【手続補正書】
【提出日】平成30年6月11日(2018.6.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の対象の微生物を検出するための増殖非依存的な方法であって：
前記試料を複数の非複製性形質導入粒子（ＮＲＴＰｓ）と接触させ、その結果前記複数のＮＲＴＰｓが試料中の１又は２以上の対象の微生物を形質導入するステップ、ここで前記複数のＮＲＴＰｓは、レポーター核酸配列を含み、そして前記１又は２以上の対象の微生物の増殖速度は対数増殖期よりも低い；
前記リポーター核酸配列の活性化のための条件を提供するステップ；及び、
前記リポーター核酸配列によって産生されるシグナルを検出するステップ、ここで前記シグナルの存在は前記１又は２以上の対象の微生物の存在を示し、前記シグナルの不在は前記１又は２以上の対象の微生物の不在を示す、
を含む、前記方法。
【請求項２】
抗微生物剤を前記試料に提供し、そして
前記リポーター核酸配列によって産生されるシグナルを検出して、前記１又は２以上の目的の微生物が前記抗微生物剤に感受性か又は非感受性かを決定すること
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１又は２以上の目的の微生物が定常期にあるか、あるいは
前記１又は２以上の目的の微生物が増殖をしていない、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記１又は２以上の目的の微生物が、メチシリン抵抗性スタフィロコッカス・アウレウス（ＭＲＳＡ）細胞、スタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）、スタフィロコッカス属菌（Staphylococcus spp.）、腸内細菌科菌（Enterobacteriaceae）、エンテロコッカス属菌(Enterococcus spp.)、ストレプトコッカス属菌(Streptococcus spp.)、アシネトバクター属菌（Acinetobacter spp.）、シュードモナス属菌（Pseudomonas spp.）、ステノトロフォモナス属菌（Stenotrophomonas spp.）又はマイコバクテリウム属菌（Mycobacterium spp.）を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記提供ステップが、前記試料を脂肪族アルデヒド細菌ルシフェラーゼ基質試薬（fatty aldehyde bacterial luciferase substrate reagent）と接触させることを含み、ここで場合により、前記試薬はトリデカナールである、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記抗微生物剤が、セフォキシチン（cefoxitin）、β-ラクタム、広域スペクトルβ−ラクタム（extended-spectrum β-lactam）、アミオノグリコシド（Aminoglycoside）、アンサマイシン（Ansamycin）、カルバセフェム（Carbacephem）、カルバペネム（Carbapenems）、任意の世代のセファロスポリン（Cephalosporin）、グリコペプチド（Glycopeptide）、リンコサミド（Lincosamide）、リポペプチド（Lipopeptide）、マクロライド（Macrolide）、モノバクタム（Monobactam）、ニトロフラン（Nitrofuran）、オキサゾリドノン（Oxazolidonone）、ペニシリン（Penicillin）、ポリペプチド（Polypeptide）、キノリン（Quinolone）、フルオロキノリン（Fluoroquinolone）、ストレプトグラミン（Streptogramin）、スルフォンアミド（Sulfonamide）、テトラサイクリン（Tetracycline）、リファンピシン（Rifampicin）、マイコバクテリアの抗生剤、クロラムフェニコール（Chloramphenicol）、及び／又はムピロシン（Mupirocin）である、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記レポーター核酸配列は、発光反応を媒介する酵素（ｌｕｘＡ、ｌｕｘＢ、ｌｕｘＡＢ、ｌｕｃ、ｒｕｃ、ｎｌｕｃ）をコードする遺伝子、発色反応（colorimetric reactions）を媒介する酵素（ｌａｃＺ、ＨＲＰ）をコードする遺伝子、蛍光タンパク質（ＧＦＰ、ｅＧＦＰ、ＹＦＰ、ＲＦＰ、ＣＦＰ、ＢＦＰ、ｍＣｈｅｒｒｙ、近赤外蛍光タンパク質）をコードする遺伝子、アフィニティーペプチド（Ｈｉｓ−ｔａｇ、３Ｘ−ＦＬＡＧ）をコードする核酸分子、及び、選択可能なマーカー（ａｍｐＣ、ｔｅｔ（Ｍ）、ＣＡＴ、ｅｒｍ）をコードする遺伝子から成る群から選択される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記レポーター核酸配列は、構成的プロモーターに操作可能に連結される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
あらかじめ決められた濃度の抗生剤を前記試料に提供し、そしてシグナルの存在又は不在を検出して、前記１又は２以上の目的の微生物が、前記抗生剤に対して抵抗性であるか、又は感受性であるかを決定することをさらに含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
種々のあらかじめ決められた濃度の抗生剤を前記試料に提供し、そしてシグナル量を検出して、前記抗生剤における前記１又は２以上の目的の微生物の最小阻害濃度を決定することをさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
複数の非複製性形質導入粒子（ＮＲＴＰｓ）と、１又は２以上の目的の微生物とを含む、試料又は細胞培養物であって、場合により、前記複数のＮＲＴＰｓは、レポーター核酸配列を含み、そして前記１又は２以上の目的の微生物の増殖速度は対数増殖期よりも低い、前記試料又は細胞培養物。
【請求項１２】
抗微生物剤をさらに含む、請求項１１に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１３】
前記１又は２以上の目的の微生物が定常期にあるか、あるいは
前記１又は２以上の目的の微生物が増殖をしていない、請求項１１又は１２に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１４】
前記１又は２以上の目的の微生物が、メチシリン抵抗性スタフィロコッカス・アウレウス（ＭＲＳＡ）細胞、スタフィロコッカス・アウレウス、スタフィロコッカス属菌、腸内細菌科菌、エンテロコッカス属菌、ストレプトコッカス属菌、アシネトバクター属菌、シュードモナス属菌、ステノトロフォモナス属菌又はマイコバクテリウム属菌を含む、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１５】
脂肪族アルデヒド細菌ルシフェラーゼ基質試薬をさらに含み、ここで場合により、前記試薬はトリデカナールである、請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１６】
前記抗微生物剤が、セフォキシチン、β-ラクタム、広域スペクトルβ−ラクタム、アミオノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、任意の世代のセファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド、キノリン、フルオロキノリン、ストレプトグラミン、スルフォンアミド、テトラサイクリン、リファンピシン、マイコバクテリアの抗生剤、クロラムフェニコール、及び／又はムピロシンである、請求項１２に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１７】
前記レポーター核酸配列は、発光反応を媒介する酵素（ｌｕｘＡ、ｌｕｘＢ、ｌｕｘＡＢ、ｌｕｃ、ｒｕｃ、ｎｌｕｃ）をコードする遺伝子、発色反応を媒介する酵素（ｌａｃＺ、ＨＲＰ）をコードする遺伝子、蛍光タンパク質（ＧＦＰ、ｅＧＦＰ、ＹＦＰ、ＲＦＰ、ＣＦＰ、ＢＦＰ、ｍＣｈｅｒｒｙ、近赤外蛍光タンパク質）をコードする遺伝子、アフィニティーペプチド（Ｈｉｓ−ｔａｇ、３Ｘ−ＦＬＡＧ）をコードする核酸分子、及び、選択可能なマーカー（ａｍｐＣ、ｔｅｔ（Ｍ）、ＣＡＴ、ｅｒｍ）をコードする遺伝子から成る群から選択される、請求項１１〜１６のいずれか１項に記載の試料又は細胞培養物。
【請求項１８】
前記レポーター核酸配列は、構成的プロモーターに操作可能に連結される、請求項１１〜１７のいずれか１項に記載の試料又は細胞培養物。