【手続補正書】
【提出日】平成30年11月9日(2018.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３３９】
種々の刊行物、特許、及び特許出願が本明細書中に引用されており、その開示は、その全体が引用により組み込まれている。
(7. 配列表)
【表７】
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本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
ウイルスのオープンリーディングフレーム(「ORF」)を、該ORFの野生型の位置とは別の位置に保持するよう操作されたアレナウイルスゲノムセグメントであって:
(i)ヌクレオプロテイン(「NP」)をコードするORFが、アレナウイルス5’非翻訳領域(「UTR」)の制御下にあるSセグメント;
(ii)マトリックスタンパク質Z(「Zタンパク質」)をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるSセグメント;
(iii)RNA依存性RNAポリメラーゼL(「Lタンパク質」)をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるSセグメント;
(iv)ウイルスの糖タンパク質(「GP」)をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント;
(v)Lタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント;
(vi)Zタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント;
(vii)GPをコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(viii)NPをコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(ix)Lタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(x)GPをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメント;
(xi)NPをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメント;及び
(xii)Zタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメントからなる群から選択される、前記アレナウイルスゲノムセグメント。
（構成２）
前記アレナウイルス3’UTRが、アレナウイルスSセグメント又はアレナウイルスLセグメントの3’UTRであり、かつ前記アレナウイルス5’UTRが、アレナウイルスSセグメント又はアレナウイルスLセグメントの5’UTRである、構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメント。
（構成３）
構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメントのcDNA。
（構成４）
構成3記載のcDNAを含むDNA発現ベクター。
（構成５）
構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメント、構成3記載のcDNA、又は構成4記載のベクターを含む宿主細胞。
（構成６）
Sセグメント及びLセグメントを含むように、構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメント、及び第二のアレナウイルスゲノムセグメントを含む、アレナウイルス粒子。
（構成７）
感染性かつ複製可能である、構成6記載のアレナウイルス粒子。
（構成８）
弱毒化されている、構成6記載のアレナウイルス粒子。
（構成９）
感染性ではあるが、非補完細胞において感染性の子孫をさらに生じさせることはできない、構成6記載のアレナウイルス粒子。
（構成１０）
GP、NP、Zタンパク質、及びLタンパク質をコードする4つのORFのうちの少なくとも1つが、除去されているか、又は機能的に不活性化されている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１１）
GP、NP、Zタンパク質、及びLタンパク質をコードする4つのORFのうちの少なくとも1つが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１２）
GP、NP、Zタンパク質、及びLタンパク質をコードする4つのORFのうちの１つのみが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１３）
GPをコードするORFが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１４）
NPをコードするORFが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１５）
Zタンパク質をコードするORFが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１６）
Lタンパク質をコードするORFが除去されて、アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFと置き換えられている、構成9記載のアレナウイルス粒子。
（構成１７）
前記異種ORFが、レポータータンパク質をコードする、構成11〜16のいずれか１記載のアレナウイルス粒子。
（構成１８）
前記異種ORFが、感染性の生物、腫瘍、又はアレルゲン由来の抗原をコードする、構成11〜17のいずれか１記載のアレナウイルス粒子。
（構成１９）
抗原をコードする前記異種ORFが、ヒト免疫不全ウイルス抗原、C型肝炎ウイルス抗原、水痘帯状疱疹ウイルス抗原、サイトメガロウイルス抗原、結核菌抗原、及び腫瘍関連抗原から選択される、構成18記載のアレナウイルス粒子。
（構成２０）
前記アレナウイルス粒子の増殖又は感染力が、前記アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFにより影響されない、構成11〜18のいずれか１記載のアレナウイルス粒子。
（構成２１）
構成3記載のcDNAを転写することを含む、構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメントを生成させる方法。
（構成２２）
構成6記載のアレナウイルス粒子を産生させる方法であって、
(i)構成3記載のcDNAを、宿主細胞にトランスフェクトすること;
(ii)前記第二のアレナウイルスゲノムセグメントのcDNAを含むプラスミドを、該宿主細胞にトランスフェクトすること;
(iii)該宿主細胞を、ウイルス形成に適した条件下で維持すること;及び
(iv)該アレナウイルス粒子を回収すること、
を含む、前記方法。
（構成２３）
前記Lセグメント及び前記Sセグメントの転写が、双方向性プロモーターを用いて行われる、構成22記載の方法。
（構成２４）
アレナウイルスポリメラーゼをコードする1以上の核酸を、宿主細胞にトランスフェクトすることをさらに含む、構成22記載の方法。
（構成２５）
前記アレナウイルスポリメラーゼが、Lタンパク質である、構成22記載の方法。
（構成２６）
NPタンパク質をコードする1以上の核酸を、前記宿主細胞にトランスフェクトすることをさらに含む、構成22又は24記載の方法。
（構成２７）
前記Lセグメント及び前記Sセグメントの転写が、それぞれ:
(i)RNAポリメラーゼIプロモーター;
(ii)RNAポリメラーゼIIプロモーター;及び
(iii)T7プロモーター
からなる群から選択されるプロモーターの制御下にある、構成22記載の方法。
（構成２８）
構成10又は11〜16記載のアレナウイルス粒子、及び医薬として許容し得る担体を含むワクチン。
（構成２９）
構成10又は11〜16記載のアレナウイルス粒子、及び医薬として許容し得る担体を含む医薬組成物。
（構成３０）
リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(「LCMV」)由来である、構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメント、又は構成6記載のアレナウイルス粒子。
（構成３１）
前記LCMVが、MPステイン、Armstrong株、又はArmstrongクローン13株である、構成30記載のアレナウイルスゲノムセグメント又はアレナウイルス粒子。
（構成３２）
フニンウイルスワクチンCandid #1、又はフニンウイルスワクチンXJクローン3株由来である、構成1記載のアレナウイルスゲノムセグメント、又は構成6記載のアレナウイルス粒子。
（構成３３）
1つのLセグメント及び2つのSセグメントを含む3分節型アレナウイルス粒子であって、該3分節型アレナウイルス粒子の増殖が、I型インターフェロン受容体、II型インターフェロン受容体、及び組換え活性化遺伝子1(RAG1)を欠き、かつ104PFUの該3分節型アレナウイルス粒子に感染しているマウスにおける70日間の持続感染後に、複製可能な2分節型ウイルス粒子をもたらさない、前記3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３４）
2つのアレナウイルスORFを、2つの別のセグメント上にではなく単一のセグメント上に一体化する、前記2つのSセグメントのセグメント間組換えが、ウイルスのプロモーター活性を抑制する、構成33記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３５）
2つのLセグメント及び1つのSセグメントを含む3分節型アレナウイルス粒子であって、該3分節型アレナウイルス粒子の増殖が、I型インターフェロン受容体、II型インターフェロン受容体、及び組換え活性化遺伝子1(RAG1)を欠き、かつ104PFUの該3分節型アレナウイルス粒子に感染しているマウスにおける70日間の持続感染後に、複製可能な2分節型ウイルス粒子をもたらさない、前記3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３６）
2つのアレナウイルスORFを、2つの別のセグメント上にではなく単一のセグメント上に一体化する、前記2つのLセグメントのセグメント間組換えが、ウイルスのプロモーター活性を抑制する、構成35記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３７）
前記2つのSセグメントのうちの1つが:
(i)NPをコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるSセグメント;
(ii)Zタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるSセグメント;
(iii)Lタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるSセグメント;
(iv)GPをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント;
(v)LをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント;及び
(vi)Zタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるSセグメント、
からなる群から選択される、構成33記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３８）
前記2つのLセグメントのうちの1つが:
(i)GPをコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(ii)NPをコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(iii)Lタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス5’UTRの制御下にあるLセグメント;
(iv)GPをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメント;
(v)NPをコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメント;及び
(vi)Zタンパク質をコードするORFが、アレナウイルス3’UTRの制御下にあるLセグメント、
からなる群から選択される、構成35記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成３９）
前記アレナウイルス3’UTRが、アレナウイルスSセグメント又はアレナウイルスLセグメントの3’UTRであり、かつ前記アレナウイルス5’UTRが、アレナウイルスSセグメント又はアレナウイルスLセグメントの5’UTRである、構成37又は38記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４０）
前記2つのSセグメントが、(i)アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFを1つ又は2つ;又は(ii)複製されたアレナウイルスORFを1つ又は2つ;又は (iii)アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFを1つ及び複製されたアレナウイルスORFを1つ含む、構成33記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４１）
前記2つのLセグメントが、(i)アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFを1つ又は2つ;又は(ii)複製されたアレナウイルスORFを2つ;又は(iii)アレナウイルス以外の生物由来の異種ORFを1つ及び複製されたアレナウイルスORFを1つを含む、構成35記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４２）
前記異種ORFが、感染性の生物、腫瘍、又はアレルゲン由来の抗原をコードする、構成40又は41記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４３）
抗原をコードする前記異種ORFが、ヒト免疫不全ウイルス抗原、C型肝炎ウイルス抗原、水痘帯状疱疹ウイルス抗原、サイトメガロウイルス抗原、結核菌抗原、及び腫瘍関連抗原から選択される、構成42記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４４）
少なくとも1つの異種ORFが、蛍光タンパク質をコードする、構成40又は41記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４５）
前記蛍光タンパク質が、緑色蛍光タンパク質又は赤色蛍光タンパク質である、構成44記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４６）
4つのアレナウイルスORFの全てを含み、かつ、感染性かつ複製可能である、構成33〜43のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４７）
4つのアレナウイルスORFのうちの1つ以上を欠き、感染性ではあるが、非補完細胞において感染性の子孫をさらに生じさせることはできない、構成33〜45のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４８）
4つのアレナウイルスORFのうちの1つを欠き、感染性ではあるが、非補完細胞において感染性の子孫をさらに生じさせることはできない、構成33〜45のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成４９）
前記アレナウイルスが、GP ORFを欠く、構成46又は47記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５０）
1つのLセグメント及び2つのSセグメントを含む3分節型アレナウイルス粒子であって、第一のSセグメントが、アレナウイルス3’UTRの制御下にある位置にGPをコードするORFを保持し、かつアレナウイルス5’UTRの制御下にある位置に第一の目的遺伝子をコードするORFを保持するよう操作されており、かつ第二のSセグメントが、アレナウイルス3’UTRの制御下にある位置にNPをコードするORFを保持し、かつアレナウイルス5’UTRの制御下にある位置に第二の目的遺伝子をコードするORFを保持するよう操作されている、前記3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５１）
1つのLセグメント及び2つのSセグメントを含む3分節型アレナウイルス粒子であって、第一のSセグメントが、アレナウイルス5’UTRの制御下にある位置にGPをコードするORFを保持し、かつアレナウイルス3’UTRの制御下にある位置に第一の目的遺伝子をコードするORFを保持するよう操作されており、第二のSセグメントが、アレナウイルス5’UTRの制御下にある位置にNPをコードするORFを保持し、かつアレナウイルス3’UTRの制御下にある位置に第二の目的遺伝子をコードするORFを保持するよう操作されている、前記3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５２）
前記目的遺伝子が、感染性の生物、腫瘍、又はアレルゲン由来の抗原をコードする、構成50又は51記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５３）
前記目的遺伝子が、ヒト免疫不全ウイルス抗原、C型肝炎ウイルス抗原、水痘帯状疱疹ウイルス抗原、サイトメガロウイルス抗原、結核菌抗原、及び腫瘍関連抗原から選択される抗原をコードする、構成52記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５４）
少なくとも1つの目的遺伝子が、蛍光タンパク質をコードする、構成50又は51記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５５）
前記蛍光タンパク質が、緑色蛍光タンパク質又は赤色蛍光タンパク質である、構成54記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成５６）
構成33、35、37、38、50、又は51のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子ゲノムのcDNA。
（構成５７）
構成56記載のcDNAを含む、DNA発現ベクター。
（構成５８）
構成33又は35記載の3分節型アレナウイルス粒子、構成56記載のcDNA、又は構成57記載のベクターを含む、宿主細胞。
（構成５９）
弱毒化されている、構成33〜51のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成６０）
構成33記載の3分節型アレナウイルス粒子を産生させる方法であって:
(i)前記Lセグメント及び2つのSセグメントの1つ以上のcDNAを、宿主細胞にトランスフェクトすること;
(ii)該宿主細胞を、ウイルス形成に適した条件下で維持すること;及び
(iii)該アレナウイルス粒子を回収すること、
を含む、前記方法。
（構成６１）
構成35記載の3分節型アレナウイルス粒子を産生させる方法であって:
(i)2つのLセグメント及び1つのSセグメントの1つ以上のcDNAを、宿主細胞にトランスフェクトすること;
(ii)該宿主細胞を、ウイルス形成に適した条件下で維持すること;及び
(iii)該アレナウイルス粒子を回収すること、
を含む、前記方法。
（構成６２）
1つのLセグメント及び2つのSセグメントの転写が、双方向性プロモーターを用いて行われる、構成60記載の方法。
（構成６３）
2つのLセグメント及び1つのSセグメントの転写が、双方向性プロモーターを用いて行われる、構成61記載の方法。
（構成６４）
アレナウイルスポリメラーゼをコードする1以上の核酸を、前記宿主細胞にトランスフェクトすることをさらに含む、構成60又は61記載の方法。
（構成６５）
前記アレナウイルスポリメラーゼが、Lタンパク質である、構成62記載の方法。
（構成６６）
NPタンパク質をコードする1以上の核酸を、宿主細胞にトランスフェクトすることをさらに含む、構成60、61、62、又は63記載の方法。
（構成６７）
前記Lセグメント、及び前記2つのSセグメントの転写が、それぞれ:
(i)RNAポリメラーゼIプロモーター;
(ii)RNAポリメラーゼIIプロモーター;及び
(iii)T7プロモーター、
からなる群から選択されるプロモーターの制御下にある、構成60記載の方法。
（構成６８）
2つのLセグメント、及び前記Sセグメントの転写が、それぞれ:
(i)RNAポリメラーゼIプロモーター;
(ii)RNAポリメラーゼIIプロモーター;及び
(iii)T7プロモーター、
からなる群から選択されるプロモーターの制御下にある、構成61記載の方法。
（構成６９）
2分節型アレナウイルス粒子と同じトロピズムを有する、構成33〜51のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成７０）
複製欠損性のものである、構成33〜51のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成７１）
構成33〜51、69、又は70のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子、及び医薬として許容し得る担体、を含むワクチン。
（構成７２）
構成33〜51、69、又は70のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子、及び医薬として許容し得る担体、を含む医薬組成物。
（構成７３）
LCMV由来である、構成33〜51、69、又は70のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成７４）
前記LCMVが、MPステイン、Armstrong株、又はArmstrongクローン13株である、構成73記載の3分節型アレナウイルス粒子。
（構成７５）
フニンウイルスワクチンCandid #1、又はフニンウイルスワクチンXJクローン3株由来である、構成33〜51、69、又は70のいずれか1記載の3分節型アレナウイルス粒子。