【手続補正書】
【提出日】平成30年6月19日(2018.6.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生型シャガシン様システインプロテアーゼ阻害剤を参照して、ループ２（Ｌ２）、ループ４（Ｌ４）及び／又はループ６（Ｌ６）に少なくとも１個のアミノ酸改変を含む、天然に存在しないシャガシン足場タンパク質であって、野生型シャガシン様システインプロテアーゼ阻害剤が、クルーズトリパノソーマ（Ｔ．ｃｒｕｚｉ）（Ｄｍ２８ｃクローン）、クルーズトリパノソーマ（Ｔ．ｃｒｕｚｉ）（ＣＬ  Ｂｒｅｎｎｅｒ株、アイソフォーム１）、クルーズトリパノソーマ（Ｔ．ｃｒｕｚｉ）（ＣＬ  Ｂｒｅｎｎｅｒ株、アイソフォーム２）、ブルセイトリパノソーマ（Ｔ．ｂｒｕｃｅｉ）、メキシコリーシュマニア（Ｌ．ｍｅｘｉｃａｎａ）、森林型熱帯リーシュマニア（Ｌ．ｍａｊｏｒ）、赤痢アメーバ（Ｅ．ｈｙｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ヒトＣＤ８  Ｔ細胞表面糖タンパク質、ヒトインターロイキン−１  １型受容体（ＩＬ−１  Ｒ１）、又はヒト血管細胞接着分子−１（Ｖｃａｍ−１）に由来する、シャガシン足場タンパク質。
【請求項２】
野生型シャガシン様システインプロテアーゼ阻害剤が、配列番号１に記載のアミノ酸配列を有するクルーズトリパノソーマ（Ｔ．ｃｒｕｚｉ）（ＣＬ  Ｂｒｅｎｎｅｒ株、アイソフォーム１）である、請求項１に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項３】
配列番号２に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１又は２に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項４】
標的リガンドに特異的に結合する、請求項１から３の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項５】
標的リガンドが、タンパク質、核酸、多糖、リポ多糖、脂質又はリン脂質である、請求項４に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項６】
標的リガンドがタンパク質である、請求項５に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項７】
タンパク質が、細胞表面タンパク質、可溶型タンパク質、ウイルスタンパク質、細菌タンパク質、眼性疾患に関連するタンパク質、がんに関連するタンパク質、骨疾患に関連するタンパク質、炎症に関連するタンパク質又は治療用タンパク質である、請求項６に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項８】
タンパク質がＬＲＰ６である、請求項６に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項９】
Ｌ２が、配列番号３から５、７８から８０及び１４６の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、Ｌ４が、配列番号７から９、７７及び８１から８３の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、かつＬ６が、配列番号１１から１３、８４から８６及び１４７の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項８に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１０】
配列番号１５から１７、８７から８９、及び１４９の何れか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項９に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１１】
５００ｎＭから１ｐＭの間のＫｄでヒトＬＲＰ６に結合する、請求項８から１０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１２】
ＬＲＰ６に特異的に結合するシャガシン由来タンパク質が、Ｗｎｔ１シグナル伝達を阻害する、請求項８から１１の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１３】
タンパク質がＶＥＧＦである、請求項６に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１４】
Ｌ２が、配列番号１８から２２の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、Ｌ４が、配列番号２４から２８の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、かつＬ６が、配列番号３０から３４の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１５】
配列番号３６から４０の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１６】
Ｌ２が、配列番号１９及び４２から４８の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、Ｌ４が、配列番号５０から５７の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、かつＬ６が、配列番号５９から６６の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１７】
配列番号６９から７６の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１８】
配列番号２を参照して、Ｌ２が、配列番号４８及び１１０の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、Ｌ４が、配列番号５７及び１１１から１１３の何れか１つに記載のアミノ酸配列を含み、かつＬ６が、配列番号６６に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項１９】
配列番号１１６から１１９の何れか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項２０】
５００ｎＭから１ｐＭの間のＫｄでヒトＶＥＧＦに結合する、請求項１３から１９の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項２１】
治療剤にコンジュゲートされた、請求項１から２０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項２２】
標識にコンジュゲートされた、請求項１から２０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項２３】
標識が、放射性同位体、蛍光性色素及び酵素からなる群から選択される、請求項２２に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質。
【請求項２４】
請求項１から２０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質をコードする、単離された核酸。
【請求項２５】
請求項２４に記載の核酸をコードする発現ベクター。
【請求項２６】
請求項２５に記載の発現ベクターを含む細胞。
【請求項２７】
請求項１から２０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を産生する方法であって、請求項２６に記載の細胞を培養すること、及び細胞培養物から天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を回収することを含む、方法。
【請求項２８】
請求項１から２０の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を産生する方法であって、天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を化学的に合成することを含む、方法。
【請求項２９】
請求項１から７の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項３０】
請求項８から１２及び２１の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項３１】
請求項１３から２１の何れか一項に記載の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項３２】
請求項１から８及び１３の何れか一項に記載の複数の天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を含むポリペプチドディスプレイライブラリー。
【請求項３３】
天然に存在しないシャガシン足場タンパク質が、リボソーム、バクテリオファージ、ウイルス、細菌又は酵母細胞の表面上にディスプレイされる、請求項３２に記載のポリペプチドディスプレイライブラリー。
【請求項３４】
天然に存在しないシャガシン足場タンパク質が、バクテリオファージ上にディスプレイされる、請求項３３に記載のポリペプチドディスプレイライブラリー。
【請求項３５】
約１０８から約１０１４の間の配列多様性を有する、請求項３２から３４の何れか一項に記載のポリペプチドディスプレイライブラリー。
【請求項３６】
請求項３２から３５の何れか一項に記載のポリペプチドディスプレイライブラリーをコードする核酸分子。
【請求項３７】
請求項３６に記載の核酸分子に動作可能に連結された発現ベクター。
【請求項３８】
標的リガンドに特異的に結合する天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を得る方法であって、
（ａ）天然に存在しないシャガシン足場タンパク質：標的リガンド複合体の形成を可能にする条件下で、請求項３２から３５の何れか一項に記載のライブラリーと標的リガンドとを接触させること、
（ｂ）天然に存在しないシャガシン足場タンパク質：標的リガンド複合体の形成を検出すること、及び
（ｃ）複合体から、標的リガンドに特異的に結合する天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を得ること
を含む方法。
【請求項３９】
工程（ｃ）において得られる天然に存在しないシャガシン足場タンパク質のＬ２、Ｌ４及び／又はＬ６をランダム化して、さらにランダム化された天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を作製することと、前記さらにランダム化された天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を使用して工程（ａ）及び（ｂ）を反復することとをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
請求項８から１２又は２２から２３の何れか一項に記載のＬＲＰ６に結合する天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を患者由来の試料に接触させ、ＬＲＰ６タンパク質に結合された天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を検出することにより、患者由来の試料におけるＬＲＰ６タンパク質を検出する方法。
【請求項４１】
請求項１３から２０又は２２から２３の何れか一項に記載のＶＥＧＦに結合する天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を患者由来の試料に接触させ、ＶＥＧＦタンパク質に結合された天然に存在しないシャガシン足場タンパク質を検出することにより、患者由来の試料におけるＶＥＧＦタンパク質を検出する方法。
【請求項４２】
がん、転移性疾患、骨粗鬆症、骨代謝疾患、ニューロン性疾患、神経変性疾患、関節リウマチ又は他の炎症性疾患の治療における使用のための、請求項３０に記載の組成物。
【請求項４３】
対象における血管新生及び／又は血管透過性若しくは漏出によって特徴が明らかにされる疾患の治療における使用のための、請求項３１に記載の組成物。
【請求項４４】
疾患が、がん、眼性疾患又は炎症性疾患である、請求項４３に記載の組成物。