【手続補正書】
【提出日】平成30年6月4日(2018.6.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり、ヒトＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと１０％未満のアミノ酸配列が同一である、単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントであって、該ペプチドが、少なくとも８個のアミノ酸長かつ５０個未満のアミノ酸長であり、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．のＧＡＰＤＨに結合し中和するが、ヒトＧＡＰＤＨに結合しない抗体を誘発することができる、単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアント。
【請求項２】
前記ペプチドが、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列が同一である、請求項１に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項３】
前記ペプチドが、配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、請求項１または請求項２に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項４】
前記ペプチドが、以下：
ａ）３０個未満のアミノ酸、または２０個未満のアミノ酸を含み；
ｂ）少なくとも１０個のアミノ酸を含み；そして／または
ｃ）１０〜２０アミノ酸長である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアントをコードする単離された核酸、またはその機能的フラグメント、またはその機能的バリアント。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸、そのフラグメント、またはそのバリアントを含む遺伝子構築物。
【請求項７】
請求項６に記載の遺伝子構築物を含む組換えベクター。
【請求項８】
請求項６に記載の遺伝子構築物または請求項７に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
【請求項９】
少なくとも１つの請求項８に記載の宿主細胞を含むトランスジェニック宿主生物。
【請求項１０】
敗血症誘導細菌の感染防止のためのワクチンの開発における請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントの使用。
【請求項１１】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含むワクチン。
【請求項１２】
２つまたはそれを超える請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含み、少なくとも２つの該ペプチド、フラグメント、および／またはバリアントが共に連結している、請求項１１に記載のワクチン。
【請求項１３】
１つまたは複数の配列番号９〜６９に実質的に記載のアミノ酸配列を有するペプチドを含む請求項１１または請求項１２に記載のワクチン。
【請求項１４】
配列番号９〜１２に記載のアミノ酸配列を有するペプチドのうちの任意の１つ、２つ、３つ、または４つ全てを含む、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項１５】
好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主への投与のために製剤化された請求項１１〜１４のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項１６】
免疫応答を刺激することにおける使用のための、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンを含む組成物。
【請求項１７】
前記免疫応答が、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体の産生を含む、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記使用が、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用；および／または
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体の産生を刺激するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用
である、請求項１６または請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
治療で用いるための、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含む組成物。
【請求項２０】
被験体における敗血症誘導細菌による感染の防止で用いるための、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンを含む組成物。
【請求項２１】
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、脳炎、早産、および死産のうちの任意の１つまたは複数の防止で用いるための、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンを含む組成物。
【請求項２２】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体であって、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生される、抗体。
【請求項２３】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに見出されるエピトープに特異的な抗体であって、該エピトープが配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、抗体。
【請求項２４】
前記抗体が、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生する、請求項２３に記載の抗体。
【請求項２５】
治療で用いるための、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の抗体を含む組成物。
【請求項２６】
被験体における敗血症誘導細菌による感染の防止、処置、または改善で用いるための、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の抗体を含む組成物。
【請求項２７】
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎のうちの任意の１つもしくは複数の防止、処置もしくは改善で使用するための、ならびに／または早産および／もしくは死産の防止で使用するための、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の抗体を含む組成物。
【請求項２８】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を産生するための組成物であって、該組成物が、請求項１〜４のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１１〜１５のいずれか１項に記載のワクチンを含み、該ペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、またはワクチンが、抗体産生細胞と接触させられることを特徴とする、組成物。
【請求項２９】
前記ペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、またはワクチンがが、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ法、ｉｎ  ｖｉｖｏ法、またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を産生するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ法またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｃ）ｉｎ  ｖｉｖｏワクチン接種法
により抗体産生細胞と接触させられることを特徴とする、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記被験体が、好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主である、請求項２０または請求項２６に記載の組成物。
【請求項３１】
請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の抗体および任意選択的に薬学的に許容され得るビヒクルを含む敗血症誘導細菌処置組成物。
【請求項３２】
請求項３１に記載の組成物を作製するためのプロセスであって、治療有効量の請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の抗体を薬学的に許容され得るビヒクルと組み合わせることを含む、プロセス。
【請求項３３】
前記敗血症誘導細菌が、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる群から選択される、請求項１０に記載の使用。
【請求項３４】
前記敗血症誘導細菌が、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる群から選択される、請求項２２または２３に記載の抗体、あるいは請求項１７、２０、２６、２８または３１に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７４】
遺伝暗号の縮重のために、本明細書中に記載の任意の核酸配列を、核酸配列によってコードされるペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の配列に実質的に影響を及ぼすことなく、その機能的バリアントを得るために変動または変更することができることが明らかである。適切なヌクレオチドバリアントは、配列内に同一アミノ酸をコードする異なるコドンを置換することによって変化した配列を有し、それにより、サイレントな変化を生じるバリアントである。他の適切なバリアントは、相同なヌクレオチド配列を有するが、置換されるアミノ酸と類似する生物物理的性質の側鎖を有するあるアミノ酸をコードする異なるコドンを置換することによって変化し、それにより、保存的変化を生ずる配列の全部または一部を含むバリアントである。例えば、小さな非極性の疎水性アミノ酸には、グリシン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、およびメチオニンが含まれる。大きな非極性の疎水性アミノ酸には、フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンが含まれる。極性中性アミノ酸には、セリン、トレオニン、システイン、アスパラギン、およびグルタミンが含まれる。正電荷（塩基性）アミノ酸には、リジン、アルギニン、およびヒスチジンが含まれる。負電荷（酸性）アミノ酸には、アスパラギン酸およびグルタミン酸が含まれる。したがって、どのアミノ酸を、類似の生物物理的性質を有するアミノ酸で置き換えることができるのかは理解され、当業者はこれらのアミノ酸をコードするヌクレオチド配列を知っている。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
１つまたは複数の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり、ヒトＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと１０％未満のアミノ酸配列が同一である、単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアント。
（項目２）
前記ペプチドが、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一である項目１に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
（項目３）
前記ペプチドが、前記敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列が同一である、項目１または項目２に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
（項目４）
前記ペプチドが、配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、先行する項目のいずれか１項に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
（項目５）
前記ペプチドが、以下：
ａ）１５０個またはそれ未満のアミノ酸を含むか、１００個未満のアミノ酸、５０個未満のアミノ酸、３０個未満のアミノ酸、または２０個未満のアミノ酸を含み；
ｂ）少なくとも３個のアミノ酸、少なくとも５個のアミノ酸、少なくとも８個のアミノ酸、または少なくとも１０個のアミノ酸を含み；そして／または
ｃ）５〜１００アミノ酸長、５〜５０アミノ酸長、または１０〜２０アミノ酸長である、先行する項目のいずれか１項に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
（項目６）
先行する項目のいずれか１項に記載のペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアントをコードする単離された核酸、またはその機能的フラグメント、またはその機能的バリアント。
（項目７）
項目６に記載の核酸、そのフラグメント、またはそのバリアントを含む遺伝子構築物。
（項目８）
項目７に記載の遺伝子構築物を含む組換えベクター。
（項目９）
項目７に記載の遺伝子構築物または項目８に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
（項目１０）
少なくとも１つの項目９に記載の宿主細胞を含むトランスジェニック宿主生物。
（項目１１）
敗血症誘導細菌の感染防止のためのワクチンの開発における項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントの使用。
（項目１２）
項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含むワクチン。
（項目１３）
２つまたはそれを超える項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含み、少なくとも２つの該ペプチド、フラグメント、および／またはバリアントが共に連結している、項目１２に記載のワクチン。
（項目１４）
１つまたは複数の配列番号９〜６９に実質的に記載のアミノ酸配列を有するペプチドを含む項目１２または項目１３に記載のワクチン。
（項目１５）
配列番号９〜１２に記載のアミノ酸配列を有するペプチドのうちの任意の１つ、２つ、３つ、または４つ全てを含む、項目１２〜１４のいずれか１項に記載のワクチン。
（項目１６）
好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主への投与のために製剤化された項目１２〜１５のいずれか１項に記載のワクチン。
（項目１７）
免疫応答を刺激するための項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンの使用。
（項目１８）
前記免疫応答が、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体の産生を含む、項目１７に記載の使用。
（項目１９）
前記使用が、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用；および／または
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体の産生を刺激するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用
である、項目１７または項目１８に記載の使用。
（項目２０）
治療で用いる項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアント。
（項目２１）
敗血症誘導細菌による感染の防止で用いる項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチン。
（項目２２）
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、脳炎、早産、および死産のうちの任意の１つまたは複数の防止で用いる項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチン。
（項目２３）
敗血症誘導細菌による感染を防止する方法であって、項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンをかかる処置を必要とする被験体に投与することを含む、方法。
（項目２４）
前記方法が、敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、脳炎、早産、および死産のうちの任意の１つまたは複数を防止する方法である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体であって、項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生される、抗体。
（項目２６）
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに見出されるエピトープに特異的な抗体であって、該エピトープが配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、抗体。
（項目２７）
前記抗体が、項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生する、項目２６に記載の抗体。
（項目２８）
治療で用いる項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
（項目２９）
敗血症誘導細菌による感染の防止、処置、または改善で用いる項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
（項目３０）
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎のうちの任意の１つもしくは複数の防止、処置もしくは改善で使用するための、ならびに／または早産および／もしくは死産の防止で使用するための、項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
（項目３１）
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を産生する方法であって、抗体産生細胞を、項目１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または項目１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンと接触させるステップを含む、方法。
（項目３２）
前記方法が、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ法、ｉｎ  ｖｉｖｏ法、またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を産生するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ法またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｃ）ｉｎ  ｖｉｖｏワクチン接種法
である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
敗血症誘導細菌による感染を処置、改善、または防止する方法であって、項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体をかかる処置を必要とする被験体に投与することを含む、方法。
（項目３４）
前記方法が、敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎のうちの任意の１つまたは複数を処置、改善、または防止する方法であり、そして／または早産および／または死産を防止する方法である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記処置を必要とする被験体が、好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主である、項目２３または項目３３に記載の方法。
（項目３６）
項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体および任意選択的に薬学的に許容され得るビヒクルを含む敗血症誘導細菌処置組成物。
（項目３７）
項目３６に記載の組成物を作製するためのプロセスであって、治療有効量の項目２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体を薬学的に許容され得るビヒクルと組み合わせることを含む、プロセス。
（項目３８）
前記敗血症誘導細菌が、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる群から選択される、項目１１または項目１８に記載の使用、項目２１に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアント、項目２３、項目３１、または項目３３に記載の方法、項目２５、２６、または２９のいずれか１項に記載の抗体、または項目３６に記載の組成物。