【手続補正書】
【提出日】平成30年6月29日(2018.6.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
共通構造フォールドを有するアミノ酸配列のライブラリをコンピュータ計算により構築する方法であって：
（ｉ）前記共通構造フォールドを有する複数のソース構造を提供することを含み、前記共通構造フォールドが、構造フレームワークおよび多様構造領域を定義する保存構造領域を有するものであり、前記構造フレームワークが、構造保存性の最も高い場所を有するものであり；
（ｉｉ）前記複数のソース構造の構造を構造相同セグメントへとセグメント化することを含み、構造相同セグメントの群を複数個得るべく前記構造相同セグメントの各々が、前記構造保存性の最も高い場所のうちの２つの場所によって定義されるものであり、前記群の各々が、前記構造保存性の最も高い場所のうちの２つの場所によって定義されるものであり；
（ｉｉｉ）前記共通構造フレームワークを有しかつ前記場所に対応する特定位置を有する鋳型構造を選択することを含み；
前記群の各々について：
（ｉｖ）分割セグメントを得るべく、前記構造相同セグメントのうちの少なくとも１つの構造相同セグメントを前記構造相同セグメント内の部位において分割することを含み；
（ｖ）前記分割セグメントの各位置を、前記場所に対応する前記特定位置の対応する位置に重ね合わせ、前記鋳型構造における対応するセグメントを変位させることを含み；
（ｖｉ）前記鋳型構造において重み調整再閉鎖セグメントを得るべく、前記分割セグメントをセグメント閉鎖のために重み調整することを含み；
（ｖｉｉ）場合によって、別の部位で分割しながらステップ（ｉｖ）〜（ｖｉ）を繰り返すこと、または前記構造相同セグメントのさらなる操作を中止することを含み；
（ｖｉｉｉ）前記群の各々に対応する追加の少なくとも１つの重み調整再閉鎖セグメントを得るべく、追加の少なくとも１つの構造相同セグメントについてステップ（ｉｖ）〜（ｖｉｉ）を繰り返すことを含み；
（ｉｘ）複数の再構築構造を再構築するために、前記群の各々に対応する複数の前記重み調整再閉鎖セグメントを組み合わせ的に用いることを含み、前記再構築構造の各々が、前記構造フレームワークを定義する前記保存構造領域と、前記多様構造領域と、前記構造保存性の最も高い場所に対応する位置とを有する前記共通構造フォールドを有するものであり；
それにより、前記共通構造フォールドを有するアミノ酸配列の前記ライブラリをコンピュータ計算により構築する、方法。
【請求項２】
前記複数のソース構造において末端セグメントを定義することをさらに含み、前記末端セグメントを定義すべく前記末端セグメントの各々が、前記構造保存性の最も高い場所のうちの少なくとも１つの場所と前記共通構造フォールドの末端場所とによって定義されるものであり；
前記末端セグメントのうちの少なくとも１つをステップ（ｖ）における分割セグメントとして見なすことをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記部位が多様構造領域にある、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記部位がランダムに選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ｉｘ）の前に、前記群の各々に対応する前記重み調整再閉鎖セグメントの各々を少なくとも１つの構造クラスタに分類すること、および前記構造クラスタのために代表の重み調整再閉鎖セグメントを選択し、それによりステップ（ｉｘ）の前記重み調整再閉鎖セグメントの各々を前記代表の重み調整再閉鎖セグメントとすることをさらに含む、_請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記分類が、セグメント長さに基づいて行われる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記分類がさらに、アラインメントされたポリペプチドの主鎖位置の平均二乗偏差に基づいて行われる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
分子的存在物の対象分子表面に対する所望の親和性を有するアミノ酸配列を設計および選択する方法であって、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法に従って共通構造フォールドを有するアミノ酸配列のライブラリをコンピュータ計算により構築することを含み、さらに：
（ｘ）マッチングスコアを各々が有している複数の再構築構造−分子表面複合体を設計すべく、前記再構築構造のうちの少なくとも１つを前記対象分子表面上にマッチングさせること、および場合によって前記複合体における前記再構築構造についてステップ（ｘ）を繰り返すことを含み；
（ｘｉ）場合によって、マッチングスコアを有する被置換再構築構造−分子表面複合体を設計すべく、少なくとも１つの前記複合体の前記再構築構造における前記重み調整再閉鎖セグメントのうちの少なくとも１つを、対応する別の重み調整再閉鎖セグメントで置換
すること、およびステップ（ｘ）を繰り返すことを含み；
（ｘｉｉ）前記マッチングスコアに基づいて、前記分子的存在物の前記対象分子表面に対する前記所望の親和性を有する前記アミノ酸配列を選択することを含む、方法。
【請求項９】
対象分子表面に対する所望の親和性を有するアミノ酸配列を作製する方法であって、
請求項８に記載の方法に従って前記対象分子表面に対する前記所望の親和性を有するアミノ酸配列を設計および選択することと；
前記アミノ酸配列を発現系において発現させることとを含み；
それにより、前記対象分子表面に対する前記所望の親和性を有する前記アミノ酸配列を作製する、方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法によって作製された、対象分子表面に対する所望の親和性を有するアミノ酸配列。
【請求項１１】
前記位置が、ポリペプチド主鎖位置上にある位置である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記重み調整が、主鎖二面角の調節、アミノ酸側鎖パッキング、およびアミノ酸の変更から構成される群から選択される少なくとも１つの操作を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記アミノ酸の変更が、前記分割セグメントのアミノ酸、および前記分割セグメントを取り囲む外殻の内部に少なくとも部分的に存在する前記鋳型構造におけるアミノ酸に対してもたらされる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記マッチングが、剛体配向、主鎖二面角の調節、アミノ酸側鎖パッキング、およびアミノ酸の変更から構成される群から選択される少なくとも１つの操作を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１５】
アミノ酸配列を有する標的タンパク質の構造を予測する方法であって：
（ｉ）共通構造フォールド、および長さが前記標的タンパク質と同一であるアミノ酸配列を有する、複数のソース構造を提供することを含み、前記共通構造フォールドが、構造フレームワークおよび多様構造領域を定義する保存構造領域を有するものであり、前記構造フレームワークが、構造保存性の最も高い場所を有するものであり；
（ｉｉ）各々の前記複数のソース構造の前記アミノ酸配列を前記標的タンパク質の前記アミノ酸配列で置き換え、前記複数のソース構造の構造を構造相同セグメントへとセグメント化することを含み、構造相同セグメントの群を複数個得るべく前記構造相同セグメントの各々が、前記構造保存性の最も高い場所のうちの２つの場所によって定義されるものであり、前記群の各々が、前記構造保存性の最も高い場所のうちの２つの場所によって定義されるものであり；
（ｉｉｉ）前記共通構造フレームワークを有しかつ前記場所に対応する特定位置を有する鋳型構造を選択することを含み；
前記群の各々について：
（ｉｖ）分割セグメントを得るべく、前記構造相同セグメントのうちの少なくとも１つの構造相同セグメントを前記構造相同セグメント内の部位において分割することを含み；
（ｖ）前記分割セグメントの各位置を、前記場所に対応する前記特定位置の対応する位置に重ね合わせ、前記鋳型構造における対応するセグメントを変位させることを含み；
（ｖｉ）前記標的タンパク質の前記アミノ酸配列を維持しながら、前記鋳型構造において重み調整再閉鎖セグメントを得るべく、前記分割セグメントをセグメント閉鎖のために重み調整することを含み；
（ｖｉｉ）場合によって、別の部位で分割しながらステップ（ｉｖ）〜（ｖｉ）を繰り返すこと、または前記構造相同セグメントのさらなる操作を中止することを含み；
（ｖｉｉｉ）前記群の各々に対応する追加の少なくとも１つの重み調整再閉鎖セグメントを得るべく、追加の少なくとも１つの構造相同セグメントについてステップ（ｉｖ）〜（ｖｉｉ）を繰り返すことを含み；
（ｉｘ）複数の再構築構造を再構築するために、前記群の各々に対応する複数の前記重み調整再閉鎖セグメントを組み合わせ的に用いることを含み、前記再構築構造の各々が、前記構造フレームワークを定義する前記保存構造領域と、前記多様構造領域と、前記構造保存性の最も高い場所に対応する位置とを有する前記共通構造フォールドを有するものであり；
（ｘ）各々の前記再構築構造についてエネルギースコアを計算することを含み、
前記標的タンパク質の構造が低エネルギースコアを有するものである、方法。