【手続補正書】
【提出日】平成30年10月18日(2018.10.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ポリヌクレオチド配列の遺伝子座を解析するためのプローブセットであって、
（１）前記遺伝子座の上流または前記遺伝子座を含む前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合する第１ハイブリダイゼーション配列、および、
（２）前記第１ハイブリダイゼーション配列の上流にあり、前記標的ポリヌクレオチド配列に結合しない第１プライマー配列
を含む、１以上の第１プローブと、
（ｉ）前記遺伝子座の下流または前記遺伝子座から始まる前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合する第２ハイブリダイゼーション配列、および、
（ｉｉ）前記第２ハイブリダイゼーション配列の下流にあり、前記標的ポリヌクレオチド配列に結合しない第２プライマー配列
を含む、１以上の第２プローブと、を備え、
前記第１プローブおよび前記第２プローブの伸長方向は同じであり、
前記第１プローブは前記第２プローブの上流にあり、
前記第１プローブおよび前記第２プローブは隣接しており、連結すると遺伝子座を含む配列を形成する、プローブセット。
【請求項２】
前記遺伝子座はＳＮＰまたは点突然変異を含み、
前記１以上の第１プローブの第１ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異を含む前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの３’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のヌクレオチドに相補的であり、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異の下流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のすぐ下流のヌクレオチドに相補的である、
あるいは、
前記１以上の第１プローブの第１ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異の上流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの３’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のすぐ上流のヌクレオチドに相補的であり、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異から始まる前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のヌクレオチドに相補的である、請求項１に記載のプローブセット。
【請求項３】
前記１以上の第１プローブの第１プライマー配列は、ユニバーサルプライマー配列である、請求項１または２に記載のプローブセット。
【請求項４】
前記遺伝子座は野生型標的ポリヌクレオチド配列のｎ番目の塩基に挿入を含み、
前記１以上の第１プローブは少なくとも２つの第１プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基までで、ｎ番目を含まない野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記挿入配列の最後の塩基までを含む標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記挿入の下流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、ｎ番目の塩基に相補的である、
あるいは、
前記１以上の第２プローブは少なくとも２つの第２プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基から始まる野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記挿入配列の最初の塩基から始まる標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの第１ハイブリダイゼーション配列は、前記挿入の上流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの３’末端ヌクレオチドは、野生型標的ポリヌクレオチドのｎ番目の塩基のすぐ上流の塩基に相補的である、請求項１に記載のプローブセット。
【請求項５】
前記遺伝子座は野生型標的ポリヌクレオチド配列のｎ番目の塩基に欠損を含み、
前記１以上の第１プローブは少なくとも２つの第１プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基までで、ｎ番目を含まない野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記欠損配列のすぐ上流の塩基までを含む標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記欠損の下流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、ｎ番目の塩基に相補的である、
あるいは、
前記１以上の第２プローブは少なくとも２つの第２プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基から始まる野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記欠損配列の最初の塩基から始まる標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの第１ハイブリダイゼーション配列は、前記欠損の上流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの５’末端ヌクレオチドは、野生型標的ポリヌクレオチドのｎ番目の塩基のすぐ上流の塩基に相補的である、請求項１に記載のプローブセット。
【請求項６】
前記１以上の第１プローブの第１プライマー配列は、ユニバーサルプライマー配列である、請求項４または５に記載のプローブセット。
【請求項７】
前記２つの第１プローブは、異なる第１プライマー配列を含む、請求項４または５に記載のプローブセット。
【請求項８】
前記１以上の第２プローブの第２プライマー配列は、ユニバーサルプライマー配列である、請求項４〜７のいずれか１項に記載のプローブセット。
【請求項９】
前記遺伝子座が、ＧＪＢ２、ＳＬＣ２６Ａ４、１２ＳｒＲＮＡからなる群より選ばれる少なくとも１つの難聴関連遺伝子の中にあり、前記遺伝子座は、１４９４Ｃ＞Ｔ、ＩＶＳ７−２Ａ＞Ｇ、２３５ｄｅｌＣ、１７６ＤＥＬ１６、および／または２９９ｄｅｌＡＴを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載のプローブセット。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれか１項に記載のプローブセットを備える、遺伝子座を解析するためのキットであって、
１７６ｄｅｌ１６、２９９ｄｅｌＡＴ、２３５ｄｅｌＣ、１４９４Ｃ＞ＴおよびＩＶＳ７−２Ａ＞Ｇからなる群より選ばれる少なくとも１つの遺伝子座を増幅するプライマー対をさらに備える、キット。
【請求項１１】
少なくとも第１遺伝子座および第２遺伝子座を解析するための組成物であって、第１遺伝子座に対応する請求項１〜９のいずれか１項に記載の第１プローブセットと、第２遺伝子座に対応する請求項１〜９のいずれか１項に記載の第２プローブセットを備える組成物。
【請求項１２】
遺伝子座を含む標的ポリヌクレオチド配列を含むサンプルを解析する方法であって、
（ａ）サンプルをプローブセットと接触させ、前記プローブセットは
（１）前記遺伝子座の上流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合する第１ハイブリダイゼーション配列、および
（２）前記第１ハイブリダイゼーション配列の上流にあり、前記標的ポリヌクレオチド配列に結合しない第１プライマー配列
を含む、１以上の第１プローブと、
（ｉ）前記遺伝子座の下流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合する第２ハイブリダイゼーション配列、および、
（ｉｉ）前記第２ハイブリダイゼーション配列の下流にあり、前記標的ポリヌクレオチド配列に結合しない第２プライマー配列
を含む、１以上の第２プローブと、を備え、
前記第１プローブおよび前記第２プローブの伸長方向は同じであり、
（ｂ）前記標的ポリヌクレオチド配列に結合した前記第１プローブと前記第２プローブとを連結させて、遺伝子座を含む配列を形成し、
（ｃ）遺伝子座を含む配列を決定し、それにより、遺伝子座の配列を決定する、方法。
【請求項１３】
前記遺伝子座はＳＮＰまたは点突然変異を含み、
前記１以上の第１プローブの第１ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異の上流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第１プローブの３’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のヌクレオチドに相補的であり、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記ＳＮＰまたは点突然変異の下流の前記標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは点突然変異の位置のすぐ下流のヌクレオチドに相補的である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝子座は野生型標的ポリヌクレオチド配列のｎ番目の塩基に挿入を含み、
前記１以上の第１プローブは少なくとも２つの第１プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基までで、ｎ番目を含まない野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記挿入配列の最後の塩基までを含む標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記挿入の下流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、ｎ番目の塩基に相補的である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記遺伝子座は野生型標的ポリヌクレオチド配列のｎ番目の塩基に欠損を含み、
前記１以上の第１プローブは少なくとも２つの第１プローブを備え、
そのうちの一方は、ｎ番目の塩基までで、ｎ番目を含まない野生型標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
もう一方は、前記欠損配列のすぐ上流の塩基までを含む標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの第２ハイブリダイゼーション配列は、前記欠損の下流の標的ポリヌクレオチド配列に特異的に結合し、
前記１以上の第２プローブの５’末端ヌクレオチドは、ｎ番目の塩基に相補的である、請求項１２に記載の方法。