【手続補正書】
【提出日】平成30年6月22日(2018.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上のプロセッサーと、前記１つ以上のプロセッサーによって実行される１つ以上のプログラムを格納しているメモリーとを有するコンピューターシステムにおいて、
（Ａ）複数の配列リードを得ることであって、
前記複数の配列リードが、複数の配列リードセットを構成し、
１つの配列リードセットにおける対応する各配列リードが、（ｉ）より大きい連続的な核酸のサブセットに対応する第１の部分と、（ｉｉ）前記より大きい連続的な核酸の配列から独立しているとともに、複数の分画のうち、前記対応する配列リードが形成された１つの分画を特定する識別子を形成する共通の第２の部分とを含み、
前記複数の配列リードセットにおける対応する各配列リードセットが、前記複数の分画のうちの１つの分画に形成されており、各分画が、前記より大きい連続的な核酸のフラグメントで、その分画において、対応する各配列リードに対するテンプレートとして用いられるフラグメントを１つ以上含むことと、
（Ｂ）前記複数の配列リードの各配列リードに対して、対応するｋ−ｍｅｒセットを作成することであって、
前記ｋ−ｍｅｒセットが、全体で、複数のｋ−ｍｅｒを含み、
前記複数のｋ−ｍｅｒの各ｋ−ｍｅｒに対して、前記配列リードの前記識別子が保持されており、
ｋが、前記複数の配列リードにおける前記配列リードの平均長未満であり、
対応する各ｋ−ｍｅｒセットが、対応する配列リードの前記第１の部分の長さｋの考え得るｋ−ｍｅｒの少なくとも８０パーセントを含むことと、
（Ｃ）前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの対応する各ｋ−ｍｅｒに対して、前記複数の配列リードにおける配列リードのうち、前記対応するｋ−ｍｅｒと、前記配列リードを含む前記配列リードセットの前記識別子とを含む各配列リードの識別を追跡することと、
（Ｄ）複数の有向アークによって連結された複数のノードを含むグラフとして、前記複数のｋ−ｍｅｒをグラフ化することであって、
各ノードが、長さｋの前記複数のｋ−ｍｅｒにおける連続的なｋ−ｍｅｒセットであって、ｋ−１のオーバーラップを有するｋ−ｍｅｒセットを含み、
各アークが、前記複数のノードにおいて、始点ノードを宛先ノードに連結し、
始点ノードの最後のｋ−ｍｅｒが、宛先ノードの最初のｋ−ｍｅｒとｋ−１のオーバーラップを有し、
前記複数のノードにおいて、第１の始点ノードが、第１の宛先ノードと第２の宛先ノードとのの両方を有する第１の有向アークを有することと、
（Ｅ）前記より大きい連続的な核酸の一部を表している可能性がより高いコンティグ配列を抽出するために、前記始点ノードを前記第１の宛先ノードにマージするか、または第２の宛先ノードにマージするか決定することであって、前記コンティグ配列が、（ｉ）前記始点ノードと、（ｉｉ）前記第１の宛先ノード及び前記第２の宛先ノードのうちの１つとを含み、前記決定において、少なくとも、前記第１の始点ノード、前記第１の宛先ノード及び前記第２の宛先ノードにおけるｋ−ｍｅｒにおける、前記配列リードの前記識別子を用いることと、
を含む配列決定方法。
【請求項２】
前記第１の始点ノードと前記第１の宛先ノードが、前記始点ノードと前記第１の宛先ノードと以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフ内の第１のパスの一部であり、
前記第１の始点ノードと前記第２の宛先ノードが、前記始点ノードと前記第２の宛先ノードとの以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフ内の第２のパスの一部であり、
前記決定（Ｅ）が、前記第１のパスの第１の部分のノードのｋ−ｍｅｒと、前記第１のパスの第２の部分のノードのｋ−ｍｅｒとの間で共通している識別子の数と、前記第２のパスの第１の部分のノードのｋ−ｍｅｒと、前記第２のパスの第２の部分のノードのｋ−ｍｅｒの間で共通している識別子の数との比較を評価することによって、前記第１のパスの方が、前記第２のパスよりも、前記より大きい連続的な核酸を表している可能性がより高いかどうかを決定することを含む、
請求項１に記載の配列決定方法。
【請求項３】
前記第１の始点ノードと前記第１の宛先ノードが、前記始点ノードと前記第１の宛先ノードと以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフの第１のパスの一部であり、
前記第１の始点ノードと前記第２の宛先ノードとが、前記始点ノードと前記第２の宛先ノードと以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフ内の第２のパスの一部であり、
前記決定（Ｅ）におて、前記第１のパスの方が、前記第２のパスよりも平均カバレッジがより大きいときに、前記第２のパスよりも前記第１のパスを優先させる、
請求項１に記載の配列決定方法。
【請求項４】
前記第１の始点ノードと前記第１の宛先ノードが、前記始点ノードと前記第１の宛先ノードと以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフ内の第１のパスの一部であり、
前記第１の始点ノードと前記第２の宛先ノードが、前記始点ノードと前記第２の宛先ノードと以外の追加のノードを１つ以上含む、前記グラフ内の第２のパスの一部であり、
前記決定（Ｅ）において、前記第１のパスによって表される、前記より大きい連続的な核酸配列の連続的な部分の方が、前記第２のパスによって表される、前記より大きい連続的な核酸配列の連続的な部分よりも長いときに、前記第２のパスよりも、前記第１のパスを優先させる、
請求項１に記載の配列決定方法。
【請求項５】
前記第１のノード内の第１のｋ−ｍｅｒが、前記複数の配列リードのうちの一部の複数の配列リードに存在し、前記第１のｋ−ｍｅｒに対して、前記一部の複数の配列リードの各配列リードの識別が保持されており、前記決定（Ｅ）において、この識別を用いて、前記第１のパスの方が、前記第２のパスよりも、前記より大きい連続的な核酸配列を表している可能性がより高いことを決定する、
請求項１〜４のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項６】
前記複数の分画のうちの１つの分画が、前記共通の第２の部分とともに、少なくとも１０００個の分子を含み、
前記少なくとも１０００個の分子の各分子が、前記より大きい連続的な核酸の少なくとも一部に対して相補的であるプライマー配列を更に含む、
請求項１〜５のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項７】
前記複数の分画のうちの１つの分画が、前記共有の第２の部分とともに、少なくとも１０００個の分子を含み、
前記少なくとも１０００個の分子の各分子が、プライマー部位と、前記より大きい連続的な核酸の一部に対して相補的であるセミランダムなＮ−ｍｅｒプライミング配列を更に含む、
請求項１〜５のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項８】
前記複数の分画のうちの１つの分画内の、前記より大きい連続的な核酸の前記１つ以上のフラグメントが、５０キロベース超の長さである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項９】
前記複数の分画のうちの１つの分画内の、前記より大きい連続的な核酸の前記１つ以上のフラグメントが、２０キロベース〜２００キロベースの長さである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１０】
前記複数の分画のうちの１つの分画内の、前記より大きい連続的な核酸の前記１つ以上のフラグメントが、前記より大きい連続的な核酸の１〜５００個の異なるフラグメントからなる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１１】
前記複数の分画のうちの１つの分画内の、前記より大きい連続的な核酸の前記１つ以上のフラグメントが、前記より大きい連続的な核酸の５〜１００個のフラグメントからなる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１２】
前記複数の配列リードを、５ナノグラム未満の核酸またはリボ核酸から得る、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１３】
前記配列リードセットのうちの対応する各配列リードの前記第２の部分における前記識別子が、｛１，…，１０２４｝という集合、｛１，…，４０９６｝という集合、｛１，…，１６３８４｝という集合、｛１，…，６５５３６｝という集合、｛１，…，２６２１４４｝という集合、｛１，…，１０４８５７６｝という集合、｛１，…，４１９４３０４｝という集合、｛１，…，１６７７７２１６｝という集合、｛１，…，６７１０８８６４｝という集合または｛１，…，１×１０１２｝という集合から選択した共通の値をエンコードする、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１４】
前記識別子がＮ−ｍｅｒであり、Ｎが、｛４，…，２０｝という集合から選択した整数である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１５】
前記複数の配列リードの平均配列リード長が、４０塩基〜２００塩基である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１６】
前記複数の配列リードの平均配列リード長が、６０塩基〜１４０塩基である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１７】
前記複数の配列リードの、より大きい連続的な核酸に対するカバレッジが、合わせて、少なくとも１５倍であり、
前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの１０パーセント超のｋ−ｍｅｒが、前記複数の配列リードのうちの１個超の配列リードに由来し、
１個超の配列リードによって表される各ｋ−ｍｅｒに対して、各配列リードの前記識別子が保持されている、
請求項１〜１６のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１８】
前記複数の配列リードの、より大きい連続的な核酸に対するカバレッジが、合わせて、少なくとも２５倍であり、
前記複数のｋ−ｍｅｒの３０パーセント超が、前記複数の配列リードのうちの１個超の配列リードに由来し、
１個超のソース配列リードによって表される各ｋ−ｍｅｒに対して、各配列リードの前記識別子が保持されている、
請求項１〜１６のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項１９】
前記複数の配列リードの配列リードが、前記より大きい連続的な核酸の７５〜１２５塩基をコードし、前記ｋの値が、５〜７３の奇数の整数である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２０】
前記複数の配列リードのうちの１つの配列リードセットが、１００個超の配列リードを含み、前記１００個超の配列リードの各配列リードが、同じ共通する第２の部分を含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２１】
前記より大きい連続的な核酸が染色体である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２２】
前記より大きい連続的な核酸が、４０００万塩基対超の長さである、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２３】
前記対応するｋ−ｍｅｒセットを作成することが、所与のｋ−ｍｅｒ長に従って、前記複数の配列リードの各配列リードをハッシングし、それによって、前記複数の配列リードの各配列リードに対して、対応するｋ−ｍｅｒセットを作成することを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２４】
１つ以上のプロセッサーと、
前記１つ以上のプロセッサーによって実行される１つ以上のプログラムを格納しているメモリーと、
を備える演算システムであって、
前記１つ以上のプログラムが、
（Ａ）複数の配列リードを得るための命令であって、
前記複数の配列リードが、複数の配列リードセットを構成し、
１つの配列リードセットのうちの対応する各配列リードが、（ｉ）より大きい連続的な核酸のサブセットに対応する固有の第１の部分と、（ｉｉ）前記より大きい連続的な核酸の配列から独立しているとともに、複数の分画のうち、前記対応する配列リードが形成された１つの分画を特定する識別子を形成する共通の第２の部分とを含み、
前記複数の配列リードセットのうちの対応する各配列リードセットが、前記複数の分画のうちの１つの分画内に形成されており、各分画が、前記より大きい連続的な核酸のフラグメントであって、前記分画において、対応する各配列リードに対するテンプレートとして用いられるフラグメントを１つ以上含む命令と、
（Ｂ）前記複数の配列リードの各配列リードに対して、対応するｋ−ｍｅｒセットを作成するための命令であって、
前記ｋ−ｍｅｒセットが、全体で、複数のｋ−ｍｅｒを含み、
前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの各ｋ−ｍｅｒに対して、前記配列リードの前記識別子が保持されており、
ｋが、前記複数の配列リードの前記配列リードの平均長未満であり、
対応する各ｋ−ｍｅｒセットが、前記対応する配列リードの前記第１の部分の長さｋの考え得るｋ−ｍｅｒの少なくとも８０パーセントを含む命令と、
（Ｃ）前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの対応する各ｋ−ｍｅｒに対して、前記対応するｋ−ｍｅｒと、前記配列リードを含む前記配列リードセットの前記識別子とを含む、前記複数の配列リードの各配列リードの識別を追跡するための命令と、
（Ｄ）複数の有向アークによって連結された複数のノードを含むグラフとして、前記複数のｋ−ｍｅｒをグラフ化するための命令であって、
各ノードが、長さｋの前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの連続的なｋ−ｍｅｒセットであって、ｋ−１のオーバーラップを有するｋ−ｍｅｒセットを含み、
各アークが、前記複数のノードにおいて、始点ノードを宛先ノードに連結し、
始点ノードの最後のｋ−ｍｅｒが、宛先ノードの最初のｋ−ｍｅｒとｋ−１のオーバーラップを有し、
前記複数のノードにおいて、第１の始点ノードが、第１の宛先ノードと第２の宛先ノードとの両方を有する第１の有向アークを有する命令と、
（Ｅ）前記より大きい連続的な核酸の一部を表している可能性がより高いコンティグ配列を抽出するために、前記始点ノードを前記第１の宛先ノードとマージするか、または前記第２の宛先ノードとマージするかを決定するための命令であって、前記コンティグ配列が、（ｉ）前記始点ノードと、（ｉｉ）前記第１の宛先ノード及び前記第２の宛先ノードのうちの１つを含み、前記決定において、前記第１の始点ノード、前記第１の宛先ノード及び前記第２の宛先ノードにおけるｋ−ｍｅｒに対して、前記配列リードの前記識別子を少なくとも用いる命令と、
を含む、演算システム。
【請求項２５】
１つ以上のプロセッサーと、前記１つ以上のプロセッサーによって実行される１つ以上のプログラムを格納しているメモリーとを有するコンピューターシステムにおいて、
（Ａ）複数の配列リードを得ることであって、
前記複数の配列リードが、複数の配列リードセットを構成し、
１つの配列リードセットにおける対応する各配列リードが、（ｉ）より大きい連続的な核酸のサブセットに対応する固有の第１の部分と、（ｉｉ）前記より大きい連続的な核酸の配列から独立しているとともに、複数の分画のうち、前記対応する配列リードが形成された１つの分画を特定する識別子を形成する共通の第２の部分とを含み、
前記複数の配列リードセットのうちの対応する各配列リードセットが、前記複数の分画のうちの１つの分画に形成されており、各分画が、前記より大きい連続的な核酸のフラグメントであって、前記分画において、対応する各配列リードに対するテンプレートとして用いられるフラグメントを１つ以上含むことと、
（Ｂ）前記複数の配列リードの各配列リードに対して、対応するｋ−ｍｅｒセットを作成することであって、
前記ｋ−ｍｅｒセットが、全体で、複数のｋ−ｍｅｒを含み、
前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの各ｋ−ｍｅｒに対して、前記配列リードの前記識別子が保持されており、
ｋが、前記複数の配列リードのうちの前記配列リードの平均長未満であり、
対応する各ｋ−ｍｅｒセットが、前記対応する配列リードの前記第１の部分の考え得るｋ−ｍｅｒの少なくとも８０パーセントを含むことと、
（Ｃ）前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの対応する各ｋ−ｍｅｒに対して、前記複数の配列リードのうち、前記対応するｋ−ｍｅｒを含む各配列リードの識別を追跡することと、
（Ｄ）第１のパスを特定することであって、前記第１のパスが、前記複数のｋ−ｍｅｒのうち、ｋ−１のオーバーラップを有する第１のｋ−ｍｅｒセットを含み、
（Ｅ）第２のパスを特定することであって、前記第２のパスが、前記複数のｋ−ｍｅｒのうち、ｋ−１のオーバーラップを有する第２のｋ−ｍｅｒセットを含み、前記第１のパスが、前記第２のパスと交差し、それによって、前記第１のパスの左側部分と、前記第１のパスの右側部分と、前記第２のパスの左側部分と、前記第２のパスの右側部分とを含む分岐セグメントセットを形成することと、
（Ｆ）前記分岐セグメントの連結性を検証するために、前記分岐セグメントセットの前記ｋ−ｍｅｒに対応付けられた前記識別子を使用することと、
を含む配列決定方法。
【請求項２６】
前記使用すること（Ｆ）が、前記分岐セグメントセットのうちの考え得る各分岐セグメントペアの間で共通している識別子の数を評価することを含む、請求項２５に記載の配列決定方法。
【請求項２７】
前記複数の分画の１つの分画が、前記共通の第２の部分とともに、少なくとも１０００個の分子を含み、
前記少なくとも１０００個の分子の各分子が、前記より大きい連続的な核酸の少なくとも一部に対して相補的なプライマー配列を含む、
請求項２５または２６に記載の配列決定方法。
【請求項２８】
前記配列リードセットのうちの対応する各配列リードの前記第２の部分内の前記識別子が、｛１，…，１０２４｝という集合、｛１，…，４０９６｝という集合、｛１，…，１６３８４｝という集合、｛１，…，６５５３６｝という集合、｛１，…，２６２１４４｝という集合、｛１，…，１０４８５７６｝という集合、｛１，…，４１９４３０４｝という集合、｛１，…，１６７７７２１６｝という集合、｛１，…，６７１０８８６４｝という集合または｛１，…，１×１０１２｝という集合から選択した共通の値をエンコードする、請求項２５〜２７のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項２９】
前記識別子がＮ−ｍｅｒであり、Ｎが、｛４，…，２０｝という集合から選択した整数である、請求項２５〜２８のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３０】
前記複数の配列リードの平均配列リード長が、４０塩基〜２００塩基である、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３１】
前記複数の配列リードの平均配列リード長が、６０塩基〜１４０塩基である、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３２】
前記複数の配列リードの、より大きい連続的な核酸に対するカバレッジが、合わせて、少なくとも１５倍であり、
前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの１０パーセント超のｋ−ｍｅｒが、前記複数の配列リードのうちの１個超のソース配列リードに由来し、
１個超のソース配列リードによって表される各ｋ−ｍｅｒに対して、かかる各ソース配列リードの前記識別子が保持されている、
請求項２５〜３１のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３３】
前記複数の配列リードの、より大きい連続的な核酸に対するカバレッジが、合わせて、少なくとも２５倍であり、
前記複数のｋ−ｍｅｒの３０パーセント超が、前記複数の配列リードのうちの１個超のソース配列リードに由来し、
１個超のソース配列リードによって表される各ｋ−ｍｅｒに対して、かかる各ソース配列リードの前記識別子が保持されている、
請求項２５〜３１のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３４】
前記複数の配列リードのうちの前記配列リードが、前記より大きい連続的な核酸の７５〜１２５塩基をコードし、ｋが、５〜７３の奇数の整数である、請求項２５〜３３のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３５】
前記複数の配列リードのうちの１つの配列リードセットが、それぞれ、同じ共通する第２の部分とともに、１００個超の配列リードを含む、請求項２５〜３４のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３６】
前記より大きい連続的な核酸が染色体である、請求項２５〜３５のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３７】
前記より大きい連続的な核酸が、４０００万塩基対超の長さである、請求項２５〜３６のいずれか一項に記載の配列決定方法。
【請求項３８】
１つ以上のプロセッサーと、
前記１つ以上のプロセッサーによって実行される１つ以上のプログラムを格納しているメモリーと、
を備える演算システムであって、
前記１つ以上のプログラムが、
（Ａ）複数の配列リードを得るための命令であって、
前記複数の配列リードが、複数の配列リードセットを構成し、
１つの配列リードセットにおける対応する各配列リードが、（ｉ）より大きい連続的な核酸のサブセットに対応する固有の第１の部分と、（ｉｉ）前記より大きい連続的な核酸の配列から独立しているとともに、複数の分画のうち、前記対応する配列リードが形成された１つの分画を特定する識別子を形成する共通の第２の部分とを含み、
前記複数の配列リードセットのうちの対応する各配列リードセットが、前記複数の分画のうちの１つの分画に形成されており、各分画が、前記より大きい連続的な核酸のフラグメントであって、前記分画において、対応する各配列リードに対するテンプレートとして用いられるフラグメントを１つ以上含む命令と、
（Ｂ）前記複数の配列リードのうちの各配列リードに対して、対応するｋ−ｍｅｒセットを作成するための命令であって、
前記ｋ−ｍｅｒセットが、全体で、複数のｋ−ｍｅｒを含み、
前記複数のｋ−ｍｅｒの各ｋ−ｍｅｒに対して、前記配列リードの前記識別子が保持されており、
ｋが、前記複数の配列リードのうちの前記配列リードの平均長未満であり、
対応する各ｋ−ｍｅｒセットが、前記対応する配列リードの前記第１の部分の考え得るｋ−ｍｅｒの少なくとも８０パーセントを含む命令と、
（Ｃ）前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの対応する各ｋ−ｍｅｒに対して、前記対応するｋ−ｍｅｒを含む、前記複数の配列リードの各配列リードの識別を追跡する命令と、
（Ｄ）第１のパスを特定するための命令であって、前記第１のパスが、前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの第１のｋ−ｍｅｒセットであって、ｋ−１のオーバーラップを有するｋ−ｍｅｒセットを含む命令と、
（Ｅ）第２のパスを特定するための命令であって、前記第２のパスが、前記複数のｋ−ｍｅｒのうちの第２のｋ−ｍｅｒセットであって、ｋ−１のオーバーラップを有する第２のｋ−ｍｅｒセットを含み、前記第１のパスが、前記第２のパスと交差し、それによって、前記第１のパスの左側部分と、前記第１のパスの右側部分と、前記第２のパスの左側部分と、前記第２のパスの右側部分とを含む分岐セグメントセットを形成する命令と、
（Ｆ）前記分岐セグメントの連結性を検証するために、前記分岐セグメントセットの前記ｋ−ｍｅｒに対応付けられた前記識別子を使用する命令と、
を含む演算システム。