(57)【要約】本発明は、任意の皮膚病が共生微生物もしくは相利共生微生物の不均衡もしくは欠如またはそれらの関連する代謝産物の不均衡もしくは欠如の結果であるかどうかを判定するために最初に個体の皮膚及び皮下組織を評価することを目的とする、皮膚及び皮下組織の微生物叢並びにその関連するメタボロームの特徴付けを可能にする実験ワークフローとコンピュータワークフローの組み合わせに関する。特に、カスタマイズまたは個別化した試験を実施し、かつ、前記皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにそれに由来するその関連するメタボロームに関するカスタマイズまたは個別化した情報を得ることに関する、本明細書で提供される方法及び関連するコンピュータプラットフォームが開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；並びに
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを特徴決定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記対象のマイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記対象の前記皮膚または皮下組織の前記マイクロバイオームを特徴決定する方法。
【請求項２】
前記対象のマイクロバイオームを参照マイクロバイオームと比較することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記対象が有する疾病もしくは障害または前記対象が発症する恐れのある疾病もしくは障害を同定することを更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記参照マイクロバイオームが、健康なプロファイルを有するとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、健康なプロファイルを有するとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記参照マイクロバイオームが、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、前記疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルが、スワイプ（ｓｗｉｐｅ）、掻爬（ｓｃｒａｐｅ）、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記テープが粘着テープである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロピオニバクテリア（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイダーレス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、フラボバクテリアーレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、メイディダ（Ｍａｙｄｉｄａ）、デバリオマイセス（Ｄｅｂａｒｏｙｏｍｙｃｅｓ）、及びクリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）から選択される細菌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）属、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）属、またはアセニトバクテリア（Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒｉａ）属の細菌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記細菌がアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
（ａ）複数の対象の皮膚または皮下組織から複数のサンプルを得ることであって、各サンプルが、複数の微生物を含む、こと；並びに
（ｂ）前記複数のサンプルのそれぞれについてのマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の各サンプルの前記複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記複数の対象の前記マイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記複数の対象の前記皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法。
【請求項１９】
前記複数のサンプルの個別のコホートを同定するために、（ｂ）の結果をクラスタリングすることを更に含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
各個別のコホートが、特定の表現型またはプロファイルを示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
各個別のコホートが、類似のマイクロバイオームを有するサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
個別のコホートが、共通の皮膚疾病または皮膚障害を有する対象由来のサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
個別のコホートが、類似の代謝産物プロファイルを有する対象由来のサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
各サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
前記テープが粘着テープである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記細菌がアクネ菌である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３３】
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；並びに
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較し、それによって前記対象における疾病または障害を診断することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと
を含む、前記対象における前記疾病または前記障害を診断する方法。
【請求項３４】
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３７】
前記サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記テープが粘着テープである、請求項３８に記載の方法。
【請求項３９】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４１】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記細菌がアクネ菌である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４３】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４４】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４５】
前記解析及び前記分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４６】
（ａ）疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れのある対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、前記疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと；並びに
（ｄ）（ｃ）に基づいてカスタマイズした治療用製剤を製剤化し、それによってカスタマイズした治療用製剤を製剤化すること
を含む、前記対象のためのカスタマイズした治療用製剤を製剤化する方法。
【請求項４７】
請求項４７に記載の方法によって製剤化された治療用製剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）の下で２０１４年３月３日出願の米国特許出願第６１／９４７，３１６号及び２０１３年６月１８日出願の米国特許出願第６１／８３６，５８９号に基づく優先権の利益を主張し、各内容全体が参考として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
発明の分野
本発明は、全体としてスキンケア製品に基づき、より具体的には、個別化したスキンケア製品を開発または同定するための、皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにその関連するメタボロームを解析する方法に基づく。
【背景技術】
【０００３】
背景情報
人体の内側及び表面には、約１００兆個の微生物が生息し、約１０兆個の人体のヒト細胞を大幅に上回る。これらの通常無害なウイルス、細菌、及び真菌は、共生生物または相利共生生物と称される。共生生物及び相利共生生物は、様々な方法で人体を健康に保つのを助ける。この微生物は、我々が食物を消化してビタミンＢ及びＫなどの栄養素を得るのを助け、免疫系の発達を促進させて、疾病を引き起こす病原菌と戦うことなどによって病原菌の定着を阻止する。人体の内側及び表面に生息し、共生、相利共生、及び病原性である微生物をすべてまとめてマイクロバイオームと称し、それらの平衡及び関連するメタボロームが、個体の健康状態に密接に関連し、その逆もまた同様に密接に関連する。
【０００４】
次世代シーケンシング（ＮＧＳ）は、皮膚及び皮下組織に生息するマイクロバイオームを、迅速かつ正確に同定及び特性決定（ｐｒｏｆｉｌｅ）する機会を創出した。次いで、健康なプロファイルを確立するために特異的に作製された共生生物及び／もしくは相利共生生物の混合物をブレンドすることにより、健康なマイクロバイオームを維持するかまたはプロファイルを健全な平衡もしくはプロファイルへと移動させる、カスタマイズまたは個別化したスキンケア及びパーソナルケア製品を作製する機会を創出する。最適な細菌叢もまた、その健康上の利益を更に広めるよう相乗的に宿主の免疫系と相互作用する。個体の関連するメタボロームは、質量分析法に基づくシステムによって、またはゲノムメタボロームモデリング及び流束収支解析を使用して特性決定することも可能で、健康なメタボロームプロファイルを作製するためにも使用できる。いずれかの有益な代謝産物の不足を補うことも可能である。
【０００５】
現在、皮膚科学的病気を治療する唯一の方法とは、共生細菌及び相利共生細菌を含むマイクロバイオームに劇的な影響を与える抗生物質によるもの、または身体の免疫応答を弱めて、病原体への表皮細胞の応答を低減させる抗炎症剤によるものがあるが、皮膚病の根本的な原因が、共生微生物もしくは相利共生微生物の不均衡もしくは欠如、日和見菌もしくは病原菌の過多、または不可欠もしくは有益な代謝産物の不足に起因する場合、対処できないこともある。
【発明の概要】
【０００６】
本発明は全体として、ヒト及び動物のためのカスタマイズしたスキンケア及びパーソナルケア製品の開発、より詳細には、限定する意図はないが、皮膚及び皮下組織に生息する細菌叢の初期評価に基づくパーソナルケア製品の開発に関する。本開示は、皮膚及び皮下組織の細菌叢、例えばマイクロバイオーム、並びにその関連するメタボロームを解析し、皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにメタボロームの得られたプロファイルを、健康な皮膚タイプのセットから決定した範囲に含まれる細菌叢の量及び多様性として表される健康なプロファイルと比較し、次いで、試験対象の皮膚及び皮下組織上に生息する細菌叢並びにその関連するメタボロームを増加させ得るかまたは健康な細菌叢プロファイルを試験対象のプロファイル上に再現し得るスキンケア及びパーソナルケア製品をカスタマイズするための方法に関する。
【０００７】
従って、一態様では、本発明は、対象の皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；並びに（ｂ）対象のマイクロバイオームを特徴決定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類し、それによって対象のマイクロバイオームを特徴決定することを含む。いくつかの実施形態では、この方法は更に、対象のマイクロバイオームを参照マイクロバイオームと比較すること、あるいは対象のマイクロバイオームプロファイルを生成すること、あるいは対象が有する疾病もしくは障害または対象が発症する恐れのある疾病もしくは障害を同定すること、あるいは個別化した治療レジメンを対象に提供することを含む。各種実施形態では、参照マイクロバイオームは、健康なプロファイルを有するとして分類され、かつ、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点によって、健康なプロファイルを有するとして対象のマイクロバイオームを同定する。あるいは、参照マイクロバイオームは、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして分類され、かつ、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点によって、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして対象のマイクロバイオームを同定する。
【０００８】
別の態様では、本発明は、複数の対象の皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）複数の対象の皮膚または皮下組織から、各サンプルが複数の微生物を含む複数のサンプルを得ること；並びに（ｂ）複数のサンプルのそれぞれについてのマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の各サンプルの複数の微生物を解析及び分類し、それによって複数の対象のマイクロバイオームを特徴決定することを含む。実施形態では、この方法は更に、複数のサンプルの個別のコホートを同定するために、（ｂ）の結果をクラスタリングすることを含む。いくつかの実施形態では、各個別のコホートが、特定の表現型またはプロファイルを示す。いくつかの実施形態では、各個別のコホートとして、類似のマイクロバイオームを有するサンプル、共通の皮膚疾病もしくは障害を有する対象由来のサンプル、または類似の代謝産物プロファイルを有する対象由来のサンプルが挙げられる。
【０００９】
更に別の態様では、本発明は、対象における疾病または障害を診断する方法を提供する。この方法は、（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；（ｂ）対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；並びに（ｃ）対象のマイクロバイオームを、疾病もしくは障害を有するかもしくは有する恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較し、それによって対象における疾病または障害を診断することであって、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点が、疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは疾病もしくは障害を有している対象であることを示す、ことを含む。実施形態では、この方法は更に、個別化した治療レジメンを対象に提供することを含む。いくつかの実施形態では、この方法は更に、カスタマイズした治療用製剤を製剤化して対象に投与することを含む。
【００１０】
別の態様では、本発明は、疾病または障害を有するかまたは有する恐れのある対象のためのカスタマイズした治療用製剤を製剤化する方法を提供する。この方法は、（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；（ｂ）対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；（ｃ）対象のマイクロバイオームを、疾病もしくは障害を有するかもしくは有する恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較することであって、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点が、疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは疾病もしくは障害を有している対象であることを示す、こと；並びに（ｄ）（ｃ）に基づいてカスタマイズした治療用製剤を製剤化し、それによってカスタマイズした治療用製剤を製剤化することを含む。
【００１１】
別の態様では、本発明は、本発明の方法によって製剤化された治療用製剤を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】皮膚及び皮下組織の細菌叢を特性決定するための、実験及び解析パイプラインの上位の概要である。皮膚または皮下組織サンプルから収集した混合集団由来の微生物ゲノムの情報領域を、様々な細菌種の最大多様性を取得するように設計されたユニバーサルプライマー配列で増幅させる。増幅させた領域は、様々なソース由来のサンプルをマルチプレックス処理できるよう一義的に索引付けする（核酸採取及び調製）。異なるソース由来の増幅領域を組み合わせて、ＮＧＳプラットフォーム上でペアエンド（ＰＥ）モードによって配列を読み取ることができるか、あるいは、サンガーシーケンシング、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、または細菌染色に基づくプラットフォームで解析することができる。同定プラットフォームの未処理出力は、未処理の読み取り情報を、異なる分類群の種に割り当てる独自の解析パイプラインを使用して解析する。同様のワークフローが、任意の所与のサンプルと関連する代謝産物をマッピングするために使用される。
【図２】個体の健康なコホートから複数のサンプルを収集し、独自パイプラインによって図１に記載の通りサンプルを処理し、そのサンプルを用いて、構成する優占種細菌叢またはそれらの関連するメタボロームを取得し、健康集団の共通プロファイルを構築することを示す。健康なプロファイルは、任意の影響を受けた群、集団または個体を比較するための参照として取り扱う。
【図３】１つの特徴的な皮膚病を有する個体のコホートから複数のサンプルを収集し、それらの皮膚細菌叢及びその関連するメタボロームを、前述の通りに特性決定することを示す。種のメタデータプロファイルを使用して、その皮膚病を引き起こすかもしくは伴う特徴的な微生物または代謝産物を同定する。以前に同定した健康なプロファイルと対比して、新規クライアントの皮膚及び皮下組織の細菌叢におけるまたはメタボロームの構成におけるどんな異常も（図中にクエスチョンマークで示す）、初期段階であっても検出可能であり、その影響を受けたプロファイルを、健康的なプロファイルを確立するために特に期待された共生微生物または代謝産物の混合物をブレンドすることにより作製された、健全な平衡へと移動させるカスタマイズまたは個別化したスキンケア製品で固定または改善することができる。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
発明の詳細な説明
今や、人体の内側及び表面には、約１００兆個の微生物が生息し、約１０兆個のヒト細胞を大幅に上回ることが十分に確立されている。これらの通常無害なウイルス、細菌、及び真菌は、共生（それらの宿主には無害である）または相利共生（利益を与える）のいずれかと称される。共生生物及び相利共生生物は、様々な方法で人体を健康に保つのを助ける。この微生物は、我々が食物を消化してビタミンＢ及びＫなどの栄養素を得るのを助け、免疫系の発達を促進させて、疾病を引き起こす病原菌と戦うことなどによって病原菌の定着を阻止する。共生、相利共生、及び病原性である微生物をすべてまとめて身体のマイクロバイオームと称し、それらの平衡及び関連するマイクロバイオームが、個体の健康状態に密接に関連し、その逆もまた同様に密接に関連する。
【００１４】
現在、皮膚科学的病気を治療する主な手段とは、個体のマイクロバイオームを劇的に変化させる抗生物質によるもの、または病原体への表皮細胞の応答を低減させて身体の免疫応答を弱める抗炎症剤によるものがあるが、皮膚病の根本的な原因には対処できない。本発明の実施形態は、個体の皮膚病が共生微生物もしくは相利共生微生物の不均衡もしくは欠如またはその関連するメタボロームの不均衡もしくは欠如の結果であるかどうかを判定するために最初に個体の皮膚を評価することを目的とする、皮膚微生物叢及びその関連するメタボロームの特徴決定を可能にする実験ワークフローとコンピュータワークフローの組み合わせに関する。
【００１５】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」には、その内容に別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。従って、例えば「その方法（ｔｈｅ  ｍｅｔｈｏｄ）」についての言及は、１つ以上の方法、及び／または本開示を読めば当業者には明らかであろう本明細書記載の種類のステップなどを含む。
【００１６】
他に規定されない限り、本明細書で使用するすべての専門用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書に記載されたものと類似のまたは同等の任意の方法及び材料を、本発明の実施または試験において使用できるが、好ましい方法及び材料は以下に記載する。
【００１７】
本発明は全体として、ヒト及び動物のためのカスタマイズしたスキンケア及びパーソナルケア製品の開発に関し、より詳細には、限定する意図はないが、皮膚及び皮下組織に生息する細菌叢の初期評価に基づくパーソナルケア製品の開発に関する。本開示は、皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにその関連するメタボロームを解析し、皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにメタボロームの得られたプロファイルを、健康な皮膚タイプのセットから決定した範囲に含まれる細菌叢の量及び多様性として表される健康なプロファイルと比較し、次いで、試験対象の皮膚及び皮下組織上に生息する細菌叢及びその関連するメタボロームを増加させ得るかまたは健康な細菌叢プロファイルを試験対象のプロファイル上に再現し得るスキンケア及びパーソナルケア製品をカスタマイズするための方法に関する。
【００１８】
個体に合わせた皮膚試験結果は、１種以上の共生生物及び／もしくは相利共生生物、並びに／または皮膚上で共生生物及び相利共生生物の増殖を促す基質を添加することにより、健康な皮膚マイクロバイオーム及びメタボロームを維持するために、またはプロファイルを健全な平衡もしくはプロファイルへと移動させるためにカスタマイズされている個体に合わせたスキンケア及びパーソナルケア製品の開発のための基礎であってよい。スキンケア製品ブレンドの正確な組成は、任意の個体の皮膚及び皮下組織の細菌叢とメタボロームとの得られたプロファイルを、健康なプロファイルと比較し、次いで対象の皮膚及び皮下組織の細菌叢並びにメタボロームを、健康なプロファイルへと最適に移動させるスキンケア及びパーソナルケア製品をカスタマイズした後、決定してよい。最適な細菌叢及び基質並びにメタボロームはまた、宿主の免疫系と相乗作用し、その観点から健康な皮膚に寄与する。
【００１９】
本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、本方法が実施される任意の個体または患者を指す。一般に、対象はヒトであるが、当業者には理解されるように、対象は動物であってもよい。従って、げっ歯類（マウス、ラット、ハムスター及びモルモットを含む）、ネコ、イヌ、ウサギ、例えばウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタなどを含む家畜、並びに霊長類（サル、チンパンジー、オランウータン及びゴリラを含む）などの哺乳類を含む、その他の動物が、対象の定義内に含まれる。
【００２０】
従って、一態様では、本発明は、対象の皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法を提供する。この方法は、（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；並びに（ｂ）対象のマイクロバイオームを特徴決定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類し、それによって対象のマイクロバイオームを特徴決定することを含む。
【００２１】
本明細書で使用する場合、「サンプル」及び「生体サンプル」という用語は、本発明によって提供される方法に好適な任意のサンプルを指す。細胞のサンプルは、例えば、テープストリッピング、スクレーピング、スワビングなどの非侵襲的方法、または対象の生検などのより侵襲的方法により得られた皮膚または皮下組織サンプルを含む、任意のサンプルであり得る。一実施形態では、「サンプル」という用語は、対象の皮膚または皮下組織に由来する任意の調製物を指す。例えば、本明細書に記載された非侵襲的方法を使用して得た細胞のサンプルを使用して、本発明の方法のための核酸分子またはタンパク質を単離することができる。本発明のサンプルは、乾癬もしくは皮膚炎などの、疾病もしくは病理学的もしくは生理学的状態の結果であると疑われる疾病もしくは障害を示すことが分かっている皮膚、または周囲の辺縁部もしくは組織部分から採取してよい。本明細書で使用する場合、「周囲の辺縁部」または「周囲の組織」とは、疾病または障害を示すことが分かっている皮膚に隣接するが、それ以外は正常であると考えられる対象の組織を指す。
【００２２】
いくつかの実施形態では、この方法は更に、対象のマイクロバイオームを参照マイクロバイオームと比較すること、あるいは対象のマイクロバイオームプロファイルを生成すること、あるいは対象が有する疾病もしくは障害または対象が発症する恐れのある疾病もしくは障害を同定すること、あるいは個別化した治療レジメンを対象に提供することを含む。各種実施形態では、参照マイクロバイオームは、健康なプロファイルを有するとして分類され、かつ、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点によって、健康なプロファイルを有するとして対象のマイクロバイオームを同定する。あるいは、参照マイクロバイオームは、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして分類され、かつ、対象のマイクロバイオームと参照マイクロバイオームの間の類似点によって、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして対象のマイクロバイオームを同定する。
【００２３】
本明細書で使用する場合、「健康なプロファイル」とは、例えば疾病もしくは障害、またはそれらのリスクがない健康なマイクロバイオームを有すると判定されている対象由来である対象からのサンプルと関連したマイクロバイオームを指す。従って、一実施形態では、参照マイクロバイオームは、皮膚障害または特定の望ましくない表現型を有しない健康な個体から得られた細胞サンプルのマイクロバイオームである。
【００２４】
健康なプロファイルという用語は、健康な皮膚タイプのセットから決定した範囲に含まれる細菌叢の量及び多様性を指す。健康な皮膚という用語は、これらに限定されないが、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、フケ、ニキビ、蜂巣炎、酒さ、イボ、脂漏性角化症、光線性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、並びに基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、及び黒色腫などの癌を含む、皮膚病、皮膚疾病、または皮膚障害の無い皮膚を指す。
【００２５】
更に、本明細書で使用する場合、「疾病」または「障害」は、任意の皮膚関連疾病、例えば、決してこれらに限定されないが、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、フケ、ニキビ、蜂巣炎、酒さ、イボ、脂漏性角化症、光線性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、並びに基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、及び黒色腫などの癌を一般に指すことを意図する。
【００２６】
本明細書で使用する場合、「癌」という用語は、これらに限定されないが、癌腫、黒色腫及び肉腫を含む任意の悪性腫瘍を含む。癌は細胞の制御不能でかつ／または異常な分裂から発生し、次いで周囲の組織に浸潤して、その組織を破壊する。本明細書で使用する場合、「増殖すること」及び「増殖」とは、有糸分裂をしている細胞を指す。本明細書で使用する場合、「転移」とは、悪性腫瘍の出現部位からの遠隔転移を指す。癌細胞は、血流を通じて、リンパ系を通じて、体腔を通過して、またはこれらの任意の組み合わせにより転移する場合もある。本明細書で提供される場合、「癌性細胞」という用語は、本明細書で提供される癌性状態のいずれかに罹患した細胞を含む。「癌腫」という用語は、周囲の組織に浸潤する、及び転移を引き起こす傾向のある上皮細胞で構成された悪性新生物を指す。「黒色腫」という用語は、主に皮膚に見出されるが腸及び眼にも見出されるメラノサイトの悪性腫瘍を指す。「メラノサイト」とは、皮膚の表皮の底層である基底層、及び眼の中間層に位置する細胞を指す。従って、「黒色腫転移」とは、局所リンパ節及び／または遠隔臓器（例えば、肝臓、脳、乳房、前立腺など）への黒色腫細胞の伝播を指す。
【００２７】
「皮膚」または「皮下組織」という用語は、表皮（角質層を含む）及びその下層の真皮から成る、身体の外側の保護被覆を指し、汗腺及び皮脂腺、並びに毛包構造及び爪を含むと理解されている。本出願全体にわたり、「皮膚の」及び「皮下の」という形容詞は、使用可能であり、その用語が使用される文脈に応じて、一般に皮膚の特質を指すと理解されるべきである。ヒトの皮膚の表皮は、数種の異なる皮膚組織層を含む。最深層は基底層であり、円柱細胞から成る。その上を覆う層は有棘層であり、多面細胞から構成される。有棘層から押し上げられた細胞は扁平化し、ケラトヒアリン顆粒を合成して顆粒層を形成する。これらの細胞は外側へ移動するにつれて細胞核を失い、ケラトヒアリン顆粒は張原線維と融合して混ざる。これにより、淡明層と呼ばれる透明な層が形成される。淡明層の細胞は、密に詰まっている。淡明層から細胞が上昇するにつれて、多層状の不透明な鱗片へと圧縮されるようになる。これらの細胞はすべて、完全にケラチンで満たされ、細胞核を含むその他の内部構造をすべて失った扁平な細胞残存物である。これらの鱗片は、表皮の外層である角質層を構成する。角質層の底部では、細胞は密に詰まり、互いに強く接着しているが、上層ほど細胞は緩く詰まるようになり、やがては表面ではがれ落ちる。
【００２８】
本明細書で更に述べる通り、次世代シーケンシング、またはＮＧＳという、細胞または微生物の迅速かつ正確なシーケンシングを可能にする効果的なＤＮＡシーケンシング技術によって、今や複雑な細菌集団、その好例であるマイクロバイオームを評価することが可能である。本発明は、このような次世代シーケンシング（ＮＧＳ）プラットフォーム上で実施される、すべての個体に対する共生細菌叢の同定を想定する。このようなプラットフォームによって、十分に高感度で特異性が高く、比較的短い所要時間及びスケーラブルなスループットで、皮膚に生息するマイクロバイオームの迅速かつ正確な同定及び特性決定を可能にする。あるいは、サンガーシーケンシング、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、または細菌染色に基づくプラットフォームを使用して、個体のプロファイルを特徴決定することができる。同様に、マイクロバイオームまたはメタボロームは、質量分析法に基づくシステムによって、またはゲノムメタボロームモデリング及び流束収支解析を使用して特性決定することができる。すべての上記同定方法は、どの増殖ステップも無しに、個体から直接収集したサンプル上で実施できる。このようにして、培養可能及び培養不可能な微生物またはそれらの関連するメタボロームの混合物の同定に対して、バイアスが最小限に抑えられている。
【００２９】
ＮＧＳまたは質量分析法もしくはサンガーシーケンシングの様なその他の微生物同定方法の高スループット能力を活用することにより、個体の皮下組織上の何百という微生物及びそれらの関連するマイクロバイオーム並びにメタボロームが同時に同定され、得られたプロファイルを、皮膚及び皮下組織プロファイルデータベース由来の健康なプロファイルと比較してよい。プラットフォームをプロファイリングに活用することとは関係なく、上記プラットフォームを任意のクライアントに試験として提案してよく、その出力を使用して、共生微生物、病原性微生物、もしくは相利共生微生物またはそれらの関連する代謝産物が、健康なプロファイルと比較して対象の皮膚及び皮下組織上で欠乏しているかまたは過多であるかを同定してよい。
【００３０】
更に、対象の細菌叢及びメタボロームの構成を、異なる皮膚病のこれまで収集してまとめられたデータベースと比較して、対象が、将来的にそれらの皮膚病のいずれかを発症する傾向があるか否かを調べてよい。カスタマイズまたは個別化した試験結果に基づいて、カスタマイズまたは個別化したスキンケアまたはパーソナルケアブレンドをその個体用に配合してよく、その手段とは、共生生物及び相利共生生物の増殖を促す不可欠な基質及び栄養素の有無にかかわらず、その個体の細菌叢またはメタボローム中で欠乏している共生微生物及び相利共生微生物またはそれらの関連する代謝産物の混合物をブレンドすることである。このカスタマイズまたは個別化したスキンケアまたはパーソナルケア製品は、健康なマイクロバイオームを維持すること、または最適でないプロファイルを健全な平衡へと移動させることのいずれかにより、最適なプロファイルを確立するための方法で特異的に作製される。また、最適な微生物叢及びその関連するメタボロームと宿主の免疫系の間における相乗効果は、更に皮膚の健康及び健康良好に寄与することになる。
【００３１】
従って、本明細書に記載された方法及びプラットフォームは、核酸分子のシーケンシングなどの、核酸分子の解析を利用してよい。シーケンシング方法としては、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングを挙げてよい。更に、本明細書に記載されたこのような方法及びプラットフォームは、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを利用してよい。
【００３２】
実施形態では、同定プラットフォームへの入力は、一本鎖または二本鎖のＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍｔＤＮＡを含む、任意の核酸であり得る。この核酸は、約５ｂｐのオリゴ糖ほどの短さからメガベースほどの長さ、あるいはそれよりも長い任意の長さであり得る。本明細書で使用する場合、「核酸分子」という用語は、一本鎖、二本鎖または三本鎖のＤＮＡ、ＲＮＡ及びこれらの任意の化学的修飾物を意味する。実質的に任意の核酸修飾が意図される。「核酸分子」は、その長さが１０、２０、３０、４０、５０、６０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００、２，０００，０００、５，０００，０００、または更に長い塩基から、全長染色体ＤＮＡ分子までの、ほぼすべての長さであり得る。遺伝子の発現を解析する方法のため、サンプルから単離した核酸は通常、ＲＮＡである。
【００３３】
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ヒトを含む多様な種においてｍＲＮＡ発現の調節に関与する、平均２２ヌクレオチド長の小さな一本鎖ＲＮＡ分子である（Ｂａｒｔｅｌ  ２００４にて参照される）。ｍｉＲＮＡの最初の報告は、線虫のＣ．ｅｌｅｇａｎｓで発見されたｌｉｎ−４遺伝子のものであった（Ｌｅｅ，  Ｆｅｉｎｂａｕｍ  ｅｔ  ａｌ．  １９９３）。それ以来、何百ものｍｉＲＮＡが、ハエ、植物及び哺乳類で発見されている。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡの３'−非翻訳領域に結合することによって遺伝子発現を調節し、（ｉ）ｍＲＮＡの切断；または２）翻訳の抑制のいずれかを触媒する。ｍｉＲＮＡによる遺伝子発現の調節は、細胞発生、細胞分化、細胞間情報伝達、及びアポトーシスなどの多くの生物学的プロセスの中心となる（Ｒｅｉｎｈａｒｔ，  Ｓｌａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．  ２０００；Ｂａｅｈｒｅｃｋｅ  ２００３；Ｂｒｅｎｎｅｃｋｅ，  Ｈｉｐｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  ２００３；Ｃｈｅｎ，  Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．  ２００４）。近年、ｍｉＲＮＡが、マウス上皮の胚形成中に活性化し、皮膚形態形成において重要な役割を果たすことが明らかとなった（Ｙｉ，  Ｏ'Ｃａｒｒｏｌｌ  ｅｔ  ａｌ．  ２００６）。
【００３４】
遺伝子発現におけるｍｉＲＮＡの役割を考慮すると、ｍｉＲＮＡは、特定の細胞型におけるｍＲＮＡの相対量を完全に指定しないとしても、これに影響を与えて、それゆえ様々な細胞型における特定の遺伝子発現プロファイル（すなわち、特異的ｍＲＮＡの集団）を決定することは明らかである。加えて、異なる細胞型では、細胞における特異的ｍｉＲＮＡの特定分布も特有である可能性が高い。従って、組織のｍｉＲＮＡプロファイルの決定は、その組織における実際のｍＲＮＡ集団の発現プロファイリング用の手段として使用してよい。従って、ｍｉＲＮＡレベル及び／またはｍｉＲＮＡ変異の検出は、疾病検出、診断、予後、もしくは治療関連の決定（すなわち、治療計画を開始する前もしくは後のいずれかにて応答を示す）または対象における特定疾病の特徴決定のために有用である。
【００３５】
本明細書で使用する場合、「タンパク質」という用語は、少なくとも２つの共有結合したアミノ酸を指し、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド及びペプチドを含む。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸及びペプチド結合、または合成ペプチド模倣構造体で構成されてよい。従って、本明細書で使用する場合、「アミノ酸」、または「ペプチド残基」は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸の両方を意味する。例えば、ホモフェニルアラニン、シトルリン及びノルロイシンは、本発明の目的ではアミノ酸と見なされる。「アミノ酸」は、プロリン及びヒドロキシプロリンなどのイミノ酸残基を更に含む。側鎖は、（Ｒ）または（Ｓ）配置のどちらであってもよい。
【００３６】
「プローブ」または「プローブ核酸分子」は、少なくとも部分的に一本鎖であり、関心対象の配列に対して少なくとも部分的に相補的な、または少なくとも部分的に実質的に相補的な核酸分子である。プローブは、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡ両者の組み合わせであり得る。骨格の糖がリボースまたはデオキシリボース以外である核酸を含むプローブ核酸分子を有することも、本発明の範囲内である。プローブ核酸は、ペプチド核酸でもあり得る。プローブは、核酸分解活性に抵抗性のある連結または検出可能な標識を含むことができ、その他の部分、例えばペプチドに機能的に連結可能である。
【００３７】
一本鎖核酸分子は、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）との塩基対合能及びアデニン（Ａ）のチミン（Ｔ）またはウリジン（Ｕ）との塩基対合能に基づいて、別の一本鎖核酸分子が、もう一方の核酸分子の全体または一部と塩基対合（ハイブリダイズ）して二重らせん（二本鎖核酸分子）を形成できる場合、その別の一本鎖核酸分子に対して「相補的」である。例えば、ヌクレオチド配列５'−ＴＡＴＡＣ−３'は、ヌクレオチド配列５'−ＧＴＡＴＡ−３'に対して相補的である。
【００３８】
本明細書で使用する場合、「ハイブリダイゼーション」とは、核酸鎖が塩基対形成を介して相補鎖と結合するプロセスを指す。ハイブリダイゼーション反応は、関心対象の特定配列が低濃度で存在するサンプル中であっても、この特定配列を同定可能なほど、反応感度がよく選択的であり得る。インビトロの状態で、好適でストリンジェントな条件は、例えば予備ハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション溶液中の塩もしくはホルムアミドの濃度によって、またはハイブリダイゼーション温度によって規定することができ、その条件は当技術分野において周知である。特に、ストリンジェンシーは、塩濃度の低下、ホルムアミド濃度の増加、またはハイブリダイゼーション温度の上昇によって高めることができる。例えば、高ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションは、約３７℃〜４２℃にて約５０％ホルムアミド中で実施できる。低ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションは、約３０℃〜３５℃にて約３５％〜２５％ホルムアミド中で実施できる。特に、高ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションは、４２℃にて５０％ホルムアミド、５×ＳＳＰＥ、０．３％ＳＤＳ、及び２００ｍｇ／ｍｌのせん断変性サケ精子ＤＮＡ中で実施できる。低ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションは、３５℃の低温にて３５％ホルムアミド中である以外は、上記の通り実施できる。特定のストリンジェンシーレベルに対応する温度範囲は、関心対象である核酸のプリン対ピリミジン比を計算し、それに応じて温度を調節することにより更に範囲を限定することができる。上記温度範囲及び条件についての変化は、当技術分野において周知である。
【００３９】
本明細書で使用する場合、「皮膚細菌叢」または「マイクロバイオーム」という用語は、対象の皮膚または皮下組織に生息する細菌、ウイルス、及び真菌を含む微生物を指す。
【００４０】
本明細書で使用する場合、微生物の、細菌、または微生物という用語は、原核生物もしくは真核生物、細菌、古細菌、カビ、ウイルス、または単細胞もしくは多細胞の原生生物を含む任意の微小な生物を指す。
【００４１】
本明細書で使用する場合、「改善すること」または「治療すること」という用語は、癌または黒色腫に伴う臨床徴候及び／または症状が、実施された処置の結果として和らぐことを意味する。モニターされた徴候または症状は、特定の癌または黒色腫の特徴を示し、徴候及び状態をモニターするための方法と同様に当業者の臨床医に周知であろう。従って、「治療計画」とは、対象における疾病または癌を治療するための、任意の体系的な計画または過程を指す。
【００４２】
実施形態では、核酸分子は、当業者に周知である多数の手段によって皮膚サンプルから収集した細胞及び細胞材料を溶解させることにより、単離することもできる。例えば、これらに限定されないがＲＮｅａｓｙ（商標）（Ｑｉａｇｅｎ社、バレンシア、カリフォルニア州）及びＴｒｉＲｅａｇｅｎｔ（商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ社、シンシナティ、オハイオ州）を含む、ポリヌクレオチドの単離が可能な多数の市販製品を使用できる。次いで、単離したポリヌクレオチドを、サイトカインをコードするポリヌクレオチドを含む、特定の核酸配列に対して試験またはアッセイすることができる。核酸サンプル内で標的核酸分子を回収する方法は、当技術分野において周知であり、マイクロアレイ解析を含むことができる。
【００４３】
本明細書で更に述べる通り、核酸分子は、個体の皮膚に関連するマイクロバイオーム及び／またはメタボロームの決定を助ける可能性のある、当技術分野において既知の多数の方法で解析してよい。例えば、核酸分子の存在は、特定の核酸分子のプローブまたは断片を使用するＤＮＡ−ＤＮＡもしくはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーションまたは増幅によって検出できる。核酸増幅に基づくアッセイ法には、特異的ＤＮＡまたはＲＮＡを含有する形質転換体を検出するための、核酸配列に基づいたオリゴヌクレオチドまたはオリゴマーの使用を含む。
【００４４】
別の実施形態では、本発明の核酸分子の発現産物に特異的に結合する抗体を使用して、対象の皮膚病変を特徴決定してよい。抗体は、修飾の有無にかかわらず使用してよく、抗体とレポーター分子との共有結合または非共有結合のいずれかによって標識してよい。
【００４５】
多種多様な標識及び結合方法が、当業者に周知であり、様々な核酸及びアミノ酸アッセイ法にて使用してよい。表１〜６の核酸分子に関連した配列を検出するための、標識ハイブリダイゼーションまたはＰＣＲプローブを作製するための手段としては、オリゴラベリング、ニックトランスレーション、エンドラベリングまたは標識ヌクレオチドを使用するＰＣＲ増幅が挙げられる。あるいは、核酸分子、またはこれらの任意の断片を、ｍＲＮＡプローブ作製用のベクターにクローニングしてよい。このようなベクターは当技術分野において既知であり、市販されていて、このベクターを使用して、Ｔ７、Ｔ３、またはＳＰ６などの適切なＲＮＡポリメラーゼ及び標識ヌクレオチドを添加することにより、インビトロでＲＮＡプローブを合成してよい。これらの手順は、様々な市販のキットを使用して実施してよい（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  ＆  Ｕｐｊｏｈｎ社（カラマズー、ミシガン州）；Ｐｒｏｍｅｇａ社（マディソン、ウィスコンシン州）；及びＵ．Ｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ社、クリーブランド、オハイオ州）。好適なレポーター分子または標識は、検出を容易にするために使用してよく、例えば放射性核種、酵素、蛍光剤、化学発光剤、または発色剤及び基質、補因子、阻害剤、磁気粒子などが挙げられる。
【００４６】
ＰＣＲシステムでは通常、２つの増幅プライマー及びアンプリコン内の部位に特異的に結合する、付加的なアンプリコン特異的蛍光ハイブリダイゼーションプローブを使用する。プローブは、１つ以上の蛍光標識部分を含むことができる。例えば、プローブは２種の蛍光色素で標識できる：（１）レポーターとして機能し、５'末端に位置する６−カルボキシ−フルオレセイン（ＦＡＭ）、及び（２）クエンチャーとして機能し、３'末端に位置する６−カルボキシ−テトラメチル−ローダミン（ＴＡＭＲＡ）。増幅が行われる場合、伸長段階中に、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼの５'−３'エキソヌクレアーゼ活性によってレポーターをプローブから切断し、それゆえレポーターがクエンチャーから遊離する。結果的に生じるレポーター色素の蛍光発光の増加を、ＰＣＲプロセス中にモニターして、生成したＤＮＡ断片の数を示す。インサイチューＰＣＲは、標的核酸分子の直接的な位置測定及び可視化のために利用してよく、病理組織学的所見と発現とを関連付けるのに更に有用である場合もある。
【００４７】
本発明の核酸分子に対する特異的ハイブリダイゼーションプローブを作製するための手段は、ｍＲＮＡプローブ作製用のベクターに核酸配列をクローニングすることを含む。このようなベクターは当技術分野において既知で市販されており、このベクターを使用して、適切なＲＮＡポリメラーゼ及び適切な標識ヌクレオチドを添加することにより、インビトロでＲＮＡプローブを合成してよい。ハイブリダイゼーションプローブは、様々なレポーター基、例えば、３２Ｐもしくは３５Ｓなどの放射性核種、またはアビジン／ビオチンカップリング系を介してプローブに結合しているアルカリホスファターゼなどの酵素標識などによって標識してよい。
【００４８】
「スキンケア製品」または「パーソナルケア製品」という用語は、スキンケア製品を指し、これらに限定されないが洗浄製品、シャンプー、コンディショナー、化粧水またはクリーム、局所軟膏及びジェル、並びに局部（例えば、眼の下）ジェルが挙げられ、それらすべては、活性または休眠状態のいずれかにある共生生物もしくは相利共生生物または共生生物もしくは相利共生生物の混合物の有無によらず、微生物集団を健康なプロファイルへと移動させるよう特異的に設計された成分を含有するように配合してよい。このようなスキンケア製品は、治療薬、ビタミン、酸化防止剤、ミネラル、皮膚調整剤、ポリマー、賦形剤、界面活性剤、プロバイオティクス、またはそれらの断片、生存し休眠もしくは不活性のいずれかにある細菌、真菌などの微生物またはそれらの培養物由来の製品を更に含んでもよい。
【００４９】
「皮膚共生微生物」は、インビトロ、エクスビボ、及び／またはインビボで、ヒト皮膚に定着（ｃｏｌｏｎｉｚｅ）していてもよい（すなわち、ヒト皮膚上に生存及び増殖していてもよい）かまたは一時的に生息していてもよい原核生物及び真核生物の両方を意味する。代表的な皮膚共生微生物として、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロピオニバクテリア（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ）、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイダーレス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、フラボバクテリアーレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、メイディダ（Ｍａｙｄｉｄａ）、デバリオマイセス（Ｄｅｂａｒｏｙｏｍｙｃｅｓ）、及びクリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５０】
アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）は、皮膚、口、尿路及び大腸領域を含む人体の様々な場所で見られる共生非芽胞形成性桿状（棒状）グラム陽性菌である。アクネ菌は、皮膚の油脂を消費し、短鎖脂肪酸及びプロピオン酸などの副生成物を生成することができ、健康な皮膚バリアの維持に役立つことが知られている。アクネ菌などのプロピオニバクテリアは、望ましくない乳酸産生細菌、グラム陰性菌、酵母、及びカビに対して阻害性である、バクテリオシン及びバクテリオシン様化合物（例えば、プロピオニシンＰ１Ｇ−１、ジェンセニインＧ、プロピオニシンＳＭ１、ＳＭ２  Ｔ１、及びアクネシン）も生成する。実施形態では、アクネ菌を有すると判定した皮膚を有する対象は、アクネ菌の成長及び増殖を阻害するように設計されたパーソナルケア製品で治療してよい。
【００５１】
実施形態では、個体の皮膚プロファイルを、皮膚の健康状態の全体的なスナップ写真である個別化したＳｋｉｎＩＱ（商標）インデックスへと変換する。その手段とは、パーソナルケア製品の配合を助けるために、皮膚細菌叢の多様性及びその特性を取得することである。特性に関与する主な要因とは、プロバイオティックバランスであり、相利共生微生物及び共生微生物の（日和見）病原体に対する比である。しかしながら、特性は、皮膚の健康に良い影響を与え得るその他の要因も含むことができる。これらの要因としては、宿主の皮膚の健康増進または維持に関与する主要な生合成微生物遺伝子、遺伝子産物またはタンパク質の存在が挙げられる。これらすべての要因は、これらに限定されないが皮膚炎の緩和、病原体の相対量の減少、並びにプロビタミン、抗菌ペプチド、ビタミン及び脂肪酸の生合成によって、皮膚全体の健康に関与することになる。ＳｋｉｎＩＱ（商標）インデックスで表される多様性と特性の組み合わせは、皮膚の健康状態の予測基準でもあり得る。例えば、アクネ菌のある亜種の優位性が、ニキビを発生させるリスクに強く関連する場合もある。同様に、ＳｋｉｎＩＱ（商標）は、これらに限定されないが湿疹、乾癬、アトピー性皮膚炎、及び酒さを含むその他皮膚病の突然の再発を予測する場合もある。
【００５２】
ＳｋｉｎＩＱ（商標）インデックスは、任意の個体プロファイルを、皮膚プロファイル（マイクロバイオーム及び／またはメタボローム）データベース由来の「共通の健康なプロファイル」と対比し、健康集団範囲内にすべてのプロファイルを配置するＳｋｉｎ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍで定義される。共通の健康なプロファイルは、各細菌種に対して定義される。健康集団由来のデータを使用して、健康な個体で見られると期待される任意の所与の細菌種範囲を定義する。これらすべての範囲によって、今後の比較用の基準を定義する。Ｓｋｉｎ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）は更に、新規微生物用に設定された豊富なデータを得るのに使用できる高性能な発見装置として機能する。この微生物は、これらに限定されないがニキビ、アトピー性皮膚炎、乾癬及び湿疹を含む異なる皮膚病に良い影響を与えるスキンケア配合物に利用可能である。また、この装置は、可能性のある治療的な含意を有して、情報を得るために様々な細菌種間のより高いレベルの相互作用を調べるために使用することも可能である。
【００５３】
従って、本発明は、正常または健康な皮膚、及び様々な皮膚疾病状態などの既知の状態にある対象の皮膚サンプルから作製された、参照を反映した多数のプロファイルを含む参照データベースを作製することを意図する。個体プロファイルは、参照プロファイルを含む参照データベースと比較してよい。対象のプロファイルが、データベース中の特定の疾病状態プロファイルと的確に一致する場合、対象は、そのような疾病状態を有すると診断される。様々なコンピュータシステム及びソフトウェアが、本発明の解析方法を実施するために利用することができ、かつ当業者に明らかである。代表的なソフトウェアプログラムとして、Ｃｌｕｓｔｅｒ  ＆  ＴｒｅｅＶｉｅｗ（スタンフォード、ＵＲＬ：ｒａｎａ．ｌｂｌ．ｇｏｖまたはｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．ｏｒｇ）、ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ（ＭＩＴ／ホワイトヘッド研究所（Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、ＵＲＬ：ＭＰＲ／ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ／ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ．ｈｔｍｌ）、Ａｒｒａｙ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＳｐｏｔＦｉｒｅ社、ＵＲＬ：ｓｐｏｔｆｉｒｅ．ｃｏｍ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｓｃｉｃｏｍｐ．ａｓｐ＃ＳＡＥ）、及びＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社、ＵＲＬ：ｓｉｇｅｎｅｔｉｃｓ．ｃｏｍ／Ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）が挙げられるが、これらに限定されない（コンピュータシステム及びソフトウェアのために、米国特許第６，２０３，９８７号も参照し、参考として本明細書に組み込まれる）。
【００５４】
一実施形態では、本発明は、皮膚または皮下組織の細菌叢を含有する対象からサンプルを収集することを含む、皮膚及び／または皮下組織を特徴決定する方法を提供する。健康な個体の皮膚及び皮下組織の細菌叢は、テープストリップを使用して、スワイピング、スクレーピング、スワビング、または任意のその他の効果的な微生物収集方法を使用して収集できる。採取したサンプルは、ＮＧＳ、サンガーシーケンシング、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、または細菌染色に基づくプラットフォームで特性決定することができる。シーケンシングに基づいたプラットフォームに関しては、これは、全ゲノムシーケンシングアプローチを使用してか、または、顕著な例が１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングである目標とする適用によるかのいずれかで行うことができる。すべての上記同定方法は、どの増殖ステップも無しに、個体から直接収集したサンプル上で実施できる。このようにして、培養可能及び培養不可能な微生物の混合物の同定に対して、バイアスが最小限に抑えられている。独自の解析アルゴリズムを使用して、各個体の種構成を同定することができる。共通の健康なプロファイルは、健康なコホートから構成されてよい。健康なプロファイルは、より多くのサンプルを時間の経過とともに収集するよう、リアルタイムに更新してよい。健康なプロファイルは、すべての個体サンプル、すなわちプロファイルを比較するための参照として機能することになる。同定した細菌の例は、アクチノバクテリア、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）を含む、任意の門に属する。その細菌としては通常、プロピオニバクテリア、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）、及びアセニトバクテリア（Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒｉａ）種などの普通種が挙げられよう。
【００５５】
一実施形態では、本発明は、皮膚病を有する個体の皮膚及び皮下組織微生物叢を特徴決定するためのプラットフォームまたは方法を提供する。最適ではないと見なされる皮膚病を有する個体の皮膚及び皮下組織の細菌叢は、スワイピング、スワビング、テープストリップまたは任意のその他の効果的な微生物収集方法を使用して収集することができる。収集した微生物サンプルは、ＮＧＳ、サンガーシーケンシング、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、または細菌染色に基づくプラットフォームで特性決定することができる。シーケンシングに基づいたプラットフォームには、全ゲノムシーケンシングアプローチを使用してか、または、顕著な例が１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングである目標とする適用によるかのいずれかで行うことができる。すべての同定方法は、どの増殖ステップも無しに、個体から直接収集したサンプル上で実施できる。このようにして、培養可能及び培養不可能な微生物の混合物の同定に対して、バイアスが最小限に抑えられている。個人の皮膚及び皮下組織の細菌叢プロファイルは、各個体用に生成することができる。表現型の特徴に基づいた個体は、同様に特定の皮膚病区分に配置することができる。このようなクラスタリングの取り組みは、各コホートの特徴である生物学的に有意なパターンを同定するのに役立つことになる。影響を受けたコホートの微生物構成は、健康なプロファイルとは異なる。任意の所与の皮膚病に関連する微生物種は、目に見えて皮膚病を発症したのではなく、皮膚病になりやすい可能性のある個体の早期診断マーカーとして使用できる。同定した細菌の例は、アクチノバクテリア、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア、バクテロイデス門を含む、任意の門に属する。その細菌としては通常、プロピオニバクテリア、ブドウ球菌、コリネバクテリア、及びアセニトバクテリア種などの普通種が挙げられよう。損傷した皮膚は、細菌叢の構成に影響を与えること、または非病原性細菌を病原性にすることが可能である。
【００５６】
一実施形態では、本発明は、共通の健康な皮膚及び皮下組織代謝産物プロファイルを特徴決定するためのプラットフォームまたは方法を提供する。皮膚及び皮下組織の細菌叢に関連するメタボロームは、質量分析法に基づくシステムによって、またはゲノムメタボロームモデリング及び流束収支解析を使用して特性決定することも可能である。抽出は、スワイピング、スワビング、テープストリップまたは任意のその他の効果的な微生物収集方法を使用することにより収集したサンプルで行うことができる。あるいは、それらの代謝産物及び生化学的、特に細胞外代謝産物は、どの細胞採取も行うことなく任意の個体から直接単離することができる。特徴決定は、メタボローム全体で行うことができるか、または、代謝産物のサブセットのみに絞ることができ、該代謝産物は、特定の疾病病状において重要であると知られているか、または重要だと分かっていてもよい。すべての上記同定方法は、どの増殖ステップも無しに、個体から直接収集したサンプル上で実施できる。このようにして、集団構成においてバイアスは最小限に抑えられている。独自の解析アルゴリズムを使用して、各個体の皮膚細菌叢の代謝産物構成を同定してよい。共通の健康なプロファイルは、健康なコホートから構成されてよい。健康なプロファイルは、より多くのサンプルを時間の経過とともに収集するよう、リアルタイムに更新してよい。健康なプロファイルは、すべての個体サンプル、すなわちプロファイルを比較するための参照として機能することになる。
【００５７】
一実施形態では、本発明は、皮膚病を有する個体の皮膚及び皮下組織微生物叢を特徴決定するためのプラットフォームまたは方法を提供する。最適ではないと見なされる皮膚病を有する個体の皮膚及び皮下組織の細菌叢の代謝産物構成は、質量分析法に基づくシステムによって、またはゲノムメタボロームモデリング及び流束収支解析を使用して特性決定することができる。抽出は、スワイピング、スワビング、テープストリップまたは任意のその他の効果的な微生物収集方法を使用することにより収集したサンプルで行うことができる。あるいは、それらの代謝産物及び生化学的、特に細胞外代謝産物は、どの細胞採取も行うことなく任意の個体から直接単離することができる。特徴決定は、メタボローム全体で行うことができるか、または、代謝産物のサブセットのみに絞ることができ、該代謝産物は、重要であると知られているか、または重要だと分かっていてもよい。すべての上記同定方法は、どの増殖ステップも無しに、個体から直接収集したサンプル上で実施できる。このようにして、集団構成においてバイアスは最小限に抑えられている。個人のプロファイルは、皮膚及び皮下組織の細菌叢の代謝産物構成を示す各個体用に生成することができる。表現型の特徴に基づいた個体は、同様に特定の皮膚病区分に配置することができる。このようなクラスタリングの取り組みは、各コホートの特徴である生物学的に有意なパターンを同定するのに役立つことになる。影響を受けたコホートの代謝産物構成は、健康なプロファイルとは異なる。任意の所与の皮膚病に関連する代謝産物は、目に見えて皮膚病を発症したのではなく、皮膚病になりやすい可能性のある個体の早期診断マーカーとして使用できる。
【００５８】
一実施形態では、本明細書に記載されたプラットフォームまたは方法は、健康または皮膚病を有するいずれかの、任意の個体の皮膚細菌叢及びそれらの関連するメタボロームも特性決定するための試験として提供されてよい。このような試験は、任意の個体の優勢な皮膚細菌叢及び代謝産物を特徴決定するための感度が高い。任意の個体の細菌叢のカスタマイズまたは個別化した評価を実施してよく、同定した皮膚及び皮下組織の細菌叢並びに代謝産物を、健康な皮膚プロファイル及び影響を受けた皮膚プロファイルとも比較してよい。カスタマイズまたは個別化したレポートを生成してよく、そのレポートは、個体の皮膚及び皮下組織の細菌叢の種構成及びその関連する代謝産物も特定することになる。このようなレポートには、各個体で欠乏または過多である有益な共生種を含めることになる。このレポートは更に、各個体で欠乏もしくは過多のいずれかである有益または望ましくない代謝産物のリストも含むことになる。このレポートは、カスタマイズまたは個別化したスキンケアまたはパーソナルケア製品の配合のために使用してよい。あるいは、この試験は、その他のスキンケア及びパーソナルケア製品、療法の性能を判断するため、または正常な皮膚細菌叢もしくは代謝産物のどの破壊でも評価するために行うことができる。試験は、皮膚細菌叢またはその関連する代謝産物での治療計画の有効性をモニターするために、任意の皮膚治療の前後及び治療中に実施できる。試験は、特徴的な微生物プロファイルまたはそれらの付随する代謝産物に関連する皮膚病の早期診断にも使用できる。試験の感度が良く、表現型の発症前に、このような皮膚病の早期診断が可能である。一態様では、本発明は、生成するための方法、または特定の個体のために配合されたカスタマイズもしくは個別化したスキンケアもしくはパーソナルケア製品を提供する。カスタマイズまたは個別化した製品は、１種以上の有益もしくは共生微生物または任意の所与の個体で欠乏の可能性がある化学物質及び代謝産物のセットを含む。このようなスキンケア製品及びパーソナルケア製品の規則的な投与によって、最適ではないプロファイルを健全な平衡へと移動させる。スキンケア製品は、スキンケア製品微生物またはその構成する代謝産物の定着の有効性を高めるであろう独自のローションで既存の細菌叢を洗浄した後、適用してよい。どのカスタマイズまたは個別化したスキンケアまたはパーソナルケア製品でも、１種以上の培養可能または培養不可能な微生物を含むことができる。あるいは、カスタマイズまたは個別化した製品は、相利共生生物もしくは共生生物の確立もしくは増殖及び／または病原体の抑制を促す基質及び栄養素であり得る。それらの化学物質及び代謝産物は、インビトロで合成されるか、または微生物から精製される。
【００５９】
本発明を上記の例に関連して述べてきたが、変更及び変形は本発明の趣旨及び範囲内に包含されると理解されるであろう。従って、本発明は、以下の特許請求の範囲によってのみ限定される。
【図１】
2016528880.tif 000002
【図２】
2016528880.tif 000003
【図３】
2016528880.tif 000004
【手続補正書】
【提出日】平成28年3月2日(2016.3.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；並びに
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを特徴決定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記対象のマイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記対象の前記皮膚または皮下組織の前記マイクロバイオームを特徴決定する方法。
【請求項２】
前記対象のマイクロバイオームを参照マイクロバイオームと比較することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記対象が有する疾病もしくは障害または前記対象が発症する恐れのある疾病もしくは障害を同定することを更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記参照マイクロバイオームが、健康なプロファイルを有するとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、健康なプロファイルを有するとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記参照マイクロバイオームが、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、前記疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルが、スワイプ（ｓｗｉｐｅ）、掻爬（ｓｃｒａｐｅ）、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記テープが粘着テープである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロピオニバクテリア（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイダーレス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、フラボバクテリアーレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、メイディダ（Ｍａｙｄｉｄａ）、デバリオマイセス（Ｄｅｂａｒｏｙｏｍｙｃｅｓ）、及びクリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）から選択される細菌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）属、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）属、またはアセニトバクテリア（Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒｉａ）属の細菌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記細菌がアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
（ａ）複数の対象の皮膚または皮下組織から複数のサンプルを得ることであって、各サンプルが、複数の微生物を含む、こと；並びに
（ｂ）前記複数のサンプルのそれぞれについてのマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の各サンプルの前記複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記複数の対象の前記マイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記複数の対象の前記皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法。
【請求項１９】
前記複数のサンプルの個別のコホートを同定するために、（ｂ）の結果をクラスタリングすることを更に含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
各個別のコホートが、特定の表現型またはプロファイルを示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
各個別のコホートが、類似のマイクロバイオームを有するサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
個別のコホートが、共通の皮膚疾病または皮膚障害を有する対象由来のサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
個別のコホートが、類似の代謝産物プロファイルを有する対象由来のサンプルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
各サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
前記テープが粘着テープである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記細菌がアクネ菌である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３３】
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；並びに
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較し、それによって前記対象における疾病または障害を診断することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと
を含む、前記対象における前記疾病または前記障害を診断する方法。
【請求項３４】
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記テープが粘着テープである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記細菌がアクネ菌である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４４】
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記解析及び前記分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４６】
（ａ）疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れのある対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、前記疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと；並びに
（ｄ）（ｃ）に基づいてカスタマイズした治療用製剤を製剤化し、それによってカスタマイズした治療用製剤を製剤化すること
を含む、前記対象のためのカスタマイズした治療用製剤を製剤化する方法。
【請求項４７】
請求項４６に記載の方法によって製剤化された治療用製剤。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
別の態様では、本発明は、本発明の方法によって製剤化された治療用製剤を提供する。
[本発明1001]
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；並びに
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを特徴決定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記対象のマイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記対象の前記皮膚または皮下組織の前記マイクロバイオームを特徴決定する方法。
[本発明1002]
前記対象のマイクロバイオームを参照マイクロバイオームと比較することを更に含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記対象が有する疾病もしくは障害または前記対象が発症する恐れのある疾病もしくは障害を同定することを更に含む、本発明1002の方法。
[本発明1005]
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、本発明1004の方法。
[本発明1006]
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記参照マイクロバイオームが、健康なプロファイルを有するとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、健康なプロファイルを有するとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、本発明1002の方法。
[本発明1008]
前記参照マイクロバイオームが、疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして分類され、かつ、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点によって、前記疾病または障害を有するかまたは有する恐れがあるとして前記対象のマイクロバイオームを同定する、本発明1002の方法。
[本発明1009]
前記サンプルが、スワイプ（ｓｗｉｐｅ）、掻爬（ｓｃｒａｐｅ）、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記テープが粘着テープである、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1001の方法。
[本発明1012]
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロピオニバクテリア（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイダーレス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、フラボバクテリアーレス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、メイディダ（Ｍａｙｄｉｄａ）、デバリオマイセス（Ｄｅｂａｒｏｙｏｍｙｃｅｓ）、及びクリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）から選択される細菌である、本発明1011の方法。
[本発明1013]
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）属、コリネバクテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ）属、またはアセニトバクテリア（Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒｉａ）属の細菌である、本発明1011の方法。
[本発明1014]
前記細菌がアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）である、本発明1013の方法。
[本発明1015]
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、本発明1001の方法。
[本発明1016]
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、本発明1015の方法。
[本発明1017]
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
（ａ）複数の対象の皮膚または皮下組織から複数のサンプルを得ることであって、各サンプルが、複数の微生物を含む、こと；並びに
（ｂ）前記複数のサンプルのそれぞれについてのマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の各サンプルの前記複数の微生物を解析及び分類し、それによって前記複数の対象の前記マイクロバイオームを特徴決定すること
を含む、前記複数の対象の前記皮膚または皮下組織のマイクロバイオームを特徴決定する方法。
[本発明1019]
前記複数のサンプルの個別のコホートを同定するために、（ｂ）の結果をクラスタリングすることを更に含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
各個別のコホートが、特定の表現型またはプロファイルを示す、本発明1019の方法。
[本発明1021]
各個別のコホートが、類似のマイクロバイオームを有するサンプルを含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
個別のコホートが、共通の皮膚疾病または皮膚障害を有する対象由来のサンプルを含む、本発明1020の方法。
[本発明1023]
個別のコホートが、類似の代謝産物プロファイルを有する対象由来のサンプルを含む、本発明1020の方法。
[本発明1024]
各サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、本発明1019の方法。
[本発明1025]
前記テープが粘着テープである、本発明1024の方法。
[本発明1026]
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1019の方法。
[本発明1027]
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、本発明1026の方法。
[本発明1028]
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、本発明1026の方法。
[本発明1029]
前記細菌がアクネ菌である、本発明1028の方法。
[本発明1030]
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、本発明1019の方法。
[本発明1031]
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、本発明1030の方法。
[本発明1032]
前記解析及び分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1019の方法。
[本発明1033]
（ａ）対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；並びに
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較し、それによって前記対象における疾病または障害を診断することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと
を含む、前記対象における前記疾病または前記障害を診断する方法。
[本発明1034]
前記対象のマイクロバイオームプロファイルを生成することを更に含む、本発明1033の方法。
[本発明1035]
個別化した治療レジメンを前記対象に提供することを更に含む、本発明1033の方法。
[本発明1036]
カスタマイズした治療用製剤を製剤化して前記対象に投与することを更に含む、本発明1035の方法。
[本発明1037]
前記サンプルが、スワイプ、掻爬、スワブ、生検、またはテープによって前記皮膚または皮下組織から得られる、本発明1033の方法。
[本発明1038]
前記テープが粘着テープである、本発明1037の方法。
[本発明1039]
前記複数の微生物が、細菌、真菌、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1033の方法。
[本発明1040]
前記微生物が、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、プロテオバクテリア、バクテロイデス門、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジア目、ラクトバチルス目、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコッカス、ストレプトコッカス、バクテロイダーレス、フラボバクテリアーレス、ファーミキューテス、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセチア、メイディダ、デバリオマイセス、及びクリプトコッカスから選択される細菌である、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記微生物が、プロピオニバクテリア属、ブドウ球菌属、コリネバクテリア属、またはアセニトバクテリア属の細菌である、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記細菌がアクネ菌である、本発明1041の方法。
[本発明1043]
前記解析及び分類が、核酸のシーケンシングを含む、本発明1033の方法。
[本発明1044]
シーケンシングが、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、及び１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングから選択される、本発明1043の方法。
[本発明1045]
前記解析及び前記分類が、質量分析法、定量的ＰＣＲ、免疫蛍光法、インサイチューハイブリダイゼーション、細菌染色に基づくプラットフォーム、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1033の方法。
[本発明1046]
（ａ）疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れのある対象の皮膚または皮下組織から、複数の微生物を含むサンプルを得ること；
（ｂ）前記対象のマイクロバイオームを同定するために、（ａ）の複数の微生物を解析及び分類すること；
（ｃ）前記対象のマイクロバイオームを、前記疾病もしくは障害を有するかまたは前記疾病もしくは障害の恐れがある対象のマイクロバイオームを表す参照マイクロバイオームと比較することであって、前記対象のマイクロバイオームと前記参照マイクロバイオームの間の類似点が、前記疾病もしくは障害の恐れがあるかまたは前記疾病もしくは障害を有している前記対象であることを示す、こと；並びに
（ｄ）（ｃ）に基づいてカスタマイズした治療用製剤を製剤化し、それによってカスタマイズした治療用製剤を製剤化すること
を含む、前記対象のためのカスタマイズした治療用製剤を製剤化する方法。
[本発明1047]
本発明1046の方法によって製剤化された治療用製剤。
【国際調査報告】
2016528880.tif 000005