【手続補正書】
【提出日】平成29年12月21日(2017.12.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると以前に同定された対象を、癌免疫治療法で処置する方法であって、該１つまたは複数の体細胞変異が、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）を含む、前記方法。
【請求項２】
前記対象が、
サンプルに全ゲノムまたはエクソームの配列決定を適用することによって、対象の癌サンプルにおける１つまたは複数のネオエピトープの存在の有無を検出するステップであって、該１つまたは複数のネオエピトープが、
（i）該１つまたは複数のネオエピトープが、体細胞変異を含む；
（ii）該１つまたは複数のネオエピトープが、５００ｎＭ以下であるＩＣ５０を有する対象のＭＨＣクラスＩに結合する；
（iii）該１つまたは複数のネオエピトープが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）によって認識される抗原にわたって保存される領域であるテトラペプチドを含む；ならびに
（iv）該１つまたは複数のネオエピトープが、感染性病原体に由来する抗原とコンセンサス配列を共有する
との特徴のうち３つ以上を含む、前記ステップ
によって、１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると以前に同定された、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記癌免疫治療法が、CTLA4、PD1、PD-L1、およびOX40からなる群より選択される免疫応答調節因子に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記抗体またはその抗原結合断片が、CTLA4に結合する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記抗体またはその抗原結合断片が、PD1に結合する、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記抗体が、イピルミマブ（ｉｐｉｌｕｍｉｍａｂ）、トレメリムマブ、およびペンブロリズマブからなる群より選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記１つまたは複数のネオエピトープが、非自己として、対象の免疫系によって認識される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記１つまたは複数のネオエピトープが、免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ）に示されるウイルス抗原および細菌抗原に対応する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記テトラペプチドが、表１に示されるアミノ酸配列から選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記癌免疫治療法が、免疫チェックポイント阻害剤での処置を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記１つまたは複数のネオエピトープが、細菌抗原と高い配列類似性を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つまたは複数のネオエピトープが、ウイルス抗原と高い配列類似性を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群より選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ；および
該対象を癌免疫治療法での処置の候補として同定するステップ
を含む、方法。
【請求項１５】
前記検出ステップが、
（a）サンプルに全ゲノムまたはエクソームの配列決定を適用することによって、対象の癌サンプルにおける１つまたは複数のネオエピトープを検出するステップであって、該１つまたは複数のネオエピトープが、
（i）該１つまたは複数のネオエピトープが、体細胞変異を含む；
（ii）該１つまたは複数のネオエピトープが、５００ｎＭ以下であるＩＣ５０を有する対象のＭＨＣクラスＩに結合する；
（iii）該１つまたは複数のネオエピトープが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）によって認識される抗原にわたって保存される領域であるテトラペプチドを含む；ならびに
（iv）該１つまたは複数のネオエピトープが、感染性病原体に由来する抗原とコンセンサス配列を共有する
との特徴のうち３つ以上を含む、前記ステップ
を含み、且つ
該１つまたは複数のネオエピトープの存在が、対象が癌免疫治療法に応答する可能性の増加を示す、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記対象を癌免疫治療法で処置するステップをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記癌免疫治療法が、免疫チェックポイント阻害剤での処置を含む、請求項１４〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
（a）１つまたは複数のネオエピトープが、体細胞変異を含む；
（b）１つまたは複数のネオエピトープが、５００ｎＭ以下であるＩＣ５０を有する対象のＭＨＣクラスＩに結合する；
（c）１つまたは複数のネオエピトープが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）によって認識される抗原にわたって保存される領域であるテトラペプチドを含む；ならびに
（d）１つまたは複数のネオエピトープが、感染性病原体に由来する抗原とコンセンサス配列を共有する
との特徴のうち３つ以上を含む、複数のネオエピトープを含む、組成物。
【請求項１９】
前記１つまたは複数のネオエピトープが、免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ）に示されるウイルス抗原および細菌抗原に対応する、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、請求項１８または１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、CTLA4、PD1、PD-L1、およびOX40からなる群より選択される免疫応答調節因子に結合する抗体またはその抗原結合断片である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記複数のネオエピトープの各々が、核酸分子である、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記テトラペプチドが、表１に示されるアミノ酸配列から選択される、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２４】
対象由来の癌サンプルにおける１つまたは複数のネオエピトープを検出する試薬のセットを含む、キットであって、該１つまたは複数のネオエピトープの存在が、対象が癌免疫治療法に応答する可能性の増加を示す、前記キット。
【請求項２５】
前記試薬のセットが、全ゲノムまたはエキソームを配列決定する試薬を含む、請求項２４に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
いくつかの実施形態では、本発明は、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を治療するための方法であって、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、癌は黒色腫である。いくつかの実施形態では、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。
[本発明1001]
対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ；及び
前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の候補として同定するステップ
を含む、方法。
[本発明1002]
前記検出するステップが、前記癌サンプル由来の１つまたは複数のエクソームを配列決定することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記体細胞変異が、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
変異を有さない対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する、本発明1002の方法。
[本発明1005]
前記体細胞変異が、体細胞変異を有さない同じ細胞型において発現していない四量体を含むネオエピトープを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記ネオエピトープが、感染性病原体とコンセンサス配列を共有する、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記四量体が、表１に示されるものから選択される配列である、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記癌が黒色腫であるかまたは黒色腫を含む、本発明1001の方法。
[本発明1009]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｄｅａｔｈ  １）（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ−３）（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（Ｂ−  ａｎｄ  Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ）（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ａｎｄ  ｍｕｃｉｎ  ｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ３）（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記抗体がイピルミマブ（ｉｐｉｌｕｍｉｍａｂ）である、本発明1011の方法。
[本発明1013]
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記対象にイピルミマブを投与するステップをさらに含む、本発明1012の方法。
[本発明1016]
対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ；及び
前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の不十分な候補として同定するステップ
を含む、方法。
[本発明1017]
前記対象が、免疫チェックポイントモジュレーターを投与された場合に１つまたは複数の自己免疫性合併症を患う可能性が高いとして同定される、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記自己免疫性合併症が甲状腺機能低下症である、本発明1017の方法。
[本発明1019]
表１からの四量体を含むネオエピトープを含む体細胞変異を含む癌を対象が有すると判定するステップ、及び
前記対象のために、免疫チェックポイントモジュレーターを含む癌治療を選択するステップ
を含む、方法。
[本発明1020]
前記癌が黒色腫を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、本発明1019の方法。
[本発明1022]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記抗体がイピルミマブである、本発明1023の方法。
[本発明1025]
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、本発明1019の方法。
[本発明1026]
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、本発明1019の方法。
[本発明1027]
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると以前に同定された対象を、免疫チェックポイントモジュレーターで治療する方法。
[本発明1028]
前記癌が黒色腫を含む、本発明1027の方法。
[本発明1029]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、本発明1027の方法。
[本発明1030]
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、本発明1027の方法。
[本発明1031]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
前記抗体がイピルミマブである、本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、本発明1027の方法。
[本発明1034]
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、本発明1027の方法。
[本発明1035]
免疫チェックポイントモジュレーターによる癌治療の有効性を改善する方法であって、
前記治療を受けることについて、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象を選択するステップ
を含む、方法。
[本発明1036]
免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すことによって癌を治療する方法における、
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、前記療法を施すステップ
を含む改善。
[本発明1037]
癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を治療する方法であって、
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すステップ
を含む、方法。
[本発明1038]
前記癌が黒色腫であるかまたは黒色腫を含む、本発明1037の方法。
[本発明1039]
免疫チェックポイントモジュレーター療法に関する応答シグネチャーを定義する方法であって、
その存在が免疫チェックポイントモジュレーター療法に対する共通応答特徴に関連または相関する遺伝子配列要素が、比較によって定義されるように、前記共通応答特徴を共有するサンプルを含む第１の複数の腫瘍サンプル由来の遺伝子配列情報を、第１のセットのサンプルに対して前記共通応答特徴を共有しないがその他の点では同等であるサンプルを含む第２の複数の腫瘍サンプルから得られた遺伝子配列情報と比較するステップ；及び
定義された前記遺伝子配列要素のいずれがネオエピトープを生成するかを判定するステップ；及び
前記ネオエピトープの存在を前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義するステップ
を含む、方法。
[本発明1040]
前記ネオエピトープのいずれがペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させるかを判定するステップ
をさらに含み、
前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義する前記ステップが、前記シグネチャーとして、ペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させると判定された前記ネオエピトープの少なくとも１つを定義することを含む、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義する前記ステップが、前記シグネチャーとして、ペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させると判定された前記ネオエピトープのセットを定義することを含む、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記ネオエピトープが四量体であるかまたは四量体を含む、本発明1039〜1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
前記ネオエピトープが、表１に記載の四量体であるか、または表１に記載の四量体を含む、本発明1042の方法。
[本発明1044]
前記ネオエピトープのセットが、表１に記載の複数のネオエピトープを含むか、または表１に記載の複数のネオエピトープからなる、本発明1044の方法。
それは複数の腫瘍サンプルを分析する共通応答特徴を共有しないので、本発明者らは、腫瘍を分析し、かつ、全エクソーム配列決定を使用して血液ＤＮＡとマッチさせた。発見セットでは、少なくとも１０×深度までカバーされた９０％超の標的配列、及び１０３×の平均エクソームカバレッジ（図５）を用いて、６．４ＧＢのマッピングされた配列を作製した。サンプルの間での広範囲の変異負荷（図２Ａ及び２Ｂ）、及び再発変異（図６Ａ）は、文献と一致していた。
本発明者らは、患者に特異的なＨＬＡ型を使用して、体細胞ネオエピトープのサブセットがペプチド−ＭＨＣ結合の強度を変えるかどうかを試験した。本発明者らは最初に、全野生型ペプチドに対する全変異体ペプチドの全体的な抗原性傾向を比較した。興味深いことに、全体として、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性でＭＨＣクラスＩに結合することが予測された（図１０Ａ及び１０Ｂ）。