【手続補正書】
【提出日】平成30年8月24日(2018.8.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞が癌性または前癌性であるかどうかを判定するための方法であって、
前記細胞の核内におけるグローバル５−メチルシトシン（５ｍＣ）含量並びに／または５ｍＣ及びグローバルＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の空間的核共分布を決定するステップと、
前記細胞の核内におけるグローバル５ｍＣ含量並びに／または５ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団とは有意に異なる場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定するか、或いは、グローバル核５ｍＣ含量並びに／または５ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団のものとは有意に異ならない場合に、前記細胞が癌性でもなく前癌性でないと判定するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記グローバル５ｍＣ含量が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団よりも有意に低い場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細胞が生物学的サンプルから得られる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記生物学的サンプルが痰を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記痰が呼吸器細胞を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
癌性の前記細胞または前癌性の前記細胞が肺癌起源である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記生物学的サンプルが、喫煙歴を有する対象から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記生物学的サンプルが、喫煙歴のない対象から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記生物学的サンプルが、肺癌を有しており且つ肺癌について治療されたことのない対象から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記生物学的サンプルが、放射線療法、化学療法、外科手術、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される肺癌治療を受けたことのある対象から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
グローバル５ｍＣ及びｇＤＮＡの含量が、前記細胞を（ａ）５ｍＣに特異的な抗体を用いた免疫蛍光染色に、及び（ｂ）４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）を用いた対比染色に供した後に、顕微鏡を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
５ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、前記細胞を（ａ）５ｍＣに特異的な抗体を用いた免疫蛍光染色に、及び（ｂ）４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）を用いた対比染色に供した後に、顕微鏡を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
高張食塩水を対象の気道に投与するステップと、
前記高張食塩水を吸入した結果として前記対象から吐き出されたある量の痰を回収するステップと
を含む方法により、痰サンプルが前記対象から得られた、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
前記高張食塩水がネブライザーを介して投与される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記高張食塩水が３〜５％のＮａＣｌである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記顕微鏡が、５００ナノメートルまたはそれ未満の分解能を有する共焦点走査顕微鏡である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１７】
対象の生物学的サンプルから得られた細胞の核内におけるグローバル５−メチルシトシン（５ｍＣ）含量並びに／または５ｍＣ及びグローバルＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の空間的核共分布を決定するステップと、
前記細胞の核内におけるグローバル５ｍＣ含量並びに／または５ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の細胞集団とは有意に異なる場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定するステップと、
前記細胞が癌性または前癌性であると判定された場合に、臨床的に検証可能な癌を発症する高いリスクを前記対象が有すると判定するステップと
を含む、方法。
【請求項１８】
前記生物学的サンプルが痰を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記痰が呼吸器細胞を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
癌性の前記細胞または前癌性の前記細胞が肺癌起源である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象が喫煙歴を有する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記対象が喫煙歴を有さない、請求項１８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
種々の実施形態において、本発明は、対象から、細胞を含む生物学的サンプルを得るステップと；前記細胞の核内におけるグローバル５−メチルシトシン（５ｍＣ）含量並びに／または５ｍＣ及びグローバルＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の空間的核共分布を決定するステップと；前記細胞の核内におけるグローバル５ｍＣ含量並びに／または５ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の細胞集団とは有意に異なる場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定するステップと；前記細胞が癌性または前癌性であると判定された場合に、臨床的に検証可能な癌を発症する高いリスクを前記対象が有すると判定するステップとを含む方法を教示する幾つかの実施形態において、前記方法はまた、臨床的に検証可能な癌を発症する高いリスクを前記対象が有すると判定された場合、または臨床的に検証可能な癌を前記対象が発症していると判定された場合に、前記対象を治療するステップを含む。幾つかの実施形態において、前記生物学的サンプルは痰を含む。幾つかの実施形態において、前記痰は呼吸器細胞を含む。幾つかの実施形態において、癌性の前記細胞または前癌性の前記細胞は肺癌起源のものである。特定の実施形態において、前記対象は喫煙歴を有する。幾つかの実施形態において、前記対象は喫煙歴を有さない。
[本発明1001]
細胞が癌性または前癌性であるかどうかを判定するための方法であって、
前記細胞の核内におけるグローバル5−メチルシトシン（5ｍＣ）含量並びに／または5ｍＣ及びグローバルＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の空間的核共分布を決定するステップと、
前記細胞の核内におけるグローバル5ｍＣ含量並びに／または5ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団とは有意に異なる場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定するか、或いは、グローバル核5ｍＣ含量並びに／または5ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団のものとは有意に異ならない場合に、前記細胞が癌性でもなく前癌性でないと判定するステップと
を含む、方法。
[本発明1002]
前記グローバル5ｍＣ含量が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の参照細胞集団よりも有意に低い場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記細胞が生物学的サンプルから得られる、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記生物学的サンプルが痰を含む、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記痰が呼吸器細胞を含む、本発明1004の方法。
[本発明1006]
癌性の前記細胞または前癌性の前記細胞が肺癌起源である、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記生物学的サンプルが、喫煙歴を有する対象から得られる、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記生物学的サンプルが、喫煙歴のない対象から得られる、本発明1005の方法。
[本発明1009]
前記生物学的サンプルが、肺癌を有しており且つ肺癌について治療されたことのない対象から得られる、本発明1005の方法。
[本発明1010]
前記生物学的サンプルが、放射線療法、化学療法、外科手術、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される肺癌治療を受けたことのある対象から得られる、本発明1005の方法。
[本発明1011]
グローバル5ｍＣ及びｇＤＮＡの含量が、前記細胞を（ａ）5ｍＣに特異的な抗体を用いた免疫蛍光染色に、及び（ｂ）4’，6−ジアミジノ−2−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）を用いた対比染色に供した後に、顕微鏡を用いて決定される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
5ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、前記細胞を（ａ）5ｍＣに特異的な抗体を用いた免疫蛍光染色に、及び（ｂ）4’，6−ジアミジノ−2−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）を用いた対比染色に供した後に、顕微鏡を用いて決定される、本発明1001の方法。
[本発明1013]
高張食塩水を対象の気道に投与するステップと、
前記高張食塩水を吸入した結果として前記対象から吐き出されたある量の痰を回収するステップと
を含む方法により、痰サンプルが前記対象から得られた、本発明1005の方法。
[本発明1014]
前記高張食塩水がネブライザーを介して投与される、本発明1012の方法。
[本発明1015]
前記高張食塩水が3〜5％のＮａＣｌである、本発明1013の方法。
[本発明1016]
前記顕微鏡が、500ナノメートルまたはそれ未満の分解能を有する共焦点走査顕微鏡である、本発明1011または1012の方法。
[本発明1017]
対象から、細胞を含む生物学的サンプルを得るステップと、
前記細胞の核内におけるグローバル5−メチルシトシン（5ｍＣ）含量並びに／または5ｍＣ及びグローバルＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の空間的核共分布を決定するステップと、
前記細胞の核内におけるグローバル5ｍＣ含量並びに／または5ｍＣ及びｇＤＮＡの空間的核共分布が、非癌性もしくは非前癌性の参照細胞及び／または非癌性もしくは非前癌性の細胞集団とは有意に異なる場合に、前記細胞が癌性または前癌性であると判定するステップと、
前記細胞が癌性または前癌性であると判定された場合に、臨床的に検証可能な癌を発症する高いリスクを前記対象が有すると判定するステップと
を含む、方法。
[本発明1018]
臨床的に検証可能な癌を発症する高いリスクを前記対象が有すると判定された場合、または臨床的に検証可能な癌を前記対象が発症していると判定された場合に、前記対象を癌について治療するステップを更に含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記生物学的サンプルが痰を含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記痰が呼吸器細胞を含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
癌性の前記細胞または前癌性の前記細胞が肺癌起源である、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記対象が喫煙歴を有する、本発明1019の方法。
[本発明1023]
前記対象が喫煙歴を有さない、本発明1019の方法。