(57)【要約】本開示は、分化及び膵癌の臨床的予後に関連する、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたものを含む分子マーカーの識別を含む。より詳細には、本開示は、その発現量を用いて、分化の程度の高い膵癌を、分化の程度の低い膵癌から識別することが可能な、遺伝子マーカーのセットの識別を含む。これらのマーカーは、ホストの疾病進行、再発又は死亡を含む、膵癌の臨床的予後を予測するために用いることができる。また、本開示は、ＡＳＰＭの発現、又は、上記腺癌のＷｎｔシグナリング活性及び／又は癌幹細胞集団を、活性化又は保持するＡＳＰＭの能力を阻害することにより、膵癌、乳癌及び前立腺癌等の腺癌をアッセイするための、腺癌を治療する方法及びキットを提供する。【選択図】図１９Ｄ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
膵癌を有する被験体の臨床的予後を予測する方法であって、
（ａ）被験体からの１つ以上の腫瘍サンプル中の、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたものから選択される１つ以上のマーカー遺伝子の転写物又はタンパク質発現量の測定を得るステップと、
（ｃ）腫瘍サンプルでマーカー遺伝子の発現量を、１つ又は複数の閾値参照量と比較するステップと、
を備える方法。
【請求項２】
前記ステップ（ｃ）での比較に基づき、腫瘍に臨床的予後グループを割り当てるステップをさらに備える、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＡＳＰＭを阻害するための薬剤の治療有効量を投与するステップをさらに備える、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
転写物発現を決定するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応法、ノーザンブロット法、ＲＮアーゼ保護アッセイ又はｃＤＮＡ又はオリゴヌクレオチドマイクロアレイ分析を備え、タンパク質発現を決定するステップは、イムノブロッティング、免疫組織化学、タンパク質配列、又は二次元のタンパク質電気泳動及び質量分析を備える、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記臨床的予後は、（ａ）疾病診断又は手術の日付と疾病再発又は転移の日付との間の時間的間隔、（ｂ）疾病診断又は手術の日付と被験体の死亡日との間の時間的間隔、又は（ｃ）１つ又は複数の測定可能な腫瘍病変の数、大きさ又は容量の変化、を備える、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
閾値参照量を決定するステップは、（ａ）臨床的予後データが利用可能である膵癌を有する多数の被験体から、腫瘍のサンプルを得るステップと、（ｂ）前記サンプル中の前記マーカーの発現量を決定するステップと、（Ｃ）多数の前記被験体を、前記サンプル又はそれらの組み合わせの前記発現量によって下行順序にランク付けをするステップと、
（ｄ）一つ又は複数の閾値参照量を決定するステップと、を備え、その腫瘍が前記閾値参照量を上回る前記マーカーの発現量を有する前記被験体は、前記閾値参照量よりも下の発現量を有する被検体よりも、臨床予後不良又は疾病進行のより高い又はより低いリスクを有することが予測される、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
腺癌を有する被験体の臨床的予後を予測する方法であって、（ａ）腺癌を有する被験体から腫瘍の１つ以上のサンプルを得るステップと、（ｂ）ＡＳＰＭの転写物又はタンパク質発現量を決定するステップと、（ｃ）前記腫瘍サンプル中のＡＳＰＭの発現量を、１つ又は複数の閾値参照量と比較するステップと、（ｄ）前記（ｃ）での比較に基づく臨床的予後グループを、前記腫瘍に割り当てるステップと、を有する方法。
【請求項８】
個体の腺癌を治療する方法であって、
前記癌中のＡＳＰＭの発現及び／又は活性を阻害するステップ、
を備える方法。
【請求項９】
前記腺癌は、乳癌、前立腺癌、結腸癌、胃部癌、又はヒトの正常腺から誘導される悪性腫瘍の任意のタイプである、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法は、小干渉ＲＮＡ、小ヘアピンＲＮＡ、マイクロＲＮＡ又はアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、ＡＳＰＭｍＲＮＡに相補的な核酸を、前記個体に投与するステップを備える、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
前記方法は、ＡＳＰＭの能力を阻害して、Ｗｎｔシグナリング経路の活性を増大させるに十分な、ＡＳＰＭｍＲＮＡに相補的な前記核酸を、前記個体に投与するステップをさらに備える、請求項８〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｗｎｔシグナリング経路の活性は、β−カテニン量、又は、Ｔ細胞因子（ＴＣＦ）／リンパ性エンハンサ−結合因子１（ＬＥＦ１）活性により測定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記方法は、癌幹細胞集団を促進又は保持するＡＳＰＭの能力、又は、それらの腫瘍を発生させる及び／又は転移を促進する能力を、阻害するに十分な、ＡＳＰＭｍＲＮＡに相補的な前記核酸を、前記個体に投与するステップを、さらに備える、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌幹細胞は、ＣＤ４４、ＣＤ２４、上皮特異的抗原（ＥＳＡ）、ＣＤ１３３、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃのモチーフ）受容体４（ＣＸＣＲ４）、アルデヒド脱水素酵素（ＡＬＤＨ）、又は、前述のいずれかの組み合わせを備える１つ以上のマーカーにより特定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
膵癌又は腺癌のリスク、存在、段階又は重症度を評価するためにＡＳＰＭ量をアッセイするためのキットであって、
前記キットは、
被験体及びテスト基体の生物学的サンプル中のＡＳＰＭレベルを検出することができる試薬、及び、
前記試薬又は基体を前記被験体からのサンプルに接触させるための命令、及び、被験体の膵癌又は腺癌に対するリスク、性質又は予後を評価するための任意の命令、
を備え、ＡＳＰＭレベルの上昇は、リスクの増大、疾病素質の増大、又は予後不良を示す、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、膵癌及び腺癌を分類して、疾病進行、再発及び死亡を予測するための、システム及び方法キットを含む。また、本開示は、膵癌及び腺癌を治療するための方法及びキットを含む。
【背景技術】
【０００２】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１３年５月１７日に出願の米国仮出願番号第６１／８２４，６７９号の利益を主張するものであり、その開示を、参照事項としてここに援用する。
【０００３】
膵性管腺癌（ＰＤＡＣ）は、深刻な悪性腫瘍である。初期の疾病においては徴候がなく、また、腫瘍の挙動が侵攻性を示すため、この疾患が限局性であり、かつ、除去が可能であるＰＤＡＣ患者は、診断の時点では、２０％未満である。治療意図の手術においても、当初は限局性腫瘍であった大多数の患者が、再発性又は転移性の疾病を発症し、少数の患者（１８〜２６％）だけが、長期生存できた（Ａｈｍａｄら、２００１年；Ｏｅｔｔｌｅら、２００７年）。したがって、限局性ＰＤＡＣを有する患者の予後における更なる改善は、腫瘍再発の根底にある病因を解明すること、及び、患者に応じた治療計画を誘導することができる臨床的に信頼性が高い予後の予測に依存し得る。
【０００４】
腺上皮の悪性形質転換には、正常外分泌腺アーキテクチャーの段階的かつ可変的な喪失が含まれる。このように、ヒト膵癌は、腺様分化における顕著な腫瘍内異質をしばしば示し、これは、前立腺癌におけるグリーソン類別システムのような腺癌の病理学的分類に広く用いられる因子である（Ｇｌｅａｓｏｎ、１９９２年）。したがって、腺様分化は、乳癌及び膵癌を含む他の種類の分泌腺派生悪性腫瘍に対する組織病理評価に用いられてきた（Ａｄｓａｙら、２００５年；Ｇｌｅａｓｏｎ、１９９２年；Ｈｒｕｂａｎ及びＦｕｋｕｓｈｉｍａ、２００７年；Ｒａｋｈａら、２００８年）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、形態学ベースの病理学的分類系では、穏当な予測となるだけであり、膵癌のリスクを、類似の組織病理特性により階層化することができない。組織アーキテクチャーの評価では、観測された腫瘍の変異に対する機能的又は機構的な病識を提示しなかった。したがって、膵癌における臨床結果の予測において、より正確な、経路情報に基づく分子ベースの診断検査法に対しての、高い必要性が存在する。近年、スループットの高いゲノムプロフィリング技術が、膵癌を含むヒト悪性腫瘍の分子キャラクタリゼーションを容易にしてきた（Ｇｌｉｎｓｋｙら、２００４年；Ｈｅｎｓｈａｌｌら、２００３年；Ｓｉｎｇｈら、２００２年；Ｓｔｒａｔｆｏｒｄら、２０１０年；ｖａｎ’ｔＶｅｅｒら、２００２年；ｖａｎ  ｄｅ  Ｖｉｊｖｅｒら、２００２年）。これらのゲノムマーカーの深在性の予測の実用性は、それらの臨床的挙動への重要な決定要素として、腫瘍の固有の分子特性を示している（Ｒａｍａｓｗａｍｙら、２００３年）。例えば、転移性ＰＤＡＣの遺伝子形質発現パターンを原発性ＰＤＡＣの遺伝子形質発現パターンと比較することにより、Ｓｔｒａｔｆｏｒｄらは、６個の遺伝子の転移に関連したシグネチャを特定し、これは初期ＰＤＡＣを有する患者の生残性を予測する（Ｓｔｒａｔｆｏｒｄら、２０１０年）。Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎらは、微細解剖した２７個のＰＤＡＣ組織のトランスクリプトームを比較することにより、６２個の遺伝子シグネチャを特定し、これは「ＰＤアサイナ」と呼ばれ、ＰＤＡＣの分子亜型を定義するために用いることができるものである（Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎら、２０１１年）。
【０００６】
上述の分子パターンは、臨床的に得た膵腫瘍試料から特定されたものであり、これらの腫瘍の変異の病因の根底にあるメカニズムを提供することなく、ただ定着腫瘍特性を反映するのみに過ぎないことに、留意する必要がある。この意味で、知識ベースのアプローチは、臨床における意思決定及び治療の前進に対して利益となるような、より合理的な、マーカー又は分類系を特定する機会を、提供する。このようなアプローチを用いて、数種の固体腫瘍における腫瘍前駆細胞、支質活性化又は組織分化に関連する遺伝子プロファイルを予測する役割が確立されている（Ｃｈａｎｇら、２００４年；Ｆｏｕｒｎｉｅｒら、２００６年；Ｌｉｕら、２００７年；Ｓｏｔｉｒｉｏｕら、２００６年）。
【０００７】
現在浸透している腫瘍形成のモデルでは、組織分化と腫瘍進行とが、同様の遺伝子調節及び分子経路を共有していることを示唆している。腺上皮の分化プロセスに関連する分子変化に対して、インヴィヴォで検討を行うのは、困難であり得る。しかしながら、生理的関連性のある三次元器官型培養モデルを用いて、乳房の粒状果、すなわち正常乳房上皮の基本的な構造単位の、構造的かつ機能的な分化プロセスを反復させている（Ｄｅｂｎａｔｈ及びＢｒｕｇｇｅ、２００５年；Ｌｅｅら、２００７年）。同様のモデルで、膵臓、膵臓及び肺上皮の形態形成及び分化プロセスの反復にも成功している（Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ−Ｂａｒｒｅｒａら、２００７年；Ｍｏｎｄｒｉｎｏｓら、２００６年；Ｗｅｂｂｅｒら、１９９７年）。この発育モデルを用いて、遺伝子形質発現の分析を比較したところ、遺伝子形質発現のプロファイルとともに、乳癌予後に大きな関連を示すマーカー遺伝子が、確認された（Ｆｏｕｒｎｉｅｒら、２００６年；Ｋｅｎｎｙら、２００７年）。同じパラダイムを膵癌に適用することができるか否かは不明なままである。
【０００８】
ヒトＡＳＰＭ遺伝子は、神経膠腫幹細胞の神経形成、ニューロン移動及び膨張における重要な役割を果たす、大型（４０９．８ｋＤａ）かつ多機能なタンパク質をコードする（Ｂｉｋｅｙｅら、２０１０年；Ｂｕｃｈｍａｎら、２０１１年）。ＡＳＰＭは、当初は、神経形成及び脳サイズを調整する中心体タンパク質と特定された（Ｂｏｎｄら、２００３年；Ｋｏｕｐｒｉｎａら、２００５年）。しかしながら、ＡＳＰＭは、中枢神経系を越えて、胎児及び成体の様々な組織において、広く発現されることが、現在知られている（Ｂｒｕｎｉｎｇ−Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎら、２０１１年；Ｋｏｕｐｒｉｎａら、２００５年）。最近の研究においても、ＡＳＰＭ発現が亢進され、数種の悪性腫瘍において、予後的に重要なことが、実証された。例えば、ＡＳＰＭの発現は、神経膠腫の病理学的段階に正に相関し、再発性腫瘍では亢進された（Ｂｉｋｅｙｅら、２０１０年）。また、ＡＳＰＭ発現は、卵巣癌又は肝細胞癌患者における病理学的段階及び低い生残性と相関した（Ｂｉｋｅｙｅら、２０１０年；Ｂｒｕｎｉｎｇ−Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎら、２０１１年；Ｌｉｎら、２００８年）。興味深いことに、これらの研究では、ＡＳＰＭは、中間期において、細胞質及び細胞核の両方で限局化され、その細胞質発現量は、腫瘍間で大きく変化したことが、実証され（Ｂｒｕｎｉｎｇ−Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎら、２０１１年）、このことにより、悪性組織における多様な生物学的機能を有し得ることが、示唆されている。
【０００９】
したがって、本発明の所定の実施形態の目的は、膵性又は腺癌を有する個人の患者に応じた治療計画を誘導することが可能な、臨床的に信頼性が高い予後の予測を提供することにある。これは、診断用マーカーのパネル及びこれらを用いる方法を提供することにより、ならびに、膵性又は腺癌を治療するための、典型的な方法及びキットを提供することにより、達成される。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本開示は、膵癌組織における分化の範囲に関連する表２に列挙された遺伝子マーカーを識別し、これらのマーカーを使用して、膵癌の臨床的予後を予測することを含む。すなわち、本開示は、その発現量を用いて、分化の程度の高い膵癌を、分化の程度の低い膵癌から識別することが可能な、遺伝子マーカーのセットの識別を含む。さらに、本開示における特定されるこれらの遺伝子マーカーの転写物又はタンパク質発現量を用いて、膵癌を有する被験体の疾病進行、再発又は死亡を含む、膵癌の臨床的予後を予測することが可能となる。また、本開示は、乳癌、前立腺癌、結腸癌及び胃部癌等の腺癌の他の種類の臨床的予後を予測するための、ＡＳＰＭの使用を含む。さらに、本開示は、ＡＳＰＭ又はその能力の発現を抑制して、Ｗｎｔシグナリング活性及び／又は前記腺癌の癌幹細胞個体数を活性化する又は保持することによる、膵癌、乳癌及び前立腺癌等の腺癌を治療する方法を含む。
【００１１】
上記の方法の特定の実施形態では、膵癌の臨床的予後を予測することは、生検又は外科的処置から得られる膵腫瘍試料内の、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたもの又はこれらのいずれかの組み合わせの、転写物又はタンパク質発現量を決定することと、その発現量の組み合わせを使用して、前記膵腫瘍を持っている被験体の結果を予測することとを備える。
【００１２】
特定の実施形態では、前記遺伝子マーカーの転写物発現量を決定することは、ポリメラーゼ連鎖反応法、ノーザンブロット法、ＲＮアーゼ保護アッセイ、又は、冷凍又はホルマリン固定パラフィン包埋膵腫瘍（ＦＦＰＥ）試料上のｃＤＮＡ若しくはオリゴヌクレオチドのマイクロアレイ分析を備える。
【００１３】
別の実施形態では、前記遺伝子マーカーのタンパク質発現量を決定することは、
イムノブロッティング、免疫組織化学、タンパク質配列若しくは二次元のタンパク質電気泳動、又は質量分析を備える。
【００１４】
上記の方法の実施形態では、タンパク質発現量を決定することは、前記マーカーに特異的な抗体及び冷凍又はＦＦＰＥ膵臓腫瘍組織の免疫組織化学染色を使用することを備える。
【００１５】
別の実施形態では、本開示は、生検又は外科的処置から得られる冷凍又はＦＦＰＥ膵腫瘍試料上の特異抗体及び免疫組織化学染色を用いて、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１又はＡＧＲ２又はそのいずれかの組み合わせのタンパク質発現量を決定することによる膵癌予後の予測について、説明する。
【００１６】
また、本開示は、膵癌の臨床的予後を予測するためのキットを提供し、このキットは、腫瘍中の、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２の、及び表２に列挙されたもの又はこれらのいずれかの組み合わせの、転写物又はタンパク質を、検出するための手段を備える。
【００１７】
一実施形態では、膵癌の臨床的予後を予測するためのキットは、腫瘍中の、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１又はＡＧＲ２又はそのいずれかの組み合わせのタンパク質を、検出するための、特異抗体を含む。
【００１８】
本開示は、膵癌の臨床的予後を予測するための、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたもの、又は、１つ若しくは複数のハウスキーピング遺伝子又はそのいずれかの組み合わせの、転写物に特異的な、核酸プローブのアレイをさらに提供する。
【００１９】
他の実施形態は、膵癌の臨床的予後を予測するための、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたもの、又は、１つ若しくは複数のハウスキーピング遺伝子又はそのいずれかの組み合わせの、タンパク質に特異的な、抗体又はアプタマーのアレイを提供する。
【００２０】
所定の実施形態は、乳癌、前立腺癌、結腸癌及び胃部癌等の他の種類の腺癌の臨床的予後を予測するための、ＡＳＰＭの使用に関するものである。特定の実施形態では、腺癌の臨床的予後を予測することは、生検又は外科的処置から得られる腫瘍試料のＡＳＰＭの転写物又はタンパク質の発現量を決定すること、及び、前記発現量の組み合わせを使用して、前記腺癌を持つ被験体の結果を予測することを備える。所定の実施形態は、特異抗体、及び、生検又は外科的処置から得られる冷凍又はＦＦＰＥ腫瘍試料の免疫組織化学染色を用いて、ＡＳＰＭのタンパク質発現量を決定することによる、腺癌予後の予測に関する。
【００２１】
所定の実施形態は、前記癌におけるＡＳＰＭの発現及び／又は活性を抑制することにより、膵癌又は他の種類の腺癌を治療する方法を提供する。一実施形態では、これらの方法は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ又はアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むＡＳＰＭメッセンジャーＲＮＡに相補的な核酸を、前記癌を有する個人に投与することにより、ＡＳＰＭ発現を抑制することを備える。
【００２２】
一実施形態では、ＡＳＰＭの活性を阻害することは、前記癌中で、Ｗｎｔシグナリング経路及び／又は癌幹細胞個体数を活性化するＡＳＰＭの能力を阻害するに十分な、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ又はアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むＡＳＰＭメッセンジャーＲＮＡに相補的な核酸を、投与することを備える。
【００２３】
別の実施形態では、ＡＳＰＭの活性を阻害することは、癌幹細胞個体数又はそれらの腫瘍誘発能力及び／又は転移促進能力を促進又は保持するＡＳＰＭの能力を阻害するに十分な、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ又はアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むＡＳＰＭメッセンジャーＲＮＡに相補的な核酸を、投与することを含む。
【００２４】
所定の実施形態は、膵癌のリスク、存在、段階又は重症度を評価するために、ＡＳＰＭレベルをアッセイするためのキットを含み、当該キットは、被験体及びテスト基体の生物学的サンプル中のＡＳＰＭレベルを検出することができる試薬、並びに、試薬又は基体を被験体からのサンプルに接触させるための命令、及び、被験体の膵癌に対するリスク、性質又は予後を評価するための命令を備え、ＡＳＰＭレベルの上昇は、リスクの増大、疾病素質の増大、又は予後不良を示す。
【００２５】
追加の目的及び利点は、一つには、以下の詳細な説明中に述べられ、一つには、この詳細な説明から明らかになり、又は本開示の特徴の実施により知ることができる。開示された目的及び利点は、特に添付の特許請求の範囲で指摘される要素及び組み合わせにより、実現され、達成される。
【００２６】
前記の概要及び以下の詳細説明は、典型的なものであり、かつ、説明の目的のみであり、特許請求の範囲に記載される本発明を、限定するものではないことが、理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１】三次元培養モデルを用いた膵臓上皮細胞の構造上の組織に関するいくつかのパネルを含む図である。三次元再組成された基底膜マトリックス内での、ＨＰＤＥ細胞集合（培養４８時間で形成される；ｉ、ｉｉ、ｖ、ｖｉ）及び細管（培養６日目に形成される；ｉｉｉ、ｉｖ、ｖｉｉ、ｖｉｉｉ）の、代表的な共焦点像が、示される。構造は、基底表面マーカーα６−インテグリン（赤色）及び接着結合マーカーβ−カテニン（緑色）で免疫染色された。核は、ＤＡＰＩ（青色）の対比染色剤で着色された。アスタリスク：無細胞内腔。差し込み図：低級ヒトＰＤＡＣ組織の代表的な組織切片（Ｈ＆Ｅ；４００〜倍率）。スケールバー、１００μｍ。
【図２Ａ】ＨＰＤＥ管状形態形成及び構造上の分化に関連する分子交替に関するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ＨＰＤＥ管状形態形成中に６２０個の特異的に発現された遺伝子（ＤＥＧ）の発現パターンを示す。また、ＰＡＮＣ−１細胞クラスタ又は回転楕円体におけるそれらの発現パターンも示される。熱マップは、ログ空間で中庸中心の遺伝子形質発現が高い（赤色）及び低い（緑色）相対的なレベルを示す。
【図２Ｂ】ＨＰＤＥ管状形態形成及び構造上の分化に関連する分子交替に関するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、ｑＲＴ−ＰＣＲ分析により測定された、ＣＥＬ、ＣＡ９、ＭＵＣ１、ＡＧＲ２及びＭＵＣ２０の転写物のレベルの倍変化を示す図である。
【図２Ｃ】ＨＰＤＥ管状形態形成及び構造上の分化に関連する分子交替に関するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、ＨＰＤＥ又はＰＡＮＣ−１オルガノイドにおけるリパーゼ、カルボニックアンヒドラーゼ９又はムチン−１のウェスタンブロット解析を示す図である。β−チュービュリンが、充填の調節として含まれた。
【図３】ＵＣＳＦコホートのＰＤＡＣを有する患者の手術後の生残性の予測のための、最も高い便覧指数（Ｃ指数）を有する２８遺伝子セットの選択を示す。ＨＰＤＥ管状形態形成中に特異的に発現された６２０個の遺伝子セットの遺伝子を、コックスの後退Ｐ値にしたがって、ランク順に並べた。最初の３つのトップランクの遺伝子から始まる下向きにランクを付けたリストのトップから、もう１つの遺伝子を反復して加えることにより、遺伝子の複数のセットを作った。選択されたプローブセットに対して、生存率分析における予測の正確さを評価するために、Ｃ指数を用いた。統計学上のプログラム言語Ｒの『ｓｕｒｖｃｏｍｐ』パッケージ（ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）を用いて、Ｃ指数統計学分析を行った。
【図４】限局性ＰＤＡＣを有する患者の３つの独立コホート（ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＵコホート）における手術後の生残性を比較する、カプランマイアー生存曲線を示す図である。患者を、実施例２に説明する２８遺伝子予後シグネチャによって計算した再発予測リスク（リスクスコア；ＲＳ）に基づいて、２つのグループに階層化した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。右側には、コックス比例的危険分析におけるＲＳ及び臨床病理学的基準に従った死亡の危険率（９５％の信頼限界）を示す。＊、Ｐ＜０．０５；＊＊、Ｐ＜０．０１。
【図５】ＵＣＳＦコホートにおける患者全体の生残性をＰＤＡＣと比較するカプランマイアー生存曲線を示す図である。表２で選択したトップランクの（コックス再発Ｐ＜０．０１）遺伝子マーカーの転写物存在率レベルに基づいて、患者を２つのグループに階層化した。予後に関してグループを区別する最も良い遮断値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数により決定した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図６】ＵＣＳＦ、ＪＨＭＩ及びＮＷ／ＮＳＵコホートにおける患者全体の生残性をＰＤＡＣと比較するカプランマイアー生存曲線を示す図である。ＡＳＰＭ転写物存在率レベルに基づいて、患者を２つのグループに階層化した。予後に関してグループを区別する最も良い遮断値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数により決定した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図７Ａ】膵組織及びＰＤＡＣ細胞株におけるＡＳＰＭの発現量に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｃｏｍ／ｒｅｓｏｕｒｃｅ／ｌｏｇｉｎ．ｈｔｍｌ）を用いて調べたマイクロ解剖正常膵管（ｎ＝１１）及びＰＤＡＣ組織（ｎ＝１１）中の、ＡＳＰＭの相対的な転写量のボックスプロットを示す。＊、Ｐ＜０．０５。
【図７Ｂ】膵組織及びＰＤＡＣ細胞株におけるＡＳＰＭの発現量に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、ＨＰＤＥ細胞及び様々なＰＤＡＣ細胞株中の、ｑＲＴ−ＰＣＲ分析で測定したＡＳＰＭの転写量を示す。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される。ｎ＝３。＊＊、Ｐ＜０．０１；＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図８Ａ】ＰＤＡＣ細胞増殖及び移動におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ウェスタンブロット解析によるＡｓＰＣ−１又はＰＡＮＣ−１細胞中のＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ媒介非発現化の効果を示す図である。β−チュービュリンが、充填の調節として含まれた。
【図８Ｂ】ＰＤＡＣ細胞増殖及び移動におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、コントロール、又は、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１又はＰＡＮＣ−１細胞の成長速度を示す図である。ｎ＝３。＊、Ｐ＜０．０５；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ細胞。
【図８Ｃ】ＰＤＡＣ細胞増殖及び移動におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイの膵臓星状細胞に応じて、ＡｓＰＣ−１又はＰＡＮＣ−１細胞の移動性の能力を弱めるＡＳＰＭ発現の非発現化を示す図である。ｎ＝３。＊、Ｐ＜０．０５；＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図９Ａ】インヴィヴォに膵癌攻撃性でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ｆｆＬｕｃ標識化、コントロール又はＡＳＰＭの  ｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞が、膵尾部に移植されたＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスの、細胞移植後の指示時点における、代表的な生体発光画像（ＢＬＩ）を示す図である。
【図９Ｂ】インヴィヴォに膵癌攻撃性でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、時間の関数としての、ＢＬＩ正規化光子計数として定量化される腫瘍バルクを示す。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される。ｎ＝６。＊、Ｐ＜０．０５；＊＊、Ｐ＜０．０１。
【図９Ｃ】インヴィヴォに膵癌攻撃性でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、コントロールｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入細胞が移植されるマウスについての、細胞移植後６週間に測定された、腹水の量を示す図である。ｎ＝３。＊＊、Ｐ＜０．０１。
【図９Ｄ】インヴィヴォに膵癌攻撃性でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｄ）は、（Ａ）で説明したマウスの生残性のパーセンテージを時間の関数として示す図である。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図１０Ａ】Ｗｎｔシグナリング経路のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、遺伝子セット濃縮分析の濃縮プロットを示し、これは、ＫＥＧＧ  Ｗｎｔシグナリング経路が、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ対コントロールｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞の差次的遺伝子発現プロファイルで濃縮されたことを示す図である。
【図１０Ｂ】Ｗｎｔシグナリング経路のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞中の、折り返しＷｎｔ媒介ルシフェラーゼ発現を示す図である。Ｗｎｔ  ３ａ又はビヒクルで細胞の治療の後、細胞のルシフェラーゼ活性を、基底活性と比較して１６時間測定した。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される。ｎ＝３。＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図１１Ａ】調節β−カテニンでＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１又はＰＡＮＣ−１細胞中の、β−カテニンのタンパク質存在率に対する、ウェスタンブロット解析を示す図である。β−チュービュリンが、充填の調節として用いられた。
【図１１Ｂ】調節β−カテニンでＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、Ｓ３３Ｙβ−カテニン変異体の同時発現の有無にかかわらず、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡにより形質導入されたＡｓＰＣ−１細胞の個体数増殖速度（左）及び移動（右）の倍変化を示す図である。ｎ＝３。＊＊、Ｐ＜０．０５；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ細胞。
【図１２Ａ】膵癌幹細胞でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、コア胚幹細胞様のモジュール遺伝子セットの大きな濃縮を示す遺伝子セット濃縮分析を、ＡＳＰＭ欠損細胞の差次的遺伝子発現プロファイル対コントロールＡｓＰＣ−１細胞で示す図である。
【図１２Ｂ】膵癌幹細胞でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ又はコントロールｓｈＲＮＡを発現するＡｓＰＣ−１細胞を染色したＣＤ４４及びＣＤ２４のパターンを、示した癌細胞のパーセンテージとしての箱形に囲んだＣＤ４４＋ＣＤ２４＋細胞集団の頻度でと共に示す、代表的なプロットを示す図である。
【図１２Ｃ】膵癌幹細胞でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、３つの独立した測定から得られたＣＤ４４＋ＣＤ２４＋細胞集団の平均（＋／−ＳＥＭ）パーセンテージを示す図である。＊、Ｐ＜０．０５。
【図１２Ｄ】膵癌幹細胞でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｄ）は、コントロール−又はＡＳＰＭ−ｓｈＲＮＡ形質導入ＣＤ４４＋ＣＤ２４ｌｏｗ／−ＡｓＰＣ−１細胞で形成される腫瘍球体の代表的な相コントラスト画像を示す図である。バー、１００μｍ。
【図１２Ｅ】膵癌幹細胞でＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｅ）は、（Ｄ）の腫瘍球体の直径を示す棒グラフである。＊＊、Ｐ＜０．０１。
【図１３】限局性ＰＤＡＣを有する患者の３つの独立コホート（ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＵコホート）における手術後の生残性を比較する、カプランマイアー生存曲線を示す図である。患者を、実施例７に説明する１２遺伝子（ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１及びＫＩＦ１１）予後シグネチャによって計算した再発予測リスク（リスクスコア；ＲＳ）に基づいて、２つのグループに階層化した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図１４】限局性ＰＤＡＣを有する患者の３つの独立コホート（ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＵコホート）における手術後の生残性を比較する、カプランマイアー生存曲線を示す図である。患者を、実施例８に説明する６遺伝子（ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２）予後シグネチャによって計算した再発予測リスク（リスクスコア；ＲＳ）に基づいて、２つのグループに階層化した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図１５】限局性ＰＤＡＣを有する患者の３つの独立コホート（ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＵコホート）における手術後の生残性を比較する、カプランマイアー生存曲線を示す図である。患者を、実施例９に説明する遺伝子（ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３）予後シグネチャによって計算した再発予測リスク（リスクスコア；ＲＳ）に基づいて、２つのグループに階層化した。ログランク検定を用いて、Ｐ値を計算した。
【図１６】Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）からクエリーがなされる複数の乳癌トランスクリプトームデータセットにおけるＡＳＰＭの転写量を示す図である（Ｃｕｒｔｉｓら、２０１２年；Ｍａら、２００９年；Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎら、２００６年）。＊＊＊、Ｐ＜０．００１対標準。ＤＣＩＳ、非浸潤性乳管がん；ＩＤＣ、浸潤性腺管癌；ＩＬＣ、浸潤性小葉癌；ＴＣＧＡ、癌ゲノム地図帳。
【図１７】乳癌を有する患者の異なる大型のコホートで、全体又は無再発性生残性を比較するカプランマイアー生存曲線を示す図である（Ｃｕｒｔｉｓら、２０１２年；Ｐａｗｉｔａｎら、２００５年；Ｗａｎｇら、２００５年）。患者は、ＡＳＰＭの転写物存在率レベルによって、４つにグループ分けされた。Ｐ値を計算するために、ログランク検定を用いた。
【図１８Ａ】乳癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ウェスタンブロット解析による乳癌ＨＣＣ−１９５４細胞中のＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ媒介非発現化の効果を示す図である。β−チュービュリンが、充填の調節として含まれた。
【図１８Ｂ】乳癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＭＤＡ−ＭＤ−４３６又はＨＣＣ−１９５４細胞の成長速度を示す図である。ｎ＝３。＊＊、Ｐ＜０．０１；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ細胞。
【図１８Ｃ】乳癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイにおける原発性乳癌に関連した繊維芽細胞に応じて、ＭＤＡ−ＭＤ−４３６又はＨＣＣ−１９５４細胞の移動性の能力を弱めたＡＳＰＭ発現の非発現化を示す図である。ｎ＝３。＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図１８Ｄ】乳癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｄ）は、コントロール−又はＡＳＰＭ−ｓｈＲＮＡ形質導入ＭＤＡ−ＭＤ−４３６又はＨＣＣ−１９５４細胞中でのＷｎｔ媒介ルシフェラーゼ発現を示す図である。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される（ｎ＝３）。＊、Ｐ＜０．０５対コントロールｓｈＲＮＡ。
【図１９Ａ】乳癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ又はコントロールｓｈＲＮＡを発現するＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞を染色したＣＤ４４及びＣＤ２４のパターンを示した癌細胞のパーセンテージとしての箱形に囲んだＣＤ４４＋ＣＤ２４−／ｌｏｗ細胞集団の頻度と共に示す、代表的なプロットを示す図である。
【図１９Ｂ】乳癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、３つの独立した測定から得られたＣＤ４４＋ＣＤ２４＋ｌｏｗ細胞集団の平均（＋／−ＳＥＭ）パーセンテージを示す図である。＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図１９Ｃ】乳癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、コントロール−又はＡＳＰＭ−ｓｈＲＮＡ形質導入ＣＤ４４＋ＣＤ２４ｌｏｗ／−ＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞により形成された腫瘍球体の代表的な相コントラスト画像を示す図である。バー、１００μｍ。
【図１９Ｄ】乳癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｄ）は、（Ｃ）の腫瘍球体の直径を示す棒グラフである。＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図２０Ａ】インヴィヴォに胸腫瘍形成におけるＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、蛍ルシフェラーゼ標識化、コントロール又はＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入乳癌ＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞が、乳房の皮下脂肪に移植されたＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスの、細胞移植後の指示時点における、代表的な生体発光画像（ＢＬＩ）を示す図である。
【図２０Ｂ】インヴィヴォに胸腫瘍形成におけるＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、時間の関数としての、ＢＬＩ正規化光子計数として定量化される腫瘍バルクを示す。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される（それぞれのグループでｎ＝６）。＊、Ｐ＜０．０５；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ。
【図２１Ａ】ヒト前立腺癌組織中のＡＳＰＭの発現量に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、定量的リバーストランスクリプターゼポリメラーゼ連鎖反応法分析により測定した、ヒト組織ｃＤＮＡアレイ（Ｏｒｉｇｅｎｅ）の正常前立腺（ｎ＝９）及び前立腺癌組織（ｎ＝７３）中のＡＳＰＭの転写量を示す図である。ＧＳ、グリーソンスコア。＊＊＊、Ｐ＜０．００１対正常組織。
【図２１Ｂ】ヒト前立腺癌組織中のＡＳＰＭの発現量に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）からクエリーがなされる複数のトランスクリプトームデータセットにおける原発性及び転移性前立腺癌中のＡＳＰＭの転写量を示す図である（Ｃｈａｎｄｒａｎら、２００７年；Ｇｒａｓｓｏら、２０１２年；Ｖａｒａｍｂａｌｌｙら、２００５年）。＊＊、Ｐ＜０．０１；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対原発性前立腺癌。
【図２２Ａ】前立腺癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ウェスタンブロット解析による前立腺癌ＰＣ−３細胞中のＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ媒介非発現化の効果を示す図である。β−チュービュリンが、充填の調節として含まれた。
【図２２Ｂ】前立腺癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＰＣ−３細胞の成長速度を示す図である。ｎ＝３。＊＊、Ｐ＜０．０１；＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ細胞。
【図２２Ｃ】前立腺癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｃ）は、改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイの血清含有成長媒体に応じて、ＰＣ−３の移動性の能力を弱めたＡＳＰＭ発現の非発現化を示す図である。ｎ＝３。＊＊＊、Ｐ＜０．００１。
【図２２Ｄ】前立腺癌細胞増殖、移動及びＷｎｔ活性におけるＡＳＰＭの機能的重要性に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｄ）は、コントロール−又はＡＳＰＭ−ｓｈＲＮＡ形質導入ＰＣ−３細胞中の、Ｗｎｔ媒介ルシフェラーゼ発現を示す図である。データは、平均＋／−ＳＥＭで表される。ｎ＝３。＊＊＊、Ｐ＜０．００１対コントロールｓｈＲＮＡ。
【図２３Ａ】前立腺癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ａ）は、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ又はコントロールｓｈＲＮＡを発現するＰＣ−３細胞を染色したＣＤ１３３及びＣＤ４４パターンを示した癌細胞のパーセンテージとしての箱形に囲んだＣＤ１３３＋ＣＤ４４＋細胞集団の頻度と共に示す、代表的なプロットを示す図である。
【図２３Ｂ】前立腺癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割に関連するいくつかのパネルを含む図である。（Ｂ）は、３つの独立した測定から得られたＣＤ１３３＋ＣＤ４４＋細胞集団の平均（＋／−ＳＥＭ）パーセンテージを示す図である。＊＊、Ｐ＜０．０１対コントロールｓｈＲＮＡ。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
本開示は、分子マーカー（タンパク質、又はタンパク質をコードするＲＮＡ）を検討することにより、分化の程度を診断して、膵癌の臨床的予後を予測する方法を含み、この分子マーカーは、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたもの又はそれらの組み合わせを含み、これらは、癌性であることが推測され又は知られている、例えば膵癌組織等の、膵組織を有するいずれかの被験体から得られる生物学的サンプル中の、野生型、切断型あるいは接合型を含む。本開示で提供される方法は、とりわけ、膵癌を有するあらゆる被験体における疾病再発、転移、治療応答及び全体の生残性を含む、臨床的予後の予測を可能にした。したがって、所定の実施形態を、例えば治療後の疾病再発を含む臨床予後不良に関して、膵癌を有する被験体をスクリーニングするために用いることができ、これは膵癌を有する被験体に対しての、治療決定及び治療方法の選択の指針となり得るものである。したがって、被験体（例えば、膵癌患者）及び介護者には、手術（例えば、根治的膵臓切除）、腫瘍免疫賦活薬（すなわち、手術の前に）、放射治療、化学療法剤治療、生物学的薬剤による治療、又はホルモン療法、及び／又はその他の代替治療を非限定的に含む補助治療（すなわち、手術後）を、実行するか否かの、より良い情報に基づく決定をなすことができるようになる。
【００２９】
本開示の方法は、患者内のポリペチド又はポリヌクレオチドの量を決定し、次いで、その量を閾値参照値又は閾値参照範囲と比較することが関与する。典型的に、この閾値参照値は、膵癌を有する多数の人又は組織中でのポリペチド又はポリヌクレオチドを表し、その臨床的予後データは、細胞、血清又は血液等の組織サンプル又は生検若しくはその他の生物学的サンプルを用いて測定する際に、利用可能である。その量を定義することにより、前記閾値参照値は決定され、前記閾値参照量よりも高い前記マーカーの発現量を腫瘍が有する前記被験体は、その発現量が前記閾値参照量よりも低い被検体と比較して、分化の程度又は臨床予後不良若しくは疾病進行のリスクが、高い又は低いことが予測される。ポリペチド又はポリヌクレオチドの量の参照範囲からの変化（上／下どちらも）は、その患者が、前記閾値参照量よりも低い発現量の患者と比較して、分化の程度又は臨床予後不良若しくは疾病進行のリスクが、高い又は低いことを示している。
【００３０】
所定の実施形態では、この方法は、被験体から１つ以上の腫瘍サンプル中の、１つ以上のマーカー遺伝子の転写物又はタンパク質発現量の測定を得ることを含む。所定の実施形態では、腫瘍サンプルは、吸引、生検又は外科的切除の方法によって得ることができる。所定の実施形態では、腫瘍サンプルは、新鮮なサンプル、冷凍サンプル又は固定された、ワックス包埋サンプルであってもよい。
【００３１】
また、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２に列挙されたものの発現量に基づき、膵癌を有する被験体の臨床的予後を予測する方法は、統計学上の方法の使用が、関与してもよく、この統計学上の方法の非限定的な例としては、監督されない方法を用いる階層区別（例えば、ｋ平均法、階層的クラスタ分析法、主成分分析法、非負行列因子分解法、又は多次元尺度法）（Ｈａｓｔｉｅら、２００９年）、監督された方法（例えば、判別分析法、支援ベクトル装置、又はｋ最近接法）、又は半監督方法、又はコックス再発モデルを用いた予後予測（例えば、無再発性生残性、疾病進行、又は全体生残性）（Ｋａｌｂｆｌｅｉｓｃｈ及びＰｒｅｎｔｉｃｅ、２００２年）、加速度故障時間モデル、ベイズ生残性モデル、若しくは生残性データに対するスムージング分析（Ｗａｎｄ、２００３年）が挙げられる。
【００３２】
所定の実施形態では、分化の程度を診断して、膵癌の臨床的予後を予測する方法には、膵癌を有する被験体から生物学的サンプル中の、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び表２における開示されるそれらを含む１つ以上の遺伝子マーカーの発現量を、決定することが関与する。本開示の方法における有用なマーカーは、表２におけるいずれかの個別的なマーカー又はその２つ以上のマーカーのいずれかの組み合わせを含む（例えば、表２におけるマーカーのあらゆる２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、若しくは全２８個、又は、表２におけるマーカーの少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、若しくは少なくとも２７個）。
【００３３】
所定の実施形態は、膵癌を有する被験体からの生物学的サンプル中のＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、若しくはＡＣＯＸ３、又はそのいずれかの組み合わせ（例えば、いずれか２つ、若しくは３つのマーカーの全て、又は、これらのマーカーの少なくとも２つ）のタンパク質発現量を決定することによる、膵癌予後の予測に関する。
【００３４】
所定の実施形態は、膵癌を有する被験体からの生物学的サンプル中のＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、又はＡＧＲ２、又はそれらのいずれかの組み合わせ（例えば、６個のマーカーの、いずれか２個、いずれか３個、いずれか４個、いずれかの５個、若しくは全て、又は、これらのマーカーの少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、又は少なくとも５個）のタンパク質発現量を決定することによる、膵癌予後の予測に関する。
【００３５】
所定の実施形態は、膵癌を有する被験体からの生物学的サンプル中のＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１、又はＫＩＦ１１、又はそのいずれかの組み合わせ（例えば、１２個のマーカーのいずれか２個、いずれか３個、いずれか４個、いずれか５個、いずれか６個、いずれか７個、いずれか８個、いずれか９個、いずれか１０個、いずれか１１個、若しくは全て、又は、これらのマーカーの少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、又は少なくとも１１個）のタンパク質発現量を決定することによる、膵癌予後の予測に関する。
【００３６】
所定の実施形態では、予測された臨床的予後は、１つ又は複数の測定可能な腫瘍障害の数、サイズ又は体積における変化を含むことができる。所定の実施形態では、腫瘍病変の数、サイズ又は体積を判断又は評価することは、診断又は手術の前に、又は、診断又は手術の最中及び後の様々な時点での、腫瘍又は膵癌の視覚的、放射線学的、及び／又は病理的検査を含むことができる。
【００３７】
典型的な方法では、タンパク質発現量を決定することは、前記遺伝子マーカーに特異的な抗体の使用、並びに、固定（例えばホルマリン固定）及び／又はワックス包埋（例えばパラフィン包埋）膵臓腫瘍組織への免疫組織化学染色、を備える。組織製剤又は細胞のための固定剤は、周知の技術である及びホルマリン、グルタールアルデヒド、メタノール又はその他を含む（Ｃａｒｓｏｎ、Ｈｉｓｔｏｔｅｃｈｏｌｏｇｙ：  Ａ  Ｓｅｌｆ−Ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎａｌ  Ｔｅｘｔ、Ｃｈｉｃａｇｏ：  ＡＳＣＰ  Ｐｒｅｓｓ、１９９７）。この免疫組織化学的方法は、マニュアルで、又は自動の形態で、実行可能である。
【００３８】
アッセイにおいては、抗体試薬を用いることができ、これにより、当業者に知られる多数のイムノアッセイのいずれかを用いて、患者サンプル中のＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び／又は表２に列挙されたものの発現量を検出することが可能である。イムノアッセイ技術及び手順は、Ｐｒｉｃｅ及びＮｅｗｍａｎ、”Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ”、２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、Ｇｒｏｖｅ’ｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｉｅｓ、１９９７；及び、Ｇｏｓｌｉｎｇ、”Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ”、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、２０００に、一般に記載される。競合免疫測定法及び非競合免疫測定法を含む様々なイムノアッセイ技術を、用いることができる。Ｓｅｌｆら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、７：６０−６５（１９９６）を参照されたい。イムノアッセイという用語は、非限定的に、以下の技術を含む：競合的酵素免疫分析法（ＥＭＩＴ）、酵素結合抗体免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫グロブリンＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ  ＥＬＩＳＡ）、及び微粒子酵素免疫学的測定法（ＭＥＩＡ）等の酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）；キャピラリ電気泳動イムノアッセイ（ＣＥＩＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射線測定法（イルマ）；蛍光偏光法イムノアッセイ（ＦＰＩＡ）；並びに、化学発光アッセイ（ＣＬ）。所望の場合、これらのイムノアッセイを、自動化することができる。また、イムノアッセイは、レーザ誘起蛍光法と共に用いることもできる。例えば、Ｓｃｈｍａｌｚｉｎｇら、Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ、１８：２１８４−９３（１９９７）；Ｂａｏ、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．，６９９：４６３−８０（１９９７）を参照されたい。また、フロー注入リポソームイムノアッセイ及びリポソーム免疫センサ等のリポソームイムノアッセイは、所定の実施形態に使用するためには、適切である。例えば、Ｒｏｎｇｅｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、２０４：１０５−１３３（１９９７）を参照されたい。さらに、比濁分析アッセイでは、タンパク質／抗体錯体の生成により、マーカー濃度の関数としてのピーク率信号に変換される光散乱を増大させることになるが、これは、方法の所定の実施形態で使用するためには、適切である。比濁分析アッセイは、ベックマンコールター社（米国カリフォルニア州ブレア；キット＃４４９４３０）より商業的に入手可能であり、ベーリング比濁計解析器を用いて実行可能である（Ｆｉｎｋら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，２７：２６１−２７６（１９８９））。
【００３９】
核酸に対する抗体に特異的な免疫学的結合を、直接的又は間接的に検出することが可能である。直接標識は、抗体に結合される蛍光又は発光タグ、金属、染料、放射性核種等を含む。沃素１２５（１２５Ｉ）で標識される抗体を、用いることができる。核酸に特異的な化学発光抗体を用いる化学発光アッセイは、タンパク質量に対する敏感かつ非放射性検出に適している。また、蛍光色素で標識される抗体も適している。蛍光色素の非限定的な例としては、ＤＡＰＩ、フルオレセイン、ヘキスト３３２５８、Ｒ−フィコシアニン、Ｂ−フィコエリトリン、Ｒ−フィコエリトリン、ローダミン、テキサスレッド及びリサミンを挙げることができる。間接標識は、ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ等、当該技術分野で周知の様々な酵素を含む。ワサビペルオキシダーゼ検出システムを、例えば、４５０ｎｍで検出可能な過酸化水素の存在下で可溶性生成物を与える発色性基質であるテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）と共に、用いることが可能である。アルカリホスファターゼ検出システムを、例えば４０５ｎｍで容易に検出可能な可溶性生成物を与える発色性基質であるパラニトロフェニルリン酸と共に、用いることが可能である。同様に、β−ガラクトシダーゼ検出システムを、４１０ｎｍで検出可能な可溶性生成物を与える発色性基質であるｏ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（ＯＮＰＧ）と共に、用いることが可能である。ウレアーゼ検出システムを、尿素−ブロモクレゾールパープル等の基質と共に用いることができる（ＳｉｇｍａＩｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ社：米国ミズーリ州セントルイス）。
【００４０】
例えば、直接標識又は間接標識からの信号を分析することが可能であり、そのとき：分光光度計を用いて、発色性基質から色を検出することができ；１２５Ｉの検出のためのガンマカウンタように、放射線測定器を用いて放射を検出することができ；又は蛍光光度計を用いて、所定の波長の光の存在中に蛍光を検出することができる。酵素標識抗体の検出のために、ＥＭＡＸマイクロプレートリーダ（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅｓ社；米国カリフォルニア州メンローパーク）等の分光光度計を用いて、製造者の指示書にしたがって、定量分析を行うことができる。所望の場合、所定の実施形態のアッセイは、自動化することができ、又はロボットで実行することができ、また、複数のサンプルから、信号を同時に検出することができる。
【００４１】
抗体は、例えば磁気又はクロマトグラフィマトリックス粒子、アッセイプレート（例えばマイクロタイターウェル）の表面、棒、スポンジ、紙、ウェルの物理的形態での固体の基体材料又は膜（例えば、プラスチック、ナイロン、紙）のピース等、様々な固体の支持体上に固定することができる。固体担体上のアレイに、抗体又は複数の抗体をコーティングすることによって、アッセイストリップを調製することができる。次いでこのストリップを測定用試料に浸漬させて、洗浄及び検出ステップにより迅速に処理することにより、着色スポット等の測定可能な信号を作り出すことができる。
【００４２】
代替的に、例えばプローブ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドアレイ、及びプライマー等、分子を結合する核酸を、アッセイに用いて、患者サンプル中において、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２及び／又は表２に列挙されたものの、他と異なるＲＮＡ発現を検出すること、例えばＲＴ−ＰＣＲ等、が可能である。一実施形態では、ＲＴ−ＰＣＲは、技術分野において知られている標準分析法に用いられる。別の実施形態では、例えば、核酸及びその変異株を検出するために、ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社から利用可能なＴａｑｍａｎ（登録商標）アッセイ等のＰＣＲアッセイを用いることができる。他の実施形態において、核酸を検出するため、ｑＰＣＲ及び核酸マイクロアレイを用いることができる。技術分野における技術の人々に知られている方法又は商業的に購入可能な方法により、選択された癌生物マーカーに結合する試薬を、調製することができる。
【００４３】
核酸の分析は、サザン分析、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、又はマーカー暗号配列の一部に相補的な核酸配列に対するハイブリダイゼーション（例えば、スロットブロットハイブリダイゼーション）に基づく他のいずれか方法等の、ルーチンの技術を用いて達成されることができ、これらは、所定の実施形態の範囲内でもある。適用可能なＰＣＲ増幅技術は、例えば、ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら編、１９９０）に記載されている。一般的な核酸ハイブリダイゼーション法は、Ａｎｄｅｒｓｏｎ、“Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、”ＢＩＯＳ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、１９９９に記載される。複数の核酸配列（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ）の増幅又はハイブリダイゼーションを、マイクロアレイに配列されるｍＲＮＡ又はｃＤＮＡシーケンスから実行することもできる。マイクロアレイ法は一般に、Ｈａｒｄｉｍａｎ、“Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ：Ｎｕｔｓ＆Ｂｏｌｔｓ、”ＤＮＡ  Ｐｒｅｓｓ、２００３及びＢａｌｄｉら、“ＤＮＡ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ：Ｆｒｏｍ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ  ｔｏ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ、”Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、２００２に記載される。
【００４４】
核酸マーカー及びそれらの変異株の分析は、マイクロアレイ、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）ベースの分析、シーケンス分析及び電気泳動的解析を非限定的に含む、当該技術分野で知られている技術を用いて、実行可能である。ＰＣＲベースの分析の非限定的な例としては、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社から利用可能なＴａｑｍａｎ（登録商標）対立遺伝子識別アッセイを挙げることができる。シーケンス分析の非限定的な例としては、マクサム−ギルバートシーケンス法、サンガーシーケンス法、キャピラリアレイＤＮＡシーケンス法、熱サイクルシーケンス法（Ｓｅａｒｓら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１３：６２６−６３３（１９９２））、固体相シーケンス法（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎら、ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌ．ＣｅｌｌＢｉｏｌ、３：３９−４２（１９９２））、マトリックスアシストレーザ脱着／電離飛行時間質量分析法様の、質量分析法による配列決定（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ；Ｆｕら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、１６：３８１−３８４（１９９８））、及びハイブリダイゼーションによる配列決定（Ｃｈｅｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７４：６１０−６１４（１９９６）；Ｄｒｍａｎａｃら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２６０：１６４９−１６５２（１９９３）；Ｄｒｍａｎａｃら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、１６：５４−５８（１９９８））が挙げられる。電気泳動的解析の非限定的な例としては、アガロース又はポリアクリルアミドゲル電気泳動等のスラブゲル電気泳動法、キャピラリ電気泳動法、及び変性勾配ゲル電気泳動法が挙げられる。核酸の変異株を検出する他の方法としては、例えば、Ｔｈｉｒｄ  Ｗａｖｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、社からのＩＮＶＡＤＥＲ（登録商標）アッセイ、制限断片長多形性（ＲＦＬＰ）分析法、対立遺伝子特異性オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法、ヘテロデュプレックス移動度アッセイ法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析法、単一ヌクレオチドプライマー伸長法（ＳＮＵＰＥ）及びピロシーケンシング法が挙げられる。
【００４５】
ここに記載されるアッセイで、検出可能な部分を用いることができる。多種多様な検出可能な部分を、必要な感度、抗体との接合の容易性、必要な安定性、及び利用可能な装置化及び処理準備により、標識を選択して、用いることができる。適切な検出可能な部分の非限定的な例としては、放射性核種、蛍光染料（例えば、フルオレセイン、ＦＩＴＣ（ＦＩＴＣ）、オレゴングリーン（登録商標）、ローダミン、テキサスレッド、テトラロドイミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、Ｃｙ３、Ｃｙ５等）、蛍光マーカー（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、フィコエリトリン等）、腫瘍に関連するプロテアーゼによって活性化されるオートクエンチ蛍光化合物、酵素（例えば、ルシフェラーゼ、ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ等）、ナノ粒子、ビオチン、ジゴキシゲニン等が挙げられる。
【００４６】
有用な物理フォーマットは、複数の異なるマーカーを検出するために、個別にアドレス指定可能な場所を複数有する表面を備える。このフォーマットは、マイクロアレイ及び所定のキャピラリ装置を含む。例えば、Ｎｇら、Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．、６：３２９−３４０（２００２）；米国特許第６，０１９，９４４号を参照されたい。これらの実施形態においてそれぞれ個別の表面場所は、それぞれ場所に、検出のためのマーカーを１つ以上固定する抗体を備えることができる。あるいは、表面は、表面の個別の位置に固定される１つ以上の離散粒子（例えば、微粒子又はナノ粒子）を備えることができ、この微粒子は、検出のための１つ以上のマーカーを固定する抗体を備える。他の有用な物理フォーマットには、スティック、ウェル、スポンジ等が含まれる。
【００４７】
様々な物理的フォーマットで、分析を遂行することができる。例えば、ミクロタイタープレート又は自動化の使用を採用し、多数の測定用試料を処理することを容易にすることができる。代替的に、単一のサンプルフォーマットを開発して、タイムリーな形態で診断又は予後を容易にすることもできる。
【００４８】
代替的に、所定の実施形態の抗体又は核酸プローブを、顕微鏡スライド上に固定された患者サンプルに適用することができる。当該技術分野で知られている様々な光又は蛍光顕微鏡法のいずれか１つを用いることにより、得られた抗体染色又はインシチュウハイブリダイゼーションパターンを視覚化することができる。
【００４９】
タンパク質又は核酸の分析は、例えば、高圧液体クロマトグラフィ（ＨＰＬＣ）単独で又は質量分析法（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、直列型のＭＳ等）と組み合わせて、達成することもできる。
典型的な分子マーカー
【００５０】
１．ＡＴＰアーゼ、クラスＩＩ、タイプ９Ａ（ＡＴＰ９Ａ）
【００５１】
ヒトＡＴＰアーゼ、クラスＩＩ（タイプ９Ａ（ＡＴＰ９Ａ）遺伝子）（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  １００７９）は、遺伝子地図遺伝子座２０ｑ１３．１及びエンコード９１２アミノ酸で、２０番染色体上に位置する。この遺伝子の機能は、なお不明であり、ただ１つのスプライス形態だけがある。例えばＧｅｎＢａｎｋから、典型的なＡＴＰ９Ａシーケンスは一般公開されている（例えば、登録番号ＮＭ＿００６０４５．１（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００６０３６．１（タンパク質））、又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢ（例えば、Ｑ２ＮＬＤ０）。
【００５２】
２．Ａｓｐ（異常スピンドル）同族体、小頭症に関連（ＡＳＰＭ）
【００５３】
ヒトＡｓｐ（異常スピンドル）同族体の小頭症関連遺伝子（ＡＳＰＭ）（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ２５９２６６）は、キイロショウジョウバエの「異常スピンドル」遺伝子（ａｓｐ）のヒト相同分子種であり、遺伝子地図遺伝子座１ｑ３１の１番染色体上に位置し、分子量は４１０ｋＤである。この遺伝子の役割は、胎生期神経芽細胞及び紡錘体調節における正常紡錘体機能のためには必須である。２つの代替的なスプライス変異株が、特定された。ＡＳＰＭシーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００１２０６８４６．１、及びＮＭ＿０１８１３６．４（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００１１９３７７５．１、及びＮＰ＿０６０６０６．３（タンパク質））、又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢ（例えば、Ｑ８ＩＺＴ６）に一般公開されている。
【００５４】
３．アシルコエンザイムＡオキシダーゼ３、プリスタノイル（ＡＣＯＸ３）
【００５５】
ヒトアシルコエンザイムＡオキシダーゼ３、プリスタノイル（ＡＣＯＸ３）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ８３１０）は、地図遺伝子座４ｐ１５．３の、４番染色体上に位置する。ＡＣＯＸ３は、ペルオキシソーム中の２−メチル分枝脂肪酸の不飽和化に関与する。酵素は、特定の発育期間、又は、又は分化した組織内等の特殊な状況下のみで発現することが、示唆される。ＡＣＯＸ３は、２つの代替的なスプライス変異株を有する。典型的なＡＣＯＸ３シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００１１０１６６７．１、及びＮＭ＿００３５０１．２（ｍＲＮＡ）、及びＮＰ＿００１０９５１３７．１、及びＮＰ＿００３４９２．２（タンパク質））、又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢ（例えば、Ｏ１５２５４）から、一般公開されている。
【００５６】
４．ＣＤＣ４５細胞分裂周期４５類似（ＣＤＣ４５Ｌ）
【００５７】
ヒトＣＤＣ４５細胞分裂周期４５（ＣＤＣ４５Ｌ）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ２５９２６６）は、地図遺伝子座２２ｑ１１．２１の２２番染色体上に位置する。ＣＤＣ４５Ｌは、ＤＮＡ合成の真核生物における初期のステップに重要なＣｄｃ６／Ｃｄｃ１８、ミニクロモソーム維持タンパク質（ＭＣＭ）及びＤＮＡポリメラーゼを含む高度に保存された多タンパク質錯体のメンバーである。異なるアイソフォームをコードする複数の代替的に接合された転写物変異株が、ＣＤＣ４５Ｌに対して見出された。典型的なＣＤＣ４５Ｌシーケンスは、たとえばＧｅｎｅＢａｎｋ（例えば、登録番号ＮＭ＿００１１７８０１０．１、ＮＭ＿００１１７８０１１．１、及びＮＭ＿００３５０４．３（ｍＲＮＡ）、及びＮＰ＿００１１７１４８１．１（ＮＰ＿００１１７１４８２．１）、及びＮＰ＿００３４９５．１（タンパク質））、又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢ（例えば、Ｏ７５４１９）に、一般公開されている。
【００５８】
５．溶質キャリア系統群４０（鉄調整トランスポータ）、メンバー１（ＳＬＣ４０Ａ１）
【００５９】
ヒト溶質キャリア系統群４０（鉄調整トランスポータ）、メンバー１（ＳＬＣ４０Ａ１）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ３００６１）は、遺伝子地図遺伝子座２ｑ３２で２番染色体上に位置する。ＳＬＣ４０Ａ１遺伝子は、十二指腸上皮細胞からの鉄のエクスポートに関与し得る細胞膜タンパク質をコードし、鉄過剰負荷疾病遺伝性ヘモクロマトーシスで亢進される。ただ１つのスプライス形態だけが、特定された。典型的なＳＬＣ４０Ａ１シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿０１４５８５．５（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿９９７５１２．１（タンパク質））又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｑ９ＮＰ５９）、一般公開されている。
【００６０】
６．前勾配相同体２（ＡＧＲ２）
【００６１】
ヒト前勾配相同体２（ＡＧＲ２）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  １０５５１）は、地図遺伝子座７ｐ２１．３で７番染色体上に位置する。ＡＧＲ２ｍＲＮＡ及びタンパク質は、乳癌組織と同様の発現パターンを示す。ＡＧＲ２の発現は、エストロゲン受容体の発現と正相関を示し、ＥＧＦレセプターの発現とは負相関を示す。典型的なＡＧＲ２シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００６４０８．３（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００６３９９．１（タンパク質））、又は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ（例えば、Ｑ４ＪＭ４７）から、一般公開されている。
【００６２】
７．ＡＴＰアーゼ、クラスＶＩ、タイプ１１Ｃ（ＡＴＰ１１Ｃ）
【００６３】
ヒトＡＴＰアーゼ、クラスＶＩ、タイプ１１Ｃ（ＡＴＰ１１Ｃ）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  １００７９）は、遺伝子地図遺伝子座Ｘｑ２７．１で染色体Ｘ上に位置し、１１３２のアミノ酸をコードする。この遺伝子の機能は、なお不明である。２つの代替的なスプライス形態が、特定されている。典型的なＡＴＰ１１Ｃシーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００１０１０９８６．２、及びＮＭ＿１７３６９４．４（ｍＲＮＡ）、及びＮＰ＿００１０１０９８６．１、及びＮＰ＿７７５９６５．２（タンパク質））又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｑ８ＮＢ４９）、一般公開されている。
【００６４】
８．シーケンス類似７２のファミリー、メンバーＡ（ＦＡＭ７２Ａ）
【００６５】
シーケンス類似７２のファミリー、メンバーＡ（ＦＡＭ７２Ａ）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ７２９５３３）は、シーケンス類似７２のファミリー、メンバーＡのヒト相同分子種であり、遺伝子地図遺伝子座１ｐ１１で１番染色体上に位置する。ＦＡＭ７２Ａ遺伝子は、分子量１４９ｋＤのタンパク質をコードする。ＦＡＭ７２Ａは、一般的な癌中では、匹敵する正常組織と比較して、上方制御される。ＦＡＭ７２Ａのただ１つのスプライス形態だけが、特定されている。典型的なＦＡＭ７２Ａシーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００１２３１６８．１（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００１１１６６４０．１（タンパク質））、又は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｑ５ＴＹＭ５）、一般公開されている。
【００６６】
９．ホスホリパーゼＡ２、グループＸ（ＰＬＡ２Ｇ１０）
【００６７】
ヒトホスホリパーゼＡ２、グループＸ（ＰＬＡ２Ｇ１０）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ８３９９）は、遺伝子地図遺伝子座１６ｐ１３．１２で１６番染色体上に位置し、４２のアミノ酸からなるタンパク質をコードする。ＰＬＡ２Ｇ１０遺伝子の機能はなお不明であり、ただ１つのスプライス形態だけが特定されている。典型的なＡＴＰ９Ａシーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００３５６１．１（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００３５５２．１（タンパク質））又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｏ１５４９６）、一般公開されている。
【００６８】
１０．マトリリン２（ＭＡＴＮ２）
【００６９】
ヒトマトリリン２（ＭＡＴＮ２）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ４１４７）は、遺伝子地図遺伝子座８ｑ２２で第８染色体上に位置し、９５６のアミノ酸からなるタンパク質をコードする。ＭＡＴＮ２遺伝子の２つのｍＲＮＡ転写物が、特定された。典型的なＭＡＴＮ２シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００２３８０．３、及びＮＭ＿０３０５８３．２（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００２３７１．３、及びＮＰ＿０８５０７２．２（タンパク質））、又はＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｏ００３３９）、一般公開されている。
【００７０】
１１．アポトーシス誘発、ＴＡＦ９類似ドメイン１（ＡＰＩＴＤ１）
【００７１】
ヒトアポトーシス誘発、ＴＡＦ９類似ドメイン１（ＡＰＩＴＤ１）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ３７８７０８）は、染色体１ｐ３６上の、神経芽細胞腫腫瘍サプレッサー候補領域内に特定される。それは、ｐ５３媒介転写活性化のために必要とされる、ＴＡＴＡボックス結合タンパク質関連因子、ＴＡＦ（ＩＩ）３１、に見出されると同様の、ＴＦＩＩＤ−３１ドメインを含む。この遺伝子は、神経芽腫瘍中に非常に低い量で発現され、神経芽腫細胞中の細胞成長を低減することが示され、このことは、細胞死亡経路において１つの役割を有し得ることを示唆するものである。複数の代替的接合転写物変異株が、特定された。典型的なＡＰＩＴＤ１シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００１２７０５１７．１、ＮＭ＿１９８５４４．３、ＮＭ＿１９９００６．２及びＮＭ＿００１２４３７６８．１（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００１２５７４４６．１、ＮＰ＿９４０９４６．１、及びＮＰ＿９５０１７１．２及びＮＰ＿００１２３０６９７．１（タンパク質））、又は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢから、（例えば、Ｈ２ＰＸＺ６）一般公開されている。
【００７２】
１２．キネシンファミリーメンバー１１（ＫＩＦ１１）
【００７３】
ヒトキネシンファミリーメンバー１１（ＫＩＦ１１）遺伝子（ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ３８３２）は、遺伝子地図遺伝子座１０ｑ２４．１で１０番染色体上に位置する。ＫＩＦ１１は、キネシン類似タンパク質ファミリーに属する運動タンパク質をコードする。このタンパク質ファミリーのメンバーには、様々なスピンドル動態力学が関与することが、知られている。ＫＩＦ１１の機能は、染色体の位置決めをし、中心体を分離し、そして、細胞有糸分裂の間の双極スピンドルを確立することを、含む。ＫＩＦ１１の１つのスプライス形態のみが、存在する。典型的なＫＩＦ１１シーケンスは、たとえばＧｅｎＢａｎｋから（例えば、登録番号ＮＭ＿００４５２３．３（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００４５１４．２（タンパク質））又は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢから（例えば、Ｐ５２７３２）、一般公開されている。
典型的なキット、装置及び組成物
【００７４】
Ａ．キット
【００７５】
本発明者らは、本開示の方法の所定の実施形態の実行を容易にするために、有用なキットを想定した。一実施形態では、キットは、表２に開示される遺伝子の１つ以上（例えば、表２で開示される２８の遺伝子の、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、又は、少なくとも２７個、又は全て）を検出するために提供される。一実施形態では、キットは、少なくともＡＳＰＭ及びＡＴＰ９Ａ核酸又はタンパク質分子を検出するために、例えば、１つ又は複数のハウスキーピング遺伝子又はタンパク質（例えばタンパク質生化学技術分野で周知の、β−アクチン、ＧＡＰＤＨ、ＲＰＬ１３Ａ、チュービュリン等）と組み合わせて、提供される。さらに別の実施形態では、キットは、少なくともＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３核酸を検出すること又はタンパク質分子のために、たとえば１つ又は複数のハウスキーピング遺伝子又はタンパク質と組み合わせて提供される。検出器又は検出の方法は、遺伝子及び／又はｍＲＮＡ又はタンパク質等の遺伝子形質発現生成物が関与するゲノム交替の検出体を含んでいてもよい。検出器は、非限定的に、前記開示された遺伝子を含むゲノム配列に特異的な核酸プローブ、前記遺伝子によりコードされる転写物（例えば、ｍＲＮＡ）に特異的な核酸プローブ、前記開示された遺伝子に特異的な増幅のための一組のプライマー、前記開示された遺伝子によりコードされるタンパク質に特異的な抗体又は抗体フラグメント、又は前記開示された遺伝子によりコードされるタンパク質に特異的なアプタマー、を含むことができる。特定の例では、キットは、ＡＳＰＭ転写物に特異的な核酸プローブ、ＡＴＰ９Ａ転写物に特異的な核酸プローブ、ＡＣＯＸ３転写物に特異的な核酸プローブ、及び、表２に列挙される他の遺伝子の転写物に特異的な核酸プローブから選択される、１つ以上の（例えば２、３又は４）検出体、ＡＳＰＭの特異的な増幅のための一組のプライマー、ＡＴＰ９Ａの特異的な増幅のための一組のプライマー、ＡＣＯＸ３の特異的な増幅のための一組のプライマー、及び表２に列挙される他の遺伝子の転写物に特異的な増幅のためのプライマーの対、ＡＴＰ９Ａタンパク質のために特異的な抗体、ＡＳＰＭタンパク質のために特異的な抗体、ＡＣＯＸ３タンパク質のために特異的な抗体、及び表２に列挙される遺伝子によるコードされるタンパク質に特異的な抗体、を含む。特定のキット実施形態では、例えば、ハウスキーピング転写物に特異的な核酸プローブから選択される１つ以上の（例えば２、３又は４）検出体、ハウスキーピング転写物の特異的な増幅のための一組のプライマー、及び１つ以上のハウスキーピングタンパク質に特異的な抗体を、さらに含むことができる。
【００７６】
ある実施形態では、一次検出手段（例えば、核酸プローブ、核酸プライマー又は抗体）は、蛍光体、発色団、又は、検出可能な生成物を生成することができる酵素（例えば、当該技術分野で共通して有名なアルカリ燐酸塩、ワサビペルオキシダーゼ及びその他）で、直接標識されることができる。他の実施形態において、キットは、二次抗体又は非抗体ハプテン−結合分子（例えば、アビジン又はストレプトアビジン）等の二次検出手段を含んで提供される。そのような事例では、二次検出手段は、検出可能な部分で直接標識される。他の事例では、二次又はより高次の抗体は、ハプテン（例えば、ビオチン、ＤＮＰ又はＦＩＴＣ）と接合され、このハプテンは、同族のハプテン結合性分子（例えば、ストレプトアビジンワサビペルオキシダーゼ、ストレプトアビジンアルカリホスファターゼ又はストレプトアビジンＱＤｏｔ（登録商標））により検出可能である。一部のキット実施形態は、その比色試薬の発現のために酵素で標識される一次、二次又はより高次の検出手段と、協力して用いられる適切な容器内に、比色試薬を含むことができる。
【００７７】
一実施形態では、キットは、表２に列挙される遺伝子の転写物に対応する又は対応しない核酸サンプル等の、ポジティブ又はネガティブコントロールサンプル、表２に列挙される遺伝子によるコードされるタンパク質又は断片化したタンパク質を含む又は含まないタンパク質溶菌液、及び／又は表２に列挙される遺伝子又は遺伝子産物を発現する又は発現しないことが知られている細胞株又は組織、を含む。
【００７８】
ここに提供される方法で用いられる核酸プローブ又はプライマーは、市販のソースより得ることができ、又は、当該技術分野で周知の技術を用いて調製することができる。核酸プローブ及びプライマーは、ターゲット核酸分子（例えば、ゲノムターゲット核酸分子）とハイブリダイズすることができる核酸分子である。例えば、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３又は表２に列挙される遺伝子に特異的なプローブは、ターゲットとハイブリダイズした時に、直接又は間接的に検出されることができる。ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３又は表２に列挙される遺伝子に特異的なプライマーは、ターゲットとハイブリダイズした時に、ターゲット遺伝子を増幅することができ、直接又は間接的に検出されることができる単位複製配列を得ることが可能である。
【００７９】
ここに提供される方法で用いられる抗体又はアプタマーは、市販のソースから得られることができ、又は当該技術分野で周知の技術を用いて調製することができる。抗体は、特定の抗原に対して、特異的に結合する、又は、免疫反応性を有する、免疫グロブリン分子（又は、その組み合わせ）であり、抗体の、多クローン系、単一クローン系、遺伝子的に加工された形態及び別段に改質された形態を含み、これは、非限定的な例として、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヘテロ−接合体抗体、単鎖Ｆｖ抗体、ポリペチドに結合している特異的な抗原を与えるに十分な少なくとも一部の免疫グロブリンを含むポリペチド、及び、抗体のフラグメントを結合する抗原を含む。抗体フラグメントは、タンパク質分解抗体フラグメント、組換え型抗体フラグメント、相補性決定領域フラグメント、ラクダ科の動物の抗体（例えば、米国特許第６，０１５，６９５号；米国特許第６，００５，０７９号；米国特許第５，８７４，５４１号；米国特許第５，８４０，５２６号；米国特許第５，８００，９８８号；及び米国特許第５，７５９，８０８号）、及び軟骨魚及び骨魚及びその分離された結合ドメインにより生成される抗体、を含む。
【００８０】
抗体の商業的なソースとしては、シグマアルドリッチ（米国ミズーリ州セントルイス）、サンタクルス（米国カリフォルニア州サンタクルス）、アブノバ（台湾台北）、ＳＤＩＸ（米国デラウェア州ニュワード）、ＥＭＤミリポア（米国マサチューセッツ州ビルリカ）、ＧｅｎｅＴｅｘ（米国カリフォルニア州アーヴィン）、Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ（米国カリフォルニア州バーリンガム）、ＬＳＢｉｏ（米国ワシントン州シアトル）及びその他の抗体医療提供者を挙げることができる。表１は、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２に対する抗体の典型的な商業的なソースを示す。
【００８１】
【表１】
2016525883.tif 000003
【００８２】
抗体（例えば、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体）を発生させる方法は、当該技術分野で周知である（例えば、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、ＮｅｗＹｏｒｋ、１９８８）。例えば、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１又はＡＧＲ２等の、表２に列挙されるタンパク質の１つのペプチドフラグメントは、キャリア分子（又はそのエピトープをコードする核酸）に接合可能であり、非ヒト哺乳類（例えばマウス又はウサギ）に注入可能であり、その後ブースト注入を行い、抗体応答を発生させる。免疫化された動物から分離された血清を、その中に含まれるポリクローナル抗体のために、単離することができ、又は、免疫化された動物からの脾臓を、ハイブリドーマ及び単クローン抗体の製作に用いることができる。抗体は、使用の前にさらに精製することができる。
【００８３】
ここに開示される方法に用いられるアプタマーは、一本鎖核酸分子（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）を含み、この一本鎖核酸分子は、１つ以上の特定の配列特異的形状を仮定し、表２に列挙される遺伝子のタンパク質生成物の１つに、高い親和性及び特異性で、結合する。他の例では、アプタマーは、表２に列挙される遺伝子のタンパク質生成物の１つに高い親和性及び特異性で結合するペプチドアプタマーである。ペプチドアプタマーは、タンパク質骨格の両端に結合するターゲットタンパク質に特異的なペプチドループを含む。骨格は、安定、可溶、小型、かつ、非毒性であるいずれかのタンパク質であってもよい。ペプチドアプタマーの選択は、異なるシステム（例えばイースト２−ハイブリッドシステム又はレックスＡ相互作用トラップシステム）を用いて行うことができる。
【００８４】
特定の実施形態では、キットは、例えばボックス、バッグ、小びん、管、肩掛け鞄、プラスチックカートン、包装紙又はその他の容器等の、キャリア手段を含んでいてもよい。一部の例では、キット構成部品は、仕切を有し得る単一のパッキングユニット内に封入され、その仕切内に、キットの１つ以上の構成部品を収容することができる。他の例では、キットは、例えば、試験しようとする１つ以上の生物学的サンプルを保持することができる１つ以上の容器を含む。ある実施形態では、キットは、特定の開示された方法の実行に用いることができるバッファ及び他の試薬を含むことができる。このようなキット及び適切な成分は、当業者に周知である。
【００８５】
Ｂ．アレイ
【００８６】
開示された方法の実行を容易にするために有用なマイクロアレイが、想定される。遺伝子又はタンパク質の検出のためのマイクロアレイは、当該技術分野で周知である。マイクロアレイは、特異的な結合剤（例えば、ｃＤＮＡのプローブ、ｍＲＮＡのプローブ又は抗体）の多数（例えば、数百又は数千）が固定される固体表面（例えば、ガラススライド）を含む。特異的な結合剤は、アレイ上の位置指定が可能な（例えば、グリッド）フォーマットに、個別に位置される。特異的な結合剤は、サンプル内に存在するそれらと同種のターゲットと、相互作用する。全ての固定化薬剤の間のターゲットの結合のパターンは、遺伝子形質発現のプロファイルを提供する。代表的なマイクロアレイは、例えば、米国特許第５，４１２，０８７号、第５，４４５，９３４号、第５，７４４，３０５号、第６，８９７，０７３号、第７，２４７，４６９号、第７，１６６，４３１号、第７，０６０，４３１号、第７，０３３，７５４号、第６，９９８，２７４号、第６，９４２，９６８号、第６，８９０，７６４号、第６，８５８，３９４号、第６，７７０，４４１号、第６，６２０，５８４号、第６，５４４，７３２号、第６，４２９，０２７号、第６，３９６，９９５号及び第６，３５５，４３１号に、記載される。
【００８７】
表２に列挙される遺伝子又は遺伝子産物の少なくとも３個を検出するための核酸又はタンパク質配列が、ここに開示される。特定の実施形態では、開示されたアレイは、開示された遺伝子の少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個又は全２８個に特異的な結合剤から成る。特定の実施形態では、アレイは、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３に特異的な核酸プローブ又は抗体から成る。他の特定の実施形態では、アレイは、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２に特異的な核酸プローブ又は抗体から成る。他の特定の実施形態では、アレイは、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１及びＫＩＦ１１に特異的な核酸プローブ又は抗体から成る。他のアレイ実施形態は、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１、ＫＩＦ１１、ＨＰＧＤ、ＨＭＭＲ、ＥＬＦ３、ＰＴＴＧ１、ＵＰＰ１、ＣＣＮＢ２、ＣＲＥＧ１、ＡＲＳＤ、ＣＥＮＰＮ、ＳＭＣ４、ＤＬＧＡＰ５、ＰＩＫ３ＡＰ１、ＴＬＲ３、ＴＷＩＳＴ１、ＧＣＬＭ及びＣＴＳＳを含む、表２に列挙される２８の遺伝子のそれぞれに特異的な核酸プローブ又は抗体から成る。特定の例では、アレイは、一つ又は複数のハウスキーピング遺伝子又は遺伝子産物（例えばｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ又はタンパク質）に特異的な核酸プローブ又は抗体をさらに含む。
【００８８】
アレイを形成する核酸プローブ又は抗体は、担体に直接結合することができ、又は、固体担体へのスペーサー又はリンカーとしてしての機能を果たすオリゴヌクレオチド又は他の分子により、担体に結合することができる。
【００８９】
アレイ固体担体はガラススライドであってもよく、又は、有機ポリマーから形成されてもよい。様々なアレイフォーマットを、所定の実施形態にしたがって使用可能である。例えば、オリゴヌクレオチドバンドの線形配列、個別の細胞の二次元のパターン又はその他のフォーマット（例えば、米国特許第５，９８１，１８５号）が挙げられる。
【００９０】
適切なアレイは、様々なアプローチによって調製可能である。１つの例では、オリゴヌクレオチド又はタンパク質シーケンスを別々に合成し、次いで、固体担体に結合させる（例えば、米国特許第６，０１３，７８９号）。他の例では、シーケンスを、担体上に直接合成して、所望のアレイを提供する（例えば、米国特許第５，５５４，５０１号）。オリゴヌクレオチドプローブを、オリゴヌクレオチドの３’末端、又はオリゴヌクレオチドの５’末端により、担体に結合させることもできる。
定義
【００９１】
ここに用いられる場合において、「膵癌」は、外分泌膵組織中の上皮細胞に由来する悪性哺乳類癌、特に腺癌、のことをいう。本出願に記載される膵癌は、転移性及び非転移性癌を含む。
【００９２】
ここに用いられる場合において、「腺癌」は、腺上皮に由来する悪性腫瘍のことをいい、この腺上皮は、非限定的に、外分泌膵臓腺（膵臓腺癌）、乳腺（乳癌）、前立腺（前立腺癌）、結腸上皮（結腸癌）、胃部上皮（胃部癌）、唾液腺（唾液腺癌腫）、副腎（副腎癌腫）及び甲状腺（甲状腺癌）を含む。
【００９３】
用語「分化」は、発現中における、器官又は組織の構造若しくは機能の広汎な又は分化した変化のことをいう。分化の概念は、当該技術分野で周知であり、ここでは更なる説明を必要としない。例えば、膵細胞の分化は、特に、腺構造生成及び／又は正常膵臓腺のホルモン若しくは分泌機能の取得のプロセスのことをいう。
【００９４】
「癌幹細胞」という用語は、自己再生可能で、腫瘍腫瘤中に多様な細胞を作り出すことが可能な、又はホストに腫瘍を誘発させることが可能な、癌細胞の亜細胞のことをいう。
【００９５】
ここに用いられる場合において、用語「臨床的予後」は、膵癌を有する被験体の、腫瘍再発の可能性、生残性、疾病進行、及び治療への応答を含む予後のことをいう。治療（例えば膵臓切除）の後の膵癌の再発は、進行性の高い癌、ホスト（例えば、膵癌患者）の生残性の短縮、大型化の可能性の増大、腫瘍の容量又は数及び／又は治療の失敗の可能性の増大、を示す。
【００９６】
ここに用いられる場合において、「臨床的予後を予測」とは、膵癌の推定過程又は予後の予測を提供する用語であり、転移の予測、多種薬剤耐性、疾病遊離生残性、全体の生残性、再発等を含む。この方法は、例えば、癌がまだ初期であるか否か、又は、活動的な治療の効果がない程度まで癌が段階に進行したかを、示すことにより、癌治療のための適切な治療を考案するために用いることもできる。
【００９７】
ここに用いられる場合において、用語「再発」は、初期又は初期以降の治療の後の、膵癌の再発のことをいう。代表的な治療は、手術のいずれかの形態（例えば、膵十二指腸切除又はホイップル処置、遠位膵臓切除、膵臓部分切除及び全膵臓切除）、放射治療のいずれかの形態、化学療法剤又は生物学的治療のいずれかの形態、ホルモン治療のいずれかの形態を含む。一部の例では、炭水化物抗原１９−９（ＣＡ１９−９）（Ｋｏｐｒｏｗｓｋｉら、１９８１年）及び癌胎児性抗原（ＣＥＡ）（Ｇｏｌｄ及びＦｒｅｅｄｍａｎ、１９６５年）等の膵癌の血清又は血漿マーカーを上昇させることにより、及び／又は膵癌を有する被験体からのいずれかの生物学的サンプル中で膵癌細胞を同定することにより、膵癌の再発はマークされる。
【００９８】
ここに用いられる場合において、用語「疾病進行」は、膵癌の１つ以上のインデックス（例えば、血清ＣＡ１９−９又はＣＥＡ量（測定可能な腫瘍大きさや体積）又は新しい病変）が、治療にもかかわらず疾病が進行していることを示している状況のことをいう。
【００９９】
「ＡＳＰＭ」、「ＡＴＰ９Ａ」、「ＡＣＯＸ３」、「ＣＤＣ４５Ｌ」、「ＳＬＣ４０Ａ１」、「ＡＧＲ２」及び、表２に列挙されたものを含むここに引用される他の分子マーカーとは、核酸のことをいい、例えば、遺伝子、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、及びポリペチド、多形性変異株、対立遺伝子、変異体、並びに、以下の種間相同体が含まれる。（１）約６０％よりも高いアミノ酸配列同一性、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、好ましくは、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又はそれより高いアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を、好ましくは少なくとも約２５、５０、１００、２００、５００、１０００、又は、より多くのアミノ酸の領域上にわたって、ここに記載される参照された核酸又はアミノ酸配列によりコードされるポリペチドに有する、種間相同体；（２）例えば、参照されたアミノ酸配列、その免疫原性フラグメント、その保存的改質変異株を含んだ、免疫原に対して増加するポリクローナル抗体等の、特異的に抗体に結合する、種間相同体；（３）厳しいハイブリダイゼーション条件下で、参照されたアミノ酸配列及びその保存的改質変異株をコードする核酸に特異的にハイブリダイズする、種間相同体；（４）約６０％より高いヌクレオチド配列同一性、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、好ましくは９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％又はそれ以上のヌクレオチド配列同一性を有する核酸配列を、好ましくは少なくとも約１０、１５、２０、２５、５０、１００、２００、５００、１０００又はより多くのヌクレオチドの領域上にわたって、参照された核酸配列に有する、種間相同体。ポリヌクレオチド又はポリペチドシーケンスは、典型的に哺乳類からのものであり、その哺乳類の非限定的な例としては、例えば、ヒト等の霊長類；ラット、マウス、ハムスター等の齧歯動物；ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ又はいずれかの哺乳類が挙げられる。所定の実施形態の核酸及びタンパク質は、天然に存在するもの又は組み換え型分子の両方を含む。これらの抗原の、切断され及び代替的に接合された形態が、この定義に含まれる。
【０１００】
用語「特異的に発現される」又は「特異的に調整される」とは、一般に、所定の実施形態との関連で、１つのサンプルにおいて、少なくとも１つの他のサンプルと比較して、過剰発現（上方制御）する又は過小発現（下方制御）するタンパク質又は核酸のことをいう。
【０１０１】
用語「分子マーカー」、「遺伝子マーカー」、「癌関連の抗原」、「腫瘍特異性マーカー」、「腫瘍マーカー」、「マーカー」又は「生物マーカー」は、それぞれ互換可能に、非癌細胞又は他の癌細胞と比較した場合に、特異的に、細胞で発現され、癌細胞の表面上で発現され、又は、癌細胞により分泌され、かつ、予後を提供するための、及び、癌細胞への薬物の優先ターゲッティングのための、癌の診断のために有用である、分子又は遺伝子（典型的にＲＮＡのようなタンパク質又は核酸）のことをいう。特定の実施形態では、癌関連の抗原とは、非癌細胞又は他の癌細胞と比較して、癌細胞中で過剰発現する又は過小発現する分子であり、例えば、非癌細胞と比較して、１倍の過剰発現、２倍の過剰発現、３倍の過剰発現又はそれ以上であり、又は非癌細胞と比較して、例えば、２０％、３０％、４０％、５０％又はそれ以上の過小発現である。特定の実施形態では、癌関連の抗原は、癌細胞中に不適当に合成する分子であり、例えば、非癌細胞中に発現される分子と比較して、欠失、追加又は突然変異を含む分子のことである。特定の実施形態では、癌関連の抗原は、癌細胞の細胞表面上でのみ発現され、正常細胞の表面上では合成されず、又は、発現されない。例証された細胞表面腫瘍マーカーは、１９−９（ＣＡ１９−９）（Ｋｏｐｒｏｗｓｋｉら、１９８１）炭水化物抗原及び癌胎児性抗原（ＣＥＡ）（Ｇｏｌｄ及びＦｒｅｅｄｍａｎ、１９６５年）を含む。特定の実施形態では、癌関連の抗原は、癌細胞の表面上では、主として発現されない。
【０１０２】
マーカーは、単独で又は他のマーカーと組み合わせて、例えば、ここに開示される多種薬剤耐性を示す癌の診断又は予後等、あらゆる用途に用いることができることが、当業者には、よく理解されるだろう。
【０１０３】
「生物学的サンプル」は、生検及び検死サンプル等の組織の切片、及び、組織学的目的でとられる凍結切片を含む。このようなサンプルは、膵癌組織、血液及び血液画分又は生成物（例えば血清、血漿、血小板、赤血球等）、痰、組織、培養細胞、例えば、一次培養、外植体、及び、悪性変換細胞、スツール、尿等を含む。生物学的サンプルは、真核生物の有機体から典型的に得られ、最も好ましくは哺乳類、例えば、チンパンジー又はヒト等の霊長類；ウシ；イヌ；ネコ；モルモット、ラット、マウス等の齧歯動物；ウサギ；又は鳥類；爬虫類；又は魚類から得られる。
【０１０４】
「生検」は、診断又は予後の評価のために組織サンプルを除去するプロセスのこと、並びに、組織試料自体のことをいう。当該技術分野で知られるいずれかの生検技術を、所定の実施形態の診断及び予後の方法に適用することできる。適用される生検技術は、その他の因子の中でもとりわけ、評価対象の組織のタイプ（例えば膵臓等）、腫瘍の大きさ及びタイプに依存する。代表的な生検技術は、切採生検、切開生検、針生検、外科的生検及び骨髄生検を含むが、これに限定されるものではない。「切採生検」は、それを包囲している正常組織の縁部を小さく残して、全体の腫瘍腫瘤を除去することをいう。「切開生検」は、腫瘍の断面直径を含んだくさび形に、組織を除去することをいう。内視法又は蛍光透視によりなされる診断又は予後は、一般にターゲット組織内から細胞の浮遊液を得る「コア−針生検」又は「針生検」を必要とし得るものである。生検技術は、例えば、Ｈａｒｒｉｓｏｎ‘ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｋａｓｐｅｒ、ら編、第１６版、２００５、の第７０章及びパートＶ中で議論される。
【０１０５】
「核酸」とは、一本鎖の又は二本鎖のいずれかの形態の、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド及びそのポリマー、並びに、その補完体のことをいう。この用語は、既知のヌクレオチド類似体又は改質骨格鎖残留物又はリンケージを含む核酸をカバーし、それは合成物でも、天然に存在する物でも、及び非天然に存在する物でもよく、それは参照核酸として同様の結合特性を有し、それは参照ヌクレオチドに同様の方法で代謝される。そのような類似体の例は、非限定的に、ホスホロチオネート、アミド亜リン酸エステル、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、２−Ｏメチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。
【０１０６】
特に明記しない限り、特定の核酸配列は、その保存的改質変異株（例えば、縮重コードン置換）、及び相補配列、ならびに明示的に示されるシーケンスも、黙示的に含むものである。具体的に、縮重コドン置換は、１つ以上の選択された（又は全ての）コドンの第３の位置を、混合塩基及び／又はデオキシイノシン残留物で置換することにより、シーケンスを発生させることによって達成されることができる（Ｂａｔｚｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１９：５０８１（１９９１）；Ｏｈｔｓｕｋａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：２６０５−２６０８（１９８５）；Ｒｏｓｓｏｌｉｎｉら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ  ８：９１−９８（１９９４））。核酸という用語は、遺伝子、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドに、互換可能に用いられる。
【０１０７】
また、特定の核酸配列は、「スプライス変異」、及び、癌生物マーカーの切断された形態をコードする核酸配列を、黙示的にカバーする。同様に、核酸によりコードされる特定のタンパク質は、その核酸のスプライス変異又は切断された形態によってコードされるいずれかのタンパク質を、黙示的にカバーする。「スプライス変異」とは、その名前が示唆するように、遺伝子の代替的なスプライシングの生成物である。転写の後、異なる（代替）核酸スプライス生成物が異なるポリペチドをコードするように、最初の核酸転写物を接合させることができる。スプライス変異の生成のためのメカニズムは変化するが、エキソンの代替スプライシングを含む。また、読過し転写により同じ核酸から誘導される代替ポリペチドも、この定義でカバーさる。スプライス生成物の組換え型形態を含むスプライシング反応物のいずれかの生成物が、この定義に含まれる。核酸は、５’末端で又は３’末端で切断することができる。ポリペチドは、Ｎ＿末端又はＣ末端で切断することができる。核酸又はポリペチドシーケンスの切断されたバージョンは、天然に存在し得る、又は、リコンビナントにより作製することができる。
【０１０８】
用語「ポリペチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーのことを指すために、本明細書で互換可能に用いられる。これらの用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工模倣化学物である、アミノ酸ポリマーに適用されると共に、天然に存在するアミノ酸ポリマー及び非天然に存在するアミノ酸ポリマーに関しても同様に適用される。
【０１０９】
用語「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸、ならびに、天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸アナログ及びアミノ酸擬晶のことをいう。天然に存在するアミノ酸とは、遺伝コードでコードされるアミノ酸のことをいうとともに、後に変成されたアミノ酸、例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸塩及びＯ‐ホスホセリン等、のことをいう。アミノ酸アナログとは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を有する化合物のことをいい、すなわち、α炭素が、水素、カルボキシル基、アミノ基、並びに、Ｒ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム等に結合されるものをいう。これらの類似体は変成Ｒ基（例えば、ノルロイシン）又は変成ペプチド骨格鎖を有するが天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を保持している。アミノ酸模倣物とは、アミノ酸の一般的な化学構造と異なる構造を有しているが、天然に存在するアミノ酸と同様の機能を発揮する化合物のことをいう。
【０１１０】
本明細書におけるアミノ酸の呼称は、周知の３字シンボルによっても、又は、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会により推奨される１字シンボルによっても、どちらで呼称してもよい。ヌクレオチドは、同様に、それらの共通認識される１字コードで呼称してもよい。
【０１１１】
「保存的改質変異株」は、アミノ酸及び核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的改質変異株は、同一の又は本質的に同一のアミノ酸配列をコードするそれらの核酸、又は、核酸がアミノ酸配列を本質的に同一のシーケンスにコードしない場合の、それらの核酸のことをいう。遺伝子コードの同義性のため、多数の機能的に同一の核酸が、いずれかの与えられたタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ及びＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードする。したがって、アラニンがコドンによって指定されるいずれかの位置で、コードされたポリペチドを変更することなく、コドンを、記載の対応するコドンのいずれかに変更することができる。そのような核酸変異は、「無言の変異」であり、それは保存的改質変異の一種である。また、ポリペチドをコードする本明細書におけるいずれの核酸配列は、核酸のいずれの可能な無言の変異も記載する。当業者は、核酸のそれぞれのコドン（メチオニンのための通常唯一のコドンであるＡＵＧ、及び、トリプトファンのための通常唯一のコドンであるＴＧＧ、を除いて）を改変して、機能的に同一の分子を生成することが可能であることを、認識している。したがって、ポリペチドをコードする核酸のそれぞれの無言の変異は、実際のプローブシーケンスに関してではなく、発現生成物に関して、それぞれ記載されたシーケンスに内在する。
【０１１２】
アミノ酸配列に関して、当業者は、単一のアミノ酸、又は、コードされたシーケンスのアミノ酸の小パーセンテージ部分を、変更する、加える又は、欠失させる、核酸、ペプチド、ポリペチド又はタンパク質シーケンスに対する個別的な置換、欠失又は追加は、「保存的改質変異株」であり、ここでの変更は、アミノ酸を、化学的に類似のアミノ酸で置換することになることを、認識している。機能類似のアミノ酸を提供する伝統的な置換表が、当該技術分野で周知である。このような保存的改質変異株は、多形性変異株、種間相同体、及び、所定の実施形態の対立遺伝子に加えられ、かつ、これらを除外しない。
【０１１３】
以下の８つのグループは、相互の伝統的な置き換えになるアミノ酸をそれぞれ含む。１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えばＣｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）を参照）。
【０１１４】
「標識」又は「検出可能な部分」は、分光学的、光化学的、生化学、免疫化学的、化学的又はその他の物理的手段により、検出可能な組成物である。例えば、有用な標識としては、３２Ｐ、蛍光染料、高電子密度試薬、酵素（例えばＥＬＩＳＡで一般的に用いられるものとして）、ビオチン、ジゴキシゲニン又はハプテン及び、タンパク質が挙げられ、これは、例えば放射標識をペプチドに取り込むことにより検出可能とすることができ、又は、ペプチドと特異的に反応性を有する抗体を検出するために用いることができる。
【０１１５】
ＰＣＲに対しては、厳密性の低い増幅のためには、約３６℃の温度が典型的であるが、アニール温度は、プライマー長によって、約３２℃〜４８℃で変えてもよい。厳密性の高いＰＣＲ増幅のためには、約６２℃の温度が典型的であるが、厳密性の高いアニール温度は、プライマー長及び特異性によって、約５０℃〜約６５℃の範囲とすることができる。厳密性が高い場合及び低い場合の両方の、増幅に対する典型的なサイクル条件は、９０℃〜９５℃で３０秒間〜２分間の変性段階、３０秒間〜２分間続くアニール段階、及び約７２℃で１〜２分間の拡張段階を含む。厳密性が高い場合及び低い場合の増幅反応のための手順及びガイドラインは、例えば、Ｉｎｎｉｓら（１９９０）ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．Ｎ．Ｙ．に提供される。
【０１１６】
「抗体」は、抗原に特異的に結合してそれを認識させる免疫グロブリン遺伝子又はそのフラグメントからの、フレームワーク領域を含んだポリペチドのことをいう。認識された免疫グロブリン遺伝子は、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン及びミュー定常域遺伝子、ならびに、多種多様な免疫グロブリン可変部遺伝子を含む。軽鎖は、カッパ又はラムダに分類される。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ又はイプシロンに分類され、それらは次に、それぞれ、免疫グロブリンクラス、ＩｇＧ、免疫グロブリンＭ、免疫グロブリンＡ、免疫グロブリンＤ及び免疫グロブリンＥを定義する。典型的に、抗体の抗原結合領域は、結合の特異性及び親和性について最も重要である。
【０１１７】
典型的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、テトラマーを含む。テトラマーのそれぞれは、２対の同一のポリペプチド鎖から構成され、それぞれの対が１つの「軽」（約２５ｋＤ）鎖及び１つの「重」（約５０−７０ｋＤ）鎖を有する。それぞれの鎖のＮ末端は、主として抗原認識の原因となる約１００〜１１０又はそれ以上のアミノ酸の可変部を画成する。用語、可変軽鎖（ＶＬ）及び可変重鎖（ＶＨ）は、それぞれこれらの軽鎖及び重鎖のことをいう。
【０１１８】
抗体は、例えば、インタクト免疫グロブリンとして、又は、様々なペプチダーゼによる消化によって生成される多数の十分に特徴づけられたフラグメントとして、存在する。したがって、例えば、ペプシンは、ヒンジ領域でＳ‐Ｓ結合の下の抗体を消化してＦａｂのダイマーであるＦ（ａｂ）’２を発生し、これは、それ自体がジスルフィド結合によってＶＨ−ＣＨ１に結合される軽鎖である。Ｆ（ａｂ）’２は、マイルドな状態に還元可能であり、それにより、ヒンジ領域でＳ−Ｓ結合を切断して、Ｆ（ａｂ）’２ダイマーをＦａｂ’モノマーに変換する。Ｆａｂ’モノマーは、ヒンジ領域の部分で、本質的にＦａｂである（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｐａｕｌ編、第３版、１９９３）を参照）。様々な抗体フラグメントがインタクト抗体の消化に関して定義される一方、当業者は、これらのフラグメントは、化学的に、又は、組換えＤＮＡ法を用いて、合成したデノボであってもよいことを、認識するだろう。したがって、抗体という用語は、本明細書に用いられる場合において、全抗体の変性による生成される抗体フラグメント、又は、組換えＤＮＡ法を用いて合成したそれらのデノボ（例えば、単鎖Ｆｖ）、又は、バクテリオファージディスプレイライブラリを用いて特定されるそれら（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４（１９９０）を参照）である。
【０１１９】
例えば、組換え型、モノクローナル又はポリクローナル抗体等の、抗体の製剤に対して、当該技術分野で知られている多くの技術を、用いることができる（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ＆Ｍｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７（１９７５）；Ｋｏｚｂｏｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２（１９８３）；Ｃｏｌｅら、ｐｐ．７７−９６  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、ＡｌａｎＲ．Ｌｉｓｓ、Ｉｎｃ．（１９８５）；Ｃｏｌｉｇａｎ、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９１）；Ｈａｒｌｏｗ＆Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８８）；及びＧｏｄｉｎｇ、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ及びＰｒａｃｔｉｃｅ（第２版、１９８６）を参照）。着目の抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子は、細胞からクローンをつることができ、例えば、単クローン抗体をコードしている遺伝子は、ハイブリドーマからクローンをつくることができ、また、組換え型単クローン抗体を発生するために用いることができる。単クローン抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子ライブラリーは、ハイブリドーマ又は血漿細胞から生成することも可能である。重鎖及び軽鎖遺伝子産物のランダムな組み合わせは、抗原特異性の異なる抗体の大きなプールを作り出す（例えば、Ｋｕｂｙ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（第３版、１９９７）を参照）。単鎖抗体又は組換え型抗体の生成の技術（米国特許第４，９４６，７７８号、米国特許第４，８１６，５６７号）を適用して、所定の実施形態のポリペチドに対する抗体を生成することができる。また、トランスジェニックマウス又は他の有機体（例えば他の哺乳類）を用いて、ヒト化又はヒト抗体を発現させることも可能である（例えば、米国特許第５，５４５，８０７号；第５，５４５，８０６号；第５，５６９，８２５号；第５，６２５，１２６号；第５，６３３，４２５号；第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら、Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ、Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８１２−１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：８４５−５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：８２６（１９９６）；及びＬｏｎｂｅｒｇ  ＆  Ｈｕｓｚａｒ、Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）を参照）代替的に、バクテリオファージディスプレイ技術は、抗体、及び、選択された抗原に特異的に結合するヘテロマーのＦａｂフラグメントを特定するために用いることができる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４（１９９０）；Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）を参照）。抗体は、二重特異性とすることができ、すなわち、２つの異なる抗原を認識することができる（例えば、国際公開公報ＷＯ９３／０８８２９号、Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒら、ＥＭＢ��Ｊ．１０：３６５５−３６５９（１９９１）；及び、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １２１：２１０（１９８６）を参照）。また、抗体は、ヘテロ接合体、例えば、２つの共有結合した抗体又はイムノトキシンとしてもよい（例えば、米国特許第４，６７６，９８０号、国際公開公報ＷＯ９１／００３６０号；国際公開公報ＷＯ９２／２００３７３号；及び欧州特許ＥＰ０３０８９号を参照）。
【０１２０】
非ヒト抗体をヒト化する又はプライマー化する方法は、当該技術分野で周知である。一般に、ヒト化抗体は、非ヒトソースからそれに導入される１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基はしばしば、受入れ残留物といわれ、それは受入れ可変領域から典型的に受けとられる。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒらの方法にしたがって、齧歯動物相補性決定領域（ＣＤＲ）又はヒト抗体の対応配列のためのＣＤＲシーケンスを、置換することにより、本質的に実行することができる（例えば、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２３９：１５３４−１５３６（１９８８）及びＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照）。したがって、そのようなヒト化抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１６，５６７号）、インタクトヒト可変領域より実質的に少ない部分が、非ヒト種からの対応するシーケンスで置換されていた。実際には、ヒト化抗体は、典型的にはヒト抗体であり、そこでは、一部のＣＤＲ残留物及びおそらく一部のフレームワーク領域（ＦＲ）残留物が、齧歯動物抗体の類似の部位からの残留物で置換される。
【０１２１】
「キメラ抗体」は、抗体分子であり、そこでは、（ａ）抗原結合部位（可変部）が、異なる又は変更されたクラス、エフェクタ機能及び／又は種の一定領域に結合されるように、又は、例えば、酵素、毒物、ホルモン、成長因子、ドラッグ等、キメラ抗体に新しい特性を与える全く異なる分子に結合されるように、一定領域又はその部分を、変更し、置換し、又は、交換する；又は（ｂ）可変部又はその部分を、抗原特異性の異なる又は変更された可変部により、変更し、置換し、又は、交換する。
【０１２２】
一実施形態では、抗体は、「エフェクタ」部分に接合される。エフェクタ部分は、放射性標識又は蛍光標識等の標識部分を含むいずれかの分子数であってもよく、又は治療部分であってもよい。一つの特徴では、抗体は、タンパク質の活性を変調する。
【０１２３】
抗体に「特異的に（又は選択的に）結合する」又は「特異的に（又は選択的に）免疫反応性を有する」というフレーズは、タンパク質又はペプチドのことをいう場合は、しばしばタンパク質及び他の生物学的製剤の異種起源の集団中で、タンパク質の存在の決定要因となる結合反応のことをいう。したがって、指定されたイムノアッセイ条件下では、特定のタンパク質には、バックグラウンドの少なくとも２倍、より典型的にはバックグラウンドの１０〜１００倍以上で、特異的な抗体が結合する。このような条件下での抗体への特異的な結合は、特定のタンパク質に対する特異性があるために選択した抗体を含めることができる。例えば、ポリクローナル抗体を選択して、選択された抗原と特異的免疫反応性でありかつ他のタンパク質とは特異的免疫反応性はない、これらのポリクローナル抗体のみを得ることができる。この選択は、他の分子と交差反応する抗体を除外することにより、達成することができる。特定のタンパク質に対する特異的な免疫反応性抗体を選択するために、様々なイムノアッセイのフォーマットを用いることができる。例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイを、通常用いて、タンパク質に特異的な免疫反応性抗体を選択する（例えば、特異的な免疫反応性の決定に用いることができるイムノアッセイフォーマット及び条件の説明として、Ｈａｒｌｏｗ＆Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８８）を参照）。
【実施例】
【０１２４】
以下の実施例は例示的な目的のみに挙げられ、特に明記しない限り、限定を目的としない。実施例で開示される技術は、発明者により発見された下記に示す技術であり、所定の実施形態の実行において良く機能することが、当業者には認識されるべきである。開示された特定の実施形態で、多くの変更を行うことができ、それは本開示の精神及び範囲から逸脱することなく、なおその他又は同様の結果を得ることが、当業者には認識されるべきである。
実施例１
【０１２５】
この実施例では、膵臓上皮細管の分化に関連する遺伝子形質発現プロファイルの識別を説明する。
【０１２６】
前記（Ｗｅａｖｅｒら、１９９７年）のように、生理的に関連する三次元（３Ｄ）培養モデル内で、不死化された膵臓上皮細胞（ＨＰＤＥ細胞）を培養することにより、前立腺管の分化プロセスを反復した。ヒト膵臓管上皮（ＨＰＤＥ）細胞は、ヒト乳頭しゅウィルス−Ｅ６及び−Ｅ７遺伝子を不死化した膵臓管上皮細胞であり（Ｂｅｌｌｏら、１９９７年；Ｌｉｕら、１９９８年）、ウシ下垂体抽出物、１０ｎｇ／ｍｌのＥＧＦ、０．５％のウマ血清及び抗生物質（インビトロゲン社：米国カリフォルニア州カールズバッド）が追加されたケラチン合成細胞−ＳＦＭシグマアルドリッチ社（米国ミズーリ州セントルイス）で組織培養プラスチック上に拡散させた。ＨＰＤＥ細胞を、３Ｄ再組成基底膜ゲル（マトリゲル、ＢＤバイオサイエンス社）の厚い層上に接種した。比較的高い細胞の接種密度（４ｘ１０４／ｃｍ２）を採用して、細胞間相互作用及び以降の組織形態形成プロセスを容易にした。培養は、ウシ下垂体抽出物、１０ｎｇ／ｍｌの上皮細胞成長因子及び抗生物質（全てインビトロゲン社から）が追加されたケラチン合成細胞−ＳＦＭ（シグマアルドリッチ）中で維持された。
【０１２７】
図１に示すように、短期の持続時間（４８時間）に対してこの状況内で培養される場合、ＨＰＤＥ細胞は、細胞分極又は組織アーキテクチャーが欠如した組織されてないクラスタ又はコードに成長した。長期にわたった３Ｄ培養（６〜８日）の後、ＨＰＤＥ細胞が構造形成され、低級ＰＤＡＣに見られる外分泌膵管又はパイプ構造物に類似する分枝細管アーキテクチャーを形成する。共焦画像化分析では、これらの細管は分極された細胞の単層から成り、基底表面マーカー「α６−インテグリン」及び接着結合タンパク質β−カテニン及び無細胞内腔の偏光発現によって示されることを、明らかにした。
【０１２８】
この膵臓管状の分化プロセスに関係する遺伝子形質発現の変更を分析するため、包括的遺伝子形質発現プロフィリング実験は、初期の段階培養で形成されるＨＰＤＥ細胞クラスタ上及び後者の段階で形成される細管で遂行された。簡潔にいえば、全てのＲＮＡサンプルが、ＴＲＩＺＯＬ（インビトロゲン社）を用いて抽出され、次いで、ＲＮｅａｓｙミニキット及びＤＮＡ分解酵素治療（Ｑｉａｇｅｎ社）を用いて、精製された。実験は、三回実行された。遺伝子形質発現分析は、製造者の手順書（アフィメトリクス）にしたがって、アフィメトリクスヒトゲノムＵ１３３Ａ  ２．０プラスＧｅｎｅＣｈｉｐプラットホームで実行された。ＧｅｎｅＣｈｉｐ操作ソフトウェア（アフィメトリクス）を用いてハイブリダイゼーション強度データを処理し、アフィメトリクスＰ／Ａ／ｍフラグに基づいて、遺伝子のフィルタリングを行い、培養条件の少なくとも１つで反復試験試料の少なくとも３つに存在した遺伝子を保持した。フィルタリング基準（スチューデントｔ検定によるＰ＜０．０１、倍変更＞２．０Ｘ）を用いて、比較グループ内で特異的に発現された遺伝子を選択した。
【０１２９】
図２Ａに示すように、その転写量が、ＨＰＤＥ細胞の管状形態形成中に顕著に変化する６２０個の固有の遺伝子のリストが、遺伝子形質発現プロフィリング実験により特定された。対照的に、ＰＡＮＣ−１腫瘍細胞スフェロイドの生成中に特異的に発現されるのは、少数の遺伝子（１８個の遺伝子）だけであることが、見出された。
【０１３０】
図２Ｂに示すように、ＣＥＬ（胆汁酸塩刺激リパーゼ）、ＣＡ９（カルボニックアンヒドラーゼ９）、ＭＵＣ１（ムチン１）、ＡＧＲ２（前勾配相同体２）及びＭＵＣ２０（ムチン２０）を含む、膵臓の外分泌機能を指定するいくつかの遺伝子が、管状形態形成の間（白棒）に顕著に亢進された（最大２６．９倍）ものの、それらの発現は、腫瘍スフェロイドの生成中は、不変のままであった。イムノブロッティング分析では、これらの膵臓機能的マーカー（図２Ｃ）における管形成に特異的な発現の変化が確認された。これらの知見は、外分泌膵臓上皮の構造上及び機能上分化プロセスに特異的な分子のシグナルを捕捉する有効な方法として、本発明者らの組織モデルに強いサポートを与える。
実施例２
【０１３１】
この実施例では、膵臓管状分化に関連する分子プロファイルに基づく膵癌の２８−遺伝子予後のモデルの識別について説明する。
【０１３２】
組織のマイクロアーキテクチャの破損が、ＰＤＡＣを含む腺癌の特質特徴の１つであるため、（Ａｄｓａｙら、２００５年；Ｇｌｅａｓｏｎ、１９９２年；Ｒａｋｈａら、２００８年；Ｓｔａｍｅｙら、１９９９年）本発明者らは、膵臓上皮管形成に関連する遺伝子形質発現プロファイルが、予後の情報をＰＤＡＣ内に保有することができるか否かを検討した。本発明者らは、６２０個の管形成に関連する遺伝子をＵＣＳＦデータセットにマッピングし（Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎら、２０１１年）、コックスのモデルに基づく「リスクスコア」を構築して、患者全体の生残性を予測した。本発明者らは、前述の監視のアプローチを変形して用いた（Ｗａｎｇら、２００５年）。簡潔には、それぞれの遺伝子に対し、一変量のコックス回帰分析を用いて、遺伝子の発現量間の相関関係（ｌｏｇ２スケール）、及び、患者の生残性の長さを、を測定した。本発明者らは、コホート中の患者の１０００のブートストラップサンプルを構築し、各々サンプルにおいて、コックスの回帰分析を実行した。本発明者らは、次いで、１０００のブートストラップサンプルの、ｐ値の中央値及びコックス係数の中央値を、それぞれ計算することにより、それぞれの遺伝子に対して、推定ｐ値及び推定標準化コックス回帰係数を決定した。次いで、選択された遺伝子を、推定ｐ値によってランク順に並べ、最初の３つのトップランクの遺伝子から始まる下向きにランク付けしたリストのトップから、毎回遺伝子を１つ反復して加えることにより、遺伝子の複数のセットを発生させた。次いで本発明者らは、「リスクスコア」（式１）を計算し、遺伝子セットに対して、患者の死亡のリスクを測定した。
【０１３３】
【数１】
2016525883.tif 000004
（式１）
【０１３４】
ここで、ｋは、設定されるプローブの数であり、ｂｉは、ｉ番目のプローブに対して標準化されたコックス回帰係数であり、ｘｉは、第ｉのプローブに対するｌｏｇ２発現量である。
【０１３５】
それぞれの選択されたプローブセットに対して、コンコルダンスインデックス（Ｃ指数）を用いて、生存率分析の予測の正確さを評価した（Ｐｅｎｃｉｎａ及びＤ’Ａｇｏｓｔｉｎｏ、２００４）。統計学上のプログラム言語Ｒの『ｓｕｒｖｃｏｍｐ』パッケージ（ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）を用いて、Ｃ指数統計学分析を行った。最小数の遺伝子で最大予測正確さを達成する遺伝子セットを、最適化された予後の予測因子として、選択した。
【０１３６】
図３に示すように、このアプローチを通して、本発明者らは、Ｃ指数による判断による予後の予測の性能が安定状態に到達した２８個の遺伝子の組を選択した。
【０１３７】
表２は、２８個の選択された遺伝子の識別を示す。
【０１３８】
【表２】
2016525883.tif 000005
【０１３９】
図４は、リスクスコア（式１）に基づいて、この２８個の遺伝子シグネチャの発現プロファイルは、ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート、及びＮＷ／ＮＳＦコホート（ログランク検定Ｐ≦０．００１）を含む、ＰＤＡＣを有する患者の３つの独立コホート中でのカプラン−マイヤー分析により、死亡のリスクを非常に効果的に階層化し得ることを示している。例えば、ＵＣＳＦデータセットでは、高いリスクのグループの患者は、全体生残性の中間値が４．９ヵ月と、手術の予後が悪く、一方、低いリスクのグループの患者は、全体生残性の中間値が２１．６ヵ月と、良好であった。また、図４では、多変量のコックス比例的危険分析に従い、この２８遺伝子シグネチャは、ＰＤＡＣを有する患者のこれらのコホートで、最も強力な予後の生残性予測因子であり、そして、その予測は、年齢、腫瘍の病理学段階及び腫瘍段階又はリンパ節状態を含む臨床的及び病理的基準を、顕著に上回った。
【０１４０】
表３に示すように、多変量のコックス回帰分析は、この２８−遺伝子モデルが、３つの独立臨床的データセットでＰＤＡＣに強力且つ独立した予後の情報を提供することを、実証している。
【０１４１】
【表３】
2016525883.tif 000006
ＣＩ：信頼区間。
＊Ｐ＜０．０５
＊＊閾値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数で決定した。
【０１４２】
表４は、２８−遺伝子モデルが、臨床的及び病理的変数（Ｐ＝０．０００−０．０１１）を含む混合臨床的モデルの予測正確性を著しく強化し、かつ、３つの独立データセット中に６２遺伝子「ＰＤＡｓｓｉｇｎｅｒ」及び６遺伝子「転移シグネチャ」を含むＰＤＡＣの以前報告された予後遺伝子シグネチャのいくつかを上回った（Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎら、２０１１；Ｓｔｒａｔｆｏｒｄら、２０１０）ことを、示している。
【０１４３】
【表４】
2016525883.tif 000007
Ｃ指数：コンコルダンスインデックス；ＣＩ：信頼区間。
＊臨床病理学的基準は、年齢、腫瘍悪性度、Ｔ段階及びＮ段階状態を含む。
＊＊報告されたＰＤＡＣの分子亜型は、６２−遺伝子シグネチャ（「ＰＤＡｓｓｉｇｎｅｒ」）によって定義された；ＣｏｌｌｉｓｓｏｎＥＡ、らＮａｔ．Ｍｅｄ．２０１１；１７：５００−５０３。
＊＊＊６遺伝子転移シグネチャは、ＦＢＪマウス骨肉腫ウィルスの癌遺伝子相同体Ｂ（ＦＯＳＢ）、Ｋｒｕｐｐｅｌ類似因子６（ＫＬＦ６）、Ｂ細胞阻害剤のカッパ軽ポリペチド遺伝子エンハンサの細胞核の因子、ゼータ（ＮＦＫＢＩＺ）、ＡＴＰアーゼＨ＋／Ｋ＋交換、アルファポリペチド（ＡＴＰ４Ａ）、生殖細胞関連１（ＧＳＧ１）、及びシアル酸結合Ｉｇ類似レクチン１１（ＳＩＧＬＥＣ１１）を含む；ＳｔｒａｔｆｏｒｄＪＫ、ら，ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ．２０１０；７（７）：ｅ１０００３０７。
実施例３
【０１４４】
この実施例は、ヒトＰＤＡＣ中の、表２に列挙されるＡＳＰＭ及び選択マーカーの予後の値を記載する。
【０１４５】
図５は、表２に列挙されるうち、選択したトップ１２の遺伝子マーカーが、ＰＤＡＣ患者を個々に、手術の後の死亡のリスクに大きな差を示す２つのグループに階層化することができたことを示す（ログランク検定による：Ｐ＝０．００１−０．０４５）。
【０１４６】
表２中の２８遺伝子シグネチャの構成要素遺伝子の中で、遺伝子ＡＳＰＭは、膵臓管状分化中に最も突出した転写変化を示した。本発明者らは、ＡＳＰＭの発現を、ＰＤＡＣを有する患者の臨床的予後に相関させ、３つの独立患者コホート中、高いＡＳＰＭ転写量を発現する腫瘍患者は、予後が悪かったことを見出した（ログランク検定によるＰ＝０．００１−０．０３４；図６）。
実施例４
【０１４７】
この実施例では、膵癌進行におけるＡＳＰＭの役割を説明する。
【０１４８】
ＡＳＰＭが膵臓腫瘍形成で役割を果たすか否かを判断するため、
本発明者らは、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ発現分析（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｃｏｍ／ｒｅｓｏｕｃｅ／ｌｏｇｉｎ．ｈｔｍｌ）を行い、ＡＳＰＭの転写量は、正常膵管と比較して、ヒトＰＤＡＣ組織中で顕著に上昇したことを見出した（図７Ａ）（Ｇｒｕｔｚｍａｎｎら、２００４年）。本発明者らは、ＡｓＰＣ−１、ＢｘＰＣ−３、ＨＰＤＡ、ＭｉａＰａＣａ−２及びＰＡＮＣ−１細胞を含む膵臓上皮細胞系列のパネル中のＡＳＰＭの転写量を調査した。ＡＳＰＭ発現は、ＨＰＤＥ細胞（図７Ｂ）と比較して、大部分のＰＤＡＣ細胞で亢進された。
【０１４９】
ＰＤＡＣ細胞中のＡＳＰＭの生物学的機能をさらに調査するため、本発明者らは、レンチウィルス媒介ＲＮＡ障害（ＲＮＡｉ）を用いることにより、ＰＤＡＣ細胞中のその発現を安定的に下方制御した。製造者の手順にしたがって、レンチベクターｐＬＫＯ．１−ｐｕｒｏ（ＭＩＳＳＩＯＮ  ｓｈＲＮＡレンチウィルス；シグマアルドリッチ、米国ミズーリ州セントルイス）中の有効な短いヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）オリゴヌクレオチドを用いることにより、ＡＳＰＭノックダウンの維持を達成した。選択されたクローンは、ＡＳＰＭ（ＴＲＣＮ００００１１８９０５及びＴＲＣＮ００００２９１１２５）、並びに、対象外のコントロール（ＳＨＣ００２Ｖ）であった。図８Ａは、免疫ブロット分析により確認されたＡＳＰＭノックダウンの量を示す。
【０１５０】
図８Ｂに示すように、転移性ＡｓＰＣ−１細胞又は一次腫瘍から派生したＰＡＮＣ−１細胞中の内因性ＡＳＰＭ発現のノックダウンにより、細胞増殖をそれぞれ減らすことができた。
【０１５１】
ＰＤＡＣ細胞の移動能力に対するＡＳＰＭ非発現化の効果を調べるため、本発明者らは、改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイを行った。手短に言うと、細胞を、トランスウェルのより低い仕切にＰＳＣを接種したトランスウェルインサート（コーニング社、米国マサチューセッツ州テュークスバリー）上に接種した。２４時間の培養期間の後、フィルタに侵入した細胞は固定化され、ＤＡＰＩで染色された。移動した細胞を、蛍光顕微鏡を用いて計数した。図８Ｃに示すように、ＡＳＰＭ発現の非発現化は、膵臓星状細胞に応じて、ＡｓＰＣ−１及びＰＡＮＣ−１細胞の細胞移動を顕著に弱めた。
【０１５２】
ＰＤＡＣ細胞成長及び移動のＡＳＰＭの役割は、インヴィヴォでのＰＤＡＣ進行の原因となり得る可能性を高めた。この可能性に対処するため、本発明者らは、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞中に蛍ルシフェラーゼリポータを安定的に発現させ、これらを、ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスの膵尾部に、オルト局所的に移植した。実際、ＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡを発現した腫瘍は、コントロール腫瘍よりも非常にゆっくりと成長し、移植後、コントロール腫瘍の約１／３の大きさに到達するのに、４週間を要した（図９Ａ）。
【０１５３】
図９Ｂに示すように、コントロール腫瘍を抱えたマウスと比較して、ＡＳＰＭ欠損腫瘍の動物は、非常に長期にわたる生残性を示し、これらの動物は、コントロールの動物（ログランク検定Ｐ＜０．００１）より平均して３７％（１６．５日）長く生残した。
実施例５
【０１５４】
この実施例では、ＰＤＡＣ細胞中のＷｎｔシグナリング経路及びβ−カテニンタンパク質安定性におけるＡＳＰＭの役割を説明する。
【０１５５】
ＰＤＡＣ中でのＡＳＰＭの腫瘍形成の役割の基礎をなす分子機構での知見を得るため、本発明者らは、コントロールとＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞のトランスクリプトームとを比較した。本発明者らは、遺伝子セット濃縮分析（ＧＳＥＡ）を用いて、全遺伝子形質発現プロファイルを調査し、遺伝子セットの中でも、ＫＥＧＧＷｎｔシグナリング経路が、他と異なる遺伝子形質発現プロファイルが顕著に濃縮された（Ｐ＜０．００１）ことを見出した（図１０Ａ）。
【０１５６】
ＡＳＰＭがＷｎｔ経路活性を調整するか否かを判断するため、本発明者らは、ＡｓＰＣ−１細胞中に構築されるＷｎｔリポータを発現させた。製造者の手順書にしたがって、ＣｉｇｎａｌレンティＴＣＦ／ＬＥＦリポータ（Ｑｉａｇｅｎ）を、細胞を形質導入した。組み換え型ヒトＷｎｔ３ａ（１６時間、２５０ｎｇ／ｍｌ；Ｒ＆Ｄシステムズ社、米国ミネソタ州ミネアポリス）又はビヒクルによる細胞の刺激後、Ｏｎｅ−Ｇｌｏ（登録商標）ルシフェラーゼアッセイシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ社、米国ウィスコンシン州マディソン）を用いて、リポータ活性を測定した。
【０１５７】
図１０Ｂは、正規ＷｎｔリガンドＷｎｔ３ａによってＷｎｔシグナリングがＡｓＰＣ−１細胞中で活性化されたときは、ＡＳＰＭが無い細胞は、Ｗｎｔ媒介ルシフェラーゼリポータ活性化が劇的に弱められたことを示した。この結果により、ＡＳＰＭは、ＰＤＡＣ細胞中のＷｎｔシグナリング経路活性に対して、機能的に重要であることが確認された。
【０１５８】
β−カテニンは、Ｗｎｔシグナリング経路の必須の下流媒体であり、その活性形態はしばしばＰＤＡＣ組織に蓄積され、ＰＤＡＣ維持に貢献する（Ｐａｓｃａ  ｄｉ  Ｍａｇｌｉａｎｏら、２００７；Ｗａｎｇら、２００９）。ＡＳＰＭがβ−カテニンを調整することによりＷｎｔシグナリング経路活性を変調するか否かを判断するため、β−カテニン発現を、ウェスタンブロット解析により、コントロール又はＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入細胞にプローブした。図１１Ａは、ＡＳＰＭ発現の非発現化が、ＡｓＰＣ−１及びＰＡＮＣ−１細胞中でβ−カテニンの発現を減少させたことを示す。
【０１５９】
β−カテニンのダウンレギュレーションがＡＳＰＭ非発現化により誘導される細胞効果を媒介するか否かをさらに検討するため、本発明者らは、ＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞中で、β−カテニンの構成的活性Ｓ３３Ｙ変異体を安定的に発現した（Ｋｏｌｌｉｇｓら、１９９９年）。実際、ＡＳＰＭ欠損細胞中のβ−カテニンの機能的活性化は、それらの増殖ならびに移動性のポテンシャルを回復させた（図１１Ｂ）。
実施例６
【０１６０】
この実施例では、膵癌幹細胞中のＡＳＰＭの役割を説明する。
【０１６１】
以前の研究では、神経幹細胞を調整する際のＡＳＰＭの役割を示した（Ｂｕｃｈｍａｎら、２０１１年；Ｈｏｒｖａｔｈら、２００６年）。これと矛盾無く、本発明者らは、ヒト癌中で活性化されるコア幹細胞類似遺伝子モジュールは、非発現化ＡＳＰＭに関連する遺伝子プロファイル中、遺伝子セット濃縮分析（Ｐ＜０．００１）により、顕著に濃縮されたことを見出した（図１２Ａ）（Ｗｏｎｇら、２００８年）。この知見は、消化管悪性腫瘍のステム類似細胞のＷｎｔシグナリングについて報告された役割（ＰａｓｃａｄｉＭａｇｌｉａｎｏら、２００７年；Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎら、２０１０年）と共に、本発明者らに、ＡＳＰＭが膵癌幹細胞を調整するか否か検討することを促した。
【０１６２】
本発明者らは、コントロール又はＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入ＡｓＰＣ−１細胞中のＰＤＡＣに濃縮癌ステム類似細胞を含む（Ｌｉら、２００７年）、同時発現したＣＤ４４及びＣＤ２４細胞の比率を測定した。前述のとおり（Ｌｉら、２００７年）、細胞を分離し、抗体を標識化し、ＤＡＰＩを含むＨＢＳＳ／２％のＦＢで再懸濁した。用いた抗体には、ＰＥ抗ＣＤ４４及びアレクサ蛍光体６４７抗ＣＤ２４（ＢＤバイオサイエンス社）が含まれていた。流動細胞計測は、ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩフロー血球計算器（ＢＤバイオサイエンス社）を用いて行われた。
【０１６３】
図１２Ｂ及び図１２Ｃに示すように、ＡＳＰＭのノックダウンは、ＣＤ４４＋ＣＤ２４＋腫瘍細胞集団の実質的な低減（５７．１％）につながった。ＡＳＰＭの癌幹細胞化を保持する能力は、ＰＤＡＣ中のその腫瘍形成の役割の追加的な機構的説明を提供する。
【０１６４】
上記の知見の機能的関連性を調査するため、本発明者らは、前述のとおり、フロー選別ＣＤ４４＋ＣＤ２４＋ＡｓＰＣ−１細胞上に、腫瘍球体アッセイを行った（Ａｒｅｎｓｍａｎら、２０１３年）。細胞を、ＦＡＣＳ（ＢＤ  ＦＡＣＳＡｒｉａ（登録商標）ＩＩＩセルソーター；ＢＤバイオサイエンス社）により選別し、製造者（インビトロゲン社）の説明書に従って、腫瘍球体を、Ｎｅｕｒｏｂａｓａｌ媒体中の超低粘着性プレート（コーニング社、米国マサチューセッツ州ローウェル）上に保持した。超低結合プレート内に、等しい数の生体細胞を配置し、一次球体を作り出した。７日後に、乳腺球体の大きさを測定し、写真を撮影した。図１２Ｄ及び図１２Ｅは、ＡＳＰＭのノックダウンが、腫瘍球体の成長及びサイズを実質的に低減したことを示す。これらのデータは共に、ＡＳＰＭが膵癌幹細胞化の重要な調節因子であることを示唆する。
実施例７
【０１６５】
この実施例は、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１及びＫＩＦ１１の発現量に基づくＰＤＡＣの１２−遺伝子予後のモデルを説明する。
【０１６６】
本発明者らは、ＰＤＡＣの予後のシグネチャを濃縮することを調査し、本発明者らが、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１及びＫＩＦ１１（コックス回帰Ｐ値≦０．０１）を含む表２の１２のトップランクの遺伝子の発現量を用いることができるか否かを調査して、ＰＤＡＣの有効予後のモデルを確立した。本発明者らは、ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＦコホートを含む、ＰＤＡＣを有する患者の独立コホート中の、これらの遺伝子の転写量に基づくリスクスコア（式１）を計算した。最大Ｙｏｕｄｅｎのインデックスによる閾値を決定するリスクスコアによって、患者を、高リスク又は低いリスクのグループに階層化した。
【０１６７】
図１３に示すように、リスクスコアに基づき、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１、ＡＧＲ２、ＡＴＰ１１Ｃ、ＦＡＭ７２Ａ、ＰＬＡ２Ｇ１０、ＭＡＴＮ２、ＡＰＩＴＤ１及びＫＩＦ１１の転写量で、患者コホートの各々のカプラン−マイヤー分析によって、死亡のリスクを非常に効果的に階層化することができた（ログランク検定Ｐ＝０．００１−０．００６）。
【０１６８】
表５に示すように、多変量コックス回帰分析は、この１２−遺伝子モデルは、３つのＰＤＡＣデータセットの各々において、臨床的及び病理的基準のＰＤＡＣ非依存性に対する有力な予後の情報を提供することを実証する。
【０１６９】
【表５】
2016525883.tif 000008
ＣＩ：信頼区間。
＊、Ｐ＜０．０５；
＊＊閾値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数で決定した。
【０１７０】
表６は、Ｃ指数値により、１２−遺伝子モデルの予測正確さが、３つの独立データセット中で、ＰＤＡＣの混合臨床的モデル及びあらかじめ報告された幾つかの予後の遺伝子シグネチャを上回ったことを、示した。
【０１７１】
【表６】
2016525883.tif 000009
Ｃ指数：コンコルダンスインデックス；ＣＩ：信頼区間。
＊臨床病理学的基準は、年齢、腫瘍悪性度、Ｔ段階及びＮ段階状態を含む。
＊＊報告されたＰＤＡＣの分子亜型は、６２−遺伝子シグネチャ（「ＰＤＡｓｓｉｇｎｅｒ」）によって定義された；ＣｏｌｌｉｓｓｏｎＥＡ、らＮａｔ．Ｍｅｄ．２０１１；１７：５００−５０３。
＊＊＊６遺伝子転移シグネチャは、ＦＢＪマウス骨肉腫ウィルスの癌遺伝子相同体Ｂ（ＦＯＳＢ）、Ｋｒｕｐｐｅｌ類似因子６（ＫＬＦ６）、Ｂ細胞阻害剤のカッパ軽ポリペチド遺伝子エンハンサの細胞核の因子、ゼータ（ＮＦＫＢＩＺ）、ＡＴＰアーゼＨ＋／Ｋ＋交換、アルファポリペチド（ＡＴＰ４Ａ）、生殖細胞関連１（ＧＳＧ１）、及びシアル酸結合Ｉｇ類似レクチン１１（ＳＩＧＬＥＣ１１）を含む；ＳｔｒａｔｆｏｒｄＪＫ、ら、ＰＬｏＳＭｅｄ．２０１０；７（７）：ｅ１０００３０７。
実施例８
【０１７２】
この実施例では、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２の発現量に基づくＰＤＡＣの６遺伝子予後モデルを説明する。
【０１７３】
本発明者らは、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２（コックス回帰Ｐ値＜０．００５）を含む表２中の６つのトップランクの遺伝子の発現量を用いることができるか否かを調査し、ＰＤＡＣの有効予後のモデルを確立した。本発明者らは、ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＦコホートを含む、ＰＤＡＣを有する患者の独立コホート中の、これらの遺伝子の転写量に基づくリスクスコア（式１）を計算した。最大Ｙｏｕｄｅｎのインデックスによる閾値を決定するリスクスコアによって、患者を、高リスク又は低いリスクのグループに階層化した。
【０１７４】
図１４に示すように、リスクスコアに基づき、ＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及びＡＧＲ２の染色強度によって、患者コホートのそれぞれのカプラン−マイヤー分析（ログランク検定Ｐ＝０．００１−０．０２１による死亡のリスクを非常に効果的に階層化することができた。
【０１７５】
表７に示すように、多変量コックス回帰分析は、この６−遺伝子モデルは、３つのＰＤＡＣデータセットの各々において、臨床的及び病理的基準のＰＤＡＣ非依存性に対する有力な予後の情報を提供することを実証する。
【０１７６】
【表７】
2016525883.tif 000010
ＣＩ：信頼区間。
＊、Ｐ＜０．０５；
＊＊閾値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数で決定した。
【０１７７】
表８は、Ｃ指数値により、６−遺伝子モデルの予測正確さが、３つの独立データセット中で、ＰＤＡＣの混合臨床的モデル及びあらかじめ報告された幾つかの予後の遺伝子シグネチャを上回ったことを、示した。
【０１７８】
表８は、Ｃ指数値により、６−遺伝子モデルの予測正確さが、３つの独立データセット中で、ＰＤＡＣの混合臨床的モデル及びあらかじめ報告された幾つかの予後の遺伝子シグネチャを上回ったことを、示した。
【０１７９】
【表８】
2016525883.tif 000011
Ｃ指数：コンコルダンスインデックス；ＣＩ：信頼区間。
＊臨床病理学的基準は、年齢、腫瘍悪性度、Ｔ段階及びＮ段階状態を含む。
＊＊報告されたＰＤＡＣの分子亜型は、６２−遺伝子シグネチャ（「ＰＤＡｓｓｉｇｎｅｒ」）によって定義された；ＣｏｌｌｉｓｓｏｎＥＡ、らＮａｔ．Ｍｅｄ．２０１１；１７：５００−５０３。
＊＊＊６遺伝子転移シグネチャは、ＦＢＪマウス骨肉腫ウィルスの癌遺伝子相同体Ｂ（ＦＯＳＢ）、Ｋｒｕｐｐｅｌ類似因子６（ＫＬＦ６）、Ｂ細胞阻害剤のカッパ軽ポリペチド遺伝子エンハンサの細胞核の因子、ゼータ（ＮＦＫＢＩＺ）、ＡＴＰアーゼＨ＋／Ｋ＋交換、アルファポリペチド（ＡＴＰ４Ａ）、生殖細胞関連１（ＧＳＧ１）、及びシアル酸結合Ｉｇ類似レクチン１１（ＳＩＧＬＥＣ１１）を含む；ＳｔｒａｔｆｏｒｄＪＫ、ら，ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ．２０１０；７（７）：ｅ１０００３０７。
実施例９
【０１８０】
この実施例では、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３の発現量に基づくＰＤＡＣの３−遺伝子予後のモデルを説明する。
【０１８１】
本発明者らは、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３を含む表２中の３つのトップランクの遺伝子の発現量を用いることができるか否かを調査し、ＰＤＡＣの有効予後のモデルを確立した。本発明者らは、ＵＣＳＦコホート、ＪＨＭＩコホート及びＮＷ／ＮＳＦコホートを含む、ＰＤＡＣを有する患者の独立コホート中、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３の転写量に基づくリスクスコア（式１）を計算した。最大Ｙｏｕｄｅｎのインデックスによる閾値を決定するリスクスコアによって、患者を、高リスク又は低いリスクのグループに階層化した。
【０１８２】
図１５に示すように、リスクスコアに基づき、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ９Ａ及びＡＣＯＸ３の転写量により、患者コホート（ログランク検定Ｐ＝０．００４−０．０４１）のそれぞれで、カプラン−マイヤー分析による死亡のリスクを効果的に階層化することができた。
【０１８３】
表９に示すように、多変量コックス回帰分析は、この３−遺伝子モデルが、３つのデータセットの各々において、臨床的及び病理的基準のＰＤＡＣ非依存性に対する有力な予後の情報を提供することを実証する。
【０１８４】
【表９】
2016525883.tif 000012
ＣＩ：信頼区間。
＊、Ｐ＜０．０５；
＊＊閾値を、最大Ｙｏｕｄｅｎ指数で決定した。
【０１８５】
表１０は、３つのＰＤＡＣデータセットのそれぞれにおいて、Ｃ指数値に従った３−遺伝子モデルの予測正確さが、年齢、腫瘍段階及び臨床的段階を含む混合臨床的モデルを上回ったことを示している。
【０１８６】
【表１０】
2016525883.tif 000013
Ｃ指数：コンコルダンスインデックス；ＣＩ：信頼区間。
＊臨床病理学的基準は、年齢、腫瘍悪性度、Ｔ段階及びＮ段階状態を含む。
実施例１０
【０１８７】
この実施例は、実施例２に示された２８−遺伝子予後のモデルに基づく、膵癌患者のための予測再発率及び予想再発遊離生残性の計算を説明する。
【０１８８】
実施例３に記載されるように、選択された遺伝子セットに基づく
【０１８９】
【数２】
2016525883.tif 000014
（式１）
を計算することにより、所定の膵癌患者の手術後の再現のリスクを測定することができる。リスクスコアがわかっている患者に対して、前記患者の時間ｔの再発の危険率を、コックス回帰による推定することができ、危険率は
【０１９０】
【数３】
2016525883.tif 000015
として表現でき、ｘはリスクスコアの値、ｂは回帰係数、ｈ０（ｔ）はベースライン危険率関数である。時間ｔで予測される生残性率は、以下にしたがって推定することができる：
【０１９１】
【数４】
2016525883.tif 000016
（式２）
【０１９２】
ここで
【０１９３】
【数５】
2016525883.tif 000017
は、ベースライン生残性関数である。この計算は、市販ソフト（例えばＳＰＳＳソフトウェア）
【０１９４】
【数６】
2016525883.tif 000018
（設定Ｓｔ＝０．５とした式２）によって実行可能である。
【０１９５】
例えば、以下の通り前記被験体の２８の遺伝子マーカーの転写物存在率量に基づき、ＵＣＳＦコホートの所定の患者のリスクスコアを、計算することができる。
【０１９６】
【数７】
2016525883.tif 000019
（式３）
【０１９７】
推定コックス回帰は、
【０１９８】
【数８】
2016525883.tif 000020
生残性機能は、以下で表すことができる。
【０１９９】
【数９】
2016525883.tif 000021
（式４）
【０２００】
2016525883.tif 000022
推定値を、表１１に示す。
【０２０１】
【表１１】
2016525883.tif 000023
【０２０２】
表１２は、ＵＣＳＦコホートから選択した４名のＰＤＡＣ患者で観測及び予測した生残性を示す。
【０２０３】
【表１２】
2016525883.tif 000024
転写物存在量は、ヒトＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｕ１３３Ｐｌｕｓ２．０（登録商標）アレイ（アフィメトリクス社）により測定され、プローブハイブリダイゼーション強度として発現された。データ及び関連した臨床的情報は、遺伝子形質発現オムニバス（ＧＳＥ１７８９１）からダウンロードされた（Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎら、２０１１年）。
実施例１１
【０２０４】
この実施例は、実施例８で示された６−遺伝子予後のモデルに基づく膵癌患者に対しての、予測再発率及び予想再発遊離生残性の計算を説明する。
【０２０５】
実施例１０を同じ原理を用い、実施例８に示す６−遺伝子モデルを使用して、ＵＣＳＦコホートで患者中の再発率及び予想される再発遊離生残性を予測することができる。
【０２０６】
【数１０】
2016525883.tif 000025
（式１）
にしたがって、Ｈスコアによって表されたＡＴＰ９Ａ、ＡＳＰＭ、ＡＣＯＸ３、ＣＤＣ４５Ｌ、ＳＬＣ４０Ａ１及び前記患者の腫瘍のＡＧＲ２の染色強度に基づき、以下の式を用いて、ＵＣＳＦコホートの所定の患者のリスクスコアを計算することができる。
【０２０７】
【数１１】
2016525883.tif 000026
（式５）
【０２０８】
推定コックス回帰は、
【０２０９】
【数１２】
2016525883.tif 000027
生残性機能を、以下で表すことができる。
【０２１０】
【数１３】
2016525883.tif 000028
（式６）
【０２１１】
表１３は、推定Ｓ0（ｔ）の値を示す。
【０２１２】
【表１３】
2016525883.tif 000029
【０２１３】
表１４は、ＵＣＳＦコホートから選択された４人のＰＤＡＣ患者の観測生残性及び予測生残性を示す。
【０２１４】
【表１４】
2016525883.tif 000030
＊転写物存在量は、ヒトＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｕ１３３Ｐｌｕｓ２．０（登録商標）アレイ（アフィメトリクス社）により測定され、プローブハイブリダイゼーション強度として発現された。データ及び関連した臨床的情報は、遺伝子形質発現オムニバス（ＧＳＥ１７８９１）からダウンロードされた（Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎら、２０１１）。
実施例１２
【０２１５】
この実施例では、ヒト乳癌中のＡＳＰＭの発現及び予後の値を説明する。
【０２１６】
図１６で示すように、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）から公表された腫瘍トランスクリプトームデータセットを調べることにより、本発明者らは、乳癌を有する患者のいくつかの大型のコホートの正常胸部組織と比較し、ヒト乳癌の病理学亜型が異なるＡＳＰＭの転写量は顕著に上昇することを発見した。亢進されたＡＳＰＭ発現が乳癌を有する患者の臨床的予後に相関するか否かを調査するため、本発明者らは、乳癌患者のいくつかの大型のコホート（ｎ＝２４１６全体で）に由来する公表された乳癌トランスクリプトームデータセットから、ＡＳＰＭ発現を調査した（Ｃｕｒｔｉｓら、２０１２年；Ｐａｗｉｔａｎら、２００５年；Ｗａｎｇら、２００５年）。本発明者らは、これらの患者でＡＳＰＭ発現量を、臨床的予後（全体の生残性又は無再発性生残性）に相関連させた。
【０２１７】
図１７に示すように、カーティスコホート（カーティスほか、２０１２）の患者を、ＡＳＰＭ発現で四分位値によってグループ化されたとき、ＡＳＰＭの発現量が高い腫瘍患者は、腫瘍のＡＳＰＭ発現が中程度又は低い患者よりも、顕著に短い全体生残性を示した（ログランク検定Ｐ＜０．０００１）。
【０２１８】
同様に、Ｐａｗｉｔａｎコホート（Ｐａｗｉｔａｎほか、２００５）の患者がＡＳＰＭ発現四分位値によってグループ化されたとき、ＡＳＰＭの発現量が高いそれらの腫瘍患者は、腫瘍のＡＳＰＭ発現が中程度又は低い患者よりも、顕著に短い全体生残性又は無再発性生残性を示した（ログランク検定Ｐ＜０．００１）。ＡＳＰＭ発現と生残性との間の同じ逆相関が、ログランクＰ値０．００１未満で乳癌を有する患者の他のコホートで観測された（Ｗａｎｇら、２００５年）。
【０２１９】
表１５に示すように、病理学的腫瘍類別及び乳癌の分子亜型と比較して、ＡＳＰＭの転写量は、術後疾病再発に対する危険率が４．４２８に達している（Ｐ  ＝０．００２）といった最も有力な及び独立予後の情報を提供することを、多変量のコックス回帰分析は実証している。
【０２２０】
【表１５】
2016525883.tif 000031
分析は、ストックホルムコホート（Ｐａｗｉｔａｎほか、２００５）中の１５９人の乳癌患者を含めた。
Ｃ．Ｉ．信頼区間。
＊最大Ｙｏｕｄｅｎ指数を用いて、ＡＳＰＭに対するカットオフ値を選択した。
【０２２１】
表１６に示すように、ＡＳＰＭの転写量は、病理学的基準の乳癌非依存的及び乳癌の分子亜型に対して最も有力な予後の情報を提供することを、多変量のコックス回帰分析が実証する（危険率＝３．６６９；Ｐ＝０．０１１）。
【０２２２】
【表１６】
2016525883.tif 000032
分析は、ストックホルムコホート（Ｐａｗｉｔａｎほか、２００５）中の１５９人の乳癌患者を含めた。
Ｃ．Ｉ．信頼区間。
＊最大Ｙｏｕｄｅｎ指数を用いて、ＡＳＰＭに対するカットオフ値を選択した。
実施例１３
【０２２３】
この実施例では、乳癌増殖、移動、Ｗｎｔ活性のＡＳＰＭ及び幹細胞化及びＡＳＰＭ阻害の治療効果の役割を説明する。
【０２２４】
ＡＳＰＭが、実施例１２に示す乳癌の有力かつ強力な、予後悪化因子であることが与えられた上で、本発明者らは、ＡＳＰＭが、乳癌細胞及びそれらのＷｎｔ活性の悪性挙動の役割を果たすか否かを、判断する。この目的を達成するために、本発明者らは、実施例４に記載のレンチウィルス媒介ＲＮＡｉを用いることにより、乳癌細胞でＡＳＰＭの発現を安定的に下方制御した。図１８Ａは、免疫ブロット分析により確認された、ＡＳＰＭノックダウンの量を示す。図１８Ｂは、ＰＤＡＣ細胞における知見と同様に、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６転移性乳癌又は一次腫瘍から派生したＨＣＣ−１９５４細胞の内因性ＡＳＰＭ発現のノックダウンは、細胞増殖をそれぞれ減らすことができたことを示す。
【０２２５】
乳癌細胞の移動性の能力に対するＡＳＰＭ非発現化の効果を調べるため、本発明者らは、実施例４に記載したように、改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイを行った。図１８Ｃに示すように、ＡＳＰＭ発現の非発現化は、乳癌関連の繊維芽細胞に応じたＭＤＡ−ＭＢ−４３６及びＨＣＣ−１９５４細胞の細胞移動を、顕著に弱めた。
【０２２６】
ＡＳＰＭが乳癌細胞中のＷｎｔ経路活性を調整するか否かをさらに判断するため、本発明者らは、実施例４に記載のＭＤＡ−ＭＢ−４３６及びＨＣＣ−１９５４細胞の両方のＷｎｔリポータ構成を発現させた。図１８Ｄでは、ＷｎｔシグナリングがＷｎｔ３ａによるＭＤＡ−ＭＢ−４３６又はＨＣＣ−１９５４細胞で活性化された場合、ＡＳＰＭ発現しない細胞では、Ｗｎｔ媒介ルシフェラーゼリポータ活性化が劇的に弱められたことが示されている。この結果により、ＡＳＰＭは、乳癌細胞でＷｎｔシグナリング経路活性にとっても、機能的に重要であることが確認された。
【０２２７】
ＡＳＰＭが乳癌細胞の増殖、移動及びＷｎｔ活性も支持するという知見により、乳癌のステム類似細胞の調節において、重要な役割を担っているとの本発明者らの推測が促進された。この目的を達成するために、本発明者らは、乳癌中に濃縮癌ステム類似細胞を含む（Ａｌ−Ｈａｊｊら、２００３）ＣＤ４４＋ＣＤ２４−／ｌｏｗフェノタイプを有する細胞の、コントロール又はＡＳＰＭ  ｓｈＲＮＡ形質導入乳癌ＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞における比率を測定した。前述のとおり（Ｌｉら、２００７年）、細胞を分離し、抗体を標識化し、ＤＡＰＩを含むＨＢＳＳ／２％のＦＢで再懸濁した。用いた抗体には、ＰＥ抗ＣＤ４４及びアレクサ蛍光体６４７抗ＣＤ２４（ＢＤバイオサイエンス社）が含まれていた。流動細胞計測は、ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩフロー血球計算器（ＢＤバイオサイエンス社）を用いて行われた。図１９Ａ及び図１９Ｂに示すように、ＡＳＰＭのノックダウンは、ＣＤ４４＋ＣＤ２４−／ｌｏｗ腫瘍細胞集団の実質的な低減（平均４８．５％）につながった。
【０２２８】
上記の知見の機能的関連性を調査するため、本発明者らは、フロー選別ＣＤ４４＋ＣＤ２４−／ｌｏｗＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞上で、腫瘍球体アッセイを行った。前述の通り、ＦＡＣＳ（ＢＤＦＡＣＳＡｒｉａ（登録商標）ＩＩＩセルソーター；ＢＤバイオサイエンス社）により、ＣＤ４４ｈｉＣＤ２４ｌｏｗ及びＣＤ４４ｈｉＣＤ２４ｈｉ細胞を選別した（Ｇｉｎｅｓｔｉｅｒら、２００７年）。簡潔には、製造者の説明書に従い、腫瘍球体を、ＭａｍｍｏＣｕｌｔ媒体中、超低粘着性のプレート（コーニング社、米国マサチューセッツ州ローウェル）上に保持した（ＳｔｅｍＣｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）。超低結合プレート内に、等しい数の生体細胞を配置し、一次球体を作り出した。７日後に、乳腺球体の大きさを測定し、写真を撮影した。図１９Ｃ及び図１９Ｄは、ＡＳＰＭのノックダウンが、腫瘍球体の成長及びサイズを実質的に低減したことを明らかに示す。これらのデータは共に、ＡＳＰＭが乳癌幹細胞化の重要な調節因子であることを示唆する。
【０２２９】
乳癌成長、移動及び幹細胞化のＡＳＰＭの役割が、インヴィヴォに乳癌進行に貢献し得る可能性を高めた。この可能性に対処するため、本発明者らは、コントロール又はＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入乳癌ＭＤＡ−ＭＢ−４３６細胞中に蛍ルシフェラーゼリポータを安定的に発現させ、これらを、ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスの乳房の皮下脂肪に、オルト局所的に移植した。図２０に示すように、ＡＳＰＭの非発現化が、インヴィヴォに腫瘍成長を引き起こす乳癌細胞の能力を完全に無力にした、一方、コントロールｓｈＲＮＡ腫瘍を有する動物は、移植の後４週間にわたって大きな成長を示した。
実施例１４
【０２３０】
この実施例では、前立腺癌の増殖及び移動のＡＳＰＭの役割及びＡＳＰＭ阻害の治療効果を説明する。
【０２３１】
ＡＳＰＭがＰＤＡＣ及び乳癌の細胞増殖、移動、幹細胞化及び腫瘍進行の重要な調節因子であることが与えられた上で、本発明者らは、ＡＳＰＭが、分泌腺派生癌の他のタイプである前立腺癌細胞の悪性の挙動に対しても役割を果たすか否かを判断する。一連の正常又は悪性前立腺の組織中のＡＳＰＭの転写量を測定することにより、本発明者らは、ＡＳＰＭが、正常組織の図２１Ａと比較して、前立腺癌で顕著に亢進されることを見出した。さらに、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）から公表された腫瘍トランスクリプトームデータセットを調査することにより、本発明者らは、一次腫瘍と比較して、転移性前立腺癌でＡＳＰＭの転写量が顕著に上昇したことを発見した。これらの臨床的相関分析は、ＡＳＰＭが前立腺癌の開始及び進行に重要な役割を果たすという可能性をサポートする。
【０２３２】
前立腺癌中のＡＳＰＭの機能的重要性に対処するため、本発明者らは、実施例４に記載のレンチウィルス媒介ＲＮＡｉを用いることにより、前立腺癌ＰＣ−３細胞中でのＡＳＰＭの発現を安定的に下方制御した。図２２Ａは、免疫ブロット分析により確認された、ＡＳＰＭノックダウンの量を示す。図２２Ｂは、ＰＤＡＣ細胞の知見と同様に、ＰＣ−３細胞の内因性ＡＳＰＭ発現のノックダウンが、細胞増殖をそれぞれ減らすことができたことを示している。
【０２３３】
前立腺癌細胞の移動性の能力に対するＡＳＰＭ非発現化の効果を調べるため、本発明者らは、実施例４に記載の改質Ｂｏｙｄｅｎチャンバアッセイを行った。図２２Ｃに示すように、ＡＳＰＭ発現の非発現化は、前立腺の間質ＷＰＭＹ−１細胞（米国菌培養収集所）に応じて、ＰＣ−３細胞の細胞移動を顕著に弱めた。
【０２３４】
ＡＳＰＭがＷｎｔ経路活性を調整するか否かを判断するため、本発明者らは、前立腺癌ＰＣ−３細胞中にＷｎｔリポータ構成を発現させた。製造者の手順書にしたがって、ＣｉｇｎａｌレンティＴＣＦ／ＬＥＦリポータ（Ｑｉａｇｅｎ）を、細胞を形質導入した。組み換え型ヒトＷｎｔ３ａ（１６時間、２５０ｎｇ／ｍｌ；Ｒ＆Ｄシステムズ社、米国ミネソタ州ミネアポリス）又はビヒクルによる細胞の刺激後、Ｏｎｅ−Ｇｌｏ（登録商標）ルシフェラーゼアッセイシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ社、米国ウィスコンシン州マディソン）を用いて、リポータ活性を測定した。図２２Ｄに示すように、正規ＷｎｔリガンドＷｎｔ３ａにより、ＰＣ−３細胞中でＷｎｔシグナリングが活性化されたとき、ＡＳＰＭ発現しない細胞では、Ｗｎｔ媒介ルシフェラーゼリポータ活性化が劇的に弱められたことが示されている。この結果により、ＡＳＰＭが前立腺癌細胞でＷｎｔシグナリング経路活性にとって機能的に重要であることが確認された。
【０２３５】
ＡＳＰＭも前立腺癌中のステム類似細胞の調節において、重要な役割を果たすか否かについてさらに判断するため、本発明者らは、コントロールｓｈＲＮＡ又はＡＳＰＭｓｈＲＮＡ形質導入前立腺癌ＰＣ−３細胞における、濃縮癌ステム類似細胞を乳癌中に含む（Ｄｕｂｒｏｖｓｋａら、２００９年）ＣＤ１３３＋ＣＤ４４＋フェノタイプの細胞の比率を測定した。前述のとおり（Ｌｉら、２００７年）、細胞を分離し、抗体を標識化し、ＤＡＰＩを含むＨＢＳＳ／２％のＦＢＳで再懸濁した。用いた抗体には、ＡＰＣ−抗−ＣＤ１３３及びＰＥ−抗−ＣＤ４４（ＢＤバイオサイエンス社）が含まれていた。流動細胞計測は、ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩフロー血球計算器（ＢＤバイオサイエンス社）を用いて行われた。図２３に示すように、ＡＳＰＭのノックダウンは、ＣＤ１３３＋ＣＤ４４＋腫瘍細胞集団を実質的な低減させ（平均の５１．７％）、これは、ＡＳＰＭが前立腺癌幹細胞化に実際に貢献したことを示した。
【０２３６】
＜引用文献＞
Ａｄｓａｙ、Ｎ．Ｖ．、Ｂａｓｔｕｒｋ、Ｏ．、Ｂｏｎｎｅｔｔ、Ｍ．、Ｋｉｌｉｎｃ、Ｎ．、Ａｎｄｅａ、Ａ．Ａ．、Ｆｅｎｇ、Ｊ．、Ｃｈｅ、Ｍ．、Ａｕｌｉｃｉｎｏ、Ｍ．Ｒ．、Ｌｅｖｉ、Ｅ．、及びＣｈｅｎｇ、Ｊ．Ｄ．（２００５）  Ａ  ｐｒｏｐｏｓａｌ  ｆｏｒ  ａ  ｎｅｗ  ａｎｄ  ｍｏｒｅ  ｐｒａｃｔｉｃａｌ  ｇｒａｄｉｎｇ  ｓｃｈｅｍｅ  ｆｏｒ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｄｕｃｔａｌ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ  （膵臓管腺癌のための新しい及びより実際的な類別スキームの提案）Ａｍ  Ｊ  Ｓｕｒｇ  Ｐａｔｈｏｌ  ２９、７２４−７３３
【０２３７】
Ａｌ−Ｈａｊｊ、Ｍ．、Ｗｉｃｈａ、Ｍ．Ｓ．、Ｂｅｎｉｔｏ−Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ、Ａ．、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ、Ｓ．Ｊ．、及びＣｌａｒｋｅ、Ｍ．Ｆ．（２００３）  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｕｍｏｒｉｇｅｎｉｃｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ（腫瘍形成性の乳癌細胞の将来の識別）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １００、３９８３−３９８８
【０２３８】
Ａｒｅｎｓｍａｎ、Ｍ．Ｄ．、Ｋｏｖｏｃｈｉｃｈ、Ａ．Ｎ．、Ｋｕｌｉｋａｕｓｋａｓ、Ｒ．Ｍ．、Ｌａｙ、Ａ．Ｒ．、Ｙａｎｇ、Ｐ．Ｔ．、Ｌｉ、Ｘ．、Ｄｏｎａｈｕｅ、Ｔ．、Ｍａｊｏｒ、Ｍ．Ｂ．、Ｍｏｏｎ、Ｒ．Ｔ．、Ｃｈｉｅｎ、Ａ．Ｊ．、ら（２０１３）
ＷＮＴ７Ｂ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ａｕｔｏｃｒｉｎｅ  Ｗｎｔ／ｂｅｔａ−ｃａｔｅｎｉｎ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ａｎｄ  ａｎｃｈｏｒａｇｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｇｒｏｗｔｈ  ｉｎ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＷＮＴ７Ｂは、膵臓腺癌中で、オートクリンＷｎｔ／ベータカテニンシグナリング及び固着独立成長を媒介する）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ
【０２３９】
Ｂｅｌｌｏ、Ｄ．、Ｗｅｂｂｅｒ、Ｍ．Ｍ．、Ｋｌｅｉｎｍａｎ、Ｈ．Ｋ．、Ｗａｒｔｉｎｇｅｒ、Ｄ．Ｄ．、及びＲｈｉｍ、Ｊ．Ｓ．（１９９７）  Ａｎｄｒｏｇｅｎ  ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ  ａｄｕｌｔ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｏｓｔａｔｉｃ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅｓ  ｉｍｍｏｒｔａｌｉｚｅｄ  ｂｙ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  １８（ヒト乳頭しゅウィルス１８により不死化されるアンドロゲン感応性ヒト成体前立腺上皮細胞系列）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １８、１２１５−１２２３
【０２４０】
Ｂｉｋｅｙｅ、Ｓ．Ｎ．、Ｃｏｌｉｎ、Ｃ．、Ｍａｒｉｅ、Ｙ．、Ｖａｍｐｏｕｉｌｌｅ、Ｒ．、Ｒａｖａｓｓａｒｄ、Ｐ．、Ｒｏｕｓｓｅａｕ、Ａ．、Ｂｏｉｓｓｅｌｉｅｒ、Ｂ、Ｉｄｂａｉｈ、Ａ．、Ｃａｌｖｏ、Ｃ．Ｆ．、Ｌｅｕｒａｕｄ、Ｐ．、ら（２０１０）  ＡＳＰＭ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｉｎｖｏｌｖｅｄ  ｉｎ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｇｌｉｏｍａｓ  ａｎｄ  ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ａｎ  ａｔｔｒａｃｔｉｖｅ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｔａｒｇｅｔ（ＡＳＰＭ関連の幹細胞増殖は、神経膠腫の悪性進行に関与し、興味深い治療ターゲットを構成する）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  Ｉｎｔ  １０
【０２４１】
Ｂｏｎｄ、Ｊ．、Ｓｃｏｔｔ、Ｓ．、Ｈａｍｐｓｈｉｒｅ、Ｄ．Ｊ．、Ｓｐｒｉｎｇｅｌｌ、Ｋ．、Ｃｏｒｒｙ、Ｐ．、Ａｂｒａｍｏｗｉｃｚ、Ｍ．Ｊ．、Ｍｏｃｈｉｄａ、Ｇ．Ｈ．、Ｈｅｎｎｅｋａｍ、Ｒ．Ｃ．、Ｍａｈｅｒ、Ｅ．Ｒ．、Ｆｒｙｎｓ、Ｊ．Ｐ、ら（２００３）  Ｐｒｏｔｅｉｎ−ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ＡＳＰＭ  ｃａｕｓｅ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｂｒａｉｎ  ｓｉｚｅ（ＡＳＰＭ中でのタンパク質切断突然変異は、脳の大きさを可変的に低減させる）Ａｍ  Ｊ．Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ７３、１１７０−１１７７
【０２４２】
Ｂｒｕｎｉｎｇ−Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ａ．、Ｂｏｎｄ、Ｊ．、Ａｌｓｉａｒｙ、Ｒ．、Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｊ．、Ｃａｉｒｎｓ、Ｄ．Ａ．、ＭｃＣｏｒｍａｃｋ、Ｌ．、Ｈｕｔｓｏｎ、Ｒ．、Ｂｕｒｎｓ、Ｐ．、Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ、Ｎ．、Ｈａｌｌ、Ｇ．Ｄ．、ら（２０１１）  ＡＳＰＭ  ａｎｄ  ｍｉｃｒｏｃｅｐｈａｌｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  ｔｕｍｏｕｒ  ｇｒａｄｅ  ａｎｄ  ｓｕｒｖｉｖａｌ（上皮卵巣癌中におけるＡＳＰＭ及びマイクロケファリンの発現は、腫瘍悪性度及び生残性に相関する）Ｂｒｉｔｉｓｈ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  １０４、１６０２−１６１０
【０２４３】
Ｂｕｃｈｍａｎ、Ｊ．Ｊ．、Ｄｕｒａｋ、Ｏ．、ａｎｄ  Ｔｓａｉ、Ｌ．Ｈ．（２０１１）  ＡＳＰＭ  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  Ｗｎｔ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ  ｂｒａｉｎ（ＡＳＰＭは、発育中の脳内でＷｎｔシグナリング経路活性を調整する）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  ２５、１９０９−１９１４
【０２４４】
Ｃｈａｎｄｒａｎ、Ｕ．Ｒ．、Ｍａ、Ｃ．、Ｄｈｉｒ、Ｒ．、Ｂｉｓｃｅｇｌｉａ、Ｍ．、Ｌｙｏｎｓ−Ｗｅｉｌｅｒ、Ｍ．、Ｌｉａｎｇ、Ｗ．、Ｍｉｃｈａｌｏｐｏｕｌｏｓ、Ｇ．、Ｂｅｃｉｃｈ、Ｍ．及びＭｏｎｚｏｎ、Ｆ．Ａ．（２００７）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｒｅｖｅａｌ  ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｐｒｏｃｅｓｓ（前立腺癌の遺伝子形質発現プロファイルは、転移プロセス中の複数の分子経路の関係を明らかにする）ＢＭＣ  ｃａｎｃｅｒ  ７、６４
【０２４５】
Ｃｈａｎｇ、Ｈ．Ｙ．、Ｓｎｅｄｄｏｎ、Ｊ．Ｂ．、Ａｌｉｚａｄｅｈ、Ａ．Ａ．、Ｓｏｏｄ、Ｒ．、Ｗｅｓｔ、Ｒ．Ｂ．、Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ、Ｋ．、Ｃｈｉ、Ｊ．Ｔ．、ｖａｎ  ｄｅ  Ｒｉｊｎ、Ｍ．、Ｂｏｔｓｔｅｉｎ、Ｄ．、及びＢｒｏｗｎ、Ｐ．Ｏ．（２００４）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ  ｓｅｒｕｍ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｈｕｍａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ：ｓｉｍｉｌａｒｉｔｉｅｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｔｕｍｏｒｓ  ａｎｄ  ｗｏｕｎｄｓ（繊維芽細胞血清応答の遺伝子形質発現シグネチャは、ヒト癌進行を予測する：腫瘍と傷との類似点）ＰＬｏＳ  Ｂｉｏｌ  ２、Ｅ７
【０２４６】
Ｃｏｌｌｉｓｓｏｎ、Ｅ．Ａ．、Ｓａｄａｎａｎｄａｍ、Ａ．、Ｏｌｓｏｎ、Ｐ．、Ｇｉｂｂ、Ｗ．Ｊ．、Ｔｒｕｉｔｔ、Ｍ．、Ｇｕ、Ｓ．、Ｃｏｏｃ、Ｊ．、Ｗｅｉｎｋｌｅ、Ｊ．、Ｋｉｍ、Ｇ．Ｅ．、Ｊａｋｋｕｌａ、Ｌ．、ら（２０１１）  Ｓｕｂｔｙｐｅｓ  ｏｆ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｄｕｃｔａｌ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｄｉｆｆｅｒｉｎｇ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｔｈｅｒａｐｙ（膵臓管腺癌の亜型及び治療に対するそれらの異なる応答）Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １７、５００−５０３
【０２４７】
Ｃｕｒｔｉｓ、Ｃ．、Ｓｈａｈ、Ｓ．Ｐ．、Ｃｈｉｎ、Ｓ．Ｆ．、Ｔｕｒａｓｈｖｉｌｉ、Ｇ．、Ｒｕｅｄａ、Ｏ．Ｍ．、Ｄｕｎｎｉｎｇ、Ｍ．Ｊ．、Ｓｐｅｅｄ、Ｄ．、Ｌｙｎｃｈ、Ａ．Ｇ．、Ｓａｍａｒａｊｉｗａ、Ｓ．，Ｙｕａｎ、Ｙ．、ら（２０１２）  Ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ａｎｄ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ２０００  ｂｒｅａｓｔ  ｔｕｍｏｕｒｓ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｎｏｖｅｌ  ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ（２、０００の胸腫瘍のゲノム及び転写学のアーキテクチャーは、新規サブグループを明らかにする）Ｎａｔｕｒｅ  ４８６、３４６−３５２
【０２４８】
Ｄｅｂｎａｔｈ、Ｊ．、及びＢｒｕｇｇｅ、Ｊ．Ｓ．（２００５）  Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ  ｇｌａｎｄｕｌａｒ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｎｃｅｒｓ  ｉｎ  ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｃｕｌｔｕｒｅｓ（三次元培養中での腺上皮癌のモデル化）Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ  ５、６７５−６８８
【０２４９】
Ｆｏｕｒｎｉｅｒ、Ｍ．Ｖ．、Ｍａｒｔｉｎ、Ｋ．Ｊ．、Ｋｅｎｎｙ、Ｐ．Ａ．、Ｘｈａｊａ、Ｋ．、Ｂｏｓｃｈ、Ｉ．、Ｙａｓｗｅｎ、Ｐ．、及びＢｉｓｓｅｌｌ、Ｍ．Ｊ．（２００６）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｉｎ  ｏｒｇａｎｉｚｅｄ  ａｎｄ  ｇｒｏｗｔｈ−ａｒｒｅｓｔｅｄ  ｍａｍｍａｒｙ  ａｃｉｎｉ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｇｏｏｄ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（組織化されかつ成長を停止した乳房粒状果中での遺伝子形質発現シグネチャは、乳癌中で良好な予後を予測する）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６６、７０９５−７１０２
【０２５０】
Ｇｉｎｅｓｔｉｅｒ、Ｃ．、Ｈｕｒ、Ｍ．Ｈ．、Ｃｈａｒａｆｅ−Ｊａｕｆｆｒｅｔ、Ｅ．、Ｍｏｎｖｉｌｌｅ、Ｆ．、Ｄｕｔｃｈｅｒ、Ｊ．、Ｂｒｏｗｎ、Ｍ．、Ｊａｃｑｕｅｍｉｅｒ、Ｊ．、Ｖｉｅｎｓ、Ｐ．、Ｋｌｅｅｒ、Ｃ．Ｇ．、Ｌｉｕ、Ｓ．、ら（２００７）  ＡＬＤＨ１  ｉｓ  ａ  ｍａｒｋｅｒ  ｏｆ  ｎｏｒｍａｌ  ａｎｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｔｈｕｍａｎｍａ  ｍｍａｒｙ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ａ  ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ  ｏｆｐｏｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ（ＡＬＤＨ１は、正常及び悪性ヒト乳房の幹細胞のマーカーであり、かつ、臨床的予後不良の予測因子である）Ｃｅｌｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  １、５５５−５６７
【０２５１】
Ｇｌｅａｓｏｎ、Ｄ．Ｆ．（１９９２）  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ  ｇｒａｄｉｎｇ  ｏｆｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：ａ  ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅ（前立腺癌の組織学的悪性度分類：展望）Ｈｕｍａｎ  ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ２３、２７３−２７９
【０２５２】
Ｇｌｉｎｓｋｙ、Ｇ．Ｖ．、Ｇｌｉｎｓｋｉｉ、Ａ．Ｂ．、Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏｎ、Ａ．Ｊ．、Ｈｏｆｆｍａｎ、Ｒ．Ｍ．、及びＧｅｒａｌｄ、Ｗ．Ｌ．（２００４）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｐｒｅｄｉｃｔｓｃｌｉｎｉｃａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．（遺伝子形質発現プロフィリングは、前立腺癌の臨床的予後を予測する）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１３、９１３−９２３
【０２５３】
Ｇｏｌｄ、Ｐ  、及びＦｒｅｅｄｍａｎ、Ｓ．Ｏ．（１９６５）  Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｃｏｌｏｎｉｃ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａｔａ  ｂｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ  ａｎｄ  Ａｂｓｏｒｐｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（免疫寛容及び吸収技術によるヒト結腸癌腫中での腫瘍特異抗原の実証）Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １２１、４３９−４６２
【０２５４】
Ｇｒａｓｓｏ、Ｃ．Ｓ．、Ｗｕ、Ｙ．Ｍ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ、Ｄ．Ｒ．、Ｃａｏ、Ｘ．、Ｄｈａｎａｓｅｋａｒａｎ、Ｓ．Ｍ．、Ｋｈａｎ、Ａ．Ｐ．、Ｑｕｉｓｔ、Ｍ．Ｊ．、Ｊｉｎｇ、Ｘ．、Ｌｏｎｉｇｒｏ、Ｒ．Ｊ．、Ｂｒｅｎｎｅｒ、Ｊ．Ｃ．、ら（２０１２）  Ｔｈｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｏｆ  ｌｅｔｈａｌ  ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ（致死的な耐去勢性前立腺癌の突然変異の状況）Ｎａｔｕｒｅ  ４８７、２３９−２４３
【０２５５】
Ｇｒｕｔｚｍａｎｎ、Ｒ．、Ｐｉｌａｒｓｋｙ、Ｃ．、Ａｍｍｅｒｐｏｈｌ、Ｏ．、Ｌｕｔｔｇｅｓ、Ｊ．、Ｂｏｈｍｅ、Ａ．、Ｓｉｐｏｓ、
Ｂ．、Ｆｏｅｒｄｅｒ、Ｍ．、Ａｌｌｄｉｎｇｅｒ、Ｉ．、Ｊａｈｎｋｅ、Ｂ．、Ｓｃｈａｃｋｅｒｔ、Ｈ．Ｋ．、ら（２００４）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏｄｉｓｓｅｃｔｅｄ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｄｕｃｔａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｕｓｉｎｇ  ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ  ＤＮＡ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ（高密度ＤＮＡマイクロアレイを用いてマイクロ解剖した膵性腺管癌の遺伝子形質発現プロフィリング）Ｎｅｏｐｌａｓｉａ６、６１１−６２２
【０２５６】
Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ−Ｂａｒｒｅｒａ、Ａ．Ｍ．、Ｍｅｎｔｅｒ、Ｄ．Ｇ．、Ａｂｂｒｕｚｚｅｓｅ、Ｊ．Ｌ．、及びＲｅｄｄｙ、Ｓ．Ａ．（２００７）  Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｃｕｌｔｕｒｅｓ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｄｕｃｔ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ（ヒト膵管上皮細胞の三次元培養の確立）Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ３５８、６９８−７０３
【０２５７】
Ｈｅｎｓｈａｌｌ、Ｓ．Ｍ．、Ａｆａｒ、Ｄ．Ｅ．、Ｈｉｌｌｅｒ、Ｊ．、Ｈｏｒｖａｔｈ、Ｌ．Ｇ．、Ｑｕｉｎｎ、Ｄ．Ｉ．、Ｒａｓｉａｈ、Ｋ．Ｋ．、Ｇｉｓｈ、Ｋ．、Ｗｉｌｌｈｉｔｅ、Ｄ．、Ｋｅｎｃｈ、Ｊ．Ｇ．、Ｇａｒｄｉｎｅｒ−Ｇａｒｄｅｎ、Ｍ．、ら（２００３）  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒｓ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ｎｅｗ  ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｔａｒｇｅｔｓ  ｏｆ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｒｅｌａｐｓｅ．（前立腺癌のゲノム全体の遺伝子形質発現プロファイルの生存率分析は、疾病再発の新しい予後のターゲットを特定する）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６３、４１９６−４２０３
【０２５８】
Ｈｏｒｖａｔｈ、Ｓ．、Ｚｈａｎｇ、Ｂ．、Ｃａｒｌｓｏｎ、Ｍ．、Ｌｕ、Ｋ．Ｖ．、Ｚｈｕ、Ｓ．、Ｆｅｌｃｉａｎｏ、Ｒ．Ｍ．、Ｌａｕｒａｎｃｅ、Ｍ．Ｆ．、Ｚｈａｏ、Ｗ．、Ｑｉ、Ｓ．、Ｃｈｅｎ、Ｚ．、ら（２００６）  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｎｅｔｗｏｒｋｓ  ｉｎ  ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ＡＳＰＭ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔａｒｇｅｔ（分子ターゲットとしてのグリア芽細胞腫識別ＡＳＰＭにおける腫瘍形成の信号路網の分析）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０３、１７４０２−１７４０７
【０２５９】
Ｈｒｕｂａｎ、Ｒ．Ｈ．、及びＦｕｋｕｓｈｉｍａ、Ｎ．（２００７）  Ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｕｐｄａｔｅ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｓｕｒｇｉｃａｌ  ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｏｆ  ｄｕｃｔａｌ  ｏｒｉｇｉｎ  ａｎｄ  ＰａｎＩＮｓ（膵臓腺癌：管由来及びＰａｎＩＮｓの癌腫の外科病理学に関する最新版）Ｍｏｄ  Ｐａｔｈｏｌ  ２０  Ｓｕｐｐｌ  １、Ｓ６１−７０
【０２６０】
Ｋｅｎｎｙ、Ｐ．Ａ、Ｌｅｅ、Ｇ．Ｙ．、Ｍｙｅｒｓ、Ｃ．Ａ．、Ｎｅｖｅ、Ｒ．Ｍ．、Ｓｅｍｅｉｋｓ、Ｊ．Ｒ．、Ｓｐｅｌｌｍａｎ、Ｐ．Ｔ．、Ｌｏｒｅｎｚ、Ｋ．、Ｌｅｅ、Ｅ．Ｈ．、Ｂａｒｃｅｌｌｏｓ−Ｈｏｆｆ、Ｍ．Ｈ．、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ、Ｏ．Ｗ．、ら（２００７）  Ｔｈｅ  ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｅｓ  ｏｆ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅｓ  ｉｎ  ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ａｓｓａｙｓ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅｉｒ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（三次元アッセイにおける乳癌細胞株の形態学は、遺伝子形質発現のそれらのプロファイルに相関する）Ｍｏｌ  Ｏｎｃｏｌ  １、８４−９６
【０２６１】
Ｋｏｌｌｉｇｓ、Ｆ．Ｔ．、Ｈｕ、Ｇ．、Ｄａｎｇ、Ｃ．Ｖ．、及びＦｅａｒｏｎ、Ｅ．Ｒ．（１９９９）  Ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＲＫ３Ｅ  ｂｙ  ｍｕｔａｎｔ  ｂｅｔａ−ｃａｔｅｎｉｎ  ｒｅｑｕｉｒｅｓ  ｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｃｆ／Ｌｅｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｂｕｔ  ｎｏｔ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃ−ｍｙｃ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（変異体ベータカテニンによるＲＫ３Ｅの腫瘍性転化は、ｃ−ｍｙｃ発現の活性化ではなくＴｃｆ／Ｌｅｆ転写の調節解除を必要とする）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ  ｌ  １９、５６９６−５７０６
【０２６２】
Ｋｏｐｒｏｗｓｋｉ、Ｈ．、Ｈｅｒｌｙｎ、Ｍ．、Ｓｔｅｐｌｅｗｓｋｉ、Ｚ．、及びＳｅａｒｓ、Ｈ．Ｆ．（１９８１）  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｉｎ  ｓｅｒｕｍ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｃｏｌｏｎ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ（結腸癌腫を有する患者の血清中での特異的な抗原）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１２、５３−５５
【０２６３】
Ｋｏｕｐｒｉｎａ、Ｎ．、Ｐａｖｌｉｃｅｋ、Ａ．、Ｃｏｌｌｉｎｓ、Ｎ．Ｋ．、Ｎａｋａｎｏ、Ｍ．、Ｎｏｓｋｏｖ、Ｖ．Ｎ．、Ｏｈｚｅｋｉ、Ｊ．、Ｍｏｃｈｉｄａ、Ｇ．Ｈ．、Ｒｉｓｉｎｇｅｒ、Ｊ．Ｉ．、Ｇｏｌｄｓｍｉｔｈ、Ｐ．、Ｇｕｎｓｉｏｒ、Ｍ．、ら（２００５）  Ｔｈｅ  ｍｉｃｒｏｃｅｐｈａｌｙ  ＡＳＰＭ  ｇｅｎｅ  ｉｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｎｇ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ａｎｄ  ｅｎｃｏｄｅｓ  ｆｏｒ  ａ  ｍｉｔｏｔｉｃ  ｓｐｉｎｄｌｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ（小頭症ＡＳＰＭ遺伝子は、増殖中の組織で発現され、紡錘体のタンパク質をコードする）Ｈｕｍ  Ｍｏｌ  Ｇｅｎｅｔ  １４、２１５５−２１６．
【０２６４】
Ｌｅｅ、Ｇ．Ｙ．、Ｋｅｎｎｙ、Ｐ．Ａ．、Ｌｅｅ、Ｅ．Ｈ．、及びＢｉｓｓｅｌｌ、Ｍ．Ｊ．（２００７）  Ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｃｕｌｔｕｒｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｎｏｒｍａｌ  ａｎｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｂｒｅａｓｔ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ（正常及び悪性胸部上皮細胞の三次元培養モデル）Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ４、３５９−３６５
【０２６５】
Ｌｉ、Ｃ．、Ｈｅｉｄｔ、Ｄ．Ｇ．、Ｄａｌｅｒｂａ、Ｐ．、Ｂｕｒａｎｔ、Ｃ．Ｆ．、Ｚｈａｎｇ、Ｌ．、Ａｄｓａｙ、Ｖ．、Ｗｉｃｈａ、Ｍ．、Ｃｌａｒｋｅ、Ｍ．Ｆ．、ａｎｄＳｉｍｅｏｎｅ、Ｄ．Ｍ．（２００７）  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ（膵癌幹細胞の識別）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６７、１０３０−１０３７
【０２６６】
Ｌｉｎ、Ｓ．Ｙ．、Ｐａｎ、Ｈ．Ｗ．、Ｌｉｕ、Ｓ．Ｈ．、Ｊｅｎｇ、Ｙ．Ｍ．、Ｈｕ、Ｆ．Ｃ．、Ｐｅｎｇ、Ｓ．Ｙ．、Ｌａｉ、Ｐ．Ｌ．、及びＨｓｕ、Ｈ．Ｃ．（２００８）  
ＡＳＰＭ  ｉｓ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｍａｒｋｅｒ  ｆｏｒ  ｖａｓｃｕｌａｒ  ｉｎｖａｓｉｏｎ、ｅａｒｌｙ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ，  ａｎｄ  ｐｏｏｒ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｏｆｈｅｐａｔｏ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＡＳＰＭは、肝細胞癌の脈管侵入、初期の再発及び予後不良のための新規マーカーである）Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １４、４８１４−４８２０
【０２６７】
Ｌｉｕ、Ｎ．、Ｆｕｒｕｋａｗａ、Ｔ．、Ｋｏｂａｒｉ、Ｍ．、及びＴｓａｏ、Ｍ．Ｓ．（１９９８）  Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｆ  ｄｕｃｔ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅｓ  ｄｅｒｉｖｅｄ  ｆｒｏｍ  ｎｏｒｍａｌ  ｈｕｍａｎ  ｐａｎｃｒｅａｓ  ａｎｄ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ（正常ヒト膵臓及び膵癌に由来する管上皮細胞系列の比較表現型の研究）Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ  １５３、２６３−２６９。
【０２６８】
Ｌｉｕ、Ｒ．、Ｗａｎｇ、Ｘ．、Ｃｈｅｎ、Ｇ．Ｙ．、Ｄａｌｅｒｂａ、Ｐ．、Ｇｕｒｎｅｙ、Ａ．、Ｈｏｅｙ、Ｔ．、Ｓｈｅｒｌｏｃｋ、Ｇ．、Ｌｅｗｉｃｋｉ、Ｊ．、Ｓｈｅｄｄｅｎ、Ｋ．、ａｎｄＣｌａｒｋｅ、Ｍ．Ｆ．（２００７）  Ｔｈｅ  ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｒｏｌｅ  ｏｆ  ａ  ｇｅｎｅ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｆｒｏｍ  ｔｕｍｏｒ  ｉｇｅｎｉｃ  ｂｒｅａｓｔ−ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ（腫瘍形成性の乳癌細胞からの遺伝子シグネチャの予後の役割）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５６、２１７−２２６
【０２６９】
Ｍａ、Ｘ．Ｊ．、Ｄａｈｉｙａ、Ｓ．、Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｅ．、Ｅｒｌａｎｄｅｒ、Ｍ．、及びＳｇｒｏｉ、Ｄ．Ｃ．（２００９）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｕｍｏｒ  ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｄｕｒｉｎｇ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ（乳癌進行中における腫瘍微小環境の遺伝子形質発現プロフィリング）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １１、Ｒ７
【０２７０】
Ｍｏｎｄｒｉｎｏｓ、Ｍ．Ｊ．、Ｋｏｕｔｚａｋｉ、Ｓ．、Ｊｉｗａｎｍａｌｌ、Ｅ、Ｌｉ、Ｍ．、Ｄｅｃｈａｄａｒｅｖｉａｎ、Ｊ．Ｐ．、Ｌｅｌｋｅｓ、Ｐ．Ｉ．、及びＦｉｎｃｋ、Ｃ．Ｍ．  ．（２００６）Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｔｉｓｓｕｅ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ（三次元肺組織構成のエンジニアリング）Ｔｉｓｓｕｅ  Ｅｎｇ  １２、７１７−７２８
【０２７１】
ＰａｓｃａｄｉＭａｇｌｉａｎｏ、Ｍ．、Ｂｉａｎｋｉｎ、Ａ．Ｖ．、Ｈｅｉｓｅｒ、Ｐ．Ｗ．、Ｃａｎｏ、Ｄ．Ａ．、Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ、Ｐ．Ｊ．、
Ｄｅｒａｍａｕｄｔ、Ｔ．、Ｓｅｇａｒａ、Ｄ．、Ｄａｗｓｏｎ、Ａ．Ｃ．、Ｋｅｎｃｈ、Ｊ．Ｇ．、Ｈｅｎｓｈａｌｌ、Ｓ．Ｍ．、ら（２００７）  Ｃｏｍｍｏｎ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃａｎｏｎｉｃａｌ  Ｗｎｔ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｉｎ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ（膵臓腺癌中で正規Ｗｎｔシグナリングの一般的な活性化）ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ２、ｅ１１５５
【０２７２】
Ｐａｗｉｔａｎ、Ｙ．、Ｂｊｏｈｌｅ、Ｊ．、Ａｍｌｅｒ、Ｌ．、Ｂｏｒｇ、Ａ．Ｌ．、Ｅｇｙｈａｚｉ、Ｓ．、Ｈａｌｌ、Ｐ．、Ｈａｎ、Ｘ．、Ｈｏｌｍｂｅｒｇ、Ｌ．、Ｈｕａｎｇ、Ｆ．、Ｋｌａａｒ、Ｓ．、ら（２００５）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｓｐａｒｅｓ  ｅａｒｌｙ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｆｒｏｍ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ｔｈｅｒａｐｙ：ｄｅｒｉｖｅｄ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄａｔｅｄ  ｉｎ  ｔｗｏ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ−ｂａｓｅｄ  ｃｏｈｏｒｔｓ（遺伝子形質発現プロフィリングは、初期の乳癌患者に補助剤治療を免除させる：２つの集団ベースのコホート中で誘導され有効と認められる）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ７、Ｒ９５３−９６４
【０２７３】
Ｐｅｎｃｉｎａ、Ｍ．Ｊ．、及びＤ’Ａｇｏｓｔｉｎｏ、Ｒ．Ｂ．（２００４）  Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｃ  ａｓａ  ｍｅａｓｕｒｅ  ｏｆ  ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ：ｍｏｄｅｌ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｖａｌｕｅ  ａｎｄ  ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ  ｉｎｔｅｒｖａｌ  ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ（生存率分析中における識別の基準としてのオーバーオールＣ：モデル特異的集団値及び信頼区間推定）Ｓｔａｔ  Ｍｅｄ  ２３、２１０９−２１２３
【０２７４】
Ｒａｋｈａ、Ｅ．Ａ．、Ｅｌ−Ｓａｙｅｄ、Ｍ．Ｅ．、Ｌｅｅ、Ａ．Ｈ．、Ｅｌｓｔｏｎ、Ｃ．Ｗ．、Ｇｒａｉｎｇｅ、Ｍ．Ｊ．、Ｈｏｄｉ、Ｚ．、Ｂｌａｍｅｙ、Ｒ．Ｗ．、及びＥｌｌｉｓ、Ｉ．Ｏ．（２００８）  Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ  ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ  ｇｒａｄｅ  ｉｎ  ｉｎｖａｓｉｖｅ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ（浸潤性乳癌におけるノッティンガム組織学的悪性度の予後の重要性）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２６、３１５３−３１５８
【０２７５】
Ｒａｍａｓｗａｍｙ、Ｓ．、Ｒｏｓｓ、Ｋ．Ｎ．、Ｌａｎｄｅｒ、Ｅ．Ｓ．、及びＧｏｌｕｂ、Ｔ．Ｒ．（２００３）  Ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ（一次固形腫瘍中での転移の分子シグネチャ）Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３３、４９−５４
【０２７６】
Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ａ．Ｌ．、Ｗａｎｇ、Ｚ．Ｃ．、ＤｅＮｉｃｏｌｏ、Ａ．、Ｌｕ、Ｘ．、Ｂｒｏｗｎ、Ｍ．、Ｍｉｒｏｎ、Ａ．、Ｌｉａｏ、Ｘ．、Ｉｇｌｅｈａｒｔ、Ｊ．Ｄ．、Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ、Ｄ．Ｍ．、ａｎｄ  Ｇａｎｅｓａｎ、Ｓ．（２００６）  Ｘ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓ  ｉｎ  ｂａｓａｌ−ｌｉｋｅ  ｈｕｍａｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ．（基底類似ヒト乳癌中におけるＸ染色体異常）Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  ９、１２１−１３２
【０２７７】
Ｓｉｎｇｈ、Ｄ．、Ｆｅｂｂｏ、Ｐ．Ｇ．、Ｒｏｓｓ、Ｋ．、Ｊａｃｋｓｏｎ、Ｄ．Ｇ．、Ｍａｎｏｌａ、Ｊ．、Ｌａｄｄ、Ｃ．、Ｔａｍａｙｏ、Ｐ．、Ｒｅｎｓｈａｗ、Ａ．Ａ．、Ｄ’Ａｍｉｃｏ、Ａ．Ｖ．、Ｒｉｃｈｉｅ、Ｊ．Ｐ．、ら（２００２）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｏｆ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｂｅｈａｖｉｏｒ（遺伝子形質発現は、臨床的前立腺癌挙動に相関する）Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ１、２０３−２０９
【０２７８】
Ｓｏｔｉｒｉｏｕ、Ｃ．、Ｗｉｒａｐａｔｉ、Ｐ．、Ｌｏｉ、Ｓ．、Ｈａｒｒｉｓ、Ａ．、Ｆｏｘ、Ｓ．、Ｓｍｅｄｓ、Ｊ．、Ｎｏｒｄｇｒｅｎ、Ｈ．、Ｆａｒｍｅｒ、Ｐ．、Ｐｒａｚ、Ｖ．、Ｈａｉｂｅ−Ｋａｉｎｓ、Ｂ．、ら（２００６）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ：ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ  ｔｈｅ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂａｓｉｓ  ｏｆ  ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃ  ｇｒａｄｅ  ｔｏ  ｉｍｐｒｏｖｅ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ（乳癌中での遺伝子形質発現プロフィリング：予後を向上させるための組織学的段階の分子基礎の理解）Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ９８、２６２−２７２
【０２７９】
Ｓｔａｍｅｙ、Ｔ．Ａ．、ＭｃＮｅａｌ、Ｊ．Ｅ．、Ｙｅｍｏｔｏ、Ｃ．Ｍ．、Ｓｉｇａｌ、Ｂ．Ｍ．、及びＪｏｈｎｓｔｏｎｅ、Ｉ．Ｍ．（１９９９）  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｍｅｎ  ｗｉｔｈ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ（前立腺癌のヒト男性における癌進行の生物学的決定要素）ＪＡＭＡ  ２８１、１３９５−１４００
【０２８０】
Ｓｔｒａｔｆｏｒｄ、Ｊ．Ｋ．、Ｂｅｎｔｒｅｍ、Ｄ．Ｊ．、Ａｎｄｅｒｓｏｎ、Ｊ．Ｍ．、Ｆａｎ、Ｃ．、Ｖｏｌｍａｒ、Ｋ．Ａ．、Ｍａｒｒｏｎ、Ｊ．Ｓ．、Ｒｏｕｔｈ、Ｅ．Ｄ．、Ｃａｓｋｅｙ、Ｌ．Ｓ．、Ｓａｍｕｅｌ、Ｊ．Ｃ．、Ｄｅｒ、Ｃ．Ｊ．、ら（２０１０）  Ａ  ｓｉｘ−ｇｅｎｅ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｌｏｃａｌｉｚｅｄ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｄｕｃｔａｌ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ
（６−遺伝子シグネチャは、局在性膵臓管腺癌を有する患者の生残性を予測する）ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ  ７、ｅ１０００３０７
【０２８１】
ｖａｎ’ｔＶｅｅｒ、Ｌ．Ｊ．、Ｄａｉ、Ｈ．、ｖａｎ  ｄｅ  Ｖｉｊｖｅｒ、Ｍ．Ｊ．、Ｈｅ、Ｙ．Ｄ．、Ｈａｒｔ、Ａ．Ａ．、Ｍａｏ、Ｍ．、Ｐｅｔｅｒｓｅ、Ｈ．Ｌ．、ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｏｏｙ、Ｋ．、Ｍａｒｔｏｎ、Ｍ．Ｊ．、Ｗｉｔｔｅｖｅｅｎ、Ａ．Ｔ．、ら（２００２）  Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（遺伝子形質発現プロフィリングは、乳癌の臨床的予後を予測する）Ｎａｔｕｒｅ  ４１５、５３０−５３６
【０２８２】
ｖａｎ  ｄｅ  Ｖｉｊｖｅｒ、Ｍ．Ｊ．、Ｈｅ、Ｙ．Ｄ．、ｖａｎ’ｔＶｅｅｒ、Ｌ．Ｊ．、Ｄａｉ、Ｈ．、Ｈａｒｔ、Ａ．Ａ．、Ｖｏｓｋｕｉｌ、Ｄ．Ｗ．、Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ、Ｇ．Ｊ．、Ｐｅｔｅｒｓｅ、Ｊ．Ｌ．、Ｒｏｂｅｒｔｓ、Ｃ．、Ｍａｒｔｏｎ、Ｍ．Ｊ．、ら（２００２）．  Ａ  ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ａｓ  ａ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｏｒ  ｏｆ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（乳癌における生残性の予測因子としての遺伝子形質発現シグネチャ）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４７、１９９９−２００９
【０２８３】
Ｖａｒａｍｂａｌｌｙ、Ｓ．、Ｙｕ、Ｊ．、Ｌａｘｍａｎ、Ｂ．、Ｒｈｏｄｅｓ、Ｄ．Ｒ．、Ｍｅｈｒａ、Ｒ．、Ｔｏｍｌｉｎｓ、Ｓ．Ａ．、Ｓｈａｈ、Ｒ．Ｂ．、Ｃｈａｎｄｒａｎ、Ｕ．、Ｍｏｎｚｏｎ、Ｆ．Ａ．、Ｂｅｃｉｃｈ、Ｍ．Ｊ、ら（２００５）  Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｏｆ  ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ（前立腺癌の統合的なゲノム及びプロテオマイク分析は、転移性進行のシグネチャを明らかにする）Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  ８、３９３−４０６
【０２８４】
Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎ、Ｌ．、ＤｅＳｏｕｓａ、Ｅ．Ｍ．Ｆ．、ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｈｅｉｊｄｅｎ、Ｍ．、Ｃａｍｅｒｏｎ、Ｋ．、ｄｅ  Ｊｏｎｇ、Ｊ．Ｈ．、Ｂｏｒｏｖｓｋｉ、Ｔ．、Ｔｕｙｎｍａｎ、Ｊ．Ｂ．、Ｔｏｄａｒｏ、Ｍ．、Ｍｅｒｚ、Ｃ．、Ｒｏｄｅｒｍｏｎｄ、Ｈ．、ら（２０１０）  Ｗｎｔ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｄｅｆｉｎｅｓ  ｃｏｌｏｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｉｓ  ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（Ｗｎｔ活性は結腸癌幹細胞を画定し微小環境により調整される）Ｎａｔ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ  ｌ１２、４６８−４７６
【０２８５】
Ｗａｎｇ、Ｌ．、Ｈｅｉｄｔ、Ｄ．Ｇ．、Ｌｅｅ、Ｃ．Ｊ．、Ｙａｎｇ、Ｈ．、Ｌｏｇｓｄｏｎ、Ｃ．Ｄ．、Ｚｈａｎｇ、Ｌ．、Ｆｅａｒｏｎ、Ｅ．Ｒ．、Ｌｊｕｎｇｍａｎ、Ｍ．、及びＳｉｍｅｏｎｅ、Ｄ．Ｍ．（２００９）  Ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ＡＴＤＣ  ｉｎ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｒｏｕｇｈ  Ｗｎｔ  ｐａｔｈｗａｙ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｂｅｔａ−ｃａｔｅｎｉｎ  ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ（Ｗｎｔ経路活性化及びベータカテニン安定化を通しての膵癌中におけるＡＴＤＣの腫瘍形成機能）Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  １５、２０７−２１９
【０２８６】
Ｗａｎｇ、Ｙ．、Ｋｌｉｊｎ、Ｊ．Ｇ．、Ｚｈａｎｇ、Ｙ．、Ｓｉｅｕｗｅｒｔｓ、Ａ．Ｍ．、Ｌｏｏｋ、Ｍ．Ｐ．、Ｙａｎｇ、Ｆ．、Ｔａｌａｎｔｏｖ、Ｄ．、Ｔｉｍｍｅｒｍａｎｓ、Ｍ．、Ｍｅｉｊｅｒ−ｖａｎ  Ｇｅｌｄｅｒ、Ｍ．Ｅ．、Ｙｕ、Ｊ．、ら（２００５）  Ｇｅｎｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｔｏ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｄｉｓｔａｎｔ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  ｏｆ  ｌｙｍｐｈ−ｎｏｄｅ−ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（リンパ節ネガティブ一次乳癌の遠隔転移を予測するための遺伝子形質発現プロファイリング）Ｌａｎｃｅｔ  ３６５、６７１−６７９
【０２８７】
Ｗｅａｖｅｒ、Ｖ．Ｍ．、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ、Ｏ．Ｗ．、Ｗａｎｇ、Ｆ．、Ｌａｒａｂｅｌｌ、Ｃ．Ａ．、Ｂｒｉａｎｄ、Ｐ．、Ｄａｍｓｋｙ、Ｃ．、及びＢｉｓｓｅｌｌ、Ｍ．Ｊ．（１９９７）  Ｒｅｖｅｒｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｃｕｌｔｕｒｅ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ｂｙ  ｉｎｔｅｇｒｉｎ  ｂｌｏｃｋｉｎｇ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（三次元培養及びインテグリン遮断抗体によるインヴィヴォでのヒト乳房細胞の悪性フェノタイプの復帰）Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １３７、２３１−２４５
【０２８８】
Ｗｅｂｂｅｒ、Ｍ．Ｍ．、Ｂｅｌｌｏ、Ｄ．、Ｋｌｅｉｎｍａｎ、Ｈ．Ｋ．、及びＨｏｆｆｍａｎ、Ｍ．Ｐ．（１９９７）  Ａｃｉｎａｒ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｎ−ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｉｍｍｏｒｔａｌｉｚｅｄ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｏｓｔａｔｉｃ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｌｏｓｓ  ｂｙ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｃｅｌｌｓ（非悪性不死化ヒト前立腺上皮細胞による腺房分化及び悪性細胞によるその喪失）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １８、１２２５−１２３１
【０２８９】
Ｗｏｎｇ、Ｄ．Ｊ．、Ｌｉｕ、Ｈ．、Ｒｉｄｋｙ、Ｔ．Ｗ．、Ｃａｓｓａｒｉｎｏ、Ｄ．、Ｓｅｇａｌ、Ｅ．、及びＣｈａｎｇ、Ｈ．Ｙ．（２００８）  Ｍｏｄｕｌｅ  ｍａｐ  ｏｆ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌ  ｇｅｎｅｓ  ｇｕｉｄｅｓ  ｃｒｅａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ（幹細胞遺伝子のモジュールマップは、上皮癌幹細胞の生成を導く）Ｃｅｌｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  ２、３３３−３４４
【０２９０】
本明細書は、明細書中の引用文献の教示を踏まえて最も良く理解される。本明細書中の実施形態は、本発明の実施形態の例示を提供するものであり、本発明の範囲を限定するものと解釈されてはならない。当業者は、他の多くの実施形態が本発明により包括されることを容易に認識する。引用文献の引用はいずれも、その引用文献が本発明の先行技術であるということを認めるものではない。
【０２９１】
特に明記しない限り、特許請求の範囲を含む明細書中で用いられる、成分量、反応条件等を表現する全ての数は、近似であると理解されるべきであり、本発明により得られることが見込まれる所望の特性により、変化してもよい。少なくとも、均等論の適用を特許請求の範囲に限定する試みではなく、各々の数のパラメータは、有意な桁数及び通常の丸めのアプローチを考慮して解釈されなければならない。明細書中での異なる量の有意な桁を伴う数系列の引用は、与えられた有意性の小さな桁数は、与えられた有意性の大きな桁数と同じ精度を有することを意味するとは、解釈されない。
【０２９２】
単語「ａ」又は「ａｎ」の使用は、特許請求の範囲及び／又は明細書において「備える」（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）という用語とともに用いられる場合は、「１」を意味することができるが、それは「１以上」、「少なくとも１」及び「１又は１以上」の意味とも矛盾が無い。特許請求の範囲においては、用語「又は」は、代替物のみを指す、又は、代替物は互いに相容れない、と明示的に示されない限り、「及び／又は」を意味するために用いられるが、本開示は、代替物及び「及び／又は」のみをいうとの定義を支持する。
【０２９３】
特に明記しない限り、一連の要素に先行する用語「少なくとも」は、系列内のいずれかの要素のことをいうと理解される。当業者は、ルーチンの実験のみを用いて、ここに説明される本発明の特定の実施形態への多くの等価物を認識又は確認することができる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲により包括されることが意図される。
【０２９４】
別段に定義されない限り、本明細書において用いられる全ての技術的な及び科学的な用語は、この発明が属する当業者により共通して理解される同じ意味を有する。本明細書において説明したいずれかの方法及び同様の材料又は等価物を、本発明の実行又は試験の際に用いることが可能であるが、ここでは、好ましい方法及び材料を説明している。
【０２９５】
本明細書において論述される出版物は、もっぱら、本出願の出願日前の技術開示のために与えられるものである。本発明が、従来発明があるという理由で、その刊行物に先行する権利がないことを自ら認めるとは、一切解釈されてはならない。さらに、与えられる出版日は、実際の出版日付と異なっている場合もあり、それは個別に確かめることが必要な場合もある。
【０２９６】
本発明の他の実施形態は、当業者にとって、明細書及びここに開示される本発明の実施を考慮すれば明らかである。明細書及び実施例は、ただ典型例であると考えられ、本発明の真の範囲及び趣旨は、以下の特許請求の範囲により指示されていることが、意図される。
【図１】
2016525883.tif 000033
【図２Ａ】
2016525883.tif 000034
【図２Ｂ】
2016525883.tif 000035
【図２Ｃ】
2016525883.tif 000036
【図３】
2016525883.tif 000037
【図４】
2016525883.tif 000038
【図５】
2016525883.tif 000039
【図６】
2016525883.tif 000040
【図７Ａ】
2016525883.tif 000041
【図７Ｂ】
2016525883.tif 000042
【図８Ａ】
2016525883.tif 000043
【図８Ｂ】
2016525883.tif 000044
【図８Ｃ】
2016525883.tif 000045
【図９Ａ】
2016525883.tif 000046
【図９Ｂ】
2016525883.tif 000047
【図９Ｃ】
2016525883.tif 000048
【図９Ｄ】
2016525883.tif 000049
【図１０Ａ】
2016525883.tif 000050
【図１０Ｂ】
2016525883.tif 000051
【図１１Ａ】
2016525883.tif 000052
【図１１Ｂ】
2016525883.tif 000053
【図１２Ａ】
2016525883.tif 000054
【図１２Ｂ】
2016525883.tif 000055
【図１２Ｃ】
2016525883.tif 000056
【図１２Ｄ】
2016525883.tif 000057
【図１２Ｅ】
2016525883.tif 000058
【図１３】
2016525883.tif 000059
【図１４】
2016525883.tif 000060
【図１５】
2016525883.tif 000061
【図１６】
2016525883.tif 000062
【図１７】
2016525883.tif 000063
【図１８Ａ】
2016525883.tif 000064
【図１８Ｂ】
2016525883.tif 000065
【図１８Ｃ】
2016525883.tif 000066
【図１８Ｄ】
2016525883.tif 000067
【図１９Ａ】
2016525883.tif 000068
【図１９Ｂ】
2016525883.tif 000069
【図１９Ｃ】
2016525883.tif 000070
【図１９Ｄ】
2016525883.tif 000071
【図２０Ａ】
2016525883.tif 000072
【図２０Ｂ】
2016525883.tif 000073
【図２１Ａ】
2016525883.tif 000074
【図２１Ｂ】
2016525883.tif 000075
【図２２Ａ】
2016525883.tif 000076
【図２２Ｂ】
2016525883.tif 000077
【図２２Ｃ】
2016525883.tif 000078
【図２２Ｄ】
2016525883.tif 000079
【図２３Ａ】
2016525883.tif 000080
【図２３Ｂ】
2016525883.tif 000081
【国際調査報告】
2016525883.tif 000082
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