(57)【要約】本発明のいくつかの態様は、標的遺伝子の発現を活性化又は増大するための一本鎖オリゴヌクレオチドを提供する。別の態様は、標的遺伝子の発現を活性化又は増大するための一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物及びキットを提供する。また、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを用いて、標的遺伝子の発現を調節する方法も提供される。本発明のさらに別の態様は、標的遺伝子の発現を活性化又は増大するための候補オリゴヌクレオチドを選択する方法を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ヒトミクロＲＮＡのシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドが、３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、請求項１に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドが、４個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、請求項１又は請求項２に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜３０ヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜１０ヌクレオチドであり、ＰＲＣ２関連領域の相補的配列のヌクレオチドの１、２、又は３個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項７】
前記少なくとも１個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、１〜５℃の範囲のオリゴヌクレオチドのＴｍの増加をもたらす、請求項６に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項９】
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも１個の架橋ヌクレオチドを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
前記架橋ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド又はＥＮＡ修飾ヌクレオチドである、請求項１０に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡヌクレオチド類似体を交互に含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとＬＮＡヌクレオチドを交互に含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１７】
前記オリゴヌクレオチドの前記５’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１８】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１９】
前記オリゴヌクレオチドの前記５’ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドである、請求項１８に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２０】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの前記５’及び３’末端の各々で、少なくとも１個のＬＮＡヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２１】
少なくとも２個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２２】
全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、請求項２１に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２３】
前記オリゴヌクレオチドの前記３’位のヌクレオチドが、３’ヒドロキシル基を有する、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２４】
前記オリゴヌクレオチドの前記３’位のヌクレオチドが、３’チオホスフェートを有する、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２５】
前記５’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２６】
表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下：
ａ）５’Ｘ−Ｙ−Ｚの配列であって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｘは、前記ヌクレオチドの５’末端に固定されており、Ｙは、ミクロＲＮＡのヒトシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列；
ｂ）３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列；
ｃ）ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の５’末端の上流５０キロベースから前記オフターゲット遺伝子の３’末端の下流５０キロベースの間にある、第２ヌクレオチド配列と同等長さの配列；
ｄ）少なくとも２つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的な配列；及び／又は
ｅ）６０％を超えるＧ−Ｃ含有率を有する配列
の少なくとも１つを有する、一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２７】
前記オリゴヌクレオチドが、配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜５０ヌクレオチドである、請求項２６に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物。
【請求項２９】
緩衝液中に請求項１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項３０】
前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合している、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３１】
前記担体が、ペプチドである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
前記担体が、ステロイドである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３３】
請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項３４】
請求項２８〜３３のいずれか１項に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
【請求項３５】
１細胞における標的遺伝子の発現を増大する方法であって、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記細胞送達することを含む方法。
【請求項３６】
前記細胞への前記一本鎖オリゴヌクレオチドの送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞における標的遺伝子の発現のレベルより少なくとも５０％高い、標的遺伝子の発現のレベルをもたらす、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
１被験者における標的遺伝子のレベルを増大する方法であって、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
【請求項３８】
１被験者における標的遺伝子のレベル低下に関連する状態を治療する方法であって、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
【請求項３９】
前記標的遺伝子が、表４に掲載される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記状態が表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される、請求項３９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、米国特許法第１１９条（ｅ）に基づき、２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＣＦＴＲ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４７，９１５号明細書；２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＰＡＨ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４７，９３８号明細書；２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＣＥＰ２９０  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４８，０３０号明細書；２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＡＤＩＰＯＱ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４８，０４５号明細書；２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＣＤ２７４  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４８，０５２号明細書；２０１２年５月１６日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／６４８，０６９号明細書；２０１３年３月１４日に出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ  ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ」と題される米国仮特許出願第６１／７８６，０９５号明細書の利益を主張するものであり、これらの仮特許出願の各々の内容は、全体として参照により本明細書に援用される。
【０００２】
本発明は、オリゴヌクレオチドベースの組成物、並びに疾患を治療するためのオリゴヌクレオチドベースの組成物の使用方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
トランスクリプトーム解析から、哺乳類ゲノムのうちタンパク質をコードするのは僅か１〜２％に過ぎないが、７０〜９０％は転写的に活性であることが示唆されている。最近の発見では、このような非タンパク質コード転写産物の一部がエピジェネティック制御において重要な役割を果たすという論拠が示されている。その遍在性にも関わらず、かかる転写産物の多くの構造及び機能は未だ特徴付けられていない。最近の研究では、ある種の長い非コードＲＮＡがクロマチンリモデリングにおいてポリコームリプレッサー複合体２（ＰＲＣ２）との相互作用を通じてエピジェネティック制御因子／ＲＮＡ補因子として機能し、ひいては遺伝子発現を制御する働きをすることが示されている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本明細書に開示される本発明の態様は、細胞における標的遺伝子の発現を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。ある実施形態において、目的のタンパク質をコードする標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域を標的とする一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態において、標的遺伝子（例えばヒト遺伝子）のＰＲＣ２関連領域を標的とし、それによりその遺伝子の上方制御を生じさせる一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態において、標的遺伝子は表４に掲載される。ある実施形態において、このような一本鎖オリゴヌクレオチドは、ＰＲＣ２の媒介による標的遺伝子の抑制を軽減又は防止することにより標的遺伝子の発現を活性化又は増強する。ある実施形態において、標的遺伝子は表４に掲載される。ある実施形態において、このような一本鎖オリゴヌクレオチドは標的遺伝子の発現を活性化又は増強し、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患を治療する。ある実施形態において、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患は表４に掲載される。ある実施形態において、疾患に関連する表現型は、表４においてＯＭＩＭ識別番号により参照される。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
本発明のさらなる態様は、標的の発現を活性化又は増強するためのオリゴヌクレオチドの選択方法を提供する。ある実施形態において、標的遺伝子は、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、Ｆ８、ＦＬＩ１、ＦＭＲ１、ＦＮＤＣ５、ＧＣＫ、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＲＮ、ＨＡＭＰ、ＨＰＲＴ１、ＩＤＯ１、ＩＧＦ１、ＩＬ１０、ＬＤＬＲ、ＮＡＮＯＧ、ＰＴＧＳ２、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＳＩＲＴ１、ＳＩＲＴ６、ＳＭＡＤ７、ＳＴ７、ＣＦＴＲ、ＰＡＨ、ＣＥＰ２９０、ＣＤ２７４、ＡＤＩＰＯＱ又はＳＴＡＴ３などの、表４に掲載される標的遺伝子であってもよい。ある実施形態において、標的の発現を活性化又は増強するための、候補が（例えば、無作為選択のオリゴヌクレオチドと比較して）高濃度化したオリゴヌクレオチドセットの選択方法が提供される。従って、この方法を使用して、標的の発現を活性化又は増強するオリゴヌクレオチドが高濃度化した臨床候補セットを構築することができる。かかるライブラリを利用して、例えば、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患を治療する治療薬の開発の主導的オリゴヌクレオチドを同定し得る。ある実施形態において、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患は表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される。さらに、ある実施形態において、標的遺伝子の発現を活性化するための一本鎖オリゴヌクレオチドの薬物動態、体内分布、バイオアベイラビリティ及び／又は効力の制御に有用なオリゴヌクレオチド化学が提供される。
【０００６】
本発明のある態様によれば、配列番号１〜９６のいずれか１つとして記載されるヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域（例えば、その少なくとも８個の連続するヌクレオチド）と相補的な（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｔｙ）相補性領域を有する一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。
【０００７】
本発明のある態様によれば、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域、例えば、配列番号１、２、５、６、９、１０、１３、１４、１７、１８、２１、２２、２５、２６、２９、３０、３３、３４、３７、３８、４３、４４、４５、４６、４９、５０、５３、５４、５７、５８、６１、６２、６５、６６、６９、７０、７３、７４、７７、７８、８１、８２、８５、８６、８９、９０、９３、９４、８１５１７５、８１５１７６、８６８５９０、８６８５９１、８９９８６５、８９９８６６、９６２８０１、９６２８０２、９８１１８７、又は９８１１８８として記載されるヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域（例えば、その少なくとも８個の連続するヌクレオチド）と相補的な（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｔｙ）相補性領域を有する一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下に挙げる特徴の少なくとも１つを有する：ａ）５’Ｘ−Ｙ−Ｚの配列（ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｘはオリゴヌクレオチドの５’末端にあり、Ｙは、ミクロＲＮＡのヒトシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列である）；ｂ）３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列；ｃ）ヌクレオチドの全ての配列に対し閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の５’末端の上流５０キロベースからオフターゲット遺伝子の３’末端の下流５０キロベースの間にある、第２ヌクレオチド配列と同等の長さの配列；ｄ）少なくとも２つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的な配列；並びにｅ）６０％を超えるＧ−Ｃ含有率を有する配列。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、特徴ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、及びｅ）の少なくとも２つを有し、これらは各々独立に選択される。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、特徴ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、及びｅ）の少なくとも３つを有し、これらは各々独立に選択される。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、特徴ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、及びｅ）の少なくとも４つを有し、これらは各々独立に選択される。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、特徴ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、及びｅ）の各々を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドが８〜５０ヌクレオチドの長さである配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有する。
【０００８】
本発明のある態様によれば、配列Ｘ−Ｙ−Ｚを有する一本鎖オリゴヌクレオチドが提供され、式中、Ｘは任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ヒトマイクロＲＮＡのシード配列でない６ヌクレオチド長のヌクレオチド配列であり、及びＺは１〜２３ヌクレオチド長のヌクレオチド配列であり、この一本鎖オリゴヌクレオチドは、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域、例えば、配列番号１、２、５、６、９、１０、１３、１４、１７、１８、２１、２２、２５、２６、２９、３０、３３、３４、３７、３８、４３、４４、４５、４６、４９、５０、５３、５４、５７、５８、６１、６２、６５、６６、６９、７０、７３、７４、７７、７８、８１、８２、８５、８６、８９、９０、９３、９４、８１５１７５、８１５１７６、８６８５９０、８６８５９１、８９９８６５、８９９８６６、９６２８０１、９６２８０２、９８１１８７、又は９８１１８８として記載されるヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域と相補的である。本発明のある態様において、配列５’−Ｘ−Ｙ−Ｚを有する一本鎖オリゴヌクレオチドが提供され、式中、Ｘは任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ヒトマイクロＲＮＡのシード配列でない６ヌクレオチド長のヌクレオチド配列であり、及びＺは１〜２３ヌクレオチド長のヌクレオチド配列であり、この一本鎖オリゴヌクレオチドは、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域、例えば、配列番号１、２、５、６、９、１０、１３、１４、１７、１８、２１、２２、２５、２６、２９、３０、３３、３４、３７、３８、４３、４４、４５、４６、４９、５０、５３、５４、５７、５８、６１、６２、６５、６６、６９、７０、７３、７４、７７、７８、８１、８２、８５、８６、８９、９０、９３、９４、８１５１７５、８１５１７６、８６８５９０、８６８５９１、８９９８６５、８９９８６６、９６２８０１、９６２８０２、９８１１８７、又は９８１１８８として記載されるヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続するヌクレオチドと相補的である。ある実施形態において、Ｙは、表１から選択される配列である。ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに掲載される配列である。
【０００９】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列、又は少なくとも８個のヌクレオチドであるその断片を含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を含み、ここで、提供されるヌクレオチド配列の５’末端は、オリゴヌクレオチドの５’末端である。ある実施形態では、相補性の領域（例えば、少なくとも８個の連続したヌクレオチド）は、配列番号３、４、７，８、１１、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４１、４２、４７、４８、５１、５２、５５、５６、５９、６０、６３、６４、６７、６８、７１、７２、７５、７６、７９、８０、８３、８４、８７、８８、９１、９２、９５、９６、８１５１７７、８１５１７８、８６８５９２、８６８５９３、８９９８６７、８９９８６８、９６２８０３、９６２８０４、９８１１８９、又は９８１１９０に記載されるヌクレオチド配列内にも存在する。
【００１０】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を含む。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列の少なくとも８ヌクレオチドの断片を含む。
【００１１】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、９６２８０５〜９６２８１６又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに掲載される配列である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜４９７４４２、８１５２０９〜８４２０１１、８６８６１８〜８８７８７２、８９９９３３〜９４９６３５、９６２８１７〜９７６７８８、９８１１９７〜９８７３８４、９８９６１７〜９８９６４０、９８９６５０〜９８９６７５、又は９８９６７６〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列又は少なくとも８ヌクレオチドであるその断片を含む。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜４９７４４２、８１５２０９〜８４２０１１、８６８６１８〜８８７８７２、８９９９３３〜９４９６３５、９６２８１７〜９７６７８８、９８１１９７〜９８７３８４、９８９６１７〜９８９６４０、９８９６５０〜９８９６７５、又は９８９６７６〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を含み、ここで配列番号１２１１〜４９７４４２、８１５２０９〜８４２０１１、８６８６１８〜８８７８７２、８９９９３３〜９４９６３５、９６２８１７〜９７６７８８、９８１１９７〜９８７３８４、９８９６１７〜９８９６４０、９８９６５０〜９８９６７５、又は９８９６７６〜１４１２６７６のいずれか１つに提供されるヌクレオチド配列の５’末端が、このオリゴヌクレオチドの５’末端である。ある実施形態において、少なくとも８個の連続するヌクレオチドもまた、配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４１、４７、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、８１５１７７、８６８５９２、８９９８６７、９６２８０３、又は９８１１８９として記載されるヌクレオチド配列の中に存在する。
【００１２】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号４９７４４３〜８１５１７４、８４２０１２〜８６８５８９、８８７８７３〜８９９８６４、９４９６３６〜９６２８００、９７６７８９〜９８０８４５、９８７３８５〜９８９５９８、又は９８９６４１〜９８９６４９、１４１２６７７〜１９１４９５０のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列又は少なくとも８ヌクレオチドであるその断片を含む。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号４９７４４３〜８１５１７４、８４２０１２〜８６８５８９、８８７８７３〜８９９８６４、９４９６３６〜９６２８００、９７６７８９〜９８０８４５、９８７３８５〜９８９５９８、又は９８９６４１〜９８９６４９、１４１２６７７〜１９１４９５０のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を含み、ここで配列番号４９７４４３〜８１５１７４、８４２０１２〜８６８５８９、８８７８７３〜８９９８６４、９４９６３６〜９６２８００、９７６７８９〜９８０８４５、９８７３８５〜９８９５９８、又は９８９６４１〜９８９６４９、１４１２６７７〜１９１４９５０のいずれか１つに提供されるヌクレオチド配列の５’末端が、このオリゴヌクレオチドの５’末端である。ある実施形態において、少なくとも８個の連続するヌクレオチドは、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４２、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、８１５１７８、８６８５９３、８９９８６８、９６２８０４、又は９８１１９０として記載されるヌクレオチド配列の中に存在する。
【００１３】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を含む。ある実施形態において、オリゴヌクレオチドは最大５０ヌクレオチド長である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列の少なくとも８ヌクレオチドの断片を含む。
【００１４】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、表２又は表６に記載されるヌクレオチド配列を含む。ある実施形態において、オリゴヌクレオチドは最大５０ヌクレオチド長である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは表２又は表６に記載されるヌクレオチド配列からなる。
【００１５】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、３個以上連続するグアノシンヌクレオチドを含まない。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、４個以上連続するグアノシンヌクレオチドを含まない。
【００１６】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは８〜３０ヌクレオチド長である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは最大５０ヌクレオチド長である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは８〜１０ヌクレオチド長であり、ＰＲＣ２関連領域の相補配列の１、２、又は３個を除く全てのヌクレオチドがシトシン又はグアノシンヌクレオチドである。
【００１７】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域、例えば、配列番号１、２、５、６、９、１０、１３、１４、１７、１８、２１、２２、２５、２６、２９、３０、３３、３４、３７、３８、４３、４４、４５、４６、４９、５０、５３、５４、５７、５８、６１、６２、６５、６６、６９、７０、７３、７４、７７、７８、８１、８２、８５、８６、８９、９０、９３、９４、８１５１７５、８１５１７６、８６８５９０、８６８５９１、８９９８６５、８９９８６６、９６２８０１、９６２８０２、９８１１８７、又は９８１１８８として記載されるヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続するヌクレオチドと相補的であり、この一本鎖オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列は、以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列の１つ以上を含む
（ａ）（Ｘ）Ｘｘｘｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘｘｘＸｘ及び（Ｘ）ｘｘｘｘｘＸ、
（ｂ）（Ｘ）ＸＸｘｘｘｘ、（Ｘ）ＸｘＸｘｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘＸｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘＸｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘＸＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘＸｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘｘＸＸｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸｘＸ及び（Ｘ）ｘｘｘｘＸＸ、
（ｃ）（Ｘ）ＸＸＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸＸＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸＸＸｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸｘｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘＸｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘＸｘ、（Ｘ）ｘＸＸｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘＸＸｘＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘＸＸ、（Ｘ）ｘｘＸｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸｘＸ及び（Ｘ）ＸｘＸｘＸｘ、
（ｄ）（Ｘ）ｘｘＸＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸＸＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸＸＸｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸＸＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸｘＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸｘＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸＸＸｘｘＸ、（Ｘ）ＸＸＸｘＸｘ、及び（Ｘ）ＸＸＸＸｘｘ、
（ｅ）（Ｘ）ｘＸＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸＸｘＸＸ、（Ｘ）ＸＸＸＸｘＸ及び（Ｘ）ＸＸＸＸＸｘ、及び
（ｆ）ＸＸＸＸＸＸ、ＸｘＸＸＸＸＸ、ＸＸｘＸＸＸＸ、ＸＸＸｘＸＸＸ、ＸＸＸＸｘＸＸ、ＸＸＸＸＸｘＸ及びＸＸＸＸＸＸｘ、式中、「Ｘ」はヌクレオチド類似体を表し、（Ｘ）は任意選択のヌクレオチド類似体を表し、及び「ｘ」はＤＮＡ又はＲＮＡヌクレオチド単位を表す。
【００１８】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体である。ある実施形態では、上記の少なくとも１個のヌクレオチド類似体によって、上記の少なくとも１個のヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、１〜５℃の範囲のオリゴヌクレオチドのＴｍの増加が起こる。
【００１９】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドは、２’Ｏ−メチルを含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、２’Ｏ−メチルを含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも１個の架橋ヌクレオチドを含む。ある実施形態では、架橋ヌクレオチドは、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド又はＥＮＡ修飾ヌクレオチドである。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドは、ＬＮＡヌクレオチドである。
【００２０】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡヌクレオチド類似体を交互に含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとＬＮＡヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドである。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、ＬＮＡヌクレオチドと２’Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドは、ＬＮＡヌクレオチドである。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドの５’及び３’末端の各々で、少なくとも１個のＬＮＡヌクレオチドによりフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む。
【００２１】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個又は６個以上のヌクレオチドの間に、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は他の結合）を含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、全ヌクレオチドの間に、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は他の結合）を含む。
【００２２】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチドの３’位のヌクレオチドは、３’ヒドロキシル基を有する。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの３’位のヌクレオチドは、３’チオホスフェートを有する。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、その５’又は３’ヌクレオチドに結合したビオチン部分又は他の部分を有する。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、その５’又は３’末端に、コレステロール、ビタミンＡ、葉酸塩、シグマ受容体リガンド、アプタマー、ＣＰＰなどのペプチド、脂質などの疎水性分子、ＡＳＧＰＲ又は動的ポリ抱合体並びにそれらの変異体を有する。
【００２３】
本発明のある態様によれば、本明細書に開示するオリゴヌクレオチドのいずれかと、担体とを含む組成物が提供される。ある実施形態では、緩衝液中にオリゴヌクレオチドのいずれかを含む組成物が提供される。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、担体と結合している。ある実施形態では、担体は、ペプチドである。ある実施形態では、担体は、ステロイドである。本発明のある態様によれば、本明細書に開示するオリゴヌクレオチドのいずれかと、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が提供される。
【００２４】
本発明のある態様によれば、本明細書に開示する組成物のいずれかを収納する容器を含むキットが提供される。
【００２５】
本発明のある形態によれば、細胞において標的遺伝子の発現を増大する方法が提供される。ある実施形態では、本方法は、本明細書に開示する一本鎖オリゴヌクレオチドのいずれか１つ又は複数を上記細胞に送達することを含む。ある実施形態では、細胞中への一本鎖オリゴヌクレオチドの送達により、一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞における標的遺伝子の発現のレベルより高い（例えば、少なくとも５０％超高い）標的遺伝子の発現のレベルがもたらされる。
【００２６】
本発明のある態様によれば、対象における標的遺伝子のレベルを増加させる方法が提供される。本発明のある態様によれば、対象における標的遺伝子のレベル低下に関連する状態（例えば、表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される疾患）の治療方法が提供される。ある実施形態において、本方法は、本明細書に開示される一本鎖オリゴヌクレオチドの任意の１つ以上を対象に投与することを含む。ある実施形態において、標的遺伝子はＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、Ｆ８、ＦＬＩ１、ＦＭＲ１、ＦＮＤＣ５、ＧＣＫ、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＲＮ、ＨＡＭＰ、ＨＰＲＴ１、ＩＤＯ１、ＩＧＦ１、ＩＬ１０、ＬＤＬＲ、ＮＡＮＯＧ、ＰＴＧＳ２、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＳＩＲＴ１、ＳＩＲＴ６、ＳＭＡＤ７、ＳＴ７、ＣＦＴＲ、ＰＡＨ、ＣＥＰ２９０、ＣＤ２７４、ＡＤＩＰＯＱ、又はＳＴＡＴ３である。
【００２７】
表の簡単な説明
表１：ヒトｍｉＲＮＡのシード配列ではない六量体
表２：実験室での試験のために作製されたオリゴヌクレオチド配列。ＲＱ（第２カラム）及びＲＱ  ＳＥ（第３列）は、対照ウェル（通常、担体のみ）と比較したオリゴの活性、並びに実験の標準誤差又は３重の測定値を示す。［オリゴ］は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験についてはナノモルで、またｉｎ  ｖｉｖｏ実験については体重キログラム当たりのミリグラムで示す。「フォーマット化配列」の列は修飾ヌクレオチドの配列を示し、ここでｌｎａＸは、３’ホスホロチオエート結合を含むＬＮＡヌクレオチドを表し、ｏｍｅＸは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、ｄＸはデオキシヌクレオチドである。ヌクレオチドコードの末尾のｓは、そのヌクレオチドが３’ホスホロチオエート結合を有したことを示している。配列の末尾の「−Ｓｕｐ」は、３’末端が３’結合におけるホスフェート或いはチオホスフェートを欠いているという印である。
表３：オリゴヌクレオチド修飾の一覧表
表４：標的遺伝子及び関連疾患
表５：研究室で試験用に作製したオリゴヌクレオチド。ＲＱ（第４列）及びＲＱ  ＳＥ（第５列）は、対照ウェル（通常担体単独）に対するオリゴの活性及び実験の３重の測定値の標準誤差を示す。［オリゴ］は、インビトロ実験についてはナノモル単位で示され、インビボ実験についてはミリグラム毎キログラム体重単位で示される。任意の修飾ヌクレオチドを含む各オリゴヌクレオチドの配列を表６に示す。
表６：ヌクレオチド修飾を示す研究室で試験用に作製したフォーマット化オリゴヌクレオチド配列。フォーマット化配列の列は修飾ヌクレオチドの配列を示し、ここでｌｎａＸは３’ホスホロチオエート結合を含むＬＮＡヌクレオチドを表し、ｏｍｅＸは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、ｄＸはデオキシヌクレオチドである。ヌクレオチドコードの末尾のｓは、そのヌクレオチドが３’ホスホロチオエート結合を有したことを示す。配列の末尾の「−Ｓｕｐ」は、３’末端が３’結合におけるホスフェート或いはチオホスフェートを欠いているという印である。フォーマット化配列の列は、表５で試験したオリゴヌクレオチドに関する修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの配列を示す。
表７：細胞株
【００２８】
本発明の特定の実施形態の詳細な説明
本明細書に記載する本発明の態様は、ポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ）−相互反応ＲＮＡの発見に関する。ポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ）は、ヒストンメチルトランスフェラーゼであり、ヒストンＨ３のメチル化によってゲノム領域のサイレンシングに関与する既知のエピジェネティック制御因子である。他の機能の中でも、ＰＲＣ２は、ＲｅｐＡ、Ｘｉｓｔ、及びＴｓｉｘなどの長い非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）と相互反応して、ヒストンＨ３−リシン２７のトリメチル化を触媒する。ＰＲＣ２は、４つのサブユニット、Ｅｅｄ、Ｓｕｚ１２、ＲｂＡｐ４８、及びＥｚｈ２を含む。本発明の態様は、標的遺伝子を含むか、又はそれと機能的に近く、標的遺伝子の発現を誘導若しくは増大することができるゲノム領域内から発現されるＲＮＡ（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）のＰＲＣ２関連領域に結合する一本鎖オリゴヌクレオチドの認識に関する。ある実施形態では、この上方制御は、標的遺伝子のＰＲＣ２媒介抑制の阻害によって起こると考えられる。
【００２９】
本明細書で用いる「ＰＲＣ２関連領域」という用語は、ＰＲＣ２の成分と直接又は間接的に相互作用するヌクレオチドの配列を含むか、又はこれをコードする核酸の領域を指す。ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用するＲＮＡ（例えば、長い非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ））内に存在し得る。ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用するＲＮＡをコードするＤＮＡ内に存在し得る。場合によっては、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２相互作用領域とも同様に呼ばれる。
【００３０】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、ＲＮＡを発現する細胞のｉｎ  ｓｉｔｕ紫外線照射に応答してＰＲＣ２の成分に架橋するＲＮＡの領域、又はこのＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２の成分をターゲティングする抗体と免疫沈降するＲＮＡの領域、又はこのＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＳＵＺ１２、ＥＥＤ、ＥＺＨ２又はＲＢＢＰ４（上で述べたように、ＰＲＣ２の成分である）に特異的に結合する抗体と共に免疫沈降するＲＮＡの領域、又はこのＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。
【００３１】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２の成分をターゲティングする抗体を用いたＲＮＡ免疫沈降アッセイにおいてヌクレアーゼ（例えば、ＲＮａｓｅ）から保護されるＲＮＡの領域、又はこの保護されたＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＳＵＺ１２、ＥＥＤ、ＥＺＨ２又はＲＢＢＰ４をターゲティングする抗体を用いたＲＮＡ免疫沈降アッセイにおいてヌクレアーゼ（例えば、ＲＮａｓｅ）から保護されるＲＮＡの領域、又はこの保護されたＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。
【００３２】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２の成分をターゲティングする抗体を用いたＲＮＡ免疫沈降アッセイの産物のシークエンシング反応において、比較的高い頻度の配列リード数をもたらすＲＮＡの領域、又はこのＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＳＵＺ１２、ＥＥＤ、ＥＺＨ２又はＲＢＢＰ４に特異的に結合する抗体を用いたＲＮＡ免疫沈降アッセイの産物のシークエンシング反応において、比較的高い頻度の配列リード数をもたらすＲＮＡの領域、又はこの保護されたＲＮＡ領域をコードするゲノムＤＮＡの領域である。このような実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、「ピーク」と呼ばれることもある。
【００３３】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２複合体と相互作用する４０〜６０ヌクレオチドの配列を含む。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用するＲＮＡをコードする４０〜６０ヌクレオチドの配列を含む。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用する（例えば、４０〜６０ヌクレオチドの）配列を含む、長さ５ｋｂ以下の配列を含む。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用することがわかっている（例えば、４０〜６０ヌクレオチドの）配列を有する、長さ５ｋｂ以下の配列を含み、この配列内にＲＮＡがコードされている。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用する（例えば、４０〜６０ヌクレオチドの）配列を含む、長さ約４ｋｂの配列を含む。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２と相互作用することがわかっている（例えば、４０〜６０ヌクレオチドの）配列を有する、長さ約４ｋｂの配列を含み、この配列内にＲＮＡがコードされている。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、又は９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに記載されている配列を有する。
【００３４】
ある実施形態において、標的遺伝子を含むか、又はその近傍にあるゲノム領域内のＰＲＣ２関連領域に特異的に結合するか、あるいはこの領域と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態において、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、又は９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに記載される配列を有するＰＲＣ２関連領域に特異的に結合するか、又はそれと相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態において、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに記載される配列を有するＰＲＣ２関連領域に特異的に結合するか、又はそれと相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドが、これらの配列番号が（例えばヒトゲノムにおいて）位置する対応するゲノム領域由来のフランキング配列の最大２ｋｂ、最大５ｋｂ、又は最大１０ｋｂと組み合わせて提供される。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１２１１〜８１５１７４、８１５２０９〜８６８５８９、８６８６１８〜８９９８６４、８９９９３３〜９６２８００、９６２８１７〜９８０８４５、９８１１９７〜９８９５９８、９８９６１７〜９８９６４９、又は９８９６５０〜１４１２６７６のいずれか１つに記載される配列を有する。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、表２又は表６に記載される配列を有する。
【００３５】
本発明の理論に拘束されるわけではないが、これらのオリゴヌクレオチドは、特定の染色体座へのＰＲＣ２の動員（ｒｅｃｒｕｉｔｍｅｎｔ）を阻止することにより、ＰＲＣ２の結合及び機能を妨害することができる。例えば、ＰＲＣ２関連領域ｌｎｃＲＮＡに特異的に結合するように設計された一本鎖オリゴヌクレオチドは、ｌｎｃＲＮＡだけではなく、ｌｎｃＲＮＡに結合するＰＲＣ２も、結合クロマチンから安定して置換することができる。置換後、ＰＲＣ２の完全な補体は、２４時間後まで回復されない。さらに、ｌｎｃＲＮＡは、シス（ｃｉｓ）様式でＰＲＣ２を動員して、ｌｎｃＲＮＡが転写された特定の染色体座又はその付近での遺伝子発現を抑制することができる。
【００３６】
ある実施形態において、遺伝子発現を調節する方法が提供され、この方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏ、又はｉｎ  ｖｉｖｏで実施してよい。本明細書の説明全体を通して化合物の使用について述べるときは必ず、標的遺伝子のレベル若しくは活性の低減に関連する状態（例えば、表４の疾患又は別様に本明細書に開示される疾患）の治療に用いるための医薬組成物又は薬剤の調製における化合物の使用を考慮することが理解されよう。従って、１つの非制限的例として、本発明のこの態様は、疾患の治療に用いるための薬剤の調製における一本鎖オリゴヌクレオチドの使用を含み、この治療は、標的遺伝子の発現を上方制御することを含む。
【００３７】
本発明の別の態様において、標的遺伝子の発現を活性化するための候補オリゴヌクレオチドを選択する方法が提供される。本方法は、一般に、候補オリゴヌクレオチドとして、ＰＲＣ２関連領域（例えば、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列）に相補的なヌクレオチド配列を含む一本鎖オリゴヌクレオチドを選択することを含む。ある実施形態では、標的遺伝子の発現を活性化するオリゴヌクレオチドが豊富な（例えば、オリゴヌクレオチドの無作為選択と比較して）オリゴヌクレオチドのセットを選択することができる。
【００３８】
【表４−１】
2016528873.tif 000002
【００３９】
【表４−２】
2016528873.tif 000003
【００４０】
【表４−３】
2016528873.tif 000004
【００４１】
標的遺伝子並びに関連疾患及び生物学的経路
癌−ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、ＲＢ１、及びＳＴ７
癌は幅広い一群の種々の疾患であり、いずれも細胞増殖の上方制御が関わる。癌では、細胞が無制御に分裂及び成長し、悪性腫瘍を形成して身体の近傍部分に浸潤する。いくつかの遺伝子（多くが腫瘍抑制因子に分類される）、例えば、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、ＲＢ１、及びＳＴ７が、癌の進行中は下方制御され、ゲノム不安定性、代謝過程、免疫応答、細胞増殖／細胞周期進行、遊走、及び／又は生存において役割を担う。これらの細胞過程は腫瘍進行の阻止に重要である。ＳＥＲＰＩＮＦ１は抗血管新生因子をコードする。ＢＣＬ２Ｌ１１はアポトーシス促進因子をコードする。ＢＲＣＡ１は、ＤＮＡ損傷修復に関与するＲＩＮＧフィンガータンパク質をコードする。ＲＢ１は、細胞が分裂できる状態になるまで細胞周期進行を阻害することにより、過剰な細胞増殖を防止する。ＳＴ７はマウスモデルにおいて腫瘍増殖を抑制し、分化に関与する遺伝子の制御に関与する。本明細書に開示される本発明の態様は、癌などのＳＥＲＰＩＮＦ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、ＲＢ１、及びＳＴ７発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＥＲＰＩＮＦ１、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、ＲＢ１、及びＳＴ７を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。例えば、本明細書に開示される本発明の態様は、ヒトＴ細胞性急性リンパ芽球性白血病及びリンパ腫の治療又は予防のためＢＣＬ２Ｌ１１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。別の例において、本明細書に開示される本発明の態様は、乳癌又は膵癌の治療又は予防のためＢＲＣＡ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。別の例において、本明細書に開示される本発明の態様は、膀胱癌、骨肉腫、網膜芽細胞腫、又は小細胞肺癌の治療又は予防のためＲＢ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。別の例において、本明細書に開示される本発明の態様は、骨髄性癌、頭頚部扁平上皮癌、乳癌、結腸癌、又は前立腺癌の治療又は予防のためＳＴ７を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４２】
癌の例としては、限定はされないが、白血病、リンパ腫、骨髄腫、癌腫、転移性癌腫、肉腫、腺腫、神経系癌及び尿生殖器癌が挙げられる。ある実施形態において、癌は、成人及び小児急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫、線維性組織球腫、脳癌、脳幹神経膠腫、小脳星状細胞腫、悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、視床下部神経膠腫、乳癌、男性乳癌、気管支腺腫、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、原因不明癌、中枢神経系リンパ腫、小脳星状細胞腫、悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸直腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイングファミリー腫瘍、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌、消化管間質腫瘍、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性腫瘍、神経膠腫、ヘアリー細胞白血病、頭頸部癌、肝細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、視床下部及び視覚伝導路神経膠腫、眼球内黒色腫、膵島細胞腫、カポジ肉腫、腎癌、腎細胞癌、喉頭癌、口唇・口腔癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、原発性中枢神経系リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症（Ｗａｌｄｅｎｓｔｒｏｍ  ｍａｃｒｏｇｌｏｂｕｌｉｎｅｍａ）、悪性線維性組織球腫、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、悪性中皮腫、頚部扁平上皮癌、多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉症、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、慢性骨髄増殖性疾患、鼻腔・副鼻腔癌、鼻咽腔癌、神経芽細胞腫、中咽頭癌、卵巣癌、膵癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体芽細胞腫及びテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体癌、形質細胞腫瘍、胸膜肺芽腫、前立腺癌、直腸癌、横紋筋肉腫、唾液腺癌、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、非黒色腫皮膚癌、小腸癌、扁平上皮癌、頚部扁平上皮癌、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、咽喉癌、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、移行細胞癌、絨毛性腫瘍、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、腟癌、外陰癌、又はウィルムス腫瘍である。
【００４３】
血友病−Ｆ８
血友病は、血管の破断時に出血を止めるために用いられる体の血液凝固又は凝血の制御能力を損なう一群の遺伝性の遺伝的障害である。ほとんどの伴性劣性Ｘ染色体障害と同様に、血友病は女性より男性に多く起こりやすい。例えば、この障害の最も一般的な形態である血友病Ａ（第ＶＩＩＩ凝固因子欠乏症）は、５，０００〜１０，０００人の男児出生につき約１人の割合で存在する。血友病Ｂ（第ＩＸ因子欠乏症）は、約２０，０００〜３４，０００人の男児出生につき約１人の割合で起こる。血友病では、正常な凝固過程に必要な凝固因子、例えばＦ８の血漿中凝固因子レベルが低下する。従って、血管が外傷を受けたとき、一時的な痂皮は形成されるが、凝固因子が不足しているために、血餅の維持に必要なフィブリンが形成されない。例えばＦ８は、必須の血液凝固タンパク質である第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）をコードする。第ＶＩＩＩ因子は血液凝固に関与する；これは第ＩＸａ因子の補因子であり、Ｃａ＋２及びリン脂質の存在下で、第Ｘ因子を活性型Ｘａに変換する複合体を形成する。本明細書に開示される本発明の態様は、血友病などのＦ８発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＦ８を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４４】
脆弱Ｘ症候群−ＦＭＲ１
脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）（マーチン・ベル症候群、又はエスカランテ症候群（Ｅｓｃａｌａｎｔｅ’ｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）としても知られる）は、自閉症の最も一般的な既知の単一遺伝子原因であり、且つ知的障害の最も一般的な遺伝性原因である遺伝的症候群である。これは、軽度から重度にまで及ぶ知的障害のスペクトラム、並びに細長い顔、大きい又は聳立している耳、及び大型の精巣（巨精巣症）などの身体的特徴、常同的な動き（例えば手をひらひらさせる）、及び社会不安などの行動特徴をもたらす。脆弱Ｘ症候群は、ＣＧＧトリヌクレオチドリピートの伸長によりＸ染色体上の脆弱性Ｘ精神遅滞１（ＦＭＲ１）遺伝子が影響を受け、正常な神経発生に必要なＸ精神遅滞タンパク質（ＦＭＲＰ）の発現が低下することと関連付けられている。本明細書に開示される本発明の態様は、脆弱Ｘ症候群などのＦＭＲ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＦＭＲ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４５】
早期卵巣障害−ＦＭＲ１
早期卵巣機能不全症、原発性卵巣機能不全症、早発閉経、又は高ゴナドトロピン性性腺機能低下症としても知られる早期卵巣障害（ＰＯＦ）は、４０歳未満での卵巣の機能喪失である。ＰＯＦは、Ｘ染色体上の脆弱性Ｘ精神遅滞１（ＦＭＲ１）遺伝子の突然変異によりＸ精神遅滞タンパク質（ＦＭＲＰ）の発現が低下することと関連付けられ得る。本明細書に開示される本発明の態様は、早期卵巣障害などのＦＭＲ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＦＭＲ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４６】
肥満症  ＦＮＤＣ５、ＧＣＫ、ＡＤＩＰＯＱ
肥満症は、健康に有害な作用を及ぼし得る程度まで過剰な体脂肪が蓄積した医学的状態であり、平均余命の低下及び／又は健康障害の増加を招く。体重が標準体重を２０％以上上回ると、その人は肥満と見なされる。肥満症の最も一般的な尺度はボディ・マス・インデックス即ちＢＭＩである。ＢＭＩが２５〜２９．９である場合、その人は過体重と見なされる；ＢＭＩが３０を超える場合、その人は肥満と見なされる。肥満症により、様々な疾患、特に心疾患、２型糖尿病、閉塞性睡眠時無呼吸、特定の種類の癌、及び変形性関節症に罹る可能性が高まる。肥満症は、最も一般的には、過剰な食物エネルギー摂取、身体活動の不足、及び遺伝的易罹患性の組み合わせにより引き起こされる。ＦＮＤＣ５、フィブロネクチンＩＩ型含有５の過剰発現は、動物モデルにおいて肥満マウスの体重を減少させることが示されている。ＧＣＫ、グルコキナーゼ（ヘキソキナーゼ  ４）は、グルコースをリン酸化してグルコース−６−リン酸を生成し、これは多くのグルコース代謝経路の最初のステップである。ＧＣＫ遺伝子の突然変異は、ヒトにおける肥満症と関連付けられることが分かっている。本明細書に開示される本発明の態様は、肥満症などのＦＮＤＣ５発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＦＮＤＣ５を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、肥満症などのＧＣＫ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＣＫを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４７】
ＡＤＩＰＯＱ遺伝子によりコードされるアディポネクチンは、脂質及びグルコースの代謝を調節するホルモンである。脂肪組織に見られる脂肪細胞はアディポネクチンを血流中に分泌し、アディポネクチンはそこで自己会合し、複数のアディポネクチン三量体が結合して六量体及び十二量体を形成することにより大きい構造となる。アディポネクチン値は個体の体脂肪の量に反比例し、健常者及び糖尿病患者の両方でインスリン感受性と正の関連を示す。アディポネクチンは、その抗炎症特性及び抗アテローム生成特性により、高血圧症、代謝機能不全、２型糖尿病、アテローム性動脈硬化症、及び虚血性心疾患などの肥満症関連合併症に対する様々な防御特性を有する。具体的に２型糖尿病に関しては、アディポネクチンの投与に付随して血漿グルコースの減少及びインスリン感受性の増加が生じている。本明細書に開示される本発明の態様は、肥満症又は肥満症関連疾患若しくは障害、例えば高血圧症、代謝機能不全、２型糖尿病、アテローム性動脈硬化症、及び虚血性心疾患などの、ＡＤＩＰＯＱ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＡＤＩＰＯＱを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４８】
２型糖尿病−ＦＮＤＣ５、ＧＣＫ、ＧＬＰ１Ｒ、ＳＩＲＴ１、ＡＤＩＰＯＱ
２型糖尿病（２型真性糖尿病とも称され、正式には（ｆｏｒｍａｌｌｙ）成人発症型糖尿病として知られる）は、インスリン抵抗性及び相対的インスリン欠乏との関連で高い血中グルコースにより特徴付けられる代謝疾患である。２型糖尿病は糖尿病の原因の約９０％を占め、残りの１０％は主として１型真性糖尿病及び妊娠糖尿病による。肥満症は、この疾患に遺伝的に罹り易い人における２型糖尿病の主な原因であると考えられている。この５０年間、糖尿病の有病率は劇的に増加している。２０１０年現在の疾患者数は、１９８５年の約３０００万人と比較して約２億８５００万人であった。ＦＮＤＣ５、フィブロネクチンＩＩ型含有５の過剰発現は、動物モデルにおいてそのインスリン感受性を改善することが示されている。ＧＣＫ、グルコキナーゼ（ヘキソキナーゼ４）は、グルコースをリン酸化してグルコース−６−リン酸を生成し、これは多くのグルコース代謝経路の最初のステップである。ＧＣＫ遺伝子の突然変異は、２型糖尿病と関連付けられることが分かっている。グルカゴン様ペプチド１受容体（ＧＬＰ１Ｒ）は膵β細胞で発現することが分かっている。活性化されたＧＬＰ１Ｒはアデニリルシクラーゼ経路を刺激し、それによりインスリン合成及びインスリンの放出が増加する。ＳＩＲＴ１（サーチュイン１、ＮＡＤ依存性デアセチラーゼサーチュイン−１としても知られる）は、細胞制御に寄与するタンパク質を脱アセチル化する酵素である。サーチュイン１は高いインスリン抵抗性を有する細胞において下方制御され、その発現の誘導によりインスリン感受性が増加することから、この分子がインスリン感受性の改善に関連していることが示唆される。本明細書に開示される本発明の態様は、２型糖尿病などのＦＮＤＣ５発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＦＮＤＣ５を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、２型糖尿病などのＧＣＫ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＣＫを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、２型糖尿病などのＧＬＰ１Ｒ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＬＰ１Ｒを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、２型糖尿病などのＳＩＲＴ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＩＲＴ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、２型糖尿病などのＡＤＩＰＯＱ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＡＤＩＰＯＱを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００４９】
代謝疾患−ＩＧＦ１、ＳＩＲＴ１
代謝の先天性異常には、代謝の障害が関わる大きい遺伝性疾患クラスが含まれる。大部分は、種々の物質（基質）から他の物質（生成物）への変換を促進する酵素をコードする単一遺伝子の欠陥に起因する。この障害の多くで、毒性がある若しくは正常な機能を妨げる物質の蓄積に起因するか、又は必須化合物の合成能力が低下する影響に起因して問題が生じる。代謝の先天性異常は、現在では先天性代謝疾患又は遺伝性代謝疾患と称されることが多い。ＩＧＦ−１、インスリン成長因子−１は、分子構造がインスリンに類似したホルモンである。ＩＧＦ−１は小児期の成長において重要な役割を果たし、成人になっても同化作用を有し続ける。ＩＧＦ−１の減少及びＩＧＦ−１遺伝子の突然変異は、代謝疾患と関連付けられている。ＳＩＲＴ１（サーチュイン１、ＮＡＤ依存性デアセチラーゼサーチュイン−１としても知られる）は、細胞制御に寄与するタンパク質を脱アセチル化する酵素である。ＳＩＲＴ１は、脱アセチル化し、必須の代謝調節性転写因子であるＰＧＣ１−α／ＥＲＲ−α複合体の両方のメンバーの活性に影響を及ぼすことが示されている。本明細書に開示される本発明の態様は、代謝疾患などのＩＧＦ−１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＧＦ−１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、代謝疾患などのＳＩＲＴ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＩＲＴ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５０】
加齢／老化−ＳＩＲＴ１
老化は、加齢の状態又は過程である。細胞老化は、単離細胞が培養下で限られた分裂能を示す現象であり、一方、生物老化は生物の加齢である。ほぼ完全に再生される期間（ヒトでは２０〜３５歳）の後、生物の老化／加齢は、ストレスに対する応答能力の減退、恒常性の不均衡の高まり及び疾患リスクの増加によって特徴付けられる。この現在のところ不可逆的である一連の変化は、必然的に死に至る。ＳＩＲＴ１（サーチュイン１、ＮＡＤ依存性デアセチラーゼサーチュイン−１としても知られる）は、細胞制御に寄与するタンパク質を脱アセチル化する酵素である。ＳＩＲＴ１を過剰発現するマウスは、より低度のＤＮＡ損傷、加齢関連遺伝子ｐ１６Ｉｎｋ４ａの発現低下、より良好な全般的健康並びにより少ない自然発生癌腫及び肉腫を示す。本明細書に開示される本発明の態様は、加齢などのＳＩＲＴ１発現又は機能の低下に関連する生物学的過程を治療及び／又は予防するためＳＩＲＴ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５１】
自己免疫−ＧＲＮ、ＩＤＯ１、ＣＤ２７４
自己免疫疾患は、体内に通常存在する物質及び組織に対する体の不適切な免疫応答により生じる。換言すれば、免疫系が体のある部分を病原体と誤認し、それ自身の細胞を攻撃する。自己免疫疾患は、対応する過敏症のタイプによって分類される：ＩＩ型、ＩＩＩ型、又はＩＶ型。自己免疫疾患の例としては、限定はされないが、強直性脊椎炎、自己免疫性心筋症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、免疫リンパ増殖性症候群（ｉｍｍｕｎｅ  ｌｙｍｐｈｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、自己免疫性末梢神経障害、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性血小板減少性紫斑病、セリアック病、寒冷凝集素症、接触性皮膚炎、クローン病、皮膚筋炎、１型真性糖尿病、好酸球性筋膜炎、胃腸類天疱瘡、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本脳症、橋本甲状腺炎、特発性血小板減少性紫斑病、紅斑性狼瘡、ミラー・フィッシャー症候群、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、再発性多発性軟骨炎、関節リウマチ、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、分類不能結合組織病、血管炎、白斑、及びウェゲナー肉芽腫症が挙げられる。ＩＤＯ１は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）（Ｎ−ホルミルキヌレニンへのトリプトファン異化における最初の律速段階を触媒するヘム酵素）をコードする。この酵素は、Ｄ−トリプトファン、Ｌ−トリプトファン、５−ヒドロキシトリプトファン、トリプタミン、及びセロトニンを含む複数のトリプトファン基質に作用する。この酵素は、抗菌及び抗腫瘍防御、神経病理、免疫調節、及び抗酸化活性などの種々の病態生理学的過程で役割を果たすと考えられる。ＩＤＯ１によるトリプトファンの異化の増加は、自己免疫障害を含む様々な疾患又は状態でＴ細胞応答を抑制する。ＧＲＮは、プログラニュリンと呼ばれる前駆体タンパク質をコードし、プログラニュリンは次に切断されて分泌タンパク質グラニュリンを形成する。グラニュリンは、細胞分裂、生存、運動性及び遊走を制御する。グラニュリンは、癌、炎症、宿主防御、軟骨発生及び変性、並びに神経機能において役割を担う。ＧＲＮの下方制御は、関節リウマチなどの自己免疫疾患の発症を増加させることが示されている。本明細書に開示される本発明の態様は、自己免疫疾患などのＩＤＯ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＤＯ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、自己免疫疾患などのＧＲＮ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＲＮを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５２】
ＣＤ２７４（ＰＤＬ１としても知られる）は、免疫細胞及び非造血細胞で発現するＩｇＶ様及びＩｇＣ様細胞外ドメインを含有する膜貫通タンパク質であり、リンパ球及びマクロファージで発現するプログラム死受容体（ＰＤ−１）のリガンドである。ＰＤ−１とＣＤ２７４との相互作用は、Ｔ細胞活性化、耐性、及び免疫介在性組織損傷のバランスの維持に必須である。ＣＤ２７４は、自己反応性Ｔ細胞の活性化及び増殖の初期段階の阻害、並びに自己反応性Ｔ細胞エフェクター機能及び標的臓器損傷の制限に関与する。より具体的には、ＣＤ２７４によるＰＤ−１の活性化が、ホスファチジルイノシトール−３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）活性の誘導及びＡｋｔの下流活性化を阻止することにより、Ｔ細胞増殖、サイトカイン産生、及び細胞溶解機能を阻害する。
【００５３】
動物モデルではＣＤ２７４の発現の低下により自己免疫が生じる。例えば、ＣＤ２７４受容体のＰＤ−１が欠損したマウスは、遅発性ループスの特徴を生じた。別の例では、１型糖尿病のマウスモデルにおいてＣＤ２７４活性を遮断すると、糖尿病の進行が加速した。さらに別の例では、多発性硬化症の動物モデルにおいてＣＤ２７４を遮断すると、疾患の発症及び進行が加速した。
【００５４】
ＣＤ２７４の発現上昇は、翻訳拒絶（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ｒｅｊｅｃｔｉｏｎ）、アレルギー、喘息及び自己免疫障害との関連におけるものを含め、免疫系の不適切な又は望ましくない活性化に関連する疾患の新規治療手法を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、自己免疫疾患、移植片拒絶反応、アレルギー又は喘息などのＣＤ２７４発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＣＤ２７４を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５５】
炎症（慢性炎症）−ＧＲＮ、ＩＤＯ１、ＩＬ１０
炎症は、病原体、損傷を受けた細胞、又は刺激原などの有害な刺激に対する血管組織の複合的な生物反応の一部である。炎症は、生物体が傷害性の刺激を取り除き、治癒プロセスを惹起して防御しようとする試みである。しかしながら、慢性炎症はまた、枯草熱、歯周炎、アテローム性動脈硬化症、及び関節リウマチなどの多数の疾患も引き起こし得る。慢性炎症として知られる長期の炎症は、炎症部位に存在する細胞の型の進行性の変化を引き起こし、組織が炎症過程から破壊と治癒とを同時に受けることを特徴とする。炎症性障害としては、限定はされないが、尋常性ざ瘡、喘息、自己免疫疾患、セリアック病、慢性前立腺炎、糸球体腎炎、炎症性腸疾患、骨盤内炎症性疾患、再灌流傷害、関節リウマチ、サルコイドーシス、移植片拒絶反応（移植片対宿主病）、血管炎及び間質性膀胱炎が挙げられる。
【００５６】
ＧＲＮは、プログラニュリンと呼ばれる前駆体タンパク質をコードし、プログラニュリンは次に切断されて分泌タンパク質グラニュリンを形成する。グラニュリンは、細胞分裂、生存、運動性及び遊走を制御する。グラニュリンは、癌、炎症、宿主防御、軟骨発生及び変性、並びに神経機能において役割を担う。ＧＲＮは、マウスモデルにおいて炎症性関節炎の症状を緩和することが示されている。インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１；以前はＩＤＯ又はＩＮＤＯと称された）は、キヌレニン経路を介したアミノ酸トリプトファンの異化の主要な誘導及び律速酵素である。ＩＤＯ１によるトリプトファンの異化の増加は、同種移植片拒絶などの種々の疾患におけるＴ細胞応答を抑制する。
【００５７】
ＩＬ−１０は、マクロファージ及び調節性Ｔ細胞などの細胞によって作られるＩＦＮ−γ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＴＮＦα及びＧＭ−ＣＳＦなどの炎症誘発性サイトカインの合成の阻害能を有する。ＩＬ−１０はまた、抗原提示細胞の抗原提示能の強力な抑制能も示す。ＩＬ−１０による治療（例えば組換えタンパク質として患者に投与される）が、現在、クローン病に対して臨床試験中である。ＩＬ−１０経路の遺伝的変異により、急性移植片対宿主病の重症度が調節される。関節炎のマウスモデルはＩＬ−１０レベルが低下していることが示されている。本明細書に開示される本発明の態様は、慢性炎症などのＧＲＮ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＲＮを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５８】
本明細書に開示される本発明の態様は、慢性炎症などのＧＲＮ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＲＮを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、関節リウマチなどのＧＲＮ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＲＮを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、慢性炎症などのＩＤＯ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＤＯ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、移植片対宿主病などのＩＤＯ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＤＯ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００５９】
本明細書に開示される本発明の態様は、慢性炎症などのＩＬ１０発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＬ１０を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、関節リウマチなどのＩＬ１０発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＬ１０を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、移植片対宿主病などのＩＬ１０発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＬ１０を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、クローン病などのＩＬ１０発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＬ１０を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６０】
感染症−ＰＴＧＳ２
伝播性疾患又は伝染病としても知られる感染症は、個々の宿主生物における病原性の生物学的因子の感染、存在及び増殖により生じる臨床的に明らかな病気（即ち、疾患の特徴的な医学的徴候及び／又は症状）を含む。感染性病原体には、一部のウイルス、細菌、真菌、原生動物、多細胞性寄生虫、及びプリオンとして知られる異常型タンパク質が含まれる。接触感染症は、特に感染性が高い又は易伝染性の一部の感染症である。シクロオキシゲナーゼ−２又は単にＣＯＸ−２としても知られるプロスタグランジンエンドペルオキシドシンターゼ２は、ヒトではＰＴＧＳ２遺伝子によりコードされる酵素である。プロスタグランジンエンドペルオキシドＨシンターゼ、ＣＯＸ２は、アラキドン酸（ＡＡ）をプロスタグランジンエンドペルオキシドＨ２に変換する。ＣＯＸ−２は炎症及び感染が起こっている間は上昇する。本明細書に開示される本発明の態様は、感染症などのＰＴＧＳ２発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＰＴＧＳ２を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６１】
中枢神経系疾患−ＩＧＦ１、ＧＲＮ
中枢神経系（ＣＮＳ）疾患は、いずれも中枢神経系の一部である脊髄（脊髄症）又は脳（脳症）のいずれかに発症する。中枢神経系疾患には、脳炎、髄膜炎、熱帯性痙性不全対麻痺、くも膜嚢胞、筋萎縮性側索硬化症、ハンチントン病、アルツハイマー病、認知症、閉じ込め症候群、パーキンソン病、トゥーレット病、及び多発性硬化症が含まれる。中枢神経系疾患の原因は、外傷、感染、変性、構造的欠陥、腫瘍、自己免疫障害、及び脳卒中を含め、様々である。症状は、持続性頭痛、感覚消失、記憶喪失、筋力低下、振戦、てんかん発作、不明瞭な発語から、ある場合には死亡にまで及ぶ。ＩＧＦ−１、インスリン成長因子−１は、分子構造がインスリンに類似したホルモンである。ＩＧＦ−Ｉ欠乏は神経変性疾患と関連付けられ、インビトロ及びインビボの両方でニューロンの生存を改善することが示されている。本明細書に開示される本発明の態様は、中枢神経系疾患などのＩＧＦ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＧＦ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６２】
ＧＲＮは、プログラニュリンと呼ばれる前駆体タンパク質をコードし、プログラニュリンは次に切断されて分泌タンパク質グラニュリンを形成する。グラニュリンは、細胞分裂、生存、運動性及び遊走を制御する。グラニュリンは、癌、炎症、宿主防御、軟骨発生及び変性、並びに神経機能において役割を担う。グラニュリンの突然変異は認知症と関連付けられている。本明細書に開示される本発明の態様は、中枢神経系疾患などのＧＲＮ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＧＲＮを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６３】
ヘモクロマトーシス−ＨＡＭＰ
ヘモクロマトーシスは実質臓器における鉄の異常な蓄積であり、臓器毒性を引き起こす。これはコーカサス人種に最も一般的な遺伝性肝疾患であり、且つ最も一般的な常染色体性劣性遺伝障害である。ＨＡＭＰ（ヘプシジン抗菌ペプチド）は、体内の鉄バランスの維持において主要な役割を果たすタンパク質ヘプシジンをコードする。ヘプシジンは血中を循環し、体の鉄供給が高くなり過ぎると小腸による鉄吸収を抑制する。ヘプシジンは主に、腸、肝臓、及び特定の白血球における他のタンパク質と相互作用して鉄の吸収及び貯蔵を調節する。ヘプシジン値の低下及びヘモクロマトーシスをもたらす少なくとも８つの突然変異がＨＡＭＰ遺伝子において同定されている。本明細書に開示される本発明の態様は、ヘモクロマトーシスなどのＨＡＭＰ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＨＡＭＰを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６４】
急性腎損傷−ＳＭＡＤ７
以前は急性腎不全（ＡＲＦ）と呼ばれた急性腎損傷（ＡＫＩ）は、腎機能の急激な喪失である。その原因は数多くあり、任意の原因による低血液量、腎臓に有害な物質への曝露、及び尿路の閉塞が含まれる。ＡＫＩは、代謝性アシドーシス、高カリウム値、尿毒症、体液平衡の変化、及び他の臓器系への影響を含め、数多くの合併症を引き起こし得る。ＳＭＡＤ７（マザーズ・アゲインスト・デカペンタプレジック（Ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ）ホモログ７）は、その名前が示すとおり、ショウジョウバエ属（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）遺伝子：「マザーズ・アゲインスト・デカペンタプレジック（Ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ）」のホモログであるタンパク質である。これは、ＴＧＦβリガンドスーパーファミリーに属するＳＭＡＤタンパク質ファミリーに属する。他の多くのＴＧＦβファミリーメンバーと同様に、ＳＭＡＤ７は細胞シグナル伝達に関わる。これは、ＴＧＦβ  １型受容体アンタゴニストである。これはこの受容体に関連するＴＧＦβ１及びアクチビンを遮断し、ＳＭＡＤ２へのアクセスを遮断する。これは阻害性ＳＭＡＤ（Ｉ−ＳＭＡＤ）であり、ＳＭＵＲＦ２によって亢進する。ＴＧＦ−β治療により、Ｓｍａｄ７がＳｍａｄ  ＭＨ２ドメインの個別的な領域を介してペリノ−１（Ｐｅｌｌｉｎｏ−１）の個別的な領域に結合する。この相互作用によりＩＲＡＫ１媒介性ＩＬ−１Ｒ／ＴＬＲシグナル伝達複合体の形成が阻止され、従ってＮＦ−κＢ活性が消失し、続いて炎症誘発性遺伝子の発現の低下が生じる。遺伝子療法を用いた腎臓におけるＳＭＡＤ７の過剰発現が、腎線維症及び炎症経路を阻害した。本明細書に開示される本発明の態様は、急性腎損傷などのＳＭＡＤ７発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＭＡＤ７を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６５】
サラセミア−ＨＡＭＰ
サラセミアは一群の遺伝性常染色体劣性遺伝血液障害であり、ヘモグロビンを構成するグロビン鎖の一つの合成速度が低下し、又はその合成がなくなる。これは異常ヘモグロビン分子の形成又はヘモグロビン数の減少を引き起こし、ひいてはサラセミアの特徴的な主症状である貧血症を引き起こし得る。ＨＡＭＰ（ヘプシジン抗菌ペプチド）は、体内の鉄バランスの維持において主要な役割を果たすタンパク質ヘプシジンをコードする。ヘプシジンは血中を循環し、体の鉄供給が高くなり過ぎると小腸による鉄吸収を抑制する。ＨＡＭＰ発現はサラセミア患者で低いことが示されており、これらの患者における鉄過剰（ヘモクロマトーシスと呼ばれることもある）と関連付けられている。本明細書に開示される本発明の態様は、サラセミアなどのＨＡＭＰ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＨＡＭＰを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６６】
レッシュ・ナイハン病−ＨＰＲＴ１
ナイハン症候群、ケリー・シーグミラー症候群及び若年性痛風としても知られるレッシュ・ナイハン症候群（ＬＮＳ）は、Ｘ染色体に位置するＨＰＲＴ遺伝子の突然変異により生じる酵素ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）の欠損によって引き起こされるまれな遺伝性障害である。ＬＮＳは３８０，０００人の生児出生につき約１人の割合で発症する。ＨＧＰＲＴ欠損はあらゆる体液における尿酸の蓄積を引き起こす。その結果、重症の痛風及び腎障害を伴う高尿酸血症及び高尿酸尿症の両方となる。神経学的徴候としては、筋肉制御の低下及び中等度精神遅滞が挙げられる。本明細書に開示される本発明の態様は、レッシュ・ナイハン症候群などのＨＰＲＴ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＨＰＲＴを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６７】
成長遅延−ＩＧＦ−１
成長遅延は、典型的には５歳未満の小児において身長又は体重の増加が不良であるか又は異常に遅いことである。ＩＧＦ−１、インスリン成長因子−１は、分子構造がインスリンに類似したホルモンである。ＩＧＦ−１は小児期の成長において重要な役割を果たし、成人になっても同化作用を有し続ける。ＩＧＦ１欠損は、ヒトにおいて成長遅延及び低身長症と関連することが示されている。本明細書に開示される本発明の態様は、成長遅延などのＩＧＦ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＩＧＦ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００６８】
脂質異常症及びアテローム性動脈硬化症−ＬＤＬＲ
血中における脂質の蓄積は、様々な状態及び疾患、例えば脂質異常症及びアテローム性動脈硬化症を引き起こし得る。アテローム性動脈硬化症はとりわけ工業化社会における主要な死亡原因であり、予防及び治療が公衆衛生上の大きな懸念事項となっている。低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）は、血流中における脂肪分子、例えばコレステロールの主要なトランスポーターであり、脂肪分子を細胞に送り込む。高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）は別の脂肪分子トランスポーターであり、脂質、例えばコレステロールを細胞から肝臓に移す。高いＬＤＬ値が脂質異常症及びアテローム性動脈硬化症などの健康障害と関連付けられる一方、ＨＤＬはアテローム性動脈硬化症を防ぎ、コレステロール恒常性の維持に関与する。
【００６９】
脂質異常症は概して、血中に異常な量の脂質が存在するときの状態を表す。脂質異常症の大半を占める高脂血症は、血中における異常に多量の脂質を指す。高脂血症は、多くの場合にホルモン疾患、例えば、糖尿病、甲状腺機能低下症、メタボリックシンドローム、及びクッシング症候群と関連付けられる。脂質異常症において一般的な脂質の例としては、トリグリセリド、例えばコレステロール及び脂肪が挙げられる。血中における異常量の脂質又はリポタンパク質は、アテローム性動脈硬化症、心疾患、及び脳卒中を引き起こし得る。
【００７０】
アテローム硬化性（ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｃ）疾患、例えば冠動脈疾患（ＣＡＤ）及び心筋梗塞（ＭＩ）は、血中に脂肪、最も一般的にはコレステロールが蓄積することにより引き起こされる動脈壁の肥厚を伴う。この肥厚は、血管壁へのＬＤＬの蓄積に起因して細動脈壁が慢性炎症を起こす結果と考えられる。ＬＤＬ分子は血管壁の内側に入ると酸化された状態となり、細胞傷害及びマクロファージなどの免疫細胞の動員による酸化ＬＤＬの吸収が起こり得る。マクロファージは酸化ＬＤＬをインターナライズするとコレステロールで飽和した状態となり、これは泡沫細胞と称される。次に平滑筋細胞が動員され、線維状の領域を形成する。これらのプロセスによって最終的にプラークが形成され、動脈が詰まり、心発作及び脳卒中が引き起こされ得る。ＨＤＬはコレステロールを泡沫細胞から肝臓へと輸送する能力を有し、これは炎症及びプラーク形成の阻害に役立つ。
【００７１】
ＬＤＬＲ遺伝子は、コレステロールリッチのＬＤＬのエンドサイトーシスを媒介する約８４０アミノ酸（シグナルペプチドの除去後）のモザイクタンパク質である低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）受容体をコードする。これは、ＬＤＬ粒子のリン脂質外層に埋め込まれたアポタンパク質Ｂ１００を認識する細胞表面受容体である。ＬＤＬ受容体複合体は、細胞表面上のクラスリン被覆ピット（又は芽）に存在し、これはアダプチンによってＬＤＬコレステロールと結合すると、つまみ取られて細胞内部にクラスリン被覆小胞を形成する。これにより、エンドサイトーシスとして知られるプロセスにおけるＬＤＬコレステロールの結合及びインターナリゼーションが可能となる。これはあらゆる有核細胞（赤血球を除く）で起こるが、主には肝臓で起こり、肝臓によってＬＤＬの約７０％が循環から取り除かれる。本明細書に開示される本発明の態様は、脂質異常症又はアテローム性動脈硬化症などのＬＤＬＲ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＬＤＬＲを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７２】
組織再生−ＮＡＮＯＧ
再生は、細胞及び臓器が障害又は損傷に応答して更新され、回復し、及び成長するプロセスである。組織の再生戦略には、既存の組織の再構成、成体体性幹細胞の使用及び細胞の脱分化及び／又は分化転換が含まれ、同じ動物の異なる組織で２つ以上の様式が働き得る。発生過程において、細胞が種々の組織に分化するに従い、細胞の特性を変化させる働きをする遺伝子が活性化される。発生及び再生には、細胞集団による芽体への協調及び組織化が関わり、芽体は再生の始まりとなる大量の幹細胞である。細胞の脱分化とは、再生過程で組織の再構築に伴い細胞がその組織特異的特性を失うことを意味する。細胞の分化転換は、再生過程で細胞がその組織特異的特性を失い、次に様々な種類の細胞へと再分化するときに起こる。これらの戦略により、適切な組織極性、構造及び形状の再建がもたらされる。ＮＡＮＯＧは、多能性の維持によって未分化胚性幹細胞の自己複製に決定的に関与する転写因子である。本明細書に開示される本発明の態様は、組織再生のためＮＡＮＯＧを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７３】
酸化的ストレス／抗酸化経路−ＳＩＲＴ６
細胞は抗酸化酵素の相互作用網によって酸化的ストレスを防ぐ。酸化反応ではスーパーオキシド又はフリーラジカルが生成され得る。次には、これらのラジカルにより連鎖反応が始まり得る。細胞でこの連鎖反応が起きると、細胞の傷害又は死滅が引き起こされ得る。抗酸化剤はフリーラジカル中間体を除去することによりこれらの連鎖反応を終結させ、他の酸化反応を阻害する。酸化的リン酸化などの過程により放出されるスーパーオキシドは、初めに過酸化水素に変換され、次にさらに還元されて水を生じる。この解毒化経路は複数の酵素の結果であり、スーパーオキシドジスムターゼが最初のステップを触媒し、次にカタラーゼ及び様々なペルオキシダーゼが過酸化水素を取り除く。酸化的ストレスは多くのヒト疾患の重要な部分であるものと思われるため、薬理学における抗酸化剤の使用は極めて魅力的である。モノ−ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼサーチュイン−６は、ヒトではＳＩＲＴ６遺伝子によりコードされる酵素である。サーチュイン−６は、高脂肪食により引き起こされる代謝損傷の保護的役割を有することが示されている。ＳＩＲＴ６欠損は、酸化的ストレスを引き起こす代謝欠陥と関連付けられている。本明細書に開示される本発明の態様は、組織再生のためＳＩＲＴ６を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。本明細書に開示される本発明の態様は、酸化的ストレスなどのＳＩＲＴ６発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＩＲＴ６を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７４】
脈絡膜血管新生−ＳＥＲＰＩＮＦ１
脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）は、眼の脈絡膜層における新生血管の形成である。これは変性性黄斑症湿潤型ＡＭＤ（加齢性黄斑変性症）の一般的な症状である。色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）としても知られるセルピンＦ１（ＳＥＲＰＩＮＦ１）は、抗血管新生機能、抗腫瘍形成機能、及び神経栄養機能を有する多機能性分泌タンパク質である。ＳＥＲＰＩＮＦ１の抗血管新生特性により、ＳＥＲＰＩＮＦ１は新血管形成を阻止することが可能となる。本明細書に開示される本発明の態様は、脈絡膜血管新生などのＳＥＲＰＩＮＦ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＥＲＰＩＮＦ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７５】
心血管疾患−ＳＥＲＰＩＮＦ１
心血管疾患は、心臓又は血管（動脈及び静脈）が関わる疾患クラスである。心血管疾患は世界中で依然として死亡の最大の原因である。心血管疾患のタイプとしては、冠動脈心疾患、心筋症、高血圧性心疾患、心不全、肺性心、不整脈、炎症性心疾患、心臓弁膜症、脳卒中及び末梢動脈疾患が挙げられる。色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）としても知られるセルピンＦ１（ＳＥＲＰＩＮＦ１）は、抗血管新生機能、抗腫瘍形成機能、及び神経栄養機能を有する多機能性分泌タンパク質である。ＳＥＲＰＩＮＦ１は、血管壁及び血小板におけるその抗炎症、抗酸化及び抗血栓効果に起因して、冠動脈心疾患、心筋梗塞及び心不全の主因であるアテローム性動脈硬化症において保護的役割を有することが示されている。さらに、ＳＥＲＰＩＮＦ１は内皮細胞においてアポトーシスを誘導することにより、且つ他の血管新生因子の発現を調節することにより、強力な抗血管新生効果を有する。本明細書に開示される本発明の態様は、心血管疾患などのＳＥＲＰＩＮＦ１発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＳＥＲＰＩＮＦ１を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７６】
高免疫グロブリンＥ症候群−ＳＴＡＴ３
ＳＴＡＴ３遺伝子の機能喪失型突然変異は、反復感染並びに骨及び歯の発育障害を伴う高免疫グロブリンＥ症候群を引き起こす。
【００７７】
レーベル先天性黒内障（ＬＣＡ）、バルデー・ビードル症候群（ＢＢＳ）、ジュベール症候群、メッケル症候群、シーニア・ローケン（Ｓｉｏｒ−Ｌｏｋｅｎ）症候群−ＣＥＰ２９０
レーベル先天性黒内障（ＬＣＡ）は、出生時から存在する重症型の網膜ジストロフィーをもたらすまれな常染色体劣性遺伝眼疾患である。ＬＣＡでは瞳孔反応が鈍くなり、又はそれが存在せず、不随意の眼球運動、及び重度の視力喪失を生じる。ＬＣＡは、異常光受容細胞の発生又は変性によって引き起こされると考えられている。バルデー・ビードル症候群（ＢＢＳ）は、網膜ジストロフィー及び網膜色素変性症によって特徴付けられる。他の徴候としては、多指症及び腎臓の異常が挙げられる。ＬＣＡ及びＢＢＳの両方とも、中心体タンパク質２９０ｋＤＡ（ＣＥＰ２９０）の突然変異と関連付けられている。
【００７８】
ＣＥＰ２９０は、細胞の中心体及び繊毛に見られる大型のコイルドコイルタンパク質である。ＣＥＰ２９０は繊毛形成を調節し、細胞体と細胞の繊毛との間における繊毛タンパク質の輸送に関与する。ＣＥＰ２９０活性が低下又は消失すると、網膜及び光受容体の変性が生じる。この発生は、毛様体形成の欠損の結果であると考えられる。ＣＥＰ２９０はまた、ジュベール症候群、メッケル症候群、及びシーニア・ローケン（Ｓｉｏｒ−Ｌｏｋｅｎ）症候群とも関連付けられている。本明細書に開示される本発明の態様は、レーベル先天性黒内障（ＬＣＡ）、バルデー・ビードル症候群（ＢＢＳ）、ジュベール症候群、メッケル症候群、シーニア・ローケン（Ｓｉｏｒ−Ｌｏｋｅｎ）症候群などのＣＥＰ２９０発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＣＥＰ２９０を上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００７９】
フェニルケトン尿症−ＰＡＨ  フェニルケトン尿症（ＰＫＵ）は、血中のフェニルアラニン（ｐｈｅｎｙａｌａｎｉｎｅ）（Ｐｈｅ）値の上昇により引き起こされる常染色体劣性遺伝代謝疾患である。Ｐｈｅは、血液脳関門を通過するためＬＮＡＡトランスポーターと相互作用する大型の中性アミノ酸（ＬＮＡＡ）である。Ｐｈｅが血中で過剰になるとＬＮＡＡトランスポーターが飽和し、他の必須のＬＮＡＡが血液脳関門を通過できなくなる。この結果、脳中でこれらのアミノ酸が欠乏し、脳の発達の遅延及び精神遅滞が引き起こされる。ＰＫＵは、乳児及び小児において食事のＰｈｅ値を厳密に制御及びモニタすることにより管理できる。しかしながら、治療せずに放置すれば、血中にＰｈｅが蓄積して重度精神遅滞、不規則な運動機能、及び行動障害が生じる。
【００８０】
血中のＰｈｅ蓄積は、フェニルアラニンヒドロキシラーゼタンパク質をコードするフェニルアラニンヒドロキシラーゼ（ＰＡＨ）遺伝子の突然変異の結果である。フェニルアラニンヒドロキシラーゼは、Ｐｈｅの芳香族側鎖をヒドロキシル化することによりチロシンを生成する酵素である。フェニルアラニンヒドロキシラーゼは、過剰Ｐｈｅの分解における律速酵素である。フェニルアラニンヒドロキシラーゼ値が低下すると、又は酵素機能が損なわれると、血中にＰｈｅが蓄積し始め、ＰＫＵとなる。本明細書に開示される本発明の態様は、ＰＫＵなどのＰＡＨ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＰＡＨを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００８１】
先天性両側精管欠損症（ＣＢＡＶＤ）及び嚢胞性線維症（ＣＦ）−ＣＦＴＲ
ＣＦＴＲは、サイクリックＡＭＰ活性化ＡＴＰ開口型アニオンチャネルであり、細胞膜を通じてイオンを輸送する。ＣＦＴＲは主に、肺、肝臓、膵臓、消化管、生殖器系、及び皮膚の上皮細胞に見られる。ＣＦＴＲの主な機能は、塩化物イオン及びチオシアン酸イオンを上皮細胞から外に移動させることである。電気的平衡を維持しようとナトリウムイオンが塩化物イオン及びチオシアン酸イオンと共に移動するため、細胞の外側の電解質が増加する。この増加により浸透作用で水が細胞から出て、粘液、汗、及び消化液などの、臓器に応じた体液が作り出される。ＣＦＴＲ活性が低下又は消失すると、イオン輸送が影響を受け、細胞から出る水が減少し、異常に粘性の高い体液（例えば粘つく及び粘性の高い粘液、汗、又は消化液）となる。
【００８２】
ＣＦＴＲの突然変異は、先天性両側精管欠損症（ＣＢＡＶＤ）及び嚢胞性線維症と関連付けられている。輸精管の先天的両側欠損を有する男性は、ＣＦＴＲ活性の低下をもたらす突然変異を有することが多い。このような突然変異の結果として、細胞内外への水及び塩の移動が妨げられる。この妨害により多量の濃い粘液が生じ、それが輸精管（精巣から精子を運ぶ管）の発育を阻むことでその変性が起こり、不妊症となる。
【００８３】
嚢胞性線維症（ＣＦ）は、肺、膵臓、肝臓、及び腸における過度に粘性の高い分泌物によって特徴付けられる常染色体劣性遺伝疾患である。肺では、呼吸困難及び頻発する感染症が、粘液の蓄積した結果としてよく見られる。膵臓における粘性の分泌物は瘢痕、線維症、及び嚢胞形成を引き起こし、次にはそれが糖尿病を引き起こし得る。加えて、膵臓により提供される消化酵素の不足に起因して、腸における栄養素の吸収が低下する。糞便の粘稠化に起因した腸の閉塞もまたよく見られる。本明細書に開示される本発明の態様は、ＣＢＡＶＤ又はＣＦなどのＣＦＴＲ発現又は機能の低下に関連する疾患の治療及び／又は予防のためＣＦＴＲを上方制御するのに有用な方法及び組成物を提供する。
【００８４】
標的遺伝子の発現を調節するための一本鎖オリゴヌクレオチド
本発明の一態様では、１細胞において標的遺伝子の発現を調節するための、ＰＲＣ２関連領域と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドが提供される。ある実施形態では、標的遺伝子の発現は上方制御又は増大される。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現が上方制御又は増大されるように、長いＲＮＡ転写物とＰＲＣ２の相互作用を阻害する。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域と相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現が上方制御又は増大されるように、長いＲＮＡ転写物とＰＲＣ２の相互作用を阻害することにより、ヒストンＨ３のメチル化の低減及び遺伝子不活性化の低減をもたらす。ある実施形態では、上記の相互作用は、ＰＲＣ２との結合を阻止又は低減する長いＲＮＡの構造の変化によって、破壊又は阻害され得る。標的遺伝子の発現を活性化するための候補オリゴヌクレオチドを選択するための本明細書に開示する方法のいずれかを用いて、オリゴヌクレオチドを選択することができる。
【００８５】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜９６のいずれか１つに記載されているヌクレオチド配列のＰＲＣ２関連領域と相補的な相補性の領域を含んでいてもよい。一本鎖オリゴヌクレオチドの相補性の領域は、ＰＲＣ２関連領域の少なくとも６個、例えば、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個又は１６個以上の連続したヌクレオチドと相補的であってよい。
【００８６】
ＰＲＣ２関連領域は、染色体において、標的遺伝子の５’末端の上流５０キロベースと、標的遺伝子の３’末端の下流５０キロベースとの間の位置に位置するものであってよい。ＰＲＣ２関連領域は、染色体において、標的遺伝子の５’末端の上流２５キロベースと、標的遺伝子の３’末端の下流２５キロベースとの間の位置に位置してもよい。ＰＲＣ２関連領域は、染色体において、標的遺伝子の５’末端の上流１２キロベースと、標的遺伝子の３’末端の下流１２キロベースとの間の位置に位置してもよい。ＰＲＣ２関連領域は、染色体において、標的遺伝子の５’末端の上流５キロベースと、標的遺伝子の３’末端の下流５キロベースとの間の位置に位置してもよい。
【００８７】
標的遺伝子に対して、選択されるＰＲＣ２関連領域のゲノム位置は変動し得る。例えば、ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子の５’末端の上流にあってよい。ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子の３’末端の下流にあってよい。ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子のイントロン内にあってよい。ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子のエキソン内にあってよい。ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子のイントロン−エキソン接合部、５’−ＵＴＲ−エキソン接合部若しくは３’−ＵＴＲ−エキソン接合部を横断してもよい。
【００８８】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、式Ｘ−Ｙ−Ｚを有する配列を含んでもよく、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ミクロＲＮＡのヒトシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、可変長さのヌクレオチド配列である。ある実施形態では、Ｘは、オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドである。ある実施形態では、Ｘがオリゴヌクレオチドの５’末端で固定されている場合、オリゴヌクレオチドは、Ｘに５’で連結されたヌクレオチド又はヌクレオチド類似体を一切有していない。ある実施形態では、ペプチド又はステロールなどの他の化合物は、これらがヌクレオチド又はヌクレオチド類似体ではない限り、この実施形態において５’末端で連結されている。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有し、長さ８〜５０ヌクレオチドである。こうした配列特性を有するオリゴヌクレオチドは、ｍｉＲＮＡ経路を回避すると予想される。従って、ある実施形態では、こうした配列特性を有するオリゴヌクレオチドは、ｍｉＲＮＡ分子として細胞内で機能するという意図しない結果をもたらす可能性が低い。Ｙ配列は、表１に記載する長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であってよい。
【００８９】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、グアノシンヌクレオチド区間（例えば、３個以上、４個以上、５個以上、６個以上の連続したグアノシンヌクレオチド）を含まない配列を有してもよい。ある実施形態では、グアノシンヌクレオチド区間を有するオリゴヌクレオチドは、グアノシンヌクレオチド区間のないオリゴヌクレオチドと比較して、増大した非特異的結合及び／又はオフターゲット効果を有する。
【００９０】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、オフターゲット遺伝子を包含するか、又はその近傍のゲノム位置に位置する、同等長さの全てのヌクレオチド配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有する配列を有していてもよい。例えば、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子以外のあらゆる既知の遺伝子（例えば、あらゆる既知のタンパク質コード遺伝子）を包含するか、又はその近傍のゲノム位置に位置する配列を含まないことを確実にするように設計してもよい。同様の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、いずれか他の既知のＰＲＣ２関連領域、特に、いずれか他の既知の遺伝子（例えば、いずれか既知のタンパク質コード遺伝子）に機能的に関連するＰＲＣ２関連領域に位置する配列を含まないことを確実にするように設計してもよい。どちらの場合にも、オリゴヌクレオチドは、オフターゲット効果を有する低い尤度を有すると予想される。配列同一性の閾値レベルは、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％又は１００％配列同一性であってよい。
【００９１】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的な配列を有していてもよい。ある実施形態では、１つ又は複数の一本鎖ループ（例えば、少なくとも２つの一本鎖ループ）を含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的なオリゴヌクレオチドは、無作為に選択したオリゴヌクレオチドと比較して、活性である（例えば、標的遺伝子の発現を活性化又は増大することができる）高い尤度を有することが見出されている。場合によっては、二次構造は、少なくとも２つの一本鎖ループの間に二本鎖ステムを含んでもよい。従って、オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域同士の相補性の領域は、少なくとも１つのループの少なくとも一部をコードするＰＲＣ２関連領域の位置にあってよい。ある形態では、オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域同士の相補性の領域は、ループの少なくとも２つの少なくとも一部をコードするＰＲＣ２関連領域の位置にあってよい。ある形態では、オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域同士の相補性の領域は、二本鎖ステムの少なくとも一部をコードするＰＲＣ２関連領域の位置にあってよい。ある実施形態では、（例えば、ｌｎｃＲＮＡの）ＰＲＣ２関連領域を同定する（例えば、ＲＩＰ−Ｓｅｑ方法又はそれから得られる情報を用いて）。ある実施形態では、ＲＮＡ二次構造予測アルゴリズム、例えば、ＲＮＡｆｏｌｄ、ｍｆｏｌｄを用いて、ＰＲＣ２関連領域を含む予測二次構造ＲＮＡ（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）を決定する。ある実施形態では、少なくとも２つの一本鎖ループの間に二本鎖ステムを含み得る１つ又は複数の一本鎖ループ（例えば、少なくとも２つの一本鎖ループ）を含む二次構造を形成するＲＮＡの領域をターゲティングするように、オリゴヌクレオチドを設計する。
【００９２】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、３０％超のＧ−Ｃ含有率、４０％超のＧ−Ｃ含有率、５０％超のＧ−Ｃ含有率、６０％超のＧ−Ｃ含有率、７０％超のＧ−Ｃ含有率、又は８０％超のＧ−Ｃ含有率を有する配列を有していてもよい。一本鎖オリゴヌクレオチドは、１００％以下のＧ−Ｃ含有率、９５％以下のＧ−Ｃ含有率、９０％以下のＧ−Ｃ含有率、又は８０％以下のＧ−Ｃ含有率を有する配列を有していてもよい。オリゴヌクレオチドが、長さ８〜１０ヌクレオチドであるいくつかの実施形態では、ＰＲＣ２関連領域の相補的配列のヌクレオチドの１、２、３、４、若しくは５個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドが相補的であるＰＲＣ２関連領域の配列は、アデニン及びウラシルから選択される３個以下のヌクレオチドを含む。
【００９３】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の当該種の相同体を包含する位置、又はその近傍の位置で、様々な種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヤギ、サルなど）の染色体と相補的であってもよい。一本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子を包含するか、又はその近傍のヒトゲノム領域と相補的であってもよいし、また、標的遺伝子のマウス相同体を包含するか、又はその近傍のマウスゲノム領域と相補的であってもよい。例えば、一本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子を包含するか又はそれに近接しているヒトゲノム領域である配列番号１、２、５、６、９、１０、１３、１４、１７、１８、２１、２２、２５、２６、２９、３０、３３、３４、３７、３８、４３、４４、４５、４６、４９、５０、５３、５４、５７、５８、６１、６２、６５、６６、６９、７０、７３、７４、７７、７８、８１、８２、８５、８６、８９、９０、９３、９４、８１５１７５、８１５１７６、８６８５９０、８６８５９１、８９９８６５、８９９８６６、９６２８０１、９６２８０２、９８１１８７、又は９８１１８８に記載される配列と相補的であってよく、また、標的遺伝子のマウスホモログを包含するか又はそれに近接しているマウスゲノム領域である配列番号３、４、７、８、１１、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４１、４２、４７、４８、５１、５２、５５、５６、５９、６０、６３、６４、６７、６８、７１、７２、７５、７６、７９、８０、８３、８４、８７、８８、９１、９２、９５、９６、８１５１７７、８１５１７８、８６８５９２、８６８５９３、８９９８６７、８９９８６８、９６２８０３、９６２８０４、９８１１８９、又は９８１１９０に記載される配列とも相補的であってよい。これらの特徴を有するオリゴヌクレオチドを、複数の種（例えば、ヒト及びマウス）における効力についてｉｎ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｖｉｔｒｏで試験することができる。このアプローチはまた、対象の疾患について適切な動物が存在する種を選択することにより、ヒトの疾患を治療するための臨床候補薬の開発も促進する。
【００９４】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドの相補性の領域は、ＰＲＣ２関連領域の少なくとも８〜１５、８〜３０、８〜４０、又は１０〜５０、又は５〜５０、又は５〜４０塩基、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、若しくは５０個の連続したヌクレオチドと相補的である。ある実施形態では、相補性の領域は、ＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的である。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドの配列は、ＰＲＣ２に結合するＲＮＡ配列、又はその一部分に基づいており、前記部分は、５〜４０の連続した塩基対、又は約８〜４０、又は約５〜１５、又は約５〜３０、又は約５〜４０、又は約５〜５０塩基の長さを有する。
【００９５】
相補的とは、この用語が当分野で用いられている場合、２つのヌクレオチド同士の正確な対合の能力を指す。例えば、オリゴヌクレオチドの特定の位置にあるヌクレオチドが、ＰＲＣ２関連領域の同じ位置のヌクレオチドと水素結合することができれば、その一本鎖オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域は、その位置で互いに相補的であるとみなされる。一本鎖オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域は、各分子内の十分な数の対応位置が、それらの塩基同士が互いに水素結合することができるヌクレオチドにより占められている場合、互いに相補的である。従って、「相補的」とは、こうした安定かつ特異的な結合が、一本鎖オリゴヌクレオチドとＰＲＣ２関連領域との間に起こるのに十分な程度の相補性又は正確な対合を示すために用いられる用語である。例えば、一本鎖ヌクレオチドの一位置にある塩基が、ＰＲＣ２関連領域の対応位置にある塩基と水素結合することができれば、これらの塩基は、その位置で互いに相補的であるとみなされる。１００％の相補性は要求されない。
【００９６】
一本鎖オリゴヌクレオチドは、ＰＲＣ２関連領域の連続ヌクレオチドと、少なくとも８０％（任意選択で、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）相補的であってよい。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ＰＲＣ２関連領域の連続ヌクレオチドの部分と比較して、１、２若しくは３つの塩基ミスマッチを含んでいてもよい。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、１５塩基に対して３つ以下の塩基ミスマッチ、又は１０塩基に対して２つ以下の塩基ミスマッチを有していてもよい。
【００９７】
相補的オリゴヌクレオチド配列が、特異的にハイブリダイズすることが可能なその標的の配列と１００％相補的である必要はないことは当分野で理解されよう。ある実施形態では、本発明の開示を目的とする相補的オリゴヌクレオチド配列は、この配列と標的分子（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）の結合が、標的（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）の正常な機能を妨害して、活性の消失（例えば、遺伝子発現の結果として起こる上方制御によるＰＲＣ２関連抑制の阻害）を引き起こし、非特異的結合の回避が要望される条件下で、例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏアッセイ又は治療的処置の場合には、生理学的条件下で、また、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ場合には、アッセイが好適な緊縮条件で行われる条件下で、配列と非標的配列との非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性があるとき、特異的にハイブリダイズ可能である。
【００９８】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、長さ７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０ヌクレオチド又はそれ以上である。好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、長さ８〜３０ヌクレオチドである。
【００９９】
ある実施形態において、ＰＲＣ２関連領域は、遺伝子配列と同じＤＮＡ鎖上に存在する（センス）。ある実施形態では、ＰＲＣ２関連領域は、遺伝子配列と逆のＤＮＡ鎖上に存在する（アンチセンス）。ＰＲＣ２関連領域と相補的なオリゴヌクレオチドは、センス又はアンチセンス配列のいずれかと結合することができる。塩基対合は、正統なワトソン−クリック塩基対合及び非ワトソン−クリック塩基対合（例えば、ゆらぎ（Ｗｏｂｂｌｅ）塩基対合及びフーグスティーン（Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ）塩基対合）の両方を含んでよい。相補的塩基対合について、アデノシン型塩基（Ａ）は、チミジン型塩基（Ｔ）又はウラシル型塩基（Ｕ）と相補的であり、シトシン型塩基（Ｃ）は、グアノシン型塩基（Ｇ）と相補的であり、また、３−ニトロピロール又は５−ニトロインドールなどのユニバーサル塩基は、Ａ、Ｃ、Ｕ、若しくはＴのいずれともハイブリダイズすることができるため、これらと相補的であるとみなされることは理解されよう。イノシン（Ｉ）も、当分野ではユニバーサル塩基と考えられており、Ａ、Ｃ、Ｕ、若しくはＴのいずれとも相補的であるとみなされる。
【０１００】
ある実施形態において、配列表に示す配列を含む本明細書に記載の配列におけるいずれか１つ又は複数のチミジン（Ｔ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）又はウリジン（Ｕ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）を、アデノシンヌクレオチドとの塩基対合（例えば、ワトソン−クリック塩基対による）に好適ないずれか他のヌクレオチドで置換してもよい。ある実施形態では、配列表に示す配列を含む本明細書に記載の配列におけるいずれか１つ又は複数のチミジン（Ｔ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）又はウリジン（Ｕ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）を、異なるピリミジンヌクレオチドで好適に置換してもよいし、その逆も可能である。ある実施形態では、配列表に示す配列を含む本明細書に記載の配列におけるいずれか１つ又は複数のチミジン（Ｔ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）をウリジン（Ｕ）ヌクレオチド（若しくはその修飾ヌクレオチド）で好適に置換してもよいし、その逆も可能である。
【０１０１】
ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドのＧＣ含有率は、約３０〜６０％であるのが好ましい。実施形態によっては、３つ以上のＧ又はＣが連続して出現するのは好ましくない場合もある。従って、ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、３つ以上のグアノシンヌクレオチドの区間を含まない。
【０１０２】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、単一の連続した転写物（例えば、非スプライスＲＮＡ）としてゲノム（例えば、ヒトゲノム）内でコードされるＲＮＡに特異的に結合するか、又はこれに対して相補的である。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ゲノム（例えば、ヒトゲノム）内でコードされるＲＮＡに特異的に結合するか、又はこれに対して相補的であり、ここで、上記ゲノムにおいて、ＲＮＡのコード領域の５’末端と、ＲＮＡのコード領域の３’末端との間の距離は、１ｋｂ未満、２ｋｂ未満、３ｋｂ未満、４ｋｂ未満、５ｋｂ未満、７ｋｂ未満、８ｋｂ未満、９ｋｂ未満、１０ｋｂ未満、又は２０ｋｂ未満である。
【０１０３】
本明細書に記載するどのオリゴヌクレオチドも除外することができることは理解すべきである。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは配列番号９８９５９９〜９８９６１７のいずれか１つ以上と相補的でない。
【０１０４】
ある実施形態において、本明細書に開示する一本鎖オリゴヌクレオチドは、遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現を少なくとも約５０％（すなわち、通常の１５０％、若しくは１．５倍）、又は約２倍〜約５倍増大し得ることがわかっている。ある実施形態では、発現は、少なくとも約１５倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍若しくは約１００倍、又はこれら数値のいずれかの間の範囲で、増大され得ることが考えられる。また、増大したｍＲＮＡ発現は、増大したタンパク質発現と相関することがわかっている。
【０１０５】
本明細書に記載するオリゴヌクレオチド、又はこれらを設計若しくは合成する方法の実施形態のいくつか又は全てにおいて、オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現を上方制御し、また、タンパク質コード標準遺伝子と同じ鎖から転写されるＰＲＣ２結合ＲＮＡに特異的に結合するか、又はこれと特異的にハイブリダイズするか、又はこれと相補的であってよい。オリゴヌクレオチドは、標準遺伝子（ｒｅｆＧｅｎｅ）のタンパク質コードセンス鎖のイントロン、エキソン、イントロンエキソン接合部、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、翻訳開始領域、又は翻訳終結領域内で始まるか、又はこれらと重複するＰＲＣ２結合ＲＮＡの領域に結合し得る。
【０１０６】
本明細書に記載するオリゴヌクレオチド、又はこれらを設計若しくは合成する方法の実施形態のいくつか又は全てにおいて、オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現を上方制御し、また、タンパク質コード標準遺伝子の逆鎖（アンチセンス鎖）から転写されるＰＲＣ２結合ＲＮＡに特異的に結合するか、又はこれと特異的にハイブリダイズするか、又はこれと相補的であってよい。オリゴヌクレオチドは、標準遺伝子のタンパク質コードアンチセンス鎖のイントロン、エキソン、イントロン−エキソン接合部、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、翻訳開始領域、又は翻訳終結領域内で始まるか、又はこれと重複するＰＲＣ２結合ＲＮＡの領域に結合し得る。
【０１０７】
本明細書に記載するオリゴヌクレオチドは、修飾されていてもよく、例えば、修飾された糖部分、修飾されたヌクレオチド結合、修飾されたヌクレオチド及び／又はこれらの組合せを含んでもよい。さらに、オリゴヌクレオチドは、以下に挙げる特性の１つ又は複数を呈示することができる：標的ＲＮＡの実質的な切断又は変性を引き起こさない；；標的ＲＮＡの実質的に完全な切断又は変性を引き起こさない；ＲＮＡｓｅＨ経路を活性化しない；ＲＩＳＣを活性化しない；アルゴノート（Ａｒｇｏｎａｕｔｅ）ファミリータンパク質を一切動員しない；ダイサー（Ｄｉｃｅｒ）により切断されない；選択的スプライシングを媒介しない；免疫刺激賦活性ではない；ヌクレアーゼ耐性である；非修飾オリゴヌクレオチドと比較して向上した細胞取込みを有する；細胞又は哺乳動物に対して毒性ではない；エンドソーム離脱の向上をもたらし得る；ｌｎｃＲＮＡと、ＰＲＣ２、好ましくはＥｚｈ２サブユニット、任意選択でＳｕｚ１２、Ｅｅｄ、ＲｂＡｐ４６／４８サブユニット若しくはＪａｒｉｄ２などの副因子との相互作用を妨害する；ヒストンＨ３リシン２７メチル化を低減する、及び／又は遺伝子発現を上方制御する。
【０１０８】
ＲＮＡと相互作用して、遺伝子発現を調節するように設計されたオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ標的に結合するように設計されたものとは別個の塩基配列のサブセットである（例えば、ＲＮＡが転写される基礎ゲノムＤＮＡ配列と相補的である）。
【０１０９】
本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドが、本明細書に開示される１つ以上の他のオリゴヌクレオチドと、リンカー、例えば切断可能なリンカーによって結合していてもよい。
【０１１０】
標的遺伝子の発現を活性化させる候補オリゴヌクレオチドの選択方法
標的遺伝子の発現を活性化若しくは増大するための候補オリゴヌクレオチドを選択するための方法が本明細書において提供される。標的選択方法は、一般に、本明細書に記載する構造及び機能的特性のいずれかを有する一本鎖オリゴヌクレオチドを選択するステップを含む。典型的には、本方法は、標的遺伝子と機能的に関連するＰＲＣ２関連領域、例えば、標的遺伝子に対するＰＲＣ２の動員を促進する（例えば、シス（ｃｉｓ）調節様式で）ことにより、標的遺伝子の発現を調節するｌｎｃＲＮＡのＰＲＣ２関連領域をターゲティングするオリゴヌクレオチドを同定することを目標とする１つ又は複数のステップを含む。このようなオリゴヌクレオチドは、核酸（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）のＰＲＣ２関連領域とハイブリダイズするそれらの能力によって、標的遺伝子の発現を活性化する候補であると予想される。ある実施形態では、このハイブリダイゼーションイベントは、ＰＲＣ２と核酸（例えば、ｌｎｃＲＮＡ）との相互作用を破壊し、その結果、標的遺伝子座に対するＰＲＣ２及びその関連共抑制因子（例えば、クロマチン再構成因子）の動員を破壊すると理解されている。
【０１１１】
候補オリゴヌクレオチドを選択する方法は、標的遺伝子を包含するか、又はこれらの近傍にある染色体位置（例えば、配列番号１〜９６、８１５１７５〜８１５１７８、８６８５９０〜８６８５９３、８９９８６５〜８９９８６８、９６２８０１〜９６２８０４、又は９８１１８７〜９８１１９０のいずれか１つに記載されている配列を有する染色体位置）に位置するＰＲＣ２関連領域（例えば、配列番号９７〜１２１０、８１５１７９〜８１５２０８、８６８５９４〜８６８６１７、８９９８６９〜８９９９３２、９６２８０５〜９６２８１６、又は９８１１９１〜９８１１９６のいずれか１つに記載されているヌクレオチド配列）を選択することを含む。ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子のセンス鎖を含む染色体の鎖に位置していてもよく、この場合、候補オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のセンス鎖と相補的である（すなわち、標的遺伝子に対してアンチセンスである）。あるいは、ＰＲＣ２関連領域は、標的遺伝子のアンチセンス鎖を含む第１染色体の鎖に位置していてもよく、この場合、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のアンチセンス鎖（鋳型鎖）と相補的である（すなわち、標的遺伝子に対してセンスである）。
【０１１２】
標的遺伝子の発現を活性化するオリゴヌクレオチドが豊富な候補オリゴヌクレオチドのセットを選択する方法は、標的遺伝子を包含するか、又はこれらの近傍にある染色体位置に位置する１つ又は複数のＰＲＣ２関連領域を選択することを含んでよく、ここで、上記セットにおける各オリゴヌクレオチドは、１つ又は複数のＰＲＣ２関連領域と相補的なヌクレオチド配列を含む。本明細書で用いる「〜の発現を活性化するオリゴヌクレオチドが豊富なオリゴヌクレオチドのセット」というフレーズは、上記の豊富なセットと同じ物理化学的特性（例えば、同じＧＣ含有率、Ｔｍ、長さなど）のオリゴヌクレオチドの無作為選択と比較して、標的遺伝子（例えば、表４に掲載される疾患）の発現を活性化するオリゴヌクレオチドの数をより多く有するオリゴヌクレオチドのセットを指す。
【０１１３】
一本鎖オリゴヌクレオチドの設計及び／又は合成が、このような配列情報により記載される核酸又はＰＲＣ２関連領域と相補的な配列の設計及び／又は合成を含む場合、当業者は、例えば、当分野における一般的知識の一部を成すワトソン−クリック塩基対合の理解により、相補的配列を容易に決定することができる。
【０１１４】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドの設計及び／又は合成は、当業者には公知の技術により出発材料からオリゴヌクレオチドを製造することを含み、その際、合成は、ＰＲＣ２関連領域の配列、又はその一部に基づいて実施してよい。
【０１１５】
一本鎖オリゴヌクレオチドの設計及び／又は合成の方法は、以下：
ＰＲＣ２関連領域を同定する、及び／又は選択するステップ；
ＰＲＣ２関連領域の配列若しくはその一部に対し、要望される程度の配列同一性又は相補性を有する核酸配列を設計するステップ；
一本鎖オリゴヌクレオチドを、設計した配列に合成するステップ；
合成した一本鎖オリゴヌクレオチドを精製するステップ；並びに
任意選択で、合成した一本鎖オリゴヌクレオチドを少なくとも１種の薬学的に許容される希釈剤、担体若しくは賦形剤と混合することにより、医薬組成物又は薬剤を形成するステップ
のうち１つ又は複数を含み得る。
【０１１６】
このように設計及び／又は合成した一本鎖オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載するように、遺伝子発現を調節する方法に有用となり得る。
【０１１７】
好ましくは、本発明の一本鎖オリゴヌクレオチドは、化学的に合成される。本発明を実施するのに用いられるオリゴヌクレオチドは、公知の化学的合成技術により、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成することができる。
【０１１８】
本発明のオリゴヌクレオチドは、修飾、例えば、ヌクレオチド修飾などの取り込みにより、核酸分解に対して安定化させることができる。例えば、本発明の核酸配列は、ヌクレオチド配列の５’又は３’末端にホスホロチオエートの、少なくとも第１、第２、又は第３ヌクレオチド間結合を含む。別の例として、核酸配列は、２’−修飾ヌクレオチド、例えば、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’−Ｏ−ＭＯＥ）、２’−Ｏ−アミノプロピル（２’−Ｏ−ＡＰ）、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチル（２’−Ｏ−ＤＭＡＯＥ）、２’−Ｏ−ジメチルアミノプロピル（２’−Ｏ−ＤＭＡＰ）、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’−Ｏ−ＤＭＡＥＯＥ）、又は２’−Ｏ−−Ｎ−メチルアセトアミド（２’−Ｏ−ＮＭＡ）を含んでよい。別の例として、核酸配列は、少なくとも１つの２’−Ｏ−メチル−修飾ヌクレオチドを含んでよく、ある実施形態では、ヌクレオチドの全てが、２’−Ｏ−メチル−修飾を含む。ある実施形態では、核酸配列は、ロックされている、すなわち、２’−Ｏ原子と４’−Ｃ原子とをつなぐメチレン架橋により、リボース環が「ロック」されている核酸類似体を含む。
【０１１９】
本明細書に記載する一本鎖オリゴヌクレオチドの修飾された化学又はフォーマットのいずれかを互いに組み合わせることができること、並びに、同じ分子内に１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、又は６つ以上の異なるタイプの修飾を含有させられることは理解されよう。
【０１２０】
ある実施形態において、本方法は、合成された一本鎖オリゴヌクレオチドを増幅するステップ、及び／又は一本鎖オリゴヌクレオチド（若しくは増幅された一本鎖オリゴヌクレオチド）を精製するステップ、並びに／又はこのようにして得られた一本鎖オリゴヌクレオチドを配列決定するステップをさらに含んでもよい。
【０１２１】
従って、一本鎖オリゴヌクレオチドを調製する方法は、疾患の治療に用いるための医薬組成物又は薬剤の製造に使用される方法であってもよく、任意選択で、上記治療は、ＰＲＣ２関連領域に関連する遺伝子の発現を調節することを含む。
【０１２２】
前述した方法において、ＰＲＣ２関連領域は、ＰＲＣ２に結合するＲＮＡを同定することを含む方法により、同定若しくは取得することができ、あるいは、同定若しくは取得されている。
【０１２３】
このような方法は、以下のステップを含む：核リボ核酸を含有するサンプルを用意するステップ、このサンプルを、ＰＲＣ２又はそのサブユニットと特異的に結合する物質と接触させるステップ、上記物質とサンプル中のタンパク質との複合体を形成させるステップ、複合体を分配するステップ、複合体中に存在する核酸と相補的な核酸を合成するステップ。
【０１２４】
一本鎖オリゴヌクレオチドがＰＲＣ２関連領域、又はこのような配列の一部に基づいている場合、これは、その配列に関する情報、例えば、文書又は電子形態で入手可能な配列情報を基にしてよく、こうした情報は、一般に入手可能な科学出版物又は配列データベースに含まれる配列情報を含み得る。
【０１２５】
ヌクレオチド類似体
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、及び／又は少なくとも１個の架橋ヌクレオチドを含んでもよい。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、抑制エチル（ｃＥｔ）ヌクレオチド、又はエチレン架橋核酸（ＥＮＡ）ヌクレオチドなどの架橋ヌクレオチドを含んでもよい。このようなヌクレオチドの例は本発明に開示しており、当分野でも公知である。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下の米国特許又は米国特許出願：米国特許第７，３９９，８４５号明細書、米国特許７，７４１，４５７号明細書、米国特許８，０２２，１９３号明細書、米国特許７，５６９，６８６号明細書、米国特許７，３３５，７６５号明細書、米国特許第７，３１４，９２３号明細書、米国特許第７，３３５，７６５号明細書、米国特許第７，８１６，３３３号明細書、米国特許第２０１１０００９４７１号明細書の１つに開示されているヌクレオチド類似体を含み、これら文献の各々の全内容は、あらゆる目的のために本明細書に参照により組み込む。オリゴヌクレオチドは、１つ又は複数の２’Ｏ−メチルヌクレオチドを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、２’Ｏ−メチルヌクレオチドから完全に構成されていてもよい。
【０１２６】
多くの場合、一本鎖オリゴヌクレオチドは、１つ又は複数のヌクレオチド類似体を有する。例えば、一本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、１℃、２℃、３℃、４℃、又は５℃の範囲でオリゴヌクレオチドのＴｍに上昇をもたらす少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含んでもよい。一本鎖オリゴヌクレオチドは、複数のヌクレオチド類似体を含んでもよく、これにより、ヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、合計で２℃、３℃、４℃、５℃、６℃、７℃、８℃、９℃、１０℃、１５℃、２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃又はそれ以上の範囲でオリゴヌクレオチドのＴｍに上昇をもたらす。
【０１２７】
オリゴヌクレオチドは、長さ５０ヌクレオチド以下であってよく、ここで、オリゴヌクレオチドの２〜１０、２〜１５、２〜１６、２〜１７、２〜１８、２〜１９、２〜２０、２〜２５、２〜３０、２〜４０、２〜４５、又はそれ以上の個数のヌクレオチドがヌクレオチド類似体である。オリゴヌクレオチドは、長さ８〜３０ヌクレオチドであってよく、ここで、オリゴヌクレオチドの２〜１０、２〜１５、２〜１６、２〜１７、２〜１８、２〜１９、２〜２０、２〜２５、２〜３０のヌクレオチドがヌクレオチド類似体である。オリゴヌクレオチドは、長さ８〜１５ヌクレオチドであってよく、ここで、オリゴヌクレオチドの２〜４、２〜５、２〜６、２〜７、２〜８、２〜９、２〜１０、２〜１１、２〜１２、２〜１３、２〜１４のヌクレオチドがヌクレオチド類似体である。任意選択で、オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個の修飾ヌクレオチドを除いて、全てのヌクレオチドを有してもよい。
【０１２８】
オリゴヌクレオチドは、架橋ヌクレオチド（例えば、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、ＥＮＡヌクレオチド）から完全に構成されていてもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡヌクレオチドを交互に含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとＬＮＡヌクレオチドを交互に含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、ＬＮＡヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、架橋ヌクレオチド（例えば、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、ＥＮＡヌクレオチド）である５’ヌクレオチドを有していてもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドである５’ヌクレオチドを有していてもよい。
【０１２９】
オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドの５’及び３’末端の各々で、少なくとも１つの架橋ヌクレオチド（例えば、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、ＥＮＡヌクレオチド）によりフランキングされるデオキシリボヌクレオチドを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドの５’及び３’末端の各々で、１、２、３、４、５、６、７、８又はそれ以上の架橋ヌクレオチド（例えば、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、ＥＮＡヌクレオチド）によってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含んでもよい。オリゴヌクレオチドの３’位は、３’ヒドロキシル基を有してもよい。オリゴヌクレオチドの３’位は、３’チオリン酸塩を有してもよい。
【０１３０】
オリゴヌクレオチドは、標識と結合させてもよい。例えば、オリゴヌクレオチドは、その５’又は３’末端で、ビオチン部分、コレステロール、ビタミンＡ、葉酸塩、シグマ受容体リガンド、アプタマー、ＣＰＰなどのペプチド、脂質などの疎水性分子、ＡＳＧＰＲ又は動的ポリ抱合体並びにそれらの変異体と結合させてもよい。
【０１３１】
好ましくは、一本鎖オリゴヌクレオチドは、以下：修飾された糖部分、及び／又は修飾されたヌクレオチド間結合、及び／又は修飾されたヌクレオチド及び／又はそれらの組合せを含む１つ又は複数の修飾を含む。所与のオリゴヌクレオチドにおける全ての位置が均一に修飾されている必要はなく、実際には、本明細書に記載する修飾の２つ以上を単一のオリゴヌクレオチド内に、又は１オリゴヌクレオチド内の単一のヌクレオチドに組み込んでもよい。
【０１３２】
ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、各々が少なくとも１個のヌクレオチドから構成される２つ以上の化学的に別個の領域を含むキメラオリゴヌクレオチドである。これらのオリゴヌクレオチドは、典型的に、１つ又は複数の有益な特性（例えば、ヌクレアーゼ耐性の増大、細胞内への取込みの増大、標的に対する結合親和性の増大）を賦与する修飾されたヌクレオチドの少なくとも１つの領域と、ＲＮＡ：ＤＮＡ又はＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドを切断することができる酵素の基質である１領域を含む。本発明のキメラ一本鎖オリゴヌクレオチドは、前述したように、２つ以上のオリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド及び／又はオリゴヌクレオチド模倣物の複合構造体として形成してもよい。このような化合物は、当分野では、ハイブリッド又はギャップマー（ｇａｐｍｅｒ）とも呼ばれている。こうしたハイブリッド構造体の調製を教示する代表的な米国特許としては、限定しないが、以下のものがある：米国特許第５，０１３，８３０号明細書；第５，１４９，７９７号明細書；第５，２２０，００７号明細書；第５，２５６，７７５号明細書；第５，３６６，８７８号明細書；第５，４０３，７１１号明細書；第５，４９１，１３３号明細書；第５，５６５，３５０号明細書；第５，６２３，０６５号明細書；第５，６５２，３５５号明細書；第５，６５２，３５６号明細書；及び第５，７００，９２２号明細書。尚、これら文献の各々は、本明細書に参照により組み込むものとする。
【０１３３】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、糖の２’位で修飾された少なくとも１個のヌクレオチド、極めて好ましくは２’−Ｏ−アルキル−、２’−Ｏ−アルキル−Ｏ−アルキル又は２’−フルオロ−修飾ヌクレオチドを含む。別の好ましい実施形態では、ＲＮＡ修飾は、ピリミジンのリボース上に２’−フルオロ、２’−アミノ及び２’−Ｏ−メチル−修飾ヌクレオチド、ＲＮＡの３’末端に脱塩基残基若しくは逆方法塩基を含む。こうした修飾は、常用の方法でオリゴヌクレオチドに組み込まれ、これらのオリゴヌクレオチドは、所与の標的に対して、２’−デオキシオリゴヌクレオチドより高いＴｍ（すなわち、より高い標的結合親和性）を有することがわかっている。
【０１３４】
いくつかのヌクレオチド及びヌクレオシド修飾が、それらを組み込んだオリゴヌクレオチドを、ネイティブオリゴデオキシヌクレオチドより、ヌクレアーゼ消化に対して耐性にすることが明らかにされており；これらの修飾されたオリゴは、非修飾オリゴヌクレオチドより長時間にわたってインタクトのまま生存する。修飾オリゴヌクレオチドの具体例としては、修飾された骨格を含むものがあり、例えば、ホスホロチオエート、リン酸トリエステル、メチルホスホネート、単鎖アルキル若しくはシクロアルキル糖間結合又は単鎖ヘテロ原子又は複素環式糖間結合が挙げられる。最も好ましいものは、ホスホロチオエート骨格を有するオリゴヌクレオチド及びヘテロ原子骨格を有するものであり、特に、以下のものである：ＣＨ２−ＮＨ−Ｏ−ＣＨ２、ＣＨ、〜Ｎ（ＣＨ３）〜Ｏ〜ＣＨ２（メチレン（メチルイミノ）又はＭＭＩ骨格として知られる）、ＣＨ２−−Ｏ−−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２、ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２及びＯ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−ＣＨ２骨格（ここで、ネイティブリン酸ジエステル骨格は、Ｏ−Ｐ−−Ｏ−ＣＨのように表される)；アミド骨格（Ｄｅ  Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ａｃｅ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．１９９５，２８：３６６−３７４を参照）；モルホリノ骨格構造（Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ及びＷｅｌｌｅｒ、米国特許第５，０３４，５０６号明細書を参照）；ペプチド核酸（ＰＮＡ）骨格（ここで、オリゴヌクレオチドのリン酸ジエステル骨格は、ポリアミド骨格で置換されており、ヌクレオチドは、ポリアミド骨格のアザ窒素原子と直接又は間接的に結合している；Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９１，２５４，１４９７を参照）。リン含有結合としては、限定しないが、ホスホロチオエート、キメラホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、リン酸トリエステル、アミノアルキルリン酸トリエステル、３’アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートなどのメチル及び他のアルキルホスホネート、ホスフィン酸塩、３’−アミノホスホロアミデート及びアミノアルキルホスホロアミデートなどのホスホロアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルリン酸トリエステル、並びに通常の３’−５’結合を有するボラノリン酸塩、これらの２’−５’結合類似体、並びに逆転極性を有するもの（ここで、ヌクレオシド単位の隣接する対は、３’−５’から５’−３’に、又は２’−５’から５’−２’に連結される）を含む；米国特許第３，６８７，８０８号明細書；同第４，４６９，８６３号明細書；同第４，４７６，３０１号明細書；同第５，０２３，２４３号明細書；同第５，１７７，１９６号明細書；同第５，１８８，８９７号明細書；同第５，２６４，４２３号明細書；同第５，２７６，０１９号明細書；同第５，２７８，３０２号明細書；同第５，２８６，７１７号明細書；同第５，３２１，１３１号明細書；同第５，３９９，６７６号明細書；同第５，４０５，９３９号明細書；同第５，４５３，４９６号明細書；同第５，４５５，２３３号明細書；同第５，４６６，６７７号明細書；同第５，４７６，９２５号明細書；同第５，５１９，１２６号明細書；同第５，５３６，８２１号明��書；同第５，５４１，３０６号明細書；同第５，５５０，１１１号明細書；同第５，５６３，２５３号明細書；同第５，５７１，７９９号明細書；同第５，５８７，３６１号明細書；同第５，６２５，０５０号明細書を参照。
【０１３５】
モルホリノベースのオリゴマー化合物は、以下：Ｄｗａｉｎｅ  Ａ．Ｂｒａａｓｃｈ及びＤａｖｉｄ  Ｒ．Ｃｏｒｅｙ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１（１４），４５０３−４５１０）；Ｇｅｎｅｓｉｓ，ｖｏｌｕｍｅ  ３０，ｉｓｓｕｅ  ３，２００１；Ｈｅａｓｍａｎ，Ｊ．，Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．，２００２，２４３，２０９−２１４；Ｎａｓｅｖｉｃｉｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，２６，２１６−２２０；Ｌａｃｅｒｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，２０００，９７，９５９１−９５９６；並びに１９９１年７月２３日に発行された米国特許第５，０３４，５０６号明細書に記載されている。ある実施形態では、モルホリノベースのオリゴマー化合物は、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）である（例えば、Ｉｖｅｒｓｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，３：２３５−２３８，２００１；及びＷａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎｅ  Ｍｅｄ．，１２：３５４−３６４，２０１０に記載されている通り；これらの開示内容は、本明細書に参照により全体を組み込むものとする）。
【０１３６】
シクロヘキセニル核酸オリゴヌクレオチド模倣物は、Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２０００，１２２，８５９５−８６０２に記載されている。
【０１３７】
リン原子を内部に含まない修飾オリゴヌクレオチド骨格は、短鎖アルキル若しくはシクロアルキルヌクレオシド間結合、混合ヘテロ原子及びアルキル若しくはシクロアルキルヌクレオシド間結合、又は１つ又は複数の短鎖ヘテロ原子若しくは複素環式ヌクレオシド間結合によって形成される骨格を有する。これらは、モルホリノ結合（一部がヌクレオシドの糖部分から形成される）；シクロサン骨格；スルフィド、スルホキシド及びフルホン骨格；ホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；アルケン含有骨格；スルファミメート骨格；メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格；スルホネート及びスルホンアミド骨格；アミド骨格；並びにＮ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２成分の混合部分を有する他の骨格であり；以下を参照されたい：米国特許第５，０３４，５０６号明細書；同第５，１６６，３１５号明細書；同第５，１８５，４４４号明細書；同第５，２１４，１３４号明細書；同第５，２１６，１４１号明細書；同第５，２３５，０３３号明細書；同第５，２６４，５６２号明細書；同第５，２６４，５６４号明細書；同第５，４０５，９３８号明細書；同第５，４３４，２５７号明細書；同第５，４６６，６７７号明細書；同第５，４７０，９６７号明細書；同第５，４８９，６７７号明細書；同第５，５４１，３０７号明細書；同第５，５６１，２２５号明細書；同第５，５９６，０８６号明細書；同第５，６０２，２４０号明細書；同第５，６１０，２８９号明細書；同第５，６０２，２４０号明細書；同第５，６０８，０４６号明細書；同第５，６１０，２８９号明細書；同第５，６１８，７０４号明細書；同第５，６２３，０７０号明細書；同第５，６６３，３１２号明細書；同第５，６３３，３６０号明細書；同第５，６７７，４３７号明細書；及び同第５，６７７，４３９号明細書。尚、これらの文献は各々、本明細書に参照により組み込む。
【０１３８】
また、アラビノヌクレオチド又は修飾されたアラビノヌクレオチド残基に基づく、又はそれらから構築されるオリゴヌクレオチドを含む修飾オリゴヌクレオチドも知られている。アラビノヌクレオチドは、リボヌクレオシドの立体異性体であり、糖環の２’位の立体配置だけが異なる。ある実施形態では、２’−アラビノ修飾は、２’−Ｆアラビノである。ある実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２’−フルオロ−Ｄ−アラビノ核酸（ＦＡＮＡ）である（例えば、Ｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．，４１：３４５７−３４６７，２００２及びＭｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１２：２６５１−２６５４，２００２；に記載されている通り；これらの開示内容は、本明細書に参照により全体を組み込むものとする）。また、同様の修飾を糖の他の位置、特に３’末端ヌクレオシド上又は２’−５’結合オリゴヌクレオチド内の糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチドの５’位に実施することもできる。
【０１３９】
ＰＣＴ公開番号：国際公開第９９／６７３７８号パンフレットは、相補的メッセンジャーＲＮＡとの結合による遺伝子発現の配列特異的阻害向上を目的とするアラビノ核酸（ＡＮＡ）オリゴマー及びその類似体を開示している。
【０１４０】
他の好ましい修飾としては、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）がある（例えば、国際公開第２００５／０４２７７７号パンフレット、Ｍｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．，Ｓｕｐｐｌ  １：２４１−２４２，２００１；Ｓｕｒｏｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．，１５：７４９−７５７，２００４；Ｋｏｉｚｕｍｉ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，８：１４４−１４９，２００６及びＨｏｒｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐ．Ｓｅｒ（Ｏｘｆ），４９：１７１−１７２，２００５；これらの開示内容は、本明細書に参照により全体を組み込むものとする）。好ましいＥＮＡとしては、限定しないが、２’−Ｏ、４’−Ｃ−エチレン架橋核酸が挙げられる。
【０１４１】
ＬＮＡの例は、国際公開第２００８／０４３７５３号パンフレットに記載されており、下記の一般式：
【化１】
2016528873.tif 000005
の組成物を含み、
式中、Ｘ及びＹは、独立に、基−Ｏ−、
−Ｓ−、−Ｎ（Ｈ）−、Ｎ（Ｒ）−、−ＣＨ２−又は−ＣＨ−（二重結合の一部である場合）、
−ＣＨ２−Ｏ−、−ＣＨ２−Ｓ−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−、−ＣＨ２−ＣＨ２−又は−ＣＨ２−ＣＨ−（二重結合の一部である場合）、
−ＣＨ＝ＣＨ−
の群から選択され、ここで、Ｒは、水素及びＣ１〜４−アルキルから選択され；Ｚ及びＺ＊は、独立に、ヌクレオシド間結合、末端基又は保護基から選択され；Ｂは、天然若しくは非天然ヌクレオチド塩基部分を構成し；いずれかの配向に非対称基が存在してもよい。
【０１４２】
好ましくは、本明細書に記載するオリゴヌクレオチドに用いられるＬＮＡは、下記式：
【化２】
2016528873.tif 000006
のいずれかに従う少なくとも１つのＬＮＡ単位を含み、
式中、Ｙは、−Ｏ−、−Ｓ−、−ＮＨ−、若しくはＮ（ＲＨ）−であり；Ｚ及びＺ＊は、独立に、ヌクレオシド間結合、末端基又は保護基から選択され；Ｂは、天然若しくは非天然ヌクレオチド塩基部分を構成し；ＲＨは、水素及びＣ１〜４−アルキルから選択される。
【０１４３】
ある実施形態において、本明細書に記載するオリゴヌクレオチドに用いられるロックド核酸（ＬＮＡ）は、ＰＣＴ／ＤＫ２００６／０００５１２のスキーム２に示される式のいずれかに従う１つのロックド核酸（ＬＮＡ）単位を含む。
【０１４４】
ある実施形態において、本発明のオリゴマーに用いられるＬＮＡは、以下：−０−Ｐ（Ｏ）２−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ，Ｓ）−Ｏ−、−０−Ｐ（Ｓ）２−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ（Ｏ）２−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ（Ｏ，Ｓ）−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ（Ｓ）２−Ｏ−、−０−Ｐ（Ｏ）２−Ｓ−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ，Ｓ）−Ｓ−、−Ｓ−Ｐ（Ｏ）２−Ｓ−、−Ｏ−ＰＯ（ＲＨ）−Ｏ−、Ｏ−ＰＯ（ＯＣＨ３）−Ｏ−、−Ｏ−ＰＯ（ＮＲＨ）−Ｏ−、−０−ＰＯ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｒ）−Ｏ−、−Ｏ−ＰＯ（ＢＨ３）−Ｏ−、−Ｏ−ＰＯ（ＮＨＲＨ）−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ）２−ＮＲＨ−、−ＮＲＨ−Ｐ（Ｏ）２−Ｏ−、−ＮＲＨ−ＣＯ−Ｏ−から選択されるヌクレオシド間結合を含み、ここで、ＲＨは、水素及びＣ１〜４−アルキルから選択される。
【０１４５】
特に好ましいＬＮＡ単位をスキーム２に示す。
【化３】
2016528873.tif 000007
【０１４６】
「チオ−ＬＮＡ」という用語は、前記一般式におけるＸ又はＹの少なくとも１つが、Ｓ又は−ＣＨ２−Ｓ−から選択される、ロックドヌクレオチドを含む。チオ−ＬＮＡは、β−Ｄ及びα−Ｌ−立体配置のいずれであってもよい。
【０１４７】
「アミノ−ＬＮＡ」という用語は、前記一般式におけるＸ又はＹの少なくとも１つが、−Ｎ（Ｈ）−、Ｎ（Ｒ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−、及び−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−（Ｒは、水素及びＣ１〜４−アルキルから選択される）から選択される、ロックドヌクレオチドを含む。アミノ−ＬＮＡは、β−Ｄ及びα−Ｌ−立体配置のいずれであってもよい。
【０１４８】
「オキシ−ＬＮＡ」という用語は、前記一般式におけるＸ又はＹの少なくとも１つが、−Ｏ−又は−ＣＨ２−Ｏ−を示す、ロックドヌクレオチドを含む。オキシ−ＬＮＡは、β−Ｄ及びα−Ｌ−立体配置のいずれであってもよい。
【０１４９】
「エナ−ＬＮＡ」という用語は、前記一般式におけるＹが、−ＣＨ２−Ｏ−である（−ＣＨ２−Ｏ−の酸素原子は、塩基Ｂに対して２’−位置に結合している）ロックドヌクレオチドを含む。
【０１５０】
ＬＮＡは、本明細書でさらに詳しく説明する。
【０１５１】
また、１つ又は複数の置換された糖部分を含んでもよく、例えば、２’位置にある以下のものの１つが挙げられる：ＯＨ、ＳＨ、ＳＣＨ３、Ｆ、ＯＣＮ、ＯＣＨ３ＯＣＨ３、ＯＣＨ３Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２又はＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎは、１〜約１０である）；Ｃｉ〜Ｃ１０低級アルキル、アルコキシアルコキシ、置換された低級アルキル、アルカリル若しくはアルキリル；Ｃｌ；Ｂｒ；ＣＮ；ＣＦ３；ＯＣＦ３；Ｏ−、Ｓ−、若しくはＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ−、若しくはＮ−アルケニル；ＳＯＣＨ３；ＳＯ２ＣＨ３；ＯＮＯ２；ＮＯ２；Ｎ３；ＮＨ２；ヘテロシクロアルキル；ヘテロシクロアルカリル；アミノアルキルアミノ；ポリアルキルアミノ；置換されたシリル；ＲＮＡ切断性基（ｃｌｅａｖｉｎｇ  ｇｒｏｕｐ）；リポータ基；インターカレータ；オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性を向上させるための基；又はオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を向上させるための基並びに同様の特性を有する他の置換基。好ましい修飾としては、２’−メトキシエトキシ［２’−０−ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、また、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）としても知られる］がある（Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ，ＨｅＩｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６）。他の好ましい修飾としては、２’−メトキシ（２’−０−ＣＨ３）、２’−プロポキシ（２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３）及び２’−フルオロ（２’−Ｆ）が挙げられる。また、類似の修飾をオリゴヌクレオチド上の他の位置、特に、３’末端ヌクレオチド上の糖の３’位及び５’末端ヌクレオチドの５’位に実施してもよい。オリゴヌクレオチドは、ペントフラノシル基に代わりシクロブチルなどの糖模倣物を有していてもよい。
【０１５２】
一本鎖オリゴヌクレオチドはまた、上記に加え、又は代わって、核酸塩基（一般に、当分野では単純に「塩基」と呼ぶ）修飾又は置換を含んでもよい。本明細書で用いる「非修飾」又は「天然の」ヌクレアーゼは、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を含む。修飾された核酸塩基は、天然の核酸に稀に又は一時的にしか認められない核酸塩基、例えば、以下を含む：ヒポキサチン、６−メチルアデニン、５−Ｍｅピリミジン、特に、５−メチルシトシン（５−メチル−２’−デオキシシトシンとも呼ばれ、当分野では５−Ｍｅ−Ｃと呼ばれることが多い）、５−ヒドロキシメチルシトシン（ＨＭＣ）、グリコシルＨＭＣ及びゲントビオシルＨＭＣ、イソシトシン、プソイドイソシトシン、並びに合成の核酸塩基、例えば、２−アミノアデニン、２−（メチルアミノ）アデニン、２−（イミダゾリルアルキル）アデニン、２−（アミノアルキルアミノ）アデニン、又は他のヘテロ置換されたアルキルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミン、５−ブロモウラシル、５−ヒドロキシメチルウラシル、５−プロピルウラシル、８−アザグアニン、７−デアザグアニン、Ｎ６（６−アミノヘキシル）アデニン、６−アミノプリン、２−アミノプリン、２−クロロ−６−アミノプリン及び２，６−ジアミノプリン又は他のジアミノプリン。例えば、Ｋｏｒｎｂｅｒｇ，“ＤＮＡ  Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ”，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，１９８０，ｐｐ７５−７７；Ｇｅｂｅｙｅｈｕ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１５：４５１３（１９８７））を参照。例えば、イノシンなどの当技術分野において周知の「ユニバーサル」塩基も含んでよい。５−Ｍｅ−Ｃ置換は、核酸二重らせんの安定性を０．６〜１．２℃増大することが示されており（Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｃｒｏｏｋｅ，及びＬｅｂｌｅｕ，ｅｄｓ．，Ａｎｔｉｓｃｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６−２７８)、これを塩基置換として用いてよい。
【０１５３】
所与のオリゴヌクレオチドにおける全ての位置が均一に修飾されている必要はなく、実際には、本明細書に記載する修飾の２つ以上を単一のオリゴヌクレオチド内に、あるいは、１オリゴヌクレオチド内の単一のヌクレオチドに組み込んでもよい。
【０１５４】
ある実施形態において、糖及びヌクレオシド間結合の両方、すなわちヌクレオチド単位の骨格を新しい基で置換する。塩基単位は、適切な核酸標的化合物とのハイブリダイゼーションのために維持する。こうしたオリゴマー化合物の１つ、すなわち優れたハイブリダイゼーション特性を有することが示されているオリゴヌクレオチド模倣物は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）と呼ばれる。ＰＮＡ化合物では、オリゴヌクレオチドの糖骨格は、アミド含有骨格、例えば、アミノエチルグリシン骨格で置換されている。核酸塩基は保持され、骨格のアミド部分のアザ窒素原子と直接又は間接的に結合している。ＰＮＡ化合物の調製を教示する代表的米国特許としては、限定しないが、米国特許第５，５３９，０８２号明細書；同第５，７１４，３３１号明細書；及び同第５，７１９，２６２号明細書が挙げられ、これらは各々、参照により本明細書に組み込む。ＰＮＡ化合物についての別の教示は、Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９１，２５４，１４９７−１５００に見出すことができる。
【０１５５】
一本鎖オリゴヌクレオチドはまた、１つまたは複数の核酸塩基（多くの場合、当分野では単に「塩基」と呼ばれる）修飾又は置換を含んでもよい。本明細書で用いる「非修飾」又は「天然の」核酸塩基は、プリン塩基のアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を含む。修飾された核酸塩基は、他の合成及び天然核酸塩基、例えば、以下を含む：５−メチルシトシン（５−Ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピルウラシル及びシトシン、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル(プソイド−ウラシル)、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、並びに他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、とりわけ５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、及び他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン、並びに３−デアザグアニン及び３−デアザアデニン。
【０１５６】
さらに、核酸塩基は、米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの、“Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ”，８５８〜８５９頁，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０に開示されているもの；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｌｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、１９９１，３０，６１３頁により開示されているもの、並びにＳａｎｇｈｖｉ，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，２８９〜３０２頁，Ｃｒｏｏｋｅ，及びＬｅｂｌｅｕ，ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、１９９３によって開示されているものを含む。これら核酸塩基のいくつかは、本発明のオリゴマー化合物の結合親和性を増大するのにとりわけ有用である。このようなものとして、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、並びにＮ−２、Ｎ−６及び０−６置換プリンが挙げられ、これらは、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、並びに５−プロピニルシトシンを含む。５−メチルシトシン置換は、核酸二重らせんの安定性を０．６〜１．２℃増大することが示されており（Ｓａｎｇｈｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ，“Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６−２７８)、これらは現時点で好ましい塩基置換であり、特に、２’−Ｏ−メトキシエチル糖修飾と組合せた場合、さらに好ましい塩基置換である。修飾された核酸塩基は、以下：米国特許第３，６８７，８０８号明細書、並びに同第４，８４５，２０５号明細書；同第５，１３０，３０２号明細書；同第５，１３４，０６６号明細書；同第５，１７５，２７３号明細書；同第５，３６７，０６６号明細書；同第５，４３２，２７２号明細書；同第５，４５７，１８７号明細書；同第５，４５９，２５５号明細書；同第５，４８４，９０８号明細書；同第５，５０２，１７７号明細書；同第５，５２５，７１１号明細書；同第５，５５２，５４０号明細書；同第５，５８７，４６９号明細書；同第５，５９６，０９１号明細書；同第５，６１４，６１７号明細書；同第５，７５０，６９２号明細書、及び同第５，６８１，９４１号明細書に記載されており、これらは各々、参照により本明細書に組み込む。
【０１５７】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、又は細胞の取込みを増強する、１つ又は複数の部分若しくはコンジュゲートに化学的に連結させる。例えば、同じ、若しくは異なるタイプの１つ又は複数の一本鎖オリゴヌクレオチドを互いに結合させることができ；又は一本鎖オリゴヌクレオチドを１細胞型若しくは組織型に対して増強された特異性を有するターゲティング部分と結合させることができる。このような部分としては、限定しないが、以下のものが挙げられる：コレステロール部分などの脂質部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８)、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基（Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロール又はトリエチルアンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｃｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ、１９９５，１４，９６９−９７３）、又はアダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４）、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ、１９９５，１２６４、２２９−２３７）、又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ−カルボニル−ｔオキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）。また、以下：米国特許第４，８２８，９７９号明細書；同第４，９４８，８８２号明細書；同第５，２１８，１０５号明細書；同第５，５２５，４６５号明細書；同第５，５４１，３１３号明細書；同第５，５４５，７３０号明細書；同第５，５５２，５３８号明細書；同第５，５７８，７１７号明細書；同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５９１，５８４号明細書；同第５，１０９，１２４号明細書；同第５，１１８，８０２号明細書；同第５，１３８，０４５号明細書；同第５，４１４，０７７号明細書；同第５，４８６，６０３号明細書；同第５，５１２，４３９号明細書；同第５，５７８，７１８号明細書；同第５，６０８，０４６号明細書；同第４，５８７，０４４号明細書；同第４，６０５，７３５号明細書；同第４，６６７，０２５号明細書；同第４，７６２，７７９号明細書；同第４，７８９，７３７号明細書；同第４，８２４，９４１号明細書；同第４，８３５，２６３号明細書；同第４，８７６，３３５号明細書；同第４，９０４，５８２号明細書；同第４，９５８，０１３号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，２４５，０２２号明細書；同第５，２５４，４６９号明細書；同第５，２５８，５０６号明細書；同第５，２６２，５３６号明細書；同第５，２７２，２５０号明細書；同第５，２９２，８７３号明細書；同第５，３１７，０９８号明細書；同第５，３７１，２４１号明細書；同第５，３９１，７２３号明細書；同第５，４１６，２０３号明細書；同第５，４５１，４６３号明細書；同第５，５１０，４７５号明細書；同第５，５１２，６６７号明細書；同第５，５１４，７８５号明細書；同第５，５６５，５５２号明細書；同第５，５６７，８１０号明細書；同第５，５７４，１４２号明細書；同第５，５８５，４８１号明細書；同第５，５８７，３７１号明細書；同第５，５９５，７２６号明細書；同第５，５９７，６９６号明細書；同第５，５９９，９２３号明細書；同第５，５９９，９２８号明細書、及び同第５，６８８，９４１号明細書を参照されたい。尚、これらは各々、参照により本明細書に組み込むものとする。
【０１５８】
これらの部分又はコンジュゲートは、一次又は二次ヒドロキシル基などの官能基に共有結合したコンジュゲート基を含んでもよい。本発明のコンジュゲート基としては、インターカレータ、リポータ分子、ポリイミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、オリゴマーの薬力学的特性を増強するための基；又はオリゴマーの薬物動態学的特性を増強するための基が挙げられる。典型的なコンジュゲート基としては、コレステロール、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クーマリン、及び色素が挙げられる。本発明に関して、薬力学的特性を増強する基には、取込みを向上させ、分解に対する耐性を増強し、及び／又は標的核酸との配列特異的ハイブリダイゼーションを強化する基が含まれる。本発明に関して、薬物動態学的特性を増強する基には、本発明の化合物の取込み、分布、代謝又は排出を向上させる基が含まれる。代表的コンジュゲート基は、１９９２年１０月２３日に提出された国際特許出願番号：ＰＣＴ／ＵＳ９２／０９１９６号パンフレット、及び米国特許第６，２８７，８６０号明細書に開示されており、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。コンジュゲート部分は、限定しないが、コレステロール部分などの脂質部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル−５−トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロール又はトリエチルアンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート、ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖、又はアダマンタン酢酸、パルミチル部分、又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分を含む。例えば、以下の文献を参照されたい：米国特許第４，８２８，９７９号明細書；同第４，９４８，８８２号明細書；同第５，２１８，１０５号明細書；同第５，５２５，４６５号明細書；同第５，５４１，３１３号明細書；同第５，５４５，７３０号明細書；同第５，５５２，５３８号明細書；同第５，５７８，７１７号明細書；同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５９１，５８４号明細書；同第５，１０９，１２４号明細書；同第５，１１８，８０２号明細書；同第５，１３８，０４５号明細書；同第５，４１４，０７７号明細書；同第５，４８６，６０３号明細書；同第５，５１２，４３９号明細書；同第５，５７８，７１８号明細書；同第５，６０８，０４６号明細書；同第４，５８７，０４４号明細書；同第４，６０５，７３５号明細書；同第４，６６７，０２５号明細書；同第４，７６２，７７９号明細書；同第４，７８９，７３７号明細書；同第４，８２４，９４１号明細書；同第４，８３５，２６３号明細書；同第４，８７６，３３５号明細書；同第４，９０４，５８２号明細書；同第４，９５８，０１３号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，２４５，０２２号明細書；同第５，２５４，４６９号明細書；同第５，２５８，５０６号明細書；同第５，２６２，５３６号明細書；同第５，２７２，２５０号明細書；同第５，２９２，８７３号明細書；同第５，３１７，０９８号明細書；同第５，３７１，２４１号明細書；同第５，３９１，７２３号明細書；同第５，４１６，２０３号明細書；同第５，４５１，４６３号明細書；同第５，５１０，４７５号明細書；同第５，５１２，６６７号明細書；同第５，５１４，７８５号明細書；同第５，５６５，５５２号明細書；同第５，５６７，８１０号明細書；同第５，５７４，１４２号明細書；同第５，５８５，４８１号明細書；同第５，５８７，３７１号明細書；同第５，５９５，７２６号明細書；同第５，５９７，６９６号明細書；同第５，５９９，９２３号明細書；同第５，５９９，９２８号明細書、及び同第５，６８８，９４１号明細書。
【０１５９】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチド修飾は、オリゴヌクレオチドの５’又は３’末端の修飾を含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの３’末端は、ヒドロキシル基又はチオホスフェートを含む。別の分子（例えば、ビオチン部分又は発蛍光団）を一本鎖オリゴヌクレオチドの５’又は３’末端に結合することができることは理解すべきである。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、５’ヌクレオチドに結合したビオチン部分を含む。
【０１６０】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ＥＮＡ修飾ヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを含む。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡ修飾ヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドとロックド核酸ヌクレオチドを交互に含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ロックド核酸ヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む。
【０１６１】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドである。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドは、ロックド核酸ヌクレオチドである。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドの５’及び３’末端の各々で少なくとも１個のロックド核酸ヌクレオチドによりフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの３’位のヌクレオチドは、３’ヒドロキシル基又は３’チオホスフェートを有する。
【０１６２】
ある実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２個のヌクレオチドの間にホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、全てのヌクレオチドの間にホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。
【０１６３】
一本鎖オリゴヌクレオチドが、本明細書に記載する修飾の任意の組合せを有してもよいことは理解すべきである。
【０１６４】
オリゴヌクレオチドは、以下の修飾パターンの１つ又は複数を有するヌクレオチド配列を含んでもよい。
（ａ）（Ｘ）Ｘｘｘｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘｘｘＸｘ及び（Ｘ）ｘｘｘｘｘＸ、
（ｂ）（Ｘ）ＸＸｘｘｘｘ、（Ｘ）ＸｘＸｘｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘＸｘｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘＸｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘＸＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘＸｘ、（Ｘ）ｘｘＸｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘｘＸＸｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸｘＸ及び（Ｘ）ｘｘｘｘＸＸ、
（ｃ）（Ｘ）ＸＸＸｘｘｘ、（Ｘ）ｘＸＸＸｘｘ、（Ｘ）ｘｘＸＸＸｘ、（Ｘ）ｘｘｘＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸｘｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘＸｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘＸｘ、（Ｘ）ｘＸＸｘｘＸ、（Ｘ）ｘｘＸＸｘＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ｘＸｘｘＸＸ、（Ｘ）ｘｘＸｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸｘＸ及び（Ｘ）ＸｘＸｘＸｘ、
（ｄ）（Ｘ）ｘｘＸＸＸ、（Ｘ）ｘＸｘＸＸＸ、（Ｘ）ｘＸＸｘＸＸ、（Ｘ）ｘＸＸＸｘＸ、（Ｘ）ｘＸＸＸＸｘ、（Ｘ）ＸｘｘＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸｘＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸＸｘｘＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸｘＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸＸｘ、（Ｘ）ＸＸＸｘｘＸ、（Ｘ）ＸＸＸｘＸｘ、及び（Ｘ）ＸＸＸＸｘｘ、
（ｅ）（Ｘ）ｘＸＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸｘＸＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸｘＸＸＸ、（Ｘ）ＸＸＸｘＸＸ、（Ｘ）ＸＸＸＸｘＸ及び（Ｘ）ＸＸＸＸＸｘ、並びに
（ｆ）ＸＸＸＸＸＸ、ＸｘＸＸＸＸＸ、ＸＸｘＸＸＸＸ、ＸＸＸｘＸＸＸ、ＸＸＸＸｘＸＸ、ＸＸＸＸＸｘＸ及びＸＸＸＸＸＸｘ
ここで、「Ｘ」は、ヌクレオチド類似体を示し、（Ｘ）は、任意のヌクレオチド類似体を示し、「ｘ」は、ＤＮＡ又はＲＮＡヌクレオチド単位を示す。上に挙げたパターンの各々は、単独、又は開示された他の修飾パターンのいずれかとの組み合わせでオリゴヌクレオチド内に１回又は複数回出現し得る。
【０１６５】
遺伝子発現の調節方法
一態様において、本発明は、研究を目的とする（例えば、細胞における遺伝子の機能を研究するための）、細胞（例えば、標的遺伝子のレベルが低減した細胞）における遺伝子発現を調節する方法に関する。別の形態では、本発明は、遺伝子又はエピジェネティック療法を目的とする、細胞（例えば、標的遺伝子のレベルが低減した細胞）における遺伝子発現を調節する方法に関する。細胞はｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏ（例えば、標的遺伝子の発現又は活性の低減を原因とする疾患を有する被験者において）であってよい。ある実施形態では、細胞における遺伝子発現を調節する方法は、本明細書に記載する一本鎖オリゴヌクレオチドを送達することを含む。ある実施形態では、細胞への一本鎖オリゴヌクレオチドの送達によって、一本鎖オリゴヌクレオチドが送達されていない対照細胞における遺伝子の発現レベルに比べ、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％又はそれ以上高い遺伝子の発現レベルがもたらされる。特定の実施形態では、細胞への一本鎖オリゴヌクレオチドの送達によって、一本鎖オリゴヌクレオチドが送達されていない対照細胞における遺伝子の発現レベルに比べ、少なくとも５０％高い遺伝子の発現レベルがもたらされる。
【０１６６】
本発明の別の態様において、方法は、本明細書に記載する一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物を被験者（例えば、ヒト）に投与して、被験者におけるタンパク質レベルを増大することを含む。ある実施形態では、タンパク質レベルの増大は、投与前の被験者におけるタンパク質の量に比べ、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、又はそれ以上高い。
【０１６７】
別の例として、細胞における標的遺伝子の発現を増大するために、本方法は、標的遺伝子を包含するか、又はこれらの近傍にあるゲノム位置に位置する（例えば、長い非コードＲＮＡの）ＰＲＣ２関連領域と十分相補的である一本鎖オリゴヌクレオチド配列を細胞に導入することを含む。
【０１６８】
別の態様において、本発明は、標的遺伝子の発現レベル低下に関連する状態（例えば、表４に掲載される疾患）を治療する方法を提供し、この方法は、本明細書に記載する一本鎖オリゴヌクレオチドを投与することを含む。
【０１６９】
被験者は、非ヒト哺乳動物、例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、イヌ、ヤギ、ウシ、又はウマを含み得る。好ましい実施形態において、被験者は、ヒトである。一本鎖オリゴヌクレオチドは、ヒトを含む動物における状態の治療薬中の治療部分として使用されてきた。一本鎖オリゴヌクレオチドは、細胞、組織及び動物、特にヒトの治療のための治療計画に有用となるように設計することができる治療法である。
【０１７０】
治療のため、標的遺伝子の発現レベルの低下に関連する疾患の疑いがある動物、好ましくはヒトが、本発明における一本鎖オリゴヌクレオチドの投与により処置される。例えば、非限定的な一実施形態において、本方法は、治療を必要とする動物に対し本明細書に記載されるとおりの一本鎖オリゴヌクレオチドの治療有効量を投与するステップを含む。
【０１７１】
製剤化、送達、及び投薬
本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子レベルの低下に関連する状態（例えば、表４の疾患又は別様に本明細書に開示される疾患）を治療するための対象への投与用に製剤化することができる。製剤化、組成物及び方法は、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドのいずれによっても実施し得ることが理解されなければならない。
【０１７２】
製剤は、好都合には単位剤形で提供することができ、製薬の分野で公知のいずれかの方法により調製してもよい。単一剤形を製造するのに担体物質と組み合わせることができる活性成分（例えば、本発明のオリゴヌクレオチド又は化合物）の量は、治療しようとする宿主、具体的投与方式、例えば、皮内若しくは吸入などに応じて変動する。単一剤形を製造するのに担体物質と組み合わせることができる活性成分の量は、一般に、治療効果、例えば、腫瘍退縮をもたらす化合物の量である。
【０１７３】
本発明の医薬製剤は、製剤の製造に関する分野で公知のいずれかの方法に従い調製することができる。このような製剤は、甘味料、香味料、着色剤及び防腐剤を含有してよい。製剤は、製造に好適であり、非毒性の薬学的に許容される賦形剤と混合してもよい。製剤は、１種以上の希釈剤、乳化剤、防腐剤、緩衝剤、賦形剤などを含んでもよく、液体、粉末、エマルション、凍結乾燥した粉末、スプレー、クリーム、ローション、徐放剤、錠剤、丸薬、ゲル、パッチ、インプラントなどの形態で提供することができる。
【０１７４】
製剤化した一本鎖オリゴヌクレオチド組成物は、多様な状態を呈するものであってよい。ある例では、組成物は、少なくとも部分的に結晶性、均質に結晶性、及び／又は無水性（例えば、含水率が８０％、５０％、３０％、２０％、若しくは１０％未満）である。別の例では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、水相、例えば、水を含む溶液状である。水相又は結晶性組成物は、例えば、送達ビヒクル、例えば、リポソーム（特に、水相の場合）又は粒子（例えば、結晶性組成物に好適となり得るようなミクロ粒子）に組み込むことができる。一般に、意図する投与方法と適合性である方法で、一本鎖オリゴヌクレオチド組成物を製剤化する。
【０１７５】
ある実施形態において、組成物は、以下の方法の少なくとも１つにより調製する：噴霧乾燥、凍結乾燥、真空乾燥、蒸発、流動層乾燥、若しくはこれらの技術の組合せ；又は脂質を用いた超音波処理、フリーズドライ、縮合及びその他の自己組織化。
【０１７６】
一本鎖オリゴヌクレオチド調製物は、別の薬剤、例えば、別の治療薬又は一本鎖オリゴヌクレオチドを安定化する物質、例えば、一本鎖オリゴヌクレオチドと複合体化するタンパク質と組み合わせて製剤化又は投与する（一緒に、若しくは個別に）ことができる。別の薬剤は、キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ（例えば、Ｍｇ２＋などの二価カチオンを除去するため）、塩、ＲＮＡｓｅ阻害剤（例えば、ＲＮＡｓｉｎなどの広特異性ＲＮＡｓｅ阻害剤）などを含む。
【０１７７】
一実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチド調製物は、別の一本鎖オリゴヌクレオチド、例えば、第２遺伝子の発現を調節する第２一本鎖オリゴヌクレオチド又は第１遺伝子の発現を調節する第２一本鎖オリゴヌクレオチドを含む。さらに別の調製物は、少なくとも３、５、１０、２０、５０、又は１００以上の異なる一本鎖オリゴヌクレオチド種を含んでもよい。こうした一本鎖オリゴヌクレオチドは、同様の数の異なる遺伝子に関して、遺伝子発現を媒介することができる。一実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチド調製物は、少なくとも１種の第２治療薬（例えば、オリゴヌクレオチド以外の薬剤）を含む。
【０１７８】
送達経路
一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物は、様々な経路で被験者に送達することができる。経路の例として、静脈内、皮内、局所、直腸、非経口、肛門、膣内、鼻内、肺、眼などが挙げられる。「治療に有効な量」という用語は、予想される生理学的応答を賦与するために、治療対象の被験者において要望されるレベルの標的遺伝子発現をもたらすのに必要な、組成物中に存在するオリゴヌクレオチドの量である。「生理学的に有効な量」という用語は、要望される苦痛緩和又は治癒効果を賦与するために、被験者に送達される量である。「薬学的に許容される担体」という用語は、被験者に対する有意な有害な毒物学的効果を伴わずに、担体を被験者に投与することができることを意味する。
【０１７９】
本発明の一本鎖オリゴヌクレオチド分子は、投与に適した医薬組成物に組み込むことができる。こうした組成物は、典型的に、１種又は複数種の一本鎖オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体を含む。本明細書で用いる「薬学的に許容される担体」という表現は、製剤投与に適合性のあらゆる溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤などを含むことを意図する。薬学的に活性の物質のためのこのような媒質及び薬剤の使用は、当分野では公知である。従来の媒質又は薬剤が活性化合物と非適合性である場合を除いて、組成物におけるその使用が考慮される。また、追加の活性化合物を組成物に組み込むこともできる。
【０１８０】
本発明の医薬組成物は、局所又は全身治療のいずれが要望されるか、また治療しようとする部位に応じていくつかの方法で投与することができる。投与は、局所（眼、膣、直腸、鼻内、経皮など）、経口又は非経口であってよい。非経口投与には、静脈内持続注入法、皮下、腹腔内若しくは筋内注射、又はクモ膜下腔内若しくは脳室内投与が含まれる。
【０１８１】
投与の経路及び部位は、ターゲティングを増強するように選択してよい。例えば、筋肉細胞をターゲティングするためには、対象の筋肉への筋内注射が、理にかなった選択であろう。肺細胞は、エアロゾル形態の一本鎖オリゴヌクレオチドを投与することにより、ターゲティングすることができる。血管内皮細胞は、バルーンカテーテルを一本鎖オリゴヌクレオチドでコーティングして、オリゴヌクレオチドを機械的に導入することによりターゲティングすることができる。
【０１８２】
局所投与とは、製剤を被験者の表面に直接接触させることによる、被験者への送達を指す。局所投与の最も一般的形態は、皮膚に対するものであるが、本明細書に開示する組成物は、身体の他の表面、例えば、眼、粘膜、体腔の表面又は内面にも直接適用することができる。前述したように、最も一般的な局所送達は、皮膚に対するものである。この用語は、限定しないが、局所及び経皮を含む複数の投与経路を包含する。これらの投与方式は、典型的に、皮膚の透過障壁の浸透及び標的組織又は層への有効な送達を含む。局所投与は、表皮及び真皮に浸透して、最終的に組成物の全身送達を達成する手段として用いることができる。局所投与は、被験者の表皮若しくは真皮、又はその特定の層、又は下層組織にオリゴヌクレオチドを選択的に投与する手段として用いることができる。
【０１８３】
局所投与のための製剤としては、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ジェル、点滴薬、座薬、スプレー、液剤及び粉末剤が挙げられる。従来の製剤用担体、水性、粉末若しくは油性基剤、増粘剤などが必要であるか、又は望ましい場合もある。また、コーティングされたコンドーム、手袋などが有用な場合もある。
【０１８４】
経皮送達は、脂溶性治療薬の投与のための貴重な経路である。真皮は、表皮より透過性であるため、擦りむいた、熱傷を受けた、又はむき出しの皮膚からの吸収は、はるかに高速である。炎症及び皮膚への血流を増加する他の生理学的状態もまた、経皮吸収を増強する。この経路を介した吸収は、油性ビヒクルの使用（塗擦）又は１種以上の浸透促進剤の使用により、増強され得る。経皮経路により本明細書に開示する組成物を送達する他の有効な方法としては、皮膚の水和、及び徐放性局所パッチの使用がある。経皮経路は、全身及び／又は局所療法のために本明細書に開示する組成物を送達する潜在的に有効な手段を提供する。加えて、イオン導入法（電界の影響下での生体膜を介したイオン性溶質の輸送）、音波泳動又は超音波泳動（生体膜、特に皮膚及び角質を通した各種治療薬の吸収を増強するための超音波の使用）、並びに投与位置及び投与部位での貯留に関するビヒクル特性の最適化も、皮膚及び粘膜部位を介した局所適用組成物の輸送を増強する上で有用な方法である。
【０１８５】
経口及び鼻粘膜は、他の投与経路に比して利点を提供する。例えば、これらの膜を介して投与されたオリゴヌクレオチドは、作用の迅速な開始を有し、治療血漿レベルをもたらし、肝代謝の初回通過効果を回避し、有害な胃腸（ＧＩ）環境へのオリゴヌクレオチドの暴露を回避する。さらに別の利点は、オリゴヌクレオチドを容易に適用、局在化及び除去することができるような膜部位に対する容易な接近を含む。
【０１８６】
経口送達の場合、組成物は、口腔の表面、例えば、舌下面及び口腔底の粘膜又は頬の内側表面を構成する頬粘膜にターゲティングすることができる。舌下粘膜は、比較的透過性であるため、多くの薬剤の迅速な吸収及び許容可能な生体利用可能性をもたらす。さらに、舌下粘膜は、好都合で、許容可能かつ容易に接触可能である。
【０１８７】
一本鎖オリゴヌクレオチドの医薬組成物は、計量噴霧ディスペンサーから、前述したような混合ミセル医薬製剤及び噴霧剤を、吸入せずに、口腔に噴霧することによりヒトの口腔に投与することもできる。一実施形態では、ディスペンサーをまず振盪した後、医薬組成物及び噴霧剤を口腔に噴霧する。
【０１８８】
経口投与のための組成物としては、粉末若しくは顆粒、水中の懸濁液若しくは溶液、シロップ、エマルション、エリキシール又は非水性媒体、錠剤、カプセル、ロゼンジ、又はトローチが挙げられる。錠剤の場合、用いることができる担体としては、ラクトース、クエン酸ナトリウム、及びリン酸の塩がある。デンプンなどの各種崩壊剤、並びにステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム及びタルクなどの潤滑剤が一般に錠剤に用いられている。カプセル形態への経口投与の場合、有用な希釈剤は、ラクトース及び高分子量ポリエチレングリコールである。経口用途に水性懸濁液が必要な場合、核酸組成物は、乳化及び懸濁剤と組み合わせることができる。要望される場合には、特定の甘味料及び／又は香味料を添加してもよい。
【０１８９】
非経口投与には、静脈内持続注入法、皮下、腹腔内又は筋内注射、クモ膜下腔内又は脳室内投与が含まれる。ある実施形態において、非経口投与は、疾患の部位への直接の投与（例えば、腫瘍への注射）を含む。
【０１９０】
非経口投与のための製剤は、滅菌水溶液を含んでもよく、こうした水溶液は、緩衝剤、希釈剤及びその他の好適な添加剤をさらに含有してもよい。脳室内投与は、例えば、レザバーに取り付けられた脳室内カテーテルによって促進してもよい。静脈内での使用の場合、溶質の合計濃度を制御して、製剤を等張性にしなければならない。
【０１９１】
本明細書に記載する一本鎖オリゴヌクレオチドのいずれも眼組織に投与することができる。例えば、組成物は、眼の表面又は周辺組織、例えば、瞼の内部に適用することができる。眼への投与の場合、軟膏又は点滴可能な液体を、アプリケータ又は点眼器などの当分野では公知の眼投与装置により投与してよい。このような組成物は、ヒアルロン酸、硫酸コンドロイチン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース又はポリ（ビニルアルコール）などのムコミメティック剤（ｍｕｃｏｉｍｉｍｅｔｉｃｓ）、ソルビン酸、ＥＤＴＡ若しくは塩化ベンジルクロニウムなどの防腐剤、並びに通常量の希釈剤及び／又は担体を含んでもよい。一本鎖オリゴヌクレオチドはまた、眼の内部に投与することもでき、これを選択した部位又は構造体に導入することができる針若しくは他の送達装置により導入することができる。
【０１９２】
肺送達組成物は、患者が分散液を吸入することにより送達することができ、これによって、分散液内の組成物、好ましくは一本鎖オリゴヌクレオチドが、肺に到達し、そこで、組成物が肺胞領域を通して直接血液循環中に容易に吸収されるようにすることができる。肺送達は、肺の疾患を治療するための全身送達及び局在化送達の両方に有効となり得る。
【０１９３】
肺送達は、噴霧化、エアロゾル化、ミセル及び乾燥粉末ベースの製剤の使用など、様々なアプローチにより達成することができる。送達は、液体ネブライザー、エアロゾルベースの吸入器、及び乾燥粉末分散器を用いて、達成することができる。定量装置が好ましい。噴霧器又は吸入器を用いる利点の１つは、装置が自蔵式であるため、汚染の可能性が最小限に抑えられることである。例えば、乾燥粉末分散器は、乾燥粉末として容易に製剤化することができる薬剤を送達する。一本鎖オリゴヌクレオチド組成物は、単独で、又は好適な粉末担体と組み合わせて、凍結乾燥又は噴霧乾燥粉末として安定して貯蔵することができる。吸入用組成物の送達は、タイマー、ドーズカウンター、時間計測装置を含み得る投与タイミング要素、又は時間表示器を用いて実施することができ、これらが装置に内蔵されていれば、エアロゾル薬剤の投与の際の用量追跡、適合性モニタリング、及び／又は患者への用量トリガーが可能になる。
【０１９４】
「粉末」という用語は、流動性であって、吸入装置に容易に分散させることができ、被験者によって吸入されて、粒子が肺に到達し、肺胞への浸透を可能にするような微細に分散した固体粒子から構成される組成物を意味する。従って、こうした粉末は、「呼吸用（ｒｅｓｐｉｒａｂｌｅ）」と言われる。好ましくは、平均粒度は、粒径約１０μｍ未満であり、好ましくは比較的均一の球状形の分布をしている。より好ましくは、粒径は、約７．５μｍ未満であり、極めて好ましくは約５．０μｍ未満である。通常、粒度分布は、直径約０．１μｍ〜約５μｍ、特に約０．３μｍ〜約５μｍである。
【０１９５】
「乾燥（した）」という用語は、組成物が、約１０重量％（％ｗ）未満の水、通常約５％ｗ未満、好ましくは約３％ｗ未満の含水率を有することを意味する。乾燥組成物は、粒子が、エアロゾルを形成するように、吸入装置中に容易に分散可能であるものでよい。
【０１９６】
担体として有用な様々なタイプの医薬用賦形剤としては、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）などの安定剤、炭水化物、アミノ酸及びポリペプチドなどの充填剤；ｐＨ調節剤若しくは緩衝剤；塩化ナトリウムなどの塩等がある。これらの担体は、結晶性又は非晶性形態のいずれであってもよいし、両者の混合物であってもよい。
【０１９７】
好適なｐＨ調節剤又は緩衝剤としては、有機酸と塩基から調製される有機塩、例えば、クエン酸ナトリウム、アスコルビン酸ナトリウムなどがあり、クエン酸ナトリウムが好ましい。ミセル状一本鎖オリゴヌクレオチド製剤の肺投与は、テトラフルオロエタン、ヘプタフルオロエタン、ジメチルフルオロプロパン、テトラフルオロプロパン、ブタン、イソブタン、ジメチルエーテル及びその他の非ＣＦＣ及びＣＦＣ噴霧剤などの噴霧剤を含む定量噴霧装置を用いて達成することができる。
【０１９８】
例示的装置としては、血管系に導入される装置、例えば、血管組織の管腔に挿入される装置、又は装置自体が血管系の一部を形成するもの、例えば、ステント、カテーテル、心臓弁、及びその他の血管装置が挙げられる。これらの装置、例えば、カテーテル又はステントは、肺、心臓、又は脚の血管系に配置することができる。
【０１９９】
他の装置としては、非血管装置、例えば、腹腔内、臓器若しくは腺組織に移植される装置、例えば、人工臓器がある。こうした装置は、一本鎖オリゴヌクレオチドに加えて治療物質を放出することができる。例えば、ある装置は、インスリンを放出することができる。
【０２００】
一実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物の単位用量又は計測用量は、埋め込みデバイスによって投与される。デバイスは、被験者内のパラメータを監視するセンサーを含んでもよい。例えば、デバイスは、例えば、ポンプ、並びに任意選択で付属の電子部品を含んでもよい。
【０２０１】
組織、例えば、細胞又は臓器を一本鎖オリゴヌクレオチドによりｅｘ  ｖｉｖｏで処置した後、被験者に投与又は移植することができる。組織は、オートロガス、同種異系、又は異種間組織であってよい。例えば、組織を処置して、移植片対宿主病を軽減することができる。他の実施形態では、組織は、同種異系であり、組織を処置して、その組織における不要な遺伝子発現を特徴とする障害を治療することができる。例えば、組織、例えば、造血細胞、例えば、骨髄造血細胞を処置して、不要な細胞増殖を阻害することができる。オートロガス又は移植片のいずれであっても、処置した組織の導入と、他の療法を組み合せることができる。ある実施において、一本鎖オリゴヌクレオチドで処置した細胞を、例えば、半透性多孔質隔膜により、他の細胞から遮断するが、この隔膜は、細胞がインプラントから流出するのを阻止するが、身体からの分子は細胞に到達させると共に、これら細胞が生成する分子が身体に進入することを可能にする。一実施形態では、多孔質隔膜は、アルギニン酸塩から形成される。
【０２０２】
一実施形態において、避妊用具を一本鎖オリゴヌクレオチドでコーティング又は包含する。例示的避妊用具としては、コンドーム、ペッサリー、ＩＵＤ（子宮内避妊用具、スポンジ、膣内シース、及び避妊用具がある。
【０２０３】
投薬量
一態様において、本発明は、一本鎖オリゴヌクレオチドを（例えば化合物として、又は組成物の成分として）対象（例えばヒト対象）に投与する方法を特徴とする。一実施形態では、単位用量は、体重１ｋｇ当たり約１ｍｇ〜約１００ｍｇである。一実施形態では、単位用量は、体重１ｋｇ当たり約０．１ｍｇ〜約５００ｍｇである。ある実施形態では、単位用量は、体重１ｋｇ当たり０．００１、０．００５、０．０１、０．０５、０．１、０．５、１、２、５、１０、２５、５０又は１００ｍｇ超である。
【０２０４】
規定量は、疾患又は障害、例えば、標的遺伝子に関連する疾患又は障害を治療又は予防するのに有効な量であってよい。単位用量は、例えば、注射（例えば、静脈内若しくは筋内）、吸入投与、又は局所適用によって投与することができる。
【０２０５】
ある実施形態において、単位用量は、毎日投与する。ある実施形態では、１日１回より頻度は少なく、例えば、２日、４日、８日若しくは３０日毎に１回投与する。別の実施形態では、単位用量をある頻度で（例えば、規則的な頻度で）投与しない。例えば、単位用量を単一回投与してよい。ある実施形態では、単位用量を１日１回より多く、例えば、１時間、２時間、４時間、８時間、１２時間毎等に１回投与する。
【０２０６】
一実施形態において、被験者に、初期用量及び１回又は複数回の維持用量の一本鎖オリゴヌクレオチドを投与する。維持用量は、一般に初期用量より少なく、例えば、初期用量の半分である。維持計画は、１日につき０．０００１〜１００ｍｇ／ｋｇ（体重）の範囲、例えば、１日につき体重１ｋｇ当たり１００、１０、１、０．１、０．０１、０．００１、又は０．０００１ｍｇの用量又は複数回用量で被験者を治療することを含む。維持用量は、１日、５日、１０日、又は３０日毎に１回以下投与してもよい。さらに、治療計画は、一定期間継続してよいが、これは、特定の疾患の性質、その重症度及び患者の全身状態に応じて変動する。ある実施形態では、投薬は、１日に１回以下、例えば、２４、３６、４８、又はそれ以上の時間毎に１回以下、例えば、５又は８日毎に１回以下送達してもよい。治療後に、その状態の変化及び状態の症状の改善について患者をモニターする。オリゴヌクレオチドの用量は、患者が現状の投薬レベルに有意に応答しない場合には、増加してもよいし、あるいは、状態の症状の改善が認められる、状態が除去されるか、又は望ましくない副作用が認められる場合には、用量を減らしてもよい。
【０２０７】
有効量は、特定の状況下で必要に応じて、又は適切と考えられれば、単一用量又は２回以上の用量で投与することができる。反復又は頻繁な注入を促進することが要望される場合には、送達装置、例えば、ポンプ、半永久的ステント（例えば、静脈内、腹腔内、大槽内若しくは嚢内）、又はレザバーの埋め込みが妥当であろう。
【０２０８】
ある実施形態において、オリゴヌクレオチド医薬組成物は複数の一本鎖オリゴヌクレオチド種を含む。別の実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチド種は、天然に存在する標的配列（例えば、ＰＲＣ２関連領域）に関して、別の種と重複せず、かつ隣接していない配列を有する。別の実施形態では、複数の一本鎖オリゴヌクレオチド種が、異なるＰＲＣ２関連領域に対して特異的である。別の実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、対立遺伝子特異的である。ある形態では、別の治療法と共に、一本鎖オリゴヌクレオチドで患者を治療する。
【０２０９】
治療が成功したら、患者は、状態の再発を防ぐために維持療法を受けることが望ましい場合もあり、この場合、本発明の化合物を、体重１ｋｇ当たり０．０００１ｍｇ〜１００ｍｇの範囲の維持用量で投与する。
【０２１０】
一本鎖オリゴヌクレオチド組成物の濃度は、障害を治療若しくは予防する上で、又はヒトにおける生理学的条件を調節する上で十分な量である。投与される一本鎖オリゴヌクレオチドの濃度又は量は、薬剤について決定されたパラメータ、並びに投与方法、例えば、経鼻、口腔内、肺などに応じて変動する。例えば、経鼻製剤は、鼻腔の刺激又は炎症を防ぐために、成分によっては、はるかに低濃度が要求される傾向があると考えられる。時には、好適な経鼻製剤を提供するために、経口製剤を１０〜１００倍希釈するのが望ましい場合もある。
【０２１１】
いくつかの要因が、被験者を有効に治療するのに要求される用量に影響を与え得るが、このような要因として、限定しないが、障害の重症度、治療歴、被験者の全般的健康状態及び／又は年齢、並びに存在する他の疾患などがある。さらに、治療有効量の一本鎖オリゴヌクレオチドによる被験者の治療は、単一療法を含んでもよいし、又は、好ましくは、一連の療法を含んでもよい。また、治療に用いる一本鎖オリゴヌクレオチドの有効量が、特定の治療の過程で増減し得ることは理解されよう。例えば、一本鎖オリゴヌクレオチド組成物を投与した後、被験者をモニターすることができる。モニタリングから得た情報に基づき、追加量の一本鎖オリゴヌクレオチド組成物を投与することができる。
【０２１２】
投薬は、治療しようとする疾患状態の重症度及び応答性に左右され、治療コースは、数日から数ヵ月、あるいは、治癒が達成されるか、又は疾患状態の軽減が達成されるまで継続する。最適な投薬スケジュールは、患者の身体における標的遺伝子発現レベルの測定値から計算することができる。通常の当業者であれば、最適な投薬量、投与方法及び反復速度を容易に決定することができる。最適な投薬量は、個々の化合物の相対的効能に応じて変動し得るが、一般に、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及びｉｎ  ｖｉｖｏ動物モデルで有効であると認められるＥＣ５０に基づいて推定することができる。ある実施形態では、動物モデルは、ヒト標的遺伝子を発現するトランスジェニック動物を含む。別の実施形態では、試験のための組成物は、動物モデルにおける標的遺伝子とヒトにおける標的遺伝子との間で保存されている配列に対して、少なくとも内部領域内で、相補的である一本鎖オリゴヌクレオチドを含む。
【０２１３】
一実施形態において、一本鎖オリゴヌクレオチド組成物の投与は、非経口、例えば、静脈内（例えば、ボーラス又は拡散性注入）、内皮、腹腔内、筋内、クモ膜下腔内、脳室内、頭蓋内、皮下、経粘膜、口腔、舌下、内視鏡、直腸、経口、膣、局所、肺、鼻内、尿道又は眼などの経路によるものである。投与は、被験者又は例えば、医療供給者などの別の人によって実施することができる。組成物は、計測された用量で、又は定用量を送達するディスペンサーにより提供することができる。選択される送達方法については以下に、より詳しく述べる。
【０２１４】
キット
本発明の特定の態様では、一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物を収容する容器を含むキットが提供される。ある実施形態では、組成物は、一本鎖オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物である。ある実施形態では、医薬組成物の個々の成分を１つの容器内に提供してもよい。あるいは、医薬組成物の成分を２つ以上の容器、例えば、一本鎖オリゴヌクレオチド用の１つの容器と、担体化合物用の少なくとも１つの別の容器に個別に提供するのが望ましい場合もある。キットは、例えば、単一ボックス内の１つ又は複数の容器のようにいくつかの異なる構成でパッケージしてもよい。例えば、キットに備えられた指示書に従い、様々な成分を組み合わせることができる。例えば、医薬組成物を調製及び投与するために、本明細書に記載の方法に従い、上記成分を組み合わせることができる。キットは、さらに送達装置を含んでもよい。
【０２１５】
本発明を以下の実施例によりさらに詳しく説明するが、これらは限定するものとして何ら解釈すべきではない。本明細書を通じて引用した参照物（参照文献、発行された特許、公開特許出願、及び係属特許出願など）は全て、本明細書に参照によって明示的に組み込まれるものとする。
【実施例】
【０２１６】
本発明を以下の実施例においてさらに詳しく説明するが、これらは、特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定するものではない。
【０２１７】
材料及び方法：
リアルタイムＰＣＲ
Ｐｒｏｍｅｇａ  ＳＶ  ９６  Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎシステム又はＤＮＡｓｅステップを省いたＴｒｉｚｏｌを用いて、細胞からＲＮＡを回収した。個別のパイロット実験において、５０ｎｇのＲＮＡが、逆転写酵素反応のための十分な鋳型であることが判明した。細胞から回収されたＲＮＡを基準化して、５０ｎｇのＲＮＡを各逆転写反応に投入した。限界に達するには希薄過ぎたいくつかのサンプルについて、最大投入量を添加した。Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩキットを用いて、逆転写酵素反応を実施し、ｉｃｙｃｌｅｒ  ＳＹＢＲ  ｇｒｅｅｎ  ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｂｉｏｒａｄ）を用いて、ｃＤＮＡサンプルに対してリアルタイムＰＣＲを実施した。各標的遺伝子についてのｍＲＮＡ発現のベースラインレベルを、上に概説したように定量ＰＣＲで決定した。また、構成的に発現される各種ハウスキーピング遺伝子のｍＲＮＡについてもベースラインレベルを決定した。標的遺伝子とほぼ同じレベルのベースライン発現を有する「対照」ハウスキーピング遺伝子を比較の目的で選択した。
【０２１８】
ＥＬＩＳＡ
市販のキット［ＤＥＰ００、ＲｎＤ  Ｓｙｓｔｅｍｓ］を用いるＥＬＩＳＡアッセイを製造者の指示に従い使用して、細胞上清中に存在する分泌タンパク質を測定した。オリゴヌクレオチドにより誘導されたタンパク質レベルを対照（リポフェクタミン単独）により誘導されたタンパク質レベルに対して正規化することによりタンパク質の誘導倍率を決定した。
【０２１９】
細胞培養
ヒト肝実質細胞Ｈｅｐ３Ｂ、ヒト肝実質細胞ＨｅｐＧ２細胞、マウスヘパトーマＨｅｐａ１−６細胞、及びヒト腎近位尿細管上皮細胞（ＲＰＴＥＣ）を、当該技術分野において公知の条件（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙを参照）を用いて培養した。本明細書に記載する実験で使用した細胞株の詳細を、表７に提供する。
【０２２０】
【表７】
2016528873.tif 000008
【０２２１】
オリゴヌクレオチド設計
表４に掲載される標的遺伝子を上方制御するために、ＰＲＣ−２相互作用領域内でオリゴヌクレオチドを設計した。各オリゴヌクレオチドの配列及び構造を表２又は表６に示す。続く表に、表２又は表６に記載した特定の試験オリゴヌクレオチドについて用いたヌクレオチド類似体、修飾及びヌクレオチド間結合の説明を提供する。
【０２２２】
【表３−１】
2016528873.tif 000009
【０２２３】
【表３−２】
2016528873.tif 000010
【０２２４】
オリゴヌクレオチドによる細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏトランスフェクション
細胞を５００ｕＬ当たり２５，０００細胞の密度で２４ウェルプレートの各ウェルに接種し、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ及び一本鎖オリゴヌクレオチドを用いて、トランスフェクションを実施した。対照ウェルは、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅのみを含有した。トランスフェクションから４８時間後、約２００ｕＬの細胞培養上澄みをＥＬＩＳＡのために−８０℃で保存した。トランスフェクションから４８時間後、細胞からＲＮＡを回収し、上に概説したように定量ＰＣＲを実施した。各オリゴヌクレオチドによる標的ｍＲＮＡ発現の誘導率（％）を、オリゴヌクレオチドの存在下でのｍＲＮＡレベルを対照（Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅのみ）の存在下でのｍＲＮＡに対して基準化することにより決定した。これを「対照」ハウスキーピング遺伝子のｍＲＮＡ発現の増大と並べて比較した。
【０２２５】
結果：
一本鎖オリゴヌクレオチドのインビトロ送達は遺伝子発現を上方制御した
表４に掲載する標的遺伝子の遺伝子発現を上方制御させる候補としてのオリゴヌクレオチドを設計した。ＰＲＣ２相互作用領域と相補的になるように一本鎖オリゴヌクレオチドを設計した。オリゴヌクレオチドを少なくとも二重に試験した。オリゴヌクレオチドの配列及び構造的特徴を表２又は表６に記載する。簡潔に言えば、細胞を上記に記載したとおりオリゴヌクレオチドによってインビトロでトランスフェクトした。処理後の細胞における遺伝子若しくは発現又はタンパク質レベルをｑＲＴ−ＰＣＲ又はＥＬＩＳＡにより評価した。表４に掲載する標的遺伝子の発現を上方制御したオリゴヌクレオチドを同定した。さらなる詳細は表２及び表６に概説する。
【０２２６】
【表１−１】
2016528873.tif 000011
【０２２７】
【表１−２】
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【０２２８】
【表１−３】
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【０２２９】
【表１−４】
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【０２３０】
【表１−５】
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【０２３１】
【表１−６】
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【０２３２】
【表１−７】
2016528873.tif 000017
【０２３３】
【表１−８】
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【０２３４】
【表１−９】
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【０２３５】
【表２−１】
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【０２３６】
【表２−２】
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【０２３７】
【表２−３】
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【０２３８】
【表２−４】
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【０２３９】
【表２−５】
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【０２４０】
【表２−６】
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【０２４１】
【表２−７】
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【０２４２】
【表２−８】
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【０２４３】
【表２−９】
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【０２４４】
【表２−１０】
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【０２４５】
【表２−１１】
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【０２４６】
【表２−１２】
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【０２４７】
【表２−１３】
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【０２４８】
【表２−１４】
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【０２４９】
【表２−１５】
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【０２５０】
【表２−１６】
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【０２５１】
【表２−１７】
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【０２５２】
【表２−１８】
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【０２５３】
【表２−１９】
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【０２５４】
【表２−２０】
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【０２５５】
【表２−２１】
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【０２５６】
【表２−２２】
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【０２５７】
【表２−２３】
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【０２５８】
【表２−２４】
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【０２５９】
【表２−２５】
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【０２６０】
【表２−２６】
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【０２６１】
【表２−２７】
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【０２６２】
【表２−２８】
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【０２６３】
【表２−２９】
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【０２６４】
【表２−３０】
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【０２６５】
【表２−３１】
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【０２６６】
【表２−３２】
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【０２６７】
【表２−３３】
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【０２６８】
【表２−３４】
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【０２６９】
【表２−３５】
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【０２７０】
【表２−３６】
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【０２７１】
【表２−３７】
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【０２７２】
【表２−３８】
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【０２７３】
【表２−３９】
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【０２７４】
【表２−４０】
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【０２７５】
【表２−４１】
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【０２７６】
【表２−４２】
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【０２７７】
【表２−４３】
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【０２７８】
【表２−４４】
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【０２７９】
【表２−４５】
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【０２８０】
【表２−４６】
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【０２８１】
【表２−４７】
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【０２８２】
【表２−４８】
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【０２８３】
【表２−４９】
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【０２８４】
【表２−５０】
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【０２８５】
【表２−５１】
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【０２８６】
【表２−５２】
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【０２８７】
【表２−５３】
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【０２８８】
【表２−５４】
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【０２８９】
【表２−５５】
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【０２９０】
【表２−５６】
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【０２９１】
【表２−５７】
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【０２９２】
【表２−５８】
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【０２９３】
【表２−５９】
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【０２９４】
【表２−６０】
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【０２９５】
【表２−６１】
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【０２９６】
【表２−６２】
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【０２９７】
【表２−６３】
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【０２９８】
【表２−６４】
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【０２９９】
【表２−６５】
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【０３００】
【表２−６６】
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【０３０１】
【表２−６７】
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【０３０２】
【表２−６８】
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【０３０３】
【表２−６９】
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【０３０４】
【表２−７０】
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【０３０５】
【表２−７１】
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【０３０６】
【表２−７２】
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【０３０７】
【表２−７３】
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【０３０８】
【表２−７４】
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【０３０９】
【表２−７５】
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【０３１０】
【表２−７６】
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【０３１１】
【表２−７７】
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【０３１２】
【表２−７８】
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【０３１３】
【表２−７９】
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【０３１４】
【表２−８０】
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【０３１５】
【表２−８１】
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【０３１６】
【表２−８２】
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【０３１７】
【表２−８３】
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【０３１８】
【表２−８４】
2016528873.tif 000103
【０３１９】
【表２−８５】
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【０３２０】
【表２−８６】
2016528873.tif 000105
【０３２１】
【表２−８７】
2016528873.tif 000106
【０３２２】
【表２−８８】
2016528873.tif 000107
【０３２３】
【表２−８９】
2016528873.tif 000108
【０３２４】
【表２−９０】
2016528873.tif 000109
【０３２５】
【表２−９１】
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【０３２６】
【表２−９２】
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【０３２７】
【表２−９３】
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【０３２８】
【表２−９４】
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【０３２９】
【表２−９５】
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【０３３０】
【表２−９６】
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【０３３１】
【表２−９７】
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【０３３２】
【表２−９８】
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【０３３３】
【表２−９９】
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【０３３４】
【表２−１００】
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【０３３５】
【表２−１０１】
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【０３３６】
【表２−１０２】
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【０３３７】
【表２−１０３】
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【０３３８】
【表２−１０４】
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【０３３９】
【表２−１０５】
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【０３４０】
【表２−１０６】
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【０３４１】
【表２−１０７】
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【０３４２】
【表２−１０８】
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【０３４３】
【表２−１０９】
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【０３４４】
【表２−１１０】
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【０３４５】
【表２−１１１】
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【０３４６】
【表２−１１２】
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【０３４７】
【表２−１１３】
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【０３４８】
【表２−１１４】
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【０３４９】
【表２−１１５】
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【０３５０】
【表２−１１６】
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【０３５１】
【表２−１１７】
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【０３５２】
【表２−１１８】
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【０３５３】
【表２−１１９】
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【０３５４】
【表２−１２０】
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【０３５５】
【表２−１２１】
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【０３５６】
【表２−１２２】
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【０３５７】
【表２−１２３】
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【０３５８】
【表２−１２４】
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【０３５９】
【表５−１】
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【０３６０】
【表５−２】
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【０３６１】
【表５−３】
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【０３６２】
【表５−４】
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【０３６３】
【表５−５】
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【０３６４】
【表５−６】
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【０３６５】
【表５−７】
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【０３６６】
【表５−８】
2016528873.tif 000151
【０３６７】
【表５−９】
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【０３６８】
【表５−１０】
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【０３６９】
【表５−１１】
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【０３７０】
【表５−１２】
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【０３７１】
【表５−１３】
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【０３７２】
【表５−１４】
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【０３７３】
【表５−１５】
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【０３７４】
【表５−１６】
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【０３７５】
【表５−１７】
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【０３７６】
【表５−１８】
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【０３７７】
【表５−１９】
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【０３７８】
【表５−２０】
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【０３７９】
【表５−２１】
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【０３８０】
【表５−２２】
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【０３８１】
【表５−２３】
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【０３８２】
【表５−２４】
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【０３８３】
【表５−２５】
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【０３８４】
【表５−２６】
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【０３８５】
【表５−２７】
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【０３８６】
【表５−２８】
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【０３８７】
【表５−２９】
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【０３８８】
【表５−３０】
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【０３８９】
【表５−３１】
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【０３９０】
【表５−３２】
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【０３９１】
【表５−３３】
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【０３９２】
【表５−３４】
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【０３９３】
【表５−３５】
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【０３９４】
【表５−３６】
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【０３９５】
【表５−３７】
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【０３９６】
【表５−３８】
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【０３９７】
【表５−３９】
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【０３９８】
【表５−４０】
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【０３９９】
【表５−４１】
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【０４００】
【表６−１】
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【０４０１】
【表６−２】
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【０４０２】
【表６−３】
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【０４０３】
【表６−４】
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【０４０４】
【表６−５】
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【０４０５】
【表６−６】
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【０４０６】
【表６−７】
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【０４０７】
【表６−８】
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【０４０８】
【表６−９】
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【０４０９】
【表６−１０】
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【０４１０】
【表６−１１】
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【０４１１】
【表６−１２】
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【０４１２】
【表６−１３】
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【０４１３】
【表６−１４】
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【０４１４】
【表６−１５】
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【０４１５】
【表６−１６】
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【０４１６】
【表６−１７】
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【０４１７】
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【０４１８】
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【０４１９】
【表６−２０】
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【０４２０】
【表６−２１】
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【０４２１】
【表６−２２】
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【０４２２】
【表６−２３】
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【０４２３】
【表６−２４】
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【０４２４】
【表６−２５】
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【０４２５】
【表６−２６】
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【０４２６】
【表６−２７】
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【０４２７】
【表６−２８】
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【０４２８】
【表６−２９】
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【０４２９】
【表６−３０】
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【０４３０】
【表６−３１】
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【０４３１】
【表６−３２】
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【０４３２】
【表６−３３】
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【０４３３】
【表６−３４】
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【０４３４】
【表６−３５】
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【０４３５】
【表６−３６】
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【０４３６】
【表６−３７】
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【０４３７】
【表６−３８】
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【０４３８】
【表６−３９】
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【０４３９】
【表６−４０】
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【０４４０】
【表６−４１】
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【０４４１】
【表６−４２】
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【０４４２】
【表６−４３】
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【０４４３】
【表６−４４】
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【０４４４】
【表６−４５】
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【０４４５】
【表６−４６】
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【０４４６】
【表６−４７】
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【０４４７】
【表６−４８】
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【０４４８】
【表６−４９】
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【０４４９】
【表６−５０】
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【０４５０】
【表６−５１】
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【０４５１】
【表６−５２】
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【０４５２】
【表６−５３】
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【０４５３】
【表６−５４】
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【０４５４】
【表６−５５】
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【０４５５】
【表６−５６】
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【０４５６】
【表６−５７】
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【０４５７】
【表６−５８】
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【０４５８】
【表６−５９】
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【０４５９】
【表６−６０】
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【０４６０】
【表６−６１】
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【０４６１】
【表６−６２】
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【０４６２】
【表８−１】
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【０４６３】
【表８−２】
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【０４６４】
【表８−３】
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【０４６５】
【表８−４】
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【０４６６】
【表９−１】
2016528873.tif 000251
【０４６７】
【表９−２】
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【０４６８】
【表９−３】
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【０４６９】
【表９−４】
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【０４７０】
【表９−５】
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【０４７１】
【表９−６】
2016528873.tif 000256
【０４７２】
【表９−７】
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【０４７３】
【表９−８】
2016528873.tif 000258
【０４７４】
【表９−９】
2016528873.tif 000259
【０４７５】
【表９−１０】
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【０４７６】
【表９−１１】
2016528873.tif 000261
【０４７７】
【表９−１２】
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【０４７８】
【表９−１３】
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【０４７９】
【表９−１４】
2016528873.tif 000264
【０４８０】
【表９−１５】
2016528873.tif 000265
【０４８１】
【表９−１６】
2016528873.tif 000266
【０４８２】
【表９−１７】
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【０４８３】
【表９−１８】
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【０４８４】
【表９−１９】
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【０４８５】
【表９−２０】
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【０４８６】
【表９−２１】
2016528873.tif 000271
【０４８７】
【表９−２２】
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【０４８８】
【表９−２３】
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【０４８９】
【表９−２４】
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【０４９０】
【表９−２５】
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【０４９１】
【表９−２６】
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【０４９２】
【表９−２７】
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【０４９３】
【表９−２８】
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【０４９４】
【表９−２９】
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【０４９５】
【表９−３０】
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【０４９６】
【表９−３１】
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【０４９７】
【表１０−１】
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【０４９８】
【表１０−２】
2016528873.tif 000283
【０４９９】
【表１０−３】
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【０５００】
【表１０−４】
2016528873.tif 000285
【０５０１】
一本鎖オリゴヌクレオチド（標的遺伝子のアンチセンス鎖）：
配列番号１２１１〜４９７４４２、８１５２０９〜８４２０１１、８６８６１８〜８８７８７２、８９９９３３〜９４９６３５、９６２８１７〜９７６７８８、９８１１９７〜９８７３８４、９８９６１７〜９８９６４０、９８９６５０〜９８９６７５、９８９６７６〜１４１２６７６
【０５０２】
一本鎖オリゴヌクレオチド（標的遺伝子のセンス鎖）：
配列番号４９７４４３〜８１５１７４、８４２０１２〜８６８５８９、８８７８７３〜８９９８６４、９４９６３６〜９６２８００、９７６７８９〜９８０８４５、９８７３８５〜９８９５９８、９８９６４１〜９８９６４９、１４１２６７７〜１９１４９５０
【０５０３】
本願は配列表を含み、その全体が参照により本明細書に援用される。ファイル名：Ｒ０６９３７００１４ＷＯ００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ。２０１３年５月１６日作成。サイズ：３１５，３０６，６５２バイト。
【０５０４】
以上記載した明細書は、当業者が本発明を実施する上で十分であると考えられる。本発明は、記載した例によって範囲を限定されることはない。何故なら、これらの例は本発明の一態様の単なる例示として意図されるに過ぎず、他の機能的に同等の実施形態が、本発明の範囲に含まれるからである。本明細書に示し、説明したもの以外の本発明の様々な変更は、以上の説明から当業者には明らかになることであり、これらは、添付した特許請求の範囲に含まれる。本発明の利点及び目的は、本発明の各実施形態により必ずしも包含されているわけではない。
【配列表】
2016528873000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成28年5月13日(2016.5.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ヒトミクロＲＮＡのシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
（ａ）前記オリゴヌクレオチドが、４個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まず、任意選択で、前記オリゴヌクレオチドが、３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、及び／あるいは
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドが、
ｉ．長さ８〜３０ヌクレオチドであるか、又は
ｉｉ．長さ８〜１０ヌクレオチドであり、前記ＰＲＣ２関連領域の相補的配列のヌクレオチドの１、２、又は３個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、
請求項１に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体であり、任意選択で、前記少なくとも１個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、１〜５℃の範囲のオリゴヌクレオチドのＴｍの増加をもたらす、請求項１及び２のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項４】
（ａ）前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含み、任意選択で、（ｂ）前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項５】
（ａ）前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも１個の架橋ヌクレオチドを含み、任意選択で、前記架橋ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド又はＥＮＡ修飾ヌクレオチドであるか；あるいは
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドを含み、前記デオキシリボヌクレオチドの５’及び３’末端の各々には、少なくとも１個のＬＮＡヌクレオチドがフランキングされている、
請求項１〜３又は４（ａ）のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項６】
（ａ）前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドであるか；又は
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、
（ｉ）デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含むか；
（ｉｉ）デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含むか；
（ｉｉｉ）デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡヌクレオチド類似体を交互に含むか；
（ｉｖ）デオキシリボヌクレオチドとＬＮＡヌクレオチドを交互に含むか；又は
（ｖ）ＬＮＡヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む、
請求項１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項７】
前記オリゴヌクレオチドの５’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチド又はＬＮＡヌクレオチドである、請求項６（ｂ）に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項８】
少なくとも２個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含み、任意選択で、全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項９】
（ａ）前記オリゴヌクレオチドの３’位のヌクレオチドが、３’ヒドロキシル基を有する；
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドの３’位のヌクレオチドが、３’チオホスフェートを有する；及び／又は
（ｃ）前記オリゴヌクレオチドが、５’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、
請求項１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下：
（ａ）５’Ｘ−Ｙ−Ｚの配列であって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｘは、前記オリゴヌクレオチドの５’末端に固定されており、Ｙは、ミクロＲＮＡのヒトシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列；
（ｂ）３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列；
（ｃ）ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の５’末端の上流５０キロベースから前記オフターゲット遺伝子の３’末端の下流５０キロベースの間にある、第２ヌクレオチド配列と同等長さの配列；
（ｄ）少なくとも２つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的な配列；及び／又は
（ｅ）６０％を超えるＧ−Ｃ含有率を有する配列
の少なくとも１つを有し、任意選択で、（ａ）〜（ｅ）のいずれかにおいて、前記オリゴヌクレオチドが、配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜５０ヌクレオチドである、一本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物であって、任意選択で、
（ａ）前記組成物が、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物である、
（ｂ）前記組成物が、緩衝液中に前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含む、及び／又は
（ｃ）前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合しており、任意選択で、前記担体が、ペプチド又はステロイドである、
組成物。
【請求項１２】
請求項１１に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
【請求項１３】
１細胞における標的遺伝子の発現を増大するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
任意選択で、前記細胞への前記組成物の送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞における前記標的遺伝子の発現のレベルより少なくとも５０％高い、前記標的遺伝子の発現のレベルをもたらす、組成物。
【請求項１４】
１被験者における標的遺伝子のレベルを増大するための組成物であって、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項１５】
１被験者における標的遺伝子のレベル低下に関連する状態を治療するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、任意選択で、前記標的遺伝子が、表４に掲載され、さらに、任意選択で、前記状態が表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有する一本鎖オリゴヌクレオチドであって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｙは、ヒトミクロＲＮＡのシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、前記一本鎖オリゴヌクレオチドが、表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的である、一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２）
前記オリゴヌクレオチドが、３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目１に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目３）
前記オリゴヌクレオチドが、４個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない、項目１又は項目２に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目４）
前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜３０ヌクレオチドである、項目１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目５）
前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜１０ヌクレオチドであり、ＰＲＣ２関連領域の相補的配列のヌクレオチドの１、２、又は３個を除く全てが、シトシン又はグアノシンヌクレオチドである、項目１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目６）
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体である、項目１〜５のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目７）
前記少なくとも１個のヌクレオチド類似体が、前記少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含まないオリゴヌクレオチドと比較して、１〜５℃の範囲のオリゴヌクレオチドのＴｍの増加をもたらす、項目６に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目８）
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１個のヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含む、項目１〜７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目９）
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、２’Ｏ−メチルを含む、項目１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１０）
前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、又は少なくとも１個の架橋ヌクレオチドを含む、項目１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１１）
前記架橋ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド又はＥＮＡ修飾ヌクレオチドである、項目１０に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１２）
前記オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドである、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１３）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを交互に含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１４）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１５）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとＥＮＡヌクレオチド類似体を交互に含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１６）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドとＬＮＡヌクレオチドを交互に含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１７）
前記オリゴヌクレオチドの前記５’ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドである、項目１３〜１６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１８）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを交互に含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目１９）
前記オリゴヌクレオチドの前記５’ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドである、項目１８に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２０）
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチドが、前記デオキシリボヌクレオチドの前記５’及び３’末端の各々で、少なくとも１個のＬＮＡヌクレオチドによってフランキングされているデオキシリボヌクレオチドを含む、項目１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２１）
少なくとも２個のヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合をさらに含む、項目１〜２０のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２２）
全ヌクレオチドの間に、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、項目２１に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２３）
前記オリゴヌクレオチドの前記３’位のヌクレオチドが、３’ヒドロキシル基を有する、項目１〜２２のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２４）
前記オリゴヌクレオチドの前記３’位のヌクレオチドが、３’チオホスフェートを有する、項目１〜２２のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２５）
前記５’ヌクレオチドに結合したビオチン部分をさらに含む、項目１〜２４のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２６）
表４に掲載される標的遺伝子のＰＲＣ２関連領域の少なくとも８個の連続したヌクレオチドと相補的な相補性の領域を含む一本鎖オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、以下：
ａ）５’Ｘ−Ｙ−Ｚの配列であって、ここで、Ｘは、任意のヌクレオチドであり、Ｘは、前記ヌクレオチドの５’末端に固定されており、Ｙは、ミクロＲＮＡのヒトシード配列ではない、長さ６ヌクレオチドのヌクレオチド配列であり、Ｚは、長さ１〜２３ヌクレオチドのヌクレオチド配列である、配列；
ｂ）３個以上の連続したグアノシンヌクレオチドを含まない配列；
ｃ）ヌクレオチドの全ての配列に対して閾値レベルに満たない配列同一性を有し、オフターゲット遺伝子の５’末端の上流５０キロベースから前記オフターゲット遺伝子の３’末端の下流５０キロベースの間にある、第２ヌクレオチド配列と同等長さの配列；
ｄ）少なくとも２つの一本鎖ループを含む二次構造を形成するＲＮＡをコードするＰＲＣ２関連領域と相補的な配列；及び／又は
ｅ）６０％を超えるＧ−Ｃ含有率を有する配列
の少なくとも１つを有する、一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２７）
前記オリゴヌクレオチドが、配列５’Ｘ−Ｙ−Ｚを有し、前記オリゴヌクレオチドが、長さ８〜５０ヌクレオチドである、項目２６に記載の一本鎖オリゴヌクレオチド。
（項目２８）
項目１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドと、担体とを含む組成物。
（項目２９）
緩衝液中に項目１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを含む組成物。
（項目３０）
前記オリゴヌクレオチドが、前記担体に結合している、項目２８に記載の組成物。
（項目３１）
前記担体が、ペプチドである、項目３０に記載の組成物。
（項目３２）
前記担体が、ステロイドである、項目３０に記載の組成物。
（項目３３）
項目２８〜３２のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
（項目３４）
項目２８〜３３のいずれか１項に記載の組成物を収納する容器を含むキット。
（項目３５）
１細胞における標的遺伝子の発現を増大する方法であって、項目１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記細胞送達することを含む方法。
（項目３６）
前記細胞への前記一本鎖オリゴヌクレオチドの送達が、前記一本鎖オリゴヌクレオチドを含まない対照細胞における標的遺伝子の発現のレベルより少なくとも５０％高い、標的遺伝子の発現のレベルをもたらす、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
１被験者における標的遺伝子のレベルを増大する方法であって、項目１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
（項目３８）
１被験者における標的遺伝子のレベル低下に関連する状態を治療する方法であって、項目１〜２７のいずれか１項に記載の一本鎖オリゴヌクレオチドを前記被験者に投与することを含む方法。
（項目３９）
前記標的遺伝子が、表４に掲載される、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記状態が表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される、項目３９に記載の方法。
本発明のさらなる態様は、標的の発現を活性化又は増強するためのオリゴヌクレオチドの選択方法を提供する。ある実施形態において、標的遺伝子は、ＢＣＬ２Ｌ１１、ＢＲＣＡ１、Ｆ８、ＦＬＩ１、ＦＭＲ１、ＦＮＤＣ５、ＧＣＫ、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＲＮ、ＨＡＭＰ、ＨＰＲＴ１、ＩＤＯ１、ＩＧＦ１、ＩＬ１０、ＬＤＬＲ、ＮＡＮＯＧ、ＰＴＧＳ２、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＦ１、ＳＩＲＴ１、ＳＩＲＴ６、ＳＭＡＤ７、ＳＴ７、ＣＦＴＲ、ＰＡＨ、ＣＥＰ２９０、ＣＤ２７４、ＡＤＩＰＯＱ又はＳＴＡＴ３などの、表４に掲載される標的遺伝子であってもよい。ある実施形態において、標的の発現を活性化又は増強するための、候補が（例えば、無作為選択のオリゴヌクレオチドと比較して）高濃度化したオリゴヌクレオチドセットの選択方法が提供される。従って、この方法を使用して、標的の発現を活性化又は増強するオリゴヌクレオチドが高濃度化した臨床候補セットを構築することができる。かかるライブラリを利用して、例えば、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患を治療する治療薬の開発の主導的オリゴヌクレオチドを同定し得る。ある実施形態において、標的遺伝子の発現低下に関連する疾患は表４に掲載され、又は別様に本明細書に開示される。さらに、ある実施形態において、標的遺伝子の発現を活性化するための一本鎖オリゴヌクレオチドの薬物動態、体内分布、バイオアベイラビリティ及び／又は効力の制御に有用なオリゴヌクレオチド化学が提供される。
【国際調査報告】
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