【手続補正書】
【提出日】平成30年4月13日(2018.4.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
カートリッジハウジングを有するとともに前記カートリッジハウジング内に配置される流体ネットワークを含む取外可能カートリッジであり、前記流体ネットワークは、生物試料を受け入れ流体的に送り、試料解析又は試料調製の少なくとも一方を行うように構成され、前記取外可能カートリッジは、前記流体ネットワークに動作可能に接続され、前記流体ネットワークに対して相対移動可能であり、前記流体ネットワークを通る前記生物試料の流量を制御する流量制御バルブも含み、前記カートリッジハウジングは、前記取外可能カートリッジの外面を画定するとともに前記流量制御バルブの動作に対するアクセスを可能とするハウジング面を含む、取外可能カートリッジと、
前記取外可能カートリッジの前記ハウジング面に分離可能に係合するように構成される制御面を有する基礎器具であり、前記ハウジング面及び前記制御面は合わせてシステムインタフェースを定め、前記基礎器具は前記システムインタフェースを通じて前記流量制御バルブに係合するバルブアクチュエータを含む、基礎器具と、
前記取外可能カートリッジ又は前記基礎器具の少なくとも一方によって保持され、撮像検出器、及び前記流体ネットワークと流体連通する反応室を含み、前記撮像検出器は前記反応室内の指定の反応を検出するように構成される、検出アセンブリと、
を備えるシステム。
【請求項２】
前記制御面及び前記ハウジング面は、全体的に平坦であるとともに互いに向かい合い、
前記システムインタフェースは、前記基礎器具及び前記取外可能カートリッジが前記ハウジング面及び前記制御面のみを通じて動作可能に互いに結合する単面インタフェースであり、
任意に、前記基礎器具及び前記取外可能カートリッジが前記システムインタフェースにおいて前記システムインタフェースを通じてもたらされる、流体的結合、電気的結合又は熱的結合の少なくとも１つによって互いに固定されるように、前記基礎器具及び前記取外可能カートリッジは動作可能に結合する、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記取外可能カートリッジ及び前記基礎器具のそれぞれは流れポートを含み、それぞれの前記流れポートは前記システムインタフェースにおいて互いに流体的に結合する、請求項１又は２に記載のシステム。
【請求項４】
前記流量制御バルブは前記流体ネットワークを通る前記生物試料の流量を制御するように構成される軟性薄膜を含み、前記バルブアクチュエータは前記軟性薄膜を第１の状態と第２の状態との間で曲げる、請求項１−３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５】
前記カートリッジハウジングの前記ハウジング面は、前記ハウジング面を通るとともに前記バルブアクチュエータを受け入れるアクセス開口部を含む、請求項１−４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項６】
前記流量制御バルブは前記流体ネットワークを通る流体の前記流量を制御するように構成される回動可能バルブを含み、前記バルブアクチュエータは前記回動可能バルブを回動する、請求項１−５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項７】
前記基礎器具は、前記バルブアクチュエータの動作を制御して、前記流体ネットワークを通る前記生物試料の流量を制御するように構成される、バルブ制御モジュールを有するシステムコントローラを含み、
任意に、前記バルブ制御モジュールが、前記バルブアクチュエータの動作を制御して、Sequencing By Synthesis（ＳＢＳ）プロトコールを行うように構成される、請求項１−６のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項８】
カートリッジハウジング、前記カートリッジハウジング内に配置される流体ネットワーク、及び前記流体ネットワークに動作可能に結合されるとともに前記流体ネットワークに対して相対移動可能である流量制御バルブを有する、取外可能カートリッジを設ける設置ステップであり、前記カートリッジハウジングは、前記取外可能カートリッジの外面を画定するハウジング面を含む、設置ステップと、
前記取外可能カートリッジを基礎器具に接触させる接触ステップであり、前記取外可能カートリッジの前記ハウジング面が前記基礎器具の制御面に分離可能に係合して、共同してシステムインタフェースを定め、前記基礎器具が、前記システムインタフェースを通じて前記流量制御バルブに動作可能に係合するバルブアクチュエータを備える、接触ステップと、
生物試料を前記取外可能カートリッジの前記流体ネットワークを通じて流体的に流し、試料解析又は試料調製の少なくとも一方を前記取外可能カートリッジで行う流動ステップであり、前記生物試料を反応室内へ流し、前記生物試料の流れを前記流量制御バルブに係合する前記バルブアクチュエータの動作によって制御する流動ステップと、
前記取外可能カートリッジ又は前記基礎器具の少なくとも一方によって保持される検出アセンブリを用いて、前記生物試料を前記反応室で撮像する撮像ステップと、
を含み、
任意に、前記取外可能カートリッジを前記基礎器具から取り外す取外ステップを更に含み、
任意に、第２の取外可能カートリッジを前記基礎器具と接触させるステップを更に含み、前記第２の取外可能カートリッジのハウジング面が、前記基礎器具の前記制御面に分離可能に係合して、共同して前記システムインタフェースを定め、
任意に、前記流動ステップと前記撮像ステップとを順番通り複数回繰り返す、核酸の配列を決定する方法。
【請求項９】
前記生物試料を前記流体ネットワークの試料調製領域に密封する密封ステップと、
前記密封ステップの間に前記生物試料を増幅する増幅ステップと、
を更に含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記流量制御バルブは、複数バルブポートの間で延びる少なくとも１つの流れチャンネルを有する可動バルブを含み、
前記バルブアクチュエータは、前記可動バルブを異なる位置の間で移動させるように構成され、
任意に、前記生物試料が前記流れチャンネルを通って前記反応室へ流れるときに、前記可動バルブが試料位置に存在しており、前記可動バルブを成分位置に移動させ、試薬を前記流れチャンネルを通って前記反応室へ流すステップを更に含み、前記反応室内で前記試薬は前記生物試料と反応し、
任意に、前記成分位置は、複数の成分位置を含み、既定のシーケンスに従って前記可動バルブを前記複数の成分位置の間で移動させて、異なる試薬を前記反応室内へ流すステップを更に含む、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
前記生物試料は核酸を含み、既定のシーケンスはSequencing By Synthesis（ＳＢＳ）プロトコールに従う、請求項８−１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
流れセルは前記反応室を含み、前記生物試料は前記流れセルの１つ以上の表面に固定化される、請求項８−１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
取外可能カートリッジに係合するように構成される制御面を有するシステムハウジングと、
前記取外可能カートリッジの回動可能バルブに係合するように構成される回動モータと、
前記取外可能カートリッジのチャンネルバルブと係合するように構成されるバルブアクチュエータと、
前記取外可能カートリッジに電気的に連結するように構成される電気的接点のアレイと、
前記回動モータ及び前記バルブアクチュエータを制御して、前記取外可能カートリッジ内でアッセイプロトコールを行うように構成されるとともに、前記取外可能カートリッジから前記電気的接点のアレイを通じて撮像データを受取るように構成される、システムコントローラと、
を備える基礎器具。