【手続補正書】
【提出日】平成29年12月19日(2017.12.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料における個々の二本鎖デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子の数を示す定量的尺度を決定するための方法であって、
（ａ）両方の鎖が検出された個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップと、
（ｂ）ＤＮＡ鎖の一方のみが検出された個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップと、
（ｃ）上述の（ａ）および（ｂ）から、どちらの鎖も検出されなかった個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を推測するステップと、
（ｄ）（ａ）〜（ｃ）を使用して、前記試料における個々の二本鎖ＤＮＡ分子の数を示す前記定量的尺度を決定するステップと
を含む方法。
【請求項２】
１種または複数の遺伝子座のそれぞれにおけるステップ（ｄ）において決定された正規化された定量的尺度を決定し、前記正規化された尺度に基づきコピー数バリエーションを決定することにより、前記試料におけるコピー数バリエーションを検出するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料が、無細胞核酸から実質的に供給される二本鎖ポリヌクレオチド分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
個々のＤＮＡ分子の前記定量的尺度を決定するステップが、前記ＤＮＡ分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップを含み、各二重鎖タグが、前記試料における二本鎖ＤＮＡ分子の相補鎖を異なってタグ付けして、タグ付けされた鎖を用意する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定して、各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記試料における総二本鎖ＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
配列決定アッセイにおける歪みを低下させるための方法であって、
（ａ）対照親ポリヌクレオチドに第１のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドを産生するステップと、
（ｂ）被験親ポリヌクレオチドに第２のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドを産生するステップと、
（ｃ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドをタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドと混合して、プールを形成するステップと、
（ｄ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドおよびタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドの分量を決定するステップと、
（ｅ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドの前記分量を使用して、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドの前記分量における歪みを低下させるステップと
を含む方法。
【請求項９】
前記第１のタグセットが、複数のタグを含み、前記第１のタグセットにおける各タグが、同じ対照タグおよび同定タグを含み、前記第１のタグセットが、複数の異なる同定タグを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第２のタグセットが、複数のタグを含み、前記第２のタグセットにおける各タグが、同じ被験タグおよび同定タグを含み、前記被験タグが、前記対照タグから識別可能であり、前記第２のタグセットが、複数の異なる同定タグを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ｄ）が、前記プールにおけるタグ付けされた親ポリヌクレオチドを増幅して、増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドのプールを形成するステップと、前記増幅されたプールにおける増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドを配列決定して、複数の配列リードを産生するステップとを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、同じ親ポリヌクレオチドから生成された配列リードを含み、この群分けが、任意選択で、同定タグおよび前記親ポリヌクレオチドの開始／終了配列由来の情報に基づくステップと、任意選択で、群における前記複数の配列リード由来の複数の親ポリヌクレオチドのそれぞれのコンセンサス配列を決定するステップとをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
（ｄ）が、遺伝子座にマッピングする被験親ポリヌクレオチドおよび対照親ポリヌクレオチドの相対的分量に基づき、１種を超えるまたはそれに等しい前記遺伝子座における前記被験親ポリヌクレオチドにおけるコピー数バリエーションを決定するステップを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
本来のＤＮＡ断片の異種性集団における稀なデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を検出または定量化するための方法であって、前記稀なＤＮＡが、１％未満である濃度を有し、前記方法が、
（ａ）前記本来のＤＮＡ断片の３０％超が、分子バーコードを含むライブラリーアダプタを両端にタグ付けされるように、単一の反応において前記本来のＤＮＡ断片にタグ付けし、これにより、タグ付けされたＤＮＡ断片を用意するステップと、
（ｂ）前記タグ付けされたＤＮＡ断片において高忠実度増幅を行うステップと、
（ｃ）任意選択で、前記タグ付けされたＤＮＡ断片のサブセットを選択的に濃縮するステップと、
（ｄ）前記タグ付けされ、増幅され、任意選択で選択的に濃縮されたＤＮＡ断片の一方または両方の鎖を配列決定して、前記分子バーコードおよび前記本来のＤＮＡ断片の少なくとも一部分のヌクレオチド配列を含む配列リードを得るステップと、
（ｅ）前記配列リードから、前記本来のＤＮＡ断片の一本鎖の代表となるコンセンサスリードを決定するステップと、
（ｆ）前記コンセンサスリードを定量化して、９９．９％を超える特異性で、前記稀なＤＮＡを検出または定量化するステップと
を含む方法。
【請求項１５】
ステップ（ｅ）が、同じまたは類似の分子バーコードおよび同じまたは類似の断片配列の末端を有する配列リードを比較するステップを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記比較するステップが、同じまたは類似の分子バーコードを有する前記配列リードにおける系統発生解析を実行するステップをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記分子バーコードが、最大３の編集距離を有するバーコードを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記断片配列の末端が、最大３の編集距離を有する断片配列を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップと、１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの数を定量化するステップとをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記タグ付けが、本来のＤＮＡ断片と比較して過剰量のライブラリーアダプタを有することにより起こる、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
前記分子バーコードおよび前記本来のＤＮＡ断片のそれぞれの少なくとも一端由来の配列情報に従って前記配列リードをビニングして、一本鎖リードのビンを作製するステップをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２２】
各ビンにおいて、配列リードを解析することにより、前記本来のＤＮＡ断片の中の所与の本来のＤＮＡ断片の配列を決定するステップをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記タグ付けされ、増幅され、任意選択で濃縮されたＤＮＡ断片によって表されるゲノムの各位置において各塩基が生じる回数を比較することにより、前記稀なＤＮＡを検出または定量化するステップをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記タグ付けされたＤＮＡ断片のサブセットを選択的に濃縮するステップをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２５】
濃縮後に、プライマーを含む配列決定アダプタの存在下で、前記濃縮されたタグ付けされたＤＮＡ断片を増幅するステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＤＮＡ断片が、請求項１に記載のアダプタのライブラリー由来のポリヌクレオチド分子をタグ付けされる、請求項１４に記載の方法。
【請求項２７】
無細胞ＤＮＡ試料における配列バリアントを検出するための方法であって、９９．９％を超える特異性で、１％未満の濃度の稀なＤＮＡを検出するステップを含む、方法。
【請求項２８】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド分子のセットを含む試料を用意するステップであって、各二本鎖ポリヌクレオチド分子が、第１および第２の相補鎖を含むステップと、
（ｂ）前記二本鎖ポリヌクレオチド分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップであって、各二重鎖タグが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子の前記第１および第２の相補鎖を異なってタグ付けするステップと、
（ｃ）前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップと、
（ｄ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｅ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｆ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定するステップと、（ｇ）プログラムされたコンピュータプロセッサにより、各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記セットにおける総二本鎖ポリヌクレオチド分子の定量的尺度を推定するステップと
を含む方法。
【請求項２９】
（ｈ）前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにおけるステップ（ｇ）において決定された正規化された総定量的尺度を決定し、前記正規化された尺度に基づきコピー数バリエーションを決定することにより、前記試料におけるコピー数バリエーションを検出するステップをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記試料が、無細胞核酸から実質的に供給される二本鎖ポリヌクレオチド分子を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記二重鎖タグが、配列決定アダプタではない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
配列リードの前記セットにおける冗長性を低下させるステップが、前記試料における本来のポリヌクレオチド分子の増幅された産物から産生された配列リードを、前記本来のポリヌクレオチド分子に戻るよう崩壊させるステップを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３３】
前記本来のポリヌクレオチド分子のコンセンサス配列を決定するステップをさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
配列バリアントを含む１種または複数の遺伝子座におけるポリヌクレオチド分子を同定するステップをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードの定量的尺度を決定するステップであって、前記ペアの両方の鎖が、配列バリアントを含むステップをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
ペア形成された分子の定量的尺度を決定するステップであって、前記ペアの一方のメンバーのみが配列バリアントを有するステップ、および／または配列バリアントを有するペア形成されない分子の定量的尺度を決定するステップをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
（ａ）シーケンサーからメモリへと、二重鎖タグをタグ付けされたポリヌクレオチドの配列リードのセットを受け取るステップと、
（ｂ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｃ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｄ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定するステップと、
（ｅ）各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記セットにおける総二本鎖ポリヌクレオチド分子の定量的尺度を推定するステップと
を含む方法。
【請求項３８】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド分子のセットを含む試料を用意するステップであって、各二本鎖ポリヌクレオチド分子が、第１および第２の相補鎖を含むステップと、
（ｂ）前記二本鎖ポリヌクレオチド分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップであって、各二重鎖タグが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子の前記第１および第２の相補鎖を異なってタグ付けするステップと、
（ｃ）前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップと、
（ｄ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｅ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｆ）（ｉ）前記ペア形成されたリード、（ｉｉ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記ペア形成されないリード、（ｉｉｉ）前記ペア形成されたリードのリード深度および（ｉｖ）ペア形成されないリードのリード深度のうち少なくとも２種の定量的尺度を決定するステップと
を含む方法。
【請求項３９】
（ａ）対照親ポリヌクレオチドに第１のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドを産生するステップであって、前記第１のタグセットが、複数のタグを含み、前記第１のタグセットにおける各タグが、同じ対照タグおよび同定タグを含み、前記タグセットが、複数の異なる同定タグを含むステップと、
（ｂ）被験親ポリヌクレオチドに第２のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドを産生するステップであって、前記第２のタグセットが、複数のタグを含み、前記第２のタグセットにおける各タグが、前記対照タグおよび同定タグから識別可能な同じ被験タグを含み、前記第２のタグセットが、複数の異なる同定タグを含むステップと、
（ｃ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドをタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドと混合して、プールを形成するステップと、
（ｄ）前記プールにおけるタグ付けされた親ポリヌクレオチドを増幅して、増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドのプールを形成するステップと、
（ｅ）前記増幅されたプールにおける増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドを配列決定して、複数の配列リードを産生するステップと、
（ｆ）配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、同じ親ポリヌクレオチドから生成された配列リードを含み、この群分けが、任意選択で、同定タグおよび前記親ポリヌクレオチドの開始／終了配列由来の情報に基づくステップと、任意選択で、群における前記複数の配列リード由来の複数の親ポリヌクレオチドのそれぞれのコンセンサス配列を決定するステップと、
（ｇ）被験タグまたは対照タグを有することに基づき、対照親ポリヌクレオチドまたは被験親ポリヌクレオチドとして各ファミリーまたはコンセンサス配列を分類するステップと、
（ｈ）少なくとも２種の遺伝子座のそれぞれにマッピングする対照親ポリヌクレオチドおよび対照被験ポリヌクレオチドの定量的尺度を決定するステップと、
（ｉ）少なくとも１種の遺伝子座にマッピングする被験親ポリヌクレオチドおよび対照親ポリヌクレオチドの相対的分量に基づき、前記少なくとも１種の遺伝子座における前記被験親ポリヌクレオチドにおけるコピー数バリエーションを決定するステップと
を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６７】
別の態様において、方法は、対象を１または複数のパルス治療サイクルに供するステップであって、各パルス治療サイクルが、（ａ）第１の量で薬物が投与される第１の期間および（ｂ）第２の低下した量で薬物が投与される第２の期間を含むステップを含み、（ｉ）第１の期間は、第１の臨床レベルを上回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられ、（ｉｉ）第２の期間は、第２の臨床レベルを下回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
試料における個々の二本鎖デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子の数を示す定量的尺度を決定するための方法であって、
（ａ）両方の鎖が検出された個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップと、
（ｂ）ＤＮＡ鎖の一方のみが検出された個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップと、
（ｃ）上述の（ａ）および（ｂ）から、どちらの鎖も検出されなかった個々のＤＮＡ分子の定量的尺度を推測するステップと、
（ｄ）（ａ）〜（ｃ）を使用して、前記試料における個々の二本鎖ＤＮＡ分子の数を示す前記定量的尺度を決定するステップと
を含む方法。
（項目２）
１種または複数の遺伝子座のそれぞれにおけるステップ（ｄ）において決定された正規化された定量的尺度を決定し、前記正規化された尺度に基づきコピー数バリエーションを決定することにより、前記試料におけるコピー数バリエーションを検出するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記試料が、無細胞核酸から実質的に供給される二本鎖ポリヌクレオチド分子を含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
個々のＤＮＡ分子の前記定量的尺度を決定するステップが、前記ＤＮＡ分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップを含み、各二重鎖タグが、前記試料における二本鎖ＤＮＡ分子の相補鎖を異なってタグ付けして、タグ付けされた鎖を用意する、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップをさらに含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップをさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定して、各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記試料における総二本鎖ＤＮＡ分子の定量的尺度を決定するステップをさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
配列決定アッセイにおける歪みを低下させるための方法であって、
（ａ）対照親ポリヌクレオチドに第１のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドを産生するステップと、
（ｂ）被験親ポリヌクレオチドに第２のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドを産生するステップと、
（ｃ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドをタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドと混合して、プールを形成するステップと、
（ｄ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドおよびタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドの分量を決定するステップと、
（ｅ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドの前記分量を使用して、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドの前記分量における歪みを低下させるステップと
を含む方法。
（項目９）
前記第１のタグセットが、複数のタグを含み、前記第１のタグセットにおける各タグが、同じ対照タグおよび同定タグを含み、前記第１のタグセットが、複数の異なる同定タグを含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記第２のタグセットが、複数のタグを含み、前記第２のタグセットにおける各タグが、同じ被験タグおよび同定タグを含み、前記被験タグが、前記対照タグから識別可能であり、前記第２のタグセットが、複数の異なる同定タグを含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
（ｄ）が、前記プールにおけるタグ付けされた親ポリヌクレオチドを増幅して、増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドのプールを形成するステップと、前記増幅されたプールにおける増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドを配列決定して、複数の配列リードを産生するステップとを含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、同じ親ポリヌクレオチドから生成された配列リードを含み、この群分けが、任意選択で、同定タグおよび前記親ポリヌクレオチドの開始／終了配列由来の情報に基づくステップと、任意選択で、群における前記複数の配列リード由来の複数の親ポリヌクレオチドのそれぞれのコンセンサス配列を決定するステップとをさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
（ｄ）が、遺伝子座にマッピングする被験親ポリヌクレオチドおよび対照親ポリヌクレオチドの相対的分量に基づき、１種を超えるまたはそれに等しい前記遺伝子座における前記被験親ポリヌクレオチドにおけるコピー数バリエーションを決定するステップを含む、項目８に記載の方法。
（項目１４）
分子バーコードを有する複数のポリヌクレオチド分子を含むライブラリーアダプタのセットであって、前記複数のポリヌクレオチド分子が、８０ヌクレオチド塩基未満またはそれに等しい長さであり、前記分子バーコードが、少なくとも４ヌクレオチド塩基の長さであり、
（ａ）前記分子バーコードが、互いに異なり、互いの間に少なくとも１の編集距離を有し、
（ｂ）前記分子バーコードが、それぞれのポリヌクレオチド分子の末端から少なくとも１ヌクレオチド塩基離れて位置し、
（ｃ）任意選択で、少なくとも１末端塩基が、前記ポリヌクレオチド分子の全てにおいて同一であり、
（ｄ）前記ポリヌクレオチド分子のいずれも、完全シーケンサーモチーフを含有しない
ライブラリーアダプタのセット。
（項目１５）
前記ポリヌクレオチド分子が、前記分子バーコードを除いて同一である、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目１６）
前記複数のポリヌクレオチド分子のそれぞれが、二本鎖部分および少なくとも１個の一本鎖部分を有する、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目１７）
前記二本鎖部分が、複数の前記分子バーコードの中の１つの分子バーコードを有する、項目１６に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目１８）
前記所与の分子バーコードが、ランダマーである、項目１７に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目１９）
前記複数のポリヌクレオチド分子のそれぞれが、前記少なくとも１個の一本鎖部分に鎖同定バーコードをさらに含む、項目１６に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２０）
前記鎖同定バーコードが、少なくとも４ヌクレオチド塩基を含む、項目１９に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２１）
前記一本鎖部分が、部分的シーケンサーモチーフを有する、項目１６に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２２）
前記ポリヌクレオチド分子が、同じである末端ヌクレオチドの配列を有する、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２３）
前記複数のポリヌクレオチド分子のそれぞれが、Ｙ字形、バブル形またはヘアピン形である、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２４）
前記ポリヌクレオチド分子のいずれも、試料同定モチーフを含有しない、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２５）
前記分子バーコードが、少なくとも１０ヌクレオチド塩基の長さである、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２６）
前記複数のポリヌクレオチド分子のそれぞれが、１０ヌクレオチド塩基〜６０ヌクレオチド塩基の長さである、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２７）
前記少なくとも１末端塩基が、前記ポリヌクレオチド分子の全てにおいて同一である、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２８）
前記分子バーコードが、それぞれのポリヌクレオチド分子の末端から少なくとも１０ヌクレオチド塩基離れて位置する、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目２９）
前記複数のポリヌクレオチド分子から本質的になる、項目１４に記載のライブラリーアダプタのセット。
（項目３０）
（ａ）項目１４に記載のアダプタのライブラリー由来の複数のポリヌクレオチド分子をポリヌクレオチドのコレクションにタグ付けして、タグ付けされたポリヌクレオチドのコレクションを作製するステップと、
（ｂ）配列決定アダプタの存在下で、タグ付けされたポリヌクレオチドの前記コレクションを増幅するステップであって、前記配列決定アダプタが、前記複数のポリヌクレオチド分子における相補的配列に選択的にハイブリダイズ可能なヌクレオチド配列を有するプライマーを有するステップと
を含む方法。
（項目３１）
本来のＤＮＡ断片の異種性集団における稀なデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を検出または定量化するための方法であって、前記稀なＤＮＡが、１％未満である濃度を有し、前記方法が、
（ａ）前記本来のＤＮＡ断片の３０％超が、分子バーコードを含むライブラリーアダプタを両端にタグ付けされるように、単一の反応において前記本来のＤＮＡ断片にタグ付けし、これにより、タグ付けされたＤＮＡ断片を用意するステップと、
（ｂ）前記タグ付けされたＤＮＡ断片において高忠実度増幅を行うステップと、
（ｃ）任意選択で、前記タグ付けされたＤＮＡ断片のサブセットを選択的に濃縮するステップと、
（ｄ）前記タグ付けされ、増幅され、任意選択で選択的に濃縮されたＤＮＡ断片の一方または両方の鎖を配列決定して、前記分子バーコードおよび前記本来のＤＮＡ断片の少なくとも一部分のヌクレオチド配列を含む配列リードを得るステップと、
（ｅ）前記配列リードから、前記本来のＤＮＡ断片の一本鎖の代表となるコンセンサスリードを決定するステップと、
（ｆ）前記コンセンサスリードを定量化して、９９．９％を超える特異性で、前記稀なＤＮＡを検出または定量化するステップと
を含む方法。
（項目３２）
ステップ（ｅ）が、同じまたは類似の分子バーコードおよび同じまたは類似の断片配列の末端を有する配列リードを比較するステップを含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記比較するステップが、同じまたは類似の分子バーコードを有する前記配列リードにおける系統発生解析を実行するステップをさらに含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記分子バーコードが、最大３の編集距離を有するバーコードを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記断片配列の末端が、最大３の編集距離を有する断片配列を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップと、１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの数を定量化するステップとをさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目３７）
前記タグ付けが、本来のＤＮＡ断片と比較して過剰量のライブラリーアダプタを有することにより起こる、項目３１に記載の方法。
（項目３８）
前記分子バーコードおよび前記本来のＤＮＡ断片のそれぞれの少なくとも一端由来の配列情報に従って前記配列リードをビニングして、一本鎖リードのビンを作製するステップをさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目３９）
各ビンにおいて、配列リードを解析することにより、前記本来のＤＮＡ断片の中の所与の本来のＤＮＡ断片の配列を決定するステップをさらに含む、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記タグ付けされ、増幅され、任意選択で濃縮されたＤＮＡ断片によって表されるゲノムの各位置において各塩基が生じる回数を比較することにより、前記稀なＤＮＡを検出または定量化するステップをさらに含む、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記タグ付けされたＤＮＡ断片のサブセットを選択的に濃縮するステップをさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目４２）
濃縮後に、プライマーを含む配列決定アダプタの存在下で、前記濃縮されたタグ付けされたＤＮＡ断片を増幅するステップをさらに含む、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記ＤＮＡ断片が、項目１に記載のアダプタのライブラリー由来のポリヌクレオチド分子をタグ付けされる、項目３１に記載の方法。
（項目４４）
対象の核酸試料を処理および／または解析するための方法であって、
（ａ）前記核酸試料由来のポリヌクレオチド断片をライブラリーアダプタのセットに曝露して、タグ付けされたポリヌクレオチド断片を生成するステップと、
（ｂ）前記タグ付けされたポリヌクレオチド断片の増幅産物として増幅されたポリヌクレオチド断片を生じる条件下で、前記タグ付けされたポリヌクレオチド断片を核酸増幅反応に供するステップとを含み、
前記ライブラリーアダプタのセットが、分子バーコードを有する複数のポリヌクレオチド分子を含み、前記複数のポリヌクレオチド分子が、８０ヌクレオチド塩基未満またはそれに等しい長さであり、前記分子バーコードが、少なくとも４ヌクレオチド塩基の長さであり、
（１）前記分子バーコードが、互いに異なり、互いの間に少なくとも１の編集距離を有し、
（２）前記分子バーコードが、それぞれのポリヌクレオチド分子の末端から少なくとも１ヌクレオチド塩基離れて位置し、
（３）任意選択で、少なくとも１末端塩基が、前記ポリヌクレオチド分子の全てにおいて同一であり、
（４）前記ポリヌクレオチド分子のいずれも、完全シーケンサーモチーフを含有しない方法。
（項目４５）
前記増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチド断片のヌクレオチド配列を決定するステップをさらに含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチド断片の前記ヌクレオチド配列が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）なしで決定される、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
プログラムされたコンピュータプロセッサにより前記ヌクレオチド配列を解析して、前記対象の前記ヌクレオチド試料における１種または複数の遺伝的バリアントを同定するステップをさらに含む、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
前記核酸試料が、無細胞核酸試料である、項目４４に記載の方法。
（項目４９）
前記核酸試料の前記ポリヌクレオチド断片を前記複数のポリヌクレオチド分子に曝露するステップが、少なくとも１０％の変換効率で、前記タグ付けされたポリヌクレオチド断片を生じる、項目４４に記載の方法。
（項目５０）
前記供するステップが、ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＢＸＷ７、ＫＲＡＳ、ＭＹＣ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＴＥＮ、ＲＢ１、ＴＰ５３、ＭＥＴ、ＡＲ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＴＭ、ＣＤＨ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＢＢ４、ＥＺＨ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＤＲ、ＫＩＴ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＰＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＯＣ、ＰＴＰＮ１１、ＲＥＴ、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＯ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＶＨＬ、ＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＲＡＦ１、ＢＲＣＡ１、ＣＣＮＤ２、ＣＤＫ６、ＮＦ１、ＴＰ５３、ＡＲＩＤ１Ａ、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＥＳＲ１、ＲＩＴ１、ＧＡＴＡ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＲＨＥＢ、ＲＯＳ１、ＡＲＡＦ、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＲＨＯＡ、およびＮＴＲＫ１からなる群から選択される遺伝子に対応する配列から前記タグ付けされたポリヌクレオチド断片を増幅するステップを含む、項目４４に記載の方法。
（項目５１）
（ａ）複数のポリヌクレオチド分子から複数の配列リードを生成するステップであって、前記複数のポリヌクレオチド分子が、標的ゲノムのゲノム遺伝子座を網羅し、前記ゲノム遺伝子座が、ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＢＸＷ７、ＫＲＡＳ、ＭＹＣ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＴＥＮ、ＲＢ１、ＴＰ５３、ＭＥＴ、ＡＲ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＴＭ、ＣＤＨ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＢＢ４、ＥＺＨ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＤＲ、ＫＩＴ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＰＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＯＣ、ＰＴＰＮ１１、ＲＥＴ、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＯ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＶＨＬ、ＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＲＡＦ１、ＢＲＣＡ１、ＣＣＮＤ２、ＣＤＫ６、ＮＦ１、ＴＰ５３、ＡＲＩＤ１Ａ、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＥＳＲ１、ＲＩＴ１、ＧＡＴＡ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＲＨＥＢ、ＲＯＳ１、ＡＲＡＦ、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＲＨＯＡ、およびＮＴＲＫ１からなる群から選択される複数の遺伝子に対応するステップと、
（ｂ）コンピュータプロセッサにより、前記複数の配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、鋳型ポリヌクレオチドのうち１種に由来する配列リードを含むステップと、
（ｃ）前記ファミリーのそれぞれに対し、配列リードを統合して、コンセンサス配列を生成するステップと、
（ｄ）前記ゲノム遺伝子座の中の所与のゲノム遺伝子座において前記コンセンサス配列をコールするステップと、
（ｅ）前記所与のゲノム遺伝子座において、
ｉ．前記コールの中の遺伝的バリアント、
ｉｉ．前記コールの中の遺伝子変更の頻度、
ｉｉｉ．コールの総数、および
ｉｖ．前記コールの中の変更の総数
のいずれかを検出するステップと
を含む方法。
（項目５２）
各ファミリーが、前記鋳型ポリヌクレオチドのうち１種のみに由来する配列リードを含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記ゲノム遺伝子座の中の追加的なゲノム遺伝子座において（ｄ）〜（ｅ）を行うステップをさらに含む、項目５１に記載の方法。
（項目５４）
前記所与のゲノム遺伝子座および追加的なゲノム遺伝子座における計数に基づき、前記所与のゲノム遺伝子座および追加的なゲノム遺伝子座のうち１種におけるコピー数のバリエーションを決定するステップをさらに含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記群分けするステップが、（ｉ）前記複数のポリヌクレオチド分子にカップリングされた別個の分子バーコードおよび（ｉｉ）前記複数の配列リードの間の類似性を同定することにより、前記複数の配列リードをファミリーへと分類するステップを含み、各ファミリーが、分子バーコードおよび類似または同一の配列リードの別個の組合せに関連する複数の核酸配列を含む、項目５１に記載の方法。
（項目５６）
前記コンセンサス配列が、前記配列リードのそれぞれの定量的尺度または統計的有意性レベルを評価することにより生成される、項目５１に記載の方法。
（項目５７）
前記複数の遺伝子が、前記群から選択される前記複数の遺伝子のうち少なくとも１０種を含む、項目５１に記載のシステム。
（項目５８）
（ａ）単一の反応容器内に鋳型ポリヌクレオチド分子およびライブラリーアダプタのセットを用意するステップであって、前記ライブラリーアダプタが、異なる分子バーコードを有するポリヌクレオチド分子であり、前記ライブラリーアダプタのいずれも、完全シーケンサーモチーフを含有しないステップと、
（ｂ）前記単一の反応容器内で、少なくとも１０％の効率で、前記ライブラリーアダプタを前記鋳型ポリヌクレオチド分子にカップリングし、これにより、複数の異なるタグ付け組合せの中にあるタグ付け組合せを各鋳型ポリヌクレオチドにタグ付けして、タグ付けされたポリヌクレオチド分子を産生するステップと、
（ｃ）前記タグ付けされたポリヌクレオチド分子の増幅産物として増幅されたポリヌクレオチド分子を生じる条件下で、前記タグ付けされたポリヌクレオチド分子を増幅反応に供するステップと、
（ｄ）前記増幅されたポリヌクレオチド分子を配列決定するステップと
を含む方法。
（項目５９）
前記ライブラリーアダプタが、前記分子バーコードを除いて同一である、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記ライブラリーアダプタのそれぞれが、二本鎖部分および少なくとも１個の一本鎖部分を有し、前記一本鎖部分が、部分的シーケンサーモチーフを有する、項目５８に記載の方法。
（項目６１）
前記ライブラリーアダプタが、前記鋳型ポリヌクレオチド分子の両端にカップリングする、項目５８に記載の方法。
（項目６２）
前記効率が、少なくとも３０％である、項目５８に記載の方法。
（項目６３）
前記増幅されたポリヌクレオチド分子の配列決定の際に遺伝的バリアントを同定するステップをさらに含む、項目５８に記載の方法。
（項目６４）
前記配列決定するステップが、（ｉ）前記増幅されたポリヌクレオチド分子の増幅産物として追加的な増幅されたポリヌクレオチド分子を生じる条件下で、前記増幅されたポリヌクレオチド分子を追加的な増幅反応に供するステップと、（ｉｉ）前記追加的な増幅されたポリヌクレオチド分子を配列決定するステップとを含む、項目５８に記載の方法。
（項目６５）
前記追加的な増幅が、配列決定アダプタの存在下で行われる、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
（ｂ）および（ｃ）が、前記タグ付けされたポリヌクレオチド分子をアリコートにすることなく行われる、項目５８に記載の方法。
（項目６７）
対象の標的核酸分子を解析するためのシステムであって、
標的ゲノムのゲノム遺伝子座を網羅する複数のポリヌクレオチド分子の核酸配列リードを受け取る通信インターフェイスと、
前記通信インターフェイスによって受け取られた前記複数のポリヌクレオチド分子の前記核酸配列リードを記憶するコンピュータメモリと、
前記通信インターフェイスおよび前記メモリに作動可能にカップリングされ、（ｉ）前記複数の配列リードを、各ファミリーが、前記鋳型ポリヌクレオチドのうち１種に由来する配列リードを含むファミリーへと群分けし、（ｉｉ）前記ファミリーのそれぞれに対し、配列リードを統合して、コンセンサス配列を生成し、（ｉｉｉ）前記ゲノム遺伝子座の中の所与のゲノム遺伝子座において前記コンセンサス配列をコールし、（ｉｖ）前記所与のゲノム遺伝子座において、前記コールの中の遺伝的バリアント、前記コールの中の遺伝子変更の頻度、コールの総数および前記コールの中の変更の総数のいずれかを検出するようにプログラムされたコンピュータプロセッサと
を含み、前記ゲノム遺伝子座が、ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＢＸＷ７、ＫＲＡＳ、ＭＹＣ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＴＥＮ、ＲＢ１、ＴＰ５３、ＭＥＴ、ＡＲ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＴＭ、ＣＤＨ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＢＢ４、ＥＺＨ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＤＲ、ＫＩＴ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＰＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＯＣ、ＰＴＰＮ１１、ＲＥＴ、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＯ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＶＨＬ、ＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＲＡＦ１、ＢＲＣＡ１、ＣＣＮＤ２、ＣＤＫ６、ＮＦ１、ＴＰ５３、ＡＲＩＤ１Ａ、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＥＳＲ１、ＲＩＴ１、ＧＡＴＡ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＲＨＥＢ、ＲＯＳ１、ＡＲＡＦ、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＲＨＯＡ、およびＮＴＲＫ１からなる群から選択される複数の遺伝子に対応する
システム。
（項目６８）
ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＢＸＷ７、ＫＲＡＳ、ＭＹＣ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＴＥＮ、ＲＢ１、ＴＰ５３、ＭＥＴ、ＡＲ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＴＭ、ＣＤＨ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＢＢ４、ＥＺＨ２、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＤＲ、ＫＩＴ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＰＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＯＣ、ＰＴＰＮ１１、ＲＥＴ、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＯ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＶＨＬ、ＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＲＡＦ１、ＢＲＣＡ１、ＣＣＮＤ２、ＣＤＫ６、ＮＦ１、ＴＰ５３、ＡＲＩＤ１Ａ、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＥＳＲ１、ＲＩＴ１、ＧＡＴＡ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＲＨＥＢ、ＲＯＳ１、ＡＲＡＦ、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＲＨＯＡ、およびＮＴＲＫ１からなる群から選択される少なくとも５種の遺伝子に選択的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチド分子のセット。
（項目６９）
前記オリゴヌクレオチド分子が、１０〜２００塩基の長さである、項目６８に記載のセット。
（項目７０）
前記オリゴヌクレオチド分子が、前記少なくとも５種の遺伝子のエクソン領域に選択的にハイブリダイズする、項目６８に記載のキット。
（項目７１）
前記オリゴヌクレオチド分子が、前記少なくとも５種の遺伝子における少なくとも３０種のエクソンに選択的にハイブリダイズする、項目７０に記載のキット。
（項目７２）
複数のオリゴヌクレオチド分子が、前記少なくとも３０種のエクソンのそれぞれに選択的にハイブリダイズする、項目７１に記載のキット。
（項目７３）
各エクソンにハイブリダイズする前記オリゴヌクレオチド分子が、少なくとも１種の他のオリゴヌクレオチド分子と重複する配列を有する、項目７２に記載のキット。
（項目７４）
それぞれ異なる分子バーコードを有する複数のライブラリーアダプタを含有する第１の容器と、
複数の配列決定アダプタを含有する第２の容器であって、各配列決定アダプタが、シーケンサーモチーフの少なくとも一部分および任意選択で試料バーコードを含む第２の容器と
を含むキット。
（項目７５）
前記配列決定アダプタが、前記試料バーコードを含む、項目７４に記載のキット。
（項目７６）
無細胞ＤＮＡ試料における配列バリアントを検出するための方法であって、９９．９％を超える特異性で、１％未満の濃度の稀なＤＮＡを検出するステップを含む、方法。
（項目７７）
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド分子のセットを含む試料を用意するステップであって、各二本鎖ポリヌクレオチド分子が、第１および第２の相補鎖を含むステップと、
（ｂ）前記二本鎖ポリヌクレオチド分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップであって、各二重鎖タグが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子の前記第１および第２の相補鎖を異なってタグ付けするステップと、
（ｃ）前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップと、
（ｄ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｅ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｆ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定するステップと、（ｇ）プログラムされたコンピュータプロセッサにより、各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記セットにおける総二本鎖ポリヌクレオチド分子の定量的尺度を推定するステップと
を含む方法。
（項目７８）
（ｈ）前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにおけるステップ（ｇ）において決定された正規化された総定量的尺度を決定し、前記正規化された尺度に基づきコピー数バリエーションを決定することにより、前記試料におけるコピー数バリエーションを検出するステップをさらに含む、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記試料が、無細胞核酸から実質的に供給される二本鎖ポリヌクレオチド分子を含む、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
前記二重鎖タグが、配列決定アダプタではない、項目７７に記載の方法。
（項目８１）
配列リードの前記セットにおける冗長性を低下させるステップが、前記試料における本来のポリヌクレオチド分子の増幅された産物から産生された配列リードを、前記本来のポリヌクレオチド分子に戻るよう崩壊させるステップを含む、項目７７に記載の方法。
（項目８２）
前記本来のポリヌクレオチド分子のコンセンサス配列を決定するステップをさらに含む、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
配列バリアントを含む１種または複数の遺伝子座におけるポリヌクレオチド分子を同定するステップをさらに含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードの定量的尺度を決定するステップであって、前記ペアの両方の鎖が、配列バリアントを含むステップをさらに含む、項目８２に記載の方法。
（項目８５）
ペア形成された分子の定量的尺度を決定するステップであって、前記ペアの一方のメンバーのみが配列バリアントを有するステップ、および／または配列バリアントを有するペア形成されない分子の定量的尺度を決定するステップをさらに含む、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
（ａ）シーケンサーからメモリへと、二重鎖タグをタグ付けされたポリヌクレオチドの配列リードのセットを受け取るステップと、
（ｂ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｃ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｄ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする（ｉ）前記ペア形成されたリードおよび（ｉｉ）前記ペア形成されないリードの定量的尺度を決定するステップと、（ｅ）各遺伝子座にマッピングするペア形成されたリードおよびペア形成されないリードの前記定量的尺度に基づき、前記１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記セットにおける総二本鎖ポリヌクレオチド分子の定量的尺度を推定するステップと
を含む方法。
（項目８７）
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド分子のセットを含む試料を用意するステップであって、各二本鎖ポリヌクレオチド分子が、第１および第２の相補鎖を含むステップと、
（ｂ）前記二本鎖ポリヌクレオチド分子に二重鎖タグのセットをタグ付けするステップであって、各二重鎖タグが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子の前記第１および第２の相補鎖を異なってタグ付けするステップと、
（ｃ）前記タグ付けされた鎖の少なくとも一部を配列決定して、配列リードのセットを産生するステップと、
（ｄ）配列リードの前記セットにおける冗長性を低下および／または追跡するステップと、
（ｅ）配列リードをペア形成されたリードおよびペア形成されないリードへと選別するステップであって、（ｉ）各ペア形成されたリードが、前記セットにおける二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第１のタグ付けされた鎖および第２の異なってタグ付けされた相補鎖から生成された配列リードに対応し、（ｉｉ）各ペア形成されないリードが、配列リードの前記セットにおける前記配列リードの中に表される二本鎖ポリヌクレオチド分子に由来する第２の異なってタグ付けされた相補鎖を持たない第１のタグ付けされた鎖を表すステップと、
（ｆ）（ｉ）前記ペア形成されたリード、（ｉｉ）１種または複数の遺伝子座のそれぞれにマッピングする前記ペア形成されないリード、（ｉｉｉ）前記ペア形成されたリードのリード深度および（ｉｖ）ペア形成されないリードのリード深度のうち少なくとも２種の定量的尺度を決定するステップと
を含む方法。
（項目８８）
（ａ）対照親ポリヌクレオチドに第１のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドを産生するステップであって、前記第１のタグセットが、複数のタグを含み、前記第１のタグセットにおける各タグが、同じ対照タグおよび同定タグを含み、前記タグセットが、複数の異なる同定タグを含むステップと、
（ｂ）被験親ポリヌクレオチドに第２のタグセットをタグ付けして、タグ付けされた被験親ポリヌクレオチドを産生するステップであって、前記第２のタグセットが、複数のタグを含み、前記第２のタグセットにおける各タグが、前記対照タグおよび同定タグから識別可能な同じ被験タグを含み、前記第２のタグセットが、複数の異なる同定タグを含むステップと、
（ｃ）タグ付けされた対照親ポリヌクレオチドをタグ付けされた被験親ポリヌクレオチドと混合して、プールを形成するステップと、
（ｄ）前記プールにおけるタグ付けされた親ポリヌクレオチドを増幅して、増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドのプールを形成するステップと、
（ｅ）前記増幅されたプールにおける増幅されたタグ付けされたポリヌクレオチドを配列決定して、複数の配列リードを産生するステップと、
（ｆ）配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、同じ親ポリヌクレオチドから生成された配列リードを含み、この群分けが、任意選択で、同定タグおよび前記親ポリヌクレオチドの開始／終了配列由来の情報に基づくステップと、任意選択で、群における前記複数の配列リード由来の複数の親ポリヌクレオチドのそれぞれのコンセンサス配列を決定するステップと、
（ｇ）被験タグまたは対照タグを有することに基づき、対照親ポリヌクレオチドまたは被験親ポリヌクレオチドとして各ファミリーまたはコンセンサス配列を分類するステップと、
（ｈ）少なくとも２種の遺伝子座のそれぞれにマッピングする対照親ポリヌクレオチドおよび対照被験ポリヌクレオチドの定量的尺度を決定するステップと、
（ｉ）少なくとも１種の遺伝子座にマッピングする被験親ポリヌクレオチドおよび対照親ポリヌクレオチドの相対的分量に基づき、前記少なくとも１種の遺伝子座における前記被験親ポリヌクレオチドにおけるコピー数バリエーションを決定するステップと
を含む方法。
（項目８９）
（ａ）複数の鋳型ポリヌクレオチドから複数の配列リードを生成するステップであって、各ポリヌクレオチドが、ゲノム遺伝子座にマッピングされるステップと、
（ｂ）前記配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、前記鋳型ポリヌクレオチドのうち１種から生成された配列リードを含むステップと、
（ｃ）前記ファミリーのそれぞれに対し前記ゲノム遺伝子座においてヌクレオチド塩基または配列をコールするステップと、
（ｄ）前記ゲノム遺伝子座において、
ｉ．前記コールの中のゲノム変更、
ｉｉ．前記コールの中の遺伝子変更の頻度、
ｉｉｉ．コールの総数、
ｉｖ．前記コールの中の変更の総数
のいずれかを検出するステップと
を含む方法。
（項目９０）
コールが、系統発生解析、投票、秤量、ファミリーにおける前記遺伝子座における各リードへの確率の割り当ておよび最高確率での前記ヌクレオチド塩基のコールのいずれかを含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
２種の遺伝子座において行われ、前記遺伝子座のそれぞれにおける計数に基づき、前記遺伝子座のうち１種におけるＣＮＶを決定するステップを含む、項目８９に記載の方法。
（項目９２）
（ａ）二本鎖デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ポリヌクレオチド由来の挿入物を含み、４〜百万種の間の異なるタグを有するタグ付けされたライブラリーを産生するように、アダプタを前記二本鎖ＤＮＡポリヌクレオチドにライゲーションするステップであって、ライゲーションが、単一の反応容器内で行われ、前記アダプタが、分子バーコードを含むステップと、
（ｂ）前記タグ付けされたライブラリーにおける前記二本鎖ＤＮＡポリヌクレオチドのそれぞれの複数の配列リードを生成するステップと、
（ｃ）タグにおける情報および前記挿入物の末端における情報に基づき、配列リードをファミリーへと群分けするステップであって、各ファミリーが、前記二本鎖ＤＮＡポリヌクレオチドの中の単一ＤＮＡポリヌクレオチドから生成された配列リードを含むステップと、
（ｄ）ファミリーのメンバーにおける位置におけるヌクレオチド塩基に基づき、前記二本鎖ＤＮＡ分子における前記各位置におけるヌクレオチド塩基をコールするステップと
を含む方法。
（項目９３）
（ｄ）が、前記配列リードの少なくともサブセット由来の複数の連続的塩基をコールして、前記二本鎖ＤＮＡ分子における単一ヌクレオチドバリエーション（ＳＮＶ）を同定するステップを含む、項目９３に記載の方法。