【手続補正書】
【提出日】平成29年12月11日(2017.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項２】
ＰＤＫ４、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、Ｆ３、ＣＥＮＰＦ、ＭＹＢＰＣ１、ＳＥＬＥ、ＣＥＢＰＤ、およびＸＢＰ１の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前立腺癌の特性化および／または予後が、再発の可能性の増加を予測すること、および／または転移の可能性の増加を予測することを含むか、当該予測することから本質的になるか、または当該予測することからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前立腺癌の特性化および／または予後が、前立腺癌が予後不良を有するか否かを決定することを含むか、当該決定することから本質的になるか、または当該決定することからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
発現レベルを参照値とまたは１つ以上のコントロールサンプルの発現レベルと比較することを含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項６】
発現レベルを１つ以上のコントロールサンプルにおいて同じ遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項７】
サンプルにおいて前立腺癌細胞におけるＰＤＫ４、ＳＲＳＦ５、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、およびＦ１２の少なくとも１つの発現レベルを、同じサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項８】
参照遺伝子の発現レベルを決定することをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＨＪＵＲＰ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項１０】
参照遺伝子がＴＰＴ１、ＲＰＳ１４またはＲＰＬ３７Ａである、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示すか、またはＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す、前記請求項に記載の方法。
【請求項１２】
発現レベルがタンパク質、ＲＮＡまたはエピジェネティック修飾のレベルで決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１３】
エピジェネティック修飾がＤＮＡメチル化である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
発現レベルが免疫組織化学によって決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１５】
発現レベルが標識にコンジュゲートされた抗体を使用して決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１６】
発現レベルがマイクロアレイ、ノーザンブロット法、ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡシーケンシング）、ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＲＮＡ検出または核酸増幅によって決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１７】
サンプルから全ＲＮＡを抽出することをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項１８】
対象由来のサンプルを得ることをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項１９】
サンプルが前立腺組織を含むか、当該組織から本質的になるか、または当該組織からなる、前記請求項に記載の方法。
【請求項２０】
サンプルがホルマリン固定パラフィン包埋生検サンプルを含むか、当該サンプルから本質的になるか、または当該サンプルからなる、前記請求項に記載の方法。
【請求項２１】
ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つ、およびＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項２２】
対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、および
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること
を含む方法。
【請求項２３】
対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること、および
（ｃ）当該対象を選択された処置で処置すること
を含む方法。
【請求項２４】
前立腺癌の特性化および／または予後が再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加であるとき、選択された処置が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、さらに好ましくはＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ
ｄ）放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療
ｅ）標的療法
ｆ）手術
の１つ以上である、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、請求項２２から２４のいずれかに記載の方法に基づいて対象が処置を選択される、方法。
【請求項２６】
対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、請求項２２から２４のいずれかに記載の方法に基づいて対象が処置を選択される、化学療法剤。
【請求項２７】
化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、対象がＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、方法。
【請求項２８】
対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、当該対象が、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、化学療法剤。
【請求項２９】
請求項２５または２７に記載の方法または請求項２６または２８に記載の使用のための化学療法剤であって、当該化学療法剤が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、さらに好ましくはＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ、および／または
ｄ）標的治療剤
を含むか、当該物から本質的になるか、または当該物からなる、方法または化学療法剤。
【請求項３０】
細胞毒性剤が白金をベースとする薬剤および／またはタキサンである、請求項２４または２９に記載の方法。
【請求項３１】
白金をベースとする薬剤がシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
タキサンがパクリタキセルまたはドセタキセルである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的に結合する抗体。
【請求項３４】
標識にコンジュゲートされた請求項３３に記載の抗体。
【請求項３５】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するための、請求項３３または３４に記載の抗体の使用。
【請求項３６】
対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法。
【請求項３７】
対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＳＲＳＦ５、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＰＤＥ４Ｄ、およびＦ１２の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法。
【請求項３８】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定し、再発および／または転移の可能性の増加の細胞特性の存在または非存在を同定することを含み、前記細胞の決定された存在または非存在を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項３９】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、
ａ）当該対象由来のサンプルを得ること
ｂ）ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的な抗体を当該対象由来のサンプルに適用すること
ｃ）抗体−タンパク質複合体を検出する検出剤を適用すること
ｄ）検出剤を使用して、タンパク質のレベルを決定すること
ｅ）タンパク質の決定されたレベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供すること
を含む方法。
【請求項４０】
前の請求項に記載の方法を行うためのシステムまたは装置。
【請求項４１】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのシステムまたは試験キットであって、
ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定するための１つ以上の試験装置
ｂ）処理装置；および
ｃ）処理装置によって実行されるとき、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、当該サンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスする、および／または当該発現レベルを計算する
（ｉｉ）当該サンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算する；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後を処理装置から出力する
ように構成されるコンピューターのアプリケーションを含む、記憶媒体
を含む、システムまたは試験キット。
【請求項４２】
処理装置からの出力のためのディスプレーをさらに含む、請求項４１に記載のシステムまたは試験キット。
【請求項４３】
請求項４１または４２に記載のコンピューターのアプリケーションを含む、コンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体。
【請求項４４】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つのメチル化状態を決定することを含み、決定されたメチル化状態を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項４５】
ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つが高メチル化されているとき、再発および／または転移の可能性が増加する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項３３または３４に記載の１つ以上の抗体を含む、対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキット。
【請求項４７】
請求項４３に記載のコンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体をさらに含む、請求項４６に記載のキット。
【請求項４８】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのコンピュータープログラム製品であって、コンピューターに、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、サンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスさせる、および／または当該発現レベルを計算させる；
（ｉｉ）サンプルにおいて、ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算させる；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後に関して出力を提供させる
具体化されたコンピューター可読のプログラム命令を有する持続性のコンピューター可読の記憶装置を含む、コンピュータープログラム製品。
【請求項４９】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキットであって、
ＰＤＫ４、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのＲＮＡ産物に特異的な１つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを含み、
以下の成分：
ａ）ブロッキングプローブ
ｂ）ＰｒｅＡｍｐｌｉｆｉｅｒ
ｃ）Ａｍｐｌｉｆｉｅｒおよび／または
ｄ）標識分子
の１つ以上をさらに含む、キット。