【手続補正書】
【提出日】平成29年11月22日(2017.11.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ポリヌクレオチドを特徴決定する方法であって：
(a)Hel308ヘリカーゼ及び標的ポリヌクレオチドと接触している細孔を横切るポテンシャルの差を印加する工程；
(b)該細孔を通じた該標的ポリヌクレオチドの該Hel308ヘリカーゼによる1以上の分割転位工程により発生した1以上のシグナルを測定する工程；並びに
(c)該分割転位工程により発生した該1以上のシグナルから該標的ポリヌクレオチドを特徴決定する工程：を含む、前記方法。
【請求項２】
前記標的ポリヌクレオチドの特徴決定が、該標的ポリヌクレオチドの配列、該標的ポリヌクレオチドの修飾、該標的ポリヌクレオチドの長さ、該標的ポリヌクレオチドの同一性、該標的ポリヌクレオチドの給源、及び該標的ポリヌクレオチドの二次構造：の1以上を同定することを含み、任意に、前記方法が、前記工程(a)−(c)を1回以上反復することを更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
細孔を通じた標的ポリヌクレオチドの分割転位工程を調節する方法であって：
(a)Hel308ヘリカーゼ及び標的ポリヌクレオチドと接触している細孔を横切るポテンシャルの差を印加する工程；
(b)該Hel308ヘリカーゼをHel308ヘリカーゼ基質の参照濃度とは異なる濃度の該基質と接触させる工程であって、該基質濃度が、該参照濃度と比べた該基質濃度の差異に比例して分割転位工程の持続期間に変化を生じる工程；並びに
(c)該細孔を通じた該標的ポリヌクレオチドの該Hel308ヘリカーゼによる1以上の分割転位工程により発生した1以上のシグナルを測定する工程：を含む、前記方法。
【請求項４】
1mM未満のATPを含むか又はヌクレオチド類縁体を含む溶液中に含有された、細孔、Hel308ヘリカーゼ及び標的ポリヌクレオチドを含む、標的ポリヌクレオチドを特徴決定するための組成物。
【請求項５】
前記分割転位工程が、該Hel308ヘリカーゼの完全転位サイクルの第一の分割転位工程を含む、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項６】
前記分割転位工程が、該Hel308ヘリカーゼの完全転位サイクルの第二の分割転位工程を含む、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項７】
前記標的ポリヌクレオチドの転位が、該細孔を通じて転位するポリヌクレオチド上のポテンシャルの差により印加された加力の反対方向である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項８】
前記標的ポリヌクレオチドの転位が、該細孔を通じて転位するポリヌクレオチド上のポテンシャルの差により印加された加力の方向である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項９】
前記シグナルが電気的シグナルであり、任意に、前記電気的シグナルが、電流、電圧、トンネル電流、抵抗、ポテンシャル、電圧、コンダクタンス、及び横方向電気的測定値から選択された測定値である、請求項1又は3記載の方法。
【請求項１０】
前記標的ポリヌクレオチドの1以上のヌクレオチド残基が、完全転位サイクルから得られた単独の電気的シグナルを使用する1以上のヌクレオチドの特徴決定と比べ50％より大きい精度で、完全転位サイクルの2つの分割工程から得られた電気的シグナルを用いて特徴決定される、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
前記細孔が、生物学的細孔である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項１２】
前記細孔が、固体状態の細孔である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項１３】
前記細孔が、生物学的及び固体状態のハイブリッド細孔である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項１４】
前記Hel308ヘリカーゼが、表1及び表2に示されたヘリカーゼ又はそれらの変種である、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項１５】
前記標的ポリヌクレオチドが、1本鎖ヌクレオチド、2本鎖ヌクレオチド、及び部分的2本鎖ポリヌクレオチドからなる群から選択される、請求項1又は3又は4記載の方法。
【請求項１６】
前記1以上の分割転位工程により発生した該1以上のシグナルから該標的ポリヌクレオチドを特徴決定する工程を更に含み、任意に、前記標的ポリヌクレオチドの特徴決定が、該標的ポリヌクレオチドの配列、該標的ポリヌクレオチドの修飾、該標的ポリヌクレオチドの長さ、該標的ポリヌクレオチドの同一性、該ポリヌクレオチドの給源、及び該標的ポリヌクレオチドの二次構造：の1以上を同定することを含む、請求項3記載の方法。
【請求項１７】
前記ポテンシャルの差が、電気ポテンシャルの差を含む、請求項1又は3記載の方法。
【請求項１８】
前記基質濃度が、該Hel308ヘリカーゼ基質のサブ飽和濃度である、請求項3記載の方法。
【請求項１９】
前記参照濃度が、該Hel308ヘリカーゼ基質の飽和濃度である、請求項3記載の方法。
【請求項２０】
前記基質濃度及び該参照濃度の両方が、該基質の飽和濃度ではない、請求項3記載の方法。
【請求項２１】
前記標的ポリヌクレオチドの1以上のヌクレオチド残基が、該参照濃度と比べより低い基質濃度でより大きい精度で特徴決定される、請求項3記載の方法。
【請求項２２】
前記1mM未満のATPを含む溶液が、0.1μM、1.0μM、10μM、100μM、0.5mM及び0.9mMのATPからなる群から選択される濃度を含む、請求項4記載の組成物。
【請求項２３】
前記特徴決定が、改変されたViterbiアルゴリズムを適用することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
前記方法が：
(d)工程(c)の後に、該細孔を通じた該標的ポリヌクレオチドの該Hel308ヘリカーゼによる1以上の分割転位工程の時機を変動するために、少なくとも1種のパラメータを変動する工程；並びに
(e)変動された少なくとも1種のパラメータを用い、工程(a)−(c)を反復する工程：を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項２５】
工程(c)及び(e)の間に発生したシグナルを組合せること、並びに組合せたシグナルを基に該標的ポリヌクレオチドを特徴決定することを更に含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記変動された少なくとも1種のパラメータが、温度、塩濃度、補因子濃度、ATP生成物の濃度、pH、及び使用した特定のHel308ヘリカーゼからなる群から選択される、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
前記特徴決定が、1以上のシグナル中のレベルを検出及び同定し、並びに検出され且つ同定されたレベルを基に標的ポリヌクレオチドの配列を決定及び出力することを含み、任意に、前記1以上のシグナル中のレベルの検出及び同定が、完全レベル、分割レベル、全レベル、及びレベル識別子の1以上の出力を含み、任意に、
(a)前記検出及び同定されたレベルを基にした標的ポリヌクレオチドの配列の決定及び出力が、完全レベル、分割レベル、全レベル、及びレベル識別子の1以上を入力として採用し、該入力を基に複数の配列を呼び出し、並びに呼び出された複数の配列に関する信頼情報を基に呼び出された配列の少なくとも1種を選択及び出力することを含むか、又は
(b)前記検出及び同定されたレベルを基にした標的ポリヌクレオチドの配列の決定及び出力が、完全レベル、分割レベル、全レベル、及びレベル識別子の1以上を入力として採用し、該入力を基に複数の配列を呼び出し、並びに呼び出された複数の配列の一部に関する信頼情報を基に複数の呼び出された配列の互いの部分を選択及び連鎖させることを含むか、又は
(c)前記検出及び同定されたレベルを基にした標的ポリヌクレオチドの配列の決定及び出力が、完全レベル、分割レベル、全レベル、及びレベル識別子の1以上を入力として採用し、該入力を基に複数の配列を呼び出し、呼び出された配列をモデル配列と比較し、並びに呼び出された配列のモデル配列との比較に関する信頼情報を基に呼び出された配列の少なくとも1種を選択及び出力することを含むか、又は
(d)前記検出及び同定されたレベルを基にした標的ポリヌクレオチドの配列の決定及び出力が、完全レベル、分割レベル、全レベル、及びレベル識別子の1以上を入力として採用し、該入力を基に複数の配列を呼び出し、呼び出された配列をモデル配列と比較し、並びに呼び出された複数の配列の一部のモデル配列との比較に関する信頼情報を基に複数の呼び出された配列の互いの部分を選択及び連鎖することを含む、請求項1記載の方法。