【手続補正書】
【提出日】平成30年9月28日(2018.9.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法であって、
前記女性対象由来の生体試料中、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多形を検出することを含み、ここで前記一塩基多形のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形であり、残りの一塩基多形は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形である、前記女性対象の遺伝リスク評価を実施することを含む、前記方法。
【請求項２】
表６に示す少なくとも７７の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
表６に示す少なくとも７８の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
表６に示す少なくとも８２の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
女性対象の臨床リスク評価を実施すること、及び臨床リスク評価を遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めることをさらに含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記臨床リスク評価の実施では、下記の一以上：
ｉ）Ｇａｉｌモデル、Ｃｌａｕｓモデル、Ｃｌａｕｓテーブル、ＢＯＡＤＩＣＥＡ、Ｊｏｎｋｅｒモデル、Ｃｌａｕｓ  Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｆｏｒｍｕｌａ、Ｔｙｒｅｒ−Ｃｕｚｉｃｋモデル、ＢＲＣＡＰＲＯ、及びマンチェスター・スコアリング・システムからなる群より選択されるモデル；
ｉｉ）女性からの、乳癌の病歴、腺管癌または小葉癌、年齢、初潮年齢、第一子出産年齢、乳癌の家族歴、過去の乳房生検の結果、乳腺濃度、及び人種／民族のうちの１つ以上についての情報；
ｉｉｉ）Ｇａｉｌ生涯リスクスコア又はＧａｉｌ５年リスクスコアを提供するＧａｉｌモデル；
が用いられる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記女性は乳房生検を受けたことがある、及び／又は、前記乳癌は、エストロゲン受容性陽性またはエストロゲン受容体陰性である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記連鎖不平衡にある一塩基多形は、０．９よりも高い連鎖不平衡を有している、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ｉ）７２以上の核酸を増幅するための少なくとも７２セットのプライマーであって、前記７２以上の核酸は一塩基多形を含んでおり、ここで前記プライマーセットのうち少なくとも６７は、表７から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸を増幅し、前記プライマーセットの残りは、表６から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸を増幅する、前記プライマー；又は
ｉｉ）７２以上の核酸にハイブリダイズする少なくとも７２セットのプローブを含む遺伝子アレイであって、前記７２以上の核酸は一塩基多形を含んでおり、ここで前記プローブのうち少なくとも６７は、表７から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸にハイブリダイズし、前記プローブの残りは、表６から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸にハイブリダイズする、前記遺伝子アレイ；
を含む、キット。
【請求項１０】
ヒト女性対象の定期的な乳癌診断検査の必要性を決定する方法であって、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
【請求項１１】
ヒト女性対象の乳癌をスクリーニングする方法であって、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価すること、及び乳癌を発症するリスクがあると評価された場合は前記対象の乳癌について定期的にスクリーニングすることを含んでいる、前記方法。
【請求項１２】
ヒト女性対象に予防的抗乳癌治療剤が必要かどうかを決定する方法であって、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
【請求項１３】
候補治療剤の臨床試験のためにヒト女性対象群を層別化する方法であって、前記対象が乳癌を発症する個別のリスクを請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法により評価すること、及び前記評価の結果を用いて前記治療剤に対し反応性がより高そうな前記対象を選別することを含んでいる、方法。
【請求項１４】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するコンピューター実装方法であって、プロセッサー及びメモリーを含む電算システムで実行でき、
前記女性対象の臨床リスクデータ及び遺伝リスクデータを受信することであって、前記遺伝リスクデータは、前記女性対象由来の生体試料中、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多形を検出することで得られたものであり、ここで前記一塩基多形のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形であり、残りの一塩基多形は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形である、前記データを受信すること、
前記データを処理して前記臨床リスクデータを前記遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めること、及び
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを出力することを含んでいる、前記コンピューター実装方法。
【請求項１５】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するシステムであって、
前記女性対象の臨床リスク評価を実施するためのシステム命令、
請求項１〜８のいずれか１項により前記女性対象の遺伝リスク評価を実施するためのシステム命令、及び
前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めるためのシステム命令を含んでいる、前記システム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２６】
本明細書に含まれるあらゆる文書、行為、物質、デバイス、記事などに関する記述は、本発明に文脈を提供するものに過ぎない。それらの一部または全部が本願の各請求項の優先日よりも前に存在したからといって、先行技術ベースの一部をなすとか、本発明の分野における共通の一般知識であったということを認めるものではない。
ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法であって、
前記女性対象の臨床リスク評価を実施すること、
前記女性対象由来の生体試料中、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多形を検出することを含み、ここで前記一塩基多形のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形であり、残りの一塩基多形は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形である、前記女性対象の遺伝リスク評価を実施すること、及び
前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めることを含んでいる、前記方法。
［態様２］前記女性は白人である、態様１に記載の方法。
［態様３］表９に示す少なくとも７２の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様２に記載の方法。
［態様４］表９に示す少なくとも７７の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様２に記載の方法。
［態様５］前記女性は黒人である、態様１に記載の方法。
［態様６］前記女性はアフリカ系アメリカ人である、態様５に記載の方法。
［態様７］表１０に示す少なくとも７４の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様５または６に記載の方法。
［態様８］表１０に示す少なくとも７８の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様５または６に記載の方法。
［態様９］前記女性はヒスパニックである、態様１に記載の方法。
［態様１０］表１１に示す少なくとも７８の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様９に記載の方法。
［態様１１］表１１に示す少なくとも８２の一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を検出することを含んでいる、態様９に記載の方法。
［態様１２］前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合することは、前記リスク評価同士を掛けてリスクスコアを提供することを含んでいる、態様１〜１１のいずれか１に記載の方法。
［態様１３］前記臨床リスク評価を実施することでは、Ｇａｉｌモデル、Ｃｌａｕｓモデル、Ｃｌａｕｓテーブル、ＢＯＡＤＩＣＥＡ、Ｊｏｎｋｅｒモデル、Ｃｌａｕｓ  Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｆｏｒｍｕｌａ、Ｔｙｒｅｒ−Ｃｕｚｉｃｋモデル、ＢＲＣＡＰＲＯ、及びマンチェスター・スコアリング・システムからなる群より選択されるモデルが使用される、態様１〜１２のいずれか１に記載の方法。
［態様１４］前記臨床リスク評価を実施することには、前記女性から、乳癌の病歴、腺管癌または小葉癌、年齢、初潮年齢、第一子出産年齢、乳癌の家族歴、過去の乳房生検の結果、乳腺濃度、及び人種／民族のうちの１つ以上についての情報を得ることが含まれる、態様１〜１３のいずれか１に記載の方法。
［態様１５］前記臨床リスク評価は、前記Ｇａｉｌモデルを用いて得られる、態様１３または１４に記載の方法。
［態様１６］前記Ｇａｉｌモデルは、Ｇａｉｌ生涯リスクスコアを提供する、態様１５に記載の方法。
［態様１７］前記Ｇａｉｌモデルは、Ｇａｉｌ５年リスクスコアを提供する、態様１５に記載の方法。
［態様１８］前記臨床リスク評価は、前記Ｔｙｒｅｒ−Ｃｕｚｉｃｋモデルを用いて得られる、態様１３または１４に記載の方法。
［態様１９］前記臨床リスク評価は、前記ＢＯＡＤＩＣＥＡモデルを用いて得られる、態様１３または１４に記載の方法。
［態様２０］前記臨床リスク評価は、前記ＢＲＣＡＰＲＯモデルを用いて得られる、態様１３または１４に記載の方法。
［態様２１］前記女性は乳房生検を受けたことがある、態様１〜２０のいずれか１に記載の方法。
［態様２２］前記臨床リスク評価の結果は、前記女性がより頻繁なスクリーニング及び／または予防的抗乳癌治療剤を受けるべきであることを示す、態様１〜２１のいずれか１に記載の方法。
［態様２３］前記対象に乳癌発症リスクがあると決定される場合、前記対象は、エストロゲン阻害治療剤に対して非反応性ではなく反応性である可能性が高い、態様１〜２２のいずれか１に記載の方法。
［態様２４］前記乳癌は、エストロゲン受容性陽性またはエストロゲン受容体陰性である、態様１〜２３のいずれか１に記載の方法。
［態様２５］前記連鎖不平衡にある一塩基多形は、０．９よりも高い連鎖不平衡を有している、態様１〜２４のいずれか１に記載の方法。
［態様２６］前記連鎖不平衡にある一塩基多形の連鎖不平衡は１である、態様１〜２４のいずれか１に記載の方法。
［態様２７］７２以上の核酸を増幅するための少なくとも７２セットのプライマーを含むキットであって、前記７２以上の核酸は一塩基多形を含んでおり、ここで前記プライマーセットのうち少なくとも６７は、表７から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸を増幅し、前記プライマーセットの残りは、表６から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸を増幅する、前記キット。
［態様２８］７２以上の核酸にハイブリダイズする少なくとも７２セットのプローブを含む遺伝子アレイであって、前記７２以上の核酸は一塩基多形を含んでおり、ここで前記プローブのうち少なくとも６７は、表７から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸にハイブリダイズし、前記プローブの残りは、表６から選択される一塩基多形またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形を含む核酸にハイブリダイズする、前記遺伝子アレイ。
［態様２９］ヒト女性対象の定期的な乳癌診断検査の必要性を決定する方法であって、態様１〜２６のいずれか１に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
［態様３０］約２０％の生涯リスクよりも高いリスクスコアは、前記対象がスクリーニング乳房ＭＲＩＣ及びマンモグラフィープログラムに登録すべきであることを示す、態様２９に記載の方法。
［態様３１］ヒト女性対象の乳癌をスクリーニングする方法であって、態様１〜２６のいずれか１に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価すること、及び乳癌を発症するリスクがあると評価された場合は前記対象の乳癌について定期的にスクリーニングすることを含んでいる、前記方法。
［態様３２］ヒト女性対象に予防的抗乳癌治療剤が必要かどうかを決定する方法であって、態様１〜２６のいずれか１に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
［態様３３］約１．６６％の５年リスクよりも高いリスクスコアは、前記対象にエストロゲン受容体治療剤を勧めるべきであることを示している、態様３２に記載の方法。
［態様３４］ヒト女性対象の乳癌を予防する方法であって、態様１〜２６のいずれか１に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価すること、及び乳癌を発症するリスクがあると評価された場合は前記対象に抗乳癌治療剤を投与することを含んでいる、前記方法。
［態様３５］前記治療剤はエストロゲンを阻害する、態様３４に記載の方法。
［態様３６］乳癌のリスクがあるヒト女性対象の乳癌を予防するために使用される抗乳癌治療剤であって、前記対象は、態様１〜２６のいずれか１に記載の方法により、乳癌を発症するリスクがあると評価される、前記抗乳癌治療剤。
［態様３７］候補治療剤の臨床試験のためにヒト女性対象群を層別化する方法であって、前記対象が乳癌を発症する個別のリスクを態様１〜２６のいずれか１に記載の方法により評価すること、及び前記評価の結果を用いて前記治療剤に対し反応性がより高そうな前記対象を選別することを含んでいる、方法。
［態様３８］ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するコンピューター実装方法であって、プロセッサー及びメモリーを含む電算システムで実行でき、
前記女性対象の臨床リスクデータ及び遺伝リスクデータを受信することであって、前記遺伝リスクデータは、前記女性対象由来の生体試料中、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多形を検出することで得られたものであり、ここで前記一塩基多形のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形であり、残りの一塩基多形は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多形である、前記データを受信すること、
前記データを処理して前記臨床リスクデータを前記遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めること、及び
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを出力することを含んでいる、前記コンピューター実装方法。
［態様３９］ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するシステムであって、
前記女性対象の臨床リスク評価を実施するためのシステム命令、
態様１〜２６のいずれか１により前記女性対象の遺伝リスク評価を実施するためのシステム命令、及び
前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めるためのシステム命令を含んでいる、前記システム。