【手続補正書】
【提出日】平成25年8月8日(2013.8.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患を患う個人の、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性を診断するためのデータを収集する方法であって、
患者由来の試料における、遺伝子又はその発現産物、又は遺伝子の配列の発現若しくは活性レベルを評価するステップと、前記発現、活性又は配列のレベルを基準と比較するステップとを含み、前記発現、活性、又は配列のレベルが、前記基準と異なる場合に、基準状態と比べたＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性の変化を示し、前記遺伝子が、ｈＨＲＡＤ２３Ｂ（ヒトｒａｄ２３Ｂ）である、方法。
【請求項２】
基準レベルよりも著明に高いレベルが、個人が、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対してより強く感受性であることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
基準レベルよりも著明に低いレベルが、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対して、個人が耐性である可能性を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
発現産物がタンパク質であり、任意で以下のステップを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
ａ）リガンド−タンパク質複合体の形成に適切な条件下において、前記タンパク質のリガンドを患者由来の試料に接触させるステップ；及び
ｂ）前記複合体を検出するステップ；
【請求項５】
発現産物が、ｍＲＮＡであり、任意で以下のステップを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
ａ）疾患について調べる患者由来の試料由来のｈＨＲＡＤ２３Ｂをコードする核酸分子を単離するステップ；及び
ｂ）ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性の変化に関連する突然変異の存在を検出するステップ；
【請求項６】
遺伝子の配列を評価するステップが、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性を評価するステップを含み、任意で以下のステップを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
ａ）疾患について調べる患者由来の試料由来のｈＨＲＡＤ２３Ｂをコードするタンパク質又は核酸分子を単離するステップ；及び
ｂ）ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性の変化に関連する突然変異の存在を検出するステップ；
【請求項７】
患者の試料のＨＤＡＣ阻害剤の治療に対する感受性をインビトロで評価するための、ｈＨＲＡＤ２３Ｂの使用。
【請求項８】
疾患を患う個人の、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性を診断する方法に用いるためのｈＨＲＡＤ２３Ｂであって、前記方法が、患者から得た試料に対して請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、前記ｈＨＲＡＤ２３Ｂ。
【請求項９】
増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態の診断又は治療に用いるための、以下のａ）〜ｄ）から選択される核酸分子であって、前記診断が、患者から得た試料に対して請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、核酸分子。
ａ）アクセッション番号ＮＭ＿００２８７４.３に記載のｈＨＲＡＤ２３Ｂ配列を含む核酸分子；
ｂ）ａ）の配列の断片である核酸分子；
ｃ）ａ）又はｂ）の相補配列を含む核酸分子；
ｄ）高度に厳密な条件下で、ａ）又はｂ）の核酸分子とハイブリダイズする核酸分子；
【請求項１０】
増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態の診断又は治療に用いるための、以下のａ）〜ｂ）から選択されるタンパク質であって、前記診断が、患者から得た試料に対して請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、タンパク質。
ａ）請求項９に記載の核酸分子の核酸配列にコードされるアミノ酸配列を有するタンパク質；
ｂ）ａ）のタンパク質の断片であって、ただし前記断片がａ）若しくはｂ）の全長ポリペプチドが有する生物活性を保持する、又はａ）若しくはｂ）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有する断片からなるタンパク質；
【請求項１１】
患者の増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態の治療に用いるためのｈＨＲＡＤ２３Ｂ若しくは請求項１０に記載のタンパク質、又は請求項９に記載の核酸分子であって、
前記治療が、前記タンパク質若しくは核酸分子を、ＨＤＡＣ阻害剤と併用した個別、同時、又は逐次投与により投与することを含む、ｈＨＲＡＤ２３Ｂ、タンパク質又は核酸分子。
【請求項１２】
患者における疾患又は生理学的状態の治療的処置をモニターする方法であって、請求項８若しくは１１に記載のｈＨＲＡＤ２３Ｂ、請求項１０若しくは１１に記載のタンパク質、又は請求項９若しくは１１に記載の核酸分子の発現又は活性レベルを、前記患者由来の試料において一定期間にわたりモニターするステップを含み、前記一定期間における前記発現若しくは活性レベルの、対照レベルに対する変化が、前記疾患又は生理学的状態の退縮を示す、方法。
【請求項１３】
増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態を有する患者が、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性があるかどうかの診断に用いるための、以下のａ）〜ｃ）から選択されるアレイであって、前記診断が、患者から得た試料に対して請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、アレイ。
ａ）核酸分子のそれぞれが、請求項９又は請求項１１の核酸分子の配列に相当するか、配列に相補的であるか、或いは特異的にハイブリダイズする、少なくとも２つの核酸分子を含むアレイ；
ｂ）各抗体種が、請求項１０又は１１に記載のタンパク質に免疫特異性を有する、少なくとも２つの異なる種類の抗体種を含むアレイ；
ｃ）請求項１０又は１１に記載の少なくとも２つのタンパク質種を含むアレイ；
【請求項１４】
増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態を有する患者の治療に用いるためのＨＤＡＣ阻害剤であって、前記患者が、請求項１〜６のいずれかに記載の方法を用いてＨＤＡＣ阻害剤治療に感受性があると同定されている、ＨＤＡＣ阻害剤。
【請求項１５】
増殖性疾患、又は細胞の分化若しくは増殖の速度の変化が関与する疾患若しくは病態を有する患者の治療に用いるためのＨＤＡＣ阻害剤であって、前記患者が、ｈＨＲＡＤ２３Ｂのレベルが基準レベルよりも著明に高いと同定され、前記患者が、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対してより強く感受性であることを示す、ＨＤＡＣ阻害剤。
【請求項１６】
疾患を患う個人の、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性の診断に用いるための抗体であって、請求項１０又は１１に記載のタンパク質に特異的に結合し、前記診断が、患者から得た試料に対して請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、抗体。
【請求項１７】
疾患を患う個人の、ＨＤＡＣ阻害剤での治療に対する感受性の診断に用いるための、以下のａ）〜ｃ）、又はｉ）〜ii)を含むキットであって、前記診断が、患者から得た試料に対し請求項１〜６のいずれかに記載の方法を実施することを含む、キット。
ａ）厳密な条件下において、請求項９又は１１に記載の核酸分子とハイブリダイズする核酸プローブを含む第１の容器；
ｂ）前記核酸分子を増幅するのに有用なプライマーを含む第２の容器；
ｃ）前記プローブ及びプライマーを用いて診断を容易にするための説明書；
ｉ）請求項１６に記載の１又は２以上の抗体；
ii)前記抗体及び前記タンパク質の結合反応の検出に有用な試薬；
【請求項１８】
試料が、組織試料である、請求項８〜１１のいずれかに記載のｈＨＲＡＤ２３Ｂ、タンパク質又は核酸分子。
【請求項１９】
試料が、血液、尿、唾液又は特定の組織生検である、請求項８〜１１のいずれかに記載のｈＨＲＡＤ２３Ｂ、タンパク質又は核酸分子。
【請求項２０】
増殖性疾患が癌である、請求項９〜１１のいずれかに記載のｈＨＲＡＤ２３Ｂ、タンパク質又は核酸分子。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
上記で概観した方法の１つを用いて診断を容易にするため、本発明は、さらなる態様において、少なくとも２つの核酸分子のアレイであって、前記核酸分子の各々が、前述の発明の態様のいずれか１つによる核酸分子の配列に対応する、該核酸分子の配列に相補的である、又は該核酸分子に特異的にハイブリッド形成する核酸分子のアレイを提供する。該アレイは、少なくとも１〜９以上の前記核酸分子の配列に対応する、該核酸分子の配列に相補的である、又は該核酸分子に特異的にハイブリッド形成する核酸分子を含んでよい。該アレイにおける核酸分子は、１２〜５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチド、より好ましくは、４０〜５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドからなってよい。或いは、該アレイにおける核酸分子は、ＰＣＲで増幅したｃＤＮＡ挿入物であって、核酸分子が３００〜２０００ヌクレオチドであるｃＤＮＡ挿入物からなってよい。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
これもまた診断に有用である関連の態様において、本発明は、少なくとも２つの異なる抗体種を含む抗体アレイであって、各抗体種が、前述のタンパク質に免疫特異性である抗体アレイを提供する。本発明は、前述の少なくとも２つのタンパク質種を含むタンパク質アレイをも提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６６】
本発明の診断方法において有用なキットは、こうした核酸、抗体、及び／又はタンパク質のアレイを含んでよい。