【手続補正書】
【提出日】平成30年7月31日(2018.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＰＫＤ患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）治療の効能を決定するインビトロの方法であって：
（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
（ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程と；
（ｃ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｄ）第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程であって、ここでＰＫＤ患者は第１の時点と第２の時点との間でＰＫＤに対する治療を受けている、前記工程と；
（ｅ）第１の時点と比較して第２の時点でレベルが低下していれば、ＰＫＤに対する治療を有効と同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項２】
ＰＫＤに対する治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＧＣＳ阻害剤は：
（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；
４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カル
ボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；および
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、ＰＫＤに対する治療は有効と同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
両方のレベルが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、ＰＫＤに対する治療は有効と同定される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ＰＫＤに対する治療はＣＤＫ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ＣＤＫ阻害剤はＲ−ロスコビチンである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
第１および第２の試料は尿を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を有すると同定された患者におけるＰＫＤに対する治療の効能を決定するインビトロの方法であって：
（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
（ｂ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｃ）第２の時点で患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）を行う工程であって、ここでＰＫＤ患者は第１の時点と第２の時点との間でＰＫＤに対する治療を受けている、前記工程と；
（ｄ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが低下していれば、ＰＫＤに
対する治療を有効と同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項１０】
ＰＫＤに対する治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断するインビトロの方法であって：
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程と；
（ｃ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｄ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程と
を含む、方法。
【請求項１２】
工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
両方のレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
試料は尿を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断するインビトロの方法であって、
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｃ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程と
を含む、方法。
【請求項１６】
工程（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
両方のレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定さ
れる、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定するインビトロの方法であって、
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程と；
（ｃ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｄ）レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程と
を含む、方法。
【請求項１９】
工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、患者におけるＰＫＤの病期は、２つのレベルの少なくとも１つから決定される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
患者におけるＰＫＤの病期は、両方のレベルから決定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
試料は尿を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）患者をモニタリングするインビトロの方法であって：
（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
（ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程と；
（ｃ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
（ｄ）第１の時点後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程と；
（ｅ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが上昇していなければ、ＰＫＤは改善しているかまたは変化がないと患者を同定する工程と
を含む、前記方法。
【請求項２３】
工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベル決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
第１および第２の試料は尿を含む、請求項２２に記載の方法。