【手続補正書】
【提出日】平成29年12月21日(2017.12.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法であって、
（ａ）前記生体試料と、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および（ｉｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることであって、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備される、ことと、
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、各サイクルが、（ｉ）６０秒未満またはそれに等しい変性化継続時間にわたって変性化温度で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）６０秒未満またはそれに等しい伸長継続時間にわたって伸長温度で前記反応混合物をインキュベートすることを含む、多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記標的ＲＮＡの存在を示す増幅ＤＮＡ産物を生成し、それによって前記標的ＲＮＡを増幅することと
を含む、方法。
【請求項２】
前記試薬が、前記増幅ＤＮＡ産物の存在を示す検出可能なシグナルを生じるレポーター剤をさらに含む、および／または前記検出可能なシグナルの強度が、前記増幅ＤＮＡ産物または標的ＲＮＡの量に比例する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記プライマーセットが、前記標的ＲＮＡに相補的である鎖を生成するための第１のプライマーを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記標的ＲＮＡがウイルスＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記標的ＲＮＡが、ステップ（ａ）の前に濃縮にかけられていない、および／またはステップ（ａ）において、前記生体試料が、ＲＮＡ抽出にかけられていない、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ａ）の前またはその間に前記反応器に溶解剤を添加するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記増幅することが、４０未満のサイクル閾値（Ｃｔ）でおよび／または１０分またはそれ未満の時間で、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量のＤＮＡ産物を生じる、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＤＮＡ増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応、任意選択でネステッドポリメラーゼ連鎖反応である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法であって、
（ａ）前記対象から得られた前記生体試料を受け取ることと；
（ｂ）前記生体試料と、逆転写増幅、および任意選択でデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、および（ｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを、反応器中に準備して、反応混合物を得ることであって、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備される、ことと；
（ｃ）前記反応混合物を多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量の増幅ＤＮＡ産物を得ることと；
（ｄ）（ｃ）の前記量の増幅ＤＮＡ産物を検出することと；
（ｅ）レシピエントに前記量の増幅ＤＮＡ産物に関する情報を出力することと
を含み、
（ａ）〜（ｅ）を完了するための時間は、約３０分未満またはそれに等しい、任意選択で１０分未満またはそれに等しい、方法。
【請求項１０】
前記レシピエントが、治療医師、製薬会社、または前記対象である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ｃ）が、３０サイクルまたはそれ未満で行われる、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記情報が、レポートとしてまたは電子ディスプレイに出力される、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
対象から得られる生体試料中に存在する標的核酸を増幅する方法であって、
（ａ）前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ポリメラーゼ、および任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることであって、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備される、ことと；
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成することとを含む、方法。
【請求項１４】
前記試薬が、デオキシリボ核酸増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）において、前記生体試料が精製されていない、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）において、前記生体試料が濃縮または希釈されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
（ｂ）の前に前記標的核酸を１つまたは複数の変性化条件に付すことをさらに含み、前記１つまたは複数の変性化条件が、変性化温度プロファイルおよび変性化剤から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応の第１のシリーズと第２のシリーズとの間で前記標的核酸を１つまたは複数の変性化条件に付すことをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記個々のシリーズが、変性化温度と伸長温度との間のランピングレート、変性化温度、変性化継続時間、伸長温度、および伸長継続時間の少なくともいずれか１つに関して異なる、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応が、第１のシリーズおよび第２のシリーズを含み、前記第１のシリーズは、１０超のサイクルを含み、前記第１のシリーズの各サイクルは、（ｉ）前記反応混合物を約９２℃〜９５℃で３０秒以下にわたってインキュベートし、その後、（ｉｉ）前記反応混合物を約３５℃〜６５℃で１分以下にわたってインキュベートすることを含み、前記第２のシリーズは、１０超のサイクルを含み、前記第２のシリーズの各サイクルは、（ｉ）前記反応混合物を約９２℃〜９５℃で３０秒以下にわたってインキュベートし、その後、（ｉｉ）前記反応混合物を約４０℃〜６０℃で１分以下にわたってインキュベートすることを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応が、同等の変性化および伸長条件下での単一のシリーズのプライマーエクステンション反応と比較して、より低いサイクル閾値で前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す検出可能量の増幅産物を生じる、請求項１３に記載の方法。
【請求項２２】
（ｂ）の前に、９０℃〜１００℃の予熱温度で、１０分以下、任意選択で１分以下の予熱継続時間にわたって前記生体試料を予熱することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２３】
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的ＲＮＡを増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
前記生体試料と、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および（ｉｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備され；
前記反応器中の前記反応混合物を、各サイクルが、（ｉ）６０秒未満またはそれに等しい変性化継続時間にわたって変性化温度で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）６０秒未満またはそれに等しい伸長継続時間にわたって伸長温度で前記反応混合物をインキュベートすることを含む、多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記標的ＲＮＡの存在を示す増幅ＤＮＡ産物を生成し、それによって前記標的ＲＮＡを増幅する増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、レシピエントに前記標的ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ産物に関する情報を出力する、出力モジュール
を含む、システム。
【請求項２４】
前記標的ＲＮＡが、ステップ（ｉ）の前に濃縮にかけられていない、および／またはステップ（ｉ）前記生体試料がＲＮＡ抽出にかけられていない、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２５】
前記増幅モジュールが、４０未満のサイクル閾値（Ｃｔ）でおよび／または１０分またはそれ未満の時間で、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量のＤＮＡ産物を生じさせる、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２６】
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的ＲＮＡを増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
（ｉ）前記対象から得られた前記生体試料と、逆転写増幅および任意選択でデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅を行うのに必要な試薬であって、（１）逆転写酵素および（２）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備され；
（ｉｉ）前記反応混合物を多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量の増幅ＤＮＡ産物を得；
（ｉｉｉ）（ｉｉｉ）の前記量の増幅ＤＮＡ産物を検出し；
（ｉｖ）レシピエントに前記量の増幅ＤＮＡ産物に関する情報を出力する
増幅モジュールであって、
（ｉ）〜（ｉｖ）を完了するための時間は、約３０分未満またはそれに等しい、任意選択で１０分未満またはそれに等しい、増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、前記情報をレシピエントに伝達する、出力モジュール
を含む、システム。
【請求項２７】
前記レシピエントが、治療医師、製薬会社、または前記対象である、請求項２６に記載のシステム。
【請求項２８】
対象から得られる生体試料中に存在する標的核酸を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的核酸を増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）ＤＮＡポリメラーゼおよび任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り、前記生体試料が前記対象から直接得られ、さらなる処理をせずに前記反応器中に準備され；
前記反応器中の前記反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成する、増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、前記標的核酸または前記増幅産物に関する情報をレシピエントに出力する、出力モジュールを含む、システム。
【請求項２９】
前記試薬が、デオキシリボ核酸増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要である、請求項２８に記載のシステム。
【請求項３０】
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応が、同等の変性化および伸長条件下での単一のシリーズのプライマーエクステンション反応と比較して、より低いサイクル閾値で前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す検出可能量の増幅産物を生じさせる、請求項２８に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
一部の実施形態では、標的核酸は、疾患と関連している場合がある。一部の実施形態では、増幅プロトコールは、増幅産物の存在に基づいて疾患の存在をアッセイすることに向けられ得る。一部の実施形態では、疾患は、ウイルス、例えば、ＲＮＡウイルスまたはＤＮＡウイルスなどと関連している場合がある。一部の実施形態では、ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルスＩ（ＨＩＶ  Ｉ）、ヒト免疫不全ウイルスＩＩ（ＨＩＶ  ＩＩ）、オルソミクソウイルス、エボラウイルス、デングウイルス、インフルエンザウイルス、ヘペウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単核球症ウイルス、サイトメガロウイルス、ＳＡＲＳウイルス、西ナイル熱ウイルス、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、単純ヘルペスウイルス、天然痘ウイルス、アデノウイルス、および水痘ウイルスからなる群から選択され得る。一部の実施形態では、インフルエンザウイルスは、Ｈ１Ｎ１ウイルス、Ｈ３Ｎ２ウイルス、Ｈ７Ｎ９ウイルス、およびＨ５Ｎ１ウイルスからなる群から選択され得る。一部の実施形態では、アデノウイルスは、アデノウイルス５５型（ＡＤＶ５５）またはアデノウイルス７型（ＡＤＶ７）であり得る。一部の実施形態では、Ｃ型肝炎ウイルスは、アーマードＲＮＡ−Ｃ型肝炎ウイルス（ＲＮＡ−ＨＣＶ）であり得る。一部の実施形態では、疾患は、病原性細菌（例えば、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）または病原性原虫（例えば、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）と関連している場合がある。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法であって、
（ａ）前記生体試料と、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および（ｉｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと、
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、各サイクルが、（ｉ）６０秒未満またはそれに等しい変性化継続時間にわたって変性化温度で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）６０秒未満またはそれに等しい伸長継続時間にわたって伸長温度で前記反応混合物をインキュベートすることを含む、多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記標的ＲＮＡの存在を示す増幅ＤＮＡ産物を生成し、それによって前記標的ＲＮＡを増幅することと
を含む、方法。
（項目２）
前記試薬が、前記増幅ＤＮＡ産物の存在を示す検出可能なシグナルを生じるレポーター剤をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記検出可能なシグナルの強度が、前記増幅ＤＮＡ産物または標的ＲＮＡの量に比例する、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記レポーター剤が色素である、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記プライマーセットが、１種または複数のプライマーを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記セットが、前記標的ＲＮＡに相補的である鎖を生成するための第１のプライマーを含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記標的ＲＮＡがウイルスＲＮＡである、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記反応器が、ボディおよびキャップを含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記反応器が、ピペットチップのフォーマットを採る、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記反応器が、反応器のアレイの一部である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記反応器が、流体操作デバイスによって個々にアドレス可能である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記反応器が、２つまたはそれ超の熱ゾーンを含む、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記変性化温度が、約９０℃〜１００℃である、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記変性化温度が、約９２℃〜９５℃である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記伸長温度が、約３５℃〜７２℃である、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記伸長温度が、約４５℃〜６５℃である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記変性化継続時間が、３０秒未満またはそれに等しい、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記伸長継続時間が、３０秒未満またはそれに等しい、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記標的ＲＮＡが、ステップ（ａ）の前に濃縮にかけられていない、項目１に記載の方法。
（項目２０）
ステップ（ａ）において、前記生体試料が、ＲＮＡ抽出にかけられていない、項目１に記載の方法。
（項目２１）
ステップ（ａ）の前またはその間に前記反応器に溶解剤を添加するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記生体試料が、前記対象に由来する生体液である、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記増幅することが、４０未満のサイクル閾値（Ｃｔ）で、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量のＤＮＡ産物を生じる、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記増幅することが、１０分またはそれ未満の時間で前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量のＤＮＡ産物を生じる、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記反応器が封じられている、項目１に記載の方法。
（項目２６）
前記ＤＮＡ増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応である、項目１に記載の方法。
（項目２７）
前記ポリメラーゼ連鎖反応が、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記標的ＲＮＡが、前記プライマーエクステンション反応の１つまたは複数のサイクル中に前記生体試料から放出される、項目１に記載の方法。
（項目２９）
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法であって、
（ａ）前記対象から得られた前記生体試料を受け取ることと；
（ｂ）前記生体試料と、逆転写増幅、および任意選択でデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、および（ｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと；
（ｃ）前記反応混合物を多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量の増幅ＤＮＡ産物を得ることと；
（ｄ）（ｃ）の前記量の増幅ＤＮＡ産物を検出することと；
（ｅ）レシピエントに前記量の増幅ＤＮＡ産物に関する情報を出力することと
を含み、
（ａ）〜（ｅ）を完了するための時間は、約３０分未満またはそれに等しい、方法。
（項目３０）
前記レシピエントが、治療医師、製薬会社、または前記対象である、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
（ｂ）がＤＮＡ増幅を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
（ｃ）が、３０サイクルまたはそれ未満で行われる、項目２９に記載の方法。
（項目３３）
前記情報が、レポートとして出力される、項目２９に記載の方法。
（項目３４）
前記情報が、電子ディスプレイに出力される、項目２９に記載の方法。
（項目３５）
前記時間が、１０分未満またはそれに等しい、項目２９に記載の方法。
（項目３６）
対象から得られる生体試料中に存在する標的核酸を増幅する方法であって、
（ａ）前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ポリメラーゼ、および任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと；
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成することとを含む、方法。
（項目３７）
前記標的核酸がリボ核酸である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記試薬が、デオキシリボ核酸増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要である、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
（ｂ）において、前記増幅産物が、増幅デオキシリボ核酸産物である、項目３６に記載の方法。
（項目４０）
（ａ）において、前記生体試料が精製されていない、項目３６に記載の方法。
（項目４１）
（ａ）において、前記生体試料が濃縮されている、項目３６に記載の方法。
（項目４２）
（ａ）において、前記生体試料が希釈されている、項目３６に記載の方法。
（項目４３）
（ｂ）の前に前記標的核酸を１つまたは複数の変性化条件に付すことをさらに含む、項目３６に記載の方法。
（項目４４）
前記１つまたは複数の変性化条件が、変性化温度プロファイルおよび変性化剤から選択される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応の第１のシリーズと第２のシリーズとの間で前記標的核酸を１つまたは複数の変性化条件に付すことをさらに含む、項目３６に記載の方法。
（項目４６）
前記個々のシリーズが、変性化温度と伸長温度との間のランピングレート、変性化温度、変性化継続時間、伸長温度、および伸長継続時間の少なくともいずれか１つに関して異なる、項目３６に記載の方法。
（項目４７）
前記個々のシリーズが、変性化温度と伸長温度との間のランピングレート、変性化温度、変性化継続時間、伸長温度、および伸長継続時間の少なくともいずれか２つに関して異なる、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応が、第１のシリーズおよび第２のシリーズを含み、前記第１のシリーズは、１０超のサイクルを含み、前記第１のシリーズの各サイクルは、（ｉ）前記反応混合物を約９２℃〜９５℃で３０秒以下にわたってインキュベートし、その後、（ｉｉ）前記反応混合物を約３５℃〜６５℃で１分以下にわたってインキュベートすることを含み、前記第２のシリーズは、１０超のサイクルを含み、前記第２のシリーズの各サイクルは、（ｉ）前記反応混合物を約９２℃〜９５℃で３０秒以下にわたってインキュベートし、その後、（ｉｉ）前記反応混合物を約４０℃〜６０℃で１分以下にわたってインキュベートすることを含む、項目３６に記載の方法。
（項目４９）
前記複数のシリーズのプライマーエクステンション反応が、同等の変性化および伸長条件下での単一のシリーズのプライマーエクステンション反応と比較して、より低いサイクル閾値で前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す検出可能量の増幅産物を生じる、項目３６に記載の方法。
（項目５０）
（ｂ）の前に、９０℃〜１００℃の予熱温度で、１０分以下の予熱継続時間にわたって前記生体試料を予熱することをさらに含む、項目３６に記載の方法。
（項目５１）
前記予熱継続時間が１分以下である、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的ＲＮＡを増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
前記生体試料と、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および（ｉｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り；
前記反応器中の前記反応混合物を、各サイクルが、（ｉ）６０秒未満またはそれに等しい変性化継続時間にわたって変性化温度で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）６０秒未満またはそれに等しい伸長継続時間にわたって伸長温度で前記反応混合物をインキュベートすることを含む、多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記標的ＲＮＡの存在を示す増幅ＤＮＡ産物を生成し、それによって前記標的ＲＮＡを増幅する増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、レシピエントに前記標的ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ産物に関する情報を出力する、出力モジュール
を含む、システム。
（項目５３）
対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的ＲＮＡを増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
（ｉ）前記対象から得られた前記生体試料と、逆転写増幅および任意選択でデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅を行うのに必要な試薬であって、（１）逆転写酵素および（２）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り；
（ｉｉ）前記反応混合物を多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量の増幅ＤＮＡ産物を得；
（ｉｉｉ）（ｉｉｉ）の前記量の増幅ＤＮＡ産物を検出し；
（ｉｖ）レシピエントに前記量の増幅ＤＮＡ産物に関する情報を出力する
増幅モジュールであって、
（ｉ）〜（ｉｖ）を完了するための時間は、約３０分未満またはそれに等しい、増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、前記情報をレシピエントに伝達する、出力モジュール
を含む、システム。
（項目５４）
対象から得られる生体試料中に存在する標的核酸を増幅するためのシステムであって、
（ａ）前記生体試料中の前記標的核酸を増幅するためのユーザーリクエストを受け取る入力モジュール；
（ｂ）増幅モジュールであって、前記ユーザーリクエストに応えて：
前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）ＤＮＡポリメラーゼおよび任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応混合物を反応器内に受け取り；
前記反応器中の前記反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成する、増幅モジュール；ならびに
（ｃ）前記増幅モジュールに作動可能にカップリングした出力モジュールであって、前記標的核酸または前記増幅産物に関する情報をレシピエントに出力する、出力モジュールを含む、システム。
（項目５５）
１つまたは複数のコンピュータープロセッサーによって実行されると、対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法を遂行する機械実行可能コードを含むコンピューター可読媒体であって、前記方法は、
（ａ）前記生体試料と、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅と並行して逆転写増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および（ｉｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと、
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、各サイクルが、（ｉ）６０秒未満またはそれに等しい変性化継続時間にわたって変性化温度で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）６０秒未満またはそれに等しい伸長継続時間にわたって伸長温度で前記反応混合物をインキュベートすることを含む、多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記標的ＲＮＡの存在を示す増幅ＤＮＡ産物を生成し、それによって前記標的ＲＮＡを増幅することと
を含む、コンピューター可読媒体。
（項目５６）
１つまたは複数のコンピュータープロセッサーによって実行されると、対象から直接得られる生体試料中に存在する標的リボ核酸（ＲＮＡ）を増幅する方法を遂行する機械実行可能コードを含むコンピューター可読媒体であって、前記方法は、
（ａ）前記対象から得られた前記生体試料を受け取ることと；
（ｂ）前記生体試料と、逆転写増幅、および任意選択でデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）逆転写酵素、および（ｉｉ）前記標的ＲＮＡのためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと；
（ｃ）前記反応混合物を多重のサイクルのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的ＲＮＡの存在を示す検出可能量の増幅ＤＮＡ産物を得ることと；
（ｄ）（ｃ）の前記量のＤＮＡ産物を検出することと；
（ｅ）レシピエントに前記量のＤＮＡ産物に関する情報を出力することとを含み、
（ａ）〜（ｅ）を完了するための時間は、約３０分未満またはそれに等しい、コンピューター可読媒体。
（項目５７）
１つまたは複数のコンピュータープロセッサーによって実行されると、対象から得られる生体試料中に存在する標的核酸を増幅する方法を遂行する機械実行可能コードを含むコンピューター可読媒体であって、前記方法は、
（ａ）前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬であって、（ｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、および任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、試薬とを含む反応器を準備して、反応混合物を得ることと；
（ｂ）前記反応器中の前記反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成することと
を含む、コンピューター可読媒体。
（項目５８）
対象から得られる生体試料中の標的核酸を増幅するためのシステムであって、
前記生体試料中の前記標的核酸を増幅する増幅プロトコールを実行するのにユーザーがアクセス可能なグラフィカル要素を表示するユーザーインターフェースを含む電子ディスプレイスクリーン；および
前記電子ディスプレイスクリーンにカップリングされ、前記ユーザーが前記グラフィカル要素を選択すると前記増幅プロトコールを実行するようにプログラムされたコンピュータープロセッサーであって、前記増幅プロトコールは、
前記生体試料と、核酸増幅を行うのに必要な試薬とを含む反応混合物を、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応であって、各シリーズが、（ｉ）変性化温度および変性化継続時間によって特徴付けられる変性化条件下で前記反応混合物をインキュベートし、その後、（ｉｉ）伸長温度および伸長継続時間によって特徴付けられる伸長条件下で前記反応混合物をインキュベートする２つまたはそれ超のサイクルを含み、個々のシリーズが、前記変性化条件および／または前記伸長条件に関して前記複数のうちの少なくとも１つの他の個々のシリーズと異なる、複数のシリーズのプライマーエクステンション反応に付して、前記生体試料中の前記標的核酸の存在を示す増幅産物を生成することを含む、コンピュータープロセッサー
を含む、システム。
（項目５９）
前記増幅プロトコールが、前記標的核酸のためのプライマーセットを選択することをさらに含む、項目５８に記載のシステム。
（項目６０）
前記試薬が、（ｉ）デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ポリメラーゼおよび任意選択で逆転写酵素、ならびに（ｉｉ）前記標的核酸のためのプライマーセットを含む、項目５８に記載のシステム。
（項目６１）
前記ユーザーインターフェースが、複数のグラフィカル要素を表示し、前記グラフィカル要素のそれぞれが、複数の増幅プロトコールの中の所与の増幅プロトコールに関連している、項目５８に記載のシステム。
（項目６２）
前記グラフィカル要素のそれぞれが、疾患と関連しており、前記複数の増幅プロトコールの中の所与の増幅プロトコールが、前記対象における前記疾患の存在をアッセイすることに向けられている、項目６１に記載のシステム。
（項目６３）
前記疾患が、ウイルスと関連している、項目６２に記載のシステム。
（項目６４）
前記ウイルスがＲＮＡウイルスである、項目６３に記載のシステム。
（項目６５）
前記ウイルスがＤＮＡウイルスである、項目６３に記載のシステム。
（項目６６）
前記ウイルスが、ヒト免疫不全ウイルスＩ（ＨＩＶ  Ｉ）、ヒト免疫不全ウイルスＩＩ（ＨＩＶ  ＩＩ）、オルソミクソウイルス、エボラウイルス、デングウイルス、インフルエンザウイルス、ヘペウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単核球症ウイルス、サイトメガロウイルス、ＳＡＲＳウイルス、西ナイル熱ウイルス、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、単純ヘルペスウイルス、天然痘ウイルス、アデノウイルス、および水痘ウイルスからなる群から選択される、項目６３に記載のシステム。
（項目６７）
前記インフルエンザウイルスが、Ｈ１Ｎ１ウイルス、Ｈ３Ｎ２ウイルス、Ｈ７Ｎ９ウイルス、およびＨ５Ｎ１ウイルスからなる群から選択される、項目６６に記載のシステム。
（項目６８）
前記アデノウイルスが、アデノウイルス５５型（ＡＤＶ５５）またはアデノウイルス７型（ＡＤＶ７）である、項目６６に記載のシステム。
（項目６９）
前記Ｃ型肝炎ウイルスが、アーマードＲＮＡ−Ｃ型肝炎ウイルス（ＲＮＡ−ＨＣＶ）である、項目６６に記載のシステム。
（項目７０）
前記疾患が、病原性細菌または病原性原虫と関連している、項目６１に記載のシステム。
（項目７１）
前記病原性細菌が、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓである、項目６８に記載のシステム。
（項目７２）
前記病原性原虫がＰｌａｓｍｏｄｉｕｍである、項目６８に記載のシステム。
（項目７３）
前記標的核酸が、疾患と関連している、項目５８に記載のシステム。
（項目７４）
前記増幅プロトコールが、前記増幅産物の存在に基づいて前記疾患の存在をアッセイすることに向けられている、項目７３に記載のシステム。
（項目７５）
前記疾患が、ウイルスと関連している、項目７３に記載のシステム。
（項目７６）
前記ウイルスがＲＮＡウイルスである、項目７５に記載のシステム。
（項目７７）
前記ウイルスがＤＮＡウイルスである、項目７５に記載のシステム。
（項目７８）
前記ウイルスが、ヒト免疫不全ウイルスＩ（ＨＩＶ  Ｉ）、ヒト免疫不全ウイルスＩＩ（ＨＩＶ  ＩＩ）、オルソミクソウイルス、エボラウイルス、デングウイルス、インフルエンザウイルス、ヘペウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、単核球症ウイルス、サイトメガロウイルス、ＳＡＲＳウイルス、西ナイル熱ウイルス、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、単純ヘルペスウイルス、天然痘ウイルス、アデノウイルス、および水痘ウイルスからなる群から選択される、項目７５に記載のシステム。
（項目７９）
前記インフルエンザウイルスが、Ｈ１Ｎ１ウイルス、Ｈ３Ｎ２ウイルス、Ｈ７Ｎ９ウイルス、およびＨ５Ｎ１ウイルスからなる群から選択される、項目７８に記載のシステム。
（項目８０）
前記アデノウイルスが、アデノウイルス５５型（ＡＤＶ５５）またはアデノウイルス７型（ＡＤＶ７）である、項目７８に記載のシステム。
（項目８１）
前記Ｃ型肝炎ウイルスが、アーマードＲＮＡ−Ｃ型肝炎ウイルス（ＲＮＡ−ＨＣＶ）である、項目７８に記載のシステム。
（項目８２）
前記疾患が、病原性細菌または病原性原虫と関連している、項目７３に記載のシステム。
（項目８３）
前記病原性細菌が、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓである、項目８２に記載のシステム。
（項目８４）
前記病原性原虫がＰｌａｓｍｏｄｉｕｍである、項目８２に記載のシステム。