【手続補正書】
【提出日】平成30年4月9日(2018.4.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＬＡ−Ａｎｅｇ、ＨＬＡホモ接合人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）の製造方法であって、
（ａ）ＨＬＡホモ接合ドナーからの臍帯血細胞の集団から得られた細胞を操作することであって、前記ドナーがＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１のＨＬＡホモ接合であり、その結果、ＨＬＡ−Ａを発現せず、それによってＨＬＡ−Ａｎｅｇ細胞を製造すること；ならびに
（ｂ）ｉＰＳＣを生成するように前記ＨＬＡ−Ａｎｅｇ細胞をリプログラミングし、それによってＨＬＡ−ＡｎｅｇｉＰＳＣを製造することを含む、前記方法。
【請求項２】
リプログラミングはＯｃｔ３／４、ＫＬＦ４、Ｓｏｘ２、及びｃ−ｍｙｃをコードするｍＲＮＡを前記細胞に導入することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
リプログラミングはＯｃｔ３／４、ＫＬＦ４、Ｓｏｘ２、及びｃ−ｍｙｃをコードする１つまたは複数の発現カセットを前記細胞に導入することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ｉＰＳＣをキメラ抗原受容体で形質導入することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＨＬＡ−Ａｎｅｇ、ＨＬＡホモ接合ｉＰＳＣを分化することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ｉＰＳＣは免疫細胞に分化される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ｉＰＳＣは造血幹細胞に分化される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
ホモ接合ＨＬＡ対立遺伝子及びＨＬＡ−Ａｎｅｇ表現型の少なくとも１つのセットを含む、哺乳動物細胞。
【請求項９】
前記細胞は臍帯血、心筋細胞、腎臓、肺、表皮、膵臓、ベータ膵島、肝臓、造血、間葉、神経細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、胚性幹細胞またはｉＰＳ細胞である、請求項８に記載の細胞。
【請求項１０】
細胞はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子、ホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子またはホモ接合ＨＬＡ−Ｃ及びＨＬＡ−ＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子を含む、請求項８または９のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項１１】
前記細胞はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をさらに含む、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項１２】
請求項８〜１１のいずれか一項に記載の細胞の集団。
【請求項１３】
少なくとも１つの第１及び第２の人工多能性幹細胞株を含む細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットであって、前記第１及び第２の細胞株はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子を含み、前記第１の細胞株のホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及び／またはＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子は前記第２の細胞株のＨＬＡ−Ｂ及び／またはＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子と異なっており、前記第１及び第２の細胞株は両方ともＨＬＡ−Ａｎｅｇである、前記細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
【請求項１４】
（ａ）請求項１３に記載のｉＰＳＣ細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットを得ること、
（ｂ）前記ｉＰＳＣを系譜特異的な細胞に任意に分化すること、
（ｃ）前記ｉＰＳＣまたは系譜特異的な細胞を目的の免疫受容体を発現するＴ細胞に暴露すること、及び
（ｄ）前記ｉＰＳＣまたは系譜特異的な細胞と目的の免疫受容体を発現する前記Ｔ細胞との相互作用を検出し、それによって免疫受容体の特異性をスクリーニングすることを含む、免疫受容体の特異性のスクリーニング方法。
【請求項１５】
医薬として使用するための分化細胞を含む組成物であって、前記使用が
（ａ）患者とＨＬＡが適合する請求項１３に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットから細胞株を選択すること、
（ｂ）前記選択された細胞株を系譜特異的な細胞に分化すること、及び
（ｃ）治療有効量の前記分化された細胞を前記患者に投与することを含む、前記組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ＨＬＡ−Ａｎｅｇ、ＨＬＡホモ接合人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）の製造方法であって、
（ａ）ＨＬＡホモ接合ドナーから細胞集団を得て、
（ｂ）ＨＬＡ−Ａを発現しないように前記細胞を操作し、それによってＨＬＡ−Ａｎｅｇ細胞を製造し、及び
（ｃ）ｉＰＳＣを生成するように前記ＨＬＡ−Ａｎｅｇ細胞をリプログラミングし、それによってＨＬＡ−ＡｎｅｇｉＰＳＣを製造することを含む、前記方法。
（項目２）
前記細胞集団は臍帯血細胞の集団である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ドナーはＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、及びＨＬＡ−ＤＲＢ１のＨＬＡホモ接合である、項目１に記載の方法。
（項目４）
ＨＬＡ−Ａを発現しないように前記細胞を操作することは、前記ＨＬＡ−Ａ遺伝子座を特異的に標的とする人工ヌクレアーゼを前記細胞に導入することを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記人工ヌクレアーゼはジンクフィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥＮ、またはＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９である、項目４に記載の方法。
（項目６）
人工ヌクレアーゼを前記細胞に導入することは前記人工ヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡを前記細胞に導入することを含む、項目４に記載の方法。
（項目７）
リプログラミングはＯｃｔ３／４、ＫＬＦ４、Ｓｏｘ２、及びｃ−ｍｙｃタンパク質を前記細胞に導入することを含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
リプログラミングはＯｃｔ３／４、ＫＬＦ４、Ｓｏｘ２、及びｍＲＮＡをコードするｃ−ｍｙｃを前記細胞に導入することを含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
リプログラミングはＯｃｔ３／４、ＫＬＦ４、Ｓｏｘ２、及びｃ−ｍｙｃをコードする１つまたは複数の発現カセットを前記細胞に導入することを含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記１つまたは複数の発現カセットは１つまたは複数のエピソームベクターに含まれる、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記発現カセットはウイルスベクターに含まれる、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記ウイルスベクターはレトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはセンダイウイルスである、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
自殺遺伝子をステップ（ｂ）の前記細胞に導入することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記自殺遺伝子は誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐ９）である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
誘導は遺伝子導入を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
導入はトランスポゾン／トランスポサーゼ系を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
前記トランスポゾン／トランスポサーゼ系はスリーピングビューティートランスポゾン／トランスポサーゼ系である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ｉＰＳＣ中のＴＲＡＣ遺伝子を崩壊させることをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
崩壊は前記ＴＲＡＣ遺伝子座を特異的に標的とする人工ヌクレアーゼを前記細胞に導入することを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ｉＰＳＣをキメラ抗原受容体で形質導入することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
遺伝的にセーフハーバープロファイルを有するＨＬＡ−Ａｎｅｇ、ＨＬＡホモ接合ｉＰＳＣを同定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記同定は全ゲノム配列決定または組込み部位解析によって実施される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記ＨＬＡ−Ａｎｅｇ、ＨＬＡホモ接合ｉＰＳＣを分化することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２４）
分化は抗原提示細胞（ＡＰＣ）の使用を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記ＡＰＣは人工ＡＰＣ（ａＡＰＣ）を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記ａＡＰＣは遺伝的に改変されたＫ５６２細胞である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ｉＰＳＣは免疫細胞に分化される、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
前記免疫細胞はＴ細胞、ＮＫ細胞、ｉＮＫＴ細胞である、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記免疫細胞は腫瘍特異的またはウイルス特異的ＴＣＲαβをさらに含む、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記免疫細胞は腫瘍特異的キメラ抗原受容体をさらに含む、項目２７に記載の方法。
（項目３１）
前記免疫細胞は免疫抑制分子を排除するために遺伝的にさらに編集される、項目２７に記載の方法。
（項目３２）
前記免疫抑制分子はＰＤ−１またはＣＴＬＡ−４である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ｉＰＳＣは造血幹細胞に分化される、項目２７に記載の方法。
（項目３４）
前記ｉＰＳＣは心筋細胞、肺上皮細胞、ベータ膵島細胞、腎細胞、または神経細胞に分化される、項目２７に記載の方法。
（項目３５）
ホモ接合ＨＬＡ対立遺伝子及びＨＬＡ−Ａｎｅｇ表現型の少なくとも１つのセットを含む単離された哺乳動物細胞。
（項目３６）
前記細胞は臍帯血、心筋細胞、腎臓、肺、表皮、膵臓、ベータ膵島、肝臓、造血、間葉、または神経細胞である、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目３７）
前記細胞は胚性幹細胞またはｉＰＳ細胞である、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目３８）
前記細胞はＴ細胞またはＮＫ細胞である、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目３９）
前記細胞はホモ接合ＨＬＡ対立遺伝子の少なくとも２つのセットを含む、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目４０）
細胞はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子、ホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子またはホモ接合ＨＬＡ−Ｃ及びＨＬＡ−ＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子を含む、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目４１）
細胞は少なくとも１つの前記ＨＬＡ−Ａ遺伝子の全てまたは一部分の欠失を含む、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目４２）
細胞は前記遺伝子を非機能性にする変異を有する少なくとも１つのＨＬＡ−Ａ遺伝子を含む、項目３５に記載の単離された細胞。
（項目４３）
前記細胞は導入遺伝子を含む、項目３５に記載の細胞。
（項目４４）
前記導入遺伝子は自殺遺伝子を含む、項目４３に記載の細胞。
（項目４５）
前記自殺遺伝子は誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐ９）である、項目４４に記載の細胞。
（項目４６）
前記細胞は機能性ＴＣＲα及び／またはＴＣＲβ遺伝子を欠損している、項目３５に記載の細胞。
（項目４７）
前記細胞は腫瘍特異的またはウイルス特異的ＴＣＲαβをさらに含む、項目３５に記載の細胞。
（項目４８）
前記細胞はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をさらに含む、項目３５に記載の細胞。
（項目４９）
前記細胞は１つまたは複数の免疫抑制分子の発現を欠損している、項目３５に記載の細胞。
（項目５０）
前記免疫抑制分子はＰＤ−１またはＣＴＬＡ−４である、項目４９に記載の細胞。
（項目５１）
項目３５に記載の細胞集団。
（項目５２）
少なくとも１つの第１及び第２の人工多能性幹細胞株を含む細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットであって、前記第１及び第２の細胞株はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子を含み、前記第１の細胞株のホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及び／またはＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子は第２の細胞株のＨＬＡ−Ｂ及び／またはＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子と異なっており、前記第１及び第２の細胞株は両方ともＨＬＡ−Ａｎｅｇである、前記細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５３）
少なくとも５〜１０個の異なる人工多能性幹細胞株をさらに含み、各細胞株はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子の固有の組み合わせを含み、各細胞株はＨＬＡ−Ａｎｅｇである、項目５２に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５４）
少なくとも２０個の異なる人工多能性幹細胞株をさらに含み、各細胞株はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子の固有の組み合わせを含み、各細胞株はＨＬＡ−Ａｎｅｇである、項目５３に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５５）
少なくとも２７個の異なる人工多能性幹細胞株をさらに含み、各細胞株はホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子の固有の組み合わせを含み、各細胞株はＨＬＡ−Ａｎｅｇである、項目５４に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５６）
前記セットは２７個の異なる人工多能性幹細胞株を含み、各細胞株は表１に記載のホモ接合ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子の固有の組み合わせを含み、各細胞株はＨＬＡ−Ａｎｅｇである、項目５４に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５７）
各細胞株は自殺遺伝子をさらに含む、項目５２に記載のｉｎ  ｖｉｔｒｏの細胞株のセット。
（項目５８）
前記自殺遺伝子は誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐ９）である、項目５７に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目５９）
前記細胞株は項目１に記載の方法に従って製造される、項目５２に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセット。
（項目６０）
（ａ）項目５２に記載のｉＰＳＣ細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットを得て、
（ｂ）前記ｉＰＳＣを系譜特異的な細胞に任意に分化し、
（ｃ）前記ｉＰＳＣまたは系譜特異的な細胞を目的の免疫受容体を発現するＴ細胞に暴露し、
（ｄ）前記ｉＰＳＣまたは系譜特異的な細胞と目的の免疫受容体を発現するＴ細胞との相互作用を検出し、それによって免疫受容体の特異性をスクリーニングすることを含む、免疫受容体の特異性のスクリーニング方法。
（項目６１）
前記Ｔ細胞は、目的の免疫受容体の標的抗原を認識した後に、ＧＦＰのみを発現するＴ急性リンパ芽球性白血病細胞株である、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
ステップ（ｄ）は前記Ｔ急性リンパ芽球性白血病細胞株中のＧＦＰの前記発現を検出し、それによって標的抗原を発現するｉＰＳＣまたは系譜特異的な細胞を同定することを含む、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
細胞死レポーター構築物を前記ステップ（ａ）の細胞に導入することをさらに含む、項目６０に記載の方法。
（項目６４）
前記細胞死レポーター構築物はカスパーゼ３の活性化を検出することができる、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
ステップ（ｄ）は前記細胞死レポーター構築物の活性化を検出し、それによって免疫受容体の特異性をスクリーニングすることを含む、項目６３に記載の方法。
（項目６６）
系譜特異的転写因子プロモーター駆動レポーター遺伝子を前記ステップ（ａ）の細胞に導入することをさらに含む、項目６０に記載の方法。
（項目６７）
ステップ（ｄ）は前記レポーター遺伝子の発現の喪失を検出し、それによって免疫受容体の特異性をスクリーニングすることを含む、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記目的の免疫受容体はＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である、項目６０に記載の方法。
（項目６９）
前記ＴＣＲはクローニングされ、または操作されている、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
治療の必要な患者の疾患の治療方法であって、
（ａ）前記患者とＨＬＡが適合する項目５２に記載の細胞株のｉｎ  ｖｉｔｒｏのセットから細胞株を選択し、
（ｂ）前記選択された細胞株を系譜特異的な細胞に分化し、及び
（ｃ）治療有効量の前記分化された細胞を前記患者に投与することを含む、前記方法。
（項目７１）
前記方法は免疫療法を提供する方法である、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記系譜特異的な細胞は造血幹細胞または免疫エフェクター細胞である、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記疾患はがん、自己免疫疾患、または感染性疾患である、項目７１に記載の方法。
（項目７４）
前記免疫エフェクター細胞はＴ細胞、ＮＫ細胞、及びｉＮＫＴ細胞である、項目７１に記載の方法。
（項目７５）
前記方法はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）またはＴ細胞受容体を前記ステップ（ａ）の細胞に導入することをさらに含む、項目７１に記載の方法。
（項目７６）
前記疾患はがんであり、前記ＣＡＲは癌細胞抗原を標的とする、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記癌細胞抗原は、ＣＤ１９、ＣＤ２０、癌胎児抗原、α−フェトプロテイン、ＣＡ−１２５、５Ｔ４、ＭＵＣ−１、上皮性腫瘍抗原、メラノーマ関連抗原、変異ｐ５３、変異ｒａｓ、ＨＥＲ２／Ｎｅｕ、ＥＲＢＢ２、葉酸結合タンパク質、ＧＤ２、ＣＤ１２３、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ５６、ｃ−Ｍｅｔ、ｍｅｏｔｈｅｌｉｎ、ＧＤ３、ＨＥＲＶ−Ｋ、ＩＬ−１１Ｒａｌｐｈａ、カッパ鎖、ラムダ鎖、ＣＳＰＧ４、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、またはＶＥＧＦＲ２である、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記疾患は自己免疫疾患であり、前記ＣＡＲは自己免疫疾患細胞を標的とする、項目７５に記載の方法。
（項目７９）
前記疾患は病原体によって生じる感染性疾患であり、前記ＣＡＲは病原体抗原を標的とする、項目７５に記載の方法。
（項目８０）
前記病原体は、真菌、ウイルス、または病原性微生物である、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記方法は再生医療をもたらす方法である、項目７０に記載の方法。
（項目８２）
前記系譜特異的な細胞は、心筋細胞、神経細胞、ベータ膵島細胞、腎細胞、または肺細胞である、項目８１に記載の方法。
以下の図面は本明細書の一部を形成し、本発明の特定の態様を説明するために含まれている。本発明は、本明細書に示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて１つまたは複数の図面を参照することによってもっと理解することが可能となる。