【手続補正書】
【提出日】平成30年9月3日(2018.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中において第１の標的と第２の標的が近接していることを決定する方法であって：
第１の修飾結合分子を第１の標的に結合させ、第１の複合体を形成することであって、第１の修飾結合分子が、切断部位を含む切断可能な架橋成分と、検出可能な部分と、第１の化学ライゲーション基とを含み、切断部位は、検出可能な部分及び第１の化学ライゲーション基より第１の修飾結合分子に近接しており、第１の化学ライゲーション基は、切断可能な架橋成分の末端にあり、第１の化学ライゲーション基は生理的条件下で安定である、第１の修飾結合分子を第１の標的に結合させ、第１の複合体を形成すること；
第２の修飾結合分子を第２の標的に結合させ、第２の複合体を形成することであって、第２の修飾結合分子が、第２の化学ライゲーション基を含む切断不能な架橋成分を含み、第２の化学ライゲーション基は、切断不能な架橋成分の末端にあり、第２の化学ライゲーション基は生理的条件下で安定である、第２の修飾結合分子を第２の標的に結合させ、第２の複合体を形成すること；
第１の化学ライゲーション基を第２の化学ライゲーション基に共有結合させ、第１の標的と第２の標的とが近接しているところに共有結合単位を形成すること；
共有結合単位が第２の修飾結合分子に結合して第１の修飾結合分子には結合しないように、切断可能な架橋成分の切断部位を切断すること；
共有結合単位の一部ではない切断可能な架橋成分を除去すること；及び
検出可能な部分を可視化することであって、第１の標的と第２の標的は検出可能な部分が可視であるところで近接している、可視化すること
を含む方法。
【請求項２】
第１の標的と第２の標的とは、互いに約４０ｎｍ未満の距離にあるという意味で近接しており、任意選択的に第１の標的と第２の標的とは、互いに約３０ｎｍ未満の距離にあるという意味で近接している、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
第１の修飾結合分子が第１の抗体を含み、かつ第２の修飾結合分子が第２の抗体を含む、又は、第１の修飾結合分子が第１の一次抗体及び第１の二次抗体を含み、かつ第２の修飾結合分子が第２の一次抗体及び第２の二次抗体を含み、第１の二次抗体が第１の一次抗体に特異的に結合するが第２の一次抗体には特異的に結合せず、かつ第２の二次抗体が第２の一次抗体に特異的に結合するが第１の一次抗体に特異的に結合せず、切断可能な架橋成分が第１の二次抗体に結合し、かつ切断不能な架橋成分が第２の二次抗体に結合している、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
第１の化学ライゲーション基を第２の化学ライゲーション基に共有結合させることが、試料を触媒、紫外線、及び／又は脱保護条件に接触させることを含む、又は第１の化学ライゲーション基を第２の化学ライゲーション基に共有結合させることが、試料を銅（Ｉ）又はヒドラジン（Ｎ２Ｈ４）に接触させることを含む、又は第１の化学ライゲーション基を第２の化学ライゲーション基に共有結合させることが、ヒスゲン１，３−双極子付加環化反応を開始させることを含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
切断可能な架橋成分の切断部位を切断することが、試料を還元剤、過ヨウ素酸ナトリウム（ＮａＩＯ４）、又は紫外線に接触させることを含む、又は切断可能な架橋成分の切断部位を切断することが、試料をジチオスレイトール（ＤＴＴ）、ベータ−メルカプトエタノール（ＢＭＥ）、又はトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）に接触させることを含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
第１の修飾結合分子が抗体−ＰＥＧ８−ＳＳ−ＨＡ−Ｎ３を含む、かつ／又は第２の修飾結合分子が抗体−ＰＥＧ４−ＣＣＨを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
切断可能な架橋成分を除去することが、試料をバッファーで洗浄することを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
検出可能な部分を可視化することが、試料を発色検出システム、又は蛍光検出システムに接触させることを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
第１の修飾結合分子が二つ以上の切断可能な架橋成分を含む、かつ／又は第２の修飾結合分子が二つ以上の切断不能な架橋成分を含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
試料中における第１の標的と第２の標的との近接性を検出するためのキットであって：
（ａ）第１の標的に結合させるための、切断可能な架橋成分を含む第１の修飾結合分子であって、切断可能な架橋成分が、切断部位、検出可能な部分、及び第１の化学ライゲーション基を含み、切断部位が、検出可能な部分及び第１の化学ライゲーション基よりも第１の修飾結合分子に近接しており、かつ第１の化学ライゲーション基が、切断可能な架橋成分の末端にある、第１の修飾結合分子；及び
（ｂ）第２の標的に結合させるための、切断不能な架橋成分を含む第２の修飾結合分子であって、切断不能な架橋成分が第２の化学ライゲーション基を含み、第２の化学ライゲーション基が切断不能な架橋成分の末端にある、第２の修飾結合分子
を含むキット。
【請求項１１】
第１及び第２の化学ライゲーション基が生理的条件下で安定である、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
共有結合単位を形成するために第１の化学ライゲーション基を第２の化学ライゲーション基に共有結合させるために有効な触媒をさらに含む、請求項１０又は１１に記載のキットであって、触媒が、銅（Ｉ）、若しくはヒドラジン（Ｎ２Ｈ４）を含む脱保護試薬を含む、又は触媒が、還元剤若しくは過ヨウ素酸ナトリウム（ＮａＩＯ４）を含み、任意選択的に還元剤が、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、ベータ―メルカプトエタノール（βＭＥ）、若しくはトリス(２-カルボキシエチル)ホスフィン（ＴＣＥＰ）を含む、キット。
【請求項１３】
切断可能な架橋成分の切断部位を切断するための触媒又は脱保護試薬をさらに含む、請求項１０又は１２に記載のキット。
【請求項１４】
検出可能な部分を可視化する発色システム又は蛍光システムをさらに含む、請求項１０から１３のいずれか一項に記載のキットであって、発色システムが、ビオチン、ストレプトアビジン―ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＳＡ−ＨＲＰ）分子、ＤＡＢ、過酸化水素、又は銅にコンジュゲートされた抗検出可能な部分抗体を含む、キット。
【請求項１５】
第１の修飾結合分子が第１の抗体を含み、かつ第２の修飾結合分子が第２の抗体を含む、又は第１の修飾結合分子が第１の一次抗体及び第１の二次抗体を含み、かつ第２の修飾結合分子が第２の一次抗体及び第２の二次抗体を含み、第１の二次抗体が第１の一次抗体に特異的であるが第２の一次抗体には特異的でなく、かつ第２の二次抗体が第２の一次抗体に特異的であるが第１の一次抗体に特異的でなく、切断可能な架橋成分が第１の二次抗体に結合しており、かつ切断不能な架橋成分が第２の二次抗体に結合している、請求項１０から１４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１６】
切断部位が、ジスルフィド結合、ビシナルジオール、ビシナルヒドロキシルアミン、又はニトロフェニル誘導体を含む、請求項１０から１５のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
切断可能な架橋成分が、一つを超える検出可能な部分を含み、任意選択的に、検出可能な部分が、ハプテン、ペプチドタグ、又はオリゴヌクレオチドを含む、請求項１０から１６のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
切断可能な架橋成分が足場をさらに含み、検出可能な部分が足場に結合し、かつ足場がペプチド、オリゴヌクレオチド、又はポリマーを含み、任意選択的に足場がリジンを含む、請求項１０から１７のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３及び１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
第１の化学ライゲーション基が、アジド
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、チオエステル
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、又はテトラゾール環
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、アルキン基（ＲＣ≡ＣＨ）、ハロゲン基、又はアルケン基（ＲＣ＝ＣＨ２）を含む、請求項１０から１８のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３並びに請求項１７及び１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
切断可能な架橋成分が、ｘポリエチレングリコール基（ＰＥＧｘ）（ｘ≧１、好ましくはｘ≧８）を含む、請求項１０から１９のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３及び請求項１７から１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
第２の化学ライゲーション基が、アルキン基（ＲＣ≡ＣＨ）、ハロゲン基、又はアルケン基（ＲＣ＝ＣＨ２）を含み、任意選択的にハロゲン基が、Ｃｌ、Ｂｒ、又はＩを含む、請求項１０から２０のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３及び請求項１７から２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
切断不能な架橋成分が、ｘポリエチレングリコール基（ＰＥＧｘ）（ｘ≧１、好ましくはｘ≧４）を含む、請求項１０から２１のいずれか一項に記載のキット、又は請求項１から３及び請求項１９から２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
第１の修飾結合分子が抗体−ＰＥＧ８−ＳＳ−ＨＡ−Ｎ３を含む、かつ／又は第２の修飾結合分子が抗体−ＰＥＧ４−ＣＣＨを含む、請求項１０に記載のキット。