【手続補正書】
【提出日】平成30年10月4日(2018.10.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
1種類または複数種類の抗原をコードする1つまたは複数の担体を含むHIV-1ワクチンであって、該抗原が、SEQ ID NO:691-712および717-789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、HIV-1ワクチン。
【請求項２】
1種類または複数種類の集団エピセンサス抗原（population episensus antigen）をコードする1つまたは複数の担体を含むHIV-1ワクチンであって、該集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO:691、697-755、766、767、778、および779からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、HIV-1ワクチン。
【請求項３】
i)  1つもしくは複数の担体および1種類もしくは複数種類の抗原、または
ii)  1種類もしくは複数種類の抗原をコードする1つもしくは複数の担体
を含むHIV-1ワクチンであって、
a)  担体が、DNA、タンパク質、もしくはベクターである、
b)  担体が、ウイルスベクターもしくは細菌ベクターである、
c)  担体が、サイトメガロウイルス（CMV）、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルス、もしくはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含むウイルスベクターである、または
d)  担体が、ヒトCMV（HCMV）バックボーンもしくはアカゲザルCMV（RhCMV）バックボーンである、
HIV-1ワクチン。
【請求項４】
i)  担体が、DNA、タンパク質、もしくはベクターである、
ii)  担体が、ウイルスベクターもしくは細菌ベクターである、
iii)  担体が、サイトメガロウイルス（CMV）、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルス、もしくはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含むウイルスベクターである、または
iv)  担体が、ヒトCMV（HCMV）バックボーンもしくはアカゲザルCMV（RhCMV）バックボーンであり、
具体的には、
a)  CMVバックボーンがUL130-128遺伝子領域を欠くか、
b)  CMVバックボーンが、テグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠くか、または
c)  CMVバックボーンが、UL130-128遺伝子領域およびテグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠く、
請求項１-３のいずれか一項記載のワクチン。
【請求項５】
i)  集団エピセンサス抗原が、Gag、Pol、Nef、Env、Tat、Rev、Vpr、Vif、もしくはVpuからのエピトープを含む、
ii)  集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含み、集団エピセンサス抗原のアミノ酸配列が、SEQ ID NO: 697、SEQ ID NO: 698、SEQ ID NO: 699、もしくはSEQ ID NO: 700、SEQ ID NO: 718、SEQ ID NO: 720、SEQ ID NO: 730、SEQ ID NO: 732、SEQ ID NO: 742、もしくはSEQ ID NO: 744のアミノ酸配列を含む、
iii)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 719、SEQ ID NO: 721、SEQ ID NO: 731、SEQ ID NO: 733、SEQ ID NO: 743、もしくはSEQ ID NO: 745のアミノ酸配列を含む、
iv)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 722、SEQ ID NO: 724、SEQ ID NO: 734、SEQ ID NO: 736、SEQ ID NO: 746、SEQ ID NO: 748のアミノ酸配列を含む、
v)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 723、SEQ ID NO: 725、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 747、もしくはSEQ ID NO: 749のアミノ酸配列を含む、
vi)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 703、SEQ ID NO: 704、SEQ ID NO: 709、SEQ ID NO: 711、SEQ ID NO: 717、SEQ ID NO: 726、SEQ ID NO: 728、SEQ ID NO: 738、SEQ ID NO: 740、SEQ ID NO: 750、もしくはSEQ ID NO: 752のアミノ酸配列を含む、または
vii)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 710、SEQ ID NO: 712、SEQ ID NO: 727、SEQ ID NO: 729、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 751、もしくはSEQ ID NO: 753のアミノ酸配列を含み、
具体的には、
a)  集団エピセンサス抗原が、HIVの保存領域からのエピトープを含む、
b)  集団エピセンサス抗原が、Gag、Pol、もしくはNefの保存領域からのエピトープを含む、または
c)  集団エピセンサス抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質の保存領域からのエピトープを含む、
請求項１-４のいずれか一項記載のワクチン。
【請求項６】
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、請求項１-５のいずれか一項記載のワクチンであって、
具体的には、
i)  融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、
ii)  融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、
iii)  融合抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質の保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、または
iv)  融合抗原が、SEQ ID NO: 701、SEQ ID NO: 702、SEQ ID NO: 705、SEQ ID NO: 706、SEQ ID NO: 707、もしくはSEQ ID NO: 708のアミノ酸配列を含む、
ワクチン。
【請求項７】
i)  集団エピセンサス抗原が、米国におけるHIV-1クレードBエピデミックの中心をなす、
ii)  集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードCエピデミックの中心をなす、
iii)  集団エピセンサス抗原がタイにおけるHIV-1クレード2地域的エピデミックの中心をなす、または
iv)  集団エピセンサス抗原がHIV-1グループMグローバル集合の中心をなす、
請求項１-６のいずれか一項記載のワクチン。
【請求項８】
i)  集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、
ii)  集団エピセンサス抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む、
iii)  集団エピセンサス抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質の保存領域からのエピトープを含む、
iv)  集団エピセンサス抗原がNefエピトープを含む、
v)  集団エピセンサス抗原が、Nefの保存領域からのエピトープを含む、
vi)  集団エピセンサス抗原がPolエピトープを含む、または
vii)  集団エピセンサス抗原が、Polの保存領域からのエピトープを含む、
具体的には、集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 703、704、709-712、および717-753からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７記載のワクチン。
【請求項９】
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原であって、
i)  融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、
ii)  融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、または
iii)  融合抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質の保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含み、
具体的には、融合抗原が、SEQ ID NO: 701、702、および705-708からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項８記載のワクチン。
【請求項１０】
1つまたは複数の担体と、EpiGraphアプローチを使って決定される1種類または複数種類の集団エピセンサス抗原とを含む、HIV-1ワクチン。
【請求項１１】
請求項１-１０のいずれか一項記載のワクチンを含む、HIV-1感染から対象を防止する、または対象におけるHIV-1を処置するための薬学的組成物。
【請求項１２】
1種類または複数種類のテーラード抗原をさらに含む、請求項１-１０のいずれか一項記載のワクチンであって、
i)  担体が、DNA、タンパク質、もしくはベクターである、
ii)  担体が、ウイルスベクターもしくは細菌ベクターである、
iii)  担体が、サイトメガロウイルス（CMV）、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルス、もしくはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含むウイルスベクターである、または
iv)  担体が、ヒトCMV（HCMV）バックボーンもしくはアカゲザルCMV（RhCMV）バックボーンであり、
具体的には、
a)  CMVバックボーンがUL130-128遺伝子領域を欠くか、
b)  CMVバックボーンが、テグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠くか、または
c)  CMVバックボーンが、UL130-128遺伝子領域およびテグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠く、
ワクチン。
【請求項１３】
i)  テーラード抗原がGagエピトープを含む、
ii)  テーラード抗原がGagエピトープを含み、該テーラード抗原のアミノ酸配列が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695、またはSEQ ID NO:696のアミノ酸配列を含む、
iii)  第１のテーラード抗原と第2のテーラード抗原とを含み、該第１のテーラード抗原および該第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695およびSEQ ID NO:696のアミノ酸配列のうちの2つを含む、
iv)  第１のテーラード抗原と第2のテーラード抗原と第３のテーラード抗原とを含み、該第１のテーラード抗原、該第2のテーラード抗原、および該第３のテーラード抗原が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695およびSEQ ID NO:696のアミノ酸配列のうちの3つを含む、
v)  テーラード抗原が、不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列を含み、該不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列が、Gagタンパク質のN末端にあるミリストイル化配列を除去することによって不活化されている、
具体的には、
a)  集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、
b)  集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含み、集団エピセンサス抗原のアミノ酸配列がSEQ ID NO:691のアミノ酸配列を含む、または
c)  集団エピセンサス抗原が、不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列を含み、該不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列が、Gagタンパク質のN末端にあるミリストイル化配列を除去することによって不活化されている
請求項１２記載のワクチン。
【請求項１４】
i)  集団エピセンサス抗原がHIV-1グループMグローバル集合の中心をなす、
ii)  集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードCエピデミックの中心をなす、
iii)  集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードBエピデミックの中心をなす、または
iv)  集団エピセンサス抗原がタイにおけるHIV-1クレード2地域的エピデミックの中心をなす、
v)  集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がGagエピトープを含む、
vi)  集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がGagの保存領域からのエピトープを含む、
vii)  集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質の保存領域からのエピトープを含む、
viii)  集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がNefエピトープを含む、または
ix)  集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がPolエピトープを含む、
具体的には、
a)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 754-755、766-767、および778-779からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
b)  集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 754-755、766-767、および778-779からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、テーラード抗原がSEQ ID NO: 756-765、768-777、および780-789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
c)  第１のテーラード抗原と第2のテーラード抗原とを含み、集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 754-755、766-767、および778-779からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、該第１のテーラード抗原および該第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO: 756-765、768-777、および780-789からなる群より選択されるアミノ酸配列の2つを含む、または
d)  第１のテーラード抗原と第2のテーラード抗原と第３のテーラード抗原とを含み、集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO: 754-755、766-767、および778-779からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、該第１のテーラード抗原、該第2のテーラード抗原、および該第３のテーラード抗原が、SEQ ID NO: 756-765、768-777、および780-789からなる群より選択されるアミノ酸配列の3つを含む、
請求項１２または１３記載のワクチン。
【請求項１５】
i)  HCMVバックボーンと、ベストマッチの天然HIV-1株であるように選択されたテーラード抗原とを含むHCMVベクター、または
ii)  HCMVバックボーンと、ベストマッチの異なる（かつ遠い）HIV-1株であるように選択されたテーラード抗原とを含むHCMVベクター
をさらに含む、請求項１２-１４のいずれか一項記載のワクチン。
【請求項１６】
請求項１２-１５のいずれか一項記載のワクチンを含む、対象におけるHIV-1を処置するための薬学的組成物。
【請求項１７】
（a）EpiGraph抗原アミノ酸配列選択法を使って生成させたワクチン抗原アミノ酸配列を使って、地理的領域内の多様性を最適にカバーするようにEpiGraphワクチン抗原をデザインする工程;および
（b）デザインしたEpiGraphワクチン抗原を生産する工程
を含む、対象のためのHIV-1ワクチンをデザインし、生産する方法であって、
具体的には、個体中のHIV-1ウイルスのアミノ酸配列を決定する工程、およびEpigraphワクチン抗原をベクターに挿入する工程をさらに含む、方法。
【請求項１８】
1種類または複数種類のEpiGraphワクチン抗原とベクターとを含む、エフェクターメモリーT細胞応答を誘導するためのワクチンであって、EpiGraphワクチン抗原がSEQ ID NO:691〜712およびSEQ ID NO:717〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、ワクチン。
【請求項１９】
(i)  EpiGraphアプローチを使って決定される1種類もしくは複数種類のHIV-1集団エピセンサス抗原もしくはHIV-1テーラード抗原、および／または(ii)  SEQ ID NO:691〜696およびSEQ ID NO:754〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
1種類または複数種類のEpiGraphアミノ酸配列を決定する工程、1種類または複数種類のEpiGraph抗原アミノ酸配列と1つまたは複数の担体とを含むワクチンを作製する工程、および前記ワクチンを、その必要のある対象に投与する工程を含む、エフェクターメモリーT細胞応答を誘導する方法も、本明細書に提供する。さらに、その必要がある対象に、有効量の前記のHIV-1ワクチンを投与する工程を含む、対象におけるHIV-1を処置する方法も提供する。また、その必要がある対象に、有効量の前記のHIV-1ワクチンを投与する工程を含む、対象において、HIV-1感染から保護する方法も、本明細書に提供する。
[本発明1001]
1つまたは複数の担体とEpiGraphアプローチを使って決定される1種類または複数種類の集団エピセンサス抗原（population episensus antigen）とを含むHIV-1ワクチン。
[本発明1002]
担体が、DNA、タンパク質、またはベクターである、本発明1001のワクチン。
[本発明1003]
ベクターがウイルスベクターまたは細菌ベクターである、本発明1002のワクチン。
[本発明1004]
ウイルスベクターが、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルス、またはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含む、本発明1003のワクチン。
[本発明1005]
ウイルスベクターがサイトメガロウイルス（CMV）バックボーンを含む、本発明1003のワクチン。
[本発明1006]
CMVバックボーンがヒトCMV（HCMV）バックボーンまたはアカゲザルCMV（RhCMV）バックボーンである、本発明1005のワクチン。
[本発明1007]
CMVバックボーンがUL130-128遺伝子領域を欠く、本発明1005または1006のワクチン。
[本発明1008]
CMVバックボーンが、テグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠く、本発明1005〜1007のいずれかのワクチン。
[本発明1009]
集団エピセンサス抗原が、Gag、Pol、Nef、Env、Tat、Rev、Vpr、Vif、またはVpuからのエピトープを含む、本発明1001〜1008のいずれかのワクチン。
[本発明1010]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1009のワクチン。
[本発明1011]
集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO:697、SEQ ID NO:698、SEQ ID NO:699、またはSEQ ID NO:700のアミノ酸配列を含む、本発明1010のワクチン。
[本発明1012]
集団エピセンサス抗原が、HIVの保存領域からのエピトープを含む、本発明1001〜1011のいずれかのワクチン。
[本発明1013]
集団エピセンサス抗原が、Gag、Pol、またはNefの保存領域からのエピトープを含む、本発明1012のワクチン。
[本発明1014]
集団エピセンサス抗原が、Gagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープを含む、本発明1013のワクチン。
[本発明1015]
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、本発明1001〜1014のいずれかのワクチン。
[本発明1016]
融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1015のワクチン。
[本発明1017]
融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1015のワクチン。
[本発明1018]
Gagの保存領域からのエピトープが、Gagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1017のワクチン。
[本発明1019]
集団エピセンサス抗原が、米国におけるHIV-1クレードBエピデミックの中心をなす、本発明1001〜1018のいずれかのワクチン。
[本発明1020]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1021]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:730またはSEQ ID NO:732のアミノ酸配列を含む、本発明1020のワクチン。
[本発明1022]
集団エピセンサス抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1023]
Gagの保存領域からのエピトープが、Gagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1022のワクチン。
[本発明1024]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:731またはSEQ ID NO:733のアミノ酸配列を含む、本発明1023のワクチン。
[本発明1025]
集団エピセンサス抗原がNefエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1026]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:734またはSEQ ID NO:736のアミノ酸配列を含む、本発明1025のワクチン。
[本発明1027]
集団エピセンサス抗原が、Nefの保存領域からのエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1028]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:735またはSEQ ID NO:737のアミノ酸配列を含む、本発明1027のワクチン。
[本発明1029]
集団エピセンサス抗原が、2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、本発明1019のワクチン。
[本発明1030]
融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1029のワクチン。
[本発明1031]
融合抗原がSEQ ID NO:701またはSEQ ID NO:702のアミノ酸配列を含む、本発明1030のワクチン。
[本発明1032]
融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1029のワクチン。
[本発明1033]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1032のワクチン。
[本発明1034]
集団エピセンサス抗原がPolエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1035]
集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO:703、SEQ ID NO:704、SEQ ID NO:738、またはSEQ ID NO:740のアミノ酸配列を含む、本発明1034のワクチン。
[本発明1036]
集団エピセンサス抗原が、Polの保存領域からのエピトープを含む、本発明1019のワクチン。
[本発明1037]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:739またはSEQ ID NO:741のアミノ酸配列を含む、本発明1036のワクチン。
[本発明1038]
集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードCエピデミックの中心をなす、本発明1001〜1018のいずれかのワクチン。
[本発明1039]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1040]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:742またはSEQ ID NO:744のアミノ酸配列を含む、本発明1039のワクチン。
[本発明1041]
集団エピセンサス抗原がGagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1042]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1041のワクチン。
[本発明1043]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:743またはSEQ ID NO:745のアミノ酸配列を含む、本発明1042のワクチン。
[本発明1044]
集団エピセンサス抗原がNefエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1045]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:746またはSEQ ID NO:748のアミノ酸配列を含む、本発明1044のワクチン。
[本発明1046]
集団エピセンサス抗原がNefの保存領域からのエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1047]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:747またはSEQ ID NO:749のアミノ酸配列を含む、本発明1046のワクチン。
[本発明1048]
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、本発明1038のワクチン。
[本発明1049]
融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原とNefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1048のワクチン。
[本発明1050]
融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とNefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1048のワクチン。
[本発明1051]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1050のワクチン。
[本発明1052]
集団エピセンサス抗原がPolエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1053]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:750またはSEQ ID NO:752のアミノ酸配列を含む、本発明1052のワクチン。
[本発明1054]
集団エピセンサス抗原が、Polの保存領域からのエピトープを含む、本発明1038のワクチン。
[本発明1055]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:751またはSEQ ID NO:753のアミノ酸配列を含む、本発明1054のワクチン。
[本発明1056]
集団エピセンサス抗原がタイにおけるHIV-1クレード2地域的エピデミックの中心をなす、本発明1001〜1018のいずれかのワクチン。
[本発明1057]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1058]
集団エピセンサス抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1059]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1058のワクチン。
[本発明1060]
集団エピセンサス抗原がNefエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1061]
集団エピセンサス抗原が、Nefの保存領域からのエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1062]
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、本発明1056のワクチン。
[本発明1063]
融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原とNefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1062のワクチン。
[本発明1064]
融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とNefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1062のワクチン。
[本発明1065]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1064のワクチン。
[本発明1066]
集団エピセンサス抗原がPolエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1067]
集団エピセンサス抗原が、Polの保存領域からのエピトープを含む、本発明1056のワクチン。
[本発明1068]
集団エピセンサス抗原がHIV-1グループMグローバル集合の中心をなす、本発明1001〜1018のいずれかのワクチン。
[本発明1069]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1070]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:718またはSEQ ID NO:720のアミノ酸配列を含む、本発明1069のワクチン。
[本発明1071]
集団エピセンサス抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1072]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1071のワクチン。
[本発明1073]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:719またはSEQ ID NO:721のアミノ酸配列を含む、本発明1072のワクチン。
[本発明1074]
集団エピセンサス抗原がNefエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1075]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:722またはSEQ ID NO:724のアミノ酸配列を含む、本発明1074のワクチン。
[本発明1076]
集団エピセンサス抗原が、Nefの保存領域からのエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1077]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:723またはSEQ ID NO:725のアミノ酸配列を含む、本発明1076のワクチン。
[本発明1078]
集団エピセンサス抗原が2つ以上の集団エピセンサス抗原を含む融合抗原である、本発明1068のワクチン。
[本発明1079]
融合抗原が、Gagエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1078のワクチン。
[本発明1080]
融合抗原がSEQ ID NO:705またはSEQ ID NO:707のアミノ酸配列を含む、本発明1079のワクチン。
[本発明1081]
融合抗原が、Gagの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原と、Nefの保存領域からのエピトープを含む集団エピセンサス抗原とを含む、本発明1078のワクチン。
[本発明1082]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1081のワクチン。
[本発明1083]
融合抗原がSEQ ID NO:706またはSEQ ID NO:708のアミノ酸配列を含む、本発明1082のワクチン。
[本発明1084]
集団エピセンサス抗原がPolエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1085]
集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO:709、SEQ ID NO:711、SEQ ID NO:726、またはSEQ ID NO:728のアミノ酸配列を含む、本発明1084のワクチン。
[本発明1086]
集団エピセンサス抗原が、Polの保存領域からのエピトープを含む、本発明1068のワクチン。
[本発明1087]
集団エピセンサス抗原が、SEQ ID NO:710、SEQ ID NO:712、SEQ ID NO:727、またはSEQ ID NO:729のアミノ酸配列を含む、本発明1086のワクチン。
[本発明1088]
予防用ワクチンである、本発明1001〜1087のいずれかのワクチン。
[本発明1089]
治療用ワクチンである、本発明1001〜1087のいずれかのワクチン。
[本発明1090]
EpiGraphアプローチを使って決定される1種類または複数種類のHIV-1集団エピセンサス抗原を含むポリペプチドであって、SEQ ID NO:697〜712およびSEQ ID NO:717〜753からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
[本発明1091]
その必要がある対象に、有効量の本発明1001〜1087のいずれかのワクチンを投与する工程を含む、対象におけるHIV-1を処置する方法。
[本発明1092]
その必要がある対象に、有効量の本発明1001〜1087のいずれかのワクチンを投与する工程を含む、対象において、HIV-1感染から保護する方法。
[本発明1093]
1つまたは複数の担体と、EpiGraphアプローチを使って決定される集団エピセンサス抗原と、1種類または複数種類のテーラード抗原とを含む、HIV-1ワクチン。
[本発明1094]
担体がDNA、タンパク質、またはベクターである、本発明1093のワクチン。
[本発明1095]
ベクターが細菌ベクターまたはウイルスベクターである、本発明1094のワクチン。
[本発明1096]
ウイルスベクターが、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルスまたはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含む、本発明1095のワクチン。
[本発明1097]
ウイルスベクターがCMVバックボーンを含む、本発明1095のワクチン。
[本発明1098]
CMVバックボーンがHCMVバックボーンまたはRhCMVバックボーンである、本発明1097のワクチン。
[本発明1099]
CMVバックボーンがUL130-128遺伝子領域を欠く、本発明1097または本発明1098のワクチン。
[本発明1100]
CMVバックボーンがテグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠く、本発明1097〜1099のいずれかのワクチン。
[本発明1101]
第2のテーラード抗原をさらに含む、本発明1093〜1100のいずれかのワクチン。
[本発明1102]
第3のテーラード抗原をさらに含む、本発明1101のワクチン。
[本発明1103]
集団エピセンサス抗原がGagエピトープを含む、本発明1097〜1102のいずれかのワクチン。
[本発明1104]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:691のアミノ酸配列を含む、本発明1103のワクチン。
[本発明1105]
集団エピセンサス抗原が、不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列を含み、該不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列が、Gagタンパク質のN末端にあるミリストイル化配列を除去することによって不活化されている、本発明1103のワクチン。
[本発明1106]
テーラード抗原がGagエピトープを含む、本発明1093〜1105のいずれかのワクチン。
[本発明1107]
テーラード抗原が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695、またはSEQ ID NO:696のアミノ酸配列を含む、本発明1106のワクチン。
[本発明1108]
第1のテーラード抗原および第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695およびSEQ ID NO:696のアミノ酸配列のうちの2つを含む、本発明1107のワクチン。
[本発明1109]
第1のテーラード抗原、第2のテーラード抗原、および第3のテーラード抗原が、SEQ ID NO:692、SEQ ID NO:693、SEQ ID NO:694、SEQ ID NO:695およびSEQ ID NO:696のアミノ酸配列のうちの3つを含む、本発明1108のワクチン。
[本発明1110]
テーラード抗原が、不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列を含み、該不活化Gagタンパク質のアミノ酸配列が、Gagタンパク質のN末端にあるミリストイル化配列を除去することによって不活化されている、本発明1106のワクチン。
[本発明1111]
集団エピセンサス抗原がHIV-1グループMグローバル集合の中心をなす、本発明1093〜1102のいずれかのワクチン。
[本発明1112]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がGagエピトープを含む、本発明1111のワクチン。
[本発明1113]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原配列が、Gagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1111のワクチン。
[本発明1114]
Gagの保存領域からのエピトープが、Gagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1113のワクチン。
[本発明1115]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:754またはSEQ ID NO:755のアミノ酸配列を含む、本発明1112〜1114のいずれかのワクチン。
[本発明1116]
テーラード抗原が、SEQ ID NO:756〜765からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1115のワクチン。
[本発明1117]
第1のテーラード抗原および第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO:756〜765からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの2つを含む、本発明1116のワクチン。
[本発明1118]
第1のテーラード抗原、第2のテーラード抗原、および第3のテーラード抗原が、SEQ ID NO:756〜765からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの3つを含む、本発明1117のワクチン。
[本発明1119]
集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードCエピデミックの中心をなす、本発明1093〜1102のいずれかのワクチン。
[本発明1120]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がGagエピトープを含む、本発明1119のワクチン。
[本発明1121]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原配列がGagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1119のワクチン。
[本発明1122]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1121のワクチン。
[本発明1123]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:766またはSEQ ID NO:767のアミノ酸配列を含む、本発明1119〜1122のいずれかのワクチン。
[本発明1124]
テーラード抗原がSEQ ID NO:768〜777からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1123のワクチン。
[本発明1125]
第1のテーラード抗原および第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO:768〜777からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの2つを含む、本発明1124のワクチン。
[本発明1126]
第1のテーラード抗原、第2のテーラード抗原、および第3のテーラード抗原が、SEQ ID NO:768〜777からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの3つを含む、本発明1125のワクチン。
[本発明1127]
集団エピセンサス抗原が南アフリカにおけるHIV-1クレードBエピデミックの中心をなす、本発明1093〜1102のいずれかのワクチン。
[本発明1128]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がGagエピトープを含む、本発明1127のワクチン。
[本発明1129]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原配列がGagの保存領域からのエピトープを含む、本発明1127のワクチン。
[本発明1130]
Gagの保存領域からのエピトープがGagのp24キャプシドタンパク質からのエピトープである、本発明1129のワクチン。
[本発明1131]
集団エピセンサス抗原がSEQ ID NO:778またはSEQ ID NO:779のアミノ酸配列を含む、本発明1127〜1130のいずれかのワクチン。
[本発明1132]
テーラード抗原がSEQ ID NO:780〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1131のワクチン。
[本発明1133]
第1のテーラード抗原および第2のテーラード抗原が、SEQ ID NO:780〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの2つを含む、本発明1132のワクチン。
[本発明1134]
第1のテーラード抗原、第2のテーラード抗原、および第3のテーラード抗原が、SEQ ID NO:780〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列のうちの3つを含む、本発明1133のワクチン。
[本発明1135]
集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がPolエピトープまたはNefエピトープを含む、本発明1093〜1102のいずれかのワクチン。
[本発明1136]
HCMVバックボーンと、ベストマッチの天然HIV-1株であるように選択されたテーラード抗原とを含むHCMVベクターをさらに含む、本発明1093〜1135のいずれかのワクチン。
[本発明1137]
HCMVバックボーンと、ベストマッチの異なる（かつ遠い）HIV-1株であるように選択されたテーラード抗原とを含むHCMVベクターをさらに含む、本発明1093〜1136のいずれかのワクチン。
[本発明1138]
治療用ワクチンである、本発明1093〜1137のいずれかのワクチン。
[本発明1139]
1つまたは複数の担体と、1種類または複数種類の集団エピセンサス抗原またはテーラード抗原とを含む、HIV-1ワクチンであって、該集団エピセンサス抗原およびテーラード抗原がEpiGraph法を使って決定される、前記ワクチン。
[本発明1140]
担体がDNA、タンパク質、またはベクターである、本発明1139のワクチン。
[本発明1141]
ベクターがウイルスベクターまたは細菌ベクターである、本発明1140のワクチン。
[本発明1142]
ウイルスベクターが、ポックスウイルス、アデノウイルス、風疹ウイルス、センダイウイルス、ラブドウイルス、アルファウイルスまたはアデノ随伴ウイルスのバックボーンを含む、本発明1141のワクチン。
[本発明1143]
ウイルスベクターがサイトメガロウイルス（CMV）バックボーンを含む、本発明1141のワクチン。
[本発明1144]
CMVバックボーンがヒトCMV（HCMV）バックボーンまたはアカゲザルCMV（RhCMV）バックボーンである、本発明1143のワクチン。
[本発明1145]
CMVバックボーンがUL130-128遺伝子領域を欠く、本発明1143または1144のワクチン。
[本発明1146]
CMVバックボーンがテグメントタンパク質pp71をコードするUL82遺伝子を欠く、本発明1143〜1145のいずれかのワクチン。
[本発明1147]
集団エピセンサス抗原またはテーラード抗原が、SEQ ID NO:691〜696およびSEQ ID NO:754〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1139〜1146のいずれかのワクチン。
[本発明1148]
SEQ ID NO:691〜696およびSEQ ID NO:754〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む第2の集団エピセンサス抗原またはテーラード抗原をさらに含む、本発明1147のワクチン。
[本発明1149]
SEQ ID NO:691〜696およびSEQ ID NO:754〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む第3の集団エピセンサス抗原またはテーラード抗原をさらに含む、本発明1148のワクチン。
[本発明1150]
治療用ワクチンである、本発明1139〜1149のいずれかのワクチン。
[本発明1151]
1種類または複数種類のHIV-1集団エピセンサス抗原またはHIV-1テーラード抗原を含むポリペプチドであって、SEQ ID NO:691〜696およびSEQ ID NO:754〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
[本発明1152]
その必要がある対象に、有効量の本発明1093〜1150のいずれかのワクチンを投与する工程を含む、対象におけるHIV-1を処置する方法。
[本発明1153]
（a）EpiGraph抗原アミノ酸配列選択法を使って生成させたワクチン抗原アミノ酸配列を使って、地理的領域内の多様性を最適にカバーするようにEpiGraphワクチン抗原をデザインする工程;および
（b）デザインしたEpiGraphワクチン抗原を生産する工程
を含む、対象のためのHIV-1ワクチンをデザインし、生産する方法。
[本発明1154]
（a）個体中のHIV-1ウイルスのアミノ酸配列を決定する工程;
（b）EpiGraph抗原アミノ酸配列選択法を使って生成させたワクチン抗原アミノ酸配列を使って、地理的領域内の多様性を最適にカバーするようにEpiGraphワクチン抗原をデザインする工程;
（c）デザインしたEpiGraphワクチン抗原を生産する工程;および
（d）Epigraphワクチン抗原をベクターに挿入する工程
を含む、対象のためのHIV-1ワクチンをデザインし、生産する方法。
[本発明1155]
（a）1種類または複数種類のEpiGraphワクチン抗原をデザインする工程;
（b）1種類または複数種類のEpiGraphワクチン抗原とベクターとを含むワクチンを生産する工程;および
（c）その必要がある対象に前記ワクチンを投与する工程
を含む、エフェクターメモリーT細胞応答を誘導する方法。
[本発明1156]
EpiGraphワクチン抗原がSEQ ID NO:691〜712およびSEQ ID NO:717〜789からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1153〜1155のいずれかの方法。