【手続補正書】
【提出日】平成30年1月31日(2018.1.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象に抗血管新生治療剤を投与するかどうかを選択する方法であって:
対象由来のサンプルにおける表２または表３から選択される１個以上のバイオマーカーの発現レベルを測定すること;
１個以上のバイオマーカーの発現レベルから、対象由来のサンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるかまたは陰性であるかを評価することを含み、
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性である場合、抗血管新生治療剤が禁忌である、方法。
【請求項２】
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるかまたは陰性であるかを評価することが:
１個以上のバイオマーカーについてサンプル発現スコアを決定すること;
該サンプル発現スコアを閾値スコアと比較すること; および
該サンプル発現スコアが閾値発現スコアを上回るかまたは同等であるかを決定することを含み、該サンプル発現スコアが閾値スコアを上回るかまたは同等である場合、該サンプルはバイオマーカーサインについて陽性である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
対象が、
ｉ  がんに罹患している、
ｉｉ  卵巣がんまたは結腸直腸がんに罹患している、
ｉｉｉ  ハイグレード漿液性卵巣がんに罹患している、および／または
ｉｖ  化学療法剤による処置を受けているか、または、受けたことがある、
請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
対象におけるがんを処置するのに使用するための化学療法剤であって、
対象が、処置のために、請求項１〜３のいずれか記載の方法に基づいて選択され、対象がバイオマーカーサインについて陽性である場合、該対象を抗血管新生治療剤で処置しない、化学療法剤。
【請求項５】
対象におけるがんの処置に使用するための化学療法剤であって、
対象が、
対象由来のサンプルにおける表２または表３から選択される１個以上のバイオマーカーの発現レベルを測定すること;
バイオマーカーの発現レベルから、対象由来のサンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるか、または陰性であるかを評価すること
により処置のために選択され、
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性である場合、該対象を処置のために選択し、該対象を抗血管新生治療剤で処置しない、化学療法剤。
【請求項６】
対象におけるがんの処置に使用するための化学療法剤であって、
対象が、表２または表３から選択される１個以上のバイオマーカーの発現レベルにより定義されるバイオマーカーサインについて陽性であり、該対象が抗血管新生剤で処置されない、化学療法剤。
【請求項７】
ｉ  化学療法剤が、プラチナベースの化学療法剤、アルキル化剤、代謝拮抗薬、抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤またはその組合せを含む、
ｉｉ  化学療法剤が、プラチナベースの化学療法剤、有糸分裂阻害剤またはその組合せを含む、
ｉｉｉ  化学療法剤がカルボプラチンおよび/またはパクリタキセルを含む、
ｉｖ  抗血管新生治療剤が、ＶＥＧＦ経路標的治療剤、アンジオポエチン−ＴＩＥ２経路阻害剤、内在性血管新生阻害剤または免疫調節剤である、
ｖ  抗血管新生治療剤がＶＥＧＦ経路標的治療剤であり、ＶＥＧＦ経路標的治療剤が、ベバシズマブ(アバスチン)、アフリバーセプト(VEGF Trap)、ＩＭＣ−１１２１Ｂ(ラムシルマブ)、イマチニブ(グリベック)、ソラフェニブ(ネクサバール)、ゲフィチニブ(イレッサ)、スニチニブ(スーテント)、エルロチニブ、チボザニブ、セディラニブ(Recentin)、パゾパニブ(ヴォトリエント)、ＢＩＢＦ １１２０(バルガテフ)、ドビチニブ、セマクサニブ(Sugen)、アキシチニブ(AG013736)、バンデタニブ(ザクティマ)、ニロチニブ(タシグナ)、ダサチニブ(スプリセル)、バタラニブ、モテサニブ、ＡＢＴ−８６９、ＴＫＩ−２５８またはその組合せから選択される、
ｖｉ  抗血管新生治療剤がアンジオポエチン−ＴＩＥ２経路阻害剤であり、アンジオポエチン−ＴＩＥ２経路阻害剤が、ＡＭＧ−３８６、ＰＦ−４８５６８８４ ＣＶＸ−０６０、ＣＥＰ−１１９８１、ＣＥ−２４５６７７、ＭＥＤＩ−３６１７、ＣＶＸ−２４１、トラスツズマブ (ハーセプチン)またはその組合せから選択される、
ｖｉｉ  抗血管新生治療剤が内在性血管新生阻害剤であり、内在性血管新生阻害剤が、トロンボスポンジン、エンドスタチン、ツムスタチン、カンスタチン、アレスチン、アンジオスタチン、バソスタチン、インターフェロンアルファまたはその組合せから選択される、および／または
ｖｉｉｉ  抗血管新生治療剤が免疫調節剤であり、免疫調節剤が、サリドマイドおよびレナリドミドから選択される、
請求項３記載の方法、または、請求項４〜６のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項８】
バイオマーカーが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上、および／または
ｉｉ  表２に記載のバイオマーカー
を含む、請求項１〜３および７のいずれか記載の方法、または、請求項４〜７のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項９】
サンプルが、バイオマーカーサインについて陽性であるか、または陰性であるかを評価することが、
１個以上のバイオマーカーについてのサンプル発現スコアを決定すること;
サンプル発現スコアを閾値スコアと比較すること; および
サンプル発現スコアが閾値発現スコアを上回るかまたは同等であるかを決定することを含み、
該サンプル発現スコアが閾値スコアを上回るかまたは同等である場合、該サンプルはバイオマーカーサインについて陽性である、請求項４〜８のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項１０】
対象が、
ｉ  がんに罹患している、
ｉｉ  卵巣がんまたは結腸直腸がんに罹患している、
ｉｉｉ  ハイグレード漿液性卵巣がんに罹患している、および／または
ｉｖ  化学療法剤による処置を受けているか、または、受けたことがある、
請求項４〜９のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項１１】
発現スコアを、
ｉ  各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値が、表２に定義される、または
ｉｉ  各バイオマーカーについての重み値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重みが、表３に定義するように、絶対値が順番に減少するようにランク付けされる、
請求項２に記載の方法、または、請求項９に記載の使用のための化学療法剤。
【請求項１２】
バイオマーカーパネルが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＣＤＲ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＳＰＡＲＣ、ＴＩＭＰ３、ＩＮＳ、ＣＯＬ８Ａ１、ＮＵＡＫ１、ＭＡＴＮ３、ＴＭＥＭ４５Ａの１個以上、または
ｉｉ  ＩＮＳ、ＳＰＡＲＣ、ＣＯＬＡ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＤＲ１、ＮＵＡＫ１、ＴＩＭＰ３およびＭＭＰ１４の１個以上
を含む、請求項１〜３、７〜８および１１のいずれか記載の方法、または、請求項４〜１１のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項１３】
がんに罹患している対象の臨床予後を決定する方法であって:
対象由来のサンプルにおける表２または表３から選択される１個以上のバイオマーカーの発現レベルを測定すること;
１個以上のバイオマーカーの発現レベルから、対象由来のサンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるかまたは陰性であるかを評価すること
を含み、サンプルがバイオマーカーサインについて陽性である場合、対象は良好な予後を有する、方法。
【請求項１４】
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるか、または陰性であるかを評価することが:
バイオマーカーについてのサンプル発現スコアを決定すること;
該サンプル発現スコアを閾値スコアと比較すること; および
該サンプル発現スコアが閾値発現スコアを上回るかまたは同等であるかを決定することを含み、
該サンプル発現スコアが閾値スコアを上回るかまたは同等である場合、該サンプルはバイオマーカーサインについて陽性である、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
良好な予後が、バイオマーカーサインについて陰性であるサンプル（閾値スコアを下回るサンプル発現スコアを有する）と比較して、無増悪生存率または全生存率の上昇を示す、請求項１３または１４記載の方法。
【請求項１６】
がんが、
ｉ  卵巣がんまたは結腸直腸がん、または
ｉｉ  ハイグレード漿液性卵巣がん
である、請求項１３〜１５のいずれか記載の方法。
【請求項１７】
対象が、化学療法処置を受けている、受けたことがある、および/または受ける予定があり、かつ/または抗血管新生治療剤による処置を受ける予定がない、請求項１３〜１６のいずれか記載の方法。
【請求項１８】
化学療法処置が、プラチナベースの化学療法剤、アルキル化剤、代謝拮抗薬、抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤またはその組合せの投与またはパクリタキセルおよびカルボプラチンの投与を含む、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
バイオマーカーが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上、または
ｉｉ  表２に記載のバイオマーカー
を含む、請求項１３〜１８のいずれか記載の方法。
【請求項２０】
発現スコアを、
ｉ  各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値が、表２に定義される、または
ｉｉ  各バイオマーカーについての重み値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重みが、表３に定義するように、絶対値が順番に減少するようにランク付けされる、
請求項１３〜１９のいずれか記載の方法。
【請求項２１】
バイオマーカーが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＣＤＲ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＳＰＡＲＣ、ＴＩＭＰ３、ＩＮＳ、ＣＯＬ８Ａ１、ＮＵＡＫ１、ＭＡＴＮ３、ＴＭＥＭ４５Ａ、または
ｉｉ  ＩＮＳ、ＳＰＡＲＣ、ＣＯＬＡ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＤＲ１、ＮＵＡＫ１、ＴＩＭＰ３およびＭＭＰ１４
の１個以上を含む、請求項１３〜２０のいずれか記載の方法。
【請求項２２】
ベバシズマブを対象に投与するかどうかを選択する方法であって:
プラチナベースの化学療法剤および/または有糸分裂阻害剤を用いた処置を受けているか、受けたことがあるか、および/または受ける予定がある、卵巣がんに罹患している対象より得た試験サンプルにおいて；
１個、２個、またはそれより多い、最大で全ての、表２または３から選択されるバイオマーカーの発現レベルを評価すること；
１個、２個またはそれより多くのバイオマーカーの発現レベルから、対象由来のサンプルが、バイオマーカーサインについて陽性であるか陰性であるかを評価すること；
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるかどうかに基づいて、処置を選択すること、を含み、
該サンプルがバイオマーカーサインについて陽性である場合、ベバシズマブが禁忌である、方法。
【請求項２３】
サンプルが、バイオマーカーサインについて陽性であるかまたは陰性であるかを評価することが：
１個、２個またはそれより多くのバイオマーカーについてサンプル発現スコアを決定すること;
サンプル発現スコアを閾値スコアと比較すること; および
サンプル発現スコアが閾値発現スコアを上回るかまたは同等であるかを決定することを含み、
該サンプル発現スコアが閾値スコアを上回るかまたは同等である場合、該サンプルはバイオマーカーサインについて陽性である、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
卵巣がんが、
ｉ  漿液性卵巣がんを含む、または
ｉｉ  ハイグレード漿液性卵巣がんである、
請求項２２または２３記載の方法。
【請求項２５】
ベバシズマブが禁忌である場合、該患者を、プラチナベースの化学療法剤および/または有糸分裂阻害剤で処置されるべきと選択する、請求項２２〜２４のいずれか記載の方法。
【請求項２６】
サンプル発現スコアが閾値スコアを下回る場合、該患者を、プラチナベースの化学療法剤および/または有糸分裂阻害剤を、ベバシズマブとともに用いて処置されるべきと選択する、請求項２２〜２５のいずれか記載の方法。
【請求項２７】
ｉ  プラチナベースの化学療法剤がカルボプラチンを含む、および／または
ｉｉ  有糸分裂阻害剤がタキサン、所望によりパクリタキセルを含む、
請求項２２〜２６のいずれか記載の方法。
【請求項２８】
バイオマーカーが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上
ｉｉ  表２に記載のバイオマーカー
を含む、請求項２２〜２７のいずれか記載の方法。
【請求項２９】
該発現スコアを、
ｉ  各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値が表２に定義される、または
ｉｉ  各バイオマーカーについての重み値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重みが、表３に定義するように、絶対値が順番に減少するようにランク付けされる、
請求項２２〜２８のいずれか記載の方法。
【請求項３０】
バイオマーカーパネルが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＣＤＲ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＳＰＡＲＣ、ＴＩＭＰ３、ＩＮＳ、ＣＯＬ８Ａ１、ＮＵＡＫ１、ＭＡＴＮ３、ＴＭＥＭ４５Ａ、または
ｉｉ  ＩＮＳ、ＳＰＡＲＣ、ＣＯＬＡ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＤＲ１、ＮＵＡＫ１、ＴＩＭＰ３およびＭＭＰ１４
の１個以上を含む、請求項２２〜２９のいずれか記載の方法。
【請求項３１】
対象の臨床予後を決定する方法であって:
ａ．プラチナベースの化学療法剤および/または有糸分裂阻害剤を用いて処置されている、処置されたことがある、および/または処置される予定がある、卵巣がんまたは結腸直腸がんに罹患している対象より得た試験サンプルにおいて;
ｂ．表２または表３から選択される１個以上、最大で全てのバイオマーカーの発現レベルを測定すること;
ｃ．１個以上のバイオマーカーの発現レベルから、対象由来のサンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるかまたは陰性であるかを評価することを含み、
該サンプルがバイオマーカーサインについて陽性である場合、該対象が良好な予後を有する、方法。
【請求項３２】
サンプルがバイオマーカーサインについて陽性であるか陰性であるかを評価することが：
ａ．１個以上のバイオマーカーについてサンプル発現スコアを決定すること;
ｂ．サンプル発現スコアを閾値スコアと比較すること; および
ｃ．サンプル発現スコアが閾値発現スコアを上回るかまたは同等であるかを決定することを含み、該サンプル発現スコアが閾値スコアを上回るかまたは同等である場合、該サンプルはバイオマーカーサインについて陽性である、請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
卵巣がんが、
ｉ  漿液性卵巣がんを含む、または
ｉｉ  ハイグレード漿液性卵巣がんである、
請求項３１または３２記載の方法。
【請求項３４】
患者が良好な予後を有する場合、ベバシズマブを用いた処置が禁忌である、請求項３１〜３３のいずれか記載の方法。
【請求項３５】
サンプル発現スコアが、閾値スコアを下回る場合、該患者を、プラチナベースの化学療法剤および/または有糸分裂阻害剤を、ベバシズマブとともに用いて処置されるべきと選択する、請求項３１〜３４のいずれか記載の方法。
【請求項３６】
ｉ  プラチナベースの化学療法剤がカルボプラチンを含む、および／または
ｉｉ  有糸分裂阻害剤がタキサン、所望によりパクリタキセルを含む、
請求項３１〜３５のいずれか記載の方法。
【請求項３７】
バイオマーカーパネルが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上、または
ｉｉ  表２に記載のバイオマーカー
を含む、請求項３１〜３６のいずれか記載の方法。
【請求項３８】
発現スコアを、
ｉ  各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重み値およびバイアス値が表２に定義される、または
ｉｉ  各バイオマーカーについての重み値を用いて計算し、各バイオマーカーについての重みが、表３に定義するように、絶対値が順番に減少するようにランク付けされる、
請求項３１〜３７のいずれか記載の方法。
【請求項３９】
バイオマーカーが、
ｉ  ＩＧＦ２、ＣＤＲ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＳＰＡＲＣ、ＴＩＭＰ３、ＩＮＳ、ＣＯＬ８Ａ１、ＮＵＡＫ１、ＭＡＴＮ３、ＴＭＥＭ４５Ａ、または
ｉｉ  ＩＮＳ、ＳＰＡＲＣ、ＣＯＬＡ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＤＲ１、ＮＵＡＫ１、ＴＩＭＰ３およびＭＭＰ１４
の１個以上を含む、請求項３１〜３８のいずれか記載の方法。
【請求項４０】
良好な予後が、バイオマーカーサインについて陰性であるサンプル（閾値スコアを下回るサンプル発現スコアを有する）と比較して、無増悪生存率または全生存率の上昇を示す、請求項３１〜３９のいずれか記載の方法。
【請求項４１】
対象由来のサンプルにおいて、表２または表３から選択される２つ以上のバイオマーカーの発現レベルを測定することを含む、請求項１〜３、７〜８および１１〜４０のいずれか記載の方法、または、請求項４〜１２のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項４２】
対象由来のサンプルにおいて、表２または表３から選択される５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを測定することを含む、請求項１〜３、７〜８および１１〜４０のいずれか記載の方法、または、請求項４〜１２のいずれか記載の使用のための化学療法剤。
【請求項４３】
サンプルが、バイオマーカーサインについて陽性であるか陰性であるかを評価することが、分類ツリーまたはランダムフォレストを用いることを含む、請求項１〜３、７〜８および１１〜４０のいずれか記載の方法、または、請求項４〜１２のいずれかに記載の使用のための化学療法剤。