【手続補正書】
【提出日】平成30年9月10日(2018.9.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）各変異体コード配列が、基準試料と比較して配列に変異を有する、個体における疾患組織の変異体コード配列のセットを提供すること、及び
ｂ）変異体コード配列によりコードされる変異アミノ酸を含むペプチドの免疫原性を予測することを含む、変異体コード配列のセットから免疫原性変異体コード配列を選択すること、
を含み、そのことにより、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する、
個体における疾患組織からの疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する方法。
【請求項２】
ａ）個体における疾患組織のゲノム配列に基づいて、各変異体コード配列が基準試料と比較して配列に変異を有する、変異体コード配列の第１のセットを得ること、
ｂ）個体における疾患組織のトランスクリプトーム配列に基づいて、第１のセットから発現変異体コード配列の第２のセットを選択すること、
ｃ）発現変異体コード配列によりコードされるペプチドの、ＭＨＣクラスＩ分子（ＭＨＣＩ）と結合する能力予測に基づいて、第２のセットからエピトープ変異体コード配列の第３のセットを選択すること、
ｄ）エピトープ変異体コード配列によりコードされる変異アミノ酸を含むペプチドの免疫原性を予測することを含む、第３のセットから免疫原性変異体コード配列を選択すること、
を含み、そのことにより、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する、
個体における疾患組織からの疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する方法。
【請求項３】
ｉ）疾患組織からＭＨＣＩ分子に結合した複数のペプチドを得ること、
ｉｉ）ＭＨＣＩ結合ペプチドを質量分析ベースのシークエンシングに供すること、
ｉｉｉ）ＭＨＣＩ結合ペプチドの質量分析由来配列情報を、免疫原性変異体コード配列と相関させること
をさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ａ）個体の疾患組織からＭＨＣ分子に結合した複数のペプチドを得ること、
ｂ）ＭＨＣ結合ペプチドを質量分析ベースのシークエンシングに供すること、及び
ｃ）ＭＨＣ結合ペプチドの質量分析由来配列情報を、各変異体コード配列が、基準試料と比較して配列に変異を有する、個体における疾患組織の変異体コード配列のセットと相関させること
を含み、そのことにより、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する、
個体における疾患組織からの疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する方法。
【請求項５】
ａ）個体における疾患組織のゲノム配列に基づいて、各変異体コード配列が基準試料と比較して配列に変異を有する、変異体コード配列の第１のセットを得ること、
ｂ）個体における疾患組織のトランスクリプトーム配列に基づいて、第１のセットから発現変異体コード配列の第２のセットを選択すること、
ｃ）発現変異体コード配列によりコードされるペプチドの、ＭＨＣクラスＩ分子（ＭＨＣＩ）と結合する能力予測に基づいて、第２のセットからエピトープ変異体コード配列の第３のセットを選択すること、
ｄ）疾患組織からＭＨＣＩ分子に結合した複数のペプチドを得ること、
ｅ）ＭＨＣＩ結合ペプチドを質量分析ベースのシークエンシングに供すること、
ｆ）ＭＨＣＩ結合ペプチドの質量分析由来配列情報を、エピトープ変異体コード配列の第３のセットと相関させること
を含み、そのことにより、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する、
個体における疾患組織からの疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定する方法。
【請求項６】
疾患特異的免疫原性変異体ペプチドの免疫原性を予測することをさらに含み、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドが、変異アミノ酸を含む、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
免疫原性を予測することが、以下のパラメーター、
ｉ）ＭＨＣＩ分子に対するペプチドの結合親和性、
ｉｉ）ペプチドを含有するペプチド前駆体のタンパク質レベル、
ｉｉｉ）ペプチド前駆体をコードする転写物の発現レベル、
ｉｖ）免疫プロテアソームによるペプチド前駆体のプロセシング効率、
ｖ）ペプチド前駆体の発現のタイミング、
ｖｉ）ＴＣＲ分子に対するペプチドの結合親和性、
ｖｉｉ）ペプチド内の変異アミノ酸の位置、
ｖｉｉｉ）ＭＨＣＩ分子に結合したときのペプチドの溶媒曝露、
ｉｘ）ＭＨＣＩ分子に結合したときの変異アミノ酸の溶媒曝露、及び
ｘ）ペプチドにおける芳香族残基の含有量、
ｘｉ）野生型残基と比較したときの変異アミノ酸の特性、
ｘｉｉ）ペプチド前駆体の性質
のうちの１つ又は複数に基づく、請求項１から３及び６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
免疫原性の予測が、ＨＬＡタイピング解析をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ＭＨＣＩに結合したペプチドが、ＭＨＣＩ／ペプチド複合体を疾患組織から単離し、ペプチドをＭＨＣＩから溶出することにより得られる、請求項３から８の何れか一項に記載の方法。
【請求項１０】
単離が、免疫沈降法により実施される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
免疫沈降法が、ＭＨＣＩに特異的な抗体を使用して実施される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ペプチドが、質量分析に供する前にクロマトグラフィーによりさらに分離される、請求項９から１１の何れか一項に記載の方法。
【請求項１３】
変異体コード配列の第１のセットを得ることが、
ｉ）個体における疾患組織のゲノム配列に基づいて、各変異体配列が基準試料と比較して配列に差異を有する、変異体配列の第１のセットを得ること、及び
ｉｉ）変異体配列の第１のセットから変異体コード配列を同定すること
を含む、請求項２、３、及び５から１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項１４】
同定された疾患特異的免疫原性変異体ペプチドの配列に基づいて、ペプチドを合成することをさらに含む、請求項１から１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
同定された疾患特異的免疫原性変異体ペプチドの配列に基づいて、ペプチドをコードする核酸を合成することをさらに含む、請求項１から１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ペプチドを免疫原性についてインビボで試験することをさらに含む、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ペプチドを免疫原性についてインビトロで試験することをさらに含む、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１８】
疾患ががんである、請求項１から１７の何れか一項に記載の方法。
【請求項１９】
個体がヒトである、請求項１から１８の何れか一項に記載の方法。
【請求項２０】
請求項１４又は１５に記載の方法により疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定することを含む、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドの製造方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法により疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを製造することを含む、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを含む組成物の製造方法。
【請求項２２】
組成物が、２つ以上の疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
組成物が、アジュバントをさらに含む、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２４】
請求項２１から２３の何れか一項に記載の疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを含む組成物を製造することを含む、個体における疾患を治療するための医薬の製造方法。
【請求項２５】
個体が、疾患特異的免疫原性変異体ペプチドが同定されたのと同じ個体である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
請求項１から１９の何れか一項に記載の方法により疾患特異的ペプチドを同定することを含む、１つ又はそれ以上の疾患特異的ペプチドを含む免疫原性組成物の製造方法。
【請求項２７】
請求項１から１９の何れか一項に記載の方法により疾患特異的ペプチドを同定することを含む、疾患特異的ペプチドをコードする１つ又はそれ以上の核酸を含む免疫原性組成物の製造方法。
【請求項２８】
請求項２１から２３の何れか一項に記載の方法により疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを製造することを含む、組成物を製造することを含む、疾患を有する個体における免疫応答を刺激する薬剤の製造方法。
【請求項２９】
別の薬剤がさらに投与される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
他の薬剤が、免疫調節剤である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
他の薬剤が、チェックポイントタンパク質のアンタゴニストである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
他の薬剤が、ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１のアンタゴニストである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ａ）請求項１から１９の何れか一項に記載の方法により、個体における疾患組織からの疾患特異的免疫原性変異体ペプチドを同定すること、及び
ｂ）同定された疾患特異的免疫原性変異体ペプチドの配列に基づいて、ペプチド又はペプチドをコードする核酸を含む組成物を製造すること、
を含む、疾患を有する個体における免疫応答を刺激するための薬剤の製造方法。
【請求項３４】
抗ＰＤ−１抗体又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体がさらに投与される、請求項３３に記載の方法。