(57)【要約】本明細書に記載される方法および使用は、Sema3Fのレベルおよび／または活性の調節による免疫系の調節、例えば、Sema3Fアゴニストを投与することによる同種移植拒絶もしくは炎症の抑制またはSema3F阻害剤を投与することによる免疫応答の増加に関連する。2017518307.tif 000009
2017518307.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
同種移植拒絶を抑制する方法であって、同種移植レシピエントにSema3Fアゴニストを投与する工程を含み、それによって同種移植片の免疫拒絶が抑制される、方法。
【請求項２】
対象において免疫系を抑制する方法であって、それを必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
【請求項３】
その必要のある対象において炎症状態を処置する方法であって、該対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
【請求項４】
炎症状態が、自己免疫疾患である、請求項3記載の方法。
【請求項５】
自己免疫疾患が、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎からなる群より選択される、請求項4記載の方法。
【請求項６】
炎症状態が、局所的状態である、請求項3記載の方法。
【請求項７】
局所的炎症状態が、発疹およびアレルギー反応からなる群より選択される、請求項6記載の方法。
【請求項８】
癌を処置する方法であって、その処置を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
【請求項９】
血管新生を減少させる方法であって、その処置を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
【請求項１０】
Sema3Fアゴニストが、Sema3FポリペプチドまたはSema3Fポリペプチドをコードする核酸である、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
Sema3Fポリペプチドが、SEQ ID NO:5の配列を含む、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
Sema3Fポリペプチドが、Sema3F受容体に結合することができる、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
Sema3Fポリペプチドが、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択されるNRP-2のドメインに結合することができる、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
Sema3Fアゴニストが、フリン様阻害剤である、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
Sema3Fアゴニストが、静脈内投与される、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
Sema3Fアゴニストが、筋肉内、皮下または皮内投与される、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
Sema3Fアゴニストが、炎症部位に局所投与される、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
追加の抗炎症剤を投与する工程をさらに含む、請求項1〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
追加の抗炎症剤が、ステロイド、カルシニューリン阻害剤、mTOR阻害剤またはそのアナログ、および抗増殖剤からなる群より選択される、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
その必要のある対象において免疫応答を増加させる方法であって、対象にSema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数を投与する工程を含む、方法。
【請求項２１】
Sema3F阻害剤が、抗Sema3F抗体反応物である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
NRP-2阻害剤が、抗NRP-2抗体反応物である、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
Sema3F阻害剤が、可溶性NRP-2受容体である、請求項20記載の方法。
【請求項２４】
Sema3F阻害剤が、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含むNRP-2受容体の可溶性フラグメントである、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
Sema3F阻害剤が、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸である、請求項20記載の方法。
【請求項２６】
同種移植レシピエントにおける同種移植拒絶を抑制するための、Sema3Fアゴニストの使用。
【請求項２７】
免疫系の抑制を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、Sema3Fアゴニストの使用。
【請求項２８】
その必要のある対象における炎症状態の処置のための、Sema3Fアゴニストの使用。
【請求項２９】
炎症状態が、自己免疫疾患である、請求項28記載の使用。
【請求項３０】
自己免疫疾患が、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎からなる群より選択される、請求項29記載の使用。
【請求項３１】
炎症状態が、局所的状態である、請求項28記載の使用。
【請求項３２】
局所的炎症状態が、発疹およびアレルギー反応からなる群より選択される、請求項31記載の使用。
【請求項３３】
癌の処置のための、Sema3Fアゴニストの使用。
【請求項３４】
その必要のある対象における血管新生の抑制のための、Sema3Fアゴニストの使用。
【請求項３５】
Sema3Fアゴニストが、Sema3FポリペプチドまたはSema3Fポリペプチドをコードする核酸である、請求項26〜34のいずれか一項記載の使用。
【請求項３６】
Sema3Fポリペプチドが、SEQ ID NO:5の配列を含む、請求項26〜35のいずれか一項記載の使用。
【請求項３７】
Sema3Fポリペプチドが、Sema3F受容体に結合することができる、請求項35記載の使用。
【請求項３８】
Sema3Fポリペプチドが、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択されるNRP-2のドメインに結合することができる、請求項35〜37のいずれか一項記載の使用。
【請求項３９】
Sema3Fアゴニストが、フリン様阻害剤である、請求項26〜38のいずれか一項記載の使用。
【請求項４０】
Sema3Fアゴニストが、静脈内投与される、請求項26〜39のいずれか一項記載の使用。
【請求項４１】
Sema3Fアゴニストが、筋肉内、皮下または皮内投与される、請求項26〜39のいずれか一項記載の使用。
【請求項４２】
Sema3Fアゴニストが、炎症部位に局所投与される、請求項26〜41のいずれか一項記載の使用。
【請求項４３】
追加の抗炎症剤を投与する工程をさらに含む、請求項26〜42のいずれか一項記載の使用。
【請求項４４】
追加の抗炎症剤が、ステロイド、カルシニューリン阻害剤、mTOR阻害剤またはそのアナログ、および抗増殖剤からなる群より選択される、請求項43記載の使用。
【請求項４５】
その必要のある対象において免疫応答を促進するための、Sema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数の使用。
【請求項４６】
Sema3F阻害剤が、抗Sema3F抗体反応物である、請求項45記載の使用。
【請求項４７】
NRP-2阻害剤が、抗NRP-2抗体反応物である、請求項45記載の使用。
【請求項４８】
Sema3F阻害剤が、可溶性NRP-2受容体である、請求項45記載の使用。
【請求項４９】
Sema3F阻害剤が、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含むNRP-2受容体の可溶性フラグメントである、請求項46記載の使用。
【請求項５０】
Sema3F阻害剤が、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸である、請求項45記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、35 U.S.C. §119(e)の下で、2014年6月2日に出願された米国仮出願第62/006,441号の恩典を主張し、その内容の全体は参照により本明細書に組み入れられる。
【０００２】
政府による支援
本発明は、National Institutes of Healthから授与された助成金第1RO1AI092305号の下で政府の財政支援を受けてなされたものである。米国政府は、本発明に関して一定の権利を有している。
【０００３】
配列表
本願は、ASCII形式で電子的に提出された、その全体が参照により本明細書に組み入れられる配列表を含んでいる。2015年5月29日に作成されたこのASCIIコピーは、701039-080591-PCT-SL.txtと命名され、63,543バイトのサイズである。
【０００４】
技術分野
本明細書に記載される技術は、免疫調節に関連する。
【背景技術】
【０００５】
背景
セマフォリンのクラス3ファミリー（Sema3A〜G）は、ニューロピリンおよびプレキシンファミリータンパク質に結合し、細胞遊走および増殖を阻害する調節シグナルを誘起する。具体的に、NRP-1に対するSEMA3Aの結合およびNRP-2に対するSEMA3Fの結合は、神経細胞および血管内皮細胞において阻害シグナルを誘起する。
【発明の概要】
【０００６】
要旨
本明細書に記載されるように、本発明者らは、Sema3Fが免疫調節特性を有し、一部、この効果がNRP-2およびプレキシン A1との相互作用を通じてもたらされることを発見した。したがって、本明細書には、その受容体に対するSEMA3Fの結合および関連シグナルの操作に基づく免疫調節方法が提供される。非限定的な例は、Sema3FおよびNRP-2の相互作用を増加もしくは増強することによる免疫系または免疫応答の抑制またはSema3FおよびNRP-2の活性および／または相互作用を減少させることによる免疫系もしくは免疫応答の上方調節を含む。
【０００７】
1つの局面において、本明細書には、対象において免疫系を抑制する方法であって、それを必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む方法が記載される。1つの局面において、本明細書には、同種移植拒絶を抑制する方法であって、同種移植レシピエントにSema3Fアゴニストを投与する工程を含み、それによって同種移植の免疫拒絶を抑制する方法が記載される。1つの局面において、本明細書には、その必要のある対象において炎症状態を処置する方法であって、該対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む方法が記載される。いくつかの態様において、炎症状態は、自己免疫疾患である。いくつかの態様において、自己免疫疾患は、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎からなる群より選択される。いくつかの態様において、炎症状態は、局所的状態である。いくつかの態様において、局所的炎症状態は、発疹およびアレルギー反応からなる群より選択される。
【０００８】
いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、Sema3FポリペプチドまたはSema3Fポリペプチドをコードする核酸である。いくつかの態様において、Sema3Fポリペプチドは、SEQ ID NO:5の配列を含む。いくつかの態様において、Sema3Fポリペプチドは、Sema3F受容体に結合することができる。いくつかの態様において、Sema3Fポリペプチドは、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択されるNRP-2のドメインに結合することができる。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、フリン様阻害剤である。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、静脈内投与される。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、筋肉内、皮下または皮内投与される。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、炎症部位に局所投与される。いくつかの態様において、この方法はさらに、追加の抗炎症剤を投与する工程を含む。いくつかの態様において、追加の抗炎症剤は、ステロイド、カルシニューリン阻害剤、mTOR阻害剤（例えば、ラパマイシン）またはそのアナログ、および抗増殖剤からなる群より選択される。
【０００９】
1つの局面において、本明細書には、その必要のある対象において免疫応答を増加させる方法であって、対象にSema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数を投与する工程を含む方法が記載される。いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、抗Sema3F抗体反応物である。いくつかの態様において、NRP-2阻害剤は、抗NRP-2抗体反応物である。いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、可溶性NRP-2受容体である。いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含むNRP-2受容体の可溶性フラグメントである。いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸である。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図1は、ニューロピリン-1およびニューロピリン-2がセマフォリン結合ドメインおよびVEGF結合ドメインの両方を有することを表す図を示す（Bagri et al. 2009から改変）。
【図２】図2は、移植片生存曲線を示す。心臓同種移植片（Balb/c）を、完全MHC不一致レシピエント（C57BL/6）に移植した。操作なしレシピエントは、7〜8日以内にこれらの同種移植片を拒絶する。Sema3FをコードするアデノウイルスのIV注射は、同種移植片生存を延長し、これはこの薬剤が免疫応答を阻害する強い効果を有することを示している。
【図３】図3は、移植片生存曲線を示す。心臓同種移植片（Balb/c）を、完全MHC不一致レシピエント（C57BL/6）に移植した。操作なしレシピエントは、7〜8日以内にこれらの同種移植片を拒絶する。Sema3Fの全身レベルを増加させるSema3F発現細胞の腹腔内注射は、同種移植片の生存を延長し、これはこの薬剤が免疫応答を阻害する強い効果を有することを示している。抗Sema3F遮断抗体と組み合わせてのSema3F発現細胞の注射は、移植片生存を延長しない。
【図４】図4は、Balb/Cドナー心臓の移植後のC56BL6レシピエントマウスの移植片生存曲線を示す。Sema3Fの全身レベルを増加させるSema3F発現細胞の腹腔内注射は、同種移植片生存を延長する。寛容原性刺激を開始するために、ラパマイシン（0.2 mg/kg）を第0日および第2日に投与した。ラパマイシンは、Sema3F発現細胞との組み合わせで生存性をさらに増加しなかった。
【図５】図5は、移植片生存曲線を示す。心臓同種移植片（B6.C-H2bm12(BM12)）を、野生型（WT C57BL/6）、NRP-2+/-（BL6におけるHet）またはNRP-2-/-（BL6におけるノックアウトマウス）であるマイナーMHC不一致レシピエントに移植した。心臓同種移植片はWTレシピエントにおいて長期間生存するが、KOマウスは迅速な拒絶応答を示す。
【図６】図6は、対照アデノウイルスまたはSema3Fをコードするアデノウイルスで処置したマウスにおけるオキサゾロン（oxazalone）遅延型過敏反応を示す。アデノウイルス（109 pfu）の単回IV注射の3日後、マウスをプライムし、5日後に標準的な技術を用いてオキサゾロンにより耳においてチャレンジした。グラフは、オキサゾロンに対する耳の腫脹を示している。
【図７】図7は、マウスCD4+ T細胞におけるSema3F受容体ニューロピリン-2（mRNA（上）およびタンパク質（下））の発現のグラフを示す。CD4+ T細胞を脾臓から単離し、プレート結合抗CD3（1 mcg/ml）と共に6時間〜48時間インキュベートした。RNAを単離し、qPCRを行った。ウェスタンブロット分析による発現が下パネルに示されている。
【図８】図8は、マウスCD4+ T細胞におけるニューロピリン-1およびニューロピリン-2 mRNA発現のグラフを示す。ナイーブC57BL6 CD4+ T細胞を、リンパ節および脾臓から単離した。CD4+ T細胞サブセットを、CD25高およびCD25低サブセットにFACS選別した。CD4+サブセットからRNAを単離し、発現レベルをqPCRによって決定した。
【図９】図9は、CD4+ T細胞、Foxp3陽性およびFoxp3陰性の両細胞のFACS分析の結果を示す。NRP-2発現を、ウサギ抗NRP-2 Ab（Bioss）を用いて検出した。
【図１０−１】図10は、非活性化または6〜48時間のマイトジェン活性化後のいずれかのマウスCD4+ T細胞におけるプレキシンファミリー分子の発現レベルを示す。発現を、野生型およびNRP-2ヘテロ接合性マウスにおいて試験した。
【図１０−２】図10は、非活性化または6〜48時間のマイトジェン活性化後のいずれかのマウスCD4+ T細胞におけるプレキシンファミリー分子の発現レベルを示す。発現を、野生型およびNRP-2ヘテロ接合性マウスにおいて試験した。
【図１１】図11は、CD4+増殖のグラフを示す。野生型、NRP-2ヘテロ接合体およびNRP-2ノックアウトCD4+細胞を脾臓から単離し、ウェルあたり5 x 104個となるようプレートし、0〜3 mcg/mlの示された濃度のプレート結合抗CD3により処置した。グラフは、（n＞5実験を代表する）異なるマウスグループを用いた2つの実験を示している。
【図１２】図12は、図10の野生型およびNRP-2ノックアウトマウスにおけるサイトカイン産生のグラフを示す。CD4+ T細胞をマイトジェン活性化させ（図10に示されるように、3 mcg/ml）、72時間後にLuminexアッセイにより培養上清中の示されたサイトカインのレベルを試験した。
【図１３】図13は、CD4+ CD25陰性T細胞のマイトジェン誘導増殖のグラフを示す。CD57BL/6バックグラウンドのWT、NRP-2+/-（Hets）およびNRP-2-/-（KO)マウス由来の脾臓CD4+ T細胞からCD25陰性Tエフェクターサブセットを選別し、プレート結合抗CD3（示されるように0、0.3、1または3 ug/mL）の存在下でウェルあたり5 x 104個となるようプレートした。上グラフは、抗CD28の非存在下でプレートされた細胞を示し、下グラフは、1 mcg/mlのアゴニスト性抗CD28の存在下でプレートされた細胞を示す。
【図１４】図14は、実施例12に示される実験由来のNRP-2ノックアウトCD4+ CD25陰性細胞におけるサイトカイン産生のグラフを示す。NRP-2ノックアウト細胞を抗CD3（3 mcg/ml）でマイトジェン活性化させ、72時間後にLuminexアッセイにより培養上清中の示されるサイトカインのレベルを試験した。
【図１５】図15は、ELISPOTアッセイにより測定されたマイトジェン活性化CD25陰性CD4+ T細胞におけるIFNγ産生のグラフを示す。（1:1比でAPCを含む、ウェルあたり1 x 105個の）野生型（WT）、NRP-2 HETおよびNRP-2 KO細胞を、1 mcg/mlのアゴニスト性抗CD28と共に（下グラフ）またはそれなしで（上グラフ）、0、1または3 mcg/mlの抗CD3に曝露した。
【図１６】図16は、ELISPOTアッセイにより測定されたマイトジェン活性化CD25陰性CD4+ T細胞におけるIL-2産生のグラフを示す。（1:1比でAPCを含む、ウェルあたり1 x 105個の）野生型（WT）、NRP-2 HETおよびNRP-2 KOを、1 ug/mlのアゴニスト性抗CD28と共に（下グラフ）またはそれなしで（上グラフ）、0、1または3 mcg/mlの抗CD3に曝露した。
【図１７】図17は、CD4+ CD25+ T細胞の増殖のグラフを示す。（ウェルあたり5 x 104個の）野生型（WT）、NRP-2 HETおよびNRP-2 KOを、1 mcg/mlの抗CD28と共に（下グラフ）またはそれなしで（上グラフ）、0、0.3、1または3 mcg/mlのプレート結合抗CD3に曝露した。
【図１８】図18は、PI-3K/Akt-mTORシグナル（上ブロット）およびMAPKシグナル（下ブロット）に対するSema3Fの経時的効果を示す。NRP-2を発現するU87MGをこのアッセイで使用した。ウェスタンブロット分析による測定で、約640 ng/mLのSema3Fで最大60分間処置した細胞が、減少したレベルのpAkt（mTORC2）およびpS6K（mTORC1）ならびにpERKのレベルを有することが観察された。
【図１９】図19は、PI-3K/Akt-mTORシグナルのSema3F阻害に対するNRP-2（上）およびプレキシンA1（下）のノックダウンの効果を示す。U87MG細胞を、対照、NRP-2またはプレキシンA1 siRNAで処置した。次いで細胞を、約640 ng/mLのSema3Fで最大60分間処置した。ノックダウン効率を、ウェスタンブロット分析によって評価した。PI-3K-Aktシグナル伝達活性は、pAkt（mTORC2）、pmTORおよびpS6K（mTORC1）発現のレベルを評価することによって測定した。
【図２０】図20は、漸増濃度のSEMA3Fで30分間処置したNRP-2発現Jurkat T細胞のウェスタンブロットの結果を示す。pAkt（S473）の発現を、ウェスタンブロットによって評価した。
【図２１】図21は、SEMA3Fが複数の細胞型においてAkt/mTORシグナルを阻害することを示す。示された細胞型におけるAkt/mTORシグナルに対する漸増濃度のSema3Fの効果を示すウェスタンブロットの結果が示されている。
【図２２】図22は、NRP-1およびNRP-2がヒトT細胞によって発現されることを示す。CD4+ T細胞をヒトPBMCから精製し、VEGFR1（Flt-1）、NRP-1およびNRP-2 mRNAの発現をマイトジェン依存的活性化（抗CD3／抗CD28）の後に評価した。示されているのは、Flt-1、NRP-1およびNRP-2 mRNA発現の間の比較を示す（異なるT細胞を用いたn=3の実験からの）代表的なqPCRデータである。下パネルは、内皮細胞（EC）に対して非活性化および活性化ヒトCD4+ T細胞におけるNRP-2タンパク質の発現を比較するウェスタンブロット分析を示す。
【図２３】図23は、NRP-2ノックダウン細胞が刺激に応じて過剰活性となることを示すデータのグラフを示す。左パネルは、標準的なチミジン取り込みアッセイによって測定された、マイトジェン活性化に応じたCD4+ T細胞の増殖を示す。右パネルは、APCおよび抗CD3を用いた培養に応じたCD4+ T細胞におけるIFNｇレベルを示す。
【図２４】図24は、NRP-2ノックアウトCD4+ CD25陰性細胞におけるサイトカイン産生のグラフを示す。NRP-2ノックアウト細胞を、抗CD3を用いてマイトジェン活性化させ、48時間後にLuminexアッセイによって培養上清中の示されたサイトカインのレベルを試験した。これらの知見は、図12に示されるものと類似している。
【図２５】図25は、慢性同種移植拒絶のモデルにおける移植片生存曲線を示す。心臓同種移植片B6.C-Hbm12(BM12)を、野生型C57BL/6（WT）、NRP-2ノックアウト（NRP-2-/-）または選別されたCD4+ T細胞NRP-2ノックアウトマウス（CD4Cre-NRP-2fl/fl）のいずれかであるマイナーMHC不一致レシピエントに移植した。
【図２６】図26A〜26Cは、ヒトCD4+ T細胞におけるNRP-2の発現を示すデータを示す。図26は、非活性化およびマイトジェン（抗CD3/CD28）活性化ヒトCD4+ T細胞においてqPCRによって評価されたNPR-2発現のグラフを示す。図26Bは、Ficoll分離によって単離されたヒト末梢血細胞のCD4+サブセットにおいてFACSによって評価されたNRP-2発現のグラフを示す。図26Cは、FACSによって評価された、末梢血細胞におけるCD4、FoxP3およびNRP-2タンパク質レベルのグラフを示す。データは、図22に示されるものと類似している。
【図２７】図27A〜27Fは、マウスCD4+ T細胞に対するNRP-2の発現を示すデータを示す。図27Aは、マウス脾臓およびリンパ節内のCD4+ T細胞におけるNRP-2のFACS分析を示す。図27Bは、マウス脾臓から負の選択によって単離されたCD4+ T細胞のグラフを示す。NRP-2の発現を、非活性化およびマイトジェン（抗CD3/CD28）活性化細胞においてqPCRによって評価した。図27Cは、単離されたCD4+ T細胞におけるプレキシンAファミリー分子発現のグラフを示す。図27Dは、マウス脾臓から負の選択によって単離されたCD4+ T細胞のFoxp3+およびFoxp3陰性サブセットにおけるNRP-2の発現を示す。図27Eは、マイトジェン活性化（抗CD3 - 1 mcg/ml）された単離された脾臓CD4+ T細胞におけるNRP-2発現を示す。図27Fは、標準的な培養培地（マイトジェン + TGFb + 抗IL-4 + 抗IFNｇ + レチノイン酸）中で誘導Treg細胞に分化するよう促されたCD4+ T細胞におけるNRP-1/2発現を示す。これらのデータは、図7および9に示されるものと類似している。
【図２８】図28A〜28Dは、SEMA3FがAkt、mTORおよびS6Kのリン酸化を阻害することを示すデータを示す。図28Aは、未処理（対照）または30分間のSEMA3F（640 ng/ml）処置後のU87MG細胞を示す。細胞溶解産物を、リンタンパク質キナーゼ抗体アレイによって評価した。表1に示されるように、各ドット／リンタンパク質の強度を、Image Jソフトウェアを用いて測定した。図28Bは、ウェスタンブロット分析によって検証されたアレイの結果を示す。図28Cは、最大60分までの経時変化としてSEMA3F（640 ng/ml）で処置されウェスタンブロットによって分析されたU87MG細胞を示す。図28B〜28Cは、3回の独立した実験の代表である。図28Dは、15分間（灰色のバー）または30分間（黒色のバー）、SEMA3F（左から右のバーに向かって、200、600、1800 ng/ml）で処置されたU87MG、JurkatおよびHUVEC細胞を示し、陽性対照として、HUVECをVEGF-A（25 ng/ml）で15および30分間処置した。加えて、HUVECを、SEMA3F（1800 ng/ml）または対照としてのPBSで30分間前処置し、その後に15および30分間、VEGF-A（25 ng/ml）を培養物に添加した。PI-3K活性を、製造元の指示にしたがうELISAによって分析した。データは、3回の実験の平均±SDを表している。
【図２９】図29A〜29Dは、SEMA3FがmTORC1およびmTORC2の両方の複合体形成を妨害することを示すデータを示す。図29Aは、SEMA3F（640 ng/ml）で30分間処置され、示されている抗mTOR、抗ラプター（raptor）および抗リクター（rictor）を用いた免疫沈降およびウェスタンブロット分析に供されたU87MG細胞を示す。図29Bは、60分間のSEMA3F（640 ng/ml）処置の前にラパマイシン（10 nM）またはトリン1（Torin 1）（10 nM）で30分間処置されたU87MG細胞を示し、溶解産物をウェスタンブロットによって分析した。図29Cは、未処置対照に対する強度の変化倍率（平均±SD）を示す、示されているブロットのデンシトメトリー分析を表す棒グラフを示す（未処置対照に対して、*、p<0.01；**、p<0.001）。図29Dは、pcDNA3.1空ベクターまたは構成的に活性なAkt（2DAkt）で一過的にトランスフェクトされたU87MG細胞を示す。細胞をSEMA3F（640 ng/ml）で処置し、溶解産物をウェスタンブロットによって分析した。すべてのデータは、3回の独立した実験の代表である。
【図３０】図30A〜30Eは、mTORC2がSEMA3Fにより誘導されるRhoA不活性化およびストレスファイバーの喪失に関与することを示すデータを示す。図30Aは、SEMA3F（640 ng/ml）、ラパマイシン（10 nM）またはトリン1（10 nM）で30分間処置されたU87MG細胞を示す。その後、細胞を、F-アクチン細胞骨格ストレスファイバーおよび細胞核を特定するために、それぞれ、Alexa Fluor 488ファロイジンおよびHoechst 33342で染色した。代表的な細胞染色が各パネルに示されており、棒グラフは3回の独立した実験の平均としての平均±SDファイバー数／細胞を示す。スケールバーは、20μmを示す。図30Bは、pcDNA3.1空ベクターまたは野生型（WT）mTORプラスミドで一過的にトランスフェクトされ、18時間後にSEMA3F（640 ng/ml）で30分間処置されたU87MG細胞を示す。細胞を、図30Aに関して上記されているように染色した。代表的な細胞染色が示されており、棒グラフは3回の独立した実験からのファイバー数／細胞（平均±SD）を示す。図30Cは、対照siRNAまたはラプターもしくはリクター特異的siRNA（20 nM）でトランスフェクトされたU87MG細胞を示す。48時間後、上記のようにそれらをSEMA3Fで30分間処置し、Alexa Fluor 488ファロイジンおよびHoechst 33342で染色した。ストレスファイバーの数を、3回の独立した実験において評価し、平均±SDとして示した。図30Dは、pcDNA3.1空ベクターまたはWT mTORプラスミドで一過的にトランスフェクトされたU87MG細胞を示す。18時間後、細胞をSEMA3F（640 ng/ml）で10分間処置し、RhoA活性を評価した。図30Eは、対照siRNAまたはラプターもしくはリクター特異的siRNA（20 nM）でトランスフェクトされたU87MG細胞をSEMA3F（640 ng/ml）で10分間処置し、RhoA活性を分析したことを示す。図30D〜30Eにおいて、活性なRhoAの強度を各々の総RhoAに対して標準化し、各ゲルレーン下の数値は、対照に対する強度の変化倍率を表す。図30D〜30Eは、3回の独立した実験の代表である。
【図３１】図31A〜31Dは、SEMA3FがmTOR-Aktシグナルの阻害を通じてVEGFを抑制することを示すデータを示す。図31A〜31Bは、全長ヒトVEGFプロモータールシフェラーゼプラスミドおよび内部対照としてのpGL4.74[hRluc/TK]プラスミドで一過的に共トランスフェクトされたU87MG細胞を示す。細胞を、DFO（250μM）添加または低酸素チャンバー（1％ O2）内での細胞培養の前に、SEMA3Fで処置した（640 ng/mlで30分間）。18時間後、VEGFプロモータールシフェラーゼ活性を分析した。図31Cは、我々のVEGFプロモータールシフェラーゼおよびpGL4.74[hRluc/TK]プラスミドならびにpcDNA3.1空ベクターまたは我々の構成的に活性なAkt（2DAkt）のいずれかで一過的に共トランスフェクトされたU87MG細胞のグラフを示す。細胞を、DFOの添加前に、SEMA3Fで30分間処置した。18時間後、VEGFプロモータールシフェラーゼ活性を分析した。図31Dは、DFOの添加前に、SEMA3F、ラパマイシン（10 nM）、トリン1（10 nM）単独または示される組み合わせで30分間処置した親U87MG細胞のグラフを示し、培養上清を18時間後に回収し、VEGFタンパク質レベルをELISAによって分析した。各パネルにおけるデータは3回の独立した実験の代表である。棒グラフは、3連で行った3回の実験の平均±SDを表す。*、対照に対してp＜0.01。
【図３２】図32A〜32Eは、SEMA3Fがインビボで異種移植片内でのヒト腫瘍の成長を阻害することを示すデータを示す。図32Aは、ヌードマウスに皮下移植（1 x 106細胞／注射）された親U87MG細胞（Mock）およびヒトSEMA3F安定クローン（S3F）を示す。挿入図は、各細胞株におけるSEMA3F発現のウェスタンブロット分析を示す。腫瘍サイズは、示されている時点において、標準的なカリパスを用いて測定した。括弧内の数値は、各グループの動物数を表している。図32Bは、24日後に収集した腫瘍の代表的な免疫組織化学抗CD31染色を示す。図32Cは、ヌードマウスに皮下投与（1 x 106細胞／注射）されたU87MG細胞を示す。2日後に、対照（Ad-Cont）またはヒトSEMA3F-His（Ad-3F）組み換えアデノウイルス（1 x 109 pfu）を、尾静脈を通じて静脈内注射した。腫瘍サイズを、示されている時点で、標準的なカリパスを用いて測定した。括弧内の数値は、各グループの動物数を表している。マウスを第14日に屠殺した。挿入図は、抗His抗体を用いたウェスタンブロット分析による（第14日の）肝臓内でのSEMA3F発現を示す。図32Dは、抗CD31を用いた腫瘍の代表的な免疫組織化学染色を示す。図32Eは、腫瘍サンプル内でのAkt/mTORシグナル伝達経路のウェスタンブロット分析を示す。図32B、32Dおよび32Eは、3回の独立した実験の代表的結果である。
【図３３】図33は、SEMA3F-NRP2/プレキシンA1の相互作用により伝達される調節シグナル伝達経路を示す概要図を示す。SEMA3Fは、NRP2-プレキシンA1複合体に結合し、そしてPTENと会合してPI-3KおよびmTORC2/Akt依存性シグナルを不活性化させる。受容体により伝達されるシグナルはまた、腫瘍細胞株においてPTEN非依存的メカニズムを通じてmTORC2/Aktシグナルを不活性化させ得る。機能的に、これらの調節／解消促進シグナルは、細胞増殖、遊走、細胞骨格ストレスファイバー再構成および細胞生存を抑制する。SEMA3Fはまた、部分的に、ABL2キナーゼおよびp190RhoGAP6の両方を通じてRhoAを不活性化することによって、細胞骨格構造を阻害し、この研究は、RhoAおよび細胞骨格ストレスファイバー再構成の不活性化がまたmTORC2の阻害を通じて伝達されることを示す。
【図３４】図34A〜34Dは、SEMA3Fによって調節される細胞内シグナル伝達経路の分析を示す。図34Aは、SEMA3FまたはPBSで60分間処置したU87MG細胞におけるpAkt、pmTORおよびpS6Kの発現のウェスタンブロットを示し、図34Bは、ウェスタンブロットを示す。U87MG細胞を、対照またはプレキシンA1特異的siRNA（20 nM）で処置した。48時間後に、細胞をSEMA3F（640 ng/ml）で30および60分間処置し、ウェスタンブロットによって分析した。図34Cは、複数の細胞株を用いてウェスタンブロットによって分析されたNRP2およびプレキシンA1発現を示す。図34Dは、SEMA3Fで30分間処置された複数のNRP2発現細胞株のウェスタンブロットを示す。示されているすべてのデータは、3回の独立した実験の代表である。
【図３５】図35A〜35Bは、mTORC2活性に対するSEMA3Fの効果の分析を示す。図34Aは、ウェスタンブロットを示す。U87MG細胞を、pcDNA3.1空ベクターまたは構成的に活性なAkt（2DAkt）で一過的にトランスフェクトした。細胞をSEMA3F（640 ng/ml）で処置し、溶解産物をウェスタンブロットによって分析した。図35Bは、ウェスタンブロットを示す。U87MG細胞を、pcDNA3.1空ベクターまたは2DAktで一過的にトランスフェクトした。細胞を、SEMA3F（640 ng/ml）で30分間処置し、示されているように抗mTORおよび抗リクターを用いた免疫沈降およびウェスタンブロット分析に供した。
【図３６】図36Aは、ウェスタンブロットを示す。HUVECをSEMA3F（1800 ng/ml）で30分間処置し、示されるように抗NRP2および抗PTENを用いた免疫沈降およびウェスタンブロット分析に供した。図36Bは、ウェスタンブロットを示す。HUVECを、SEMA3F処置（1800 ng/ml）前に、対照またはプレキシンA1特異的siRNA（20 nM）でトランスフェクトし、溶解産物を、示されるように抗NRP2および抗PTENを用いた免疫沈降およびウェスタンブロット分析に供した。図36Cは、ウェスタンブロットを示す。HUVECを、SEMA3F処置（1800 ng/ml）前に、対照またはPTEN特異的siRNA（20 nM）でトランスフェクトし、溶解産物を、ウェスタンブロットによって分析した。図36Dは、ウェスタンブロットを示す。U87MG細胞を、対照またはGIPC1特異的siRNA（20 nM）でトランスフェクトした。48時間後に、細胞をSEMA3F（左から右に向かって、200、600、1800 ng/ml）で30分間処置し、ウェスタンブロットによって分析した。図36Eは、ウェスタンブロットを示す。U87MG細胞を、30分間および60分間のSEMA3F（640 ng/ml）との混合の前に、U0126（10μM）で30分間処置した。AktおよびMAPKシグナルを、ウェスタンブロットによって分析した。示されているすべてのデータは、3回の独立した実験の代表である。
【図３７】図37は、移植後第5日の図2に示されるマウスから収集された細胞の表現型を示す。FACS分析および要約図は、移植後の早期の時点ではCD3、CD4、CD8およびTreg集団において差が観察されなかったことを示している。
【図３８】図38は、セマフォリン・ニューロピリン2相互作用の概略モデルを示す。
【図３９】図39は、NRP-2のノックダウンが過剰活性をもたらすことが見出された図11〜16および図23のフォローアップである。この図において、T細胞を、異なるエフェクター表現型への応答を誘導する培養下でマイトジェン活性化させた。グラフに示されるように、CD4+ Tエフェクター細胞の分化が、NRP-2ノックアウトCD4+ T細胞において増強される。
【図４０】図40は、NRP-2欠乏が心臓同種移植拒絶を加速することを示す図5および25からの組み合わされたデータである。この図は、マイナーMHC不一致B6.C-H2bm12ドナーの心臓をC57BL6（WT）またはNRP-2ヘテロ接合体および全体またはCD4+ T細胞KOレシピエントに移植した後の生存のグラフを示す。
【図４１】図41は、アデノウイルスによるインビボでのNRP-2リガンドSema3Fの産生を示すデータを示す。図2、6および32において、Sema3Fまたは空の対照を含むアデノウイルスをマウスに投与した。この図において、このアプローチがSema3F産生をもたらすことを示している。右側に示されているのは、感染および肝臓によるSema3Fの産生を示すウェスタンブロットである。左側に示されているように、ELISAにより、Sema3Fレベルが投与後第14日に最大に達することが観察される。したがって、図2、6および32において、Sema3Fが発現に関して投与から14日後に最大に達し、そのレベルが第23日以降に減少したと考えられる。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
詳細な説明
本明細書には、Sema3FとNRP-2の相互作用が免疫系を抑制するよう機能するという本発明者らの発見に基づく免疫調節方法が記載されている。したがって、この相互作用の増加または増強は免疫系を抑制し得、この相互作用の阻害または減少は免疫応答を上方調節し得る。
【００１２】
1つの局面において、本明細書には、対象において免疫系を抑制する方法であって、それを必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む方法が記載される。いくつかの態様において、免疫系の抑制は、炎症状態の処置を含み得る。いくつかの態様において、免疫系の抑制は、移植片拒絶（例えば、同種移植拒絶）等の抑制を含み得る。1つの局面において、本明細書には、細胞のAkt/mTORシグナルを阻害する方法であって、細胞をSema3Fアゴニストと接触させる工程を含む方法が記載される。1つの局面において、本明細書には、対象のAkt/mTORシグナルを阻害する方法であって、それを必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む方法が記載される。
【００１３】
本明細書で使用される場合、「免疫系の抑制」は、免疫系の様々な免疫機能の任意のパラメータによって測定される、動物の免疫機能の低下または阻害を表す。免疫機能のパラメータの非限定的な例は、抗体応答の大きさ、B細胞の応答、T細胞の応答、T細胞の増殖、免疫調節性サイトカインの産生および／または抗原に対する（例えば、同種または異種細胞に対する）応答を含み得る。逆に、「免疫系の刺激」は、免疫系の様々な免疫機能の任意のパラメータによって測定される、動物の免疫機能の増加または活性化を表す。
【００１４】
本明細書で使用される場合、「移植片拒絶」または「移植拒絶」は、宿主以外の供給源に由来する組織または臓器に対する任意の免疫媒介性の超急性、急性または慢性的な損傷を表す。したがってこの用語は、細胞および抗体を通じた拒絶の両方ならびに同種移植片および異種移植片の両方の拒絶を包含する。
【００１５】
いくつかの態様において、免疫系の抑制は、移植片対宿主疾患の抑制を含み得る。「移植片対宿主疾患」（GVHD）は、患者自身の組織に対する提供された組織の反応である。GVHDは、最も多くは骨髄移植の際に見られるが、他の組織または細胞の移植の際にも起こり得る。GVHDは、最も多くは、組織ドナーが患者に関連しない例でまたはドナーが患者に関連するが完全な一致ではない場合に見られる。GVHDには、移植後すぐに白血球が上昇した際に起こる急性GVHDと呼ばれる早期型および慢性GVHDと呼ばれる後期型の2つの形態がある。
【００１６】
本明細書で使用される場合、「炎症」は、有害な刺激、例えば病原体、損傷した細胞または刺激物質に対する複合的な生物学的応答を表す。炎症は、有害な刺激を取り除き、その組織に対する治癒プロセスを開始するための生物による防御的取り組みである。したがって、「炎症」という用語は、炎症促進性サイトカイン、炎症メディエーターおよび／またはそのようにして産生されるサイトカインの作用により生ずる関連する下流の細胞イベント、例えば発熱、液体貯留、腫脹、膿瘍形成および細胞死を発生させる任意の細胞プロセスを含む。炎症促進性サイトカインおよび炎症メディエーターは、IL-1-アルファ、IL-1-ベータ、IL-6、IL-8、IL-11、IL-12、IL-17、IL-18、TNF-アルファ、白血球阻害因子（LIF）、IFN-ガンマ、オンコスタチンM（OSM）、毛様体神経栄養因子（CNTF）、TGF-ベータ、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）および炎症細胞を化学誘引するケモカインを含むがこれらに限定されない。炎症は、急性応答（すなわち、炎症プロセスが活発な応答）ならびに慢性応答（すなわち、ゆっくりとした進行を特徴とする応答および新しい結合組織の形成）の両方を含み得る。急性および慢性炎症は、関与する細胞型によって区別され得る。急性応答には、多くの場合、多形核好中球が関与し、慢性炎症は通常、リンパ組織球増多性および／または肉芽腫性の応答により特徴付けられる。
【００１７】
炎症状態は、炎症組織（例えば、白血球、例えばリンパ球、好中球、マクロファージ、好酸球、マスト細胞、好塩基球および樹状細胞の浸潤）またはその疾患状態の異常な臨床的および組織学的特徴を誘発するもしくはそれに寄与する炎症プロセスにより特徴付けられる任意の疾患状態である。炎症状態は、皮膚の炎症状態、肺の炎症状態、関節の炎症状態、腸の炎症状態、眼の炎症状態、内分泌系の炎症状態、心血管系の炎症状態、腎臓の炎症状態、肝臓の炎症状態、中枢神経系の炎症状態または敗血症関連状態を含むがこれらに限定されない。いくつかの態様において、炎症状態は、創傷治癒に関連する。いくつかの態様において、本明細書に記載される方法にしたがい処置される炎症は、皮膚の炎症、薬物乱用または薬物依存により引き起こされる炎症、感染に関連する炎症、角膜の炎症、網膜の炎症、脊髄の炎症、臓器再生に関連する炎症および肺の炎症であり得る。
【００１８】
いくつかの態様において、炎症状態は、自己免疫疾患であり得る。自己免疫疾患の非限定的な例は、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎を含み得る。自己免疫疾患は、当技術分野で周知であり、例えば、その全体が参照により本明細書に組み入れられる「Autoimmune Diseases Research Plan」Autoimmune Disease Coordinating Committee, NIH Publication No. 03-510, December 2002を参照のこと。
【００１９】
いくつかの態様において、炎症の処置、創傷治癒または疼痛管理を必要とする対象は、顎関節障害、COPD、煙により誘導される肺損傷、腎臓透析関連障害、脊髄損傷、移植片対宿主疾患、骨髄移植またはその合併症、感染、外傷、疼痛、切開、外科的切開、慢性疼痛性障害、慢性骨障害、乳腺炎および関節疾患を有するまたは有すると診断された対象であり得る。いくつかの態様において、外傷は、戦闘関連の損傷または手術中に起こる組織損傷を含み得る。煙により誘導される肺損傷は、タバコの煙、環境汚染物質（例えば、スモッグもしくは森林火災）への曝露、または工業的曝露に起因し得る。非限定的な例として、炎症状態は、皮膚の炎症状態、例えばスイート症候群、壊疽性膿皮症、角層下膿疱症、持久性隆起性紅斑、ベーチェット病または急性全身性発疹性膿疱症、水疱性障害、乾癬、膿疱性病変を引き起こす状態、座瘡、尋常性座瘡、皮膚炎（例えば、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、湿疹様皮膚炎、亀裂性湿疹、光アレルギー性皮膚炎、光毒性皮膚炎、植物性光線皮膚炎、放射線皮膚炎、鬱滞性皮膚炎またはアレルギー性接触皮膚炎）、湿疹、外傷に起因する潰瘍および腐食、熱傷、皮膚または粘膜の虚血、様々な形態の魚鱗癬、表皮水疱症、肥厚性瘢痕、ケロイド、内因性老化の皮膚変化、光老化、皮膚の機械的せん断により引き起こされる摩擦水疱、コルチコステロイドの局所使用に起因する皮膚萎縮、ならびに粘膜の炎症（例えば、口唇炎、唇のひび割れ、鼻の刺激、粘膜炎および外陰膣炎）であり得る。
【００２０】
非限定的な例として、炎症状態は、肺の炎症状態、例えば、喘息、気管支炎、慢性気管支炎、細気管支炎、肺炎、静脈洞炎、肺気腫、成人呼吸窮迫症候群、肺炎症、肺線維症および（付加的または代替的に胃腸管または他の組織に関与し得る）嚢胞性線維症であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、関節の炎症状態、例えば関節リウマチ、リウマチ様脊椎炎、若年性関節リウマチ、変形性関節症、痛風性関節炎、感染性関節炎、乾癬性関節炎および他の関節炎状態であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、腸（gut）または腸（bowel）の炎症状態、例えば、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎および遠位直腸炎であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、眼の炎症状態、例えば、ドライアイ症候群、ブドウ膜炎（虹彩炎を含む）、結膜炎、強膜炎および乾性角結膜炎であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、内分泌系の炎症状態、例えば自己免疫性甲状腺炎（橋本病）、グレーブス病、I型糖尿病ならびに副腎皮質の急性および慢性炎症であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、心血管系の炎症状態、例えば冠動脈梗塞傷害、末梢血管疾患、心筋炎、血管炎、狭窄の血行再建、アテローム性動脈硬化およびII型糖尿病に関連する血管疾患であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、腎臓の炎症状態、例えば糸球体腎炎、間質性腎炎、ループス腎炎およびヴェーゲナー病後の腎炎、急性腎炎後の急性腎不全、閉塞後症候群および尿細管虚血（tubular ischemia）であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、肝臓の炎症状態、例えば（ウイルス感染、自己免疫応答、薬物処置、毒素、環境因子からまたは一次障害の二次的結果として生じる）肝炎、胆道閉鎖症、原発性胆汁性肝硬変および原発性硬化性胆管炎であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、中枢神経系の炎症状態、例えば多発性硬化症および神経変性疾患、例えばアルツハイマー病またはHIV感染に関連する認知症であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、中枢神経系の炎症状態、例えばMS、すべてのタイプの脳炎および髄膜炎、急性播種性脳脊髄炎、急性横断性脊髄炎、視神経脊髄炎、局所脱髄症候群（例えば、バロー同心性硬化症およびマールブルグ型MS）、進行性多巣性白質脳症、亜急性硬化性全脳炎、急性出血性白質脳炎（ハースト病）、ヒトTリンパ球向性ウイルス1型関連脊髄症／熱帯性痙性不全対麻痺、デビック病、ヒト免疫不全ウイルス脳症、ヒト免疫不全ウイルス空胞性脊髄症、末梢神経障害、ギラン・バレー症候群および他の免疫系神経障害、ならびに重症筋無力症であり得る。非限定的な例として、炎症状態は、敗血症関連状態、例えば全身炎症反応症候群（SIRS）、敗血症性ショックまたは多臓器不全症候群（MODS）であり得る。炎症状態のさらなる非限定的な例は、内毒素ショック、歯周病、多発性軟骨炎、関節周囲障害、膵炎、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、サルコイドーシス・アミロイドーシス血管炎（vasculitis sarcoidosis amyloidosis）、アレルギー、アナフィラキシー、全身性肥満細胞症、骨盤内炎症性疾患、多発性硬化症、多発性硬化症（MS）、セリアック病、ギラン・バレー症候群、硬化性胆管炎、自己免疫性肝炎、レイノー現象、グッドパスチャー症候群、ウェゲナー肉芽腫症、リウマ���性多発筋痛症、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、慢性疲労症候群（CFS）、自己免疫性アジソン病、強直性脊椎炎、急性散在性脳脊髄炎、抗リン脂質抗体症候群、再生不良性貧血、特発性血小板減少性紫斑病、重症筋無力症、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、視神経炎、オード甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、天疱瘡、悪性貧血、イヌの多発性関節炎、ライター症候群、高安動脈炎、温式自己免疫性溶血性貧血、線維筋痛（FM）、自己炎症性PAPA症候群、家族性地中海熱、リウマチ性多発筋痛、結節性多発動脈炎、チャーグ・ストラウス症候群、線維化性肺胞炎、過敏性肺炎、アレルギー性アスペルギルス症、原因不明肺好酸球増多症、閉塞性細気管支炎性器質化肺炎、じんましん、ルポイド肝炎、家族性感冒自己炎症性症候群、マックル・ウェルズ症候群、新生児期発症多臓器性炎症性疾患、移植片拒絶（同種移植拒絶および移植片対宿主疾患）、耳炎、慢性閉塞性肺疾患、静脈洞炎、慢性前立腺炎、再かん流傷害、珪肺、炎症性筋疾患、過敏症および偏頭痛を含む。いくつかの態様において、炎症状態は、感染、例えばウイルス、細菌、真菌、寄生生物またはプリオン感染に関連する。いくつかの態様において、炎症状態は、アレルギー反応に関連する。いくつかの態様において、炎症状態は、汚染物質（例えば、石綿症、珪肺またはベリリウム中毒に関連する。
【００２１】
いくつかの態様において、炎症状態は、局所状態、例えば発疹またはアレルギー反応であり得る。
【００２２】
いくつかの態様において、炎症は、創傷に関連する。いくつかの態様において、本明細書に記載される技術は、創傷治癒を促進する方法に関連する。本明細書で使用される場合、「創傷」は、広義的に、外的暴力、機械的作用（mechanical agency）または感染疾患に起因する、典型的に組織の分裂または膜（例えば、皮膚）の破裂を伴う臓器または臓器の組織に対する傷害を表す。創傷は、組織の強度および／または完全性が減少する、例えば傷害が組織に損傷を与える上皮、内皮、結合組織、眼または任意の他の創傷であり得る。「創傷」という用語は、裂傷、擦り傷、裂離、切断、熱傷、速度による創傷（例えば、発砲による創傷）、貫通による創傷、穿刺による創傷、挫傷、糖尿病による創傷、血腫、引き裂きによる創傷および／または押しつぶしによる傷害を含むがこれらに限定されない外傷を包含する。1つの局面において、「創傷」という用語は、様々な理由（例えば、長時間の床上安静による褥瘡、外傷、切断、潰瘍、熱傷等により誘導される創傷）の任意の1つにより開始され様々な特徴を有する皮膚および皮下組織に対する傷害を表す。本明細書で使用される場合、「創傷治癒」という用語は、創傷を与えられた生物の身体がその創傷部位（例えば、皮膚）で組織の修復を開始するプロセスを表す。創傷治癒プロセスは、一部、創傷組織の血管新生および再血管形成を必要とする。創傷治癒は、当技術分野で公知のように、収縮、創傷の領域、閉鎖率、閉鎖変化率および／または血管の侵入等のパラメータを評価することによって測定され得る。いくつかの態様において、本明細書に記載される粒子および組成物は、創傷治癒を促進するよう局所適用され得る。
【００２３】
本明細書で使用される場合、「アゴニスト」という用語は、標的、例えばNRP-2のレベルおよび／または活性を増加させる任意の作用物質を表す。本明細書で使用される場合、「アゴニスト」という用語は、標的の発現および／または活性を少なくとも10％またはそれを上回って、例えば10％もしくはそれを上回って、50％もしくはそれを上回って、100％もしくはそれを上回って、200％もしくはそれを上回って、500％もしくはそれを上回って、または1000％もしくはそれを上回って増加させる作用物質を表す。Sema3Fのアゴニストの非限定的な例は、Sema3FポリペプチドまたはそのアゴニストフラグメントおよびSema3Fポリペプチドをコードする核酸、例えばSEQ ID NO:1もしくはSEQ ID NO:5の配列を含むポリペプチドもしくはSEQ ID NO:2の配列を含む核酸またはそれらの変種を含み得る。
【００２４】
本明細書で使用される場合、「Sema3F」という用語は、NRP-1と比較してNRP-2に対して優先的に結合するクラスIIIセマフォリンのメンバーを表す。多くの種に関してSema3Fポリペプチドおよび核酸の配列が当技術分野で公知であり、例えばヒトSema3F（NCBI Gene ID:6405）ポリペプチド（SEQ ID NO:1；NCBI Ref Seq: NP_004177）および核酸（SEQ ID NO:2；NCBI Ref Seq: NM_004186）がある。Sema3Fのレベルは、血液、血清および／または血漿において評価され得、Sema3Fの活性は、例えば、NRP-2に対するSema3Fの結合のレベル、選択されたNRP-2シグナル伝達応答、増加したSema3F活性が減少した免疫応答および／または同種免疫応答（例えば、移植後のサイトカイン応答、刺激または細胞遊走）により証明される免疫応答パラメータの活性および／またはレベルの変化を決定することによって測定され得る。
【００２５】
いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、Sema3Fポリペプチドもしくはその機能的フラグメントまたはSema3Fポリペプチドもしくはその機能的フラグメントをコードする核酸であり得る。本明細書で使用される場合、「Sema3Fポリペプチド」は、ヒトポリペプチド（SEQ ID NO:1、NCBI Ref Seq: NP_004177）、成熟ヒトポリペプチド（SEQ ID NO:5）ならびにウシ、イヌ、ネコ、ニワトリ、マウス、ラット、ブタ、ヒツジ、シチメンチョウ、ウマ、サカナ、ヒヒおよび他の霊長類を含むがこれらに限定されない他の種由来のホモログを含み得る。この用語はまた、例えば適当な動物モデルにおいて測定される、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:5の全長Sema3Fの活性または効果、例えば同種移植拒絶の抑制、の少なくとも50％を維持するSema3Fのフラグメントまたは変種を表す。野生型Sema3Fの活性を維持する保存的置換変種は、本明細書で定義される保存的置換を含む。野生型の活性の少なくとも50％を維持しつつ保存的置換を許容する可能性が最も高いアミノ酸の特定は、例えば、他の種由来のSema3Fホモログまたはパラログとの配列アラインメントによって導かれる。Sema3Fホモログ間で同一であるアミノ酸は、交換を許容する可能性が低く、保存的相違を示すものは人工変種における保存的交換を許容する可能性が高いことが明らかである。同様に、非保存的相違を示す位置は機能に重要である可能性が低く、人工変種において保存的置換を許容する可能性が高い。同様に、非保存的相違を有する位置は、機能に重要である可能性が低く、人工変種において保存的置換を許容する可能性が高い。変種、フラグメントおよび／または融合タンパク質は、例えば、その変種を本明細書に記載される同種移植拒絶の適当な動物モデルに投与することによって、活性に関して試験され得る。Sema3FおよびNRP-2の構造のさらなる議論は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、Klagsbrun M, Eichmann A, Cytokine Growth Factor Rev, 2005において見出され得る。
【００２６】
いくつかの態様において、ポリペプチド、例えばSema3Fポリペプチドは、本明細書に記載される配列の変種、例えば、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:5のアミノ酸配列を含むSema3Fポリペプチドの変種であり得る。いくつかの態様において、変種は、保存的置換変種である。変種は、例えば、ネイティブヌクレオチド配列の変異によって得ることができる。「変種」は、本明細書で参照される場合、ネイティブまたは参照ポリペプチドに対して実質的に相同であるが、1つまたは複数の欠失、挿入または置換によりネイティブまたは参照ポリペプチドのそれと異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ポリペプチドコードDNA配列は、ネイティブまたは参照DNA配列と比較して1つまたは複数のヌクレオチドの付加、欠失または置換を含むが、参照タンパク質に関連する生物学的活性を保持する、例えば、同種移植拒絶を少なくとも50％抑制する変種タンパク質またはそのフラグメントおよび野生型Sema3Fをコードする配列を包含する。アミノ酸配列に関して、当業者は、コードされる配列内の単一のアミノ酸または少ない割合（すなわち、5％またはそれ未満、例えば4％もしくはそれ未満、または3％もしくはそれ未満、または1％もしくはそれ未満）のアミノ酸を変更する核酸、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質配列に対する個々の置換、欠失または付加が、その変更があるアミノ酸と化学的に類似するアミノ酸を置換するものである場合に、「保存的修飾変種」であることを理解するであろう。一部の変化は潜在的に、変種が保存的であろうがなかろうが野生型Sema3Fの活性の100％超、例えば110％、125％、150％、175％、200％、500％、1000％またはそれ以上を有するように関連する活性を改善し得ることが想定されている。
【００２７】
置換することができるアミノ酸残基を同定する1つの方法は、例えば、ヒトSema3Fを1つまたは複数の非ヒト種由来のSema3Fホモログとアラインメントすることである。アラインメントは、機能に必要となる可能性のある残基だけでなく、逆に、交換を許容する可能性のある残基に関する手引きを提供し得る。例えば、アラインメントが対応する位置で2つの同一または類似のアミノ酸を示す場合、その部位は機能的に重要である可能性が高い。逆に、アラインメントが、対応する位置の残基がサイズ、電荷、疎水性等の点で有意に異なることを示す場合、その部位は機能的ポリペプチド内でのバリエーションを許容し得る可能性が高い。変種アミノ酸またはDNA配列は、ネイティブもしくは参照配列、例えばSEQ ID NO:1またはそれらのアミノ酸配列の1つをコードする核酸に少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％またはそれ以上同一であり得る。ネイティブ配列と変異配列の間の相同性の程度（パーセント同一性）は、例えば、この目的で広く利用されているワールドワイドウェブ上で自由に利用可能なコンピュータプログラムを用いて2つの配列を比較することによって決定され得る。変種アミノ酸またはDNA配列は、（本明細書で「元の」配列と称される）その由来となった配列と少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％またはそれ以上類似し得る。元の配列と変異配列の間の類似性の程度（パーセント類似性）は、例えば、類似性マトリクスを用いることによって決定され得る。類似性マトリクスは、当技術分野で周知であり、類似性マトリクスを用いて2つの配列を比較する多くのツール、例えばBLASTp（ワールドワイドウェブのhttp://blast.ncbi.nlm.nih.govで利用可能）が、デフォルトパラメータセットと共に、オンラインで自由に利用可能となっている。
【００２８】
あるアミノ酸は、類似の物理化学的特徴を有する残基で置換することができる、例えば、ある脂肪族残基と別の脂肪族残基の置換（例えば、Ile、Val、LeuもしくはAlaと相互の置換）またはある極性残基と別の極性残基の置換（例えば、LysとArg、GluとAspもしくはGlnとAsnの間の置換）。他のそのような保存的置換、例えば、類似の疎水性特性を有する領域全体の置換も周知である。保存的アミノ酸置換を含むポリペプチドは、ネイティブまたは参照ポリペプチドの所望の活性が保持されていることを確認するために、本明細書に記載されるアッセイのいずれか1つにおいて試験され得る。機能的に類似するアミノ酸を提供する保存的置換表は、当技術分野で周知である。そのような保存的修飾変種はさらに、本開示と同等の多型変種、種間ホモログおよび対立遺伝子を排除しない。典型的に、相互の保存的置換は、1）アラニン（A)、グリシン（G)；2）アスパラギン酸（D）、グルタミン酸（E）；3）アスパラギン（N）、グルタミン（Q）；4）アルギニン（R）、リジン（K）；5）イソロイシン（I）、ロイシン（L）、メチオニン（M）、バリン（V）；6）フェニルアラニン（F）、チロシン（Y）、トリプトファン（W）；7）セリン（S)、スレオニン（T）；および8）システイン（C）、メチオニン（M）を含む（例えば、Creighton, Proteins (1984)を参照のこと）。
【００２９】
ポリペプチドの適切な立体構造の維持に関与しない任意のシステイン残基はまた、その分子の酸化安定性を改善し、異常な架橋を防止するために、通常セリンで置換され得る。逆に、その安定性を改善するためまたはオリゴマー化を容易にするために、システイン結合がポリペプチドに追加され得る。
【００３０】
いくつかの態様において、対象に投与されるポリペプチド、例えばSema3Fポリペプチドは、1つまたは複数のアミノ酸置換または修飾を含み得る。いくつかの態様において、置換および／または修飾は、対象においてそのポリペプチドのタンパク質分解を防止し得るもしくは減少させ得るおよび／または半減期を延長し得る。いくつかの態様において、ポリペプチドは、それを他のポリペプチドまたはポリペプチドドメイン、例えば、非限定的な例として、トランスフェリン（WO06096515A2）、アルブミン（Yeh et al., 1992）、成長ホルモン（US2003104578AA）、セルロース（Levy and Shoseyov, 2002）および／またはFcフラグメント（Ashkenazi and Chamow, 1997）と結合または融合することによって修飾され得る。上記の参考文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【００３１】
いくつかの態様において、本明細書に記載されるポリペプチド、例えばSema3Fポリペプチドは、少なくとも1つのペプチド結合置換を含み得る。本明細書に記載されるSema3Fポリペプチドは、1つのタイプのペプチド結合置換または複数のタイプのペプチド結合置換、例えば2つのタイプ、3つのタイプ、4つのタイプ、5つのタイプまたはそれを上回るタイプのペプチド結合置換を含み得る。ペプチド結合置換の非限定的な例は、尿素、チオ尿素、カルバメート、スルホニル尿素、トリフルオロエチルアミン、オルト-(アミノアルキル)-フェニル酢酸、パラ-(アミノアルキル)-フェニル酢酸、メタ-(アミノアルキル)-フェニル酢酸、チオアミド、テトラゾール、ボロン酸エステル、オレフィン基およびそれらの誘導体を含む。
【００３２】
いくつかの態様において、本明細書に記載されるポリペプチド、例えばSema3Fポリペプチドは、生物によって産生されるポリペプチドおよび／またはタンパク質において通常見出される天然に存在するアミノ酸、例えば、Ala（A)、Val（V)、Leu（L）、Ile（I）、Pro（P）、Phe（F）、Trp（W）、Met（M）、Gly（G）、Ser（S）、Thr（T）、Cys（C）、Tyr（Y）、Asn（N）、Gln（Q)、Asp（D)、Glu（E)、Lys（K)、Arg（R）およびHis（H）を含み得る。いくつかの態様において、本明細書に記載されるSema3Fポリペプチドは、代替アミノ酸を含み得る。代替アミノ酸の非限定的な例は、D-アミノ酸、ベータ-アミノ酸、ホモシステイン、ホスホセリン、ホスホスレオニン、ホスホチロシン、ヒドロキシプロリン、ガンマ-カルボキシグルタメート、馬尿酸、オクタヒドロインドール-2-カルボン酸、スタチン、1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン-3-カルボン酸、ペニシラミン(3-メルカプト-D-バリン)、オルニチン、シトルリン、アルファ-メチル-アラニン、パラ-ベンゾイルフェニルアラニン、パラ-アミノフェニルアラニン、p-フルオロフェニルアラニン、フェニルグリシン、プロパルギルグリシン、サルコシン、およびtert-ブチルグリシン）、ジアミノ酪酸、7-ヒドロキシ-テトラヒドロイソキノリンカルボン酸、ナフチルアラニン、ビフェニルアラニン、シクロヘキシルアラニン、アミノ-イソ酪酸、ノルバリン、ノルロイシン、tert-ロイシン、テトラヒドロイソキノリンカルボン酸、ピペコリン酸、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、シクロヘキシルグリシン、デヒドロロイシン、2,2-ジエチルグリシン、1-アミノ-1-シクロペンタンカルボン酸、1-アミノ-1-シクロヘキサンカルボン酸、アミノ安息香酸、アミノナフトエ酸、ガンマ-アミノ酪酸、ジフルオロフェニルアラニン、ニペコ酸、アルファ-アミノ酪酸、チエニル-アラニン、t-ブチルグリシン、トリフルオロバリン、ヘキサフルオロロイシン、フッ素化アナログ、アジド修飾アミノ酸、アルキン修飾アミノ酸、シアノ修飾アミノ酸ならびにそれらの誘導体を含む。
【００３３】
いくつかの態様において、ポリペプチド、例えばSema3Fポリペプチドは、例えば、そのペプチドを構成するアミノ酸のうちの1つまたは複数への部分の付加によって修飾され得る。いくつかの態様において、本明細書に記載されるポリペプチドは、1つまたは複数の部分分子、例えば、ポリペプチドあたり1つもしくは複数の部分分子、ポリペプチドあたり2つもしくはそれを上回る部分分子、ポリペプチドあたり5つもしくはそれを上回る部分分子、ポリペプチドあたり10もしくはそれを上回る部分分子またはポリペプチドあたりこれらを上回る部分分子を含み得る。いくつかの態様において、本明細書に記載されるポリペプチドは、1つまたは複数のタイプの修飾および／または部分、例えば、1つのタイプの修飾、2つのタイプの修飾、3つのタイプの修飾またはそれ以上のタイプの修飾を含み得る。修飾および／または部分の非限定的な例は、PEG化、グリコシル化、HES化、ELP化、脂質化、アセチル化、アミド化、末端キャップ修飾、シアノ基、リン酸化、アルブミンおよび環化を含む。いくつかの態様において、末端キャップ修飾は、N末端におけるアセチル化、N末端アシル化およびN末端ホルミル化を含み得る。いくつかの態様において、末端キャップ修飾は、C末端におけるアミド化、C末端アルコール、アルデヒド、エステルおよびチオエステル部分の導入を含み得る。ポリペプチドの半減期は、部分、例えばPEG、アルブミンまたは他の融合パートナー（例えば、免疫グロブリンのFcフラグメント）の付加によって増加し得る。
【００３４】
いくつかの態様において、対象に投与されるSema3Fポリペプチドは、本明細書に記載されるSema3Fアミノ酸配列のうちの1つのアミノ酸配列の機能的フラグメントであり得る。本明細書で使用される場合、「機能的フラグメント」は、本明細書の以下に記載されるアッセイしたがい対象において免疫応答を抑制する（例えば、同種移植拒絶を抑制する）ことができるSema3Fポリペプチドのフラグメントまたはセグメントである。機能的フラグメントは、本明細書に開示される配列の保存的置換を含み得る。
【００３５】
元のアミノ酸配列の変更は、当業者に公知の多くの技術のいずれかによって達成され得る。変異は、例えば、ネイティブ配列のフラグメントへの連結を可能にする制限部位の隣に変異配列を含むオリゴヌクレオチドを合成することによって特定部位に導入され得る。連結後、得られる再構成された配列は、所望のアミノ酸挿入、置換または欠失を有するアナログをコードする。あるいは、必要とされる置換、欠失または挿入により変更された特定のコドンを有する変更されたヌクレオチド配列を提供するために、オリゴヌクレオチド誘導部位特異的変異誘発手順が利用され得る。そのような変更を行う技術は、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる、Khudyakov et al. "Artificial DNA: Methods and Applications" CRC Press, 2002; Braman "In Vitro Mutagenesis Protocols" Springer, 2004; およびRapley "The Nucleic Acid Protocols Handbook" Springer 2000によって開示されるものを含む。いくつかの態様において、本明細書に記載されるポリペプチドは化学的に合成され得、変異は化学合成プロセスの一部として導入され得る。
【００３６】
いくつかの態様において、Sema3Fポリペプチドまたはその機能的フラグメントは、Sema3F受容体、例えばNRP-2に結合することができるSema3Fポリペプチドであり得る。いくつかの態様において、Sema3Fポリペプチドまたはその機能的フラグメントは、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択される、NRP-2のドメインに結合することができるSema3Fポリペプチドであり得る。
【００３７】
本明細書で使用される場合、「NRP-2」または「ニューロピリン-2」は、クラス3セマフォリンおよびVEGFを認識する膜貫通糖タンパク質受容体を表す。NRPは、軸索成長および血管新生を調節する。NRP2は、Sema-3AよりもSema-3Fに対して高い親和性を有する点で、NRP1と区別され得る。NRP-2遺伝子、転写物およびポリペプチドの配列は、様々な種で公知である、例えば、ヒトNRP-2 mRNA（例えば、SEQ ID NO:3；NCBI Ref Seq: NM_201266）およびポリペプチド（例えば、SEQ ID NO:4; NCBI Ref Seq: NP_957718）配列（NCBI Gene ID: 8828）。NRP-2は、A1ドメイン（例えば、SEQ ID NO:4の28〜141位に対応するアミノ酸）、A2ドメイン（例えば、SEQ ID NO:4の149〜265位に対応するアミノ酸）、B1ドメイン（例えば、SEQ ID NO:4の277〜427位に対応するアミノ酸）およびB2ドメイン（例えば、SEQ ID NO:4の433〜592位に対応するアミノ酸）を含む。NRP-2の構造のさらなる議論は、当技術分野において、例えば、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、Appleton et al. The EMBO Journal 2007 26:4901-4912において見出すことができる。可溶性NRP-2ポリペプチドは、SEQ ID NO:4のアミノ酸1〜862の少なくとも一部に対応するNRP-2ポリペプチドであり得る。いくつかの態様において、可溶性NRP-2ポリペプチドは、SEQ ID NO:4の少なくともアミノ酸1〜862を含み得る。いくつかの態様において、可溶性NRP-2ポリペプチドは、SEQ ID NO:4のアミノ酸1〜862から選択される少なくとも25個の連続するアミノ酸、例えば、SEQ ID NO:4のアミノ酸1〜862から選択される少なくとも25個、少なくとも50個、少なくとも100個、少なくとも200個、少なくとも250個、少なくとも300個または少なくとも500個の連続するアミノ酸を含み得る。いくつかの態様において、可溶性NRP-2ポリペプチドは、A1、A2、B1および／またはB2から選択される少なくとも1つのNRP-2ドメインを含み得る。1つの態様において、免疫炎症応答の調節に使用する可溶性NRP-2ポリペプチドは、Sema3Fに結合する。
【００３８】
本発明のポリペプチドは、組み換え法および化学合成を含む周知の方法を使用することによって合成され得る。適切な宿主細胞へのポリペプチドをコードする核酸を含むベクターの導入を通じてポリペプチドを作製する組み換え法は、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed, Vols 1 to 8, Cold Spring Harbor, NY (1989); M.W. Pennington and B.M. Dunn, Methods in Molecular Biology: Peptide Synthesis Protocols, Vol 35, Humana Press, Totawa, NJ (1994)に記載されるように、当技術分野で周知であり、その両方の内容が参照により本明細書に組み入れられる。ペプチドはまた、当技術分野で周知の方法を用いて化学的に合成され得る。例えば、そのすべての内容が参照により本明細書に組み入れられる、Merrifield et al., J. Am. Chem. Soc. 85:2149 (1964); Bodanszky, M., Principles of Peptide Synthesis, Springer-Verlag, New York, NY (1984); Kimmerlin, T. and Seebach, D. J. Pept Res. 65:229-260 (2005); Nilsson et al., Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. (2005) 34:91-118; W.C. Chan and P.D. White (Eds.) Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, Oxford University Press, Cary, NC (2000); N.L. Benoiton, Chemistry of Peptide Synthesis, CRC Press, Boca Raton, FL (2005); J. Jones, Amino Acid and Peptide Synthesis, 2nd Ed, Oxford University Press, Cary, NC (2002); およびP. Lloyd-Williams, F. Albericio, and E. Giralt, Chemical Approaches to the synthesis of peptides and proteins, CRC Press, Boca Raton, FL (1997)を参照のこと。ペプチド誘導体はまた、そのすべての内容が参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第4,612,302号、同第4,853,371号および同第4,684,620号ならびに米国特許出願公開第2009/0263843号に記載されるようにして調製され得る。
【００３９】
いくつかの態様において、本明細書に記載される技術は、本明細書に記載されるポリペプチド（例えば、Sema3Fポリペプチド）をコードする核酸に関連する。本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸配列」という用語は、任意の分子、好ましくは、リボ核酸、デオキシリボ核酸またはそれらのアナログの単位が組み込まれたポリマー分子を表す。核酸は、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得る。一本鎖核酸は、変性した二本鎖DNAの一方の核酸鎖であり得る。あるいは、それは、いずれの二本鎖DNA由来でもない一本鎖核酸であり得る。1つの局面において、テンプレート核酸は、DNAである。別の局面において、テンプレートは、RNAである。適当な核酸分子は、ゲノムDNAまたはcDNAを含む、DNAを含む。他の適当な核酸分子は、mRNAを含む、RNAを含む。核酸分子は、ゲノムDNA中にあるように、天然に存在するものであり得、またはそれは合成性であり得る、すなわち、ヒトの活動に基づき調製されたものであり得、またはそれらの2つの組み合わせであり得る。核酸分子はまた、特定の修飾、例えば、米国特許出願20070213292に記載される、2'-デオキシ、2'-デオキシ-2'-フルオロ、2'-O-メチル、2'-O-メトキシエチル（2'-O-MOE）、2'-O-アミノプロピル（2'-O-AP）、2'-O-ジメチルアミノエチル（2'-O-DMAOE）、2'-O-ジメチルアミノプロピル（2'-O-DMAP）、2'-O-ジメチルアミノエチルオキシエチル（2'-O-DMAEOE）または2'-O--N-メチルアセトアミド（2'-O-NMA）、コレステロール付加およびホスホロチオエート骨格；および米国特許第6,268,490号に記載されるメチレン単位を有する2'酸素と4'炭素原子の間で連結される特定のリボヌクレオシドを有し得、特許および特許出願の両方はそれらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【００４０】
いくつかの態様において、本明細書に記載されるSema3Fポリペプチドをコードする核酸は、ベクターに含まれる。本明細書に記載される局面のいくつかにおいて、本明細書に記載されるSema3Fポリペプチドをコードする核酸配列は、ベクターに機能的に連結される。「ベクター」という用語は、本明細書で使用される場合、宿主細胞への送達のためまたは異なる宿主細胞間での移動のために設計された核酸コンストラクトを表す。本明細書で使用される場合、ベクターは、ウイルスまたは非ウイルスであり得る。「ベクター」という用語は、適当な制御エレメントと組み合わされた場合に複製が可能でありかつ遺伝子配列を細胞に移入させることができる任意の遺伝子エレメントを包含する。ベクターは、クローニングベクター、発現ベクター、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、染色体、ウイルス、ビリオン等を含むがこれらに限定されない。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」という用語は、ベクター上の転写調節配列に連結された配列からのRNAまたはポリペプチドの発現を誘導するベクターを表す。発現される配列は、多くの場合、しかし必ずそうと言うことではないが、その細胞に対して異種であろう。発現ベクターは、追加のエレメントを含み得る、例えば、発現ベクターは、2つの生物において、例えば発現のためにヒト細胞においてならびにクローニングおよび増幅のために原核生物宿主において維持されるよう、2つの複製系を有し得る。「発現」という用語は、適当な場合、例えば、転写、転写物のプロセシング、翻訳ならびにタンパク質のフォールディング、修飾およびプロセシングを含むがこれらに限定されない、RNAおよびタンパク質の産生ならびに適当な場合、タンパク質の分泌に関与する細胞プロセスを表す。「発現産物」は、遺伝子から転写されるRNAおよび遺伝子から転写されるmRNAの翻訳によって得られるポリペプチドを含む。「遺伝子」という用語は、適当な調節配列に機能的に連結されている場合にインビトロまたはインビボでRNAに転写される（DNA）核酸配列を意味する。遺伝子は、コード領域の前後の領域、例えば5'非翻訳（5'UTR）または「リーダー」配列および3'UTRまたは「トレイラー」配列ならびに個々のコードセグメント（エクソン）の間の介在配列（イントロン）を含む場合または含まない場合がある。
【００４２】
本明細書で使用される場合、「ウイルスベクター」という用語は、ウイルス起源の少なくとも1つのエレメントを含み、ウイルスベクター粒子にパッケージされる能力を有する核酸ベクターコンストラクトを表す。ウイルスベクターは、非必須ウイルス遺伝子の位置に、本明細書に記載されるSema3Fポリペプチドをコードする核酸を含み得る。ベクターおよび／または粒子は、インビトロまたはインビボのいずれかで核酸を細胞に移入する目的で利用され得る。多くの形態のウイルスベクターが、当技術分野で公知である。
【００４３】
「組み換えベクター」は、インビボで発現することができる異種核酸配列または「トランスジーン」を含むベクターを意味する。本明細書に記載されるベクターは、いくつかの態様において、他の適当な組成物および治療と組み合わされ得ることが理解されるべきである。いくつかの態様において、ベクターは、エピソーム性である。適当なエピソーム性ベクターの使用は、対象において関心対象のヌクレオチドを高コピー数の染色体外DNAとして維持し、それによって染色体組み込みの潜在的影響を排除する手段を提供する。
【００４４】
いくつかの態様において、例えば対象におけるSema3Fのレベルは、処置前の対象における（または標的組織もしくは系における）Sema3Fのレベルよりもすくなくとも20％、例えば20％もしくはそれを上回って、30％もしくはそれを上回って、40％もしくはそれを上回って、50％もしくはそれを上回って、100％もしくはそれを上回って、150％もしくはそれを上回って、200％もしくはそれを上回って、250％もしくはそれを上回って、300％もしくはそれを上回ってまたは350％もしくはそれを上回って増加する。いくつかの態様において、対象におけるSema3Fのレベルは、処置前の対象におけるSema3Fのレベルよりもすくなくとも100％増加する。いくつかの態様において、対象におけるSema3Fのレベルは、処置前の対象におけるSema3Fのレベルよりもすくなくとも200％増加する。
【００４５】
いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、静脈内投与され得る。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、筋肉内、皮下または皮内投与され得る。いくつかの態様において、Sema3Fアゴニストは、炎症部位に局所投与され得る。
【００４６】
1つの局面において、本明細書には、その必要のある対象において免疫応答を増加させる方法であって、対象にSema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数を投与する工程を含む方法が記載される。いくつかの態様において、免疫応答を増加させる必要がある対象は、癌、例えば腫瘍を有する対象であり得る。いくつかの態様において、免疫応答を増加させる必要がある対象は、感染、例えば細菌またはウイルス感染を患った対象であり得る。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「阻害剤」という用語は、標的化された発現産物（例えば、標的をコードするmRNAまたは標的ポリペプチド）の発現および／または活性を、少なくとも10％またはそれを上回って、例えば10％もしくはそれを上回って、50％もしくはそれを上回って、70％もしくはそれを上回って、80％もしくはそれを上回って、90％もしくはそれを上回って、95％もしくはそれを上回ってまたは98％もしくはそれを上回って減少させることができる作用物質を表す。例えばSema3Fの、阻害剤の効果、例えばSema3Fのレベルおよび／または活性を減少させるその能力は、例えば、Sema3Fの発現産物のレベルおよび／またはSema3Fの活性を測定することによって、決定され得る。特定のmRNAおよび／またはポリペプチドのレベルを測定する方法は、当業者に公知である、例えば、RNAのレベルを決定するためにRTPCRが使用され得、ポリペプチドのレベルを決定するために抗体（例えば、抗Sema3F抗体、例えばカタログ番号ab39956；Abcam；Cambridge, MA）を用いたウェスタンブロットが使用され得る。例えばSema3Fの活性は、当技術分野で公知であり、本明細書で上記されている方法を用いて決定され得る。いくつかの態様において、阻害剤は、阻害性核酸、アプタマー、抗体反応物、抗体または低分子であり得る。
【００４８】
Sema3Fは、フリン様酵素によって切断され得る。したがって、いくつかの態様において、Sema3Fの阻害剤は、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸であり得る。逆に、いくつかの態様において、Sema3Fのアゴニストは、フリン様ポリペプチド阻害剤、例えば阻害性核酸または低分子阻害剤であり得る。低分子フリン様ポリペプチド阻害剤は、当技術分野で公知であり、フリン阻害剤I（例えば、カタログ番号344930；EMD Millipore；Billerica MA）、フリン阻害剤II（例えば、カタログ番号344931、EMD Millipore；Billerica MA）およびプロタンパク質コンバターゼ阻害剤（例えば、カタログ番号537076、EMD Millipore；Billerica MA）を含むがこれらに限定されない。フリン阻害剤のさらなる議論は、例えば、各々の全体が参照により本明細書に組み入れられる、Becker et al. J Med Chem 2010 53:1067-1075およびBecker et al. JBC 2012 287:21992-22003において見出すことができる。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「フリン様ポリペプチド」は、スブチリシン関連触媒ドメインおよびスブチリシンドメインのカルボキシ末端側のP-ドメインを有するプロタンパク質コンバターゼ（PCSK）を表す。PCSKは、プロタンパク質を切断して活性な成熟タンパク質を生成する。フリン様ポリペプチドおよび／またはPCSKは、PSCK1（例えば、PC1、PC3、PC1/3；NCBI Gene ID: 5122）、PCSK2（例えば、PC2；NCBI Gene ID: 5126）、PCSK3（例えば、フリン、ペース（Pace）；NCBI Gene ID: 5045）、PCSK4（例えば、PC4；NCBI Gene ID: 54760）、PCSK5（例えば、PC5、PC6、PC5/6；NCBI Gene ID: 5125）、PCSK6（例えば、PACE4；NCBI Gene ID: 5046）、PCSK7（例えば、PC7、PC8；NCBI Gene ID: 9159）、PCSK8（例えば、サイト1プロテアーゼ、S1P、SK1；NCBI Gene ID: 8720）、PCSK9（例えば、NARC-1；NCBI Gene ID: 255738）のうちの1つまたは複数であり得る。フリン様ポリペプチドおよびフリン様ポリペプチドをコードする対応する核酸の配列は、当技術分野で公知であり、例えば、提供された遺伝子名を検索することによって公的データベース、例えばNCBIから、多くの種について容易に入手することができる。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「プレキシンA1」は、NRP-2と共にクラスIIIセマフォリン、例えばSema3Fに結合することができる膜貫通タンパク質を表す。プレキシンA1ポリペプチドおよび核酸の配列は、多くの種について公知である、例えば、ヒトプレキシンA1（NCBI Gene ID: 5361）ポリペプチド（SEQ ID NO:6；NCBI Ref Seq: NP_115618）および核酸（SEQ ID NO:7；NCBI Ref Seq: NM_032242）。
【００５１】
いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、可溶性NRP-2受容体、例えば、可溶性NRP-2ポリペプチドであり得る。いくつかの態様において、NRP-2受容体の可溶性フラグメントは、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含む。可溶性NRP-2受容体フラグメントは通常、膜貫通ドメインを欠いているであろう。
【００５２】
いくつかの態様において、ポリペプチドの阻害剤は、そのポリペプチドに特異的な抗体反応物であり得る。いくつかの態様において、Sema3F阻害剤は、抗Sema3F抗体反応物であり得る。いくつかの態様において、NRP-2阻害剤は、抗NRP-2抗体反応物であり得る。いくつかの態様において、NRP-2阻害剤は、NRP-2の細胞外ドメインに結合する。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「抗体」は、自然状態で抗体を産生する任意の種に由来するものであろうが組み換えDNA技術により作製されたものであろうが、血清、B細胞、ハイブリドーマ、トランスフェクトーマ、酵母または細菌から単離されたものであろうが、IgG、IgM、IgA、IgDもしくはIgE分子またはそれらの抗原特異的フラグメント（Fab、F(ab')2、Fv、ジスルフィド連結Fv、scFv、単一ドメイン抗体、閉鎖立体配座多特異性抗体、ジスルフィド連結scfv、ダイアボディを含むがこれらに限定されない）を表す。
【００５４】
本明細書で使用される場合、「抗原」は、抗体反応物上の結合部位によって結合される分子である。典型的に、抗原は、抗体リガンドによって結合され、インビボで抗体応答を誘起することができる。抗原は、ポリペプチド、タンパク質、核酸もしくは他の分子またはそれらの一部分であり得る。「抗原性決定基」という用語は、抗原結合分子によって、より具体的にはその分子の抗原結合部位によって認識される抗原上のエピトープを表す。
【００５５】
本明細書で使用される場合、「抗体反応物」という用語は、少なくとも1つの免疫グロブリン可変ドメインまたは免疫グロブリン可変ドメイン配列を含み、特定の抗原に特異的に結合するポリペプチドを表す。抗体反応物は、抗体または抗体の抗原結合ドメインを含むポリペプチドを含み得る。いくつかの態様において、抗体反応物は、モノクローナル抗体またはモノクローナル抗体の抗原結合ドメインを含むポリペプチドを含み得る。例えば、抗体は、重（H）鎖可変領域（本明細書でVHと略される）および軽（L）鎖可変領域（本明細書でVLと略される）を含み得る。別の例において、抗体は、2つの重（H）鎖可変領域および2つの軽（L）鎖可変領域を含む。「抗体反応物」という用語は、抗体の抗原結合フラグメント（例えば、単鎖抗体、FabおよびsFabフラグメント、F(ab')2、Fdフラグメント、Fvフラグメント、scFv、CDRおよびドメイン抗体（dAb）フラグメント（例えば、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、Wildt et al., Eur J. Immunol. 1996; 26(3):629-39を参照のこと））ならびに完全抗体を包含する。抗体は、IgA、IgG、IgE、IgDまたはIgM（ならびにそれらのサブタイプおよび組み合わせ）の構造的特徴を有し得る。抗体は、マウス、ウサギ、ブタ、ラットおよび霊長類（ヒトおよび非ヒト霊長類）を含む任意の供給源由来であり得、かつ霊長類化された抗体であり得る。抗体はまた、ミニボディ、ヒト化抗体、キメラ抗体等を含む。
【００５６】
VHおよびVL領域はさらに、より保存的な、「フレームワーク領域」（「FR」）と呼ばれる領域によって分断された、「相補性決定領域」（CDR）と呼ばれる超可変性の領域に細分され得る。フレームワーク領域およびCDRの範囲は、正確に定義されている（それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる、Kabat, E.A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No.91-3242およびChothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917を参照のこと）。各VHおよびVLは、典型的に、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順で配列された3つのCDRおよび4つのFRから構成される：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。
【００５７】
本明細書で使用される場合、「特異的結合」という用語は、第1の物体が非標的である第3の物体に結合するよりも高い特異性および親和性で第2の標的物体に結合する2つの分子、化合物、細胞および／または粒子間の化学的相互作用を表す。いくつかの態様において、特異的結合は、第3の非標的物体に対する親和性よりも少なくとも10倍、少なくとも50倍、少なくとも100倍、少なくとも500倍、少なくとも1000倍またはそれ以上高い第2の標的物体に対する第1の物体の親和性を表し得る。
【００５８】
加えて、かつ本明細書に記載されるように、組み換えヒト化抗体はさらに、ヒトにおける治療のために、機能的活性を維持しつつ、潜在的免疫原性を減少させるよう最適化され得る。この点、機能的活性は、本明細書に記載される組み換え抗体またはその抗体反応物に関連する1つまたは複数の既知の機能的活性を示すことができるポリペプチドを意味する。そのような機能的活性は、例えば、Sema3Fに結合する能力を含む。
【００５９】
いくつかの態様において、本明細書に記載される方法は、本明細書に記載される薬剤（例えば、Sema3Fアゴニスト）を用いる、例えば炎症状態を有するまたは有すると診断された対象の処置に関連する。例えば炎症状態を有する対象は、現行の診断方法を使用して医師によって特定され得る。これらの状態を特徴付けかつ診断の役に立つ、例えば炎症状態の症状および／または合併症は、当技術分野で周知であり、免疫応答マーカーのレベルの上昇、腫脹および／または発熱を含むがこれらに限定されない。炎症状態の家族歴または炎症状態の危険因子への曝露もまた、対象が炎症状態を有する可能性があるかどうかを決定するまたは特定の炎症状態の診断を行う際に役立ち得る。
【００６０】
本明細書に記載される組成物および方法は、例えば炎症状態を有するもしくは有すると診断されたまたは免疫抑制を必要とする（例えば、同種移植片または移植片を受け取った）対象に投与され得る。いくつかの態様において、本明細書に記載される方法は、例えば炎症状態の症状を軽減するために、対象に有効量の本明細書に記載される組成物を投与する工程を含む。本明細書で使用される場合、「症状を軽減する」は、状態またはその状態に関連する症状を改善することである。同等の未処置対照と比較して、そのような減少は、任意の標準的な技術によって測定される少なくとも10％である。本明細書に記載される組成物を対象に投与するための様々な手段が、当業者に公知である。そのような方法は、非経口、静脈内、筋肉内、皮下、経皮、気道（エアロゾル）、肺、皮膚、局所または注射投与を含み得るがこれらに限定されない。投与は、局所または全身であり得る。
【００６１】
本明細書で使用される「有効量」という用語は、疾患または障害の少なくとも1つまたは複数の症状を軽減するのに必要とされる組成物の量を表し、所望の効果を提供する薬理学的組成物の十分量に関連する。したがって「治療有効量」という用語は、典型的な対象に投与された場合に特定の効果を提供するのに十分な量を表す。本明細書において様々な文脈で使用される有効量はまた、疾患の症状の進展を遅らせる、疾患症状の経過を変化させる（例えば、しかしこれに限定されないが、疾患の症状の進行を鈍化させる）または疾患の症状を好転させるのに十分な量を含む。したがって、正確な「有効量」を指定することは通常現実的でない。しかし、任意の特定例ごとに、適当な「有効量」は、慣用的実験のみを用いて当業者によって決定され得る。
【００６２】
有効量、毒性および治療効果は、例えばLD50（集団の50％に対して致死性の用量）およびED50（集団の50％において治療的に有効な用量）を決定するために、細胞培養物または実験動物において標準的な薬学的手順により決定され得る。用量は、用いられる投薬形態および利用される投与経路に依存して異なり得る。毒性と治療効果の間の用量比が治療指数であり、LD50/ED50の比として表され得る。大きな治療指数を示す組成物および方法が好ましい。治療有効用量は、最初に細胞培養アッセイから概算され得る。また、用量は、細胞培養物においてまたは適当な動物モデルにおいて決定されたIC50（すなわち、症状の最大半量阻害を達成する組成物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成するよう動物モデルにおいて決定され得る。血漿中レベルは、例えば、免疫アッセイまたはクロマトグラフィーによって測定され得る。任意の特定の用量の効果は、適当なバイオアッセイ、例えば、特に免疫応答に関するアッセイによって監視され得る。用量は、医師によって決定され得、必要な場合、観察される処置効果に適合するよう調節され得る。
【００６３】
いくつかの態様において、本明細書に記載される技術は、本明細書に記載される薬学的組成物、および任意で薬学的に許容される担体に関連する。薬学的に許容される担体および希釈剤は、生理食塩水、水性緩衝溶液、溶媒および／または分散媒を含む。ポリペプチド、例えばSema3Fは、通常、非経口投与用に配合され、非経口投与経路に適した任意の担体と組み合わされ得る。そのような担体および希釈剤の使用は、当技術分野で周知である。薬学的に許容される担体として機能し得る物質のいくつかの非限定的な例は、（1）糖、例えばラクトース、グルコースおよびスクロース；（2）デンプン、例えばトウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプン；（3）セルロースおよびその誘導体、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、微結晶セルロースおよび酢酸セルロース；（4）粉末トラガカント；（5）麦芽；（6）ゼラチン；（7）滑沢剤、例えばステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウムおよびタルク；（8）賦形剤、例えばココアバターおよび坐剤ワックス；（9）油、例えばピーナツ油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油；（10）グリコール、例えばポリエチレングリコール；（11）ポリオール、例えばグリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコール（PEG）；（12）エステル、例えばオレイン酸エチルおよびラウリン酸エチル；（13）寒天；（14）緩衝剤、例えば水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウム；（15）アルギン酸；（16）発熱物質非含有水；（17）等張性生理食塩水；（18）リンガー溶液；（19）エチルアルコール；（20）pH緩衝溶液；（21）ポリエステル、ポリカーボネートおよび／またはポリ無水物；（22）バルク剤、例えばポリペプチドおよびアミノ酸（23）血清成分、例えば血清アルブミン、HDLおよびLDL；（22）C2〜C12アルコール、例えばエタノール；ならびに（24）薬学的配合物において用いられる他の非毒性適合物質を含む。湿潤剤、着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、フレーバー剤、芳香剤、保存剤および抗酸化物質もまた、配合物中に存在し得る。「賦形剤」、「担体」、「薬学的に許容される担体」等の用語は、本明細書で言い換え可能に使用される。いくつかの態様において、担体は、本明細書に記載される活性剤の分解を阻害する。
【００６４】
いくつかの態様において、本明細書に記載される薬学的組成物は、非経口投薬形態であり得る。非経口投薬形態の投与は典型的に混入物質に対する患者の自然防御を迂回するので、非経口投薬形態は好ましくは滅菌性であるかまたは患者への投与前に滅菌することができるものである。非経口投薬形態の例は、注射可能な溶液、注射用の薬学的に許容されるビヒクルに溶解または懸濁可能な粉末物、注射可能な懸濁物および乳濁物を含むがこれらに限定されない。加えて、DUROS（登録商標）型投薬形態およびドーズ・ダンピング（dose-dumping）を含むがこれらに限定されない制御放出非経口投薬形態が、患者への投与のために調製され得る。
【００６５】
非経口投薬形態を提供するために使用され得る適当なビヒクルは、当業者に周知である。例は、非限定的に、滅菌水；注射用水USP；生理食塩水溶液；グルコース溶液；水性ビヒクル、例えば、非限定的に、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、デキストロース注射液、デキストロースおよび塩化ナトリウム注射液ならびに硫酸加リンガー注射液；水混和性ビヒクル、例えば、非限定的に、エチルアルコール、ポリエチレングリコールおよびプロピレングリコール；ならびに非水性ビヒクル、例えば、非限定的に、トウモロコシ油、綿実油、ピーナツ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピルおよび安息香酸ベンジルを含む。本明細書に開示される組成物の薬学的に許容される塩の溶解性を変化させるまたは調整する化合物もまた、従来型および制御放出非経口投薬形態を含む本開示の非経口投薬形態に組み入れられ得る。
【００６６】
従来的な投薬形態は、一般に、配合物からの迅速または即時の薬物放出を提供する。薬物の薬理学および薬物動態に依存して、従来型投薬形態の使用は、患者の血液および他の組織において薬物の濃度を大きく変動させ得る。これらの変動は、多くのパラメータ、例えば、投薬頻度、作用発現、効果期間、治療的血中レベルの維持、毒性、副作用等に影響し得る。制御放出配合物は、薬物の作用発現、作用期間、治療ウィンドウ内の血漿レベルおよび最大血中レベルを制御するために使用することができる利点を有する。特に、制御放出または延長放出投薬形態または配合物は、薬物の過少投薬（すなわち、最小治療レベル以下への降下）およびその薬物の毒性レベルの超過の両方から起こり得る、潜在的副作用および安全性の懸念を最小限に抑えつつ薬物の最大効果を達成することを確実にするために使用され得る。いくつかの態様において、組成物は、持続放出配合物として投与され得る。
【００６７】
制御放出性薬品は、それらの非制御放出対応物により達成されるよりも薬物治療を改善するという共通の目標を有する。理想的には、薬物処置における最適に設計された制御放出調製物の使用は、最小限の時間内にその状態を治癒または制御するために用いられる最小量の薬物物質により特徴付けられる。制御放出配合物の利点は、1）薬物の活性の長期化；2）投薬頻度の低下；3）患者のコンプライアンスの向上；4）より少ない総薬物量の使用；5）局所または全身性の副作用の減少；6）薬物蓄積の最小化；7）血中レベルの変動の減少；8）処置効果の改善；9）薬物活性の相乗作用または喪失の減少；および10）疾患または状態の制御速度の改善を含む。Kim, Cherng-ju, Controlled Release Dosage Form Design, 2 (Technomic Publishing, Lancaster, Pa.:2000)。
【００６８】
ほとんどの制御放出配合物は、所望の治療効果を即座に生じる薬物（活性成分）量を最初に放出し、そして徐々にかつ継続的に、この治療または予防効果のレベルを維持する別の薬物量を長期間にわたって放出するよう設計される。体内でのこの一定レベルの薬物を維持するために、薬物は、代謝され体内から排出される薬物量と置き換わる速度で投薬形態から放出されなければならない。活性成分の制御放出は、pH、イオン強度、浸透圧、温度、酵素、水および他の生理学的条件または化合物を含むがこれらに限定されない様々な条件によって刺激され得る。
【００６９】
様々な公知の制御放出または延長放出投薬形態、配合物およびデバイスが、本開示の塩および組成物との使用に適合され得る。例は、各々参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第3,845,770号；同第3,916,899号；同第3,536,809号；同第3,598,123号；同第4,008,719号；同第5674,533号；同第5,059,595号；同第5,591,767号；同第5,120,548号；同第5,073,543号；同第5,639,476号；同第5,354,556号；同第5,733,566号；および同第6,365,185号B1に記載されるものを含むがこれらに限定されない。これらの投薬形態は、例えば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリクス、ゲル、透過性メンブレン、浸透圧システム（例えば、OROS（登録商標）（Alza Corporation, Mountain View, Calif. USA）または様々な比率で所望の放出プロフィールを提供するそれらの組み合わせを用いた、1つまたは複数の活性成分の緩やかなまたは制御された放出を提供するために使用され得る。
【００７０】
本明細書に記載される方法はさらに、例えば併用療法の一部として、対象に第2の薬剤を投与するおよび／または処置を行う工程を含み得る。非限定的な例として、対象を本明細書に記載される方法にしたがい炎症に関して処置する場合、対象にはまた、疼痛または炎症を患った対象に有益であることが公知の第2の薬剤が投与され得るおよび／または処置が行われ得る。そのような薬剤および／または処置の例は、非ステロイド抗炎症薬（NSAID、例えばアスピリン、イブプロフェンまたはナプロキセン）；グルココルチコイドを含むコルチコステロイド（例えば、コルチゾール、プレドニン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、ベタメタゾン、トリアムシノロンおよびベクロメタゾン）；メトトレキサート；スルファサラジン；レフルノミド；抗TNF薬；シクロホスファミド；炎症収束薬；ミコフェノール酸塩；または鎮静剤（例えば、エンドルフィン、エンケファリンおよびダイノルフィン）、ステロイド、鎮痛剤、バルビツール酸塩、オキシコドン、モルヒネ、リドカイン等を含むがこれらに限定されない。いくつかの態様において、追加の抗炎症剤は、ステロイド（例えば、コルチコステロイドまたはグルココルチコイド）；カルシニューリン阻害剤（例えば、シクロスポリン、タクロリムス、ピメクロリムスまたはFK506）；mTOR阻害剤（例えば、エベロリムス、テムシロリムス、ラパマイシン、デフォロリムス、TOP216、OSI-027、TAFA93、nab-ラパマイシン、タクロリムス、バイオリムス、CI-779、ABT-578、AP-23675、BEZ-235、QLT-0447、ABI-009、BC-210、サリラシブ（salirasib）、AP-23841、AP-23573、KU-0059475、32-デオキソラパマイシン、16-ペンチ-2-ニルオキシ-32-デオキソラパマイシン（16-pent-2-ynyloxy-32-deoxorapamycin）、16-ペンチ-2-ニルオキシ-32(SまたはR)-ジヒドロ-ラパマイシン、16-ペンチ-2-ニルオキシ-32(SまたはR)-ジヒドロ-40-O-(2-ヒドロキシエチル)-ラパマイシン、40-O-(2-ヒドロキシエチル)-ラパマイシン、32-デオキソラパマイシン；16-ペンチ-2-ニルオキシ-32(S)-ジヒドロラパマイシン；いわゆるラパログ（rapalog）；AP23464；PI-103、PP242、PP30、トリン1；およびそれらの誘導体または薬学的に許容される塩ならびに例えば、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる、米国特許公報2011/0178070；2011/0021515；2007/0112005；2011/0054013；国際特許公報WO98/02441；WO01/14387；WO99/15530；WO07/135411；WO03/64383；WO96/41807；WO95/16691；WO94/09010；欧州特許第EP1880723号；および米国特許第8,163,775号；同第6,329,386号；同第6,200,985号；同第6,117,863号；同第6,015,815号；同第6,015,809号；同第6,004,973号；同第5,985,890号；同第5,955,457号；同第5,922,730号；同第5,912,253号；同第5,780,462号；同第5,665,772号；同第5,637,590号；同第5,567,709号；同第5,563,145号；同第5,559,122号；同第5,559,120号；同第5,559,119号；同第5,559,112号；同第5,550,133号；同第5,541,192号；同第5,541,191号；同第5,532,355号；同第5,530,121号；同第5,530,007号；同第5,525,610号；同第5,521,194号；同第5,519,031号；同第5,516,780号；同第5,508,399号；同第5,508,290号；同第5,508,286号；同第5,508,285号；同第5,504,291号；同第5,504,204号；同第5,491,231号；同第5,489,680号；同第5,489,595号；同第5,488,054号；同第5,486,524号；同第5,486,523号；同第5,486,522号；同第5,484,791号；同第5,484,790号；同第5,480,989号；同第5,480,988号；同第5,463,048号；同第5,446,048号；同第5,434,260号；同第5,411,967号；同第5,391,730号；同第5,389,639号；同第5,385,910号；同第5,385,909号；同第5,385,908号；同第5,378,836号；同第5,378,696号；同第5,373,014号；同第5,362,718号；同第5,358,944号；同第5,346,893号；同第5,344,833号；同第5,302,584号；同第5,262,424号；同第5,262,423号；同第5,260,300号；同第5,260,299号；同第5,233,036号；同第5,221,740号；同第5,221,670号；同第5,202,332号；同第5,194,447号；同第5,177,203号；同第5,169,851号；同第5,164,399号；同第5,162,333号；同第5,151,413号；同第5,138,051号；同第5,130,307号；同第5,120,842号；同第5,120,727号；同第5,120,726号；同第5,120,725号；同第5,118,678号；同第5,118,677号；同第5,100,883号；同第5,023,264号；同第5,023,263号；および同第5,023,262号に記載される化合物）；ラパマイシン（シロリムス）またはそのアナログ（例えば、エベロリムス、テムシロリムス、リダフォロリムス、デフォロリムス）；または抗増殖剤（例えば、ミコフェノール酸モフェチル（mycophenoloate moefitil）、アザチオプリン）であり得る。いくつかの態様において、mTOR阻害剤は、ラパマイシンまたはそのアナログ、例えば、エベロリムス、テムシロリムス、リダフォロリムスまたはデフォロリムスであり得る。抗増殖剤は、非限定的な例として、アルキル化剤（例えば、シクロホスファミド、白金化合物およびニトロソ尿素）、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキサート、アザチオプリン、メルカプトプリン、フルオロウラシル等）ならびに細胞傷害性抗生物質（例えば、ダクチノマイシン、アントラサイクリン、マイトマイシンC、ブレオマイシンおよびミトラマイシン）を含み得る。
【００７１】
特定の態様において、有効用量の本明細書に記載される組成物は、患者に一度投与され得る。特定の態様において、有効用量の組成物は、患者に繰り返し投与され得る。全身投与の場合、対象は、治療量の組成物、例えば1μg/kg、10μg/kg、0.1 mg/kg、0.5 mg/kg、1.0 mg/kg、2.0 mg/kg、2.5 mg/kg、5 mg/kg、10 mg/kg、15 mg/kg、20 mg/kg、25 mg/kg、30 mg/kg、40 mg/kg、50 mg/kgまたはそれ以上を投与され得る。
【００７２】
いくつかの態様において、初回処置レジメンの後に、処置はより低頻度で実施され得る。例えば、3ヶ月の間の隔週の処置の後に、処置は、6ヶ月または1年またはそれ以上の間、1ヶ月に1度で反復され得る。本明細書に記載される方法にしたがう処置は、状態のマーカーまたは症状、例えば免疫応答のマーカー、のレベルを、少なくとも10％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％または少なくとも90％またはそれ以上、減少させ得る。
【００７３】
本明細書に記載される組成物の用量は、医師によって決定され得、そして必要な場合、観察される処置の効果に適するよう調節され得る。処置の期間および頻度に関して、処置がいつ治療的利益を提供するかを決定するために、および用量を増加もしくは減少させるかどうか、投与頻度を増加もしくは減少させるかどうか、処置を中断するかどうか、処置を再開するかどうかまたはその処置レジメンに対する他の代替処置レジメンを作成するかどうかを決定するために、臨床医が対象を監視するのが典型的である。投薬スケジュールは、多くの臨床的因子、例えば活性成分に対する対象の感受性に依存して、週に1回から毎日まで様々であり得る。所望の用量または活性化量は、一度に投与され得、または分割量、例えば2〜4分割量に分割され、一定期間にわたって、例えば適切な間隔で一日を通じてもしくは他の適当なスケジュールで投与され得る。いくつかの態様において、投与は、長期的、例えば週または月にまたがる毎日の1または複数の投薬および／または処置、であり得る。投薬および／または処置スケジュールの例は、1週、2週、3週、4週、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月または6ヶ月またはそれ以上の期間にわたる、毎日、1日2回、1日3回、または1日4回もしくはそれ以上の回数の投与である。組成物は、一定期間にわたり、例えば5分間、10分間、15分間、20分間または25分間の時間にわたり投与され得る。
【００７４】
本明細書に記載される方法にしたがう組成物の投与のための用量の範囲は、例えば、活性成分の形態、その効能および本明細書に記載される状態の症状、マーカーまたは指標がどの程度減少することが望まれるか、例えば免疫応答に関して望まれる減少率または例えば免疫応答がどの程度誘導されることが望まれるか、に依存する。用量は、副作用を引き起こすほど多くすべきではない。一般に、用量は、患者の年齢、状態および性別によって変化し、それは当業者によって決定され得る。用量はまた、任意の合併症が発生した際に個々の医師によって調節され得る。
【００７５】
例えば本明細書に記載される状態の処置におけるまたは本明細書に記載される応答を誘導する組成物の効果は、臨床医によって決定され得る。しかし、処置は、本明細書に記載される状態の兆候または症状のうちの1つまたは複数が有益な様式で変化する、他の臨床的に受け入れられる症状が改善もしくは向上さえする、または本明細書に記載される方法にしたがう処置の後に所望の応答が例えば少なくとも10％誘導される場合に、本明細書で使用される意味での「有効な処置」であるとみなされる。効果は、例えば、本明細書に記載される方法にしたがい処置される状態のマーカー、指標、症状および／もしくは発生または任意の他の測定可能な適当なパラメータ、例えば移植片拒絶、を測定することによって評価され得る。効果はまた、入院によって評価される個人が悪化しないことまたは医学的介入の必要性（すなわち、疾患の進行が停止すること）によって測定され得る。これらの指標を測定する方法は、当業者に公知であり、かつ／または本明細書に記載されている。処置は、個体または動物（いくつかの非限定的な例は、ヒトまたは動物を含む）における疾患の任意の処置を含み、（1）疾患の阻害、例えば、症状（例えば、疼痛もしくは炎症）の悪化の防止もしくは鈍化；または（2）疾患の重篤度の緩和、例えば、症状の回帰を含む。疾患の処置のための有効量は、それを必要とする対象に投与された場合に、その疾患にとって、本明細書で定義される意味での有効な処置をもたらすのに十分である量を意味する。薬剤の効果は、状態の物理的指標または所望の応答を評価することによって決定され得る。そのようなパラメータの任意の1つまたはパラメータの任意の組み合わせを測定することによって投与および／または処置の効果を監視することは、当業者の能力の範囲内である。効果は、本明細書に記載される状態の動物モデル、例えば、マウスにおける同種片拒絶の処置、において評価され得る。実験動物モデルを使用する場合、処置の効果は、マーカー、例えば、活性化TまたはB細胞のレベルおよび／または増殖、に関して統計的に有意な変化が観察される場合に証明される。
【００７６】
本明細書に記載される組成物、例えばSema3Fのアゴニストの特定の用量の評価を可能にするインビトロおよび動物モデルアッセイが、本明細書に提供される。非限定的な例として、組成物の効果および用量応答は、組成物の存在下および非存在下でマイトジェン（抗CD3）でCD4+ T細胞を処置し、そして増殖および／またはIL-2、IL-4、IFN-ガンマ、IL-17、IL-10、IL-15等を含むがこれらに限定されないサイトカインの産生を測定することによって評価され得、ここで、ニューロピリン-2活性は、増殖レベル低下ならびに／または選択および／もしくはプログラムサイトカイン産生の減少によって示される。
【００７７】
特定の投薬の組み合わせの効果もまた、動物モデル、例えば同種移植拒絶、大腸炎または皮膚炎症／遅延型過敏症（DTH）のマウスモデルにおいて評価され得る。例えば、C57BL/6マウスは、BALB/cマウス由来の心臓または皮膚同種移植片のレシピエントであり得る。拒絶および／または生存は、例えば、少なくとも1〜3週間にわたって、監視され得る。DTHにおいては、皮膚の腫脹が、1〜7日間にわたって監視され得る。本明細書で実証されているように、Sema3Fによる同種移植片レシピエントの処置は、同種移植拒絶を阻害する。炎症応答およびDTH応答は、Sema3F処置後に減少する。また、移植片のレシピエントにおけるニューロピリン-2のノックアウトは、拒絶を促進する。
【００７８】
利便性を考慮して、本明細書、実施例および添付の特許請求の範囲で使用されるいくつかの用語およびフレーズの意味を以下に提供する。それ以外のことが示されていない限り、または文脈から暗示されていない限り、以下の用語およびフレーズは、以下に提供される意味を含む。定義は、具体的実施態様の説明を補助するために提供され、特許請求の範囲に記載の発明を限定することは意図されておらず、本発明の範囲は、特許請求の範囲によってのみ限定される。それ以外のことが定義されていない限り、本明細書で使用されるすべての技術および科学用語は、本発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者によって広く理解されているのと同じ意味を有する。当技術分野における用語の用法と本明細書に提供されるその定義の間に明らかな食い違いがあった場合、本明細書内に提供される定義が優先される。
【００７９】
利便性を考慮して、本明細書、実施例および添付の特許請求の範囲で用いられる特定の用語をここにまとめる。
【００８０】
「減少（decrease）」、「減少（reduced）」、「減少（reduction）」または「阻害」という用語はすべて、統計的に有意な量の減少を意味するよう本明細書で使用される。いくつかの態様において、「減少（reduce）」、「減少（reduction）」または「減少（decrease）」または「阻害（inhibit）」は典型的に、参照レベル（例えば、特定の処置の非存在）と比較して少なくとも10％の減少を意味し、例えば、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％またはそれ以上の減少を含み得る。本明細書で使用される場合、「減少」または「阻害」は、参照レベルと比較しての完全な阻害または減少を包含しない。「完全な阻害」は、参照レベルと比較しての100％阻害である。減少は好ましくは、特定の障害を有さない個体にとって正常範囲内として受け入れられるレベルへの低下であり得る。
【００８１】
「増加（increased）」、「増加（increase）」、「増強」または「活性化」という用語はすべて、統計的に有意な量の増加を意味するよう本明細書で使用される。いくつかの態様において、「増加（increased）」、「増加（increase）」、「増強」または「活性化」という用語は、参照レベルと比較して少なくとも10％の増加、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約20％、もしくは少なくとも約30％、もしくは少なくとも約40％、もしくは少なくとも約50％、もしくは少なくとも約60％、もしくは少なくとも約70％、もしくは少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、もしくは100％を含む最大100％の増加、もしくは10〜100％の間の任意の増加、または参照レベルと比較して少なくとも約2倍、もしくは少なくとも約3倍、もしくは少なくとも約4倍、もしくは少なくとも約5倍、もしくは少なくとも約10倍の増加、もしくは2倍〜10倍の間の任意の増加もしくはそれ以上を意味し得る。マーカーまたは症状との関係で、「増加」は、そのようなレベルの統計的に有意な増加である。
【００８２】
本明細書で使用される場合、「対象」は、ヒトまたは動物を意味する。通常、動物は脊椎動物、例えば霊長類、げっ歯類、家畜動物または狩猟動物である。霊長類は、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、およびマカク、例えばアカゲザルを含む。げっ歯類は、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギおよびハムスターを含む。家畜および狩猟動物は、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコ種、例えばイエネコ、イヌ種、例えばイヌ、キツネ、オオカミ、トリ種、例えばニワトリ、エミュー、ダチョウ、およびサカナ、例えばマス、ナマズおよびサケを含む。いくつかの態様において、対象は哺乳動物、例えば霊長類、例えばヒトである。「個体」、「患者」および「対象」という用語は、本明細書において言い換え可能に使用される。
【００８３】
好ましくは、対象は哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマまたはウシであり得るが、これらの例に限定されない。ヒト以外の哺乳動物は、例えば同種移植拒絶の動物モデルに相当する対象として使用することができる利点がある。対象は、雄（男性）または雌（女性）であり得る。
【００８４】
対象は、処置を必要とする状態（例えば、同種移植を行ったもしくは自己免疫疾患を有する対象）またはそのような状態に関係する1つもしくは複数の合併症を有すると以前に診断されているか、あるいはそれらを患っているもしくは有すると特定されており、かつ任意で、その状態またはその状態に関係する1つもしくは複数の合併症に対する処置を既に受けた対象であり得る。あるいは、対象はまた、その状態またはその状態に関係する1つもしくは複数の合併症を有すると以前に診断されていない対象であり得る。例えば、対象は、その状態またはその状態に関係する1つもしくは複数の合併症に関する1つまたは複数のリスク因子を示す対象またはリスク因子を示さない対象であり得る。
【００８５】
特定の状態に対する処置を「必要とする対象」は、その状態を有する対象、その状態を有すると診断された対象、またはその状態を発生させるリスクがある対象であり得る。
【００８６】
「作用物質、剤」という用語は、一般に、通常存在しないか、または細胞、組織もしくは対象に投与されるレベルでは存在しない任意の物体を表す。作用物質は、非限定的にポリヌクレオチド、ポリペプチド、低分子および抗体またはその抗原結合フラグメントを含む群から選択され得る。ポリヌクレオチドは、RNAまたはDNAであり得、一本鎖または二本鎖であり得、例えばポリペプチドをコードする核酸および核酸アナログを含む群から選択され得る。ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、変異ポリペプチドまたは関心対象の機能を保持するそれらのフラグメントであり得るがこれらに限定されない。作用物質のさらなる例は、核酸アプタマー、ペプチド核酸（PNA）、ロックド核酸（LNA）、有機または無機低分子；糖；オリゴ糖；多糖；生体高分子、ペプチド模倣体；核酸アナログおよび誘導体；生物学的物質、例えば細菌、植物、真菌または哺乳類細胞もしくは組織から得られる抽出物、および天然または合成組成物を含むがこれらに限定されない。作用物質は、細胞と接触し、その効果を誘導する媒体に適用され得る。あるいは、作用物質は、その作用物質をコードする核酸配列の細胞内への導入およびその転写による、細胞内での核酸および／またはタンパク質産生環境刺激の結果として、細胞内であり得る。いくつかの態様において、作用物質は、合成および天然非タンパク質物体を含むがこれらに限定されない、任意の化学物質、物体または部分である。特定の態様において、作用物質は、例えば、マクロライド、レプトマイシンおよびその関連天然産物またはアナログを含む、非置換または置換のアルキル、芳香族、または複素環部分から選択される化学部分を有する低分子である。作用物質は、所望の活性および／もしくは特性を有することが公知であり得る、または多様な化合物のライブラリから選択され得る。本明細書で使用される場合、「低分子」という用語は、「天然産物様」である化合物を表し得るが、「低分子」という用語は、「天然産物様」化合物に限定されない。むしろ低分子は、典型的に、数個の炭素-炭素結合を含み、かつ約50ダルトン超であるが約5000ダルトン（5kD）未満の分子量を有する点で特徴づけられる。好ましくは、低分子は、3kD未満、さらにより好ましくは2kD未満、最も好ましくは1kD未満の分子量を有する。いくつかの例において、低分子は、700ダルトンまたはそれ未満の分子量を有することが好ましい。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は、本明細書において言い換え可能に使用され、隣接する残基のアルファ-アミノ基とカルボキシ基との間のペプチド結合によって相互に接続された一連のアミノ酸残基を示す。「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は、そのサイズまたは機能に関わらず、修飾アミノ酸（例えばリン酸化、糖化、グリコシル化など）およびアミノ酸アナログを含むアミノ酸のポリマーを表す。「タンパク質」および「ポリペプチド」は、多くの場合、比較的大きなポリペプチドに対して使用され、一方「ペプチド」という用語は、多くの場合、小さなポリペプチドに対して使用されるが、当技術分野におけるこれらの用語の使用は重複している。遺伝子産物およびそのフラグメントを表す場合、「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は、本明細書において言い換え可能に使用される。したがって、例示的なポリペプチドまたはタンパク質は、遺伝子産物、天然タンパク質、ホモログ、オルソログ、パラログ、フラグメント、ならびに前記の他の等価物、変種、フラグメントおよびアナログを含む。
【００８８】
本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸配列」という用語は、リボ核酸、デオキシリボ核酸またはそのアナログのユニットが組み込まれた任意の分子、好ましくはポリマー分子を表す。核酸は、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得る。一本鎖核酸は、変性された二本鎖DNAの一方の核酸鎖であり得る。あるいは、それは、任意の二本鎖DNA由来でない一本鎖核酸であり得る。1つの局面において、核酸は、DNAであり得る。別の局面において、核酸はRNAであり得る。適当な核酸分子は、ゲノムDNAまたはcDNAを含むDNAである。他の適当な核酸分子は、mRNAを含むRNAである。
【００８９】
特定の遺伝子の発現の阻害剤は、阻害性核酸であり得る。いくつかの態様において、阻害性核酸は、阻害性RNA（iRNA）である。二本鎖RNA分子（dsRNA）は、RNA干渉（RNAi）として公知の高度に保存された調節メカニズムで遺伝子発現を阻止することが示されている。本明細書に記載される阻害性核酸は、標的化されたmRNA転写物の少なくとも一部分に実質的に相補的である、30ヌクレオチド長またはそれ未満、すなわち15〜30ヌクレオチド長、通常19〜24ヌクレオチド長の領域を有するRNA鎖（アンチセンス鎖）を含み得る。これらのiRNAの使用は、mRNA転写物の標的化された分解による標的の発現および／または活性の減少を可能にする。
【００９０】
本明細書で使用される場合、「iRNA」という用語は、本明細書で定義される意味でのRNAを含み、かつ、RNA誘導サイレンシング複合体（RISC）経路を通じたRNA転写物の標的化された切断を媒介する作用物質を表す。1つの態様において、本明細書に記載されるiRNAは、NRP-2、Sema3Fおよび／またはプレキシンA1の発現および／または活性の阻害をもたらす。特定の態様において、細胞と阻害剤（例えばiRNA）の接触は、細胞内の標的mRNAレベルを、iRNAの非存在下で細胞内で見られる標的mRNAレベルの少なくとも約5％、約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、約95％、約99％、100％を含む最大100％減少させる。
【００９１】
いくつかの態様において、iRNAはdsRNAであり得る。dsRNAは、dsRNAが使用される条件下で二重鎖構造を形成するようハイブリダイズするのに十分相補的な2つのRNA鎖を含む。dsRNAの一方の鎖（アンチセンス鎖）は、標的配列に実質的に相補的であり、通常完全に相補的な相補性領域を含む。標的配列は、標的の発現の間に形成されるmRNA配列から得ることができる。もう一方の鎖（センス鎖）は、アンチセンス鎖に相補的な領域を含み、2本の鎖は適当な条件下で組み合わせるとハイブリダイズし二重鎖構造を形成する。一般的に、二重鎖構造は、15個以上30個以下、より一般的には18個以上25個以下、さらにより一般的には19個以上24個以下、最も一般的には19個以上21個以下の塩基対長である。同様に、標的配列に相補的な領域は、15個以上30個以下、より一般的には18個以上25個以下、さらにより一般的には19個以上24個以下、最も一般的には19個以上21個以下のヌクレオチド長である。いくつかの態様において、dsRNAは15個以上20個以下のヌクレオチド長であり、他の態様において、dsRNAは25個以上30個以下のヌクレオチド長である。当業者が認識するように、切断のために標的化されたRNAの標的化された領域は、最も多くの場合、より大きなRNA分子、多くの場合mRNA分子の一部分である。該当する場合、mRNA標的の「一部分」は、RNAi誘導切断（すなわちRISC経路を通じた切断）の基質となるのに十分な長さのmRNA標的の連続配列である。9塩基対と短い二重鎖を有するdsRNAは、いくつかの状況下で、RNAi誘導RNA切断を媒介し得る。最も多くの場合、標的は、少なくとも15ヌクレオチド長、好ましくは15〜30ヌクレオチド長である。
【００９２】
さらに別の態様において、iRNAのRNA、例えばdsRNAは、安定性または他の有益な特徴を増強するために化学的に修飾される。本発明において特徴とされる核酸は、当技術分野において十分に確立された方法、例えば、参照により本明細書に組み入れられる"Current protocols in nucleic acid chemistry," Beaucage, S.L. et al. (Edrs.), John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USAに記載される方法によって合成および／または修飾され得る。修飾は、例えば（a）末端修飾、例えば5'末端修飾（リン酸化、コンジュゲーション、逆結合等）、3'末端修飾（コンジュゲーション、DNAヌクレオチド、逆結合等）、（b）塩基修飾、例えば安定化塩基、不安定化塩基、もしくは拡張された相手方のレパートリーと塩基対形成する塩基との置換、塩基の除去（脱塩基ヌクレオチド）または共役塩基、（c）糖修飾（例えば、2'位もしくは4'位における修飾）または糖の置換、および（d）ホスホジエステル結合の修飾または置換を含む骨格修飾を含む。本明細書に記載される態様において有用なRNA化合物の具体例は、非限定的に、修飾骨格を含むまたは天然のヌクレオシド間結合を含まないRNAを含む。修飾骨格を有するRNAは、特に、骨格にリン原子を有さないRNAを含む。本明細書の目的上、およびときどき当技術分野において参照されるように、ヌクレオシド間骨格にリン原子を有さない修飾RNAも、オリゴヌクレオシドであるとみなされ得る。特定の態様では、修飾RNAは、そのヌクレオシド骨格にリン原子を有する。
【００９３】
修飾RNA骨格は、例えば、通常の3'-5'結合を有するホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3'-アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネートを含むメチルおよび他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、3'-アミノホスホルアミデートおよびアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、およびボラノホスフェート、これらの2'-5'結合アナログ、ならびに隣接するヌクレオシドユニットの対が3'-5'から5'-3'に、または2'-5'から5'-2'に連結した逆極性を有するものを含み得る。様々な塩、混合塩および遊離酸形態も含まれる。上記のリン含有連結の形成を教示する代表的な米国特許は、各々参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第3,687,808号；同第4,469,863号；同第4,476,301号；同第5,023,243号；同第5,177,195号；同第5,188,897号；同第5,264,423号；同第5,276,019号；同第5,278,302号；同第5,286,717号；同第5,321,131号；同第5,399,676号；同第5,405,939号；同第5,453,496号；同第5,455,233号；同第5,466,677号；同第5,476,925号；同第5,519,126号；同第5,536,821号；同第5,541,316号；同第5,550,111号；同第5,563,253号；同第5,571,799号；同第5,587,361号；同第5,625,050号；同第6,028,188号；同第6,124,445号；同第6,160,109号；同第6,169,170号；同第6,172,209号；同第6,239,265号；同第6,277,603号；同第6,326,199号；同第6,346,614号；同第6,444,423号；同第6,531,590号；同第6,534,639号；同第6,608,035号；同第6,683,167号；同第6,858,715号；同第6,867,294号；同第6,878,805号；同第7,015,315号；同第7,041,816号；同第7,273,933号；同第7,321,029号；および米国再発行特許第39464号を含むがこれらに限定されない。
【００９４】
リン原子を含まない修飾RNA骨格は、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間結合、ヘテロ原子とアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間結合の組み合わせ、または1つもしくは複数の短鎖ヘテロ原子性もしくは複素環性ヌクレオシド間結合によって形成された骨格を有する。これらは、モルホリノ結合（部分的にヌクレオシドの糖部分から形成される）；シロキサン骨格；スルフィド、スルホキシドおよびスルホン骨格；ホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格；メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格；アルケン含有骨格；スルファメート骨格；メチレンイミノおよびメチレンヒドラジノ骨格；スルホネートおよびスルホンアミド骨格；アミド骨格を有するもの；ならびにN、O、SおよびCH2要素部分の組み合わせを有するその他を含む。上記オリゴヌクレオシドの調製を教示する代表的な米国特許は、各々参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第5,034,506号；同第5,166,315号；同第5,185,444号；同第5,214,134号；同第5,216,141号；同第5,235,033号；同第5,64,562号；同第5,264,564号；同第5,405,938号；同第5,434,257号；同第5,466,677号；同第5,470,967号；同第5,489,677号；同第5,541,307号；同第5,561,225号；同第5,596,086号；同第5,602,240号；同第5,608,046号；同第5,610,289号；同第5,618,704号；同第5,623,070号；同第5,663,312号；同第5,633,360号；同第5,677,437号；および同第5,677,439号を含むがこれらに限定されない。
【００９５】
iRNAにおける使用に適したまたはその使用が想定されている他のRNA模倣体では、糖およびヌクレオシド間結合の両方、すなわちヌクレオチドユニットの骨格が、新しい基と置換される。塩基ユニットは、適切な核酸標的化合物とのハイブリダイゼーションのために維持される。優れたハイブリダイゼーション特性を有することが示されている1つのそのようなオリゴマー化合物であるRNA模倣体は、ペプチド核酸（PNA）と称される。PNA化合物においては、RNAの糖骨格が、アミド含有骨格、特にアミノエチルグリシン骨格で置換される。核酸塩基は、保持され、かつ骨格のアミド部分のアザ窒素原子と直接または間接的に結合している。PNA化合物の調製を教示する代表的な米国特許は、各々参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第5,539,082号；同第5,714,331号；および同第5,719,262号を含むがこれらに限定されない。PNA化合物のさらなる教示は、例えば、Nielsen et al., Science, 1991, 254, 1497-1500において見出すことができる。
【００９６】
本発明において特徴とされるいくつかの態様は、ホスホロチオエート骨格を有するRNAおよびヘテロ原子骨格、特に上記参照の米国特許第5,489,677号の--CH2--NH--CH2--、--CH2--N(CH3)--O--CH2--[メチレン（メチルイミノ）またはMMI骨格として公知]、--CH2--O--N(CH3)--CH2--、--CH2--N(CH3)--N(CH3)--CH2--および--N(CH3)--CH2--CH2--[ネイティブのホスホジエステル骨格は--O--P--O--CH2--で表される]および上記参照の米国特許第5,602,240号のアミド骨格を有するオリゴヌクレオシドを含む。いくつかの態様において、本明細書において特徴とされるRNAは、上記参照の米国特許第5,034,506号のモルホリノ骨格構造を有する。
【００９７】
修飾RNAはまた、1つまたは複数の置換糖部分を含み得る。本明細書において特徴とされるiRNA、例えばdsRNAは、2'位に、以下：OH；F；O-、S-もしくはN-アルキル；O-、S-もしくはN-アルケニル；O-、S-もしくはN-アルキニル；またはO-アルキル-O-アルキル、の1つを含み得、アルキル、アルケニルおよびアルキニルは、置換または非置換のC1〜C10アルキルまたはC2〜C10アルケニルおよびアルキニルであり得る。例示的な適切な修飾は、nおよびmが1から約10である、O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nOCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nONH2およびO(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2を含む。他の態様において、dsRNAは、2'位に以下：C1〜C10低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリル、アラルキル、O-アルカリルもしくはO-アラルキル、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、RNA切断基、レポーター基、インターカレーター、iRNAの薬物動態特性を改善するための基またはiRNAの薬力学特性を改善するための基、および類似の特性を有する他の置換基の1つを含む。いくつかの態様において、修飾は、2'-メトキシエトキシ（2'-O-（2-メトキシエチル）または2'-MOEとしても公知の2'-O--CH2CH2OCH3）（Martin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78:486-504）、すなわちアルコキシ-アルコキシ基を含む。別の例示的な修飾は、2'-ジメチルアミノオキシエトキシ、すなわち本明細書後述の実施例に記載される2'-DMAOEとしても公知のO(CH2)2ON(CH3)2基、および2'-ジメチルアミノエトキシエトキシ（当技術分野において2'-O-ジメチルアミノエトキシエチルまたは2'-DMAEOEとしても公知）、すなわち本明細書後述の実施例にも記載される2'-O--CH2--O--CH2--N(CH2)2である。
【００９８】
他の修飾は、2'-メトキシ(2'-OCH3)、2'-アミノプロポキシ(2'-OCH2CH2CH2NH2)および2'-フルオロ(2'-F）を含む。同様の修飾は、iRNAのRNA上の他の位置、特に3'末端ヌクレオチド上または2'-5'連結dsRNA中の糖の3'位および5'末端ヌクレオチドの5'位においてもなされ得る。iRNAはまた、ペントフラノシル糖の一に糖模倣体、例えばシクロブチル部分を有し得る。そのような修飾糖構造の調製を教示する代表的な米国特許は、米国特許第4,981,957号；同第5,118,800号；同第5,319,080号；同第5,359,044号；同第5,393,878号；同第5,446,137号；同第5,466,786号；同第5,514,785号；同第5,519,134号；同第5,567,811号；同第5,576,427号；同第5,591,722号；同第5,597,909号；同第5,610,300号；同第5,627,053号；同第5,639,873号；同第5,646,265号；同第5,658,873号；同第5,670,633号；および同第5,700,920号を含むがこれらに限定されず、それらの中のいくつかは本出願と共に共有されており、これらの各々は参照により本明細書に組み入れられる。
【００９９】
iRNAはまた、核酸塩基（当技術分野においてしばしば単に「塩基」と称される）の修飾または置換を含み得る。本明細書で使用される場合、「非修飾」または「天然」核酸塩基は、プリン塩基であるアデニン（A）およびグアニン（G）ならびにピリミジン塩基であるチミン（T）、シトシン（C）およびウラシル（U）を含む。修飾核酸塩基は、他の合成および天然核酸塩基、例えば、5-メチルシトシン（5-me-C）、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6-メチルおよび他のアルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの2-プロピルおよび他のアルキル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミンおよび2-チオシトシン、5-ハロウラシルおよびシトシン、5-プロピニルウラシルおよびシトシン、6-アゾウラシル、シトシンおよびチミン、5-ウラシル（プソイドウラシル）、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシルおよび他の8-置換アデニンおよびグアニン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチルおよび他の5-置換ウラシルおよびシトシン、7-メチルグアニンおよび7-メチルアデニン、8-アザグアニンおよび8-アザアデニン、7-デアザグアニンおよび7-デアザ（daaza）アデニンならびに3-デアザグアニンおよび3-デアザアデニンを含む。さらなる核酸塩基は、米国特許第3,687,808号に開示されるもの、Modified Nucleosides in Biochemistry, Biotechnology and Medicine, Herdewijn, P. ed. Wiley-VCH, 2008に開示されるもの；The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, pages 858-859, Kroschwitz, J. L, ed. John Wiley & Sons, 1990に開示されるもの、Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613によって開示されるこれら、およびSanghvi, Y S., Chapter 15, dsRNA Research and Applications, pages 289-302, Crooke, S. T. and Lebleu, B., Ed., CRC Press, 1993によって開示されるものを含む。これらの核酸塩基のいくつかは、本発明において特徴とされるオリゴマー化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用である。これらは、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシンを含む、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジンならびにN-2、N-6および0-6置換プリンを含む。5-メチルシトシン置換は、核酸二重鎖の安定性を0.6〜1.2℃増加させることが示されており（Sanghvi, Y. S., Crooke, S. T. and Lebleu, B., Eds., dsRNA Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278）、これらは、より詳細には2'-O-メトキシエチル糖修飾と組み合わせる場合の、例示的な塩基置換である。
【０１００】
上述の修飾核酸塩基および他の修飾核酸塩基のいくつかの調製を教示する代表的な米国特許は、上記の米国特許第3,687,808号、ならびに各々参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第4,845,205号;同第5,130,30号；同第5,134,066号；同第5,175,273号；同第5,367,066号；同第5,432,272号；同第5,457,187号；同第5,459,255号；同第5,484,908号；同第5,502,177号；同第5,525,711号；同第5,552,540号；同第5,587,469号；同第5,594,121号、同第5,596,091号；同第5,614,617号；同第5,681,941号；同第6,015,886号；同第6,147,200号；同第6,166,197号；同第6,222,025号；同第6,235,887号；同第6,380,368号；同第6,528,640号；同第6,639,062号；同第6,617,438号；同第7,045,610号；同第7,427,672号；および同第7,495,088号、ならびに同様に参照により本明細書に組み入れられる米国特許第5,750,692号を含むがこれらに限定されない。
【０１０１】
iRNAのRNAはまた、1つまたは複数のロックド核酸（LNA）を含むよう修飾され得る。ロックド核酸は、リボース部分が2'炭素と4'炭素を接続する追加の架橋を含む修飾リボース部分を有するヌクレオチドである。この構造は、リボースを3'-エンド立体構造内に効果的に「ロック」する。siRNAへのロックド核酸の付加は、血清中でのsiRNAの安定性を増加させ、オフターゲット効果を減少させることが示されている（Elmen, J. et al., (2005) Nucleid Acids Research 33(1):439-447; Mook, OR. et al., (2007) Mol Canc Ther 6(3):833-843; Grunweller, A. et al., (2003) Nucleic Acids Research 31(12):3185-3193）。ロックド核酸ヌクレオチドの調製を教示する代表的な米国特許は、各々全体が参照により本明細書に組み入れられる以下が含まれるがこれらに限定されない：米国特許第6,268,490号；同第6,670,461号；同第6,794,499号；同第6,998,484号；同第7,053,207号；同第7,084,125号；および同第7,399,845号。
【０１０２】
本発明に記載されるiRNAのRNAの別の修飾は、iRNAの活性、細胞分布、薬物動態特性または細胞取り込みを増強する1つまたは複数のリガンド、部分またはコンジュゲートをRNAに化学的に連結することを伴う。そのような部分は、脂質部分、例えば、コレステロール部分（Letsinger et al., Proc. Natl. Acid. Sci. USA, 1989, 86: 6553-6556）、コール酸（Manoharan et al., Biorg. Med. Chem. Let., 1994, 4:1053-1060）、チオエーテル、例えばベリル-S-トリチルチオール（Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660:306-309; Manoharan et al., Biorg. Med. Chem. Let., 1993, 3:2765-2770）、チオコレステロール（Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20:533-538）、脂肪族鎖、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基（Saison-Behmoaras et al., EMBO J, 1991, 10:1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259:327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75:49-54）、リン脂質、例えばジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールまたはトリエチル-アンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-ホスホネート（Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18:3777-3783）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14:969-973）、またはアダマンタン酢酸（Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651-3654）、パルミチル部分（Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264:229-237）、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ-カルボニルオキシコレステロール部分（Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277:923-937）を含むがこれらに限定されない。
【０１０３】
本明細書で使用される場合、「処置（treat）」、「処置(treatment)」、「処置（treating）」または「改善」という用語は、その目的が疾患または障害に関連する状態の進行または重篤度を好転させる、緩和する、改善する、阻害する、鈍化させるまたは停止させることである治療的処置を表す。「処置（treating）」という用語は、状態、疾患または障害の少なくとも1つの有害な作用または症状の減少または緩和を含む。処置は、通常、1つまたは複数の症状または臨床マーカーが減少する場合に「有効」である。あるいは、処置は、疾患の進行が減少または停止する場合に「有効」である。すなわち、「処置（treatment）」は、処置の非存在下で予想されるものと比較しての、症状またはマーカーの改善だけでなく、症状の進行または悪化の停止または少なくとも鈍化も含む。有益または望ましい臨床結果は、検出可能か検出不可能かによらず、1つもしくは複数の症状の緩和、疾患の規模の縮小、疾患の安定化（すなわち、悪化しない）状態、疾患の進行の遅延もしくは鈍化、疾患状態の改善もしくは緩和、寛解（部分的か完全かによらず）、および／または死亡率の低下を含むがこれらに限定されない。疾患の「処置（treatment）」という用語はまた、（緩和処置を含む）その疾患の症状または副作用からの解放の提供を含む。
【０１０４】
「癌細胞」は、新たな遺伝子物質の取込みを必ずしも伴わない、自発的または誘導された表現型の変化を有する、インビボ、エクスビボまたは組織培養内のいずれかにおける、癌性、前癌性、または形質転換された細胞である。形質転換は、形質転換ウイルスによる感染、および新たなゲノム核酸の組み込み、または外因性核酸の取込みにより起こり得るが、それはまた、自発的にまたは発癌物質への曝露後にも起こり得、それにより内因性遺伝子を変異させる。形質転換／癌は、例えば、適当な動物宿主、例えばヌードマウスにおける形態学的変化、細胞の不死化、異常な成長制御、病巣形成、足場非依存性、悪性、成長の接触阻止および密度制限の喪失、成長因子もしくは血清非依存性、腫瘍特異的マーカー、侵襲性もしくは転移、ならびに腫瘍成長に関連する。例えば、Freshney, CULTURE ANIMAL CELLS: MANUAL BASIC TECH. (3rd ed., 1994)を参照のこと。本明細書で使用される場合、「癌」という用語は、身体の器官および系の正常な機能を妨げる細胞の制御されない成長を表す。癌または腫瘍を有する対象は、対象の体内に存在する客観的に測定可能な癌細胞を有する対象である。良性および悪性癌ならびに休眠腫瘍または微小転移巣がこの定義に含まれる。それらの元の位置から移動し生きた器官に播種する癌は、最終的には、影響を受ける器官の機能的悪化を通じて対象を死亡させ得る。
【０１０５】
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」という用語は、薬学的に許容される担体、例えば製薬業において広く使用されている担体と組み合わされた活性な薬剤を表す。「薬学的に許容される」というフレーズは、本明細書において、妥当な医学的判断の範囲で、合理的な利益／リスク比の下、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応または他の問題もしくは合併症を伴わずに、ヒトおよび動物の組織と接触させて使用するのに適している化合物、物質、組成物および／または投薬形態を表すために使用される。
【０１０６】
本明細書で使用される場合、「投与」という用語は、所望の部位への薬剤の少なくとも部分的な送達を達成する方法または経路による対象への本明細書に開示される化合物の投入を表す。本明細書に開示される化合物を含む薬学的組成物は、対象において有効な処置をもたらす任意の適当な経路によって投与され得る。
【０１０７】
「統計的に有意」または「有意」という用語は、統計的有意性を表し、通常、2標準偏差（2SD）またはそれ以上の差を意味する。
【０１０８】
実施例を実施する以外では、またはそうでないことが示されていない限り、本明細書で使用される成分の量または反応条件を表すすべての数値は、すべての例において、「約」という用語によって修飾されていると理解されるべきである。「約」という用語は、百分率に関連して使用される場合、±1％を意味し得る。
【０１０９】
本明細書で使用される場合、「含む（comprising）」または「含む（comprises）」という用語は、それが必須であろうとなかろうと、指定されていない要素を含む余地を残しつつ、その方法または組成物にとって必須である組成物、方法およびそれらの各要素を参照するために使用される。
【０１１０】
「〜からなる」という用語は、その態様の説明の中で言及されていないあらゆる要素に対して排他的である、本明細書に記載される組成物、方法およびそれらの各要素を表す。
【０１１１】
本明細書で使用される場合、「から本質的になる」という用語は、特定の態様に必要とされる要素を表す。この用語は、その態様の基本的かつ新規または機能的な特徴に実質的に影響しない要素の存在を許容する。
【０１１２】
単数形「a」、「an」および「the」は、文脈がそうでないことを明確に示していない限り、複数の参照を含む。同様に、「または、もしくは」という単語は、文脈がそうでないことを明確に示していない限り、「および、ならびに」を含むことが意図されている。本開示を実施または試験する際には本明細書に記載されているのと同様または同等の方法および材料を使用することができるが、以下には適当な方法および材料が記載されている。「例えば（e.g.）」という略語は、ラテン語のexempli gratisに由来し、本明細書で非限定的な例を示すために使用される。したがって、「例えば（e.g.）」という略語は、「例えば（for example）」という用語と同義である。
【０１１３】
細胞生物学および分子生物学における一般用語の定義は、「The Merck Manual of Diagnosis and Therapy」、第19版、Merck Research Laboratories出版、2006年（ISBN 0-911910-19-0）；Robert S. Porterら（編）、The Encyclopedia of Molecular Biology、Blackwell Science Ltd.出版、1994年（ISBN 0-632-02182-9）；Benjamin Lewin、Genes X、Jones & Bartlett Publishing出版、2009年（ISBN-10: 0763766321）；Kendrewら（編）、Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference、VCH Publishers, Inc.出版、1995年（ISBN 1-56081-569-8）およびCurrent Protocols in Protein Sciences 2009, Wiley Intersciences, Coliganら編において見出され得る。
【０１１４】
それ以外のことが言及されていない限り、本発明は、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4 ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA (2012); Davis et al., Basic Methods in Molecular Biology, Elsevier Science Publishing, Inc., New York, USA (1995);またはMethods in Enzymology: Guide to Molecular Cloning Techniques Vol.152, S.L.Berger and A.R. Kimmel Eds, Academic Press Inc., San Diego, USA (1987); Current Protocols in Protein Science (CPPS)(John E. Coligan, et. al., ed., Johon Wiley and Sons, Inc.)、Current Protocols in Cell Biology (CPCB)(Juan S. Bonifacino et. al. ed., John Wiley and Sons, Inc.)およびCulture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique by R. Ian Freshney, Publisher: Wiley-Liss; 5th edition (2005)、Animal Cell Culture Methods (Methods in Cell Biology, Vol.57, Jennie P. Mather and David Barnes editors, Academic Press, 1st edition, 1998）に記載されるような標準的手順を用いて実施され、これらはすべてその全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【０１１５】
他の用語は、本発明の様々な局面の説明の中で本明細書で定義されている。
【０１１６】
本願を通じて引用されている、参考文献、発行された特許、公開された特許出願および同時係属中の特許出願を含む、すべての特許およびその他の刊行物は、明示的に、例えば、本明細書に開示される技術と関連して使用され得るそのような刊行物に記載される方法論を説明および開示する目的で、参照により本明細書に組み入れられる。これらの刊行物は、それらの開示が本願の出願日より以前であるために提供されるにすぎない。これに関するいかなる事情も、本発明者らが、それが先行発明であるためまたは任意のその他の理由によりそのような開示よりも先の日付を主張する資格を有さないことの承認とみなされるべきではない。これらの書類の日付に関する言及または内容に関する表示はすべて、出願人が入手し得た情報に基づいており、これらの書類の日付または内容の正確性に関する承認とはならない。
【０１１７】
本開示の態様の説明は、排他的であることまたは本開示を開示された正確な形態に限定することを意図していない。本開示の個々の態様および実施例は例示目的で本明細書に記載されており、関連技術分野の当業者が認識するように、様々な等価な変更が本開示の範囲内で可能である。例えば、方法の工程または機能はある順で示されているが、代替の態様は異なる順で機能を実施し得、または機能は実質的に同時に実施され得る。本明細書に提供される開示の技術は、他の手順または方法に適切に適用することができる。本明細書に記載される様々な態様は、さらなる態様を提供するよう組み合わせることができる。本開示の局面は、必要に応じて、本開示のなおさらなる態様を提供するために、上記参考文献および出願の組成、機能およびコンセプトを利用するよう変更され得る。さらに、生物学的機能の等価性を考慮して、その生物学的または化学的作用に種類および量の面で影響を与えずに、様々な変更がタンパク質構造に関してなされ得る。これらおよびその他の変更は、詳細な説明に照らして本開示に対してなされ得る。すべてのそのような変更は、添付の特許請求の範囲内に包含されることが意図されている。
【０１１８】
上記態様のいずれかの個々の要素は、他の態様の要素と組み合わせることができまた他の態様の要素で置き換えることができる。さらに、本開示の特定の態様に関連する利点は、これらの態様との関係で記載されているが、他の態様もまたそのような利点を示し得、そしてすべての態様が本開示の範囲に包含されるためにそのような利点を示すことを必要とするものではない。
【０１１９】
本明細書に記載される技術は、以下の実施例によってさらに例証されるが、これらはいかなる事情によってもさらなる限定とみなされるべきでない。
【０１２０】
本明細書に記載される技術のいくつかの態様は、以下の番号が付された項のいずれかにしたがい定義することができる。
１．同種移植拒絶を抑制する方法であって、同種移植レシピエントにSema3Fアゴニストを投与する工程を含み、それによって同種移植片の免疫拒絶が抑制される、方法。
２．対象において免疫系を抑制する方法であって、それを必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
３．その必要のある対象において炎症状態を処置する方法であって、該対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
４．炎症状態が、自己免疫疾患である、項3に記載の方法。
５．自己免疫疾患が、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎からなる群より選択される、項4に記載の方法。
６．炎症状態が、局所的状態である、項3に記載の方法。
７．局所的炎症状態が、発疹およびアレルギー反応からなる群より選択される、項6に記載の方法。
８．癌を処置する方法であって、その処置を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
９．血管新生を減少させる方法であって、その処置を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、方法。
１０．Sema3Fアゴニストが、Sema3FポリペプチドまたはSema3Fポリペプチドをコードする核酸である、項1〜9のいずれか一つに記載の方法。
１１．Sema3Fポリペプチドが、SEQ ID NO:5の配列を含む、項1〜10のいずれか一つに記載の方法。
１２．Sema3Fポリペプチドが、Sema3F受容体に結合することができる、項10に記載の方法。
１３．Sema3Fポリペプチドが、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択されるNRP-2のドメインに結合することができる、項1〜12のいずれか一つに記載の方法。
１４．Sema3Fアゴニストが、フリン様阻害剤である、項1〜13のいずれか一つに記載の方法。
１５．Sema3Fアゴニストが、静脈内投与される、項1〜14のいずれか一つに記載の方法。
１６．Sema3Fアゴニストが、筋肉内、皮下または皮内投与される、項1〜14のいずれか一つに記載の方法。
１７．Sema3Fアゴニストが、炎症部位に局所投与される、項1〜16のいずれか一つに記載の方法。
１８．追加の抗炎症剤を投与する工程をさらに含む、項1〜17のいずれか一つに記載の方法。
１９．追加の抗炎症剤が、ステロイド、カルシニューリン阻害剤、mTOR阻害剤またはそのアナログ、および抗増殖剤からなる群より選択される、項18に記載の方法。
２０．その必要のある対象において免疫応答を増加させる方法であって、対象にSema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数を投与する工程を含む、方法。
２１．Sema3F阻害剤が、抗Sema3F抗体反応物である、項20に記載の方法。
２２．NRP-2阻害剤が、抗NRP-2抗体反応物である、項20に記載の方法。
２３．Sema3F阻害剤が、可溶性NRP-2受容体である、項20に記載の方法。
２４．Sema3F阻害剤が、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含むNRP-2受容体の可溶性フラグメントである、項23に記載の方法。
２５．Sema3F阻害剤が、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸である、項20に記載の方法。
２６．同種移植レシピエントにおける同種移植拒絶を抑制するための、Sema3Fアゴニストの使用。
２７．免疫系の抑制を必要とする対象にSema3Fアゴニストを投与する工程を含む、Sema3Fアゴニストの使用。
２８．その必要のある対象における炎症状態の処置のための、Sema3Fアゴニストの使用。
２９．炎症状態が、自己免疫疾患である、項28に記載の使用。
３０．自己免疫疾患が、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、クローン病および自己免疫性甲状腺炎からなる群より選択される、項29に記載の使用。
３１．炎症状態が、局所的状態である、項28に記載の使用。
３２．局所的炎症状態が、発疹およびアレルギー反応からなる群より選択される、項31に記載の使用。
３３．癌の処置のための、Sema3Fアゴニストの使用。
３４．その必要のある対象における血管新生の抑制のための、Sema3Fアゴニストの使用。
３５．Sema3Fアゴニストが、Sema3FポリペプチドまたはSema3Fポリペプチドをコードする核酸である、項26〜34のいずれか一つに記載の使用。
３６．Sema3Fポリペプチドが、SEQ ID NO:5の配列を含む、項26〜35のいずれか一つに記載の使用。
３７．Sema3Fポリペプチドが、Sema3F受容体に結合することができる、項35に記載の使用。
３８．Sema3Fポリペプチドが、A1、A2、B1およびB2ドメインからなる群より選択されるNRP-2のドメインに結合することができる、項35〜37のいずれか一つに記載の使用。
３９．Sema3Fアゴニストが、フリン様阻害剤である、項26〜38のいずれか一つに記載の使用。
４０．Sema3Fアゴニストが、静脈内投与される、項26〜39のいずれか一つに記載の使用。
４１．Sema3Fアゴニストが、筋肉内、皮下または皮内投与される、項26〜39のいずれか一つに記載の使用。
４２．Sema3Fアゴニストが、炎症部位に局所投与される、項26〜41のいずれか一つに記載の使用。
４３．追加の抗炎症剤を投与する工程をさらに含む、項26〜42のいずれか一つに記載の使用。
４４．追加の抗炎症剤が、ステロイド、カルシニューリン阻害剤、mTOR阻害剤またはそのアナログ、および抗増殖剤からなる群より選択される、項43に記載の使用。
４５．その必要のある対象において免疫応答を促進するための、Sema3F阻害剤またはNRP-2阻害剤またはプレキシンA1阻害剤のうちの1つまたは複数の使用。
４６．Sema3F阻害剤が、抗Sema3F抗体反応物である、項45に記載の使用。
４７．NRP-2阻害剤が、抗NRP-2抗体反応物である、項45に記載の使用。
４８．Sema3F阻害剤が、可溶性NRP-2受容体である、項45に記載の使用。
４９．Sema3F阻害剤が、A1、A2、B1またはB2ドメインからなる群より選択される少なくとも1つのドメインを含むNRP-2受容体の可溶性フラグメントである、項46に記載の使用。
５０．Sema3F阻害剤が、フリン様ポリペプチドまたはフリン様ポリペプチドをコードする核酸である、項45に記載の使用。
【実施例】
【０１２１】
実施例1：同種移植拒絶におけるセマフォリン3fおよびニューロピリン-2の新規の免疫調節機能
セマフォリンのクラス3ファミリー（Sema3A〜G）は、プレキシンおよびニューロピリンファミリー分子に結合し、抗遊走および抗増殖をもたらす調節シグナルを誘起する。Sema3Fがニューロピリン-2（NRP-2）への結合を通じてPI-3K-AktおよびMAPKシグナルを調節することが本明細書で実証され、これはこのリガンド・受容体相互作用がT細胞活性化応答を阻害し得ることを示している。しかし、免疫におけるSema3FおよびNRP-2の役割は、これまで調査されていない。
【０１２２】
本明細書では、Sema3Fを用いた完全不一致BALB/c心臓同種移植片のC57BL/6レシピエントの処置について記載する。Sema3Fは、拒絶を阻害するのに有効であることが本明細書で実証され、平均移植片生存は、未処置対照（平均生存6.5日、n＝8、P＜0.000）に対して＞22日（アデノウイルスを通じて投与した場合、n＝4マウス、P＜0.000）および23.4日（腹腔内注射を通じて投与した場合、n＝16マウス）であった。抗Sema3F遮断抗体（第0、2、4および6日）を用いたSema3F処置レシピエント（腹腔内注射モデル）の共処置は、移植片生存を対照（平均生存7.5日、n＝4）まで減少させた。
【０１２３】
qPCR、FACSおよびウェスタンブロットによって、Sema3FリガンドNRP-2がベースライン時にT細胞サブセットで発現されること、およびその発現が6時間のマイトジェン活性化（抗CD3）後にCD4+エフェクターおよび制御性細胞において強く誘導されることが実証された。CD4+ T細胞はまた、プレキシンA1〜4ファミリー分子を発現することが（qPCRによって）見出され、Sema3FがNRP-2およびプレキシンを通じてその調節シグナルを誘起し得ることがさらに示された。機能を決定するため、我々は、NRP-2+/-（Hets）およびNRP-2-/-（ko）マウスを作製し、インビトロで、これらのマウス由来のCD4+ T細胞は、過剰増殖性であり（約3倍増加）、マイトジェン（抗CD3）に応答してWT細胞に対して増加したIL-2およびIFNガンマを産生する。過剰活性化は、CD4+CD25+サブセットに対してナイーブNRP-2ko CD4+ CD25陰性T細胞において最も顕著であった。
【０１２４】
最後に、NRP-2koマウスを、完全不一致BALB/cおよびマイナー不一致B6.C-H-2bm12ドナー心臓移植片のレシピエントとして使用した。NRP-2koマウスは、WTマウス（平均移植片生存＞54日、n＝11、P＜0.00）に対してBM12心臓を拒絶した（平均生存32日、n＝5）。これに対して、NRP-2koマウスは、WT移植片と同じテンポで完全不一致同種移植片を拒絶した。加えて、Sema3Fは、NRP-2KOマウスにおいて拒絶を阻害することができ、これはそれがNRP-2に非依存的な免疫調節効果を有し得ることを示している。まとめると、これらの発見は、Sema3FおよびNRP-2を新規の免疫調節タンパク質として初めて定義するものである。これらの発見はまた、Sema3F-NRP-2相互作用が同種免疫応答の調節に非常に重要であることを示している。
【０１２５】
実施例2：細胞内PI-3K-AktおよびMAPKシグナルの調節に対するセマフォリン3Fの新規の効果
クラス3セマフォリンは、ニューロピリン（NRP）およびプレキシンファミリー分子に結合し、抗遊走および細胞骨格崩壊をもたらすシグナルを誘起するガイダンス分子として機能する。本明細書に記載されるように、セマフォリン3F（SEMA3F）は、完全不一致心臓同種移植モデルにおいて同種移植拒絶を阻害するのに有効である。加えて、NRP2ノックアウトマウスが過剰活性T細胞を有し、拒絶を促進することが本明細書に記載されており、これによりSema3FがNRP2との相互作用を通じて免疫調節を媒介することが示唆されている。加えて、NRP2は、エフェクターおよび制御性の両方のCD4+ T細胞において発現されることが本明細書で実証されており、これによりそれがT細胞活性化応答を標的とする新規のタンパク質であることが示唆されている。しかし、免疫応答のSEMA3Fにより誘導される調節の分子的メカニズムは知られていない。
【０１２６】
ホスホキナーゼ抗体アレイを用いてSema3Fにより調節されるシグナル伝達経路をスクリーンするために、高レベルのNRP2を発現する2つの細胞株（U87MGおよびU343）を使用した。Sema3F（例えば、640 ng/ml）の最も強力な効果は、ウェスタンブロット分析により経時的に確認された、pAkt（T308およびS473）pmTORおよびpS6KおよびpERKの活性を阻害することであることが観察された。
【０１２７】
SEMA3Fは、NRP2に結合し、プレキシンA1と共に複合体を形成する。siRNAを用いたU87MG細胞におけるNRP2またはプレキシンA1のいずれかのノックダウンは、p-Akt（S473）およびp-S6KのSEMA3Fにより誘導される減少を阻害した。これらの観察は、Sema3Fの阻害効果が細胞表面におけるNRP2/プレキシンA1に対するSEMA3Fの結合を通じて伝達されることを示している。
【０１２８】
免疫沈降を用いて、SEMA3Fが、mTORとラプターおよびリクターの両方の会合を妨害することも観察された。さらに、細胞を、mTORC1を標的化するラパマイシン（10 ng/ml）で30分間処置した場合、Sema3FはpAkt(S473)/mTORC2を阻害する作用を示す。また、mTORC1を構成的に活性化させる2DAktでトランスフェクトした後、ここでも、Sema3FがpAktを阻害することが見出され、これによりSema3F-NRP-2相互作用の主たる効果がmTORC2/Aktにより誘導される応答を標的化することであることが確認された。
【０１２９】
最後に、Sema3Fにより誘導される応答を、NRP-2を発現するヒトJurkat T細胞株において評価し、それが、例えばpAKT活性の阻害を含む、顕著な調節性シグナル応答を誘起することがさらに確認された。Sema3Fは、複数の細胞型においてAkt/mTORシグナルを阻害する（図21）。全体として、これらの発見は、初めて、SEMA3Fを、細胞内シグナルの調節を通じて生理学的炎症の解消において機能する新規の分泌タンパク質として同定するものである。本明細書に記載される発見は、Sema3Fが強力な抗炎症治療法として幅広い用途を有することを示している。
【０１３０】
実施例3：CD4+ T細胞サブセットにおけるセマフォリン受容体ニューロピリン-2の発現および機能
ニューロピリンNRP-1およびNRP-2は、それぞれSEMA3AおよびSEMA3Fを含むセマフォリンクラス3ファミリー分子ならびに血管内皮成長因子に結合する。NRP-1に対するSEMA3Aの結合およびNRP-2に対するSEMA3Fの結合は、内皮細胞において阻害性シグナルを誘起する。NRP-1はT細胞において発現され、CD25+ FoxP3+ T制御性細胞サブセットにおいて顕著である。これらの研究において、qPCR、ウェスタンブロット分析およびFACSを用いて、非活性化およびマイトジェン活性化ヒトCD4+ T細胞（抗CD3／抗CD28、各々1 mg/ml）におけるNRP-2の発現を評価した。一貫して、NRP-2発現が非活性化細胞において最小であるが、活性化後に顕著に誘導される（3〜5倍、p＝0.06、n＝3）ことが見出された。マウス白血球におけるNRP-2の発現パターンもプロファイルし、脾細胞および濃縮CD4+ T細胞における発現が見出された。NRP-1はCD25高Tregにおける主要な受容体であるが、NRP-2はCD4+CD25+ T制御性およびCD4+CD25- Tエフェクターの両サブセットに存在することが見出された。機能を定義するため、CD4+ T細胞を野生型C57/BL6マウスから選別し、漸増濃度の抗CD3（0.001〜1 mg/ml）と共に培養した後に活性化応答を評価した。まとめると、これらの研究は、CD4+ Tリンパ球におけるNRP-2発現を初めて同定し、SEMA3F-NRP-2相互作用がT細胞活性化応答において機能することを示す。これらの発見は、クラス3セマフォリンが細胞媒介免疫および同種移植拒絶における新規の調節性サイトカインとしてどのように作用し得るかの新たな理解の舞台を設定する。
【０１３１】
マイトジェン活性化は、ヒトT細胞においてNRP-1およびNRP-2の両方の発現を増加させる（図7）。NRP-1はCD4+ CD25高T細胞において発現され、NRP-2は通常、濃縮されたCD4+ T細胞集団において発現される（図8）。
【０１３２】
同種または同系脾細胞を用いた7日間のプライミングの後、レシピエント脾臓細胞を、CD4およびNRP-2（Cell Signalling製のモノクローナルウサギ抗マウスNRP-2）で、その後にFITC結合ロバ抗ウサギ2次Abで染色し、FACSに供した。FACS後の定量は、同種プライミングされた脾臓CD4が、同系プライミングまたは未処置脾臓細胞と比較して、NRP-2発現の増加を示すことを示した（データ示さず）。
【０１３３】
まとめると、これらの研究は、CD4+ Tリンパ球におけるNRP-2の発現を同定し、SEMA3F-NRP-2相互作用がT細胞活性化応答において機能することを示す。
【０１３４】
参考文献
Bagri A et al. Clin Cancer Res 2009;15:1860-1864.
【０１３５】
実施例4
ニューロピリン-2がヒトT細胞およびT細胞株（Jurkat T細胞）において発現されることおよびSema3Fの結合が活性化応答をもたらすことが、本明細書で実証される。ニューロピリンがマウスT細胞において発現されることがさらに実証される。
【０１３６】
Sema3Fアデノウイルスによる同種移植レシピエントの処置は生存を延長する
心臓移植片のマウスレシピエントへのセマフォリン3Fを過剰発現する細胞の腹腔内注射は、同種移植片生存の延長および急性拒絶反応の遅延をもたらす（未処置対照における拒絶は第6〜8日、細胞移入後の拒絶は第21〜28日）。Sema3Fを発現しない対照細胞は、同種移植拒絶を遅らせない。また、移入された細胞は、（sema3Fの効果を遮断する）抗Sema3F遮断抗体も投与されたマウスにおいては生存を延長し、拒絶を遅らせることができない。予備的研究において、この移入された細胞の効果は、NRP-2を欠くマウスにおいて生じない。
【０１３７】
NRP-2を欠くマウス（ヘテロ接合性およびNRP-2 KOマウス）由来の細胞はマイトジェンによる活性化後に過剰増殖性であり、野生型細胞よりも多くのサイトカインを産生する。NRP-2を欠くマウス（ヘテロ接合性およびNRP-2 KOマウス）では、同種移植拒絶反応が促進される。
【０１３８】
本明細書で、以下のことが具体的に想定される：
a.  セマフォリン3Fまたは関連分子は、多くの炎症疾患状態において抗炎症または免疫調節剤として利用され得る。
b.  セマフォリン3FおよびNRP-2アゴニストは、同種移植拒絶の処置および／または予防において利用され得る。これらの相互作用の増強は、免疫抑制性の作用をする。
c.  免疫応答を増強する薬剤としての、標的化された抗セマフォリンまたは抗NRP-2（Aドメイン分子）の使用。
d.  免疫調節におけるNRP-Aドメイン、BドメインまたはA+Bドメインペプチド可溶性タンパク質を用いた異なる拮抗作用のメカニズム。
【０１３９】
実施例5
セマフォリン3Fはインビボで急性同種移植拒絶を阻害する免疫抑制物質として作用する
Balb/Cドナーの心臓をC56BL6マウスに移植した。対照マウスは、第7〜8日に拒絶を起こした。心臓移植後のマウスへのSema3FをコードするアデノウイルスのIV注射は、生存を最大で第40日まで延長する（図2）。
【０１４０】
0.2 mg/kgのラパマイシンを第0〜2日に投与し、かつSema3Fを投与した。この限定されたモデルにおいては、付加的な移植片長寿命化効果は観察されなかった（有意な生存の延長なし）（図4）。
【０１４１】
T細胞サブセットにおけるNRP-2の発現を、mRNAレベル（図7および22）、ウェスタンブロット（図7および22）によりおよびFACS（図9）によりタンパク質レベルで確認した。示されているように、顕著なNRP-2発現が、活性化CD4+ T細胞、Foxp3陽性およびFoxp3陰性の両細胞において観察された。
【０１４２】
C57BL/6バックグラウンドのWT、NRP-2+/-（Hets）およびNRP-2-/-（KO）マウス由来のCD4+ T細胞からCD25陰性Tエフェクターサブセットを選別した。マイトジェンにより誘導される増殖およびサイトカイン産生（ELISPOT）を評価した。顕著に増強された活性化応答が、総CD4+ T細胞集団ならびにNRP-2 HetsおよびNRP-2 KOマウス由来のCD25陰性サブセットにおいて観察された。この顕著な過剰活性化応答は、NRP-2がCD4+ T細胞に対する新規の調節シグナルを提供するという仮説を確認するものである。選別されたCD4+ CD25陰性 Tエフェクターサブセットの集団をまた、抗CD28の存在下で漸増濃度のマイトジェン（抗CD3）と共に培養した。CD4+ T細胞は、共刺激シグナルに応答して最大の増殖を示すが、NRP-2 KO細胞は過剰活性のままであり、WTマウス由来のCD4+ T細胞よりも有意に多いIFNgおよびIL-2を産生する。この観察は、NRP-2がCD4+ T細胞において機能的であり、調節シグナルを誘起すると考えられることをさらに実証している。
【０１４３】
慢性拒絶
マイナーMHC不一致B6.C-H2bm12（BM12)同種移植片を、C57BL/6（野生型/WT）、NRP-2+/-（Het型BL6）またはNRP-2-/-（KO型BL6）に移植した。予想された通り、WTレシピエントにおいて同種移植片は長期間生存したが、移植約30日後に慢性拒絶を起こし、第45日まで疾患の明確な証拠が存在する（図5）。このモデルにおける長期間の生存は、Tエフェクターの拡張を制限する移植後第21日までのT制御性細胞の拡張と関連すると報告されている（104）。生存は、NRP-2+/- Hetレシピエントにおいて減少し、NRP-2-/- KOレシピエントにおいて有意に減少する（P＜0.05）。これらの観察は、NRP-2がCD4+ T細胞において調節機能を有するという知見と一致する。
【０１４４】
NRP-2は、プレキシンファミリー分子と複合体を形成して調節シグナルを誘起することができ、プレキシンファミリー分子はCD4+ T細胞において発現される（図10）。したがって、NRP-2は、T細胞においてプレキシンとの相互作用を通じて調節シグナルを誘起し得る。CD4+細胞の増殖に対するNRP-2の効果を、様々な濃度のプレートに結合させた抗CD3を有するプレート上に野生型、NRP-2 hetおよびNRP-2ノックアウト細胞をプレーティングすることによって試験した。サイトカイン産生および増殖によって示されるT細胞の活性化は、NRP-2拡散レベルが低い細胞において増加した（図11）。抗CD28（1 ug/ml）による共刺激を加えてCD4+ CD25-細胞の増殖を測定する同様の実験も行った（図13）。NRP-2ノックアウト体は、活性化の増大を示したが、aCD28の存在下ではそれが小さかった。このことは、NRP-2が、活性化応答の開始よりもT細胞活性化応答の消失において機能し得ることを示している。
【０１４５】
NRP-2ノックアウトCD4+ T細胞をマイトジェン活性化に供し、活性化から72時間後に培養上清におけるサイトカイン産生を試験した。NRP-2ノックアウト体は、サイトカイン産生の増加を示した（図12）。サイトカイン産生の増加はまた、抗CD3によるマイトジェン活性化から48および72時間後のNRP-2ノックアウトCD4+CD25- T細胞においても観察された（図14および図24）。IFNγおよびIL2の産生をELISPOTアッセイによっても試験し（図15および16）、ここでも同様に、NRP2ノックアウト細胞におけるサイトカイン産生の増加が実証された。
【０１４６】
Sema3FはPI-3K/Akt-mTORシグナルを調整する
高レベルのNRP-2を発現することが知られているU87MG細胞を、シグナル応答を刺激することが分かっているレベル（約640 ng/mL）のSema3Fで処置した。pAkt（mTORC2）およびpS6K（mTORC1）依存的活性化の阻害が観察された（図18）。SEMA3Fの最大効果は約600 ng/mlで観察され、この濃度のSEMA3Fをすべてのシグナル分析で使用した。図18の上パネルに示されているように、10分後にSEMA3FはpAkt(S473)の発現を阻害し（デンシトメトリー＞80％）、そして30分までに、pAkt(S473)、pAkt(T308)、pmTORおよびpS6Kの最も大きな減少が見られた。図18の下パネルに示されているように、pERK1/2の発現は、SEMA3F処置後の細胞において顕著に減少し、30分で最大効果を示した。
【０１４７】
siRNAを使用して、U87MG細胞においてNRP-2またはプレキシンA1をノックダウンし、次いでこれをSema3Fで処置した。対照siRNAおよび標的化siRNA細胞におけるpAkt（mTORC2）およびpS6K（mTORC1）依存的な活性化の阻害に対する効果の経時的観察は、NRP-2およびプレキシンA1のノックダウンがSema3Fの効果を阻害することを示した（図19）。図19の上パネルに示されるように、SEMA3Fは、NRP2ノックダウン後にpAktおよびpS6Kを阻害しなかった。この発見は、SEMA3FがNRP2を通じて調節シグナルを誘起することを確認するものである。
【０１４８】
前段落で議論されているように、NRP-2はプレキシンA1と複合体を形成し、プレキシンはNRPシグナル応答を誘起することが報告されている。SEMA3F-NRP-2により誘起される応答におけるこの可能性を試験するため、プレキシンA1のノックダウン後のU87MG細胞におけるSEMA3Fの効果を評価した。図19の下パネルに示されているように、SEMA3Fは、対照siRNAトランスフェクト細胞においてpAktおよびpS6Kを阻害する作用を示したが、ここでも、プレキシンA1 siRNAトランスフェクト細胞においては応答を誘起しなかった。これらの観察は、Aktにより誘導されるシグナルに対するSEMA3Fの機能的効果が細胞表面でのNRP-2とプレキシンA1の間の相互作用を必要とすることを示している。
【０１４９】
加えて、図20に示されているように、NRP-2発現Jurkat T細胞を、漸増濃度のSEMA3Fで30分間処置し、pAkt(S473)の発現をウェスタンブロットによって評価した。発現は、高濃度のSEMA3F（＞600 ng/ml）による処置後に減少した。
【０１５０】
実施例6：ヒトCD4+ T細胞における調節性NRP-2受容体の発現
NRP-1およびNRP-2は、VEGFならびにそれぞれ調節性SEMA3AおよびSEMA3Fに結合する。NRP-1は、Tregによって発現される。CD4+ T細胞をヒトPBMCから精製し、VEGFR1（Flt-1）、NRP-1およびNRP-2 mRNAの発現をマイトジェン依存的活性化（抗CD3／抗CD28）後に評価した。NRP-2発現が活性化後に顕著に誘導され、それは他の受容体よりも高いレベルである（図22）。
【０１５１】
実施例7
マウスに、対照アデノウイルスまたは本明細書で上記されているSema3Fをコードするアデノウイルスを注射した。アデノウイルス注射後第3日および第5日に、耳の腫脹を誘導するためにマウスをオキソザロンでさらに処置した。Sema3F処置を受けたマウスは、対照処置を受けたマウスと比較して減少した腫脹を示した（図6）。
【０１５２】
実施例8
CD4+ T細胞をCD4creNRP-2fl/flマウスから単離し、mRNAおよびタンパク質レベルでNRP-2発現を評価した。最小の発現が示された。細胞を漸増濃度のマイトジェンで活性化させ、増殖を標準的なチミジン取り込みアッセイによって決定した。また、CD4+ T細胞をAPCおよび漸増濃度の抗CD3と共に培養し、IFNgをELISPOTアッセイによって評価した。NRP-2 T細胞活性化応答を野生型マウスと比較した。全体として、NRP-2ノックダウン細胞は過剰活性であり、これはそれらが過度の拒絶応答を生じるというインビボでの発見と一致する（図23）。
【０１５３】
実施例9
図25は、慢性同種移植拒絶のモデルにおける移植片生存曲線を示す。心臓同種移植片B6.C-Hbm12(BM12)を、野生型C57BL/6（WT）、NRP-2ノックアウト（NRP-2-/-）または選別されたCD4+ T細胞NRP-2ノックアウトマウス（CD4Cre-NRP-2fl/fl）のいずれかであるマイナーMHC不一致レシピエントに移植した。予想された通り、心臓同種移植片は、WTマウスにおいて長期間生存するが、ノックアウトマウスは、迅速な拒絶応答を示す。
【０１５４】
実施例10：ヒトCD4+ T細胞におけるNRP-2の発現
ヒトCD4+ T細胞を、ヒト末梢血から負の選択によって単離した。NRP-2の発現を、非活性化およびマイトジェン（抗CD3/CD28）活性化細胞においてqPCRによって評価した（図26A）。mRNA発現が活性化によって増加していることに注目されたい。発現を、ヒトJurkat T細胞株においても評価した。FACSによれば、Jurkatは高レベルのNRP-2を発現する。
【０１５５】
ヒト末梢血細胞を標準的なFicoll分離によって単離し、これを非活性化状態でまたはマイトジェン活性化後に使用した。NRP-2発現を、CD4+サブセットにおいてFACSによって評価した（図26B）。タンパク質発現は、活性化後に増加する。
【０１５６】
末梢血細胞を、抗CD4、抗FoxP3およびNRP-2によって染色した（図26C）。FoxP3+ヒトCD4+ T制御性細胞および非FoxP3/Tエフェクター細胞の両方がNRP-2を発現することを示すFACSにより評価された発現が示されている。
【０１５７】
実施例11：マウスCD4+ T細胞におけるNRP-2の発現
図27Aは、マウス脾臓およびリンパ節内のCD4+ T細胞におけるNRP-2のFACS分析を示す。CD4+ T細胞の異なる集団がNRP-2を発現することに注目されたい。CD4+ T細胞を、マウス脾臓から負の選択によって単離した。NRP-2の発現を、非活性化およびマイトジェン（抗CD3/CD28）活性化細胞においてqPCRによって評価した（図27B）。活性化により発現が増加することに注目されたい。プレキシンAファミリー分子もまた、単離されたCD4+ T細胞において評価した。このサブセットにおいては、プレキシンA1およびA4の発現が最も高いようである（図27C）。CD4+ T細胞を、マウス脾臓から負の選択によって単離し、NRP-2の発現をFoxp3+およびFoxp3陰性サブセットにおいて評価した（図27D）。NRP-2は、非活性化CD4+細胞の両方のサブセットにおいて発現される。単離された脾臓CD4+ T細胞をマイトジェン活性化させ（抗CD3 - 1 mcg/ml）、NRP-2の発現をウェスタンブロット分析によって評価した（図27E）。ここでも、NRP-2は、活性化により発現を増加させることが見い出される。CD4+ T細胞を、標準的な培養培地（マイトジェン＋TGFb＋抗IL-4＋抗IFNg＋レチノイン酸）中で誘導Treg細胞に分化するよう誘導し、NRP-1/2の発現をウェスタンブロットによって評価した（図27F）。この細胞型において、NRP-2は、NRP-1と共に共発現される。
【０１５８】
実施例12：インビトロおよびインビボでのセマフォリン3F・ニューロピリン2相互作用によるmTORシグナルの調節
セマフォリン3F（SEMA3F）は、ニューロピリン2（NRP2）およびプレキシンAファミリー分子に結合するその能力を通じて、神経誘導キューを提供する。本明細書には、ホスホキナーゼアレイ、免疫沈降およびウェスタンブロット分析を用いたヒト内皮、T細胞および腫瘍細胞におけるSEMA3F-NRP2シグナル応答の分析が記載されている。共通して、SEMA3Fは、PI-3KおよびAkt活性を阻害し、応答はmTOR/リクターアセンブリの妨害およびRhoA GTPaseのmTOR依存的活性化に関連する。血管内皮成長因子の発現ならびにmTOR誘導性細胞活性化応答および細胞骨格安定性がインビトロでSEMA3F-NRP2相互作用によって阻害されることも、本明細書に記載されている。SEMA3Fのインビボ、局所および全身的な過剰産生は、NRP2発現異種移植片における腫瘍成長を減少させる。まとめると、SEMA3Fは、多様なヒト細胞型においてmTORシグナルを調節し、このことは、その生物学が慢性疾患に関する広範な暗示を含んでいることを示している。
【０１５９】
導入
神経ネットワークは、環境キューに対する軸索成長円錐の応答によって正および負の両方に調節される。例えば、ネトリン-1によって誘起されるキューは、化学誘引性であり、セマフォリン3F（SEMA3F）によって支配されるそれらは化学反発性である。集合的に軸索誘導として知られているこれらのプロセスは、中枢神経系の発達において重要な役割を果たす（1,2）。SEMA3Fは、クラス3セマフォリン（SEMA3A〜G）のメンバーであり、その受容体はニューロピリン1（NRP1）、ニューロピリン2（NRP2）およびプレキシンである（3,4）。セマフォリンは、血管および腫瘍の生物学に関与し（5,6）、それらが腫瘍免疫に関する免疫応答を調節することを示すデータが増えている（7,8,9,10）。加えて、それらは、インビトロで内皮細胞（EC）および腫瘍細胞の遊走を阻害し、インビボで腫瘍の進行、転移および血管新生を弱める（5,6）。にもかかわらず、SEMA3Fに対するT細胞、EC、平滑筋細胞および腫瘍細胞の応答は、ほとんど理解されておらず、機能的効果は、抗遊走、細胞骨格崩壊およびストレスファイバーの喪失を含む調節応答によって特徴づけられている（5,6,11）。SEMA3Fシグナル伝達メカニズムの分析は、SEMA3FがNRP2およびプレキシンA1と複合体を形成することを実証した。この複合体は、ABL2チロシンキナーゼを誘引し、それがp190RhoGAPを活性化させ、それによってGTPをGDPに変換する小さなGTPaseであるRhoAを不活性化させ、F-アチンの脱重合およびストレスファイバーの喪失をもたらし、それに伴いECおよび腫瘍細胞の遊走応答を低下させる。
【０１６０】
ABL2チロシンキナーゼ阻害剤であるGleevec（イマチニブ）は、膠芽腫細胞およびECにおけるストレスファイバー形成および運動性のSEMA3により媒介される喪失を打ち消す（12）。SEMA3Fで安定的にトランスフェクトされたH157肺癌細胞は、減少したレベルのリン酸化Akt(S473)、STAT3およびErkを有し（13）、減少したAkt活性は、血管新生因子である血管内皮成長因子（VEGF）のより低レベルの発現に関連する（13）。
【０１６１】
セマフォリンおよびNRPにより誘起される応答は複数の細胞内シグナル伝達経路を調節し得るが、共通の特徴は、Aktキナーゼのリン酸化の阻害である（2,13）。この効果は、セマフォリンにより誘導されるシグナルの主要な生物学的効果がmTORシグナルの阻害に関連することを強く示唆している。実際、最近の研究は、無脊椎動物のセマフォリン・プレキシン相互作用が、カエノラブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）（C.エレガンス）において、その上皮細胞における形態学的変化に必要とされるTORシグナルを調節し得ることを実証した（14）。mTORは、mTOR、ラプターおよびmLST8（mTORC1）（15,16）またはmTOR、リクター、Sin1、プロトー（protor）およびmLST8（mTORC2）（17,18,19）のいずれかで構成される2つの異なる多タンパク質複合体として存在するセリン／スレオニンキナーゼである。mTORC1は、一部、S6K1および4EBP1をリン酸化することによって細胞成長を制御し、タンパク質翻訳の鍵となる調節因子である（20,21）。mTORC2は、Akt（22）ならびに血清／グルココルチコイド調節キナーゼ-1（SGK1）およびPKC<（18,23）をリン酸化することによって細胞生存および活性化を媒介する。自己免疫疾患、慢性炎症および同種移植拒絶の治療法として（24,25,26）および癌治療の補助として（27）のmTORシグナル伝達経路の標的化に大きな関心がもたれている。しかし、ヒト免疫、上皮および腫瘍細胞におけるそのNRP2受容体の広範囲の発現（5,6,28）にもかかわらず、このシグナル伝達経路に対するまたはこれらの疾患プロセスにおけるSEMA3Fの効果に関してはほとんど報告されていない。
【０１６２】
SEMA3FがNRP2およびプレキシンA1と相互作用し、PI-3K活性を減少させ、mTORC2の構築を阻害し、下流のAktシグナルを減少させることが、本明細書に記載されている。SEMA3FがPI-3K活性ならびに腫瘍形成および慢性炎症において機能することが十分に確立されているVEGFのAkt誘導トランス活性化を阻害することによって抗腫瘍および抗血管新生効果を誘起することができることも実証されている。まとめると、これらの研究は、哺乳動物細胞における新規のPI-3K/mTORC2阻害剤としてSEMA3Fを定義し、それが広い生物学的および臨床的暗示を含んでおり、慢性疾患の解消を促進する治療法であることを示している。
【０１６３】
結果
SEMA3FはAkt、mTORおよびS6Kのリン酸化を阻害する。細胞内シグナル応答に対するSEMA3Fの効果を決定するため、NRP2発現ヒト膠芽腫細胞株U87MGにおけるホスホキナーゼのレベルをプロファイリングした。SEMA3Fは、多くのキナーゼ、特にAkt（T308およびS473）、Erk（T202/Y204およびT185/Y187）ならびにmTOR（S2448）のリン酸化を阻害することが見出され（図28A、表1）、これはウェスタンブロット分析によって確認された（図28B）。経時的分析はさらに、pAkt（T308およびS473）、pmTORならびにその下流シグナル（pS6KおよびpS6）がSEMA3F処置から10〜20分以内に阻害されたことならびにこの阻害効果が60分超持続したことを示した（図28Cおよび34A）。SEMA3Fは、NRP2およびプレキシンA1-siRNAトランスフェクト細胞の両方においてpAkt、pS6KおよびpS6を阻害せず、Akt/mTOR活性に対するSEMA3Fの調節効果が細胞表面でのNRP2/プレキシンA1複合体との相互作用を必要とすることが示された（図19、上パネルおよび34B）。SEMA3Fはまた、U251膠芽腫細胞、メラニン形成細胞株、Jurkat Tリンパ球および内皮細胞を含む、NRP2を発現する様々な他の細胞株においてAkt（S473）およびS6Kのリン酸化を阻害した（図34C〜34D）。標準的なELISAベースのアッセイ29を用いて、SEMA3Fが時間依存的な様式で各細胞株においてPI-3K活性を阻害することも見出された（図28D）。加えて、SEMA3Fによる内皮細胞の前処置（30分間）は、その後のVEGFにより誘導されるPI-3Kの活性化を阻害した（図28D）。これらの結果は、SEMA3F-NRP2相互作用がPI-3K-Akt/mTORシグナルの活性を阻害する調節をすることを示している。
【０１６４】
SEMA3Fは主としてmTORC2の構築を阻害する。mTORC1およびmTORC2シグナルは、細胞の代謝（30,31）ならびに多くの正常細胞型の分化、増殖および生存（27,32,33,34,35）にとって重要である。免疫沈降によって、SEMA3FがmTORとラプターおよびリクターの両方の間の会合を阻害することが見出され（図29A）、それぞれmTORC1およびmTORC2の両方に対する生物学的効果が示唆された。実際、SEMA3Fで60分間処置した細胞は、pAkt（T308およびS473）ならびにpS6Kのレベルを減少させた（対未処置細胞、図29B、レーン1対4）。その主たる機能様式がmTORC1の阻害に関連するのかそれともmTORC2の阻害に関連するのかを決定するため、細胞をラパマイシン（mTORC1を阻害するため10 nMで30分間）で前処置し、その後に細胞をSEMA3Fおよびラパマイシンの非存在下または存在下でさらに60分間培養した。対照としてのラパマイシン単独処置（90分間）は、pS6Kを顕著に阻害したが、以前に報告されたように（36,37,38）、pAkt（T308およびS473）のレベルをそれぞれ1.9倍（p＜0.001）および2.0倍（p＜0.01）誘導した（図29B、レーン1対2および図29C）。それに対して、ラパマイシンで30分間処置し、その後にSEMA3Fおよびラパマイシンでさらに60分間処置したU87MG細胞は、pAktおよびpS6Kの両方のレベルを減少させた（図29B、レーン2対5）。注目すべきは、pAkt発現の阻害に対するSEMA3Fのこの効果が、細胞をATP競合性mTORC1/C2阻害剤トリン1で処置した場合に観察されたそれと類似していたことである（図29B、レーン3対4）。SEMA3Fはまた、mTORC2活性の他の公知の標的である（23）、pSGK1（S422）およびpPKC（S657、図28Bおよび図35A）を阻害した。
【０１６５】
SEMA3Fの主たる生物学的効果がmTORC2複合体形成に対するものかどうかをさらに評価するため、次にU87MG細胞を、このキナーゼの構成的に活性な形態をコードするようT308およびS473部位を変異させた2DAktでトランスフェクトした（36,37）。ECにおける2DAktの過剰発現は、mTORC1の活性化をもたらし、ラパマイシンは、2DAktにより誘導されるシグナル応答を阻害した（37）。同様に、2DAktのトランスフェクションは、U87MG細胞において、対照トランスフェクト体との比較でpS6KおよびpS6の発現レベルを誘導した（図29D、レーン1対4）が、SEMA3Fによるトランスフェクト細胞の処置後には発現の変化がなかった。SEMA3Fが2DAktトランスフェクト体においてpAkt（S473）のレベルを減少させることも見出された（図35A）。さらに、免疫沈降によって、SEMA3Fによる2DAktトランスフェクト細胞の処置は、mTOR/リクター相互作用を阻害し（図35B）、これはmTORC2アセンブリに対するその主要な効果と一致する。まとめると、これらの結果は、SEMA3F/NRP2/プレキシンA1相互作用がmTORC2/Akt活性の阻害に関して直接的な効果を有することを実証している。
【０１６６】
mTORC2はSEMA3Fの生物学をF-アクチン細胞骨格と結びつける。次に、mTORC2の阻害が、SEMA3F活性を細胞骨格崩壊と結びつける中間応答として機能するかどうかを決定した。U87MG細胞を、SEMA3F（640 ng/ml）、ラパマイシン（10 nM）またはトリン1（10 nM）のいずれかで30分間処置し、アクチン細胞骨格を、ファロイジン染色を用いて可視化した。SEMA3Fは、未処置細胞と比較してストレスファイバー形成および細胞骨格再構成を顕著に阻害した（図30A、p＝0.002）。さらに、同様の効果が、mTORC1/C2阻害剤トリン1による処置後の細胞において観察された（p＝0.01）。対照的に、mTORC1阻害剤ラパマイシンによる処置は、いかなる細胞骨格変化も誘起しなかった（図30A、図35A〜35B）。また、SEMA3FはpcDNA3.1対照ベクタートランスフェクト細胞においてストレスファイバー形成を90％阻害したが、それはmTOR過剰発現コンストラクトでトランスフェクトされたU87MG細胞におけるストレスファイバー形成に対しては最小の効果しか有さなかった（図30B）。これらの発見は、SEMA3FがmTORC1に対して最小の直接的効果しか有さないことを示している。この解釈と同様、ラプターのノックダウンもまた、ストレスファイバー形成および細胞骨格崩壊に対して最小の効果しか有さなかった（図30C）。しかし、SEMA3Fは、ラプター-siRNA処置細胞においてストレスファイバー形成を減少させ（図30C）、そして注目すべきは、リクター単独のsiRNAノックダウンが崩壊を誘起するのに十分であったことである（p＝0.02）。これらのデータは、mTORC2がSEMA3F誘導性の細胞骨格崩壊を調節する中間体として機能することを示唆している。
【０１６７】
RhoA活性（39）を、mTOR過剰発現コンストラクトでトランスフェクトしたU87MG細胞においてロテキン（rhotekin）プルダウンアッセイを用いて測定した（図30D）。RhoA活性は、対照pcDNA3.1トランスフェクト細胞においてSEMA3Fによって抑制された（88％）が、mTORを過剰発現する細胞においては活性が部分的に救済された（55％）。加えて、（上記の）siRNAを用いて、リクターのノックダウンがRhoA活性を弱めるが、ラプターのノックダウンではそうならないことが見出された（図30E）。まとめると、これらの観察は、SEMA3F/NRP2/プレキシンA1相互作用によるmTORC2活性の阻害がRhoAを不活性化させるよう機能し、それによって細胞骨格崩壊をもたらすことを実証している。したがって、SEMA3FによるmTORC2活性の上流の調節は、複数の生物学的応答を標的化する能力を有する。
【０１６８】
SEMA3FはmTOR経路を通じて低酸素誘導VEGF産生を阻害する。VEGFの局所的発現および調節は、多くの生理学的および病理学的プロセスの鍵となる（40,41）。これらの発見は、SEMA3FがmTORキナーゼ活性を標的化するその能力を通じてVEGFの転写活性化を標的化することができることを示している（36,42）。VEGF発現の調節に対するSEMA3Fの効果を試験するため、U87MG細胞を全長2.6 kb VEGFプロモーター・ルシフェラーゼコンストラクトでトランスフェクトし、これを低酸素模倣剤デスフェリオキサミン（DFO）または低酸素（1％O2）に曝露した。DFO処置はVEGFプロモーター活性を誘導し（16倍、p＜0.001）、これはSEMA3F（30分間の前処置、図31A）によって部分的に阻害される（43％、p＜0.005）ことが見出された。VEGFプロモーター活性はまた、（予想された通り43）1％O2下での18時間の培養後に増加し（図31B）、ここでも、VEGFプロモーター活性は、SEMA3F処置後に減少した（44％、p＜0.05）が、基準レベルまでは減少しなかった。mTORC1/C2に対するSEMA3Fの相対的効果を試験するため、U87MG細胞を2DAktコンストラクトおよび全長VEGFプロモーターレポーターコンストラクトで一過的に共トランスフェクトし、この細胞をSEMA3Fの非存在下または存在下で培養した。SEMA3Fは、DFO処置後の2DAktトランスフェクト細胞においてVEGFプロモーター活性を弱めないことが見出された（図31C）。最後に、（ELISAにより）条件培地へのVEGFの分泌に対するSEMA3Fの効果をDFOの非存在下または存在下で決定した。DFOは、VEGF産生を顕著に増加させた（未処置細胞との比較で160％、p＜0.001（データ示さず））。さらに、DFOにより誘導されるVEGFタンパク質の分泌は、SEMA3F、mTORC1阻害剤ラパマイシン（mTORC1/C2を標的化するため18時間）によっておよびmTORC1/C2阻害剤トリン1によって有意に減少した（図31D、p＜0.01）。ラパマイシンおよびSEMA3Fによる細胞の同時処置は、VEGF産生をさらに抑制しなかったが、SEMA3Fおよびトリン1の組み合わせは、SEMA3Fまたはトリン1単独と比較して若干（しかし有意にp＜0.05）VEGFレベルを阻害した（図31D）。まとめると、これらの発見は、SEMA3Fが、部分的にmTOR活性の調節を通じて誘導性VEGF発現を抑制することを示している。
【０１６９】
SEMA3FはインビボでU87MG腫瘍の成長および血管新生を阻害する。我々のシグナル研究のインビボ関連性を決定するため、腫瘍成長に対するSEMA3Fの効果を、十分に確立された異種移植モデルにおいて評価した（5,44,45）。1つのアプローチにおいて、親U87MG細胞またはSEMA3Fを構成的に過剰発現するよう改変されたU87MG細胞をヌードマウスに皮下移植し（1 x 106/マウス）、腫瘍サイズ（mm3）を3週間の期間にわたって示された時点で測定した。親細胞との比較で、SEMA3F産生細胞が移植された場合に本質的に腫瘍成長が見られないことが見出された（p＜0.0005、図32A）。さらに、CD31発現ECの免疫組織化学分析は、親U87MG腫瘍に多数の血管が存在すること（図32B）、それに対して、U87MG/SEMA3F由来腫瘍内の毛細血管は収縮し、識別可能な管腔を有さないこと（図32B）を示した。第2のアプローチは、ヌードマウスの皮膚に1 x 106個のU87MG細胞を注射するものであり、2日後にマウスにHisタグ付加したヒトSEMA3Fをコードするアデノウイルス（Ad-3F）または対照アデノウイルス（Ad-Cont）の1回の静脈内注射を行った。マウスへのAd-3Fの注射（1 x 109 pfu）は、30日の期間にわたっていかなる毒性も生じず、マウスは体重を増加させ、典型的な挙動は通常通りであった。ウェスタンブロット分析は、Ad-3Fの投与が肝臓において高レベルのSEMA3F産生をもたらしたこと（図32C）およびELISAによって、血清におけるSEMA3Fレベルが測定可能であったことを示した。SEMA3Fタンパク質の循環血清レベルは、アデノウイルス投与後第8日（腫瘍細胞注射後第10日）に最大に達し、第14日の実験の最後まで持続した（平均26 ng/ml、n＝4）。したがって、このアプローチは、腫瘍成長がマウスにおいて確立した後の時点で循環SEMA3F産生を開始させることができる。腫瘍容積は、Ad-Cont処置マウスにおいて第14日までに400 mm3に達したのに対して、Ad-3Fを注射したマウスにおいては14日の期間にわって腫瘍成長が最小限であった（p＜0.0001、図32C）。免疫染色によって、Ad-3F処置マウスから収集された腫瘍内のCD31発現毛細血管に著しく混乱した表現型が見られ、大部分の血管腔が明確でなかった（図32D）。さらに、ウェスタンブロット分析によって、pAkt、pmTORおよびpS6Kレベルが、Ad-Cont処置マウスとの比較でAd-3F処置後の腫瘍において抑制されることが見出された（図32E）。したがって、2つの大きく異なるアプローチにおいて、SEMA3F投与（局所および／または全身）は、同様の抗腫瘍効果を有する。まとめると、これらの結果は、SEMA3FがAkt/mTORシグナル伝達経路を阻害することによって腫瘍成長および血管新生を阻害することを実証している。
【０１７０】
考察
セマフォリンは当初、軸索誘導および経路探索のメディエーターであることが示され、それらはその後、血管のホメオスタシスおよび腫瘍の発展を調節することが見出された（1,2）。これらの研究において、SEMA3Fは、強力なmTOR阻害剤として定義され、その効果は、PI-3K活性ならびにmTOR/リクターおよびmTOR/ラプター複合体の構築の阻害を通じて伝達される。その機能的効果はNRP2-プレキシンA1受容体との相互作用を通じて伝達されることも見出されている。SEMA3FによるmTORの調節は、T細胞、内皮細胞および腫瘍細胞株を含む様々な細胞型において見出されており、そのすべてが細胞の活性化、分化および増殖のためにこのシグナル伝達経路を利用することが十分に確立されている。これらの発見は、SEMA3Fの生物学が、癌および慢性炎症に関連する疾患、例えば同種移植拒絶を含む多くの生理学的および病理学的状態に幅広く関連することを示している。
【０１７１】
mTORC1の細胞内調節に関しては多くの事が知られているが、それと比べるとmTORC2活性の上流調節に関してはほとんど知られていない。C.エレガンスにおいて、無脊椎動物セマフォリン・プレキシン相互作用は、TORとリクターの会合を減少させるが、TOR/ラプターの会合を促進し、それによって4EBP-eIF4F経路を通じたmRNA翻訳をもたらすことが示されている14。対照的に、哺乳動物細胞において、本研究は、SEMA3FがmTORC2活性を選択的に標的化する特有の可溶性リガンドとして、したがって細胞活性化後の解消促進因子として機能することを示している。例えば、mTORC1を活性化させる2DAktによるNRP2発現細胞株のトランスフェクションは、SEMA3FがmTORとラプターの間の会合（データ示さず）またはS6KおよびS6のリン酸化／活性化に対して最小の効果しか有さないことを実証した。加えて、SEMA3F応答は、主としてmTORC1を標的化することが公知であるラパマイシンを用いた短時間処置後に観察されるそれと顕著に異なる。対照的に、様々なアッセイにおいて、細胞活性化および細胞骨格崩壊に対するSEMA3Fの阻害効果は主としてmTORC2に対するその効果を通じて伝達され、トリン1（mTORC1/C2の薬理学的阻害剤）による処置後に観察されるそれに類似することが見出された。
【０１７２】
重要なことは、SEMA3FがmTORC2の活性化において機能することが報告されているPI-3K活性を減少することも見出されたことである46,47。したがって、SEMA3Fは、PI-3Kの上流阻害を通じてmTORC2を不活性化させる可能性がある。別の関連するファミリーメンバーであるNRP1は、PI-3Kの負の調節因子であるphosphatase and tensin homologue deleted on chromosome ten (PTEN)に結合してこれを活性化する（7）。学説により拘束されることを望まないが、SEMA3FによるNRP2の連結はPTENを動員することができ、その後これがPI-3K活性を調節する中間体として機能することが想定される。この可能性と一致して、PTENはヒト臍静脈ECにおいてNRP2と共に共免疫沈降することが見出された（HUVEC、図36A）。さらに、プレキシンA1のsiRNAトランスフェクションおよびノックダウン後に、免疫沈降によって、PTENはNRP2との会合を維持しており（図36B）、これによりHUVECにおけるPTENと（プレキシンA1ではなく）NRP2の間の直接的相互作用が示唆された。さらに、SEMA3Fは、HUVECにおけるPTENのsiRNAノックダウン後にpAkt発現を阻害しなかった（図36C）。これらの発見は、NRP2へのPTENの動員がPI-3K/Akt/mTORシグナルに対するその調節効果のメカニズムであることを強く示唆している。
【０１７３】
しかし、U87MG、U251およびJurkat細胞は、比較的PTEN欠乏性であることが報告されており（48,49,50）（図34Cを参照のこと）、このことは、SEMA3FがまたPTEN非依存的なメカニズムを通じてその調節応答を誘起し得ることを示している。実際、予想された通り、PTENは、U87MG細胞においてNRP2と共沈しなかった（データ示さず）。この目的で、NRP2シグナルを機械的にPI-3K活性とリンクする能力を有する他のアダプターをスクリーニングした。これらは、GIPC1（GAIP/RGS19相互作用タンパク質、ニューロピリン相互作用タンパク質またはシネクチンとしても公知、図36D）（51,52,53）、他のGIPCファミリーメンバー（52）およびDEPドメイン含有mTOR相互作用タンパク質（DEPTOR）（32,54）を含む。しかし、これらのアダプターのsiRNAノックダウンは、pAkt発現に対するSEMA3Fの調節効果を変更しなかった（データ示さず）。mTOR/AktとMAPKシグナルに対するSEMA3Fの効果の間のクロストークを評価した。薬理学的MEK阻害剤U0126は、pAktのレベルに対するSEMA3Fの調節効果を調整せず、Akt-mTORシグナルに対するSEMA3Fの阻害効果がMAPK非依存的であることが示された（図36E）。したがって、SEMA3F-NRP2相互作用は、正常細胞の一次培養物においてPI-3KおよびmTORC2を調節するためにPTENを動員し得る一方、さらなるアダプター／キナーゼもまたこの応答において機能し得る。
【０１７４】
SEMA3Fを含む軸索誘導分子のセマフォリンファミリーは、アクチン細胞骨格ストレスファイバーの同時再構成から生じる神経成長円錐の崩壊を促進することが十分に確立されている。SEMA3Fは、インビトロおよびインビボでの腫瘍細胞およびECの接着、拡散および運動性の強力な阻害剤である（5,6）。加えて、SEMA3Fは、24時間以内にU87MG細胞においてアポトーシスを誘導しない6。腫瘍および血管内皮細胞において、SEMA3FはRhoAを不活性化し、それによって細胞骨格ストレスファイバー形成を阻害する6,12。mTORC2がこの応答の中間体であり、RhoAの不活性化に不可欠であることが本明細書で実証されている。例えば、SEMA3F処置は、（mTORC1を誘導する）mTORによる細胞のトランスフェクション後に細胞崩壊をもたらし、このことはこの効果がmTOR非依存的であるおよび／またはmTORC2の標的化を伴うのいずれかであることを示唆している。mTORC2に対する効果と一致して、リクターのsiRNAノックダウンおよびmTORC2阻害剤トリン1によるU87MG細胞の処置は、一貫して、SEMA3F処置後に観察されるように、ストレスファイバーの数を減少させる。さらに、SEMA3Fは、ラプター siRNA（mTORC1）ノックダウン細胞においてストレスファイバーの数を減少させた。重要なことは、SEMA3Fがさらに、リクター siRNA処置細胞においてもストレスファイバーを減少させたことであり、このことはSEMA3Fが部分的にmTORC2を通じておよび部分的にABL2/p190RhoGAP経路を通じてRhoAを不活性化させる可能性があることを示している（図33）。mTORC2はRho GTPaseファミリーと相互作用し、F-アクチン細胞骨格の再組織化を媒介することが報告されている（18,55)が、この効果は、NRP2により誘導されるシグナルの刺激を通じて標的化され得ることが本明細書で実証されている。
【０１７５】
AktのmTORC2依存的活性化は、内皮細胞内でのVEGFの転写活性化において機能する（36）。VEGFは、腫瘍成長を増進する血管新生促進因子としておよび慢性炎症に関連して白血球化学誘引物質として機能する（43）。SEMA3FはmTORC2活性を標的化するので、それがVEGFの誘導性発現に対して何らかの生物学的影響を有するかどうかも評価した。SEMA3Fは、mTORC2およびmTORC1の両方の阻害を通じて誘導性VEGF発現を顕著に阻害することが見出された。しかし、SEMA3Fは、mTORC1活性化を誘導する2DAktコンストラクトによる細胞のトランスフェクション後にVEGFのトランス活性化を阻害しない。SEMA3Fもしくはラパマイシン（mTORC1/C2の両方を阻害する長期的処置）またはmTORC1/C2阻害剤トリン1のいずれかによる処置は、U87MG細胞において、VEGF発現の同程度のレベルの阻害をもたらすことも見出された。SEMA3Fとラパマイシンの組み合わせの付加的な阻害効果は見られず、SEMA3Fおよびラパマイシンが同じシグナル伝達経路を標的化することが示唆された。しかし、驚くべきことに、SEMA3Fは、VEGF発現に対するトリン1の阻害効果を部分的に増進した。このこは、これらの研究において使用されたトリン1の用量がmTORC2を完全に阻害するのに十分でなかったことを示唆している可能性があり、あるいは、トリン1がさらなるSEMA3Fにより誘起される調節メカニズムを明らかにする可能性がある。SEMA3F単独は、それがECのVEGFにより誘導される増殖を阻害することが以前に報告されている（56）にもかかわらず、VEGF発現を基準レベルまで阻害しないことに留意されたい。そうであったとしても、これらの新たな発見は、SEMA3Fのこの抗VEGF効果がインビボでのその生物学的効果、例えばその腫瘍成長阻害能に関する我々の過去（5,6）および現在の観察、にとっても非常に重要であり得ることを示唆している。
【０１７６】
腫瘍細胞、例えば肺、脳および乳癌細胞におけるSEMA3Fの過剰発現は、異種移植マウスモデルにおいて腫瘍の進展および血管新生を有意に阻害する（5,13,44,45,57）。これらの研究において、対照またはSEMA3F産生U87MG細胞を、ヌードマウスに皮下移植し、SEMA3Fの発現が腫瘍成長および血管新生を強く阻害することが見出された。さらに、腫瘍が発生した後の腫瘍成長および血管新生に対する高レベルの循環SEMA3Fタンパク質の効果を評価するためにアデノウイルスを使用した。最も注目すべきは、循環SEMA3Fが腫瘍成長を顕著に阻害したことである。しかし、細胞骨格に対する公知のSEMA3Fの効果（6）のように、成長する腫瘍内の新生血管はすべて、劇的に崩壊した表現型を有していた。加えて、SEMA3F処置マウス由来の腫瘍の溶解産物は、インビトロでのその効果と同様に、pAkt、pmTORおよびpS6Kのレベルの減少を示した。したがって、インビボモデルにおいて、SEMA3Fは、腫瘍内でのVEGF分泌の抑制およびAkt-mTORシグナルの直接的阻害の両方を通じてならびに血管新生を阻害する内皮細胞に対する効果を通じて腫瘍成長に対して大きな影響を有すると考えられる。また、2つの異なるアプローチ（腫瘍による局所過剰発現および全身投与）によって得られた腫瘍成長の顕著な阻害は、SEMA3Fがインビボで強力なmTOR阻害剤であることを確認するものである。
【０１７７】
これらの発見は、SEMA3F-NRP2相互作用が細胞内PI-3K活性、mTORC2依存的シグナル、RhoA活性および細胞骨格ストレスファイバー形成を阻害することを実証している。SEMA3Fはまた、インビトロで転写およびタンパク質の両レベルでVEGFの誘導性発現を阻害し、かつインビボで強力な抗腫瘍効果を有する。SEMA3Fは、細胞活性化後の解消を促進するよう機能する分泌型生理学的mTOR阻害剤である。これらの発見は、治療目的での、例えば慢性免疫媒介疾患、同種移植拒絶または血管新生関連病理、例えば腫瘍成長および進行を標的化するためのSEMA3Fの使用を含む、幅広い臨床的暗示を有している。
【０１７８】
方法
抗体および試薬：抗体、ウサギモノクローナル抗ホスホ-Akt（Thr308）抗体（＃2965）；マウスモノクローナル抗ホスホ-Akt（Ser473）抗体（＃4051）；ウサギポリクローナル抗Akt抗体（＃9272）；ウサギポリクローナル抗ホスホ-Erk1/2（Thr202/Tyr204）抗体（＃9101）；マウスモノクローナル抗Erk1/2抗体（＃4696）；ウサギモノクローナル抗ホスホ-S6K（Thr389）抗体（＃9234）；ウサギモノクローナル抗S6K抗体（＃2708）；ウサギモノクローナル抗ホスホ-S6（Ser235/236）抗体（＃4856）；マウスモノクローナル抗S6抗体（＃2317）；ウサギモノクローナル抗ホスホmTOR（Ser2448）抗体（＃5536）；ウサギポリクローナル抗mTOR抗体（#2972）；ウサギポリクローナル抗プレキシンA1抗体（＃3813）；ウサギモノクローナル抗ラプター抗体（＃2280）；ウサギモノクローナル抗RhoA抗体（＃2117）；ウサギモノクローナル抗PTEN抗体（＃9188）はすべて、Cell Signaling Technology (Danvers, MA)から購入した。ヤギポリクローナル抗ホスホ-SGK（S422, sc-16745）；マウスモノクローナル抗NRP2抗体（C-9, sc-13117）；ヤギポリクローナル抗GIPC抗体（N-19, sc-9648）は、Santa Cruz Biotechnology, Inc (Dallas, TX)から購入した。ウサギポリクローナル抗リクター抗体（A300-458A）は、Bethyl Laboratories, Inc (Montgomery, TX)から購入し、マウスモノクローナル抗β-アクチン抗体（AC-15）は、Sigma-Aldrich (St. Louis, MO）から購入した。
【０１７９】
VEGF-A（DVE00）ELISAキットは、R&D Systems (Minneapolis, MN）から入手した。PI3-Kinase Activity ELISA (K-1000s)は、Echelon Biosciences (Salt Lake City, UT）から購入した。mTOR阻害剤ラパマイシンおよびトリン1は、それぞれLc Laboratories (Woburn, MA）およびR&D Systemsから購入した。デスフェリオキサミン（DFO）は、Sigma-Aldrichから購入し、MEK阻害剤（U0126）は、EMD-Millipore (Billerica, MA）から購入した。pGL4.74[hRluc/TK]ベクター（Promega Madison, MI）を、ルシフェラーゼアッセイにおける内部対照として使用した。
【０１８０】
細胞培養：U87MGおよびU251ヒト膠芽腫細胞、腎臓293細胞および293T細胞、ならびにJurkat Tリンパ球は、American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA）から入手し、推奨されるように10％ FBS（Denville Scientific, Inc., South Plainfield, NJ）および1％ L-グルタミン／ペニシリンG／硫酸ストレプトマイシン（1％ GPS, Life Technologies）を含む培地中で培養した。HUVECは、Lonza (Walkersville, MD)から購入し、EGM2 SingleQuotを補充したEBM2培地中で培養した。ヒトメラニン形成細胞（HEMn-LP, Life Technologies)は、37℃の5％CO2インキュベーター内で、Human Melanocyte Growth Supplement (Life Technologies)を補充したMedium 254を用いて維持した。すべての低酸素実験において、細胞を、37℃、1％O2の低酸素チャンバー（Heracell, Thermo Scientific, Hudson, MH）内で培養した。
【０１８１】
ヒト組み換えSEMA3F：全長、His-Mycタグ付加ヒトSEMA3Fコンストラクトを、FuGENE HD Transfection Reagent（Roche, Basel, Switzerland）を用いて293T細胞にトランスフェクトした。培養培地中に分泌したSEMA3Fを、HiTrap（商標）HP Chelatingカラム（GE Healthcare Bio-Sciences Corp., Pittsburgh, PA)上で精製した（60）。
【０１８２】
ホスホキナーゼアレイ：Human Phospho-Kinase Array Kit (ARY003)を、R&D Systemsから入手した。U87MG細胞を、細胞骨格崩壊を誘導しRhoA活性を阻害することが以前に見出されたSEMA3Fで処置した（6）。U87MG細胞は、以前は、U87MG細胞およびHUVECにおいて形態学的変化を誘導し細胞遊走を阻害することが見出された320 ng/mlのSEMA3Fで処置された。これらの結果と一致して、我々は、SEMA3Fが（最低濃度である200 ng/mlでさえも）pAktおよびpS6Kシグナルを阻害することを見出している（図34D）。しかし、他の細胞型において、この濃度はこれらのシグナルを抑制する上で最適以下であることが見出された。したがって、SEMA3Fシグナル伝達経路を分析するために、640 ng/mlの濃度が最適化された。細胞溶解産物を、SEMA3F処置から30分後に回収し、リンタンパク質のレベルを、このアッセイを製造元の指示にしたがい用いて分析した。
【０１８３】
ウェスタンブロット：各サンプル中のタンパク質をSDS-PAGEによって分離し、ニトロセルロースメンブレンに転写した。このメンブレンをTBS-T（トリス緩衝生理食塩水［TBS］中0.1％Tween 20）中4％スキムミルクで30分間ブロックし、その後に一次抗体と共にインキュベートした。TBS-Tで洗浄した後、メンブレンを適当なセイヨウワサビペルオキシダーゼ結合二次抗体と共にインキュベートし、免疫反応性を、ECL検出試薬を使用することによって検出した。
【０１８４】
免疫沈降：細胞溶解産物を、4℃で一晩、適当な抗体を用いて免疫沈降させた。Protein G-Sepharose 4 Fast Flowビーズ（GE Healthcare）を各サンプルに添加し、4℃で1時間混合した。サンプルをSDSサンプル緩衝液に溶解させ、5分間沸騰させた。
【０１８５】
F-アクチン染色：細胞を4％パラホルムアルデヒド（PFA）で固定し、その後にPBS中0.2％ Triton X-100を用いて透過処理した。F-アクチンおよび核を、それぞれAlexa Fluor 488ファロイジンおよびHoechst 33342で染色した。各培養物の3〜5つの領域の共焦点画像を検証し、記載されるような標準的方法を用いて代表的な個々の細胞（約5個／実験）においてストレスファイバーを計数した6。
【０１８６】
RhoA活性：RhoA活性を、ロテキンプルダウンに基づくRhoA活性化アッセイキットを製造元の指示（Cytoskeleton, Denver, CO）にしたがい用いることによって測定した。
【０１８７】
RNA干渉：siRNA（20 nM）のトランスフェクションを、siLentFect Lipid Reagent (Bio-Rad, Hercules, CA)を製造元のプロトコルにしたがい用いて行った。対照siRNA（Silencer Negative Control #2 siRNA）をLife Technologiesから購入した。ON-TARGETplus（商標）Human NRP2 siRNAをThermo Scientific (Hudson, NH)から購入し、プレキシンA1 (Hs_PLXNA1_3)、リクター (Hs_RICTOR_5)、PTEN (Hs_PTEN_6)およびGIPC1 (HS_RGS19IP1_1) siRNAをQiagen (Valencia, CA)から、そしてラプター siRNA (sc-44069)をSanta Cruz Biotechnology, Inc (Dallas, TX)から購入した。概ね、siRNAトランスフェクションは、アッセイ前の48時間の間に行った。
【０１８８】
トランスフェクションおよびルシフェラーゼアッセイ：U87MG細胞を、Lipofectamine 2000試薬（Life Technologies）を製造元の指示にしたがい用いて示されるようなプラスミドコンストラクト（pcDNA3.1、WT mTOR、2DAkt、VEGFルシフェラーゼレポータープラスミドまたはpGL4.74[hRluc/TK]）で一過的にトランスフェクトした。18時間後、細胞を各実験デザインにまとめられているように処置した。VEGFプロモーター活性を、Dual-Luciferase Reporter Assay System (Promega)を用いて分析し、ルシフェラーゼ活性を内部対照としてのウミシイタケルシフェラーゼによって標準化した。
【０１８９】
アデノウイルス：組み換え対照（＃000047A）およびヒトSEMA3F-His（＃129755A）アデノウイルスをApplied Biological Materials, Inc. (Richmond, Canada)から購入した。各アデノウイルスを、293細胞を用いて増幅し、そしてFast Trap Adenovirus Purification and Concentration Kit (EMD-Millipore)を用いて精製した。アデノウイルスの力価は、Adeno-X（商標）Rapid Titer Kit (Clontech Laboratories, Inc., Mountain View, CA)によって決定した。1 x 1010 pfu/mlを超える力価のアデノウイルスを得た。
【０１９０】
腫瘍異種移植モデル：親U87MG細胞またはヒトSEMA3F安定U87MGクローン（1 x 106／注射）をヌードマウス（オス、8〜10週齢）に皮下投与した。1つのモデルにおいて、腫瘍サイズを、標準的なカリパスを用いて3〜4日ごとに測定した。第24日にマウスを屠殺し、腫瘍を取り出した。第2のモデルにおいて、親U87MG細胞をヌードマウスに皮下投与した。パイロット研究において、SEMA3Fをコードするアデノウイルス（Ad-3F)または対照アデノウイルス（Ad-Cont）を、腫瘍細胞注射（1 x 106 U87MG細胞／注射）の3日前に尾静脈を通じて静脈内注射し、我々は、Ad-3Fグループのすべての腫瘍が成長しなかったことを観察した（データ示さず）。したがって我々は我々のアプローチを見直し、腫瘍成長が循環内での最大SEMA3F産生の前（おおよそ投与後第8〜10日、データ示さず）に開始されるよう、Ad-3Fの投与を腫瘍注射後第2日まで遅らせた。腫瘍サイズを、標準的なカリパスを用いて一日おきに測定し、血清サンプルを第5および8日に尾静脈から回収し、マウスを、腫瘍、肝臓および血清サンプルを回収した第14日に屠殺した。SEMA3Fの産生を、抗His/抗SEMA3F抗体を用いた肝臓のウェスタンブロット分析によっておよびMyBioSource（San Diego, CA）製のヒトSEMA3F ELISAキット（MBS454602）を用いたSEMA3Fの血清レベルの分析によって確認した。
【０１９１】
免疫組織化学：パラフィン包埋切片を脱パラフィン処理し、0.2 M Tris緩衝液（pH 7.2）中、37℃で30分間、プロテイナーゼK（36μg/ml）を用いて活性化させ、免疫組織化学染色用に処理した。免疫組織化学を、抗マウスCD31抗体（BD Biosciences, San Jose, CA）、VectaStain Kit（Vector, Burlingame, CA）およびTyramide Signal Amplification（TSA）Biotinシステム（NEN Life Science Products, Boston, MA）を製造元の指示にしたがい用いて行った。
【０１９２】
統計分析：すべてのアッセイを、少なくとも3回独立して行った。結果は、平均±標準偏差（SD）として表されている。スチューデントt検定を用いてグループを比較し、p値＜0.05を統計的に有意とみなした。
【０１９３】
参考文献
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2017518307.tif 000004
2017518307.tif 000005
2017518307.tif 000006
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【０１９４】
実施例13
Sema3Fの免疫調節機能を、図2に示される第5日に、移植後の早期の時点でのTregの表現型を試験することによって評価した。FACSによっておよび要約（図37）の下パネルに示されるように、CD3、CD4、CD8およびTregに関して違いは観察されない。
【０１９５】
実施例14
CD4+ Tエフェクター細胞の分化をNRP-2ノックアウトおよび条件付きノックアウトにおいて試験した。分化は、NRP-2ノックアウトCD4+ T細胞において促進される（図39）。データは、NRP-2がエフェクターT細胞の拡張を阻害することを示している。
【０１９６】
実施例15
マイナーMHC不一致B6.C-H2bm12ドナー心臓をC57BL6(WT)またはNRP-2 KOレシピエントに移植し、生存を決定した。NRP-2欠損は、心臓同種移植拒絶を促進する（図40）。
【０１９７】
実施例16
インビボでのNRP-2リガンドSema3Fの効果を研究するため、Sema3Fを含むアデノウイルスまたは空の対照を、心臓移植モデルのマウスに投与した。Sema3Fベクターは、肝臓においてSema3Fの産生を増加させた。Sema3Fレベルは、投与後第14日に最大に達する（図41）。
【０１９８】
（表１）
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０−１】
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【図１０−２】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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