【手続補正書】
【提出日】平成29年12月5日(2017.12.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における乳がんの可能性のある経過および／または転帰を予測する方法であって、
（ａ）対象の生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を測定すること、
（ｂ）生体試料中で測定された量を対照と比較すること、および
（ｃ）核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量と対照との間の比較に基づいて乳がんの可能性のある経過および／または転帰を予測することを含む方法。
【請求項２】
対照が、
非進行性乳がん試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量であるならば、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量がより高いことは予後不良であることを示し、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が等しいかもしくはより低いことは予後良好であることを示し、または
進行性乳がん試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量であるならば、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が等しいかもしくはより高いことは予後不良であることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
非進行性乳がん試料が、核Ｅｐ−ＩＣＤ量の測定後少なくとも４０カ月間疾患の進行がないことが知られている、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
進行性乳がん試料が、核Ｅｐ−ＩＣＤ量の測定後約５年未満疾患が進行することが知られている、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
予後不良が、５年未満の無病生存期間を含む、請求項２から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
無病生存期間が、約４１カ月以下である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
予後良好が、少なくとも約５年の無病生存期間を含む、請求項２から６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
対象の生体試料が、治療的処置後に得られる、請求項１から７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
対象の生体試料が、乳房上皮細胞、乳房組織、乳腺腫瘍組織および病期ＩもしくはＩＩの乳がん腫瘍細胞の１つまたは複数を含む、請求項１から８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
予測される乳がんが、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、浸潤性粘液性癌、腺管上皮内癌または上皮内小葉癌である、請求項１から９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が、定量的および定性的量の１つまたは複数である、請求項１から１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
定量的量が、生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性である細胞の割合または核Ｅｐ−ＩＣＤの絶対量である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
定性的量が、核Ｅｐ−ＩＣＤを示す標識によって放出されるシグナルの強度である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの定量的および定性的スコアを決定することをさらに含み、定量的および定性的な核および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤスコアの増加は乳がんの予後不良と関連する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
定量的および定性的な核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤスコアの決定が、
（ｉ）試料を、Ｅｐ−ＩＣＤまたはその一部に特異的に結合する結合剤および第１の結合剤のＥｐ−ＩＣＤへの結合を検出するための検出可能な標識と接触させることであって、検出可能な標識は、結合剤がＥｐ−ＩＣＤに結合すると検出可能なシグナルを放出すること、
（ｉｉ）（ａ）結合剤に結合した核内のＥｐ−ＩＣＤを有する細胞の試料中の割合を含む第１の割合を測定し、第１のスケールに従って第１の定量的スコアを第１の割合に割り当てること、
（ｂ）結合剤に結合した細胞質中のＥｐ−ＩＣＤを有する細胞の試料中の割合を含む第２の割合を測定し、第１のスケールに従って第２の定量的スコアを第２の割合に割り当てること、
（ｉｉｉ）（ａ）標識によって核内に放出されたシグナルの強度を含む第１の強度を測定し、第２のスケールに従って第１の定性的スコアを第１の強度に割り当てること、
（ｂ）標識によって細胞質内に放出されたシグナルの強度を含む第２の強度を測定し、第２のスケールに従って第２の定性的スコアを第２の強度に割り当てること
を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの全スコアを計算することをさらに含み、計算が、
（ａ）核Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアを生成するために第１の定量的および定性的スコアを加算すること、
（ｂ）細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアを生成するために第２の定量的および定性的スコアを加算すること
を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
試料のＥｐ−ＩＣＤ細胞内局在係数（ＥＳＬＩ）値を計算することであって、ＥＳＬＩ値が、核Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアの合計を２で除したものであること、
計算したＥＳＬＩ値を参考値と比較することであって、参考値が、
（ｉ）非進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値、または
（ｉｉ）進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値であること、ならびに
試料の計算したＥＳＬＩ値が（ｉ）の参考値を上回るか、または（ｉｉ）の参考値を上回るか等しいとき、対象の乳がんは予後不良であることを決定することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記結合剤が抗体である、請求項１５から１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
標識が、検出可能な放射性同位元素、発光化合物、蛍光化合物、酵素標識、ビオチニル基および第２のレポーターによって認識可能な予め決定されたポリペプチドエピトープから選択する、請求項１５から１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
定量的量が、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を使用して得られる、請求項１１から１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
定性的量が、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を使用して得られる、請求項１１から２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
第１のスケールが、以下のスコアを含み、
スコア０は１０％未満の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア１は１０〜３０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア２は３１〜５０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア３は５１〜７０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア４は７０％超の細胞が陽性のとき割り当てられ、
第２のスケールが、以下のスコアを含み、
スコア０はシグナルが検出されないときに割り当てられ、
スコア１は軽度のシグナルが検出されるとき割り当てられ、
スコア２は中程度のシグナルが検出さるたとき割り当てられ、
スコア３は強いシグナルが検出されるときに割り当てられる、請求項１５から２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
非進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値は３未満で、進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値は３以上である、請求項１７から２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
核Ｅｐ−ＩＣＤの量の測定が、手動または自動である、請求項１から２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
対象における乳がんを予後診断するためのシステムであって、前記システムが、
（ａ）対象の生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を測定する手段、
（ｂ）生体試料中で測定された量を対照と比較する手段、および
（ｃ）核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量と対照との間の比較に基づいて乳がんを予後診断するための情報を得る手段を含む、システム。
【請求項２６】
対象における乳がんを予後診断するためのシステムの動作方法であって、前記方法が、
（ａ）対象の生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を測定すること、および
（ｂ）生体試料中で測定された量を対照と比較すること、
を含む、動作方法。
【請求項２７】
対象における乳がんを予後診断する方法に使用するためのキットであって、前記方法が、
（ａ）対象の生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を測定すること、
（ｂ）生体試料中で測定された量を対照と比較すること、および
（ｃ）核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量と対照との間の比較に基づいて乳がんを予後診断することを含み、前記キットが、(i)前記核Ｅｐ−ＩＣＤに特異的に結合する結合剤、および(ii)前記結合剤に結合する染色剤、を含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６３】
本発明はある種の特定の実施形態を参考にして記載したが、それらの様々な改変は当業者には理解されるだろう。本明細書で挙げたいかなる実施例も本発明を例示するためだけに含まれており、決して本発明を限定するものではない。本明細書で挙げた図面は、本発明の様々な態様を例示するためだけのものであり、決して規模を画定したり本発明を限定したりするものではない。添付した特許請求の範囲は、前記の記載で記述した好ましい実施形態によって限定されるべきではないが、本明細書全体と矛盾しない最も広い解釈を提供するべきである。本明細書で引用した先行技術全ての開示は、その全体を参照により本明細書に組み込む。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕対象における乳がんを予後診断する方法であって、
（ａ）対象の生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を測定すること、
（ｂ）生体試料中で測定された量を対照と比較すること、および
（ｃ）核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量と対照との間の比較に基づいて乳がんを予後診断することを含む方法。
〔２〕対照が、
非進行性乳がん試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量であるならば、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量がより高いことは予後不良であることを示し、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が等しいかもしくはより低いことは予後良好であることを示し、または
進行性乳がん試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量であるならば、核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が等しいかもしくはより高いことは予後不良であることを示す、前記〔１〕に記載の方法。
〔３〕非進行性乳がん試料が、核Ｅｐ−ＩＣＤ量の測定後少なくとも４０カ月間疾患の進行がないことが知られている、前記〔２〕に記載の方法。
〔４〕進行性乳がん試料が、核Ｅｐ−ＩＣＤ量の測定後約５年未満疾患が進行することが知られている、前記〔２〕または〔３〕に記載の方法。
〔５〕予後不良が、５年未満の無病生存期間を含む、前記〔２〕から〔４〕のいずれか１項に記載の方法。
〔６〕無病生存期間が、約４１カ月以下である、前記〔５〕に記載の方法。
〔７〕予後良好が、少なくとも約５年の無病生存期間を含む、前記〔２〕から〔６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔８〕対象の生体試料が、治療的処置後に得られる、前記〔１〕から〔７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔９〕対象の生体試料が、乳房上皮細胞、乳房組織、乳腺腫瘍組織および病期ＩもしくはＩＩの乳がん腫瘍細胞の１つまたは複数を含む、前記〔１〕から〔８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１０〕予後診断される乳がんが、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、浸潤性粘液性癌、腺管上皮内癌または上皮内小葉癌である、前記〔１〕から〔９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１１〕核Ｅｐ−ＩＣＤの測定量が、定量的および定性的量の１つまたは複数である、前記〔１〕から〔１０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１２〕定量的量が、生体試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性である細胞の割合または核Ｅｐ−ＩＣＤの絶対量である、前記〔１１〕に記載の方法。
〔１３〕定性的量が、核Ｅｐ−ＩＣＤを示す標識によって放出されるシグナルの強度である、前記〔１１〕または〔１２〕に記載の方法。
〔１４〕核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの定量的および定性的スコアを決定することをさらに含み、定量的および定性的な核および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤスコアの増加は乳がんの予後不良と関連する、前記〔１３〕に記載の方法。
〔１５〕定量的および定性的な核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤスコアの決定が、
（ｉ）試料を、Ｅｐ−ＩＣＤまたはその一部に特異的に結合する結合剤および第１の結合剤のＥｐ−ＩＣＤへの結合を検出するための検出可能な標識と接触させることであって、検出可能な標識は、結合剤がＥｐ−ＩＣＤに結合すると検出可能なシグナルを放出すること、
（ｉｉ）（ａ）結合剤に結合した核内のＥｐ−ＩＣＤを有する細胞の試料中の割合を含む第１の割合を測定し、第１のスケールに従って第１の定量的スコアを第１の割合に割り当てること、
（ｂ）結合剤に結合した細胞質中のＥｐ−ＩＣＤを有する細胞の試料中の割合を含む第２の割合を測定し、第１のスケールに従って第２の定量的スコアを第２の割合に割り当てること、
（ｉｉｉ）（ａ）標識によって核内に放出されたシグナルの強度を含む第１の強度を測定し、第２のスケールに従って第１の定性的スコアを第１の強度に割り当てること、
（ｂ）標識によって細胞質内に放出されたシグナルの強度を含む第２の強度を測定し、第２のスケールに従って第２の定性的スコアを第２の強度に割り当てること
を含む、前記〔１４〕に記載の方法。
〔１６〕核Ｅｐ−ＩＣＤおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの全スコアを計算することをさらに含み、計算が、
（ａ）核Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアを生成するために第１の定量的および定性的スコアを加算すること、
（ｂ）細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアを生成するために第２の定量的および定性的スコアを加算すること
を含む、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１７〕試料のＥｐ−ＩＣＤ細胞内局在係数（ＥＳＬＩ）値を計算することであって、ＥＳＬＩ値が、核Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアおよび細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ全スコアの合計を２で除したものであること、
計算したＥＳＬＩ値を参考値と比較することであって、参考値が、
（ｉ）非進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値、または
（ｉｉ）進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値であること、ならびに
試料の計算したＥＳＬＩ値が（ｉ）の参考値を上回るか、または（ｉｉ）の参考値を上回るか等しいとき、対象の乳がんは予後不良であることを決定することをさらに含む、前記〔１６〕に記載の方法。
〔１８〕前記結合剤が抗体である、前記〔１５〕から〔１７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１９〕標識が、検出可能な放射性同位元素、発光化合物、蛍光化合物、酵素標識、ビオチニル基および第２のレポーターによって認識可能な予め決定されたポリペプチドエピトープから選択する、前記〔１５〕から〔１８〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２０〕定量的量が、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を使用して得られる、前記〔１１〕から〔１９〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２１〕定性的量が、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を使用して得られる、前記〔１１〕から〔２０〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２２〕第１のスケールが、以下のスコアを含み、
スコア０は１０％未満の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア１は１０〜３０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア２は３１〜５０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア３は５１〜７０％の細胞が陽性のとき割り当てられ、
スコア４は７０％超の細胞が陽性のとき割り当てられ、
第２のスケールが、以下のスコアを含み、
スコア０はシグナルが検出されないときに割り当てられ、
スコア１は軽度のシグナルが検出されるとき割り当てられ、
スコア２は中程度のシグナルが検出さるたとき割り当てられ、
スコア３は強いシグナルが検出されるときに割り当てられる、前記〔１５〕から〔２１〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２３〕非進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値は３未満で、進行性乳がんを示すＥＳＬＩ値は３以上である、前記〔１７〕から〔２２〕のいずれか１項に記載の方法。
〔２４〕核Ｅｐ−ＩＣＤの量の測定が、手動または自動である、前記〔１〕から〔２３〕のいずれか１項に記載の方法。