【手続補正書】
【提出日】平成30年7月19日(2018.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の患者特有の変異の影響を抑制することが可能な薬物を同定する方法であって、
ａ）１つまたは複数の患者特有の変異を含む遺伝子（複数可）を保有する発現構築物の第一のセットと、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットと、のアドレス可能なアレーを形成させるステップと；
ｂ）前記アドレス可能なアレーにおける各場所に特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子をコードする発現ベクターを添加するステップと；
ｃ）前記発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞を各場所に添加するステップと；
ｄ）前記薬物の存在下と非存在下とで、前記１つまたは複数の患者特有の変異を含む前記遺伝子を発現する前記アッセイ細胞中の前記発現されたＦＴＲの少なくとも１つの属性を、対応する野生型発現遺伝子と比較するステップと；
を含み、
薬物の存在下と非存在下とで、前記１つもしくは複数の変異を含む遺伝子および／または前記対応する野生型遺伝子を発現する前記アッセイ細胞間での異なる結果が、前記患者特有の変異の影響を抑制することが可能な薬物を示す、方法。
【請求項２】
前記薬物が、抗癌薬である、あるいは
１種より多くの薬物を同時に、または連続で添加することを含む、あるいは
様々な濃度の薬物（複数可）を添加して、薬物応答を測定することを含む、あるいは
前記ＦＴＲの標的遺伝子部分が、腫瘍抑制因子、細胞骨格タンパク質、増殖因子受容体、Ｇタンパク質共役受容体、細胞接着タンパク質、プロテインキナーゼ、転写因子、アダプタータンパク質および交換因子から選択されるタンパク質をコードする、あるいは
前記ＦＴＲのレポータ遺伝子部分が、蛍光マーカをコードする、あるいは
前記患者が、癌患者である、あるいは
前記変異が、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記発現構築物を乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｃ）が、ステップａ）および／またはステップｂ）に先行する、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＦＴＲの属性が、蛍光タンパク質の局在および蛍光タンパク質のトランスロケーションから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される細胞下局在を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記患者の遺伝子が、前記患者の生体試料に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記生体試料が、腫瘍細胞、腫瘍生検、腫瘍組織および体液、微小環境抽出物、細胞外液、腫瘍から分泌された液体から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
１つまたは複数の患者特有の変異の薬物処置への感受性を同定する方法であって、
ａ）前記１つまたは複数の患者特有の変異を含む遺伝子を保有する発現構築物の第一のセットと、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットと、のアドレス可能なアレーを形成させるステップと；
ｂ）前記アドレス可能なアレーにおける各場所に特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子をコードする発現ベクターを添加するステップと；
ｃ）前記発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞を各場所に添加するステップと；
ｄ）前記薬物の存在下と非存在下とで、前記１つまたは複数の患者特有の変異を含む前記遺伝子を発現する前記アッセイ細胞中の前記発現されたＦＴＲの少なくとも１つの属性を、対応する野生型発現遺伝子と比較するステップと；
を含み、
薬物の存在下と非存在下とで、前記１つもしくは複数の患者特有の変異を含む前記遺伝子、および／または前記対応する野生型遺伝子を発現する前記アッセイ細胞間での異なる結果が、前記薬物での前記患者特有の変異の処置への感受性を示す、方法。
【請求項８】
前記薬物が、抗癌薬である、あるいは
１種より多くの薬物を同時に、または連続で添加することを含む、あるいは
様々な濃度の薬物（複数可）を添加して、薬物応答を測定することを含む、あるいは
前記ＦＴＲのレポータ遺伝子部分が、蛍光マーカをコードする、あるいは
前記患者が、癌患者である、あるいは
前記変異が、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記発現構築物を乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｃ）が、ステップａ）および／またはステップｂ）に先行する、
請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＦＴＲの属性が、蛍光タンパク質の局在および蛍光タンパク質のトランスロケーションから選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される細胞下局在を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者の遺伝子が、前記患者の生体試料に由来する、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記生体試料が、腫瘍細胞、腫瘍生検、腫瘍組織および体液、微小環境抽出物、細胞外液、腫瘍から分泌された液体から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
癌患者の１つまたは複数の患者特有の発癌性変異の薬物応答を検出する方法であって、
ａ）発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞をアドレス可能なアレー内の基板に添加するステップと；
ｂ）前記アレーにおける各場所について、特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子の発現ベクターを前記アッセイ細胞に添加するステップと；
ｃ）前記アドレス可能なアレーの特定の場所の前記アッセイ細胞に、１つまたは複数の患者特有の変異を含む遺伝子を保有する発現構築物の第一のセットを添加し、そして特定の場所の前記アッセイ細胞に、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットを添加するステップであって、発現構築物の前記第一のセットおよび前記発現構築物の第二のセットが、共通の場所に添加されないステップと；
ｄ）前記薬物の存在下と非存在下とで、前記１つまたは複数の患者特有の発癌性変異を含む前記遺伝子を発現する前記アッセイ細胞中の前記発現されたＦＴＲの少なくとも１つの属性を、対応する野生型発現遺伝子と比較するステップと；
を含み、
薬物の存在下と非存在下とで、前記１つまたは複数の発癌性変異を含む前記遺伝子、および／または前記対応する野生型遺伝子を発現する前記アッセイ細胞間での異なる結果が、前記１つまたは複数の患者特有の発癌性変異の薬物応答を示す、方法。
【請求項１４】
前記薬物が、抗癌薬である、あるいは
１種より多くの薬物を同時に、または連続で添加することを含む、あるいは
様々な濃度の薬物（複数可）を添加して、薬物応答を測定することを含む、あるいは
前記ＦＴＲの属性が、蛍光タンパク質の局在および蛍光タンパク質のトランスロケーションから選択される、あるいは
前記局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される細胞下局在を含む、あるいは
前記ＦＴＲのレポータ遺伝子部分が、蛍光マーカをコードする、あるいは
前記患者が、癌患者である、あるいは
前記変異が、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記発現構築物を乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｃ）が、ステップａ）および／またはステップｂ）に先行する、あるいは
前記患者の遺伝子が、前記患者の生体試料に由来し、好ましくは、前記生体試料が、腫瘍細胞、腫瘍生検、腫瘍組織および体液、微小環境抽出物、細胞外液、腫瘍から分泌された液体から選択される、
請求項１３に記載の方法。