【手続補正書】
【提出日】平成30年6月25日(2018.6.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるヒトペギウイルス２（ＨｇＶ−２）感染を検出する方法であって、
ａ）ＨＰｇＶ−２に対する対象抗体を含むことが疑われる対象からの試料をペプチドと接触させるステップと、ここで、前記ペプチドは、対象抗体に特異的に結合して複合体を形成し、前記ペプチドは、
ｉ）配列番号７、８１、３０９、３１９、３２９、３３９又は３４９に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ３タンパク質に由来する少なくとも１７個の連続したアミノ酸を含む第１のアミノ酸配列；
ｉｉ）配列番号１１、８５、３１３、３２３、３３３、３４３又は３５３に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ５Ｂタンパク質に由来する少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含む第２のアミノ酸配列；
ｉｉｉ）配列番号６、８０、３０８、３１８、３２８、３３８又は３４８に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ２タンパク質に由来する少なくとも１１個の連続したアミノ酸を含む第３のアミノ酸配列；
ｉｖ）配列番号９、８３、３１１、３２１、３３１、３４１又は３５１に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ４Ｂタンパク質に由来する少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む第４のアミノ酸配列；
ｖ）配列番号８、８２、３１０、３２０、３３０、３４０又は３５０に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ４ａタンパク質に由来する少なくとも５個の連続したアミノ酸を含む第５のアミノ酸配列；
ｖｉ）配列番号２、７６、３０４、３１４、３２４、３３４又は３４４に示されるＨＰｇＶ−２  Ｓタンパク質に由来する少なくとも６個の連続したアミノ酸を含む第６のアミノ酸配列；
ｖｉｉ）配列番号３、７７、３０５、３１５、３２５、３３５又は３４５に示されるＨＰｇＶ−２  Ｅ１タンパク質に由来する少なくとも６個の連続したアミノ酸を含む第７のアミノ酸配列；
ｖｉｉｉ）配列番号５、７９、３０７、３１７、３２７、３３７又は３４７に示されるＨＰｇＶ−２  Ｘタンパク質に由来する少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む第８のアミノ酸配列；
ｉｘ）配列番号４、７８、３０６、３１６、３２６、３３６又は３４６に示されるＨＰｇＶ−２  Ｅ２タンパク質に由来する少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む第９のアミノ酸配列；及び
ｘ）配列番号１０、８４、３１２、３２２、３３２、３４２に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ５Ａタンパク質に由来する少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む第１０のアミノ酸配列；
のうちのすくなくとも一を含む、
ｂ）複合体の存在を検出し、それによって対象における過去又は現在のＨＰｇＶ−２感染の存在を検出するステップと
を含む方法。
【請求項２】
ペプチドが標識され、ペプチドが配列番号８６〜９９及び１００〜２１８の群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ペプチドが、Ｓタンパク質、Ｅ１タンパク質、Ｅ２タンパク質、Ｘタンパク質、ＮＳ２タンパク質、ＮＳ３タンパク質、ＮＳ４Ａタンパク質、ＮＳ４Ｂタンパク質、ＮＳ５Ａタンパク質及びＮＳ５Ｂタンパク質からなる群から選択される、ＨＰｇＶ−２の少なくとも一部分を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ペプチドが標識を含み、試料を、前記標識に結合している部分を含む固体支持体と接触させるステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ｉ）ペプチドが患者抗体に特異的に結合して複合体を形成し、ｉｉ）標識が少なくとも１つの前記部分に結合することによって、複合体が固体支持体に結合するような条件下で、試料をインキュベートするステップをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
複合体中の患者抗体に結合することができる、検出可能に標識されている２次抗体を試料に添加するステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
実質的に精製された組換えペプチドを含む組成物であって、前記組換えペプチドが、
ａ）配列番号７、８１、３０９、３１９、３２９、３３９又は３４９に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ３タンパク質からの少なくとも１７個の連続したアミノ酸を含む、第１のアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１１、８５、３１３、３２３、３３３、３４３又は３５３に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ５Ｂタンパク質からの少なくとも１３個の連続したアミノ酸を含む、第２のアミノ酸配列；
ｃ）配列番号６、８０、３０８、３１８、３２８、３３８又は３４８に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ２タンパク質からの少なくとも１１個の連続したアミノ酸を含む、第３のアミノ酸配列；
ｄ）配列番号９、８３、３１１、３２１、３３１、３４１又は３５１に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ４Ｂタンパク質からの少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む、第４のアミノ酸配列；
ｅ）配列番号８、８２、３１０、３２０、３３０、３４０又は３５０に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ４ａタンパク質からの少なくとも５個の連続したアミノ酸を含む、第５のアミノ酸配列；
ｆ）配列番号２、７６、３０４、３１４、３２４、３３４又は３４４に示されるＨＰｇＶ−２  Ｓタンパク質からの少なくとも６個の連続したアミノ酸を含む、第６のアミノ酸配列；
ｇ）配列番号３、７７、３０５、３１５、３２５、３３５又は３４５に示されるＨＰｇＶ−２  Ｅ１タンパク質からの少なくとも６個の連続したアミノ酸を含む、第７のアミノ酸配列；
ｈ）配列番号５、７９、３０７、３１７、３２７、３３７又は３４７に示されるＨＰｇＶ−２  Ｘタンパク質からの少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む、第８のアミノ酸配列；
ｉ）配列番号４、７８、３０６、３１６、３２６、３３６、ａｎｄ  ３４６に示されるＨＰｇＶ−２  Ｅ２タンパク質からの少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む、第９のアミノ酸配列；及び
ｊ）配列番号１０、８４、３１２、３２２、３３２、３４２に示されるＨＰｇＶ−２  ＮＳ５Ａタンパク質からの少なくとも８個の連続したアミノ酸を含む、第１０のアミノ酸配列
のうちのすくなくとも一を含む、組成物。
【請求項８】
第１のアミノ酸配列についての少なくとも１７個の連続したアミノ酸が、少なくとも２４個の連続したアミノ酸配列であり、
第２のアミノ酸配列についての少なくとも１３個の連続したアミノ酸が、少なくとも１７個の連続したアミノ酸配列であり、
第３のアミノ酸配列についての少なくとも１１個の連続したアミノ酸が、少なくとも１５個の連続したアミノ酸配列であり、
第４のアミノ酸配列についての少なくとも１１個の連続したアミノ酸が、少なくとも１５個の連続したアミノ酸配列であり、
第５のアミノ酸配列についての少なくとも１０個の連続したアミノ酸が、少なくとも１８個の連続したアミノ酸配列であり、
第６のアミノ酸配列についての少なくとも１２個の連続したアミノ酸が、少なくとも１８個の連続したアミノ酸配列であり、
第７のアミノ酸配列についての少なくとも１２個の連続したアミノ酸が、少なくとも１７個の連続したアミノ酸配列であり、
第８のアミノ酸配列についての少なくとも８個の連続したアミノ酸が、少なくとも１４個の連続したアミノ酸配列であり、
請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
ペプチドが、配列番号８６〜９９及び１００〜２１８の群から選択される、請求項７に記載の組成物。
【請求項１０】
合成核酸分子を含む組成物であって、
合成核酸分子が、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２９９〜３０３、又はｉｉ）ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）のゲノム配列の領域１、領域２、領域３もしくは領域４にハイブリダイズする、少なくとも１２ヌクレオチドの長さのヌクレオチド配列又はその相補体を含み、
ＨＰｇＶ−２のゲノム配列は、配列番号１又は７５に示されるものであり、
領域１は、配列番号１又は７５のヌクレオチド１〜１４０１であり、領域２は配列番号１又は７５のヌクレオチド１４３１〜４７７７であり、領域３は配列番号１又は７５のヌクレオチド４８１８〜８１３４であり、領域４は配列番号１又は７５のヌクレオチド８１６７〜９７７８である、組成物。
【請求項１１】
ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）核酸を検出するための方法であって、
ａ）ＨＰｇＶ−２核酸を含むことが疑われる試料を、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２９９〜３０３、又はｉｉ）ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）のゲノム配列の領域１、領域２、領域３もしくは領域４にハイブリダイズする、少なくとも１２ヌクレオチドの長さのヌクレオチド配列又はその相補体を含む核酸分子と接触させるステップと、
ここで、前記ＨＰｇＶ−２のゲノム配列は、配列番号１に示されるものであり、
前記領域１は、配列番号１又は７５のヌクレオチド１〜１４０１であり、前記領域２は、配列番号１又は７５のヌクレオチド１４３１〜４７７７であり、前記領域３は、配列番号１又は７５のヌクレオチド４８１８〜８１３４であり、前記領域４は、配列番号１又は７５のヌクレオチド８１６７〜９７７８である、
ｂ）前記核酸分子のＨＰｇＶ−２核酸に対するハイブリダイゼーションの存在又は非存在を検出するステップであって、ハイブリダイゼーションの前記存在の検出が、前記試料中の前記ＨＰｇＶ−２核酸の存在を示すステップと
を含む方法。
【請求項１２】
ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）核酸を検出するための方法であって、
ａ）ＨＰｇＶ−２核酸を含むことが疑われる試料を、ＨＰｇＶ−２増幅生成物が生成されるように、第１のプライマーと接触させるステップと、
ここで、第１のプライマーは、ストリンジェントな条件下で、ｉ）配列番号２９９−３０３、又はｉｉ）ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）のゲノム配列の領域１、領域２、領域３もしくは領域４にハイブリダイズする、少なくとも１２ヌクレオチドの長さのヌクレオチド配列又はその相補体を含み、
ＨＰｇＶ−２のゲノム配列は、配列番号１又は７５に示されるものであり、
前記領域１は、配列番号１又は７５のヌクレオチド１〜１４０１であり、前記領域２は、配列番号１又は７５のヌクレオチド１４３１〜４７７７であり、前記領域３は、配列番号１又は７５のヌクレオチド４８１８〜８１３４であり、前記領域４は、配列番号１又は７５のヌクレオチド８１６７〜９７７８である、
ｂ）ＨＰｇＶ−２増幅生成物を検出し、それによって試料中のＨＰｇＶ−２核酸の存在を検出するステップと
を含む方法。
【請求項１３】
試料中のヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）を検出するための方法であって、
ａ）ヒトペギウイルス２（ＨＰｇＶ−２）を含むことが疑われる試料を、ＨＰｇＶ−２の一部分に特異的に結合してＨＰｇＶ−２／抗体複合体を形成する抗体と接触させるステップと、ここで、前記抗体は、完全な抗体又は完全な抗体の抗原結合性部分である、
ｂ）ＨＰｇＶ−２／抗体複合体の存在を検出し、それによってＨＰｇＶ−２の存在を検出するステップと
を含む方法。
【請求項１４】
ＨＰｇＶ−２が、配列番号１、７５又は２９９〜３０３に示される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図１２Ａ
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１２Ａ】
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