(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して
ｉ．正常人由来サンプルと被検体サンプルから分離した細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、およびＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞；
Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、およびＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞；
Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、およびＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞；
Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、およびＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞；または
Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、およびＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加しているか、または
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞；
Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、およびＳ２４−７からなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞；または
Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、およびＣｏｍａｍｏｎａｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、
肺癌と判定する段階；または
ｉｉ．慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと被検体サンプルから分離した細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、
ＲｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓまたはＩ０２５目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ノカルディアシエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）またはＲｓ−０４５科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加しているか、または
バシラレス（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
スタフィロコッカシエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、ブレバンディモナス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ）、エンヒドロバクター（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびコマモナス（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ）からなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、
肺癌と判定する段階；または
ｉｉｉ．喘息患者由来サンプルと被検体サンプルから分離した細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して、
Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、およびＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞；
Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、およびＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞；
Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、およびＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞；
Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、およびＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞；または
Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、およびＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加しているか、または
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞；
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞；
ＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、およびＢａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞；
Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、およびＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞；または
Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、
肺癌と判定する段階を含む、
前記被検体サンプルは血液であることを特徴とする、
メタゲノム解析を通して肺癌判定のための情報提供方法。
【請求項２】
前記血液は全血、血清、血漿、または血液単核球であることを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、細菌メタゲノム解析により肺癌を診断する方法に関し、さらに詳しくは被検体由来サンプルを用いて細菌メタゲノム解析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することで肺癌を診断する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
肺癌は肺に起源した悪性腫瘍であって、現代医学の発展にもかかわらず、５年生残率が５０％にもならない国内死亡原因の１位の癌である。肺癌は組織型によって大きく小細胞肺癌（ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ）と非小細胞肺癌（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ）に区分され、前記小細胞肺癌は、治療法と予後面から他の種の肺癌と確実に区分される特徴を有しているので、肺癌は組織学的検査の結果が治療方針決定に最も重要である。
【０００３】
肺癌は、咳、喀血、胸痛、及び呼吸困難などの症状を示すが、症状が示されたときは既に進行した場合が多く、進行中であっても症状がない場合が多く、肺癌患者の５〜１５％だけが症状のない状態で診断を受けており、ほとんどは症状が示された後に肺癌診断を受けることになる。いまでも症状が現れる前に肺癌を早期に見つける公認の選別検査方法がないのが実情であり、胸部位のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）を利用した肺癌早期検診に対する研究が活発に行われているが、未だに有効性が立証されてない。したがって肺癌を早期に診断して治療有効性を高めることができる方法の開発が至急の実情であり、それに先立て肺癌の発病可否を事前に予測可能とすることで早期診断及び治療に対する対応方法を差別化させることが最も重要であるので、これに関する研究及び技術開発が要求さている。
【０００４】
一方、人体に共生する微生物は１００兆にも上っており、人間細胞よりも１０倍多く、微生物の遺伝子数は人間の遺伝子数の１００倍を上回るものとして知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａあるいはｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ）は与えられた居住地に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）をいい、腸内の微生物叢は人の生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用を介して人間の健康と疾病に大きな影響を及ぼすものと知られている。人体に共生する細菌は他の細胞への遺伝子、蛋白質などの情報を交換するためにナノメータ大きさの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は２００ナノメータ（ｎｍ）の大きさ以上の粒子が通過できない物理的な保護膜を形成して粘膜に共生する細菌の場合は粘膜を通過することができないが、細菌由来小胞は大きさがおおよそ１００ナノメータ以下であるので、比較的に自由に粘膜を通過して人体に吸収される。
【０００５】
肺癌の発生に係っては慢性閉塞性肺疾患（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ、ＣＯＰＤ）が重要な危険因子であって、臨床研究では喫煙と関係なく、慢性閉塞性肺疾患自体が肺癌発生の重要な危険因子である事実が報告された。また最近非喫煙者に肺癌発生が増加するという事実は肺癌発生に喫煙以外にも肺癌発生を誘発する原因因子が存在することを示唆する。
【０００６】
環境遺伝体学とも呼ばれるメタゲノム学は、環境から採取したサンプルから得たメタゲノム資料に対する分析学とすることができ、微生物が存在する自然環境におけるすべての微生物群の全ゲノム（ｇｅｎｏｍｅ）を総称する意味で１９９８年にＪｏ  Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎにより初めて使用された（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．  ５、  Ｒ２４５−２４９）。最近１６ｓリボソームＲＮＡ（１６ｓｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とした方法で人間の微生物叢の細菌構成を系列化することが可能となって、次世代塩基配列解析（ｎｅｘｔ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，  ＮＧＳ）プラットホームを介して細菌の塩基配列を解析する。しかし肺癌発病において、血液などの人体由来物において細菌由来小胞に存在するメタゲノム解析を介して肺癌の原因因子を同定し、肺癌を予測する方法については報告されたことがない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明者は肺癌の原因因子を基盤に診断するために、被検体由来サンプルである血液で細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム解析を行い、その結果、肺癌の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定したので、これに基づいて本発明を完成した。
【０００８】
ここで、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析により肺癌を診断するための情報提供方法を提供することを目的とする。
【０００９】
しかし、本発明が達成しようとする技術的課題は、上記で言及した課題に制限されず、言及しないまた他の課題は下記の記載から当業者に明確に理解されるであろう。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
上記のような本発明の目的を達成するために本発明は下記の段階を含む、肺癌診断のための情報提供方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１１】
そして、本発明は下記の段階を含む、肺癌診断方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１２】
また、本発明は下記の段階を含む、肺癌発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１３】
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＡｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１４】
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１５】
本発明の一実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１６】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＴｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１７】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で正常人由来サンプルと比較してＣｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１８】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＢａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５からなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００１９】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５からなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２０】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプルと比較してＡｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２１】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２２】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＢａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２３】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２４】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２５】
本発明の他の実施形態において、前記（ｃ）段階で喘息患者由来サンプルと比較してＴｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較して肺癌を診断するものであってもよい。
【００２６】
本発明のさらに他の実施形態において、前記被検体サンプルは血液であってもよい。
【００２７】
本発明のさらに他の実施形態において、前記血液は、全血、血清、血漿、または血液単核球であってもよい。
【発明の効果】
【００２８】
環境に存在する細菌から分泌する小胞は体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼすものであって、肺癌は症状が現れる前に早期診断が難しく効率的な治療が難しい実情であるため、本発明による人体由来サンプルを用いた細菌または細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により肺癌発病の危険度を事前に予測することで、肺癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、発病後にも早期診断ができて肺癌の発病率を低下させて治療効果を高めることができる。また、肺癌と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子を予測し、原因因子に対する露出を阻止することで肺癌の経過を良くしたり、再発を防止することができる。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
【図１ａ】体内で細菌由来細胞外小胞の分布様相を評価するためのものであって、マウスに腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）及び細菌由来小胞（ＥＶ）を口腔に投与した後、時間別（０、５ｍｉｎ、３ｈ、６ｈ、及び１２ｈ）でこれらの分布様相を撮影した写真である。
【図１ｂ】体内で細菌由来細胞外小胞の分布様相を評価するためのものであって、マウスに腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）及び細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）を口腔に投与して１２時間後の血液及び多様な臓器（心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉）を摘出して前記細菌及び細胞外小胞の分布様相を撮影した写真である。
【図２】肺癌患者及び正常人血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図３】肺癌患者及び正常人血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図４】肺癌患者及び正常人血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図５】肺癌患者及び正常人血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図６】肺癌患者及び正常人血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図７】肺癌患者及びＣＯＰＤ患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図８】肺癌患者及びＣＯＰＤ患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図９】肺癌患者及びＣＯＰＤ患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１０】肺癌患者及び喘息患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１１】肺癌患者及び喘息患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って綱（ｃｌａｓｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１２】肺癌患者及び喘息患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って目（ｏｒｄｅｒ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１３】肺癌患者及び喘息患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って科（ｆａｍｉｌｙ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【図１４】肺癌患者及び喘息患者血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム解析を行って属（ｇｅｎｕｓ）水準で診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示す結果である。
【発明の実施のための形態】
【００３０】
本発明は、細菌メタゲノム解析により肺癌を診断する方法に関し、本発明者は、被検体由来サンプルを用いて細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム解析を行い、肺癌の原因因子として作用し得る細菌由来細胞外小胞を同定した。
【００３１】
ここで、本発明は、（ａ）被検体サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析を介して正常人由来サンプル、慢性閉鎖性肺疾患者由来サンプル、または喘息患者由来サンプルと、細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む、肺癌診断のための情報提供方法を提供する。
【００３２】
本発明に用いる用語の「肺癌診断」は、患者に対して肺癌が発病する可能性があるか、肺癌が発病する可能性が相対的に高いか、または肺癌が既に発病したかの可否を判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対する肺癌発病危険度が高い患者として特別で適切な管理によって発病時期を遅らせるか発病しないようにするために用いられる。また、本発明の方法は、肺癌を早期に診断して最も適切な治療方式を選択することで、治療を決定するために臨床的に用いられ得る。
【００３３】
本発明の肺癌診断は、腺癌（ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）、小細胞肺癌（ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、及び扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）のような多様な亜種の肺癌を同時に予測することができる長所を有する。
【００３４】
本発明に用いる用語の「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」は、「群遺伝体」ともいい、土、動物の腸など孤立した地域内のすべてのウィルス、細菌、かびなどを含む遺伝体の総合を意味するもので、主に培養されない微生物を分析するために配列解析器を用いて一括で多くの微生物を同定することを説明する遺伝体の概念として用いられる。特に、メタゲノムは、一種のゲノムまたは遺伝体を言うのではなく、一環境単位のあらゆる種の遺伝体として一種の混合遺伝体を言う。これはオーミクス的に生物学が発展する過程で一種を定義する場合に機能的に既存の一種だけでなく、多様な種が互いに相互作用して完全な種を作るという観点からの用語である。技術的には早い配列解析法を用いて、種にかかわらずすべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一環境内であらゆる種を同定して、相互作用、代謝作用を糾明する技法の対象である。本発明では、好ましく血清から分離した細菌由来細胞外小胞を用いてメタゲノム解析を実施した。
【００３５】
本発明において、前記被検体サンプルは血液であってもよく、前記血液は好ましく全血、血清、血漿、または血液単核球であってもよいが、これに制限されるものではない。
【００３６】
本発明の実施形態においては、正常人と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
【００３７】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００３８】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００３９】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００４０】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００４１】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ属細菌由来小胞が肺癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
【００４２】
本発明のさらに他の実施形態においては、慢性閉塞性肺疾患（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ、ＣＯＰＤ）患者と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際にＣＯＰＤ患者に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
【００４３】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５目細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００４４】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５科細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００４５】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ属細菌由来小胞が肺癌患者とＣＯＰＤ患者の間で有意な差があった（実施例５参照）。
【００４６】
本発明のさらに他の実施形態においては、喘息患者と肺癌患者の血液内の細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に喘息患者に肺癌発生の原因として作用し得る細菌由来小胞を同定した。
【００４７】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００４８】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００４９】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを目水準で分析した結果、ＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ目細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００５０】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００５１】
さらに詳しく本発明の一実施形態においては、細菌由来メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓ属細菌由来小胞が肺癌患者と喘息患者の間で有意な差があった（実施例６参照）。
【００５２】
本発明は、上記のような実施例の結果を介して、血液から分離した細菌由来細胞外小胞に対してメタゲノム解析を実施することで正常人、ＣＯＰＤ患者、及び喘息患者と比較して肺癌患者から含量が有意に変化した細菌由来小胞を同定し、メタゲノム解析を介して前記各水準で細菌由来小胞の含量増減を分析することで肺癌を診断することができることを確認した。
【実施例】
【００５３】
以下、本発明の理解を深めるために好ましい実施例を提示する。しかし、下記の実施例は本発明をより理解しやすくするために提供するものあって、下記実施例により本発明の内容が限定されない。
実施例１．腸内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
【００５４】
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身に吸収されるかを評価するために次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で表示した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの容量で胃腸管に投与して０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウス全体イメージを観察した結果、図１ａに示すように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）の場合には全身に吸収されなかったが、細菌由来小胞（ＥＶ）の場合には、投与後５分に全身に吸収されていて、投与３時間後には膀胱に蛍光が濃く観察されて小胞が泌尿器系に排泄されたことがわかった。また、小胞は投与１２時間まで体内に存在することがわかった。
【００５５】
腸内細菌と腸内細菌由来小胞が全身に吸収された後、多くの臓器に浸潤した様相を評価するために、蛍光で表示した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を上記方法のように投与した後、１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝臓（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅｔｉｓｓｕｅ）、及び筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織から蛍光を観察した結果、図１ｂに示すように、前記腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）は各臓器に吸収されない一方、前記腸内の細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は血液、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉に分布することを確認した。
実施例２．血液から小胞分離及びＤＮＡ抽出
【００５６】
血液から小胞を分離し、ＤＮＡを抽出するために、まずは１０ｍｌチューブに血液を注入し、遠心分離（３、５００ｘｇ、１０ｍｉｎ、４℃）を実施して浮遊物を沈めて上澄液だけを回収した後、新しい１０ｍｌチューブに移した。０．２２μｍフィルターを用いて前記回収した上澄液から細菌及び異物を除去した後、セントリプラップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｉｇｕｇａｌ  ｆｉｌｔｅｒｓ  ５０ｋＤ）に移して１５００ｘｇ、４℃で１５分間遠心分離して５０ｋＤよりも小さい物質は捨て、１０ｍｌまで濃縮させた。再び０．２２μｍフィルターを用いてバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ  ９０ｔｉロータで１５０、０００ｘｇ、４℃で３時間超高速遠心分離方法を用いて上澄液を捨て、固まったｐｅｌｌｅｔを生理食塩水（ＰＢＳ）で融かして小胞を収得した。
【００５７】
前記方法により血液から分離した小胞１００μｌを１００℃で沸かして内部のＤＮＡを脂質の外に出るようにした後、氷で５分間冷やした。次に、残った浮遊物を除去するために１０、０００ｘｇ、４℃で３０分間遠心分離して上澄液だけを集めた後、Ｎａｎｏｄｒｏｐを用いてＤＮＡ量を定量した。その後に前記抽出したＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために下記表１に示した１６ｓ  ｒＤＮＡ  ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って前記抽出した遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
【００５８】
【表１】
0006914551.tif 000002
実施例３．血液内小胞から抽出したＤＮＡを用いたメタゲノム解析
【００５９】
上記の実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ  ｒＤＮＡプライマーを用いてＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シークエンシング（Ｉｌｌuｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ  Ｆｌｏｗｇｒａｍ  Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ  ＦＬＸ  ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｑｕａｌｉｔｙ  ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０  ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ  ｃａｌｌ  ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ  ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質の低い部分を除去した後、リード長が３００ｂｐｓ以上のものだけを用いていて（Ｓｉｃｋｌｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．３３）、結果分析のためにＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）はＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシーケンス類似度によってクラスターリングを行った。詳しくは、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シーケンス類似度を基準にクラスターリングをし、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ  ＤＮＡシーケンスデータベース（１０８，４５３シーケンス）を用いて９７％以上のシーケンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
実施例４．正常人と肺癌患者血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
【００６０】
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３１８人と、年齢と性別をマッチングした正常人２３４人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
【００６１】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２及び図２参照）。
【００６２】
【表２】
0006914551.tif 000003
【００６３】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表３及び図３参照）。
【００６４】
【表３】
0006914551.tif 000004
【００６５】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＲＦ３２、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ｓｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表４及び図４参照）。
【００６６】
【表４】
0006914551.tif 000005
【００６７】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｓ２４−７、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｆ１６、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表５及び図５参照）。
【００６８】
【表５】
0006914551.tif 000006
0006914551.tif 000007
【００６９】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｃｈｒｏｍｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、ＳＭＢ５３、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、及びＡｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表６及び図６参照）。
【００７０】
【表６】
0006914551.tif 000008
0006914551.tif 000009
実施例５．ＣＯＰＤ患者と肺癌患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
【００７１】
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３１９人とＣＯＰＤ患者２０８人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
【００７２】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、及びＩ０２５目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発した場合、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表７及び図７参照）。
【００７３】
【表７】
0006914551.tif 000010
【００７４】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、及びＲｓ−０４５科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表８及び図８参照）。
【００７５】
【表８】
0006914551.tif 000011
【００７６】
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、及びＲｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表９及び図９参照）。
【００７７】
【表９】
0006914551.tif 000012
実施例６．喘息患者と肺癌患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の肺癌診断模型
【００７８】
上記の実施例３の方法において、肺癌患者３０８人と喘息患者２７７人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間で２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
【００７９】
血液内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、ＴＭ７、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｇｅｍｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ、及びＣｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ門細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１０及び図１０参照）。
【００８０】
【表１０】
0006914551.tif 000013
0006914551.tif 000014
【００８１】
血液内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ、ＴＭ７−３、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ、Ｃｈｌｏｒａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｉａ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒｅｓ綱細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１１及び図１１参照）。
【００８２】
【表１１】
0006914551.tif 000015
0006914551.tif 000016
0006914551.tif 000017
【００８３】
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、ＹＳ２、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｇｅｍｅｌｌａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｌｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓａｐｒｏｓｐｉｒａｌｅｓ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍａｌｅｓ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＣＷ０４０、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、ＲＢ４１、Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、ＪＧ３０−ＫＦ−ＣＭ４５、Ｉ０２５、Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、及びＳｏｌｉｂａｃｔｅｒａｌｅｓ目細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された  （表１２及び図１２参照）。
【００８４】
【表１２】
0006914551.tif 000018
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0006914551.tif 000020
【００８５】
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ、Ｅｌｌｉｎ６０７５、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ、Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ、ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆ１６、Ｒｓ−０４５、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１３及び図１３参照）。
【００８６】
【表１３】
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【００８７】
血液内の細菌由来細胞外小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｏｍａｍｏｎａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、ＳＭＢ５３、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂｉｓｐｏｒａ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｌａｕｔｒｏｐｉａ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋａｉｓｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉｅｔｚｉａ、Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ、Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ、Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ、Ｇｏｒｄｏｎｉａ、Ｒｈｅｉｎｈｅｉｍｅｒａ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ、及びＡｌｋａｎｉｎｄｉｇｅｓ属細菌から一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、肺癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１４及び図１４参照）。
【００８８】
【表１４】
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【００８９】
上述した本発明の説明は例示のためのものであって、本発明が属する技術分野の通常の知識を有する者は本発明の技術的思想や必須な特徴を変更しなくても他の具体的な形態に容易に変形が可能であることが理解できるであろう。したがって以上に記述した実施例はすべての面から例示的なものであって、限定的でないことを理解すべきである。
【産業上の利用可能性】
【００９０】
本発明による人体由来サンプルを用いた細菌または細菌由来細胞外小胞のメタゲノム解析により肺癌発病の危険度を事前に予測することで肺癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を介して発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、また発病後にも早期診断が可能で肺癌の発病率を低下させ治療効果を高めることができる。また、肺癌と診断された患者にメタゲノム解析により原因因子を予測して原因因子に対する露出を阻止することで肺癌の経過を良くしたり、再発を防止することができる。
【図１ａ】
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【図１ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【配列表】
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