【手続補正書】
【提出日】平成30年11月16日(2018.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
関心のある少なくとも１つの腫瘍型に関してＰＤ−１アンタゴニストに対する抗腫瘍応答を予測する遺伝子シグネチャーバイオマーカーを得る方法であって、
（ａ）該腫瘍型を有すると診断された患者コホートにおける各患者から治療前腫瘍サンプルを得、
（ｂ）該コホートにおける各患者に関して、ＰＤ−１アンタゴニストでの治療の後に抗腫瘍応答値を得、
（ｃ）遺伝子発現プラットフォームにおいて各遺伝子に関して各腫瘍サンプルにおける生ＲＮＡレベルを測定し、ここで、遺伝子発現プラットフォームは約５０〜約６０個の遺伝子の臨床応答遺伝子セットおよび約１０〜約１２個のハウスキーピング遺伝子の正規化遺伝子セットを含み、該臨床応答遺伝子の約９０％は、該抗腫瘍応答と正に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示し、該臨床応答遺伝子の約１０％は、該抗腫瘍応答と負に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示し、
（ｄ）該正規化遺伝子の測定ＲＮＡレベルを用いて、該臨床応答遺伝子の測定生ＲＮＡレベルのそれぞれを各腫瘍サンプルに関して正規化し、
（ｅ）関心のある遺伝子シグネチャーにおける各腫瘍サンプルおよび各遺伝子に関して、その遺伝子の所定の増倍係数を用いて該正規化ＲＮＡ発現レベルを重み付けし、
（ｆ）各患者に関して、該重み付けＲＮＡ発現レベルを加えて、該コホートにおける各患者に関する遺伝子シグネチャースコアを得、
（ｇ）該腫瘍サンプルの全てに関する遺伝子シグネチャースコアと該コホートにおける患者の全てに関する抗腫瘍応答値とを比較して、目標のバイオマーカーの臨床有用性基準を満たすように患者コホートを分類する該遺伝子シグネチャースコアに関するカットオフを選択することを含む方法。
【請求項２】
遺伝子発現プラットフォームが、以下の表１に挙げられている遺伝子からなる、請求項１記載の方法。
【表１】
2018505658.tif 000001
2018505658.tif 000002
【請求項３】
選択されたカットオフ以上の遺伝子シグネチャースコアを有する腫瘍型の任意の腫瘍サンプルをバイオマーカー陽性として定め、選択されたカットオフ未満の遺伝子シグネチャースコアを有する腫瘍型の任意の腫瘍サンプルをバイオマーカー陰性として定めることを更に含む、請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
ＰＤ−１アンタゴニストがペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）である、請求項１〜３のいずれか１項記載の方法。
【請求項５】
腫瘍型が膀胱癌、胃癌、頭頸部癌、トリプルネガティブ乳癌、肛門癌、胆道癌、結腸直腸癌、食道癌、卵巣癌または黒色腫である、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６】
各臨床応答遺伝子に関する所定の増倍係数が、以下の表３Ａに挙げられているスコア化重みセットの群から選択される同じスコア化重みセットのメンバーである、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。
【表２】
2018505658.tif 000003
2018505658.tif 000004
【請求項７】
各臨床応答遺伝子に関する所定の増倍係数が整数１に等しい、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。
【請求項８】
特定の腫瘍型を有すると診断された患者から摘出された腫瘍サンプルを、ＰＤ−１アンタゴニストに対する該腫瘍型の抗腫瘍応答の遺伝子シグネチャーバイオマーカーの存在または非存在に関して試験するための方法であって、該方法が、
（ａ）遺伝子発現プラットフォームにおいて各遺伝子に関して該腫瘍サンプルにおける生ＲＮＡレベルを測定し、ここで、遺伝子発現プラットフォームは約５０〜約６０個の遺伝子の臨床応答遺伝子セットおよび約１０〜約１２個のハウスキーピング遺伝子の正規化遺伝子セットを含み、該臨床応答遺伝子の約９０％は、該抗腫瘍応答と正に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示し、該臨床応答遺伝子の約１０％は、該抗腫瘍応答と負に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示し、
（ｂ）該正規化遺伝子の測定ＲＮＡレベルを用いて、該腫瘍型に関する所定の遺伝子シグネチャーにおける各臨床応答遺伝子に関する測定生ＲＮＡレベルを正規化し、ここで、該所定遺伝子シグネチャーは該臨床応答遺伝子の少なくとも２つからなり、
（ｃ）所定の増倍係数を用いて各正規化ＲＮＡ値を重み付けし、
（ｄ）該重み付けＲＮＡ発現レベルを加えて、遺伝子シグネチャースコアを得、
（ｅ）得られたスコアを該遺伝子シグネチャーおよび腫瘍型に関して基準スコアと比較し、
（ｆ）バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性として該腫瘍サンプルを分類することを含み、ここで、得られたスコアが該基準スコア以上である場合には、該腫瘍サンプルをバイオマーカー陽性として分類し、得られたスコアが該基準スコア未満である場合には、該腫瘍サンプルをバイオマーカー陰性として分類する、方法。
【請求項９】
遺伝子発現プラットフォームが表１における遺伝子からなる、請求項７記載の方法。
【請求項１０】
ＰＤ−１アンタゴニストがペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）である、請求項８または９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
腫瘍型が膀胱癌、胃癌、頭頸部癌、トリプルネガティブ乳癌、肛門癌、胆道癌、結腸直腸癌、食道癌、卵巣癌または黒色腫である、請求項８〜１０のいずれか１項記載の方法。
【請求項１２】
所定の遺伝子シグネチャーが表３Ａにおける５７個の遺伝子からなり、重み付け工程が、表３Ａに挙げられている重みセットからスコア化重みセットを選択し、該遺伝子のそれぞれに関する正規化ＲＮＡ値に、選択されたスコア化重みセットにおける対応重みを掛け算することを含む、請求項８〜１１のいずれか１項記載の方法。
【請求項１３】
所定の遺伝子シグネチャーが表３Ａにおける５７個の遺伝子からなり、所定の増倍係数が整数１である、請求項８〜１１のいずれか１項記載の方法。
【請求項１４】
特定の腫瘍型を有すると診断された患者から摘出された腫瘍サンプルをＰＤ−１アンタゴニストに対する該腫瘍型の抗腫瘍応答の遺伝子シグネチャーバイオマーカーの存在または非存在に関して試験するための系であって、該系が、
（ｉ）臨床応答遺伝子のセットおよび正規化遺伝子のセットからなる遺伝子発現プラットフォームにおける各遺伝子の生ＲＮＡ発現レベルを測定するためのサンプル分析装置、ならびに
（ｉｉ）（ａ）該正規化遺伝子の測定ＲＮＡレベルを用いて、該腫瘍型に関する所定の遺伝子シグネチャーにおける各臨床応答遺伝子に関する測定生ＲＮＡレベルを正規化し、
（ｂ）所定の増倍係数を用いて各正規化ＲＮＡ値を重み付けし、
（ｃ）該重み付けＲＮＡ発現レベルを加えて、遺伝子シグネチャースコアを得、
（ｄ）得られたスコアを該遺伝子シグネチャーおよび腫瘍型に関して基準スコアと比較し、
（ｅ）バイオマーカー陽性またはバイオマーカー陰性として該腫瘍サンプルを分類するために、測定されたＲＮＡ発現レベルを受信し、分析するためのコンピュータプログラムを含み、
ここで、得られたスコアが該基準スコア以上である場合には、該腫瘍サンプルをバイオマーカー陽性として分類し、得られたスコアが該基準スコア未満である場合には、該腫瘍サンプルをバイオマーカー陰性として分類する、系。
【請求項１５】
遺伝子発現プラットフォームが表１における遺伝子からなる、請求項１４記載の系。
【請求項１６】
所定の増倍係数が、表３Ａに挙げられているスコア化重みセットから選択されるスコア化重みのセットのメンバーである、請求項１４記載の系。
【請求項１７】
表１に表されている遺伝子シグネチャーに関する正規化ＲＮＡ発現スコアを得るために腫瘍サンプルをアッセイするためのキットであって、
（ａ）表１における遺伝子のそれぞれにより発現される転写産物に特異的に結合しうるハイブリダイゼーションプローブのセット、および
（ｂ）各ハイブリダイゼーションプローブと形成される特異的ハイブリダイゼーション複合体の数を定量するために設計された試薬のセットを含むキット。
【請求項１８】
遺伝子シグネチャーバイオマーカーに関して腫瘍のサンプルが陽性であるか陰性であるかを決定する工程を含む、腫瘍を有する患者の治療を支援する方法であって、該治療は、該バイオマーカーに関して腫瘍が陽性である場合には、該患者はＰＤ−１アンタゴニストを投与され、該バイオマーカーに関して腫瘍が陰性である場合には、該患者はＰＤ−１アンタゴニストを含まない癌治療剤を投与される治療であり、該遺伝子シグネチャーバイオマーカーは、表１における臨床応答遺伝子の少なくとも２つを含む遺伝子シグネチャーに関するものである、前記治療を支援する方法。
【請求項１９】
遺伝子シグネチャーが表１Ａおよび１Ｂにおける５７個の臨床応答遺伝子または表１Ａにおける５１個の臨床応答遺伝子からなる、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
遺伝子シグネチャーが、以下の表２に挙げられている遺伝子シグネチャーから選択される、請求項１８記載の方法。
【表３】
2018505658.tif 000005
【請求項２１】
ＰＤ−１アンタゴニストに対する抗腫瘍応答と相関する遺伝子シグネチャーに関するシグネチャースコアを得るために患者から摘出された腫瘍サンプルを試験する方法であって、
（ａ）該遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子に関して、及び正規化遺伝子セットにおける各遺伝子に関して、該腫瘍サンプルにおける生ＲＮＡレベルを測定し、ここで、該遺伝子シグネチャーおよび正規化遺伝子セットは、以下の表に記載されている遺伝子からなり、
【表４】
2018505658.tif 000006
（ｂ）該正規化遺伝子の測定ＲＮＡレベルを用いて、該遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子に関して該測定生ＲＮＡレベルを正規化し、
（ｃ）各正規化ＲＮＡ値に、以下の表に記載されている対応スコア化重みを掛け算して、重み付けＲＮＡ発現値を得、
【表５】
2018505658.tif 000007
（ｄ）該重み付けＲＮＡ発現値を加えて遺伝子シグネチャースコアを得ることを含む方法。
【請求項２２】
ＰＤ−１アンタゴニストがニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）、ペンブロリズマブバイオシミラーまたはペンブロリズマブ変異体である、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
測定工程が、組織サンプルからＲＮＡを単離し、以下の表に挙げられている遺伝子標的領域に特異的にハイブリダイズするように設計されたプローブのセットと共に組織サンプルをインキュベートすることを含む、請求項２１または２２記載の方法。
【表６】
2018505658.tif 000008
【請求項２４】
患者が食道癌を有すると診断されている、請求項２１〜２３のいずれか１項記載の方法。