【手続補正書】
【提出日】平成30年11月16日(2018.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸の核酸配列を決定するための方法であって、
（１）標的結合ドメインとバーコードドメインを含む配列決定プローブを提供し、
ここで、前記標的結合ドメインは少なくとも４つのヌクレオチドを含み、
前記バーコードドメインは合成主鎖を含み、前記バーコードドメインは少なくとも４つの付着位置を含み、前記少なくとも４つの付着位置のそれぞれは異なった核酸配列を含み；
（２）当該標的核酸を基板に固定し；
（３）前記配列決定プローブを前記固定された標的核酸にハイブリダイズし；
（４）第１検出可能標識物を含む第１相補的核酸分子を第１付着位置にハイブリダイズし；
（５）第１付着位置にハイブリダイズされた第１相補的核酸分子の第１検出可能標識物を特定し；
（６）第１付着位置にハイブリダイズされた第１検出可能標識物の特定に基づいて、前記標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標的核酸中の少なくとも４つのヌクレオチドの第１ヌクレオチドの位置及び本体を特定し；
（７）第１付着位置にハイブリダイズされた第１検出可能標識物を除き；
（８）第２検出可能標識物を含む第２相補的核酸分子を第２付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子及び第２相補的核酸分子は異なり；
（９）第２付着位置にハイブリダイズされた第２相補的核酸分子の第２検出可能標識物を特定し；
（１０）第２付着位置にハイブリダイズされた第２検出可能標識物の本体に基づいて、前記標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標的核酸中の少なくとも４つのヌクレオチドの第２ヌクレオチドの位置及び本体を特定し；
（１１）第２付着位置にハイブリダイズされた第２検出可能標識物を除き；
（１２）第３検出可能標識物を含む第３相補的核酸分子を第３付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、及び第の相補的核酸分子は異なり；
（１３）第３付着位置にハイブリダイズされた第３相補的核酸分子の第３検出可能標識物を特定し；
（１４）第３付着位置にハイブリダイズされた第３検出可能標識物の本体に基づいて、標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標的核酸中の少なくとも４つのヌクレオチドの第３ヌクレオチドの位置及び本体を特定し；
（１５）第３付着位置にハイブリダイズされた第３検出可能標識物を除き；
（１６）第４検出可能標識物を含む第４相補的核酸分子を第４付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、第３相補的核酸分子、及び第４相補的核酸分子は異なり；
（１７）第４付着位置にハイブリダイズされた第４相補的核酸分子の第４検出可能標識物を特定し；
（１８）第４付着位置にハイブリダイズされた第４検出可能標識物の本体に基づいて、前記標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標的核酸中の少なくとも４つのヌクレオチドの第４ヌクレオチドの位置及び本体を特定し；
それによって、前記配列決定プローブの前記標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標的核酸の少なくとも４つのヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定すること、
を含む、方法。
【請求項２】
工程（７）及び（８）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（１１）及び（１２）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
工程（１５）及び（１６）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
標的核酸のヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（１）標的結合ドメインとバーコードドメインを含む配列決定プローブを提供し、
ここで、前記標的結合ドメインは少なくとも４つのヌクレオチドを含み、
前記バーコードドメインは合成主鎖を含み、前記バーコードドメインは少なくとも４つの付着位置を含み、前記少なくとも４つの付着領域のそれぞれは異なった核酸配列を含み；
（２）当該標的核酸を基板に固定し；
（３）配列決定プローブを固定された標的核酸にハイブリダイズし；
（４）第１検出可能標識物を含む第１相補的核酸分子を第１付着位置にハイブリダイズし；
（５）第１付着位置にハイブリダイズされた第１相補的核酸分子の第１検出可能標識物を特定し；
（６）第１付着位置にハイブリダイズされた第１検出可能標識物を除き；
（７）第２検出可能標識物を含む第２相補的核酸分子を第２付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子及び第２相補的核酸分子は異なり；
（８）第２付着位置にハイブリダイズされた第２相補的核酸分子の第２検出可能標識物を特定し；
（９）第２付着位置にハイブリダイズされた第１検出可能標識物を除き；
（１０）第３検出可能標識物を含む第３相補的核酸分子を第３付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、及び第３相補的核酸分子は異なり；
（１１）第３付着位置にハイブリダイズされた第３相補的核酸分子の第３検出可能標識物を特定し；
（１２）第３付着位置にハイブリダイズされた第３検出可能標識物を除き；
（１３）第４検出可能標識物を含む第４相補的核酸分子を第４付着位置にハイブリダイズし、ここで、第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、第３相補的核酸分子、及び第４相補的核酸分子は異なり；
（１４）第４付着位置にハイブリダイズされた第４相補的核酸分子の第４検出可能標識物を特定し；
それによって、ステップ（５）、（８）、（１１）及び（１４）で定義された蛍光標識物に基づいて、配列決定プローブの標的結合ドメインにハイブリダイズされた固定標識核酸の少なくとも４つのヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定すること、
を含む、方法。
【請求項６】
工程（６）及び（７）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
工程（９）及び（１０）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
工程（１２）及び（１３）は連続して又は同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記配列決定プローブは、前記標的核酸にハイブリダイズされた他の配列決定プローブから少なくとも６００塩基対にある位置で、前記標的核酸にハイブリダイズする、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１０】
前記配列決定プローブは、前記標的結合ドメインと前記バーコードドメインとの間に２本鎖ＤＮＡスペーサーを更に含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１１】
前記配列決定プローブは、前記標的結合ドメインと前記バーコードドメインとの間にポリマースペーサーを更に含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１２】
前記ポリマースペーサーはＰＥＧである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的結合ドメイン中の少なくとも１つのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド又は核酸類似体である、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１４】
前記標的結合ドメインが少なくとも１つのユニバーサル塩基を含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１５】
前記標的結合ドメインが少なくとも２つのユニバーサル塩基を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記標的結合ドメイン中のヌクレオチド数が、前記バーコードドメイン中の付着位置の数と等しい、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的結合ドメイン中のヌクレオチド数が、前記バーコードドメイン中の付着位置の数よりも少なくとも１つ多い、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１８】
第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、第３相補的核酸分子、及び第４相補的核酸分子の内の少なくとも１つが、検出可能標識を含むレポーター複合体を含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項１９】
第１相補的核酸分子、第２相補的核酸分子、第３相補的核酸分子、及び第４相補的核酸分子の内のそれぞれが、検出可能標識物を含むレポーター複合体を含む、請求項１又は５に記載の方法。
【請求項２０】
検出可能標識物を含むレポーター複合体が、少なくとも１つの第１の核酸分子及び少なくとも１つの第２の核酸分子を含み、
ここで、前記少なくとも１つの第１の核酸分子が
（ｉ）バーコードドメインの１つの付着位置に第１相補的ドメイン；及び
（ｉｉ）少なくとも１つの第２の核酸分子の第１ドメインにハイブリダイズされた第２ドメイン
を含み；
前記少なくとも１つの第２の核酸分子が、
（ｉ）少なくとも１つの第１の核酸分子の第２ドメインにハイブリダイズされた第１ドメイン；及び
（ｉｉ）検出可能標識物を含む第２ドメイン
を含む、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】
検出可能標識物を含むレポーター複合体が、少なくとも１つの第１の核酸分子、少なくとも１つの第２の核酸分子、及び少なくとも１つの第３の核酸分子を含み、
ここで、前記少なくとも１つの第１の核酸分子が
（ｉ）前記バーコードドメインの１つの付着位置に相補的な第１ドメイン；及び
（ｉｉ）少なくとも１つの第２の核酸分子の第１ドメインにハイブリダイズされた第２ドメイン
を含み；
前記少なくとも１つの第２の核酸分子が、
（ｉ）少なくとも１つの第１の核酸分子の第２ドメインにハイブリダイズされた第１ドメイン；及び
（ｉｉ）少なくとも１つの第３の核酸分子の第１ドメインにハイブリダイズされた第２ドメイン
を含み、
前記少なくとも１つの第３の核酸分子が、
（ｉ）少なくとも１つの第２の核酸分子の第２ドメインにハイブリダイズされた第１ドメイン；及び
（ｉｉ）検出可能標識物を含む第２ドメイン
を含む、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２２】
標的結合ドメインとバーコードドメインとを含む配列決定プローブであって、
前記標的結合ドメインは、少なくとも８つのヌクレオチドを含み、かつ標的核酸に結合することができ、前記標的結合ドメイン中の少なくとも２つのヌクレオチドは、前記標的核酸内の任意の塩基に結合することができるユニバーサル塩基であり；
前記バーコードドメインは合成主鎖を含み、前記バーコードドメインは少なくとも６つの付着位置を含み、それぞれの付着位置は少なくとも１つの付着領域を含み、前記付着領域は相補的核酸分子にハイブリダイズする少なくとも１つの核酸配列を含み；
前記少なくとも６つの付着位置のそれぞれの付着位置は、標的結合ドメイン中の１つのヌクレオチドに相当し、前記少なくとも６つの付着位置のそれぞれは異なった核酸配列を有し、前記少なくとも６つの付着位置のそれぞれの位置の核酸配列は、前記標的結合ドメインによって結合される前記標的核酸中の対応する１つのヌクレオチドの位置及び本体を決定する、配列決定プローブ。
【請求項２３】
前記標的結合ドメインと前記バーコードドメインとの間に２本鎖ＤＮＡスペーサーを更に含む、請求項２２に記載の配列決定プローブ。
【請求項２４】
前記標的結合ドメインと前記バーコードドメインとの間にポリマースペーサーを更に含む、請求項２２に記載の配列決定プローブ。
【請求項２５】
前記ポリマースペーサーはＰＥＧである、請求項２４に記載の配列決定プローブ。
【請求項２６】
前記標的結合ドメイン中のヌクレオチドの数は、バーコードドメイン中の付着位置の数よりも少なくとも２つ多い、請求項２２に記載の配列決定プローブ。
【請求項２７】
前記相補的核酸が第１の核酸分子を含む、請求項２２に記載の配列決定プローブ。
【請求項２８】
前記第１の核酸分子が少なくとも１つの第２の核酸分子とハイブリダイズする、請求項２７に記載の配列決定プローブ。
【請求項２９】
前記少なくとも１つの第２の核酸分子が検出可能標識物を含む、請求項２８に記載の配列決定プローブ。
【請求項３０】
前記少なくとも１つの第２の核酸分子が、少なくとも１つの第３の核酸分子とハイブリダイズする、請求項２８に記載の配列決定プローブ。
【請求項３１】
前記少なくとも１つの第３の核酸分子が検出可能標識物を含む、請求項３０に記載の配列決定プローブ。