(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号：１〜２及び４〜17からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、実質的に精製されたペプチド。
【請求項２】
請求項1記載の少なくとも一つのペプチド種、および生理的に許容される担体を含む、組成物。
【請求項３】
免疫補助剤をさらに含む、請求項2記載の組成物。
【請求項４】
免疫補助剤がサイトカインである、請求項3記載の組成物。
【請求項５】
免疫補助剤が、フロイントの完全アジュバント、フロイントの不完全アジュバント、およびミョウバンからなる群より選択される、請求項3記載の組成物。
【請求項６】
請求項1記載のペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項７】
二本鎖デオキシリボ核酸分子を含む、請求項6記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
生理学的に許容される担体、および請求項6記載のポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項９】
調節エレメントに機能的に結合した請求項6記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項１０】
調節エレメントがプロモーターである、請求項9記載の発現ベクター。
【請求項１１】
生理的に許容される担体、および請求項9記載の発現ベクターを含む組成物。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
発明の背景
発明の分野
本発明は、一般的に対象における免疫応答を調節する方法および組成物に関し、より詳しくは、細菌のdnaJペプチドまたはそのヒト相同体もしくは相同でないヒトイソ型を含む組成物、および免疫応答を刺激するために、または免疫原に対する寛容を生じるためにそのような組成物を用いる方法に関する。そのため、本発明は、粘膜寛容化、DNAワクチン接種、アネルギー誘導、および能動的免疫の方法を含む、炎症反応を調節する様々な手段を提供する。
【０００２】
背景となる情報
多くの疾患の治療戦略は、問題のある症状の原因を解決するよりむしろ疾患の症状の緩和に向けられる。例えば炎症疾患の場合、ほとんどの治療は、ステロイドまたは非ステロイド性抗炎症剤を用いることによって一般的に炎症を軽減することに向けられる。
【０００３】
炎症はしばしば、免疫応答の結果として起こる。免疫応答とその結果である炎症反応とは、例えば反応が細菌感染症に対する場合、一般的に個体に対して利益を提供するが、場合によっては、免疫応答および炎症反応は有害な結末を引き起こす。特に、リウマチ性関節炎、全身性紅斑性狼瘡等のような自己免疫疾患患者は、しばしば重度の、そして場合によっては全身性の組織損傷を有する。例えばステロイド薬を投与すると、そのような患者における免疫応答の重症度を減少させうるが、そのような薬剤を長期使用すると、患者の生活水準の低下を含む副作用を引き起こしうる。さらに、そのような薬剤を用いると、一般的に、個体が免疫応答を引き起こす能力が低下し、従って、個体が短期の感染症にかかりやすくなり、それによって重度の結末を生じうる。故に、免疫応答および関連する炎症反応を特異的に調節するために有用な組成物および方法が必要である。本発明は、この必要性を満たし、さらなる長所を提供する。
【０００４】
発明の概要
本発明は、dnaJ熱ショックタンパク質（hsp）に由来する免疫原性ペプチド、およびそのようなペプチドを用いて対象における免疫応答を調節する方法に関する。本明細書に開示するように、T細胞媒介免疫応答を介して作用する本発明の免疫原性ペプチドには、それによってインターフェロンγのような前炎症性サイトカインの発現が増加する「前炎症性ペプチド」、およびそれによってインターロイキン-10のような抗炎症性サイトカインの発現が増加する「抗炎症性ペプチド」が含まれる。ペプチドはまた、様々な種のdnaJ hsp'において比較的保存されたアミノ酸配列を有する「相同ペプチド」として、および実質的に保存されていないアミノ酸配列を有する「非相同ペプチド」として一般的に特徴づけることができる。
【０００５】
したがって、本発明は、対象における免疫応答を調節する方法に関する。本発明の方法は、例えば、対象にdnaJ hspの免疫原性ペプチド部分を投与して、それによって対象における免疫応答を調節することによって行うことができる。dnaJ hspは、例えば、大腸菌dnaJ hspのような細菌のdnaJ hsp；酵母dnaJ hspのような無脊椎動物のdnaJ hsp；またはヒトHSJ1、HDJ1もしくはHDJ2のようなヒトdnaJ hspを含めた哺乳類dnaJ hspのような脊椎動物dnaJ hsp、を含む原核細胞または真核細胞dnaJ hspでありうる。
【０００６】
免疫原性ペプチドは、そのようなペプチドのdnaJ hspのグリコシル化型を含むdnaJ hspの如何なる免疫原性部分ともなりえて、一般的にMHCクラスII受容体またはT細胞受容体に結合することができ、そしてdnaJポリペプチドに対して実質的に特異的なエピトープを提供するペプチドである。例えば、ペプチドは、アミノ酸配列
0004264257.tif 000002
を有するペプチドといった大腸菌dnaJ hspの免疫原性ペプチド部分、アミノ酸配列
0004264257.tif 000003
を有するペプチドといったヒトHSJ1、HDJ1、もしくはHDJ2 dnaJ hspの免疫原性部分、またはアミノ酸配列
0004264257.tif 000004
を有するペプチドとなりうる。
【０００７】
本発明の方法は、免疫応答に関連した炎症反応を増加または減少させることによって、免疫応答を調節することができる。このように、一つの態様において、本発明の方法は、対象における炎症反応を増強または誘導するための手段を提供する。一つの局面において、対象における炎症反応を増強または誘導する方法は、前炎症活性を有するペプチド、すなわち前炎症性ペプチドを、免疫条件で対象に投与することによって行われる。もう一つの局面において、方法は、抗炎症性ペプチドを寛容化条件で対象に投与することによって行われる。方法のさらにもう一つの局面において、免疫原性ペプチドの組み合わせ、例えば二つまたはそれ以上の前炎症性ペプチドを免疫条件で、二つもしくはそれ以上の抗炎症性ペプチドを寛容化条件で、または少なくとも一つの前炎症性ペプチドを免疫条件で、そして少なくとも一つの抗炎症性ペプチドを寛容化条件で投与する。炎症反応を増強または誘導するそのような方法によって、対象におけるインターフェロンγ（IFNγ）、腫瘍壊死因子α（TNFα）、インターロイキン-1（IL-1）、IL-6、IL-12、もしくはIL-23のような前炎症性サイトカインのレベルが増加し、または対象におけるIL-4、IL-10、もしくはトランスフォーミング増殖因子β（TGFβ）のような抗炎症性サイトカインレベルが減少する、またはその組み合わせが起こる。
【０００８】
もう一つの態様において、本発明の方法は、対象における炎症反応を減少または阻害する手段を提供する。一つの局面において、炎症反応を減少または阻害する方法は、抗炎症活性を有するペプチドを免疫条件で対象に投与することによって行われる。もう一つの局面において、方法は、前炎症性ペプチドを寛容化条件で対象に投与することによって行われる。さらにもう一つの局面において、免疫原性ペプチドの組み合わせ、例えば二つもしくはそれ以上の前炎症性ペプチドを寛容化条件で、二つもしくはそれ以上の抗炎症性ペプチドを免疫条件で、または少なくとも一つの前炎症性ペプチドを寛容化条件で、そして少なくとも一つの抗炎症性ペプチド免疫条件で投与する。炎症反応を減少または阻害するそのような方法によって、対象におけるIL-4、IL-10、もしくはTGFβのような抗炎症性サイトカインのレベルが増加し、または対象におけるIFNγ、TNFα、IL-1、IL-6、IL-12、またはIL-23のような前炎症性サイトカインのレベルが減少する、またはその組み合わせが起こる。
【０００９】
本明細書に開示するように、例えば、配列番号：１〜26によって示される免疫原性ペプチドの如何なる一つまたは如何なる組み合わせをも含むdnaJ hspの免疫原性ペプチド部分の一つまたは組み合わせを投与することができる。本開示から明らかであるように、本発明のペプチドは、ペプチドが前炎症性ペプチドまたは抗炎症性ペプチドであるかに応じて、そしてペプチドが炎症反応を増強もしくは誘導するために投与されるか、または炎症反応を減少もしくは阻害するために投与されるかに応じて、免疫条件もしくは寛容化条件で対象に投与される。ペプチドは、ペプチドの免疫原性量を例えば皮内、皮下、また筋肉内に投与することによって、望ましければ、フロイントの完全もしくは不完全アジュバントのような免疫補助剤を含む組成物として投与することによって免疫条件で投与することができる。ペプチドは、例えば、ペプチドの寛容化量を粘膜内、または皮内、皮下、もしくは筋肉内に投与することによって寛容化条件で投与することができる。
【００１０】
本発明の方法は、免疫障害を有する、または免疫障害に対して感受性がある、もしくは素因がある対象を含む、免疫応答を調節することが望ましい如何なる病態をも有する、素因がある、または感受性がある対象に関して実践することができる。対象は一般的に、脊椎動物対象、特にネコ、イヌ、もしくはウマのような家畜動物；ヒツジ、ウシ、もしくはブタ動物のような牧畜動物；またはヒトを含む哺乳類である。免疫障害は、自己免疫疾患、例えば、乏関節若年性特発性関節炎のような関節炎、または後天性免疫不全疾患（AIDS）のような免疫欠損疾患のような免疫系の障害となりうる。免疫応答を調節することが望ましくなりうるさらなる病態には、例えば、感染疾患もしくは癌に反応して対象が十分な免疫応答を生じることができない病態、または対象の免疫応答が強すぎる病態、例えば、対象が自己免疫疾患以外の炎症性腸疾患を有する場合、もしくは対象が細菌敗血症を有する場合が含まれる。
【００１１】
本発明はまた、免疫エフェクター細胞の反応性を調節する方法にも関する。そのような方法は、例えば、dnaJ hspのペプチド部分を対象の免疫エフェクター細胞に接触させることによって行うことができる。ペプチドが由来するdnaJ hspは、原核または真核細胞dnaJ hspを含む、本明細書に開示の、または当技術分野で既知の如何なるdnaJ hspでありうる。ペプチドは、望ましければ、免疫補助剤、または他の免疫調節剤、例えば一つもしくはそれ以上のサイトカインを含みうる組成物において調製することができるが、必ずしもその必要はない。T細胞媒介免疫応答に関係する如何なる細胞ともなりうる免疫エフェクター細胞、特にT細胞は、ペプチドを対象に投与することによってインビボでペプチドと接触させることができ、またはインビトロで接触させることができる。
【００１２】
免疫エフェクター細胞をインビトロ（またはエクスビボ）で接触させる場合、方法は、接触させた免疫エフェクター細胞を対象に投与して、それによって対象における免疫応答を調節する手段を提供することをさらに含みうる。そのため、免疫エフェクター細胞は、対象に関して自己となりうる、すなわち患者から採取して、ペプチドとエクスビボで接触させた後、望ましければ細胞を培養で増殖させてから対象に投与する細胞となりうる。免疫エフェクター細胞はまた、対象に関して同種異系、例えば対象に対して少なくとも部分的にハプロタイプを一致させた細胞となりうる。したがって、そのような方法は、対象における炎症反応を増強もしくは誘導することによって、または対象における炎症反応を減少もしくは阻害することによって、免疫応答を調節する手段を提供する。
【００１３】
本発明はまた、前炎症性または抗炎症性活性を有するdnaJ hspの免疫原性ペプチド部分に関する。本発明のそのような免疫原性ペプチドは、配列番号：１〜26に記載のペプチドによって例示される。さらに、本発明は、少なくとも一つの異種ポリペプチドに機能的に結合させた本発明のペプチドを含むキメラポリペプチドに関する。本発明の少なくとも一つのペプチドを含む組成物、例えば、配列番号：１〜26に記載のペプチドのいずれか一つを含む組成物、ならびにそのようなペプチドの如何なる組み合わせも含む組成物、特に前炎症性ペプチドの組み合わせを含む組成物、および抗炎症性ペプチドの組み合わせを含む組成物が提供される。本発明の組成物は一般的に、生理的に許容される溶液において調製され、望ましければ、一つまたはそれ以上の免疫補助剤、例えば、一つまたはそれ以上のサイトカイン、フロイントの完全アジュバント、フロイントの不完全アジュバント、ミョウバン等をさらに含みうる。一般的に、組成物が一つまたはそれ以上のサイトカインを含む場合、サイトカインは、本発明のペプチドの炎症活性と同じ、またはそれを相補する炎症活性を有する。
【００１４】
本発明はさらに、本発明の免疫原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖となりえて、リボ核酸分子（RNA）、デオキシリボ核酸分子（DNA）、またはそのハイブリッドとなりうる。同様に、少なくとも一つの異種ヌクレオチド配列に機能的に結合した本発明のポリヌクレオチドを含む組み換え核酸分子が提供される。異種ヌクレオチド配列は、本発明のポリヌクレオチドに本来隣接結合して通常認められない如何なるヌクレオチド配列ともなりうる。例えば、異種ヌクレオチド配列は、転写調節エレメント、翻訳調節エレメントもしくはその組み合わせのような発現制御配列となりうる；またはサイトカインもしくは他の免疫調節物質のようなポリペプチド、ペプチドタグ、細胞内局在ドメイン等をコードしうる。本発明のポリヌクレオチドを含むベクター、例えば発現ベクター、および本発明のポリヌクレオチドまたはベクターを含む細胞も同様に提供される。
【００１５】
本発明に従って対象における免疫応答を調節する方法は、関節炎のような免疫媒介疾患の炎症に関連する症状を改善するための有効な治療戦略が、生じた炎症に単に対処するよりむしろ、その基礎となる免疫応答そのものを調節することによって得られうるという発見に基づいている。この戦略は炎症反応を調節するために用いることができ、例えば、粘膜の寛容化、DNAワクチン接種、アネルギー誘導、能動的免疫、および抗原特異的T細胞のエクスビボ調節を含む、免疫調節が望ましい多様な状況に適用することができる。
【００１６】
様々な態様において、調節には、対象におけるIFNγまたはTNFαのレベルといった前炎症性サイトカインのレベルの増加；単核細胞の増殖の刺激；または対象におけるIL-10、IL-4またはTGFβレベルといった抗炎症性サイトカインのレベルの増加が含まれうる。他の態様において、調節には、対象におけるサイトカインレベルの減少または阻害が含まれうる。そのため、本発明の組成物または方法は、治療すべき対象の状況に対して適当であるように、前炎症反応または寛容化反応を増強する手段を提供する。
【００１７】
本発明の方法は、免疫応答を含む、またはそれによって媒介される疾患、例えば自己免疫疾患、感染疾患、または癌を有する対象を治療するために有用である。本発明の方法に従って治療することができる自己免疫疾患の例には、関節炎、特に乏関節若年性特発性関節炎（oJIA）、糖尿病および多発性硬化症が含まれる。本発明の組成物または方法はまた、癌治療または感染物質に向けられる治療の補助として、複合様相治療の一部としても有用となりうる。
【００１８】
発明の詳細な説明
本発明は、対象における免疫応答を調節する方法を提供する。本明細書に開示するように、関節炎のような免疫媒介疾患の炎症関連症状を改善するための有効な治療戦略は、生じた炎症に単に対処するよりむしろ、基礎となる免疫応答を調節することによって得ることができる。この戦略は、粘膜の寛容化、DNAワクチン接種、アネルギー誘導、能動的免疫、および抗原特異的T細胞のエクスビボ調節といった、免疫調節が望ましい多様な状況に適応可能である。
【００１９】
本発明は、免疫応答を調節するために用いられるペプチドを提供する。本発明のペプチドは、最も一般的なヒトHLAクラスII対立遺伝子との結合能に関して選択される免疫原性ペプチドである。本明細書に開示されるように、免疫原性ペプチドはdnaJ hspの如何なる免疫原性部分ともなりえて、一般的にMHCクラスII受容体またはT細胞受容体に結合することができ、そしてdnaJポリペプチドに対して実質的に特異的なエピトープを提供するペプチドである。
【００２０】
本明細書に例示する免疫原性ペプチドは、大腸菌hsp dnaJ（GenBankアクセッション番号NP_308042）ならびにHSJ1（GenBankアクセッション番号XP_010863）、HDJ1（GenBankアクセッション番号P25685）およびHDJ2（GenBankアクセッション番号P31689）といったヒトdnaJタンパク質相同体を含む微生物および哺乳類の熱ショックタンパク質（hsp）に由来した。しかし、大腸菌のdnaJと相同なタンパク質またはヒトdnaJ相同体はまた、本発明の方法において有用な免疫原性ペプチドを誘導する起源としても用いることができると認識されるであろう。そのようなdnaJ相同体は、当技術分野で周知であり、例えば、ペスト菌（Yersinia pestis、GenBankアクセッション番号CAC89325）、酵母菌（Saccharomyces cerevisiae、GenBankアクセッション番号NP_013884）、ゼブラダニオ（GenBankアクセッション番号B1846679）、ニワトリ（GenBankアクセッション番号B1391025）、マウス（ゲンバンクNP_064662）といった様々な原核生物および真核生物からクローニングした核酸分子によってコードされるものが含まれる。他の生物からのさらなるdnaJ hspは、「dnaJ」、「HSJ1」等のような用語、ならびに本明細書に開示の検索法および検索パラメータを用いて、国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）のヌクレオチドまたはタンパク質データベースのような核酸分子またはタンパク質データベースを検索することによって同定および得ることができると認識されるであろう。
【００２１】
本明細書に開示するように、細菌hsp dnaJタンパク質のペプチド部分、ならびに細菌hsp dnaJペプチド配列と相同なペプチド（「相同ヒトペプチド」）および細菌hsp dnaJペプチド配列と相同でないペプチド（「非相同ヒトペプチド」）を含む、ヒトHSJ1、HDJ1、およびHDJ2 hspのペプチド部分は、対象の免疫応答を調節することができる。代表的な細菌hsp dnaJペプチドならびに相同および非相同ヒトペプチドには、以下が含まれる：
細菌dnaJペプチド
0004264257.tif 000005
相同ヒトペプチド
0004264257.tif 000006
非相同ヒトペプチド
0004264257.tif 000007
【００２２】
本発明の免疫原性ペプチドには、それによってインターフェロンγのような前炎症性サイトカインの発現が増加する「前炎症性ペプチド」、およびそれによってインターロイキン-10のような抗炎症性サイトカインの発現が増加する「抗炎症性ペプチド」が含まれる。本発明のペプチドが前炎症性活性または抗炎症性活性を有するか否かを簡便に決定することは、本明細書に開示のインビトロアッセイ法（実施例１および２を参照のこと）を用いて行うことができ、または例えば、免疫エフェクター細胞とペプチドとの接触により発現されたサイトカインの同一性および量を決定するために、当技術分野において一般的に用いられる如何なる方法を用いて行うことができる。本明細書において用いられるように、「免疫エフェクター細胞」という用語は、免疫応答を生むまたはもたらすことに直接関係する細胞を意味する。そのような細胞は当技術分野で周知であり、これらには、Bリンパ球（B細胞）；樹状細胞、単核貪食細胞、ランゲルハンス細胞を含むマクロファージといった抗原提示細胞、およびヒトにおける細静脈内皮細胞（およびB細胞）；ならびに特にT細胞、例えばヘルパーT細胞、サプレッサーT細胞、および細胞障害性T細胞が含まれる。
【００２３】
本発明の免疫原性ペプチドは、様々な種のdnaJ hspにおいて比較的保存されているアミノ酸配列を有するペプチド（「相同ペプチド」）およびdnaJ hspにおいて実質的に保存されていないアミノ酸配列を有するペプチド（「非相同ペプチド」）を含む２つの一般的な分類に特徴づけることができる。本明細書において用いられるように、「相同性」という用語は、如何なる数の配列比較アルゴリズムを用いて測定するか、または手動での整列化と肉眼での検分によって測定して、比較ウィンドウまたは指定領域に対して最大の対応が得られるように比較および整列化した場合に、参照配列と少なくとも約50％の配列同一性を共有するアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味する。配列同一性を決定する目的のために、脂肪族疎水性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、塩基性側鎖を有するアミノ酸（アルギニン、リジン）等の置換のような保存的アミノ酸置換は、同一であると見なされる。さらに、相同性の決定は、そのような挿入または欠失が比較目的にとって同一でないアミノ酸として計数される場合、一つまたは数個の挿入または欠失、好ましくは一つまたは二つの挿入または欠失を許容することができる。そのため、相同なペプチドは、配列同一性の最小量が維持される限り、長さがアミノ酸１個、２個、または数個異なりうる。
【００２４】
本明細書に開示するように、本発明の相同なペプチドまたはポリヌクレオチドは、参照ペプチドまたはポリヌクレオチドと比較した場合に少なくとも約50％の配列同一性、一般的に少なくとも約60％の配列同一性、および少なくとも約70％の配列同一性、または80％の配列同一性もしくはそれ以上を有しうる。例えば、アミノ酸15個を含む細菌dnaJペプチド４（配列番号：１）は、配列番号：１に関して同一のアミノ酸７個と保存的置換２個とを含む（9/15；60％）アミノ酸15個を含むヒトHSJ1ペプチド２（配列番号：９）と相同であり；配列番号：１に関して同一のアミノ酸６個と保存的置換３個とを含む（9/15；60％）アミノ酸15個を含むヒトHDJ1ペプチド３（配列番号：10）と相同であり；および配列番号：１に関して同一のアミノ酸８個を含む（8/15；53.3％）ヒトHDJ2ペプチド５（配列番号：11）と相同である。本発明の非相同ペプチドには、相同なペプチドではないが、それ以外は本発明の免疫原性ペプチドの特徴を有するペプチドが含まれる。
【００２５】
ペプチドまたはポリヌクレオチドが本発明の目的に関して相同であるか否かを決定することは、２つもしくは数個の配列を肉眼で比較するか、またはコンピューターによる方法を用いることによって行うことができ、これはまたタンパク質または核酸分子データベースに含まれうる複数の配列において相同な配列を同定するのに有用となりうる。例えば、相同性または同一性は、ジェネティクスコンピューターグループ（ウィスコンシン大学バイオテクノロジーセンター、1710 University Avenue, Madison, WI 53705）の配列分析ソフトウェアパッケージのような配列分析ソフトウェアを用いて測定することができる。そのようなソフトウェアは、様々な欠失、置換、および他の改変との相同性の程度を割付することによって、類似の配列と一致する。配列比較アルゴリズムを用いる場合、試験および参照配列をコンピューターに入力して、必要であれば小配列の座標を指定して、配列アルゴリズムパラメータを指定する。デフォルトプログラムパラメータを用いることができ、または別のパラメータを指定することができる。次に、配列比較アルゴリズムは、プログラムのパラメータに基づいて参照配列と比較して試験配列に関する％配列同一性を計算する。
【００２６】
「比較ウィンドウ」という用語は、その中で２つの配列を最適に整列化した後に隣接する位置の同じ数の参照配列と比較する連続した位置番号の如何なる一つのセグメント、例えば、アミノ酸の位置約９〜50個、またはヌクレオチドの位置約20〜200個に対する言及を含めるように本明細書において広く用いられる。比較のために配列を整列化する方法は周知であり、例えば、そのそれぞれが参照として本明細書に組み入れられる、スミス（Smith）およびウォーターマン（Waterman）（Adv. Appl. Math. 2：482、1981）の局所相同性アルゴリズム、ニードルマン（Needleman）およびビュンシュ（Wunsch）（J. Mol. Biol. 48：443、1970）の相同性配置アルゴリズム、ペアソン（Pearson）およびリップマン（Lipman）（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85：2444、1988）の類似性検索法が含まれ；これらのアルゴリズムのコンピューターによる実行（GAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA；ウィスコンシンジェネティクスソフトウェアパッケージ、ジェネティクスコンピューターグループ、575 Science Dr., Madison, WI）；または手動でのアライメントおよび肉眼での検分による方法が含まれる。相同性または同一性を決定するその他のアルゴリズムには、例えばBLASTプログラム（国立生物情報センターの基本局所アラインメント検索ツール）の他に、ALIGN、AMAS（多重整列化配列分析）、AMPS（タンパク質多重配列アラインメント）、ASSET（整列化セグメント統計評価ツール）、BANDS、BESTSCOR、BIOSCAN（生物配列比較分析ノード）、BLIMPS（ブロックス改善検索装置）、FASTA、インタバル＆ポインツ（Intervals ＆ Points）、BMB、CLUSTAL V、CLUSTAL W、CONSENSUS、LCONSENSUS、WCONSENSUS、スミス-ウォーターマンアルゴリズム、DARWIN、ラスベガスアルゴリズム、FNAT（強制ヌクレオチドアライメントツール）、Framealign、Framesearch、DYNAMIC、FILTER、FSAP（フリステンスキー配列分析パッケージ）、GAP（グローバルアライメントプログラム）、GENAL、GIBBS、GenQuest、ISSC（感受性のある配列比較）、LALIGN（局所配列アラインメント）、LCP（局所コンテントプログラム）、MACAW（多重アラインメント構築および分析ワークベンチ）、MAP（多重アラインメントプログラム）、MBLKP、MBLKN、PIMA（パターン誘導多重配列アラインメント）、SAGA（遺伝子アルゴリズムによる配列アラインメント）、およびWHAT-IFが含まれる。そのようなアラインメントプログラムはまた、ゲノムデータベースをスクリーニングして、実質的に同一の配列を有するポリヌクレオチド配列を同定するために、用いることができる。
【００２７】
有用なアルゴリズムの一例は、BLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムであり、これはアルトシュル（Altschul）ら、（Nucleic Acids Res. 25：3389〜3402、1977；J. Mol. Biol. 215：403〜410、1990、そのそれぞれが参照として本明細書に組み入れられる）によって記述されている。BLAST分析を行うためのソフトウェアは、国立バイオテクノロジー情報センターを通して公式に入手できる（URL ncbi. nlm. nih. govで全世界のウェブ上で利用可能）。このアルゴリズムは、データベース配列における同じ長さのワードと整列化した場合にいくつかの陽性値閾値スコアTに一致するか、またはこれを満足する問い合わせ配列における長さWの短いワードを同定することによって、高スコア配列対を最初に同定することを含む。Tは、隣接ワードスコア閾値と呼ばれる（アルトシュル（Altschul）ら、上記、1977、1990）。これらの最初の隣接ワードヒットは、それらを含むより長い高スコア配列対を発見する検索を開始するためのシードとして作用する。累積アラインメントスコアを増加することができる限り、それぞれの配列に沿って双方向にワードヒットを拡張する。累積スコアは、ヌクレオチド配列の場合、パラメータM+（マッチ残基対に関する報酬スコア；常に＞０）を用いて計算する。アミノ酸配列の場合、スコアリング行列を用いて累積スコアを計算する。それぞれの方向へのワードヒットの拡張は、累積アラインメントスコアがその最高到達値からX量低下した場合；一つもしくはそれ以上の陰性スコア残基アラインメントの蓄積により累積スコアが０もしくはそれ未満に低下した場合；またはそれぞれの配列の末端に達した場合に停止する。BLASTアルゴリズムパラメータ、W、T、およびXは、アラインメントの感度および速度を決定する。BLASTNプログラム（ヌクレオチド配列の場合）は、ワード長（W）11、期待値（E）10、M＝５、N＝４および双方の鎖の比較をデフォルトとして用いる。アミノ酸配列の場合、BLASTPプログラムは、ワード長３、期待値（E）10、BLOSUM62置換行列（scoring matrix）（ヘニコフ（Henikoff）およびヘニコフ（Henikoff）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89：10915、1989を参照のこと）アラインメント（B）50、期待値（E）10、M＝５、N＝４、および双方の鎖の比較をデフォルトとして用いる。
【００２８】
BLASTアルゴリズムはまた、２つの配列間の類似性の統計分析も行う（例えば、参照として本明細書に組み入れられる、カーリン（Karlin）およびアルトシュル（Altschul）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90：5873、1993 を参照のこと）。BLASTアルゴリズムによって提供された類似性の一つの測定値は、最小和確率（P(N)）であり、これは、２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然に起こる確率の指標を提供する。例えば、核酸は、試験核酸を参照核酸と比較した場合に、最小和確率が約0.2未満であれば、より好ましくは約0.01未満、および最も好ましくは約0.001未満であれば、参照配列と類似であると見なされる。
【００２９】
一つの態様において、タンパク質および核酸配列相同性は、基本局所アラインメント検索ツール（「BLAST」）を用いて評価する。特に、５個の特異的BLASTプログラムを用いて以下の作業を行う：
（1）BLASTPおよびBLAST3は、タンパク質配列データベースに対してアミノ酸問い合わせ配列を比較する；
（2）BLASTNは、ヌクレオチド配列データベースに対してヌクレオチド問い合わせ配列を比較する；
（3）BLASTXは、タンパク質配列データベースに対して問い合わせヌクレオチド配列（双方の鎖）の６フレームの概念的翻訳産物を比較する；
（4）TBLASTNは、６個全ての読みとり枠において翻訳されたヌクレオチド配列データベース（双方の鎖）に対して問い合わせタンパク質配列を比較する；
（5）TBLASTXは、ヌクレオチド配列データベースの６フレーム翻訳に対してヌクレオチド問い合わせ配列の６フレーム翻訳を比較する。
【００３０】
BLASTプログラムは、本明細書において問い合わせアミノ酸または核酸配列と、好ましくはタンパク質または核酸配列データベースから得られた試験配列とのあいだの「高スコアセグメント対」と呼ぶ類似のセグメントを同定することによって相同な配列を同定する。高スコアセグメント対は、好ましくは、その多くが当技術分野で既知である置換行列によって同定する（すなわち整列化する）。好ましくは、用いる置換行列は、BLOSUM62行列（ゴネット（Gonnet）ら、Science 256：1443〜1445、1992；ヘニコフ＆ヘニコフ（Henikoff and Henikoff）、Proteins 17：49〜61、1993、これらそれぞれは参照として本明細書に組み入れられる）である。次に好ましくは、PAMまたはPAM250行列を同様に用いてもよい（シュワルツ（Schwartz）およびデイホフ（Dayhoff）編、「距離の関係を検出する行列：タンパク質配列と構造アトラス（Matrices for Detecting Distance Relationships：Atlas of Protein Sequence and Structure）」、ワシントン、国立生物医学研究基金、1978）。BLASTプログラムは、米国国立医学図書館を通して、例えばURL ncbi.nlm.nih.govで世界中のウェブ上からアクセスすることができる。上記のアルゴリズムで用いたパラメータは、配列の長さおよび調べる相同性の程度に応じて適合させてもよい。いくつかの態様において、パラメータは、ユーザーからの指示がない場合にアルゴリズムによって用いられるデフォルトパラメータであってもよい。そのような検索法はまた、データベースからのdnaJ hsp'sを同定するために用いることができる。
【００３１】
本発明のペプチドは、化学ペプチド合成法を用いて調製することができ、コードするポリヌクレオチドから発現させることができ、またはdnaJ hspの切断によって単離することができる。組み換え型でペプチドを精製、合成、または産生する技術は簡便で当技術分野で周知であり、本発明の方法において用いるために十分な純度の免疫原性ペプチドを産生するために適している。この局面において、「単離された」または「実質的に純粋な」という用語は、インビボで通常会合している可能性がある他の化合物を実質的に含まないポリペプチドまたはポリヌクレオチドを意味する。本発明の方法の意味において、実質的に純粋という用語は、実質的に相同なペプチドまたはポリヌクレオチドを意味し、均一性は、タンパク質のN末端アミノ酸配列を得ることができる程十分な純度であるような、当技術分野で公知の純度標準物質と参照することによって決定される。好ましくは、ペプチドまたはポリヌクレオチドは、対象に投与するために用いることができるよう十分に単離される。そのため、単離されたペプチドまたはポリペプチドは、一般的に、ペプチドを含む試料の少なくとも約50％、通常少なくとも約75％、特に少なくとも約90％、および好ましくは約95％〜99％またはそれ以上を構成する。そのような純度の測定は、ペプチド単独、または例えば組成物に製剤化するための開始材料について言及され、この場合、本発明の単離ペプチドには、本発明のさらなる単離ペプチドを含んだ、本明細書に開示のさらなる成分をさらに含みうる、組成物の成分が含まれうる。
【００３２】
実質的に純粋なdnaJタンパク質およびペプチドは、無傷の微生物、特に細菌から微生物発現によって、化学もしくは生物学的合成によって、または例えば、アフィニティクロマトグラフィーを含む当技術分野で公知の日常的な精製方法を用いて得ることができる。そのような技術は、dnaJ hspの免疫原性ペプチド断片を得るために利用することができる。例えば、本発明のワクチン組成物を調製するために有用なタンパク質またはペプチドは、αアミノ基のt-BOCまたはFMOC保護を含む方法を用いて化学合成することができる。いずれの方法も、段階的合成を含み、それによってペプチドのC末端から始まって単一のアミノ酸が各段階で付加される（例えば、コリガン（Coligan）ら、「免疫学の現行プロトコール（Current Protocols in Immunology）」、ウィリーインターサイエンス、1991、単元９）。本発明のペプチドはまた、例えば、約0.1〜1.0 mmolアミン／gポリマーを含むコポリ(スチレン-ジビニルベンゼン)を用いて、様々な周知の固相ペプチド合成法（例えば、メリフィールド（Merrifield）、J. Am. Chem. Soc. 85：2149、1962；スチュワート（Stewart）およびヤング（Young）、「固相ペプチド合成（Solid Phase Peptides Synthesis）」（フリーマン、サンフランシスコ、1969）、27〜62頁を参照すること）によって合成することができる。化学合成が終了してから、ペプチドを脱保護し、０℃で約15分〜１時間の液体HF-10％アニソールによる処置によってポリマーから切断した。
【００３３】
試薬を蒸発させた後、ペプチドを１％酢酸溶液によってポリマーから抽出し、凍結乾燥すると、粗材料が得られた。この粗材料は、ゲル濾過クロマトグラフィー等の方法を用いて、例えばセファデックスRTM G-15アフィニティカラムまたはセファロースRTMアフィニティカラム上で、溶媒として５％酢酸を用いて精製することができる。カラムの適当な分画を凍結乾燥すると、実質的に相同なペプチドまたはペプチド誘導体が得られ、これは、アミノ酸分析、薄層クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、紫外線吸収分光法、モル回転、または溶解度のような標準的な技術を用いて特徴を調べることができ、例えば、固相エドマン分解法によってシークエンシングすることができる。
【００３４】
望ましければ、本発明の免疫原性ペプチドは、例えば、ペプチドが免疫原または寛容化原として作用する能力を増加させるために改変することができる。例えば、ペプチドは、グリコシル化によって改変することができ、これはペプチドのアミノ酸の反応性側鎖に炭化水素部分を結合させることによって、またはペプチドのN末端またはC末端で一つまたは数個のさらなるアミノ酸を含めることによって行うことができる。結合は、糖タンパク質、例えば、アスパラギン残基もしくはセリン残基に対してそれぞれN結合もしくはO結合した糖質において、一般的に認められる如何なる結合とも、または簡便に行うことができる如何なる他の結合ともなりうる。
【００３５】
本発明の免疫原性ペプチドは、一つまたはそれ以上の他のペプチドまたはポリペプチドに機能的に結合させることによって改変することができる。そのため、本発明はまた、少なくとも一つの異種ポリペプチドに機能的に結合した本発明のペプチドを含むキメラポリペプチドを提供する。本明細書において用いられるように、「機能的に結合した」という用語は、二つまたはそれ以上のペプチド（または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド）で、結合したペプチド（またはポリヌクレオチド）の機能が維持されるように、そしてキメラポリペプチド（または組み換え核酸分子）でそれぞれの成分ペプチド（またはポリヌクレオチド）の機能が示されるように互いに連結していることを意味する。例えば、本発明のキメラポリペプチドは、ペプチドを試料中で同定することができるように、またはニッケルキレート試薬を用いて混合物から単離することができるように、ポリヒスチジンタグのようなペプチドタグに機能的に結合した本発明のペプチドが含まれうる。本発明のペプチドはまた、例えば、細胞区画化ドメインに結合させることができ、これによって細胞のペプチド区画の位置特定、例えばキメラポリペプチドをコードする組み換え核酸分子の対象への投与後に発現されるペプチドを容易に位置特定できる。細胞区画化ドメインは、細胞質基質、核、細胞膜、小胞体、内側トランスゴルジ槽、またはライソゾームもしくはエンドソームへのペプチドの局在を促進することができるか；または細胞膜を通しての免疫原性ペプチドの輸送を促進することができる膜転位ペプチドとなりうるか；または細胞からペプチドの分泌を促進することができる分泌ペプチドとなりうる（例えば、そのそれぞれが参照として本明細書に組み入れられる、ハンコック（Hancock）ら、EMBO J. 10：4033〜4039、1991；バス（Buss）ら、Mol. Cell. Biol. 8：3960〜3963、1988；米国特許第5,776,689号を参照のこと）。
【００３６】
本発明はまた、本発明の免疫原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖となりえて、リボ核酸分子（RNA）、デオキシリボ核酸分子（DNA）、またはそのハイブリッドでありうる。さらに、本発明は、少なくとも一つの異種ヌクレオチド配列に機能的に結合した本発明のポリヌクレオチドを含む組み換え核酸分子を提供する。異種ヌクレオチド配列は、本発明のポリヌクレオチドに本来通常隣接して結合していて見い出せない如何なるヌクレオチド配列でありうる。例えば、異種ヌクレオチド配列は、転写調節エレメントもしくは翻訳調節エレメントのような発現制御配列、またはその組み合わせとなりうるか；またはサイトカインもしくは他の免疫調節物質、ペプチドタグ、細胞局在ドメイン等のようなポリペプチドをコードしうる。組み換え核酸分子が、本発明のペプチドと、本発明の一つもしくはそれ以上のさらなるペプチドまたは一つもしくはそれ以上のサイトカイン等のような第二の（またはそれ以上）の機能的ポリペプチド、とをコードする場合、組み換え核酸分子は、それぞれのコードペプチド間のプロテアーゼ認識部位をさらにコードすることができ、発現するると、コードされたペプチドのそれぞれが他のコードされるペプチドまたはポリペプチドとは離れた形で放出される。
【００３７】
本発明において、本発明のポリヌクレオチドを含むベクターも同様に提供され、さらに、本発明のポリヌクレオチドまたはベクターを含む細胞を提供する。ベクターは、そこに含まれる本発明のポリヌクレオチドもしくは組み換え核酸分子を大量に産生するために有用となりうるクローニングベクターであり；またはコードされるペプチドを発現することを目的として、ポリヌクレオチドを細胞もしくは対象に投与する場合に有用となりうる発現ベクターでありうる。そのようなベクターは、当技術分野で周知であり、例えば、プラスミドベクターおよびレトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ワクシニアウイルス等に由来するベクターを含むウイルスベクターが含まれる。
【００３８】
外来の構造遺伝子インサートを機能的にコードする一般的に用いられるプラスミドベクターは、pBR322プラスミドである。pBR322には、マーカーとしてアンピシリン抵抗性を付与する遺伝子が含まれるが、ヒトへの使用についてはそのようなアンピシリン抵抗性は避けるべきである。遺伝子免疫プロトコールにおいて有用なアンピシリン抵抗性を付与していない改変ベクターは、例えば、参照として本明細書に組み入れられる、1996年１月30日に提出された米国特許出願第08/593,554号に記載されている。
【００３９】
本発明において利用できる様々なウイルスベクターには、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニア、またはレトロウイルスのようなRNAウイルスが含まれる。好ましくは、レトロウイルスベクターは、マウスまたはトリのレトロウイルスの誘導体である。単一の外来遺伝子を挿入することができるレトロウイルスベクターの例には、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMuLV）、ハーベイマウス肉腫ウイルス（HaMuS-V）、マウス乳癌ウイルス（MuMTV）、およびラウス肉腫ウイルス（RSV）が含まれうるがこれらに限定されない。さらに多くのレトロウイルスベクターが、多数の遺伝子を組み入れることができる。これらのベクターは全て、形質導入された細胞が同定され、産生されうるように選択マーカーに関して遺伝子を移入または組み入れることができる。
【００４０】
組み換えレトロウイルスは欠損性であるため、それらは、感染性のベクター粒子を生じるために補助を必要とする。この補助は、例えばLTR内部での調節配列の制御下でレトロウイルスの構造遺伝子の全てをコードするプラスミドを含むヘルパー細胞株を用いることによって提供されうる。これらのプラスミドは、それによってパッケージング機構がカプシド化のためにRNA転写物を認識することができるヌクレオチド配列を欠失する。パッケージングシグナルが欠失しているヘルパー細胞株には、例えば、Ψ2、PA317、およびPA12が含まれるがこれらに限定されない。これらの細胞株は、ゲノムがパッケージングされていないため、空のビリオンを産生する。レトロウイルスベクターを、パッケージングシグナルは無傷であるが関係する他の遺伝子によって構造遺伝子が置換されているようなヘルパー細胞に導入すると、ベクターをパッケージングして、ウイルスビリオンを産生することができる。
【００４１】
特定の長所は、例えば、タンパク質様ワクチンに関連したアナフィラキシーショックのような可能性がある毒性のリスクが実質的に回避されることを含む、従来のワクチンとしてペプチドを投与する代わりに、本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをワクチンとして投与することによって得ることができることにある。細胞に接触させる、または対象に投与すると、本発明のポリヌクレオチドまたは組み換え核酸分子、またはポリヌクレオチドを含むベクターは、「裸の」DNAとして投与することができる、またはポリヌクレオチドの取り込みを促進して、細胞によって取り込まれる前にポリヌクレオチドの分解の可能性を減少させることができるリポソームまたはコロイド粒子のような輸送媒体に製剤化することができる。
【００４２】
本発明はまた、本発明の少なくとも一つのペプチドを含み、本発明の異なる複数の免疫原性ペプチド、例えば、配列番号：１〜26に記載のペプチドの如何なるものも含む組成物、またはそのようなペプチドの如何なる組み合わせも含む組成物、特に前炎症性ペプチドの組み合わせを含む組成物、および抗炎症性ペプチドの組み合わせを含む組成物を提供することができる。本発明の組成物は一般的に、生理学的に許容される溶液において調製され、望ましければ、一つまたはそれ以上の免疫補助剤、例えば、一つまたはそれ以上のサイトカイン、フロイントの完全アジュバント、フロイントの不完全アジュバント、ミョウバン等を含みうる。一般的に、組成物が一つまたはそれ以上のサイトカインを含む場合、サイトカインは、本発明のペプチドの炎症活性と同じまたは相補する活性を有する。組成物はまた、免疫刺激剤、または望ましければ個体の全身免疫応答を調節することができる免疫抑制剤を含む、如何なる免疫補助剤も含みうる。この活性を有する適した物質は、当技術分野で周知であり、それらにはサプレッサーまたは細胞障害性T細胞を刺激しうるIL-6、ならびに免疫応答を抑制することができるシクロスポリンAおよび抗CD4抗体が含まれうる。そのような化合物は、個々に、または本発明のワクチンとの混合物として投与することができる。
【００４３】
「サイトカイン」という用語は本明細書において、免疫系の細胞によって放出され、免疫応答を調節するために特異的受容体を通して非酵素的に作用する可溶性の糖タンパク質を意味するために広く用いられる。そのため、本明細書において用いられるように「サイトカイン」という用語には、ケモカイン、インターロイキン、リンフォカイン、モノカイン、インターフェロン、コロニー刺激因子、血小板活性化因子、腫瘍壊死因子α、および受容体関連タンパク質ならびにその機能的断片が含まれる。本明細書において用いられるように、「機能的断片」という用語は、本来のタンパク質の特徴である生物学的機能または活性を有するタンパク質のペプチドまたはポリペプチド部分を意味する。例えば、IL-10もしくはIL-4の機能的断片は、例えば天然に存在するまたは組み換えによって産生されたIL-10もしくはIL-4とそれぞれ実質的に同じ抗炎症活性を有し、一方IFNγもしくはTNFαの機能的断片は、例えば天然に存在するまたは組み換えによって産生されたIFNγもしくはTNFαとそれぞれ実質的に同じ前炎症活性を有する。
【００４４】
サイトカインは当技術分野で周知であり、これには例えば、内皮単球活性化ポリペプチドII（EMAP-II）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）、顆粒球CSF（G-CSF）、マクロファージCSF（M-CSF）、IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-12、IL-13等、IFNα、IFNβ、およびIFNγを含むインターフェロンが含まれ、そのそれぞれが細胞または細胞機構において特定の生物学的、形態的、または表原型変化に関連している。ケモカインはさらに、最初の二つの保存されたシステインのあいだにアミノ酸が介在するCXCケモカイン（またはα）サブファミリーのメンバー；そのような介在アミノ酸残基を含まないCC（またはβ）サブファミリーのメンバー；ならびに第一および第三システイン残基を欠損するC（またはγ）ケモカインによってさらに示される。一般的に、αケモカインメンバーは好中球およびTリンパ球（T細胞）に対して活性であり、βケモカインは単球、マクロファージ、およびT細胞に対して活性である。αおよびβケモカインサブファミリーのいくつかのメンバーもまた、強力な抗原提示特性を示し、多くの炎症疾患の病理生理学に関与すると考えられる遊走細胞である樹状細胞に対しても活性である（ウ（Xu）ら、J. Leuk. Biol. 60：365〜71、1996；およびソザニ（Sozzani）ら、J. Immunol. 159：1993〜2000、1997）。第四のヒトCX3C型ケモカインであるフラクタルカインも同様に記述されている（バザン（Bazan）ら、Nature 385：640〜4、1997；イマイ（Imai）ら、Cell 91：521〜30、1997；マッケイ（Mackay）、Curr. Biol. 7：R384〜6、1997）。他のケモカインとは異なり、フラクタルカインは、膜および可溶性型で存在する。可溶性型は単球およびT細胞の強力な化学誘引物質である。このケモカインの細胞表面受容体はCX3CR1と呼ばれる。
【００４５】
αケモカイン（IL-8とも呼ばれる）は、顆粒球化学誘引タンパク質2（GCP-2）；増殖関連腫瘍遺伝子α（GROα）、GROβ、およびGROγ；上皮細胞由来好中球活性化ペプチド78（ENA-78）；血小板塩基性タンパク質（PBP）；結合組織活性化ペプチドIII（CTAP III）；好中球活性化ペプチド2（NAP-2）；低親和性血小板因子4（LAPF-4）；IFNγによって誘導されたモノカイン（MIG）；血小板因子4（PF4）；インターフェロン誘導タンパク質10（IP-10）；間質細胞由来因子SDF-1α、SDF-1β、およびSDF-2によって示される。βケモカインは、単球化学誘引タンパク質MCP-1、MCP-2、MCP-3、MCP-4、およびMCP-5；マクロファージ阻害タンパク質MIP-1α、MIP-1β、MIP-1γ、MIP-2、MIP-2α、MIP-2β、MIP-3α、MIP-3β、MIP-4、およびMIP-5；マクロファージ由来ケモカイン（MDC）；ヒトケモカイン１（HCC-1）；LD78β；RANTES；エオタキシン1；エオタキシン2；TARC；SCYA17およびI-309；樹状細胞ケモカイン1（DC-CK-1）によって示される。γケモカインはリンフォタクチンによって示される。
【００４６】
本発明の組成物は、免疫原性ペプチドまたは複数のペプチドを生理学的に許容される担体と混合することによって、対象に投与するために調製することができる。そのような担体は、用いる用量および濃度でレシピエントに対して非毒性であろう。通常、そのような組成物の調製は、特定のウイルス抗原を、生理食塩液、緩衝液、アスコルビン酸のような抗酸化剤、低分子量（約10残基未満）のポリペプチド、タンパク質、アミノ酸、グルコースまたはデキストランを含む糖質、EDTAのようなキレート剤、グルタチオン、ならびにその他の安定化剤および賦形剤と混合することを必要とする。そのような組成物は、懸濁液、乳液、または凍結乾燥の形状となりえて、所望の適用において用いるために適切に調節され、承認される条件で調製される。
【００４７】
生理的に許容される担体は、本発明の免疫原性ペプチドまたはポリヌクレオチドと組み合わせた場合に、成分が生物活性を保持することができ、対象の免疫系との反応を不都合に破壊しない如何なる材料ともなりうる。例には、リン酸緩衝生理食塩液溶液、水、油／水型乳剤のような乳剤、および様々なタイプの湿潤剤といった如何なる標準的な生理的に許容される担体も含まれるがこれらに限定されない。エアロゾルまたは非経口投与のための好ましい希釈剤は、リン酸生理食塩液または通常の（0.9％）生理食塩液である。そのような担体を含む組成物は、従来の周知の方法によって調製される（例えば、「レミントンの製薬科学（Remington's Pharmaceutical Sciences）」、第43章、14版、マックパブリッシング社、イーストン、ペンシルバニア州、18042、アメリカを参照のこと）。
【００４８】
対象に投与する場合、ペプチド、またはコードするポリヌクレオチドは一般に組成物として調製される。したがって、本発明は、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドの他に一般的に、その中でペプチドまたはポリヌクレオチドが投与のために都合よく調製されうる担体を含む組成物を提供する。例えば、担体は、生理緩衝生理食塩液のような水溶液、またはグリコール、グリセロールのような他の溶媒もしくは媒体、オリーブ油のような油、または注射可能な有機エステルとなりうる。担体にはまた、例えば、ペプチドまたはコードするポリヌクレオチドを安定化するように、およびその吸収を増加させるように作用する生理的に許容される化合物が含まれうる。生理的に許容される化合物には、例えば、グルコース、蔗糖、またはデキストラン、アスコルビン酸もしくはグルタチオンのような抗酸化剤、キレート剤、低分子量タンパク質または他の安定化剤もしくは賦形剤が含まれる。同様に、本発明の方法を実践する目的で培養において処置した細胞、例えば、滑液単核細胞、樹状細胞等も同様に、細胞を対象に投与する場合の組成物に調製することができる。
【００４９】
生理的に許容される化合物を含む担体に関する当業者の医師の選択が、ペプチドまたはコードするポリヌクレオチドを投与する方法と共に、組成物の投与経路に依存することが認識されるであろう。組成物を免疫条件で、すなわちワクチンとして投与する場合、一般的に筋肉内、皮内、または皮下投与されるが、静脈内のように非経口投与することができ、注射、挿管、または当技術分野で公知の他の方法によって投与することができる。免疫系の所望の調節が寛容化である場合、組成物は好ましくは経口投与するか、または上記のように投与することができる。
【００５０】
本発明の組成物はまた、診断試薬、栄養物質、毒素、または治療物質、例えば、癌化学療法剤のような第二の試薬を含みうる。好ましくは、第二の試薬は免疫調節剤、例えばサイトカインまたはB7分子のような免疫刺激物質である。さらに、免疫応答を刺激することが望ましい場合、組成物は、アジュバント、例えば、ミョウバン、DETOXアジュバント（リビ・イムノケムリサーチインク（Ribi Immunochem Research, Inc.）；ハミルトン、マサチューセッツ州）、またはフロイントの完全もしくは不完全アジュバントを含みうる。アジュバントを付加すると、本発明のペプチドの免疫原性を増強し、このように、免疫応答を刺激するために必要な抗原量を減少させることができる。アジュバントは、抗原の持続を延長すること、共刺激シグナルを増強すること、肉芽腫形成を誘導すること、非特異的にリンパ球の増殖を刺激すること、またはT細胞およびAPCの付着を改善することによって、免疫応答を増強することができる。
【００５１】
本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを含む組成物は、水中油型乳剤、微小乳剤、ミセル、混合ミセル、リポソーム、ミクロスフェア、または他のポリマーマトリクスのように、封入材料内に組み入れることができる（例えば、そのそれぞれが参照として本明細書に組み入れられる、グレゴリアディス（Gregoriadis）、「リポソーム技術（Liposome Technology）」第１巻（CRC出版、ボカラートン、フロリダ州、1984）；フラレー（Fraley）ら、Trends Biochem. Sci. 6：77、1981を参照のこと）。例えば、リン脂質または他の脂質からなるリポソームは、調製および投与が比較的単純な非毒性の、生理的に許容される代謝可能な担体である。「ステルス」リポソーム（例えば、そのそれぞれが参照として本明細書に組み入れられる、米国特許第5,882,679号；第5,395,619号；および第5,225,212号を参照のこと）は、そのような封入材料の例である。例えば、陽イオンリポソームも同様に、特異的受容体またはリガンドによって改変することができる（参照として本明細書に組み入れられる、モリシタ（Morishita）ら、J. Clin. Invest. 91：2580〜2585、1993）。さらに、ポリヌクレオチド物質は、例えば、アデノウイルス-ポリリジンDNA複合体を用いて細胞に導入することができる（例えば、参照として本明細書に組み入れられる、ミカエル（Michael）ら、J. Biol. Chem. 268：6866〜6869、1993を参照のこと）。
【００５２】
したがって、本発明は、dnaJ hspの免疫原性ペプチド部分またはそのようなペプチドをコードするポリヌクレオチドを対象に投与することによって、対象における免疫応答を調節する方法を提供する。本明細書に開示するように、dnaJ hspは、例えば、大腸菌dnaJ hspのような細菌dnaJ hsp；酵母dnaJ hspのような無脊椎動物dnaJ hsp；またはヒトHSJ1、HDJ1、もしくはHDJ2などのヒトdnaJ hspを含む哺乳類dnaJ hspのような脊椎動物dnaJを含む、原核生物または真核生物dnaJ hspでありうる。そのため、本発明の組成物の成分を含みうる本発明のペプチドは、ヒト対象を治療するため、および獣医学目的のためを含む、薬剤としてに有用となりうる。
【００５３】
本発明の方法は、免疫応答に関連した炎症反応を増加させることによって、または免疫応答に関連した炎症反応を減少させることによって、免疫応答を調節することができる。このように、一つの態様において、本発明の方法は、対象における炎症反応を増強または誘導する手段を提供する。そのような方法は、前炎症性活性を有するペプチド、すなわち前炎症性ペプチドを免疫条件で対象に投与することによって；抗炎症性ペプチドを寛容化条件で対象に投与することによって；あるいはそのようなペプチドの組み合わせを、例えば二つもしくはそれ以上の前炎症性ペプチドを免疫条件で投与することによって、二つもしくはそれ以上の抗炎症性ペプチドを寛容化条件で投与することによって、または少なくとも一つの前炎症性ペプチドは免疫条件で、そして少なくとも一つの抗炎症性ペプチドを寛容化条件で投与することによって、行うことができる。炎症反応を増強もしくは誘導する方法によって、対象におけるIFNγ、TNFα、IL-1、IL-6、IL-12、もしくはIL-23のような前炎症性サイトカインレベルの増加が起こりうる、または対象におけるIL-4、IL-10、もしくはTGFβのような抗炎症性サイトカインレベルの減少が起こりうる、またはその組み合わせが起こりうる。
【００５４】
本発明の方法はまた、抗炎症活性を有するペプチドを免疫条件で対象に投与することによって；前炎症性ペプチドを寛容化条件で対象に投与することによって；または、そのようなペプチドの組み合わせを、例えば二つもしくはそれ以上の前炎症性ペプチドを寛容化条件で投与することによって、二つもしくはそれ以上の抗炎症性ペプチドを免疫条件で投与することによって、または少なくとも一つの前炎症性ペプチドは寛容化条件で、そして少なくとも一つの抗炎症性ペプチドを免疫条件で投与することによって、対象における炎症反応を減少もしくは阻害する手段を提供する。そのような方法によって、対象におけるIL-4、IL-10、もしくはTGFβのような抗炎症性サイトカインレベルの増加が起こりうる、または対象におけるIFNγ、TNFα、IL-1、IL-6、IL-12、もしくはIL-23のような前炎症性サイトカインレベルが減少しうる、またはその組み合わせが起こりうる。
【００５５】
本明細書に開示するように、dnaJ hspの免疫原性ペプチド部分の一つまたは組み合わせ、例えば配列番号：１〜26に例示する免疫原性ペプチドの如何なる一つまたは如何なる組み合わせも投与することができる。当業者は、ペプチドが前炎症性ペプチドであるか抗炎症ペプチドであるかに応じて、およびペプチドが炎症反応を増強もしくは誘導するために投与されるか、または炎症反応を減少もしくは阻害するために投与されるかに応じて、本発明のペプチドを免疫条件または寛容化条件で対象に投与するということを、本開示を考慮して認識するものと思われる。
【００５６】
本明細書において用いられるように、「免疫条件」とは、本発明のペプチドが、それがその免疫原性活性を発揮することができるように細胞に接触する、または対象に投与されることを意味する。そのため、T細胞免疫原であるペプチドは、一般的に免疫原性量で、望ましければ、フロイントの完全または不完全アジュバントのような免疫補助剤を含む組成物に調製して、典型的に初回投与後何らかの時期に一回またはそれ以上の追加投与を皮内、皮下、または筋肉内に行う。本明細書に用いられるように、「寛容化」条件という用語は、本発明のペプチドが、そうでなければ免疫原性である活性に対してそれが寛容化を誘導するように、細胞に接触するか、または対象に投与されることを意味する。その結果、対象は、例えば、対象によってそれが「自己」と認識され、免疫応答を行うことができないようにペプチドに対して寛容化される。ペプチドは、ペプチドの寛容化量、一般的に一定期間、少量を皮内、皮下、筋肉内、または好ましくは粘膜内、例えば鼻腔内スプレーもしくは食事によって投与することによって、寛容化条件で投与することができる。
【００５７】
本発明の方法は、免疫障害を有する、または免疫障害に対して感受性があるもしくは素因がある対象を含む、免疫応答を調節することが望ましい如何なる病態をも有する、または素因があるもしくは感受性がある対象に関して実践することができる。対象は一般的に、脊椎動物対象、特に、ネコ、イヌ、もしくはウマのような家畜動物；ヒツジ、ウシ、もしくはブタ動物のような牧畜動物；またはヒトを含む哺乳類である。免疫障害は、自己免疫疾患、例えば乏関節若年性特発性関節炎（oJIA）、または後天性免疫不全症候群（AIDS）のような免疫不全疾患のような免疫系の障害となりうる。免疫応答を調節することが望まれうるさらなる病態には、対象が、例えば、感染性の疾患もしくは癌に反応して十分な免疫応答を示さない病態、または対象の免疫応答が大きすぎる病態、例えば、対象が自己免疫疾患以外の炎症性腸疾患を有する場合、または対象が細菌敗血症を有する場合が含まれる。
【００５８】
本発明の方法の実践において投与される組成物の全量は、ボーラス、または比較的短時間での注入のいずれかによる１回量として対象に投与して、一定期間のあいだに一回またはそれ以上の追加投与を行うことができる。対象において免疫応答を刺激する組成物の量は、対象の年齢および全身健康を含む様々な要因に依存すると共に、投与経路および投与すべき治療回数に依存するであろう。これらの要因を考慮して、当業者の臨床医は必要に応じて特定の用量を調節することを周知していると思われる。一般的に、組成物の処方ならびに投与経路および回数は、最初にフェーズI（実施例８を参照のこと）およびフェーズII臨床試験を用いて決定される。
【００５９】
本発明の免疫原性ペプチドは、好ましくは、対象の胃腸管におけるIgA産生を選択的に刺激して、経口での寛容を誘導するために十分な方法で投与される。ヒトまたは動物対象に抗原を食事として与えることによって経口寛容を誘導する方法は、周知である（例えば、参照として本明細書に組み入れられる、ハスビー（Husby）ら、J. Immunol. 152：4663〜4670（1994）を参照）。このように、寛容化が望ましい場合、本発明のペプチドは、IgAへのIgMスイッチを誘導するIgA免疫刺激剤；例えば、同様に全身のヘルパーT細胞活性を阻害することができるTGF-β、と同時に投与することができる。好ましくは免疫原性ペプチドと、存在する場合はIgA免疫刺激剤とは、ワクチンの作用を胃腸管に限定するために腸内投与される。しかし、本発明のペプチドは、免疫治療の技術分野において許容される他の如何なる方法で、例えば血管内、皮内、皮下、筋肉内、または腹腔内に投与することも可能である。
【００６０】
ポリヌクレオチドは、免疫学的技法のために一般的に用いられる如何なる経路、特に皮内によって投与することができる（例えば、参照として本明細書に組み入れられる、1995年６月７日に提出された米国特許出願第08/446,691号を参照のこと；同様に米国特許出願第08/593,554号も参照のこと）。これらの開示に従って、組み換え遺伝子発現ベクターを、注射、吸着、または宿主の皮膚または粘膜を通しての経皮伝幡経路のような手段によって投与する。
【００６１】
本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを投与するためのプロトコールは、患者の年齢、体重、および病態と共にその組成物によって変化するであろう。しかし、ペプチドの好ましい投与プロトコールは、上記のように、他の型の治療と共にもしくは単独でワクチンの免疫学的有効量を毎日経口（腸内）投与すること、または従来の抗炎症治療（例えば、ステロイドまたは非ステロイド性抗炎症薬および／または鎮痛剤の使用）を含む。投与回数に応じて、本発明の各ペプチドワクチンの免疫学的有効量は、約10 μg〜100 mg、一般的に約100 μg〜100 mg、通常、約１mg〜50 mgの範囲、および特に抗原性タンパク質またはペプチドの約25 mgであろう。抗原性ペプチドの１日量は、一般的に約１mg/日の量で投与されると思われる。
【００６２】
本発明の方法に従って投与されるポリヌクレオチドの用量は、宿主による所望の反応、および用いるベクターから得ることができる遺伝子発現レベルに応じて変化するであろう。一般的に、皮内経路による裸のポリヌクレオチドを導入するために、ポリヌクレオチド約100 μg〜200 μgまでを１回量として投与することができるが、皮膚または粘膜を通して投与されるポリヌクレオチドの約0.3 μgもの少量でも、長く持続する免疫応答を誘導することができる。しかし、本発明の目的に関して、コードされた免疫原性ペプチドの発現を引き起こすために十分な用量で、裸の遺伝子発現ベクターを供給することが十分である。これらの用量は、異なる発現レベルを得るために変更することができ、このように、免疫量または寛容量を提供することができる。発現したペプチドの存在および量を確認する手段は、当技術分野で周知であり、これには例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ法、PCR技術、および免疫組織化学分析のような免疫アッセイ法が含まれる。投与されるポリヌクレオチドの用量は、臨床技術分野の当業者に公知のインビボ臨床兆候、ならびにこれらの検出および定量手段によって提供される情報に基づいて所望の発現レベルが得られるように調節することができる。
【００６３】
免疫刺激剤または免疫抑制剤の従来の用量を、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドとの組成物に含めてもよく、またはペプチド、例えば、約１μg/kg〜100 μg/kgのIL-6を投与する前、投与時、または投与後に個別に投与してもよい。そのような用量は、当技術分野で公知の方法、またはそうでなければ一般的に実践される方法を用いて容易に確認することができる情報に基づくと思われる。初期患者の治療は、代用評価項目の観察に至るまで、観察中、または観察後も継続することができる。
【００６４】
本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを、疾患に対する素因があるがまだ発症していない対象へ投与するには、例えば患者の胃腸液または末梢血液循環において抗dnaJペプチドIgAの検出可能な増加を得るために十分な組成物の一つまたはそれ以上の用量を短期間投与することによって達成されうる。一般的に、本発明のワクチンは初期疾患の患者に使用することが好ましい。
【００６５】
本発明の治療方法の経時的な有効性は、障害に対する素因があるが治療開始時に障害の兆候または症状を示していない対象において、免疫障害の症状または臨床兆候を示さないことによって同定することができる。免疫障害、または免疫応答を調節することが望ましい他の病態を有すると診断された患者において、本発明の方法の有効性は、対象における兆候もしくは症状の重症度の軽減を測定することによって、または障害の代用評価項目の発生率によって評価することができる。
【００６６】
自己免疫性関節炎のような免疫障害に関して、関節炎の臨床兆候および症状に関する従来のパラメータおよび疾患の代用評価項目は、当技術分野で周知であり、例えば、関節の圧痛に関する「リッチー指数」の測定（リッチー（Ritchie）ら、Quart. J. Med. 37：393〜406（1968））を行うこと、腫脹した関節の数の測定、朝の関節のこわばりの毎日の持続時間、握力強度、または肉眼的アナログ尺度上での疼痛の程度（ハスキッソン（Huskisson）、Lancet 2 ：1127〜1131（1974））、および患者による抗炎症剤または鎮痛剤の相対的使用レベルを測定することが含まれる。追跡することができるさらなる従来の臨床パラメータには、例えば、疾患の持続時間、赤血球沈降速度（ESR）、C反応性タンパク質（CRP）レベル、活動性関節数（NAA）、関節指数の重症度（CSA）、寛解期間、小児健康評価アンケート（CHAQ）、およびdnaJペプチドによる治療に対する反応（反応者対非反応者の特徴付け）が含まれる。
【００６７】
大腸菌抽出物の二重盲検臨床試験の結果に基づいて（ブラッケルツ（Brackertz）ら、J. Rheum. 16：19〜23、1989）、本発明の組成物の投与によって、対象における何らかの有害な副作用はあるとしても少ないと予想される。例えば、胃腸管の刺激感は起こりうるが、低いと予想されるであろう。これらの組成物の毒性は、血液化学と共に、ヘマトクリット、ヘモグロビン、血小板およびリウマチ因子レベルのような変数をアッセイすることによる定期的な臨床検査といった、従来の手段によってモニターすることができる。他の免疫障害または対象の免疫応答を調節することが望ましい他の病態の場合は、障害に特徴的な兆候および症状をモニターする。
【００６８】
本発明はまた、免疫エフェクター細胞の反応性を調節する方法を提供する。そのような方法は、例えば、免疫エフェクター細胞にdnaJ hspのペプチド部分を、またはそのようなペプチドをコードするポリヌクレオチドを接触させることによって、行うことができる。ペプチドが由来するdnaJ hspは、本明細書に開示の、またはそうでなければ当技術分野で公知の如何なるdnaJ hspであってもよく、望ましければ免疫補助剤または他の免疫調節剤、例えば一つまたはそれ以上のサイトカインを含みうる組成物に調製することができる。樹状細胞のような抗原提示細胞、および特にT細胞を含む、T細胞媒介免疫応答に関係する如何なる細胞ともなりうる免疫エフェクター細胞は、ペプチドを対象に投与することによってインビボでペプチドに接触させることができ、またはインビトロで接触させることができる。
【００６９】
免疫エフェクター細胞をインビトロ（またはエクスビボ）で接触させる場合、方法は、接触した免疫エフェクター細胞を対象に投与することを含み、このように対象における免疫応答を調節する手段を提供する。免疫エフェクター細胞は、患者から採取した自己細胞であってもよく、エクスビボでペプチドに接触させ、その後対象に戻すことができる。そのような方法は、免疫エフェクター細胞をインビボで増殖させることができ、望ましければ、その後増殖させた細胞集団を対象に投与することができるという長所を提供する。免疫エフェクター細胞はまた、対象に関して同種異系であってもよく、例えば対象と血縁があって、対象と共通のハプロタイプを有する個体から選択した細胞、またはハプロタイプが既知であって、少なくとも部分的にハプロタイプを対象に一致させた細胞株の集団から選択した細胞であってもよい。そのような細胞は、対象に投与すると、対象における炎症反応を増強もしくは誘導することによって、または対象における炎症反応を減少もしくは阻害することによって、対象における免疫応答を調節することができる。
【００７０】
以下の実施例は、本発明を説明するためであって制限するものと解釈されない。
【００７１】
実施例１
組み換え大腸菌dnaJに対する細胞免疫応答
健康な対象（「対照」）10人および乏関節若年性特発性関節炎（「oJIA」）患者21人からの末梢血単核細胞（PBMC）の組み換え大腸菌dnaJ（dnaJ）に対する増殖反応は、有意差を示さなかった（図1A）。dnaJ特異的T細胞が炎症の滑膜部位に富むか否かを評価するために、全てのoJIA患者からの滑液単核細胞（SFMC）をdnaJによって96時間刺激した。SFMCの平均刺激指数（SI）は、対応するPBMCのSIより有意に高かった（p＝0.01；図1A）。さらに、dnaJによる刺激後、CD3+CD69+細胞として評価した活性化T細胞の割合は、PBMCと比較するとSFMCでは有意に高かった（p＝0.0002）（図1B）。
【００７２】
dnaJに対するSFMCの反応の増加がSFMC反応性の非特異的な増加に副次的なものではないことを確認するために、無関係なメモリー抗原である破傷風類毒素（TT）に対する双方の区画からの細胞の増殖反応を調べた。TTに対する増殖反応は、PBMCと比較すると（中央値SI＝12.3）、SFMCではより高い傾向があった（中央値SI＝6.0）。dnaJおよびTTに対するPBMCおよびSFMCの反応の差を比較するために、２つの抗原のそれぞれに関して２つの区画において得られた刺激指数の比を計算した。図1Cに示すように、比SI SFMC/SI PBMCは、TTよりもdnaJによる刺激後に有意に高かった（p＝0.038）。
【００７３】
前炎症性サイトカインであるインターフェロンγ（IFNγ）および腫瘍壊死因子α（TNFα）、ならびに抗炎症サイトカインであるインターロイキン-4（IL-4）およびIL-10の産生を、dnaJの存在下または非存在下で72時間インキュベートした健康対照者からのPBMCおよびoJIA患者からのPBMC-SFMC対応試料の培養上清において評価した。図２に示すように、患者および対照のPBMCからのサイトカイン産生に差を認めなかった。サイトカイン産生に関するPBMC-SFMC対応試料の分析から、dnaJによって刺激すると、oJIA患者ではPBMCよりSFMCにおいてIFNγの有意なより高い産生（p＜0.01）を誘導した；IFNγ産生は、疾患の持続期間と有意に反比例した（R＝−0.40、p＝0.034）。TNFαおよびIL-10産生は、２つの区画において同等であった。IL-4レベルは、PBMCおよびSFMCからの上清において、対照および患者の双方において検出限界以下であった。
【００７４】
表１は、組み換え大腸菌dnaJタンパク質と共に72時間インキュベートした後、無関係な対照ペプチドである卵白アルブミン（OVA）、または大腸菌hsp dnaJ由来ペプチドの存在下または非存在下で放射線照射自己フィーダー細胞によって72時間再刺激したoJIA患者のSFMCの培養上清における前炎症および抗炎症性サイトカインの産生を評価した結果を示す。結果をpg/mlとして表記する（平均値±SD）。
【００７５】
【表１】
前炎症性および抗炎症性サイトカイン産生
0004264257.tif 000008
【００７６】
これらの結果は、dnaJに対する増殖反応およびIFNγ産生がoJIA患者では末梢血の場合より滑膜成分においてより高いことを示し、大腸菌hsp dnaJまたは相同なタンパク質またはそのペプチド部分が関節の炎症プロセスにおいて役割を有しうることを示している。
【００７７】
実施例２
組み換え大腸菌dnaJに由来する合成ペプチドに対する細胞免疫応答
細菌のdnaJタンパク質上で可能性がある関連するエピトープを同定するために、oJIA患者のPBMCおよびSFMCをdnaJと共に72時間インキュベートして、選択した大腸菌由来MHCクラスII結合ペプチドの存在下または非存在下で自己フィーダー細胞によって96時間再刺激した。全体でペプチド８個を調べ、その内訳は、大腸菌dnaJのN末端領域に由来し、３つのヒトdnaJイソ型（HDJ1、HDJ2、HSJ1；相同ペプチド）のそれぞれに対する配列相同性を示すペプチド３個（pep4、pep22、pep174）、および大腸菌dnaJのC末端領域に由来し、ヒト相対物と如何なる相同性も示さないペプチド５個（pep61、pep209、pep242、pep264、pep268；非相同ペプチド）である。
【００７８】
大腸菌由来ペプチドによるPBMCの刺激によって、非常に低い増殖反応が得られ（SI＜１）、前炎症性または抗炎症性サイトカインの産生は検出不可能であった。対照的に、SFMCは、程度は異なるものの、ペプチド22、61、174、または268の存在下で平均SI≧６でペプチドの全てに反応して増殖した（図３）。反応の特異性を評価するために、SFMCをdnaJと共にインキュベートした後、無関係なOVAペプチドの存在下で再刺激した。oJIAを有しないHLA B27+患者からのSFMC（n＝４）は、細菌ペプチドのそれぞれに反応して平均SI＜３を示した。この結果は、大腸菌dnaJ由来ペプチドに対する高い増殖反応が疾患特異的であることを示唆している。同じペプチドに対するサイトカイン産生を、oJIA患者からのSFMCの培養上清において調べた。表１に示すように、前炎症性サイトカインの産生は、大腸菌由来ペプチドのそれぞれに接触させた後、検出可能であった。SFMCが検出可能なレベルの抗炎症性サイトカインIL-10を産生したのはoJIA患者21人中１人に過ぎず、IL-4はいずれも検出可能なレベルで産生されなかった。
【００７９】
調べた前炎症性サイトカインにおいて、IFNγ産生は、ペプチド４および264を除き、細菌ペプチドの全ての増殖反応と有意に相関した（表２）。相関は、ペプチド22、61、174、および268ではより強く、SI≧６を誘導し、これらのペプチドが炎症部位で関連する標的エピトープを表しうることを示している。さらに、ペプチド209、242、または264による刺激に反応して産生されたIFNγは、CRPおよびESR値と有意に相関した。表２は、組み換え大腸菌hsp dnaJによって刺激した後、大腸菌hsp dnaJ由来ペプチドの存在下／非存在下で放射線照射した自己フィーダー細胞によって再刺激したoJIA患者からのSFMCの培養上清におけるIFNγ産生レベルと、同じペプチドによってSFMCを刺激して誘導された刺激指数（SI）、ESR、またはCRP値との相関を示す。
【００８０】
【表２】
相関（スペアマン検定）
0004264257.tif 000009
*  は大腸菌hsp dnaJの３つのヒトイソ型に由来するペプチドとの配列相同性を表す細菌ペプチドを示す。
【００８１】
実施例３
大腸菌hsp dnaJに対して相同な、または相同でないヒトHSJ1、HDJ1、またはHDJ2ペプチドに対する細胞免疫応答
ヒトの相同なペプチドが自己反応性に至る交叉認識の標的となりうるか否かを評価するために、大腸菌dnaJとの配列相同性を有するHSJ1、HDJ1、またはHDJ2の領域に由来するヒトペプチドを調べた。組み換え大腸菌hdp dnaJに対するSIが３以上であるoJIA患者14人のSFMCを、細菌ペプチド４の相同体であるヒトペプチド２、３、もしくは５；細菌ペプチド22の相同体であるヒトペプチド20、21、もしくは23；または細菌ペプチド174の相同体であるヒトペプチド164、167、もしくは176の存在下または非存在下で自己細胞によって96時間再刺激した。SFMC増殖反応、前炎症性サイトカイン産生、および抗炎症性IL-4レベルは、ヒトdnaJタンパク質に由来するペプチドと相同な細菌ペプチドとのあいだで全体的に類似であった。
【００８２】
表３は、組み換え大腸菌hsp dnaJと共に72時間インキュベートした後、大腸菌dnaJ由来ペプチドまたはヒトdnaJイソ型に由来する相同なペプチド（HSJ1、HDJ1、またはHDJ2）の存在下または非存在下で自己放射線照射フィーダー細胞によって再刺激したoJIA患者からのSFMCの増殖反応およびサイトカイン産生を示す。結果をSIまたはpg/ml（平均＋SD）として表記する。
【００８３】
【表３】
増殖反応とサイトカイン産生
0004264257.tif 000010
*：大腸菌ペプチド４に対してp＜0.03、＠：大腸菌ペプチド４に対してp＜0.05
【００８４】
認められた唯一の差は、ヒトペプチド５に関してであり、これはその細菌相同体に反応して認められたものより有意に大きい増殖反応およびIFNγ産生を誘導した（それぞれ、p＜0.03およびp＜0.05）。類似の結果は、大腸菌hsp dnaJと配列相同性を有しないHSJ1、HDJ1、またはHDJ2タンパク質上の領域に由来するヒトペプチド９個の反応性を評価した場合に認められた。細菌ペプチドについて得られた結果とは対照的に、IL-10産生は、細菌ペプチドに対するそれらの相同または非相同体を含むヒトペプチドによって刺激したSFMCからの培養上清において、程度は異なるものの検出可能であった。非相同ヒトペプチドによる刺激後のIL-10の産生の平均値は、相同なヒトペプチド（7.7±7.0 pg/ml；図４）の場合より大きく（27.1±10.3 pg/ml）、その細菌相同体（ペプチド22）と同様に、検出可能なIL-10レベルを誘導しなかった、相同なヒトペプチド20、21、および23に関して特に明らかであった（図４）。これらのエピトープマッピング実験は、異なるペプチドについて異なる生物学的作用が起こることを示し、作用が疾患特異的であることを示している。
【００８５】
これらの結果は、大腸菌dnaJとの遭遇によって誘導されるヒトdnaJタンパク質の異なるイソ型からのペプチドに対する免疫応答が、抗炎症性IL-10の産生を通して調節的な役割を有しうるが、大腸菌hsp dnaJに反応した前炎症性反応は細菌ペプチドおよびそのヒト相対物からのペプチド上の相同関係エピトープによって永続しうることを示している。この結果は、試料採取時期に広範囲の乏関節炎を示す患者３人においてIL-10の産生を調べることによって確認し、細菌またはヒトペプチド、特に大腸菌hsp dnaJ由来ペプチドに関して相同でないヒトペプチド50、254、256、および283によって刺激した培養上清は、IL-10産生の減少を示した。
【００８６】
実施例４
ヒト非相同ペプチドに反応した増殖およびサイトカイン産生
細菌dnaJペプチドのイソ型の非相同領域からの一連のヒトペプチドを含むさらなるペプチドを上記のように調べた。図６は、非相同ペプチド50、51、134、197、254、256、270、283、および318に関するSIを示す。これらのペプチドに反応したIFNγ、TNFα、およびIL-10レベルをそれぞれ、図７〜９に示す。
【００８７】
実施例５
細菌ペプチドおよびそのヒト相同体に反応した増殖およびサイトカイン産生
様々な細菌ペプチドによる刺激に反応した増殖およびサイトカイン産生を調べ、これらの細菌ペプチドのヒト相同体による刺激に対する反応と比較した。図10は、細菌dnaJ４、ならびにヒト相同体ペプチド２（HSJ1）、３（HDJ1）、および５（HDJ2）に反応したSIを示す。図11〜13は、これらのペプチドに反応したTNFα、IFNγ、およびIL-10レベルをそれぞれ示す。比較のために、細菌ペプチドdnaJ、４、22、61、174、209、242、264、および268に反応したSIを図14に示す。図15〜18はそれぞれ、細菌dnaJ 174ならびに相同なヒトペプチド164（HSJ1）、167（HDJ2）、および176（HSJ1）に反応したSI、TNFα、IFNγ、およびIL-10レベルを示す。細菌dnaJ 22ならびに相同なヒトペプチド20（HSJ1）、21（HDJ2）、および23（HSJ1）に反応したSI、TNFα、IFNγ、およびIL-10レベルをそれぞれ、図19〜22に示す。
【００８８】
実施例６
インビトロアッセイ法と臨床転帰との相関
増殖およびサイトカインアッセイ法（上記）の結果を、同じ患者における疾患の期間、赤血球沈降速度（ESR）、C-反応性タンパク質（CRP）レベル、活動性関節数（NAA）、関節指数の重症度（CSA）、寛解区間、小児健康評価アンケート（CHAQ）、およびdnaJペプチドによる治療に対する反応（「反応者対非反応者」）を含む臨床パラメータと比較した。表４〜10に示すように、dnaJペプチド治療に反応する関節炎患者は同様に、ヒトイソ型のみであるペプチド（すなわち、非相同ヒトペプチド）によって刺激した自身の単核細胞を用いてインビトロ増殖およびサイトカインアッセイ法によって決定すると良好な結果を示した。これらの知見と一致して、dnaJペプチドによって処置し、その関節炎が関節数個以上に広がっている（「多発型ポーシ（extended Pauci）」）患者の評価から、多発型ポーシを有する患者が非相同ヒトペプチドに十分反応しないことが判明した（表11）。
【００８９】
【表４】
データの要約と臨床パラメータとの相関
0004264257.tif 000011
【００９０】
【表５】
発症時のC-反応性タンパク質（CRP）
0004264257.tif 000012
【００９１】
【表６】
活動性関節数（NAA）
0004264257.tif 000013
【００９２】
【表７】
関節指数の重症度（CSA）
0004264257.tif 000014
【００９３】
【表８】
６ヶ月での反応者対非反応者
0004264257.tif 000015
【００９４】
【表９】
寛解期間（Rem int.）
0004264257.tif 000016
【００９５】
【表１０】
小児健康評価アンケート（CHAQ）
0004264257.tif 000017
【００９６】
【表１１】
多発型ポーシ患者と比較したポーシ患者
ポーシ（n＝14）対多発型ポーシ（n＝７）
0004264257.tif 000018
【００９７】
実施例７
oJIA患者の滑液単核細胞における細菌hsp dnaJエピトープに対する免疫応答
全大腸菌dnaJ熱ショックタンパク質に対するT細胞反応は、主にTH-1型であり、滑液分画に限定された。T細胞増殖（SI）およびIFN産生は、oJIA患者からのSFMCを同じ起源のPBMCと比較したところ、有意に上昇した。oJIA患者のSFMCの反応は、T細胞抗原として調べた細菌dnaJ起源の汎DR結合ペプチド８個中４個に関して、全身および多関節JIA患者14人を含む疾患対照からのSFMCと比較して有意に上昇していた（図23）。これらの反応はまた、IFNが産生されること、およびインビトロで個々のペプチドに反応した調節サイトカインのレベルが検出不可能であることによって強調されるように、前炎症性特性であった。異なるタイプのJIA患者14人と共に年齢を一致させた健康対象からのPBMCおよびSFMCが無視できる程度の反応を示したに過ぎなかったため、そのような反応性は、区画、抗原、および疾患特異的であった。
【００９８】
プロバンド抗原に対する反応性を、汎DR結合デザイナーペプチド（pandr）および大腸菌由来改変ペプチドリガンド（dnaJpv；図23を参照のこと）を含む対照の無関係なペプチドと比較すると、有意差を認めた。組み換えdnaJに対するSFMCの反応の増加は、SFMC活性の非特異的増加に副次的なものではなかった。oJIA患者７人において、無関係なメモリー抗原である破傷風類毒素（TT）に対する双方の区画からの細胞の増殖反応も同様に調べた。組み換えdnaJおよびTTに対するPBMCとSFMCの反応の差を比較するために、２つの抗原のそれぞれに関して２つの区画において得られた刺激指数の比を計算した。SI SFMC/SI PBMCの比は、TTより組み換えdnaJによる刺激後有意に大きかった（p＜0.02）。
【００９９】
これらの結果は、oJIA患者の滑液区画における大腸菌dnaJエピトープに対する著しい反応性を示し、この反応が炎症部位で何らかの役割を有する可能性があることを示している。そのような役割は、自己免疫性の炎症の調節に関連することができ、細菌タンパク質および滑液部位で過剰発現される可能性があるそのヒト同等物上の異なるエピトープにおける相互作用に基づくことができる。そのため、そのような推定エピトープの同一性を調べた。
【０１００】
免疫原性細菌ペプチド４個中２個（22および174）は、ヒトdnaJタンパク質（HSJ1、HDJ1、またはHDJ2）との相同性を有する大腸菌hsp dnaJ上の領域に由来するため、自己反応性に至る交叉認識の可能性を評価した。相同なヒトペプチド20、21、および23（細菌ペプチド22の相同体）、ペプチド164、167〜181、および176（細菌ペプチド174の相同体）、ならびに非相同ヒトペプチドを調べた。これらのペプチドは、T細胞反応性を誘発し、IFNγの増殖および産生は、対応する相同な細菌ペプチドによる刺激後に得られたものと同等であった。これらのヒトペプチドに対するSIおよびIFNγ反応は、細菌相同体の存在下で得られたものと非常に相関した。これらの結果は、交叉認識によって細菌ペプチドに対するT細胞反応とそのヒト相同体とのあいだに相関があることを示した。細菌ペプチドについて得られた結果とは対照的に、ヒトdnaJペプチドに由来するペプチドによって刺激したSFMCの培養上清において、検出可能なIL-10レベルが検出され；IL-4は検出不可能であった。結果は、自己抗原が定性的に異なるT細胞反応を誘発しうることをさらに証明している。
【０１０１】
FACS分析を用いて、非相同ヒトペプチド134による持続性oJIA患者からの代表的なSFMCの刺激後のCTLA+/CD25/CD4陽性細胞の割合を評価した。調節機能を有すると考えられているCTLA+/CD25/CD4陽性細胞の割合は、対照条件で維持した細胞と比較してペプチド処置細胞では高かった（図24A）。ペプチド134に反応した調節細胞の増殖は、同じ培養条件におけるIL-10の産生とよく相関した（図24B）。これらの結果は、ヒトdnaJ 134ペプチドの認識が調節細胞の増殖およびIL-10の産生に至ることを証明している。
【０１０２】
ペプチド誘発免疫調節の発達と臨床特徴とについて可能性がある相関を調べるために、oJIA患者を疾患の経過に従って、持続性疾患患者（n＝16）および多発性疾患（n＝15）のoJIAに分類した（図25）。ペプチド134に対する増殖反応は、持続性oJIA患者と比較すると多発性疾患患者からの試料では有意に低かった（p＝0.05）（図25Aおよび25B）。さらに、IFN産生に関して境界レベルの有意水準（p＝0.076）を認めた。IL-10産生を考慮すると非常に有意な差を認めた（p＝0.0012；図25Cを参照のこと）。
【０１０３】
より良性の疾患との可能性がある関連をさらに分析するために、注射可能ステロイドTXAの関節内投与後の調べた関節の臨床寛解期間を、個々の関節における炎症活性の程度の尺度と見なした。非相同ヒトペプチド134に反応したIL-10産生は、個々の関節の臨床寛解期間と非常に相関した（R＝0.537、p＝0.026）。これらの結果は、免疫調節自己エピトープの認識が疾患の寛解に関連することを示している。
【０１０４】
実施例８
dnaJペプチドはリウマチ性関節炎患者において前炎症性エピトープを提供する
リウマチ性関節炎（RA）患者の末梢血および滑液細胞からのT細胞増殖および前炎症性サイトカインの産生の誘因として作用するhsp dnaJタンパク質のペプチドを同定した。このdnaJ P1ペプチド
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は、RA関連HLA対立遺伝子において一般的なアミノ酸５個の枝である「共通エピトープ」との配列相同性を共有する（アルバーニ（Albani）ら、Nat. Med. 1：448〜52、1995、参照として本明細書に組み入れられる）。RAにおいて、HLAとdnaJ由来ペプチドとの相互関係が、自己免疫性の炎症に関与するT細胞を維持して刺激するか否かを決定するために試験を行った。そのようなT細胞集団は、フェーズI免疫寛容化試験の標的であった。
【０１０５】
フェーズI臨床試験において、RA患者15人にdnaJP1の異なる３用量を６ヶ月間処置した（１日４回、経口投与）。登録基準は、臨床的に活動性の疾患であることと、インビトロでペプチドに対する前炎症性T細胞反応性を必要とした。図26に示すように、dnaJP1に対する粘膜の寛容化によって、前炎症性から調節型サイトカインへの劇的な免疫偏位が誘導された。免疫の変化は処置特異的であり、処置によって誘導された。
【０１０６】
本発明は、上記の実施例を参照して記述してきたが、改変および変更は本発明の精神および範囲に含まれると理解すべきである。したがって、本発明は添付の特許請求の範囲に限って制限される。
【図面の簡単な説明】
【図１Ａ】  組み換え大腸菌hsp dnaJによって96時間刺激した健康対象（「CTRL」）および乏関節若年性特発性関節炎（「oJIA」）患者の末梢血（PBMC）および滑液単核細胞（SFMC）の増殖反応を示す。刺激指数（SI）によって表記した結果を、平均値＋SDで示す。
【図１Ｂ】  組み換え大腸菌hsp dnaJと共に72時間インキュベートした後の健康対象（CTRL）およびoJIA患者のCD69+ T細胞の評価を示す。結果をCD3+ CD69+細胞の百分率として表記して、平均＋SDで示す。
【図１Ｃ】  破傷風類毒素（TT）または組み換え大腸菌hsp dnaJによって96時間刺激したoJIA患者からのPBMC-SFMC対応試料の刺激指数（SI）の比の評価を示す。
【図２】  組み換え大腸菌hsp dnaJによって72時間刺激した健康対象（CTRL）またはoJIA患者のPBMCまたはSFMCの培養上清におけるサイトカイン（表記のようにIFNγ、TNFα、IL-10、およびIL-4）産生を示す。結果をpg/mlとして表記して平均値＋SDとして示す。
【図３Ａおよび３Ｂ】  無関係な対照ペプチド（OVA）、または大腸菌hsp由来ペプチド（表記のように）の存在下または非存在下において、組み換え大腸菌hsp dnaJペプチドと共に72時間インキュベートして、放射線照射自己フィーダー細胞によって再刺激したoJIA（図3A）またはHLA B27+患者（図3B）のSFMCの増殖反応を示す。結果を刺激指数（SI）として表記して平均値＋SDとして示す。
【図４】  大腸菌hsp dnaJペプチドによって72時間刺激して、細菌ペプチドに対して相同なまたは相同でないヒトペプチドを提示する放射線照射自己フィーダー細胞によって再刺激したoJIA患者のSFMCの培養上清におけるIL-10産生を示す。結果をpg/mlで表記して、平均値＋SDとして示す。
【図５】  大腸菌hsp dnaJによって72時間刺激して、相同または相同でないヒトペプチド（表記の通り）を提示する放射線照射自己フィーダー細胞によって再刺激したoJIA患者のSFMCの培養上清におけるIL-10産生を示す。結果をpg/mlで表記して平均値＋SDとして示す。
【図６】  相同でないヒトペプチド50、51、134、197、254、256、270、283、および318（それぞれ、配列番号：18〜26）のSIを示す。
【図７から図９】  図６のペプチドに反応したTFNγ、TNFα、およびIL-10レベルをそれぞれ示す。
【図１０】  細菌dnaJ４（配列番号：１）ならびにそのヒト相同体２（配列番号：９；HSJ1）、３（配列番号：10；HDJ1）、および５（配列番号：11；HDJ2）に反応したSIを示す。
【図１１から図１３】  図10のペプチドに反応したTNFα、IFNγ、およびIL-10レベルをそれぞれ示す。
【図１４】  細菌ペプチドdnaJ、４、22、61、174、209、242、264、および268（それぞれ、配列番号：１〜８）に反応したSIを示す。
【図１５から図１８】  細菌dnaJ 174（配列番号：４）、ならびにそのヒト相同体164（配列番号：15；HSJ1）、167（配列番号：16；HDJ2）および176（配列番号：17；HSJ1）に反応したSI、TNFα、IFNγ、およびIL-10レベルをそれぞれ示す。
【図１９から図２２】  細菌dnaJ 22およびそのヒト相同体20（HSJ1）、21（HDJ2）、および23（HSJ1）に反応したSI、TNFα、IFNγ、およびIL-10レベルをそれぞれ示す。
【図２３】  oJIA以外のJIAの型（「全身／多関節」）の患者と比較してoJIA（「乏関節」）患者における様々なペプチドに対する増殖反応を示す。結果はSIとして表記する（バーはSDを示す）。pandrおよびdnaJpvは対照ペプチドである。
【図２４Ａ】  ペプチド174および134による刺激に反応したCTLA4/CD25陽性細胞の割合を示す。「TC」は、刺激していない組織培養を示す。バーはSDを表す。
【図２４Ｂ】  ペプチド174および134によって刺激したoJIA患者のSFMCによるIL-10産生をpg/mlで表記して示す。
【図２５Ａから図２５Ｃ】  表記のように様々なペプチドによって刺激したoJIA患者の増殖反応（SI；図25A）およびSFMCによるIFNγ（図25B）、またはIL-10（図25C）産生を示す。
【図２６Ａから図２６Ｅ】  dnaJP1に対するT細胞反応を治療によって調節した結果を示す。図26Aは、10 μg/mlのdnaJP1ペプチド（配列番号：３）によって５日間刺激したPBMCのT細胞増殖反応を示す。評価は１ヶ月単位で行った。対照には、全身マイトゲンとしてのPHAとdnaJpv（配列番号：28）とが含まれた。スクリーニング時に反応性であった患者のPBMCによる細胞内サイトカイン（前炎症性-図26B、C、およびD；寛容原性-図26E）産生の１ヶ月毎のFACSによる評価。結果はdnaJP1刺激／非刺激培養における％CD3+細胞として表記する。
【配列表】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６Ａ】
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【図２６Ｂ】
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【図２６Ｃ】
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【図２６Ｄ】
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【図２６Ｅ】
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