【手続補正書】
【提出日】平成30年9月13日(2018.9.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）少なくとも１種類のカオトロピック化合物と少なくとも１種類のアルコールの存在下で、核酸含有出発物質を核酸結合支持体と接触させることによって、核酸を該核酸結合支持材に結合させる工程
を含む、核酸含有出発物質からの核酸の単離および／または精製のための方法であって；
（ｉ）該アルコールが、４個または５個の炭素原子を有するアルコールであり、工程ａ）において１７％（ｖ／ｖ）〜６０％（ｖ／ｖ）の濃度で存在すること、および
（ｉｉ）該少なくとも１種類のカオトロピック化合物が工程ａ）において１．５Ｍ〜５Ｍの濃度で存在すること
を特徴とする方法。
【請求項２】
プロテアーゼを工程ａ）で添加しない、または該核酸含有出発物質を工程ａ）に供する直前にプロテアーゼ（または他の等価なプロテアーゼ前処理）とのインキュベーションを行なわない、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
４個または５個の炭素原子を有するアルコールが、ｎ−ブタノール、ｓｅｃ−ブタノール、イソブタノール、ｔｅｒｔ−ブタノール、１−ペンタノール、２−ペンタノール、３−ペンタノール、２−メチル１−ブタノール、３−メチル１−ブタノール、２，２−ジメチル１−プロパノール、２−メチル２−ブタノール、３−メチル２−ブタノールまたはその混合物からなる群より選択されるモノヒドロキシアルコールである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
４個または５個の炭素原子を有するアルコールが工程ａ）において２０％（ｖ／ｖ）〜５５％（ｖ／ｖ）の濃度で存在する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
該少なくとも１種類のカオトロピック化合物が、チオシアン酸塩、イソシアン酸塩、過塩素酸塩、塩酸塩またはその混合物から選択される、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
該少なくとも１種類のカオトロピック化合物が、チオシアン酸グアニジニウムである、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
該少なくとも１種類のカオトロピック化合物は、工程ａ）において２Ｍ〜４．５Ｍの濃度で存在する、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
該核酸含有出発物質が、全血、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）および尿からなる群より選択される液体の生物学的試料である、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
（ｂ）結合された該核酸を該核酸結合支持材から溶出バッファーを用いて溶出させる工程、を更に含む請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、工程ａ）およびｂ）が取り外し可能なカートリッジにおいて行なわれる自動化システムで行なわれる、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）核酸含有出発物質を自動化システム内に供給する工程；
（ｂ）前記自動化システム内の核酸を、請求項１〜７及び９のいずれかに記載の単離および／または精製方法に従って単離および／または精製する工程；
（ｃ）前記自動化システム内で、工程（ｂ）で単離および／または精製された標的核酸の増幅を行なう工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）で増幅された該標的核酸を検出する工程
を含む、標的核酸を検出するための自動診断方法。
【請求項１２】
少なくとも工程（ｂ）と（ｃ）がカートリッジにおいて行なわれる、請求項１１に記載の自動診断方法。
【請求項１３】
核酸の単離および／または精製のための水性抽出バッファーであって、
（ｉ）２０％（ｖ／ｖ）〜６５％（ｖ／ｖ）の濃度である４個または５個の炭素原子を有するアルコール、および
（ｉｉ）３．３Ｍ〜６．７Ｍの濃度の少なくとも１種類のカオトロピック化合物
を含む抽出バッファー。
【請求項１４】
前記アルコールが、ｎ−ブタノールである請求項１３に記載の抽出バッファー。
【請求項１５】
請求項１３または１４に記載の抽出バッファーを含み、
核酸含有出発物質から、＜２５０ｎｔの長さを有する細胞外および／または短鎖の核酸の単離および／または精製のためのキット。
【請求項１６】
前記抽出バッファーが、自動システムに取付け可能なカートリッジの内部に供給されている、請求項１５に記載のキット。
【請求項１７】
該カートリッジは、さらに、核酸を結合させるのに適した核酸結合支持材を備えている、核酸の単離および／または精製コンパートメントを備えており、前記核酸の単離および／または精製コンパートメントは、該抽出バッファーを収容しているか、または前記抽出バッファーを収容している別のコンパートメントと流体連通している、請求項１６に記載のキット。
【請求項１８】
−細胞外核酸の単離および／または精製、
−＜２５０ｎｔ、最も好ましくは＜１００ｎｔの長さを有する短鎖核酸の単離および／または精製、
−ウイルス核酸の単離および／または精製、ならびに
−感染症、病理学的状態または生理学的状態の診断
のいずれかのために用いられる、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
−細胞外核酸の単離および／または精製、
−＜２５０ｎｔ、最も好ましくは＜１００ｎｔの長さを有する短鎖核酸の単離および／または精製、
−ウイルス核酸の単離および／または精製、ならびに
−感染症、病理学的状態または生理学的状態の診断
のいずれかのための用いられる、請求項１３または１４に記載の抽出バッファー。
【請求項２０】
−細胞外核酸の単離および／または精製、
−＜２５０ｎｔ、最も好ましくは＜１００ｎｔの長さを有する短鎖核酸の単離および／または精製、
−ウイルス核酸の単離および／または精製、ならびに
−感染症、病理学的状態または生理学的状態の診断
のいずれかのための用いられる、請求項１５〜１７のいずれかに記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
また、最後に、
−細胞外核酸の単離および／または精製、
−＜２５０ｎｔの長さを有する短鎖核酸の単離および／または精製、
−ウイルス核酸の単離および／または精製、ならびに
−感染症、および、病理学的状態または生理学的状態の診断
のいずれかにおける、
本発明に係る上記の核酸の単離および／または精製方法、自動診断方法、水性抽出バッファー、ならびにキットの使用を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６０】
上記の能力は、図１によく示されており、この図は、高量のチオシアン酸グアニジニウム（ＧｕＳＣＮ）と混合し、１ｍｌずつ三連に分け、次いで、これを（１）エタノール（「ｅｔＯＨ」と表示）、（２）イソプロパノール（「ｐｒｏｐＯＨ」と表示）および（３）ブタノール（「ｂｕｔＯＨ」と表示）から選択されるそれぞれのアルコールで２倍に希釈した血漿試料を示す。それぞれのアルコールを５０％の終濃度まで添加した後、三連のこれらの最終ＧｕＳＣＮ濃度を約２Ｍにした。図１からわかるように、エタノールまたはイソプロパノールのいずれかと混合した血漿−ＧｕＳＣＮ溶液は、室温でのほぼ即時で重度のタンパク質の沈殿のため視認可能に濁った。逆に、試料が入ったチューブの目盛が容易に視認可能であることから示されるように、ブタノールでは血漿−ＧｕＳＣＮ混合物中に沈殿物は形成されなかった。後者のことは一般的に、上記に明示した濃度範囲内のＧｕＳＣＮ／ブタノールまたはペンタノールミックス、例えば、２．９ＭのＧｕＳＣＮと５０％のｎ−ブタノール、２．９ＭのＧｕＳＣＮと５１％のｔｅｒｔ−ブタノール、３．７ＭのＧｕＳＣＮと３２％の１−ペンタノール、３．２ＭのＧｕＳＣＮと３８％の１−ペンタノール、２．９ＭのＧｕＳＣＮと４６％の３−ペンタノールなどで試験した他の場合（水と血漿または全血を用いた）にもあてはまった。これらの溶液中に形成された沈殿物（視認可能な場合）の型は、当然、試験対象の生物学的試料中のタンパク質がどれだけ濃密であるかに依存した（例えば、全血は血漿よりも扱いにくい材料である）。しかしながら、一般には透明であり、場合によっては遠心分離後にのみ視認できた。