(57)【要約】本発明は、遍在性タンパク質由来のペプチドおよびかかるペプチドをコードする核酸を提供する。本発明は、例えば、ワクチン自体で用いる抗原として、および敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染症の防止、改善、または処置のための治療薬物で用いる抗体の生成におけるこれらのペプチドおよび核酸の種々の使用に及ぶ。本発明は、特に、免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）の利益になる。
2017518769.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり、ヒトＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと１０％未満のアミノ酸配列が同一である、単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアント。
【請求項２】
前記ペプチドが、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一である請求項１に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項３】
前記ペプチドが、前記敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列が同一である、請求項１または請求項２に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項４】
前記ペプチドが、配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項５】
前記ペプチドが、以下：
ａ）１５０個またはそれ未満のアミノ酸を含むか、１００個未満のアミノ酸、５０個未満のアミノ酸、３０個未満のアミノ酸、または２０個未満のアミノ酸を含み；
ｂ）少なくとも３個のアミノ酸、少なくとも５個のアミノ酸、少なくとも８個のアミノ酸、または少なくとも１０個のアミノ酸を含み；そして／または
ｃ）５〜１００アミノ酸長、５〜５０アミノ酸長、または１０〜２０アミノ酸長である、先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアント。
【請求項６】
先行する請求項のいずれか１項に記載のペプチド、そのフラグメント、またはそのバリアントをコードする単離された核酸、またはその機能的フラグメント、またはその機能的バリアント。
【請求項７】
請求項６に記載の核酸、そのフラグメント、またはそのバリアントを含む遺伝子構築物。
【請求項８】
請求項７に記載の遺伝子構築物を含む組換えベクター。
【請求項９】
請求項７に記載の遺伝子構築物または請求項８に記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
【請求項１０】
少なくとも１つの請求項９に記載の宿主細胞を含むトランスジェニック宿主生物。
【請求項１１】
敗血症誘導細菌の感染防止のためのワクチンの開発における請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントの使用。
【請求項１２】
請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含むワクチン。
【請求項１３】
２つまたはそれを超える請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含み、少なくとも２つの該ペプチド、フラグメント、および／またはバリアントが共に連結している、請求項１２に記載のワクチン。
【請求項１４】
１つまたは複数の配列番号９〜６９に実質的に記載のアミノ酸配列を有するペプチドを含む請求項１２または請求項１３に記載のワクチン。
【請求項１５】
配列番号９〜１２に記載のアミノ酸配列を有するペプチドのうちの任意の１つ、２つ、３つ、または４つ全てを含む、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項１６】
好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主への投与のために製剤化された請求項１２〜１５のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項１７】
免疫応答を刺激するための請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンの使用。
【請求項１８】
前記免疫応答が、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体の産生を含む、請求項１７に記載の使用。
【請求項１９】
前記使用が、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用；および／または
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体の産生を刺激するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用
である、請求項１７または請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
治療で用いる請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアント。
【請求項２１】
敗血症誘導細菌による感染の防止で用いる請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項２２】
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、脳炎、早産、および死産のうちの任意の１つまたは複数の防止で用いる請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項２３】
敗血症誘導細菌による感染を防止する方法であって、請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンをかかる処置を必要とする被験体に投与することを含む、方法。
【請求項２４】
前記方法が、敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、脳炎、早産、および死産のうちの任意の１つまたは複数を防止する方法である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体であって、請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生される、抗体。
【請求項２６】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに見出されるエピトープに特異的な抗体であって、該エピトープが配列番号９〜６９の任意の１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、抗体。
【請求項２７】
前記抗体が、請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンに対して産生する、請求項２６に記載の抗体。
【請求項２８】
治療で用いる請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項２９】
敗血症誘導細菌による感染の防止、処置、または改善で用いる請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項３０】
敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎のうちの任意の１つもしくは複数の防止、処置もしくは改善で使用するための、ならびに／または早産および／もしくは死産の防止で使用するための、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項３１】
１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を産生する方法であって、抗体産生細胞を、請求項１〜５のいずれか１項に記載のペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または請求項１２〜１６のいずれか１項に記載のワクチンと接触させるステップを含む、方法。
【請求項３２】
前記方法が、以下：
ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ法、ｉｎ  ｖｉｖｏ法、またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｂ）モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を産生するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ法またはｅｘ  ｖｉｖｏ法；
ｃ）ｉｎ  ｖｉｖｏワクチン接種法
である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
敗血症誘導細菌による感染を処置、改善、または防止する方法であって、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体をかかる処置を必要とする被験体に投与することを含む、方法。
【請求項３４】
前記方法が、敗血症、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎のうちの任意の１つまたは複数を処置、改善、または防止する方法であり、そして／または早産および／または死産を防止する方法である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記処置を必要とする被験体が、好ましくは新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、糖尿病患者、および／または高齢の被験体から選択される免疫低下状態の宿主である、請求項２３または請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体および任意選択的に薬学的に許容され得るビヒクルを含む敗血症誘導細菌処置組成物。
【請求項３７】
請求項３６に記載の組成物を作製するためのプロセスであって、治療有効量の請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の抗体を薬学的に許容され得るビヒクルと組み合わせることを含む、プロセス。
【請求項３８】
前記敗血症誘導細菌が、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる群から選択される、請求項１１または請求項１８に記載の使用、請求項２１に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアント、請求項２３、請求項３１、または請求項３３に記載の方法、請求項２５、２６、または２９のいずれか１項に記載の抗体、または請求項３６に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、敗血症誘導細菌によって引き起こされる疾患、障害、および状態、ならびに、特に、制限されないが、敗血症および敗血症関連病態の処置および防止に関する。本発明は、新規のペプチドおよびそのコードする核酸、ならびに免疫または受動抗体移入によって敗血症誘導細菌による感染の防止のためのワクチンを作製するためのこれらのペプチドの使用に及ぶ。本発明は、特に、免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）の利益になる。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
敗血症は、新生児の罹患率および死亡率の主な原因である。世界保健機関（ＷＨＯ）によれば、年間およそ１００万人の死亡が新生児敗血症によって引き起こされる（１〜３）。さらに、３０〜５０％の生存新生児が、認知機能障害、痙攣、または聴覚消失などの長期後遺症を患う（４）。
【０００３】
新生児感染は、出生前（子宮内）、分娩中、または出生後に生じ得る。子宮内感染は、母体の生殖管から羊水内への共生細菌の上行（ascending  of  commensal  bacteria）によって引き起こされる（１）。分娩中に起こる感染は、母体の生殖管由来の粘膜にコロニー形成した微生物の吸入によって引き起こされる。両方の原因において、８７％までの感染が、Ｂ群レンサ球菌（ＧＢＳ；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ）としても公知）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（大腸菌）、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．（５〜７）によって引き起こされる。細菌の垂直伝播が出生後に起こる感染の原因でもあり得るにもかかわらず、これらの感染のほとんどが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．によって引き起こされる（２、３、７〜１２）。
【０００４】
子宮内感染はまた、早産の重要な原因である。実際に、妊娠３２週未満の早産５０〜８０％が上行性細菌感染によって引き起こされる（９、１３〜１７）。
【０００５】
現行の新生児敗血症に利用可能な処置は、抗生物質投与のみに基づく。しかし、分娩時の抗生物質の予防投与の実施以来ＧＢＳ感染症は劇的に減少している一方で、使用した抗生物質に対する宿主耐性が増加し、また、妊婦における抗生物質の使用にも疑問の余地があるので、別の予防ストラテジーが非常に必要とされている。しかし、新生児敗血症のために採用された免疫療法は、今までのところ、全く当てにならない。
【０００６】
新生児の免疫系の特有なところは、種々の環境に基づく。重要なことに、出生は母親の子宮によって提供されたほとんど無菌の環境から「不利な」抗原および病原体が豊富な外界への劇的な通過を意味し、乳児の免疫系はこの外界に耐えるように学習する必要がある。その意味では、乳児の生涯における最初の月（first  months）は、新規の抗原に対する過剰応答を調節するための活発な免疫寛容状態を特徴とし、そのため、感染リスクが高まり得る。他方では、子宮内での抗原への曝露は制限されており、新生児適応免疫において欠損があることは十分に記載されているので、新生児は感染からの防御を新生児の先天性免疫系に依存しなければならない。実際に、好中球減少症（好中球が異常に少数であることを特徴とする顆粒球障害）は、重症敗血症に強く関連する（１３、１８〜２３）。
【０００７】
好中球減少症は、通常、新生児免疫系の未熟さによって説明されるが、本発明者らは、ＧＢＳ感染に対する新生児の感受性が細菌チャレンジ後、迅速に大量のインターロイキン−１０（ＩＬ−１０）（免疫抑制分子）を産生するという新生児の素因に関連することを以前に記載している（２４）。本発明者らの結果は、新生児免疫系の未熟さではなくＩＬ−１０産生によって引き起こされるこの初期免疫抑制がＧＢＳ感染で認められる好中球減少症の主な理由であることを証明した（２４）。さらに、本発明者らは、この初期ＩＬ−１０産生を担う細菌因子として細胞外グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）を同定した（２４、２５）。本発明者らは、母性ワクチン中に組換えＧＡＰＤＨ（ｒＧＡＰＤＨ）を使用し、このワクチンが致死的なＧＢＳ感染からの子孫の防御に非常に有効であることを示した（２４）。本発明者らは、この防御を、ＧＢＳ  ＧＡＰＤＨの抗体中和またはＩＬ−１０のその受容体への結合の遮断のいずれかによって得ることもできることを示した（２４）。
【０００８】
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）（しばしば、髄膜炎菌と呼ばれる）は、乳児および乳幼児における致命的な敗血症、髄膜炎、および髄膜炎菌性疾患の他の形態の主な原因であるが、新生児期に認められるのは稀である。Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、小児および若年成人における細菌性髄膜炎の主な原因でもある。血清型分布は、世界各国で顕著に異なる。米国では、例えば、血清群Ｂは、疾患および死亡率の主因であり、血清群Ｃ；血清群Ａが続くが、アフリカおよびアジアで最も蔓延している。複数のサブタイプが存在することが髄膜炎菌性疾患のためのユニバーサルワクチンの開発の障害となっているが、少数のワクチンは、個別の、ある場合では、２つの血清群に対して利用可能である。
【０００９】
新生児、乳児、乳幼児、および小児と同様に、高齢者などの免疫低下状態の成人も、細菌感染および敗血症に非常に感受性である（２６）。肺炎、菌血症、および敗血症は、高齢者で非常に頻度が高く、死亡率および罹患率の重要な原因を構成する。これらの感染は、一般に混合しており、嫌気性菌であるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、およびHaemophilus  influenzaeに起因することが多いが、グラム陰性腸内細菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）および他の腸内細菌科）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｏｇｉｎｏｓａ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）（長期臥床患者において）、およびＧＢＳも原因となり得る（２６）。
【００１０】
したがって、集中治療室で認められる重症敗血症および敗血症性ショックに関連する死亡率は、およそ３０％である（２７）。重要なことに、免疫低下患者の発生率はここ２０年間で確実に増加しており（２８）、免疫不全は、重症敗血症および敗血症性ショックに起因する死亡率の増加に関連することがますます頻繁に特定されている予後因子である（２９）。
【００１１】
また、糖尿病の患者は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．およびＧＢＳによって引き起こされる侵襲的感染に対する感受性が増大している（３０、３１）。東アジアでは、糖尿病は、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによって引き起こされる肝膿瘍の周知のリスク因子である（３２）。
【００１２】
したがって、文献中に見出されるデータは、これらの患者群で敗血症に一貫して関連する微生物病原体が少数であることを示す。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１３】
【非特許文献１】Ｅｄｍｏｎｄ  Ｋ，  Ｚａｉｄｉ  Ａ  （２０１０）  ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ  ７：  ｅ１０００２１３．
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１４】
発明の概要
本発明者らはＧＡＰＤＨに注目し続けており、この酵素が全ての関連する敗血症誘導細菌の細胞外病原性因子であることをここに明らかにした。本発明者らは、ヒトよりもむしろ細菌のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を誘発することができる新規の一連のＧＡＰＤＨ由来ペプチドをはじめて同定したと考えている。本明細書中に十分に記載および例示するように、これらの新規のペプチドは、特に免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）における敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染の防止のためのワクチンの生成に非常に有用である。さらに、誘発された抗体を、特にこれらの患者集団における既存感染症の処置のための治療剤として使用することができる。
【００１５】
それ故、本発明の第１の態様によれば、１つまたは複数の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり、ヒトＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと１０％未満のアミノ酸配列が同一である、単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントを提供する。
【００１６】
本発明者らは、自身の以前の研究から、ＧＢＳによって引き起こされる敗血症に対する感受性が細菌ＧＡＰＤＨとの接触の際に高レベルのＩＬ−１０を産生するという宿主の傾向に強く関連することを理解していた（２４）。しかし、このことが他の敗血症誘導細菌に当てはまると見なしたり疑ったりする理由は本発明者らには存在しなかった。実際に、他の敗血症誘導細菌がＧＡＰＤＨを保有することは公知であったが（この酵素が遍在性であるので）、他の敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨが宿主細胞にＩＬ−１０を産生させることは知られても予想されてもいなかった。したがって、ＧＡＰＤＨが全ての関連する敗血症誘導細菌の細胞外病原性因子であるという本発明者らによる発見は、非常に意外なことであった。
【００１７】
さらに、各敗血症誘導細菌属によって引き起こされる感染症から個々に新生児および胎児を効率的に防御するワクチンは今のところ存在しない。さらに、高齢者および糖尿病患者などの免疫低下状態の成人における敗血症と戦うために使用される予防的または治療的なストラテジーは、有効とは程遠い。本明細書中で説明するように、遅発性敗血症の場合、抗生物質はその投与が遅すぎて敗血症に関連する罹患率の防止において無効であるので、抗生物質は問題の一部のみを解決する。さらに、抗生物質は、子宮内感染を防止できない。したがって、第１の態様のペプチド、フラグメント、およびバリアントは、特にこれらの患者集団のための有用且つ切望される種々のワクチンの作製で有意に有用である。
【００１８】
ワクチンは、最も対費用効果の高い感染症処置法であり、同一のワクチンが異なる患者群における異なるヒト病原体によって引き起こされる感染を防止することができる場合はさらにより対費用効果が高くなる。本発明は、敗血症誘導細菌、特に、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．によって引き起こされる感染症の防止、処置、および改善に関する。
【００１９】
詳細な説明
本明細書中に記載の本発明は、細菌性敗血症に対する感受性が全ての敗血症誘導細菌について細菌ＧＡＰＤＨとの接触の際に高レベルのＩＬ−１０を産生するという宿主の傾向に強く関連するという本発明者らの驚くべき発見に基づく。
【００２０】
敗血症に対する感受性は、異なるリスク群で非常に頻度が高い。それにもかかわらず、敗血症に関連する微生物病原体は、異なる感受性宿主群で高度に保存されている。ヒトにおける敗血症に関連する最重要の細菌は、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓであり、本発明者らは、驚くべきことに、これらの細菌の全てがＧＡＰＤＨを分泌することを見出した。
【００２１】
そのため、敗血症誘導細菌を、好ましくは、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる細菌の群から選択することができる。ある実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）である。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ血清型Ｂ（ＭｅｎＢ）である。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。
【００２２】
ＧＢＳ、大腸菌、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、およびＭｅｎＢ（ＭＣ５８株）由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列を、本明細書中で、それぞれ配列番号１〜７とする。
【００２３】
ＧＢＳ由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｑ８Ｅ３Ｅ８）を、本明細書中で、以下の通り配列番号１とする：−
MVVKVGINGFGRIGRLAFRRIQNVEGVEVTRINDLTDPNMLAHLLKYDTTQGRFDGTVEVKEGGFEVNGQFVKVSAEREPANIDWATDGVEIVLEATGFFASKEKAEQHIHENGAKKVVITAPGGNDVKTVVFNTNHDILDGTETVISGASCTTNCLAPMAKALQDNFGVKQGLMTTIHAYTGDQMILDGPHRGGDLRRARAGAANIVPNSTGAAKAIGLVIPELNGKLDGAAQRVPVPTGSVTELVATLEKDVTVEEVNAAMKAAANDSYGYTEDPIVSSDIVGISYGSLFDATQTKVQTVDGNQLVKVVSWYDNEMSYTSQLVRTLEYFAKIAK
［配列番号１］
【００２４】
大腸菌由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｄ５Ｄ２Ｆ１）を、本明細書中で、以下の通り配列番号２とする：−
MSKVGINGFGRIGRLVLRRLLEVKSNIDVVAINDLTSPKILAYLLKHDSNYGPFPWSVDYTEDSLIVNGKSIAVYAEKEAKNIPWKAKGAEIIVECTGFYTSAEKSQAHLDAGAKKVLISAPAGEMKTIVYNVNDDTLDGNDTIVSVASCTTNCLAPMAKALHDSFGIEVGTMTTIHAYTGTQSLVDGPRGKDLRASRAAAENIIPHTTGAAKAIGLVIPELSGKLKGHAQRVPVKTGSVTELVSILGKKVTAEEVNNALKKATNNNESFGYTDEEIVSSDIIGSHFGSVFDATQTEITAVGDLQLVKTVAWYDNEYGFVTQLIRTLEKFAKL
［配列番号２］
【００２５】
Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ａ６ＱＦ８１）を、本明細書中で、以下の通り配列番号３とする：−
MAVKVAINGFGRIGRLAFRRIQEVEGLEVVAVNDLTDDDMLAHLLKYDTMQGRFTGEVEVVDGGFRVNGKEVKSFSEPDASKLPWKDLNIDVVLECTGFYTDKDKAQAHIEAGAKKVLISAPATGDLKTIVFNTNHQELDGSETVVSGASCTTNSLAPVAKVLNDDFGLVEGLMTTIHAYTGDQNTQDAPHRKGDKRRARAAAENIIPNSTGAAKAIGKVIPEIDGKLDGGAQRVPVATGSLTELTVVLEKQDVTVEQVNEAMKNASNESFGYTEDEIVSSDVVGMTYGSLFDATQTRVMSVGDRQLVKVAAWYDNEMSYTAQLVRTLAYLAELSK
［配列番号３］
【００２６】
Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来のＧＡＰＤＨの配列のみを本明細書中に提供したが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．由来の全ての利用可能なＧＡＰＤＨ配列の配列類似性は９８％を超える。
【００２７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｑ９７ＮＬ１）を、本明細書中で、以下の通り配列番号４とする：−
MVVKVGINGFGRIGRLAFRRIQNVEGVEVTRINDLTDPVMLAHLLKYDTTQGRFDGTVEVKEGGFEVNGKFIKVSAERDPEQIDWATDGVEIVLEATGFFAKKEAAEKHLKGGAKKVVITAPGGNDVKTVVFNTNHDVLDGTETVISGASCTTNCLAPMAKALQDNFGVVEGLMTTIHAYTGDQMILDGPHRGGDLRRARAGAANIVPNSTGAAKAIGLVIPELNGKLDGSAQRVPTPTGSVTELVAVLEKNVTVDEVNAAMKAASNESYGYTEDPIVSSDIVGMSYGSLFDATQTKVLDVDGKQLVKVVSWYDNEMSYTAQLVRTLEYFAKIAK
［配列番号４］
【００２８】
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｂ５ＸＲＧ０）を、本明細書中で、以下の通り配列番号５とする：−
MSKLGINGFGRIGRLVLRRLLEVDSSLEVVAINDLTSPKVLAYLLKHDSNYGPFPWSVDFTEDALIVNGKTITVYAEKEAQHIPWQAAGAEVIVECTGFYTSAEKSQAHIQAGARKVLISAPAGEMKTIVYNVNDDTLTPDDTIISVASCTTNCLAPMAKVLQDAFGITVGTMTTIHAYTGTQSLVDGPRGKDLRASRAAAENVIPHTTGAAKAIGLVIPALSGKLKGHAQRVPTKTGSVTELVSVLEKKVTADEVNQAMKQAAEGNESFGYTEEEIVSSDIIGSHFGSIYDATQLEIVEAGGVQLVKTVAWYDNEYGFVTQLIRVLEKFAR
［配列番号５］
【００２９】
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ２７７２６）を、本明細書中で、以下の通り配列番号６とする：−
MTIRLAINGFGRIGRNVLRALYTGHYREQLQVVAINDLGDAAVNAHLFQYDSVHGHFPGEVEHDAESLRVMGDRIAVSAIRNPAELPWKSLGVDIVLECTGLFTSRDKAAAHLQAGAGKVLISAPGKDVEATVVYGVNHEVLRASHRIVSNASCTTNCLAPVAQVLHRELGIEHGLMTTIHAYTNDQNLSDVYHPDLYRARSATQSMIPTKTGAAEAVGLVLPELAGKLTGLAVRVPVINVSLVDLTVQVARDTSVDEVNRLLREASEGSPVLGYNTQPLVSVDFNHDPRSSIFDANHTKVSGRLVKAMAWYDNEWGFSNRMLDSALALAAARD
［配列番号６］
【００３０】
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来のＧＡＰＤＨの配列のみを本明細書中に提供したが、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．由来の全ての利用可能なＧＡＰＤＨ配列の配列類似性は９８％を超える。
【００３１】
ＭｅｎＢ（ＭＣ５８株）由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｑ９ＪＸ９５）を、本明細書中で、以下の通り配列番号７とする：−
MSIKVAINGFGRIGRLALRQIEKAHDIEVVAVNDLTPAEMLLHLFKYDSTQGRFQGTAELKDDAIVVNGKEIKVFANPNPEELPWGELGVDVILECTGFFTNKTKAEAHIRAGARKVVISAPGGNDVKTVVYGVNQDILDGSETVISAASCTTNCLAPMAAVLQKEFGVVEGLMTTIHAYTGDQNTLDAPHRKGDLRRARAAALNIVPNSTGAAKAIGLVIPELNGKLDGSAQRVPVASGSLTELVSILERPVTKEEINAAMKAAASESYGYNEDQIVSSDVVGIEYGSLFDATQTRVMTVGGKQLVKTVAWYDNEMSYTCQLVRTLEYFAGKI
［配列番号７］
【００３２】
ＭｅｎＢ（ＭＣ５８株）由来のＧＡＰＤＨの配列のみを本明細書中に提供したが、異なる血清型のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来の全ての利用可能なＧＡＰＤＨ配列の配列類似性は９７．６６８％である（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ａｌｉｇｎ／Ａ２０１５０６１０１４６Ｒ８  ０Ｄ４ＸＲ）。
【００３３】
ＧＢＳについてのＧＡＰＤＨタンパク質の生化学的特徴付け、酵素活性、および表面局在が記載されている（３３）。大腸菌（３４〜３６）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（３７〜３９）、およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（４０）由来のＧＡＰＤＨについての細胞外局在化も記載されている。本発明者らは、本発明者らがＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＧＡＰＤＨが細胞外に存在することを示した最初の著者であると考えている。
【００３４】
ＧＡＰＤＨは、エネルギー代謝に関連する系統発生的に保存されたタンパク質であり、あらゆる細胞型に存在する。微生物ＧＡＰＤＨのヒトＧＡＰＤＨとの配列同一性はおよそ３０〜４０％である。ヒトＧＡＰＤＨのアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ０４４０６）を、本明細書中で、以下の通り配列番号８とする：−
MGKVKVGVNGFGRIGRLVTRAAFNSGKVDIVAINDPFIDLNYMVYMFQYDSTHGKFHGTVKAENGKLVINGNPITIFQERDPSKIKWGDAGAEYVVESTGVFTTMEKAGAHLQGGAKRVIISAPSADAPMFVMGVNHEKYDNSLKIISNASCTTNCLAPLAKVIHDNFGIVEGLMTTVHAITATQKTVDGPSGKLWRDGRGALQNIIPASTGAAKAVGKVIPELNGKLTGMAFRVPTANVSVVDLTCRLEKPAKYDDIKKVVKQASEGPLKGILGYTEHQVVSSDFNSDTHSSTFDAGAGIALNDHFVKLISWYDNEFGYSNRVVDLMAHMASKE
［配列番号８］
【００３５】
驚いたことに、細菌ＧＡＰＤＨは、そのアミノ酸配列を６０％まで共有し、本発明者らは、さらに驚いたことに、本明細書中に記載の好ましい敗血症誘導細菌（すなわち、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）由来のＧＡＰＤＨが特に高い程度の配列同一性を有することをここに証明した（実施例７を参照のこと）。以下の表１は、本明細書中で配列番号１〜７としたアミノ酸配列（前に示したＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号のＦＡＳＴＡフォーマットに従う）の提出後にＣｌｕｓｔａｌＷ２サーバから得た複数のアラインメントおよび配列類似パーセントを提供する。配列アラインメントも図１に示す。
【表１】
2017518769.tif 000003
【００３６】
したがって、ある好ましい実施形態では、第１の態様のペプチドは、１つまたは複数の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列が同一である。
【００３７】
したがって、好ましくは、ペプチドは、配列番号１〜７とした１つまたは複数のＧＡＰＤＨ配列内に見出されるペプチドと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、またはさらに１００％のアミノ酸配列が同一である。
【００３８】
例えば、１つの好ましい実施形態では、第１の態様のペプチドは、配列番号１に見出されるペプチド（すなわち、ＧＢＳ由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり得る。別の好ましい実施形態では、第１の態様のペプチドは、配列番号２に見出されるペプチド（すなわち、大腸菌由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９５％のアミノ酸配列が同一であり得る。さらに別の好ましい実施形態では、ペプチドは、配列番号４に見出されるペプチド（すなわち、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９８％のアミノ酸配列が同一であり得る。別の好ましい実施形態では、ペプチドは、例えば、配列番号１に見出されるペプチド（すなわち、ＧＢＳ由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９５％のアミノ酸配列が同一、配列番号４に見出されるペプチド（すなわち、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９８％のアミノ酸配列が同一、および配列番号６に見出されるペプチド（すなわち、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．由来のＧＡＰＤＨ）と少なくとも９９％のアミノ酸配列が同一などであり得る。本明細書中に記載の可能な配列同一性と可能な敗血症誘導細菌との任意の組み合わせが想定され、本発明の一部を構成することが理解される。
【００３９】
驚いたことに敗血症誘導細菌間でＧＡＰＤＨが高度に保存されることが発見されたので、本発明者らは、細菌ＧＡＰＤＨに共通するが、ヒトＧＡＰＤＨに不在のいくつかのペプチド配列を同定した（語句「〜に共通する」は、アラインメントした細菌配列に由来するコンセンサスアミノ酸配列を含み得る）。これらの共通ペプチド配列の４つの好ましい例を、本明細書中で配列番号９〜１２とする。配列番号９〜１２のアミノ酸配列を有するペプチドを、本明細書中で、それぞれ「ペプチド１〜４」といい、これらを以下および表２に示す。
【００４０】
ＧＡＰＤＨ由来のペプチド１のアミノ酸配列（すなわち、共通配列１）を、本明細書中で、以下の通り配列番号９とする：−
RIQEVEGLEVTR
［配列番号９］
【００４１】
ＧＡＰＤＨ由来のペプチド２のアミノ酸配列（すなわち、共通配列２）を、本明細書中で、以下の通り配列番号１０とする：−
DVTVEENAAM
［配列番号１０］
【００４２】
ＧＡＰＤＨ由来のペプチド３のアミノ酸配列（すなわち、共通配列３）を、本明細書中で、以下の通り配列番号１１とする：−
EVKDGHLIVNGKV
［配列番号１１］
【００４３】
ＧＡＰＤＨ由来のペプチド４のアミノ酸配列（すなわち、共通配列４）を、本明細書中で、以下の通り配列番号１２とする：−
EHDAESLRVMGDR
［配列番号１２］
【表２】
2017518769.tif 000004
【００４４】
例として、ＧＢＳ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＧＡＤＰＨに見出される天然配列からのペプチド１および２の誘導、ならびにこれらと同一の配列がヒトのＧＡＰＤＨ中に存在しないという事実を、図２および３に示す。図２および／または３でも確認されるように、ペプチド３および４は、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、および／またはＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来のＧＡＤＰＨに見出される天然配列に由来していた。
【００４５】
したがって、本発明による各ペプチドのアミノ酸配列は、敗血症誘導細菌に見出されるアミノ酸配列と同一であっても異なっていてもよい。しかし、異なる場合、好ましくは、このペプチドは、事実上、敗血症誘導細菌ＧＡＰＤＨについてのコンセンサス配列であるが、ヒトＧＡＤＰＨについてはそうではないアミノ酸配列を有する。
【００４６】
したがって、１つの好ましい実施形態では、第１の態様のペプチドは、配列番号９〜１２の任意の１つに実質的に提示されている通りのアミノ酸配列を有する。
【００４７】
異なる敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨは、配列番号９〜１２としたコンセンサス配列に加えて、ワクチンとして使用するための本発明によるペプチドを生成するために使用することができるさらなるコンセンサス配列を保有すると予想される。ペプチドは、任意の配列を有することができるが、この配列はヒトのＧＡＰＤＨと実質的に共有されてはならない。
【００４８】
あるいは、敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨの天然アミノ酸配列を使用して、本発明のペプチドを生成することができる。表３は、少なくとも表示の細菌を標的にするために本発明のワクチンで使用することができる表示の細菌のＧＡＰＤＨから得た推定ペプチド配列を示す。ペプチドは、各細菌ＧＡＰＤＨのアミノ酸配列のヒトＧＡＰＤＨとの個別のアラインメント（ＣｌｕｓｔａｌＷ２サーバ、その後の目視検査および選択）後にヒトＧＡＰＤＨイソ型に類似する共通配列を共有しない細菌ＧＡＰＤＨペプチドとして同定された。これらのペプチドは、細菌の表面ペプチド間で見出すことができ、且つ本発明のワクチンを作製するために使用することができるさらに多くのＧＡＰＤＨペプチドの例である。天然配列内の任意のペプチド配列を使用することができるが、この配列は、ヒトのＧＡＰＤＨと実質的に共有してはならない。
【表３−１】
2017518769.tif 000005
【表３−２】
2017518769.tif 000006
【表３−３】
2017518769.tif 000007
【００４９】
それ故、別の好ましい実施形態では、第１の態様のペプチドは、配列番号１３〜６９の任意の１つに実質的に提示される通りのアミノ酸配列を有する。
【００５０】
適切には、第１の態様のペプチドは、１５０個またはそれ未満のアミノ酸を含む。例えば、ペプチドは、好ましくは、１００個未満のアミノ酸、より好ましくは、５０個未満のアミノ酸を含む。さらにより好ましくは、ペプチドは、３０個未満のアミノ酸、および最も好ましくは、２０個未満のアミノ酸を含む。適切には、本発明のペプチドは、少なくとも３個のアミノ酸を含む。好ましくは、本発明のペプチドは、少なくとも５個のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも８個のアミノ酸、さらにより好ましくは、少なくとも１０個のアミノ酸を含む。本発明のペプチドは、上記範囲内の任意の長さのものであり得るが、典型的には、５〜１００アミノ酸長、好ましくは、５〜５０アミノ酸長、および最も好ましくは、１０〜２０アミノ酸長である。
【００５１】
適切には、本発明のペプチドは、各細菌ＧＡＰＤＨ表面に存在すべきであり、全タンパク質内に保有されるペプチドに類似の三次元構造（高次構造）を示すべきである。
【００５２】
本発明のペプチドを、当該分野で公知の任意の手段（組換え手段を介する、が含まれる）によって得ることができる。例えば、ＧＢＳ由来のｒＧＡＰＤＨ（全タンパク質）の産生は、以前に記載されている（４１）。所望のペプチドを、類似の様式で産生することができる。ＧＢＳ以外の細菌におけるＧＡＰＤＨ（全タンパク質またはペプチド）の組換え産生も、本発明の一部と見なす。あるいは、ペプチドを、タンパク質短縮によって得ることができるか、当該分野で周知の技術（固相合成または液相合成など）を使用してｄｅ  ｎｏｖｏで合成することができる。したがって、本発明は、本発明のペプチドをコードする核酸分子（ｎｕｃｌｅｉｃ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）にまで及ぶ。
【００５３】
それ故、本発明の第２の態様によれば、第１の態様によるペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントをコードする単離された核酸を提供する。
【００５４】
当該分野の熟練した研究者は、第１の態様によるペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントをコードする適切な核酸配列を容易に同定することができる。それ故、当業者は、当該分野の既存の知識および／または既刊文献（例えば、組換えＧＡＰＨの構築および精製に有用な方法を記載している（２５）を参照のこと）中に提供された関連技術の詳細に基づいて本発明のこの態様を容易に実行することができる。
【００５５】
１つの実施形態では、単離された核酸は、組換えまたは合成の核酸である。ある実施形態では、単離された核酸は、第１の態様によるペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントをコードするｃＤＮＡ分子である。ある実施形態では、単離された核酸は、例えば、公知の修飾されたヌクレオチドの包含によって化学修飾されている。ある実施形態では、単離された核酸は、異種プロモーターに作動可能に連結されている。ある実施形態では、単離された核酸は、基材（substrate）または標識などに結合している。かかる修飾は、当該分野で日常的であり、当業者に公知である。
【００５６】
第３の態様では、第２の態様による核酸を含む遺伝子構築物を提供する。
【００５７】
本発明の遺伝子構築物は、宿主細胞中でのコードされたペプチドの発現に適切であり得る発現カセットの形態であり得る。遺伝子構築物を、ベクター中に組み込むことなく宿主細胞中に導入することができる。例えば、核酸分子であり得る遺伝子構築物を、リポソームまたはウイルス粒子内に組み込むことができる。あるいは、精製された核酸分子（例えば、ヒストンフリーＤＮＡまたは裸のＤＮＡ）を、適切な手段（例えば、直接エンドサイトーシス取り込み）によって宿主細胞内に直接挿入することができる。遺伝子構築物を、トランスフェクション、感染、エレクトロポレーション、微量注入、細胞融合、プロトプラスト融合、または遺伝子銃（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ  ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）によって宿主被験体の細胞（例えば、細菌細胞）内に直接導入することができる。あるいは、本発明の遺伝子構築物を、粒子銃を使用して宿主細胞内に直接導入することができる。あるいは、遺伝子構築物を、適切な宿主細胞中での発現のために組換えベクター内に保有することができる。
【００５８】
それ故、本発明の第４の態様では、第３の態様による遺伝子構築物を含む組換えベクターを提供する。
【００５９】
組換えベクターは、プラスミド、コスミド、またはファージであり得る。かかる組換えベクターは、第５の態様の遺伝子構築物での宿主細胞の形質転換およびこの構築物中での発現カセットの複製に有用である。当業者は、本発明の遺伝子構築物を多くの型の発現用バックボーンベクターと組み合わせることができることを理解する。組換えベクターは、種々の他の機能的エレメント（遺伝子発現を開始させるのに適切なプロモーターが含まれる）を含むことができる。例えば、組換えベクターを、宿主細胞のサイトゾル中で自律複製するようにデザインすることができる。この場合、組換えベクター中にＤＮＡ複製を誘導または制御するエレメントが必要であり得る。あるいは、組換えベクターを、宿主細胞のゲノム内に組み込まれるようにデザインすることができる。標的化組み込み（例えば、相同組換えによる）を好むＤＮＡ配列を使用することができる。
【００６０】
組換えベクターはまた、クローニングプロセスにおける選択マーカー（すなわち、トランスフェクトされたか形質転換された細胞を選択することが可能であるための、かつ異種ＤＮＡを組み込んだベクターを保有する細胞を選択することが可能であるための）として使用することができる遺伝子をコードするＤＮＡを含み得る。例えば、クロラムフェニコール耐性が予想される。あるいは、選択マーカー遺伝子は、目的の遺伝子を含むベクターと同時に使用される異なるベクター中に存在し得る。ベクターはまた、コード配列の発現の制御に関与するか、発現されたペプチドが宿主細胞の一定の部分をターゲティングするためのＤＮＡを含み得る。
【００６１】
したがって、第５の態様では、第３の態様による遺伝子構築物または第４の態様による組換えベクターを含む宿主細胞を提供する。
【００６２】
宿主細胞は、細菌細胞（例えば、大腸菌）であり得る。あるいは、宿主細胞は、動物細胞（例えば、マウス細胞またはラット細胞）であり得る。宿主細胞がヒト細胞ではないことが好ましい。宿主細胞を、公知の技術を使用して、本発明による遺伝子構築物またはベクターで形質転換することができる。遺伝子構築物を宿主細胞内に導入するための適切な手段は、細胞の型に依存する。
【００６３】
第６の態様では、少なくとも１つの第５の態様による宿主細胞を含むトランスジェニック宿主生物を提供する。
【００６４】
本発明の宿主細胞またはトランスジェニック宿主生物のゲノムは、第１の態様によるペプチド、バリアント、またはフラグメントをコードする核酸配列を含むことができる。宿主生物は、多細胞生物であり得、好ましくは非ヒトである。例えば、宿主生物はマウスまたはラットであり得る。宿主は細菌であり得る。宿主を、敗血症誘導細菌（ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．など）の感染に対して被験体を免疫するためのワクチンの開発のために使用することができる。実際に、異なる敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列の知識を、本明細書中に記載のように、ワクチン開発で利用することができる。
【００６５】
本明細書中に記載のように、本発明者らは、ＧＡＰＤＨが新生児敗血症だけでなく高齢者および糖尿病患者における敗血症にも関連する最も有害な細菌の細胞外病原性因子であることを見出して驚いた。本発明者らは、驚くべきことに、細菌ＧＡＰＤＨが宿主内で感染の非常に早期にＩＬ−１０の産生を誘導すること、および、これらの病原体が宿主免疫系からの回避形態としてＧＡＰＤＨ分泌を使用することを明らかにした（実施例５および６を参照のこと）。
【００６６】
本発明者らはまた、驚くべきことに、ＧＡＰＤＨがＴｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）との相互作用を通じて免疫細胞に対して作用することを発見した。興味深いことに、本発明者らは、細菌ＧＡＰＤＨがＢ１リンパ球表面上のＴＬＲ２に会合し、これらの細胞によるＩＬ−１０産生を誘導することができることを見出した（実施例１および２を参照のこと）。本発明者らは、Ｂ１細胞がＧＡＰＤＨ刺激の際のＩＬ−１０の主な産生者であることを発見した。
【００６７】
本発明者らは、自身の以前の研究から、ＴＬＲ２媒介性ＩＬ−１０産生がＧＢＳによって引き起こされる新生児敗血症の病態生理学で重要な役割を果たすことを認識しているが（４２）、この活性がＧＡＰＤＨによって誘発されることに驚いた。文献（４３、４４）によれば、ＴＬＲ２が細菌関連リポタンパク質を認識すると予想された。したがって、本発明者らは、ＴＬＲ２媒介性ＩＬ−１０産生がＧＢＳリポタンパク質に関連することを常に仮定していた。それ故、細菌ＧＡＰＤＨもＴＬＲ２に結合し、ＩＬ−１０産生を誘導するシグナル伝達カスケードを担い得るという発見は驚くべきことであった。ＧＡＰＤＨが共有病原性因子であるという上記の驚くべき所見を考慮すれば、この活性をＧＢＳ以外の敗血症誘導細菌が共有することは非常に驚くべきことでもあった（実施例３を参照のこと）。
【００６８】
マクロファージのような他の白血球は、Ｂ１細胞よりも少ない程度であるが、細菌ＧＡＰＤＨ認識の際にＩＬ−１０も産生することが見出された。さらに、本発明者らは、驚くべきことに、Ｂ１細胞によるＧＡＰＤＨ誘導性（すなわち、ＴＬＲ２媒介性）ＩＬ−１０産生が樹状細胞またはマクロファージによって産生されたＩ型インターフェロンの存在下で有意に増大し、この増大はこれらの細胞による細菌抗原の認識後に起こることを発見した（実施例４を参照のこと）。これは、細菌の構造抗原および分泌産物が協同的に作用して宿主免疫抑制を誘導する、全く新しい病原性機構を示す。
【００６９】
本発明者らは、新生児が細菌ＧＡＰＤＨの存在下で大量のＩＬ−１０を産生する傾向が新生児のこれらの感染に対する感受性が増大する理由であることも発見した。このことは、ＧＢＳでは公知であったが（２４）、他の敗血症誘導細菌では公知でも予想もされていなかった（実施例５を参照のこと）。免疫低下状態の成人（高齢者および糖尿病患者など）も細菌ＧＡＰＤＨの中和によって敗血症から防御され、新生児で認められた同一の機構がこれらの群にも当てはまることを意味する（実施例１２および１３を参照のこと）。さらに、本発明者らは、細菌ＧＡＰＤＨがヒト臍帯血および成人白血球におけるＩＬ−１０の強力な誘導因子でもあることが見出され、マウスで認められた同一の機構がヒト個体に当てはまることが証明された（実施例６を参照のこと）。
【００７０】
本発明者らは、自身の研究において主な敗血症誘導細菌を研究しているので、任意の他の敗血症誘導細菌で同一の結果が認められると仮定している。これを考慮して、本発明者らは、特に免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）における敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染症を防止するためのＧＡＰＤＨベースのワクチンを開発した。
【００７１】
したがって、本発明の第７の態様によれば、敗血症誘導細菌の感染防止のためのワクチンの開発における第１の態様によるペプチド、フラグメント、またはバリアントの使用を提供する。
【００７２】
敗血症誘導細菌を、好ましくは、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓからなる細菌群から選択することができる。ある実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＭｅｎＢである。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。
【００７３】
第８の態様では、第１の態様によるペプチド、フラグメント、またはバリアントを含むワクチンを提供する。
【００７４】
ＧＡＰＤＨがヒトにも存在するタンパク質であるので、全細菌ＧＡＰＤＨタンパク質で構成されたワクチンは、自己免疫性病態を惹起し得る。有利なことに、実施例８〜１０に例示するように、第１の態様のペプチドをワクチンとして使用する場合、このペプチドにより本明細書中に記載の任意の敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨに対する強い抗体応答を生じると同時に、自己免疫性病態が回避される。実際に、かかるペプチドを使用すると、各細菌ＧＡＰＤＨに対するワクチンの特異性が増大し、各細菌に対して付与される防御が増大すると考えられる。上記のように（表１中の配列比較を参照のこと）、いくつかの場合、異なる細菌由来のＧＡＰＤＨの間の配列類似度はあまり高くない。それ故、異なるペプチドの使用により、任意の細菌ＧＡＰＤＨに対する特異的免疫応答が保証され得る。これは、ワクチンとしての単一のＧＡＰＤＨ（全タンパク質）の使用では不可能である。したがって、驚いたことに、本発明者らは、ＧＡＰＤＨ由来ワクチンを、自己免疫性病態を生じること無く、それ必要とする被験体に投与することができる方法を見出した。特に新生児に関して、新生児Ｂ１細胞は、新生児における全脾臓細胞のおよそ３０％を占める。他方では、成人Ｂ１細胞は、全脾臓細胞の１〜５％に相当する（４５）。本発明者らは、このことが、新生児の敗血症感受性における細菌ＧＡＰＤＨの役割を強固にしていると考える。
【００７５】
第８の態様のワクチン（または第７の態様で開発されたワクチン）は、本明細書中に記載または想定される任意の異なるペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを任意の組み合わせおよび任意の数で含むことができる。したがって、好ましい実施形態では、ワクチンは、本明細書中に記載のたった１つのペプチド型（例えば、配列番号９）を含むことができる。別の実施形態では、ワクチンは、任意の２種（例えば、配列番号９および１０）、３種（例えば、配列番号９、１０、および１１）、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類の本明細書中に記載または想定されたペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントなどを含むことができる。異なるペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントの任意の組み合わせを想定し、これらは本発明の一部を形成する。
【００７６】
１つの好ましい実施形態では、ワクチンは、１つまたは複数の表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを含む。ワクチンは、任意の１種のペプチド、任意の２種のペプチド、任意の３種のペプチド、または実際には４種全てのペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを含むことができる。
【００７７】
別の好ましい実施形態では、ワクチンは、１つまたは複数の表３に示すペプチド（すなわち、配列番号１３〜６９を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを含む。それ故、ワクチンは、任意の１種のペプチド、または任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類のペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを含むことができる。
【００７８】
さらに別の好ましい実施形態では、ワクチンは、１つまたは複数の表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）および１つまたは複数の表３に示すペプチド（すなわち、配列番号１３〜６９を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを含む。ワクチンは、任意の１種のペプチド、または任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類のペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを含むことができる。
【００７９】
最も好ましい実施形態では、ワクチンは、４種全ての表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを含む。純粋に便宜のためであり、制限すると決して解釈すべきでないが、これらの４種のペプチドの組み合わせを含むワクチンを、本明細書中でこれ以降、新生児ワクチン（Neonatal  Vaccine）という。その名称が特に新生児について言及しているが、新生児ワクチンは、本明細書中に記載の任意の患者集団において使用する、および本明細書中に記載の任意の疾患、障害、または状態に対して使用することを意図する。これに関して、早産および死産は、細菌感染によって誘導された炎症応答の悪化が原因となり得る。細菌誘導性の早産および死産の場合、最も一般的な因子は、ＧＢＳ、大腸菌、およびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（すなわち、本明細書中に記載の敗血症誘導細菌）である。
【００８０】
本明細書中に記載のワクチンでは、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントを、共に連結して、より大きなペプチド（または小タンパク質）を形成することができる。１つの実施形態では、２つまたはそれを超えるペプチド（またはフラグメントもしくはバリアント）を共に連結する。別の実施形態では、同一ペプチド（またはフラグメントもしくはバリアント）の２つまたはそれを超えるコピーを共に連結する。連結は、直接的（すなわち、連結されるペプチド、フラグメント、またはバリアントの間にアミノ酸を持たない）または間接的（すなわち、連結されるペプチド、フラグメント、またはバリアントの間に１つまたは複数のアミノ酸を有し、それにより、「スペーサー」としての役割を果たす）であり得る。１つまたは複数の記載のペプチド（またはフラグメントもしくはバリアント）のパターンを反復させて、より大きなペプチド／小タンパク質を形成することができる。反復は、いわゆる縦列反復で相互に直接隣接し得るか、１つまたは複数のアミノ酸によってその都度間隔を開けることができる。あるいは、連結したペプチド、フラグメント、またはバリアントは、無作為な順序で出現し得る。上記配置の任意および全ての組み合わせも想定され、本発明の一部を形成する。例えば、より大きなペプチドを、同一のペプチド、フラグメント、またはバリアントの２つまたはそれを超えるコピーおよび２つまたはそれを超える異なるペプチド、フラグメント、またはバリアントを共に、あるパターン、ある無作為な順序、または両者の組み合わせで連結することによって形成することができる。
【００８１】
したがって、ある好ましい実施形態では、ワクチンは、本明細書中に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを、たった１種の型（例えば、配列番号９）であるが、この型の２つまたはそれを超える連結したコピーで含むことができる。別の実施形態では、ワクチンは、任意の２種（例えば、配列番号９および１０）、３種（例えば、配列番号９、１０、および１１）、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類の記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントの連結したコピーを、直前に記載の任意の配置で含むことができる。
【００８２】
１つの好ましい実施形態では、ワクチンは、表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントの１つまたは複数の連結されたコピーを含む。ワクチンは、任意の１種のペプチド、任意の２種のペプチド、任意の３種のペプチド、または実際には４種全てのペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを、本明細書中に記載の任意の連結配置で含むことができる。
【００８３】
別の好ましい実施形態では、ワクチンは、表３に示すペプチド（すなわち、配列番号１３〜６９を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントの１つまたは複数の連結されたコピーを含む。それ故、ワクチンは、任意の１種のペプチド、または任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類のペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを、本明細書中に記載の任意の連結配置で含むことができる。
【００８４】
さらに別の好ましい実施形態では、ワクチンは、１つまたは複数の表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）および１つまたは複数の表３に示すペプチド（すなわち、配列番号１３〜６９を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを、本明細書中に記載の任意の連結配置で含む。ワクチンは、任意の１種のペプチド、または任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類のペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを、本明細書中に記載の任意の連結配置で含むことができる。
【００８５】
最も好ましい実施形態では、ワクチンは、新生児ワクチン（すなわち、４種全ての表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを、本明細書中に記載の任意の連結配置で含む）である。
【００８６】
したがって、第８の態様のワクチン（または第７の態様で開発されたワクチン）は、少なくとも２つのペプチド、フラグメント、および／またはバリアントが共に連結している、任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類の第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントを含むことができる。任意の２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれを超える種類のペプチド、フラグメント、またはバリアントを、この点において共に連結することができる。
【００８７】
本発明者らは、敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ由来のペプチドおよびこれらのペプチドを含むワクチンが防御抗体応答を誘発することができることが認められたことに驚かされた。特に、このペプチドに対して産生された抗体は、敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨを特異的に認識して中和することができる。
【００８８】
したがって、第９の態様では、免疫応答を刺激するための第１の態様によるペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または第８の態様によるワクチンの使用を提供する。
【００８９】
好ましくは、免疫応答は、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体の産生を含む。敗血症誘導細菌は、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．であり得る。ある実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＭｅｎＢである。したがって、抗体が特異性を有するＧＡＰＤＨは、配列番号１〜７に提供したアミノ酸配列を有するＧＡＰＤＨであり得る。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。
【００９０】
ＧＡＰＤＨが遍在性タンパク質であり、本明細書中に証明されるように、敗血症誘導細菌の間で保存されているので、本発明のペプチド、フラグメント、およびバリアントは、敗血症誘導細菌の全ての異なる血清型に対する防御を誘導することができ、これは有利である。
【００９１】
以前に、９つのＧＢＳ血清型に対する複合糖質ワクチンが動物において免疫原性であることが示されたが、異なるエピトープ特異的莢膜血清型が存在することが、世界的なＧＢＳワクチンの開発を妨げた（４６、４７）。対照的に、ＧＡＰＤＨは、８種全ての公開されたＧＢＳゲノム中に構造的に保存されている（９９．８％超が同一）。したがって、本発明者らが以前に記載していたように、ＧＡＰＤＨ免疫したマウスまたはウサギの血清から精製した抗ＧＡＰＤＨ免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）抗体を使用して、１０種の無関係のＧＢＳ臨床分離株の培養上清中に存在するＧＡＰＤＨが異なる血清型および／またはＭＬＳ型に属することが証明されている（２４）。しかし、ＧＢＳ  ＧＡＰＤＨがウサギ、マウス、およびヒトのＧＡＰＤＨとそれぞれたった４４．７％、４５．８％、および４４．０％のアミノ酸同一性しか示さないので、以前に記載した「ＧＢＳワクチン」は、哺乳動物への投与の際にいかなる自己免疫も誘導しない（２４）。ＧＡＰＤＨが全ての敗血症誘導細菌の間で保存されているという本発明者らの本発見を考慮すると、本明細書中に記載のペプチド、フラグメント、およびバリアントにも同じことが言える。
【００９２】
ペプチド、フラグメント、またはバリアントの使用は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用であってよい。
【００９３】
好ましくは、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントの使用は、抗体産生のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用である。特に好ましい実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの使用は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体産生のためである。
【００９４】
かかる使用は、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を産生することができるようなｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでの第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントの抗体産生細胞との相互作用を含み得る。適切な抗体産生細胞、および抗体を産生するためにこの細胞を本発明のペプチド、フラグメント、またはバリアントと接触させる技術は、当該分野で記載されており、当業者に公知である。例えば、免疫ヒトおよび／または非ヒト免疫動物の血液産物を使用して、抗体を生成することができる。あるいは、第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントを使用して、細菌ＧＡＰＤＨの異なるエピトープに特異的なハイブリドーマを産生することができる。当該分野で利用可能な標準的な技術を使用して、ハイブリドーマを産生することができる。
【００９５】
別の好ましい実施形態では、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントの使用は、ｉｎ  ｖｉｖｏでの（すなわち、被験体における免疫応答を刺激するための）使用である。
【００９６】
ペプチド、フラグメント、またはバリアントを、そのまま（すなわち、１つまたは複数の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと少なくとも９０％のアミノ酸配列が同一であり、ヒトＧＡＰＤＨ内に見出されるペプチドと１０％未満のアミノ酸配列が同一であるたった１つまたは複数の単離されたペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントを）ワクチン接種すべき被験体に直接投与することができる。
【００９７】
ペプチド、フラグメント、またはバリアントを、任意の手段（注射によるまたは粘膜に、を含む）によって投与することができる。好ましくは、ペプチド、フラグメント、またはバリアントを、筋肉内、皮下、静脈内、または皮内に（intra-dermically）投与する。ワクチン接種すべき被験体への本発明のペプチド、フラグメント、またはバリアントの投与によってペプチド、フラグメント、またはバリアントに対して免疫特異性（ｉｍｍｕｎｏｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）を示す対応する抗体が産生されること、およびこれらの抗体が敗血症誘導細菌による既存の感染の改善または処置およびその後の感染の防止に役立つことが理解される。
【００９８】
したがって、好ましい実施形態では、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントは、敗血症誘導細菌（ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．など）のＧＡＰＤＨに特異的な抗体の産生を刺激するためのものである。
【００９９】
当業者は、本明細書中に記載の抗原ペプチド、フラグメント、およびバリアント（配列番号９〜６９に示すペプチドならびにそのフラグメントおよびバリアントなど）に基づいてワクチンを作製することができる方法が多様に存在することを理解する。例えば、異種抗原（すなわち、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアント）を、宿主ベクター（例えば、大腸菌などの細菌またはアデノウイルスなどのウイルス）中での発現を容易にするプロモーターまたは遺伝子に融合した遺伝子操作されたワクチンを構築することができる。
【０１００】
ワクチンは、アジュバントとして作用することができる賦形剤を含むことができる。したがって、ある実施形態では、ワクチン中の抗原ペプチド、フラグメント、またはバリアントを、微粒子アジュバント（例えば、リポソーム）または免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と組み合わせることができる。ペプチド、フラグメント、またはバリアントを、アジュバント（コレラ毒素など）またはスクアレン様分子と組み合わせることができる。例えば、水酸化アルミニウム（ミョウバン）、破傷風トキソイド、またはジフテリア毒素などの任意のアジュバントを使用することができる。ビヒクル（水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、ポリオール、またはデキストロース溶液が含まれ得るが、これらに限定されない）を、アジュバントのために適切に使用することができる。
【０１０１】
有効サイズのペプチド、フラグメント、またはバリアントを増加させるために、ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントを、キャリアタンパク質と併せて適切に使用することもできる。この様式では、免疫系は、ペプチドまたはそのフラグメントもしくはバリアントを認識するだけでなく、記憶もする。ペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントは、任意のキャリアタンパク質（例えば、キーホールリンペット由来のヘモシアニン（ＫＬＨ）など）と会合することができる。
【０１０２】
したがって、本発明のワクチンは、アジュバントおよび／またはキャリアタンパク質と共に、１つまたは複数の本明細書中に記載のペプチド、または１つまたは複数のそのフラグメントもしくはバリアントを適切に含む。任意の記載のペプチドを、単独または任意の他の記載のペプチドと組み合わせて使用することができる。本明細書中に記載のように、新生児ワクチンは、４種全ての表２に示すペプチド（すなわち、配列番号９〜１２を有する）またはそのフラグメントもしくはバリアントを含む。しかし、記載のペプチドの任意の組み合わせを代わりに使用することができる。アジュバントは、ヒトへの使用が許可されている任意のアジュバント（ミョウバン、破傷風トキソイド（ＴＴ）、またはジフテリア毒素（ＤＴ）など）であり得る。キャリアタンパク質（複数可）は、ＫＬＨ、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、オボアルブミン（ＯＶＡ）、ＴＴ、および／またはＤＴであり得る。ヒトへの使用に適切な任意の他のキャリアタンパク質を、ワクチンにおいて同様にまたは代わりに使用することができる。
【０１０３】
実施例７は、ワクチンを調製することができる１つの方法を記載している。最初に、１つまたは複数の第１の態様によるペプチド、そのフラグメントもしくはバリアントを抗原として選択することができ、この抗原に対してその後にワクチン接種された被験体が対応する抗体を産生する。次いで、指定のペプチド、フラグメント、またはバリアントをコードする指定の遺伝子または核酸分子の配列を、当該分野で公知の技術を使用して適切なベクターにクローニングして本発明の第３の態様の遺伝子構築物を形成することができる。
【０１０４】
指定の抗原をコードするＤＮＡ配列を、公知のタンパク質をコードする宿主細菌細胞由来の任意の公知の標的遺伝子に挿入することができる。抗原をコードするＤＮＡ配列を、マルチクローニング部位に挿入することができる。宿主生物の成長および機能が障害されない（すなわち、挿入が機能的に不必要である（redundant））限り、任意の遺伝子内への挿入が許容されることが理解される。
【０１０５】
したがって、作製された遺伝子構築物を使用して、二重交差組換えによって栄養母細胞（ｖｅｇｅｔａｔｉｖｅ  ｍｏｔｈｅｒ  ｃｅｌｌ）を形質転換することができる。あるいは、遺伝子構築物は、一重交差組換え（ｓｉｎｇｌｅ  ｃｒｏｓｓ−ｏｖｅｒ）によって栄養母細胞を形質転換するために使用することができる組み込みベクターであり得る。
【０１０６】
構築物は、宿主細胞中で選択性（例えば、クロラムフェニコール耐性）である薬物耐性遺伝子を含むことができる。プラスミドクローンの確認後、次いで、プラスミドを、適切な手段によって宿主細胞内に導入することができる。形質転換は、ＤＮＡ媒介形質転換またはエレクトロポレーションによる形質転換であり得る。プラスミドを、薬物耐性を試験することによって選択し、その時点でゲノムに導入することができる。
【０１０７】
ハイブリッドまたはキメラ遺伝子の発現を、導入した抗原（すなわち、細菌ＧＡＰＤＨ由来のペプチド、フラグメント、またはバリアント）を認識する抗体を用いるウェスタンブロッティングを使用して、サイズ分画を行ったタンパク質を調査（ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）して確認することができる。宿主遺伝子に融合した抗原性の遺伝子または核酸が正確に発現する場合、抗体によってのみ認識され、宿主中に通常は見出されない新規のバンドが出現する。使用することができる他の技術は、宿主表面上の抗原の表面発現を示すことができる免疫蛍光顕微鏡法および蛍光標示式細胞分取（ＦＡＣＳ）分析である。
【０１０８】
得られたワクチンを、任意の経路（筋肉内経路、皮下経路、皮内経路、経口経路、吸入経路、鼻腔内経路、直腸経路、および静脈内経路が含まれる）によって被験体に投与することができる。経口投与は、錠剤、カプセル、または液体の懸濁液もしくは乳濁液を介することが適切であり得る。あるいは、ワクチンを、細末またはエアロゾルの形態でＤｉｓｃｈａｌｅｒ（登録商標）またはＴｕｒｂｏｈａｌｅｒ（登録商標）を介して投与することができる。鼻腔内投与は、適切には、細末もしくはエアロゾルの鼻内噴霧または修正されたＤｉｓｃｈａｌｅｒ（登録商標）もしくはＴｕｒｂｏｈａｌｅｒ（登録商標）の形態であり得る。直腸投与は、坐剤を介することが適切であり得る。
【０１０９】
本発明のワクチンを、それを必要とする任意の被験体、特に、免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢の被験体、または糖尿病患者など）への投与のために製剤化する。ワクチンは、既に感染の兆候を示す者または免疫低下状態であるか敗血症誘導細菌による感染リスクがより高いと見なされる者のみに投与する必要があるわけではない。むしろ、ワクチンを、将来的なかかる感染の可能性に対する純粋な予防手段として見かけ上健康な被験体に投与することができる。例えば、ワクチンを、免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）に対する一般的なワクチン接種プログラムの一部として投与することができる。
【０１１０】
本明細書中で使用する場合、「免疫低下状態」は、新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者によって例示される免疫系に欠陥があることを意味する。
【０１１１】
本発明のワクチンを、任意の年齢の表示の被験体への投与のために製剤化することができる。任意の年齢の小児（新生児、乳児、幼児、および学童期の小児が含まれる）へ投与することを意図する。母体および胎児の両方を感染から防御するために本ワクチンを妊婦および生殖可能年齢の女性に投与することを意図する。その高齢期の任意の時期の高齢の被験体およびその生涯における任意の時点の糖尿病患者に本ワクチンを投与することも意図する。
【０１１２】
用語「新生児（neonate）」および「新産児（newborn）」は、本明細書中で使用する場合、出生時からおよそ１ヶ月齢までの子供をいうことができる。本用語は、未熟児、過熟児、および正期産児に適用する。出生前は、用語「胎児」を使用する。
【０１１３】
用語「乳児」および「乳幼児（infant）」は、本明細書中で使用する場合、およそ１ヶ月齢とおよそ１歳または２歳との間の若年小児をいうことができる（すなわち、小児が歩行および会話を学ぶ年齢、用語「幼児」をそのかわりに使用することができる）。
【０１１４】
用語「小児」は、本明細書中で使用する場合、若年小児をいい、幼児からおよそ１２歳（すなわち、プレティーン）までの小児を対象とする。
【０１１５】
用語「高齢者」は、本明細書中で使用する場合、高齢の被験体をいう。例えば、高齢者は、６０歳もしくは６０歳超、６５歳もしくは６５歳超、７０歳もしくは７０歳超、７５歳もしくは７５歳超、または８０歳もしくは８０歳超の男性または女性をいうことができる。寿命の後期の対応する年齢の非ヒト被験体も、この用語に含まれる。
【０１１６】
用語「糖尿病患者」は、本明細書中で使用する場合、任意の病期の１型糖尿病（若年性糖尿病またはインスリン依存性糖尿病としても公知）を罹患した者をいう。これは、患者を免疫低下状態にする免疫系病態に関連する唯一の糖尿病型である。
【０１１７】
本発明のワクチンを、他の既存のワクチン（例えば、免疫低下状態の宿主（乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、高齢者、および糖尿病患者など）に推奨されるワクチン）（例えば、破傷風ワクチンおよびジフテリアワクチンなど）と同時に投与することができる。
【０１１８】
本発明のワクチンを、特に、筋肉内経路、皮下経路、皮内経路、経口経路、鼻腔内経路、または静脈内経路によって生殖可能年齢の女性に投与することができる。妊娠期間の第三期にこのワクチンの追加免疫の実施を意図する。ワクチンは、敗血症誘導細菌（ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓが含まれる）によって引き起こされる周産期感染から生殖可能年齢の女性を防御することを意図する。胎内の乳幼児（胎児）は、母親の抗体が胎盤を通じて特に第三期の成長中の子に到達したときに獲得される受動免疫から恩恵を受ける。実施例に例示のように、本発明のワクチンはまた、生殖管から羊水内への細菌（ＧＢＳ、大腸菌、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．など）の上行性子宮内感染によって引き起こされる早産および死産を防止することができる。
【０１１９】
ワクチン接種すべき生物に応じた適切な投与計画を使用することができる。例えば、ワクチン接種すべきヒト被験体のために、通常は錠剤またはカプセルとして１０ｍｇ／ｋｇの用量を３回、２ヶ月間隔で使用することができる。血清（ＩｇＧ）応答の分析のために採血することができる。唾液、膣液、または糞便を、粘膜（分泌型ＩｇＡ）応答の分析のために採取することができる。ワクチン接種の有効性を測定するために、間接的酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して、血清サンプルおよび粘膜サンプルにおける抗体応答を分析することができる。
【０１２０】
実施例に記載のように、本発明者らは、本発明のペプチドが敗血症誘導細菌に対する防御抗体応答を誘導することができることを示した。本発明者らは、実施例中で、本発明のワクチンが敗血症誘導細菌による感染を防止することができることを証明した。好ましくは、ワクチンは、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．の感染の防止を目的とする。ワクチン開発において、上記のように、任意のまたは全ての配列番号９〜６９またはそのフラグメントもしくはバリアントをワクチン接種すべき被験体において免疫応答を誘発するための抗原として使用することができることが好ましい。ワクチンは予防用である。換言すると、本明細書中に記載のペプチド、フラグメント、またはバリアントを使用して、感染の防止（以前の感染の再発／再コロニー形成の防止が含まれる）が可能である。
【０１２１】
したがって、第１０の態様では、治療に使用するための第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントを提供する。
【０１２２】
第１１の態様では、本発明は、敗血症誘導細菌による感染の防止で用いるための第１の態様のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントまたは第８の態様によるワクチンを提供する。
【０１２３】
さらに、本発明の第１２の態様によれば、敗血症誘導細菌による感染を防止する方法であって、第１の態様によるペプチド、フラグメント、もしくはバリアント、または第８の態様によるワクチンをかかる処置を必要とする被験体に投与することを含む方法を提供する。
【０１２４】
本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンは、敗血症の最も一般的な原因である少なくとも７種の異なる病原体、好ましくは、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのうちの１つまたは複数によって引き起こされる全身性感染を防止することができる。ある実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＭｅｎＢである。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。したがって、本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンは、敗血症誘導細菌の感染によって引き起こされる敗血症または任意の他の疾患、障害、もしくは状態を防止することができる。これらの他の疾患、障害、または状態には、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎が含まれる。
【０１２５】
ある好ましい実施形態では、本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンを、早産および／または死産を防止するために使用する。本明細書中で説明するように、早産および死産は、生殖管から羊水内への細菌（ＧＢＳ、大腸菌およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．など）の上行性に起因する子宮内感染によって引き起こされる。本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンを用いた妊婦へのワクチン接種により、かかる抗原に対して産生した抗体による受動免疫が胎内の子孫に提供される。したがって、胎児および新生児を、母体ワクチン接種によって感染から防御することができる。
【０１２６】
本発明者らは、ＧＡＰＤＨが全ての敗血症誘導細菌から分泌されること、特に、これらの分泌されたＧＡＰＤＨの配列が類似するという知識を敗血症誘導細菌による感染症を処置する、防止する、または改善するために有用な治療薬物の調製で利用することもできることを認識している。例えば、分泌されたＧＡＤＰＨの標的ヒト細胞または標的動物細胞との結合を遮断する任意の薬剤を、この標的細胞における感染を防止する、処置する、または改善するための医薬として使用することができる。
【０１２７】
分泌されたＧＡＤＰＨのヒト細胞または動物細胞との結合を遮断することができる薬剤は、抗体であり得る。例えば、本明細書中に記載の任意のペプチド、フラグメント、またはバリアント（配列番号９〜６９に記載のアミノ酸配列を有するものが含まれる）に対して特異性を示す抗体は、分泌されたＧＡＰＤＨのヒト細胞または動物細胞への結合を遮断することができる。例えば、ワクチンを粘膜に投与する場合、ワクチンは粘膜表面に分泌型ＩｇＡを生成し、この抗体（ｓＩｇＡ）がＧＡＰＤＨの宿主細胞上皮への結合を遮断する。ワクチンを全身投与する場合、ワクチンはＩｇＧの産生を誘導し、このＩｇＧが細菌ＧＡＰＤＨのＢ１細胞表面上のＴＬＲ２への結合を遮断し、これらの細胞による初期ＩＬ−１０産生を防止する。
【０１２８】
したがって、本発明の第１３の態様によれば、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体であって、第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントに対して産生される、抗体を提供する。
【０１２９】
用語「〜に特異的な」は、抗体に関連して本明細書中で使用する場合、抗体の可変領域がその標的（例えば、ペプチドまたはポリペプチド）を排他的に認識して結合する（すなわち、ペプチドまたはポリペプチドのファミリー中で見出される配列の同一性、相同性、または類似性にもかかわらず、標的ペプチドまたは標的ポリペプチドを他の類似のペプチドまたはポリペプチドと区別することができる）ことを意味し得る。
【０１３０】
上記のように、本発明の第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアントのアミノ酸配列は、天然の細菌ＧＡＰＤＨ配列内に見出される配列であり得る。したがって、かかる配列は、細菌ＧＡＰＤＨ上の標的エピトープを示し得、この配列を、分泌されたＧＡＰＤＨのヒト細胞または動物細胞への結合の遮断で利用することができる。
【０１３１】
したがって、第１４の態様では、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨ中に見出されるエピトープに特異的な抗体であって、該エピトープが配列番号９〜６９のいずれか１つに実質的に記載のアミノ酸配列を有する、抗体を提供する。
【０１３２】
第１３の態様および第１４の態様の抗体は、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種によって分泌されたＧＡＰＤＨのヒト細胞または動物細胞への結合を遮断することができる。上記のように、細胞は、上皮細胞またはＢ１細胞であり得る。マクロファージなどの他の白血球も想定される。例えば、抗体は、ｓＩｇＡであり得、ＧＡＰＤＨのヒトまたは動物の上皮細胞への結合を遮断することができる。あるいは、抗体はＩｇＧであり得、ヒトまたは動物の白血球（Ｂ１細胞またはマクロファージなど）の表面上のＴＬＲ２へのＧＡＰＤＨの結合を遮断することができる。結果的に、かかる抗体は、ヒト細胞または動物細胞中でのＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生の遮断または中和に適切である。モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の両方が本発明に含まれる。
【０１３３】
本発明の第１５の態様によれば、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な抗体を産生する方法であって、抗体産生細胞を第１の態様のペプチド、フラグメント、またはバリアント、または第８の態様によるワクチンと接触させるステップを含む方法を提供する。
【０１３４】
好ましくは、上記の本発明の態様で言及された敗血症誘導細菌は、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．である。１つの実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＭｅｎＢである。したがって、抗体が特異性を有するか、抗体が結合するＧＡＰＤＨは、配列番号１〜７としたアミノ酸配列を有するＧＡＰＤＨであり得る。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。
【０１３５】
本発明の方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏ法であり得る。
【０１３６】
適切なｉｎ  ｖｉｔｒｏ法およびｅｘ  ｖｉｖｏ法は、本発明の第９に記載の方法（すなわち、１つまたは複数の敗血症誘導細菌種のＧＡＰＤＨに特異的な（モノクローナルまたはポリクローナル）抗体を産生する方法）である。
【０１３７】
適切なｉｎ  ｖｉｖｏ法は、本発明の第９の態様中に記載の方法（すなわち、ワクチン接種方法）である。
【０１３８】
第１６の態様では、敗血症誘導細菌による感染を処置、改善、または防止する方法であって、第１３の態様もしくは第１４の態様による抗体または第８の態様によるワクチンを、かかる処置を必要とする被験体に投与することを含む方法を提供する。
【０１３９】
好ましくは、抗体は、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、および／またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．の感染を処置、改善、または防止することができる。ある実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．はＳ．ａｕｒｅｕｓである。別の実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．はＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである。別の実施形態では、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓはＭｅｎＢである。したがって、抗体が特異性を有するＧＡＰＤＨは、好ましくは、配列番号１〜７として提供したアミノ酸配列を有するＧＡＰＤＨである。ある実施形態では、敗血症誘導細菌はＧＢＳではない。
【０１４０】
したがって、本発明の抗体は、敗血症誘導細菌の感染によって引き起こされる敗血症または任意の他の疾患、障害、もしくは状態を防止、処置、または改善することができる。これらの他の疾患、障害、または状態には、肺炎、髄膜炎、心内膜炎、腸炎、尿路感染症、軟部組織感染症、消化管感染症、血流感染症、および脳炎が含まれる。したがって、敗血症誘導細菌による感染症の治療、特に、防止、処置、または改善（上記疾患、障害、および状態の防止、処置、または改善が含まれる）で用いる本発明の第１３の態様および第１４の態様の抗体も提供する。
【０１４１】
好ましくは、抗体は、本発明の第１の態様に定義のペプチド、フラグメント、もしくはバリアントに対して、または本発明の第８の態様に定義のワクチンに対して産生される。
【０１４２】
本発明の第１２の態様と関連して上記で考察するように、本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンに対して産生した抗体は、母体の胎盤を通じてか、授乳の間の母乳から胎内の乳児に移動することができる。胎内の子孫に提供されたかかる受動免疫は、敗血症誘導細菌による感染を防御し、早産および／または死産を防止することができる。したがって、ある好ましい実施形態では、第１６の態様の方法は、胎内の乳児の感染を防止する方法、したがって、早産および／または死産を防止する方法である。この実施形態では、抗体を、分娩時の抗生物質の予防投与の代わりに用いるのに適切なストラテジーとして妊婦に投与する。したがって、早産および／または死産の防止で用いる本発明の第１３および第１４の態様の抗体も提供する。
【０１４３】
本明細書中で使用する場合、用語「抗体」には、完全なＩｇＧだけでなく、その一部（ＦａｂフラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントが含まれる）も含まれる。抗体には、ｓＩｇＡも含まれる。
【０１４４】
したがって、本発明のワクチンを使用するワクチン接種に加えて、本明細書中に記載のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンで誘発された抗体（完全なｓＩｇＡ抗体もしくはＩｇＧ抗体またはその一部（ＦａｂフラグメントまたはＦ（ａｂ’）２フラグメントが含まれる）のいずれか）を、特に以下に示すワクチンを受けていない感染個体および／または母体のための処置として使用することができる：
ａ）敗血症誘導細菌による敗血症または感染が証明されているか疑われる新生児において施すべき治療アプローチ−完全なＩｇＧまたはＦａｂ／Ｆ（ａｂ’）２フラグメント；
ｂ）ワクチンを受けていなかった母体から出生した新生児において投与すべき敗血症誘導細菌感染に対する防止アプローチ−完全なＩｇＧまたはＦａｂ／Ｆ（ａｂ’）２フラグメント；
ｃ）ワクチンを受けていなかった第三期の母体または生殖可能年齢の女性のワクチン接種で投与すべき敗血症誘導細菌感染に対する防止的アプローチ−完全なＩｇＧ；および
ｄ）敗血症誘導細菌によって引き起こされる敗血症または侵襲的感染が証明された妊婦または生殖可能年齢の女性のための治療アプローチ。
【０１４５】
抗ＧＡＰＤＨ抗体の受動的投与により、耐性株が選択されることになる現在の抗生物質投与に基づく治療アプローチを超える有意な改善が認められる。ある者が別の被験体の抗体を投与された場合に受動免疫が生じる。これらの抗体をある者の体内に導入する場合、「負荷した（ｌｏａｎｅｄ）」抗体が一定の感染症に対する防止または戦いを補助する。受動免疫によって付与される防御は短命であり、通常は数週間または数ヶ月しか持続しないが、即時防御に役立つ。
【０１４６】
本明細書中に証明されるように、非免疫個体への薬物適用として抗体を投与した場合、受動免疫を人為的に誘導することができる。上記のように、これらの抗体は、免疫ヒトのプールおよび精製した血液産物または非ヒト免疫動物（ウマ、ヒツジ、およびウサギなど）に由来し得る。実施例に示すように、新産児マウスへの抗体の受動的投与により、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＳ．ａｕｒｅｕｓの致死性感染を防御する。これらの抗体を、本発明のワクチンを接種していなかった母体および／またはワクチン接種していない母体由来の新生児に投与すべきである。本明細書中で考察するように、本発明のペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬の妊婦への投与によって胎児にも受動免疫を誘導することができる。胎内の乳幼児（胎児）は、母親の抗体が胎盤を通して特に第三期の成長中の子に到達したときに獲得される受動免疫から恩恵を受ける。したがって、これは、分娩時の抗生物質の予防投与の代わりに用いるのに適切なストラテジーである。
【０１４７】
本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、敗血症誘導細菌による感染症を処置する、改善する、または防止するための単剤療法（すなわち、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬の単独使用）で使用することができると理解される。あるいは、本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、敗血症誘導細菌による感染症を処置する、改善する、または防止するための公知の治療の補助として、またはそれと組み合わせて使用することができる。例えば、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬を、敗血症誘導細菌感染症を処置するための公知の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬を、真菌またはウイルスによって引き起こされる新生児敗血症を処置するための公知の薬剤と組み合わせて使用することができる。それを公知の抗レトロウイルス薬と組み合わせて使用することができる。
【０１４８】
本明細書中に記載のペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬をどの患者に投与すべきであるという制限はない。むしろ、本明細書中に記載の任意のペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を本明細書中に記載の任意の患者に投与することができることを意図する。本発明者らは、実際に、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬、および表示の患者群のそれぞれおよびあらゆる組み合わせが本発明に含まれることを明確に意図する。したがって、本発明は、治療剤および表示の患者群のそれぞれおよびあらゆる組み合わせを含む。免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、高齢者、および糖尿病患者など）における新生児ワクチンの使用が好ましい。
【０１４９】
本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、多数の異なる形態を有する組成物中で、特に組成物が使用される様式に応じて組み合わせることができる。したがって、例えば、組成物は、粉末、錠剤、カプセル、液体、軟膏、クリーム、ゲル、ヒドロゲル、エアロゾル、スプレー、ミセル溶液、経皮貼布、リポソーム懸濁液の形態、または処置を必要とするヒトまたは動物に投与することができる任意の他の適切な形態であり得る。本発明による医薬のビヒクルが、投与される被験体が十分に許容し、好ましくは薬剤が血液脳関門を通過して送達することができるビヒクルであるべきであると理解される。
【０１５０】
本発明のペプチド、薬剤、ワクチン、および抗体を含む医薬を、多数の方法で使用することができる。例えば、薬剤を錠剤、カプセル、または液体の形態で経口摂取することができる組成物内に含むことができる場合、例えば、経口投与を必要とし得る。本発明のペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を含む組成物を、吸入（例えば、鼻腔内）によって投与することができる。組成物を、局部使用のために製剤化することもできる。例えば、クリームまたは軟膏を、皮膚に適用することができる。
【０１５１】
本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、徐放または遅延放出デバイス内に組み込むこともできる。かかるデバイスを、例えば、皮膚上または皮膚下に挿入することができ、医薬を数週間または数ヶ月にわたって放出させることができる。デバイスを、少なくとも処置部位に隣接させて配置することができる。かかるデバイスは、本発明にしたがって使用される薬剤の長期処置が必要な場合および通例として頻繁な投与（例えば、少なくとも毎日の注射）が必要な場合に特に有利であり得る。
【０１５２】
好ましい実施形態では、本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、血流への注射または治療を必要とする部位への直接的な注射によって被験体に投与することができる。注射は、静脈内（ボーラスもしくは注入）、皮下（ボーラスもしくは注入）、または皮内（ボーラスもしくは注入）であり得る。
【０１５３】
ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬の必要量は、その生物学的活性および生物学的利用能によって決定され、この必要量は、投与様式、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬の生理化学的性質、ならびに単剤療法または併用療法のいずれとして使用されるかどうかに依存することが理解される。投与頻度はまた、処置される被験体内における薬剤の半減期に影響を受ける。投与すべき最適な投薬量は、当業者が決定することができ、使用される特定の薬剤、薬学的組成物の強度、投与様式、および細菌感染症の進行によって変化する。治療される特定の被験体に依存するさらなる要因（被験体の年齢、体重、性別、食事、および投与時間が含まれる）により、投薬量を調整する必要がある。
【０１５４】
一般に、０．００１μｇ／ｋｇ体重と１０ｍｇ／ｋｇ体重との間の１日用量の本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬を、どのペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬を使用するのかに応じて、細菌感染症を処置する、改善する、または防止するために使用することができる。より好ましくは、１日用量は、０．０１μｇ／ｋｇ体重と１ｍｇ／ｋｇ体重との間、より好ましくは、０．１μｇ／ｋｇ体重と１００μｇ／ｋｇ体重との間、および最も好ましくは、およそ０．１μｇ／ｋｇ体重と１０μｇ／ｋｇ体重との間である。
【０１５５】
ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬を、細菌感染症の発症前、発症中、または発症後に投与することができる。１日用量を、単回投与（例えば、毎日１回の注射）として投与することができる。あるいは、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、または医薬は、１日を通じて２回またはそれを超える回数の投与が必要であり得る。例として、ペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を、２回（または処置される細菌感染症の重症度に応じてそれを超える回数）の１日用量として０．０７μｇと７００ｍｇとの間（すなわち、体重７０ｋｇと仮定する）を投与することができる。処置を受ける患者は、起床時に第１の用量を投与し、次いで、晩（evening）に第２の用量を投与するか（２回投与レジメンの場合）、またはその後に３〜４時間間隔をあけることができる。あるいは、徐放デバイスを使用して、反復投与を必要とせずに最適用量の本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を患者に提供することができる。公知の手順（医薬品産業で慣習的に使用されている手順（例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ実験、臨床試験など）など）を使用して、本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬の特定の製剤および正確な治療レジメン（薬剤の１日用量および投与頻度など）を形成することができる。
【０１５６】
本発明の第１７の態様では、本発明の第１３の態様または第１４の態様の抗体および任意選択的に薬学的に許容され得るビヒクルを含む敗血症誘導細菌処置組成物を提供する。
【０１５７】
用語「敗血症誘導細菌処置組成物」または「抗敗血症誘導細菌組成物」は、被験体における敗血症誘導細菌感染症の治療的な改善、防止、または処置で使用される薬学的製剤を意味し得る。
【０１５８】
本発明はまた、第１８の態様において、第１７の態様による組成物を作製するためのプロセスであって、治療有効量の本発明の第１３の態様または第１４の態様の抗体を薬学的に許容され得るビヒクルと組み合わせることを含むプロセスを提供する。
【０１５９】
薬剤（例えば、本発明の抗体）の「治療有効量」は、任意の量であり、被験体に投与する場合、感染症を処置するか、所望の効果を得るのに必要な薬剤の量である。
【０１６０】
例えば、使用される薬剤（例えば、抗体）の治療有効量は、約０．００１ｍｇ〜約１０００ｍｇ、および好ましくは、約０．０１ｍｇ〜約５００ｍｇであり得る。薬剤の量は、約０．１ｍｇ〜約１００ｍｇ、および最も好ましくは、約０．５ｍｇ〜約５０ｍｇの量であることが好ましい。参考として、本明細書中に記載の実施例での新生児マウスにおいて使用する抗体の用量は４０ｍｇ／ｋｇであった。
【０１６１】
本明細書中で言及される「薬学的に許容され得るビヒクル」は、薬学的組成物の製剤化に有用であることが当業者に公知の任意の公知の化合物または公知の化合物の組み合わせである。
【０１６２】
「被験体」は、本明細書中で使用される場合、脊椎動物、哺乳動物、または飼育動物であり得る。それ故、本発明によるペプチド、薬剤、ワクチン、抗体、および医薬を使用して、任意の哺乳動物、例えば、家畜類（例えば、ウマ）、ペットを処置することができるか、他の獣医学的適用で使用することができる。最も好ましくは、被験体はヒトである。
【０１６３】
１つの実施形態では、薬学的に許容され得るビヒクルは固体であり得、組成物は粉末または錠剤の形態であり得る。固体の薬学的に許容され得るビヒクルには、香味剤、滑沢剤、可溶化剤、懸濁化剤、色素、充填剤、流動促進剤、圧縮助剤、不活性結合剤、甘味料、防腐剤、色素、コーティング、または錠剤崩壊剤としても作用することができる１つまたは複数の物質が含まれ得る。ビヒクルはまた、カプセル化材料であり得る。粉末では、ビヒクルは、本発明による微粉化活性薬剤と混合される微粉化固体である。錠剤では、活性薬剤を、適切な比率で必要な圧縮性を有するビヒクルと混合し、所望の形状およびサイズに圧縮することができる。粉末および錠剤は、好ましくは、９９％までの活性薬剤を含む。適切な固体ビヒクルには、例えば、リン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、糖、ラクトース、デキストリン、デンプン、ゼラチン、セルロース、ポリビニルピロリジン、低融点ワックス、およびイオン交換樹脂が含まれる。別の実施形態では、薬学的ビヒクルはゲルであり得、組成物は、クリームなどの形態であり得る。
【０１６４】
しかし、薬学的ビヒクルは液体であり得、薬学的組成物は溶液の形態である。液体ビヒクルを、溶液、懸濁液、乳濁液、シロップ、エリキシル、および圧縮組成物の調製で使用する。本発明による活性薬剤を、薬学的に許容され得る液体ビヒクル（水、有機溶媒、薬学的に許容され得る油および脂肪の両方またはこれらのいずれかの混合物など）に溶解または懸濁することができる。液体ビヒクルは、他の適切な薬学的添加物（可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、防腐剤、甘味料、香味剤、懸濁化剤、増粘剤、着色剤、粘性調節剤、安定剤、または浸透圧調節剤など）を含むことができる。経口投与および非経口投与のための液体ビヒクルの適切な例には、水（上記の添加物を一部含む、例えば、セルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液）、アルコール（一価アルコールおよび多価アルコール（例えば、グリコール）を含む）およびその誘導体、ならびに油（例えば、分留したココナッツ油およびラッカセイ油）が含まれる。非経口投与のために、ビヒクルはまた、油性エステル（オレイン酸エチルおよびミリスチン酸イソプロピルなど）であり得る。無菌液体ビヒクルは、非経口投与用の無菌の液体形態の組成物で有用である。圧縮組成物用の液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素または他の薬学的に許容され得る噴射剤であり得る。
【０１６５】
滅菌された溶液または懸濁液である液体薬学的組成物を、例えば、筋肉内注射、髄腔内注射、硬膜外注射、腹腔内注射、静脈内注射、特に皮下注射で利用することができる。薬剤を、投与時に滅菌水、食塩水、または他の適切な滅菌注射用媒体を使用して溶解または懸濁することができる滅菌固体組成物として調製することができる。
【０１６６】
本発明の薬剤および組成物を、他の溶質または懸濁化剤（例えば、溶液を等張にするのに十分な食塩水またはグルコース）、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、ソルビタンモノオレアート、およびポリソルベート８０（ソルビトールおよびその無水物のオレイン酸エステルにエチレンオキシドを共重合させたもの）などを含む滅菌溶液または懸濁液の形態で経口投与することができる。本発明によって使用される薬剤を、液体または固体の組成物形態のいずれかで経口投与することもできる。経口投与に適切な組成物には、固体の形態（丸薬、カプセル、顆粒、錠剤、および粉末など）ならびに液体の形態（溶液、シロップ、エリキシル、および懸濁液など）が含まれる。非経口投与に有用な形態には、滅菌溶液、乳濁液、および懸濁液が含まれる。
【０１６７】
本発明が、本明細書中で言及された配列のいずれかのアミノ酸配列または核酸配列（その機能的バリアントまたは機能的フラグメントが含まれる）を実質的に含む任意の核酸もしくはペプチド、またはそのバリアント、誘導体、もしくはアナログに及ぶことが理解される。用語「実質的にアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列」、「機能的バリアント」、および「機能的フラグメント」は、本明細書中で言及した配列の任意の１つのアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列と少なくとも４０％の配列が同一であり、例えば、配列番号９〜６９とした配列と４０％同一である配列であり得る。
【０１６８】
本明細書中で言及した配列のいずれかと５０％超、より好ましくは６５％超、７０％超、７５％超、さらにより好ましくは、８０％超配列が同一である、配列同一性を有するアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列も想定する。好ましくは、アミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列は、本明細書中で言及した配列のいずれかと少なくとも８５％同一、本明細書中で言及した配列のいずれかと、より好ましくは、少なくとも９０％、９２％、９５％、９７％、９８％同一、および最も好ましくは、少なくとも９９％同一である。
【０１６９】
当業者は、２つのアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列の間のパーセント同一性の計算方法を理解する。２つのアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列の間のパーセント同一性を計算するために、２つの配列のアラインメントを最初に整えた（prepared）後、配列同一値を計算しなければならない。２つの配列のパーセント同一性は、以下に応じて異なる値をとり得る：（ｉ）配列アラインメントのために使用する方法、例えば、ＣｌｕｓｔａｌＷ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ（異なるプログラムで実行される）、または３Ｄ比較による構造アラインメント；ならびに（ｉｉ）アラインメント法によって使用されるパラメータ（例えば、局所アラインメント対大域アラインメント）、使用される対スコア行列（pair-score  matrix）（例えば、ＢＬＯＳＵＭ６２、ＰＡＭ２５０、Ｇｏｎｎｅｔなど）、およびギャップペナルティ（例えば、関数形式および定数）。
【０１７０】
アラインメントを作製後に２配列間のパーセント同一性を計算する方法は多数存在する。例えば、同一性の数を以下で割ることができる：（ｉ）最短配列の長さ；（ｉｉ）アラインメントの長さ；（ｉｉｉ）平均配列長；（ｉｖ）非ギャップの位置数；または（ｉｖ）オーバーハングを除く等価な位置の数。さらに、パーセント同一性は長さにも強く依存することが理解される。したがって、配列の対が短いほど配列同一性は高くなり、偶然が生じると予想され得る。
【０１７１】
それ故、アミノ酸配列または核酸配列の正確なアラインメントのプロセスは複雑であると理解される。一般的なマルチプルアラインメントプログラムＣｌｕｓｔａｌＷ（４８、４９）は、本発明によるタンパク質またはＤＮＡのマルチプルアラインメントの好ましい生成方法である。ＣｌｕｓｔａｌＷの適切なパラメータは、以下であり得る：ＤＮＡアラインメントについては以下である：ギャップオープンペナルティ＝１５．０、ギャップ伸長ペナルティ＝６．６６、および行列＝Ｉｄｅｎｔｉｔｙ。タンパク質アラインメントについては以下である：ギャップオープンペナルティ＝１０．０、ギャップ伸長ペナルティ＝０．２、および行列＝Ｇｏｎｎｅｔ。ＤＮＡおよびタンパク質のアラインメントについては以下である：ＥＮＤＧＡＰ＝−１、およびＧＡＰＤＩＳＴ＝４。当業者は、最適な配列アラインメントのためにこれらのパラメータおよび他のパラメータを変動させる必要があり得ることを認識している。
【０１７２】
好ましくは、次いで、２つのアミノ酸／ヌクレオチド／ペプチド配列の間のパーセント同一性の計算を、（Ｎ／Ｔ）＊１００（式中、Ｎは配列が同一残基を共有する位置の数であり、Ｔは、ギャップを含むがオーバーハングを排除して比較される位置の総数である）などのアラインメントから計算することができる。それ故、２配列間のパーセント同一性の最も好ましい計算方法は、（ｉ）適切なパラメータ（例えば、上記）のセットを使用したＣｌｕｓｔａｌＷプログラムを用いて配列アラインメントを整えること；ならびに（ｉｉ）以下の式：配列同一性＝（Ｎ／Ｔ）＊１００にＮおよびＴの値を挿入することを含む。
【０１７３】
類似の配列の別の同定方法が当業者に公知である。例えば、実質的に類似するヌクレオチド配列は、ストリンジェントな条件下で第１の態様によるペプチドまたはその機能的フラグメントまたはその機能的バリアントをコードするヌクレオチド配列あるいはその相補物とハイブリッド形成する配列である。ストリンジェントな条件とは、およそ４５℃の３×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中でヌクレオチドがフィルターに結合したＤＮＡまたはＲＮＡとハイブリッド形成し、その後におよそ２０〜６５℃の０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳで少なくとも１回洗浄することを意味する。あるいは、実質的に類似するペプチドは、配列番号９〜６９に示す配列と少なくとも１個であるが、３、４、５、６、７、８、９、または１０個未満のアミノ酸が異なり得る。
【０１７４】
遺伝暗号の縮重のために、本明細書中に記載の任意の核酸配列を、核酸配列によってコードされるペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の配列に実質的に影響を及ぼすことなく、その機能的バリアントを得るために変動または変更することができることが明らかである。適切なヌクレオチドバリアントは、配列内に同一アミノ酸をコードする異なるコドンを置換することによって変化した配列を有し、それにより、サイレントな変化を生じるバリアントである。他の適切なバリアントは、相同なヌクレオチド配列を有するが、置換されるアミノ酸と類似する生物物理的性質の側鎖を有するあるアミノ酸をコードする異なるコドンを置換することによって変化し、それにより、保存的変化を生ずる配列の全部または一部を含むバリアントである。例えば、小さな非極性の疎水性アミノ酸には、グリシン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、およびメチオニンが含まれる。大きな非極性の疎水性アミノ酸には、フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンが含まれる。極性中性アミノ酸には、セリン、トレオニン、システイン、アスパラギン、およびグルタミンが含まれる。正電荷（塩基性）アミノ酸には、リジン、アルギニン、およびヒスチジンが含まれる。負電荷（酸性）アミノ酸には、アスパラギン酸およびグルタミン酸が含まれる。したがって、どのアミノ酸を、類似の生物物理的性質を有するアミノ酸で置き換えることができるのかは理解され、当業者はこれらのアミノ酸をコードするヌクレオチド配列を知っている。
【０１７５】
本明細書中（任意の添付の特許請求の範囲、要約、および図面が含まれる）に記載の全ての特徴および／または開示の任意の方法もしくはプロセスの全てのステップを、少なくともいくつかのかかる特徴および／またはステップが互いに排反する組み合わせを除き、任意の組み合わせで任意の上記態様と組み合わせることができる。
【０１７６】
本発明をより容易に理解するためおよび本発明の実施形態を実行し得る方法を示すために、ここに、例として以下に添付の線図が参照される。
【図面の簡単な説明】
【０１７７】
【図１】図１は、主な敗血症誘導細菌（ＧＢＳ、大腸菌、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列アラインメントを示す。（上記のＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号のＦＡＳＴＡ形式に従って）本明細書中で配列番号１〜７としたアミノ酸配列の提出後にＣｌｕｓｔａｌＷ２サーバからマルチプルアラインメントを得た。得られた配列類似％を、表１に示す。
【０１７８】
【図２】図２は、本発明のワクチンで使用することができる４つの表面ペプチドの例を提供する。表は、４つの例示的なペプチドのアミノ酸配列および各アミノ酸配列を保有する各細菌を示す。表の下に異なる細菌ＧＡＰＤＨにおける同一の４つのペプチドの表面の位置を示す。本明細書中でペプチドをペプチド１〜４（配列番号９〜１２）とし、これらのペプチドを組み合わせて使用して本明細書中で新生児ワクチンとして同定されたワクチンを形成する。
【０１７９】
【図３】図３は、Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、およびヒト由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列のアラインメントを示す。２つのボックスで囲んだ領域は、ペプチド１およびペプチド２が由来する配列を示す。
【０１８０】
【図４】図４〜６は、新生児Ｂ１細胞が細菌ＧＡＰＤＨによる刺激の際の主なＩＬ−１０産生者であることを示す。図４のパネルＡおよびＢは、脾臓単核球（ＭＮＣ）、末梢血由来の好中球（ＰＭＮＣ）、肝臓由来のマクロファージ（ＦＬＭ）または樹状細胞（ＦＬＤＣ）、ならびに新産児マウスの脾臓から精製したＢ細胞（総Ｂ細胞）、Ｂ１細胞、およびＢ２細胞を、リポ多糖（ＬＰＳ）、ｒＧＡＰＤＨ、またはＲｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＰＭＩ）培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図５は、新産児マウスの脾臓から精製したＢ１細胞を、示すようにＴＬＲ２インヒビター（ＯｘＰＡＣ）またはＴｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）インヒビター（ＣＬＩ０９５）の存在下にてｒＧＡＰＤＨで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＡおよびＢは、新産児マウスの脾臓から精製した総細胞およびＢ１細胞をそれぞれｒＧＡＰＤＨ、固定ＧＢＳ（ＧＢＳｆ）、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＣは、胎児肝臓由来の樹状細胞および新産児脾臓由来の精製したＢ１細胞の共培養物を、ｒＧＡＰＤＨ、ＧＢＳｆ、Ｉ型インターフェロン受容体（αＩＦＮＡＲ）に特異的なモノクローナル抗体、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図４〜６の全パネル中に示したデータは、少なくとも２つの独立した実験の平均＋ＳＥＭである。
【図５】図４〜６は、新生児Ｂ１細胞が細菌ＧＡＰＤＨによる刺激の際の主なＩＬ−１０産生者であることを示す。図４のパネルＡおよびＢは、脾臓単核球（ＭＮＣ）、末梢血由来の好中球（ＰＭＮＣ）、肝臓由来のマクロファージ（ＦＬＭ）または樹状細胞（ＦＬＤＣ）、ならびに新産児マウスの脾臓から精製したＢ細胞（総Ｂ細胞）、Ｂ１細胞、およびＢ２細胞を、リポ多糖（ＬＰＳ）、ｒＧＡＰＤＨ、またはＲｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＰＭＩ）培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図５は、新産児マウスの脾臓から精製したＢ１細胞を、示すようにＴＬＲ２インヒビター（ＯｘＰＡＣ）またはＴｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）インヒビター（ＣＬＩ０９５）の存在下にてｒＧＡＰＤＨで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＡおよびＢは、新産児マウスの脾臓から精製した総細胞およびＢ１細胞をそれぞれｒＧＡＰＤＨ、固定ＧＢＳ（ＧＢＳｆ）、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＣは、胎児肝臓由来の樹状細胞および新産児脾臓由来の精製したＢ１細胞の共培養物を、ｒＧＡＰＤＨ、ＧＢＳｆ、Ｉ型インターフェロン受容体（αＩＦＮＡＲ）に特異的なモノクローナル抗体、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図４〜６の全パネル中に示したデータは、少なくとも２つの独立した実験の平均＋ＳＥＭである。
【図６】図４〜６は、新生児Ｂ１細胞が細菌ＧＡＰＤＨによる刺激の際の主なＩＬ−１０産生者であることを示す。図４のパネルＡおよびＢは、脾臓単核球（ＭＮＣ）、末梢血由来の好中球（ＰＭＮＣ）、肝臓由来のマクロファージ（ＦＬＭ）または樹状細胞（ＦＬＤＣ）、ならびに新産児マウスの脾臓から精製したＢ細胞（総Ｂ細胞）、Ｂ１細胞、およびＢ２細胞を、リポ多糖（ＬＰＳ）、ｒＧＡＰＤＨ、またはＲｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＰＭＩ）培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図５は、新産児マウスの脾臓から精製したＢ１細胞を、示すようにＴＬＲ２インヒビター（ＯｘＰＡＣ）またはＴｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）インヒビター（ＣＬＩ０９５）の存在下にてｒＧＡＰＤＨで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＡおよびＢは、新産児マウスの脾臓から精製した総細胞およびＢ１細胞をそれぞれｒＧＡＰＤＨ、固定ＧＢＳ（ＧＢＳｆ）、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図６のパネルＣは、胎児肝臓由来の樹状細胞および新産児脾臓由来の精製したＢ１細胞の共培養物を、ｒＧＡＰＤＨ、ＧＢＳｆ、Ｉ型インターフェロン受容体（αＩＦＮＡＲ）に特異的なモノクローナル抗体、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図４〜６の全パネル中に示したデータは、少なくとも２つの独立した実験の平均＋ＳＥＭである。
【０１８１】
【図７】図７は、ＴＬＲ２欠損が新生児の生存を改善し、細菌性敗血症から防御することを示す。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株（パネルＡ）または大腸菌ＩＨＥ３０３４株（パネルＢ）でチャレンジされた新産児マウスの生存を示す。本研究は野生型マウスおよびＴＬＲ２−／−マウスの両方を含んだ。結果は、少なくとも２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、異なる感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。ＴＬＲ２欠損仔マウスとコントロールとの間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１８２】
【図８】図８は、ＩＬ−１０シグナル伝達の遮断により新産児が細菌性敗血症から防御されることを示す。マウスＩＬ−１０受容体に特異的なモノクローナル抗体（抗ＩＬ１０Ｒ）またはアイソタイプ適合コントロール抗体（アイソタイプＩｇＧ／コントロール）の注射後に大腸菌ＩＨＥ３０３４株（パネルＡ）またはＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株（パネルＢ）でチャレンジされた新産児マウスの生存を示す。結果は、３つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、異なる感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。抗ＩＬ−１０Ｒ処置仔マウスとコントロールとの間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１８３】
【図９】図９は、ＧＡＰＤＨ分泌が共通の病原性機構であることを示す。ポジティブコントロールとして使用したｒＧＡＰＤＨをレーン１に示す。レーン２〜６は、表示の病原体（ＮＥＭ３１６はＧＢＳの株である）のバンドが等価であることを示す。データは、５つの独立した実験の代表である。
【０１８４】
【図１０】図１０は、ｒＧＡＰＤＨで誘発された抗体が新産児マウスをＧＢＳ以外の敗血症誘導細菌による感染から防御することを示す。ｒＧＡＰＤＨ誘導性抗体（抗ｒＧＡＰＤＨ  ＩｇＧ）またはコントロール抗体（コントロールＩｇＧ）の注射後のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ  Ｔｉｇｒ４株（パネルＡ）、大腸菌ＩＨＥ３０３４株（パネルＢ）、およびＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株（パネルＣ）でチャレンジした仔マウスの生存を示す。結果は、２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、種々の感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１８５】
【図１１】図１１は、細菌ＧＡＰＤＨがヒト単核球中でのＩＬ−１０産生を誘導することを示す。パネルＡおよびＢは、臍帯血（パネルＡ）または末梢血（パネルＢ）から分離したヒト単核球をｒＧＡＰＤＨ、ＴＬＲ２インヒビター（ＴＬＲ２  ｉｎ）、またはＲＰＭＩ培地のみで刺激した後のＩＬ−１０濃度を示す。図中に示したデータは、少なくとも２つの独立した実験の平均＋ＳＥＭである。
【０１８６】
【図１２】図１２は、大腸菌およびヒト由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列のアラインメントを示す。ボックスで囲んだ領域は、図２由来のペプチド３を示す。
【０１８７】
【図１３】図１３は、Ｐ．ａｅｒｏｇｉｎｏｓａおよびヒト由来のＧＡＰＤＨのアミノ酸配列のアラインメントを示す。アミノ酸２３のボックスで囲んだ領域は、本発明で用いるペプチド（配列番号６２）を示す。アミノ酸５９のボックスで囲んだ領域は、図２由来のペプチド４を示す。
【０１８８】
【図１４】図１４、１５、および１６は、本発明のワクチンで誘発された抗体が細菌ＧＡＰＤＨと反応することを示す。ポジティブコントロールとして使用したｒＧＡＰＤＨを各ゲルのレーン１に示す。図１４中のレーン２〜６および図１５および１６中のレーン２は、表示の病原体のバンドが等価であることを示す。データは、２つの独立した実験の代表である。
【図１５】図１４、１５、および１６は、本発明のワクチンで誘発された抗体が細菌ＧＡＰＤＨと反応することを示す。ポジティブコントロールとして使用したｒＧＡＰＤＨを各ゲルのレーン１に示す。図１４中のレーン２〜６および図１５および１６中のレーン２は、表示の病原体のバンドが等価であることを示す。データは、２つの独立した実験の代表である。
【図１６】図１４、１５、および１６は、本発明のワクチンで誘発された抗体が細菌ＧＡＰＤＨと反応することを示す。ポジティブコントロールとして使用したｒＧＡＰＤＨを各ゲルのレーン１に示す。図１４中のレーン２〜６および図１５および１６中のレーン２は、表示の病原体のバンドが等価であることを示す。データは、２つの独立した実験の代表である。
【０１８９】
【図１７】図１７は、新生児ワクチンで誘発された抗体が新産児マウスをＧＢＳ感染から防御することを示す。新生児ワクチン誘導性抗体（ＩｇＧ）またはコントロールＩｇＧの注射後のＧＢＳ  ＮＥＭ３１６でチャレンジした仔マウスの生存を示す。結果は、２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１９０】
【図１８】図１８は、新生児ワクチンで誘発された抗体が新産児マウスを細菌性敗血症から防御することを示す。新生児ワクチン誘導性抗体（ＩｇＧ）またはコントロールＩｇＧの注射後のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｔｉｇｒ４株（パネルＡ）、大腸菌ＩＨＥ３０３４株（パネルＢ）、またはＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株（パネルＣ）でチャレンジした新産児マウスの生存を示す。結果は、少なくとも２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、異なる感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１９１】
【図１９】図１９は、抗ＧＡＰＤＨ抗体の治療での使用によりＧＢＳ誘導性敗血症を効率的に処置することができることを示す。ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６でチャレンジし、その後に新生児ワクチン誘導性抗体（ＩｇＧ）、コントロールＩｇＧ、または生理食塩水を投与した新産児マウスの生存を示す。結果は、２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１９２】
【図２０】図２０は、新生児ワクチンで誘発された抗体が高齢マウスを致死性ＧＢＳ感染から防御することを示す。新生児ワクチン誘導性抗体（新生児ワクチン−ＩｇＧ）またはコントロールＩｇＧ（「偽免疫した」）の注射後のＧＢＳでチャレンジした高齢マウスの生存を示す。結果は、２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【０１９３】
【図２１】図２１は、新生児ワクチンで誘発された抗体が非肥満糖尿病（ＮＯＤ）マウスを致死性ＧＢＳ感染から防御することを示す。新生児ワクチン誘導性抗体（新生児ワクチン−ＩｇＧ）またはコントロールＩｇＧ（「偽免疫した」）の注射後のＧＢＳでチャレンジしたＮＯＤマウスの生存を示す。結果は、２つの独立した実験からプールしたデータを示す。括弧内の数字は、感染チャレンジを生き延びた動物数対総感染動物数を示す。免疫した群対コントロール群との間の統計的差異（Ｐ値）を示す。
【実施例】
【０１９４】
他で示さない限り、実施例に記載の研究で使用した材料と方法は下記のとおりである。
【０１９５】
マウス
６〜８週齢の雄および雌のＢＡＬＢ／ｃマウス、Ｃ５７ＢＬ／６マウス、およびＴＬＲ２欠損Ｃ５７ＢＬ／Ｂ６．１２９−Ｔｌｒ２ｔｍ１Ｋｉｒ／Ｊ（ＴＬＲ２−／−）マウス、および高齢Ｃ５７Ｂｌ／６マウス（１６月齢超）を、Ｔｈｅ  Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙから購入した。ニュージランドホワイトラビットおよび８週齢非肥満糖尿病（ＮＯＤ）マウスを、Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから購入した。動物を、実験の期間中にＩｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ａｂｅｌ  Ｓａｌａｚａｒの動物施設で管理した。全手順を、実験および他の科学的目的のために使用される脊椎動物の保護に関するヨーロッパ協定（ＥＴＳ１２３）および８６／６０９／ＥＥＣ指令およびポルトガル規則（ＤＬ１２９／９２）（ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｖｅｒｔｅｂｒａｔｅ  Ａｎｉｍａｌｓ  ｕｓｅｄ  ｆｏｒ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｏｔｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｒｐｏｓｅｓ  （ＥＴＳ  １２３）  ａｎｄ  ８６／６０９／ＥＥＣ  Ｄｉｒｅｃｔｉｖｅ  ａｎｄ  Ｐｏｒｔｕｇｕｅｓｅ  ｒｕｌｅｓ  （ＤＬ  １２９／９２））にしたがって行った。全ての動物実験を、動物の苦痛を最小にするように計画した。
【０１９６】
細菌
研究で使用した細菌を、以下の表４に列挙する。全ての株は、感染新産児から得た臨床分離株であった。大腸菌、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、ＧＢＳ、およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、Ｐａｓｔｅｕｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｐａｒｉｓ，ＦｒａｎｃｅのＰａｔｒｉｃｋ  Ｔｒｉｅｕ  Ｃｕｏｔ教授から分与され；Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｇｅｒａｌ  ｄｅ  Ｓａｎｔｏ  Ａｎｔｏｎｉｏ，Ｐｏｒｔｏ，Ｐｏｒｔｕｇａｌから分与された。ＧＢＳおよびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、０．００１ｍｇ／ｍＬの硫酸コリスチンおよび０．５μｇ／ｍＬのオキソリン酸（ｏｘａｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ選択サプリメント、Ｏｘｏｉｄ）を含むＴｏｄｄ−Ｈｅｗｉｔｔのブロスまたは寒天（Ｄｉｆｃｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）中で成長させた。大腸菌、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、ＭｅｎＢ、およびＳ．ａｕｒｅｕｓを、Ｔｏｄｄ−Ｈｅｗｉｔｔのブロスまたは寒天培地上で培養した。細菌を、３７℃で成長させた。
【表４】
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【０１９７】
抗体処置
抗体処置を、新産児ＢＡＬＢ／ｃマウス（４８時間齢まで）においてはＧＢＳ感染の１２時間前、高齢Ｃ５７Ｂｌ／６マウス（１６月齢超）およびＮＯＤマウスにおいてはＧＢＳ感染の２４時間前に行った。受動免疫のために、仔マウスに、１００μｇの抗ｒＧＡＰＤＨ  ＩｇＧ抗体を腹腔内注射した。コントロール動物に、同量のコントロールＩｇＧ抗体を投与した。ＩＬ−１０シグナル伝達遮断のために、１００μｇの抗ＩＬ１０Ｒ抗体（１Ｂ１．３ａ、Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を、腹腔内投与し、コントロール動物に同量の適合アイソタイプコントロール抗体を投与した。抗ＧＡＰＤＨ抗体の治療的使用に関して、仔マウスを、感染６時間後に１００μｇの抗ＧＡＰＤＨ  ＩｇＧ（または各コントロールＩｇＧ）で処置した。
【０１９８】
細菌感染の新生児マウスモデル
新生児期（４８時間齢）のＢＡＬＢ／ｃマウス、Ｃ５７ＢＬ／６野生型マウス、またはＴＬＲ２−／−マウスに、最大体積４０μｌの表示の細菌接種材料を皮下感染させた。新産児を、実験を通して該新産児の母親と共に飼育した。１２日間の実験にわたる生存曲線を決定した。
【０１９９】
ｒＧＡＰＤＨ
以前に記載のようにｒＧＡＰＤＨを産生し、精製した（４１）。
【０２００】
抗ＧＡＰＤＨ  ＩｇＧの精製
成体のマウスまたはウサギを、２５μｇのｒＧＡＰＤＨを含むＰＢＳ／ミョウバン懸濁液にて３週間の投与間隔で２回免疫した。第２の免疫から１０日後に血清を回収した。プールした血清サンプルを、プロテインＧ  ＨＰアフィニティカラム（ＨｉＴｒａｐ、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｂｉｏ−Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＡＢ）にアプライし、次いで、精製されたＩｇＧ抗体を、固定されたｒＧＡＰＤＨを有するアフィニティカラム（Ｈｉ−ｔｒａｐ  ＮＨＳ活性化ＨＰ、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈ−ｃａｒｅ  Ｂｉｏ−Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＡＢ）に通過させた。コントロールＩｇＧを、ＰＢＳ／ミョウバン懸濁液で偽免疫したマウスまたはウサギの血清から得、プロテインＧ  ＨＰアフィニティカラムで精製した。精製されたＩｇＧ抗体画分を、ＰＢＳ中でさらに平衡化し、−８０℃で一定分量ずつ凍結保存した。
【０２０１】
総脾臓細胞培養
新産児マウス（４８時間齢まで）の脾臓由来の細胞を、ペニシリン（１００ＩＵ／ｍｌ）、ストレプトマイシン（５０μｇ／ｍｌ）、２−ＭＥ（０．０５Ｍ）、および１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を補充したＲＰＭＩ１６４０−完全ＲＰＭＩ（ｃＲＰＭＩ）中で該臓器を穏やかに掻き裂くことによって得た。次いで、細胞を、９６ウェルプレート（１×１０６細胞／ウェル）に分注し、培地のみ、２．５μｇ／ｍｌ  ＬＰＳを含む培地、２５μｇ／ｍｌのｒＧＡＰＤＨを含む培地、１μｇ／ｍＬのＴＬＲ２アゴニストであるＰＡＭ３ＣＳＫ４（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を含む培地を使用して、５％二酸化炭素を含む加湿雰囲気下にて３７℃で１２時間培養した。ＴＬＲインヒビターを使用した実験のために、ＯｘＰＡＣ（ＴＬＲ２インヒビター）およびＣＬＩ０９５（ＴＬＲ４インヒビター）（共にＩｎｖｉｖｏｇｅｎ）を、１０μｇ／ｍＬの濃度で使用した。
【０２０２】
Ｂ細胞の精製
Ｂ細胞を、製造者の指示にしたがってマウスＢ細胞精製キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用した磁気細胞選別によって新生児マウスの脾臓（上記のように調製）から精製した。
【０２０３】
ＣＤ５＋Ｂ細胞の精製
Ｂ１細胞を、製造者の指示にしたがってマウスＢ１細胞精製キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用した磁気細胞選別によって新生児マウスの脾臓（上記のように調製）から精製した。
【０２０４】
新生児肝臓由来マクロファージ
マクロファージを、１日齢マウスの肝臓から得た。肝臓を、無菌条件下で取り出し、ハンクス平衡塩類溶液（ＨＢＳＳ）中でホモジナイズした。得られた細胞懸濁物を、５００×ｇで遠心分離し、１０％Ｌ９２９細胞馴化培地を補充したｃＲＰＭＩに再懸濁した。線維芽細胞または分化したマクロファージを取り除くために、細胞を、細胞培養皿上で５％二酸化炭素雰囲気下にて３７℃で一晩培養した。次いで、非接着細胞を、温ｃＲＰＭＩを使用して回収し、５００×ｇで遠心分離し、９６ウェルプレート中に１×１０５細胞／ウェルの密度で分注し、５％二酸化炭素雰囲気下にて３７℃で培養した。播種４日後、１０％のＬ９２９細胞馴化培地を添加し、７日目に培地を取り換えた。培養１０日後、細胞は、マクロファージに完全に分化した。本方法により、これらの食細胞に特徴的な形態学的性質、生理学的性質、および表面マーカーを保持したマクロファージの均一な初代培養物の分化が可能である（５０）。
【０２０５】
新生児肝臓由来樹状細胞
樹状細胞を、１日齢マウスの肝臓から得た。肝臓を、無菌条件下で取り出し、ＨＢＳＳ中でホモジナイズした。得られた細胞懸濁物を、５００×ｇで遠心分離し、３０ｎｇ／ｍｌの顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）（Ｉｍｍｕｎｏｔｏｏｌｓ）を補充したｃＲＰＭＩ（初代ＤＣ培地）に再懸濁した。線維芽細胞または分化したマクロファージを取り出すために、細胞を、細胞培養皿上で５％二酸化炭素雰囲気下にて３７℃で一晩培養した。３日目に、７５％の培地（非接着細胞とともに）を除去し、初代ＤＣ培地を添加した。６日目に、非接着細胞を穏やかに押しのけるようにプレートの底部に対してピペットで培地を穏やかに上下させることによって細胞をプレートから取り出した。この数分後、細胞混合物を５０ｍＬポリスチレンチューブに移した。次いで、細胞を、５００×ｇで５〜７分間遠心分離し、初代ＤＣ培地に再懸濁した。細胞をカウントし、５×１０５細胞／ウェルの濃度でプレーティングした。共培養実験のために、ウェルあたり５×１０４樹状細胞をプレーティングした。共培養実験では、表示する場合、２０μｇ／ｍＬのＩ型インターフェロン受容体に特異的なモノクローナル抗体（抗ＩＦＮＡＲ）（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用した。
【０２０６】
血中好中球の精製
好中球単離のために、新生児マウス（４８時間齢まで）の眼窩後出血により採血し、ＢＳＡ（０．１％  ｗ／ｖ）およびグルコース（１％  ｗ／ｖ）を含むＨＢＳＳ中で２倍希釈した。細胞をペレット化し、低浸透圧溶解によって赤血球を除去した。血液調製物をダルベッコＰＢＳ（ＧＩＢＣＯ）に懸濁し、三層パーコール（ＧＥ−Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）勾配（８０、６５、および５５％のダルベッコＰＢＳ）に重層し、１２００×ｇにて１０℃で３０分間遠心分離した。成熟好中球を、６５％画分と８０％画分との境界で回収し、抗Ｌｙ６Ｇ抗体（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用したＦＡＣＳ分析によって決定したところ、純度は８５％であった。単離された好中球を、９６ウェルプレートにプレーティングし、表示のように１２時間刺激した。
【０２０７】
ＩＬ−１０の定量
新生児または成体の細胞培養物由来のＩＬ−１０を、製造者の指示にしたがってＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）によって定量した。
【０２０８】
ヒト血液サンプル
ヒト血液サンプルを、情報提供後の承認（ｉｎｆｏｒｍｅｄ  ａｐｐｒｏｖａｌ）後にＨｏｓｐｉｔａｌ  Ｇｅｒａｌ  ｄｅ  Ｓａｎｔｏ  Ａｎｔｏｎｉｏで入手した。単核球の単離のために、ＲＰＭＩ１６４０で２倍希釈した総血液の５ｍｌアリコートを、２．５ｍｌのＨｉｓｔｏｐａｑｕｅ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）上に重層し、１０００ｇにて室温で２０分間遠心分離した。次いで、細胞を、培地−Ｈｉｓｔｏｐａｑｕｅ境界から穏やかに取り出し、滅菌容器に移し、１０ｍｌのｃＲＰＭＩで洗浄した。単離された単核球をｃＲＰＭＩに再懸濁し、５×１０５細胞／ウェルの濃度でプレーティングし、２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨで、１０μｇ／ｍＬのＯｘＰＡＣで、または培地のみ（ＲＰＭＩ）で５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間刺激した。
【０２０９】
新生児ワクチン
ペプチド１〜４（配列番号９〜１２）を、キャリアタンパク質としてのＫＬＨまたはＯＶＡとコンジュゲートした。免疫プロトコールのために、２０μｇのキャリアタンパク質とコンジュゲートした各ペプチドを、雌ＢＡＬＢ／ｃマウスに腹腔内注射した。ミョウバンをアジュバントとして用い１：２０ＰＢＳ懸濁物とした。成体雌ＢＡＬＢ／ｃマウスを、３週間の投与間隔で３回免疫した。最後の免疫から１０日後、採血し、「新生児ワクチン」抗血清を、４℃で２４時間の血液凝固後に得た。
【０２１０】
同一の免疫プロトコールを、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ研究のためにラットで使用した（実施例８）。
【０２１１】
実施例１−新生児Ｂ細胞の亜集団が細菌ＧＡＰＤＨ刺激の際にＩＬ−１０産生を担う
以前に公開された情報により、新生児免疫系がＧＢＳ感染と戦う能力を無効にする際のＧＡＰＤＨの役割が明らかとなった（２４）。ＧＡＰＤＨ誘導性免疫抑制機構におけるＩＬ−１０の役割は既に明らかとなっていたが、細胞機構は依然として不明であった。どの細胞集団（複数可）が新生児ＧＢＳ感染で認められる初期ＩＬ−１０産生に寄与するのかを解明するために、異なる白血球集団を新生児マウスから精製し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにてＧＢＳ由来のｒＧＡＰＤＨで処理した。
【０２１２】
材料と方法
具体的には、上記のように、樹状細胞およびマクロファージを新生児肝臓前駆体から得、Ｂ細胞および単核球を新生児脾臓から得、好中球を新生児末梢血から精製した。ＣＤ５の表面発現に基づいた新生児脾臓から得たＢ細胞のより厳格な分離により、Ｂ１（ＣＤ５＋）細胞を分離した。
【０２１３】
異なる白血球集団を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにて０．５μｇ／ｍＬのＬＰＳ（ポジティブコントロールとして；ＬＰＳは、ポリクローナルＢ細胞活性化を誘導することが公知の構造細菌抗原である）、２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨ、またはＲＰＭＩ培地のみ（ネガティブコントロールとして）で５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間刺激した。分離Ｂ細胞研究のために２．５×１０５細胞／ウェルを使用したことを除き、全ての条件において５×１０５細胞／ウェルを使用した。
【０２１４】
細胞のインキュベーション後、上記のように上清中のＩＬ−１０濃度を測定した。
【０２１５】
いずれの場合も、少なくとも２つの独立した実験を行った。
【０２１６】
結果
図４Ａに認められるように、単核球、好中球、マクロファージ、樹状細胞、および総Ｂ細胞がＧＡＰＤＨ刺激の際にＩＬ−１０を産生する能力を比較した場合、Ｂ細胞のみが有意な量のＩＬ−１０を産生する能力を保持していた。
【０２１７】
新生児Ｂ細胞の分離後、本発明者らは、Ｂ１細胞がＩＬ−１０産生能力を保持する一方でＢ２細胞がこのサイトカインを微量でしか産生しないことを認めた（図４Ｂ）。
【０２１８】
考察
本研究は、新生児Ｂ１細胞が細菌ＧＡＰＤＨ刺激の際のＩＬ−１０の主な供給源であることを示す。
【０２１９】
実施例２−ＴＬＲ２は細菌ＧＡＰＤＨの表面受容体である
細菌ＧＡＰＤＨ認識およびＩＬ−１０発現の誘導を担う細胞受容体を確立するために、本発明者らは、ＧＡＰＤＨが異なるパターン認識受容体の特異的インヒビターの存在下にて精製Ｂ１細胞培養物中でＩＬ−１０産生を誘導する能力を比較した。
【０２２０】
材料と方法
Ｂ１細胞を、上記のように新産児マウスの脾臓から精製した。
【０２２１】
２．５×１０５Ｂ１細胞／ウェルを、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにて１０μｇ／ｍｌのＴＬＲ２インヒビターまたはＴＬＲ４インヒビターの存在下で５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨで刺激した。使用したＴＬＲ２インヒビターおよびＴＬＲ４インヒビターは、それぞれＯｘＰＡＣおよびＣＬＩ０９５であった。
【０２２２】
細胞のインキュベーション後、上記のように上清中のＩＬ−１０を定量した。
【０２２３】
少なくとも２つの独立した実験を行った。
【０２２４】
結果
本発明者らは、ＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生がＴＬＲ２インヒビターの存在下で完全に抑制されたことを見出した（図５）。
【０２２５】
考察
この結果は、細菌ＧＡＰＤＨがＩＬ−１０産生を誘導するためにＴＬＲ２を通じてＢ１細胞に作用することを示す。
【０２２６】
実施例３−ＴＬＲ２欠損は新生児の生存を改善し、細菌性敗血症への防御を付与する
本研究は、ＧＡＰＤＨの受容体および新生児の敗血症感受性の原因としてのＴＬＲ２の重要性を確認することを目的とした。
【０２２７】
材料と方法
生後４８時間の新産児の野生型およびＴＬＲ２−／−マウスに、５×１０５ＣＦＵのＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株または５００ＣＦＵの大腸菌ＩＨＥ３０３４株を皮下感染させた。感染後のマウスの生存を、毎日モニタリングした。
【０２２８】
少なくとも２つの独立した実験を行った。
【０２２９】
結果
野生型マウスは、感染後４８時間を超えて表示の細菌の感染を生き延びることができなかった（図７）。対照的に、ＴＬＲ２−／−マウスの大多数は、感染１２日後に依然として生存していた。
【０２３０】
考察
結果は、ＴＬＲ２欠損新生児マウスが野生型マウスと比較して大腸菌およびＳ．ａｕｒｅｕｓのチャレンジ感染に対する生存度が増大したことを示す。したがって、ＴＬＲ２は、新生児の敗血症に対する感受性において重要な役割を果たし；換言すると、ＴＬＲ２欠損は新生児の生存を改善し、細菌性敗血症への防御を付与する。したがって、実施例２で得られた結果に加えて、これらのデータにより、異なる敗血症誘導細菌種にわたってＧＡＰＤＨの受容体としてのＴＬＲ２の重要性が確認される。
【０２３１】
実施例４−細菌によって誘導された樹状細胞によるＩ型インターフェロン産生は、ＧＡＰＤＨと共同してＢ１細胞上のＩＬ−１０産生を増加させる
本研究は、Ｂ１細胞が他の白血球集団によるＧＡＰＤＨ認識の際にＩＬ−１０産生を補助されるかどうか、および、どのような能力であるのかを同定することを目的とした。
材料と方法
【０２３２】
上記のように総脾臓細胞を新産児マウスから得、Ｂ１細胞を総脾臓細胞集団から精製した。
【０２３３】
異なる脾臓細胞集団を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにて２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨ、１０７細胞のイソプロパノール中で固定したＧＢＳ（ＧＢＳｆ）、またはＲＰＭＩ培地のみで５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間刺激した。２．５×１０５細胞／ウェルを使用した場合の精製Ｂ１細胞研究を除き、全ての条件において５×１０５細胞／ウェルを使用した。
【０２３４】
樹状細胞は、上記のように胎児肝臓に由来していた。樹状細胞を、２．５×１０５個の新産児脾臓から精製したＢ１細胞と１：１０の比率で共培養し、２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨ、１０７細胞のＧＢＳｆ、２０μｇ／ｍＬの抗ＩＦＮＡＲ、またはＲＰＭＩ培地のみで５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間刺激した。
【０２３５】
異なる細胞型のインキュベーション後、上記のように上清中のＩＬ−１０を定量した。
【０２３６】
それぞれの場合において少なくとも２つの独立した実験を行った。
【０２３７】
結果と考察
ＧＡＰＤＨが総脾臓細胞におけるＩＬ−１０産生を誘導する能力は、固定細菌の存在下で非常に増大した（図６Ａ）。それにもかかわらず、固定細菌の添加によってＧＡＰＤＨによって誘導されたＩＬ−１０産生を増加させなかった場合、この効果は、精製Ｂ１細胞で喪失した（図６Ｂ）。
【０２３８】
この結果は、Ｂ１細胞以外の異なる白血球集団（複数可）が細菌抗原によって刺激され、ＧＡＰＤＨ認識の際にＢ１細胞がＩＬ−１０を産生するのを補助することを示す。
【０２３９】
共培養研究により、Ｂ１細胞の影響下でのＩＬ−１０を産生することへの、他の白血球亜集団の役割を理解することができた。本発明者らは、樹状細胞の存在下で、ＧＡＰＤＨ＋ＧＢＳｆで同時刺激した場合にＢ１細胞が大量のＩＬ−１０を産生したことを認めた（図６Ｃ）。興味深いことに、この効果は、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達が遮断された場合に抑止された（図６Ｃ）。
【０２４０】
この結果は、細菌認識の際に、樹状細胞がＩ型インターフェロンを産生し、ＧＡＰＤＨで刺激されたＢ１細胞中でのＩＬ−１０産生が増加することを示す。
【０２４１】
実施例５−初期ＩＬ−１０産生は、新生児宿主にコロニー形成するために敗血症誘導細菌によって使用される一般的な機構である。
大量のＩＬ−１０を産生する能力は、ＧＢＳ感染に対する新生児の感受性の主な理由であることが証明された（２４）。本研究は、ＧＢＳ以外の細菌、特に大腸菌またはＳ．ａｕｒｅｕｓによって引き起こされる新生児感染で同一のことが起こるかどうかを調査することを目的とした。ＧＢＳと共に、大腸菌およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ  ｓｐｐ．は、ヒト新生児における敗血症の症例のうちの８７％までの原因である。
【０２４２】
本研究はまた、他の細菌も新生児宿主にコロニー形成するために敗血症誘導細菌によって使用される一般的なＩＬ−１０依存性機構の指標としての細胞外ＧＡＰＤＨを保有するかどうかを調査することを目的とした。
【０２４３】
材料と方法
新生児マウスを、以下のように、大腸菌またはＳ．ａｕｒｅｕｓでのチャレンジ前にマウスＩＬ−１０受容体に特異的な遮断抗体（抗ＩＬ１０Ｒ）で処置した。
【０２４４】
上記のように、新産児マウスに、１００μｇの抗ＩＬ１０Ｒモノクローナル抗体または１００μｇのアイソタイプコントロールＩｇＧを腹腔内注射した。１２時間後、マウスを、５００ＣＦＵの大腸菌ＩＨＥ３０３４株または５×１０５ＣＦＵのＳ．ａｕｒｅｕｓ株で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、毎日モニタリングした。
【０２４５】
３つの独立した実験を行った。
【０２４６】
他の敗血症誘導病原体も細胞外ＧＡＰＤＨを保有するかどうかを調査するために、以下のように目的の病原体の培養上清由来の細胞外タンパク質を得、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離し、抗ｒＧＡＰＤＨ抗体を使用したウェスタンブロットによって分析した。
【０２４７】
ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、および大腸菌の培養物を上記のように調製し、標準的な手順にしたがって培養上清から細胞外タンパク質を精製した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット分析を、標準的な手順にしたがって上記のようにｒＧＡＰＤＨ免疫ウサギから得た抗ｒＧＡＰＤＨ抗体（ＩｇＧ）を使用して行った。ｒＧＡＰＤＨを、ポジティブコントロールとして使用した。
【０２４８】
５つの独立した実験を行った。
【０２４９】
これらの細菌によって分泌されたＧＡＰＤＨの中和効果を、これらの病原体が病原性機構としてＧＡＰＤＨ分泌も使用するかどうかを評価するために、以下のように調査した。
【０２５０】
上記のように、仔マウスに、８０μｇの抗ｒＧＡＰＤＨ抗体（ＩｇＧ）または８０μｇのコントロールＩｇＧを腹腔内注射した。１２時間後、マウスを、５×１０６ＣＦＵのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｔｉｇｒ４株、５００ＣＦＵの大腸菌ＩＨＥ３０３４株、または５×１０５ＣＦＵのＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、毎日モニタリングした。
【０２５１】
２つの独立した実験を行った。
【０２５２】
結果
興味深いことに、アイソタイプ適合コントロール抗体を投与した仔と比較した場合、ＩＬ−１０シグナル伝達の遮断により、大腸菌およびＳ．ａｕｒｅｕｓによって引き起こされる感染症に対する新生児の生存が有意に改善された（図８）。
【０２５３】
他の敗血症誘導細菌も、細胞外ＧＡＰＤＨを保有することが示された（図９）。抗ｒＧＡＰＤＨ抗体を使用したこれらの分泌ＧＡＰＤＨの中和は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、大腸菌、およびＳ．ａｕｒｅｕｓによる感染から新産児マウスを防御することを示した（それぞれ、図１０Ａ〜Ｃ）。
【０２５４】
考察
結果は、認められたＧＢＳ誘導性敗血症に対する新生児の感受性の機構が他の敗血症誘導細菌で共通することを示す。大腸菌およびＳ．ａｕｒｅｕｓによって引き起こされる新生児感染症についてのＩＬ−１０データが本明細書中で提供されているにもかかわらず、他の細菌もＧＡＰＤＨを分泌するという事実は、新生児が細菌ＧＡＰＤＨに応答して大量のＩＬ−１０を産生する性質が敗血症の発症を誘導する異なる細菌病原体によって使用される包括的な機構であることの強力な指標である。この結果は、ＧＢＳに対するＧＡＰＤＨベースのワクチンが他の敗血症誘導細菌に対しても有効であるという事実を確証している。
【０２５５】
実施例６−ＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生はヒト細胞で保存された機構である
本研究は、ヒト細胞もＧＡＰＤＨに応答してＩＬ−１０を産生するかどうかを調査することを目的とした。
【０２５６】
材料と方法
上記のように、単核球をヒト臍帯血または成人末梢血から分離した。
【０２５７】
細胞を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにて２５μｇ／ｍＬのｒＧＡＰＤＨ、１０μｇ／ｍＬのＯｘＰＡＣ（ＴＬＲ２インヒビター）またはＲＰＭＩ培地のみで５％二酸化炭素下にて３７℃で１２時間刺激した。
【０２５８】
細胞のインキュベーション後、上記のように上清中のＩＬ−１０を定量した。
【０２５９】
少なくとも２つの独立した実験を行った。
【０２６０】
結果
新生児マウスで認められた結果と一致して、ヒト臍帯血または成人末梢血から精製した単核球のｒＧＡＰＤＨでの刺激により、大量のＩＬ−１０の産生が誘導された（それぞれ、図１１Ａおよび図１１Ｂ）。
【０２６１】
興味深いことに、ヒト白血球におけるＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生は、ＴＬＲ２インヒビターの存在下で完全に抑止された。
【０２６２】
考察
この結果は、マウス細胞におけるＧＡＰＤＨによって誘導されたＩＬ−１０産生機構はヒトにも当てはまることを示す。
【０２６３】
さらに、マウスで研究した同一の病原性機構をヒトに容易に当てはめることができるという事実は、ヒトにおいて細菌性敗血症を研究するための優れたモデルとしてのマウスの使用を強く支持する。
【０２６４】
実施例７−新生児ワクチンの産生
新生児が細菌ＧＡＰＤＨに応答して大量のＩＬ−１０を産生するという性質が異なる細菌病原体によって使用される包括的な機構であるという本発明者らの発見に基づいて、本発明者らは、ＧＡＰＤＨ由来ペプチドを抗原として使用するかかる病原体に対するワクチンの産生に着手した。
【０２６５】
材料と方法
新生児ワクチンを上記のように調製した。
【０２６６】
結果
本発明のワクチンは、ヒトＧＡＰＤＨを欠くアミノ酸配列を有する異なる敗血症誘導細菌由来のＧＡＰＤＨの表面ペプチドから構成される。そのため、本発明者らは、ヒトＧＡＰＤＨと共有しない微生物ＧＡＰＤＨの保存配列に属するペプチドから構成されるワクチンを開発した。
【０２６７】
図２は、上記の方法を使用して本研究で見出された４つの例示的ペプチドのアミノ酸配列および各アミノ酸配列を保有する各細菌を特定した表を含む。表の下は異なる細菌ＧＡＰＤＨにおける同一の４つのペプチドの表面の位置を示す画像である。
【０２６８】
図３は、どのように２つのペプチド（図２および図３中でペプチド１および２とした）が一定の細菌種間で保存されるが、ヒトで保存されないアミノ酸配列を有するかを示す。
【０２６９】
図１２および１３は、どのように大腸菌およびＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の２つのさらなるペプチド（図２中でそれぞれペプチド３および４とした）がヒトで見出されない（細菌で保存された）アミノ酸配列を有するのかを示す。
【０２７０】
ペプチド１〜４を、本明細書中で新生児ワクチンと呼ばれる本発明の好ましいワクチンの調製と組み合わせて使用した。したがって、新生児ワクチンは、図２中の表に列挙した全細菌に対する使用に適切である。
【０２７１】
しかし、ペプチド１〜４は、単なる例であり、換言すると、本発明のワクチンでの使用に適切な他のペプチドを、上記と同一の方法での配列アラインメントによって同定することができる。言及した病原体のＧＡＰＤＨ由来の任意の他のアミノ酸配列を使用することができる。しかし、本明細書中で説明するように、いかなる自己免疫性病態も回避するために、ヒトでも見出されるいかなる配列も回避することが好ましい。
【０２７２】
本明細書中に記載のように、任意の数のペプチドを、任意の組み合わせで、新生児ワクチンのペプチド１〜４の代わりに使用することができる。換言すると、本発明のワクチンを構成するペプチドの数および同一性は変動し得る。
【０２７３】
考察
本明細書中で説明するように、細菌ＧＡＰＤＨは、新生児および免疫低下状態の宿主における免疫抑制の発生および細菌性敗血症の促進において役割を果たす。したがって、本明細書中に記載のワクチン（本実施例に記載の特異的新生児ワクチンが含まれる）は、感受性宿主（新生児、高齢者、および他のかかる免疫低下状態の個体が含まれる）を、ＧＢＳ、大腸菌、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．によって引き起こされる感染症から防御するように誘導する。本発明者らが採用したアプローチにより、ヒトＧＡＰＤＨを欠くそのＧＡＰＤＨの表面露出ペプチドの単純な選択によって任意の敗血症誘導細菌に対する本発明のワクチンを「調製する（tailor）」ことが可能である。
【０２７４】
実施例８−新生児ワクチンで誘発された抗体は細菌ＧＡＰＤＨと反応する
本研究は、実施例７で産生されたワクチンを使用して細菌ＧＡＰＤＨを認識する抗体を産生することができることを示すことを目的とした。
【０２７５】
材料と方法
マウスおよびラットを、上記のように新生児ワクチンで免疫した。
【０２７６】
ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＭｅｎＢの培養物を上記のように調製し、細胞外タンパク質を、標準的な手順にしたがって培養上清から精製した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット分析を、上記のようにｒＧＡＰＤＨ免疫マウスおよびラットから得た抗ＧＡＰＤＨ抗体（ＩｇＧ）を使用して標準的な手順にしたがって行った。ｒＧＡＰＤＨをポジティブコントロールとして使用した。
【０２７７】
２つの独立した実験を行った。
【０２７８】
結果
図１４〜１６に示すように、新生児ワクチンで免疫したマウスおよびラットから精製した抗体は、異なる細菌由来の細胞外ＧＡＰＤＨと反応する。
【０２７９】
図１５（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の結果を示す）は、新生児ワクチンで誘発された抗ＧＡＰＤＨ抗体によって認識される２つのバンドを示す。興味深いことに、約４５ＫＤａのバンドは、正確に同一の分子量のＧＢＳ  ＧＡＰＤＨに対応する。他のバンド（約３５ＫＤａ）は、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＧＡＰＤＨの推定分子量に対応する（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／Ｃ４Ｘ７Ｓ６）。
【０２８０】
図１６（ＭｅｎＢ由来の結果を示す）は、約３７ｋＤａのバンドを示し、これはＭｅｎＢ  ＧＡＰＤＨの推定分子量に対応する（５１）。
【０２８１】
考察
本研究は、新生児ワクチンで誘発された抗体がＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＭｅｎＢ由来のＧＡＰＤＨを認識することを示す。したがって、これらのデータは、ワクチンにおいて細菌ＧＡＰＤＨを認識するために共通の細菌ペプチド配列を使用することができるという概念を実証している。
【０２８２】
ここではＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの血清型Ｂのみを試験したが、この細菌の全ての他の血清型について類似の結果が予想される。これに関して、異なる血清型のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のＧＡＰＤＨは、高い（９７．６６８％）相同性を共有し（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ａｌｉｇｎ／Ａ２０１５０６１０１４６Ｒ８０Ｄ４ＸＲ）、したがって、新生児ワクチンで誘発された抗体は、全ての血清型由来のＧＡＰＤＨを認識すると予想される。したがって、本明細書中に記載のワクチンがＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの全ての血清型に有利であると考えられる。
【０２８３】
図１５に例示した結果は、興味深いことに、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅがＧＡＰＤＨの２つのイソ型を保有し得ることも示す。
【０２８４】
実施例９−新生児ワクチンは新生児をＧＢＳ感染から防御する
本研究は、実施例８で産生された抗体を使用して新産児マウスをＧＢＳ感染から防御することができることを示すことを目的とした。
【０２８５】
材料と方法
仔マウスに、上に記載のように、８０μｇの新生児ワクチン誘導性ＩｇＧまたは８０μｇのコントロールＩｇＧを腹腔内注射した。１２時間後、マウスを５×１０６ＣＦＵのＧＢＳ  ＮＥＭ３１６で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、毎日モニタリングした。
【０２８６】
２つの独立した実験を行った。
【０２８７】
結果
ｒＧＡＰＤＨ（全タンパク質）での母体ワクチン接種は、ＧＢＳによって引き起こされる新生児感染症を防止するための効率的ストラテジーであることが以前に証明されている（２４）。しかし、新生児ワクチンで惹起した抗体をＧＢＳ感染前の仔マウスの受動免疫のために使用した場合、防御はさらにより有効であった。実際に、新生児ワクチンを使用して付与された防御は１００％であった（図１７）。
【０２８８】
考察
この結果は、本発明のワクチン（新生児ワクチン（すなわち、全タンパク質の代わりに本明細書中に記載の選択ペプチド配列を使用する）が含まれる）を開発するために使用した新規のアプローチが、新生児の免疫系の、ＧＢＳによって例示される敗血症誘導因子に対する応答を、以前に記載の応答と比較してより頑強且つ特異的にするように誘導することを示す。
【０２８９】
この結果は、新生児ワクチンによって提供された免疫は再現性があり（１００％有効）、これは明らかに有利であることも示す。
【０２９０】
本研究はＧＢＳ感染のみに注目しているが、他の敗血症誘導細菌による感染の際に同一の結果が認められると理解される（とりわけ、実施例８は、新生児ワクチンで誘発された抗体が、ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＭｅｎＢで例示する通り）由来のＧＡＰＤＨを認識することを示すからである）。
【０２９１】
さらに、図１７に示した結果は、新生児ワクチンでの母体ワクチン接種（または、したがって、本発明の抗ＧＡＰＤＨ抗体での母体処置）が膣内ＧＢＳ感染によって引き起こされる死産および早産を有意に減少させる証拠を提供する。実際に、本発明の第１２の態様と併せて上記で考察するように、本発明のペプチド、フラグメント、バリアント、またはワクチンに対して産生した抗体は、母体の胎盤を通じて胎内の乳児に移動することができる。さらに、また図１７に示すように、新生児ワクチン誘導性抗体での免疫後に仔マウスに付与されたＧＢＳに対する防御は１００％であった。
【０２９２】
本明細書中に記載のＧＢＳおよび他の敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨの間の配列類似性および機能的相同性の高さのため、示したデータはまた、新生児ワクチンが他の敗血症誘導細菌にも原因する死産および早産を有効に防止することを示す。細菌感染症が世界で年間およそ６５０，０００件の死産の原因となっているので（５２、５３）、このことは重要な所見である。さらに、妊娠３２週未満の早産の約５０％も細菌感染によって引き起こされる（９、１４、５３〜５６）。大多数が、膣管から羊水内に上行する母体共生細菌によって引き起こされる。ＧＢＳ、大腸菌、およびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、上行性細菌感染によって引き起こされる死産乳児の剖検で見出される最も一般的な病原体である。
【０２９３】
実施例１０−細菌ＧＡＰＤＨの中和は、新生児を細菌性敗血症から防御するための包括的アプローチである
本研究は、細菌ＧＡＰＤＨの抗体媒介性中和が他の関連する敗血症誘導細菌によって引き起こされる新生児感染症を防止することができるかどうかを調査することによって実施例９に記載の研究を拡大することを目的とした。
【０２９４】
材料と方法
仔マウスに、上記のように８０μｇの新生児ワクチン誘導性ＩｇＧまたは８０μｇのコントロールＩｇＧを腹腔内注射した。１２時間後、マウスを、１０７ＣＦＵのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｔｉｇｒ４株、５００ＣＦＵの大腸菌ＩＨＥ３０３４株、または５×１０５ＣＦＵのＳ．ａｕｒｅｕｓ  ＮＥＷＭＡＮ株で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、毎日モニタリングした。
【０２９５】
結果
図１８に示すように、新生児の受動免疫における新生児ワクチンで誘発された抗体の使用により、細菌チャレンジの際に生存率が有意に改善される。ここに、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、大腸菌、およびＳ．ａｕｒｅｕｓについての結果を示す（それぞれ、図１８Ａ〜Ｃを参照のこと）。
【０２９６】
考察
本明細書中で考察するように、今までのところ、いかなる最重要の敗血症誘導細菌に対するワクチンも利用できない。細菌ＧＡＰＤＨの抗体媒介性中和によって最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる新生児感染症が防止されることを証明するデータをここに示す。
【０２９７】
実施例１１−新生児ワクチンＩｇＧ抗体の治療的投与が新産児マウスをＧＢＳ感染症から防御する
本研究は、新生児ワクチンで誘発された抗体が敗血症誘導細菌によって引き起こされる既存の新生児感染症を処置することができるかどうかを調査することを目的とした。
【０２９８】
材料と方法
新生児ワクチンＩｇＧ、コントロールＩｇＧ（８０μｇ）、または食塩液（０．９％ＮａＣｌ）を、５×１０６ＣＦＵのＧＢＳ  ＮＥＭ３１６での皮下感染から６時間後に仔マウス（４８時間齢まで）に腹腔内注射した。処置時、全マウスは、感染部位の著しい発疹によって評価した明らかな感染の兆候を示していた。感染後のマウスの生存を、１２時間毎にモニタリングした。
【０２９９】
結果
図１９に示すように、新生児ワクチン誘導性ＩｇＧ抗体を投与したマウスのみがＧＢＳ感染を生き延びることができた。実際に、ＧＢＳ感染後の抗ＧＡＰＤＨ  ＩｇＧ抗体での仔マウスの処置により、動物が完全に生存した。対照的に、コントロールは全て感染から生き残らなかった。
【０３００】
考察
本明細書中で考察するように、新生児敗血症に利用可能な現在の処置は、抗生物質投与のみに基づく。新生児ワクチンによって誘導された抗体を使用してＧＢＳ（最重要の敗血症誘導細菌の１つ）によって引き起こされる既存の新生児感染症を処置するために使用することができることを証明するデータをここに示す。
【０３０１】
本研究はＧＢＳ感染のみに注目しているが、他の敗血症誘導細菌による感染の際に同じ結果が認められると理解される（とりわけ、実施例８は、新生児ワクチンで誘発された抗体が、ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＭｅｎＢで例示する通り）由来のＧＡＰＤＨを認識することを示すからである）。
【０３０２】
したがって、本発明の第１の態様のペプチド、フラグメント、およびバリアントは、表示の患者集団のための種々の有用且つ切望される抗体ベースの治療剤の作製で有意に有用である。
【０３０３】
実施例１２−新生児ワクチンは高齢マウスをＧＢＳ感染から防御する
本研究は、実施例８で産生された抗体を使用して高齢マウスをＧＢＳ感染から防御することができることを示すことを目的とした。
【０３０４】
材料と方法
高齢Ｃ５７Ｂｌ／６マウス（１６月齢超）に、１ｍｇ／ｋｇの新生児ワクチン誘導性ＩｇＧまたはコントロールとしての同量のアイソタイプ適合ＩｇＧを３日間にわたって毎日腹腔内注射した。最後の投薬から２４時間後、マウスを、２×１０７ＣＦＵのＧＢＳ  ＮＥＭ３１６で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、１２日間にわたって毎日モニタリングした。
【０３０５】
２つの独立した実験を行った。
【０３０６】
結果
新生児ワクチンでのワクチン接種は、高齢マウスを致死性ＧＢＳ感染から防御することを示した。実際に、新生児ワクチンを注射した９匹のマウス中８匹（約９０％）が１０匹のコントロール中１匹のみ（１０％）と比較して細菌チャレンジを生き延びた（図２０）。
【０３０７】
考察
この結果は、本発明のワクチン（新生児ワクチンが含まれる）が、高齢マウスの免疫系の、ＧＢＳによって例示される敗血症誘導因子に対する応答を、新生児で証明された様式（実施例９を参照のこと）と類似の様式で頑強且つ特異的にするように誘導することができることを示す。
【０３０８】
したがって、本発明者らは、高齢者における敗血症誘導細菌による感染に対する感受性が新生児で発見された機構と同一の機構（すなわち、ＧＡＰＤＨが、ＧＢＳ細菌によって分泌され、ＴＬＲ２を通じてＢ１細胞に作用してＩＬ−１０産生を誘導する）によって支持されることを確信している。実際に、本明細書中に提供したデータは、新生児ワクチンを使用してＧＢＳによって産生される細菌ＧＡＰＤＨを認識する抗体を産生することができ、この抗体は新生児で観察される防御効果と同じように高齢マウスにおいて防御効果を明確に有することを示す。したがって、本発明者らはまた、このことが他のかかる免疫低下状態の宿主にも当てはまると確信している。
【０３０９】
本研究はＧＢＳ感染のみに注目しているが、他の敗血症誘導細菌による感染の際に同一の結果が認められると理解される（とりわけ、実施例８は、新生児ワクチンで誘発された抗体が、ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＭｅｎＢで例示する通り）由来のＧＡＰＤＨを認識することを示すからである）。したがって、異なる細菌株でチャレンジした新生児マウスにおいて新生児ワクチンを使用して認められた結果（実施例１０を参照のこと）を、他の免疫低下状態の宿主（高齢マウスなど）において合理的に予想することもできる。
【０３１０】
本明細書中に記載のように、今までのところ、いかなる最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染から高齢者を効率的に防御するワクチンも利用できない。この群における敗血症と戦うための治療ストラテジーも有効とは程遠い。細菌ＧＡＰＤＨの抗体媒介性中和によって高齢者における最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染が防止されることを証明するデータをここに示す。ワクチン接種は、最も対費用効果の高い感染症処置法であり、本明細書中で証明されているように、同一のワクチンが異なる年齢群における異なるヒト病原体によって引き起こされる感染を防止することができる場合はさらにより対費用効果が高くなる。
【０３１１】
高齢マウスにおいて得られたデータは、新生児において得られた他の結果が高齢者および他のかかる免疫低下状態の宿主においても得られるという概念を実証している。したがって、敗血症誘導細菌によって引き起こされる既存の感染症を罹患した高齢マウスへの新生児ワクチンＩｇＧ抗体の投与により、新生児において観察された場合（実施例１１を参照のこと）と同じように処置されると予想される。現行の敗血症に利用可能な処置は抗生物質投与のみに基づくので、新生児ワクチンによって誘導される抗体を使用して、高齢者ならびに新生児および本明細書中に示す他の患者集団における最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる既存の感染症を処置することができるという事実は明らかに有利である。
【０３１２】
実施例１３−新生児ワクチンはＮＯＤマウスをＧＢＳ感染から防御する
本研究は、実施例８で産生された抗体を使用して糖尿病のトランスジェニックマウスモデル（ＮＯＤマウス）をＧＢＳ感染から防御することができることを示すことを目的とした。
【０３１３】
材料と方法
ＮＯＤマウス（８週齢）に、１ｍｇ／ｋｇの新生児ワクチン誘導性ＩｇＧまたはコントロールとしての同量のアイソタイプ適合ＩｇＧで３日間にわたって毎日腹腔内注射した。最後の投薬から２４時間後、マウスを、５×１０７ＣＦＵのＧＢＳ  ＮＥＭ３１６で皮下チャレンジした。感染後のマウスの生存を、１２日間にわたって毎日モニタリングした。
【０３１４】
２つの独立した実験を行った。
【０３１５】
結果
新生児ワクチン誘導性ＩｇＧを使用した受動免疫は、ＮＯＤマウスを致死性ＧＢＳ感染から防御することを示した。実際に、新生児ワクチン誘導性ＩｇＧを注射した８匹のマウス中７匹（約９０％）が８匹の偽免疫コントロール中２匹のみ（２５％）と比較して細菌チャレンジを生き延びた（図２１）。
【０３１６】
考察
この結果は、本発明のワクチン（新生児ワクチンが含まれる）が、糖尿病のトランスジェニックマウスモデルの免疫系の、ＧＢＳによって例示される敗血症誘導因子に対する応答を、新生児（実施例９を参照のこと）および高齢者（実施例１２を参照のこと）で証明された様式と類似の様式で頑強且つ特異的にするように誘導することができることを示す。
【０３１７】
したがって、本発明者らは、糖尿病患者における敗血症誘導細菌による感染に対する感受性が、高齢者のように、新生児で発見された機構と同一の機構（すなわち、ＧＡＰＤＨが、ＧＢＳ細菌によって分泌され、ＴＬＲ２を通じてＢ１細胞に作用してＩＬ−１０産生を誘導する）によって支持されることを確信している。実際に、本明細書中に提供したデータは、新生児ワクチンを使用してＧＢＳによって産生される細菌ＧＡＰＤＨを認識する抗体を産生することができ、この抗体は新生児（および高齢者）で観察されたのと同じように糖尿病マウスにおいて防御効果を明確に有することを示す。したがって、本発明者らはまた、このことが他のかかる免疫低下状態の宿主にも当てはまると確信している。
【０３１８】
また、本研究はＧＢＳ感染のみに注目しているが、他の敗血症誘導細菌による感染の際に同一の結果が認められると理解される（とりわけ、実施例８は、新生児ワクチンで誘発された抗体が、ＧＢＳ  ＮＥＭ３１６株、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＭｅｎＢで例示する通り）由来のＧＡＰＤＨを認識することを示すからである）。したがって、異なる細菌株でチャレンジした新生児マウスにおいて新生児ワクチンを使用して認められた結果（実施例１０を参照のこと）を、他の免疫低下状態の宿主（糖尿病患者など）において合理的に予想することもできる。
【０３１９】
本明細書中に記載のように、糖尿病の患者は、敗血症誘導細菌による感染に対する感受性が増大している。細菌ＧＡＰＤＨの抗体媒介性中和によってこの患者群における最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる感染が防止されることを証明するデータをここに示す。説明するように、ワクチン接種は、最も対費用効果の高い感染症処置法であり、本明細書中で証明されているように、同一のワクチンが異なる年齢群において異なる疾患、状態、および障害にわたって異なるヒト病原体によって引き起こされる感染を防止することができる場合はさらにより対費用効果が高くなる。
【０３２０】
糖尿病マウスにおいて得られたデータはまた、新生児において得られた他の結果が糖尿病患者および他のかかる免疫低下状態の宿主においても得られるという概念を証明している。したがって、敗血症誘導細菌によって引き起こされる既存の感染症を罹患した糖尿病マウスへの新生児ワクチンＩｇＧ抗体の投与により、新生児で観察される場合（実施例１１を参照のこと）と同じように処置されると予想される。
【０３２１】
現行の敗血症に利用可能な処置は抗生物質投与のみに基づくので、新生児ワクチンによって誘導される抗体を使用して糖尿病患者ならびに本明細書中に示した新生児、高齢者、および他の患者集団における最重要の敗血症誘導細菌によって引き起こされる既存の感染症を処置することができるという事実は明らかに有利である。
【０３２２】
結論
実施例に示したデータは、本発明のワクチンおよび処置（新生児ワクチンが含まれる）が特に細菌性敗血症からの免疫低下状態の宿主（新生児、乳児、小児、生殖可能年齢の女性、妊婦、胎児、および高齢者など）の防御に関連することを示す。
【０３２３】
さらに、本明細書中に記載の新生児ワクチンおよび他のワクチンならびに処置の理論的根拠は、以前に発表された結果（２４、２５）に関して重要な新規の進歩性、すなわち、以下を示す：
ａ）新生児宿主において細菌ＧＡＰＤＨがＩＬ−１０を誘導する機構；
ｂ）ＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生は、異なる病原体によって引き起こされる細菌性敗血症に対する感受性に関連すること；
ｃ）ＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生はヒト臍帯血細胞で保存された機構であること；
ｄ）ＧＡＰＤＨ誘導性ＩＬ−１０産生は、成人の末梢血から単離した白血球で保存された機構であること；
ｅ）ＧＢＳによって引き起こされる死産の防止における抗ＧＡＰＤＨ抗体の有効性；
ｆ）新生児ワクチン（および本明細書中に記載の他のワクチン）によって誘発された抗体は、ＧＢＳ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、大腸菌、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来の細胞外ＧＡＰＤＨを認識すること、
ｇ）新生児ワクチン（および本明細書中に記載の他のワクチン）で誘発された抗体を使用した受動免疫による細菌ＧＡＰＤＨの中和により、新生児がＧＢＳ、大腸菌、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、およびＳ．ａｕｒｅｕｓによって引き起こされる敗血症から防御されること；
ｈ）新生児敗血症および本明細書中に示す他の患者群における敗血症の防止ストラテジーまたは処置のいずれかとしての敗血症誘導細菌のＧＡＰＤＨ由来のペプチドの使用および抗ＧＡＰＤＨ  ＩｇＧ抗体の使用。
【化１−１】
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【化１−２】
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【化１−３】
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【化１−４】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
2017518769.tif 000028
【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2017518769.tif 000035
2017518769.tif 000036
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