【手続補正書】
【提出日】平成30年3月28日(2018.3.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノム試料における相同性ゲノム領域の遺伝子型を決定するための方法であって、
ａ．ゲノム試料中の目的部位から実験的に配列リードを獲得すること、ここで前記目的部位は、遺伝子およびその相同体の両方にわたって並べて表示された部位を含む；
ｂ．ヒト参照ゲノムへの前記遺伝子またはその相同体のアラインメントに基づいて、ステップａにおける前記配列リードを前記遺伝子またはその相同体のいずれかに対してインシリコでパーティショニングすること；
ｃ．ゲノム試料中の１以上の対照部位から実験的に配列リードを獲得すること；
ｄ．目的部位と１以上の対照部位の両方でリード数を計数すること；
ｅ．計数された生リード数を解釈可能なコピー数コールへと変換するコピー数解析を行なうこと；ならびに
ｆ．前記コピー数解析に基づいて相同性ゲノム領域の遺伝子型を決定すること；
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記配列リードが、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を用いて得られるものであり、場合により、以下を含む請求項１に記載の方法：
（ｉ）前記ＮＧＳが、ターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものである；
（ｉｉ）前記ＮＧＳが、遺伝子または相同体のいずれかに特有のリードを生じるように特異的に設計されたプローブを使用する、ハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものである；
（ｉｉｉ）前記ＮＧＳが、遺伝子をその相同体から識別する少なくとも１つの配列を含むフラグメントを捕捉および配列決定するように設計されたハイブリッド捕捉プローブを使用する、ハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものである；
（ｉｖ）前記ＮＧＳが、ハイブリッド捕捉プローブを使用するハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものであり、捕捉されたフラグメント単独で遺伝子または相同体に対するリードを適切にパーティションするのに十分な識別塩基を含み、前記配列決定はハイブリッド捕捉プローブの長さを超えて伸長しない；
（ｖ）前記ＮＧＳが、遺伝子とその相同体との間で異なる少数の塩基に隣接してアニールするように設計されたハイブリッド捕捉プローブを使用する、ハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものである；
（ｖｉ）前記ＮＧＳが、ハイブリッド捕捉プローブを使用するハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものであり、ここでハイブリッド捕捉プローブ配列自体が配列決定フラグメントの一部となり、遺伝子とその相同体との間の識別塩基が対合末端リードの１つの末端の終末またはその近くにあるように前記ハイブリッド捕捉プローブが設計されたものである；
（ｖｉｉ）前記ＮＧＳが、１以上のハイブリッド捕捉プローブを使用するハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものであり、前記１以上のハイブリッド捕捉プローブが１０ｂｐ〜１０００ｂｐの長さである；
（ｖｉｉｉ）前記ＮＧＳが、１以上のハイブリッド捕捉プローブを使用するハイブリッド捕捉技術を用いたターゲットＤＮＡシーケンシングを含むものであり、前記１以上のハイブリッド捕捉プローブが２０ｂｐ〜１００ｂｐの長さである；
（ｉｘ）前記ＮＧＳが、遺伝子または相同体のいずれかに特有のリードを生じるように特異的に設計されたプライマーを使用するアンプリコンシーケンシングを含むものである；
（Ｘ）前記ＮＧＳが、配列決定フラグメントが遺伝子をその相同体から識別する少なくとも１つの配列を含むように設計されたＰＣＲプライマーを用いたアンプリコンシーケンシングを含むものである；
（ｘｉ）前記ＮＧＳが、高深度非ターゲットシーケンシングを含むものである；または
（ｘｉｉ）前記ＮＧＳが、全ゲノムショットガンシーケンシングを含む高深度非ターゲットシーケンシングを含むものである。
【請求項３】
請求項２の（ｖｉ）に記載の方法であって、
シーケンサーが、少なくとも１ｂｐだけハイブリッド捕捉プローブの長さを読み取る；または
ハイブリッド捕捉プローブがｎ塩基長であり、シーケンサーが捕捉フラグメントからｎ＋ｘ塩基を読み取るものであり、ここでｘ≧１であり、場合により前記プローブはｎ＋ｘ番目の塩基が識別塩基であるように設計され、それによりｎ＋ｘ番目の位置の塩基に基づいて遺伝子または相同体にパーティションされる；
前記方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、以下を含む前記方法：
（ｉ）ステップｂにおけるパーティションが、所与のリードにおいて識別塩基のサブセットのみを使用するものである；
（ｉｉ）ステップｂが、
（ｂ）ヒト参照ゲノムへのアラインメント、および遺伝子を相同体から識別する特定の塩基の存在に基づいて、ステップａにおける前記配列のリードを前記遺伝子またはその相同体のいずれかにインシリコでパーティショニングすることである；または、
（ｉｉｉ）前記方法が、
（ｃ）ゲノム試料中における複数の対照部位から実験的に配列リードを獲得すること、ここで前記配列リードが２以上の対照部位、≧１０の対照部位、≧５０の対照部位、または数百の対照部位から得られるものである；および、
（ｄ）目的部位と複数の対照部位の両方でリード数を計数すること。
【請求項５】
さらにステップｇ：
ｇ．突然変異を同定すること、ここで前記突然変異がコピー数変異体、配向を改変する逆位、遺伝子融合および／または短配列変異体を含むものであり、場合により、前記短配列変異体がＳＮＰおよびインデルを含むものである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ステップｅにおける解析が、前記目的部位または前記１以上の対照部位で得られた生リード数を正規化することにより、前記目的部位または前記１以上の対照部位におけるコピー数を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ステップｅにおける解析が、
（ｉ）各試料の１以上の対照部位における生リード数の中央値を計算すること；
（ｉｉ）各試料の目的部位および１以上の対照部位の両方で計数された生リード数を、ステップ（ｉ）で計算された中央値で割ること、およびそれにより各試料の目的部位および１以上の対照部位の両方で第１正規化リード数を計算すること；
（ｉｉｉ）全ての試料について、目的部位および対照部位のそれぞれについて中央第１正規化リード計数を計算すること；ならびに、
（ｉｖ）各試料の目的部位および１以上の対照部位の両方における第１正規化リード計数を、ステップ（ｉｉｉ）で計算された対応する中央第１正規化リード計数で割ること、およびそれにより各サンプルの目的部位および１以上の対照部位の両方で第２正規化リード計数を計算すること；
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ステップ（ｉｖ）で計算された前記第２のリード計数に２を乗じて、目的部位または対照部位におけるコピー数を計算することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ステップ（ｉｖ）において目的部位で計算された可変リード計数に対するマルチモーダルガウス分布の最良最小二乗偏差適合を見出すこと、および最良適合分布の整数モードでの最短距離を決定することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
請求項８に記載の方法であって、さらに前記計算されたコピー数がその最も近い整数値に四捨五入されること、または
前記方法が、計算された前記コピー数の信頼性スコアを計算することをさらに含み、ここで場合により前記信頼性スコアがｚスコアである、
前記方法。
【請求項１１】
複数のゲノム試料を提供すること、およびステップ（ｉ）の前に各試料についてステップ（ａ）〜（ｄ）を行うことを含み、場合により、４８もしくは４８を超えるゲノム試料が提供されるか、または９６もしくは９６未満のゲノム試料が提供される、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記遺伝子がＳＭＮ１であり、前記相同体がＳＭＮ２である；前記遺伝子がＣＹＰ２１Ａ２であり、前記相同体がＣＹＰ２１Ａ１Ｐである；前記遺伝子がＨＢＡ１であり、前記相同体がＨＢＡ２である；前記遺伝子がＧＢＡであり、前記相同体がＧＢＡＰである；前記遺伝子がＣＨＥＫ２であり、前記相同体がその偽遺伝子の少なくとも１つである；または、前記遺伝子がＰＭＳ２であり、前記相同体がＰＭＳ２ＣＬおよびその他の偽遺伝子から選択される；請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
コンピュータによって実行されると、コンピュータに請求項１〜１２の方法を実行させる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
【請求項１４】
ａ．１以上のプロセッサと；
ｂ．メモリと；
ｃ．前記メモリ内に記憶され、前記１以上のプロセッサにより実行されるように構成され、コンピュータによって実行されると、コンピュータにゲノム試料における相同性ゲノム領域の遺伝子型を決定するための方法を実行させる命令を含む、１以上のプログラム；
を含むシステムであって、
前記方法が
ｉ．ゲノム試料中の目的部位から配列リードを獲得すること、ここで前記目的部位は、遺伝子およびその相同体の両方にわたって並べて表示された部位を含む；
ｉｉ．ヒト参照ゲノムへの前記遺伝子またはその相同体のアラインメントに基づいて、ステップｉにおける前記配列リードを前記遺伝子またはその相同体のいずれかに対してパーティショニングすること；
ｉｉｉ．ゲノム試料中の１以上の対照部位から実験的に配列リードを獲得すること；
ｉｖ．目的部位と１以上の対照部位の両方でリード数を計数すること；
ｖ．計数された生リード数を解釈可能なコピー数コールへと変換するコピー数解析を行なうこと；ならびに、
ｖｉ．前記コピー数解析に基づいて相同性ゲノム領域の遺伝子型を決定すること；
を含む、前記システム。
【請求項１５】
請求項１４に記載のシステムであって、
（１）前記システムが、クライアントサーバーモデルにしたがって実装されるものである；
（２）前記システムが、１以上の独立型データ処理デバイスまたは分散型コンピュータネットワーク上に実装されるものである；
（３）前記システムの特定の機能が、ユーザーデバイス上にインストールされた独立型アプリケーションとして実装されるものである；
（４）前記システムが、ユーザーデバイス上で実行されるクライアントを含むものであり、前記ユーザーデバイス上で実行されるクライアントが、ユーザー対面入力および出力処理機能のみを提供しシステムの全ての他の機能をバックエンドサーバーに委託するシン・クライアントである；または、
（５）前記サーバーシステムが、第３者サービスプロバイダの様々な仮想デバイスおよび／またはサービスを利用して、サーバーシステムの基本的な計算リソースおよび／またはインフラストラクチャリソースを提供するものであり、場合により、前記第３者サービスプロバイダが第３者クラウドサービスプロバイダーである；
前記システム。
【請求項１６】
請求項１４に記載のシステムであって、
（１）前記ユーザーデバイスが、１以上のネットワークを通して、サーバーシステムと通信するものである；
（２）前記ユーザーデバイスが、クライアントサイドの機能を提供するものである；
（３）前記サーバーシステムが、それぞれのユーザーデバイス上に常駐する任意の数のクライアントのためにサーバーサイドの機能を提供するものである；または、
（４）前記サーバーシステムが、クライアント対面Ｉ／Ｏインターフェース、１以上の処理モジュール、データおよびモデル記憶装置、ならびに外部サービスに対するＩ／Ｏインターフェースを含み得る１以上の発信者サーバーを含むものである；
前記システム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
本明細書中に記載の実施例及び実施形態は、単に例示を目的としたものにすぎないこと、そしてそれに照らしたさまざまな修正または変更が当業者に示唆されており、本出願の精神及び範囲及び添付クレームの範囲内に含み入れられるべきであることが理解される。本明細書中に引用されている全ての公報、特許及び特許出願は、その全体があらゆる目的のために参照により本明細書に組込まれている。
なお、以下に出願時の特許請求の範囲の記載を示す。
［請求項１］
基準ゲノム配列に関するゲノム試料からの実験的シーケンシングデータから極めて相同性の高いゲノム領域の特性（例えばコピー数、向き、融合遺伝子状態及び配列）を推論するためのコンピュータ実装型方法において、
ａ．ターゲットＤＮＡシーケンシング（例えば、遺伝子または相同体のいずれかに一意的なリードを生み出すように特異的に設計されたプローブまたはプライマをそれぞれに使用するハイブリッド捕捉技術またはアンプリコンシーケンシングを用いる）または高深度非ターゲットシーケンシング（例えば全ゲノムショットガンシーケンシング）のいずれかを用いて、遺伝子及びその相同体（複数可）の両方から実験的にＮＧＳ配列のリードを獲得することと；
ｂ．前記ヒト基準ゲノムに対するそれらのアライメントに基づいて、遺伝子または相同体（複数可）のいずれかに対するコンピュータによるリードをパーティショニングすることと；
ｃ．問題の部位（例えば前記遺伝子と相同体（複数可）の両方を横断してタイル表示された部位）及び≧１０（そして好ましくは≧５０）の対照部位の両方においてリード数（「深度」）を計数することと；
ｄ．一連の正規化計算及び統計的信頼性解析を介して生リード深度を解釈可能なコピー数コールへと変換するコピー数解析を行なうことと；
ｅ．突然変異を同定することと；
を含み、コピー数を確認し遺伝子由来のリードを分離する能力が、これらの変異体の適正な同定のための極めて重要なパラメータである、方法。
［請求項２］
ステップ（ｂ）が、
ｂ．前記ヒト基準ゲノムに対するそのアライメント及び遺伝子を相同体（複数可）と識別する特異的塩基（複数可）の存在の両方に基づいて、遺伝子または相同体のいずれかに対するコンピュータによるリードをパーティショニングすること、
を含む、請求項１に記載の方法。
［請求項３］
ステップ（ｅ）が、
ｅ．コピー数変異体、配向を改変する逆位、遺伝子融合及び／または短配列変異体（例えばＳＮＰ及びインデル）であり得る突然変異を同定すること、
を含む、請求項１に記載の方法。
［請求項４］
前記遺伝子がＳＭＮ１であり、偽遺伝子がＳＭＮ２である、請求項１に記載の方法。
［請求項５］
前記遺伝子がＣＹＰ２１Ａ２であり、前記偽遺伝子がＣＹＰ２１Ａ１Ｐである、請求項１に記載の方法。
［請求項６］
前記遺伝子がＨＢＡ１であり、前記偽遺伝子がＨＢＡ２である、請求項１に記載の方法。
［請求項７］
前記遺伝子がＧＢＡであり、前記偽遺伝子がＧＢＡＰである、請求項１に記載の方法。
［請求項８］
前記遺伝子がＣＨＥＫ２であり、前記偽遺伝子がその偽遺伝子の少なくとも１つである、請求項１に記載の方法。
［請求項９］
前記遺伝子がＰＭＳ２であり、前記偽遺伝子がＰＭＳ２ＣＬ及びＰＭＳ２ＣＬの他の偽遺伝子から選択される、請求項１に記載の方法。
［請求項１０］
請求項１を実施するためのコンピュータ実行可能命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
［請求項１１］
ａ．１つ以上のプロセッサと；
ｂ．メモリと；
ｃ．前記メモリ内に記憶され、前記１つ以上のプロセッサにより実行されるように構成され、請求項１を実施するための命令を含む、１つ以上のプログラムと、
を含むシステム。