【手続補正書】
【提出日】平成30年6月12日(2018.6.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の血液中の複数のポリペプチドの発現値を含有する生物学的データを分析する方法であって、
コンピュータで読み取り可能な媒体上に保存されたコンピュータプログラム命令であり、
曲線のセグメントと、方向によって規定される軸との距離を算出するためのコンピュータプログラム命令であり、前記距離が前記方向に沿った座標δ１によって規定される前記曲線上の点で算出される、前記コンピュータプログラム命令；および
前記距離を、細菌感染の存在、非存在、または前記対象が細菌感染を有する尤度と相関付けるためのコンピュータプログラム命令
を含む、前記コンピュータプログラム命令を実行するためにハードウェアプロセッサを操作することを含み、
前記座標が、前記発現値の結合によって規定され、前記セグメントの少なくとも９０％が下限線ｆ（δ１）−ε０と、上限線ｆ（δ１）＋ε１との間にあり、前記ｆ（δ１）が１／（１＋ｅｘｐ（δ１））に等しく、前記ε０と前記ε１のそれぞれが０．５未満である、方法。
【請求項２】
前記発現値が、自動化ＥＬＩＳＡ、自動化免疫アッセイ、および自動化機能アッセイからなる群から選択される少なくとも１つの自動化アッセイを実行する測定システムによって測定され、前記方法が、前記測定システムから前記生物学的データを受信することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記発現値の前記結合が、前記発現値の線形結合を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記距離に基づいて前記尤度を取得すること、および前記尤度を、所定の閾値と比較することをさらに含み、前記尤度が前記所定の閾値より上であることを、前記細菌感染の指標とする、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
対象の血液中の複数のポリペプチドの発現値を含有する生物学的データを分析する方法であって、
コンピュータで読み取り可能な媒体上に保存されたコンピュータプログラム命令であり、
曲面のセグメントと、第１の方向および第２の方向によって規定される平面との第１の距離を算出するためのコンピュータプログラム命令であり、前記第１の距離が前記第１の方向に沿った第１の座標δ０および前記第２の方向に沿った第２の座標δ１によって規定される前記曲面上の点で算出される、前記コンピュータプログラム命令；ならびに
前記第１の距離を、細菌感染の存在、非存在、または前記対象が細菌感染を有する尤度と相関付けるためのコンピュータプログラム命令
を含む、前記コンピュータプログラム命令を実行するためのハードウェアプロセッサを操作することを含み、
前記第１および第２の座標のそれぞれが、前記発現値の異なる結合によって規定され、前記セグメントの少なくとも９０％が下限面ｆ（δ０，δ１）−ε０と、上限面ｆ（δ０，δ１）＋ε１との間にあり、前記ｆ（δ０，δ１）が、ｅｘｐ（δ１）／（１＋ｅｘｐ（δ０）＋ｅｘｐ（δ１））に等しく、前記ε０と前記ε１のそれぞれが０．５未満である、方法。
【請求項６】
前記発現値が、自動化ＥＬＩＳＡ、自動化免疫アッセイ、および自動化機能アッセイからなる群から選択される少なくとも１つの自動化アッセイを実行する測定システムによって測定され、前記方法が、前記測定システムから前記生物学的データを受信することを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第１および第２の座標の少なくとも１つについて、前記発現値の前記結合が、前記発現値の線形結合を含む、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記第１の距離に基づいて前記尤度を取得すること、および前記尤度を、所定の閾値と比較することをさらに含み、前記尤度が前記所定の閾値より上であることを、前記細菌感染の指標とする、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
第２の曲面のセグメントと、前記平面との第２の距離を算出すること；および
前記第２の距離を、ウイルス感染の存在、非存在、または前記対象がウイルス感染を有する尤度と相関付けること
をさらに含み、
前記第２の曲面の前記セグメントの少なくとも９０％が、第２の下限面ｇ（δ０，δ１）−ε２と、第２の上限面ｇ（δ０，δ１）＋ε３との間にあり、前記ｇ（δ０，δ１）が、ｅｘｐ（δ０）／（１＋ｅｘｐ（δ０）＋ｅｘｐ（δ１））に等しく、前記ε２と前記ε３のそれぞれが０．５未満である、請求項５〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記第２の距離に基づいて前記尤度を取得すること、および前記尤度を、第２の所定の閾値と比較することをさらに含み、前記尤度が前記第２の所定の閾値より上であることを、前記ウイルス感染の指標とする、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１の距離に基づいて前記対象が細菌感染を有する前記尤度を取得すること、前記第２の距離に基づいて前記対象がウイルス感染を有する前記尤度を取得すること、および前記尤度のそれぞれを、対応する所定の閾値と比較することをさらに含み、前記尤度のそれぞれが前記対応する所定の閾値より下であることを、患者が非感染症を有する可能性があることの指標とする、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のポリペプチドのそれぞれが、ＣＲＰ、ＩＰ−１０、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ｒａ、ＰＣＴおよびＳＡＡからなる群から選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のポリペプチドが、少なくとも３つのポリペプチドを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のポリペプチドが、ＣＲＰ、ＩＰ−１０、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ｒａ、ＰＣＴおよびＳＡＡからなる群から選択される少なくとも３つのポリペプチドを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のポリペプチドが、少なくともＣＲＰおよびＴＲＡＩＬを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数のポリペプチドが、少なくともＣＲＰ、ＴＲＡＩＬおよびＩＰ−１０を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
出力がグラフとして提示される、前記尤度の前記出力を生成することをさらに含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記発現値を決定することをさらに含み、前記発現値の少なくとも１つが電気泳動的または免疫化学的に決定される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ハードウェアプロセッサによって読まれた場合、前記ハードウェアプロセッサに、未知の疾患を有する対象の血液中の複数のポリペプチドの発現値を受信させ、請求項１〜７、９および１１〜１８のいずれか一項に記載の方法を実行させるプログラム命令が保存されたコンピュータで読み取り可能な媒体を含む、コンピュータソフトウェア製品。
【請求項２０】
生殖可能年齢の女性対象から単離した血液試料における感染型を決定する方法であって、前記血液試料中のＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルを、所定の閾値と比較することを含み、前記所定の閾値が、生殖可能年齢の健康な女性対象、または生殖可能年齢の健康な女性対象群のＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルに対応し、前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルと前記所定の閾値との差異が感染型を示す、方法。
【請求項２１】
生殖可能年齢の男性対象から単離した血液試料における感染型を決定する方法であって、前記血液試料中のＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルを、所定の閾値と比較することを含み、前記所定の閾値が、生殖可能年齢の健康な男性対象、または生殖可能年齢の健康な男性対象群のＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルに対応し、前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルと前記所定の閾値との差異が感染型を示す、方法。
【請求項２２】
前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルが前記所定の閾値より上である場合、前記感染型がウイルス性である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルが前記所定の閾値より上である場合、前記感染型が細菌性ではない、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルが前記所定の閾値より下である場合、前記感染型が細菌性である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＴＲＡＩＬタンパク質血清レベルが前記所定の閾値より下である場合、前記感染型がウイルス性ではない、請求項２０または２１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９０】
【表１−１】
2017532633.tif 000001
【表１−２】
2017532633.tif 000002