【手続補正書】
【提出日】平成30年9月10日(2018.9.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
膵・消化管神経内分泌新生物（GEP-NEN）の検出を必要とする対象においてGEP-NENを検出するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、標準化された発現レベルを得る工程;
前記標準化された発現レベルに基づいてスコアを割り当てる工程；
前記スコアを、所定のカットオフ値と比較する工程;
スコアが所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定し、またはスコアが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％である、前記方法。
【請求項２】
スコアが、0〜8のスケールで5または0〜100％のスケールで55％未満という所定のカットオフ値以上である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
スコアが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％未満である場合に、低レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定し;
スコアが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値以上かつ7という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％以上かつ75％未満である場合に、中間レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定し;または
スコアが、0〜8のスケールで7という所定のカットオフ値以上であるか、0〜100％のスケールで75％以上である場合に、高レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定する工程を含む、
対象が進行性GEP-NENを発生させるリスクのレベルを同定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
バイオマーカーが、RNA、cDNA、またはタンパク質である、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
バイオマーカーがRNAである場合に、RNAを逆転写してcDNAを生産し、生産されたcDNAの発現レベルを検出する、請求項4記載の方法。
【請求項６】
バイオマーカーと標識プローブまたはプライマーとの間の複合体を形成させることによってバイオマーカーの発現レベルを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項７】
バイオマーカーがタンパク質である場合に、タンパク質と標識抗体との間の複合体を形成させることによってタンパク質を検出する、請求項4記載の方法。
【請求項８】
標識が蛍光標識である、請求項7記載の方法。
【請求項９】
バイオマーカーがRNAまたはcDNAである場合に、RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体を形成させることによって、RNAまたはcDNAを検出する、請求項4記載の方法。
【請求項１０】
標識が蛍光標識である、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体がハイブリダイゼーション複合体である、請求項9記載の方法。
【請求項１２】
検査試料が、血液、血清、血漿、または新生物組織である、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
請求項3〜12のいずれか一項記載の方法によって、中間レベルまたは高レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを有すると同定された対象に投与されるように用いられることを特徴とする、ソマトスタチン類似体を含むGEP-NEN治療剤。
【請求項１４】
低レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを有すると同定された対象を、少なくとも6ヶ月間にわたってモニタリングする工程をさらに含む、請求項3〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
GEP-NENを検出する必要がある対象が、GEP-NENと診断された対象、少なくとも1つのGEP-NEN症状を有する対象、またはGEP-NENを発生させる素因もしくは家族歴を有する対象である、請求項1〜12および14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
対象がヒトである、請求項1〜12および14〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
対象における安定GEP-NENを進行性GEP-NENから弁別するための方法であって、
請求項1記載の方法に従って、対象からの検査試料から、前記スコアが、5という所定のカットオフ値以上であり、かつ6という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料を、SMARCD3の発現およびTPH1の発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料からSMARCD3およびTPH1の発現レベルを検出する工程;
SMARCD3およびTPH1の発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、SMARCD3およびTPH1の標準化された発現レベルを取得する工程;
SMARCD3の標準化された発現レベルに基づいて第2のスコアを割り当てる工程；
TPH1の標準化された発現レベルに基づいて第3のスコアを割り当てる工程；
第2のスコアおよび第3のスコアを、それぞれ第2および第3の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値より大きく、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値以上である場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値以下であり、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値未満である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1.3であり、
第3の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで4である、前記方法。
【請求項１８】
1.3という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは12％に対応し、4という第3の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは41％に対応する、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
対象において安定GEP-NENを進行性GEP-NENから弁別するための方法であって、
請求項1記載の方法に従って、対象からの検査試料から、スコアが、6という所定のカットオフ値以上、かつ7という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料を、VMAT1の発現およびPHF21Aの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料から、VMAT1およびPHF21Aの発現レベルを検出する工程;
VMAT1およびPHF21Aの発現レベルを、ALG9の発現レベルに対して標準化して、VMAT1およびPHF21Aの標準化された発現レベルを得る工程;
VMAT1の標準化された発現レベルに基づいて第2のスコアを割り当てる工程；
PHF21Aの標準化された発現レベルに基づいて第3のスコアを割り当てる工程；
第2のスコアおよび第3のスコアをそれぞれ第2および第3の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値以上であり、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値未満である場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値以上であり、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値以上である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで0であり、
第3の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1.2である、前記方法。
【請求項２０】
0という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは0％に対応し、1.2という第3の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは8％に対応する、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
対象において安定GEP-NENを進行性GEP-NENから弁別するための方法であって、
請求項1記載の方法に従って、対象からの検査試料から、スコアが、7という所定のカットオフ値以上、かつ8という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料を、VMAT1の発現およびPHF21Aの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料から、VMAT1およびPHF21Aの発現レベルを検出する工程;
VMAT1およびPHF21Aの発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、VMAT1およびPHF21Aの標準化された発現レベルを取得する工程;
VMAT1の標準化された発現レベルに基づいて第2のスコアを割り当てる工程；
PHF21Aの標準化された発現レベルに基づいて第3のスコアを割り当てる工程；
第2のスコアおよび第3のスコアをそれぞれ第2および第3の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値以上であり、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値より大きい場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
第2のスコアが第2の所定のカットオフ値以上であり、かつ第3のスコアが第3の所定のカットオフ値以下である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで0であり、
第3の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1である、前記方法。
【請求項２２】
0という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは0％に対応し、1という第3の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは7％に対応する、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
対象において安定GEP-NENを進行性GEP-NENから弁別するための方法であって、
請求項1記載の方法に従って、対象からの検査試料から、スコアが、8という所定のカットオフ値に等しいことを決定する工程;
検査試料を、ZZZ3の発現の検出に特異的な少なくとも1つの作用物質と接触させることによって、検査試料から、ZZZ3の発現レベルを検出する工程;
ZZZ3の発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、ZZZ3の標準化された発現レベルを得る工程;
ZZZ3の標準化された発現レベルに基づいて第2のスコアを割り当てる工程；
第2のスコアを、0〜8のスケールで1という所定のカットオフ値と比較する工程;および
第2のスコアが該所定のカットオフ値以下である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含む、
前記方法。
【請求項２４】
1という所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは18％に対応する、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、PQBP1、TPH1、COMMD9、MORF4L2、RNF41、RSF1、SMARCD3、およびZFHX3を含む16のバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断I総検査値を生成し、
参照試料における前記16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断I総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断I総参照値と比較して増加している進行性診断I総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、請求項17、19、21または23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
対象からの検査試料および参照試料を、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、Ki67、NAP1L1、NOL3、GLT8D1、PLD3、PNMA2、VMAT2、TPH1、FZD7、MORF4L2、およびZFHX3を含む15のバイオマーカーのそれぞれの発現量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを平均することで進行性診断II検査値を生成し、
参照試料における前記15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを平均することで進行性診断II参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断II参照値と比較して増加している進行性診断II検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、請求項17、19、21または23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
対象からの検査試料および参照試料を、PNMA2、VMAT2、COMMD9、SSTR1、SSTR3、SSTR4、およびSSTR5を含む7つのバイオマーカーのそれぞれの量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断III総検査値を生成し、
参照試料における前記7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断III総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断III総参照値と比較して増加している進行性診断III総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、請求項17、19、21または23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、PQBP1、TPH1、MORF4L2、RNF41、RSF1、SMARCD3、およびZFHX3を含む11のバイオマーカーのそれぞれの量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断IV総検査値を生成し、
参照試料における前記11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断IV総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断IV総参照値と比較して増加している進行性診断IV総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、請求項17、19、21または23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
手術後の対象において進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクを決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルを、ALG9の発現レベルに対して標準化して、標準化された発現レベルを得る工程;
前記標準化された発現レベルに基づいてスコアを割り当てる工程；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較する工程;
スコアが、0〜8のスケールで2という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで0％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクの非存在を同定し;
スコアが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する低レベルのリスクを同定し;
スコアが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値以上、かつ7という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％以上、かつ75％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する中間レベルのリスクを同定し;または
スコアが、0〜8のスケールで7という所定のカットオフ値以上であるか、0〜100％のスケールで75％以上である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する高レベルのリスクを同定する工程
を含む方法。
【請求項３０】
ソマトスタチンで処置された対象において進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクを決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、標準化された発現レベルを得る工程;
前記標準化された発現レベルに基づいてスコアを割り当てる工程；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較する工程;
スコアが、所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定するか、または、スコアが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程であって、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％である、工程;
GEP-NENが存在する場合には、対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、SSTR1、SSTR2、SSTR4、およびSSTR5を含む8つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断V総検査値を生成し、
参照試料における前記8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断V総参照値を生成する工程
を含み、進行性診断V総参照値と比較して増加している進行性診断V総検査値の値は、対象における再燃または再発進行性GEP-NENの存在を示す、前記方法。
【請求項３１】
GEP-NENによるペプチド受容体放射性ヌクレオチド療法（PRRT）に対する応答を決定する必要がある対象における同療法の応答を決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、ATP6V1H、OAZ2、PANK2、PLD3、およびALG9を含む9つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該9つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、ATP6V1H、OAZ2、PANK2、およびPLD3の発現レベルをALG9の発現レベルに対して標準化して、標準化された発現レベルを得る工程;
前記標準化された発現レベルに基づいてスコアを割り当てる工程；
前記スコアを、0〜8のスケールで5.9という所定のカットオフ値と比較する工程;
スコアが前記所定のカットオフ値より大きい場合に、対象におけるPRRT応答性GEP-NENの存在を決定する工程
を含む、前記方法。
【請求項３２】
GEP-NENによるペプチド受容体放射性ヌクレオチド療法（PRRT）に対する応答を決定する必要がある対象における同療法の応答を決定するための方法であって、
（a）PRRT療法の第1サイクル後に:
対象からの第1サイクル検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、第1サイクル検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
第1サイクル検査試料におけるAPLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルを、第1サイクル検査試料におけるALG9の発現レベルに対して標準化する工程;
（b）PRRT療法の第2サイクル後に、
対象からの第2サイクル検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該第2サイクル検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
第2サイクル検査試料におけるAPLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルを、第2サイクル検査試料におけるALG9の発現レベルに対して標準化する工程;
（c）（a）の標準化された発現レベルから（b）の標準化された発現レベルへの変化率を決定する工程;ならびに
（d）変化率が、0〜8のスケールで1というPRRT療法前カットオフ値より大きい場合に、PRRT応答性GEP-NENの存在を決定する工程
を含む、前記方法。
【請求項３３】
GEP-NENの進行を決定する必要がある対象におけるGEP-NENの進行を決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、ZFHX3の発現の検出に特異的な作用物質と接触させることにより、該検査試料から、ZFHX3の発現レベルを決定する工程;
参照試料を、ZFHX3の発現の検出に特異的な作用物質と接触させることにより、参照試料から、ZFHX3の発現レベルを決定する工程;
検査試料におけるZFHX3の発現レベルを参照試料におけるZFHX3の発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるZFHX3の標準化された発現レベルを、0〜8のスケールで0.5という所定のカットオフ値と比較する工程;および
標準化された発現レベルが、前記所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの進行を決定する工程
を含む、前記方法。
【請求項３４】
GEP-NENの腫瘍増殖を予測する必要がある対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖を予測するための方法であって、
（a）対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、ZFHX3、およびALG9を含む少なくとも23のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも23のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3の発現レベルを、ALG9の発現レベルに対して標準化して、標準化された発現レベルを取得する工程;
前記標準化された発現レベルに基づいてスコアを割り当てる工程；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較する工程;
スコアが所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定し、またはスコアが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％であり;
（b）GEP-NENが存在する場合には、対象からの検査試料および参照試料を、KRAS、SSTR4、およびVPS13Cを含む3つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VI総検査値を生成する工程、ならびに
参照試料における前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VI総参照値を生成する工程
を含み、進行性診断VI総参照値と比較して増加している進行性診断VI総検査値の値は、対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖の存在を示す、前記方法。
【請求項３５】
（b）が、
対象からの検査試料および参照試料を、SSTR1、SSTR2、およびSSTR5を含む3つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VII総検査値を生成する工程、ならびに
参照試料における前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VII総参照値を生成する工程
をさらに含み、進行性診断VII総参照値と比較して増加している進行性診断VII総検査値の値は、対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖の存在を示す、請求項32記載の方法。
【請求項３６】
分類システムにおいて標準化された発現レベルを用いて、GEP-NENの存在または発生に関して検査試料を分類する工程であって、分類システムが、サポートベクターマシン、線形判別分析、K最近傍法および単純ベイズ法の4つの異なるアルゴリズムを含む機械学習システムである、工程；および
前記4つの異なるアルゴリズムのそれぞれの結果に基づいてスコアを割り当てる工程
をさらに含む、請求項1記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５８】
[本発明1001]
膵・消化管神経内分泌新生物（GEP-NEN）の検出を必要とする対象においてGEP-NENを検出するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルを、所定のカットオフ値と比較する工程;
標準化された発現レベルが所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定し、または標準化された発現レベルが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％である、前記方法。
[本発明1002]
前記少なくとも22のバイオマーカーが、APLP2、ARAF、CD59、CTGF、FZD7、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、PNMA2、RAF1、RSF1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TPH1、TRMT112、およびZFHX3を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
標準化された発現レベルが所定のカットオフ値以上である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程をさらに含み、所定のカットオフ値は0〜8のスケールで5であるか、0〜100％のスケールで55％未満である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％未満である場合に、低レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定し;
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値以上かつ7という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％以上かつ75％未満である場合に、中間レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定し;または
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで7という所定のカットオフ値以上であるか、0〜100％のスケールで75％以上である場合に、高レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを同定する工程を含む、
対象が進行性GEP-NENを発生させるリスクのレベルを同定する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
バイオマーカーが、RNA、cDNA、またはタンパク質である、本発明1001の方法。
[本発明1006]
バイオマーカーがRNAである場合に、RNAを逆転写してcDNAを生産し、生産されたcDNAの発現レベルを検出する、本発明1005の方法。
[本発明1007]
バイオマーカーと標識プローブまたはプライマーとの間の複合体を形成させることによってバイオマーカーの発現レベルを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1008]
バイオマーカーがタンパク質である場合に、タンパク質と標識抗体との間の複合体を形成させることによってタンパク質を検出する、本発明1005の方法。
[本発明1009]
標識が蛍光標識である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
バイオマーカーがRNAまたはcDNAである場合に、RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体を形成させることによって、RNAまたはcDNAを検出する、本発明1005の方法。
[本発明1011]
標識が蛍光標識である、本発明1010の方法。
[本発明1012]
RNAまたはcDNAと標識核酸プローブまたはプライマーとの間の複合体がハイブリダイゼーション複合体である、本発明1010の方法。
[本発明1013]
参照試料が、新生物疾患を有さない対象または新生物疾患と診断されていない対象から得られる、本発明1001の方法。
[本発明1014]
検査試料が、血液、血清、血漿、または新生物組織である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
参照試料が、血液、血清、血漿、または非新生物組織である、本発明1001の方法。
[本発明1016]
中間レベルまたは高レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを有すると同定された対象を手術または薬物療法で処置する工程をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1017]
低レベルの進行性GEP-NEN発生リスクを有すると同定された対象を、少なくとも6ヶ月間にわたるモニタリングで処置する工程をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1018]
GEP-NENを検出する必要がある対象が、GEP-NENと診断された対象、少なくとも1つのGEP-NEN症状を有する対象、またはGEP-NENを発生させる素因もしくは家族歴を有する対象である、本発明1001の方法。
[本発明1019]
対象がヒトである、本発明1001の方法。
[本発明1020]
対象における安定GEP-NENと進行性GEP-NENとを弁別するための方法であって、
本発明1001の方法に従って、対象からの検査試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルが、5という所定のカットオフ値以上であり、かつ6という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料および参照試料を、SMARCD3の発現およびTPH1の発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料および参照試料からSMARCD3およびTPH1の発現レベルを検出する工程;
検査試料におけるSMARCD3およびTPH1の発現レベルを参照試料におけるSMARCD3およびTPH1の発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるSMARCD3およびTPH1の標準化された発現レベルを、それぞれ第1および第2の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
SMARCD3の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値より大きく、かつTPH1の発現レベルが第2の所定のカットオフ値以上である場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
SMARCD3の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値以下であり、かつTPH1の発現レベルが第2の所定のカットオフ値未満である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第1の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1.3であり、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで4である、前記方法。
[本発明1021]
1.3という第1の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは12％に対応し、4という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは41％に対応する、本発明1020の方法。
[本発明1022]
対象において安定GEP-NENと進行性GEP-NENとを弁別するための方法であって、
本発明1001の方法に従って、対象からの検査試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルが、6という所定のカットオフ値以上、かつ7という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料および参照試料を、VMAT1の発現およびPHF21Aの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料および参照試料から、VMAT1およびPHF21Aの発現レベルを検出する工程;
検査試料におけるVMAT1およびPHF21Aの発現レベルを、参照試料におけるVMAT1およびPHF21Aの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるVMAT1およびPHF21Aの標準化された発現レベルをそれぞれ第1および第2の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
VMAT1の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値以上であり、かつPHF21Aの発現レベルが第2の所定のカットオフ値未満である場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
VMAT1の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値以上であり、かつPHF21Aの発現レベルが第2の所定のカットオフ値以上である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第1の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで0であり、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1.2である、前記方法。
[本発明1023]
0という第1の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは0％に対応し、1.2という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは8％に対応する、本発明1022の方法。
[本発明1024]
対象において安定GEP-NENと進行性GEP-NENとを弁別するための方法であって、
本発明1001の方法に従って、対象からの検査試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルが、7という所定のカットオフ値以上、かつ8という所定のカットオフ値未満であることを決定する工程;
検査試料および参照試料を、VMAT1の発現およびPHF21Aの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、検査試料および参照試料から、VMAT1およびPHF21Aの発現レベルを検出する工程;
検査試料におけるVMAT1およびPHF21Aの発現レベルを参照試料におけるVMAT1およびPHF21Aの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるVMAT1およびPHF21Aの標準化された発現レベルをそれぞれ第1および第2の所定のカットオフ値と比較する工程;ならびに、
VMAT1の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値以上であり、かつPHF21Aの発現レベルが第2の所定のカットオフ値より大きい場合に、対象における安定GEP-NENの存在を決定し、または
VMAT1の標準化された発現レベルが第1の所定のカットオフ値以上であり、かつPHF21Aの発現レベルが第2の所定のカットオフ値以下である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
第1の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで0であり、
第2の所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1である、前記方法。
[本発明1025]
0という第1の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは0％に対応し、1という第2の所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは7％に対応する、本発明1024の方法。
[本発明1026]
対象において安定GEP-NENと進行性GEP-NENとを弁別するための方法であって、
本発明1001の方法に従って、対象からの検査試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルが、8という所定のカットオフ値に等しいことを決定する工程;
検査試料および参照試料を、ZZZ3の発現の検出に特異的な少なくとも1つの作用物質と接触させることによって、検査試料および参照試料から、ZZZ3の発現レベルを検出する工程;
検査試料におけるZZZ3の発現レベルを参照試料におけるZZZ3の発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるZZZ3の標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;および
ZZZ3の標準化された発現レベルが所定のカットオフ値以下である場合に、対象における進行性GEP-NENの存在を決定する工程を含み、
所定のカットオフ値は0〜8のスケールで1である、前記方法。
[本発明1027]
1という所定のカットオフ値が0〜100％のスケールでは18％に対応する、本発明1026の方法。
[本発明1028]
対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、PQBP1、TPH1、COMMD9、MORF4L2、RNF41、RSF1、SMARCD3、およびZFHX3を含む16のバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断I総検査値を生成し、
参照試料の前記16のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断I総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断I総参照値と比較して増加している進行性診断I総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、本発明1020、1022、1024または1026のいずれかの方法。
[本発明1029]
対象からの検査試料および参照試料を、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、Ki67、NAP1L1、NOL3、GLT8D1、PLD3、PNMA2、VMAT2、TPH1、FZD7、MORF4L2、およびZFHX3のそれぞれの量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを平均することで進行性診断II検査値を生成し、
参照試料の前記15のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを平均することで進行性診断II参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断II参照値と比較して増加している進行性診断II検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、本発明1020、1022、1024または1026のいずれかの方法。
[本発明1030]
対象からの検査試料および参照試料を、PNMA2、VMAT2、COMMD9、SSTR1、SSTR3、SSTR4、およびSSTR5を含む7つのバイオマーカーのそれぞれの量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断III総検査値を生成し、
参照試料の前記7つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断III総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断III総参照値と比較して増加している進行性診断III総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、本発明1020、1022、1024または1026のいずれかの方法。
[本発明1031]
対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、PQBP1、TPH1、MORF4L2、RNF41、RSF1、SMARCD3、およびZFHX3を含む11のバイオマーカーのそれぞれの量の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断IV総検査値を生成し、
参照試料の前記11のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断IV総参照値を生成する工程
をさらに含み、
進行性診断IV総参照値と比較して増加している進行性診断IV総検査値の値は、対象における進行性GEP-NENの存在を示す、本発明1020、1022、1024または1026のいずれかの方法。
[本発明1032]
手術後の対象において進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクを決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3、およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを、参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで2という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで0％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクの非存在を同定し;
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する低レベルのリスクを同定し;
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで5という所定のカットオフ値以上、かつ7という所定のカットオフ値未満であるか、0〜100％のスケールで55％以上、かつ75％未満である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する中間レベルのリスクを同定し;または
標準化された発現レベルが、0〜8のスケールで7という所定のカットオフ値以上であるか、0〜100％のスケールで75％以上である場合に、手術後に進行性GEP-NENが再燃または再発する高レベルのリスクを同定する工程
を含む方法。
[本発明1033]
ソマトスタチンで処置された対象において進行性GEP-NENが再燃または再発するリスクを決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3、およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;
標準化された発現レベルが、所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定するか、または、標準化された発現レベルが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程であって、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％である、工程;
GEP-NENが存在する場合には、対象からの検査試料および参照試料を、Ki67、NAP1L1、NOL3、TECPR2、SSTR1、SSTR2、SSTR4、およびSSTR5を含む8つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断V総検査値を生成し、
参照試料の前記8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断V総参照値を生成する工程
を含み、進行性診断V総参照値と比較して増加している進行性診断V総検査値の値は、対象における再燃または再発進行性GEP-NENの存在を示す、前記方法。
[本発明1034]
GEP-NENのペプチド受容体放射性ヌクレオチド療法（PRRT）の応答を決定する必要がある対象における同療法の応答を決定するための方法であって、
対象からの検査試料および参照試料を、ARAF1、BRAF、KRAS、RAF1、ATP6V1H、OAZ2、PANK2、PLD3を含む8つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該8つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記8つのバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記8つのバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料における前記8つのバイオマーカーの標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;
前記8つのバイオマーカーの標準化された発現レベルが所定のカットオフ値より大きい場合に、対象におけるPRRT応答性GEP-NENの存在を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のスケールで5.9である、前記方法。
[本発明1035]
GEP-NENのペプチド受容体放射性ヌクレオチド療法（PRRT）の応答を決定する必要がある対象における同療法の応答を決定するための方法であって、
（a）PRRT療法の第1サイクル後に:
対象からの第1サイクル検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3、およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、第1サイクル検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
第1サイクル検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
（b）PRRT療法の第2サイクル後に、
対象からの第2サイクル検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3、およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
第2サイクル検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
（c）（a）の標準化された発現レベルから（b）の標準化された発現レベルへの変化率を決定する工程;
（d）変化率がPRRT療法前カットオフ値より大きい場合に、PRRT応答性GEP-NENの存在を決定する工程
を含み、PRRT療法前カットオフ値は0〜8のスケールで1である、前記方法。
[本発明1036]
GEP-NENの進行を決定する必要がある対象におけるGEP-NENの進行を決定するための方法であって、
対象からの検査試料を、ZFHX3の発現の検出に特異的な作用物質と接触させることにより、該検査試料から、ZFHX3の発現レベルを決定する工程;
参照試料を、ZFHX3の発現の検出に特異的な作用物質と接触させることにより、参照試料から、ZFHX3の発現レベルを決定する工程;
検査試料におけるZFHX3の発現レベルを参照試料におけるZFHX3の発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料におけるZFHX3の標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;
標準化された発現レベルが所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの進行を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のスケールで0.5である、前記方法。
[本発明1037]
GEP-NENの腫瘍増殖を予測する必要がある対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖を予測するための方法であって、
（a）対象からの検査試料を、APLP2、ARAF、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF、CD59、COMMD9、CTGF、FZD7、GLT8D1、KRAS、MKI67/KI67、MORF4L2、NAP1L1、NOL3、OAZ2、PANK2、PHF21A、PLD3、PNMA2、PQBP1、RAF1、RNF41、RSF1、SLC18A1/VMAT1、SLC18A2/VMAT2、SMARCD3、SPATA7、SSTR1、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TECPR2、TPH1、TRMT112、WDFY3、ZFHX3、およびZZZ3からなる群より選択される少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料から、該少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
参照試料を、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、参照試料から、前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルを参照試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの発現レベルに対して標準化する工程;
検査試料における前記少なくとも22のバイオマーカーの標準化された発現レベルを所定のカットオフ値と比較する工程;
標準化された発現レベルが所定のカットオフ値以上である場合に、対象におけるGEP-NENの存在を決定し、または標準化された発現レベルが所定のカットオフ値未満である場合に、対象におけるGEP-NENの非存在を決定する工程
を含み、所定のカットオフ値は0〜8のMAARC-NETスコアリングシステムスケールで2であるか、0〜100％のスケールで0％であり;
（b）GEP-NENが存在する場合には、対象からの検査試料および参照試料を、KRAS、SSTR4、およびVPS13Cを含む3つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VI総検査値を生成する工程、ならびに
参照試料の前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VI総参照値を生成する工程
を含み、進行性診断VI総参照値と比較して増加している進行性診断VI総検査値の値は、対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖の存在を示す、前記方法。
[本発明1038]
（b）が、
対象からの検査試料および参照試料を、SSTR1、SSTR2、およびSSTR5を含む3つのバイオマーカーのそれぞれの発現の検出に特異的な複数の作用物質と接触させることによって、該検査試料および参照試料から、該3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程;
検査試料の前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VII総検査値を生成する工程、ならびに
参照試料の前記3つのバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを合計することで進行性診断VII総参照値を生成する工程
をさらに含み、進行性診断VII総参照値と比較して増加している進行性診断VII総検査値の値は、対象におけるGEP-NENの腫瘍増殖の存在を示す、本発明1035の方法。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかになるであろう。