【手続補正書】
【提出日】平成25年5月28日(2013.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の所望の標的生体分子と反応することが知られているリード候補生体分子と、複数の潜在的な反応物質生体分子との潜在的な交差反応を予測し、モデル化する方法であって、
計算機による計算機モデル化システム（５００）にて、前記リード候補生体分子の化学的かつ構造的な情報（５０４，５０８）を含むデータ表現（１５０）を受け取るステップと、
前記計算機モデル化システム（５００）にて、前記複数の潜在的反応物質生体分子のそれぞれの化学的かつ構造的な情報（５０２，５０６）を含むところのデータ表現を受け取るステップと、
前記計算機モデル化システムを使用して、指定の環境内で、前記リード候補生体分子と各潜在的反応物質生体分子との間でそれぞれ発生する潜在的交差反応について、反応性を表す１つまたは複数の反応性値を推定（５２０）するステップと、
前記計算機モデル化システム（５００）を使用して、前記潜在的交差反応の複数の反応尺度のそれぞれを、前記潜在的交差反応の各々に関連する反応性値の関数として、計算（５２０）するステップと、
前記計算機モデル化システム（５００）を使用して、それぞれが単一の信頼度を含む１つまたは複数の反応プロファイルを計算するステップ（５５０）であって、この信頼度は、各反応尺度の関数であり、かつ前記反応尺度に対応する前記潜在的反応物質生体分子に関連するバイオインフォマティックスおよび化学的な１つまたは複数の注釈の関数でもある、ステップと、
前記反応プロファイルのうちの少なくとも２つの反応プロファイルに基づいて、１つまたは複数の有害反応が前記リード候補生体分子に伴う可能性を反映するリスク評価を行う（５６０）ステップと、
前記リスク評価をコンピュータ記録可能媒体に出力するステップとを具備する方法であって、
ここで、潜在的交差反応をモデル化するための前記計算機モデル化システムは、ソフトウェアおよび／またはファームウェアによりプログラムされるコンピュータ・プロセッサ、専用ハードウェア、またはこれらの組合せのうちの１つまたは複数を備え、
また、前記バイオインフォマティックスおよび化学的な注釈は、前記潜在的反応物質生体分子に関連する、ソース注釈、機能注釈、相同性注釈、ファミリ注釈および／または他の分類に関する注釈の内の少なくとも１つの注釈を分類情報として含み、
また、前記リスク評価は、前記反応プロファイルのうちの前記少なくとも２つの反応プロファイルの各信頼度の関数である定量的値を含み、
この方法は、さらに、前記反応プロファイルを計算する前記ステップの前に、反応フィルタ（５３０）を用いて、関連する前記反応尺度が所定の判定基準を満たさない潜在的な交差反応物質を、さらなる計算対象から除外するステップをさらに含む、ことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記指定の環境とは、
前記リード候補生体分子と前記潜在的反応物質生体分子との反応部位についての物理的かつ化学的な周囲の状況、または、
前記リード候補生体分子と、前記リード候補生体分子に対する所望の、または既知の標的生体分子との反応部位の物理的かつ化学的な周囲の状況、または
複数の原子、イオン、および／または他の分子を含む溶媒の表現であって、前記溶媒中に前記反応部位が埋め込まれている、前記溶媒の表現または
ヒトもしくは他の哺乳動物の身体の、１つまたは複数の構成要素、
のいずれか１つによって定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記潜在的な反応物質生体分子の１つは、生体高分子、あるいは生体高分子の１つまたは複数の部分を含み、前記１つまたは複数の部分は、１つまたは複数の活性部位を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記リード候補生体分子は、合成化合物、化学基、ペプチド、医薬化合物、タンパク質系薬物、または炭水化物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記潜在的な交差反応に関連する反応の反応尺度を形成するのに用いる前記反応性値の１つは、前記交差反応の結合親和性または自由エネルギーの計算による推定値である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記潜在的交差反応に関連する前記反応性値の一部または全部は、あらかじめ生成されるか、またはオフラインで導出され、コンピュータ可読媒体（５２４）上にデジタル表現で格納され、次いで、前記反応尺度の形成時に取り出される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記潜在的交差反応に関連する反応尺度を形成するのに用いる前記反応性値のうちの少なくとも１つは、前記２つの生体分子間の定量的な構造活性の関係の事前予測（ＱＳＡＲ）の結果である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記潜在的交差反応に関連する反応尺度を形成するのに用いる前記反応性値のうちの少なくとも１つは、１つまたは複数の実験室でのアッセイから得られた測定値または結果である、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記１つまたは複数の実験室でのアッセイは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、細胞ベース、またはｉｎ  ｖｉｖｏのいずれかにかかわらず、スクリーニングその他の機能アッセイを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記潜在的交差反応に関連する反応尺度は、複数の反応性の値の１次結合である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記潜在的交差反応に関連する反応尺度は、複数の反応性の値の非線形関数である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記潜在的交差反応に関連する反応尺度は、１つまたは複数の反応性の値に基づくスコアまたは等級である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記判定基準は、前記入力された反応尺度の大きさに適用する数値的な閾値である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記判定基準は、前記計算機システム（５００）によって反応尺度が生成されるときに、動的に適用される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記判定基準は、個々のリード候補生体分子を扱うすべての反応尺度が生成された後に適用される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記判定基準は、１つまたは複数の標的と反応するリード候補生体分子について計算または実験により得られた対応する反応尺度との相対的な比較に基づくものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記判定基準は、前記リード候補生体分子と潜在的な反応物質の反応に関連する前記反応尺度に閾値を適用することであり、前記親和性閾値は、所定の定数と、前記リード候補生体分子と選択された標的との反応に関連する前記計算または測定された反応尺度とを掛けたものとして表現される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記潜在的反応物質生体分子についての前記ソース注釈は、前記潜在的反応物質生体分子が得られ、由来することが期待され、また、見つかる可能性がある生物、種、器官、組織、細胞型、突然変異体または野生型、および／または系統に関係する情報を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記潜在的反応物質生体分子についての前記機能注釈は、前記潜在的反応物質生体分子に関わる生物学的な、さらには病気の経路その他の反応および過程、あるいは、前記潜在的反応物質生体分子についての既知の、さらには予測される生物学的な機能に関係する情報を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記潜在的反応物質生体分子についての前記相同性情報は、同じまたは異なる生物の他の生体高分子との構造および／または配列に基づく相同体との関連物を含み、タンパク質についての前記構造に基づく相同性は、保存領域、タンパク質モチーフ、または３次構造の類似性に基づいて確立され、生体高分子についての前記配列に基づく相同性は、１次アミノ酸またはその基礎となるゲノミクス配列の類似性に基づくものである、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記潜在的反応物質生体分子についての前記相同性情報は、前記リード候補生体分子と反応または結合する１つまたは複数の標的との構造および／または配列に基づく相同性を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記リスク評価を行うステップでのリスク評価は、前記バイオインフォマティックスおよび／または化学的な注釈に基づいて行われるものであり、
前記リード候補生体分子に関連する前記注釈は、前記リード候補生体分子に関連する化学的かつ構造的な組成、反応の化学的性質、相同性、および／または化学的または構造的な分類情報に関係するデータを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記リード候補生体分子についての前記化学的かつ構造的な組成の注釈は、化学式、化学名、１つまたは複数の化学目録に関係する指標記述子、生体分子の化学的かつ物理的な特性、キラル中心および立体化学についての知識、または２次元または３次元の表現での構造情報に関係する情報を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記リード候補生体分子についての前記反応の化学的性質の注釈は、前記リード候補生体分子に関わる１つまたは複数の化学反応または生物学的なプロセスに関係する反応データを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記化学反応または生物学的なプロセスの範囲は、前記リード候補生体分子との構造的かつ／または化学的な類似性が高い他の生体分子に関わる化学反応または生物学的なプロセスを含むように拡張される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記リード候補生体分子に関わる前記１つまたは複数の化学反応または生物学的なプロセスに関係する前記反応データは、前記リードが結合するか、または反応する１つまたは複数の標的についての情報との関連物を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記リード生体分子に関わる１つまたは複数の化学反応または生物学的なプロセスに関係する前記反応データは、アドメトックスその他の薬物動態学のプロファイルの１つまたは複数の情報構成要素を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記リード生体分子に関わる１つまたは複数の化学反応または生物学的なプロセスに関係する前記反応データは、１つまたは複数の実験室でのアッセイから得られた１つまたは複数の測定値を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
前記リード候補生体分子についての前記相同性情報は、他の生物分子との構造に基づく相同体および／または化学的な相同体との関連物を含み、前記構造に基づく相同性および／または化学的な相同性は、２次元または３次元のファルマコフォア・モデル、化合物のクラスタリングおよび分類で用いる様々な分子記述子、または定量的な構造活性の関係の類似性を用いることに基づいて確立される、請求項２２に記載の方法。
【請求項３０】
前記潜在的反応物質生体分子と、前記リード候補生体分子に関連する１つまたは複数の標的との前記構造的または化学的な類似性に関する情報が、前記潜在的反応物質生体分子を扱う潜在的な交差反応についての前記反応プロファイルに前記反応フィルタ（５３０）を適用する前記ステップにおいて、あるいは、前記反応プロファイルを計算する前記ステップにおいて、考慮される、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記リード候補生体分子と、前記潜在的反応物質生体分子についての１つまたは複数の結合剤との構造的または化学的な類似性に関する情報が、前記リード候補生体分子を扱う潜在的な交差反応についての前記反応プロファイルに前記反応フィルタ（５３０）を適用する前記ステップにおいて、あるいは、前記反応プロファイルを構築する前記ステップにおいて、考慮される、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
リード候補生体分子についての前記リスク評価は、定期的に、あるいは、新しい潜在的な反応物質が識別されて前記モデリング・システムで利用可能になったときの不定期に更新される、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記リスク評価は、複数の定量的な反応プロファイルの、１次結合若しくはその他の機能的な合成で表現される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記リスク評価は、複数の定量的な反応プロファイルに基づいて生成された定性的な分類または等級である、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記リスク評価は、複数の定量的な反応プロファイルの統計分析に基づいて生成された信頼性のスコアまたは確率あるいは統計量である、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
リード候補生体分子についての前記リスク評価を構成するのに用いる前記統計分析では、１組の反応プロファイルすべての平均値または中心値、あるいは、前記１組の反応プロファイルの百分率の上位選択範囲を用いる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
リード候補生体分子についての前記リスク評価を構成するのに用いる前記統計分析はベイズ・リスク分析である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記リスク評価は、コンピュータ学習手法から出力された予測を表す、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記リスク評価を生成するのに用いる前記コンピュータ学習手法は、ニューラル・ネットワークに基づくものである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記リスク評価を生成するのに用いる前記コンピュータ学習手法は、サポート・ベクトル・マシンに基づくものである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
複数の潜在的な反応物質生体分子の選択は、２次元または３次元の構造データベースの全部または一部からなされる、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
前記複数の潜在的な反応物質生体分子を、関連する生物学的かつ／または薬物動態学的な経路の知識ベースを用いて事前に選択する、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記潜在的反応物質生体分子は生体高分子であって、
前記潜在的反応物質生体高分子のそれぞれのデータ表現を受け取る前記ステップの前に、前記潜在的反応物質生体高分子を、前記リード候補生体分子中の、１つまたは複数の所望の標的との、または、１つまたは複数の既知の標的との、構造上かつ／または配列上の類似性に基づいて選択するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
前記複数の潜在的な反応物質生体高分子の前記選択ステップは、前記リード候補生体分子の１つまたは複数の標的の、タンパク質または遺伝子のファミリによる分類メンバを、あるいは、他の機能上またはバイオインフォマティックス上の分類メンバを、含める、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
さらに、
潜在的な反応物質間の化学的かつ／または構造的な類似性の考慮を含む１組のクラスタリング基準に基づいて、前記複数の潜在的な反応物質生体分子にクラスタリング操作を適用して、クラスタまたはグループの集合を生成するステップと、
前記クラスタまたはグループの各々から、クラスタ代表として、１つの潜在的な反応物質を選択するステップと、
前記リード候補生体分子と前記クラスタ代表の各々との潜在的な交差反応について、対応する１組の反応尺度を生成するステップと、
前記得られた１組の反応尺度に、反応フィルタ（５３０））を適用して、前記リード候補生体分子との高い反応性を示すクラスタ代表のサブセットを選択するステップと、
合格したクラスタ代表を含む潜在的な反応物質からなる各クラスタを選択し直すステップと、
前記選択し直されたクラスタのあらゆるメンバの各々についての詳細な個々の反応尺度および後続の反応プロファイルとをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４６】
前記潜在的反応物質生体分子は生体高分子であり、
前記クラスタリング基準は、配列相同性、構造相同性、および／または他のバイオインフォマティックスまたはプロテオミクスの分類基準に関わる、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
請求項１に記載の前記方法は、１つまたは複数の所望の標的との結合特異性を改善し、前記リード候補生体分子との潜在的に有害な交差反応に関与することが予測される、またはその可能性がある１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子との反応性を低下させる目的で、前記リード候補生体分子を最適化し再設計する複数のステップをさらに具備し、
この複数のステップは、
前記リード候補生体分子が１つまたは複数の所望の標的と結合するために必要とされ、前記リード候補生体分子に関連付けられた分子のコアまたは枠組を識別するステップと、
前記枠組の１つまたは複数の連結部位に追加可能なまたは置換し得る、分子群又は他の構成要素を識別するステップと、
前記リード候補生体分子と、このリード候補生体分子が強く反応することが望まれる１つまたは複数の所望の標的との間に起こる１つまたは複数の反応を、前記リード候補生体分子および前記所望の標的の各々に関連付けられた化学基間でエネルギー的に有利な分子相互作用を保存し又は促進する観点で分析するステップと、
前記リード候補生体分子と、前記リード候補生体分子が強く反応することが望まれない１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子との間に起こる１つまたは複数の反応を、前記リード候補生体分子および潜在的な各反応物質生体分子に関連付けられた化学基間でエネルギー的に有利な分子相互作用を低減させる観点か、かつ／またはエネルギー的に不利な分子相互作用を促進する観点で分析するステップと、
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的との分子相互作用に対する前記分析に従って、並びに、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子との分子相互作用に対する前記分析に従って、局所分子構造に追加すべき、または置換すべき前記枠組の１つまたは複数の連結部位を選択するステップと、
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的との分子相互作用に対する前記分析に従って、並びに、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子との分子相互作用に対する前記分析に従って、前記選択した連結部位の１つまたは複数において局所分子構造に対して追加すべき、または置換すべき１つまたは複数の分子群並びに他の構成要素を選択するステップと、
選択した前記枠組の前記連結部位と、選択し追加され又は置換された分子群との組合せに基づいて、前記リード候補生体分子の複数の構造変異体を構築するステップと、
前記リード候補生体分子の新たに構築された構造変異体各々を、当該各構造変異体の、１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子に対する反応性、および、１つまたは複数の所望標的との反応性、とに従って評価するステップ、と
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４８】
前記リード候補生体分子の新たに構築された構造変異体を評価する前記ステップは、前記リード候補生体分子の前記新たに構築された構造変異体を、新しい入力リード候補として、前記計算機モデル化システム（５００）に提示し直すことを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記リード候補生体分子について既に構築された反応プロファイルおよび／または前記リード候補生体分子に関連するリスク評価に基づいて、可能な再設計および最適化のためにリード候補生体分子に優先順位を付けるステップをさらに有する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
リード候補生体分子についての対応するリスク評価により、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子とを扱う潜在的な有害交差反応に関連するリスクが許容差内にあり、かつ、所定の制限を超えないことが示唆されると、前記リード候補生体分子を提示して可能な再設計および最適化を行う、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記リード候補生体分子について複数の構造的に別個の枠組を識別し、前記リード候補生体分子の前記可能な再設計および最適化中に、それらを前記リード候補生体分子の複数の構造変異体を生成するための可能なシードとして用いる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
前記枠組の１つまたは複数の連結部位に対する可能な追加または削除に関して識別された前記１組の分子群は、有機化学で見られる様々な化学基、アミノ酸側鎖、残基、さらには個々の原子またはイオンを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子の間の１つまたは複数の反応の分析は、水素結合の相互作用するドナー基またはアクセプタ基の改変によって不安定になった場合、前記リード候補生体分子と前記潜在的反応物質生体分子の反応性を低下させることがあるが、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的の反応性を過度に損なわない１つまたは複数の分子間水素結合を識別することを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子の間の１つまたは複数の反応を分析する前記ステップは、分子間疎水性接触部が相互作用する疎水基の改変によって不安定になった場合には、前記リード候補生体分子と前記潜在的反応物質生体分子との反応性を低下させることはあっても、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的との反応性を過度に損なわない、前記１つまたは複数の分子間疎水性接触部を識別するステップをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５５】
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子の間の１つまたは複数の反応を分析する前記ステップは、分子間塩橋が相互作用する静電的な基またはイオン化された基の改変によって不安定になった場合には、前記リード候補生体分子と前記潜在的反応物質生体分子との反応性を低下させることはあっても、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的との反応性を過度に損なわない前記１つまたは複数の分子間塩橋を識別するステップをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５６】
前記リード候補生体分子と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子の間の１つまたは複数の反応を分析する前記ステップは、局所立体相補性が化学的または構造的に改変された場合には、前記リード候補生体分子と前記潜在的反応物質生体分子との反応性を低下させることはあっても、前記リード候補生体分子と１つまたは複数の所望の標的との反応性を過度に損なわない高い局所立体相補性を示すいずれかの分子の１つまたは複数の相互作用する化学基を識別するステップをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５７】
前記リード候補生体分子の複数の構造変異体を構築する前記ステップは、前記リード候補生体分子の１つまたは複数の基または構成要素に関連する立体化学的な性質を改変するステップをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５８】
前記リード候補生体分子の複数の構造変異体を構築する前記ステップは、前記リード候補生体分子の１つまたは複数の基または構成要素に関連するイオン化状態を改変するステップをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５９】
前記リード候補生体分子の複数の構造変異体を構築することに関わるプロセス、前記構造変異体を、請求項１に記載の方法に基づいて潜在的な交差反応をモデル化するシステムに入力として提示し直すステップと、
その後で、新しい各入力構造変異体と１つまたは複数の潜在的な反応物質生体分子ごとに反応プロファイルおよび／またはリスク評価を構築するステップと、
何らかの終端条件その他の基準が満たされるまで上記ステップを反復的に繰り返すステップ
とを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項６０】
反応性の評価および関連する生物学的かつ化学的な注釈の分析に基づいて、前記潜在的反応物質生体分子の中から、１つまたは複数の新しい潜在的な標的を識別するステップををさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６１】
少なくとも１つの反応プロファイルは、
前記リード候補生体分子と前記対応する反応尺度によって与えられる前記潜在的反応物質生体分子の間の交差反応の確度と、
前記対応する潜在的な反応物質生体分子に関連するバイオインフォマティックスおよび／または化学的な前記注釈に基づく交差反応が有害である確度とに基づく信頼度またはスコアを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６２】
前記信頼度はさらに、前記リード候補生体分子が前記標的の生物体内の前記対応する潜在的な反応物質生体分子に遭遇する確度に基づく、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記確度が数値として表される、請求項１に記載の方法。
【請求項６４】
１つまたは複数の所望の標的生体分子と反応することが知られているリード候補生体分子と、複数の潜在的な反応物質生体分子との間での潜在的な交差反応を予測しモデル化する方法を実行するように、計算機によるモデル化システムのプロセッサに指示するプログラム命令を記憶して格納するコンピュータプログラム可読媒体であって、前記プログラム命令は、
前記モデル化システムに前記リード候補生体分子のデータ表現を提供するプログラムステップであって、前記データ表現は、前記リード候補生体分子の化学的かつ構造的な情報を含む、前記プログラムステップと、
計算によるモデル化システムに前記潜在的反応物質生体分子のそれぞれのデータ表現を提供するプログラムステップであって、前記データ表現は、前記潜在的反応物質生体分子の化学的かつ構造的な情報を含む、前記プログラムステップと、
ある環境状況における前記リード候補生体分子と各潜在的な反応物質生体分子の間のそれぞれの潜在的な交差反応について、１つまたは複数の反応性の値を取得するプログラムステップと、
複数の反応尺度を、それぞれ、各潜在的な交差反応に関連する前記反応性値の関数として構築するプログラムステップと、
各反応尺度の関数であり、かつ前記反応尺度に対応する前記潜在的反応物質生体分子に関連する１つまたは複数のバイオインフォマティックスおよび／または化学的な注釈の関数である単一の信頼度をそれぞれの反応プロファイルが含む１つまたは複数の反応プロファイルを構築するプログラムステップと、
前記反応プロファイルのうちの少なくとも２つの反応プロファイルに基づいて、１つまたは複数の有害反応が前記リード候補生体分子を伴う可能性を反映するリスク評価を評価するプログラムステップと、
前記リスク評価をコンピュータ記録可能媒体に出力するプログラムステップ、
とを含むコンピュータプログラム可読媒体。
【請求項６５】
前記反応尺度に対応する前記潜在的反応物質生体分子に関連する前記１つまたは複数のバイオインフォマティックスおよび／または化学的な注釈を取得するためにデータベースのクエリを実行するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６６】
前記反応プロファイルの前記単一値は数値スコアであり、前記注釈に基づいて反応尺度を増減することにより数値スコアを取得するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６７】
再検討のため前記リスク評価の結果を使用者に提供するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６８】
反応プロファイルの前記単一値は、定性的な分類である、請求項１に記載の方法。