【手続補正書】
【提出日】平成30年7月31日(2018.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a)(i)オリゴ糖又は多糖反復単位を生成するグリコシルトランスフェラーゼ、及び(ii) ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位の合成に十分なグリコシルトランスフェラーゼをコードする核酸であって、前記反復単位が還元末端にヘキソースを含まず、前記オリゴ糖又は多糖反復単位が還元末端にヘキソースを含むドナーオリゴ糖又は多糖反復単位に由来する、核酸;及び
b)N-グリコシル化コンセンサス配列を含むキャリアタンパク質をコードする核酸;及び  c)オリゴサッカリルトランスフェラーゼをコードする核酸;及び
d)ポリメラーゼ(wzy)をコードする核酸であって、ポリメラーゼがハイブリッドオリゴ糖又は多糖の生成を触媒し、ここで、ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、(i)第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含み、(ii)他の全ての反復単位の還元末端にヘキソース単糖を含む、核酸
を含む原核宿主細胞。
【請求項２】
前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに又はそれに加えて、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むことを除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖がドナーオリゴ糖又は多糖と同一である、請求項1に記載の宿主細胞。
【請求項３】
前記宿主細胞が、(i)ヘキソース単糖誘導体をウンデカプレニルピロリン酸(UND-PP)上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼ、場合によりwecA、場合により大腸菌由来のもの、及び(ii)UND-PP上に集合したヘキソース単糖誘導体に単糖を付加することができる1つ以上のグリコシルトランスフェラーゼを含む、請求項1〜2のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項４】
前記ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、アセトアミド基、例えば、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(FucNAc)、N-アセチルキノボサミン(QuiNAc)で修飾される任意の単糖である、請求項3に記載の宿主細胞。
【請求項５】
ヘキソース単糖誘導体に単糖を付加することができる前記1つ以上のグリコシルトランスフェラーゼが、シゲラ・ボイディ(Shigella boyedii)由来のガラクトシルトランスフェラーゼ(wfeD)若しくは大腸菌O28由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wbeY)若しくは大腸菌O167由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wfdK)であり、又は大腸菌O28由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wbeY)及び大腸菌O167由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wfdK)である、請求項3〜4のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項６】
ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、(i)肺炎球菌CP14由来のwchL及び/又はwchM、並びに/あるいは(ii)肺炎球菌CP33F由来のwciC、wciD、wciE、及び/又はwciFを含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項７】
前記宿主細胞が、(i)ヘキソース単糖誘導体をウンデカプレニルピロリン酸(UND-PP)上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼ、場合によりwecA、場合により大腸菌由来のもの、及び(ii)ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位をヘキソース単糖誘導体上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼを含み、場合により(a)場合により大腸菌O21由来のガラクトシルトランスフェラーゼ(wciP)、及び/又は(b)場合により大腸菌O21由来のグルコシルトランスフェラーゼ(wciQ)を含み、場合によりさらに単糖を修飾することができる酵素、場合によりエピメラーゼ又はラセマーゼ、例えば大腸菌O157由来のZ3206を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項８】
ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、肺炎球菌CP14由来のwchL及びwchMを含む、請求項7に記載の宿主細胞。
【請求項９】
前記宿主細胞が、(i)莢膜多糖ポリメラーゼ(wzy)又はO抗原ポリメラーゼ(wzy)をコードする核酸であって、場合により前記ポリメラーゼが、肺炎球菌由来であり、場合により肺炎球菌CP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A及びB)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14 CP15(A、B、C、F)、CP16(A、F)、CP17(A、F)、CP18(A、B、C、F)、CP19(A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22(A、F)、CP23(A、B、F)、CP24(A、B、F)、CP25(A、F)、CP26、CP27、CP28(A、F)、CP29、CP31、CP32(A、F)、CP33(A、B、C、D、F)、CP34、CP35(A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41(A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47(A、F)、又はCP48由来である、核酸、並びに／あるいは(ii)フリッパーゼ(wzx)をコードする核酸であって、場合により前記フリッパーゼが、肺炎球菌由来であり、場合により肺炎球菌CP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A及びB)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14 CP15(A、B、C、F)、CP16(A、F)、CP17(A、F)、CP18(A、B、C、F)、CP19(A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22(A、F)、CP23(A、B、F)、CP24(A、B、F)、CP25(A、F)、CP26、CP27、CP28(A、F)、CP29、CP31、CP32(A、F)、CP33(A、B、C、D、F)、CP34、CP35(A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41(A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47(A、F)、又はCP48由来である、核酸を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項１０】
前記多糖が、莢膜多糖(CP)であり、場合により肺炎球菌由来であり、場合により、前記肺炎球菌莢膜多糖がCP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A、B)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14、CP15 (A、B、C、F)、CP16 (A、F)、CP17 (A、F)、CP18 (A、B、C、F)、CP19 (A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22 (A、F)、CP23 (A、B、F)、CP24 (A、B、F)、CP25 (A、F)、CP26、CP27、CP28 (A、F)、CP29、CP31、CP32 (A、F)、CP33 (A、B、C、D、F)、CP34、CP35 (A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41 (A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47 (A、F)、又はCP48であるか、あるいは場合により黄色ブドウ球菌由来であり、場合により前記黄色ブドウ球菌莢膜多糖がCP5又はCP8であるか、あるいは場合によりストレプトコッカス・アガラクティエ(GBS)由来であり、場合により前記ストレプトコッカス・アガラクティエ莢膜多糖が、S.アガラクティエ(B群、GBS)CPIa、CPIb、CPII、CPIII、CPIV、CPV、CPVI、CPVII、又はCPVIIIであり、あるいは場合によりエンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)由来であり、場合により前記エンテロコッカス・フェカリス莢膜多糖が、CPA、CPB、CPC、又はCPDである、請求項1〜9のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項１１】
前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼが、宿主細胞に対して異種であり、場合によりカンピロバクター・ジェジュニ由来であり、場合により前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼがC.ジェジュニのpglB遺伝子であり、場合により前記C.ジェジュニのpglB遺伝子が宿主細胞のゲノムに組み込まれる、請求項1〜10のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項１２】
構造
(B)n-A→
[式中、
Aは、少なくとも2、3、4、5、6、7、又は8個の単糖を含み、還元末端(矢印で示される)にヘキソース単糖誘導体を有する、A群連鎖球菌莢膜糖、B群連鎖球菌莢膜糖、肺炎球菌(Streptocuccus pneumoniae)莢膜糖、腸球菌莢膜糖又は黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)莢膜糖から選択されるグラム陽性細菌莢膜糖の莢膜糖のオリゴ糖反復単位であり;
Bは、少なくとも2、3、4、5、6、7、又は8個の単糖を含むオリゴ糖反復単位であり;
A及びBは異なるオリゴ糖反復単位であり;
nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は少なくとも20である]
を有するハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
【請求項１３】
Bオリゴ糖反復が、反復の還元末端にヘキソース単糖を含み、場合により反復の還元末端でのヘキソース単糖が、グルコース、ガラクトース、ラムノース、アラビノトール、フコース及びマンノースからなる群から選択され、場合によりAのオリゴ糖反復単位及びBのオリゴ糖反復単位が、反復の還元末端に異なる単糖を含むことでのみ相違する、請求項12に記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
【請求項１４】
請求項12〜13のいずれか一項に記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖に結合されたキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲートであって、場合によりキャリアタンパク質が、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)の無毒化された外毒素A(EPA)、CRM197、マルトース結合タンパク質(MBP)、ジフテリアトキソイド、破傷風トキソイド、黄色ブドウ球菌の無毒化された溶血素A、クランピング因子A、クランピング因子B、大腸菌(E. coli)FimH、大腸菌FimHC、大腸菌易熱性エンテロトキシン、大腸菌易熱性エンテロトキシンの無毒化変異体、コレラ毒素Bサブユニット(CTB)、コレラ毒素、コレラ毒素の無毒化変異体、大腸菌Satタンパク質、大腸菌Satタンパク質のパッセンジャードメイン、肺炎球菌ニューモリシン及びその無毒化変異体、C.ジェジュニ(C. jejuni)AcrA、C.ジェジュニ天然糖タンパク質、PcrV(別名LcrV、EspA、SseB)、PopB(YopB、YopD、FliC)、又はOprF、OprIである、バイオコンジュゲート。
【請求項１５】
ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(FucNAc)、又はN-アセチルキノボサミン(QuiNAc)などのアセトアミド基で修飾される任意の単糖である、請求項14に記載のバイオコンジュゲート。
【請求項１６】
ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、グラム陽性細菌莢膜糖（場合によりA群連鎖球菌莢膜糖、B群連鎖球菌莢膜糖、例えばストレプトコッカス・アガラクティエ(Streptococcus agalactiae)(B群連鎖球菌)血清型Ia、Ib、II、III、IV、V、VI、VII又はVIII莢膜糖、肺炎球菌莢膜糖、例えば肺炎球菌血清型8、12F、14、15A、16F、22F、23A、24F、31、33F、35B又は38莢膜糖、腸球菌莢膜糖、例えばエンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)血清型A、B、C又はD莢膜糖、又は黄色ブドウ球菌莢膜糖、例えば黄色ブドウ球菌血清型5又は8莢膜糖）の第一の反復の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、前記グラム陽性細菌莢膜糖と同一である、請求項14〜15のいずれか一項に記載のバイオコンジュゲート。
【請求項１７】
第一の反復単位の還元末端にヘキソースを含まないオリゴ糖又は多糖にN-結合したキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲートを生成する方法であって、(i)タンパク質の生成に適した条件下で、請求項1〜11のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養すること、及び(ii)前記バイオコンジュゲートを単離することを含む、前記方法。
【請求項１８】
請求項17に記載の方法によって生成される、請求項14〜16のいずれか一項に記載のバイオコンジュゲート。
【請求項１９】
ヒトである対象における細菌感染の治療又は予防に使用するための、請求項14〜16又は18のいずれか一項に記載のバイオコンジュゲートを含む組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０６】
等価物：
本明細書中に開示された方法、宿主細胞、及び組成物は、本明細書中に記載された具体的な実施形態によって範囲が限定されるものではない。実際には、記載のものに加えて、方法、宿主細胞、及び組成物の様々な改変が、上記の説明及び添付の図面から当業者には明らかになるであろう。そのような改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内に入ることが意図される。
本発明は、例えば以下の実施形態を包含する：
１．構造
(B)n-A→
[式中、
Aは、少なくとも2、3、4、5、6、7、又は8個の単糖を含み、還元末端(矢印で示される)にヘキソース単糖誘導体を有するオリゴ糖反復単位であり;
Bは、少なくとも2、3、4、5、6、7、又は8個の単糖を含むオリゴ糖反復単位であり;
A及びBは異なるオリゴ糖反復単位であり;
nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は少なくとも20である]
を有するハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
２．Bオリゴ糖反復が、反復の還元末端にヘキソース単糖を含む、実施形態1に記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
３．反復の還元末端でのヘキソース単糖が、グルコース、ガラクトース、ラムノース、アラビノトール、フコース及びマンノースからなる群から選択される、実施形態2に記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
４．Aのオリゴ糖反復単位及びBのオリゴ糖反復単位が、反復の還元末端に異なる単糖を含むことでのみ相違する、実施形態1〜3のいずれかに記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
５．Aのオリゴ糖反復単位が、グラム陽性細菌莢膜糖、例えば、A群連鎖球菌莢膜糖、B群連鎖球菌莢膜糖、肺炎球菌(Streptocuccus pneumoniae)莢膜糖、腸球菌莢膜糖又は黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)莢膜糖の莢膜糖の反復単位である、実施形態1〜4のいずれかに記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
６．Aのオリゴ糖反復単位が、肺炎球菌血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7A、7B、7C、8、9A、9L、9N、9V、10A、10B、10C、10F、11A、11B、11C、11D、11F、12A、12B、13、14、15A、15B、15C、15F、16A、16F、17A、17F、18A、18B、18C、18F、19A、19B、19C、19F、20、21、22A、22F、23A、23B、23F、24A、24B、24F、25A、25F、26、27、28A、28F、29、31、32A、32F、33A、33B、33C、33D、33F、34、35A、35B、35C、35D、35F、36、37、38、39、40、41A、41F、42、43、44、45、46、47A、47F又は48の莢膜糖の反復単位である、実施形態1〜5のいずれかに記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖。
７．実施形態1〜6のいずれかに記載のハイブリッドオリゴ糖又は多糖に結合されたキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲート。
８．ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、ドナーオリゴ糖又は多糖の単糖の全てを含むことに加えて、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、ドナーオリゴ糖又は多糖と同一である、ハイブリッドオリゴ糖又は多糖にN-結合されたキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲート。
９．ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactoseamine)(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(N-acetylfucoseamine)(FucNAc)、又はN-アセチルキノボサミン(QuiNAc)などのアセトアミド基で修飾される任意の単糖である、実施形態7又は8に記載のバイオコンジュゲート。
１０．ヘキソース単糖誘導体がN-アセチルグルコサミン(GlcNAc)である、実施形態9に記載のバイオコンジュゲート。
１１．ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、グラム陽性細菌莢膜糖の第一の反復の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、前記グラム陽性細菌莢膜糖と同一である、実施形態7〜10のいずれかに記載のバイオコンジュゲート。
１２．グラム陽性細菌莢膜糖が、A群連鎖球菌莢膜糖、B群連鎖球菌莢膜糖、肺炎球菌莢膜糖、腸球菌莢膜糖又は黄色ブドウ球菌莢膜糖である、実施形態11に記載のバイオコンジュゲート。
１３．グラム陽性細菌莢膜糖が、肺炎球菌血清型1、2、3、4、5、6A、6B、7A、7B、7C、8、9A、9L、9N、9V、10A、10B、10C、10F、11A、11B、11C、11D、11F、12A、12B、12F、13、14、15A、15B、15C、15F、16A、16F、17A、17F、18A、18B、18C、18F、19A、19B、19C、19F、20、21、22A、22F、23A、23B、23F、24A、24B、24F、25A、25F、26、27、28A、28F、29、31、32A、32F、33A、33B、33C、33D、33F、34、35A、35B、35C、35D、35F、36、37、38、39、40、41A、41F、42、43、44、45、46、47A、47F又は48莢膜糖である、実施形態12に記載のバイオコンジュゲート。
１４．グラム陽性細菌莢膜糖が、肺炎球菌血清型8、12F、14、15A、16F、22F、23A、24F、31、33F、35B又は38莢膜糖である、実施形態13に記載のバイオコンジュゲート。
１５．グラム陽性細菌莢膜糖が、黄色ブドウ球菌血清型5又は8莢膜糖である、実施形態12に記載のバイオコンジュゲート。
１６．グラム陽性細菌莢膜糖が、ストレプトコッカス・アガラクティエ(Streptococcus agalactiae)(B群連鎖球菌)血清型Ia、Ib、II、III、IV、V、VI、VII又はVIII莢膜糖である、実施形態12に記載のバイオコンジュゲート。
１７．グラム陽性細菌莢膜糖が、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)血清型A、B、C又はD莢膜糖である、実施形態12に記載のバイオコンジュゲート。
１８．キャリアタンパク質が、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)の無毒化された外毒素A(EPA)、CRM197、マルトース結合タンパク質(MBP)、ジフテリアトキソイド、破傷風トキソイド、黄色ブドウ球菌の無毒化された溶血素A、クランピング因子A、クランピング因子B、大腸菌(E. coli)FimH、大腸菌FimHC、大腸菌易熱性エンテロトキシン、大腸菌易熱性エンテロトキシンの無毒化変異体、コレラ毒素Bサブユニット(CTB)、コレラ毒素、コレラ毒素の無毒化変異体、大腸菌Satタンパク質、大腸菌Satタンパク質のパッセンジャードメイン、肺炎球菌ニューモリシン及びその無毒化変異体、C.ジェジュニ(C. jejuni)AcrA、C.ジェジュニ天然糖タンパク質、PcrV(別名LcrV、EspA、SseB)、PopB(YopB、YopD、FliC)、又はOprF、OprIである、実施形態7〜17のいずれかに記載のバイオコンジュゲート。
１９．構造
(B)n-A→
[式中、
Aは、還元末端(矢印で示される)にヘキソース単糖誘導体を有するオリゴ糖反復単位(場合により、少なくとも2、3、4、5、6、7又は8個の単糖を含む)であり;
Bは、オリゴ糖反復単位(場合により、少なくとも2、3、4、5、6、7又は8個の単糖を含む)であり;
A及びBは異なるオリゴ糖反復単位であり;
nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は少なくとも20である]
のオリゴ糖又は多糖を合成する方法であって、A及びBを多糖ポリメラーゼとともにインキュベートすることを含む、前記方法。
２０．前記接触工程がインビトロで行われる、実施形態19に記載の方法。
２１．前記接触工程が、原核細胞において、場合により原核細胞のペリプラズムにおいて行われる、実施形態19に記載の方法。
２２．前記多糖ポリメラーゼがwzy多糖ポリメラーゼである、実施形態19に記載の方法。
２３．Aが還元末端(矢印で示される)にヘキソース単糖誘導体を有し、Bが還元末端にヘキソースを有し、A及びBがその他の点で同一である、実施形態19に記載の方法。
２４．AがBと同じ構造を有するが、Aが還元末端に追加の単糖を有するという1つの相違がある、実施形態19に記載の方法。
２５．追加の単糖がヘキソース単糖誘導体である、実施形態24に記載の方法。
２６．前記ヘキソース単糖誘導体又は追加の単糖が、そのC-2位が、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactoseamine)(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(N-acetylfucoseamine)(FucNAc)、N-アセチルキノボサミン(QuiNAc)などのアセトアミド基で修飾される任意の単糖である、又は前記ヘキソース単糖誘導体が、GlcNAc、HexNAC、デオキシHexNAc若しくは2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソースである、実施形態19〜25のいずれかに記載の方法。
２７．前記ポリメラーゼが、エシェリキア(Escherichia)属の種、シゲラ(Shigella)属の種、クレブシエラ(Klebsiella)属の種、キサントモナス(Xhantomonas)属の種、サルモネラ(Salmonella)属の種、エルシニア(Yersinia)属の種、アエロモナス(Aeromonas)属の種、フランシセラ(Francisella)属の種、ヘリコバクター(Helicobacter)属の種、プロテウス(Proteus)属の種、ラクトコッカス(Lactococcus)属の種、ラクトバチルス(Lactobacillus)属の種、シュードモナス(Pseudomonas)属の種、コリネバクテリウム(Corynebacterium)属の種、ストレプトミセス(Streptomyces)属の種、ストレプトコッカス(Streptococcus)属の種、エンテロコッカス(Enterococcus)属の種、スタフィロコッカス(Staphylococcus)属の種、バチルス(Bacillus)属の種、クロストリジウム(Clostridium)属の種、リステリア(Listeria)属の種、又はカンピロバクター(Campylobacter)属の種由来である、実施形態19〜26のいずれかに記載の方法。
２８．前記ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位が、肺炎球菌莢膜多糖CP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A、B)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14、CP15 (A、B、C、F)、CP16 (A、F)、CP17 (A、F)、CP18 (A、B、C、F)、CP19 (A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22 (A、F)、CP23 (A、B、F)、CP24 (A、B、F)、CP25 (A、F)、CP26、CP27、CP28 (A、F)、CP29、CP31、CP32 (A、F)、CP33 (A、B、C、D、F)、CP34、CP35 (A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41 (A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47 (A、F)、又はCP48の反復単位である、実施形態19〜27のいずれかに記載の方法。
２９．a)オリゴ糖又は多糖反復単位を生成するグリコシルトランスフェラーゼをコードする核酸であって、前記反復単位が還元末端にヘキソースを含まず、前記オリゴ糖又は多糖反復単位が還元末端にヘキソースを含むドナーオリゴ糖又は多糖反復単位に由来する、核酸;及び
b)N-グリコシル化コンセンサス配列を含むキャリアタンパク質をコードする核酸;及び c)オリゴサッカリルトランスフェラーゼをコードする核酸;及び、場合により
d)ポリメラーゼ(wzy)をコードする核酸であって、ポリメラーゼがハイブリッドオリゴ糖又は多糖の生成を触媒し、ここで、ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、(i)第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含み、(ii)他の全ての反復単位の還元末端にヘキソース単糖を含む、核酸
を含む原核宿主細胞。
３０．前記宿主細胞が、ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位の合成に十分なグリコシルトランスフェラーゼを含む、実施形態29に記載の宿主細胞。
３１．ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、オペロン若しくは遺伝子クラスター又はその一部として宿主細胞に存在する、実施形態30に記載の宿主細胞。
３２．前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むことを除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖がドナーオリゴ糖又は多糖と同一である、実施形態29〜31のいずれかに記載の宿主細胞。
３３．前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、ドナーオリゴ糖又は多糖の単糖の全てを含むことに加えて、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖がドナーオリゴ糖又は多糖と同一である、実施形態29〜32のいずれかに記載の宿主細胞。
３４．前記宿主細胞が、(i)ヘキソース単糖誘導体をウンデカプレニルピロリン酸(UND-PP)上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼ、及び(ii)UND-PP上に集合したヘキソース単糖誘導体に単糖を付加することができる1つ以上のグリコシルトランスフェラーゼを含む、実施形態29〜32のいずれかに記載の宿主細胞。
３５．前記ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、アセトアミド基、例えば、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactoseamine)(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(N-acetylfucoseamine)(FucNAc)、N-アセチルキノボサミン(QuiNAc)で修飾される任意の単糖である、実施形態34に記載の宿主細胞。
３６．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、宿主細胞に対して異種である、及び/又はドナーオリゴ糖反復単位を触媒する遺伝子に対して異種である、実施形態34又は35に記載の宿主細胞。
３７．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態34〜36のいずれかに記載の宿主細胞。
３８．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、wecAであり、場合により大腸菌由来である、実施形態34〜37のいずれかに記載の宿主細胞。
３９．前記ヘキソース単糖がガラクトース(Gal)である、実施形態34〜38のいずれかに記載の宿主細胞。
４０．ヘキソース単糖誘導体に単糖を付加することができる前記1つ以上のグリコシルトランスフェラーゼが、シゲラ・ボイディ(Shigella boyedii)由来のガラクトシルトランスフェラーゼ(wfeD)若しくは大腸菌O28由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wbeY)若しくは大腸菌O167由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wfdK)であり、又は大腸菌O28由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wbeY)及び大腸菌O167由来のガラクトフラノシルトランスフェラーゼ(wfdK)である、実施形態34〜39のいずれかに記載の宿主細胞。
４１．ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、肺炎球菌CP14由来のwchL及び/又はwchMを含む、実施形態30、31、又は33〜40のいずれかに記載の宿主細胞。
４２．前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、肺炎球菌CP14の第一の反復単位の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が肺炎球菌CP14と同一である、実施形態41に記載の宿主細胞。
４３．ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、肺炎球菌CP33F由来のwciC、wciD、wciE、及び/又はwciFを含む、実施形態30、31、又は33〜42のいずれかに記載の宿主細胞。
４４．前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、肺炎球菌CP33Fの第一の反復単位の還元末端に通常存在するヘキソース単糖の代わりに、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が肺炎球菌CP33Fと同一である、実施形態43に記載の宿主細胞。
４５．前記宿主細胞が、(i)ヘキソース単糖誘導体をウンデカプレニルピロリン酸(UND-PP)上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼ、及び(ii)ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位をヘキソース単糖誘導体上に集合させるグリコシルトランスフェラーゼを含む、実施形態29〜34のいずれかに記載の宿主細胞。
４６．前記ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactoseamine)(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(N-acetylfucoseamine)(FucNAc)、又はN-アセチルキノボサミン(QuiNAc)などのアセトアミド基で修飾される任意の単糖である、実施形態45に記載の宿主細胞。
４７．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、宿主細胞に対して異種である、実施形態45又は46に記載の宿主細胞。
４８．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態45〜47のいずれかに記載の宿主細胞。
４９．UND-PP上にヘキソース単糖誘導体を集合させる前記グリコシルトランスフェラーゼが、wecAであり、場合により大腸菌由来である、実施形態45〜48のいずれかに記載の宿主細胞。
５０．ヘキソース単糖誘導体上にドナーオリゴ糖又は多糖反復単位を集合させるグリコシルトランスフェラーゼが、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在するヘキソース単糖をヘキソース単糖誘導体に付加することができるグリコシルトランスフェラーゼを含む、実施形態45〜49のいずれかに記載の宿主細胞。
５１．ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在する前記ヘキソース単糖をヘキソース単糖誘導体に付加することができる前記グリコシルトランスフェラーゼが、ガラクトシルトランスフェラーゼ(wciP)であり、場合により大腸菌O21由来である、実施形態50に記載の宿主細胞。
５２．ヘキソース単糖誘導体上にドナーオリゴ糖又は多糖反復単位を集合させるグリコシルトランスフェラーゼが、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在するヘキソース単糖に隣接する単糖を、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在するヘキソース単糖に付加することができるグリコシルトランスフェラーゼを含む、実施形態50〜51のいずれかに記載の宿主細胞。
５３．ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在するヘキソース単糖に隣接する単糖を、ドナーオリゴ糖又は多糖の第一の反復単位の還元末端に存在するヘキソース単糖に付加することができる前記グリコシルトランスフェラーゼが、グルコシルトランスフェラーゼ(wciQ)であり、場合により大腸菌O21由来である、実施形態52に記載の宿主細胞。
５４．前記宿主細胞が、単糖を修飾することができる酵素、場合によりエピメラーゼ又はラセマーゼをさらに含む、実施形態53に記載の宿主細胞。
５５．前記エピメラーゼが、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態54に記載の宿主細胞。
５６．前記エピメラーゼが大腸菌由来である、実施形態55に記載の宿主細胞。
５７．前記エピメラーゼが、大腸菌O157由来のZ3206である、実施形態55に記載の宿主細胞。
５８．ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、肺炎球菌CP14由来のwchL及びwchMを含む、実施形態45〜57のいずれかに記載の宿主細胞。
５９．前記宿主細胞がハイブリッドオリゴ糖又は多糖を生成することができ、ここで、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が、肺炎球菌CP14の単糖残基の全てを含むことに加えて、第一の反復単位の還元末端にヘキソース単糖誘導体を含むという事実を除いて、前記ハイブリッドオリゴ糖又は多糖が肺炎球菌CP14と同一である、実施形態58に記載の宿主細胞。
６０．前記非ヘキソース単糖又は前記ヘキソース単糖誘導体が、2位にアセトアミド基を含む単糖である、実施形態29〜59のいずれかに記載の宿主細胞。
６１．前記ヘキソース単糖誘導体が、そのC-2位が、N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)、N-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactoseamine)(GalNAc)、2,4-ジアセトアミド-2,4,6-トリデオキシヘキソース(DATDH)、N-アセチルフコサミン(N-acetylfucoseamine)(FucNAc)、又はN-アセチルキノボサミン(QuiNAc)などのアセトアミド基で修飾される任意の単糖である、実施形態60に記載の宿主細胞。
６２．前記宿主細胞が、莢膜多糖ポリメラーゼ(wzy)又はO抗原ポリメラーゼ(wzy)をコードする核酸を含む、実施形態29〜61のいずれかに記載の宿主細胞。
６３．前記ポリメラーゼが、宿主細胞に対して異種である、及び/又は前記ポリメラーゼが、ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位を合成するための酵素をコードする遺伝子クラスターに対して異種である、実施形態62に記載の宿主細胞。
６４．前記ポリメラーゼが、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態62又は63に記載の宿主細胞。
６５．前記ポリメラーゼが、肺炎球菌由来であり、場合により肺炎球菌CP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A及びB)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14 CP15(A、B、C、F)、CP16(A、F)、CP17(A、F)、CP18(A、B、C、F)、CP19(A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22(A、F)、CP23(A、B、F)、CP24(A、B、F)、CP25(A、F)、CP26、CP27、CP28(A、F)、CP29、CP31、CP32(A、F)、CP33(A、B、C、D、F)、CP34、CP35(A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41(A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47(A、F)、又はCP48由来である、実施形態64に記載の宿主細胞。
６６．前記宿主細胞が、フリッパーゼ(wzx)をコードする核酸を含む、実施形態29〜65のいずれかに記載の宿主細胞。
６７．前記フリッパーゼが宿主細胞に対して異種である、及び/又は前記フリッパーゼが、ドナーオリゴ糖又は多糖反復単位を合成するための酵素をコードする遺伝子クラスターに対して異種である、実施形態66に記載の宿主細胞。
６８．前記フリッパーゼが、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態66又は67に記載の宿主細胞。
６９．前記フリッパーゼが、肺炎球菌由来であり、場合により肺炎球菌CP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A及びB)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14 CP15(A、B、C、F)、CP16(A、F)、CP17(A、F)、CP18(A、B、C、F)、CP19(A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22(A、F)、CP23(A、B、F)、CP24(A、B、F)、CP25(A、F)、CP26、CP27、CP28(A、F)、CP29、CP31、CP32(A、F)、CP33(A、B、C、D、F)、CP34、CP35(A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41(A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47(A、F)、又はCP48由来である、実施形態68に記載の宿主細胞。
７０．前記オリゴ糖又は多糖が、エシェリキア属の種、シゲラ属の種、クレブシエラ属の種、キサントモナス属の種、サルモネラ属の種、エルシニア属の種、アエロモナス属の種、フランシセラ属の種、ヘリコバクター属の種、プロテウス属の種、ラクトコッカス属の種、ラクトバチルス属の種、シュードモナス属の種、コリネバクテリウム属の種、ストレプトミセス属の種、ストレプトコッカス属の種、エンテロコッカス属の種、スタフィロコッカス属の種、バチルス属の種、クロストリジウム属の種、リステリア属の種、又はカンピロバクター属の種由来である、実施形態29〜69のいずれかに記載の宿主細胞。
７１．前記多糖が、莢膜多糖(CP)であり、場合により肺炎球菌由来であり、場合により、前記肺炎球菌莢膜多糖がCP1、CP2、CP3、CP4、CP5、CP6 (A、B)、CP7 (A、B、C)、CP8、CP9 (A、L、N、V)、CP10 (A、B、C、F)、CP11 (A、B、C、D、F)、CP12(A、B、F)、CP13、CP14、CP15 (A、B、C、F)、CP16 (A、F)、CP17 (A、F)、CP18 (A、B、C、F)、CP19 (A、B、C、F)、CP20、CP21、CP22 (A、F)、CP23 (A、B、F)、CP24 (A、B、F)、CP25 (A、F)、CP26、CP27、CP28 (A、F)、CP29、CP31、CP32 (A、F)、CP33 (A、B、C、D、F)、CP34、CP35 (A、B、C、D、F)、CP36、CP37、CP38、CP39、CP40、CP41 (A、F)、CP42、CP43、CP44、CP45、CP46、CP47 (A、F)、又はCP48である、実施形態29〜70のいずれかに記載の宿主細胞。
７２．前記肺炎球菌莢膜多糖が、CP8、CP12F、CP15A、CP16F、CP22F、CP23A、CP24F、CP31、CP33F、CP35B、又はCP38である、実施形態71に記載の宿主細胞。
７３．前記莢膜多糖が黄色ブドウ球菌由来であり、場合により前記黄色ブドウ球菌莢膜多糖がCP5又はCP8である、実施形態71に記載の宿主細胞。
７４．前記莢膜多糖が、ストレプトコッカス・アガラクティエ(GBS)由来であり、場合により前記ストレプトコッカス・アガラクティエ莢膜多糖が、S.アガラクティエ(B群、GBS)CPIa、CPIb、CPII、CPIII、CPIV、CPV、CPVI、CPVII、又はCPVIIIである、実施形態71に記載の宿主細胞。
７５．前記莢膜多糖がエンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)由来であり、場合により前記エンテロコッカス・フェカリス莢膜多糖が、CPA、CPB、CPC、又はCPDである、実施形態71に記載の宿主細胞。
７６．第一の反復単位の還元末端にヘキソースを含まないオリゴ糖又は多糖を生成する前記グリコシルトランスフェラーゼの少なくとも1つが、宿主細胞に対して異種である、実施形態29〜75に記載の宿主細胞。
７７．前記キャリアタンパク質が、宿主細胞に対して異種である、実施形態29〜76に記載の宿主細胞。
７８．前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼが、宿主細胞に対して異種である、実施形態29〜77のいずれかに記載の宿主細胞。
７９．第一の反復単位の還元末端にヘキソースを含まないオリゴ糖又は多糖を生成する前記グリコシルトランスフェラーゼ、前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼ、及び前記キャリアタンパク質のうちの少なくとも1つが、宿主細胞に対して異種である、実施形態29〜78に記載の宿主細胞。
８０．前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼがカンピロバクター・ジェジュニ由来であり、場合により前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼがC.ジェジュニのpglB遺伝子であり、場合により前記C.ジェジュニのpglB遺伝子が宿主細胞のゲノムに組み込まれる、実施形態29〜79のいずれかに記載の宿主細胞。
８１．前記オリゴサッカリルトランスフェラーゼが、真核生物又は古細菌生物に由来する、実施形態29〜80のいずれかに記載の宿主細胞。
８２．ドナーオリゴ糖又は多糖の反復単位の合成に十分な前記グリコシルトランスフェラーゼが、宿主細胞のゲノムに組み込まれる、実施形態29〜81のいずれかに記載の宿主細胞。
８３．前記キャリアタンパク質が、緑膿菌の無毒化された外毒素A(EPA)、CRM197、マルトース結合タンパク質(MBP)、ジフテリアトキソイド、破傷風トキソイド、黄色ブドウ球菌の無毒化された溶血素A、クランピング因子A、クランピング因子B、大腸菌FimH、大腸菌FimHC、大腸菌易熱性エンテロトキシン、大腸菌易熱性エンテロトキシンの無毒化変異体、コレラ毒素Bサブユニット(CTB)、コレラ毒素、コレラ毒素の無毒化変異体、大腸菌Satタンパク質、大腸菌Satタンパク質のパッセンジャードメイン、肺炎球菌ニューモリシン及びその無毒化変異体、C.ジェジュニAcrA、C.ジェジュニ天然糖タンパク質、PcrV(別名LcrV、EspA、SseB)、PopB(YopB、YopD、FliC)、又はOprF、OprIである、実施形態29〜82のいずれかに記載の宿主細胞。
８４．宿主細胞の少なくとも1つの遺伝子が機能的に不活性化又は欠失されており、場合により宿主細胞のwaaL遺伝子が機能的に不活性化又は欠失されており、場合により宿主細胞のwaaL遺伝子がオリゴサッカリルトランスフェラーゼをコードする核酸によって置換されており、場合により宿主細胞のwaaL遺伝子がC.ジェジュニpglBによって置換されている、実施形態29〜83のいずれかに記載の宿主細胞。
８５．前記宿主細胞が大腸菌である、実施形態29〜84のいずれかに記載の宿主細胞。
８６．第一の反復単位の還元末端にヘキソースを含まないオリゴ糖又は多糖を生成するグリコシルトランスフェラーゼを含む結果として、前記宿主細胞は、同じ表現型であるがドナーオリゴ糖又は多糖を含む宿主細胞よりも高い収量の、オリゴ糖又は多糖にN-結合したキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲートを生成することができる、実施形態29〜85のいずれかに記載の宿主細胞。
８７．前記宿主細胞が、同じ表現型であるが、ドナーオリゴ糖又は多糖を含む宿主細胞より少なくとも若しくは約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、又は500%多いバイオコンジュゲートを生成し、ここで、前記バイオコンジュゲートは、オリゴ糖又は多糖にN-結合したキャリアタンパク質を含む、実施形態86に記載の宿主細胞。
８８．前記宿主細胞が、同じ表現型であるが、ドナーオリゴ糖又は多糖を含む宿主細胞より少なくとも若しくは約5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍又は100倍多いバイオコンジュゲートを生成し、ここで、前記バイオコンジュゲートは、オリゴ糖又は多糖にN-結合したキャリアタンパク質を含む、実施形態86に記載の宿主細胞。
８９．第一の反復単位の還元末端にヘキソースを含まないオリゴ糖又は多糖にN-結合したキャリアタンパク質を含むバイオコンジュゲートを生成する方法であって、(i)タンパク質の生成に適した条件下で、実施形態29〜88のいずれかに記載の宿主細胞を培養すること、及び(ii)前記バイオコンジュゲートを単離することを含む、前記方法。
９０．実施形態89に記載の方法によって生成される、実施形態7〜18のいずれかに記載のバイオコンジュゲート。
９１．実施形態7〜18又は90のいずれかに記載のバイオコンジュゲートを含む組成物。
９２．実施形態19〜28のいずれかに記載の方法によって合成されたオリゴ糖又は多糖を含む医薬組成物。
９３．対象における細菌感染の治療又は予防に使用するための、実施形態91又は92に記載の組成物。
９４．対象における細菌株に対する免疫応答の誘導に使用するための、実施形態91又は92に記載の組成物。
９５．実施形態91又は92に記載の組成物を対象に投与することを含む、対象における細菌感染を治療又は予防する方法。
９６．実施形態91又は92に記載の組成物を対象に投与することを含む、対象における細菌株に対する免疫応答を誘導する方法。
９７．前記対象がヒトである、実施形態93又は94又は95又は96に記載の使用のための組成物又は方法。