(57)【要約】本開示は、肺癌を患う対象からの試料内の複数の遺伝子及び関連する変異体を検出するための組成物、キット、ならびに方法を提供する。本組成物、キット、及び方法は、オリゴヌクレオチドのセット、典型的には、遺伝子変異体を特定するためにハイブリッド形成することができるプライマー及び／またはプローブを含む。本明細書に開示される方法は、判定されて実施可能な治療勧告と関連付けられる腫瘍の突然変異状態を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法であって、
前記対象から生体試料を得ることと、
少なくとも１つの変異体を検出するための、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子とハイブリッド形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを用いて、少なくとも１つの変異体を検出することと、
検出された前記少なくとも１つの変異体に基づいて、前記対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む、前記方法。
【請求項２】
前記肺癌が腺癌または扁平上皮癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料が組織である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記組織が腫瘍組織である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記試料がＦＦＰＥ腫瘍組織試料である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの変異体が、ＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、またはＭＥＴ遺伝子増幅、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、Ｇ７１９Ｘ、及び／もしくはＴ７９０Ｍ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／もしくはＧ１２Ｆ）、ＢＲＡＦ（Ｌ５９７Ｒ、Ｄ５９４Ｈ／Ｎ、Ｖ６００Ｅ）、ＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓ、ＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｅ５４２Ｋ、及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）、ならびにそれらの組み合わせから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記実施可能な治療勧告が、一連の治療、治療を控えること、臨床試験への登録、またはそれらの組み合わせである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記実施可能な治療勧告を実施することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項９】
前記プローブのセットが同じ反応混合物中に存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、請求項２０に記載のキットのプローブを用いて実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法であって、
対象からの試料において、少なくとも１つの変異体を検出するための、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子とハイブリット形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを用いて、少なくとも１つの変異体を検出することと、
検出された前記少なくとも１つの変異体に基づいて、前記対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む、前記方法。
【請求項１２】
前記実施可能な治療勧告が、
ａ．前記検出された変異体がＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、またはＭＥＴ遺伝子増幅であるときはクリゾチニブ、
ｂ．前記検出された変異体がＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＧ７１９Ｘ）であるときはＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、
ｃ．前記検出された変異体がＥＧＦＲ  Ｔ７９０Ｍであるときは非ＥＧＦＲ  ＴＫＩ、
ｄ．前記検出された変異体がＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／もしくはＧ１２ＦであるときはＭＥＫ阻害剤、
ｅ．前記検出された変異体がＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅであるときはベルムラフェニブ、
ｆ．前記検出された変異体がＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓであるときは不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤、ならびに
ｇ．前記検出された変異体がＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）であるときはＰＩＣ３ＣＡ阻害剤
から選択される、請求項１または請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記対象を前記推奨された実施可能な治療で治療することをさらに含む、請求項１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝子のうちの少なくとも１つにおいて変異体を検出することによって、実施可能な治療勧告を全原発性肺腺癌のうちの少なくとも５０％に提供する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
肺癌を患う個人の治療に対する応答の可能性を判定する方法であって、
前記個人から得た試料に少なくとも１つの遺伝子変異体が存在するかまたは存在しないかを判定することを含み、前記少なくとも１つの変異体がＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子内に存在し、少なくとも１つの変異体の存在が、前記個人が前記治療に反応する可能性が高いことあるいは可能性が低いことを示し、
前記治療が、
ａ．前記検出された変異体がＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、またはＭＥＴ遺伝子増幅であるときはクリゾチニブ、
ｂ．前記検出された変異体がＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＧ７１９Ｘ）であるときはＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、
ｃ．前記検出された変異体がＥＧＦＲ  Ｔ７９０Ｍであるときは非ＥＧＦＲ  ＴＫＩ治療、
ｄ．前記検出された変異体がＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／もしくはＧ１２ＦであるときはＭＥＫ阻害剤、
ｅ．前記検出された変異体がＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅであるときはベルムラフェニブ、
ｆ．前記検出された変異体がＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓであるときは不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤、ならびに
ｇ．前記検出された変異体がＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｅ５４２Ｋ、及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）であるときはＰＩＣ３ＣＡ阻害剤
から選択される、前記方法。
【請求項１６】
試料中の核酸変異体を検出する方法であって、生体試料を得ることと、
ａ）プライマーを用いて、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子から選択される少なくとも１つの遺伝子を増幅することと、
ｂ）ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、Ｇ７１９Ｘ、Ｔ７９０Ｍ、及び／もしくはエクソン２０ｉｎｓ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／もしくはＧ１２Ｆ）、ＢＲＡＦ（Ｌ５９７Ｒ、Ｄ５９４Ｈ／Ｎ、Ｖ６００Ｅ）、ＥＲＢＢ２エクソン２０ ｉｎｓ、ＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）から選択される少なくとも１つの変異体を増幅することと、
ｃ）前記試料内に存在する少なくとも１つの核酸変異体を検出することと、を含む、前記方法。
【請求項１７】
患者の肺腺癌を治療する方法であって、変異体の存在を、前記患者からの肺腫瘍試料内のＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、及びＫＩＴ／ＰＤＧＦＲＡ遺伝子のうちの少なくとも１つについて試験することと、治療的に有効な量の治療薬を前記患者に対して投与することと、を含み、前記治療薬が、
ａ．前記検出された変異体がＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、またはＭＥＴ遺伝子増幅であるときはクリゾチニブ、
ｂ．前記検出された変異体がＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＧ７１９Ｘ）であるときはＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、
ｃ．前記検出された変異体がＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、及び／もしくはＧ１２ＦであるときはＭＥＫ阻害剤、
ｄ．前記検出された変異体がＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅであるときはベルムラフェニブ、ならびに
ｅ．前記検出された変異体がＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓであるときは不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤
である、前記方法。
【請求項１８】
クリゾチニブ、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ、もしくはＥＧＦＲ  ＴＫＩ以外の治療薬、ＭＥＫ阻害剤、ベルムラフェニブ、または不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤を用いた治療に適格な肺癌を患う患者を特定する方法であって、前記患者からの肺腫瘍試料を、ＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＴ７９０Ｍ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ）を含む変異体が存在するかについて試験することを含み、前記変異体のうちの少なくとも１つが存在することが、前記患者が前記治療薬のうちの少なくとも１つを用いた治療に適格であることを示す、前記方法。
【請求項１９】
前記ＡＬＫ遺伝子融合のアイソフォームがＥＭＬ４−ＡＬＫ遺伝子融合アイソフォームである、請求項７に記載の方法。
【請求項２０】
プローブのセットを含むキットであって、前記プローブのセットが遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳを特異的に認識し、前記プローブのセットが遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体を認識及び識別することができる、前記キット。
【請求項２１】
前記対立遺伝子変異体が、ＡＫＴ１（Ｅ１７Ｋ）、ＢＲＡＦ（Ｌ５９７Ｒ、Ｄ５９４Ｈ／Ｎ、Ｖ６００Ｅ）、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、Ｇ７１９Ｘ、Ｔ７９０Ｍ）、ＨＲＡＳ（Ｑ６１Ｌ／Ｋ／Ｒ、Ｇ１２Ｃ／Ｄ）、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｆ／Ｒ／Ｖ）、及びＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ａ／Ｇ／Ｋ、Ｈ１０４７Ｌ／Ｒ）をコードするポリヌクレオチドのうちの１つ以上を含む、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
前記対立遺伝子変異体が、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、Ｇ７１９Ｘ、Ｔ７９０Ｍ）及びＫＲＡＳＧ１２Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｆ／Ｒ／Ｖ）をコードするポリヌクレオチドのうちの１つ以上を含む、請求項２０に記載のキット。
【請求項２３】
前記プローブのうちの２つ以上がプライマー対である、請求項２０に記載のキット。
【請求項２４】
前記プローブのうちの１つ以上が検出可能に標識されている、請求項２０に記載のキット。
【請求項２５】
前記プローブのセットが少なくとも４つの増幅検出アッセイを含み、前記少なくとも４つの増幅検出アッセイが、遺伝子ＡＬＫ、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、及びＲＯＳに対して特異的である、請求項２０に記載のキット。
【請求項２６】
プローブのセットを含む組成物であって、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳを特異的に認識し、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体を認識及び識別することができる、前記組成物。
【請求項２７】
試料をさらに含む、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記試料が腫瘍細胞からの核酸を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
前記遺伝子変異体が、ＡＩ１＋分布率＞１％、ＡＩ２＋分布率＞１％、ＡＩ３＋分布率＞１％、ＡＩ１＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ２＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ３＋分布率０．１％〜１％、及びそれらの組み合わせから選択されるＡＩ及び分布率から選択される、請求項１、１１、１５、または１６に記載の方法。
【請求項３０】
前記遺伝子変異体が、ＡＩ１＋分布率＞１％、ＡＩ２＋分布率＞１％、ＡＩ３＋分布率＞１％、ＡＩ１＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ２＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ３＋分布率０．１％〜１％、及びそれらの組み合わせから選択されるＡＩ及び分布率から選択される、請求項２０に記載のキット。
【請求項３１】
前記遺伝子変異体が、ＡＩ１＋分布率＞１％、ＡＩ２＋分布率＞１％、ＡＩ３＋分布率＞１％、ＡＩ１＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ２＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ３＋分布率０．１％〜１％、及びそれらの組み合わせから選択されるＡＩ及び分布率から選択される、請求項２６に記載の組成物。
【請求項３２】
肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法であって、
前記対象から生体試料を得ることと、
少なくとも１つの変異体を検出するための、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、ＢＲＡＦ、及びＨＲＡＳ遺伝子とハイブリッド形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを用いて、少なくとも１つの変異体を検出することと、
検出された前記少なくとも１つの変異体に基づいて、対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む、前記方法。
【請求項３３】
プローブのセットを含むキットであって、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳと特異的にハイブリッド形成し、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体間で識別を行う、前記キット。
【請求項３４】
プローブのセットを含む組成物であって、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳと特異的にハイブリッド形成し、前記プローブのセットが、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体間で識別を行う、前記組成物。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
背景
男女いずれの中でも、肺癌は癌による死亡の主因である。肺癌は急進行性かつ死亡が高い疾病である。肺癌と診断された人のうちのほぼ６０％が診断から１年以内に死亡し、およそ７５％が２年以内に死亡する。主な肺癌は、肺小細胞癌（ＳＣＬＣ）及び非肺小細胞癌（ＮＳＣＬＣ）の２つである。肺癌のおよそ８５％がＮＳＣＬＣである。ＮＳＣＬＣには３つの亜型が存在し、それらは大きさ、形状、及び生化学的構成が異なる。全肺癌のおよそ２５〜３０％が扁平上皮癌である。腺癌（例えば、細気管支肺胞上皮癌）は肺癌のおよそ４０％の割合を占め、肺の外側部分に見出されることが多い。大細胞未分化癌は全肺癌のおよそ１０〜１５％の割合を占める。
【０００２】
ＳＣＬＣ及びＮＳＣＬＣの治療は非常に異なる。ＳＣＬＣでは主に、化学療法単独で、または放射線と組み合わせた治療が行われる。ＳＣＬＣの治療とは対照的に、ＮＳＣＬＣでは外科手術が信頼性の高い唯一の治療である。また、リンパ節を除去して、癌の転移も判定する。外科手術に加えて、化学療法を用いてＮＳＣＬＣを治療することができる。
【０００３】
治療計画数の増大は肺腺癌に有効的である。しかしながら、多くの症例における治療レジメンはそれぞれ、特定の遺伝子変異を有する肺癌に対してのみ効果的である。特定の異なる複数の実施可能な遺伝的変異を検出することができる試験は、肺癌患者にとって重要な価値がある。しかしながら、現在利用可能な複数の遺伝子分散アッセイで必要な組織は、典型的な腫瘍生検または切除で利用可能なものをはるかに上回る。さらには、多くの遺伝的変異では試験を利用することができず、多くの既知の実施可能な遺伝子変異の広範囲のスキャンに基づいて治療を勧告することができる道具が存在しない。
【０００４】
開示された組成物、キット、及び方法は、単一の肺癌試料を利用して単一のパネル内で肺癌の広範囲の遺伝子分散スクリーニングを提供する。スクリーニングされた遺伝子変異体は実施可能な治療を有するか、または、特定の治療に十分応答しないものとして知られている。これによって、本明細書中に提供される実施可能な治療勧告構想の基準が形成される。
【発明の概要】
【０００５】
概要
本開示は、方法、組成物、及びキットを提供する。一実施形態では、肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法を提供する。本方法は、生体試料を対象から得ることと、少なくとも１つの変異体を検出するための、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ１、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子とハイブリッド形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを利用して少なくとも１つの変異体を検出することと、少なくとも１つの検出された変異体に基づいて、対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む。
【０００６】
本方法は、対象の生体試料に接触することと、少なくとも１つの変異体を検出するための、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ１、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、ＢＲＡＦ、及びＨＲＡＳ遺伝子とハイブリッド形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを用いて少なくとも１つの変異体を検出することと、少なくとも１つの検出された変異体に基づいて、対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む。
【０００７】
別の実施例では、本開示は、肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法であって、対象の試料内で、少なくとも１つの変異体を検出するための、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、及びＫＩＴ／ＰＤＧＦＲＡ遺伝子とハイブリッド形成しかつそれらを増幅するプローブのセットを用いて、少なくとも１つの変異体を検出することと、少なくとも１つの検出された変異体に基づいて、対象に対する実施可能な治療勧告を決定することと、を含む方法を提供する。
【０００８】
他のさらなる実施形態では、肺癌を患う個人の治療に対する応答の可能性を決定する方法を提供する。本方法は、少なくとも１つの遺伝子変異体が個人から得た試料内に存在するか存在しないかを判定することを含み、ここで少なくとも１つの変異体がＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子内に存在し、少なくとも１つの変異体が存在することは、その個人が治療に応答する可能性があることまたは可能性がないことを示し、検出された変異体がＡＬＫ融合であるときはクリゾチニブ、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、ＭＥＴ遺伝子増幅、検出された変異体がＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＧ７１９Ｘ）であるときはＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、検出された変異体がＥＧＦＲ  Ｔ７９０Ｍであるときは非ＥＧＦＲ  ＴＫＩ治療、検出された変異体がＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ及び／もしくはＧ１２ＦであるときはＭＥＫ阻害剤、検出された変異体がＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅであるときはベルムラフェニブ、検出された変異体がＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓであるときは不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤、ならびに検出された変異体がＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｅ５４２Ｋ及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）であるときはＰＩＣ３ＣＡ阻害剤から治療が選択される。
【０００９】
別の実施例では、本開示は、核酸変異体を試料内で検出する方法であって、生体試料を得ることと、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子から選択された少なくとも１つの遺伝子を増幅することと、プライマーを用いて（ａ）ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、Ｇ７１９Ｘ及び／もしくはＴ７９０Ｍ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ及び／もしくはＧ１２Ｆ）、ＢＲＡＦ（Ｌ５９７Ｒ、Ｄ５９４Ｈ／Ｎ、Ｖ６００Ｅ）、ＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓ、ＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４５Ｇ、Ｅ５４５ａ、Ｈ１０４７Ｒ、及び／もしくはＨ１０４７Ｌ）から選択された少なくとも１つの変異体を増幅することと、（ｂ）試料内に存在する少なくとも１つの核酸変異体を検出することと、を含む方法を提供する。
【００１０】
さらなる実施形態では、患者の肺腺癌を治療する方法を開示する。本方法は、患者の肺腫瘍試料内のＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、及びＫＩＴ／ＰＤＧＦＲＡ遺伝子のうちの少なくとも１つに変異体が存在するかについて試験することと、治療的に効果的な量の治療薬を患者に投与することを含み、ここで治療薬は、検出された変異体がＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、またはＭＥＴ遺伝子増幅であるときはクリゾチニブ、検出された変異体がＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＧ７１９Ｘ）であるときはＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、検出された変異体がＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ及び／もしくはＧ１２ＦであるときはＭＥＫ阻害剤、検出された変異体がＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅであるときはベルムラフェニブ、ならびに検出された変異体がＥＲＢＢ２エクソン２０ｉｎｓであるときは不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤である。
【００１１】
別のさらなる実施形態では、本開示は、クリゾチニブ、ＥＧＦＲ  ＴＫＩもしくはＥＧＦＲ  ＴＫＩ以外の治療薬、ＭＥＫ阻害剤、ベルムラフェニブ、または不可逆的汎ｅｒｂ阻害剤を用いた治療に適格な肺癌を患う患者を特定する方法であって、患者の肺腫瘍試料を、ＡＬＫ融合、ＲＯＳ１融合（ＥＺＲ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＣＤ７４、及び／もしくはＳＤＣ４）、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９ｄｅｌ、及び／もしくはＴ７９０Ｍ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ）を含む変異体が存在するかについて試験することを含み、変異体のうちの少なくとも１つが存在することが、患者が前記治療薬のうちの少なくとも１つを用いた治療に適格であることを示す、方法を提供する。
【００１２】
また、特定の実施形態では、本開示は、プローブのセットを含むキットであって、プローブのセットが特異的に、遺伝子ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳを認識し、プローブのセットが遺伝子ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体を認識及び識別することができる、キットも提供する。
【００１３】
本開示の特定の実施形態は、プローブのセットを含む組成物であって、プローブのセットが特異的に、遺伝子ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳを認識し、プローブのセットが遺伝子ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体を認識及び識別することができる組成物をさらに提供する。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
詳細な説明
本開示は、組成物、キット、ならびに肺癌を患う対象内で複数の遺伝子および関連する変異体を検出するための方法を提供する。組成物、キット、及び方法は、オリゴヌクレオチドのセット、典型的には、ハイブリッド形成して遺伝子変異体を特定することができるプライマー及び／もしくはプローブを含む。本明細書中に開示される方法は、判定されて実施可能な治療勧告と関連付けられる腫瘍の突然変異状態を提供する。特定の実施形態では、治療を決定するための方法及び肺癌を患う対象を治療するための方法を提供する。
【００１５】
開示された組成物、キット、及び方法の利点は、対象に対する適切な臨床手順に影響を与える可能性が最も高い、高い及び／または任意で低い分布率を有する複数の遺伝子分散に関して腫瘍試料を広範囲にスクリーニングすることによって、肺癌と診断された対象に実施可能な治療を勧告できる能力にある。特定の実施形態では、遺伝子変異の開示された組み合わせの突然変異状態を判定することによって、本方法は、５０％を超える肺腺癌の対象に、実施可能な治療勧告を提供する。この広範囲なスクリーニングを単一のパネルで実施し、それ故に、単一の生体試料を利用して実施することができ、そのため、貴重な試料を保存することができる。
【００１６】
定義
「肺癌」は一般に２つの主な種類の肺癌を指し、その肺癌は、大きさ及び悪性細胞の外見によって分類される：非小細胞（およそ８０％の症例）及び小細胞（約２０％の症例）肺癌。肺腺癌は非肺小細胞癌（ＮＳＣＬＣ）の最も一般的な亜型であり、他の亜型は、扁平上皮肺癌、細気管支肺胞上皮癌、大細胞癌、カルチノイド、腺様嚢胞癌、円柱腫、及び粘膜表皮癌を含む。一実施形態では、肺癌は段階Ｉ〜ＩＶに従って病期分類され、Ｉが初期段階で、ＩＶが最も進行している。
【００１７】
「予後」は例えば、全生存、長期死亡率、及び無病生存を示す。一実施形態では、長期死亡率は、肺癌と診断された後の５年以内の死亡を指す。しかし、１、２、または３年以内の予後も５年を超える予後として考えられる。
【００１８】
癌の他の形態は、癌種、非上皮性悪性腫瘍、腺癌、リンパ腫、固形及びリンパ癌を含む白血病等、頭頚部癌、例えば、口腔、咽頭及び舌癌、腎臓、胸部、腎臓、膀胱、結腸、卵巣、前立腺、膵臓、胃、脳、頭頚部、皮膚、子宮、精巣、食道、ならびに肝細胞癌を含む肝臓癌、非ホジキンリンパ腫（例えば、バーキット、小細胞、及び大細胞リンパ腫）、かつホジキンリンパ腫を含むリンパ腫、白血病、及び多発性骨髄腫を含む。
【００１９】
用語「マーカー」または「バイオマーカー」は、細胞内に発現し、非癌細胞と比較して、癌細胞の表面上に発現する、または癌細胞によって隠され、癌の診断、予後の提供、及び癌細胞を優先的に薬物の標的とすることに役立つ分子（典型的にはタンパク質、核酸、炭水化物、または脂質）を指す。そのようなマーカーは、非癌細胞と比較して、肺癌または他の癌細胞内で過剰発現した分子であることが多く、例えば、正常細胞と比較して、１倍過剰発現する、２倍過剰発現する、３倍またはそれ以上過剰発現する。さらに、マーカーは、癌細胞内で不適切に合成された分子、例えば、正常細胞に発現する分子と比較して、欠失、付加、または突然変異体を含む分子であってよい。代替として、そのようなバイオマーカーは、非癌細胞と比較して、低発現の分子であり、例えば、１倍低発現であり、２倍低発現であり、３倍またはそれ以上低発現である。さらに、マーカーは癌内で不適切に合成された分子であってよく、例えば、正常細胞上に発現する分子と比較して、欠失、付加、または突然変異体を含む分子であってよい。
【００２０】
例えば、本明細中に開示される癌の予測、診断、または予後等の任意の使用のために、他のマーカーまたは試験と組み合わせてマーカーを使用可能であることが当業者に理解されよう。
【００２１】
「生体試料」は、組織部分、例えば、組織学目的で用いられる生検、及び解剖検体、ならびに凍結切片を含む。そのような試料は、血液、及び血液分画、または生成物質（例えば、血清、血小板、赤血球等）、喀痰、気管支肺胞洗浄、培養細胞、例えば、初代培養、外植体、及び形質転換細胞、排泄物、尿等を含む。生体試料は、典型的には、真核生物から得て、最も好ましくは、哺乳類、例えば、霊長類、例として、チンパンジーまたはヒト、牛、犬、猫等、齧歯動物、例として、モルモット、ラット、マウス、ウサギ等、または鳥類、爬虫類、もしくは魚類から得る。
【００２２】
「生検」は、診断的または予後の評価のための組織試料を除去するプロセス、及び組織標本それ自体を指す。当該業界で既知である任意の生検技術を本発明の診断的及び予後の方法に適用することができる。適用される生検技術は、数ある要因の中で特に、評価される組織の種類（例えば、肺等）、腫瘍の大きさ、及び種類によって決定されるであろう。代表的な生検技術は、摘出生検、切開生検、針生検、直視下生検、及び骨髄生検を含むが、それらに限定されない。「摘出生検」は、正常組織のわずかな縁が包囲する全腫瘍塊の除去を指す。「切開生検」は、組織の楔状部を腫瘍内部から除去することを指す。内視鏡試験またはＸ線ガイダンスによってなされる診断または予後は、「コア針生検」または「微小針吸引生検」を必要とし得、それらは一般に、細胞懸濁液を標的組織の内部から得る。生検技術は例えば、Ｈａｒｒｉｓｏｎ'ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｋａｓｐｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１６ｔｈ  ｅｄ．，２００５，Ｃｈａｐｔｅｒ  ７０、及びＰａｒｔ  Ｖで考察される。
【００２３】
用語「過剰発現させる」、「過剰発現」、または「過剰発現された」は、正常細胞と比較して、検出可能に、より高いレベルで、通常は癌細胞内で翻訳されたか転写されたタンパク質または核酸（ＲＮＡ）を互換的に指す。この用語は、正常細胞と比較した転写、転写後のプロセス、翻訳、翻訳後のプロセス、細胞局在性（例えば、細胞小器官、細胞質、核、細胞表面）、及びＲＮＡならびにタンパク質安定性による過剰発現を含む。ｍＲＮＡ（すなわち、ＲＴ−ＰＣＲ、ＰＣＲ、ハイブリッド形成）またはタンパク質（すなわち、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的技術）を検出するための従来の技術を用いて、過剰発現を検出することができる。過剰発現は、正常細胞と比較して、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上であり得る。特定の例では、正常細胞と比較して、過剰発現は、１倍、２倍、３倍、４倍、またはそれ以上の高いレベルの転写または翻訳である。
【００２４】
用語「低発現する」、「低発現」、または「低発現した」、もしくは「下方制御された」は、正常細胞と比較して検出可能に、より低いレベルで、癌細胞内で翻訳されたかまたは転写されたタンパク質または核酸を互換的に指す。その用語は、対象と比較した、転写、転写後のプロセス、翻訳、翻訳後のプロセス、細胞局在性（例えば、細胞小器官、細胞質、核、細胞表面）、及びＲＮＡならびにタンパク質安定性による低発現を含む。ｍＲＮＡ（すなわち、ＲＴ−ＰＣＲ、ＰＣＲ、ハイブリッド形成）またはタンパク質（すなわち、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的技術）を検出するための従来の技術を用いて、低発現を検出することができる。低発現は、対象と比較して、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれ以下であってよい。特定の例では、低発現は、対象と比較して、１倍、２倍、３倍、４倍、またはそれよりさらに低いレベルの転写または翻訳である。
【００２５】
用語「特異的に発現した」または「特異的に調節された」は一般に、タンパク質または核酸を指し、それらは、１つの試料中で、少なくとも１つの他の試料と比較して、一般には本発明の内容の非癌性組織の試料と比較して、癌患者内で過剰発現した（上方制御された）または低発現した（下方制御された）。
【００２６】
「治療的処置」及び「癌治療」は、化学療法、ホルモン治療、放射線治療、免疫治療、及び生物学的ならびに小分子標的治療を指す。
【００２７】
本明細書中の「治療的に効果的な量または用量」または「十分な量または用量」は、効果をもたらす投与用量を意味する。正確な用量は治療目的によって決定し、当業者が既知の技術を用いて確認することができよう（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  （ｖｏｌｓ．  １−３，１９９２）；Ｌｌｏｙｄ，Ｔｈｅ  Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｐｉｃｋａｒ，Ｄｏｓａｇｅ  Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）；ａｎｄ  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００３，Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ参照）。
【００２８】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」を本明細書中で互換的に使用して、アミノ酸残基のポリマーを指す。この用語を、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然由来のアミノ酸の人工化学模倣物であるアミノ酸ポリマー、及び天然由来のアミノ酸ポリマーならびに非天然由来のアミノ酸ポリマーに適用する。
【００２９】
用語「アミノ酸」は、天然由来及び合成アミノ酸、ならびに天然由来のアミノ酸と同様の様式で機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を指す。天然由来のアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされたもの、及び後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、及びＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然由来のアミノ酸、すなわち、水素に結合する炭素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム、と同じ基本的化学構造を有する化合物を指す。そのような類似体は、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド主鎖を有するが、天然由来のアミノ酸と同じ基本的化学構造を保持する。アミノ酸模倣物は化学化合物を指し、その化学化合物はアミノ酸の一般化学構造とは異なる構造を有するが、天然由来のアミノ酸と同様の様式で機能する。
【００３０】
本明細書中でアミノ酸を、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨された一般的に知られるその３文字の記号または１文字の記号のいずれかによって、示すことができる。同様に、ヌクレオチドを、一般的に是認されているその単一の文字コードによって示すことができる。
【００３１】
アミノ酸配列について、核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列の個別の置換部分、欠失部分、または付加部分によって、単一のアミノ酸またはごく一部のアミノ酸をコードされた配列内で改変させ、付加し、削除するが、その置換部分、欠失部分、または付加部分は「保存的に修飾された変異体」であり、改変によって、アミノ酸を化学的に類似するアミノ酸と置換することを、当業者は認識するであろう。保存的置換表は、機能的に類似するアミノ酸を提供し、当該業界で周知である。そのような保存的に修飾された変異体は、本発明の多型変異体、種間同族体、及び対立因子を加え、それらを排除しない。
【００３２】
以下の８つの群はそれぞれ、互いに保存的に置換されたアミノ酸：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）、３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）、４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）、５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）、６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）、７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）を含む。例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）参照。
【００３３】
句「特異的に（または選択的に）結合する」は、タンパク質、核酸、抗体、または小分子化合物を指すとき、タンパク質または核酸、例えば、タンパク質または核酸及び他の生物製剤の不均一集団内に特異的に発現することが多い、本発明の遺伝子等の存在の決定要因である結合反応を指す。指定された免疫学的測定法条件下の抗体の場合、特異的な抗体は特定のタンパク質に、少なくとも自然界の２倍、より典型的には自然界の１０〜１００倍を超えて結合することができる。そのような条件下での抗体への特異的な結合では、特定のタンパク質への特異性に応じて選択される抗体が必要とされる。例えば、ポリクローナル抗体を選択することによって、選択された抗原に対して特異的に免疫反応を示し、他のタンパク質に対しては免疫反応を示さないポリクローナル抗体のみを得ることができる。他の分子と交差反応する抗体を除去することによって、この選択を達成することができる。様々な免疫学的測定法形式を利用して、特定のタンパク質に特異的に免疫反応を示す抗体を選択することができる。例えば、固相ＥＬＩＳＡ免疫学的測定法を日常的に使用して、タンパク質に特異的に免疫反応を示す抗体を選択する（例えば、特定の免疫反応性を判定するために使用することができる免疫学的測定法形式及び条件を説明するためのＨａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８８）参照）。
【００３４】
マーカータンパク質を調節する化合物を試験するためのアッセイの内容における句「機能的効果」は、直接的または間接的に本発明のバイオマーカーの影響下にあるパラメーター、例えば、化学的または表現型、を決定することを含む。その機能的効果は、リガンド結合活性、転写活性化または制御、特に細胞の増殖する能力、移動する能力を含む。「機能的効果」は、生体外の、生体内の、及び体外の活性を含む。
【００３５】
「機能的効果を決定すること」は、間接的にまたは直接的に本発明のバイオマーカーの影響下にあるパラメーターを増加させるまたは減少させる化合物を化学分析すること、例えば、物理的及び化学的または表現的影響を測定すること、を意味する。そのような機能的効果を、当業者に既知である任意の手段、例えば、タンパク質の分光特性（例えば、蛍光、吸光度、屈折率）の変化、流体力学の（例えば、形状）の変化、クロマトグラフィーの変化、または溶解性特性の変化、リガンド結合アッセイ、例えば、抗体への結合の変化、誘導性マーカーまたはマーカーの転写活性化を測定すること、酵素活性の変化を測定すること、細胞増殖、アポトーシス、細胞周期停止を増加または減少させる能力、及び細胞表面マーカーの変化を測定することによって測定することができる。当業者に既知の多くの手段で、例えば、形態学的特徴における改変の量的または質的測定のための特徴顕微鏡試験、胎盤組織に発現する他の遺伝子のＲＮＡまたはタンパク質レベルの変化の測定、ＲＮＡ安定性の測定、下流またはレポーター遺伝子（ＣＡＴ、発光酵素、β−ｇａｌ、ＧＦＰ等）発現の識別を、例えば、化学発光法、蛍光、比色反応、抗体結合、誘導性マーカー等で行うことによって、機能的効果を評価することができる。
【００３６】
マーカーの「阻害剤」、「活性剤」、及び「調節物質」を使用して、癌バイオマーカーの生体外及び生体内アッセイを用いて、特定された活性、抑制、または調節分子を指す。阻害剤は、結合して、例えば、部分的にまたは全体的に活性を阻害し、活性化を減少させ、防止し、遅延させ、癌バイオマーカーの活性または発現を不活性化する、減感する、または下方制御する化合物である。「活性剤」は活性化を向上させ、開放し、活発にし、容易にし、促進し、癌バイオマーカー、例えば、作動物質の活性を増感する、刺激する、または調節する化合物である。阻害剤、活性剤、または調節物質もまた、癌バイオマーカーの遺伝子的に修飾された型、例えば、改変された活性を有する型、ならびに天然由来及び合成リガンド、拮抗薬、作動物質、抗体、ペプチド、環状ペプチド、核酸、アンチセンス分子、リボザイム、ＲＮＡｉ及びｓｉＲＮＡ分子、小有機分子等を含む。阻害剤及び活性剤のためのそのようなアッセイは、例えば、生体外の癌バイオマーカーを細胞または細胞抽出物中に発現させ、想定される調節物質化合物を適用し、次いで上述の活性における機能的効果を判定することを含む。
【００３７】
試料またはアッセイは、潜在的な活性剤、阻害剤、または調節物質で処理された癌バイオマーカーを含み、阻害剤、活性剤、または調節物質を含まない対象の試料と比較されて、阻害の程度が調査される。対象の試料（阻害剤で処理されていない）には１００％の相対タンパク質活性値が割り当てられる。対象に対する活性値が約８０％、好ましくは５０％、より好ましくは２５〜０％であるとき、癌バイオマーカーの阻害が実現する。対象（活性剤で処理されていない）に対する活性値が１１０％、より好ましくは、１５０％、より好ましくは、２００〜５００％（すわなち、対象に対して２〜５倍高い）、より好ましくは、１０００〜３０００％高いとき、癌バイオマーカーの活性化が実現する。
【００３８】
本明細書中で使用される用語「化合物を試験する」または「薬物候補」もしくは「調節物質」あるいは文法的に同意義のものは、任意の分子、天然由来または合成のいずれか、例えば、タンパク質、オリゴペプチド（例えば、長さが約５〜約２５のアミノ酸、好ましくは、長さが約１０〜２０、または１２〜１８のアミノ酸、好ましくは、長さが１２、１５、または１８のアミノ酸）、有機低分子、多糖類、ペプチド、循環ペプチド、脂質、脂肪酸、ｓｉＲＮＡ、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド等について記載し、それらは、直接的にまたは間接的に癌バイオマーカーを調節する能力が試験される。試験化合物は、試験化合物のライブラリの形態、例えば、十分な範囲の多様性を提供する組み合わせまたはランダムライブラリ等であってよい。試験化合物は任意に、融合パートナー、例えば、標的化合物、レスキュー化合物、二量体化合物、安定化化合物、アドレス可能な化合物、及び他の官能部分に結合する。従来、いくつかの望ましい特性または活性を有する、例えば、活性を阻害する、リード化合物の変異体を発生させる、及びそれらの変異体の特性及び活性を評価する試験化合物（「リード化合物」と称される）を特定することによって、役立つ特性を有する新規化学成分を発生させる。そのような分析には、高スループットスクリーニング（ＨＴＳ）方法が採用されることが多い。
【００３９】
いくつかの実施形態では、プローブのセットを含むキットが提供される。「プローブ」または「プローブ（複数）」は、長さが少なくとも８（８）のヌクレオチドであって、標的領域の配列とプローブの少なくとも１つの配列との相補性のために、標的配列とハイブリッド構造を形成するポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ及び／もしくはＲＮＡから構成され得る。本明細書中でより詳細に考察される特定の実施形態のプローブは、検出可能に標識されている。プローブの大きさは著しく変動し得る。一般に、プローブは、例えば、長さが少なくとも８〜１５のヌクレオチドである。他のプローブは、例えば、少なくとも２０、３０または４０のヌクレオチド長である。さらに他のプローブはいくぶん長く、少なくとも、例えば５０、６０、７０、８０、９０のヌクレオチド長である。さらなる他のプローブはさらに長く、少なくとも、例えば、１００、１５０、２００またはそれ以上のヌクレオチド長である。プローブは任意の特定の長さであってよく、上述の範囲内に収まる長さであってもよい。好ましくは、プローブは、ポリメラーゼ連鎖反応中に標的配列の準備を行うために使用される配列（複数可）に相補的な配列を含まない。
【００４０】
用語「相補的な」または「相補性」は、塩基対合則に関連付けられたポリヌクレオチド（つまり、ヌクレオチドの配列）に関連して使用される。例えば、配列「Ａ−Ｇ−Ｔ」は、配列「Ｔ−Ｃ−Ａ」と相補的である。相補性は「部分的」であってよく、塩基対合則によると、核酸塩基のうちわずかいくつかのみが一致する。代替として、「完全」または「全体」相補性が核酸間に存在し得る。核酸ストランド構造間の相補性の程度は、核酸ストランド構造間のハイブリッド形成の能率及び強度に重大な影響を及ぼす。
【００４１】
「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、非修飾ＲＮＡまたはＤＮＡ、もしくは修飾ＲＮＡあるいはＤＮＡであってよい、単一ストランドまたは二重ストランドデオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのポリマーを指す。
【００４２】
「増幅検出アッセイ」は、プライマー対及び対応するプローブを指し、ここでプライマー対は標的核酸部分、典型的には、単位複製配列を画定する標的遺伝子に隣接して位置し、プローブは単位複製配列に結合する。
【００４３】
プローブのセットは、典型的には、本開示の実施可能な治療勧告で使用される標的遺伝的変異を検出するために使用されるプライマーのセットを指し、プライマー対、及び／もしくは検出可能に標識されているプローブを指すことが多い。非限定実施例として、プライマーのセットは、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳの変異体を検出するために使用されるが、少なくとも１つのプライマー、及び、典型的には、上述の各遺伝子に対する一対の増幅プライマーを含み、それらを使用して、上述の遺伝子内の特定の遺伝子変異体部分にまで及ぶ核酸部分を増幅させる。他の非限定実施例として、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子の増幅検出アッセイのセットは、上述の各遺伝子のプライマー対のセット及び対応するプローブを含む。プライマー対を増幅反応で使用して、上述の各遺伝子の標的遺伝子変異部分にまで及ぶ単位複製配列を定義する。単位複製配列のセットは、対応するプローブのセットによって検出される。例示的な実施形態では、本発明はＴａｑＭａｎ（商標）（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ、ＣＡ）アッセイのセットであり、それらを使用して、本発明の方法で使用される標的遺伝的変異のセットを検出する。例えば、一実施形態では、本発明は、Ｔａｑｍａｎアッセイのセットであり、それらはＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ遺伝子を検出する。
【００４４】
一実施形態では、プローブのセットはプライマーのセットであり、それを使用して単位複製配列を発生させ、その配列は、核酸配列反応、例えば、次世代配列反応によって検出される。それらの実施形態では、例えば、ＡｍｐｌｉＳＥＱ（商標）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）またはＴｒｕＳＥＱ（商標）（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）技術を採用することができる。
【００４５】
修飾リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドは、核酸内の天然型塩基の代わりに使用可能であり、修飾プリン及びピリミジン、微量塩基、変換可能なヌクレオシド、プリン及びピリミジンの構造的類似体、標識された、誘導体化された、及び修飾されたヌクレオシドならびにヌクレオチド、複合ヌクレオシド及びヌクレオチド、配列調整剤、末端調整剤、スペーサー調整剤、及びヌクレオチドであって、主鎖修飾を有し、リボース修飾されたヌクレオチド、ホスホルアミダート、ホスホロチオエート、ホスホナミダイト、メチルホスホネート、メチルホスホラミダイト、メチルホスホナミダイト、５'−β−シアノエチルホスホラミダイト、メチレンホスホナート、ホスホロジチオアート、ペプチド核酸、アキラル、及び中性ヌクレオチド間結合を含むがそれらに限定されないヌクレオチド、を含むが、それらに限定されない分子を指す。
【００４６】
いくつかの実施形態では、提供されたプローブのセットを含むキットが提供され、プローブのセットは、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＲＲＢＢ４、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＤＤＲ２、ＮＲＡＳ、ＰＴＥＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＭＡＤ４、ＦＢＸＷ７、ＮＯＴＣＨ  １、ＫＩＴ／ＰＧＤＦＲＡ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＫＴ１、及びＨＲＡＳ、またはその突然変異タンパク質をコードするポリヌクレオチドと特異的にハイブリッド形成する。
【００４７】
「ハイブリッド形成する」または「ハイブリッド形成」は核酸間での結合を指す。ハイブリッド形成の条件は、結合する核酸の配列ホモロジーに従って変更する。したがって、対象核酸間の配列ホモロジーが高い場合は、厳格な条件が採用される。配列ホモロジーが低い場合は、緩和な条件が採用される。ハイブリッド形成条件が厳格であるとき、ハイブリッド形成の特異性は増大し、このハイブリッド形成の特異性の増大によって、非特異性のハイブリッド生成の収率は低下する。しかしながら、緩和なハイブリッド形成条件下では、ハイブリッド形成の特異性は低下し、このハイブリッド形成の特異性の低下によって、ハイブリッド生成の収率は増大する。
【００４８】
「厳格な条件」は、プローブが、典型的には核酸の複合混合物中の標的部分配列とハイブリッド形成するが、他の配列とはハイブリッド形成しないであろう条件を示す。厳格な条件は配列依存性であり、様々な状況において異なるであろう。より長い配列は、より高い温度で特異的にハイブリッド形成する。核酸のハイブリッド形成への広範な指針は、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ｐｒｏｂｅｓ，「Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ａｓｓａｙｓ」（１９９３）に見出される。一般に、厳格な条件は、定義されたイオン強度ｐＨでの特定の配列の熱的融点（Ｔｍ）よりも約５〜１０℃低くなるように選択される。Ｔｍは（定義されたイオン強度、ｐＨ及び核酸濃度下での）温度であり、この温度では、標的に相補的な５０％のプローブが、標的配列に対して平衡状態でハイブリッド形成する（標的配列がＴｍで過度に存在するため、５０％のプローブが平衡状態で占有される）。また、不安定化剤、例えばホルムアミドを添加することで、厳格な条件を実現することもできる。選択的または特異的ハイブリッド形成では、陽性シグナルは自然界の少なくとも２倍、好ましくは自然界のハイブリッド形成の１０倍である。例示的で厳格なハイブリッド形成の条件は以下の通りである：５０％のホルムアミド、５ｘ  ＳＳＣ、及び１％のＳＤＳにて４２℃でインキュベートする。または５ｘ  ＳＳＣ、１％のＳＤＳにて６５℃でインキュベートし、洗浄は６５℃で０．２ｘ  ＳＳＣおよび０．１％のＳＤＳにて行う。
【００４９】
厳格な条件下で互いにハイブリッド形成しない核酸は、それらがコードしたポリペプチドが実質的に同一である場合でもなお、実質的に同一である。これは、例えば、遺伝子コードによって許容された最大コドン改変を利用して核酸の複製を発生させた場合に発生する。そのような例では、核酸は、典型的には適度に厳格なハイブリッド形成条件下で、ハイブリッド形成を行う。例示的な「適度に厳格なハイブリッド形成条件」は、緩衝剤として４０％のホルムアミド、１Ｍ  ＮａＣｌ、１％のＳＤＳにて３７℃での、及びＩＸ  ＳＳＣ中にて４５℃での洗浄を行う、ハイブリッド形成を含む。陽性ハイブリッド形成は少なくとも自然界の２倍である。代替のハイブリッド形成を当業者に容易に認識させ、かつ洗浄条件を利用して同様に厳格な条件を容易に提供することができる。ハイブリッド形成パラメーターを決定するための追加のガイドラインは、多数の参照、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄ内で提供される。
【００５０】
核酸間のハイブリッド形成は、ＤＮＡ分子とＤＮＡ分子との間で発生し得、ハイブリッド形成はＤＮＡ分子とＲＮＡ分子との間で発生し得、ハイブリッド形成はＲＮＡ分子とＲＮＡ分子との間で発生し得る。
【００５１】
「ＡＫＴ１」または「ＡＫＴ」は、ヒトｖ−ａｋｔマウス胸腺腫ウイルス癌遺伝子ホモログ１、転写変異体１、ＲＡＣ−アルファセリン／トレオニン−タンパク質キナーゼをコードするポリヌクレオチドを指し、２０１１年４月３０日に改訂されたＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿００５１６３．２として出現する。
【００５２】
「ＡＬＫ」は、インスリン受容体スーパーファミリーに属する受容体チロシンキナーゼをコードする遺伝子である未分化リンパ腫キナーゼとしても知られる未分化リンパ腫受容体チロシンキナーゼを指す。この遺伝子は、未分化大細胞リンパ腫、神経芽細胞腫、及び非肺小細胞癌を含む一連の腫瘍内で、再配列される、突然変異する、または増幅することが見出されている。染色体再配列は、この遺伝子において最も一般的な遺伝子改変であり、これによって、ＡＬＫ（染色体２）／ＥＭＬ４（染色体２）、ＡＬＫ／ＲＡＮＢＰ２（染色体２）、ＡＬＫ／ＡＴＩＣ（染色体２）、ＡＬＫ／ＴＦＧ（染色体３）、ＡＬＫ／ＮＰＭ１（染色体５）、ＡＬＫ／ＳＱＳＴＭ１（染色体５）、ＡＬＫ／ＫＩＦ５Ｂ（染色体１０）、ＡＬＫ／ＣＬＴＣ（染色体１７）、ＡＬＫ／ＴＰＭ４（染色体１９）、及びＡＬＫ／ＭＳＮ（染色体Ｘ）を含む腫瘍形成において、複数の融合遺伝子が発生する。ＡＬＫ及びＥＭＬ４の転座によって融合タンパク質がもたらされる。融合タンパク質をコードする１つのポリヌクレオチドは、２００８年１月１１日にＳｏｄａ  ｅｔ  ａｌによって改訂されたＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＡＢ２７４７２２．１として出現する。「Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ  ＥＭＬ４−ＡＬＫ  ｆｕｓｉｏｎ  ｇｅｎｅ  ｉｎ  ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ−ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ」（２００７）Ｎａｔｕｒｅ  ４４８（７１５３）：５６１−５６６。「ＥＭＬ」は「棘皮動物微小管結合タンパク質様４」を指す。
【００５３】
「ＢＲＡＦ」は、セリン／トレオニン−タンパク質キナーゼＢ−Ｒａｆとも称されるプロトオンコジーンＢ−Ｒａｆ及びｖ−Ｒａｆ、ならびにセリン／トレオニンタンパク質キナーゼをコードするポリヌクレオチドを指し、２０１１年４月２４日に改訂されたＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿００４３３３．４として出現する。ＢＲＡＦの変異体は、アミノ酸位置５９４及び６００でのアミノ酸置換をコードするポリヌクレオチドを含む。「アミノ酸置換」または「アミノ酸置換（複数）」によってアミノ酸が親ポリペプチド配列内の特定の位置で、別のアミノ酸と置き換えられることを意味する。例えば、置換Ｄ５９４Ｈは、位置５９４のアスパラギン酸がヒスチジンと置き換えられた変異体ポリペプチドを指す。ＢＲＡＦの他の変異体ポリペプチドは、Ｄ５９４Ｎ及びＶ６００Ｅを含む。
【００５４】
「ＥＧＦＲ」つまり「上皮成長因子受容体」すなわち「ＥＧＦＲ」は、４つの代替の転写産物のうちの１つによってコードされ、ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿００５２２８．３、ＮＭ＿２０１２８２．１、ＮＭ＿２０１２８３．１、及びＮＭ＿２０１２８４．１として出現するチロシンキナーゼ細胞表面受容体を指す。ＥＧＦＲの変異体は、エクソン１９内の欠失部分、エクソン２０内の挿入部分、及びアミノ酸置換Ｔ７９０ＭならびにＬ８５８Ｒを含む。
【００５５】
また、「ＥＲＢＢ２」はｖ−ｅｒｂ−ｂ２赤芽球白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ２とも称され、ＥＧＦＲ／ＥｒｂＢファミリーのメンバーであり、２０１１年５月１日に改訂されたＧｅｎＢａｎｋａｃｃｅｓｓｉｏｎＮＭ＿００４４４８．２として出現する。ＥＲＢＢ２の変異体はエクソン２０内の挿入部分を含む。
【００５６】
また、「ＦＧＦＲ１」すなわち「線維芽細胞増殖因子受容体１」は、ｆｍｓ関連チロシンキナーゼ−２及びＣＤ３３１とも称される。ＦＧＦＲ１タンパク質をコードする９つの代替の転写産物は、２０１１年４月３０日に改訂されたＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿０２３１１０．２、ＮＭ＿００１１７４０６３．１、ＮＭ＿００１１７４０６４．１、ＮＭ＿００１１７４０６５．１、ＮＭ＿００１１７４０６６．１、ＮＭ＿００１１７４０６７．１、ＮＭ＿０１５８５０．３、ＮＭ＿０２３１０５．２、及びＮＭ＿０２３１０６．２として出現する。
【００５７】
「ＨＲＡＳ」すなわち「ハービーラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ」は、ポリヌクレオチドによってコードされ、２０１１年４月１７日に改訂されたＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿００５３４３．２として出現する。ＨＲＡＳの変異体はアミノ酸置換Ｑ６１Ｌ及びＱ６１Ｒを含む。
【００５８】
「ＫＲＡＳ」すなわち「カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ」は、２つの代替の転写産物によってコードされ、ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿００４９８５．３及びＮＭ＿０３３３６０．２として出現する。ＫＲＡＳの変異体はアミノ酸置換Ｇ１２Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｆ／Ｒ／Ｖを含む。
【００５９】
「ＭＥＴ」すなわち「ＭＮＮＧ  ＨＯＳ形質転換遺伝子」は、タンパク質をコードし、肝細胞増殖因子受容体として称され、ポリヌクレオチドによってコードされ、ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ＮＭ＿０００２４５．２及びＮＭ＿００１１２７５００．１として出現する。
【００６０】
「ＰＩＫ３ＣＡ」すなわち「ホスファチジルイノシトール−４、５−ビスホスフェート３−キナーゼ、触媒サブユニットアルファ」は、ポリヌクレオチドによってコードされ、２０１１年５月１日に改訂されたＮＭ＿００６２１８．２として出現する。ＰＩＫ３ＣＡの変異体はアミノ酸置換Ｅ５４５Ａ／Ｇ／Ｋ及びＨ１０４７Ｌ／Ｒを含む。
【００６１】
「ＲＥＴ」すなわち「形質移入中の再配列」は、受容体チロシンキナーゼをコードする。染色体再配列は、この遺伝子における最も一般的な遺伝子改変であり、それによって、キネシンファミリーメンバー５Ｂ（「ＫＩＦ５Ｂ」）／ＲＥＴ、６（「ＣＣＤＣ６」）／ＲＥＴを含むコイルドコイルドメイン、及び細胞核受容体共役因子４（「ＮＣＯＡ４」）／ＲＥＴを含む腫瘍形成において複数の融合遺伝子を発生させる。ＲＥＴによってコードされた代表的なポリヌクレオチドはＮＭ＿０２０６３０．４として出現する。
【００６２】
「ＲＯＳ１」すなわち「ｃ−Ｒｏｓ受容体チロシンキナーゼ」はチロシンキナーゼインスリン受容体遺伝子のセブンレスサブファミリーに属する。ＲＯＳ１によってコードされた代表的なポリヌクレオチドは、２０１３年１月２８日に改訂されたＮＭ＿００２９４４．２として出現する。
【００６３】
「ＫＩＴ／ＰＤＧＦＲＡ」は２つの遺伝子を指す。また「ＫＩＴ」は「プロトオンコジーンｃ−Ｋｉｔ」すなわち「チロシン−タンパク質キナーゼＫｉｔ」とも称され、サイトカイン受容体をコードする。ＰＤＧＦＡによってコードされた代表的なポリヌクレオチドはＮＭ＿０００２２２．２として出現する。「ＰＤＧＦＡ」は「アルファ型血小板由来成長因子受容体」をコードする遺伝子である。ＰＤＧＦＡによってコードされた代表的なポリヌクレオチドはＮＭ＿００６２０６．４として出現する。
【００６４】
「突然変異タンパク質」すなわち「変異体」は、１つ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸をそれぞれ交換、欠失、または挿入することで、野生型または個体集団における最も分布した形態と比べて、異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドを指す。交換され、欠失され、または挿入されたヌクレオチドもしくはアミノ酸の数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個またはそれ以上、例えば、２５、３０、３５、４０、４５もしくは５０個等であってよい。また、用語、突然変異タンパク質は、転座、例えば、ポリペプチドＥＭＬ４及びＡＬＫをコードする遺伝子の融合を包含することもできる。いくつかの実施形態では、提供されたプローブのセットを包含するキットが提供され、プローブのセットは、ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳ、またはそれらの突然変異タンパク質をコードするポリヌクレオチドと特異的にハイブリッド形成し、プローブのセットは突然変異タンパク質間で識別を行い、突然変異タンパク質は、ＡＫＴ１（Ｅ１７Ｋ）、ＢＲＡＦ（Ｌ５９７Ｒ、Ｄ５９４Ｈ／Ｎ、Ｖ６００Ｅ）、ＥＧＦＲ（Ｌ８５８Ｒ、Ｇ７１９Ｘ、Ｔ７９０Ｍ）、ＨＲＡＳ（Ｑ６１Ｌ／Ｋ／Ｒ、Ｇ１２Ｃ／Ｄ）、ＫＲＡＳＧ１２Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｆ／Ｒ／Ｖ）、及びＰＩＫ３ＣＡ（Ｅ５４５Ａ／Ｇ／Ｋ、Ｈ１０４７Ｌ／Ｒ）をコードするポリヌクレオチドのうちの１つ以上を含む。
【００６５】
「複製数」または「複製数変動」は、ＤＮＡの１つ以上のセクションの異常な数の複製を有する細胞をもたらす、ゲノムＤＮＡの改変を指す。複製数変動は、特定の染色体上で欠失された（複製数減少）または重複した（複製数増加）ゲノムの比較的大きな部分に対応する。
【００６６】
「単一ヌクレオチド多型」すなわち「ＳＮＰ」は、ゲノムの単一のヌクレオチド（Ａ、Ｔ、Ｇ、またはＣ）がヒトの生物学的種または対合染色体のメンバー間で異なるときに発生するＤＮＡ配列多様性を指す。
【００６７】
他の実施形態では、２つ以上のプローブはプライマー対である。
【００６８】
「プライマー」または「プライマー配列」は、標的核酸配列（例えば、増幅するＤＮＡ鋳型）とハイブリッド形成して核酸合成反応の準備を行うオリゴヌクレオチドを指す。プライマーは、ＤＮＡオリゴヌクレオチド、ＲＮＡオリゴヌクレオチド、またはキメラ配列であってよい。プライマーは、天然、合成、または修飾ヌクレオチドを含むことができる。プライマー長の上限と下限のいずれも実験的に決定される。プライマー長の下限は、核酸増幅反応条件下で標的核酸とハイブリッド形成した後に安定二重鎖を形成するのに必要とされる最短の長さである。そのようなハイブリッド形成条件下で、非常に短いプライマー（３〜４未満のヌクレオチド長であることが多い）は、標的核酸と熱力学的に安定した二重鎖を形成しない。上限は、標的核酸内の所定の核酸配列以外の部分に二重鎖形成を有する可能性によって決定されることが多い。一般に、好適なプライマー長は、約１０〜約４０のヌクレオチド長の範囲内である。特定の実施形態では、例えば、プライマーは１０〜４０、１５〜３０、または１０〜２０のヌクレオチド長であってよい。プライマーは、適切な条件下に置かれたとき、ポリヌクレオチド配列上で合成を開始する時点で動作可能である。
【００６９】
プライマーは完全に、または実質的に、複製される標的ポリヌクレオチド配列部分と相補的となるであろう。したがって、ハイブリッド形成を促す条件下では、プライマーは、標的配列の相補的な部分に対してアニールするであろう。ポリメラーゼ、ヌクレオチド三リン酸塩等を含むがそれらに限定されない好適な反応剤を添加した後、薬剤を重合することによってプライマーは伸長されて、標的配列の複製を形成する。プライマーは単一ストランドであってよい、または代替として、部分的に二重ストランドであってよい。
【００７０】
いくつかの実施形態では、少なくとも４つのプライマー対及び４つの検出可能に標識されたプローブを包含するキットが提供され、少なくとも４つのプライマー対及び少なくとも４つの検出可能に標識されたプローブは、４つのプライマー対のうちの任意の１つではない。それらの非限定実施形態では、４つのプライマー対及び４つの検出可能に標識されたプローブは４つの増幅検出アッセイを形成する。
【００７１】
「検出」、「検出可能な」、及びその文法的に同意義のものは、標的核酸配列の存在、及び／もしくは量、及び／もしくは同一性を判定する手段を指す。いくつかの実施形態では、標的核酸配列を増幅させることで検出がもたらされる。他の実施形態では、標的核酸の配列を決定することは、標的核酸を「検出すること」として特徴付けられ得る。プローブに付着した標識は、当該業界で知られる任意の様々な異なる標識を含むことができ、それらの標識は、例えば、化学的または物理的手段で検出可能である。プローブに付着可能な標識は、例えば、蛍光性及び発光材料を含んでもよい。
【００７２】
「増幅する」、「増幅」、及びその文法的に同意義のものは、標的核酸配列の少なくとも一部が、限定することなく、直線的または指数関数的に核酸配列を増幅するための広範囲の技術を含む鋳型依存様式で複製される任意の方法を指す。増幅ステップを実施するための例示的な手段は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、リガーゼ検出反応（ＬＤＲ）、連結反応を含み、次いで、Ｑレプリカーゼ増幅、ＰＣＲ、プライマー伸長、ストランド置換増幅（ＳＤＡ）、超分岐ストランド置換増幅、多重置換増幅（ＭＤＡ）、核酸ストランドベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、２つのステップの多重化増幅、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、レコンビナーゼ−ポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）（ＴｗｉｓｔＤｘ、Ｃａｍｂｒｉｄｇ、ＵＫ）、及び自立配列複製（３ＳＲ）を含み、多重型またはそれらの組み合わせ、例えば、ＯＬＡ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＯＬＡ、ＬＤＲ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＬＣＲ／ＰＣＲ、及びＰＣＲ／ＬＣＲ（組み合わされた連鎖反応−ＣＣＲとしても知られる）等を含むがそれらに限定されない。そのような技術に関する記載について、とりわけ、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  ３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ；  Ａｕｓｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．；ＰＣＲ  Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｄｉｆｆｅｎｂａｃｈ，Ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（１９９５）；Ｔｈｅ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  Ｂｏｏｋ，  Ｃｈａｎｇ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ（２００２），Ｍｓｕｉｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏ．３４：５０１−０７（１９９６）；Ｔｈｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ，Ｒ．Ｒａｐｌｅｙ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．（２００２）に見出すことができる。
【００７３】
当該業界で既知の配列分析及び電気泳動分析を限定することなく含む技術を用いて、核酸マーカーの分析を実施することができる。配列分析の非限定実施例は、Ｍａｘａｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、Ｓａｎｇｅｒ配列決定、キャピラリーアレイＤＮＡ配列決定、熱サイクル配列決定（Ｓｅａｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１３：６２６−６３３（１９９２））、固相配列決定（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ，３：３９−４２（１９９２））、質量分析を用いた配列決定、例えば、マトリックス補助レーザー脱離／イオン化−飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ；Ｆｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，１６：３８１−３８４（１９９８））等、及びハイブリッド形成による配列決定を含む。Ｃｈｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７４：６１０−６１４（１９９６）；Ｄｒｍａｎａｃ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６０：１６４９−１６５２（１９９３）；Ｄｒｍａｎａｃ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１６：５４−５８（１９９８）。電気泳動分析の非限定実施例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル電気泳動等、キャピラリー電気泳動、及び変性剤濃度勾配ゲル電気泳動を含む。さらに、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  ＰＧＭ、またはＰｒｏｔｏｎ，ｔｈｅ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳＥＱ、もしくはＭｉＳＥＱ、及びｔｈｅ  Ｒｏｃｈｅ／４５４  ｎｅｘｔ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ等の会社から商業的に入手可能なキット及び器具を使用して、次世代配列決定を実施することができる。
【００７４】
いくつかの実施形態では、励起された光に反応して蛍光シグナルをもたらすプローブの量は、典型的には、増幅反応で生成された核酸の量に関連する。したがって、いくつかの実施形態では、蛍光シグナルの量は、増幅反応で生成された産物の量に関連する。したがって、そのような実施形態では、蛍光指示薬からの蛍光シグナルの強度を測定することによって、増幅産物の量を測定することができる。
【００７５】
「検出可能に標識されたプローブ」は、増幅反応に使用される分子、典型的には、量的またはリアルタイムのＰＣＲ分析及び終点分析に使用される分子を指す。そのような検出プローブを使用して標的核酸配列の増幅を観察することができる。いくつかの実施形態では、増幅反応に存在する検出プローブは、時間の関数として生成された単位複製配列（複数可）の量を観察するのに好適である。そのような検出プローブは、５'−エキソヌクレアーゼアッセイ（本明細書中に記載のＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ（また米国特許第５，５３８，８４８号参照）、様々なステムループ分子ビーコン（例えば、米国特許第６，１０３，４７６号及び同第５，９２５，５１７号、ならびにＴｙａｇｉ  ａｎｄ  Ｋｒａｍｅｒ，１９９６，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：３０３−３０８参照）、ステムレスまたは線形ビーコン（例えば、ＷＯ９９／２１８８１参照）、ＰＮＡ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎｓ（商標）（例えば、米国特許第６，３５５，４２１号及び同第６，５９３，０９１号参照）、線形ＰＮＡビーコン（例えば、Ｋｕｂｉｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，ＳＰＩＥ  ４２６４：５３−５８参照）、非ＦＲＥＴプローブ（例えば、米国特許第６，１５０，０９７参照）、Ｓｕｎｒｉｓｅ（登録商標）／Ａｍｐｌｉｆｌｕｏｒ（商標）プローブ（米国特許第６，５４８，２５０号）、ステムループ及び二重鎖Ｓｃｏｒｐｉｏｎプローブ（Ｓｏｌｉｎａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２９：Ｅ９６及び米国特許第６，５８９，７４３号）、バルジループプローブ（米国特許第６，５９０，０９１号）、シュードノットプローブ（米国特許第６，５８９，２５０号）、サイクリコン（米国特許第６，３８３，７５２号）、ＭＧＢ  Ｅｃｌｉｐｓｅ（商標）プローブ（Ｅｐｏｃｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ヘアピンプローブ（米国特許第．６，５９６，４９０）、及び、例えば、米国特許第６，４８５，９０１；Ｍｈｌａｎｇａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２５：４６３−４７１；Ｗｈｉｔｃｏｍｂｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１７：８０４−８０７；Ｉｓａｃｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ．１４：３２１−３２８；Ｓｖａｎｖｉｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０００、Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．２８１：２６−３５；Ｗｏｌｆｆｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ７６６：７６９−７７１；Ｔｓｏｕｒｋａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００２、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．３０：４２０８−４２１５；Ｒｉｃｃｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００２、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３０：４０８８−４０９３；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００２  Ｓｈａｎｇｈａｉ．３４：３２９−３３２；Ｍａｘｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００２、Ｊ．  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２４：９６０６−９６１２；Ｂｒｏｕｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００２、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：２４９−５６；  Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００２、Ｃｈｅｍ．  Ｒｅｓ．  Ｔｏｘｉｃｏｌ．  １５：１１８���１２６；及びＹｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００１、Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ  １４：１１１５５−１１１６１．に記載のペプチド核酸（ＰＮＡ）ライトアッププローブ、自己組織化ナノ粒子プローブならびにフェロセン修飾プローブを含むが、それらに限定されない。
【００７６】
また、検出プローブは、限定することなく、ブラックホール消光剤（Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ）、Ｉｏｗａ  Ｂｌａｃｋ  （ＩＤＴ）、ＱＳＹ消光剤（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）、及びＤａｂｓｙｌ  ａｎｄ  Ｄａｂｃｅｌ  スルホン酸塩／ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒｓ  （Ｅｐｏｃｈ）を含む消光剤を含むこともできる。
【００７７】
また、検出プローブは、２つのプローブを含むことも可能であり、それらのプローブでは、例えば、蛍光剤が１つのプローブにあり、消光剤が他のプローブ上にあり、標的上の２つのプローブのハイブリッド形成がともにシグナルを消光する、または標的上のハイブリッド形成が蛍光の変化を介してシグナル構造を改変させる。また、検出プローブは、カルボキシレート基の代わりとなる、Ｓ０３を有するフルオレセニン色素のスルホン酸塩誘導体、フルオレセインのホスホラミダイト型、及びＣＹ５（例えば、Ａｍｅｒｓｈａｍから商業的に入手可能な）のホスホラミダイト型を含むことも可能である。いくつかの実施形態では、インターシェレーティング標識、例えば、臭化エチジウム、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  Ｉ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）、及びＰｉｃｏＧｒｅｅｎ（登録商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）等を使用することによって、検出プローブなしでリアルタイムまたは終点での増幅産物の可視化が可能となる。いくつかの実施形態では、リアルタイムの可視化は、両方のインターカレーティング検出プローブも含むことができ、配列ベース検出プローブを採用することができる。いくつかの実施形態では、検出プローブは、増幅反応において相補的な配列とハイブリッド形成しないときに少なくとも部分的に消光され、増幅反応において相補的な配列とハイブリッド形成するときは少なくとも部分的に消光されない。いくつかの実施形態では、本教示の検出プローブは６３〜６９℃のＴｍを有するが、本教示に導かれ、日常実験によって、他のＴｍを有する検出プローブをもたらすことが可能であることが理解されよう。いくつかの実施形態では、プローブは、様々な修飾、例えば、小溝結合剤（例えば、米国特許第６，４８６，３０８号参照）をさらに含み、望ましい熱力学的特性をさらに提供することができる。
【００７８】
いくつかの実施形態では、様々な検体種間の移動の差速に基づく任意の様々な移動依存分析技術を介して検出が発生し得る。例示的な移動依存分析技術は、電気泳動、クロマトグラフィー、質量分光複製、沈降、例えば、勾配遠心分離、フィールドフローフラクショネーション、多段階抽出技術等を含む。いくつかの実施形態では、移動プローブは、増幅産物とハイブリッド形成され得て、標的核酸配列の同一性は、溶出移動プローブの移動依存分析技術によって決定され得るが、それらは、例えば、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ０４／４６３４４号、Ｒｏｓｅｎｂｌｕｍ  ｅｔ  ａｌ．及び同第ＷＯ０１／９２５７９号、Ｗｅｎｚ  ｅｔ  ａｌに記載される通りである。いくつかの実施形態では、様々なマイクロアレイ及び関連するソフトウェア、例えば、ｔｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ａｒｒａｙ  Ｓｙｓｔｅｍ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  １７００  Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ａｎａｌｙｚｅｒ、及び特に、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｉｌｌｕｍｉｎａ，ａｎｄ  Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、（Ｇｅｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９２：２５１−６２、１９９９；Ｄｅ  Ｂｅｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｉｎｅｒｖａ  Ｂｉｏｔｅｃ  １４：２４７−５２、２００２；ａｎｄ  Ｓｔｅａｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ９：１４０４５，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ、２００３も参照）から入手可能な他の商業的に入手可能なアレイシステムによって、検出を実現することができる。検出はレポーター基を含むことができるが、そのレポーター基は、標識されたプライマーの一部として反応生成物中に組み込まれるか、または増幅中に標識されたｄＮＴＰを組み込むために反応生成物中に組み込まれるかのいずれかで組み込みが行われる、あるいは、例えば、レポーター基を含むハイブリッド形成タグ補完を介して、または反応生成物に必要不可欠なあるいはそれらに結合するリンカーアームを介して反応生成物に結合するが、それらを介する結合に限定されないということを理解されたい。また、標識されていない反応生成物を、例えば、質量分析を用いて検出することも、本教示の範囲内である。
【００７９】
また、本発明のキットは、本明細書中に記載の１つ以上の方法及び／もしくは本明細書中に記載の１つ以上の組成物もしくは試薬に関する記載事項を実施するための命令を含むこともできる。命令及び／もしくは記載事項は印刷された書式であってよく、キットインサート内に含まれてもよい。また、キットは、そのような命令または記載事項を提供するインターネットの所在を書面による明細で含むこともできる。
【００８０】
いくつかの実施形態では、プローブのセット及び試料を含む組成物を提供するが、プローブのセットは、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＨＲＡＳ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳを特異的に認識し、プローブのセットは、遺伝子ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＥＧＦＲ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＥＴ、及びＲＯＳのうちの１つ以上の対立遺伝子変異体を認識して識別することができる。
【００８１】
開示された遺伝子及び変異体の任意の組み合わせをキット及び組成物中に含むことができる。例えば、本明細書中でより詳細に記載される実施可能性インデックス（ＡＩ）の範疇と変異体分布率との組み合わせから、遺伝子及び変異体を選択することができる。この点で、開示された組成物及びキットの様々な実施形態では、ＡＩ１＋分布率＞１％、ＡＩ２＋分布率＞１％、ＡＩ３＋分布率＞１％、ＡＩ１＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ２＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ３＋分布率０．１％〜１％、及びそれらの組み合わせから選択される実施可能性インデックス及び割合分布率から遺伝子変異体を選択することができる。
【００８２】
特定の実施形態では、肺癌と診断された対象に対する実施可能な治療勧告を決定する方法を提供する。他の実施形態は、肺癌を患う対象の治療に対する応答の可能性を判定する方法、及び肺癌を患う患者を治療するための方法を含む。
【００８３】
本方法の一実施形態では、肺癌の亜型は肺腺癌である。特定の実施形態では、肺癌の亜型は扁平上皮肺癌である。
【００８４】
本方法は、患者から試料を得るステップを含み、対象の遺伝子内の少なくとも１つの変異体を検出し、その検出された遺伝子変異体に基づいて患者のＡＩまたは治療を決定する。
【００８５】
患者の試料は、対象の肺癌からの核酸を含む任意の身体組織または体液であってよい。特定の実施形態では、試料は、循環腫瘍細胞または細胞フリーＤＮＡを含む血液試料であろう。他の実施形態では、試料は組織、例えば、肺組織であってよい。肺組織は腫瘍組織からのものであってもよく、新鮮冷凍されたもの、またはホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）されたものであってよい。特定の実施形態では、肺腫瘍ＦＦＰＥ試料を得る。
【００８６】
本明細書中にＡＩの５つの範疇を提供する。ＡＩ１は、遺伝子変異体の状態に基づいて、治療勧告において臨床コンセンサスが存在する範疇を表す。ＡＩ１のデータソースは、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）についてのＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｉｎ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  （ＮＣＣＮガイドライン）（バージョン２．２０１３）である。このインデックスは、ＮＣＣＮガイドラインが遺伝子及び変異体の種類に基づいた治療を特に勧告する場合、割り当てられる。
【００８７】
ＡＩ２は、遺伝子変異体の状態に基づく患者の治療応答の臨床試験または臨床症例報告の証拠が存在する範疇を表す。
【００８８】
ＡＩ３は、遺伝子変異体の状態が登録基準として用いられる、つまり、特定の遺伝子及び変異体が（選定または除外のための）臨床試験の登録基準の一部として必要とされる、１つ以上の臨床試験が進行する範疇である。
【００８９】
ＡＩ４は、遺伝子変異体の状態に基づく治療応答の前臨床での証拠が存在する範疇である。このインデックスは、前臨床での治療応答との関連を示すために報告された遺伝子及び事象を含む。
【００９０】
ＡＩ５は、異常な遺伝子に標的の治療が有効である範疇である。このインデックスは、治療が実施可能であると認められるための遺伝子及び関連付けられた変異体の必須要件に基づく。
【００９１】
０．１％を超える分布率に基づいて、肺癌変異体を優先する。本発明で記載の遺伝子変異体のうちの１つを含有することが見出された試験された全ての臨床標本を合計し、その値を、試験された全臨床標本に対する割合として示すことによって、肺癌の参照データセットから分布率を決定した。例えば、腺癌及び扁平上皮癌内の、分布率が０．１％〜１％、及び分布率が１％を超える遺伝子変異体を本明細書中（表１及び３参照）に示すが、割合範囲の任意のサブセット、または割合範囲よりも低いもしくは高いサブセットを使用して、ＡＩと関連付けられた追加の遺伝子変異体を表すことができる。この変異体は、ＳＮＰ、挿入、欠失、転座、及び複製数変動（例えば、増加または減少）を含むが、それらに限定されない。
【００９２】
（表１）
2016515380.tif 000002
【００９３】
表１に示すように、本明細書中で開示され、ＡＩと関連付けられる遺伝子変異体は、治療選択を、全原発性肺腺癌のうち５０％を超える肺腺癌に対して提供する。この種類の肺癌遺伝子変異体の広範囲のスクリーニング及び５０％を超える肺腺癌患者集団に対する治療勧告は、以前は利用することができなかった。本開示では遺伝子変異体を決定する方法を提供し、その方法を単一のアッセイまたはパネル内で実施することができ、それによって、典型的な肺腫瘍生検または直視下切除から得た貴重かつわずかな試料を用いて、より優れた変異体検出を行うことができる。本明細書中で特定された遺伝子及び変異体は非限定実施例であり、遺伝子及び変異体を容易に追加または除去することができ、役立つ、患者の変異体及び治療選択を特定し得ることを理解されたい。さらに、本明細書中に提供された方法で、ＡＩ及び分布率の任意の組み合わせを検出することができる。例えば、一実施形態では、全ＡＩ範疇及び変異体を決定することができる。別の実施例では、ＡＩ１＋分布率＞１％、ＡＩ２＋分布率＞１％、ＡＩ３＋分布率＞１％、ＡＩ１＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ２＋分布率０．１％〜１％、ＡＩ３＋分布率０．１％〜１％、及びそれらの任意の組み合わせを、本明細書中に開示された方法で決定することができる。
【００９４】
本開示は、選択されたマーカーの分布率の割合とＡＩ範疇との組み合わせに応じて、腺癌及び扁平上皮癌集団の多数のサブセットに治療選択を提供する。表４〜１０に示されるＡＩ＋分布率％の様々な組み合わせを選択することによって、割合が変動する疾病集団に治療選択を提供することができる（実施例ＩＩ参照）。
【００９５】
本開示はさらに、対象の腫瘍遺伝子変異体の状態に基づいて、実施可能な治療勧告を、肺癌を患う対象に提供する。実施可能な治療勧告は、薬学的治療、外科手術、光力学治療（ＰＴＤ）、レーザー治療、放射線、食事療法指導、臨床試験提案等を含み得る。本明細書中に提供された実施可能な治療勧告（表２及び３参照）は例示的である。追加のデータ、刊行物、臨床報告、治療及び臨床試験が利用可能である場合、追加の実施可能な治療勧告を追加または削除することができる。さらに、性別、家系、ライフスタイル、食生活、及び他の関連要因を含むがそれらに限定されない追加の情報を利用して、実施可能な治療勧告を提供することができる。
【００９６】
特定の実施形態では、本方法は、実施可能な治療勧告を実施することを含む。したがって、実施可能な治療勧告を実施することは、限定することなく、治療的に効果的な量の１つ以上の治療的薬剤（化学療法薬、標的治療薬、抗血管新生薬等）を投与することと、食事療法計画を実行することと、放射線を投与すること、及び／もしくは１つ以上の臨床試験に参加することと、を含み得る。
【００９７】
肺癌を治療するための化学療法薬の実施例は、Ｃｉｓｐｌａｔｉｎまたはカルボプラチン、ゲムシタビン、パクリタキセル、ドセタキセル、エトポシド、及び／もしくはビノレルビンを含む。標的治療薬（癌の成長及び転移を特異的に阻害する薬）は、例えば、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（商標））及びセツキシマブ等を含むがそれらに限定されないモノクローナル抗体、ならびに、例えば、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（商標））、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（商標））クリゾチニブ及び／もしくはベムラフェニブ等を含むがそれらに限定されないチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む。
【００９８】
肺癌を治療するための追加の化学療法薬は、ＴＫＩ：バンデタニブ、トファシチニブ、リンゴ酸スニチニブ、ソラフェニブ、ルキソリチニブ、レゴラフェニブ、ポナチニブ、パゾパニブ、ニロチニブ、レフルノミド、トシル酸ラパチニブ、イマチニブメシル酸塩、ゲフィチニブ、エルロチニブ、ダサチニブ、クリゾチニブ、カボザンチニブ、ボスチニブ、アキシチニブ、ラドチニブ、チボザニブ、マシチニブ、アファチニブ、ＸＬ−６４７、トレバナニブ、チバンチニブ、ＳＡＲ−３０２５０３、リロツムマブ、ラムシルマブ、プリチデプシン、パクリチニブ、オランチニブ、ニンテダニブ、ネラチニブ、ネリペリムト（ｎｅｌｉｐｅｐｉｍｕｔ）−Ｓ、モテサニブジホスフェート、ミドスタウリン、リニファニブ、レンバチニブ、イブルチニブ、フォスタマチニブジナトリウム、エルパモチド、ドビチニブ乳酸塩、ダコミチニブ、セディラニブ、バリシチニブ、アパチニブ、Ａｎｇｉｏｚｙｍｅ、Ｘ−８２、ＷＢＩ−１００１、ＶＸ−５０９、バルリチニブ、ＴＳＲ−０１１、トベツマブ（ｔｏｖｅｔｕｍａｂ）、テラチニブ、ＲＧ−７８５３、ＲＡＦ−２６５、Ｒ−３４３、Ｒ−３３３、キザルチニブジヒドロクロリド、ＰＲ−６１０、ポジオチニブ、ＰＬＸ−３３９７、ＰＦ−０４５５４８７８、Ｐａｂｌｏｃａｎ、ＮＳ−０１８、モメロチニブ、ＭＫ−１７７５、ミルシクリブ（ｍｉｌｃｉｃｌｉｂ）マレイン酸塩、ＭＧＣＤ−２６５、リンシチニブ、ＬＤＫ−３７８、ＫＸ２−３９１、ＫＤ−０２０、ＪＮＪ−４０３４６５２７、ＪＩ−１０１、ＩＮＣＢ−０２８０６０、イクルクマブ、ゴルバチニブ、ＧＬＰＧ−０６３４、ガンドチニブ（ｇａｎｄｏｔｉｎｉｂ）、フォレチニブ、ファミチニブ、ＥＮＭＤ−２０７６、ダヌセルチブ、ＣＴ−３２７、クレノラニブ、ＢＭＳ−９１１５４３、ＢＭＳ−７７７６０７、ＢＭＳ−７５４８０７、ＢＭＳ−６９０５１４、バフェチニブ、ＡＺＤ−８９３１、ＡＺＤ−４５４７、ＡＶＸ−９０１、ＡＶＬ−３０１、ＡＴ−９２８３、ＡＳＰ−０１５Ｋ、ＡＰ−２６１１３、ＡＬ−３９３２４、ＡＫＮ−０２８、ＡＥ−３７、ＡＣ−４８０、２５８６１８４、Ｘ−３９６、ボリチニブ、ＶＭ−２０６、Ｕ３−１５６５、テリアチニブ（ｔｈｅｌｉａｔｉｎｉｂ）、ＴＡＳ−１１５、スルファチニブ（ｓｕｌｆａｔｉｎｉｂ）、ＳＢ−１３１７、ＳＡＲ−１２５８４４、Ｓ−４９０７６、レバスチニブ、Ｒ８４抗体、Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ、Ｒ−５４８、Ｒ−３４８、ＰＲＴ−０６２６０７、Ｐ−２７４５、ＯＮＯ−４０５９、ＮＲＣ−ＡＮ−０１９、ＬＹ−２８０１６５３、ＫＢ−００４、ＪＴＥ−０５２、ＪＴＥ−０５１、ＩＭＣ−３Ｃ５、イロラセルチブ（ｉｌｏｒａｓｅｒｔｉｂ）、ＩＤＮ−６４３９、ＨＭ−７１２２４、ＨＭ−６１７１３、ヘナチニブ（ｈｅｎａｔｉｎｉｂ）、ＧＳＫ−２２５６０９８、エピチニブ（ｅｐｉｔｉｎｉｂ）、ＥＭＤ−１２１４０６３、Ｅ−３８１０、ＥＯＳ、ＣＵＤＣ−１０１、ＣＴ−１５７８、シパチニブ（ｃｉｐａｔｉｎｉｂ）、ＣＤＸ−３０１、ＣＣ−２９２、ＢＩ−８５３５２０、ＢＧＪ−３９８、ＡＳＰ−３０２６、ＡＲＲＹ−６１４、ＡＲＲＹ−３８２、ＡＭＧ−７８０、ＡＭＧ−３３７、ＡＭＧ−２０８、ＡＬ−３８１８、ＡＣ−４３０、４ＳＣ−２０３、Ｚ−６５０、Ｘ−３７９、ＷＥＥ−１／ＣＳＮ５、Ｔｅｋｍｉｒａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｗｅｅ−１キナーゼ阻害剤、Ｔｅｋｍｉｒａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＶＳ−４７１８、ＶＥＧＦＲ２阻害剤、ＡＢ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、ＶＥＧＦ／ｒＧｅｌ、Ｃｌａｙｔｏｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＶＥＧＦ阻害剤、Ｉｎｔｅｒｐｒｏｔｅｉｎ、ＵＲ−６７７６７、チロシンキナーゼ阻害剤、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ、チロシンキナーゼ阻害剤、Ａｕｒｉｇｅｎｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、チロシンキナーゼ２阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、ＴｒｋＡ  ＺＦＰ  ＴＦ、ＴｒｋＡ阻害剤、Ｐｒｏｘｉｍａｇｅｎ、ＴＰ−０９０３、ＴＰ−０４１３、ＴＫＩ、Ａｌｌｅｒｇａｎ、Ｓｙｍ−０１３、ｓｙｋキナーゼ阻害剤、Ａｌｍｉｒａｌｌ、Ｓｙｋキナーゼ阻害剤、Ａｂｂ  Ｖｉｅ、ＳＹＫ阻害剤プログラム、Ｚｉａｒｃｏ、ＳＵＮ−Ｋ７０６、ＳＮ−３４００３、ＳＮ−２９９６６、ＳＩＭ−９３０、ＳＩＭ−６８０２、ＳＩＭ−０１０６０３、ＳＧＩ−７０７９、ＳＥＬ−２４−１、ＳＣＩＢ−２、ＳＡＲ−３９７７６９、ＲＥＴキナーゼ阻害剤、Ｂｉｏｎｏｍｉｃｓ、Ｒ−２５６、ＰＲＴ−０６２０７０、ＰＲＴ−０６０３１８、ＰＲＳ−１１０、ＰＬＸ−７４８６、ＯＲＳ−１００６、ＯＲＢ−０００６、ＯＲＢ−０００４、ＯＲＢ−０００３、ＯＮＯ−ＷＧ−３０７、ＯＮ−０４４５８０、ＮＶＰ−ＢＳＫ８０５、ＮＮＩ−３５１、ＮＭＳ−Ｐ９４８、ＮＭＳ−Ｅ６２８、ＮＭＳ−１７３、ＭＴ−０６２、ＭＲＬＢ−１１０５５、ＭＧ−５１６、ＫＸ２−３６１、ＫＩＴ８１６阻害剤、ＡＢ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、ヤーヌスキナーゼ阻害剤、Ｃｅｌｇｅｎｅ、ＪＡＫ３−阻害剤、Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ、Ｊａｋ１阻害剤、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、ＪＡＫ阻害剤、Ａｌｍｉｒａｌｌ、ＩＮＣＢ−１６５６２、ｈＲ１誘導体、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ、ＨＭＰＬ−２８１、ＨＭ−０１８、ＧＴＸ−１８６、ＧＳＫ−１４３、ＧＳ−９９７３、ＧＦＢ−２０４、消化管間葉性腫瘍治療、Ｃｌｏｖｉｓ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｇ−８０１、ＦＸ−００７、ＦＬＴ４キナーゼ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、ＦＬＴ３／ｃＫｉｔ阻害剤、Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＆  Ｊｏｈｎｓｏｎ、ｆｌｔ−４キナーゼ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、ｆｌｔ−３キナーゼ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、ＦＡＫ阻害剤、Ｔａｋｅｄａ、ＦＡＫ阻害剤、Ｖｅｒａｓｔｅｍ、ＥＮ−３３５１、ＤＮＸ−０４０４０、ＤＮＸ−０２０７９、ＤＬＸ−５２１、重水素化トファシチニブ、Ａｕｓｐｅｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＤＣＣ−２７２１、ＤＣＣ−２７０１、ＤＣＣ−２６１８、ＣＴＸ−０２９４９４５、ＣＴｘ−０２９４８８６、ＣＴ−３４０、ＣＴ−０５３、ＣＳＴ−１０２、ＣＳ−５１０、ＣＰＬ−４０７−２２、ＣＨ−５４５１０９８、ＣＧ−２０６４８１、ＣＧ−０２６８２８、ＣＦＡＫ−Ｃ４、ＣＣＴ−１３７６９０、ＣＣ−５０９、ｃ−Ｍｅｔキナーゼ阻害剤、Ｒｈｉｚｅｎ、ＢＸＬ−１Ｈ５、ＢＴＫ阻害剤、Ｍａｎｎｋｉｎｄ、Ｂｔｋ阻害剤、Ｐｈａｒｍａｃｙ  ｃｌｉｃｓ−３、Ｂｔｋ阻害剤、Ａｕｒｉｇｅｎｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉ���ｓ、ＢＧＢ−３２４、ＢＧＢ−００１、Ｂｃｒ−Ａｂｌ／Ｌｙｎ阻害剤、ＡＢ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、オーロラキナーゼ＋ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、オーロラキナーゼ＋ＡＬＫ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、オーロラキナーゼ＋ＡＬＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、ＡＳＰ−５０２Ｄ、ＡＳＰ−０８１１２、ＡＲＹＹ−１１１、ＡＲ−５２３、抗癌、白血病、Ｃｒｉｔｉｃａｌ、抗癌治療、Ａｇｉｏｓ−１、ＡＮＧ−３０７０、ＡＬＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ａｌｋ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ−３、ＡＬＫ阻害剤、Ａｕｒｉｇｅｎｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＡＬ−２８４６、ＴｒｋＢ調節物質、Ｈｅｒｍｏ  Ｐｈａｒｍａ、ＴＬＫ−６０５９６、ＴＬＫ−６０４０４、ＣＹＣ−１１６、ＡＲＲＹ−３８０、ＺＤ−４１９０、Ｙｉｓｓｕｍ  Ｐｒｏｊｅｃｔ  Ｎｏ．Ｂ−１１４６、ＸＬ−９９９、ＸＬ−８２０、ＸＬ−２２８、ＶＸ−６６７、バタラニブ、チロシンタンパク質キナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｙｉｓｓｕｍ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、ＣＳＬ、チロシンキナーゼ拮抗薬（ａｎｔａｇｓ）、ＩＣＲＴ、トザセルチブ（ｔｏｚａｓｅｒｔｉｂ）乳酸塩、ＴＧ−１００−１３、タンデュチニブ、ＴＡＫ−５９３、ＴＡＫ−２８５、Ｓｙｍａｄｅｘ、Ｓｙｋキナーゼ阻害剤、ＳＧＸ、ＳＵ−５２７１、ＳＵ−１４８１３、ＳＧＸ−５２３、セマクサニブ、サラカチニブ（ｓａｒａｃａｔｉｎｉｂ）、ＲＰ５３８０１、ＲＧ−１４６２０、ＲＧ−１３２９１、ＲＧ−１３０２２、Ｒ−１１２、ＰＬＸ−６４７、ＰＫＩ−１６６、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６０８５、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４９６０、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４９２３、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４８６３、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３６２４、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３２９２、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３０５４、ＰＦ−５６２２７１、ＰＦ−４２１７９０３、ＮＶＰ−ＴＡＥ２２６、ムブリチニブ、ＭＥＤＩ−５４７、レスタウルチニブ、ＫＷ−２４４９、ＫＳＢ−１０２、ＫＲＮ−６３３、ＩＭＣ−ＥＢ１０、ＧＷ−２８２９７４、Ｆｌｔ３−キナーゼ阻害剤、Ｌｉｌｌｙ、ＦＣＥ−２６８０６、ＥｐｈＡ２ワクチン、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ＥＭＤ−５５９００、ＥＭＤ−１２０４８３１、デスマル、デグラシンズ（ｄｅｇｒａｓｙｎｓ）、ＣＮＦ−２０１シリーズ、ＣＧＰ−５７１４８、ＣＥＰ−７０５５、ＣＥＰ−５２１４、ＣＥＰ−０７５、ＣＥ−２４５６７７、ＣＤＰ−８６０、カネルチニブジヒドロクロリド、癌ワクチン、Ａｊｉｎｏｍｏｔｏ、ｂｓｃＥｐｈＡ２ｘＣＤ３、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ブリバニブアラニナート、胸部癌治療、Ｇａｌａｐａｇｏ、ＢＩＢＸ−１３８２、ＡＺＤ−９９３５、ＡＺＤ−６９１８、ＡＺＤ−４７６９、ＡＺＤ−１４８０、ＡＶＥ−０９５０、Ａｒｇｏｓ、ＡＰ−２３４６４、ＡＰ−２３４５１、ＡＰ−２２４０８、抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ模倣物、Ｃｙｃｌａｃｅｌ、抗ＨＥＲ−２／ｎｅｕアンチセンス、Ｔｅｋｍ、アムバチニブ、ＡＧ−４９０、ＡＧ−１８、ＡＧ−１３９５８、ＡＥＧ−４１１７４、��Ｍ−２５４５３０、ＺＫ−ＣＤＫ、ＺＫ−２６１９９１、ＺＤ−１８３８、ＺＡＰ７０キナーゼ阻害剤Ｋｉｎｅｘ、ＺＡＰ−７０阻害剤、Ｃｅｌｌｚｏｍｅ、ＺＡＰ阻害剤、Ａｒｉａｄ、ＺＡＰ７０阻害剤、Ｇａｌａｐａｇｏｓ、ＺＡＰ７０阻害剤、Ｃｅｌｇｅｎｅ、ＹＷ３２７．６Ｓ２、ＹＭ−３５９４４５、ＹＭ−２３１１４６、ＹＭ−１９３３０６、ＸＶ−６１５、ＸＬ−０１９、ＸＣ−４４１、ＸＢ−３８７、Ｗｅｅ−１キナーゼ阻害剤、Ｂａｎｙｕ、ＶＸ−３２２、ＶＲＴ−１２４８９４、ＶＥＧＦＲ２キナーゼ阻害剤、Ｔａｋｅｄａ、ＶＥＧＦＲ／ＥＧＦＲ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｍｐｈｏｒａ、ＶＥＧＦＲ−２キナーゼ阻害剤、Ｈａｎｍｉ、ＶＥＧＦＲ−２拮抗薬、Ａｆｆｙｍａｘ、ＶＥＧＦ／ｒＧｅｌ、Ｔａｒｇａ、ＶＥＧＦ−ＴＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、ＶＥＧＦ−Ｒ阻害剤、Ｎｏｖａｒｔｉｓ、ＶＥＧＦ調節物質、３−Ｄ、ＶＥＧＦ阻害剤、Ｏｎｃｏｎｏｖａ、ＶＥＧＦ阻害剤、Ｃｈｕｇａｉ、Ｖ−９３０、Ｕ３−１８００、Ｕ３−１７８４、チルホスチン、Ｙｉｓｓｕｍ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｎｏｖａｒ−２、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｓａｎｏｆｉ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｂｂｏｔｔ−２、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ｐｆｉｚｅｒ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、ＩＱＢ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｂｂｏｔｔ、チロシンキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉ）、Ａｂｂｏｔｔ−３、ｔｒｋＢ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、ＴｒｋＡ阻害剤、Ｔｅｌｉｋ、ＴｒｋＡ遮断剤、Ｐｆｉｚｅｒ、ＴＬＮ−２３２、ＴＫＭ−０１５０、Ｔｉｅ−２キナーゼ阻害剤、ＧＳＫ、ＴＩＥ−２阻害剤、Ｏｎｔｏｇｅｎ、Ｔｉｅ−２阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ｔｉｅ−２阻害剤、Ａｍｇｅｎ−３、Ｔｉｅ−２阻害剤、Ａｍｇｅｎ−２、Ｔｉｅ−２阻害剤、Ａｍｇｅｎ、Ｔｉｅ−２拮抗薬、Ｓｅｍａｉａ、Ｔｉｅ−ＩＲ  ＩＦＰ、Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ＢｉｏＬｏｇｉｘ、ＴＧ−１０１−２２３、ＴＧ−１０１−２０９、ＴＧ−１００９４８、ＴＧ−１００４３５、ＴＧ−１００−９６、ＴＧ−１００−８０１、ＴＧ−１００−５９８、ＴＡＥ−６８４、Ｔ３−１０６、Ｔ−細胞キナーゼ阻害剤、Ｃｅｌｌ、ｓｙｋキナーゼ阻害剤、Ｂａｙｅｒ、Ｓｙｋ阻害剤、ＣｒｙｓｔａｌＧｅｎｏｍｉｃｓ、Ｓｙｋ阻害剤、Ａｓｔｅｌｌａｓ−２、
Ｓｙｋ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、ＳＵ−１１６５７、ＳＵ−０８７９、ＳＳＲ−１０６４６２、ＳＲＮ−００４、Ｓｒｃ／Ａｂｌ阻害剤、Ａｒｉａｄ、Ｓｒｃ非ＲＴＫ拮抗薬、ＳＵＧＥＮ、Ｓｒｃ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、スピロインドリン、Ｐｆｉｚｅｒ、ＳＰ−５．２、ソラフェニブビーズ、Ｂｉｏｃｏｍｐａｔｉｂｌｅｓ、ＳＭｉ−１１９５８、ＳＨ２阻害剤、ＮＩＨ、ＳＨ−２６８、ＳＧＸ−３９３、ＳＧＸ−１２６、ＳＧＩ−１２５２、ＳＣ−１０２３８０、ＳＣ−１０１０８０、ＳＢ−２３８０３９、ＳＡＲ−１３１６７５、ＲＷＪ−６４７７７、ＲＷＪ−５４０９７３、ＲＰＲ−１２７９６３Ｅ、ＲＰ−１７７６、Ｒｏ−４３８３５９６、ＲＮＡｉ癌治療、Ｂｅｎｉｔｅｃ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ、ＲＭ−６４２７、関節リウマチ治療、ＳＲＩ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、ＲＥＴ阻害剤、Ｃｅｌｌ  Ｔ、ＲＢ−２００ｈ、Ｒ５４５、Ｒｉｇｅｌ、Ｒ３Ｍａｂ、Ｒ−７２３、Ｒ−５０７、Ｒ−４９９、Ｒ−１５３０、ＱＰＭ５−９８６、ＱＰＡＢ−１５５６、ＰＸ−１０４．１、ＰＳ−６０８５０４、前立腺癌治療（ｔｈｅｒ）、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、プロディギオシン、ＰＲＩ−１０５、ＰＰ１、Ｓｃｒｉｐｐｓ、ＰＮ−３５５、フェニルアラニン誘導体、ＮＩＨ、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６４９２、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６２９１、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６２７１、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６２６７、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６１４０、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６１３８、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６０８３、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６０５９、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６０１３、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．５３３０、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４８５５、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４５９７、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４３６８、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４１６４、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３９８５、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３４９５、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３１３５、ＰＦ−３７１９８９、ＰＦ−３３７２１０、ＰＦ−００１２０１３０、ペリチニブ、ペグジネタニブ（ｐｅｇｄｉｎｅｔａｎｉｂ）、ＰＤＧＦＲ−アルファ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、ＰＤＧＦＲ阻害剤、Ｐｕｌｍｏｋｉｎｅ、ＰＤＧＦＲ阻害剤、Ａｒｒａｙ、ＰＤＧＦ受容体阻害剤、Ｋｙｏｗａ、ＰＤＧＦ受容体阻害剤、Ａｒｒａｙ、ＰＤＧＦキナーゼ阻害剤Ｋｉｎｅｘ、ＰＤ−１８０９７０、ＰＤ−１７３９５６、ＰＤ−１７１０２６、ＰＤ−１６９５４０、ＰＤ−１６６２８５、ＰＤ−１５４２３３、ＰＤ−１５３０３５、ＰＤ−０１６６２８５、ＰＣＩ−３１５２３、パゾパニブ塩酸塩（眼科系）、汎ＨＥＲキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｍｂｉｔ−２、汎ＨＥＲ阻害剤、ＳＵＧＥＮ、汎ＨＥＲ  ＡＣＬ、ｐ５６１ｃｋ阻害剤、ＢＩ、ＯＳＩ−９３０、ＯＳＩ−８１７、ＯＳＩ−６３２、ＯＳＩ−２９６、ＯＮＣ−１０１、ＯＮ−８８２１０、ＯＮ−０４５２７０、ＮＶＰ−ＡＥＷ５４１、ＮＶＰ−ＡＡＫ９８０−ＮＸ、ＮＶ−５０、ＮＳＣ−２４２５５７、ＮＮＣ−４７−００１１、ＮＭＳ−Ｐ６２６、ＮＬ−００３１、ニロチニブ、１日１回、ニコチンアミド誘導体、Ｂｒｉｓｔｏｌ−ＭｙｅｒｓＳｑｕｉｂｂ、ｎｅｕＴ  ＭＡｂ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、多種キナーゼ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒ、ミュラー管阻害物質（ｓｕｂｓｔ）、Ｍａ、ＭＳ治療、Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｏｕｔｃｏｍｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＭＰ−３７１、ＭＬＮ−６０８、ＭＫ−８０３３、ＭＫ−２４６１、Ｍｅｔ／Ｒｏｎキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、ＳＧＸ、Ｍｅｔ／Ｇａｂ１拮抗薬、Ｓｅｍａｉａ、Ｍｅｔ  ＲＴＫ拮抗薬、ＳＵＧＥＮ、Ｍｅｔ受容体阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｏｎｔｏｇｅｎ、Ｍｅｔキナーゼ阻害剤、ＢＭＳ、Ｍｅｔ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、ＭＥＤＩ−５４８、ＭＥＤ−Ａ３００、ＭＥ−１０３、ＭＣ−２００２、Ｌｙｎキナーゼ阻害剤、ＣＲＴ、Ｌｙｎ  Ｂ阻害剤、Ｏｎｃｏｎｏｖａ、リムホスチン、ＬＰ−５９０、レフルノミド、ＳＵＧＥＮ、ｌｃｋ／Ｂｔｋキナーゼ阻害剤、ＡＥｇｅｒａ、ｌｃｋキナーゼ阻害剤Ｋｉｎｅｘ、ｌｃｋキナーゼ阻害剤、Ｃｅｌｇｅｎｅ、Ｌｃｋ阻害剤、Ｇｒｅｅｎ  Ｃｒｏｓｓ、ｌｃｋ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、ｌｃｋ阻害剤、Ａｍｇｅｎ、ｌｃｋ阻害剤、Ａｂｂｏｔｔ、ラベンダスチンＡ類似体、ＮＩＨ、ＬＡＴ阻害剤、ＮＩＨ、Ｌ−００００２１６４９、ＫＸ−２−３７７、ＫＳＴ−６３８、ＫＲＸ−２１１、ＫＲＸ−１２３、ＫＲＮ−３８３、ＫＭ−２５５０、キット阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、キナーゼ阻害剤、ＳＧＸ−２、キナーゼ阻害剤、ＳＧＸ−１、キナーゼ阻害剤、ＭｅｔｈｙｌＧｅｎｅ、キナーゼ阻害剤、Ａｍｇｅｎ、キナーゼ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、ＫＩＮ−４１０４、Ｋｉ−８７５１、Ｋｉ−２０２２７、Ｋｉ−１１５０２、ＫＦ−２５０７０６、ＫＤＲキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｃｅｌｌｔｅｃｈ、ＫＤＲキナーゼ阻害剤、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ−２、ＫＤＲキナーゼ阻害剤、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ−１、Ｋｄｒキナーゼ阻害剤、Ａｍｇｅｎ、ＫＤＲ阻害剤、Ａｂｂｏｔｔ、ＫＤＲ阻害剤、ＬＧＬＳ、Ｋ２５２ａ、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＪＮＪ−２６４８３３２７、ＪＮＪ−１７０２９２５９、ＪＮＪ−１４１、Ｊａｎｅｘ−１、ＪＡＫ３阻害剤、Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ−２、Ｊａｋ３阻害剤、Ｐｏｒｔｏｌａ、ＪＡＫ２阻害剤、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ、ＪＡＫ２阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、ＪＡＫ２阻害剤、Ａｍｇｅｎ、ＪＡＫ２阻害剤、Ａｂｂｏｔｔ、ＪＡＫ２阻害剤、ＣＶ、Ｃｙｔｏｐｉａ、ＪＡＫ２阻害剤、癌、Ｃｙｔｏｐｉａ、ＪＡＫ２阻害剤、Ａｓｔｅｘ、ＪＡＫ−３阻害剤、Ｃｅｌｌｚｏｍｅ、ＪＡＫ阻害剤、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、ＪＡＫ阻害剤、ＢｉｏＣｒｙｓｔ、ＪＡＫ阻害剤、Ｐｕｌｍｏｋｉｎｅ、ＪＡＫ１／３阻害剤、Ｒｉｇｅｌ、ＩＴＫ阻害剤、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ、ＩＳＵ−１０１、インターロイキン−２誘導性Ｔ−細胞キナーゼ阻害剤、Ｖｅｒｔｅｘ、ＩＮＳＭ−１８、インへルビン（ｉｎｈｅｒｂｉｎｓ）、Ｅｎｋａｍ、ＩＭＣ−１Ｃ１１、イマチニブ、舌下、Ｋｅｄｅｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＩＧＦ−１Ｒ阻害剤、Ａｌｌｏｓｔｅｒａ、ＩＧＦ−１阻害剤、Ｏｎｔｏｇｅｎ、ＨＭＰＬ−０１０、ＨＭ−９５０９１、ＨＭ−６０７８１、ＨＭ−３０ＸＸＸシリーズ、Ｈ���ｒ２／ｎｅｕ＆ＥＧＦＲ  Ａｂ、Ｆｕｌｃｒｕｍ、ＨＥＲ２ワクチン、ＩｍｍｕｎｏＦｒｏｎｔｉｅｒ、ＨＥＲ−２結合剤、Ｂｏｒｅａｎ、Ｈｅｒ−ｌ／Ｈｅｒ−２二重阻害剤、Ｈａｎｍｉ、Ｈｅｒ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、ＨＥＭ−８０３２２、ＨＤＡＣ多重標的阻害剤、Ｃｕｒｉｓ、ＧＷ−７７１８０６、ＧＷ−６５４６５２、ＧＳＫ−１８３８７０５Ａ、ＧＮＥ−Ａ、膠芽腫遺伝子治療、Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ、ゲニステイン、遺伝子治療、ＵＣＳＤ、焦点接着キナーゼ阻害剤、Ｋｉｎｅｘ、ＦＭＳキナーゼ阻害剤、Ｃｙｔｏｐｉａ、ＦＬＴ−３ＭＡｂ、ＩｍＣｌｏｎｅ、Ｆｌｔ−３阻害剤、Ｅｌａｎ、Ｆｌｔ３／４抗癌、Ｓｅｎｔｉｎｅｌ、ＦＡＫ／ＪＡＫ２阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、ＦＡＫ阻害剤、Ｏｎｔｏｇｅｎ、ＦＡＫ阻害剤、Ｎｏｖａｒｔｉｓ、ＦＡＫ阻害剤、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ、ＦＡＫ阻害剤、Ｃｙｔｏｐｉａ、ＥＸＥＬ−６３０９、Ｅｔｋ／ＢＭＸキナーゼ阻害剤、ＳｕｐｅｒＧｅｎ、エルブスタチン、ｅｒｂＢ−２ＰＮＶ、ＵＡＢ、ｅｒｂＢ−２阻害剤、Ｃｅｎｇｅｎｔ、ＥＲ−０６８２２４、エフリン−Ｂ４ｓｏｌ受容体、ＶａｓＧｅｎｅ、エフリン−Ｂ４ＲＴＫ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、ＶａｓＧｅｎｅ、ＥｐｈＡ２受容体チロシンキナーゼ阻害剤、Ｐｆｉｚｅｒ、ＥＮＭＤ−９８１６９３、ＥＨＴ−１０２、ＥＨＴ−０１０１、ＥＧＦＲ／Ｈｅｒ−２キナーゼ阻害剤、Ｓｈｉｏｎｏｇｉ、ＥＧＦＲ−ＣＡ、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、Ｋｉｎｅｘ、ＥＧＦ−ゲニステイン、Ｗａｙｎｅ、ＥＧＦ−５９３Ａ、ＥＧ−３３０６、ＤＸ−２２４０、ＤＰ−４５７７、ＤＰ−４１５７、ＤＰ−２６２９、ＤＰ−２５１４、ドラマピモド、ＤＮＸ−５０００シリーズ、ＤＮ−３０Ｆａｂ、ジアニリノフタルイミド、重水素化エルロチニブ、ＣｏＮＣＥＲＴ、樹状細胞調節物質、Ａｎｔｉｓｏｍａ、ＤＤ−２、Ｊａｋ阻害剤、ＤＤ−２、二重Ｊａｋ３／Ｓｙｋ、ＤＣＣ−２９０９、ＤＣＣ−２１５７、Ｄ−６９４９１、ＣＹＴ−９７７、ＣＹＴ−６４５、ＣＸ−４７１５、クルクミン類似体、Ｏｎｃｏｎｏｖａ、ＣＵＤＣ−１０７、ＣＴ−１００、ＣＴ−０５２９２３、ＣＳ−２３０、ＣＰ−７２４７１４、ＣＰ−６７３４５１、ＣＰ−５６４９５９、ＣＰ−２９２５９７、ＣＰ−１２７３７４、Ｃｍｐｄ−１、ＣＬ−３８７７８５、ＣＫＤ−７１２、ＣＨＩＲ−２００１３１、ＣＨ−３３０３３１、ＣＧＰ−５３７１６、ＣＧＰ−５２４１１、ＣＧＩ−１７４６、ＣＧＥＮ−Ｂ２、ＣＧＥＮ−２４１、ＣＦＡＫ−Ｙ１５、ＣＥＰ−３７４４０、ＣＥＰ−３３７７９、ＣＥＰ−２８１２２、ＣＥＰ−２５６３ジヒドロクロリド、ＣＥＰ−１８０５０、ＣＥＰ−１７９４０、セラストロール、ＣＤＰ−７９１、ＣＢ−１７３、癌ワクチン、ｂｃｒ−ａｂｌ、Ｍｏｌｏｇｅｎ、癌治療薬、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、ＣＡＢ−０５１、ｃ−Ｓｒｃキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅ、ｃ−Ｍｅｔ／Ｈｅｒ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒ、ｃ−Ｍｅｔキナーゼ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、ｃ−Ｍｅｔ阻害剤、Ｒｏｃｈｅ、ｃ−Ｍｅｔ阻害剤、Ｍｅｒｃｋ、ｃ−ｋｉｔ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、ｃ−キット阻害剤、Ｃｅｌｌ、ｃ−Ａｂｌ阻害剤、Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ、ｃ−Ａｂｌ阻害剤、Ｏｎｃｏｎｏｖａ、ＢＶＢ−８０８、Ｂｔｋ阻害剤、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ、Ｂｔｋ阻害剤、Ｐｈａｒｍａｃｙｃｌｉｃｓ−２、ＢＳＦ−４６６８９５、Ｂｒｋ／ＰＴＫ６阻害剤、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ、ＢｒｅＭｅｌ／ｒＧｅｌ、ＢＰＩ−７０３０１０、ＢＰＩ−７０２００１、ＢＰ−１００−２．０１、ＢＭＸキナーゼ阻害剤、Ａｍｐｈｏｒａ、ＢＭＳ−８１７３７８、ＢＭＳ−７５４８０７バックアップ、ＢＭＳ−７４３８１６、ＢＭＳ−５７７０９８、ＢＬＺ−９４５、ＢＩＷ−８５５６、ＢＩＯ−１０６、Ｂｅｈｃｅｔ病治療、Ｃｒ、ＢＡＹ−８５−３４７４、ＡＺＭ−４７５２７１、ＡＺＤ−０４２４、ＡＺ−Ｔａｋｌ、ＡＺ−２３、Ａｘｌキナーゼ阻害剤、ＳｕｐｅｒＧｅｎ、Ａｘｌ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、Ａｘｌ阻害剤、ＣＲＴ、ＡＶＬ−１０１、ＡＶ−４１２、オーロラ／ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、Ｉｍ、ＡＳＴ−６、ＡＳＴ−４８７、ＡＲＲＹ−８７２、ＡＲＲＹ−７６８、ＡＲＲＹ−４７０、ＡＲＲＹ−３３３７８６、アプリコキシブ＋ＥＧＦＲ−ＴＫＩ、Ｔｒａｇａｒａ、ＡＰ−２３９９４、ＡＰ−２３４８５、抗癌、ＣｏＮＣＥＲＴ、抗癌、Ｂｒａｃｃｏ、抗癌、Ａｖｉｌａ−４、抗癌、Ａｖｉｌａ−３、抗癌、Ａｖｉｌａ−２、抗癌ＺＦＰ、ＴｏｏｌＧｅｎ、抗癌治療、Ａｒｉａｄ、抗癌ＭＡｂ、Ｘｅｎｃｏｒ−２、抗癌ＭＡｂ、Ｋｏｌｌｔａｎ、血管新生抑制治療（ｔｈｅｒ）、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、抗Ｔｉｅ−１ＭＡｂ、Ｄｙａｘ、抗ＰＤＧＦ−Ｂ  ＭＡｂ、Ｍｉｌｌ、抗炎症、Ｋｉｎｅｘ、抗炎症、Ａｖｉｌａ、抗炎症治療（ｔｈｅｒ）、Ｖｉｔａｅ、抗ＨＥＲ２ｎｅｕ  ｓｃＦｖ、Ｍｉｃｒｏｍｅｔ、抗ＨＥＲ２／Ｆｌｔ３リガンド、Ｓｙｍｂｉ、抗ＨＥＲ２ＭＡｂ、Ａｂｉｏｇｅｎ、抗Ｆｌｔ−１ＭＡｂ、ＩｍＣｌｏｎｅ、抗ｆａｋオリゴヌクレオチド、抗ＥｒｂＢ−２ＭＡｂ、Ｅｎｚｏｎ、抗ＥｐｈＡ４ＭＡｂ、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、抗ＥＧＦＲｖＩＩＩ  ＭＡｂ、Ａｍｇｅｎ、抗ＥＧＦＲ  ＭＡｂ、Ｘｅｎｃｏｒ、抗ＥＧＦＲ免疫毒素、ＩＶ  ＡＸ、抗ＣＤ２０／Ｆｌｔ３リガンド、Ｓｙｍｂｉ、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｉｇａｎｄｓ、Ｅｎｃｈｉｒａ、抗ＡＬＫ  ＭＡｂ、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、アンギオポエチン、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ、ＡＭＧ−Ｊａｋ２−０１、ＡＭＧ−４５８、ＡＭＧ−１９１、ＡＬＫ阻害剤、ＰｈａｒｍａＤｅｓｉｇｎ、ＡＬＫ阻害剤、Ｌｉｌｌｙ
、ＡＬＫ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ−２、ＡＩ−１００８、ＡＨＮＰ、Ｆｕｌｃｒｕｍ、ＡＧＮ−２１１７４５、ＡＧＮ−１９９６５９、ＡＧ−９５７、ＡＧ−１２９５、ＡＥＥ−７８８、及びＡＤＬ−６８１を含むが、それらに限定されない。
【００９９】
ＥｒｂＢチロシンキナーゼ阻害剤（ＥＲｂＢ）は、バンデタニブ、トシル酸ラパチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ＸＬ−６４７、ネラチニブ、ネリペリムト（ｎｅｌｉｐｅｐｉｍｕｔ）−Ｓ、ドビチニブ乳酸塩、ダコミチニブ、バルリチニブ、ＲＡＦ−２６５、ＰＲ−６１０、ポジオチニブ、ＫＤ−０２０、ＢＭＳ−６９０５１４、ＡＺＤ−８９３１、ＡＶＸ−９０１、ＡＶＬ−３０１、ＡＥ−３７、ＡＣ−４８０、ＶＭ−２０６、テリアチニブ（ｔｈｅｌｉａｔｉｎｉｂ）、ＩＤＮ−６４３９、ＨＭ−６１７１３、エピチニブ（ｅｐｉｔｉｎｉｂ）、ＣＵＤＣ−１０１、シパチニブ（ｃｉｐａｔｉｎｉｂ）、Ｚ−６５０、ＳＮ−３４００３、ＳＮ−２９９６６、ＭＴ−０６２、ＣＳＴ−１０２、ＡＲＲＹ−３８０、ＸＬ−９９９、バタラニブ、ＴＡＫ−２８５、ＳＵ−５２７１、ＰＫＩ−１６６、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４９６０、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３６２４、ムブリチニブ、ＫＳＢ−１０２、ＧＷ−２８２９７４、ＥＭＤ−５５９００、ＣＮＦ−２０１シリーズ、カネルチニブジヒドロクロリド、癌ワクチン、Ａｊｉｎｏｍｏｔｏ、胸部癌治療、Ｇａｌａｐａｇｏ、ＢＩＢＸ−１３８２、ＡＺＤ−４７６９、Ａｒｇｏｓ、ＡＰ−２３４６４、抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ模倣物、Ｃｙｃｌａｃｅｌ、抗ＨＥＲ−２／ｎｅｕアンチセンス、Ｔｅｋｍ、ＡＧ−１８、ＺＭ−２５４５３０、ＺＤ−１８３８、ＶＥＧＦＲ／ＥＧＦＲ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｍｐｈｏｒａ、ＶＥＧＦ−ＴＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ｖ−９３０、ＲＮＡｉ癌治療、Ｂｅｎｉｔｅｃ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ、ＲＭ−６４２７、ＲＢ−２００ｈ、ＰＸ−１０４．１、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６２９１、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．６２７１、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４１６４、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３９８５、Ｐｈａｒｍａｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．３４９５、ペリチニブ、ＰＤ−１６９５４０、ＰＤ−１６６２８５、ＰＤ−１５４２３３、ＰＤ−１５３０３５、汎ＨＥＲキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂ）、Ａｍｂｉｔ−２、汎ＨＥＲ阻害剤、ＳＵＧＥＮ、汎ＨＥＲ  ＡＣＬ、ＯＮ−０４５２７０、ＮＳＣ−２４２５５７、ＮＬ−００３１、ミュラー管阻害物質（ｓｕｂｓｔ）、Ｍａ、ＭＥ−１０３、キナーゼ阻害剤、Ａｍｇｅｎ、ＪＮＪ−２６４８３３２７、ＩＳＵ−１０１、ＩＮＳＭ−１８、インへルビン（ｉｎｈｅｒｂｉｎｓ）、Ｅｎｋａｍ、ＨＭ−６０７８１、ＨＭ−３０ＸＸＸシリーズ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ＆ＥＧＦＲ  Ａｂ、Ｆｕｌｃｒｕｍ、ＨＥＲ２ワクチン、ＩｍｍｕｎｏＦｒｏｎｔｉｅｒ、ＨＥＲ−２結合剤、Ｂｏｒｅａｎ、Ｈｅｒ−１／Ｈｅｒ−２二重阻害剤、Ｈａｎｍｉ、Ｈｅｒ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒａ、ＨＥＭ−８０３２２、遺伝子治療、ＵＣＳＤ、ｅｒｂＢ−２ＰＮＶ、ＵＡＢ、ｅｒｂＢ−２阻害剤、Ｃｅｎｇｅｎｔ、ＥＨＴ−１０２、ＥＧＦＲ／Ｈｅｒ−２キナーゼ阻害剤、Ｓｈｉｏｎｏｇｉ、ＥＧＦＲ−ＣＡ、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、Ｋｉｎｅｘ、ＥＧＦ−５９３Ａ、ジアニリノフタルイミド、重水素化エルロチニブ、ＣｏＮＣＥＲＴ、Ｄ−６９４９１、クルクミン類似体、Ｏｎｃｏｎｏｖａ、ＣＵＤＣ−１０７���ＣＰ−７２４７１４、ＣＰ−２９２５９７、ＣＬ−３８７７８５、ＣＧＥＮ−Ｂ２、ＣＡＢ−０５１、ｃ−Ｍｅｔ／Ｈｅｒ阻害剤、Ｄｅｃｉｐｈｅｒ、ＢｒｅＭｅｌ／ｒＧｅｌ、ＢＩＯ−１０６、ＡＶ−４１２、ＡＳＴ−６、ＡＲＲＹ−３３３７８６、アプリコキシブ＋ＥＧＦＲ−ＴＫＩ、Ｔｒａｇａｒａ、抗癌、ＣｏＮＣＥＲＴ、抗癌ＭＡｂｓ、Ｘｅｎｃｏｒ−２、抗ＨＥＲ２ｎｅｕ  ｓｃＦｖ、Ｍｉｃｒｏｍｅｔ、抗ＨＥＲ２ＭＡｂ、Ａｂｉｏｇｅｎ、抗ＥｒｂＢ−２ＭＡｂ、Ｅｎｚｏｎ、抗ＥＧＦＲｖＩＩＩ  ＭＡｂ、Ａｍｇｅｎ、抗ＥＧＦＲ  ＭＡｂ、Ｘｅｎｃｏｒ、抗ＥＧＦＲ免疫毒素、ＩＶ  ＡＸ、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｉｇａｎｄｓ、Ｅｎｃｈｉｒａ、ＡＨＮＰ、Ｆｕｌｃｒｕｍ、ＡＥＥ−７８８、及びＡＤＬ−６８１を含むが、それらに限定されない。
【０１００】
ＭＥＫ１またはＭＥＫ２（ＭＥＫ）は、トラメチニブ、ＡＲＲＹ−４３８１６２、ＷＸ−５５４、セルメチニブ、ピマセルチブ（Ｐｉｍａｓｅｒｔｉｂ）、Ｅ−６２０１、ＢＡＹ−８６−９７６６、ＴＡＫ−７３３、ＰＤ−０３２５９０１、ＧＤＣ−０６２３、ＢＩ−８４７３２５、ＡＳ−７０３９８８、ＡＲＲＹ−７０４、Ａｎｔｒｏｑｕｉｎｏｎｏｌ、ＣＩ−１０４０、ＳＭＫ−１７、ＲＯ−５０６８７６０、ＰＤ−９８０５９、及びＥＲ−８０３０６４を含むが、それらに限定されない。
【０１０１】
ＰＩＫ３ＣＡ関連治療は、ペリホシン、ＢＫＭ−１２０、ＺＳＴＫ−４７４、ＸＬ−７６５、ＸＬ−１４７、ＰＸ−８６６、ＰＫＩ−５８７、ピクチリシブ、ＰＦ−０４６９１５０２、ＢＹＬ−７１９、ＢＥＺ−２３５、ＢＡＹ−８０−６９４６、ＰＷＴ−３３５９７、ＰＩ３キナーゼ／ｍＴＯＲ阻害剤、Ｌｉｌｌｙ、ＩＮＫ−１１１７、ＧＳＫ−２１２６４５８、ＧＤＣ−００８４、ＧＤＣ−００３２、ＤＳ−７４２３、ＣＵＤＣ−９０７、ＢＡＹ−１０８２４３９、ＷＸ−０３７、ＳＢ−２３４３、ＰＩ３／ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤、Ａｍｇｅｎ、ｍＴＯＲ阻害剤／ＰＩ３キナーゼ阻害剤、Ｌｉｌｌｙ−１、ＬＯＲ−２２０、ＨＭＰＬ−５１８、ＨＭ−０３２、ＧＮＥ−３１７、ＣＵＤＣ９０８、ＣＬＲ−１４０１、抗癌、Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ、抗癌治療、Ｓｐｈａｅｒａ  Ｐｈａｒｍａ−１、ＡＭＧ−５１１、ＡＥＺＳ−１３６、ＡＥＺＳ−１３２、ＡＥＺＳ−１３１、ＡＥＺＳ−１２９、ピクチリシブ、コンパニオン診断、ＧＤＣ−０９８０、コンパニオン診断、ＧＤＣ−００３２、コンパニオン診断、ＡＺＤ−８０５５、ＶＥＬ−０１５、ＳＦ−２５２３、ＳＦ−２５０６、ＳＦ−１１２６、ＰＸ−２０００、ＰＫＩ−１７９、ＰＢＫ  ｐ１１０アルファ阻害剤、Ａｓｔ、ＰＩ３Ｋ阻害剤、Ｓｅｍａｆｏｒｅ−２、ＰＩ３Ｋ阻害剤、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＰＩ３Ｋ阻害剤コンジュゲート、Ｓｅｍａｆ、ＰＩ３Ｋコンジュゲート、Ｓｅｍａｆｏｒｅ、ＰＩ３−不可逆的アルファ阻害剤、Ｐａｔｈｗａｙ、ＰＩ３−アルファ／デルタ阻害剤、Ｐａｔｈｗａｙ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、ＰＩ３−アルファ阻害剤、Ｐａｔｈｗａｙ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、ＰＩ３キナーゼ阻害剤、Ｗｙｅｔｈ、ＰＩ３キナーゼ阻害剤、Ｔｅｌｉｋ、ＰＩ３キナーゼアルファ選択的阻害剤、Ｘｃｏｖｅｒｙ、ＰＩ−６２０、ＰＦ−４９８９２１６、ＰＦ−０４９７９０６４、ＰＦ−００２７１８９７、ＰＤＫ１阻害剤、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ、ＯＮＣ−２０１、ＫＮ−３０９、アイソフォーム−選択的ＰＩ３ａ／Ｂキナーゼ阻害剤、Ｓａｎｏｆｉ、イノシトールキナーゼ阻害剤（ｉｎｈｉｂｓ）、ＩＣＲＴ、ＨＭ−５０１６６９９、肝細胞癌治療、Ｓｏｎｉｔｕ、ＧＳＫ−１０５９６１５、膠芽腫治療、Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ、ＥＺＮ−４１５０、ＣＵ−９０６、ＣＵ−９０３、ＣＮＸ−１３５１、抗血栓症、Ｃｅｒｙｌｉｄ、４−メチルプテリジノン（ｍｅｔｈｙｌｐｔｅｒｉｄｉｎｏｎｅｓ）を含むが、それらに限定されない。
【０１０２】
ＡＬＫを対象とする治療は、クリゾチニブ、コンパニオン診断、ＡｂｂＶｉｅ、クリゾチニブ、ＴＳＲ−０１１、ＲＧ−７８５３、ＬＤＫ−３７８、ＡＰ−２６１１３、Ｘ−３９６、ＡＳＰ−３０２６、ＮＭＳ−Ｅ６２８、ＤＬＸ−５２１、オーロラキナーゼ＋ＡＬＫ阻害剤、Ｓａｒｅｕｍ、オーロラキナーゼ＋ＡＬＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、ＡＬＫ阻害剤、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ａｌｋ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ−３、ＡＬＫ阻害剤、Ａｕｒｉｇｅｎｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＬＤＫ−３７８、コンパニオン診断、クリゾチニブ、コンパニオン診断、Ｒｏｃｈｅ、ＴＡＥ−６８４、キナーゼ阻害剤、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、ＧＳＫ−１８３８７０５Ａ、ＥＸＥＬ−６３０９、Ｃｍｐｄ−１、ＣＥＰ−３７４４０、ＣＥＰ−２８１２２、ＣＥＰ−１８０５０、癌治療薬、Ｃｅｐｈａｌｏｎ、抗ＡＬＫ  ＭＡｂ、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ＡＬＫ阻害剤、ＰｈａｒｍａＤｅｓｉｇｎ、ＡＬＫ阻害剤、Ｌｉｌｌｙ、ＡＬＫ阻害剤、及びＣｅｐｈａｌｏｎ−２を含むが、それらに限定されない。
【０１０３】
ＲＥＴを対象とする治療は、バンデタニブ、リンゴ酸スニチニブ、ソラフェニブ、レゴラフェニブ、カボザンチニブ、ＳＡＲ−３０２５０３、モテサニブジホスフェート、アパチニブ、ＲＥＴキナーゼ阻害剤、Ｂｉｏｎｏｍｉｃｓ、ＮＭＳ−１７３、ＭＧ−５１６、ソラフェニブビーズ、Ｂｉｏｃｏｍｐａｔｉｂｌｅｓ、ＲＥＴ阻害剤、細胞Ｔ、ＭＰ−３７１、キナーゼ阻害剤、ＭｅｔｈｙｌＧｅｎｅ、ＪＮＪ−２６４８３３２７、ＤＣＣ−２１５７、及びＡＳＴ−４８７を含むが、それらに限定されない。
【０１０４】
したがって、それら及び他の薬剤を単独でまたは組み合わせて使用することによって、ＮＳＣＬＣを治療することができ、本明細書中に開示された実施可能な治療勧告に含むことができる。
【０１０５】
また、治療に対する陽性または陰性反応の可能性を判定すること、及び／もしくは対象の試料内で検出された遺伝子変異体に基づいて対象を治療することを対象とする方法も本明細書中で提供する。表２及び３を参照すると、特定の実施形態では、実施可能な治療勧告は特定の治療を指す。例えば、腫瘍試料内に存在するＥＭＬ４−ＡＬＫ融合によって、クリゾチニブを用いた治療の勧告がなされる。対照的に、ＥＧＦＲ  Ｔ７９０Ｍ突然変異体が存在することによって、この変異体がＴＫＩに耐性がある腫瘍細胞をもたらすため、ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）が適切な治療ではないことが示されるであろう。実施可能な治療勧告を用いることによって、対象の腫瘍の変異体の状態に応じて、治療薬を投与するまたは治療薬を控えることができる。
【０１０６】
（表２）
2016515380.tif 000003
2016515380.tif 000004
【０１０７】
（表３）
2016515380.tif 000005
2016515380.tif 000006
【０１０８】
（表４）
2016515380.tif 000007
【０１０９】
（表５）
2016515380.tif 000008
*二重変異体遺伝子型
【０１１０】
（表６）
2016515380.tif 000009
*二重変異体遺伝子型
【０１１１】
（表７）
2016515380.tif 000010
*二重変異体遺伝子型
【０１１２】
（表８）
2016515380.tif 000011
*二重変異体遺伝子型
【０１１３】
（表９）
2016515380.tif 000012
*二重変異体遺伝子型
【０１１４】
（表１０）
2016515380.tif 000013
【０１１５】
（表１１）ＮＳＣＬＣ内の実施可能性が高い分子標的
2016515380.tif 000014
【０１１６】
（表１３）
2016515380.tif 000015
【０１１７】
報告
別の態様では、本発明は、癌を患う対象の予後または治療応答予測を示す報告を特徴付ける。本報告は、例えば、電子または紙形態であってよい。本報告は、基本的な患者情報を含むことができ、その情報には、対象識別子（例えば、対象の名前、社会保障番号、医療保険番号、またはランダムに発生した番号）、対象の身体特徴（例えば、年齢、体重、または性別）、依頼医師の名前、予後が発生したデータ、及び試料収集のデータが含まれる。報告された予後は、特定期間生存する可能性、特定期間内の特定の治療（例えば、化学療法薬または直視下治療）に対する応答の可能性、及び／もしくは癌の再発の可能性と関連し得る。報告された予後は、特定の期間生存する割合の可能性、治療への好ましい応答の割合の可能性（好ましい応答は、定義された、例えば、腫瘍縮小または腫瘍成長の鈍化であってよい）、または定義された期間を超えた再発の割合の可能性（例えば、５年を超えて生存する２０％可能性）の形式であってよい。別の実施例では、報告された予後は、生存、治療に対する応答、またはある期間を超えた再発の可能性の一般的な記載であってよい。別の実施例では、報告された予後はグラフの形式であってよい。また、遺伝子発現レベル及び遺伝子変異体／突然変異体に加え、報告された予後は、対象の追加の特徴（例えば、年齢、癌の段階、性別、前処置、適応度、心臓血管の健康、及び精神の健康）を考慮してもよい。
【０１１８】
予後に加え、報告は任意で、対象の遺伝子の発現レベルまたは突然変異状態に関する未加工データを含むことができる。
【実施例】
【０１１９】
実施例Ｉ
ゲノム及び遺伝子変異体のデータを、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ'ｓ  ＯＮＣＯＭＩＮＥ（商標）Ｃｏｎｃｅｐｔｓ  Ｅｄｉｔｉｏｎ及びＯＮＣＯＭＩＮＥ（商標）Ｐｏｗｅｒ  Ｔｏｏｌｓ、一連のウェブアプリケーション、ならびに、高スループット癌プロファイリングデータを、合成収集、キュレーション、オントロジー化、及び分析することによって統合ならびに統一するウェブブラウザーから得た。さらに、突然変異遺伝子変異体データもまた、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  （ＴＣＧＡ）  Ｐｏｒｔａｌから入手可能な次世代配列決定データを、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅがキュレーション及び分析することによって得た。
【０１２０】
ＴＣＧＡから得たデータは、複数のゲノム配列決定センターによって処理され、注釈付けされたデータセットからの突然変異体の結果を含む。ＴＣＧＡ内で特徴付けられた全突然変異体データは、腫瘍標本に特異的であり、同じ個人から得られた正常組織標本では観測されない突然変異体を含む体細胞突然変異体データであった。一貫性のある変異体の注釈を得るために、ＴＣＧＡから得た突然変異体を、単一組の転写産物及び変異体分類規則に基づいて再注釈した。標準注釈パイプラインは、肺癌遺伝子変異体の識別中に突然変異体が一貫して評価され、共通解釈されることを保証した。突然変異体注釈ステップでは、ＴＣＧＡから得た突然変異体を標準転写産物に対して再注釈した。設定されたこの転写産物は、２０１２年２月１９日にＵＣＳＣから得たｈｇｌ８及びｈｇｌ９ゲノムビルドからのＲｅｆＧｅｎｅ転写産物を含んだ。
【０１２１】
ＯＮＣＯＭＩＮＥ  Ｐｏｗｅｒ  Ｔｏｏｌ内に組み込み込まれた突然変異体データを、Ｓａｎｇｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ'ｓ  Ｃａｔａｌｏｇｕｅ  ｏｆ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  （ＣＯＳＭＩＣ）を含む複数のソースから得た。ＣＯＳＭＩＣから提供された突然変異体のデータは、その独自の注釈を保持した。
【０１２２】
複数の臨床試料では、遺伝子コード配列における変異体の位置に基づいて再発性遺伝子突然変異体を特定した。突然変異体が、コードされたアミノ酸を変更したコーディングエクソン内の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）である場合に、ミスセンス突然変異体を推測した。そのようなミスセンス突然変異遺伝子変異体は、同じ遺伝子が同じＳＮＰを複数の試料内に含む場合に再発した。ヌクレオチド突然変異体が、３つのヌクレオチドによって分割可能な挿入または欠失である場合、ホットスポットのインフレーム挿入／欠失突然変異体を推測した。
【０１２３】
肺癌内の複数の遺伝子におけるホットスポットミスセンス突然変異体及び／もしくはホットスポットインフレーム挿入／欠失突然変異体の再発頻度を、遺伝子変異体を有することが見出された試験された全ての臨床標本を数え、かつその値を試験された全臨床標本に対する割合として示すことによって特徴付けた。肺癌内の分布したホットスポットミスセンス突然変異体を有する全遺伝子のリストを得た。
【０１２４】
肺癌の遺伝子複製数のデータをＯＮＣＯＭＩＮＥ  ＤＮＡ  Ｃｏｐｙ  ＰｏｗｅｒＴｏｏｌから得た。最小共通部分の分析を実施して、肺癌内で局所的に増幅がある染色体部分を特定した。２つ以上の試料内での複製増加（≧０．９ｌｏｇ２複製数）を含む近接した染色体部分（共通部分）製数）を特定した。各共通部分内では、最多数の試料（ｎ）内における異常な遺伝子を特定し、かつ最多数より１つ少ない試料内（ｎ−１）における異常な遺伝子も特定した。代替として、最多数の試料（ｎ）のうちの９５％において異常な遺伝子を特定した。それらのピーク部分の頻度を、分析された全ての試料数に対する複製増加を有する試料の数を計算し、かつその値を割合として示すことによって判定した。肺癌における最も分布したピーク部分は、典型的には、既知の癌遺伝子、例えばＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、及びＫＩＴ／ＰＤＧＦＲＡ等を含んでいた。
【０１２５】
分布したホットスポットミスセンス突然変異体、局所的な増幅、または遺伝子融合を有する遺伝子変異体をさらに調査して、それらが、実施可能性インデックスレベル１〜３と関連付けられた実施可能性証拠を有するか否かを判定した。
【０１２６】
ＡＩ１と関連付けられた遺伝子変異体を、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）についてのＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｉｎ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  （ＮＣＣＮガイドライン）（バージョン２．２０１３）において特定した。そのような遺伝子変異体は、ガイドラインが特定の治療勧告を提供したものであった。例えば、肺腺癌を患い、その腫瘍標本が、ＥＧＦＲ  Ｌ８５８Ｒ変異体を含むことが見出された患者に、ＥＧＦＲ阻害剤、例えば、エルロチニブまたはゲフィチニブ等を用いた治療を検討することを奨励した。
【０１２７】
ＡＩ２と関連付けられた遺伝子変異体は、公開文献のソース、生体医学文献の引用を含むウェブブラウザーである、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）ＰｕｂＭｅｄ等で特定した。
【０１２８】
ＡＩ３と関連付けられた遺伝子変異体は、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．Ｇｏｖ及びｃｉｔｅｌｉｎｅ（登録商標）ＴｒｉａｌＴｒｏｖｅ等の臨床試験情報のデータベースを、遺伝子と進行中の臨床試験の登録基準で適合する変異体型の注釈について検索して特定した。
【０１２９】
表４〜５を参照すると、本明細書中に開示された方法は、実施可能な治療勧告を５０％の腺癌対象に提供する。次世代配列決定方法によって、原発性肺腺癌を患う１６５人の患者のコホートを特徴付けた。その遺伝子変異体をこの集団上に位置付けた。患者の大部分を観察して、全パネルからただ１つの異常を得た。合計で、対象のおよそ５２％は、少なくとも１つの遺伝子分散に対して陽性であった。ＡＩ１、ＡＩ２、及びＡＩ３の範疇を組み合わせた遺伝子変異体の分布率を表４〜８に示す。
【０１３０】
実施例ＩＩ
実施例Ｉの方法に従って、肺扁平上皮癌を患う患者の１７７のコホートを次世代配列決定方法によって特徴付け、遺伝子変異体をこの集団上に位置付けた。ＴＣＧＡ扁平上皮癌１７７人の患者コホートにおけるＡＩ１、ＡＩ２、及びＡＩ３範疇の遺伝子変異体の分布率を表９〜１０に示す。
【０１３１】
追加の遺伝子及びそれらの証拠のレベルならびに対応する実施可能性インデックスを表１１〜１４に示す。
【０１３２】
実施例ＩＩＩ
患者は末期段階のＮＳＣＬＣを示す。試験を行って、限定された腫瘍生検試料を保存する１つのパネルにおいて、表１１の実施可能性が高いＮＳＣＬＣバイオマーカーの突然変異状態を決定する。試料及び対応する実施可能性インデックスの突然変異状態の概要を説明する報告をもたらす。患者の腫瘍の突然変異状態に基づいて一連の治療を決定する。
【０１３３】
本明細書中に開示された実施例及び実施形態は例示のみが目的であり、それを鑑みた様々な修正形態及び変形形態が当業者に提案され、かつ本出願及び添付の特許請求の範囲の精神及び範囲内に含まれることを理解されたい。本明細書中で引用される全ての公報、特許、及び特許出願はここで、参照によってその全体があらゆる目的のために本明細中に組み込まれる。
【０１３４】
（表１２）
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【０１３５】
（表１４）
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【国際調査報告】
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