【手続補正書】
【提出日】平成30年1月15日(2018.1.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５から選択される配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含んでなる、９〜１００アミノ酸長のペプチド、またはその薬学的に許容可能な塩。
【請求項２】
ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子および／またはヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ分子に結合する能力を有する、請求項１に記載のペプチド。
【請求項３】
９〜３０アミノ酸長である、請求項１に記載のペプチド。
【請求項４】
１０アミノ酸長以下のＮ末端および／またはＣ末端アミノ酸伸長を含んでなる、請求項１に記載のペプチド。
【請求項５】
（ａ）配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列からなるペプチド；
（ｂ）１０アミノ酸長以下のコア配列のＮ末端伸長を有する（ａ）のペプチド；および
（ｃ）１０アミノ酸長以下のＣ末端伸長を有する（ａ）または（ｂ）のペプチド
からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項６】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも９０％同一である、請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項７】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも９５％同一である、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項８】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５のいずれかを含んでなる、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項９】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５のいずれかからなる、請求項１または２に記載のペプチド。
【請求項１０】
前記ペプチドが、修飾されおよび／または非ペプチド結合を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項１１】
配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有するＨＬＡリガンドと、反応性のＴ細胞受容体。
【請求項１２】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも９０％、または少なくとも９５％同一である、請求項１１に記載のＴ細胞受容体。
【請求項１３】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５または配列番号４４８〜配列番号６０５のいずれかを含んでなる、請求項１１または１２に記載のＴ細胞受容体。
【請求項１４】
前記アミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５、配列番号３２６〜配列番号４４７または配列番号４４８〜配列番号６０５のいずれかからなる、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体。
【請求項１５】
（ａ）配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも８０％と同一であるアミノ酸；および
（ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸１〜８０
を含んでなる、融合タンパク質。
【請求項１６】
前記（ａ）のアミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５または配列番号４４８〜配列番号６０５と少なくとも９０％、好ましくは少なくとも９５％同一である、請求項１５に記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
前記（ａ）のアミノ酸配列が、配列番号２６６、配列番号１〜配列番号２６５、配列番号２６７〜配列番号３２５または配列番号４４８〜配列番号６０５を含んでなる、請求項１６に記載の融合タンパク質。
【請求項１８】
（ａ）請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチド；
（ｂ）請求項１１〜１４のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体；または
（ｃ）請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の融合タンパク質
をエンコードする核酸。
【請求項１９】
ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、請求項に１８記載の核酸。
【請求項２０】
請求項１８または１９に記載の核酸を含んでなる、発現ベクター。
【請求項２１】
請求項１８または１９に記載の核酸、または請求項２０に記載の発現ベクターを含んでなる、宿主細胞。
【請求項２２】
例えば、樹状細胞などの抗原提示細胞である、請求項２１に記載の宿主細胞。
【請求項２３】
請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチド、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体、または請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の融合タンパク質を製造する方法であって、請求項２１に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から前記ペプチド、前記Ｔ細胞受容体、または前記融合タンパク質を単離するステップとを含んでなる、方法。
【請求項２４】
ＣＴＬを適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子に、前記ＣＴＬが抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を製造するためのインビトロ法。
【請求項２５】
前記抗原が、十分な量の前記抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に負荷される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記抗原提示細胞が、請求項１〜９のいずれか一項に記載の前記ペプチドを発現する能力がある発現ベクターを含んでなる、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
請求項２４〜２６のいずれか一項に記載の方法によって製造される、活性化細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）。
【請求項２８】
請求項２７に記載の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において標的がん細胞を死滅させる、活性化細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を含む標的がん細胞の死滅剤。
【請求項２９】
請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチド、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項１８または１９に記載の核酸、請求項２０に記載の発現ベクター、請求項２２または２３に記載の宿主細胞、または請求項２７に記載の活性化細胞傷害性Ｔリンパ球を含む薬剤、または該薬剤の製造における使用。
【請求項３０】
前記薬剤がワクチンである、請求項２９に記載の薬剤若しくは使用。
【請求項３１】
前記薬剤ががんに対して有効である、請求項２９または３０に記載の薬剤若しくは使用。
【請求項３２】
前記がんが、急性骨髄性白血病および／または慢性リンパ管白血病である、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の薬剤若しくは使用。
【請求項３３】
請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチドからなる群から選択される少なくとも１つの活性成分、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項１８または１９に記載の核酸、請求項２０に記載の発現ベクター、請求項２２または２３に記載の宿主細胞、および請求項２７に記載の活性化細胞毒性Ｔリンパ球、および薬学的に許容可能な担体を含んでなる、医薬組成物。
【請求項３４】
ａ）ＴＯＰ１ＭＴ、ＦＡＦ１、ＰＬＸＮＤ１、ＧＭＮＮ、ＣＰＱ、ＡＴＰ５Ｌ、ＩＴＧＡ５、ＳＫＰ１、ＣＨＤ１Ｌ、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＮＧＬＹ１、ＡＰＬＰ２、ＫＩＦ２Ｃ、ＥＬＰ３、ＤＧＫＺ、ＭＹＣＨ２、ＳＬＣ３１Ａ２、ＥＲＬＩＮ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＡＢＨＤ２、ＧＡＡ、ＯＰＲＬ１、ＷＤＲ４５Ｂ、ＴＵＦＭ、ＭＦＡＰ１、ＺＮＦ５４３、ＳＴＫ４、ＺＫＳＣＡＮ８、ＦＮＤＣ３Ｂ、ＴＭＥＭ１６４、ＴＨＯＣ７、ＫＬＦ２、ＴＭＥＭ１２６Ｂ、ＵＦＤ１Ｌ、ＭＵＬ１、ＶＣＰＩＰ１、ＫＩＦ２０Ｂ、ＣＳＦ３Ｒ、ＮＯＣ４Ｌ、ＥＭＩＬＩＮ２、ＳＨＡＮＫ３、ＵＣＫ２、ＰＨＰＴ１、ＫＩＦ１５、ＳＬＣ１２Ａ６、ＤＯＬＫ、ＥＥＦ２Ｋ、ＰＩＫ３Ｒ２、ＴＭＥＭ１９４Ａ、ＣＣＳ、ＺＮＦ２６４、ＬＹＲＭ１、ＮＢＮ、ＴＩＰＲＬＴＩＰ４１、ＲＰＳ６ＫＡ４、ＲＣＢＴＢ２、ＰＡＫ４、ＥＲＣＣ１、ＤＭＤ、ＵＮＧ、ＣＰＡ３、ＡＺＵ１、ＡＴＰ２Ｂ４、ＭＡＲＫ３、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＮＤＵＦＳ１、Ｓ１００Ａ１１、ＨＡＬ、ＰＲＩＭ１、ＲＥＮＢＰ、ＣＣＮＧ１、ＺＮＦ１３１、ＨＲＳＰ１２、ＥＩＦ６、ＴＭＰＲＳＳ３、ＵＢＥ２Ｇ２、ＮＯＰ１４、ＴＦＣＰ２、ＴＡＲＢＰ１、ＴＴＬ１２、ＨＬＸ、ＣＢＸ２、ＺＮＦ６３８、Ｃ３ＡＲ１、ＴＡＦ９、ＦＳＣＮ１、ＺＮＦ８０５、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＳＬＸ４ＩＰ、ＲＬＴＰＲ、ＲＮＦ１９Ｂ、ＤＤＸ４６、ＬＲＲＣ８Ｄ、Ｃ１６ｏｒｆ６２、ＧＯＬＧＡ７、ＲＨＯＴ１、ＢＢＳ１、ＣＥＰ７６、ＧＡＮＣ、ＡＴＰ８Ｂ４、ＰＰＩＬ４、ＨＰＴ１、ＣＨＴＦ１８、ＤＧＣＲ８、ＡＮＫＳ１Ａ、ＰＨＡＣＴＲ３、ＣＣＤＣ１１５、ＳＯＲＣＳ２、ＡＣＣＳ、ＡＣＢＤ６、ＯＲＡＩ３、ＳＩＫＥ１、Ｃ９ｏｒｆ１５６、ＥＤＥＭ２、ＮＵＰ８５、ＰＡＮＫ２、ＳＰＡＴＣ１Ｌ、ＩＫＺＦ４、ＤＨＸ３３、ＭＥＴＴＬ７Ａ、ＱＴＲＴＤ１、ＴＭＢＩＭ４、ＲＡＶＥＲ２、ＳＤＡＤ１、ＵＣＫＬ１、ＳＴＭＮ３、ＣＨＩＣ２、ＯＤＦ２Ｌ、ＰＲＲ１２、ＦＡＲＳＡ、ＣＴＤＰ１、Ａ１ＢＧ、ＣＯＲＯ１Ａ、ＲＰＳ５、Ｃ１９ｏｒｆ１０、ＰＬＩＮ３、ＣＬＳＴＮ１、ＨＳＰ９０Ｂ１、Ｂ４ＧＡＬＴ１、ＳＰＮ、ＭＥＴＡＰ１、ＨＳＰＧ２、ＱＳＯＸ１、ＭＡＮＢＡ、ＣＲＥＧ１、ＬＤＨＡ、ＣＰ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＲＰ、ＡＰＲＴ、ＭＢＬ２、ＩＦＩ３０、ＬＢＰ、ＲＡＢ５Ａ、ＩＣＡＭ３、ＭＡＮ１Ａ１、ＲＢＭＸ、ＰＢＸ２、ＹＡＲＳ、ＴＰＭ４、ＲＢＬ３６Ａ、ＧＡＮＡＢ、ＨＳＰ９０Ｂ２Ｐ、ＬＡＩＲ１、ＧＡＬＮＴ７、ＡＲＲＤＣ１、およびＥＲＧＩＣ１からなる群から選択されるタンパク質に由来して、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子および／またはヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ分子に結合する能力を有するペプチド；
ｂ）（ａ）に記載のペプチドと反応性のＴ細胞受容体；
ｃ）（ａ）に記載のペプチドと、ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸１〜８０とを含んでなる融合タンパク質；
ｄ）ａ）〜ｃ）のいずれかをコードする核酸、または前記核酸を含んでなる発現ベクター；
ｅ）ｄの発現ベクターを含んでなる宿主細胞；および
ｆ）ＣＴＬを適切な抗原提示細胞の表面に発現されるａ）に記載のペプチドと、前記ＣＴＬを抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなる方法によって得られる、活性化細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）
からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分；および
薬学的に許容可能な担体
を含んでなる医薬組成物。
【請求項３５】
請求項３４に記載の医薬組成物の有効量を患者に投与するステップを含んでなる、患者において標的細胞を死滅させるための、医薬組成物。
【請求項３６】
（ａ）少なくとも１つの原発性腫瘍サンプルから、そして少なくとも１つの対応する正常な組織サンプルから、天然に提示されるＨＬＡリガンドを溶出して同定するステップと；
（ｂ）同定された前記ＨＬＡリガンドに基づいて、前記少なくとも腫瘍サンプルおよび前記少なくとも正常な組織サンプルのリガンドームを生成するステップと；
（ｃ）ａ）前記少なくとも１つの腫瘍サンプルの細胞によって排他的に提示される抗原に由来し、ｂ）前記少なくとも１つの腫瘍サンプルの前記リガンドーム中で高頻度の提示を示す、包含に適する少なくとも１つのＨＬＡリガンドを選択するステップと
を含んでなる、ペプチドベースのワクチンへの包含に適する腫瘍関連ペプチドを同定する方法。
【請求項３７】
前記提示頻度が、少なくとも５％、少なくとも１０％、および少なくとも２０％から選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
複数のサンプルが使用されて、複数のリガンドームが生成される、請求項３６または３７に記載の方法。
【請求項３９】
個々の患者からの腫瘍サンプルがステップ（ａ）で使用される、個別化ペプチドベースワクチンへの包含に適する腫瘍関連ペプチドを同定する方法。
【請求項４０】
ステップ（ｃ）の前記選択するステップが、前記リガンドームと、対応する非腫瘍組織との比較で腫瘍中の免疫原性および過剰提示について予備選別されたペプチドのデータベースとを比較するステップを含んでなる、請求項３６〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記同定するステップが、前記腫瘍サンプルに由来するＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させるステップと、前記溶出ペプチドを配列決定するステップとを含んでなる、請求項３６〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも正常な組織サンプルが、患者からの腫瘍サンプルと組織型が一致する、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
データベースに含まれる前記ペプチドが、
１）前記腫瘍材料からのＨＬＡリガンドを質量分析法によって同定するステップと；
２）マイクロアレイを使用するゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を使用して、一連の正常組織と比較することで、前記腫瘍材料中で過剰発現される遺伝子を同定するステップと；
３）遺伝子発現データによって同定された前記ＨＬＡリガンドを比較するステップと；
４）ステップｂ）で検出された特異的発現または過剰発現される遺伝子によってコードされるペプチドを選択するテップと；
５）ステップｃ）からの選択されたＨＬＡリガンドを正常組織と対比して腫瘍組織上で再検出することで、ｍＲＮＡレベルにおける過剰発現の関連性を確認するステップと；
６）選択されたペプチドによって、生体内Ｔ細胞応答誘導が達成され得るかどうかを評価するために、患者または健常ドナーからのヒトＴ細胞を使用して生体外免疫原性アッセイを実施するステップと
を含んでなる方法によって同定される、請求項３９〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記データベースに含まれるペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、個々のＨＬＡ結合に対する患者免疫モニタリング、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ、および細胞内サイトカイン染色の群から選択される方法によって判定される、請求項４０〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記データベースが、配列番号１〜配列番号６０５のペプチドを含んでなる、請求項４０〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記個々の患者からの正常な対応する組織と比較して、前記腫瘍サンプルに固有の少なくとも１つの変異を有する、少なくとも１つのペプチドを同定するステップと、任意選択的に、前記ペプチドをワクチンへの包含のために選択するステップとをさらに含んでなる、請求項４０〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
（ｃ）に従って選択された少なくとも１つの腫瘍関連ペプチドを含んでなるペプチドベースのワクチンを製造するステップをさらに含んでなり、前記ペプチドベースのワクチンが好ましくは個別化される、請求項３６〜４７のいずれか一項に記載の方法。