【手続補正書】
【提出日】平成30年9月21日(2018.9.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
バイオマス分解活性を有する複数のポリペプチドおよび可溶化剤を含む混合物であって、前記ポリペプチドが、バイオマス分解活性を有する天然のポリペプチドと比較して、少なくとも８〜１０％のバイオマス分解活性を有する、混合物。
【請求項２】
封入体と結合した１つまたは複数のタンパク質をさらに含む、請求項１に記載の混合物。
【請求項３】
前記混合物が、封入体と結合した１つまたは複数のタンパク質を含まない、請求項１に記載の混合物
【請求項４】
細胞のデブリ、１つもしくは複数のリボソームの成分、１つもしくは複数の宿主タンパク質、ならびに／またはＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む宿主の核酸をさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項５】
前記バイオマス分解活性が、セロビアーゼ活性、リグニナーゼ活性、エンドグルカナーゼ活性、セロビオヒドロラーゼ活性、またはキシラナーゼ活性である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項６】
前記ポリペプチドが、部分的にアンフォールドされている、部分的にミスフォールドされている、または部分的に変性されている、請求項１〜５のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項７】
前記ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の混合物。
【請求項８】
前記ポリペプチドが、
ａ）前記ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のアミノ酸配列を含む、
ｂ）Ｔ．リーセイ（Ｔ．  ｒｅｅｓｅｉ）由来のＣｅｌ３Ａ酵素を含む、
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２もしくはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３と少なくとも９０％の同一性を有する核酸配列によりコードされている、および／または、
ｄ）アグリコシル化されている、
請求項１〜７のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項９】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する複数のポリペプチドと可溶化剤とを含む混合物であって、前記複数のポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１を含む天然のポリペプチドの活性の少なくとも２０〜４０％を有する、混合物。
【請求項１０】
細胞のデブリ、１つもしくは複数のリボソームの成分、１つもしくは複数の宿主タンパク質、ならびに／またはＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む宿主の核酸をさらに含む、請求項９に記載の混合物。
【請求項１１】
前記ポリペプチドが、
ａ）部分的にアンフォールドされている、部分的にミスフォールドされている、または部分的に変性されている、
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２もしくはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３と少なくとも９０％の同一性を含む核酸配列によりコードされている、および／または、
ｃ）アグリコシル化されている、
請求項９または１０に記載の混合物。
【請求項１２】
前記可溶化剤が尿素を含み、任意に０．２Ｍ〜６Ｍの濃度で存在する、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項１３】
バイオマス分解活性を有する少なくとも１つの追加的なポリペプチド、またはバイオマス分解活性を有する１つもしくは複数の酵素を産生する微生物をさらに含み、前記追加的なポリペプチドが、リグニナーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、セロビアーゼ、またはキシラナーゼである、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の混合物。
【請求項１４】
前記追加的なポリペプチドが、
ａ．ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド、
ｂ．Ｔ．リーセイ（Ｔ．  ｒｅｅｓｅｉ）由来のＣｅｌ３Ａ酵素、もしくはその機能的なバリアントもしくは断片、または
ｃ．ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２もしくはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３を含む（たとえばからなる）核酸配列によりコードされているポリペプチド
から選択される、請求項１３に記載の混合物。
【請求項１５】
バイオマス分解活性を有するポリペプチドを発現する細胞またはそのライセートを、前記ポリペプチドを可溶化させるのに適した濃度の可溶化剤と接触させることを含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の混合物を生成する方法。
【請求項１６】
バイオマス分解活性を有するポリペプチドを生成する方法であって、細胞で前記ポリペプチドを発現させることと、前記細胞またはそのライセートを、前記ポリペプチドを可溶化させるのに適した濃度の可溶化剤と接触させることとを含む、方法。
【請求項１７】
バイオマス分解活性を有するポリペプチドを生成する方法であって、バイオマス分解活性を有する少なくとも１つのポリペプチドを産生するように遺伝的に改変された細胞を準備することであって、前記バイオマス分解活性を有するポリペプチドの少なくとも一部が封入体で見いだされる、ことと、前記封入体を含む前記細胞またはそのライセートを、前記ポリペプチドを可溶化させるのに適した濃度の可溶化剤と接触させることとを含む、方法。
【請求項１８】
前記可溶化剤が尿素を含み、０．２Ｍ〜６Ｍの濃度で存在する、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞を溶解してライセートを得ることと、前記ライセートの不溶性分画から可溶性分画を分離することと、前記可溶化剤に前記不溶性分画を再懸濁することとをさらに含む、請求項１５〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオマス分解活性が、セロビアーゼ活性、リグニナーゼ活性、エンドグルカナーゼ活性、セロビオヒドロラーゼ活性、キシラナーゼ活性である、請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ポリペプチドが、Ｔ．リーセイ（Ｔ．  ｒｅｅｓｅｉ）由来のＣｅｌ３Ａ、またはその機能的なバリアントもしくは断片を含む、請求項１６〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記細胞が、細菌細胞、たとえば大腸菌細胞、ｏｒｉｇａｍｉ大腸菌細胞である、請求項１６〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
バイオマスから生成物を生成する方法であって、前記生成物の生成に適した条件下で、例えば電子ビームで処理することにより、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の混合物、ならびに１つもしくは複数のバイオマス分解酵素および／またはバイオマス分解酵素を含む酵素混合物を産生する微生物の混合物と、バイオマスを接触させることを含み、
ａ）前記生成物が糖生成物（例えばグルコースおよび／またはキシロース）である、および／または、
ｂ）前記方法が前記糖生成物を単離することをさらに含み、前記糖生成物の単離が、沈殿、結晶化、クロマトグラフィー、遠心分離、または抽出を含む、
方法。
【請求項２５】
前記混合物が、Ｂ２ＡＦ０３、ＣＩＰ１、ＣＩＰ２、Ｃｅｌ１ａ、Ｃｅｌ３ａ、Ｃｅｌ５ａ、Ｃｅｌ６ａ、Ｃｅｌ７ａ、Ｃｅｌ７ｂ、Ｃｅｌ１２ａ、Ｃｅｌ４５ａ、Ｃｅｌ７４ａ、ｐａＭａｎ５ａ、ｐａＭａｎ２６ａ、およびスウォレニンから選択される、少なくとも２つの酵素を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記バイオマスが、農産物または農業廃棄物、紙製品または紙屑、林産物、もしくは一般廃棄物、またはそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を含み；ここで：
ａ）農産物または農業廃棄物が、サトウキビ、ジュート、ヘンプ、亜麻、竹、サイザル麻、アルファルファ、干し草、アラカチャ、ソバ、バナナ、オオムギ、キャッサバ、クズ、オカ、サゴ、ソルガム、ジャガイモ、サツマイモ、タロイモ、ヤム、マメ、ソラマメ、レンズマメ、エンドウマメ、草、スイッチグラス、ススキ、スパルティナ、クサヨシ、穀粒残渣、キャノーラわら、麦わら、オオムギわら、カラスムギわら、コメわら、トウモロコシ穂軸、コーン・ストーバー、コーンファイバ、ココナツヘア、ビートパルプ、バガス、ダイズストーバー、穀粒残渣、もみ殻、カラスムギ殻、コムギもみ殻、オオムギ殻、もしくはビーズウイング、またはそれらの組み合わせを含み；
ｂ）紙製品または紙屑が、紙、着色紙、塗被紙、コート紙、充填紙、雑誌、印刷物、プリンター用紙、ポリコート紙、カード用紙、ボール紙、板紙、もしくは紙パルプ、またはそれらの組み合わせを含み；
ｃ）林産物が、アスペン材、パーティクルボード，木材チップ、もしくはおがくず、またはそれらの組み合わせを含み；ならびに
ｄ）一般廃棄物が、堆肥、下水、もしくはくず、またはそれらの組み合わせを含む、
２４または２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記バイオマス分解酵素を産生する微生物が、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、コプリナス（Ｃｏｐｒｉｎｕｓ）、ミセリオフソラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、セファロスポリウム（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ）、スキタリジウム（Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ヒュミコラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、チエラビア（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ）、アクレモニウム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、メリピウス（Ｍｅｒｉｐｉｌｕｓ）、またはトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）から選択される属の一種に由来する、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載の方法。