【手続補正書】
【提出日】平成30年7月18日(2018.7.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の患者特有の変異の発癌性指数を作成する方法であって、
ａ）患者特有の変異を含む遺伝子を保有する発現構築物の第一のセットと、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットと、のアドレス可能なアレーを形成させるステップと；
ｂ）前記アドレス可能なアレーにおける各場所に特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子をコードする発現ベクターを添加するステップと；
ｃ）前記発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞を各場所に添加するステップと；
ｄ）前記変異を含む前記遺伝子を発現する前記アッセイ細胞中の前記発現されたＦＴＲの細胞下局在および／またはトランスロケーションを、対応する野生型発現遺伝子と比較して、異なる結果を同定するステップと；
ｅ）ｉ）前記異なる結果を処理して、発現構築物の前記第一のセットおよび発現構築物の前記第二のセットの存在下で前記テストされたＦＴＲのトランスロケーションの度合いを測定して、前記患者特有の変異の活性化レベルを測定すること；
ｉｉ）前記発現構築物の前記第二のセットの存在下での前記ＦＴＲのトランスロケーションの度合いに基づき、発現ベクターの前記第一のセットの存在下での前記ＦＴＲのトランスロケーションの度合いを正規化して、前記患者特有の変異の正規化された活性化レベルを測定すること；ならびに
ｉｉｉ）前記患者特有の変異の前記正規化された活性化レベルと臨床転帰（参照）との写像を解析すること、
によって候補となる患者特有の変異の前記異なる結果を定量し、それにより前記１つまたは複数の患者特有の変異の前記発癌性グレード分類指数を決定するステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
解析が、
マシンラーニングを利用すること、あるいは
相関単変量解析、多変量解析、サポートベクターマシン、一般化線形モデルまたはそれらの組み合わせ、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記トランスロケーションの度合いが、核／細胞質比に基づいて決定される、または
前記患者特有の変異のトランスロケーションの度合いが、前記患者特有の変異が関与する細胞シグナル伝達経路の影響に対してさらに正規化される、
請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記指数が、悪性腫瘍に至らせる前記候補となる患者特有の変異の能力を示す数値を有する、あるいは
前記指数が、前記患者の無増悪生存、前記患者の全生存、薬物応答の確率、無増悪期間（ＴＴＰ）、腫瘍応答率、再発率、無病生存（ＤＦＳ）、またはそれらの組み合わせを示す、
請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞下局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される、あるいは
前記ＦＴＲの標的遺伝子部分が、腫瘍抑制因子、細胞骨格タンパク質、増殖因子受容体、Ｇタンパク質共役受容体、細胞接着タンパク質、プロテインキナーゼ、転写因子、アダプタータンパク質および交換因子から選択されるタンパク質をコードする、あるいは
前記ＦＴＲのレポータ遺伝子部分が、蛍光マーカをコードする、
請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子が、前記患者の生体試料に由来する、あるいは
前記変異の少なくとも１つが、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、
請求項１に記載の方法。
【請求項７】
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記構築物および／またはベクターを乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｃ）が、ステップａ）および／またはステップｂ）に先行する、
請求項１に記載の方法。
【請求項８】
テスト薬物を前記細胞に添加するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記テスト薬物への応答による、悪性腫瘍の成長に至らせる前記患者特有の変異の能力の低下を示す治癒指数を計算することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
発癌性グレード分類指数を作成するためのシステムであって、
ａ）テスト細胞において、発現構築物の第一のセットの存在下および発現構築物の第二のセットの存在下で、蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子産物の細胞下トランスロケーションの度合いを示す異なる結果を得るように；
ｂ）前記ＦＴＲの前記細胞下トランスロケーションまたは局在の度合いに基づき、１つまたは複数の患者特有の変異の活性化レベルを測定するように；
ｃ）発現構築物の前記第二のセットの存在下での前記ＦＴＲのトランスロケーションの度合いに基づき、発現構築物の前記第一のセットの存在下での前記ＦＴＲの局在の細胞下トランスロケーションを正規化して、前記患者特有の変異の正規化された活性化レベルを測定するように；そして
ｄ）前記患者特有の変異の活性化レベルと臨床転帰（参照）との相関を解析し、それにより前記発癌性指数を決定するように、
構成された処理回路を含み、
前記異なる結果が、
ｉ）１つまたは複数の患者特有の変異を含む遺伝子を保有する発現構築物の第一のセットと、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットと、のアドレス可能なアレーを形成させること；
ｉｉ）前記アドレス可能なアレーにおける各場所に特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子をコードする発現ベクターを添加すること；ならびに
ｉｉｉ）前記発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞を各場所に添加すること、
によって得られる、
システム。
【請求項１１】
解析が、マシンラーニングを含む、あるいは
解析が、相関単変量解析、多変量解析、サポートベクターマシン解析、一般化線形モデル解析またはそれらの任意の組み合わせを含む、あるいは
前記指数が、悪性腫瘍に至らせる前記候補となる患者特有の変異の能力を示す数値を有する、あるいは
前記指数が、前記患者の無増悪生存、前記患者の全生存、薬物応答の確率、無増悪期間（ＴＴＰ）、腫瘍応答率、再発率、無病生存（ＤＦＳ）、またはそれらの組み合わせを示す、あるいは
前記患者特有の変異の前記トランスロケーションの度合いがさらに、前記患者特有の変異が関与する細胞シグナル伝達経路の影響に対して正規化される、あるいは
前記細胞下局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される、あるいは
前記ＦＴＲの標的遺伝子部分が、腫瘍抑制因子、細胞骨格タンパク質、増殖因子受容体、Ｇタンパク質共役受容体、細胞接着タンパク質、プロテインキナーゼ、転写因子、アダプタータンパク質および交換因子から選択されるタンパク質をコードする、あるいは
前記ＦＴＲのレポータ遺伝子部分が、蛍光マーカをコードする、あるいは
前記遺伝子が、前記患者の生体試料に由来する、あるいは
前記変異の少なくとも１つが、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、または
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記構築物および／またはベクターを乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｉｉｉ）が、ステップｉ）および／またはステップｉｉ）に先行する、
請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
テスト薬物を前記細胞に添加するステップをさらに含む、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１３】
前記処理回路がさらに、前記テスト薬物への応答による、悪性腫瘍の成長に至らせる前記患者特有の変異の能力の低下を示す治癒指数を決定するように構成されている、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１４】
１つまたは複数の患者特有の変異の薬物処置への感受性を示す治癒指数を作成する方法であって、
ａ）１つまたは複数の患者特有の変異を含む遺伝子を保有する発現構築物の第一のセットと、対応する野生型遺伝子の発現構築物の第二のセットと、のアドレス可能なアレーを形成させるステップと；
ｂ）前記アドレス可能なアレーにおける各場所に特有のレポータ遺伝子部分に連結された標的遺伝子部分を含む蛍光トランスロケーションレポータ（ＦＴＲ）遺伝子をコードする発現ベクターを添加するステップと；
ｃ）前記発現構築物および発現ベクターを生存可能なアッセイ細胞にトランスフェクトすることが可能な条件下で、前記アッセイ細胞を各場所に添加するステップと；
ｄ）薬物の存在下および非存在下で、前記１つまたは複数の変異を含む遺伝子を発現する前記アッセイ細胞中の前記発現されたＦＴＲの細胞下局在および／またはトランスロケーションを、対応する野生型発現遺伝子と比較して、異なる結果を同定するステップと；
ｅ）ｉ）前記異なる結果を処理して、発現構築物の前記第一のセットおよび発現構築物の前記第二のセットの存在下で前記テストされたＦＴＲの細胞下トランスロケーションの度合いを決定して、前記薬物の存在下または非存在下での前記患者特有の変異の活性化レベルを測定すること；
ｉｉ）前記薬物の存在下または非存在下で、発現構築物の前記第二のセットの存在下での前記ＦＴＲの細胞下トランスロケーションの度合いに基づき、発現ベクターの前記第一のセットの存在下での前記ＦＴＲの細胞下トランスロケーションの度合いを正規化して、前記患者特有の変異の正規化された活性化レベルを測定すること；ならびに
ｉｉｉ）前記薬物の存在下または非存在下での前記患者特有の変異の前記正規化された活性化レベルと、臨床転帰（参照）との相関を解析すること、
によって候補となる患者特有の変異の前記異なる結果を定量し、それにより前記患者特有の変異についての前記薬物の治癒指数を決定するステップと；
を含む、方法。
【請求項１５】
前記薬物が、抗癌薬である、あるいは
１種より多くの薬物を同時に、または連続で添加することを含む、あるいは
様々な濃度の薬物（複数可）を添加することを含む、あるいは
前記細胞下局在が、細胞質、核、核小体、形質膜、小胞体（ＥＲ）、ミトコンドリア、ゴルジ体、リソソーム、ペルオキシソーム、エンドソーム区画、および細胞骨格から選択される、あるいは
解析が、マシンラーニングを利用することを含む、あるいは
前記遺伝子が、前記患者の生体試料に由来する、あるいは
前記変異の少なくとも１つが、発癌性変異である、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、二本鎖直鎖状ＤＮＡを含む、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットのプロモータが、誘導型または構成型プロモータである、あるいは
発現構築物の前記第一および／または第二のセットが、遺伝子の一部を保有する、あるいは
トランスフェクション試薬の存在下、固体担体上で前記構築物および／またはベクターを乾燥させることをさらに含む、あるいは
ステップｃ）が、ステップａ）および／またはステップｂ）に先行する、
請求項１４に記載の方法。