【手続補正書】
【提出日】平成30年3月6日(2018.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
周囲温度で生物試料中に含まれる核酸を安定化する方法であって、
ａ）糞便試料、土壌試料、下水試料、廃水試料、または水試料でもよい生物試料を得るステップと、
ｂ）前記生物試料をキレート化剤を含む水性組成物と接触させて、混合物を形成するステップであって、前記キレート化剤が少なくとも約１５０ｍＭの濃度で存在し、前記組成物のｐＨが少なくとも９．５であるステップと、
ｃ）（ｂ）の前記混合物を均一化して均一混合物を形成するステップと、
ｄ）周囲温度で前記均一混合物を貯蔵するステップと、を含み、
前記キレート化剤が１，２−シクロヘキサンジアミン四酢酸（ＣＤＴＡ）、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、テトラアザシクロドデカン四酢酸（ＤＯＴＡ）、テトラアザシクロテトラデカン四酢酸（ＴＥＴＡ）、デスフェリオキシミン、またはこれらのキレート化剤類似体から選択されてもよい、方法。
【請求項２】
前記核酸がデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記哺乳動物はヒトでもよい、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
下記要件（ａ）〜（ｇ）の少なくとも１種を満たす、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（ａ）前記キレート化剤がＣＤＴＡである、
（ｂ）前記キレート化剤の濃度が１５０ｍＭ〜５００ｍＭ、または２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭである、
（ｃ）前記組成物のｐＨが９．５〜１１．５、または１０．５〜１１．５、または１１である、
（ｄ）前記組成物がｐＨ９．５〜１１．５の範囲に緩衝化可能な少なくとも１種の緩衝剤をさらに含み、前記緩衝剤がベータアラニンでもよい、
（ｅ）前記組成物が水溶性有機溶媒をさらに含み、前記水溶性有機溶媒はＣ１−Ｃ６アルカノールでもよく、前記Ｃ１−Ｃ６アルカノールはエタノールでもよく、前記エタノールはが前記組成物中に３０体積％未満の濃度、または２４体積％未満の濃度で存在する、
（ｆ）前記組成物が界面活性剤をさらに含み、前記界面活性剤がナトリウムドデシルスルフェートでもよい、および
（ｇ）前記組成物が消泡剤をさらに含む、前記消泡剤がＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａでもよい。
【請求項５】
前記混合物が均一化手段を使って均一化され、前記均一化手段が少なくとも１個のミキシングボールでもよく、前記均一化手段が少なくとも１個のミキシングボールであるとき、前記方法は、前記少なくとも１個のミキシングボールを含む試料容器中で前記生物試料および前記組成物の混合物を形成するステップと、前記試料容器を密閉するステップと、前記少なくとも１個のミキシングボールの存在下で前記混合物を振盪することにより前記混合物を均一化するステップとを含み、前記振盪することは手で行ってもよく、
さらに以下の要件（ａ）〜（ｃ）のいずれかを満たす、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（ａ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、ステンレス鋼ミキシングボールまたはタングステンカーバイドミキシングボールでもよい、
（ｂ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、直径が５．６〜１１．１ｍｍ、密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３であるステンレス鋼ミキシングボールでもよい、または
（ｃ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、直径が７．１〜８．７ｍｍ、密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３であるステンレス鋼ミキシングボールでもよく、且つ前記試料容器は、内径が１２．９ｍｍの丸底チューブでもよい。
【請求項６】
下記要件（ａ）または（ｂ）のいずれか一方を満たす、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
（ａ）前記生物試料がヒトから得られた糞便試料であり、前記核酸がヒトＤＮＡであり、前記ヒトＤＮＡは、下記期間：
室温で少なくとも７日間、少なくとも１４日間、少なくとも３０日間、もしくは少なくとも６０日間、
３７〜５０の温度で少なくとも７日間、もしくは少なくとも１４日間、および／または
−２０で少なくとも３０日間
にわたり安定に保持可能である、あるいは、
（ｂ）前記核酸が微生物ＤＮＡであり、前記生物試料のマイクロバイオームプロファイルは、下記期間：
室温で少なくとも７日間、少なくとも１４日間、少なくとも３０日間、もしくは少なくとも６０日間、
３７〜５０の温度で少なくとも７日間、もしくは少なくとも１４日間、および／または
−２０で少なくとも３０日間
にわたり安定に保持可能である。
【請求項７】
周囲温度で生物試料中に含まれる核酸を安定化するための水性組成物であって、前記生物試料が糞便試料、土壌試料、下水試料、廃水試料、または水試料でもよく、前記水性組成物がキレート化剤を含み、前記キレート化剤が少なくとも１５０ｍＭの濃度で存在し、前記組成物のｐＨが少なくとも９．５であり、前記キレート化剤がＣＤＴＡ、ＤＴＰＡ、ＤＯＴＡ、ＴＥＴＡ、デスフェリオキシミン、またはこれらのキレート化剤類似体から選択されるものでもよい、水性組成物。
【請求項８】
前記核酸がデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記哺乳動物はヒトでもよい、請求項７または８に記載の組成物。
【請求項１０】
下記要件（ａ）〜（ｇ）の少なくとも１種を満たす、請求項７〜９のいずれか１項に記載の組成物。
（ａ）前記キレート化剤がＣＤＴＡである、
（ｂ）前記キレート化剤の濃度が１５０ｍＭ〜５００ｍＭ、または２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭである、
（ｃ）前記組成物のｐＨが９．５〜１１．５、または１０．５〜１１．５、または１１である、
（ｄ）前記組成物がｐＨ９．５〜１１．５の範囲に緩衝化可能な少なくとも１種の緩衝剤をさらに含み、前記緩衝剤がベータアラニンでもよい、
（ｅ）前記組成物が水溶性有機溶媒をさらに含み、前記水溶性有機溶媒がＣ１−Ｃ６アルカノールでもよく、前記Ｃ１−Ｃ６アルカノールがエタノールでもよく、前記エタノールが前記組成物中に３０体積％未満の濃度、または２４体積％未満の濃度で存在する、
（ｆ）前記組成物が界面活性剤をさらに含み、前記界面活性剤がナトリウムドデシルスルフェートでもよい、および
（ｇ）前記組成物が消泡剤をさらに含む、前記消泡剤がＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａでもよい。
【請求項１１】
前記生物試料がヒトから得られた糞便試料であり、前記核酸がヒトＤＮＡである、またが前記核酸が微生物ＤＮＡであり、前記組成物が前記生物試料のマイクロバイオームプロファイルを安定化するためのものである、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１２】
周囲温度で生物試料中に含まれる核酸を安定化するためのキットあって、前記生物試料は糞便試料、土壌試料、下水試料、廃水試料、または水試料でもよく、
ａ）再密閉可能な蓋を有する試料容器と、
ｂ）キレート化剤を含む水性組成物であって、前記キレート化剤が少なくとも１５０ｍＭの濃度で存在し、少なくともｐＨが９．５であり、前記組成物が前記試料容器内に収容されていてもよい組成物と、
ｃ）均一化手段であって、前記試料容器内に収容されていてもよい均一化手段と、
ｄ）前記生物試料またはその一部を前記試料容器中に移す手段と、
ｅ）使用のための説明書と、を含み
前記キレート化剤がＣＤＴＡ、ＤＴＰＡ、ＤＯＴＡ、ＴＥＴＡ、デスフェリオキシミン、またはこれらのキレート化剤類似体から選択されたものでもよい、キット。
【請求項１３】
前記核酸がデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、請求項１２に記載のキット。
【請求項１４】
前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記哺乳動物はヒトでもよい、請求項１２または１３に記載のキット。
【請求項１５】
下記要件（ａ）〜（ｇ）の少なくとも１種を満たす、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載のキット。
（ａ）前記キレート化剤がＣＤＴＡである、
（ｂ）前記キレート化剤の濃度が１５０ｍＭ〜５００ｍＭ、または２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭである、
（ｃ）前記組成物のｐＨが９．５〜１１．５、または１０．５〜１１．５、または１１である、
（ｄ）前記組成物がｐＨ９．５〜１１．５の範囲に緩衝化可能な少なくとも１種の緩衝剤をさらに含み、前記緩衝剤がベータアラニンでもよい、
（ｅ）前記組成物が水溶性有機溶媒をさらに含み、前記水溶性有機溶媒がＣ１−Ｃ６アルカノールでもよく、前記Ｃ１−Ｃ６アルカノールがエタノールでもよく、前記エタノールが前記組成物中に３０体積％未満の濃度、または２４体積％未満の濃度で存在する、
（ｆ）前記組成物が界面活性剤をさらに含み、前記界面活性剤がナトリウムドデシルスルフェートでもよい、および
（ｇ）前記組成物が消泡剤をさらに含む、前記消泡剤がＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａでもよい。
【請求項１６】
前記生物試料がヒトから得られた糞便試料であり、前記核酸がヒトＤＮＡである、あるいは前記核酸が微生物ＤＮＡであり、前記キットが前記生物試料のマイクロバイオームプロファイルを安定化するためのものである、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１７】
前記均一化手段が少なくとも１個のミキシングボールであり、
（ａ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、ステンレス鋼ミキシングボールまたはタングステンカーバイドミキシングボールでもよい、
（ｂ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、直径が５．６〜１１．１ｍｍ、密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３であるステンレス鋼ミキシングボールでもよい、または
（ｃ）前記少なくとも１個のミキシングボールが、直径が７．１〜８．７ｍｍ、密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３であるステンレス鋼ミキシングボールでもよく、且つ前記試料容器は、内径が１２．９ｍｍの丸底チューブでもよい、
請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１８】
前記核酸がＤＮＡであり、前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記組成物は、ｐＨが１０．５〜１１．５であり、
２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭのＣＤＴＡ、
３０ｍＭ〜７０ｍＭ、または５０ｍＭの竅|アラニン、
２１．５体積％〜２３．５体積％、または２３．５体積％のエタノール、
０〜１％（ｗ／ｖ）、または０．５％（ｗ／ｖ）のナトリウムドデシルスルフェート、および
０〜０．２％（ｖ／ｖ）または０．１％（ｖ／ｖ）の量のＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａ
を含む、それらから本質的に構成される、またはそれらから構成されるものであり、
内径が１２．９ｍｍ、直径が５．６〜１１．１ｍｍ、密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３である少なくとも１個のステンレス鋼ミキシングボールを含む丸底チューブ中で前記糞便試料と前記組成物との混合物を形成するステップと、前記丸底チューブを密閉するステップと、前記少なくとも１個のステンレス鋼ミキシングボールの存在下で前記混合物を手で振盪することにより前記混合物を均一化するステップとを含んでもよい、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記核酸が微生物ＤＮＡであり、前記方法が前記糞便試料のマイクロバイオームプロファイルを安定化し、前記糞便試料の前記マイクロバイオームプロファイルが、
室温で、少なくとも７日間、少なくとも１４日間、少なくとも３０日間、もしくは少なくとも６０日間；
３７〜５０の温度で少なくとも７日間、もしくは少なくとも１４日間；および／または
−２０で少なくとも３０日間
にわたり安定に保持可能である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸がＤＮＡであり、前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記組成物は、ｐＨが１０．５〜１１．５であり、
２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭのＣＤＴＡ、
３０ｍＭ〜７０ｍＭ、または５０ｍＭの・/U>−アラニン、
２１．５体積％〜２３．５体積％、または２３．５体積％のエタノール、
０〜１％（ｗ／ｖ）、または０．５％（ｗ／ｖ）のナトリウムドデシルスルフェート、および
０〜０．２％（ｖ／ｖ）または０．１％（ｖ／ｖ）の量のＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａ
を含む、それらから本質的に構成される、またはそれらから構成されるものである、請求項７に記載の組成物。
【請求項２１】
前記糞便試料のマイクロバイオームプロファイルを安定化するためのものである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記核酸がＤＮＡであり、前記生物試料が哺乳動物から得られた糞便試料であり、前記組成物はｐＨが１０．５〜１１．５であり、
２５０ｍＭ〜３５０ｍＭ、または３００ｍＭのＣＤＴＡ、
３０ｍＭ〜７０ｍＭ、または５０ｍＭの・/U>−アラニン、
２１．５体積％〜２３．５体積％、または２３．５体積％のエタノール、
０〜１％（ｗ／ｖ）、または０．５％（ｗ／ｖ）のナトリウムドデシルスルフェート、および
０〜０．２％（ｖ／ｖ）または０．１％（ｖ／ｖ）の量のＡｎｔｉｆｏａｍ  Ａ
を含む、それらから本質的に構成される、またはそれらから構成されるものである、請求項１２に記載のキット。
【請求項２３】
前記核酸が微生物のＤＮＡであり、前記キットが前記生物試料のマイクロバイオームプロファイルを安定化するためのものであり、
前記均一化手段が直径が５．６〜１１．１ｍｍ、および密度が少なくとも７．６ｇ／ｃｍ３である少なくとも１個のステンレス鋼ミキシングボールでもよく、且つ前記試料容器が、内径が１２．９ｍｍの丸底チューブでもよい、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
前記核酸がリボ核酸（ＲＮＡ）である、請求項１の方法。
【請求項２５】
前記核酸がリボ核酸（ＲＮＡ）である、請求項７の組成物。
【請求項２６】
前記核酸がリボ核酸（ＲＮＡ）である、請求項１２のキット。