【手続補正書】
【提出日】平成30年10月19日(2018.10.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
場合により、関節リウマチ、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス、アルツハイマー病、パーキンソン病及びてんかんのうちの１つ又は複数を含む自己免疫障害及び炎症障害；神経障害及び神経変性障害；疼痛及び侵害障害；並びに心血管障害のうちの１つ又は複数の処置及び／又は予防における使用のための、配列番号３６、又は対応する配列のアミノ酸配列を含むタンパク質サブユニットの非対称性ＴＮＦαトリマーであって、Ｘ線結晶解析により決定された場合、参照構造化合物３４．ｐｄｂの同じ原子の０．９Å  ＲＭＳＤ以内の全てのサブユニットについて、配列番号３６、又は対応する配列の残基１２〜１８、４７〜５０、５４〜６４、７６〜８２、９１〜９７、１１７〜１２５、１２９〜１３７、及び１５０〜１５６のＣα原子を含むコンフォメーションを採用し、ＴＮＦＲ１に結合することができるが、前記結合したＴＮＦＲ１からのシグナリングが減弱又は拮抗される、上記ＴＮＦαトリマーを含む、ヒト又は動物の体の治療剤。
【請求項２】
（ａ）ＲＭＳＤが０．８５、０．８、０．７、０．６５、０．６、０．５又は０．４７Å以内、
（ｂ）コンフォメーションが、化合物（１）〜（６４）のいずれか１つとの複合体を形成するＴＮＦαトリマーを介して得ることができる、又は得られる、請求項１に記載の治療剤。
【請求項３】
場合により、関節リウマチ、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス、アルツハイマー病、パーキンソン病及びてんかんのうちの１つ又は複数を含む自己免疫障害及び炎症障害；神経障害及び神経変性障害；疼痛及び侵害障害；並びに心血管障害のうちの１つ又は複数の処置における使用のための、配列番号３６、又は対応する配列のアミノ酸配列を含むタンパク質サブユニットのＴＮＦαトリマーと、ＴＮＦαトリマーに結合することができる化合物とを含む複合体であって、化合物−トリマー複合体がＴＮＦＲ１に結合し、ＴＮＦＲ１を介してトリマーにより誘導されるシグナリングを減弱させ、Ｘ線結晶解析により決定された場合、化合物がＴＮＦαトリマー内に結合しているファーマコフォアを含み、それが以下の残基：サブユニットＡのＬｅｕ５７；サブユニットＢのＴｙｒ１１９；サブユニットＢのＧｌｙ１２１；サブユニットＢのＧｌｙ１２２；サブユニットＣのＴｙｒ５９；サブユニットＣのＬｅｕ１２０；及びサブユニットＣのＴｙｒ１５１の全ての４Å以内にあり、ファーマコフォアが、２個の縮合した５又は６員環（「Ｒ３」及び「Ｒ２」に中心を有する）からなり、一方の環（Ｒ２に中心を有する）がＨ結合アクセプター（「Ａ１」）を含み、さらに、連結非水素原子を介してさらなる５又は６員環（「Ｒ４」に中心を有する）に置換されている、上記複合体を含む、ヒト又は動物の体の治療剤。
【請求項４】
（ａ）Ｒ２環が５又は６員であり、
（ｂ）Ｒ３環が５又は６員であり、
（ｃ）Ｒ４環が５又は６員であり、
（ｄ）Ｒ２環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｅ）Ｒ３環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｆ）Ｒ４環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｇ）縮合環が２個の原子を共有し、
（ｈ）連結非水素原子が炭素、窒素、又は酸素であり、
（ｉ）Ａ１特徴部がＲ２環中の窒素又は酸素原子によるものであり、
（ｊ）Ａ１特徴部がＴＮＦαトリマーのサブユニットＣ上のＴｙｒ１５１の側鎖に水素結合し、
（ｋ）Ｒ２、Ｒ３及びＲ４環、並びにＡ１特徴部が、以下の表に記載のＴＮＦαトリマー構造体内に配置されており、
【表１】
2018524311.tif 000001
（ｌ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＡ１特徴部の間の距離の１つ又は複数が、以下の表に記載の値のほぼその値、正確にその値、又はその値の１０％以内にあり、
【表２】
2018524311.tif 000002
（ｍ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＡ１特徴部の間の角度の１又は複数が、以下の表に記載の値のほぼその値、正確にその値、又はその値の１０％以内にあり
【表３】
2018524311.tif 000003
（ｎ）Ｒ３−Ｒ２−Ｒ４の角度が、ＴＮＦαトリマーの非対称化に関与するバナナ形を画定し、
（ｏ）ファーマコフォアを含む化合物が２０〜４１個の非水素原子を有し、
（ｐ）化合物が化合物（１）〜（６４）のいずれか１つである、請求項３に記載の治療剤。
【請求項５】
治療がヒトの体に対するものである、請求項１、２、又は３に記載の治療剤。
【請求項６】
複合体中のＴＮＦαトリマーが、請求項１又は２に定義されるＴＮＦαトリマーである、請求項３から５までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項７】
（ａ）化合物が、ＴＮＦＲ１受容体を介してＴＮＦαトリマーにより誘導されるシグナリングに拮抗し：及び／又は
（ｂ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、ＴＮＦαトリマーの安定性を増加させ、
ここで、場合により、安定性の増加が、少なくとも１℃、少なくとも１０℃、又は１０℃〜２０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらし、及び／又は
（ｃ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性と比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性を増加させ、
ここで、場合により、
（ｉ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合に関するｋｏｎ−ｒ及びｋｏｆｆ−ｒ値と比較して、結合速度（ｋｏｎ−ｒ）を増加させること、及び／又は解離速度（ｋｏｆｆ−ｒ）を減少させることにより、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性を増加させ、及び／又は
（ｉｉ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを減少させ、
化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを少なくとも１０分の１に減少させ；
化合物の存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が１０ｎＭ未満であり、又は
化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを少なくとも４分の１に減少させ；
化合物の存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が６００ｐＭ未満であり、
場合により、化合物の存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が２００ｐＭ未満であり；及び／又は
（ｄ）前記化合物が５００ｎＭ以下のＩＣ５０値を有する、請求項３から６までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項８】
（ａ）ＴＮＦαトリマーがＴＮＦＲ１受容体のシグナリングに拮抗し、及び／又は
（ｂ）ＴＮＦαトリマーが対称性ＴＮＦαトリマーの安定性と比較して増加した安定性を有し、
ここで、場合により、安定性の増加が、少なくとも１℃、少なくとも１０℃、又は１０℃〜２０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらし、及び／又は
（ｃ）ＴＮＦαトリマーが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性ＴＮＦαトリマーの結合親和性と比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対する増加した結合親和性を有し、
ここで、場合により、
（ｉ）ＴＮＦαトリマーが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性ＴＮＦαトリマーの結合に関するｋｏｎ−ｒ及びｋｏｆｆ−ｒ値と比較して、結合速度（ｋｏｎ−ｒ）を増加させること、及び／又は解離速度（ｋｏｆｆ−ｒ）を減少させることにより、ＴＮＦＲ１受容体に対する増加した結合親和性を有し、及び／又は
（ｉｉ）ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性ＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して減少し、
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性ＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して少なくとも１０分の１に減少し；
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が１０ｎＭ未満であり；又は
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性ＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して少なくとも４分の１に減少し；
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が６００ｐＭ未満であり、
ここで、場合により、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が２００ｐＭ未満である、請求項１又は２に記載の治療剤。
【請求項９】
（ａ）前記ＴＮＦαトリマーが、１ｎＭ以下のＫＤ−ａｂで以下の抗体：配列番号２６の配列の軽鎖及び配列番号２７の配列の重鎖を有するＣＡ１８５＿１９７９；又は配列番号１１の配列の軽鎖及び配列番号１２の配列の重鎖を有するＣＡ１８５＿１９７４のいずれかに結合し；及び／又は
（ｂ）ＴＮＦαトリマーが可溶性ＴＮＦα、膜結合型ＴＮＦα、又は可溶性ＴＮＦαと膜結合型ＴＮＦαの両方であり；及び／又は
（ｃ）ＴＮＦαトリマーが配列番号３６のタンパク質配列を含む、又はそれからなる、請求項１から８までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１０】
場合により感染がＴＢ及び／又は細菌性敗血症及び／又は真菌感染であり、或いは悪性腫瘍がリンパ腫である、感染及び／又は悪性腫瘍を誘導しない、或いは悪化させない、請求項１から９までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１１】
空間群Ｐ２１  ２１  ２１、Ｐ２１  ２１  ２、又はＰ１  ２１  １を有するＴＮＦαトリマー結晶であって、場合により
（ａ）ＴＮＦαトリマー結晶が配列番号３５又は３６に記載のアミノ酸残基を含むポリペプチドを含み；及び／又は
（ｂ）結晶が、単位格子寸法ａ＝５４Å±１〜２Å、ｂ＝８１Å±１〜２Å、ｃ＝９３Å±１〜２Å、アルファ＝９０度、ベータ＝９０度、及びガンマ＝９０度又はａ＝４７．７Å±１〜２Å、ｂ＝９５．８Å±１〜２Å、ｃ＝１００．７Å±１〜２Å、アルファ＝９０度、ベータ＝９９．１度、及びガンマ＝９０度を有し；及び／又は
（ｃ）結晶が化合物（１）〜（６４）のいずれかをさらに含む、上記ＴＮＦαトリマー結晶。
【請求項１２】
ａ）化合物１．ｐｄｂ〜化合物６４．ｐｄｂのいずれかに記載のＴＮＦαトリマーの構造座標を非対称性ＴＮＦαトリマーの３次元モデルとして使用するため；
ｂ）３次元モデルにおけるトリマーの中心の結合ポケットを分析するため；及び
ｃ）前記結合部位に適合する低分子についてｉｎ  ｓｉｌｉｃｏライブラリーをスクリーニングするため
の実行可能なコードを含むコンピュータ。
【請求項１３】
アポＴＮＦαトリマーの潜在的な阻害剤を同定するための方法であって、
ａ）化合物１．ｐｄｂ〜化合物６４．ｐｄｂのいずれかに記載のＴＮＦαトリマーの構造座標を使用して、非対称性ＴＮＦαトリマーの３次元モデルを生成するステップ；
ｂ）３次元モデルにおけるトリマーの中心の結合ポケットの残基を同定するステップ；
ｃ）結合部位残基を使用して特異的３Ｄ標的を生成するステップ；
ｄ）特異的３Ｄ標的を用いて、ＴＮＦαトリマーの潜在的な阻害剤を設計又は選択するステップ；
ｅ）潜在的な阻害剤を取得するステップ；及び
ｆ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏで潜在的な阻害剤とアポＴＮＦαトリマーとを接触させて、前記潜在的な阻害剤が前記アポＴＮＦαトリマーと相互作用する能力を決定するステップ
を含み、相互作用する能力が、アポＴＮＦαトリマーの前記潜在的な阻害剤が決定されることを示す、上記方法。
【請求項１４】
アポＴＮＦαトリマーに結合する化合物を設計する方法であって、
ａ）化合物１．ｐｄｂ〜化合物６４．ｐｄｂのいずれかに記載のＴＮＦαトリマーの原子座標を使用して、ＴＮＦαトリマーの中心の結合ポケットの３次元コンピュータモデルを構築するステップ；
ｂ）化合物と結合ポケットとの立体化学的相補性を評価するステップ；
ｃ）タンパク質／化合物結合に影響するタンパク質又は化合物の変化を観察することによって、反復手法で立体化学的相補性を最適化するステップ；及び
ｄ）前記タンパク質／化合物の立体化学的相補性を最適化する化合物を設計するステップ
を含む、上記方法。
【請求項１５】
アポＴＮＦαトリマーの中心の結合ポケットと相互作用する候補阻害剤を同定するための方法であって、
ａ）請求項１１に記載の結晶を取得するステップ；
ｂ）ステップａ）の結晶のアミノ酸の構造座標を取得するステップ；
ｃ）ステップｂ）で生成されたアミノ酸の構造座標を使用してＴＮＦαトリマーの３−Ｄモデルを生成するステップ；
ｄ）３−ＤモデルからＴＮＦαトリマーの中心の結合ポケットを決定するステップ；
ｅ）コンピュータ適合分析を実行して、結合ポケットと相互作用する候補阻害剤を設計又は同定するステップ；及び
ｆ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏで、設計又は同定された候補阻害剤とアポＴＮＦαトリマーとを接触させて、ＴＮＦα活性に対する阻害剤の効果を決定するステップ
を含む、上記方法。
【請求項１６】
アポＴＮＦαトリマーに結合する化合物を同定する方法であって、
ａ）請求項１１に記載の結晶を使用してＴＮＦαトリマーの３−Ｄ分子モデルを取得するステップ；
ｂ）合理的薬物設計の方法においてステップａ）のモデルを使用して、ＴＮＦαトリマーの中心に結合することができる候補化合物を同定するステップ；及び
ｃ）ステップｂ）で同定された結合候補化合物の存在下でＴＮＦα活性についてアッセイすることによって、アポＴＮＦαトリマーに結合する化合物を同定するステップ
を含む、上記方法。
【請求項１７】
アポＴＮＦαトリマーの阻害剤の同定における、請求項１１に記載の結晶又は化合物１．ｐｄｂ〜化合物６４．ｐｄｂのいずれかの構造座標の使用。