【手続補正書】
【提出日】平成30年4月16日(2018.4.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７２】
本明細書の方法のいくつかの実施形態では、試料は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、試料は、対象、例えば、ヒト対象の皮膚由来である。いくつかの実施形態では、本明細書の方法は、試料中の１つ以上のさらなる種類の細菌、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉを検出することを含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
最適化成長速度、
最適化ＮＨ４＋酸化速度、及び
ＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも１つの特性を有する、精製された最適化Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）細菌調製物。
（項目２）
前記最適化成長速度が、約０．１５〜０．１８のＯＤ６００（光学密度６００ｎｍ）でＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを連続培養して、約１〜２日で約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達することを可能にする速度である、項目１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３）
前記最適化成長速度が、バッチ培養条件下で培養された場合、約８時間の倍加時間である、項目１または２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目４）
前記最適化ＮＨ４＋酸化速度が、ＮＨ４＋をＮＯ２−に酸化させる、少なくとも約１２５マイクロモル／分の速度である、項目１〜３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５）
前記ＮＨ４＋に対する最適化耐性が、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含む培地で少なくとも約４８時間成長する能力である、項目１〜４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも２つの特性を有する、項目１〜５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する、項目１〜６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目８）
非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする染色体を含む、項目１〜７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目９）
少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号６若しくは１２との同一性を有するＡｍｏＡタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号８若しくは１４との同一性を有するＡｍｏＢタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号４、１０、若しくは１６との同一性を有するａｍｏＣ遺伝子、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号１８、２０、若しくは２２との同一性を有するヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号２４、２６、若しくは２８との同一性を有するシトクロムｃ５５４タンパク質、または少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号３０若しくは３２との同一性を有するシトクロムｃＭ５５２タンパク質を含む、項目１〜８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１０）
表２の配列特性のうちの１〜５、５〜１０、１０〜１５、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、またはすべてを含む、項目１〜９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば、１６０位のＬに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１１のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例えば、１６７位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３３位、例えば、３３位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６５位、例えば、１６５位のＩに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の７９位、例えば、７９位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１７）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２７１位、例えば、２７１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１６のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１８）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の８５位、例えば、８５位のＳに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３１２位、例えば、３１２位のＥに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６３位、例えば、１６３位のＡに対する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６５位、例えば、６５位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ｃ５５４  ＣｙｃＡ２、若しくはｃ５５４  ＣｙｃＡ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２０のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８６位、例えば、１８６位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２１のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６３位、例えば、６３位のＶに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８９位、例えば、１８９位のＰに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０６位、例えば、２０６位のｉｎｓＥに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０７位、例えば、２０７位のｉｎｓＥに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２７）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９５位、例えば、１９５位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２６のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２８）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９６位、例えば、１９６位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９７位、例えば、１９７位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型細菌に対する少なくとも１つの構造的差異、例えば、少なくとも１つの突然変異を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３１）
本明細書に記載の一対のプライマー、例えば、配列番号６４の配列を含むプライマー及び配列番号６５の配列を含むプライマーを使用して増幅され得る核酸を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３２）
図６の遺伝子または図６の遺伝子によってコードされるタンパク質と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは１００％同一の核酸またはタンパク質を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３３）
配列番号６４〜６６のうちのいずれかの配列または配列番号６４〜６６のうちのいずれかの配列によってコードされるタンパク質と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは１００％同一の核酸またはタンパク質を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３４）
アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子、ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子、シトクロムｃ５５４遺伝子、またはシトクロムｃｍ５５２遺伝子にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型細菌に対する突然変異を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３５）
前記突然変異がａｍｏＡ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３６）
前記突然変異がａｍｏＡ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３７）
前記突然変異がａｍｏＢ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３８）
前記突然変異がａｍｏＢ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３９）
前記突然変異がａｍｏＣ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４０）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目３４〜３９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４１）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目３４〜３９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４２）
前記突然変異がｈａｏ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４３）
前記突然変異がｈａｏ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４４）
前記突然変異がｈａｏ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４５）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目４２〜４４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４６）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目４２〜４４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４７）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４８）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４９）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５０）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目４７〜４９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５１）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目４７〜４９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５２）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５３）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５４）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５２〜５３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５５）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５２〜５３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５６）
アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子、ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子、シトクロムｃ５５４遺伝子、またはシトクロムｃｍ５５２遺伝子に突然変異を含む、項目１に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５７）
前記突然変異がａｍｏＡ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５８）
前記突然変異がａｍｏＡ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５９）
前記突然変異がａｍｏＢ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６０）
前記突然変異がａｍｏＢ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６１）
前記突然変異がａｍｏＣ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６２）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５７〜６１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６３）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５７〜６１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６４）
前記突然変異がｈａｏ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６５）
前記突然変異がｈａｏ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６６）
前記突然変異がｈａｏ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６７）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目６４〜６６のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６８）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目６４〜６６のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６９）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７０）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７１）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７２）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目６９〜７１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７３）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目６９〜７１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７４）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７５）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７６）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５６、７４、及び７５のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７７）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５６、７４、及び７５のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７８）
ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺伝子、ａｍｏＣ３遺伝子、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、ｈａｏ３遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子、ｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個の位置に突然変異を有する、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目７９）
ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺伝子、ａｍｏＣ３遺伝子、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、ｈａｏ３遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子、ｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個の位置に突然変異を有する、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目８０）
高ストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする染色体を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８１）
前記染色体が、非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする、項目８０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８２）
図６〜８の遺伝子のうちの少なくとも１つ、またはそれと少なくとも８０％の同一性を有する遺伝子を含む、項目８０または８１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８３）
図６〜８の遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、項目８０または８１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８４）
配列番号２または配列番号３と少なくとも約８０％同一のいずれのプラスミドも欠く、項目８０〜８２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８５）
いずれのプラスミドも欠く、項目８０〜８４のいずれか項目に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８６）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のＡｍｏＡ１遺伝子及び配列番号１３と少なくとも約９８．８％同一のａｍｏＡ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８７）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質及び配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８８）
配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８９）
配列番号７若しくは１３と少なくとも約９８．９％同一のＡｍｏＡ１遺伝子またはａｍｏＡ２遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目８８に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９０）
配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質または配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９１）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質及び配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目９０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９２）
配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９３）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目９２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９４）
配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９５）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、及び配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目９４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９６）
配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９７）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目９６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９８）
配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９９）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、または配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質をさらに含む、項目９８に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１００）
配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃＡ１遺伝子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列番号２８と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０１）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目１００に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０２）
配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃＡ１タンパク質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、及び配列番号２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０３）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０４）
配列番号３１と少なくとも約９６．８％同一のｃｙｃＢ１遺伝子及び配列番号３３と少なくとも約９７．２％同一のｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０５）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子、配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃＡ１遺伝子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列番号２８と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０６）
配列番号３０と少なくとも約９７．２％同一のＣｙｃＢ１タンパク質または配列番号３２と少なくとも約９８．８％同一のＣｙｃＢ２タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０７）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質、配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃＡ１タンパク質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、及び配列番号２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０８）
配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、及び３３による１つ以上の遺伝子を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０９）
配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、及び３２による１つ以上のタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるアミノ酸位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０個の位置、またはすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるアミノ酸位置のすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１２）
トランスジェニックである、項目１〜１１１のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１３）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも１つの特性を有する、項目８０〜１１２のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１４）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも２つの特性を有する、項目１１３に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１５）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する、項目１１３に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１６）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１１７）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含み、第２の生物をさらに含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１１８）
前記第２の生物がアンモニア酸化細菌である、項目１１７に記載の組成物。
（項目１１９）
前記第２の生物が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１１７に記載の組成物。
（項目１２０）
少なくとも約０．２のＯＤ６００を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌の活発に分裂する培養物の細胞懸濁液を含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１２１）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌と、局所投与に好適な薬学的または美容的に許容される賦形剤と、を含む、局所投与用の組成物。
（項目１２２）
他の生物を実質的に含まない、項目１２１に記載の組成物。
（項目１２３）
第２の生物をさらに含む、項目１２１に記載の組成物。
（項目１２４）
前記第２の生物がアンモニア酸化細菌である、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２５）
前記第２の生物が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２６）
粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、若しくは包帯として提供されるか、またはその中に配置される、項目１２１〜１２５のいずれかに記載の組成物。
（項目１２７）
保湿剤、脱臭剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤をさらに含む、項目１２１〜１２６のいずれかに記載の組成物。
（項目１２８）
前記賦形剤が、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含む、項目１２１〜１２７のいずれかに記載の組成物。
（項目１２９）
前記組成物中のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度が約１０１１〜１０１２ＣＦＵ／Ｌである、項目１２１〜１２８のいずれかに記載の組成物。
（項目１３０）
前記組成物中のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度が約１０９ＣＦＵ／ｍｌである、項目１２１〜１２９のいずれかに記載の組成物。
（項目１３１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと薬学的賦形剤の質量比が約０．１グラム／Ｌ〜約１グラム／Ｌの範囲である、項目１２１〜１３０のいずれかに記載の組成物。
（項目１３２）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも約１，０００Ｌの項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む、組成物。
（項目１３３）
例えば、粉末等の乾燥製剤として、少なくとも約１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、または５００ｇの項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む、組成物。
（項目１３４）
例えば、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、または微生物成長を阻害するための治療のうちの１つ以上を提供する濃度で、項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、衣料品。
（項目１３５）
パッケージングされる、項目１３４に記載の衣料品。
（項目１３６）
ガス交換に対して耐性のある材料または水に対して耐性のある材料中にパッケージングされる、項目１３４〜１３５に記載の衣料品。
（項目１３７）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、布。
（項目１３８）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、編み糸。
（項目１３９）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、縫い糸。
（項目１４０）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を得る、例えば、製造する方法であって、
（ａ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を選択する条件下で前記細菌を培養し、それにより培養物を生成することと、
（ｂ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性について前記培養物由来の試料を試験することと、
（ｃ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する細菌が得られるまで、前記培養ステップ及び前記試験ステップを繰り返すことと、を含む、前記方法。
（項目１４１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を源から得るステップをさらに含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記源が土壌または個体の皮膚である、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を選択する条件下で前記細菌を培養することが、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含むＮ．ｅｕｒｏｐａｅ培地で前記細菌を培養することを含む、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
純粋培養物を作製するステップを含む、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを少なくとも１つの他の種類のアンモニア酸化細菌と一緒に共培養するステップを含む、項目１４３または１４４に記載の方法。
（項目１４６）
ステップ（ａ）の前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を欠く、項目１４０〜１４５のいずれかに記載の方法。
（項目１４７）
ステップ（ｃ）が、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの少なくとも２つを有する細菌が得られるまで、前記培養ステップ及び前記試験ステップを繰り返すことを含む、項目１４０〜１４６のいずれかに記載の方法。
（項目１４８）
項目１４０〜１４７のいずれかに記載の方法によって生成される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１４９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を試験する方法であって、
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることと、
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有する場合、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを許容されるものとして分類することと、を含む、前記方法。
（項目１５０）
汚染生物について前記調製物を試験するステップをさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記調製物から試料を取り出すステップと、前記試料に対する試験を行うステップと、をさらに含む、項目１４９〜１５０のいずれかに記載の方法。
（項目１５２）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが培養される培地を試験することをさらに含む、項目１４９〜１５１のいずれかに記載の方法。
（項目１５３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを前記調製物からパッケージにパッケージングすることをさらに含む、項目１４９〜１５２のいずれかに記載の方法。
（項目１５４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを前記調製物から商業化することをさらに含む、項目１４９〜１５３のいずれかに記載の方法。
（項目１５５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、少なくとも約０．５のＯＤ６００が到達されるまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、前記方法。
（項目１５６）
汚染生物について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及び前記培養培地をアッセイすることをさらに含む、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることをさらに含む、項目１５５〜１５６のいずれかに記載の方法。
（項目１５８）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも少なくとも約１，０００Ｌ／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む、項目１５５〜１５７のいずれかに記載の方法。
（項目１５９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、約１０１２ＣＦＵ／Ｌで約少なくとも約１，０００ＬのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａが生成されるまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、前記方法。
（項目１６０）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイするステップをさらに含む、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
汚染生物について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａまたは前記培養培地を試験するステップをさらに含む、項目１５９〜１６０のいずれかに記載の方法。
（項目１６２）
前記培養培地と接触する前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａである、項目１５９〜１６１のいずれかに記載の方法。
（項目１６３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、
（ａ）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、
（ｂ）培養物が約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達するまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを１〜２日間培養し、それにより前記培養物を作製することと、を含む、前記方法。
（項目１６４）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイするステップをさらに含む、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
汚染生物について前記培養物を試験するステップをさらに含む、項目１６３〜１６４のいずれかに記載の方法。
（項目１６６）
ステップ（ａ）の前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａである、項目１６３〜１６５のいずれかに記載の方法。
（項目１６７）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも少なくとも約１，０００Ｌ／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む、項目１６３〜１６６のいずれかに記載の方法。
（項目１６８）
項目１５５〜１６７のいずれかに記載の方法によって生成される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１６９）
項目１５５〜１６７のいずれかに記載の方法によって作製される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物。
（項目１７０）
前記調製物が少なくとも約０．１〜約１００ミリグラム（ｍｇ）のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、項目１６９に記載の調製物。
（項目１７１）
約０．５〜約０．６の光学密度のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、反応混合物。
（項目１７２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを有する衣料を生成する方法であって、衣料品を項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させることを含む、前記方法。
（項目１７３）
少なくとも１０、１００、または１０００個の衣料品を作成することを含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記衣料品を少なくとも１０１０ＣＦＵのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させることを含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７５）
前記衣料をパッケージングすることをさらに含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの製剤を得る方法であって、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを薬学的または美容的に許容される賦形剤と接触させることを組み合わせる、前記方法。
（項目１７７）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと前記賦形剤を混合することをさらに含む、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
汚染生物を実質的に含まない条件下で行われる、項目１７６に記載の方法。
（項目１７９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをパッケージングする方法であって、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａをパッケージに組み合わせることを含む、前記方法。
（項目１８０）
前記パッケージが、ガス交換に対して耐性があるか、または水に対して耐性がある、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記パッケージが、ガス交換、ＮＨ３、ＮＨ４＋、またはＮＯ２−に対して透過性である、項目１７９に記載の方法。
（項目１８２）
対象の皮膚での微生物成長を阻害する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１８３）
前記有効用量がおよそ１．５×１０１０ＣＦＵである、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記投与が１日２回行われる、項目１８２〜１８３のいずれかに記載の方法。
（項目１８５）
前記対象がヒトである、項目１８２〜１８４のいずれかに記載の方法。
（項目１８６）
阻害される前記微生物成長が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉの成長である、項目１８２〜１８５のいずれかに記載の方法。
（項目１８７）
一酸化窒素を対象に供給する方法であって、有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を前記対象に近接近して位置付けることを含む、前記方法。
（項目１８８）
体臭を軽減する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１８９）
低亜硝酸塩レベルに関連する疾患を治療する方法であって、それを必要とする対象に治療上有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１９０）
前記疾患が、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、または癌である、項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
皮膚障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に治療上有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１９２）
前記皮膚障害が、座瘡、例えば、尋常性座瘡、酒さ、湿疹、または乾癬である、項目１９１に記載の方法。
（項目１９３）
前記皮膚障害が、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である、項目１９１に記載の方法。
（項目１９４）
局所投与が、前記対象をＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａで事前治療することを含む、項目１９１〜１９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９５）
局所投与が、前記皮膚障害の発症前の局所投与を含む、項目１９１〜１９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９６）
局所投与が、前記皮膚障害の発症後の局所投与を含む、項目１９１〜１９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９７）
創傷治癒または閉鎖を促進する方法であって、創傷に有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を投与することを含む、前記方法。
（項目１９８）
前記創傷が、１つ以上の望ましくない細菌、例えば、病原菌を含む、項目１９７に記載の方法。
（項目１９９）
前記創傷が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉを含む、項目１９７に記載の方法。
（項目２００）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、前記創傷の発症前に前記対象に投与される、項目１９７に記載の方法。
（項目２０１）
前記創傷に投与することが、前記創傷の発症前に前記対象に投与することを含む、項目１９７に記載の方法。
（項目２０２）
前記創傷の発症後に前記創傷にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを投与することをさらに含む、項目１９７〜２０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０３）
病原菌を死滅させるか、またはその成長を阻害する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、例えば、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を皮膚と接触させる、例えば、それに塗布することを含む、前記方法。
（項目２０４）
前記病原菌が、以下の状態：ＨＩＶ皮膚炎、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの１つ以上に寄与する、項目２０３に記載の方法。
（項目２０５）
前記状態が、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０６）
前記状態が、静脈性下腿潰瘍である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０７）
前記状態が、座瘡、例えば、尋常性座瘡である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０８）
前記状態が、尋常性座瘡である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０９）
前記病原菌が、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉのうちの１つ以上である、項目２０３〜２０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１０）
前記対象が病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とするかを決定すること、例えば、前記対象が病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とすると決定することをさらに含む、項目２０３〜２０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１１）
病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とする前記対象を選択することをさらに含む、項目２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１２）
対象の皮膚マイクロバイオームの組成を変化させる方法であって、
アンモニア酸化細菌を含む調製物を皮膚の表面に投与する、例えば、塗布することを含み、
投与、例えば、塗布の量及び頻度が、皮膚の前記表面上の病原菌の割合を減少させるのに十分である、前記方法。
（項目２１３）
皮膚の前記表面上の病原菌の割合の減少を必要とする前記対象に基づいて前記対象を選択することをさらに含む、項目２１２に記載の方法。
（項目２１４）
前記調製物が、アンモニア、アンモニウム塩、及び尿素のうちの少なくとも１つを含む、項目２１２〜２１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１５）
前記調製物が、放出制御材料、例えば、徐放性材料を含む、項目２１２〜２１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１６）
前記アンモニア酸化細菌調製物が、賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤または美容的に許容される賦形剤のうちの１つをさらに含む、項目２１２〜２１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１７）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤及び前記美容的に許容される賦形剤のうちの１つが、局所投与、経鼻投与、肺投与、及び胃腸投与のうちの１つに好適である、項目２１６に記載の方法。
（項目２１８）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤及び前記美容的に許容される賦形剤のうちの１つが、界面活性剤である、項目２１６〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１９）
前記界面活性剤が、コカミドプロピルベタイン（ＣｏｌａＴｅｒｉｃ  ＣＯＡＢ）、ポリエチレンソルビトールエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ  ８０）、エトキシ化ラウリルアルコール（ＲｈｏｄａＳｕｒｆ  ６  ＮＡＴ）、ラウレス硫酸ナトリウム／ラウリルグルコシド／コカミドプロピルベタイン（Ｐｌａｎｔａｐｏｎ  ６１１  Ｌ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（例えば、ＲｈｏｄａＰｅｘ  ＥＳＢ  ７０  ＮＡＴ）、アルキルポリグルコシド（例えば、Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２０００  Ｎ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２００）、Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール石鹸、ラウラミンオキシド（ＣｏｌａＬｕｘ  Ｌｏ）、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、ポリスルホン酸アルキルポリグルコシド（ＰｏｌｙＳｕｆａｎａｔｅ  １６０  Ｐ）、ラウリル硫酸ナトリウム（Ｓｔｅｐａｎｏｌ−ＷＡ  Ｅｘｔｒａ  Ｋ）、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、項目２１８に記載の方法。
（項目２２０）
前記調製物が他の生物を実質的に含まない、項目２１２〜２１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２１）
前記調製物が、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、または包帯中に配置される、項目２１２〜２２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２２）
前記調製物が、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、または包帯として提供される、項目２１２〜２２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２３）
前記調製物が、保湿剤、脱臭剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤を含む、項目２１２〜２２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２４）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤または前記美容的に許容される賦形剤が、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含む、項目２１６〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２５）
前記アンモニア酸化細菌を含む調製物が、約１０８〜約１０１４ＣＦＵ／Ｌを含む、項目２１２〜２２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２６）
前記調製物が、約１×１０９ＣＦＵ／Ｌ〜約１０×１０９ＣＦＵ／Ｌを含む、項目２２５に記載の方法。
（項目２２７）
前記アンモニア酸化細菌を含む調製物が、約５０ミリグラム（ｍｇ）〜約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２８）
アンモニア酸化細菌と前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤または前記美容的に許容される賦形剤の質量比が、約０．１グラム／Ｌ〜約１グラム／Ｌの範囲である、項目２１６〜２２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２９）
前記アンモニア酸化細菌調製物が、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、または微生物成長、例えば、病原菌成長を阻害するための治療に有用である、項目２１２〜２２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３０）
前記アンモニア酸化細菌が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目２１２〜２２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３１）
前記調製物が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される生物を含む、項目２１２〜２３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３２）
前記調製物がアンモニア酸化細菌以外の生物を実質的に含まない、項目２１２〜２３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３３）
前記アンモニア酸化細菌調製物が成長状態のアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３４）
前記アンモニア酸化細菌調製物が貯蔵状態のアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３５）
化粧品製品を提供するための項目２１２〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３６）
治療薬製品を提供するための項目２１２〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３７）
前記調製物が、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの少なくとも１つの治療に有用である、項目２１２〜２３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３８）
前記調製物が、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、乾癬、蕁麻疹、酒さ、及び皮膚感染症のうちの少なくとも１つの治療に有用である、項目２３７に記載の方法。
（項目２３９）
前記調製物が容器内に提供され、前記調製物及び前記容器が、約５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、または２０００グラム未満の重量を有する、項目２１２〜２３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４０）
前記調製物が約０．１％〜約１０％未満の界面活性剤を有する、項目２１２〜２３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４１）
前記調製物が界面活性剤を実質的に含まない、項目２１２〜２４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４２）
前記調製物がキレート剤を含む、項目２１２〜２４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４３）
前記調製物が、１日約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４回塗布される、項目２１２〜２４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４４）
前記調製物が１日１回塗布される、項目２１２〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４５）
前記調製物が１日２回塗布される、項目２１２〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４６）
前記調製物が、約１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５〜１０、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、４２〜４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、または８４〜９１日間塗布される、項目２１２〜２４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４７）
前記調製物が約１６日間塗布される、項目２１２〜２４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４８）
皮膚の前記表面から試料を得ることをさらに含む、項目２１２〜２４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４９）
前記試料中の細菌のＤＮＡを単離することをさらに含む、項目２４８に記載の方法。
（項目２５０）
前記試料中の細菌のＤＮＡを配列決定することをさらに含む、項目２４８〜２４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５１）
前記アンモニア酸化細菌の投与が、前記表面上の非病原菌の割合の増加を提供する、項目２１２〜２５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５２）
前記非病原菌が共生非病原菌である、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
前記非病原菌がＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の共生非病原菌である、項目２５２に記載の方法。
（項目２５４）
前記非病原菌が、共生非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、項目２５３に記載の方法。
（項目２５５）
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の前記非病原菌が約２週間後に増加するか、または約２週間後に増加すると特定される、項目２５２〜２５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５６）
前記非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓが、約２週間後に増加するか、または約２週間後に増加すると特定される、項目２５５に記載の方法。
（項目２５７）
潜在的病原性Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａまたは疾患に関連したＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａが、約２週間後に減少するか、または約２週間後に減少すると特定される、項目２１２〜２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５８）
潜在的病原性Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓまたは疾患に関連したＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓが、約２週間後に減少するか、または約２週間後に減少すると特定される、項目２１２〜２５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５９）
皮膚の前記表面が創傷を含む、項目２１２〜２５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６０）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、座瘡、例えば、尋常性座瘡を治療する方法。
（項目２６１）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、湿疹を治療する方法。
（項目２６２）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、乾癬を治療する方法。
（項目２６３）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、蕁麻疹を治療する方法。
（項目２６４）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、酒さを治療する方法。
（項目２６５）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、皮膚感染症を治療する方法。
（項目２６６）
項目２１２〜２５８のいずれか一項に記載の方法により、対象の表面上の望ましくない細菌の量を減少させる方法。
（項目２６７）
配列番号６６またはその逆相補体からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの配列を含む核酸であるが、但し、天然には存在しない配列、若しくは別の修飾、例えば、標識、またはそれらの両方を有することを条件とする、前記核酸。
（項目２６８）
１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列が、Ｎ．Ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１には見られない配列である、項目２６７に記載の核酸。
（項目２６９）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の異種配列をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７０）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の異種配列をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７１）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の第１の異種配列と、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の第２の異種配列と、をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７２）
１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、または２５〜４０のヌクレオチド長を有する、項目２６７〜２７１のいずれかに記載の核酸。
（項目２７３）
検出可能な標識、例えば、蛍光標識に結合している、例えば、共有結合している、項目２６７〜２７２のいずれかに記載の核酸。
（項目２７４）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドを含む第１の核酸と、
配列番号６６の逆相補体からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドを含む第２の核酸と、
を含むが、但し、前記第１の核酸若しくは前記第２の核酸またはそれらの両方が、天然には存在しない配列若しくは標識等の修飾またはそれらの両方を有することを条件とする、前記組成物。
（項目２７５）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、Ｎ．Ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１に見られる配列を含まない、項目２７４に記載の組成物。
（項目２７６）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の異種配列をさらに含む、項目２７４または２７５に記載の組成物。
（項目２７７）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の異種配列をさらに含む、項目２７４〜２７６のいずれかに記載の組成物。
（項目２７８）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、または２５〜４０のヌクレオチド長を有する、項目２７４〜２７７のいずれかに記載の組成物。
（項目２７９）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、検出可能な標識、例えば、蛍光標識に結合している、例えば、共有結合している、項目２７４〜２７８のいずれかに記載の組成物。
（項目２８０）
配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる、核酸。
（項目２８１）
配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる、核酸。
（項目２８２）
項目２８０または２８１に記載の核酸と、検出可能な標識、例えば、蛍光標識と、を含む、分子。
（項目２８３）
配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる第１の核酸と、配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる第２の核酸と、を含む、組成物。
（項目２８４）
（ｉ）配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる第１の核酸を含み、（ｉｉ）検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む、第１の分子と、
（ｉ）配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる第２の核酸を含み、（ｉｉ）検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む、第２の分子と、を含む、組成物。
（項目２８５）
Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が試料中に存在するかを検出する方法であって、
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３に特異的なプライマーを使用して前記試料に対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行うことと、
ＰＣＲ産物が生成されたかを決定することと、を含み、ＰＣＲ産物の存在が、前記Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が前記試料中に存在したことを示す、前記方法。