【手続補正書】
【提出日】平成30年2月26日(2018.2.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
可動要素挿入物（ＭＥＩ）でタグ付けされた細胞増殖を同定する方法であって、 該方法は、
第１の核酸サンプルにおいて第１のＭＥＩ挿入部位で定量的にＭＥＩレベルを測定する工程；
第２の核酸サンプルにおいて第１のＭＥＩ挿入部位で定量的にＭＥＩレベルを測定する工程；および
第１の核酸サンプルにおける第１のＭＥＩ挿入部位のＭＥＩレベルが、第２の核酸サンプルにおける第１のＭＥＩ挿入部位のＭＥＩレベルと実質的に異なる場合に、タグ付け用のＭＥＩでタグ付けされた細胞増殖として、第１のＭＥＩ挿入部位を同定する工程、 
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記第１の核酸サンプルおよび前記第２の核酸サンプルは、実質的に同様の量の核酸を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対照核酸は、第１の核酸サンプルおよび第２の核酸サンプル中に実質的に同様の量で存在する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
第１のＭＥＩ挿入部位に隣接している配列を同定する工程を含む、請求項１−３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
第１のＭＥＩ挿入部位に隣接している配列の欠損に対処する際の有効性と関連づけられた処置を選択する工程を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
第１の核酸サンプルおよび第２の核酸サンプルは、第１の時点および第２の時点で共通の個体から取得される、請求項１−５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記第１の時点および第２の時点は、前記個体に投与される処置によって離される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記処置は癌治療を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の時点および第２の時点は少なくとも６か月離される、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１の核酸サンプルおよび前記第２の核酸サンプルは、血液から抽出される、請求項１−９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１の核酸サンプルおよび前記第２の核酸サンプルは、循環する遊離核酸を含む、請求項１−１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１の核酸サンプルおよび前記第２の核酸サンプルは、循環する遊離ゲノムＤＮＡを含む、請求項１−１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
第１の核酸サンプルは第１の位置で個体から取得され、第２の核酸サンプルは第２の位置で個体から取得される、請求項１−５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
第１の位置は第１の癌組織を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
第２の位置は健常組織を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１６】
第２の位置は第２の癌組織を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１７】
可動要素挿入物（ＭＥＩ）をモニタリングするレジメンであって、該レジメンは、
複数のＭＥＩ挿入境界を含む個体からゲノム配列情報を取得する工程；
発癌遺伝子に隣接している境界を同定するために複数のＭＥＩ挿入境界を調査する工程；
および発癌遺伝子に隣接しているＭＥＩ境界の量的存在率を経過観察する工程、
を含むことを特徴とするレジメン。
【請求項１８】
発癌遺伝子に隣接しているＭＥＩ境界の量的存在率を経過観察する前記工程は、
第１の時点で第１の血液サンプルを取得する工程、
第１の時点で第１の血液サンプル中のＭＥＩ境界の量的存在率を決定する工程、
第２の時点で第２の血液サンプルを取得する工程、および
第２の時点で第２の血液サンプル中のＭＥＩ境界の量的存在率を決定する工程、
を含む、請求項１７に記載のレジメン。
【請求項１９】
発癌遺伝子に隣接しているＭＥＩ境界の量的存在率を経過観察する前記工程は、
第１の時点で第１の組織サンプルを取得する工程、
第１の時点で第１の組織サンプル中のＭＥＩ境界の量的存在率を決定する工程、
第２の時点で第２の組織サンプルを取得する工程、および
第２の時点で第２の組織サンプル中のＭＥＩ境界の量的存在率を決定する工程、
を含む、請求項１７に記載のレジメン。
【請求項２０】
前記第１の組織サンプルおよび前記第２の組織サンプルは腫瘍組織を含む、請求項１９に記載のレジメン。
【請求項２１】
発癌遺伝子の欠損に関連する癌に対処するための処置を選択する工程を含む、請求項１７−２０のいずれか１項に記載のレジメン。
【請求項２２】
ＭＥＩ挿入部位の量的存在率が、前記サンプル中において、第１の時点から第２の時点への閾値を越えて増加した場合に、発癌遺伝子の欠損に関連する癌に対処するための処置を施す工程を含む、請求項２１に記載のレジメン。
【請求項２３】
閾値は１０％の増加である、請求項２２に記載のレジメン。
【請求項２４】
閾値は２０％の増加である、請求項２２に記載のレジメン。
【請求項２５】
閾値は３０％の増加である、請求項２２に記載のレジメン。
【請求項２６】
閾値は５０％の増加である、請求項２２に記載のレジメン。
【請求項２７】
第１の時点の前に、発癌遺伝子の欠損に関連する癌に対処するための処置の第１の投与量を投与する工程、および、ＭＥＩ挿入部位の量的存在率が、サンプルにおいて、第１の時点から第２の時点への閾値よりも低く減少しない場合に、投与量を増加させる工程を含む、請求項２２に記載のレジメン。
【請求項２８】
閾値は第１の時点の量の９０％である、請求項２７に記載のレジメン。
【請求項２９】
閾値は第１の時点の量の７０％である、請求項２７に記載のレジメン。
【請求項３０】
閾値は第１の時点の量の５０％である、請求項２７に記載のレジメン。
【請求項３１】
閾値は第１の時点の量の１０％である、請求項２７に記載のレジメン。
【請求項３２】
第１の核酸サンプルおよび第２の核酸サンプルを比較する方法であって、該方法は、
前記第１の核酸サンプルの複数のＭＥＩ境界に対する可動要素挿入物（ＭＥＩ）の境界配列を取得する工程；
前記第２の核酸サンプル中の前記複数のＭＥＩ境界の存在を分析する工程；
および、前記第２の核酸サンプルが、前記第１の核酸サンプル中に存在するＭＥＩ境界配列を欠いている場合に、前記第１の核酸サンプルと異なるものとして前記第２の核酸サンプルを同定する工程、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３３】
前記第２の核酸サンプルが、前記第１の核酸サンプル中には存在しないＭＥＩ境界配列を含む場合に、前記第１の核酸サンプルと異なるものとして前記第２の核酸サンプルを同定する工程を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記第１の核酸サンプルの複数のＭＥＩ境界に対する可動要素挿入物（ＭＥＩ）の境界配列を取得する工程は、前記第１の核酸サンプルの全ゲノム配列決定を実行する工程を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記第１の核酸サンプルの複数のＭＥＩ境界に対する可動要素挿入物（ＭＥＩ）の境界配列を取得する工程は、前記第１の核酸サンプルの前記複数のＭＥＩ境界の標的とされた配列決定を実行する工程を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記第２の核酸サンプル中の前記複数のＭＥＩ境界の存在を分析する工程は、前記第２の核酸サンプルの全ゲノム配列決定を実行する工程を含む、請求項３２−３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記第２の核酸サンプル中の前記複数のＭＥＩ境界の存在を分析する工程は、前記第２の核酸サンプルの前記複数のＭＥＩ境界の標的とされた配列決定を実行する工程を含む、請求項３２−３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記第２の核酸サンプルの前記複数のＭＥＩ境界の標的とされた配列決定を実行する工程は、前記第１の核酸サンプルの各ＭＥＩ挿入部位を特異的に増殖させるプライマを含むプライマのパネルに、前記第２の核酸サンプルを接触させる工程を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記第２の核酸サンプルの前記複数のＭＥＩ境界の標的とされた配列決定を実行する工程は、前記第１の核酸サンプルの各ＭＥＩ挿入部位に対し特異的にアニールするプローブを含むプローブのパネルに、前記第２の核酸サンプルを接触させる工程を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
プローブのパネルは、基質に結合されたプローブが基質に結合されていないプローブに対し差分的に視覚化可能であるように蛍光体へ結合された、少なくとも１つのプローブを含む、請求項３９に記載の方法。