(57)【要約】  微生物は、哺乳動物に有益な生体分子を発現するように、及び／又は、有害な毒性因子の発現を低減又は除去するように遺伝子組み換えされていてもよい。そのような遺伝子組み換えされた微生物の増殖及び生存可能性は、任意に、それら微生物の増殖及び生存に必要なタンパクの発現を制御する誘導プロモータによってコントロールすることができる。そのような遺伝子組み換えされた微生物含む組成物並びにそれを作成する方法及びそれを使用する方法が本明細書に開示されている。【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインをコードする核酸を含むプロピオニバクテリウム属の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２】
請求項１に記載のプロピオニバクテリウム属の遺伝子組み換えされたバクテリアを含む組成物。
【請求項３】
前記成長因子はホルモンである、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項４】
前記成長因子はヒト又はウシのホルモンである、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項５】
前記成長因子はソマトトロピンである、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項６】
前記ソマトトロピンは配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９を含む、請求項５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項７】
前記成長因子はバクテリアによって分泌される、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項８】
前記成長因子はヒト成長因子である、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項９】
請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて、
前記成長因子は、形質転換成長因子ベータ（ＴＧＦ−β）、血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、インシュリン様増殖因子１（ＩＧＦ１）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、顆粒球単球コロニー刺激因子（ＧＭＣＳＦ）及び上皮成長因子（ＥＧＦ）からなる群から選択されるバクテリア。
【請求項１０】
請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて、
前記成長因子は、配列番号６９に対する配列番号６３のいずれか１つを含む形質転換成長因子、又は配列番号７０を含む肝細胞成長因子である。
【請求項１１】
前記成長因子は、配列番号７１から配列番号９１のいずれか１つを含む血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）である。請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１２】
前記成長因子は、配列番号９３から配列番号１０２のいずれか１つを含む血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）である、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１３】
前記成長因子は、配列番号１０３から配列番号１０６のいずれか１つを含む上皮成長因子（ＥＧＦ）である、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１４】
前記成長因子は、配列番号１０７から配列番号１４４のいずれか１つを含む繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）である、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１５】
前記バクテリアは哺乳類のサイトカインを分泌する、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１６】
前記哺乳類サイトカインは免疫抑制性のサイトカインである、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１７】
前記哺乳類のサイトカインがヒトのサイトカインである、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１８】
前記サイトカインは、インターロイキン１０（ＩＬ−１０）、インターロイキン６（ＩＬ−６）、インターロイキン７（ＩＬ−７）及びインターロイキン８（ＩＬ−８）からなる群から選択される、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項１９】
前記サイトカインは、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される、請求項１５の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２０】
前記哺乳類のサイトカインはＩＬ−１０を含む、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２１】
前記ＩＬ−１０は配列番号２５を含む、請求項２０に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２２】
請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて、
前記プロピオニバクテリウム属は、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アシディファシエンス（ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アシディプロピオニッチ（ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・オーストラリエンセ（ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アヴィドゥム（ａｖｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・シクロヘキサニカム（ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｉｃｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・フロイデンライシイ（ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・フロイデンライシイ（ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・グラニュロスム（ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・イエンセニイ（ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ミクロアエロフィルム（ｍｉｃｒｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・プロピオニクム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）及びプロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ソエニアンド（ｔｈｏｅｎｉｉａｎｄ）からなる群から選択される種を含むバクテリア。
【請求項２３】
前記種はプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アクネス（ａｃｎｅｓ）である、請求項２２に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア、
【請求項２４】
前記プロピオニバクテリウム・アクネスの株はＣＲＩＳＰＲ配列を含む、請求項２２に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２５】
前記プロピオニバクテリウム・アクネスの株は前記プロピオニバクテリウム・アクネスの株タイプＩＩリボタイプ６である、請求項２４に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２６】
前記核酸は、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインの発現を制御するように構成された誘導プロモータを含む、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２７】
前記核酸は、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインの発現を指令する内在性プロモータによってコントロールされる、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア、
【請求項２８】
前記核酸は、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインの発現を指令ように構成された内在性プロモータを含む、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項２９】
前記誘導プロモータ又は内在性プロモータは、ｌａｃＺプロモータ若しくはｌａｃＺオペロン又はアラビノースオペロンプロモータを含む、請求項２７又は２８に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３０】
哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインをコードする核酸は、病原性のタンパクをコードする内因性遺伝子のすべて又は一部に挿入されている、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３１】
内因性タンパクの発現を実質的に低減又は除去する、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３２】
病原性のタンパクの発現を実質的に低減又は除去する、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３３】
前記病原性のタンパクは細胞内毒素及び／又は細胞外毒素を含む、請求項３２に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３４】
前記内因性の病原性タンパクは、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＤＰＨ）タンパク又はｃＡＭＰタンパクを含む、請求項３２に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３５】
必須タンパクの発現を制御する誘導プロモータを含む、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３６】
前記必須タンパクは、染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ及びｓｏｄＡからなる群から選択される、請求項３５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３７】
前記誘導プロモータは糖によって誘導可能である、請求項３５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３８】
前記糖はラクトースまたはアラビノースである、請求項３７に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項３９】
前記誘導プロモータはアミノ酸によって誘導可能である、請求項３５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項４０】
前記誘導プロモータは合成アミノ酸によって誘導可能である、請求項３５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項４１】
前記バクテリアが複数の遺伝子修飾を有する、請求項１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア。
【請求項４２】
前記バクテリアが複数の遺伝子修飾を有する、請求項１に記載の複数の遺伝子組み換えされたバクテリアを含む組成物。
【請求項４３】
前記バクテリアは、１）内因性タンパクの発現が実質的に低減又は除去される修飾、及び、
２）必須タンパクの発現を制御する誘導プロモータを有する、請求項４１に記載の遺伝子組み換えされたバクテリア又は請求項４２の組成物。
【請求項４４】
プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アクネス（ａｃｎｅｓ）種の遺伝子組み換えされたバクテリアであって、
ａ）哺乳類の成長因子であって、分泌されるものである哺乳類の成長因子、及び、
ｂ）染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ及びｓｏｄＡからなる群から選択される必須タンパクの発現を指令する誘導プロモータであって、内因性のＣＡＭＰ２及び／又は内因性のＧＡＤＰＨタンパクの発現を遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて実質的に低減又は除去するものを含む、バクテリア。
【請求項４５】
プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アクネス（ａｃｎｅｓ）種の遺伝子組み換えされたバクテリアであって、
ａ）ヒトＩＬ１０であって、分泌されるものであるＩＬ１０、及び、
ｂ）染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ及びｓｏｄＡからなる群から選択される必須タンパクの発現を指令する誘導プロモータであって、内因性のＣＡＭＰ２及び／又は内因性のＧＡＤＰＨタンパクの発現を遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて実質的に低減又は除去するものを含む、バクテリア。
【請求項４６】
請求項４４又は４５に記載の遺伝子組み換えされたバクテリアを含む組成物。
【請求項４７】
前記組成物は哺乳動物に対する局所的投与又は粘膜投与のために構成されている、請求項２、４２又は４６に記載の組成物。
【請求項４８】
前記組成物は糖又はアミノ酸を含み、
前記誘導プロモータは、糖又はアミノ酸の存在により誘導又は促進される、請求項２、４２又は４６に記載の組成物。
【請求項４９】
請求項１−４８のいずれかに記載の遺伝子組み換えされたバクテリア又は組成物と使用説明書とを含むキット。
【請求項５０】
皮膚又は爪の病気を治療する方法であって、請求項１−４８のいずれかに記載の遺伝子組み換えされたバクテリア又は組成物を哺乳動物の皮膚と接触させることによって前記皮膚又は爪の病気を治療するステップを含む、方法。
【請求項５１】
前記哺乳動物がヒト、イヌ又はネコである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の方法であって、
前記皮膚又は爪の病気は、ニキビ、紫外線角化症、円形脱毛症、足白癬、爪真菌症、アトピー性皮膚炎、臭汗症、湿疹、爪の真菌感染、乾癬、酒さ、遅い創傷治癒、毛包炎、毛孔性角化症、口囲皮膚炎、血管線維症、皮膚炎症、老化損傷、色素変色、早発性白髪又は脂漏症を含む、方法。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
遺伝子組み換えされたバクテリアおよびバクテリアの遺伝子を組み換えるための方法
関連出願
本出願は、２０１４年６月１７日に提出された米国仮特許出願６２／０１３，１５９号に対する優先権を主張する。本文、表、配列表および図面をすべて含む、先の出願の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
配列リスト
【０００２】
本出願は配列表と共に提出されている。配列表はテキストファイルの形式でＥＦＳウェブを介してＡＳＣＩＩ形式で電子的提出される。２０１５年６月１６日に作成されたそのＡＳＣＩＩのコピーは、ＸｙｃｒｏｂｅＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ０４３９５６５．１．ｔｘｔ」と命名され、サイズが８０６キロバイトであり、その全内容が参照によって本明細書に組み込まれている。
【０００３】
イントロダクション
本開示は、遺伝子組み換えされた微生物を含む組成物、遺伝子組み換えされた微生物を作る方法、および、それらの用途に関する。いくつかの側面において、本明細書に記載されている主題は、皮膚科学の分野、および、局所的皮膚科学の目的のための組成物に関する。
【０００４】
サマリー
本発明は遺伝子組み換えされた微生物を提供する。特定の実施形態において、微生物はプロピオニバクテリウム属のバクテリアである。様々な側面において、プロピオニバクテリウム属の遺伝子組み換えされたバクテリアは、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインをコードする核酸を含む。いくつかの側面において、成長因子はホルモンである。ある側面において、成長因子は、ヒト又はウシのホルモンである。ある実施形態において、成長因子はソマトトロピンである。いくつかの実施形態において、成長因子は、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９を含む。ある実施形態において、成長因子はバクテリアによって分泌される。いくつかの実施形態において、成長因子はヒト成長因子である。ある実施形態において、成長因子は、トランスフォーミング成長因子ベータ（ＴＧＦ−β）、血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、インシュリン様増殖因子１（ＩＧＦ１）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、顆粒球単球コロニー刺激因子（ＧＭＣＳＦ）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、および／または、ヒト成長ホルモン（ＨＧＨ）である。成長因子は、配列番号６３から配列番号６９のいずれか１つを含む形質転換成長因子であってもよい。いくつかの実施形態において、成長因子は配列番号７０を含む肝細胞成長因子である。いくつかの実施形態において、成長因子は、配列番号７１から配列番号９１のいずれか１つを含む血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）である。いくつかの実施形態において、成長因子は、配列番号９３から配列番号１０２のいずれか１つを含む血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）である。ある実施形態において、成長因子は、配列番号１０３から配列番号１０６のいずれか１つを含む上皮成長因子（ＥＧＦ）である。いくつかの実施形態において、繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）は、配列番号１０７から配列番号１４４のいずれか１つを含む。いくつかの実施形態において、１つ以上のバクテリアは、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインを分泌する。いくつかの実施形態において、哺乳類のサイトカインは、免疫抑制性のサイトカインである。いくつかの実施形態において、哺乳類のサイトカインは、ヒトサイトカインである。ある実施形態において、サイトカインは、インターロイキン１０（ＩＬ−１０）、インターロイキン６（ＩＬ−６）、インターロイキン７（ＩＬ−７）およびインターロイキン８（ＩＬ−８）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、サイトカインは、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、哺乳類のサイトカインはＩＬ−１０を含む。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１０は配列番号２５を含む。
【０００５】
いくつかの実施形態において、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属は、プロピオニバクテリウム・アシディファシエンス（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロピオニバクテリウム・アシディプロピオニッチ（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、プロピオニバクテリウム・オーストラリエンセ（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ）、プロピオニバクテリウム・アヴィドゥム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム・シクロヘキサニカム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｉｃｕｍ）、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム・グラニュロスム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・イエンセニイ（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム・ミクロアエロフィルム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｃｒｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｍ）、プロピオニバクテリウム・プロピオニクム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、および、プロピオニバクテリウム・ソエニアンド（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉａｎｄ）からなる群から選択される種を含む。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの株は、ＣＲＩＳＰＲ（クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート）配列を含む。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの株は、Ｐ．アクネスタイプＩＩリボタイプ６（Ｒ６タイプＩＩ、Ｐ．アクネス）である。
【０００６】
いくつかの実施形態において、核酸は、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインの発現を制御するように構成された誘導プロモータを含む。いくつかの実施形態において、核酸は、哺乳類の成長因子又は哺乳類のサイトカインの発現を指令するように構成された内在性プロモータを含む。いくつかの実施形態において、内因性の病原性タンパクの発現は、１つ以上の遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて実質的に低減又は除去される。いくつかの実施形態において、内因性の病原性タンパクは、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＤＰＨ）タンパク又はＣＡＭＰ２タンパクを含む。いくつかの実施形態において、１つ以上の遺伝子組み換えされたバクテリアは、必須タンパクの発現を制御する誘導プロモータを含む。ある実施形態において、必須タンパクは適切なハウスキーピング遺伝子である。ある実施形態において、必須タンパクは適切な染色体複製化開始タンパクである。
いくつかの実施形態において、必須タンパクは、染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ（例えば、繊維温度感受性増殖、いくつかの実施形態では、繊維温度感受性を備えた遺伝子は、隔膜形成を可能にする収縮環をコードするこのオペロンのものである）、細胞分裂タンパク（例えば、ＺｉｐＡ遺伝子）、シキミ酸５−デヒドロゲナーゼ（例えば、ＡＲＯＥ、ａｒｏＥ遺伝子）、ＡＴＰ合成酵素（例えば、ＡＴＰ合成酵素、Ｆ１複合体、βサブユニット、例えば、ａｔｐＤ遺伝子）、グアニル酸キナーゼ（例えば、ｇｍｋ）、ＧＭＰシンターゼ（例えば、ｇｕａＡ）、ＧＴＰ結合タンパク（例えば、ｌｅｐＡ）、レコンビナーゼＡタンパク（例えば、ｒｅｃＡ）、スーパーオキシドジスムターゼ（例えば、ｓｏｄＡ遺伝子）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、誘導プロモータは、ラクトースまたはアラビノースのような糖によって誘導可能である。いくつかの実施形態において、誘導プロモータは、合成アミノ酸のようなアミノ酸によって誘導可能である。いくつかの実施形態において、組成物は、哺乳動物に対する局所的投与又は粘膜投与のために構成される。
【０００７】
ある実施形態において、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアのような遺伝子組み換えされた微生物は、多数の遺伝子修飾を含む。特定の側面において、修飾された微生物は、１）哺乳類の成長因子を発現し、その哺乳類の成長因子が分泌されるものであり；２）必須タンパク（例えば、染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ、または、ｓｏｄＡ）の発現を指令する誘導プロモータを含み；３）内因性のＣＡＭＰ２および／または内因性のＧＡＤＰＨタンパクの発現が、実質的に低減または除去されるように修飾されている。別の特定の側面において、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアのような遺伝子組み換えされた微生物は、１）ＩＬ１０のようなヒトサイトカインを含み、そのサイトカイン（例えば、ＩＬ１０）が分泌され；２）必須タンパク（例えば、必須タンパクおよび／または必須タンパクをコードする遺伝子）、例えば、染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ、または、ｓｏｄＡ等の発現を指令する誘導プロモータを含み；３）内因性のＣＡＭＰ２および／または内因性のＧＡＤＰＨタンパクの発現が実質的に低減または除去されるように修飾されている。
【０００８】
ある実施形態において、組成物は、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアのような、遺伝子組み換えされた１つ以上の微生物を含む。特定の態様において、組成物は、それぞれ異なる方法で遺伝子組み換えされた２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以上のプロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアを含む。例えば、組成物の第１の遺伝子組み換えされた微生物は、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−７又はＩＬ−８のようなサイトカインを発現することができ；この組成物の別の遺伝子組み換えされた微生物は、ＴＧＦ−β、ＶＥＧＦ、ＨＧＦ、ＦＧＦ、ＩＧＦ１、ＰＤＧＦ、ＧＭＣＳＦ、ＥＧＦ又はＨＧＨのような成長因子を発現することができる。そのような組み合わせは、１つ以上の遺伝子組み換えされたバクテリアにおいて内因性の病原性タンパク、例えば、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＤＰＨ）タンパク、ＣＡＭＰ２タンパクの発現が実質的に低減または除去された１つ以上の遺伝子組み換えされた微生物を含んでいてもよい。そのような組み合わせには、染色体複製化開始タンパクＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡおよびｓｏｄＡから選ばれるタンパクのような必須タンパクの発現を制御する誘導プロモータを含む１つ以上の遺伝子組み換えされた微生物が含まれてもよい。そのような組み合わせには、多数の遺伝子修飾を有するプロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアのような遺伝子組み換えされた微生物も含まれる。
【０００９】
いくつかの実施形態において、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）種のバクテリアのような遺伝子組み換えされた微生物は、必須タンパクの発現を制御する誘導プロモータを含む。ある側面において、タンパク発現は、糖又は糖類似体の存在によって誘導又は促進される。つまり、プロモータは、糖又は糖類似体によって誘導される。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
図面は、技術の実施形態を説明するものであり、制限するものではない。説明の明瞭さと簡潔さのために、図面は、縮尺通りに作られていない。いくつかの例においては、特定の実施形態についての理解を促進するために、様々な側面を誇張または拡大して示されることもある。
【００１１】
【図１】図１は、ｄｎａＡ−ＢＣｍのプラスミド地図を示す。枯草菌の増殖停止菌株の構築用の自己連結されたＤＮＡ。
【００１２】
【図２】図２は、１８−ａｒａＲＥ−ｆｔｓＯｐ−ｅｒｍのプラスミド地図を示す。Ｐ．アクネスＩ、アラビノース誘導性ｆｔｓオペロンの増殖停止株の構築用のプラスミド。
【００１３】
【図３】図３は、１８−ｂｇａｌｐｒｏ−ｄｎａＡ−ｅｒｍ−ｃｍのプラスミド地図を示す。Ｐ．アクネスＩＩ、ラクトース誘導性ｄｎａＡの増殖停止株の構築用のプラスミド。
【００１４】
【図４Ａ】図４Ａは、タンパク発現ベクターｐＥＴ１５−ＩＬ１０のプラスミド地図を示す。ＩＬ−１０のための発現ベクター。
【００１５】
【図４Ｂ】図４Ｂは、タンパク発現ベクターｐＥＴ１５−ＥＧＦのプラスミド地図を示す。ＥＧＦのための発現ベクター。
【００１６】
【図４Ｃ】図４Ｃは、タンパク発現ベクターｐＥＴ１５−ＧＨのプラスミド地図を示す。ＧＨのための発現ベクター。
【００１７】
【図５】図５は、１８−ＣＡＭＰＩＩ−ｅｒｍ−ｃｍのプラスミド地図を示す。ＣＡＭＰＩＩ変異体Ｐ．アクネス株の構築用のプラスミド。
【００１８】
【図６】図６は、ｂｅｔａ−ｇａｌ  ｐｒｏ−ＩＬ１０のプラスミド地図を示す。ラクトース誘導性ＩＬ１０分泌Ｐ．アクネス株の構築用のプラスミド。
【００１９】
【図７】図７は、１９−ＣＡＭＰＩＩ−ｓｉｇ−ＩＬ１０のプラスミド地図を示す。ＣＡＭＰＩＩ変異体およびＰ．アクネスのＩＬ−１０発現株の構築用のプラスミド。
【００２０】
【図８】図８は、１９−ｓｉｇ−ＩＬ１０−ｇａｐｄｈのプラスミド地図を示す。ＧＡＰＤＨ変異体およびＰ．アクネス株のＩＬ−１０発現株の構築用のプラスミド。
【００２１】
【図９】図９は、マーカーレス変異体構築物の構築のための構想を示す。
【００２２】
【図１０】図１０は、Ｐ．アクネスのタイプＩＩ株から得たｒｅｃＡ遺伝子（ＲｅｃＡ  ＡＴＣＣ  １１８２８、配列番号２７４）とＰ．アクネスのタイプＩ株から得たｒｅｃＡ遺伝子（ＲｅｃＡ、ＮＣＴＣ７３７、配列番号２７５）との一致度を示している。斜線は同じ塩基位置におけるヌクレオチド塩基同一性を示した。全長遺伝子中のその配列の位置に対して番号を示している。
【００２３】
【図１１】図１１は、ＡＴＴＣＣ１１８２８株から得たｒｅｃＡ遺伝子の部位７２０−１１９１（ＲｅｃＡ  １１８２８、配列番号２７６）との、推定されるＲＴ６クローンから配列決定したｒｅｃＡ遺伝子（ＲｅｃＡ  ＮＣＴＣ７３７（配列番号２７７）；ＮＣ＿０１７＿４１＿ＲｅｃＡ（配列番号２７８）；ＮＣ＿００１＿４＿ＲｅｃＡ（配列番号２７９）；ＮＣ＿００３＿１８＿ＲｅｃＡ（配列番号２８０）；ＮＣ＿００５＿３１＿ＲｅｃＡ（配列番号２８１）；ＮＣ＿００７＿３３＿ＲｅｃＡ（配列番号２８２）；ＮＣ＿００９＿３４＿ＲｅｃＡ（配列番号２８３）；ＮＣ＿０１１＿３５＿ＲｅｃＡ（配列番号２８４）；ＮＣ＿０１５＿３９＿ＲｅｃＡ（配列番号２８５）；ＮＣ＿０１９＿４３＿ＲｅｃＡ（配列番号２８６）；ＮＣ＿０２１＿４４＿ＲｅｃＡ（配列番号２８７）；ＮＣ＿０２３＿４５＿ＲｅｃＡ（配列番号２８８）；ＮＣ＿０２５＿４６＿ＲｅｃＡ（配列番号２８９）の一致度を示す。斜線は同じ塩基位置におけるヌクレオチド塩基同一性を示した。
【００２４】
【図１２】図１２は、実施例１において単離されたＰ．アクネス株から単離されたＳＮＰ配列（ＰＡ＿００１＿４＿１６Ｓ、配列番号２９１；ＰＡ＿００２＿１８＿１６Ｓ、配列番号２９２；ＰＡ＿００３＿２０＿１６Ｓ、配列番号２９３；ＰＡ＿００５＿３１＿１６Ｓ、配列番号２９４；ＰＡ＿００７＿３３＿１６Ｓ、配列番号２９５；ＰＡ＿００８＿３４＿１６Ｓ、配列番号２９６；ＰＡ＿００９＿３５＿１６Ｓ、配列番号２９７；ＰＡ＿０１１＿３９＿１６Ｓ、配列番号２９８；ＰＡ＿０１３＿４３＿１６Ｓ、配列番号２９９；ＰＡ＿０１４＿４４＿１６Ｓ、配列番号３００；ＰＡ＿０１５＿４５＿１６Ｓ、配列番号３０１；ＰＡ＿０１７＿４８＿１６Ｓ、配列番号３０２）と、Ｐ．アクネスの株ＡＴＣＣ１１８２８の１６Ｓ  ＲＮＡのＳＮＰ配列（配列番号２９０）の一致度を示している。斜線部分は同じ基部位置でヌクレオチド塩基同一性を示した。
【００２５】
【図１３】図１３は、遺伝子組み換えされた各Ｐ．アクネス株の増殖培地における、ヒトＩＬ−１０（レーン１、ＩＬ−１０）、ヒト成長ホルモン（レーン２、ＧＨ）、および、ヒト上皮成長因子（レーン３、ＥＧＦ）のタンパク発現を示す。示されているタンパクは、誘導ＬａｃＺプロモータの方向に従って示されている。
【００２６】
【図１４】図１４は、増殖停止Ｐ．アクネス変異株の構築の構想を示す。アラビノース誘導プロモータおよびレギュレータのＤＮＡ領域は、枯草菌から増幅された。また、ｆｔｓオペロンのフラグメントは、アラビノース誘導プロモータの下流に連結された。アラビノースにより制御された増殖停止株を構築するために、このプラスミドは、シングルクロスオーバー組み換えのためにＰ．アクネスに導入された。
【００２７】
【図１５】図１５は、Ｐ．アクネス野性型と増殖停止変異株との増殖比較を示す。Ｐ．アクネス野性型株および増殖停止変異株は、グルコース（１％）およびアラビノース（１．５％）で修飾された強化クロストリジウム培地上に縞状にし、嫌気的条件下において３７℃でインキュベートした。これらの株のコロニーサイズは６日目、１０日目、及び、１５日目にチェックした。
【００２８】
【図１６】図１６は、０．１ｍＭのＩＰＴＧ（イソプロピル−β−Ｄ−チオガラクトピラノシド）で１．５時間誘導された遺伝子組み換えられたＰ．アクネス株の増殖培地中のＩＬ−１０の発現（レーン２）を示す。あらかじめ誘導された増殖培地はレーン１に示されている。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
本明細書中で別段の定めがない限り、このセクションで述べられている材料は、この出願の特許請求の範囲に対する先行技術ではなく、このセクションに含まれることにより先行技術であるとは認められない。
【００３０】
ここに開示されるのは、遺伝子組み換えされた微生物、及び、遺伝子組み換えされた微生物を含む組成物である。バクテリアのような微生物は、哺乳動物に有益な生体分子を発現および／または分泌するように遺伝子組み換えされていてもよい。ある実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、有害な毒性因子（例えば、毒素または抗原）の発現を実質的に低減又は除去するようにさらに修飾されている。いくつかの実施形態において、そのような遺伝子組み換えされた微生物の増殖および生存力は、その修飾された微生物の増殖および／または生存に必要なタンパクの発現を制御する誘導プロモータを含む核酸の導入によって、制御／調整することができる。ある実施形態において、そのような遺伝子組み換えされた微生物を含む組成物は、哺乳動物の皮膚に対する局所送達のために調剤される。
【００３１】
ここで使用されているように、細菌又は微生物は、微小な生物、単細胞生物、又は、多細胞生物を表すことができる。微生物の例には、バクテリア、古細菌、原生動物および菌類が含まれるが、それらに限定されない。ある実施形態において、微生物はバクテリアである。
【００３２】
ここで使用されているような「遺伝子組み換えされた生物」は、生物の遺伝物質が遺伝子工学手法を使用して変更された生物を表すことができる。「遺伝子組み換えされた」との用語は、複数の遺伝子修飾（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以上遺伝子修飾、例えば、タンパクの発現のために導入された外来遺伝子を有する微生物）、及び、病原性分子（例えば、病原性のペプチド又はタンパク）をコードする内因性の（微生物）遺伝子の発現を低減する遺伝子ノックアウトのような修飾を表す。
【００３３】
バクテリア等のような微生物、真性細菌、酵母、菌類は、１つ以上のタンパクを生産するように、生物学的薬剤を生産するように、代謝を変更するように、過剰増殖を防止するように、及び／又は、生体分子の発現を防止するように、遺伝子組み換えされていてもよい。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた生物は、遺伝子組み換えされた微生物である。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた生物は、遺伝子組み換えされたバクテリアである。ある実施形態において、Ｐ．アクネスバクテリアは、遺伝子組み換えされている。当業者は、遺伝子ノックアウトの作成、異種起源核酸の導入、および／または、変異の生成のように、遺伝子組み換えされた生物を生産する多数の方法があることを理解するであろう。
【００３４】
いくつかの実施形態において、核酸（例えば、遺伝子又はその一部）は、適切な技術を使用して微生物に導入される。いくつかの実施形態において、微生物は、適切な技術によって核酸を用いて形質転換される。微生物に核酸を導入することに適した技術の非限定的な例には、電気穿孔法、トランスダクション（例えば、バクテリオファージによる核酸の注入）、マイクロインジェクション、受容性を誘導することによるもの（例えば、アルカリ陽イオン、セシウム、リチウム、ポリエチレングリコールの添加によって、若しくは、浸透圧ショックによって）、その他同種のもの、又は、それらの組み合わせが含まれる。核酸は、例えば、線状又は環状プラスミドの形態で微生物に導入することができる。いくつかの実施形態において、形質転換された微生物は、適切な選択方法（例えば、選択マーカー）の使用により、微生物のゲノムに核酸が統合したものが選択される。
【００３５】
遺伝子は、転写と翻訳による発現の後に、生きている微生物における特定の生化学的機能を果たす特異的タンパクをコードする。遺伝子は、時には、ポリペプチド鎖の生産に関与するＤＮＡの断片を含み、時には、遺伝子産物の転写／翻訳及びその転写／翻訳の制御に関与するコード領域（例えば、オープンリーディングフレーム）の先行・後続の部位を含む。必須遺伝子は、微生物の増殖及び／又は生存能力に必要なポリペプチド（例えば、必須タンパク）を生産する内因性遺伝子（例えば、微生物に対して内因性）である。バクテリアの必須タンパクの非制限的な例には、ＤｎａＡ、ＦｔｓＡ、ＦｔｓＩ、ＦｔｓＬ、ＦｔｓＫ、ＦｔｓＮ、ＦｔｓＱ、ＦｔｓＷ、ＦｔｓＺ、ＺｉｐＡ、ａｒｏＥ、ａｔｐＤ、ｇｍｋ、ｇｕａＡ、ｌｅｐＡ、ｒｅｃＡ、及び、ｓｏｄＡが含まれる。
【００３６】
ここで使用されているように、「遺伝子ノックアウト」は、特定遺伝子を作用不可能又は不活性にすることができる遺伝子技術の組み合わせを表す。いくつかの実施形態において、遺伝子ノックアウトは、遺伝子からのポリペプチドの発現を低減又は除去する。ある実施形態において、遺伝子の発現が実質的に低減又は除去される。「実質的に低減した」とは、遺伝子の発現の内因性レベルと比較したときに、遺伝子の発現が少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は、少なくとも９８％低減したことを意味する。遺伝子の発現は、適切な技術によって（例えば、転写された又は発現されたタンパクのレベルを測定することによって）決定することができる。微生物（例えば、バクテリア）において遺伝子ノックアウトを作成するためにあらゆる適切な技術を使用することができる。微生物における遺伝子ノックアウトは、トランスポゾン変異、プラスミド若しくはバクテリア人工染色体（ＢＡＣ）に含まれている遺伝子を修飾して対象とする生物にその修飾された構成物を移動させるインビトロ遺伝子工学、インビボ相同組換え、および、当業者に知られている他の技術によって作ることができる。ある実施形態において、遺伝子は、遺伝子の転写又は翻訳にとって不可欠な内在性プロモータ、オペロン又は制御因子を無効化にすることによりノックアウトされる。いくつかの実施形態において、遺伝子は、遺伝子から発現されるタンパクの機能を無効化する１つ以上の変異の導入によりノックアウトされる。ある実施形態において、遺伝子は、微生物のゲノムから部分的に又は完全に取り除かれる。いくつかの実施形態において、内因性遺伝子は、遺伝子を異なる遺伝子（例えば、異種起源遺伝子、又は、機能を持たない遺伝子）に取り替えることによりノックアウトされる。
【００３７】
いくつかの実施形態において、微生物は、病原性分子（例えば、病原性のペプチド又はタンパク）の分泌を防止するように遺伝子組み換えされている。いくつかの実施形態において、病原性分子は、有毒分子（例えば、毒素）である。ある実施形態において、病原性分子及び／又は有毒分子をコードする遺伝子はノックアウトされる。ある実施形態において、バクテリアは、病原性分子又は有毒分子の発現を実質的に低減又は除去するように遺伝子組み換えされている。有毒分子の非制限的な例には、菌体内毒素、細菌外毒素及び細菌性抗原が含まれる。細菌性抗原は、任意のバクテリアに由来する分子であって、哺乳動物において免疫反応を誘導する分子（例えば、化合物又はタンパク）である。いくつかの実施形態において、病原性分子は、クリスティ・アトキンズ・ムンク・ペーテルセン（ＣＡＭＰ）因子（例えば、Ｐ．アクネスのＣＡＭＰ因子）である。ある実施形態において、Ｐ．アクネスの１つ以上のＣＡＭＰ因子（例えば、ＣＡＭＰ１、ＣＡＭＰ２、ＣＡＭＰ３、ＣＡＭＰ４、及び／又は、ＣＡＭＰ５）がノックアウトされる。ある実施形態において、Ｐ．アクネスバクテリアは、１つ以上のＣＡＭＰ因子の発現を実質的に低減又は除去するように遺伝子組み換えされている。いくつかの実施形態において、病原性分子は、バクテリアのグリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）（例えば、Ｐ．アクネスのＧＡＰＤＨ）である。ある実施形態において、Ｐ．アクネスの１つ以上のＧＡＰＤＨ遺伝子がノックアウトされる。ある実施形態において、Ｐ．アクネスバクテリアは、ＧＡＰＤＨの発現を実質的に低減又は除去するように遺伝子組み換えされている。
【００３８】
いくつかの実施形態において、微生物は、栄養に関する栄養素要求変異体を作成するように遺伝子組み換えされている。いくつかの実施形態において、微生物は、遺伝物質の受取を防ぐように遺伝子組み換えされている。いくつかの実施形態において、微生物は、遺伝物質の供与を防ぐように天然に修飾されているか又は遺伝子組み換えされている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の供与を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＥＡ（Ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ＣｏｍＥＡ）のための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の受取を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＥＡのための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の供与を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＦＡ（Ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ＣｏｍＦＡ）のための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の受取を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＦＡのための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の受取を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＡ（Ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ＣｏｍＡ）のための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の供与を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＡのための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の供与を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＫ（Ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ＣｏｍＫ）のための遺伝子が修飾されている。いくつかの実施形態において、遺伝物質の受取を防ぐように、コンピータンス・プロテイン・ＣｏｍＫのための遺伝子が修飾されている。ある実施形態において、他の微生物からの外来の遺伝物質の受取を防止又は低減するように、微生物はＣＲＩＳＰＲ配列を含むか、又は、ＣＲＩＳＰＲ配列が微生物（例えば、バクテリア）に導入されている。
【００３９】
微生物の遺伝子修飾は、機能を持たず、かつ、有害でないゲノム変更であって、有害な表現型がその微生物に生じないものを導入するために行われてもよい。本明細書に記載されているように、「遺伝マーカー」は、遺伝子組み換えされた生物又は微生物の存在を検出するために、ゲノム中に導入された機能を持たない配列を表す。あらゆる適切な遺伝マーカーを、適切な技術を使用して遺伝子組み換えされた微生物に組み入れることができる。遺伝子修飾は、野性型微生物から遺伝子組み換えされた微生物をカタログ化及び識別し、さらに、環境中の遺伝子組み換えされた微生物の存在を決定するために、行われてもよい。遺伝子組み換えされた微生物は、遺伝子組み換えされた微生物を含むと思われる出所を拭き取り、最少培地培養においてその微生物を培養し、対象配列に対して特異的なプライマーを用いたｑＰＣＲを使用して遺伝物質を得て、遺伝子組み換えされた微生物のＤＮＡを配列決定することにより、環境中で決定することができる。特別な遺伝タグを導入する遺伝子修飾の使用は、必要のある被検体について遺伝子組み換えされた微生物の存在をカタログ化して決定することを可能にする。更に、この技術は、微生物がもはや必要でない場合に、遺伝子組み換えされた微生物が環境に不存在であることを決定することを可能にする。いくつかの実施形態において、微生物は、宿主について遺伝子組み換えされた微生物の存在又は不存在を決定するために、マーカーを有するように遺伝子組み換えされている。治療中にバクテリアのバランスが保たれていることを保証することを目的として、被検体のマイクロフローラを分析するために、遺伝子組み換えされたバクテリアの増殖を決定するためのマーカーを使用することができる。
【００４０】
遺伝子組み換えされた微生物は、必要とする被検体の病気を治療するために生体分子（例えば、タンパク）を分泌するために使用されてもよい。遺伝子組み換えされた微生物は、皮膚障害を患い必要とする被検体を治療するために使用されてもよい。ペプチドの発現を抑制するための核酸を有する遺伝子組み換えされた微生物は、皮膚表面で移動して気孔と毛包の中に深く増殖して、分泌された生体分子の吸収を可能にすることができるので、有益である可能性がある。微生物は、例えば、一般的な美容術のために調剤されてもよいし、一般的な美容術のために使用されてもよい。
【００４１】
本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、遺伝病を患う被検体を治療するために使用することができる。本明細書中のいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、胃の疾病を患う被検体を治療するために使用することができる。本明細書中のいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、自己免疫疾患を患う被検体を治療するために使用することができる。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、抗凝血薬で処置された被検体を治療するために使用することができる。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、血友病を患う被検体を治療するために使用することができる。治療用ペプチドのための核酸を含む遺伝子組み換えされた微生物は、必要とする被検体のニーズを満たすように組み合わせて使用されてもよい。いくつかの実施形態において、必要とする被検体を治療するために、遺伝子組み換えされた第２の微生物を使用することができる。いくつかの実施形態において、必要とする被検体を治療するために、遺伝子組み換えされた第３の微生物を使用することができる。いくつかの実施形態において、必要とする被検体を治療するために、遺伝子組み換えされた３つを超える微生物を使用することができる。
【００４２】
ある実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、核酸（例えば、遺伝子）を含み、その遺伝子の発現がプロモータによって制御される。プロモータは、多くの場合、対象遺伝子に対して適切な位置に導入される。例えば、プロモータ（例えば、誘導プロモータ）は、多くの場合、対象遺伝子の転写開始部位の５’に置かれる。ある実施形態において、核酸は、遺伝子（例えば、異種起源遺伝子又は内因性遺伝子）を発現させるために必要なプロモータ及び／又は制御因子を含む。プロモータは、内在性プロモータ、異種起源のプロモータ、又は、それらの組み合わせであってもよい。いくつかの実施形態において、プロモータは、構成的プロモータ（例えば、Ｔ７、ＳＰ６、Ｔ３、又は、任意の適切な構成的プロモータ）である。いくつかの実施形態において、微生物は、誘導プロモータの管理下に遺伝子（例えば、対象遺伝子、必須遺伝子）を含むように遺伝子組み換えされている。誘導プロモータは、多くの場合、遺伝子の条件的発現を指令する核酸配列である。誘導プロモータは、内在性プロモータ、異種起源のプロモータ、又は、それらの組み合わせであってもよい。誘導プロモータは、オペロンシステムを含んでいてもよい。誘導プロモータは、多くの場合、遺伝子（例えば、対象遺伝子、必須遺伝子）の発現を制御するように構成される。ある実施形態において、誘導プロモータは、１つ以上の遺伝子、制御因子及び／又は遺伝子産物（例えば、誘導系）を含む。いくつかの実施形態において、誘導プロモータは、ある化合物、ある栄養素、あるアミノ酸、ある糖、あるペプチド、あるタンパク又はある遺伝子活性（例えば、転写）を誘導する条件（例えば、光、酸素、加熱、冷却）の存在を必要とする。ある実施形態において、誘導プロモータは１つ以上の抑制因子を含む。いくつかの実施形態において、誘導プロモータ（例えば、抑制因子を含むプロモータ）は、ある化合物、ある栄養素、あるアミノ酸、ある糖、あるペプチド、あるタンパク又はある遺伝子活性（例えば、転写）を誘導する条件の不存在を必要とする。遺伝子（例えば、必須遺伝子）の発現を制御するために、あらゆる誘導プロモータ、システム又はオペロンを使用することができる。誘導プロモータの非制限的な例には、ラクトース制御システム（例えば、ラクトース・オペロン・システム）、糖制御システム、金属制御システム、ステロイド制御システム、アルコール制御システム、ＩＰＴＧ誘導性システム、アラビノース制御システム（例えば、アラビノース・オペロン・システム、例えば、ＡＲＡオペロン・プロモータ、ｐＢＡＤ、ｐＡＲＡ、ＰARAＥ、ARAＥ、ARAＲ−ＰaraE、これらの一部、及び、これらの組み合わせ等）、合成アミノ酸制御システム（例えば、Ｒｏｖｎｅｒ  ＡＪら、（２０１５）Ｎａｔｕｒｅ５１８（７５３７）：８９−９３を参照されたい）、フルクトース抑制因子、ｔａｃプロモータ／オペレータ（ｐＴａｃ）、トリプトファン・プロモータ、ＰｈｏＡプロモータ、ｒｅｃＡプロモータ、ｐｒｏＵプロモータ、ｃｓｔ−１プロモータ、ｔｅｔＡプロモータ、ｃａｄＡプロモータ、ｎａｒプロモータ、РＬプロモータ、ｃｓｐＡプロモータ、その他同種のもの、又は、これらの組み合わせが含まれる。ある実施���態において、プロモータは、Ｌａｃ−Ｚ（ＬａｃＺ）プロモータ又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、プロモータは、Ｌａｃオペロン又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、誘導プロモータは、ＡＲＡオペロン・プロモータ又はその一部を含む。ある実施形態において、誘導プロモータは、アラビノース・プロモータ又はその一部を含む。アラビノース・プロモータは、任意の適切なバクテリアから得ることができる。ある実施形態において、誘導プロモータは、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又は枯草菌（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のアラビノース・オペロンを含む。ある実施形態において、誘導プロモータは、糖又はその類似体の存在によって活性化される。糖および糖類似体の非制限的な例には、ラクトース、アラビノース（例えば、Ｌ−アラビノース）、グルコース、スクロース、フルクトース、ＩＰＴＧ等が含まれる。
【００４３】
安全性の手段のために、生体分子を生産するための微生物の使用をコントロールすることもできる。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、栄養素の栄養要求変異体であって、その微生物の増殖及び／又は生存が必須栄養素の存在に依存するものとして設計されている。いくつかの実施形態において、本発明の１つの組成物は、そのような必須栄養素を含む。栄養素の栄養要求変異体は、微生物過剰増殖を防ぎ又は環境から微生物を取り除くために、供給される栄養素の枯渇によってコントロールすることができる。例えば、トリプシン栄養要求変異体体については、その微生物増殖を遅くするか又は環境からその微生物を完全に取り除くために、トリプトファンの供給を除去又は枯渇させることができる。リジン栄養要求変異体の場合には、リジン栄養要求変異体の増殖を遅くするか又は完全に環境からその変異体を取り除くために、例えば、供給されるリジンを環境から取り除くことができる。ある実施形態において、組成物は、リジン（Ｌｙｓ）又はトリプトファン（Ｔｒｐ）等のようなアミノ酸を含む。いくつかの実施形態において、必要応じて、供給される栄養素を、環境中で微生物を維持するための活性化局所組成物中の化合物として適用することができる。
【００４４】
ここで開示されるのは、治療用のペプチドの制御された発現のための核酸を作る方法である。治療用のペプチド用遺伝子転写物は、当業者に知られている標準的な分子クローニング技術によって合成することができ、コードされる対象遺伝子転写物を持っている微生物を形質転換するために使用することができる。ある実施形態において、誘導プロモータはオペロンを含む。いくつかの実施形態において、核酸はオペロン配列を含む。オペロンは、遺伝子転写物の発現又は治療用ペプチドの発現をＤＮＡレベルでコントロールするために使用することができる。いくつかの実施形態において、オペロンはｌａｃオペロンである。いくつかの実施形態において、オペロンはＴｒｐオペロンである。いくつかの実施形態において、オペロンは抑制因子オペロンである。ここに記載されているような抑制因子オペロンは、抑制因子、又は、オペレータ若しくはオペロンに結合することによって１つ以上の遺伝子の発現を抑制することができるＤＮＡ結合タンパク若しくはＲＮＡ結合タンパクによってコントロールされるオペロンを表す。ｌａｃオペロンにおいて、オペレータに結合することができ、ＲＮＡポリメラーゼが結合するのを阻害することができる量のラクトースが存在する場合に、遺伝子が停止し、従って、対象遺伝子の転写が減少する。Ｔｒｐオペロンもまた、ネガティブ抑制性フィードバック機構によって働く抑制因子オペロンである。Ｔｒｐオペロンのための抑制因子はトリプトファンであり、トリプトファンがオペレータに結合し、遺伝子の転写を防ぐことができる。オペロンによって対象遺伝子の生産をコントロールすることにより、生産されている分泌される生体分子の量をコントロールするために微生物に抑制因子分子を供給することにより治療のペプチドの生産量をコントロールすることができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドの発現は、抑制因子分子を加えることにより抑制することができる。いくつかの実施形態において、抑制因子分子はトリプトファンである。いくつかの実施形態において、抑制因子分子はラクトースである。
【００４５】
ここに記載されている生体分子は、生物によって生産される任意の種類の分子を表す。生体分子には、高分子、タンパク、糖、多糖類、脂質、核酸、ペプチド、代謝産物、糖脂質、ステロール、成長因子、ホルモン、グリセロ脂質、ビタミン、神経伝達物質、代謝産物、酵素、モノマー、オリゴマー及びポリマーが含まれるが、これらに限定されない。生体分子は微生物によって生産されることができる。ある実施形態において、対象遺伝子は生体分子をコードする。ここに記載されているいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物が生体分子を分泌する方法が開示されている。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物が生体分子の生産を触媒する酵素を持っている方法が開示されている。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物がヒアルロン酸の生産を触媒する酵素を持っている方法が開示されている。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物がメラニンの生産を触媒する酵素を持っている方法が開示されている。必要性のある被検体を治療するために、異なる種類の複数の生体分子を使用することができる。いくつかの実施形態において、被検体は、皮膚障害、遺伝障害、疾病、自己免疫疾患、胃疾病、老化損傷及び血友病を患う。いくつかの実施形態において、被検体又は必要性のある被検体はニキビを患う。
【００４６】
ある実施形態において、微生物は、成長因子を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。成長因子は、哺乳類の成長因子（例えば、ヒト成長因子）であってもよい。
【００４７】
成長因子は、細胞増殖を開始及び刺激することができ、細胞シグナリング、増殖、修復及び細胞の分化を引き起こす天然の生体分子である。成長因子はタンパク又はペプチドであってもよい。いくつかの実施形態において、成長因子はホルモン（例えば、哺乳類のホルモン）である。ある実施形態において、バクテリアは、１つ以上の成長因子（例えば、哺乳類の成長因子）をコードする核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。成長因子をコードする核酸は、成長因子の転写及び／又は翻訳（例えば、発現）を作動させる適切なプロモータ及び／又は制御因子、成長因子をコードするオープンリーディングフレーム、及び、いくつかの実施形態においては、増殖因子の微生物分泌を指令する適切な核酸及び／又はペプチド因子を含んでいてもよい。ある実施形態において、バクテリアは、２つ以上の成長因子（例えば、哺乳類の成長因子）をコードする２つ以上の核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、バクテリアは、１つ以上の成長因子（例えば、哺乳類の成長因子）の発現を指令する核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、バクテリアは、成長因子（例えば、哺乳類の成長因子）を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。
【００４８】
成長因子のいくつかの例には、血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、アドレノメデュリン（ＡＭ）、アンジオポイエチン（Ａｎｇ）、自己分泌型運動因子、骨形態形成タンパク（ＢＭＰ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、エリトロポイエチン（ＥＰＯ）、繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、グリア細胞株由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、果粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、増殖分化因子９（ＧＤＦ９）、治癒因子、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、肝細胞癌由来成長因子（ＨＤＧＦ）、インシュリン様増殖因子（ＩＧＦ）、遊走促進因子、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、神経成長因子（ＮＧＦ）及び他の神経栄養因子、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、トロンボポイエチン（ＴＰＯ）、形質転換成長因子アルファ（ＴＧＦ−α）、形質転換成長因子ベータ（ＴＧＦ−β）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）、血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）、Ｗｎｔシグナル伝達経路、胎盤成長因子（ＰＧＦ）、ウシ胎児ソマトトロピン（ＦＢＳ）、ＩＬ−３及びＩＬ−６のためのＩＬ−１−補因子、ＩＬ−２−Ｔ細胞増殖因子、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、並びに、ＩＬ−７が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物（例えば、バクテリア）は成長因子を分泌する。
【００４９】
形質転換成長因子ベータは、多くの細胞種において増殖、分化及び他の機能をコントロールするホルモンである。多くの細胞はＴＧＦＢ１を合成し、そのための特異的な受容体を有する。それはポジティブに及びネガティブに他の多くの成長因子を制御する。それは骨芽細胞の骨形成の強力な刺激物質であり、コミットした骨芽細胞において走化性、増殖及び分化を引き起こすので、それは骨再構築に重要な役割を果たす。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは形質転換成長因子ベータを含む。ＴＧＦＢは、より若い皮膚をもたらすために繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術、老化損傷、組織の一般的老化に使用することができる。いくつかの実施形態において、形質転換成長因子ベータは、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８又は配列番号６９を含む。
【００５０】
肝細胞成長因子／分散因子（ＨＧＦ／ＳＦ）は、傍分泌細胞増殖、運動性、及び、形態形成因子のためのホルモンである。それは、間葉細胞によって分泌され、主として上皮細胞及び内皮細胞をターゲットにしてそれらに対して作用することができ、造血前駆細胞にも作用する。それは、胎児器官発生において、特に筋形成において、成人の臓器再生及び創傷治癒において主要な役割を有することが示されている。
【００５１】
例えば、レセプタ・チロシン・プロテイン・キナーゼ（ＭＥＴ）は、肝細胞成長因子／ＨＧＦリガンドに結合することにより、細胞外マトリクスから細胞質中にシグナルを変換することができる。このプロセスは、増殖、分散、形態形成、及び、生存を含む多くの生理的プロセスを制御することができる。細胞表面に結合するリガンドは、下流シグナリング分子のためのドッキング部位を提供する細胞内ドメインにおいて、ＭＥＴの自己リン酸化を誘導する。リガンドによる活性化に続いて、ＰＩ３キナーゼ・サブユニットＰＩＫ３Ｒ１、ＰＬＣＧ１、ＳＲＣ、ＧＲＢ２、ＳＴＡＴ３、又は、アダプタＧＡＢ１との相互作用が存在する。ＭＥＴによるこれらの下流因子の動員は、ＲＡＳ−ＥＲＫ、ＰＩ３キナーゼ−ＡＫＴ、又は、ＰＬＣγ−ＰＫＣカスケードを含むいくつかのシグナリングカスケードの活性化に結びつく。ＲＡＳ−ＥＲＫ活性化は形態形成効果に関与しているが、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴが生存促進効果を調整している。胚発生中に、ＭＥＴシグナリングは、原腸胚形成、筋肉及び神経前駆細胞の発生及び移動、血管形成、並びに、腎臓形成において役割を果たす。成体において、このカスケードは、創傷治癒だけでなく、臓器再生及び組織改造に関与する。
【００５２】
肝細胞成長因子は、より若い皮膚をもたらすために繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。そのプロセスは、造血細胞の分化及び増殖を促進することもできる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは肝細胞成長因子を含む。いくつかの実施形態において、肝細胞成長因子は配列番号７０を含む。
【００５３】
血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）は、脈管形成と血管形成を促すために細胞によって生産されるシグナルタンパクである。それは、血液循環が不充分な場合に、組織への酸素供給を回復させるシステムの一部である。ＶＥＧＦの正常な機能は、胚発生中の新しい血管、損傷後の新しい血管、運動後の筋肉、及び、塞がった脈管をバイパスする新しい脈管を作ることである。ＶＥＧＦは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。
【００５４】
ＶＥＧＦ−Ａは、血管形成、脈管形成、及び、血管内皮細胞増殖において活性な成長因子である。ＶＥＧＦ−Ａは、内皮細胞増殖を誘導し、細胞移動を促進し、アポトーシスを抑制し、血管の透過化を誘導する。ＶＥＧＦ−Ａは、ＦＬＴ１／ＶＥＧＦＲ１レセプタ及びＫＤＲ／ＶＥＧＦＲ２レセプタ、ヘパリンサルフェート、並びに、ヘパリンに結合する。ＮＲＰ１／ニューロピリン−１は、アイソフォームＶＥＧＦ−１６５及びアイソフォームＶＥＧＦ−１４５に結合する。アイソフォームＶＥＧＦ１６５Ｂは、ＫＤＲに結合するが、下流シグナル経路を活性化せず、血管形成を活性化せず、腫瘍成長を抑制する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＶＥＧＦ−Ａを含む。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ−Ａは、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６又は配列番号８７を含む。
【００５５】
ＶＥＧＦ−Ｂは内皮細胞に対する成長因子である。ＶＥＧＦ−Ｂ１６７はヘパリン及びニューロピリン１に結合するが、ＶＥＧＦ−Ｂ１８６のニューロピリン１に対する結合はタンパク分解によって制御されている。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＶＥＧＦ−Ｂを含む。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ−Ｂは配列番号８８又は配列番号８９を含む。
【００５６】
ＶＥＧＦ−Ｃは、血管形成及び血管内皮細胞増殖において活性な成長因子であり、それらの増殖と移動を促し、血管の透過性に対しても効果がある。ＶＥＧＦ−Ｃは、胚発生中の静脈系及びリンパ管系の血管形成において、及び、成体における分化したリンパ管内皮の維持においても機能することができる。ＶＥＧＦ−Ｃは、ＶＥＧＦＲ−２（ＫＤＲ／ＦＬＫ１）レセプタ及びＶＥＧＦＲ−３（ＦＬＴ４）レセプタに結合して活性化する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＶＥＧＦ−Ｃを含む。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ−Ｃは配列番号９０を含む。
【００５７】
ＶＥＧＦ−Ｄ（ｃ−Ｆｏｓ−誘導された成長因子、又は、ＦＩＧＦ）は、血管形成、リンパ脈管新生及び血管内皮細胞増殖において活性な成長因子であり、それらの増殖と移動を促し、また、血管の透過性に対しても効果がある。ＶＥＧＦ−Ｄは、胚発生中の静脈系及びリンパ管系の形成において、及び、成体における分化したリンパ管内皮の維持においても機能することができる。ＶＥＧＦ−Ｄは、ＶＥＧＦＲ−２（ＫＤＲ／ＦＬＫ１）レセプタ及びＶＥＧＦＲ−３（ＦＬＴ４）レセプタに結合して活性化することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＶＥＧＦ−Ｄを含む。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ−Ｄは配列番号９１を含む。
【００５８】
胎盤成長要因（ＰＧＦ）は、ＶＥＧＦファミリーのメンバーであり、胚発生中に、血管形成と脈管形成において役割を果たすことができる。ＰＧＦは、血管形成と血管内皮細胞増殖において活性であり、それらの増殖と移動を促す。それはレセプタＦＬＴ１／ＶＥＧＦＲ−１に結合する。アイソフォームＰｌＧＦ−２は、ヘパリン依存の態様でＮＲＰ１／ニューロピリン１及びＮＲＰ２／ニューロピリン２に結合する。ＰＦＧは細胞腫瘍増殖を促進することもできる。ＰＧＦは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰＧＦを含む。いくつかの実施形態において、ＰＧＦは配列番号９２を含む。
【００５９】
血小板由来増殖因子サブユニットＡ（ＰＤＧＦＡ）は、胚発生、細胞増殖、細胞移動、生存及び走化性の制御において必須の役割を果たす。ＰＤＧＦＡは、間葉起源の細胞に対する強力な分裂促進物質である。ＰＤＧＦＡは、胚発生中の正常な肺胞中隔形成、胃腸管の正常な発生、ライディッヒ細胞の正常な発生及び精子形成のために必要である。ＰＤＧＦＡは、脊髄と小脳における正常な乏突起膠細胞発生及び正常な髄鞘形成のために必要である。ＰＤＧＦＡは創傷治癒において重要な役割を果たす。ＰＤＧＦＢとのヘテロダイマーの形成によってシグナリングを調整することもできる。ＰＤＧＦＡは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰＤＧＦＡを含む。いくつかの実施形態において、ＰＤＧＦＡは配列番号９３又は配列番号９４を含む。
【００６０】
血小板由来増殖因子サブユニットＢ（ＰＤＧＦＢ）は、胚発生、細胞増殖、細胞移動、生存及び走化性の制御において必須の役割を果たす。ＰＤＧＦＢは間葉起源の細胞に対する強力な分裂促進物質である。ＰＤＧＦＢは、中枢神経系、皮膚、肺、心臓、及び、胎盤における周皮細胞及び血管平滑筋細胞の正常な増殖および補充のために必要である。ＰＤＧＦＢは、正常な血管発生及び腎臓糸球体の正常な発生に必要である。ＰＤＧＦＢは創傷治癒において重要な役割を果たす。ＰＤＧＦＢとＰＤＧＦAのヘテロダイマーの形成によってシグナリングを調整することもできる。ＰＤＧＦＢは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰＤＧＦＢを含む。いくつかの実施形態において、ＰＤＧＦＢは配列番号９５又は配列番号９６を含む。
【００６１】
血小板由来増殖因子Ｃ（ＰＤＧＦＣ）は、胚発生、細胞増殖、細胞移動、生存及び走化性の制御において必須の役割を果たす。ＰＤＧＦＣは間葉起源の細胞に対する強力な分裂促進物質及び化学誘引物質である。ＰＤＧＦＣは、胚発生中の正常な骨格形成のために、特に、頭蓋と顔の骨格の正常な発生及び口蓋の正常な発生のために必要である。ＰＤＧＦＣは胚発生中の正常な皮膚形態のために必要である。ＰＤＧＦＣは創傷治癒に重要な役割を果たしており、炎症、増殖及びリモデリングの３段階に関与すると考えられる。ＰＤＧＦＣは、血管形成及び血管発生において重要な役割を果たし、また、コラーゲン沈着に加えて間質線維芽細胞から筋線維芽細胞への変換が生じる繊維症のプロセスに関係する。ＰＤＧＦＣのＣＵＢドメインは、冠状動脈平滑筋細胞において分裂促進活性を有しており、ＰＤＧＦドメインの潜伏期間中の維持を超えた役割を示唆している。核において、ＰＤＧＦＣはさらなる機能を有するようである。ＰＤＧＦＣは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰＤＧＦＣを含む。いくつかの実施形態において、ＰＤＧＦＣは、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９又は配列番号１００を含む。
【００６２】
血小板由来増殖因子Ｄ（ＰＤＧＦＤ）は、胚発生、細胞増殖、細胞移動、生存及び走化性の制御において必須の役割を果たす。ＰＤＧＦＤは間葉起源の細胞に対する強力な分裂促進物質である。ＰＤＧＦＤは創傷治癒に重要な役割を果たす。ＰＤＧＦＤは、血管形成中に、マクロファージ動員、増加した間質圧力、及び、血管成熟を誘導する。ＰＤＧＦＤは、単球とマクロファージの流入及び細胞外マトリクスの生産を含む、メサンギウム増殖性糸球体腎炎に至るイベントを開始することができる。ＰＤＧＦＤは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰＤＧＦＤを含む。いくつかの実施形態において、ＰＤＧＦＤは配列番号１０１又は配列番号１０２を含む。
【００６３】
上皮成長因子（ＥＧＦ）のための遺伝子は、上皮成長因子スーパーファミリーのメンバーをコードする。そのコードされたタンパクは、タンパク分解により開裂されて５３個のアミノ酸の上皮成長因子ペプチドを生成する巨大前駆体分子として合成される。このタンパクは、多数の細胞種の増殖、増殖及び分化において重要な役割を果たす強力な分裂促進因子の作用をする。このタンパクは、高親和性細胞表面レセプタ、表皮成長因子受容体に結合することにより作用する。この遺伝子の欠損は、低マグネシウム血症タイプ４の原因である。この遺伝子の調節異常は、ある癌の増殖及び進行に関係している。選択的スプライシングは複数の転写産物及びアイソフォームに帰着する。Ｐｒｏ−ＥＧＦは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＰｒｏ−ＥＧＦを含む。Ｐｒｏ−ＥＧＦは選択的スプライシングによりアイソフォームを有していてもよい。いくつかの実施形態において、Ｐｒｏ−ＥＧＦは、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５又は配列番号１０６を含む。
【００６４】
繊維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）は、細胞生存、細胞分裂、血管形成、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦは、インビトロにおいて強力な分裂促進物質として機能することができる。ＦＧＦは、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。ＦＧＦの２２個の異なるアイソフォームが存在する。
【００６５】
いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１は配列番号１０７又は配列番号１０８を含む。
【００６６】
ＦＧＦ２は、選択的転写開始によって生産された４個のアイソフォームを有する。ＦＧＦ２は、細胞生存、細胞分裂、血管形成、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ２は、インビトロにおける強力な分裂促進物質として機能する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ２を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２は、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１又は配列番号１１２を含む。
【００６７】
ＦＧＦ３は、１個のアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖及び細胞分化の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ３は正常な耳の発達のために必要である。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ３を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ３は配列番号１１３を含む。
【００６８】
ＦＧＦ４は、選択的スプライシングにより２個のアイソフォームを有し得る。ＦＧＦ４は、細胞生存、細胞分裂、血管形成、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ４は、インビトロにおいて強力な分裂促進物質として機能する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ４を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ４は配列番号１１４又は配列番号１１５を含む。
【００６９】
ＦＧＦ５は、選択的スプライシングにより２個のアイソフォームを有し得る。ＦＧＦ５は、細胞増殖と細胞分化の制御において重要な役割を果たすことができる。ＦＧＦ５は、毛の成長サイクルの正常な制御に必要である。ＦＧＦ５は、成長期、毛包の成長段階から、退行期、アポトーシスが誘導される後退期への進行を促進することにより、毛の伸長の阻害剤として機能することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ５を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ５は配列番号１１６又は配列番号１１７を含む。
【００７０】
ＦＧＦ６アイソフォームは、細胞増殖、細胞分化、血管形成及び筋発生の制御において重要な役割を果たし、正常な筋肉再生のために必要とされる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ６を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ６は配列番号１１８を含む。
【００７１】
ＦＧＦ７（ケラチノサイト成長因子、ＫＧＦ）は、１個のアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖及び細胞分化の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ７は正常な分岐形態形成のために必要とされる。この成長因子は、角化細胞で特に活性である。ＦＧＦ７は、正常な上皮細胞増殖のあり得る主要な傍分泌作用因子である。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ７を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ７は配列番号１１９を含む。
【００７２】
ＦＧＦ８は、選択的スプライシングにより４つのアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ８は、胚発生中に正常な脳、目、耳及び四肢発生のために必要とされる。ＦＧＦ８は、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）神経系の正常な発達のために必要とされる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ８を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ８は、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２又は配列番号１２３を含む。
【００７３】
ＦＧＦ９は、１個のアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ９は、発達中のグリア細胞の増殖及び分化、損傷後の脳組織の修復中及び再生中のグリオーシス、神経細胞の分化及び生存、並びに、グリア細胞腫瘍の増殖促進における役割を有し得る。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ９を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ９は配列番号１２４を含む。
【００７４】
ＦＧＦ１０（ＫＧＦ２）は、１個のアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖及び細胞分化の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ１０は正常な分岐形態形成のために必要とされる。ＦＧＦ１０は創傷治癒に役割を果たすことができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１０を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１０は配列番号１２５を含む。
【００７５】
ＦＧＦ１１は、１個のアイソフォームを有し、神経系の発達及び機能に関係している。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１１を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１１は配列番号１２６を含む。
【００７６】
ＦＧＦ１２は、選択的スプライシングにより２個のアイソフォームを有し、神経系の発達及び機能に関係している。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１２を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１２は配列番号１２７又は配列番号１２８を含む。
【００７７】
ＦＧＦ１３は、選択的スプライシングによって生産される５個のアイソフォームを有する。ＦＧＦ１３は、微小管結合タンパクであって、チューブリンに直接結合し、微小管の重合及び安定化の両方に関係するタンパクである。微小管に対するその作用を通じて、ＦＧＦ１３は、軸索をネガティブに制御して分岐プロセスに至ることにより、軸索の微細化に関与し得る。ＦＧＦ１３は、大脳皮質及び海馬状突起におけるニューロンの極性化及び移動において重要な役割を果たす。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１３を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１３は、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２又は配列番号１３３を含む。
【００７８】
ＦＧＦ１４は、選択的スプライシングによって生産される２個のアイソフォームを有し、神経系の発達及び機能に関係している。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１４を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１４は配列番号１３４又は配列番号１３５を含む。
【００７９】
ＦＧＦ１６は、１個のアイソフォームを有し、胚発生、細胞増殖及び細胞分化の制御において重要な役割を果たし、正常な心筋細胞増殖及び心臓発達に必要とされる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１６を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１６は配列番号１３６を含む。
【００８０】
ＦＧＦ１７は、選択的スプライシングにより２個のアイソフォームを有し、胚発達の制御において、及び、胚脳の誘導及びパターニングにおけるシグナリング分子として、重要な役割を果たす。ＦＧＦ１７は正常な脳の発達に必要とされる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１７を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１７は、配列番号１３７又は配列番号１３８を含む。
【００８１】
ＦＧＦ１８は、１個のアイソフォームを有し、細胞増殖、細胞分化及び細胞移動の制御において重要な役割を果たす。ＦＧＦ１８は、正常な骨形成と骨発達のために必要とされる。ＦＧＦ１８は肝臓及び腸の増殖を促す。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１８を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１８は配列番号１３９を含む。
【００８２】
ＦＧＦ１９は、１個のアイソフォームを有し、ＣＹＰ７Ａ１発現のダウンレギュレーション及びそれに続くＪＮＫ及びＥＲＫ１／２カスケードのポジティブレギュレーションを通じて、胆汁酸の生合成の抑制に関与する。ＦＧＦ１９は、脂肪細胞におけるグルコース取込みを促進する。ＦＧＦ１９の活性は、ＫＬＢとＦＧＦＲ４の存在を必要とする。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ１９を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ１９は配列番号１４０を含む。
【００８３】
ＦＧＦ２０は、１個のアイソフォームを有し、中枢神経の発達及び機能を制御する神経栄養因子としての役割を果たす。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ２０を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２０は配列番号１４１を含む。
【００８４】
ＦＧＦ２１は、１個のアイソフォームを有し、グルコーストランスポータＳＬＣ２Ａ１／ＧＬＵＴ１の発現の誘導（しかし、ＳＬＣ２Ａ４／ＧＬＵＴ４発現ではない）によって分化した脂肪細胞においてグルコース取込みを促進する。ＦＧＦ２１の活性は、ＫＬＢの存在を必要とする。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ２１を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２１は配列番号１４２を含む。
【００８５】
ＦＧＦ２２は、１個のアイソフォームを有し、絶食反応、グルコース恒常性、脂肪分解及び脂質生成において役割を果たす。ＦＧＦ２２は、インビトロにおいて細胞増殖を促すことができ、毛髪発達に関与することができる。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２２を分泌する細胞は、脱毛症を治療するために使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＦＧＦ２２を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２２は配列番号１４３を含む。
【００８６】
ＦＧＦ２３は、１個のアイソフォームを有し、ホスフェート恒常性のレギュレータである。ＦＧＦ２３は、ＳＬＣ３４Ａ１レベルを下げることにより腎尿細管のホスフェート輸送を抑制し、ＫＬが存在下でＥＧＲ１発現をアップレギュレートすることができる。ＦＧＦ２３は、ＰＴＨの分泌を減少させるように副甲状腺に対して直接作用する。ＦＧＦ２３は、ビタミンＤ代謝のレギュレータでもあり、骨芽細胞分化及びマトリックス石灰化をネガティブにレギュレートする。いくつかの実施形態において、治療用のペプチドはＦＧＦ２３を含む。いくつかの実施形態において、ＦＧＦ２３は配列番号１４４を含む。
【００８７】
ホルモンは、分泌腺によってすべての生物において生産され、生理、機能及び挙動を調整するために離れた標的器官に対して循環系により輸送される制御的生化学物質の１つのクラスである。ホルモンは、異なる器官及び組織の間のコミュニケーションの主要な形態として作用することができる。ホルモンは、消化、代謝、呼吸、組織機能、感覚認知、睡眠、認知、ストレス、成長及び発達、移動、並びに、生殖を含む、様々な生理的及び行動的活動を制御する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはホルモンを含む。ホルモンは、被検体における低いホルモン生産によって生じる疾病を患う被検体によって使用され得る。ある実施形態において、バクテリアは、ホルモン（例えば、哺乳類のホルモン）をコードする核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、バクテリアは、ホルモン（例えば、哺乳類のホルモン）を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、ホルモンはソマトトロピンである。ある実施形態において、ホルモンは哺乳類のソマトトロピンである。ある実施形態において、ホルモンは、ウシ又はヒトのソマトトロピンである。ある実施形態において、ソマトトロピンは成長ホルモン（ＧＨ）である。
【００８８】
ソマトトロピンは成長制御において重要な役割を果たすホルモンである。身体発育を促すことにおけるその主要な役割は、ＩＧＦ−１を分泌するように肝臓及び他の組織を促すことである。それは筋芽細胞の分化及び増殖の両方を促す。それは筋肉及び他の組織においてアミノ酸取込及びタンパク合成を促す。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはソマトトロピンを含む。いくつかの実施形態において、ソマトトロピンは、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９を含む。ソマトトロピンは、ヒト成長ホルモン（ＨＧＨ）の生産が少ない被検体又はテストステロンの生産が少ない被検体によって使用され得る。いくつかの実施形態において、ペプチドを発現するための核酸を含む細胞は、ソマトトロピンのためのアミノ酸配列を含む。微生物が真皮の角質層の下に入る能力及び気孔に入る能力を有する利益を有し得るので、分子それ自体がローション又はクリームによって局所的に塗布された場合と比較して、皮膚は、これらの局所製剤を吸収するためのより良く多い機会を有するであろう。必要とする被検体に微生物で生成されるホルモンを届ける１つの利益は、そのような方法は他の対象にホルモンが暴露するリスクを減らすということである。いくつかの実施形態では、遺伝子組み換えされた微生物は、多くの場合、必要とする対象にのみ対して提供される必須栄養素に依存するように設計されている。したがって、必要とする被検体に対する微生物で生成されるホルモンの送達は、他の対象への望まれない送達をたびたび生じさせる可能性があるその他の局所的ホルモンの提供方法と比較して、より安全であり得る。
【００８９】
抗炎症剤は、炎症を低減する物質又は治療である。インターロイキン（ＩＬ）は、シグナリング分子として機能することができ、抗炎症剤として作用することができる一群のサイトカインである。抗炎症剤は、ニキビ等の炎症性障害を患う、必要とする被検体によって使用され得る。微生物が真皮の角質層の下に入る能力及び気孔に入る能力を有するメリットを有し、抗炎症剤を吸収する機会を増加させるので、抗炎症剤を分泌する微生物は、抗炎症剤を含むクリーム剤よりも優れている。
【００９０】
いくつかの実施形態において、微生物は、抗炎症剤を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、抗炎症剤は、サイトカインである。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、サイトカインを分泌する。サイトカインの非制限的な例には、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−１０及びＩＬ−１３が含まれる。ある実施形態において、バクテリアは、１つ以上のサイトカイン（例えば、哺乳類のサイトカイン）をコードする核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。サイトカインをコードする核酸は、サイトカインの転写及び／又は翻訳（例えば、発現）を実行させる適切なプロモータ及び／又は制御因子、サイトカインをコードするオープンリーディングフレーム、いくつかの実施形態においては、サイトカインの微生物の分泌を指令する適切な核酸及び／又はペプチド因子を含んでいてもよい。ある実施形態において、バクテリアは、２つ以上のサイトカイン（例えば、哺乳類のサイトカイン）をコードする２つ以上の核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、バクテリアは、１つ以上のサイトカイン（例えば、哺乳類のサイトカイン）の発現を指令する核酸の導入によって遺伝子組み換えされている。ある実施形態において、バクテリアは、サイトカイン（例えば、哺乳類のサイトカイン）を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。
【００９１】
インターロイキン４（ＩＬ−４）は、他の細胞種と同様に少なくともいくつかのＢ細胞活性化プロセスに関与することができる。ＩＬ−４はＤＮＡ合成の共刺激因子である。ＩＬ−４は、休止Ｂ細胞に対してクラスＩＩ  ＭＨＣ分子の発現を誘導する。ＩＬ−４は、ＩｇＥとＩｇＧ１の分泌及び細胞表面発現の両方を高める。さらに、ＩＬ−４は、リンパ球及び単球の両方においてＩｇＥ（ＣＤ２３）に対する低親和性のＦｃ受容体の発現をレギュレートする。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはインターロイキン４又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、インターロイキン４は配列番号２４を含む。
【００９２】
インターロイキン１０（ＩＬ−１０）は、活性化マクロファージにより及びヘルパーＴ細胞により生産される、ＩＦＮγ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＴＮＦ、及び、ＧＭ−ＣＳＦを含む、多くのサイトカインの合成を抑制することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはインターロイキン１０又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、インターロイキン１０は配列番号２５を含む。
【００９３】
インターロイキン１３（ＩＬ−１３）は、炎症性サイトカイン生産を抑制するサイトカインである。インターロイキン１３は、インターフェロンγ合成の制御においてインターロイキン２（ＩＬ２）と相乗的に作用する。インターロイキン１３は、炎症性反応及び免疫反応の制御において重要である可能性がある。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはインターロイキン１３又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、インターロイキン１３は、配列番号２６を含む。
【００９４】
インターロイキン１レセプタタイプ２（ＩＬ１Ｒ２）は、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１Ｂ及びＩＬ１ＲＮのための非シグナリングレセプタである。ＩＬ１Ｒ２はＩＬ１Ｂ活性を低下させる。ある実施形態において、バクテリアは、ＩＬ１Ｒ２を発現及び／又は分泌するように遺伝子組み換えされている。ＩＬ１Ｒ２は、ＩＬ１Ｂに対する競合的結合によってＩＬ１Ｒ１へのその結合を防ぐデコイレセプタとして作用することができる。さらに、ＩＬ１Ｒ２は、ＩＬ１Ｂに結合後に、ＩＬ１ＲＡＰとの非シグナリング関連を通じて、細胞反応を調整することができる。ＩＬ１Ｒ２（膜及び分泌された形態）は、ＩＬ１Ｂに選択的に結合し、ＩＬ１Ａ及びＩＬ１ＲＮには結合しにくい。分泌されたＩＬ１Ｒ２は、高親和性を有する分泌されたＩＬ１ＲＡＰを集める。この錯体形成は、分泌された／可溶性のレセプタによるＩＬ１Ｂの中和のための支配的メカニズムであり得る。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはＩＬ１Ｒ２又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、インターロイキン１３は、配列番号２７又は配列番号２８を含む。
【００９５】
ヒアルロン酸又はＨＡ／ヒアルロナンは、脊椎動物がＨＡＳ１、ＨＡＳ２及びＨＡＳ３の３つのタイプを有するヒアルロン酸合成酵素と呼ばれる統合膜タンパクの１つのクラスによって合成される生体分子である。それは、結合組織、上皮組織、及び、神経組織の全体にわたって広く分配するアニオン性のグリコサミノグリカンである。ヒアルロン酸は、硫酸化されておらず、ゴルジではなく原形質膜に生じ、多くの場合、分子量が数百万（ＫＤａ）に届くほど非常に大きくなり得る。細胞外マトリクスの主要な成分の１つであるヒアルロナンは、細胞増殖と移動に顕著に寄与しており、いくつかの悪性腫瘍の進行に関与することができる。
【００９６】
ＨＡＳ１は、初期段階のヒアルロン酸ポリマーへのＧｌｃＮＡｃ単糖又はＧｌｃＵＡ単糖の付加を触媒する。それはヒアルロン酸合成において不可欠である。ヒアルロン酸は、組織構築における構造的役割を有し、かつ、細胞接着、移動及び分化を制御する大部分の細胞外マトリクスの主成分であるからである。ＨＡＳ１は、ヒアルロン酸ポリマーへのＧｌｃＮＡｃ単糖又はＧｌｃＵＡ単糖の付加反応を触媒するアイソザイムの１つである。さらに、ＨＡＳ１は、基質に依存したキトオリゴ糖の合成を触媒することができる。ＨＡＳ２は、初期段階のヒアルロン酸ポリマーへのＧｌｃＮＡｃ単糖又はＧｌｃＵＡ単糖の付加を触媒する。ＨＡＳ２は、この反応を触媒するアイソザイムの１つであり、高分子量ヒアルロナンの合成の特に貢献する。ＨＡＳ２は、心内膜クッション細胞の間葉細胞への移行（心臓発達に重要なプロセス）に必要である。ＨＡＳ２は、脈管形成においても役割を果たすことができる。高分子量ヒアルロナンは、早期の接触阻害（細胞が互いに接触する場合又は細胞が細胞外マトリクスに接触する場合に細胞増殖が停止するプロセス）においても役割を果たすことができる。ＨＡＳ３は、初期段階のヒアルロン酸ポリマーへのＧｌｃＮＡｃ単糖又はＧｌｃＵＡ単糖の付加を触媒する。
【００９７】
治療として、アトピー性皮膚炎又は皮膚炎によって引き起こされるような乾皮症としても知られている、乾燥した鱗片状の皮膚は、有効成分としてヒアルロン酸ナトリウムを含む処方皮膚化粧水を用いて治療することができる。ここに記載されているいくつかの実施形態において、ヒアルロン酸合成酵素又はその一部をコードする核酸が提供される。いくつかの実施形態において、細胞は、ヒアルロン酸合成酵素又はその一部をコードする核酸を持っていてもよい。いくつかの実施形態において、ヒアルロン合成酵素には、ＨＡＳ１（配列番号１）、ＨＡＳ２（配列番号２）、ＨＡＳ３アイソフォーム１（配列番号３）又はＨＡＳ３アイソフォーム２（配列番号４）が含まれる。ヒアルロン酸は、皮膚をふっくらさせてシワを減らす一般的な美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、ヒアルロン酸合成酵素又はその一部をコードする核酸を持つ細胞は、ヒアルロン酸の生産に至ることができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは一般的な美容術に使用可能である。この細胞は孔と小胞において増殖及び局在することができるので、ヒアルロン酸の吸収は、ヒアルロン酸を含んで局所的に塗布されるローション剤と比較して増加する。いくつかの実施形態において、必要性のある乾皮症を患う被検体は、ヒアルロン酸合成酵素又はその一部をコードする核酸を有する細胞を含む局所製剤を投与されてもよい。
【００９８】
エラスチンは、急速に膨張して完全に元に戻らなければならない大動脈及び項靭帯等のような組織の主要な構造タンパクである。エラスチンは、終期の動脈形態形成の分子決定因子であり、血管平滑筋の増殖及び組織化を制御することにより動脈の構造を安定化することができる。エラスチンは、皮膚によって容易に吸収されることができるので、肌弾性に寄与するために使用可能である。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはエラスチン又はその一部を含む。微生物が真皮の角質層の下に入る能力及び気孔に入る能力を有するメリットを有することができるので、エラスチンがローション又はクリームによって局所的に塗布される場合に比べて、皮膚は、バクテリアからエラスチンを吸収するためのより良く多い機会を有するであろう。
【００９９】
いくつかの実施形態において、エラスチン又はその一部は、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７を含む。
【０１００】
コラーゲンは、動物における様々な結合組織の主要な構造タンパクである。コラーゲンは、長方形の筋原繊維の形態において、線維組織、腱、靭帯、皮膚で見つけることができ、角膜、軟骨、硬骨、血管、腸及び椎間板においてさらに豊富である。コラーゲンはほとんど繊維芽細胞から作られる。コラーゲンは、２個の同一なａ１鎖と、化学組成において異なっていてもよいさらなる鎖とからなる三重螺旋で構成されている。コラーゲンのアミノ酸組成は、ヒドロキシプロリンの高い含有量を有していてもよい。いくつかの実施形態において、治療様ペプチドは、コラーゲン又はその一部を含む。コラーゲンは、皮膚によって吸収されることができ、細胞外マトリクス及び皮膚厚さを増大させる。微生物が真皮の角質層の下に入る能力及び気孔に入る能力を有するメリットを有し得るので、分子それ自体がローション又はクリームによって局所的に塗布された場合と比較して、皮膚は、コラーゲンを吸収するためのより良い多い機会を有するであろう。いくつかの実施形態において、コラーゲン又はその一部を含む治療ペプチドは、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２又は配列番号２３を含む。
【０１０１】
ここに記載されている凝固因子は、血液を凝固又は凝塊させることができる化学成分及び細胞成分を表す。血液凝固因子は、血友病を患い必要とする被検体によって又は抗血液凝固剤の治療下にある被検体によって、外部から使用することができる。抗血液凝固剤は、魚油、アスピリン、抗血小板薬剤、及び、他のタイプの抗凝血剤を含んでいてもよい。抗凝血剤は、抗血栓剤、線維素溶解剤、及び、血栓溶解剤を含んでいてもよいが、これらに限定されない。
【０１０２】
凝固ＶＩＩＩ因子は、マルチ銅オキシダーゼファミリーのメンバーである。凝固ＶＩＩＩ因子は、Ｃａ+2及びリン脂質の存在下で因子Ｘを活性形態のＸａに変換する因子ＩＸａのための補因子である。凝固ＶＩＩＩ因子は、フォンビルブラント因子に結合して循環する凝固補因子であり、内因系凝固経路の一部である。凝固ＶＩＩＩ因子は、２個の別々の実体物からなる高分子複合体であり、そのうちの一方は欠損すると血友病Ａになり、他方は欠損するとヴォンヴィレブランド病になる。血友病Ａは、出血の永続的傾向を特徴とする血液凝固の疾患である。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは凝固ＶＩＩＩ因子を含む。いくつかの実施形態において、凝固ＶＩＩＩ因子は、配列番号２９又は配列番号３０を含む。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、２００ｋＤａアイソフォーム中に凝固ＶＩＩＩ因子重鎖を含む。いくつかの実施形態において、２００ｋＤａ中のその凝固ＶＩＩＩ因子重鎖は、配列番号３１を含む。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは９２ｋＤａアイソフォーム中に凝固ＶＩＩＩ因子重鎖を含む。いくつかの実施形態において、９２ｋＤａ中のその凝固ＶＩＩＩ因子重鎖は、配列番号３２を含む。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは凝固ＶＩＩＩ因子Ｂ鎖を含む。いくつかの実施形態において、その凝固ＶＩＩＩ因子Ｂ鎖は、配列番号３３を含む。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは凝固因子ＶＩＩＩａ軽鎖を含む。いくつかの実施形態において、その凝固因子ＶＩＩＩａ軽鎖は、配列番号３４を含む。
【０１０３】
因子ＩＸは、Ｃａ2+イオン、リン脂質及び因子ＶＩＩＩａの存在下で因子Ｘをその活性形態に変換することによって血液凝固の内因性経路に関与する、ビタミンＫ依存性の血漿タンパクである。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは因子ＩＸである。いくつかの実施形態において、因子ＩＶは、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８又は配列番号３９を含む。
【０１０４】
皮膚中のメラニンは、メラノサイトによって生産され、表皮の基底層において見られる。ヒトは一般に皮膚中に同じような濃度のメラノサイトを有しているが、いくつかの個体及び人種においてメラノサイトは、より高い頻度で又はより低い頻度でメラニンを生産する遺伝子を発現し、それによって皮膚メラニンの濃度がより多いか又はより少ない。
【０１０５】
チロシナーゼは、酸化酵素（メラニンの生産を制御するための律速酵素）である。チロシナーゼは、モノフェノールのヒドロキシル化、及び、対応するｏ−キノンへのｏ−ジフェノールの変換に関係する。ｏ−キノンは、いくつかの反応を経て最終的にメラニンを形成する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、チロシナーゼ又はその断片によって生産される。いくつかの実施形態において、チロシナーゼは、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３又は配列番号４４を含む。いくつかの実施形態において、細胞は、例えば、チロシナーゼをコードする核酸（すなわちその断片）を含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、微生物は、メラニンの酵素的生産のためのチロシナーゼを生産する。微生物が真皮の角質層の下に入る能力及び気孔に入る能力を有する利益を有し得るので、分子それ自体がローション又はクリームによって局所的に塗布された場合と比較して、皮膚は、これらの局所製剤を吸収するためのより良く多い機会を有するであろう。メラニンのこの生産は、被検体中のメラニンを増加させるために、「太陽レス」の日焼けのために使用可能である。
【０１０６】
ケモカインは、シグナリング分子として細胞によって分泌される小さいサイトカインのファミリーの１つである。ケモカインとして分類されるタンパクは、大きさが小さく（８−１０ＫＤａのサイズ）、保存された位置に４つの保存されたシステイン残基を有し、ケモカインの間で保存された３次元形状を形成している。ケモカインは、炎症誘発性であると考えることができ、感染部位に免疫系細胞を動員するための免疫反応中に誘導されることができる。一方で、他のものは、恒常的であり、組織メンテナンス又は発達の正常なプロセスの間に細胞の移動をコントロールすることに関係すると考えられている。ケモカインは、すべての脊椎動物、いくつかのウイルス及びいくつかのバクテリアで見られるが、他の無脊椎動物については記述がない。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはケモカインを含む。
【０１０７】
プレートリット塩基性タンパク（ＬＡ−ＰＦ４）は、ケモカインファミリーに属している。ＬＡ−ＰＦ４は、ＤＮＡ合成、細胞分裂、解糖、細胞内ｃＡＭＰ蓄積、プロスタグランジンＥ２分泌、及び、ヒアルロン酸と硫酸化グリコサミノグリカンの合成を促進する。ＬＡ−ＰＦ４は、ヒト滑膜細胞によってプラスミノーゲン活性化因子の形成及び分泌を促す。ＮＡＰ−２は、ＣＸＣＲ１及びＣＸＣＲ２に対するリガンドである。ＮＡＰ−２、ＮＡＰ−２（７３）、ＮＡＰ−２（７４）、ＮＡＰ−２（１−６６）、及び、最も強力なＮＡＰ−２（１−６３）は、好中球に対する化学誘引物質及び賦活物質である。ＴＣ−１及びＴＣ−２は、活性化血小板アルファ顆粒からインビトロで放出された抗菌性タンパクである。ＣＴＡＰ−ＩＩＩ（１−８１）は、ケモカインによって誘導される好中球活性化を抑制することにおいて、ＣＴＡＰ−ＩＩＩよりも強力である。ＬＡ−ＰＦ４は、より若い皮膚をもたらすために、繊維芽細胞を引き寄せてその線維芽細胞に細胞外マトリクスを生産させることにより、より厚くより若い皮膚に至るように、一般的美容術に使用することができる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドはプレートリット塩基性タンパクを含む。いくつかの実施形態において、プレートリット塩基性タンパクは、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１又は配列番号６２を含む。
【０１０８】
ＤＮＡ修復酵素は、活性酸素種、複製エラー、紫外線等のような外部物質によって引き起こされる外因性損傷、毒素、突然変異を起こし得る化学製品、ＤＮＡ挿入剤、及び、ウイルスによってダメージを受けたＤＮＡの修復に使用されている。いくつかのタイプの損傷が存在し、その損傷は、塩基の酸化、塩基のアルキル化、脱アミノ化、脱プリン化、塩基のミスマッチ、モノアダクトダメージ及びジアダクトダメージであり得る。ＤＮＡ修復酵素は、アンチエイジング及び太陽ダメージ／射光によるＤＮＡ損傷の逆転に使用することができる。
【０１０９】
塩基除去修復（Ｂａｓｅ  ｅｘｃｉｓｉｏｎ  ｒｅｐａｉｒ、ＢＥＲ）は、細胞周期中にダメージを受けたＤＮＡを修復するメカニズムであり、小さい非ヘリックス変形性の塩基傷害をゲノムから取り除く。ＢＥＲは、対合ミスによって変異に至る可能性がある損傷塩基又は複製中にＤＮＡにおける断裂に至る可能性がある損傷塩基を除去するので、ＢＥＲは非常に重要である。このプロセスは、ＤＮＡグリコシラーゼによって開始され、ダメージを受けた塩基又は不適切な塩基を認識して除去し、ＡＰサイトを形成することができる。その後、ＡＰサイトはその後ＡＰエンドヌクレアーゼによって開裂され、短い又は長いパッチ修復プロセスによって処理できる一本鎖に切断される。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、塩基除去修復（ＢＥＲ）酵素を含む。いくつかの実施形態において、ＢＥＲ酵素は、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４又は配列番号１５５を含む。
【０１１１】
ＤＮＡ損傷の直接的逆転は、ダメージを受けたＤＮＡを回復するための他の１つの修復機構である。ピリミジン２量体の形成は、紫外線によって引き起こされるダメージの主要な形態である。このダメージは、ＤＮＡ二重螺旋を歪め、ダメージを受けた場所を通って転写又は複製することを妨げる。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、ＤＮＡダメージの直接的逆転のための酵素を含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ損傷の直接的逆転のための酵素は、配列番号１５６、配列番号１５７又は配列番号１５８を含む。
【０１１２】
ＤＮＡ不正対合修復タンパクは、ＤＮＡ複製及び組み換えのプロセスに由来する、並びに、ＤＮＡダメージから生じ得る塩基の誤挿入、欠損及び誤組込を有する核酸の認識及び修復に関与している。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、ＤＮＡ不正対合修復のための酵素を含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ不正対合修復のための酵素は、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７又は配列番号１６８を含む。
【０１１３】
ヌクレオチド除去修復（Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｅｘｃｉｓｉｏｎ  ｒｅｐａｉｒ、ＮＥＲ）は、紫外線光によって引き起こされるＤＮＡ損傷を除去するＤＮＡ修復メカニズムである。紫外線光のダメージは、チミンダイマー及び６，４−光生成物からなる得るＤＮＡ付加体に至ることがある。ＮＥＲタンパクは、損傷を含む短い一本鎖ＤＮＡ断片の除去に至るダメージを認識する。その後、ダメージを受けていない相補鎖は、ＤＮＡリガーゼによって連結される短い相補的配列を合成するために、ＤＮＡポリメラーゼによってテンプレートとして使用される。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、ヌクレオチド除去修復用酵素を含む。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド除去修復用の酵素は、配列番号１６９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６又は配列番号１９７を含む。
【０１１４】
ＤＮＡ編集及び処理は、いくつかのタイプのヌクレアーゼの使用を必要とし、ＤＮＡ複製及び修復に関与する。例えば、ＤＮアーゼＩＶは、ＤＮＡ修復において５’の張り出しているフラップを除去することができ、ラギング鎖のＤＮＡ合成においてオカザキフラグメントの５’末端を処理する。長いパッチの塩基除去修復中におけるこのタンパクとＡＰエンドヌクレアーゼ１との間の直接的物理的相互作用は、基質上にタンパクの協調的な積み込みを提供し、それにより、基質を１つの酵素から別の酵素へ渡す。このタンパクは、ＸＰＧ／ＲＡＤ２エンドヌクレアーゼ・ファミリーのメンバーであり、無細胞ＤＮＡ複製に不可欠な１０個タンパクのうちの１つである。
【０１１５】
ミオチューブラリン関連タンパクとしても知られているＭＴＭＲ１５は、架橋剤によって生じるＤＮＡダメージの修復に関与するＤＮＡエンドヌクレアーゼ及びＤＮＡエキソヌクレアーゼである。ＦＡＮ１は、タンパク複合体であるＦＡＮＣＩ−ＦＡＮＣＤ２複合体と相互作用することにより、鎖間架橋ダメージの部位に動員される。これらのタンパクは一緒に、ＤＮＡダメージの部位に又はその部位の近くに蓄積するその能力に厳密に依存し、かつ、ＦＡＮＣＩ−ＦＡＮＣＤ２複合体のモノユビキチン化に依存した態様で、鎖間架橋修復を促進する。
【０１１６】
ＤＮアーゼＩＩＩ又はＴＲＥＸ１は、増殖する哺乳類組織及び増殖しない哺乳類組織の両方において広く分配した主要な核ＤＮＡ特異的３’−５’エキソヌクレアーゼである。ＤＮアーゼＩＩＩは、γ線照射又はヒドロキシ尿素によるＤＮＡ損傷の後に核をＳ期に移行させる。ＤＮアーゼＩＩＩは、修復において一本鎖ＤＮＡに対して優先傾向を有する。
【０１１７】
ＴＲＥＸ２は、３’エキソヌクレアーゼをコードする。コードされたタンパクは、二本鎖ＤＮＡ破損修復に関与することができ、ＤＮＡポリメラーゼデルタと相互作用することができる。ＴＲＥＸ２は、ＤＮＡ代謝経路において後のステップのための３’末端を生成するために、誤って修飾されたヌクレオチド、断片化したヌクレオチド、及び、正常なヌクレオチドを除去することができる。
【０１１８】
ＥＸＯ１／ＨＥＸ１は、ＤＮＡの複製、修復及び組み換えにおいて機能する８０３個のアミノ酸のヒトタンパクである。ＥＸＯ１／ＨＥＸ１は、誤対合に対して５’末端又は３’末端のいずれかに存在する鎖切断によって指示されるミスマッチ誘導性除去に関与することができる。
【０１１９】
アプラタキシン（ＡＰＴＸ）はＤＮＡの編集及び処理に関与する別のタンパクである。ＡＰＴＸは、ＡＭＰをＤＮＡ末端から除去すること及びその後の非相同末端結合におけるＤＮＡリガーゼＩＶの連結反応の試みによって、一本鎖ＤＮＡ修復において役割を果たす。
【０１２０】
ＳＰＯ１１は、編集及び処理をするヌクレアーゼのエンドヌクレアーゼであり、減数分裂性組換において機能する。ＳＰＯ１１は、ＤＮＡにおいて二本鎖ＤＮＡ切断末端（ＤＳＢ）を作る。これは、減数分裂性組換における重要なステップである。ＳＰＯ１１が無いと、ＤＳＢの生産を始めることができず、異常な染色体分離に至る可能性があり、異数性配偶子に至る可能性がある。
【０１２１】
エンドヌクレアーゼＶ（ＥＮＤＯＶ）は、編集及び処理をするヌクレアーゼのヌクレアーゼであり、イノシンに対して３’側に位置する２番目のホスホジエステル結合において、イノシンを含むＲＮＡを特異的に開裂するエンドリボヌクレアーゼである。ＥＮＤＯＶは、一本鎖ＲＮＡ（１本鎖ＲＮＡ）に対して、二本鎖ＲＮＡ（２本鎖ＲＮＡ）よりも強い選択性を有する。ＥＮＤＯＶは、イノシンを含むｍＲＮＡ及びイノシンを含むｔＲＮＡを開裂する。ＥＮＤＯＶは、特異的部位５’−ＩＩＵＩ−３’及び５’−ＵＩＵＵ−３’を含む構造特異的な２本鎖ＲＮＡ基質を開裂することができる。イノシンは、編集後の多数のＲＮＡ中に存在しているが、イノシン特異的エンドリボヌクレアーゼの機能はまだ明らかではない。イノシンは、編集されたＲＮＡにおいて制御的な役割を果たすことができ、あるいは、イノシンは、ＩからＡへの編集を経た超編集された長いウイルスの２本鎖ＲＮＡゲノムを除去することにより、抗ウイルス性応答に関与することができる。
【０１２２】
いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、編集及び処理をするヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態において、編集及び処理をするための酵素は、配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、又は、配列番号２０５を含む。
【０１２３】
テロメアは、老化及び細胞分裂又は細胞分裂の際に短くなる、染色体の先端の領域である。染色体の先端を修復するために、酵素（テロメラーゼ）は、加齢又は疾病に関連するダメージを修復するポテンシャルを有し得る先端を修復する。テロメラーゼは、テロメア領域（真核生物の染色体の末端）において、ＤＮＡの３’末端にＤＮＡ繰り返し塩基配列を加えるリボ核タンパクである。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、テロメラーゼ又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、テロメラーゼ又はその一部は、配列番号２０６、配列番号２０７、配列番号２０８又は配列番号２０９を含む。
【０１２４】
テロメア・タンパク１の保護配列は、ＰＯＴ１（テロムビン・ファミリーのメンバー）によってコードされ、テロメアのメンテナンスに関与している。ＰＯＴ１は、真核生物の染色体の端末においてテロメアの繰り返しに結合することによって機能し、テロメア長を制御し、不規則な組み換え、不安定性、及び、異常染色体不安定性から染色体末端を保護する。いくつかの実施形態において、治療用ペプチドは、テロメア・タンパク１の保護配列又はその一部を含む。いくつかの実施形態において、テロメア・タンパク１の保護配列又はその一部は、配列番号２１０、又は配列番号２１１を含む。
【０１２５】
いくつかの実施形態において、治療用の前記ペプチドが融合タンパクを含む方法が記載される。いくつかの実施形態において、融合タンパクは、エラスチン、コラーゲン、抗炎症性、凝固因子、ホルモン、血小板塩基性タンパク、形質転換成長因子、肝細胞成長因子、血管内皮細胞増殖因子、胎盤成長要因、血小板由来成長因子、上皮成長因子、繊維芽細胞成長因子、ＤＮＡ修復酵素、テロメラーゼ、又は、テロメラーゼ・タンパク１の保護配列のアミノ酸配列を含む第１のタンパク配列を含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、融合タンパクは、エラスチン、コラーゲン、抗炎症性、凝固因子、ホルモン、血小板塩基性タンパク、形質転換成長因子、肝細胞成長因子、血管内皮細胞増殖因子、胎盤成長要因、血小板由来成長因子、上皮成長因子、繊維芽細胞成長因子、ＤＮＡ修復酵素、テロメラーゼ、又は、テロメラーゼ・タンパク１の保護配列のアミノ酸配列を含む第２のタンパク配列であって、前記第２のタンパクのアミノ酸配列が前記第１のタンパクのアミノ酸配列ではないものに結合していてもよい。融合タンパクは、必要性のある被検体を治療するための治療ペプチドに第２の部分を導入することのさらなる利益を有することができる。
【０１２６】
本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアの集団は、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、コリネバクテリウム（ｃｏｒｎｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属、スタフィロコッカス（ｓｔａｐｈｙｌｏｃｃｏｕｓ）属、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）属、ラクトバチラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属、及び、ラクトコッカス（ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）属からなる群から選択されるバクテリアのメンバーから作成され及び／又は由来する。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、プロピオニバクテリウム属に由来する。プロピオニバクテリウムの種類の非限定的な例には、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）アシディファシエンス（ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）アシディプロピオニッチ（ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）アクネス（ａｃｎｅｓ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）オーストラリエンセ（ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）アヴィドゥム（ａｖｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）シクロヘキサニカム（ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｉｃｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）フロイデンライシイ（ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）フロイデンライシイ（ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）グラニュロスム（ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）イエンセニイ（ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ミクロアエロフィルム（ｍｉｃｒｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｍ）、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）プロピオニクム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、及び、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ソエニアンド（ｔｈｏｅｎｉｉａｎｄ）が含まれる。
【０１２７】
いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、プロピオニバクテリウム・アクネス種（Ｐ．アクネス）に由来する。遺伝子組み換えされたバクテリアは、Ｐ．アクネスの病原性株又は非病原性株に由来することができる。最近の研究は、Ｐ．アクネスの特定の株には、病原性に関連があるもの、及び、健康な皮膚に関連がある他のものがあることを示唆している（Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ，Ｓ．ら、（２０１３）  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．，  １３３（９）：  ２１５２−６０；  Ｌｏｍｈｏｌｔ  ＨＢ  ａｎｄ  Ｋｉｌｉａｎ  Ｍ．  （２０１０）  ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ，  ５（８）：ｅ１２２７７；  ＭｃＤｏｗｅｌｌ  Ａ，  ｅｔ  ａｌ．，  （２０１１）  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  １５７（Ｐｔ７）：１９９０−２００３）。健康な皮膚に関係していると考えられるタイプのうち、タイプＩＩリボタイプ６株は、ニキビと最も低い関連性を有すると考えられる。タイプＩＩのＰ．アクネスは、Ｐ．アクネスに特異的なファージに免疫を付与するＣＲＩＳＰＲ配列及び転移遺伝因子を含む（Ｂｒｕ¨ｇｇｅｍａｎｎ  Ｈ，ら、（２０１２）ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ７（３）：ｅ３４１７１）。これは、バクテリアが他の細菌から病原性の形質を獲得することができないので、なぜバクテリアが片利共生的な性質であり得ることを説明すると考えられる。
【０１２８】
遺伝子組み換えされたバクテリアは、Ｐ．アクネスの任意の適切なマイクロバイオームに由来することができ、その非限定的な例には、タイプＩ、タイプＩＩ、タイプＩＩＩ、タイプＩＶ及びタイプＶのマイクロバイオームが含まれる。ある実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、タイプＩ（例えば、クレードＩＡ又はタイプＩＢ）、タイプＩＩ、又は、タイプＩＩＩの表現型のＰ．アクネスの株に由来する。遺伝子組み換えされたバクテリアは、Ｐ．アクネスの任意の適切なリボタイプに由来するものであってもよく、その非限定的な例にはリボタイプＲＴ１〜ＲＴ３０が含まれる。ある実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、リボタイプＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ６、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９又はＲＴ１０のＰ．アクネスに由来する。ある実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、リボタイプＲＴ２又はＲＴ６のＰ．アクネスに由来する。ある実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、株タイプＩＩ及びリボタイプＲＴ２又はＲＴ６のＰ．アクネスに由来する。
【０１２９】
いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、時にはＣＲＩＳＰＲ配列と呼ばれるＣＲＩＳＰＲ（クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート）遺伝子座を含むバクテリアに由来する（例えば、Ｈｏｒｖａｔｈ及びＢａｒｒａｎｇｏｕ（２０１０）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２７：１６７＊７０；  Ｍａｋａｒｏｖａら、（２０１１）Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ９：４６７＊７７；及び、Ｂｒｕ¨ｇｇｅｍａｎｎ  Ｈ，ら、（２０１２）  ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ７（３）：ｅ３４１７１参照）。理論に拘束されるものではないが、Ｐ．アクネスのようなバクテリア中のＣＲＩＳＰＲ配列は、侵入する遺伝要素（例えば、ウイルス、ファージ及びプラスミド）に対する保護的な「免疫」を与えることが示されている。理論に拘束されるものではないが、ＣＲＩＳＰＲ配列の存在は、遺伝子組み換えされたバクテリアのゲノムの完全性を保ち、バクテリアの他の病原性種からの外来の遺伝要素の導入を防ぐことができる。ＣＲＩＳＰＲ配列は、他のバクテリア、ファージ及び／又はウイルスからの外来の遺伝要素の導入からバクテリアを防御すると考えられているが、ＣＲＩＳＰＲ配列を含むバクテリアは、相同的組換えによって、形質転換、形質転換されたＤＮＡの安定した統合、及び、核酸の統合を受け入れやすい。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、内因性のＣＲＩＳＰＲ配列を含む。いくつかの実施形態において、例えば、遺伝子組み換えされたバクテリアは、Ｐ．アクネスのＲＴ２又はＲＴ６のリボタイプに由来し、これらのそれぞれは内因性のＣＲＩＳＰＲ配列を含む。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされたバクテリアは、遺伝子操作によって導入された外因性のＣＲＩＳＰＲ配列を含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態において、修飾されたバクテリアの集団は、プロピオニバクテリウム・アクネス属又はその１つの株から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム・ストリアトゥム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｒｉａｔｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス・エピデルミス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ラクトバシラス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ラクトコッカスラクチス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンテロコッチ（Ｅｎｔｅｒｒｏｃｏｃｃｉ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、デモデックス（Ｄｅｍｏｄｅｘ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、マラセジア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、非病原性の大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｉａ  ｃｏｌｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アシドボラックス（Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ）属から作成される。形質転換されたバクテリアの集団は、アシドボラックス・テンペランズ（ｔｅｍｐｅｒａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）ヘモリチカス（ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）ジョンソニー（ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）ジュニイ（ｊｕｎｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団はアシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）ウルシンギイ（ｕｒｓｉｎｇｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アクチノマイセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）・ネスランディイ（ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団はアクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）・ニュイイ（ｎｅｕｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アナエロコッカス（ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アナエロコッカス（ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）プレボティイ（ｐｒｅｖｏｔｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）ヴァジナエ（ｖａｇｉｎａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブレヴィオバクテリウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブレヴィオバクテリウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）パウチボランス（ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブレブンディモナス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ）アウランティアカ（ａｕｒａｎｔｉａｃａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブレブンディモナス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ）アウランティアカ（ａｕｒａｎｔｉａｃａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブレブンディモナス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ）ベシキュラリス（ｖｅｓｉｃｕｌａｒｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、キャンディデイタス（ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）ノストコイダ（Ｎｏｓｔｏｃｏｉｄａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、キャンディデイタス（ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ）ノストコイダ（Ｎｏｓｔｏｃｏｉｄａ）リミコラ（ｌｉｍｉｃｏｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アコレンス（ａｃｃｏｌｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アファーメンタンス（ａｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アミコラツム（ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アペンディシス（ａｐｐｅｎｄｉｃｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アウリムコスム（ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・コイレアエ（ｃｏｙｌｅａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・デュラム（ｄｕｒｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・グラウクム（ｇｌａｕｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・グルクロノリティカム（ｇｌｕｃｕｒｏｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・イミタンス（ｉｍｉｔａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ジェイケイウム（ｊｅｉｋｅｉｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・クロッペンステディイ（ｋｒｏｐｐｅｎｓｔｅｄｔｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・リポフィロフラバム（ｌｉｐｏｐｈｉｌｏｆｌａｖｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・マツルショッティ（ｍａｔｒｕｃｈｏｔｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ミヌティシムーム（ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ムシファシエンス（ｍｕｃｉｆａｃｉｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・シュードジフテリクム（ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ニグリカンス（ｎｉｇｒｉｃａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・シュードジフテリクム（ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・シムランス（ｓｉｍｕｌａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・シングラーレ（ｓｉｎｇｕｌａｒｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・スンドスバレンセ（ｓｕｎｄｓｖａｌｌｅｎｓｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ツベルクロステアリカム（ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ディアフォロバクター（Ｄｉａｐｈｏｒｏｂａｃｔｅｒ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ディアフォロバクター（Ｄｉａｐｈｏｒｏｂａｃｔｅｒ）・ニトロレデュセンス（ｎｉｔｒｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンヒドロバクター（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンヒドロバクター（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ）・アエロサックス（ａｅｒｏｓａｃｃｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）・アズブリア（ａｓｂｕｒｉａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）・フェカーリス（ｆａｅｃａｌｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エレモコッカス（Ｅｒｅｍｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、エレモコッカス（Ｅｒｅｍｏｃｏｃｃｕｓ）・コレオコラ（ｃｏｌｅｏｃｏｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ファクラミア（Ｆａｃｋｌａｍｉａ）属から作成される。い
くつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ファクラミア（Ｆａｃｋｌａｍｉａ）ホミニス（ｈｏｍｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ファクラミア（Ｆａｃｋｌａｍｉａ）・ラングイダ（ｌａｎｇｕｉｄａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）・バジナリス（ｖａｇｉｎａｌｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）・ヘモリザンス（ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）・モルビローラム（ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）・サングイニス（ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）・ブロンキアリス（Ｂｒｏｎｃｈｉａｌｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）・スプチ（ｓｐｕｔｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）・テルラエ（ｔｅｒｒａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）・エレガンス（ｅｌｅｇａｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ハイフォミクロビウム（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ハイフォミクロビウム（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ）・ファシリ（ｆａｃｉｌｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ジャニバクター（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ジャニバクター（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ）・メロニス（ｍｅｌｏｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コクリア（Ｋｏｃｕｒｉａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コクリア（Ｋｏｃｕｒｉａ）・マリーナ（ｍａｒｉｎａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コクリア（Ｋｏｃｕｒｉａ）・パルストリス（ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コクリア（Ｋｏｃｕｒｉａ）リゾフィラ（ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ラクトバチラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ラクトバチラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）・クリスパトゥス（ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ラクトバチラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）・イエンセニイ（ｊｅｎｓｅｎｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロイコノストク（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロイコノストク（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）・アルゼンティヌム（ａｒｇｅｎｔｉｎｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・エキストロクエンス（ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・メソフィリカム（ｍｅｓｏｐｈｉｌｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）・ルテウス（ｌｕｔｅｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミクロルナタス（Ｍｉｃｒｏｌｕｎａｔｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミクロルナタス（Ｍｉｃｒｏｌｕｎａｔｕｓ）・ホスフォボラス（ｐｈｏｓｐｈｏｖｏｒｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）・カーティーシー（ｃｕｒｔｉｓｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）カーティーシー（ｃｕｒｔｉｓｉｉ）亜種ホルメシイ（ｈｏｌｍｅｓｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・クロロフェノリカム（ｃｈｌｏｒｏｐｈｅｎｏｌｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ミコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・オブエンセ（ｏｂｕｅｎｓｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ナカムレラ（Ｎａｋａｍｕｒｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ナカムレラ（Ｎａｋａｍｕｒｅｌｌａ）・マルチパーティタ（ｍｕｌｔｉｐａｒｔｉｔａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペドミクロビウム（Ｐｅｄｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペドミクロビウム（Ｐｅｄｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ）・オーストラリカム（ａｕｓｔｒａｌｉｃｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）・ハレイ（ｈａｒｅｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・アナエロビウス（ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プレボテーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プレボテーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）・ビヴィア（ｂｉｖｉａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プレボテーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）・コルポリス（ｃｏｒｐｏｒｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プレボテーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）・ディシエンス（ｄｉｓｉｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プレボテーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）・メラニノゲニカ（ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・グラニュロスム（ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）・アエルギノーザ（ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）から作成される。いくつかの実施形態におい���、形質転換されたバクテリアの集団は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）・サッカロフィリア（ｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）・スタッツェリ（ｓｔｕｔｚｅｒｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）・トレマエ（ｔｒｅｍａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）・コリネバクテリオイデス（ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）・エリスロポリス（ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）アエリア（ａｅｒｉａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）・デントカリオサ（ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）・ムチラギノーザ（ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）・ナシムリウム（ｎａｓｉｍｕｒｉｕｍ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、セラチア（Ｓｅｒｒａｔｉａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、セラチア（Ｓｅｒｒａｔｉａ）・リクファシエンス（ｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、セラチア（Ｓｅｒｒａｔｉａ）・マルセスセンス（ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）亜種サクエンシス（Ｓａｋｕｅｎｓｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、
スフィンゴビウム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スフィンゴビウム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ）・アミエンス（ａｍｉｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・カピティス（ｃａｐｉｔｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・カプラエ（ｃａｐｒａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・コーニイ（ｃｏｈｎｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・エピデルミディス（ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・ヘモリチカス（ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・ホミニス（ｈｏｍｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・サッカロリチカス（ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・ワーネリ（ｗａｒｎｅｒｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）・マルトフィリア（ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・アガラクティエ（ａｇａｌａｃｔｉａｅ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・クリスタトゥス（ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・ゴルドニ（ｇｏｒｄｏｎｉｉ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・インファンティス（ｉｎｆａｎｔｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・インターメジウス（ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・ミチス（ｍｉｔｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・パラサングイニス（ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・パラサングイニス（ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・サリバリウス（ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・サングイニス（ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、テトラスファエラ（Ｔｅｔｒａｓｐｈａｅｒａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、テトラスファエラ（Ｔｅｔｒａｓｐｈａｅｒａ）・エロンガタ（ｅｌｏｎｇａｔａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ツカムレラ（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ツカムレラ（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ）・チロシノソルベンス（ｔｙｒｏｓｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ツカムレラ（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）・パルブラ（ｐａｒｖｕｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ブラジリゾビウム（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）Ｕ８７７６から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、カルノバクテリウム（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ＡＪ４２７４４６から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ＡＹ５８１８８８から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ＡＦ５４３２８８から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団���、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）Ｘ８１８７２から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）Ｘ８４２５３から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ダーマコックス（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ）ＡＦ４０９０２５から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）ＡＢ１０９７６９から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）ＡＦ２２４３０９から作成される。いくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、メチロバクテリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ＡＹ７４１７１７から作成される。ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）ＤＱ４０９１３７。
【０１３１】
バクテリア菌株は、容易に該バクテリアを除去し、該バクテリアを減少させる方法のために、及び、宿主に対して有害になり得る望まれないバクテリア生体分子の放出を防ぐために、望まれない反応、炎症を回避するように修飾されていてもよい。
【０１３２】
いくつかのバクテリアには、溶菌及び炎症に関連し得る毒素タンパクが存在する。バクテリアは、例えば、内毒素及び外毒素のような毒素を分泌することができる。内毒素は、バクテリアの構造成分である細胞関連物質であり、宿主防御機構からの溶菌の結果としてバクテリア又は細菌性細胞から放される。外毒素は、バクテリアによって分泌され、小さい生体分子、タンパクであってもよいし、酵素的に作用する最小のペプチドであってもよい。細菌毒素のいくつかの例は、溶血素（大腸菌）、アルファ毒素（Ｓ．アウレウス）、ロイコチジン（Ｓ．アウレウス）、ＣＡＭＰ因子（プリピオニ・バクテリウム）、ヒアルロニダーゼ（プリピオニ・バクテリウム）、ノイラミニダーゼ（プリピオニ・バクテリウム）、腸毒素Ｂ（Ｓ．アウレウス）、ベロ毒素（大腸菌）を含むが、これらに限定されない。例えば、プロピオニバクテリウム（ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）アクネス（ａｃｎｅｓ）は、生来的に生体分子ＣＡＭＰ因子を作る。ＣＡＭＰ因子は、角化細胞とマクロファージに細胞毒性を与えることができるスフィンゴミエリナーゼと共に協働的な溶血作用を有する。ＣＡＭＰ因子は、宿主細胞に由来する酸スフィンゴミエリナーゼと一緒に、その宿主において細胞溶解および炎症を生じさせ得る。別の一例において、溶血は、宿主細胞を分解し、宿主細胞に侵入し、宿主の免疫系に抵抗するように機能する多くの病原菌によって使われるメカニズムである。Ｐ．アクネスは、そのゲノム中に、５つの異なるＣＡＭＰ同族体（ＣＡＭＰ１、ＣＡＭＰ２、ＣＡＭＰ３、ＣＡＭＰ４及びＣＡＭＰ５）を有している。他の多くのタイプのバクテリアも細胞毒素を分泌することができる。スタフィロコッカス・アウレウスは、例えば、酵素、毒素、超抗原、表皮剥脱毒素、アルファ毒素、ベータ毒素、デルタ毒素、及び、いくつかのタイプの二成分毒素を含むこれらに限定されない多様な毒性因子を生産することができる。
【０１３３】
いくつかのバクテリアにおいて、有益な効果のために、リパーゼを使用することができる。いくつかの微生物において、腋の異臭又は足底の異臭を患う被検体の油を分解するためにリパーゼが使用され得るので、リパーゼのための遺伝子がノックアウトされている。いくつかの実施形態において、プロピオニバクテリウムは、皮脂腺分泌を低減するためのリパーゼを放出するように遺伝子操作されている。
【０１３４】
毒性因子に由来する有害な効果を防ぐために、バクテリアの有毒因子の分泌に関係する対象特定遺伝子をノックアウトするために、修飾を行って、条件変異体を作成することができる。条件変異体は、ある許容環境条件下では野性型表現型を有し、他の限定条件下では変異表現型を有するものと記載することができる。いくつかの実施形態において、毒素タンパクをコードする遺伝子は、宿主における院内感染又は病徴を防ぐために、変異又はノックアウトされていてもよい。いくつかの実施形態において、宿主において炎症を生じさせる酵素をコードする遺伝子は、宿主における病状発現を防ぐために、変異又はノックアウトされていてもよい。いくつかの実施形態において、宿主ウイルス因子の合成に関与するタンパクをコードする遺伝子は、バクテリアにおいて変異又はノックアウトされていてもよい。いくつかの実施形態において、遺伝子はＣＡＭＰ因子のためのものである。いくつかの実施形態において、遺伝子はリパーゼのためのものである。しかし、いくつかの微生物において、腋の異臭又は足底の異臭を患う被検体の油を分解するためにリパーゼが使用され得るので、リパーゼのための遺伝子はノックアウトされている。いくつかの実施形態において、プロピオニバクテリウムは、皮脂腺分泌を低減するためのリパーゼを放出するように遺伝子操作されている。いくつかの実施形態において、その遺伝子は、アルファ毒素のためのものである。いくつかの実施形態において、その遺伝子は、ベータ毒素のためのものである。いくつかの実施形態において、その遺伝子は、デルタ毒素のためのものである。いくつかの実施形態において、その遺伝子は、二成分毒素のタイプのためのものである。いくつかの実施形態において、その遺伝子は、溶血素のためのものである。
【０１３５】
いくつかの微生物は、成長因子を必要とせず、必須のプリン、ピリミジン、アミノ酸及びビタミンを合成することができ、それら自身の代謝の一部として炭素源を用いて出発することができる。しかし、いくつかのタイプの微生物は、増殖するためにプリン、ピリミジン、アミノ酸及びビタミンを必要とし、それらの微生物を増殖するために培地中に加えられなければならない。野性型によって必要とされない成長因子を必要とするように微生物を遺伝子組み換えすることによって、当業者は、親生物によって共有されない栄養要求を有する、遺伝子組み換えされた「栄養素要求体」又は変異体生物を生産することができる。
【０１３６】
遺伝子組み換えされた微生物は、栄養素要求体であるように修飾されていてもよい。生存のための環境に依存性を作るために、当業者は、微環境中の微生物の量をコントロールしてもよいし、又は、必要とする栄養素の環境を枯渇させることにより微生物の集団を除去してもよい。いくつかの実施形態において、微生物は、グルタミン合成酵素をコードする遺伝子が変異した又はノックアウトされたゲノムを含む。いくつかの実施形態において、微生物は、アスパラギン合成酵素をコードする遺伝子が変異した又はノックアウトされたゲノムを含む。いくつかの実施形態において、微生物は、アスパルトキナーゼをコードする遺伝子が変異した又はノックアウトされたゲノムを含む。いくつかの実施形態において、微生物は、アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子が変異した又はノックアウトされたゲノムを含む。
【０１３７】
毒素は多くの菌類によっても分泌され、素因的条件下で宿主のそれらの菌類の成功したコロニー形成及び感染を可能にする。分泌タンパクは、いくつかの菌類種の毒性に関与し得る。例えば、バクテリア及び酵母の病原性においても役割を果たす加水分解酵素生産は、概して毒性に関係している。菌類によるいくつかの毒素には、分泌されたアスパラチル・プロテイナーゼ（Ｓａｐ）（Ｃ．アルビカンス）、ホスホリパーゼＢ酵素（白体）、リパーゼ（Ｃ．アルビカンス）が含まれるが、これらに限定されない。菌類による感染を防ぐために、宿主において有毒な因子が疾病を引き起こすのを防ぐために特定の遺伝子を変異又はノックアウトすることができる。
【０１３８】
真菌細胞は、生体分子を分泌するように遺伝子操作されていてもよい。ここに記載されているいくつかの実施形態において、形質転換された真菌細胞の集団は、その属からなる群からのメンバーから作られる。ここに記載されているいくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、カンジダ属からなる群からのバクテリアのメンバーから作られる。ここに記載されているいくつかの実施形態において、形質転換されたバクテリアの集団は、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）・アルビカンス（ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）・グラブラタ（ｇｌａｂｒａｔａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）・トロピカリス（ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）・パラシローシス（ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ）、及び、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）・クルセイ（ｋｒｕｓｅｉ）からなる群からのバクテリアのメンバーから作成される。
【０１３９】
ある実施形態において、組成物は、１つ以上の遺伝子組み換えされた微生物を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９又は少なくとも１０の遺伝子組み換えされた微生物を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは、１０、又は、より多くの遺伝子組み換えされた微生物を含む。ある実施形態において、組成物中の遺伝子組み換えされた微生物は、１つ以上の対象遺伝子を発現するように構成されている。ある実施形態において、組成物は、病原性分子（例えば、微生物に対して内因性病原性タンパク）の発現が実質的に低減又は除去されるように遺伝子組み換えされた微生物を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、遺伝子組み換えされた微生物を含み、該微生物の１つ以上の遺伝子（例えば、内因性必須遺伝子）がノックアウトされている。いくつかの実施形態において、組成物は、誘導プロモータの指令下で１つ以上の必須遺伝子を発現するように構成された遺伝子組換微生物を含む。
【０１４０】
ある実施形態において、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤又は担体を含む。本明細書において使用することが期待されている薬学的に許容可能な賦形剤又は担体は、多くの場合、遺伝子組み換えされた微生物に対して有毒ではない。本発明に従った使用のための医薬組成物は、薬学的に使用することができる賦形剤及び補助物を含む１つ以上の生理的に許容可能な担体を使用して、適切な方法で調剤することができる。適切な処方は、選択した投与経路に依存してもよい。特に、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕ
ｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ、イーストン、ペンシルベニア、１８ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ、１９９０）に一覧されているような、適切な処方、成分、賦形剤等、又は、それらの組み合わせを、本明細書に記載されている組成物と共に使用することができる。本明細書に記載されている組成物は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎに組み込まれてもよいし、又は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎに記載されている適切な材料と共に使用されてもよい。
【０１４１】
本明細書で使用されているように、「薬学的に許容可能な」及び「生理的に許容可能な」という用語は、生物学的に許容可能な処方、ガス、液体、固体、又は、それらの混合であって、１つ又はそれ以上の投与経路、インビボにおける送達又は接触に適していることを意味する。そのような処方は、溶媒（水性又は非水性）、溶液（水性又は非水性）、エマルジョン（例えば、水中油又は油中水）、懸濁液、シロップ剤、エリキシル剤、分散媒体、及び、懸濁媒体、コーティング、等張剤、並びに、吸収促進剤若しくは吸収遅延剤であって、薬学的投与又はインビボにおける接触若しくは送達に適合するものを含む。水性・非水性の溶剤、溶液、及び、懸濁液は、懸濁化剤及び増粘剤を含んでいてもよい。そのような薬学的に許容可能な担体は、錠剤（コーティングされた又はコーティングされていない）、カプセル（硬い又は柔らかい）、マイクロビーズ、粉末、果粒、及び、結晶を含む。補助的な活性化合物（例えば、保存剤、抗菌材、抗ウイルス剤、及び、抗真菌剤）は、組成物中に組み入まれていてもよい。
【０１４２】
遺伝子操作された微生物は、そのバクテリア又は真菌の生存のために最適な賦形剤の内部に置かれてもよい。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、バクテリアの完全性及び生存力を維持するのを支援する担体又は賦形剤を含む組成物が記載されている本明細書に記載されているように、賦形剤は、投与するための活性な薬剤を運ぶために使用される治療的価値のない物質を表すことができる。薬学的担体は、本明細書に記載されているように、医薬的に活性な物質がその中に調剤される及び／又は投与される溶剤として使用される担体又は不活性な媒体を表すことができる。担体は、重合体のミセル、リポソーム、リポタンパクをベースとした担体、ナノ粒子担体、デンドリマー、及び、当業者に知られているバクテリアのための他の担体を含む。理想的な担体は、無毒性、生物学的適合性、非免疫原性、生物分解性であり、宿主の防衛機制による認識を回避することができる。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、真菌の完全性を維持するのを支援する担体又は賦形剤を含む組成物が記載されている。いくつかの実施形態において、賦形剤は薬学的担体である。いくつかの実施形態において、賦形剤は医薬組成物を含む。いくつかの実施形態において、賦形剤は重合体のミセルである。いくつかの実施形態において、賦形剤はリポソームである。いくつかの実施形態において、賦形剤はリポタンパクをベースとした担体である。いくつかの実施形態において、賦形剤はナノ粒子担体である。いくつかの実施形態において、賦形剤はデンドリマーである。
【０１４３】
医薬組成物は、特定の投与経路に適合するように調剤されてもよい。したがって、医薬組成物は、多様な経路による投与に適した担体、希釈剤又は賦形剤を含む。
【０１４４】
いくつかの実施形態において、組成物は、例えば、局所的処方（例えば、皮膚組織）として調剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、例えば、哺乳動物に対する局所的投与のために調剤される。局所的製剤は、例えば、ゲル処方、クリーム処方、ローション処方、ペースト処方、軟膏処方、油処方、及び、泡処方のような処方を含んでいてもよい。組成物は、例えば、吸収皮膚軟化剤をさらに含んでいてもよい。
【０１４５】
組成物のさらなる例は、任意に、粘液に対して、又は、吸入、呼吸、鼻腔、口、頬、若しくは、舌下によって送達されるように調剤されてもよい。
【０１４６】
塩が加えられてもよい。塩の非限定的な例には、酢酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、ビ酒石酸塩、ブロミド、炭酸塩、クロリド、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、フマル酸塩、グルセプテート、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化物、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシレート、メチルブロマイド、硫酸メチル、粘液酸塩、ナプシラート、硝酸塩、パモエート、エンボン酸塩、リン酸塩、二リン酸塩、サリチラートおよびジサリチル酸塩、ステアリン酸塩、スクシナート、硫酸塩、酒石酸塩、トシラート、トリエチオダイド、吉草酸塩、アルミニウム、ベンザチン、カルシウム、エチレンジアミン、リジン、マグネシウム、メグルミン、カリウム、プロカイン、ナトリウム、トロメタミン、又は、亜鉛が含まれる。
【０１４７】
キレート剤が加えられてもよい。キレート剤の非限定的な例には、エチレンジアミン、エチレングリコール四酢酸、１，２−ビス（ｏ−アミノフェノキシ）エタン−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−四酢酸、ペニシラミン、デフェラシロクス、デフェリプロン、デフェロキサミン、２，３−ジスルファニルプロパン−１−オール、デクスラゾキサン、鉄（ＩＩ，ＩＩＩ）ヘキサシアノ鉄酸塩（ＩＩ，ＩＩＩ）、（Ｒ）−５−（１，２−ジチオラン−３−イル）ペンタン酸、２，３−ジメルカプト−１−プロパンスルホン酸、ジメルカプトコハク酸、又は、ジエチレントリアミン・ペンタ酢酸が含まれる。
【０１４８】
緩衝剤が加えられてもよい。緩衝剤の非限定的な例には、リン酸塩、クエン酸塩、酢酸塩、ホウ酸塩、ＴＡＰＳ、ビシン、トリス、トリシン、ＴＡＰＳＯ、ＨＥＰＥＳ、ＴＥＳ、ＭＯＰＳ、ＰＩＰＥＳ、カコジル酸塩、ＳＳＣ、ＭＥＳ又はコハク酸が含まれる。
【０１４９】
助溶剤が加えられてもよい。助溶剤の非限定的な例には、水酸基又は他の極性基（例えば、イソプロピルアルコール等のアルコール）；プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル等のグリコール；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸エステルが含まれる。助溶剤の非限定的な例には、水酸基又は他の極性基（例えば、イソプロピルアルコール等のアルコール）；プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル等のグリコール；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸エステルが含まれる。
【０１５０】
補助的な化合物（例えば、保存剤、酸化防止剤、抗微生物薬や、抗ウイルス剤や、抗真菌剤等の生物致死剤及びバイオスタット（ｂｉｏｓｔａｔ）を含む抗菌剤）を加えることもできる。従って、医薬組成物は、保存剤、酸化防止剤、及び、抗微生物剤を含んでいてもよい。
【０１５１】
保存剤は、望まれない微生物増殖を抑制するために、又は、成分の安定性を高めてそれによって保存可能期間を延長するために、使用されてもよい。適切な保存剤は、当業界で知られており、例えば、ＥＤＴＡ、ＥＧＴＡ、塩化ベンザルコニウム、又は、安息香酸若しくは安息香酸ナトリウム等の安息香酸塩を含む。酸化防止剤は、例えば、アスコルビン酸、ビタミンＡ、ビタミンＥ、トコフェロール、及び、類似したビタミン又はプロビタミンを含む。
【０１５２】
本明細書中のいくつかの実施形態において、将来の使用のために、遺伝子操作されたバクテリアを極低温で保存する方法が記載される。本明細書中のいくつかの実施形態において、将来の使用のために、遺伝子操作されたバクテリアを凍結乾燥することによって該バクテリアを保存する方法が記載される。本明細書中のいくつかの実施形態において、将来の使用のために、遺伝子操作された真菌を極低温で保存する方法が記載される。本明細書中のいくつかの実施形態において、将来の使用のために、バクテリアを凍結乾燥することによってその遺伝子操作された真菌を保存する方法が記載される。
【０１５３】
抗ウイルス剤の特定の非限定的なクラスは、逆転写酵素阻害剤；プロテアーゼ阻害剤；
チミジンキナーゼ阻害剤；糖又は糖タンパクの合成抑制剤；構造タンパク合成抑制剤；ヌクレオシド類似化合物；及び、ウイルス成熟阻害剤を含む。抗ウイルス剤の特定の非限定的な例は、ネビラピン、デラビルジン、エファビレンツ、サキナビル、リトナビル、インジナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、ジドブジン（ＡＺＴ）、スタブジン（ｄ４Ｔ）、ラミブジン（３ＴＣ）、ジダノシン（ＤＤＩ）、ザルシタビン（ｄｄＣ）、アバカビル、アシクロビル、ペンシクロビル、リバビリン、バルシビル、ガンシクロビル、１，−Ｄ−リボフラノシル−１，２，４−トリアゾール−３カルボキサミド、９−〉２−ヒドロキシエトキシ・メチルグアニン、アダマンタナミン、５−ヨード−２'−デオキシウリジン、トリフルオロサイミジン、インターフェロン、及び、アデニンアラビノシドを含む。
【０１５４】
本発明の組成物及び方法に適切な医薬処方及び送達システムは、当業界において知られている（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  （２００３）  ２０ｔｈ  ｅｄ．，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，  Ｅａｓｔｏｎ，  ＰＡ；  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈ
ａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  （１９９０）  １８ｔｈ  ｅｄ．，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，  Ｅａｓｔｏｎ，  ＰＡ；  Ｔｈｅ  Ｍｅｒｃｋ  Ｉｎｄｅｘ  （１９９６）  １２ｔｈ  ｅｄ．，  Ｍｅｒｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ，  Ｗｈｉｔｅｈｏｕｓｅ，  ＮＪ；  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｓｏｌｉｄ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  （１９９３），  Ｔｅｃｈｎｏｎｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，  Ｉｎｃ．，  Ｌａｎｃａｓｔｅｒ，  Ｐａ．；  Ａｎｓｅｌ  ａｄ  Ｓｏｋｌｏｓａ，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ  （２００１）  １１ｔｈ  ｅｄ．，  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，  Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，  ＭＤ；及び、ａｎｄ  Ｐｏｚｎａｎｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  （１９８０），  Ｒ．  Ｌ．  Ｊｕｌｉａｎｏ，  ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ，  Ｎ．Ｙ．，  ２５３−３１５頁を参照されたい。）。
【０１５５】
ある実施形態において、組成物は、直接又は間接的に関与するように構成された分子（誘導プロモータ）を含む。いくつかの実施形態において、誘導プロモータに噛み合うように構成された分子は、誘導プロモータを活性化する（例えば、遺伝子の転写／翻訳を活性化する）ように構成されている。いくつかの実施形態において、誘導プロモータに噛み合うように構成された分子は、誘導プロモータによる遺伝子発現の活性化を抑制するように構成されている。いくつかの実施形態において、誘導プロモータに噛み合うように構成された分子は、化合物、アルコール、栄養素、金属、アミノ酸（例えば、合成アミノ酸等のアミノ酸）、糖若しくは糖類似体（例えば、ラクトース、アラビノース、ＩＰＴＧ）、ペプチド、又は、タンパクを含む。ある実施形態において、組成物は、ラクトース、アラビノース、ＩＰＴＧ、トリプトファン、又は、テトラサイクリンを含む。
【０１５６】
ある実施形態において、形質転換のための又は微生物ゲノムに統合するための核酸を作る方法が開示される。方法は、ペプチドをコードする核酸配列を提供するステップと、前記核酸配列を、制御因子をコードする核酸配列又は分泌ペプチドをコードする核酸に連結するステップとを含む。いくつかの実施形態において、核酸がペプチドをコードする配列を含み、前記ペプチドが分泌ペプチドのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、分泌のためのシグナル配列を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、配列を含むか、又は、細胞分泌経路によって認識されるポリペプチド配列をコードする。いくつかの実施形態において、核酸は、対象とする生体分子の生産のために、非分泌タンパク（例えば、酵素）をコードする。いくつかの実施形態において、分泌のためのシグナル配列は、配列番号２１２、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番号２１５又は配列番号２１６を含む。
【０１５７】
当業者は、遺伝子発現レベルがプロモータ配列及び制御因子等の多くの要因に依存することを理解するであろう。最大のタンパク選択の別の要因は、宿主の典型的なコドン利用に転写遺伝子のコドンを適応させることである。ほとんどのバクテリアについて広く知られているように、コドンの小さい部分集合は、ｔＲＮＡ種によって認識されて翻訳選択に至り、タンパク発現の限定において重要である。この側面において、多くの合成遺伝子は、そのタンパク発現レベルを増加させるように設計されていてもよい。コドン最適化の設計プロセスは、まれなコドンを、タンパク発現効率で知られているコドンに変更することであってもよい。いくつかの実施形態において、コドン選択が記載され、コドン選択は、高タンパク生産のために最適化された合成遺伝転写物を作るために当業者に知られているアルゴリズムを使用することにより行われてもよい。コドン最適化のためのアルゴリズムを含むプログラムは、当業者に公知である。プログラムには、例えば、ＯｐｔｉｍｕｍＧｅｎｅ（商標）、ＧｅｎｅＧＰＳＲアルゴリズム等が含まれてもよい。さらに合成コドンに最適化された配列は、例えば、インテグレイティッドＤＮＡテクノロジーズ及び他の市販のＤＮＡ塩基配列決定サービスから購入することができる。いくつかの実施形態において、分泌のためのペプチドが記載されており、分泌のためのそのペプチドのための遺伝子は、ヒトにおける発現のために最適化されたコドンである。いくつかの実施形態において、分泌のためのペプチドが記載されており、完全な遺伝子転写物のための遺伝子は、発現バクテリアのために最適化されたコドンであり、それは、遺伝子転写物、分泌ペプチド、及び、発現のレベルを増加させると知られている他のペプチドを含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、ペプチドが記載されており、分泌のためのそのペプチドのための遺伝子は、特にバクテリア及び真菌細胞におけるタンパク発現のために、選択されたコドンを有するように最適化されている。
【０１５８】
「被検体」という用語は、本明細書に記載されている遺伝子組み換え微生物との接触又は該微生物の投与から利益を得る疾患を有する又はそのリスクのある被検体を含むが、それに限定されない。被検体は、ヒト、ヒト以外の霊長類（類人猿、テナガザル、ゴリラ、チンパンジー、オランウータン、マカク）等の哺乳類の動物（哺乳動物）、家庭内動物又は伴侶動物（イヌ及びネコ）、家畜（ニワトリ及びアヒル等の家禽、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）、及び、実験動物（マウス、ラット、ラビット、モルモット）を含む。被検体は、家畜動物及び家畜病モデル（例えば、皮膚障害のマウス及び他の動物モデル）を含む。
【０１５９】
遺伝子組み換えされた微生物及び遺伝子組み換えされた微生物を含む組成物の発明は、様々な方法及び用途及び薬物において使用することができる。そのような方法及び用途及び薬剤は、例えば、エクスビボ及びインビボの投与を含む。いくつかの実施形態において、提供される方法及び用途及び薬剤は、皮膚障害の治療のための方法及び用途及び薬剤を含む。
【０１６０】
皮膚障害は、皮膚障害に対する遺伝性素因からも生じることがあり、また、皮膚表面に存在することができる天然のフローラ又は天然のバクテリアの乱れからも生じることがある。いくつかのタイプの皮膚障害が存在し、例えば、これらに限定されるものではないが、ニキビ、紫外線角化症、円形脱毛症、足白癬、爪真菌症、アトピー性皮膚炎、臭汗症、湿疹、爪の真菌感染、乾癬、酒さ、遅い創傷治癒、毛包炎、毛孔性角化症、口囲皮膚炎、血管線維症、皮膚炎症、美容術、老化損傷、色素異常症、早発性白髪、及び、脂漏症が存在する。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、皮膚障害を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、酒さを治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、脱毛を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、爪真菌症を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、臭汗症を治療する方法が記載される。
いくつかの実施形態において、遅い創傷治癒を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、早発性白髪を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、皮膚炎症を治療する方法が記載される。いくつかの実施形態において、色素異常症を治療する方法が記載される。
【０１６１】
ニキビ又は尋常性ざ瘡は、顔、首、胸、及び、背中に影響し得る共通の皮膚病であり、脂漏症を有する皮膚の領域が特徴である。ニキビを有する皮膚の部位は、面皰、丘疹、小結節、嚢腫、煮沸、嚢腫性ざ瘡、及び、座瘡も有する可能性がある。ニキビは、テストステロン等のホルモンによって生じる可能性があり、関連する脂線によって影響される可能性がある。ニキビの原因は、ホルモン、遺伝的影響、及び、観戦的影響に由来する可能性がある。ニキビのための管理は、過酸化ベンゾイル、サリチル酸及びホルモン等の局所用薬剤の使用であり得る。より一般的なのは、ニキビを治療するための抗生物質の使用であり得るが、耐性菌を開発する能力により、多くのタイプの抗生物質はあまり有効でなくなっている。
【０１６２】
プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐ．アクネス）は、ニキビを生じさせると広く結論付けられている嫌気性の細菌種である。スタフィロコッカス・アウレウスは、皮膚の天然のフローラバクテリアの１つであり、健康な皮膚及び感染した皮膚のいずれにもみられるが、皮膚に感染する日和見性のバクテリアであるとも考えられている。しかし、Ｐ．アクネス及びスタフィロコッカス・アウレウスは、抗生物質耐性を発達させていることが研究で示されており、それによって、通常は抗生物質を用いて治療される皮膚障害の新しい治療を開発する必要性を増大させている。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、生体分子を分泌する遺伝子組み換えされたバクテリアは、ニキビを治療するために使用される。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、生体分子を分泌する遺伝子組み換えされた真菌は、ニキビを治療するために使用される。
【０１６３】
酒さは、本明細書に記載されているように、顔面紅斑と、時には、ざ瘡によって特徴づけられる慢性症状を表す。酒さは４つのサブタイプを有し、３つは皮膚に影響し、第４のものは目に影響する（眼タイプ）。初期治療は、局所的なステロイドの使用であったが、局所的ステロイドの形態での治療は、長期使用により病状を悪化させる場合がある。したがって、現在、新しい治療法が研究されている。酒さは両方の性に影響するが、女性においてほぼ３倍生じる。
【０１６４】
酒さは、頬、鼻又は前頭を横切って、顔面中央の発赤として始まるが、首、胸、耳、及び、頭皮にはあまり影響しない。いくつかのケースにおいて、半永久の紅潮、毛細血管拡張症（顔の表面血管の拡張）、赤いドーム型の丘疹（小さいこぶ）及び膿疱、赤いざらざらした目、燃えて刺す感覚等のさらなる症状が生じることがあり、いくつかの進んだケースにおいては、赤く分葉した鼻、鼻瘤が生じることもある。紅潮及び赤面の発現の原因となるトリガーが酒さの発現において役割を果たしている。極端な温度への暴露は、顔面潮紅の原因となる可能性があり、激しい運動、日光からの熱、重度の日焼け、ストレス、不安、寒風、並びに、冬の暖められた店及びオフィス等のような寒い環境から暖かい又は暑い環境に移動することもその原因となる可能性がある。アルコール、カフェインを含む飲食物（特に、熱いお茶及びコーヒー）、ヒスタミン含有量が高い食料、及び、スパイシーな食料を含む、紅潮の原因となり得るいくつかの食料及び飲料も存在している。
【０１６５】
特定の薬剤及び局所的な刺激物が酒さを急速に誘発することもある。酒さの原因となることが報告されているいくつかのニキビとしわの治療には、マイクロダーマブレーション及びケミカルピール、並びに、高投与量のイソトレチノイン、過酸化ベンゾイル、及び、トレチノインが含まれる。ステロイドで誘導される酒さは、局所的ステロイド剤又は鼻ステロイド剤の使用が原因となる酒さに与えられる用語である。これらのステロイドは、脂漏性皮膚炎に対してしばしば処方される。投与量はゆっくり減少させるべきであり、急激な再発を回避するためには直ちに止めるべきでない。腸内フローラは、この病気を引き起こすことにおいて役割を果たし得る。
【０１６６】
経口用テトラサイクリン抗生物質（テトラサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン）、及び、メトロニダゾール等の局所用抗生物質は、通常は、丘疹、膿疱、炎症、及び、いくつかの発赤を軽減するために医者によって処方される第１の防衛線である。
【０１６７】
経口用抗生物質は、眼の酒さの症状を軽減するのを支援することができる。丘疹と膿疱が続く場合、時には、イソトレチノインが処方される可能性がある。イソトレチノインは、多くの副作用を有しており、重度のニキビを治療するために通常は使用されるが、低投与量では、丘疹膿疱型酒さと瘤腫型酒さに対して有効であることが証明されている。いくつかの個体は、特に膿疱と紅斑の有病率を低減することにおいて、罹患したエリアにおけるサンタル油の局所的適用によく応答する。経口用抗生物質は、酒さの原因となり得る皮膚表面のバクテリアに対する最初の防衛線になりえるが、抗生物質耐性の高まりにより、バクテリアによる皮膚の病気と酒さの両方を治療するために、新しい開発が求められてきた。本明細書に記載されているいくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は酒さの治療に使用される。
【０１６８】
本明細書に記載されているような円形脱毛症は、身体のいくつかの領域又はすべての領域から、通常は頭皮から、毛が失われる状態を表す。円形脱毛症は、頭皮にむき出しのスポットを生じさせるので、特に初期段階では、時々スポット脱毛症と呼ばれる。ケースの１〜２％では、症状は、全頭皮（全脱毛症）又は全表皮（全身性脱毛症）に拡大する可能性がある。円形脱毛症に似た、同様の原因を有する症状は、他の種にも生じている。
【０１６９】
この病状は、身体がそれ自身の抗原となる毛包を攻撃して育毛を抑制又は停止する、全身性自己免疫疾患であると考えられる。Ｔ細胞リンパ球は、影響を受ける毛胞の周囲に群がり、炎症及びその後の毛髪脱落を生じさせる。先天性の円形脱毛症を生まれつき持っている赤ん坊の少数の事例が報告されているが、幼児は明確に高度に発達した免疫系を有しないで産まれるので、それらは自己免疫疾患の症例ではない。内因性レチノイド代謝障害は、円形脱毛症の病理発生の鍵となる部分である。さらに、ある証拠は、円形脱毛症が髪色に関連した毛包の部分に影響することを示している。白髪は影響されることはない。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物は、免疫不全の治療に使用される。
【０１７０】
爪真菌症は、爪の真菌感染を表す。その感染は、爪真菌症の病原体によって生じる可能性があり、皮膚糸状菌、カンジダ、及び、非皮膚糸状菌を含む。皮膚糸状菌は、温暖な西洋諸国において最も一般的な爪真菌症の原因となる菌類であるが、カンジダ属及び非皮膚糸状菌は、暑く湿度の高い気候を有する熱帯地方及び亜熱帯地方においてより頻繁に関与している。病原は、カンジダ及び非皮膚糸状菌を含んでいる可能性があり、特に、カビ生成のスキタリディウム（ネオスキタリジウム）、スコプラリオプシス、及び、アスペルギルスのメンバーを含む可能性がある。カンジダ種は、手を水に頻繁に沈める人々において、主として指爪の爪真菌症を生じさせる。スキタリディウムは、後で温暖な気候のエリアに移動しても続くが、主として熱帯地方の人々に影響する。治療の多くは、テルビナフィン、イトラコナゾール及びフルコナゾール等の局所的及び殺菌性の薬剤を含む。
【０１７１】
臭汗症は、皮脂性及びアポクリン腺が役割を果たす身体常態を表す。病状は、臭汗症、アポクリン臭汗症、臭汗症、皮膚悪臭、臭汗、及び、悪臭のある発汗と表すことができる。臭汗症又は腋臭症は、汗の異常な増加によっても生じる、細菌増殖を助ける水が豊富な環境に起因した腐敗臭によって定義される。いくつかの実施形態において、方法は、臭汗症の治療のために使用される。
【０１７２】
「貧弱な創傷治癒」は、貧弱な免疫系、糖尿病、ヒト成長ホルモンの低下、慢性関節リウマチ、脈管疾病又は動脈疾病に由来する血行不良、亜鉛欠乏、ビタミン欠乏、狼瘡等によって生じる可能性がある。いくつかのケースにおいては、貧弱な創傷治癒は、正常なフローラによる日和見感染に結びつく可能性がある。いくつかの実施形態において、遺伝子組み換えされた微生物を使用した創傷治癒のための治療が記載される。
【０１７３】
「皮膚炎症」及び「慢性皮膚炎症」は、皮膚領域のマクロファージ浸潤を特徴とする。感染中に、マクロファージ応答は、慢性炎症を介在しており、いくつかの炎症性皮膚病で見られ、乾癬、アトピー性皮膚炎、及び、慢性の接触性皮膚炎を含むが、これらに限定されない。炎症反応を減少させるために、炎症部位におけるマクロファージの除去を求められる治療が記載される。１つの方法は、マクロファージによって生産されるエフェクタ分子又はサイトカインの活性をブロックすることである。別の１つの方法は、抗毒素を改変することにより、炎症中にマクロファージを、局所的にアポトーシス除去のための標的にすることである。治療は、皮膚の移植片対宿主疾患、苔癬状、硬皮症、環状肉芽腫、サルコイド、慢性の接触性皮膚炎、乾癬、ＵＶ皮膚損傷、アトピー性皮膚炎、及び、皮膚Ｔ細胞リンパ腫等の皮膚炎症又は慢性皮膚炎症によって生じるその他の皮膚障害のためのものとなり得る。しかし、局所反応を除去するほとんどの方法は多大な時間がかかる。この点で、慢性皮膚炎症の部位においてマクロファージを局所的に除去するために、遺伝子操作された微生物の集団を有することは、皮膚炎症又は慢性皮膚炎症のいずれかの速い治療を提供することができる。
【０１７４】
本発明は、プロピオニバクテリウム属のバクテリア等の遺伝子組み換えされた微生物と、組成物及びその医薬処方とを含み、適切なパッケージング材の中にパッケージされたキットを提供する。キットは、様々なインビトロ、エクスビボ及びインビボの方法及び使用、例えば、本明細書に記載されているような治療方法又は使用において使用することができる。
【０１７５】
キットは、典型的には、ラベル、又は、その構成物の説明書若しくはその構成物のインビトロ、エクスビボ及びインビボで使用するための説明書を含むパッケージング添付物を含む。キットは、そのような構成物（例えば、プロピオニバクテリウム属のバクテリア等の遺伝子組み換えされた微生物単独、又は、他のもの（例えば、抗炎症剤）と組み合わせた治療的に有益な組成物）を集めたものを含んでいてもよい。
【０１７６】
「パッケージング材」という用語は、キットのコンポーネントを収容する物理構造を表す。
ッケージング材は、その成分を無菌的に維持することができ、そのような目的に一般的に使用される材料（例えば、紙、波状の繊維、ガラス、プラスチック、ホイル、アンプル、バイアル、チューブ等）で作ることができる。
【０１７７】
本発明のキットはラベル又は添付物を含んでいてもよい。ラベル又は添付物は、構成物、キット若しくはパッケージング材（例えば、箱）と分離した又は貼付された、又は、キット構成物を含むアンプル、チューブ若しくはバイアルに貼付された「印刷物」（例えば、紙、厚紙）を含む。ラベル又は添付物は、ディスク（例えば、ハードディスク）、ＣＤ−ＲＯＭ若しくはＤＶＤ−ＲＯＭ／ＲＡＭ、ＤＶＤ等の光ディスク、ＭＰ３、磁気テープ、若しくは、ＲＡＭ及びＲＯＭ等の電気的記憶媒体等のコンピューター読取り可能なメディア、又は、これらを合わせたもの（磁気／光記憶装置媒体、ＦＬＡＳＨ媒体又は記憶型カード等）をさらに含んでいてもよい。
【０１７８】
ラベル又は添付物は、構成物、用量、作用メカニズムを含む有効成分の臨床薬理、薬物動態学、及び、薬動力学の１つ以上の識別情報を含んでいてもよい。ラベル又は添付物は、メーカー情報、ロット番号、メーカー所在地及び日付を確認する情報を含んでいてもよい。
【０１７９】
ラベル又は添付物は、キットの構成物を使用することができる病状、疾患、疾病又は症状に関する情報を含んでいてもよい。ラベル又は添付物は、方法、使用、治療プロトコル又は治療規制においてキット構成物の１つ以上を使用するための、臨床医又は被検体のための指示書を含んでいてもよい。指示書は、用量、頻度又は期間、並びに、本明細書に記載されている方法及び使用、治療プロトコル又は治療規制のいずれかを実行するための指示を含んでいてもよい。
【０１８０】
別段の定めがない限り、本明細書において使用されている技術的及び科学用語のすべては、本発明が属する分野の当業者が一般的に理解するのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているのと類似した又は等価である方法及び材料を本発明の実施又は試験において使用することができるが、適切な方法及び材料が本明細書に記載されている。
【０１８１】
本明細書において引用されているすべての出願、公開公報、特許及び他の参照物、並びに、ＧｅｎＢａｎｋの引用及びＡＴＣＣの引用は、参照することによってそれらの全体が組み込まれている。矛盾する場合には、定義を含む明細書が支配する。
【０１８２】
実質的にすべての複数形及び／又は単数形の用語の使用に関して、当業者は、文脈及び／又は用途に適切なように、複数形から単数形に、及び／又は、単数形から複数形に翻訳することができる。従って、別段の定めがない限り、単数形である「１つの」（ａ）、「及び」（ａｎｄ）、「その」（ｔｈｅ）は、複数の指示物を含む。様々な単数形／複数形の入れ替えは、明確性の目的のために明示的に本明細書に記載されていてもよい。従って、例えば、「１つのタンパク」（ａ  ｐｒｏｔｅｉｎ）又は「１つの遺伝子」（ａｎ  ｇｅｎｅ）への言及は、複数のタンパク又は複数の遺伝子を含む。
【０１８３】
一般に、本出願で使用されている用語、特に添付の特許請求の範囲（例えば、添付の特許請求の範囲の本体）が、通常、「オープン」の用語として意図されていること（例えば、「〜を含む」という用語は、「〜を含むが、それらに限定されない」として解釈されるべきであり、「〜を有する」という用語は、「〜を少なくとも有する」として解釈されるべきであり、「〜を含む」という用語は、「〜を含むが、それらに制限されない」として解釈されるべきである等）は、当業者によって理解されるであろう。導入される請求項記述の特定の数が意図されていれば、そのような意図が請求項で明示的に記述されており、また、そのような記述がなければそのような意図が存在しないことは、当業者によって理解されるであろう。例えば、理解を助けるものとして、添付の特許請求の範囲は、請求項記述を導入するために導入フレーズ「少なくとも１つ」（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ）及び「１つ又はそれ以上」（ｏｎｅ  ｏｒ  ｍｏｒｅ）の使用を含んでいてもよい。しかし、同じ請求項が導入フレーズ「１つ以上」又は「少なくとも１つ」と不定冠詞「１つの」（ａ）又は「１つの」（ａｎ）とを含む場合でさえも、そのようなフレーズの使用は、不定冠詞「１つの」（ａ）又は「１つの」（ａｎ）による請求項記述の導入により、そのような導入された請求項記述を含むあらゆる特定の請求項が、そのような記述のように１つのだけのものを含む実施形態に限定されることを示唆するように解釈されるべきでない（例えば、「１つの」（ａ）及び／又は「１つの」（ａｎ）は、「少なくとも１つ」（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ）及び「１つ又はそれ以上」（ｏｎｅ  ｏｒ  ｍｏｒｅ）を意味するように解釈されるべきである）。請求項記述を導入するために使用されている定冠詞の使用に同じことが該当する。さらに、導入される請求項記述の特定の数が明示的に記述されていても、当業者は、その記述されている数を少なくとも意味するように、そのような記述が解釈されるべきであることを理解するであろう（例えば、他の修飾がない「２つの」は、少なくとも２つ、又は、２つ以上を意味する）。更に、「Ａ、Ｂ及びＣ少なくとも１つ等」と似た慣例が使われる例においては、一般に、そのような構文は、当業者がその慣例を理解するような意味が意図されている（例えば、「Ａ、Ｂ及びＣの少なくとも１つを有するシステム」は、Ａのみを有するシステム、Ｂのみを有するシステム、Ｃのみを有するシステム、ＡとＢを共に有するシステム、ＡとＣを共に有するシステム、ＢとＣを共に有するシステム、及び／又は、ＡとＢとＣを共に有するシステム等を含むが、それらに限定されない。）。「Ａ、Ｂ及びＣ少なくとも１つ等」と似た慣例が使われる例においては、一般に、そのような構文は、当業者がその慣例を理解するような意味が意図されている（例えば、「Ａ、Ｂ及びＣの少なくとも１つを有するシステム」は、Ａのみを有するシステム、Ｂのみを有するシステム、Ｃのみを有するシステム、ＡとＢを共に有するシステム、ＡとＣを共に有するシステム、ＢとＣを共に有するシステム、及び／又は、ＡとＢとＣを共に有するシステム等を含むが、それらに限定されない。）。さらに、２つ以上の選択的事項を表す離��的単語及び／又はフレーズの実質的にすべては、明細書、特許請求の範囲又は図面のいずれにおけるかに拘わらず、その事項のうちの１つ、その事項のどちらか、又は、両方の事項を含む可能性を検討するように理解されるべきことは、当業者によって理解されるであろう。例えば、「Ａ又はＢ」というフレーズは、「Ａ」又は「Ｂ」と「Ａ及びＢ」の可能性を含むこと理解するであろう。
【０１８４】
さらに、本開示の特徴又は側面がマーカッシュグループの観点で記載されている場合、当業者は、当該開示が、それによって、マーカッシュグループのメンバーの任意の個々のメンバー又はサブグループの観点で記載されていることを理解するであろう。
【０１８５】
本明細書に記載されているように、数値は、この文書の全体を通じて範囲形式でたびたび示されている。範囲形式の使用は、単に便宜と簡潔さのためのものであり、発明の範囲に対する硬直した限定として解釈されるべきでない。従って、別段の定めがない限り、範囲の使用は、あらゆる部分範囲、及び、範囲内のすべての個々の数値を明示的に含んでおり、すべての数値又はすべての数値範囲は、そのような範囲内の整数、及び、範囲内の数値又は整数の分数を含む。この解釈は、範囲の幅にかかわらず、この特許文書の全体に渡るすべての文脈において当てはまる。従って、本明細書中に開示されているすべての範囲は、あらゆるすべてのあり得る部分範囲及びその部分範囲の組み合わせをも包含する。挙げられているあらゆる範囲は、同じ範囲が、少なくとも、等しい、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１などに分解されることを充分に記載して可能にするものとして容易に理解され得る。非限定的な一例として、本明細書で議論されている各範囲は、より低い３分の１、中間の３分の１、より高い３分の１等に容易に分解することができる。さらに、当業者によって理解されるように、「〜まで」（ｕｐ  ｔｏ）、「〜より大きい」（ｇｒｅａｔｅｒ  ｔｈａｎ）、「〜より小さい」（ｌｅｓｓ  ｔｈａｎ）等のすべての言葉は、記載されている数を含み、上で議論されているような部分範囲に分割することができる範囲を表す。最後に、当業者によって理解されるように、範囲は、それぞれ個々構成要素を含む。従って、例えば、１〜３個の項目を有するグループは、１個の項目を有するグループ、２個の項目を有するグループ又は３個の項目を有するグループを表す。同様に、１〜５個の項目を有するグループは、１個の項目を有するグループ、２個の項目を有するグループ、３個の項目を有するグループ、４個の項目を有するグループ又は５個の項目を有するグループを表す。
【０１８６】
様々な側面及び実施形態が本明細書に開示されているが、他の側面及び実施形態が当業者に明らかであろう。本明細書に開示されている様々な側面及び実施形態は、説明の目的のためのものであり、限定するものとして意図されておらず、真の範囲及び精神は、特許請求の範囲によって示される。
【０１８７】
当業者は、本明細書に開示されているこの及び他のプロセス及び方法のために、そのプロセス及び方法において行われる機能を異なる順序で実施することができることを理解するであろう。更に、概説されているステップ及び操作は、単に例として提供されており、そのステップ及び操作のいくつかは任意的であってもよく、より少ないステップ及び操作に併合されてもよく、又は、開示されている実施形態の本質を損なうことなくさらなるステップ及び操作に拡大されてもよい。
【０１８８】
当業者は、本明細書に開示されているこの及び他のプロセス及び方法のために、そのプロセス及び方法において行われる機能を異なる順序で実施することができることを理解するであろう。更に、概説されているステップ及び操作は、単に例として提供されており、そのステップ及び操作のいくつかは任意的であってもよく、より少ないステップ及び操作に併合されてもよく、又は、開示されている実施形態の本質を損なうことなくさらなるステップ及び操作に拡大されてもよい。
【０１８９】
以下に記載されている実施例は、特定の実施形態を示しており、本技術を限定しない。
実施例
実施例１
ＲＴ６  Ｐ．アクネス株の単離
【０１９０】
ヒト皮膚からバクテリアを回収するために、以下のようにｅ−ｓｗａｂ（Ｆｉｓｈｅｒ）を使用した。ボランティア被検体は、頬と前頭部にｅ−ｓｗａｂを塗布する前に、石鹸と常水で顔を洗い、エタノールワイプで顔をきれいにした。次に、その塗布器を転写媒体と共にチューブに移した。バクテリアを媒体中に放出するためにそのチューブを攪拌した。その転写媒体の１００倍稀釈液をＲＩＣプレートに被覆した。１週間の嫌気的培養の後に、各プレート上でコロニーを観察した。ＤＮＡ抽出のための適切な濃度に達するまで、これらのコロニーをＢＨＩミディアム中で培養した。ゲノムＤＮＡを、市販キット（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を使用して準備し、Ｐ．アクネスに特異的な１６Ｓ  ｒＤＮＡプライマーＰａｓ９／Ｐａｓ１１を使用してＰＣＲ増幅した（表１）。そのＰＣＲ断片を、ゲルで精製し、プライマー１６ＳＦｓｅｑを使用して配列決定した。その配列を、ＡＴＴＣＣ１１８２８（タイプＩＩ）及びＡＴＣＣ６９１９（タイプＩ）に由来する１６Ｓ  ｒＤＮＡ遺伝子（ＮＣ＿０１７５５０（配列番号２９０）と並べた。ヌクレオチド１３１５においてＣからＴへの転化を示したコロニーを、タイプＩＩ  ＲＴ６として割り当てた。それらのコロニーがタイプＩＩ株に属することを確認するために、それらのコロニーをｒｅｃＡ遺伝子について試験した。プライマーＲｅｃＡＦ／ＲｅｃＡＲを用いたＰＣＲ増幅の後に、その断片をゲル精製し、プライマーＲｅｃＡＦｓｅｑ及びＲｅｃＡＲｓｅｑを用いて配列決定した。両方のプライマーで得られた配列の組み合わせは、ｒｅｃＡ遺伝子の９０％以上をカバーしていた。配列決定したＲｅｃＡ断片を、参照配列のためのＡＴＣＣ１１８２８株及びＡＴＣＣ６９１９株に由来するｒｅｃＡ遺伝子と並べた。
【表１】
2017521059.tif 000002
実施例２  分子クローニング
【０１９１】
ＰＣＲ増幅は、メーカーの推奨に従ってＱ５ハイフィデリティＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂ）及びＰＣＲマシン（Ｅｐｐｅｎｄオープンリーディングフレーム）を使用して行った。遺伝子アッセンブリ反応のために、ギブソン・アセンブリ・メソッド（ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡ  Ａｓｓｅｍｂｌｙ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｋｉｔ，  Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂ）、及び、ゴールデンゲート・アセンブリ・メソッド（ＮＥＢ  Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  Ｋｉｔ，  Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂ）をメーカーの推奨に従って使用した。
実施例３  ゲノムＤＮＡの分離
【０１９２】
Ｒｈｅｅ（２０１１）によって記載されている手続をマイナーチェンジしたものに従ってフェノール・クロロホルム抽出により、バクテリア菌株から全ゲノムＤＮＡを分離した。Ｐ．アクネス株を、脳心臓浸出物培養液（ＢＨＩ）中で、後期対数増殖期まで３７℃で培養した。その細胞を回収した後に、その細胞ペレットを、１０ｍＭトリス−Ｃｌ（ｐＨ８．０）、１０ｍＭ  Ｎａ2ＥＤＴＡを用いて再懸濁し、ライソザイム（最終濃度＝１ｍｇ／ｍＬ）を加えた。３７℃で２０分間インキュベートした後に、ＳＤＳの１０％を加え（最終濃度＝１．４％）、氷上で１０分間インキュベートした。溶解産物を、等しい体積のフェノール・クロロホルム合剤（フェノール、クロロホルム及びイソアミルアルコールが２５：２４：１）で３回抽出し、次に、ＤＮＡを、エタノールを用いて沈殿して乾燥した。
実施例４
Ｐ．アクネスのエレクトロポレーション。
【０１９３】
Ｃｈｅｏｎｇ（２００８）及びＲｈｅｅ（２００７）らによって記載されている手続によって、Ｐ．アクネスを形質転換した。細胞は、１３×１００ねじこみキャップチューブ中で、培養液（Ｏｘｙｒａｓｅ）用のオキシラーゼを含む９ｍＬＢＨＩにおいて、光学濃度（ＯＤ）６００ｎｍが約０．５になるまで培養した。細胞を、遠心分離（４℃、４３００Ｇ、１０分間）によって集め、氷冷したＳＧ溶媒（グリセロール１０％、スクロース０．５Ｍ）で３回洗浄した。細胞をＳＧ溶媒（約５倍  １０9−１０10ＣＦＵ／ｍｌ）中で再懸濁した。これらの電気的形質転換受容性細胞を直ちに使用した。７５マイクロリットルの細胞懸濁液を、ＤＮＡと混合し、冷却したエレクトロポレーションキュベット（１ｍｍギャップ）に移した。Ｂｉｏ−Ｒａｄエレクトロポレータを使用したエレクトロポレーション条件は、１．５ＫＶ、２５μＦ及び６００オームであった。時間定数を８．５〜１０ミリ秒にセットした。エレクトロポレーションの後に、細胞を、培養液用のオキシラーゼ（Ｏｘｙｒａｓｅ）を含む２ｍｌのあらかじめ暖めた（３７℃）ＢＨＩに移した。これらの細胞を１０時間３７℃で培養した。細胞を、室温で遠心分離（２０００Ｇ、１０分間）によって集め、抗生物質で強化されたクロストリディウムの寒天プレート上に広げた。プレートを無気的条件において３７℃で培養した。
実施例５  バシラス・サチリスの増殖停止株の構築
【０１９４】
バシラス・サチリス株１６８のゲノムＤＮＡをテンプレートとし、プライマー（ｄ−Ｂ＿Ｆ：ａｇｇａａｇｇａＴＣＣＡＴＧＧＡＡＡＡＴＡＴＡＴＴＡＧＡＣＣＴＧ（配列番号２２４）、プライマーｄ−Ｂ＿Ｒ：  ｃｔａｔｇａｃｃａｔｇａｔｔａｃｇＣＧＣＡＴＧＡＡＴＡＡＣＧＧＴＣＧＴＡＴＧ（配列番号２２５）を用いて、バシラス・サチリスの先端を切断したｄｎａＡ遺伝子をＰＣＲにより増幅した。プライマー（１２５＿Ｆ：ｇｃｃｔｇｃａｇｇｔｃｇａｃｔＴＴＡＡＧＴＴＡＴＴＧＧＴＡＴＧＡＣＴＧＧＴＴＴＴＡＡＧ（配列番号２２６）、プライマー１２５＿Ｒ：ｔｃｃａｔｇｇａＴＣＣＴＴＣＣＴＣＣＴＴＴＡＡＴＴＧＧ（配列番号２２７）を用いて、クロラムフェニコール遺伝子及びＩＰＴＧ誘導プロモータを備えたＤＮＡ領域を、ＰＣＲによって増幅された。これらのＰＣＲ産物を、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒＲ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡアッセンブリ・クローニング・キットによって組み立てた。その生成物をＨｉｎｄＩＩＩによって短くし、３２５７塩基対の断片を自己連結した。自己連結されたＤＮＡを、バシラス・サチリス株中に形質転換し、Ｃｍ（５μｇ／ｍＬ）及び（異なる濃度のＩＰＴＧ０、０．０５、０．１及び０．２５ｍＭ）を含むＬＢ上で形質転換体を選抜した。
実施例６  Ｐ．アクネスの増殖停止株の構築
【０１９５】
アラビノース誘導性ｆｔｓオペロン
バシラス・サチリスのアラビノース誘導プロモータ及びレギュレータの先端を切断したものを、バシラス・サチリス株１６８のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（ａｒａＲＥ  Ｆ：  ＴＧＣＡＧＴＴＣＴＡＧＡＣＧＡＣＡＣＡＧＧＣＴＧＡＣＧＡＡＡＴＴＡ）（配列番号２２８）及びプライマーａｒａＲＥ  Ｒ：  ＣＧＴＡＧＣＧＡＡＴＴＣＣＡＴＴＴＣＣＣＴＧＣＣＣＴＣＣＣＧＡＡ（配列番号２２９）を用いて、ＰＣＲによって増幅した。ＰＣＲ産物の１４６８塩基対をｐＵＣ１８に自己連結し、ＸｂａＩとＥｃｏＲＩにより加水分解した。Ｐ．アクネスの先端を切断したこのｆｔｓオペロンを、Ｐ．アクネス株ＡＴＣＣ１１８２８のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（ｆｔｚｏｐｅ  Ｆ：  ＣＴＧＡＣＴＧＡＡＴＴＣＧＣＴＴＣＣＣＡＡＣＧＧＧＧＣＣＧＴＴＴ）（配列番号２３０）及びプライマーｆｔｚｏｐｅ  Ｒ：  ＧＡＣＴＧＣＧＡＡＴＴＣＣＴＧＡＡＧＡＧＣＣＧＴＣＡＣＣＧＡＣＡ（配列番号２３１）を用いて、ＰＣＲによって増幅した。ＥｃｏＲＩによって加水分解された１３３２塩基対のＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩによって加水分解されたアラビノース・プロモータと共にｐＵＣ１８の中に連結した。エリスロマイシン遺伝子と共にそのＤＮＡの１２３６塩基対を挿入した後に、このプラスミドをＰ．アクネス株に導入し、Ｌ−アラビノース（１．５％ｗ／ｖ）を含む補強クロストリジウム培地上で形質転換体を選抜した。
実施例７  ラクトース誘導性ｄｎａＡ遺伝子
β−ガラクトース・プロモータ領域及びＰ．アクネスの先端を切断したｄｎａＡ遺伝子を、Ｐ．アクネスＡＴＣＣ１１８２８株のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（０４１０−１Ｆ：ＧＧＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＣＧＡＧＴＧＴＴＧＴＧＧＡＡＣＧＡＣＡＡＣＡ（配列番号：２３２）、０４１０−１Ｒ：ＧＧＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＣＧＡＴＧＧＣＡＣＣＡＡＣＣＴＴＡＧＡＧＡＧ（配列番号：２３３）、０４１０−２Ｆ：ＧＧＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＣＧＣＣＡＴＧＴＣＣＧＡＣＡＣＡＣＣＧＴＴＣ（配列番号：２３４）、０４１０−２Ｒ：ＧＧＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＣＧＧＧＴＡＧＡＧＡＣＴＧＧＧＴＡＧＡＧＡＣＧ（配列番号：２３５）を用いて、ＰＣＲによって増幅した。抗生物質遺伝子であるエリスロマイシン遺伝子及びクロラムフェニコール遺伝子を有するこれらのＰＣＲ産物及びＤＮＡ断片を、ゴールデンゲート・アセンブリ・メソッド（ＮＥＢ  Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  Ｋｉｔ，  Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂ）によってｐＵＣ１８の中に連結した。このプラスミドをＰ．アクネス株に導入し、ラクトース（１．０％のｗ／ｖ）を含む修正された補強クロストリジウム培地上で選択形質転換体を選抜した。
【表２】
2017521059.tif 000003
実施例８  ＣＡＭＰＩＩ突然変異体Ｐ．アクネス株の構築
【０１９６】
Ｐ．アクネスＡＴＣＣ１１８２８株のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（０４２２ＮＢ−１Ｆ：ＡＧＴＡＡＡＣＴＴＧＧＴＣＴＧＡＣＡＴＧＡＡＧＡＡＧＡＣＣＣＡＴＣＴＴＧ（配列番号：２４２）、０４２２ＮＢ−１Ｒ：ＴＡＴＡＴＡＴＡＴＴＴＡＴＴＡＴＣＣＧＡＴＧＧＡＣＣＴＴＧＴＴＴＴＧＧＡＧＡＧ（配列番号：２４３））を用いて、Ｐ．アクネスのＣＡＭＰＩＩ遺伝子の読始コドンから、先端を切断したオープンリーディングフレームの４００塩基対を、ＰＣＲによって増幅した。そのＰＣＲ産物及びＤＮＡ断片の４３８塩基対を、エリスロマイシン耐性遺伝子及びクロラムフェニコール耐性遺伝子と共に、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡ・アセンブリ・クローニング・キットによってｐＵＣ１８と連結した。この連結反応生成物の形質転換体を、ａｍｐ（１００μｇ／ｍＬ）及びｃｍ（２０ｍｇ／ｍＬ）を含むＬＢプレート上で選抜した。大腸菌ｄｃｍ−ｄａｍ−株中に形質転換した後に、そのプラスミドを、Ｐ．アクネス中に導入し、ｅｒｍ（５μｇ／ｍＬ）又はｃｍ（５μｇ／ｍＬ）プレートを含む補強クロストリジウム培地上で嫌気的に選抜した。ＣＡＭＰＩＩ変異体コロニーをＰＣＲによってチェックした。
実施例９  マーカーがない変異体Ｐ．アクネス株の構築（図９）
【０１９７】
標的遺伝子の上流領域及び下流領域をＰＣＲによって増幅した。これらの領域は５００塩基対より大きいはずである。抗生物質マーカーを有していたが、Ｐ．アクネスのための複製起点を有していなかったプラスミドと、これらのＤＮＡ断片を連結した。この自殺ベクターをＰ．アクネス中に導入し、抗生物質によって形質転換体を選抜した。
これらの確認の後、細胞を、第２の相同組換えを許可する抗生物質のない補強クロストリジウム培地において培養された。
プレート上の条痕の後、マーカーがない突然変異体コロニーはＰＣＲによって遮られた。
実施例１０
ラクトース誘導性ＩＬ１０分泌Ｐ．アクネス株の構築
【０１９８】
Ｐ．アクネスＡＴＣＣ１１８２８株のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（０５０５−１Ｆ：  ＴＡＡＡＣＴＴＧＧＴＣＴＧＡＣＡＧＴＧＣＧＣＡＣＣＧＡＴＧＡＧＣＧＧＣＡＧＡ（配列番号２４４）、０５０５の１＿Ｒ：  ＴＴＧＣＡＡＡＣＡＴＧＧＣＡＣＣＡＡＣＣＴＴＡＧＡＧＡＧＴＣＡＴＧ（配列番号２４５））を用いて、Ｐ．アクネスのβ−ガラクトース・プロモータ領域の１０３７塩基対をＰＣＲによって増幅した。ＩＬ１０の分泌のために、バシラス・サチリス株１６８のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、プライマー（０５０５−２＿Ｆ：ＧＧＴＴＧＧＴＧＣＣＡＴＧＴＴＴＧＣＡＡＡＡＣＧＡＴＴＣＡＡＡＡＣ（配列番号２４６）、０５０５−２＿Ｒ：ＡＧＧＡＧＴＧＣＡＴＡＴＧＡＴＡＡＡＴＡＧＡＣＡＴＧＧＴＴＣＣＧ（配列番号２４７））を用いて、シグナルペプチド領域の１８８塩基対を、ＰＣＲによって増幅した。ヒトＩＬ１０  オープンリーディングフレームの５６８塩基対をＰＣＲによって増幅した（０５０５−３＿Ｆ：  ＣＴＡＴＴＴＡＴＣＡＴＡＴＧＣＡＣＴＣＣＴＣＣＧＣＴＣＴＧ（配列番号２４８）、０５０５−３＿Ｒ：  ＴＴＡＴＣＣＧＡＴＴＣＡＴＧＡＧＡＣＴＧＴＣＡＧＴＴＧＣＧＧＡＴＣＴＴＣＡＴＧＧ（配列番号２４９））。これらのＰＣＲ産物及びＤＮＡ断片を、エリスロマイシン耐性遺伝子及びクロラムフェニコール耐性遺伝子と共に、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡアセンブリ・クローニング・キットによって、ｐＵＣ１８と連結した。この連結反応生成物の形質転換体を、ａｍｐ（１００μｇ／ｍＬ）及びｃｍ（２０ｍｇ／ｍＬ）を含むＬＢプレート上で選抜した。大腸菌ｄｃｍ−ｄａｍ−株中に形質転換した後に、そのプラスミドを、Ｐ．アクネス中に導入し、ｅｒｍ（５μｇ／ｍＬ）又はｃｍ（５μｇ／ｍＬ）を含む補強クロストリジウム培地プレート上で嫌気的に選抜した。ＰＣＲによる形質転換体のチェック後に、ラクトースによる誘導及びＩＬ１０の分泌をＥＬＩＳＡによって分析した。
実施例１１  ＭＣ／９の細胞培養
【０１９９】
ネズミのＭＣ／９の細胞を、ＡＴＣＣ（ＣＲＬ−８３０６）から取得し、１０％ＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１０％Ｒａｔ  Ｔ−ＳＴＩＭ（ＢＤ）、２ｍＭグルタミン酸塩、０．０５ｍＭ  ２−メルカプトエタノール、及び、ｐｅｎ/ｓｔｒｅｐが追加されたＤＭＥＭ中で増殖させた。細胞を、３７℃の５％炭酸ガスのインキュベータにおいて、２×１０5細胞／ｍｌの濃度で維持した。
実施例１２  ＩＬ−１０のための機能分析
【０２００】
ヒトＩＬ−１０のための工業用のＥＬＩＳＡ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用して、精製された組み換えヒトＩＬ−１０の量を計測した。ＭＣ／９の細胞増殖の用量依存的共刺激（ヒトＩＬ−４を用いた）を使用することによって、発現されたＩＬ−１０の生物学的活性を試験した。簡潔に、細胞を遠心分離し、その増殖培地中のＲａｔ−Ｔ−ＳＴＩＭの痕跡をすべて除去するためにＲＰＭＩ１６４０（Ｇｉｂｃｏ）で２回洗浄した。次に、細胞を、１０％ＦＢＳ、２ｍＭグルタミン酸塩、ペン／ストレップ、２−メルカプトエタノール、及び、２００ｐｇ／ｍｌのヒトＩＬ−４（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）が追加されたＤＭＥＭ中に再懸濁した。この細胞を、９６ウェルプレート中に１ウェルあたり２００００個の細胞の密度で被覆した。標準曲線を作成するために、工業用組み換えヒトＩＬ−１０（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を使用した。細胞を８２時間培養し、ＸＴＴ分析（Ｂｉｏｔｉｕｍ）を使用して細胞増殖を測定した。
実施例１３  Ｒ６タイプＩＩ  Ｐ．アクネスの分離
【０２０１】
タイプＩＩ、ＲＴ６  Ｐ．アクネスを分離することを目的として、分離されたＰ．アクネス株を、どのリボタイプであるかを決定するためにチェックした。タイプＩＩ株とタイプＩ株に由来するｅｃＡ遺伝子の配列の整列から（図１０）、１０個のヌクレオチドの相違を見出すことができる。これらの変異はＰ．アクネスのサブタイプを確認するために使用される。ＡＴＣＣ株１１８２８は、タイプＩＩ  Ｐ．アクネスに対するポジティブコントロールとして使用した。
【０２０２】
ＲＴ６クローンと推定されるものから配列決定したｒｅｃＡ遺伝子が、ＡＴＴＣＣ１１８２８株に由来するｒｅｃＡ遺伝子の領域７２０−１１９１と共に並んでいる（図１１）。タイプＩ株、ＮＣＴＣ７３７との整列は、５塩基対の変異を示しており、コロニーがタイプＩＩであることを示している。
【０２０３】
さらに、ＲＴ６クローンと推定されるものから配列決定されたｒｅｃＡ遺伝子が、ＡＴＴＣＣ１１８２８株に由来するｒｅｃＡ遺伝子の領域６４−３２５（配列番号２７６）と共に並んでいる。タイプＩ株、ＮＣＴＣ７３７（配列番号２７７）との整列は、３塩基対の変異を示しており、コロニーがタイプＩＩであることを示している。
【０２０４】
ＡＴＣＣ１１８２８のためのＳＮＰ配列が、文献から得たＲＴ６  ＳＮＰ配列と共に並んでおり、９個が分離された（１３１５のＣ→Ｔ）（図１２）。我々の研究から分離された９個の株は、公表されているＲＴ６  ＳＮＰ配列と一致する（例えば、Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ，  Ｓら、  （２０１３）  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．，  １３３（９）：２１５２−６０）。
実施例１４  ＲＴ６  Ｐ．アクネス株へのヒトＩＬ−１０遺伝子、ヒトＥＧＦ遺伝子及びヒトＨＧＨ遺伝子のノックイン
【０２０５】
ヒトＩＬ−１０、ヒトＥＧＦ及びヒトＧＨのための遺伝子のすべてを、個別のＰ．アクネス株の誘導性ＬａｃＺプロモータの下にクローンした。０．１ｍＭ  ＩＰＴＧとの細胞のインキュベーションにおいて、我々は、それぞれの遺伝子の発現及び増殖培地中への分泌を観察し始めた（図１３）。
実施例１５  ハウスキーピング遺伝子に対する誘導プロモータの導入によるＰ．アクネスの増殖停止
【０２０６】
Ｐ．アクネスの増殖は、ＩＰＴＧによる誘導によってのみ達成可能であった（表３）。個別の栄養素によってヒト遺伝子分泌及び増殖停止をコントロールすることができるように、アラビノース誘導性プロモータで同じ構築物が作られている。
【表３】
2017521059.tif 000004
実施例１６  Ｐ．アクネスのＣＡＭＰＩＩ変異及びＩＬ−１０発現株の構築
【０２０７】
Ｐ．アクネスＡＴＣＣ１１８２８株のゲノムＤＮＡを用いて、Ｐ．アクネスのＣＡＭＰＩＩオープンリーディングフレームに由来する１１００塩基対の上流領域（プライマーＵｐ−Ｃ  Ｆ及びプライマーＵｐ−Ｃ  Ｒ）及び先端が切断されたＣＡＭＰＩＩオープンリーディングフレームの４００塩基対（プライマーＣＡＭＰＩＩＦ及びプライマーＣＡＭＰＩＩＲ）をＰＣＲによって増幅した。ＩＬ１０の分泌のために、バシラス・サチリス株１６８のゲノムＤＮＡをテンプレートとして、シグナルペプチド領域の１６８塩基対をＰＣＲによって増幅した（プライマーＳｉｇ−Ｃ  Ｆ及びプライマーＳｉｇ−Ｃ  Ｒ）。ヒトＩＬ１０オープンリーディングフレームの５６８塩基対をＰＣＲによって増幅した（プライマーＩ１０−Ｃ  Ｆ及びプライマーＩ１０−Ｃ  Ｒ）。これらのＰＣＲ産物及びＤＮＡ断片を、エリスロマイシン耐性遺伝子と共に、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡアセンブリ・クローニング・キットによって、ｐＵＣ１９と連結し、この連結反応生成物の形質転換体を、ａｍｐ（１００μｇ／ｍＬ）を含むＬＢプレートの上で選抜した。大腸菌ｄｃｍ−ｄａｍ−株中への形質転換の後に、そのプラスミドをＰ．アクネスに導入し、ｅｒｍ（５μｇ／ｍＬ）を含む補強クロストリジウム培地（ＲＣＭ）プレート上で嫌気的に選抜した。ＣＡＭＰＩＩプロモータ及びシグナルペプチドと共にＩＬ−１０遺伝子を有する形質転換体をＰＣＲによってチェックした。ＣＡＭＰＩＩ変異株の構築のために、第２の相同組換えを可能にするために、エリスロマイシンを含まないＲＣＭにおいてこの形質転換体を培養した。プレート上に筋状にした後に、ＣＡＭＰＩＩ変異体コロニーをＰＣＲによって選抜した。
【表４】
2017521059.tif 000005
実施例１７
Ｐ．アクネスのＧＡＰＤＨ変異及びＩＬ−１０発現株の構築
【０２０８】
Ｐ．アクネスＡＴＣＣ１１８２８株のゲノムＤＮＡを用いて、Ｐ．アクネスのＧＡＰＤＨオープンリーディングフレームに由来する１０００塩基対の上流領域（プライマーＵｐ−Ｇ  Ｆ及びプライマーＵｐ−Ｇ  Ｒ）及び先端が切断されたＧＡＰＤＨオープンリーディングフレームの４００塩基対（プライマーＧａｐｄｈ  Ｆ及びプライマーｇａｐｄｈ  Ｒ）をＰＣＲによって増幅した。ＩＬ１０の分泌のために、バシラス・サチリス株１６８のゲノムＤＮＡをテンプレートとして用いて、シグナルペプチド領域の１６８塩基対をＰＣＲによって増幅した（プライマー  Ｓｉｇ−Ｇ  Ｆ及びＳｉｇ−Ｇ  Ｒ）。ヒトＩＬ１０オープンリーディングフレームの５６８塩基対をＰＣＲによって増幅した（プライマーＩ１０Ｇ  Ｆ及びプライマーＩ１０Ｇ  Ｒ）。これらのＰＣＲ産物及びＤＮＡ断片を、エリスロマイシン耐性遺伝子と共に、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ  ＨｉＦｉ  ＤＮＡアッセンブリ・クローニング・キットによって、ｐＵＣ１９に連結し、この連結反応生成物の形質転換体を、ａｍｐ（１００μｇ／ｍＬ）を含むＬＢプレートの上で選抜した。大腸菌ｄｃｍ−ｄａｍ−株中へ形質転換した後に、そのプラスミドをＰ．アクネスに導入し、ｅｒｍ（５μｇ／ｍＬ）を含む補強クロストリジウム培地（ＲＣＭ）プレート上で嫌気的に選抜した。ＧＡＰＤＨプロモータ及びシグナルペプチドと共にＩＬ−１０遺伝子を有する形質転換体をＰＣＲによってチェックした。ＧＡＰＤＨ変異株の構築のために、第２の相同組換えを可能にするために、乳酸塩を含むが、エリスロマイシンを含まない修正されたＲＣＭ（ｍ−ＲＣＭ）においてこの形質転換体を培養した。乳酸塩とＲＣＭを含むｍ−ＲＣＭプレート上に筋状にした後、乳酸塩を含むｍ−ＲＣＭ上でのみ増殖したコロニーを回収し、それらの変異体をＰＣＲによってチェックした。
【表５】
2017521059.tif 000006
実施例１８
参考文献
Ｓｏｒｅｎｓｅｎ  Ｍ，  Ｍ．  Ｔ．  （２０１０）．  Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ａｎｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｗｏ  ＣＡＭＰ  ｆａｃｔｏｒ  ｋｎｏｃｋ−ｏｕｔ  ｍｕｔａｎｔｓ．  Ｊ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，  ２１１−２１６．
Ｒｈｅｅ  ＭＳ，  Ｍｏｒｉｔｚ  ＢＥ，  Ｘｉｅ  Ｇ，  Ｇｌａｖｉｎａ  Ｄｅｌ  Ｒｉｏ  Ｔ，  Ｄａｌｉｎ  Ｅ，  Ｔｉｃｅ  Ｈ，  Ｂｒｕｃｅ  Ｄ，  Ｇｏｏｄｗｉｎ  Ｌ，  Ｃｈｅｒｔｋｏｖ  Ｏ，  Ｂｒｅｔｔｉｎ  Ｔ，  Ｈａｎ  Ｃ，  Ｄｅｔｔｅｒ  Ｃ，  Ｐｉｔｌｕｃｋ  Ｓ，  Ｌａｎｄ  ＭＬ，  Ｐａｔｅｌ  Ｍ，  Ｏｕ  Ｍ，  Ｈａｒｂｒｕｃｋｅｒ  Ｒ，  Ｉｎｇｒａｍ  ＬＯ，  Ｓｈａｎｍｕｇａｍ  ＫＴ．  （２０１１）．  Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ａ  ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｔ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｉｃ  ｌａｃｔｉｃ  ａｃｉｄ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ，  Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ  ｓｔｒａｉｎ．  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ５，３３１−３４０．
Ｒｈｅｅ  ＭＳ，  Ｋｉｍ  ＪＷ，  Ｑｉａｎ  ＹＬ，  Ｉｎｇｒａｍ  ＬＯ，  Ｓｈａｎｍｕｇａｍ  ＫＴ．  （２００７）．  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｐｌａｓｍｉｄ  ｖｅｃｔｏｒ  ａｎｄ  ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ  ｉｎ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｉｃ  ｌａｃｔｉｃ  ａｃｉｄ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ，  Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ．  Ｐｌａｓｍｉｄ  ５８：１３−２２．
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Ｒｈｅｅ  ＭＳ，  Ｗｅｉ  Ｌ，  Ｓａｗｈｎｅｙ  Ｎ，  Ｒｉｃｅ  ＪＤ．，  Ｓｔ．  Ｊｏｈｎ  Ｆ，  Ｈｕｒｌｂｅｒｔ，  ＪＣ，  Ｐｒｅｓｔｏｎ，  ＪＦ．  （２０１４）．  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｔｈｅ  ｘｙｌａｎ  ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ  ｓｙｓｔｅｍ  ｉｎ  Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ  ｆｏｒ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｃｉｄｉｃ  ｘｙｌｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ．  Ａｐｐｌ．  Ｅｎｖｉｒｏｎ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ８０  （３）  ９１７−９２７．
実施例１９
代表的な非限定的実施形態
Ａ１．
治療用ペプチドの制御された発現のための核酸を作る方法であって、
制御された発現のためのオペロン配列をコードする第１の核酸配列を提供するステップと、
前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に前記第１の核酸配列を連結するステップと、
タンパク発現用の治療用ペプチドの制御された発現のために核酸を最適化するステップを含む。
Ａ２．
実施形態Ａ１の方法において、前記オペロンが原核生物のオペロンである。
Ａ３．
実施形態Ａ２の方法において、前記オペロンがラックオペロンである。
Ａ４．
実施形態Ａ２の方法において、前記オペロンがトリプオペロンである。
Ａ５．
実施形態Ａ１の方法において、前記オペロンが真核生物のオペロンである。
Ａ６．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドがヒアルロン酸合成酵素又はその一部を含む。
Ａ７．
実施形態Ａ６の方法において、前記ヒアルロン酸合成酵素又はその一部は、配列番号１、配列番号２、配列番号３又は配列番号４の配列を含む。
Ａ８．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、エラスチン又はその一部を含む。
Ａ９．
実施形態Ａ８の方法において、前記エラスチン又はその一部は、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７の配列を含む。
Ａ１０．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、コラーゲン又はその一部を含む。
Ａ１１．
実施形態Ａ１０の方法において、前記コラーゲン又はその一部は、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２又は配列番号２３の配列を含む。
Ａ１２．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、抗炎症剤又はその一部を含む。
Ａ１３．
実施形態Ａ１２の方法において、前記抗炎症剤は、インターロイキン又はその一部である。
Ａ１４．
実施形態Ａ１２又はＡ１３の方法において、前記抗炎症剤又はその一部は、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７又は配列番号２８の配列を含む。
Ａ１５．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは凝固因子又はその一部を含む。
Ａ１６．
実施形態Ａ１５の方法において、前記凝固因子又はその一部は、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８又は配列番号３９の配列を含む。
Ａ１７．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、メラニン合成のための酵素又はその一部を含む。
Ａ１８．
実施形態Ａ１７の方法において、前記メラニン合成のための酵素又はその一部は、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３又は配列番号４４の配列を含む。
Ａ１９．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、ホルモン又はその一部を含む。
Ａ２０．
実施形態Ａ１９の方法において、前記ホルモン又はその一部は、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９の配列を含む。
Ａ２１．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、血小板塩基性タンパク又はその一部を含む。
Ａ２２．
実施形態Ａ２１の方法において、前記血小板塩基性タンパク又はその一部は、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１又は配列番号６２の配列を含む。
Ａ２３．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、形質転換成長因子又はその一部を含む。
Ａ２４．
実施形態Ａ２３の方法において、形質転換成長因子又はその一部は、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８又は配列番号６９の配列を含む。
Ａ２５．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、肝細胞成長因子又はその一部を含む。
Ａ２６．
実施形態Ａ２５の方法において、前記肝細胞成長因子又はその一部は、配列番号７０の配列を含む。
Ａ２７．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、血管内皮細胞増殖因子又はその一部を含む。
Ａ２８．
実施形態Ａ２７の方法において、前記血管内皮細胞増殖因子又はその一部は、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０又は配列番号９１の配列を含む。
Ａ２９．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、胎盤成長因子又はその一部を含む。
Ａ３０．
実施形態Ａ２９の方法において、前記胎盤成長因子又はその一部は、配列番号９２の配列を含む。
Ａ３１．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、血小板由来成長因子又はその一部を含む。
Ａ３２．
実施形態Ａ３１の方法において、前記血小板由来成長因子又はその一部は、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１又は配列番号１０２の配列を含む。
Ａ３３．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、上皮成長因子又はその一部を含む。
Ａ３４．
実施形態Ａ３３の方法において、前記上皮成長因子又はその一部は、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５又は配列番号１０６の配列を含む。
Ａ３５．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、繊維芽細胞成長因子又はその一部を含む。
Ａ３６．
実施形態Ａ３５の方法において、前記繊維芽細胞成長因子又はその一部は、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３又は配列番号１４４を含む。
Ａ３７．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、ＤＮＡ修復酵素又はその一部を含む。
Ａ３８．
Ａ３７の実施形態の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は塩基除去修復酵素に由来する。
Ａ３９．
実施形態Ａ３７又はＡ３８のいずれかの方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４又は配列番号１５５のアミノ酸配列を含む。
Ａ４０．
実施形態Ａ３７の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、ダメージの直接的回復のための酵素に由来する。
Ａ４１．
実施形態Ａ３７又はＡ４０の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、配列番号１５６、配列番号１５７又は配列番号１５８のアミノ酸配列を含む。
Ａ４２．
実施形態Ａ３７の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、ミスマッチ除去修復酵素に由来する。
Ａ４３．
実施形態Ａ３７又はＡ４２の方法において、前記ミスマッチ除去修復酵素は、配列番号１５９、配列番号１６０配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７又は配列番号１６８のアミノ酸配列を含む。
Ａ４４．
実施形態Ａ３７の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、ヌクレオチド除去修復酵素に由来する。
Ａ４５．
実施形態Ａ３７又はＡ４４の方法において、前記ヌクレオチド除去修復酵素は、配列番号１６９、配列番号１７０配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６又は配列番号１９７のアミノ酸配列を含む。
Ａ４６．
実施形態Ａ３７の方法において、前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は、編集又は処理をするヌクレアーゼに由来する。
Ａ４７．
実施形態Ａ３７又はＡ４６の方法において、前記編集又は処理をするヌクレアーゼは、配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００配列番号２０１、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４又は配列番号２０５のアミノ酸配列を含む。
Ａ４８．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれかの方法において、前記第１のペプチドは、テロメラーゼ又はその一部を含む。
Ａ４９．
実施形態Ａ４８の方法において、前記テロメラーゼ又はその一部は、配列番号２０６、配列番号２０７、配列番号２０８又は配列番号２０９のアミノ酸配列を含む。
Ａ５０．
実施形態Ａ１−Ａ５のいずれか１つの方法において、前記第１のペプチドは、テロメラーゼ・タンパク１の保護配列又はその一部を含む。
Ａ５１．
実施形態Ａ５０の方法において、前記テロメラーゼ・タンパク１の保護配列又はその一部は、配列番号２１０又は配列番号２１１のアミノ酸配列を含む。
Ａ５２．
実施形態Ａ１−Ａ５、Ａ８−Ａ１６又はＡ１９−Ａ５１のいずれか１つの方法において、第２のペプチドをコードし、１つの端末において第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に第３の核酸配列を連結する第３の核酸配列を提供するステップをさらに含み、前記第３の核酸配列は、オペロン配列をコードする第１の核酸配列と第１のペプチドをコードする第２の核酸配列との間に位置する。
Ａ５３．
実施形態Ａ１−Ａ５、Ａ８−Ａ１６又はＡ１９−Ａ５１のいずれか１つの方法において、第２のペプチドをコードし、１つの端末において第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に第３の核酸配列を連結する第３の核酸配列を提供するステップをさらに含み、前記第３の核酸配列は、オペロン配列をコードする第１の核酸配列から、第２の核酸配列の反対の末端に存在する。
Ａ５４．
実施形態Ａ５２又はＡ５３の方法において、配列番号５、配列番号６、配列番号７配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７配列番号３８、配列番号３９、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７配列番号１５８、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７配列番号１６８、配列番号１６９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１０６、配列番号１８７配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２０５、配列番号２０６、配列番号２０７配列番号２０８、配列番号２０９、配列番号２１０又は配列番号２１１のアミノ酸配列を含み、前記第２のペプチドは、第１のペプチドのアミノ酸配列を含まない。
Ａ５５．
実施形態Ａ１−Ａ５、Ａ８−Ａ１６又はＡ１９−Ａ５１のいずれかの方法において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列を提供するステップと、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列を、前記オペロンをコードする核酸配列に１つの端末において接合するステップをさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸は、第１のペプチドをコードするオペロン配列と第２の核酸配列との間に位置する。
Ａ５６．
実施形態Ａ１−Ａ５、Ａ８−Ａ１６又はＡ１９−Ａ５１のいずれかの方法において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列を提供するステップと、
当該核酸配列を、１つの末端において、前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に連結するステップをさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、前記オペロンをコードする核酸配列の反対側の末端に存在する。
Ａ５７．
実施形態Ａ５２−Ａ５４のいずれかの方法において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列を提供するステップと、
当該分泌ペプチドをコードする核酸配列を、１つの末端において前記オペロンをコードする核酸配列に連結するステップをさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸は、オペロン配列と前記第２のペプチドをコードする第１のペプチド又は第３の核酸配列をコードする第２の核酸配列との間に位置する。
Ａ５８．
実施形態Ａ５２−Ａ５４のいずれかの方法において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列を提供するステップと、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列を、１つの末端において、前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に連結する、又は、前記分泌ペプチドをコードする核酸配列を、前記第２のペプチドをコードする第３の核酸配列に連結するステップをさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする前記核酸配列は、オペロン配列の反対側の末端に存在する。
Ａ５９．
実施形態Ａ５５−Ａ５８のいずれか１つの方法において、
前記分泌ペプチドは、配列番号２１２、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番号２１５又は配列番号２１６を含む。
Ａ６０．
実施形態Ａ１−Ａ５９のいずれか１つの方法において、前記最適化はコンピューターによる方法で行なわれる。
Ａ６１．
治療用ペプチドの制御された発現のための核酸であって、
制御された発現のためのオペロン配列をコードする第１の核酸配列と、
第１のペプチドをコードする第２の核酸配列と、
を含み、
前記治療用のペプチドの制御された発現のための核酸は、タンパク発現のために最適化されている。
Ａ６２．
実施形態Ａ６１の核酸において、
前記オペロンは原核生物のオペロンである。
Ａ６３．
実施形態Ａ６１又はＡ６２の核酸において、
前記オペロンはラックオペロンである。
Ａ６４．
実施形態Ａ６１又はＡ６２の核酸において、
前記オペロンはＴｒｐオペロンである。
Ａ６５．
実施形態Ａ６１の核酸において、
前記オペロンは真核生物のオペロンである。
Ａ６６．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドはヒアルロン酸合成酵素又はその一部を含む。
Ａ６７．
実施形態Ａ６６の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号３又は配列番号４の配列を含む。
Ａ６８．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれかの核酸において、
前記第１のペプチドはエラスチン又はその一部を含む。
Ａ６９．
実施形態Ａ６８の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６又は配列番号１７の配列を含む。
Ａ７０．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドはコラーゲン又はその一部を含む。
Ａ７１．
実施形態Ａ７０の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２又は配列番号２３の配列を含む。
Ａ７２．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは抗炎症剤又はその一部を含む。
Ａ７３．
実施形態Ａ７２の核酸において、
前記抗炎症剤はインターロイキン又はその一部である。
Ａ７４．
実施形態Ａ７２又はＡ７３のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７又は配列番号２８の配列を含む。
Ａ７５．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは凝固因子又はその一部を含む。
Ａ７６．
実施形態Ａ７５の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８又は配列番号３９の配列を含む。
Ａ７７．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは、メラニン合成のための酵素又はその一部を含む。
Ａ７８．
実施形態Ａ７７の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３又は配列番号４４の配列を含む。
Ａ７９．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドはホルモン又はその一部を含む。
Ａ８０．
実施形態Ａ７９の核酸において、
前記治療用の第１のペプチドは、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９の配列を含む。
Ａ８１．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは血小板塩基性タンパク又はその一部を含む。
Ａ８２．
実施形態Ａ８１の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１又は配列番号６２の配列を含む。
Ａ８３．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは形質転換成長因子又はその一部を含む。
Ａ８４．
実施形態Ａ８３の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８又は配列番号６９の配列を含む。
Ａ８５．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは肝細胞成長因子又はその一部を含む。
Ａ８６．
実施形態Ａ８５の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号７０の配列を含む。
Ａ８７．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは血管内皮細胞増殖因子又はその一部を含む。
Ａ８８．
実施形態Ａ８７の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０又は配列番号９１を含む。
Ａ８９．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは胎盤成長要因又はその一部を含む。
Ａ９０．
実施形態Ａ８９の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号９２の配列を含む。
Ａ９１．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは血小板由来成長因子又はその一部を含む。
Ａ９２．
実施形態Ａ９１の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１又は配列番号１０２の配列を含む。
Ａ９３．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは上皮成長因子又はその一部を含む。
Ａ９４．
実施形態Ａ９３の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５又は配列番号１０６の配列を含む。
Ａ９５．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは繊維芽細胞成長因子又はその一部を含む。
Ａ９６．
実施形態Ａ９６の核酸において、
前記第１のペプチドは、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２又は配列番号１４４を含む。
Ａ９７．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドはＤＮＡ修復酵素又はその一部を含む。
Ａ９８．
Ａ９７の実施形態の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は塩基除去修復酵素に由来する。
Ａ９９．
実施形態Ａ９７又はＡ９８のいずれかの核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素は、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４又は配列番号１５５のアミノ酸配列を含む。
Ａ１００．
実施形態Ａ９７の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部はダメージの直接的回復のための酵素に由来する。
Ａ１０１．
実施形態Ａ９７又はＡ１００の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素は、配列番号１５６、配列番号１５７又は配列番号１５８のアミノ酸配列を含む。
Ａ１０２．
実施形態Ａ９７の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部はミスマッチ除去修復酵素に由来する。
Ａ１０３．
実施形態Ａ９７又はＡ１０３の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素は、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７又は配列番号１６８のアミノ酸配列を含む。
Ａ１０４．
実施形態Ａ９７の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部はヌクレオチド除去修復酵素に由来する。
Ａ１０５．
実施形態Ａ９７又はＡ１０４の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素は、配列番号１６９、配列番号１７０配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６又は配列番号１９７を含む。
Ａ１０６．
実施形態Ａ９７の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素又はその一部は編集及び処理をするヌクレアーゼに由来する。
Ａ１０７．
実施形態Ａ９７又はＡ１０６の核酸において、
前記ＤＮＡ修復酵素は、配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４又は配列番号２０５のアミノ酸配列を含む。
Ａ１０８．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれかの核酸において、
前記第１のペプチドはテロメラーゼ又はその一部を含む。
Ａ１０９．
実施形態Ａ１０８の核酸において、
前記テロメラーゼは、配列番号２０６、配列番号２０７、配列番号２０８又は配列番号２０９のアミノ酸配列を含む。
Ａ１１０．
実施形態Ａ６１−Ａ６５のいずれか１つの核酸において、
前記第１のペプチドは、テロメラーゼ・タンパク１の保護配列又はその一部を含む。
Ａ１１１．
実施形態Ａ１１０の核酸において、
前記テロメラーゼ・タンパク１の前記保護配列は、配列番号２１０又は配列番号２１１のアミノ酸配列を含む。
Ａ１１２．
実施形態Ａ６１−Ａ６５、Ａ６８−Ａ７６又はＡ７９−Ａ１１１のいずれかの核酸において、
第２のペプチドをコードする第３の核酸配列をさらに含み、
前記第３の核酸配列は、前記オペロン配列をコードする第１の核酸配列と前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列との間に位置する。
Ａ１１３．
実施形態Ａ６１−Ａ６５、Ａ６８−Ａ７６又はＡ７９−Ａ１１１のいずれかの核酸において、
第２のペプチドをコードする第３の核酸配列をさらに含み、
前記第３の核酸配列は、前記オペロン配列をコードする第１の核酸配列の反対側の末端において前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に連結されている。
Ａ１１４．
実施形態Ａ１１２又はＡ１１３の核酸において、
前記第２のペプチドは、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７配列番号３８、配列番号３９、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２７配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７配列番号１５８、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７配列番号１６８、配列番号１６９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１０６、配列番号１８７配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２０５、配列番号２０６、配列番号２０７配列番号２０８、配列番号２０９、配列番号２１０又は配列番号２１１を含み、前記第２のペプチドは前記第１のペプチドのアミノ酸配列を含まない。
Ａ１１５．
実施形態Ａ６１−Ａ６５、Ａ６８−Ａ７６又はＡ７９−Ａ１１１のいずれかの核酸において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列をさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、第１のペプチドをコードするオペロン配列と前記第２の核酸配列との間に位置する。
Ａ１１６．
実施形態Ａ６１−Ａ６５、Ａ６８−Ａ７６又はＡ７９−Ａ１１１のいずれかの核酸において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列をさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、１つの端末において前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列に連結されており、前記オペロン配列の反対側の末端に存在する。
Ａ１１７．
実施形態Ａ１１２−Ａ１１４のいずれかの核酸において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列をさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列又は前記第２のペプチドをコードする第３の核酸配列に付いており、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、オペロンをコードする核酸と、前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列又は前記第２のペプチドをコードする第３の核酸配列との間に存在する。
Ａ１１８．
実施形態Ａ１１２−Ａ１１４のいずれかの核酸において、
分泌ペプチドをコードする核酸配列をさらに含み、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、前記第１のペプチドをコードする第２の核酸配列又は前記第２のペプチドをコードする第３の核酸配列に付いており、
前記分泌ペプチドをコードする核酸配列は、オペロンをコードする核酸の反対側の末端に存在する。
Ａ１１９．
実施形態Ａ１１５−Ａ１１８のいずれか１つの核酸において、
前記分泌のためのシグナル配列は、配列番号２１２、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番号２１５又は配列番号２１６を含む。
Ａ１２０．
実施形態Ａ５７−Ａ１１９のいずれか１つの核酸において、
前記核酸はコンピューターによる方法によってタンパク発現のために最適化されている。
Ａ１２１．
任意の実施形態において又は実施形態Ａ５７−Ａ１２０において記載されている核酸のいずれか１つを含む細胞。
Ａ１２２．
実施形態Ａ１２１の細胞において、
前記細胞は遺伝子の変異又はノックアウトを有するゲノムを含む。
Ａ１２３．
実施形態Ａ１２１又はＡ１２２の細胞において、
前記細胞は細菌の細胞である。
Ａ１２４．
実施形態Ａ１２１又はＡ１２２の細胞において、
前記細胞は真菌細胞である。
Ａ１２５．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はプロピオニバクテリウム属に由来するものである。
Ａ１２６．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１２５のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・アクネス（ａｃｎｅｓ）である。
Ａ１２７．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はコリネバクテリウム属に由来するものである。
Ａ１２８．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１２７のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）・ストリアトゥム（ｓｔｒｉａｔｕｍ）である。
Ａ１２９．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はスタフィロコッカス属に由来するものである。
Ａ１３０．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１２９のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）・エピデルミディス（ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）である。
Ａ１３１．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はストレプトコッカス属に由来するものである。
Ａ１３２．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１３１のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）・サーモフィルス（ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）である。
Ａ１３３．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はラクトバチラス属に由来するものである。
Ａ１３４
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１３３のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）・アシドフィルス（ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）である。
Ａ１３５．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はラクトコッカス属に由来するものである。
Ａ１３６．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１３５のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はラクトコッカスラクチス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）である。
Ａ１３７．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はアクチノバクテリア属に由来するものである。
Ａ１３８．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はミクロコッカス属に由来するものである。
Ａ１３９．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はニキビダニ属に由来するものである。
Ａ１４０．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はマラセジア属に由来するものである。
Ａ１４１．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はエシェリキア属に由来するものである。
Ａ１４２．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２２又はＡ１４２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、大腸菌である。
Ａ１４３．
実施形態Ａ１２１−Ａ１４２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は非病原性である。
Ａ１４４．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２又はＡ１２４の細胞において、
前記細胞はカンジダ属に由来するものである。
Ａ１４５．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２、Ａ１２４又はＡ１４４のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はカンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）である。
Ａ１４６．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２、Ａ１２４又はＡ１４４のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、カンジダ・グラブラタ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）である。
Ａ１４７．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２、Ａ１２４又はＡ１４４のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はカンジダ・トロピカリス（Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）である。
Ａ１４８．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２、Ａ１２４又はＡ１４４のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、カンジダ・パラシローシス（Ｃａｎｄｉｄａ  ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ）である。
Ａ１４９．
実施形態Ａ１２１、Ａ１２２、Ａ１２４又はＡ１４４のいずれか１つの細胞において、
前記細胞はカンジダ・クルセイ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｒｕｓｅｉ）である。
Ａ１５０．
実施形態Ａ１２１−Ａ１４９のいずれか１つの細胞において、
前記変異又はノックアウトはリパーゼ遺伝子に存在する。
Ａ１５１．
実施形態Ａ１２１−Ａ１４９のいずれか１つの細胞において、
前記変異又はノックアウトが栄養素合成体をコードする遺伝子に存在する。
Ａ１５２．
実施形態Ａ１２１−Ａ１４９のいずれか１つの細胞において、
前記変異又はノックアウトが病原性生体分子をコードする遺伝子に存在する。
Ａ１５３．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２３、Ａ１２５−Ａ１２６又はＡ１５２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、グルタミン合成酵素をコードする遺伝子に変異又はノックアウトを有するゲノムを含む、
Ａ１５４．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２３、Ａ１２５−Ａ１２６又はＡ１５２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、アスパラギン合成酵素をコードする遺伝子に変異又はノックアウトを有するゲノムを含む。
Ａ１５５．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２３、Ａ１２５−Ａ１２６又はＡ１５２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、アスパルトキナーゼをコードする遺伝子に変異又はノックアウトを有するゲノムを含む。
Ａ１５６．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２３、Ａ１２５−Ａ１２６又はＡ１５２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子に変異又はノックアウトを有するゲノムを含む。
Ａ１５７．
実施形態Ａ１２１−Ａ１２３、Ａ１２５−Ａ１２６又はＡ１５２のいずれか１つの細胞において、
前記細胞は、メチオニン合成体をコードする遺伝子に変異又はノックアウトを有するゲノムを含む。
Ａ１５８．
実施形態Ａ１２１−Ａ１５７のいずれか１つの細胞及び前記細胞のための媒体を含む局所製剤。
Ａ１５９．
ペプチドの制御された発現を送達することによって被検体の病気を治療、阻害又は改善する方法であって、
前記方法は、ペプチドの制御された送達のために実施形態Ａ１５８の局所製剤を前記被検体に投与するステップを含む。
Ａ１６０．
実施形態Ａ１５９による方法において、
前記病気は、ニキビ、酒さ、脱毛、爪真菌症、臭汗症、白髪、皮膚炎症、色素変色、老化損傷、慢性の皮膚創傷、皮膚炎症、爪水虫、自己免疫疾患又は血友病である。
Ａ１６１．
実施形態Ａ１５９又はＡ１６０の方法において、
前記投与ステップは表皮に前記組成物を置くステップを含む。
Ａ１６２．
実施形態Ａ１５９−Ａ１６１のいずれか１つの方法において、
前記ペプチドの発現を制御するステップをさらに含み、
前記制御することは第２の化合物を投与することによって行われる。
Ａ１６３．
実施形態Ａ１６２の方法において、
前記第２の化合物はラクトースである。
Ａ１６４．
実施形態Ａ１６２の方法において、
前記第２の化合物はトリプトファンである。
Ａ１６５．
実施形態Ａ１５９−Ａ１６４のいずれか１つの方法において、
細胞の増殖をコントロールするステップをさらに含み、
前記増殖のコントロールは第３の化合物を投与することによって行われる。
Ａ１６６．
実施形態Ａ１６５の方法において、
前記第３の化合物は栄養素である。
Ａ１６７．
実施形態Ａ１６５又はＡ１６６の方法において、
前記第３の化合物はアミノ酸である。
Ａ１６８．
実施形態Ａ１６５−Ａ６７のいずれか１つの方法において、
前記第３の化合物はグルタミンである。
Ａ１６９．
実施形態Ａ１６５−Ａ６７のいずれか１つの方法において、
前記第３の化合物はアスパラギンである。
Ａ１７０．
実施形態Ａ１６５−Ａ６７のいずれか１つの方法において、
前記第３の化合物はアスパルテートである。
Ａ１７１．
実施形態Ａ１６５−Ａ６７のいずれか１つの方法において、
前記第３の化合物はメチオニンである。
Ｂ１．
プロピオニバクテリウム属の遺伝子組み換えされたバクテリアを含む組成物の使用であって、本明細書に記載されているように、前記バクテリアは、哺乳動物の皮膚又は爪の病気の治療のための、１つ以上の哺乳類の成長因子及び／又は１つ以上の哺乳類のサイトカインをコードする核酸を含む。
Ｂ２．
実施形態Ｂ１のバクテリアの使用において、
前記哺乳動物はヒト、イヌ又はネコである。
Ｂ３．
実施形態Ｂ１又はＢ２のバクテリアの使用において、
前記皮膚又は爪の病気は、ニキビ、紫外線角化症、円形脱毛症、足白癬、爪真菌症、アトピー性皮膚炎、臭汗症、湿疹、爪の真菌感染、乾癬、酒さ、遅い創傷治癒、毛包炎、毛孔性角化症、口囲皮膚炎、血管線維症、皮膚炎症、老化損傷、色素変色、早発性白髪又は脂漏症を含む。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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