(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
検索方法であって、
少なくとも１つの化学構造データベースと、化学構造に関する情報を含む少なくとも１つの公開文献データベースとを有するシステムを維持するステップと、要求側ユーザーによってユーザーインターフェースから提供されたターゲット化学構造に関する情報の要求を要求側ユーザーから受信するステップと、
ターゲット化学構造に関する情報の要求に応答して、ターゲット化学構造に提供された複数の関連化学構造の化学類似性に基づいて、関連化学構造のセットを前記要求側ユーザーに提供するステップと、
前記ユーザーインターフェースを使用して、前記化学構造データベースからターゲット化学構造を選択又は入力するステップであって、前記ユーザーインターフェースは特許関連の検索エンジンに関連付けられ、前記検索エンジンは前記化学構造データベースにリンクされているステップと、
前記化学構造データベースから前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録を取得して、ユーザー入力方法及び前記化学構造記録の第１データセットに基づいて２Ｄマップ及び３Ｄマップを作成するステップと、
前記化学構造の化学的類似性に基づいて、前記２Ｄマップの２Ｄ平面上に前記化学構造を２Ｄ正方形として配置すると共に、前記３Ｄマップの３Ｄレイヤー内に前記化学構造を３Ｄカラムとして配置し、前記２Ｄマップのモードと前記３Ｄマップのモードとを変換することができるようにするステップと
を含み、
前記２Ｄマップ及び前記３Ｄマップは、前記２Ｄ平面上及び前記３Ｄレイヤー内における前記ターゲット化学構造との間の距離が短い前記関連化学構造ほど、前記ターゲット化学構造との間の化学類似性が高く、且つ２Ｄ正方形及び３Ｄカラムの色が濃い前記関連化学構造ほど、前記ターゲット化学構造との間の化学類似性が高いマップになっている
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
メニュー又は自動化機能を介して第一方法を選択して、前記ターゲット化学構造に関する分子類似性又は分子相違性を評価するステップであって、前記第一方法はタニモトスコアリング及びフィンガープリンティング、意味的類似性、並びに形状類似性のうちの少なくとも１つを含むステップと、
選択された前記第一方法を用いて、前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録の第１非線形クラスタリングマップを生成するステップと、
類似の化学構造の第１グラフィック分布方法に従って、前記第１非線形クラスタリングマップを前記２Ｄマップ及び前記３Ｄマップとして平面上に表示するステップとを更に含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つの化学構造データベース及び／又は少なくとも１つの公開文献データベースから、ユーザーによって選択された少なくとも１つの二次データセット記録を取得するステップであって、前記少なくとも１つの化学構造データベース及び少なくとも１つの公開文献データベースは、前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録を含む前記２Ｄマップにリンクされているステップと、
前記２Ｄマップにおける化学構造に関連する選択可能な二次データセット記録を、グラフィック元素を含む３Ｄマップとして配置し表示して、前記二次データセット記録を前記２Ｄマップに同時かつ視覚的にリンクするステップと、
グラフィック元素を含む前記３Ｄマップにおける少なくとも１つのグラフィック要素を選択することによって、グラフィック要素を含む前記３Ｄマップを介して、前記２Ｄマップの前記ターゲット化学構造に関連する前記化学構造記録にリンクされている前記二次データセット記録にアクセスするステップと、を更に含む、ことを特徴とする請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記検索エンジンを出ることなく、選択可能なタスクに従って、前記二次データセット記録を表示して、前記二次データセット記録にアクセスしそれを可視化するステップを更に含む、ことを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項５】
分子類似性又は分子相違性を評価する方法を変えるステップをさらに含む、ことを特徴とする請求項２、３又は４に記載の方法。
【請求項６】
類似の化学構造のグループを反映している正方形をクリックすると、化学構造を表示し、化学構造の特性を説明し、様々な公開資料に関しリンクされている情報を提供するステップをさらに含み、前記公開資料は、科学文献、特許ファミリー情報を含む特許資料、医療及び規制情報を含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記３Ｄマップにおける前記グラフィック要素は３Ｄカラムである、ことを特徴とする請求項３又は４に記載の方法。
【請求項８】
前記３Ｄカラムの高さは、対応する化学構造について言及している公開資料の数を表す、ことを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記３Ｄカラムの高さは、対応する化学構造に関するデータソースの数を表す、ことを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記３Ｄカラムの高さは、対応する構造がそれらの化学構造の化学的類似性によりグループ化された化学エンティティを表す、ことを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記３Ｄマップは、化学情報を同時に開いて視覚化するために使用され、少なくとも部分的に二次データを含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
検索装置であって、
既知の化学構造又は関連化学構造に関する文献情報に対するユーザーの問合せを受信するためのモジュールと、
ユーザー活動に応答して、少なくとも１つの化学構造データベース及び少なくとも１つの公開文献データベースを含むデータベース集合を検索するためのモジュールと、
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の検索方法に基づいて、前記既知の化学構造及びその関連文献に関連する、又は類似する追加の文献又は化学構造を識別するためのモジュールと、を含む、ことを特徴とする検索装置。
【請求項１３】
少なくとも１つの化学構造データベースと、少なくとも１つの公開文献データベースと、請求項１２に記載の検索装置とを含む、ことを特徴とする検索システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
＜関連出願の相互参照＞
本出願は、２０１６年１２月５日に出願された「大規模データベース内で論じられる化学構造の類似性に従う大規模データベースにおける文書の検索及び表示」という名称の米国仮特許出願第６２／４３０，２８９号に対して優先権を主張する。その出願の全体が本明細書に援用される。
本発明の実施形態は、広範囲のデータベースで利用可能な特許及び他の文献内及びそれらの全体にわたる情報空間における化学構造コンテンツの検索を改善するためのシステム、方法及び装置に関し、ランドスケープ形式で化学空間を可視化するための新たなツールを組み込んでいる。より具体的には、本発明の実施形態は、様々なデータベース及びインターネットベースのリソースから入手可能な公開情報を使用することにより、情報を取得しグループ化して類似の化学構造を決定し、３次元ランドスケープ分析を行ってそれらの類似の構造にアクセスし、それらに関する他の情報を取得するためのシステム、方法及び装置に関する。他の情報は、特許データ、特許ファミリーの構造、訴訟関連の情報、規制及び販売承認情報、ならびにユーザーが関心のある特定の化学構造及び関連化学構造に関連付けられる医学的、技術的、及び法的なランドスケープを理解するのを支援する他の種類の情報を含むが、それらに限定されない。
【背景技術】
【０００２】
インターネット、企業ネットワーク、文書リポジトリなどの情報スペース、ならびに情報の保存及び検索サービスにより、大規模な情報集合物への広範なアクセスが可能になる。例えば、ユーザーは一般的にインターネット検索エンジンを使用して、インターネット上又は公開もしくは所有権のあるデータベース内において所望の情報を探し出し選択する。前記データベースは、製品、個々の特許及びそれらに関連するデータ、簡単又は複雑な特許ファミリー情報、特許の対象となる製品に関連する規制活動（ＦＤＡ承認、特許期間の延長、調整、及び短縮など）、特許権に影響を与える裁判所や機関の活動及び特定の特許請求項の適切な解釈、並びに規制監督及び承認の対象となる医薬品に含まれる活性医薬成分（ＡＰＩ）を含む特定の化学物質に関する医療情報に関連する。化学構造及び特許に関する検索を行う多種多様なユーザーは、それらの構造に関連する多くの要因及びデータを理解し、彼らの検索に最も関連がある情報サイロ及び離散データベースに存在する多くの情報を分析し、最終的に優先順位を付けることに関心がある。
【０００３】
このような情報の手動検索及び比較は、ユーザーに有用な情報を提供することができるが、現在のツールは、類似の化学構造及び化学空間の可視化に関与するリアルタイムの更新及び化学構造のグループ化をユーザーに与えるシステム、方法又は装置を提供していない。
【０００４】
検索エンジンは、情報空間においてユーザーが項目を探し出すのを支援する。このような項目は、文書、画像、ビデオ、及び当技術分野で知られている他の多くの種類のファイルを含むことができる。検索エンジンは通常、文字通りのキーワードマッチング技術、又はユーザーのクエリもしくは検索要求で指定された単語又は記号の近似マッチングのいずれかを採用する検索アルゴリズムを使用する。このように、離散的なデータセット及びデータベースにおける従来の検索で、情報を検索するユーザーは、所望のコンテンツとできれば一致するキーワードを提供する必要がある。しかしながら、実際には、この方法論は、コンテンツ利用者とコンテンツ提供者の両方にとって推測ゲームに過ぎず、検索が化学構造に関連する場合は特に困難である。概念的なアイデアに様々なキーワードを使用することができ、それにより、タグ付けやキーワード検索が困難になる。さらに、キーワードの所定の組み合わせが特定の化学構造に関する情報を提供するシステム間で同じになる可能性は低い。従って、検索エンジン内の化学構造及びそれらの構造に関連する情報の概念マッチング又は意味マッチングは、乏しくて一貫性がない。従来の検索及び分析ツールはまた、化学構造に固有の意味を確かめるのに効果がない可能性もある。多くのシステムでは、コンテンツは、コンテンツの意味やクラスタリングを管理する規則や化学構造の組織化なしに、自然言語で表現されている。このように、検索エンジンは、一般に、最も適切な又は関連のある化学構造コンテンツを確実に探し出すか又はグループ化することができない。現在の検索ツールに頼って、それらの構造の類似性に基づいて化学構造コンテンツをグループ化又は組織化することは現在不可能である。
【０００５】
国際純正応用化学連合（ＩＵＰＡＣ）によって開発された命名法と、化合物の構造と組成を反映する国際化学物質識別子（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ、ＩｎＣｈｉ）システムと、それぞれ単一の化合物を表し、構造に関する情報を含んでいないＣＡＳ番号とを含む、様々な事前定義されたテキストパラメータに基づいてデータをグループ化するシステム及びアルゴリズムは知られているが、それらは、２次元及び３次元の化学構造及びそれらに関連する化合物名に関する情報を関連付けるためには役に立たない。
【０００６】
特許に関する情報の一般的な管理及びマッピングは知られている。Ｇｕｐｔａの米国特許第９６０７０５８号及びＬｕｎｄｂｅｒｇの米国特許第９６９７５号を参照されたい。従来技術によって提供された幾つかの利点にもかかわらず、これらのツールは、関心のある特定の化学構造に関して実用的な洞察をユーザーに提供するために、化学構造の有意なグループ化及び特許情報を含むそれらの化学構造に関連する他の情報を提供するには及ばない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
この概要は、以下の詳細な説明及び図面でさらに説明する特定の概念を簡略化した形で紹介するために提供される。この概要は、請求される主題の重要な特徴又は本質的な特徴を識別することを意図するものではなく、特許請求される発明の範囲を決して限定することを意図するものでもない。
【０００８】
特許及び他の文献内及びそれらの全体にわたる化学構造検索に基づく新たなＰａｔＳｎａｐソフトウェアプラットフォームは、化学空間を可視化するための新たなツールを組み込んでいる。「Ｃｈｅｍｓｃａｐｅ」とも呼ばれるこの化学ランドスケーピングツールは、化学構造をそれらの構造の類似性に基づいて２Ｄ平面上に正方形として配置する分析システム、方法及び装置である。互いに最も類似している化学構造は、互いに近くあることが発見される。化学構造の変化が大きければ大きいほど、互いの距離は遠くなる。この計算は、数千の構造にわたって掛け合わされて、構造の選択をグループにまとめることができる方法のグラフィカル表現を与える。
【０００９】
類似の化学構造のグループを反映しているこれらの代表的な正方形をクリックすると、構造を表示し、その特性を説明し、多種多様な公開資料（一部の材料は所有権のあるデータベースでのみ入手可能である）に関する情報を提供しそれらにリンクするツールが開く。公開資料は、科学文献、特許ファミリー情報を含む特許資料、医療及び規制情報（以後集合的に「文献」と呼ばれ、選択された関心のある構造のいずれかに言及する）を含む。
【００１０】
次に３Ｄレイヤーが追加される。３Ｄレイヤーは、配置された正方形（化学構造を表す）を含み、ツール内で３Ｄカラムとして表される。一例では、カラムの高さは、対応する化学構造について言及している個々の「文献」論文の数を表す。別の例では、カラムの高さは、対応する構造を含むデータソースの数を表す。別の例では、カラムの高さは、対応する構造がそれらの化学構造の類似性によりグループ化されたタンパク質又は他の化学物質を表す。
【００１１】
この「Ｃｈｅｍｓｃａｐｅ」ツールは、任意の実施形態において、対応する化学構造について言及している「文献」が時とともにどのように発行されているかについての動的な概観を示すために動画化することができる。これは、構造について言及している「文献」の公開日を反映した３Ｄカラムを含み、タイムラインの長さが増すにつれてカラムの高さが増す。
【００１２】
２Ｄ正方形及び３Ｄカラムは、任意の実施形態において、クエリ構造、規制承認情報、臨床試験段階、状態、及び対応する化学構造情報のソースなど、データセットに関連する基礎化学構造に関する情報に基づいて強調表示することができる。他の任意の実施形態において、これらの正方形及びカラムはまた、特許分類コード、公開日、特許の出願日又は満了日、譲受人、正規化された譲受人、特許の発明者、及び化学構造について言及している科学的参考文献など、化学構造について言及している特許又は文献に関する情報に基づいて強調表示することができる。
【００１３】
この化学構造と関連情報の可視化ツールに加えて、「文献」テキスト内のキーワード検索、又は「文献」メタデータにわたる情報検索に基づいて、文献（関連する特許及び科学的参考文献を含む）にわたって検索することができる。任意の実施形態において、検索クエリを入力すると、対応する「文献」の精緻化に基づいて３Ｄカラムの高さが変わり、化学構造について言及する精緻化された「文献」結果の数が反映され、ユーザー入力クエリ精緻化情報に基づいて結果が認定される。
【００１４】
本システム、方法、及び装置は、それらの化学構造の類似性及び関連する文献に基づいて化学構造のグループ化を反映する新規な２次元マトリックスを提供し、ユーザーは、グループ化された化学構造とともに分析して、それらの法的な、規制の、及び医学的な状態をよりよく理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
本発明は、本発明の様々な実施形態を示す添付の図面を参照しながら、以下により完全に記述される。しかしながら、本発明は、多くの異なる形態で具体化されてもよく、本明細書に記載の実施形態に限定されると解釈されるべきではない。むしろ、これらの実施形態は、本開示が徹底的かつ完全であり、発明の範囲を当業者に完全に伝えるように提供される。以下で論じる様々な実施形態の異なる教示を別々に又は任意の適切な組合せで使用して所望の結果を生成することができることを十分に認識されたい。上記の様々な特徴、ならびに以下により詳細に説明される他の特性及び特徴は、添付の図面を参照することによって、様々な実施形態の以下の詳細な説明を読むことで当業者には容易に明らかになるであろう。以下の図面及び説明では、明細書及び図面を通じて同様の部分はそれぞれ同じ参照番号でマークされる。プライム表記が使用される場合、代替実施形態では同様の要素を示す。図面は必ずしも縮尺通りではない。本開示の特定の特徴は、縮尺通り又はやや概略的な形で誇張されて示されることがあり、従来の要素の幾つかの詳細は、明確さ及び簡潔さのために示されないことがある。
【００１６】
【図１】本発明の一実施形態に係る例示的方法の概略ブロック図である。
【図２】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許出願の代表的な抜粋である。
【図３】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な裁判所の申し立ての代表的な抜粋である。
【図４】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な食品医薬品局（ＦＤＡ）の文書の代表的な抜粋である。
【図５】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な薬物独占権有効期限に関する公開情報の代表的な抜粋である。
【図６】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な規制上の承認及び薬物独占権情報を反映した公開情報のスクリーンショットである。
【図７】本発明の一実施形態に係るＰａｔｓｎａｐ化学ツール検索ページのスクリーンショットである。
【図８】本発明の一実施形態に従って実行された例示的な検索のスクリーンショットの抜粋である。
【図９】本発明一の実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能なサンプル特許及び関連特許情報のスクリーンショットの抜粋である。
【図１０】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能なサンプル特許に関連する、サンプルの法的情報のスクリーンショットの抜粋である。
【図１１】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許ファミリーに関連する特許マップのスクリーンショットの抜粋である。
【図１２】本発明の一実施形態に係る例示的な方法により編集された簡単な特許ファミリー及び特許引用マップである。
【図１３】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造情報の代表的な抜粋である。
【図１４】本発明の一実施形態に係る例示的な方法により実行することができる化学構造検索のスクリーンショットの抜粋である。
【図１５】図１４で実行された検索を反映する化学構造のスクリーンショットの抜粋である。
【図１６】図１４で実行された化学構造検索に関する情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図１７】図１５に反映された化学構造に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図１８】図１７に反映された分析ツールを使用して実行された検索を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図１９】図１４で実行された検索に反映された化学構造と類似すると考えられる化学構造を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２０】図１６に反映された化学構造を有する特許文献検索を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２１】図２０の特許文献検索の結果を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２２】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造情報の代表的な抜粋である。
【図２３】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な様々な分析ツール及びデータ概要を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２４】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２５】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な３次元モデルに反映された化学構造の分析に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２６】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の２次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２７】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な類似の化学構造の集合の分析に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２８】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な類似の化学構造の集合の分析に関する、グループ化された化学構造のリストならびに関連する特許及び化学構造の情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図２９】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造のグループに関連する特許関連情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３０】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル及び関連する化学構造識別情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３１】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル、ならびに関連する化学構造識別及び特許情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３２】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能なグループ化された化学構造のリストならびに関連する化学構造識別及び特許情報を反映する化学構造の３次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３３】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許グループ化情報、規制承認情報、及び特許分類情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３４】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な関連する化学構造についての国際分類グループのリストを反映する化学検索構造の３次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である
【図３５】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル及び特許検索メニューを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３６】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許検索結果の結果を反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３７】本発明の一実施形態に係る例示的な方法を用いて使用することができる様々な例示的な検索操作及び方法論を反映するチャートである
【図３８】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な構造エディタを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図３９】本発明の一実施形態に係る例示的な方法によりアクセス可能な構造エディタ及び追加の構造分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。
【図４０】本発明の一実施形態に係る装置を利用して化学構造に関与する検索及び分析を実施する例示的な方法の模式図である
【図４１】本発明の一実施形態に係る装置を利用して化学構造に関与する検索及び分析を実施する例示的な方法の模式図である
【図４２】本発明の一実施形態に係る３次元可視化ツールを使用して化学構造に関与する検索及び分析を実施する例示的な方法の模式図である
【図４３】本発明の一実施形態に係る３次元可視化ツールを使用して化学構造に関与する検索及び分析を実施した結果としての例示的な出力の図である
【図４４】本発明の一実施形態に従って検索及び分析された例示的なデータソース及びデータセットを反映する図である。
【図４５】本発明の一実施形態に係る２次元又は３次元可視化ツールを使用して化学構造に関与する検索及び分析の結果をプロセス及び出力するために使用される例示的なシステム及び構成要素のセットを反映する図である。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
本発明の実施形態は添付の図面に記載されており、全体を通して、同様の部分は同様の参照番号で示され、各参照番号の一番左の数字は、その参照部分が最初に現れる図面の図面番号を指す。
【００１８】
本発明は、化学構造をそれらの構造類似性に基づいて視覚的にマッピングし、前記化学構造に関する多種多様な文献を関連付けるための方法を含む。この方法は、少なくとも１つの化学構造データベース及び少なくとも１つの公開文献（化学構造に関する情報を含む）データベースを有するシステムを維持することと、少なくとも１つコンピュータープロセッサによってディスプレイ上に生成されたユーザーインターフェースから、要求側ユーザーから提供されたターゲット化学構造に関する情報の要求を要求側ユーザーから受信することと、ターゲット化学構造に関する情報の要求に応答して、ターゲット化学構造に提供された複数の関連化学構造の化学類似性に基づいて、関連化学構造のセットを要求側ユーザーに提供することと、を含む。前記少なくとも１つの化学構造データベースは、少なくとも１つの記憶装置に記憶される。前記少なくとも１つの公開文献データベースは、少なくとも１つの記憶装置に記憶される。
【００１９】
一般に、本発明の実施形態は、より効率的な検索、知識発見、コンテンツ発見、ならびに化学構造及び文献情報を検討及び関連付けるための情報空間内の閲覧又はナビゲートのための新規なアプローチを提供する。幾つかの実施形態では、システム及び方法は、化学構造に関連する情報を組織化及びアクセスするための２Ｄ及び３Ｄ配向構造を提供する。本発明の任意の実施形態は、文献の意味論、化学構造の形、フィンガープリンティング、又はタニモトスコアリング、及びユーザーの検索のゴールを活用して、検索結果及びコンテンツ項目の新規な２次元及び３次元ナビゲーションパラダイムを提供する。それにより、ユーザーは、より直感的かつより効率的に、少なくとも１つの化学構造データベースに格納されている化学構造に関連する情報にアクセスして分析することができる。
【００２０】
幾つかの実施形態では、ユーザーは、化学構造に関する文献の様々なレベル又はノードを通してナビゲート又は下降することができる。この情報は、任意の種類の２次元又は３次元データ構造又はグラフ、ならびに階層的又は非階層的出力で提示することができる。情報出力は、化学構造に関する主題の段階的により狭い範囲を提供するように構成され得、これは、ユーザーが特定の種類又は意味論的コンテキストのコンテンツを検索及び／又はブラウズし、次にその情報の視覚的表現を使用して関心のある特定のコンテンツを掘り下げるのを支援することができる。
【００２１】
コンテンツソースは、個々のコンテンツ項目を有するデータベースを含む任意の情報本体であることができる。そのようなコンテンツソースの例は、コンテンツ項目がインターネット上のユニフォームリソースロケータ（「ＵＲＬ」）を介してアクセス可能なリソースであり得るワールドワイドウェブである。コンテンツ項目はまた、ウェブページ、画像、ファイル、又は、ブラウザもしくは他の種類のコンテンツインターフェースアプリケーションを介してなど、ユーザーに提供することができる他の項目に対応するＵＲＬを含み得る。
【００２２】
幾つかの実施形態では、コンテンツ項目の意味論的意味は、組織化されたコンテンツ構造内でコンテンツ項目を組織化及び検討するためにユーザーがとる相互作用の解釈に基づくことができる。コンテンツ項目の意味論はまた、コンテンツ項目に関するデータベース内のユーザーの宣言又は入力に基づいて決定されてもよい。
【００２３】
幾つかの実施形態は、ユーザー由来の情報によって示されるようにコンテンツ項目の関係を決定するためのシステム及び方法に基づく。ユーザー由来の情報は、検索を要求するユーザー、ユーザーのグループ、又はユーザーのコミュニティ全体を含む、個々のユーザーから生じる任意の情報であり得る。即ち、実施形態は、とりわけ少なくとも１つのデータベース内の情報とのユーザーの相互作用に基づいて、情報がユーザーコミュニティ内のユーザーによって組織化されるときに文献と化学構造との間の関係を改善及び捕捉するためのメカニズム及び技法を提供する。従って、幾つかの実施形態は、関連する化学構造の組織化された報告を提供する。それにより、ユーザーはターゲット化学構造を検索し、化学構造をナビゲート又は閲覧し、文献情報を組織し、そして化学構造の報告内の情報に対して他の操作を実行できる。これらの操作のいずれも、化学構造に関する文献の重要性を示すことができる。ユーザー由来の情報は匿名であり、又は１人以上のユーザーもしくはユーザーグループで識別することができる。
【００２４】
幾つかの実施形態では、ユーザーは、ターゲット化学構造及び関連する化学構造を発見及び閲覧するように組織化されたコンテンツ構造を提供するツールを介してナビゲートすることができる。２次元又は３次元の報告を通してユーザーに提供される化学構造と関連文献情報の組織化及びグループ化は、ユーザーがターゲット化学構造に関して何らかの行動をとることを可能にする貴重なコンテキスト情報を提供することができる。
【００２５】
組織化されたコンテンツ構造は、幾つかの異なる種類のフォルダ、ツリー、リスト、グラフ、データベース、及び／又は当技術分野で知られている他の適切なデータ構造を組み込んだ視覚レポートを提供することを含む様々な方法で実装できる。組織化されたコンテンツ構造は、ローカルコンピューター上のディスプレイを介して単一のユーザーによるアクセスのためにローカルに配信されてもよく、又は多くのユーザーによる同時アクセスのためにプラットフォーム内に保存されてもよい。グローバル実装は、当技術分野で知られているクラウドベースのシステム、又は組織化されたコンテンツ構造の一部が複数のコンピューティングシステム上に存在する可能性がある分散システムを含むことができる。ローカルの組織化されたコンテンツ構造のためのストレージは、ハードディスクドライブなどのユーザー自身のクライアントデバイス上に物理的に実装されてもよく、又はクラウドベースのストレージなどネットワーク経由でリモートサービスを使用して仮想的に実装されてもよい。さらに、ローカルの組織化されたコンテンツ構造は、グローバルの組織化されたコンテンツ構造と同様の意味論的組織を含み得るが、ローカルの組織化されたコンテンツ構造は、ユーザーの特定の目的のために保持されるコンテンツ項目を含み得る。
【００２６】
本発明の実施形態は、ワールドワイドウェブ上で動作するウェブクローラなどから取得された文書を保持及び索引付けするデータベースなど、サイズが小さいか又は中程度の文献のリポジトリ、ならびに最大の分散型文献リポジトリに適用することができる。本発明の実施形態は、化学構造に関する文献を見つけるためのより制御された対話型アプローチをユーザーに提供する。実施形態は、クエリを使用して文献を検索し、対話型メニューの階層又はユーザーインターフェース内のフォルダなどの組織構造を単独で又は組み合わせてナビゲートする様々な様式を提供する。
【００２７】
Ｃｈｅｍｓｃａｐｅツールの概要
本発明の実施形態は、医療データ、規制承認、法的情報（特許情報を含む）を含む構造に関する多種多様な情報を提供する目的で、特定のユーザーに対して検索エンジンを提供することができる。検索エンジンは、構造類似性に基づいてグループ化された化学構造、及びこれらの化学構造の１つ以上に何らかの形で関連する追加の文献の出力を生成するように構成されている。即ち、ユーザーは、既知の化学構造又は関連化学構造に関する文献情報を求め、２次元及び３次元可視化ツールを使用してその情報をナビゲートすることができる。ユーザー活動に応答して、Ｃｈｅｍｓｃａｐｅツールは、データベースの集合を検索してもよく、以下にさらに論じる様々な既知の検索技術に基づいて、このツールは、既知の化学構造及びその関連文献に関連する、又は類似する追加の文献又は化学構造を識別してもよい。化学構造類似性の決定は、任意の既知の文書セットを他のコンテンツ項目と組織化して関連付けるために他のユーザーが組織化されたコンテンツ構造内で行った行動に基づいて任意に行うことができる。
【００２８】
本発明の実施形態は、上記の例で論じたような関連基準、ならびに以下に説明するようなより複雑な関係基準を使用して、このように類似の化学構造及び関連文献を提供するためのシステム、方法、及び装置に関する。
【００２９】
本発明はまた、対応する非化学（特許、法的及び医療データ）記録と共に化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法を含む。この方法は、以下のステップａ〜ｂを含む。ステップａでは、コンピューターシステムのプロセッサによってディスプレイ上に生成されたユーザーインターフェースを使用して、データベースからターゲット化学構造を選択／入力する。ユーザーインターフェースは、データベースにリンクされた特許関連検索エンジンに関連付けられ、検索エンジン及びデータベースは、コンピューターシステムの第１メモリ又は遠隔に配置された第２メモリのいずれかにホストされる。ステップｂでは、データベースから前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録を取得して、ユーザー入力方法及び第１メモリ又は第２メモリに記憶されている化学記録の第１データセットからプロセッサを介して２Ｄマップを作成する。
【００３０】
Ｃｈｅｍｓｃａｐｅツールは、特許及び他の文献内及びそれらの全体にわたる化学構造検索に基づき化学空間を可視化するための新たなツールを組み込んでいる。この化学ランドスケーピングツールは、化学構造をそれらの構造の類似性に基づいて２Ｄ平面上に正方形として配置する分析システム、方法及び装置である。互いに最も類似している化学構造は、互いに近くあることが発見される。化学構造の変化が大きければ大きいほど、互いの距離は遠くなる。この計算は、数千の構造にわたって掛け合わされて、構造の選択をグループにまとめることができる方法のグラフィカル表現を与える。
【００３１】
類似の化学構造のグループ化を反映しているこれらの代表的な正方形をクリックすると、構造を表示し、その特性を説明し、多種多様な公開資料（一部の材料は所有権のあるデータベースでのみ入手可能である）に関する情報を提供しそれらにリンクするツールが開く。公開資料は、科学文献、特許ファミリー情報を含む特許資料、医療及び規制情報（以後集合的に「文献」と呼ばれ、選択された関心のある構造のいずれかに言及する）を含む。
【００３２】
次に３Ｄレイヤーが追加される。３Ｄレイヤーは、配置された正方形（化学構造を表す）を含み、ツール内で３Ｄカラムとして表される。一例では、カラムの高さは、対応する化学構造について言及している個々の「文献」論文の数を表す。別の例では、カラムの高さは、対応する構造を含むデータソースの数を表す。別の例では、カラムの高さは、対応する構造がそれらの化学構造の類似性によりグループ化されたタンパク質又は他の化学物質を表す。
【００３３】
この「Ｃｈｅｍｓｃａｐｅ」ツールは、対応する化学構造について言及している「文献」が時とともにどのように発行されているかについての動的な概観を示すために動画化することができる。これは、構造について言及している「文献」の公開日を反映した３Ｄカラムを含み、タイムラインの長さが増すにつれてカラムの高さが増す。
【００３４】
２Ｄ正方形及び３Ｄカラムは、任意の実施形態において、クエリ構造、規制承認情報、臨床試験段階、状態、及び対応する化学構造情報のソースなど、データセットに関連する基礎化学構造に関する情報に基づいて強調表示することができる。他の任意の実施形態において、これらの正方形及びカラムはまた、特許分類コード、公開日、特許の出願日又は満了日、譲受人、正規化された譲受人、特許の発明者、及び化学構造について言及している科学的参考文献など、化学構造について言及している特許又は文献に関する情報に基づいて強調表示することができる。
【００３５】
この化学構造と関連情報の可視化ツールに加えて、「文献」テキスト内のキーワード検索、又は「文献」メタデータにわたる情報検索に基づいて、文献（関連する特許及び科学的参考文献を含む）にわたって検索することができる。任意の実施形態において、検索クエリを入力すると、対応する「文献」の精緻化に基づいて３Ｄカラムの高さが変わり、化学構造について言及する精緻化された「文献」結果の数が反映され、ユーザー入力クエリ精緻化情報に基づいて結果が認定される。
【００３６】
本システム、方法、及び装置は、それらの化学構造の類似性及び関連する文献に基づいて化学構造のグループ化を反映する新規な２次元マトリックスを提供し、ユーザーは、グループ化された化学構造とともに分析して、それらの法的な、規制の、及び医学的な状態をよりよく理解することができる。
【００３７】
任意の実施形態では、選択は、ターゲット化学構造に関して第１セットの分子類似性を決定するための第１方法を使用して、プロセッサを介して起動されたメニュー／又は自動化機能を介して行われる。この方法は、化学構造間のタニモトスコアリング及びフィンガープリンティング、意味的類似性、又は形状類似性を少なくとも含む。
【００３８】
任意の実施形態では、生成は、選択された類似性決定方法を用いて類似の化学構造記録の第１非線形クラスタリングマップを提供するように、プロセッサを介して行われる。
【００３９】
さらに、結果は、任意にコンピューターの画面に表示され、そして類似の化学構造の第１グラフィック分布方法に従って２ｄマップとして平面上に化学構造記録の第１非線形クラスタリングを反映する。
【００４０】
他の実施形態では、得られた結果は、第１又は第２のメモリに提供され且つ化学構造類似記録の２Ｄマップにリンクされたソース／ライブラリからの単一又は複数のユーザー選択非化学二次データセット記録を含む。
【００４１】
ツールはまた、非化学二次データセット記録を化学構造の２Ｄマップに同時かつ視覚的にリンク関連付けるように、グラフィック要素の３Ｄマップとして、２Ｄマップ化学構造に関連する選択可能な二次データセット記録を任意に配置及び表示してもよい。ツールは、検索エンジンを出て二次データセット記録にアクセスして可視化することなく、特定の選択可能なタスクに従って二次データセット記録をさらに表示してもよい。記録は、３Ｄ立方体状、円柱状又は他の形状のバーとして表示されてもよい。３Ｄバーの高さは、二次データ記録の数を表す。
【００４２】
ユーザーはまた、入力又はポインティング装置を介して１つ又は幾つかの選択グラフィック要素をクリックすることによって、３Ｄマップを介して２Ｄマップの化学記録にリンクされた二次非化学データセット記録にアクセスしてもよい。
【００４３】
Ｃｈｅｍｓｃａｐｅツールで利用可能な文献
本発明の実施形態によって提供される検索結果は、以下のデータオブジェクト、データベース、又は情報エンティティに作用してもよいが、これらのリストは、他の類似のデータ項目も含まれ得るので限定することを意図しない。
【００４４】
１）上記のように、コンテンツ項目（「コンテンツ」又は「項目」と呼ばれることもある）は、個別の情報リソースである。コンテンツ項目は、例えば、参照として（例えば、Ｕｎｉｆｏｒｍ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｌｏｃａｔｏｒ、「ＵＲＬ」によって）指定され格納されることができるウェブページ又はウェブページの他の構成要素とすることができる。コンテンツ項目はまた、ビデオ、音声ファイル、画像、及びあらゆる種類のドキュメントにすることもできる。ドキュメントは、ＰＤＦファイル、ワードプロセッシングファイル  （例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｗｏｒｄ）、スプレッドシート（例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ）、プレゼンテーションファイル（例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＰｏｗｅｒＰｏｉｎｔ）、グラフィックファイル、ソースコードファイル、実行可能ファイル、データベース、メッセージ、設定ファイル、データ・ファイルなどを含む。コンテンツ項目は、実施形態のいずれかによって実施されるシステムのユーザーによってアクセス、レビュー、修正及び保存することができる。
【００４５】
２）データベースは、特許出願、公開された特許、付与された特許、特許ファミリー、特許ターミナルディスクレーマーに関する情報、特許の有効性又は侵害、特許請求の範囲の解釈、特許期間の調整及び延長に関する法的決定及びオプション、特許に関する規制活動（規制承認、希少疾病用医薬品、及び新たに承認された用途による遅延のための特許期間の調整）、有害事象、承認された使用及び治療に関する医学情報、ならびに医学及び科学文献データベースを含む。
【００４６】
システムの実施形態
本発明のシステムは、ユーザーに情報をレンダリングするため、及び／又はユーザーから情報を要求するための任意の装置及び／又は手段を含んでもよい。ユーザーインターフェースは、テキスト要素、グラフィカル要素、オーディオ要素、ビデオ要素、動画要素、及び／又はハプティック要素のうちの少なくとも１つを含む。テキスト要素は、例えば、プリンター、モニター、ディスプレイ、プロジェクターなどによって提供することができる。グラフィカル要素は、例えば、モニター、ディスプレイ、プロジェクター、及び／又は光、フラグ、ビーコンなどの視覚的指示装置などによって提供することができる。オーディオ要素は、例えば、スピーカー、マイクロフォン、及び／又は他の音声発生及び／又は受信装置によって提供することができる。ビデオ要素又は動画要素は、例えば、モニター、ディスプレイ、プロジェクター、及び／又は他の視覚装置によって提供することができる。
【００４７】
ユーザーインターフェースは、例えば、１つ以上の文字、数字、記号などの１つ以上のテキスト要素を含むことができる。ユーザーインターフェースは、例えば、画像、写真、図面、アイコン、ウィンドウ、タイトルバー、パネル、シート、タブ、引き出し、マトリックス、テーブル、フォーム、カレンダー、外観図、フレーム、ダイアログボックス、スタティックテキスト、テキストボックス、リスト、ピックリスト、ポップアップリスト、プルダウンリスト、メニュー、ツールバー、ドック、チェックボックス、ラジオボタン、ハイパーリンク、ブラウザ、ボタン、コントロール、パレット、プレビューパネル、カラーホイール、ダイヤル、スライダ、スクロールバー、カーソル、ステータスバー、ステッパー、及び／又は進行状況のインジケーターなどの１つ以上のグラフィカル要素を含むことができる。テキスト要素及び／又はグラフィカル要素は、外観、背景色、背景スタイル、境界線のスタイル、境界線の太さ、前景色、フォント、フォントスタイル、フォントサイズ、配置、行間隔、インデント、最大データ長、検証、クエリ、カーソルの種類、ポインタの種類、自動サイズ調整、位置、及び／又は寸法などの選択、プログラミング、調整、変更、指定などのために使用することができる。ユーザーインターフェースは、例えば、音量制御、ピッチ制御、速度制御、音声セレクタ、及び／又はオーディオ再生、速度、一時停止、早送り、巻き戻しを制御するための１つ又は複数の要素などの１つ以上のオーディオ要素を含むことができる。ユーザーインターフェースは、例えば、ビデオ再生、速度、一時停止、早送り、巻き戻し、ズームイン、ズームアウト、回転、及び／又は傾斜などを制御する要素などの１つ以上のビデオ要素を含むことができる。ユーザーインターフェースは、例えば、動画再生、一時停止、早送り、巻き戻し、ズームイン、ズームアウト、回転、傾斜、色、強度、速度、頻度、外観などを制御する要素などの１つ以上の動画要素を含むことができる。ユーザーインターフェースは、例えば、触覚刺激、力、圧力、振動、動き、変位、温度などを利用する要素などの１つ以上のハプティック要素を含むことができる。
【００４８】
本発明は、ハードウェア、ソフトウェア、又はハードウェアとソフトウェアの組み合わせで実現することができる。本発明は、１つのコンピューターシステム内で集中的に、又は異なる要素が幾つかの相互接続されたコンピューターシステムにわたって分散される分散型で実現することができる。本明細書に記載の方法を実行するのに適した任意の種類のコンピューターシステム又は他の装置が適している。ハードウェアとソフトウェアの典型的な組み合わせは、ロードされ実行されると、本明細書に記載された方法を実行するようにコンピューターシステムを制御するコンピュータープログラムを有する汎用コンピューターシステムであってもよい。
【００４９】
使用方法
医薬品ＺＥＴＩＡの話と、ａ）新薬を開発するために類似の化学構造を見つけるため、ｂ）特許記録及び医療記録からのデータを使用して研究者が新薬を開発することを支援するため、及び訴訟を回避するためにＣｈｅｍｓｃａｐｅツールを使用する必要性とは、本発明の新規性及び独自性を実証する。
【００５０】
医療関連特許は、企業に新しい有用な発見への投資を保護する方法を保証することによってイノベーションを促進するための重要なビジネスツールを表す。また、そのような企業は、特許ライセンス交渉を通じて、第三者の関心のある特許から得られる他の有益な開発にアクセスすることができる。
【００５１】
医薬品に付与され関連する特許は、ＦＤＡの規制、及びいわゆる医療ブランド企業（ＢＣ）とジェネリック企業との間の継続的な法的紛争を考慮すると、より厳しいチャレンジに直面している。
【００５２】
よく知られているように、ブランドのような企業によって開発された特許の存続期間が満了に近づくと、ジェネリックのような企業はすでにその特許に記載され請求されている同一の医薬品を製造及び販売する準備ができている。
【００５３】
よく知られているように、ブランドのような企業（ＢＬＣ）によって出願された特許出願が公開されると、他のブランドのような企業又はジェネリックのような企業は、それらの特許を「回避して設計する」か、又は「類似の化学構造」を見つけることによって新薬を開発するか、又はこれらの新薬の特許を取得し、そのような公開を先行技術として回避するようにする。
【００５４】
医薬品に関する特許文献及び非特許文献は非常に広範囲であり、新たなデータや文献の量は、将来的に増えていく。
【００５５】
新たな医薬品を開発し、将来の開発における潜在的な活性医薬成分としての様々な化学構造の追求に関連する多種多様なリスクを特定するために、Ｃｈｅｍｓｃａｐｅのようなツールにより化学構造間の類似性を判定する精度及び速度の向上が必要である。
【００５６】
新たな化学構造が発見された場合、又は既知の化学構造を新薬に使用する必要がある場合、すべての研究、特許、法律、医療などの基準と規則を満たすように、すべての関連する化学データ、特許、及び医療データを自動的に収集、処理、及び表示するためのツールが必要である。
【００５７】
他の分野とは異なり、新薬の開発は多くの規制に従う必要があるが、最も重要なことは特許訴訟を回避する必要があることである。
【００５８】
本開示は特定の実施形態及び用途を提供するが、本明細書に記載のすべての特徴及び利点を提供しない実施形態を含む当業者に明らかな他の実施形態も本開示の範囲内である。
【００５９】
既に述べたように、本発明は、コンピューター可読記憶媒体又はデバイスなどのコンピュータープログラム製品に組み込むことができる。前記コンピューター可読記憶媒体又はデバイスは、コンピューターシステムにロードされたときに本明細書に記載の異なる方法を実行することができる。本コンテキストにおけるコンピュータープログラムは、任意の言語、コード又は表記法で、命令のセットの任意の表現を意味する。命令は、情報処理能力を有するシステムに、特定の機能を直接又はａ（他の言語、コード、又は表記への変換）とｂ（異なる資料形式での再生）のいずれか一方もしくは両方の後に実行させることを意図する。
【００６０】
前述の開示は単に本発明を説明するために記載されたものであり、限定的であることを意図しない。本発明の趣旨及び意図する範囲から逸脱することなく、修正、変更、及び追加の実施形態が上記の教示によって及び添付の特許請求の範囲内に含まれることを理解されよう。他の論理はまた、例示的な実施形態の一部として提供されてもよいが、本発明を曖昧にしないようにここでは省略される。
本発明の趣旨及び本質を組み込んだ開示された実施形態の修正は当業者に想起され得るので、本発明は添付の特許請求の範囲及びその同等物の範囲内のすべてを含むと解釈されるべきである。
【００６１】
以下の実施例は更なる実施形態に関する。実施例における詳細は、１つ又は複数の実施形態のどこでも使用することができる。
【００６２】
実施例１は、対応する非化学（特許、法的及び医療データ）記録と共に化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法である。この方法は、以下のステップａ〜ｂを含む。ステップａでは、コンピューターシステムのプロセッサによってディスプレイ上に生成されたユーザーインターフェースを使用して、データベースからターゲット化学構造を選択／入力する。ユーザーインターフェースは、データベースにリンクされた特許関連検索エンジンに関連付けられ、検索エンジン及びデータベースは、コンピューターシステムの第１メモリ又は遠隔に配置された第２メモリのいずれかにホストされる。ステップｂでは、データベースから前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録を取得して、ユーザー入力方法及び第１メモリ又は第２メモリに記憶されている化学記録の第１データセットからプロセッサを介して２Ｄマップを作成する。
【００６３】
実施例２は、特許記録、法的記録及び医療記録を含む対応する非化学データと共に化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法である。この方法は、以下のステップａ〜ステップｈを含む。ステップａでは、コンピューターシステムのプロセッサによってディスプレイ上に生成されたユーザーインターフェースを使用して、データベースからターゲット化学構造を選択／入力する。ユーザーインターフェースは、データベースにリンクされた特許関連検索エンジンに関連付けられ、検索エンジン及びデータベースは、コンピューターシステムの第１メモリ又は遠隔に配置された第２メモリのいずれかにホストされる。ステップｂでは、データベースから前記ターゲット化学構造に関連する化学構造記録を取得して、ユーザー入力方法及び第１メモリ又は第２メモリに記憶されている化学記録の第１データセットからプロセッサを介して２Ｄマップを作成する。ステップｃでは、ターゲット化学構造に関して第１セットの分子類似性を計算又は評価するように、プロセッサを介して起動されたメニュー／自動化機能を介して第１方法を選択する。前記方法は、タニモトスコアリング（Ｔａｎｉｍｏｔｏ  Ｓｃｏｒｉｎｇ）及びフィンガープリンティング（Ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ）、意味的類似性又は形状類似性のうちの少なくとも１つを含む。ステップｄ）では、プロセッサを介して、選択された類似性方法を用いて類似の化学構造記録の第１非線形クラスタリングマップを生成する。ステップｅ）では、類似の化学構造の第１グラフィック分布方法に従って２ｄマップとして平面上に前記化学構造記録の第１非線形クラスタリングをコンピューターの画面に表示する。ステップｆ）では、第１又は第２のメモリにホストされ、化学構造類似記録の２Ｄマップにリンクされたソース／ライブラリから単一又は複数のユーザー選択の非化学二次データセット記録を取得する。ステップｇ）では、２Ｄマップ化学構造に関連する選択可能な二次データセット記録をグラフィック要素の３Ｄマップとして配置し表示して、非化学二次データセット記録を化学構造の２Ｄマップに同時かつ視覚的にリンク関連付ける。ステップｈ）では、入力又はポインティング装置を介して１つ又は幾つかの選択グラフィック要素をクリックすることによって、３Ｄマップを介して２Ｄマップの化学記録にリンクされた二次非化学データセット記録にアクセスする。
【００６４】
実施例３は、実施例２の化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法を含み、二次データセット記録にアクセスし可視化するために検索エンジンを出ることなく、特定の選択可能なタスクに従って二次データセット記録を表示するステップをさらに含む。
【００６５】
実施例４は、実施例２の化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法を含み、分子類似性／非類似性を評価するように方法を変えることによりステップｃを繰り返すステップをさらに含む。
【００６６】
実施例５は化学構造類似性を自動的に計算し、マッピングし、アクセスする方法であり、ここで、３Ｄマップは、化学情報を同時に、含まれた非化学データを少なくとも部分的に開いて視覚化するために使用される。
【００６７】
以下の例では、化学構造に基づく検索方法を例示的に説明する。図１は、本発明の実施例に係る例示的な方法の模式的なブロック図である。図１に示すような検索システムは、様々なデータソース及びウェブサーバ１０３を含む。データソースは、法的情報１０１、公開文献１０２、公開データベース１０４、化学会社データベース１０５、及び薬品情報データベース１０６を含み得る。薬品情報データベース１０６は、一次データ構造１０７及び補助データ構造１０８を含み得る。ウェブサーバ１０３は、プロセッサ１１０及びメモリ１１１を含む。メモリ１１１は、入力モジュール１１２、検索モジュール１１３、及び提示モジュール１１４を含み得る。本システムは、上記データソースからのデータを統括して、システムのウェブサーバ１０３における各モジュールの共同作用下で、インターネットベースの化学構造検索サービスをユーザーに提供する。このシステムは、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステム及びＰａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｓｃａｐｅシステムと協働する。
【００６８】
図２は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な特許出願の代表的な抜粋である。図２は、特許番号がＵＳ  ＲＥ４２，４６１Ｅである米国特許を示す。本発明の実施例の検索装置及びシステムは、意味解析の技術を使用して、その特許から化学名詞を抽出し、化学名詞を化学構造に変換することによって、化学構造に基づく検索を実現する。幾つかの実施例では、その特許から化学構造を直接抽出することもできる。
【００６９】
図３は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な裁判所文書の代表的な抜粋である。図４は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な米国食品医薬品局（ＦＤＡ）書簡の代表的な抜粋である。図５は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な薬物の排他的有効期限に関する公開情報の代表的な抜粋である。図６は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な規制承認及び薬物の排他性情報を反映する公開情報のスクリーンショットである。上記図３〜図６において、図２に示す米国特許第ＵＳ  ＲＥ４２，４６１Ｅ号における化学構造に関連する検索可能な法的文書、ＦＤＡ書簡、薬物の排他的有効期限に関する公開情報、並びに規制当局の承認及び薬物の排他性情報を反映する公開情報などの情報が例示的に挙げられた。これらの情報は、本検索システムに関連するデータソースから検索され得る。
【００７０】
上記図１〜図６からわかるように、本発明の実施例の検索装置は、化学構造に関する少なくとも１つの化学構造データベース及び公開文献に関する少なくとも１つの公開文献データベースに関連する。
【００７１】
図７は、本発明の実施例に係る智慧芽化学ツールの検索ページのスクリーンショットである。ユーザーは、使用する端末機器のユーザーインターフェースを介して、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステムから智慧芽化学ツールＰａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌの検索ページに移動する。図１を参照すると、そのＰａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学ツールは智慧芽のＰａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステム及びＰａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｓｃａｐｅシステムに接続することができる。Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｓｃａｐｅは、智慧芽の化学特許マップツールであり、化学構造に関するマップデータ情報を示すために使用される。
【００７２】
図８〜図１２は、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステムによって特許マップを生成する例を示す。図８は、本発明の実施例に従って実行される例示的な検索のスクリーンショットの抜粋である。例えば、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステムを使用して特許ＵＳ５，７６７，１１５を検索すると、特許ＵＳＲ４２４６１を含む、その特許のファミリー特許をすべて見付けることができる。図９は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能なサンプル特許及び関連特許情報のスクリーンショットの抜粋である。図９に示すように、特許ＵＳＲ４２４６１の特許情報、要約などの情報が示される。図１０は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な、サンプル特許に関連するサンプル法的情報のスクリーンショットの抜粋である。図１１は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な、特許ファミリーに関連特許マップのスクリーンショットの抜粋である。図１１に示すように、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステムでは、特許ファミリー間の関係はツリー構造で表示され、各特許の法的状態の情報は、シンプルファミリー、拡張ファミリー、及びＩＮＰＡＤＯＣファミリーに従って結合することができる。図１２は、本発明の実施例に係る例示的な方法によって編成されたシンプル特許ファミリー及び特許引用図である。図１２に示すように、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓシステムでは、ある特許（例えばＵＳＲ４２４６１）がどの特許によって引用されているか、及び他のどの特許を引用しているかを、シンプルファミリー、拡張ファミリー、及びＩＮＰＡＤＯＣファミリーに従って合併することができる。
【００７３】
図１３は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な化学構造情報の代表的な抜粋である。図１３に示すように、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学構造検索ページが示され、同図の左上隅のターゲット化学構造に基づいて関連化学構造を検索した検索結果ページが示される。例えば、ｚｅｔｉａの化学構造に基づいて類似構造を検索すると、検索結果ページは、ｚｅｔｉａの構造図、別名のＥＺＥＴＩＭＩＢＥ、及びｚｅｔｉａと類似な構造を有する関連特許状況などの情報を含む。前記関連特許情况は、類似構造の構造図、ターゲット化学構造ｚｅｔｉａに対する類似構造の類似性、類似構造の別名、及びその類似構造を用いた再検索などを含む。検索結果は、化学的属性及び特許属性と組み合わせて、左側の欄で二次フィルタリングすることができる。前記化学的属性は、構造タイプ、臨床研究段階、分子量、ＡＴＣコードなどを含むが、それらに限定されない。前記特許属性は、出願（特許権）者、ＩＰＣ分類番号、ＣＰＣ分類番号などを含むが、それらに限定されない。
【００７４】
図１４は、本発明の実施例に係る例示的な方法により実行することができる化学構造検索のスクリーンショットの抜粋である。図１４は、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学構造検索のトップページを示す。まず、ユーザーは、化学名称を直接入力するか、又は化学構造式の図をアップロードすることができ、また、構造エディタを用いて化学構造を編集及び修正することもできる。入力及び編集の同時に、システムは、システムに記憶されている化学構造の関連情報をプレビューとしてリアルタイムで表示する。
【００７５】
図１５は、図１４で実行された検索を反映する化学構造のスクリーンショットの抜粋である。図１６は、図１４で実行された化学構造検索に関する情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。図１５に示すように、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学構造検索トップページの検索ボックスに化学名称（例えば、薬品名称ｚｅｔｉａ）を入力すると、入力されたｚｅｔｉａに対応する化合物の構造が自動的に編集ボックスに表示される。図１５の右下隅のプレビューボタンをクリックすると、例えば、図１６のスクリーンショットの下方に示すように、化学名称、別名、化学式などを含む、システムに記憶されているその化合物の関連情報が表示される。
【００７６】
図１７は、図１５に反映された化学構造に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。図１７を参照すると、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学構造検索トップページでは、ユーザーによって入力されたターゲット化学構造に対して、システムは化学構造に関する検索を行うことができる。例えば、図１７のスクリーンショットの下方に示すように、正確な構造検索、類似構造検索、サブ構造検索、及び超構造検索が含まれてもよく、化学構造に関する特許文献も直接閲覧されてもよい。
【００７７】
図１８は、図１７に反映された分析ツールを使用して実行された検索を反映するスクリーンショットの抜粋である。図１８に示すように、図１７に示される化学構造式に基づいて類似構造検索を実行した後の結果ページが示され、それは、ターゲット化学構造に関する化学構造式、対応する別名、及び関連する特許状況を含む。
【００７８】
図１９は、図１４で実行された検索に反映されたターゲット化学構造に関連すると考えられる化学構造を反映するスクリーンショットの抜粋である。図１９に示されるスクリーンショットにおいて、検索結果は、化学構造や特許属性などの情報と組み合わせて二次フィルタリング、即ち、関心のある化学構造又は特許情報の二次検索を行ってもよい。例えば、図１４でフォーミュレーション検索が行われ、即ち、得られた２１１５５個の検索結果は、ＥＺＥＴＩＭＩＢＥとともに化学物質を構成する成分を含むすべての特許であり、これらの各成分に関連する特許を示す。その後、分子量及びタイトル＋要約の方式で二次フィルタリングを行う。例えば、ＥＺＥＴＩＭＩＢＥとともに化学物質を構成する成分ＣＨＯＬＥＳＴＥＲＯＬに対して、分子量及びタイトル＋要約の方式で二次フィルタリングを実行すると、１８，９４３件の特許が分子量及びタイトル＋要約の方式で二次フィルタリングを実行した後の正確な結果に属し、図１４でフォーミュレーションに基づいて検索されたＣＨＯＬＥＳＴＥＲＯＬに関する特許の総数６６２，９４２の３％を占める。
【００７９】
図２０は、図１６に反映された化学構造を用いて実行された特許文献検索を反映するスクリーンショットの抜粋である。図２０に示すように、図１６に示される化学構造式を検索した後、２２，４４２件の関連特許が検査された。そのページの最右側には、これらの関連特許から抽出されたキーワードのワードクラウドが示されるので、これらのキーワードを検索条件として二次フィルタリングを実行することができ、図２１に示すような結果が得られる。図２１は、図２０の特許文献検索の結果を反映するスクリーンショットの抜粋である。この結果は、自然言語処理技術を用いてキーワードワードクラウドを抽出する。
【００８０】
図２２は、本発明の実施例に係る例示的な方法によってアクセス可能な化学構造情報の代表的な抜粋である。図２２に示すように、このＰａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ化学構造検索のトップページでは、ユーザーによってクエリされるターゲット化学構造に対応するダッシュボード分析（Ｄａｓｈｂｏａｒｄ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）をワンクリックで生成することができる。図２３は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な様々な分析ツール及びデータ概要を反映するスクリーンショットの抜粋である。図２３に示されている様々な分析ツール及びデータ概要は、図２２のワンクリックで生成されたダッシュボード分析ボタンをクリックすることによって表示される。分析ツール及びデータは、検索される化学構造の基本情報、関連特許の数、関連特許のキーワードワードクラウド、類似化学構造の３Ｄマップ、類似化合物の毒性状況、関連特許のＩＰＣ分布、ならびに関連会社の特許ランキング及び年間変化傾向などを含み得る。
【００８１】
図２４は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデルのスクリーンショットの抜粋である。図２４に示すように、３Ｄマップは、検索されるターゲット化学構造に関連する化学構造に関する特許の数を示す。この図では、各カラムは１つの化学構造を表し、カラムの高さは、その化学構造の特許数であり、３Ｄマップにおいて選択された化学構造に対する二次フィルタリングをサポートする。
【００８２】
図２５は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な３次元モデルに反映された化学構造の分析に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。図２５に示すように、３Ｄマップは、化学構造とターゲット化学構造との間の類似性を示す。図に示すように、カラムの色は化学構造の類似性を表す。カラム子の色が濃いほど、カラムによって表される化学構造とユーザーによってクエリされるターゲット化学構造との類似性が高く、カラムの色が薄いほど、カラムによって表される化学構造とユーザーによってクエリされるターゲット化学構造との類似性が低い。
【００８３】
図２６は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の２次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である。図２６に示すように、図２５に示される３Ｄマップも２Ｄマップのモードに変換することができる。同図では、化学構造に関連する特許の幾つかの特許情報、例えば、訴訟情報、許可情報、及び特許の価値情報も示される。
【００８４】
図２７は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な類似の化学構造の集合の分析に関する分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。図２８は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な類似の化学構造の集合の分析に関する、グループ化された化学構造のリストならびに関連する特許及び化学構造の情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。一実施例では、図２７の囲まれた領域を選択して更なる研究を行う。このとき、ページの左側にリストが現れ、囲まれた領域内の関連化学構造を示す。選択された関連化学構造をさらに分析することができ、図２７の右下方に示すように、選択された化学構造に対して新たなマップを作成して表示及び分析し、構造を見たり、ラボベンチ（ＬａｂＢｅｎｃｈ）に保存したりすることができる。図２８に示すように、関心のある関連化学構造を選択すると、ページの右側にその選択された化学構造の構造式、化学名称、特許数などの情報が表示される。右側に表示された特許数をクリックすると、具体的な特許を見ることもできる。
【００８５】
図２９は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造のグループに関連する特許関連情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。図２９に示すように、図２８に示される特許カウント（Ｐａｔｅｎｔ  Ｃｏｕｎｔ）をクリックすると、ページは、Ｐａｔｓｎａｐ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓの特許検索結果ページに移動して、詳細な特許情報、例えば、特許番号、特許の法的状態、特許タイトル、特許権者、出願時間、特許ファミリーなどの情報を表示する。同時に、これらの特許に対して、例えば、各次元の高度な分析チャート、特許３Ｄマップ分析、ビジネスインテリジェンスのＩｎｓｉｇｈｔｓ報告などの更なる分析を行うことができる。
【００８６】
図３０は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル及び関連する化学構造識別情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。図３１は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル、ならびに関連する化学構造識別及び特許情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。図３２は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル、ならびに関連する化学構造識別及び特許情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。前記化学構造の３次元モデルは、グループ化された化学構造のリストを反映する。図３０に示すように、左側にリストされている化学構造のうちの１つをクリックすると、その化学構造に対応する３Ｄカラムは、マップにおいて強調表示され、ここでは、丸で囲まれている。図３１及び図３２に示すように、囲まれた範囲内のある３Ｄカラムをクリックすると、対応する化学構造の構造情報及び特許情報を表示することができる。図からわかるように、検索された他の化学構造とユーザーによってクエリされるターゲット化学構造との間の距離が短いほど、類似性が高い。
【００８７】
図３３は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許グループ化情報、規制承認情報、及び特許分類情報を反映するスクリーンショットの抜粋である。図３４は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な関連する化学構造についての国際分類グループのリストを反映する化学研究構造の３次元モデルを反映するスクリーンショットの抜粋である。示された３Ｄマップにおいて、二次データセット検索を行うために、検索結果はＩＰＣに基づいてさらにグループ化されてもよい。
【００８８】
図３５は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な化学構造の３次元モデル及び特許検索メニューを反映するスクリーンショットの抜粋である。図３６は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な特許検索結果の分析結果を反映するスクリーンショットの抜粋である。図に示すように、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌは、特許情報に基づく二次検索もサポートする。即ち、二次データセットは、特許名称、要約、明細書、特許請求の範囲、法的状態、開示日、特許権者などの情報を含み得る。
【００８９】
図３７は、本発明の実施例に係る例示的な方法と一緒に使用できる様々な例示的な検索操作及び方法のチャートである。図では、Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌのユーザー検索ワークフローの例を示す。
【００９０】
図３８は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な構造エディタを反映するスクリーンショットの抜粋である。図３９は、本発明の実施例に係る例示的な方法によりアクセス可能な構造エディタ及び追加の構造分析ツールを反映するスクリーンショットの抜粋である。図に示すように、生成された３Ｄマップ上で、ユーザーは追加の化学構造の名前を更に入力するか又は直接にエディタを使用して追加の化学構造を描くことがさらに支援される。そして、システムは、生成された３Ｄマップ上の化学構造とユーザーによって追加された化学構造との間の類似性を自動的に計算して新たな３Ｄマップを生成する。
【００９１】
図４０は、本発明の実施例に係る装置を使用して化学構造に関与する検索及び分析を実施する例示的な方法の模式図である。図４１は、本発明の実施例に係る装置を使用して化学構造に関与する検索及び分析を実施する例示的な方法の模式図である。
【００９２】
図４２は、本発明の実施例に係る化学構造に関与する検索及び分析を実施する、並びに３次元可視化ツールを使用する例示的な方法の模式図である。ここで、特許譲受人名、技術コード、構造的分子量範囲、臨床試験段階、特許文献のタイプなど、ユーザーが選択できる二次データソース情報が詳細に挙げられた。
【００９３】
図４３は、本発明の実施例に係る３次元可視化ツールを使用して化学構造に関与する検索及び分析を実施した結果としての例示的な出力の図である。この図において、検索及び分析に使用できる化学構造の幾つかのソースが例示されている。例えば、化学ランドスケーピングツール４３１は、ユーザー定義の構造検索クエリ４３２から直接、個々の化学記録４３３から、リンクされた化学構造を有するユーザー定義の電子文書４３２から直接受け取ることができ、ユーザー定義の化学構造検索からの結果４３５、及びユーザー定義の化学品保存リスト４３６を検索することができる。
【００９４】
図４４は、本発明の実施例に従って検索及び分析された例示的なデータソース及びデータセットを反映する図である。Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌのデータソースは、１億を超える有機／無機化合物データ４４１、１００を超える管轄区域からの１億を超える特許データ４４２、５つの地域（米国、中国及びヨーロッパを含む）からの医薬品規制承認データ４４３、並びに米国及びヨーロッパの臨床試験情報を含むターゲット的な薬品の開発データ４４４を含み得る。
【００９５】
図４５は、本発明の実施例に係る２次元又は３次元可視化ツールを使用して化学構造に関与する検索及び分析の結果をプロセス及び出力するために使用される例示的なシステム及び構成要素のセットを反映する図である。Ｐａｔｓｎａｐ  Ｃｈｅｍｉｃａｌのアーキテクチャは、クラウドベースのサービスである。そのシステムは、データバス４５０１、ＣＰＵ  ４５０２、メモリ４５０３、入力機器４５０４、出力機器４５０５、２Ｄマッピングモジュール４５０６、補助ストレージ４５０７、通信インタフェース４５０８、他の構成要素４５０９、及び３Ｄマッピングモジュール４５１０を含み得る。各モジュール間の接続関係は図４５に示される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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