【手続補正書】
【提出日】平成30年5月24日(2018.5.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムセグメントの配列リードカウント提示を確定するための方法であって、該方法は、
（ａ）ゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供する工程であって、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、工程；
（ｂ）該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供する工程であって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、工程；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定する工程
を含む、方法。
【請求項２】
前記カウントＢが、
（ｉ）前記テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードのカウント；
（ｉｉ）該テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードの一部のカウント；
（ｉｉｉ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｉｖ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｖ）リードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｖｉ）リードの塩基含有量に従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；または
（ｖｉｉ）あるリストの中のポリヌクレオチドとマッチするリードのカウントであって、ここで、該リードは、該リストの中のポリヌクレオチドとリードを比較する工程を含むプロセスにおいて、該リストの中のポリヌクレオチドとマッチするかまたはマッチしないと判定され、ここで、該リードは、（ｉ）における全リード、（ｉｉ）における全リードの一部、（ｉｉｉ）の品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、（ｉｖ）の品質管理メトリックに従って重み付けされた、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、（ｖ）のリードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、または（ｖｉ）のリードの塩基含有量に従って重み付けされた、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部である、リードのカウント
である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記一部が、前記全リードからランダムに選択されたリードの一部である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記リードの塩基含有量が、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）含有量である、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記リストの中のポリヌクレオチドが、（ａ）の前に、参照ゲノムまたは参照ゲノムにおけるサブセットにアラインメントされたものである、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記比較が、（ｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体、および／または（ｉｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体の位置番号を追跡する工程を含まない、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
リードを参照ゲノムとアラインメントするアラインメントプロセスに前記リードを供する工程を含み、ここで、前記カウントＢは、該リードを該アラインメントプロセスに供する前に決定される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
リードを参照ゲノムとアラインメントするアラインメントプロセスに前記リードを供する工程を含み、ここで、前記カウントＡは、該参照ゲノムにおけるセグメントにアラインメントされたリードのカウントである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記カウントＡが、前記配列リードを参照ゲノムにアラインメントする工程を含まないプロセスによって決定される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記カウントＡが、あるリストまたはあるリストのサブセットの中のポリヌクレオチドとマッチするリードのカウントであり、ここで、該リードは、リードを該リストまたは該リストのサブセットの中のポリヌクレオチドと比較する工程を含むプロセスにおいて、該リストまたは該リストのサブセットの中のポリヌクレオチドとマッチするかまたはマッチしないと判定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記リストまたは前記リストのサブセットの中のポリヌクレオチドと比較された前記リードが、
（ｉ）前記テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードのカウント；
（ｉｉ）該テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードの一部のカウント；
（ｉｉｉ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｉｖ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｖ）リードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；または
（ｖｉ）リードの塩基含有量に従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント
である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記リストまたは前記リストのサブセットの中のポリヌクレオチドが、（ａ）の前に、参照ゲノムにおけるセグメントにアラインメントされたものである、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記比較が、（ｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体、および／または（ｉｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体の位置番号の追跡を含まない、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記配列リードが、（ａ）、（ｂ）および（ｃ）において前記配列リードを前記参照ゲノムにアラインメントするアラインメントプロセスに供されない、請求項１〜６および９〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記カウントＡが正規化されたカウントのものであるか、前記カウントＢが正規化されたカウントのものであるか、あるいは、前記カウントＡが正規化されたカウントのものであり、かつ、前記カウントＢが正規化されたカウントのものであり、前記正規化されたカウントが、ＬＯＥＳＳ正規化プロセス、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）バイアス正規化、ＧＣバイアスのＬＯＥＳＳ正規化（ＧＣ−ＬＯＥＳＳ）および主成分正規化から選択される１つまたはそれを超える正規化プロセスによって生成される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ゲノムセグメントの配列リードカウント提示が、診断テストのための指標であり、該診断テストは、以下：（ａ）出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来である；（ｂ）出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、前記サンプルセットが、正倍数性胎児の妊娠を有する被験体に対するサンプルのセットである；および（ｃ）出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、前記サンプルセットが、トリソミー胎児の妊娠を有する被験体に対するサンプルのセットである、から選択される、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ゲノムセグメントの配列リードカウント提示が、診断テストのための指標であり、該診断テストが、出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、該診断テストは、胎児遺伝的変異の非存在の存在を判定することを含み、前記胎児遺伝的変異が、染色体異数性、微小重複または微小欠失のうちの１つまたはそれ超である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ゲノムセグメントの配列リードカウント提示が、診断テストのための指標であり、該診断テストが、（ａ）細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてのテストである；（ｂ）細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、前記サンプルセットが、該細胞増殖の症状を有する被験体に対するサンプルのセットである；（ｃ）細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、前記サンプルセットが、該細胞増殖の症状を有しない被験体に対するサンプルのセットである、から選択される、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ゲノムセグメントの配列リードカウント提示が、診断テストのための指標であり、前記診断テストが、細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、該診断テストが、遺伝的変異の非存在の存在を判定することを含み、前記遺伝的変異が、微小重複または微小欠失である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸が、循環無細胞核酸である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサおよびメモリーを備えるシステムであって、該メモリーは、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示を備え、該メモリーは、ヌクレオチド配列リードを備え、該配列リードは、被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであり、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示は、以下：
（ａ）マイクロプロセッサを用いて、あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｂ）マイクロプロセッサを用いて、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように構成される、システム。
【請求項２２】
１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサおよびメモリーを備える機器であって、該メモリーは、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示を備え、該メモリーは、ヌクレオチド配列リードを備え、該配列リードは、被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであり、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示は、以下：
（ａ）マイクロプロセッサを用いて、あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｂ）マイクロプロセッサを用いて、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように構成される、機器。
【請求項２３】
実行可能なプログラムが格納されている非一時的なコンピュータ可読記憶媒体であって、該プログラムは、マイクロプロセッサに以下：
（ａ）被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであるヌクレオチド配列リードにアクセスすること；
（ｂ）あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｃ）該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｄ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように指示する、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体。
【請求項２４】
マイクロプロセッサに以下：
（ａ）被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであるヌクレオチド配列リードにアクセスすること；
（ｂ）あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｃ）該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｄ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行わせるためのプログラム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本技術のある特定の態様は、以下の説明、実施例、請求項および図面においてさらに説明される。
例えば、本発明の実施形態において、以下の項目が提供される。
（項目１）
診断テストのためにゲノムセグメントの配列リードカウント提示を確定するための方法であって、該方法は、
（ａ）ゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供する工程であって、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、工程；
（ｂ）該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供する工程であって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、工程；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定する工程
を含む、方法。
（項目２）
（ｂ）における前記ゲノムのサブセットが、（ａ）における前記セグメントより大きい、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記カウントＢが、前記配列リードを参照ゲノムにアラインメントする工程を含まないプロセスによって決定される、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記カウントＢが、
（ｉ）前記テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードのカウント；
（ｉｉ）該テストサンプルからの核酸を配列決定するために使用される核酸配列決定プロセスによって生成された全リードの一部のカウント；
（ｉｉｉ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｉｖ）該配列決定プロセスに対する品質管理メトリックに従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｖ）リードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；
（ｖｉ）リードの塩基含有量に従って重み付けされた、（ｉ）の全リードまたは（ｉｉ）の全リードの一部のカウント；または
（ｖｉｉ）あるリストの中のポリヌクレオチドとマッチするリードのカウントであって、ここで、該リードは、該リストの中のポリヌクレオチドとリードを比較する工程を含むプロセスにおいて、該リストの中のポリヌクレオチドとマッチするかまたはマッチしないと判定され、ここで、該リードは、（ｉ）における全リード、（ｉｉ）における全リードの一部、（ｉｉｉ）の品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、（ｉｖ）の品質管理メトリックに従って重み付けされた、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、（ｖ）のリードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部、または（ｖｉ）のリードの塩基含有量に従って重み付けされた、（ｉ）の全リードもしくは（ｉｉ）の全リードの一部である、リードのカウント
である、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
前記一部が、前記全リードからランダムに選択されたリードの一部である、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記一部が、前記全リードの約１０％〜約９０％である、項目４または５に記載の方法。
（項目７）
前記核酸配列決定プロセスが、画像処理を含み、前記品質管理メトリックが、画質に基づく、項目４〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記品質管理メトリックが、画像の重なりの評価に基づく、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記リードの塩基含有量が、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）含有量である、項目４〜８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０）
（ｖ）においてフィルタリングされた前記リードは、第１のＧＣ閾値未満のＧＣ含有量を有する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
（ｖ）においてフィルタリングされた前記リードが、第２のＧＣ閾値を超えるＧＣ含有量を有する、項目９に記載の方法。
（項目１２）
（ｖｉｉ）における前記カウントが、前記リストの中のポリヌクレオチドの配列およびサイズと正確にマッチするリードのカウントである、項目４〜１１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
前記リストの中のポリヌクレオチドが、（ａ）の前に、参照ゲノムまたは参照ゲノムにおけるサブセットにアラインメントされたものである、項目４〜１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記参照ゲノムにおけるサブセットが、すべての常染色体またはすべての常染色体のサブセットである、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記比較が、（ｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体、および／または（ｉｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体の位置番号を追跡する工程を含まない、項目１３または１４に記載の方法。
（項目１６）
リードを参照ゲノムとアラインメントするアラインメントプロセスに前記リードを供する工程を含み、ここで、前記カウントＢは、該リードを該アラインメントプロセスに供する前に決定される、項目１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７）
リードを参照ゲノムとアラインメントするアラインメントプロセスに前記リードを供する工程を含み、ここで、前記カウントＢは、該アラインメントプロセスによって該参照ゲノムにアラインメントされないリードのカウントである、項目１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
リードを参照ゲノムとアラインメントするアラインメントプロセスに前記リードを供する工程を含み、ここで、前記カウントＡは、該参照ゲノムにおけるセグメントにアラインメントされたリードのカウントである、項目１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記カウントＡが、前記配列リードを参照ゲノムにアラインメントする工程を含まないプロセスによって決定される、項目１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記カウントＡが、あるリストまたはあるリストのサブセットの中のポリヌクレオチドとマッチするリードのカウントであり、ここで、該リードは、リードを該リストまたは該リストのサブセットの中のポリヌクレオチドと比較する工程を含むプロセスにおいて、該リストまたは該リストのサブセットの中のポリヌクレオチドとマッチするかまたはマッチしないと判定される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記リストまたは前記リストのサブセットの中のポリヌクレオチドと比較された前記リードが、項目４（ｉ）における全リード；項目４（ｉｉ）における全リードの一部；項目４（ｉｉｉ）の品質管理メトリックに従ってフィルタリングされたリードを除く、項目４（ｉ）の全リードもしくは項目４（ｉｉ）の全リードの一部；項目４（ｉｖ）の品質管理メトリックに従って重み付けされた、項目４（ｉ）の全リードもしくは項目４（ｉｉ）の全リードの一部；項目４（ｖ）のリードの塩基含有量に従ってフィルタリングされたリードを除く、項目４（ｉ）の全リードもしくは項目４（ｉｉ）の全リードの一部；または項目４（ｖｉ）のリードの塩基含有量に従って重み付けされた、項目４（ｉ）の全リードもしくは項目４（ｉｉ）の全リードの一部である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記カウントＡが、前記リストまたは前記リストのサブセットの中のポリヌクレオチドの配列およびサイズと正確にマッチするリードのカウントである、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２３）
前記リストまたは前記リストのサブセットの中のポリヌクレオチドが、（ａ）の前に、参照ゲノムにおけるセグメントにアラインメントされたものである、項目２０〜２２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２４）
前記比較が、（ｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体、および／または（ｉｉ）各ポリヌクレオチドがアラインメントする染色体の位置番号の追跡を含まない、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記配列リードが、（ａ）、（ｂ）および（ｃ）において前記配列リードを前記参照ゲノムにアラインメントするアラインメントプロセスに供されない、項目１〜１５および１９〜２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２６）
前記配列リードが、前記診断テストにおいて該配列リードを前記参照ゲノムにアラインメントするアラインメントプロセスに供されない、項目１〜１５および１９〜２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記セグメントが、染色体である、項目１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
前記染色体が、１３番染色体、１８番染色体および２１番染色体から選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記セグメントが、染色体のセグメントである、項目１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
前記セグメントが、微小重複領域または微小欠失領域である、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
（ｃ）における前記比率が、前記カウントＢで除算された前記カウントＡである、項目１〜３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
（ｃ）における前記比率が、前記カウントＡで除算された前記カウントＢである、項目１〜３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３３）
前記核酸が、循環無細胞核酸である、項目１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
（項目３４）
前記診断テストが、出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来である、項目１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目３５）
前記診断テストが、細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてのテストである、項目１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
前記セグメントに対するカウント提示の統計量を決定する工程を含む、項目１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
（項目３７）
前記統計量が、ｚ得点である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記ｚ得点が、（ａ）（ｉ）前記テストサンプルに対する前記セグメントに対するカウント提示から（ｉｉ）サンプルセットに対する前記セグメントに対するカウント提示の中央値を除いた減算の結果を、（ｂ）該サンプルセットに対するセグメントに対するカウント提示のＭＡＤで除算した商である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記診断テストが、出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、前記サンプルセットが、正倍数性胎児の妊娠を有する被験体に対するサンプルのセットである、項目１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４０）
前記診断テストが、出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、前記サンプルセットが、トリソミー胎児の妊娠を有する被験体に対するサンプルのセットである、項目１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記診断テストが、細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、前記サンプルセットが、該細胞増殖の症状を有する被験体に対するサンプルのセットである、項目１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４２）
前記診断テストが、細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、前記サンプルセットが、該細胞増殖の症状を有しない被験体に対するサンプルのセットである、項目１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４３）
前記カウントＡが、正規化されたカウントのものである、項目１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
（項目４４）
前記カウントＢが、正規化されたカウントのものである、項目１〜４３のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記正規化されたカウントが、ＬＯＥＳＳ正規化プロセスを含む正規化プロセスによって生成される、項目４３または４４に記載の方法。
（項目４６）
前記正規化されたカウントが、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）バイアス正規化を含む正規化プロセスによって生成される、項目４３〜４５のいずれか１項に記載の方法。
（項目４７）
前記正規化されたカウントが、ＧＣバイアスのＬＯＥＳＳ正規化（ＧＣ−ＬＯＥＳＳ）を含む正規化プロセスによって生成される、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目４８）
前記正規化されたカウントが、主成分正規化を含む正規化プロセスによって生成される、項目４３〜４７のいずれか１項に記載の方法。
（項目４９）
前記診断テストが、出生前診断テストであり、前記テストサンプルが、胎児を有する妊婦由来であり、該診断テストは、遺伝的変異の非存在の存在を判定することを含む、項目１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５０）
前記遺伝的変異が、染色体異数性である、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記染色体異数性が、染色体全体の１、３または４コピーである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記遺伝的変異が、微小重複または微小欠失である、項目４９に記載の方法。
（項目５３）
前記遺伝的変異が、胎児の遺伝的変異である、項目４９〜５２のいずれか１項に記載の方法。
（項目５４）
前記診断テストが、細胞増殖の症状の存在、非存在、高リスクまたは低リスクについてであり、該診断テストが、遺伝的変異の非存在の存在を判定することを含む、項目１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５５）
前記遺伝的変異が、微小重複または微小欠失である、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
（ａ）、（ｂ）および（ｃ）のうちの１つもしくはそれを超えるものまたはすべてが、システムにおけるマイクロプロセッサによって行われる、項目１〜５５のいずれか１項に記載の方法。
（項目５７）
（ａ）、（ｂ）および（ｃ）のうちの１つもしくはそれを超えるものまたはすべてが、システムにおけるメモリーと連動して行われる、項目１〜５６のいずれか１項に記載の方法。
（項目５８）
（ａ）、（ｂ）および（ｃ）のうちの１つもしくはそれを超えるものまたはすべてが、コンピュータによって行われる、項目１〜５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目５９）
１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサおよびメモリーを備えるシステムであって、該メモリーは、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示を備え、該メモリーは、ヌクレオチド配列リードを備え、該配列リードは、被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであり、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示は、以下：
（ａ）マイクロプロセッサを用いて、あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｂ）マイクロプロセッサを用いて、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように構成される、システム。
（項目６０）
１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサおよびメモリーを備える機器であって、該メモリーは、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示を備え、該メモリーは、ヌクレオチド配列リードを備え、該配列リードは、被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであり、該１つまたはそれを超えるマイクロプロセッサによって実行可能な指示は、以下：
（ａ）マイクロプロセッサを用いて、あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｂ）マイクロプロセッサを用いて、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｃ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように構成される、機器。
（項目６１）
実行可能なプログラムが格納されている非一時的なコンピュータ可読記憶媒体であって、該プログラムは、マイクロプロセッサに以下：
（ａ）被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードであるヌクレオチド配列リードにアクセスすること；
（ｂ）マイクロプロセッサを用いて、あるゲノムセグメントに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該セグメントに対するカウントＡを提供することであって、ここで、該配列リードは、該ゲノムを有する被験体由来のテストサンプルからの核酸のリードである、カウントＡを提供すること；
（ｃ）マイクロプロセッサを用いて、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対する核酸配列リードのカウントを生成し、それにより、該ゲノムまたは該ゲノムのサブセットに対するカウントＢを提供することであって、ここで、該カウントＢは、参照ゲノムにアラインメントされない配列リードのカウントである、カウントＢを提供すること；および
（ｄ）該カウントＡと該カウントＢとの比率として、該セグメントに対するカウント提示を確定すること
を行うように指示する、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体。