【誤訳訂正書】
【提出日】平成30年7月30日(2018.7.30)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００７】
他の実施態様において、本発明は、ヒトＰＩＫ３ＣＡ遺伝子中の１又は２以上の変異Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋの存在についてサンプルをアッセイする方法であって、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８、２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、該オリゴヌクレオチドと同一の３−末端ヌクレオチドを有するそれぞれの変異に対する１つの対立遺伝子特異的ヌクレオチド  オリゴヌクレオチドと、該サンプルとを接触することを含む。本実施形態の変形において、オリゴヌクレオチドは、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８からなる群から選択される。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００８】
さらに他の実施形態において、本発明は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子中の１又は２以上の変異Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋを検出するオリゴヌクレオチドのセットであって、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９と少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、同一の３−末端ヌクレオチドを有する２又は３以上のオリゴヌクレオチドの組み合わせを含む。本実施形態の変形において、ヌクレオチドは、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００９】
さらに他の実施形態において、本発明は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子中の１又は２以上の変異Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋを検出するための反応混合物であって、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８、２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、同一の３−末端ヌクレオチドを有する、それぞれの突然変異に対する１つの対立遺伝子特異的ヌクレオチドを含む。本実施形態の変形において、反応混合物は、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８を含む。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
さらに他の実施形態において、本発明は、患者サンプルにおけるＰＩＫ３ＣＡ遺伝子中の１又は２以上の変異Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋを検出することによって、患者の癌を評価するための方法であって、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８、２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有する、及び同一の３−末端ヌクレオチドを有するそれぞれの突然変異に対する１つの対立遺伝子特異的ヌクレオチドを使用する。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１３】
用語「対立遺伝子特異的プライマー」又は「ＡＳプライマー」とは、標的配列の１又は２以上の変異体にハイブリダイズするプライマーを意味するが、標的配列の多数の変異体から変異体の１つを区別することが可能であり、該プライマーは、最適な条件下で核酸ポリメラーゼによって効率的に伸長する。標的配列の他の変異体を用いた場合、伸長効果が低いか、又は非効率となる。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２０】
用語「プライマー」とは、標的核酸における配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味し、合成に最適な条件下で核酸の相補鎖に沿った合成の開始部位として働くことが出来る。本明細書で使用される用語「プローブ」とは、標的配列とハイブリダイズし、一般には検出可能な標識がなされたオリゴヌクレオチドを意味する。プローブは、核酸ポリメラーゼで伸長できなくするような３’末端の修飾や、１又は２以上の発色団のような、修飾を有することが可能である。同一配列のオリゴヌクレオチドは、あるアッセイではプライマーとして働いてもよく、他のアッセイではプローブとして働いてもよい。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２４】
本発明は、患者のサンプル中のＰＩ３ＫＣＡ遺伝子中の１又は２以上の変異の存在を、迅速及び正確に決定するための方法及び組成物を含む。本発明は、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋから選択される変異の検出を可能とするだけでなく、上で挙げた変異の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、又は１３の同時クエリも可能とする。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
対立遺伝子特異的ＰＣＲにおいて、配列の特異的変異体が存在するときはプライマー伸長のみが（又は優先的に）起こり、そして他の変異体が存在するときはプライマー伸長が起こらない（又は、起こる効率が低い、つまり、実質的ΔＣｔである）ように、少なくとも１つのプライマーは対立遺伝子特異的である。成功する対立遺伝子特異的プライマーのデザインは、予測できない技術である。既知の配列に対するプライマーをデザインすることは定型である一方、非常に類似した配列を識別できるプライマーをデザインする慣習的な方法は存在しない。同一反応混合物中に１又は２以上の多型部位を標的とする１又は２以上の対立遺伝子特異的プライマーが存在するとき、識別は特にチャレンジングである。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３０】
一実施形態において、本発明は、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋから選択されるＰＩ３ＫＣＡ変異の検出、並びに、上述の変異の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、又は１３の同時クエリのためのオリゴヌクレオチドを含む。一実施形態において、本発明は、ヒトＰＩ３ＫＣＡ遺伝子における変異を特異的に検出するために、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９（表１〜１３）から選択されるオリゴヌクレオチド、並びに、該オリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一かつ、該ヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを有する変異体、を含む。表１〜１３で記載されるように、与えられたヌクレオチドと９０％同一性を共有するオリゴヌクレオチドは、該ヌクレオチドと１、２又は３つのミスマッチを有することを含む。表１〜１３でさらに記載されるように、与えられたオリゴヌクレオチドと９０％同一性を共有するオリゴヌクレオチドもまた、１又は２以上の非天然型ヌクレオチドを有することを含む。表１〜１３でさらに記載されるように、ミスマッチ及び非天然型ヌクレオチドは、一般的にはオリゴヌクレオチドの３’末端部分、特に最後から２番目の５ヌクレオチド内で生じる。しかしながら、与えられたヌクレオチドと９０％同一性を共有するオリゴヌクレオチドの中には、オリゴヌクレオチドの他の部位、例えばオリゴヌクレオチドの５’部位、の１、２又は３つのミスマッチを有するものも含んでいる。以下の実施例で証明するように、本発明のオリゴヌクレオチドは、公式  ΔＣt＝Ｃt（野生型）−Ｃt（変異体）を用いることで決定された実質的にポジティブΔＣｔによって特徴づけられ、それは、野生型の鋳型の増幅は、変異体の鋳型の増幅よりもより遅く検出可能であることを示唆している。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４５】
本発明の一実施形態は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のコドン１０４２と１０５０の間の１又は２以上のヌクレオチド位置における変異を検出するためのオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドは配列番号：２、１８、３９、２０８、２１９からなる群から選択される配列の１又は２以上と少なくとも９０％同一であり、かつ、該配列の３’末端ヌクレオチドを有する。該オリゴヌクレオチドは、３’末端のヌクレオチド及び／又は３’末端の最後から２番目の５ヌクレオチドにおいて少なくとも１つのミスマッチを有することを除いて、該１つの配列と３又はそれ以下のミスマッチを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、３’末端の最後の５ヌクレオチドにおいて少なくとも１つの修飾ヌクレオチドをさらに含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、Ｍ１０４３Ｉ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ及び／又はＨ１０４９Ｒの１又は２以上の変異を検出するために、とりわけ最適である。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
本発明の別の実施形態は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のコドン５４１及び５４７の間の１又は２以上のヌクレオチド位置における変異を検出するためのオリゴヌクレオチドであって、配列番号：８４、９９、１２６、１４８、１６８及び１９７からなる群から選択される１又は２以上の配列と少なくとも９０％同一であり、かつ、該配列の３’末端ヌクレオチドを有する。オリゴヌクレオチドは、３’末端ヌクレオチド及び／又は３’末端の最後から２番目の５ヌクレオチドにおいて、少なくとも１つのミスマッチを除き、該配列の１つと３又はそれ以下のミスマッチを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは３’末端の最後の４ヌクレオチドにおいて、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチドをさらに含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｑ５４６Ｋ、Ｑ５４６Ｌ及び／又はＱ５４６Ｅの１又は２以上の変異を検出するために、とりわけ最適である。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
他の実施形態において、本発明は、ヒトＰＩ３ＫＣＡ（ＰＩＫ３ＣＡ）遺伝子におけるＨ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋから選択される変異を検出する診断、並びに、上述の変異の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３の同時クエリの方法であって、配列番号：２、１８、３９、６１、８４，９９、１２６、１４８、１６８、１８５、１９７、２０８、２１９又は該オリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一かつ該ヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを有する変異体から選択されるオリゴヌクレオチドを利用する方法である。本発明の変形において、方法は、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される１又は２以上のオリゴヌクレオチドを使用することを含む。方法は、対応する下流プライマー及び検出プローブの存在下、核酸を含むテストサンプルと、１又は２以上のオリゴヌクレオチドを接触させることを含む。有利には、近接した位置の変異の検出は、単一反応で実施することができる。いくつかの実施形態においては、単一反応は、２又は３以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号：８、２１及び４６等を含み、単一下流プライマー及び検出プローブと共に１つの反応混合物で併用できる。同様に、単一反応は、単一下流プライマー及び単一検出プローブと共に１つの反応混合物中で併用可能である配列番号：９３、１１３、１４１、１６６、１７０及び１９９の２又は３以上を含んでいてもよい。方法は、ＰＩ３ＫＣＡ変異がサンプル中に存在するときにだけ、１又は２以上の対立遺伝子特異的プライマーが効率的に伸長されるように、対応する下流プライマー（つまり、指数関数的に増幅するように標的核酸の反対鎖にハイブリダイズすることができるプライマー）の存在下、１又は２以上のオリゴヌクレオチド、ヌクレオシド三リン酸及び核酸ポリメラーゼと、核酸を含むテストサンプルとを接触させ、そして、プライマー伸長の有無を検出して直接的、又は間接的にＰＩ３ＫＣＡ変異の有無を検出することを含む。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５０】
他の実施形態において、本発明は、変異ＰＩ３ＫＣＡ遺伝子を備える可能性のある腫瘍細胞を有する患者を治療する方法である。方法は、患者由来のサンプルと、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００（９９）、１２７（１２６）、１４８、１７０（１６８）、１８５、１９７、２０８、２１９又は該オリゴヌクレオチドの少なくとも９０％同一かつ該ヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを有する変異体から選択される、１又は２以上のオリゴヌクレオチドとを、対応する二次プライマー、又は複数のプライマーの存在の下で接触させて、対立遺伝子特異的増幅を誘導し、プライマー伸長の有無を検出することでＰＩ３ＫＣＡ変異の有無を検出すること、並びに、少なくとも１つの変異が見つけられた場合、又は見つけられなかった場合、該患者に適切な治療投薬計画を受けさせること、を含んでいる。いくつかの実施形態において、治療は、ＰＩ３ＫＣＡ遺伝子がコードするタンパク質（ｐ１１０−アルファタンパク質）の阻害剤を投与することを含む。他の実施形態において、治療は、ＰＩ３ＫＣＡ変異が検出されなかった場合は、経路の上流タンパク質、例えば、ＥＧＦＲ等の阻害剤を投与することを含み、変異が検出された場合は代わりとなる治療を実施することを含んでいる。本実施形態の変形において、方法は、患者由来のサンプルと、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される１又は２以上のオリゴヌクレオチドとを接触することを含む。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５１】
さらに別の実施形態において、本発明は、ＰＩ３ＫＣＡ遺伝子の変異、特に、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋから選択される変異の検出、並びに、上述の変異の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、又は１３の同時クエリのための試薬を含むキットである。試薬は、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００（９９）、１２７（１２６）、１４８、１７０（１６８）、１８５、１９７、２０８、２１９、又は該オリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一、かつ、該オリゴヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを有する変異体から選択される１又は２以上のオリゴヌクレオチド、１又は２以上の対応する二次プライマー、及び付加的な１又は２以上のプローブとを含む。本実施形態の変形において、試薬は、配列番号：１１、３２、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される１又は２以上のオリゴヌクレオチドを含む。キットは、ヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、及びポリメラーゼの作用に必要な緩衝液等、増幅の遂行や検出アッセイに必要な試薬をさらに含んでもよい。いくつかの実施形態において、プローブは検出可能であるように標識される。このような実施形態において、キットは、標識するための、及び、標識を検出するための試薬を含んでもよい。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５２】
さらに他の実施形態において、本発明は、ＰＩ３ＫＣ遺伝子の変異、特にＨ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｙ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋから選択される変異の検出、並びに、上述の変異の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、又は１３の同時クエリのための反応混合物である。混合物は、配列番号：２、１８、３９、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８、２１９、又は該オリゴヌクレオチドの少なくとも９０％同一かつ該ヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを有する変異体から選択される、１又は２以上のオリゴヌクレオチド、１又は２以上の対応する二次プライマー、及び追加的に１又は２以上のプローブを含む。本実施形態の変形において、反応混合物は、配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される１又は２以上のオリゴヌクレオチドを含む。反応混合物は、ヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、及びポリメラーゼの作用に必要な緩衝液等の試薬をさらに含んでもよい。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号：３９の配列と少なくとも９０％同一、かつ、前記配列の３’末端ヌクレオチドを有する、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子におけるＨ１０４７Ｙ変異を検出するためのオリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが３’末端ヌクレオチドを除いて３個以下のミスマッチを含み、ここで、少なくとも１つのミスマッチが、３’末端の最後から２番目の５ヌクレオチド内に含まれる、又は少なくとも１つの修飾ヌクレオチドが、３’末端の最後の５ヌクレオチド内に含まれる、オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
ヒトＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のＨ１０４７Ｙ変異の存在についてサンプルをアッセイする方法であって、配列番号：３９を含むオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、前記ヌクレオチドと同一の３’末端ヌクレオチドを有する１つの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドと、前記サンプルとを接触させることを含む方法であって、
ここで、前記オリゴヌクレオチドが、３’末端ヌクレオチドを除いて３個以下のミスマッチを含み、少なくとも１つのミスマッチが、３’末端の最後から２番目の５ヌクレオチド内に含まれる、又は少なくとも１つの修飾ヌクレオチドが、３’末端の最後の５ヌクレオチド内に含まれる、方法。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドが、配列番号：４６である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
配列番号：２、１８、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、前記オリゴヌクレオチドと同一の３’末端ヌクレオチドを有し、Ｈ１０４７Ｙ以外の各変異に対する、少なくとも１つの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項２又は３に記載の方法。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号：８、２１、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
２又は３以上のオリゴヌクレオチドの組み合わせを含む、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のＨ１０４７Ｙ変異と、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋの１又は２以上の変異とを検出するためのオリゴヌクレオチドのセットであって、
ここで、１つのオリゴヌクレオチドが、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドと同一であり、Ｈ１０４７Ｙ以外の各変異に対する少なくとも１つの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号：２、１８、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、前記配列と同一の３’末端ヌクレオチドを有する、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号：４６であり、及び／又は、前記対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号：８、２１、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８からなる群から選択される、請求項６に記載のセット。
【請求項８】
配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８を含む、請求項６に記載のセット。
【請求項９】
ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のＨ１０４７Ｙ変異と、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋの１又は２以上の変異とを検出するための反応混合物であって、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドと同一の１つのオリゴヌクレオチドと、配列番号：２、１８、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、前記配列と同一の３’末端ヌクレオチドを有する、Ｈ１０４７Ｙ以外の各変異に対する少なくとも１つの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドとを含む、反応混合物。
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号：４６であり、及び／又は、前記対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号：８、２１、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８からなる群から選択される、請求項９に記載の反応混合物。
【請求項１１】
配列番号：８、２１、４６、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８を含む、請求項９に記載の反応混合物。
【請求項１２】
患者のサンプルにおいて、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のＨ１０４７Ｙ変異と、Ｈ１０４７Ｌ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｎ３４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ａ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５Ｋ、Ｇ１０４９Ｒ、Ｍ１０４３Ｉ、Ｑ５４６Ｅ、Ｑ５４６Ｌ及びＱ５４６Ｋの１又は２以上の変異とを検出することによって前記患者の癌を評価する方法であって、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドと同一の１つのオリゴヌクレオチドと、配列番号：２、１８、６１、８４、１００、１２７、１４８、１７０、１８５、１９７、２０８及び２１９からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドと少なくとも９０％同一性を共有し、かつ、前記配列と同一の３’末端ヌクレオチドを有する、Ｈ１０４７Ｙ以外の各変異に対する１つの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドとを、前記サンプルに接触させることを含む、方法。
【請求項１３】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号：４６であり、及び／又は、前記対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号：８、２１、７８、９３、１１３、１４１、１６６、１７０、１９４、１９９、２１７及び２２８からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。