【手続補正書】
【提出日】平成30年4月25日(2018.4.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２８】
DBリファキシミンの投与を受けた対象では、OLの第2週目及びDBの第2週目の両方で、豊富度の減少が認められ、各リファキシミン治療終了時に対応した(図16)。両治療を行った後に豊富度は回復したが、それは、リファキシミンを用いた単回治療又は反復治療を行った後でも、細菌分類群の長期的抑制は生じないことを示唆する。リファキシミン治療は、IBS-Dを有するプラセボ治療対象及びリファキシミン治療対象において、Shannon多様性又は均斉度に対して有意な効果は有さず、また微生物叢の豊富度に一過性の変化をもたらした。この豊富度の減少は、リファキシミン治療コース終了後に回復した。リファキシミン治療により影響を受けた細菌ファミリーについて、16S rRNA遺伝子の配列決定を行うと、より豊富な分類群よりも存在量の低い分類群の方が、リファキシミン治療による影響をより多く受けることが明らかになった。全体として、非盲検リファキシミンの単回コースとこれに続く二重盲検プラセボ治療を受けた対象と比較したとき、リファキシミンを用いた反復治療期中の対象において、便微生物叢の障害は認められなかった。
本発明の実施形態として、例えば以下を挙げることができる。
(1)  IBSの治療について、対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数よりも大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(2)  前記細菌の存在が、16S rRNA遺伝子の分析により検出される、(1)に記載の方法。
(3)  前記細菌の存在が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により検出される、(2)に記載の方法。
(4)  IBS治療に反応する対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数よりも大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(5)  IBSの再治療に反応する対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数より大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(6)  治療が、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む、(1)に記載の方法。
(7)  再治療が、第1の治療又はその他の治療からの再発後に、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む、(5)に記載の方法。
(8)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(9)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(10)  分析するステップが、メタゲノミクスにより、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(11)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(12)  分析するステップが、16S rRNA遺伝子の分析により細菌の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(13)  16S rRNA遺伝子のV4超可変領域が分析される、(12)に記載の方法。
(14)  前記対象が、表1の分類群のうちの1つ以上に該当する細菌を有する、(1)に記載の方法。
(15)  ステレラ科が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(16)  スフィンゴバクテリウム科が存在する場合、前記対象は治療に反応する。(1)に記載の方法。
(17)  フィロバクテリア科が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(18)  サーモアナエロバクター科が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(19)  バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(20)  フラボバクテリア科が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(21)  ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(22)  スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(23)  ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(24)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を治療する方法であって、
リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
前記対象の糞便微生物叢、又はリファキシミン以外の抗生物質に対する前記対象の交差耐性、又は前記リファキシミンによる後続治療後の微生物出現に対する前記対象の傾向に効果が及ばない、
前記方法。
(25)  前記対象の全体的な糞便微生物叢に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(26)  前記対象の糞便微生物叢に対する効果が、Bray-Curtis類似性指標により評価される、(25)に記載の方法。
(27)  前記対象の糞便微生物叢に対する効果が、Shannon多様性インデックスにより評価される、(25)に記載の方法。
(28)  前記対象のリファンピン以外の抗生物質に対する交差耐性に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(29)  非リファマイシン抗生物質に対する前記対象の交差耐性に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(30)  抗生物質に対する前記対象の交差耐性に及ぼす効果が、前記対象から得た便スワブサンプルから増殖させた単離物の培養により評価される、(28)に記載の方法。
(31)  その他の抗生物質に対する前記対象の交差耐性に及ぼす効果が、前記対象から得た皮膚スワブサンプルから増殖させた単離物の培養により評価される、(28)に記載の方法。
(32)  前記抗生物質が、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、タゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、及びバンコマイシンを含む、(28)に記載の方法。
(33)  前記抗生物質が、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、及びタゾバクタムを含む、(32)に記載の方法。
(34)  前記抗生物質が、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、タゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、及びバンコマイシンを含む、(32)に記載の方法。
(35)  前記リファキシミンによる後続治療が、前記対象の便内における微生物出現に対する前記対象の傾向に効果を及ぼさない、(24)に記載の方法。
(36)  前記リファキシミンによる後続治療が、前記対象の皮膚上における微生物出現に対する前記対象の傾向に効果を及ぼさない、(24)に記載の方法。
(37)  前記微生物が、酵母菌である、(24)に記載の方法。
(38)  前記微生物が、病原性細菌である、(24)に記載の方法。
(39)  前記微生物が、グラム陽性菌である、(24)に記載の方法。
(40)  前記微生物が、グラム陰性菌である、(24)に記載の方法。
(41)  前記病原性細菌が、大腸菌、クレブシエラ属、シュードモナス属、エンテロバクター属、セラシア属、プロテウス属、バクテロイド属、エンテロコッカス属、スタフィロコッカス属、及びクロストリジウム・ディフィシルの種を含む、(38)に記載の方法。
(42)  前記病原性細菌が、スタフィロコッカス種である、(41)に記載の方法。
(43)  前記病原性細菌が、エンテロコッカス種である、(41)に記載の方法。
(44)  前記病原性細菌が、クロストリジウム種である、(41)に記載の方法。
(45)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピン耐性がリファキシミン耐性を経験する患者で認められる、
前記方法。
(46)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgの1日3回(TID)、14日間の投与計画を、前記対象に実施するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続投与計画を伴い、
後続投与計画が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピン耐性がリファキシミン耐性に匹敵する、
前記方法。
(47)  リファキシミン耐性の増加を示す対象で、リファンピン耐性の増加が認められる、(45)又は(46)に記載の方法。
(48)  リファキシミン耐性の増加を示さない対象で、リファンピン耐性の増加が認められない、(45)又は(46)に記載の方法
(49)  前記対象が、リファキシミン最低阻止濃度(MIC)において一過性の変化を示す、(24)に記載の方法。
(50)  MICの変化が、可逆的である、(49)に記載の方法。
(51)  リファキシミンMICの一過性の変化が、スタフィロコッカス種に対して呈されるようなMICの増加である、(49)に記載の方法。
(52)  前記対象が、リファンピンMICにおいて一過性の変化を更に示す、(49)に記載の方法。
(53)  リファンピンMICにおける一過性の変化が、可逆的である、(52)に記載の方法。
(54)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際に開始される、
前記方法。
(55)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始される、
前記方法。
(56)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
前記対象の全体的な糞便微生物叢集団に効果が及ばない、
前記方法。
(57)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
リファンピン以外の抗生物質に対する前記対象の交差耐性に変化は生じない、
前記方法。
(58)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
前記リファキシミンによる後続治療後の微生物出現に対する前記対象の傾向に検出可能な変化は生じない、
前記方法。
(59)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピンMICの変化が、リファキシミンMICの変化と類似する、
前記方法。
(60)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体の出現に対して有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(61)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体感受性に有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(62)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける一般的な微生物集団に有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(63)  対象の過敏性腸症候群(IBS)を診断又は治療する方法であって、
対象のサンプルを、1つ以上の細菌の有無について分析するステップ、及び
リファキシミンを前記対象に投与するステップ、
を含み、
前記細菌が、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属し、
前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミンに反応し、及び
前記対象のサンプルが、前記対象に由来する胃腸微生物叢を含む、
前記方法。
(64)  リファキシミンが、550mg、1日3回、14日間の投与計画で投与される、(63)に記載の方法。
(65)  IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(64)に記載の方法。
(66)  前記1つ以上の症状が、腹痛を含む、(65)に記載の方法。
(67)  前記1つ以上の症状が、軟便又は水様便を含む、(65)に記載の方法。
(68)  1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(64)に記載の方法。
(69)  前記サンプルが、便サンプルである、(63)から(68)のいずれかに記載の方法。
(70)  前記細菌の有無が、前記サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により判断される、(63)から(69)のいずれかに記載の方法。
(71)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子の分析により判断される、(70)に記載の方法。
(72)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される、(71)に記載の方法。
(73)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅、及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される、(72)に記載の方法。
(74)  前記細菌の有無が、細菌培養により判断される、(63)から(73)のいずれかに記載の方法。
(75)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(76)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(77)  前記1つ以上の細菌が、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(78)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(63)から(77)のいずれかに記載の方法。
(79)  過敏性腸症候群(IBS)を治療する方法であって、
リファキシミンを、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属する1つ以上の細菌を保菌することが判明している対象に投与するステップを含み、
リファキシミンが、550mg、1日3回、14日間の投与計画で前記対象に投与される、
前記方法。
(80)  IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(79)に記載の方法。
(81)  前記1つ以上の症状が、腹痛を含む、(80)に記載の方法。
(82)  前記1つ以上の症状が、軟便又は水様便を含む、(80)に記載の方法。
(83)  1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(79)から(82)のいずれかに記載の方法。
(84)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(83)のいずれかに記載の方法。
(85)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(84)のいずれかに記載の方法。
(86)  前記1つ以上の細菌が、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(84)のいずれかに記載の方法。
(87)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(79)から(86)のいずれかに記載の方法。
(88)  対象の下痢型IBS(d-IBS)を治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間の投与計画で、前記対象にリファキシミンを投与するステップ、及び
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを含む、
前記方法。
(89)  反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい細菌の有無について、対象のサンプルを分析することにより、対象のリファキシミン反応性IBSを診断する方法であって、
前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミン反応性IBSと診断され、及び
前記対象のサンプルは、前記対象に由来する胃腸微生物叢を含有する、
前記方法。
(90)  IBSが、d-IBSである、(89)に記載の方法。
(91)  前記サンプルが、便サンプルである、(89)又は(90)に記載の方法。
(92)  前記細菌の有無が、前記サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により判断される、(89)から(91)のいずれかに記載の方法。
(93)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子の分析により判断される、(92)に記載の方法。
(94)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される、(93)に記載の方法。
(95)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅、及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される、(94)に記載の方法。
(96)  前記細菌の有無が、細菌培養により判断される、(89)から(95)のいずれかに記載の方法。
(97)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(89)から(96)のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の胃腸(GI)管内のバクテリア群の帰属性を判断する方法であって、
前記対象のGI管ミクロビオーム内に存在する細菌の16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を分析するステップ、及び
前記細菌の帰属性を判断するステップ
を含み、前記細菌の帰属性が、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科から選択される1つ以上の分類群に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応することになる、
前記方法。
【請求項２】
前記細菌の帰属性が分類群スフィンゴバクテリウム科に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応することになる、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記細菌の帰属性が分類群フィロバクテリア科に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応することになる、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記細菌の帰属性が分類群フラボバクテリア科に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応することになる、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
前記GI管ミクロビオームが、便細菌を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
対象の胃腸(GI)管内のバクテリア群の帰属性を判断する方法であって、
前記対象のGI管ミクロビオーム内に存在する細菌の16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を分析するステップ、及び
前記細菌の帰属性を判断するステップ
を含み、前記細菌の帰属性が、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスから選択される1つ以上の分類群に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応しないことになる、
前記方法。
【請求項７】
前記細菌の帰属性が分類群ステレラ科に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応しないことになる、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
前記細菌の帰属性が分類群サーモアナエロバクター科に属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応しないことになる、請求項6に記載の方法。
【請求項９】
前記細菌の帰属性が分類群バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスに属する場合、前記対象はリファキシミンを用いたIBSの治療に反応しないことになる、請求項6に記載の方法。
【請求項１０】
前記GI管ミクロビオームが、便細菌を含む、請求項6に記載の方法。