【手続補正書】
【提出日】平成30年3月16日(2018.3.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組換えウイルスベクターに細胞を接触させる工程
を含む、外因的に提供されるヌクレアーゼの非存在下での、細胞ゲノム内への導入遺伝子の標的指向化された組み込みのための方法であって、
該組換えウイルスベクターが、
i．第一の核酸配列および第二の核酸配列を含むポリヌクレオチドであって、該第一の核酸配列が導入遺伝子をコードし；かつ該第二の核酸配列が該第一の核酸配列に対して5'側または3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位への組み込み時に、2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する、ポリヌクレオチド；
ii．該ポリヌクレオチドに対して5'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の5'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第三の核酸配列；ならびに
iii．該ポリヌクレオチドの3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の3'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第四の核酸配列
を含み、
該細胞が、ヌクレアーゼまたはヌクレアーゼをコードする核酸と接触しない、
前記方法。
【請求項２】
細胞が非分裂細胞であるか、または接触させる工程がインビボで生じる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
第一の核酸配列および第二の核酸配列を含むポリヌクレオチドカセットであって、該第一の核酸配列が導入遺伝子を含み；かつ該第二の核酸配列が該第一の核酸配列に対して5'側または3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位への組み込み時に、2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する、ポリヌクレオチドカセット；
該ポリヌクレオチドカセットに対して5'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の5'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第三の核酸配列；ならびに
該ポリヌクレオチドカセットの3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の3'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第四の核酸配列
を含む、細胞のゲノムにおける標的組み込み部位に導入遺伝子を組み込むための組換えウイルスベクター。
【請求項４】
rAAVベクターである、請求項3記載の組換えウイルスベクター。
【請求項５】
標的組み込み部位における2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する核酸配列が、2Aペプチドをコードする配列；IRES；インテイン；部位特異的プロテアーゼに対する認識配列；凝固カスケードの一部として切断される切断可能なリンカーをコードする配列；第XI因子切断部位をコードする配列；およびイントロンのスプライスドナー/スプライスアクセプター配列より選択される、請求項3または4記載の組換えウイルスベクター。
【請求項６】
標的組み込み部位を含む内因性遺伝子の発現および活性が、導入遺伝子の組み込みによって妨害されない、請求項3〜5のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項７】
内因性遺伝子の3'末端が、標的組み込み部位を含み、
第三の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の終止コドンの上流にあるDNA配列と実質的に相同であり；かつ
第四の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の終止コドンの下流にあるDNA配列と実質的に相同である、
請求項3〜6のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項８】
内因性遺伝子の5'末端が、標的組み込み部位を含み、
第三の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の開始コドンの上流にあるDNA配列と実質的に相同であり；かつ
第四の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の開始コドンの下流にあるDNA配列と実質的に相同である、
請求項3〜6のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項９】
内因性遺伝子が、アルブミン遺伝子、コラーゲン遺伝子、およびアクチン遺伝子からなる群より選択される、請求項3〜8のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１０】
導入遺伝子が遺伝子欠損を補完する、請求項3〜9のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１１】
導入遺伝子が、免疫学的予防を促進する作用物質をコードする、請求項3〜9のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１２】
免疫学的予防を促進する作用物質が、免疫グロブリンドメインおよびエフェクタードメインを含むポリペプチドである、請求項11記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１３】
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体である、請求項11記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１４】
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体またはキメラポリペプチドであり、かつヒト免疫不全ウイルス（HIV）、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、マラリア原虫（Plasmodium）、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、四日熱マラリア原虫（Plasmodium malariae）、真菌、および細菌より選択される病原体に特異的である、請求項11記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１５】
導入遺伝子が脈管形成および/または血管新生を促進する、請求項3〜9のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１６】
導入遺伝子がVEGFである、請求項15記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１７】
導入遺伝子が、α1-アンチトリプシン、α-L-イズロニダーゼ、第IX因子、メチルマロニル-CoAムターゼ、またはUGT1A1をコードする核酸配列を含む、請求項3〜10のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１８】
導入遺伝子が、標的組み込み部位への組み込み時に、内因性遺伝子のプロモーターに機能的に連結されるようになる、請求項3〜17のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項１９】
標的組み込み部位への導入遺伝子の組み込みが、外因的に提供されるヌクレアーゼの非存在下で起こる、請求項3〜18のいずれか一項記載の組換えウイルスベクター。
【請求項２０】
請求項3〜19のいずれか一項記載の組換えウイルスベクターを含む、遺伝子欠損に関連した医学的状態を治療するための薬学的組成物。
【請求項２１】
医学的状態が、血友病、血友病A、血友病B、分岐鎖有機酸尿症、メープルシロップ尿症（MSUD）、イソ吉草酸血症（IVA）、プロピオン酸尿症（PA）、メチルマロン酸尿症（MMA）、3メチルクロトニルグリシン尿症、3-メチルグルタコン酸尿症I型、短鎖/分岐鎖アシル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、2-メチル-3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、イソブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、3-ヒドロキシイソ酪酸尿症、マロン酸尿症、長鎖脂肪酸酸化障害、糖原病、糖原病I型（GSD1）、カルニチン回路障害、尿素回路障害、クリグラー・ナジャール症候群、遺伝性チロシン血症、表皮水疱症、ウィルソン病、アデノシンデアミナーゼ欠損症、鎌状赤血球病、X連鎖重症複合免疫不全症（SCID-X1）、サラセミア、嚢胞性線維症、α1アンチトリプシン欠損症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、ゴーシェ病、成長ホルモン欠損症、リソソーム蓄積症、ムコ多糖症（MPS）、およびパーキンソン病からなる群より選択される、請求項20記載の薬学的組成物。
【請求項２２】
請求項3〜19のいずれか一項記載の組換えウイルスベクターを含む、免疫学的予防を促進するための薬学的組成物。
【請求項２３】
請求項3〜19のいずれか一項記載の組換えウイルスベクターを含む、創傷治癒を促進するための薬学的組成物。
【請求項２４】
外因的に提供されるヌクレアーゼの非存在下での、細胞ゲノム内への導入遺伝子の標的指向化された組み込みのための方法に使用するための薬学的組成物の製造における、請求項3〜19のいずれか一項記載の組換えウイルスベクターの使用であって、該方法において、組換えウイルスベクターが細胞と接触し、かつ該細胞がヌクレアーゼまたはヌクレアーゼをコードする核酸と接触しない、
前記使用。
【請求項２５】
細胞が非分裂細胞であるか、または接触がインビボで生じる、請求項24記載の使用。
【請求項２６】
前記方法が遺伝子欠損に関連した医学的状態を治療するための方法である、請求項24または25記載の使用。
【請求項２７】
医学的状態が、血友病、血友病A、血友病B、分岐鎖有機酸尿症、メープルシロップ尿症（MSUD）、イソ吉草酸血症（IVA）、プロピオン酸尿症（PA）、メチルマロン酸尿症（MMA）、3メチルクロトニルグリシン尿症、3-メチルグルタコン酸尿症I型、短鎖/分岐鎖アシル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、2-メチル-3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、イソブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、3-ヒドロキシイソ酪酸尿症、マロン酸尿症、長鎖脂肪酸酸化障害、糖原病、糖原病I型（GSD1）、カルニチン回路障害、尿素回路障害、クリグラー・ナジャール症候群、遺伝性チロシン血症、表皮水疱症、ウィルソン病、アデノシンデアミナーゼ欠損症、鎌状赤血球病、X連鎖重症複合免疫不全症（SCID-X1）、サラセミア、嚢胞性線維症、α1アンチトリプシン欠損症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、ゴーシェ病、成長ホルモン欠損症、リソソーム蓄積症、ムコ多糖症（MPS）、およびパーキンソン病からなる群より選択される、請求項26記載の使用。
【請求項２８】
前記方法が免疫学的予防を促進するための方法であるか、または導入遺伝子が免疫学的予防を促進する作用物質をコードしている、請求項24または25記載の使用。
【請求項２９】
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体またはキメラポリペプチドであり、かつヒト免疫不全ウイルス（HIV）、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、マラリア原虫、熱帯熱マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、真菌、および細菌より選択される病原体に特異的である、請求項28記載の使用。
【請求項３０】
前記方法が創傷治癒を促進するための方法である、請求項24または25記載の使用。
【請求項３１】
請求項3〜19のいずれか一項記載の組換えウイルスベクターおよび薬学的に許容されるキャリアまたは希釈剤を含む、薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
外因的に供給されるヌクレアーゼを使用せずに細胞のゲノムを編集するための方法および組成物が提供される。該方法の局面は、標的遺伝子座内に組み込む核酸配列を含むターゲティングベクターに細胞を接触させる工程を含み、該細胞は、ヌクレアーゼとも接触するという事はない。加えて、主題の方法を実践することにおいて用途が見出される試薬、デバイス、およびそれらのキットが提供される。
[本発明1001]
組換えウイルスベクターに細胞を接触させる工程
を含む、外因的に提供されるヌクレアーゼの非存在下での、細胞ゲノム内への導入遺伝子の標的指向化された組み込みのための方法であって、
該組換えウイルスベクターが、
i．第一の核酸配列および第二の核酸配列を含むポリヌクレオチドであって、該第一の核酸配列が導入遺伝子をコードし；かつ該第二の核酸配列が該第一の核酸配列に対して5'側または3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位への組み込み時に、2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する、ポリヌクレオチド；
ii．該ポリヌクレオチドに対して5'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の5'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第三の核酸配列；ならびに
iii．該ポリヌクレオチドの3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の3'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第四の核酸配列
を含み、
該細胞が、ヌクレアーゼまたはヌクレアーゼをコードする核酸と接触しない、
前記方法。
[本発明1002]
細胞が非分裂細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
接触させる工程がインビボで生じる、本発明1001の方法。
[本発明1004]
遺伝子欠損に関連した医学的状態を治療することにおいて用途が見出される、本発明1003の方法。
[本発明1005]
医学的状態が、血友病、血友病A、血友病B、分岐鎖有機酸尿症、メープルシロップ尿症（MSUD）、イソ吉草酸血症（IVA）、プロピオン酸尿症（PA）、メチルマロン酸尿症（MMA）、3メチルクロトニルグリシン尿症、3-メチルグルタコン酸尿症I型、短鎖/分岐鎖アシル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、2-メチル-3-ヒドロキシブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、イソブチリル-CoAデヒドロゲナーゼ欠損症、3-ヒドロキシイソ酪酸尿症、マロン酸尿症、長鎖脂肪酸酸化障害、糖原病、糖原病I型（GSD1）、カルニチン回路障害、尿素回路障害、クリグラー・ナジャール症候群、遺伝性チロシン血症、表皮水疱症、ウィルソン病、アデノシンデアミナーゼ欠損症、鎌状赤血球病、X連鎖重症複合免疫不全症（SCID-X1）、サラセミア、嚢胞性線維症、α1アンチトリプシン欠損症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、ゴーシェ病、成長ホルモン欠損症、およびパーキンソン病からなる群より選択される、本発明1004の方法。
[本発明1006]
免疫学的予防を促進することにおいて用途が見出される、本発明1003の方法。
[本発明1007]
導入遺伝子が、免疫学的予防を促進する作用物質をコードする、本発明1006の方法。
[本発明1008]
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体またはキメラポリペプチドであり、かつヒト免疫不全ウイルス（HIV）、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、マラリア原虫（Plasmodium）、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、四日熱マラリア原虫（Plasmodium malariae）、真菌、および細菌より選択される病原体に特異的である、本発明1007の方法。
[本発明1009]
創傷治癒を促進することにおいて用途が見出される、本発明1003の方法。
[本発明1010]
第一の核酸配列および第二の核酸配列を含むポリヌクレオチドカセットであって、該第一の核酸配列が導入遺伝子を含み；かつ該第二の核酸配列が該第一の核酸配列に対して5'側または3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位への組み込み時に、2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する、ポリヌクレオチドカセット；
該ポリヌクレオチドカセットに対して5'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の5'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第三の核酸配列；ならびに
該ポリヌクレオチドカセットの3'側に位置付けされ、かつ細胞のゲノムにおける標的組み込み部位の3'側のゲノム配列と実質的に相同である配列を含む、第四の核酸配列
を含む、細胞のゲノムにおける標的組み込み部位に導入遺伝子を組み込むための組換えウイルスベクター。
[本発明1011]
rAAVベクターである、本発明1010の組換えウイルスベクター。
[本発明1012]
標的組み込み部位における2種類の独立した遺伝子産物の産生を促進する核酸配列が、2Aペプチドをコードする配列；IRES；インテイン；部位特異的プロテアーゼに対する認識配列；凝固カスケードの一部として切断される切断可能なリンカーをコードする配列；第XI因子切断部位をコードする配列；およびイントロンのスプライスドナー/スプライスアクセプター配列より選択される、本発明1010の組換えウイルスベクター。
[本発明1013]
標的組み込み部位を含む内因性遺伝子の発現および活性が、導入遺伝子の組み込みによって妨害されない、本発明1012の組換えウイルスベクター。
[本発明1014]
内因性遺伝子の3'末端が、標的組み込み部位を含み、
第三の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の終止コドンの上流にあるDNA配列と実質的に相同であり；かつ
第四の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の終止コドンの下流にあるDNA配列と実質的に相同である、
本発明1013の組換えウイルスベクター。
[本発明1015]
内因性遺伝子の5'末端が、標的組み込み部位を含み、
第三の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の開始コドンの上流にあるDNA配列と実質的に相同であり；かつ
第四の核酸配列の配列が、該内因性遺伝子の開始コドンの下流にあるDNA配列と実質的に相同である、
本発明1013の組換えウイルスベクター。
[本発明1016]
内因性遺伝子が、アルブミン遺伝子、コラーゲン遺伝子、およびアクチン遺伝子からなる群より選択される、本発明1013の組換えウイルスベクター。
[本発明1017]
導入遺伝子が遺伝子欠損を補完する、本発明1010の組換えウイルスベクター。
[本発明1018]
導入遺伝子が、免疫学的予防を促進する作用物質をコードする、本発明1010の組換えウイルスベクター。
[本発明1019]
免疫学的予防を促進する作用物質が、免疫グロブリンドメインおよびエフェクタードメインを含むポリペプチドである、本発明1018の組換えウイルスベクター。
[本発明1020]
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体である、本発明1018の組換えウイルスベクター。
[本発明1021]
免疫学的予防を促進する作用物質が抗体またはキメラポリペプチドであり、かつヒト免疫不全ウイルス（HIV）、インフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、マラリア原虫、熱帯熱マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、真菌、および細菌より選択される病原体に特異的である、本発明1018の組換えウイルスベクター。
[本発明1022]
導入遺伝子が脈管形成および/または血管新生を促進する、本発明1010の組換えウイルスベクター。
[本発明1023]
導入遺伝子がVEGFである、本発明1022の組換えウイルスベクター。