【手続補正書】
【提出日】平成30年3月7日(2018.3.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
操作された遺伝システムであって、
毒性因子、毒素、エフェクター、病原性成分、および／または抗生物質耐性形質をコードする目的の核酸を特異的に標的とし、分解するように設計されたヌクレアーゼモジュール；ならびに
１つの宿主細胞から別の宿主細胞に前記システムを拡散させることができる合成可動性遺伝子エレメント（ＭＧＥ）モジュール；
を含み、前記ヌクレアーゼモジュールが、前記ＭＧＥモジュール中に位置した遺伝子によってコードされるヌクレアーゼを含む、遺伝システム。
【請求項２】
前記ヌクレアーゼモジュールが、Ｃａｓタンパク質および１つまたは複数の合成ｃｒＲＮＡを含み、各ｃｒＲＮＡが、前記目的の核酸に由来する標的配列を有するスペーサーを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記ｃｒＲＮＡ（複数可）が、ＣＲＩＳＰＲアレイから転写され、プロセシングされる、請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記ＣＲＩＳＰＲアレイが、誘導プロモーターまたは構成的プロモーターの制御下に置かれている、請求項３に記載のシステム。
【請求項５】
前記ヌクレアーゼモジュールが、前記Ｃａｓタンパク質および前記ｃｒＲＮＡと複合体を形成するｔｒａｃｒＲＮＡをさらに含む、請求項２から４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項６】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡが、誘導プロモーターまたは構成的プロモーターの制御下に置かれている、請求項５に記載のシステム。
【請求項７】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡおよび前記ｃｒＲＮＡが、単一ガイドＲＮＡ中に備えられている、請求項５または６に記載のシステム。
【請求項８】
前記Ｃａｓタンパク質が、構成的または誘導的に発現される、請求項２に記載のシステム。
【請求項９】
前記標的配列が、前記目的の核酸中のプロトスペーサー近接モチーフ（ＰＡＭ）に直接隣接している、請求項２に記載のシステム。
【請求項１０】
前記Ｃａｓタンパク質が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９ヌクレアーゼであり、前記ＰＡＭが、前記標的配列の３’側にＮＧＧ配列を有する、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計された転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計された亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計されたメガヌクレアーゼを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１４】
前記毒性因子、前記毒素、前記エフェクター、前記病原性成分、および／または前記抗生物質耐性形質が、表１および２に列挙されたものから選択される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１５】
前記ＭＧＥモジュールが、トランスポサーゼをコードする遺伝子、およびバクテリオファージ、接合性プラスミド、または接合性トランスポゾンから選択されるＭＧＥを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１６】
前記トランスポサーゼが、Ｔｎ３またはＴｎ５に由来し、前記ＭＧＥが、Ｔｎ９１６、ＲＫ２、Ｐ１、Ｔｎ５２８０、またはＴｎ４６５１に由来する、請求項１５に記載のシステム。
【請求項１７】
疾患もしくは感染の防止および／もしくは処置、抗生物質耐性の防止および／もしくは処置、抗生物質耐性の伝播の限定、ならびに／または環境病原体の除染に使用するための組成物であって、請求項１に記載のシステムを含む操作された生物を含む組成物。
【請求項１８】
前記システムが、細菌細胞、古細菌細胞、および／または酵母細胞から選択される宿主中に導入される、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
胃腸管内で使用するための経口組成物であって、請求項１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクスを含む組成物。
【請求項２０】
尿路内で使用するための組成物であって、請求項１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクスを含む組成物。
【請求項２１】
皮膚上で使用するための局所用組成物であって、請求項１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクスを含む組成物。
【請求項２２】
前記宿主が、細菌のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、またはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ門から選択される、請求項１９から２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記宿主が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＦＳ５１９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  ＣＣＵＧ  ３９９１３、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｓｍａｒｌａｂ  ３３０１１８６、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  ＭＰＮ分離株群６、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＤＳＭ  １２１４８、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｓｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＷＨ２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＷＨ３０２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓを含めたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２４】
前記宿主が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｌｔａｅａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＤＳＭ  ６８７７（ＦＳ４１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  Ａ２−２０７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．
Ａ２−１８３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＬ６／１／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＧＭ２／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１９４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１６６、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１７５、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＲ１／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．
Ｌ１−８３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ｌ２−６、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−２３１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１６５、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＳ２／１を含めたＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２５】
前記宿主が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅを含めたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ種から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２６】
前記宿主が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌａ  ｈｉｓｔａｍｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ、Ｂｕｌｌｅｉｄａ  ｍｏｏｒｅｉ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＣＫ０３５、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ
ｃａｔｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｐ．  Ｅ２＿２０、Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｒ００２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚｉａｅ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ、Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｎｄｓｖａｌｌｅｎｓｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、およびＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓから選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２７】
前記宿主が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、および／またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２８】
前記宿主が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉから選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２９】
前記宿主が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ  ＧＢＩ−３０，６０８６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｌａｃｔｉｓ  ＢＢ−１２、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．  ｉｎｆａｎｔｉｓ  ３５６２４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  Ｓｔ１１（またはＮＣＣ２４６１）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  Ｌａ１（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  ＮＣＣ５３３）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ２９９ｖ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＡＴＣＣ  ５５７３０、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＤＳＭ  １７９３８、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＡＴＣＣ  ＰＴＡ  ５２８９、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＲ−１、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＬ１２８５、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ＬＢＣ８０Ｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ＨＥＡＬ  ９、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ８７００：２、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ＬＭＧ  Ｐ  ２２０４３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  ＢＦＥ  ６１２８、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ  ＭＥ−３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ＢＦＥ  １６８５、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＢＢ５３６、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＬＢ２１  ＮＣＩＭＢ  ４０５６４から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項３０】
前記宿主が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ株から選択される、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項３１】
前記宿主が、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＨＳ、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳＥ１１、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳＥ１５、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｗ、およびＥ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７から選択される、請求項１９、２０、または３０に記載の組成物。
【請求項３２】
前記宿主が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ、およびＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属から選択される、請求項２１に記載の組成物。
【請求項３３】
前記宿主が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍから選択される、請求項２１に記載の組成物。
【請求項３４】
疾患もしくは感染を防止および／もしくは処置するため、抗生物質耐性を防止および／もしくは処置するため、ならびに／または抗生物質耐性の伝播を限定するための請求項１９から３３のいずれか一項に記載の組成物であって、それを必要とする被験体に投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項３５】
請求項１７に記載の少なくとも１種の操作された生物を含む細胞の集団であって、前記少なくとも１種の操作された生物中のＭＧＥモジュールが、前記集団中の他の細胞内に操作された遺伝システムを伝播させることができる、細胞の集団。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３２】
本明細書に開示の少なくとも１種の操作された生物または操作されたプロバイオティクスを含む細胞の集団であって、少なくとも１種の操作された生物またはプロバイオティクス中のＭＧＥモジュールが、集団中の他の細胞内に操作された遺伝システムを伝播させることができる細胞の集団も本明細書に提供されている。時間をわたって、細胞の集団は、細胞の集団中の目的の核酸を標的とし、分解することができる操作された遺伝システムに供される。このように、１つの操作された細胞または細胞の小さい群で細胞の集団を「ワクチン接種」すると、細胞の集団の望ましくない形質と有効に闘い、またはこれらを排除し、それによって例えば、胃腸、皮膚、もしくは尿路の疾患および感染症の処置、抗生物質耐性の伝播の防止、ならびに／または環境病原体の除染を達成することができる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
操作された遺伝システムであって、
毒性因子、毒素、エフェクター、病原性成分、および／または抗生物質耐性形質をコードする目的の核酸を特異的に標的とし、分解するように設計されたヌクレアーゼモジュール；ならびに
１つの宿主細胞から別の宿主細胞に前記システムを拡散させることができる合成可動性遺伝子エレメント（ＭＧＥ）モジュール；
を含み、前記ヌクレアーゼモジュールが、前記ＭＧＥモジュール中に位置した遺伝子によってコードされるヌクレアーゼを含む、遺伝システム。
（項目２）
前記ヌクレアーゼモジュールが、Ｃａｓタンパク質および１つまたは複数の合成ｃｒＲＮＡを含み、各ｃｒＲＮＡが、前記目的の核酸に由来する標的配列を有するスペーサーを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記ｃｒＲＮＡ（複数可）が、ＣＲＩＳＰＲアレイから転写され、プロセシングされる、項目１に記載のシステム。
（項目４）
前記ＣＲＩＳＰＲアレイが、誘導プロモーターまたは構成的プロモーターの制御下に置かれている、項目２に記載のシステム。
（項目５）
前記ヌクレアーゼモジュールが、前記Ｃａｓタンパク質および前記ｃｒＲＮＡと複合体を形成するｔｒａｃｒＲＮＡをさらに含む、項目２から４のいずれか一項に記載のシステム。
（項目６）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡが、誘導プロモーターまたは構成的プロモーターの制御下に置かれている、項目５に記載のシステム。
（項目７）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡおよび前記ｃｒＲＮＡが、単一ガイドＲＮＡ中に備えられている、項目５または６に記載のシステム。
（項目８）
前記Ｃａｓタンパク質が、構成的または誘導的に発現される、項目２に記載のシステム。
（項目９）
前記標的配列が、前記目的の核酸中のプロトスペーサー近接モチーフ（ＰＡＭ）に直接隣接している、項目２に記載のシステム。
（項目１０）
前記Ｃａｓタンパク質が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９ヌクレアーゼであり、前記ＰＡＭが、前記標的配列の３’側にＮＧＧ配列を有する、項目９に記載のシステム。
（項目１１）
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計された転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）を含む、項目１に記載のシステム。
（項目１２）
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計された亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を含む、項目１に記載のシステム。
（項目１３）
前記ヌクレアーゼが、前記目的の核酸を標的とし、分解するように設計されたメガヌクレアーゼを含む、項目１に記載のシステム。
（項目１４）
前記毒性因子、前記毒素、前記エフェクター、前記病原性成分、および／または前記抗生物質耐性形質が、表１および２に列挙されたものから選択される、項目１に記載のシステム。
（項目１５）
前記ＭＧＥモジュールが、トランスポサーゼをコードする遺伝子、およびバクテリオファージ、接合性プラスミド、または接合性トランスポゾンから選択されるＭＧＥを含む、項目１に記載のシステム。
（項目１６）
前記トランスポサーゼが、Ｔｎ３またはＴｎ５に由来し、前記ＭＧＥが、Ｔｎ９１６、ＲＫ２、Ｐ１、Ｔｎ５２８０、またはＴｎ４６５１に由来する、項目１５に記載のシステム。
（項目１７）
疾患もしくは感染の防止および／もしくは処置、抗生物質耐性の防止および／もしくは処置、抗生物質耐性の伝播の限定、ならびに／または環境病原体の除染に使用するための、項目１に記載のシステムを含む操作された生物。
（項目１８）
前記システムが、細菌細胞、古細菌細胞、および／または酵母細胞から選択される宿主中に導入される、項目１７に記載の操作された生物。
（項目１９）
胃腸管内で使用するための経口プロバイオティクスである、項目１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクス。
（項目２０）
尿路内で使用するためのプロバイオティクスである、項目１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクス。
（項目２１）
皮膚上で使用するための局所用プロバイオティクスである、項目１８に記載の操作された生物を含む操作されたプロバイオティクス。
（項目２２）
前記宿主が、細菌のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、またはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ門から選択される、項目１９から２１のいずれか一項に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２３）
前記宿主が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＦＳ５１９、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  ＣＣＵＧ  ３９９１３、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｓｍａｒｌａｂ  ３３０１１８６、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  ＭＰＮ分離株群６、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＤＳＭ  １２１４８、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｓｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＷＨ２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＷＨ３０２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓを含めたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２４）
前記宿主が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｌｔａｅａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＤＳＭ  ６８７７（ＦＳ４１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  Ａ２−２０７、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．
Ａ２−１８３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＬ６／１／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＧＭ２／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１９４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１６６、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１７５、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＲ１／１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．
Ｌ１−８３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ｌ２−６、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−２３１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  Ａ２−１６５、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＳＳ２／１を含めたＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２５）
前記宿主が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅを含めたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ種から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２６）
前記宿主が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌａ  ｈｉｓｔａｍｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ、Ｂｕｌｌｅｉｄａ  ｍｏｏｒｅｉ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＣＫ０３５、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ
ｃａｔｕｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｐ．  Ｅ２＿２０、Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｒ００２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚｉａｅ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ、Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｎｄｓｖａｌｌｅｎｓｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、およびＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓから選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２７）
前記宿主が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、および／またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２８）
前記宿主が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉから選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目２９）
前記宿主が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ  ＧＢＩ−３０，６０８６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｌａｃｔｉｓ  ＢＢ−１２、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．  ｉｎｆａｎｔｉｓ  ３５６２４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  Ｓｔ１１（またはＮＣＣ２４６１）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  Ｌａ１（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  ＮＣＣ５３３）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ２９９ｖ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＡＴＣＣ  ５５７３０、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＤＳＭ  １７９３８、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＡＴＣＣ  ＰＴＡ  ５２８９、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＲ−１、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＬ１２８５、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ＬＢＣ８０Ｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ＨＥＡＬ  ９、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ８７００：２、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ  ＬＭＧ  Ｐ  ２２０４３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ  ＢＦＥ  ６１２８、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ  ＭＥ−３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ  ＢＦＥ  １６８５、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＢＢ５３６、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＬＢ２１  ＮＣＩＭＢ  ４０５６４から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目３０）
前記宿主が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ株から選択される、項目１９または２０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目３１）
前記宿主が、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＨＳ、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳＥ１１、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳＥ１５、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｗ、およびＥ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７から選択される、項目１９、２０、または３０に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目３２）
前記宿主が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ、およびＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属から選択される、項目２１に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目３３）
前記宿主が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍから選択される、項目２１に記載の操作されたプロバイオティクス。
（項目３４）
疾患もしくは感染を防止および／もしくは処置するため、抗生物質耐性を防止および／もしくは処置するため、ならびに／または抗生物質耐性の伝播を限定するための方法であって、それを必要とする被験体に有効量の項目１９から３３のいずれか一項に記載の操作されたプロバイオティクスを投与することを含む、方法。
（項目３５）
項目１７に記載の少なくとも１種の操作された生物を含む細胞の集団であって、前記少なくとも１種の操作された生物中のＭＧＥモジュールが、前記集団中の他の細胞内に操作された遺伝システムを伝播させることができる、細胞の集団。