【手続補正書】
【提出日】平成30年2月19日(2018.2.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第一の単一ガイドRNAをコードする第一のポリヌクレオチドに作動可能に連結された第一のプロモーター及びCas9ポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドに作動可能に連結された第二のプロモーターを含む構築物であって、該第一の単一ガイドRNAがDNAウイルス又はDNA中間体を有するウイルスの標的配列の鎖と相補的な第一の部分及び該Cas9ポリペプチドと相互作用することができる第二の部分を含む、前記構築物。
【請求項２】
ウイルスが、ヘパドナウイルス科、ヘルペスウイルス科、パピローマウイルス科及びレトロウイルス科からなる群から選択される科に分類される、請求項１に記載の構築物。
【請求項３】
ウイルスが、単純疱疹ウイルス1型（HSV-1）、単純疱疹イルス2型（HSV-2）、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、ヒトサイトメガロウイルス（hCMV）、水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（KSHV）、B型肝炎ウイルス（HBV）、ヒトパピローマウイルス（HPV）、及びヒト免疫不全ウイルス（HIV-1）からなる群から選択される、請求項１に記載の構築物。
【請求項４】
標的配列が、HSV ICP0、HSV ICP4、HSVウイルス潜伏期関連転写物、EBV FR（反復配列ファミリー）、EBV DR（ダイレクトシンメトリー）、EBV核内抗原（EBNA1）、EBV Qpプロモーター、EBV潜在膜タンパク質-1（LMP-1）遺伝子、HBV逆転写酵素、HBV表面抗原、HBVコア、HPV E6遺伝子、HPV E7遺伝子、HIV-1 Tat、及びHIV-1 TAR又は隣接プロモーター配列からなる群から選択される、請求項３に記載の構築物。
【請求項５】
単一ガイドRNAの第一の部分が配列番号:1−27、30−35及び63から選択される、請求項４に記載の構築物。
【請求項６】
第一のプロモーターが、U6プロモーター、Gln tRNA、Pro tRNA、Gly tRNA、Asn tRNA、Cys tRNA、Glu tRNA、マウスガンマヘルペスウイルス-68（MHV68）tRNA又は任意の哺乳動物のtRNAからなる群から選択される、RNAポリメラーゼIIIプロモーターである、請求項１−５のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項７】
プロモーターが配列番号:41−50の少なくとも１つを含む、請求項６に記載の構築物。
【請求項８】
Cas9ポリペプチドが、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）のCas9ポリペプチド、又はニッカーゼCas9、及びその誘導体から選択される、請求項１−７のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項９】
Cas9（Sau Cas9）ポリペプチドが配列番号:57を含む、又は配列番号:55を含むポリヌクレオチドによってコードされる、請求項８に記載の構築物。
【請求項１０】
第二のプロモーターが、EFS、hCMV又はmCMV最初期、CBA、hシナプシン、HSV TK、SV40初期及びLSPからなる群から選択される、RNAポリメラーゼII依存プロモーター/エンハンサーである、請求項１−９のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項１１】
さらに第一の逆向き末端反復配列及び第二の逆向き末端反復配列を含み、逆向き末端反復配列がアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターでパッケージングのための構築物とフランキングする、請求項１−１０のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項１２】
さらに、第二の単一ガイドRNAをコードする第三のポリヌクレオチドに作動可能に連結された第三のプロモーターを含み、前記第二の単一ガイドRNAはウイルスの第二の標的配列の鎖と相補的な第一の部分を含み、ここで該第三のプロモーターはRNAポリメラーゼIII依存プロモーターである、請求項１−１１のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項１３】
第一の標的配列及び第二の標的配列がウイルスの対向鎖上で互に30塩基対以内に位置する、請求項１２に記載の構築物。
【請求項１４】
請求項１−１３のいずれか１項に記載の構築物を含む組換えベクター。
【請求項１５】
ベクターがウイルスベクターであり、ウイルスベクターが、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス又はアデノ随伴ウイルスからなる群から選択される、請求項１４に記載の組換えベクター。
【請求項１６】
請求項１４−１５のいずれか１項に記載の組換えベクターを含む医薬組成物。
【請求項１７】
ウイルスに感染した細胞でウイルスの複製又は標的配列の発現を阻害する方法であって、当該細胞を、請求項１４−１５のいずれか１項に記載の組換えベクター又は請求項１−１３のいずれか１項に記載の構築物に、前記組換えベクター又は構築物の当該細胞へのデリバリー並びに前記単一ガイドRNA及びCas9ポリペプチドの生成を可能にするために有効な量でin vitroで接触させる工程を含む、前記方法。
【請求項１８】
単一ガイドRNA及びCas9ポリペプチドが標的配列を切断する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
2つ以上の単一ガイドRNAが組換えベクター又は構築物に存在し、2つ以上の標的配列が切断される、請求項１７又は１８に記載の方法。
【請求項２０】
標的配列によってコードされる遺伝子生成物の発現が、組換えベクター又は構築物との接触並びに単一ガイドRNA及びCas9ポリペプチドの生成の後で低下する、請求項１７−１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
ウイルスが、組換えベクター又は構築物との接触後に当該細胞内で複製することができない、又は当該細胞から排除される、請求項１７−２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
ウイルス感染を対象で治療する薬物の製造における、請求項１４−１５のいずれか１項に記載の組換えベクター又は請求項１６に記載の医薬組成物の使用。
【請求項２３】
薬物が、ウイルスのゲノム負荷又はウイルスエピソーム数を対象で減少させる、ウイルスの複製を対象で減少させる、又は標的配列によってコードされる遺伝子生成物の発現を対象で減少させるためのものである、請求項２２に記載の使用。
【請求項２４】
配列番号:57の組換えSau Cas9ポリペプチド。
【請求項２５】
組換えSau Cas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、配列番号:55を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターを含む組換えSau Cas9構築物。
【請求項２６】
プロモーターが、EFS、hCMV、mCMV、CBA、hシナプシン、HSV TK、SV40初期及びLSPからなる群から選択される、RNAポリメラーゼII依存プロモーター/エンハンサーである、請求項２５に記載の組換えSau Cas9構築物。
【請求項２７】
配列番号:58を有する、請求項２５−２６のいずれか１項に記載の組換えSau Cas9構築物。
【請求項２８】
単一ガイドRNAの発現のための組換え構築物であって、前記構築物が哺乳動物又はウイルスのtRNAをコードする第一のポリヌクレオチドを含み、前記第一のポリヌクレオチドは、Cas9ポリペプチドと相互作用することができる単一ガイドRNAの少なくとも1つの第二の部分をコードする第二のポリヌクレオチドに作動可能に連結されてある、前記構築物。
【請求項２９】
第一のポリヌクレオチドが配列番号:41−50から選択される、請求項２８に記載の構築物。
【請求項３０】
第二のポリヌクレオチドがさらに、標的配列の5'に相補的な単一ガイドRNAの第一の部分からCas9ポリペプチドと相互作用することができる第二の部分までをコードする、請求項２８又は２９に記載の構築物。
【請求項３１】
第二のポリヌクレオチドがさらに、制限エンドヌクレアーゼのための1つ以上の認識部位を有する単一ガイドRNAの第一の部分をコードする、請求項２８−３０のいずれか１項に記載の構築物。
【請求項３２】
Cas9ポリペプチドをコードする第三のポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項２８−３１のいずれか１項に記載の構築物。