【手続補正書】
【提出日】平成30年4月2日(2018.4.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液；
増幅反応を触媒するための酵素；および
造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
【請求項２】
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
増幅反応を触媒するための酵素；および
造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、検出可能な比色変化を50μmのセル光路長で定量することができ、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
【請求項３】
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
増幅反応を触媒するための酵素；および
少なくとも2種の造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
【請求項４】
増幅反応産物の検出が、造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応と比べて加速されている、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応が、蛍光インターカレート色素、分子ビーコン、ハイブリダイゼーションプローブ、色素ベースの検出、紫外-可視、アガロースゲル、またはラテラルフローアッセイによる増幅反応産物の検出を含む、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行中にわたって検出されるか；または増幅反応の実行後に検出される、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
反応ミックスの比色変化の検出が、増幅反応産物の存在のデジタル表示と関連している、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
反応ミックスの比色変化の検出により、増幅反応の指数関数期またはプラトー期が得られていることが示される、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
増幅反応が、鎖置換増幅、多置換増幅、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、ローリングサークル増幅、またはループ介在等温増幅などの等温反応である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
造塩発色剤または少なくとも1つの造塩発色剤が、50μM〜260μMの濃度である、請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
第2の造塩発色剤をさらに含む、請求項1または2に記載の方法。
【請求項１２】
核酸鋳型分子を含む溶液が、0.1未満のpH単位で反応ミックスの開始pHを補うことが可能であり、試料が、10μlの反応ミックスあたり、4.8×10-9〜4.8×10-18のヒドロニウムイオン等価物を反応ミックスに与える、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
増幅反応産物の比色検出のためのキットであって、
8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液；
増幅反応を触媒するための酵素；
造塩発色剤；ならびに
試料が標的核酸鋳型分子、反応ミックスを含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生する条件下で、該緩衝液および該酵素および該造塩発色剤を含む反応ミックスと試料を接触させることについての説明を含む、使用説明書であって、標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、使用説明書
を含む、キット。
【請求項１４】
酸または塩基をさらに含む、請求項13に記載のキット。
【請求項１５】
dNTP、プライマー、および一価陽イオンのうちの少なくとも1つをさらに含む、請求項13に記載のキット。
【請求項１６】
酵素が、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、RNアーゼ、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、TAQポリメラーゼ、または一本鎖結合タンパク質である、請求項13に記載のキット。
【請求項１７】
造塩発色剤が、フェノールレッド、ブロモクレゾールパープル、ブロモチモールブルー、ニュートラルレッド、ナフトールフタレイン、クレゾールレッド、クレゾールフタレイン、またはフェノールフタレインであり、任意で、方法が2種の造塩発色剤を含み且つ第1の造塩発色剤がフェノールレッドである場合に、第2の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、請求項3もしくは11に記載の方法、または請求項13に記載のキット。
【請求項１８】
検出可能な比色変化が、反応ミックスの画像化に基づいて検出され、該画像化が、反応ミックスの画像の対比における変化の決定を含み、且つ該画像化が、反応ミックスの画像のHSV値またはRGB値における変化の決定を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
キットは、増幅反応を触媒するための酵素、造塩発色剤、および任意で、8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液を含む。キットは、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生する条件下で、緩衝液および酵素および造塩発色剤を含む反応ミックスと試料を接触させることについての説明を含む、使用説明書であって、反応ミックスが開始pHを有する、使用説明書をさらに含む。標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応は、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示される。標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応は、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される。
[本発明1001]
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液；
増幅反応を触媒するための酵素；および
造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
[本発明1002]
増幅反応産物の検出が、造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応と比べて加速されている、本発明1001の方法。
[本発明1003]
造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応が、蛍光インターカレート色素、分子ビーコン、ハイブリダイゼーションプローブ、色素ベースの検出、紫外-可視、アガロースゲル、またはラテラルフローアッセイによる増幅反応産物の検出を含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行中にわたって検出される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行後に検出される、本発明1001の方法。
[本発明1006]
反応ミックスの比色変化の検出が、増幅反応産物の存在のデジタル表示と関連している、本発明1001の方法。
[本発明1007]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの蛍光または吸光度を測定することによって検出される、本発明1001の方法。
[本発明1008]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの視覚的検出によって検出される、本発明1001の方法。
[本発明1009]
反応ミックスの比色変化の検出により、増幅反応の指数関数期またはプラトー期が得られていることが示される、本発明1001の方法。
[本発明1010]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行前の開始時間から60分未満で検出される、本発明1001の方法。
[本発明1011]
増幅反応が熱サイクル反応である、本発明1001の方法。
[本発明1012]
増幅反応が等温反応である、本発明1001の方法。
[本発明1013]
等温反応が、鎖置換増幅、多置換増幅、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、ローリングサークル増幅、またはループ介在等温増幅である、本発明1012の方法。
[本発明1014]
造塩発色剤が比色剤または蛍光剤である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
造塩発色剤が、フェノールレッド、ブロモクレゾールパープル、ブロモチモールブルー、ニュートラルレッド、ナフトールフタレイン、クレゾールレッド、クレゾールフタレイン、またはフェノールフタレインである、本発明1001の方法。
[本発明1016]
造塩発色剤が、50μM〜260μMの濃度である、本発明1001の方法。
[本発明1017]
酵素がDNAポリメラーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1018]
DNAポリメラーゼがBstまたはTaqである、本発明1017の方法。
[本発明1019]
酵素が、逆転写酵素、RNAポリメラーゼ、RNアーゼ、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、TAQポリメラーゼ、または一本鎖結合タンパク質である、本発明1001の方法。
[本発明1020]
酵素がBstまたはBst 2.0ポリメラーゼであり、造塩発色剤がフェノールレッドである、本発明1001の方法。
[本発明1021]
反応ミックスが塩基をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1022]
塩基が水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、本発明1021の方法。
[本発明1023]
反応ミックスが酸をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
酸が塩酸または硫酸である、本発明1023の方法。
[本発明1025]
反応ミックスが、dNTP、プライマー、および一価陽イオンのうちの少なくとも1つをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1026]
一価陽イオンが、アンモニウム、第四級アンモニウム、またはカリウムである、本発明1025の方法。
[本発明1027]
試料と反応ミックスとの接触が、増幅反応の開始に先立って0.1未満のpH単位で反応ミックスの開始pHを補う、本発明1001の方法。
[本発明1028]
反応ミックスの開始pHが、pH 6〜pH 10である、本発明1001の方法。
[本発明1029]
反応ミックスの開始pHが、pH 7.5〜pH 8.8である、本発明1028の方法。
[本発明1030]
反応ミックスの開始pHが、pH 8〜pH 8.8である、本発明1028の方法。
[本発明1031]
検出可能な比色変化が、50μmのセル光路長で定量可能である、本発明1001の方法。
[本発明1032]
第2の造塩発色剤をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1033]
造塩発色剤がフェノールレッドであり、第2の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1032の方法。
[本発明1034]
造塩発色剤がクレゾールレッドであり、第2の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1032の方法。
[本発明1035]
増幅反応産物がDNAまたはRNAである、本発明1001の方法。
[本発明1036]
核酸鋳型分子がDNAまたはRNAである、本発明1001の方法。
[本発明1037]
試料が、10μlの反応ミックスあたり、4.8×10-9〜4.8×10-18のヒドロニウムイオン等価物を反応ミックスに与える、本発明1001の方法。
[本発明1038]
試料が、試料を反応ミックスと接触させると5〜40％に希釈される、本発明1001の方法。
[本発明1039]
試料が、pH 3〜pH 11のpHである、本発明1001の方法。
[本発明1040]
検出可能な比色変化が、反応ミックスの画像化に基づいて検出される、本発明1001の方法。
[本発明1041]
画像化が、反応ミックスの画像の対比における変化の決定を含む、本発明1040の方法。
[本発明1042]
画像化が、反応ミックスの画像のHSV値またはRGB値における変化の決定を含む、本発明1040の方法。
[本発明1043]
増幅反応産物の比色検出のためのキットであって、
8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液；
増幅反応を触媒するための酵素；
造塩発色剤；ならびに
試料が標的核酸鋳型分子、反応ミックスを含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生する条件下で、該緩衝液および該酵素および該造塩発色剤を含む反応ミックスと試料を接触させることについての説明を含む、使用説明書であって、標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、使用説明書
を含む、キット。
[本発明1044]
酸または塩基をさらに含む、本発明1043のキット。
[本発明1045]
塩基が水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、本発明1044のキット。
[本発明1046]
酸が塩酸または硫酸である、本発明1044のキット。
[本発明1047]
dNTP、プライマー、および一価陽イオンのうちの少なくとも1つをさらに含む、本発明1043のキット。
[本発明1048]
一価陽イオンが、アンモニウム、第四級アンモニウム、またはカリウムである、本発明1047のキット。
[本発明1049]
造塩発色剤が、フェノールレッド、ブロモクレゾールパープル、ブロモチモールブルー、ニュートラルレッド、ナフトールフタレイン、クレゾールレッド、クレゾールフタレイン、またはフェノールフタレインである、本発明1043のキット。
[本発明1050]
造塩発色剤が、50μM〜260μMの濃度である、本発明1043のキット。
[本発明1051]
酵素が、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、RNアーゼ、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、TAQポリメラーゼ、または一本鎖結合タンパク質である、本発明1043のキット。
[本発明1052]
酵素がBstまたはBst 2.0ポリメラーゼであり、造塩発色剤がフェノールレッドである、本発明1043のキット。
[本発明1053]
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
増幅反応を触媒するための酵素；および
造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、検出可能な比色変化を50μmのセル光路長で定量することができ、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
[本発明1054]
増幅反応産物の検出が、造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応と比べて加速されている、本発明1053の方法。
[本発明1055]
造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応が、蛍光インターカレート色素、分子ビーコン、ハイブリダイゼーションプローブ、色素ベースの検出、紫外-可視、アガロースゲル、またはラテラルフローアッセイによる増幅反応産物の検出を含む、本発明1054の方法。
[本発明1056]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行中にわたって検出される、本発明1053の方法。
[本発明1057]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行後に検出される、本発明1053の方法。
[本発明1058]
反応ミックスの比色変化の検出が、増幅反応産物の存在のデジタル表示と関連している、本発明1053の方法。
[本発明1059]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの蛍光または吸光度を測定することによって検出される、本発明1053の方法。
[本発明1060]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの視覚的検出によって検出される、本発明1053の方法。
[本発明1061]
反応ミックスの比色変化の検出により、増幅反応の指数関数期またはプラトー期が得られていることが示される、本発明1053の方法。
[本発明1062]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行前の開始時間から60分未満で検出される、本発明1053の方法。
[本発明1063]
増幅反応が熱サイクル反応である、本発明1053の方法。
[本発明1064]
増幅反応が等温反応である、本発明1053の方法。
[本発明1065]
等温反応が、鎖置換増幅、多置換増幅、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、ローリングサークル増幅、またはループ介在等温増幅である、本発明1064の方法。
[本発明1066]
造塩発色剤が比色剤または蛍光剤である、本発明1053の方法。
[本発明1067]
造塩発色剤が、フェノールレッド、ブロモクレゾールパープル、ブロモチモールブルー、ニュートラルレッド、ナフトールフタレイン、クレゾールレッド、クレゾールフタレイン、またはフェノールフタレインである、本発明1053の方法。
[本発明1068]
造塩発色剤が、50μM〜260μMの濃度である、本発明1053の方法。
[本発明1069]
酵素がDNAポリメラーゼである、本発明1053の方法。
[本発明1070]
DNAポリメラーゼがBstまたはTaqである、本発明1069の方法。
[本発明1071]
酵素が、逆転写酵素、RNAポリメラーゼ、RNアーゼ、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、TAQポリメラーゼ、または一本鎖結合タンパク質である、本発明1053の方法。
[本発明1072]
酵素がBstまたはBst 2.0ポリメラーゼであり、造塩発色剤がフェノールレッドである、本発明1053の方法。
[本発明1073]
反応ミックスが塩基をさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1074]
塩基が水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、本発明1073の方法。
[本発明1075]
反応ミックスが酸をさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1076]
酸が塩酸または硫酸である、本発明1075の方法。
[本発明1077]
dNTP、プライマー、および一価陽イオンのうちの少なくとも1つをさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1078]
一価陽イオンが、アンモニウム、第四級アンモニウム、またはカリウムである、本発明1077の方法。
[本発明1079]
試料と反応ミックスとの接触が、増幅反応の開始に先立って0.1未満のpH単位で反応ミックスの開始pHを補う、本発明1053の方法。
[本発明1080]
反応ミックスの開始pHが、pH 6〜pH 10である、本発明1053の方法。
[本発明1081]
反応ミックスの開始pHが、pH 7.5〜pH 8.8である、本発明1080の方法。
[本発明1082]
反応ミックスの開始pHが、pH 8〜pH 8.8である、本発明1080の方法。
[本発明1083]
第2の造塩発色剤をさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1084]
造塩発色剤がフェノールレッドであり、第2の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1083の方法。
[本発明1085]
造塩発色剤がクレゾールレッドであり、第2の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1083の方法。
[本発明1086]
増幅反応産物がDNAまたはRNAである、本発明1053の方法。
[本発明1087]
核酸鋳型分子がDNAまたはRNAである、本発明1053の方法。
[本発明1088]
試料が、10μlの反応ミックスあたり、4.8×10-9〜4.8×10-18のヒドロニウムイオン等価物を反応ミックスに与える、本発明1053の方法。
[本発明1089]
試料が、試料を反応ミックスと接触させると5〜40％に希釈される、本発明1053の方法。
[本発明1090]
試料が、pH 3〜pH 11のpHである、本発明1053の方法。
[本発明1091]
反応ミックスが、8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液をさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1092]
検出可能な比色変化が、反応ミックスの画像化に基づいて検出される、本発明1053の方法。
[本発明1093]
画像化が、反応ミックスの画像の対比における変化の決定を含む、本発明1092の方法。
[本発明1094]
画像化が、反応ミックスの画像のHSV値またはRGB値における変化の決定を含む、本発明1092の方法。
[本発明1095]
試料における増幅反応産物の比色検出のための方法であって、該方法が、試料が標的核酸鋳型分子を含有する場合に増幅反応が起こって増幅反応産物を産生するような条件下で、試料を反応ミックスと接触させる工程を含み、
該反応ミックスが、開始pHを有し、かつ
増幅反応を触媒するための酵素；および
少なくとも2種の造塩発色剤
を含み、
標的核酸鋳型分子が存在する場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こし、それにより標的核酸の存在が示され、および、標的核酸鋳型分子が存在しない場合には、増幅反応が、反応ミックスの開始pHを十分に変化させて造塩発色剤の検出可能な比色変化を引き起こすのに適切な数のプロトンを生成せず、それにより増幅反応産物が産生されていないことが示される、方法。
[本発明1096]
増幅反応産物の検出が、造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応と比べて加速されている、本発明1095の方法。
[本発明1097]
造塩発色剤を含まない反応ミックスを用いた増幅反応が、蛍光インターカレート色素、分子ビーコン、ハイブリダイゼーションプローブ、色素ベースの検出、または紫外-可視による増幅反応産物の検出を含む、本発明1096の方法。
[本発明1098]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行中にわたって検出される、本発明1095の方法。
[本発明1099]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行後に検出される、本発明1095の方法。
[本発明1100]
反応ミックスの比色変化の検出が、増幅反応産物の存在のデジタル表示と関連している、本発明1095の方法。
[本発明1101]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの蛍光または吸光度を測定することによって検出される、本発明1095の方法。
[本発明1102]
反応ミックスの比色変化が、反応ミックスの視覚的検出によって検出される、本発明1095の方法。
[本発明1103]
反応ミックスの比色変化の検出により、増幅反応の指数関数期またはプラトー期が得られていることが示される、本発明1095の方法。
[本発明1104]
反応ミックスの比色変化が、増幅反応の実行前の開始時間から60分未満で検出される、本発明1095の方法。
[本発明1105]
増幅反応が熱サイクル反応である、本発明1095の方法。
[本発明1106]
増幅反応が等温反応である、本発明1095の方法。
[本発明1107]
等温反応が、鎖置換増幅、多置換増幅、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、ローリングサークル増幅、またはループ介在等温増幅である、本発明1106の方法。
[本発明1108]
造塩発色剤のうちの少なくとも1種が、比色剤または蛍光剤である、本発明1095の方法。
[本発明1109]
造塩発色剤のうちの少なくとも1種が、フェノールレッド、ブロモクレゾールパープル、ブロモチモールブルー、ニュートラルレッド、ナフトールフタレイン、クレゾールレッド、クレゾールフタレイン、またはフェノールフタレインである、本発明1095の方法。
[本発明1110]
造塩発色剤のうちの少なくとも1種が、50μM〜260μMの濃度である、本発明1095の方法。
[本発明1111]
酵素がDNAポリメラーゼである、本発明1095の方法。
[本発明1112]
DNAポリメラーゼがBstまたはTaqである、本発明1111の方法。
[本発明1113]
酵素が、逆転写酵素、RNAポリメラーゼ、RNアーゼ、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、TAQポリメラーゼ、または一本鎖結合タンパク質である、本発明1111の方法。
[本発明1114]
酵素がBstまたはBst 2.0ポリメラーゼであり、造塩発色剤がフェノールレッドである、本発明1095の方法。
[本発明1115]
反応ミックスが塩基をさらに含む、本発明1095の方法。
[本発明1116]
塩基が水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、本発明1115の方法。
[本発明1117]
反応ミックスが酸をさらに含む、本発明1095の方法。
[本発明1118]
酸が塩酸または硫酸である、本発明1117の方法。
[本発明1119]
dNTP、プライマー、および一価陽イオンのうちの少なくとも1つをさらに含む、本発明1095の方法。
[本発明1120]
一価陽イオンが、アンモニウム、第四級アンモニウム、またはカリウムである、本発明1119の方法。
[本発明1121]
試料と反応ミックスとの接触が、増幅反応の開始に先立って0.1未満のpH単位で反応ミックスの開始pHを補う、本発明1095の方法。
[本発明1122]
反応ミックスの開始pHが、pH 6〜pH 10である、本発明1095の方法。
[本発明1123]
反応ミックスの開始pHが、pH 7.5〜pH 8.8である、本発明1122の方法。
[本発明1124]
反応ミックスの開始pHが、pH 8〜pH 8.8である、本発明1122の方法。
[本発明1125]
検出可能な比色変化が、50μmのセル光路長で定量可能である、本発明1095の方法。
[本発明1126]
1種の造塩発色剤がフェノールレッドであり、もう1種の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1095の方法。
[本発明1127]
1種の造塩発色剤がクレゾールレッドであり、もう1種の造塩発色剤がブロモチモールブルーである、本発明1095の方法。
[本発明1128]
増幅反応産物がDNAまたはRNAである、本発明1095の方法。
[本発明1129]
核酸鋳型分子がDNAまたはRNAである、本発明1095の方法。
[本発明1130]
試料が、10μlの反応ミックスあたり、4.8×10-9〜4.8×10-18のヒドロニウムイオン等価物を反応ミックスに与える、本発明1095の方法。
[本発明1131]
試料が、試料を反応ミックスと接触させると5〜40％に希釈される、本発明1095の方法。
[本発明1132]
試料が、pH 3〜pH 11のpHである、本発明1095の方法。
[本発明1133]
反応ミックスが、8.0の開始pHを有する溶液中1 mM〜19 mMの濃度でのトリス緩衝液と同等の緩衝能力を有する緩衝液をさらに含む、本発明1095の方法。
[本発明1134]
検出可能な比色変化が、反応ミックスの画像化に基づいて検出される、本発明1095の方法。
[本発明1135]
画像化が、反応ミックスの画像の対比における変化の決定を含む、本発明1134の方法。
[本発明1136]
画像化が、反応ミックスの画像のHSV値またはRGB値における変化の決定を含む、本発明1134の方法。