【手続補正書】
【提出日】平成30年4月12日(2018.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌ゲノム内に欠失を生成するためのプロセスであって、前記細菌がＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を含み、前記プロセスが：
（ａ）１つまたはそれ以上の欠失ベクターによって細菌集団を形質転換するステップであって、前記欠失ベクターが前記集団内の細菌の前記ゲノム内で第１および第２のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする第１および第２のｃｒＲＮＡの産生を誘導することが可能であるステップ；
（ｂ）前記第１および第２のｃｒＲＮＡが産生される条件下で前記細菌集団を培養するステップであって、それらが前記第１および第２のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とし、且つ前記第１および第２のｃｒＲＮＡが前記集団内の１つまたはそれ以上の細菌内の前記ゲノムの二重開裂を促進し、且つ前記細菌ゲノムＤＮＡの２つの開裂末端が再結合するステップ；および
（ｃ）そのゲノムが前記第１および第２のＰＡＭ／プロトスペーサーの間の前記細菌ゲノムＤＮＡ内の欠失を含む１つまたはそれ以上の細菌を分離するステップを含む前記プロセス。
【請求項２】
請求項１に記載のプロセスであって、１つの欠失ベクターが前記集団内の細菌の前記ゲノム内で前記第１および第２のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする前記第１および第２のｃｒＲＮＡの双方の産生を誘導することが可能である前記プロセス。
【請求項３】
請求項２に記載のプロセスであって、前記欠失ベクターが、前記第１および第２のｃｒＲＮＡをコードする、Ｃａｓ直列配列エレメントと隣接する第１および第２のＣａｓスペーサーエレメントを含む前記プロセス。
【請求項４】
請求項３に記載のプロセスであって、前記第１および第２のＣＲＩＳＰＲスペーサーエレメントが前記欠失ベクター内の単一のＣａｓアレイ内にあるかまたは前記欠失ベクター内の異なる複数のＣａｓアレイ内にある前記プロセス。
【請求項５】
請求項４に記載のプロセスであって、前記欠失ベクターが：
（ｉ）Ｃａｓリーダーエレメント
（ｉｉ）第１のＣａｓ直列反復エレメント
（ｉｉｉ）前記第１のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第１のＣａｓスペーサーエレメント、
（ｉｖ）第２のＣａｓ直列反復エレメント、
（ｖ）前記第２のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第２のＣａｓスペーサーエレメント、および
（ｖｉ）第３のＣａｓ直列反復エレメントを含む前記プロセス。
【請求項６】
請求項４に記載のプロセスであって、前記欠失ベクターが２つのアレイを含み、前記第１のアレイが：
（ｉ）第１のＣａｓリーダーエレメント
（ｉｉ）第１のＣａｓ直列反復エレメント
（ｉｉｉ）前記第１のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第１のＣａｓスペーサーエレメント、
（ｉｖ）第２のＣａｓ直列反復エレメントを含み、
且つ前記第２のアレイが：
（ｖ）第２のＣａｓリーダーエレメント、
（ｖｉ）第３のＣａｓ直列反復エレメント、
（ｖｉｉ）前記第２のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第２のＣａｓスペーサーエレメント、および
（ｖｉｉｉ）第４のＣａｓ直列反復エレメントを含む前記プロセス。
【請求項７】
請求項１に記載のプロセスであって、第１の欠失ベクターが前記集団内の細菌の前記ゲノム内で前記第１のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする前記第１のｃｒＲＮＡの産生を誘導することが可能であり；かつ第２の欠失ベクターが前記集団内の細菌の前記ゲノム内で前記第２のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする前記第２のｃｒＲＮＡの産生を誘導することが可能である前記プロセス。
【請求項８】
請求項７に記載のプロセスであって、前記第１の欠失ベクターが：
（ｉ）第１のＣａｓリーダーエレメント
（ｉｉ）第１のＣａｓ直列反復エレメント
（ｉｉｉ）前記第１のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第１のＣａｓスペーサーエレメント、
（ｉｖ）第２のＣａｓ直列反復エレメントを含み、
且つ／または前記第２の欠失ベクターが：
（ｖ）第２のＣａｓリーダーエレメント、
（ｖｉ）第３のＣａｓ直列反復エレメント、
（ｖｉｉ）前記第２のｃｒＲＮＡの産生を誘導することの可能な第２のＣａｓスペーサーエレメント、
（ｖｉｉｉ）第４のＣａｓ直列反復エレメントを含む前記プロセス。
【請求項９】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、ステップ（ｂ）において、前記ＰＡＭ／プロトスペーサーの双方が前記細菌ゲノムから除去されるかまたは前記ＰＡＭ／プロトスペーサーの双方が前記ＰＡＭ／プロトスペーサーを認識するｃｒＲＮＡによって認識されることが不可能になる前記プロセス。
【請求項１０】
細菌から標的内因性プラスミドを除去するプロセスであって、前記細菌がＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を含み、前記プロセスが：
（ａ）１つまたはそれ以上の欠失ベクターによって細菌集団を形質転換するステップであって、前記欠失ベクターが前記集団内の細菌の前記標的プラスミド内に１つまたはそれ以上のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする２つまたはそれ以上のｃｒＲＮＡの産生を誘導することが可能であるステップ；
（ｂ）前記２つまたはそれ以上のｃｒＲＮＡが産生され且つ前記２つまたはそれ以上のｃｒＲＮＡが前記２つまたはそれ以上のＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とし、且つ前記集団内の１つまたはそれ以上の細菌において前記２つまたはそれ以上のｃｒＲＮＡが２つまたはそれ以上の位置における標的プラスミドの開裂を促進して直鎖化ＤＮＡフラグメントを生成し、かつ前記直鎖化フラグメントが好ましくは内因性細胞メカニズムによって分解を受ける条件下で前記細菌集団を培養するステップ；および
（ｃ）前記標的プラスミドを欠く１つまたはそれ以上の細菌を分離するステップを含む前記プロセス。
【請求項１１】
請求項１０に記載のプロセスであって、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのｃｒＲＮＡが１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのＰＡＭ／プロトスペーサーを標的とする前記プロセス。
【請求項１２】
請求項１０または１１に記載のプロセスであって、前記標的プラスミドがメガプラスミドまたは内因性プラスミドである前記プロセス。
【請求項１３】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、前記細菌が内因性ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を有する前記プロセス。
【請求項１４】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、前記細菌がＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を有する前記プロセス。
【請求項１５】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、前記細菌がグラム陽性菌である前記プロセス。
【請求項１６】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、前記細菌が非高度組換え誘導細菌である前記プロセス。
【請求項１７】
前述の請求項のうちいずれか１つに記載のプロセスであって、前記細菌がＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ綱であり好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ目であり、より好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属であるかまたは前記細菌がＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ目であるかまたはＢａｃｉｌｌｕｓ属である前記プロセス。
【請求項１８】
請求項１７に記載のプロセスであって、前記細菌がＣ．ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃ．ａｒｂｕｓｔｉ、Ｃ．ａｕｒａｎｔｉｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃ．ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃ．ｃｅｌｌｕｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｃ．ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃ．ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ、Ｃ．ｔｈｅｒｍｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃ．ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ、Ｃ．ｋｌｕｙｖｅｒｉ、Ｃ．ｎｏｖｙｉ、Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃ．ｔｈｅｒｍｏｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｃ．ｔｈｅｒｍｏｐａｌｍａｒｉｕｍ、Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｐｅｒｂｕｔｙｌａｃｅｔｏｎｉｃｕｍ、Ｃ．ｔｙｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃ．ｔｅｔａｎｏｍｏｒｐｈｕｍ、Ｃ．ｍａｇｎｕｍ、Ｃ．ｌｊｕｎｇｄａｈｌｉｉ、Ｃ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃ．ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃ．ｐｕｎｉｃｅｕｍ、Ｃ．ｄｉｏｌｉｓ、Ｃ．ｈｏｍｏｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍおよびＣ．ｒｏｓｅｕｍからなる群から選択される前記プロセス。
【請求項１９】
変異菌を作製するためのプロセスであって、請求項１から９または１３から１８のうちいずれか１つに記載のプロセスによって細菌ゲノムに欠失を生成することを含む前記プロセス。
【請求項２０】
変異菌を作製するためのプロセスであって、請求項１０から１８のうちいずれか１つに記載のプロセスによって細菌内の標的内因性プラスミドを除去することを含む前記プロセス。