【手続補正書】
【提出日】平成30年6月25日(2018.6.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸における１つ以上の変異の特定方法であって、
（ａ）（ｉ）前記核酸の第１の断片および（ｉｉ）ビーズに結合する複数の核酸バーコード分子を含むビーズを含むパーティションを提供することであって、前記第１の断片が１０キロベース（ｋｂ）を超える長さを有し、前記核酸バーコード分子が、各々が共通のバーコード配列を含む配列を含む、ことと、
（ｂ）前記パーティションにおいて、前記ビーズからの前記核酸バーコード分子からの前記配列および前記第１の断片を用いて、複数の第２の断片を生成することであって、前記複数の第２の断片の各々は、前記共通のバーコード配列を含む、ことと、
（ｃ）前記第１の断片の前記複数の第２の断片を配列決定して、複数の断片配列を提供することであって、複数の断片配列は前記共通のバーコード配列を共有する、ことと、
（ｄ）前記共通のバーコード配列の存在によって前記複数の断片配列を前記第１の断片に帰属させることと、
（ｅ）前記複数の断片配列を用いて前記第１の断片の核酸配列を決定することであって、前記核酸配列が１％未満の誤差率で決定される、ことと、
（ｆ）（ｅ）で決定された前記第１の断片の前記核酸配列における前記１つ以上の変異を特定し、それにより前記核酸内の前記１つ以上の変異を特定することと
を含む、方法。
【請求項２】
前記パーティションがエマルジョン中の液滴である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記特定が、前記第１の断片の前記核酸配列から前記核酸におけるフェーズ化変異体を特定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記特定が、前記第１の断片の前記核酸配列から前記核酸における１つ以上の構造的変異を特定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第１の断片が１５ｋｂを超える長さを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１の断片が２０ｋｂを超える長さを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記決定が、前記複数の断片配列を参照にマッピングすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記決定が、前記共通のバーコード配列を有する前記複数の断片配列をアセンブリングすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
長さが少なくとも１０ｋｂである前記核酸の複数の第１の断片を提供することを更に含み、前記特定が、前記複数の第１の断片の各々から核酸配列を決定し、前記複数の第１の断片の各々からの前記核酸配列から前記核酸における前記１つ以上の変異を特定すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記２つ以上の核酸配列の重複する核酸配列に基づいて、推測コンティグに連結することを更に含み、最大推測コンティグ長が少なくとも１０ｋｂである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記複数の第１の断片の前記２つ以上の核酸配列内の重複するフェーズ化変異体に基づいて、フェーズブロックに連結することを更に含み、最大フェーズブロック長が少なくとも１０ｋｂである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記２つ以上の核酸配列の重複する核酸配列に基づいて、推測コンティグに連結し、それにより推測コンティグの集団を作ることを更に含み、前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも１０ｋｂである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記複数の第１の断片の前記２つ以上の核酸配列内の重複するフェーズ化変異体に基づいて、フェーズブロックに連結し、それによりフェーズブロックの集団を作ることを更に含み、前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも１０ｋｂである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の第２の断片の生成の後に、前記配列は前記ビーズに付着しない、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記パーティションは複数のパーティションの中にあり、前記パーティション中の前記共通のバーコード配列は、前記複数のパーティションのうちの他のパーティション中の共通のバーコード配列とは異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記配列は前記ビーズから放出可能である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
（ｂ）において、前記複数の第２の断片の生成の前に、前記ビーズから前記配列を放出することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記配列が、刺激の適用を介して前記ビーズから放出される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記刺激は、光刺激、熱刺激、化学刺激またはその組み合わせである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記化学刺激は、還元剤である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記核酸バーコード分子は前記第１の断片に相補的であるプライマー配列を含み、前記複数の第２の断片の生成は、前記核酸バーコード分子を前記第１の断片にハイブリダイズさせることおよび伸長反応を行って前記複数の第２の断片を生成することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記ビーズは可溶性または分解性である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ビーズを分解または溶解することをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ビーズを分解または溶解することは刺激の適用を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記刺激は、光刺激、熱刺激、化学刺激またはその組み合わせである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記化学刺激は、還元剤である、請求項２５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
本発明の新規特徴は、付属の特許請求の範囲に詳細に記述される。本発明の特徴及び利点のより良い理解は、本発明の原理が利用される図示的な実施形態を記述する以下の発明を実施するための形態及び添付の図面を参照することにより得られるだろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
核酸における１つ以上の変異の特定方法であって、
（ａ）前記核酸の第１の断片であって、１０キロベース（ｋｂ）を超える長さを有する、前記第１の断片を提供することと、
（ｂ）前記第１の断片の複数の第２の断片を配列決定して、共通のバーコード配列を共有する、複数の断片配列を提供することと、
（ｃ）前記共通のバーコード配列の存在により、前記複数の断片配列を前記第１の断片に帰属させることと、
（ｄ）前記複数の断片配列を用いて前記第１の断片の核酸配列を決定することであって、前記核酸配列が１％未満の誤差率で決定される、前記決定することと、
（ｅ）（ｄ）で決定された前記第１の断片の前記核酸配列における前記１つ以上の変異を特定し、それにより前記核酸内の前記１つ以上の変異を特定することと、を含む、前記方法。
（項目２）
前記第１の断片が複数の別個のパーティションの中の１つの別個のパーティション内にある、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記別個のパーティションがエマルジョン中の液滴である、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記特定が、前記第１の断片の前記核酸配列から前記核酸におけるフェーズ化変異体を特定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記特定が、前記第１の断片の前記核酸配列から前記核酸における１つ以上の構造的変異を特定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記第１の断片が１５ｋｂを超える長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記第１の断片が２０ｋｂを超える長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記決定が、前記複数の断片配列を参照にマッピングすることを含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記決定が、前記共通のバーコード配列を有する前記複数の断片配列をアセンブリングすることを含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
長さが少なくとも１０ｋｂである前記核酸の複数の第１の断片を提供することを更に含み、前記特定が、前記複数の第１の断片の各々から核酸配列を決定し、前記複数の第１の断片の各々からの前記核酸配列から前記核酸における前記１つ以上の変異を特定すること
を含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記２つ以上の核酸配列の重複する核酸配列に基づいて、推測コンティグに連結することを更に含み、最大推測コンティグ長が少なくとも１０ｋｂである、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも２０ｋｂである、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも４０ｋｂである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも５０ｋｂである、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記コンティグ長が少なくとも１００ｋｂである、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも２００ｋｂである、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも５００ｋｂである、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも７５０ｋｂである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも１メガベース（Ｍｂ）である、項目１８に記
載の方法。
（項目２０）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも１．７５Ｍｂである、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記最大推測コンティグ長が少なくとも２．５Ｍｂである、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記複数の第１の断片の前記２つ以上の核酸配列内の重複するフェーズ化変異体に基づいて、フェーズブロックに連結することを更に含み、最大フェーズブロック長が少なくとも１０ｋｂである、項目１０に記載の方法。
（項目２３）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも２０ｋｂである、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも４０ｋｂである、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも５０ｋｂである、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも１００ｋｂである、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも２００ｋｂである、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも５００ｋｂである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも７５０ｋｂである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも１Ｍｂである、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも１．７５Ｍｂである、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも２．５Ｍｂである、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記２つ以上の核酸配列の重複する核酸配列に基づいて、推測コンティグに連結し、それにより推測コンティグの集団を作ることを更に含み、前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも１０ｋｂである、項目１０に記載の方法。
（項目３４）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも２０ｋｂである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも４０ｋｂである、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも５０ｋｂである、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも１００ｋｂである、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも２００ｋｂである、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも５００ｋｂである、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも７５０ｋｂである、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも１Ｍｂである、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも１．７５Ｍｂである、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記推測コンティグの集団のＮ５０が少なくとも２．５Ｍｂである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記複数の第１の断片の２つ以上の核酸配列を、前記複数の第１の断片の前記２つ以上の核酸配列内の重複するフェーズ化変異体に基づいて、フェーズブロックに連結し、それによりフェーズブロックの集団を作ることを更に含み、前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも１０ｋｂである、項目１０に記載の方法。
（項目４５）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも２０ｋｂである、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも４０ｋｂである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも５０ｋｂである、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも１００ｋｂである、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも２００ｋｂである、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも５００ｋｂである、項目４９に記
載の方法。
（項目５１）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも７５０ｋｂである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも１Ｍｂである、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも１．７５Ｍｂである、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記フェーズブロックの集団のＮ５０が少なくとも２．５Ｍｂである、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
核酸の構造的変異の存在の決定方法であって、
（ａ）前記核酸の複数の第１の断片分子を提供することであって、前記複数の第１の断片分子の所与の第１の断片分子が前記構造的変異を含む、前記提供することと、
（ｂ）前記複数の第１の断片分子の各々の複数の第２の断片分子を配列決定して複数の断片配列を提供することであって、所与の第１の断片分子に対応する前記複数の断片配列の各々が共通のバーコード配列を共有する、前記提供することと、
（ｃ）（ｉ）前記複数の断片配列を参照配列にマッピングすること、（ｉｉ）前記共通のバーコード配列を共有する前記複数の断片配列を特定すること、及び（ｉｉｉ）前記所与の第１の断片分子の長さよりも更に離れている位置の前記参照配列にマッピングする、前記共通のバーコード配列を共有する上昇した量の前記複数の断片配列の存在に基づき前記構造的変異を特定することであって、前記上昇した量が前記構造的変異を欠如する配列に対してである、前記特定することにより、前記構造的変異の存在を決定することと、を含む、前記方法。
（項目５６）
前記上昇した量が、前記構造的変異を有する前記核酸の領域に由来する前記第１の断片分子の総数に対して１％以上である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記上昇した量が、前記構造的変異を有する前記核酸の領域に由来する前記第１の断片分子の総数に対して２％以上である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記位置が少なくとも約１００塩基離れている、項目５５に記載の方法。
（項目５９）
前記位置が少なくとも約５００塩基離れている、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記位置が少なくとも約１キロベース（ｋｂ）離れている、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記位置が少なくとも約１０ｋｂ離れている、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記複数の断片配列から前記所与の第１の断片分子のアセンブリを作ることにより前記構造的変異を特定することを更に含み、前記複数の断片配列が前記共通のバーコード配列の存在に基づいて前記アセンブリの入力として選択される、項目５５に記載の方法。
（項目６３）
前記アセンブリが、前記複数の断片配列からコンセンサス配列を生成することにより作られる、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記構造的変異が転座を含む、項目５５に記載の方法。
（項目６５）
変異体核酸配列の特徴付け方法であって、
（ａ）変異体核酸を断片化して１０キロベース（ｋｂ）を超える長さを有する複数の第１の断片を提供することと、
（ｂ）前記複数の第１の断片を別個のパーティションに分離することと、
（ｃ）各第１の断片からそのそれぞれのパーティション内に複数の第２の断片を作ることであって、前記複数の第２の断片がそれに付加されるバーコード配列を有し、所与のパーティション内の前記バーコード配列が共通のバーコード配列である、前記作ることと、
（ｄ）前記複数の第２の断片及びそれに付加される前記バーコード配列を配列決定して複数の第２の断片の配列を得ることと、
（ｅ）少なくとも部分的に前記共通のバーコード配列の存在に基づき、前記第２の断片の配列を元の第１の断片に帰属させて、前記第２の断片の配列のための第１の断片の配列環境（ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｃｏｎｔｅｘｔ）を提供することと、
（ｆ）前記第１の断片の配列環境から前記変異体核酸の変異体部分を特定し、それにより前記変異体核酸配列を特徴付けることと、を含む、前記方法。
（項目６６）
前記帰属が、少なくとも部分的に前記共通のバーコード配列の存在に基づき、前記複数の第２の断片の配列から前記複数の第１の断片からの個々の断片の配列の少なくとも一部をアセンブリングすることを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記帰属が、少なくとも部分的に前記共通のバーコード配列に基づき、前記複数の第２の断片の配列を前記複数の第１の断片からの個々の第１の断片にマッピングすることを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
前記複数の第１の断片のうちの２つ以上を、前記複数の第１の断片のうちの前記２つ以上の間の重複する配列に基づき、推測コンティグに連結することを更に含む、項目６５に記載の方法。
（項目６９）
前記特定が、前記第１の断片の配列環境から１つ以上のフェーズ化変異体を特定することを含む、項目６５に記載の方法。
（項目７０）
前記複数の第１の断片のうちの２つ以上を、前記複数の第１の断片のうちの前記２つ以上の間の重複するフェーズ化変異体に基づき、フェーズブロックに連結することを更に含む、項目６５に記載の方法。
（項目７１）
前記特定が、前記第１の断片の配列環境から１つ以上の構造的変異を特定することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記１つ以上の構造的変異が、挿入、欠失、転座、レトロトランスポゾン、反転、及び重複から独立して選択される、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記構造的変異が挿入または転座を含み、前記第１の断片配列環境が前記挿入または転座の存在を示す、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
核酸の配列における変異体の特定方法であって、
前記核酸の複数の個々の断片分子の核酸配列であって、各々少なくとも１キロベース（ｋｂ）の長さを有する、前記複数の個々の断片分子の核酸配列を得ることと、
前記複数の個々の断片分子のうちの１つ以上の配列を、１つ以上の推測コンティグに連結することと、
前記１つ以上の推測コンティグから１つ以上の変異体を特定することと、を含む、前記方法。
（項目７５）
前記得ることが、長さが１０ｋｂを超える複数の断片分子の前記核酸配列を得ることを含む、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記得ることが、
前記複数の個々の断片分子の各個々の断片分子の複数のバーコード化された断片を提供することであって、所与の個々の断片分子の前記バーコード化された断片が共通のバーコードを有する、前記提供することと、
前記複数の個々の断片分子の前記複数のバーコード化された断片を配列決定することであって、前記配列決定が１％未満の配列決定誤差率を提供する、前記決定することと、
前記複数のバーコード化された断片の配列及びそれらの関連バーコードから前記複数の個々の断片分子の配列を決定することと、を含む、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記連結が、２つ以上の個々の断片分子間における１つ以上の重複配列を特定して、前記２つ以上の個々の断片分子を前記１つ以上の推測コンティグに連結することを含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記連結が、２つ以上の個々の断片分子間における１つ以上の共通の変異体を特定して、前記２つ以上の個々の断片分子を前記１つ以上の推測コンティグに連結することを含む、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記１つ以上の共通の変異体がフェーズ化変異体であり、前記１つ以上の推測コンティグが少なくとも１００ｋｂの最大フェーズブロック長を含む、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記特定において特定された前記１つ以上の変異体が構造的変異を含む、項目７４に記載の方法。
（項目８１）
前記構造的変異が、挿入、欠失、転座、レトロトランスポゾン、反転、及び重複から選択される、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
核酸の特徴付け方法であって、
少なくとも１０キロベース（ｋｂ）の長さを有する複数の断片分子の核酸配列を得ることと、
前記複数の断片分子の前記核酸配列における１つ以上のフェーズ化変異体の位置を特定することと、
少なくとも第１の断片分子の前記核酸配列を少なくとも第２の断片分子に、前記第１及び第２の断片分子内の１つ以上の共通のフェーズ化変異体位置の存在に基づいて連結して、少なくとも１０ｋｂの最大フェーズブロック長のフェーズブロックを提供することと、
前記少なくとも１０ｋｂの最大フェーズブロック長の前記フェーズブロックから１つ以上のフェーズ化変異体を特定することと、を含む、前記方法。
（項目８３）
前記フェーズブロックから１つ以上の追加のフェーズ化変異体を特定することを更に含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記複数の断片分子が別個のパーティション内にある、項目８２に記載の方法。
（項目８５）
前記別個のパーティションがエマルジョン中の液滴である、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記複数の断片分子の前記長さが少なくとも５０ｋｂである、項目８２に記載の方法。
（項目８７）
前記複数の断片分子の前記長さが少なくとも１００ｋｂである、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも５０ｋｂである、項目８２に記載の方法。
（項目８９）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも１００ｋｂである、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも１Ｍｂである、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも２Ｍｂである、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記最大フェーズブロック長が少なくとも２．５Ｍｂである、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
方法であって、
ａ）第１の核酸であって、生物の第１の染色体に由来する標的配列を含む、前記第１の核酸を第１のパーティションに分配することと、
ｂ）第２の核酸であって、前記生物の第２の染色体に由来する標的配列を含む、前記第２の核酸を第２のパーティションに分配することと、
ｃ）前記第１のパーティションにおいて、第１のバーコード配列を前記第１の核酸の断片または前記第１の核酸の一部のコピーに付加して、第１のバーコード化された断片を提供することと、
ｄ）前記第２のパーティションにおいて、第２のバーコード配列であって、前記第１のバーコード配列とは異なる、前記第２のバーコード配列を前記第２の核酸の断片または前記第２の核酸の一部のコピーに付加して、第２のバーコード化された断片を提供することと、
ｅ）前記第１及び第２のバーコード化された断片の前記核酸配列を決定し、前記第１及び第２の核酸の核酸配列をアセンブリングすることと、
ｆ）前記第１及び第２の核酸の前記核酸配列を比較して、それぞれ、第１及び第２の染色体に由来するとして前記第１及び第２の核酸を特徴付けることと、を含む前記方法。
（項目９４）
前記第１のバーコード配列を含むオリゴヌクレオチドが前記第１の核酸と共分配され（ｃｏ−ｐａｒｔｉｔｉｏｎｅｄ）、前記第２のバーコード配列を含むオリゴヌクレオチドが前記第２の核酸と共分配される、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記第１のバーコード配列を含む前記オリゴヌクレオチドが第１のビーズに放出可能に付加され、前記第２のバーコード配列を含む前記オリゴヌクレオチドが第２のビーズに放出可能に付加され、前記共分配が、それぞれ、前記第１及び第２のビーズを前記第１及び第２のパーティションに共分配することを含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記第１及び第２のパーティションがエマルジョン中の液滴を含む、項目９３に記載の方法。
（項目９７）
前記第１の染色体が父方染色体であり、前記第２の染色体が母方染色体である、項目９３に記載の方法。
（項目９８）
前記第１の染色体及び前記第２の染色体が相同染色体である、項目９３に記載の方法。
（項目９９）
前記第１の核酸及び前記第２の核酸が１つ以上の変異を含む、項目９３に記載の方法。
（項目１００）
方法であって、
ａ）第１の核酸であって、生物の第１の染色体に由来する標的配列を含む、前記第１の核酸を第１のパーティションに分配することと、
ｂ）第２の核酸であって、前記生物の第２の染色体に由来する標的配列を含む、前記第２の核酸を第２のパーティションに分配することと、
ｃ）前記第１のパーティションにおいて、第１のバーコード配列を前記第１の核酸の断片または前記第１の核酸の一部のコピーに付加して、第１のバーコード化された断片を提供することと、
ｄ）前記第２のパーティションにおいて、第２のバーコード配列であって、前記第１のバーコード配列とは異なる、前記第２のバーコード配列を前記第２の核酸の断片または前記第２の核酸の一部のコピーに付加して、第２のバーコード化された断片を提供することと、
ｅ）前記第１及び第２のバーコード化された断片の前記核酸配列を決定し、前記第１及び第２の核酸の核酸配列をアセンブリングすることと、
ｆ）前記第１及び第２の核酸の前記核酸配列を比較して、前記第１及び第２の核酸の前記核酸配列間の任意の変異を特定することと、を含む、前記方法。
（項目１０１）
前記第１のバーコード配列を含むオリゴヌクレオチドが前記第１の核酸と共分配され、前記第２のバーコード配列を含むオリゴヌクレオチドが前記第２の核酸と共分配される、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記第１のバーコード配列を含む前記オリゴヌクレオチドが第１のビーズに放出可能に付加され、前記第２のバーコード配列を含む前記オリゴヌクレオチドが第２のビーズに放出可能に付加され、前記共分配が、それぞれ、前記第１及び第２のビーズを前記第１及び第２のパーティションに共分配することを含む、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記第１及び第２のパーティションがエマルジョン中の液滴を含む、項目１００に記載の方法。
（項目１０４）
前記第１の染色体が父方染色体であり、前記第２の染色体が母方染色体である、項目１００に記載の方法。
（項目１０５）
前記第１の染色体及び前記第２の染色体が相同染色体である、項目１００に記載の方法。
（項目１０６）
前記第１の核酸及び前記第２の核酸が１つ以上の変異を含む、項目１００に記載の方法。
（項目１０７）
前記第１及び第２の染色体が胎児に由来する、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１０８）
前記第１及び第２の核酸が妊婦から採取した試料から得られる、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１０９）
前記第１の染色体が染色体２１、１８、または１３である、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１０）
前記第２の染色体が染色体２１、１８、または１３である、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１１）
前記第１または第２の染色体の相対量を決定することを更に含む、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１２）
参照染色体に対する前記第１または第２の染色体の量を決定することを更に含む、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１３）
前記第１の染色体もしくは第２の染色体またはその両方のコピー数が増加する、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１４）
前記コピー数の増加が癌または異数体の結果である、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
前記第１の染色体もしくは第２の染色体またはその両方のコピー数が減少する、項目９３または項目１００に記載の方法。
（項目１１６）
前記コピー数の減少が癌または異数体の結果である、項目１１５に記載の方法。
（項目１１７）
胎児核酸配列の特徴付け方法であって、
（ａ）母方核酸配列を決定することであって、前記母方核酸が、胎児の妊娠中の母親に由来し、
（ｉ）母方核酸を断片化して複数の第１の母方断片を提供すること、
（ｉｉ）前記複数の第１の母方断片を母方パーティション内に分離すること、
（ｉｉｉ）前記第１の母方断片の各々からそれらのそれぞれの母方パーティション内に複数の第２の母方断片を作ることであって、前記複数の第２の母方断片がそれに付加される第１のバーコード配列を有し、前記母方パーティションの所与の母方パーティション内で、前記第２の母方断片がそれに付加される第１の共通のバーコード配列を含む、前記作ること、
（ｉｖ）前記複数の第２の母方断片を配列決定して複数の母方断片配列を提供すること、
（ｖ）少なくとも部分的に前記第１の共通のバーコード配列の存在に基づき、前記母方断片配列を元の第１の母方断片に帰属させて前記母方核酸配列を決定することにより、前記決定することと、
（ｂ）父方核酸配列を決定することであって、前記父方核酸が、前記胎児の父親に由来し、
（ｉ）父方核酸を断片化して複数の第１の父方断片を提供すること、
（ｉｉ）前記複数の第１の父方断片を父方の別個のパーティション内に分離すること、
（ｉｉｉ）各第１の父方断片からそのそれぞれのパーティション内に複数の第２の父方断片を作ることであって、前記複数の第２の父方断片がそれに付加される第２のバーコード配列を有し、所与の父方パーティション内で、前記第２の父方断片がそれに付加される第２の共通のバーコード配列を含む、作ること、
（ｉｖ）前記複数の第２の父方断片及びそれに付加される前記第２のバーコード配列を配列決定して複数の父方断片配列を提供すること、
（ｖ）少なくとも部分的に前記第２の共通のバーコード配列の存在に基づき、前記父方断片配列を元の第１の父方断片に帰属させて前記父方核酸配列を決定することにより、前記決定することと、
（ｃ）前記妊娠中の母親から胎児核酸を得、前記母方核酸配列及び前記父方核酸配列を使用して、前記胎児核酸の配列及び／または前記胎児核酸の前記配列の１つ以上の遺伝的変異を決定することと、を含む、前記方法。
（項目１１８）
前記父方断片配列及び前記母方断片配列が各々、配列を１つ以上の推測コンティグに連結するために使用される、項目１１７に記載の方法。
（項目１１９）
前記推測コンティグが、母方及び父方のフェーズブロックを構築するために使用される、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記胎児核酸の前記配列が、胎児フェーズブロックを構築するために前記母方及び父方のフェーズブロックと比較される、項目１１９に記載の方法。
（項目１２１）
前記父方断片配列が前記複数の第１の父方断片の配列の少なくとも一部を生成するためにアセンブリングされ、それにより前記父方核酸配列を決定し、前記母方断片配列が前記複数の第１の母方断片の配列の少なくとも一部を生成するためにアセンブリングされ、それにより前記母方核酸配列を決定する、項目１２０に記載の方法。
（項目１２２）
前記父方核酸配列の前記決定が前記父方断片配列を父方参照にマッピングすることを含み、前記母方核酸配列の前記決定が前記母方断片配列を母方参照にマッピングすることを含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１２３）
前記胎児核酸の前記配列が少なくとも９９％の精度で決定される、項目１１７に記載の方法。
（項目１２４）
前記胎児核酸の前記配列の前記１つ以上の遺伝的変異が少なくとも９９％の精度で決定される、項目１１７に記載の方法。
（項目１２５）
前記１つ以上の遺伝的変異が、構造的変異及び一塩基多型（ＳＮＰ）からなる群から選択される、項目１１７に記載の方法。
（項目１２６）
前記１つ以上の遺伝的変異が、コピー数変異、挿入、欠失、転座、レトロトランスポゾン、反転、再編成、反復配列伸長、及び重複からなる群から選択される構造的変異である、項目１１７に記載の方法。
（項目１２７）
（ｃ）において、前記母方核酸配列及び前記父方核酸配列について決定された１つ以上の遺伝的変異を使用して、前記胎児核酸の前記配列の前記１つ以上の遺伝的変異を決定することを更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１２８）
（ｃ）において、前記胎児核酸の１つ以上の新規突然変異を決定することを更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１２９）
（ｃ）の間または後に、前記胎児核酸に関連する異数体を決定することを更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３０）
（ａ）の（ｖ）の間または後に、前記母方核酸配列をハプロタイプ分析（ｈａｐｌｏｔｙｐｉｎｇ）してハプロタイプが解明された母方核酸配列を提供することと、（ｂ）の（ｖ）の間または後に、前記父方核酸配列をハプロタイプ分析してハプロタイプが解明された父方核酸配列を提供することと、を更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３１）
（ｃ）において、前記ハプロタイプが解明された母方核酸配列及び前記ハプロタイプが解明された父方核酸配列を使用して、前記胎児核酸の前記配列及び／または前記１つ以上の遺伝的変異を決定することを更に含む、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記母方核酸及び前記父方核酸のうちの１つ以上がゲノムデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、項目１１７に記載の方法。
（項目１３３）
（ｃ）において、前記胎児核酸が無細胞核酸を含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３４）
（ａ）において、少なくとも９９％の精度で前記母方核酸配列を決定することを更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３５）
（ｂ）において、少なくとも９９％の精度で前記父方核酸配列を決定することを更に含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３６）
前記母方核酸配列及び／または前記父方核酸配列が１０キロベース（ｋｂ）を超える長さを有する、項目１１７に記載の方法。
（項目１３７）
前記母方及び父方のパーティションがエマルジョン中の液滴を含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１３８）
（ａ）において、前記第１のバーコード配列が、第１の粒子に放出可能に付加された前記所与の母方パーティションにおいて提供される、項目１１７に記載の方法。
（項目１３９）
（ｂ）において、前記第２のバーコード配列が、第２の粒子に放出可能に付加された前記所与の父方パーティションにおいて提供される、項目１３８に記載の方法。
（項目１４０）
試料核酸の特徴付け方法であって、
（ａ）生物学的試料であって、無細胞試料核酸を含む、前記生物学的試料を対象から得ることと、
（ｂ）液滴において、バーコード配列を前記無細胞試料核酸の断片または前記試料核酸の一部のコピーに付加してバーコード化された試料断片を得ることと、
（ｃ）前記バーコード化された試料断片の核酸配列を決定し、前記バーコード化された試料断片の前記核酸配列に基づき試料核酸配列を提供することと、
（ｄ）プログラム化されたコンピュータプロセッサを使用して前記試料核酸配列の参照核酸配列との比較を生成することであって、前記参照核酸配列が１０キロベース（ｋｂ）を超える長さ及び少なくとも９９％の精度を有する、前記生成することと、
（ｅ）前記比較を使用して前記試料核酸配列における１つ以上の遺伝的変異を特定し、それにより前記試料核酸を疾患と関連付けることと、を含む、前記方法。
（項目１４１）
前記試料核酸配列における前記１つ以上の遺伝的変異が、構造的変異及び一塩基多型（ＳＮＰ）からなる群から選択される、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記試料核酸配列の前記１つ以上の遺伝的変異が、コピー数変異、挿入、欠失、レトロトランスポゾン、転座、反転、再編成、反復配列伸長、及び重複からなる群から選択される構造的変異である、項目１４０に記載の方法。
（項目１４３）
（ｃ）において、前記試料核酸配列が少なくとも９９％の精度で提供される、項目１４０に記載の方法。
（項目１４４）
（ｂ）において、前記バーコード配列が粒子に放出可能に付加された前記液滴に提供され、（ｂ）が、前記バーコード配列を前記付加する前に、前記粒子から前記液滴中に前記バーコード配列を放出することを更に含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４５）
（ｂ）において、前記バーコード配列が前記粒子に放出可能に付加されたプライマー配列の一部として提供され、前記プライマー配列がランダムＮ−ｍｅｒ配列も含み、（ｂ）が、前記バーコード配列を前記付加する前に、前記粒子から前記液滴中に前記プライマー配列を放出することを更に含む、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
（ｂ）において、前記プライマーを使用して、増幅反応において、前記バーコード配列を前記無細胞試料核酸の前記断片または前記無細胞試料核酸の一部の前記コピーに付加することを更に含む、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
（ｉ）追加の液滴において、追加のバーコード配列を参照核酸の断片または前記参照核酸の一部のコピーに付加してバーコード化された参照断片を提供すること、及び（ｉｉ）前記バーコード化された参照断片の核酸配列を決定し、前記バーコード化された参照断片の前記核酸配列に基づき前記参照核酸配列を決定することを更に含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４８）
前記参照記核酸配列の前記決定が、前記バーコード化された参照断片の前記核酸配列をアセンブリングすることを含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
粒子に放出可能に付加された前記追加の液滴に前記追加のバーコード配列を提供することと、前記追加のバーコード配列を前記付加する前に、前記粒子から前記追加のパーティション中に前記追加のバーコード配列を放出することと、を更に含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１５０）
前記粒子に放出可能に付加されたプライマー配列の一部として前記追加のバーコード配列を提供することであって、前記プライマー配列がランダムＮ−ｍｅｒ配列も含む、前記提供することと、前記追加のバーコード配列を前記付加する前に、前記粒子から前記追加の液滴中に前記プライマーを放出することと、を更に含む項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記プライマーを使用して、増幅反応において、前記追加のバーコード配列を前記参照核酸の前記断片または前記参照核酸の一部の前記コピーに付加することを更に含む、項目１５０に記載の方法。
（項目１５２）
前記参照核酸配列において１つ以上の遺伝的変異を決定することを更に含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１５３）
前記参照核酸配列における前記１つ以上の遺伝的変異が、構造的変異及び一塩基多型（ＳＮＰ）からなる群から選択される、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記参照核酸配列における前記１つ以上の遺伝的変異が、コピー数変異、挿入、欠失、レトロトランスポゾン、転座、反転、再編成、反復配列伸長、及び重複からなる群から選択される構造的変異である、項目１５２に記載の方法。
（項目１５５）
前記参照核酸が生殖系列核酸配列を含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１５６）
前記参照核酸が癌核酸配列を含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１５７）
前記試料核酸配列が１０ｋｂを超える長さを有する、項目１４０に記載の方法。
（項目１５８）
前記参照核酸が疾患状態の不在を示すゲノムに由来する、項目１４７に記載の方法。
（項目１５９）
前記参照核酸が疾患状態を示すゲノムに由来する、項目１４７に記載の方法。
（項目１６０）
前記疾患状態が癌を含む、項目１５８または１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６１）
前記疾患状態が異数体を含む、項目１５８または１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６２）
前記無細胞試料核酸が腫瘍核酸を含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１６３）
前記腫瘍核酸が循環腫瘍核酸を含む、項目１６２に記載の方法。