【手続補正書】
【提出日】平成30年7月13日(2018.7.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
ナノポアを通って少なくとも１つの一本鎖ポリヌクレオチドを移行させるステップであって、前記一本鎖ポリヌクレオチドの異なる種類のヌクレオチドを互いに消光する組由来の異なる蛍光標識で標識し、前記ナノポアが、前記ナノポア内の前記蛍光標識を強制的に、検出可能なシグナルが実質的に発生しない拘束状態にするように寸法決めされたボアを有し、前記互いに消光する組のそれぞれの蛍光標識は、（ｉ）同じ前記組のうちのいずれの他方の蛍光標識の蛍光も、かかる標識が自由溶液中でポリヌクレオチドの隣接するヌクレオチドに取着されているときはいつでも、消光し、（ｉｉ）非消光状態において明確な蛍光シグナルを発生する、ステップと、
拘束状態から、前記ナノポアから出る際、かつ隣接するヌクレオチドと消光状態を形成するまでのその遷移の間に、各ヌクレオチドの前記蛍光標識を励起するステップと、
出て行く前記蛍光標識によって発生した蛍光シグナルを測定して、前記蛍光標識が取着される前記ヌクレオチドを識別するステップと、
蛍光シグナルの配列から前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップとを含む方法。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、ＦＲＥＴ対の第２のメンバーで標識され、それぞれの第２のメンバーは、前記メンバーが取着される前記ヌクレオチドを示すＦＲＥＴシグナルを生成し、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドは、前記ナノポアを出る際に、それぞれの第２メンバーが前記ＦＲＥＴ対の第１のメンバーのＦＲＥＴ距離内を通るように、前記ナノポアに隣接して位置決めされた前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーの傍を順次通り、
励起する前記ステップが、前記ＦＲＥＴ距離内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１および第２のメンバーの間にＦＲＥＴが生じるように、前記第１のメンバーを第１の波長の光ビームに曝露して、前記ナノポアから出て行く前記ヌクレオチドを示す第２の波長のＦＲＥＴシグナルを発生させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ナノポアが固相膜内に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に取着される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ナノポアがタンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが前記タンパク質ナノポアに取着される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーがドナーであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第２のメンバーがアクセプターである、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記ドナーが量子ドットである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記アクセプターが蛍光有機色素である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
曝露する前記ステップが、前記ドナーを、全内部反射励起からのエバネッセント波に曝露することを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記ナノポアが脂質二重層に埋め込まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記ナノポアが、複数の実質的に同一のナノポアを含むナノポアアレイ内にある、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ナノポアアレイの前記ナノポアが、タンパク質ナノポアである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ナノポアアレイが、第１のチャンバーを第２のチャンバーから分離する固相膜を含み、前記固相膜は、その内部に固定化された前記タンパク質ナノポアをそれぞれが有するアパーチャーの平面アレイを含む、請求項１１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本発明は、いくつかの実現例および適用例で例示され、それらのいくつかを、以下に、また本明細書の全体を通して要約される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
少なくとも１つのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
ナノポアを通って少なくとも１つの一本鎖ポリヌクレオチドを移行させるステップであって、自由溶液中で隣接するヌクレオチドの蛍光標識が消光状態であるように、前記一本鎖ポリヌクレオチドのヌクレオチドを蛍光標識で標識し、前記ナノポアが、前記ナノポア内の前記蛍光標識を強制的に、検出可能なシグナルが実質的に発生しない拘束状態にするステップと、
前記ナノポアから出る際、かつ隣接するヌクレオチドと消光状態を形成する前に、各ヌクレオチドの前記蛍光標識を励起するステップと、
出て行く前記蛍光標識によって発生した蛍光シグナルを測定して、前記蛍光標識が取着される前記ヌクレオチドを識別するステップと、
蛍光シグナルの配列から前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップとを含む方法。
（項目２）
前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、ＦＲＥＴ対の第２のメンバーで標識され、それぞれの第２のメンバーは、前記メンバーが取着される前記ヌクレオチドを示すＦＲＥＴシグナルを生成し、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドは、前記ナノポアを出る際に、それぞれの第２メンバーが前記ＦＲＥＴ対の第１のメンバーのＦＲＥＴ距離内を通るように、前記ナノポアに隣接して位置決めされた前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーの傍を順次通り、
励起する前記ステップが、前記ＦＲＥＴ距離内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１および第２のメンバーの間にＦＲＥＴが生じるように、前記第１のメンバーを第１の波長の光ビームに曝露して、前記ナノポアから出て行く前記ヌクレオチドを示す第２の波長のＦＲＥＴシグナルを発生させることを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ナノポアが固相膜内に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に取着される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記ナノポアがタンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが前記タンパク質ナノポアに取着される、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーがドナーであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第２のメンバーがアクセプターである、項目２からＡ４までに記載の方法。
（項目６）
前記ドナーが量子ドットである、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記アクセプターが蛍光有機色素である、項目５に記載の方法。
（項目８）
曝露する前記ステップが、前記ドナーを、全内部反射励起からのエバネッセント波に曝露することを含む、項目５に記載の方法。
（項目９）
前記ナノポアが脂質二重層に埋め込まれる、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記ナノポアが、複数の実質的に同一のナノポアを含むナノポアアレイ内にある、項目Ａ１に記載の方法。
（項目１１）
前記ナノポアアレイの前記ナノポアが、タンパク質ナノポアである、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ナノポアアレイが、第１のチャンバーを第２のチャンバーから分離する固相膜を含み、前記固相膜は、その内部に固定化された前記タンパク質ナノポアをそれぞれが有するアパーチャーの平面アレイを含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
ポリマーのモノマー配列を決定するための方法であって、
（ａ）ナノポアを通ってポリマーを移行させるステップであって、自由溶液中で隣接するモノマーの蛍光標識が実質的に消光した状態であるように、前記ポリマーのモノマーを蛍光標識で標識し、検出可能な蛍光シグナルがその内部で実質的に発生しないように、前記ナノポアが、そのボア内で蛍光標識を拘束状態に拘束するステップと、
（ｂ）前記ナノポアから出る際、かつ隣接する蛍光標識と消光状態を形成する前に、各モノマーの前記蛍光標識を励起するステップと、
（ｃ）出て行く前記蛍光標識によって発生した蛍光シグナルを測定して、前記蛍光標識が取着される前記モノマーを識別するステップと、
（ｄ）蛍光シグナルの配列から前記ポリマーのモノマー配列を決定するステップと
を含む方法。
（項目１４）
前記ポリマーのモノマーが、ＦＲＥＴ対の第２のメンバーで標識され、それぞれの第２のメンバーは、前記メンバーが取着される前記モノマーを示すＦＲＥＴシグナルを生成し、前記ポリマーのモノマーは、前記ナノポアを出る際に、それぞれの第２のメンバーが前記ＦＲＥＴ対の第１のメンバーのＦＲＥＴ距離内を通るように、前記ナノポアに隣接して位置決めされた前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーの傍を順次通り、
励起する前記ステップが、前記ＦＲＥＴ距離内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１および第２のメンバーの間にＦＲＥＴが生じるように、前記第１のメンバーを第１の波長の光ビームに曝露して、前記ナノポアから出て行く前記ヌクレオチドを示す第２の波長のＦＲＥＴシグナルを発生させることを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ナノポアがタンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記タンパク質ナノポアに取着されたドナーであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第２のメンバーが、モノマーに取着されたアクセプターである、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記ドナーが量子ドットであり、前記アクセプターが、互いに消光する組から選択される蛍光有機色素である、項目１５に記載の方法。