【手続補正書】
【提出日】平成30年7月13日(2018.7.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
本明細書に開示されている組成物を含む非小細胞肺がんワクチンがさらに本明細書の記載に含まれる。ワクチンは、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与することができる。ワクチンは、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与することができる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離され精製されたプラスミド、ならびに賦形剤を含む組成物であって、前記ポリペプチドが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択される複数のエピトープを含む、組成物。
（項目２）
前記複数のエピトープが、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む、項目１に記載の組成物。
（項目３）
前記複数のエピトープが、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む、項目１に記載の組成物。
（項目４）
前記複数のエピトープが複数の隣接したエピトープである、項目１から３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５）
前記隣接したエピトープが、前記エピトープ配列のうちの１つまたは複数の間にリンカーをさらに含む、項目４に記載の組成物。
（項目６）
追加のポリペプチドをコードする追加のヌクレオチド配列を含む追加の単離され精製されたプラスミドをさらに含み、前記追加のポリペプチドが、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む複数のエピトープを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７）
前記ポリペプチドと前記追加のポリペプチドとの配列が異なる、項目６に記載の組成物。
（項目８）
前記組成物が、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含み、前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分であり、前記第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
前記組成物が、
第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および
第２のヌクレオチド配列
をさらに含み、
前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、
前記第２のヌクレオチド配列が、第２の抗原の第２のエピトープをコードし、
前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択され、前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に
記載の組成物。
（項目１１）
前記ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１２）
前記ペプチドＥＧＦＲのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１３）
前記ペプチドＦＡＳＣＩＮ１のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１４）
前記ペプチドＩＧＦ１Ｒのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１５）
前記ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１６）
前記ペプチドＲＣＡＳ１のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１７）
前記ペプチドＶＣＰのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１８）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目８から１７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１９）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目８から１８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２０）
前記組成物が、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含み、前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分であり、前記第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２１）
前記組成物が、
第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および
第２のヌクレオチド配列
をさらに含み、
前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、
前記第２のヌクレオチド配列が、第２の抗原の第２のエピトープをコードし、
前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択され、前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２２）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２３）
前記ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２４）
前記ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２５）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目２０から２４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２６）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目２０から２５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２７）
前記第１および前記第２の核酸配列が、前記第１のプラスミド上に位置する、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２８）
前記第２の核酸配列が、第２のプラスミド上に位置する、前記項目のいずれかに記載の組成物。
（項目２９）
前記第１および前記第２の核酸配列が、少なくとも７０％の純度に精製される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３０）
少なくとも前記第１のプラスミドが医薬組成物中に含有される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３１）
前記第１および前記第２の核酸配列が、前記第１のプラスミド上に位置し、リンカー核酸の配列によって隔てられている、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３２）
前記第１の核酸配列が、前記第１のプラスミド上で前記第２の核酸配列に隣接している、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３３）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープをさらに含み、前記第１のエピトープがＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分である、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３４）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープ、および
第２の抗原の少なくとも第２のエピトープ
をさらに含み、前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３５）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３６）
前記ペプチドＣＯＸ２の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３７）
前記ペプチドＥＧＦＲの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３８）
前記ペプチドＦＡＳＣＩＮ１の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３９）
前記ペプチドＩＧＦ１Ｒの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４０）
前記ペプチドＰＲＬ３の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４１）
前記ペプチドＲＣＡＳ１の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４２）
前記ペプチドＶＣＰの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４３）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目３３から４２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目３３から４３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープを含み、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分である、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６）
前記組成物が第１の抗原の、少なくとも第１のエピトープ、および
第２の抗原の少なくとも第２のエピトープ
を含み、前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４８）
前記ペプチドＣＯＸ２の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４９）
前記ペプチドＰＲＬ３の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目５０）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目４５から４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５１）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される、項目４５から５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２）
前記組成物が、対象に投与される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５３）
結腸直腸がんに関連する細胞が、異型特徴を発現する結腸細胞、異型特徴を発現する直腸細胞、前新生物結腸細胞、前新生物直腸細胞、結腸がん細胞、直腸がん細胞、前浸潤結腸がん細胞、前浸潤直腸がん細胞、結腸がん幹細胞、直腸がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５４）
非小細胞肺がんに関連する細胞が、異型特徴を発現する肺細胞、前新生物肺細胞、肺がん細胞、前浸潤肺がん細胞、肺がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５５）
前記組成物が、対象において免疫応答を引き出すのに有効である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５６）
前記組成物が、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連するいくつかの細胞を排除するのに有効である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物
。
（項目５７）
前記組成物が、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連する細胞の増殖を予防するために使用することができる、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５８）
前記免疫応答が１型免疫応答である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５９）
少なくとも前記第１のエピトープが医薬組成物中に含有される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６０）
医薬担体および／またはアジュバントをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６１）
前記第１および前記第２のエピトープのアミノ酸配列がリンカーアミノ酸の配列によって隔てられている、項目３３から６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６２）
前記第１のエピトープのアミノ酸配列が、前記第２のエピトープのアミノ酸配列に隣接している、項目３３から６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６３）
前記免疫応答が、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１超であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６４）
前記免疫応答が、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１未満であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６５）
前記免疫応答が、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１超であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６６）
前記免疫応答が、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１未満であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６７）
前記アジュバントがＧＭ−ＣＳＦである、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６８）
結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんを処置する必要がある対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんを処置する方法であって、前記対象に、前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
（項目６９）
結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんの寛解持続時間を延長させる必要がある対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんの寛解持続時間を延長させる方法であって、前記対象に、項目１から６７のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
（項目７０）
少なくとも１回用量の前記組成物が投与される、項目６８または６９に記載の方法。
（項目７１）
前記組成物が、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目６８から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記対象に追加の治療剤を投与するステップをさらに含む、項目６８から７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、単離され精製されたプラスミド。
（項目７４）
前記少なくとも１つのヌクレオチド配列が、配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする、項目７３に記載のプラスミド。
（項目７５）
前記少なくとも１つのヌクレオチド配列が、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする、項目７２に記載のプラスミド。
（項目７６）
前記プラスミドが、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約１００％純粋である、項目７２から７５のいずれか一項に記載のプラスミド。
（項目７７）
項目１から６７に記載の組成物を含む結腸直腸がんワクチン。
（項目７８）
前記ワクチンが、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目７７に記載の結腸直腸がんワクチン。
（項目７９）
前記ワクチンが、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与される、項目７７または７８に記載の結腸直腸がんワクチン。
（項目８０）
項目１から６７に記載の組成物を含む非小細胞肺がんワクチン。
（項目８１）
前記ワクチンが、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目８０に記載の非小細胞肺がんワクチン。
（項目８２）
前記ワクチンが、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与される、項目８０または８１に記載の非小細胞肺がんワクチン。