(57)【要約】  本発明は、慢性腎疾患に罹患する患者の心血管疾患に罹患するリスクを、異なる多型の存在に基づいて決定する方法、ならびに該方法を実施するためのキットに関する。本発明はまた、ＣＶＤの臨床的／生化学的リスク因子を有する対象からのサンプル中の１つまたはそれ以上の多型マーカーの不存在または存在を組み合わせることによる、心血管疾患に罹患するリスクを決定するための方法、ならびに該方法を実施するためのコンピューターにより実行される手段に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
慢性腎疾患に罹患している対象から採取されたサンプルにおいて、多型の存在を決定する工程を含む、該対象における心血管リスク評価の方法であって、該多型が、配列番号１〜８の核酸配列内の位置２７に存在するか、または該多型が、配列番号１〜８のいずれかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列中にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、そして／または配列番号８においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、心血管イベントの発症リスクの指標である、方法。
【請求項２】
さらに、該位置２７における、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
後者の３つの配列（配列番号９−１１）およびｒｓが、ハプロタイプＢ ＡＬＯＸ５ＡＰを形成し、他の８つの配列に加えて、１つの遺伝的リスク要因と見なされる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
心血管イベントが、致死性もしくは非致死性の心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作、末梢動脈疾患またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
年齢、人種、性別、肥満度指数、収縮期血圧、拡張期血圧、喫煙状態および喫煙歴、総コレステロール量、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）−または高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）−コレステロール量、トリグリセリド、異脂肪血症歴、心不全歴、冠動脈性心疾患の既往歴、真性糖尿病、血糖値、糖化ヘモグロビン、ヘモグロビンＡ１ｃ、糸球体濾過量、腎疾患状態（ＣＫＤステージ１−４、腎代替療法または腎移植における末期腎不全（ＥＳＲＤ））、高血圧、腎不全およびその病期（１〜５）、慢性腎疾患およびその病期（透析前、透析中、移植、移植不全）、腎代替療法に掛かった延べ時間、移植回数、左室肥大、飲酒、身体活動実施、心血管疾患または冠血管疾患の食事歴および家族歴、クレアチニン、カルシウム、リン、パラトルモン、アルブミン、および２４時間蓄尿検査からなる群より選択される、１つまたはそれ以上の心血管疾患または障害のリスク因子を決定することをさらに含む、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
複数の古典的リスク因子“ｐ”が用いられ、該複数のリスク因子が以下からなる群より選択される、請求項１から５のいずれかに記載の方法：
・性別、年齢、総コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、血圧、糖尿病および喫煙、
・年齢、ＬＤＬ−コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、トリグリセリド、収縮期血圧、心筋梗塞および糖尿病の家族歴、
・性別、Ｌｏｇ（年齢／１０）、総コレステロール／ＨＤＬ−コレステロール、肥満度指数、若年性ＣＶＤの家族歴、喫煙、出力領域のＴｏｗｎｓｅｎｄスコア、収縮期血圧、高血圧の処置、および収縮期血圧（ＳＢＰ）＊高血圧（ＨＴＮ）処置の相関、
・腎疾患病期（ＣＫＤステージ１−４、腎代替療法または腎移植におけるＥＳＤＲ）、年齢、性別、ＨＤＬ−コレステロール、糖尿病状態、高血圧状態、ヘモグロビンＡ１ｃ、
・年齢、冠動脈性心疾患の既往歴、喫煙、血清クレアチニン、真性糖尿病、ＬＤＬ−コレステロール、腎代替療法に掛かった延べ時間、
・年齢、冠動脈性心疾患の既往歴、喫煙、血清クレアチニン、真性糖尿病、ＬＤＬ−コレステロール、腎代替療法に掛かった延べ時間、移植回数、
・ＨＤＬ−コレステロール、真性糖尿病、高血圧、異脂肪血症、ヘモグロビンＡ１ｃ、糸球体濾過量、カルシウム、リン、パラトルモン、アルブミン。
【請求項７】
上記の何れかのｒｓと強い連鎖不平衡を有する該他のｒｓが、（ｉ）配列番号４８で示され、ｒｓ５０１１２０と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ１７４６０４８であるか、または（ｉｉ）配列番号４９で示され、ｒｓ１７４６５６３７と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ２１３３１８９である、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
請求項１から７のいずれかに記載の方法を実施するための手段を含む、コンピュータープログラムまたはコンピューターが判読可能な記録媒体。
【請求項９】
配列番号１から１１からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【請求項１０】
配列番号１から８からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【請求項１１】
配列番号１から７からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【請求項１２】
配列番号１から７、または配列番号１から８、または配列番号１から１１の核酸配列内の少なくとも位置２７を含む領域の増幅に特異的な１つまたはそれ以上のプライマー対を含む、請求項９から１１のいずれかに記載のキット。
【請求項１３】
選択された配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、およびｒｓ１７２２２８４２を有する）であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、請求項９から１２のいずれかに記載のキット。
【請求項１４】
選択された配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１およびｒｓ１０４５５８７２を有する）であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、請求項１０から１２のいずれかに記載のキット。
【請求項１５】
選択された配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６および配列番号７（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０およびｒｓ９９８２６０１を有する）であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、請求項１１または１２に記載のキット。
【請求項１６】
記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する該他のｒｓが、（ｉ）配列番号４８で示され、ｒｓ５０１１２０と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ１７４６０４８であるか、または（ｉｉ）配列番号４９で示され、ｒｓ１７４６５６３７と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ２１３３１８９である、請求項１３から１５のいずれかに記載のキット。
【請求項１７】
配列番号１２および１３（ｒｓ１３３３０４９）、および
配列番号１４および１５（ｒｓ１３３３０４９）；
配列番号１６および１７（ｒｓ１０４５５８７２）、および
配列番号１８および１９（ｒｓ１０４５５８７２）；
配列番号２０および２１（ｒｓ６７２５８８７）、および
配列番号２２および２３（ｒｓ６７２５８８７）；
配列番号２４および２５（ｒｓ９８１８８７０）、および
配列番号２６および２７（ｒｓ９８１８８７０）；
配列番号２８および２９（ｒｓ１０５０７３９１）、および
配列番号３０および３１（ｒｓ１０５０７３９１）；
配列番号３２および３３（ｒｓ９９８２６０１）、および
配列番号３４および３５（ｒｓ９９８２６０１）；
配列番号３６および３７（ｒｓ９３１５０５１）、および
配列番号３８および３９（ｒｓ９３１５０５１）；
配列番号４０および４１（ｒｓ１２５２６４５３）、および
配列番号４２および４３（ｒｓ１２５２６４５３）；
配列番号４４および４５（ｒｓ１７２２２８４２）、および
配列番号４６および４７（ｒｓ１７２２２８４２）；
配列番号５０および５１（ｒｓ１７４６５６３７）、および
配列番号５２および５３（ｒｓ１７４６５６３７）；
配列番号５４および５５（ｒｓ５０１１２０）、および
配列番号５６および５７（ｒｓ５０１１２０）；
配列番号５８および５９（ｒｓ２１３３１８９）、および
配列番号６０および６１（ｒｓ２１３３１８９）；
配列番号６２および６３（ｒｓ１７４６０４８）、および
配列番号６４および６５（ｒｓ１７４６０４８）；ならびに、
配列番号６６および６７（ｒｓ２１３３１８９）、および
配列番号６８および６９（ｒｓ２１３３１８９）
からなる群より選択される、プローブ／プライマーのセット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、心血管疾患または障害の分野に関する。より具体的には、慢性腎疾患に罹患している対象、特にヒト対象が、心血管疾患を発症するリスク、心血管疾患を有するリスク、または心血管疾患の合併症を発症するリスクを有するかどうかを決定するためのマーカーおよび方法に関する。本発明はまた、慢性腎疾患に罹患している対象における心血管リスクおよび／または心血管疾患の状態をモニタリングするため、または心血管リスクもしくは心血管疾患を有する慢性腎疾患に罹患している対象における予防および／もしくは治療手段／薬剤の効果をモニタリングするための、かかるマーカーおよび方法の使用にも関する。
【背景技術】
【０００２】
背景技術
１．慢性腎疾患
慢性腎疾患は、世界的な公衆衛生問題である。腎不全の罹患率および有病率が上昇し、予後不良ならびに高コストである。慢性腎疾患の初期ステージは、さらに高い有病率である（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1）。
【０００３】
数十年間で蓄積された多数の証拠は、腎不全、心血管疾患および早死などの慢性腎臓病の予後不良を、防止するか、または遅らせることができることを示している。慢性腎疾患の初期ステージは、臨床検査によって検出することができる。慢性腎疾患の初期ステージの治療は、腎不全への進行を遅らせるのに有効である。慢性腎疾患の初期ステージでの心血管リスク因子に対する治療の開始は、腎不全の発症前後共に心血管疾患事象を低減させるのに有効である（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1）。
【０００４】
残念ながら、慢性腎疾患は、“不十分な診断”および“不十分な処置”のために、心血管疾患の不十分な予防という結果に至る（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1, J Am Coll Cardiol 2007; 50: 217）。
【０００５】
慢性腎疾患（ＣＫＤ）の定義のための基準は、以下の通りである：糸球体濾過量（ＧＦＲ）の減少の有無に関わらず、ＧＦＲ低下につながり得る、腎臓の構造的または機能的異常により定義される３ヶ月以上の腎障害、腎障害の有無に関わらず、画像検査における異常または３ヶ月以上のＧＦＲ＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２を含む、腎障害の病理学的な異常またはマーカーの何れかにより示される状態（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1, 引用により本明細書中に包含される）。
【０００６】
ＣＫＤの５つのステージが定義されている（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1）。
【表１】
2016528907.tif 000002
【０００７】
ＣＫＤの各ステージの有病率も確立されている（Am J Kidney Dis 32:992−999, 1998, erratum 35:178, 2000, US Renal Data System. USRDS 1998 Annual Data Report, National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 1998）。
【表２】
2016528907.tif 000003
【０００８】
２．ＣＫＤの処置
ＣＫＤの処置はまた、一般的に、Harrison’s Principles of Internal Medicine. 18th ed. New York: McGraw−Hill; 2012）に包括的に記載される、いくつかのステージに従う。
【表３】
2016528907.tif 000004
【０００９】
ＣＫＤの特定の原因に対する処置には、真性糖尿病における血糖制御の最適化、糸球体腎炎に対する免疫調節剤、および多嚢胞性腎疾患における細胞発生を遅延させる最先端の特異的療法が含まれる。特異的および非特異的療法の両方の最適なタイミングは、通常、ＧＦＲの測定可能な低減があり、かつＣＫＤが確立される前である。全ての患者におけるＧＦＲの低減率を連続的に測定し、プロットすると分かりやすい。低減率の加速は、可逆的であり得る重複型の急性または亜急性過程の探索が急がれる。これらには、細胞外液量（ＥＣＦＶ）の枯渇、降圧不十分な高血圧、尿路感染、新たな閉塞性尿路疾患、腎毒性薬物［例えば、非ステロイド性抗炎症剤（ＮＳＡＩＤ）またはＸ線撮影色素］への暴露、ならびに原疾患、例えば狼瘡または脈管炎などの再活性化または突然の再発が含まれる。
【００１０】
以下の介入は、腎機能を安定させるか、またはその低下を遅延させるように作用する点で考慮されるべきである。
糸球体高血圧および蛋白尿の低減
糖尿病性腎疾患の進行遅延
血糖の制御
血圧および尿蛋白の制御
タンパク質制限
慢性腎疾患の他の合併症の管理
薬物投与量の調節
腎代替療法のための準備。
【００１１】
切迫性尿毒症の症状および兆候、例えば摂食障害、悪心、嘔吐、倦怠感および掻痒などの一時的な救済は、タンパク質制限によって達成されることもある。しかしながら、これは、タンパク質−エネルギー栄養失調の重大なリスクを有し、従って、より長期間の管理のための計画が立てられるべきである。
【００１２】
維持透析および腎臓移植は、世界中の数十万名のＣＫＤを有する患者の寿命を延ばした。ＣＫＤを有する患者の腎代替療法開始の明確な兆候には、例えば、消化性潰瘍性疾患、栄養失調の兆候ならびに体液異常および電解質異常、主に、高カリウム血症またはＥＣＦ量過負荷などの可逆的な原因によらない、尿毒症性心膜炎、脳症、難治性筋痙攣、摂食障害および悪心が含まれ、それらは、他の治療では効果がない。
【００１３】
腎代替療法の開始のための最適な時期の推奨は、米国腎臓財団のＫＤＯＱＩガイドラインによって確立されており、それは、患者が栄養不良であるか、または重度の尿毒症合併症を有するまで腎代替療法の開始を遅らせることが、透析または移植の予後の悪化をもたらすことを実証する最近の証拠に基づいている。尿毒症症状の重篤度および腎機能の個体間のばらつきのために、任意の尿素窒素またはクレアチニン量を透析を開始する必要があるとして割り当てるのは賢明でない。さらに、患者は、慢性尿毒症および拒絶症状が当たり前のこととなり、透析で気分がよくなり、透析開始前にどれくらい気分が優れないと感じていたかについて、振り返ってみれば認識するのみである。
【００１４】
これまでの研究は、尿毒症の重篤な症状および兆候の発現前の透析の開始は、生存期間の延長と関連があることを示唆した。これは、“健康”的な開始の概念につながり、透析または移植でより良い健康状態に戻すことを試みる前に、尿毒症に罹るのを受け入れるよりはむしろ、患者の気分をより良好に維持するという理念と一致する。最近の研究では、透析の早期開始と改善された患者生存率の明確な関連は確認されていないが、なお、この方法には利点がある。実用面では、事前準備は、透析法自体の問題（例えば、血液透析のシャント機能不全（poorly functioning fistula）または腹膜透析カテーテルの機能異常）を回避するのに役立ち、それ故に、その結果として付随する敗血症、出血および血栓症のリスクを有する一時的な血液透析アクセス(シャント)を挿入することに関連する罹病率を未然に防ぐ。
【００１５】
ヒト腎臓の移植は、進行した慢性腎不全のために選択される治療法である。世界中で、数万人にこれらの方法が実行されている。１９６０年代に、アザチオプリンおよびプレドニゾンが最初に免疫抑制剤として用いられた時、適合した血縁ドナーでの結果は、死亡した臓器提供ドナー（deceased donor）からの臓器での結果よりも良好であって、移植後１年時点での生存率は、後者の５０〜６０％と比較して７５〜９０％であった。１９７０年代から１９８０年代にかけて、死亡した臓器提供ドナーからの移植についての１年時点での成功率は、次第に上昇した。現在、死亡した臓器提供ドナーからの臓器移植は、８９％の１年生存率であり、生体移植ドナー（living donor）からの臓器移植は、９５％の１年生存率である。長期生存率が改善されたが、短期生存率の改善ほどではなく、現在、生体移植ドナーの“平均”（ｔ１／２）寿命は、約２０年であり、死亡した臓器提供ドナーの移植での平均寿命１４年とほとんど変わらない。
【００１６】
移植後の死亡率は最初の年に最も高く、年齢と関係している。１８−３４歳では２％、３５−４９歳では３％、そして５０−６０歳では６．８％である。これらの比率は、年齢、糖尿病状態および心血管状態についてリスク調整後の慢性透析患者集団の死亡率と比較しても遜色がない。時には、急性の不可逆的拒絶が、数ヶ月良好に機能した後に生じることがあり、とりわけ、患者が免疫抑制剤を服用するのを怠ったときに発生することが多い。しかしながら、ほとんどの移植は、種々の率で、その病因が完全には理解されていない、間質性線維症、尿細管萎縮、血管障害および糸球体症からなる慢性的な経過をとる。全体として、移植は、ほとんどの患者に、透析中の患者と比較して改善されたライフスタイルおよび改善された平均余命をもたらす。少なくとも１００，０００名の患者が米国で機能的な腎臓移植を受けている。
【００１７】
慢性透析および腎臓移植の両患者は、全人口の死亡率よりも心筋梗塞および卒中による死亡率が高く、このことは、特に、糖尿病患者に当てはまる。要因は、グルココルチコイドおよびシロリムスの使用、ならびに高血圧である。腎臓移植を受けた患者は、冠動脈疾患および末梢血管疾患の有病率が高い。これらの原因による死亡率は、移植を受けた糖尿病患者数および全てのレシピエントの平均年齢の増加と共に緩やかに上昇している。腎臓移植レシピエントの死亡率の５０％以上は、心血管疾患に起因するものである。血圧および血中脂質濃度の厳密な制御に加えて、さらなる医療または外科的介入の適用のための患者の綿密なモニタリングは、マネジメントの重要な部分である。
【００１８】
３．心血管疾患
心血管疾患（ＣＶＤ）は、とりわけ、虚血性心疾患（先進国におけるＣＶＤの最も一般的なタイプである；この障害は、心筋への血液循環の問題を意味する）、脳血管疾患（脳の血管内の血液循環の問題を意味する）、および末梢血管疾患（主に脚における循環に影響を与える）を含む、心臓および血管の疾患を意味する。ＣＶＤを有する対象は、心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作、鬱血性心不全、大動脈瘤および死亡が含まれるが、これに限定されない、多くの合併症（以降、ＣＶＤ合併症と言う）を発症し得る。
【００１９】
フラミンガム心臓研究（Kamel WB et al. Am J Cardiol 1988;62:1109−1112., Wilson PWF et al., Circulation 1988;97:1837−1847, Grundy S.M. et al. Circulation 1988;97:1876−1887）は、今日広く使用され、許容されている、リスク因子という概念の発展における先駆的な研究であった。いくつかの独立したリスク因子は、冠血管疾患の直接の原因であることが認識され、集団内で頻度の高い因子であり、それらの変更は、冠血管（すなわち、心血管）イベントのリスクを低減させる（Grundy S.C. et al., Circulation 2000;101:e3−e11）。主な変更可能なリスク因子は、喫煙、高血圧、高コレステロール血症（特に、高ＬＤＬ−コレステロール）および真性糖尿病である（Circulation 2000;101:e3−e11）。
【００２０】
有効性、安全性と治療費との間の好適なバランスを保つのを可能にするために、絶対的リスク（個人が、ある一定期間内に冠血管疾患を発症する確率）に応じて全ての対処における適応策が重要である。絶対的リスクの推定には、各リスク因子の寄与度を追加する必要があり、その結果は、“グローバルリスク報告書”である。上記の通り、フラミンガム心臓研究は、各リスクの寄与度に基づいて、グローバルリスクの定量的評価を行った。
【００２１】
古典的リスク因子はＣＫＤを有する個体における心イベントの重要な予測因子であるが、フラミンガムの計算式は、ＣＫＤにおける冠動脈性心疾患イベントの予測においてこれらのリスク因子の正確な重み付けを計り知れない（J Am Coll Dardiol 2007;50:217−224）。この失敗の多くは、死と競合するイベント、ならびにＣＫＤ患者における顕著に高い心イベントの発生率が引き金となる。ＣＫＤを有する個体、特に女性における冠動脈性心疾患の予測を向上させることが、計算式を再校正し、古典的なフラミンガムリスク因子に対して異なる重要度を割り当てることにより可能であるが、ＣＫＤにおける予測モデルの開発および検証のための十分なサンプルサイズを用いる将来の予測式は、有害な結果に共通する変更可能なリスク因子を特定することを目標にして、この高リスク集団における心イベントおよび死亡率の両方を検討する必要がある。
【００２２】
従って、予防および／または治療法が、リスクを可能な限り最低レベルに維持するために実施され得るような方法で、慢性腎疾患に罹患している対象の心血管リスクを成功裏かつ有利に定義し、そして致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血または末梢動脈疾患のような（これに限定されない）、心血管疾患および／または心血管疾患合併症を発症するリスクが高い対象を予測し得る、新たな遺伝子マーカーおよびそれらの組み合わせを含む新規マーカーが必要とされている。
【発明の概要】
【００２３】
発明の概要
第一面において、本発明は、慢性腎疾患を有する患者における心血管リスクを算出するのに使用されている今日のスケール／方法の限界を解決するのに適する方法を提供する。
【００２４】
本発明により提供される方法は、慢性腎疾患に罹患している対象から採取されたサンプルにおいて多型の存在を決定する工程を含む、慢性腎疾患に罹患している該対象の心血管リスクを決定することにより上記の限界を解決し、該対象の心血管疾患および／または心血管疾患の合併症を発症するリスクを予測する方法であって、ここで、該多型は、配列番号１〜８の核酸配列内の位置２７に存在するか、または配列番号１〜８の何れかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列内にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、および／または配列番号８においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、心血管イベントの発症リスクの指標である。
【００２５】
例えば、本明細書中、配列番号４８として表されるｒｓ１７４６０４８は、ｒｓ５０１１２０と強い連鎖不平衡の関係にあるか、または例えば、本明細書中、配列番号４９として表されるｒｓ２１３３１８９は、ｒｓ１７４６５６３７と強い連鎖不平衡の関係にある。これらの配列はまた、本明細書中に記載のｒｓの何れかと強い連鎖不平衡の関係にあるｒｓのように、本発明の目的のために使用され得る。
【００２６】
本明細書に記載のｒｓ配列と強い連鎖不平衡の関係にあるｒｓ配列の何れかにおいて、多型は、例えば、位置２７に存在し得る。当業者は、ＮＣＢＩ ＳＮＰデータベース（“ｄｂＳＮＰ”、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp）のｒｓ配列にアクセス可能である。
【００２７】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用可能である。
【００２８】
他の面において、本発明は、対象から採取されたサンプルにおける多型の存在を決定する工程を含む、慢性腎疾患に罹患しており、かつ１またはそれ以上の心血管イベントを有して、心血管疾患および／または心血管疾患の合併症を発症するリスクが予想される該対象の心血管リスクを決定する方法であって、ここで、該多型が、配列番号１〜１１のヌクレオチド配列内の位置２７に存在するか、または該多型が、配列番号１〜１１の何れかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列内にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、有害な心血管疾患または障害を有するリスクの指標である、方法に関する。
【００２９】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用することができる。
【００３０】
本発明はさらに、対象から採取したサンプルにおける、少なくとも一方のアレル中の多型の存在を決定する工程を含む、早期の、および／またはより積極的な心血管治療を必要とする、または予防的心血管治療を必要とする、慢性腎疾患に罹患している対象を特定するための方法を提供し、ここで、該多型は、配列番号１から１１のいずれかの核酸配列内の位置２７に存在するか、または該多型は、配列番号１から１１のいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある配列内であり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、早期の、および／またはより積極的な心血管治療を必要とするか、または予防的心血管治療を必要とすることを示唆する。
【００３１】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用することができる。
【００３２】
“予防的”治療とは、疾患の発症の兆候前に治療を開始することを意味する。
【００３３】
“早期の、またはより積極的な”治療とは、疾患の初期段階で開始されるか、または例えば、本発明を使用するとき、ＣＨＤを発症するリスクがより高いために平均より多量または高頻度で開始される治療を意味し、それ故に、治療目標はガイドラインに従って適合されなければならない。これらの新しい目標は、より積極的な治療を必要とし得る。
【００３４】
別の面において、本発明は、心血管治療を受けている慢性腎疾患に罹患している患者および心血管疾患に罹患している患者の処置法に関し、ここで、該患者は、対象から採取したサンプルにおける多型の存在に基づいて該治療のために選択され、ここで、該多型は、配列番号１〜１１のヌクレオチド配列内の位置２７に存在するか、または該多型は、配列番号１〜１１の何れかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列内にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、患者が該治療のために選択されることを示す。
【００３５】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用することができる。
【００３６】
別の面において、本発明は、対象から採取されたサンプルにおける多型の存在を決定する工程を含む、慢性腎疾患のステージ１から５の何れかに罹患している対象の心血管リスク、および／または透析（血液透析または腹膜透析）の補充療法下の対象の心血管リスク、および／または心血管疾患かつ／または心血管疾患合併症を有するリスクが高いと予測される腎移植を受けた対象の心血管リスクを決定する方法、ならびに／または心血管治療に対する応答を決定する方法に関し、ここで、該多型は、配列番号１〜１１の核酸配列内の位置２７に存在するか、または該多型は、配列番号１〜１１の何れかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列内にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、有害な心血管疾患または障害を有するリスクの増大または心血管治療に対する低い応答の指標である。
【００３７】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用することが可能である。
【００３８】
さらなる面において、本発明は、１つまたはそれ以上の臨床的／生化学的リスク因子と組み合わせた、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づく、１０年間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症を示すＣＫＤに罹患している個体の確率を決定するための方法に関し、ここで、該確率に対する各多型またはリスク因子の相対的寄与は、ハザード比を用いて補正される。ハザード比とは、経時的に、多型またはリスク因子のぞれぞれを有しない群で発生する冠血管イベントの頻度と比較した、多型またはリスク因子のそれぞれを有する群で発生する冠血管イベントの頻度の測定値である。
【００３９】
有利な態様において、上記のために、配列番号１−７、または１−８、または１−１１の組み合わせを使用することが可能である。
【００４０】
本明細書中、“改善された心血管リスク評価”とは、今日使用されているスケール／方法、例えば、これに限定されないが、フラミンガムリスクスコア、適合されたフラミンガムのリスクスコア（例えば、これに限定されないが、Ｒｅｇｉｃｏｒ）、Ｓｃｏｒｅ、ＨｅａｒｔＳｃｏｒｅ、Ｐｒｏｃａｍ、Ｒｅｙｎｏｌｄｓ、ＱＲｉｓｋ、特定の患者が罹患している（遡及研究の意味で）か、または罹患し得るイベント数、ならびにＭＡＣＥおよび対象の年齢、冠動脈性心疾患の既往歴、喫煙、血清クレアチニン、真性糖尿病、ＬＤＬ−コレステロール（ＭＡＣＥのみについて）、腎代替療法の延べ時間（ＭＡＣＥのみについて）、および移植回数（死亡率のみについて）の変数として含まれるＡＬＥＲＴ延長試験データを用いる、全ての原因による死亡率の計算方式(calculator)（http://www.anst.uu.se/insov254/calculator/ （Transplantation 2013;95:142−147）でアクセス可能な計算）によるリスク評価よりも適合する、心血管イベントを発症する確率の予測として理解されるべきである。改善は、Acad Radiol 1997;4:49−58に従って計算されるより高いｃ統計値として測定される、ＲＯＣ曲線下面積の増加として測定することができ、Statist Med 2008;27:157−172に従って計算される、正味の再分類の改善度および／または統合判別改善度である。
【００４１】
本発明に包含されるマーカーの検証は、ＡＨＡの勧告に従って行われた（Circulation 2009;119:2408−2416）。
【００４２】
【表４】
2016528907.tif 000005
【００４３】
上記の全ての言及は、引用によりその内容全体を本明細書中に包含され、特に上記の具体的な計算に関して包含される。
【００４４】
本明細書中、“改善された心血管リスク評価”は、“改良された心血管リスク評価”と互換的に用いられる。
【００４５】
本明細書全体を通して記載の通り、本発明の方法は、好ましい態様において、全て、エクスビボで行われる。
【００４６】
好ましい態様において、多型の以下のアレルの存在が決定される：特定の核酸配列内の位置２７における多型、とりわけ位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および配列番号１１においてＧの存在（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）。多型、または多型のアレルの存在はまた、上記のｒｓまたは配列番号のいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓにおいて決定される。例えば、多型、または多型のアレルの存在は、本明細書に記載のｒｓまたは配列番号の何れかと強い連鎖不平衡の関係にある任意のそのような他のｒｓの位置２７に決定され得る。
【００４７】
好ましい態様において、多型の以下のアレルの存在が決定される：特定の核酸配列内の位置２７における多型、とりわけ位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、配列番号８においてＧ、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および配列番号１１においてＧの存在（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）。多型、または多型のアレルの存在はまた、上記のｒｓまたは配列番号の何れかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓにおいて決定され得る（例えば、位置２７において）。それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１およびｒｓ１７２２２８４２を有する、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡおよび配列番号１１においてＧ（または、上記のｒｓの何れかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓにおける多型）は、ハプロタイプＢ ＡＬＯＸ５ＡＰを共に形成しており、他の８配列に加えて、１つの遺伝的リスク要因として考慮される。
【００４８】
これらの態様、すなわち、特定のＳＮＰの組み合わせ、特に配列番号１−７、または配列番号１−８、または配列番号１−１１の組み合わせは、以下に記載する本発明の全ての面の好ましい態様である。
【００４９】
別の面において、本発明は、１つまたはそれ以上の臨床的および／または生化学的リスク因子と組み合わせて、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づく１０年間および／またはより長期間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞、または狭心症、または卒中、または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を示す慢性腎疾患に罹患している個体の確率（心血管リスクとして公知）を推定するための方法に関し、ここで、該多型の相対的寄与は、遺伝的スコアリスクとして供される。
【００５０】
別の面において、本発明は、好ましくは１つまたはそれ以上の臨床的および／または生化学的リスク因子と組み合わせて、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づく１０年間および／またはより長期間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞、または狭心症、または卒中、または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を示す慢性腎疾患に罹患している個体の確率（心血管リスクとして公知）を推定するための方法に関し、ここで、該多型の相対的寄与は、遺伝的スコアリスクとして供される。本発明の使用は、慢性腎疾患に罹患している患者におけるリスクを推定する古典的方法（例えば、フラミンガム、Ｒｅｇｉｃｏｒ、Ｓｃｏｒｅ、ＭＡＣＥまたは総死亡率リスク計算など）と比較して、心血管リスクの再分類を意味し得て、ここで、該リスクは、本発明において考慮される遺伝的および／または臨床的／生化学的データを考慮することなく推定される。再分類とは、本発明を考慮して、新たなリスクを、古典的手段により算出されるよりも低く、または高くすることができることを意味する。
【００５１】
本明細書中、“心血管イベント”は、“心血管合併症”と互換的に用いられる。
【００５２】
本明細書中、“ＡＨＡ”は、米国心臓協会（American Heart Association）として理解されるべきである。
【００５３】
本明細書中、“ＧＷＡＳ”は、ゲノムワイド関連解析として理解されるべきである。
【００５４】
用語“疾患”および“障害”は、本明細書中、互換的であると解釈されるべきである。
【００５５】
用語“慢性腎疾患”は、腎障害の有無とは関わりなく、画像検査における異常または３ヶ月以上のＧＦＲ＜６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２を含む、病理学的異常または腎障害のマーカーの何れかが現れる、低減したＧＦＲがもたらされ得る、糸球体濾過量（ＧＦＲ）の低減の有無に関わらず、腎臓の構造的または機能的異常により定義されるような３ヶ月以上の腎障害を定義することを意味する（Am J Kidney Dis 39:S1−S266, 2002 suppl 1、引用により本明細書中に包含される）。
【００５６】
別の面において、本発明は、１つまたはそれ以上の従来のリスク因子と組み合わせて、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づいて、今日使用されている方法に従って、１０年間および／または長期間の、心血管イベント（致死性もしくは非致死性の心筋梗塞、または狭心症、または卒中、または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害）に罹患する中程度のリスクを有するとして分類された慢性腎疾患に罹患している個体の確率（心血管リスクとして知られている）の再分類の方法に関し、ここで、多型の相対的寄与は、遺伝的スコアリスクとして供される。
【００５７】
さらなる面において、本発明は、１つまたはそれ以上の従来のリスク因子と組み合わせて、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づいて、１０年間および／または長期間の、致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を呈する慢性腎疾患に罹患している個体の確率を決定する方法に関し、ここで、多型の相対的寄与は、遺伝的スコアリスクとして供される。
【００５８】
さらなる面において、本発明は、好ましくは１つまたはそれ以上の従来のリスク因子と組み合わせて、上記の多型の１つまたはそれ以上の存在に基づいて、１０年間または長期間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を呈する、１つまたはそれ以上の非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害に罹患している個体の確率を決定する方法に関し、ここで、該多型の相対的寄与は遺伝的スコアリスクとして供される。
【００５９】
さらなる面において、本発明は、本発明のいずれかの方法を実行するための手段を含む、コンピュータープログラムまたはコンピューターが判読可能な記録媒体に関する。
【００６０】
別のさらなる面において、本発明は、配列番号１〜１１の群から選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドを同定するための検出試薬を含むキットに関する。
【００６１】
別のさらなる面において、本発明は、ハプロタイプＢ ＡＬＯＸ５ＡＰと考えられる、配列番号１〜８および配列番号９、１０、および／または１１の群から選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチド、ならびに単一のリスクアレルと考えられる、それらの配列におけるアレルＡＡＧ、を同定するための検出試薬を含むキットに関する。
【００６２】
別のさらなる面において、本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７および／または８の群から選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドを同定するための検出試薬を含むキットに関する。
【００６３】
別のさらなる面において、本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６および／または７の群から選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドを同定するための検出試薬を含むキットに関する。
【００６４】
さらなる面において、本発明は、本発明の方法のいずれかを実行するための手段を含む、コンピュータープログラムまたはコンピューターが判読可能な記録媒体に関する。
【００６５】
本発明はまた、さらに図面により定義され、ここで、図１は好ましい遺伝子およびＳＮＰの概要を示し、図２は、ＣＫＤ集団が、非ＣＫＤの一般のスペイン人よりもどの程度高い心血管リスクおよび冠血管リスクを有したかを示す（Rev Esp Cardiol 2003;56(3):253）。
【図面の簡単な説明】
【００６６】
【図１】図１は好ましい遺伝子およびＳＮＰの概要を示す。
【図２】図２は、ＣＫＤ集団が、非ＣＫＤの一般のスペイン人よりもどの程度高い心血管リスクおよび冠血管リスクを有したかを示す。
【発明を実施するための形態】
【００６７】
発明の詳細な説明
本発明者らは、組み合わせて使用するとき、慢性腎疾患に罹患している患者における、ＣＶＤのリスク、ならびに／または心筋梗塞、卒中、狭心症および末梢動脈障害を含むが、それらに限定されないＣＶＤ合併症のリスクと関連する、一連の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを同定した。これらの多型マーカーは、現在使用されている多型または多型の組合せよりも優れている。
【００６８】
本発明者らは、慢性腎疾患に罹患している対象の、心血管疾患、心血管イベントおよび／または致死性および非致死性の心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作ならびに末梢動脈障害を含むが、これらに限定されない心血管合併症を発症するリスクを計算するために、今日使用されているスケール／方法／計算式において上記の同定された問題を解決した。
【００６９】
従って、本発明はまた、慢性腎疾患に罹患している患者における心血管疾患を正確に予測していない、既存のスケール／方法／計算式の限界を克服するための方法に関する。
【００７０】
従って、本発明はまた、心血管リスクについて今日使用されているツールを用いて計算された中程度のリスクのみを有する慢性腎疾患に罹患している対象において、依然として、かなりの数の心血管イベントが発生し得る、既存のスケール／方法／計算式の限界を克服するための方法に関する。
【００７１】
従って、本発明はまた、慢性腎疾患に罹患している患者、特に１つまたはそれ以上の心血管疾患に既に罹患している患者における心血管疾患を正確に予測しない、スケール／方法／計算式の限界を克服するための方法に関する。
【００７２】
本発明は、慢性腎疾患に罹患している患者における心血管リスクを正確に計算する方法を提供することにより、心血管リスクを計算するために今日使用されるスケール／方法／計算式の上記の限界を克服する。遺伝子マーカーの（上記の）特定の組合せを使用する。特に有利な組合せは、配列番号１−７、または１−８におけるＳＮＰの組合せ、すなわち、ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１およびｒｓ１０４５５８７２の組合せである。さらにより好ましい、かつ有利なものは、数千の可能性のあるマーカーの複合解析および真正解析（genuine analysis）後に、本発明者らによって選択され、評価された、表１（図１参照）に列記されている組合せである。遺伝的リスクスコア（ＧＲＳ）を構築するための異なる可能性のうち、本発明者らは、この組合せが提供されることにより最良の結果が得られる、特定のものを同定することに成功した。遺伝的リスクパンクチュエーションを計算するために、各個体に存在する表１に列記されたＳＮＰからのリスクアレルの累積数が考慮される。研究される変異体のそれぞれについて、全ての個体は、０、１または２個のリスクアレルを有し得る。選択された変異体の異なるセットに蓄積されたリスクアレルのｓｕｍ関数（summatory：数列の和）を計算することにより（ｎ＝９、または８）、各個体について、それぞれ、０から１８、または１６であるスコアが得られた。本発明者らは、心血管リスクの推定のための新しいアルゴリズムを作成した。この革新的な戦略は、正確な心血管リスクの推定を可能にし、さらに優れた正味の再分類の改善値を有する患者の再分類を可能にする。
【００７３】
本発明の好ましい態様を以下に記載する：
１．慢性腎疾患に罹患している対象から採取されたサンプルにおいて、多型の存在を決定する工程を含む、該対象において心血管リスクを評価する方法であって、該多型が、配列番号１〜８の核酸配列内の位置２７に存在するか、または該多型が、配列番号１〜８のいずれかの配列と強い連鎖不平衡の関係にある配列中にあり、ここで、該位置２７における、配列番号１においてＣ、配列番号２においてＣ、配列番号３においてＴ、配列番号４においてＣ、配列番号５においてＣ、配列番号６においてＡ、配列番号７においてＴ、そして／または配列番号８においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が、心血管イベントの発症リスクの指標である、方法。
【００７４】
２．さらに、該位置２７における、配列番号９においてＡ、配列番号１０においてＡ、および／または配列番号１１においてＧ（それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、および／またはｒｓ１７２２２８４２を有する）の存在、または上記ｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡の関係にある他のｒｓの配列内の多型の存在が決定される、項１に記載の方法。
【００７５】
３．フラミンガム、Ｒｅｇｉｃｏｒ、Ｓｃｏｒｅ、Ｐｒｏｃａｍ．Ｑリスク、ＭＡＣＥ、総死亡率リスク計算などの、これらに限定されない、リスク推定のためのスケール／方法を用いて得られたリスク評価と比較して、改善されたリスク評価で慢性腎疾患に罹患している対象を再分類するための、上記項１および／または２に記載の方法。
【００７６】
４．心血管治療の必要性または心血管イベントに対する予防的心血管治療／管理の必要性または特定の治療目標の必要性において、慢性腎疾患に罹患している対象を同定するための、上記項１−３のいずれかに記載の方法。
【００７７】
５．後者の３つの配列（配列番号９−１１）およびｒｓが、ハプロタイプＢ ＡＬＯＸ５ＡＰを形成し、他の８つの配列に加えて、１つの遺伝的リスク要因と見なされる、上記の項２−４のいずれかに記載の方法。
【００７８】
６．慢性腎疾患に罹患し、かつ１つまたはそれ以上の非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を有する個体の、致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症または卒中または一過性脳虚血発作または末梢動脈障害を呈する確率を決定するための、上記項１−５のいずれかに記載の方法。
【００７９】
７．慢性腎疾患に罹患し、かつ心血管イベントを有するか、または心血管イベントの素因を有する疑いのある患者の予防的および／または治療的処置の治療目標を確立するための方法であって、該患者および／または治療目標は、対象から採取されたサンプル内に上記の多型が存在することに基づく治療のために選択される、上記項１−６のいずれかに記載の方法。
【００８０】
８．慢性腎疾患に罹患している個体の、１０年間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症を呈する確率を決定するための、上記項１−７のいずれかに記載の方法であって、１からＰの臨床的および／または生化学的リスク因子ならびに配列番号１〜１１の上記のヌクレオチド配列中の位置２７における１からＪの多型の存在に基づき、式１ａを用いて決定される方法：
【数１】
2016528907.tif 000006
式中、
ｐｒｏｂ（ｅｖｅｎｔｉ｜ＣＲＦｐ，ｉ，ＳＮＰｊ，ｉ）は、冠血管リスク因子（ＣＲＦ）および遺伝的特徴（ＳＮＰｊ，ｉ）の組合せによって与えられる冠血管イベントを発症する確率である。
・ｅｖｅｎｔｉ：個体“ｉ”についての、１０年間の冠血管イベント（致死性および非致死性の心筋梗塞または狭心症）。
・ＣＲＦｐ，ｉ：個体“ｉ”についての計算式に含まれる各冠血管リスク因子“ｐ”の値。モデルに含まれる冠血管リスク因子のリストは表Ａに示す。
・ＳＮＰｊ，ｉ：個体“ｉ”についての計算式に含まれる特定の遺伝子変異体“ｊ”のリスクアレルの数（０，１，２）。モデルに含まれる現在の変数を表Ｂに示す。
【数２】
2016528907.tif 000007
は、集団における冠血管イベントなしの平均生存率である。この生存率は、地域または国の率に適合される。
ｅｘｐ；自然指数
【数３】
2016528907.tif 000008
は、Ｐ古典的リスク因子に伴うｓｕｍ関数である。
βＣＲＦｐは、表Ａに示すように、冠血管リスク因子“ｐ”に対応するハザード比の対数である。
ＣＲＦｐ．ｉは、個体“ｉ”の計算式に含まれる各冠血管リスク因子“ｐ”の値である。
【数４】
2016528907.tif 000009
は、Ｊ遺伝子変異に伴うｓｕｍ関数である。
βＳＮＰｊは、表Ｂに示されるように、遺伝子変異体“ｊ”に対応するハザード比の対数である。
ＳＮＰｊ，ｉは、個体“ｉ”についての計算式に含まれる特定の遺伝子変異体“ｊ”についてのリスクアレルの数（０，１，２）である。
【数５】
2016528907.tif 000010
は、集団内での臨床的／生化学的リスク因子“ｐ”の平均値である。
【数６】
2016528907.tif 000011
は、集団内の遺伝的変異体“ｊ”の平均リスクアレルのコピー数である。
【００８１】
９．慢性腎疾患に罹患している個体の、１０年間の致死性もしくは非致死性の心筋梗塞または狭心症を呈する確率を決定するための、上記項１−７のいずれかに記載の方法であって、１からＰの異なる臨床的および／または生化学的リスク因子ならびに１からＪ個の異なる遺伝子変異体（ここで、該遺伝子変異体は、配列番号１〜１１のヌクレオチド配列中の位置２７における上記の多型である）に基づき、式１ｂを用いて決定される方法：
【数７】
2016528907.tif 000012
式中、
ｐｒｏｂ（ｅｖｅｎｔｉ｜ＣＲＦｐ，ｉ、ＧＲＳｉ）は、冠血管リスク因子（ＣＲＦｐ，ｉ）および遺伝的特徴（ＧＲＳｉ）の組合せによって与えられる冠血管イベントを発症する確率であり、
・ｅｖｅｎｔｉ：個体“ｉ”についての、１０年間の冠血管イベント（致死性および非致死性の心筋梗塞または狭心症）。
・ＣＲＦｐ，ｉ：個体“ｉ”についての計算式に含まれる各冠血管リスク因子“ｐ”の値。モデルに含まれる冠血管リスク因子のリストは表Ａに示す。
・ＧＲＳｉ：個体“ｉ”についての計算式に含まれる遺伝子変異体のリスクアレルの加重数（０，１，２）として定義される遺伝的リスクスコア。遺伝的リスクスコアに含まれる変異体を表Ａに示す。加重は、スコアに含まれる各ＳＮＰのβ値に比例し（表Ｂ参照のこと）、ＧＲＳの範囲は、スコアに含まれるＳＮＰの数の０〜２倍である。
【数８】
2016528907.tif 000013
は、集団における冠血管イベントなしの平均生存率である。
ｅｘｐ；自然指数
【数９】
2016528907.tif 000014
は、式中、
【数１０】
2016528907.tif 000015
が、“ｐ”臨床的／生化学的リスク因子に伴うｓｕｍ関数である。
βＣＲＦｐが、臨床的／生化学的リスク因子“ｐ”に対応するハザード比の対数である。各冠血管リスク因子“ｐ”についてのβ値を表Ａに示す。
ＣＲＦｐ．ｉが、個体“ｉ”の計算式に含まれる各冠血管リスク因子“ｐ”の値である。
βＧＲＳは、遺伝的リスクスコアの値の１単位増加に対応するハザード比の対数である。βＧＲＳの値は、０．０１０から０．５００の範囲内であり、０．１０４である。
ＧＲＳｉは、個体“ｉ”の遺伝的リスクスコアの値である。
【数１１】
2016528907.tif 000016
は、集団における臨床的／生化学的リスク因子“ｐ”の平均値である。この平均値は、地域または国の有病率に適合され得る。
【数１２】
2016528907.tif 000017
は、集団内の遺伝的リスクスコアの平均値である。
そして、他の変数は、項８に定義の通りである。
【００８２】
１０．心血管イベントが、致死性もしくは非致死性の心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作、末梢動脈疾患またはそれらの組み合わせの群から選択される、項１から９の何れかに記載の方法。
【００８３】
１１．年齢、人種、性別、肥満度指数、収縮期血圧、拡張期血圧、喫煙状態および喫煙歴、総コレステロール量、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）−または高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）−コレステロール量、トリグリセリド、異脂肪血症歴、心不全歴、冠動脈性心疾患の既往歴、真性糖尿病、血糖値、糖化ヘモグロビン、ヘモグロビンＡ１ｃ、糸球体濾過量、腎疾患状態（ＣＫＤステージ１−４、腎代替療法または腎移植における末期腎不全（ＥＳＲＤ））、高血圧、腎不全およびその病期（１〜５）、慢性腎疾患およびその病期（透析前、透析中、移植、移植不全）、腎代替療法の延べ時間、移植回数、左室肥大、飲酒、身体活動実施、心血管疾患または冠血管疾患の食事歴および家族歴、クレアチニン、カルシウム、リン、パラトルモン、アルブミン、および２４時間蓄尿検査からなる群より選択される、１つまたはそれ以上の心血管疾患または障害のリスク因子を決定することをさらに含む、項１から１０の何れかに記載の方法。
【００８４】
１２．サンプルが口腔組織サンプルであり、剥離もしくは洗浄されるか、または生物学的液体サンプル、好ましくは唾液、尿もしくは血液である、項１から１１のいずれかに記載の方法。
【００８５】
１３．ポリヌクレオチドの存在または不存在を、サンプルからの増幅産物の増幅に成功するか、または失敗するかによって同定する、項１から１２のいずれか１つまたはそれ以上に記載の方法であって、ここで、該増副産物は、好ましくは分析前に制限酵素で消化され、および／または該ＳＮＰは、核酸サンプルを検出可能な部分で標識されたプライマーと共にハイブリダイズすることにより同定される、方法。
【００８６】
１４．複数の古典的リスク因子“ｐ”が用いられ、該複数のリスク因子が以下からなる群より選択される、項１から１３のいずれかに記載の方法：
・性別、年齢、総コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、血圧、糖尿病および喫煙、
・年齢、ＬＤＬ−コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、トリグリセリド、収縮期血圧、心筋梗塞および糖尿病の家族歴、
・性別、Ｌｏｇ（年齢／１０）、総コレステロール／ＨＤＬ−コレステロール、肥満度指数、若年性ＣＶＤの家族歴、喫煙、出力領域のＴｏｗｎｓｅｎｄスコア、収縮期血圧、高血圧の処置、および収縮期血圧（ＳＢＰ）＊高血圧（ＨＴＮ）処置の相関、
・腎疾患病期（ＣＫＤステージ１−４、腎代替療法または腎移植におけるＥＳＤＲ）、年齢、性別、ＨＤＬ−コレステロール、糖尿病状態、高血圧状態、ヘモグロビンＡ１ｃ、
・年齢、冠動脈性心疾患の既往歴、喫煙、血清クレアチニン、真性糖尿病、ＬＤＬ−コレステロール、腎代替療法の延べ時間、
・年齢、冠動脈性心疾患の既往歴、喫煙、血清クレアチニン、真性糖尿病、ＬＤＬ−コレステロール、腎代替療法の延べ時間、移植回数。
【００８７】
１５．確率が、対象の１５歳から８５歳までの期間について決定される、項１から１４のいずれかに記載の方法。
【００８８】
１６．確率が、対象の３５歳から７５歳までの期間について決定される、項１から１４のいずれかに記載の方法。
【００８９】
１７．確率が、対象の実際の年齢から７５歳までの期間について決定される，項１から１４のいずれかに記載の方法。
【００９０】
１８．上記の何れかのｒｓと強い連鎖不平衡を有する該他のｒｓが、（ｉ）配列番号４８で示され、ｒｓ５０１１２０と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ１７４６０４８であるか、または（ｉｉ）配列番号４９で示され、ｒｓ１７４６５６３７と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ２１３３１８９である、項１から１７のいずれかに記載の方法。
【００９１】
１９．項１から１８のいずれかに記載の方法を実施するため手段を含む、コンピュータープログラムまたはコンピューターが判読可能な記録媒体。
【００９２】
２０．配列番号１〜１１からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【００９３】
２１．配列番号１〜８からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【００９４】
２２．配列番号１〜７からなる群より選択される核酸配列内の位置２７のヌクレオチドの同一性を検出するための試薬を含むキット。
【００９５】
２３．配列番号１〜７、または配列番号１〜８、または配列番号１〜１１の核酸配列内の少なくとも位置２７を含む領域の増幅に特異的な１つまたはそれ以上のプライマー対を含む、項２０または２２に記載のキット。
【００９６】
２４．選択された配列が、それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ９３１５０５１、およびｒｓ１７２２２８４２を有する、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、項２０または２３に記載のキット。
【００９７】
２５．選択された配列が、それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ９９８２６０１およびｒｓ１０４５５８７２を有する、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、項２１または２３に記載のキット。
【００９８】
２６．選択された配列が、それぞれ、ｄｂ ＳＮＰ受託番号 ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ５０１１２０およびｒｓ９９８２６０１を有する、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６および配列番号７であるか、または記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する何れか他のｒｓである、項２２または２３に記載のキット。
【００９９】
２７．記載されるｒｓのいずれかと強い連鎖不平衡を有する該他のｒｓが、（ｉ）配列番号４８で示され、ｒｓ５０１１２０と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ１７４６０４８であるか、または（ｉｉ）配列番号４９で示され、ｒｓ１７４６５６３７と強い連鎖不平衡を有する、ｒｓ２１３３１８９である、項２４から２６のいずれかに記載のキット。
【０１００】
２８．配列番号１２および１３（ｒｓ１３３３０４９）、および
配列番号１４および１５（ｒｓ１３３３０４９）；
配列番号１６および１７（ｒｓ１０４５５８７２）、および
配列番号１８および１９（ｒｓ１０４５５８７２）；
配列番号２０および２１（ｒｓ６７２５８８７）、および
配列番号２２および２３（ｒｓ６７２５８８７）；
配列番号２４および２５（ｒｓ９８１８８７０）、および
配列番号２６および２７（ｒｓ９８１８８７０）；
配列番号２８および２９（ｒｓ１０５０７３９１）、および
配列番号３０および３１（ｒｓ１０５０７３９１）；
配列番号３２および３３（ｒｓ９９８２６０１）、および
配列番号３４および３５（ｒｓ９９８２６０１）；
配列番号３６および３７（ｒｓ９３１５０５１）、および
配列番号３８および３９（ｒｓ９３１５０５１）；
配列番号４０および４１（ｒｓ１２５２６４５３）、および
配列番号４２および４３（ｒｓ１２５２６４５３）；
配列番号４４および４５（ｒｓ１７２２２８４２）、および
配列番号４６および４７（ｒｓ１７２２２８４２）；
配列番号５０および５１（ｒｓ１７４６５６３７）、および
配列番号５２および５３（ｒｓ１７４６５６３７）；
配列番号５４および５５（ｒｓ５０１１２０）、および
配列番号５６および５７（ｒｓ５０１１２０）；
配列番号５８および５９（ｒｓ２１３３１８９）、および
配列番号６０および６１（ｒｓ２１３３１８９）；
配列番号６２および６３（ｒｓ１７４６０４８）、および
配列番号６４および６５（ｒｓ１７４６０４８）；ならびに、
配列番号６６および６７（ｒｓ２１３３１８９）、および
配列番号６８および６９（ｒｓ２１３３１８９）
からなる群より選択される、プローブ／プライマーのセット。
【０１０１】
関数(複数可)で得られた全ての値は、必要に応じて、地域または国の有病率に適合させ得る。
【０１０２】
従って、本明細書に記載の全ての方法およびキットのためのＳＮＰの最も好ましい組合せは、配列番号１−７のＳＮＰの組合せ、または配列番号１−８のＳＮＰの組合せ、または配列番号１−１１のＳＮＰの組合せである。
【０１０３】
用語“多型”および“一塩基多型”（すなわち、ＳＮＰ）は、本明細書中、互換的に用いられ、ゲノムまたは別の共有配列中の単一のヌクレオチドが、種のメンバー間または個体中の染色体対間で異なるときに生じるヌクレオチド配列変異に関する。ＳＮＰはまた、定義された集団中の約１％を超える程度の低いアレル頻度を有する変異として表され得る。本発明の一塩基多型は、遺伝子のコーティング配列内、遺伝子の非コーディング配列内または遺伝子間のイントロン領域内にあってよい。
【０１０４】
本発明のこの方法で用いられている多型のリストは、本明細書に添付の表１（図１）に示され、好ましくは配列番号１−８のＳＮＰ、配列番号１−７のＳＮＰ、より好ましくは配列番号１−１１のＳＮＰである。
【０１０５】
本明細書中、強い連鎖不平衡はｒ２値によって定義され得る。連鎖不平衡は、遺伝子座の対でのハプロタイプ分布の特性である。これは、集団内の染色体遺伝子座の対間の関連を説明する。ｒ２値は、連鎖不平衡を記載するために特に適していると考えられる。
【０１０６】
連鎖不平衡のｒ２の値は、以下の式で定義される：
【数１３】
2016528907.tif 000018
式中、
Ｐabは、遺伝子座１にアレルaおよび遺伝子座２にアレルbを有するハプロタイプの頻度である（Hill & Robertson, 1968）。相関係数の二乗として、ｒ２（Ｐab、Ｐb、Ｐab）は、Ｐab、ＰbおよびＰabの変化に応じて０から１の範囲である。
“Hill & Robertson, 1968”は、Theor Appl Genetics 1968;38:226−231である。
【０１０７】
強い連鎖不平衡は、０．７以上、好ましくは０．８以上、より好ましくは０．９以上、例えば１を含む、ｒ２値を有するものである。
【０１０８】
本明細書で用いる用語“心血管疾患または障害”には、心臓または血管または両方に影響する疾患、または心肺および循環系に関連する疾患が含まれる。該疾患には以下の疾患が含まれるが、これらに限定されない。虚血、狭心症、浮腫状態、アテローム性動脈硬化症、冠動脈性心疾患、ＬＤＬ酸化、内皮細胞への単球の接着、泡沫細胞形成、脂肪線条発達、血小板の付着および凝集、平滑筋細胞増殖、再灌流障害、高血圧、血栓症、不整脈（心房または心室または両方）；心律動障害；心筋虚血；心筋梗塞；心臓または血管の動脈瘤（cardiac or vascular aneurysm）；脈管炎、卒中；手足、臓器、または組織の末梢閉塞性動脈疾患；脳、心臓または他の臓器もしくは組織の虚血性ショック、内毒素ショック、外科的ショックまたは外傷性ショック後の再灌流障害；高血圧、心臓弁膜症、心不全、異常血圧；ショック；血管収縮（偏頭痛と関連するものを含む）；血管形成異常、炎症および／または単一の臓器もしくは組織に限定される機能不全。
【０１０９】
好ましい態様において、リスクが検出される心血管疾患または心血管イベントは、致死性および非致死性心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作、末梢動脈障害またはそれらの組み合わせの群から選択される。
【０１１０】
本明細書で用いる用語“サンプル”とは、生物学的供給源由来の任意のサンプルを意味し、細胞培養物もしくはその抽出物、哺乳動物から得られた生検材料もしくはその抽出物、および血液、唾液、尿、糞便、精液、涙、または他の体液もしくはその抽出物が含まれるが、それらに限定されない。
【０１１１】
予測モデルを使用するとき、一例としては、治療決定を行うために、予測リスクが、リスクカットオフ閾値を用いて分類される。本明細書で用いる用語“再分類”は、リスク評価の初期モデルと比較して新しいモデルの下でのリスクの別のカテゴリーへのヒトの層別化を意味する。再分類は、通常、再分類されるヒトの割合を意味する。
【０１１２】
本明細書で用いる用語“純再分類改善度（ＮＲＩ）”は、リスク分類における正味の改善度の評価を意味する。ＮＲＩは、症例について個体集団中の上向き移動群の比から該集団の下向き移動群の比を引いた差と、非症例について個体集団の下向き移動群の比から該集団の上向き移動群の比を引いた差との和として計算される。ＮＲＩの要素は、症例および非症例における再分類の改善の正味の利点を示す。正および負の値は、それぞれ、改善された、または悪化した分類の個体の正味の割合を表す。全体的に、再分類の改善は、０よりも有意に大きいＮＲＩで示される。
【０１１３】
本明細書で用いる用語“心血管治療”は、上記の心血管疾患のいずれかに罹患するリスクを改善する、または低減させる任意の処置法を意味する。本発明で用いるのに好適な治療法には、抗凝血剤、抗血小板薬、血栓溶解剤、抗血栓剤、抗不整脈薬、再分極を延長する薬剤、抗高血圧薬、血管拡張薬、降圧剤、利尿剤、強心薬、抗狭心症薬、低脂肪血症剤または脂質低下剤などが含まれるが、これらに限定されない。
【０１１４】
抗凝血剤の非限定的例としては、アセノクマロール、アンクロッド、アニシンジオン、ブロミンジオン、クロリンジオン、クメタロール、シクロクマロール、デキストラン硫酸ナトリウム、ジクマロール、ジフェナジオン、エチルビスクムアセテート、エチリデンジクマロール、フルインジオン、ヘパリン、ヒルジン、リアポレートナトリウム、オキサゾリジノン、ポリ硫酸ペントサン、フェニンジオン、フェンプロクモン、ホスビチン、ピコタミド、チオクロマロールおよびワルファリンが挙げられる。
【０１１５】
抗血小板薬の非限定的例としては、アスピリン、デキストラン、ジピリダモール（ペルサンチン）、ヘパリン、スルフィン−ピラノン（anturane）、クロピドグレルおよびチクロピジン（ticlid）が挙げられる。
【０１１６】
血栓溶解剤の非限定的例としては、組織プラスミノーゲンアクチベーター（アクチバーゼ）、プラスミン、プロウロキナーゼ、ウロキナーゼ（abbokinase）、ストレプトキナーゼ（streptase）、アニストレプラーゼ／ＡＰＳＡＣ（eminase）が挙げられる。
【０１１７】
抗血栓薬の非限定的例としては、アナグレリド、アルガトロバン、シロスタゾール、ダルトロバン、デフィブロチド、エノキサパリン、フラキシパリン（fraxiparine）、インドブフェン、ラモパラン（lamoparan）、オザグレル、ピコタミド、プラフィブリド、テデルパリン、チクロピジンおよびトリフルサールが挙げられる。
【０１１８】
抗不整脈薬の非限定的例としては、クラスＩ抗不整脈薬（ナトリウムチャネル遮断薬）、クラスＩＩ抗不整脈薬（β−アドレナリン遮断薬）、クラスＩＩＩ抗不整脈薬（再分極遅延薬）、クラスＩＶ抗不整脈薬（カルシウムチャネル遮断薬）および種々の抗不整脈薬が挙げられる。
【０１１９】
ナトリウムチャネル遮断薬の非限定的例としては、クラスＩＡ、クラスＩＢおよびクラスＩＣ不整脈薬が挙げられる。クラスＩＡ不整脈薬の非限定的例としては、ジソピラミド(dispyramide)（norpace）、プロカインアミド（pronestyl）およびキニジン（quinidex）が挙げられる。クラスＩＢ不整脈薬の非限定的例としては、リドカイン（キシロカイン）、トカイニド（tonocard）およびメキシレチン（mexitil）が挙げられる。
【０１２０】
クラスＩＣ不整脈薬の非限定的例としては、エンカイニド（enkaid）およびフレカイニド（fiecainide）（tambocor）が挙げられる。
【０１２１】
β−アドレナリン遮断薬、β−アドレナリンアンタゴニストまたはクラスＩＩ抗不整脈薬としても知られている、β遮断薬の非限定的例としては、アセブトロール（sectral）、アルプレノロール、アモスラロール、アロチノロール、アテノロール、ベフノロール、ベタキソロール、ベバントロール、ビソプロロール、ボピンドロール、ブクモロール、ブフェトロール、ブフラロール、ブニトロロール、ブプラノロール、塩酸ブチドリン、ブトフィロロール、カラゾロール、カルテオロール、カルベジロール、セリプロロール、セタモロール、クロラノロール、ジレバロール、エパノロール、エスモロール(brevibloc)、インデノロール、ラベタロール、レボブノロール、メピンドロール、メチプラノロール、メトプロロール、モプロロール、ナドロール、ナドキソロール、ニフェナロール、ニプラジロール、オクスプレノロール、ペンブトロール、ピンドロール、プラクトロール、プロネタロール、プロプラノロール（インデラル）、ソタロール(betapace)、スルフィナロール、タリノロール、テルタトロール、チモロール、トリプロロールおよびキシビノロールが挙げられる。特定の態様では、β遮断薬はアリールオキシプロパノールアミン誘導体を含む。
【０１２２】
アリールオキシプロパノールアミン誘導体の非限定的例としては、アセブトロール、アルプレノロール、アロチノロール、アテノロール、ベタキソロール、ベバントロール、ビソプロロール、ボピンドロール、ブニトロロール、ブトフィロロール、カラゾロール、カルテオロール、カルベジロール、セリプロロール、セタモロール、エパノロール、インデノロール、メピンドロール、メチプラノロール、メトプロロール、モプロロール、ナドロール、ニプラジロール、オクスプレノロール、ペンブトロール、ピンドロール、プロプラノロール、タリノロール、テルタトロール、チモロールおよびトリプロロールが挙げられる。
【０１２３】
脂質低下能を有する薬剤の非限定的例としては、第四級アミン類のような胆汁酸捕捉剤（例えば、コレスチラミンおよびコレスチポール）；ニコチン酸およびその誘導体；ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤、例えばメバスタチン、プラバスタチンおよびシンバスタチン；  ゲムフィブロジルおよび他のフィブリン酸、例えばクロフィブラート、フェノフィブラート、ベンザフィブラートおよびシプロフィブラート；プロブコール；ラロキシフェンおよびその誘導体が挙げられるが、これに限定されない。
【０１２４】
クラスＩＩＩ抗不整脈薬としても公知の、再分極を延長する薬剤（再分極遅延薬）の非限定的例としては、アミオダロン（cordarone）およびソタロール（betapace）が挙げられる。
【０１２５】
クラスＩＶ抗不整脈薬としても公知の、カルシウムチャネル遮断薬の非限定的例としては、アリールアルキルアミン（例えば、ベプリジル、ジルチアゼム、フェンジリン、ガロパミル、プレニラミン、テロジリン、ベラパミル）、ジヒドロピリジン誘導体（フェロジピン、イスラジピン、ニカルジピン、ニフェジピン、ニモジピン、ニソルジピン、ニトレンジピン）、ピペラジン誘導体（例えば、シンナリジン、フルナリジン、リドフラジン）、または種々のカルシウムチャネル遮断薬、例えばベンシクラン、エタフェノン、マグネシウム、ミベフラジルまたはペルヘキシリンが挙げられる。任意の態様において、カルシウムチャネル遮断薬は、長時間作用型ジヒドロピリジン（ニフェジピン型）カルシウムアンタゴニストを含む。
【０１２６】
種々の抗不整脈薬の非限定的例としては、アデノシン(adenocard)、ジゴキシン(lanoxin)、アセカイニド、アジマリン、アモプロキサン、アプリンジン、ブレチリウムトシレート、ブナフチン、ブトベンジン、カポベン酸、シフェンリン、ジソピラミド（disopyranide）、ハイドロキニジン、エンカイニド（indecainide）、臭化イプラトロピウム、リドカイン、ロラジミン、ロルカイニド、メオベンチン（meobentine）、モリシジン、ピルメノール、プラジュマリン、プロパフェノン、ピリノリン（pyrinoline）、キニジンポリガラクツロン、硫酸キニジンおよびビキジル（viquidil）が挙げられる。
【０１２７】
降圧剤の非限定的例としては、交感神経抑制薬、αＩ β 遮断薬、α遮断薬、抗アンジオテンシンＩＩ薬、β遮断薬、カルシウムチャネル遮断薬、血管拡張薬およびその他の降圧剤が挙げられる。
【０１２８】
α−アドレナリン遮断薬またはα−アドレナリンアンタゴニストとしても公知の、α遮断薬の非限定的例としては、アモスラロール、アロチノロール、ダピプラゾール、ドキサゾシン、メシル酸エルゴロイド、フェンスピリド、インドラミン、ラベタロール、ニセルゴリン、プラゾシン、テラゾシン、トラゾリン、トリマゾシンおよびヨヒンビンが挙げられる。任意の態様において、α遮断薬は、キナゾリン誘導体を含んでいてよい。
【０１２９】
キナゾリン誘導体の非限定的例としては、アルフゾシン、ブナゾシン、ドキサゾシン、プラゾシン、テラゾシンおよびトリマゾシンが挙げられる。任意の態様において、降圧剤は、αおよびβアドレナリンアンタゴニストの両方である。
α／β遮断薬の非限定的例としては、ラベタロール（normodyne、trandate）が挙げられる。
【０１３０】
抗アンジオテンシンＩＩ薬の非限定的例としては、アンジオテンシン変換酵素阻害剤およびアンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニストが挙げられる。アンジオテンシン変換酵素阻害剤（ＡＣＥ阻害剤）の非限定的例としては、アラセプリル、エナラプリル（vasotec）、カプトプリル、シラザプリル、デラプリル、エナラプリル（enalaprilat）、フォシノプリル、リシノプリル、モベルトプリル、ペリンドプリル、キナプリルおよびラミプリルが挙げられる。アンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニスト、ＡＮＧ受容体遮断薬またはＡＮＧ−ＩＩ−１型受容体遮断薬（ＡＲＢＳ）としても公知の、アンジオテンシンＩＩ受容体遮断薬の非限定的例としては、アンジオカンデサルタン、エプロサルタン、イルベサルタン、ロサルタンおよびバルサルタンが挙げられる。交感神経抑制薬の非限定的例としては、中枢性交感神経遮断薬または末梢神経作用性交感神経遮断薬が挙げられる。中枢神経系（ＣＮＳ）交感神経遮断薬としても公知の、中枢性交感神経遮断薬の非限定的例としては、クロニジン（catapres）、グアナベンズ（wytensin）、グアンファシン（tenex）およびメチルドパ（aldomet）が挙げられる。末梢神経作用性交感神経遮断薬の非限定的例としては、神経節遮断薬、アドレナリン作動性神経遮断薬、β−アドレナリン遮断薬またはアルアドレナリン遮断薬が挙げられる。神経節遮断薬の非限定的例としては、メカミラミン（inversine）およびトリメタファン（arfonad）が挙げられる。アドレナリン作動性神経遮断薬の非限定的例としては、グアネチジン（イスメリン）およびレセルピン（セルパシル）が挙げられる。β−アドレナリン遮断薬の非限定的例としては、アセニトロール（sectral）、アテノロール（テノーミン）、ベタキソロール（kerlone）、カルテオロール（cartrol）、ラベタロール（normodyne、trandate）、メトプロロール（lopressor）、ナドロール（corgard）、ペンブトロール（levatol）、ピンドロール（visken）、プロプラノロール（inderal）およびチモロール（blocadren）が挙げられる。α−アドレナリン遮断薬の非限定的例としては、プラゾシン（minipress）、ドキサゾシン（cardura）およびテラゾシン（hytrin）が挙げられる。
【０１３１】
任意の態様において、心血管治療薬には、血管拡張薬（例えば、脳血管拡張薬、冠血管拡張薬または末梢血管拡張薬）が含まれ得る。任意の好ましい態様において、血管拡張薬には、冠血管拡張薬が含まれる。冠血管拡張薬の非限定的例としては、アモトリフェン、ベンダゾール、ベンフロジルヘミスクシネート、ベンズヨーダロン、クロラシジン、クロモナール、クロベンフロール（clobenfurol）、クロニトラート、ジラゼプ、ジピリダモール、ドロプレニルアミン、エフロキサート、エリトリトールテトラニトラート、エタフェノン、フェンジリン、フロリジル（floredil）、ガングレフェン、ヘレストロール ビス（β−ジエチルアミノエチルエーテル）、ヘキソベンジン、イトラミントシレート、ケリン、リドフラジン（lidoflanine）、マンニトールヘキサニトレン、メジバジン、ニトログリセリン（nicorglycerin）、四硝酸ペンタエリスリトール、ペントリニトロール、ペルヘキシリン、ピメフィリン、トラピジル、トリクロミル（tricromyl）、トリメタジジン、リン酸トロールニトラートおよびビスナジンが挙げられる。
【０１３２】
任意の態様において、血管拡張薬は、長期治療用血管拡張薬または高血圧緊急症用血管拡張薬を含み得る。長期治療用血管拡張薬の非限定的例としては、ヒドララジン（アプレソリン）およびミノキシジル（ロニテン）が挙げられる。高血圧緊急症用血管拡張薬の非限定的例としては、ニトロプルシド（nipride）、ジアゾキシド（hyper−stat IV）、ヒドララジン（apresoline）、ミノキシジル（loniten）およびベラパミルが挙げられる。
【０１３３】
その他の降圧剤の非限定的例としては、アジマリン、γ−アミノ酪酸、ブフェンヨード（bufeniode）、シクレタニン、シクロシドミン、タンニン酸クリプテナミン、フェノルドパム、フロセキナン、ケタンセリン、メブタメート、メカミラミン、メチルドパ、メチル４−ピリジルケトンチオセミカルバゾン、ムゾリミン、パルギリン、ペンピジン、ピナシジル、ピペロキサン、プリマペロン、プロトベラトリン、ラウバシン、レシメトール、リルメニジン、サララシン、ニトロプルシドナトリウム（sodium nitrousside）、チクリナフェン、カンシル酸トリメタファン、チロシナーゼおよびウラピジルが挙げられる。
【０１３４】
任意の態様において、降圧剤には、アリールエタノールアミン誘導体、ベンゾチアジアジン誘導体、７Ｎ−カルボキシアルキル（ペプチド／ラクタム）誘導体、ジヒドロピリジン誘導体、グアニジン誘導体、ヒドラジン／フタラジン、イミダゾール誘導体、四級アンモニウム化合物、レセルピン誘導体またはスルホンアミド誘導体が含まれ得る。アリールエタノールアミン誘導体の非限定的例としては、アモスラロール、ブフラロール、ジレバロール、ラベタロール、プロネタロール、ソタロールおよびスルフィナロール（sulfinalol）が挙げられる。ベンゾチアジアジン誘導体の非限定的例としては、アルチジド、ベンドロフルメチアジド、ベンズチアジド、ベンジルヒドロクロロチアジド、ブチアジド、クロロチアジド、クロルタリドン、シクロペンチアジド、シクロチアジド、ジアゾキシド、エピチアジド、エチアジド（ethiazide）、フェンキゾン、ヒドロクロロチアジド、ヒドロフルメチアジド、メチクロチアジド、メチクラン、メトラゾン、パラフルチジド、ポリチジド（polythizide）テトラクロルメチアジド、およびトリクロルメチアジドが挙げられる。Ｎ−カルボキシアルキル（ペプチド／ラクタム）誘導体の非限定的例としては、アラセプリル、カプトプリル、シラザプリル、デラプリル、エナラプリル、エナラプリル、フォシノプリル、リシノプリル、モベルチプリル、ペリンドプリル、キナプリルおよびラミプリルが挙げられる。ジヒドロピリジン誘導体の非限定的例としては、アムロジピン、フェロジピン、イスラジピン、ニカルジピン、ニフェジピン、ニルバジピン、ニソルジピンおよびニトレンジピンが挙げられる。グアニジン誘導体の非限定的例としては、ベタニジン、デブリソキン、グアナベンズ、グアナクリン、グアナドレル、グアナゾジン、グアネチジン、グアンファシン、グアノクロル、グアノキサベンズおよびグアノキサンが挙げられる。ヒドラジン／フタラジンの非限定的例としては、ブドララジン、カドララジン、ジヒドララジン、エンドララジン、ヒドラカルバジン、ヒドララジン、フェニプラジン、ピルドララジンおよびトドララジンが挙げられる。イミダゾール誘導体の非限定的例としては、クロニジン、ロフェキシジン、フェントラミン、チアメニジンおよびトロニジンが挙げられる。四級アンモニウム化合物の非限定的例としては、臭化アザメトニウム、塩化クロルイソンダミン、ヘキサメトニウム、ペンタシニウムビス（メチルスルファート）、臭化ペンタメトニウム、酒石酸ペントリニウム、塩化フェナクトロピニウムおよびトリメチジニウムメトスルファートが挙げられる。レセルピン誘導体の非限定的例としては、ビエタセルピン、デセルピジン、レシナミン、レセルピンおよびシロシンゴピンが挙げられる。スルホンアミド誘導体の非限定的例としては、アンブシド、クロパミド、フロセミド、インダパミド、キネタゾン、トリパミドおよびキシパミドが挙げられる。昇圧剤は、一般的に、外科手術中に起こり得るショック中の血圧を上昇させるために用いられる。抗低血圧薬としても公知の、昇圧剤の非限定的例としては、アメジニウムメチル硫酸塩、アンジオテンシンアミド、ジメトフリン、ドーパミン、エチフェルミン、エチレフリン、ゲペフリン、メタラミノール、ミドドリン、ノルエピネフリン、フォレドリンおよびシネフリンが挙げられる。鬱血性心不全の処置のための薬剤の非限定的例としては、抗アンジオテンシンＩＩ薬、後負荷−前負荷軽減処置剤、利尿剤および強心剤（inotropic agent）が挙げられる。
【０１３５】
任意の態様において、アンジオテンシンアンタゴニストを許容し得ない動物、例えばヒト患者は、併用療法によって治療され得る。そのような療法は、ヒドララジン（apresoline）および硝酸イソソルビド（isordil、sorbitrate）の投与を組み合わせものであってよい。
【０１３６】
利尿剤の非限定的例としては、チアジドまたはベンゾチアジアジン誘導体（例えば、アルチアジド、ベンドロフルメチアジド、ベンズチアジド、ベンジルヒドロクロロチアジド、ブチアジド、クロロチアジド、クロロチアジド、クロルタリドン、シクロペンチアジド、エピチアジド、エチアジド、フェンキゾン、ヒドロクロロチアジド、ヒドロフルメチアジド、メチクロチアジド、メチクラン、メトラゾン、パラフルチジド、ポリチジド、テトラクロロメチアジド、トリクロルメチアジド）、有機水銀化合物（例えば、クロルメロドリン、メラルリド、メルカムファミド、メルカプトメリンナトリウム、マーキュマチリン酸、マーキュマチリンナトリウム（mercumatilin dodium）、塩化第一水銀（mercurous chloride）、メルサリル）、プテリジン（例えば、フルテレン、トリアムテレン）、プリン類（例えば、アセフィリン、７−モルホリノメチルテオフィリン、パモブロム（pamobrom）、プロテオブロミン（protheobromine）、テオブロミン）、アルドステロンアンタゴニストを含むステロイド（例えば、カンレノン、オレアンドリン、スピロノラクトン）、スルホンアミド誘導体（例えば、アセタゾラミド、アンブシド（ambuside）、アゾセミド、ブメタニド、ブタゾラミド、クロラミノフェナミド 、クロフェナミド、クロパミド、クロレキソロン、ジフェニルメタン−４，４’−ジスルホンアミド、ジスルファミド、エトキスゾラミド、フロセミド、インダパミド、メフルシド、メタゾラミド、ピレタニド、キネタゾン、トラセミド、トリパミド、キシパミド）、ウラシル（例えば、アミノメトラジン、アミソメトラジン）、カリウム保持性アンタゴニスト（例えば、アミロライド、トリアムテレン）、またはその他の利尿剤、例えばアミノジン、アルブチン、クロラザニル、エタクリン酸、エトゾリン、ヒドラカルバジン、イソソルビド、マンニトール、メトカルコン、ムゾリミン、ペルヘキシリン、チクリナフェンおよび尿素が挙げられる。
【０１３７】
強心剤（cardiotonic）としても公知の、正の強心剤（inotropic agent）の非限定的例としては、アセフィリン、アセチルジギトキシン、２−アミノ−４−ピコリン、アムリノン、ベンフロジルヘミスクシナート、ブクラデシン、セルベロシン、カンフォタミド、コンバラトキシン、シマリン、デノパミン、デスラノシド、ジギタリン、ジギタリス、ジギトキシン、ジゴキシン、ドブタミン、ドーパミン、ドペキサミン、エノキシモン、エリトロフレイン、フェナルコミン、ギタリン、ギトキシン、グリコシアミン、ヘプタミノール、ヒドラスチニン、イボパミン、ラナトシドメタミバム、ミルリノン、ネリホリン（nerifolin）、オレアンドリン、ウアバイン、オキシフェドリン、プレナルテロール、プロスシラリジン、レシブホゲニン、シラレニン、シラレニン、ストロファンチン、スルマゾール、テオブロミンおよびキサモテロールが挙げられる。
【０１３８】
特定の態様において、強心薬は、強心配糖体、β−アドレナリンアゴニストまたはホスホジエステラーゼ阻害剤である。強心配糖体の非限定的例としては、ジゴキシン（ラノキシン）およびジギトキシン（crystodigin）が挙げられる。β−アドレナリンアゴニストの非限定的例としては、アルブテロール、バンブテロール、ビトルテロール、カルブテロール（carbuterol）、クレンブテロール、クロルプレナリン、デノパミン、ジオキセテドリン、ドブタミン（dobutrex）、ドーパミン（intropin）、ドペキサミン、エフェドリン、エタフェドリン、エチルノルエピネフリン、フェノテロール、フォルモテロール、ヘキソプレナリン、イボパミン、イソエタリン、イソプロテレノール、マブテロール、メタプロテレノール、メトキシフェナミン、オキシフェドリン、ピルブテロール、プロカテロール、プロトキロール、レプロテロール、リミテロール、リトドリン、ソテレノール、テルブタリン、トレトキノール、ツロブテロールおよびキサモテロールが挙げられる。ホスホジエステラーゼ阻害剤の非限定的例としては、アムリノン（inocor）が挙げられる。
【０１３９】
抗狭心症剤は、有機硝酸薬、カルシウムチャネル遮断薬、β遮断薬およびそれらの組み合わせを含み得る。ニトロ血管拡張薬としても公知の、有機硝酸薬の非限定的例としては、ニトログリセリン（nitro−bid、nitrostat）、硝酸イソソルビド（isordil、sorbitrate）および硝酸アミル（aspirol、vaporole）が挙げられる。エンドセリン（ＥＴ）は、心不全の発症に関与すると思われる、強力な生理的作用および病態生理的作用を有する、２１−アミノ酸ペプチドである。ＥＴの効果は、細胞表面受容体の２つのクラスとの相互作用を介して媒介される。タイプＡ受容体（ＥＴ−Ａ）は、血管収縮および細胞増殖に関連し、タイプＢ受容体（ＥＴ−８）は、内皮細胞媒介血管拡張および他の神経ホルモン、例えばアルドステロンの放出に関連する。ＥＴの産生またはその関連細胞を刺激する能力のいずれかを阻害し得る薬剤は、当技術分野で公知である。ＥＴ産生の阻害は、その前駆体からの活性ペプチドのプロセシングに関与する、エンドセリン変換酵素と称される酵素を阻止する薬剤の使用を伴う。細胞を刺激するＥＴの能力を阻害することは、ＥＴとその受容体との相互作用を阻止する薬剤の使用を伴う。エンドセリン受容体アンタゴニスト（ＥＲＡ）の非限定的例としては、ボセンタン、エンラセンタン、アンブリセンタン、ダルセンタン、テゾセンタン、アトラセンタン、アボセンタン、クラゾセンタン、エドネンタン、シタクスセンタン、ＴＢＣ３７１１、ＢＱ１２３およびＢＱ７８８が挙げられる。
【０１４０】
当業者は、個体の核酸における、本発明の方法に従うヌクレオチドの存在分析を、多型部位に存在するヌクレオチドを決定することができる任意の方法または技術によって行うことができることを容易に認識し得る。当技術分野で明らかなように、多型マーカー中に存在するヌクレオチドは、一方の核酸鎖または両方の鎖から決定することができる。
【０１４１】
対象由来の生物学的サンプル（例えば、尿、唾液、血漿、血清などの体液、または頬組織サンプルもしくは口腔細胞などの組織サンプル）を得た後、典型的に、配列変化またはアレル変異体ＳＮＰの検出が行われる。実際に、当業者に公知の方法が用いられ得る。おそらく、最も直接的な方法は、ゲノムＤＮＡまたはｃＤＮＡのいずれかの配列を実際に決定し、これらの配列を遺伝子の既知のアレルＳＮＰと比較することである。これは、かなり高価かつ時間のかかる方法である。それにも関わらず、この技術は非常に一般的であり、よく知られている。
【０１４２】
配列変異を検出するために存在する種々の方法のいずれかを、本発明の方法で用いることができる。用いる特定の方法は、心血管リスクの推定または治療選択において重要ではない。
【０１４３】
他の可能な商業的に利用可能な方法は、直接配列決定技術を用いていないハイスループットＳＮＰ解析のために存在する。例えば、イルミナのＶｅｒａｃｏｄｅテクノロジー、Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＳＮＰジェノタイピングケミストリーおよびＫＡＳＰａｒ ＳＮＰジェノタイピングケミストリーである。
【０１４４】
直接配列決定法の変法は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘから入手可能なＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ（商標）法である。あるいは、ロバスト性（robust）かつ安価なＤＮＡ配列変異決定法もまた市販されている。例えば、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ法は、配列変異を検出するために、そのＴＡＱｍａｎアッセイ（商標）を適合させた。Ｏｒｃｈｉｄ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓは、標識されたヌクレオチド類縁体を用いたプライマー伸長を使用して、ヌクレオチドがオリゴヌクレオチドプローブの３’末端直後に生じ、その後、伸長した塩基を、直接蛍光、間接的比色アッセイ、質量分析または蛍光偏光を用いて同定することを決定する、ＳＮＰ−ＩＴ（商標）（ＳＮＰ同定技術）と呼ばれる方法を有する。Ｓｅｑｕｅｎｏｍは、ハイブリダイゼーション捕捉技術に加えて、ＭＡＬＤｌ−ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化法−飛行時間型質量分析）を用いて、ＳＮＰ遺伝子型をそれらのＭａｓｓＡＲＲＡＹ（商標）システムを用いて検出する。Ｐｒｏｍｅｇａは、ＲＥＡＤＩＴ（商標） ＳＮＰ／遺伝子タイピングシステム（米国特許第６，１５９，６９３号）を提供する。この方法において、ＤＮＡまたはＲＮＡプローブを、標的核酸配列にハイブリダイズさせる。各塩基において標的配列に相補的なプローブは、独特の酵素混合物を用いて解重合され、一方、標的とは異なるインテロゲーションポジション(interrogation position)のプローブはそのまま残る。この方法は、高感度かつ適応可能なＳＮＰスコアリングシステムを提供するために、ルシフェラーゼ検出と組み合わせてピロリン酸化反応を用いる。Ｔｈｉｒｄ Ｗａｖｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社は、独自の開裂酵素を用いるｌｎｖａｄｅｒ ＯＳ（商標）法を有し、この酵素は、インベーダー法により形成される特定の構造のみを認識し、切断する。Ｉｎｖａｄｅｒ ＯＳは、標的の指数関数的増幅よりむしろ、インベーダー法により生じたシグナルの線形増幅に依存する。ｌｎｖａｄｅｒ ＯＳアッセイは、アッセイの一部にＰＣＲを利用していない。加えて、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を検出するために、遺伝子特異的ＰＣＲ、次いで制限エンドヌクレアーゼ消化およびゲル電気泳動（または他のサイズ分離技術）を用いる、多数の法医学ＤＮＡ検査ラボおよび多くの研究所がある。
【０１４５】
上記の面のいずれかの任意の態様において、ＳＮＰの存在または不存在は、サンプル由来の増幅産物を増幅させるか、または増幅させないかにより決定される。ポリヌクレオチド増幅は、典型的にテンプレート依存性である。かかる増幅は、一般的に、テンプレートのさらなるコピーを作製するのにテンプレート鎖の存在に依存している。プライマーとは、テンプレート鎖にハイブリダイズするテンプレート依存的プロセスにおいて新生核酸の合成を開始し得る短い核酸である。典型的に、プライマーは、１０〜３０塩基対の長さであり、より長い配列を使用してもよい。プライマーは二本鎖および／または一本鎖形態で提供されてよいが、一般的に、一本鎖形態が好ましい。多くの場合、プライマー対は、テンプレート核酸の異なる領域に選択的にハイブリダイズするように設計されており、選択的ハイブリダイゼーションを可能にする条件下でテンプレートＤＮＡと接触させる。所望の用途に応じて、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件を、プライマーと完全に相補的な配列へのハイブリダイゼーションのみを可能にするように選択することができる。他の態様において、ハイブリダイゼーションは、プライマー配列と１つまたはそれ以上のミスマッチを含む核酸の増幅を可能にするために低ストリンジェンシー条件下で起こり得る。一旦ハイブリダイズすると、テンプレート−プライマー複合体は、テンプレート依存的核酸合成を促進する１つまたはそれ以上の酵素と接触する。十分量の増幅産物が産生されるまで、“サイクル”と呼ばれる増幅の複数ラウンドが行われる。
【０１４６】
ポリメラーゼ鎖反応
多数のテンプレート依存的プロセスが、所定のテンプレートサンプル中に存在するオリゴヌクレオチド配列を増幅させるのに利用可能である。最もよく知られている増幅法の１つは、ポリメラーゼ連鎖反応である。ＰＣＲにおいて、核酸に選択的にハイブリダイズするプライマーの対が、選択的ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で用いられる。本明細書で用いる用語“プライマー”は、テンプレート依存的プロセスにおいて新生核酸の合成を開始できる任意の核酸を包含する。プライマーは、二本鎖または一本鎖形態で提供されてよく、一本鎖形態が好ましい。プライマーは、所定のテンプレートサンプル中に存在する標的遺伝子配列を増幅するための多数のテンプレート依存的プロセスのうち何れか１つに用いられる。最もよく知られている増幅法の１つはＰＣＲであり、米国特許第４，６８３，１９５号；同第４，６８３，２０２号および同第４，８００，１５９号（それぞれ、引用により本明細書中に包含される）に詳細に記載されいている。ＰＣＲにおいて、２つのプライマー配列は、標的遺伝子（複数可）配列の反対の相補鎖上の領域に相補的であるように調製される。プライマーは、標的遺伝子（複数可）配列がサンプル中に存在するとき、ハイブリダイズして、核酸：プライマー複合体を形成する。過剰なデオキシリボヌクレオシド三リン酸を、テンプレート依存性核酸合成を促進するＤＮＡポリメラーゼ、例えばＴａｑポリメラーゼと共に、反応混合物に添加する。標的遺伝子（複数可）配列プライマー複合体が形成されているとき、ポリメラーゼは、標的遺伝子（複数可）配列に沿ってヌクレオチドを付加することによりプライマーの伸長をもたらす。反応混合物の温度を上昇および低下させることにより、伸長したプライマーは、標的遺伝子（複数可）から解離されて反応産物を形成し、過剰のプライマーが標的遺伝子（複数可）および反応産物に結合し、そして上記過程が繰り返される。これらの増幅の複数ラウンドは“サイクル”と呼ばれ、十分量の増幅産物が産生されるまで行われる。
【０１４７】
増幅産物は、解析前に制限酵素で消化されてよい。上記の面の何れかの他の態様において、ＳＮＰの存在または不存在は、核酸サンプルと検出可能な部分で標識されたプライマーをハイブリダイズすることにより同定される。上記の面の何れかの他の態様において、検出可能な部分は、酵素アッセイ、ラジオアッセイ、イムノアッセイにおいて、または蛍光を検出することにより検出される。上記の面の何れかの他の態様において、プライマーは、検出可能な色素（例えば、ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ １、ＹＯ−ＰＲ０−１、チアゾールオレンジ、Ｈｅｘ、ピコグリーン、ｅｄａｎｓ、フルオレセイン、ＦＡＭまたはＴＥＴ）で標識される。非蛍光性発色団、例えばクエンチャー、例えばダーククエンチャー、例えばブラックホールクエンチャー−１（ＢＨＱ−１）を使用することもできる。上記の面の何れかの他の態様において、プライマーはチップ上に配置されている。上記の面の何れかの他の態様において、増幅のためのプライマーは該ＳＮＰに特異的である。
【０１４８】
例えば、いくつかの態様において、本明細書に記載のプローブは、一方の末端（例えば、５’末端）を色素（例えば、蛍光色素；例えば、ＦＡＭまたはＨｅｘ）で、他方の末端（例えば、３’末端）をクエンチャーで、例えばＢＨＱ−１で、上記の蛍光ベースの方法を用いて標識することができる。例えば、それぞれ配列番号：５８および５９について、かかる方法は、
ＦＡＭ−ＡＡＴＧＧＡＡＧＴＡＴｃＡＴＡＣＡＣＴＧＣＴＧＡＴＧＧ−ＢＨＱ１、および
ＨＥＸ−ＡＡＡＴＧＧＡＡＧＴＡＴｔＡＴＡＣＡＣＴＧＣＴＧＡＴＧＧ−ＢＨＱ１
として表される分子をもたらし得る。
例えば、それぞれ配列番号：６４および６５について、かかる方法は、
ＦＡＭ−ＡＧＧＡＴＴＧＡＧｃＧＡＧＴＣＡＧＧＣ−ＢＨＱ１、および
ＨＥＸ−ＴＡＧＧＡＴＴＧＡＧｔＧＡＧＴＣＡＧＧＣ−ＢＨＱ１
と表される分子をもたらし得る。
【０１４９】
増幅のための別の方法は、リガーゼ連鎖反応（“ＬＣＲ”）である。ＬＣＲは、ヌクレオチドの重合によりアンプリコンを生成するのではなく、プローブ分子を増幅するため、ＰＣＲとは異なる。ＬＣＲにおいて、２つの相補的プローブ対が調製され、そして標的配列の存在下で、各対は、標的の反対の相補鎖に隣接するように結合する。リガーゼの存在下では、２つのプローブ対は、連結して単一ユニットを形成する。ＰＣＲにおけるような温度サイクルによって、結合し、ライゲートしたユニットが標的から分離し、次いで、過剰のプローブ対のライゲーションのための“標的配列”として作用する。引用により本明細書中に包含される米国特許第４，８８３，７５０号は、プローブ対の標的配列への結合についてＬＣＲに類似の方法を記載している。
【０１５０】
等温増幅
制限エンドヌクレアーゼおよびリガーゼを使用して、制限部位の一方の鎖にヌクレオチド５’−［［α］−チオ］−三リン酸を含む標的分子の増幅を達成する等温増幅方法もまた、本発明の核酸の増幅にも有用であり得る。一態様では、ループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）法は、一塩基多型（ＳＮＰ）タイピングのために使用される。
【０１５１】
鎖置換増幅
鎖置換増幅（ＳＤＡ）は、核酸の等温増幅を行う別法であり、それは、複数ラウンドの鎖置換および合成、すなわち、ニックトランスレーションを含む。修復連鎖反応（ＲＣＲ）と呼ばれる同様の方法は、増幅のための標的領域全体にわたって複数のプローブのアニーリングを伴い、その後、４つの塩基のうち２つのみが存在する修復反応が続く。他の２つの塩基は、検出を容易にするためのビオチニル化誘導体として添加され得る。
【０１５２】
転写に基づく増幅
他の核酸増幅法としては、核酸配列に基づく増幅を含む、転写に基づく増幅システムが挙げられる。核酸配列に基づく増幅において、核酸は、ＤＮＡおよびＲＮＡの採取について、標準的なフェノール／クロロホルム抽出、臨床サンプルの熱変性、溶解緩衝液およびミニスピンカラムによる処理、またはＲＮＡの塩化グアニジニウム抽出により、増幅のために調製される。これらの増幅技術は、大きな特異的配列を有するプライマーのアニーリングを伴う。ポリマー化後、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドをＲＮａｓｅ Ｈで消化し、一方、二本鎖ＤＮＡ分子を再び熱変性させる。いずれの場合も、一本鎖ＤＮＡは、第二の標的特異的プライマーの添加、その後のポリマー化により完全二本鎖を形成する。その後、二本鎖ＤＮＡ分子は、Ｔ７またはＳＰ６などのポリメラーゼによって転写され、増幅される。等温サイクル反応では、ＲＮＡは、二本鎖ＤＮＡに逆転写され、そして再びＴ７またはＳＰ６などのポリメラーゼを用いて転写される。得られた生成物は、短縮型または完全長の何れかの、標的特異的配列を示す。他の増幅法を本発明に従い使用することができる。一態様では、“修飾”プライマーは、ＰＣＲのような、テンプレートおよび酵素依存的合成で使用される。プライマーは、捕捉部分（例えば、ビオチン）および／または検出部分（例えば、酵素）で標識することによって修飾され得る。標的配列の存在下では、プローブは結合し、触媒的に切断される。切断後、標的配列はそのまま放出され、過剰のプローブによって結合される。標識プローブの切断は標的配列の存在を示す。別の方法では、核酸増幅法は、一本鎖ＲＮＡ（“ｓｓＲＮＡ”）、ｓｓＤＮＡおよび二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）をサイクル(cyclically)合成することを含み、それは本発明の方法に従い使用され得る。ｓｓＲＮＡは、最初のプライマーオリゴヌクレオチドに対する最初のテンプレートであり、それは、逆転写酵素（ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ）によって伸長される。その後、ＲＮＡは、リボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅ Ｈ、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかとの二本鎖ＲＮＡに特異的なＲＮａｓｅ）の作用により、得られたＤＮＡ：ＲＮＡ二本鎖から除去される。得られたｓｓＤＮＡは、第２のプライマーに対する第２のテンプレートであり、それは、テンプレートに対するその相同性に対して５’側に、ＲＮＡポリメラーゼプロモーター（Ｔ７ ＲＮＡ ポリメラーゼによって例示される）の配列を含む。その後、このプライマーは、ＤＮＡポリメラーゼ（大腸菌ＤＮＡポリメラーゼ１の大きな“Ｋｌｅｎｏｗ”断片により例示される）によって伸長され、プライマー間の元のＲＮＡ配列と同一の配列を有し、そして一方の端に、さらにプロモーター配列を有する、二本鎖ＤＮＡ（“ｄｓＤＮＡ”）分子を生じる。このプロモーター配列を適当なＲＮＡポリメラーゼによって使用して、ＤＮＡの多くのＲＮＡコピーを作製し得る。その後、これらのコピーをサイクルに再度入れて、非常に迅速な増幅をもたらし得る。酵素の適切な選択によって、この増幅は、各サイクルで酵素を添加することなく等温で行い得る。このプロセスの周期的な性質のため、開始配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかの形態であるように選択され得る。
【０１５３】
核酸分離法
核酸生成物を、テンプレートおよび過剰のプライマーなどの他の物質から分離することが望ましい。一態様において、増幅産物は、標準的な方法を用いてアガロース−アクリルアミドまたはアガロース−ポリアクリルアミドゲル電気泳動によって分離される（Sambrook et al., 1989、下記参照）。採取された増幅産物は、さらなる操作のためにゲルから切り出され、溶出され得る。低融点アガロースゲルを用いて、分離したバンドを、ゲルを加熱することによって取り出し、次いで核酸を抽出することができる。核酸の分離はまた、当技術分野で公知のクロマトグラフィー技術によっても行われ得る。吸着、分配、イオン交換、ヒドロキシルアパタイト、分子篩い、逆相、カラム、ペーパー、薄層、およびガスクロマトグラフィー、ならびにＨＰＬＣを含む、本発明の実施において使用され得る多くの種類のクロマトグラフィーがある。特定の態様では、増幅産物を可視化する。典型的な可視化法は、エチジウムブロマイドでのゲルの染色およびＵＶ光の下でのバンドの可視化を伴う。あるいは、増幅産物が、放射標識または蛍光標識したヌクレオチドで一体的に標識されている場合、分離した増幅産物をＸ線フィルムに曝露するか、適当な励起スペクトルを示す光で可視化することができる。
【０１５４】
あるいは、本発明の方法に従う多型位置の存在を、多型核酸に特異的であるが、非変異核酸に特異的ではない、好適な核酸プローブとのハイブリダイゼーションまたはハイブリダイゼーションの欠如により決定することができる。“ハイブリダイズする”とは、種々のストリンジェンシー条件下で、その相補的ポリヌクレオチド配列間、またはその部分間で二本鎖分子を形成する対を意味する。例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常約７５０ｍＭのＮａＣｌおよび７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満、好ましくは約５００ｍＭのＮａＣｌおよび５０ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満、およびより好ましくは約２５０ｍＭのＮａＣｌおよび２５ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満である。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、有機溶媒、例えばホルムアミドの不存在下で得ることができるが、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、少なくとも約３５％のホルムアミド、より好ましくは少なくとも約５０％のホルムアミドの存在下で得ることができる。ストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも約３０℃、より好ましくは少なくとも３７℃、最も好ましくは少なくとも４２℃の温度を含む。ハイブリダイゼーション時間、界面活性剤の濃度、例えばドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）およびキャリアＤＮＡの包含または排除などの追加のパラメータを変化させることは、当業者に周知である。種々のレベルのストリンジェンシーは、必要に応じてこれらの様々な条件を組み合わせることにより達成される。好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、７５０ｍＭのＮａＣｌ、７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、および１％ＳＤＳ中、３０℃で起こる。より好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、５００ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％ＳＤＳ、３５％ホルムアミドおよび１００［μ］ｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）中、３７℃で起こる。最も好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、２５０ｍＭの塩化ナトリウム、２５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％ＳＤＳ、５０％ホルムアミドおよび２００［μ］ｇ／ｍｌ ｓｓＤＮＡ中、４２℃で起こる。これらの条件の有用な変形は、当業者には容易に明らかである。ほとんどの適用では、ハイブリダイゼーション後の洗浄工程はまた、ストリンジェンシーによって変化する。洗浄のストリンジェンシー条件は、塩濃度によって、および温度によって定義することができる。上記の通り、洗浄ストリンジェンシーは、塩濃度を低下させることによって、または温度の上昇させることによって増大させることができる。例えば、洗浄工程のストリンジェントな塩濃度は、好ましくは約３０ｍＭのＮａＣｌおよび３ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満、最も好ましくは約１５ｍＭのＮａＣｌおよび１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満である。洗浄工程のストリンジェントな温度条件は、通常少なくとも２５℃、より好ましくは少なくとも約４２℃、さらにより好ましくは少なくとも約６８℃の温度が含まれる。好ましい態様では、洗浄工程は、３０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭクエン酸三ナトリウムおよび０．１％ＳＤＳ中、２５℃で行われる。より好ましい態様では、洗浄工程は、１５ｍＭ ＮａＣｌ、１．５ｍＭクエン酸三ナトリウムおよび０．１％ＳＤＳ中、４２℃で行われる。より好ましい態様では、洗浄工程は、１５ｍＭ ＮａＣｌ、１．５ｍＭクエン酸三ナトリウムおよび０．１％ＳＤＳ中、６８℃で行われる。これらの条件のさらなる変形は、当業者には容易に明らかであろう。ハイブリダイゼーション技術は当業者によく知られており、例えば、ＢｅｎｔｏｎおよびＯａｖｉｓ（Science 196: 180, 1977); Grunstein and Hogness (Proc. Natl. Acad. Sci., USA 72:3961, 1975）；Ａｕｓｕｂｅｌら（Current Protocols in Molecular Biology, Wiley lnterscience, New York, 2001）；ＢｅｒｇｅｒおよびＫｉｍｍｅｌ（Guide to Molecular Cloning Techniques,  1987, Academic Press, New York）；ならびに、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1989に記載されている。
【０１５５】
本発明の方法においてハイブリダイゼーションに有用な核酸分子には、標的核酸と特異的にハイブリダイズし得るように、実質的な同一性を示す核酸分子が含まれる。内在性配列に“実質的な同一性”を有するポリヌクレオチドは、典型的に、二本鎖核酸分子の少なくとも１つの鎖にハイブリダイズし得る。“実質的に同一”とは、対照アミノ酸配列または核酸配列に少なくとも５０％の同一性を示すポリペプチドまたは核酸分子を意味する。好ましくは、そのような配列は、比較に用いられる配列と、少なくとも６０％、より好ましくは８０％または８５％、より好ましくは９０％、９５％または９９％の同一性のアミノ酸または核酸である。配列同一性は、典型的に、配列解析ソフトウェア（例えば、Sequence Analysis Software Package of the Genetics Computer Group, University of Wisconsin Biotechnology Center, 1710 University Avenue, Madison, Wis. 53705, BLAST, BESTFIT, GAP, or PILEUP/ PRETTYBOX programs）を用いて測定される。そのようなソフトウェアは、種々の置換、欠失、および／または他の修飾に対する相同性の程度を割り当てることにより、同一または類似の配列を合わせる。保存的置換は、典型的に、以下のグループ内での置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リシン、アルギニン；ならびに、フェニルアラニン、チロシン。同一性の程度を決定するための例示的な方法において、ＢＬＡＳＴプログラムが用いられ得て、ここで、ｅ＜”３＞とｅ＜”１００＞との間の確率スコアは、密接に関連する配列を示す。
【０１５６】
検出システムは、同時に異なる配列の全てについて、ハイブリダイゼーションの不在、存在および量を測定するために使用することができる。好ましくは、スキャナは、蛍光レベルと蛍光パターンを決定するために使用される。
【０１５７】
より好適なリスク状態に患者を再分類するための方法
本発明の別の目的は、心血管疾患／障害のリスクならびに／または心筋梗塞、卒中、狭心症、一過性脳虚血発作、鬱血性心不全、大動脈瘤および死を含むが、これに限定されない、心血管疾患合併症またはイベントのリスクに関連する、臨床的／生化学的データおよび表１に示されるＳＮＰマーカー（または、表１の配列番号１−７、または配列番号１−８、または配列番号１−１１、上記の通り）の特定の組み合わせで今日使用されている、心血管リスク スケール／方法／関数の改善である。今日使用されている心血管リスク因子には、元のフラミンガム関数、適合されたフラミンガム関数（ＲＥＧＩＣＯＲ関数に限定されない）、ＰＲＯＣＡＭ関数、ＳＣＯＲＥ関数、Ｑリスク関数ならびにＭＡＣＥおよび総死亡率リスク計算が含まれるが、これに限定されない。フラミンガム、ＰＲＯＣＡＭ、ＲＥＧＩＣＯＲ、ＱリスクならびにＭＡＣＥおよび総死亡率リスク計算関数の改善は、表１に示されるＳＮＰマーカーおよび表Ｃに列記された変数に対応する新しい臨床的／生化学的データが、元の計算式に含まれているとき、得られる。
【０１５８】
例えば、式２ａ
【数１４】
2016528907.tif 000019
は、式２ｂ
【数１５】
2016528907.tif 000020
に変換される。
【０１５９】
心血管リスクは、ＳＣＯＲＥリスク関数を用いて式２ｂを用いて、以下の数工程で計算される：
第一工程：リスク因子の線形和式(liner combination)をコンピューターで計算する：
【数１６】
2016528907.tif 000021
式中、
βｃｈｏｌ：コレステロールに対応したハザード比の対数（表Ｄ）、
cholesterol：個体“ｉ”のコレステロール値（ｍｍｏｌ／Ｌ）、
βＳＢＰ：収縮期血圧に対応したハザード比の対数（表Ｄ）、
ＳＢＰｉ：個体“ｉ”についての収縮期血圧（ｍｍＨｇ）、
βｓｍｏｋｅｒ：喫煙者に対応したハザード比の対数（表Ｄ）、
ｃｕｒｒｅｎｔｉ：個体“ｉ”の現在の喫煙状態（１：現在、０：以前／過去）、
βｎｉ：対象“ｉ”における表Ａに示されたデータからの臨床的／生化学的変数“ｎ”に対応したハザード比の対数
ｎｉ：個体“ｉ”の各値、
【数１７】
2016528907.tif 000022
は、集団内の臨床的／生化学的変数“ｎ”の平均値
βＧＲＳ：遺伝的リスクスコアの値の１単位増加に対応したハザード比の対数。このβＧＲＳの値は、０．０１０から０．５００の範囲内であって、０．１４０である。
ＧＲＳｉ：個体“ｉ”についての式に包含される遺伝子変異体のリスクアレル（０，１，２）の加重数として定義される個体“ｉ”についての遺伝リスク。現在、遺伝的リスクスコアに含まれている変数は、表Ａに示される。加重は、スコアに含まれる各ＳＮＰのβ値に比例し（表Ｂ参照のこと）、ＧＲＳの範囲は、スコアに含まれるＳＮＰの数の０〜２倍である。
【数１８】
2016528907.tif 000023
は、集団内の遺伝リスクスコアの平均値。
【０１６０】
第二工程：ベースライン生存率の計算：
【数１９】
2016528907.tif 000024
式中、
α、ｐ：ワイブル分布の形状およびスケールパラメータ。それらの値は表Ｅに示される（パラメータ）
ｅｘｐ：自然乗数。
【０１６１】
第三工程：１０年生存率を計算する。
【数２０】
2016528907.tif 000025
【０１６２】
第四工程：１０年間のフォローアップ中に事象を有する確率を計算する
Risk１０（ａｇｅ）＝ｌ−Ｓ１０（ａｇｅ）
【０１６３】
第五工程：１０年間のフォローアップ中の心血管イベントを有する確率を、冠血管リスクおよび非冠動脈心血管リスクの和として計算する
【数２１】
2016528907.tif 000026
【０１６４】
表Ａ．本発明のモデルに含まれる冠血管リスク因子のリスト、ハザード比の対数、βＣＲＦｐは、各臨床的／生化学的冠血管リスク因子、
【数２２】
2016528907.tif 000027
は、集団内での臨床的／生化学的冠血管リスク因子“ｐ”の平均値範囲。これらの臨床的／生化学的リスク因子の１つまたはそれ以上は、リスク評価のために選択され得る。
【表５】
2016528907.tif 000028
【表６】
2016528907.tif 000029
【０１６５】
表Ｂ．本発明のモデルに含まれる現在の変数、ハザード比の対数（可能な値の範囲）、
βＳＮＰｊおよび平均リスクアレルコピー数（可能な値の範囲）、
【数２３】
2016528907.tif 000030
は、各遺伝的変異の値。
【表７】
2016528907.tif 000031
【０１６６】
【表８】
2016528907.tif 000032
【０１６７】
【表９】
2016528907.tif 000033
【０１６８】
表Ｅ
【表１０】
2016528907.tif 000034
【０１６９】
驚くべきことに、ＳＮＰマーカーの組み合わせは、本発明に包含され、表１（図１）に記載され、これらの組み合わせは、異なる態様に包含され、上記関数式１ａから１ｂに記載の関数を用いて、慢性腎疾患に罹患している患者において、古典的リスク因子のみ、または今日使用されるスケール／関数を用いて得られるよりも高い精度で、心血管疾患および／または心血管イベントおよび／または心血管合併症に罹患するリスクを推定することができることが証明されている。
【０１７０】
驚くべきことに、ＳＮＰマーカーの組み合わせは、本発明に包含され、表１（図１）に記載され、これらの組み合わせは、異なる態様に含まれ、上記関数式１ａから１ｂに記載の関数を用いて、慢性腎疾患に罹患している患者において、古典的リスク因子のみ、および／または今日使用される関数もしくは遺伝情報を含む公開された関数を用いて得られるよりも、心血管疾患および／または心血管イベントｓおよび／または心血管疾患合併症の予測における高い信頼性および優れた検証が得られることが証明されている。
【０１７１】
記載される関数を使用することにより、個別のリスクは、冠動脈性心疾患および／または心血管イベントおよび／または心血管疾患、特に致死性および非致死性の心筋梗塞、狭心症、卒中、一過性脳虚血発作、末梢動脈障害またはそれらの組み合わせの発症について、慢性腎疾患に罹患している患者で得られる。提供される方法は、心血管リスクを計算するために今日使用される方法で間違って分類された対象を、より正確なリスク層へ振り分ける（再分類する）。処置（予防的および／または治療的）としては、リスクレベルに適合され、再分類は、それらに限定されないが、致死性および非致死性の心筋梗塞、狭心症、卒中、一過性脳虚血発作、末梢動脈障害またはそれらの組み合わせなどの心血管疾患および心血管疾患合併症の発症および／または再発を低減させる、予防的および／または治療的手段をより効果的に使用することを意味し得る。
【０１７２】
実施例１
慢性腎疾患（ＣＫＤ）は、増加した罹病率および死亡率と関連する、ますます指摘されている世界規模の公衆衛生問題であり、心血管疾患は、ｐｒｅ−ＥＳＲＤ ＣＫＤ 患者でさえも主な原因である（N Eng J Med 2004; 351: 1296）。
【０１７３】
この高い心血管リスクは、ＣＫＤ患者間の伝統的なリスク因子の高い有病率および他の非伝統的なリスク因子の存在の両方に起因し得る（Kidney Int 2006; 70: 26）。
【０１７４】
フラミンガムリスクスコアのような古典的な冠動脈性心疾患（ＣＨＤ）リスク計算式は、ＣＫＤ患者における限定された臨床的有用性を示している（J Am Coll Cardiol 2007; 50: 217）。
ＣＨＤと関連する遺伝子変異対を含むが、古典的心血管リスク因子を含まない遺伝的リスクスコア（ＧＲＳ）の付加が、ＣＫＤ患者におけるＣＨＤリスク予測を改善し得るかどうかは、不明なままである。
【０１７５】
本実験の目的は、
１．臨床的変数に基づいてＣＨＤリスク関数の予測能力を展開および評価すること。
２．遺伝的変異を含むことが、腎移植レシピエントを含むＣＫＤ患者におけるＣＨＤリスクの推定を向上させるかどうかを評価すること。
【０１７６】
方法：
・本発明者らのコホート研究では、９．１３年の平均フォローアップ期間で６３２名のＫＤ患者（２００名の腎移植レシピエントを含む）を含んだ。平均年齢は、５３．４（±１０．６）歳であり、３２．４％の患者が男性であった。
・７３件の冠血管イベント（致死性または非致死性の急性心筋梗塞または急性狭心症）が、フォローアップ中に同定された。
・臨床的ＣＨＤリスクスコアには、以下を含んだ：
ＫＤ状態（ＣＫＤステージ１−４、腎代替療法または腎移植におけるＥＳＤＲ）
年齢
性別
ＨＤＬ
糖尿病状態
高血圧状態
ヘモグロビンＡ１ｃ。
【０１７７】
・第２のモデルにおいて、本発明者らは、ＣＨＤと関連しているが、古典的心血管リスク因子と関係していないことが以前に同定された変異を有する加重遺伝的リスクスコア（ＧＲＳ）も含めた（ｒｓ１０４５５８７２、ｒｓ１２５２６４５３、ｒｓ１３３３０４９、ｒｓ１７４６５６３７、ｒｓ５０１１２０、ｒｓ６７２５８８７、ｒｓ９８１８８７０、ｒｓ９９８２６０１、ｒｓ１０５０７３９１、ｒｓ１７２２２８４２およびｒｓ９３１５０５１）。
・ＧＲＳは、ＣＡＲＤＩｏＧＲＡＭ研究（Nat Genet. 2011; 43:333）では、各個体のために、そのエフェクトサイズの推定値によってそれぞれ加重を付加した後、１１の変異全体でリスクアレル数の和として計算した。
・本発明者らは、Ｃｏｘ比例ハザードモデルを用いて、冠血管イベントの発生率と、臨床データおよび個々の遺伝子変異およびＧＲＳとの関連性について試験した。
【０１７８】
・ＡＨＡ基準によるリスク予測においてＧＲＳを含めて潜在的値を評価するために用いられる統計情報は、以下の通りであった。
ａ．相対リスク、ＧＲＳのハザード比。
ｂ．モデルの識別能は、一致指標（ｃ−統計値）を用いて評価した。
ｃ．モデルの精度：
−モデルの適合度は、Ｈｏｓｍｅｒ−Ｌｅｍｅｓｈｏｗ検定によって評価し、再分類の改善を、正味の再分類改善度（ＮＲＩ）を用いて計算した。
【０１７９】
結果：
図２は、ＣＫＤ集団が、非ＣＫＤの一般スペイン人よりもどの程度高い心血管リスクおよび冠血管リスクを有したか示している（Rev Esp Cardiol 2003; 56(3):253）。
以下の表に示す通り、他のリスク因子のうち、ＧＲＳは、冠血管イベントとは独立して関連していた。
【０１８０】
【表１１】
2016528907.tif 000035
【０１８１】
ａ．相対リスク、ＧＲＳのハザード比。ＧＲＳのハザード比は、１，２９である［１．０２；１．６４、９５％ＣＩ］、ｐ＝０．０３５。
ｂ．モデルの識別能は、一致指標（ｃ−統計値）を用いて評価した。以下の表３に示す通り、ＣＨＤリスクモデルの識別は、ＧＲＳで改善された。
ｃ．モデルの精度：
−モデルの適合度は、Ｈｏｓｍｅｒ−Ｌｅｍｅｓｈｏｗ検定によって評価した。表３に示す通り、適合度は、予測されたイベントと観測されたイベントとに統計的な差異はなく非常に良好であった。
−正味の再分類は、表３に示す、再分類改善度（ＮＲＩ）を用いて計算されるように、改善された。
【０１８２】
【表１２】
2016528907.tif 000036
【０１８３】
結論：
ＣＨＤと関連するが、古典的心血管リスク因子と関連しない遺伝子変異を含む遺伝子リスクスコアは、慢性腎疾患を有する患者集団において、冠動脈性心疾患に関連する。
ＧＲＳの包含は、ＣＫＤを有する、特にＫＴを有する患者では、ＣＨＤのリスク予測を改善する。
遺伝子スクリーニングは、この患者群ではＣＨＤイベントを防止するのに役立ち得た。
【図１】
2016528907.tif 000037
【図２】
2016528907.tif 000038
【配列表】
2016528907000001.app
【国際調査報告】
2016528907.tif 000039
2016528907.tif 000040
2016528907.tif 000041
2016528907.tif 000042
2016528907.tif 000043
2016528907.tif 000044