【手続補正書】
【提出日】平成30年4月19日(2018.4.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基準ドメイン及び標的ドメインを有する一本鎖核酸キャリパーであって、
前記基準ドメインが、基準スプリントに相補的な非連続ヌクレオチド配列ＲＳ１及びＲＳ２と、基準分子の横に位置する別個の一本鎖核酸ハンドルＲＨ１及びＲＨ２にそれぞれ相補的な非連続ヌクレオチド配列ＲＲ１及びＲＲ２とを備え、
前記標的ドメインが、標的スプリントに相補的な非連続ヌクレオチド配列ＴＳ１及びＴＳ２と、標的の横に位置する別個の一本鎖核酸ハンドルＴＨ１及びＴＨ２にそれぞれ相補的な非連続ヌクレオチド配列ＴＴ１及びＴＴ２とを備える、一本鎖核酸キャリパーと、
基準スプリントであって、前記一本鎖核酸キャリパーに相補的な部分配列と、当該基準スプリントが前記一本鎖核酸キャリパーに結合されている場合に一本鎖を維持するＲＳトーホールド配列と、を有する一本鎖オリゴヌクレオチドである基準スプリントと、
標的スプリントであって、前記一本鎖核酸キャリパーに相補的な部分配列と、当該標的スプリントが前記一本鎖核酸キャリパーに結合されている場合に一本鎖を維持するＴＳトーホールド配列と、を有する一本鎖オリゴヌクレオチドである標的スプリントであって、前記基準及び当該標的スプリントが前記一本鎖核酸キャリパーの別個の配列に結合する、標的スプリントと、
２つの一本鎖核酸ハンドルＲＨ１及びＲＨ２が横に位置する基準分子と、
を備えるシステム。
【請求項２】
（ａ）請求項１の核酸キャリパーが、基準分子、一本鎖核酸ハンドルが横に位置する標的、及び標的スプリントに結合されているが基準スプリントに結合されていない場合に、第１の端部で表面に、第２の端部でビーズに結合させた前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離（ＢＳＤ−ｒｅｆ）を張力をかけた状態で測定することと、
（ｂ）前記核酸キャリパーから前記標的スプリントを除去し、前記基準スプリントを前記核酸キャリパーにハイブリダイズすることと、
（ｃ）前記核酸キャリパーが、基準分子、一本鎖核酸ハンドルが横に位置する標的、及び基準スプリントに結合されているが標的スプリントに結合されていない場合に、前記核酸キャリパーの前記ビーズ−表面距離（ＢＳＤ−ｔａｒｇｅｔ）を張力をかけた状態で測定することと、
（ｄ）前記標的がそのネイティブ（非変性）コンフォメーションである場合に前記標的に結合された前記一本鎖核酸ハンドルの結合ポイント間の距離の大きさとして、ＢＳＤ−ｔａｒｇｅｔとＢＳＤ−ｒｅｆとの差を決定することと、
を備える方法。
【請求項３】
（ａ）核酸キャリパーが、多ユニット標的の第１のユニットのＸａａ残基及び第２のユニットのＸａａ残基に結合されている場合に、第１の端部で表面に、第２の端部でビーズに結合させた前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離を張力をかけた状態で測定することであって、前記第１及び第２のユニットの前記Ｘａａ残基が、同一の配列の一本鎖核酸ハンドルに結合されている、ことと、
（ｂ）前記第１のユニットの第２のＹａａ残基を前記核酸キャリパーに結合させ、前記核酸キャリパーが前記第１のユニットの前記Ｘａａ及びＹａａ残基に結合されている場合に、張力をかけた状態かつ変性条件下で、前記核酸キャリパーの前記ビーズ−表面距離を測定して、前記第１のユニット上の前記Ｘａａ及びＹａａ残基を識別することと、
（ｃ）前記核酸キャリパーから前記第１のユニットを分離させ、前記第２のユニットの第２のＹａａ残基を前記核酸キャリパーに結合させ、前記核酸キャリパーが前記第２のユニットの前記Ｘａａ及びＹａａ残基に結合されている場合に、張力をかけた状態かつ変性条件下で、前記核酸キャリパーの前記ビーズ−表面距離を測定して、前記第２のユニット上の前記Ｘａａ及びＹａａ残基を識別することと、
を備える方法。
【請求項４】
ループドメインを有する核酸キャリパーであって、前記ループドメインの横に、基準スプリント配列ＲＳＳ１及びＲＳＳ２に相補的な配列がある、核酸キャリパーと、
第１の基準スプリント配列ＲＳＳ１及び第２の基準スプリント配列ＲＳＳ２を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを備えた基準スプリントであって、標的分子が、前記ＲＳＳ１及びＲＳＳ２配列間で第１の位置において前記基準スプリントに、第２の位置において第３の基準スプリント配列ＲＳＳ３に結合し、前記第２及び第３の基準スプリント配列ＲＳＳ１及びＲＳＳ３は配列が同一である、基準スプリントと、
を備えるシステムであって、
前記核酸キャリパーが、前記第２の基準スプリント配列ＲＳＳ２にハイブリダイズされた場合及び前記第３の基準スプリント配列ＲＳＳ３にハイブリダイズされた場合に２つの異なるループ状態を形成する、
システム。
【請求項５】
（ａ）請求項４の核酸キャリパーが、基準スプリントの第１の基準スプリント配列ＲＳＳ１及び第２の基準スプリント配列ＲＳＳ２にハイブリダイズされている場合に、第１の端部で表面に、第２の端部でビーズに結合させた前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離（ＢＳＤ−ＲＳ）を張力をかけた状態で測定することと、
（ｂ）前記核酸キャリパーが、前記基準スプリントの前記第１の基準スプリント配列ＲＳＳ１及び第３の基準スプリント配列ＲＳＳ３にハイブリダイズされている場合に、前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離（ＢＳＤ−ｔａｒｇｅｔ）を張力をかけた状態で測定することと、
（ｃ）前記核酸キャリパーが、前記基準スプリントの前記第１の基準スプリント配列ＲＳＳ１にハイブリダイズされているが前記第２の基準スプリント配列ＲＳＳ２又は前記第３の基準スプリント配列ＲＳＳ３にハイブリダイズされていない場合に、前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離を張力をかけた状態で測定することと、
（ｄ）標的の長さの大きさとして、ＢＳＤ−ｔａｒｇｅｔとＢＳＲ−ＲＳとの差を決定することと、
を備える方法。
【請求項６】
（ａ）核酸キャリパーが、標的のＸａａ残基及び第１のＹａａ残基に結合されている場合に、第１の端部で表面に、第２の端部でビーズに結合させた前記核酸キャリパーのビーズ−表面距離を張力をかけた状態で測定することとであって、前記Ｘａａ及びＹａａ残基が一本鎖核酸ハンドルに結合されている、ことと、
（ｂ）前記第１のＹａａ残基から前記核酸キャリパーを分離させ、前記核酸キャリパーを第２のＹａａ残基に結合させることと、
（ｃ）前記核酸キャリパーが前記標的の前記Ｘａａ残基及び第２のＹａａ残基に結合されている場合に、張力をかけた状態で、前記核酸キャリパーの前記ビーズ−表面距離を測定することと、
（ｄ）ステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すことと、
を備える方法。
【請求項７】
（ａ）各々がテンプレート鎖を備えた複数の標的核酸を提供することと、
（ｂ）デオキシウリジンの存在下で前記複数の標的核酸に制限されたポリメラーゼ反応を実施し、これによって、テンプレート鎖及びデオキシウリジンを備えた相補的な鎖を有する二本鎖標的核酸を生成することと、
（ｃ）前記複数の二本鎖標的核酸をウラシルＤＮＡグリコシラーゼに露呈させて１ヌクレオチドのギャップを生成することと、
（ｄ）前記複数の二本鎖標的核酸をエキソヌクレアーゼに露呈させて前記１ヌクレオチドのギャップを拡大することと、
（ｅ）前記拡大したギャップに、バーコード化した架橋性の末端保護したオリゴヌクレオチドをライゲーションすることと、
（ｆ）前記オリゴヌクレオチドを前記テンプレート鎖に架橋することと、
（ｇ）得られた個々のバーコード化標的核酸を第１及び第２のバーコード化位置で核酸キャリパーに接触させることと、
（ｈ）前記第１及び第２のバーコード化位置間の距離を測定し、前記第１及び第２のバーコード化位置におけるバーコードを識別することと、
（ｉ）前記第２のバーコード化位置から前記キャリパーを解放し、前記キャリパーを第３のバーコード化位置に再び関連付けることと、
（ｊ）ステップ（ｇ）から（ｉ）を反復し、毎回、１つの位置で前記標的核酸に対する前記キャリパーの結合を維持し、新しい位置で前記標的核酸に前記キャリパーを結合させることと、
を備える方法。
【請求項８】
位置Ｃ１及びＣ２を含む核酸キャリパーを標的に位置Ｘ１及びＹ１で結合させ、これによってＣ１がＸ１に、Ｃ２がＹ１に結合することと、
張力をかけた状態かつ非変性条件下で、Ｘ１とＹ１との間の距離を測定することと、
Ｃ２からＹ１を解放し、任意選択として前記キャリパー上の別の位置Ｃ３でＹ１を結合又は維持することと、
前記キャリパー上の位置Ｃ４を前記標的上の追加の位置Ｘ２に結合させ、張力をかけた状態で、任意選択として変性条件下で、Ｘ１とＸ２との間の距離を測定し、Ｘ２からＣ４を解放し、Ｘ１の充分な一次配列情報が得られるまで反復することと、
Ｃ１からＸ１を解放することと、
前記キャリパー上の位置Ｃ５を前記標的上の追加の位置Ｙ２に結合させ、張力をかけた状態で、任意選択として変性条件下で、Ｙ１とＹ２との間の距離を測定し、Ｙ２からＣ５を解放し、Ｙ１の充分な一次配列情報が得られるまで反復することと、
を備える方法であって、
前記標的上の各位置が一意のバーコードを有する、
方法。