ID NO：3667)型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９７０】SEQ ID NO：2217のアミノ酸配列。保存された転写因子CBF/NF-Y/古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBF-A/NF-YBサブユニットシグネチャーを太字で示す。
【図９７１】SEQ ID NO：2218のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７２】SEQ ID NO：2219のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７３】SEQ ID NO：2220のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。
【図９７４】SEQ ID NO：2221のアミノ酸配列。保存されたTesmin/TSO1様CXCドメインを下線で示す。
【図９７５】SEQ ID NO：2222のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図９７６】SEQ ID NO：2223のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F/二量体化パートナー（TDP）ファミリードメインを下線で示す。
【図９７７】SEQ ID NO：2224のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。
【図９７８】SEQ ID NO：2225のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図９７９】SEQ ID NO：2226のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。
【図９８０】SEQ ID NO：2228のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８１】SEQ ID NO：2229のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを太字で示す。
【図９８２】SEQ ID NO：2230のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを下線で示す。
【図９８３】SEQ ID NO：2231のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８４】SEQ ID NO：2232のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図９８５】SEQ ID NO：2233のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。
【図９８６】SEQ ID NO：2234のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８７】SEQ ID NO：2235のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８８】SEQ ID NO：2236のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。
【図９８９】SEQ ID NO：2237のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図９９０】SEQ ID NO：2238のアミノ酸配列。保存されたGRAS ファミリードメインを下線で示す。
【図９９１】SEQ ID NO：2239のアミノ酸配列。保存されたHMG1/2（高移動度群）ボックスファミリードメインを下線で示す。
【図９９２】SEQ ID NO：2240のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字／下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパー（HALZ）を太字で示す。
【図９９３】SEQ ID NO：2241のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示す。
【図９９４】SEQ ID NO：2242のアミノ酸配列。保存されたPOXファミリードメインを下線で示す。
【図９９５】SEQ ID NO：2244のアミノ酸配列。保存されたPHDフィンガー亜鉛フィンガードメインを下線で示す。
【図９９６】SEQ ID NO：2246のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。
【図９９７】SEQ ID NO：2247のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたPOXドメインを斜体で示す。
【図９９８】SEQ ID NO：2248のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。
【図９９９】SEQ ID NO：2249のアミノ酸配列。保存されたた熱ショック因子（HSF）型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。
【図１０００】SEQ ID NO：2250のアミノ酸配列。保存されたジュモンジC（jmjC）ファミリードメインを下線で示す。
【図１００１】SEQ ID NO：2252のアミノ酸配列。保存されたLIM亜鉛結合タンパク質ドメインを下線で示し、LIMドメインシグネチャーを太字で示す。
【図１００２】SEQ ID NO：2255のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示す。
【図１００３】SEQ ID NO：2256のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス(SEQ ID NO：3668)ドメインを下線で示し、保存されたMADSボックスシグネチャー1を太字で示す。
【図１００４】SEQ ID NO：2257のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００５】SEQ ID NO：2258のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００６】SEQ ID NO：2259のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１００７】SEQ ID NO：2260のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１００８】SEQ ID NO：2261のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、SHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。
【図１００９】SEQ ID NO：2262のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１０】SEQ ID NO：2263のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１１】SEQ ID NO：2264のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１２】SEQ ID NO：3663のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１３】SEQ ID NO：2266のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１４】SEQ ID NO：2267のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１５】SEQ ID NO：2268のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYF(SEQ ID NO：3671)クラスMyb様 DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１６】SEQ ID NO：2269のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１７】SEQ ID NO：2270のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０１８】SEQ ID NO：2271のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０１９】SEQ ID NO：2272のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０２０】SEQ ID NO：2273のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示し、Myb DNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。
【図１０２１】SEQ ID NO：2274のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２２】SEQ ID NO：2275のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２３】SEQ ID NO：2276のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２４】SEQ ID NO：2277のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２５】SEQ ID NO：2278のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。
【図１０２６】SEQ ID NO：2279のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。
【図１０２７】SEQ ID NO：3664のアミノ酸配列。保存された植物調整因子RWP-RK(SEQ ID NO：3669)ドメインを下線で示し、octicosapeptide/Phox/Bem 1pを太字で示す。
【図１０２８】SEQ ID NO：2281のアミノ酸配列。保存された糖輸送体ファミリードメインを下線で示し、糖輸送タンパク質シグネチャー1を太字で示し、および糖輸送タンパク質シグネチャー2を太字／斜体で示す。
【図１０２９】SEQ ID NO：2282のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示し、転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。
【図１０３０】SEQ ID NO：3665のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３１】SEQ ID NO：2284のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３２】SEQ ID NO：3666のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３３】SEQ ID NO：2286のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３４】SEQ ID NO：2287のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。
【図１０３５】SEQ ID NO：2288のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０３６】SEQ ID NO：2289のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３７】SEQ ID NO：2290のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３８】SEQ ID NO：2291のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０３９】SEQ ID NO：2292のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０４０】SEQ ID NO：2293のアミノ酸配列。保存されたドメインは同定されていない。
【図１０４１】SEQ ID NO：2294のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０４２】SEQ ID NO：2295のアミノ酸配列。保存されたMyb DNA結合ドメインを下線で示す。
【図１０４３】SEQ ID NO：2296のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。
【図１０４４】SEQ ID NO：2297のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。
【図１０４５】SEQ ID NO：2298のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１０４６】SEQ ID NO：2299のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０４７】SEQ ID NO：2300のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０４８】SEQ ID NO：2301のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１０４９】SEQ ID NO：2302のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０５０】SEQ ID NO：2303のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ファミリードメインを下線で示す。
【図１０５１】SEQ ID NO：2304のアミノ酸配列。保存されたWRKY(SEQ ID NO：3670)ドメインを下線で示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
0004909072.tif 000685
【図８】
0004909072.tif 000686
【図９】
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【図１０】
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【図１１】
0004909072.tif 000689
【図１２】
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【図１３】
0004909072.tif 000691
【図１４】
0004909072.tif 000692
【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
0004909072.tif 000702
【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
0004909072.tif 000705
【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
0004909072.tif 000709
【図３２】
0004909072.tif 000710
【図３３】
0004909072.tif 000711
【図３４】
0004909072.tif 000712
【図３５】
0004909072.tif 000713
【図３６】
0004909072.tif 000714
【図３７】
0004909072.tif 000715
【図３８】
0004909072.tif 000716
【図３９】
0004909072.tif 000717
【図４０】
0004909072.tif 000718
【図４１】
0004909072.tif 000719
【図４２】
0004909072.tif 000720
【図４３】
0004909072.tif 000721
【図４４】
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【図４５】
0004909072.tif 000723
【図４６】
0004909072.tif 000724
【図４７】
0004909072.tif 000725
【図４８】
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【図４９】
0004909072.tif 000727
【図５０】
0004909072.tif 000728
【図５１】
0004909072.tif 000729
【図５２】
0004909072.tif 000730
【図５３】
0004909072.tif 000731
【図５４】
0004909072.tif 000732
【図５５】
0004909072.tif 000733
【図５６】
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【図５７】
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【図５８】
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【図５９】
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【図６０】
0004909072.tif 000738
【図６１】
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【図６２】
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【図６３】
0004909072.tif 000741
【図６４】
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【図６５】
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【図６６】
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【図６７】
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【図６８】
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【図６９】
0004909072.tif 000747
【図７０】
0004909072.tif 000748
【図７１】
0004909072.tif 000749
【図７２】
0004909072.tif 000750
【図７３】
0004909072.tif 000751
【図７４】
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【図７５】
0004909072.tif 000753
【図７６】
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【図７７】
0004909072.tif 000755
【図７８】
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【図７９】
0004909072.tif 000757
【図８０】
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【図８１】
0004909072.tif 000759
【図８２】
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【図８３】
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【図８４】
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【図８５】
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【図８６】
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【図８７】
0004909072.tif 000765
【図８８】
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【図８９】
0004909072.tif 000767
【図９０】
0004909072.tif 000768
【図９１】
0004909072.tif 000769
【図９２】
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【図９３】
0004909072.tif 000771
【図９４】
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【図９５】
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【図９６】
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【図９７】
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【図９８】
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【図９９】
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【図１００】
0004909072.tif 000778
【図１０１】
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【図１０２】
0004909072.tif 000780
【図１０３】
0004909072.tif 000781
【図１０４】
0004909072.tif 000782
【図１０５】
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【図１０６】
0004909072.tif 000784
【図１０７】
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【図１０８】
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【図１０９】
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【図１１０】
0004909072.tif 000788
【図１１１】
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【図１１２】
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【図１１３】
0004909072.tif 000791
【図１１４】
0004909072.tif 000792
【図１１５】
0004909072.tif 000793
【図１１６】
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【図１１７】
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【図１１８】
0004909072.tif 000796
【図１１９】
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【図１２０】
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【図１２１】
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【図１２２】
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【図１２３】
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【図１２４】
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【図１２５】
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【図１２６】
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【図１２７】
0004909072.tif 000805
【図１２８】
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【図１２９】
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【図１３０】
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【図１３１】
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【図１３２】
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【図１３３】
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【図１３４】
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【図１３５】
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【図１３６】
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【図１３７】
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【図１３８】
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【図１３９】
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【図６８４】
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【図６８５】
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【図６８６】
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【図６８７】
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【図６８８】
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【図６８９】
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【図６９０】
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【図６９１】
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【図６９２】
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【図６９３】
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【図６９５】
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【図６９６】
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【図６９７】
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【図６９９】
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【図７００】
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【図７０１】
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【図７５５】
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【図７５６】
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【図７５７】