【手続補正書】
【提出日】平成30年5月31日(2018.5.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の肺がんサブタイプを決定するためのキットであって、該患者から得られた肺組織試料において、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルを、増幅、ハイブリダイゼーションおよび／または配列決定アッセイを使用して検出するための試薬を含む、キット。
【請求項２】
前記増幅アッセイがｑＲＴ−ＰＣＲである、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
前記バイオマーカーレベルの検出が、前記表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の少なくとも５種の各クラシファイヤーバイオマーカーあたり少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、請求項２に記載のキット。
【請求項４】
前記肺組織試料由来の前記表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルが、参照試料由来の前記表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルまたは参照値と比較され、該比較の結果に基づいて、前記肺がんサブタイプが分類されることを特徴とする、請求項３に記載のキット。
【請求項５】
前記肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、神経内分泌、小細胞癌またはカルチノイドである、請求項４に記載のキット。
【請求項６】
前記参照試料が、健康な個体由来の正常試料である、請求項４から５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項７】
前記参照試料が、肺がんサブタイプを有することが分かっている個体由来である、請求項４から５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが、
（ａ）該患者から得られる肺組織試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）該試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５の該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドと、該５種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドを、これらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズさせるのに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、該５種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドと、これらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること；
（ｉｉｉ）該検出するステップに基づいて該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（複数可）と比較するステップであって、該少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌試料からのハイブリダイゼーション値、参照小細胞癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照カルチノイド試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと；
（ｃ）該比較するステップの結果に基づいて該肺がんサブタイプを腺癌、扁平上皮癌、、神経内分泌、小細胞癌またはカルチノイドサブタイプとして分類するステップと
を含む、請求項１に記載のキット。
【請求項９】
前記比較するステップが、少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値と前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、請求項８に記載のキット。
【請求項１０】
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、該平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる該少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、請求項８に記載のキット。
【請求項１１】
前記肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、請求項１から１０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１２】
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５に示したクラシファイヤーバイオマーカーのすべてを含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１３】
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表６、表１４または表１５に示したクラシファイヤーバイオマーカーのうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１４】
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、表６、表１４または表１５のいずれかのバイオマーカーのうちの約５〜約１０、約５〜約１５、約５〜約２０、約５〜約２５、約５〜約３０、約５〜約３５、約５〜約４０、約５〜約４５、または約５〜約５０を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５】
前記肺がんのサブタイプに基づいて、治療剤が前記患者に投与されることを特徴とし、ここで、該治療剤は、化学療法剤または血管新生阻害剤である、請求項１から１４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１６】
前記試薬が、抗体、核酸プローブまたはプライマーを含む、請求項１から１５のいずれか一項に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
一実施形態では、少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーは、約５〜約５０、約１０〜約５０、約１５〜約５０、約２０〜約５０、または約２５〜約５０のバイオマーカーを含む。別の実施形態では、少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーは、約５〜約３０、約１０〜約３０、約１５〜約３０、約２０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカーを含む。
一実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌（小細胞癌およびカルチノイドの両方を包含する）であるかどうかを評価する方法であって、
（ａ）該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）該試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、該５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること；
（ｉｉｉ）該検出するステップに基づいて該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（複数可）と比較するステップであって、該少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと；
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌サブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
（項目２）
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドであるかどうかを評価する方法であって、
（ａ）該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）該試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、該５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること；
（ｉｉｉ）該検出するステップに基づいて該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）該少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（複数可）と比較するステップであって、該少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照小細胞癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照カルチノイド試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと；
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドサブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
（項目３）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、該平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる該少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目５）
前記プローブするステップが、前記混合するステップの前に前記核酸またはその部分を単離することを含む、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブをｃＤＮＡバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブをｍＲＮＡバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記プローブするステップが、前記試料中の前記核酸を増幅することを含む、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの少なくとも１０のバイオマーカー、少なくとも２０のバイオマーカー、または少なくとも３０のバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の少なくとも１０のバイオマーカー、少なくとも２０のバイオマーカー、または少なくとも３０のバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の少なくとも１０のバイオマーカー、少なくとも２０のバイオマーカー、または少なくとも３０のバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表４の６つのバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表５の６つのバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の少なくとも１０のバイオマーカー、少なくとも２０のバイオマーカー、または少なくとも３０のバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの約５〜約２０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約４０のクラシファイヤーバイオマーカー、または約２０〜約４０クラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の約５〜約２０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約４０のクラシファイヤーバイオマーカー、または約２０〜約４０のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の約５〜約２０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約４０のクラシファイヤーバイオマーカー、または約２０〜約４０のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の約５〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカー、約１０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカー、約５０〜約２０のクラシファイヤーバイオマーカー、または約２０〜約３０のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記試料が、パラフィンに包埋された肺細胞を含む、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記試料が、新鮮凍結試料である、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｂに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１４に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目１から８および２３から２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１５に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目１から８および２３から２５のいずれか一項に記載の方法。