(57)【要約】  本発明は、ヒト対象者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中に生じる反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性に関して予測を行うことを可能とする方法を提供することから、本発明は従来技術に記載される問題の解決策を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト被験者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）の際の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測方法であって、以下の工程：
ｃ．前記被験者から生体サンプルを単離する工程；
ｄ．工程ａ）の生体サンプル中の、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定する工程
を含んでなり、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測が、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される、上記方法。
【請求項２】
工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合により
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合により、
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数の予測のための方法であり、工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号１９、２１、２５および２７の配列および／または免疫学的に活性な配列番号１９、２１、２５および２７の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６、３７および３８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６、３７および３８の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６９の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６９の配列の誘導体；ならびに
ｅ．配列番号７１および７２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７１および７２の配列の誘導体
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記方法がＯＩＴ中に耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値の予測方法であり、工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号２８および３１の配列および／または免疫学的に活性な配列番号２８および３１の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６〜４０および４４の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６〜４０および４４の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５３、５５および５６の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５３、５５および５６の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６７および６８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６７および６８の配列の誘導体；ならびに
ｅ．配列番号７０、７２および７５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７０、７２および７５の配列の誘導体
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
工程ａ）の生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、配列番号１８〜７５および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜７５の配列の誘導体を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
工程ａ）の生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：配列番号１８〜７５および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜７５の配列の誘導体を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
１５％未満のペプチド認識が良好な予測の指標であり、
１５％〜７５％の間のペプチド認識が中等度の予測の指標であり、
７５％を超えるペプチド認識が不良な予測の指標である、
請求項１に記載の方法。
【請求項８】
工程ａ）の生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：配列番号１８〜７５を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
１５％未満のペプチド認識が良好な予測の指標であり、
１５％〜７５％の間のペプチド認識が中等度の予測の指標であり、
７５％を超えるペプチド認識が不良な予測の指標である、
請求項１に記載の方法。
【請求項９】
生体サンプルが血液、血清、血漿、脳脊髄液、腹水、糞便または尿などの体液から選択される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ペプチド認識がイムノアッセイの手段により判定される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ペプチド認識がペプチドマイクロアレイの手段により判定される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
請求項１〜８のいずれか一項で定義されるペプチドの組合せを含んでなる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法を行うために好適なペプチドマイクロアレイ。
【請求項１３】
請求項１〜８のいずれか一項で定義されるペプチドの組合せを含んでなる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法を行うために好適な組成物。
【請求項１４】
請求項１〜８のいずれか一項で定義されるペプチドの組合せを含んでなる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法を行うために好適なキット。
【請求項１５】
ａ．請求項１〜８のいずれか一項で定義されるペプチドの種々の組合せからなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる認識分子（捕捉生体分子）と、
ｂ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなるキット。
【請求項１６】
ａ．請求項１〜８のいずれか一項で定義されるペプチドの種々の組合せからなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる認識分子（捕捉生体分子）と、
ｂ．工程ａ）の認識生体分子が固定された支持体と、
ｃ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなるキット
【請求項１７】
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／またはＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測のための、請求項１４〜１６のいずれか一項に記載のキットの使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般にアレルギーの分野に含まれ、詳しくは、牛乳に対する脱感作のための処置の有効性の予測方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
即時型過敏症を伴う食物アレルギーには、現在、確立された有効な処置がなく、患者にとっての唯一の選択肢は、その食物に対して自発的耐性獲得が達成されるまでその食物を避けることであり、多数の患者がこの状態に到達するものの総ての患者が到達するわけではない。
【０００３】
乳製品を摂取した後に異常な応答（食物に対する有害な反応に含まれ得る症状を伴う）を示す場合およびその過程で立証済みの免疫機構が存在する場合には、牛乳中のタンパク質に対するアレルギー(Allergy to proteins in cow’s milk)（ＡＰＣＷ）が起こっている。
【０００４】
牛乳のアレルゲン性の原因となるタンパク質は、カゼイン（α−カゼイン、β−カゼインおよびκ−カゼイン）およびβ−ラクトグロブリン、α−ラクトアルブミン、ウシ血清アルブミンおよびウシ免疫グロブリン血清タンパク質ならびに割合は低いがラクトフェリン、トランスフェリン、リパーゼといった他のタンパク質（これらは血清タンパク質であり、牛乳全体の総タンパク質に２％に相当する）である。
【０００５】
カゼインは牛乳に対するアレルギーの主因である。
【０００６】
最近、食物アレルギーの反応重篤度には種々の臨床像があることが実証された。これらの違いにはいくつかの因子が関連付けられているが、地理的成分が極めて重要な役割を果たす。明らかな例が果実アレルギーであり、ある特定の食物にアレルギーを示す患者は、異なるアレルゲン（タンパク質全体／ペプチド）を認識するからであって、異なる臨床重篤度を有する。従って、ヨーロッパ北部産の桃にアレルギーを示す患者はそれらを摂取した後に軽い症状しか示さないのに、ヨーロッパ南部産の桃からは重篤な反応を示す。特定の集団が持つ特定の食物のアレルゲンの認識パターンを、タンパク質全体と理想的にはそのエピトープの両方について知ることは、大きな関心事である。
【０００７】
現在、牛乳に対するアレルギーを診断するための種々の方法があるが、標準としては、初回のアレルギー発作の後に牛乳中の種々のタンパク質に特異的なＩｇＥの検出が行われる。
【０００８】
食物を用いた経口免疫療法（ＯＩＴ）は、その目的が特定の食品にアレルギーを示す患者において最小用量から始めて通常の量の食物に対する耐性獲得に到達するまでその食物を継続的に投与する手段によりそれに対する耐性獲得に到達することである、新規な治療方法である。
【０００９】
牛乳は回避することが極めて難しく、激しい反応を生じる偏在食品である。ここ１０年で、多くの研究グループが、牛乳に対する耐性獲得を達成するために牛乳の経口投与のためのプロトコールを開発してきた。現在の知見では、治療は、牛乳に対する耐性獲得を上手く誘導する場合に、良好な有効性レベルを達成する。しかしながらやはり、その最大の問題は、その手順を遂行する場合に患者が多数のアレルギー反応を示すことから、治療の安全性にある。このようなアレルギー反応はほとんどの場合で軽度で容易に治療できるが、極めて少数ながら、重篤でアドレナリンの投与を必要としさえする場合がある。従って、その手順の際の反応は、その手順を疾患の慣習的実務に組み込み、従って、その使用を多数の患者に拡大する場合に主要な障害の１つとなる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
よって、牛乳に対する脱感作のための処置の有効性の、および従ってそれに対する患者の応答の予測方法を提供する必要がある。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
発明の開示
本発明は、ヒト被験者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中にもたらされる反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測を可能とする方法を提供することから、本発明は当技術分野の現状に述べた問題に対する解決策を提供する。
【００１２】
よって、本発明の第１の態様は、ヒト被験者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測方法であって、以下の工程：
ａ．前記被験者から生体サンプルを単離する工程；
ｂ．工程ａ）の生体サンプル中の、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定する工程
を含んでなり、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測が、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される方法に関する。
【００１３】
本発明の第１の態様の好ましい実施形態は、ヒト被験者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測方法であって、以下の工程：
ａ．前記被験者から生体サンプルを単離する工程；
ｂ．工程ａ）の生体サンプル中の、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合より
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合より
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定する工程
を含んでなり、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測が、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される方法に関する。
【００１４】
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態は、ヒト被験者において牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測方法であって、以下の工程：
ａ．前記被験者から生体サンプルを単離する工程；
ｂ．工程ａ）の生体サンプル中の、以下の配列：
ａ．配列番号１〜４のペプチド配列および／または配列番号１８〜３２の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｂ．配列番号５〜８のペプチド配列および／または配列番号３３〜４５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｃ．配列番号９〜１３のペプチド配列および／または配列番号４６〜６３の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに；
ｄ．配列番号１４〜１５のペプチド配列および／または配列番号６４〜６９の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｅ．配列番号１６〜１７のペプチド配列および／または配列番号７０〜７５の配列からなるリストから選択されるその断片および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定する工程
を含んでなり、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／または牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測が、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される方法に関する。
【００１５】
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態では、前記方法は経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数の予測のための方法であり、工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定は、以下の配列：
ａ．配列番号１９、２１、２５および２７の配列および／または免疫学的に活性な配列番号１９、２１、２５および２７の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６、３７および３８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６、３７および３８の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６９の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６９の配列の誘導体；ならびに
ｅ．配列番号７１および７２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７１および７２の配列の誘導体
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数の予測は、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される。混合物の基準値は図９で確定される。
【００１６】
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態では、前記方法はＯＩＴ中に耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値の予測方法であり、工程ａ）の生体サンプル中の工程ｂ）のＩｇＥ抗体の有無の判定は、以下の配列：
ａ．配列番号２８および３１の配列および／または免疫学的に活性な配列番号２８および３１の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６〜４０および４４の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６〜４０および４４の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５３、５５および５６の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５３、５５および５６の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６７および６８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６７および６８の配列の誘導体；ならび
ｅ．配列番号７０、７２および７５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７０、７２および７５の配列の誘導体
を有すると同定された少なくとも前記ペプチドに対する、または前記ペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
牛乳中のタンパク質に対するＯＩＴ中に耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値は、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される。好ましくは、基準値は図１０で確定される。
【００１７】
本発明の第１の態様のさらに別の好ましい実施形態では、工程ａ）の生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定は、少なくとも、以下の配列：配列番号１８〜７５および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜７５の配列の誘導体を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数の予測は、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される。好ましくは、基準値は図８で確定される。
【００１８】
本発明の第１の態様のさらに別の好ましい実施形態では、工程ａ）の生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定は、少なくとも、以下の配列：配列番号１８〜７５および／または好ましくは免疫学的に活性な配列番号１８〜７５の配列の誘導体を有すると同定されたペプチドに対する、またはペプチドに対して特異性を有する、ＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
１５％未満のペプチド認識は良好な予測の指標であり、
１５％〜７５％の間のペプチド認識は中等度の予測の指標であり、
７５％を超えるペプチド認識は不良な予測の指標である。
【００１９】
本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの好ましい実施形態では、生体サンプルは、種々のタイプの組織サンプル、ならびに血液、血清、血漿、脳脊髄液、腹水、糞便または尿などの体液を含む。このサンプルは好ましくは血液、血漿、血清または尿から選択される。
【００２０】
本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの好ましい実施形態では、ペプチドの存在はイムノアッセイの手段により判定される。
【００２１】
本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの好ましい実施形態では、ペプチドの存在はペプチドマイクロアレイの手段により判定される。
【００２２】
本発明の第２の態様は、前記方法でまたは前記実施形態で定義されるペプチド配列の組合せを含んでなる、本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの方法を行うために好適なペプチドマイクロアレイに関する。
【００２３】
第３の態様は、前記方法でまたは前記実施形態で定義されるペプチドの組合せを含んでなる、本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの方法を行うために好適な組成物に関する。
【００２４】
第４の態様は、前記方法でまたは前記実施形態で定義されるペプチドの組合せを含んでなる、本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの方法を行うために好適なキットに関する。
【００２５】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、前記キットは、
ａ．本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの方法で定義されるペプチド配列の種々の組合せからなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる認識分子（捕捉生体分子）と、
ｂ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなる。
【００２６】
本発明の第４の態様の別の好ましい実施形態では、前記キットは、
ａ．本発明の第１の態様の、またはその好ましい実施形態のいずれかの方法で定義されるペプチド配列の種々の組合せからなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる認識分子（捕捉生体分子）と、
ｂ．工程ａ）の認識生体分子が固定された支持体と、
ｃ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなる。
【００２７】
本発明の第５の態様は、牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／またはＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測のための、本発明の第４の態様のもしくはその好ましい実施形態のいずれかのキット、または本発明の第３の態様の組成物、または本発明の第２の態様のペプチドマイクロアレイの使用に関する。
【００２８】
本発明の第６の態様では、本発明は、被験者から単離されたサンプルの、配列番号１〜１７のペプチド配列および／またはその断片を有すると同定されたペプチドに対するＩｇＥまたはＩｇＧ４抗体の存在を判定することを含んでなる、牛乳を用いた経口免疫療法による牛乳中のタンパク質に対するアレルギーの処置の予測および追跡方法に関する。
【００２９】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、１５％未満のペプチド認識（工程ａの生体サンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド）は良好な予測の指標である。
【００３０】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、１５％〜７５％の間のペプチド認識（工程ａの生体サンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド）は中等度の予測の指標である。
【００３１】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、７５％を超えるペプチド認識（工程ａの生体サンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド）は不良な予測の指標である。
【００３２】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、ペプチドの断片（工程ａの生体サンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるもの）は配列番号１８〜７５の配列を有すると同定される。
【００３３】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、被分析サンプルは血液、血清または尿から選択される。
【００３４】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、ペプチドおよび／またはその断片の存在はイムノアッセイの手段により判定される。
【００３５】
本発明の第６の態様の特定の実施形態では、ペプチドおよび／またはその断片の存在は、ペプチドマイクロアレイの手段により判定される。
【００３６】
本発明の第７の態様は、配列番号１〜１７のペプチド配列のペプチドおよび／またはその断片を含んでなる本発明の第６の態様の方法に従った牛乳を用いた経口免疫療法による牛乳中のタンパク質に対するアレルギーの処置の予測および追跡のためのマイクロアレイに関する。
【００３７】
本発明の第８の態様は、配列番号１〜１７のペプチド配列のペプチドおよび／またはその断片を含んでなる本発明の第６の態様の方法に従った牛乳を用いた経口免疫療法による牛乳中のタンパク質に対するアレルギーの処置の予測および追跡のためのキットに関する。
【００３８】
別の態様では、本発明は、牛乳を用いた経口免疫療法による牛乳中のタンパク質に対するアレルギーの処置の予測および追跡のための本発明の第８の態様のキットの使用に関する。
【図面の簡単な説明】
【００３９】
【図１−１】ＩｇＥの手段により患者に認識されるペプチドの数の経時的推移を示す（０、ＯＩＴ処置開始時前の時点；Ｄ、耐性獲得／脱感作が達せられた時点；脱感作後６、１２および２４か月の追跡）。高リスク患者は、ＯＩＴ処置開始前であってもＩｇＥにより多数のペプチドを認識し、これにより高リスク患者を中リスクおよび低リスク患者から区別することができる。異なる患者群により認識されるＩｇＥペプチドの数は追跡時間とともに低下し、これは牛乳の場合にＯＩＴが備えていなければならない最小持続時間についての情報を提供する。ａ：ＩｇＥ−α−Ｓ１−カゼイン；ｂ：ＩｇＥ−α−Ｓ２−カゼイン、ｃ：ＩｇＥ−ｂ−カゼイン、ｄ：ＩｇＥ−ｂ−ラクトグロブリン、ｅ：ＩｇＥ−ｋ−カゼイン。
【図１−２】（図１−１の続き）
【図１−３】（図１−１の続き）
【図２−１】患者のＩｇＧ４により認識されるペプチドの数の経時的推移を示す（０、ＯＩＴ処置開始時前の時点；Ｄ、耐性獲得／脱感作が達せられた時点；脱感作後６、１２および２４か月の追跡）。異なる患者群により認識されるペプチドの数は追跡時間中に増大し、これは耐性の維持、および従って牛乳を用いたＯＩＴ処置の有効性の指標となる。ａ：ＩｇＧ４−α−Ｓ１−カゼイン；ｂ：ＩｇＧ４−α−Ｓ２−カゼイン、ｃ：ＩｇＧ４−ｂ−カゼイン、ｄ：ＩｇＧ４−ｂ−ラクトグロブリン、ｅ：ＩｇＧ４−ｋ−カゼイン。
【図２−２】（図２−１の続き）
【図２−３】（図２−１の続き）
【図３−１】階層的クラスター分析、異なる患者群（統計分析−Ｇｒ１低リスク患者、Ｇｒ２中リスク患者およびＧｒ３高リスク患者）により認識される異なる領域の統計分析および患者分類のための重要なペプチドの選択（重要なペプチドバイオマーカー）（矢印）を示す。クラスター分析の手段により、高リスク患者に対する処置開始前（０時点）のＩｇＥ抗体による免疫認識パターンはよく似ており、それらはグラフの右側に分類される（ｐ５、ｐ９、ｐ１１、ｐ１９およびｐ２５）ことが見て取れる。低リスクおよび中リスク患者に対して高リスク患者の認識パターンに有意な差異を有するゾーンまたはエピトープは統計分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために最良のペプチドは、機械学習型のバイオインフォマティクス分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために重要なα−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリンタンパク質の５８ペプチド（図８の配列参照）が前述に基づいて選択された。図３：α−Ｓ１−カゼイン（ＩｇＥ），非加重。
【図３−２】（図３−１の続き）
【図４−１】階層的クラスター分析、異なる患者群（統計分析−Ｇｒ１低リスク患者、Ｇｒ２中リスク患者およびＧｒ３高リスク患者）により認識される異なる領域の統計分析および患者分類のための重要なペプチドの選択（重要なペプチドバイオマーカー）（矢印）を示す。クラスター分析の手段により、高リスク患者に対する処置開始前（０時点）のＩｇＥ抗体による免疫認識パターンはよく似ており、それらはグラフの右側に分類される（ｐ５、ｐ９、ｐ１１、ｐ１９およびｐ２５）ことが見て取れる。低リスクおよび中リスク患者に対して高リスク患者の認識パターンに有意な差異を有するゾーンまたはエピトープは統計分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために最良のペプチドは、機械学習型のバイオインフォマティクス分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために重要なα−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリンタンパク質の５８ペプチド（図８の配列参照）が前述に基づいて選択された。図４：α−Ｓ２−カゼイン（ＩｇＥ），非加重。
【図４−２】（図４−１の続き）
【図５−１】階層的クラスター分析、異なる患者群（統計分析−Ｇｒ１低リスク患者、Ｇｒ２中リスク患者およびＧｒ３高リスク患者）により認識される異なる領域の統計分析および患者分類のための重要なペプチドの選択（重要なペプチドバイオマーカー）（矢印）を示す。クラスター分析の手段により、高リスク患者に対する処置開始前（０時点）のＩｇＥ抗体による免疫認識パターンはよく似ており、それらはグラフの右側に分類される（ｐ５、ｐ９、ｐ１１、ｐ１９およびｐ２５）ことが見て取れる。低リスクおよび中リスク患者に対して高リスク患者の認識パターンに有意な差異を有するゾーンまたはエピトープは統計分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために最良のペプチドは、機械学習型のバイオインフォマティクス分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために重要なα−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリンタンパク質の５８ペプチド（図８の配列参照）が前述に基づいて選択された。図５：ｂ−カゼイン（ＩｇＥ），非加重。
【図５−２】（図５−１の続き）
【図６−１】階層的クラスター分析、異なる患者群（統計分析−Ｇｒ１低リスク患者、Ｇｒ２中リスク患者およびＧｒ３高リスク患者）により認識される異なる領域の統計分析および患者分類のための重要なペプチドの選択（重要なペプチドバイオマーカー）（矢印）を示す。クラスター分析の手段により、高リスク患者に対する処置開始前（０時点）のＩｇＥ抗体による免疫認識パターンはよく似ており、それらはグラフの右側に分類される（ｐ５、ｐ９、ｐ１１、ｐ１９およびｐ２５）ことが見て取れる。低リスクおよび中リスク患者に対して高リスク患者の認識パターンに有意な差異を有するゾーンまたはエピトープは統計分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために最良のペプチドは、機械学習型のバイオインフォマティクス分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために重要なα−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリンタンパク質の５８ペプチド（図８の配列参照）が前述に基づいて選択された。図６：ｋ−カゼイン（ＩｇＥ），非加重。
【図６−２】（図６−１の続き）
【図７−１】階層的クラスター分析、異なる患者群（統計分析−Ｇｒ１低リスク患者、Ｇｒ２中リスク患者およびＧｒ３高リスク患者）により認識される異なる領域の統計分析および患者分類のための重要なペプチドの選択（重要なペプチドバイオマーカー）（矢印）を示す。クラスター分析の手段により、高リスク患者に対する処置開始前（０時点）のＩｇＥ抗体による免疫認識パターンはよく似ており、それらはグラフの右側に分類される（ｐ５、ｐ９、ｐ１１、ｐ１９およびｐ２５）ことが見て取れる。低リスクおよび中リスク患者に対して高リスク患者の認識パターンに有意な差異を有するゾーンまたはエピトープは統計分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために最良のペプチドは、機械学習型のバイオインフォマティクス分析の手段により位置決定された。ＯＩＴ処置の進行を評価するために重要なα−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリンタンパク質の５８ペプチド（図８の配列参照）が前述に基づいて選択された。図７：ｂ−ラクトグロブリン（ＩｇＥ），非加重。
【図７−２】（図７−１の続き）
【図８−１】種々の患者における、表Ｉに示された５８ペプチドから認識されるペプチドの数とＯＩＴ処置中のアレルギー反応の数との間（ｒ２  ０．８０３）および耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間との間（ｒ２  ０．６０１）の直線的相関を示す。
【図８−２】（図８−１の続き）
【図９】ＯＩＴ処置開始前のＩｇＥにより認識されるリストからのペプチド数と種々の患者の処置中のアレルギー反応の数との間の相関を示す。
【図１０】種々の患者における、ＯＩＴ処置開始前のＩｇＥにより認識されるリスト（表３）からのペプチド数と耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間との間の相関を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４０】
発明の詳細な開示
定義
本発明に関して、「良好な予測」は、脱感作中に有害な反応を有する確率が低く（＜７反応）、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに必要な時間が短く（＜８週）、かつ、前投薬（抗ヒスタミン薬およびコルチコイドの両方）を必要としないことを意味する。
【００４１】
本発明に関して、「中等度の予測」は、脱感作中のアレルギー反応数が高いか（＞７反応）、または牛乳に対する耐性獲得を達成するのに長時間を必要とするか（＞８週）、または前投薬として抗ヒスタミン薬を必要とすることを意味する。
【００４２】
本発明に関して、「不良な予測」は、脱感作中のアレルギー反応数が高く（＞７反応）、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに長時間を必要とし（＞８週）、かつ、前投薬として抗ヒスタミン薬およびコルチコイドを必要とすることを意味する。
【００４３】
本発明に関して、耐性獲得／脱感作は、有害な反応なく２００ｍｌの牛乳の摂取と定義される。
【００４４】
本発明に関して、前投薬は、各ＯＩＴ期の前の抗ヒスタミン薬および／またはコルチコイドの投与を意味する。
【００４５】
本発明に関して、「に対する、またはに対して特異性を有するＩｇＥ抗体」は、表１に示される５８のエピトープ／ペプチドの配列のいずれかを、好ましくは、ＳｃａｎＡｒｒａｙ  Ｅｘｐｒｅｓｓ蛍光スキャナー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、ウォルサム、ＭＡ、ＵＳＡ）にて、ＩｇＥ−Ａｌｅｘａ  ５４６のシグナルを検出するための５４３ｎｍレーザーを用いて読み取った場合に３以上の強度閾値（ｚスコア＞３）で認識するＩｇＥ抗体を意味する。
【００４６】
本発明に関して、免疫学的に活性な本発明の配列の誘導体は、牛乳に対してアレルギーを示す患者の、イムノアッセイの手段により判定可能なタイプＥ免疫グロブリン（ＩｇＥ）が、好ましくは、ＳｃａｎＡｒｒａｙ  Ｅｘｐｒｅｓｓ蛍光スキャナー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、ウォルサム、ＭＡ、ＵＳＡ）にて、ＩｇＥ−Ａｌｅｘａ  ５４６のシグナルを検出するための５４３ｎｍレーザーを用いて読み取った場合に３以上の強度閾値（ｚスコア＞３）で結合するエピトープまたは抗原決定基であり得る配列番号１９〜７５の配列のいずれかの断片と理解される。
【００４７】
本発明に関して、タイプＥ免疫グロブリン（ＩｇＥ）は、タイプＥ血漿抗体としても知られるタイプＥ免疫グロブリンのアイソタイプと理解される。ＩｇＧ４は、タイプＧ４血漿抗体としても知られるタイプＧ４免疫グロブリンのアイソタイプと理解される。
【００４８】
発明の詳細な開示
ＯＩＴ処置中のアレルギー患者における牛乳中のタンパク質（α−ｓ１−カゼイン、α−ｓ２−カゼイン、β−カゼイン、κ−カゼインおよびβ−ラクトグロブリン）に対する免疫認識パターン（ＩｇＥおよびＩｇＧ４認識）をペプチドマイクロアレイの手段により分析した：
・処置前（０）
・ＯＩＴの手段により耐性獲得が達成された際（Ｄ）
・耐性獲得達成後６、１２および２４か月（それぞれ６、１２および２４）。
【００４９】
毎日段階的用量を用いる４日からなる１期目と、２００ｍｌの牛乳全量に到達するまで週に２回、一回量を投与するさらに６日の、２期での牛乳投与のＯＩＴプロトコールを計画した。このガイドラインは、牛乳に対する耐性、試験とは無関係の併発病態（発熱、風邪症状、他の感染性過程、特に、消化過程など）の発生に応じて修正した。病院内および衛生施設外の両方で牛乳の投与中に見られた反応は総て記録し、定量化した。
【００５０】
牛乳中のタンパク質に対して持続的アレルギーを持つ患者を選択した。
【００５１】
患者組み入れ基準は以下の通りであった。
自発的に耐性獲得に達しないと思われるＡＰＣＷと診断された４歳を超える小児。
【００５２】
試験に患者を組み入れている間にＡＰＣＷが持続していることを確認するために、皮膚試験と牛乳に対して特異的なＩｇＥおよびその画分（β−ラクトグロブリン、α−ラクトアルブミンおよびカゼイン）の測定を行い、牛乳に対して二重盲検プラセボ対照誘発を行った。
【００５３】
陽性皮膚試験および牛乳に対して特異的なＩｇＥまたはその画分のいずれかの存在および牛乳に曝された場合の陽性誘発が、即時型アレルギー症状を再発する要件であった。
【００５４】
皮膚試験は、ヒスタミンによって生じるもの以上のサイズを有した場合に陽性と見なし、特異的ＩｇＥの測定は、ＣＡＰ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって測定して０．３５ｋＵ／Ｌを超えた場合に陽性と見なした。
【００５５】
従前に定義した基準を満たさなかったＡＰＣＷと診断された小児およびラクトース不耐症またはＩｇＥが介在しない反応を有する小児は除外した。
【００５６】
合計４７名の患者を組み入れ、そこから１２名が除外基準を示したので除外した。合計３５名の小児が組み入れ基準に従い、これらの小児の総てに牛乳を用いたＯＩＴ処置を申し入れた。３５名の小児から、合計２４名が処置を受け入れ、他の７名の小児は処置を拒否したが、対照群として試験に留まることに同意した。
【００５７】
処置の有効性に関しては、有害な反応なく１日に２００ｍｌ量の牛乳に到達した場合を有効と見なした。
【００５８】
牛乳を用いたＯＩＴのガイドラインの安全性に関しては、手順中に各患者が呈するアレルギー反応の数、抗アレルギー投薬（コルチコイドおよび抗ヒスタミン薬）による保護の必要、およびガイドラインの期間を考慮した。
【００５９】
組み入れた２４名の患者は２００ｍｌの用量に達したので、この手順は総てのケースで有効であった。
【００６０】
患者を、期間が８週（全患者での手順期間の中央値）より長いか短いか、反応数が７（中央群の反応）より多いか、およびその用量の投与に抗アレルギー投薬（抗ヒスタミン薬および／またはコルチコイド）を必要とするかどうか（はい、いいえ）に従って分類した。
【００６１】
これらの基準に従い、患者を３群に分類した。
・低リスク（８週未満、７反応未満、かつ、投薬を必要としない）。７名の患者がこのプロファイルを示した、
・中リスク（８週を超える、かつ／または７反応を超える、かつ／または抗ヒスタミン薬の前投薬）。１２名の患者がこのプロファイルを示した、
・高リスク（８週を超える、７反応を超える、かつ、完全な前投薬（抗ヒスタミン薬およびコルチコイド）。５名の患者がこのプロファイルを示した。
【００６２】
試験を実施したところで、本発明の著者らは、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の種々のタンパク質に対する、患者の血漿中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数を、前記処置後の応答と相関させた。低リスク患者は少数のペプチドを認識し、高リスク患者は多くのペプチドを認識し、中リスク患者は中間数のペプチドを認識した。ＡＰＣＷの一因となる５つのタンパク質の５８のエピトープ／ペプチドがこの試験から同定され、牛乳に対するＯＩＴへの応答の予測のための情報を提供する（表１および図３〜７）。さらに、ＩｇＥ（および場合によりＩｇＧ４）によるこれら５８のエピトープ／ペプチドの認識における経時的推移は、ＯＩＴの期間の決定（ＩｇＧ４認識の上昇およびＩｇＥ認識の低下）、ならびに患者の耐性獲得／脱感作状態（患者は、連続的な毎日のアレルゲン暴露を必要とする食物に耐性を獲得する）また恒久的耐性（患者は食物およびその懸濁液に一定の期間耐性を獲得し、この耐性状態は不変である）、および従って、牛乳を用いたＯＩＴの全体的な有効性の指摘を可能とする。
【００６３】
バイオインフォマティクス分析の手段により、ＯＩＴ中の反応数（表３および図９）および耐性獲得の達成に必要とされる処置時間（表４および図１０）の予測に関して高い予測値を有する２７のエピトープ／ペプチドのサブグループを、上記の５８のエピトープ／ペプチドから位置決定した。
【００６４】
表３は、経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数を推定するための２４名の患者の血清中のＩｇＥ抗体により認識される１６のペプチドに基づく基準値を示す。
【００６５】
表４は、ＯＩＴ中の耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間を推定するための２４名の患者の血清中のＩｇＥ抗体により認識される１６のペプチドに基づく基準値を示す。
【００６６】
ＯＩＴ処置開始前（０時点）の被験者の血清中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者の血清中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させるために、例えば、表３および４に含まれるものなどの回帰直線のようなアルゴリズムまたは数学式を使用することができる。
【００６７】
従って、例として、従前に分析した２４名の患者から得られた基準値を、ＯＩＴ中の反応数および耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定に使用することができる。よって、反応数を推定するために、２４名の各対照患者により認識される表２のペプチド数とそれらのそれぞれがＯＩＴ中に受けた反応の数の間の関係は直線の当てはめまたは線形回帰モデル（図９）の手段によってモデル化することができ、それにより、処置開始前に認識されるペプチドの数に基づき、新たな患者においてそれらがＯＩＴ中に受ける反応の数を推定することを可能とする数式を確立することができる。
【００６８】
さらに、ＯＩＴ中に耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間を推定するために、２４名の各対照患者により認識される表３のペプチド数と耐性獲得を達成するのにそれらのそれぞれにより必要とされる時間の間の関係は直線の当てはめまたは線形回帰モデル（図１０）の手段によってモデル化することができ、それにより、処置開始前に認識されるペプチドの数に基づき、新たな患者においてＯＩＴ中に耐性獲得を達成するのに必要な時間を推定することを可能とする数式を確立することができる。
【００６９】
従って、図８〜１０に見て取れるように、表１に示される５８のエピトープ／ペプチドの免疫学的に活性な配列の、ならびに表３に示される１６のペプチドまたは表４に示される１６のペプチドといった前記配列のサブセットのＩｇＥ認識パターンを分析することにより、ＯＩＴ処置開始前に患者から単離されたサンプル中のＩｇＥにより認識されるペプチドの数に依存して、有害な反応の数および脱感作を達成するのに必要な時間ならびに前投薬が必要とされるかどうかの推定を可能とする一連の基準値が確立された（図８〜１０参照）。さらに、ＯＩＴ開始前にＩｇＥにより認識されるペプチドの数に依存して、これにより、患者を低リスク、中リスクまたは高リスク患者に分類することができる。
【００７０】
【表１】
2016527509.tif 000002
2016527509.tif 000003
【００７１】
表１は、ＡＰＣＷの一因である５つのタンパク質の５８のエピトープ／ペプチドを示す。
【００７２】
表２は、ＡＰＣＷの一因である５つのタンパク質の５８のエピトープ／ペプチドに含まれる１７の配列を示す（図３〜７参照）。
【００７３】
【表２】
2016527509.tif 000004
【実施例】
【００７４】
以下の実施例は単に本発明を説明することを意図したものであり、本発明を何ら限定しない。
【００７５】
実施例１：
ＳｐｏｔＡｒｒａｙ  ７２マイクロアレイプリンティングロボット（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、ウォルサム、ＭＡ、ＵＳＡ）を用い、ＩＤ：２（α−ｓ１−カゼインｐ９）、４（α−ｓ１−カゼインｐ２５）、８（α−ｓ１−カゼインｐ３７）、１０（α−ｓ１−カゼインｐ４５）、１１（α−ｓ１−カゼインｐ４６）、１４（α−ｓ１−カゼインｐ５９）、１９（α−ｓ２−カゼインｐ１４）、２０（α−ｓ２−カゼインｐ２１）、２１（α−ｓ２−カゼインｐ２２）、２２（α−ｓ２−カゼインｐ２３）、２３（α−ｓ２−カゼインｐ２４）、２７（α−ｓ２−カゼインｐ５０）、３４（β−カゼインｐ３４）、３６（β−カゼインｐ４３）、３８（β−カゼインｐ４７）、３９（β−カゼインｐ４８）、４１（β−カゼインｐ５３）、４２（β−カゼインｐ５４）、４５（β−カゼインｐ６１）、５０（κ−カゼインｐ８）、５１（κ−カゼインｐ１７）、５２（κ−カゼインｐ１８）、５３（β−ラクトグロブリンｐ６）、５４（β−ラクトグロブリンｐ４２）、５５（β−ラクトグロブリンｐ４３）、５６（β−ラクトグロブリンｐ４４）および５８（β−ラクトグロブリンｐ４７）を有する２７のペプチドを含むマイクロアレイを、Ｎ−ヒドロキシルスクシンイミジルで官能基化したＮＳＢ２７  ＮＨＳガラス（ＮａｎｏＳｕｒｆａｃｅ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ−ＰＯＳＴＥＣＨ、ソウル、韓国）上にプリントした；表３および４ならびに図９および１０参照。プリントのために、これらのペプチドを１：１リン酸生理食塩水バッファー（ＰＢＳ）溶液およびプリンティングバッファー（ＰＰＢ）（タンパク質プリンティングバッファー、Ａｒｒａｙｉｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、サニーヴェール、ＣＡ、ＵＳＡ）に溶かした。マイクロアレイをプリントしたところで、非特異的結合を室温にて１時間、１：１ＢｌｏｃｋＩｔ（商標）ブロッキング溶液（Ａｒｒａｙｉｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、サニーヴェール、ＣＡ、ＵＳＡ）および０．１％Ｔｗｅｅｎ２０および２％ウシ血清アルブミンを含有するＰＢＳ（ＰＢＳ−Ｔ−ＢＳＡ）でブロッキングした。
【００７６】
３名の患者から得られた血清をマイクロアレイの表面で４℃にて１６時間、連続撹拌下でインキュベートした。このサンプルをマイクロアレイから除去し、ＰＢＳ−Ｔ−ＢＳＡ溶液で２回洗浄した。次に、それらをＡｌｅｘａ  ５４６で標識した抗ヒトＩｇＥ蛍光抗体（Ｇ７−２６、ＢＤ−ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ、サンディエゴ、ＣＡ、ＵＳＡ）とＡｌｅｘａ  ６４７で標識した抗ヒトＩｇＧ４蛍光抗体（Ｇ１４−４，ＢＤ−ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ、サンディエゴ、ＣＡ、ＵＳＡ）を含有する、ＰＢＳ−Ｔ−ＢＳＡ中に１／１０００希釈した溶液とともにインキュベートした。この抗体含有溶液を除去し、ＰＢＳ−Ｔ−ＢＳＡ溶液で２回洗浄した。
【００７７】
患者の血清において、牛乳中のアレルゲンタンパク質の種々のペプチドに対するＩｇＥ抗体およびＩｇＧ４抗体の存在を検出するために、前記マイクロアレイをＳｃａｎＡｒｒａｙ  Ｅｘｐｒｅｓｓ蛍光スキャナー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、ウォルサム、ＭＡ、ＵＳＡ）にて２つのレーザー（ＩｇＥ−Ａｌｅｘａ  ５４６シグナルを検出するための５４３ｎｍレーザーとＩｇＧ４−Ａｌｅｘａ  ６４７シグナルを検出するための６３３ｎｍレーザー）を用いて読み取った。結果を定量化し、蛍光シグナルを数値パラメーター（任意蛍光単位またはｚスコア）に変換するために正規化した。３を超える蛍光シグナル（ｚスコア＞３）を有するペプチドの数を計算した。第１の患者は２つのペプチドを認識し、第２の患者は８つのペプチドを認識し、第３の患者は１５のペプチドを認識した。
【００７８】
ペプチド認識が２の患者は良好な予測を示す（脱感作中に有害な反応を示す確率が低い、推定３つのアレルギー反応、表３および図９参照、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに要する時間が短い、推定７週、表４および図１０参照）。
【００７９】
ペプチド認識が８の患者は中等度の予測を示す（脱感作中に有害な反応を示すリスクが中等度、推定１０のアレルギー反応、表３および図９参照、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに要する時間が中程度、推定１１週、表４および図１０参照）。
【００８０】
ペプチド認識が１５の患者は不良な予測を示す（脱感作中に有害な反応を示す確率が高い、推定１９のアレルギー反応、表２および図９、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに要する時間が長い、推定１６週。加えて、これらの患者は、各ＯＩＴ期の前に前投薬ならびに抗ヒスタミン薬およびコルチコイドによる処置を必要とする（表４および図１０参照）。
【００８１】
【表３】
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【００８２】
【表４】
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【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成28年3月30日(2016.3.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
牛乳に耐性を有さないヒト被験者における牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）の予測方法であって、ＯＩＴ処置開始前（０時点）に該被験者より単離された、血液、血清、血漿、脳脊髄液、腹水、糞便または尿などの生体サンプル中の、以下の配列：
ａ．配列番号１８〜３２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｂ．配列番号３３〜４５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｃ．配列番号４６〜６３の配列および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは；
ｄ．配列番号６４〜６９の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに／あるいは
ｅ．配列番号７０〜７５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
のいずれかを有すると同定されたペプチドを認識することができるＩｇＥ抗体の有無を判定する工程を含んでなり、
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）の予測が、ＯＩＴ処置開始前（０時点）の前記被験者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチド配列の数を、同じペプチド配列に基づいて確立された、患者由来のサンプル中のＩｇＥ抗体により認識されるペプチドの数をＯＩＴ処置後の応答と相関させる基準値と相関させることにより確定される、上記方法。
【請求項２】
生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号１８〜３２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜３２の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｂ．配列番号３３〜４５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３３〜４５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに
ｃ．配列番号４６〜６３の配列および／または免疫学的に活性な配列番号４６〜６３の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合により
ｄ．配列番号６４〜６９の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６４〜６９の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列；ならびに場合により、
ｅ．配列番号７０〜７５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７０〜７５の配列の誘導体からなる群から選択される少なくとも１つの配列
のいずれかを有すると同定されたペプチドを認識することができるＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記方法が経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数の予測のための方法であり、生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号１９、２１、２５および２７の配列および／または免疫学的に活性な配列番号１９、２１、２５および２７の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６、３７および３８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６、３７および３８の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５１、５３、５８、５９および６２の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６９の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６９の配列の誘導体；ならびに
ｅ．配列番号７１および７２の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７１および７２の配列の誘導体
のいずれかを有すると同定されたペプチドを認識することができるＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記方法がＯＩＴ中に耐性獲得または脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値の予測方法であり、生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：
ａ．配列番号２８および３１の配列および／または免疫学的に活性な配列番号２８および３１の配列の誘導体；ならびに
ｂ．配列番号３６〜４０および４４の配列および／または免疫学的に活性な配列番号３６〜４０および４４の配列の誘導体；ならびに
ｃ．配列番号５３、５５および５６の配列および／または免疫学的に活性な配列番号５３、５５および５６の配列の誘導体；ならびに
ｄ．配列番号６７および６８の配列および／または免疫学的に活性な配列番号６７および６８の配列の誘導体；ならびに
ｅ．配列番号７０、７２および７５の配列および／または免疫学的に活性な配列番号７０、７２および７５の配列の誘導体
のいずれかを有すると同定されたペプチドを認識することができるＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
生体サンプル中のＩｇＥ抗体の有無の判定が、以下の配列：配列番号１８〜７５および／または免疫学的に活性な配列番号１８〜７５の配列の誘導体を有すると同定されたペプチドを認識することができるＩｇＥ抗体の有無を判定することによって行われ、
該配列の１５％未満のペプチド認識が良好な予測の指標であり、該良好な予測が、脱感作中に有害な反応を有する確率が低く（＜７反応）、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに必要な時間が短く（＜８週）、かつ、前投薬を必要としないことであり、
該配列の１５％〜７５％の間のペプチド認識が中等度の予測の指標であり、該中等度の予測が、脱感作中のアレルギー反応数が高いか（＞７反応）、または牛乳に対する耐性獲得を達成するのに長時間を必要とするか（＞８週）、または前投薬として抗ヒスタミン薬を必要とすることであり、
該配列の７５％を超えるペプチド認識が不良な予測の指標であり、該不良な予測が、脱感作中のアレルギー反応数が高く（＞７反応）、かつ、牛乳に対する耐性獲得を達成するのに長時間を必要とし（＞８週）、かつ、前投薬として抗ヒスタミン薬およびコルチコイドを必要とすることである、
請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ペプチド認識がイムノアッセイの手段により判定される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ペプチド認識がペプチドマイクロアレイの手段により判定される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ヒト被験者における牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）の予測のための、請求項１〜５のいずれかで定義されるペプチドの組合せを含んでなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法を行うために好適なペプチドマイクロアレイの使用。
【請求項９】
捕捉生体分子としてペプチドを含んでなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法を行うために好適なキットであって、該ペプチドが配列番号１８〜７５の配列および／または免疫学的に活性な該配列の誘導体からなる群から選択される、上記キット。
【請求項１０】
ａ．配列番号１８〜７５からなるリストか、請求項３もしくは４に定義されるペプチドのサブセット、および／または免疫学的に活性な該配列の誘導体からなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる捕捉生体分子と、
ｂ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなるキット。
【請求項１１】
ａ．配列番号１８〜７５からなるリストか、請求項３もしくは４に定義されるペプチドのサブセット、および／または免疫学的に活性な該配列の誘導体からなるリストから選択されるＩｇＥを認識することができる捕捉生体分子と、
ｂ．工程ａ）の捕捉生体分子が固定された支持体と、
ｃ．タグ分子と結合されていてもよい目的分析物または捕捉生体分子を認識することができる第２の認識分子（検出生体分子）と
を含んでなるキット
【請求項１２】
牛乳中のタンパク質に対する経口免疫療法（ＯＩＴ）中の反応数および／またはＯＩＴ中に耐性獲得もしくは脱感作を達成するのに必要な処置時間の推定値および／またはＯＩＴ中の前投薬の必要性の予測のための、請求項８〜１１のいずれか一項に記載のキットの使用。
【国際調査報告】
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