【手続補正書】
【提出日】平成30年5月2日(2018.5.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを決定するための方法であって、
前記対象から単離された試料から得られる少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを取得するために標的遺伝子を同定するステップであり、同定される前記標的遺伝子は、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＡＮＧＰＴＬ４、ＩＤ１、ＩＬ１１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ及びＳＭＡＤ７から選択される遺伝子のうち３つ以上の遺伝子を含む、ステップと、
前記対象から単離された試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを決定するために、前記試料から得られる少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを利用するステップであり、前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子は、前記同定された標的遺伝子から選択され、さらに、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルは、
前記試料から得られる少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルに対するデータを受け取るステップであり、前記ＴＧＦ−β転写因子要素は、前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の転写を制御する、ステップ、及び、
較正済み経路モデルを使用して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを計算するステップであり、前記較正済み経路モデルが、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較する、ステップ、
によって、プロセッサを有するコンピュータ処理デバイスにより決定される、ステップと、
前記試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを、前記試料における計算された前記ＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルに基づいて決定するステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を、前記計算された試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルに割り当てるステップをさらに含み、前記活性状態は、活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路又は不活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を表示するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子が、ＡＮＧＰＴＬ４、ＣＤＣ４２ＥＰ３、及び、ＩＤ１、ＩＬ１１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ、又はＳＭＡＤ７のうち少なくとも１つである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＴＧＦ−β標的遺伝子のＡＮＧＰＴＬ４、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＩＤ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ、及びＳＭＡＤ７の発現レベルに対するデータが受け取られる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
さらなるＴＧＦ−β標的遺伝子のＣＤＫＮ１Ａ、ＣＴＧＦ、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＶＥＧＦＡ及びＳＮＡＩ２の発現レベルに対するデータが受け取られる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記較正済み経路モデルは、条件付き確率関係を組み込む確率モデルであり、前記条件付き確率関係は、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを決定する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記較正済み経路モデルが、ある関係を組み込む線形モデルであり、前記関係は、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを決定する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
対象におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを決定するためのコンピュータ・プログラムであって、コンピュータ可読プログラム・コードを具体化する非一時的コンピュータ可読記憶媒体を含み、
少なくとも１つのプロセッサにより実施可能な前記コンピュータ可読プログラム・コードは、対象から単離された試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを計算し、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルは、
前記試料から得られる少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルに対するデータを利用するステップであり、前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子は、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＡＮＧＰＴＬ４、ＩＤ１、ＩＬ１１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ及びＳＭＡＤ７から選択される遺伝子のうち３つ以上の遺伝子を含む同定される標的遺伝子から選択される、ステップと、
較正済み経路モデルを使用して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを計算するステップであり、前記較正済み経路モデルが、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較する、ステップと、
によって計算され、さらに、
前記コンピュータ可読プログラム・コードは、計算された前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルに基づいて前記試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを計算する、コンピュータ・プログラム。
【請求項１０】
前記コンピュータ可読プログラム・コードは、ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を、前記計算された試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルに割り当てるように、少なくとも１つのプロセッサによって実施可能であり、前記活性状態は、活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路又は不活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路を示す、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１１】
前記コンピュータ可読プログラム・コードは、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を表示するように少なくとも１つのプロセッサによって実施可能である、請求項１０に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１２】
前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子は、ＡＮＧＰＴＬ４、ＣＤＣ４２ＥＰ３、及び、ＩＤ１、ＩＬ１１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ、又はＳＭＡＤ７のうち少なくとも１つである、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１３】
前記ＴＧＦ−β標的遺伝子のＡＮＧＰＴＬ４、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＩＤ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ、及びＳＭＡＤ７の発現レベルに対するデータが受け取られる、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１４】
さらなるＴＧＦ−β標的遺伝子のＣＤＫＮ１Ａ、ＣＴＧＦ、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＶＥＧＦＡ及びＳＮＡＩ２の発現レベルに対するデータが受け取られる、請求項１３に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１５】
前記較正済み経路モデルは、条件付き確率関係を組み込む確率モデルであり、前記条件付き確率関係は、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを決定する、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１６】
前記較正済み経路モデルが、ある関係を組み込む線形モデルであり、前記関係は、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを決定する、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１７】
対象におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを決定するためのキットであって、
前記対象の試料から少なくとも３つのＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の標的遺伝子の発現レベルを同定する能力を持つ１つ又は複数の構成要素であり、前記少なくとも３つのＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の標的遺伝子は、ＣＤＣ４２ＥＰ３、ＡＮＧＰＴＬ４、ＩＤ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＪＵＮＢ、ＳＫＩＬ及びＳＭＡＤ７から選択される３つ以上の遺伝子を含む同定される標的遺伝子から選択される、構成要素と、
コンピュータ可読プログラム・コードを具体化する非一時的コンピュータ可読記憶媒体であり、少なくとも１つのプロセッサにより実施可能な前記コンピュータ可読プログラム・コードは、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを計算し、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルは、ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達に関連し、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルは、
前記試料から得られる少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルに対するデータを利用するステップと、
較正済み経路モデルを使用して、前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルを計算するステップであり、前記較正済み経路モデルが、前記試料における少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを、ＴＧＦ−β転写因子要素の活性レベルを定める前記モデルにおける前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルと比較する、ステップと、
によって計算され、
前記コンピュータ可読プログラム・コードは、計算された前記試料におけるＴＧＦ−β転写因子要素のレベルに基づいて前記試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルを計算する、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、
を含む、キット。
【請求項１８】
疾患又は疾患状態の有無を診断すること、特定の疾患又は疾患状態の有無を診断すること、特定の疾患又は疾患状態の進歩の状態を診断すること、及び、疾患又は疾患状態の治療の過程を設計することの少なくとも１つに対して、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を使用するステップをさらに含み、前記疾患は、免疫疾患、癌、気管支喘息、心臓疾患、糖尿病、遺伝性出血性末梢血管拡張症、マルファン症候群、脈管エーラス・ダンロス症候群、ロイス・ディーツ症候群、パーキンソン病、慢性腎疾患、多発性硬化症、肝線維症、肺線維症又は腎線維症などの線維性疾患、デュピュイトラン病、又はアルツハイマー病のうちの１つである、請求項２に記載の方法。
【請求項１９】
前記疾患は癌である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌は、乳癌、肺癌、結腸癌、膵臓癌、又は脳癌である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記癌は乳癌である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記対象から前記試料を抽出するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記試料から前記少なくとも３つのＴＧＦ−β標的遺伝子の発現レベルを決定するステップをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を、前記計算された試料におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルに割り当てることをさらに含み、前記活性状態は、活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路又は不活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路を示す、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項２５】
疾患又は疾患状態の有無を診断すること、特定の疾患又は疾患状態の有無を診断すること、特定の疾患又は疾患状態の進歩の状態を診断すること、及び、疾患又は疾患状態の治療の過程を設計することの少なくとも１つに対して、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を使用することをさらに含み、前記疾患は、免疫疾患、癌、気管支喘息、心臓疾患、糖尿病、遺伝性出血性末梢血管拡張症、マルファン症候群、脈管エーラス・ダンロス症候群、ロイス・ディーツ症候群、パーキンソン病、慢性腎疾患、多発性硬化症、肝線維症、肺線維症又は腎線維症などの線維性疾患、デュピュイトラン病、又はアルツハイマー病のうちの１つである、請求項２４に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項２６】
前記疾患は癌である、請求項２５に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項２７】
前記癌は、乳癌、肺癌、結腸癌、膵臓癌、又は脳癌である、請求項２６に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項２８】
前記癌は乳癌である、請求項２７に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項２９】
計算された前記対象におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性に基づいて、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路が前記対象において異常に機能しているかどうかを決定するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記コンピュータ可読プログラム・コードは、計算された前記対象におけるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性に基づいて、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路が前記対象において異常に機能しているかどうかを決定するように少なくとも１つのプロセッサによって実施可能である、請求項９に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項３１】
前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性レベルに関する情報が、活性であるＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路を示す場合にＴＧＦ−β阻害剤を前記対象に投与するために、前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態を使用するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＴＧＦ−β阻害剤は、テラメプロコル、フレソリムマブ、ソタテルセプト、ガルニセルチブ、ＳＢ４３１５４２、ＬＹ２１０９７６１、ＬＤＮ−１９３１８９、ＳＢ５２５３３４、ＳＢ５０５１２４、ＧＷ７８８３８８、ＬＹ３６４９４７、ＲｅｐＳｏｘ、ＬＤＮ−１９３１８９ＨＣｌ、Ｋ０２２８８、ＬＤＮ−２１４１１７、ＳＤ−２０８、ＥＷ−７１９７、ＭＬ３４７、ＬＤＮ−２１２８５４、ＤＭＨ１、ピルフェニドン、ヘスペレチン、トラベデルセン、レルデリムマブ、メテリムマブ、ｔｒｘ−ＳＡＲＡ、ＩＤ１１、Ｋｉ２６８９４、又はＳＢ−４３１５４２である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路が活性であるオッズの所定のカットオフ値にて前記ＴＧＦ−β細胞シグナル伝達経路の活性状態の指標を設定するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。