【手続補正書】
【提出日】平成30年1月29日(2018.1.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸ライブラリーを予備的に分離するデバイスであって、
固相ブロックに配置された複数のハイブリダイゼーション親和性モノリスカラムを備えており、
ここで、前記モノリスカラムのそれぞれは、固有のハイブリダイゼーション結合特異性を有する共有結合オリゴヌクレオチドにより官能化されており、且つ、
前記モノリスカラムのそれぞれは、該カラムを通る強制対流が生じ得る位置に配置されている、デバイス。
【請求項２】
前記モノリスカラムのそれぞれは、前記ブロックを貫通するホールの内壁に共有結合されている、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項３】
前記モノリスカラムのそれぞれは、該モノリスカラムを強制対流が流れるときも前記ブロックに固定され続けるように前記貫通ホールの内壁に結合されている、請求項２に記載の分離デバイス。
【請求項４】
前記モノリスカラムのそれぞれは、２０ＰＳＩの圧力で該モノリスカラムを強制対流が流れるときも前記ブロックに固定され続けるように結合されている、請求項３に記載の分離デバイス。
【請求項５】
前記ブロックは、前記モノリスカラムを強制対流が流れるときにアドレス可能なアライメントにおいて該モノリスカラムを維持し得、且つ、該モノリスカラムからの分離された核酸分子亜集団の解離およびトランスファーを可能とする物質から構成されている、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項６】
前記ブロックは、金属から構成されている、請求項５に記載の分離デバイス。
【請求項７】
前記金属は、アルミニウムである、請求項６に記載の分離デバイス。
【請求項８】
前記アルミニウムの表面は、シラン処理されている、請求項７に記載の分離デバイス。
【請求項９】
前記モノリスカラムは、有機ポリマーからなるモノリスカラムであり、該モノリスカラムと表面がシラン処理されたアルミニウムとの共有結合は、炭素−炭素結合である、請求項８に記載の分離デバイス。
【請求項１０】
前記モノリスカラムが、有機ポリマーからなるモノリスカラムである、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項１１】
前記モノリスカラムが、ポリ（ＧＭＡ−ｃｏ−ＥＤＭＡ）である、請求項１０に記載の分離デバイス。
【請求項１２】
前記モノリスカラムのそれぞれは、約０．５ｆｍｏｌ／μＬ〜約０．４ｎｍｏｌ／μＬの核酸ライブラリーを結合し得る、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項１３】
前記モノリスカラムのそれぞれは、約１ｐｍｏｌ／１０μＬ〜約１μｍｏｌ／μＬの密度で共有結合したオリゴヌクレオチドで官能化されている、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項１４】
前記モノリスカラムのそれぞれは、約０．５ｆｍｏｌ／μＬ〜約０．４ｎｍｏｌ／μＬの核酸ライブラリーを結合し得る、請求項１３に記載の分離デバイス。
【請求項１５】
前記ライブラリー核酸分子の、前記モノリスカラムにある相補的配列を有するオリゴヌクレオチドに結合する平均速度定数は、約１×１０３Ｍ−１ｓ−１〜約１×１０６Ｍ−１ｓ−１である、請求項１に記載の分離デバイス。
【請求項１６】
ｋの数の核酸タグの混合物を、ｍの数の空間的位置にルートする方法であって、ｍおよびｋは１より大きい整数であり、該核酸タグのそれぞれは、化学反応サイトまたはリガンドに動作的に連結されており、該方法は以下の（ａ）および（ｂ）のステップ：
（ａ）前記ｋの数の核酸の混合物を１つのアレイに接触させること、ここで該アレイはｍの数の空間的位置を有し、該空間的位置のそれぞれはモノリスが付着した担体を備えており、各モノリスは、共有結合的に結合したポリマーを含み、該ポリマーは前記ｋの数の核酸タグの内の１つと選択的にハイブリダイズする；および
（ｂ）前記ｋの数の核酸タグのそれぞれを、前記ｍの数の空間的位置のいずれか１つにおける前記相補的なポリマーとハイブリダイズさせること；
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記ｍの数の空間的に規定された位置において前記ポリマーから前記ｋの数の核酸タグを溶出することをさらに包含する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記アレイは、ｍの数の個々の空間的位置を含むブロックを備える、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記アレイは、１より大きい数の動作的に連結されたブロックを備える、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸タグが前記ポリマーにハイブリダイズする平均速度定数は、約１×１０２Ｍ−１ｓ−１〜約１×１０６Ｍ−１ｓ−１である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記空間的位置の１つまたはそれ以上において、前記核酸タグが前記ポリマーにハイブリダイズする収率は、約４０％より大きい、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記空間的位置の１つまたはそれ以上において、前記核酸タグが前記ポリマーにハイブリダイズする収率は、約９０％より大きい、請求項１６に記載の方法。
【請求項２３】
前記ポリマーは、キャプチャーオリゴヌクレオチドである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２４】
前記キャプチャーオリゴヌクレオチドは、約１０ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチド、１５ヌクレオチド〜約４５ヌクレオチド、１０ヌクレオチド〜約３０ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド〜約２４ヌクレオチド、または、約１９ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドの長さを有する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記キャプチャーオリゴヌクレオチドは、直交性である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記キャプチャーオリゴヌクレオチドのＴｍは、約４９℃〜約５３℃の範囲にある、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記ｋは、１０またはそれよりも大きく、前記核酸タグの約４０％は、相補的キャプチャーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされ、および、
相補的キャプチャーオリゴヌクレオチドの数は、１０またはそれよりも大きい、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記ｋは、１０よりも大きく、前記核酸タグの約９０％は、相補的キャプチャーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされ、および、
相補的キャプチャーオリゴヌクレオチドの数は、１０またはそれよりも大きい、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
前記核酸タグは、前記キャプチャーオリゴヌクレオチドのＴｍの温度または該Ｔｍより約１０℃以下の温度にて、前記キャプチャーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされる、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記担体は、チタン、アルミニウム合金、ステンレス鋼、ドープドメタル、ガラス、石英、ポリカーボネート、溶融シリカ、ポリ（メチルメタクリレート）、プラスチック、ポリエーテルエーテルケトン、ドープドポリエーテルエーテルケトン、ドープドポリスチレン、環状オレフィンコポリマー、ポリエーテルイミド、ドープドポリプロピレン、またはこれらの組合せから構成される、請求項１６に記載の方法。
【請求項３１】
前記アレイは、動作的に連結された一連のカラムである、請求項１６に記載の方法。
【請求項３２】
前記モノリスは、有機ポリマーからなるモノリスである、請求項１６に記載の方法。
【請求項３３】
前記担体は、約０．５ｆｍｏｌ／μＬ〜約０．４ｎｍｏｌ／μＬの前記核酸タグを結合する、請求項１６に記載の方法。
【請求項３４】
前記核酸タグは、約２０ヌクレオチド〜約１０００ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド〜約８００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド〜約６００ヌクレオチド、または、約１５０ヌクレオチド〜約３００ヌクレオチドの長さを有する、請求項１６に記載の方法。
【請求項３５】
前記リガンドは、ペプチド、ペプトイド、または、約５０ダルトン〜約３０００ダルトンの分子量の有機化合物である、請求項１６に記載の方法。
【請求項３６】
前記モノリスは、前記担体に共有結合的に結合している、請求項１６に記載の方法。
【請求項３７】
前記モノリスは、アミド結合、エステル結合、ウレア結合、ウレタン結合、炭素−ケイ素結合、炭素−窒素結合、炭素−炭素結合、エーテル結合、チオエーテル結合、または、ジスルフィド結合により、前記担体に共有結合的に結合している、請求項１６に記載の方法。
【請求項３８】
ｋの数の核酸タグの混合物を、ｍの数の空間的位置にルートする方法であって、ｍおよびｋは１より大きい整数であり、該方法は以下の（ａ）および（ｂ）のステップ：
（ａ）前記ｋの数の核酸の混合物を１つのアレイに接触させること、ここで該アレイはｍの数の空間的位置を有し、該空間的位置のそれぞれはモノリスが付着した担体を備えており、各モノリスは、共有結合的に結合したポリマーを含み、該ポリマーは前記ｋの数の核酸タグの内の１つと選択的にハイブリダイズする；および
（ｂ）前記ｋの数の核酸タグのそれぞれを、前記ｍの数の空間的位置のいずれか１つにおける前記相補的なポリマーとハイブリダイズさせること；
を包含する、方法。
【請求項３９】
核酸プログラム型化合物ライブラリーの調製方法であって、該方法は以下の（ａ）〜（ｅ）のステップ：
（ａ）請求項１６に記載の方法を用いて前記ｋの数の核酸タグをルートすること；
（ｂ）該方法における前記ｍの数の空間的に規定された位置において前記ポリマーから前記核酸タグのそれぞれを溶出すること；
（ｃ）前記ｍの数の空間に局在化された核酸タグをｘの数の異なる化学サブユニットと反応させること、ここでｘは１より大きい整数である；
（ｄ）前記ｘの数の異なる化学サブユニットが結合した前記ｋの数の核酸タグをプールすること；および
（ｅ）前記ステップａ）〜ｄ）をｙ回繰り返すこと、ここでｙは１より大きい整数である；
を包含する、方法。
【請求項４０】
前記ステップ（ｂ）の後、該ステップ（ｂ）において溶出された前記核酸タグはアニオン交換樹脂によって固定化され、前記ステップ（ｃ）の後に該アニオン交換樹脂から溶出される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記ライブラリーのメンバー数は、約１０００メンバーを超える、請求項３９に記載の方法。