【手続補正書】
【提出日】平成30年6月25日(2018.6.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸を分析する方法であって、
（ａ）核酸サンプルに由来する核酸分子のコレクションを提供することであって、核酸分子の前記コレクションは、５０ナノグラム（ｎｇ）未満の量である、こと；
（ｂ）核酸分子の前記コレクションおよび複数のビーズを複数のパーティションに分配して、
（ｉ）前記複数のビーズのうちの第１のビーズおよび核酸分子の前記コレクションのうちの第１の核酸分子を含む第１のパーティションであって、前記第１のビーズが第１のバーコード配列を含む第１の放出可能な配列を各々が含むオリゴヌクレオチドの第１のセットを含む、パーティション；ならびに
（ｉｉ）前記複数のビーズのうちの第２のビーズおよび核酸分子の前記コレクションのうちの第２の核酸分子を含む第２のパーティションであって、前記第２のビーズが第２のバーコード配列を含む第２の放出可能な配列を各々が含むオリゴヌクレオチドの第２のセットを含む、パーティション
を生成すること；
（ｃ）前記複数のパーティションにおいてバーコード化核酸分子のコレクションを生成すること；
（ｄ）バーコード化核酸分子の前記コレクションを貯留すること；ならびに
（ｅ）少なくとも一部のバーコード化核酸分子の前記コレクションのうちの核酸配列を検出すること
を含み、（ｂ）の後に、前記第１の放出可能な配列および前記第２の放出可能な配列が前記第１のビーズおよび前記第２のビーズから放出される、方法。
【請求項２】
（ｅ）において、前記検出することが、９０％、９５％または９９％より高い確度で完了する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｅ）において、前記検出することが、バーコード化核酸分子の前記コレクション内の少なくとも９０％のバーコード化核酸分子を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
（ｅ）において、前記検出することが、核酸分子の前記コレクション内の核酸分子の少量集団に対応するバーコード化核酸分子の前記コレクションの配列を検出することを含み、その少量集団は核酸分子の前記コレクションの５０％未満、２５％未満、１０％未満または５％未満を構成する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記量が４０ｎｇ未満、２０ｎｇ未満、１０ｎｇ未満、５ｎｇ未満、１ｎｇ未満または０．１ｎｇ未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１の放出可能な配列および前記第２の放出可能な配列の各々が可変領域を含み、オリゴヌクレオチドの前記第１のセットの各々の前記可変領域が異なり、オリゴヌクレオチドの前記第２のセットの各々の前記可変領域が異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記第１および第２のバーコード配列は、約６ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドの間の長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第１の放出可能な配列が第１のプライマー配列を含み、前記第２の放出可能な配列が第２のプライマー配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
（ｃ）が（ｉ）前記第１のプライマー配列および核酸分子の前記コレクションの前記第１の核酸分子ならびに（ｉｉ）前記第２のプライマー配列および核酸分子の前記コレクションの前記第２の核酸分子を使用して、伸長反応を行うことを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１の放出可能な配列および前記第２の放出可能な配列が、１つまたは複数の刺激への曝露に際して、前記第１のビーズおよび前記第２のビーズから放出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記１つまたは複数の刺激が、温度、ｐＨ、光、化学種および／または還元剤を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のパーティションが複数のウェルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のパーティションが複数の液滴である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
核酸分子の前記コレクションが体液に由来し、前記体液が、血液、血漿、血清、または尿を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
核酸分子の前記コレクションが胎児核酸分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記核酸サンプルが細胞サンプルを含む、請求項１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
本発明の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲において詳細に記述する。本発明の原理が利用されている実施形態の実例を記述する次の詳細な説明及び添付の図面（本明細書において「図」及び「ＦＩＧ」とも）を参照することによって、本発明の特徴及び利点のより良好な理解が得られるであろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
核酸を分析する方法であって、
（ａ）核酸サンプルに由来し、核酸分子を５０ナノグラム（ｎｇ）未満の量で含む核酸コレクションを提供すること；
（ｂ）前記核酸コレクションを、ビーズに放出可能に連結されている複数のオリゴヌクレオチドと組み合わせて、混合物を形成すること；
（ｃ）前記混合物を複数のパーティションに分配し、前記パーティション内で、前記ビーズから前記オリゴヌクレオチドを放出すること；
（ｄ）前記パーティション内で前記核酸コレクションを増幅させて、前記核酸コレクションの増幅産物を形成すること；
（ｅ）前記核酸コレクション及び前記増幅産物を貯留して、貯留混合物を形成すること；及び
（ｆ）前記貯留混合物内の核酸の少なくとも一部の核酸配列を検出すること
を含む前記方法。
（項目２）
（ｆ）において、前記検出を、９０％超の確度で完了する、項目１に記載の方法。
（項目３）
（ｆ）において、前記検出を、９５％超の確度で完了する、項目２に記載の方法。
（項目４）
（ｆ）において、前記検出を、９９％超の確度で完了する、項目３に記載の方法。
（項目５）
（ｆ）において、前記検出が、前記核酸コレクション内の前記核酸の少なくとも９０％の検出を含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
（ｆ）において、前記検出が、前記核酸コレクション内の少量集団の配列の検出を含み、その少量集団が、前記核酸コレクションの５０％未満を構成している、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記少量集団が、前記核酸コレクションの２５％未満を構成している、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記少量集団が、前記核酸コレクションの１０％未満を構成している、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記少量集団が、前記核酸コレクションの５％未満を構成している、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記量が４０ｎｇ未満である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記量が２０ｎｇ未満である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記量が１０ｎｇ未満である、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記量が５ｎｇ未満である、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記量が１ｎｇ未満である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記量が０．１ｎｇ未満である、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、少なくとも１つの定常領域及び１つの可変領域を含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記定常領域がバーコード配列を含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記バーコード配列が、約６ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドの間の長さである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記可変領域がプライマー配列を含む、項目１６に記載の方法。
（項目２０）
（ｄ）において、前記複数のオリゴヌクレオチドが、前記核酸コレクションの増幅の際のプライマーとして機能する、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記オリゴヌクレオチドが、１種または複数種の刺激に曝露されると、前記ビーズから放出される、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記刺激が、温度、ｐＨ、光、化学種、及び／または還元剤を含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記刺激が、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）またはトリス（２−カルボキシルエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）を含む還元剤を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記パーティションが、液滴、マイクロカプセル、ウェル、またはチューブを含む、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記パーティションが流動液滴である、項目１に記載の方法。
（項目２６）
前記流動液滴が、油中水型エマルション内の水性液滴である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
（ｃ）において、前記パーティションを、微小流体デバイスによって発生させる、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記核酸コレクションが体液に由来する、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記体液が、血液、血漿、血清、または尿を含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記核酸コレクションの少なくとも１サブセットが、１種または複数種の循環腫瘍細胞
に由来する、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記核酸の１サブセットが腫瘍に由来する、項目２８または３０に記載の方法。
（項目３２）
前記核酸コレクションが組織生検に由来する、項目１に記載の方法。
（項目３３）
前記核酸コレクションが胎児核酸を含む、項目１に記載の方法。
（項目３４）
前記核酸コレクションの核酸の５％未満が胎児核酸を含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記核酸サンプルが細胞サンプルを含む、項目１に記載の方法。
（項目３６）
前記細胞サンプルが循環腫瘍細胞５％未満を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記細胞サンプルが腫瘍細胞５％未満を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記核酸サンプルが、生サンプル、非保存サンプル、保存サンプル、防腐処置サンプル、及び固定サンプルからなる群から選択されるサンプルに由来する、項目１に記載の方法。
（項目３９）
前記サンプルが包埋サンプルである、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記サンプルが、ホルムアルデヒド固定及びパラフィン包埋サンプルである、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記１種または複数種の循環腫瘍細胞を、非保存サンプルから、またはホルムアルデヒド固定及びパラフィン包埋サンプルから得る、項目３１に記載の方法。
（項目４２）
核酸を分析する方法であって：
ａ）核酸サンプルに由来する核酸コレクションを、ビーズに放出可能に連結されている複数のオリゴヌクレオチドと組み合わせて、混合物を形成すること；
ｂ）前記混合物を複数のパーティションに分配すること；
ｃ）前記パーティション内で、前記ビーズから前記オリゴヌクレオチドを放出すること；
ｄ）前記パーティション内で前記核酸コレクションを増幅させて、前記核酸コレクションの増幅産物を形成すること；
ｅ）前記核酸コレクション及び前記増幅産物を貯留して、貯留混合物を形成すること；及び
ｆ）前記貯留混合物中で、前記核酸コレクション内の少量集団の核酸配列を検出するが、その少量集団が、前記核酸コレクションの５０％未満を構成していること
を含む前記方法。
（項目４３）
前記少量集団が４０％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記少量集団が３０％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４５）
前記少量集団が２０％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４６）
前記少量集団が１０％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４７）
前記少量集団が５％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４８）
前記少量集団が１％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目４９）
前記少量集団が０．１％未満を構成している、項目４２に記載の方法。
（項目５０）
前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、少なくとも１つの定常領域及び１つの可変領域を含む、項目４２に記載の方法。
（項目５１）
前記定常領域がバーコード配列を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記可変領域がプライマー配列を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
（ｄ）において、前記複数のオリゴヌクレオチドが、前記核酸コレクションの増幅の際にプライマーとして機能する、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記オリゴヌクレオチドが、１種または複数種の刺激に曝露されると、前記ビーズから放出される、項目４２に記載の方法。
（項目５５）
前記刺激が、温度、ｐＨ、光、化学種、及び／または還元剤を含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記パーティションが、液滴、マイクロカプセル、ウェル、またはチューブを含む、項目４２に記載の方法。
（項目５７）
（ｂ）において、前記パーティションを、微小流体デバイスによって発生させる、項目４２に記載の方法。
（項目５８）
前記核酸コレクションが体液に由来する、項目４２に記載の方法。
（項目５９）
前記体液が、血液、血漿、血清、または尿を含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記核酸コレクションが組織生検に由来する、項目４２に記載の方法。
（項目６１）
前記少量集団が腫瘍核酸を含む、項目４２に記載の方法。
（項目６２）
前記少量集団が胎児核酸を含む、項目４２に記載の方法。
（項目６３）
前記少量集団が循環腫瘍細胞核酸を含む、項目４２に記載の方法。
（項目６４）
核酸を分析する方法であって、
ａ）核酸サンプルに由来し、核酸分子を５０ナノグラム（ｎｇ）未満の量で含む核酸コレクションを提供すること；
ｂ）前記核酸コレクションを複数のオリゴヌクレオチドと組み合わせて、混合物を形成するが、前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、少なくとも１つの定常領域及び１つの可変領域を含み、その定常領域がバーコード配列を含むこと；
ｃ）前記混合物を複数のパーティションに分配し、前記パーティション内で、前記核酸コレクションを増幅させて、前記核酸コレクションの増幅産物を形成すること；
ｄ）前記核酸コレクション及び前記増幅産物を貯留して、貯留混合物を形成すること；及び
ｅ）前記貯留混合物内の核酸の少なくとも一部の核酸配列を、少なくとも９０％の感度で検出すること
を含む前記方法。
（項目６５）
前記量が４０ｎｇ未満である、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記量が２０ｎｇ未満である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記量が１０ｎｇ未満である、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記量が５ｎｇ未満である、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記量が１ｎｇ未満である、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記量が０．１ｎｇ未満である、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記可変領域が１つのプライマー配列を含む、項目６４に記載の方法。
（項目７２）
（ｃ）において、前記複数のオリゴヌクレオチドが、前記核酸コレクションの増幅の際にプライマーとして機能する、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
（ｅ）において、前記検出が、前記貯留混合物内の核酸の少なくとも一部の核酸配列を少なくとも９５％の感度で検出することを含む、項目６４に記載の方法。
（項目７４）
（ｅ）において、前記検出が、前記貯留混合物内の核酸の少なくとも一部の核酸配列を少なくとも９９％の感度で検出することを含む、項目６４に記載の方法。
（項目７５）
核酸配列を分析するための方法であって、
ａ）核酸サンプルから生成された核酸分子を含むパーティションを提供すること；
ｂ）前記核酸分子を前記パーティションから核酸混合物に貯留すること；
ｃ）前記核酸混合物を核酸シーケンシングに掛けて、前記核酸分子の核酸配列を含むシーケンシング読み取りデータを生成すること；
ｄ）プログラムコンピュータプロセッサを使用して、（ｉ）前記シーケンシング読み取りデータを分析し、かつ（ｉｉ）前記シーケンシング読み取りデータ中で、前記核酸混合物中のコンタミナント核酸分子に関連する少なくとも１つのコンタミナント読み取りデータを特定すること；
ｅ）前記シーケンシング読み取りデータから前記コンタミナント読み取りデータを除去すること；
ｆ）前記コンタミナント読み取りデータを除去して、前記シーケンシング読み取りデータから、前記核酸サンプルの配列を生成すること
含む前記方法。
（項目７６）
前記少なくとも１つのコンタミナント読み取りデータが、コンタミナント核酸分子に関連する複数のコンタミナント読み取りデータを含む、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記配列を、少なくとも９０％の確度で生成する、項目７５に記載の方法。
（項目７８）
前記配列を、少なくとも９５％の確度で生成する、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記配列を、少なくとも９９％の確度で生成する、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記パーティションが流動液滴を含む、項目７５に記載の方法。
（項目８１）
前記流動液滴が、油中水型エマルション内の水性液滴を含む、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
（１）前記シーケンシング読み取りデータのサブセット中の配列オーバーラップ（複数可）を決定し、かつ（２）前記シーケンシング読み取りデータの所定の１つでのオーバーラップ（複数可）が、前記サブセットのすべてに対して５０％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目７５に記載の方法。
（項目８３）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つでの配列オーバーラップ（複数可）が前記サブセットのすべてに対して２５％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つでの配列オーバーラップ（複数可）が前記サブセットのすべてに対して１０％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つでの配列オーバーラップ（複数可）が前記サブセットのすべてに対して５％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つでの配列オーバーラップ（複数可）が前記サブセットのすべてに対して１％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つでの配列オーバーラップ（複数可）が前記サブセットのすべてに対して０．１％未満であれば、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記配列読み取りデータの前記所定の１つの配列が前記サブセットのすべてに対してオーバーラップしなければ、前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
（１）前記シーケンシング読み取りデータを参照と比較し、かつ（２）所定のシーケンシング読み取りデータが、前記参照と５０％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目７５に記載の方法。
（項目９０）
前記所定のシーケンシング読み取りデータが前記参照と２５％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記所定のシーケンシング読み取りデータが前記参照と１０％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記所定のシーケンシング読み取りデータが前記参照と５％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記所定のシーケンシング読み取りデータが前記参照と１％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記所定のシーケンシング読み取りデータが前記参照と０．１％未満オーバーラップすれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記所定のシーケンシングが前記参照とオーバーラップしなければ、前記シーケンシング読み取りデタの前記所定のシーケンシング読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
（１）前記シーケンシング読み取りデータを相互に比較して、前記シーケンシング読み取りデータ中の配列オーバーラップ（複数可）を特定し、かつ（２）前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが５０％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目７５に記載の方法。
（項目９７）
前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが２５％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが１０％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが５％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが１％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータとのその配列オーバーラップが０．１％未満であれば、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
その配列が前記シーケンシング読み取りデータ中の他のシーケンシング読み取りデータの配列とオーバーラップしなければ、前記シーケンシング読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することを、（２）がさらに含む、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
ａ）が、前記パーティション中で、前記核酸分子のそれぞれに対応するバーコード化断片またはそのコピーを生成することを含む、項目７５に記載の方法。
（項目１０４）
ｃ）において、前記シーケンシング読み取りデータが、前記バーコード化断片またはそのコピーの核酸配列を含むバーコード化断片読み取りデータを含む、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの２０％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの１５％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの１０％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの５％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの３％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
所定のバーコード化断片読み取りデータがマッピングする配列領域が、前記配列領域にマッピング可能な全バーコード化断片読み取りデータの０．１％未満の前記配列領域の間に、共通のバーコード配列を有するバーコード化断片読み取りデータをマッピングすれば、前記バーコード化断片読み取りデータの前記所定の１つを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記配列読み取りデータをそれらの配列領域（複数可）にマッピングし、かつその配列領域（複数可）にマッピングした場合の所定の配列読み取りデータが、それらの配列領域（複数可）にマッピングした場合の前記配列読み取りデータのうちの１０未満の他の読み取りデータとオーバーラップすれば、前記配列読み取りデータの前記所定の配列読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目７５に記載の方法。
（項目１１２）
前記配列読み取りデータをそれらの配列領域（複数可）にマッピングし、かつその配列領域（複数可）にマッピングした場合の所定の配列読み取りデータが、それらの配列領域（複数可）にマッピングした場合の前記配列読み取りデータのうちの５未満の他の読み取りデータとオーバーラップすれば、前記配列読み取りデータの前記所定の配列読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記配列読み取りデータをそれらの配列領域（複数可）にマッピングし、かつその配列領域（複数可）にマッピングした場合の所定の配列読み取りデータが、それらの配列領域（複数可）にマッピングした場合の前記配列読み取りデータのうちの３未満の他の読み取りデータとオーバーラップすれば、前記配列読み取りデータの前記所定の配列読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１１２に記載の方法。
（項目１１４）
前記配列読み取りデータをそれらの配列領域（複数可）にマッピングし、かつその配列領域（複数可）にマッピングした場合の所定の配列読み取りデータが、それらの配列領域（複数可）にマッピングした場合の前記配列読み取りデータのうちの１未満の他の読み取りデータとオーバーラップすれば、前記配列読み取りデータの前記所定の配列読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
前記配列読み取りデータをそれらの配列領域（複数可）にマッピングし、かつその配列領域（複数可）にマッピングした場合の所定の配列読み取りデータが、それらの配列領域（複数可）にマッピングした場合の前記配列読み取りデータの他の読み取りデータとオーバーラップしなければ、前記配列読み取りデータの前記所定の配列読み取りデータを前記コンタミナント読み取りデータと特定することによって、前記コンタミナント読み取りデータを特定する、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
ｂ）において、前記核酸混合物中の前記コンタミナント核酸分子の量が、前記核酸混合物中の前記核酸分子の１％未満である、項目７５に記載の方法。
（項目１１７）
ｂ）において、前記核酸混合物中の前記コンタミナント核酸分子の量が、前記核酸混合物中の前記核酸分子の０．１％未満である、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
ｂ）において、前記核酸混合物中の前記コンタミナント核酸分子の量が、前記核酸混合物中の前記核酸分子の０．０１％未満である、項目１１７に記載の方法。
（項目１１９）
ｂ）において、前記核酸混合物中の前記コンタミナント核酸分子の量が、前記核酸混合物中の前記核酸分子の０．００１％未満である、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
ｂ）において、前記核酸混合物中の前記コンタミナント核酸分子の量が、前記核酸混合物中の前記核酸分子の０．０００１％未満である、項目１１９に記載の方法。