【手続補正書】
【提出日】平成30年9月14日(2018.9.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）複数の容器を形成するステップであって、該複数の容器の各容器が、複数の細胞を含む試料に由来する単一細胞、各々が固有の分子バーコードを含む複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子、および容器バーコードを含む容器バーコード化オリゴヌクレオチドを含む、ステップと；
（ｂ）前記複数の容器のうちの１つまたは複数の容器内で、（ｉ）該単一細胞に由来する第１の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第１の相補的ポリヌクレオチド、および（ｉｉ）該単一細胞に由来する第２の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第２の相補的ポリヌクレオチドを作製するステップと；
（ｃ）第１の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｄ）第１の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチド、および第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと
を含む、方法であって、（ａ）における該複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子および容器バーコード化オリゴヌクレオチドが別個の核酸である、方法。
【請求項２】
前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）ポチヌクレオチド、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＣＲα）ポリヌクレオチド、またはＴ細胞受容体ガンマ（ＴＣＲγ）ポリヌクレオチドであり、前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）ポリヌクレオチド、Ｔ細胞受容体ベータ（ＴＣＲβ）ポリヌクレオチド、Ｔ細胞受容体デルタ（ＴＣＲδ）ポリヌクレオチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１および前記第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドを増幅するステップをさらに含む、請求項１から２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
前記第１および前記第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの増幅産物をシークエンシングするステップをさらに含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記単一細胞が、Ｂ細胞またはＴ細胞である、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記複数の容器のうちの単一容器における前記第１および前記第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子が、増幅産物ではない、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記複数の容器のうちの第１の容器内の複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の分子バーコードが、前記複数の容器の第２の容器内の複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の分子バーコードと異なる、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の容器のうちの第１の容器内の容器バーコード化オリゴヌクレオチドの容器バーコードが、前記複数の容器のうちの第２の容器内の容器バーコード化オリゴヌクレオチドの容器バーコードと異なる、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
（ａ）における前記複数の容器のうちの各容器内の容器バーコード化オリゴヌクレオチドが、単一の分子として存在する、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の容器のうちの単一の容器内の前記第１および前記第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドの容器バーコードが同じである、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の容器のうちの２つまたはそれより多くの異なる容器内の容器バーコード化オリゴヌクレオチドが、これらの容器バーコードの上流の第１の共通容器配列、これらの容器バーコードの下流の第２の共通容器配列、またはこれらの両方を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の容器の同じ容器内の前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の各々が、これらの分子バーコードの上流の第１の共通分子配列、これらの分子バーコードの下流の第２の共通分子配列、またはこれらの両方を含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の容器のうちの各容器内の前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の各々が、前記分子バーコードの上流の第１の共通分子配列、前記分子バーコードの下流の第２の共通分子配列、またはこれらの両方を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記容器バーコード化オリゴヌクレオチドまたはその相補体が、前記複数分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の各分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の相補体の領域に相補的な配列を含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記容器バーコード化オリゴヌクレオチドまたはその相補体が、前記第１および前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの３’末端領域に相補的な配列を含む、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
以下：
（ｉ）前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第１および第２の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子、
（ｉｉ）第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および
（ｉｉｉ）第１および第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチド
のうちの１つまたは複数が一緒に融合されない、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
（ｂ）が、前記第１の細胞ポリヌクレオチドの共通配列にハイブリダイズした第１の標的プライマーを伸長するステップ、および前記第２の細胞ポリヌクレオチドの共通配列にハイブリダイズした第２の標的プライマーを伸長するステップを含み、ここで、該第１および該第２の標的プライマーが、非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素によって伸長され、３つまたはそれより多くの同一の非鋳型ヌクレオチドが該第１および該第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
（ｃ）の形成するステップが、前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の前記第１および前記第２の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の３’末端領域を、それぞれ前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に存在する３つまたはそれより多くの非鋳型ヌクレオチドにハイブリダイズすることを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
（ｃ）の形成するステップが、前記第１および前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端を伸長することをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の容器がエマルジョンである、請求項１から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記単一細胞を、（ｂ）の前に溶解させる、請求項１から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
第１の標的プライマー、第２の標的プライマー、前記容器バーコード化オリゴヌクレオチド、前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子、またはこれらの任意の組合せが、固体支持体に結合されていない、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
（ｂ）〜（ｄ）が、前記複数の容器のうちの単一の容器内で実施される、請求項１から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１および前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＲＮＡである、請求項１から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記容器バーコードに基づいて、前記第１および前記第２の細胞ポリヌクレオチドが同じ細胞由来であることを決定するステップをさらに含む、請求項１から２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の生殖細胞系列の配列を決定するステップをさらに含む、請求項１から２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記それぞれの生殖細胞系列配列からの、前記第１もしくは第２の細胞ポリヌクレオチドの配列、またはこれらの両方の変化を決定するステップをさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
（ａ）固有の第１の細胞ポリヌクレオチド配列の総数；
（ｂ）固有の第２の細胞ポリヌクレオチド配列の総数；
（ｃ）固有の第１および第２の細胞ポリヌクレオチド配列の対の総数；
（ｄ）第１の細胞ポリヌクレオチド配列の配列の頻度；
（ｅ）第２の細胞ポリヌクレオチドの配列の頻度；および
（ｆ）対合された第１の細胞ポリヌクレオチドの配列と第２の細胞ポリヌクレオチドの配列との頻度
の少なくとも１つを決定するステップをさらに含む、請求項１から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の配列を有するいくつかの出発分子を、前記固有の分子バーコードに基づき決定するステップをさらに含む、請求項１から２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第１の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の分子バーコードまたはその増幅産物、および第１の相補的ヌクレオチドまたはその増幅産物を含み、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第２の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の分子バーコードまたはその増幅産物、および第２の相補的ヌクレオチドまたはその増幅産物を含む、請求項１から３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第１の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化オリゴヌクレオチド分子の容器バーコードまたはその増幅産物、および前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物を含み、前記第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化オリゴヌクレオチドの容器バーコードまたはその増幅産物、および前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物を含む、請求項１から３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
（ｂ）〜（ｄ）が、前記複数の容器のうちの２つまたはそれより多くの容器内で同時に実施される、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
（ｃ）の形成するステップが、前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第１の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子を、前記第１の相補的ポリヌクレオチドに結合させること、および前記複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第２の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子を、前記第２の相補的ポリヌクレオチドに結合させること、を含む、請求項１から３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
（ｄ）の形成するステップが、第１の容器バーコード化オリゴヌクレオチド分子を、前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドに結合させること、および第２の容器バーコード化オリゴヌクレオチド分子を、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに結合させること、を含む、請求項１から３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記複数の容器が少なくとも１０００個の容器を含む、請求項１から３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
各々が、
（ａ）複数の細胞を含む試料に由来する単一細胞、
（ｂ）複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子、
（ｃ）容器バーコード化オリゴヌクレオチド、
（ｄ）（ｉ）該複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第１の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子に由来する第１の分子バーコード配列またはその相補体、（ｉｉ）容器バーコード化オリゴヌクレオチドに由来する容器バーコード配列またはその相補体、および（ｉｉｉ）該単一細胞に由来する第１の細胞ポリヌクレオチドに相補的な領域、を含む第１のポリヌクレオチド、ならびに
（ｅ）（ｉ）該複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子の第２の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子に由来する第２の分子バーコード配列またはその相補体、（ｉｉ）容器バーコード化オリゴヌクレオチドに由来する容器バーコード配列またはその相補体、および（ｉｉｉ）該単一細胞に由来する第２の細胞ポリヌクレオチドに相補的な領域、を含む第２のポリヌクレオチド
を含む複数の容器を含む、組成物。
【請求項３８】
（ａ）複数の容器を形成するステップであって、該複数の容器のうちの各容器が、複数の細胞を含む試料に由来する単一細胞、各々が固有の分子バーコードを含む複数の分子バーコード化オリゴヌクレオチド分子、および容器バーコードを含む容器バーコード化オリゴヌクレオチドを含む、ステップと；
（ｂ）前記複数の容器のうちの１つまたは複数の容器内で、（ｉ）該単一細胞に由来する第１の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第１の相補的ポリヌクレオチド、および（ｉｉ）該単一細胞に由来する第２の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第２の相補的ポリヌクレオチドを作製するステップと；
（ｃ）第１の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｄ）容器バーコード化オリゴヌクレオチドを増幅させて、１つまたはそれより多くのコピーの該容器バーコード化オリゴヌクレオチドを生成するステップと；
（ｅ）該１つまたはそれより多くのコピーの該容器バーコード化オリゴヌクレオチドの第１のコピーを、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドにハイブリダイズさせるステップ、および該１つまたはそれより多くのコピーの該容器バーコード化オリゴヌクレオチドの第２のコピーを、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドにハイブリダイズさせるステップと；
（ｆ）第１の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチド、および第２の容器−分子バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと
を含む、ポリヌクレオチドをバーコード化する方法。
【請求項３９】
（ｅ）のハイブリダイズさせるステップが、
（ｉ）前記容器バーコード化オリゴヌクレオチドの前記第１のコピーの領域またはその相補体を、前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの３’末端にハイブリダイズさせるステップ、および
（ｉｉ）前記容器バーコード化オリゴヌクレオチドの前記第２のコピーの領域またはその相補体を、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの３’末端にハイブリダイズさせるステップを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
（ｆ）の形成するステップが、前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの３’末端を伸長させること、および前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの３’末端を伸長させること、を含む、請求項３９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５２】
本明細書で記載される新規の特色は、付属の特許請求の範囲で詳密に明示する。本明細書で記載される特色および特色の利点についてのよりよい理解は、本明細書で記載される特色の原理を活用する実例を明示する以下の詳細な記載、および添付の図面を参照することにより得られるであろう。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
（ａ）各々が、
（ｉ）複数の細胞を含む試料に由来する単一細胞、
（ｉｉ）複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および
（ｉｉｉ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
を含む、複数の容器を形成するステップと；
（ｂ）
（ｉ）該単一細胞に由来する第１の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第１の相補的ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）該単一細胞に由来する第２の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第２の相補的ポリヌクレオチド
を作製するステップと；
（ｃ）
（ｉ）該複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドを、該第１の相補的ポリヌクレオチドに結合させ、
（ｉｉ）第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドを、該第２の相補的ポリヌクレオチドに結合させ、これにより、第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｄ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物を、
（ｉ）該第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物、および
（ｉｉ）該第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物に結合させ、これにより、第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を形成するステップと
を含む、方法。
（項目２）
（ａ）試料に由来する複数の免疫細胞から、重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）ポリヌクレオチドに由来する第１の相補的ポリヌクレオチドおよび軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）ポリヌクレオチドに由来する第２の相補的ポリヌクレオチドを、
（ｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＩｇＨポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第１の標的プライマー；
（ｉｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＩｇＬポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第２の標的プライマー；
（ｉｉｉ）非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素であって、３つまたはそれ超の同一な非鋳型ヌクレオチドが該第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、逆転写酵素；
（ｉｖ）各々が、
（Ａ）分子バーコード、
（Ｂ）容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的な５’末端領域、および
（Ｃ）該３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な３’末端領域
を含む、複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド；ならびに
（ｖ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
により作製し、これにより、第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｂ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）該第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、該ＩｇＨもしくはＩｇＬポリヌクレオチド、またはこれらの組合せの可変領域を含む配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）該ライブラリーの該配列の１つまたは複数をシークエンシングするステップと
を含み、（ａ）は、複数の容器のうちの１つの容器内で実施され、該容器は、該複数の免疫細胞に由来する単一の免疫細胞を含む、方法。
（項目３）
（ａ）試料に由来する複数の免疫細胞から、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＣＲα）ポリヌクレオチドに由来する第１の相補的ポリヌクレオチドおよびＴ細胞受容体ベータ（ＴＣＲβ）ポリヌクレオチドに由来する第２の相補的ポリヌクレオチドを、
（ｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＴＣＲαポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第１の標的プライマー；
（ｉｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＴＣＲβポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第２の標的プライマー；
（ｉｉｉ）非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素であって、３つまたはそれ超の同一な非鋳型ヌクレオチドが該第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、逆転写酵素；
（ｉｖ）各々が、
（Ａ）分子バーコード、
（Ｂ）容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的な５’末端領域、および
（Ｃ）該３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な３’末端領域
を含む、複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド；ならびに
（ｖ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
により作製し、これにより、第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｂ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）該第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、該ＴＣＲαもしくはＴＣＲβポリヌクレオチド、またはこれらの組合せの可変領域を含む配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）該ライブラリーの該配列の１つまたは複数をシークエンシングするステップと
を含み、（ａ）は、複数の容器のうちの１つの容器内で実施され、該容器は、該複数の免疫細胞に由来する単一の免疫細胞を含む、方法。
（項目４）
（ａ）試料に由来する複数の免疫細胞から、Ｔ細胞受容体ガンマ（ＴＣＲγ）ポリヌクレオチドに由来する第１の相補的ポリヌクレオチドおよびＴ細胞受容体デルタ（ＴＣＲδ）ポリヌクレオチドに由来する第２の相補的ポリヌクレオチドを、
（ｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＴＣＲγポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第１の標的プライマー；
（ｉｉ）該複数の免疫細胞に由来する該ＴＣＲδポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第２の標的プライマー；
（ｉｉｉ）非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素であって、３つまたはそれ超の同一な非鋳型ヌクレオチドが該第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、逆転写酵素；
（ｉｖ）各々が、
（Ａ）分子バーコード、
（Ｂ）容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的な５’末端領域、および
（Ｃ）該３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な３’末端領域
を含む、複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド；ならびに
（ｖ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
により作製し、これにより、第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｂ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）該第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを増幅し、これにより、該ＴＣＲγもしくはＴＣＲδポリヌクレオチド、またはこれらの組合せの可変領域を含む配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）該ライブラリーの該配列の１つまたは複数をシークエンシングするステップと
を含み、（ａ）は、複数の容器のうちの１つの容器内で実施され、該容器は、該複数の免疫細胞に由来する単一の免疫細胞を含む、方法。
（項目５）
前記ライブラリーが、前記試料の免疫状態を表す、項目２から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列が、第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列のライブラリーである、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、異なる、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列が、異なる分子バーコードを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列が、同じ容器バーコードを含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、増幅産物ではない、項目１から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと異なる、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記複数の容器のうちの第２の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
第１の容器および第２の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記複数の容器のうちの第３の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１４または１５に記載の方法。
（項目１７）
前記第１の容器、前記第２の容器、および前記第３の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと異なる、項目１から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目１から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、前記第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目１から５、８から１２、１４、１６、１９、または２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、前記第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、該複数の容器のうちの第２の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードと異なる、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、第１の同じ容器バーコードである、項目１から２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記複数の容器のうちの第２の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、第２の同じ容器バーコードである、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第１の同じ容器バーコードが、前記第２の同じ容器バーコードと異なる、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２７）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、同じ容器バーコードを含む、項目２４から２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドおよびそのアンプリコンの容器バーコードが、該複数の容器のうちの他の任意の単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドおよびそのアンプリコンの容器バーコードに固有である、項目２４から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
（ａ）における前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、１つの容器内に、単一の分子として存在する、項目１から２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
（ａ）における前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器の各容器内に、単一の分子として存在する、項目１から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
（ａ）における前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器のうちの１つの容器内に、少なくとも単一の分子として存在する、項目１から３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
（ａ）における前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器の各容器内に、少なくとも単一の分子として存在する、項目１から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該第１の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目１から３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記複数の容器のうちの前記第１の容器内の前記第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列が、該第１の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該単一の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目３３または３４に記載の方法。
（項目３６）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第１の共通容器配列を含む、項目３３から３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第２の共通容器配列を含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該複数の容器のうちの第２の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目１から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列が、前記第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じである、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じ配列を含む、第１の共通容器配列を含む、項目１から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じ配列を含む、第２の共通容器配列を含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該第１の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目１から４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記複数の容器のうちの前記第１の容器内の前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列が、該第１の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該単一の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目４２または４３に記載の方法。
（項目４５）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第１の共通分子配列を含む、項目４２から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第２の共通分子配列を含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該複数の容器のうちの第２の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目４２から４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列が、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じである、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じ配列を含む、第１の共通分子配列を含む、項目４２から４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じ配列を含む、第２の共通分子配列を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記第１の共通容器配列が、前記第１の共通分子配列と同じ配列を含む配列を含む、項目３３から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記第１の共通容器配列が、前記第１の共通分子配列またはその相補体に相補的な配列を含む、項目３３から５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記第２の共通分子配列が、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目５１または５２に記載の方法。
（項目５４）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な前記領域が、末端領域である、項目５３に記載の方法。
第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、一緒に融合されない、項目１から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
前記第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドが、一緒に融合されない、項目１から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列が、一緒に融合されない、項目１から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＤＮＡである、項目１から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＤＮＡである、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＲＮＡである、項目１から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＲＮＡである、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡである、項目５９または６０に記載の方法。
（項目６２）
（ｂ）の前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、項目５９から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
（ｂ）の前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
（ｂ）が、前記第１の細胞ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせた第１の標的プライマーを伸長させることと、前記第２の細胞ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせた第２の標的プライマーを伸長させることとを含む、項目１から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記伸長させることが、前記第１の細胞ポリヌクレオチドを、第１の標的プライマーで逆転写することと、前記第２の細胞ポリヌクレオチドを、第２の標的プライマーで逆転写することとを含む、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記第１の標的プライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチドの標的配列に相補的な配列を含む、項目６４または６５に記載の方法。
（項目６７）
前記第２の標的プライマーが、前記第２の細胞ポリヌクレオチドの標的配列に相補的な配列を含む、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記第１の標的プライマーが、ポリ（Ｔ）配列を含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記第２の標的プライマーが、ポリ（Ｔ）配列を含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドの前記標的配列が、重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列、ＴＣＲγ配列、またはこれらの組合せである、項目６６から６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドの前記標的配列が、重鎖定常領域（ＣＨ）配列、ＴＣＲα定常領域（Ｃα）配列、ＴＣＲγ定常領域（Ｃγ）配列、またはこれらの組合せである、項目６６から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドの前記標的配列が、軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、ＴＣＲδ配列、またはこれらの組合せである、項目７０または７１に記載の方法。
（項目７３）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドの前記標的配列が、軽鎖定常領域（ＣＬ）配列、ＴＣＲβ定常領域（Ｃβ）配列、ＴＣＲδ定常領域（Ｃδ）配列、またはこれらの組合せである、項目７０から７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記第１の標的プライマーが、複数の第１の標的プライマーを含む、項目６４から７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記第２の標的プライマーが、複数の第２の標的プライマーを含む、項目６４から７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記複数の第１の標的プライマーが、複数の重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列、ＴＣＲγ配列、またはこれらの組合せに相補的な複数の配列を含む、項目７４または７５に記載の方法。
（項目７７）
前記複数の重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列またはＴＣＲγ配列が、複数の重鎖定常領域（ＣＨ）配列、ＴＣＲα定常領域（Ｃα）配列、ＴＣＲγ定常領域（Ｃγ）配列、またはこれらの組合せを含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記複数の重鎖定常領域（ＣＨ）配列が、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびこれらの組合せに由来する重鎖定常領域（ＣＨ）配列からなる群から選択される、２つまたはそれ超の配列を含む、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記複数の第２の標的プライマーが、複数の軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、ＴＣＲδ配列、またはこれらの組合せに相補的な複数の配列を含む、項目７４から７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記複数の軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、またはＴＣＲδ配列が、複数の軽鎖定常領域（ＣＬ）配列、ＴＣＲβ定常領域（Ｃβ）配列、ＴＣＲδ定常領域（Ｃδ）配列、またはこれらの組合せを含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記複数の軽鎖定常領域（ＣＬ）配列が、Ｉｇκ、Ｉｇλ、およびこれらの組合せに由来する軽鎖定常領域（ＣＬ）配列からなる群から選択される、２つまたはそれ超の配列を含む、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
（ｂ）において、前記伸長させることが、非鋳型ターミナルトランスフェラーゼの使用を含み、ここで３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドが前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、項目１から８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記非鋳型ターミナルトランスフェラーゼが、逆転写酵素またはポリメラーゼである、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記非鋳型ターミナルトランスフェラーゼが、逆転写酵素であり、該逆転写酵素が、Ｓｕｐｅｒｓｃｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素、Ｍａｘｉｍａ逆転写酵素、Ｐｒｏｔｏｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）、ＨｉｇｈＳｃｒｉｂｅｒ逆転写酵素、トリ骨髄芽球症ウイルス（ＡＭＶ）逆転写酵素、ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ活性を含む任意の逆転写酵素、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目８２または８３に記載の方法。
（項目８５）
３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドが、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加される、項目８２から８４のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
（ｃ）において、前記結合させるステップが、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域を、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、項目８２から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
（ｃ）において、前記結合させるステップが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域を、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
（ｃ）において、前記第１の相補的ポリヌクレオチドに結合させた第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端における、前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目８２から８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８９）
（ｃ）において、前記第２の相補的ポリヌクレオチドに結合させた第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端における、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドが、同一である、項目８２から８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドの少なくとも１つが、該３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドの別のヌクレオチドと同一ではない、項目８２から８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも１つのヌクレオチドが、該第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の別の核酸と同一ではない、項目８６から９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも１つのヌクレオチドが、該第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の別の核酸と同一ではない、項目８７から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目９２または９３に記載の方法。
（項目９５）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目９２から９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボグアノシンである、項目９２から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボグアノシン類似体である、項目９２から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの末端ヌクレオチドである、項目９２から９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目９２または９３に記載の方法。
（項目１００）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目８６から９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目８６から１００のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボグアノシンである、項目８６から１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボグアノシン類似体である、項目８６から１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目８６から９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０５）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目８６から１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０６）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目８６から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目８６から１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
（ｃ）が、前記結合させるステップの後で、前記第１の相補的ポリヌクレオチドおよび前記第２の相補的ポリヌクレオチドを伸長させることをさらに含む、項目１から１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目１から１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目１０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１１）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、分子バーコード配列に相補的ではない、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の領域に相補的ではない、項目１１１または１１２に記載の方法。
（項目１１４）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、該第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドを含む、項目１０９から１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第２の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドを含む、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的ではない、項目１から１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的ではない、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１から１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１から１１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２１）
前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１２０に記載の方法。
（項目１２２）
前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの領域が、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドが相補的である、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの前記領域に相補的である、項目１２０または１２１に記載の方法。
（項目１２３）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドを、第１のプライマーセットにより増幅するステップをさらに含み、該増幅するステップは、該容器バーコード化ポリヌクレオチドを結合させるステップの前に、または該容器バーコード化ポリヌクレオチドを結合させるステップと同時に実施される、項目１から１２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２４）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドからの増幅産物、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、第１および第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドを含む、項目１から１２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２５）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドを結合させるステップが、
（ｉ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の領域を、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの領域とハイブリダイズさせることと、
（ｉｉ）該容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の領域を、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの領域とハイブリダイズさせることとを含む、項目１から１２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドを結合させるステップの後で、第１の単一細胞の単一バーコード化配列および第２の単一細胞の単一バーコード化配列のポリヌクレオチドを伸長させ、これにより、前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を形成するステップをさらに含む、項目１から１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目１２６に記載の方法。
（項目１２８）
前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目１２７に記載の方法。
（項目１２９）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列の前記領域が、同じ配列である、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの前記領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の領域に相補的ではない、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
前記第１のプライマーセットの第１のプライマーが、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せに相補的である、項目１２３から１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記第１のプライマーセットの前記第１のプライマーが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せに相補的である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記第１のプライマーセットの第１のプライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチドまたはその相補体に相補的ではない、項目１２３から１３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
前記第１のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記第２の細胞ポリヌクレオチドまたはその相補体に相補的ではない、項目１３３に記載の方法。
（項目１３５）
前記第１のプライマーセットの第１のプライマーが、前記分子バーコードの下流である、前記第１の単一細胞の単一バーコード化配列の相補体の領域に相補的である、項目１２３から１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記第１のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記分子バーコードの下流である、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域に相補的である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記第１のプライマーセットの第１のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体の領域に相補的である、項目１２３から１３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３８）
前記第１のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域に相補的である、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
前記第１のプライマーセットの第２のプライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第１の相補的ポリヌクレオチドもしくはその相補体、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的ではない、項目１２３から１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４０）
前記第１のプライマーセットの前記第２のプライマーが、前記第２の細胞ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第２の相補的ポリヌクレオチドもしくはその相補体、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的ではない、項目１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記第１のプライマーセットの第２のプライマーが、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１２３から１４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４２）
前記第１のプライマーセットの第２のプライマーが、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記第１のプライマーセットの第２のプライマーが、前記分子バーコードの上流である、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１２３から１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記第１のプライマーセットの前記第２のプライマーが、前記分子バーコードの上流である、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記第１のプライマーセットの第２のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１２３から１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
前記第１のプライマーセットの前記第２のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
前記複数の容器のうちの２つまたはそれ超の容器を壊すステップをさらに含む、項目１から１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を、前記２つまたはそれ超の壊された容器からプールするステップをさらに含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
（ｅ）前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を増幅するステップをさらに含む、項目１から１４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５０）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を増幅するステップが、前記複数の容器のうちの１つの容器の外側で実施される、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
（ｅ）前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列を、第２のプライマーセットにより増幅するステップをさらに含む、項目１２３から１５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
前記第２のプライマーセットの第１のプライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第１の相補的ポリヌクレオチドもしくはその相補体、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的ではない、項目１５０に記載の方法。
（項目１５３）
前記第２のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記第２の細胞ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第２の相補的ポリヌクレオチドもしくはその相補体、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的ではない、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記第２のプライマーセットの第１のプライマーが、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５０から１５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５５）
前記第２のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５４に記載の方法。
（項目１５６）
前記第２のプライマーセットの第１のプライマーが、前記分子バーコードの上流である、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５０から１５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５７）
前記第２のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記分子バーコードの上流である、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５６に記載の方法。
（項目１５８）
前記第２のプライマーセットの第１のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５０から１５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
前記第２のプライマーセットの前記第１のプライマーが、前記容器バーコードの上流である、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の領域に相補的である、項目１５８に記載の方法。
（項目１６０）
前記第１のプライマーセットの前記第２のプライマーが、前記第２のプライマーセットの前記第１のプライマーである、項目１３９から１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６１）
前記第２のプライマーセットの第２のプライマーが、前記第１および第２の細胞ポリヌクレオチド、前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの相補体、前記第１および第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的である、項目１５０から１６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６２）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーが、ポリ（Ｔ）配列を含む、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
前記第２のプライマーセットの第２のプライマーが、前記第１もしくは第２の細胞ポリヌクレオチド、前記第１もしくは第２の相補的ポリヌクレオチドの相補体、前記第１もしくは第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第１もしくは第２の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的である、項目１５０から１６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６４）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーが、第１もしくは第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはそれらの相補体、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せに相補的ではない、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記第２のプライマーセットの第３のプライマーが、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの相補体、前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第２の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的である、項目１６３または１６４に記載の方法。
（項目１６６）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの相補体、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的である、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーが、前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの相補体、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドの相補体、前記第１の単一細胞の二重バーコード化配列の相補体、またはこれらの任意の組合せの領域に相補的ではない、項目１６５または１６６に記載の方法。
（項目１６８）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーが、第１もしくは第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドもしくはそれらの相補体、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドもしくはその相補体、またはこれらの任意の組合せに相補的ではない、項目１６５から１６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーが、標的特異的配列を含む、項目１６３から１６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７０）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーが、標的特異的配列を含む、項目１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーの前記標的特異的配列が、重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列、ＴＣＲγ配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１６９または１７０に記載の方法。
（項目１７２）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーの前記標的特異的配列が、重鎖定常領域配列（ＣＨ）、ＴＣＲα定常領域（Ｃα）配列、ＴＣＲγ定常領域（Ｃγ）配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１６９から１７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７３）
前記第２のプライマーの前記標的特異的配列が、ＧＧＧＴＴＧＧＧＧＣＧＧＡＴＧＣＡＣ、ＣＡＴＣＣＧＧＡＧＣＣＴＴＧＧＴＧＧ、ＣＣＴＴＧＧＧＧＣＴＧＧＴＣＧＧＧＧ、ＣＧＧＡＴＧＧＧＣＴＣＴＧＴＧＴＧＧ、ＣＣＧＡＴＧＧＧＣＣＣＴＴＧＧＴＧＧ、ＧＧＡＴＴＴＡＧＡＧＴＣＴＣＴＣＡＧＣＴＧ、ＣＡＣＧＧＣＡＧＧＧＴＣＡＧＧＧＴＴＣおよびＧＧＧＧＡＡＡＣＡＴＣＴＧＣＡＴＣＡＡＧＴからなる群から選択される、項目１６９から１７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７４）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーの前記標的特異的配列が、軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、ＴＣＲδ配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１７１から１７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７５）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーの前記標的特異的配列が、軽鎖定常領域配列（ＣＬ）、ＴＣＲβ定常領域（Ｃβ）配列、ＴＣＲδ定常領域（Ｃδ）配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１７１から１７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７６）
前記第３のプライマーの前記標的特異的配列が、ＴＴＴＧＡＴＣＴＣＣＡＣＣＴＴＧＧＴＣＣＣＴＣＣＧＣ、ＴＴＴＧＡＴＣＴＣＣＡＧＣＴＴＧＧＴＣＣＣＣＴＧＧ、ＴＴＴＧＡＴＡＴＣＣＡＣＴＴＴＧＧＴＣＣＣＡＧＧＧＣ、ＴＴＴＧＡＴＴＴＣＣＡＣＣＴＴＧＧＴＣＣＣＴＴＧＧＣ、ＴＴＴＡＡＴＣＴＣＣＡＧＴＣＧＴＧＴＣＣＣＴＴＧＧＣ、ＧＡＧＧＡＣＧＧＴＣＡＣＣＴＴＧＧＴＧＣＣＡ、ＴＡＧＧＡＣＧＧＴＣＡＧＣＴＴＧＧＴＣＣＣＴＣＣ、ＧＡＧＧＡＣＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧＴＧＣＣ、ＴＡＡＡＡＴＧＡＴＣＡＧＣＴＧＧＧＴＴＣＣＴＣＣＡＣ、ＴＡＧＧＡＣＧＧＴＧＡＣＣＴＴＧＧＴＣＣＣＡＧ、ＧＧＧＡＧＡＴＣＴＣＴＧＣＴＴＣＴＧＡＴＧ、ＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＧＧＧＡＡＣＡＣおよびＣＧＧＡＴＧＧＴＴＴＧＧＴＡＴＧＡＧＧＣからなる群から選択される、項目１７４または１７５に記載の方法。
（項目１７７）
前記第２のプライマーセットの前記第２のプライマーが、複数の第２のプライマーを含む、項目１６３から１７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７８）
前記第２のプライマーセットの前記第３のプライマーが、複数の第３のプライマーを含む、項目１６５から１７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７９）
前記複数の第２のプライマーの前記標的特異的配列が、複数の重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列、ＴＣＲγ配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１７７または１７８に記載の方法。
（項目１８０）
前記複数の重鎖免疫グロブリン（ＩｇＨ）配列、ＴＣＲα配列、またはＴＣＲγ配列が、複数の重鎖定常領域（ＣＨ）、ＴＣＲα定常領域（Ｃα）配列、ＴＣＲγ定常領域（Ｃγ）配列、またはこれらの組合せを含む、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記複数の重鎖定常領域（ＣＨ）配列が、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびこれらの組合せに由来する重鎖定常領域（ＣＨ）配列からなる群から選択される、２つまたはそれ超の配列を含む、項目１８０に記載の方法。
（項目１８２）
前記複数の第３のプライマーの前記標的特異的配列が、複数の軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、ＴＣＲδ配列、またはこれらの組合せを標的化する、項目１７８から１８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８３）
前記複数の軽鎖免疫グロブリン（ＩｇＬ）配列、ＴＣＲβ配列、またはＴＣＲδ配列が、複数の軽鎖定常領域（ＣＬ）配列、ＴＣＲβ定常領域（Ｃβ）配列、ＴＣＲδ定常領域（Ｃδ）配列、またはこれらの組合せを含む、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記複数の軽鎖定常領域（ＣＬ）配列が、Ｉｇκ、Ｉｇλ、およびこれらの組合せに由来する軽鎖定常領域（ＣＬ）配列からなる群から選択される、２つまたはそれ超の配列を含む、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
第１の標的プライマー、第２の標的プライマー、前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの任意の組合せが、固体支持体に結合されていない、項目１から１８４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８６）
第１の標的プライマー、第２の標的プライマー、前記第１のプライマーセットのプライマー、前記第２のプライマーセットのプライマー、またはこれらの任意の組合せが、分子バーコード、容器バーコード、バーコード、またはこれらの任意の組合せを含まない、項目１から１８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８７）
第１の標的プライマー、第２の標的プライマー、前記第１のプライマーセットのプライマー、前記第２のプライマーセットのプライマー、またはこれらの任意の組合せが、突出領域を含まない、項目１から１８６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８８）
前記複数の容器の各容器が、固体支持体を含まない、項目１から１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８９）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、固体支持体に結合されている、項目１から１８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９０）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、ビーズに結合されている、項目１から１８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９１）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの任意の組合せが、プライマーではない、項目１から１９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９２）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの任意の組合せを伸長させない、項目１から１９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９３）
（ａ）〜（ｄ）が、前記単一の容器内で実施される、項目１から１９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９４）
（ａ）〜（ｄ）が、単一の反応で実施される、項目１から１９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９５）
前記単一細胞を溶解させるステップをさらに含む、項目１から１９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９６）
前記溶解させるステップが、前記単一細胞に由来する前記第１および第２の細胞ポリヌクレオチドを放出させる、項目１９５に記載の方法。
（項目１９７）
前記単一細胞を、（ａ）の後で溶解させる、項目１９５または１９６に記載の方法。
（項目１９８）
前記単一細胞を、（ｂ）の前に溶解させる、項目１９５から１９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９９）
前記単一細胞を、前記容器内で溶解させる、項目１９５から１９８のいずれか一項に記載の方法。
前記溶解させるステップが、化学的溶解を含む、項目１９５から１９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２００）
前記溶解させるステップが、凍結融解を含む、項目１９５から１９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０１）
前記容器バーコードを、（ｄ）の前に増幅する、項目１から２００のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０２）
前記容器バーコードを、（ｄ）と同時に増幅する、項目１から２０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０３）
前記容器バーコードおよび前記第１の単一細胞バーコード化ポリヌクレオチドを、同時に増幅するかまたは伸長させる、項目１から２０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０４）
前記容器バーコード、前記第１の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチド、および前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを、同時に増幅するかまたは伸長させる、項目１から２０３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０５）
前記第１の単一細胞バーコード化ポリヌクレオチドおよび前記第２の単一細胞の単一バーコード化ポリヌクレオチドを、同時に増幅するかまたは伸長させる、項目１から２０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０６）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドおよび前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドを、同時に増幅するかまたは伸長させる、項目１から２０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０７）
前記複数の容器が、複数のウェルを含む、項目１から２０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０８）
前記複数の容器が、複数のエマルジョンを含む、項目１から２０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０９）
前記複数のエマルジョンの各エマルジョンが、約０．０１ピコリットル〜１０マイクロリットルの容量である、項目２０８に記載の方法。
（項目２１０）
前記複数の容器が、複数のコンテナーを含む、項目１から２０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１１）
前記第１の標的プライマー、第２の標的プライマー、前記第１のプライマーセットのプライマー、または前記第２のプライマーセットのプライマーが、試料バーコードを含む、項目１から２１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１２）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、およびこれらの増幅産物を、前記容器から回収するステップをさらに含む、項目１から２１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１３）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、これらの増幅産物、またはこれらの任意の組合せをシークエンシングするステップをさらに含む、項目１から２１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１４）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、これらの増幅産物、またはこれらの任意の組合せを、同時にシークエンシングする、項目２１３に記載の方法。
（項目２１５）
前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチド、これらの増幅産物、またはこれらの任意の組合せを、同じ反応においてシークエンシングする、項目２１３に記載の方法。
（項目２１６）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドおよび前記第２の細胞ポリヌクレオチドの細胞由来を、前記容器バーコードに基づき、同じであると決定するステップをさらに含む、項目１から２１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１７）
前記決定するステップが、前記第１の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記容器バーコードの配列を、前記第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記容器バーコードの配列とマッチさせることを含む、項目２１６に記載の方法。
（項目２１８）
前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の配列を有するいくつかの出発分子を、前記分子バーコードに基づき決定するステップをさらに含む、項目１から２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１９）
前記決定するステップが、同じ第１の分子バーコード、同じ第２の分子バーコード、またはこれらの両方を有する配列の数を決定することを含む、項目２１６に記載の方法。
（項目２２０）
単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の第１の配列および単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の第２の配列が、同じ容器バーコードまたはその相補体を含有する場合、これらは同じ単一の容器または単一細胞に由来する、項目１から２１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２１）
単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第１の配列および単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第２の配列が、異なる分子バーコードまたはその相補体を含有する場合、これらは異なる細胞ポリヌクレオチド分子に由来する、項目２２０に記載の方法。
（項目２２２）
単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第１の配列および単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第２の配列が、同じ分子バーコードまたはその相補体を含有する場合、これらは同じ細胞ポリヌクレオチド分子に由来する、項目２２０または２２１に記載の方法。
（項目２２３）
単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第１の配列および単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の前記第２の配列が、異なる容器バーコードまたはその相補体を含有する場合、これらは異なる単一の容器または単一細胞に由来する、項目２２０から２２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２４）
前記単一細胞が、免疫細胞を含む、項目１から２２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２５）
前記複数の細胞が、複数の免疫細胞を含む、項目１から２２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２６）
前記免疫細胞が、リンパ球もしくはその亜型、Ｂ細胞もしくはその亜型、Ｔ細胞もしくはその亜型、またはこれらの組合せである、項目２２４または２２５に記載の方法。
（項目２２７）
前記複数の細胞が、メモリーＢ細胞、ナイーブＢ細胞、形質芽球性Ｂ細胞、ナイーブＴ細胞、形質芽球性Ｔ細胞、Ｂ細胞の任意の亜型、Ｔ細胞の任意の亜型、またはこれらの任意の組合せについて富化される、項目２２５または２２６に記載の方法。
（項目２２８）
前記単一細胞が、がん細胞を含む、項目１から２２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２９）
前記複数の細胞が、複数のがん細胞を含む、項目２２８に記載の方法。
（項目２３０）
前記がん細胞が、扁平細胞癌細胞、腺癌細胞、移行上皮癌細胞、骨肉腫細胞、軟骨肉腫細胞、筋肉肉腫細胞、白血病細胞、リンパ腫細胞、神経膠腫細胞、またはこれらの任意の組合せである、項目２２８または２２９に記載の方法。
（項目２３１）
前記複数のがん細胞が、循環がん細胞、内皮がん細胞、上皮がん細胞、希少がん細胞、またはがん細胞の任意の型もしくは亜型について富化される、項目２２９または２３０に記載の方法。
（項目２３２）
前記試料が、生物学的試料である、項目１から２３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３３）
前記生物学的試料が、被験体に由来する、項目２３２に記載の方法。
（項目２３４）
前記被験体を、疾患または状態を有すると診断するステップをさらに含む、項目２３３に記載の方法。
（項目２３５）
前記被験体が、動物である、項目２３３または２３４に記載の方法。
（項目２３６）
前記動物が、ヒトである、項目２３５に記載の方法。
（項目２３７）
被験体が、対立遺伝子についてホモ接合性であるか、ヘテロ接合性であるかを決定するステップをさらに含む、項目２３３から２３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３８）
疾患または状態を有する被験体を診断、予後予測、または処置するステップをさらに含む、項目２３３から２３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３９）
前記試料が、血液試料である、項目２３２から２３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４０）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、前記試料から単離される、項目１から２３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４１）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、前記試料から単離されない、項目１から２３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４２）
前記試料が、第１の試料および第２の試料を含む複数の試料を含む、項目１から２４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４３）
前記複数の試料が、少なくとも３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、もしくは１００、またはそれ超の試料を含む、項目２４２に記載の方法。
（項目２４４）
前記複数の試料が、少なくとも約１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００またはそれ超の試料を含む、項目２４２に記載の方法。
（項目２４５）
前記複数の試料が、少なくとも約１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００の試料、９０００もしくは１０，０００の試料、もしくは１００，０００の試料、もしくは１，０００，０００、またはそれ超の試料を含む、項目２４２に記載の方法。
（項目２４６）
前記複数の試料が、少なくとも約１０，０００の試料を含む、項目２４２に記載の方法。
（項目２４７）
前記第１の試料が、第１の被験体に由来し、前記第２の試料が、第２の被験体に由来する、項目２４２から２４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４８）
前記第１の被験体が、疾患または状態を有する被験体である、項目２４７に記載の方法。
（項目２４９）
前記第２の被験体が、疾患または状態を伴わない被験体である、項目２４７または２４８に記載の方法。
（項目２５０）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、変異体配列を含む、項目１から２４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５１）
前記変異体配列が、変異、多型、欠失、または挿入を含む、項目２５０に記載の方法。
（項目２５２）
前記多型が、一塩基多型である、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、疾患または状態についてのバイオマーカーである、項目１から２５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５４）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、病原体に由来する、項目１から２５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５５）
前記病原体が、ウイルス、細菌、または真菌である、項目２５４に記載の方法。
（項目２５６）
被験体に由来する前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドのライブラリーの配列を、異なる時点における同じ被験体に由来する前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドのライブラリーと比較するステップをさらに含む、項目１から２５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５７）
疾患または状態を有する被験体に由来する前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドのライブラリーの配列を、疾患または状態を伴わない被験体に由来する前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドのライブラリーと比較するステップをさらに含む、項目１から２５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５８）
前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の生殖細胞系列の配列を決定するステップであって、該第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＩｇＨまたはＶＨ配列を含み、該第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＩｇＬもしくはＶＬ配列、またはこれらの任意の組合せを含むステップをさらに含む、項目１から２５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５９）
前記ＩｇＬ、ＩｇＨ、ＶＨ、ＶＬ、またはこれらの任意の組合せの配列の、前記生殖細胞系列の前記ＩｇＬ、ＩｇＨ、ＶＨ、ＶＬ、またはこれらの任意の組合せの配列からの変化を決定するステップをさらに含む、項目２５８に記載の方法。
（項目２６０）
（ａ）固有のＩｇＨ配列の総数；
（ｂ）固有のＩｇＬ配列の総数；
（ｃ）固有のＩｇＨおよびＩｇＬ配列の総数；
（ｄ）固有のＩｇＬ配列とＩｇＨ配列との対の総数；
（ｅ）ＩｇＨ配列もしくはＩｇＬ配列の頻度；または
（ｆ）１つもしくは複数の他の配列に対する、ＩｇＨ配列とＩｇＬ配列との組合せの頻度
の少なくとも１つを決定するステップをさらに含む、項目２５８または２５９に記載の方法。
（項目２６１）
前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の生殖細胞系列の配列を決定するステップであって、該第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＴＣＲαまたはＶα配列を含み、該第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＴＣＲβもしくはＶβ配列、またはこれらの任意の組合せを含むステップをさらに含む、項目１から２５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６２）
前記ＴＣＲα、ＴＣＲβ、Ｖα、Ｖβ、またはこれらの任意の組合せの配列の、前記生殖細胞系列のＴＣＲα、ＴＣＲβ、Ｖα、Ｖβ、またはこれらの任意の組合せの配列からの変化を決定するステップをさらに含む、項目２６１に記載の方法。
（項目２６３）
（ａ）固有のＴＣＲα配列の総数；
（ｂ）固有のＴＣＲβ配列の総数；
（ｃ）固有のＴＣＲαおよびＴＣＲβ配列の総数；
（ｄ）固有のＴＣＲβ配列とＴＣＲα配列との対の総数；
（ｅ）ＴＣＲα配列もしくはＴＣＲβ配列の頻度；または
（ｆ）１つもしくは複数の他の配列に対する、ＴＣＲα配列とＴＣＲβ配列との組合せの頻度
の少なくとも１つを決定するステップをさらに含む、項目２６１または２６２に記載の方法。
（項目２６４）
前記第１の細胞ポリヌクレオチド、前記第２の細胞ポリヌクレオチド、またはこれらの両方の生殖細胞系列の配列を決定するステップであって、前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＴＣＲγまたはＶγ配列を含み、前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＴＣＲδもしくはＶδ配列、またはこれらの任意の組合せを含むステップをさらに含む、項目１から２５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６５）
前記ＴＣＲγ、ＴＣＲδ、Ｖγ、Ｖδ、またはこれらの任意の組合せの配列の、前記生殖細胞系列のＴＣＲγ、ＴＣＲδ、Ｖγ、Ｖδ、またはこれらの任意の組合せの配列からの変化を決定するステップをさらに含む、項目２６４に記載の方法。
（項目２６６）
（ａ）固有のＴＣＲγ配列の総数；
（ｂ）固有のＴＣＲδ配列の総数；
（ｃ）固有のＴＣＲγおよびＴＣＲδ配列の総数；
（ｄ）固有のＴＣＲδ配列とＴＣＲγ配列との対の総数；
（ｅ）ＴＣＲγ配列もしくはＴＣＲδ配列の頻度；または
（ｆ）１つもしくは複数の他の配列に対する、ＴＣＲγ配列とＴＣＲδ配列との組合せの頻度
の少なくとも１つを決定するステップをさらに含む、項目２６４または２６５に記載の方法。
（項目２６７）
（ａ）第１の遺伝子に由来する配列の総数；
（ｂ）第２の遺伝子に由来する配列の総数；
（ｃ）第１の遺伝子に由来する固有の配列の総数；
（ｄ）第２の遺伝子に由来する固有の配列の総数；または
（ｅ）第１の遺伝子に由来する配列もしくは第２の遺伝子に由来する配列の頻度
の少なくとも１つを決定するステップをさらに含む、項目１から２６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６８）
抗体またはＴＣＲを、個別に対合したＩｇＬおよびＩｇＨ配列、またはＴＣＲαおよびＴＣＲβ配列、またはＴＣＲγおよびＴＣＲδ配列の１つまたは複数の対の総量、ならびに生殖細胞系列からの変化に基づき選択するステップをさらに含む、項目２５８から２６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６９）
抗体またはＴＣＲを、１つまたは複数のＩｇＬもしくはＩｇＨ配列、ＴＣＲαおよびＴＣＲβ配列、またはＴＣＲγおよびＴＣＲδ配列、および生殖細胞系列からの変化に基づき選択するステップをさらに含む、項目２５８から２６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７０）
抗体またはＴＣＲを、配列パターン、変化解析、動力学、または頻度の１つまたは複数に基づき選択するステップをさらに含む、項目２５８から２６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７１）
抗体またはＴＣＲを、頻度に基づき選択するステップをさらに含む、項目２７０に記載の方法。
（項目２７２）
前記選択された抗体またはＴＣＲが、約１×１０−７、１×１０−８、１×１０−９、１×１０−１０、１×１０−１１、もしくは１×１０−１２Ｍ未満であるかまたはそれらと等しいＫＤで、エピトープに結合する、項目２６８から２７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７３）
前記選択された抗体またはＴＣＲが、ヒト治療用抗体またはＴＣＲである、項目２６８から２７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７４）
前記選択された抗体またはＴＣＲが、中和抗体またはＴＣＲである、項目２６８から２７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７５）
前記選択された抗体またはＴＣＲが結合する標的が、未知である、項目２６８から２７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７６）
前記選択された抗体またはＴＣＲが結合する標的が、前記選択された抗体またはＴＣＲを選択する時点では未知である、項目２６８から２７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７７）
前記選択された抗体またはＴＣＲを、少なくとも１つのバイオマーカー候補と接触させて、バイオマーカーを発見するステップをさらに含む、項目２６８から２７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７８）
前記バイオマーカー候補が、固体支持体上にある、項目２７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７９）
前記バイオマーカーが、溶液中にある、項目２７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８０）
前記抗体またはＴＣＲが、固体支持体上にある、項目２７７から２７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８１）
前記抗体またはＴＣＲが、溶液中にある、項目２７７から２７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８２）
前記固体支持体が、アレイである、項目２７８または２８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８３）
前記固体支持体が、ビーズである、項目２７８または２８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８４）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドを、ベクターに挿入するステップをさらに含む、項目１から２８３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８５）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドを、前記ベクターに挿入するステップをさらに含む、項目２８４に記載の方法。
（項目２８６）
前記ベクターが、クローニングベクターである、項目２８４または２８５に記載の方法。
（項目２８７）
前記ベクターが、発現ベクターである、項目２８４から２８６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８８）
配列を、同一な分子バーコードとマッチさせるステップをさらに含む、項目１から２８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８９）
コンセンサス配列を、前記ライブラリーから形成するステップをさらに含む、項目１から２８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９０）
シークエンシングエラーおよびＰＣＲエラーが、最小化されているか、消失しているか、または０．０１％、０．００１％、０．０００１％、０．００００１％、０．０００００１％、もしくは０．００００００１％未満である、項目１から２８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９１）
増幅反応におけるサイクルの数が、１〜４０サイクルのいずれかに限定される、項目１から２９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９２）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体またはＴＣＲ。
（項目２９３）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体ＩｇＬ、ＴＣＲβ、またはＴＣＲδ。
（項目２９４）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体ＩｇＨ、ＴＣＲα、またはＴＣＲγ。
（項目２９５）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体またはＴＣＲのＦａｂ断片。
（項目２９６）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体またはＴＣＲのＦａｂ２断片。
（項目２９７）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体またはＴＣＲのＦｖ断片。
（項目２９８）
項目１から２９１のいずれか一項に記載の方法により同定される、単離され精製された、抗体のＳｃＦｖ断片。
（項目２９９）
項目２６８から２９８のいずれか一項に記載の選択された抗体もしくはＴＣＲ、またはそれらの断片を、それを必要とする被験体に投与するステップを含む、それを必要とする被験体を処置する方法。
（項目３００）
前記抗体、ＴＣＲ、またはそれらの断片が、それを必要とする前記被験体から同定される、項目２９９に記載の方法。
（項目３０１）
前記抗体、ＴＣＲ、またはそれらの断片が、それを必要とする前記被験体から同定されない、項目２９９に記載の方法。
（項目３０２）
前記抗体、ＴＣＲ、またはそれらの断片を必要とする前記被験体が、疾患の１つまたは複数の症状を呈示する、項目２９９から３０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０３）
前記抗体、ＴＣＲ、またはそれらの断片を必要とする前記被験体が、疾患を有する、項目２９９から３０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０４）
前記疾患が、未知である、項目３０２または３０３に記載の方法。
（項目３０５）
前記疾患が、既知である、項目３０２または３０３に記載の方法。
（項目３０６）
前記試料が、第１の時点で被験体から採取された第１の試料および第２の時点で該被験体から採取された第２の試料を含む、項目１から３０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０７）
前記第１および第２の時点において採取された前記試料に由来する前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドの量の増大または減少を決定するステップをさらに含む、項目３０６に記載の方法。
（項目３０８）
量の前記増大または減少が、少なくとも約０．１倍、０．２倍、０．３倍、０．４倍、０．５倍、０．６倍、０．７倍、０．８倍、０．９倍、１．５倍、２倍、３倍、５倍、１０倍、５０倍、１００倍、１，０００倍、１０，０００倍、１００，０００倍、１，０００，０００倍、またはそれ超の範囲の増大または減少である、項目３０７に記載の方法。
（項目３０９）
前記第１および第２の時点の間の時間が、約１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、４カ月間、５カ月間、６カ月間、７カ月間、８カ月間、９カ月間、１０カ月間、１１カ月間、１２カ月間、もしくはこれより長い時間、または少なくともおよそこれらの時間である、項目３０６から３０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１０）
前記シークエンシングするステップが、ハイスループットである、項目１から３０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１１）
マルチプレックスプライマーおよび／または固体支持体に結合させたマルチプレックスプライマーを含まない、項目１から３１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１２）
単一の機能的ＶセグメントまたはＶセグメントの小規模なファミリーに相補的な配列を含む、Ｖセグメントプライマーの多様性を用いない、項目１から３１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１３）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドを単離するステップを援用しない、項目１から３１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１４）
前記シークエンシングするステップが、大規模並列合成によりなされる、項目１から３１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１５）
配列リードを生殖細胞系列の配列と比較し、該配列リードの体細胞超変異の蓄積を決定するステップをさらに含む、項目１から３１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１６）
抗体配列のアイソタイプの分布を決定し、特異的なアイソタイプを選択するステップをさらに含む、項目１から３１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１７）
選択された抗体が、特異的なＩｇアイソタイプを含む、項目２６８から３１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１８）
前記Ｉｇアイソタイプが、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、またはＩｇＥである、項目３１７に記載の方法。
（項目３１９）
ＩｇＨおよびＩｇＬ抗体配列またはＴＣＲαおよびＴＣＲβ配列の対のライブラリーを生成するステップをさらに含む、項目１から３１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２０）
前記ライブラリーが、データベースである、項目３１９に記載の方法。
（項目３２１）
前記第１および第２の単一細胞の二重バーコード化ポリヌクレオチドが、抗体またはＴＣＲのコード配列にわたる、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、および／または超変異領域を含む、項目１から３２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２２）
前記選択された抗体またはＴＣＲを、表面ディスプレイ技術に直接クローニングするステップをさらに含む、項目２６８から３２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２３）
前記選択された抗体またはＴＣＲを、定向進化により進化させるステップをさらに含む、項目２６８から３２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２４）
前記選択された抗体またはＴＣＲを、機能的な特異性、親和性、または中和能についてスクリーニングするステップをさらに含む、項目２６８から３２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２５）
体細胞変異が、９９％またはそれ超の信頼度で決定される、項目１から３２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２６）
各ポリヌクレオチド分子に由来するＶ、Ｄ、およびＪセグメントの各々が同定される、項目１から３２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２７）
前記容器バーコードが、少なくとも２個のヌクレオチドを含む、項目１から３２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２８）
前記容器バーコードが、少なくとも３、４、５、６、７、８、または９個のヌクレオチドを含む、項目３２７に記載の方法。
（項目３２９）
前記容器バーコードが、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、項目３２７に記載の方法。
（項目３３０）
前記容器バーコードが、少なくとも１５個のヌクレオチドを含む、項目３２７に記載の方法。
（項目３３１）
前記容器バーコードが、最大で５０個のヌクレオチドを含む、項目３２７に記載の方法。
（項目３３２）
前記容器バーコードが、１０〜３０個のヌクレオチドを含む、項目３２７に記載の方法。
（項目３３３）
前記容器バーコードが、縮重配列を含む、項目３２７から３３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３４）
前記容器バーコードが、全長または部分縮重配列を含む、項目３２７から３３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３５）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目３２７から３３４に記載の方法。
（項目３３６）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＷＮＮＮＮＮＷＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目３２７から３３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３７）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＸＮＮＮＮＮＸＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目３２７から３３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３８）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｗであり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目３２７から３３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３９）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｘであり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目３２７から３３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４０）
前記分子バーコードが、少なくとも２個のヌクレオチドを含む、項目１から３３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４１）
前記分子バーコードが、少なくとも３、４、５、６、７、８、または９個のヌクレオチドを含む、項目３４０に記載の方法。
（項目３４２）
前記分子バーコードが、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、項目３４０に記載の方法。
（項目３４３）
前記分子バーコードが、少なくとも１５個のヌクレオチドを含む、項目３４０に記載の方法。
（項目３４４）
前記分子バーコードが、最大で５０個のヌクレオチドを含む、項目３４０に記載の方法。
（項目３４５）
前記分子バーコードが、１０〜３０個のヌクレオチドを含む、項目３４０に記載の方法。
（項目３４６）
前記分子バーコードが、縮重配列を含む、項目３４０から３４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４７）
前記分子バーコードが、全長または部分縮重配列を含む、項目３４０から３４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４８）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目３４０から３４７に記載の方法。
（項目３４９）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＴＮＮＡＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目３４０から３４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５０）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＷＮＮＷＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目３４０から３４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５１）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＸＮＮＸＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目３４０から３４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５２）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｗであり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目３４０から３４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５３）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｘであり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目３４０から３４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５４）
増幅エラーを補正するステップをさらに含む、項目１から３５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５５）
シークエンシングエラーを補正するステップをさらに含む、項目１から３５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５６）
前記同じ分子バーコードを含む配列をビニングまたは群分けするステップをさらに含む、項目１から３５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５７）
コンピュータまたはアルゴリズムを使用して、前記同じ分子バーコードを含む配列をビニングまたは群分けするステップをさらに含む、項目１から３５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５８）
コンピュータまたはアルゴリズムを使用して、前記同じ容器バーコードを含む配列をビニングまたは群分けするステップをさらに含む、項目１から３５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５９）
少なくとも約９０％、９５％、または９９％の配列相同性を有する配列をクラスタリングするステップをさらに含む、項目１から３５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６０）
少なくとも約９０％、９５％、または９９％の配列相同性を有する配列をアラインするステップをさらに含む、項目１から３５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６１）
前記クラスタリングまたはアラインするステップが、コンピュータまたはアルゴリズムの助けを借りて実施される、項目３５９または３６０に記載の方法。
（項目３６２）
前記同じ分子バーコードを含有する配列リードの数を決定するステップを含む、項目１から３６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６３）
前記同じ分子バーコード、および少なくとも約９０％、９５％、または９９％の配列相同性を有する同じ第１の細胞ポリヌクレオチド配列の両方を含有する配列リードの数を決定するステップを含む、項目１から３６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６４）
前記同じ分子バーコード、および少なくとも約９０％、９５％、または９９％の配列相同性を有する同じ第２の細胞ポリヌクレオチド配列の両方を含有する配列リードの数を決定するステップを含む、項目３６３に記載の方法。
（項目３６５）
前記試料中の、第１または第２の細胞ポリヌクレオチドの量を決定するステップを含む、項目１から３６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６６）
２つまたはそれ超の配列、配列リード、アンプリコンの配列、ビニングされた配列、アラインされた配列、クラスタリングされた配列、または前記同じ分子バーコードもしくは容器バーコード、またはこれらの両方を含むアンプリコンのセットの配列に由来するコンセンサス配列を形成するステップを含む、項目１から３６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６７）
第１または第２の細胞ポリヌクレオチド配列を、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９９％、または１００％の精度または信頼度で決定するステップを含む、項目１から３６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６８）
シークエンシングエラーおよびＰＣＲエラーが、最小化されているか、消失しているか、または０．０１％、０．００１％、０．０００１％、０．００００１％、０．０００００１％、もしくは０．００００００１％未満である、項目１から３６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６９）
シークエンシングのエラー率が、０．００００１％、０．０００１％、０．００１％、０．０１％、もしくは０％未満であるかまたはそれらと等しい、項目１から３６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７０）
シークエンシングの前記エラー率が、０ではない、項目１から３６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７１）
少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２ポリヌクレオチドをシークエンシングする、項目１から３７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７２）
４週間、３週間、２週間、１週間、６日間、５日間、５日間、４日間、３日間、２日間、１日間、１８時間、１２時間、９時間、６時間、３時間、２時間、もしくは１時間未満またはそれらと等しい正の量の時間で実施される、項目１から３７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７３）
特定の信頼度または塩基判定の精度を達成するのに使用されるリードの数が、分子バーコード、容器バーコード、またはこれらの両方を使用しない類似の方法を使用した同じ、類似の、またはより高度な信頼度または塩基判定の精度を達成するのに使用されるリードの数の、少なくとも約１．１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００分の１である、項目１から３７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７４）
特定の信頼度または塩基判定の精度を達成するのに使用されるリードの数が、分子バーコード、容器バーコード、またはこれらの両方を使用しない類似の方法を使用した同じ、類似の、またはより高度な信頼度または塩基判定の精度を達成するのに使用されるリードの数より、少なくとも約１、２、３、４、５、５．５、６、６．５、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２リード少ない、項目１から３７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７５）
前記複数の容器が、少なくとも３、４、５、５．５、６、６．５、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、もしくは９×１０１２、またはそれ超の容器を含む、項目１から３７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７６）
複数の細胞ポリヌクレオチドが、少なくとも３、４、５、５．５、６、６．５、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、もしくは９×１０１２、またはそれ超の細胞ポリヌクレオチドを含む、項目１から３７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７７）
（ａ）各々が、
（ｉ）複数の細胞を含む試料に由来する単一細胞、
（ｉｉ）複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）容器バーコード化ポリヌクレオチド；
（ｉｖ）該単一細胞に由来する第１の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第１の相補的ポリヌクレオチド、および
（ｖ）該単一細胞に由来する第２の細胞ポリヌクレオチドに相補的な第２の相補的ポリヌクレオチド
を含む、複数の容器
を含み；
該第１の相補的ポリヌクレオチドが、該複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の分子バーコードと、該容器バーコード化ポリヌクレオチドの容器バーコードまたは該容器バーコード化ポリヌクレオチドの増幅産物とを含み、
該第２の相補的ポリヌクレオチドが、該複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の分子バーコードと、該容器バーコード化ポリヌクレオチドの容器バーコードまたは該容器バーコード化ポリヌクレオチドの増幅産物とを含む、組成物。
（項目３７８）
第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、異なる、項目３７７に記載の組成物。
（項目３７９）
前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含む、項目３７７または３７８に記載の組成物。
（項目３８０）
前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドが、同じ容器バーコードを含む、項目３７７から３７９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８１）
前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、増幅産物ではない、項目３７７から３８０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８２）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと異なる、項目３７７から３８０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３７７から３８０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８４）
前記複数の容器のうちの第２の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３８３に記載の組成物。
（項目３８５）
第１の容器および第２の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３７７から３８４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８６）
前記複数の容器のうちの第３の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３８４または３８５に記載の組成物。
（項目３８７）
前記第１の容器、前記第２の容器、および前記第３の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３８６に記載の組成物。
（項目３８８）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、固有である、項目３７７から３８７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３８９）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、前記複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと異なる、項目３７７から３８８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９０）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目３７７から３８９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９１）
第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、前記第１の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目３７７から３９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９２）
第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードが、前記第２の容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの分子バーコードと同じである、項目３９１に記載の組成物。
（項目３９３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、該複数の容器のうちの第２の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードと異なる、項目３７７から３９２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９４）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、第１の同じ容器バーコードである、項目３７７から３９３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９５）
前記複数の容器のうちの第２の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、第２の同じ容器バーコードである、項目３９４に記載の組成物。
（項目３９６）
前記第１の同じ容器バーコードが、前記第２の同じ容器バーコードと異なる、項目３９４または３９５に記載の組成物。
（項目３９７）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの容器バーコードが、同じ容器バーコードを含む、項目３９４から３９６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９８）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドおよびそのアンプリコンの容器バーコードが、該複数の容器のうちの他の任意の単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドおよびそのアンプリコンの容器バーコードに固有である、項目３９４から３９７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３９９）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、１つの容器内に、単一の分子として存在する、項目３７７から３９８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４００）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器の各容器内に、単一の分子として存在する、項目３７７から３９９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０１）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器のうちの１つの容器内に、少なくとも単一の分子として存在する、項目３７７から４００のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０２）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、前記複数の容器の各容器内に、少なくとも単一の分子として存在する、項目３７７から４０１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０３）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該第１の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目３７７から４０２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０４）
前記複数の容器のうちの前記第１の容器内の前記第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列が、該第１の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じである、項目４０３に記載の組成物。
（項目４０５）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該単一の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目４０３または４０４に記載の組成物。
（項目４０６）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第１の共通容器配列を含む、項目４０３から４０５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０７）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第２の共通容器配列を含む、項目４０６に記載の組成物。
（項目４０８）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列が、該複数の容器のうちの第２の容器内の第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じである、項目３７７から４０７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４０９）
前記第１の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列が、前記第２の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じである、項目４０８に記載の組成物。
（項目４１０）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第１の共通容器配列と同じ配列を含む、第１の共通容器配列を含む、項目３７７から４０９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４１１）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはそのアンプリコンの、第２の共通容器配列と同じ配列を含む、第２の共通容器配列を含む、項目４１０に記載の組成物。
（項目４１２）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該第１の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目３７７から４１１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４１３）
前記複数の容器のうちの前記第１の容器内の前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列が、該第１の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じである、項目４１２に記載の組成物。
（項目４１４）
前記複数の容器のうちの任意の単一の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該単一の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目４１２または４１３に記載の組成物。
（項目４１５）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第１の共通分子配列を含む、項目４１２から４１４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４１６）
前記複数の容器のうちの単一の容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、同じ第２の共通分子配列を含む、項目４１５に記載の組成物。
（項目４１７）
前記複数の容器のうちの第１の容器内の第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列が、該複数の容器のうちの第２の容器内の第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じである、項目４１２から４１６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４１８）
前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列が、前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じである、項目４１７に記載の組成物。
（項目４１９）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第１の共通分子配列と同じ配列を含む、第１の共通分子配列を含む、項目４１２から４１８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２０）
前記複数の容器のうちの任意の１つの容器内の各分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該複数の容器のうちの他の任意の１つの容器内の分子バーコード化ポリヌクレオチドの第２の共通分子配列と同じ配列を含む、第２の共通分子配列を含む、項目４９に記載の組成物。
（項目４２１）
前記第１の共通容器配列が、前記第１の共通分子配列と同じ配列を含む配列を含む、項目４０３から４２０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２２）
前記第１の共通容器配列が、前記第１の共通分子配列またはその相補体に相補的な配列を含む、項目４０３から４２１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２３）
前記第２の共通分子配列が、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目４２１または４２２に記載の組成物。
（項目４２４）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な前記領域が、末端領域である、項目４２３に記載の組成物。
（項目４２５）
第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、一緒に融合されない、項目３７７から４２４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２６）
前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドが、一緒に融合されない、項目３７７から４２４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２７）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＤＮＡである、項目３７７から４２６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４２８）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＤＮＡである、項目４２７に記載の組成物。
（項目４２９）
前記第１の細胞ポリヌクレオチドが、ＲＮＡである、項目３７７から４２６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４３０）
前記第２の細胞ポリヌクレオチドが、ＲＮＡである、項目４２９に記載の組成物。
（項目４３１）
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡである、項目４２９または４３０に記載の組成物。
（項目４３２）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、項目４２９から４３１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４３３）
前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、項目４３２に記載の組成物。
（項目４３４）
非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ、逆転写酵素、ポリメラーゼ、またはこれらの任意の組合せをさらに含む、項目３７７から４３３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４３５）
前記第１および／または第２の相補的ポリヌクレオチドが、３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドを含む、項目４３４に記載の組成物。
（項目４３６）
前記非鋳型ターミナルトランスフェラーゼが、逆転写酵素であり、該逆転写酵素が、Ｓｕｐｅｒｓｃｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素、Ｍａｘｉｍａ逆転写酵素、Ｐｒｏｔｏｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）、ＨｉｇｈＳｃｒｉｂｅｒ逆転写酵素、トリ骨髄芽球症ウイルス（ＡＭＶ）逆転写酵素、ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ活性を含む任意の逆転写酵素、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目４３４または４３５に記載の組成物。
（項目４３７）
第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端における、前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目４３４から４３６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４３８）
第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドが、前記第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端における、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目４３７に記載の組成物。
（項目４３９）
前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドが、同一である、項目４３５から４３８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４０）
前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドの少なくとも１つが、該３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドの別のヌクレオチドと同一ではない、項目４３５から４３８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４１）
前記第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの前記相補的領域の少なくとも１つのヌクレオチドが、該第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの該相補的領域の別の核酸と同一ではない、項目４３７から４４０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４２）
前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの前記相補的領域の少なくとも１つのヌクレオチドが、該第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの該相補的領域の別の核酸と同一ではない、項目４３７から４４１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４３）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４４１または４４２に記載の組成物。
（項目４４４）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目４４１から４４３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４５）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボグアノシンである、項目４４１から４４４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４６）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、デオキシリボグアノシン類似体である、項目４４１から４４４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４７）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの末端ヌクレオチドである、項目４４１から４４６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４８）
前記少なくとも１つの同一でないヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４４１または４４２に記載の組成物。
（項目４４９）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの前記相補的領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４３７から４４８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５０）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目４３７から４４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５１）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボグアノシンである、項目４３７から４５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５２）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、デオキシリボグアノシン類似体である、項目４３７から４５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５３）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４３７８６から４４８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５４）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、リボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４３７から４５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５５）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体ではない、項目４３７から４５４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５６）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドのハイブリダイズさせた領域の少なくとも２つの非末端ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドまたはその類似体である、項目４３７から４５５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５７）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目３７７から４５６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５８）
前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目４５７に記載の組成物。
（項目４５９）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な領域を含む、項目４５７または４５８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６０）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、分子バーコード配列に相補的ではない、項目４５９に記載の組成物。
（項目４６１）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第１の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドまたはその増幅産物の領域に相補的ではない、項目４５９または４６０に記載の組成物。
（項目４６２）
前記第１または第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの該領域が、前記第１の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドを含む、項目４５７から４６１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６３）
前記第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドに相補的な前記第２の相補的ポリヌクレオチドの前記領域が、該第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加された、３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドを含む、項目４６２に記載の組成物。
（項目４６４）
前記第１の相補的ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的ではない、項目４５７から４６３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６５）
前記第２の相補的ポリヌクレオチドが、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドに相補的ではない、項目４６４に記載の組成物。
（項目４６６）
第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目３７７から４６５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６７）
第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの相補体の領域が、前記容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的である、項目４６６に記載の組成物。
（項目４６８）
上記の方法に由来する任意の１つまたは複数のプライマーをさらに含む、項目３７７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６９）
前記複数の容器の各容器が、固体支持体を含まない、項目３７７から４６８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７０）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、固体支持体に結合されている、項目３７７から４６９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７１）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、ビーズに結合されている、項目３７７から４７０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７２）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの任意の組合せが、プライマーではない、項目３７７から４７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７３）
前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、分子バーコード化ポリヌクレオチド、またはこれらの任意の組合せが、伸長させたポリヌクレオチドではない、項目３７７から４７２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７４）
前記細胞を、溶解させる、項目３７７から４７３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７５）
前記複数の容器が、複数のウェルを含む、項目３７７から４７４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７６）
前記複数の容器が、複数のエマルジョンを含む、項目３７７から４７４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７７）
前記複数のエマルジョンの各エマルジョンが、約０．０１ピコリットル〜１０マイクロリットルの容量である、項目４７６に記載の組成物。
（項目４７８）
前記単一細胞が、免疫細胞を含む、項目３７７から４７７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７９）
前記複数の細胞が、複数の免疫細胞を含む、項目３７７から４７８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４８０）
前記免疫細胞が、リンパ球もしくはその亜型、Ｂ細胞もしくはその亜型、Ｔ細胞もしくはその亜型、またはこれらの組合せである、項目４７８または４７９に記載の組成物。
（項目４８１）
前記複数の細胞が、メモリーＢ細胞、ナイーブＢ細胞、形質芽球性Ｂ細胞、ナイーブＴ細胞、形質芽球性Ｔ細胞、Ｂ細胞の任意の亜型、Ｔ細胞の任意の亜型、またはこれらの任意の組合せについて富化される、項目４７９または４８０に記載の組成物。
（項目４８２）
前記単一細胞が、がん細胞を含む、項目３７７から４７７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４８３）
前記複数の細胞が、複数のがん細胞を含む、項目４８２に記載の組成物。
（項目４８４）
前記がん細胞が、扁平細胞癌細胞、腺癌細胞、移行上皮癌細胞、骨肉腫細胞、軟骨肉腫細胞、筋肉肉腫細胞、白血病細胞、リンパ腫細胞、神経膠腫細胞、またはこれらの任意の組合せである、項目４８２または４８３に記載の組成物。
（項目４８５）
前記複数のがん細胞が、循環がん細胞、内皮がん細胞、上皮がん細胞、希少がん細胞、またはがん細胞の任意の型もしくは亜型について富化される、項目４８３または４８４に記載の組成物。
（項目４８６）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、変異体配列を含む、項目３７７から４８５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４８７）
前記変異体配列が、変異、多型、欠失、または挿入を含む、項目４８６に記載の組成物。
（項目４８８）
前記多型が、一塩基多型である、項目４８７に記載の組成物。
（項目４８９）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、疾患または状態についてのバイオマーカーである、項目３７７から４８８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４９０）
前記第１または第２の細胞ポリヌクレオチドが、病原体に由来する、項目３７７から４８８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４９１）
前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドが、抗体またはＴＣＲのコード配列にわたる、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、および／または超変異領域を含む、項目３７７から４９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４９２）
前記容器バーコードが、少なくとも２個のヌクレオチドを含む、項目３７７から４９１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４９３）
前記容器バーコードが、少なくとも３、４、５、６、７、８、または９個のヌクレオチドを含む、項目４９２に記載の組成物。
（項目４９４）
前記容器バーコードが、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、項目４９２に記載の組成物。
（項目４９５）
前記容器バーコードが、少なくとも１５個のヌクレオチドを含む、項目４９２に記載の組成物。
（項目４９６）
前記容器バーコードが、最大で５０個のヌクレオチドを含む、項目４９２に記載の組成物。
（項目４９７）
前記容器バーコードが、１０〜３０個のヌクレオチドを含む、項目４９２に記載の組成物。
（項目４９８）
前記容器バーコードが、縮重配列を含む、項目４９２から４９７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４９９）
前記容器バーコードが、全長または部分縮重配列を含む、項目４９２から４９８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５００）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目４９９に記載の組成物。
（項目５０１）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＷＮＮＮＮＮＷＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目４９９に記載の組成物。
（項目５０２）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＸＮＮＮＮＮＸＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目４９９に記載の組成物。
（項目５０３）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｗであり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目４９９に記載の組成物。
（項目５０４）
前記容器バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｘであり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目４９９に記載の組成物。
（項目５０５）
前記分子バーコードが、少なくとも２個のヌクレオチドを含む、項目３７７から５０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５０６）
前記分子バーコードが、少なくとも３、４、５、６、７、８、または９個のヌクレオチドを含む、項目５０５に記載の組成物。
（項目５０７）
前記分子バーコードが、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、項目５０５に記載の組成物。
（項目５０８）
前記分子バーコードが、少なくとも１５個のヌクレオチドを含む、項目５０５に記載の組成物。
（項目５０９）
前記分子バーコードが、最大で５０個のヌクレオチドを含む、項目５０５に記載の組成物。
（項目５１０）
前記分子バーコードが、１０〜３０個のヌクレオチドを含む、項目５０５に記載の組成物。
（項目５１１）
前記分子バーコードが、縮重配列を含む、項目５０５から５１０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５１２）
前記分子バーコードが、全長または部分縮重配列を含む、項目５０５から５１１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５１３）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１４）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＴＮＮＡＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸である、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１５）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＷＮＮＷＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１６）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＸＮＮＸＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１７）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｗであり、Ｗが、アデニンまたはチミンである、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１８）
前記分子バーコードが、配列ＮＮＮＮＮＮＮＮを含み、Ｎが、任意の核酸であり、該配列中の少なくとも１つまたは２つのＮが、Ｘであり、Ｘが、任意の既知のヌクレオチドである、項目５１２に記載の組成物。
（項目５１９）
前記複数の容器が、少なくとも３、４、５、５．５、６、６．５、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、もしくは９×１０１２、またはそれ超の容器を含む、項目３７７から５１８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２０）
複数の細胞ポリヌクレオチドが、少なくとも３、４、５、５．５、６、６．５、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、もしくは９×１０１２、またはそれ超の細胞ポリヌクレオチドを含む、項目３７７から５１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２１）
ポリヌクレオチドにバーコードを付ける方法であって、
（ａ）分子バーコード化ポリヌクレオチドを、単一細胞に由来する複数のポリヌクレオチドの各々とハイブリダイズさせるステップであり、ハイブリダイズさせた分子バーコード化ポリヌクレオチドが、該単一細胞を含む容器内の、複数の固有に分子バーコード化されたポリヌクレオチドに由来する、ステップと；
（ｂ）分子バーコード化ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせた、該単一細胞に由来するポリヌクレオチドを伸長させて、分子バーコード化細胞ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）容器バーコード化ポリヌクレオチドを、分子バーコード化細胞ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせるステップであり、該容器バーコード化ポリヌクレオチドが、複数の容器のうちの単一の容器に固有である、ステップと；
（ｄ）容器バーコード化ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせた分子バーコード化細胞ポリヌクレオチドを伸長させて、二重バーコード化細胞ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｅ）該二重バーコード化細胞ポリヌクレオチドをシークエンシングするステップと
を含む、方法。
（項目５２２）
（ａ）におけるハイブリダイゼーションが、単一細胞に由来する前記ポリヌクレオチド上の自然発生の配列の塩基対合を介さない、項目５２１に記載の方法。
（項目５２３）
前記分子バーコード化細胞ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせた前記容器バーコード化ポリヌクレオチドが、増幅産物である、項目５２１または５２２に記載の方法。
（項目５２４）
（ｃ）におけるハイブリダイゼーションが、単一細胞に由来する前記ポリヌクレオチド上の自然発生の配列の相補体の塩基対合を介さない、項目５２１から５２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２５）
（ｃ）におけるハイブリダイゼーションが、（ｂ）において伸長させた、前記単一細胞に由来する前記ポリヌクレオチドの領域との塩基対合を介する、項目５２１から５２４のいずれか一項に記載の方法。