(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマーペアを用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ及びＳａｌｉｎｉｓｐｏｒａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、心筋梗塞と判定する段階；または
Ｄｅｌｆｔｉａ及びＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、心筋症と判定する段階；または
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ及びＤｅｌｆｔｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、異型狭心症と判定する段階；または
Ｄｅｌｆｔｉａ及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ及びＨａｌｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少している場合、心房細動と判定する段階を含み、前記被検体サンプルは血液であることを特徴とする、メタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【請求項２】
前記（ｃ）段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ及びＳａｌｉｎｉｓｐｏｒａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ及びＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｒｅｎａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、及びＮｉｔｒｏｓｐｉｒａｅからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈａｕｍａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｐｈｙｃｉｓｐｈａｅｒａｅ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｓｐａｒｔｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａｔａ、Ｃｈｔｈｏｎｏｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６からなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｇｅｍｍａｔａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｔｈｉｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、及びＶｉｂｒｉｏｎａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｎｅｘｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｉｓｏｓｐｈａｅｒａｃｅａｅ、Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、及びＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｒｈｏｄｏｐｌａｎｅｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔａｃｉｄｉｐｈｉｌｕｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ、及びＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合；または
Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｉａからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＢａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心筋梗塞と判定することを特徴とする、請求項１に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【請求項３】
前記（ｃ）段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Ｄｅｌｆｔｉａ及びＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＰｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＡｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＧｅｍｍａｔａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＧｅｍｍａｔａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合；または
Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、及びＳｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、及びＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心筋症と判定することを特徴とする、請求項１に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【請求項４】
前記（ｃ）段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ及びＤｅｌｆｔｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＥｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＤｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、及びＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、及びＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＡｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合；または
Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ及びＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、及びＦｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、異型狭心症と判定することを特徴とする、請求項１に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【請求項５】
前記（ｃ）段階の正常人と被検体サンプルで細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階で、
Ｄｅｌｆｔｉａ及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が増加しており、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ及びＨａｌｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞の含量が減少しており；
Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＦｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｘ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、及びＡｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合；または
Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、及びＧｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、心房細動と判定することを特徴とする、請求項１に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【請求項６】
前記血液は全血、血清、または、血漿であることを特徴とする、請求項１に記載のメタゲノム解析による心臓疾患判定のための情報提供方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、細菌メタゲノム解析により心臓疾患を診断する方法に関し、さらに詳しくは、被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム解析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することで心臓疾患の危険因子を診断する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
心臓疾患は心臓に発生する疾患であり、主な疾病としては虚血性心臓疾患、冠状動脈疾患、狭心症、心筋梗塞症、及び不整脈などがある。その中で、冠状動脈疾患（ｃｏｒｏｎａｒｙ  ａｒｔｅｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ）は、狭心症（ａｎｇｉｎａ）及び心筋梗塞（ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ  ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ）などの疾患を含む疾患群であり、虚血性心臓疾患（ｉｓｃｈｅｍｉｃ  ｈｅａｒｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）として知られる疾病である。心筋梗塞（ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ  ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ）は冠状動脈に血栓（ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ）が生じて血管が詰ることで心臓筋肉の梗塞が発生する疾患である。冠状動脈疾患の危険因子としては、高血圧、喫煙、糖尿、運動不足、肥満、高脂血症、及び飲みすぎなどが知られている。果物と野菜がたくさん入っている食べ物を服用する場合に前記疾患が予防されて、トランス脂肪が多い食べ物を食べると発生危険を高めると報告されている。
【０００３】
拡張性心筋症（ｄｉｌａｔｅｄ  ｃａｒｄｉｏｍｙｏｐａｔｈｙ）は、心臓が拡張されてまともに収縮しない疾患であり、非冠状動脈疾患及び心筋症の最も多い原因として知られている。毒素、代謝異常、及び感染性因子などが原因因子として提示されているが、いまだに原因因子については知られていない。
【０００４】
狭心症（ａｎｇｉｎａ）とは、心臓に血液を供給する冠状動脈という血管が細くなって心臓筋肉に流れる血液量が要求量に満たないために発生する疾患である。冠状動脈血管が細くなれば、必要な血液が十分に供給されないため胸痛症状を訴えることになるが、狭心症をそのまま放置する場合、急性心筋梗塞に進行して突然死を起こし得る。狭心症は大きく安定型狭心症と不安定型狭心症、異型狭心症に分けられている。この三つの中、安定型狭心症と不安定型狭心症は大部分動脈硬化盤によって発生する一方、異型狭心症（ｖａｒｉａｎｔ ａｎｇｉｎａ）は発生原因が違うという意味で異型狭心症と呼ばれている。異型狭心症は血管が細くなって生ずる一般的な狭心症とは違って冠状動脈の血管の直径は正常であるが、痙攣が起きて血がよく通れずに生ずる疾患である。異型狭心症は痙攣により収縮して血流が減少または遮断されて胸痛症を発生し、このような症状は大体お酒を飲んだり、ストレスを多く受けるなどの場合に翌日の夜明けにこのような症状が現れる。
【０００５】
心房細動（ａｔｒｉａｌ  ｆｉｂｒｉｌｌａｔｉｏｎ）は、心房が持続的に無秩序に鼓動しながら早く不規則的な心拍数が発生する症状である。心房は１分に３００〜４００回以上鼓動するが、大部分の刺激は房屋結節（ＡＶ  ｎｏｄｅ）に詰り、心室まで伝達する刺激は１分におおよそ７５〜１７５回程度となる。原因としては、根本的な心臓の問題、すなわち冠状動脈疾患、心筋梗塞、高血圧と僧帽弁（ｍｉｔｒａｌ  ｖａｌｖｅ）の問題があり、その他に心嚢炎、肺塞栓症、甲状腺機能亢進症あるいは低下症、敗血症、糖尿、過多飲酒、褐色細胞腫（ｐｈｅｏｃｈｒｏｍｏｃｙｔｏｍａ）などがある。
【０００６】
２０１３年の韓国統計庁の報告資料によれば、韓国の３大の死亡原因は悪性新生物（癌）が２８．３％、脳血管疾患が９．６％、心臓疾患が９．５％を占め、これは全体死因の５０％を占めていて、冠状動脈疾患及び心筋症は心臓疾患による死亡原因の５０％以上を占めると報告している。現代人は経済問題、職場問題などの葛藤によるストレスに接しており、そのために血圧と血糖、血中脂肪が上昇して上記のような冠状動脈疾患及び心筋症は現代人に次第に増加している肥満、喫煙、動脈硬化などの疾患と最も密接に連関されているので、心臓疾患は前記原因により症状がなかったのに急に発病することになり、これによる予後が最も良くない疾患である。したがって、心臓疾患を早期に診断して治療有効性を高める方法の開発が至急の実情であって、これに先立って心臓疾患の発病可否を事前に予測可能にすることで早期診断及び治療に対する対応方法を差別化することが最も重要であるので、これに対する研究及び技術開発が要求されている。
【０００７】
一方、人体に共生する微生物は１００兆に上っており人間細胞よりも１０倍多く、微生物の遺伝子数は人間遺伝子数の１００倍を上回るものとして知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）は与えられた居住地に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）をいい、腸内微生物叢は人の生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用を介して人間の健康と疾病に大きな影響を及ぼすことが知られている。人体に共生する細菌は他の細胞への遺伝子、蛋白質などの情報を交換するためにナノメータ大きさの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は２００ナノメータ（ｎｍ）大きさ以上の粒子が通過できない物理的な保護膜を形成し、粘膜に共生する細菌の場合には粘膜を通過することができないが、細菌由来小胞は大きさがおおよそ１００ナノメータ大きさ以下なので比較的自由に粘膜を通過して人体に吸収されることになる。
【０００８】
環境遺伝体学とも呼ばれるメタゲノム学は環境で採取したサンプルから得たメタゲノム資料に対する分析学であるといえ、微生物が存在する自然環境でのすべての微生物群の総ゲノム（ｇｅｎｏｍｅ）を総称する意味として１９９８年Ｊｏ  Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎによって初めて使用されている（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．、１９９８  Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．５、Ｒ２４５−２４９）。最近１６ｓリボソームＲＮＡ（１６ｓ  ｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とした方法で人間の微生物叢の細菌構成を系列化することが可能となっていて、１６ｓリボソームＲＮＡは４５４ＦＬＸ  ｔｉｔａｎｉｕｍ  ｐｌａｔｆｏｒｍを用いて配列を解析する。しかし心臓疾患の発病において、血液または尿などの人体由来物から細菌由来小胞に存在するメタゲノム解析により心臓疾患、特に、心筋梗塞、心筋症、異型狭心症、心房細動などの原因因子を同定して前記疾患を診断する方法に対してはまだ報告されていない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
本発明者は、心筋梗塞、心筋症、異型狭心症、心房細動などの心臓疾患を診断するために、被検体由来サンプルである血清を用いて細菌由来小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム解析を行い、その結果心臓疾患の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定し、これに基づいて本発明を完成した。
【００１０】
ここで、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析により心臓疾患を診断するための情報提供方法を提供することを目的とする。
【００１１】
しかし、本発明が達成しようとする技術的課題は、上記で言及した課題に制限されず、言及しないさらに他の課題は下記の記載から当業者に明確に理解されるであろう。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
上記のような本発明の目的を達成するために、本発明は下記の段階を含む、心臓疾患診断のための情報提供方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１３】
そして、本発明は下記の段階を含む、心臓疾患診断方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１４】
また、本発明は下記の段階を含む、心臓疾患の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１５】
本発明の一実施形態において、前記被検体サンプルは血液であって、
【００１６】
前記（ｃ）段階で、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｃｒｅｎａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、ＷＳ３、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ、ＷＰＳ−２、ＡＤ３、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
【００１７】
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＤＡ０５２、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈａｕｍａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、ＴＭ７−３，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｐｈｙｃｉｓｐｈａｅｒａｅ、ＭＣＧ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、ＰＲＲ−１２、Ｓｐａｒｔｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ、ＴＭ１、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａｔａ、Ｃｈｔｈｏｎｏｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
【００１８】
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｇｅｍｍａｔａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＷＤ２１０１、ｉｉｉ１−１５、Ｅｌｌｉｎ３２９、Ｔｈｉｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、Ｖｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
【００１９】
Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｎｅｘｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｉｓｏｓｐｈａｅｒａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ５１５、Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
【００２０】
Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｌａｎｅｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｅｌｌａ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔａｃｉｄｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｘ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｈａｌｏｍｏｎａｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含むことができる。
【００２１】
本発明の一実施形態において、前記心臓疾患は心筋梗塞、心筋症、異型狭心症、または心房細動であってもよい。
【００２２】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｃｒｅｎａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、ＷＳ３，Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ、ＷＰＳ−２、及びＡＤ３からなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋梗塞を診断するものであってもよい。
【００２３】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＤＡ０５２、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈａｕｍａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、ＴＭ７−３，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｐｈｙｃｉｓｐｈａｅｒａｅ、ＭＣＧ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、ＰＲＲ−１２、Ｓｐａｒｔｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ、ＴＭ１、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａｔａ、Ｃｈｔｈｏｎｏｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６からなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋梗塞を診断するものであってもよい。
【００２４】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｇｅｍｍａｔａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＷＤ２１０１、ｉｉｉ１−１５、Ｅｌｌｉｎ３２９、Ｔｈｉｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、及びＶｉｂｒｉｏｎａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋梗塞を診断するものであってもよい。
【００２５】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｎｅｘｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｉｓｏｓｐｈａｅｒａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ５１５、Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、及びＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋梗塞を診断するものであってもよい。
【００２６】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｌａｎｅｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｅｌｌａ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔａｃｉｄｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ、及びＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋梗塞を診断するものであってもよい。
【００２７】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＰｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋症を診断するものであってもよい。
【００２８】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、ＤＡ０５２、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＡｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋症を診断するものであってもよい。
【００２９】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＧｅｍｍａｔａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋症を診断するものであってもよい。
【００３０】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋症を診断するものであってもよい。
【００３１】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心筋症を診断するものであってもよい。
【００３２】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＥｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して異型狭心症を診断するものであってもよい。
【００３３】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＤｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して異型狭心症を診断するものであってもよい。
【００３４】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、及びＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して異型狭心症を診断するものであってもよい。
【００３５】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して異型狭心症を診断するものであってもよい。
【００３６】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＡｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して異型狭心症を診断するものであってもよい。
【００３７】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心房細動を診断するものであってもよい。
【００３８】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、ＴＭ７−３，及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心房細動を診断するものであってもよい。
【００３９】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心房細動を診断するものであってもよい。
【００４０】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心房細動を診断するものであってもよい。
【００４１】
本発明のさらに他の実施形態において、前記（ｃ）段階で、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｘ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｈａｌｏｍｏｎａｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して心房細動を診断するものであってもよい。
【００４２】
本発明のさらに他の実施形態において、前記血液は全血、血清、または血漿であってもよい。
【発明の効果】
【００４３】
本発明による人体由来サンプルを用いた細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により心臓疾患の原因因子を診断することで心臓疾患の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、また発病後にも早期診断ができて心臓疾患の発病率を低下させ、治療効果を高めることができる。
【００４４】
また、心臓疾患と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子に対する露出を阻止することで心臓疾患の経過を良くしたり再発を防止することができる。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１ａ】体内から細菌由来細胞外小胞の分布様相を評価するためのもので、マウスに腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）及び細菌由来小胞（ＥＶ）を口腔に投与した後、時間別（０、５ｍｉｎ、３ｈ、６ｈ、及び１２ｈ）にこれらの分布様相を撮影した写真である。
【図１ｂ】体内から細菌由来細胞外小胞の分布様相を評価するためのもので、マウスに腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）及び細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）を口腔に投与して１２時間後、血液及び多様な臓器（心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉）を摘出して前記細菌及び細胞外小胞の分布様相を撮影した写真である。
【図２】心筋梗塞患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図３】心筋梗塞患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図４】心筋梗塞患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図５】心筋梗塞患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図６】心筋梗塞患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図７】心筋症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図８】心筋症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図９】心筋症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１０】心筋症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１１】心筋症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１２】異型狭心症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１３】異型狭心症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１４】異型狭心症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１５】異型狭心症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１６】異型狭心症患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１７】心房細動患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１８】心房細動患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１９】心房細動患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図２０】心房細動患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図２１】心房細動患者及び正常人血液から細菌由来小胞のメタゲノム解析した後、属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
本発明は、細菌メタゲノム解析により心臓疾患を診断する方法に関し、本発明者は被検体由来サンプルを用いて細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出してこれに対してメタゲノム解析を行い、心臓疾患の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定した。
【００４７】
ここで、本発明は（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、心臓疾患診断のための情報提供方法を提供する。
【００４８】
本発明に用いる用語の「心臓疾患発病危険度予測」とは、患者に対して心臓疾患の発病可能性があるか、心臓疾患の発病可能性が相対的に高いか、または前記疾患が既に発病しているかの可否を判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対する心臓疾患発病危険度が高い患者であって、特別で適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病しないようにするのに用いられる。また、本発明の方法は心臓疾患を早期に診断して最も適切な治療方式を選択することで、治療を決定するために臨床的に用いられる。
【００４９】
本発明において、前記心臓疾患は心筋梗塞、心筋症、異型狭心症、または心房細動であってもよい。
【００５０】
本発明に用いる用語の「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」とは、群遺伝体ともいい、土、動物の腸など孤立した地域内のすべてのウィルス、細菌、かびなどを含む遺伝体の総合を意味するもので、主に培養されない微生物を分析するために配列解析器を用いて一括に多くの微生物を同定することを説明する遺伝体の概念として用いられる。特に、メタゲノムは一種のゲノムまたは遺伝体を言うのではなく、一環境単位のあらゆる種の遺伝体として一種の混合遺伝体を言う。これはオーミクス的に生物学が発展する過程で一種を定義する場合、機能的に既存の一種だけでなく、多様な種が相互作用して完全な種を作るという観点から用いる用語である。技術的には早い配列解析法を用いて、種に関係なくすべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一環境内であらゆる種を同定し、相互作用、代謝作用を糾明する技法の対象である。本発明では、好ましく血液から分離した細菌由来細胞外小胞を用いてメタゲノム解析を実施した。
【００５１】
本発明において、前記被検体サンプルは、好ましく全血、血清、または血漿であってもよいが、これに制限されない。
【００５２】
本発明の実施例においては、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に心臓疾患発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
【００５３】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋梗塞患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｃｒｅｎａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、ＷＳ３，Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ、ＷＰＳ−２、及びＡＤ３門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量は、心筋梗塞患者が正常人に比べて有意な差があった（実施例４参照）。
【００５４】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋梗塞患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＤＡ０５２、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈａｕｍａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、ＴＭ７−３、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｐｈｙｃｉｓｐｈａｅｒａｅ、ＭＣＧ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、ＰＲＲ−１２、Ｓｐａｒｔｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ、ＴＭ１、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａｔａ、Ｃｈｔｈｏｎｏｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来小胞が心筋梗塞患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００５５】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋梗塞患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｇｅｍｍａｔａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＷＤ２１０１、ｉｉｉ１−１５、Ｅｌｌｉｎ３２９、Ｔｈｉｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、及びＶｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来小胞が心筋梗塞患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００５６】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋梗塞患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｎｅｘｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｉｓｏｓｐｈａｅｒａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ５１５、Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、及びＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来小胞が心筋梗塞患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００５７】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋梗塞患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｌａｎｅｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｅｌｌａ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔａｃｉｄｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ、及びＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞が心筋梗塞患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００５８】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＰｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量は心筋症患者が正常人に比べて有意な差があった（実施例５参照）。
【００５９】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、ＤＡ０５２、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＡｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来小胞が心筋症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００６０】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＧｅｍｍａｔａｌｅｓ目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来小胞が心筋症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００６１】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来小胞が心筋症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００６２】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心筋症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞が心筋症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００６３】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、異型狭心症患者及び正常人の血液に存在する細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＥｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量が異型狭心症患者は正常人に比べて有意な差があった（実施例６参照）。
【００６４】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、異型狭心症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＤｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来小胞が異型狭心症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００６５】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、異型狭心症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、及びＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来小胞が異型狭心症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００６６】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、異型狭心症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来小胞が異型狭心症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００６７】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、異型狭心症患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＡｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞が異型狭心症患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００６８】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心房細動患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量は心房細動患者が正常人に比べて有意な差があった（実施例７参照）。
【００６９】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心房細動患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、ＴＭ７−３，及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来小胞が心房細動患者と正常人の間で有意な差があった（実施例７参照）。
【００７０】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心房細動患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来小胞が心房細動患者と正常人の間で有意な差があった（実施例７参照）。
【００７１】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心房細動患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来小胞が心房細動患者と正常人の間で有意な差があった（実施例７参照）。
【００７２】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、心房細動患者及び正常人血液に存在する細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｘ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｈａｌｏｍｏｎａｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来小胞が心房細動患者と正常人の間で有意な差があった（実施例７参照）。
【００７３】
本発明は上記のような実施例結果を介して、血液から分離した細菌由来細胞外小胞に対してメタゲノム解析を実施することで正常人と比較して心筋梗塞、心筋症、異型狭心症、及び心房細動患者で含量が有意に変化した細菌由来小胞を同定しており、メタゲノム解析により前記各水準で細菌由来小胞の含量増減を分析することで心臓疾患を診断することができることを確認した。
【実施例】
【００７４】
以下、本発明の理解を深めるために好ましい実施例を提示する。しかし下記の実施例は本発明をさらに理解し易くするために提供するものであって、下記実施例により本発明の内容が限定されない。
［実施例］
実施例１．腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
【００７５】
腸内細菌由来細胞外小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために下記のような方法で実験を行った。さらに詳しく、マウスの胃腸に蛍光で表示した腸内細菌シュードモナス・パナシス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｎａｃｉｓ）と前記細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）をそれぞれ５０μｇの容量で経口投与し、０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。
【００７６】
マウス全体イメージを観察した結果、図１ａに示すように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）を投与した場合には全身的に吸収されない一方、細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）の場合には、投与後５分に全身的に吸収され、投与後３０分には膀胱に蛍光が濃く観察されたことで細胞外小胞が血液を介して泌尿器系に排泄されたことを確認し、また投与後１２時間まで体内に存在することを確認した。
【００７７】
上記結果に加えて腸内細菌由来細胞外小胞が全身的に吸収された後、体内のあらゆる臓器に浸潤する様相を評価するために、蛍光で表示した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を上記の方法と同様に投与した後１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝臓（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅｔｉｓｓｕｅ）、及び筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織から蛍光を観察した結果、図１ｂに示すように、前記腸内細菌は各臓器に吸収されない一方、前記腸内細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は血液、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪、及び筋肉に分布することを確認した。
実施例２．血液から小胞分離及びＤＮＡ抽出
【００７８】
まずは１０ｍｌチューブで血液を遠心分離法（３，５００ｘｇ、１０ｍｉｎ、４℃）で浮遊物を沈めて上澄液だけを新しい１０ｍｌチューブに移した。０．２２μｍフィルターを用いて細菌及び異物を除去した後、セントリプラップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｉｇｕｇａｌ  ｆｉｌｔｅｒｓ  ５０ｋＤ）に移して１５００ｘｇ、４℃から１５分間遠心分離して５０ｋＤよりも小さい物質は捨てて１０ｍｌまで濃縮させた。再び０．２２μｍ  ｆｉｌｔｅｒを用いてバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ  ９０ｔｉロータで１５０，０００ｘｇ、４℃から３時間、超高速遠心分離方法を用いて上澄液を捨てて固まったｐｅｌｌｅｔを生理食塩水（ＰＢＳ）で溶かした。
【００７９】
前記方法から分離した小胞１００μｌを１００℃で沸かして内部のＤＮＡを脂質の外に出るようにし、その後に氷で５分間冷やした。そして、残った浮遊物を除去するために１０，０００ｘｇ、４℃から３０分間、遠心分離し、上澄液だけを集めた。そして、Ｎａｎｏｄｒｏｐを用いてＤＮＡ量を定量した。その後、前記抽出されたＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために下記表１に示した１６ｓ  ｒＲＮＡ  ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って前記抽出された遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
【００８０】
【表１】
0006830693.tif 000002
実施例３．血液から抽出した小胞由来ＤＮＡを用いた１６Ｓ  ｒＤＮＡ塩基配列シークエンシング
【００８１】
上記の実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ  ｒＤＮＡプライマーを用いてＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シークエンシング（Ｉｌｌuｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ  Ｆｌｏｗｇｒａｍ  Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ  ＦＬＸ  ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｑｕａｌｉｔｙ  ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ  ｃａｌｌ  ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ  ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質の低い部分を除去した後、リード長が３００ｂｐｓ以上のものだけを用い（Ｓｉｃｋｌｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．３３）、結果分析のためのＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）分析のためにはＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシーケンス類似度によってクラスタリングを行った。詳しくは、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シーケンス類似度に基づいてクラスタリングをし、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行って、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ  ＲＮＡシーケンスデータベース（１０８、４５３シーケンス）を用いて９７％以上のシーケンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
実施例４．細菌由来小胞メタゲノムプロファイリングを介した心筋梗塞診断模型
【００８２】
上記の実施例３の方法で、心筋梗塞（ＳＴ  ｅｌｅｖａｔｉｏｎ  ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ  ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ；ＳＴＥＭＩ）患者５７人と、年齢と性別をマッチングした正常人１６３人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、正確度、敏感度、特異度を算出した。
【００８３】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｃｒｅｎａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、ＷＳ３，Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｅ、ＷＰＳ−２、及びＡＤ３門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋梗塞に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２及び図２参照）。
【００８４】
【表２】
0006830693.tif 000003
0006830693.tif 000004
【００８５】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＤＡ０５２、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈａｕｍａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、ＴＭ７−３，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｐｈｙｃｉｓｐｈａｅｒａｅ、ＭＣＧ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、ＰＲＲ−１２、Ｓｐａｒｔｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ、ＴＭ１、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｎａｅｒｏｌｉｎｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａｔａ、Ｃｈｔｈｏｎｏｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ−６綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋梗塞に対する診断的性能が有意なものとして示された（表３及び図３参照）。
【００８６】
【表３】
0006830693.tif 000005
0006830693.tif 000006
0006830693.tif 000007
0006830693.tif 000008
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【００８７】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ、Ｇｅｍｍａｔａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｐｅｄｏｓｐｈａｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｏｌｉｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、ＷＤ２１０１、ｉｉｉ１−１５、Ｅｌｌｉｎ３２９、Ｔｈｉｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、及びＶｉｂｒｉｏｎａｌｅｓ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋梗塞に対する診断的性能が有意なものとして示された（表４及び図４参照）。
【００８８】
【表４】
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0006830693.tif 000012
【００８９】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍｏｇｅｍｍａｔｉｓｐｏｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｃｈｔｈｏｎｉｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｎｅｘｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｉｓｏｓｐｈａｅｒａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ５１５、Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、及びＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋梗塞に対する診断的性能が有意なものとして示された（表５及び図５参照）。
【００９０】
【表５】
0006830693.tif 000013
0006830693.tif 000014
0006830693.tif 000015
0006830693.tif 000016
【００９１】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｌａｎｅｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｅｌｌａ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔａｃｉｄｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ、Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ、及びＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋梗塞に対する診断的性能が有意なものとして示された（表６及び図６参照）。
【００９２】
【表６】
0006830693.tif 000017
0006830693.tif 000018
0006830693.tif 000019
実施例５．細菌由来小胞メタゲノムプロファイリングを介した心筋症診断模型
【００９３】
上記の実施例３の方法で、拡張性心筋症（ｄｉｌａｔｅｄ  ｃａｒｄｉｏｍｙｏｐａｔｈｙ；ＤＣＭＰ）患者７２人と、年齢と性別をマッチングした正常人１６３人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、正確度、敏感度、特異度を算出した。
【００９４】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＰｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表７及び図７参照）。
【００９５】
【表７】
0006830693.tif 000020
【００９６】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｉａ、ＤＡ０５２、Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＡｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉｉａ綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表８及び図８参照）。
【００９７】
【表８】
0006830693.tif 000021
【００９８】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｅｌｌｉｎ６５１３，Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＧｅｍｍａｔａｌｅｓ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表９及び図９参照）。
【００９９】
【表９】
0006830693.tif 000022
【０１００】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍａｔａｃｅａｅ、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１０及び図１０参照）。
【０１０１】
【表１０】
0006830693.tif 000023
0006830693.tif 000024
【０１０２】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心筋症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１１及び図１１参照）。
【０１０３】
【表１１】
0006830693.tif 000025
0006830693.tif 000026
0006830693.tif 000027
実施例６．細菌由来小胞メタゲノムプロファイリングを介した異型狭心症診断模型
【０１０４】
上記の実施例３の方法で、異型狭心症（ｖａｒｉａｎｔ ａｎｇｉｎａ）患者８０人と、年齢と性別をマッチングした正常人８０人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、正確度、敏感度、特異度を算出した。
【０１０５】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、及びＥｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、異型狭心症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１２及び図１２参照）。
【０１０６】
【表１２】
0006830693.tif 000028
【０１０７】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＤｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、異型狭心症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１３及び図１３参照）。
【０１０８】
【表１３】
0006830693.tif 000029
【０１０９】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、及びＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、異型狭心症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１４及び図１４参照）。
【０１１０】
【表１４】
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0006830693.tif 000031
【０１１１】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｋｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、異型狭心症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１５及び図１５参照）。
【０１１２】
【表１５】
0006830693.tif 000032
0006830693.tif 000033
【０１１３】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＡｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、異型狭心症に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１６及び図１６参照）。
【０１１４】
【表１６】
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0006830693.tif 000035
実施例７．細菌由来小胞メタゲノムプロファイリングを介した心房細動診断模型
【０１１５】
上記の実施例３の方法で、心房細動（ａｔｒｉａｌ  ｆｉｂｒｉｌｌａｔｉｏｎ）患者３４人と、年齢と性別をマッチングした正常人６２人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、正確度、敏感度、特異度を算出した。
【０１１６】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心房細動に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１７及び図１７参照）。
【０１１７】
【表１７】
0006830693.tif 000036
【０１１８】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ、ＴＭ７−３，及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心房細動に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１８及び図１８参照）。
【０１１９】
【表１８】
0006830693.tif 000037
【０１２０】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ、及びＳｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心房細動に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１９及び図１９参照）。
【０１２１】
【表１９】
0006830693.tif 000038
0006830693.tif 000039
【０１２２】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心房細動に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２０及び図２０参照）。
【０１２３】
【表２０】
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0006830693.tif 000041
【０１２４】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｘ、Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｈａｌｏｍｏｎａｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、心房細動に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２１及び図２１参照）。
【０１２５】
【表２１】
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0006830693.tif 000043
0006830693.tif 000044
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【０１２６】
上述した本発明の説明は例示のためのものであって、本発明が属する技術分野の通常の知識を有する者は本発明の技術的思想や必須な特徴を変更しなくても他の具体的な形態に容易に変形が可能であることが理解できるであろう。よって、以上に記述した実施例はすべての面から例示的なものであって限定的でないものとして理解すべきである。
【産業上の利用可能性】
【０１２７】
本発明による人体由来サンプルを用いた細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により心臓疾患の原因因子を診断することで心臓疾患の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、また発病後にも早期診断ができて心臓疾患の発病率を低下させて治療効果を高めることができる。また、心臓疾患と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子に対する露出を避けられるようにすることで心臓疾患の経過を良くしたり再発を防止することができる。
【図１ａ】
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【図１ｂ】
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【図２】
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【図３】
0006830693.tif 000050
【図４】
0006830693.tif 000051
【図５】
0006830693.tif 000052
【図６】
0006830693.tif 000053
【図７】
0006830693.tif 000054
【図８】
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【図９】
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【図１０】
0006830693.tif 000057
【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
0006830693.tif 000060
【図１４】
0006830693.tif 000061
【図１５】
0006830693.tif 000062
【図１６】
0006830693.tif 000063
【図１７】
0006830693.tif 000064
【図１８】
0006830693.tif 000065
【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
0006830693.tif 000068
【配列表】
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