(57)【要約】  本発明は、診断薬又は治療薬の製造のために、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定するインビトロの方法を提供する。本発明は、ＡＭＰＫを調節する化合物を同定するアッセイを更に提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
診断薬又は治療薬の製造のために、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定するインビトロの方法であって、
（ａ）ＡＭＰＫを含む試料と、ＡＭＰＫに結合することが知られている発光剤とを接触させるステップと、
（ｂ）前記（ａ）からの試料と対象化合物とを接触させるステップと、
（ｃ）前記試料と前記対象化合物との接触前の前記試料における発光と、前記試料と前記対象化合物との接触後の前記試料における発光とを比較するステップであって、前記試料と前記対象化合物との接触後の発光の減少が、前記対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、ステップと
を含む方法。
【請求項２】
蛍光定量、蛍光結合、蛍光偏光、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）又は時間分解蛍光共鳴エネルギー移動（ＴＲ−ＦＲＥＴ）を使用して発光を検出する請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料中における前記ＡＭＰＫが、完全長ＡＭＰＫ、トランケート型ＡＭＰＫ、又はそれらの組み合わせである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記トランケート型ＡＭＰＫがＡＭＰＫの制御断片を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ＡＭＰＫの制御断片がキナーゼドメインを欠いている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記発光剤が蛍光剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記蛍光剤がアデノシン又はその類似体である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記アデノシン類似体がアデノシン二リン酸（ＡＤＰ）又はその類似体である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＡＤＰ類似体が、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ、ＴＮＰ−ＡＤＰ、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ−ＡＤＰ又はそれらの組み合わせである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記化合物が小分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記化合物がＡＭＰＫの阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記化合物がＡＭＰＫの活性化剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記試料が低濃度のＡＭＰＫ及びＡＤＰ、又はそれらの類似体を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
細胞ベースのアッセイ、インビトロのキナーゼアッセイ、インビトロのホスファターゼアッセイ又はこれらの組み合わせを行うステップを更に含む請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
診断薬又は治療薬の製造のために、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定するアッセイであって、対象化合物を、ＡＭＰＫに結合している蛍光ＡＭＰＫリガンドと置き換わる効果に関してスクリーニングするステップを含み、ここで、置換により発光が減少し、前記対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、アッセイ。
【請求項１６】
ハイスループットアッセイである、請求項１５に記載のアッセイ。
【請求項１７】
蛍光アッセイ、標識結合アッセイ、蛍光偏光アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アッセイ又は時間分解蛍光共鳴エネルギー移動（ＴＲ−ＦＲＥＴ）アッセイである、請求項１５に記載のアッセイ。
【請求項１８】
前記ＡＭＰＫが、完全長ＡＭＰＫ、トランケート型ＡＭＰＫ又はこれらの組み合わせである、請求項１５に記載のアッセイ。
【請求項１９】
前記トランケート型ＡＭＰＫがＡＭＰＫの制御断片を含む、請求項１８に記載のアッセイ。
【請求項２０】
前記ＡＭＰＫの制御断片がキナーゼドメインを欠いている、請求項１９に記載のアッセイ。
【請求項２１】
前記蛍光ＡＭＰＫリガンドがアデノシン又はその類似体である、請求項１５に記載のアッセイ。
【請求項２２】
前記アデノシン類似体がアデノシン二リン酸（ＡＤＰ）又はその類似体である、請求項２１に記載のアッセイ。
【請求項２３】
前記ＡＤＰ類似体が、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ、ＴＮＰ−ＡＤＰ、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ−ＡＤＰ又はそれらの組み合わせである、請求項２２に記載のアッセイ。
【請求項２４】
細胞ベースのアッセイ、インビトロのキナーゼアッセイ、インビトロのホスファターゼアッセイ又はそれらの組み合わせを行うステップを更に含む請求項１５に記載のアッセイ。
【請求項２５】
アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＡＭＰＫを含む試料と、ＡＭＰＫに結合することが知られている発光剤とを接触させるステップと、
（ｂ）前記（ａ）からの試料と、対象化合物とを接触させるステップと、
（ｃ）前記試料と前記対象化合物との接触前の前記試料における発光と、前記試料と前記対象化合物との接触後の前記試料における発光とを比較するステップと、ここで、
（ｉ）前記試料と前記対象化合物との接触後の発光の減少が、前記対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、又は
（ｉｉ）前記発光剤が環境感受性である場合に、前記試料と前記対象化合物との接触後の発光の増加が、前記対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、
を含む方法。
【請求項２６】
アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）の活性を調節する方法であって、ＡＭＰＫを含む試料と、
【化１Ａ】
2016535997.tif 000013
【化１Ｂ】
2016535997.tif 000014
【化１Ｃ】
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から成る群から選択される化合物とを接触させるステップを含む方法。
【請求項２７】
前記化合物が、前記ＡＭＰＫの活性を阻害することにより前記ＡＭＰＫの活性を調節する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記化合物が、前記ＡＭＰＫの活性を低下させることにより前記ＡＭＰＫの活性を調節する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記化合物が、ＡＭＰＫによるリン酸化を増加させることにより前記ＡＭＰＫの活性を調節する、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記化合物が、ＡＭＰＫによる脱リン酸化を阻害することにより前記ＡＭＰＫの活性を調節する、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＡＭＰＫが、完全長ＡＭＰＫ、トランケート型ＡＭＰＫ、又はそれらの組み合わせである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記トランケート型ＡＭＰＫがＡＭＰＫの制御断片を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
糖尿病、肥満、メタボリックシンドローム又はがんを治療する方法であって、
【化２Ａ】
2016535997.tif 000016
【化２Ｂ】
2016535997.tif 000017
【化２Ｃ】
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又はこれらの薬学的に許容される塩から成る群から選択される化合物の有効量を対象に投与するステップを含む方法。
【請求項３４】
前記化合物が、
【化３Ａ】
2016535997.tif 000019
【化３Ｂ】
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から成る群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
下記の構造
【化４Ａ】
2016535997.tif 000021
【化４Ｂ】
2016535997.tif 000022
【化４Ｃ】
2016535997.tif 000023
を有する化合物及びその化合物の薬学的に許容される塩、又は薬学的に許容される担体を含むそれらの医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１３年８月１４日に出願された米国仮出願第６１／８６５，７２９号明細書の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づく利益を主張しており、この明細書の内容全体が参照により本明細書の一部をなすものとする。
【０００２】
本発明は、国立衛生研究所から認可番号ＮＳ０８０１０８の下に政府支援を受けてなされた。政府は本発明に対して一定の権利を有する。
【０００３】
本発明は、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）に結合する及び／又は該ＡＭＰＫを調節する化合物、特に小分子を同定する方法及びアッセイに関する。
【背景技術】
【０００４】
５’アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ又はＡＭＰ活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）は、真核生物における同化経路及び異化経路を制御するヘテロ三量体セリン−トレオニンキナーゼである（Ｃａｒｌｉｎｇ  Ｄ，Ｔｈｏｒｎｔｏｎ  Ｃ，Ｗｏｏｄｓ  Ａ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｎｅｗ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｎｅｗ  ｒｏｌｅｓ？  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  ２０１２；４４５（１）：１１−２７、Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｓｃｏｔｔ  ＪＷ，Ｋｅｍｐ  ＢＥ．ＡＭＰＫ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ａｓ  ａｎ  ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｈａｒｇｅ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ２０１２；２３（３）：１２５−３）。最初のＡＭＰＫ調節剤であるＡＩＣＡＲ及びコンパウンドＣはＡＭＰＫ用に特化して開発された訳ではなく、これらはオフターゲット効果を有する（Ｋｉｍ  Ｍ，Ｔｉａｎ  Ｒ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ＡＭＰＫ  ｆｏｒ  ｃａｒｄｉａｃ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ：ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｄｉｏｌ  ２０１１；５１（４）：５４８−５３、Ｚｈｏｕ  Ｇ，Ｍｙｅｒｓ  Ｒ，Ｌｉ  Ｙ，ｅｔ  ａｌ．Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ｍｅｔｆｏｒｍｉｎ  ａｃｔｉｏｎ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００１；１０８（８）：１１６７−７４）。ＡＭＰＫ阻害剤に関するライブラリースクリーニングで同定されたコンパウンドＣは、多数種のキナーゼにおける標準的なＡＴＰ結合触媒部位に結合する（Ｋｉｍ  Ｍ，Ｔｉａｎ  Ｒ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ＡＭＰＫ  ｆｏｒ  ｃａｒｄｉａｃ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ：ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｄｉｏｌ  ２０１１；５１（４）：５４８−５３、Ｚｈｏｕ  Ｇ，Ｍｙｅｒｓ  Ｒ，Ｌｉ  Ｙ，ｅｔ  ａｌ．Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ｍｅｔｆｏｒｍｉｎ  ａｃｔｉｏｎ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００１；１０８（８）：１１６７−７４、Ｈａｎｄａ  Ｎ，Ｔａｋａｇｉ  Ｔ，Ｓａｉｊｏ  Ｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ  Ｃ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ａｌｐｈａ２  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｋｉｎａｓｅ  ｄｏｍａｉｎ．Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ２０１１；６７（Ｐｔ  ５）：４８０−７）。従って、ＡＭＰＫ特有のタンパク質ドメインを標的とするＡＭＰＫ調節剤を同定するために設計された手順は、キノーム（ｋｉｎｏｍｅ）全体にわたって見出される標準的なＡＴＰ結合触媒部位に結合する分子よりも選択的である分子を同定できる可能性を有する。
【発明の概要】
【０００５】
本発明の実施形態は、診断薬又は治療薬の製造のために、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定する方法を対象とする。この方法は、（ａ）ＡＭＰＫを含む試料とＡＭＰＫに結合することが知られている発光剤とを接触させるステップと、（ｂ）（ａ）からの試料と対象化合物とを接触させるステップと、（ｃ）試料と対象化合物との接触前の試料での発光と、試料と対象化合物との接触後の試料での発光とを比較するステップとを含むことができる。試料と対象化合物との接触後に測定された発光の減少は、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す。
【０００６】
本発明の実施形態はまた、診断薬又は治療薬の製造のために、ＡＭＰＫを調節する化合物を同定するアッセイであって、対象化合物を、ＡＭＰＫに結合している蛍光ＡＭＰＫリガンドを置換する効果に関してスクリーニングするステップを含むアッセイも提供する。蛍光ＡＭＰＫリガンドの置換により発光が減少し、これにより、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることが示される。
【０００７】
本発明の実施形態は、ＡＭＰＫを調節する化合物を同定する方法であって、（ａ）ＡＭＰＫを含む試料とＡＭＰＫに結合することが知られている発光剤とを接触させるステップと、（ｂ）（ａ）からの試料と対象化合物とを接触させるステップと、（ｃ）試料と対象化合物との接触前の試料での発光と、試料と対象化合物との接触後の試料での発光とを比較するステップと、ここで、（ｉ）試料と対象化合物との接触後の発光の減少が、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、又は、（ｉｉ）発光剤が環境感受性である場合に、試料と対象化合物との接触後の発光の増加が、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す、方法を更に提供する。
【０００８】
本発明の実施形態はまた、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）の活性を調節する方法であって、ＡＭＰＫを含む試料と本明細書に記載した化合物から成る群から選択される化合物とを接触させるステップを含む方法も提供する。
【０００９】
本発明の実施形態は、糖尿病、肥満、メタボリックシンドローム及びがんを治療する方法であって、本明細書に記載した化合物から成る群から選択される化合物や、当該同定した化合物を含む医薬組成物を投与するステップを含む方法を更に提供する。
【００１０】
本発明の実施形態は、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物として製剤化された本明細書に記載の化合物を提供する。
【００１１】
本発明の実施形態はまた、上に記載したプロセスを実行するのに必要な構成要素を含むキットも提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】Ｈｉｓ−タグが付いたＡＭＰＫ−αと共溶出させたＡＭＰＫ−βサブユニット及びＡＭＰＫ−γサブユニットを示す写真である。公開されているデータと同じく、ラットＡＭＰＫ−β１及びラットＡＭＰＫ−γ１は類似の見かけ分子量を有する（Ｎｅｕｍａｎｎ  Ｄ，Ｗｏｏｄｓ  Ａ，Ｃａｒｌｉｎｇ  Ｄ，Ｗａｌｌｉｍａｎｎ  Ｔ，Ｓｃｈｌａｔｔｎｅｒ  Ｕ．Ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｈｅｔｅｒｏｔｒｉｍｅｒｉｃ  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｂｙ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｓｕｂｕｎｉｔｓ  ｉｎ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ  Ｐｕｒｉｆ  ２００３；３０（２）：２３０−７）。
【図２】ＡＭＰＫへの結合に関してＡＤＰがＭＡＮＴ−ＡＤＰと競合することを示す図である。（図２Ａ）タンパク質への結合時にＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光が増加することを示す、簡略化された概略図。明確にするために、ＡＭＰＫ−αサブユニット及びＡＭＰＫ−βサブユニット並びに更なるヌクレオチド結合部位が省略されている。（図２Ｂ）制御断片又は完全長ＡＭＰＫ（励起＝３６０ｎｍ）の添加後にＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光が増加した。タンパク質からのバックグラウンド蛍光を生データから引いた後に、上記に示す補正されたスペクトルをプロットした。その後の実験のために４６０ｎｍの発光フィルタを使用した。（図２Ｃ）ＡＤＰはＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光の増加を阻害した。（図２Ｄ）完全長ＡＭＰＫはわずかに大きなアッセイウィンドウを形成した。Ｚ’因子＞０．６。（図２Ｂ〜図２Ｃ）データ点当たりｎ＝５ウェル。（図２Ｄ）データ点当たりｎ＝６ウェル。データ点は平均±標準偏差である。標準偏差のいくつかは、このスケールでプロットする場合に小さすぎて目視できない。ＲＦＵ、相対蛍光単位。
【図３】（図３Ａ）アッセイ溶液のイオン強度の増加につれてＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光が減少したことを示すグラフである。ＮａＣｌの非存在下では、０．０１％のＴｒｉｔｏｎはＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光への効果を有しなかった。（図３Ｂ）一定モル比でのＡＭＰＫ、ＡＤＰ及びＭＡＮＴ−ＡＤＰの濃度の増加に伴いアッセイウィンドウが直線的に増加したことを示すグラフ。（図３Ａ）データ点当たりｎ＝４ウェル、（図３Ｂ）データ点当たりｎ＝６ウェル。データ点は平均±標準偏差である。Ｚ’因子≧０．６。
【図４】完全長ＡＭＰＫが０〜２％ＤＭＳＯを許容したことを示す図である。データ点当たりｎ＝６ウェル。データ点は平均±標準偏差である。
【図５】（図５Ａ）小分子ライブラリーからの１６枚のプレートのセットにおいて、５１２０種の分子のうちの２種がＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光を５０％超で阻害した（黄色の矢印）ことを示す図である。各プレートは、３２種の陽性対照及び３２種の陰性対照を含んだ（それぞれ緑色の円及び赤色の円）。陰性の阻害は小分子の自己蛍光を示す可能性が高い。自己蛍光分子の多くを、スペースを節約するために対数ｙ軸上にプロットした。上記に示すプレートに関する平均Ｚ’因子は０．５８である。（図５Ｂ）陽性対照であるＡＤＰ（緑色）、賦形剤（赤色）及びライブラリー分子（黒色）に関する分布統計を示すヒストグラム及び箱ひげ図である。ひげは範囲を示し、ボックスは第１四分位と第３四分位との間のデータを示す。
【図６】（図６Ａ〜図６Ｃ）５個の陽性ヒットのうち３個が完全長ＡＭＰＫ及び制御断片の存在下でＳ字状の用量応答を生じたことを示すグラフである。ＤＭＳＯ対照及びＡＤＰ対照を各プレートに含め、０％の阻害及び１００％の阻害をそれぞれ定義するために使用した。データ点当たりｎ＝５ウェル。データ点は平均±標準偏差である。
【図７】化合物１（ＳＴＬ０３５１６６）で処理したＨＥＫ細胞のウェスタンブロットはホスホ−ＡＭＰＫαの減少を示すが、化合物２（ＳＴＫ７４０８２２）で処理したものはホスホ−ＡＭＰＫαの増加を示すことを示す写真である。（チューブリンに対して標準化されている）。
【図８】ヒトＨｅｋ２９３細胞における化合物Ａ（ＳＴＫ７４０８２２）及び化合物Ｂ（ＳＴＬ０３５１６６）での処理時におけるホスホ−ＡＭＰＫの定量的増加を示す写真である。
【図９】３重の類似のスクリーニングを示すグラフである。（図９Ａ）ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナルを良好な再現性により阻害した類似体を赤色で強調する。これら３種の類似体は共通の骨格（挿入図の構造）を含み、これらの類似体を４５μＭの最終濃度でスクリーニングした。ＳＴＫ７４０８２２の類似体に関する並行用量応答。示したデータは、ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナル±σの平均阻害％である。ｎ＝３。（図９Ｃ）蛍光プローブによる直接干渉を実証するために、発明者らは、様々な類似体の存在下でのＭＡＮＴ−ＡＤＰの未結合シグナルの平均減少％をプロットした。アッセイ緩衝液（０μＭのＭＡＮＴ−ＡＤＰ、０μＭのＡＭＰＫ、０μＭの類似体）のバックグラウンドシグナルを使用して１００％阻害を定義した。ｎ＝２。
【図１０】ＭＡＮＴ−ＡＤＰアッセイを示すグラフである。（図１０Ａ）等温滴定型熱量計を使用して、ＡＤＰが完全長ＡＭＰＫ上の２箇所の部位に結合することを確認した。算出した解離定数（両方の部位で１３μＭ）は、２５ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８）におけるＡＭＰＫの存在下でのＭＡＮＴ−ＡＤＰに関して公開されている解離定数１０±２μＭ（両方の部位）（２２）と類似している。ｎ＝１。（図１０Ｂ）同じ濃度のＡＤＰを使用して、完全長ＡＭＰＫ及び制御断片の両方からＭＡＮＴ−ＡＤＰを置換することができる。（図１０Ｃ）完全長ＡＭＰＫからＭＡＮＴ−ＡＤＰを置換するには、より高い濃度のＢＡＳ０２２５０９５４が必要である。（図１０Ｂ、図１０Ｃ）ＡＤＰ及びＢＡＳ０２２５０９５４の制御断片及び完全長ＡＭＰＫへの結合を１つの３８４ウェルプレートで同時に比較した。ｎ＝３。示したデータ点は平均±σである。
【図１１】精製されたｐ−ＡＭＰＫの用量依存的な阻害を示す写真である。（図１１Ａ）２種の類似体はｐ−ＧＳＴ−ＡＣＣペプチドのリン酸化を阻害する。（図１１Ｂ）ＢＡＳ０２２５０９５４は基質リン酸化を阻害する。（図１１Ａ、図１１Ｂ）無差別な阻害剤であるコンパウンドＣは基質リン酸化を阻害する。＊ｐ≦０．０５、ＤＭＳＯ対照との比較。
【図１２】２種の類似体がＰＰ２Ｃの存在下でｐ−ＡＭＰＫを脱リン酸化から用量依存的に保護することを示す図である。
【図１３】２種の類似体が血清飢餓ＨＥＫ細胞においてｐ−ＡＣＣレベルを調節することを示す図である。（図１３Ａ）細胞溶解液のウェスタンブロット。ＳＴＫ８２３３６６処理細胞の場合のｐ−ＡＣＣバンドが四角で囲まれている。（図１３Ｂ）全タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）に対するホスホ−タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）の比率。データ点は平均±σであり、このデータ点をＤＭＳＯの場合の比率＝１．００であるように調整した。ｔ−ＡＣＣシグナルを正確に定量化することができなかったので、１００−１９６の場合の２つのデータ点の一方を破棄した。
【図１４】ＳＴＫ８２３３６６が血清処理ＨＥＫ細胞においてｐ−ＡＣＣレベルを低下させることを示す図である。（図１４Ａ）細胞溶解液のウェスタンブロット。ＳＴＫ８２３３６６処理細胞の場合のｐ−ＡＣＣバンドが四角で囲まれている。（図１４Ｂ）全タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）に対するホスホ−タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）の比率。データ点は平均±σであり、このデータ点をＤＭＳＯの場合の比率＝１．００であるように調整した。
【図１５】ＢＡＳ０２２５０９５４が、予め条件付けたＨＥＫ細胞におけるｐ−ＡＣＣレベルを高めないことを示す図である。（図１５Ａ）細胞溶解液のウェスタンブロット。（図１５Ｂ）全タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）に対するホスホ−タンパク質（ローディング対照に対して正規化されている）の比率。データ点は平均±σであり、このデータ点をＤＭＳＯの場合の比率＝１．００であるように調整した。ｐ−ＡＭＰＫシグナルを正確に定量化することができなかったので、ＤＭＳＯの場合の２つのデータ点の一方を破棄した。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本発明を以下により詳細に更に説明する。この説明は、本発明を実行することができる全ての異なる方法又は本発明に加えることができる全ての特徴の詳細なカタログであることを意図していない。例えば、一実施形態に関して例示されている特徴をその他の実施形態に組み込むことができ、特定の実施形態に関して例示されている特徴をその実施形態から削除することができる。加えて、当業者には、本開示を踏まえて、本明細書で提案されている様々な実施形態に対する本発明から逸脱しない多数の変形及び追加が明らかであるだろう。従って、下記の明細書は本発明のいくつかの特定の実施形態を例示することを意図しており、全ての順列、組み合わせ及びこれらの変形を余すことなく明記することを意図していない。更に、本特許出願で言及した全ての特許及び特許出願の参照は、本明細書に完全に記載されているかのように、その全体が参照により本明細書の一部をなす。別途定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書において本発明の説明で使用する専門用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、本発明を限定することを意図していない。
【００１４】
本明細書で使用する場合、「ａ」、「ａｎ」又は「ｔｈｅ」は１つ又は複数を意味することができる。また、本明細書で使用する場合、「及び／又は（ａｎｄ／ｏｒ）」は、関連して列挙されている項目の１つ又は複数の任意の可能な組み合わせ及び全ての可能な組み合わせを意味し且つ包含し、更に、選択的に解釈される場合（「又は（ｏｒ）」）には組み合わせの欠如を意味し且つ包含する。
【００１５】
用語「約」は例えば用量（例えば化合物の量）等の測定可能な値に言及する際に本明細書で使用する場合、明記された量の±２０％、±１０％、±５％、±１％、±０．５％又は±０．１％の変動を包含することを意味する。
【００１６】
本発明の実施形態は、診断薬又は治療薬の製造のために、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（ＡＭＰＫ）を調節する化合物を同定する方法であって、（ａ）ＡＭＰＫを含む試料とＡＭＰＫに結合することが知られている発光剤とを接触させるステップと、（ｂ）（ａ）からの試料と対象化合物とを接触させるステップと、（ｃ）試料と対象化合物との接触前の試料での発光と、試料と対象化合物との接触後の試料での発光とを比較するステップ、即ち（ａ）での発光と（ｂ）での発光とを比較するステップであって、試料と対象化合物との接触後の発光の減少が対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示すステップとを含む、これらのステップから本質的に成る又はこれらのステップから成る方法に関する。この方法は、インビトロの方法又はインビボの方法であることができる。
【００１７】
上記で論じたように、５’アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ、アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ又は「ＡＭＰＫ」は、真核生物において同化経路及び異化経路を制御する、保存されたヘテロ三量体セリン−トレオニンキナーゼである。哺乳類のＡＭＰＫ三量体は、１個の触媒サブユニット（α１又はα２）並びに２個の制御サブユニット（β１又はβ２及びγ１、γ２又はγ３）で構成されている（Ｃａｒｌｉｎｇ  Ｄ，Ｔｈｏｒｎｔｏｎ  Ｃ，Ｗｏｏｄｓ  Ａ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｎｅｗ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｎｅｗ  ｒｏｌｅｓ？  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  ２０１２；４４５（１）：１１−２７、Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｓｃｏｔｔ  ＪＷ，Ｋｅｍｐ  ＢＥ．ＡＭＰＫ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ａｓ  ａｎ  ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｈａｒｇｅ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ２０１２；２３（３）：１２５−３）。ＡＭＰＫ−γは４個の潜在的なヌクレオチド結合ポケットを有しており、これらのポケットの１個（部位２）は構成的に空いている（Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｈｅａｔｈ  Ｒ，Ｓａｉｕ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ＡＭＰ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００７；４４９（７１６１）：４９６−５００）。これまでの研究から、以下のいくつかのＡＭＰＫ制御様式が同定されている。（１）ＡＭＰＫ−α上のトレオニン１７２（Ｔ１７２）のリン酸化によりＡＭＰＫが活性化される、（２）ＡＭＰのＡＭＰＫ−γ（部位１）への結合により、ｐ−ＡＭＰＫの活性がアロステリックに２〜５倍増加する、及び（３）ＡＭＰ又はＡＤＰのＡＭＰＫ−γ（部位３）への結合により、ホスファターゼによるｐ−Ｔ１７２の脱リン酸化が阻害される（Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｓｃｏｔｔ  ＪＷ，Ｋｅｍｐ  ＢＥ．ＡＭＰＫ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ａｓ  ａｎ  ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｈａｒｇｅ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ２０１２；２３（３）：１２５−３２；Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ，Ｕｎｄｅｒｗｏｏｄ  Ｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰＫ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＡＤＰ．Ｎａｔｕｒｅ  ２０１１；４７２（７３４２）：２３０−３）。また、ＡＭＰ及びＡＤＰはＡＭＰＫのリン酸化を促進するが、ＡＭＰＫ−βがミリストイル化されている場合のみであることも分かっている（Ｃａｒｌｉｎｇ  Ｄ，Ｔｈｏｒｎｔｏｎ  Ｃ，Ｗｏｏｄｓ  Ａ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｎｅｗ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｎｅｗ  ｒｏｌｅｓ？  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  ２０１２；４４５（１）：１１−２７、Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｃｈｅｎ  ＺＰ，Ｓｃｏｔｔ  ＪＷ，ｅｔ  ａｌ．ｂｅｔａ−Ｓｕｂｕｎｉｔ  ｍｙｒｉｓｔｏｙｌａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｔｈｅ  ｇａｔｅｋｅｅｐｅｒ  ｆｏｒ  ｉｎｉｔｉａｔｉｎｇ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｔｒｅｓｓ  ｓｅｎｓｉｎｇ  ｂｙ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ２０１０；１０７（４５）：１９２３７−４１、Ｃｈｅｎ  Ｌ，Ｗａｎｇ  Ｊ，Ｚｈａｎｇ  ＹＹ，ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｕｎｄｅｒｇｏｅｓ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ  ｃｈａｎｇｅｓ．Ｎａｔ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２０１２；１９（７）：７１６−８、Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｓｔｅｅｌ  Ｒ，Ｃｈｅｎ  ＺＰ，ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｉｓ  ａ  ｄｉｒｅｃｔ  ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｈａｒｇｅ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１１；３３２（６０３６）：１４３３−５）。部位４は非交換可能な様式でＡＭＰに結合すると提唱されている（Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｈｅａｔｈ  Ｒ，Ｓａｉｕ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ＡＭＰ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００７；４４９（７１６１）：４９６−５００、Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ，Ｕｎｄｅｒｗｏｏｄ  Ｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰＫ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＡＤＰ．Ｎａｔｕｒｅ  ２０１１；４７２（７３４２）：２３０−３）。ほとんどのＡＭＰＫ研究者は、ＡＭＰＫ−γが、ｐ−ＡＭＰＫの活性を協力してアロステリックに増加かつ維持する２個の主要な制御ヌクレオチド結合部位を有することに同意している（Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｓａｎｄｅｒｓ  ＭＪ，Ｕｎｄｅｒｗｏｏｄ  Ｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰＫ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＡＤＰ．Ｎａｔｕｒｅ  ２０１１；４７２（７３４２）：２３０−３、Ｃｈｅｎ  Ｌ，Ｗａｎｇ  Ｊ，Ｚｈａｎｇ  ＹＹ，ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｕｎｄｅｒｇｏｅｓ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ  ｃｈａｎｇｅｓ．Ｎａｔ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２０１２；１９（７）：７１６−８、Ｏａｋｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｓｔｅｅｌ  Ｒ，Ｃｈｅｎ  ＺＰ，ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｉｓ  ａ  ｄｉｒｅｃｔ  ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｈａｒｇｅ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１１；３３２（６０３６）：１４３３−５）。本明細書で使用する場合、ＡＭＰＫは、述べたように、完全長ＡＭＰＫ、トランケート型ＡＭＰＫ又はこれらの組み合わせを意味する。ＡＭＰＫに関するヒト核酸配列データ及び齧歯類核酸配列データを下記の表１に見出すことができる。
【００１８】
【表１Ａ】
2016535997.tif 000003
【表１Ｂ】
2016535997.tif 000004
【表１Ｃ】
2016535997.tif 000005
【００１９】
完全長ＡＭＰＫは、各触媒サブユニット及び制御サブユニットの少なくとも１個の機能部分を少なくとも含む。いくつかの実施形態では、完全長ＡＭＰＫは、全ての触媒サブユニット及び制御サブユニットの機能部分を少なくとも含む。いくつかの実施形態では、完全長ＡＭＰＫは全てのサブユニットを含む。いくつかの実施形態では、完全長ＡＭＰＫはラットＨｉｓ−α１、β１、γ１を含む。更にその他の実施形態では、トランケート型ＡＭＰＫを利用する。トランケート型ＡＭＰＫは、触媒サブユニット又は制御サブユニットのいずれか一方の機能部分を少なくとも含むことができる。いくつかの実施形態では、トランケート型ＡＭＰＫは、少なくとも制御サブユニットの一部又は断片である。特定の実施形態では、ＡＭＰＫの制御断片はキナーゼドメインを欠いている。いくつかの実施形態では、（完全長ＡＭＰＫ三量体とは対照的に）ヘテロ三量体のトランケート型ＡＭＰＫは、キノーム全体にわたって見出される標準的なＡＴＰ結合部位を欠いており、ＡＭＰＫ「制御断片」と称される。いくつかの実施形態では、トランケート型ＡＭＰＫは、ラットＨｉｓ−α１、３９６〜５４８；ヒトβ２、１８７〜２７２；ラットγ１である。本明細書で使用する場合、「一部」又は「断片」は互換的に使用され、少なくとも１種の生物活性を実質的に保持する構造の全体未満を意味し、該生物活性はこの構造の分子、タンパク質又はポリペプチドと通常は関連する。特定の実施形態では、「断片」又は「一部」は、未修飾タンパク質が持つ全ての活性を実質的に保持する。生物活性を「実質的に保持する」とは、タンパク質が天然タンパク質の生物活性の少なくとも約５０％、約６０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上を保持すること（及び天然タンパク質よりも高いレベルの活性を有することもできること）を意味する。
【００２０】
本発明の実施形態によれば、試料は、上に記載したＡＭＰＫ及び発光剤を含む。発光剤は、自然に発光する又は光を発するように改変されているものである。特定の実施形態では、発光剤は蛍光剤である。蛍光剤は、アデノシン又はこの類似体、例えばアデノシン一リン酸（ＡＭＰ）若しくはこの類似体、又はアデノシン二リン酸（ＡＤＰ）若しくはこの類似体を含むことができる。例えば、当業者に理解されるように、ＡＴＰ、ＡＤＰ又はＡＭＰと結合している任意の蛍光色素を使用して、ＡＭＰＫとの相互作用を調べることができる。この技法に適合する色素は、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ（登録商標）色素、例えばＡｌｅｘａ  ３５０、４０５、４３０、４８８、５１４、５３２、５４６、５５５、５６８、５９４、６３３、６３５、６４７、６６０、６８０、７００、７５０及び７９０；並びにＢｏｄｉｐｙ（登録商標）（ホウ素−ジピロメテン）色素、例えばＢｏｄｉｐｙ  ＦＬ、Ｒ６Ｇ、ＴＭＲ、５８１／５９１、ＴＲ、６３０／６５０及び６５０／６６５を含む。特定の実施形態では、アデノシン類似体は、メチルアントラニロイルＡＤＰ又は２’−（若しくは−３’）−Ｏ−（Ｎ−メチルアントラニロイル）アデノシン５’−ジホスフェート（ＭＡＮＴ−ＡＤＰ）、２’−（若しくは−３’）−Ｏ−（トリニトロフェニル）アデノシン５’−ジホスフェート（ＴＮＰ−ＡＤＰ）、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）−ＡＤＰ又はこれらの組み合わせである。ＡＭＰＫ及び発光剤を含む試料は、これらの試薬を低濃度で含むことができる。例えば、プローブの持続的な結合を促進するために、蛍光プローブ対タンパク質の比率は約１：１０００（色素よりもタンパク質が多い）であることができる。そのため、１マイクロモルのＡＭＰＫタンパク質と共に１ナノモルの色素濃度を利用することができる。
【００２１】
次いで、（上に記載した）ＡＭＰＫ及び発光剤を含む試料を対象化合物を接触させる。本発明によれば、対象化合物を、キナーゼに結合することが分かっている及び／又はキナーゼに結合すると思われるキナーゼ阻害剤と構造的に類似することが知られている化合物の市販の又は私有のライブラリーから得ることができる。キナーゼは、セリン−トレオニンキナーゼ又はＡＭＰキナーゼであることができる。特定の実施形態では、化合物のライブラリーすなわち対象化合物は、小分子化合物であることができる。換言すると、化合物又は対象化合物は低分子量を有することができる。いくつかの場合では、分子量は９００ダルトン未満である。市販のキナーゼライブラリーの例示的な供給源は、ＳｅｌｌｅｃｋＣｈｅｍキナーゼ阻害剤ライブラリー（テキサス州、ヒューストン及びドイツ、ミュンヘン）及びＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ（商標）−ＫＩＮＡＳｅｔ（カリフォルニア州、サンディエゴ）を含む。
【００２２】
この方法は、試料と対象化合物との接触前の試料における発光を、試料と対象化合物との接触後の試料における発光と比較するステップを更に行う。発光は、化学発光、電子発光、応力発光、フォト発光、特に蛍光、放射発光又は熱発光を意味することができる。いくつかの実施形態では、蛍光定量、蛍光結合、蛍光偏光、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）又は時間分解蛍光共鳴エネルギー移動（ＴＲ−ＦＲＥＴ）を使用して発光を検出する。本発明の実施形態によれば、試料と対象化合物との接触後の発光の減少は、対象化合物がＡＭＰＫに結合することを示す。更に、試料と対象化合物との接触後の発光の減少は、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す。対象化合物の、結合している発光剤との競合的な結合により、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す発光の増加が反転する。いくつかの実施形態では、有効な化合物と見なすのに十分なレベルの蛍光の減少は、陽性対照に対して少なくとも５０％であると定義することができる。例えば、陰性対照の出発蛍光が２００，０００相対蛍光単位（ＲＦＵ）であり、陽性対照の場合は５０，０００ＲＦＵであり、化合物が１２５，０００ＲＦＵで５０％閾値と交差する場合に、この化合物を本発明の方法での追跡研究のために選択することができる。しかしながら、いくつかの実施形態では、蛍光性ＡＤＰ類似体が環境感受性である場合に、蛍光シグナルは、小分子の結合事象を示す置換時に増加する又は減少する可能性がある。
【００２３】
本明細書で使用する場合、「調節する」又は「調節」は、目的の活性の増強（例えば増加）又は阻害（例えば低下）を意味する。そのため、ＡＭＰＫの活性化剤は、ＡＭＰＫに関連する活性を増加させることができ、阻害剤は、ＡＭＰＫに関連する活性を低下させることができる。
【００２４】
発光の減少（又は利用する発光剤の環境への感受性に応じた増加）に関連する化合物を、細胞ベースのアッセイ、インビトロのキナーゼアッセイ、インビトロのホスファターゼアッセイ又はこれらの組み合わせにかけてＡＭＰＫへの特異的効果を試験することにより、上に記載した方法により同定した化合物の能力の更なる確認を実現することができる。いくつかの実施形態では、細胞ベースのアッセイを使用してＡＭＰＫ活性の調節での有効性を試験することができ、この細胞ベースのアッセイは、１）増加した／減少したホスホ−ＡＭＰＫ、又は、２）増加したホスホ−アセチルＣｏａ（ＡＣＣ）カルボキシラーゼを含むことができる。そのようなアッセイでは、ＨＥＫ−２９３細胞を、１マイクロモルから２０ナノモルの範囲である様々な濃度の試験化合物で処理することができる。細胞を２４時間にわたり処理することができ、細胞溶解物を回収する。ウェスタンブロットを実施して、ＡＭＰＫ活性化剤の場合のホスホ−ＡＭＰＫの増加及びＡＭＰＫ阻害剤の場合の減少を定着させる。加えて又は代わりに、ウェスタンブロットを実施して、ＡＭＰＫ活性化剤の場合のホスホ−ＡＣＣの増加及びＡＭＰＫ阻害剤の場合の減少を定着させる。
【００２５】
上に記載した方法に加えて、本発明はまた、診断薬又は治療薬の製造のために、ＡＭＰＫを調節する化合物を同定するアッセイも提供する。このアッセイは、対象化合物を、ＡＭＰＫに結合している蛍光ＡＭＰＫリガンドを置換する効果に関してスクリーニングするステップを含む、このようなステップから本質的に成る、又はこのようなステップから成る。置換により発光が減少し、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることが示される。対象化合物による、結合した蛍光ＡＭＰＫリガンドの競合的置換により、対象化合物がＡＭＰＫの調節剤であることを示す発光の増加の反転が起こる。いくつかの例では、利用する発光剤の環境への感受性に応じた発光の増加の場合がある。このアッセイは、細胞ベースのアッセイ、インビトロのキナーゼアッセイ、インビトロのホスファターゼアッセイ又はこれらの組み合わせを行って、上に記載したＡＭＰＫへの特異的効果を試験するステップを更に含むことができる。
【００２６】
特定の実施形態では、このアッセイは当業者に既知のハイスループットアッセイである。簡潔に言うと、小さいウェルの格子を含むマイクロプレート中に、典型的には９６のマルチプレート中に、試薬を配置することができる。あるいは、マイクロプレートを、油により分離されている流体の液滴に置き換えることができる。マイクロプレーティング技法と同様に、マイクロ流体技法を改変して蛍光測定で使用することができる。いずれかの技法を使用することで、対象化合物の速やかな同定を可能とする自動化により、試料を調製、混合、インキュベート、分析、及び又は検出することができる。
【００２７】
このアッセイは、蛍光アッセイ、標識結合アッセイ、蛍光偏光アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アッセイ又は時間分解蛍光共鳴エネルギー移動（ＴＲ−ＦＲＥＴ）アッセイであることができる。
【００２８】
ＡＭＰＫが細胞代謝及び全身代謝に関与している場合、ＡＭＰＫは、糖尿病及びがん等の、異常なエネルギー制御を特徴とする疾病又は代謝性疾患の治療上の標的として更に関与している。ＡＭＰキナーゼを標的とする化合物は、少なくともインスリンとは無関係なグルコースの取り込みを増加させる、脂質酸化を増加させる、並びに／又はグルコース及び脂質の産生を低下させる、並びに／又はエネルギーバランスを回復させることにより、血糖プロファイル及び脂質プロファイルを直接正常化する。Ｐｏｘｅｌ、フランス、リヨンを参照されたい。
【００２９】
本明細書で使用する場合、「代謝性疾患」又は「代謝性障害」（疾患及び障害は互換的に使用することができる）は、異常な代謝過程により生じた状態を意味する。一般的な代謝性疾患としては、これらに限定されないが、糖尿病、インスリン抵抗性、肥満、脂質異常症、リポリペデミア（ｌｙｐｏｌｉｐｅｄｅｍｉａ）、甲状腺機能亢進症、甲状腺機能低下症、ガラクトース血症及びフェニルケトン尿症が挙げられる。「糖尿病」は、診断基準、例えばＷＨＯ（世界保健機構）、日本糖尿病学会（Ｊａｐａｎ  Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｓｏｃｉｅｔｙ）、アメリカ糖尿病学会（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）又は欧州糖尿病学会（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｄｉａｂｅｔｅｓ）の診断基準に従って糖尿病と診断される疾患を意味することができ、１型糖尿病、２型糖尿病、妊娠性糖尿病（ｇｅｓｔａｔｉｏｎａｌ  ｄｉａｂｅｔｅｓ）又は妊娠糖尿病（ｐｒｅｇｎａｎｃｙ  ｄｉａｂｅｔｅｓ）等を含む。２型糖尿病は、インスリンの作用に対するその抵抗性、即ち「インスリン抵抗性」を特徴とすることができる。「インスリン抵抗性」は、インスリン抵抗性指数（空腹時血糖（ｍｇ／ｄＬ）×空腹時インスリン（マイクロＵ／ｍＬ）÷４０５）に基づいて又はグルコースクランプ法等での検査により得られる結果に基づいてインスリン抵抗性と診断される疾患を意味することができ、シンドロームＸを更に含む。２型糖尿病に加えて、「インスリン抵抗性」を有する疾患としては、例えば脂肪肝、特にＮＡＦＬＤ（非アルコール性脂肪肝疾患）、ＮＡＳＨ（非アルコール性脂肪性肝炎）、冠動脈性心疾患（ＣＨＤ）、動脈硬化性疾患、高血糖症、リポドーシス（ｌｉｐｏｄｏｓｉｓ）、耐糖能障害、高血圧症、高脂血症、糖尿病合併症、妊娠糖尿病、多嚢胞性卵巣症候群等が挙げられる。
【００３０】
がん、腫瘍及び腫瘍性組織の例としては、これらに限定されないが、悪性障害、例えば乳がん、骨肉腫、血管肉腫、繊維肉腫及びその他の肉腫、白血病、リンパ腫、洞腫瘍（ｓｉｎｕｓ  ｔｕｍｏｒ）、卵巣がん、尿管（ｕｒｅｔａｌ）がん、膀胱がん、前立腺がん及びその他の泌尿生殖器のがん、結腸がん、食道がん及び胃がん及びその他の胃腸のがん、肺がん、骨髄腫、膵臓がん、肝がん、腎臓がん、内分泌がん、皮膚がん、並びに例えば神経膠腫及び神経芽細胞腫を含む脳の又は中枢の及び末梢の神経（ＣＮＳ）系の悪性腫瘍又は良性腫瘍が挙げられる。
【００３１】
そのため、本発明の実施形態は、異常なエネルギー制御を特徴とする疾病又は代謝性疾患、例えば上に記載した糖尿病及びがんのための診断薬又は治療薬の製造のために、ＡＭＰＫを調節する化合物を同定するインビトロの方法及びアッセイを更に提供する。更に、本明細書において同定した化合物を、肥満、代謝性疾患、例えば糖尿病、がん及び上に記載したその他の障害を治療するのに使用することができる。
【００３２】
本発明に従って治療する対象は、肥満、代謝性疾患、例えば糖尿病及びがんの予防及び／又は治療が必要な又は望ましいあらゆる対象だけでなく、そのような障害を起こしやすいあらゆる対象も含む。いくつかの実施形態では対象はヒトであるが、本発明の対象は、獣医学又は治療又は医薬の開発目的のための動物対象、特に哺乳類対象、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ウマ、ヒツジ、ブタ、齧歯類（例えばラット及びマウス）、ウサギ、霊長類（例えば非ヒトの霊長類）等、例えば家畜、伴侶動物、野生動物を含むことができる。
【００３３】
本発明に関連する対象は雄又は雌であることができ、あらゆる種及びあらゆる人種又は民族であることができ、これらに限定されないが、コーカサス人、アフリカ系アメリカ人、アフリカ人、アジア人、ヒスパニック系、インド人等及び混ざり合った背景を含む。対象は、あらゆる年齢、例えば新生児（ｎｅｗｂｏｒｎ）、新生児（ｎｅｏｎａｔｅ）、乳幼児、子供、青年、成人及び老人であることができる。
【００３４】
本明細書に記載した化合物を、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物として製剤化することができる。担体及び製剤の具体的な選択は、組成物の意図する具体的な投与経路に依存するだろう。
【００３５】
本発明の組成物は、非経口投与、経口投与、吸入噴霧投与、局所投与、直腸投与、経鼻投与、口腔投与、膣内投与又は植入型リザーバー投与等に好適であることができる。用語「非経口」は本明細書で使用する場合、皮下の、皮内の、静脈内の、筋肉内の、関節内の、滑膜内の、胸骨内の、髄腔内の、肝臓内の、病巣内の、頭蓋内の注射技法又は点滴技法を含む。
【００３６】
そのような医薬組成物に使用する担体及び添加剤は、予想される投与様式に応じて様々な形態をとることができる。そのため、経口投与用の組成物は、例えば固形製剤、例えば錠剤、糖衣錠剤、硬カプセル、軟カプセル、顆粒、粉末等であることができ、好適な担体及び添加剤は、デンプン、糖、結合剤、希釈剤、造粒剤、潤滑剤、崩壊剤等である。使い易さ及びより高い患者コンプライアンスのため、錠剤及びカプセルが多くの病状に最も有利な経口投薬形態である。
【００３７】
同様に、液体製剤用の組成物は、溶液、乳液、分散液、懸濁液、シロップ、エリキシル剤等を含み、好適な担体及び添加剤は、水、アルコール、油、グリコール、防腐剤、着香料、着色剤、懸濁化剤等である。非経口投与用の典型的な製剤は、活性成分と、担体、例えば滅菌水、又は非経口的に許容される油、例えばポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、レシチン、ラッカセイ油若しくはゴマ油を含み、溶解性又は保存性を補助するためのその他の添加剤も含有させることができる。溶液の場合、この溶液を粉末に凍結乾燥させ、次いで使用直前に再構成させることができる。分散液及び懸濁液の場合、適切な担体及び添加剤は、水性増粘剤、セルロース、ケイ酸塩又は油を含む。
【００３８】
本発明の実施形態に係る医薬組成物は、経口、直腸、局所、吸入（例えばエアロゾルを介した）、口腔（例えば舌下）、膣、局所（即ち、皮膚表面及び粘膜表面の両方、例えば気道表面）投与、経皮投与及び非経口（例えば、皮下、筋肉内、皮内、関節内、胸膜内、腹腔内、髄腔内、脳内、頭蓋内、動脈内又は静脈内）投与に好適なものを含むが、所与の場合に最も好適な経路は、治療する状態の種類及び重症度並びに使用する個々の活性剤の種類によって決まるであろう。
【００３９】
注射用の組成物は、好適な担体、例えばプロピレングリコール−アルコール−水、等張水、注射用の無菌水（ＵＳＰ）、ｅｍｕｌＰｈｏ（商標）−アルコール−水、ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ−ＥＬ（商標）又は当業者に既知のその他の好適な担体と共に活性成分を含むことができる。これらの担体を単独で、又は従来の可溶化剤、例えばエタノール、プロピレングリコール若しくは当業者に既知のその他の薬剤と組み合わせて使用することができる。
【００４０】
本明細書に記載した化合物を溶液又は注射液の形態で適用する場合、この化合物を、あらゆる従来の希釈剤に溶解又は懸濁させることにより使用することができる。希釈剤は、例えば生理食塩水、リンガー溶液、グルコース水溶液、デキストロース水溶液、アルコール、脂肪酸エステル、グリセロール、グリコール、植物源又は動物源に由来する油、パラフィン等を含むことができる。この製剤を、当業者に既知のあらゆる従来法に従って調製することができる。
【００４１】
経鼻投与用の組成物を、エアロゾル、ドロップ、粉末及びゲルとして製剤化することができる。エアロゾル製剤は、活性成分の薬学的に許容される水性溶媒又は非水性溶媒の溶液又は微細懸濁液を概して含む。そのような製剤は、密閉容器中において、無菌の形態での単一の又は複数回投与の量で概して存在する。密閉容器は、噴霧装置と共に使用するためのカートリッジ又はリフィルであることができる。あるいは、密閉容器は、治療上有効な量を送達するように設定されている計量弁が装着されている一体型分注装置、例えば単回使用鼻吸入器、ポンプ噴霧器又はエアロゾルディスペンサーであることができ、内容物が完全に使用されると廃棄されるように意図されている。投薬形態がエアロゾルディスペンサーを含む場合、この投薬形態は、高圧ガス、例えば圧縮ガス、一例として圧縮空気、又は有機高圧ガス、例えばフルオロクロロ炭化水素又はフルオロ炭化水素を含むことができる。
【００４２】
口腔内投与又は舌下投与に好適な組成物は、活性成分が担体、例えば糖及びアカシア、トラガント又はゼラチン及びグリセリンと共に製剤化されている、錠剤、ロゼンジ及びトローチを含む。
【００４３】
本明細書に記載された化合物の薬学的に許容される塩は、本発明の化合物の医薬としての使用又は製剤化を可能とするための塩形態を含み、指定の化合物の遊離酸及び遊離塩基の生物学的効果を保持し、生物学的に又はその他の点で望ましくないものではない。そのような塩の例が、Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｕｓｅ，Ｗｅｒｍｕｔｈ，Ｃ．Ｇ．ａｎｄ  Ｓｔａｈｌ，Ｐ．Ｈ．（ｅｄｓ．），Ｗｉｌｅｙ−Ｖｅｒｌａｇ  Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ  Ａｃｔａ，Ｚｕｒｉｃｈ，２００２［ＩＳＢＮ３−９０６３９０−２６−８］に記載されている。そのような塩の例は、アルカリ金属塩並びに遊離酸及び遊離塩基の付加塩を含む。薬学的に許容される塩の例としては、これらに限定されないが、硫酸塩、ピロ硫酸塩、重硫酸塩、亜硫酸塩、重亜硫酸塩、リン酸塩、リン酸一水素塩、リン酸二水素塩、メタリン酸塩、ピロリン酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、酢酸塩、プロピオン酸塩、デカン酸塩、カプリル酸塩、アクリル酸塩、ギ酸塩、イソ酪酸塩、カプロン酸塩、ヘプタン酸塩、プロピオン酸塩（ｐｒｏｐｉｏｌａｔｅｓ）、シュウ酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、スベリン酸塩、セバシン酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、ブチン−１，４−二酸塩、ヘキシン−１，６−二酸塩、安息香酸塩、クロロ安息香酸塩、メチル安息香酸塩、ジニトロ安息香酸塩、ヒドロキシ安息香酸塩、メトキシ安息香酸塩、フタル酸塩、キシレンスルホン酸塩、フェニル酢酸塩、フェニルプロピオン酸塩、フェニル酪酸塩、クエン酸塩、乳酸塩、γ−ヒドロキシ酪酸塩、グリコール酸塩、酒石酸塩、メタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩、プロパンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ナフタレン−１−スルホン酸塩、ナフタレン−２−スルホン酸塩及びマンデル酸塩が挙げられる。
【００４４】
本発明の実施形態はまた、上に記載した方法を実行するのに必要な構成要素を含むキットも提供する。そのようなキットは、チューブ又はバイアル等の１個又は複数個の容器を厳重に閉じ込めた状態で受容するように区画化されているキャリアを含むことができる。容器の１個又は複数個は、本明細書に記載された化合物を含むことができる。１個又は複数個の容器は、所望の反応で利用する１種又は複数種の酵素又は試薬を含むことができる。この酵素は、凍結乾燥形態で又は適切な緩衝液中で、該酵素だけで又は混合物で存在することができる。このキットは、本発明の技法を実行するのに必要な全ての追加の構成要素、例えば緩衝液、対照プラスミド、オリゴヌクレオチド、抽出試薬、固定化剤、浸透剤、酵素、ピペット、プレート、核酸、ゲル材、転写材、オートラジオグラフィーの補給品、使用説明書等を含むことができる。
【００４５】
従って、本発明の実施形態は、下記の構造
【化１Ａ】
2016535997.tif 000006
【化１Ｂ】
2016535997.tif 000007
【化１Ｃ】
2016535997.tif 000008
を有する化合物及びこの化合物の薬学的に許容される塩、薬学的に許容される担体を含むそれの医薬組成物、並びにそれを更に含むキットを提供する。
【００４６】
本発明の方法及びアッセイを実行するための全体の手順は、当業者により容易に理解され得る、及び認識され得る。本発明のいくつかの態様が下記の非限定的な実施例でより詳細に説明されている。この実施例は本発明を制限することを意図しておらず、本発明の範囲から逸脱しない範囲内で変更され得る。
【実施例】
【００４７】
Ａ．最初の試験
多くのＡＭＰＫ調節剤はＡＭＰＫと無関係な作用を生じる。キノーム全体を通して見られる標準的なＡＴＰ結合ポケットとは無関係にＡＭＰＫ活性を調節する薬剤を同定するために、ＡＭＰＫの制御領域に結合する分子の同定に偏った、蛍光ベースのハイスループットスクリーニングアッセイを設計した。自動化ピンツールを使用して、小分子を３８４ウェルプレート上の低体積アッセイ混合物に速やかに移した。アッセイの検証前に、バックグラウンドに対するシグナルを最大化するために、及びＭＡＮＴ−ＡＤＰを置換する小分子の検出の改善のばらつきを低下させるために、アッセイの完全な最適化を完了した。検証後、１３，１２０種の分子をスクリーニングし、完全長ＡＭＰＫ及びＡＭＰＫのトランケート型制御断片の両方の存在下で、ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナルを用量依存的に阻害した３個の陽性ヒットを同定し、トランケート型制御断片はキナーゼ活性部位を欠損している。スクリーニングに関する平均Ｚ’因子は０．５５であり、化合物確認率は６０％であった。このように、発光ベースのアッセイをインビトロのキナーゼアッセイ及び細胞ベースのアッセイと組み合わせて、その他のキナーゼへのオフターゲット効果を低下させつつＡＭＰＫを選択的に制御する分子を同定することができる。
【００４８】
［実施例１］
完全長ＡＭＰＫ及びＡＭＰＫ制御断片に結合する分子を同定するための蛍光ベースのアッセイ
＜材料＞
ＳＴＫ７４０８２２（Ｖｉｔａｓ−Ｍ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｌｔｄ．）、ＳＴＬ０３５１６６（Ｖｉｔａｓ−Ｍ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｌｔｄ．）及びＺ６４３５８１０７（Ｅｎａｍｉｎｅ，Ｌｔｄ．）を粉末形状で再購入し、次いで用量応答研究のためにＤＭＳＯに溶解させた。ＡＤＰ、リゾチーム及び１％ＥＤＴＡフリープロテアーゼ阻害剤カクテルをＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈから購入した。ＭＡＮＴ−ＡＤＰをＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから購入した。コバルトベースの固定化金属アフィニティクロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）樹脂をＣｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃから購入した。
【００４９】
＜タンパク質精製＞
完全長ＡＭＰＫ（ラットＨｉｓ−α１、β１、γ１）をコードするトリシストロン性ベクター、及び、ＡＭＰＫ制御断片（ラットＨｉｓ−α１、３９６−５４８；ヒトβ２、１８７−２７２；ラットγ１）をコードするトリシストロン性ベクターは、それぞれ、Ｕｗｅ  Ｓｃｈｌａｔｔｎｅｒ博士及びＳｔｅｖｅ  Ｇａｍｂｌｉｎ博士から贈呈されたものであった。ベクターをＲｏｓｅｔｔａ細胞中に形質転換させ、次いで当業者に理解されるように、抗生物質を含む一晩の種培養において個々のコロニーを３７℃でインキュベートした。一晩培養物を自動誘導培地中で増幅させ、室温で２日にわたり振盪させた。誘導した培養物をペレットにし、０．９％ＮａＣｌで２回洗浄し、次いで、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、１００ｍＭのＮａＣｌ、０．７５ｍｇ／ｍＬリゾチーム、０．１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００及び１％ＥＤＴＡフリープロテアーゼ阻害剤カクテルを含む溶解緩衝液中において４℃で超音波処理した（４０％強度、３０秒、２分のインターバルで３回）。溶解液を遠心分離し、上清をコバルトベースのＩＭＡＣ樹脂上にバッチ結合させた。樹脂を、０．０１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００（最初の洗浄のみ）、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、１００ｍＭのＮａＣｌ及び２ｍＭのイミダゾールを含む緩衝液で３回洗浄した。洗浄した樹脂をカラムに充填した後、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、１００ｍＭのＮａＣｌ及び５００ｍＭのイミダゾールの溶液で溶出させた。溶出液を、３０ｋＤａ（制御断片の場合）又は５０ｋＤａ（完全長ＡＭＰＫの場合）のいずれかのサイズ排除遠心ろ過機により４℃で濃縮した。濃縮液を５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）に２回以上再懸濁させて濃縮した後、−８０℃で保存した。
【００５０】
＜アッセイの組み立て＞
別途述べた場合を除き、下記の条件でアッセイを実施した。０．５μＭ完全長ＡＭＰＫ（１３０ｋＤａ）又は０．５μＭ制御断片（６６．７ｋＤａ）、０．１μＭのＭＡＮＴ−ＡＤＰ、１０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．４５％ＤＭＳＯ（賦形剤及び陰性対照）、並びに５μＭのＡＤＰ（陽性対照）。自動化アッセイを２段階で組み立てた。最初に、ＮａｎｏＱｕｏｔ（ＢｉｏＴｅｋ）を使用して、黒色の低体積３８４ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ−３６７６）においてウェルあたり１１μＬのマスターミックス（タンパク質、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ及びＴｒｉｓ−ＨＣｌ）を分注した。次に、ピンツール（ＶＰ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カリフォルニア州、サンディエゴ）を備えたＢｉｏｍｅｋ  ＮＸワークステーション（Ｂｅｃｋｍａｎ−Ｃｏｕｌｔｅｒ、カリフォルニア州、ブレア）を使用して、５０ｎＬの対照（カラム１、２、２３及び２４）並びに小分子（最終４．５μＭ）を移した。単一濃度スクリーニングのために、対照及びライブラリー分子を、Ａｘｙｇｅｎ３８４ウェル剛性ＰＣＲプレート（カタログ番号３２１−６７−０５１）から２２１倍の濃度で移した。プレートを１０分にわたり振盪した後に読み取った。
【００５１】
＜蛍光測定＞
３６０ｎｍの励起波長にてＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＥｎＳｐｉｒｅプレートリーダーを使用し、ＭＡＮＴ−ＡＤＰの蛍光発光スペクトルを収集した。タンパク質からのバックグラウンド蛍光を生データから引いた後に、タンパク質の存在下でのＭＡＮＴ−ＡＤＰの蛍光をプロットした。アッセイ開発及びスクリーニングのための蛍光検出を、設備の利用し易さに応じてＢＭＧ  Ｐｈｅｒａｓｔａｒ  Ｐｌｕｓ（３６０／１０励起フィルタ及び４６０／１０発光フィルタ）又はＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＥｎＶｉｓｉｏｎ（３５５／４０励起フィルタ及び４６０／２５発光フィルタ）のいずれかで実施した。相対蛍光単位（ＲＦＵ）を室温で記録した。
【００５２】
＜Ｚ’の算出＞
式：Ｚ’＝１−（（３（σ賦形剤＋σＡＤＰ））／（μ賦形剤−μＡＤＰ））を使用してＺ’を算出した。
【００５３】
＜小分子ライブラリー＞
Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＣＩＣＢＤＤ）により、既知のキナーゼ阻害剤と類似する構成を有する及び／又はインシリコでキナーゼに結合することが分かっている分子で構成されている複数の起源から市販の小分子ライブラリーが構築された（Ｈｕｔｔｉ  ＪＥ，Ｐｏｒｔｅｒ  ＭＡ，Ｃｈｅｅｌｙ  ＡＷ，ｅｔ  ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｏｆ  ＴＢＫ１  ａｎｄ  ＩＫＫｅｐｓｉｌｏｎ．ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ２０１２；７（７）：ｅ４１４９４、Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  ＥＪ，Ｊａｎｚｅｎ  ＷＰ，Ｋｉｒｅｅｖ  Ｄ，Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ＳＦ．Ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｆｏｒ  ＲｅｃＡ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｕｓｉｎｇ  ａ  ｔｒａｎｓｃｒｅｅｎｅｒ  ａｄｅｎｏｓｉｎｅ  ５’−Ｏ−ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ａｓｓａｙ．Ａｓｓａｙ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ  Ｔｅｃｈｎｏｌ  ２０１２；１０（３）：２６０−８）。ライブラリー分子をＤＭＳＯ中において１ｍＭの濃度で保存した。全ての分子はＬｉｐｉｎｓｋｉの規則に従う（Ｌｉｐｉｎｓｋｉ  ＣＡ，Ｌｏｍｂａｒｄｏ  Ｆ，Ｄｏｍｉｎｙ  ＢＷ，Ｆｅｅｎｅｙ  ＰＪ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ  ｔｏ  ｅｓｔｉｍａｔｅ  ｓｏｌｕｂｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｓｅｔｔｉｎｇｓ．Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  １９９７；２３（１−３）：３−２５）。
【００５４】
＜スクリーニングデータ解析＞
実験の統計的設計及びヒットの選択のために、ＳｃｒｅｅｎＡｂｌｅ（ＳｃｒｅｅｎＡｂｌｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ、ノースカロライナ州、チャペルヒル）ハイスループットスクリーニングソフトウェアを利用してスクリーニングデータと化学構造とを統合させた。用量応答データの非線形回帰解析にＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍを使用した。
【００５５】
＜結果＞
本研究の全体的な目標は、ＡＭＰＫの制御領域に優先的に結合する新規の小分子を同定することであった。この目標を達成するために、精製された、Ｈｉｓ−タグが付いたＡＭＰＫ三量体とＡＭＰＫの主要な制御ヌクレオチドであるＡＤＰの蛍光類似体とを使用する蛍光ベースのアッセイを設計した（図１）。溶解条件の最適化及びイソプロピルベータ−Ｄ−チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）誘導培地から自動誘導培地への切り替えにより、培地１リットル当たりの精製タンパク質の収量が３ｍｇから２０ｍｇへと増加し、ＡＭＰＫヘテロ単量体に関して既に公開されている収率（Ｎｅｕｍａｎｎ  Ｄ，Ｗｏｏｄｓ  Ａ，Ｃａｒｌｉｎｇ  Ｄ，Ｗａｌｌｉｍａｎｎ  Ｔ，Ｓｃｈｌａｔｔｎｅｒ  Ｕ．Ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｈｅｔｅｒｏｔｒｉｍｅｒｉｃ  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｂｙ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｓｕｂｕｎｉｔｓ  ｉｎ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ  Ｐｕｒｉｆ  ２００３；３０（２）：２３０−７、Ｒａｊａｍｏｈａｎ  Ｆ，Ｈａｒｒｉｓ  ＭＳ，Ｆｒｉｓｂｉｅ  ＲＫ，ｅｔ  ａｌ．Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｆｕｌｌ−ｌｅｎｇｔｈ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ａｌｐｈａ２ｂｅｔａ２ｇａｍｍａ３  ｈｅｔｅｒｏｔｒｉｍｅｒｉｃ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ  Ｐｕｒｉｆ  ２０１０；  ７３（２）：１８９−９７、Ｒｉｅｋ  Ｕ，Ｓｃｈｏｌｚ  Ｒ，Ｋｏｎａｒｅｖ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ：ｄｉｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｈａｐｅ，ａｎｄ  ｃｈａｎｇｅｓ  ｕｐｏｎ  ｌｉｇａｎｄ  ｂｉｎｄｉｎｇ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２００８；２８３（２６）：１８３３１−４３）よりも高かった。このＡＭＰＫ発現方法の改善により、アッセイの設計及び最適化、ライブラリーのスクリーニング、並びに二次アッセイでのヒットの確認に十分なタンパク質が供給された。
【００５６】
ＭＡＮＴ標識ヌクレオチド類似体及びトリニトロフェニル化（ＴＮＰ）ヌクレオチド類似体の両方は、タンパク質上のヌクレオチド結合部位への結合時に蛍光が増加する環境感受性プローブである（図２Ａ）（Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｈｅａｔｈ  Ｒ，Ｓａｉｕ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ＡＭＰ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００７；４４９（７１６１）：４９６−５００、Ｓａｉｕ  Ｐ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｌｏｎｄｏｎ：Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  Ｌｏｎｄｏｎ；２０１０；２０１３年３月にアクセス；ｈｔｔｐ：／／ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ／６４５６７６／１／６４５６７６．ｐｄｆ．、Ｇｕａｒｎｉｅｒｉ  ＭＴ，Ｂｌａｇｇ  ＢＳ，Ｚｈａｏ  Ｒ．Ａ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ＴＮＰ−ＡＴＰ  ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｏｆ  ＡＴＰ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｎ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅｓ．Ａｓｓａｙ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ  Ｔｅｃｈｎｏｌ  ２０１１；９（２）：１７４−８３）。タンパク質の存在下で及び非存在下で、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ及びＴＮＰ−ＡＤＰ（各０．１μＭ）に関する蛍光発光スペクトルを記録した（図２Ｂ）。完全長ＡＭＰＫ及び制御断片の添加時に、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光のみが増加した（図２Ｂ）。従って、ＡＭＰＫの制御断片に結合する小分子の検出用にＭＡＮＴ−ＡＤＰを選択した。一般的なアッセイ原理としては、ＭＡＮＴ−ＡＤＰをＡＭＰＫに前負荷し、これによりＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光が増加する。小分子が、結合部位からＭＡＮＴ−ＡＤＰを退去させて置き換わることができる場合、ＭＡＮＴ−ＡＤＰが排出されて蛍光が実質的に減少し、これにより試験化合物に関する陽性結果が示される。過剰なＡＭＰＫ（０．１μＭのＭＡＮＴ−ＡＤＰを有する０．５μＭタンパク質）を使用して、タンパク質に結合したＭＡＮＴ−ＡＤＰ分子の数の最大化を促進させ、それにより、競合する陽性対照であるＡＤＰの非存在下でのタンパク質結合蛍光シグナルの最大化を促進させた。
【００５７】
ＡＭＰＫ−γ上の部位１及び部位３に競合的に結合するＡＤＰは、制御断片及び完全長ＡＭＰＫそれぞれの場合に０．４μＭ及び０．３μＭのＩＣ５０でＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光の増加を阻害した（図２Ｃ）。ＡＤＰ用量応答の場合、ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合蛍光シグナルの１００％阻害に関する陽性対照として、タンパク質を含まずＭＡＮＴ−ＡＤＰを含む反復実験を使用した。バックグラウンドに対するシグナルの比率は２倍未満であった（図２Ｂ、図２Ｄ）が、アッセイのＺ’因子は０．６超であり（図２Ｄ）、このことは、アッセイがハイスループットスクリーニングにとって十分に頑強であったことを示す。４６０ｎｍの発光波長では、完全長ＡＭＰＫがわずかに大きいアッセイウィンドウを一貫して形成し、大抵はより高いＺ’因子となった（図２Ｄ）。そこで、完全長ＡＭＰＫに対して小分子ライブラリーをスクリーニングした。その後の二次スクリーニングにおいて、制御断片に対して陽性ヒットを確認した。アッセイウィンドウのわずかな違いを除いて、ＡＭＰＫ−α１及びＡＭＰＫ−β２のトランケーションは、ＡＭＰＫ−γ１、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ及びＡＤＰの間での相互作用を大きく妨げるようには見えなかった。
【００５８】
スクリーニング前に、ＳｃｒｅｅｎＡｂｌｅソフトウェア（ＳｃｒｅｅｎＡｂｌｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ、ノースカロライナ州、チャペルヒル）を使用して、実験研究の設計で高濃度及び低濃度のいくつかの試薬を試験することにより、アッセイ条件を最適化した。これまでの研究から、ＡＭＰＫに対するアデニンヌクレオチドの親和性が、イオン強度の増加に伴い低下することが分かっている（Ｘｉａｏ  Ｂ，Ｈｅａｔｈ  Ｒ，Ｓａｉｕ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ＡＭＰ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００７；４４９（７１６１）：４９６−５００；Ｓａｉｕ  Ｐ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｌｏｎｄｏｎ：Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  Ｌｏｎｄｏｎ；２０１０；２０１３年３月にアクセス；ｈｔｔｐ：／／ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ／６４５６７６／１／６４５６７６．ｐｄｆ）。公開されているデータと同じく、低濃度のＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）及び０μＭのＮａＣｌで最大のＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光を観測した（図３Ａ）。標的タンパク質のプラスチック上への吸着を防止するのに使用されることが多いＴｒｉｔｏｎは、０μＭのＮａＣｌの存在下でＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光に対する効果を有していなかった（図３Ａ）（Ｓｉｍｐｓｏｎ  ＲＪ．Ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｆｏｒ  ｓｔｏｒａｇｅ．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｐｒｏｔｏｃ  ２０１０；２０１０（５）：ｐｄｂ  ｔｏｐ７９）。犠牲タンパク質ＢＳＡは蛍光を増加させなかった（図３Ａ）が、このことはＢＳＡとＭＡＮＴ−ＡＤＰとの間の相互作用に部分的に起因していた。ＡＭＰＫの非存在下では、ＢＳＡの自己蛍光を生データから引いた後であっても、ＢＳＡの添加時にＭＡＮＴ−ＡＤＰの蛍光が依然として増加した（図示せず）。ＭＡＮＴ−ＡＤＰはＢＳＡに非特異的に結合し、そのため、ＡＭＰＫに結合することができるＭＡＮＴ−ＡＤＰ分子のプールを減少させ、その結果として、賦形剤群とＡＤＰ処理対照群との間のアッセイウィンドウを減少させることが可能である。ＢＳＡがアッセイウィンドウ及びＺ’因子を減少させたため、発明者らは、発明者らの最適化アッセイ条件からＢＳＡを除外することにした。最適化緩衝液条件で、タンパク質濃度及びＭＡＮＴ−ＡＤＰ濃度に対して直線的に増加するアッセイウィンドウにより、０．６以上のＺ’因子を得た。ＡＭＰＫのマイクロモル濃度が、小分子に対する酵素の化学量論に起因して理論的最大阻害を厳しく制限するであろうことから、アッセイウィンドウを最大化すべく、ＡＭＰＫ濃度及びＭＡＮＴ−ＡＤＰ濃度を増加させる代わりに、発明者らは、小分子の結合に対する感度を確保するために低い試薬濃度（０．５μＭのＡＭＰＫ及び０．１μＭのＭＡＮＴ−ＡＤＰ）でアッセイを最適化することにした。
【００５９】
多くの小分子ライブラリーが溶媒としてＤＭＳＯを使用することから、スクリーニング前に、最適化したアッセイのＤＭＳＯ許容度を決定した。アッセイは、０〜２％ＤＭＳＯで処理した対照間で統計上の差違を観測することなく、様々なＤＭＳＯ濃度において頑強なＺ’を得た（図４）。このＤＭＳＯ許容度は自動化アッセイの組み立てにとって特に重要であり、この自動化アッセイの組み立てでは、最終ＤＭＳＯ濃度は、小分子を移すのに使用するロボットディスペンサーの種類に応じて変動する場合がある。ＤＭＳＯ許容度により、ライブラリープレートストックの開始濃度の柔軟性も可能となる。
【００６０】
ライブラリースクリーニングの場合、ＮａｎｏＱｕｏｔ及びＢｉｏｍｅｋ  ＮＸワークステーションを使用してアッセイマスターミックス及び小分子をそれぞれ分注した。自動化ディスペンサーを検証するために、４枚のプレートで対照群に関してプレート間の変動の係数（ＣＶ）を算出した（＜４％プレート間のＣＶ、平均Ｚ’因子＝０．６）（データは示さず）。ＢＭＧ  Ｐｈｅｒａｓｔａｒ  Ｐｌｕｓで蛍光検出を実施しており、ＢＭＧ  Ｐｈｅｒａｓｔａｒ  Ｐｌｕｓは、その他の図の場合に使用したＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＥｎＶｉｓｉｏｎよりも低いシグナルを生じた（データは示さず）。しかしながら、ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナルと未結合シグナルとの間の倍数差（ｆｏｌｄ−ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）は、両方の検出器とも類似していた。最少のプレート間の変動の検証後に、小分子ライブラリーからの１３，１２３０種の分子を数日にわたりスクリーニングした。５個の陽性ヒット（０．０４％の一次ヒット率）を同定し、これらはそれぞれＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光を５０％超で阻害した（図５）。自己蛍光分子が全蛍光シグナルを増加させており、この分子を、大きな陰性結合活性を有するものとして散布図上に示す（図５Ａ）。ＤＭＳＯ対照に関するデータ及びライブラリー分子に関するデータは同様の分布を有し、平均化合物結合活性はＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光の０％阻害近くであった（図５Ｂ）。スクリーニングの効率を低下させた多数の自己蛍光分子により、低い一次ヒット率を説明することができる。自己蛍光分子のいくつかは、ＭＡＮＴ−ＡＤＰの結合を阻害するが自己蛍光によりマスクされる偽陰性の可能性がある。最初のスクリーニング後、陽性ヒットを粉末形態で再購入し、ＤＭＳＯに溶解させ、ＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光の阻害に関して再試験した。５個の陽性ヒットのうち３個（６０％の確認率）が、完全長ＡＭＰＫの存在下でＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光を用量依存的に阻害した（図６，下記に示す表２）。これら３個のヒットはまた、制御断片の存在下でも蛍光を用量依存的に阻害した（図６、表２）。完全長ＡＭＰＫを使用する一次アッセイと同様に、対照及び陽性ヒットを制御断片及びＭＡＮＴ−ＡＤＰのマスターミックスに添加した状態で、イオン強度が低く同じ方法で構築した緩衝液中で二次アッセイを実施した。
【００６１】
【表２】
2016535997.tif 000009
【００６２】
更なる研究により１１個の陽性ヒットが生じ、上記に示した３個の陽子のヒットで見られた結果を裏付けた。
【００６３】
＜結論＞
このスクリーニングにより、ＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合蛍光シグナルを阻害することができる小分子が同定された。ＭＡＮＴ−ＡＤＰ蛍光を用量依存的に阻害する小分子は、ＡＰＫの阻害剤又は活性化剤を含むことができる。
【００６４】
［実施例２］
＜ＡＭＰＫの制御断片に結合する分子を同定するための蛍光偏光アッセイ＞
プレートの許容基準はＺ’＞０．５であるが、発明者らは、ＭＡＮＴ−ＡＤＰアッセイ及び自動組み立てにより、Ｚ’＞０．８をルーチン的に達成する。発明者らによる日々の及びプレート間の変動は概して最小であり（ＣＶ＜４％）、このことは、頑強な実験室自動化プロトコルを示す。ＡＭＰＫγ制御サブユニットに対する最初のスクリーニングと、続いて、キナーゼドメインを含む完全に活性なＡＭＰＫ三量体のカウンタースクリーニングの、２段階のスクリーニングアプローチを利用することに成功した。活性な三量体に対するカウンタースクリーニングにより、ＡＭＰＫ制御ドメイン結合活性を有するあらゆる化合物が、機能的に活性なタンパク質に結合することができるがキナーゼドメインを標的としないことが保証される。これまでのスクリーニングの試みから制御断片に結合することが分かっている化合物は、類似の親和性及びＨｉｌｌ勾配動態で、制御断片及び完全なＡＭＰＫ三量体の両方に全て結合した（Ｓｉｎｎｅｔｔ，Ｓ．Ｅ．，Ｓｅｘｔｏｎ，Ｊ．Ｚ．＆  Ｂｒｅｎｍａｎ，Ｊ．Ｅ．Ａ  Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｔｈａｔ  Ｂｉｎｄ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ａｃｃｅｐｔｅｄ（２０１３））。ＦＰアッセイの開発の主な利点は、化合物ライブラリーにおける小分子の自己蛍光がはるかに低い割合で、レッドシフトされたフルオロフォアを使用することであろう。従って、ＡＤＰ−Ａｌｅｘａ−６４７複合体の使用により、ライブラリー分子の自己蛍光が減少され得ることから、一次スクリーニング効率を１０〜２０％高めることができる。
【００６５】
＜約８９，６００種の小分子化合物のスクリーニング＞
最適化したスクリーニング条件及び実行に成功した試験的スクリーニングを有することから、発明者らは、ＡＭＰＫγに対して３３，６００種の化合物から成るインハウスで私有の多様性ライブラリー及び市販のＡｓｉｎｅｘライブラリー（５６，０００種）をスクリーニングすることができる（一次スクリーニング）。各プレートでの活性を２列の陽性対照ウェル（５μＭ  ＡＤＰ＋アッセイミックス）及び２列の陰性コントールウェル（賦形剤／ＤＭＳＯのみ）に対して正規化して、スクリーニング全体にわたる活性スコアの一貫性を確保することができる。Ｚ’を式：Ｚ’＝１−（（３（σ賦形剤＋σＡＤＰ））／（μ賦形剤−μＡＤＰ））に従って算出し、発明者らは、プレートの許容性に関して０．５Ｚ−Ｚプライムカットオフ（Ｚ−ｐｒｉｍｅ  ｃｕｔｏｆｆ）を使用することができる。５０％活性閾値（約平均＋６×標準偏差（ｓｔｄｅｖ））に基づいて、ヒットを選択することができる。ヒットに関する用量応答性を、２０μＭ〜４０ｎＭの間の１０点／２倍希釈フォーマットで評価することができる。Ｓ字状の様式で用量応答性を示す化合物を再購入又は再合成し、再試験し、真の陽性としてＬＣ／ＭＳにより完全性を確認することができる。
【００６６】
ＩＣ５０が１０μＭ未満である用量応答性化合物を使用して、完全長ＡＭＰＫ三量体に対して試験することができる（二次スクリーニング）。完全長及び制御断片の両方に対して用量応答性である化合物を、下記のインビトロの細胞中における試験に優先させることができる。
【００６７】
［実施例３］
＜キナーゼアッセイ及びホスファターゼプロテクションアッセイを使用してインビボ及びインビトロで検出したＡＭＰＫ活性の調節＞
上記で同定したものから約５０種の化合物を、本明細書に記載した方法及びアッセイを使用して、６ウェルプレートフォーマットで培養下のＨＥＫ細胞に対して、細胞に進入する能力及びＡＭＰＫを調節する能力に関して、最初に０．１％ＤＭＳＯ中における１μＭ、２μＭ、１０μＭ及び２０μＭの化合物で試験することができる。ＨＥＫ（ヒト胎児性腎臓）細胞は、塩化コバルト、メトホルミン又はオリゴマイシンでの処理により超活性化され得る機能性ＡＭＰＫタンパク質を発現し、逆に言うと、ＡＭＰＫ活性は高栄養素含有培地により低下され得る（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９  （２０１２））。発明者らが以前に行ったように、化合物を、標準的なＤＭＥＭ／グルコース／１０％ＦＢＳ中での培養下の基礎状態での細胞で試験し、ＡＭＰＫ活性化条件下でも試験する（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９（２０１２））。ＡＭＰＫ調節活性を有する、発明者らの予備スクリーニングから同定された化合物によるこのアプローチの例を図７に示す。１種の化合物が阻害活性を有し（ＳＴＬ０３５１６６）、１種（ＳＴＫ７４０８２２）が活性化活性を示す。図８も参照されたい。メトホルミン添加等のその他の公知のＡＭＰＫ活性化条件、並びに低グルコース及び／又は血清欠乏等の添加した合成化学物質に依存しない条件を利用する。複数の条件下で試験することにより、インビボでＡＭＰＫ活性のアゴニスト及びアンタゴニストを同定する可能性、特に、ＡＭＰＫ活性を変える特定の手段に依存しない可能性を高めることができる。
【００６８】
＜ホスホ−ＡＭＰＫα及び直接標的であるホスホ−ＡＣＣのリン酸化状態の測定＞
（活性化／Ｔ−ループトレオニン１７２に対する）ホスホ特異的抗体によるＡＭＰＫαのリン酸化状態（細胞シグナル伝達）を定量化することができる。ＡＭＰＫαに関して既に実施されているように（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９（２０１２）、Ｋａｚｇａｎ，Ｎ．，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｔ．，Ｆｏｒｓｂｅｒｇ，Ｌ．Ｊ．＆  Ｂｒｅｎｍａｎ，Ｊ．Ｅ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｅｘｐｏｒｔ  ｓｉｇｎａｌ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２１，３４３３−３４４２，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１０−０４−０３４７（２０１０））、ＬｉＣｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ蛍光ウェスタンブロット検出を使用することができる。この特定の残基（Ｔ１７２）のリン酸化はＡＭＰＫ触媒活性に関与し（Ｈａｗｌｅｙ，Ｓ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｔｈｅ  ＬＫＢ１  ｔｕｍｏｒ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ，ＳＴＲＡＤ  ａｌｐｈａ／ｂｅｔａ  ａｎｄ  ＭＯ２５  ａｌｐｈａ／ｂｅｔａ  ａｒｅ  ｕｐｓｔｒｅａｍ  ｋｉｎａｓｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｃａｓｃａｄｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ２，２８，ｄｏｉ：１０．１１８６／１４７５−４９２４−２−２８  （２００３））、ウェスタンブロットにより容易にモニタリングされ得る（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９（２０１２）、Ｋａｚｇａｎ，Ｎ．，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｔ．，Ｆｏｒｓｂｅｒｇ，Ｌ．Ｊ．＆  Ｂｒｅｎｍａｎ，Ｊ．Ｅ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｅｘｐｏｒｔ  ｓｉｇｎａｌ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２１，３４３３−３４４２，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１０−０４−０３４７（２０１０））（図７）。（ホスホ−ＡＭＰＫαレベルをチューブリンレベル及び全ＡＭＰＫαレベルの両方に対して標準化して、発明者らが全ＡＭＰＫαタンパク質レベルの変化を単に検出しないようにすることができる。）化合物処理を１時間にわたり実施することができ（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ���ｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９（２０１２））、この１時間は、既知のＡＭＰＫ調節剤には十分かつ最大であり、そのため、化合物によって引き起こされる間接的な下流（例えば転写、毒性）事象が起こる可能性が低下する。蛍光定量的ウェスタンブロットにより測定したホスホ−ＡＭＰＫα（チューブリン及び全ＡＭＰＫαに対して標準化されている）の少なくとも２５％の変化（増加又は減少のいずれか）を示さない化合物を選別することができる。加えて、ホスホ−ＡＣＣ（細胞シグナル伝達）をウェスタンブロットで測定することができる。細胞質アセチル補酵素Ａカルボキシラーゼ（ＡＣＣ）は最も知られているＡＭＰＫの直接下流標的であり、脂肪酸合成のエネルギー消費プロセスでの律速酵素である（Ｄａｖｉｅｓ，Ｓ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｏｎ  ＡＴＰ−ｇａｍｍａ−ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ａｎｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｉｔｓ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ／ＦＥＢＳ２２３，３５１−３５７（１９９４）、Ｃａｒｌｉｎｇ，Ｄ．，Ｚａｍｍｉｔ，Ｖ．Ａ．＆  Ｈａｒｄｉｅ，Ｄ．Ｇ．Ａ  ｃｏｍｍｏｎ  ｂｉｃｙｃｌｉｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｃａｓｃａｄｅ  ｉｎａｃｔｉｖａｔｅｓ  ｔｈｅ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｅｎｚｙｍｅｓ  ｏｆ  ｆａｔｔｙ  ａｃｉｄ  ａｎｄ  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ  ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ２２３，２１７−２２２（１９８７））。ホスホ−ＡＣＣをチューブリン及び全（非ホスホ）ＡＣＣの両方に標準化して、発明者らが全ＡＣＣレベルの変化を測定しないようにすることができる。インビトロのキナーゼアッセイ又はホスファターゼプロテクションアッセイのために、ホスホ−ＡＭＰＫαの状態及びホスホ−ＡＣＣの状態を同方向（両方とも増加又は両方とも減少）に調節する化合物が、ＡＭＰＫαによるＡＣＣリン酸化に対して異なる効果を生じる化合物よりも優先されることができる。
【００６９】
＜作用機構を洞察するための、生物活性を有する化合物に関するインビトロのキナーゼアッセイ及びホスファターゼプロテクションアッセイ＞
インビボでＡＭＰＫ調節活性を示すこの小分子に関して、ＡＭＰＫのインビトロのキナーゼアッセイ及びホスファターゼプロテクションアッセイを実施することができる。十分に実証されているＡＭＰＫ活性用の合成ペプチド（「ＳＡＭＳペプチド」）基質及び詳細なプロトコルを使用して、ＡＭＰＫのインビトロのキナーゼアッセイを実施することができる（Ｗｉｔｔｅｒｓ，Ｌ．Ａ．＆  Ｋｅｍｐ，Ｂ．Ｅ．Ｉｎｓｕｌｉｎ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｃｅｔｙｌ−ＣｏＡ  ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ  ａｃｃｏｍｐａｎｉｅｄ  ｂｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ５’−ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６７，２８６４−２８６７（１９９２）、Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｓ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ：ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＡＭＰＫ  ａｌｐｈａ１  ｓｕｂｕｎｉｔ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２９３，８９２−８９８，ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ０００６−２９１Ｘ（０２）００３１２−１  Ｓ０００６−２９１Ｘ（０２）００３１２−１［ｐｉｉ］（２００２））。ＳＡＭＳ合成ペプチド（ＳＡＭＳペプチド−ＨＭＲＳＡＭＳＧＬＨＬＶＫＲＲ）は、完全に変異した内因性プロテインキナーゼＡ（ＰＫＡ）部位を有するが、単一のＡＭＰＫ標的セリン残基（ＡＣＣ中のセリン７９）を保持する（Ｄａｖｉｅｓ，Ｓ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｏｎ  ＡＴＰ−ｇａｍｍａ−ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ａｎｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｉｔｓ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ／ＦＥＢＳ  ２２３，３５１−３５７（１９９４））。既に実施されているように（Ｏｎｙｅｎｗｏｋｅ，Ｒ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．ＡＭＰＫ  ｄｉｒｅｃｔｌｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  ＮＤＰＫ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｐｈｏｓｐｈｏｓｅｒｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｔｏ  ｍａｉｎｔａｉｎ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ２３，３８１−３８９，ｄｏｉ：１０．１０９１／ｍｂｃ．Ｅ１１−０８−０６９９（２０１２））、合成Ｃ末端付加正電荷（Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｃ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ａｄｄｅｄ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｃｈａｒｇｅ）（Ｋ／Ｒ）により、単純なフィルタ結合性のＡＴＰ−γ−Ｐ３２ベースのキナーゼアッセイが可能になる（Ｃａｒｌｉｎｇ，Ｄ．，Ｃｌａｒｋｅ，Ｐ．Ｒ．，Ｚａｍｍｉｔ，Ｖ．Ａ．＆  Ｈａｒｄｉｅ，Ｄ．Ｇ．Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｃｏｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｃｅｔｙｌ−ＣｏＡ  ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  ａｎｄ  ３−ｈｙｄｒｏｘｙ−３−ｍｅｔｈｙｌｇｌｕｔａｒｙｌ−ＣｏＡ  ｒｅｄｕｃｔａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ／ＦＥＢＳ  １８６���１２９−１３６（１９８９））。最初の研究のために、精製されたＡＭＰＫ複合体をＩＣ５０濃度で小分子化合物と共にインキュベートすることができる。次いで、精製されたＡＭＰＫ複合体／小分子結合剤を、放射標識γＰ３２−ＡＴＰ／合成ＳＡＭＳペプチドのインキュベーション、並びにその後のＰ８１ろ紙スポッティング及びリン酸洗浄プロトコルを使用する、標準的なＡＭＰＫキナーゼアッセイで使用して、Ｐ３２のＳＡＭＳペプチドへの取り込みを測定することができる（Ｗｉｔｔｅｒｓ，Ｌ．Ａ．＆  Ｋｅｍｐ，Ｂ．Ｅ．Ｉｎｓｕｌｉｎ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｃｅｔｙｌ−ＣｏＡ  ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ  ａｃｃｏｍｐａｎｉｅｄ  ｂｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ５’−ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６７，２８６４−２８６７（１９９２）、Ｄｙｃｋ，Ｊ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ５’−ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｎｏｎｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｂｅｔａ  ａｎｄ  ｇａｍｍａ  ｓｕｂｕｎｉｔｓ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７１，１７７９８−１７８０３（１９９６））。
【００７０】
ＡＭＰＫのアデニル酸リガンド（ＡＤＰ、ＡＭＰ）への結合により、キナーゼ活性を直接的に高めるだけでなく、ホスホ−トレオニン１７２のＡＭＰＫ抑制ホスファターゼにより脱リン酸化される能力を低下させることもできる。このホスファターゼ保護機構は説明されており、精製されたリン酸化ＡＭＰＫを使用してインビトロで測定され得る（Ｏａｋｈｉｌｌ，Ｊ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．ｂｅｔａ−Ｓｕｂｕｎｉｔ  ｍｙｒｉｓｔｏｙｌａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｔｈｅ  ｇａｔｅｋｅｅｐｅｒ  ｆｏｒ  ｉｎｉｔｉａｔｉｎｇ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｔｒｅｓｓ  ｓｅｎｓｉｎｇ  ｂｙ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ  １０７，１９２３７−１９２４１，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１００９７０５１０７（２０１０）、Ｃｈａｎｄｒａｓｈｅｋａｒａｐｐａ，Ｄ．Ｇ．，ＭｃＣａｒｔｎｅｙ，Ｒ．Ｒ．＆  Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｍ．Ｃ．Ｌｉｇａｎｄ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｅ  ｓｉｔｅ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｌｏｏｐ  ｆｒｏｍ  ｄｅｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８８，８９−９８，ｄｏｉ：１０．１０７４／ｊｂｃ．Ｍ１１２．４２２６５９（２０１３））。簡潔に言うと、精製されたリン酸化ＡＭＰＫに、精製されたプロテインホスファターゼ２Ｃ（ＰＰ２Ｃ）を添加し、３７℃で２０分にわたりインキュベートし、その後、反応を停止させ、タンパク質を標準的な定量的ウェスタンブロット（Ｌｉ−Ｃｏｒ）に供する。文献に記載されている通り、化合物は、ホスホ−ＡＭＰＫαの変化が、最初の研究のためのＩＣ５０濃度における変化の少なくとも２５％となるようにインキュベートされる（（Ｏａｋｈｉｌｌ，Ｊ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．ｂｅｔａ−Ｓｕｂｕｎｉｔ  ｍｙｒｉｓｔｏｙｌａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｔｈｅ  ｇａｔｅｋｅｅｐｅｒ  ｆｏｒ  ｉｎｉｔｉａｔｉｎｇ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｔｒｅｓｓ  ｓｅｎｓｉｎｇ  ｂｙ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ  １０７，１９２３７−１９２４１，ｄｏｉ：１０．１０７３／ｐｎａｓ．１００９７０５１０７（２０１０）、Ｃｈａｎｄｒａｓｈｅｋａｒａｐｐａ，Ｄ．Ｇ．，ＭｃＣａｒｔｎｅｙ，Ｒ．Ｒ．＆  Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｍ．Ｃ．Ｌｉｇａｎｄ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｅ  ｓｉｔｅ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｌｏｏｐ  ｆｒｏｍ  ｄｅｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８８，８９−９８，ｄｏｉ：１０．１０７４／ｊｂｃ．Ｍ１１２．４２２６５９（２０１３））。ＡＭＰＫ活性の代わりのホスホ−ＡＭＰＫαの測定（Ｈａｗｌｅｙ，Ｓ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｔｈｅ  ＬＫＢ１  ｔｕｍｏｒ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ，ＳＴＲＡＤ  ａｌｐｈａ／ｂｅｔａ  ａｎｄ  ＭＯ２５  ａｌｐｈａ／ｂｅｔａ  ａｒｅ  ｕｐｓｔｒｅａｍ  ｋｉｎａｓｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｃａｓｃａｄｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ２，２８，ｄｏｉ：１０．１１８６／１４７５−４９２４−２−２８（２００３））（上記）を、作用機構の解明のためにインビトロのキナーゼ及びホスファターゼ保護データと組み合わせることができ、小分子の様々なクラスへの分類に役立てることができる。
【００７１】
Ｂ．次の試験
少なくとも３種の分子の同定後、類似のスクリーニング、続いて合理的な合成を使用して、共通の構造骨格を含む陽性ヒットの拡張リストを作成した。偽陽性ヒットに関する通常の試験は、類似体の拡張リストがチオール反応性分子及び小分子凝集剤を含まないことを裏付けた。キナーゼ活性アッセイ、ホスファターゼアッセイ及び細胞インタクトアッセイを利用して、これらの類似体がＡＭＰＫを制御するかどうかを確認した。直交アッセイで試験した９種の分子の内、４種の類似体が、精製されたホスホ−ＡＭＰＫのリン酸化状態及び／又は活性を用量依存的に制御した。１種の類似体が、タンパク質ベースのアッセイ及び細胞ベースのアッセイの両方でＡＭＰＫ活性を一貫して阻害した。新規のＡＭＰＫ阻害剤の同定に加えて、これらの結果は、ＡＭＰＫ活性を調節する新規の分子の発見のためのツールとして本明細書に記載した蛍光ベースの結合アッセイの使用を実証する。
【００７２】
［実施例４］
≪ＡＭＰＫの用量依存的な制御≫
＜方法＞
試薬。ＢＡＳ０２２５０９５４及びＢＡＳ０３３３８５４８をＡｓｉｎｅｘから購入し、ＳＴＫ８２３３６６及びＳＴＫ７４０８２２をＶｉｔａｓ−Ｍ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｌｔｄから購入した。残りの類似体をノースカロライナセントラル大学、ノースカロライナ州、ダーラムで合成した。Ａ−７６９６６２、コンパウンドＣ及びＡＤＰをそれぞれ、Ｔｏｃｒｉｓ、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ及びＳｉｇｍａから購入した。小分子をＤＭＳＯに溶解させ（特記した場合を除く）、−２０℃で保存した。一次抗体をＣｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇから購入し（特記した場合を除く）、二次抗体をＬｉ−Ｃｏｒ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。抗体を、５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０、０．０２％アジ化ナトリウム及び０．０２％ＳＤＳ（二次抗体専用）を含む１×ＴＢＳで希釈した。Ｈｉｓタグが付いたＡＭＰＫ、完全長ＡＭＰＫ（ラットＨｉｓ−α１、β１、γ１）及び制御断片（哺乳類Ｈｉｓ−α１、β２、γ１）を、公開されている方法（Ｓｉｎｎｅｔｔ  ＳＥ，Ｓｅｘｔｏｎ  ＪＺ，Ｂｒｅｎｍａｎ  ＪＥ．Ａ  Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｔｈａｔ  Ｂｉｎｄ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ａｎｄ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２０１３；７：３０−８．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２４３９６７３３．Ｐｕｂｍｅｄ  Ｃｅｎｔｒａｌ  ＰＭＣＩＤ：３８５４６６６）に従って精製した。溶出させた制御断片及び完全長Ｈｉｓ−ＡＭＰＫ（結合アッセイでの使用を目的とする）を濃縮し（２０ｍｇ／ｍＬ）、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．２）中において−８０℃で保存した。ホスファターゼアッセイ及びキナーゼアッセイでの使用を目的とする完全長ＡＭＰＫを精製し、ＧＳＴ−ＣａＭＫＫβと混合し、２２℃で３０分にわたり反応させた（Ｔｏｋｕｍｉｔｓｕ  Ｈ，Ｉｗａｂｕ  Ｍ，Ｉｓｈｉｋａｗａ  Ｙ，Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  Ｒ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  Ｃａ２＋／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｓｏｆｏｒｍｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．２００１  Ｎｏｖ  ２０；４０（４６）：１３９２５−３２．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：１１７０５３８２．１３）。リン酸化反応におけるＡＭＰＫ及びＧＳＴ−ＣａＭＫＫβの濃度はそれぞれ、７ｍｇ／ｍＬ及び６３μｇ／ｍＬであった。反応条件は、既に公開されている方法（Ｃｈｅｎ  Ｌ，Ｊｉａｏ  ＺＨ，Ｚｈｅｎｇ  ＬＳ，Ｚｈａｎｇ  ＹＹ，Ｘｉｅ  ＳＴ，Ｗａｎｇ  ＺＸ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｉｎｓｉｇｈｔ  ｉｎｔｏ  ｔｈｅ  ａｕｔｏｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ．２００９  Ｊｕｎ  ２５；４５９（７２５０）：１１４６−９．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：１９４７４７８８．１４）に由来した。グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂を使用して、反応混合物からＧＳＴ−ＣａＭＫＫβを除去した。リン酸化Ｈｉｓ−ＡＭＰＫ���Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ  Ｓ−２００カラムで更に磨き、５０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８．２、２０ｍｇ／ｍＬのタンパク質）中で濃縮し、−８０℃で保存した。Ｔｒｉｓ緩衝液は等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）に推奨されていないことから、ＩＴＣを目的とする完全長Ｈｉｓ−ＡＭＰＫを精製し、濃縮し、５０ｍＭリン酸塩緩衝液（ｐＨ７．４）中にて速やかに凍結させた（Ｐｉｅｒｃｅ  ＭＭ，Ｒａｍａｎ  ＣＳ，Ｎａｌｌ  ＢＴ．Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ｔｉｔｒａｔｉｏｎ  ｃａｌｏｒｉｍｅｔｒｙ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ．１９９９  Ｏｃｔ；１９（２）：２１３−２１．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：１０５２７７２７．１５）。
【００７３】
ＧＳＴ−カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼβ（ＧＳＴ−ＣａＭＫＫβ）。ＧＳＴ−ＣａＭＫＫβを発現させるために使用される構築物は既に公開されている（Ｔｏｋｕｍｉｔｓｕ  Ｈ，Ｉｗａｂｕ  Ｍ，Ｉｓｈｉｋａｗａ  Ｙ，Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  Ｒ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  Ｃａ２＋／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｓｏｆｏｒｍｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．２００１  Ｎｏｖ  ２０；４０（４６）：１３９２５−３２．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：１１７０５３８２）。Ｈｉｓタグが付いたＡＭＰＫ用に参照した精製方法は、ＧＳＴ−ＣａＭＫＫβの精製に適していた（Ｓｉｎｎｅｔｔ  ＳＥ，Ｓｅｘｔｏｎ  ＪＺ，Ｂｒｅｎｍａｎ  ＪＥ．Ａ  Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｔｈａｔ  Ｂｉｎｄ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｋｉｎａｓｅ（ＡＭＰＫ）．Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ａｎｄ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２０１３；７：３０−８．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２４３９６７３３．Ｐｕｂｍｅｄ  Ｃｅｎｔｒａｌ  ＰＭＣＩＤ：  ３８５４６６６）。ＧＳＴタグが付いたタンパク質を、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂から２０ｍＭグルタチオンで溶出させた。溶出液を−２０℃で保存した（１０ｍｇ／ｍＬ、５０％グリセロール、２５ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．２）。
【００７４】
ＧＳＴ−アセチルＣｏＡカルボキシラーゼ（ＧＳＴ−ＡＣＣ）ペプチド。５残基のポリグリシンリンカーが先行するラットＡＣＣ１のＳｅｒ７９を囲む残基をコードするプライマーをアニールさせ、ｐＧＥＸ−４Ｔ−１のＢａｍＨＩ部位及びＸｈｏＩ部位にライゲートさせた。結果として生じたプラスミドを、自動誘導培地中においてタンパク質発現用のＲｏｓｅｔｔａ細胞に形質転換させた。細胞の増殖条件及び溶解条件を、公開されている方法に従って完成させた。溶解液をペレット残渣に遠心分離した。次いで、清浄な上清をろ過し、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂と共にインキュベートした。ペプチドを、溶解緩衝液中の２ｍＭグルタチオンで溶出させた。溶出液を濃縮し、５０ｍＭのＴｒｉｓ−Ｃｌ（ｐＨ８．２）に緩衝液交換した後、−８０℃にて２０ｍｇ／ｍＬで保存した。ＧＳＴタグに付加されたペプチド配列（ポリグリシンリンカーを含む）はＧＧＧＧＧＬＡＦＨＭＲＳＳＭＳＧＬＨＬＶＫＱＧＲ−ＤＲＫＫであった。ＡＭＰＫによりリン酸化されているＳｅｒ７９に下線を引いている。
【００７５】
Ｈｉｓ−プロテインホスファターゼ２Ｃα（Ｈｉｓ−ＰＰ２Ｃα）。Ｈｉｓ−ＰＰ２Ｃαを、Ｈｉｓタグが付いたＡＭＰＫに関して上記で参照した方法に従って精製し、次いで、５０％グリセロール、２５ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８．２）中にて−２０℃で保存した（１７ｍｇ／ｍＬ）（４）。この構築物は既に公開されている（１６）。
【００７６】
結合アッセイ。特記した場合を除き、アッセイの組み立て及びデータ解析を、公開されている方法に従って完了した。類似のスクリーニングを除いて、結合アッセイを手動で組み立てた。類似のスクリーニングの自動組み立てを、公開されている方法に従って完了した。類似体を１０ｍＭのＡｓｉｎｅｘ小分子ライブラリー及び０．５ｍＭのキナーゼ集中ライブラリーから選び出し、このことは既に説明されている（４）。分子をそれぞれ、４５μＭ及び２．３μＭの最終濃度でスクリーニングした。
【００７７】
ＩＴＣ。ＭｉｃｒｏＣａｌ  Ａｕｔｏ−ｉＴＣ２００システム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、ペンシルバニア州、ピッツバーグ）を使用して、５ｍＭリン酸塩緩衝液（ｐＨ７．４）の存在下での室温におけるＡＤＰと完全長Ｈｉｓ−ＡＭＰＫとの間の結合相互作用を調べた。緩衝液のイオン強度を低下させるために、５０ｍＭリン酸化緩衝液中で凍結させた完全長ＡＭＰＫを解凍し、５ｍＭリン酸塩緩衝液（ｐＨ７．４）で希釈し、次いで遠心ろ過により濃縮した。ＩＴＣ実験の最初では、（試料細胞中の）Ｈｉｓ−ＡＭＰＫの濃度及び（シリンジ中の）ＡＤＰの濃度はそれぞれ７０μＭ及び１．４ｍＭであった。
【００７８】
キナーゼアッセイ。アッセイ条件は公開されている方法（１７）を出典とした。最終アッセイ緩衝液を、４０ｍＭのＨｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）、５ｍＭのＭｇＣｌ２、２００μＭのＡＴＰ、７５ｍＭのＮａＣｌ、０．０１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、１ｍＭのＤＴＴ及び０．４５％ＤＭＳＯ（賦形剤）で構成した。いくつかの類似体は高濃度での溶解性が不十分であったことから、全ての類似体及び対照をアッセイ緩衝液で希釈し、遠心分離（１分、５０００ｒｐｍ、４℃）して不溶物を除去した。ＧＳＴ−ＡＣＣペプチド及びｐ−ＡＭＰＫを解凍し、アッセイ緩衝液で希釈し、次いでそれぞれ９００ｎｇ／μＬ及び０．１ｎｇ／μＬの最終濃度で上清に添加した。キナーゼアッセイを氷上で組み立て、反応を室温で３０分にわたり進行させた。ローディング緩衝液及び４８ｍＭ  ＤＴＴの添加により反応を停止させ、その後直ちに−２０℃で凍結させた。
【００７９】
ホスファターゼアッセイ。アッセイ条件は公開されている方法（１８）を出典とした。手短に言うと、最終アッセイ緩衝液を、５０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ７．５）、２．５のＭｇＣｌ２、０．０１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、１ｍＭのＤＴＴ及び０．４５％ＤＭＳＯ（賦形剤）で構成した。いくつかの類似体は高濃度での溶解性が不十分であったことから、全ての類似体及び対照をアッセイ緩衝液で希釈し、遠心分離（１分、５０００ｒｐｍ、４℃）して不溶物を除去した。ＰＰ２Ｃ及びｐ−ＡＭＰＫをそれぞれ、２ｎｇ／μＬ及び３ｎｇ／μＬの最終濃度で上清に添加した。ホスファターゼ反応を３７℃で３０分にわたり進行させた。ローディング緩衝液及び４８ｍＭのＤＴＴの添加により反応を停止させ、その後直ちに−２０℃で凍結させた。
【００８０】
細胞インタクトアッセイ。ＨＥＫ細胞を、１０％ＦＢＳ及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンを含むＤＭＥＭ中で３７℃において増殖させた。プレートの一部を実験日に５時間にわたり血清飢餓させた。５時間の血清飢餓後、細胞を、溶解前の更なる時間にわたり血清の非存在下で対照（０．２％ＤＭＳＯ、Ａ−７６９６６２若しくはコンパウンドＣ）又は小分子のいずれかで処理した。プレートの別の一部を６時間にわたり血清飢餓させ、次いで１０％ＦＢＳの存在下で１時間にわたり対照又は小分子のいずれかで処理した。血清飢餓中におけるＨＥＫ細胞中でのＡＭＰＫリン酸化及びＡＣＣリン酸化の両方の経時変化が、既に公開されている（Ｐｉｒｋｍａｊｅｒ  Ｓ，Ｃｈｉｂａｌｉｎ  ＡＶ．Ｓｅｒｕｍ  ｓｔａｒｖａｔｉｏｎ：ｃａｖｅａｔ  ｅｍｐｔｏｒ．Ａｍｅｒｉｃａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ  Ｃｅｌｌ  ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ．２０１１  Ａｕｇ；３０１（２）：Ｃ２７２−９．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２１６１３６１）。
【００８１】
１時間にわたる薬剤の存在下でのインキュベーション後、細胞を氷冷ＰＢＳで３回洗浄し、公開されている方法に従って溶解させた（Ｋａｚｇａｎ  Ｎ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  Ｔ，Ｆｏｒｓｂｅｒｇ  ＬＪ，Ｂｒｅｎｍａｎ  ＪＥ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｅｘｐｏｒｔ  ｓｉｇｎａｌ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｏｆ  ＡＭＰ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ．２０１０  Ｏｃｔ  １；２１（１９）：３４３３−４２．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２０６８５９６２．Ｐｕｂｍｅｄ  Ｃｅｎｔｒａｌ  ＰＭＣＩＤ：２９４７４７８）。溶解液を１６，０００ｇで遠心分離した（１０分、４℃）。次いで、清浄な上清（３０μＬ）を１０μＬの４×ローディング緩衝液及び２μＬの１Ｍ  ＤＴＴに移した。試料を−２０℃で直ちに凍結させた。ウェスタン解析の前に、希釈した清浄な上清中のタンパク質の濃度を、ＤＣプロテインアッセイキット（ＢｉｏＲａｄ）を使用して算出した。
【００８２】
ウェスタン解析。ＳＤＳ−ＰＡＧＥ前に、タンパク質試料をローディング緩衝液及びＤＴＴ中において１５分にわたり沸騰させた。タンパク質ベースのアッセイ用のブロットを、１×ＴＢＳ中の５％ＢＳＡ（１時間、２２℃）、１：１０００のウサギ抗ヒトｐ−ＡＭＰＫ−α抗体又はｐ−ＡＣＣ抗体（２時間、２２℃）、及び１：１０，０００のロバ抗ウサギ二次抗体（１時間、２２℃）と共に連続的にインキュベートした。ホスファターゼアッセイ用のブロットを、１：１００のマウス抗ヒト全ＡＭＰＫ抗体（一晩、４℃、ＵＮＣ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｒｅ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ由来）を使用し、続いて１：１０，０００のロバ抗マウス二次抗体（１時間、２２℃）を使用して再プローブした。清浄な細胞溶解液に関するブロットを、ｐ−ＡＭＰＫ（１：５００希釈、４℃で一晩又は２２℃で４時間）用、全ＡＣＣ（１：１０００希釈、４℃で一晩又は２２℃で４時間）用及びチューブリン（１：１０，０００希釈、１時間、２２℃）用に連続してプローブし、ブロットの並列セットを、ｐ−ＡＣＣ（１：５００希釈、４℃で一晩又は２２℃で４時間）用、全ＡＭＰＫ（１：１０００希釈、４℃で一晩又は２２℃で４時間）用及びチューブリン（１：１０，０００希釈、１時間、２２℃）用にプローブした。リン酸化タンパク質及び全タンパク質を別々の膜上に画像化したことから、シグナルを内在チューブリンシグナルに対して正規化した後、全タンパク質に対するリン酸化タンパク質の比率を算出した。スキャニング及び画像化を、公開されている方法に従って完了した。
【００８３】
データ解析。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍを使用して、用量応答データを結合アッセイに適合させた。Ｉｎｓｔａｎｔ  ＪＣｈｅｍ（ＣｈｅｍＡｘｏｎ  ＬＬＣ、マサチューセッツ州、ケンブリッジ）を使用して、本実施例で試験した及びこれまでの刊行物で試験された１３，０００種超の分子に関してデータを作成した。
【００８４】
チオール反応性。ＤＴＴの存在下で及び非存在下で結合アッセイを繰り返した（表１）。ＳＴＫ７４０８２２は０〜１ｍＭのＤＴＴの存在下で類似の結合曲線を生じ、このことはＳＴＫ７４０８２２がチオール反応性ではないことを示唆する（表３）。しかしながら、ＳＴＬ０３５１６６は、約２５０μＭの外挿ＩＣ５０で、１ｍＭのＤＴＴの存在下において劇的に異なる用量応答曲線を生じた（表３）。チオール反応性分子は無差別である場合があり、従って薬剤開発には望ましくないことから、その後の直交アッセイを、ＳＴＫ７４０８２２及びこの構造類似体の特性化に限定した。
【００８５】
【表３】
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【００８６】
ＳＴＫ７４０８２２の類似体を同定するために、及び、新規のＡＭＰＫ調製剤を発見する可能性を改善するために、親分子ＳＴＫ７４０８２２に存在する副構造骨格を含む分子の小規模で自動化された類似のスクリーニングを行った（図９Ａ）。３種の分子（ＢＡＳ０２２５０９５４、ＢＡＳ０３３３８５４８及びＢＡＳ００５０２７７９）がＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナルを再現性よく阻害した（図９Ａ）。これらのヒットを確認するために、完全長ＡＭＰＫの存在下での結合ＩＣ５０（図９Ｂ）を再び調べた。ＢＡＳ０２２５０９５４及びＢＡＳ０３３３８５８は、ＩＣ５０が５μＭ未満でＭＡＮＴ−ＡＤＰのタンパク質結合シグナルを用量依存的に阻害した。しかしながら、高濃度では、これらの分子はＭＡＮＴ−ＡＤＰの蛍光シグナルを１００％を超えて阻害し、このことは、これらの分子がプローブとの直接的な相互作用によりＭＡＮＴ−ＡＤＰシグナルを低減することができることを示唆する。
【００８７】
これらの分子がプローブと直接的に相互作用していたかどうかを確認するために、結合アッセイを０μＭのＡＭＰＫで繰り返した（図９Ｃ）。１００μＭ付近の濃度では、これらの分子はＭＡＮＴ−ＡＤＰのシグナルをわずかに妨げた。しかしながら、極端に高い濃度のこれらの分子を、タンパク質ベース又は細胞ベースのアッセイで試験することができなかった。類似体の試験を、低用量でＡＭＰＫ活性を制御する分子を強調することを目的とするその後の直交アッセイで続けた。
【００８８】
更なる類似体を合理的に合成するために、類似のスクリーニング及びこれまでに公開されているハイスループットスクリーニングからの、陽性ヒット及び陰性ヒットを順位付けるＲ基分解表を作成した。結合ＩＣ５０に従って分子を順位付けた。Ｒ基分解分析から、非チオール反応性陽性ヒットが、ロダニン部分及びフェニル−フラン部分から成る共通の構造骨格を有することが明らかとなった（図９Ａ挿入図）。新規のヒットを生じさせるために、この骨格を含む更なる類似体を合成した。合成類似体は、完全長ＡＭＰＫ及び制御断片の存在下でＭＡＮＴ−ＡＤＰの結合を阻害した（表４及び表５）。
【００８９】
【表４】
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【００９０】
【表５】
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【００９１】
化学合成の方法を検証するために、ＳＴＫ７４０８２２を合成し、完全長ＡＭＰＫでの結合アッセイで試験した。合成対照では、市販の分子と比較して類似の結合ＩＣ５０（９μＭ）及びＨｉｌｌ勾配（１．２）が生じた（表４）。類似体のパネルでは、０〜１ｍＭのＤＴＴの存在下で類似の結合曲線が生じた（表４）。０ｍＭのＤＴＴ条件及び１ｍＭのＤＴＴ条件の両方を同じプレート上で同時に試験した。同様に、分子は、０〜０．０１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（同じプレート上で同時に試験した）の存在下で類似の結合曲線を生じた（表５）。そのため、これらの類似体はチオール反応性でも小分子凝集剤でもない可能性が最も高い。
【００９２】
多くの類似体は、制御断片の存在下で非常に低いＩＣ５０を示した（表４及び表５）。ＡＭＰＫ−γ上の２箇所の部位に結合する陽性対照ＡＤＰは、ＭＡＮＴ−ＡＤＰアッセイにおいて完全長ＡＭＰＫ及び制御断片の両方に関して同じ結合ＩＣ５０を有する（図１０Ａ、図１０Ｂ）。２種の類似体（１００−１９６及びＳＴＫ８２３３６６）は、精製されたｐ−ＡＭＰＫの活性を用量依存的に阻害した（図１１Ａ）。４０μＭでは、これら２種の類似体はｐ−ＧＳＴ−ＡＣＣペプチドの収率を著しく低下させ（ｐ≦０．０５、ＤＭＳＯ対照との比較）、無差別なキナーゼ阻害剤である４０μＭコンパウンドＣと同様の阻害のレベルを達成した。興味深いことに、類似体ＢＡＳ０２２５０９５４は低用量（ｐ≦０．０５、ＤＭＳＯ対照との比較）で基質リン酸化を著しく阻害したが、より高い用量では基質リン酸化を可能にした（図１１Ｂ）。繰り返した場合、１μＭでの更なる濃度では、１μＭのＢＡＳ０２２５０９５４及び４０μＭのＢＡＳ０２２５０９５４両方の存在下、高レベルのｐ−ＧＳＴ−ＡＣＣペプチドが生じる完全にＵ字形の用量応答を観測した（データは示さず）。２種のその他の類似体（１００−２０２、１２３−１）は、ＡＭＰＫ活性を用量依存的に制御するように見えたが、大きいものではなかった。試験した類似体の残りは、５μＭ、２０μＭ又は４０μＭでＡＭＰＫ活性への用量依存的効果を有しなかった（データは示さず）。
【００９３】
ＢＡＳ０２２５０９５４に関するＵ字形の用量応答曲線は、類似体が、互いに対抗する多重の制御効果を及ぼす場合があることを示唆した。ＢＡＳ０２２５０９５４がｐ−ＡＭＰＫを脱リン酸化から保護することができたかどうかを確認するために、類似体をｐ−ＡＭＰＫ及びＰＰ２Ｃ両方の存在下で試験し、次いでウェスタン解析によりｐ−ＡＭＰＫレベル及びｔ−ＡＭＰＫレベルを定量化した（図１２）。ｐ−ＡＭＰＫ及び全ＡＭＰＫに関するシグナル強度の比率の算出後、この比率を非ＰＰ２Ｃ対照のシグナル強度に対して正規化した。ＢＡＳ０２２５０９５４及びこれと構造的に近接する類似体である１００−１９６の両方がｐ−ＡＭＰＫを脱リン酸化から保護した（図１２）。
【００９４】
更に、これら２種の類似体により生じた保護のレベルは、２００μＭのＡＤＰにより生じた保護のレベルを超えていたか、類似していた。加えて、ＢＡＳ０２２５０９５４は、インビトロのキナーゼアッセイにおいてもｐ−ＡＭＰＫ活性の回復が示される用量で、ｐ−ＡＭＰＫを保護した。対照的に、構造的により離れた類似体ＢＡＳ０３３３８５４８は、ｐ−ＡＭＰＫの脱リン酸化からの保護に失敗した（図１２）。表４からの残りの類似体はいずれも、３μＭ、１０μＭ及び３０μＭで試験した場合にｐ−ＡＭＰＫを保護しなかった（データは示さず）。これまで収集したインビトロのデータは、図１１で同定した用量依存的な調節剤が複数の制御機構によりＡＭＰＫを制御することができ、おそらくそれが複数の結合部位によることを示唆した。
【００９５】
類似体が細胞中においてＡＭＰＫ活性を制御するかどうかを確認するために、薬剤の非存在下で、高い、中程度の、又は低いｐ−ＡＭＰＫレベルを誘導する培地条件下において培養したＨＥＫ細胞を試験した。血清飢餓ＨＥＫ細胞は、高内因性ＡＭＰＫ活性を有し、新規の阻害剤の同定に理想的である。対照的に、１０％血清の存在下で連続的に培養したＨＥＫ細胞は、中程度のＡＭＰＫ活性を有し、非特異的なＡＭＰＫ阻害剤であるコンパウンドＣでの処理時にｐ−ＡＣＣレベルの中程度の低下を示す。ＳＴＫ８２３３６６は、血清飢餓細胞及び血清処理細胞においてＡＭＰＫ基質ＡＣＣのリン酸化を低下させた（図１３〜図１４）。陽性対照であるコンパウンドＣは、血清処理細胞とは対照的に、血清飢餓細胞において最高の阻害を達成した（図１３〜図１４）。ＳＴＫ８２３３６６と同様に、ＢＡＳ０２２５０９５４は血清処理細胞において基質リン酸化を低下させた（図１４）。しかしながら、血清の非存在下では、ＢＡＳ０２２５０９５４処理によって、多くの細胞が組織培養プレートから剥離した。
【００９６】
ＢＡＳ０２２５０９５４を、血清飢餓と、続いて１０％血清の回復のサイクルにかけた細胞で試験した（図１５）。このようにして予め条件付けている細胞は、非常に低いｐ−ＡＭＰＫレベルを有し、新規の活性化剤の同定に理想的である。ＢＡＳ０２２５０９５４は精製されたｐ−ＡＭＰＫの活性を阻害したが、精製されたｐ−ＡＭＰＫを脱リン酸化から保護したことから、発明者らは、この類似体が予め条件付けたＨＥＫ細胞においてＡＭＰＫリン酸化を活性化から分離すると予想した（図１１、図１２、図１５）。血清の存在下で１時間にわたりＢＡＳ０２２５０９５４で処理した、予め条件付けたＨＥＫ細胞は、基質リン酸化が変化することなく高レベルのｐ−ＡＭＰＫを有した。対照的に、ＡＭＰ模倣Ａ−７６９６６２は、ｐ−ＡＭＰＫレベル及びｐ−ＡＣＣレベルの両方を高めた。
【００９７】
ＢＡＳ０２２５０９５４及びＳＴＫ８２３３６６は、タンパク質ベースのアッセイ及び細胞ベースのアッセイの両方において一致した結果を示したのに対して、類似体１００−１９６は、血清飢餓ＨＥＫ細胞においてｐ−ＡＣＣのレベルを予想外にも高めた（図１３）。１００−１９６のタンパク質ベースのアッセイ及び細胞ベースのアッセイの両方における基質リン酸化の一致した阻害の失敗は、将来の細胞ベースの研究におけるＳＴＫ８２３３６６の特性化及びタンパク質ベースのアッセイのためのツール化合物としてのＳＴＫ８２３３６６の使用を更に支持する。
【００９８】
＜結論＞
蛍光ＡＤＰ類似体をＡＭＰＫの制御領域への結合から退去させて置き換わる分子であるＳＴＫ８２３３６６の類似体は、インタクトなＨＥＫ細胞において、精製されたＨｉｓ−ＡＭＰＫ及び内因性ＡＭＰＫの両方の活性を阻害することができる。
【００９９】
［実施例５］
＜糖尿病、肥満及び／又はメタボリックシンドロームの治療用のＡＭＰＫ活性化剤＞
ＩＩ型糖尿病、肥満及びメタボリックシンドローム用のＣ５７食事性肥満（ＤＩＯ）モデルで化合物を試験することができる。連日の腹腔内注射により、化合物を１０ｍｇ／ｋｇ体重で投与することができる。糖尿病、肥満及びメタボリックシンドロームでの有効性に関するエンドポイントとしては、これらに限定されないが、耐糖能の改善、６．５％未満のＨｂＡ１Ｃパーセントの低下、体重の減少、肝臓における脂質集積の低下及びインスリン耐性の改善が挙げられる。
【０１００】
［実施例６］
＜がんの治療用のＡＭＰＫ阻害剤＞
ヒト細胞を拒絶しない易感染性マウスにヒト腫瘍細胞が移植されているヒト腫瘍異種移植マウスモデルにおいて化合物を試験することができる。無胸腺ヌードマウスを使用することができ、いくつかの腫瘍型を移植により誘導することができ、この腫瘍型は、これらに限定されないが、乳がん、結腸がん及び膵臓がんを含む。化合物を６週にわたり腹腔内注射により注射することができる。このがんモデルにおける有効性に関するエンドポイントは、これらに限定されないが、腫瘍量／体積／負荷の低下及び遠隔転移の低下を含む。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【国際調査報告】
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