(57)【要約】  対象における全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）又は強皮症を診断するための方法及びキットが提供される。特に、本発明は対象におけるＳＬＥ又は強皮症を診断するのに有用な特異的抗体反応性プロファイルに関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び強皮症から選択される自己免疫疾患を診断する方法であって、
（ｉ）ＥＢＶｐ１８、並びにＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原、から選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、並びに
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差が、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す、上記方法。
【請求項２】
対象がｄｓＤＮＡ抗体に対して陰性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
複数の抗原が、少なくとも３つの抗原を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
複数の抗原が、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
複数の抗原が、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
試料の前記反応性パターンが、増加したＩｇＧ反応性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
試料の前記反応性パターンが、減少したＩｇＧ反応性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
試料の前記反応性パターンが、増加したＩｇＧ反応性及び減少したＩｇＧ反応性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ２３及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す、請求項６又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原の減少したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す、請求項７又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１又はそれらのサブセットから選択される少なくとも１つの抗原に対する、前記試料中の抗体の反応性を決定するステップを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＧＳＴの有意に減少したＩｇＭ反応性、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＭ反応性、又はＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
対象におけるＳＬＥを診断する方法であって、
（ｉ）ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶｐ２３、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ及びＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、及び
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差が、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、上記方法。
【請求項１４】
複数の抗原が、ＥＢＶｐ１８、並びにＥＢＶｐ２３、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原、から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
複数の抗原が、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１を更に含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ２３、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１３から１５までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ１８に対して有意に減少したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に増加したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
対照試料の反応性パターンと比較して、ＧＳＴに対して有意に減少したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンが、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、血清、血漿及び血液からなる群から選択される、請求項１又は１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
対照が、少なくとも１つの健常な個体由来の試料、健常な個体のセットに由来する対照試料のパネル及び対照個体由来のデータの保存されたセットからなる群から選択される、請求項１又は１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数の抗原が抗原アレイの形態で使用される、請求項１又は１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原を含む、対象におけるＳＬＥ又は強皮症を診断するためのキット。
【請求項２４】
ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原を含む、対象におけるＳＬＥを診断するためのキット。
【請求項２５】
複数の抗原が、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１を更に含む、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
前記キットが、抗原アレイの形態である、請求項２３又は２４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２７】
複数の抗原に対する試料中の抗体の反応性を決定するための手段を更に含む、請求項２３又は２４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２８】
複数の抗原に対する異なる試料中の抗体の反応性パターンを比較するための手段を更に含む、請求項２３又は２４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２９】
ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項３０】
ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む抗原プローブセット。
【請求項３１】
ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１を更に含む、請求項３０に記載の抗原プローブセット。
【請求項３２】
請求項２９から３１までのいずれか一項に記載の抗原プローブセットを含む、物品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、対象における、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び強皮症などの自己免疫障害を診断するのに有用な特異的抗体プロファイルに関する。
【背景技術】
【０００２】
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、原型自己免疫疾患は、広範囲の自己抗体に関連している。ＤＮＡ、ヌクレオソーム、ヒストン、ウイルス抗原、転写因子及び追加のものを含む１００超の異なる抗原に対するＩｇＧ抗体が、異なるＳＬＥ患者において報告されている（Ｓｈｅｒｅｒら、２００４、Ｓｅｍｉｎ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｒｈｅｕｍ．３４：５０１−３７）。驚くべきことに、ＳＬＥの血清学的診断は存在せず、診断は、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）によって定義されている１１個の基準に基づいてなされる。これらの基準には、頬部発疹、円板状発疹、光過敏症、口腔潰瘍、関節炎、漿膜炎、腎障害、神経障害、血液障害（例えば、白血球減少症、リンパ球減少症、溶血性貧血又は血小板減少症）、免疫学的障害及び抗体異常（特に抗核抗体（ＡＮＡ）及び抗ＤＮＡ抗体）が含まれる（Ｔａｎら、１９９７、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  １９９７、４０：１７２５）。対象は、１１個の基準のうち少なくとも４個を満たせばＳＬＥと臨床的に診断され得る。それにも関わらず、ＳＬＥは４個未満の基準が存在する場合でさえも起こり得る。
【０００３】
ｄｓＤＮＡ、リン脂質及びＳｍタンパク質に対する抗核抗体及び自己抗体は、ＳＬＥを診断するために使用される１１個の基準（Ｔａｎら、１９９７、前記）の中にあるが、ＳＬＥと診断された多くの患者は、特に臨床的寛解にある場合、これらの自己抗体を欠いている。
【０００４】
本発明者らのいくつかのうちの国際特許出願公報番号ＷＯ１１／０９９０１２は、特異的抗体プロファイルを使用して、対象における全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断するための方法及びキットに関する。‘０１２公報は、とりわけ、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）に対して増加したＩｇＧ反応性を有する患者を開示している。特異的抗体プロファイルを使用した自己免疫疾患の診断を開示している更なる特許及び特許出願には、ＷＯ１０／０５５５１０、ＷＯ１２／０５２９９４、ＵＳ２００５／０２６０７７０及びＵＳ８０１０２９８が含まれる。更に、ＵＳ特許出願公開番号２０１２／０１２２７２０は、心血管疾患、例えば、個体における急性心筋梗塞プロセスの発症を認識することに関する。
【０００５】
Ｈｅｒｋｅｌら（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ、２００１、１７、６３−６９）は、ＳＬＥ患者が、抗ＤＮＡに加えて、ｐ５３のカルボキシ末端ドメインに対する抗体を産生することを報告した。特に、抗体反応性は損傷したＤＮＡに結合するｐ５３のカルボキシ末端ドメインに制限されたが、ｐ５３のアミノ末端由来の対照ペプチドの有意な認識はなかった。
【０００６】
強皮症（又は全身性硬化症）は、高い割合の罹患率及び死亡率を保持する内皮細胞損傷、線維芽細胞活性化、細胞外マトリクス（ＥＣＭ）蓄積及び異常な血管形成によって特徴付けられる自己免疫疾患である。死亡率の主な原因のうちの１つは、肺組織の線維症（間質性肺疾患）及び重度肺高血圧症である。強皮症の病因は不明確なままであるが、自己抗体を早期産生する標的器官に対する自己免疫反応並びに炎症性単核細胞浸潤後の器官機能の損失及び線維症に関与すると考えられている。主な標的器官は、皮膚、胃腸管、肺及び腎臓であるが、他の器官もまた、頻繁に関与する。広範な強皮症は、ＳＬＥを含む、他の自己免疫疾患と共に発生し得る。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
ＳＬＥ又は強皮症などの複雑な自己免疫疾患の臨床管理における最も困難な課題の１つは、患者における疾患の正確性及び早期発見である。対象におけるＳＬＥ又は強皮症を診断するのに有用な改善された診断方法及びキットについての必要性が存在したままである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、自己免疫障害、特に全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び／又は強皮症を診断するための方法及びキットを提供する。本発明は、このような診断を実施するための抗原プローブアレイ及びこのようなアレイを生成するための抗原プローブセットを更に提供する。
【０００９】
本発明は、部分的に、他の自己免疫状態、特に強皮症及び天疱瘡患者と比較した、並びに健常な対照と比較したＳＬＥ患者の抗体反応性を試験する場合に得られる予想外の結果に基づく。驚くべきことに、特異的エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）抗原調製物に対するＩｇＧ反応性の減少及び増加がＳＬＥ患者の８０％において見出された。ＥＢＶ抗体の変化が抗ｄｓＤＮＡに対して陽性及び陰性の両方のＳＬＥ患者において現れた。従って、ＥＢＶ抗原に対する反応性は、有益には、抗ｄｓＤＮＡ自己抗体を有する対象を超えてＳＬＥの血清学的検出を拡大することができる。
【００１０】
ＥＢＶ抗体の変化はまた、強皮症患者においても見出された。しかしながら、強皮症患者ではなくＳＬＥ患者が、限定されないが、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）に対するＩｇＭ反応性の驚くべき減少を含む、特有の抗体反応性プロファイルを示すことが見出された。
【００１１】
従って、本発明はＳＬＥ及び強皮症に関連する特有の抗原−自己抗体反応性パターンを提供する。特定の実施形態において、本発明は、ＳＬＥ又は強皮症に罹患している対象を識別するための高い特異的、信頼的、正確的及び差別的アッセイを提供する。例示的な実施形態において、本発明の特有の抗原−自己抗体反応性パターンは、また、抗ｄｓＤＮＡに対して陰性でもある患者を特徴付ける。
【００１２】
第１の態様によれば、本発明は、対象におけるＳＬＥ及び強皮症から選択される自己免疫疾患を診断する方法であって、
（ｉ）ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１（ＥＢＶ核抗原１）及びＥＢＶＥＡ（ＥＢＶ早期抗原）からなる群から選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、並びに
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ
を含み、
対照の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差が、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す、上記方法を提供する。
【００１３】
いくつかの実施形態によれば、本発明の方法は、抗ｄｓＤＮＡに対して陰性である（すなわち、抗ｄｓＤＮＡ自己抗体を欠いている）対象におけるＳＬＥを診断するのに有用である。一実施形態において、対象から得た前記試料はｄｓＤＮＡに対する抗体反応性を実質的に欠いている。別の実施形態において、前記対象は自己免疫疾患を有する疑いがある。更に別の実施形態において、前記対象はＳＬＥ又は強皮症を有する疑いがある。
【００１４】
別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８、並びにＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原、から選択される複数の抗原を含む。一実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＶｐ２３を含む。更なる実施形態によれば、複数の抗原は、少なくとも３つの抗原を含む。特定の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１を含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡを含む。
【００１５】
一実施形態によれば、試料の前記反応性パターンは、増加したＩｇＧ反応性を含む。別の実施形態によれば、試料の前記反応性パターンは、減少したＩｇＧ反応性を含む。更に別の実施形態によれば、試料の前記反応性パターンは、増加した及び減少したＩｇＧ反応性の両方を含む。
【００１６】
いくつかの実施形態によれば、前記増加したＩｇＧ反応性は、ＥＢＶｐ２３及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原である。他の実施形態によれば、前記減少したＩｇＧ反応性は、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原である。
【００１７】
別の実施形態によれば、対照試料の反応性パターンと比較してＥＢＶｐ２３及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す。別の実施形態によれば、対照試料の反応性パターンと比較してＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原の減少したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す。
【００１８】
別の実施形態によれば、方法は、ＩｇＧ及びＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。更に別の実施形態において、試料の前記反応性パターンはＩｇＧ及びＩｇＭ反応性の両方を含む。
【００１９】
いくつかの実施形態によれば、方法は、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１又はそれらのサブセットから選択される少なくとも１つの抗原に対する、前記試料中の抗体の反応性を決定するステップを更に含む。別の実施形態によれば、対照試料の反応性パターンと比較して、ＧＳＴの有意に減少したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターン；ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＭ反応性；又はＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原の増加したＩｇＧ反応性は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００２０】
別の態様によれば、本発明は、対象におけるＳＬＥを診断する方法であって、
（ｉ）ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶｐ２３、ＧＳＴ、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ及びＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、並びに
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ、
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差が、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、上記方法を提供する。
【００２１】
いくつかの実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８、並びにＥＢＶｐ２３、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原、から選択される。別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３−ｐ１１、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡから選択される少なくとも１つの抗原を更に含む。
【００２２】
一実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ２３、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、ＥＢＶＥＡ、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。別の実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較して、ＥＢＶｐ１８又はＥＢＮＡ−１に対して有意に減少したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００２３】
別の実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較して、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に増加したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。別の実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較して、ＧＳＴに対して有意に減少したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００２４】
本発明の方法に関する更なる実施形態によれば、対象から得た試料は生体液である。いくつかの実施形態によれば、試料は、血漿、血清、血液、脳脊髄液、滑液、痰、尿、唾液、涙、リンパ液検体又は当該分野において公知の任意の他の生体液からなる群から選択される。各々の可能性は本発明の別の実施形態を表す。特定の実施形態によれば、対象から得た試料は、血清、血漿及び血液からなる群から選択される。一実施形態によれば、試料は血清試料である。
【００２５】
本発明の方法に関する特定の実施形態によれば、対照は、少なくとも１つの健常な個体由来の試料、健常な個体のセットに由来する対照試料のパネル及び健常な個体由来のデータの保存されたセットからなる群から選択される。典型的に、健常な個体は、ＳＬＥ（又はループスの任意の他の形態）に罹患していない対象である。別の実施形態において、健常な個体は、自己免疫疾患に罹患していない対象である。更に別の実施形態において、健常な個体は、強皮症に罹患していない対象である。
【００２６】
別の態様によれば、本発明は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原を含む、対象におけるＳＬＥ又は強皮症を診断するためのキットを提供する。いくつかの実施形態において、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴからなる群から選択される複数の抗原を含む、対象におけるＳＬＥを診断するためのキットが提供される。
【００２７】
別の実施形態によれば、本発明は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原を含む、対象におけるＳＬＥを診断するためのキットを提供する。いくつかの実施形態において、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１又はそれらのサブセットを含む。
【００２８】
別の態様によれば、本発明は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む抗原プローブセットを提供する。いくつかの実施形態において、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む、抗原プローブセットが提供される。
【００２９】
別の態様によれば、本発明は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原プローブを含む、抗原プローブセットを提供する。一実施形態において、抗原プローブセットは、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１から選択される少なくとも１つの抗原を更に含む。別の態様によれば、本発明は、本発明の抗原プローブセットを含む、物品を提供する。
【００３０】
別の態様によれば、対象におけるＳＬＥ又は強皮症を診断するための診断キットを製造するためのＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む、抗原プローブセットの使用が提供される。別の実施形態によれば、対象におけるＳＬＥを診断するための診断キットを製造するためのＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む、抗原プローブセットの使用が提供される。別の態様によれば、対象におけるＳＬＥを診断するための診断キットを製造するためのＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原プローブを含む、抗原プローブセットの使用が提供される。
【００３１】
前記診断キットは、いくつかの実施形態において、試料中の抗体の反応性を決定し、それにより前記複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定するのに有用である。いくつかの実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較した前記試料の反応性パターンの有意差はＳＬＥについての指標である。
【００３２】
本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の説明及び図面から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
【図１】健常な対照並びにＳＬＥ及び強皮症（ＳＳｃ）患者における選択抗原に対するＩｇＧ及びＩｇＭ反応性（ＤＮＡｄｓ、ＥＢＶ、ＭＯＧ、ｐ５３Ｐ１１及びＢＭＰ４に対するＩｇＧ反応性；Ｃ１０Ｇ１０メチル、ＤＮＡｄｓ及びＧＳＴに対するＩｇＭ反応性）。抗体反応性の相対量はＹ軸に示す。Ｘ軸はそれらの相対反応性に従って対象を順序付けしている。水平線は、対照由来の異なるＳＬＥ患者がＰＰＶ≧９０％である値を示す。各スポットは単一の対象を表す。
【図２】健常な対照並びにＳＬＥ及び強皮症（ＳＳｃ）患者におけるＥＢＶ抗原（ＥＢＶ、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１）に対するＩｇＧ反応性。ＳＬＥ患者のサブグループは、ＥＢＶ及びＥＢＶｐ２３に対して増加した反応性を示す又はＥＢＶｐ１８若しくはＥＢＮＡ１に対して減少したことを示すことに留意すべきである。抗体反応性の相対量はＹ軸に示す。Ｘ軸はそれらの相対反応性に従って対象を順序付けしている。水平線は、対照由来の異なるＳＬＥ患者がＰＰＶ≧９０％である値を示す。各スポットは単一の対象を表す。
【図３】ｄｓＤＮＡ及びＥＢＶ抗原並びにそれらの組合せと比較したＩｇＧ有意な抗原（ＭＯＧ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ、ＢＭＰ４、ＨＳＰ６０−ｐ２６、ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３ｐ１１及びＩＧＦＢＰ１）のＳＬＥ検出率。ＩｇＧ有意な抗原によって検出されたＳＬＥ患者は、ｄｓＤＮＡによって検出されたものと大部分が重複し、抗ｄｓＤＮＡの検出率にわずかに加えられた（濃い灰色の長方形）。対照的に、ＥＢＶ抗原によって検出されたＳＬＥ患者は、抗ｄｓＤＮＡによって検出されたものと部分的にのみ重複し、ｄｓＤＮＡの検出率に有意に加えられた。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
本発明は、対象における自己免疫疾患又は障害、特に全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び／又は強皮症を診断する方法を提供する。本発明は、このような診断を実施するための抗原プローブアレイを更に提供し、このようなアレイを生成するための特異的抗原プローブセットを識別する。
【００３５】
ＳＬＥ患者を特徴付けることができると以前に開示されていた種々の抗原は、ｄｓＤＮＡの検出率に有意に加えられていないと見出された。しかしながら、予想外に、ＥＢＶ抗原（例えば、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＶｐ２３）に対するＩｇＧ反応性は、ｄｓＤＮＡに対するＩｇＧ反応性と重複しないことが見出された。本明細書以下に例示されているように、ＳＬＥ患者におけるＥＢＶ抗原に対する高い有病率の病理学的血清である、以下のうちの少なくとも１つが検査したＳＬＥ患者の８５％超において見出された：ＥＢＶＥＡ（ＥＢＶ早期抗原）若しくはＥＢＶｐ２３に対する増加したＩｇＧ反応性又はＥＢＶｐ１８若しくはＥＢＶＥＢＮＡ（ＥＢＶ核抗原又は交換可能にＥＢＮＡ−１）に対する減少したＩｇＧ反応性。興味深いことに、ＳＬＥ患者のうちの数人はｄｓＤＮＡに対して陰性であったが、ＥＢＶ抗原の少なくとも１つに対して陽性であった。
【００３６】
ＥＢＶ抗原に対するＩｇＧ反応性はＳＬＥ患者に限定されなかったが、強皮症患者にも現れ、自己免疫疾患におけるＥＢＶの一般的な役割を示唆しており、特にＳＬＥ及び強皮症における役割を示す。本発明は、ＳＬＥ患者が強皮症患者と血清学的に区別され得ることを更に開示する。抗原の中でも特に、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）及び（ＣｐＧ）リピートに対する減少したＩｇＭ反応性が、ＳＬＥ患者についての特有の血清学的特徴を構成することが初めて開示される。強皮症患者ではなく、ＳＬＥ患者は、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）に対するＩｇＭ反応性の減少、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ（β２ＧＰ１）に対するＩｇＭ反応性の増加及びＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３−ｐ１１、β２ＧＰ１、ＨＧＦ、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、ＨＡ、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ及びＳｍに対するＩｇＧ反応性の増加を示した。従って、いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＳＴ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３−ｐ１１、β２ＧＰ１、ＨＧＦ、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、ＨＡ、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ及びＳｍ又はそれらのサブセット若しくは組合せから選択される少なくとも１つ又は複数の抗原を使用して、ＳＬＥ及び／又は強皮症に罹患している対象を識別し、区別するアッセイを提供する。
【００３７】
本発明は、いくつかの実施形態において、ＳＬＥ及び強皮症に特に関連している特有の抗原−自己抗体反応性パターンを提供する。本明細書以下に例示されているように、ＳＬＥ患者は、３つの血清学的特徴：１．ｄｓＤＮＡ反応性と大部分が重複するヒト及び細菌の両方由来の広範囲のタンパク質、ペプチド及びヒアルロン酸に対する増加したＩｇＧ反応性；２．ＥＢＶ抗原に対するＩｇＧ反応性の増加及び減少；３．ＧＳＴ及び／又は（ＣｐＧ）リピートに対するＩｇＭ反応性の減少のうちの少なくとも１つを有する。これらの血清学的特徴は部分的に重複し、それらの少なくとも１つはＳＬＥ患者の９６％に見出された。
【００３８】
いくつかの実施形態において、ＳＬＥ及び健常な対照を識別するための複数の抗原が提供される。更なる実施形態において、ＳＬＥ及び強皮症患者を識別するための複数の抗原が提供される。
【００３９】
いかなる特定の理論又は作用機構によって束縛されることを望まずに、本発明は、ＳＬＥ患者の血清中の抗体反応性プロファイルが健常な対照個体と明確に異なったという知見に部分的に基づく。血清自己抗体はＳＬＥにおいて広範囲に調査されているが、本明細書に記載されている特有の抗体免疫特徴は以前に記載されていなかった。有益には、本発明の特有の抗体特徴はＳＬＥを診断するための高い感受性及び特異性のアッセイを提供する。更に、本発明の抗体特徴は抗ｄｓＤＮＡに対しても陰性である患者を特徴付ける。
【００４０】
更なる実施形態において、本発明の方法は、対象（ＳＬＥ又は強皮症を有する疑いがある）から得た試料中のＧＳＴ及び（ＣｐＧ）リピートから選択される少なくとも１つの抗原に対するＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、対照試料と比較した少なくとも１つの抗原に対するＩｇＭ反応性の有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、上記ステップを含む。別の実施形態において、本発明の方法はＧＳＴ及び（ＣｐＧ）リピートに対するＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。
【００４１】
更なる実施形態において、本発明の方法はＧＳＴに対するＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。特定の実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較したＧＳＴのＩｇＭ反応性の有意な減少は、対照がＳＬＥに罹患していることを示す。更に別の実施形態において、本発明の方法は、（ＣｐＧ）リピートに対するＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。本明細書で使用されている場合、「ＣｐＧ」という用語は、ホスホジエステル結合によって連結したシトシン及びグアニンのリピートを指す。いくつかの実施形態において、ＣｐＧリピートは約１０個のシトシン及び１０個のグアニンのリピートを指す。別の実施形態において、ＣｐＧリピート抗原は配列番号７に記載されているオリゴヌクレオチド配列を含む又はからなる。
【００４２】
本明細書以下に例示されているように、自己抗体の抗原分析（例えば、マイクロアレイ分析を使用する）はＳＬＥ又は強皮症に関連している血清自己抗体パターンを識別でき、特徴は、単一の自己抗体反応性ではなく、集団自己抗体パターンに基づいた。これらの情報パターンはＩｇＧ自己抗体の減少及び増加を含み、更に健常な対照に見出されたものと比較して、ＩｇＭ自己抗体を減少させる。
【００４３】
特定の実施形態において、方法は、
（ｉ）対象由来の試料を得るステップ、
（ｉｉ）ＥＢＶＥＡ（ＥＢＶ早期抗原）、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１（ＥＢＶ核抗原）からなる群から選択される複数の抗原に対する試料中のＩｇＧ抗体の反応性を決定するステップ、及び任意選択に、ＧＳＴ抗原に対する試料中のＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、並びに
（ｉｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照反応性パターンと比較するステップ、
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差が、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す。
【００４４】
特定の実施形態において、対照反応性パターンと比較して、対象から得た前記試料中のＥＢＶＥＡ、ＥＢＶｐ２３から選択される少なくとも１つの抗原に対するＩｇＧ抗体の反応性パターンの有意な増加は、対象がＳＬＥ若しくは強皮症に罹患していることを示し、並びに／又は対照反応性パターンと比較して、対象から得た前記試料中のＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原に対するＩｇＧ抗体の反応性パターンの有意な減少は、対象がＳＬＥ又は強皮症に罹患していることを示す。別の特定の実施形態において、対照反応性パターンと比較して、対象から得た前記試料中のＧＳＴに対するＩｇＭ抗体の反応性パターンの有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００４５】
本明細書で使用されている場合、「複数の抗原」に対する「試料中の抗体の反応性」とは、複数の抗原から選択される特異的抗原に対する試料中の各抗体の免疫反応性を指す。抗原に対する抗体の免疫反応性、すなわち抗原に特異的に結合するその能力は、試料中の抗体の量を決定するために使用され得る。試料中の試験抗体の各々１つの計算したレベルは、これらの抗原に対する試料の反応性パターンと選択的に称される。
【００４６】
試料の反応性パターンは、試料中の試験抗体の各々１つのレベルを反映し、それにより定量的アッセイを提供する。好ましい実施形態において、抗体は定量的に決定される。
【００４７】
反応性パターンの「有意差」とは、異なる実施形態において統計的有意差又は他の実施形態において当業者により認識される有意差を指す。更に別の好ましい実施形態において、対照反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意（定量的）差は、対象がＳＬＥ及びいくつかの実施形態において強皮症に罹患していることを示す。特定の実施形態において、抗原に対する試料中の抗体の反応性の上方制御とは、対照中の抗原に対する抗体の反応性レベルより、ほぼ少なくとも２倍、ほぼ少なくとも３倍、ほぼ少なくとも４倍又はほぼ少なくとも５倍高い（すなわち大きい）増加（すなわち向上）を指す。別の実施形態において、抗原に対する試料中における抗体の反応性の下方制御とは、対照中の抗原に対する抗体の反応性レベルより、ほぼ少なくとも２倍、ほぼ少なくとも３倍、ほぼ少なくとも４倍又はほぼ少なくとも５倍低い減少（すなわち低減）を指す。
【００４８】
特定の実施形態において、前記有意差は、少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）のカットオフを使用して決定される。選択マーカー（例えば、抗原）についてのＰＰＶの決定は当業者に周知であり、以下に記載されている方法に例示されている。典型的に、抗原に対する陽性は、ＰＰＶ≧９０％などの選択したカットオフ値を使用して、特定の研究サブグループにおける対象の１０％超を検出した場合に決定される。例えば、抗原ｉは、異なる試験グループＢと比較して、ＰＰＶ≧９０％を有するグループＡにおける対象の少なくとも１０％を検出した場合、グループＡを特に特徴付けるために決定される。抗原ｉについてＰＰＶ≧９０％のカットオフを超えるグループＡにおける対象は抗原ｉに対して陽性であるとみなされる。
【００４９】
本明細書で使用されている場合、抗原「に対して誘導される」抗体は、抗原に特異的に結合できる抗体である。複数の抗原に対して誘導される抗体のレベルの決定は、試料中の各抗体のレベルを測定するステップであって、各抗体は、限定されないが、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴから選択される抗原を含む、特異的抗原に対して誘導される、上記ステップを含む。このステップは典型的に、本明細書に詳述されている免疫学的検定を使用して実施される。
【００５０】
他の実施形態において、前記複数の抗原に対する前記試料中の抗体の反応性（及び試料中の試験抗体の各々の１つのレベル）を決定するステップは、
（ｉ）特異的抗原−抗体複合体が形成され得るような条件下で、試料を、前記複数の抗原を含む抗原プローブセットと接触させるステップ、及び
（ｉｉ）各抗原プローブについて形成される抗原−抗体複合体の量を定量化するステップ、
を含むプロセスによって実施される。
【００５１】
抗原−抗体複合体の量は、試料中における試験抗体のレベル（又は抗原による試料の反応性）に関する指標である。
【００５２】
別の実施形態において、方法は、前記複数の抗原に対する、前記試料中の少なくとも１つのＩｇＧ抗体及び少なくとも１つのＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。別の実施形態において、方法は、前記複数の抗原に対する、前記試料中の複数のＩｇＧ抗体及び少なくとも１つのＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。
【００５３】
典型的に、複数の抗原に対する、試料中の抗体の反応性を決定するステップは、免疫学的検定を使用して実施される。有益には、複数の抗原は抗原アレイの形態で使用され得る。
【００５４】
抗原プローブ及び抗原プローブセット
更なる実施形態によれば、本発明は、本明細書に詳述されている、ＳＬＥ又は強皮症を診断するのに有用な抗原プローブ及び抗原プローブセットを提供する。
【００５５】
本発明の原理によれば、本発明は、本明細書において抗原プローブセットとも称されている複数の抗原を更に提供する。複数の抗原を含むこれらの抗原プローブセットは、ＳＬＥ又は強皮症を有する対象の血清と特異的に反応する。本発明の原理によれば、複数の抗原は、有益には、抗原アレイの形態で使用され得る。いくつかの実施形態によれば、抗原アレイは、好都合には、抗原チップの形態で配置される。
【００５６】
本明細書で使用されている場合、「プローブ」とは、成分に特異的に結合できる任意の化合物を意味する。一態様によれば、本発明は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴ又はそれらの任意の組合せからなる群から選択される複数の抗原を含む抗原プローブセットを提供する。特定の実施形態によれば、抗原プローブセットは本発明の抗原のサブセットを含む。特定の実施形態において、抗原のサブセットは、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＧＳＴを含む又はからなる。別の特定の実施形態において、抗原のサブセットは、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１を含む又はからなる。更に別の特定の実施形態において、抗原のサブセットは、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＧＳＴを含む又はからなる。
【００５７】
更なる実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３と、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴから選択される少なくとも１つの抗原とを含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３と、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３−ｐ１１、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原とを含む。更に別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３と、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原とを含む。別の実施形態によれば、複数の抗原はＥＢＶｐ２３及びＥＢＶｐ１８を含む。
【００５８】
更なる実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８と、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴから選択される少なくとも１つの抗原とを含む。別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８と、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ、ＨＳＰ６０−ｐ２６、Ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３−ｐ１１、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン及びＭＯＧから選択される少なくとも１つの抗原とを含む。更に別の実施形態によれば、複数の抗原は、ＥＢＶｐ１８と、ＥＢＶｐ２３及びＥＢＮＡ−１から選択される少なくとも１つの抗原とを含む。
【００５９】
本発明の複数の抗原に対する抗体の反応性は、当該分野において公知の技術に従って決定され得る。更に、本発明に使用される抗原は当該分野において公知であり、例えば、Ｐｒｏｓｐｅｃ又はＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００６０】
ＥＢＶ抗原
ＥＢＶ（エプスタインバーウイルス）は、感染性単核症からバーキットリンパ腫までの広範囲の臨床症状を引き起こし得るヒトヘルペスウイルス４（ＨＨＶ−４）とも呼ばれているヘルペスウイルスである。ＥＢＶの病因の特質はＢ細胞における潜伏の確立である。潜伏期において、ＥＢＶゲノムは潜伏膜タンパク質１などのタンパク質をコードでき、ＥＢＶ癌タンパク質は、トランスジェニックマウスにおいて、Ｂ細胞活性化因子ＢＡＦＦを誘導でき、自己反応性Ｂ細胞を活性化でき、ループス様疾患を誘導できる（Ｎｉｌｌｅｒら  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ．２００８年５月；４１（４）：２９８−３２８）。これらのＥＢＶ感染Ｂ細胞は、免疫系監視を回避でき、慢性病理学的機能を維持でき、実際には、ＳＬＥ患者は、増加したウイルス負荷及び潜伏ＥＢＶ感染の不完全な制御を有することが見出された（Ｋａｎｇ  Ｉら  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００４年１月  １５；１７２（２）：１２８７−９４）。いかなる理論又は作用機構によって束縛されることを望まずに、ＳＬＥ患者におけるＥＢＶに対する増加したＩｇＧ反応性は慢性感染症の状態を表し得、他方で、減少したＩｇＧ反応性はウイルスに対する欠陥のある免疫反応に関連し得る。
【００６１】
複数のＥＢＶ抗原に対する抗体の反応性は当該分野において公知の技術に従って決定され得る。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのＥＢＶ抗原が好ましくはＮ末端においてＧＳＴタグに融合される。
【００６２】
ＥＢＶｐ１８
ＥＢＶｐ１８抗原が、配列番号１（
【化１】
2016502095.tif 000002
）に記載されているアミノ酸配列を有する、ＨＨＶ−４ｐ１８領域を含有することは当該分野において公知である。いくつかの実施形態において、ＥＢＶｐ１８抗原はＥＢＶカプシド抗原のアミノ酸１−１１９を含む。別の実施形態において、ＥＢＶｐ１８抗原は配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含む。更に別の実施形態において、ＥＢＶｐ１８抗原は配列番号１に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００６３】
ＥＢＶｐ２３
ＥＢＶｐ２３は、ビリオン粒子と会合するウイルス後期複合体であり、２つの遺伝子産物、ＢＦＲＦ３（ｐ１８）及びＢＬＲＦ２（ｐ２３）からなる。ＥＢＶｐ２３抗原は、ＥＢＶｐ２３断片、ＥＢＶカプシド抗原のアミノ酸１−１６２を含む組換えＥＢＶタンパク質として当該分野において公知である。いくつかの実施形態において、ＥＢＶｐ２３抗原は配列番号２（
【化２】
2016502095.tif 000003
）に記載されているアミノ酸配列を含む。更に別の実施形態において、ＥＢＶｐ２３抗原は配列番号２に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００６４】
ＥＢＮＡ−１
ＥＢＶ  ＥＢＮＡ−１（本明細書においてＥＢＶＥＢＮＡとも呼ばれている）は、潜伏ウイルス感染の間、ウイルスゲノムＤＮＡの複製及び分割において重要な役割を果たす。この段階の間、環状二本鎖ウイルスＤＮＡは、細胞周期毎に１回複製を受け、娘細胞に効果的に分配される。特定の実施形態において、ＥＢＶ  ＥＢＮＡ−１は、ＨＨＶ−４  ＥＢＮＡ領域、アミノ酸１−９０（配列番号３；
【化３】
2016502095.tif 000004
に記載されている）及び４０８−４９８（配列番号４
【化４】
2016502095.tif 000005
に記載されている）を含有する。更に別の実施形態において、ＥＢＶ  ＥＢＮＡ−１は、配列番号５（
【化５】
2016502095.tif 000006
）に記載されているアミノ酸配列を含む。更に別の実施形態において、ＥＢＮＡ−１抗原は、配列番号５に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００６５】
ＥＢＶ早期抗原
ＥＢＶ早期抗原（ＥＢＶＥＡ）は、ＨＨＶ−４早期抗原Ｄ型、Ｃ末端領域アミノ酸３０６−３９０を含有することが当該分野において公知である。いくつかの実施形態において、ＥＢＶＥＡは、配列番号６（
【化６】
2016502095.tif 000007
）に記載されているアミノ酸配列を含む。更に別の実施形態において、ＥＢＶＥＡ抗原は配列番号６に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００６６】
ＧＳＴ
グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）は、求電子中心を含有する種々の疎水性化学物質との還元グルタチオンのコンジュゲーションを触媒するタンパク質のファミリーである。本明細書以下の実施例の段落に使用されるＧＳＴ抗原は、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（カタログ番号Ｇ８６４２）から購入し、５０８１２−３７−８のＣＡＳ番号を有する。一実施形態において、本発明のＧＳＴ抗原はＰ０９４８８のＵｎｉＰｒｏｔＫＢ  ＩＤを有する。いくつかの実施形態において、ＧＳＴ抗原は配列番号８に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。別の実施形態において、本発明のＧＳＴ抗原はＰ０９２１１のＵｎｉＰｒｏｔＫＢ  ＩＤを有する。いくつかの実施形態において、ＧＳＴ抗原は配列番号９に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。
【００６７】
ブセレリン
ブセレリンは、ゴナドトロピン放出ホルモン（ゴナドレリン）類似体（ＬＨＲＨアゴニスト）の群に属する。それは、多くの異なる種類のホルモン（化学伝達物質）の量を制御する下垂体に作用する。それは、ホルモン、特にエストロゲン及びアンドロゲンの量を変化させる。ホルモンレベルのこの変化は、テストステロンによって増殖するように刺激される、前立腺の癌を治療するために利用され得る。ブセレリンは、テストステロンのレベルを低下させ、それによりテストステロンの腫瘍を飢餓させ、その腫瘍を縮小させる。ブセレリンは、９個のアミノ酸Ｇｌｕ−Ｈｉｓ−Ｔｒｐ−Ｓｅｒ−Ｔｙｒ−Ｄ−Ｓｅｒ（ｔＢｕ）−Ｌｅｕ−Ａｒｇ−Ｐｒｏ−ＮＨＥｔを含有し、１２３９．４４ダルトンの分子量を有する。本明細書以下の実施例の段落に使用されているブセレリン抗原は、Ｐｒｏｓｐｅｃ（カタログ番号ＨＯＲ−２５５）から購入した。いくつかの実施形態において、ブセレリン抗原は配列番号１０に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。
【００６８】
ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）
ＭＯＧは、オリゴデンドロサイト細胞の表面上及びミエリン鞘の最外表面上で発現される膜貫通タンパク質である。ＭＯＧは全ＣＮＳミエリンタンパク質の約０．１％を含む。ＭＯＧ遺伝子は、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーのメンバーであり、ＭＨＣ内に見出される。ＭＯＧ遺伝子は染色体６ｐ２１．３−ｐ２２上に見出される。ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質は中枢神経系（ＣＮＳ）における神経の髄鞘化のプロセスに重要であると考えられる糖タンパク質である。ＭＯＧペプチド（３５−５５）は高度に脳炎誘発性であり、強力なＴ及びＢ細胞応答を誘発できる。このペプチドの単一の注入は広範な斑状脱髄を有する再発寛解型神経疾患を生じる。多発性硬化症（ＭＳ）との臨床学的、病理組織学的及び免疫学的類似性のため、ＭＯＧにより誘発される脱髄性脳脊髄炎はＭＳを調べるためのモデルとして役立ち得る。本明細書以下の実施例の段落に使用されるＭＯＧ抗原はＰｒｏｓｐｅｃ（カタログ番号ＰＲＯ−３７１）から購入した。いくつかの実施形態において、ＭＯＧ抗原は配列番号１１に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。
【００６９】
骨形成タンパク質−４
この遺伝子によってコードされるタンパク質は、形質転換増殖因子ベータスーパーファミリーの部分である骨形成タンパク質ファミリーのメンバーである。スーパーファミリーは増殖及び分化因子の大きなファミリーを含む。骨形成タンパク質は、最初は、骨外性部位においてインビボで軟骨内骨形成を誘発する脱灰骨抽出物の能力によって識別された。この特定のファミリーメンバーはヒトにおける軟骨内骨形成の開始において重要な役割を果たし、発現の減少は、遺伝性障害である進行性骨化性線維形成異常症を含む、種々の骨疾患に関連している。この遺伝子の５’非翻訳領域における選択的スプライシングは記載されており、３つのバリアントが記載され、全ては同一のタンパク質をコードする。本明細書以下の実施例の段落に使用されるＢＭＰ４抗原は、Ｐｒｏｓｐｅｃ（カタログ番号ＣＹＴ−３６１）から購入した。ＢＭＰ−４抗原は、いくつかの実施形態において、Ｅ．Ｃｏｌｉにおいて産生されるようなヒト組換え体であり、１１６個のアミノ酸を含有し、１３００９ダルトンの分子量を有する単量体、非グリコシル化、ポリペプチド鎖である。一実施形態において、ＢＭＰ４抗原は、配列番号１２（
【化７】
2016502095.tif 000008
）に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。
【００７０】
ＦＯＸｐ３−ｐ２２
ＦＯＸ（Ｆｏｒｋｈｅａｄ  ｂｏｘ）タンパク質３（スクルフィンとしても公知である）は、免疫系応答に関与するタンパク質である。ヒトＦＯＸｐ３バリアントは、４５４アミノ酸長である（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｂ７ＺＬＧ１）。本発明のＦＯＸｐ３−ｐ２２抗原は、ＦＯＸｐ３、特にアミノ酸２９０−３０４の断片である。一実施形態において、ＦＯＸｐ３−ｐ２２は、配列番号１３（ＴＫＡＳＳＶＡＳＳＱＧＰＶＶＰ）又はその類似体若しくは断片に記載されているアミノ酸配列を含む。別の実施形態において、ＦＯＸｐ３−ｐ２２は配列番号１３に記載されているアミノ酸配列からなる。別の実施形態において、ＦＯＸｐ３−ｐ２２は配列番号１４（ＴＫＡＳＳＶＡＳＳＤＫＧＳＣＣ）に記載されているアミノ酸配列を含む又はからなる。
【００７１】
ＨＳＰ６０−ｐ２６
熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）６０−ｐ２６は、ＨＳＰ６０、特にＨＳＰ６０のアミノ酸３７６−３９５由来のペプチドである（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ６３０３８）。一実施形態において、ＨＳＰ６０−ｐ２６は、配列番号１５（ＥＱＬＤＩＴＴＳＥＹＥＫＥＫＬＮＥＲＬＡ）に記載されているアミノ酸配列又はその類似体若しくは断片を含む。別の実施形態において、ＨＳＰ６０−ｐ２６は配列番号１５に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００７２】
Ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１
ｐ５３−ｐ１０及びｐ５３−ｐ１１ペプチドは、ｐ５３、特に配列番号１６に記載されているＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ａ５ＪＴＶ６（
【化８】
2016502095.tif 000009
）によって識別されるアミノ酸配列を有するｐ５３の断片に由来する。
【００７３】
一実施形態において、ｐ５３−ｐ１０は、配列番号１７（ＫＴＣＰＶＱＬＷＶＳＡＴＰＰＡＧＳＲＶＲ）に記載されているアミノ酸配列又はその類似体若しくは断片を含む。別の実施形態において、ｐ５３−ｐ１０は配列番号１７に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００７４】
別の実施形態において、ｐ５３−ｐ１１は、配列番号１８に記載されているアミノ酸配列（ＧＳＲＶＲＡＭＡＩＹＫＫＳＱＨＭＴＥＶＶ）又はその類似体若しくは断片を含む。別の実施形態において、ｐ５３−ｐ１１は、配列番号１８に記載されているアミノ酸配列からなる。
【００７５】
好ましくは、本発明の方法及びキットの複数の抗原は、本明細書に開示されている抗原のセットを含む。更に他の実施形態において、複数の抗原（又は抗原プローブセット）は、それらのサブセット、例えば、少なくとも３、４、５、６、７、８、９又は１０個の異なる抗原を含む又はからなり、各々は本発明の抗原から選択される。各々の可能性は別の本発明の実施形態を表す。このようなサブセットは診断アッセイの最適な感受性及び／又は特異性を生じるように選択され得る。他の実施形態において、プローブセットは、最大で６、７、８、９、１０個又は他の実施形態において最大で１５、２０、３０、４０又は５０個の異なる抗原を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態において、本発明の抗原プローブセット、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴからなる。更なる実施形態において、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＧＳＴからなる。なお更なる実施形態において、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡからなる。別の実施形態において、複数の抗原は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１からなる。
【００７７】
本明細書以下に例示されているように、ＳＬＥを有する疑いがある対象は、前記対象から得た試料中のＩｇＧ及び／又はＩｇＭ抗体反応性をアッセイし、決定することによって健常な対照及び強皮症患者と区別され得る（表１）。更なる実施形態によれば、本発明の抗原プローブセットは、ｈｓｐ６０−ｐ１７ａ、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１１、ｐ５３ｐ１０、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、Ｓｍ、ＭＯＧ（ミエリン−オリゴ樹状細胞（ｏｌｉｇｏ−ｄｅｎｄｒｏｃｙｔｅ））、β２ＧＰ１、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ＨＡ（ヒト）、ＨＡ（連鎖球菌（ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ））、ＢＭＰ４（骨形態形成タンパク質４）、ＩＧＦＢＰ１（インスリン増殖因子結合タンパク質１）、ＨＧＦ、ｈｓｐ６０ｐ１８、ＩｇＭ、Ｌａ及び、又はそれらのサブセット若しくは組合せからなる群から選択される少なくとも１つの抗原を更に含む。各々の可能性は本発明の別の実施形態を表す。
【００７８】
ＳＬＥを診断することに関するいくつかの実施形態において、前記方法は、
（ｉ）ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ、ＧＳＴ、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１１、ｐ５３ｐ１０、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、Ｓｍ、ＭＯＧ、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ＨＡ（ヒト）、ＨＡ（連鎖球菌）、ＢＭＰ４、ＩＧＦＢＰ１、ＨＧＦ、β２ＧＰ１、ｈｓｐ６０ｐ１８又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ及びＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、及び
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００７９】
いくつかの実施形態において、前記方法は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶＥＡ、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１０、ｐ５３ｐ１１、ＭＯＧ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ（ヒト）、ＨＡ（連鎖球菌）、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＢＭＰ４、ＩＧＦＢＰ１又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原に対する試料中の抗体のＩｇＧ反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップを含み、対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。特定の実施形態において、対照と比較した、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶＥＡ、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１０、ｐ５３ｐ１１、ＭＯＧ、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ（ヒト）、ＨＡ（連鎖球菌）、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＢＭＰ４、ＩＧＦＢＰ１又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原のＩｇＧ反応性の有意な増加は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。更に別の特定の実施形態において、対照と比較したＥＢＮＡ−１及び／又はＥＢＶｐ１８のＩｇＧ反応性の有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００８０】
別の実施形態において、前記方法は、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ｈｓｐ６０ｐ１８、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、β２ＧＰ１、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ＨＡ（ヒト）、Ｓｍ及びＧＳＴ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原に対する試料中の抗体のＩｇＭ反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップを含み、対照試料の反応性パターンと比較した、対象から得た前記試料の反応性パターンの有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。特定の実施形態において、対照と比較した、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ｈｓｐ６０ｐ１８、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、β２ＧＰ１、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ＨＡ（ヒト）及びＳｍ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原のＩｇＭ反応性の有意な増加は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。更に別の特定の実施形態において、対照と比較したＧＳＴのＩｇＭ反応性の有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００８１】
本発明の方法及び抗原プローブセットのいくつかの実施形態によれば、複数の抗原は、少なくとも１つの抗原又はブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ（ヒト）、Ｓｍ、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、ＨＡ（連鎖球菌）、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１１、ｐ５３ｐ１０及びＩＧＦＢＰ又はそれらのサブセットからなる群から選択される複数の抗原を含む。
【００８２】
いくつかの実施形態によれば、複数の抗原は、ブセレリン、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ（ヒト）、Ｓｍ、ＭＯＧ、ＢＭＰ４又はそれらのサブセットから選択される少なくとも１つの抗原を更に含む。本明細書以下に例示されているように、ＳＬＥ対象は前記抗原に対して増加したＩｇＭ反応性を示した（表１）。
【００８３】
更なる実施形態によれば、複数の抗原は、ＨＡ（連鎖球菌）、ＨＡ（ヒト）、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、ｈｓｐ６０−ｐ２６、ｐ５３ｐ１１、ｐ５３ｐ１０及びＩＧＦＢＰ又はそれらのサブセットから選択される少なくとも１つの抗原を含む。本明細書以下に例示されているように、ＳＬＥ対象は前記抗原に対して増加したＩｇＧ反応性を示した（表１）。
【００８４】
更に別の実施形態において、本発明の方法及び抗原プローブセットは表１から選択される複数の抗原を含む。特定の実施形態において、表１に示したように各抗原とのＩｇＧ及び／又はＩｇＭ反応性は、ＳＬＥ対象を健常な対象又は強皮症対象と区別する。
【００８５】
更なる実施形態によれば、本発明は、対象におけるＳＬＥを診断する方法であって、
（ｉ）ＥＢＶｐ１８、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＮＡ−１、ＥＢＶＥＡ及びＧＳＴから選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ及びＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップであって、それにより複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する上記ステップ、並びに
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較するステップ
を含み、
対照試料の反応性パターンと比較した対象から得た前記試料の反応性パターンの有意差は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す、上記方法を提供する。
【００８６】
いくつかの実施形態によれば、方法は、ＥＢＶｐ２３、ＥＢＶｐ１８、ＥＢＮＡ−１及びＥＢＶＥＡからなる群から選択される複数の抗原に対する、対象から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を決定するステップを含む。特定の実施形態において、ＥＢＶｐ２３及び／又はＥＢＶＥＡに対するＩｇＧ反応性の有意な増加は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。別の特定の実施形態において、ＥＢＶｐ１８及び／又はＥＢＮＡ−１に対するＩｇＧ反応性の有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。別の実施形態によれば、方法は、ＧＳＴに対する対象から得た試料中のＩｇＭ抗体の反応性を決定するステップを含む。特定の実施形態において、ＧＳＴに対するＩｇＭ反応性の有意な減少は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００８７】
更に、本明細書以下に例示されているように、ｄｓＤＮＡ、ＧＳＴ、トポイソメラーゼ及び／又はセントロメアＢに対するＩｇＧ及び／又はＩｇＭ抗体反応性をアッセイし、決定することによって、ＳＬＥ患者は強皮症患者と区別され得る（その逆も同様）。いくつかの実施形態において、本発明は、ｄｓＤＮＡ、ＧＳＴ、トポイソメラーゼ及びセントロメアＢ又はそれらのサブセットから選択される複数の抗原を使用して、ＳＬＥ患者を強皮症患者と区別するための方法及び抗原プローブセットを提供する。
【００８８】
いくつかの実施形態において、対照試料（例えば、ＳＬＥ患者由来）の反応性パターンと比較して、トポイソメラーゼ又はセントロメアＢから選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に増加したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象が強皮症に罹患していることを示す。更なる実施形態において、対照試料（例えば、ＳＳｃ患者由来）の反応性パターンと比較して、トポイソメラーゼ又はセントロメアＢから選択される少なくとも１つの抗原に対して有意に減少したＩｇＧ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００８９】
更なる実施形態において、対照試料（例えば、ＳＬＥ患者由来）の反応性パターンと比較して、ｄｓＤＮＡに対して有意に減少したＩｇＧ反応性又はＧＳＴに対して有意に増加したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象が強皮症に罹患していることを示す。別の実施形態において、対照試料（例えば、ＳＳｃ患者由来）の反応性パターンと比較して、ｄｓＤＮＡに対して有意に増加したＩｇＧ反応性又はＧＳＴに対して有意に減少したＩｇＭ反応性を含む試料の反応性パターンは、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。
【００９０】
本発明のアッセイに使用される抗原プローブは、当該分野において周知の方法を使用して精製され得るか、又は合成され得る。例えば、抗原タンパク質又はペプチドは、限定されないが、固相（例えば、Ｂｏｃ又はｆ−Ｍｏｃ化学）及び液相合成法を含む、公知の組換え又は合成方法を使用して産生され得る（Ｓｔｅｗａｒｔ及びＹｏｕｎｇ、１９６３；Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ、１９７３；Ｓｃｈｒｏｄｅｒ及びＬｕｐｋｅ、１９６５；Ｓａｍｂｒｏｏｋら、２００１）。当業者は本発明の抗原プローブを得るか又は合成するための必要な専門知識を有するであろう。抗原プローブはまた、例えば、Ｐｒｏｓｐｅｃ（Ｎｅｓｓ−Ｚｉｏｎａ、Ｉｓｒａｅｌ）から市販されている。
【００９１】
本発明は、そのホモログ、断片及び誘導体が抗原プローブと免疫学的に交差反応する限り、これらの抗原プローブ並びにそれらのホモログ、断片及び誘導体を利用することは留意されるべきである。本明細書で使用されている場合、「免疫学的に交差反応する」という用語は、同じ抗体に特異的に結合する２つ以上の抗原を指す。本明細書で使用されている場合、「ホモログ」という用語は、抗原のアミノ酸配列に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％又は少なくとも９０％の同一性を有するペプチドを指す。交差反応性は、競合アッセイ（その既知の抗原に対する抗体の結合を競合的に阻害する試験抗原の能力を測定する）などの複数の免疫学的検定技術のいずれかによって決定され得る。
【００９２】
本明細書で使用されている場合、「断片」という用語は、例えば、標的抗原を免疫特異的に認識するために、抗原プローブとの免疫学的交差反応を維持するポリペプチド又はポリペプチド類似体の一部を指す。断片は、それぞれの抗原の約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％又は約９５％の長さを有してもよい。
【００９３】
ペプチドという用語は、典型的に、長さが最大で約５０までのアミノ酸残基のポリペプチドを指す。特定の実施形態によれば、本発明の抗原ペプチドは、長さが約１０〜１００、１０〜８０、１０〜７５、１０〜５０又は約１０〜３０アミノ酸であってもよい。
【００９４】
この用語は、天然ペプチド（分解産物、合成的に合成されるペプチド又は組換えペプチドを含む）、ペプチド模倣物（典型的に、合成的に合成されるペプチド）並びにペプチド類似体ペプトイド及びセミペプトイド（ｓｅｍｉｐｅｐｔｏｉｄ）を包含し、例えば、身体にある間、ペプチドをより安定にするか、又は細胞内により浸透できる修飾を有してもよい。そのような修飾には、限定されないが、Ｎ末端修飾；Ｃ末端修飾；限定されないが、ＣＨ２−ＮＨ、ＣＨ２−Ｓ、ＣＨ２−Ｓ＝Ｏ、Ｏ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ２−Ｏ、ＣＨ２−ＣＨ２、Ｓ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ＝ＣＨ及びＣＦ＝ＣＨ；骨格修飾；並びに残基修飾を含む、ペプチド結合修飾が含まれる。
【００９５】
本発明の抗原は、カルボキシアミドとして、還元末端アルコールとして、又は任意の薬学的に許容可能な塩として、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウム若しくはカルシウム塩を含む、金属塩として、又は有機塩基との塩として、又は硫酸、塩酸若しくはリン酸を含む、鉱酸又は有機酸、例えば酢酸若しくはマレイン酸との塩として、末端カルボン酸を有して使用され得る。
【００９６】
本明細書に記載されているアミノ酸残基は、他に示されない限り、「Ｌ」異性体にある。しかしながら、ペプチドが所望の抗体特異性を実質的に保持する限り、「Ｄ」異性体における残基は任意のＬ−アミノ酸残基に置換されてもよい。
【００９７】
適切な類似体は現在標準的なペプチド合成法及び装置又は組換え法によって容易に合成され得る。全てのこのような類似体はそれらのアミノ酸配列に関しては本発明の抗原に本質的に基づくが、欠失、置換又は付加される１つ又は複数のアミノ酸残基を有するであろう。アミノ酸残基が置換される場合、予測されるこのような保存的置換は、ポリペプチドの構造又は抗原性を有意に変化しないものである。例えば、塩基性アミノ酸は他の塩基性アミノ酸に置換され、酸性アミノ酸は酸性アミノ酸に置換され、中性アミノ酸は中性アミノ酸に置換されるであろう。上記で詳述されている保存的置換を含む類似体に加えて、類似体が本発明の抗原と免疫学的に交差反応する限り、非保存的アミノ酸置換を含むこれらの類似体が更に意図される。
【００９８】
他の態様において、これらのペプチドをコードする核酸、これらの核酸を含むベクター及びそれらを含有する宿主細胞が提供される。これらの核酸、ベクター及び宿主細胞は、当該分野において公知の組換え法（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、２００１を参照のこと）によって容易に産生される。例えば、本発明の抗原をコードする単離された核酸配列は、全体（すなわち、完全）遺伝子又はその一部のいずれかとして、その天然源から得られ得る。核酸分子はまた、組換えＤＮＡ技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅、クローニング）又は化学合成を使用して産生されてもよい。核酸配列には、天然核酸配列及び限定されないが、天然対立遺伝子バリアント及び修飾が、本発明の機能的ペプチドをコードする核酸分子の能力を実質的に妨げないようにヌクレオチドが挿入、欠失、置換及び／又は反転されている修飾核酸配列を含む、そのホモログが含まれる。
【００９９】
本発明の原理によれば、キットは、本明細書において抗原プローブセットとも称されている複数の抗原を含む。複数の抗原を含むこれらの抗原プローブセットは、ＳＬＥを有する対象の血清と特異的に反応する。いくつかの実施形態において、抗原プローブセットは強皮症を有する対象の血清とも特異的に反応する。本発明の原理によれば、複数の抗原は、有益には、抗原アレイの形態で使用されてもよい。いくつかの実施形態によれば、抗原アレイは抗原チップの形態で都合よく配列される。
【０１００】
他の実施形態において、キットは、複数の抗原に対する試料中の抗体の反応性を決定するための手段を更に含んでもよい。例えば、キットは、本発明の抗原プローブに対する抗体の特異的結合を測定するために使用され得る、試薬、検出可能な標識及び／又は容器を含有してもよい。特定の実施形態において、前記キットは抗原アレイの形態である。いくつかの実施形態において、前記キットは、複数の抗原に対する異なる試料中の抗体の反応性パターンを比較するための手段を含む。他の実施形態において、前記キットは、陰性及び／又は陽性対照試料を更に含んでもよい。
【０１０１】
例えば、陰性対照試料は、少なくとも１つの健常な個体（例えば、ＳＬＥに罹患していない個体）由来の試料を含有してもよい。陽性対照は、診断されているＳＬＥ又はＳＬＥのサブタイプに罹患している少なくとも１つの個体由来の試料を含有してもよい。他の非限定的な例は、健常な個体若しくは疾患個体のセット又は対照個体由来のデータの保存されたセットに由来する対照試料のパネルである。
【０１０２】
抗体、試料及び免疫学的検定
抗体又は免疫グロブリンは、ジスルフィド結合によって一緒に連結した２本の重鎖及び２本の軽鎖を含み、各々の軽鎖は、「Ｙ」形状の構造においてジスルフィド結合によってそれぞれの重鎖に連結する。各々の重鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、続いて複数の定常ドメイン（ＣＨ）を有する。各々の軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＬ）及びその他端に定常ドメイン（ＣＬ）を有し、軽鎖可変ドメインは重鎖の可変ドメインと整列し、軽鎖定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）と整列する。軽鎖及び重鎖の各対の可変ドメインは抗原結合部位を形成する。
【０１０３】
重鎖のアイソタイプ（ガンマ、アルファ、デルタ、イプシロン又はミュー）は免疫グロブリンクラス（それぞれＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ又はＩｇＭ）を決定する。軽鎖は全ての抗体クラスに見出される２つのアイソタイプ（カッパ、κ又はラムダ、λ）のいずれかである。
【０１０４】
「抗体（単数又は複数）」という用語が使用されている場合、これは、ポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）などのインタクトな抗体並びにＦａｂ又はＦ（ａｂ’）２断片などのそれらのタンパク質分解断片を含むことを意図することが理解されるべきである。更に本発明の範囲内に含まれるのは（例えば、本明細書に詳述されている免疫学的検定の試薬として）、キメラ抗体、組換え及び操作された抗体及びそれらの断片である。
【０１０５】
軽鎖及び重鎖の両方の全又は実質的に全可変領域を含む例示的な機能的抗体断片は以下のように定義される：
（ｉ）Ｆｖ、２本鎖として発現される軽鎖の可変領域及び重鎖の可変領域からなる遺伝子操作された断片として定義される、
（ｉｉ）一本鎖Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）、適切なポリペプチドリンカーによって連結した軽鎖の可変領域及び重鎖の可変領域を含む遺伝子操作された一本鎖分子、
（ｉｉｉ）Ｆａｂ、その可変及びＣＨ１ドメインからなる、インタクトな軽鎖及び重鎖のＦｄ断片を産生するために酵素パパインにより全抗体を処理することによって得られる、抗体分子の一価抗原結合部分を含有する抗体分子の断片を含有する抗体分子の断片、
（ｉｖ）Ｆａｂ’、酵素ペプシンにより全抗体を処理し、続いて還元することによって得られる、抗体分子の一価抗原結合部分を含有する抗体分子の断片（２つのＦａｂ’断片が抗体分子につき得られる）、並びに
（ｖ）Ｆ（ａｂ’）２、酵素ペプシンにより全抗体を処理することによって得られる、抗体分子の一価抗原結合部分を含有する抗体分子の断片（すなわち、２つのジスルフィド結合によって一緒に保持されるＦａｂ’断片の二量体）。
【０１０６】
本明細書で使用されている場合、「抗原」という用語は、抗体に結合できる分子又は分子の一部である。抗原は、典型的に、その抗原のエピトープに結合できる抗体を産生するように動物を誘導できる。抗原は１つ又は複数のエピトープを有してもよい。上記に称されている特異的反応とは、抗原が高い選択的様式で、その対応する抗体と反応し、他の抗原により誘起され得る多数の他の抗体と反応しないことを示すことを意味する。「抗原ペプチド」は抗体に特異的に結合できるペプチドである。
【０１０７】
別の実施形態において、抗原プローブに特異的に結合する抗体の能力の検出は、特異的抗原−抗体複合体形成を定量化することによって実施され得る。本明細書で使用されている場合、「特異的に結合する」という用語は、抗原プローブに対する抗体の結合が、非関連分子の存在によって競合的に阻害されないことを意味する。
【０１０８】
特定の実施形態において、本発明の方法は、ＩｇＧアイソタイプの抗体又は他の実施形態において対象から単離されたＩｇＭの抗体に特異的に結合する本発明の抗原の能力を決定することによって実施される。
【０１０９】
対象由来の適切な抗体含有生体試料を得るための方法は十分に当業者の能力の範囲内である。典型的に、適切な試料は全血及びそれから誘導される産物、例えば血漿及び血清を含む。他の実施形態において、他の抗体含有試料、例えば、ＣＳＦ、尿及び唾液試料が使用されてもよい。
【０１１０】
多数の周知の流体収集法が、本発明の方法を実施するために対象由来の生体試料を収集するために利用されてもよい。
【０１１１】
本発明に従って、任意の適切な免疫学的検定が対象ペプチドと共に使用されてもよい。このような技術は当業者に周知であり、多くの標準的な免疫学のマニュアル及びテキストに記載されている。特定の好ましい実施形態において、抗原プローブに特異的に結合する抗体の能力を決定することは抗原プローブアレイに基づいた方法を使用して実施される。好ましくは、アレイは、血清中に含有する抗体と固定された抗原プローブとの間で特異的に結合でき、未結合の血清をアレイから洗い流すことができ、洗浄したアレイを、所望のアイソタイプの抗体に関する検出可能な標識がコンジュゲートしたリガンドとインキュベートでき、未結合の標識をアレイから洗い流すことができ、各々の抗原プローブに結合した標識のレベルを測定できるように対象の適切に希釈された血清とインキュベートされる。
【０１１２】
抗原チップ
抗原マイクロアレイは免疫反応のハイスループット特性付けのために最近開発されているツールであり（Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、２００２、Ｎａｔ  Ｍｅｄ  ８、２９５−３０１）、ワクチン接種及び自己免疫障害において免疫反応を分析するために使用されている（Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、２００２；Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、２００３、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２１、１０３３−９；Ｑｕｉｎｔａｎａら、２００４；Ｋａｎｔｅｒら、２００６、Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １２、１３８−４３）。多数の反応性のパターンが、健常及び疾患においてマウス（Ｑｕｉｎｔａｎａら、２００４；Ｑｕｉｎｔａｎａら、２００１、Ｊ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ  １７、１９１−７）及びヒト（Ｍｅｒｂｌら、２００７、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１７、７１２−８；Ｑｕｉｎｔａｎａら、２００３、Ｊ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ  ２１、６５−７５）について自己免疫レパートリーに関する以前の分析に示されているように、単一の抗原−抗体関係より多く露出し得ると仮定されている（Ｑｕｉｎｔａｎａら、２００６、Ｌｕｐｕｓ  １５、４２８−３０）。従って、自己抗体レパートリーは、疾患の病因への両方の新たな洞察を提供し、疾患プロセスの免疫バイオマーカー（Ｃｏｈｅｎ、２００７、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．７、５６９−７４）として役立つ可能性を有する。
【０１１３】
いくつかの態様によれば、本発明の方法は、本発明者らのいくつかによるＷＯ０２／０８７５５及びＵ．Ｓ．２００５／０２６０７７０（それらの内容は本明細書に参照により組み込まれている）に開示されている抗原アレイを使用して実施され得る。ＷＯ０２／０８７５５は、疾患の診断又は治療のモニタリングを必要とする患者対象由来の血清の未決定の免疫グロブリンとの規定の抗原反応をクラスター化し、それにより識別するための製造のシステム及び物品を対象とする。複数の抗原に関する抗原のサブセットをクラスター化するステップであって、前記抗原のサブセットは、複数の患者に由来する複数の抗体と反応する上記ステップ、及び対象の抗体を得られたクラスターと関連付けるか又は関連付けないステップを利用する、これらの方法に有用な診断方法及びシステムが更に開示されている。
【０１１４】
本発明者らのいくつかによるＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ａｐｐ．Ｐｕｂ．Ｎｏ．２００５／０２６０７７０は、抗原アレイシステム及びその診断用途を開示している。その出願は、免疫疾患、特に１型糖尿病又は対象におけるその素因を診断する方法であって、抗原プローブセットの各々の抗原プローブに特異的に結合する対象の免疫グロブリンの能力を決定するステップを含む、上記方法を提供している。前記開示の教示は完全に本明細書に記載されているかのようにそれらの全体が組み込まれている。
【０１１５】
他の実施形態において、限定されないが、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、マルチプレックスビーズを用いたフローサイトメトリー（Ｌｕｍｉｎｅｘによって作製されたシステムなど）、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、偏光解析法（ｅｌｉｐｓｏｍｅｔｒｙ）並びに例えば、レーザースキャニング、光検出、光電子増倍管による光子検出、デジタルカメラベースのシステム又はビデオシステムを用いた撮影法、放射線計測、蛍光検出、電子、磁気検出及び抗原−抗体結合の定量的測定を可能にする任意の他のシステムを利用する種々の他の免疫学的検定を含む、種々の他の免疫学的検定が使用されてもよい。
【０１１６】
本発明の方法に適したアレイを準備するための種々の方法が開発されている。最先端の方法は、抗原プローブを支持体の表面に付着させるために適切な熱及び／又は化学処理によって後で処理される、平面支持体、典型的には顕微鏡スライドなどのガラス支持体の表面上の密集した特定の操作可能な位置に抗原プローブを含有する異なる溶液を適用又は「スポットする」ためにロボット装置を使用することを含む。好都合には、ガラス表面は、遊離アミン又はチオール基を含有する任意の分子に共有結合する、表面上のエポキシ基などの反応基の層を残す化学処理によって最初に活性化される。適切な支持体はまた、シリコン、ニトロセルロース、紙、セルロース支持体などを含んでもよい。
【０１１７】
好ましくは、アレイの特定の操作可能な位置に付着される本発明の各々の抗原プローブ又は抗原プローブの異なるサブセットは、統計的に強力なデータの生成を可能にするために、アレイの少なくとも２つ、より好ましくは少なくとも３つの別個の特定の操作可能な位置に独立して付着される。
【０１１８】
本発明の抗原プローブに加えて、アレイは、有益には、対照抗原プローブ又は他の標準化学物質を含んでもよい。このような対照抗原プローブは正規化対照プローブを含んでもよい。正規化対照プローブから得られる信号は、結合条件、標識強度、「読み取り」効率及び変化する所与の結合抗体−プローブリガンド相互作用の信号を生じる得る他の要因の変化に対する対照を提供する。例えば、蛍光強度などの信号、抗原プローブアレイの全ての他の抗原プローブからの読み取りは、正規化対照プローブから信号（例えば、蛍光強度）により分けられ、それにより測定を正規化する。正規化対照プローブは、抗体−リガンドプローブ効率の空間的変動を制御するために抗原プローブアレイ上の種々の操作可能な位置に結合され得る。好ましくは、正規化対照プローブは、端部効果を制御するためにアレイの角又は端部に、及びアレイの中央に位置する。
【０１１９】
標識抗体リガンドは種々の適切な種類の抗体リガンドのいずれかであってもよい。好ましくは、抗体リガンドは使用される対象の抗体のＦｃ部分に特異的に結合できる抗体である。例えば、対象の抗体がＩｇＭアイソタイプである場合、抗体リガンドは、好ましくは、対象のＩｇＭ抗体のＦｃ領域に特異的に結合できる抗体である。
【０１２０】
対象の抗体のリガンドは種々の種類の検出可能な標識のいずれかにコンジュゲートされ得る。好ましくは、標識はフルオロフォア、最も好ましくはＣｙ３である。或いは、フルオロフォアは、Ｃｙ５、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ）、ローダミン、テキサスレッドなどを含む、種々のフルオロフォアのいずれかであってもよい。特定のアイソタイプの抗体に特異的である適切なフルオロフォアがコンジュゲートした抗体は、商業的供給源から広範に利用可能であり、それらの産生方法は十分に確立されている。
【０１２１】
対象の抗体は、用途及び目的に応じて、種々の方法のいずれかにおいてそれらの抗原プローブ結合能力を分析するために単離されてもよい。対象の抗体は、適切及び好都合には、血清若しくは血漿又はそれらの希釈（例えば、１：１０希釈）の形態であってもよいが、抗体は、抗原プローブに特異的に結合するそれらの能力について試験される前に任意の所望の程度の精製に供されてもよい。本発明の方法は、対象の全抗体又は抗体可変領域を含む対象の抗体断片を使用して実施されてもよい。
【０１２２】
データ分析
有益には、本発明の方法は、健常な対照対象の反応性パターンを、ＳＬＥ又は強皮症を有する患者の反応性パターンと識別するために、アルゴリズムなどをクラスター化する、学習及びパターン認識アナライザーの使用を採用してもよい。このように、この用語は、特に、例えば、複数の抗原に対する、試験試料中の抗体の反応性を決定し、このようなアルゴリズム及び／又はアナライザーを使用して、得られた反応性パターンを、陰性及び陽性対照試料（例えば、ＳＬＥに罹患していない対照対象又はＳＬＥに罹患している患者からそれぞれ得た試料）の反応性パターンと比較することによって測定された差を含む。差はまた、試験試料の反応性パターンを、このように得られる所定の分類規則と比較することによって測定されてもよい。
【０１２３】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、ＳＬＥのサブタイプを有する対象の反応性パターンを、対照対象と識別するために、アルゴリズムなどをクラスター化する、学習及びパターン認識アナライザーの使用を採用してもよい。例えば、方法は、複数の抗原に対する試験試料中の抗体の反応性を決定するステップ、並びにこのようなアルゴリズム及び／又はアナライザーを使用して、得られたパターンを、陰性及び陽性対照試料の反応性パターンと比較するステップを含んでもよい。
【０１２４】
従って、別の実施形態において、対照試料の反応性パターンと比較した試験試料の反応性パターンの有意差（この差は、学習及びパターン認識アルゴリズムを使用してコンピュータで計算される）は、対象がＳＬＥに罹患していることを示す。例えば、アルゴリズムには、限定されないが、主成分分析（ＰＣＡ）、部分最小二乗法（ＰＬＳ）、多重線形回帰（ＭＬＲ）、主成分回帰（ＰＣＲ）、線形判別分析（ＬＤＡ）を含む判別関数分析（ＤＦＡ）、並びに最近傍、人工神経ネットワーク、連結二方向クラスタリングアルゴリズム、多層パーセプトロン（ＭＬＰ）、生成回帰神経ネットワーク（ＧＲＮＮ）、ファジー推論システム（ＦＩＳ）、自己組織化マップ（ＳＯＭ）、遺伝アルゴリズム（ＧＡＳ）、ニューロファジーシステム（ＮＦＳ）、適応共鳴理論（ＡＲＴ）を含むクラスター分析を含むが、これらに限定されない統計アルゴリズムを含む監視型又は非監視型の分類子が含まれてもよい。
【０１２５】
特定の実施形態において、所定のカットオフに対して（又は複数の所定のカットオフに対して）試験試料中で定量された各抗体の量を比較するために１つ又は複数のアルゴリズム又はコンピュータプログラムを使用してもよい。或いは、ヒトによって手動で必要なステップを実施するための１つ又は複数の指示書が提供され得る。
【０１２６】
パターン分析を決定し、比較するためのアルゴリズムには、限定されないが、主成分分析、フィッシャー線形分析、神経ネットワークアルゴリズム、遺伝アルゴリズム、ファジー論理パターン認識などが含まれる。分析が完了した後、得られた情報は、例えば、ディスプレイに表示することができ、ホストコンピュータに送信することができるか、又はその後の検索のために保存装置に保存することができる。
【０１２７】
アルゴリズムの多くは、神経ネットワークに基づいたアルゴリズムである。神経ネットワークは入力層、処理層及び出力層を有する。神経ネットワークにおける情報は処理層全体を介して分配される。処理層はノードへの相互接続によってニューロンを刺激するノードで構成される。データの収集における基礎的なパターンを示す統計的分析と同様に、神経ネットワークは所定の基準に基づいてデータの収集における一貫したパターンを検索する。
【０１２８】
適切なパターン認識アルゴリズムには、限定されないが、主成分分析（ＰＣＡ）、フィッシャー線形判別分析（ＦＬＤＡ）、クラス類似性のソフト独立型モデリング（ＳＩＭＣＡ）、Ｋ−最近傍（ＫＮＮ）、神経ネットワーク、遺伝アルゴリズム、ファジー論理及び他のパターン認識アルゴリズムが含まれる。いくつかの実施形態において、フィッシャー線形判別分析（ＦＬＤＡ）及び模範判別分析（ＣＤＡ）並びにそれらの組合せを用いて出力の特徴とデータベースから利用できるデータを比較する。
【０１２９】
他の実施形態において、主成分分析が使用される。主成分分析（ＰＣＡ）には、複数の相関する変数を少数の非相関変数に変換する数学的技法が関与する。少数の非相関変数は主成分として知られている。第１の主成分又は固有ベクトルはデータにおけるできるだけ多くの変動性を説明し、各連続成分はできるだけ多くの残りの変動性を説明する。ＰＣＡの主な目的はデータセットの次元性を減らし、新しい基礎的な変数を識別することである。
【０１３０】
主成分分析は、２つ以上の共分散行列の構造を階層的な方法で比較する。例えば、１つの行列は、単一の定数に行列の各要素が乗じられることを除いて別の行列と同一であり得る。従って、行列は互いに比例する。より特には、行列は同一の固有ベクトル（又は主成分）を共有するが、それらの固有値は定数が異なる。行列間の別の関係は、それらが一般に主成分を共有するが、それらの固有値は異なるということである。主成分分析で使用される数学的技法は、固有分析と呼ばれる。最大の固有値に関連する固有ベクトルは第１の主成分として同じ方向を有する。２番目に大きな固有値に関連する固有ベクトルは第２の主成分の方向を決定する。固有値の合計は正方行列のトレースに等しく、固有ベクトルの最大数はこの行列の行の数に等しい。
【０１３１】
別の実施形態では、アルゴリズムは分類子である。分類子の１つの型は、トレーニングセットからのデータを伴ったアルゴリズムを「トレーニング」することによって創られ、その性能は、試験セットデータによって評価される。本発明と併せて使用される分類子の例は、判別分析、決定木分析、受信者動作曲線又は分割及びスコア分析である。
【０１３２】
「決定木」という用語は、分類に採用されるフローチャート様の木構造を持つ分類子を指す。決定木はサブセットへのデータセットの分割の繰り返しからなる。各分割は、１つの変数に適用される単純な規則からなり、例えば、「「変数１」の値が「閾値１」より大きければ、左に行き、それ以外は右に行く」。従って、所与の特徴の空間は長方形のセットに区画化され、各長方形が１つのクラスに割り振られる。
【０１３３】
「試験セット」又は「未知の」又は「検証セット」という用語は、トレーニングセットに含まれない項目からなる利用可能なデータセット全体のサブセットを指す。試験データを適用して分類子の性能を評価する。
【０１３４】
「トレーニングセット」又は「既知のセット」又は「参照セット」という用語は、利用可能なデータセット全体のそれぞれのサブセットを指す。このサブセットは、典型的に、無作為に選択され、単に分類子の構築という目的のために使用される。
【０１３５】
診断方法
本明細書で使用されている場合、「診断すること」又は「診断」という用語は、その兆候、症状によって、及び例えば、複数の抗原に対する、個体から得た生体試料（例えば、血清）中の抗体の反応性を検出することを含む、特に種々の診断手順の結果から医学的病態又は疾患（例えば、ＳＬＥ）を識別するプロセスを指す。更に、本明細書で使用されている場合、「診断すること」又は「診断」という用語は、疾患をスクリーニングすること、疾患の存在又は重症度を検出すること、１つ又は複数の類似又は同一の症状を特徴とし得るそれらの疾患を含む他の疾患からある疾患を区別すること、疾患の予後を提供すること、疾患の予後又は再発をモニタリングすること、並びに治療有効性及び／又は疾患、障害若しくは病態の再発の評価、並びに疾患のための治療法及び／又は治療を選択すること、疾患の所与の治療法の最適化、疾患の治療をモニタリングすること、及び／又は特定の患者若しくは亜集団についての治療法の好適性を予測すること、又は患者若しくは亜集団にて治療製品の適切な用量を決定することを包含する。
【０１３６】
一実施形態において、本発明の方法に従って診断される対象は症候性である。他の実施形態において、対象は無症候性である。
【０１３７】
診断手順は、インビボ又はインビトロで、好ましくはインビトロで実施され得る。
【０１３８】
いくつかの実施形態によれば、本発明はＳＬＥ又は強皮症を検出するのに有用な診断方法を提供する。
【０１３９】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）又はループスを診断するのに有用である。本明細書で使用されている場合、「ループス」は、結合組織を攻撃する抗体を含む自己免疫疾患又は障害である。
【０１４０】
更なる実施形態において、本発明は、ＳＬＥを有する対象を治療する方法であって、本発明の方法によって対象におけるＳＬＥを決定するステップ、及びＳＬＥについての治療有効量の医薬を前記対象に投与するステップであり、それによりＳＬＥを治療する上記ステップを含む、上記方法を提供する。
【０１４１】
ＳＬＥを診断する基準
１９８２年の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）の基準はＳＬＥを診断するのに必要な特徴を要約している。１１の基準のうち４つの存在はＳＬＥについて８５％の感受性と９５％の特異性を生じる。ＳＬＥを有する患者は臨床的特徴及びループスの血清学的な証拠の任意の組合せを示し得る。
・漿膜炎−検査又は診断用ＥＣＧ又は画像化にて胸膜炎、心膜炎
・口腔潰瘍−通常、疼痛なしで口腔又は鼻咽腔；口蓋が最も特徴的である
・関節炎−非糜爛性、圧痛又は腫脹を伴った２箇所以上の末梢の関節
・光過敏症−光への暴露に対する異常な皮膚の反応
・血液障害−白血球減少症（２回以上にわたって＜４×１０３個の細胞／μＬ）、リンパ球減少症（２回以上にわたって＜１５００個の細胞／μＬ）、血小板減少症（原因医薬の非存在下で＜１００×１０３個の細胞／μＬ）、溶血性貧血
・腎臓の関与−タンパク尿（＞０．５ｇ／ｄ又は尿検査で３＋陽性）又は細胞円柱
・ＡＮＡ−高い力価が一般的により特異的（＞１：１６０）；薬物誘発のループスに関連した医薬の非存在下でなければならない
・免疫的な現象−ｄｓＤＮＡ；抗スミス（Ｓｍ）抗体；抗リン脂質抗体（抗カルジオリピン免疫グロブリンＧ［ＩｇＧ］又は免疫グロブリンＭ［ＩｇＭ］又はループス性抗凝固因子）；梅毒、エリテマトーデス（ＬＥ）細胞についての生物学的に疑陽性の血清学試験の結果（１９９７年に省略された）
・神経障害−他の原因の非存在下にて痙攣発作又は精神病
・頬部発疹−頬及び鼻梁にわたる固定された紅斑、平坦又は隆起
・円板状発疹−角化性落屑及び毛孔性角栓、多くは瘢痕を伴った紅斑性の隆起した縁のある病変
【０１４２】
ＳＬＥ診断について最も一般的に使用される手段のうちの２つは、全身性エリテマトーデス疾患活動指標（ＳＬＥＤＡＩ）及び全身性ループス活動性測定（ＳＬＡＭ）である。
【０１４３】
ＳＬＥ疾患活動性指標（ＳＬＥＤＡＩ）
ＳＬＥＤＡＩは、関与する各臓器系の重要性に重みを加えることによって疾患活動性を測定する指標である。ＳＬＥＤＡＩは９つの臓器系を表す２４の項目を含む。既往歴、身体検査及び実験的評価によって変数が得られる。関与する臓器の重要性に基づいて各項目に１〜８の重みをつける。例えば、口腔潰瘍には２というスコアを付ける一方で痙攣発作には８のスコアを付ける。ＳＬＥＤＡＩに含まれる実験的パラメータには、白血球数、血小板数、尿検査、血清のＣ３、Ｃ４及び抗ｄｓＤＮＡが含まれる。最大総スコアは１０５である。
【０１４４】
全身性ループス活動性測定（ＳＬＡＭ）
ＳＬＡＭには１１の臓器系を表す３２の項目が含まれる。項目は存在／非存在としてスコア化されるだけでなく、重症度に基づいて１〜３の尺度で等級化される。ＳＬＡＭについての可能な総スコアは８６である。ＳＬＥＤＡＩ及びＳＬＡＭ双方は、経時的な変化に対して妥当であり、信頼でき、感受性があることが示されており（Ｌｉａｎｇら、１９８９、Ａｒｔｈ  Ｒｈｅｕｍ  ３２：１１０７−１８）、研究プロトコール及び臨床試験で広く使用されている。これらの指標は、ＳＬＥにおける疾患活動性の新しく提案された血清学的又は炎症性のマーカーの値を調べるのに特に有用である。
【０１４５】
これらの手段の明らかな有用性にもかかわらず、若干の欠点が存在する。まず、同一セットの患者においてＳＬＡＭとＳＬＥＤＡＩとの間で常に完全な一致があるとは限らない。これらの矛盾にはいくつかの考えられる理由がある。ＳＬＥＤＡＩとは異なって、ＳＬＡＭには、疲労及び発熱などの全身症状が含まれ、それが活動性ＳＬＥに起因するとみなされてもよく又はみなされなくてもよく；この活動性指標は医師の解釈に依存する。加えて、ＳＬＥＤＡＩは、一部の臓器系で穏やかな程度の活動性を捕捉せず、溶血性貧血などの数種の活動性について記述子を有さない。
【０１４６】
本発明のいくつかの実施形態を更に完全に例示するために以下の実施例を提示する。しかしながら、それらは本発明の広い範囲を限定すると決して解釈されるべきではない。
【実施例】
【０１４７】
材料及び方法
ヒト対象
この研究は、参加する各臨床施設の施設内治験審査委員会によって認可され、参加者全てからインフォームドコンセントを得た。４９人のＳＬＥ患者（全てＳＬＥについて米国リウマチ学会の基準を満たした）、２４人の強皮症患者、８人の天疱瘡患者及び２３人の健常な対照からの血清を研究した。血液試料及び臨床データは、Ｒａｂｉｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ、Ｐｅｔａｃｈ  Ｔｉｋｖａ、Ｉｓｒａｅｌのリウマチ学及び腎臓学課；Ｓｈｅｂａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ、Ｉｓｒａｅｌのリウマチ学課及び血液学部門並びにＴｅｌ  Ａｖｉｖ  Ｓｏｕｒａｓｋｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒの皮膚科学部門に来た患者から収集した。
【０１４８】
抗原マイクロアレイ及び血清試験
抗原マイクロアレイチップを以前に記載されているように調製した（Ｑｕｉｎｔａｎａら、Ｌｕｐｕｓ．２００６；１５：４２８−３０）。簡潔に説明すると、４８ピンのロボットを使用してエポキシ活性化ガラス基材の上に３つ組にていくつかは数種類の濃度で、又は異なる溶媒中で６４個の抗原（全部で１１０個の異なる調製物）のスポットを作った（Ｍｉｃｒｏｇｒｉｄ  ６００；Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）。これらの抗原には、タンパク質、選択したタンパク質の配列由来の合成ペプチド、ヌクレオチド、リン脂質並びに他の自己分子及び非自己分子が含まれた（以下に記載されている）。次いで３７℃にて１時間１％ウシ血清アルブミンでマイクロアレイをブロックした。３７℃にて１時間カバースリップの下で１％ウシ血清アルブミンブロッキング緩衝液中の試験血清（１：１０希釈）をインキュベートした。次いでアレイを洗浄し、ヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｃｙ３がコンジュゲートした抗体及びヤギ抗ヒトＩｇＭ  Ｃｙ５がコンジュゲートした抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｗｅｓｔ  Ｇｒｏｖｅ、ＰＡ）を一緒に混合した１：５００希釈の２つの検出抗体と３７℃にて１時間インキュベートした。レーザーによって画像獲得を実施し（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）、結果をＱｕａｎｔａｒｒａｙソフトウエア（Ｐａｃｋａｒｄ  ＢｉｏＣｈｉｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ、ＭＡ）及び本発明者らによって開発されたソフトウエアを使用して分析した。各抗原スポットへの結合のシグナル強度の定量的範囲は０〜６５，０００であり、検出のこの範囲によって１：１０希釈での試験試料の信頼できるデータを得ることが可能になった。
【０１４９】
以下は実施例の段落に使用されている抗原のリストである：アクチン（ウシ筋肉由来のアクチン、Ａ３５６３、Ｓｉｇｍａ；ベータ２ＧＰ１−Ａ２２９９−７７Ｅ、ＵＳ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ；ＢＭＰ４（骨形態形成タンパク質４）−ヒト組換え体、ＣＹＴ−３６、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ブセレリン−ＨＯＲ−２５５、Ｐｒｏｓｐｅｃ；カルジオリピン−Ｃ０５６３、Ｓｉｇｍａ；ＣＤ９９−ヒト組換え体、ＰＲＯ−２９４、Ｐｒｏｓｐｅｃ；セントロメアＡ−ヒト組換え体、ＰＲＯ−３８９  Ｐｒｏｓｐｅｃ；セントロメアＢ−ヒト組換え体、ＰＲＯ−３９０  Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＣＭＶ（サイトメガロウイルス）Ｐｐ１５０−組換え体、ＣＭＶ−２１６、Ｐｒｏｓｐｅｃ；コラーゲンＩＩＩ  Ｃ４４０７、Ｓｉｇｍａ；コラーゲンＩＶ  Ｃ７５２１、Ｓｉｇｍａ；ＤＮＡ（シトシン−５）メチルトランスフェラーゼ１−組換え体、ａｂ９１３６７、ａｂｃａｍ；ｄｓＤＮＡ−Ｄ１５０１、Ｓｉｇｍａ；ｓｓＤＮＡ−Ｄ８８９９、Ｓｉｇｍａ；ＤＳＧ（デスモグレイン）１−ヒト組換え体、Ｈ００００１８２８−Ｐ０１、Ａｂｎｏｖａ；ＤＳＧ（デスモグレイン）３−ａｂ８７４４１、ａｂｃａｍ；ＥＢＮＡ１（ＥＢＶ核抗原１）−組換え体、ＥＢＶ−２７６、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＥＢＶ（エプスタイン−バーウイルス）ｐ１８−組換え体、ＥＢＶ−２７３、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＥＢＶ  ｐ２３−組換え体、ＥＢＶ−２７８、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＥＢＶＥＡ（エプスタイン−バーウイルス早期抗原）−組換え体、ＥＢＶ−２７２、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＦＡＢＰ３（脂肪酸結合タンパク質３）−組換え体、ＰＲＯ−３４０、Ｐｒｏｓｐｅｃ；フィブリノーゲン−Ｆ４７５３、Ｓｉｇｍａ；ＦＯＸ（フォークヘッドボックス）タンパク質３−ｐ２９０−３０４（ＴＫＡＳＳＶＡＳＳＱＧＰＶＶＰ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｂ７ＺＬＧ１、この配列は一致するヒトＴＫＡＳＳＶＡＳＳＤＫＧＳＣＣと６０％の重複を有する；ＧＬＰ１（グルカゴン様ペプチド−１）−組換え体、ＨＯＲ−２３６、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＧＲＯａ（増殖調節タンパク質アルファ）−組換え体、ＣＨＭ−３２９、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＧＳＴ（グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ）−Ｇ８６４２、Ｓｉｇｍａ；ＨＧＦ（肝細胞増殖因子）−組換え体、ＣＹＴ−２４４、Ｐｒｏｓｐｅｃ；西洋ワサビペルオキシダーゼ−Ｐ６７８２、Ｓｉｇｍａ；ＨＳＰ６０アミノ酸２１−４１、ＱＳＩＶＰＡＬＥＩＡＮＡＨＲＫＰＬＶＩＩＡ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｑ５３ＱＤ５；ｈｓｐ６０アミノ酸２４０−２５９、ＱＤＡＹＶＬＬＳＥＫＫＯＳＳＶＱＳＩＶＰ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ１０８０９、この配列は一致するヒトＱＤＡＹＶＬＬＳＥＫＫＩＳＳＩＱＳＩＶＰと９０％の重複を有する；ＨＳＰ６０ｐ２６−アミノ酸３７６−３９５、ＥＱＬＤＩＴＴＳＥＹＥＫＥＫＬＮＥＲＬＡ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ６３０３８；ＨＳＰ６０−アミノ酸４３６−４５５、ＩＶＬＧＧＧＣＡＬＬＲＣＩＰＡＬＤＳＬＫ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ６３０３８；雄鶏のトサカ（ｒｏｏｓｔｅｒ  ｃｏｍｂ）由来のヒアルロン酸−Ｈ５３８８、Ｓｉｇｍａ；ストレプトコッカスエクイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  Ｅｑｕｉ）由来のヒアルロン酸ナトリウム塩−５３７４７、Ｓｉｇｍａ；ヒアルロン酸ヒト−Ｈ��５０４、Ｓｉｇｍａ；ＩＧＦＢＰ１（インスリン増殖因子結合タンパク質１）−組換え体、ＣＲＩ２３２Ｂ、Ｃｅｌｌｓｃｉｅｎｃｅｓ；ＩｇＧ−Ｉ２５１１、Ｓｉｇｍａ；ＩｇＭ−Ｉ８２６０、Ｓｉｇｍａ；Ｌａ−組換え体、ＰＲＯ−３２７、Ｐｒｏｓｐｅｃ；緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  Ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）由来のリポ多糖−Ｌ９１４３、Ｓｉｇｍａ；サルモネラエンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  Ｅｎｔｅｒｉｃａ）由来のリポ多糖−Ｌ５８８６、Ｓｉｇｍａ；リソソーム膜タンパク質２−組換え体、Ｈ００００３  ９２０、Ａｂｎｏｖａ；メチル−ＣｐＧ−結合ドメインタンパク質２−組換え体、ａｂ４０７０７、Ａｂｃａｍ；メチル−ＣｐＧ−結合ドメインタンパク質４−組換え体、Ｈ００００８９３０、Ａｂｎｏｖａ；ＭＯＧ（ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質）−ｐ３５−５５−ＰＲＯ−３７１、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＭＰＯ（ミエロペルオキシダーゼ）−ＥＮＺ−０７４、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＮＲＭＪアミノ酸２０６−２３４  ＬＧＣＳＳＲＧＶＣＶＤＧＱＣＩＣＤＳＥ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｆ１ＬＱ６３；Ｐ２７８（ＨＳＰ６０アミノ酸４５８−４７４）−ＮＥＤＱＫＩＧＩＥＩＩＫＲＡＬＫＩ  ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ６３０３８；ｐ５３  ｐ１０−アミノ酸１４−３３、ＫＴＣＰＶＱＬＷＶＳＡＴＰＰＡＧＳＲＶＲ；ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ａ５ＪＴＶ６；ｐ５３ｐ１１−アミノ酸２９−４８−ＧＳＲＶＲＡＭＡＩＹＫＫＳＱＨＭＴＥＶＶ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ａ５ＪＴＶ６；ｐ５３アミノ酸２５３−２７２−ＤＳＳＧＮＬＬＧＲＤＳＦＥＶＲＶＣＡＣＰ；ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ０２３４０；ｐ５３アミノ酸５３−７２、ＬＰＱＤＶＥＥＦＦＥＧＰＳＥＡＬＲＶＳＧ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ０２３４０；ＰＣＮＡ（増殖細胞核抗原）−組換え体、ＰＲＯ−３０３、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＰＤＧＦ受容体（血小板由来増殖因子受容体）−組換え体、Ｄ０９４６、Ｓｉｇｍａ；ＰＤＩ（タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ）−組換え体、ＥＮＺ−２６２、Ｐｒｏｓｐｅｃ；肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｃｏｃａｌ）莢膜多糖型４−ＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から購入した；ＰＲ３（プロテイナーゼ３）−ＣＳＩ１４８２５Ａ、Ｃｅｌｌｓｃｉｅｎｃｅｓ；ＲＯ６０−組換え体、ＰＲＯ−３２９、Ｐｒｏｓｐｅｃ；ＳＡＰ９０（Ｄｉｓｋｓ  ｌａｒｇｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ４）アミノ酸６３−８２−ＶＤＶＲＥＶＴＨＳＡＡＶＥＡＬＫＥＡＧＳ  ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｋ７ＥＫＵ８；Ｓｍ（Ｓｍｉｔｈ抗原）−ＣＳＩ１４８６３、Ｃｅｌｌｓｃｉｅｎｃｅｓ；ＳＹＰＨ（シナプトフィジン；ラット）アミノ酸８１−１００−ＣＶＫＧＧＴＴＫＩＦＬＶＧＤＹＳＳＳＡＥ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｐ０７８２５；サイログロブリン−Ｔ１００１、Ｓｉｇｍａ；トポイソメラーゼ１−組換え体、ＥＮＺ−３０６、Ｐｒｏｓｐｅｃ；及びＵ１ＲＮＰ（Ｕ１リボ核タンパク質複合体）−組換え体、ＰＲＯ−４４５、Ｐｒｏｓｐｅｃ。
【０１５０】
画像分析及びデータ処理
各抗原の複数のスポットに関する前景及び背景の強度を平均化し、前景と背景との差の底が１０の対数値を算出し、５００未満の差を５００に固定し、次いで対数変換した。異なったスライド間の差を調整するために、各スライド（相当するＩｇＭ又はＩｇＧのチャンネルにて）の平均レーザー強度値を次いで差し引いた。次いでデータセット全体にわたる最小値がゼロに等しくなるように各抗原の値を移した。得られた値をそのスポットの抗原への抗体の結合の抗原反応性として解釈した。スライドの８０％を超えてゼロの反応性を示した抗原は、スライド全域での変動係数が２０％未満である抗原なので除外した。
【０１５１】
統計的分析
本発明者らは、他のサブグループと比較して特定の研究サブグループにおいて反応性が高い又は低い抗原を識別しようとした。サブグループＡにおける対象の少なくとも２０％が所与の閾値より高い反応性を現した場合、抗原ｉをサブグループＢに対して研究サブグループＡを特徴付けるために決定し、それを９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）に設定した。つまり、特定の抗原に対する反応性の順位は、最も高い反応性の９０％以上がサブグループＢ対象よりサブグループＡに属することを示した。閾値より高い反応性を現した対象を「陽性」と称し、抗原ｉをサブグループＡにおいて「増加した」とみなした。同じ手順を、グループＡがグループＢより低い反応性を現した場合に実施した。すなわち、サブグループＡにおける対象の少なくとも２０％は９０％のＰＰＶに設定した閾値レベルより低い反応性を示した。つまり、最も低い反応性の少なくとも９０％はサブグループＢと比較してサブグループＡに属した。反応性が閾値より低い対象を「陽性」と称し、抗原ｉをサブグループＡにおいて「減少した」と宣言した。カットオフ及び陽性を、各抗原及び特定の分析、例えば、ＳＬＥ対ＳＳｃ又はＳＬＥ対健常な対照に対して特異的に決定した。
【０１５２】
Ｐ値をランダム化により計算し、多重比較補正に供した。全ての「減少した」場合は、最大１０％の偽発見率（ＦＤＲ）を通過した。
【０１５３】
少なくとも３０％の感受性スコアを有する「増加した」とランク付けした抗原はＦＤＲ試験を通過した。しかしながら、ＳＳｃ及び健常な対照と比較してＳＬＥ生検が過剰に表れることに起因して、３０％未満の感受性スコアを現した「増加した」抗原のいくつかは１０％ＦＤＲレベルを通過しなかった。それにも関わらず、これらの抗原は、そのような抗原についての「陽性」スライドが、ｄｓＤＮＡについて「陽性」であったスライドと重複したのでデータに含まれた（対応するｐ値は５％のＦＤＲレベルについて８・１０−３より小さかった）。
【０１５４】
（例１）
健常な対照及び強皮症患者のものと比較したＳＬＥ患者におけるＩｇＧ及びＩｇＭ反応性
表１は、強皮症患者及び健常な対照の反応性と比較して、ＳＬＥ患者の血清中で向上した又は減少したかのいずれかであるＩｇＧ及びＩｇＭアイソタイプのＰＰＶ≧９０％を有する抗原反応性を示す。ＩｇＧ反応性は、他の抗原に加えてＤＮＡ、Ｓｍ、β２ＧＰ１及びＬａなどの既知のＳＬＥ抗原に対して増加することが見出された。ヒト及び連鎖球菌の両方に由来するＨＡに対して増加したＩｇＧ反応性はＳＬＥ患者において高くなった。ＥＢＶ  ＥＡ及びＥＢＶｐ２３に対する反応性は、健常な対照と比較してＳＬＥ患者において増加することが見出されたが、強皮症患者と比較して見出されなかった。
【０１５５】
ＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ−１に対するＩｇＧ反応性はほとんどの健常な対象において存在することが見出されたが、予想外に、ＳＬＥ及び強皮症患者の数人は、双方共、これらのＥＢＶ抗原に対して減少した反応性を有することが見出された（表１及び図２）。
【０１５６】
対照と比較してＳＬＥ患者を特徴付けたＩｇＭ反応性は、通常、強皮症患者と比較して有意に異ならなかった。それにも関わらず、ＳＬＥ患者は強皮症患者と比較してＢ２ＧＰ１に対して増加したＩｇＭ反応性を示した。ＳＬＥと健常な対照を区別したＩｇＧ反応性はまた、ＳＬＥと強皮症患者を区別する傾向があった（表１）。ＩｇＭ反応性の増加はＤＮＡ及びＨＡに対して最も高かったが、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ブセレリン、ＭＯＧ、ＢＭＰ４及びＳｍに対しても高かった。ｄｓＤＮＡに対するＩｇＭ及びＩｇＧ反応性は重複した；ＩｇＭ抗ｄｓＤＮＡに対して陽性である２３人のうちの１８人（７８％）のＳＬＥ患者はまた、ＩｇＧ抗ｄｓＤＮＡに対しても陽性であった。加えて、有意なＩｇＭ及びＩｇＧ反応性は重複することが見出された：ＩｇＭ反応性に対して有意な６個の抗原のうちの５個はまた、ＩｇＧ反応性に対しても有意であった（表１）。
【０１５７】
ＧＳＴに対するＩｇＭ反応性は全ての研究グループにおいて高いことが見出されたが、ＳＬＥ患者のサブグループは対照及び強皮症患者と比較して減少した反応性を有することが見出された（図１）。
【０１５８】
ＥＢＶＥＡに対するＩｇＭ反応性はＳＬＥ患者において減少することが見出された。ＰＰＶ≧９０％の要件は満たさなかったが、ＳＬＥ平均反応性は、対照と比較して４４％及び強皮症患者と比較して３７％減少した（ｐ＜０．０５）（図１）。
【０１５９】
一般に、ＩｇＭ及びＩｇＧ反応性が増加又は減少するＳＬＥ患者の異なるサブグループは互いに部分的に重複し、反応性なし又は反応性の欠如が任意のサブグループにおいて相関した。ＩｇＭ又はＩｇＧ反応性の増加又は減少と疾患の臨床症状との間で明確な相関は見出されなかった。ＳＬＥ抗体プロファイルはＥＢＶ抗原に関して強皮症患者のものと重複したが、他の抗原に関して有意に異なり、両方のグループの患者は、ＥＢＶ抗原及び他の抗原の両方に対するそれらの抗体において健常な対照と有意に異なった。
【表１】
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【０１６０】
（例２）
抗ＤＮＡ陰性ＳＬＥ患者のサブグループをＥＢＶ抗原に対する反応性によって特徴付ける
ＥＢＶ抗原に対する自己抗体はＳＬＥ患者の８４％を特徴付け、ＥＢＶ以外の抗原に対する反応性と異なり、ＥＢＶ抗原に対して陽性であるＳＬＥ患者の２９％はそれらの抗ｄｓＤＮＡ反応性によって検出されなかった。それ故、ｄｓＤＮＡ及びＥＢＶ抗原を組み合わせることによって、ＳＬＥの血清学的検出を９４％まで増加させた（図３）。従って、ＥＢＶ抗原に対する反応性は、抗ｄｓＤＮＡ反応性によって既に提供されていなかった情報を提供することができなかった、５９個の他の抗原と対照的である。有意な臨床差はＳＬＥ患者のこれらの異なる血清学的サブグループの間で見出されなかった。同様に、ＥＢＶ抗原に対する反応性はｄｓＤＮＡ抗体に対して陰性であった強皮症（ＳＳｃ）患者を検出した。ＳＬＥ患者によって設定された閾値を使用して、１４（５８％）人のＳＳｃ患者がＥＢＶ抗原により検出されたが、それらの２人のみがｄｓＤＮＡに対して陽性であった。
【０１６１】
（例３）
強皮症患者におけるＩｇＧ及びＩｇＭ反応性
表２は、健常な対照及びＳＬＥ患者と比較してＳＳｃ患者において増加することが見出された抗原に対する感受性のパーセントを示す。トポイソメラーゼ及びセントロメアＢに対する反応性のみが、健常な対照及びＳＬＥ患者の両方と比較してＳＳｃ患者において有意に異なったことは留意すべきである。
【表２】
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【０１６２】
ＳＬＥ患者と同様に、ＥＢＶＥＡ及びＥＢＶｐ２３に対するＩｇＧ反応性の増加並びにＥＢＶｐ１８及びＥＢＮＡ１に対するＩｇＧ反応性の減少は、対照と比較してＳＳｃ患者において見出された。有意性の見かけの欠如はＰＰＶ≧９０％の要件及び少数のＳＳｃ患者に起因し得る（図２）。
【０１６３】
（例４）
他の抗原に対する増加したＩｇＧ反応性は、ＩｇＧ抗ｄｓＤＮＡに対して陽性とスコアを付けたＳＬＥ患者を特徴付ける
本発明者らは、ＥＢＶ又はｄｓＤＮＡ以外の抗原に対するＩｇＧ反応性の組合せが、ＳＬＥ患者の血清学的検出を増加させ得るかどうかを検査した。９つのＩｇＧ反応性は、対照と比較してＳＬＥ患者を有意に特徴付けたことが識別された（すなわち、ＨＡ（連鎖球菌（ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ））、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、ＨＡ（ヒト）、ＭＯＧ、ＢＭＰ４、ＨＳＰ６０−ｐ２６、ｐ５３−ｐ１０、ｐ５３ｐ１１及びＩＧＦＢＰ１；ＩｇＧ有意な抗原と称する；表１）。ＳＬＥ患者は、９つの抗原のうちの少なくとも２つに対して陽性である場合、ＩｇＧ有意な抗原に対して陽性と分類した。４９人のＳＬＥ患者のうち、５７％がＩｇＧ有意な抗原に対するＩｇＧ反応性により検出され、ｄｓＤＮＡのみに対する反応性がＳＬＥ患者の６５％を検出した。実際に、検出率はＩｇＧ有意な抗原をｄｓＤＮＡ検出率に加えることによって６％のみ向上した。それ故、ＩｇＧ有意な抗原によって提供される情報は、ＩｇＧ抗ｄｓＤＮＡによって提供される情報に対して大部分が冗長する（図３）。
【０１６４】
（例５）
増加したＩｇＭ反応性は、ＩｇＭ抗ｄｓＤＮＡに対して陽性とスコアを付けたＳＬＥ患者を特徴付ける
本発明者らは更に、ＳＬＥ患者が、ＳＬＥ患者を特徴付けるために見出される６つの抗原に対するＩｇＭ抗ｄｓＤＮＡとＩｇＭ反応性との間で重複を現すかどうかを調べた（すなわち、ＨＡ（ヒト）、ＦＯＸｐ３−ｐ２２、Ｓｍ、ブセレリン、ＭＯＧ及びＢＭＰ４、ＩｇＭ有意な抗原と称する；表１）。ＳＬＥ患者は、６つの抗原のうちの少なくとも２つに対してＩｇＭ陽性である場合、ＩｇＭ有意な抗原に対して陽性と分類した。４９人のＳＬＥ患者のうち、４３％はＩｇＭ有意な抗原に対する反応性によって検出され、ｄｓＤＮＡのみに対するＩｇＭ反応性はＳＬＥ患者の４７％を検出した。実際に、検出率はＩｇＭ有意な抗原をＩｇＭ抗ｄｓＤＮＡ検出率に加えることによって８％向上した。それ故、ＩｇＧ抗ｄｓＤＮＡとＩｇＧ有意な抗原との間の重複と同様に、ＩｇＭ有意な抗原に対する反応性によって提供される情報は、ＩｇＭ抗ｄｓＤＮＡによって提供される情報と大部分が冗長する。
【０１６５】
（例６）
ＳＬＥ患者はＳＳｃ患者と血清学的に区別できる
ＳＬＥ患者をＳＳｃ患者と区別するために、ｄｓＤＮＡに対するＩｇＧ反応性及びＧＳＴに対するＩｇＭ反応性を使用してＳＬＥ患者を検出した。４９人のＳＬＥ患者のうち４０人及び２４人のＳＳｃ患者のうちの３人をこのように検出した。しかしながら、ＳＳｃ患者のうちの２人及び１人のＳＬＥ患者は、トポイソメラーゼ又はセントロメアＢのいずれかに対してＩｇＧについて陽性であり、それらの患者の診断はＳＳｃに変化し、従って１人のＳＳｃ患者はＳＬＥについて偽陽性のままであり、３９人のＳＬＥ患者は真陽性であった。全体として、これらの４つの反応性の組合せは、ＳＬＥ患者を検出することについて、それぞれ８０％及び９６％の感受性及び特異性を生じた（ＰＰＶ＝９８％、ＮＰＶ＝７０％）。
【０１６６】
特定の実施形態の上述の説明は、他者が、現在の知識を適用することによって、過度の実験を必要とせず、一般的な概念から逸脱せずに、特定の実施形態のような種々の用途に対して容易に改変及び／又は適合できる、本発明の一般的な性質を非常に完全に明らかにしており、従って、このような適合及び改変は、開示されている実施形態の等価の意味及び範囲内に包含されるべきであり、包含されると意図される。本明細書に利用されている用語又は専門用語は、説明の目的のためであり、限定ではないことは理解される。種々の開示されている機能を実施するための手段、材料及びステップは、本発明から逸脱せずに種々の代替の形態を取ってもよい。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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