(57)【要約】  摂動因子と、眼窩周囲色素異常症の類型に関連付けられる遺伝子との関連性を同定するのに使用するためのデータアーキテクチャを構築する方法。方法は、少なくとも１つの摂動因子に暴露されているケラチノサイト、線維芽細胞、メラニン形成細胞又はメラノーマの遺伝子発現プロファイルを提供することと、遺伝子発現プロファイルを同じ細胞株由来の対象細胞のものと比較することとを含む。摂動因子に応答して差次的に発現した遺伝子は、対照とする細胞及び被験細胞の遺伝子発現プロファイルを比較することにより特定される。遺伝子の差次的発現をもとに、差次的に発現した遺伝子を表す識別子の順序付きリストが作成される。順序付きリストは、コンピューターにより読み取り可能な媒体にインスタンスとして格納される。次にこれらの工程を繰り返して、格納されたインスタンのデータ・アーキテクチャを構築する。
2016530886.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
摂動因子と、眼窩周囲色素異常症に関連付けられる遺伝子との関連性を同定するためのシステムであって、
（ａ）複数のインスタンス及び眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーが格納されている、少なくとも１つのコンピューターにより読み取り可能な媒体であって、前記インスタンス及び遺伝子発現シグネチャーがヒト表皮細胞又はヒト真皮細胞のうちの１種に由来するものであり、それぞれのインスタンスは、差次的に発現した遺伝子のランクを順位付けした識別子のインスタンスリストを含み、前記眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の１種以上の類型に関連付けられ差次的に発現した遺伝子を表す識別子の１つ以上の遺伝子発現シグネチャーリストを含む、少なくとも１つのコンピューターにより読み取り可能な媒体と；
（ｂ）プログラム可能なコンピューターに以下：
（ｉ）前記コンピューターにより読み取り可能な媒体に格納された、複数のインスタンス、及び、眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーを評価すること；
（ｉｉ）前記眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーと前記複数のインスタンスを比較することであって、前記比較には、前記複数のインスタンスのそれぞれについて、前記遺伝子発現シグネチャーリスト中のそれぞれの識別子を、前記インスタンスリスト中の同じ識別子の位置と比較することを含む、比較すること；並びに
（ｉｉｉ）前記複数のインスタンスのそれぞれに関連性スコアを割り当てること、
のうち１つ以上を実行させる、コンピューターにより読み取り可能な命令を含む、プログラム可能なコンピューターと、を含むシステム。
【請求項２】
ヒト表皮又は真皮細胞から得られた生体標本を受信するためのマイクロアレイスキャナと；前記スキャナから遺伝子発現データを前記第１のプログラム可能なコンピューターに送信するための第２のプログラム可能なコンピューターと、を更に含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記ヒトケラチノサイト、前記線維芽細胞、前記メラニン形成細胞、又は前記黒色腫細胞に適用するための摂動因子のアレイを更に含む、請求項１又は２に記載のシステム。
【請求項４】
前記複数のインスタンスが約５０〜約５０，０００のインスタンスを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５】
前記複数のインスタンスが約１，０００〜約２０，０００のインスタンスを含む、請求項４に記載のシステム。
【請求項６】
前記プログラム可能なコンピューターが前記複数のインスタンスのそれぞれに関連性スコアを割り当て、及び前記関連性スコアが＋２〜−２の値を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項７】
陰性の関連性スコア又は陽性の関連性スコアを有する皮膚のインスタンスを同定することを更に含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
美容組成物を処方する方法であって、前記方法が、
（ａ）少なくとも１つのコンピューターにより読み取り可能な媒体に格納された複数の皮膚インスタンスにコンピューターによりアクセスすることであって、それぞれのインスタンスが摂動因子と関連付けられ、それぞれのインスタンスが、上方制御された遺伝子及び下方制御された遺伝子を表す複数の識別子を含む順序付きリストを含む、アクセスすることと；
（ｂ）少なくとも１つの前記コンピューターにより読み取り可能な媒体に格納された少なくとも１つの遺伝子発現シグネチャーにコンピューターによりアクセスするステップであって、前記遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の類型に対応し、かつ眼窩周囲色素異常症に関連付けられる上方制御された複数の遺伝子及び下方制御された複数の遺伝子を表す複数の識別子を含む１つ以上のリストを含む、アクセスするステップと；
（ｃ）コンピューターにより、前記複数のインスタンスのそれぞれに関連性スコアを割り当てるステップであって、それぞれのインスタンスが、前記少なくとも１つの摂動因子に関連付けられるものである、関連性スコアを割り当てるステップと；
（ｄ）皮膚科学的に許容され得る担体と、前記インスタンスに関連付けられる少なくとも１つの摂動因子（複数可）とを含む美容組成物を処方するステップであって、前記少なくとも１つの摂動因子に関連付けられる前記インスタンスの関連性スコアが陰性である、処方するステップと；を含む、方法。
【請求項９】
それぞれのインスタンスが、約５個〜約８００個の遺伝子に対応する識別子を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｂ）が、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に対応する複数の遺伝子発現シグネチャーにアクセスするステップを含み、かつ工程（ｃ）が、それぞれの前記複数のインスタンスに対し前記複数の遺伝子発現シグネチャーのそれぞれの関連性スコアを割り当てるステップを含む、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｃ）が、前記複数の遺伝子発現シグネチャーのそれぞれに関しそれぞれのインスタンスに割り当てられた前記関連性スコアの組み合わせに基づき、前記複数の皮膚インスタンスのそれぞれに対し関連性スコアを割り当てるステップを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の遺伝子発現シグネチャーのそれぞれが、複数の上方制御された遺伝子及び複数の下方制御された遺伝子を表す複数の識別子を含む１つ以上の遺伝子発現シグネチャーリストを含み、前記上方制御された複数の遺伝子が、表１、３、５、７、９、及び１１のうち少なくとも１つに掲載されている前記上方制御された遺伝子のうち約８０％〜約１００％を含み、及び前記下方制御された複数の遺伝子が、表２、４、６、８、１０及び１２のうち少なくとも１つに掲載されている前記下方制御された遺伝子のうち約８０％〜約１００％を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
請求項８に記載の方法により処方されたスキンケア組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
概して、眼窩周囲色素異常症の処置に有用である可能性のある美容成分を同定及び／又は評価する方法が、提供される。より詳細には、本発明は、遺伝子発現シグネチャー、データの構築、及び関連性マッピングを用い、異なる眼窩周囲色素異常症を処置するのに有用な美容成分を同定及び／又は評価することに関し、このような発明が提供される。
【背景技術】
【０００２】
人間の目は、顔貌の中でも目立ち、注意をひきやすいものである。したがって、目に関係する審美的な特徴は、本人の自己認識、又は他者に与える印象に影響を及ぼし得る。歴史を通して、目元を強調するため及び／又は装うための工夫がなされていることは驚くべきことではない。例えば、一部の人々は、美容組成物を利用することにより、目の周りの審美的に望ましくない特徴を覆い隠すことができる。審美的に望ましくない特徴としては、典型的には、小じわ、しわ、及び目周囲の皮膚の変色が挙げられる。審美的に特に望ましくない特徴には、しばしば「クマ」すなわち「目の下のクマ」と呼ばれる、眼窩周囲色素異常症がある。眼窩周囲色素異常症は、一般に、若々しく美しく見られたいという望みに反し、疲れ及び／又は加齢に結び付けられることから、特に望ましくない。
【０００３】
視認される望ましくない欠点（例えば、皮膚の変色、小じわ、及びしわ）を覆い隠すため又は目の特定の造形を強調するために、メーキャップ（例えば、ファンデーション、コンシーラー、又はアイシャドウ）などの美容組成物を利用することで、一時的に美容効果が得られ得るものの、最も一般的なメーキャップ製品は毎日塗布する必要があり、いくつかの例では、日に数回再塗布する必要さえある場合がある。したがって、一般に目に関係する審美的に望ましくない特徴をある程度低減させる及び／又は排除する、より長期的な又はより永続的な解決法が必要とされている。
【０００４】
美容成分を用いることにより眼窩周囲色素異常症にまつわる問題を比較的長期間にわたって解消する手法を見出すための取り組みにおいて、研究者らは根本的な原因の特定を試みた。眼窩周囲色素異常症をもたらすものとして、目の下の皮膚の厚みから、メラニンの過剰産生に伴う色素過剰まで様々な説が提唱されてきた。現在では、眼窩周囲色素異常症は、多因子的に病変形成されるものとされているが、十分に解明されてはいない。眼窩周囲色素異常症の発症には様々な因子が関与するという考えから、症状を引き起こすものと考えられる根本的な原因（複数可）に応じて眼窩周囲色素異常症を別々の類型に分類しようという試みがされているものの、これらの試みは、眼窩周囲色素異常症を分類するのに商業的に実現可能な方法、又は眼窩周囲色素異常症を対象とする美容製品の開発及びマーケティングに好適なシステムを提供するには至っていない。しかしながら、最近では、特定の因子をもとに、異なる類型の眼窩周囲色素異常症をそれぞれ識別できることが判明している。しかしながら、眼窩周囲色素異常症は、複数のかつ重複する病因を備える尚も非常に複雑な症状である。これらの病因がある程度は個人の素因に依存するものであることは明らかであり、ひいては処置に当たり重要な課題が存在する。したがって、美容成分の分野では、引き続き、眼窩周囲色素異常症の処置に使用するのに好適である可能性のある美容成分を生成すること、並びに美容成分による眼窩周囲色素異常症の処置に有効でありかつ安全である美容成分を同定するのに有効でありかつ効率的なスクリーニング方法を作製すること、のいずれもが必要とされている。特に、眼窩周囲色素異常症の症状の作用機序又は病因に十分に基づくスクリーニング法を利用して、可能性のある美容成分を同定する方法、及び美容成分の有効性を評価する方法が尚も必要とされている。
【０００５】
最近では、眼窩周囲色素異常症について、ゲノム面からより詳細に理解が進んだことで、可能性のある数百の遺伝子と、異なる類型の眼窩周囲色素異常症の発症に関与するその他のエフェクターとが明らかとなっていることから、美容成分及び／又は処置の同定／特定に使用するのに好適な遺伝的な標的が提供される可能性が出てきた。１種以上の眼窩周囲（periborbital）色素異常症の処置に好適であり得る新規の美容成分の探索のため、「関連性マッピング」（「Ｃマッピング」）として知られる比較的新しい技術の利用に対し調査が行われている。関連性マッピングは、仮説を設定し、検証するツールであり、オペレーションズ・リサーチ、電気通信、及びより最近では医薬品の発見の分野で成功を収めている。
【０００６】
薬剤により処理した細胞の遺伝子発現プロファイルについてのデータベースで関連性をマッピングすることにより、これまで特徴づけられていない遺伝子について機能を正確に決定することができ、及び薬剤が作用し得る対象を特定することができるという一般概念は、Ｔ．Ｒ．Ｈｕｇｈｅｓ  ｅｔ  ａｌ．の「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖｉａ  ａ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｅｓ」Ｃｅｌｌ  １０２，１０９〜１２６（２０００）］に記載されている。Ｊｕｓｔｉｎ  Ｌａｍｂ及びＭＩＴ研究者ら（「Ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｉｔｙ  Ｍａｐ：Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｔｏ  Ｃｏｎｎｅｃｔ  Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，Ｇｅｎｅｓ，ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ」，Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｏｌ  ３１３，２００６）による関連性マップ（「Ｃマップ」）プロジェクトの立ち上げは、関連性理論の裏付けに一役買っている。２００６年には、Ｌａｍｂらのグループが、Ｃマップ構築のメカニズム、並びに第１世代Ｃマップの作成及び進行中の大規模コミュニティＣマッププロジェクトの開始に使用された遺伝子発現プロファイルのリファレンスコレクションのインストールについて、概要の公開を始めた。この概要は、ハイパーリンクｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｍａｇ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／３１３／５７９５／１９２９／ｓｕｐｐｌ／ＤＣ１において、「ｓｕｐｐｏｒｔｉｎｇ  ｍａｔｅｒｉａｌｓ」下で利用可能である。
【０００７】
関連性マッピングは、癌などの様々な疾患の治療用の新規薬剤の同定について、確固とした医療的な成功を収めている。しかしながら、多因子由来の疾患、又は様々な、多くの場合明らかに関係のない細胞表現形の発現を特徴とする状態（眼窩周囲色素異常症など）にＣマップを応用するには、ある程度の制限があることが見込まれる。Ｌａｍｂによると、有用なＣマップの構築は、クエリに対し、臨床的に顕著でありかつ有用な出力を生成するよう、入力するリファレンスデータを選別することに課題がある。Ｌａｍｂの薬物に関連するＣマップでは、強力な関連付けにリファレンスの関連付けを含む。強力な関連付けは、「ヒット」として特定される望ましい出力である。
【０００８】
しかしながら、医薬品としての使用に好適な剤及び美容成分としての使用に好適な剤は、分類上異なる。医薬品は特異性をもとに選択され、身体構造及び機能に対し測定可能な作用を有することが意図されるのに対し、美容成分は外見に対する作用をもとに選択され、身体構造及び機能には測定可能な程の影響をもたらさなくてもよい。美容成分は、細胞表現型への効果に関しどちらかと言えば非特異的なものであり、概して身体への投与は身体面上又は身体面付近への塗布に限られる。
【０００９】
医薬品に関するＣマップの構築において、リファレンスの関連付けを極めて慎重に行うべきであると同時に検出（発見）が困難である場合に、特に困難に見舞われ得ることが強調されており、ひいては数多くの冗長的な関連付けを最小限に抑えるため、条件は冗長に調整されてきた。医薬品の規制方針は、意図される医薬品と疾患状態との間の特異性を高度なものにするよう求めており、また、医薬有効成分の開発では、ほとんど関係のない関連付けは最低限に抑え、単一のタンパク質に作用させることにより疾患を制御することが求められているため、ＬａｍｂのＣマップは上記のような短所を有しているものの、可能性のある医薬品のスクリーニングによく適している。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】Ｔ．Ｒ．Ｈｕｇｈｅｓ  ｅｔ  ａｌ．の「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖｉａ  ａ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｅｓ」Ｃｅｌｌ  １０２，１０９〜１２６（２０００）］
【非特許文献２】Ｊｕｓｔｉｎ  Ｌａｍｂ及びＭＩＴ研究者ら（「Ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｉｔｙ  Ｍａｐ：Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｔｏ  Ｃｏｎｎｅｃｔ  Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，Ｇｅｎｅｓ，ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ」，Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｏｌ  ３１３，２００６）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
したがって、Ｌａｍｂの関連性マッピングのプロトコールが、美容成分及び特に上記の欠点を有する眼窩周囲色素異常症の分野での、仮説の検証／設定に有用であること、又は症状がびまん性であり、全身性であり、比較的穏やかなものである主に美容上の問題に有用であることは予測されていなかった。複数の標的を制御することができ、複雑な表現形及び条件に対し作用する、剤又は剤組成が、美容成分の処方者から求められている。更に、表現形に対する美容成分の作用（例えば、眼窩周囲色素異常症処置に好適であるなど）は、美容成分が医薬品有効成分についての規制方針にかかることがないよう、規制をもとに比較的弱くするべきである。しかしながら、影響は消費者により知覚可能なものにする必要があり、好ましくは科学的な方法により経験的に確認可能なものにすべきである。美容上の状態の遺伝子転写／発現プロファイルは、概して冗長なものであり、差の程度が少ないものから中程度の遺伝子を多く含む。したがって、美容成分は、細胞表現形に対し、更に多様であり急性度の低い作用をもたらし、かつＬａｍｂにより確度の高い仮説の検証に有用である関連性マップの作成に好適ではないものとして明示的に教示される関連付けを、ある程度生成する。
【００１２】
しかしながら、驚くべきことに、概してこれらの種類の有効成分で生じる作用は非常に広範性であり、全身性であり、かつ影響が低いにもかかわらず、Ｌａｍｂ及び一般的な従来技術に反し、眼窩周囲色素異常症の処置用の美容有効成分を評価及び／又は同定するのに有用な関連性マップを開発できることが判明した。更に、眼窩周囲色素異常症の表現形により共有される機能的な関連性の発見にアプローチする関連性マップの値は、剤に基づくＣマップの原型によるものとは逆の値を示す；関連する表現形は非常に複雑であり、病因は十分には理解されず、遺伝的な摂動（perturbations）は数多く、弱く、及び美容成分の作用は同様に広範性であり、定義によると比較的弱いものである。多因子的であり、解明の進んでいない眼窩周囲色素異常症を対象として関連性マッピングを良好に応用することは、眼窩周囲色素異常症の研究におけるブレークスルーである。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
上記の課題を解決することを目的として、本明細書では、摂動因子と、眼窩周囲色素異常症の類型に関連付けられる遺伝子との関係の同定に使用するためにデータアーキテクチャを構築する方法が提供される。本方法は、対照とするヒト細胞の遺伝子発現プロファイルを提供することを含む。対照とする細胞は、ケラチノサイト、線維芽細胞、メラニン形成細胞、及びメラノーマ細胞株からなる群から選択されるヒト細胞株由来のものである。方法は、少なくとも１種類の摂動因子に曝露したヒト細胞の遺伝子発現プロファイルを作製することも含む。対照とする細胞と同じ細胞株由来のものである、摂動因子に曝露したヒト細胞の遺伝子発現プロファイルの作製に、この細胞を使用する。方法は、対照とする細胞と試験細胞の遺伝子発現プロファイルを比較することにより、摂動因子に応答して差次的に発現した遺伝子を同定した後、差次的に発現した遺伝子を表す識別子の順位付きリストを作製することを更に含む。識別子は、遺伝子の差次的発現をもとに順位付けられる。順位付きリストは、コンピューターにより読み取り可能な媒体にインスタンスとして格納される。次にこの工程を繰り返して、格納されたインスタンスのデータアーキテクチャを構築する。試験プロファイルの作製に使用される摂動因子は、それぞれのインスタンスについて、定性的に又は定量的に異なる。
【００１４】
同様に、本明細書では、摂動因子と、眼窩周囲色素異常症に関連付けられる遺伝子との関連性を同定するシステムが開示される。システムは、インスタンスを有するコンピューターにより読み取り可能な媒体と、眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーとを含む。インスタンス及び遺伝子発現シグネチャーは、ヒト上皮細胞又はヒト真皮細胞に由来する。それぞれのインスタンスは、差次的に発現した遺伝子のランクをランク付けした識別子のインスタンスリストを含む。眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の類型に関連付けられる差次的に発現した遺伝子を表す識別子の遺伝子発現シグネチャーリストを含む。システムは、プログラム可能なコンピューターに、以下の（ｉ）〜（ｉｉｉ）の１つ以上を実行させる、コンピューターにより読み取り可能な命令を含む、プログラム可能なコンピューターも含む。（ｉ）コンピューターにより読み取り可能な媒体に格納された、複数のインスタンス、及び眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーを評価すること；（ｉｉ）眼窩周囲色素異常症に関連する遺伝子発現シグネチャーと複数のインスタンスを比較することであって、比較には、複数のインスタンスのそれぞれについて、遺伝子発現シグネチャーリスト中のそれぞれの識別子を、インスタンスリスト中の同じ識別子の位置と比較することを含む、比較すること；並びに（ｉｉｉ）複数のインスタンスのそれぞれに関連性スコアを割りつけること。
【００１５】
本明細書では、美容組成物を処方する方法が更に開示される。方法は、コンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体に格納された複数の皮膚インスタンスをコンピューターにより評価することを含む。それぞれのインスタンスは、摂動因子と関連付けられ、それぞれのインスタンスは、遺伝子の上方制御及び下方制御を表す複数の識別子を含む順位付きリストを含む。方法は、コンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体に格納された少なくとも１つの遺伝子発現シグネチャーをコンピューターにより評価することも含む。遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の類型に対応し、複数の上方制御された遺伝子及び下方制御された遺伝子を表す識別子の１つ以上のリストを含む。方法は、複数のインスタンスのそれぞれにコンピューターにより関連性スコアを割り付けることを更に含む。方法は、皮膚科学的に許容され得る担体と、摂動因子（１種以上）とを含む美容組成物を処方するために使用され、摂動因子に関連付けられるインスタンスの関連性スコアは陰性である。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】１型の眼窩周囲色素異常症の外見を図示したものである。
【図２】２型の眼窩周囲色素異常症の外見を図示したものである。
【図３】３型の眼窩周囲色素異常症の外見を図示したものである。
【図４】本明細書に記載の方法の代表的な実施形態の概略図である。
【図５】インスタンスを生成するための代表的なシステムの概略図である。
【図６】本発明での使用に好適なコンピューターデバイスの概略図である。
【図７】コンピューターにより読み取り可能な媒体と関連付けられたインスタンスの概略図である。
【図８】リスト間に正の相関のある、遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの比較の概略図である。
【図９】リスト間に負の相関のある、遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの比較の概略図である。
【図１０】遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの比較の概略図であり、これらのリスト間には中立的相関が存在する。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
本明細書において説明に使用される用語は、単に特定の実施形態を記載するためであり、限定されるものではない。本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用するとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈により明示されない限り、同様に複数形を含むものとする。全ての百分率は、特に記載のない限り、関連する組成物の重量に対する。全ての比は、特に記載のない限り、重量比である。全ての数値範囲は、より狭い範囲を包含する。記載の上限及び下限は、明示されていない範囲を更に生成する際に互換性がある。有効桁数は、記載量を限定するものでもなく、測定の精度を限定するものでもない。全ての測定は、約２５℃及び周囲条件で行われるものと理解され、「周囲条件」とは、約１気圧及び相対湿度約５０％という条件を意味する。
【００１８】
定義
「ベンチマーク剤」は眼窩周囲色素異常症の症状に関する遺伝子発現に関し優れた効果（陽性又は陰性）を誘導又は誘起することが既知である、任意の化学物質、化合物、環境因子、小若しくは大分子、抽出物、製剤、又はそれらの組み合わせを指す。
【００１９】
「コンピューターにより読み取り可能な媒体」は、コンピューターにより読み取り可能な命令、データ及びデータ構造、デジタルファイル、ソフトウェアプログラム及びアプリケーション、又は他のデジタル情報等の情報の格納のために任意の方法若しくは技術で実装されたあらゆる電子記憶媒体を指し、これにはあらゆる揮発性、不揮発性、着脱式、及び非着脱式媒体が含まれるが、これらに限定されない。コンピューターにより読み取り可能な媒体としては、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、コンパクトディスク（ＣＤ）、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、同期ＲＡＭ（ＳＲＡＭ）、ダイナミックＲＡＭ（ＤＲＡＭ）、同期ＤＲＡＭ（ＳＤＲＡＭ）、ダブルデータレートＳＤＲＡＭ（ＤＤＲ  ＳＤＲＡＭ）、ダイレクトＲＡＭバスＲＡＭ（ＤＲＲＡＭ）、読み出し専用メモリ（ＲＯＭ）、プログラム可能読み出し専用メモリ（ＰＲＯＭ）、電気的消去可能プログラム可能読み出し専用メモリ（ＥＥＰＲＯＭ）、ディスク、搬送波、及びメモリスティックが挙げられるが、これらに限定されない。揮発性メモリの例としては、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、同期ＲＡＭ（ＳＲＡＭ）、ダイナミックＲＡＭ（ＤＲＡＭ）、同期ＤＲＡＭ（ＳＤＲＡＭ）、ダブルデータレートＳＤＲＡＭ（ＤＤＲ  ＳＤＲＡＭ）、及びダイレクトＲＡＭバスＲＡＭ（ＤＲＲＡＭ）が挙げられるがこれらに限定されない。不揮発性メモリの例としては、読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）、プログラム可能読み取り専用メモリ（ＰＲＯＭ）、消去可能プログラム読み取り専用メモリ（ＥＰＲＯＭ）、及び電気的消去可能プログラム読み取り専用メモリ（ＥＥＰＲＯＭ）が挙げられるが、これらに限定されない。メモリには、プロセス及び／又はデータを格納することができる。また他のコンピューター読み取り可能な媒体としては、磁気ディスクドライブ、フロッピーディスクドライブ、テープドライブ、ジップドライブ、フラッシュメモリカード、メモリスティック、コンパクトディスクＲＯＭ（ＣＤ−ＲＯＭ）、ＣＤ書き込み可能ドライブ（ＣＤ−Ｒドライブ）、ＣＤ書き換え可能ドライブ（ＣＤ−ＲＷドライブ）、及びデジタル多用途ＲＯＭドライブ（ＤＶＤ  ＲＯＭ）が含まれるが、これらに限定されない、あらゆる好適なディスク媒体が挙げられる。
【００２０】
「関連性マップ」及び「Ｃマップ」は、細胞表現型又は美容上の状態、遺伝子発現と美容有効成分等の摂動因子との関連性を同定するためのデバイス、システム、製造物品、及び方法を広く指す。関連性マッピング及び関連性マッピングを使用して対象とする遺伝子及び／又は組成を同定する方法については、Ｂｉｎｄｅｒらにより２０１２年２月２２日に出願された米国特許出願公開第２０１２／０２８３１１２号、発明の名称「スキンケア組成物用の美容成分を同定するためのシステム及び方法」、並びに継続出願でありＨａｋｏｚａｋｉらにより２０１２年３月３０日に出願された米国特許出願公開第１３／８５１，８８６号、発明の名称「皮膚が色素沈着している状態及び疾患を処置するのに効果的であり皮膚に有効な成分を同定及び評価するためのシステム、モデル、及び方法」に記載を見ることができる。
【００２１】
「関連性スコア」は、インスタンスがクエリと相関する程度を表す、取得値を指す。
【００２２】
「対照サンプル」は、同等のサンプル（例えば、複数の生物学的状態に対する遺伝子発現測定値を生成するために使用される同一の細胞型のもの）であり、特定の類型の眼窩周囲色素異常症を含まないものとして同定されたか、又は色素異常症を有しないものとして同定されたものである。例えば、対照サンプルの遺伝子発現測定値は、眼窩周囲色素異常症が示されるより早期に採取された生体サンプル、遺伝子発現測定値が既知である対照者若しくは対照群、又はインデックス値若しくはベースライン値から生成される。対照遺伝子発現プロファイルは、予知アルゴリズム又は集団調査から算定されたインデックスにも由来する可能性がある。様々な実施形態では、対照サンプルは、人種、性別、年齢、地理的場所、及び／又は複数の生物学的疾患の遺伝子発現測定値の起原に関する種族的出身に対して一致する。
【００２３】
「美容」は、人体の領域に所望の外観上の効果をもたらすことを意味する。外観上の美容効果は、一時的、半永久的、又は永久的なものであり得る。「美容成分」のいくつかの非限定例としては、ファンデーション、マスカラ、コンシーラー、アイライナー、アイブロウ、アイシャドウ、頬紅、口紅、リップクリーム、フェイスパウダー、固形エマルションコンパクトなどといった、顔に色を乗せる製品が挙げられる。
【００２４】
「美容成分」は、哺乳動物の体又はその任意の部分に擦り込まれる、注がれる、振りかけられる、噴霧される、導入される、又は別様に塗布されることが意図されている、任意の物質、同様にその任意の構成成分を意味する。美容成分としては、米国食品医薬品局によって一般に安全であると認可されている（ＧＲＡＳ）物質、食品添加物、及び市販薬を含む美容用ではない消費者製品で使用される物質を挙げることができる。いくつかの実施形態では、美容成分は、皮膚への局所的塗布に好適な皮膚科学的に許容され得る担体を含む、美容組成物に組み込まれてもよい。美容成分としては、（ｉ）皮膚組織に少なくとも１つの効果（陽性又は陰性）を誘導又は誘起することが知られている、化学物質、化合物、小若しくは大分子、抽出物、製剤、又はそれらの組み合わせ、（ｉｉ）皮膚組織に少なくとも１つの効果（陽性又は陰性）を誘導又は誘起することが知られており、提供された方法及びシステムの使用によりこれまで知られていなかった少なくとも１つの効果（陽性又は陰性）を皮膚組織に誘導又は誘起することが発見されている、化学物質、化合物、小分子、抽出物、製剤、又はそれらの組み合わせ、並びに（ｉｉｉ）皮膚組織に対し効果を有することが知られておらず、提供された方法及びシステムの使用により皮膚組織に効果を誘導又は誘起することが発見されている、化学物質、化合物、小分子、抽出物、製剤、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるがこれらに限定されない。
【００２５】
美容成分又は美容上作用可能な物質のいくつかの例は、米国の国立衛生研究所と関連するＰｕｂＣｈｅｍデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｐｕｂｃｈｅｍ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）；パーソナルケア製品協議会の成分データベース（ｈｔｔｐ：／／ｏｎｌｉｎｅ．ｐｅｒｓｏｎａｌｃａｒｅｃｏｕｎｃｉｌ．ｏｒｇ／ｊｓｐ／Ｈｏｍｅ．ｊｓｐ）；及びパーソナルケア製品協議会発行の２０１０年、国際化粧品成分表示名称事典第１３版；ＥＵ化粧品原料リスト；日本化粧品原料リスト；パーソナルケア製品協議会、ＳｋｉｎＤｅｅｐデータベース（ＵＲＬ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｏｓｍｅｔｉｃｓｄａｔａｂａｓｅ．ｃｏｍ）；ＦＤＡに認可された賦形剤リスト；ＦＤＡ  ＯＴＣリスト；日本医薬部外品リスト；ＵＳ  ＦＤＡ  Ｅｖｅｒｙｔｈｉｎｇ  Ａｄｄｅｄ  ｔｏ  Ｆｏｏｄデータベース；ＥＵ食品添加物リスト；日本既存添加物、香料ＧＲＡＳリスト；米国ＦＤＡのＧＲＡＳ物質に関する特別委員会；米国家庭用品データベース；グローバル・ニュー・プロダクツ・データベース（ＧＮＰＤ）パーソナルケア、ヘルスケア、食品／飲料／ペット、及び家庭用品データベース（ＵＲＬ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｎｐｄ．ｃｏｍ）；並びに化粧品成分及び植物のサプライヤーから見つけることができる。
【００２６】
美容成分の他の非限定的な例としては、植物成分（植物の根、幹の皮、葉、種、又は果実のうちの１つ以上から得ることができる）が挙げられる。１種以上の溶剤を使用することにより植物バイオマス（例えば、根、茎、皮、葉等）から抽出され得る植物成分もある。植物成分には、化合物の複合混合物が含まれることもあり、目立った活性成分は含まれないこともある。美容成分の別のカテゴリーは、ビタミン化合物及び誘導体、並びにそれらの組み合わせ、例えば、ビタミンＢ３化合物、ビタミンＢ５化合物、ビタミンＢ６化合物、ビタミンＢ９化合物、ビタミンＡ化合物、ビタミンＣ化合物、ビタミンＥ化合物、並びにそれらの誘導体及び組み合わせ（例えば、レチノール、レチニルエステル、ナイアシンアミド、葉酸、パンテノール、アスコルビン酸、トコフェロール、及び酢酸トコフェロール）である。美容成分の他の非限定的な例としては、糖アミン、植物ステロール、ヘキサミジン、ヒドロキシ酸、セラミド、アミノ酸、ペプチド、及びポリオールが挙げられる。
【００２７】
「データアーキテクチャ」は、概して、編成されたデータコレクションを含む１つ以上のデジタルデータ構造を指す。いくつかの実施形態では、デジタルデータ構造は、デジタルファイル（例えば、スプレッドシートファイル、テキストファイル、文書処理ファイル、データベースファイル等）として、コンピューターにより読み取り可能な媒体上に格納することができる。いくつかの実施形態では、データアーキテクチャは、データベース中に記憶されるデータ（例えば、インスタンス及び遺伝子発現シグネチャー）にアクセスし、データを整理し、かつデータを選択するために使用される、データベース管理システム（ＤＢＭＳ）によって管理されてもよい、データベースの形態で提供される。
【００２８】
「皮膚科学的に許容され得る」とは、記載の組成物又は構成成分がヒト皮膚組織と接触させる使用に好適であることを意味する。
【００２９】
「有効な量」は、好ましくは、本明細書に開示される効果を個別に又は組み合わせて包含する陽性の効果又は望ましい効果（例えば、遺伝子の発現、遺伝子群及び／又は遺伝子発現シグネチャー群を逆転させる陽性の皮膚又は感触的な効果）を明白にもたらすのに十分であるものの、深刻な副作用を回避する（すなわち、当事者の通常の判断の範囲内で妥当な効果対リスク比を提供する）べく十分に少ない、化合物又は組成物の量を意味する。
【００３０】
「遺伝子発現シグネチャー」は、眼窩周囲色素異常症の状態を表す遺伝子又は美容成分に関し合理的に得られたリスト又は複数のリストを指す。いくつかの例では、美容成分は、ベンチマーク皮膚剤又は眼窩周囲色素異常症の処置に可能性のある剤（「眼窩周囲色素異常症用剤」）であり得る。したがって、遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症に関し、対象となる表現型のプロキシとしての役割を果たし得る。遺伝子発現シグネチャーは、正常又は対照状態と比較して、発現が増加した（上方制御された）、発現が減少した（下方制御された）、及びそれらの組み合わせの遺伝子を含んでもよい。概して、修飾された細胞表現型に対する遺伝子発現シグネチャーは、細胞表現型よりも修飾された細胞表現型において差次的に発現した遺伝子のセットとして記載され得る。遺伝子発現シグネチャーは、インビトロ試験、インビボ試験、及びそれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない、種々のデータソースから得られ得る。いくつかの実施形態では、遺伝子発現シグネチャーは、対象となる状態の複数の上方制御された遺伝子を代表する、第１のリストと、対象となる状態の複数の下方制御された遺伝子を代表する、第２のリストとを含んでもよい。例えば、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に関連付けられる遺伝子発現シグネチャーとなる、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現を、下表１〜１２に見ることができる。
【００３１】
「遺伝子発現プロファイリング」は、任意の好適なプロファイリング技術を使用して、生体サンプル中の複数の遺伝子の発現を測定することを指す。例えば、マイクロアレイ法を用いることで、数千もの遺伝子のｍＲＮＡ発現を決定できる。使用することのできるその他の新たな技術としては、ＮｅｘｔＧｅｎ配列決定法を用いるＲＮＡ−Ｓｅｑ又は全トランスクリプトーム配列決定法が挙げられる。遺伝子発現プロファイルを使用することで遺伝子発現シグネチャーを生成することができる。
【００３２】
本明細書で使用するとき、用語「インスタンス」は、摂動因子を皮膚細胞に投与する遺伝子発現プロファイリング実験からのデータを指す。いくつかの実施形態では、データは、遺伝子発現プロファイリング実験の要素として、遺伝子を表す、識別子のリストを含む。識別子は、遺伝子名、遺伝子記号、マイクロアレイプローブセットＩＤ、又は任意の他の識別子を含んでもよい。いくつかの実施形態では、インスタンスは、マイクロアレイ実験からのデータを含んでもよく、対照と比較したそれらの差次的発現の程度によって順位付けられる、マイクロアレイのプローブセットＩＤのリストを含む。データはまた、摂動因子、遺伝子発現プロファイリング試験条件、皮膚細胞、及びマイクロアレイのうちの１つ以上に関するデータが挙げられるがこれらに限定されない、メタデータを含んでもよい。
【００３３】
「ケラチン性組織」は、皮膚、毛髪、及び爪が挙げられるがこれらに限定されない哺乳類の最も外側の保護被覆として配置されているケラチン含有組織層を意味する。
【００３４】
「マイクロアレイ」は、基板上の核酸、オリゴヌクレオチド、タンパク質、小分子、大分子、及び／又はそれらを組み合わせたもののあらゆる順位付けされた配列を広く指し、これにより、生体サンプルの遺伝子発現をプロファイリングできる。マイクロアレイの非限定的な例としては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｉｎｃ．、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｉｎｃ．などから入手可能である。
【００３５】
「眼窩周囲」は、眼窩の周辺を意味する。ヒトの「眼窩周囲の領域」は、顔の、一般に眼の周囲の領域である。ヒトの眼窩周囲の領域は、典型的には、長手方向的には眉の底部と頬の上端との間に、水平方向的には鼻筋とこめかみの間に設定される。
【００３６】
「眼窩周囲色素異常症」は、ヒトの眼窩周囲の領域の皮膚の色調が、顔中の近接する部分、例えば、頬、鼻、額、こめかみ、及び／又は眼窩周囲の領域の皮膚の色調と識別され得るほどに異なるときに生じている状態である。眼窩周囲色素異常症は、左右対称である（すなわち、顔の両側の眼窩周囲領域に生じる）。眼窩周囲色素異常症は、眼窩周囲の領域に位置する皮膚に色素沈着過剰及び／又は色素沈着低下が生じた結果として現れ得る。眼窩周囲色素異常症は、以下に詳細に記載する指標のうち１種以上をもとに特定及び／又は分類することができる。本明細書に記載の眼窩周囲色素異常症は、３つの類型のうちの１つに分類される（すなわち、１型、２型、又は３型）。眼窩周囲色素異常症の３つの類型を、以下に詳細に記載し、定義する。これらの類型は、本明細書に記載の方法により容易に判定することができる。
【００３７】
「パーソナルケア組成物」は、好適な美容組成物又はスキンケア組成物を意味する。パーソナルケア組成物が美容効果及びスキンヘルス効果の両方を提供し得ることは明らかであろう。
【００３８】
「摂動因子」は、本明細書で使用するための遺伝子発現データを生成するため、遺伝子発現プロファイル実験において変化として使用できるものを意味する。いくつかの実施形態では、摂動因子は、上皮及び／又は真皮細胞に適用され、遺伝子発現プロファイリング実験により得られる遺伝子発現データは、データアーキテクチャ中にインスタンスとして格納することができる。遺伝子発現データの生成に使用される任意の物質、化学物質、化合物、活性物質、天然成分、抽出物、薬剤［例えば、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ  ＬＯＰＡＣ（Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  Ａｃｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ）コレクション］、小分子、及びこれらの組み合わせを摂動因子とすることができる。摂動因子は、異なる遺伝子発現データの生成に使用される任意の別の刺激剤とすることもできる。例えば、摂動因子は、紫外線、熱、浸透圧ストレス、ｐＨ、微生物、ウイルス、及び低分子干渉ＲＮＡであってもよい。摂動因子は美容成分であってもよいが、必ずしもそうである必要はない。
【００３９】
「推定上の美容成分」は、予備スクリーニングでは、眼窩周囲色素異常症に関し皮膚生物学的に特異的な作用を有する見込があるものとして示されているものの、本明細書に記載の方法による有効性についての試験が未だなされていない、美容成分を意味する。
【００４０】
「クエリ」は、Ｃマップへの入力として使用されるデータを指し、これに対して複数のインスタンスが比較される。クエリとしては、しみ等の皮膚状態に関連付けられる遺伝子発現シグネチャーが挙げられ、又は皮膚状態について関連付けられる生理学的プロセスに由来する遺伝子発現シグネチャーが挙げられる。Ｃマップは、摂動因子、遺伝子発現シグネチャー、眼窩周囲色素異常症の類型、主題シグネチャー、あるいはデータアーキテクチャを含む任意のデータ特性若しくはデータ特性の組み合わせ、又は関連性を用いて問い合わせることができる。
【００４１】
遺伝子の遺伝子発現について言及するとき、「逆転」は、遺伝子の発現が、遺伝子シグネチャーで示される発現とは逆の方に有意に変化することを意味する（例えば、ＡＮＯＶＡ又はｔ検定などの統計検定により決定されるものとしてｐ値＜０．１、ｐ値＜０．０５、ｐ値＜０．０１、ｐ値＜０．００１、又はｐ値＜０．０００１）。例えば、遺伝子発現シグネチャーが、特定の遺伝子が上方制御されていることを示す場合、遺伝子の発現の逆転とは、ＡＮＯＶＡ又はｔ検定などの統計検定により評価したときに、ｐ値０．０５未満でこの遺伝子が記載の遺伝子発現シグネチャーに対して下方制御されていることを意味する。遺伝子発現シグネチャーに言及するとき、用語「逆転」は、遺伝子発現シグネチャーにおける変化を測定するのに使用される方法に依存する。例えば、関連性マッピングを使用するとき、関連性スコアを生成することで、既知の遺伝子発現シグネチャー、例えば、データアーキテクチャに格納されているシグネチャーに対し、発現量が異なっていることが表され、この関連性スコアは、遺伝子発現シグネチャーにおける有意な逆転量の指標として使用することができる（例えば、ｐ値＜０．１、ｐ値＜０．０５、ｐ値＜０．０１、ｐ値＜０．００１、又はｐ値＜０．０００１）。
【００４２】
「皮膚」は、角化細胞、線維芽細胞及びメラニン産生細胞などの細胞から構成されるものであり、哺乳類の最外部の保護被覆を意味する。皮膚には、外側の表皮層及びその下の真皮層を含む。皮膚には、毛髪及び爪、並びに一般に皮膚に関連付けられる、例えば、筋細胞、メルケル細胞、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、幹細胞、脂腺細胞、神経細胞及び脂肪細胞などのその他の種類の細胞も含まれる。「スキンケア」は、皮膚の状態の制御及び／又は改善を意味する。「スキンケア組成物」は、皮膚の状態を制御及び／又は改善する組成物を意味する。
【００４３】
「皮膚の色調」は、知覚される色又は皮膚色素沈着を指し、特に、着色又は色素沈着の均一性に関する。「皮膚の色調」には、消費者による全体的な色調の知覚に関与する皮膚のその他の特徴も包含し得る。例えば、毛穴の大きさ及び分布、並びに皮膚の肌のきめも、一般に皮膚の全体的な色調に関与するものと考えられる。
【００４４】
「ソフトウェア」及び「ソフトウェアアプリケーション」は、コンピューターデバイス又は他の電子デバイスに所望の方法で機能させる、作業を実行させる、及び／又は挙動させる、１つ以上のコンピューターにより読み取り可能な及び／又は実行可能な命令を意味する。命令は、ルーチン、アルゴリズム、モジュール、ライブラリ、メソッド、及び／又はプログラムのような１つ以上の様々な形態で具現化されてもよい。ソフトウェアは、様々な実行可能な及び／又は読み込み可能な形態で実装されてもよく、１つのコンピューター構成要素に位置させることができ、並びに／又は２つ以上の通信、協働、及び／若しくは並列処理するコンピューター構成要素に分散することができ、それにより直列、並列、及び他の様式で読み込み及び／又は実行することができる。ソフトウェアは、１つ以上のコンピューターにより読み取り可能な媒体に格納させることができ、本発明の方法及び機能の全部又は一部を実施することができる。
【００４５】
「局所塗布」は、本発明の組成物をケラチン組織の表面に塗布する又は広げることを意味する。
【００４６】
これまでに、眼窩周囲色素異常症は十分には解明されていない。予想外なことに、眼窩周囲色素異常症には、様々な比較的単純な評価法をもとにそれらを分類するのに役立つ、共通のテーマが付随することが発見されている。眼窩周囲色素異常症を分類しようとするこれまでの試みでは、眼窩周囲色素異常症が、例えば、視覚的評価及び／又はイメージング法、バイオマーカー類、組織診断、及び／又は遺伝子解析をもとに別の分類にグループ化できることは認識されていなかった。これらの新規に発見された差異をもとに、別の類型の眼窩周囲色素異常症を処置するのに特に適した改良された美容製品及び／又は治療計画を提供することができるものと考えられる。異なる類型の眼窩周囲色素異常症を処置するよう改良された製品及び治療計画を提供する目的で、局所塗布型の美容製品に使用するのにあたって可能性のある有効成分を同定する装置、システム、及び方法が必要とされている。
【００４７】
本明細書で記載するとき、眼窩周囲色素異常症の状態には３つの類型が存在するのに加え、特定の実施形態では、「色素異常症ではない」状態が対照条件として提供され得る。眼窩周囲色素異常症の３つの類型は、例えば、視覚的分類法、イメージング法、バイオマーカー類、組織診断、遺伝子発現シグネチャー、及びこれらの組み合わせを利用して、互いに、及び色素異常症ではない状態とは区別することができる。例えば、本明細書で「１型」として参照する、眼窩周囲色素異常症の第１の類型は、特に眼窩周囲の皮膚部分の、より暗く、連続的に肌の色調がより濃くなっている外観をもとに視覚的に特徴づけられ得るものであり、日焼けした肌に類似している場合もある；本明細書で「２型」として参照する、眼窩周囲色素異常症の第２の類型は、眼窩周囲の皮膚の、より暗く、連続的に肌の色調が悪くなっている外観をもとに視覚的に特徴づけられ得るものであり、アザのできた肌に類似している場合もある；並びに本明細書で「３型」として参照する、眼窩周囲色素異常症の第３の類型は、特に眼窩周囲の皮膚に、より暗く、色調がまだらになっている部分が存在することをもとに特徴づけられ得るものであり、この部分は、１型及び２型の眼窩周囲色素異常症の外観に似ている（例えば、１型及び２型を組み合わせたような外観である）。色素異常症ではない状態は、眼窩周囲の領域の大部分において、皮膚の色調が不均一ではなく又は非連続的ではないことにより、視覚的に特徴づけられ得る。
【００４８】
図１は、眼窩周囲の領域において影をつけている部位１により表される１型の眼窩周囲色素異常症が、眼窩周囲の領域における配置に基づき視覚的に分類され得る例を示す；図２は、眼窩周囲の２型の色素異常症（すなわち、眼窩周囲の領域において影をつけている部位２）が、眼窩周囲の領域における配置に基づき視覚的に分類され得る例を示す；並びに図３は、どのようにして３型の眼窩周囲色素異常症（すなわち、眼窩周囲の領域において影をつけている部位３）が、眼窩周囲の領域における配置に基づき視覚的に分類され得るかの例を示す。
【００４９】
異なる類型の眼窩周囲色素異常症は、ＲＧＢ色スケール測定法などの従来のイメージング法を利用して、互いに、及び色素異常症ではない状態とは区別することもできる。例えば、ＲＧＢ法に準拠して測定したときに、１型の眼窩周囲色素異常症が示すＲＧＢ値は、概して２型及び３型よりも低い。ある種の実施形態では、１型の眼窩周囲色素異常症は、以下に詳述するＲＧＢイメージング法に準拠してＲ値が１４３〜１７８であり、Ｇ値が９７〜１３１であり、及び／又はＢ値が８３〜１１３であることを特徴とし得る。更に、１型の眼窩周囲色素異常症は、Ｇ値に対するＢ値（「Ｂ／Ｇ比」）が０．５８〜０．８４０であることを特徴とし得る。ある種の実施形態では、２型の眼窩周囲色素異常症は、ＲＧＢイメージング法に準拠してＲ値が１５２〜１７８であり、Ｇ値が１０６〜１３９であり、及び／又はＢ値が９７〜１２６であることを特徴とし得る。２型の眼窩周囲色素異常症は、Ｂ／Ｇ比が０．８００〜０．９１であることも特徴とし得る。ある種の実施形態では、３型の眼窩周囲色素異常症は、以下に詳述するＲＧＢイメージング法に準拠してＲ値が１５０〜１７２であり、Ｇ値が１０５〜１３１であり、及び／又はＢ値が９６〜１１６であることを特徴とし得る。３型の眼窩周囲色素異常症は、Ｂ／Ｇ比が０．８４８〜０．９０９であることも特徴とし得る。
【００５０】
眼窩周囲色素異常症を分類するのに好適な方法及びシステムの例は、Ｏｓｏｒｉｏらにより２０１３年３月１５日に出願された米国特許仮出願第１４／２１５，３２３号に記載されている。異なる類型の眼窩周囲色素異常症の処置方法及びそれらのための組成物は、２０１３年３月１５日にＯｓｏｒｉｏらにより出願された米国特許仮出願第１４／２１５，３４５号、及び同第１４／２１５，３７８号に記載されている。
【００５１】
本発明の特徴は、以下に更に記載される。項見出しは、読み取りの便宜のためであって、それ自体は限定を意図するものではない。本文書全体は統一された開示として関連することを意図しており、たとえ本文書の同一の文、又は段落、又は項の中に特徴の組み合わせが一緒に見出されないとしても、本明細書に記載される特徴の全ての組合せが企図されていることを理解するべきである。
【００５２】
遺伝子発現の測定
ある種の実施形態では、本明細書に記載の方法及びシステムは、生体サンプルから１つ以上の遺伝子発現の測定値を得ること、並びに測定値を解析して対象とする遺伝子における差次的発現を同定することを含む。遺伝子発現の測定値には、多数の遺伝子についての定量的又は定性的発現データを含み得る。眼窩周囲色素異常症との関連で、遺伝子発現測定値は、眼窩周囲の皮膚の皮膚検体の表皮及び真皮領域の解析により得ることもできる。遺伝子発現の測定値を、例えば、対照試料と比較することで、眼窩周囲色素異常症に関係する生物学的なプロセスについての洞察を得ることもできる。あるいは、又は更に、遺伝子発現の測定値は、眼窩周囲色素異常症の類型を模倣するようｉｎ  ｖｉｔｒｏで負荷を加えた細胞から得ることもできる。
【００５３】
遺伝子発現は、様々な方法で検出及び／又は測定され得る。ある種の実施形態では、方法は、遺伝子発現シグネチャーにおいて対象とされる１つ以上の遺伝子によりコードされているメッセンジャーリボ核酸（「ｍＲＮＡ」）を測定することを含む。所望により、方法は、１つ以上の遺伝子によりコードされているｍＲＮＡを逆転写することと、対応する相補的ＤＮＡ（「ｃＤＮＡ」）を測定することとを含み得る。本明細書では、任意の好適な定量的核酸アッセイ法を使用することができる。例えば、従来の定量的ハイブリダイゼーション、ノーザンブロット、及びポリメラーゼ連鎖反応法を使用して、生体試料中のｍＲＮＡ転写物又はｃＤＮＡの量を定量的に測定することもできる。所望により、ハイブリダイゼーションの前に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によりｍＲＮＡ又はｃＤＮＡを増幅させてもよい。次に、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ試料を、例えば、パネルの１つ以上の遺伝子によりコードされており所望により基材（例えば、アレイ又はマイクロアレイ）上に固定されている、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡに特異的なオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションさせることにより評価する。ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡに特異的な１つ以上の好適なプローブの選別、及びハイブリダイゼーション又はＰＣＲ条件の選別は、核酸に関係する当業者の範囲内のものである。バイオマーカー核酸のバイオマーカーに対して特異的なオリゴヌクレオチドプローブへの結合は、バイオマーカーの特定及び定量を可能にする。遺伝子発現を定量する方法の好適な例は、米国特許出願第２０１２／０２８３１１２号；同第１３／８５１８５８号、同第１３／８５１８６４号、同第１３／８５１８７３号、及び同第１３／８５１８８６号；及びＭｉｌｌｓらにより２０１２年８月１５日に出願された米国特許第１３／９６６４１８号に記載されている。
【００５４】
図４は、遺伝子発現を測定し、この遺伝子発現の測定値を参照遺伝子発現の測定値（例えば、対象サンプルから取得）と比較する方法５８の例を示す。方法５８は、試験細胞６０、６２（例えば、ケラチノサイト及び／又は眼窩周囲の領域に関連するその他の皮膚細胞）を摂動因子６４に曝露することを含む。摂動因子６４は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）などの好適な担体６１に溶解させてもよい。所望により、典型的には、試験細胞６０、６２の細胞と同系統であるものの担体６１にのみ曝露した（すなわち、摂動因子には暴露していない）参照細胞６６を対照として使用することもできる。摂動因子６４及び／又は対照６１ヘの曝露後、試験細胞６０、６２及び参照細胞６６からｍＲＮＡを抽出する。細胞６０、６２及び６６から抽出されたｍＲＮＡ  ６３、７０、７２を、任意選択的にｃＤＮＡ  ７４、７６、７８へと逆転写し、蛍光染料（複数可）（例えば、２色マイクロアレイ解析を実施する場合、赤色及び緑色）で標識してもよい。あるいは、１色マイクロアレイ解析用にｃＤＮＡ試料７４、７６及び７８を沈殿させ、必要に応じて複数のレプリケートをプロセシングしてもよい。複数のプローブ８２（例えば、数十、数百、又は数千のプローブ）を含むマイクロアレイ８０に対し、ｃＤＮＡ試料７４、７６、７８を同時にハイブリダイゼーションさせてもよい。いくつかの実施形態では、マイクロアレイ８０上のそれぞれのプローブ８２は、特有のプローブセット識別子を有する。このマイクロアレイ８０は、染料を励起させて蛍光量を測定するスキャナ８４によりスキャンする。コンピューターデバイス８６は、原画像を解析して、ｃＤＮＡの存在量を測定する。この存在量が、遺伝子の発現レベルを表す。スキャナ８４に、コンピューターデバイス８６の機能を組み込んでもよい。システムにより収集される遺伝子発現データとしては、ｉ）遺伝子発現の上方制御（例えば、試験材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７４、７６）のプローブへの結合が参照材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７８）と比較して大きい）、ｉｉ）遺伝子発現の下方制御（例えば、試験材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７４、７６）のプローブへの結合が試験材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７８）よりも低減している）、ｉｉｉ）遺伝子発現が変動していない（例えば、試験材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７４、７６）のプローブへの結合が参照材料（例えば、ｃＤＮＡ  ７８）と比較して同じである）、及びｉｖ）検出可能なシグナル又はノイズを含まない、が挙げられる。上方及び下方制御されている遺伝子は、「差次的に発現している」ものとして言及することができ、遺伝子発現データを使用して、１つ以上のインスタンス２２を生成することもできる。これについて以下に詳述する。
【００５５】
マイクロアレイ及びマイクロアレイ解析技法は当該技術分野において周知であり、他のマイクロアレイ技法を本発明の方法、装置、及びシステムと共に使用してもよいことが意図される。例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）技術及びＩｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄＣｈｉｐ（商標）技術などの、しかしこれに限定されない、任意の好適な商用又は非商用マイクロアレイ技術及び関連技法を使用してもよい。当業者は、本発明が上に記載した方法に限定されないこと、並びに他の方法及び技法もまた、本発明の範囲内であると考えられることを理解するであろう。
【００５６】
システム及び装置
本明細書では、異なる類型の眼窩周囲色素異常症を表す遺伝子発現シグネチャーを格納したデータベースを構築するための装置、システム及び方法が提供され、これらの装置、システム及び方法は、例えば、その他の方法では様々な可変性の臨床症状、及び、目の下の皮膚領域に関連する様々な条件下にある生体に特有のとらえどころのない現象を生じる眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に効果的である有効成分を同定するのに有効なツールである。眼窩周囲色素異常症に対する摂動因子の影響を評価するための装置、システム、及び方法も提供され、これらにより摂動因子と眼窩周囲の皮膚の健康及び／又は眼窩周囲色素異常症の外観との関連性（すなわち、関係）を同定できる可能性がある。
【００５７】
ある種の実施形態では、システムは、少なくとも１つのコンピューターデバイス、少なくとも１つのコンピューターデバイスに関連付けられるコンピューターにより読み取り可能な媒体（例えば、ハードディスク、又は格納、アクセス、及びデータベースファイルなどのデジタル情報を操作するためのその他の好適なデジタル式格納媒体）、及びコミュニケーションネットワークを包含する。システムが１つ以上のコンピューターデバイスを含むとき、それらのコンピューターデバイスは、例えば、有線及び／又は無線通信ネットワークにより、互いに電気的にコミュニケーションし得る。ある種の実施形態では、コンピューターにより読み取り可能な媒体は、媒体に格納されているデータ構造中に、複数のインスタンスと共にデジタルファイルを含み得る。更に、又はあるいは、コンピューターにより読み取り可能な媒体は、眼窩周囲色素異常症に関連する１つ以上の遺伝子発現シグネチャーに関連付けられる、マイクロアレイプローブセットＩＤの１つ以上のリストを有するデジタルファイルを含み得る。ある種の実施形態では、インスタンスは、コンピューターにより読み取り可能な第１の媒体に格納してよく、プローブセットＩＤのリスト（複数可）は、コンピューターにより読み取り可能な第２の媒体に設定してよい。複数のインスタンス又はプローブセットＩＤのリストを、リレーショナルテーブル及びインデックス、又は他の種類のコンピューターにより読み取り可能な媒体に格納してもよい。デジタルファイルは、ワープロファイル形式、スプレッドシートファイル形式、及びデータベースファイル形式が挙げられるがこれらに限定されない、様々な形式で提供され得る。インスタンスは複数のデジタルファイルに分散させてもよい。
【００５８】
第１及び第２のデジタルファイルに格納したデータは、様々なデータ構造及び／又は形式で格納してもよい。ある種の実施形態では、データを、無料データベース、商用データベース、又は社内の独自のデータベースなどの１つ以上の検索可能なデータベースに格納する。当業界で既知の任意の好適なモデルに準拠して、データベースを提供又は構築することができる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの検索可能なデータベースは、社内の独自のデータベースである。システムのユーザーは、データベース管理システムに関連付けられるグラフィカルユーザーインターフェースを用いて、そのシステムが操作可能に接続される１つ以上のデータベース又は他のデータ源にアクセスし、そこからデータを取り出すことができる。いくつかの実施形態では、第１のデジタルファイルは、第１のデータベースの形態で提供され、第２のデジタルファイルは、第２のデータベースの形態で提供される。他の実施形態では、第１及び第２のデジタルファイルは、単一ファイルの形態で結合及び提供されてもよい。
【００５９】
ある種の実施形態では、１つ以上のデジタルファイルには、例えば、遠隔的に配置されたコンピューターにより読み取り可能な媒体上に格納されている第２のデジタルファイルからコミュニケーションネットワークにより伝送されたデータが含まれる。例えば、第１のデジタルファイル（複数可）は、細胞株（例えば、線維芽細胞株及び／又はケラチノサイト細胞株）から得られる、遺伝子発現データ（例えば、インスタンス又は眼窩周囲色素異常症の遺伝子シグネチャー）、並びに他の細胞株又は細胞型からの遺伝子発現データ、遺伝子発現シグネチャー、摂動因子情報、臨床試験データ、科学文献、化学データベース、薬学データベース、及び他のかかるデータ及びメタデータなどの遠隔的に配置された第２のデジタルファイルからのデータを含んでもよい。
【００６０】
また、コンピューターにより読み取り可能な媒体上には、読み取り、書き込み、ないしは別の方法でデジタルファイルの管理、及び／若しくはデジタルファイルにアクセスするための、コンピューターにより読み取り可能な命令又はソフトウェアを含む１つ以上のデジタルファイルが格納されていてもよい。コンピューターにより読み取り可能な媒体はまた、コンピューターデバイスに、例えば、第１のデジタルファイルに格納される遺伝子発現シグネチャーを、第２のデジタルファイルに格納されるインスタンスと比較することに関連する工程を含むがこれらに限定されない、本発明の方法の１つ以上の工程を実行させる、ソフトウェア又はコンピューターにより読み取り可能な及び／又は実行可能な命令を含んでもよい。いくつかの実施形態では、１つ以上のデジタルファイルは、デジタルファイル類を管理するためのデータベース管理システムの一部を形成してもよい。データベース管理システムの非限定的な例は、米国特許第４，９６７，３４１号及び同第５，２９７，２７９号に記載される。コンピューターにより読み取り可能な媒体は、コンピューターデバイスの一部を形成してもよく、又は別の方法でコンピューターデバイスに接続されていてもよい。コンピューターデバイスは、当該技術分野で既知の任意の好適な汎用又は専用コンピューター（例えば、サーバー、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、メインフレームコンピューター）が挙げられるがこれらに限定されない様々な形態で提供することができる。
【００６１】
ある種の実施形態では、インスタンスは、マイクロアレイプローブセット識別子（「ＩＤ」）（例えば、２〜２２，０００以上のＩＤ）の順位付けされたリストとして構成することができる。順位付けされたリストをデジタルファイルのデータ構造に格納してもよく、データは、デジタルファイルがコンピューターソフトウェアによって読み取られたときに、プローブセットＩＤの順位付けされたリストを表す複数の文字列が再生されるように配列してもよい。それぞれのインスタンスがプローブセットＩＤの完全なリストを含むことが望ましいものの、インスタンスのうちの１つ以上が、マイクロアレイのプローブセットＩＤのうちの全部を含まない場合があることも考えられる。また、インスタンスは、プローブセットＩＤの順位付きリストに加えて、又はその代わりに、他のデータを含んでもよいものと考えられる。例えば、同等の遺伝子名及び／又は遺伝子記号の順位付けされたリストでプローブセットＩＤの順位付けされたリストを代用してもよい。インスタンス及び／又はデジタルファイルに追加のデータが格納されてもよい。いくつかの実施形態では、追加されるデータはメタデータと称され、細胞株同定、バッチ番号、曝露継続期間、及び他の実験によるデータ、並びにインスタンスＩＤと関連する任意の他の記述的材料のうちの１つ以上を含み得る。また、順位付けされたリストは、順位付けされたリスト中の識別子のランク付けされた位置を表す、そのそれぞれの識別子と関連付けられた数値も含んでもよい。
【００６２】
提供される場合、マイクロアレイプローブセットＩＤのリスト（複数可）は、典型的には、上記のインスタンスと比較してより小さいプローブセットＩＤのリストである。ある種の実施形態では、リスト（複数可）は、２〜１０００のプローブセットＩＤ、例えば、１０、５０、１００、２００、又は３００超のプローブセットＩＤ、及び／又は８００、６００、又は４００未満のプローブセットＩＤを含み得る。プローブセットＩＤのリスト（複数可）は、対象とする眼窩周囲色素異常症の類型を表すために選択された、上方及び／又は下方制御されている遺伝子を表す。ある種の実施形態では、第１のリストは、上方制御された遺伝子を表してもよく、第２のリストは、遺伝子発現シグネチャーの下方制御された遺伝子を表してもよい。
【００６３】
一般的なマイクロアレイとしては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐｓ及びＩｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄＣｈｉｐｓが挙げられ、それらの両方は、プローブセット及びカスタムプローブセットを含む。本明細書に使用するのに好適な参照遺伝子プロファイルを作製するため、ヒトゲノムのプロファイリング用に設計されたチップを利用する。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップの好適な例としては、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  ｂｒａｎｄ  ＨＧ−２１９  Ｐｌｕｓ  ２．０及びＨＧ−Ｕ１２９モデル、ＨＧＵ１３３ＧｅｎｅＣｈｉｐｓが挙げられる。本発明者らが採用した特に好適なＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ブランドのマイクロアレイは、モデルＨＧ−２１９である。もちろん、データアーキテクチャの構築に使用されるチップのプローブセットが本発明によるものと実質的に類似しているならば、所有権の所有者とは無関係に、任意のチップ又はマイクロアレイが好適であることは認識されるであろう。
【００６４】
図５は、本明細書に使用するのに好適なシステム１０の例を示す。システム１０は、無線及び／又は有線接続であってよい通信ネットワーク１８により互いに電気的に連絡している第１のコンピューターデバイス１２及び第２のコンピューターデバイス１４を含む。システム１０は、第１のコンピューターデバイス１２に関連付けられる第１のコンピューターにより読み取り可能な媒体１６と、第２のコンピューターデバイス１４に関連付けられる第２のコンピューターにより読み取り可能な媒体３８も含む。コンピューターにより読み取り可能な媒体（複数可）１６及び／又は３８は、当該技術分野で既知の任意の好適な手法により第１及び／又は第２のコンピューターに電気的に連結させてもよい。それぞれのコンピューターにより読み取り可能な媒体１６、３８には、それらに格納された１つ以上のデジタルファイル２０、３０及び３６を含ませてよく、それらのファイルは、コンピューターデバイス１２、１４のうち少なくとも１つによりアクセス可能である。第１及び第２のコンピューターデバイス１２、１４及び／又は第１及び第２のコンピューターにより読み取り可能な媒体１６、３８は、互いに離して配置してもよいものの、必ずしも離して配置する必要はない。
【００６５】
図５に示す通り、第１のコンピューターにより読み取り可能な媒体１６は、データ構造中に構成された複数のインスタンス２２、２４、及び２６を含むデジタルファイル２０を含む。第１のコンピューターにより読み取り可能な媒体１６は、眼窩周囲色素異常症に関連する１つ以上の遺伝子発現シグネチャーに関連付けられるマイクロアレイプローブセットＩＤの１つ以上のリスト３２及び３４を含む第２のデジタルファイル３０を含んでもよい。第２のデジタルファイル３０のプローブセットＩＤのリスト３２及び３４は、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に関連付けられる、上方制御及び／又は下方制御された１つ以上の遺伝子を表し得る。例えば、第１のリスト３２は、上方制御された遺伝子を表してもよく、第２のリスト３４は、遺伝子発現シグネチャーの下方制御された遺伝子を表してもよい。図５に示すコンピューターにより読み取り可能な媒体１６には、ユーザーによるデジタルファイル２０及び／又は３０の読み取り、書き込み、管理、及び／又は別の方法によるアクセスを可能にするソフトウェアアプリケーション２８も含む。インスタンス２２、２４、及び２６及び／又はリスト３２及び３４を、デジタルファイル２０及び／又は３０のデータ構造に格納してもよく、データは、デジタルファイルがソフトウェアアプリケーション２８によってアクセスされたときに、プローブセットＩＤのインスタンス又はリストを表す複数の文字列が生成されるように配列してもよい。プローブセットＩＤの代わりに、同等の遺伝子名及び／又は遺伝子記号（又は別の命名法）に置き換えてもよい。遺伝子発現シグネチャー及び／又はデジタルファイル３０と共に追加データを格納してもよく、これは一般にメタデータと称され、これは、例えば、細胞株又はサンプル源、及びマイクロアレイＩＤ等の任意の関連情報を含んでもよい。
【００６６】
図６は、図５のシステム１０に使用するのに好適なコンピューターデバイス１２の例を示す。コンピューターデバイス１２は、コンピューターデバイスと供に使用することが一般に知られる構成要素を１つ以上含み得るものであり、限定するものではないが、１つ以上のアプリケーションプログラム又はソフトウェアに関連して格納された命令を実行するためのプロセッサ４０；システムメモリ４２；及びシステム構成要素にインターフェースを提供するシステムバス４４（例えば、システムメモリ４２及びプロセッサ４０）を含み得る。システムメモリ４２は、不揮発性メモリ４６（例えば、読み取り専用メモリ（「ＲＯＭ」）及び均等物）及び／又は揮発性メモリ４８（例えば、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）及び均等物）を含み得る。コンピューターデバイス１２は、ドライブと、例えば、データの不揮発性媒体、データ構造、データアーキテクチャ、コンピューターにより実行可能な命令、及び均等物を提供するための、関連するコンピューターにより読み取り可能な媒体とを含み得る。コマンド及び情報は、システムバス４４と接続させた入力装置インターフェース５２によりプロセッサ４０と電子通信することのできる、１つ以上のワイヤード又はワイヤレス入力装置５０（例えば、キーボード、マウス、及び／又はタッチスクリーン）により、コンピューターデバイス１２に入力され得る。コンピューターデバイス１２は、別個又は内蔵の表示装置５４を駆動してもよく、これはまた、ビデオポート５６などのインターフェースを介してシステムバス４４に接続してもよい。コンピューターデバイス１２は、有線及び／又は無線ネットワーク通信インターフェース５８を用いて、ネットワーク化された環境でネットワーク１８にわたって動作してもよい。
【００６７】
複数のインスタンスの生成
いくつかの実施形態では、方法は、遺伝子発現プロファイリング実験から得られたデータを含む複数のインスタンスを１つ以上のデジタルファイルに投入することを含み、実験の１つ以上は、例えば、ケラチノサイト（又は眼窩周囲の領域に典型的に関連付けられる皮膚細胞などの皮膚細胞、皮膚細胞と均等な培養物、及び生体外で培養された、ヒトの皮膚）を少なくとも１種の摂動因子に暴露することを含む。実施形態の特に好適な例では、インスタンスは、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ  ｂｒａｎｄ  ＨＧ−Ｕ２１９  ｍｏｄｅｌ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ上の全てのプローブセットに対してランクを順位付けされたデータからなり、チップ上のそれぞれのプローブは、固有のプローブセット識別子を有する。プローブセットは、検出された遺伝子発現の、同じＣマップバッチにおける対照に対する倍率変化レベル（単一のインスタンス／対照の平均値）によってランクを順位付けされる。プローブセット識別子は、最も上方制御されたものから最も下方制御されたものまでを反映するようにランクを順位付けされる。
【００６８】
特に、非差次的に制御された遺伝子でさえも、特定のプローブセットに対する信号値は、遺伝子発現プロファイル（例えば、インスタンスに関連付けられる、又は眼窩周囲色素異常症に関連付けられる）及び対照プロファイルに対して同一にはなりそうにない。１以外の倍率変化を算出し、総括的なランクの順位付けに使用することができる。Ｌａｍｂら（２００６）によって開示される方法に従い、２つの閾値を利用してデータを調整し、非常に低いシグナルノイズ値を有し得る遺伝子の影響を最小限に抑える。閾値化は、好ましくは、ランクの順位付けの前に実施される。例示目的の一実施例は、第１の閾値を３３％に設定するプロセスを含む。プローブセットのシグナルが閾値３３％を下回る場合、このシグナルは３３％に調整される。ランクが同位である場合、第２の閾値が破綻することになる。この場合、倍数変化を再計算し、遺伝子発現値の５％未満の値を閾値５％のシグナル値に設定する。その他の同位のものに関しては、順位は、使用されるソーティングアルゴリズムによって決まるが、本質的にはランダムである。リスト中央のプローブセットは、実際の関連性スコアには有意に寄与しない。
【００６９】
プローブＩＤのランクを順位付けされたリストは、インスタンス（例えば、図５中２２）又は遺伝子発現シグネチャーとしてデジタルファイル（例えば、図５中第１のデジタルファイル２０）に格納されてもよい。プローブＩＤは、検出された遺伝子発現の制御のレベルに準じてリストに格納される。リストは、上方制御から、極わずかな（marginal）制御又は未制御から下方制御に進む。図７を参照すると、インスタンス２２に関連付けられるデータ（又は対象の眼窩周囲色素異常症の類型に関連付けられる遺伝子発現プロファイル）は、プローブＩＤ  ７００と、リスト中のランクを表す値７２０とを含む（例えば、１、２、３、４．．．Ｎ、ここで、Ｎはマイクロアレイ上のプローブの総数を表す）。順位付きリスト７４０は、概してプローブＩＤを３群含み得る。すなわち、上方制御された遺伝子に関連付けられる７６０のプローブＩＤをグループ化した第１群、制御の周辺値を有する遺伝子に関連付けられる７８０のプローブＩＤをグループ化した第２群、及び下方制御された遺伝子に関連付けられる７９０のプローブＩＤをグループ化した第３群を含み得る。最も上方制御された遺伝子は、順位付きリスト７４０の上位付近のものであり、最も下方制御された遺伝子は、順位付きリスト７４０の下位付近のものである。例としてグループ化を示すものの、それぞれのインスタンス２２についてのリストは連続していてよく、制御される遺伝子の数は、例えば、インスタンスに関連付けられる摂動因子の作用強度に応じて異なる。順位付きリスト７４０にはその他の配列も提供され得る。例えば、下方制御されている遺伝子に関連付けられるプローブＩＤを、リスト７４０の上位に配列してもよい。インスタンスデータは、更に、摂動因子の識別、摂動因子の濃度、細胞株、又はサンプルの供給源、及びマイクロアレイの識別などのメタデータも含み得る。
【００７０】
いくつかの実施形態では、１つ以上のインスタンス（又は遺伝子発現プロファイル）は、少なくとも約１，０００、２，５００、５，０００、１０，０００、２０，０００、又は５０，０００の識別子を含み、及び／又は約３０，０００、２５，０００、２０，０００、又は５０，０００未満の識別子を含む。いくつかの実施形態では、データベースは、少なくとも約５０、１００、２５０、５００、１，０００、又は５０００のインスタンス、及び／又は約５０，０００、２０，０００、１５，０００、１０，０００、７，５００、５，０００、又は２，５００未満のインスタンスを含む。インスタンスのレプリケートを作成してもよく、同じ摂動因子を使用して、特定の細胞型（例えば、ケラチノサイト細胞）から第１のインスタンスを誘導し、及び別の標的細胞型又は生体サンプル（例えば、線維芽細胞、メラノサイト、又はエクスビボのヒトの皮膚などの複雑な組織）から第２のインスタンスを誘導してもよい。非常に限られた実施形態では、インスタンスは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＨＧ−Ｕ２１９  ＧｅｎｅＣｈｉｐ上のプローブセットの全てに対してランク付けされたデータからなり、チップ上の各プローブは、固有のプローブセット識別子を有する。プローブセットは、同一のＣマップバッチ中の対照と比較して、倍数変化によってランク付けされる（単一インスタンス／対照の平均）。プローブセットの識別子は、最も上方制御されたものから最も下方制御されたものまでを反映するようにランクを順位付けされる。
【００７１】
遺伝子発現シグネチャーの構築
眼窩周囲色素異常症の類型を表す遺伝子発現シグネチャーを生成及び／又は同定する方法が提供される。ある種の実施形態では、方法は、（ａ）眼窩周囲色素異常症の類型に対応する試験サンプルから遺伝子発現測定値を得ること；（ｂ）（ａ）の遺伝子発現測定値を対照サンプルの遺伝子発現測定値と比較することにより、テストサンプルにおいて差次的に発現している遺伝子を同定すること；（ｃ）コンピューターに遺伝子発現の一貫性値（consistency value）を算出させること、を含む。一貫性値は、発現（ｂ）における差異の有意さを表す。遺伝子発現の一貫性値は、差次的に発現している遺伝子について算出された対数オッズ比を比較すること、並びにシグモイド関数を使用して対数オッズ比を変換することにより算出され得る。ある種の実施形態では、ゼロに対する片側ｔ検定を実施することができ、対数オッズ比は片側ｔ検定から算出され得る。得られる遺伝子発現の一貫性値を用い、差次的に発現している遺伝子を表す識別子を順位付けしたリストを作製する。識別子を順位付けしたリストは、所望により、順位付けしたリストにおけるランクに応じ識別子に数値的ランクを付与することを伴う。方法は、（ｄ）一貫して差次的に発現された遺伝子（すなわち、試験した生理的条件下で、対照サンプルと比較して差次的に発現された遺伝子）を表す識別子を含む、順位付けしたリストを作成することと（識別子は、（ｃ）で算定された遺伝子発現強度により順位付けする）、（ｅ）順位付けしたリストを、遺伝子発現シグネチャーとしてコンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体上に格納することと、を更に含んでよい。この方法は、所望により工程（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、又は（ｅ）のうちの１つ以上を実施するために、プログラム可能なコンピューターを使用することを含む。
【００７２】
遺伝子発現シグネチャーは、対照と比較して、対象となる眼窩周囲色素異常症を示している皮膚の全層生検から生成することもできる。例えば、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーの生成に当たり、眼窩周囲の領域から生検を採取し、同じ対象から採取した影響を受けていない皮膚と比較する（例えば、頬、こめかみ、額、顎、又は眼窩周囲の影響を受けていない領域）。当該技術分野で既知の任意の好適な手法により遺伝子発現シグネチャーが生成され得ることは評価されるであろう。
【００７３】
眼窩周囲色素異常症の発症には、通常、複雑な生物学的過程を含み、この過程には、多数の既知の及び未知の外因性及び内因性の要因、並びに比較的短い期間ではわずかであるものの、長期間に及んだときに見逃せなくなるような要因に対する応答を伴う。これは、特定の標的、遺伝子、又は作用機序が興味の対象である、薬物開発及び薬物スクリーニングの方法で通常観察されるものとは対照的である。眼窩周囲色素異常症のスクリーニングには特有の困難さが伴うことから、摂動因子に対する応答に実際に関連付けられる遺伝子発現データと、バックグラウンド発現データとを区別するには、対象の状態を表す遺伝子発現シグネチャーの質が重要となり得る。
【００７４】
様々な態様では、遺伝子発現シグネチャーは、少なくとも２、４、５、１０、２０、２５、３０、又は少なくとも５０個の遺伝子（例えば、７５個以上）を参照する。あるいは、又は更に、遺伝子発現シグネチャーが参照する遺伝子は、わずか１０，０００、７，５００、５，０００、１，０００、８００、７５０、７００、５００、５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００、７０、５０、又は２０個である。例えば、遺伝子発現シグネチャーは、所望により、約５〜約８００個の遺伝子（例えば、約５個〜約４００個の遺伝子、約１０個〜約４００個の遺伝子、約１０個〜約２００個の遺伝子、又は約１０個〜約１４０個の遺伝子）に対応する識別子を含む。眼窩周囲色素異常症の代表的な遺伝子発現シグネチャーは、上方制御及び／又は下方制御された遺伝子とおおよそ等しい数の、約１００個〜約４００個の遺伝子を含む。例えば、好適な遺伝子発現シグネチャーは、上方制御及び下方制御された遺伝子を、任意選択的に約１００〜１５０、約２５０〜３００、約３００〜３５０、又は約３５０〜４００個含む。遺伝子の数は、生物学的状態によって異なるであろうことは認識されたい。生体に特有の現象が弱いものであるとき、例えば、典型的には、美容状態についての表現形が弱いものであるときには、従来技術では統計上包含させる必要のあった条件を満たす遺伝子数よりも少数の遺伝子を使用することで、「ノイズ」を生じる遺伝子の追加を回避することもできる。例えば、皮膚の状態についての遺伝子発現プロファイルの解析は、統計のｐ値が０．０５未満である約２，０００及び４，０００個の遺伝子、及びｐ値が０．００１未満である約１０００個の遺伝子から得られ、非常に強力な生物学的応答が示唆される。中程度に強い生物学的応答では、０．００１未満のｐ値を有するおよそ４００〜６００個の遺伝子と組み合わせられた、０．０５未満の統計的ｐ値を有するおよそ８００〜２０００個の遺伝子が得られる場合がある。これらの場合、遺伝子発現シグネチャーは、所望により、約１００〜約６００の遺伝子を含む。生体に特有の現象が弱いときには、所望により、約２０〜１００個の遺伝子などのより少ない遺伝子を含む遺伝子発現シグネチャーによって表される。本発明は、約１０〜約４００個の遺伝子の転写物とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを固定したアレイを更に提供する。遺伝子は、下記実施例１に示す表１〜１２から選択される。
【００７５】
ある種の実施形態では、遺伝子発現シグネチャーを生物学的なプロセスグリッド（process grid）又はジーンオントロジーに対しマッピングして、下記実施例２に示す通りの生理的なテーマパターンを得ることもできる。最も広範なパターンには、統計上は遺伝子がクラスター化されている全てのテーマが包含される。より限局性のパターンとしては、例えば、最も強く制御された遺伝子を投入された主題のサブセット、又は関連疾患に関する独特のサブセットが挙げられる。遺伝子オントロジー由来の遺伝子発現シグネチャー及び主題パターン解析は、一般により少ない遺伝子を含み、差次的診断に、及び非常に正確であり対象とされる効果を有する活性剤のスクリーニングに有用なツールである。
【００７６】
遺伝子発現シグネチャー（複数可）及びインスタンスの比較
ある種の実施形態では、本明細書に記載の方法は、コンピューターで、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーのインスタンスが格納されたデータアーキテクチャを問い合わせることを含み、それぞれのインスタンスは摂動因子に関連付けられる。問い合わせさせることには、眼窩周囲色素異常症遺伝子発現シグネチャーを、格納されているそれぞれのインスタンスと比較させることを含む。コンピューターによる方法は、１種以上の眼窩周囲色素異常症に関連付けられる、統計的に優位な数の遺伝子の発現において統計的に有意な変化を含む摂動因子の識別を容易にし、眼窩周囲色素異常症を処置するのに可能性のある新規美容成分又は既知の美容成分の、可能性のある新規用途につながる。ある種の実施形態では、本方法は、コンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体上に格納された複数のインスタンスにコンピューターによりアクセスすることと、コンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体上に格納された少なくとも１つの眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーにコンピューターによりアクセスすることと、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーをコンピューターにより複数のインスタンスと比較することと、複数のインスタンスのそれぞれにコンピューターにより関連性スコアを割り当てることと、眼窩周囲色素異常症の処置に可能性のある剤を同定することと（例えば、陰性の関連性スコアを有するインスタンスに関連付けられる少なくとも１つの摂動因子を同定する）を含む。方法は、可能性のある処置剤を含むパーソナルケア組成物を処方することを更に含む。関連性スコアは、上方スコアと下方スコアとの組み合わせであり、上方スコアは、遺伝子発現シグネチャーの上方制御された遺伝子とインスタンスの上方制御された遺伝子との間の相関を表し、下方スコアは、遺伝子発現シグネチャーの下方制御された遺伝子とインスタンスの下方制御された遺伝子との間の相関を表す。上方スコア及び下方スコアは、例えば、＋１〜−１の値を有する。上方スコア（及び下方スコア）については、高陽性値は、インスタンスの対応する摂動因子が、遺伝子発現シグネチャーの上方制御された（又は下方制御された）遺伝子に対して特異的なマイクロアレイプローブに対応する遺伝子の発現を誘発することを示す。高陰性値は、インスタンスに関連付けられた対応する摂動因子が、遺伝子シグネチャーの上方制御された（下方制御された）遺伝子に対して特異的なマイクロアレイプローブに関連付けられた遺伝子の発現を抑制された（下方制御された）ことを示す。上方スコアは、上方制御された遺伝子を含む遺伝子発現シグネチャーの上方リストのそれぞれの識別子（例えば、表１、３、５、７、９、及び１１、並びに図８、９、及び１０のリスト９３、９７、及び１０７）を、順位付けられたインスタンスリストと比較することによって計算することができ、一方で、下方スコアは、下方制御された遺伝子を含む遺伝子シグネチャーの下方リストのそれぞれの識別子（例えば、表２、４、６、８、１０、及び１２、並びに図８、９、及び１０の下方リスト９５、９９、及び１０９）を、順位付けられたインスタンスリストと比較することによって計算することができる。これらの実施形態では、遺伝子発現シグネチャーは、上方リスト及び下方リストの組み合わせを含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、関連性スコアの値は、＋２（最も陽性の関連性）〜−２（最も陰性の関連性）の範囲であってもよく、関連性スコア（例えば、図８、９、及び１０の１０１、１０３、及び１０５）は、遺伝子シグネチャーのそれぞれの識別子を順位付けされたインスタンスリストの識別子と比較することによって得られる、上方スコア（例えば、図８、９、及び１０の１１１、１１３、１１５）と下方スコア（例えば、図８、９、及び１０の１１７、１１９、１２１）との組み合わせである。他の実施形態では、関連性の範囲は、＋１〜−１であってもよい。上方スコア及び下方スコア、並びに／又は関連性スコアによって表される遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの間の一致の強さは、当該技術分野において既知の１つ以上の手法によって得ることができ、これにはパラメトリック手法及び非パラメトリック手法が含まれるが、これらに限定されない。パラメトリックな手法の例としては、ピアソン相関（又はピアソンｒ）及びコサイン相関が挙げられる。非パラメトリックな手法の例としては、スピアマンのランク（又はランク順位序）相関、ケンドールのタウ相関、及びガンマ統計が挙げられる。所望により、前提条件を排除する目的で、全てのプロファイルが同一のマイクロアレイプラットフォーム上で生成され、非パラメトリックでコルモゴロフ・スミルノフ統計に基づく序列に基づいたパターン一致戦略（Ｍ．Ｈｏｌｌａｎｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．「Ｎｏｎｐａｒａｍｅｔｒｉｃ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ」；Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｅｄ．２，１９９９を参照のこと）（例えば、１７８ページ〜１８５ページを参照のこと）が使用される。しかしながら、全ての発現プロファイルが単一の技術プラットフォームに由来する場合、従来の相関手段、例えばピアソンの相関係数を用いて、類似の結果が得られる場合があることに留意されたい。
【００７８】
特定の実施形態では、本明細書に記載の方法及びシステムは、コルモゴロフ・スミルノフ統計に基づく、非パラメトリックで、序列に基づいたパターン一致戦略を使用可能である。この統計は、遺伝子プロファイリングデータについて精密化されており、Ｇｅｎｅ  Ｓｅｔ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＳＥＡ）として知られている（例えば、Ｌａｍｂ  ｅｔ  ａｌ．２００６  ａｎｄ  Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ．Ｓ．Ａ，１０２，１５５４５〜１５５５０を参照されたい）。各インスタンスに関し、下方スコアは、クエリのうちの下方制御された遺伝子とインスタンスとの一致を反映するように計算され、上方スコアは、クエリのうちの上方制御された遺伝子とインスタンスとの相関を反映するように計算される。特定の実施形態では、下方スコア及び上方スコアはそれぞれ、−１〜＋１の範囲であってもよい。組み合わせにより、クエリシグネチャーとインスタンスとの間の全体的な一致について強度が表される。
【００７９】
上方スコア及び下方スコアの組み合わせは、それぞれのインスタンスに対する全体的な関連性スコアを計算するために使用され、上方及び下方スコアの範囲が−１〜＋１に設定される実施形態において、関連性スコアは、−２〜＋２の範囲になり、クエリの遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの間の一致の強度を表す。総合したスコアの符号は、インスタンスがシグネチャーに対して陽性に関連するか、陰性に関連するかによって決定される。陽性の関連性は、インスタンスに関連付けられる摂動因子が、シグネチャーの上方リスト中の遺伝子を上方制御し、下方リスト中の遺伝子を下方制御する傾向にあるときに生じる。反対に、陰性の関連性は、摂動因子が、上方及び下方シグネチャー遺伝子発現変化を逆転させる傾向にあるときに生じる。関連性スコアの大きさは、上方及び下方スコアが異なる符号を有するとき、上方及び下方スコアの絶対値の和である。高陽性の関連性スコアは、摂動因子がクエリの遺伝子発現シグネチャーに関連付けられる状態を誘導する傾向を有することになると予測し、高陰性の関連性スコアは、摂動因子がクエリの遺伝子発現シグネチャーに関連付けられる状態を逆転させるであろうことを予測する。ゼロのスコアは、上方及び下方スコアが同一のサインを有する場合に割り当てられ、摂動因子が、状態遺伝子発現シグネチャーに対して一貫した影響を有さなかったことを示す（例えば、上方及び下方リストの両方の上方制御）。
【００８０】
Ｌａｍｂら（２００６）によると、観察される関連性の統計的有意性を推測するための基準は存在しない。関連を検出する能力は、多くのレプリケートを有する化合物の場合により高くなる場合がある。この文脈におけるレプリケートとは、同一の摂動因子が複数回プロファイリングされることを意味する。それぞれのバッチで摂動因子を多数回プロファイリングすると、バッチ間の変動が減少する。マイクロアレイ実験は、強いバッチ効果を有する傾向があるため、関連性スコアが有意義かつ再現可能であるという信頼性を高めるために、異なるバッチ（すなわち、実験）において所望によりインスタンスは反復される。
【００８１】
それぞれのインスタンスは、クエリの遺伝子発現シグネチャーに対する関連性スコアによってランクを順位付けされてもよく、結果として得られるランクを順位付けされたリストは、データの視覚化を可能にする任意の好適なソフトウェア及びコンピューターハードウェアを使用して、ユーザーに表示される。
【００８２】
いくつかの実施形態では、本方法は、表示されたインスタンスのランクを順位付けされたリストから、（ｉ）対象のインスタンスに関連付けられる１つ以上の摂動因子（それによって、クエリシグネチャーに記載される複数の遺伝子の活性化又は抑制を１つ以上の摂動因子と相関させる）；（ｉｉ）任意の対象のインスタンスに関連付けられる差次的に発現された遺伝子（それによって、そのような遺伝子を、１つ以上の摂動因子、対象の眼窩周囲色素異常症、又はそれら双方と相関させる）；（ｉｉｉ）任意の対象のインスタンス（これによって、差次的に発現された遺伝子、１つ以上の摂動因子、及び対象の眼窩周囲色素異常症の状態のうちの１つ以上と細胞を相関させる）に関連付けられる細胞；又は（ｉｖ）それらの組み合わせ、を同定することを含んでもよい。インスタンスに関連付けられる摂動因子を、そのインスタンスのデータベースに格納されたメタデータから特定してもよい。しかしながら、当業者は、インスタンスに対する摂動因子のデータが、他の手段中に、及び他の手段によって取り出し可能に記憶されてもよいことを理解するであろう。特定された摂動因子が、クエリの遺伝子発現シグネチャー中にリストされる遺伝子の活性化又は阻害に統計的に相関するため、及びクエリの遺伝子発現シグネチャーが、生物学的状態（例えば、対象となる眼窩周囲色素異常症）に対するプロキシであるため、特定された摂動因子は、新しい美容成分のため、既知の美容成分の新しい使用のため、又は既知の使用に対する既知の剤の有効性を評価するための候補となる場合がある。
【００８３】
図８、９、及び１０は、１つ以上の遺伝子発現シグネチャー９０、９４、及び１０８によりインスタンス１０４、８８、及び１１２を問い合わせする方法例の概略図である。大まかに言えば、方法は、１つ以上の遺伝子シグネチャー（例えば、眼窩周囲色素異常症遺伝子発現シグネチャーの遺伝子発現シグネチャー）で、格納されたインスタンス（例えば、皮膚インスタンス）のデータアーキテクチャを問い合わせすることと、インスタンス内で、遺伝子発現シグネチャー遺伝子が、制御された遺伝子とどの程度強く一致するかを求めるために統計的な方法を適用することと、を含む。陽性の関連性は、インスタンス中の上方制御された遺伝子の中で、上方制御された遺伝子発現シグネチャーリスト中の遺伝子が富化されている場合、及びインスタンス中の下方制御された遺伝子の中で、下方制御された遺伝子発現シグネチャーリスト中の遺伝子が富化されている場合に生じる。一方、インスタンスの下方制御された遺伝子の中に遺伝子発現シグネチャーの上方制御された遺伝子が主に認められる場合、及びその逆の場合には、これは陰性の関連性としてスコアされる。
【００８４】
図８は、シグネチャー９０及びインスタンス１０４の陽性の相関についての極端な例の概略図である。インスタンス１０４は、最も上方制御されたもの（すなわち、Ｘ1）から最も下方制御されたもの（すなわち、Ｘ8）へと順位付けされたプローブＩＤ  １０２を含む。この例では、上方リスト９７及び下方リスト９９を含む、遺伝子シグネチャー９０のプローブＩＤ  １００（例えば、Ｘ1、Ｘ2  Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｘ6、Ｘ7、Ｘ8）は、インスタンス１０４の最も上方制御及び下方制御されたプローブＩＤ  １０２のそれぞれと、１対１の陽性の一致を有する。
【００８５】
図９は、シグネチャー９４と、プローブＩＤ  １００及び１０２を含むインスタンス９４及びインスタンス８８との間の陰性の関連性の極端な例を概略的に図示し、インスタンス８８のプローブＩＤ  １０２は、最も上方制御されたもの（すなわち、Ｘ8）から最も下方制御されたもの（すなわち、Ｘ1）へと順位付けられる。この例では、上方リスト９３のプローブＩＤ  １００（すなわち、Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4．．．）は、インスタンス８８のうち最も下方制御されたプローブＩＤ  １０２と正確に対応し、下方リスト９５のプローブＩＤ  １００（すなわち、Ｘ5、Ｘ6、Ｘ7、Ｘ8．．．）は、インスタンス８８のうち最も上方制御されたプローブＩＤ  １０２と正確に対応する。
【００８６】
図１０には、中立的関連性の極端な例の概略図を示す。中立的関連性では、インスタンス１１２の上方及び下方制御された遺伝子の間に、シグネチャー１０８の上方及び下方制御された遺伝子の一貫した強化が、陽性又は陰性のいずれについても存在しない。したがって、遺伝子シグネチャー１０８（上方リスト１０７及び下方リスト１０９を含む）のプローブＩＤ  １００（例えば、Ｘ1、Ｘ2  Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｘ6、Ｘ7、Ｘ8）は、インスタンス１１２のプローブＩＤ  １０２を有するランクに対して分散され、インスタンス１１２のプローブＩＤ  １０２は、最も上方制御されたもの（すなわち、Ｘ1）から下方制御されたもの（すなわち、Ｘ8）へと順位付けられる。本明細書におけるいくつかの実施例では、遺伝子シグネチャーが皮膚状態の最も顕著に上方制御及び下方制御された遺伝子を表す「上方リスト」及び「下方リスト」の両方を含む場合のプロセスを例示しているが、対象の状態に関連付けられる、生体に特有の主要な現象が、主に一方向への遺伝子制御を示すときに、遺伝子シグネチャーが上方リストのみ又は下方リストのみを含んでもよいことが意図される。
【００８７】
摂動因子による影響の評価
本明細書に記載の遺伝子発現シグネチャーは、摂動因子と、眼窩周囲色素異常症の外観との関係性を同定するのに、すなわち、摂動因子が、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に関し１つ以上の点でスキンヘルスを調節するかを判定するのに有用である。例えば、眼窩周囲色素異常症遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型の外観を改善する剤を同定するのに有用であるのに加え、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に対する活性について、候補となる皮膚有効成分を評価するのに有用である。実際、本発明の材料及び方法は、材料及び方法の数十、数百、数千という数の活性剤の候補をコンピューターによりスクリーニングして、例えば、インビトロ及びエクスビボ法を使用して更に評価するための候補を同定するのに役立つ。関連性マッピングにより、表現形に関連付けられる遺伝子発現と、摂動因子に対する細胞応答との機能的な関連性が発見される（例えば、Ｈｕｇｈｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１０２，１０９〜１２６（２０００）；並びにＬａｍｂ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１３，１９２９〜３５（２００６）を参照されたい）。この観点から、本明細書に記載のシステム及び方法は、関連性マッピングを利用することで、異なる類型の眼窩周囲色素異常症に関連付けられる症状の軽減及び寛解について、可能性のある有効成分の効果を予測することができる。
【００８８】
ある種の実施形態では、本方法は、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーのインスタンスが格納されたデータアーキテクチャを問い合わせすることを含み、それぞれの格納されたインスタンスは摂動因子に関連付けられる。問い合わせは、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーをそれぞれの格納された皮膚インスタンスと比較することを含む（すなわち、遺伝子発現シグネチャーの遺伝子発現シグネチャーリスト内のそれぞれの識別子をそれぞれのインスタンスリスト内の同一の識別子の位置と比較する）。任意選択的に、本方法は、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に関連付けられる生物学的な状態に影響を与える摂動因子に関連付けられるインスタンスを格納しているデータアーキテクチャに問い合わせすることを含む。所望により、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーの、それぞれの格納された皮膚インスタンスに対する比較は、関連性スコアを複数のインスタンスのそれぞれに割り当てることも含む。様々な態様では、方法は、陰性の関連性スコア（遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの負の相関を表す）を有するインスタンスを同定すること、及び／又は陽性の関連性スコア（遺伝子発現シグネチャーとインスタンスとの正の相関を表す）を有するインスタンスを同定することを更に含む。方法は、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型を処置するために組成物を配合することも含み、この組成物は、皮膚科学的に許容され得る担体と、識別するインスタンスに関連付けられる摂動因子とを含む。
【００８９】
美容組成物及びパーソナルケア製品
本明細書において、スキンケア組成物を配合する方法も提供される。方法は、コンピューターにより読み取り可能な少なくとも１つの媒体上に格納された、複数のインスタンスにアクセスすることを含み、各インスタンスは、摂動因子（及び任意選択的に皮膚細胞型）と関連し、かつ上方制御された遺伝子及び下方制御された遺伝子を表す複数の識別子の順位付きリストを含む。方法は、コンピューターにより読み取り可能な媒体上に格納された、眼窩周囲色素異常症の少なくとも１つの遺伝子発現シグネチャーにアクセスすることを更に含む。眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーは、眼窩周囲色素異常症の類型に関連付けられる、複数の上方制御された遺伝子及び複数の下方制御された遺伝子を表す複数の識別子を含む１つ以上の遺伝子発現シグネチャーリストを含む。眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーは、複数のインスタンスと比較され、比較は、１つ以上の遺伝子発現シグネチャーリスト内のそれぞれの識別子を、複数のインスタンスのそれぞれに対する順位付けされたリスト内の同一の識別子の順位と比較することとを含み、関連性スコアは、複数のインスタンスのそれぞれに割り当てられる。該方法は、皮膚科学的に許容され得る担体と、少なくとも１つの摂動因子とを含むスキンケア組成物を処方することを更に含み、少なくとも１つの摂動因子に関連付けられるインスタンスの関連性スコアは、陰性である（すなわち、インスタンスとクエリの遺伝子発現シグネチャーとの間に負の相関がある）。
【００９０】
一般に、眼窩周囲色素異常症の外見を軽減することについて識別された活性成分は、当業界で周知の美容組成物及び配合パラメーターを順守して塗布することができる。ある種の実施形態では、眼窩周囲色素異常症は、概して適切なパーソナルケア製品の局所塗布により処置することができる。パーソナルケア製品の塗布は、眼窩周囲の領域に限定されてもよく、又は顔のその他の部位若しくは更には例えば、より広範な美容法の一部として、顔全体に塗布されてもよい。パーソナルケア製品は、本明細書に記載のスクリーニング法により識別される１つ以上の被験成分若しくは化合物を含む美容組成物の形態であってよい。ある種の実施形態では、美容組成物は、皮膚科学的に許容され得る担体、試験薬剤、及び提供される特定の美容組成物に一般的に含まれる種類の１つ以上の任意の成分を含んでもよい。
【００９１】
皮膚科学的に許容され得る担体は、ヒトの皮膚組織と接触させて使用するのに安全なものであるべきである。好適な担体としては、水及び／又は水混和性溶剤が挙げられ得る。美容組成物は、約１重量％〜約９５重量％の水及び／又は水混和性溶剤を含んでもよい。組成物は、約１％、３％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、又は８５％〜約９０％、８５％，８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、又は５％の水及び／又は水混和性溶剤を含んでもよい。好適な水混和性溶剤には、一価アルコール、二価アルコール、多価アルコール、グリセロール、グリコール、ポリエチレングリコール等のポリアルキレングリコール、及びこれらの混合物が含まれる。美容組成物が乳状液の形態であるとき、水及び／又は水混和性溶剤は典型的に、水相に関連付けられる担体である。
【００９２】
好適な担体としては、油も挙げられる。スキンケア組成物は、約１重量％〜約９５重量％の１つ以上の油を含んでもよい。組成物は、約０．１％、０．５％、１％、２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％，８０％、８５％、又は９０％〜約９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、又は３％の１つ以上の油を含んでもよい。成分を可溶化、分散、又は保持させるために油を使用することもできる。好適な油としては、シリコーン、炭化水素、エステル、アミド、エーテル、及びこれらの混合物が挙げられる。油は、揮発性又は不揮発性であってよい。
【００９３】
好適なシリコーン油としては、ポリシロキサンが挙げられる。市販のポリシロキサンとしては、ジメチコンとしても既知である、ポリジメチルシロキサンが挙げられ、その例としては、信越シリコーン製のＤＭ−Ｆｌｕｉｄシリーズ、Ｍｏｍｅｎｔｉｖｅ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｍａｔｅｒｉａｌｓ  Ｉｎｃ．から販売されているＶｉｃａｓｉｌ（登録商標）シリーズ、及びＤｏｗ  Ｃｏｒｎｉｎｇ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎから販売されているＤｏｗ  Ｃｏｒｎｉｎｇ（登録商標）２００シリーズが挙げられる。好適なポリジメチルシロキサンの具体例としては、０．６５、１．５、５０、１００、３５０、１０，０００、１２，５００  １００，０００、及び３００，０００センチストークの粘度を有する、Ｄｏｗ  Ｃｏｒｎｉｎｇ（登録商標）２００フルイド（Ｘｉａｍｅｔｅｒ（登録商標）ＰＭＸ−２００シリコーンフルイドとしても販売）が挙げられる。
【００９４】
好適な炭化水素油としては、直鎖、分枝鎖、又は環状のアルカン及びアルケンが挙げられる。鎖長は、揮発性等の所望の機能特性に基づき選択してよい。好適な揮発性炭化水素は、５〜２０個の炭素原子、あるいは、８〜１６個の炭素原子を有してもよい。
【００９５】
他の好適な油としては、エステルが挙げられる。好適なエステルは、典型的には、少なくとも１０個の炭素原子を含有する。これらのエステルとしては、脂肪酸又はアルコールに由来するヒドロカルビル鎖とのエステル（例えば、モノエステル、多価アルコールエステル、及びジ及びトリカルボン酸エステル）が挙げられる。このエステルのヒドロカルビル基は、アミド及びアルコキシ部分（例えば、エトキシ又はエーテル結合など）のような他の適合性のある官能基を共有結合により含んでよく、又はこのようなヒドロカルビルラジカルをこうした官能基へ共有結合させてもよい。
【００９６】
他の好適な油としては、アミドが挙げられる。アミドとしては、２５℃で液体であり、水に不溶性である、アミド官能基を有する化合物が挙げられる。好適なアミドとしては、Ｎ−アセチル−Ｎ−ブチルアミノプロピオネート、イソプロピルＮ−ラウロイルサルコシナート、及びＮ，Ｎ，−ジエチルトルアミドが挙げられる。他の好適なアミドは、米国特許第６，８７２，４０１号に開示される。
【００９７】
他の好適な油としては、エーテルが挙げられる。好適なエーテルとしては、多価アルコールの飽和及び不飽和脂肪族エーテル、並びにこれらのアルコキシル化誘導体が挙げられる。例示的なエーテルとしては、ポリプロピレングリコールのＣ4〜20アルキルエーテル、及びジ−Ｃ8〜30アルキルエーテルが挙げられる。これらの物質の好適な例としては、ＰＰＧ−１４ブチルエーテル、ＰＰＧ−１５ステアリルエーテル、ジオクチルエーテル、ドデシルオクチルエーテル、及びこれらの混合物が挙げられる。
【００９８】
美容組成物は乳化剤を含んでもよい。乳化剤は、組成物が乳状液の形態であるとき、又は不混和性物質が混合されているときに、特に好適である。美容組成物は、約０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．５％、又は１％〜約２０％、１０％、５％、３％、２％、又は１％の乳化剤を含んでもよい。乳化剤は、非イオン性、陰イオン性、又は陽イオン性であってよい。乳化剤の非限定的な例は、米国特許第３，７５５，５６０号、同第４，４２１，７６９号、及びＭ．Ｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．から発行されたＭｃＣｕｔｃｈｅｏｎ’ｓ，Ｅｍｕｌｓｉｆｉｅｒｓ  ａｎｄ  Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ，２０１０  Ａｎｎｕａｌ  Ｅｄ．に開示されている。他の好適な乳化剤は、Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｃａｒｅ  Ｐｒｏｄｕｃｔ  Ｃｏｕｎｃｉｌ’ｓ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｓｍｅｔｉｃ  Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ａｎｄ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ，Ｔｈｉｒｔｅｅｎｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００６（「Ｓｕｒｆａｃｔａｎｔｓ−Ｅｍｕｌｓｉｆｙｉｎｇ  Ａｇｅｎｔｓ」の機能的カテゴリー下）で更に説明される。
【００９９】
直鎖又は分枝鎖型シリコーン乳化剤もまた、使用してよい。特に有用なポリエーテル修飾シリコーンとしては、信越シリコーンのＫＦ−６０１１、ＫＦ−６０１２、ＫＦ−６０１３、ＫＦ−６０１５、ＫＦ−６０１５、ＫＦ−６０１７、ＫＦ−６０４３、ＫＦ−６０２８、及びＫＦ−６０３８が挙げられる。また、特に有用なものは、信越シリコーンのＫＦ−６１００、ＫＦ−６１０４、及びＫＦ−６１０５を含むポリグリセロール化直鎖又は分枝鎖シロキサン乳化剤である。また、乳化剤としては、乳化シリコーンエラストマーも挙げられる。好適なシリコーンエラストマーは、粉末形態であってもよく、又は揮発性若しくは不揮発性シリコーン等の溶媒、又はパラフィン系炭化水素若しくはエステル等のシリコーン相容性媒質中に分散又は可溶化されてもよい。好適な乳化性シリコーンエラストマーとしては、少なくとも１つのポリアルキルエーテル又はポリグリセロール化単位を挙げることができる。
【０１００】
美容組成物の粘度を上昇させる、増粘させる、固化させる、又はこれを固体若しくは結晶構造にするために、構造剤を使用してもよい。構造化剤は、典型的には、溶解性、分散性、又は相適合性に基づき分類される。水性又は水構造化剤の例としては、高分子剤、天然又は合成ゴム、多糖類等が挙げられる。一実施形態では、組成物は、組成物の重量で約０．０００１％、０．００１％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、５％〜約２５％、２０％、１０％、７％、５％、４％、又は２％の１つ以上の構造化剤を含んでもよい。
【０１０１】
多糖類及びゴムは、好適な水相濃化剤であってもよい。ポリマー構造化剤の好適なクラスとしては、カルボン酸ポリマー、ポリアクリルアミドポリマー、スルホン酸化ポリマー、高分子量ポリアルキルグリコール又はポリグリセリン、これらのコポリマー、これらの疎水的に修飾された誘導体、及びこれらの混合物が挙げられるがこれらに限定されない。シリコーンガムは、別の油相構造剤である。別の種類の油相構造化剤としては、シリコーンワックスが挙げられる。シリコーンワックスは、アルキルシリコーンワックスと称されてもよく、それらは、室温で半固体又は固体である。他の油相構造化剤は、動物性、植物性、又はミネラルワックス等、１種以上の天然又は合成ワックスであってもよい。
【０１０２】
美容組成物は、概して、局所美容組成物及びパーソナルケア組成物の技術分野で既知の従来法により調製することができる。かかる方法は、典型的には、加熱、冷却、真空の適用等を用いて、又はそれらを用いずに、１つ以上の工程で、成分を比較的均一な状態になるまで混合する工程を伴う。典型的には、エマルションは、最初に水相成分を脂肪相成分とは分けて混合し、その後２相を適宜組み合わせて、所望の連続層を得ることにより調製される。組成物は、好ましくは、安定性（物理的安定性、化学的安定性、光安定性等）及び／又は活性成分の送達を最適化するように調製される。本組成物は、治療期間にわたって十分な量の組成物を保存するようにサイズ設計されたパッケージで提供されてもよい。パッケージの大きさ、形状、及び設計は様々に変更することができる。ある種のパッケージ例は、ＵＳＰＮ  Ｄ５７０，７０７；Ｄ３９１，１６２；Ｄ５１６，４３６；Ｄ５３５，１９１；Ｄ５４２，６６０；Ｄ５４７，１９３；Ｄ５４７，６６１；Ｄ５５８，５９１；Ｄ５６３，２２１；２００９／００１７０８０；２００７／０２０５２２６；及び２００７／００４０３０６に記載されている。
【実施例】
【０１０３】
実施例１−眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーの抽出
本例では、熟練の検査官により１型、２型、若しくは３型の眼窩周囲色素異常症に罹患している又は眼窩周囲色素異常症に罹患していない（「色素異常症ではない」）と分類された、１８歳齢から４５歳齢の女性被験者の生検標本をもとに、遺伝子発現プロファイル及びそれらの表現形を評価した。１３名の被験者は１型の眼窩周囲色素異常症に罹患しているものと分類され、１４名の被験者は２型の眼窩周囲色素異常症に罹患しているものと分類され、７名の被験者は３型の眼窩周囲色素異常症に罹患しているものと分類され、８名の被験者は色素異常症に罹患していないものとして分類された。各被験者の、瞳孔におよそ沿った、色素異常症が生じた下眼瞼領域と、下瞼に隣接した顔側面の生え際の、色素異常症が生じていない領域（すなわち、皮膚の色素沈着が見られない）とから２ｍｍの生検を採取した。生検標本を採取し、保存し、適切な従来法により薄片を切り出した。生検標本を採取し、切り出し、保管し、及び／又は標本を染色する方法についての好適な例は、２０１３年３月１５日にＯｓｏｒｉｏらが出願した米国特許仮出願第６１／７９８，２０８号に記載されている。本例では、製造元の使用説明書に従い、ＰＡＬＭ  Ｍｉｃｒｏｂｅａｍ  ＩＶ（商標）ブランドのレーザー・キャプチャー・マイクロダイセクション（「ＬＣＭ」）システム（Ｃａｒｌ  Ｚｅｉｓｓ  ＭｉｃｒｏＩｍａｇｉｎｇ  ＧｍｂＨ，Ｇｅｒｍａｎｙから入手可能）により、表皮層及び真皮層の生検標本を分離した。
【０１０４】
切り出した生検標本からの表皮層及び真皮層の分離後、各層にＲＮＡ抽出を行った。本例では、ＲＮＡは、製造元の推奨に従いＡＲＣＴＵＲＳ  ＰＩＣＯＰＵＲＥブランドのキットにより表皮層及び真皮層から抽出した。ＲＮＡの定量及び品質保証はＡＧＩＬＥＮＣＥ  ２１００バイオアナライザーを用い行った。もちろん、組織標本からＲＮＡを抽出するに当たり当業界で知られる任意の好適な手法を使用できることは認識されたい。次に、抽出したＲＮＡをＧｅｎｅＴｉｔａｎ  Ｕ２１９ブランドのマイクロアレイにかけ、発現していた遺伝子を特定した。２標本ｔ検定を実施して、眼窩周囲に色素異常症を生じている群と、対照群との差を評価した。マイクロアレイデータの統計解析を行い、眼窩周囲色素異常症の遺伝子発現シグネチャーを抽出した。統計解析の概要を以下に記載する。以下に提供する統計解析は、マイクロアレイデータから遺伝子シグネチャーを生成するのに好適な手法であるものの、当該技術分野で既知のその他の統計法も本明細書での使用に好適であり得る。
【０１０５】
統計解析
全てのプローブセットは、統計的尺度を使用して、上方制御及び下方制御されたセットの組み合わせとしてソートされる。本例では、ｔ検定を使用してｐ値を計算した。ｐ値は常に正であることから、このｔ統計の値（正及び負）を使用してリストをソートする。ソートされたｔ統計量により、最も有意なｐ値を有するセットがリストの最上部及び最下部に、有意ではないものを有するセットが中間付近に配置される。
【０１０６】
状態シグネチャーの生成
データを組織化するのに好適なソフトウェアを使用して、発現していない又はノイズとなる遺伝子をフィルターした。
【０１０７】
遺伝子発現の平均値が低すぎる場合（下位３０％）、この遺伝子は解析を開始する前に除外する。本例の遺伝子シグネチャーに関しては、遺伝子の平均発現値は上位７０％にするべきである。
【０１０８】
統計的尺度に準じたフィルター
選別工程を用い、統計的に有意でないプローブを排除した。これには、例えば、ｔ検定のｐ値、ＡＮＯＶＡ、相関係数、又はその他の好適なモデル系解析などの好適な統計的手法を使用することが望ましい。対象の生物学的状態に特徴的な遺伝子の選別を可能にするため、適切な対照と比較して、統計的有意性についてのなんらかの妥当なカットオフ（例えば、ｐ≦０．０５、０．０１、０．００１、又は更には≦０．０００１以下）を満たす遺伝子に遺伝子シグネチャーリストを限定することが重要である。リストの限定は、測定値周囲のノイズを考慮しない倍数変化値を使用するよりも好ましい。例えば、ｐ値が統計的尺度として選択されてもよく、ｐ≦０．０５のカットオフ値が選択されてもよい。遺伝子発現の変化の方向性（つまり、上方又は下方制御）を示し、並びに統計的有意性を提供することから、ｔ統計量を用いてシグネチャー中のプローブセットを選別した。
【０１０９】
工程３：倍数変化によるフィルター
プローブセットを倍数変化により更にフィルターすることができる。例えば、倍数変化１．１又は１．０５超を、上方制御された遺伝子及び下方制御された遺伝子の両方に利用することができる（（色素異常症者の平均／非色素異常症者の平均））。
【０１１０】
工程４：ｐ値及び倍数変化による遺伝子のランク付け
最初に、ｐ値の上昇をもとに遺伝子をランク付けする。多数の遺伝子が同じｐ値を有する場合、倍数変化をもとにそれらを分ける／ランク付けする。上方制御されたシグネチャー遺伝子に関しては倍数評価は降順にランク付けし、下方制御されたシグネチャー遺伝子に関しては昇順にランク付けする。ＣＭａｐシグネチャー遺伝子として上位にランク付けされた遺伝子を選別する（これを２回行い上方及び下方制御を選別することができる）。
【０１１１】
遺伝子発現シグネチャーの作成
作成された、フィルター及びソート済みのリストを用い、上位及び下位から好適な数のプローブセットを選別して、好ましくは、上位から選別されるセットを下位から選別されるものとほぼ同数有する遺伝子発現シグネチャーを作成する。例えば、作製される遺伝子発現シグネチャーは、チップ上のプローブセットに対応して少なくとも１０、５０、１００、２００、又は３００遺伝子、及び／又は８００、６００、又は約４００遺伝子未満を有し得る。プローブセットの数は、遺伝子の数に近似的に対応するが、単一の遺伝子は、２つ以上のプローブセットによって表されてもよい。本明細書で使用するとき、語句「遺伝子の数」が語句「プローブセットの数」と概ね一致することは理解される。シグネチャー中に含まれる遺伝子の数は、シグネチャーを使用して、提供されたデータベースに問い合わせを行うときに、上方及び下方制御された遺伝子間で均等に分割される、２００〜８００のプローブセットを有する、示されたシグネチャーが、トップスコア化学物質インスタンスに関して安定した結果を提供するという予備試験における観察に基づいた。
【０１１２】
Ｂｉｎｄｅｒらにより２０１２年２月２２日に出願された米国特許公開公報第２０１２／０２８３１１２号、発明の名称「スキンケア組成物用の美容成分を同定するためのシステム及び方法」；２０１２年３月３０日にＨａｋｏｚａｋｉらにより出願された米国特許出願第１３／８５１，８８６号、発明の名称「皮膚が色素沈着している状態及び疾患を処置するのに効果的であり皮膚に有効な成分を同定及び評価するためのシステム、モデル、及び方法」、並びに２０１２年８月１５日に出願された米国特許仮出願第６１／６８３，６６７号、発明の名称「皮膚疾患のアレイを処置するのに効果的であり皮膚に有効な成分を同定及び評価するためのシステム、モデル、及び方法」は、遺伝子発現プロファイルを生成する方法の好適な非限定例を開示している。
【０１１３】
下表１〜表１２は、眼窩周囲の１型、２型、及び３型の各色素異常症に関連付けられる遺伝子発現シグネチャーを、色素異常症ではない標本（対照）の遺伝子発現シグネチャーと比較して示す。生検法により得られた下瞼の生検標本からＲＮＡを抽出し、遺伝子発現データを得た。ｐ値０．０５未満の上方制御又は下方制御、及び１．１超の倍数変化が示された遺伝子のみを示す。表１は、１型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表２は、１型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表３は、１型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表４は、１型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表５は、２型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表６は、２型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表７は、２型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位７１を示す。表８は、２型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表９は、３型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表１０は、３型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の表皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表１１は、３型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され上方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。表１２は、３型の眼窩周囲色素異常症を有するものとして特定された対象の真皮において発現され下方制御されていた遺伝子の上位１００を示す。本明細書において、眼窩周囲色素異常症遺伝子発現シグネチャーは、所望により、表１〜１２に記載されており眼窩周囲色素異常症の各類型に共通するほとんどの上方及び下方制御された遺伝子を表す上方制御された遺伝子及び／又は下方制御された遺伝子の約８０％〜約１００％を含み得る。
【０１１４】
【表１−１】
2016530886.tif 000003
【０１１５】
【表１−２】
2016530886.tif 000004
【０１１６】
【表１−３】
2016530886.tif 000005
【０１１７】
【表１−４】
2016530886.tif 000006
【０１１８】
【表１−５】
2016530886.tif 000007
【０１１９】
【表２−１】
2016530886.tif 000008
【０１２０】
【表２−２】
2016530886.tif 000009
【０１２１】
【表２−３】
2016530886.tif 000010
【０１２２】
【表２−４】
2016530886.tif 000011
【０１２３】
【表２−５】
2016530886.tif 000012
【０１２４】
【表３−１】
2016530886.tif 000013
【０１２５】
【表３−２】
2016530886.tif 000014
【０１２６】
【表３−３】
2016530886.tif 000015
【０１２７】
【表３−４】
2016530886.tif 000016
【０１２８】
【表３−５】
2016530886.tif 000017
【０１２９】
【表４−１】
2016530886.tif 000018
【０１３０】
【表４−２】
2016530886.tif 000019
【０１３１】
【表４−３】
2016530886.tif 000020
【０１３２】
【表４−４】
2016530886.tif 000021
【０１３３】
【表５−１】
2016530886.tif 000022
【０１３４】
【表５−２】
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【０１３５】
【表５−３】
2016530886.tif 000024
【０１３６】
【表５−４】
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【０１３７】
【表５−５】
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【０１３８】
【表６−１】
2016530886.tif 000027
【０１３９】
【表６−２】
2016530886.tif 000028
【０１４０】
【表６−３】
2016530886.tif 000029
【０１４１】
【表６−４】
2016530886.tif 000030
【０１４２】
【表６−５】
2016530886.tif 000031
【０１４３】
【表７−１】
2016530886.tif 000032
【０１４４】
【表７−２】
2016530886.tif 000033
【０１４５】
【表７−３】
2016530886.tif 000034
【０１４６】
【表８−１】
2016530886.tif 000035
【０１４７】
【表８−２】
2016530886.tif 000036
【０１４８】
【表８−３】
2016530886.tif 000037
【０１４９】
【表８−４】
2016530886.tif 000038
【０１５０】
【表９−１】
2016530886.tif 000039
【０１５１】
【表９−２】
2016530886.tif 000040
【０１５２】
【表９−３】
2016530886.tif 000041
【０１５３】
【表９−４】
2016530886.tif 000042
【０１５４】
【表９−５】
2016530886.tif 000043
【０１５５】
【表１０−１】
2016530886.tif 000044
【０１５６】
【表１０−２】
2016530886.tif 000045
【０１５７】
【表１０−３】
2016530886.tif 000046
【０１５８】
【表１０−４】
2016530886.tif 000047
【０１５９】
【表１０−５】
2016530886.tif 000048
【０１６０】
【表１１−１】
2016530886.tif 000049
【０１６１】
【表１１−２】
2016530886.tif 000050
【０１６２】
【表１１−３】
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【０１６３】
【表１１−４】
2016530886.tif 000052
【０１６４】
【表１２−１】
2016530886.tif 000053
【０１６５】
【表１２−２】
2016530886.tif 000054
【０１６６】
【表１２−３】
2016530886.tif 000055
【０１６７】
【表１２−４】
2016530886.tif 000056
【０１６８】
【表１２−５】
2016530886.tif 000057
【０１６９】
実施例２−テーママッピング
本例は、遺伝子発現シグネチャーを生物学的なプロセスグリッド又は遺伝子オントロジーに対してマッピングして、生理学的なテーマパターンを得ることを示す。以下表１３に、１型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の表皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスについての用語を示す。表１３に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表１及び２に示す。最も有意なテーマのみを示す（ｐ≦１×１０-2〜ｐ、１×１０-5）。上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。用語列における同定レベル（すなわち、各用語の前に配置されたドットの数）は、概して、ＧＯ階層におけるレベル、及び用語間の親／子関係を示す。
【０１７０】
【表１３】
2016530886.tif 000058
*ｐ値１×１０-2〜１×１０-3
**ｐ値１×１０-3〜１×１０-4
***ｐ値１×１０-4〜１×１０-5
****ｐ値１×１０-5未満
【０１７１】
以下表１４に、２型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の表皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスについての用語を示す。表１４に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表５及び６に示す。最も高度に有意なテーマのみが示され（ｐ≦１×１０-2）、上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。
【０１７２】
【表１４】
2016530886.tif 000059
【０１７３】
以下表１５に、３型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の表皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスについての用語を示す。表１５に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表９及び１０に示す。最も高度に有意なテーマのみが示され（ｐ≦１×１０-2）、上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。
【０１７４】
【表１５】
2016530886.tif 000060
【０１７５】
表１６に、１型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の真皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスの用語を示す。表１６に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表３及び４に示す。最も高度に有意なテーマのみが示され（ｐ≦１×１０-2）、上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。
【０１７６】
【表１６−１】
2016530886.tif 000061
【０１７７】
【表１６−２】
2016530886.tif 000062
【０１７８】
表１７に、１型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の真皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスの用語を示す。表１７に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表７及び８に示す。最も高度に有意なテーマのみが示され（ｐ≦１×１０-2）、上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。
【０１７９】
【表１７】
2016530886.tif 000063
【０１８０】
以下表１８に、３型の眼窩周囲色素異常症に罹患している対象の表皮において有意に富む遺伝子オントロジー上の生物学的プロセスについての用語を示す。表１８に記載の結果は、これらの対象において差次的に発現した遺伝子から生成したものである。上位にランク付けされた遺伝子については表１１及び１２に示す。最も高度に有意なテーマのみが示され（ｐ≦１×１０-2）、上方及び下方制御された遺伝子に対して、別々にテーマ解析を行った。
【０１８１】
【表１８−１】
2016530886.tif 000064
【０１８２】
【表１８−２】
2016530886.tif 000065
【０１８３】
実施例３−眼窩周囲色素異常症の処置に可能性のある有効成分を同定するためのＣマッピングの使用
本例は、眼窩周囲の１型、２型、及び３型の色素異常症の遺伝子発現シグネチャーをもとに可能性のある有効成分感の関連性を同定するためのＣマップピングの使用を示す。すなわち、摂動因子が、眼窩周囲色素異常症の１つ以上の類型に関し皮膚の健康の１つ以上の態様を制御するかを評価する。表１９は、１型の眼窩周囲色素異常症に可能性のある有効成分を示す。表２０は、２型の眼窩周囲色素異常症に可能性のある有効成分を示す。表２１は、３型の眼窩周囲色素異常症に可能性のある有効成分を示す。
【０１８４】
【表１９−１】
2016530886.tif 000066
【０１８５】
【表１９−２】
2016530886.tif 000067
【０１８６】
【表１９−３】
2016530886.tif 000068
【０１８７】
【表１９−４】
2016530886.tif 000069
【０１８８】
【表１９−５】
2016530886.tif 000070
【０１８９】
【表２０−１】
2016530886.tif 000071
【０１９０】
【表２０−２】
2016530886.tif 000072
【０１９１】
【表２０−３】
2016530886.tif 000073
【０１９２】
【表２０−４】
2016530886.tif 000074
【０１９３】
【表２１−１】
2016530886.tif 000075
【０１９４】
【表２１−２】
2016530886.tif 000076
【０１９５】
【表２１−３】
2016530886.tif 000077
【０１９６】
【表２１−４】
2016530886.tif 000078
【０１９７】
本願に引用される全ての文書は、特に除外すること又は限定することを明言しないかぎりにおいて、その全容にわたって本願に援用するものである。いずれの文献の引用も、こうした文献が本願で開示又は特許請求される任意の発明に対する先行技術であることを容認するものではなく、また、こうした文献が、単独で、あるいは他の任意の参照文献との任意の組み合わせにおいて、こうした発明のいずれかを教示、示唆又は開示していることを容認するものでもない。更に、本文書における用語のいずれかの意味又は定義が、参照として組み込まれた文献における同一の用語のいずれかの意味又は定義と相反する限りにおいて、本書においてその用語に与えられた定義又は意味が適用されるものとする。
【０１９８】
本明細書に開示される値は、列挙される正確な数値に厳しく限定されると理解されるべきではない。それよりむしろ、特に指定されない限り、こうした値はそれぞれ、列挙された値とその値周辺の機能的に同等の範囲の両方を意味することを意図する。
【０１９９】
本発明は、本明細書に記載される特定の実施例に限定されると見なされるべきではなく、むしろ、本発明の全ての態様を含めると理解されるべきである。種々の修正、同等のプロセス、並びに本発明が適用可能であり得る多くの構造及びデバイスは、当業者に容易に明らかとなるであろう。当業者は、本発明の範囲から逸脱することなく、種々の変更が行われてもよく、それが、本明細書に記載されるものに限定されると見なされるものではないことを理解するであろう。
【図１】
2016530886.tif 000079
【図２】
2016530886.tif 000080
【図３】
2016530886.tif 000081
【図４】
2016530886.tif 000082
【図５】
2016530886.tif 000083
【図６】
2016530886.tif 000084
【図７】
2016530886.tif 000085
【図８】
2016530886.tif 000086
【図９】
2016530886.tif 000087
【図１０】
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【国際調査報告】
2016530886.tif 000089
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