【手続補正書】
【提出日】平成29年12月21日(2017.12.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を、前記対象における肺腫瘍の存在の指標とする方法であって、
（ａ）前記対象由来の前記生体試料における前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも９種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２７種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、９種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４０−５ｐ、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４０−５ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１３３ａ／１４２−３ｐ、１４０−５ｐ／１７、１４２−３ｐ／１４８ａ、１４２−３ｐ／１５ｂ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／２１、１４２−３ｐ／２２１、１４２−３ｐ／３０ｂ、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
を含み、
肺腫瘍の存在が、（ｉ）前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率のうちの少なくとも９種が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として示される、または（ｉｉ）９種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性として示されることを特徴とする、
方法。
【請求項２】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４０−５ｐ、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４０−５ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１３３ａ／１４２−３ｐ、１４０−５ｐ／１７、１４２−３ｐ／１４８ａ、１４２−３ｐ／１５ｂ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／２１、１４２−３ｐ／２２１、１４２−３ｐ／３０ｂ、および３２０／６６０、またはその逆の比率を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１４０−５ｐ／２８−３ｐ、１４２−３ｐ／１４５、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、もしくは２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１４０−５ｐ／２８−３ｐ、１４２−３ｐ／１４５、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、および２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を、前記対象における侵襲性肺腫瘍の存在の指標とする方法であって、
（ａ）前記対象由来の前記生体試料における前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２８種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１６、１０６／６６０、１６／１７、１６／３２０、１７／６６０、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、３２０／４５１、３２０／４８６−５ｐ、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
を含み、
侵襲性肺腫瘍の存在が、（ｉ）前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率のうちの少なくとも１４種が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として示される、または（ｉｉ）１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性として示されることを特徴とする、
方法。
【請求項６】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１６、１０６／６６０、１６／１７、１６／３２０、１７／６６０、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、３２０／４５１、３２０／４８６−５ｐ、および３２０／６６０、またはその逆の比率を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１０６ａ／４８６−５ｐ、１２６／４５１、１２６／４８６−５ｐ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１６／１９７、１７／４５１、１７／４８６−５ｐ、１９７／４５１、１９７／４８６−５ｐ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、１９ｂ／４８６−５ｐ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／４５１、もしくは２８−３ｐ／４８６−５ｐ、またはその逆の比率をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１０６ａ／４８６−５ｐ、１２６／４５１、１２６／４８６−５ｐ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１６／１９７、１７／４５１、１７／４８６−５ｐ、１９７／４５１、１９７／４８６−５ｐ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、１９ｂ／４８６−５ｐ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／４５１、もしくは２８−３ｐ／４８６−５ｐ、またはその逆の比率をさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を、前記対象における肺腫瘍が顕在化するリスクの指標とする方法であって、
（ａ）前記対象由来の前記生体試料における前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１０種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２７種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１０種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１３３ａ／９２ａ、１５ｂ／２１、１５ｂ／３０ｂ、１５ｂ／３０ｃ、１６／１９７、もしくは２８−３ｐ／４５１、またはその逆の比率を含むステップと、
を含み、
肺腫瘍が顕在化するリスクが、（ｉ）少なくとも１０種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として示される、または（ｉｉ）１０種未満のｍｉＲＮＡの発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性として示されることを特徴とする、
方法。
【請求項１０】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１３３ａ／９２ａ、１５ｂ／２１、１５ｂ／３０ｂ、１５ｂ／３０ｃ、１６／１９７、および２８−３ｐ／４５１、またはその逆の比率を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０１／１４０−３ｐ、１０６ａ／４５１、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１３３ａ／４５１、１３３ａ／６６０、１４０−３ｐ／６６０、１４２−３ｐ／１５ｂ、１５ｂ／４５１、１５ｂ／６６０、１７／４５１、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／１９ｂ、１９７／４５１、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／６６０、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０１／１４０−３ｐ、１０６ａ／４５１、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１３３ａ／４５１、１３３ａ／６６０、１４０−３ｐ／６６０、１４２−３ｐ／１５ｂ、１５ｂ／４５１、１５ｂ／６６０、１７／４５１、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／１９ｂ、１９７／４５１、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／６６０、および３２０／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を、前記対象における侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクの指標とする方法であって、
（ａ）前記対象由来の生体試料における前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２８種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１２６／２１、１２６／９２ａ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１９７／１９ｂ、１９７／６６０、もしくは２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
を含み、
侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクが、（ｉ）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として示される、または（ｉｉ）１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性として示されることを特徴とする、
方法。
【請求項１４】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１２６／２１、１２６／９２ａ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１９７／１９ｂ、１９７／６６０、および２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１２６／４５１、１４５／１９７、１７／４５１、１９７／２１、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、１９７／４５１、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、２１／２２１、２１／２８−３ｐ、２８−３ｐ／３０ｂ、２８−３ｐ／３０ｃ、２８−３ｐ／４５１、２８−３ｐ／９２ａ、３２０／４５１、もしくは３２０／９２ａ、またはその逆の比率をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１２６／４５１、１４５／１９７、１７／４５１、１９７／２１、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、１９７／４５１、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、２１／２２１、２１／２８−３ｐ、２８−３ｐ／３０ｂ、２８−３ｐ／３０ｃ、２８−３ｐ／４５１、２８−３ｐ／９２ａ、３２０／４５１、および３２０／９２ａ、またはその逆の比率をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
シグネチャーを、対象において肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクを予測するための指標とする方法であって、
（ａ）請求項１に記載の肺腫瘍の存在のシグネチャーを決定するステップと、
（ｂ）請求項５に記載の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーを決定するステップと、
（ｃ）請求項９に記載の肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーを決定するステップと、
（ｄ）請求項１３に記載の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーを決定するステップと、
を含み、
ステップ（ａ）〜（ｄ）の前記シグネチャーのいずれも陽性にカテゴリー化されない場合に、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが低いことが示されることを特徴とし、
少なくともステップ（ａ）の肺腫瘍の存在のシグネチャーが陽性であるか、ステップ（ｃ）の肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーが陽性であり、かつステップ（ｂ）の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーとステップ（ｄ）の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーがどちらも陰性である場合に、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが中間であることが示されることを特徴とし、
少なくともステップ（ｂ）の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーが陽性であるか、またはステップ（ｄ）の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーが陽性である場合に、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが高いことが示されることを特徴とする、
方法。
【請求項１８】
前記カットオフ値を、前記複数の対照試料からの比率の平均値として決定する、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記カットオフ値を、前記複数の対照試料からの比率の平均値＋／−１標準偏差として決定する、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記カットオフ値を、複数の対照試料からの比率の中央値として決定する、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を、逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用して各ｍｉＲＮＡ対内の各ｍｉＲＮＡのｃＤＮＡコピーを作製することによって決定する、請求項１、５、９または１３に記載の方法。
【請求項２２】
前記発現比率を、リアルタイムＰＣＲを使用してさらに決定する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記発現比率を、ＴａｑＭａｎプローブを使用してさらに決定する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記生体試料が、生体液である、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記生体液が、尿、血液、血漿または血清である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記生体液が、血漿または血清である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記生体試料における溶血が決定され、検出可能な溶血が存在する場合には前記試料が前記方法に供されない、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
溶血が分光光度法で決定される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
溶血が、溶血した試料中で上方制御される溶血関連ｍｉＲＮＡの発現レベルを分析することによって決定される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記溶血関連ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−９２ａまたはｍｉＲ−１４０−３ｐのうちの複数を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記溶血関連ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、およびｍｉＲ−９２ａである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記溶血関連ｍｉＲＮＡの発現レベルを正規化するために、溶血した試料中で上方制御されない複数の正規化用ｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップをさらに含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
前記正規化用ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−３０ｂを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
溶血が、
（ａ）前記試料中のｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−３０ｂのそれぞれと対になったｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、およびｍｉＲ−９２ａのそれぞれからなる１６種のｍｉＲＮＡ対のそれぞれの発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記１６種の発現比率のそれぞれを、各発現比率について複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）前記１６種のｍｉＲＮＡ対のそれぞれについて、ステップ（ａ）における前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
によってさらに決定される、請求項３３に記載の方法であって、
前記試料が、（ｉ）前記１６種の比率のうち８種またはそれ超が前記カットオフ値を超える場合には溶血を有するとして示される、または（ｉｉ）前記１６種の比率のうち８種未満が前記カットオフ値を超える場合には溶血を有さないとして示されることを特徴とする、
方法。
【請求項３５】
溶血が分光光度法でも決定される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
ｍｉＲＮＡ発現分析の前に、またはそれと同時に、前記対象が、ｍｉＲＮＡ発現の分析を含まないシステムを使用して肺がんについてスクリーニングされることを特徴とする、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記システムが、血液検査、Ｘ線、コンピュータ断層撮影法、陽電子放出断層撮影法、胸腔穿刺、気管支鏡検査、細針吸引、胸腔鏡検査、開胸術、縦隔鏡検査を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記システムが、低線量コンピュータ断層撮影法（ＬＤＣＴ）である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記対象由来の少なくとも２種の異なる生体試料に対して実施される、請求項１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも２種の異なる生体試料のうちの少なくとも１種が、前記対象が肺がんに対する処置を受けた後の前記対象から取得されている、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
存在またはリスクが陰性であることが決定された場合、またはリスクが低いことが決定された場合、前記対象に肺がんに対する処置が行われない、請求項１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
存在またはリスクが陽性であることが決定された場合、またはリスクが中間であるまたは高いことが決定された場合、前記対象に肺がんに対する処置が行われることが示されることを特徴とする、請求項１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
請求項１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法の結果を、対象に対する肺がん処置の選択肢を確立するための指標とする方法であって、前記方法の検査結果に従って処置の選択肢が示されることを特徴とする、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
本明細書で言及される特許および科学文献は、当業者が利用可能な知見を確立するものである。本明細書において引用されている米国特許および公開されたまたは公開されていない米国特許出願は全て、参照により組み込まれる。本明細書において引用されている公開された外国特許および特許出願は全て、これによって参照により組み込まれる。本明細書において引用されている受託番号によって示されるＧｅｎｂａｎｋおよびＮＣＢＩへの寄託は、これによって参照により組み込まれる。本明細書において引用されている他の公開された参考文献、文書、原稿および科学文献は全て、これによって参照により組み込まれる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
対象における肺腫瘍の存在を決定する方法であって、
（ａ）前記対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも９種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２７種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、９種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４０−５ｐ、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４０−５ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１３３ａ／１４２−３ｐ、１４０−５ｐ／１７、１４２−３ｐ／１４８ａ、１４２−３ｐ／１５ｂ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／２１、１４２−３ｐ／２２１、１４２−３ｐ／３０ｂ、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
（ｅ）肺腫瘍の存在を、（ｉ）前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率のうちの少なくとも９種が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として、または（ｉｉ）９種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性としてカテゴリー化するステップと
を含む方法。
（項目２）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４０−５ｐ、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４０−５ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１３３ａ／１４２−３ｐ、１４０−５ｐ／１７、１４２−３ｐ／１４８ａ、１４２−３ｐ／１５ｂ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／２１、１４２−３ｐ／２２１、１４２−３ｐ／３０ｂ、および３２０／６６０、またはその逆の比率を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１４０−５ｐ／２８−３ｐ、１４２−３ｐ／１４５、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、もしくは２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１４０−５ｐ／２８−３ｐ、１４２−３ｐ／１４５、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、および２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目５）
対象における侵襲性肺腫瘍の存在を決定する方法であって、
（ａ）前記対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２８種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１６、１０６／６６０、１６／１７、１６／３２０、１７／６６０、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、３２０／４５１、３２０／４８６−５ｐ、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
（ｅ）侵襲性肺腫瘍の存在を、（ｉ）前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率のうちの少なくとも１４種が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として、または（ｉｉ）１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性としてカテゴリー化するステップと
を含む方法。
（項目６）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１６、１０６／６６０、１６／１７、１６／３２０、１７／６６０、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、３２０／４５１、３２０／４８６−５ｐ、および３２０／６６０、またはその逆の比率を含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１０６ａ／４８６−５ｐ、１２６／４５１、１２６／４８６−５ｐ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１６／１９７、１７／４５１、１７／４８６−５ｐ、１９７／４５１、１９７／４８６−５ｐ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、１９ｂ／４８６−５ｐ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／４５１、もしくは２８−３ｐ／４８６−５ｐ、またはその逆の比率をさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目８）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１０６ａ／４８６−５ｐ、１２６／４５１、１２６／４８６−５ｐ、１２６／６６０、１４０−５ｐ／１９７、１６／１９７、１７／４５１、１７／４８６−５ｐ、１９７／４５１、１９７／４８６−５ｐ、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、１９ｂ／４８６−５ｐ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／４５１、もしくは２８−３ｐ／４８６−５ｐ、またはその逆の比率をさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目９）
対象における肺腫瘍が顕在化するリスクを決定する方法であって、
（ａ）前記対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１０種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２７種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１０種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１３３ａ／９２ａ、１５ｂ／２１、１５ｂ／３０ｂ、１５ｂ／３０ｃ、１６／１９７、もしくは２８−３ｐ／４５１、またはその逆の比率を含むステップと、
（ｅ）肺腫瘍が顕在化するリスクを、（ｉ）少なくとも１０種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として、または（ｉｉ）１０種未満のｍｉＲＮＡの発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性としてカテゴリー化するステップと
を含む方法。
（項目１０）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１３３ａ／９２ａ、１５ｂ／２１、１５ｂ／３０ｂ、１５ｂ／３０ｃ、１６／１９７、および２８−３ｐ／４５１、またはその逆の比率を含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０１／１４０−３ｐ、１０６ａ／４５１、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１３３ａ／４５１、１３３ａ／６６０、１４０−３ｐ／６６０、１４２−３ｐ／１５ｂ、１５ｂ／４５１、１５ｂ／６６０、１７／４５１、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／１９ｂ、１９７／４５１、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／６６０、もしくは３２０／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０１／１４０−３ｐ、１０６ａ／４５１、１０６ａ／６６０、１０６ａ／９２ａ、１２６／６６０、１３３ａ／４５１、１３３ａ／６６０、１４０−３ｐ／６６０、１４２−３ｐ／１５ｂ、１５ｂ／４５１、１５ｂ／６６０、１７／４５１、１７／６６０、１７／９２ａ、１９７／１９ｂ、１９７／４５１、１９７／６６０、１９７／９２ａ、１９ｂ／６６０、２８−３ｐ／６６０、および３２０／６６０、またはその逆の比率をさらに含む、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
対象における侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクを決定する方法であって、
（ａ）前記対象由来の生体試料におけるｍｉＲＮＡ対の発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記発現比率を複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記ｍｉＲＮＡ対の前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）（１）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで、または（２）２８種のｍｉＲＮＡ対の発現比率を比較した後に、１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられるまで追加的なｍｉＲＮＡ対に対してステップ（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップであって、
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１２６／２１、１２６／９２ａ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１９７／１９ｂ、１９７／６６０、もしくは２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率を含むステップと、
（ｅ）侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクを、（ｉ）少なくとも１４種のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陽性として、または（ｉｉ）１４種未満のｍｉＲＮＡ対の発現比率が陽性スコアに割り当てられた場合には陰性としてカテゴリー化するステップと
を含む方法。
（項目１４）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／１４２−３ｐ、１２６／１４２−３ｐ、１２６／２１、１２６／９２ａ、１４２−３ｐ／１７、１４２−３ｐ／１９７、１４２−３ｐ／２８−３ｐ、１９７／１９ｂ、１９７／６６０、および２８−３ｐ／６６０、またはその逆の比率を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１２６／４５１、１４５／１９７、１７／４５１、１９７／２１、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、１９７／４５１、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、２１／２２１、２１／２８−３ｐ、２８−３ｐ／３０ｂ、２８−３ｐ／３０ｃ、２８−３ｐ／４５１、２８−３ｐ／９２ａ、３２０／４５１、もしくは３２０／９２ａ、またはその逆の比率をさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記ｍｉＲＮＡ対が、１０６ａ／４５１、１２６／４５１、１４５／１９７、１７／４５１、１９７／２１、１９７／３０ｂ、１９７／３０ｃ、１９７／４５１、１９７／９２ａ、１９ｂ／４５１、２１／２２１、２１／２８−３ｐ、２８−３ｐ／３０ｂ、２８−３ｐ／３０ｃ、２８−３ｐ／４５１、２８−３ｐ／９２ａ、３２０／４５１、および３２０／９２ａ、またはその逆の比率をさらに含む、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
対象において肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクを予測するための方法であって、
（ａ）項目１に記載の肺腫瘍の存在のシグネチャーを決定するステップと、
（ｂ）項目５に記載の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーを決定するステップと、
（ｃ）項目９に記載の肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーを決定するステップと、
（ｄ）項目１３に記載の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーを決定するステップと、
（ｅ）ステップ（ａ）〜（ｄ）の前記シグネチャーのいずれも陽性にカテゴリー化されない場合に、前記対象を、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが低いとしてカテゴリー化するステップと、
（ｆ）少なくともステップ（ａ）の肺腫瘍の存在のシグネチャーが陽性であるか、ステップ（ｃ）の肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーが陽性であり、かつステップ（ｂ）の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーとステップ（ｄ）の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーがどちらも陰性である場合に、前記対象を、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが中間であるとしてカテゴリー化するステップと、
（ｇ）少なくともステップ（ｂ）の侵襲性肺腫瘍の存在のシグネチャーが陽性であるか、またはステップ（ｄ）の侵襲性肺腫瘍が顕在化するリスクのシグネチャーが陽性である場合に、前記対象を、肺腫瘍が発症するまたはそれを有するリスクが高いとしてカテゴリー化するステップと
を含む方法。
（項目１８）
前記カットオフ値を、前記複数の対照試料からの比率の平均値として決定する、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記カットオフ値を、前記複数の対照試料からの比率の平均値＋／−１標準偏差として決定する、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記カットオフ値を、複数の対照試料からの比率の中央値として決定する、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記ｍｉＲＮＡ対の発現比率を、逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用して各ｍｉＲＮＡ対内の各ｍｉＲＮＡのｃＤＮＡコピーを作製することによって決定する、項目１、５、９または１３に記載の方法。
（項目２２）
前記発現比率を、リアルタイムＰＣＲを使用してさらに決定する、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記発現比率を、ＴａｑＭａｎプローブを使用してさらに決定する、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記生体試料が、生体液である、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記生体液が、尿、血液、血漿または血清である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記生体液が、血漿または血清である、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記生体試料における溶血を決定し、検出可能な溶血が存在する場合には前記試料を前記方法に供さない、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
溶血を分光光度法で決定する、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
溶血を、溶血した試料中で上方制御される溶血関連ｍｉＲＮＡの発現レベルを分析することによって決定する、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記溶血関連ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−９２ａまたはｍｉＲ−１４０−３ｐのうちの複数を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記溶血関連ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、およびｍｉＲ−９２ａである、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記溶血関連ｍｉＲＮＡの発現レベルを正規化するために、溶血した試料中で上方制御されない複数の正規化用ｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップをさらに含む、項目２９に記載の方法。
（項目３３）
前記正規化用ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−３０ｂを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
溶血を、
（ａ）前記試料中のｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−３０ｂのそれぞれと対になったｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−１６、およびｍｉＲ−９２ａのそれぞれからなる１６種のｍｉＲＮＡ対のそれぞれの発現比率を決定するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）からの前記１６種の発現比率のそれぞれを、各発現比率について複数の対照試料由来の複数の対応するｍｉＲＮＡ対の平均比率から決定されたカットオフ値と比較するステップと、
（ｃ）前記１６種のｍｉＲＮＡ対のそれぞれについて、ステップ（ａ）における前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超える場合には、前記比率に対して陽性スコアを割り当てるか、またはステップ（ａ）における前記発現比率がステップ（ｂ）における前記カットオフ値を超えない場合には、前記比率に対して非陽性スコアを割り当てるステップと、
（ｄ）前記試料を、（ｉ）前記１６種の比率のうち８種またはそれ超が前記カットオフ値を超える場合には溶血を有するとして、または（ｉｉ）前記１６種の比率のうち８種未満が前記カットオフ値を超える場合には溶血を有さないとしてカテゴリー化するステップと
によってさらに決定する、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
溶血を分光光度法でも決定する、項目２９に記載の方法。
（項目３６）
ｍｉＲＮＡ発現分析の前に、またはそれと同時に、前記対象を、ｍｉＲＮＡ発現の分析を含まないシステムを使用して肺がんについてスクリーニングするステップをさらに含む、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記システムが、血液検査、Ｘ線、コンピュータ断層撮影法、陽電子放出断層撮影法、胸腔穿刺、気管支鏡検査、細針吸引、胸腔鏡検査、開胸術、縦隔鏡検査を含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記システムが、低線量コンピュータ断層撮影法（ＬＤＣＴ）である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記対象由来の少なくとも２種の異なる生体試料に対して実施する、項目１、５、９または１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記少なくとも２種の異なる生体試料のうちの少なくとも１種が、前記対象が肺がんに対する処置を受けた後に前記対象から取得される、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
存在またはリスクが陰性であることが決定された場合、またはリスクが低いことが決定された場合、前記対象に肺がんに対する処置を行わない、項目１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
存在またはリスクが陽性であることが決定された場合、またはリスクが中間であるまたは高いことが決定された場合、前記対象に肺がんに対する処置を行う、項目１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
対象に対する肺がん処置の選択肢を確立する方法であって、項目１、５、９、１３または１７のいずれか一項に記載の方法を使用して前記対象を検査するステップと、前記方法の結果に従って処置の選択肢を決定するステップとを含む方法。