【手続補正書】
【提出日】平成30年9月14日(2018.9.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を患う個体における癌の再発リスクを予測する方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現について、個体から得た癌のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現は、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較して、癌の再発リスクが増加することに相関し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項２】
ＣＤＫ４／６阻害剤による処置後の、癌を患う個体における癌の再発リスクを予測する方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されるタンパク質の陽性発現について、個体から得た癌のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現は、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較して、ＣＤＫ４／６阻害剤による処置後の癌を患う個体における癌の再発リスクが増加することに相関し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項３】
癌は、リンパ節転移陰性のＥＲ陽性乳癌；初期のリンパ節転移陽性乳癌；多発性骨髄腫、前立腺癌、神経膠芽腫、リンパ腫、線維肉腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；軟骨肉腫；骨肉腫；脊索腫；血管肉腫；内皮肉腫；リンパ管肉腫；リンパ管内皮肉腫；滑膜腫；中皮腫；ユーイング腫瘍；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；結腸癌；膵臓癌；乳癌；卵巣癌；扁平上皮癌；基底細胞癌；腺癌；汗腺癌；脂腺癌；乳頭癌；乳頭腺癌；嚢胞腺癌；髄様癌；気管支癌；腎細胞癌；肝臓癌；胆管癌；絨毛癌；セミノーマ；胎児性癌；ウィルムス腫瘍；子宮頚癌；子宮癌；精巣腫瘍；肺癌；小細胞肺癌；膀胱癌；上皮癌；神経膠腫；星細胞腫；髄芽細胞腫；頭蓋咽頭腫；上衣腫；松果体腫；血管芽腫；聴神経腫；乏突起神経膠腫；髄膜腫；黒色腫；網膜芽細胞腫；及び白血病を含む群から選択される、ことを特徴とする請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
癌は乳癌である、ことを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項５】
乳癌は初期のリンパ節転移陰性乳癌であり、及び随意に、乳癌は、初期のリンパ節転移陰性、又は初期のリンパ節転移陽性の、ＥＲ陽性乳癌である、ことを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項６】
初期のリンパ節転移陰性乳癌の患者における乳癌の再発リスクを予測する方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現について、患者から得た癌腫瘍のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現は、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う患者と比較して、癌の再発リスクが増加することに相関し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項７】
乳癌を患うと診断された個体の５年生存率又は１０年生存率を判定する方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されるタンパク質の陽性発現について、個体から得た癌腫瘍のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現は、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較して、５年生存率又は１０年生存率の可能性が減少することに相関し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項８】
前記方法は更に、ｐ１６ＩＮＫ４Ａ遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現を分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現と組み合わせて、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの調節不全発現は、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの調節不全発現、及び少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較して、癌の再発リスクが増加すること、又は、５年生存率或いは１０年生存率の可能性が減少することに相関する、ことを特徴とする請求項１、２、６、又は７に記載の方法。
【請求項９】
癌の再発又は進行を予防するための治療による処置に適した、癌患者を識別する方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子の陽性発現について、癌患者から得た癌のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較した、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現は、癌患者が、癌の再発又は進行を予防するための治療による処置に適していることを示し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項１０】
前記方法は更に、ｐ１６ＩＮＫ４Ａ遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現を分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現と組み合わせた、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの調節不全発現は、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの調節不全発現、及び少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の陽性発現を示さない、癌を患う個体と比較した場合に、癌患者が、癌の再発又は進行を予防するためのアジュバント治療による処置に適していることを示す、ことを特徴とする請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記治療は、ネオアジュバント治療、アジュバント治療、又はその両方の組み合わせである、ことを特徴とする請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
ネオアジュバント治療薬とアジュバント治療薬は、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、アファチニブ、ペルツズマブ、ＣＤＫ４／６阻害剤、シクロホスファミド、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、ゲムシタビン、アドリアマイシン（ドキソルビシン）、エピルビシン、ドセタキセル、パクリタキセル、カペシタビン、及びタモキシフェンから選択された薬剤である、ことを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
癌を患う個体における癌の処置の効果をモニタリングする方法であって、該方法は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、ＺＮＦ３６７、ＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９から選択される少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現について、癌を患う個体から得た癌のサンプルを分析する工程を含み、ここで、少なくとも３つの遺伝子のより高度な発現は、少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現が低い、癌を患う個体と比較して、無効な処置及び転帰不良に相関し；ここで、少なくとも３つの遺伝子又は該少なくとも３つの遺伝子によりコード化されたタンパク質は、ＦＯＸＭ１、ＰＴＴＧ１、及びＺＮＦ３６７であり、遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質であるＵＨＲＦ１、Ｅ２Ｆ１、ＭＹＢＬ２、ＨＭＧＢ２、ＡＴＡＤ２、Ｅ２Ｆ８、及びＴＣＦ１９の１以上を随意に含む、方法。
【請求項１４】
少なくとも３つの遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の分析と組み合わせて、ｐ１６ＩＮＫ４Ａ遺伝子又は該遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現について癌のサンプルを分析する工程を更に含み、それにより、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの調節不全発現は、ｐ１６ＩＮＫ４Ａの発現が中程度である、癌を患う個体と比較して、無効な処置及び転帰不良に相関する、ことを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記処置は、ネオアジュバント治療、アジュバント治療、又はその両方の組み合わせであり、ネオアジュバント治療薬とアジュバント治療薬は随意に、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、アファチニブ、ペルツズマブ、ＣＤＫ４／６阻害剤、シクロホスファミド、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、ゲムシタビン、アドリアマイシン（ドキソルビシン）、エピルビシン、ドセタキセル、パクリタキセル、カペシタビン、及びタモキシフェンから選択された薬剤である、ことを特徴とする請求項１３又は１４に記載の方法。