【手続補正書】
【提出日】平成30年7月10日(2018.7.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のソースコード語を、ヌクレオチドに対応するコードシンボルを含む複数の目的コード語にマッピングするコンピュータ実装コードブック生成方法であって、
複数のソースコード語および複数の目的コード語を提供することと、
前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類することであって、前記目的コード語が識別部分および残りの部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、ことと、
前記複数のサブセットに関連付けるために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択することと、
前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定することであって、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、ことと、
コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに関連付けられている場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残りの部分と同一のそれらの残りの部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てることと
を含む、コンピュータ実装コードブック生成方法。
【請求項２】
前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類する前に、復号関連基準に従って、前記複数の目的コード語から目的コード語を取り除くことを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記復号関連基準に従って、事前に定義された最大ランレングスより大きい同一のコードシンボルのランレングスを含む目的コード語が取り除かれる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記目的コード語のうちの別のものと連結されている際に、前記事前に定義された最大ランレングスより大きい同一のコードシンボルのランレングスを含む目的コード語が取り除かれる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記決定することは、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記識別部分が、核酸鎖内のヌクレオチドのシークエンシング誤り確率に基づく支配的なシークエンシング誤りに対応する選択されたシンボル反転だけ、前記対応するサブセットと異なることを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記複数のソースコード語および目的コード語が、第１のコードおよび第２のコードのソースコード語および目的コード語に分割され、前記第１のコードおよび前記第２のコードの前記目的コード語が両方とも、前記対応するコードの目的コード語の逆相補的語が依然として前記対応するコードに属し、かつ前記第１のコードと前記第２のコードとの共通のコード語が存在せず、かつ前記第２のコードの目的コード語が、前記第１のコードの２つのカスケード接続された目的コード語のいかなる部分にも等しくなく、前記第１のコードのカスケード接続された１つの目的コード語および前記第２のコードの１つの目的コード語のいかなる部分にも等しくないという特性を有し、前記分類すること、選択すること、決定することおよび割り当てることは、前記第１のコードに適用される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第２のコードが、
前記第２のコードの前記複数の目的コード語を前記第２のコードの前記目的コード語の複数のサブセットに分類することであって、前記第２のコードの前記目的コード語が、識別部分および残りの部分を含み、前記第２のコードの目的コード語の前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記第２のコードの前記目的コード語の前記識別部分が同一である、ことと、
前記第２のコードの前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを、前記第２のコードの目的コード語の前記複数のサブセットに関連付けるために選択することと、
コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記第２のコードの目的コード語の前記同じサブセットに関連付けられる場合に、前記第２のコードのソースコード語を、前記第２のコードの前記目的コード語の前記残りの部分間のハミング距離を最小化するコスト関数に従って前記サブセットに割り当てることと
に従って生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記コスト関数が、シンボル誤り確率に依存する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記シンボル誤り確率が、核酸鎖内のヌクレオチドのシークエンシング誤り確率に基づく、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記目的コード語のうちの１つまたは複数から少なくとも１つのコード語シーケンスを生成することと、
セグメントを含む少なくとも１つの核酸分子を合成することであって、ヌクレオチドの配列が、前記少なくとも１つのコード語シーケンスと一致するように配置される、ことと
を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
複数のソースコード語を、ヌクレオチドに対応するコードシンボルを含む複数の目的コード語にマッピングするコード生成装置であって、
目的コード語を受信するための第１の入力およびソースコード語を受信するための第２の入力と、
前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類するように構成されたコード語分類ユニットあって、前記目的コード語が識別部分および残りの部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、コード語分類ユニットと、
前記コード語分類ユニットに接続された選択ユニットであって、前記複数のサブセットに関連付けるために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択するように構成された選択ユニットと、
前記コード語分類ユニットに接続された決定ユニットであって、前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定するように構成され、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、決定ユニットと、
前記選択ユニットおよび前記決定ユニットに接続されたマッピングユニットであって、コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに関連付けられている場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残りの部分と同一のそれらの残りの部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てるように構成されたマッピングユニットと
を含む、コード生成装置。
【請求項１２】
前記目的コード語のうちの１つまたは複数から少なくとも１つのコード語シーケンスを生成するように構成されたコード語シーケンス生成ユニットと、
セグメントを含む少なくとも１つの核酸分子を合成するように構成されたシンセサイザユニットであって、ヌクレオチドの配列が、前記少なくとも１つのコード語シーケンスと一致するように配置される、シンセサイザユニットと
を含む、請求項１１に記載の装置。
【請求項１３】
コンピュータ可読記憶媒体であって、複数のソースコード語を、ヌクレオチドに対応するコードシンボルを含む複数の目的コード語にマッピングすることを可能にする命令であって、コンピュータによって実行されると、
複数のソースコード語および複数の目的コード語を提供することと、
前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類することであって、前記目的コード語が識別部分および残りの部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、ことと、
前記複数のサブセットに関連付けるために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択することと、
前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定することであって、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、ことと、
コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに関連付けられている場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残りの部分と同一のそれらの残りの部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てることと
を前記コンピュータに行わせる命令をその中に格納している、コンピュータ可読記憶媒体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３５】
さらに、示されるいかなる接続も、直接または間接接続であり得る。そのうえ、当業者であれば、論理ブロック間の境界は単なる例示であり、代替の実施形態は、論理ブロックを併合することも、様々な論理ブロック上の機能の代替の分解を課すことも可能であることが認識されよう。
［付記１］
複数のソースコード語を複数の目的コード語にマッピングするためのコンピュータ実装コードブック生成方法（１００）であって、
−  複数のソースコード語および複数の目的コード語を提供すること（１０１）と、
−  前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類すること（１０２）であって、前記目的コード語が識別部分および残留部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、こと（１０２）と、
−  前記複数のサブセットに対処するために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択すること（１０３）と、
−  前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定すること（１０４）であって、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、こと（１０４）と、
−  コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに対処する場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残留部分と同一のそれらの残留部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てること（１０５）ことと
を含む、コンピュータ実装コードブック生成方法（１００）。
［付記２］
前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類する前に、復号関連基準に従って、前記複数の目的コード語から目的コード語を取り除くことを含む、付記１に記載の方法。
［付記３］
前記復号関連基準に従って、事前に定義された最大ランレングスより大きい同一のコードシンボルのランレングスを含む目的コード語が取り除かれる（２０２）、付記２に記載の方法。
［付記４］
前記目的コード語のうちの別のものと連結されている際に、前記事前に定義された最大ランレングスより大きい同一のコードシンボルのランレングスを含む目的コード語が取り除かれる（２０３）、付記３に記載の方法。
［付記５］
前記決定することは、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記識別部分が、核酸鎖内のヌクレオチドのシークエンシング誤り確率に基づく支配的なシークエンシング誤りに対応する選択されたシンボル反転だけ、前記対応するサブセットと異なることを含む、付記１〜４のいずれか一項に記載の方法。
［付記６］
前記複数のソースコード語および目的コード語が、第１のコードおよび第２のコードのソースコード語および目的コード語に分割され（２０４）、前記第１のコードおよび前記第２のコードの前記目的コード語が両方とも、前記対応するコードの目的コード語の逆相補的語が依然として前記対応するコードに属し、かつ前記第１のコードと前記第２のコードとの共通のコード語が存在せず、かつ前記第２のコードの目的コード語が、前記第１のコードの２つのカスケード接続された目的コード語のいかなる部分にも等しくなく、前記第１のコードのカスケード接続された１つの目的コード語および前記第２のコードの１つの目的コード語のいかなる部分にも等しくないという特性を有し、前記分類すること、選択すること、決定することおよび割り当てることは、前記第１のコードに適用される、付記１〜５のいずれか一項に記載の方法。
［付記７］
前記第２のコードが、以下：
−  前記第２のコードの前記複数の目的コード語を前記第２のコードの前記目的コード語の複数のサブセットに分類することであって、前記第２のコードの前記目的コード語が、識別部分および残留部分を含み、前記第２のコードの目的コード語の前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記第２のコードの前記目的コード語の前記識別部分が同一である、ことと、
−  前記第２のコードの前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを、前記第２のコードの目的コード語の前記複数のサブセットに対処するために選択することと、
−  コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記第２のコードの目的コード語の前記同じサブセットに対処する場合に、前記第２のコードのソースコード語を、前記第２のコードの前記目的コード語の前記残留部分間のハミング距離を最小化するコスト関数に従って前記サブセットに割り当てることと
に従って生成される、付記６に記載の方法。
［付記８］
前記コスト関数が、シンボル誤り確率に依存する、付記７に記載の方法。
［付記９］
前記シンボル誤り確率が、核酸鎖内のヌクレオチドのシークエンシング誤り確率に基づく、付記８に記載の方法。
［付記１０］
−  前記目的コード語のうちの１つまたは複数から少なくとも１つのコード語シーケンスを生成することと、
−  セグメントを含む少なくとも１つの核酸分子を合成することであって、ヌクレオチドの配列が、前記少なくとも１つのコード語シーケンスと一致するように配置される、ことと
を含む、付記１〜９のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１］
複数のソースコード語を複数の目的コード語にマッピングするためのコード生成装置（５００）であって、
−  目的コード語を受信するための第１の入力（５０１）およびソースコード語を受信するための第２の入力（５０２）と、
−  前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類するように構成されたコード語分類ユニット（５０３）あって、前記目的コード語が識別部分および残留部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、コード語分類ユニット（５０３）と、
−  前記コード語分類ユニット（５０３）に接続された選択ユニット（５０４）であって、前記複数のサブセットに対処するために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択するように構成された選択ユニット（５０４）と、
−  前記コード語分類ユニット（５０３）に接続された決定ユニット（５０５）であって、前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定するように構成され、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、決定ユニット（５０５）と、
−  前記選択ユニット（５０４）および前記決定ユニット（５０５）に接続されたマッピングユニット（５０６）であって、コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに対処する場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残留部分と同一のそれらの残留部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てるように構成されるマッピングユニット（５０６）と
を含む、コード生成装置（５００）。
［付記１２］
−  前記目的コード語のうちの１つまたは複数から少なくとも１つのコード語シーケンスを生成するように構成されたコード語シーケンス生成ユニット（５０７）と、
−  セグメントを含む少なくとも１つの核酸分子を合成するように構成されたシンセサイザユニット（５０８）であって、ヌクレオチドの配列が、前記少なくとも１つのコード語シーケンスと一致するように配置される、シンセサイザユニット（５０８）と
を含む、付記１１に記載の装置。
［付記１３］
コンピュータ可読記憶媒体であって、複数のソースコード語を複数の目的コード語にマッピングすることを可能にする命令であって、コンピュータによって実行されると、
−  複数のソースコード語および複数の目的コード語を提供することと、
−  前記複数の目的コード語を前記目的コード語の複数のサブセットに分類することであって、前記目的コード語が識別部分および残留部分を含み、前記複数のサブセットのうちの同じサブセットに対応する前記目的コード語の前記識別部分が同一である、ことと、
−  前記複数のサブセットに対処するために前記ソースコード語のコードシンボルの第１のセットを選択することと、
−  前記サブセットに対して、前記複数のサブセット内の１つまたは複数の対応する近隣のサブセットを決定することであって、前記１つまたは複数の近隣のサブセットの前記目的コード語の前記識別部分が、最大でコードシンボルの既定の量だけ、前記対応するサブセットの前記目的コード語の前記識別部分と異なる、ことと、
−  コードシンボルの前記対応する第１のセットが前記同じサブセットに対処する場合に、前記ソースコード語が割り当てられる前記サブセットの前記目的コード語であって、それらの近隣のサブセットの前記目的コード語の前記対応する残留部分と同一のそれらの残留部分を有する前記目的コード語の量が最適化基準と一致するように、ソースコード語を前記サブセットの目的コード語に割り当てることと
を前記コンピュータに行わせる命令をその中に格納している、コンピュータ可読記憶媒体。