(57)【要約】  該開示方法は、患者における結腸腫瘍状態を予想または評価するために使用される。それらは、腫瘍の性質、再発、または治療に対する患者の応答を決定するために使用されうる。該方法の幾つかの実施形態は、臨床処置に関する報告を作成することを含む。本発明で提供される方法は、技術的変化を検出し、データ正規化を可能にし、シグナル検出を増強し、疾患状態および応答の予想タンパク質プロファイルを構築すると意図される。【選択図】図１０
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
７０％を超える感度または７０％を超える選択性で、被験者における結腸の腺腫またはポリープの存在を検出する方法であって、該方法が、
（ａ）被験者から血液サンプルを得、
（ｂ）該血液サンプル中のタンパク質を切断して、ペプチドを含むサンプルを得、
（ｃ）少なくとも１０個のペプチドの存在に関して該サンプルを分析し、
（ｄ）該サンプルの分析結果を対照参照値と比較して、７０％を超える感度または７０％を超える選択性で結腸の腺腫またはポリープの存在に関する陽性または陰性スコアを決定する工程を含む、方法。
【請求項２】
該感度が、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、９５％超および９９％超から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項３】
該選択性が、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、９５％超および９９％超から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
該選択性および該感度が９０％を超える、請求項１記載の方法。
【請求項５】
該被験者が無症候性である、請求項１記載の方法。
【請求項６】
該被験者が結腸ポリープに対する治療を既に受けている、請求項１記載の方法。
【請求項７】
該分析工程が分光分析、質量分析、免疫学的分析、酵素反応性分析およびそれらの組合せを含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
該分析が質量分析を含む、請求項１記載の方法。
【請求項９】
前記の少なくとも１０個のペプチドが図８の中性質量分類子から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
（ａ）請求項１記載の方法を行って、腺腫またはポリープの存在に関して陽性スコアを有する被験者を得、
（ｂ）該被験者において、腺腫またはポリープ組織の除去のための処置を行うことを含む、被験者における結腸の腺腫またはポリープの治療方法。
【請求項１１】
（ａ）被験者から生物学的サンプルを得、
（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して該生物学的サンプルの分析を行い、
（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸の腺腫またはポリープの症状または家族病歴を有さない被験者における結腸の腺腫またはポリープの存在または非存在を検出する方法。
【請求項１２】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度を達成する、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される特異性を達成する、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度および特異性をそれぞれ個々に達成する、請求項１１記載の方法。
【請求項１５】
腺腫またはポリープの存在または非存在を示す、該被験者に関する報告を作成することを更に含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１６】
該報告が、ポリープの発生の素因もしくはリスク、細胞異形成の度合、腺腫性ポリープの亜型または良性結腸腫瘍疾患の亜型を示す、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
該方法が腺腫の存在または非存在を検出する、請求項１１記載の方法。
【請求項１８】
該腺腫が腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫である、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫が、有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの群から選択される、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫を細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づける、請求項１８記載の方法。
【請求項２１】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を更に検出する、請求項１１記載の方法。
【請求項２２】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を検出しない、請求項１１記載の方法。
【請求項２３】
結腸直腸癌の存在または非存在を決定しない、請求項１１記載の方法。
【請求項２４】
該存在または非存在を結腸内視鏡検査、イメージングおよび／または手術により確認する、請求項１１記載の方法。
【請求項２５】
該生物学的サンプルが、全血、血清、血漿、血液成分、骨髄、唾液、頬スワブ、尿、便、リンパ液、ＣＮＳ液および病変滲出物からなる群から選択される、請求項１１記載の方法。
【請求項２６】
該生物学的サンプルが、全血、血清および血漿からなる群から選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
該被験者が無症候性である、請求項１１記載の方法。
【請求項２８】
該被験者が１８〜４９歳である、請求項１１記載の方法。
【請求項２９】
該被験者が結腸内視鏡検査をこれまでに受けていない、請求項１１記載の方法。
【請求項３０】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項１１記載の方法。
【請求項３１】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、年齢以外の結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項１１記載の方法。
【請求項３２】
工程（ｂ）の分析が、分光分析、質量分析、免疫学的分析および酵素反応性からなる群から選択される方法を含む、請求項１１記載の方法。
【請求項３３】
該分析が質量分析である、請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
該免疫学的分析が酵素結合イムノソルベントアッセイまたはラジオイムノアッセイを含む、請求項３２記載の方法。
【請求項３５】
該免疫学的分析がイムノブロット法、免疫拡散法、免疫電気泳動または免疫沈降法を含む、請求項３２記載の方法。
【請求項３６】
該免疫学的分析が免疫染色および／またはフローサイトメトリー分析を含む、請求項３２記載の方法。
【請求項３７】
該対照参照体が、同じ生物学的サンプルにおける１以上の非重複タンパク質および／またはペプチドのセットの存在および量である、請求項１１記載の方法。
【請求項３８】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在する１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項１１記載の方法。
【請求項３９】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在しない１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項１１記載の方法。
【請求項４０】
該分析が或る数のタンパク質およびポリペプチドの存在および量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００および少なくとも１０００から選択される、請求項１１記載の方法。
【請求項４１】
該分析が、以下のセット：
ｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せから選択される１以上のタンパク質；
ｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上のペプチド断片；
ｉｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せに対する配列相同性を有する１以上のペプチド；ここで、該配列相同性は、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超の群から選択される；ならびに
ｉｖ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上の結合相手
の１以上の存在および量を検出する、請求項１１記載の方法。
【請求項４２】
該分析が図７または図８からの１以上の中性質量クラスターの存在および／または量を検出する、請求項１１記載の方法。
【請求項４３】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも５００および少なくとも１０００から選択される、請求項４２記載の方法。
【請求項４４】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも１であり、５未満、１０未満、５０未満、１００未満、２００未満、５００未満および１０００未満から選択される、請求項４２記載の方法。
【請求項４５】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が、１０〜５０、６０〜１００、１５０〜３００、４００〜６００および８００〜１０００（これらの数を含む）からなる群から選択される、請求項４２記載の方法。
【請求項４６】
該中性質量クラスターが、分割分類子に関して７０／３０の練習／試験に従い試験された場合に、ある分類子頻度を有し、該分類子頻度が、５０のうちの少なくとも３、５０のうちの少なくとも１０、５０のうちの少なくとも２０、５０のうちの少なくとも３０、および５０のうちの少なくとも４０から選択される、請求項４２記載の方法。
【請求項４７】
該分析が、図７または図８からの１以上の中性質量クラスターが誘導されたタンパク質またはペプチドの存在および／または量を検出する、請求項４２記載の方法。
【請求項４８】
（ｅ）代謝産物、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列およびそれらの組合せからなる群から選択される１以上のアナライトの存在および量に関する生物学的サンプルの分析を行い、
（ｆ）該アナライトの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｇ）該アナライトの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させることを更に含む、請求項１１記載の方法。
【請求項４９】
（ａ）結腸内視鏡検査に基づいて腺腫またはポリープの陰性の診断がなされた被験者から生物学的サンプルを得、
（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して該生物学的サンプルの分析を行い、
（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸内視鏡検査が陰性結果を示した被験者における結腸の腺腫またはポリープの存在または非存在を検出する方法。
【請求項５０】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度を達成する、請求項４９記載の方法。
【請求項５１】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される特異性を達成する、請求項４９記載の方法。
【請求項５２】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度および特異性をそれぞれ個々に達成する、請求項４９記載の方法。
【請求項５３】
腺腫またはポリープの存在または非存在を示す、該被験者に関する報告を作成することを更に含む、請求項４９記載の方法。
【請求項５４】
該報告が、ポリープの発生の素因もしくはリスク、細胞異形成の度合、腺腫性ポリープの亜型または良性結腸腫瘍疾患の亜型を示す、請求項５３記載の方法。
【請求項５５】
該方法が腺腫の存在または非存在を検出する、請求項４９記載の方法。
【請求項５６】
該腺腫が腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫である、請求項５５記載の方法。
【請求項５７】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫が、有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの群から選択される、請求項５６記載の方法。
【請求項５８】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫を細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づける、請求項５６記載の方法。
【請求項５９】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を更に検出する、請求項４９記載の方法。
【請求項６０】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を検出しない、請求項４９記載の方法。
【請求項６１】
結腸直腸癌の存在または非存在を決定しない、請求項４９記載の方法。
【請求項６２】
該存在または非存在を結腸内視鏡検査、イメージングおよび／または手術により確認する、請求項４９記載の方法。
【請求項６３】
該生物学的サンプルが、全血、血清、血漿、血液成分、骨髄、唾液、頬スワブ、尿、便、リンパ液、ＣＮＳ液および病変滲出物からなる群から選択される、請求項４９記載の方法。
【請求項６４】
該生物学的サンプルが、全血、血清および血漿からなる群から選択される、請求項６３記載の方法。
【請求項６５】
該被験者が無症候性である、請求項４９記載の方法。
【請求項６６】
該被験者が１８〜４９歳である、請求項４９記載の方法。
【請求項６７】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項４９記載の方法。
【請求項６８】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、年齢以外の結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項４９記載の方法。
【請求項６９】
工程（ｂ）の分析が、分光分析、質量分析、免疫学的分析および酵素反応性からなる群から選択される方法を含む、請求項４９記載の方法。
【請求項７０】
該分析が質量分析である、請求項６９記載の方法。
【請求項７１】
該免疫学的分析が酵素結合イムノソルベントアッセイまたはラジオイムノアッセイを含む、請求項６９記載の方法。
【請求項７２】
該免疫学的分析がイムノブロット法、免疫拡散法、免疫電気泳動または免疫沈降法を含む、請求項６９記載の方法。
【請求項７３】
該免疫学的分析が免疫染色および／またはフローサイトメトリー分析を含む、請求項６９記載の方法。
【請求項７４】
該対照参照体が、同じ生物学的サンプルにおける１以上の非重複タンパク質および／またはペプチドのセットの存在および量である、請求項４９記載の方法。
【請求項７５】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在する１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項４９記載の方法。
【請求項７６】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在しない１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項４９記載の方法。
【請求項７７】
該分析が或る数のタンパク質およびポリペプチドの存在および量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００および少なくとも１０００から選択される、請求項４９記載の方法。
【請求項７８】
該分析が、以下のセット：
ｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せから選択される１以上のタンパク質；
ｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上のペプチド断片；
ｉｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せに対する配列相同性を有する１以上のペプチド；ここで、該配列相同性は、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超の群から選択される；ならびに
ｉｖ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上の結合相手
の１以上の存在および量を検出する、請求項４９記載の方法。
【請求項７９】
該分析が図７または図８からの１以上の中性質量クラスターの存在および／または量を検出する、請求項４９記載の方法。
【請求項８０】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも５００および少なくとも１０００から選択される、請求項７９記載の方法。
【請求項８１】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも１であり、５未満、１０未満、５０未満、１００未満、２００未満、５００未満および１０００未満から選択される、請求項７９記載の方法。
【請求項８２】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が、１０〜５０、６０〜１００、１５０〜３００、４００〜６００および８００〜１０００（これらの数を含む）からなる群から選択される、請求項７９記載の方法。
【請求項８３】
該中性質量クラスターが、分割分類子に関して７０／３０の練習／試験に従い試験された場合に、ある分類子頻度を有し、該分類子頻度が、５０のうちの少なくとも３、５０のうちの少なくとも１０、５０のうちの少なくとも２０、５０のうちの少なくとも３０、および５０のうちの少なくとも４０から選択される、請求項７９記載の方法。
【請求項８４】
該分析が、図７または図８からの１以上の中性質量クラスターが誘導されたタンパク質またはペプチドの存在および／または量を検出する、請求項７９記載の方法。
【請求項８５】
（ｅ）代謝産物、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列およびそれらの組合せからなる群から選択される１以上のアナライトの存在および量に関する生物学的サンプルの分析を行い、
（ｆ）該アナライトの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｇ）該アナライトの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させることを更に含む、請求項７９記載の方法。
【請求項８６】
（ａ）結腸の腺腫またはポリープに対する治療を過去に受けた被験者から生物学的サンプルを得、
（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して該生物学的サンプルの分析を行い、
（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸の腺腫またはポリープに対する治療を過去に受けた被験者における結腸の腺腫またはポリープの再発または非存在を検出する方法。
【請求項８７】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度を達成する、請求項８６記載の方法。
【請求項８８】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される特異性を達成する、請求項８６記載の方法。
【請求項８９】
該方法が、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超から選択される感度および特異性をそれぞれ個々に達成する、請求項８６記載の方法。
【請求項９０】
腺腫またはポリープの存在または非存在を示す、該被験者に関する報告を作成することを更に含む、請求項８６記載の方法。
【請求項９１】
該報告が、ポリープの発生の素因もしくはリスク、細胞異形成の度合、腺腫性ポリープの亜型または良性結腸腫瘍疾患の亜型を示す、請求項９０記載の方法。
【請求項９２】
該方法が腺腫の存在または非存在を検出する、請求項８６記載の方法。
【請求項９３】
該腺腫が腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫である、請求項９２記載の方法。
【請求項９４】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫が、有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの群から選択される、請求項９３記載の方法。
【請求項９５】
該腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫を細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づける、請求項９３記載の方法。
【請求項９６】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を更に検出する、請求項８６記載の方法。
【請求項９７】
該方法が結腸直腸癌の存在または非存在を検出しない、請求項８６記載の方法。
【請求項９８】
結腸直腸癌の存在または非存在を決定しない、請求項８６記載の方法。
【請求項９９】
該存在または非存在を結腸内視鏡検査、イメージングおよび／または手術により確認する、請求項８６記載の方法。
【請求項１００】
該生物学的サンプルが、全血、血清、血漿、血液成分、骨髄、唾液、頬スワブ、尿、便、リンパ液、ＣＮＳ液および病変滲出物からなる群から選択される、請求項８６記載の方法。
【請求項１０１】
該生物学的サンプルが、全血、血清および血漿からなる群から選択される、請求項１００記載の方法。
【請求項１０２】
該被験者が無症候性である、請求項８６記載の方法。
【請求項１０３】
該被験者が１８〜４９歳である、請求項８６記載の方法。
【請求項１０４】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項８６記載の方法。
【請求項１０５】
該被験者が結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、年齢以外の結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない、請求項８６記載の方法。
【請求項１０６】
工程（ｂ）の分析が、分光分析、質量分析、免疫学的分析および酵素反応性からなる群から選択される方法を含む、請求項８６記載の方法。
【請求項１０７】
該分析が質量分析である、請求項１０６記載の方法。
【請求項１０８】
該免疫学的分析が酵素結合イムノソルベントアッセイまたはラジオイムノアッセイを含む、請求項１０６記載の方法。
【請求項１０９】
該免疫学的分析がイムノブロット法、免疫拡散法、免疫電気泳動または免疫沈降法を含む、請求項１０６記載の方法。
【請求項１１０】
該免疫学的分析が免疫染色および／またはフローサイトメトリー分析を含む、請求項１０６記載の方法。
【請求項１１１】
該対照参照体が、同じ生物学的サンプルにおける１以上の非重複タンパク質および／またはペプチドのセットの存在および量である、請求項８６記載の方法。
【請求項１１２】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在する１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項８６記載の方法。
【請求項１１３】
該対照参照体が、結腸の腺腫またはポリープが存在しない１以上の被験者から得られたタンパク質および／またはペプチドの重複セットの存在および量である、請求項８６記載の方法。
【請求項１１４】
該分析が或る数のタンパク質およびポリペプチドの存在および量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００および少なくとも１０００から選択される、請求項８６記載の方法。
【請求項１１５】
該分析が、以下のセット：
ｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せから選択される１以上のタンパク質；
ｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上のペプチド断片；
ｉｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せに対する配列相同性を有する１以上のペプチド；ここで、該配列相同性は、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超の群から選択される；ならびに
ｉｖ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、およびＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上の結合相手
の１以上の存在および量を検出する、請求項８６記載の方法。
【請求項１１６】
該分析が図７または図８からの１以上の中性質量クラスターの存在および／または量を検出する、請求項８６記載の方法。
【請求項１１７】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも５００および少なくとも１０００から選択される、請求項１１６記載の方法。
【請求項１１８】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が少なくとも１であり、５未満、１０未満、５０未満、１００未満、２００未満、５００未満および１０００未満から選択される、請求項１１６記載の方法。
【請求項１１９】
該分析が図７または図８からの或る数の中性質量クラスターの存在および／または量を検出し、該数が、１０〜５０、６０〜１００、１５０〜３００、４００〜６００および８００〜１０００（これらの数を含む）からなる群から選択される、請求項１１６記載の方法。
【請求項１２０】
該中性質量クラスターが、分割分類子に関して７０／３０の練習／試験に従い試験された場合に、ある分類子頻度を有し、該分類子頻度が、５０のうちの少なくとも３、５０のうちの少なくとも１０、５０のうちの少なくとも２０、５０のうちの少なくとも３０、および５０のうちの少なくとも４０から選択される、請求項１１６記載の方法。
【請求項１２１】
該分析が、図７または図８からの１以上の中性質量クラスターが誘導されたタンパク質またはペプチドの存在および／または量を検出する、請求項１１６記載の方法。
【請求項１２２】
（ｅ）代謝産物、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列およびそれらの組合せからなる群から選択される１以上のアナライトの存在および量に関する生物学的サンプルの分析を行い、
（ｆ）該アナライトの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｇ）該アナライトの存在および量を被験者の腺腫またはポリープ状態と相関させることを更に含む、請求項８６記載の方法。
【請求項１２３】
該被験者が結腸のポリープに対して該ポリープの除去によりこれまでに治療された、請求項８６記載の方法。
【請求項１２４】
該被験者が結腸からの少なくとも１センチメートルの組織の除去によりこれまでに治療された、請求項８６記載の方法。
【請求項１２５】
診断用途のためのタンパク質および／またはペプチドの検出の方法であって、該方法が、
（ａ）被験者から生物学的サンプルを得、
（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して該生物学的サンプルの分析を行い、
（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、
（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を該被験者の診断と相関させる工程を含み、該分析が、以下のセット：
ｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せから選択される１以上のタンパク質；
ｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、およびＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上のペプチド断片；
ｉｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せに対する配列相同性を有する１以上のペプチド；ここで、該配列相同性は、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超の群から選択される；
ｉｖ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、およびＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上の結合相手；ならびに
ｖ）図７または図８からの１以上の中性質量クラスターが誘導されたタンパク質またはペプチド
の１以上の存在および量を検出する、方法。
【請求項１２６】
該診断が、結腸の腺腫、ポリープ、結腸直腸癌およびそれらの組合せからなる群から選択される状態の存在または非存在である、請求項１２５記載の方法。
【請求項１２７】
（ｂ１）該生物学的サンプルまたはその一部を、第１ペプチドに特異的な第１抗ペプチド抗体と接触させ、
（ｂ２）該生物学的サンプルまたはその一部を、第２ペプチドに特異的な第２抗ペプチド抗体と接触させ、ここで、該第２抗ペプチド抗体は該第１抗ペプチド抗体とは異なり、
（ｂ３）該第１および第２抗ペプチド抗体が結合したペプチドを未結合ペプチドから分離し、
（ｂ４）質量分析、フローサイトメトリー、非重複励起スペクトル、ウエスタン分析、酵素結合イムノソルベントアッセイ、デンシトメトリーまたはそれらの組合せを用いて、該第１および第２抗ペプチド抗体が結合した該ペプチドの量を検出および／または測定することにより、工程（ｂ）における該量を決定することを更に含む、請求項１２５記載の方法。
【請求項１２８】
該生物学的サンプルまたはその一部が該生物学的サンプルのタンパク質分解消化物である、請求項１２７記載の方法。
【請求項１２９】
工程（ｂ４）が質量分析を含む、請求項１２７記載の方法。
【請求項１３０】
（ａ）被験者からのサンプルを収集するための容器、
（ｂ）１以上のタンパク質またはペプチドを検出するための手段、あるいは該容器を試験施設へ移すための手段、および
（ｃ）書面による説明を含む、請求項１〜１２９のいずれか１項記載の方法を行うためのキット。
【請求項１３１】
１以上のタンパク質またはペプチドを検出するための手段が、以下のセット：
ｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せから選択される１以上のタンパク質；
ｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、およびＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上のペプチド断片；
ｉｉｉ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せに対する配列相同性を有する１以上のペプチド；ここで、該配列相同性は、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超および９９％超の群から選択される；
ｉｖ）ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡおよび／または図９におけるタンパク質ならびにそれらの組合せの、１以上の結合相手；ならびに
ｖ）図７または図８からの１以上の中性質量クラスターが誘導されたタンパク質またはペプチド
の１以上に結合する１以上の抗体を含む、請求項１３０記載のキット。
【請求項１３２】
１以上の抗体がそれぞれ、標識でタグ付けされている、請求項１３１記載のキット。
【請求項１３３】
該標識が、放射能標識、蛍光標識、酵素、化学発光タグおよびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１３２記載のキット。
【請求項１３４】
該抗体が水性媒体中に又は凍結乾燥形態でパッケージ化されている、請求項１３１記載のキット。
【請求項１３５】
１以上のタンパク質またはペプチドを検出するための手段が酵素結合イムノソルベントアッセイを含む、請求項１３０記載のキット。
【請求項１３６】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＡＣＴＢ、ＡＣＴＨ、ＡＮＧＴ、ＳＡＨＨ、ＡＬＤＲ、ＡＫＴ１、ＡＬＢＵ、ＡＬ１Ａ１、ＡＬ１Ｂ１、ＡＬＤＯＡ、ＡＭＹ２Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＡＮＸＡ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ５、ＡＰＣ、ＡＰＯＡ１、ＡＰＯＣ１、ＡＰＯＨ、ＧＤＩＲ１、ＡＴＰＢ、ＢＡＮＫ１、ＭＩＣ１、ＣＡ１９５、ＣＯ３、ＣＯ９、ＣＡＨ１、ＣＡＨ２、ＣＡＬＲ、ＣＡＰＧ、ＣＤ２４、ＣＤ６３、ＣＤＤ、ＣＥＡＭ３、ＣＥＡＭ５、ＣＥＡＭ６、ＣＧＨＢ、ＣＨ３Ｌ１、ＫＣＲＢ、ＣＬＣ４Ｄ、ＣＬＵＳ、ＣＮＮ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＣＲＰ、ＣＳＦ１、ＣＴＮＢ１、ＣＡＴＤ、ＣＡＴＳ、ＣＡＴＺ、ＣＵＬ１、ＳＹＤＣ、ＤＥＦ１、ＤＥＦ３、ＤＥＳＭ、ＤＰＰ４、ＤＰＹＬ２、ＤＹＨＣ１、ＥＣＨ１、ＥＦ２、ＩＦ４Ａ３、ＥＮＯＡ、ＥＺＲＩ、ＮＩＢＬ２、ＳＥＰＲ、ＦＢＸ４、ＦＩＢＢ、ＦＩＢＧ、ＦＨＬ１、ＦＬＮＡ、ＦＲＭＤ３、ＦＲＩＨ、ＦＲＩＬ、ＦＵＣＯ、ＧＢＲＡ１、Ｇ３Ｐ、ＳＹＧ、ＧＤＦ１５、ＧＥＬＳ、ＧＳＴＰ１、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦ、１Ａ６８、ＨＭＧＢ１、ＲＯＡ１、ＲＯＡ２、ＨＮＲＰＦ、ＨＰＴ、ＨＳ９０Ｂ、ＥＮＰＬ、ＧＲＰ７５、ＨＳＰＢ１、ＣＨ６０、ＳＩＡＬ、ＩＦＴ７４、ＩＧＦ１、ＩＧＨＡ２、ＩＬ２ＲＢ、ＩＬ８、ＩＬ９、ＲＡＳＫ、Ｋ１Ｃ１９、Ｋ２Ｃ８、ＬＡＭＡ２、ＬＥＧ３、ＬＭＮＢ１、ＭＡＲＥ１、ＭＣＭ４、ＭＩＦ、ＭＭＰ７、ＭＭＰ９、ＣＤ２０、ＭＹＬ６、ＭＹＬ９、ＮＤＫＡ、ＮＮＭＴ、Ａ１ＡＧ１、ＰＣＫＧＭ、ＰＤＩＡ３、ＰＤＩＡ６、ＰＤＸＫ、ＰＥＢＰ１、ＰＩＰＮＡ、ＫＰＹＭ、ＵＲＯＫ、ＩＰＹＲ、ＰＲＤＸ１、ＫＰＣＤ１、ＰＲＬ、ＴＭＧ４、ＰＳＭＥ３、ＰＴＥＮ、ＦＡＫ１、ＦＡＫ２、ＲＢＸ１、ＲＥＧ４、ＲＨＯＡ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＣ、ＲＳＳＡ、ＲＲＢＰ１、Ｓ１０ＡＢ、Ｓ１０ＡＣ、Ｓ１０Ａ８、Ｓ１０９、ＳＡＡ１、ＳＡＡ２、ＳＥＧＮ、ＳＤＣＧ３、ＤＨＳＡ、ＳＢＰ１、ＳＥＬＰＬ、ＳＥＰ９、Ａ１ＡＴ、ＡＡＣＴ、ＩＬＥＵ、ＳＰＢ６、ＳＦ３Ｂ３、ＳＫＰ１、ＡＤＴ２、ＩＳＫ１、ＳＰＯＮ２、ＯＳＴＰ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＨＮＲＰＱ、ＴＡＬ１、ＴＲＦＥ、ＴＳＰ１、ＴＩＭＰ１、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＲ１０Ｂ、ＴＮＦ６Ｂ、Ｐ５３、ＴＰＭ２、ＴＣＴＰ、ＴＲＡＰ１、ＴＨＴＲ、ＴＢＢ１、ＵＧＤＨ、ＵＧＰＡ、ＶＥＧＦＡ、ＶＩＬＩ、ＶＩＭＥ、ＶＮＮ１、１４３３Ｚ、ＣＣＲ５、ＦＵＣＯおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法。
【請求項１３７】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法。
【請求項１３８】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＰＭ２、ＡＤＴ２、ＦＨＬ１、ＣＣＲ５、ＣＥＡＭ５、ＳＰＯＮ２、１Ａ６８、ＲＢＸ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＶＩＭＥ、ＰＳＭＥ３およびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法。
【請求項１３９】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＰＭ２、ＡＤＴ２、ＦＨＬ１、ＣＣＲ５、ＣＥＡＭ５、ＳＰＯＮ２、１Ａ６８、ＲＢＸ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＶＩＭＥ、ＰＳＭＥ３、ＭＩＣ１、ＳＴＫ１１、ＩＰＹＲ、ＳＢＰ１、ＰＥＢＰ１、ＣＡＴＤ、ＨＰＴ、ＡＮＸＡ５、ＡＬＤＯＡ、ＬＡＭＡ２、ＣＡＴＺ、ＡＣＴＢ、ＡＡＣＴおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は結腸腫瘍の存在またはリスクの評価方法に関する。
【０００２】
相互参照
本出願は、３５  Ｕ．Ｓ．Ｃ．  §  １１９（ｅ）に従い、２０１２年１１月３０日付け出願の米国仮特許出願第６１／７３２，０２４号および２０１３年３月５日付け出願の米国仮特許出願第６１／７７２，９７９号（それらの全ての全体を参照により本明細書に組み入れることとする）に基づく優先権を主張するものである。
【０００３】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体を参照により本明細書に組み入れることとする。２０１３年１１月２７日付けで作成された該ＡＳＣＩＩコピーは３６７６５−７０３．２０１ ＳＬ．ｔｘｔと称され、７８３，９３６バイトのサイズを有する。
【背景技術】
【０００４】
当技術分野で公知のとおり、ゲノムの情報内容はＤＮＡとして運ばれる。遺伝子発現の第１段階はＤＮＡからｍＲＮＡへの転写である。遺伝子発現の第２段階はｍＲＮＡからポリペプチドへの合成であり、この場合、ｍＲＮＡの各３ヌクレオチドは、ポリペプチドを構成する１つのアミノ酸残基をコードする。翻訳後、ポリペプチドは、しばしば、種々の化学基、例えば炭水化物、脂質およびホスファート基の付加により、ならびに特定のペプチド結合のタンパク質分解切断により、翻訳後修飾される。これらの化学修飾は、特有の三次元コンホメーションをポリペプチドがとることを可能にして、成熟タンパク質を与える。これらの翻訳後修飾はｍＲＮＡ鋳型から直接はコードされないが、それらは、全体的なコンホメーションおよび利用可能な相互作用部位を変化させることによりタンパク質の機能をモジュレーションするように作用する該タンパク質の極めて重要な特性である。更に、細胞内のタンパク質レベルは、個体が健康状態であるか疾患状態であるかを反映しうる。したがって、タンパク質は疾患状態、疾患の早期発現および疾患のリスクの非常に貴重なバイオマーカー源である。
【０００５】
ｍＲＮＡおよびタンパク質は共に、別々の経路により絶えず合成され、分解される。また、合成および分解経路上には複数のレベルの調節が存在する。これを考慮すると、ｍＲＮＡ種の存在量と、それがコードするタンパク質の実際の量との間に単純な相関性が存在しないことは驚くべきことではない（ＡｎｄｅｒｓｏｎおよびＳｅｉｌｈａｍｅｒ，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  １８：５３３−５３７；Ｇｙｇｉら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１９：１７２０−１７３０，１９９９）。したがって、発現タンパク質のレベルを示すために、ｍＲＮＡレベルが外挿されることが多いが、タンパク質の最終レベルは、ｍＲＮＡレベルを測定することによっては必ずしも得ることができない（Ｐａｔｔｏｎ，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．７２２：２０３−２２３，１９９９；Ｐａｔｔｏｎら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：２１４０４−２１４１０（１９９５））。
【０００６】
したがって、生物学的サンプルのタンパク質プロファイルを決定する方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００７】
開示の概要
７０％を超える感度または７０％を超える選択性で、被験者における結腸の腺腫、癌またはポリープの存在を検出するための方法を開示する。種々の実施形態においては、該方法は、（ａ）被験者から血液サンプルを得、（ｂ）該血液サンプル中のタンパク質を切断して、ペプチドを含むサンプルを得、（ｃ）少なくとも１０個のペプチドの存在に関して該サンプルを分析し、（ｄ）該サンプルの分析結果を対照参照値と比較して、７０％を超える感度または７０％を超える選択性で結腸の腺腫またはポリープの存在に関する陽性または陰性スコアを決定する工程を含む。また、（ａ）本明細書に記載されているとおりに検出する方法を行って、腺腫、癌またはポリープの存在に関して陽性スコアを有する被験者を得、（ｂ）該被験者において、腺腫またはポリープ組織の除去のための処置を行うことを含む、被験者における結腸の腺腫、癌またはポリープの治療方法を開示する。
【０００８】
また、（ａ）被験者から生物学的サンプルを得、（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して生物学的サンプルの分析を行い、（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫、癌またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸の腺腫またはポリープの症状または家族病歴を有さない被験者における結腸の腺腫またはポリープの存在または非存在を検出するための方法を開示する。
【０００９】
また、（ａ）結腸内視鏡検査に基づいて腺腫、癌またはポリープの陰性の診断がなされた被験者から生物学的サンプルを得、（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して生物学的サンプルの分析を行い、（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫、癌またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸内視鏡検査が陰性結果を示した被験者における結腸の腺腫、癌またはポリープの存在または非存在を検出するための方法を開示する。
【００１０】
（ａ）結腸の腺腫、癌またはポリープに対する治療を過去に受けた被験者から生物学的サンプルを得、（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して生物学的サンプルの分析を行い、（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を被験者の腺腫、癌またはポリープ状態と相関させる工程を含む、結腸の腺腫、癌またはポリープに対する治療を過去に受けた被験者における結腸の腺腫、癌またはポリープの再発または非存在を検出するための方法を開示する。
【００１１】
また、（ａ）被験者から生物学的サンプルを得、（ｂ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量に関して生物学的サンプルの分析を行い、該分析が１以上のタンパク質、ペプチド、または本明細書に記載されている分類子の存在および量を検出し、（ｃ）該生物学的サンプルからの１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を対照参照値と比較し、（ｄ）１以上のタンパク質および／またはペプチドの存在および量を該被験者の診断と相関させる工程を含む、診断用途のためのタンパク質および／またはペプチド検出のための方法を開示する。
【００１２】
更に、本明細書に記載されている方法を行うためのキットを開示し、該キットは、（ａ）被験者からのサンプルを収集するための容器、（ｂ）１以上のタンパク質またはペプチドを検出するための手段、あるいは該容器を試験施設へ移すための手段、および（ｃ）書面による説明を含有する。
【００１３】
最後に、本開示は、結腸疾患の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法を提供する。被験者からの生物学的サンプルにおけるＡＣＴＢ、ＡＣＴＨ、ＡＮＧＴ、ＳＡＨＨ、ＡＬＤＲ、ＡＫＴ１、ＡＬＢＵ、ＡＬ１Ａ１、ＡＬ１Ｂ１、ＡＬＤＯＡ、ＡＭＹ２Ｂ、ＡＮＸＡ１、ＡＮＸＡ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ５、ＡＰＣ、ＡＰＯＡ１、ＡＰＯＣ１、ＡＰＯＨ、ＧＤＩＲ１、ＡＴＰＢ、ＢＡＮＫ１、ＭＩＣ１、ＣＡ１９５、ＣＯ３、ＣＯ９、ＣＡＨ１、ＣＡＨ２、ＣＡＬＲ、ＣＡＰＧ、ＣＤ２４、ＣＤ６３、ＣＤＤ、ＣＥＡＭ３、ＣＥＡＭ５、ＣＥＡＭ６、ＣＧＨＢ、ＣＨ３Ｌ１、ＫＣＲＢ、ＣＬＣ４Ｄ、ＣＬＵＳ、ＣＮＮ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＣＲＰ、ＣＳＦ１、ＣＴＮＢ１、ＣＡＴＤ、ＣＡＴＳ、ＣＡＴＺ、ＣＵＬ１、ＳＹＤＣ、ＤＥＦ１、ＤＥＦ３、ＤＥＳＭ、ＤＰＰ４、ＤＰＹＬ２、ＤＹＨＣ１、ＥＣＨ１、ＥＦ２、ＩＦ４Ａ３、ＥＮＯＡ、ＥＺＲＩ、ＮＩＢＬ２、ＳＥＰＲ、ＦＢＸ４、ＦＩＢＢ、ＦＩＢＧ、ＦＨＬ１、ＦＬＮＡ、ＦＲＭＤ３、ＦＲＩＨ、ＦＲＩＬ、ＦＵＣＯ、ＧＢＲＡ１、Ｇ３Ｐ、ＳＹＧ、ＧＤＦ１５、ＧＥＬＳ、ＧＳＴＰ１、ＨＡＢＰ２、ＨＧＦ、１Ａ６８、ＨＭＧＢ１、ＲＯＡ１、ＲＯＡ２、ＨＮＲＰＦ、ＨＰＴ、ＨＳ９０Ｂ、ＥＮＰＬ、ＧＲＰ７５、ＨＳＰＢ１、ＣＨ６０、ＳＩＡＬ、ＩＦＴ７４、ＩＧＦ１、ＩＧＨＡ２、ＩＬ２ＲＢ、ＩＬ８、ＩＬ９、ＲＡＳＫ、Ｋ１Ｃ１９、Ｋ２Ｃ８、ＬＡＭＡ２、ＬＥＧ３、ＬＭＮＢ１、ＭＡＲＥ１、ＭＣＭ４、ＭＩＦ、ＭＭＰ７、ＭＭＰ９、ＣＤ２０、ＭＹＬ６、ＭＹＬ９、ＮＤＫＡ、ＮＮＭＴ、Ａ１ＡＧ１、ＰＣＫＧＭ、ＰＤＩＡ３、ＰＤＩＡ６、ＰＤＸＫ、ＰＥＢＰ１、ＰＩＰＮＡ、ＫＰＹＭ、ＵＲＯＫ、ＩＰＹＲ、ＰＲＤＸ１、ＫＰＣＤ１、ＰＲＬ、ＴＭＧ４、ＰＳＭＥ３、ＰＴＥＮ、ＦＡＫ１、ＦＡＫ２、ＲＢＸ１、ＲＥＧ４、ＲＨＯＡ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＣ、ＲＳＳＡ、ＲＲＢＰ１、Ｓ１０ＡＢ、Ｓ１０ＡＣ、Ｓ１０Ａ８、Ｓ１０９、ＳＡＡ１、ＳＡＡ２、ＳＥＧＮ、ＳＤＣＧ３、ＤＨＳＡ、ＳＢＰ１、ＳＥＬＰＬ、ＳＥＰ９、Ａ１ＡＴ、ＡＡＣＴ、ＩＬＥＵ、ＳＰＢ６、ＳＦ３Ｂ３、ＳＫＰ１、ＡＤＴ２、ＩＳＫ１、ＳＰＯＮ２、ＯＳＴＰ、ＳＲＣ、ＳＴＫ１１、ＨＮＲＰＱ、ＴＡＬ１、ＴＲＦＥ、ＴＳＰ１、ＴＩＭＰ１、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＲ１０Ｂ、ＴＮＦ６Ｂ、Ｐ５３、ＴＰＭ２、ＴＣＴＰ、ＴＲＡＰ１、ＴＨＴＲ、ＴＢＢ１、ＵＧＤＨ、ＵＧＰＡ、ＶＥＧＦＡ、ＶＩＬＩ、ＶＩＭＥ、ＶＮＮ１、１４３３Ｚ、ＣＣＲ５、ＦＵＣＯおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患または結腸直腸癌の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法も開示する。
【００１４】
また、被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患または結腸直腸癌の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法を開示する。
【００１５】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＰＭ２、ＡＤＴ２、ＦＨＬ１、ＣＣＲ５、ＣＥＡＭ５、ＳＰＯＮ２、１Ａ６８、ＲＢＸ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＶＩＭＥ、ＰＳＭＥ３およびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患または結腸直腸癌の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法を開示する。
【００１６】
被験者からの生物学的サンプルにおけるＳＰＢ６、ＦＲＩＬ、Ｐ５３、１Ａ６８、ＥＮＯＡ、ＴＫＴ、ＴＳＧ６、ＴＰＭ２、ＡＤＴ２、ＦＨＬ１、ＣＣＲ５、ＣＥＡＭ５、ＳＰＯＮ２、１Ａ６８、ＲＢＸ１、ＣＯＲ１Ｃ、ＶＩＭＥ、ＰＳＭＥ３、ＭＩＣ１、ＳＴＫ１１、ＩＰＹＲ、ＳＢＰ１、ＰＥＢＰ１、ＣＡＴＤ、ＨＰＴ、ＡＮＸＡ５、ＡＬＤＯＡ、ＬＡＭＡ２、ＣＡＴＺ、ＡＣＴＢ、ＡＡＣＴおよびそれらの組合せの群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを測定することを含む、被験者における結腸疾患または結腸直腸癌の診断、予想、予後および／またはモニタリングのための方法を開示する。
【００１７】
文献の援用
本明細書中に挙げられている全ての刊行物、特許および特許出願を、各個の刊行物、特許または特許出願が参照により本明細書に組み入れられると具体的かつ個別に示されている場合と同様に、参照により本明細書に組み入れることとする。
【００１８】
該開示の新規特徴は添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本開示の特徴および利点の更に深い理解は、本開示の原理が用いられている例示的実施例を記載している以下の詳細な説明および添付図面を参照することにより得られるであろう。
【００１９】
開示の詳細な説明
Ｉ．定義
「結腸直腸癌状態」なる語は被験者における該疾患の状態を意味する。結腸直腸癌状態のタイプの例には、結腸直腸癌を含む癌の被験者のリスク、疾患の存在または非存在（例えば、ポリープまたは腺癌）、患者における病期（例えば、癌）および疾患の治療の有効性が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００２０】
「質量分析計」なる語は、気相イオンの質量対電荷（ｍ／ｚ）比に変換されうるパラメータを測定する気相イオン分光計を意味する。質量分析計は、一般に、イオン源および質量分析器を含む。質量分析計の例としては、飛行時間型、磁場型、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電場分析器およびこれらの混成型が挙げられる。「質量分析（マススペクトロメトリー）」は、気相イオンを検出するための質量分析計の使用を意味する。
【００２１】
「縦列（タンデム）質量分析計」なる語は、イオン混合物中のイオンを含むイオンの、ｍ／ｚに基づく識別または測定の、２つの連続的段階を行いうる任意の質量分析計を意味する。この語は、空間内で縦列したイオンのｍ／ｚに基づく識別または測定の２つの連続的段階を行いうる２つの質量分析器を有する質量分析計を含む。この語は更に、時間において縦列したイオンのｍ／ｚに基づく識別または測定の２つの連続的段階を行いうる単一の質量分析器を有する質量分析計を含む。したがって、この語はＱｑ−ＴＯＦ質量分析計、イオントラップ質量分析計、イオントラップ−ＴＯＦ質量分析計、ＴＯＦ−ＴＯＦ質量分析計、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計、静電場−磁場質量分析計およびそれらの組合せを明らかに含む。
【００２２】
「バイオチップ」なる語は、吸着剤が付着している一般には平面の表面を有する固体基体を意味する。しばしは、バイオチップの表面は複数のアドレス可能な位置を含み、それらの位置のそれぞれは、そこに結合した吸着剤を有する。バイオチップは、プローブインタフェースに関与するように適合可能であり、したがって、プローブとして機能しうる。タンパク質バイオチップは、ポリペプチドの捕捉のために適合され、アドレス可能な位置にクロマトグラフィーまたは二重特異性吸着剤が付着した表面を含みうる。マイクロアレイチップは、一般に、ＤＮＡおよびＲＮＡ遺伝子発現検出のために使用される。
【００２３】
「バイオマーカー」なる語は、対照被験者（例えば、陰性診断または検出不可能な結腸直腸癌を有する者、健常被験者、あるいは例えば、異なる時点における同一個体）から採取された比較しうるサンプルと比較して、ヒト結腸直腸癌を有する被験者から採取されたサンプル中に差次的に存在する（特定の見掛け分子量の）ポリペプチドを意味する。「バイオマーカー」なる語は「マーカー」なる語と互換的に用いられる。バイオマーカーは、遺伝子、例えばＤＮＡまたはＲＮＡ、あるいはＤＮＡまたはＲＮＡの遺伝的変異、それらの結合相手、スプライス変異体でありうる。バイオマーカーは、タンパク質もしくはタンパク質断片、またはアミノ酸配列の遷移イオン、またはタンパク質アミノ酸配列上の１以上の修飾でありうる。また、タンパク質バイオマーカーはタンパク質もしくはタンパク質断片またはアミノ酸配列の遷移イオンの結合相手でありうる。
【００２４】
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」なる語は本明細書においては互換的に用いられ、アミノ酸残基の重合体を意味する。ポリペプチドは、隣接アミノ酸残基のカルボキシル基とアミノ基との間のペプチド結合により互いに結合しているアミノ酸の単一直鎖状重合体鎖である。ポリペプチドは、例えば、炭水化物の付加、リン酸化などにより修飾されうる。
【００２５】
「イムノアッセイ」なる語は、抗原（例えば、マーカー）に特異的に結合する抗体を使用するアッセイである。イムノアッセイは、抗原の単離、標的化および／または定量のための、特定の抗体の特異的結合特性の利用により特徴づけられる。
【００２６】
「抗体」なる語は、エピトープに特異的に結合しそれを認識する、単数もしくは複数の免疫グロブリン遺伝子またはそれらの断片により実質的にコードされたポリペプチドリガンドを意味する。抗体は、例えば、完全免疫グロブリンとして、または種々のペプチダーゼでの消化により製造される幾つかの十分に特徴づけられたフラグメントとして存在する。これは例えばＦａｂ’’およびＦ（ａｂ）’’２フラグメントを含む。本明細書中で用いる「抗体」なる語は、全抗体の修飾により製造される抗体フラグメント、または組換えＤＮＡ法を用いて新たに合成される抗体フラグメントをも含む。それはまた、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体または一本鎖抗体を含む。抗体の「Ｆｃ」部分は、１以上の重鎖定常領域ドメインを含むが重鎖可変領域を含まない、免疫グロブリン重鎖の部分を意味する。
【００２７】
「腫瘍」なる語は、癌細胞または非癌細胞により形成されうる固形または流体充填病変を意味する。「塊」および「小結節」なる語は「腫瘍」と同義で用いられることが多い。腫瘍は悪性腫瘍または良性腫瘍を含む。悪性腫瘍の一例としては、トランスフォーム細胞を含むことが知られている癌が挙げられうる。
【００２８】
「ポリープ」なる語は、粘膜から突出する組織の異常成長を意味する。それが、細長く伸長した茎により表面に付着している場合、それは有茎性ポリープと称される。茎が存在しない場合、それは無茎性ポリープと称される。ポリープは悪性、前癌性または良性でありうる。ポリープは種々の方法、例えば手術により、あるいはポリープ切除を伴う結腸内視鏡検査中に除去されうる。
【００２９】
「腺腫性ポリープ」または「腺腫」なる語は本明細書においては互換的に用いられ、結腸の裏層上に成長し癌のリスクの増大を招くポリープを意味する。腺腫性ポリープは前悪性とみなされるが、幾つかは結腸癌へと進展する可能性がある。管状腺腫が腺腫性ポリープのなかで最もよく見られ、それは、結腸癌へと進展する可能性が最も低い結腸ポリープである。腺管絨毛腺腫は更にもう１つのタイプである。絨毛腺腫は、通常はその他の２つのタイプの腺腫より大きなサイズを有する第３のタイプであり、それは全てのポリープのなかで最高の罹患率および死亡率に関連づけられる。
【００３０】
「結合相手」なる語は、分子のペア、典型的には、特異的結合を示す生体分子のペアを意味する。タンパク質−タンパク質相互作用は２以上のタンパク質の間で生じうるが、それらは、しばしば、互いに結合した場合に、それらの生物学的機能が達成される。タンパク質間の相互作用は大多数の生物学的機能に重要である。例えば、細胞の外部からのシグナルは、リガンドおよび受容体タンパク質を介して、シグナリング分子のタンパク質−タンパク質相互作用により、その細胞の内部に媒介される。例えば、分子結合相手には、受容体およびリガンド、抗体および抗原、ビオチンおよびアビジンなどが含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００３１】
「対照参照（体）」なる語は、変動を調べるため又は非定常分子または正常非罹患健康状態を比較するための相対マーカーとして用いられる既知定常状態分子または非罹患健康状態を意味し、あるいはそれは、値を較正または正規化するためにも用いられうる。種々の実施形態においては、対照参照値は因子の組合せ、または因子の範囲の組合せ、例えば、バイオマーカー濃度の組合せ、または濃度の範囲の組合せからの計算値である。
【００３２】
「被験者」、「個体」または「患者」なる語は本明細書においては互換的に用いられ、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを意味する。哺乳動物には、マウス、サル、農場動物、競技用動物およびペットが含まれるが、これらに限定されるものではない。非ヒト哺乳動物には、ヒト以外の全ての哺乳動物が含まれる。インビトロで得られた又はインビトロで培養された生物学的存在の組織、細胞およびそれらの後代も含まれる。
【００３３】
「インビボ」なる語は、被験者の体内で生じる事象を意味する。
【００３４】
「インビトロ」なる語は、被験者の体の外部で生じる事象を意味する。例えば、インビトロアッセイは本アッセイ以外の任意のアッセイの実施を含む。インビトロアッセイは、生きた又は死んだ細胞を使用する、細胞に基づくアッセイを含む。インビトロアッセイは、無傷細胞を使用しない無細胞アッセイをも含む。
【００３５】
「測定」なる語は、サンプル中のマーカーの存在または非存在を検出すること、サンプル中のマーカーの量を定量すること、および／またはバイオマーカーのタイプを定性化することを含む方法を意味する。測定は、当技術分野で公知の方法および本明細書に更に記載されている方法、例えば、質量分析法およびイムノアッセイ法（これらに限定されるものではない）により達成可能であり、あるいは本明細書に記載されているマーカーの１以上を検出し測定するためのいずれかの適当な方法が用いられうる。
【００３６】
「検出」なる語は、検出されるべき対象の存在、非存在または量の特定を意味する。非限定的な例には、ＤＮＡ分子、タンパク質、ペプチド、タンパク質複合体、ＲＮＡ分子または代謝産物の検出が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００３７】
「差次的に存在する」なる語は、対照参照体または対照非罹患健康被験者と比較された場合の、被験者から採取されたサンプル中に存在するマーカーの量および／または頻度における相違に関するものである。マーカーは量、頻度またはそれらの両方に関して差次的に存在しうる。
【００３８】
「モニタリング」なる語は、絶えず変動するパラメータの変化を記録することを意味する。
【００３９】
「診断用（診断的）」または「診断」なる語は本明細書においては互換的に用いられ、病理学的状態の存在もしくは性質、または病理学的状態のサブタイプ、すなわち、結腸ポリープの存在もしくはリスクを特定することを意味する。診断方法はそれらの感度および特異性において異なる。診断方法は状態の確定的診断をもたらさないかもしれないが、診断を補助する陽性指標を該方法が示すのであれば十分である。
【００４０】
「予後」なる語は本明細書においては、再発および治療応答を含む、疾患の可能性または疾患の進行の予想を意味するものとして用いられる。
【００４１】
「予想」なる語は本明細書においては、陽性または陰性を含む特定の臨床的結果を患者が有する可能性に関するものとして用いられる。本開示の予想方法は、いずれかの特定の患者のための最も適切な治療法を選択することにより治療判断を行うために臨床的に用いられうる。
【００４２】
「報告」なる語は、必要に応じて本発明の方法から医師に提供される印刷された結果（未確定の又は確定的なものを含む）を意味する。該報告は病理学的状態の存在、性質またはリスクを示しうる。該報告は、どのような治療（例えば、何もしない、手術、更なる試験、または治療剤の投与）が最も適切であるのかも示しうる。
【００４３】
ＩＩ．一般的概観
疾患の診断、予後および予想薬物応答に関するバイオマーカープロファイルの開発は医学界にとって有用でありうる。
【００４４】
本開示は、臨床状態または健康状態における悪化または改善を示すバイオマーカーを決定（測定）するために、コンピュータ読取可能媒体により命令されるプロセッサーにより実行されるアルゴリズムと組合された種々のアッセイを用いて、個体からの複雑な生物学的サンプルを分析する方法、組成物、システムおよびキットを提供する。一般に、該方法は、生物学的系のポリヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）、ポリペプチドおよび代謝レベルのような分子生物学の複数レベルからの種々の分子を使用して、結腸癌、結腸ポリープおよび種々の結腸直腸疾患のような疾患のバイオマーカーまたはバイオマーカープロファイルを特定することが想定される。
【００４５】
本開示はまた、個体における結腸ポリープまたは結腸癌の存在または回復に関する診断、予想、予後またはモニタリングに有用なバイオマーカーおよび系を提供する。
【００４６】
本開示はまた、本明細書において提供されるバイオマーカーの検出に使用される組成物、説明、および個体における結腸ポリープまたは結腸癌の診断、予想、予後、存在または回復を示す報告を一般に含む商業用診断キットを提供する。該報告により示される臨床的予想または状態は、例えば、結腸ポリープまたは癌を未だ臨床的に示していない個体において或る期間内または或る年齢で被験者が結腸ポリープおよび結腸癌を臨床的に発生する可能性、確率またはリスクを示しうる。
【００４７】
ＩＩＩ．方法
本開示は、質量分析により得られたデータを使用する、プロテオミクスパターンおよび／またはゲノムパターンに基づく医学的診断方法を提供する。該方法は、患者のプロテオミクスパターンおよび／またはゲノムパターンに基づいて彼らの病期に関して患者を分類することを可能にする。
【００４８】
結腸直腸癌は結腸癌、直腸癌または大腸癌としても公知であり、結腸または直腸における無制御な細胞増殖から生じる癌である。また、本開示は結腸ポリープおよび結腸直腸癌の医学的診断のための新規バイオマーカーを提供する。
【００４９】
結腸ポリープは、大腸または結腸の裏層上に生じる良性細胞塊である。ほとんど全てのポリープは初期には非悪性である。しかし、時間の経過と共に、幾つかは癌性病変に変化しうる。ほとんどの結腸ポリープの原因は未知であるが、それらは成人でよく見られる。結腸ポリープは無症状であるため、結腸ポリープに関する定期的なスクリーニングが推奨される。現在、ポリープに関するスクリーニングに用いられている方法は非常に侵襲的であり高価である。したがって、結腸癌の予防および軽減において結腸内視鏡スクリーニングが有益であるにもかかわらず、該方法が推奨される人々の多くは、主として経費、不快感および有害事象に関する懸念ゆえに、それを受けることを拒む。この群は米国だけでも何千万人に相当する。
【００５０】
結腸ポリープ、腺腫または癌性腫瘍、例えば癌の存在の、より高いリスクを患者が有する可能性を分類することを補助する分子的試験は、結腸内視鏡検査を受けることを嫌がることに関して患者の態度および行動を医師が誘導することを補助しうる。結腸内視鏡スクリーニングの応諾の促進は癌または前癌腺腫の早期検出、ならびに結腸癌に関連した罹患率および死亡率の減少をもたらすであろう。
【００５１】
本開示は、結腸内視鏡検査ほどは侵襲的でなく、個体のタンパク質発現フィンガープリントまたはプロファイルを決定するタンパク質バイオマーカー試験を提供する。本開示の幾つかの用途においては、結腸ポリープまたは結腸癌を発生する、個体のポリープ状態および／またはリスクの予想可能性に基づいて、報告を作成する。したがって、本開示は、結腸ポリープまたは結腸癌を発生する、個体の結腸ポリープ状態および／またはリスクに関する情報を提供する方法、キット、組成物およびシステムを提供する。
【００５２】
該開示の１つの態様においては、患者における結腸ポリープ、腺腫または癌の存在または非存在に関する結腸内視鏡検査法の結果の予想を可能にするＬＣＭＳに基づく方法により、タンパク質に基づく分類子のセット（組合せ）を特定している。
【００５３】
該開示の１つの態様においては、ポリープ、腺腫または腫瘍を有する可能性がより高い患者を識別する１以上の分類子を含みうる、血漿タンパク質に基づく分子的特徴を特定するために、ＬＣＭＳに基づくアプローチを用いている。
【００５４】
該開示の１つの態様においては、どの個体がポリープ、腺腫または腫瘍を有する可能性が低く、したがって結腸内視鏡検査を受ける必要がないと考えられうるかを決定するために、分類子を使用する。
【００５５】
該開示の１つの態様においては、結腸内視鏡検査中の疑わしいポリープの除去の完全性を、該処置の前および後の分類子値を比較することにより測定するために、分類子を使用する。
【００５６】
該開示の１つの態様においては、定期的なスクリーニング結腸内視鏡検査の、検査と検査との間の期間に、分類子を使用して、いわゆるインターバル（ｉｎｔｅｒｖａｌ；間欠期）疾患を捕える。
【００５７】
該開示の１つの態様においては、上昇したリスクプロファイルを有する患者における連続的な結腸内視鏡検査の、検査と検査との間の期間を増加させるために、分類子を使用する。上昇したリスクプロファイルを有する患者の例は、過去にポリープ切除を受けた又は他の病状を有する患者を含みうる。
【００５８】
該開示は、結腸の罹患状態に特徴的な完全タンパク質ポリペプチド鎖に沿った酵素切断（例えば、トリプシン消化など）が生じる位置と共に無傷タンパク質に由来する特定のフラグメントのサイズおよび配列に関する血液タンパク質フラグメンテーションプロファイルを作成し分析する方法を提供する。
【００５９】
該開示により提供される方法、キット、組成物およびシステムは、用途に応じて全体的または部分的に自動化されることも可能であると想定される。
【００６０】
Ａ．アルゴリズムに基づく方法
本開示は、結腸ポリープまたは結腸癌を有する患者に関する臨床結果を予想するための、アルゴリズムに基づく診断アッセイを提供する。１以上のタンパク質バイオマーカーの発現レベルは単独で使用されることが可能であり、あるいは臨床結果の可能性を予想するために用いられうる定量的スコアを計算するために機能的な部分集合に整理されうる。
【００６１】
本開示の「バイオマーカー」または「マーカー」は特定の見掛け分子量のポリペプチド、遺伝子、例えばＤＮＡもしくはＲＮＡまたは該ＤＮＡもしくはＲＮＡの遺伝的変異、それらの結合相手、スプライス変異体でありうる。バイオマーカーはタンパク質もしくはタンパク質断片またはアミノ酸配列の遷移イオン、あるいはタンパク質アミノ酸配列上の１以上の修飾体でありうる。また、タンパク質バイオマーカーはタンパク質もしくはタンパク質断片またはアミノ酸配列の遷移イオンの結合相手でありうる。
【００６２】
本開示の方法の実施により提供される、アルゴリズムに基づくアッセイおよび関連情報は、結腸腫瘍を示している患者における最適な治療判断を促進する。例えば、そのような臨床的手段は、ポリープまたは癌を有する低い可能性を有し、したがって抗癌治療を必要としない、あるいは浸潤性癌を有する高い可能性を有し、したがって抗癌治療を必要とする患者を医師が特定することを可能にするであろう。
【００６３】
定量的スコアは特定のアルゴリズムの適用により決定されうる。本明細書に開示されている方法における定量的スコアを計算するために使用されるアルゴリズムはバイオマーカーまたはバイオマーカー群の発現レベル値を分類しうる。また、特定のバイオマーカー群の形成は定量的スコアに対するバイオマーカーまたはバイオマーカー部分集合（例えば、分類子）の種々の発現レベルの寄与の数学的加重を促進しうる。本開示は、定量的スコアを計算するための種々のアルゴリズムを提供する。
【００６４】
Ｂ．データの正規化
本明細書に開示されている方法において使用される発現データは正規化されうる。正規化は、例えば、アッセイされた遺伝子またはタンパク質レベルの量における相違および使用される鋳型の質における変動性を補正し、遺伝子またはタンパク質発現の処理および検出に関わる望ましくない系統的変動測定源を除去するための方法を意味する。他の系統的変動源は実験処理条件に起因すると考えられうる。
【００６５】
幾つかの場合には、実験処理条件の正規化のために正規化方法が用いられうる。該開示の方法で用いられうる実験処理の正規化の非限定的な例には、データ収集における日付および時間もしくは時間経過ならびに／またはデータ生成プロセス中に使用される装置、試薬および設備の間の系統的相違の解釈が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００６６】
関連条件下で発現レベルにおいて有意には異ならない或る正規化標準遺伝子またはタンパク質の発現を含めることにより（すなわち、それらは、その特定のサンプルタイプにおいて安定化された一貫した発現レベルを有することが知られている）、アッセイは正規化をもたらしうる。本開示において使用されうる適当な正規化遺伝子およびタンパク質には、ハウスキーピング遺伝子が含まれる（例えば、Ｅ．Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １９（７）：３６２−３６５（２００３）を参照されたい）。幾つかの用途においては、正規化バイオマーカー（遺伝子およびタンパク質）（参照遺伝子とも称される）は、結腸ポリープを有さない患者と比較して、結腸ポリープまたは癌において有意に異なる発現レベルを示さないことが知られている。幾つかの用途においては、データ正規化に用いられる既知特性を有する実体に相当する使用可能な安定な同位体標識標準を加えることが有用かもしれない。他の用途においては、装置および日間測定変動性を解釈するために各分析用バッチと共に標準的な一定のサンプルが測定されうる。
【００６７】
幾つかの用途においては、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０もしくは５０個またはそれを超える参照遺伝子およびタンパク質の平均に対して診断用、予後用および予想用遺伝子が正規化されうる。正規化は、アッセイされたバイオマーカーの全ての平均または中央値シグナルに基づくものであることが可能であり、あるいは包括的バイオマーカー正規化アプローチによるものであることが可能である。正規化は多数の方法により達成されうると当業者は認識するであろう。前記の技術は典型例に過ぎないと意図される。
【００６８】
Ｃ．データの標準化
本明細書に開示されている方法において使用される発現データは標準化されうる。標準化は、遺伝子の全てを、比較しうる規模で有効に配置するための方法を意味する。これを行うのは、幾つかの遺伝子は他の遺伝子より大きな変異（より広範囲の発現）を示すからである。標準化は、各発現値をその遺伝子またはタンパク質に関する全てのサンプルにおけるその標準偏差で割り算することにより行われる。
【００６９】
Ｄ．臨床結果スコア
識別バイオマーカーを副選択（ｓｕｂ−ｓｅｌｅｃｔ）するための及び分類モデルを構築するための機械学習アルゴリズムの使用が、臨床結果スコアを決定するために行われうる。これらのアルゴリズムには、弾性ネットワーク、ランダム・フォレスト（ｒａｎｄｏｍ  ｆｏｒｅｓｔ）、サポートベクターマシンおよびロジスティック回帰が含まれるが、これらに限定されるものではない。これらのアルゴリズムは重要なバイオマーカー特性に干渉し、根底にある測定結果を、例えば臨床結果、疾患リスク、治療応答および／または疾患状態の分類に関連したスコアまたは確率に変換しうる。
【００７０】
幾つかの用途においては、定量的スコアの増加は不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。幾つかの用途においては、定量的スコアの減少は不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。
【００７１】
幾つかの用途においては、参照プロファイルに類似した、患者からのバイオマーカープロファイルは、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。幾つかの用途においては、参照プロファイルに類似していない、患者からのバイオマーカープロファイルは、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。
【００７２】
幾つかの用途においては、１以上のバイオマーカー閾値の増加は、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。幾つかの用途においては、１以上のバイオマーカー閾値の減少は、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。
【００７３】
幾つかの用途においては、定量的スコア、１以上のバイオマーカー閾値、類似したバイオマーカープロファイル値またはそれらの組合せの増加は、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。幾つかの用途においては、定量的スコア、１以上のバイオマーカー閾値、類似したバイオマーカープロファイル値またはそれらの組合せの減少は、不良な臨床結果、良好な臨床結果、高い疾患リスク、低い疾患リスク、完全な応答、部分的な応答、安定な疾患、無応答、および疾患処置に関する推奨される治療の可能性の増加を示す。
【００７４】
Ｅ．サンプルの調製および処理
サンプルを分析する前に、サンプルに対して１以上のサンプル調製操作を行うことが望ましいかもしれない。一般に、これらのサンプル調製操作は、細胞または組織からの細胞内物質の抽出および単離のような操作、例えば、サンプルからの核酸、タンパク質または他の巨大分子の抽出を含みうる。
【００７５】
該開示の方法で用いられうるサンプル調製は、遠心分離、アフィニティクロマトグラフィー、磁気分離、イムノアッセイ、核酸アッセイ、受容体に基づくアッセイ、細胞数測定アッセイ、比色アッセイ、酵素アッセイ、電気泳動アッセイ、電気化学的アッセイ、分光学的アッセイ、クロマトグラフィーアッセイ、顕微鏡的アッセイ、トポグラフィックアッセイ、熱量測定アッセイ、放射性同位体アッセイ、タンパク質合成アッセイ、組織学的アッセイ、培養アッセイおよびそれらの組合せを含むが、これらに限定されるものではない。
【００７６】
サンプル調製は更に、適当な溶媒による希釈を含むことが可能であり、適当な範囲の濃度レベルを確保する量が或るアッセイにより検出される。
【００７７】
サンプルの細胞間腔からの核酸および巨大分子の入手は、一般に、物理的、化学的方法またはそれらの両方の組合せにより行われうる。該方法の幾つかの用途においては、粗抽出物の単離の後、核酸、タンパク質、細胞膜粒子などを分離することが望ましいことが多いであろう。該方法の幾つかの用途においては、核酸をそのタンパク質および細胞膜粒子と共に維持するのが望ましいであろう。
【００７８】
本発明で提供される方法の幾つかの用途においては、該開示の方法を用いて、分析前の生物学的サンプルから核酸およびタンパク質が抽出されうる。抽出は、界面活性剤ライセート、音波処理、またはガラスビーズでのボルテックスの利用（これらに限定されるものではない）を含む手段によるものでありうる。
【００７９】
幾つかの用途においては、勾配遠心分離（例えば、塩化セシウム勾配、スクロース勾配、グルコース勾配など）、遠心分離法、煮沸、精製キットを用いる技術、および物質抽出法（例えば、ＴｒｉｚｏｌまたはＤＮＡｚｏｌを使用する方法）での液体抽出の利用を含む、当技術分野における適当ないずれかの技術を用いて、分子が単離されうる。
【００８０】
サンプルは、所望の検出法に応じた標準的な生物学的サンプル調製により調製されうる。例えば、質量分析の場合、患者から得られた生物学的サンプルは遠心分離され、濾過され、イムノアフィニティカラムにより処理され、幾つかの画分に分離され、部分的に消化され、およびそれらの組合せに付されうる。種々の画分は適当な担体、例えばバッファー、または検出および分析のための他のタイプのローディング溶液（ＬＣＭＳローディングバッファーを含む）に再懸濁されうる。
【００８１】
Ｆ．検出方法
本開示は、生物学的サンプル中のバイオマーカーを検出するための方法を提供する。バイオマーカーには、タンパク質、代謝産物、ＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子が含まれうるが、これらに限定されるものではない。より詳しくは、本開示は、結腸ポリープを有する又は結腸ポリープを発生する可能性のある被験者において差次的に発現されるタンパク質バイオマーカーの発見に基づくものである。したがって、生物学的サンプル中のこれらの差次的に発現されるバイオマーカーの１以上の検出は、被験者が結腸ポリープのリスクを有する又は結腸ポリープに罹患しているか否か、および病状の性質または状態のタイプの有用な情報を提供する。本明細書に記載されているバイオマーカーの１以上を検出するためのいずれかの適当な方法が用いられうる。
【００８２】
本開示において使用されうる有用なアナライト捕捉剤には、抗体、例えば、抗体を含有する粗製血清、精製抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、合成抗体、抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂフラグメント）；抗体相互作用性物質、例えばプロテインＡ、炭水化物結合性タンパク質および他の相互作用性物質；タンパク質相互作用性物質（例えば、アビジンおよびその誘導体）；ペプチド；ならびに小さな化学的実体、例えば酵素基質、補因子、金属イオン／キレートおよびハプテンが含まれるが、これらに限定されるものではない。抗体は、標的または固体表面（例えば、バイオチップおよびカラム）への結合を最適化するために修飾または化学的処理されうる。
【００８３】
該開示の１つの態様においては、該バイオマーカーは、イムノアッセイを用いて生物学的サンプルにおいて検出されうる。イムノアッセイは、抗原（例えば、バイオマーカー、タンパク質またはペプチド上の部位）に特異的に結合しそれを認識する抗体を使用するアッセイである。該方法は、生物学的サンプルを抗体と接触させ、該抗体が該サンプル中の抗原との複合体を形成することを可能にし、該サンプルを洗浄し、該抗体−抗原複合体を検出試薬で検出する工程を含む。１つの実施形態においては、バイオマーカーを認識する抗体は商業的に入手可能でありうる。もう１つの実施形態においては、バイオマーカーを認識する抗体は抗体製造の公知方法により製造されうる。
【００８４】
あるいは、サンプル中のマーカーは、例えば、結合マーカー特異的抗体を検出するために第２標識抗体を使用する間接アッセイを用いて検出されうる。典型的な検出可能標識には、磁気ビーズ（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（商標））、蛍光色素、放射能標識、酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼおよび他の一般に使用されているもの）および熱量測定標識、例えばコロイド金または着色ガラスまたはプラスチックビーズが含まれる。サンプル中のマーカーは、例えば、マーカーの特徴的エピトープに結合するモノクローナル抗体を該混合物と共に同時にインキュベートする競合もしくは阻害アッセイを用いて及び／又は該アッセイにおいて検出されうる。
【００８５】
イムノアッセイを用いて抗原を検出するための条件は、使用される個々の抗体に左右されるであろう。また、インキュベーション時間はアッセイ形態、マーカー、溶液の体積、濃度などに左右されるであろう。イムノアッセイは、使用される抗体に応じて或る範囲の温度、例えば１０℃〜４０℃で行われうるが、一般に、イムノアッセイは室温で行われる。
【００８６】
本開示のバイオマーカーの検出のためにアッセイを適合させるための出発原理として使用されうる種々のタイプのイムノアッセイが当技術分野で公知である。有用なアッセイには、例えば酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）が含まれうる。これらのアプローチの多数の変法が存在するが、それらは類似した考えに基づいている。例えば、抗原が固体支持体または表面に結合しうる場合、それは、それを特異的抗体と反応させることにより検出可能であり、該抗体は、それを二次抗体と反応させることにより又は一次抗体内に標識を組込むことにより定量されうる。あるいは抗体を固体表面に結合させ、抗原を加えることが可能である。ついで、抗原上の異なるエピトープを認識する二次抗体を加え、検出することが可能である。これはしばしば「サンドイッチアッセイ」と呼ばれ、しばしば、高いバックグラウンドまたは非特異的反応の問題を回避するために用いられうる。これらのタイプのアッセイは、生物学的サンプル中の低濃度の抗原を測定するのに十分な程度に高感度であり、再現可能である。
【００８７】
サンプル中のマーカーの存在または非存在およびサンプル中のマーカーの量を決定するために、イムノアッセイが使用されうる。抗体−マーカー複合体の量または存在を測定するための方法には、蛍光、発光、化学発光、吸光度、反射率、透過率、複屈折または屈折率（例えば、表面プラズモン共鳴、エリプソメトリー、共鳴鏡法、グレーティング・カップラー波長（ｇｒａｔｉｎｇ  ｃｏｕｐｌｅｒ  ｗａｖｅｇｕｉｄｅ）法または干渉法）が含まれるが、これらに限定されるものではない。一般に、これらの試薬は、光学的検出法、例えば種々の形態の顕微鏡検査、イメージング法および非イメージング法と共に使用される。電気化学的方法には、ボルタメトリー法およびアンペロメトリー法が含まれる。高周波法には、多極共鳴分光法が含まれる。
【００８８】
１つの態様においては、該開示はバイオマーカーの検出のための抗体を使用しうる。本アッセイのバイオマーカーに特異的に結合する抗体は、当技術分野で公知の標準的な方法を用いて製造されうる。例えば、ポリクローナル抗体は、大量の抗体を得るために哺乳動物、例えばマウス、ラット、ウサギ、ヤギ、ヒツジまたはウマに抗原を注射することにより製造されうる。これらの動物から単離される血液はポリクローナル抗体（すなわち、同一抗原に結合する複数の抗体）を含有する。あるいは、ポリクローナル抗体は、卵黄内でポリクローナル抗体を産生させるためにニワトリに抗原を注射することにより製造されうる。また、バイオマーカーの修飾形態、例えばバイオマーカーのリン酸化形態を特異的に認識する抗体が製造されうる。すなわち、それらはリン酸化後にチロシンまたはセリンを認識するが、ホスファートの非存在下ではこれは生じない。このように、特定のバイオマーカーのリン酸化状態を決定するために、抗体が使用されうる。
【００８９】
抗体は商業的に入手可能であり、あるいは十分に確立された方法を用いて製造されうる。抗原の単一エピトープに特異的な抗体を得るために、抗体分泌リンパ球を動物から単離し、それらを癌細胞系と融合することにより不死化させる。該融合細胞はハイブリドーマと称され、絶えず成長し、培養内に抗体を分泌する。単一ハイブリドーマ細胞を希釈クローニングにより単離して、同一抗体を全てが産生する細胞クローンを得る。これらの抗体はモノクローナル抗体と称される。
【００９０】
ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体は幾つかの方法で精製されうる。例えば、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＩまたは組換え融合タンパク質プロテインＡ／Ｇのような細菌タンパク質に結合した抗原アフィニティクロマトグラフィーを用い、ついで溶出画分を２８０ｎｍの吸光のＵＶ光での検出に付して、どの画分が抗体を含有するのかを決定して、抗体を単離することが可能である。プロテインＡ／ＧはヒトＩｇＧの全サブクラスに結合し、このため、それは、サブクラスが決定されていないポリクローナルまたはモノクローナルＩｇＧ抗体の精製に有用である。また、それはＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭおよび（より低い度合で）ＩｇＤに結合する。プロテインＡ／ＧはマウスＩｇＧの全サブクラスにも結合するが、マウスＩｇＡ、ＩｇＭまたは血清アルブミンには結合しない。この特徴は、プロテインＡ／Ｇが、ＩｇＡ、ＩｇＭおよび血清アルブミンからの干渉を伴うことなくマウスモノクローナルＩｇＧ抗体の精製および検出に使用されることを可能にする。
【００９１】
抗体は分子の種々のクラスまたはイソタイプ、例えばＩｇＡ、ＩｇＡ  ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭおよびＩｇＧから誘導されうる。ＩｇＡは、体液中に分泌するように設計され、一方、ＩｇＭのような他のものは、細胞表面上で発現されるように設計される。生物学的研究において最も有用な抗体はＩｇＧクラスであり、これは、産生され分泌され特異的抗原を認識しうるタンパク質分子である。ＩｇＧは、２本の「重」鎖および２本の「軽」鎖を含む２つのサブユニットから構成される。これらは対称構造で構築され、各ＩｇＧは２つの同一抗原認識ドメインを有する。抗原認識ドメインは重鎖および軽鎖の両方からのアミノ酸の組合せである。該分子はほぼ「Ｙ」のような形状をしており、該分子のアーム／先端は抗原認識領域またはＦａｂ（抗原結合性フラグメント）領域を含み、一方、Ｆｃ（結晶性フラグメント）領域のステムは認識には関与せず、相当に定常性である。定常領域は同一アイソタイプの全抗体においては同一であるが、異なるアイソタイプの抗体においては異なる。
【００９２】
また、ウエスタンブロット法により分画した後にタンパク質を検出するために抗体を使用することも可能である。１つの態様においては、該開示は、バイオマーカーの検出のためにウエスタンブロット法を使用する。ウエスタンブロット（タンパク質イムノブロット）は、与えられたサンプルまたはサンプルからのタンパク質抽出物における特異的タンパク質を検出するために用いられる分析技術である。それはゲル電気泳動、ＳＤＳ−ＰＡＧＥを使用して、天然タンパク質をそれらの三次元構造により分離する。あるいはそれを変性条件下で泳動させて、タンパク質をそれらの長さにより分離することが可能である。ついで、ゲル電気泳動による分離の後、タンパク質を膜（典型的にはニトロセルロースまたはＰＶＤＦ）に移す。ついで、ＳＤＳ−ＰＡＧＥから膜に移されたタンパク質を穏やかな撹拌下で特定の抗体と共にインキュベートし、非特異的結合を除去するために洗浄し、ブロットに結合したタンパク質−抗体複合体を、１工程または２工程検出法を用いて検出することが可能である。該１工程法は、関心のあるタンパク質を認識し且つ検出可能標識（公知タンパク質タグに関してしばしば利用可能であるプローブ）を含有するプローブ抗体を含む。該２工程検出法は、レポーター酵素を有する二次抗体またはそれに結合したレポーターを含む。適当な参照対照と共に、このアプローチは、タンパク質の存在量を測定するために用いられうる。
【００９３】
１つの態様においては、該開示の方法はフローサイトメトリーを使用しうる。フローサイトメトリーは、バイオマーカー検出、定量（細胞計数）および細胞単離のために使用されうる、レーザーに基づく生物物理学的技術である。この技術は健康障害、特に血液癌の診断において常套的に使用される。一般に、フローサイトメトリーは以下のとおりに作動する。単一細胞を流体流に懸濁させ、単一波長の光（通常なレーザー光）のビームを液体流上に向け、通過細胞により生じる散乱光を電子的検出装置により検出する。蛍光標示式細胞分取器（ＦＡＣＳ）は特殊タイプのフローサイトメトリーであり、しばしば、関心のある細胞上の抗原を検出するための蛍光標識抗体の補助を利用する。ＦＡＣＳにおける抗体標識使用のこの追加的特徴は、各細胞蛍光標識細胞の特異的光散乱および蛍光特性に基づく同時多パラメータ分析および定量をもたらし、それは、伝統的なフローサイトメトリーと同様に、関心のある細胞の集団の物理的分離をもたらす。
【００９４】
フローサイトメトリーにおける標識としては多種多様な発蛍光団が使用されうる。発蛍光団は典型的には、細胞の表面上または内部の標的特性を認識する抗体に結合される。適当な蛍光標識の例には、フルオレセイン（ＦＩＴＣ）、５，６−カルボキシメチルフルオレセイン、テキサスレッド、ニトロベンゾ−２−オキサ−１，３−ジアゾール−４−イル（ＮＢＤ）ならびにシアニン色素Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５およびＣｙ７が含まれるが、これらに限定されるものではない。他の蛍光標識、例えばＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）色素、ＤＮＡ含有色素、例えばＤＡＰＩ、ヘキスト（Ｈｏｅｃｈｓｔ）色素が当技術分野でよく知られており、全ては種々の商業的入手源から容易に入手可能である。各発蛍光団は特徴的なピーク励起および発光波長を有し、発光スペクトルは重複することが多い。これらの発蛍光団のそれぞれ吸収および発光最大はＦＩＴＣ（４９０ｎｍ；５２０ｎｍ）、Ｃｙ３（５５４ｎｍ；５６８ｎｍ）、Ｃｙ３．５（５８１ｎｍ；５８８ｎｍ）、Ｃｙ５（６５２ｎｍ：６７２ｎｍ）、Ｃｙ５．５（６８２ｎｍ；７０３ｎｍ）およびＣｙ７（７５５ｎｍ；７７８ｎｍ）であり、したがって、多くのスペクトル重複を有さないものの選択はそれらの同時検出を可能にする。蛍光標識は種々の商業的入手源から入手可能である。識別可能な蛍光標識の最大数は約１７または１８個の異なる蛍光標識であると考えられる。このレベルの複雑な読出しは、アーチファクトを制限するための面倒な最適化、および重複スペクトルを分離するための複雑なデコンボルーションアルゴリズムを要する。伝統的な発蛍光団の代わりに量子ドットが用いられることもある。なぜなら、それはより狭い発光ピークを有するからである。検出に用いられうる他の方法には、同位体標識抗体、例えばランタニド同位体が含まれる。しかし、この技術は結局は細胞を破壊して、更なる分析のためのその回収を不可能にする。
【００９５】
１つの態様においては、該開示の方法は、本開示のバイオマーカーの発現レベルを検出するために免疫組織化学を用いうる。したがって、組織サンプルにおける特許請求されているバイオマーカーの発現を検出するために、各マーカーに特異的な抗体を使用する。該抗体は、例えば放射能標識、蛍光標識、ハプテン標識（例えば、ビオチン）または酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ）での、抗体自体の直接標識により検出されうる。あるいは、非標識一次抗体が、該一次抗体に特異的な抗血清、ポリクローナル抗血清またはモノクローナル抗体を含む標識二次抗体と共に使用される。免疫組織化学プロトコールは当技術分野でよく知られており、プロトコールおよび抗体は商業的に入手可能である。あるいは、組織サンプルにおける発現レベルを決定するために有用である本明細書に開示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーの修飾形態または結合相手に対する抗体を製造することが可能であろう。
【００９６】
１つの態様においては、該開示の方法はバイオチップを使用しうる。バイオチップは、多数の巨大分子をスクリーニングするために使用されうる。この技術においては、秩序だったアレイ形態で巨大分子をバイオチップの表面に結合させる。試験領域の格子状パターンは、個々のアナライトのそれらの所定位置（アドレス）における迅速かつ同時に定量するための、イメージングソフトウェアによる分析を可能にする。ＣＣＤカメラは、チップ上の非常に低レベルの光を正確に検出し定量しうる高感度かつ高分解能のセンサーである。
【００９７】
バイオチップは、固定化核酸分子、完全長タンパク質、抗体、アフィボディ（モノクローナル抗体を模倣して設計された小分子）、アプタマー（核酸に基づくリガンド）または化合物を使用して設計されうる。チップは、チップ上の複数の巨大分子型を検出するように設計されうるであろう。例えば、チップは、チップ上の核酸分子、タンパク質および代謝産物を検出するように設計されうるであろう。バイオチップは、単一サンプルにおけるパネルバイオマーカーを同時に分析してこれらのバイオマーカーの被験者プロファイルを与えるように使用され設計される。バイオチップの使用は、複数の分析を行って全体的な処理時間および必要なサンプルの量を減少させることを可能にする。
【００９８】
タンパク質マイクロアレイは、本開示で使用されうる特定のタイプのバイオチップである。該チップは、捕捉タンパク質のアレイがアレイ形態で固体表面上に結合している支持体表面、例えばガラススライド、ニトロセルロース膜、ビーズまたはマイクロタイタープレートからなる。タンパク質アレイ検出法は高いシグナルおよび低いバックグラウンドを示す必要がある。検出プローブ分子（典型的には蛍光色素で標識されている）を該アレイに加える。該プローブと該固定化タンパク質との間のいずれかの反応が蛍光シグナルを発し、これはレーザースキャナーにより読取られる。そのようなタンパク質マイクロアレイは迅速であり、自動化され、診断試験のためのタンパク質バイオマーカー読出しの高い感度をもたらす。しかし、それらは、この技術で用いられうる種々の検出方法である、と当業者に直ちに理解されるであろう。
【００９９】
タンパク質の生化学的活性を研究するために現在使用されている少なくとも３つのタイプのタンパク質マイクロアレイが存在する。例えば、分析用マイクロアレイ（捕捉アッセイとしても公知である）、機能的タンパク質マイクロアレイ（標的タンパク質アレイとしても公知である）および逆相タンパク質マイクロアレイ（ＲＰＡ）が存在する。
【０１００】
本開示は、分析用タンパク質マイクロアレイを使用するバイオマーカーの検出を提供する。分析用タンパク質マイクロアレイは、抗体、アプタマーまたはアフィボディのライブラリーを使用して構築される。該アレイは、複合タンパク質溶液、例えば血液、血清または細胞ライセートでプローブされ、それらが特異的に結合するタンパク質分子を捕捉することにより機能する。種々の検出系を用いる生じた結合反応の分析は、結合アフィニティおよび特異性の測定ならびにサンプル中の特定のタンパク質の発現レベルに関する情報を提供しうる。このタイプのタンパク質マイクロアレイは、種々のサンプルにおけるタンパク質発現を比較する際に特に有用である。
【０１０１】
１つの態様においては、該開示の方法は機能的タンパク質マイクロアレイを使用することが可能であり、これは、多数の精製完全長機能的タンパク質またはタンパク質ドメインを固定化することにより構築され、タンパク質−タンパク質、タンパク質−ＤＮＡ、タンパク質−ＲＮＡ、タンパク質−リン脂質およびタンパク質−小分子相互作用を特定するために、酵素活性をアッセイするために、ならびに抗体を検出しその特異性を示すために使用される。これらのタンパク質マイクロアレイバイオチップは、サンプルにおける全プロテオームの生化学的活性を研究するために使用されうる。
【０１０２】
１つの態様においては、該開示の方法は逆相タンパク質マイクロアレイ（ＲＰＡ）を使用しうる。マイクロアレイ上にアレイ化され、関心のある標的タンパク質に対する抗体でプローブされる組織および細胞ライセートから、逆相タンパク質マイクロアレイは構成される。これらの抗体は、典型的には、化学発光、蛍光または比色アッセイで検出される。タンパク質の定量を可能にするために、ライセート中のタンパク質に加えて、参照対照ペプチドがスライド上に印刷される。ＲＰＡは、疾患の結果でありうる及び罹患細胞内に存在しうる改変タンパク質または他の物質の存在の決定を可能にする。
【０１０３】
本開示は、質量分析（あるいはマススペクトロメトリーと称される）を用いるバイオマーカーの検出を提供する。質量分析（ＭＳ）は、荷電粒子の質量対電荷比を測定する分析技術である。それは主として、サンプルまたは分子の元素組成を決定するために、ならびにペプチドおよび他の化合物のような分子の化学構造を解明するために用いられる。化合物をイオン化させて荷電分子または分子フラグメントし、それらの質量対電荷比を測定することにより、ＭＳは行われる。ＭＳ装置は典型的には以下の３つのモジュールからなる：（１）イオン源；これは気相サンプル分子をイオンへと変換しうる（またはエレクトロスプレーイオン化の場合には、溶液中に存在するイオンを気相へ移動させうる）、（２）質量分析器；これは、電磁場をかけることによりイオンをそれらの質量により選別する、および（３）検出器；これは指標量の値を測定して、存在する各イオンの存在量を計算するためのデータを与える。
【０１０４】
本開示で用いられる適当な質量分析方法は、エレクトロスプレーイオン化質量分析（ＥＳＩ−ＭＳ）、ＥＳＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＥＳＩ−ＭＳ／（ＭＳ）ｎ、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ）、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ）、縦列液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）質量分析、シリコン上脱離／イオン化（ＤＩＯＳ）、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、四重極飛行時間型（Ｑ−ＴＯＦ）、大気圧化学イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、ＡＰＣＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＡＰＣＩ−（ＭＳ）、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＣＩ−ＭＳ）、ＡＰＰＩ−ＭＳ／ＭＳ、およびＡＰＰＩ−（ＭＳ）ｎ、四重極質量分析、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）およびイオントラップ質量分析（ここで、ｎは０より大きな整数である）の１以上を含むが、これらに限定されるものではない。
【０１０５】
サンプルの根本的なプロテオミクスに対する洞察を得るためには、一般にはＬＣ−ＭＳを用いて複雑な混合物の成分を分離する。ＬＣ−ＭＳ法は一般に、プロテアーゼ消化および変性［通常はプロテアーゼ、例えばトリプシンおよび変性剤、例えば尿素（三次構造を変性させるためのもの）およびヨードアセトアミド（システイン残基を保護するためのもの）を使用する］、ならびにそれらに続く、個々のペプチドの配列を誘導するためのペプチド質量フィンガープリンティングでのＬＣ−ＭＳまたはＬＣ−ＭＳ／ＭＳ（縦列ＭＳ）を含む。ＬＣ−ＭＳ／ＭＳは、高分解能質量分析計を使用した場合でさえもペプチドの質量が重複しうる複雑なサンプルのプロテオミクス分析に最も一般に使用される。ヒト血清のような複雑な生物学的流体のサンプルを、まず、ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルまたはＨＰＬＣ−ＳＣＸ上で分離し、ついでＬＣ−ＭＳ／ＭＳに付して、１０００個を超えるタンパク質の特定が可能となりうる。
【０１０６】
本明細書に記載されているとおり該開示の方法では複数の質量分析法が用いられうるが、幾つかの用途においては、関心のあるタンパク質の選択された部分集合から生物学的サンプル中のタンパク質を定量することが望ましいかもしれない。本開示で用いられうる１つのそのようなＭＳ技術は多反応モニタリング質量分析（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）（ＭＲＭ−ＭＳ）であり、これは選択反応モニタリング質量分析（Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）（ＳＲＭ−ＭＳ）とも称される。
【０１０７】
ＭＲＭ−ＭＳ技術はトリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析計を使用して、関心のあるペプチドから正荷電イオンを選択し、該正荷電イオンをフラグメント化し、ついで、選択された正荷電フラグメントイオンの存在量を測定する。この測定は一般にトランジション（ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）と称される。該方法から得られたトランジションの例としては、表１を参照されたい。
【０１０８】
幾つかの用途においては、ＭＲＭ−ＭＳは高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）と共に、そしてより最近では超高圧液体クロマトグラフィー（ＵＨＰＬＣ）と共に使用される。他の用途においては、関心のあるペプチドおよびタンパク質の全ての所望のＬＣ−ＭＳトランジション測定を行うために、ＭＲＭ−ＭＳは、ＱＱＱ質量分析計を伴うＵＨＰＬＣと共に使用される。
【０１０９】
幾つかの用途においては、四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計、飛行時間型飛行時間型（ＴＯＦ−ＴＯＦ）質量分析計、オービトラップ（Ｏｒｂｉｔｒａｐ）質量分析計、四重極オービトラップ質量分析計またはいずれかの四重極イオントラップ質量分析計の利用を行って、関心のある１以上のペプチドから正荷電イオンを選択することが可能である。ついでフラグメント化正荷電イオンを測定して、関心のあるペプチドまたはタンパク質の定量のために正荷電イオンの存在量を決定することが可能である。
【０１１０】
幾つかの用途においては、飛行時間型（ＴＯＦ）、四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計、飛行時間型飛行時間型（ＴＯＦ−ＴＯＦ）質量分析計、オービトラップ（Ｏｒｂｉｔｒａｐ）質量分析計または四重極オービトラップ質量分析計の利用を行って、定量のために、フラグメント化を伴うことなく関心のあるタンパク質からの正荷電ペプチドイオンの質量および存在量を測定することが可能である。この用途においては、アナライトの質量測定の精度がアッセイの選択基準として用いられうる。既知組成および濃度の同位体標識内部標準が質量分析定量法の一部として使用されうる。
【０１１１】
幾つかの用途においては、飛行時間型（ＴＯＦ）、四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計、飛行時間型飛行時間型（ＴＯＦ−ＴＯＦ）質量分析計、オービトラップ（Ｏｒｂｉｔｒａｐ）質量分析計または四重極オービトラップ質量分析計を使用して、定量のために関心のあるタンパク質の質量および存在量を測定することが可能である。この用途においては、アナライトの質量測定の精度がアッセイの選択基準として用いられうる。所望により、この用途は質量分析による分析の前にタンパク質のタンパク質分解消化を用いうる。既知組成および濃度の同位体標識内部標準が質量分析定量法の一部として使用されうる。
【０１１２】
幾つかの用途においては、種々のイオン化技術を、本明細書に記載されている質量分析計と共に用いて、所望の情報を得ることが可能である。本開示で使用されうる非限定的な典型的なイオン化技術には、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）、脱離エレクトロスプレーイオン化（ＤＥＳＩ）、直接支援リアルタイム（ＤＡＲＴ）、表面支援レーザー脱離イオン化（ＳＡＬＤＩ）またはエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）が含まれる。
【０１１３】
幾つかの用途においては、ＨＰＬＣおよびＵＨＰＬＣが質量分析計と共に使用可能であり、質量分析の前に幾つかの他のペプチドおよびタンパク質分離技術が行われうる。マトリックスバックグラウンドからの所望のアナライト（例えば、ペプチドまたはタンパク質）の分離に用いられうる幾つかの典型的な分離技術には、タンパク質またはペプチドの逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＬＣ）、ＭＡＬＤＩ前のオフライン液体クロマトグラフィー（ＬＣ）、一次元ゲル分離、二次元ゲル分離、強カチオン交換（ＳＣＸ）クロマトグラフィー、強アニオン交換（ＳＡＸ）クロマトグラフィー、弱カチオン交換（ＷＣＸ）および弱アニオン交換（ＷＡＸ）が含まれるが、これらに限定されるものではない。前記技術の１以上は質量分析の前に用いられうる。
【０１１４】
該開示の１つの態様においては、バイオマーカーは、マイクロアレイを使用して生物学的サンプルにおいて検出されうる。マイクロアレイ技術を用いて差次的遺伝子発現も特定または確認されうる。したがって、マイクロアレイ技術を用いて、新鮮または固定組織において発現プロファイルバイオマーカーが測定されうる。この方法においては、関心のあるポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基体上でプレーティングまたはアレイ化する。ついで該アレイ化配列を、関心のある細胞または組織からの特異的ＤＮＡプローブでハイブリダイズさせる。ｍＲＮＡ源は典型的には、生物学的サンプルから単離された全ＲＮＡであり、対応する正常組織または細胞系を使用して差次的発現を測定することが可能である。
【０１１５】
該マイクロアレイ技術の特定の実施形態においては、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅インサートを濃密アレイで基体に適用する。好ましくは、少なくとも１０，０００ヌクレオチド配列を基体に適用する。マイクロチップ上にそれぞれ１０，０００要素で固定化されたマイクロアレイ化遺伝子がストリンジェントな条件下のハイブリダイゼーションに適している。関心のある組織から抽出されたＲＮＡの逆転写による蛍光ヌクレオチドの組込みにより蛍光標識ｃＤＮＡプローブが調製されうる。該チップに適用された標識ｃＤＮＡプローブは該アレイ上のＤＮＡの各スポットに特異的にハイブリダイズする。非特異的結合プローブを除去するためのストリンジェントな洗浄の後、マイクロアレイチップを、共焦点レーザー顕微鏡のような装置またはＣＣＤカメラのような別の検出法によりスキャンする。各アレイ化要素のハイブリダイゼーションの定量は対応ｍＲＮＡ存在量の評価を可能にする。二重色蛍光を用いて、２つのＲＮＡ源から調製された別々に標識されたｃＤＮＡプローブをペアとして該アレイにハイブリダイズさせる。このようにして、特定された各遺伝子に対応する２つの起源からの転写産物の相対存在量が同時に決定される。マイクロアレイ分析は、製造業者のプロトコールに従い、商業的に入手可能な装置により行われうる。
【０１１６】
該開示の１つの態様においては、薬物処理の存在下または非存在下、正常および腫瘍組織において、異なるサンプル集団においてｍＲＮＡレベルを比較するために、遺伝子発現のパターンを特徴づけるために、密接に関連したｍＲＮＡを識別するために、およびＲＮＡ構造を分析するために用いられうるｑＲＴ−ＰＣＲを用いて、生物学的サンプルにおいてバイオマーカーを検出することが可能である。ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングにおける第１工程は、生物学的サンプルからＲＮＡを抽出し、ついで該ＲＮＡ鋳型からｃＤＮＡへの逆転写およびＰＣＲ反応による増幅を行うことである。該逆転写反応工程は一般に、発現プロファイリングの目的に応じて特異的プライマー、ランダムヘキサマーまたはオリゴ−ｄＴプライマーを使用して開始される。２つの一般的に使用される逆転写酵素として、トリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）およびモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ−ＲＴ）が挙げられる。
【０１１７】
ＰＣＲ工程は種々の耐熱性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用しうるが、それは典型的にはＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼを使用し、これは５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが、３’−５’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠く。したがって、ＴａｑＭａｎ（商標）ＰＣＲは典型的には、標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブをハイブリダイズさせるためにＴａｑまたはＴｔｈポリメラーゼの５’−ヌクレアーゼ活性を利用するが、同等の５’ヌクレアーゼ活性を有する酵素が使用されうる。ＰＣＲ反応に典型的なアンプリコンを得るために、２つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。第３のオリゴヌクレオチド、すなわちプローブは、それらの２つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するように設計される。該プローブはＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素によっては伸長不可能であり、レポーター蛍光色素および消光蛍光色素で標識される。それらの２つの色素が接近してプローブ上に位置する場合に、該レポーター色素からの任意のレーザー誘発性発光が該消光色素により消光される。増幅反応中、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素は鋳型依存的に該プローブを切断する。生じたプローブ断片は溶液中で解離し、該遊離レポーター色素からのシグナルは第２の発蛍光団の消光効果を喪失している。新たな分子が合成されるたびに１分子のレポーター色素が遊離し、非消光レポーター色素の検出はデータの定量的解釈の基礎をもたらす。
【０１１８】
ＴａｑＭａｎ（商標）ＲＴ−ＰＣＲは、商業的に入手可能な装置、例えばＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００（商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して行われうる。好ましい実施形態においては、５’ヌクレアーゼ法をリアルタイム定量ＰＣＲ装置、例えばＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００（商標）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）において行う。該システムはサーモサイクラ―、レーザー、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラおよびコンピュータからなる。該システムは、該装置を作動させるための及びデータを分析するためのソフトウェアを含む。５’−ヌクレアーゼアッセイデータは最初はＣｔ、すなわち閾値サイクルとして表される。前記のとおり、蛍光値は各サイクル中に記録され、増幅反応におけるその時点までに増幅された産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意なものとして最初に記録された時点が閾値サイクル（Ｃｔ）である。
【０１１９】
サンプルごとの変動の誤差および影響を最小にするために、ＲＴ−ＰＣＲは通常、内部標準を使用して行われる。理想的な内部標準は種々の組織において一定レベルで発現され、実験処理によっては影響されない。遺伝子発現のパターンを正規化するために最も頻繁に使用されるＲＮＡはハウスキーピング遺伝子グリセルアルデヒド−３−リン酸−デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）およびベータ−アクチンのｍＲＮＡである。
【０１２０】
ＲＴ−ＰＣＲ技術のより最近の変法はリアルタイム定量ＰＣＲであり、これは二重標識発蛍光プローブ（すなわち、ＴａｑＭａｎ（商標）プローブ）によりＰＣＲ産物蓄積を測定する。リアルタイムＰＣＲは、各標的配列に対する内部競合体が正規化のために使用される定量競合ＰＣＲ、およびサンプル中に含有される正規化遺伝子またはＲＴ−ＰＣＲ用のハウスキーピング遺伝子を使用する定量競合ＰＣＲの両方に適合する。更なる詳細は、例えば、Ｈｅｌｄら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６：９８６−９９４（１９９６）を参照されたい。
【０１２１】
Ｇ．データの取り扱い
前記のアッセイからの値は手動で計算され保存されうる。あるいは前記工程は完全または部分的にコンピュータプログラム製品により行われうる。したがって、本開示は、コンピュータ読取可能記憶媒体上に保存されたコンピュータプログラムを有するコンピュータ読取可能記憶媒体を含むコンピュータプログラム製品を提供する。該プログラムは、コンピュータにより読取られると、個体からの１以上の生物学的サンプルの分析から得られた値（例えば、遺伝子またはタンパク質発現レベル、正規化、標準化、閾値処理、ならびに臨床結果スコアおよび／または臨床状態もしくは段階および関連情報のテキストもしくはグラフィック描写へのアッセイからの値の変換）に基づく関連計算を実行しうる。該コンピュータプログラム製品は、そのなかに、該計算を行うためのコンピュータプログラムを保存している。
【０１２２】
本開示は、データ収集を実行し前記ソフトウェアプログラムを操作または計算するためのシステムを提供し、該システムは一般に、ａ）中央コンピューティング環境、ｂ）患者データ（該患者データは、例えば、該患者からの生物学的サンプルを使用するアッセイから得られた遺伝子もしくはタンパク質発現レベルまたは他の値、あるいは本開示により提供されるアッセイのいずれかに関する質量分析データを含みうる）を受け取るための、該コンピューティング環境に機能的に連結された入力装置、ｃ）情報を使用者（例えば、医療関係者）に提供するための、該コンピューティング環境に連結された出力装置、およびｄ）該中央コンピューティング環境（例えば、プロセッサ）により実行されるアルゴリズム（該アルゴリズムは、該入力装置により受け取られたデータに基づいて実行され、該アルゴリズムは発現スコア、閾値処理または本明細書に記載の他の機能を計算する）を含む。また、本開示により提供される方法は全体的または部分的に自動化されうる。
【０１２３】
Ｈ．被験者
結腸腫瘍またはポリープを有する可能性を決定することを望む被験者から生物学的サンプルを収集する。該開示は、健康および無症状性でありうる被験者を提示する。種々の実施形態においては、該被験者は健康であり、無症候性であり、２０〜５０歳である。種々の実施形態においては、該被験者は健康であり、無症候性であり、腺癌またはポリープの家族病歴を有さない。種々の実施形態においては、該被験者は健康であり、無症候性であり、結腸内視鏡検査を受けたことがない。該開示はまた、定期検査の一部として又はバイオマーカーのベースラインレベルを確定するために試験を受けている健康な被験者を提示する。
【０１２４】
該開示は、結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない被験者を提示する。該開示は、結腸直腸癌の症状を有さず、結腸直腸癌の家族病歴を有さず、年齢以外の結腸直腸癌の認識されたリスク因子を有さない被験者を提示する。
【０１２５】
生物学的サンプルは、家族病歴に基づいて結腸直腸ポリープもしくは癌の高いリスクを有すると判定された、結腸直腸ポリープもしくは癌の治療を過去に受けたことがある及び／又は寛解中である被験者からも収集されうる。生物学的サンプルは、結腸直腸癌に関連していることが知られている身体症状を示す被験者、スクリーニングアッセイ（例えば、便潜血検査またはＳ状結腸鏡検査）あるいは直腸指診または非柔軟性もしくは柔軟性結腸内視鏡検査またはＣＴスキャンまたは他のＸ線技術により特定された被験者からも収集されうる。生物学的サンプルは、被験者が受けている療法または治療の有効性を判定するために治療を現在受けている被験者からも収集されうる。
【０１２６】
Ｉ．生物学的サンプル
バイオマーカーは種々のタイプの生物学的サンプルにおいて測定されうる。該サンプルは、好ましくは、系全体を収集し調査する生物学的サンプルからのものである。本開示において有用な生物学的サンプル型の例には、尿、便、涙、全血、血清、血漿、血液成分、骨髄、組織、細胞、器官、唾液、頬スワブ、リンパ液、脳脊髄液、病変滲出物、および身体により産生される他の流体の１以上が含まれるが、これらに限定されるものではない。バイオマーカーは凍結、固定、パラフィン包埋または新鮮生検サンプルからも抽出されうる。
【０１２７】
ＩＶ．バイオマーカーおよびバイオマーカープロファイル
本開示のバイオマーカーは、結腸ポリープに罹患している又はその発生のリスクを有する者と健康な個体との間の識別、ならびに結腸ポリープの種々の状態（例えば、過形成性、悪性、癌または腫瘍亜型）の間の識別を可能にする。特に、バイオマーカーの本開示の発見は、結腸ポリープおよび結腸癌の臨床評価および処置を補助する診断方法、キットを提供する。
【０１２８】
結腸ポリープの臨床評価および処置に有用でありうるバイオマーカーには、以下のタンパク質（ＵＮＩｐｒｏｔｅｉｎ  ＩＤ番号）の完全タンパク質、ペプチド断片、核酸または遷移イオンが含まれる：ＳＰＢ６＿ＨＵＭＡＮ、ＦＲＩＬ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ、１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ、ＥＮＯＡ＿ＨＵＭＡＮ、ＴＫＴ＿ＨＵＭＡＮおよびそれらの組合せ。
【０１２９】
結腸ポリープの臨床評価および処置に有用でありうるバイオマーカーには、以下のタンパク質（ＵＮＩｐｒｏｔｅｉｎ  ＩＤ番号）の完全タンパク質、ペプチド断片、核酸または遷移イオンが含まれる：ＳＰＢ６＿ＨＵＭＡＮ、ＦＲＩＬ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ、１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ、ＥＮＯＡ＿ＨＵＭＡＮ、ＴＫＴ＿ＨＵＭＡＮ、ＴＳＧ６＿ＨＵＭＡＮ、ＴＰＭ２＿ＨＵＭＡＮ、ＡＤＴ２＿ＨＵＭＡＮ、ＦＨＬ１＿ＨＵＭＡＮ、ＣＣＲ５＿ＨＵＭＡＮ、ＣＥＡＭ５＿ＨＵＭＡＮ、ＳＰＯＮ２＿ＨＵＭＡＮ、１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ、ＲＢＸ１＿ＨＵＭＡＮ、ＣＯＲ１Ｃ＿ＨＵＭＡＮ、ＶＩＭＥ＿ＨＵＭＡＮ、ＰＳＭＥ３＿ＨＵＭＡＮおよびそれらの組合せ。
【０１３０】
結腸ポリープの臨床評価および処置に有用でありうるバイオマーカーには、以下のタンパク質（ＵＮＩｐｒｏｔｅｉｎ  ＩＤ番号）の完全タンパク質、ペプチド断片、核酸または遷移イオンが含まれる：ＳＰＢ６＿ＨＵＭＡＮ、ＦＲＩＬ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ、１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ、ＥＮＯＡ＿ＨＵＭＡＮおよびＴＫＴ＿ＨＵＭＡＮ、ＴＳＧ６＿ＨＵＭＡＮ、ＴＰＭ２＿ＨＵＭＡＮ、ＡＤＴ２＿ＨＵＭＡＮ、ＦＨＬ１＿ＨＵＭＡＮ、ＣＣＲ５＿ＨＵＭＡＮ、ＣＥＡＭ５＿ＨＵＭＡＮ、ＳＰＯＮ２＿ＨＵＭＡＮ、１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ、ＲＢＸ１＿ＨＵＭＡＮ、ＣＯＲ１Ｃ＿ＨＵＭＡＮ、ＶＩＭＥ＿ＨＵＭＡＮ、ＰＳＭＥ３＿ＨＵＭＡＮ、ＭＩＣ１＿ＨＵＭＡＮ、ＳＴＫ１１＿ＨＵＭＡＮ、ＩＰＹＲ＿ＨＵＭＡＮ、ＳＢＰ１＿ＨＵＭＡＮ、ＰＥＢＰ１＿ＨＵＭＡＮ、ＣＡＴＤ＿ＨＵＭＡＮ、ＨＰＴ＿ＨＵＭＡＮ、ＡＮＸＡ５＿ＨＵＭＡＮ、ＡＬＤＯＡ＿ＨＵＭＡＮ、ＬＡＭＡ２＿ＨＵＭＡＮ、ＣＡＴＺ＿ＨＵＭＡＮ、ＡＣＴＢ＿ＨＵＭＡＮ、ＡＡＣＴ＿ＨＵＭＡＮならびにそれらの組合せ。
【０１３１】
結腸ポリープの臨床評価および処置に有用でありうるバイオマーカーには、図１２の遷移イオンが含まれる。
【０１３２】
該開示の方法により全血清から特定されるバイオマーカーには、以下のタンパク質（ＵＮＩｐｒｏｔｅｉｎ  ＩＤ番号）に対応する完全タンパク質、ペプチド断片、核酸または遷移イオンが含まれる：アクチン，細胞質１（ＡＣＴＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１）、アクチン，ガンマ−腸平滑筋前駆体（ＡＣＴＨ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２）、アンジオテンシノーゲン前駆体（ＡＮＧＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３）、アデノシルホモシステイナーゼ（ＳＡＨＨ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４）、アルドースレダクターゼ（ＡＬＤＲ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５）、ＲＡＣ−アルファセリン／トレオニン−タンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６）、血清アルブミン前駆体（ＡＬＢＵ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７）、網膜デヒドロゲナーゼ１（ＡＬ１Ａ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８）、アルデヒドデヒドロゲナーゼＸ，ミトコンドリア前駆体（ＡＬ１Ｂ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９）、フルクトース−ビスホスファートアルドラーゼＡ（ＡＬＤＯＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０）、アルファ−アミラーゼ２Ｂ前駆体（ＡＭＹ２Ｂ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１）、アネキシンＡ１（ＡＮＸＡ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２）、アネキシンＡ３（ＡＮＸＡ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３）、アネキシンＡ４（ＡＮＸＡ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４）、アネキシンＡ５（ＡＮＸＡ５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５）、大腸腺腫症タンパク質（ＡＰＣ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６）、アポリポタンパク質Ａ−Ｉ前駆体（ＡＰＯＡ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ前駆体（ＡＰＯＣ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８）、ベータ−２−糖タンパク質１前駆体（ＡＰＯＨ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１９）、Ｒｈｏ  ＧＤＰ−解離インヒビター１（ＧＤＩＲ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２０）、ＡＴＰシンターゼサブユニットベータ，ミトコンドリア前駆体（ＡＴＰＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２１）、アンキリン反復を有するＢ−細胞スカフォールドタンパク質（ＢＡＮＫ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２２）、未特徴づけタンパク質Ｃ１８ｏｒｆ８（ＭＩＣ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２３）、推定未特徴づけタンパク質Ｃ１ｏｒｆ１９５（ＣＡ１９５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２４）、補体Ｃ３前駆体（ＣＯ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２５）、補体成分Ｃ９前駆体（ＣＯ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２６）、炭酸脱水酵素１（ＣＡＨ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２７）、炭酸脱水酵素２（ＣＡＨ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２８）、カルレティキュリン前駆体（ＣＡＬＲ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号２９）、マクロファージ−キャッピングタンパク質（ＣＡＰＧ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３０）、シグナルトランスデューサーＣＤ２４前駆体（ＣＤ２４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３１）、ＣＤ６３抗原（ＣＤ６３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３２）、シチジンデアミナーゼ（ＣＤＤ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３３）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子３（ＣＥＡＭ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３４）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子５（ＣＥＡＭ５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３５）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子６（ＣＥＡＭ６＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３６）、絨毛性ゴナドト��ピンサブユニットベータ前駆体（ＣＧＨＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３７）、キチナーゼ３様タンパク質１前駆体（ＣＨ３Ｌ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３８）、クレアチニンキナーゼＢ型（ＫＣＲＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号３９）、Ｃ型レクチンドメインファミリー４メンバーＤ（ＣＬＣ４Ｄ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４０）、クラステリン前駆体（ＣＬＵＳ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４１）、カルポニン−１（ＣＮＮ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４２）、コロニン−１Ｃ（ＣＯＲ１Ｃ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４３）、Ｃ−反応性タンパク質前駆体（ＣＲＰ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４４）、マクロファージコロニー刺激因子１前駆体（ＣＳＦ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４５）、カテニンベータ−１（ＣＴＮＢ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４６）、カテプシンＤ前駆体（ＣＡＴＤ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４７）、カテプシンＳ前駆体（ＣＡＴＳ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４８）、カテプシンＺ前駆体（ＣＡＴＺ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号４９）、カリン−１（ＣＵＬ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５０）、アスパルタート−ｔＲＮＡリガーゼ，細胞質（ＳＹＤＣ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５１）、好中球デフェンシン１（ＤＥＦ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５２）、好中球デフェンシン３（ＤＥＦ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５３）、デスミン（ＤＥＳＭ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５４）、ジペプチジルペプチダーゼ４（ＤＰＰ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５５）、ジヒドロピリミジナーゼ関連タンパク質２（ＤＰＹＬ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５６）、細胞質ダイニン１重鎖１（ＤＹＨＣ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５７）、デルタ（３，５）−デルタ（２，４）−ジエノイル−ＣｏＡイソメラーゼ，ミトコンドリア前駆体（ＥＣＨ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５８）、伸長因子２（ＥＦ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号５９）、真核生物開始因子４Ａ−ＩＩＩ（ＩＦ４Ａ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６０）、アルファ−エノラーゼ（ＥＮＯＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６１）、エズリン（ＥＺＲＩ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６２）、ニバン様前駆体２（ＮＩＢＬ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６３）、セプラーゼ（ＳＥＰＲ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６４）、Ｆボックスオンリータンパク質４（ＦＢＸ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６５）、フィブリノーゲンベータ鎖前駆体（ＦＩＢＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６６）、フィブリノーゲンガンマ鎖（ＦＩＢＧ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６７）、フォー・アンド・ア・ハーフ（Ｆｏｕｒ  ａｎｄ  ａ  ｈａｌｆ）ＬＩＭドメインタンパク質１（ＦＨＬ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６８）、フィラミンＡ（ＦＬＮＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号６９）、ＦＥＲＭドメイン含有タンパク質３（ＦＲＭＤ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７０）、フェリチン重鎖（ＦＲＩＨ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７１）、フェリチン軽鎖（ＦＲＩＬ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７２）、組織アルファ−Ｌ−フコシダーゼ前駆体（ＦＵＣＯ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７３）、ガンマ−アミノ酪酸受容体サブユニットアルファ−１前駆体（ＧＢＲＡ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７４）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ３Ｐ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７５）、グリシン−ｔＲＮＡリガーゼ（��ＹＧ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７６）、成長／分化因子１５前駆体（ＧＤＦ１５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７７）、ゲルソリン前駆体（ＧＥＬＳ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７８）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＰ（ＧＳＴＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号７９）、ヒアルロナン結合タンパク質２前駆体（ＨＡＢＰ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８０）、肝細胞増殖因子前駆体（ＨＧＦ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８１）、ＨＬＡクラスＩ組織適合性抗原，Ａ−６８アルファ鎖（１Ａ６８＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８２）、高移動度タンパク質Ｂ１（ＨＭＧＢ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８３）、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質Ａ１（ＲＯＡ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８４）、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質Ａ２／Ｂ１（ＲＯＡ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８５）、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質Ｆ（ＨＮＲＰＦ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８６）、ハプトグロビン前駆体（ＨＰＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８７）、熱ショックタンパク質ＨＳＰ  ９０−ベータ（ＨＳ９０Ｂ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８８）、エンドプラスミン前駆体（ＥＮＰＬ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号８９）、ストレス−７０タンパク質，ミトコンドリア前駆体（ＧＲＰ７５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９０）、熱ショックタンパク質ベータ−１（ＨＳＰＢ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９１）、６０ｋＤａ熱ショックタンパク質，ミトコンドリア（ＣＨ６０＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９２）、骨シアロタンパク質２（ＳＩＡＬ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９３）、鞭毛内輸送タンパク質７４ホモログ（ＩＦＴ７４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９４）、インスリン様増殖因子Ｉ（ＩＧＦ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９５）、Ｉｇアルファ−２鎖Ｃ領域（ＩＧＨＡ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９６）、インターロイキン−２受容体サブユニットベータ前駆体（ＩＬ２ＲＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９７）、インターロイキン−８（ＩＬ８＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９８）、インターロイキン−９（ＩＬ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号９９）、ＧＴＰアーゼＫＲａｓ前駆体（ＲＡＳＫ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１００）、ケラチンＩ型細胞骨格１９（Ｋ１Ｃ１９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０１）、ケラチンＩＩ型細胞骨格８（Ｋ２Ｃ８＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０２）、ラミニンサブユニットアルファ−２前駆体（ＬＡＭＡ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０３）、ガレクチン−３（ＬＥＧ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０４）、ラミン−Ｂ１前駆体（ＬＭＮＢ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０５）、微小管関連タンパク質ＲＰ／ＥＢファミリーメンバー１（ＭＡＲＥ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０６）、ＤＮＡ複製ライセンシング因子ＭＣＭ４（ＭＣＭ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０７）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０８）、マトリリシン前駆体（ＭＭＰ７＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１０９）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体（ＭＭＰ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１０）、Ｂ−リンパ球抗原ＣＤ２０（ＣＤ２０＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１１）、ミオシン軽ポリペプチド６（ＭＹＬ６＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１２）、ミオシン調節性軽ポリペプチド９（ＭＹＬ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１３）、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＡ（ＮＤＫＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１４）、ニコチンアミドＮ−メチルトランスフェラーゼ（ＮＮＭＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１５）、アルファ−１−酸糖タンパク質１前駆体（Ａ１ＡＧ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１６）、ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ［ＧＴＰ］，ミトコンドリア前駆体（ＰＣＫＧＭ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１７）、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼＡ３前駆体（ＰＤＩＡ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１８）、タンパク質ジスルフィド−イソメラーゼＡ６前駆体（ＰＤＩＡ６＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１１９）、ピリドキサールキナーゼ（ＰＤＸＫ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２０）、ホスファチジルエタノールアミン結合タンパク質１（ＰＥＢＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２１）、ホスファチジルイノシトール転移タンパク質アルファアイソフォーム（ＰＩＰＮＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２２）、ピルビン酸キナーゼアイソザイムＭ１／Ｍ２（ＫＰＹＭ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２３）、ウロキナーゼ型プラスミノーゲンアクチベータ前駆体（ＵＲＯＫ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２４）、無機ピロホスファターゼ（ＩＰＹＲ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２５）、ペルオキシレドキシン−１（ＰＲＤＸ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２６）、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼＤ１（ＫＰＣＤ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２７）、プロラクチン（ＰＲＬ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２８）、膜貫通ガンマ−カルボキシグルタミン酸タンパク質４前駆体（ＴＭＧ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１２９）、プロテアソームアクチベータ複合体サブユニット３（ＰＳＭＥ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３０）、ホスファチジルイノシトール３，４，５−三リン酸３−ホスファターゼおよび二重特異性タンパク質ホスファターゼＰＴＥＮ（ＰＴＥＮ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３１）、接着斑キナーゼ１（ＦＡＫ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３２）、タンパク質−チロシンキナーゼ２−ベータ（ＦＡＫ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３３）、Ｅ３ユビキチン−タンパク質リガーゼＲＢＸ１（ＲＢＸ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３４）、再生島由来タンパク質４前駆体（ＲＥＧ４＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３５）、トランスフォーミングタンパク質ＲｈｏＡ（ＲＨＯＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３６）、Ｒｈｏ関連ＧＴＰ結合タンパク質ＲｈｏＢ（ＲＨＯＢ＿Ｈ
ＵＭＡＮ）（配列番号１３７）、Ｒｈｏ関連ＧＴＰ結合タンパク質ＲｈｏＣ（ＲＨＯＣ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３８）、４０Ｓリボソームタンパク質ＳＡ（ＲＳＳＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１３９）、リボソーム結合タンパク質１（ＲＲＢＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４０）、タンパク質Ｓ１００−Ａ１１（Ｓ１０ＡＢ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４１）、タンパク質Ｓ１００−Ａ１２（Ｓ１０ＡＣ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４２）、タンパク質Ｓ１００−Ａ８（Ｓ１０Ａ８＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４３）、タンパク質Ｓ１００−Ａ９（Ｓ１０Ａ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４４）、血清アミロイドＡ−１タンパク質（ＳＡＡ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４５）、血清アミロイドＡ−２タンパク質前駆体（ＳＡＡ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４６）、セクレタゴギン（ＳＥＧＮ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４７）、血清学的規定結腸癌抗原３（ＳＤＣＧ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４８）、コハク酸デヒドロゲナーゼ［ユビキノン］フラビンタンパク質サブユニット，ミトコンドリア前駆体（ＤＨＳＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１４９）、セレン結合タンパク質１（ＳＢＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５０）、Ｐ−セレクチン糖タンパク質リガンド１前駆体（ＳＥＬＰＬ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５１）、セプチン−９（ＳＥＰＴ９＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５２）、アルファ−１−アンチトリプシン前駆体（Ａ１ＡＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５３）、アルファ−１−アンチキモトリプシン前駆体（ＡＡＣＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５４）、白血球エラスターゼインヒビター（ＩＬＥＵ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５５）、セルピンＢ６（ＳＰＢ６＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５６）、スプライシング因子３Ｂサブユニット３（ＳＦ３Ｂ３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５７）、Ｓ相キナーゼ関連タンパク質１（ＳＫＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５８）、ＡＤＰ／ＡＴＰトランスロカーゼ２（ＡＤＴ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１５９）、膵分泌トリプシンインヒビター（ＩＳＫ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６０）、スポンジン−２（ＳＰＯＮ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６１）、オステオポンチン（ＯＳＴＰ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６２）、癌原遺伝子チロシン−タンパク質キナーゼＳｒｃ（ＳＲＣ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６３）、セリン／トレオニン−タンパク質キナーゼＳＴＫ１１（ＳＴＫ１１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６４）、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質Ｑ（ＨＮＲＰＱ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６５）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病タンパク質１（ＴＡＬ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６６）、セロトランスフェリン前駆体（ＴＲＦＥ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６７）、トロンボスポンジン１前駆体（ＴＳＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６８）、メタロプロテイナーゼインヒビター１（ＴＩＭＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１６９）、トランスケトラーゼ（ＴＫＴ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７０）、腫瘍壊死因子誘導遺伝子６タンパク質前駆体（ＴＳＧ６＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７１）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｂ（ＴＲ１０Ｂ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７２）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（ＴＮＦ６Ｂ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７３）、細胞腫瘍抗原ｐ５３（Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７４）、トロポミオシンベータ鎖（ＴＰＭ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７５）、翻訳制御腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７６）、熱ショックタンパク質７５ｋＤａ，ミトコンドリア前駆体（ＴＲＡＰ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７７）、チオ硫酸スルフルトランスフェラーゼ（ＴＨＴＲ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７８）、チューブリンベータ−１鎖（ＴＢＢ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１７９）、ＵＤＰ−グルコース６−デヒドロゲナーゼ（ＵＧＤＨ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８０）、ＵＴＰ−グルコース−１−リン酸ウリジリルトランスフェラーゼ（ＵＧＰＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８１）、血管内皮増殖因子Ａ（ＶＥＧＦＡ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８２）、ビリン−１（ＶＩＬＩ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８３）、ビメンチン（ＶＩＭＥ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８４）、パンテテイナーゼ前駆体（ＶＮＮ１＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８５）、１４−３−３タンパク質ゼータ／デルタ（１４３３Ｚ＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８６）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体５型（ＣＣＲ５＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８７）または血漿アルファ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＯ２＿ＨＵＭＡＮ）（配列番号１８８）。本発明の方法は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個の前記バイオマーカーの発現レベルを決定することを想定している。該方法は、前記バイオマーカーの少なくとも１０個、少なくとも１５個または少なくとも２０個の発現レベルを決定することを含みうる。
【０１３３】
本開示の全開示において、該方法は、該方法は更に、本明細書に記載されている少なくとも２個のバイオマーカーの発現レベルを決定（測定）することを含みうる。本開示の方法は、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個の本明細書に記載されているバイオマーカーの発現レベルを決定することを更に含む、と更に想定される。該方法は、本明細書に記載されているバイオマーカーの少なくとも１０個、少なくとも１５個または少なくとも２０個の発現レベルの決定を含みうる。
【０１３４】
該開示の方法により全血清から特定されるバイオマーカーには、以下のタンパク質に対応するペプチド／タンパク質断片または遺伝子が含まれる：ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）およびＡ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）。前記タンパク質または遺伝子の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質または遺伝子を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質または遺伝子を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１３５】
該開示の方法により全血清から特定されるバイオマーカーには、以下のタンパク質に対応するペプチド／タンパク質断片または遺伝子が含まれる：ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡ。前記タンパク質または遺伝子の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個および全１９個の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質または遺伝子を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質または遺伝子を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１３６】
該開示の方法により全血清から特定されるバイオマーカーには、図９において特定されているタンパク質に対応するペプチド／タンパク質断片または遺伝子が含まれる。前記タンパク質または遺伝子の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個以上の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質または遺伝子を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１３７】
タンパク質は、しばしば、複数の異なる形態のサンプル中に存在することが公知である。なぜなら、それらは種々のタンパク質複合体の種々の形態で会合しうるからである。これらの形態は翻訳前および翻訳後修飾の一方または両方から生じうる。翻訳前修飾形態は対立変異体、スライス変異体およびＲＮＡ編集形態を含む。そのような場合、遺伝子発現産物は、ヒトデータベースにおいて定められているタンパク質に対する種々の相同性で存在することが公知である。したがって、該開示は、定められたバイオマーカーの種々の形態が存在しうると理解している。例えば、該配列相同性は、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上および９９％以上からなる群から選択される。また、該バイオマーカーの翻訳後修飾形態が存在しうる。翻訳後修飾形態には、タンパク質バイオマーカーのタンパク質分解切断（例えば、親タンパク質の断片）、グリコシル化、リン酸化、脂質化、酸化、メチル化、シスチニル化、スルホン化およびアセチル化から生じる形態が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１３８】
本開示のバイオマーカーには、完全長タンパク質、それらの対応ＲＮＡまたはＤＮＡおよび全ての修飾形態が含まれる。バイオマーカーの修飾形態には、例えば、開示されているバイオマーカーの任意のスプライス変異体およびそれらをコードするそれらの対応ＲＮＡまたはＤＮＡが含まれる。ある場合には、該修飾形態または該タンパク質のトランケート化形態またはそれらの対応ＲＮＡもしくはＤＮＡは完全長タンパク質より良好な識別力を診断において示しうる。
【０１３９】
タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのトランケート化体または断片は一般に、該タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのＮ末端および／またはＣ末端欠失またはトランケート化形態を意味する。この語は、該ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の選択的翻訳、エキソおよび／またはエンドタンパク質分解および／または分解（これらに限定されるものではない）、例えば、インビボまたはインビトロにおけるもの、例えば、物理的、化学的および／または酵素的タンパク質分解によるもののような任意のメカニズムにより生じる断片を含む。限定的なものではないが、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのトランケート化体または断片は、該タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのアミノ酸配列の少なくとも約５％または少なくとも約１０％、例えば、＞２０％、＞３０％または＞４０％、例えば、＞５０％、例えば、＞６０％、＞７０％または＞８０％、または更には９０％または＞９５％に相当しうる。
【０１４０】
限定的なものではないが、タンパク質のトランケート化または断片は対応完全長タンパク質の５個の連続的アミノ酸または１０個の連続的アミノ酸または２０個の連続的アミノ酸または３０個の連続的アミノ酸または５０個以上の連続的アミノ酸、例えば、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００または６００個の連続的アミノ酸の配列を含みうる。
【０１４１】
幾つかの場合には、断片は、対応する成熟完全長タンパク質またはその可溶性もしくは血漿循環形態と比較して１〜約２０アミノ酸、例えば、１〜約１５アミノ酸、または１〜約１０アミノ酸、または１〜約５アミノ酸だけＮ末端および／またはＣ末端でトランケート化されていることが可能である。
【０１４２】
ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質およびそれらの断片のような本開示の任意のタンパク質バイオマーカーは、該マーカー、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質および断片の修飾形態、例えば、リン酸化、グリコシル化、脂質化、メチル化、システイニル化、スルホン化、グルタチオン化、アセチル化、メチオニンからメチオニンスルホキシドまたはメチオニンスルホンへの酸化などのような修飾（これらに限定されるものではない）を含む発現後修飾を含有するものをも含みうる。
【０１４３】
幾つかの場合においては、与えられたタンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの断片は、サンプルから有利に検出可能なペプチドを得るために該タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドのインビトロタンパク質分解を行うことにより得られうる。例えば、そのようなタンパク質分解は、適当な物理的、化学的および／または酵素的物質、例えばプロテイナーゼ、好ましくはエンドプロテイナーゼ、すなわち、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチド鎖内で内的に切断するプロテアーゼにより行われうる。
【０１４４】
エンドプロテイナーゼの適当な非限定的な例には、セリンプロテイナーゼ（ＥＣ  ３．４．２１）、トレオニンプロテイナーゼ（ＥＣ  ３．４．２５）、システインプロテイナーゼ（ＥＣ  ３．４．２２）、アスパラギン酸プロテイナーゼ（ＥＣ  ３．４．２３）、メタロプロテイナーゼ（ＥＣ  ３．４．２４）およびグルタミン酸プロテイナーゼが含まれるが、これらに限定されるものではない。典型的な非限定的なエンドプロテイナーゼには、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、リソバクター・エンザイモゲネス（Ｌｙｓｏｂａｃｔｅｒ  ｅｎｚｙｍｏｇｅｎｅｓ）エンドプロテイナーゼＬｙｓ−Ｃ、スタヒロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）エンドプロテイナーゼＧｌｕ−Ｃ（エンドペプチダーゼＶ８）またはクロストリジウム・ヒストリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ）エンドプロテイナーゼＡｒｇ−Ｃ（クロストリパイン（ｃｌｏｓｔｒｉｐａｉｎ））が含まれる。
【０１４５】
好ましくは、該タンパク質分解は、トリプシン型（ＥＣ  ３．４．２１．４）のエンドペプチダーゼ、好ましくはトリプシン、例えば、ウシ膵臓、ヒト膵臓、ブタ膵臓からのトリプシンの調製物、組換えトリプシン、Ｌｙｓ−アセチル化トリプシン、溶液中のトリプシン、固体支持体に固定化されたトリプシンなど（これらに限定されるものではない）により行われうる。トリプシンは、とりわけ、切断の高い特異性および効率ゆえに、特に有用である。該開示はまた、任意のトリプシン様プロテアーゼ、すなわち、トリプシンに類似した特異性を有するプロテアーゼの使用を提供する。あるいは、タンパク質分解のために化学試薬が使用されうる。単なる例示に過ぎないが、ＣＮＢｒはＭｅｔにおいて切断することが可能であり、ＢＮＰＳ−スカトールはＴｒｐにおいて切断することが可能である。処理のための条件、例えばタンパク質濃度、酵素または化学試薬濃度、ｐＨ、バッファー、温度、時間は、使用される酵素または化学試薬に応じて、熟練した者により決定されうる。更に、公知の又は未だ特定されていない酵素が、所望のペプチド形態を得るために、それらの切断特異性および頻度に基づいて、本開示で使用されうる。
【０１４６】
幾つかの場合には、断片化タンパク質またはペプチドはＮ末端および／またはＣ末端でトランケート化可能であり、Ｎ末端（ａ、ｂ、ｃイオン）および／またはＣ末端（ｘ、ｙ、ｚイオン）でトランケート化されたタンパク質またはペプチドの、１つ又は全ての遷移イオンである。例えば、該ペプチド断片がアミノ酸配列ＩＡＥＬＬＳＰＧＳＶＤＰＬＴＲから構成される場合、該ペプチド断片の遷移イオンバイオマーカーは、表１に示されている以下の遷移イオンバイオマーカーの１以上を含みうる。
【表１】
2016507723.tif 000003
【０１４７】
該開示のバイオマーカーには、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）およびＡ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）の結合相手が含まれる。前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１４８】
該開示のバイオマーカーには、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡの結合相手が含まれる。前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個および全１９個の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１４９】
本明細書中に教示されている典型的なヒトマーカー、核酸、タンパク質またはポリペプチドは、ＮＣＢＩ  Ｇｅｎｂａｎｋ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）またはＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／）アクセッション番号でアノテーションされているとおりのものでありうる。幾つかの場合には、該配列は、本明細書に教示されているマーカー、核酸、タンパク質またはポリペプチドの前駆体（例えば、プレタンパク質）のものであることが可能であり、成熟分子からプロセシング除去される部分を含みうる。幾つかの場合には、１以上のアイソファオームだけが開示されているかもしれないが、該配列の全アイソファオームが意図される。
【０１５０】
本開示のバイオマーカーには、図９において特定されているタンパク質の結合相手が含まれる。前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個以上の群が含まれる。そのような群はこの集合内のタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である
前記バイオマーカーは、該開示の方法により特定された、分子量および部分配列により決定されたバイオマーカーの一例であり、例示的な具体例として記載されているに過ぎず、該開示を何ら限定するものではない。バイオマーカーまたは修飾バイオマーカーの１以上を検出するためには、適当な方法が使用可能であり、それらは本明細書に記載されている。幾つかの態様においては、該開示は、代謝産物、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列およびそれらの組合せからなる群から選択される１以上のアナライトの追加的バイオマーカーの存在に関する生物学的サンプルの分析の実施を提供する。本明細書に挙げられているバイオマーカーは、遺伝的分析、例えば、被験者からの全ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡ配列決定のような他の情報と更に組合されうる。
【０１５１】
本開示の全態様は、限られた数の該開示バイオマーカー、それらの結合相手、スプライス変異体ならびに対応ＤＮＡおよびＲＮＡを使用することによっても実施されうる。
【０１５２】
対応ＤＮＡおよびＲＮＡに加えて、本開示により提供されるバイオマーカーのＤＮＡおよびＲＮＡ内で見出される変異は、個体の臨床状態を識別するための手段をもたらしうる。本方法で使用されうるそのようなＤＮＡおよびＲＮＡ遺伝的変異マーカーの例には、制限断片長多型、一塩基ＤＮＡ多型、一塩基ｃＤＮＡ多型、一塩基ＲＮＡ多型、一塩基ＲＮＡ多型、挿入、欠失、インデル、マイクロサテライト反復（単純配列反復）、ミニサテライト反復（種々の数の縦列反復）、短い縦列反復、転位因子、ランダム増幅多型ＤＮＡおよび増幅断片長多型が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１５３】
バイオマーカープロファイル
該開示の本方法はまた、作成されるバイオマーカープロファイル、および商業的医学診断製品またはキットにおける使用を提供する。
【０１５４】
該方法は、多数の方法で決定されるバイオマーカープロファイルを提供し、比または他のより複雑な関連づけ方法もしくはアルゴリズム（例えば、ルールベース法）を用いる、測定可能なバイオマーカーまたはバイオマーカーの態様の組合せでありうる。バイオマーカープロファイルは少なくとも２つの測定値を含むことが可能であり、該測定値は、同じ又は異なるバイオマーカーに対応しうる。バイオマーカープロファイルはまた、少なくとも３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５個またはそれ以上の測定値を含みうる。幾つかの用途においては、バイオマーカープロファイルは１００個または更には１０００個の測定値を含む。バイオマーカープロファイルは、個体のみからの測定値、および該個体に関連していることが知られている層別化集団または該個体に関連していないことが知られている層別化集団またはそれらの両方からの測定値を含みうる。
【０１５５】
また、該バイオマーカープロファイルはまた、本明細書に記載されているバイオマーカーの存在もしくは非存在または量を提示し、これらは、それぞれ別々に及び独立して評価されることが可能であり、あるいはそのような他のバイオマーカーの存在もしくは非存在および／または量は、本明細書に開示されている方法において確立される被験者プロファイルまたは参照プロファイル内に含まれうる。
【０１５６】
Ｖ．バイオマーカーの用途
一般に、該方法は少なくとも以下の工程を含む：（ａ）生物学的サンプルを得、生物学的サンプルの分析を行い、（ｃ）該サンプルを参照対照と比較し、（ｄ）タンパク質の存在または量を被験者の結腸ポリープ状態と相関させる。該開示の幾つかの態様においては、定量は、一定レベルであることが知られている内部標準対照に対して測定値を正規化することを含む。該開示の他の態様においては、定量は、腫瘍を有さない健康な非罹患被験者からの参照対照と比較し、差次的発現を決定することを含む。該開示の他の態様においては、定量は、腫瘍を有する罹患被験者からの参照対照と比較し、差次的発現を決定することを含む。この方法から得られたデータを用いて、疾患状態（病態）、再発または治療応答を予想するために使用される「プロファイル」を作成することが可能である。それを作成し、応答に対する相関性を誘導したら、試験結果を標準プロファイルと比較することが可能である。記載されているプロファイルは一般に最適化されると理解されるべきである。本開示はこの特定のバイオマーカープロファイルの使用に限定されない。有用な情報を提供する１以上のマーカーの任意の組合せが本開示の方法において使用されうる。例えば、該シグネチャ（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）が有用な情報を与える能力を維持したまま、１以上のマーカーが加えられ又は該シグネチャから差し引かれうると理解されるべきである。
【０１５７】
該開示の１つの態様においては、被験者における結腸ポリープの存在の可能性を検出するために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの定量が用いられうる。該開示のもう１つの態様においては、結腸腫瘍の性質を検出するために、例えば、被験者におけるサンプルの特性、例えば、良性の存在、ポリープのタイプ、前癌状態、異形成の度合、腺腫性ポリープの亜型または良性結腸腫瘍疾患の亜型および予後（これらに限定されるものではない）の１以上を特定するために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸腫瘍またはポリープを発生する可能性を知るために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸腫瘍またはポリープの存在を除外するために、すなわち、被験者における結腸ポリープ、癌またはそれらの両方の非存在を決定するために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示のもう１つの態様においては、腫瘍の性質、すなわち、それが良性腫瘍ポリープ、悪性腫瘍、腺腫性ポリープ、有茎性ポリープまたは無茎性ポリープ型であるかどうかを決定するために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。
【０１５８】
該開示の１つの態様においては、結腸直腸癌または結腸腫瘍の臨床処置のための次工程を補助する報告を作成するために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸直腸癌または結腸腫瘍に対する種々の治療に対する応答性をモニタリングするために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸直腸癌または結腸腫瘍を発生する素因を有する被験者をモニタリングするために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸直腸癌または結腸腫瘍の再発に関して被験者をモニタリングするために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。該開示の１つの態様においては、結腸直腸癌またはポリープの被験者の再発をモニタリングするために、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せが使用されうる。
【０１５９】
幾つかの実施形態においては、該方法は、被験者からの生物学的サンプルの細胞におけるバイオマーカーのプロファイルを特定することを含み、該パターンは、疾患または状態または応答の可能性に相関される。
【０１６０】
この方法の幾つかの態様においては、例えば定量的免疫蛍光またはＥＬＩＳＡに基づくアッセイ、フローサイトメトリーまたは他のイムノアッセイ（本発明で提供されるもの）によりタンパク質の発現レベルを定量することにより、バイオマーカーまたはバイオマーカープロファイルの１以上を検出する。この方法の幾つかの態様においては、該バイオマーカープロファイルは、例えば、バイオマーカー対応ＤＮＡまたはＲＮＡを特異的に増幅するプライマーセットを使用するリアルタイムＰＣＲによるポリヌクレオチドの検出発現レベルである。該開示のもう１つの態様においては、バイオマーカーに関する捕捉特徴（例えば、抗体、プローブなど）を含有するバイオチップにより該プロファイルを検出する。生物学的サンプルにおける又は被験者からのポリヌクレオチド、例えばｍＲＮＡの発現レベルにより、あるいは例えば抗体を使用して患者サンプルにおけるタンパク質の発現レベルにより、バイオチップはバイオマーカープロファイルの存在を検出しうる。もう１つの幾つかの実施形態においては、癌幹細胞シグネチャを含む遺伝子を特異的に増幅するプライマーセットを使用するリアルタイムＰＣＲにより腫瘍細胞プロファイルを検出する。該開示の他の実施形態においては、予後において使用される癌幹細胞シグネチャの発現を検出するポリヌクレオチドまたはタンパク質（すなわち、抗体）を含有するマイクロアレイを提供する。
【０１６１】
生物学的サンプルのバイオマーカープロファイルを参照プロファイルと比較することが可能であり、結果を決定することが可能である。該開示の１つの態様においては、本明細書に記載されている試験から得られたデータを、生物学的サンプルの１以上からの測定から誘導されたプロファイルモデルにより定められる参照プロファイルと比較する。個々の患者サンプルがこれらの集団で考慮され、１つの集団またはその他の集団または両方の混合体に割り当てられ、ついで、この相関性が患者の処置、療法、予後などに使用されうるように、試験は構築されうる。
【０１６２】
該開示の１つの態様においては、本明細書に記載されている方法およびキット試験から得られたデータを可視化手段と共に使用し、これは、サンプルにおける前記の１以上のマーカーまたは断片の量が或る閾値レベルより高い又は低いかどうか、あるいはサンプルにおける前記の１以上のマーカーまたは断片が前記の１以上のマーカーまたは断片の量の参照値から逸脱しているか否かを示すことが可能であり、該参照値は、本明細書に教示されている疾患または状態の既知の診断、予想または予後を表している。
【０１６３】
該開示の１つの態様においては、閾値レベルとして決定された本明細書に記載されている方法およびキット試験から得られたデータは、（マーカーおよび疾患または状態に応じて）該閾値レベルより高い又は低い該サンプルにおける前記の１以上のマーカーおよび／または断片の量が、該被験者がそれぞれの疾患もしくは状態を有する又はそれらのリスクを有することを示す、あるいは該被験者におけるそれらに関する不良な予後を示すように、ならびに（マーカーおよび疾患または状態に応じて）該閾値レベルより低い又は高い該サンプルにおける前記の１以上のマーカーおよび／または断片の量が、該被験者が、本明細書に教示されている疾患もしくは状態を有さない又はそれらのリスクを有さないことを示す、あるいは該被験者におけるそれらに関する良好な予後を示すように選択される。
【０１６４】
該開示の１つの態様においては、サンプルにおける核酸分子またはアナライトの相対量として決定された本明細書に記載されている方法およびキット試験から得られたデータは、前記の別の値（例えば、本明細書に教示されている参照値、重量またはランク）と比較された場合の増加もしくは減少として又は増加率もしくは減少率として有利に表されうる。第１および第２パラメータ（例えば、第１および第２量）の間の相対比較の実施は、前記第１および第２パラメータの絶対値を最初に決定することでありうるが、必ずしもこれが要求されるわけではない。例えば、測定方法は前記第１および第２パラメータに関する定量可能な読出し値（例えば、シグナル強度）を示すことが可能であり、該読出し値は該パラメータの値の関数であり、該読出し値を直接比較して、第１パラメータ対第２パラメータに関する相対値を得ることが可能であり、この場合、該読出し値をそれぞれのパラメータの絶対値に最初に変換することは実際には要求されない。
【０１６５】
Ａ．感度および特異性
感度および特異性は二項分類試験の性能の統計的尺度である。完全な分類予測因子は１００％の感度（すなわち、罹患群からの全ての者を罹患者と予測する）および１００％の特異性（すなわち、健常群からのいずれの者をも罹患者と予測しない）として示されるが、理論的には任意の分類予測因子が最小誤差を有するであろう（Ａｌｔｍａｎ  ＤＧ，Ｂｌａｎｄ  ＪＭ（１９９４）．“Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ｔｅｓｔｓ  Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ”．ＢＭＪ  ３０８（６９４３）：１５５２およびＬｏｏｎｇ  Ｔ（２００３）．“Ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ｒｉｇｈｔ  ｓｉｄｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｂｒａｉｎ”．ＢＭＪ  ３２７（７４１７）：７１６−７１９）。
【０１６６】
該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫またはポリープ状態に関して６０％以上の真陽性、７０％以上の真陽性、７５％以上の真陽性、８５％以上の真陽性、９０％以上の真陽性、９５％以上の真陽性または９９％以上の真陽性から選択される感度を示す。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫、癌またはポリープ状態に関して６０％以上の真陰性、７０％以上の真陰性、７５％以上の真陰性、８５％以上の真陰性、９０％以上の真陰性、９５％以上の真陰性または９９％以上の真陰性から選択される特異性を示す。該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せを使用する該開示の方法の１つの態様においては、結腸直腸癌の存在または非存在が除外され、あるいは決定されない。該開示の方法の１つの態様においては、腺腫、癌またはポリープ状態の存在または非存在を追加的試験、例えば結腸内視鏡検査、他のイメージング法または診断試験または手術により確認する。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫、癌またはポリープ状態に関して７０％以上の真陽性および３０％未満の真陰性、７５％以上の真陽性および２５％未満の真陰性、８５％以上の真陽性および１５％未満の真陰性、９０％以上の真陽性および１０％未満の真陰性、９５％以上の真陽性および５％未満の真陰性、または９９％以上の真陽性および１％未満の真陰性から選択される感度および特異性を示す。
【０１６７】
該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の結腸直腸癌の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性、７５％以上の真陽性、８５％以上の真陽性、９０％以上の真陽性、９５％以上の真陽性または９９％以上の真陽性から選択される感度を示す。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の結腸直腸癌の存在または非存在に関して７０％以上の真陰性、７５％以上の真陰性、８５％以上の真陰性、９０％以上の真陰性、９５％以上の真陰性または９９％以上の真陰性から選択される特異性を示す。該開示の方法の１つの態様においては、結腸直腸癌の存在または非存在を検出しない。該開示の方法の１つの態様においては、結腸直腸癌の存在または非存在を追加的試験、例えば結腸内視鏡検査、他のイメージング法または診断試験または手術により確認する。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の結腸直腸癌の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性および３０％未満の真陰性、７５％以上の真陽性および２５％未満の真陰性、８５％以上の真陽性および１５％未満の真陰性、９０％以上の真陽性および１０％未満の真陰性、９５％以上の真陽性および５％未満の真陰性、または９９％以上の真陽性および１％未満の真陰性から選択される感度および特異性を示す。
【０１６８】
該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性、７５％以上の真陽性、８５％以上の真陽性、９０％以上の真陽性、９５％以上の真陽性または９９％以上の真陽性から選択される感度を示す。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陰性、７５％以上の真陰性、８５％以上の真陰性、９０％以上の真陰性、９５％以上の真陰性または９９％以上の真陰性から選択される特異性を示す。該開示の方法の１つの態様においては、腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫を追加的試験、例えば結腸内視鏡検査、他のイメージング法または診断試験または手術により確認する。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性および３０％未満の真陰性、７５％以上の真陽性および２５％未満の真陰性、８５％以上の真陽性および１５％未満の真陰性、９０％以上の真陽性および１０％未満の真陰性、９５％以上の真陽性および５％未満の真陰性、または９９％以上の真陽性および１％未満の真陰性から選択される感度および特異性を示す。
【０１６９】
該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの存在または非存在に関して７０％以上の真陽性、７５％以上の真陽性、８５％以上の真陽性、９０％以上の真陽性、９５％以上の真陽性または９９％以上の真陽性から選択される感度を示す。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの存在または非存在に関して７０％以上の真陰性、７５％以上の真陰性、８５％以上の真陰性、９０％以上の真陰性、９５％以上の真陰性または９９％以上の真陰性から選択される特異性を示す。該開示の方法の１つの態様においては、有茎性ポリープおよび無茎性ポリープを追加的試験、例えば結腸内視鏡検査、他のイメージング法または診断試験または手術により確認する。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の有茎性ポリープおよび無茎性ポリープの存在または非存在に関して７０％以上の真陽性および３０％未満の真陰性、７５％以上の真陽性および２５％未満の真陰性、８５％以上の真陽性および１５％未満の真陰性、９０％以上の真陽性および１０％未満の真陰性、９５％以上の真陽性および５％未満の真陰性、または９９％以上の真陽性および１％未満の真陰性から選択される感度および特異性を示す。
【０１７０】
該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性、７５％以上の真陽性、８５％以上の真陽性、９０％以上の真陽性、９５％以上の真陽性または９９％以上の真陽性から選択される感度を示し、これは細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づけられる。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陰性、７５％以上の真陰性、８５％以上の真陰性、９０％以上の真陰性、９５％以上の真陰性または９９％以上の真陰性から選択される特異性を示し、これは細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づけられる。該開示の方法の１つの態様においては、腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫は、追加的試験、例えば結腸内視鏡検査、他のイメージング法または診断試験または手術により確認される細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づけられる。該開示の方法の１つの態様においては、該バイオマーカーの全て又は幾つか又は組合せの使用は、被験者の腺腫性ポリープまたはポリープ様腺腫の存在または非存在に関して７０％以上の真陽性および３０％未満の真陰性、７５％以上の真陽性および２５％未満の真陰性、８５％以上の真陽性および１５％未満の真陰性、９０％以上の真陽性および１０％未満の真陰性、９５％以上の真陽性および５％未満の真陰性、または９９％以上の真陽性および１％未満の真陰性から選択される感度および特異性を示し、これは細胞異形成または前悪性の度合に従い特徴づけられる。
【０１７１】
ＶＩ．システム
本開示のシステムおよび方法は、１以上のコンピュータプロセッサシステム上で、および／または１以上のコンピュータプロセッサシステムを使用することにより実施される。該開示のコンピュータシステムの例は後記に記載されている。該開示のシステムおよび方法のためのプラットフォームが与えられる限り、記載されているコンピュータシステムに対する変更が可能である。
【０１７２】
該開示のコンピュータシステムの一例を図１３に示す。図１３に例示されているコンピュータシステム１３００は、固定媒体１３１２を有するサーバー１３０９に所望により接続されうる媒体１３１１および／またはネットワークポート１３０５からの命令を読取りうる理論的装置として理解されうる。該システム（例えば、図１３に示されているもの）はＣＰＵ１３０１、ディスクドライブ１３０３、随意的（すなわち、所望により使用されうる）インプット装置、例えばキーボード１３１５および／またはマウス１３１６および随意的モニター１３０７を含みうる。データ通信は、近くの又は遠くの位置のサーバーに対して、示されている通信媒体を介して達成されうる。該通信媒体は、データを伝送および／または受信する任意の手段を含みうる。例えば、該通信媒体はネットワーク接続、無線接続またはインターネット接続でありうる。そのような接続はワールド・ワイド・ウェブ上の通信をもたらしうる。本開示に関するデータは、図１３に例示されているとおり、パーティ１３２２による受信および／または閲覧のために、そのようなネットワークまたは接続により伝送されうると予想される。
【０１７３】
図１４は、本開示の例示実施形態に関して使用されうるコンピュータシステム１４００の例示構造を示すブロックダイアグラムである。図１４に示されているとおり、該例示コンピュータシステムは、命令を処理するためのプロセッサ１４０２を含みうる。プロセッサの非限定的な例には、Ｉｎｔｅｌ  ＸｅｏｎＴＭプロセッサ、ＡＭＤ  ＯｐｔｅｒｏｎＴＭプロセッサ、Ｓａｍｓｕｎｇ  ３２−ビットＲＩＳＣ  ＡＲＭ  １１７６ＪＺ（Ｆ）−Ｓ  ｖｌ．ＯＴＭプロセッサ、ＡＲＭ  Ｃｏｒｔｅｘ−Ａ８  Ｓａｍｓｕｎｇ  Ｓ５ＰＣ１００ＴＭプロセッサ、ＡＲＭ  Ｃｏｒｔｅｘ−Ａ８  Ａｐｐｌｅ  Ａ４ＴＭプロセッサ、Ｍａｒｖｅｌｌ  ＰＸＡ  ９３０ＴＭプロセッサまたは機能的に同等なプロセッサが含まれる。並列処理のためにマルチスレッドの実行が用いられうる。該開示の幾つかの態様においては、単一コンピュータシステムにおいても、クラスターにおいても、あるいは複数のコンピュータ、携帯電話および／またはパーソナルデータアシスタント装置を含むネットワーク上のシステムに分布している場合であっても、マルチコアを有するマルチプロセッサも使用されうる。
【０１７４】
図１４に例示されているとおり、高速キャッシュ１４０４はプロセッサ１４０２に接続され、またはプロセッサ１４０２内に組込まれて、プロセッサ１４０２により最近または頻繁に使用されているデータまたは命令のための高速メモリを与えうる。プロセッサ１４０２はプロセッサバス１４０８によりノースブリッジ１４０６に接続される。ノースブリッジ１４０６はメモリバス１４１２によりランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）１４１０に接続され、プロセッサ１４０２によりＲＡＭ１４１０へのアクセスを管理する。ノースブリッジ１４０６はまた、チップセットバス１４１６によりサウスブリッジ１４１４に接続される。サウスブリッジ１４１４は今度は周辺バス１４１８に接続される。周辺バスは、例えばＰＣＩ、ＰＣＩ−Ｘ、ＰＣＩ  Ｅｘｐｒｅｓｓまたは他の周辺バスでありうる。ノースブリッジおよびサウスブリッジは、しばしば、プロセッサチップと称され、プロセッサ、ＲＡＭ、および周辺バス１４１８上の周辺コンポーネントの間のデータ輸送を管理する。幾つかの代替的構造においては、別個のノースブリッジチップを使用する代わりに、ノースブリッジの機能がプロセッサ内に組込まれうる。該開示の幾つかの態様においては、システム１００は、周辺バス１４１８に結合したアクセラレータカード１４２２を含みうる。該アクセラレータはフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）、または或る処理を加速するための他のハードウェアを含みうる。例えば、適応データ再構築（ａｄａｐｔｉｖｅ  ｄａｔａ  ｒｅｓｔｒｕｃｔｕｒｉｎｇ）のために、または拡張セットプロセシングにおいて使用される代数式を評価するために、アクセラレータが使用されうる。
【０１７５】
ソフトウェアおよびデータは外部記憶装置１４２４内に保存（記憶）され、プロセッサによる使用のためにＲＡＭ１４１０および／またはキャッシュ１４０４内にローディングされうる。システム１４００は、システムリソースを管理するためのオペレーティングシステムを含む。オペレーティングシステムの非限定的な例には、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、ＷｉｎｄｏｗｓＴＭ、ＭＡＣＯＳＴＭ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ  ＯＳＴＭ、ｉＯＳＴＭ、および他の機能的に同等なオペレーティングシステム、ならびに本開示の例示実施形態におけるデータ記憶および最適化を管理するためのオペレーティングシステムの上で動作するアプリケーションソフトウェアが含まれる。
【０１７６】
この例においては、システム１４００はまた、Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ａｔｔａｃｈｅｄ  Ｓｔｏｒａｇｅ（ＮＡＳ）のような外部記憶装置および分散並列処理のために使用されうる他のコンピュータシステムへのネットワークインターフェースをもたらすネットワーク周辺バスに接続されたネットワークインターフェースカード（ＮＩＣ）１４２０および１４２１を含む。
【０１７７】
図１５は、複数のコンピュータシステム１５０２ａおよび１５０２ｂ、複数の携帯電話およびパーソナルデータアシスタント１５０２ｃならびにネットワーク接続ストレージ（ＮＡＳ）１５０４ａおよび１５０４ｂを有するネットワーク１５００を示すダイアグラムである。例示実施形態においては、システム１５０２ａ、１５０２ｂおよび１５０２ｃはデータ保存を管理し、ネットワーク接続ストレージ（ＮＡＳ）１５０４ａおよび１５０４ｂ内に保存されたデータのためのデータアクセスを最適化しうる。数学的モデルが該データのために使用可能であり、コンピュータシステム１５０２ａおよび１５０２ｂならびに携帯電話およびパーソナルデータアシスタントシステム１５０２ｃにわたる分散並列処理を用いて評価されうる。コンピュータシステム１５０２ａおよび１５０２ｂならびに携帯電話およびパーソナルデータアシスタントシステム１５０２ｃはまた、ネットワーク接続ストレージ（ＮＡＳ）１５０４ａおよび１５０４ｂ内に保存されたデータの適応データ再構築のための並列処理をもたらしうる。多種多様な他のコンピュータアーキテクチャおよびシステムが本開示の種々の実施形態と共に使用されうる。例えば、並列処理をもたらすために、ブレードサーバが使用されうる。プロセッサブレードはバックプレーンを介して接続されて、並列処理をもたらしうる。また、記憶装置はバックプレーンに又はネットワーク接続ストレージ（ＮＡＳ）として別個のネットワークインターフェースを介して接続されうる。
【０１７８】
幾つかの例示実施形態においては、プロセッサは別個のメモリスペースを維持し、ネットワークインターフェース、バックプレーンまたは他のプロセッサによる並列処理のための他のコネクタを介してデータを伝送しうる。他の実施形態においては、該プロセッサの幾つか又は全ては共有仮想アドレスメモリスペースを使用しうる。
【０１７９】
図１６は、例示実施形態に従う共有仮想アドレスメモリスペースを使用するマルチプロセッサコンピュータシステム１６００のブロックダイアグラムである。該システムは、共有メモリサブシステム１６０４にアクセスしうる複数のプロセッサ１６０２ａ〜ｆを含む。該システムは複数のプログラマブルハードウェアメモリアルゴリズムプロセッサ（ＭＡＰ）１６０図７−ｆをメモリサブシステム１６０４内に組込んでいる。各ＭＡＰ１６０６ａ〜ｆはメモリ１６０８ａ〜ｆおよび１以上のフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）１６１０ａ〜ｆを含みうる。ＭＡＰは、配置可能な機能ユニットを提供し、特定のアルゴリズムまたはアルゴリズムの部分が、それぞれのプロセッサとの密接に協同した処理のためにＦＰＧＡ１６１０ａ〜ｆに提供されうる。例えば、データモデルに関する代数式を評価するために、および例示実施形態における適応データ再構築を行うために、ＭＡＰが使用されうる。この例においては、各ＭＡＰはこれらの目的のためにプロセッサの全てによりグローバルにアクセス可能である。１つの構成においては、各ＭＡＰは、付属メモリ１６０８ａ〜ｆにアクセスするために直接メモリアクセス（ＤＭＡ）を使用することが可能であり、それぞれのマイクロプロセッサ１６０２ａ〜ｆから独立して及び非同期的にそれがタスクを実行することを可能にする。この構成においては、ＭＡＰは、アルゴリズムの並列実行およびパイプライン処理のために別のＭＡＰに結果を直接供給することが可能である。該開示は、コンピュータ読取可能記憶媒体、例えばＣＤ−ＲＯＭ、メモリキー、フラッシュメモリカード、ディスケットまたは他の有形的表現媒体（ｔａｎｇｉｂｌｅ  ｍｅｄｉｕｍ）を想定しており、これらには、コンピューティング環境において実行されると、該開示の方法により記載されている提供された生物学的サンプルの予想可能性または評価の結果の全部または一部を行うカスタムアルゴリズムの実行をもたらすプログラムが保存されている。種々の実施形態においては、該コンピュータ読取可能記憶媒体は非一過性（ｎｏｎ−ｔｒａｎｓｉｔｏｒｙ）である。
【０１８０】
本発明のシステムおよび方法は、検査（実験）装置の、１以上の部分を統合する。
【０１８１】
幾つかの実施形態においては、該統合は検査室情報管理システム（ＬＩＭＳ）またはより低いレベルで行われる。コンピュータシステムは複数の実験装置を動作させうる。検査用途のためのソフトウェアおよびハードウェアは、本発明の方法およびシステムを使用して統合されうる。種々の実施形態においては、共有機能を有する類似コンポーネントが複数の検査装置において反復される。
【０１８２】
コンピュータシステムは種々の装置部分の複数のコンポーネントを制御して、利用可能なコンポーネントの新たな組合せを生み出しうる。もう１つの例においては、本発明のコンピュータシステムは、ポンプ、センサーまたはこの検査装置部分内の他のコンポーネントを制御することにより、質量分析、プレート処理、液体クロマトグラフィーを制御しうる。ソフトウェアは、独立した検査エンドユーザーまたはいずれかの他の適当な使用者を含むいずれかの者により提供されうる。統合された検査システムにおけるＬＩＭＳの使用は米国特許出願第７，９９１，５６０号（その全体を参照により本明細書に組み入れることとする）に更に詳細に記載されている。
【０１８３】
該キットがコンピュータ読取可能媒体を提供する態様においては、それは、該開示の方法を行うための完全なプログラムを含有するであろう。該プログラムは出力の収集、分析および作成のためのプログラムの説明を含み、一般に、本明細書に記載されているとおりに使用者と対話（インタラクト）し、分析情報と共にそのデータを処理し、その使用者のための特有の印刷媒体または電子媒体を作成するためのコンピュータ読取可能コードおよび装置を含む。
【０１８４】
他の態様においては、該キットは、該開示の方法の一部においてのみ動作する限られたコンピュータ読取可能媒体を提供する。この態様においては、該キットは、使用者からのデータ入力を提供する及びサーバのようなリモートサイトのコンピューティング環境への（例えば、インターネット、イントラネットなどを介した）使用者によるデータ入力の伝送のためのプログラム（これにおいて、該開示のカスタム数学的アルゴリズムが行われる）を提供する。使用者により提供されたデータの処理または処理の完了はリモートサイトで行われ、サーバも、報告を作成するように機能するであろう。該報告の精査、および完全な報告を得るためのいずれかの必要な手動介入の完了の後、該完全報告は電子的報告または印刷報告として再び使用者に伝送される。
【０１８５】
該開示におけるプログラムを含有する記憶媒体は、プログラムのインストールおよび使用のための説明、またはそのような説明が入手可能なウェブアドレスと共にパッケージ化されうる。
【０１８６】
ＶＩＩ．報告
該開示の方法が医学分野におけるような商業的診断目的に使用される場合、一般に、該方法から得られた情報の報告または要約が作成される。
【０１８７】
該方法の報告または要約は、１以上の遺伝子もしくはタンパク質の発現レベル、ポリープもしくは腫瘍の分類、患者のリスクレベル（例えば、高、中、低）、患者の予後、治療選択肢、治療推奨、バイオマーカー発現、どのようにしてバイオマーカーレベルが決定されたか、バイオマーカープロファイル、臨床的および病理学的因子に関する情報、ならびに／または患者もしくは患者の病態に関連した集団群の他の標準的な臨床情報を含みうる。
【０１８８】
該方法および報告はデータベース内に保存されうる。該方法はデータベース内に報告を作成し、データと共に該報告を配置しうる。該報告は紙報告、聴覚的報告または電子的報告でありうる。該報告は、コンピューティング装置（例えば、携帯用装置、デスクトップコンピュータ、スマートデバイス、ウェブサイトなど）上に表示および／または保存されうる。該報告は医師および／または患者に提供されると想定される。該報告の受領は、該データおよび報告を含むサーバコンピュータへのネットワーク接続を確立すること、ならびに該サーバコンピュータから該データおよび報告をリクエストすることを更に含みうる。
【０１８９】
もう１つの態様においては、本開示は、被験者から得られた生物学的サンプルに関するバイオマーカー情報を含む報告の製造方法（作成方法）を提供し、該方法は、１以上のバイオマーカー、すなわち、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはそれらの結合相手の１つの、サンプルのバイオマーカープロファイル発現レベルを決定し、それらの発現レベルを要約した報告を作成する工程を含む。幾つかの態様においては、該報告は、「低リスク」、「中リスク」または「高リスク」のようなリスク群への被験者の分類を更に含みうる。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９０】
該方法の１つの態様においては、１以上のバイオマーカー、すなわち、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはそれらの結合相手の１つの発現の増強が決定された場合、該報告は、該被験者が結腸ポリープを有する増大した可能性を有するという予想を含む。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９１】
該方法のもう１つの態様においては、１以上のバイオマーカー、すなわち、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはそれらの結合相手の１つの発現の増強が決定された場合、該報告は、該被験者が結腸ポリープを有する減少した可能性を有するという予想を含む。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９２】
１つの態様においては、該報告は該患者に対する治療推奨を支持する情報を含む。例えば、該情報は、１以上の診断試験、結腸内視鏡検査、手術、治療を指示すること及び更なる医療行為を行わないことを推奨すること、そのような治療からの有益なスコアの可能性、または他のそのようなデータを含みうる。幾つかの実施形態においては、該報告は更に、該患者に対する治療方式の推奨を含む。
【０１９３】
該開示の１つの態様においては、該報告は紙形態である。該開示の１つの態様においては、該報告は電子的形態、例えばＣＤ−ＲＯＭ、フラッシュドライブまたは当技術分野で公知の他の電子的記憶装置である。該開示のもう１つの態様においては、該電子的報告は有線または無線ネットワークから二次コンピュータ装置、例えばラップトップ、携帯電話またはタブレットにダウンロードされる。
【０１９４】
１つの態様においては、１以上のバイオマーカー、すなわち、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはそれらの結合相手の１つの発現の増強が決定された場合、該報告は、該被験者が５〜１０年後の結腸ポリープまたは腫瘍の再発の、増大した可能性を有するという予想を含む。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９５】
もう１つの態様においては、１以上のバイオマーカー、すなわち、ＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはそれらの結合相手の１つの発現の増強が決定された場合、該報告は、該被験者が５〜１０年後の結腸ポリープまたは腫瘍の再発の、減少した可能性を有するという予想を含む。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９６】
該開示の幾つかの態様においては、該報告は結腸疾患の治療処置のための患者に対する治療方式に関する推奨を更に含む。、治療処置選択肢は、他の診断試験、例えば結腸内視鏡検査、柔軟（フレックス）Ｓ状結腸鏡検査、ＣＴコロノグラフィー、検便、糞便試験、治療剤による更なる治療、外科的介入および更なる行為の不実施を含みうるが、これらに限定されるものではない。
【０１９７】
本開示はまた、ａ）被験者から得られた生物学的サンプルにおけるＳＣＤＣ２６（ＣＤ２６）、ＣＥＡ分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＡ１９５（ＣＣＲ５）、ＣＡ１９−９、Ｍ２ＰＫ（ＰＫＭ２）、ＴＩＭＰ１、Ｐ−セレクチン（ＳＥＬＰＬＧ）、ＶＥＧＦＡ、ＨｃＧＢ（ＣＧＢ）、ＶＩＬＬＩＮ、ＴＡＴＩ（ＳＰＩＮＫ１）、Ａ−Ｌ−フコシダーゼ（ＦＵＣＡ２）、ＡＮＸＡ５、ＧＡＰＤＨ、ＰＫＭ２、ＡＮＸＡ４、ＧＡＲＳ、ＲＲＢＰ１、ＫＲＴ８、ＳＹＮＣＲＩＰ、Ｓ１００Ａ９、ＡＮＸＡ３、ＣＡＰＧ、ＨＮＲＮＰＦ、ＰＰＡ１、ＮＭＥ１、ＰＳＭＥ３、ＡＨＣＹ、ＴＰＴ１、ＨＳＰＢ１およびＲＰＳＡならびに／もしくは図９におけるタンパク質またはそれらの修飾形態もしくはその発現産物の少なくとも１以上の正規化発現レベルを決定し、（ｂ）該遺伝子発現分析により得られたデータを要約した報告を作成することによる、患者に関する個人的バイオマーカープロファイルの製造方法（作成方法）を提供する。種々の実施形態においては、前記タンパク質の２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個および全１２個の群が含まれる。そのような群は追加的なタンパク質を除外することが可能であり、あるいは追加的なタンパク質を更に含むことが可能である。
【０１９８】
ＶＩＩＩ．キット
本開示の方法における使用のための物質は、よく知られた方法に従い製造されるキットの製造に適している。本開示により提供されるキットは、医師、臨床検査科学者、看護師、薬剤師、処方職員を含む医療提供者に、あるいは直接的に消費者に販売される。
【０１９９】
キットは、しばしば、インサート資料、組成物、試薬、装置成分、および個々の生物学的サンプル型に該方法または試験を行う方法に関する説明を含みうる。該キットは、種々のアッセイ型、例えばＥＬＩＳＡアッセイ、イムノアッセイ、タンパク質チップもしくはマイクロアレイ、ＤＮＡ／ＲＮＡチップもしくはマイクロアレイ、ＲＴ−ＰＣＲ、核酸配列決定、質量分析、免疫組織化学法、フローサイトメトリーまたは高含量細胞スクリーニングによるバイオマーカーの検出を可能にする試薬を更に含みうる。
【０２００】
本開示は、いずれかの１以上のバイオマーカー、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質およびそれらの断片（本明細書に教示されているもの）に特異的に結合しうる結合剤のような組成物を提供する。結合剤には、抗体、アプタマー、フォトアプタマー（ｐｈｏｔｏａｐｔａｍｅｒ）、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣体または小分子が含まれうる。本開示により提供される結合剤には、１以上の所望の分子またはアナライトに、例えば関心のある１以上のタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドまたはそれらの断片（無作為または無関係な他の分子は実質的に除外され、そして所望により、構造的に類似または関連している他の分子は実質的に除外される）に結合することにより作用する特異的結合剤が含まれる。「特異的に結合」なる語は、結合剤がその意図される標的のみに結合することを必ずしも要しない。例えば、結合剤が、関心のあるタンパク質、ポリペプチド、ペプチドおよび／またはそれらの断片に特異的に結合すると言えるのは、結合条件下のそのような意図される標的に対するそのアフィニティが、非標的分子に対するそのアフィニティより少なくとも約２倍大きい、好ましくは少なくとも約５倍大きい、より好ましくは少なくとも約１０倍大きい、更により好ましくは少なくとも約２５倍大きい、より一層好ましくは少なくとも約５０倍大きい、更により一層好ましくは少なくとも約１００倍大きい場合である。
【０２０１】
好ましくは、該結合剤は、ＫＡ  １×０６  Ｍ−１、より好ましくはＫＡ  １×１０７  Ｍ−１、更により好ましくはＫＡ  １×１０８  Ｍ−１、より一層好ましくはＫＡ  １×１０９  Ｍ−１、更に好ましくはＫＡ  １×１０１°Ｍ−１またはＫＡ  １×１０１１  Ｍ−１の、そのような結合の親和（アフィニティ）定数で、その意図される標的に結合しうる。ここで、ＫＡ＝［ＳＢＡ＿Ｔ］／［ＳＢＡ］［１］であり、ＳＢＡは特異的結合剤を示し、Ｔは意図される標的を示す。ＫＡの決定は、当技術分野で公知の方法により、例えば、平衡透析およびスキャッチャードプロット分析を用いて行われうる。
【０２０２】
該方法およびキットの幾つかの用途においては、結合剤は免疫学的結合剤、例えば抗体である。本開示で使用されうる抗体の例には、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体ならびにそれらのフラグメントが含まれ、これらは当技術分野でよく知られている。本開示の方法およびキットにおいて使用されうる抗体の追加的な例には、所望の生物学的活性（特に、関心のある抗原に特異的に結合する能力）を示す、少なくとも２つの完全抗体および抗体フラグメントから形成される多価（例えば、２価、３価またはそれ以上の価数）および／または多重特異性抗体（例えば、二重またはそれ以上の多重性の特異性の抗体）、ならびにそのようなフラグメントの多価および／または多重特異性複合体が含まれる。
【０２０３】
抗体はＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭクラスのいずれかであることが可能であり、好ましくはＩｇＧクラス抗体である。抗体はポリクローナル抗体、例えば、抗血清またはそれから精製（例えば、アフィニティ精製）された免疫グロブリンでありうる。抗体はモノクローナル抗体またはモノクローナル抗体の混合物でありうる。モノクローナル抗体は特定の抗原または抗原内の特定のエピトープをより大きな選択性および再現性で標的化しうる。非限定的な例示に過ぎないが、モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら  １９７５（Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５）により最初に記載されたハイブリドーマ法により製造可能であり、あるいは組換えＤＮＡ法（例えば、ＵＳ  ４，８１６，５６７における方法）により製造可能である。モノクローナル抗体はまた、例えばＣｌａｃｋｓｏｎら  １９９１（Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８）およびＭａｒｋｓら  １９９１（Ｊ  ＭｏｌＢｉｏｌ  ２２２：５８１−５９７）により記載されている技術を用いて、ファージ抗体ライブラリーから単離されうる。
【０２０４】
抗体結合剤は抗体フラグメントでありうる。「抗体フラグメント」は完全抗体の一部分を含み、その抗原結合性または可変領域を含む。抗体フラグメントの例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖおよびｓｃＦｖフラグメント；ジアボディ；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子；ならびに抗体フラグメントから形成される多価および／または多重特異性抗体、例えばジボディ、トリボディおよびマルチボディが含まれる。Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖなどの前記名称は、当技術分野で確立されているそれらの意味を有すると意図される。
【０２０５】
ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体ならびにそれらのフラグメントの製造方法は、組換え抗体またはそのフラグメントの製造方法と同様に、当技術分野でよく知られている（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，“Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８８；ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，“Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９，ＩＳＢＮ  ０８７９６９５４４７；“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ”，Ｚｏｌａ編，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ  １９８７，ＩＳＢＮ  ０８４９３６４７６０；“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ”，Ｄｅａｎ  ＆  Ｓｈｅｐｈｅｒｄ編，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ  ２０００，ＩＳＢＮ  ０１９９６３７２２９；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．２４８：“Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”，Ｌｏ編，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ  ２００４，ＩＳＢＮ  １５８８２９０９２１を参照されたい）。
【０２０６】
本開示の抗体は、いずれかの動物種、好ましくは脊椎動物種（例えば、鳥類および哺乳動物を含む）に由来することが可能であり、あるいはそのような動物種から誘導された１以上の部分を含むことが可能である。限定的なものではないが、該抗体はニワトリ、ニワトリ卵、シチメンチョウ、ガチョウ、カモ、ホロホロチョウ、ウズラまたはキジの抗体でありうる。また、限定的なものではないが、該抗体はヒト、ネズミ科動物（例えば、マウス、ラットなど）、ロバ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、モルモット、ラクダ（例えば、フタコブラクダおよびヒトコブラクダ）、ラマ（例えば、ラマ・パッコス（Ｌａｍａ  ｐａｃｃｏｓ）、ラマ・グラマ（Ｌａｍａ  ｇｌａｍａ）またはラマ・ビクグナ（Ｌａｍａ    ｖｉｃｕｇｎａ））またはウマの抗体でありうる。
【０２０７】
本発明において提供されるバイオマーカーに対する抗体は、１以上のアミノ酸の欠失、付加および／または置換（例えば、保存的置換）を含みうる。ただし、そのような改変はそれぞれの抗原のその結合を維持させるものでなければならない。抗体はまた、その構成アミノ酸残基の、１以上の天然または人工的修飾（例えば、グリコシル化など）を含みうる。
【０２０８】
本開示により提供される抗体は、免疫化を含む方法により産生される抗体には限定されず、関心のある抗原上のエピトープに特異的に結合しうる少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むように製造された任意のポリペプチド、例えば、組換え発現ポリペプチドをも含む。したがって、抗体または免疫原性結合剤なる語は、インビトロで産生されたインビボで産生されたかには無関係に、そのような分子に適用される。
【０２０９】
本キットにおける抗体または免疫原性結合剤、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、バイオマーカーなどは種々の形態、例えば、凍結乾燥形態、溶液中の遊離形態、または固相上に固定化された形態でありうる。抗体または免疫原性結合剤は、例えば、多ウェルプレートにおいて、またはアレイもしくはマイクロアレイとして提供されることが可能であり、あるいはそれらは別個に及び／又は独立してパッケージ化されうる。それらは、本明細書に記載されているとおりに検出のために適切に標識されうる。本発明で提供されるキットは、該開示のアッセイ方法、例えばイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡアッセイ、質量分析アッセイ、フローサイトメトリーなどを行うのに特に適しているかもしれない。
【０２１０】
該開示は、適格な臨床科学者に届けられ該臨床科学者により使用されるキットを提供する。そのようなキットにおいては、該開示は、結腸腫瘍状態または治療応答を予想するために開示バイオマーカー、該バイオマーカーの修飾形態または結合相手の１以上の発現を定量するための、開示バイオマーカー、遺伝子特異的または遺伝子選択的プローブおよび／またはプライマーの１以上を認識する抗体読出し検出抗体を含みうる、種々の物質から構成されるキットを提供する。
【０２１１】
該キットは、該アッセイを行うための容器（該方法の自動実施における使用に適したマイクロタイタープレートを含む）、プレハブ式（ｐｒｅ−ｆａｂｒｉｃａｔｅｄ）バイオチップ、バッファー、適当な試薬  抗体、プローブ、酵素を更に含みうる。該開示の幾つかの態様においては、キットは、生物学的サンプルからのタンパク質および核酸の抽出のための試薬、ならびに／またはＤＮＡもしくはＲＮＡ増幅もしくはタンパク質分画もしくは精製のための試薬、ならびにバイオマーカーを検出する捕捉バイオチップを含有しうる。該キットにおける試薬は、識別記載もしくはラベル、またはそれらの使用およびアッセイを行うための工程に関する説明を有するであろう。また、該キットは、結腸ポリープ／腫瘍状態および再発の可能性ならびに治療応答を決定するために使用される方法におけるそれらの使用に関する説明を更に含むことが可能であり、あるいは結腸ポリープ／腫瘍状態および再発の可能性ならびに治療応答を決定するためのコンピュータ読取可能記憶媒体も一緒に提供されうる。
【０２１２】
キットは、比較のための参照バイオマーカープロファイルを含みうる、データ分析のためのソフトウェアパッケージを更に含みうる。幾つかの用途においては、該キットのソフトウェアパッケージは、データ分析を行うために中央サーバに接続することを含み、ここで、報告は、病態、治療提案に関する推奨または治療もしくは疾患処置手順の推奨を伴う。
【０２１３】
該キットと共に提供される報告は紙または電子的報告でありうる。それは、該キット共に提供されるコンピュータソフトウェアにより作成されうる。あるいはそれは、使用者がウェブサイトにアップロードするコンピュータサーバにより作成可能であり、この場合、該コンピュータサーバが該報告を作成する。
【０２１４】
該開示の幾つかの態様においては、キットは、予後、診断、臨床状態または予想情報を推定または定量するために使用される数学的アルゴリズムをキットの成分として含有しうる。幾つかの態様においては、これはコンピュータ読取可能記憶媒体により届けられ、該開示の他の態様においては、これは、該数学的アルゴリズムを実行するための論理を含有するコンピュータサーバにアクセスするためのパスワードを使用者に供与することにより与えられうるであろう。
【０２１５】
該キットはいずれかの適当な様態でパッケージ化可能であり、典型的には、全ての要素が、該方法または試験を行うための印刷された説明のシートと共に単一容器内に含有されうる。
【０２１６】
該開示は、医師に届けられるキットを提供する。この目的のキットは、医学的情報を提供するための医師用の電子的な又は書かれた文書、および生物学的サンプルを含有する無菌容器に付けるためのバーコードラベル、および所望により含まれうる固定／保存試薬を含むであろう。幾つかの態様においては、そのようなキットは、送付説明、および本発明で提供される方法による処理のために郵便により送付されるべき供給物を含むであろう。
【図面の簡単な説明】
【０２１７】
【図１Ａ】図１Ａは、実施例３Ａの結腸ポリープに関するバイオマーカープロファイルの予想特性を例示するグラフを示す。
【図１Ｂ】図１Ｂは、実施例３Ｂにおける結腸ポリープに関するバイオマーカープロファイルの予想特性を例示するグラフを示し、そのＹ軸は平均真陽性率を示し、Ｘ軸は偽陽性率を示す。
【図２Ａ】図２Ａは実施例３Ａの試験装置特性の検証を示す。
【図２Ｂ】図２Ｂは実施例３Ｂの試験装置特性の検証を示し、そのＹ軸は平均真陽性率を示し、Ｘ軸は偽陽性率を示す。
【図３】図３は実施例３Ａの特徴−頻度表のパレートプロットを示す。
【図４】図４は実施例３Ｂの特徴−頻度表のパレートプロットを示し、そのＹ軸は特徴出現率を示し、Ｘ軸は特徴ランクを示す。
【図５】図５は、より小さい装置における実施例３Ａの結腸ポリープに関するバイオマーカープロファイルの予想特性を例示するグラフを示す。
【図６】図６は、より小さい装置における実施例３Ａの試験設定特性の検証を示す。
【図７】図７は、実施例３Ａにおいて構築された分類子において表される１０１４個の特徴の主要部を示す。
【図８】図８は、実施例３Ｂにおいて構築された分類子において表される２０６個の特徴の主要部を示す。
【図９】図９は包含または除外のための追加的バイオマーカーの表を示す。
【図１０】図１０は、実施例４におけるＣＲＣに関するバイオマーカープロファイルの予想特性を例示するグラフを示し、そのＹ軸は平均真陽性率を示し、Ｘ軸は偽陽性率を示す。
【図１１】図１１は実施例４の特徴−頻度表のパレートプロットを示す。
【図１２】図１２は、実施例４において構築されたＣＲＣを予示する分類子において表されるペプチドフラグメント遷移イオンを示す。
【図１３】図１３は一般化コンピュータシステム１３００の種々の成分の実施形態を例示する。
【図１４】図１４は、本開示１４００の実施形態と共に使用されうるコンピュータシステムの構成の実施形態を例示する概要図を示す。
【図１５】図１５は、本開示１５００の実施形態と共に使用されうるコンピュータネットワークの実施形態を例示する概要図である。
【図１６】図１６は、本開示１６００の実施形態と共に使用されうるコンピュータシステムの構成の実施形態を例示する概要図である。
【０２１８】
実施例
実施例１
結腸内視鏡検査により陰性診断を示す個体における腺腫またはポリープ状態の特定
結腸内視鏡検査に基づいて腺腫またはポリープの陰性診断を示す患者からの全血清を、検証（妥当性確認）されたバイオマーカー分類子を使用して、結腸ポリープの存在または非存在に関して試験する。各部位のサンプルからのデータを独立して分析し（すなわち、該検証データセットは発見交差検証における試験または練習には使用されない）、ついで結果の重複に関して評価する。表Ｅ１における分類子のタンパク質および／またはペプチドに関してＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析を行う。
【０２１９】
バイオマーカーは特定されている。例えば、バイオマーカー一覧を表Ｅ１および表Ｅ２および図７に示す。
【表２】
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【表３】
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【０２２０】
これらの値を対照参照値と比較する。最後に、該分類子プロファイルを低ないし無リスク、中リスクおよび高リスク分類子プロファイルと比較して、患者サンプルを約９０％以上の精度で被験者の予想腺腫／ポリープ状態または正常と相関させる。表Ｅ３を参照されたい。あるいは、イムノブロット法、バイオチップ、免疫染色および／またはフローサイトメトリー分析のような免疫学的分析により、該バイオマーカー分類子を使用して、臨床試験を行う。
【表４】
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【０２２１】
実施例２
結腸ポリープを有することが過去に示された個体におけるポリープ状態の再発の特定
対照参照体ならびに表Ｅ１および／または表Ｅ２におけるタンパク質バイオマーカー分類子に対する抗原に特異的に結合し又は該抗原を認識する抗体を含有する捕捉バイオチップを使用して、結腸ポリープ腫瘍を有することが既に示されている患者からの全血清サンプルにおける抗原をプロファイリングする。
【０２２２】
サンプルをスクリーニングして、該患者が結腸ポリープまたはポリープの再発を有していたかどうかを決定する。該チップを該サンプルと室温でインキュベートして、抗体が該サンプル中の抗原との複合体を形成することを可能にする。次に、該チップを穏和な界面活性剤溶液で洗浄して、特異的に結合していないタンパク質または抗体を除去する。検出試薬との二次抗体複合体を加え、該チップに結合させ、穏和界面活性剤で洗浄する。ＣＣＤカメラのようなリーダーを使用してタンパク質を定量する。最後に、該バイオチップ読出しからの分類子プロファイルを低ないし無リスク、中リスクおよび高リスク再発分類子と比較して、患者の再発状態を決定する。
【０２２３】
実施例３Ａ
この研究においては、結腸内視鏡検査を受けようとしている患者から血液を収集した、血漿中に存在するタンパク質ベース分子的特徴のプロファイルに関する定量的データを、縦列質量分析に基づく方法を用いて収集し、該データを使用して、結腸内視鏡検査法の結果を予想する能力を有する分類子を含む特徴を特定した。
【０２２４】
研究設計および患者サンプルの収集
血漿タンパク質プロファイルを患者の結腸内視鏡検査の結果と相関させるために、結腸内視鏡検査を受けるために現れた患者から彼らの検査の当日に血液サンプルを収集した。包含基準は、該患者が１８歳以上であり、インフォームドコンセントに署名する意志および能力を有すること要した。これは、推奨された定期的スクリーニングとして、または過去の個人もしくは家族病歴ゆえの用心として、または個人の健康症状の追跡として患者が該検査を受けることが可能である「全来訪者（ａｌｌ  ｃｏｍｅｒｓ）」の研究であった。
【０２２５】
一晩の絶食、液型拘束（ｌｉｑｕｉｄ−ｔｙｐｅ  ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔ）、および糞便を除去するための大腸の準備を含む、結腸内視鏡検査のための通常の準備の後、血液サンプルを、抗凝固剤としてのＥＤＴＡを含む血漿収集装置内に採取した。該血液サンプルを混合し、製造業者の説明に従い血漿を分離するために遠心分離し、分離された血漿を集め、４時間以内に−８０℃で凍結させた。
【０２２６】
該血漿サンプルに加えて、患者の臨床データ、例えば年齢、体重、性別、民族性、現在の投薬および適応症ならびに個人および家族病歴を集め、結腸内視鏡検査報告、およびいずれかの集められ検査された組織に関する病理学的報告を同様に集めた。５００個を超える患者サンプルを集めた。患者の人口統計データを表Ｅ４、表Ｅ５および表Ｅ６に示す。
【表５】
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【表６】
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【表７】
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【０２２７】
血漿タンパク質分析のためのサンプル調製
１５２個のサンプル（７６個のポリープおよび／または腺腫および７６個の対照）を分類子分析のために選択した。患者のポリープおよび／または腺腫群をより大きな研究コホートからランダムに選択し、年齢および性別に関して対照と釣り合わせた。患者血漿タンパク質サンプルを以下のとおりにＬＣＭＳ測定のために調製した。血漿サンプルを−８０℃の保存から解凍し、脂質および粒状物をフィルター遠心分離により除去した。該濾過血漿中の高存在量タンパク質を、イムノアフィニティカラムに基づく枯渇により除去した。より低い存在量のフロースルータンパク質を逆相ＨＰＬＣにより画分中に分離した。選択されたタンパク質画分（６個／サンプル）をトリプシン−ＴＦＥ消化によりペプチドへと縮小させ、生じたペプチドをアセトニトリル／ギ酸ＬＣＭＳローディングバッファーに再懸濁させた。
【０２２８】
ＬＣＭＳデータ取得およびタンパク質分子の特徴の定量
各患者の血漿サンプルの画分の幾つかからの再懸濁ペプチドを定量分析のためにＵＨＰＬＣを介して縦列質量分析計（Ｑ−ＴＯＦ）内に注入した。分子的特徴（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｆｅａｔｕｒｅ）と称される観察ピークを検出するために、収集されたデータ（保持時間、質量／電荷比およびイオン存在量）を分析した。三次元ピーク積分アルゴリズムは分子的特徴の相対存在量を決定した。
【０２２９】
三次スプラインアルゴリズムを使用するデータセットオーバーレイおよびアライメントの後、複数の患者サンプルからの分子的特徴データを比較した。患者クラス（無病変（ｃｌｅａｎ）またはポリープ／腺腫）の少なくとも１つの５０％以上に存在すると決定された特徴のみを更なる分析のために考慮した。このセットにおける欠落患者特徴データの場合、他のサンプルにおいて観察されたピークのアプリオリな位置における生イオン存在量データを統合することにより、特徴値を帰属させた。１５２個の患者サンプルのそれぞれからの１４５，０００個を超える分子的特徴が後続の分類子分析のための最終データセットを構成した。
【０２３０】
データ正規化、特徴選択および分類子構築
単一の元の中性質量から誘導された異なる分子的特徴に関する定量的データを組合せ、要約した。例えば、同じ親分子からの＋２  ｍ／ｚおよび＋３  ｍ／ｚの特徴を、単一中性質量クラスター（ＮＭＣ）値へと合算することにより合体させた。
【０２３１】
異なるサンプルからの分子的特徴データを、同じ装置および実験日において収集されたサンプルからの平均調節ＮＭＣにより正規化した。ほぼ等しい数の無病変およびポリープ／腺腫サンプルがそれぞれの装置−日群において評価されるように、データ取得を釣り合わせた。この方法はクラスター−装置−日（「ＣＩＤ」）正規化と定義される。
【０２３２】
該データの初期分析は、女性サンプルのホルモン補充療法状態における不釣合いが分類子構築における交絡因子でありうることを示唆した。その可能性を排除するために、ＨＲＴに関連していると示唆された分子的特徴を差次的分類子構築により特定し、後続の分析から除去した。
【０２３３】
全ての実験画分からの完全なデータを有するサンプルのみを分析に使用した。最初に測定された１５２個のサンプルのうち、１０８個の完全なサンプルが残った。除外されたサンプルのほとんどに関しては、前記の６個のサンプル画分の１以上のＱＣ欠損が該除外を招いた。
【０２３４】
最終的な正規化データを使用して、分類子を作成し、無病変患者サンプルをポリープおよび／または腺腫サンプルから識別するそれらの能力に関して評価した。該サンプルデータの、５０個の７０／３０の練習／試験分割のそれぞれにおいて、特徴選択にエラスチック・ネット（ｅｌａｓｔｉｃ−ｎｅｔ）アプローチを用いて、１００，０００個以上からの考慮ＮＭＣの数を約２００〜２５０個に減少させた。ついでこれらの選択されたＮＭＣを使用して、ＳＶＭ（シグモイド−ケルネル（ｓｉｇｍｏｉｄ−ｋｅｒｎｅｌ））に基づく分類子を構築した。前記の５０個の練習／試験分割の各反復において、ＲＯＣプロット上のＡＵＣ（感度および特異性の組合せ尺度）により測定された試験データに関して分類子の性能を決定した。０．７９＋／−０．０８を示した平均ＡＵＣを図１Ａに示す。このＡＵＣは０．５（これは、該図を二分する破線による、識別力を伴わないランダムアッセイが達成する値である）とは有意に異なる。したがって、図１Ａは試験セットの性能の比較を示す。ｘ軸は偽陽性率を表す。ｙ軸は真陽性率を表す。
【０２３５】
エラスチック−ネット／ＳＶＭ分類子性能の頑強性（ロウバストネス）を証明するために、ポリープ／腺腫と無病変とのクラス帰属をランダムに変更し、全体的な特徴選択および分類子構築法を５０回の反復にわたって再び行った。得られた平均ＡＵＣ  ０．５２＋／−０．０９は図２Ａに示されており、結果（例えば、正しい帰属に関して決定されたもの）が偶然に生じたものとは考えにくいことを示している。したがって、図２Ａは試験セット性能の検証を示す。ｘ軸は偽陽性率を表す。ｙ軸は真陽性率を表す。
【０２３６】
該結果の有意性のもう１つの尺度は、５０個の７０／３０の練習／試験分割分類子において個々のＮＭＣが現れる頻度の表である。各反復において、分類子に関して約２００〜２５０個の特徴を選択し、前記の５０個の反復の少なくとも３個またはそれ以上における特徴は、偶然には予想されない結果である。特徴−頻度表のパレートプロット（ランク化ヒストグラム）を図３Ａに示す。該データは、多数の特徴が複数回選択されることを示しており、このことは識別分類子へのそれらの寄与における頑強性を示唆している。最も頻繁な特徴（すなわち、異なる相関群からの上位３０個）を選択し使用して、入れ子状態（ネスティッド；ｎｅｓｔｅｄ）の７０（７０／３０）／３０の分析構造内に分類子を構築した場合、得られる平均ＡＵＣはランダムな場合とは尚も有意に異なる。その結果は、選択された特徴セットから構築されうる複数の分類子が存在することを示している。
【０２３７】
分類子分子的特徴のサブセット
分類子特徴のより小さなサブセット（部分集合）を外側ループ／内側ループ法により特定した。このアプローチにおいては、該サンプルを５０個の外側ループ  ７０／３０分割および５００個の内側ループ  ７０／３０分割に分けた。それらの複数の内側ループを特徴選択のために行った。この場合、ＳＶＭ−分類子内側−試験ＲＯＣ  ＡＵＣを計算し、前記の５００個の反復のうちの最良の５％を選択し、包含特徴を維持させた。エラスチック・ネットを用いて特徴の最終群を選択して、外側ループＳＶＭ−分類子を構築した。異なるサイズの分類子の場合、選択された内側ループからの特徴に関する頻度ランクを用いて、特徴に優先順位をつけた（例えば、最も頻繁な１０個、２０個、３０個など）。得られた分類子を外側ループ試験セットに関して評価し、性能ＡＵＣを測定した。図５は５０個の外側ループ反復に関する平均ＲＯＣを示し、サイズ３０の分類子が有意な予想値（ＡＵＣ＝０．６４５＋／−０．０９２）を保有していたことを示している。図５においては、ｙ軸は真陽性率を示し、ｙ軸は偽陽性率を示す。この結果は偶然には得られなかったであろうということの証明として、サンプルクラス帰属がランダムに再帰属された５０個の異なるサンプルセットに関して該方法を行った。図６に示されている得られたＡＵＣ，０．５０２＋／−０．１０１はランダムであった。したがって、このことは正しいクラス帰属の結果の頑強性を証明している。図６においては、ｙ軸は真陽性率を示し、ｘ軸は偽陽性率を示す。表Ｅ７は、有意な性能の類似証拠が、サイズ１０の特徴またはＮＭＣの分類子で実証されていることを示している。
【表８】
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【０２３８】
分類子分子的特徴の特定
質量分析による分子的特徴の質量決定は、特有の特定をもたらすのに十分な程度に正確かつ厳密である。この実施例において構築された分類子において表される１０１４個の特徴の質量（それぞれは３回以上現れる）を図７としての添付表に列挙する。正確な質量は分子的特徴を本質的に特有に特定するものであり、したがって、これらの特徴の一次アミノ酸配列およびいずれかの翻訳後修飾を決定して、それらの測定結果を代替的表示に変換することが可能である。
【０２３９】
実施例３Ｂ
以下の追加的詳細を伴う実施例３Ａの研究設計に対応する研究設計
ＬＣＭＳデータ取得およびタンパク質分子の特徴の定量
各患者の血漿サンプルの画分の幾つかからの再懸濁ペプチドを定量分析のためにＵＨＰＬＣを介して縦列質量分析計（Ｑ−ＴＯＦ）内に注入した。分子的特徴（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｆｅａｔｕｒｅ）と称される観察ピークを検出するために、収集されたデータ（保持時間、質量／電荷比およびイオン存在量）を分析した。三次元ピーク積分アルゴリズムは分子的特徴の相対存在量を決定した。平均で、約３６４，０００個の分子的特徴が各血漿サンプルから検出され、定量された。
【０２４０】
三次スプラインアルゴリズムを使用するデータセットオーバーレイおよびアライメントの後、複数の患者サンプルからの分子的特徴データを比較した。患者クラス（無病変（ｃｌｅａｎ）またはポリープ／腺腫）の少なくとも１つの５０％以上に存在すると決定された特徴のみを更なる分析のために考慮した。このセットにおける欠落患者特徴データの場合、他のサンプルにおいて観察されたピークのアプリオリな位置における生イオン存在量データを統合することにより、特徴値を帰属させた。１５２個の患者サンプルのそれぞれからの１４９，０００個の分子的特徴が後続の分類子分析のための最終データセットを構成した。
【０２４１】
データ正規化、特徴選択および分類子構築
単一の元の中性質量から誘導された異なる分子的特徴に関する定量的データを組合せ、要約した。例えば、同じ親分子からの＋２  ｍ／ｚおよび＋３  ｍ／ｚの特徴を、単一中性質量クラスター（ＮＭＣ）値へと合算することにより合体させた。ＮＭＣの総数は約１０５，０００であった。
【０２４２】
詳細は実施例３Ａと同様である。また、より高い特定確率を示すために使用されたパラメータにより特徴をフィルター処理した。例えば、１を超える電荷状態（ｚ＞１）を有する特徴のみを考慮した。これは、分類子分析に使用されるＮＭＣの総数を４，７０００に減少させた。
【０２４３】
実施例３Ａの分析に付言すれば、この分析においては、１０ラウンドの１０倍交差検証を用いて、特徴を選択し、分類子を構築した。それぞれにおいて、回帰と共にエラスチック・ネット・アルゴリズムを使用して、特徴を選択するために、該データの９０％を用い、該特徴に関する決定された係数の順位に基づいて上位２０個の特徴を選択し、ついで、線形カーネル（ｌｉｎｅａｒ  ｋｅｒｎｅｌ）を有するＳＶＭ分類子を構築した。ついでこの最終的な分類子を、与えられた倍数の試験セットにおいて維持されたサンプルの１０％に関して評価した。したがって、１０倍交差検証の各ラウンドにおいて、各サンプルは該試験セットにおいて僅か１回である。該サンプルのそれぞれに関する分類子からの予想試験セット値を用いて、各サンプル当たり１点でそのラウンドに関するＲＯＣプロットを構築した。１０個のＲＯＣプロット（各ラウンドから１個）を平均し、プロットする。該分析において使用された１０８個の完全なサンプルに関して、結腸内視鏡検査で決定された元の診断をコンパレータとして用いた場合、２０個の特徴分類子に関する中央値ＡＵＣは０．９１であった。平均ＡＵＣは０．９１±０．０２１であった。図１Ｂ。
【０２４４】
分類子性能の頑強性（ロウバストネス）を証明するために、ポリープ／腺腫と無病変とのクラス帰属をランダムに変更し、全体的な特徴選択および分類子構築法を、本明細書に記載されているとおりに１０ラウンドの１０倍交差検証にわたって再び行った。０．５２の平均ＡＵＣおよび０．５２±０．０３３の平均ＡＵＣ（図２Ｂ）は、結果（例えば、正しい帰属に関して決定されたもの）（ＡＵＣ  ０．９１）が偶然に生じたものとは考えにくいことを示した。
【０２４５】
該結果の有意性のもう１つの尺度は、１０ラウンドの１０倍交差検証において作成された１００個の分類子において個々のＮＭＣが現れる頻度の表である。各反復において、分類子に関して２０個の特徴を選択した。複数の分類子における特徴の存在は該特徴選択および分類子プロセスの頑強性を示している。図１Ｂに示されている分類子を構築するために元の診断を用いた場合、ほとんどの特徴は２回以上選択された。最も頻繁に選択された特徴は１００個の分類子のうち９９個において選択された。図４を参照されたい。これとは対照的に、ランダムな特徴選択を用いた場合には、最も頻繁に選択された特徴は３回しか選択されなかった。全体で、１００個の２０−特徴分類子の１以上において、２０６個の特徴が存在した。
【０２４６】
分類子分子的特徴の特定
質量分析による分子的特徴の質量決定は、特有の特定をもたらすのに十分な程度に正確かつ厳密である。この実施例において構築された分類子において表される２０６個の特徴の質量を図８としての添付表に列挙する。正確な質量は分子的特徴を本質的に特有に特定するものであり、したがって、これらの特徴の一次アミノ酸配列およびいずれかの翻訳後修飾を決定して、それらの測定結果を代替的表示に変換することが可能である。
【０２４７】
実施例４
ＭＲＭアッセイの開発
最初に、結腸直腸癌に対する関連性を有するものとして既に報告されている１８８個のタンパク質を、標的化プロテオミクスプロファイリイングのための潜在的ペプチド候補を明らかにするために、インシリコで調べた。数万個の潜在的トリプシン性ペプチドから、１０５６個の予備セットを実験検証のために選択した。１８７個のタンパク質に相当する３３７個のペプチドの最終セットを実験検証から選択して、最終的な多反応モニタリング（ＭＲＭ）アッセイに加えた。また、重（全て炭素１３）アルギニン（Ｒ）またはリシン（Ｋ）で標識された厳密な配列組成の３３７個の相補ペプチドを内部標準として取り込ませ、正規化参照体として最終分析において使用した。
【０２４８】
血漿タンパク質分析のためのサンプル調製
２つの方法（希釈法および枯渇法と称される）により、ＭＲＭ  ＬＣＭＳ測定のために患者血漿タンパク質サンプルを調製した。
【０２４９】
希釈法においては、血漿サンプルを−８０℃の保存から解凍し、脂質および粒状物をフィルター遠心分離により除去した。残存タンパク質をトリプシン−ＴＦＥ消化によりペプチドへと縮小させ、生じたペプチドをアセトニトリル／ギ酸ＭＲＭ  ＬＣＭＳローディングバッファーに再懸濁させた。
【０２５０】
枯渇法においては、血漿サンプルを−８０℃の保存から解凍し、脂質および粒状物をフィルター遠心分離により除去した。該濾過血漿中の高存在量タンパク質を、イムノアフィニティカラムに基づく枯渇により除去した。より低い存在量のフロースルータンパク質をトリプシン−ＴＦＥ消化によりペプチドへと縮小させ、生じたペプチドをアセトニトリル／ギ酸ＬＣＭＳローディングバッファーに再懸濁させた。
【０２５１】
ＬＣＭＳデータ取得および遷移特徴定量
各患者血漿サンプルからの再懸濁ペプチドを定量分析のためにＵＨＰＬＣを介してトリプル四重極質量分析計（ＱＱＱ）内に注入した。遷移（トランジション；ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）と称される観察ピークを検出するために、収集されたデータ（保持時間、前駆体質量、フラグメント質量およびイオン存在量）を分析した。
【０２５２】
遷移ピークのそれぞれの曲線下面積（ＡＵＣ）を決定するために、二次元ピーク積分アルゴリズムを使用した。
【０２５３】
重（全て炭素１３）アルギニン（Ｒ）またはリシン（Ｋ）で標識された厳密な配列組成の３３７個の相補ペプチドを６７６個の標的化遷移のそれぞれのための内部標準として使用した。遷移ＡＵＣ値を該相補内部標準ＡＵＣ値で正規化して、各遷移に関する濃度値を導き出した。
【０２５４】
データ正規化、特徴選択および分類子構築
分類子構築および性能評価のために、関連標識標準ペプチド生ピーク面積に対する生ペプチドピーク面積の比に基づいて特徴濃度値を用いた。基礎生ピーク面積の正規化は適用しなかった。該遷移に関する欠落値を０に設定した。
【０２５５】
分類子モデルおよび関連分類子性能を１０×１０倍交差検証プロセスにより評価した。このプロセスにおいては、まず、特徴選択を適用して、用いられる特徴の数を減少させ、ついで分類子モデルを開発し、ついで分類子性能評価を行った。該１０倍交差検証のそれぞれに関して、データを１０個の分割体（それぞれは練習セットとしての該サンプルの９０％、および試験セットとしての該サンプルの残りの１０％を含有する）に分離した。このプロセスにおいては、９５個の全サンプルのそれぞれを試験セットにおいて１回評価した。特徴選択およびモデル構築プロセスを、該練習セットのみを使用して行い、ついでこれらのモデルを該試験セットに適用して、分類子の性能を評価した。
【０２５６】
分類子の性能の一般化を更に評価するために、この１０倍交差検証法の全体を１０回反復し、それぞれは、練習および試験セットの、異なるサンプリングで行った。
【０２５７】
分類子分析に使用された遷移特徴の総数は６７４であった。少数の特徴で分類子性能を調べるために、エラスチック・ネットワーク特徴選択を該分類子モデルの構築の前に適用した。このプロセスにおいては、エラスチック・ネットワーク・モデルを構築し、２０個の遷移特徴を与えるモデルを該分類子モデルの開発において使用した。該交差倍数検証プロセスの各倍数はそれ自身の特徴選択工程を有するため、１０×１０倍交差検証プロセスにわたる該モデルにおいて使用される特徴の総数が２０以上になるように、各倍数で、異なる特徴が選択されうる。
【０２５８】
該特徴選択工程の後、線形ケルネル（ｌｉｎｅａｒ  ｋｅｒｎｅｌ）と共にサポートベクターマシン（ＳＶＭ）アルゴリズムを使用して分類子モデルを構築した。練習セットにおける分類子モデルの構築の後、それを、試験セットへの修飾を行うことなく直接的に適用し、関連受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を作成し、それから、曲線下面積（ＡＵＣ）を求めた。該１０×１０倍交差検証プロセスにおいては、０．７６＋／−０．０３５の平均試験セットＡＵＣを得た（図１０）。これは、結腸直腸癌および正常患者サンプルを識別する該分類モデルの能力を示している。特徴選択プロセス中に選択された特徴を更に評価するために、頻度／順位（ランク）プロットを作成した（図１１）。このプロットは、交差検証倍数の全て又はほぼ全てにおいて選択された幾つかの特徴を示しており、正常サンプルから結腸直腸癌を識別する際のそれらの有用性を際立たせている。分類プロセスにより特定された特徴の一覧を図１２に示す。
【表９】
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【０２５９】
本明細書においては本開示の好ましい実施形態が示され記載されているが、そのような実施形態は例示として記載されているに過ぎないことが当業者に明らかであろう。該開示から逸脱することなく、多数の変更、変化および置換が当業者に見出されるであろう。本明細書に記載されている開示の実施形態の種々の代替物が該開示の実施において使用されうると理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は該開示の範囲を定め、これらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が本発明に含まれると意図される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図７Ｆ】
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【図７Ｇ】
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【図７Ｈ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図９Ｅ】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１２Ｃ】
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【図１２Ｄ】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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