【手続補正書】
【提出日】平成25年5月30日(2013.5.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項７】
請求項６に記載の質量分析データ処理方法であって、
前記２次インデクス作成ステップは、原スペクトルデータの１次元配列上でのデータ位置間隔Ｄを任意に定め、前記インデクス情報に保持された原スペクトルデータの１次元配列上の位置の要素の先頭から、原スペクトルデータ位置の値Ｐと位置間隔Ｄをχ倍した値との大小関係を順次比較し、値ＰがＤ・χを初めて上回った際の、当該インデクス情報内の一つ手前の要素における原スペクトルデータの格納位置の値を、２次インデクスのＸ番目の要素に順次書き込むという処理を、Ｄ・χが原スペクトルデータの１次元配列の要素数を上回るまで行うことにより、２次インデクスを作成するものであることを特徴とするデータ処理方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項８】
請求項７に記載の質量分析データ処理方法であって、
前記情報再現ステップは、所定位置Ｘの強度値を取得する際に、所定位置Ｘを位置間隔Ｄで除した商をＭとして、２次インデクスのＭ番目の要素に格納されている、所定位置Ｘに最も近いインデクス情報内の位置から原スペクトルデータの格納位置の値Ｗを読み出し、その読み出された値Ｗが所定位置Ｘの値を上回るまで、インデクス情報から原スペクトルデータ格納位置の値を順方向に読み出してゆき、その読み出された値が所定位置Ｘより大きくなったならば、その時点でのインデクス情報の原スペクトルデータの格納位置の要素の一つ手前の位置の値を読み出し、その読み出された値を圧縮データの１次元配列上で所定位置が含まれる強度値の並びの開始位置とし、所定位置Ｘの強度値を読み出すことを特徴とする質量分析データ処理方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
圧縮データから必要な情報を読み出す際には、情報再現ステップは例えば次の手順をとる。原スペクトルデータの１次元配列上において、強度値を求めたい質量電荷比の値又は該質量電荷比値に対応した別のパラメータ値（例えば飛行時間値）の位置がＸであるとする。情報再現ステップでは、インデクス情報が保持されている第２記憶領域にアクセスし、原スペクトルデータの位置情報のリストの中からＸより小さい値のものから最大のものを選出する。インデクス情報において、その選出された位置値Ｓと組になっている圧縮データの位置をＴであるとする。次に、第１記憶領域に保持されている圧縮データにアクセスし、Ｔの位置の値を読み出す。例えばデータ値が２進数で表され、その最上位ビットの値（０又は１）を、そのデータが強度値ゼロの連続に対応したものであるか有意な強度値の連続に対応したものであるかの識別に使用している場合、読み出したデータ値の最上位ビットが０であれば、これはこの位置以降そのデータで示される個数だけゼロが連続していることを示す。したがって、これ以降の部分の原スペクトルを再構築するまでもなく、指定された位置の強度値はゼロであると判明する。またＴの位置のデータ値を読み出し、その最上位ビットが１であれば、これは、この位置以降、最上位ビットを除外した値の個数だけゼロでない有意な強度値が連続していることを示す。そのため、圧縮データのＴの位置から、Ｘ−Ｓだけ進んだ位置の値を読み出せば、指定された位置の強度値が判明する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
指定された質量電荷比に対応する位置Ｘは、インデクス情報のリストに対する検索により、その中から最も値の近いものを探し出す必要がある。一般的には、インデクス情報の原スペクトルデータの位置リスト部分を先頭から順に探索し、Ｘより大きい値が見つかったならばその一つ手前の位置を該当位置として選出すればよい。ただし、原スペクトルデータの質量電荷比範囲が広い場合や質量分解能が高い場合には、１次元配列の要素数が膨大になり、上述したようなＸ以上の値の検索処理自体に多大な時間が掛かることがある。そこで、この探索処理に要する時間を短縮するために、即ち、指定された質量電荷比に対応する位置Ｘに最も近い、インデクス情報のリスト内の数値を単純な演算により求めるために、２次インデクスを補助的に利用するようにしてもよい。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
この場合、第１及び第２発明に係る質量分析データ処理方法では、上記各ステップに加えて、原スペクトルデータの１次元配列上でのデータ位置間隔Ｄを任意に定め、前記インデクス情報に保持された原スペクトルデータの１次元配列上の位置の要素の先頭から、原スペクトルデータ位置の値Ｐと位置間隔Ｄをχ倍した値との大小関係を順次比較し、値ＰがＤ・χを初めて上回った際の、当該インデクス情報内の一つ手前の要素における原スペクトルデータの格納位置の値を、２次インデクスのＸ番目の要素に順次書き込むという処理を、Ｄ・χが原スペクトルデータの１次元配列の要素数を上回るまで行うことにより、２次インデクスを作成する２次インデクス作成ステップを含むようにすればよい。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
また、上記２次インデクスがインデクス情報とは別に保持されている場合、情報再現ステップは、所定位置Ｘの強度値を取得する際に、所定位置Ｘを位置間隔Ｄで除した商をＭとして、２次インデクスのＭ番目の要素に格納されている、所定位置Ｘに最も近いインデクス情報内の位置から原スペクトルデータの格納位置の値Ｗを読み出し、その読み出された値Ｗが所定位置Ｘの値を上回るまで、インデクス情報から原スペクトルデータ格納位置の値を順方向に読み出してゆき、その読み出された値が所定位置Ｘより大きくなったならば、その時点でのインデクス情報の原スペクトルデータの格納位置の要素の一つ手前の位置の値を読み出し、その読み出された値を圧縮データの１次元配列上で所定位置が含まれる強度値の並びの開始位置とし、所定位置Ｘの強度値を読み出すようにすればよい。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
一方、原スペクトルデータ配列上で強度がゼロでない、つまりは有意な強度を示すデータが１個以上連続する場合には、圧縮データ配列上において、その連続部分の先頭にその連続個数を格納するとともに、その後に強度値を順次格納していく。なお、この場合の連続個数も最大３２７６７個までであり、それ以上は再度その位置から同様のアルゴリズムで連続個数を格納する。また、連続部分の先頭に付されるゼロでない強度値の連続個数を圧縮データ配列上に格納する際には、２バイトデータの最上位ビット（ＭＳＢ）を”１”に設定する。つまり、連続個数を示す数値は２バイト（１６ビット）データのうちのＭＳＢを除く１５ビットで表される。したがって、連続個数が３２７６８（＝２15）個以上である場合には、連続個数を示す数値が「７ＦＦＦ」より大きくなるので強度ゼロではないデータ値の連続であることがすぐに分かり、２進数ではＭＳＢを除いた数値、またＨＥＸ表示では「８０００」を減じた数値が実際のデータ値の連続個数となる。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
まず、任意の質量電荷比が指定されると、原スペクトルデータ配列上で、指定された質量電荷比に対する位置Ｘが算出される（ステップＳ１１）。実際には、原スペクトルデータの１次元配列の要素の中で指定された質量電荷比に最も近い位置を求めればよい。或いは、指定された質量電荷比の前後の２以上の位置を求め、最終的な強度計算時にそれらの加重平均をとった値を、指定された質量電荷比における強度値として出力してもよい。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５２】
他方、ステップＳ１４においてintensityのＭＳＢが０でないと判定されると、圧縮データ配列上で、Ｔ行目から（Ｘ−Ｓ）行先のデータ値を読み出してintensityに設定し（ステップＳ１６）、ステップＳ１７へ進む。これにより、原スペクトルデータ配列上の位置Ｘにおける強度値が求まる。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６０】
まず図６、図７を参照して、インデクスが作成された後に引き続き実行される２次インデクス作成処理手順を説明する。図６において、変数ｉは２次インデクス内の位置（行）、変数ｊは原スペクトルデータ配列上の位置である。２次インデクスを作成する際には、任意のデータ位置間隔Ｄを定義しておく。以下の例では、Ｄ＝１０であるとする。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
即ち、図６に示す処理では、インデクスの先頭行から順に原スペクトルデータ位置の値を読み出して、２次インデクスの書き込み対象の行数の値（ｉ）にデータ位置間隔Ｄを乗じた値と比較する。インデクスから読み出された値がｉ×Ｄを初めて超えたときに、インデクスにおける値の読み出し行の一つ手前の行の位置情報を、２次インデクスの書き込み対象の行（ｉ＋１）に格納する。この処理をインデクスの最終行まで実行することにより２次インデクスが完成する。Ｄの値は任意に決めることができる。Ｄの値を大きくするほど２次インデクスは粗くなり、インデクスを参照した検索の際の時間が長くなるが、インデクスを含めたデータ量は少なくなるため圧縮効率は高いといえる。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
次に、２次インデクス使用してデータを復元する際の処理について図８を参照して説明する。
目的とする質量電荷比（又は飛行時間等）が指定され、それに対応する原スペクトルデータ配列上の位置Ｘが得られたならば、そのＸをデータ位置間隔Ｄで除しその商Ｍを求める（ステップＳ３１）。そして２次インデクスにアクセスし、Ｍ＋１行目の位置に格納されている数値を読み出しＶに設定する（ステップＳ３２）。図３、図７の例では、例えば原スペクトルデータ配列上の１２番目（「０８００」）の強度値を求めたいときには、Ｘ＝１２、Ｄ＝１０であるから、Ｍ＝１であり、２次インデクスの２行目の値を読み出してＶ＝３とする。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６６】
次に、インデクスのＵ＝Ｖ＋１行目に格納されている原スペクトルデータ位置の値を読み出し、この値をＷとする（ステップＳ３３）。そして、このＷとＸとを比較し、ＸがＷより小さければ、インデクスのＵ−１行目に格納されている圧縮データ位置を読み出してＷに設定する（ステップＳ３５）。そして、圧縮データ配列上でＷ行目のデータ値を読み出して、上述したようにＷ行目以降のデータ値を用いた復元処理を実行する。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
一方、ステップＳ３４でＸがＷ以上であれば、インデクスで次の行の原スペクトルデータ位置の値を読み出してこれをＷとし（ステップＳ３６）、Ｕをインクリメントして（ステップＳ３７）ステップＳ３４へと戻る。したがって、インデクス内で原スペクトルデータ位置の値がＸよりも大きくなるまでステップＳ３４、Ｓ３６、Ｓ３７の処理を繰り返し、原スペクトルデータ位置の値がＸよりも大きくなると、インデクス内でその原スペクトルデータ位置の一行手前に格納されている値と組である圧縮データ位置の数値を読み出し、後は上述したデータ復元処理を行う。