(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者検体の核酸配列をコンピュータにより解析する方法であって、
患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データとを取得し、
前記第１の核酸配列データに基づいて体細胞変異を検出し、
前記第２の核酸配列データに基づいて生殖細胞変異を検出し、
前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、
選択された提示様式により解析報告書を生成し、
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式である第１及び第２提示様式を含み、
前記第１提示様式により生成される解析報告書は、前記患者の担当医師に提示される第１領域と、遺伝子解析のエキスパートに提示される第２領域と、を含み、前記第１領域は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まず、前記第２領域は、検出された生殖細胞変異の遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含み、
前記第２提示様式により生成される解析報告書は、前記担当医師に提示される第３領域と、前記遺伝子解析のエキスパートに提示される第４領域と、を含み、前記第３領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名を含み、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報を含まず、前記第４領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含む、
解析方法。
【請求項２】
前記第２提示様式により生成される解析報告書の前記第３領域は、前記担当医師から前記患者への解析結果の提示について注意を喚起するためのラベルを含む、請求項１に記載の解析方法。
【請求項３】
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を患者に提示する提示様式である第３提示様式をさらに含む、請求項１又は２に記載の解析方法。
【請求項４】
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まない解析報告書を生成するための第４提示様式をさらに含み、
前記提示様式の選択において、前記患者の核酸配列の解析結果が、所定の遺伝子に存在する生殖細胞変異に関する情報を含む場合、前記第４提示様式を選択せず、前記第１又は第２提示様式を選択する、請求項１から３のいずれか一項に記載の解析方法。
【請求項５】
前記所定の遺伝子に存在する前記生殖細胞変異は、所定の疾患に関連する生殖細胞変異である、請求項４に記載の解析方法。
【請求項６】
前記所定の疾患に関連する生殖細胞変異は、治療法及び／又は予防法が存在する疾患に関連する生殖細胞変異、又は、前記患者が罹患している又は過去に罹患した疾患に関連する生殖細胞変異である、請求項５に記載の解析方法。
【請求項７】
前記提示様式の選択において、所定情報に基づいて、前記提示様式を前記複数の候補から選択する、請求項１から６のいずれか一項に記載の解析方法。
【請求項８】
前記提示様式の選択において、前記コンピュータに入力された前記所定情報に基づいて、前記提示様式を前記複数の候補から選択する、請求項７に記載の解析方法。
【請求項９】
前記所定情報が、前記患者に関する情報である、請求項７又は８に記載の解析方法。
【請求項１０】
前記患者に関する情報が、インフォームドコンセントの内容、年齢、性別、婚姻の有無、嫡子の予定、及び疾患よりなる群から選択される少なくとも一つである、請求項９に記載の解析方法。
【請求項１１】
前記提示様式の選択において、前記インフォームドコンセントの内容が前記患者が生殖細胞変異に関する情報の知得を希望しないものである場合に、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式を選択する、請求項１０に記載の解析方法。
【請求項１２】
前記所定情報が、前記患者検体の解析依頼元に関する情報である、請求項７又は８に記載の解析方法。
【請求項１３】
前記所定情報が、前記患者検体の解析結果の閲覧者に関する情報である、請求項７又は８に記載の解析方法。
【請求項１４】
前記所定情報が、前記患者の核酸配列の解析結果に関する情報である、請求項７又は８に記載の解析方法。
【請求項１５】
前記所定情報が、前記解析報告書の閲覧者に関する情報を含む、請求項７又は８に記載の解析方法。
【請求項１６】
コンピュータにより実行される、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する方法であって、
患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得し、
前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、
選択された提示様式により解析報告書を生成し、
生成された前記解析報告書を提示し、
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式である第１及び第２提示様式を含み、
前記第１提示様式により生成される解析報告書は、前記患者の担当医師に提示される第１領域と、遺伝子解析のエキスパートに提示される第２領域と、を含み、前記第１領域は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まず、前記第２領域は、検出された生殖細胞変異の遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含み、
前記第２提示様式により生成される解析報告書は、前記担当医師に提示される第３領域と、前記遺伝子解析のエキスパートに提示される第４領域と、を含み、前記第３領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名を含み、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報を含まず、前記第４領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含む、
提示方法。
【請求項１７】
患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する提示装置であって、
患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得する取得部と、
前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択する選択部と、
選択された提示様式により解析報告書を生成する生成部と、
生成された前記解析報告書を提示する提示部と、
を備え、
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式である第１及び第２提示様式を含み、
前記第１提示様式により生成される解析報告書は、前記患者の担当医師に提示される第１領域と、遺伝子解析のエキスパートに提示される第２領域と、を含み、前記第１領域は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まず、前記第２領域は、検出された生殖細胞変異の遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含み、
前記第２提示様式により生成される解析報告書は、前記担当医師に提示される第３領域と、前記遺伝子解析のエキスパートに提示される第４領域と、を含み、前記第３領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名を含み、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報を含まず、前記第４領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含む、
前記提示装置。
【請求項１８】
患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示するコンピュータプログラムであって、
前記コンピュータプログラムは、コンピュータに実行させたときに、
患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得し、
前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、
選択された提示様式により解析報告書を生成し、
生成された前記解析報告書を提示し、
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式である第１及び第２提示様式を含み、
前記第１提示様式により生成される解析報告書は、前記患者の担当医師に提示される第１領域と、遺伝子解析のエキスパートに提示される第２領域と、を含み、前記第１領域は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まず、前記第２領域は、検出された生殖細胞変異の遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含み、
前記第２提示様式により生成される解析報告書は、前記担当医師に提示される第３領域と、前記遺伝子解析のエキスパートに提示される第４領域と、を含み、前記第３領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名を含み、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報を含まず、前記第４領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含む、
処理を前記コンピュータに実行させる、前記コンピュータプログラム。
【請求項１９】
患者検体の核酸配列を解析する解析システムであって、
前記システムは、シーケンサーと、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する提示装置とを備え、
シーケンサーは、
前記患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データとを生成し、
前記提示装置は、
前記シーケンサーにより生成された前第１および第２の核酸配列データを取得する取得部と、
取得した前記第１の核酸配列データから体細胞変異を検出する第１検出部と、
取得した前記第２の核酸配列データから生殖細胞変異を検出する第２検出部と、
前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択する選択部と、
選択された提示様式により解析報告書を生成する生成部と、
生成された前記解析報告書を提示する提示部と、を備え、
前記複数の候補は、検出された生殖細胞変異を前記患者に提示しない提示様式である第１及び第２提示様式を含み、
前記第１提示様式により生成される解析報告書は、前記患者の担当医師に提示される第１領域と、遺伝子解析のエキスパートに提示される第２領域と、を含み、前記第１領域は、検出された生殖細胞変異に関する情報を含まず、前記第２領域は、検出された生殖細胞変異の遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含み、  前記第２提示様式により生成される解析報告書は、前記担当医師に提示される第３領域と、前記遺伝子解析のエキスパートに提示される第４領域と、を含み、前記第３領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名を含み、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報を含まず、前記第４領域は、検出された生殖細胞変異の前記遺伝子名と、当該生殖細胞変異が生殖細胞変異である旨を示す情報とを含む、前記解析システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、患者検体の核酸配列の解析方法、核酸配列の解析結果の提示方法、提示装置、提示プログラム、及び患者検体の核酸配列の解析システムに関する。
【背景技術】
【０００２】
特許文献１には、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を使って取得した腫瘍組織由来のリード配列と正常組織由来のリード配列とを比較し、体細胞変異を検出する方法が記載されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
【非特許文献１】Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  ２０１３  Ｍａｒ，  ３１（３），  ２１３−２１９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
腫瘍組織由来のリード配列と正常組織由来のリード配列を用いる検査では、生殖細胞変異が発見されることがある。生殖細胞変異に関する情報については、患者自身に伝え適切な処置を行うことも可能である。一方で、全ての患者、その親族、および担当医師等がその情報の知得を望むとは限らない。
このことから、核酸検査において発見された生殖細胞変異に関する情報の患者、その親族、および担当医師等への開示には配慮する必要がある。
本発明は、核酸検査において発見された生殖細胞変異に関する情報の患者、その親族、担当医師等への開示における配慮を容易にすることを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明は、患者検体の核酸配列を解析する方法に関する。前記解析方法は、患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データとを取得し、前記第１の核酸配列データに基づいて体細胞変異を検出し、前記第２の核酸配列データに基づいて生殖細胞変異を検出し、前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、選択された提示様式により解析報告書を生成する。この構成によれば、患者検体の核酸配列を解析する際に、患者遺伝子の生殖細胞変異に関する情報について、その提示様式を選択して解析報告書を生成することができる。このため、解析結果を報告する際に、生殖細胞変異に関する情報の開示について配慮を容易にすることができる。
【０００６】
本発明は、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する方法に関する。前記提示方法は、患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得し、前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、選択された様式により解析報告書を生成し、生成された前記解析報告書を提示する。
【０００７】
本発明は、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する装置（１０，１０Ａ，１０Ｂ，１０Ｃ，１０Ｄ，１０Ｅ，１０Ｆ）に関する。提示装置（１０，１０Ａ，１０Ｂ，１０Ｃ，１０Ｄ，１０Ｅ，１０Ｆ）は、患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得する取得部（３）と、前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択する選択部（５，５Ａ，５Ｂ，５Ｃ，５Ｄ，５Ｅ，５Ｆ）と、選択された様式により解析報告書を生成する生成部（４，４Ａ，４Ｂ，４Ｃ，４Ｄ，４Ｅ，４Ｆ）と、生成された前記解析報告書を提示する提示部（１０７）と、を備える。
【０００８】
本発明は、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示するコンピュータプログラムに関する。前記コンピュータプログラムは、コンピュータに実行させたときに、患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データを解析することにより検出された体細胞変異と、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データを解析することによって検出された生殖細胞変異とに関する情報を取得し、前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択し、選択された提示様式により解析報告書を生成し、生成された前記解析報告書を提示する、処理を前記コンピュータに実行させる。
【０００９】
本発明は、患者検体の核酸配列を解析するシステム（５０）に関する。前記解析システムは、シーケンサーと、患者検体の核酸配列の解析の報告書を提示する提示装置とを備え、シーケンサー（３０）は、前記患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データとを生成し、前記提示装置（１０,１０Ａ,１０Ｂ,１０Ｃ,１０Ｄ,１０Ｅ,１０Ｆ）は、前記シーケンサーにより生成された前第１および第２の核酸配列データを取得する取得部（１）と、取得した前記第１の核酸配列データから体細胞変異を検出する第１検出部（３）と、取得した前記第２の核酸配列データから生殖細胞変異を検出する第２検出部（３）と、前記生殖細胞変異に関する情報を提示する提示様式を複数の候補から選択する選択部（５，５Ａ，５Ｂ，５Ｃ，５Ｄ，５Ｅ，５Ｆ）と、選択された提示様式により解析報告書を生成する生成部（４，４Ａ，４Ｂ，４Ｃ，４Ｄ，４Ｅ，４Ｆ）と，生成された前記解析報告書を提示する提示部（１０７）と、を備える。
【００１０】
前記提示方法、提示装置、コンピュータプログラム、及び解析システムによれば、患者検体の核酸配列を解析する際に、生殖細胞変異に関する情報について、その提示様式を選択して解析報告書を生成し、提示することができる。このため、解析結果を報告する際に、生殖細胞変異に関する情報の開示について配慮を容易にすることができる。
【発明の効果】
【００１１】
核酸検査において発見された生殖細胞変異に関する情報を生殖細胞変異の保有者への開示する際に、配慮を容易にすることができる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】本実施形態の概要を説明する図である。
【図２】解析報告書の通常レポートの様式の例を示す図である。
【図３】解析報告書の秘匿レポートの様式の例を示す図である。
【図４】解析報告書の秘匿レポートの様式の例を示す図である。
【図５】解析報告書の秘匿レポートの様式の例を示す図である。
【図６】生殖細胞変異とその変異に関連する疾患の例を示す図である。
【図７】核酸配列解析システムの概略を示す図である。
【図８】核酸配列解析・提示装置のハードウェアの構成例を示す図である。
【図９】核酸配列解析・提示装置の機能ブロック図を示す図である。
【図１０】リード配列情報の例を示す図である。
【図１１】リード配列を決定する処理のフローを示す図である。
【図１２】単一の変異参照配列の生成方法を示す模式図である。
【図１３】（Ａ）参照配列とリード配列の一致率の算出方法を示す図である。（Ｂ）参照配列とリード配列の一致率の算出方法を示す図である。
【図１４】体細胞変異を検出する処理のフローを示す図である。
【図１５】（Ａ）体細胞変異の核酸配列の例を示す図である。（Ｂ）生殖細胞変異の核酸配列の例を示す図である。
【図１６】生殖細胞変異を検出する処理のフローを示す図である。
【図１７】遺伝子解析結果の例を説明する図である。
【図１８】アノテーションを含む出力データの例を示す図である。
【図１９】核酸配列解析・提示装置１０Ａの機能ブロック図である。
【図２０】核酸配列解析・提示装置１０Ａが行う処理のフローを示す図である。
【図２１】ユーザに偶発的所見のレポートの要否を選択させるためのダイアログの例である。
【図２２】核酸配列解析・提示装置１０Ｂの機能ブロック図である。
【図２３】核酸配列解析・提示装置１０Ｂが行う処理のフローを示す図である。
【図２４】ユーザに偶発的所見のレポートの要否を選択させるためのダイアログの例である。
【図２５】所定情報から偶発的所見のレポートの要否を選択するためのダイアログの例である。
【図２６】核酸配列解析・提示装置１０Ｂが行う別の処理のフローを示す図である。
【図２７】核酸配列解析・提示装置１０Ｃの機能ブロック図である。
【図２８】アカウントデータベースの例である。
【図２９】核酸配列解析・提示装置１０Ｃが行う処理のフローを示す図である。
【図３０】核酸配列解析・提示装置１０Ｃが行う別の処理のフローを示す図である。
【図３１】ユーザに生殖細胞変異に関する情報の知得に同意するか否かを選択させるためのダイアログの例である。
【図３２】核酸配列解析・提示装置１０Ｄの機能ブロック図である。
【図３３】核酸配列解析・提示装置１０Ｄが行う別の処理のフローを示す図である。
【図３４】核酸配列解析・提示装置１０Ｅの機能ブロック図である。
【図３５】疾患情報データベースの例である。
【図３６】核酸配列解析・提示装置１０Ｅが行う別の処理のフローを示す図である。
【図３７】提示装置１０Ｆの機能ブロック図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
以下、発明を実施するための形態を、添付の図面を参照して詳細に説明する。なお、以下の説明及び図面において、同じ符号は同じ又は類似の構成要素を示すこととし、よって、同じ又は類似の構成要素に関する説明を省略する。
［実施形態の概要］
はじめに、図１〜図５を用いて実施形態の概要を説明する。
【００１４】
患者検体の核酸配列の解析は、例えば、腫瘍細胞に対する抗がん剤の効果や、予後を予測するために、腫瘍細胞に存在する核酸の塩基配列（以下、核酸配列と称することがある）の変異を検出する目的で行われる。
【００１５】
本明細書において「塩基配列の変異」は、ヌクレオチドの置換、挿入、欠失、遺伝子の融合などを含む概念である。検出対象の変異は、非同義変異であることが好ましい。非同義変異は、タンパク質の構造異常を引き起こす変異であり、細胞の腫瘍化に関連すると考えられている。
【００１６】
体細胞で生じた変異は体細胞変異（ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）と呼ばれ、生殖細胞で生じた変異は生殖細胞変異（ｇｅｒｍｌｉｎｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）と呼ばれる。体細胞変異と異なり生殖細胞変異は次世代の個体に引き継がれ得る。したがって、本実施形態の方法が適用される患者が親世代から生殖細胞変異を引き継いでいる場合、体細胞から調製される検体であっても生殖細胞変異を含むこととなる。
【００１７】
図１に示す例では、腫瘍細胞に存在する体細胞変異を検出するため、第１の核酸配列データとして、腫瘍細胞に由来する核酸配列データが取得される。また、第２の核酸配列データとして、腫瘍細胞に由来する核酸配列データを取得した患者と同一の患者から採取した非腫瘍細胞に由来する核酸配列データが取得される。続いて、第１の核酸配列データと、第２の核酸配列データとを参照配列データと比較し核酸配列の変異の有無が検出される。図１において、腫瘍細胞由来配列上の「▲」は、核酸配列変異を意図し、非腫瘍細胞由来配列や参照配列には存在していないため、体細胞変異であると判定することができる。
【００１８】
一方、第２の核酸配列データを用いる場合、前記患者の生殖細胞変異が検出される場合がある。例えば、図１において、非腫瘍細胞由来配列上に存在する「●」は核酸配列変異を意図し、参照配列には存在していないことから生殖細胞変異であると判定することができる。図１に示す例は、腫瘍細胞に存在する核酸配列変異を検出することを目的としているため、生殖細胞変異は、偶発的又は補足的に見つかった変異である。検査目的以外の核酸配列の変異を、本明細書において偶発的所見と呼ぶことがある。偶発的所見や補足情報について患者に伝えるか否かについては、変異が検出された遺伝子の種類、変異の種類、変異に関連して発症する疾患の重症度、治療の可能性、生殖細胞に関する情報の知得に関する患者、その親族、及び担当医師等の意向等を踏まえ熟考する必要がある。
【００１９】
本実施形態の解析方法は、患者検体の核酸配列の解析において、生殖細胞変異が検出された場合に、通常レポートＲ１の様式で解析報告書を生成するか、秘匿レポートＲ２，Ｒ３，Ｒ４に例示されるいずれかの様式で解析報告書を生成するかを選択可能にする。
【００２０】
図２を用いて、通常レポートＲ１の様式の例を説明する。通常レポートＲ１の様式は、第１の領域であるサマリレポートの領域Ｓ（以下、「サマリレポート領域Ｓ」ともいう）と、第２の領域である詳細レポートの領域Ｄ（以下、「詳細レポート領域Ｄ」ともいう）を含む例である。サマリレポート領域Ｓは、さらに患者や検査内容に関する情報が示される属性情報を示す領域Ｓ１（以下、「属性情報領域Ｓ１」ともいう）と、検出された全ての遺伝子変異のリストが示される領域Ｓ２（以下、「遺伝子変異リスト領域Ｓ２」ともいう）を含む。詳細レポート領域Ｄには、腫瘍細胞に由来する核酸配列において変異が検出された遺伝子とその変異の詳細情報が示される領域Ｄ１（以下、「遺伝子変異情報領域Ｄ１」ともいう）と、非腫瘍細胞に由来する核酸配列において生殖細胞変異が検出された遺伝子とその変異の詳細情報が示される領域Ｄ２（以下、「生殖細胞変異情報領域Ｄ２」ともいう）を含む。
【００２１】
図２において、属性情報領域Ｓ１には、患者識別子（ＩＤ）、担当医師名、医療機関名等の患者を識別するための情報や、遺伝子パネル等の検査項目を示す情報等が表示されうる。遺伝子変異リスト領域Ｓ２には、体細胞変異であるか生殖細胞変異であるかを問わず、検出された全ての遺伝子の変異が示され得る。図２に示される遺伝子変異リスト領域Ｓ２の例において、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１は遺伝子名を示し、Ｌ５８５Ｒ、Ｖ６００Ｅ、Ｋ１１８３Ｒは変異部位を示す。したがって、ＥＧＦＲ＿  Ｌ５８５Ｒは、ＥＧＦＲ遺伝子の５８５番目のアミノ酸のコドンがロイシン（Ｌ）をコードする核酸配列からアルギニン（Ｒ）をコードする核酸配列に変異していることを示す。
サマリレポート領域Ｓは、患者、担当医師、遺伝子解析のエキスパート等に示され得る領域である。
【００２２】
遺伝子変異情報領域Ｄ１には、変異が検出された遺伝子名、変異識別子（ＩＤ）、変異が検出された遺伝子のローカス番号（染色体番号：ＣＲＯＭと変異位置：ＰＯＳを含む）、参照配列の核酸配列（ＲＥＦ）、検出された変異配列（ＡＬＴ）、解析報告書において検出された変異を示す際のアノテーション等の情報を含み得る。
【００２３】
生殖細胞変異情報領域Ｄ２には、変異が検出された遺伝子名、変異識別子（ＩＤ）、変異が検出された遺伝子のローカス番号（染色体番号：ＣＲＯＭと変異位置：ＰＯＳを含む）、参照配列の核酸配列（ＲＥＦ）、検出された変異配列（ＡＬＴ）、解析報告書において検出された変異を示す際のアノテーション等の情報を含み得る。
詳細レポート領域Ｄは、少なくとも遺伝子解析のエキスパートには提示されうる。詳細レポート領域Ｄは、患者や担当医師には提示されなくてもよい。
【００２４】
図２の例では、生殖細胞変異情報領域Ｄ２に、ＢＲＣＡ１遺伝子に生殖細胞変異である「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」があることが示されており、また、サマリレポート領域Ｓの遺伝子変異リスト領域Ｓ２にも「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」が示されている。言い換えると図２に示される通常レポートＲ１では、遺伝子変異リスト領域Ｓ２に示された生殖細胞変異である「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」が患者に提示されることとなる。
【００２５】
図３に秘匿レポートＲ２の様式の例を示す。秘匿レポートＲ２は通常レポートＲ１と同様にサマリレポート領域Ｓと、詳細レポート領域Ｄを含む。しかし、生殖細胞変異が検出された場合であっても、サマリレポート領域Ｓと、詳細レポート領域Ｄに生殖細胞変異に関する情報を示さない例である。例えば、秘匿レポートＲ２の様式では、変異リスト領域Ｓ２に、生殖細胞変異である「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」に関する情報は記載されない。また、詳細レポート領域Ｄにも、生殖細胞詳細情報である「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」の詳細情報は記載されない。秘匿レポートＲ２は、サマリレポート領域Ｓと詳細レポート領域Ｄとの両方に、生殖細胞変異に関する情報を提示しない例である。
【００２６】
図４に秘匿レポートＲ３の様式の例を示す。秘匿レポートＲ３は通常レポートＲ１と同様にサマリレポート領域Ｓと、詳細レポート領域Ｄを含む。しかし、変異リスト領域Ｓ２に、生殖細胞変異であるである「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」に関する情報は記載されない。一方、詳細レポート領域Ｄには、生殖細胞変異情報領域Ｄ２を示している例である。このような例では、例えば遺伝子解析エキスパートは、患者の生殖細胞変異に関する情報を知得することができるが、患者自身は、生殖細胞変異に関する情報を知得することができない。秘匿レポートＲ３は、サマリレポート領域Ｓのみ、生殖細胞変異に関する情報を提示しない例である。なお、詳細レポート領域Ｄの閲覧者は遺伝子解析エキスパートに限られず、担当医師、担当医師のスーパーバイザー等の患者以外の閲覧者であってもよい。
【００２７】
上記秘匿レポートＲ２，Ｒ３は、患者が保有する生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない例である。以下に、患者が保有する生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示し、かつ患者への解析結果の提示について注意を喚起するためのラベルを付す例を示す。
【００２８】
図５に秘匿レポートＲ４の様式の例を示す。秘匿レポートＲ４は通常レポートＲ１と同様にサマリレポート領域Ｓと、詳細レポート領域Ｄを含む。サマリレポート領域Ｓには、生殖細胞変異である「ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒ」に関する情報が示されているが、ＢＲＣＡ１＿Ｋ１１８３Ｒに「（＊）」が付されている。また、詳細レポート領域Ｄに生殖細胞変異に関する情報が示されているものの、「生殖細胞変異」のタイトルに「（＊）」が付されている。この例において、（＊）は、生殖細胞変異が検出された場合に、患者がその結果の知得に非同意であることを示している。「（＊）」は、患者に解析結果の提示について注意する必要があることを、伝子解析のエキスパート、又は担当医師等に喚起するためのラベルの例である。ラベルは、「＊」、「！」等の記号であってもよいが、色で表してもよく、また「開示注意」等の用語やフレーズ等であってもよい。
【００２９】
本実施形態は、患者の検体を用いた核酸配列の解析において、生殖細胞変異が検出された場合に、通常レポートＲ１、及び秘匿レポートＲ２，Ｒ３，Ｒ４に例示される複数の解析報告書の様式の中から、解析報告書を生成するための様式を選択することができる。したがって、本発明によれば、患者等の意向に応じた解析報告書の生成が可能となり、患者への生殖細胞変異に関する情報の開示について配慮が容易となる。
［核酸配列の解析方法］
＜解析方法の概要と用語の説明＞
【００３０】
本実施形態は、患者検体の核酸配列を解析する方法に関する。前記解析方法は、（工程１）患者から採取された腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと、同一患者から採取された非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データとを取得すること；（工程２）前記第２の核酸配列データに基づいて生殖細胞変異を検出すること；（工程３）前記生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を複数の候補から選択し、選択された様式により解析報告書を生成すること、を含み得る。
【００３１】
腫瘍は、良性上皮性腫瘍、良性非上皮性腫瘍、悪性上皮性腫瘍、悪性非上皮性腫瘍を含み得る。腫瘍の発生母地は、制限されない。腫瘍の発生母地として、気管、気管支又は肺等の呼吸器系組織；上咽頭、食道、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、虫垂、上行結腸、横行結腸、Ｓ状結腸、直腸又は肛門部等の消化管組織；肝臓；膵臓；膀胱、尿管又は腎臓等の泌尿器系組織；卵巣、卵管及び子宮等の女性生殖器系組織；乳腺：前立腺等の男性生殖器系組織；皮膚；視床下部、下垂体、甲状腺、副甲状腺、副腎等の内分泌系組織；中枢神経系組織；骨軟部組織；骨髄、リンパ節等の造血系組織；血管等を例示することができる。
【００３２】
検体は、患者から採取した組織、体液、排泄物、これらから調製された試料等、腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料である。体液は、例えば、血液、骨髄液、腹水、胸水、髄液等である。排泄物は、たとえば大便、尿である。腹腔内洗浄液や大腸洗浄液など、患者の体の一部を洗浄した後に得られる液体を用いてもよい。
【００３３】
検体に含まれる核酸量は、核酸の配列を検出できる量であれば制限されない。また、非腫瘍細胞に由来する核酸配列データを取得する場合、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む検体が用いられる。前記組織、体液等に含まれる非腫瘍細胞の濃度は、非腫瘍細胞に存在する核酸の配列を検出できる限り制限されない。ここで、腫瘍細胞が固形腫瘍に由来する場合には、非腫瘍細胞を含む検体として、例えば、末梢血、口腔粘膜組織、皮膚組織等を使用することができる。腫瘍細胞が造血系組織に由来する場合には、非腫瘍細胞を含む検体として、例えば、口腔粘膜組織、皮膚組織等を使用することができる。
【００３４】
前記検体は新鮮組織、新鮮凍結組織、パラフィン包埋組織等から採取することができる。検体の採取は公知の方法にしたがって行うことができる。
【００３５】
腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料と、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料とは、同一の患者から採取される。非腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料と、腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料とは、同時期に採取されてもよいし、異なる時期に採取されてもよい。
【００３６】
核酸は、ＤＮＡであってもＲＮＡであってもよい。
【００３７】
核酸配列の解析対象となる遺伝子は、ヒトゲノム上に存在する遺伝子である限り、制限されない。好ましくは、腫瘍の発症、予後、治療効果に関連する遺伝子である。
【００３８】
生殖細胞変異は、疾患に関連する変異であっても、遺伝子の配列多型であってもよい。遺伝子の「多型」は、ＳＮＶ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｖａｒｉａｎｔ、一塩基多型）、ＶＮＴＲ（Ｖａｒｉａｂｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｏｆ  Ｔａｎｄｅｍ  Ｒｅｐｅａｔ、反復配列多型）、及びＳＴＲＰ（Ｓｈｏｒｔ  Ｔａｎｄｅｍ  Ｒｅｐｅａｔ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）、マイクロサテライト多型などを含む。図６の表の左列に生殖細胞変異を検出し得る遺伝子の例を示す。図６の表の左列に記載の遺伝子は、それぞれ当該表の右列に示す疾患に関連する。
【００３９】
核酸配列データは、核酸配列を反映したデータである限り制限されない。核酸配列データは、核酸配列情報そのものであってもよいが、核酸配列の構造、核酸配列上の変異の有無を示すデータ、核酸配列に由来するタンパク質の構造を示すデータであってもよい。好ましくは、核酸配列情報そのものである。
【００４０】
核酸配列データの取得は、変異情報が取得できる方法である限り制限されない。核酸配列データの取得は、後述する次世代シーケンサーを使って核酸配列情報そのものを取得してもよいが、ＰＣＲ−Ｉｎｖａｄｅｒ法、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ法、サザンブロッティング法、ノーザンブロッティング法、ウエスタンブロッティング法、ＦＩＳＨ法、マイクロアレイ法、免疫染色法等により、核酸配列の構造、核酸配列上の変異の有無を示すデータ、核酸配列に由来するタンパク質の構造を示すデータを、核酸配列データとして取得してもよい。これらの核酸配列データの取得方法は、公知である。腫瘍細胞に由来する第１の核酸配列データと非腫瘍細胞に由来する第２の核酸配列データの取得方法は、同じ方法であることが好ましい。
【００４１】
体細胞変異及び生殖細胞変異の検出は、一般的な配列として報告されている参照配列データと、第１の核酸配列データ及び第２の核酸配列データとを比較することにより行うことができる。例えば、参照配列データと第１の核酸配列データとを比較する場合には、参照配列データ内の配列と異なる第１の核酸配列データ内の配列を検出することにより、第１の核酸配列データ内の変異を検出することができる。同様に、参照配列データと第２の核酸配列データとを比較する場合には、参照配列データ内の配列と異なる第２の核酸配列データ内の配列を検出することにより、第２の核酸配列データ内の変異を検出することができる。
【００４２】
生殖細胞変異に関する情報は、核酸配列の解析を行った患者が保有する生殖細胞変異に関する情報である限り制限されない。例えば、生殖細胞変異に関する情報には、少なくとも変異が検出された遺伝子名を示すラベルを含み得る。好ましくは、生殖細胞変異に関する情報は、変異が検出された遺伝子名を示すラベルと検出された核酸配列情報及び／又は変異により生じるアミノ酸配列の情報を含んでいてもよい。また、［実施形態の概要］の項で述べたように、変異が検出された遺伝子のローカス情報、参照配列情報、患者が保有する変異配列の情報を含んでいてもよい。また、生殖細胞変異に関する情報は、変異が有るか無いかを検出した情報に限られず、例えば、生殖細胞変異がある可能性を示唆する情報（例えば、モザイク変異）であってもよい。
【００４３】
上記［実施形態の概要］の項で述べたように、生殖細胞変異に関する情報の提示様式は、複数の候補から選択される。そして、解析報告書は、選択された様式にしたがって生成される。ここで、生殖細胞変異に関する情報は、紙媒体に出力され提示されてもよく、例えば後述する核酸配列解析・提示装置１０，１０Ａ〜１０Ｅのディスプレイ上に出力され提示されてもよい。また、提示は、担当医師、遺伝子解析のエキスパート等によって行われてもよく、後述する核酸配列解析・提示装置１０，１０Ａ〜１０Ｅによって行われてもよい。
【００４４】
生殖細胞変異に関する情報の提示様式の選択は、好ましくは所定情報に基づいて行われる。所定情報に基づく様式の選択は、ユーザが行ってもよく、所定情報に基づいて核酸配列解析・提示装置１０，１０Ａ〜１０Ｅの制御部１００が自動的に選択してもよい。提示様式の選択には、所定情報に基づいて、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択すること、及び／又は生殖細胞変異に関する情報を提示することを含み得る。
【００４５】
所定情報には、提示様式の選択に関する情報、患者に関する情報、解析依頼に関する情報、患者の核酸配列の検査結果に関する情報、解析依頼元情報等を含み得る。
【００４６】
提示様式の選択に関する情報は、ユーザによって選択された提示様式に関する情報であり得る。
【００４７】
患者に関する情報は、インフォームドコンセント、年齢、性別、婚姻の状況、嫡子の有無、及び疾患名等を含み得る。例えは、インフォームドコンセントの内容に基づいて提示様式を選択する場合、前記内容が、患者が生殖細胞変異に関する情報の知得を希望しないものである場合は、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。また、前記内容が、患者が生殖細胞変異に関する情報の知得を希望するものである場合は、生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を選択することができる。また、例えば、年齢に基づいて提示様式を選択する場合、小児の場合は生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。さらに、未婚、又は検査後に嫡子を得る可能性がある場合には、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。
【００４８】
解析結果の閲覧者に関する情報は、結果閲覧者のアカウント情報等を含み得る。例えば、結果閲覧者が、遺伝子解析のエキスパートのアカウントを有する場合には、生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を選択することができる。一方、結果閲覧者が、遺伝子解析のエキスパートのアカウント以外のアカウントを有する場合には、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。
【００４９】
解析依頼元情報は、担当医師名、遺伝子解析のエキスパート名、医療機関名等を含み得る。遺伝子解析のエキスパートには、臨床遺伝専門医や遺伝カウンセラー等が含まれ得る。例えば、担当医師が患者の生殖細胞変異に関する情報を知りたくない場合、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。
【００５０】
患者の核酸配列の検査結果に関する情報は、検出された生殖細胞変異の情報を含み得る。検査結果に基づいて提示様式を選択する例としては、検出された生殖細胞変異が、所定の遺伝子に存在する生殖細胞変異である場合には、生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を選択することができる。所定の遺伝子に存在する生殖細胞変異としては、所定の疾患に関連する生殖細胞変異が挙げられ、より具体的には、治療法及び／又は予防法が存在する疾患に関連する生殖細胞変異、前記患者が罹患している又は過去に罹患した疾患に関連する生殖細胞変異などが挙げられる。例えば、検出された生殖細胞変異がその変異に関連する疾患に治療法及び／又は予防法が存在する場合には、生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を選択することができる。これによって、患者やその血縁者の治療や健康管理に役立てることが可能となる。一方、その変異に関連する疾患に治療法及び／又は予防法が存在しない場合には、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。なお、治療法及び／又は予防法が存在する場合とは、治療法及び／又は予防法が文献等では提案されているが、その治療法及び／又は予防法が十分に確立されていない場合を含んでもよい。
【００５１】
所定情報は、複数種を組み合わせて、提示様式を選択してもよい。例えば、所定情報が患者情報である性別に関する情報と、検査結果に関する情報として、検出された変異の種類に関する情報を含むとする。例えば患者が保有する生殖細胞変異に起因する疾患が女性で発症する場合、患者が女性である場合には、生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部を提示しない様式を選択することができる。
また、患者に関する情報と検査結果に基づいて提示様式を選択する例としては、検出された生殖細胞変異が、患者が罹患している、又は過去に罹患した疾患に関連する遺伝子の変異であり、その生殖細胞変異の情報が患者の治療又は予防に役立つことが期待される場合には、生殖細胞変異に関する情報を提示する様式を選択することができる。
＜核酸配列の解析システム＞
【００５２】
図７に核酸配列の解析システム５０（以下、単に「システム５０」と称する場合がある）の概略を例示する。システム５０は、核酸配列解析・提示装置１０と、シーケンサー３０を備える。核酸配列解析・提示装置１０と、シーケンサー３０とは、有線、又は無線のネットワークで通信可能に接続されていてもよい。また、核酸配列解析・提示装置１０と、シーケンサー３０とは、一体型であってもよい。核酸配列解析・提示装置１０はシーケンサー３０を制御する制御装置として機能してもよい。
【００５３】
シーケンサー３０は、核酸配列から読み取られた複数のリード配列を取得する装置である。シーケンサー３０は、好ましくは次世代シーケンサー（ＮＧＳ）である。次世代シーケンサーは公知である。
【００５４】
以下に核酸配列解析・提示装置１０の構成を説明する。
・核酸配列解析・提示装置１０のハードウェア構成
【００５５】
図８を用いて、核酸配列解析・提示装置１０のハードウェアの構成について説明する。核酸配列解析・提示装置１０は、汎用コンピュータであり得る。
【００５６】
核酸配列解析・提示装置１０は、制御部１００と、入力部１０６と、出力部１０７とを備える。
【００５７】
制御部１００は、後述するデータ処理を行うＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）１０１と、データ処理を行うための一時的な記憶領域として使用するメモリ１０２と、後述するプログラム及び処理データを記録する記憶装置１０３と、各部の間でデータを伝送するバス１０４と、外部機器とのデータの入出力を行うインタフェース部１０５とを備える。入力部１０６及び出力部１０７は、制御部１００に接続される。例示的には、入力部１０６は、キーボード、マウス、タッチセンサ等を含む。出力部１０７は、ディスプレイ、プリンタ、スピーカ等を含む。また、タッチセンサとディスプレイとが一体化されたタッチパネルのような、入力部及び出力部の双方の機能を有する装置を用いてもよい。Ｉ／Ｆ部１０５は、制御部１００が外部の装置と通信するためのインタフェースである。
【００５８】
また、制御部１００の記憶装置１０３は、以下の図１６、図２０、図２３、図２６、図２９、図３０、図３２及び図３５で説明する各ステップの処理を行うために、本実施形態に係るアプリケーションプログラムを、例えば実行形式で記憶装置１０３に予め記録している。実行形式は、例えばプログラミング言語からコンパイラにより変換されて生成される形式である。制御部１００は、記憶装置１０３に記録したプログラムを使用して、核酸配列解析・提示処理を行う。
【００５９】
以下の説明においては、特に断らない限り、制御部１００が行う処理は、記憶装置１０３又はメモリ１０２に格納されたアプリケーションプログラムに基づいて、ＣＰＵ１０１が行う処理を意味する。ＣＰＵ１０１はメモリ１０２を作業領域として必要なデータ（処理途中の中間データ等）を揮発性に一時記憶し、記憶装置１０３に解析結果等の長期保存するデータを不揮発性に適宜記憶する。
アプリケーションプログラムは、ＤＶＤやＵＳＢメモリなどの外部記憶媒体９８からダウンロードして制御部１００の記憶装置１０３にインストールしてもよい。
核酸配列解析・提示装置１０は、ネットワーク９９を介して変異情報データベース４００および核酸配列データ記憶装置３００に接続アクセス可能である。
【００６０】
変異情報データベース４００は、外部の公開配列情報データベース及び公開既知変異情報データベースなどである。公開配列情報データベースとしては、ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｒｅｆｓｅｑ／）、ＮＣＢＩ  ＧｅｎＢａｎｋ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／）、ＵＣＳＣ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒなどが挙げられる。また、公開既知変異情報データベースとしては、ＣＯＳＭＩＣデータベース（ウェブページ、ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｇｅｎｅｔｉｃｓ／ＣＧＰ／ｃｏｓｍｉｃ／）、ＣｌｉｎＶａｒデータベース（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｌｉｎｖａｒ／）及びｄｂＳＮＰ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／）などが挙げられる。なお、変異情報データベース４００は、公開既知変異に関し、人種あるいは動物種別毎の頻度情報を含む公開既知変異情報データベースであってもよい。このような情報を有する公開既知変異情報データベースとしては、ＨａｐＭａｐ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  ｒｅｌｅａｓｅ  ＃２８、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｖａｒｉａｔｉｏｎ  Ｂｒｏｗｓｅｒ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｍｅｄ．ｋｙｏｔｏ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／ＳｎｐＤＢ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）及び１０００  Ｇｅｎｏｍｅｓ（ウェブページ、ｗｗｗ．１０００ｇｅｎｏｍｅｓ．ｏｒｇ／）が挙げられ、これらのデータベースからは、例えば、日本人の変異頻度情報などを入手することができる。
【００６１】
シーケンサー３０に適用可能なシークエンシング技術の例としては、イオン半導体シークエンシング、パイロシークエンシング（ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、可逆色素ターミネータを使用するシークエンシング・バイ・シンセシス（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、シークエンシング・バイ・リゲーション（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｌｉｇａｔｉｏｎ）、及びオリゴヌクレオチドのプローブ結紮によるシークエンシングなどの、１ラン当たりに多数のリード配列を取得可能なシーケンシング技術が挙げられる。シーケンサー３０は、核酸配列をシーケンシングし、核酸配列情報として、リード配列情報を取得する。リード配列は、シーケンシングによって得られた核酸配列である。シーケンサー３０は、リード配列情報として、例えば、図１０に示すフォーマットのファイルを出力する。リード配列情報には、配列名、核酸配列、シーケンシングのクオリティスコア等が含まれ得る。腫瘍細胞に由来する核酸から取得されたリード配列情報が第１の核酸配列データであり、非腫瘍細胞に由来する核酸から取得されたリード配列情報が第２の核酸配列データとなる。
【００６２】
核酸配列データ記憶装置３００は、シーケンサー３０によって取得された核酸配列データを記憶するコンピュータである。
【００６３】
図９に核酸配列解析・提示装置１０の機能ブロック図を示す。
核酸配列解析・提示装置１０は、リード配列情報取得部１、配列決定部２、変異検出部３、レポート生成部４、フォーム選択部５、参照配列管理部１２０ａ、参照配列生成部１２０ｂ、遺伝子パネル情報データベース１２１、参照配列データベース６、及び変異データベース７を含む。
【００６４】
・核酸配列解析・提示装置１０の動作
・・配列決定
図８、図９および図１１を用いて、リード配列の配列決定を行う際の核酸配列解析・提示装置１０の動作について説明する。図９に示すリード配列情報取得部１は、図１１に示すステップＳＴ１において、図８に示す核酸配列データ記憶装置３００からリード配列を取得する。リード配列情報取得部１は、図８に示すシーケンサー３０から直接リード配列を取得してもよい。
【００６５】
配列決定部２は、以下に説明するステップＳＴ２〜ＳＴ５を実行することによって、取得したリード配列を参照配列にアライメントする。
配列決定部２は、ステップＳＴ２において、リード配列を参照配列と比較することにより、リード配列との一致率が所定の基準を満たす参照配列上の位置を特定する。前記比較は、リード配列を参照配列にマッピングすることにより行われる。マッピングは、各リード配列と、用いた参照配列の核酸配列との一致度が高い領域に、前記リード配列を整列させる処理を意味している。また、参照配列に替えて、変異配列を使用してもよい。
【００６６】
参照配列とは、リード配列が遺伝子上のどの領域に対応するか、及びリード配列が遺伝子上のどの変異に対応するかなどを判定するために、リード配列をマッピングする対象となる配列である。解析対象となる遺伝子毎に、参照配列として（１）野生型のエクソンの部分配列又は全配列である野生型参照配列が用いられ得る。また、変異配列として（２）野生型のエクソンの配列から公知の多型、変異を含む再編成配列を一繋がりに連結した単一の変異参照配列が用いられ得る。単一の変異参照配列とは、解析対象となる遺伝子毎に、該解析対象となる遺伝子に関する２つ以上の再編成配列を１繋がりに連結して生成される配列である。単一の変異参照配列は、リード配列をマッピングするときに、再編成配列を含む変異参照配列として用いられる。
なお、２つ以上の再編成配列を１繋がりに連結された単一の変異参照配列に代えて、連結されていない２つ以上の再編成配列が変異参照配列として用られてもよい。
【００６７】
図１２に単一の変異参照配列の生成方法の概略を示す。図１２は、外部の変異情報データベース４００からダウンロードした公開既知変異情報を用いて、変異参照配列を生成する方法の一例を説明する概念図である。
【００６８】
図１２では、染色体位置「ｘｘｘｘ」の遺伝子「ＥＧＦＲ」に生じた変異「Ｃ７９７Ｓ」に関する情報が、研究機関Ｐから外部の変異情報データベース４００に新たにアップロードされ、変異情報データベース４００に記憶された場合を例に挙げている。研究機関Ｐからアップロードされた、遺伝子名「ＥＧＦＲ」の遺伝子の染色体位置「ｘｘｘｘ」に生じた変異「Ｃ７９７Ｓ」に関する情報は、外部の変異情報データベース４００において、変異ＩＤ「ｙｙｙｙ」及びアップロード日「ｚｚ年ｚ月ｚ日」などと関連付けられて、公開既知変異情報として登録される。新たにアップロードされた情報としてここに例示した変異は、遺伝子「ＥＧＦＲ」から転写・翻訳された遺伝子産物であるタンパク質「ＥＧＦＲ」の７９７番目のアミノ酸残基がシステインからセリンに置換された変異である。なお、外部の変異情報データベース４００には、このような変異に限定されず、多型、変異、及びメチル化などに関する情報が集められ、記憶されていてもよい。
【００６９】
図９に示す参照配列管理部１２０ａは、図１２に示す変異情報データベース４００に対して変異情報要求を送信し、変異情報データベース４００から公開既知変異情報をダウンロードする。参照配列管理部１２０ａは、前回、公開既知変異情報をダウンロードした日以降に変異情報データベース４００にアップロードされた公開既知変異情報のみをダウンロードする構成であってもよい。この構成によれば、例えば、参照配列管理部１２０ａが変異情報データベース４００から公開既知変異情報を「ｚｚ年ｚ月ｚ日」以前にもダウンロードしていた場合、参照配列管理部１２０ａは、前回ダウンロードした公開既知変異情報のダウンロードは行わない。図１２において、参照配列管理部１２０ａが「ｚｚ年ｚ月ｚ日」の前日に変異情報データベース４００から公開既知変異情報をダウンロードし、翌「ｚｚ年ｚ月ｚ日」にも変異情報要求を送信した場合、参照配列管理部１２０ａは、「ｚｚ年ｚ月ｚ日」にアップロードされて新しく公開既知変異情報として登録された、遺伝子名「ＥＧＦＲ」の変異「Ｃ７９７Ｓ」に関する情報のみをダウンロードしてもよい。
【００７０】
なお、参照配列管理部１２０ａは、核酸配列解析・提示装置１０の解析対象のすべての遺伝子についての公開既知変異情報を定期的（例えば、１か月に１回、１週間に１回、及び２日に１回など）に変異情報データベース４００からダウンロードする構成であってもよい。又は、核酸配列解析・提示装置１０を使用するユーザによって入力部１０６から入力された遺伝子パネル名に関連付けられた遺伝子パネルの解析対象となる１又は複数の遺伝子、及び遺伝子名などに対応する遺伝子について、該ユーザの指示に従って公開既知変異情報をダウンロードする構成であってもよい。この場合、参照配列管理部１２０ａは、遺伝子パネル情報データベース１２１を参照して、公開既知変異情報をダウンロードすべき遺伝子を決定する。なお、ユーザの指示に従って公開既知変異情報をダウンロードする構成の場合、参照配列管理部１２０ａは、前回、公開既知変異情報をダウンロードした日をユーザに対して提示してもよい。これにより、ダウンロードされている公開既知変異情報が新しく適切なものであるか否かを事前にユーザに知らせることができる。
【００７１】
参照配列管理部１２０ａは、ダウンロードした公開既知変異情報に基づいて、再編成配列を生成し、参照配列データベース６に追加・保存する。例えば、参照配列管理部１２０ａは、野生型の部分配列又は全配列と、公開既知変異情報が示す変異の染色体番号、位置、及び変異配列ａとを用いて、変異配列ａを含む再編成配列を生成する。これにより、再編成配列は、野生型のエクソンなどの部分配列又は全配列に生じた公知の多型、変異、及びメチル化などを再現させた配列となる。
【００７２】
参照配列生成部１２０ｂは、参照配列データベース６から再編成配列ａａ、再編成配列ｂｂ、再編成配列ｃｃ、…、再編成配列ｘｘを読み出して、所定の連結様式によって再編成配列を１つに連結して、単一の参照配列を生成する。なお、参照配列データベース６には、変異配列が組込まれた再編成配列及び参照配列の他に、野生型参照配列も記憶されている。
【００７３】
図９に示す参照配列生成部１２０ｂが、再編成配列を一繋がりに連結する方法としては、再編成配列ａａ（第１の再編成配列）、再編成配列ｂｂ（第２の再編成配列）、再編成配列ｃｃ（第３の再編成配列）、・・・を１塩基も挿入することなく直接連結してもよい。あるいは、再編成配列ａａ、再編成配列ｂｂ、再編成配列ｃｃ、・・・の連結部分に所定の長さのスペーサー配列を挿入してもよい。スペーサー配列としては、例えば、グアニンが１０連続する配列などとすることができる。なお、スペーサー配列は、Ａ，Ｔ，Ｇ，Ｃ以外の文字列で構成されていてもよく、例えば、「ＡＫＴ１」及び「ＥＧＦＲ」などの遺伝子名、α、βなどのギリシア語のアルファベットに含まれる文字、又は、Ｉ、ＶＩ、ＩＸなどのローマ数字、及び「２０１７０９０１」などの所定数の数字を挿入してもよい。このように、Ａ，Ｔ，Ｇ，Ｃ以外の文字列も含むスペーサー配列を挿入することにより、リード配列が、参照配列の隣り合う２つの再編成配列にまたがる領域、すなわち、２つの再編成配列を繋ぐ連結部分にマッピングされる可能性を無視できるようにすることができる。なお、英語のアルファベットに含まれる文字「Ｎ」は、参照配列において、リード配列中のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇのいずれにも一致するヌクレオチドを意味する文字として用いられる場合がある。それゆえ、スペーサー配列として「Ｎ」を利用することは、可能な限り避けることが望ましい。
【００７４】
参照配列生成部１２０ｂが生成した変異参照配列は、参照配列管理部１２０ａによって、例えば「ｅｇｆｒ−２０１７０８０１」といった参照配列ＩＤが付与され、参照配列データベース６に保存される。
なお、ここでは、参照配列管理部１２０ａが変異情報データベース４００にアクセスし、情報をダウンロードする例を説明したが、核酸配列解析・提示装置１０の操作者がマニュアル操作にて、変異情報データベース４００から参照配列データベース６および変異データベース７に変異情報をダウンロードしてもよい。
【００７５】
次に図１１に示すステップＳＴ３において、図９に示す配列決定部２は、リード配列が、参照配列上、又は変異参照配列上の複数の位置に一致するか、単一の位置に一致するかを判定する。リード配列が、参照配列上、又は変異参照配列上の単一の位置に一致した場合（「Ｎｏ」の場合）には、配列決定部２はステップＳＴ４に進み、全てのリード配列について比較したか否かを判定する。全てのリード配列について比較を完了した場合（「Ｙｅｓ」）の場合には、処理を終了する。全てのリード配列の比較が完了していない場合（「Ｎｏ」の場合）には、配列決定部２は、ステップＳＴ２に戻り、処理を継続する。
【００７６】
ステップＳＴ３において、リード配列が、参照配列上、又は変異参照配列上の複数の位置に一致した場合（「Ｙｅｓ」の場合）には、配列決定部２は、ステップＳＴ５に進み、最も一致率（スコア）が高い位置をリード配列に割り当てる。図１３（Ａ）は、参照配列としてＥＰＳ８Ｌ２遺伝子の一部の配列（配列番号１）を参照配列としたときの、リード配列１（配列番号２）のスコアの算出と、リード配列２（配列番号３）のスコアの算出の一例を示す図である。なお、図１３（Ａ）では、ＥＰＳ８Ｌ２遺伝子の配列のうち２３塩基のみ示している。図１３（Ａ）に示されるように、この２３塩基の配列はリード配列１およびリード配列２と最も一致率が高い１３塩基（配列番号１における１番目〜１３番目）を含む。リード配列１と参照配列との一致率のスコアは、リード配列１の１３塩基中１３塩基が一致しているため１００％と算出される。リード配列２と参照配列との一致率のスコアは、リード配列２の１３塩基中ミスマッチが１塩基存在し（図１３（Ａ）において、下線で示す）、１２塩基が一致しているため９２．３％と算出される。
【００７７】
また、配列決定部２は、リード配列と参照配列の一致率を示すスコアの計算において、リード配列が参照配列に対して所定の変異（例えば、ＩｎＤｅｌ）を含む場合には、通常の計算よりも低いスコアが付くように計算してもよい。
【００７８】
一態様において、配列決定部２は、リード配列が参照配列に対して挿入及び欠失の少なくとも一方を含む配列について、例えば、上述したような通常計算で算出されたスコアに、ＩｎＤｅｌに対応する塩基数に応じた重み係数を乗算することで、スコアを補正してもよい。重み係数Ｗは、例えば、Ｗ＝｛１−（１／１００）×（ＩｎＤｅｌに対応する塩基数）｝で計算してもよい。
【００７９】
図１３（Ｂ）は、参照配列としてＥＰＳ８Ｌ２遺伝子の一部の配列（配列番号１）を参照配列としたときの、リード配列３（配列番号４）のスコアの算出と、リード配列４（配列番号５）のスコアの算出の他の例を示す図である。この例では、参照配列と比べてリード配列３は配列「ＡＡ」が欠失している。図中、リード配列３の欠失に対応する箇所はギャップを示す「＊＊」で表示する。また、参照配列と比べてリード配列４では配列「ＣＧＴ」（図１３（Ｂ）において、下線で示す）が挿入されている。図中、参照配列およびリード配列３の対応する箇所はギャップを示す「＊＊＊」で表示する。リード配列３には、参照配列の一部である１７塩基に対して２塩基のギャップがあるため、リード配列３と参照配列との一致率のスコアは、通常計算では、８８％と算出され、補正後のスコアは８８％×０．９８＝８６％と算出される。また、リード配列４に対して参照配列は３塩基のギャップがあるため、リード配列４と参照配列との一致率のスコアは、通常計算では、８５％と算出され、補正後のスコアは８５％×０．９６＝８１．６％と算出される。
なお、実際のリード配列の塩基長は通常１００ｎｔ以上であるが、図１３（Ａ）および（Ｂ）の仮想事例では、説明の便宜上リード配列１〜４の塩基長は短い配列とした。
【００８０】
配列決定部２は、各参照配列に対するリード配列のマッピング位置を変えながら一致率のスコアを算出することにより、リード配列との一致率が所定の基準を満たす参照配列上の位置を特定する。その際、動的計画法、ＦＡＳＴＡ法、ＢＬＡＳＴ法等の当該分野において公知のアルゴリズムを使用してもよい。
配列決定部２はステップＳＴ５のあと、ステップＳＴ４に進み、全てのリード配列について比較したか否かを判定する。
【００８１】
・・変異検出
・・・体細胞変異の検出
図８、図９、図１１、図１３から図１８を例として、変異検出部３が変異を検出する際の動作について説明する。
図８、図９、図１１、図１３、図１４、及び図１６を用いて、体細胞変異を検出するための変異検出部３の動作の例を説明する。
【００８２】
図１４のステップＳＴ２１において、図９に示すリード配列情報取得部１は、図８に示す核酸配列データ記憶装置３００からリード配列を取得する。取得されるリード配列には、非腫瘍細胞に由来するリード配列（正常リード配列）のデータと、腫瘍細胞に由来するリード配列（腫瘍リード配列）が含まれる。
【００８３】
図１４のステップＳＴ２２において、配列決定部２は、正常リード配列と腫瘍リード配列のそれぞれを参照配列にアライメントする。より詳細には、配列決定部２は、図１１のステップＳＴ２〜ＳＴ５の処理を実行する。
【００８４】
図１４のステップＳＴ２３において、変異検出部３は、腫瘍リードに参照配列との不一致があるか否かを判定する。腫瘍リードに参照配列との不一致がある場合（「Ｙｅｓ」の場合）、変異検出部３はＳＴ２４に進み、正常リードに参照配列との不一致がないか否かを判定する。正常リードに参照配列との不一致がない場合（「Ｙｅｓ」の場合）、変異検出部３は、ステップＳＴ２５に進み、腫瘍リードに存在する変異を体細胞変異と判定する。また、変異検出部３は不一致のあったリード配列に対応する参照配列の遺伝子名、遺伝子座、不一致部位を特定する。
【００８５】
図１４のステップＳＴ２６において、検出された変異に基づいて、変異検出部３は変異データベース７を検索する。ここで、変異データベース７は、例えば、図８に示した、ＣＯＳＭＩＣやＣｌｉｎＶａｒなどの外部の変異情報データベース４００を基に構築される。また、一態様において、データベース中の各変異情報には、遺伝子パネルに関する情報に関するメタデータが付与され得る。
【００８６】
変異データベース７に含まれる変異情報には、変異識別子（ＩＤ）、遺伝子名、変異の位置情報（例えば、「ＣＨＲＯＭ」、及び「ＰＯＳ」）、「ＲＥＦ」、「ＡＬＴ」、「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」が含まれていてもよい。変異ＩＤは、変異を識別するための識別子である。変異の位置情報のうち、「ＣＨＲＯＭ」は染色体番号を示し、「ＰＯＳ」は染色体番号上の位置を示す。「ＲＥＦ」は、野生型（Ｗｉｌｄ  ｔｙｐｅ）における塩基を示し、「ＡＬＴ」は、変異後の塩基を示す。「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」は、変異に関する情報を示す。「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」は、例えば、「ＥＧＦＲ  Ｃ２５７３Ｇ」、「ＥＧＦＲ  Ｌ８５８Ｒ」といったアミノ酸の変異を示す情報であってもよい。例えば、「ＥＧＦＲ  Ｃ２５７３Ｇ」は、タンパク質「ＥＧＦＲ」の２５７３残基目のシステインがグリシンに置換した変異であることを示す。
【００８７】
したがって、変異検出部３は、図１４のステップＳＴ２５において検出された変異部位について、変異している遺伝子名と、変異の位置情報に基づいて、変異データベース７を検索することが可能である。
【００８８】
次に変異検出部３は、図１４のステップＳＴ２７において、ステップＳＴ２６の検索結果に基づき、検出された変異にアノテーションを付与する。アノテーションの例は、図１８の表の最右列に示されている。なお、本発明において、アノテーションの付与は省略可能である。
変異検出部３は、ステップＳＴ２３において、腫瘍リードに参照配列との不一致がない（「Ｎｏ」）と判定した場合、処理を終了する。
【００８９】
図１４のステップＳＴ２７の後に、図１８に示すアノテーションのついた結果を出力してもよい。また、図１７に示す遺伝子検出結果は、図２から図５に示す解析報告書Ｒ１〜Ｒ４の遺伝子変異情報領域Ｄ１に出力され得る。
【００９０】
・・・生殖細胞変異の検出
図８、図９、図１１、図１４、図１６及び図１８を用いて、生殖細胞変異を検出するための変異検出部３の動作の例を説明する。
【００９１】
図１６のステップＳＴ１１において、図９に示すリード配列情報取得部１は、図８に示す核酸配列データ記憶装置３００からリード配列を取得する。取得されるリード配列には、非腫瘍細胞に由来するリード配列（正常リード配列）のデータが含まれる。
【００９２】
図１６のステップＳＴ１２において、配列決定部２は、正常リード配列を参照配列にアラインメントする。より詳細には、配列決定部２は、図１１のステップＳＴ２〜ＳＴ５の処理を実行する。
【００９３】
図１６のステップＳＴ１３において、変異検出部３は、正常リードに参照配列との不一致があるか否かを判定する。正常リードに参照配列との不一致がある場合（「Ｙｅｓ」の場合）、変異検出部３はＳＴ１４に進み、正常リードに存在する変異を生殖細胞変異と判定する。また、変異検出部３は不一致のあったリード配列に対応する参照配列の遺伝子名、遺伝子座、不一致部位を特定する。
変異検出部３は、図１６のステップＳＴ１５において、特定された変異に基づいて、図９に示す変異データベース７を検索する。
次に変異検出部３は、図１６のステップＳＴ１６において、ステップＳＴ１５の検索結果に基づき、検出された変異にアノテーションを付与する。
【００９４】
図１６のステップＳＴ１４〜ステップＳＴ１６は、図１４のステップＳＴ２５〜ステップＳＴ２７と同じであるので、上記説明をここに援用する。
【００９５】
変異検出部３は、図１６ステップＳＴ１３において、正常リードに参照配列との不一致がない（「Ｎｏ」）と判定した場合、処理を終了する。
【００９６】
図１６のステップＳＴ１６の後に、図１８に示すアノテーションのついた結果を出力してもよい。図１８の結果は、図２、図４及び図５に示す解析報告書Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４の生殖細胞変異情報領域Ｄ２に出力され得る。
【００９７】
なお、本明細書において、変異を検出するとは、リード配列と参照配列とを比較し、変異の有無を判定することを意味し、比較の結果体細胞変異又は生殖細胞変異が有ると判定された場合のみならず、比較の結果変異が無いと判定された場合も含む。
【００９８】
以下、核酸配列解析・提示装置１０の複数の実施形態について説明する。提示装置１０は実施形態に応じて提示装置１０Ａ〜１０Ｅまでの符号を付している。
【００９９】
（核酸配列解析・提示装置１０Ａ）
・核酸配列解析・提示装置１０Ａの構成
核酸配列解析・提示装置１０Ａのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。核酸配列解析・提示装置１０Ａは、ユーザの入力にしたがって、解析報告書の提示様式の選択の要否を決定する。
【０１００】
図１９に、核酸配列解析・提示装置１０Ａの、核酸配列解析・提示処理に関する機能についての機能ブロック図を示す。核酸配列解析・提示装置１０Ａは、リード配列情報取得部１、配列決定部２、変異検出部３、レポート生成部４Ａ、フォーム選択部５Ａ、参照配列データベース６、及び変異データベース７を含む。
【０１０１】
・核酸配列解析・提示装置１０Ａによる核酸配列解析・提示処理
図２０に、提示装置１０Ａによる核酸配列解析・提示処理を示す。
リード配列情報取得部１は、ステップＳＴ１０１において、図８に示す核酸配列データ記憶装置３００からリード配列のデータを取得する。このステップにおける処理は図１１のステップＳＴ１と同じである。
【０１０２】
フォーム選択部５Ａは、ステップＳＴ１０２において、ユーザによる解析報告書の提示様式であるレポートフォームの選択を受け付ける。図２１にレポートフォームの選択ダイアログＷ１の例を示す。フォーム選択部５Ａは、図８に示す出力部１０７に選択ダイアログＷ１を表示させる。選択ダイアログＷ１において、偶発的所見をレポートに記載するか否かの問い合わせが表示される。問い合わせのための表現は、「生殖細胞変異をレポートに記載しますか？」等の他の表現であってもよい。ユーザは選択ダイアログＷ１内の「いいえ」アイコンＷ１１又は「はい」アイコンＷ１２を、入力部１０６であるマウス等によるクリック、又はタッチパネル上でタッチすることにより選択する。フォーム選択部５Ａは、ユーザによるアイコンの選択を受け付ける。
【０１０３】
配列決定部２は、図２０のステップＳＴ１０３ａにおいて、図１１のステップＳＴ２〜５の処理を実行し、正常リード配列および腫瘍リード配列をそれぞれ参照配列にアライメントする。
【０１０４】
変異検出部３は、図２０のステップＳＴ１０３ｂにおいて、図１４のステップＳＴ２３〜ＳＴ２７および図１６のＳＴ１３〜ＳＴ１６の処理を実行し、体細胞変異および生殖細胞変異を検出し、アノテーションを付与する。
【０１０５】
フォーム選択部５Ａは、図２０のステップＳＴ１０２において、「いいえ」アイコンＷ１１の選択が受け付けられていれば、ステップＳＴ１０４において秘匿フォームが選択されている（Ｙｅｓ）と判断する。この場合、ステップＳＴ１０５に進み、レポート生成部４Ａは、秘匿フォームでレポートを作成する。秘匿レポートＲ２、秘匿レポートＲ３、又は秘匿レポートＲ４のいずれの様式で解析報告書を生成するかは、あらかじめ、ユーザによって決定されていてもよく、ステップＳＴ１０２において、ユーザの選択を受け付けてもよい。
【０１０６】
フォーム選択部５Ａは、ステップＳＴ１０２において、「はい」アイコンＷ１２の選択が受け付けられていれば、秘匿フォームが選択されていない（Ｎｏ）と判断する。この場合、ステップＳＴ１０６に進み、レポート生成部４Ａは、通常フォームにより図２に記載の通常レポートＲ１を生成する。
ここで、ステップＳＴ１０２とステップＳＴ１０３は、どちらを先に行ってもよい。
【０１０７】
（核酸配列解析・提示装置１０Ｂ）
・核酸配列解析・提示装置１０Ｂの構成
核酸配列解析・提示装置１０Ｂのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。核酸配列解析・提示装置１０Ｂは、関連データとして取得した所定情報にしたがって、解析報告書の提示様式の選択の要否を決定する。所定情報は、上記＜解析方法の概要と用語の説明＞で説明した通りである。
【０１０８】
図２２に、核酸配列解析・提示装置１０Ｂの、核酸配列解析・提示処理に関する機能についての機能ブロック図を示す。核酸配列解析・提示装置１０Ｂは、リード配列情報取得部１と、配列決定部２と、変異検出部３と、レポート生成部４Ｂと、フォーム選択部５Ｂと、参照配列データベース６と、変異データベース７とを備える。リード配列情報取得部１と、配列決定部２と、変異検出部３と、レポート生成部４Ｂと、フォーム選択部５Ｂと、参照配列データベース６と、変異データベース７は、図１９に示す同一符号のブロックと同じ機能を有する。
【０１０９】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｂによる核酸配列解析・提示処理１
図２３に、核酸配列解析・提示装置１０Ｂによる核酸配列解析・提示処理を示す。
リード配列情報取得部１は、ステップＳＴ１１１において、図２４に例示するダイアログＷ２又は図２５に例示するダイアログＷ３を出力部１０７に表示させ、ユーザによるダイアログ内への入力を受け付けることにより、リード配列のデータと関連データを取得する。
【０１１０】
図２４は、所定情報が、ユーザによって選択された提示様式に関する情報である場合の例である。ダイアログＷ２は、リード配列データの配列名（図１０を参照）を入力するリード配列名入力領域Ｗ２１と、リード配列データの読取処理を開始するためのアイコンＷ２２と、偶発的所見をレポートに記載するか否かをユーザに選択させるための「いいえ」アイコンＷ２３及び「はい」アイコンＷ２４を備える。ユーザが、リード配列名入力領域Ｗ２１に解析報告書を作成したいリード配列情報の配列名を入力し、アイコンＷ２２をマウス等によるクリック、又はタッチパネル上でタッチすることにより選択することで、リード配列情報取得部１はリード配列情報を読み込む。リード配列名入力領域Ｗ２１は、シーケンサー３０が生成したリード配列情報がプルダウンリストで表示されてもよい。また、フォーム選択部５Ａは、偶発的所見をレポートに記載するか否かについて、ユーザによる「いいえ」アイコンＷ２３又は「はい」アイコンＷ２４のマウス等によるクリック、又はタッチパネル上でタッチすることによる選択を受け付ける。
【０１１１】
図２５は、所定情報が、患者に関する情報、解析依頼に関する情報、解析依頼元情報等である場合の例である。ダイアログＷ３は、リード配列データの配列名（図１０を参照）を入力するリード配列名入力領域Ｗ３１と、リード配列データの読取処理を開始するためのアイコンＷ３２と、所定情報を入力するための関連データファイル名の入力領域Ｗ３４と関連データファイルの読取処理を開始するためのアイコンＷ３５とを備える。ユーザが、リード配列名入力領域Ｗ３１に解析報告書を作成したいリード配列情報の配列名を入力し、アイコンＷ３２をマウス等によるクリック、又はタッチパネル上でタッチすることにより選択することで、リード配列情報取得部１はリード配列情報を読み込む。リード配列名入力領域Ｗ３１は、シーケンサー３０が生成したリード配列情報がプルダウンリストで表示されてもよい。また、ユーザが関連データファイル名の入力領域Ｗ３４に所望の関連データファイル名を入力し、アイコンＷ３５をマウス等によるクリック、又はタッチパネル上でタッチすることにより選択することで、フォーム選択部５Ａは関連データファイルを読み込む。ここで、図２５に示す例では、関連データファイルに、検査項目を識別するための検査ＩＤ、患者を特定するための患者ＩＤ、患者の生年月日、年齢、性別、疾患名、患者のインフォームドコンセント内容（ＩＣ）、担当医ＩＤ等が含まれている。
【０１１２】
配列決定部２は、図２３のステップＳＴ１１２ａにおいて、図１１のステップＳＴ２〜５の処理を実行し、正常リード配列および腫瘍リード配列をそれぞれ参照配列にアライメントする。
【０１１３】
変異検出部３は、図２３のステップＳＴ１１２ｂにおいて、図１４のステップＳＴ２３〜ＳＴ２７および図１６のＳＴ１３〜ＳＴ１６の処理を実行し、体細胞変異および生殖細胞変異を検出し、アノテーションを付与する。
【０１１４】
フォーム選択部５Ｂは、ステップＳＴ１１２ｂで取得した情報に基づき、ステップＳＴ１１３において生殖細胞変異が検出されたか否かを判定する。ステップＳＴ１１３において生殖細胞変異ありと判断した場合（「Ｙｅｓ」の場合）には、ステップＳＴ１１４に進む。フォーム選択部５Ｂは、ステップＳＴ１１１で入力された関連データに基づいて、偶発的所見の秘匿が必要か否かを判断する。具体的には、ステップＳＴ１１１において、図２４に示すダイアログＷ２の「いいえ」アイコンＷ２３が選択されていれば、フォーム選択部５Ｂは、ステップＳＴ１１４において偶発的所見の秘匿が必要（Ｙｅｓ）と判断する。また、フォーム選択部５Ｂは、ステップＳＴ１１４において、図２５に示す関連データファイル名の入力領域Ｗ３４を介して入力を受け付けた名前のファイル内の情報に基づいて、偶発的所見の秘匿が必要か否かを判断する。ステップＳＴ１１４において偶発的所見の秘匿が必要（Ｙｅｓ）と判断する場合には、ステップＳＴ１１５に進み、レポート生成部４Ｂは、秘匿フォームでレポートを作成する。秘匿レポートＲ２、秘匿レポートＲ３、又は秘匿レポートＲ４のいずれの様式で解析報告書を生成するかは、あらかじめ、ユーザによって決定されていてもよく、ステップＳＴ１１１において、ユーザからの選択を受け付けてもよい。
【０１１５】
ステップＳＴ１１３において変異検出部３により生殖細胞変異が検出されなかった場合、及びステップＳＴ１１４でフォーム選択部５Ｂにより偶発的所見の秘匿が不要（Ｎｏ）と判断された場合、ステップＳＴ１１６に進み、レポート生成部５Ｂは、通常フォームにより図２に記載の通常レポートＲ１を生成する。
【０１１６】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｂによる核酸配列解析・提示処理２
図２６に、核酸配列解析・提示装置１０Ｂによる核酸配列解析・提示処理の変形例を示す。図２６のステップＳＴ１３１からＳＴ１３４までは、図２３のステップＳＴ１１１からＳＴ１１４と同じである。
【０１１７】
図２２に示すフォーム選択部５Ｂは、ステップＳＴ１３４において偶発的所見の秘匿が必要（Ｙｅｓ）と判断した場合、ステップＳＴ１３５に進み、秘匿レポートＲ２、秘匿レポートＲ３、又は秘匿レポートＲ４のいずれの様式で解析報告書を生成するかのユーザの選択を受け付ける。レポート生成部４Ｂは、受け付けられた様式でステップＳＴ１３６においてレポートを生成する。
【０１１８】
ステップＳＴ１３３において変異検出部３により生殖細胞変異が検出されなかった場合、及びステップＳＴ１３４でフォーム選択部５Ｂにより偶発的所見の秘匿が不要（Ｎｏ）と判断された場合、ステップＳＴ１３７に進み、レポート生成部４Ｂは、通常フォームにより図２に記載の通常レポートＲ１を生成する。
【０１１９】
（核酸配列解析・提示装置１０Ｃ）
・核酸配列解析・提示装置１０Ｃの構成
核酸配列解析・提示装置１０Ｃのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。核酸配列解析・提示装置１０Ｃは、関連データとして取得した所定情報の中の結果閲覧者のアカウント情報にしたがって、解析報告書の提示様式の選択の要否を決定する。
【０１２０】
図２７に、核酸配列解析・提示装置１０Ｃの、核酸配列解析・提示処理に関する機能についての機能ブロック図を示す。核酸配列解析・提示装置１０Ｃは、リード配列情報取得部１、配列決定部２、変異検出部３、レポート生成部４Ｃ、フォーム選択部５Ｃ、参照配列データベース６、及び変異データベース７、アカウントデータベース９を含む。
【０１２１】
アカウントデータベース９は、図８に示す制御部１００の記憶装置１０３に格納されている。アカウントデータベース９には、例えば、図２８に示すデータが格納されている。図２８において、ＩＤはレポートの閲覧者を特定する識別子である。開示条件は、生殖細胞変異に関する情報の開示条件を示す。インフォームドコンセントは、患者が本人への生殖細胞変異に関する情報の開示に同意しているか否かを示す。例えば、ＩＤ：ＡＡＡはインフォームドコンセントの有無にかかわらず（Ｎ／Ａ）、生殖細胞変異に関する情報を全て開示することを示している。このようなアカウントは、例えば遺伝子解析のエキスパートや、患者の生殖細胞変異の知得を希望する担当医師等が取得することができる。また、ＩＤ：ＢＢＢは、患者がインフォームドコンセントにおいて本人への生殖細胞変異に関する情報の開示に同意しており、生殖細胞変異に関する情報を全て開示することを示している。このようなアカウントは、例えば遺伝子解析のエキスパートや、患者の生殖細胞変異の知得を希望する担当医師、また、生殖細胞変異の知得を希望する患者自身が取得することができる。ＩＤ：ＣＣＣは、患者がインフォームドコンセントにおいて本人への生殖細胞変異に関する情報の開示に同意しておらず、偶発的所見である生殖細胞変異に関する情報を全て秘匿することを示している。このようなアカウントは、インフォームドコンセントにおいて本人への生殖細胞変異に関する情報の開示に同意していない患者や、患者の生殖細胞変異の知得を希望しない担当医師等が取得することができる。
【０１２２】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｃによる核酸配列解析・提示処理１
提示装置１０Ｃには、例えばクラウド等のネットワークを経由して、上記アカウント保有者が外部のコンピュータからアクセスを行うこともできる。
【０１２３】
図２９に、酸配列解析・提示装置１０Ｃによる核酸配列解析・提示処理を示す。リード配列情報取得部１は、図２９（Ａ）のステップＳＴ４１において、リード配列情報取得部１は、リード配列のデータを取得する。
【０１２４】
配列決定部２は、図２９（Ａ）のステップＳＴ４２ａにおいて、図１１のステップＳＴ２〜５の処理を実行し、正常リード配列および腫瘍リード配列をそれぞれ参照配列にアライメントする。
【０１２５】
変異検出部３は、図２９（Ａ）のステップＳＴ４２ｂにおいて、図１４のステップＳＴ２３〜ＳＴ２７および図１６のＳＴ１３〜ＳＴ１６の処理を実行し、体細胞変異および生殖細胞変異を検出し、アノテーションを付与する。
【０１２６】
レポート生成部４Ｃおよびフォーム選択部５Ｃは、アカウントを有するユーザがアクセスするまで、解析報告書の選択および生成を行わずに待機する。
【０１２７】
アカウントを有するユーザがネットワーク経由で提示装置１０ＣのＩ／Ｆ部１０５を介して制御部１００にアクセスを開始すると、レポート生成部４Ｃおよびフォーム選択部５Ｃは解析報告書の選択および生成処理を開始する。
【０１２８】
図２９（Ｂ）のステップＳＴ１４１において、フォーム選択部５Ｃは、アカウントを有するユーザが送信したログイン情報をＩ／Ｆ部１０５を介して取得し、ログインを受け付ける。
【０１２９】
ステップＳＴ１４２において、フォーム選択部５Ｃは、アカウントを有するユーザが送信したレポート出力要求を受け付ける。
【０１３０】
ステップＳＴ１４３において、フォーム選択部５Ｃが生殖細胞変異があると判定した場合（「Ｙｅｓ」の場合）には、ステップＳＴ１４４に進む。
【０１３１】
ステップＳＴ１４４において、フォーム選択部５Ｃはユーザが送信したアカウント情報に含まれるアカウントＩＤをアカウントデータベース９に格納されているアカウントＩＤと照合し、例えば、アカウントＩＤがＣＣＣの場合には、生殖細胞変異に関する情報の開示条件にしたがって偶発的所見の秘匿が必要（Ｙｅｓ）と判断し、ステップＳＴ１４５に進む。
【０１３２】
ステップＳＴ１４５において、レポート生成部４Ｃは、図２０のステップＳＴ１０５と同様に秘匿フォームの解析報告書を生成する。
【０１３３】
ステップＳＴ１４３において、フォーム選択部５Ｃが生殖細胞変異がないと判定した場合（「Ｎｏ」の場合）、及びステップＳＴ１４４において、アカウントＩＤがＡＡＡ又はＢＢＢであり偶発的所見の秘匿が不要（Ｎｏ）と判断した場合には、ステップＳＴ１４６に進み、レポート生成部４Ｃは、通常フォームにより図２に記載の通常レポートＲ１を生成する。
【０１３４】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｃによる核酸配列解析・提示処理２
提示装置１０Ｃには、例えばクラウド等のネットワークを経由して、上記アカウント保有者が外部のコンピュータからアクセスを行うこともできる。
【０１３５】
図３０を用いて、酸配列解析・提示装置１０Ｃによる核酸配列解析・提示処理の変形例を示す。図３０（Ａ）に示すステップＳＴ５１及びＳＴ５２は、図２９（Ａ）に示すステップＳＴ４１及びＳＴ４２と同じである。
【０１３６】
図３０（Ｂ）のステップＳＴ１５１、ＳＴ１５２、ＳＴ１５３、ＳＴ１５５、及びＳＴ１５６は、図２９（Ｂ）のステップＳＴ１４１、ＳＴ１４２、ＳＴ１４３、ＳＴ１４５、及びＳＴ１４６と同じである。
【０１３７】
ステップＳＴ１５４において、フォーム選択部５Ｃはユーザが送信したアカウント情報に含まれるアカウントＩＤをアカウントデータベース９に格納されているアカウントＩＤと照合し、図３１に示すダイアログＷ４をユーザのコンピュータのディスプレイに表示させる。ダイアログＷ４は、患者又はユーザが、患者の生殖細胞変異に関する情報の開示に同意しているか否かを確認するための「非同意」アイコンＷ４１及び「同意」アイコンＷ４２を備える。制御部１００が患者又はユーザによる「非同意」アイコンＷ４１の選択を受け付けた場合には、ステップＳＴ１５５に進む。制御部１００が患者又はユーザによる「同意」アイコンＷ４２の選択を受け付けた場合には、ステップＳＴ１５６に進む。
【０１３８】
（核酸配列解析・提示装置１０Ｄ）
・核酸配列解析・提示装置１０Ｄの構成
核酸配列解析・提示装置１０Ｄのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。核酸配列解析・提示装置１０Ｄは、ユーザにより秘匿レポートＲ２による解析報告書の生成が選択された場合であっても、生殖細胞変異が特定の遺伝子であった場合に、秘匿レポートＲ３又は秘匿レポートＲ４の提示様式で解析報告書を生成する。
【０１３９】
図３２に、核酸配列解析・提示装置１０Ｄの、核酸配列解析・提示処理に関する機能についての機能ブロック図を示す。核酸配列解析・提示装置１０Ｄは、リード配列情報取得部１、配列決定部２、変異検出部３、レポート生成部４Ｄ、フォーム選択部５Ｄ、参照配列データベース６、及び変異データベース７を含む。
【０１４０】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｄによる核酸配列解析・提示処理
図３３を用いて、酸配列解析・提示装置１０Ｄによる核酸配列解析・提示処理を示す。図３３において、ステップＳＴ１６１からＳＴ１６４、及びステップＳＴ１６７は、図２３に示すステップＳＴ１１１からＳＴ１１４、及びステップＳＴ１１６とそれぞれ同じである。
【０１４１】
ステップＳＴ１６３において検出された生殖細胞変異が、例えば図６に示す特定の生殖細胞変異に該当するか否かを、ステップＳＴ１６５においてフォーム選択部５Ｄが判定する。生殖細胞変異が特定の生殖細胞変異に該当する場合（「Ｙｅｓ」の場合）、フォーム選択部５Ｄは、あらかじめ選択された秘匿フォームが秘匿レポートＲ２の生殖細胞変異に関する情報を完全に秘匿する様式であったとしても、ステップＳＴ１６６に進み、レポート生成部４Ｄは、秘匿レポートＲ３又はＲ４の生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部が開示される様式で解析報告書を生成する。
【０１４２】
ステップＳＴ１６５において、フォーム選択部５Ｄが、ステップＳＴ１６３で検出された生殖細胞変異が特定の生殖細胞変異に該当しない（Ｎｏ）と判定した場合には、ステップＳＴ１６８に進み、レポート生成部４Ｄは、秘匿レポートＲ２の様式で解析報告書を生成する。
【０１４３】
（核酸配列解析・提示装置１０Ｅ）
・核酸配列解析・提示装置１０Ｅの構成
核酸配列解析・提示装置１０Ｅのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。核酸配列解析・提示装置１０Ｅは、提示装置１０Ｅが関連データとして取得した、所定情報の中の患者が保有する疾患名にしたがって解析報告書の提示様式を変更する。
【０１４４】
図３４に、提示装置１０Ｅの核酸配列解析・提示処理に関する機能についての機能ブロック図を示す。核酸配列解析・提示装置１０Ｅは、リード配列情報取得部１、配列決定部２、変異検出部３、レポート生成部４Ｅ、フォーム選択部５Ｅ、参照配列データベース６、及び変異データベース７、疾患情報データベース１１を含む。
【０１４５】
図３５に示す疾患情報データベース１１は、記憶装置１０３に格納される。図３５に示す例では、疾患情報データベース１１には、生殖細胞変異が報告されている遺伝子名、変異位置が、関連する疾患と関連付けられて記憶されている。
【０１４６】
・核酸配列解析・提示装置１０Ｅによる核酸配列解析・提示処理
図３６を用いて酸配列解析・提示装置１０Ｅによる核酸配列解析・提示処理を示す。図３６において、ステップＳＴ１７１〜ＳＴ１７４、ＳＴ１７６、ＳＴ１７７及びＳＴ１７８は、図３３に示すステップＳＴ１６１〜ＳＴ１６４、ＳＴ１６６、ＳＴ１６７及びＳＴ１６８と同じである。
【０１４７】
フォーム選択部５Ｅは、ステップＳＴ１７５において、ステップＳＴ１７３で生殖細胞変異が検出された遺伝子名を疾患情報データベース１１と照合する。フォーム選択部５Ｅは、ステップＳＴ１７３で生殖細胞変異が検出された遺伝子名が疾患情報データベース１１に存在する場合には、その遺伝子が関連する疾患名を、ステップＳＴ１７１で入力された患者の疾患名と照合する。ステップＳＴ１７３で検出された生殖細胞変異に関連する疾患が、ステップＳＴ１７１で入力された患者の疾患名と一致する場合（「Ｙｅｓ」の場合）には、フォーム選択部５ＥはステップＳＴ１７６に進み、あらかじめ選択された秘匿フォームが秘匿レポートＲ２の生殖細胞変異に関する情報を完全に秘匿する様式であったとしても、レポート生成部４Ｅは、秘匿レポートＲ３又はＲ４の生殖細胞変異に関する情報の少なくとも一部が開示される様式で解析報告書を生成する。
【０１４８】
また、ステップＳＴ１７５において、ステップＳＴ１７３で検出された生殖細胞変異に関連する疾患が、ステップＳＴ１７１で入力された患者の疾患名と一致しない場合（「Ｎｏ」の場合）には、フォーム選択部５ＥはステップＳＴ１７７に進み、レポート生成部４Ｅは、秘匿レポートＲ２の様式で解析報告書を生成する。
【０１４９】
［コンピュータプログラム］
図１１に示すステップＳＴ１〜ＳＴ５、図１４に示すステップＳＴ２１〜２７、及び図１６に示すステップＳＴ１１〜ＳＴ１６は核酸配列解析用のコンピュータプログラムとして、コンピュータ上で実行されうる。図２０に示すステップＳＴ１０１〜ＳＴ１０６、図２３に示すＳＴ１１１〜ＳＴ１１６、図２６に示すステップＳＴ１３１〜ＳＴ１３７、図２９に示すステップＳＴ１４１〜ＳＴ１４６、図３０に示すステップＳＴ１５１〜ＳＴ１５６、図３３に示すステップＳＴ１６１〜ＳＴ１６８及び図３６に示すステップＳＴ１７１〜ＳＴ１７８は、核酸配列の解析結果の提示用のコンピュータプログラムとして、コンピュータ上で実行されうる。
【０１５０】
さらに、前記コンピュータプログラムは、記憶媒体等のプログラム製品として提供されうる。前記コンピュータプログラムは、ハードディスク、フラッシュメモリ等の半
導体メモリ素子、光ディスク等の記憶媒体に記憶される。前記記憶媒体へのプログラムの記憶形式は、前記制御部が前記プログラムを読み取り可能である限り制限されない。前記記憶媒体への記憶は、不揮発性であることが好ましい。
【０１５１】
［その他の態様］
本発明の実施形態は、上記実施形態に限定して解釈されるものではない。
【０１５２】
上記酸配列解析・提示装置１０Ａ〜１０Ｅは、変異の解析を行う装置として説明されているが、解析報告書の提示様式を選択する機能と、解析報告書Ｒ１，Ｒ２，Ｒ３，Ｒ４を生成する機能のみを備えた装置と、変異の解析を行う装置とが別であってもよい。また、変異の解析を行う装置が、シーケンサー３０に組み込まれて入れもよい。
図３７に、解析報告書Ｒ１，Ｒ２，Ｒ３，Ｒ４を生成する機能のみを備えた提示装置１０Ｆの機能ブロック図を示す。提示装置１０Ｆのハードウェア構成は、図８に示した核酸配列解析・提示装置１０と同じである。提示装置１０Ｆは、変異読込部２１、レポート生成部４Ｆ、フォーム選択部５Ｆを含む。変異読込部２１は、例えば図２０のステップＳＴ１０３ｂで検出された変異情報を入力部１０６を介して受け付ける。レポート生成部４Ｆ、フォーム選択部５Ｆは、それぞれ、レポート生成部４Ａ〜４Ｅ、フォーム選択部５Ａ〜５Ｅと同じ機能を有していてもよい。
【符号の説明】
【０１５３】
１００  制御部
１０Ａ，１０Ｂ，１０Ｃ，１０Ｄ，１０Ｅ  核酸配列解析・提示装置
１０Ｆ  提示装置
５０  システム
３０  シーケンサー
【図１】
0006953586.tif 000002
【図２】
0006953586.tif 000003
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【配列表】
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