(57)【要約】  本開示は、前立腺癌に関連する染色体３ｑ１３領域のゲノム再編成、例えばＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合及びその両者の遺伝子にまたがる欠失を含むＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の再編成を提供する。上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成は、前立腺癌のためのバイオマーカーとして役立ち、前立腺癌を民族性又は前立腺癌の重症度若しくは病原力に基づき階層化するために、及び／又は前立腺癌治療について患者を同定するために使用することができる。別の態様は、ＰＴＥＮ遺伝子の欠失が、コーカサス系人種の対象由来の前立腺癌において主として観察されることを発見したことに関係している。また、前立腺癌の診断及び予後判定のためのキットが提供される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における前立腺癌を同定する又は特徴付ける方法であって、該方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおけるゲノム再編成の存在又は非存在を検出することを含み、前記生体サンプルは、前立腺細胞を含むか、又は該前立腺細胞から分離された核酸若しくはポリペプチドを含み、かつ前記ゲノム再編成は、染色体領域３ｑ１３において生じるとともにＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関連するものであり、かつ前記ゲノム再編成の検出により、前記対象における前立腺癌が同定されるか、又は前記対象における前立腺癌が、侵襲型の前立腺癌として特徴付けられるか、若しくは侵襲型の前立腺癌へと発展する危険性が高いとして特徴付けられる、方法。
【請求項２】
前記生体サンプルは、前立腺細胞を含むか、又は該前立腺細胞から分離された核酸若しくはポリペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ゲノム再編成は、遺伝子融合、遺伝子逆位、遺伝子欠失又は遺伝子重複である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記対象由来の前立腺癌は、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ遺伝子融合物を発現しない、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記対象は、アフリカ系人種の対象である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記生体サンプルにおけるゲノム再編成の存在を検出することは、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
前記生体サンプルにおけるゲノム再編成の存在を検出することは、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の核酸部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の核酸部分とを有するキメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項８】
前記第１の核酸部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１であり、かつ前記第２の核酸部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記生体サンプルにおけるゲノム再編成の存在を検出することは、染色体領域３ｑ１３における、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子にまたがる欠失を検出することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１０】
前記生体サンプルにおけるゲノム再編成の存在を検出することは、エキソン０＊（配列番号４７）又はエキソン３＊（配列番号４５）を含むｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１１】
以下の遺伝子：ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１又はＡＧＳＫ１の１又は複数の発現を測定することを更に含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
以下の遺伝子：ＥＲＧ、ＡＭＡＣＲ、ＰＣＡ３又はＰＳＡの１又は複数の発現を測定することを更に含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ゲノム再編成の検出に基づいて、対象のための治療計画を選択する工程を更に含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ゲノム再編成が対象から得られた生体サンプルにおいて検出される場合に、該対象を治療する工程を更に含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ポリヌクレオチドプローブを含む組成物であって、該ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、
（ａ）ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを、
（ｂ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを、又は、
（ｃ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを、
含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする、組成物。
【請求項１６】
前記第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１であり、かつ前記第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ポリヌクレオチドプローブは標識されている、請求項１５又は１６に記載の組成物。
【請求項１８】
請求項１７に記載の前記組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１から選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含むキット。
【請求項１９】
請求項１７に記載の前記組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＥＲＧ、ＡＭＡＣＲ、ＰＣＡ３及びＰＳＡから選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含むキット。
【請求項２０】
二本鎖オリゴヌクレオチド二重鎖体を含む組成物であって、該オリゴヌクレオチド二重鎖体は、
（ａ）第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分に融合されたＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸、
（ｂ）第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分に融合されたＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸、又は、
（ｃ）第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分に融合されたＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸、
を含む、組成物。
【請求項２１】
前記第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１であり、かつ前記第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記ポリヌクレオチドプローブは標識されている、請求項２０又は２１に記載の組成物。
【請求項２３】
ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物によってコードされる欠損型のＬＳＡＭＰポリペプチドに結合する単離された抗体。
【請求項２４】
ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物であって、該組成物は、
ａ）ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、
ｂ）ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーと、
を含み、前記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、前記ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分と前記ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物に由来するヌクレオチド配列を増幅することができる、組成物。
【請求項２５】
前記遺伝子融合物の第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１であり、かつ前記遺伝子融合物の第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物であって、該組成物は、
ａ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、
ｂ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーと、
を含み、前記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、前記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の遺伝子融合物の第１の部分と前記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる、組成物。
【請求項２７】
ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物であって、該組成物は、
ａ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、
ｂ）ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーと、
を含み、前記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、前記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の遺伝子融合物の第１の部分と前記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる、組成物。
【請求項２８】
アフリカ系人種の患者のために標的とされる前立腺癌治療を選択する方法であって、
（ａ）ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする前立腺癌療法を治療選択肢として排除することと、
（ｂ）適切な前立腺癌治療を選択することと、
を含む、方法。
【請求項２９】
立腺細胞がＰＴＥＮ遺伝子欠失を含まないことを確認するために、患者由来の前立腺細胞を含む生体サンプルを試験する工程を更に含む、請求項２８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［関連出願の相互参照］
本願は、２０１３年１２月３０日付で出願された米国仮特許出願第６１／９２１，７８０号の利益を主張し、その出願日に依拠し、その開示全体が引用することにより本明細書の一部をなす。
【０００２】
［政府の権利］
本発明は一部、米国政府による支援を受けてなされたものである。米国政府は本発明に対して一定の権利を有する。
【０００３】
［配列表］
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その全体が引用することにより本明細書の一部をなす。２０１４年１２月３０日付けで作製された上記ＡＳＣＩＩコピーの名前はＨＭＪ−１４５−ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔであり、２０５８６８バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００４】
２０１３年には、推定２３万８５９０名の男性が前立腺の癌（ＣａＰ）であると診断され、推定２万９７２０名の男性がこの疾患によって死亡であろう［１］。この悪性腫瘍は、アメリカ合衆国における男性の癌関連死の第２の主因である。さらに、アフリカ系アメリカ人（ＡＡ）の男性では、他の人種と比較して、ＣａＰの発生率及びＣａＰによる死亡率が最も高い［１］。この人種間の相違は、発現及び診断から治療、生存、及び生活の質にまで存在する［２］。研究者らにより、社会経済的状況（ＳＥＳ）が、ＣａＰ特異的死亡率を含むこれらの相違に著しく寄与していることが示唆されている［３］。同様に、医療を受ける機会が少ないことがＣａＰの転帰不良に関連しているという証拠があり、これは、コーカサス系アメリカ人（ＣＡ）の男性よりもＡＡの男性の間でより広く認められる［４］。
【０００５】
しかしながら、ＣＡの男性と同様の転帰を有するＡＡの男性が集団が存在する。Sridhar及び同僚ら［５］は、メタ解析を公表し、そこでは、ＳＥＳを考慮すると、ＡＡの男性とＣＡの男性との間に全生存及びＣａＰ特異的生存における差はないと結論した。同様に、軍人及び退役軍人集団（同等のアクセス及びスクリーニングのシステム）では、人種間で生存における差は観察されず［６］、診断時の病理学的段階における差は、退役軍人のコホートにおいて、２０００年代初期までに狭くなった［７］。注目すべきことに、これらの研究は両方、ＡＡの男性はＣＡの男性よりも高いグリーソンスコア及びＰＳＡレベルを有する可能性が高かったということを示した［６、７］。
【０００６】
社会経済的要因がＣａＰの転帰に寄与している可能性はあるが、社会経済的要因が、診断及び疾患リスクに関連している全ての変数の原因となっているわけではないようである。いくつかの研究は、ＡＡの男性はＣＡの男性と比較してより高いＣａＰの発生率を有していることを支持している［１、８、９］。研究により、ＡＡの男性は、診断時の有意により高いＰＳＡ、生検でのより高いグレードの疾患、各ステージについてのより大きい腫瘍体積、及び前立腺全摘除術の前のより短いＰＳＡ倍加時間を有することも示されている［１０〜１２］。ＣＡの男性からの前立腺癌とＡＡの男性からの前立腺癌との間の生物学的な差が、ストレス及び炎症反応に関連する腫瘍微小環境において認められている［１３］。生物学的な差の役割に関する論争がいまだに存在するものの、発生率及び発現時の疾患侵襲性における観察される差は、ＡＡの男性とＣＡの男性との間の異なる前立腺発癌の経路にとっての潜在的な機能を示す。
【０００７】
これまでの十年間に、多くの研究が、癌遺伝子の変化及び癌遺伝子のＣａＰにおける効果に着目してきた［１４〜１６］。民族及び人種の間の有病率における差異は、ＣａＰにおいて過剰発現しており、かつ、ＣａＰにおける最も一般的な既知の癌遺伝子である、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ遺伝子融合において認められている［１７、１８］。データの蓄積により、民族の間のＥＲＧ癌化変異に差があることが示唆されている［１７、１９〜２１］。ＡＡの男性と比較してＣＡの男性における有意により多いＥＲＧ発現が、ＥＲＧ過剰発現及びＥＲＧスプライスバリアントについて論じている初期の論文において着目された［１７、２１］。この差は、高いグリーソングレード（８〜１０）の腫瘍を有する患者において、ＣＡとＡＡとの間でより一層明らかである（５０％対１６％）［Ferrell他、写本］。したがって、ＥＲＧはこれらの民族間の主要な体細胞遺伝子変化である。いまだにＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧの他は、ＡＡの男性とＣＡの男性との間のＣａＰ相違についての遺伝学的基礎に関してはほとんど知られておらず、未知のままである［２４］。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
それゆえ、異なる民族集団に特異的であり、かつ、より正確な診断及び／又は予後判定潜在力を提供する、新しいバイオマーカー及び治療マーカーが必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
概要
本開示は、染色体領域３ｑ１３に生ずる、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関わるゲノム編成並びに前立腺細胞を含む生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム編成の検出に基づく前立腺癌の診断方法及び予後判定方法を提供する。上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合、遺伝子逆位、遺伝子欠失又は遺伝子重複であってもよい。
【００１０】
対象由来の前立腺細胞におけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の検出により、その対象が前立腺癌を有するか、若しくは前立腺癌の発生の可能性が高いことが表される、又は上記対象における前立腺癌が、侵襲型の前立腺癌であるとして特徴付けられるか、若しくは侵襲型の前立腺癌へと発展する危険性が高いとして特徴付けられる。上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子再編成は、核酸レベル又はタンパク質レベルのいずれかで測定することができる。
【００１１】
一つの実施の形態においては、上記対象由来の前立腺癌は、ＥＲＧと、アンドロゲン調節性遺伝子、例えばＴＭＰＲＳＳ２との間の遺伝子融合を発現しない。別の実施の形態においては、上記対象は、アフリカ系人種の対象である。このように、上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成は、特定の民族の範囲内での前立腺癌の重症度を予後判定するために使用することができる。それというのも、それらの例は、前立腺細胞においてＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成を有するが、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ融合を有さないアフリカ系人種の対象が、侵襲型の前立腺癌を一貫して発生することを示しているからである。
【００１２】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の予後値を考慮に入れれば、本方法は、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の検出を基礎とする対象用の治療計画を選択する工程、又は該対象から得られた生体サンプル中に上記ゲノム再編成が検出される場合に該対象を治療する工程を更に含んでよい。代替的に、本方法は、前立腺癌又はより侵襲型の前立腺癌の発生についての対象のモニタリング頻度を高める工程を更に含んでよい。
【００１３】
別の態様は、前立腺癌の診断又は予後判定のための組成物に関する。一つの実施の形態においては、上記組成物は、高ストリンジェンシー条件下で、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブ（「ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰポリヌクレオチドプローブ」）を含む。一つの実施の形態においては、上記第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１を含み、かつ第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４を含む。他の実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊にハイブリダイズするか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする（「エキソン３＊／エキソン４ポリヌクレオチドプローブ」）。他の実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊にハイブリダイズするか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする（「エキソン０＊／エキソン１ポリヌクレオチドプローブ」）。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【００１４】
別の態様は、上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰポリヌクレオチドプローブ、上記エキソン３＊／エキソン４ポリヌクレオチドプローブ又は上記エキソン０＊／エキソン１ポリヌクレオチドプローブを有する組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１から選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含むキットに関する。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。代替的に、上記キットは、上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰポリヌクレオチドプローブ、上記エキソン３＊／エキソン４ポリヌクレオチドプローブ又は上記エキソン０＊／エキソン１ポリヌクレオチドプローブを有する組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＥＲＧ、ＡＭＡＣＲ、ＰＣＡ３及びＰＳＡから選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含む。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【００１５】
更に別の態様は、第２の核酸にハイブリダイズされた第１の核酸を含む二本鎖オリゴヌクレオチド二重鎖体を含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチド二重鎖体は第２の核酸とハイブリダイズする第１の核酸を含み、該第１の核酸は、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分に融合したＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分を含み、かつ該第２の核酸は、該ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分と該ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、組成物に関する。一つの実施の形態においては、上記第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１を含み、かつ第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４を含む。別の実施の形態においては、上記第１の核酸は、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分に融合したＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分を含み、かつ上記第２の核酸は、該ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分と該ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである。別の実施の形態においては、上記第１の核酸は、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分に融合したＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分を含み、かつ上記第２の核酸は、該ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分と該ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【００１６】
別の態様は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合する単離された抗体に関する。一つの実施の形態においては、上記ポリペプチドは、欠損型ＬＳＡＭＰポリペプチドである。別の実施の形態においては、上記抗体は、野生型ＺＢＴＢ２０タンパク質又は野生型ＬＳＡＭＰタンパク質のいずれにも存在しない遺伝子融合物によってコードされるポリペプチド中に存在するエピトープに結合する。上記抗体は、場合により標識される。
【００１７】
別の態様は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物に関する。一つの実施の形態においては、上記第１の部分は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１を含み、かつ第２の部分は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４を含む。一つの実施の形態においては、上記組成物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる第１のプライマー及び第２のプライマーを含む。一つの実施の形態においては、上記第１のプライマーは、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズし、かつ上記第２のプライマーは、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする。
【００１８】
ＬＳＡＭＰ座のエキソン３＊は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の結果として生ずる、新たに存在が確認されたＬＳＡＭＰエキソンである。したがって、別の態様は、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物に関する。一つの実施の形態においては、上記組成物は、エキソン３＊に固有であり他の遺伝子配列に見られないＬＳＡＭＰのエキソン３＊内のヌクレオチド配列又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる第１のプライマー及び第２のプライマーを含む。
【００１９】
ＬＳＡＭＰ座のエキソン０＊は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の結果として生ずる、新たに存在が確認されたＬＳＡＭＰエキソンである。したがって、別の態様は、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を増幅するための組成物に関する。一つの実施の形態においては、上記組成物は、エキソン０＊に固有であり他の遺伝子配列に見られないＬＳＡＭＰのエキソン０＊内のヌクレオチド配列又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる第１のプライマー及び第２のプライマーを含む。
【００２０】
前立腺癌に関連している対象となる別のゲノム再編成は、ＰＴＥＮ欠失である。ＰＴＥＮ遺伝子は一般的な腫瘍抑制因子であり、その欠失は癌に関連していることが知られている一方で、驚くべきことに、ＰＴＥＮ欠失は、種々の民族において大きく異なる頻度で生じ、アフリカ系人種の対象には明らかに存在しないことが見出された。種々の患者個体群の間で癌に関連するゲノム再編成、例えばＰＴＥＮ欠失の階層化の理解は、前立腺癌患者にとっての治療選択肢を提示するのに重要な情報を提供する。
【００２１】
したがって、一つの態様は、アフリカ系人種の患者のために標的とされる前立腺癌治療を選択する方法であって、（ａ）ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする前立腺癌療法を治療選択肢として排除することと、適切な前立腺癌治療を選択することとを含む、方法に関する。一つの実施の形態においては、本方法は、患者由来の前立腺細胞を含む生体サンプルを試験して、該前立腺細胞がＰＴＥＮ遺伝子欠失を含まないことを確認する工程を更に含む。
【００２２】
引用することにより本明細書の一部をなす添付の図面は、いくつかの実施の形態を解説し、本明細書と共に本明細書に開示される抗体及び方法のいくつかの原理を説明するのに役立つ。
【図面の簡単な説明】
【００２３】
【図１】ＺＢＴＢ２０、ＧＡＰ４３及びＬＳＡＭＰ遺伝子を示す野生型の染色体領域３ｑ１３のマップに加えて、全員が侵襲型の前立腺癌を発生した３名の異なるＡＡ患者において特定された染色体領域３ｑ１３のゲノム再編成のマップである。
【図２】患者ＧＰ１０における染色体領域３ｑ１３のゲノム編成を示す図であり、該ゲノム編成から得られるＺＢＴＢ２０のエキソン１とＬＳＡＭＰのエキソン４との間の接合部のｃＤＮＡ配列を提供している。それぞれ配列番号４９〜５０を出る順番で開示している。
【図３】本発明のいくつかの実施の形態によるシステムの模式図である。特に、この図は、様々なハードウェア、ソフトウェア、並びに開示されるシステム及び方法による、コンピュータシステム１０６の実行において使用することができる他のリソースを図示する。示される実施の形態において、コンピュータシステム１０６は、オペレーティングシステムの制御下で又はオペレーティングシステムと共に作動する、ランダムアクセスメモリに接続された、１又は複数のプロセッサ１１０を含むことができる。実施の形態におけるプロセッサ（複数の場合もあり）１１０は、１若しくは複数のサーバー、クラスター、若しくは他のコンピュータ若しくはハードウェア資源に含むことができ、又はクラウドベースのリソースを用いて実行することができる。オペレーティングシステムは、例えば、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）オペレーティングシステム、Ｕｎｉｘ（商標）オペレーティングシステムの配布物、又は他のオープンソース若しくは専用オペレーティングシステム若しくはプラットフォームであることができる。プロセッサ（複数の場合もあり）１１０は、ハードドライブ又はドライブアレイに保存されたデータベース等のデータストア１１２と交信して、プログラム命令他のデータにアクセス又は保存することができる。  プロセッサ（複数の場合もあり）１１０はネットワークインターフェース１０８を介して更に交信することができ、ネットワークインターフェース１０８は次いで、インターネット又は他のパブリック若しくはプライベートネットワーク等の１又は複数のネットワーク１０４を介して交信することができ、それによってクエリー又は他のリクエストを、クライアント１０２、又は他のデバイス若しくはサービスから受信することができる。さらに、プロセッサ（複数の場合もあり）１１０はネットワークインターフェース１０８を利用して、情報、命令、ワークフロー、クエリー、部分ワークフロー、又は他のデータを、ユーザーに１又は複数のネットワーク１０４を介して送信することができる。ネットワークインターフェース１０４は、１若しくは複数のサーバーを含むことができるか、又は１若しくは複数のサーバーに通信可能に接続することができる。クライアント１０２は、例えば、インターネットに接続されたパーソナルコンピューターであることができる。  プロセッサ（複数の場合もあり）１１０は一般に、本明細書に開示される方法を実行するために制御ロジック及び制御操作を実行するように、プログラム又は設定することができる。プロセッサ１１０は、コプロセッサ１１４に更に通信可能に接続する（即ち、コミュニケーションチャネルによって接続する）ことができる。コプロセッサ１１４は、本明細書に開示される方法を実行するように設定された専用ハードウェア及び／又はファームウェアコンポーネントであることができる。したがって、本明細書に開示される方法は、プロセッサ１１０及び／又はコプロセッサ１１４によって実行することができる。  コンピュータシステム１０６、関連したネットワーク接続、並びに他のハードウェア、ソフトウェア、及びサービスリソースの他の構成が可能である。
【図４Ａ】２種のＰＴＥＮ  ＦＩＳＨプローブ及び２種の１０番染色体セントロメアプローブのハイブリダイゼーションを示す図であり、これは、ＡＤのＣａＰにおける１０番染色体上の２つ（二倍体）の野生型ＰＴＥＮ対立遺伝子の存在を示している。ヘテロ接合型のＰＴＥＮ欠失は、ＣＤのＣａＰの核中での１コピーのＰＴＥＮの損失（１つのＰＴＥＮ特異的ＦＩＳＨシグナルの非存在）によって示される。欠失は、母方の染色体又は父方の染色体のいずれか又は両方に生ずることがある。
【図４Ｂ】ＡＤのＣａＰの核内での１コピーのシグナルの損失によって示されるＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰの領域間のヘテロ接合性の欠失を示す図である。セントロメアプローブは、２コピーの３番染色体を検出する。
【図５】１０種の異なるＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰの融合転写産物のエキソン（Ｅ）構造（５’→３’方向）と、選択的にスプライシングされたＬＳＡＭＰ（ＬＰＣＳ１）の転写産物のエキソン構造とを示す図である。Ｅ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ及びＥ１Ｃは、ＺＢＴＢ２０のエキソン１の４種のバリアントを表している。Ｅ０、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｅ３＊、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６及びＥ７は、ＬＳＡＭＰのエキソンを表している。括弧内の数字は、それぞれのエキソン中のヌクレオチドの数を表している。アスタリスクは、今までにアノテーションされていないエキソンバリアントを示している。
【発明を実施するための形態】
【００２４】
ここで、様々な例示的な実施の形態を詳細に参照し、実施の形態の例を、添付の図面において図示する。以下の発明を実施するための形態は読者に本発明のいくつかの実施の形態、特徴及び態様の詳細のより十分な理解をもたらすために提示され、本発明の範囲を限定するものと解釈すべきではないことを理解されたい。
【００２５】
定義
本発明がより容易に理解され得るように、いくつかの用語を初めに定義する。付加的な定義は発明を実施するための形態の全体にわたって説明する。
【００２６】
「アフリカ系人種」という用語は、アフリカ系人種であると自認する個体のことをいい、これにはアフリカ系アメリカ人であると自認する個体、及び、祖先識別マーカー（ＡＩＭ）とも称される、引用することによってその全体が本明細書の一部をなす引用文献である、Judith Kidd et al., Analyses of a set of 128 ancestry informative single-nucleotide polymorphisms in a global set of 119 population samples, Investigative Genetics, (2):1, 2011において同定されたＡＩＭ等の、アフリカ人祖先と相関関係がある遺伝子マーカーを有すると判定された個体が含まれる。
【００２７】
「コーカサス系人種」という用語は、コーカサス系人種であると自認する個体のことをいい、これにはコーカサス系アメリカ人であると自認する個体、及び、祖先識別マーカー（ＡＩＭ）とも称される、引用することによってその全体が本明細書の一部をなす引用文献である、Judith Kidd et al., Analyses of a set of 128 ancestry informative single-nucleotide polymorphisms in a global set of 119 population samples, Investigative Genetics, (2):1, 2011において同定されたＡＩＭ等の、コーカサス人（例えば、ヨーロッパ人、北アフリカ人又はアジア人（西アジア人、中央アジア人又は南アジア人））祖先と相関関係がある遺伝子マーカーを有すると判定された個体が含まれる。
【００２８】
「抗体」という用語は、免疫グロブリン又はその抗原結合断片のことをいい、抗原結合断片又は抗原結合領域を含むあらゆるポリペプチドを包含する。この用語には、これらに限定されないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、単一特異性抗体、多特異性抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、単鎖抗体、キメラ抗体、合成抗体、組換え抗体、ハイブリッド抗体、変異抗体、移植抗体、及びｉｎ  ｖｉｔｒｏ作製抗体が含まれる。「インタクト」という言葉が先行しない限り、「抗体」という用語には、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、ｄＡｂ等の抗体断片、及び抗原結合機能を保持している他の抗体断片が含まれる。特に断りのない限り、抗体は必ずしも、いずれかの特定の供給源に由来するわけではなく、いずれかの特定の方法によって産生されるわけでもない。
【００２９】
「抗原結合ドメイン」及び「抗原結合断片」という用語は、抗体と抗原との間の特異的結合を担うアミノ酸を含む抗体分子の一部を指す。いくつかの抗原については、抗原結合ドメイン又は抗原結合断片は、その抗原の一部に結合するのみであってもよい。抗体によって特異的に認識され結合される抗原の部分は、「エピトープ」又は「抗原決定基」と呼ばれる。抗原結合ドメイン及び抗原結合断片は、Ｆａｂ（Fragment antigen-binding）、Ｆ（ａｂ’）２断片、つまりジスルフィド架橋によってヒンジ領域で結合された２つのＦａｂ断片を有する二価の断片、Ｆｖ断片、単鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）（例えば、Birdら(1988)Science 242:423-426及びHustonら(1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883を参照のこと）、２つのＶＨドメインとＣＨ１ドメインとを有するＦｄ断片、ｄＡｂ（Wardら(1989)Nature 341:544-546）並びに抗原結合機能を保った他の抗原断片を含む。上記Ｆａｂ断片は、定常領域間でジスルフィド結合によって共有結合されたＶＨ−ＣＨ１ドメインとＶＬ−ＣＬドメインを有する。ＦＶ断片はより小さいものであり、共有結合されていないＶＨドメインとＶＬドメインとを有する。共有結合されていないドメインが解離される傾向を克服するために、ｓｃＦＶを構築することができる。ｓｃＦＶは、（１）ＶＨのＣ末端をＶＬのＮ末端に結合する、又は（２）ＶＬのＣ末端をＶＨのＮ末端に結合するフレキシブルなポリペプチドを含む。１５−ｍｅｒの（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３ペプチド（配列番号４８）をリンカーとして使用することができるが、他のリンカーは当該技術分野で知られている。これらの抗体断片は、当業者に知られた慣用の技法を使用して得られ、かつ該断片は、機能についてインタクトな抗体と同じように評価される。
【００３０】
「検出すること」又は「検出」という用語は、核酸又はタンパク質の存在又は量を判定するために当該技術分野において知られている様々な方法のうちの任意のものを意味する。本明細書中に使用される場合、「検出すること」又は「検出」という用語は、定性的検出又は定量的検出を含む。
【００３１】
「治療的有効量」という用語は、指示された疾患又は状態を治療するのに十分な用量又は量を指す。
【００３２】
「遺伝子発現プロファイル」という用語は、サンプルにおける複数の遺伝子の発現レベルのことをいう。当該技術分野において理解されているように、遺伝子の発現レベルは、核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ又はｍＲＮＡ）又は核酸によってコードされるポリペプチドの発現を測定することによって解析することができる。
【００３３】
「単離された」という用語はポリペプチド又は核酸との関連で使用される場合、その自然環境を実質的に含まないため、自然に発生し得るポリペプチド又は核酸から区別可能であるポリペプチド又は核酸を指す。例えば、単離されたポリペプチド又は核酸は、由来元である細胞又は組織起源からの細胞物質又は他のポリペプチド若しくは核酸を実質的に含まない。
【００３４】
「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」という用語は本明細書で区別なく使用され、アミノ酸の重合体を指す。
【００３５】
「ポリペプチドプローブ」という用語は、本明細書において使用される場合、生体サンプル中の目的のポリペプチドを定量するためにタンパク質検出アッセイ（例えば、質量分析）において使用することができる、標識された（例えば、同位体的に標識された）ポリペプチドのことをいう。
【００３６】
「プライマー」という用語は、標的核酸の領域に結合することができ、標的核酸の核酸増幅を促進することができる、ポリヌクレオチド、又はその相補鎖を意味する。一般に、プライマーは、核酸ポリメラーゼによって伸長することができる遊離の３’末端を有する。プライマーはまた一般に、標的核酸の少なくとも１つの鎖と直接に、又は標的配列に相補的な鎖と、相補的塩基相互作用を介して、ハイブリダイズすることができる塩基配列を含む。プライマーは、標的特異的配列を含むことができるとともに、標的配列に非相補的な他の配列を任意に含むことができる。これらの非相補的配列は、例えば、プロモーター配列又は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含むことができる。
【００３７】
「バリエーション（変異）」又は「バリアント」とは、わずか一塩基又はより長い区間にわたり、リファレンスとは異なる対立遺伝子配列のことをいう。
【００３８】
「ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成」という用語及びそれと同等の用語は、前立腺癌に関連するＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の任意の再編成を指し、ＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関係する遺伝子逆位、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子（又は一方の遺伝子若しくは両方の遺伝子の一部）に関係する遺伝子欠失、又はＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関係する遺伝子重複を含み得る。
【００３９】
「ＥＲＧ」又は「ＥＲＧ遺伝子」という用語は、固有のＨｕｇｏ遺伝子命名委員会（ＨＧＮＣ：Hugo Gene Nomenclature Committee）識別コード：ＨＧＮＣ：３４４６を与えられた、Ｅｔｓ関連遺伝子（ＥＲＧ）のことをいい、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合産物を含む、前立腺癌において高頻度に見られるＥＲＧ遺伝子融合産物を含む。ＥＲＧ又はＥＲＧ遺伝子の発現を解析することには、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ等の、前立腺癌に関連しているＥＲＧ遺伝子融合産物の発現を解析することが含まれる。
【００４０】
本明細書で使用される場合に、「侵襲型の前立腺癌」という用語は、プライマリーグリーソンスコア４又は５を有する前立腺癌（「低分化」前立腺癌又は転移した前立腺癌若しくは前立腺切除術後に再発した前立腺癌としても知られる）を指す。
【００４１】
本明細書で使用される場合に、「グリーソン６〜７」という用語は、グリーソングレード３＋３及び３＋４を指す。この用語はまた、当該技術分野ではプライマリーパターン３又はプライマリーグリーソンパターン３とも呼ばれる。
【００４２】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成
次世代シーケンシング法をＣａＰについての新しいバイオマーカー及び治療標的を同定するために使用した。組織学的に明らかにされ、正確に切開された原発性ＣａＰ標本（８０％〜９５％腫瘍、プライマリーグリーソンパターン３）から得られた高クオリティゲノム配列データ及びカバレッジを、７名のコーカサス系人種の患者及び７名のアフリカ系人種の患者のコホートの間で比較し（各患者からの適合対照を含む、全部で２８のサンプル）、２つの民族の間でのＣａＰ発生率及び死亡率の観察された相違を評価した。これらのデータ及び解析は、臨床病理学的特徴について適合させた、アフリカ系人種（「ＡＤ」）及びコーカサス系人種（「ＣＤ」）のＣａＰ患者からの前立腺癌ゲノムの第１の評価を提供する。
【００４３】
これらの前立腺癌サンプルの全ゲノム配列解析によって、ＺＢＴＢ２０（ｚｉｎｃ  ｆｉｎｇｅｒ  ａｎｄ  ＢＴＢ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ２０）遺伝子とＬＳＡＭＰ（ｌｉｍｂｉｃ  ｓｙｓｔｅｍ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ）遺伝子との間の新規のゲノム再編成が確認された。アフリカ系人種の対象由来の７つのサンプルのうち４つは、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ融合物、つまり前立腺癌において今までのところ確認されている最も頻繁に存在する遺伝子融合物に対して陰性であった。ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ領域は、アフリカ系人種の対象由来の４つのＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ陰性のサンプルのうち３つにおいて再編成又は欠失されていた。それらのＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ陽性でＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ陰性の対象のうち３名の全てが侵襲型の前立腺癌を発生しており、ここで２名は転移を経験し、１名は再発を起こしている。このことは、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成が、特にＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ融合物を発現しない患者において、より侵襲型の前立腺癌の表現型の指標であることを示唆している。ＡＤの患者はＣＤの患者よりも低い頻度でしかＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ融合物を発現しないので、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成は、ＡＤの患者において、より侵襲型の前立腺癌の表現型を検出するための特に有用なバイオマーカーとなり得る。
【００４４】
ＬＳＡＭＰ遺伝子についてＨＧＮＣによって割り当てられた固有の識別コードは、ＨＧＮＣ：６７０５である。ＬＳＡＭＰについてのＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅコードは、４０４５である。ＬＳＡＭＰのヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は知られており、ＮＣＢＩリファレンス配列ＮＭ＿００２３３８．３、ＧＩ：２５７４６７５５７（配列番号９及び配列番号１０）によって表され、それらの配列は引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。ＬＳＡＭＰ遺伝子の染色体位置は、３ｑ１３．２−ｑ２１である。ＬＳＡＭＰ遺伝子は、大脳辺縁系の皮質領域及び皮質下領域に見られるニューロン表面糖タンパク質をコードする。ＬＳＡＭＰは、腫瘍抑制遺伝子として報告されている（Baroyら、2014,Mol Cancer 28;13:93）。例えば、Kuhnらは、ＬＳＡＭＰ遺伝子を含む染色体領域３ｑ１３．３１において、コア結合因子急性脊髄性白血病のサブセットにおいて再現的な欠失が報告された［２９］。骨肉腫において、染色体領域３ｑ１３．３１は、最も改変されるゲノム領域とみなされており、最多数の改変は、欠失の形、例えばいくつかの例においては、ＬＳＡＭＰ遺伝子を含む領域の欠失の形をとる［３０］。染色体領域１ｑ３２．１のＮＯＲＥ１遺伝子及び染色体領域３ｑ１３．３のＬＳＡＭＰ遺伝子に関係するブレイクポイントを有する染色体転座（ｔ１；３）は、腎明細胞癌において確認された［３１］。上皮性卵巣癌における染色体転座も確認されている［３２］。ＬＳＡＭＰの一塩基多型は前立腺癌特異的死亡率の有意な予測因子であることが実証されているが［３３］、ＬＳＡＭＰゲノム再編成は、前立腺癌では一切報告されておらず、いかなる種類の癌においてもＺＢＴＢ２０との融合物としては記載されていない。
【００４５】
ＺＢＴＢ２０遺伝子についてＨＧＮＣによって割り当てられた固有の識別コードは、ＨＧＮＣ：１３５０３である。ＺＢＴＢ２０についてのＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅコードは、２６１３７である。ＺＢＴＢ２０はＤＮＡ結合タンパク質であり、転写因子であると考えられている。少なくとも７つの選択的転写産物バリアントが存在する。ＺＢＴＢ２０座内の少なくとも４つの異なる部位から転写を開始し得る少なくとも４つの別個のプロモーターが存在し、こうしてＺＢＴＢ２０のエキソン１の４つのバリアント：Ｅ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ及びＥ１Ｃが生ずる。ＺＢＴＢ２０バリアント１の代表的なヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は知られており、ＮＣＢＩリファレンス配列ＮＭ＿００１１６４３４２．１、ＧＩ：２５７９００５３２（配列番号１１及び配列番号１２）によって表され、それらの配列は引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。バリアント２は、バリアント１と５’非翻訳領域において異なり、５’コーディング領域の一部を欠き、バリアント１と比べて下流の開始コドンで翻訳を開始する。コードされたアイソフォーム（２）は、アイソフォーム１と比べてより短いＮ末端を有している。バリアント２〜７は、同じアイソフォーム（２）をコードしている。ＺＢＴＢ２０バリアント２の代表的なヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は知られており、ＮＣＢＩリファレンス配列ＮＭ＿０１５６４２．４、ＧＩ：２５７９００５３６（配列番号１３及び配列番号１４）によって表され、それらの配列は引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。ＺＢＴＢ２０遺伝子の染色体位置は、３ｑ１３．２である。
【００４６】
いくつかの実施の形態は、ＣａＰの診断又は予後判定における使用のためのデータを収集する方法であって、前立腺細胞（又は前立腺細胞から単離された核酸若しくはポリペプチド）を含む生体サンプルにおいて、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を検出することを含む、方法に関する。本方法は、場合により、収集された遺伝子発現データを使用してＣａＰを診断又は予後判定する追加の工程を含んでよい。一つの実施の形態においては、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の検出は、該生体サンプルにおけるＣａＰの存在又はＣａＰを発生する可能性の増大を示す。別の実施の形態においては、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の検出は、該生体サンプルにおける侵襲型のＣａＰの存在又は侵襲型のＣａＰを発生する可能性の増大を示す。
【００４７】
一つの実施の形態においては、上記ゲノム再編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合、例えばＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４との間の融合を含む。別の実施の形態においては、上記ゲノム再編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関係する遺伝子逆位を含む。別の実施の形態においては、上記ゲノム再編成は、染色体領域３ｑ１３における、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の両方（又は一方の遺伝子若しくは両方の遺伝子の一部）にまたがる欠失を含む。更に別の実施の形態においては、上記ゲノム再編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子に関係する遺伝子重複を含む。
【００４８】
データ収集の方法又は前立腺癌の診断及び／又は予後判定の方法は、限定されるものではないが、ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１を含む、前立腺癌に関連する他の遺伝子の発現を検出することを更に含んでよい。アフリカ系人種の患者においてより高頻度に過剰発現しているこれらの遺伝子についての、ＨＧＮＣ及びＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅにより指定された固有の識別コードと、代表的配列のアクセッション番号を表１に提供し、これら配列は、引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす。
【００４９】
【表１】
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【００５０】
別の実施の形態において、データ収集方法、又はＣａＰの診断及び／又は予後判定方法は、ＥＲＧ、ＰＳＡ、及びＰＣＡ３を含むがそれらに限定されない、前立腺癌に関連している他の遺伝子の発現を検出することを更に含むことができる。
【００５１】
ＰＴＥＮ欠失
ＰＴＥＮ（Phosphatase and Tensin homolog）は、多数の癌において高い頻度で突然変異されている既知の腫瘍抑制遺伝子である。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ホスファチジルイノシトール−３，４，５−三リン酸３−ホスファターゼである。このタンパク質は、テンシン様ドメインと、二重特異性プロテインチロシンホスファターゼの触媒ドメインと同様の触媒ドメインとを含む。多くのプロテインチロシンホスファターゼとは異なり、ＰＴＥＮは、ホスホイノシチド基質を優先的に脱リン酸化する。ＰＴＥＮは、細胞中のホスファチジルイノシトール−３，４，５−三リン酸の細胞内レベルを負の方向に調節し、ＡＫＴ／ＰＫＢシグナル伝達経路を負の方向に調節することによって腫瘍抑制因子として機能する。成長因子のその受容体への結合又は成長因子受容体の突然変異による成長因子受容体の活性化は、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲカスケードの活性化をもたらし、該カスケードは、とりわけ、いくつかの転写因子の活性化をもたらす［２８］。該参考資料は引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。ＰＴＥＮは、通常はこの経路をダウンレギュレートするように作用する。このように、ＰＴＥＮ遺伝子欠失を含む癌においては、Ａｋｔ遺伝子の発現及びｍＴＯＲの活性化はしばしば高められる。
【００５２】
ＰＴＥＮ遺伝子についてＨＧＮＣ及びＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅによって割り当てられた固有の識別コードは、それぞれＨＧＮＣ：９５８８及びＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ：５７２８である。代表的なＰＴＥＮの核酸及びポリペプチド配列のアクセッション番号は、ＮＭ＿０００３１４．４、ＧＩ：２５７４６７５５７（配列番号１５及び配列番号１６）であり、それらの配列は引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。ＰＴＥＮ遺伝子の染色体位置は、１０ｑ２３である。
【００５３】
ＣＤ及びＡＤの前立腺癌サンプルの全ゲノム配列解析は、様々な民族において、ＰＴＥＮ座のゲノム再編成の間で有意な差を表した。より具体的には、ＰＴＥＮ欠失は、コーカサス系人種の患者においてしか検出されなかった。組織マイクロアレイにおける更なるＦＩＳＨ分析によって、ＰＴＥＮ欠失が、ＣＤの男性と比較してＡＤの男性において前立腺癌の発生におけるまれな事象であることが確認された。
【００５４】
したがって、一つの態様は、この複数の民族にわたるＰＴＥＮ欠失における差についての発見を用いて、前立腺癌を有する対象に利用することができる治療選択肢について十分な情報で意思決定させることに関する。特に、コーカサス系人種及びアフリカ系人種の患者由来の前立腺癌におけるＰＴＥＮ欠失において差が表されれば、一般的に、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする前立腺癌療法［２８］は、アフリカ系人種の患者には選択されるべきではない。即ち、最低限、患者由来の前立腺細胞がＰＴＥＮ欠失を含むことが遺伝子試験によって最初に確認されない限りは、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする前立腺癌療法［２８］は、アフリカ系人種の患者のために検討されるべきではない。したがって、一つの実施の形態は、アフリカ系人種の患者のために標的とされる前立腺癌治療を選択する方法であって、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする前立腺癌治療［２８］を治療選択肢として排除することと、適切な前立腺癌治療を選択することとを含む、方法に関する。一つの実施の形態においては、本方法は、患者由来の前立腺細胞を含む生体サンプルを試験して、該前立腺細胞がＰＴＥＮ遺伝子欠失を含まないことを確認する工程を更に含む。
【００５５】
ＰＩ３Ｋインヒビター、Ａｋｔインヒビター、ｍＴＯＲインヒビター及びデュアルＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲインヒビターを含む、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路を標的とする様々なインヒビターが存在する。ＰＩ３Ｋインヒビターは、限定されるものではないが、ＬＹ−２９４００２、ウォルトマンニン、ＰＸ−８６６、ＧＤＣ−０９４１、ＣＡＬ−１０、ＸＬ−１４７、ＸＬ−７５６、ＩＣ８７１１４、ＮＶＰ−ＢＫＭ１２０及びＮＶＰ−ＢＹＬ７１９を含む。Ａｋｔインヒビターは、限定されるものではないが、Ａ−４４３６５４、ＧＳＫ６９０６９３、ＶＱＤ−００２（ＡＰＩ−２、トリシリビンとしても知られる）、ＫＰ３７２−１、ＫＲＸ−０４０１（ペリフォシン）、ＭＫ−２２０６、ＧＳＫ２１４１７９５、ＬＹ３１７６１５（エンザスタウリン、エルシルホスホコリン（ＥｒＰＣ）、エルシルホスホホモコリン（ＥｒＰＣ３）、ＰＢＩ−０５２０４、ＲＸ−０２０１及びＸＬ−４１８を含む。ｍＴＯＲインヒビターは、限定されるものではないが、ラパマイシン、修飾ラパマイシン（ラパログ、例えばＣＣＩ−７７９、アフィニトール、トーリセル、テムシロリムス）、ＡＰ−２３５７３（リダフォロリムス）及びＲＡＤ００１（アフィニトール、エベロリムス）、メトフォルミン、ＯＳＩ−０２７、ＰＰ−２４２、ＡＺＤ８０５５、ＡＺＤ２０１４、パロミド５２９、ＷＡＹ６００、ＷＹＥ３５３、ＷＹＥ６８７、ＷＹＥ１３２、Ｋｕ００６３７９４及びＯＸＡ−０１を含む。デュアルＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲインヒビターは、限定されるものではないが、ＰＩ−１０３、ＮＶＰ−ＢＥＺ２３５、ＰＫＩ−５８７、ＰＫＩ−４０２、ＰＦ−０４６９１５０２、ＸＬ７６５、ＧＮＥ−４７７、ＧＳＫ２１２６４５８及びＷＪＤ００８を含む。
【００５６】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ又はＰＴＥＮ欠失の検出
本明細書に記載される方法におけるＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の発現の測定又は検出は、その任意の核酸転写産物（例えばｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ若しくはゲノムＤＮＡ）又はそのような核酸転写産物によってコードされる任意のタンパク質を測定又は検出することを含む。このように、一つの実施の形態においては、上記生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む。一つの実施の形態においては、上記染色体再編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊若しくはエキソン４との間の融合をもたらす。一つの実施の形態においては、上記染色体再編成は、配列番号１のヌクレオチド配列を含む。
【００５７】
別の実施の形態においては、上記染色体再編成は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の欠失をもたらす。このように、一つの実施の形態においては、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、染色体領域３ｑ１３における、該ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子にまたがる欠失を検出することを含む。
【００５８】
別の実施の形態においては、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の核酸部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の核酸部分とを有するキメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出することを含む。一つの実施の形態においては、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４との間の融合を含む。例えば、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、配列番号４、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８又は配列番号４０のヌクレオチド配列を含んでよい。別の実施の形態においては、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊との間の融合を含む。例えば、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、配列番号３３、配列番号３９又は配列番号４１のヌクレオチド配列を含んでよい。
【００５９】
エキソン３＊（配列番号４５）は、今までにアノテーションされておらず、目下ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の以下のゲノム再編成を生ずることが示されているＬＳＡＭＰ座由来の新規のエキソン配列を表す。したがって、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、他の遺伝子に存在しないエキソン３＊の領域に相当するｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出することを含んでよく、したがってＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊を陽性として同定するために使用することができる。代替的に、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊とエキソン４を含むｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ転写物、又はＬＳＡＭＰのエキソン３＊とエキソン４との間の接合部にまたがり、かつ他の遺伝子に存在しないＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊及びエキソン４を含むｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ転写物の一部分を検出することを含んでよく、したがってＬＳＡＭＰのエキソン３＊とエキソン４との融合物に由来する転写産物を肯定的に同定するために使用することができる。
【００６０】
エキソン０＊（配列番号４７）は、今までにアノテーションされておらず、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を有する患者の選択的にスプライシングされた転写産物において同定されたＬＳＡＭＰ座由来の新規のエキソン配列を表す。したがって、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、他の遺伝子に存在しないエキソン０＊の領域に相当するｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出することを含んでよく、したがってＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊を陽性として同定するために使用することができる。代替的に、生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の存在の検出は、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊及びエキソン１を含むｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ転写産物、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊とエキソン１との間の接合部にまたがり、かつ他の遺伝子に存在しないＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊及びエキソン１を含むｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ転写産物の一部分を検出することを含んでよく、したがってＬＳＡＭＰのエキソン０＊とエキソン１との融合物に由来する転写産物を肯定的に同定するために使用することができる。
【００６１】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の発現は、該遺伝子のゲノム再編成に対応する１又は複数のゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物、又はＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成に関連するゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物の全てに対応する１又は複数のゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物を測定又は検出することによって測定又は検出することができる。
【００６２】
ＰＴＥＮ遺伝子における欠失の検出は、染色体領域１０ｑ２３における、ＰＴＥＮ遺伝子若しくはその一部にまたがる欠失の検出を含む。ＰＴＥＮ欠失は、ＰＴＥＮ欠失に対応する１又は複数のゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物、又はＰＴＥＮ遺伝子に関連するゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物の全てに対応する１又は複数のゲノム配列若しくはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ転写産物を測定又は検出することによって測定又は検出することができる。
【００６３】
染色体再編成は、既知の技法を使用して検出することができる。例えば、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）分析は、染色体再編成の検出のために使用することができる。これらの実施の形態においては、高ストリンジェンシー条件下で染色体再編成、例えばＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ染色体再編成又はＰＴＥＮ欠失にハイブリダイズする核酸プローブは、前立腺細胞（又は該細胞から得られる核酸）を含む生体サンプルと一緒にインキュベートされる。他の既知のｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法は、染色体再編成、例えばＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ又はＰＴＥＮ欠失を検出するために使用することができる。核酸プローブ（ＤＮＡ又はＲＮＡ）は、ＤＮＡ又はｍＲＮＡにハイブリダイズすることができ、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子におけるゲノム再編成又はＰＴＥＮ遺伝子におけるゲノム再編成、例えば遺伝子融合の事象、増幅、欠失又は突然変異を検出するように設計することができる。
【００６４】
通例、遺伝子発現は、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡレベルに基づいて検出又は測定することができるが、タンパク質レベルもまた、適切な場合、使用することができる。ｍＲＮＡレベル、ｃＤＮＡ、又はタンパク質レベルを測定するための任意の定量的又は定性的方法を使用することができる。ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡレベルを検出又は測定するのに適した方法には、例えば、ノーザンブロット法、ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイ、マイクロアレイ解析、又は逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、若しくは定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）としても知られているリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ等の核酸増幅法が含まれる。かかる方法は当該技術分野においてよく知られている。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4thEd., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 2012を参照されたい。他の技法には、これら全てを引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす、［２２］、［２３］、米国特許出願公開第２０１０／０１１２７１０号及び米国特許出願公開第２０１０／００４７９２４号に更に記載されている、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）（NanoString Technologies、ワシントン州、シアトル）遺伝子発現アッセイ等の遺伝子発現のデジタル多重解析が含まれる。
【００６５】
目的の核酸の検出は、一般に、標的（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はゲノムＤＮＡ）とプローブとの間のハイブリダイゼーションを含む。当業者は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成又はＰＴＥＮ遺伝子の欠失を検出するためのハイブリダイゼーションプローブを容易に設計することができる。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4thEd., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 2012を参照されたい。各プローブは、あらゆるクロスハイブリダイゼーションと偽陽性とを避けるために、その標的に実質的に特異的であるべきである。特異的プローブを使用することの代替手段は、転写産物から物質を得る際に（例えば、ｃＤＮＡ産生時、又は増幅時の標的特異的プライマーの使用の際）、特異的試薬を使用することである。両方の場合において、特異性は、解析される遺伝子の群内で実質的に特有の標的の部分へのハイブリダイゼーションによって達成することができ、例えば、ポリＡテイルへのハイブリダイゼーションでは、特異性は提供されない。標的が複数のスプライスバリアントを有する場合、各バリアントに共通な領域を認識するハイブリダイゼーション試薬を設計すること、及び／又は、それぞれが１若しくは複数のバリアントを認識することができる２つ以上の試薬を使用することが可能である。
【００６６】
ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に判定可能であり、一般に、プローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に応じた経験的計算である。一般に、より長いプローブは、適切なアニーリングのためにより高い温度を必要とし、より短いプローブはより低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般に、相補鎖がその融解温度より低温の環境に存在する際に、変性した核酸配列が再アニーリングする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望の相同性の程度が高いほど、使用することができる相対温度はより高くなる。その結果、相対温度が高いほど、反応条件をよりストリンジェンシーが高いものとする傾向があることになり、一方、温度が低いほど、反応条件をよりストリンジェンシーが低いものとする傾向があることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照されたい。
【００６７】
「ストリンジェントな条件」又は「高ストリンジェンシー条件」は、本明細書において規定する場合、限定されないが、（１）洗浄については低イオン強度及び高温、例えば、０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを、５０℃で使用する条件、（２）ハイブリダイゼーション中には、ホルムアミド等の変性剤、例えば、０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウムバッファー（ｐＨ６．５）を含む５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドと、７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムとを、４２℃で使用する条件、又は（３）５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ  ＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハルト液、超音波処理したサケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％デキストラン硫酸を４２℃で使用し、４２℃で０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び５５℃で５０％ホルムアミド中の洗浄を行い、次いで、ＥＤＴＡを含有する０．１×ＳＳＣからなる５５℃での高ストリンジェンシーの洗浄を行う条件によって同定される。「中程度にストリンジェントな条件」は、限定されないが、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989中に記載されており、上記のものよりもストリンジェンシーが低い、洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度にストリンジェントな条件の一例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬ変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中での、３７℃での一晩のインキュベーション、次いで、１×ＳＳＣ中約３７℃〜５０℃でのフィルターの洗浄である。当業者であれば、例えばプローブ長等の因子に対応する必要に応じて、温度、イオン強度等をどのように調整するかを認識しているであろう。
【００６８】
いくつかの実施の形態においては、マイクロアレイ分析又はＰＣＲベースの方法が使用される。これに関して、前立腺癌細胞におけるＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成又はＰＴＥＮ欠失の発現の測定は、例えば前立腺癌細胞を含むサンプル又は前立腺癌細胞を含むと疑われるサンプルを、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成若しくはＰＴＥＮ欠失に特異的なポリヌクレオチドプローブと、又はＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ若しくはＰＴＥＮゲノム再編成の一部を増幅するように設計されたプライマーと接触させることと、該プローブの該核酸標的への結合又は該核酸の増幅をそれぞれ検出することとを含み得る。ＰＣＲプライマーを設計するための詳細なプロトコルは、当該技術分野において知られている。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4thEd., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 2012を参照されたい。同様に、遺伝子発現を解析するためにマイクロアレイを調製及び使用するための詳細なプロトコルは、当該技術分野において知られており、本明細書に記載される。
【００６９】
このように、一つの態様は、核酸を含む生体サンプルが、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を含むかどうかを決定する方法であって、
上記生体サンプルを、少なくとも第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーとハイブリダイズする条件下で合わせることと、
ここで上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分（例えばエキソン１）にハイブリダイズする配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分（例えばエキソン３＊又はエキソン４）にハイブリダイズする配列を含み、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分と上記ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物から標的配列を増幅することが可能であり、
上記遺伝子融合物が生体サンプル中に存在する場合に、標的配列の増幅及び標的配列を含む増幅産物の生成を可能にする条件下でポリメラーゼ活性を加えることと、
上記生体サンプルが上記遺伝子融合物を含有するかどうかを、上記増幅産物の存在又は非存在に基づき決定することと、
を含む、方法に関する。
【００７０】
別の態様は、核酸を含む生体サンプルが、他の遺伝子には存在しないエキソン３＊の領域に相当するｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ配列を含むかどうか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を含むかどうかを決定する方法であって、
上記生体サンプルを、少なくとも第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーとハイブリダイゼーション条件下で合することと、
（ａ）上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン３＊の第１の領域にハイブリダイズする配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン３＊の第２の領域にハイブリダイズする配列を含み、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊に固有のエキソン３＊由来の標的配列を増幅することができるか、又は、
（ｂ）上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン３＊由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズする配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする配列を含み、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の遺伝子融合物の第１の部分と、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物から標的配列を増幅することが可能であり、
上記遺伝子融合物が生体サンプル中に存在する場合に、標的配列の増幅及び標的配列を含む増幅産物の生成を可能にする条件下でポリメラーゼ活性を加えることと、
上記生体サンプルが、他の遺伝子には存在しないエキソン３＊の領域に相当するｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ配列又は上記遺伝子融合物を含有するかどうかを、上記増幅産物の存在又は非存在に基づき決定することと、
を含む、方法に関する。
【００７１】
別の態様は、核酸を含む生体サンプルが、他の遺伝子には存在しないＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊の領域に相当するｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ配列を含むかどうか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを有する遺伝子融合物を含むかどうかを決定する方法であって、
上記生体サンプルを、少なくとも第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーとハイブリダイゼーション条件下で合わせることと、
（ａ）上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン０＊の第１の領域にハイブリダイズする配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン０＊の第２の領域にハイブリダイズする配列を含み、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊に固有のエキソン０＊由来の標的配列を増幅することができるか、又は、
（ｂ）上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、エキソン０＊由来の遺伝子融合物の第１の部分にハイブリダイズする配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の遺伝子融合物の第２の部分にハイブリダイズする配列を含み、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の遺伝子融合物の第１の部分と、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物から標的配列を増幅することが可能であり、
上記遺伝子融合物が生体サンプル中に存在する場合に、標的配列の増幅及び標的配列を含む増幅産物の生成を可能にする条件下でポリメラーゼ活性を加えることと、
上記生体サンプルが、他の遺伝子には存在しないエキソン０＊の領域に相当するｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ配列又は上記遺伝子融合物を含有するかどうかを、上記増幅産物の存在又は非存在に基づき決定することと、
を含む、方法に関する。
【００７２】
それに代えて又はそれに加えて、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の発現レベルは、タンパク質レベルで決定することができる。つまり、該ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成が欠損型のＬＳＡＭＰタンパク質又はキメラ型のＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰタンパク質を生ずる場合に、該ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成によってコードされるそのようなタンパク質のレベルが測定される。タンパク質のレベルを判定するためのいくつかの方法及びデバイスはよく知られており、例えば、そのそれぞれを引用することによってその全体が本明細書の一部をなす、米国特許第６，１４３，５７６号；同第６，１１３，８５５号；同第６，０１９，９４４号；同第５，９８５，５７９号；同第５，９４７，１２４号；同第５，９３９，２７２号；同第５，９２２，６１５号；同第５，８８５，５２７号；同第５，８５１，７７６号；同第５，８２４，７９９号；同第５，６７９，５２６号；同第５，５２５，５２４号；同第５，４５８，８５２号；及び同第５，４８０，７９２号に記載されているもの等のイムノアッセイが含まれる。これらのアッセイには、目的のタンパク質の存在又は量に関連したシグナルを生じさせるための、様々なサンドイッチアッセイ型式、競合的アッセイ型式、又は非競合的アッセイ型式が含まれる。あらゆる適したイムノアッセイ、例えば、側方流動、酵素結合イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、競合的結合アッセイ等を利用することができる。抗体アレイについての多数の型式が記載されている。かかるアレイには、通例、検出されることが意図されている異なるタンパク質に対して特異性を有する異なる抗体が含まれる。例えば、少なくとも１００の異なる抗体が１００の異なるタンパク質標的を検出するために使用され、各抗体は、１つの標的に対して特異的なものである。引用することによってその全体が本明細書の一部をなす国際公開第２００８／０４８９７０号に開示された合成抗体等の、特定のタンパク質標的に対する特異性を有する他のリガンドもまた使用することができる。所望の結合特異性を有する他の化合物を、ペプチド又は小分子のランダムライブラリーから選択することができる。引用することによってその全体が本明細書の一部をなす米国特許第５，９２２，６１５号は、アレイにおける複数の標的抗原を検出するためにメンブラン上の固定化抗体の複数の別々のゾーンを使用するデバイスを記載している。多数の異なるタンパク質の検出を容易にするために、マイクロタイタープレート又は自動化を使用することができる。
【００７３】
核酸検出イムノアッセイ（ＮＡＤＩＡ）と称される、イムノアッセイの１つのタイプは、イムノアッセイによるタンパク質抗原検出の特異性と、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の感度及び精度とを組み合わせたものである。この増幅ＤＮＡ−イムノアッセイアプローチは、酵素イムノアッセイのアプローチと同様であり、抗体結合反応及び中間洗浄工程を含むが、ただし、酵素標識の代わりにＤＮＡの鎖を用い、ＰＣＲ等の増幅法を使用する増幅反応によって検出される。例示的なＮＡＤＩＡ法は、その両方を引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす、米国特許第５，６６５，５３９号及び米国特許出願公開第２００８／０１３１８８３号に記載されている。簡単には、ＮＡＤＩＡでは、目的のタンパク質に対して特異的であって、アッセイ特異的核酸で標識された第１の（レポーター）抗体を使用する。核酸の存在は抗体の結合に干渉せず、抗体も核酸増幅及び検出に干渉しない。通例、目的のタンパク質上の異なるエピトープに対して特異的な第２の（キャプチャー）抗体が、固相（例えば、常磁性粒子）上へコーティングされる。レポーター抗体／核酸接合体はマイクロタイタープレート中のサンプルと反応して、標的抗原との第１の免疫複合体を形成する。免疫複合体は次いで、キャプチャー抗体によりコーティングされた固相粒子上へキャプチャーされ、不溶性のサンドイッチ免疫複合体が形成される。微小粒子を洗浄することで、過剰の、非結合のレポーター抗体／核酸接合体を除去する。結合した核酸標識は次いで、懸濁粒子を増幅反応（例えば、ＰＣＲ）に供し、増幅された核酸産物をモニターすることによって、検出される。
【００７４】
イムノアッセイが通例タンパク質の同定及び定量に使用されてきたが、質量分析（ＭＳ）法における最近の進歩により、高感度で、ハイスループットのＭＳタンパク質解析の開発がなされてきた。ＭＳ方法は、複雑な生体サンプル中の低濃度のタンパク質を検出するのに使用することができる。例えば、ＭＳ解析に先立って生体サンプルを分画することにより、標的化ＭＳを実施することが可能である。ＭＳ解析に先立ってかかる分画を行うための一般的な技法には、二次元電気泳動、液体クロマトグラフィー、及びキャピラリー電気泳動が含まれ［２５］、この引用文献は引用することによってその全体が本明細書の一部をなす。多重反応モニタリング（ＭＲＭ）としても知られている、選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）もまた、遺伝子融合（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ）によってコードされる前立腺癌バイオマーカーを含む、複雑な生体サンプルにおける標的化タンパク質を定量するための有用なハイスループットＭＳベースの技法として出現し［２６、２７］、これらの引用文献は引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす。
【００７５】
サンプル
本願に記載される方法は、前立腺細胞を含む細胞におけるＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子又はＰＴＥＮ遺伝子のゲノム再編成の解析を含む。これら前立腺細胞は、前立腺組織、血液、血清、血漿、尿、唾液、又は前立腺液等の生体サンプルにおいて見られる。核酸又はポリペプチドは、遺伝子発現の検出に先立って細胞から単離することができる。
【００７６】
一つの実施の形態において、生体サンプルは、前立腺組織を含み、経直腸生検又は経会陰生検等の生検によって得られる。別の実施の形態において、生体サンプルは尿である。尿サンプルは、直腸指診（ＤＲＥ）又は前立腺生検の後に収集することができる。別の実施の形態において、サンプルは、血液、血清、又は血漿であり、原発性腫瘍から脱離した循環している腫瘍細胞を含有する。サンプルはまた、腫瘍由来エキソソームを含有する可能性もある。エキソソームは、正常細胞、疾患細胞、及び腫瘍性細胞から遊離した、小さい（通例、３０ｎｍ〜１００ｎｍ）膜結合粒子であり、血液及び他の体液中に存在する。本願に開示される方法は、様々な哺乳類から収集されたサンプルを用いて、しかし好ましくは、ヒト対象から得られたサンプルを用いて、使用することができる。
【００７７】
前立腺癌
本願は、前立腺癌に関連するＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間のいくつかの染色体再編成を開示している。生体サンプルにおけるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成の検出は、サンプルにおける癌細胞、例えば前立腺癌細胞の同定に使用することができるか、又は前立腺癌の重症度若しくは侵襲性を測定するために、例えば高分化（ＷＤ）前立腺癌と低分化（ＰＤ）前立腺癌との間を識別するために、及び／又は転移した前立腺癌若しくは前立腺切除術後に再発した前立腺癌又はより転移しやすい前立腺癌若しくは前立腺切除術後に再発しやすい前立腺癌を特定するために使用することができる。本願は、また、腫瘍抑制遺伝子のＰＴＥＮ欠失が、コーカサス系人種の対象だけではないにしても、主としてコーカサス系人種の対象において存在することを開示している。その反対に、上記ＰＴＥＮ欠失は、アフリカ系人種（ＡＤ）の対象由来の前立腺癌において、特にＡＤの対象由来のグリーソン６〜７の前立腺癌においてまれな事象である。注目すべきことに、グリーソン６〜７（プライマリーパターン３とも呼ばれる）のＣａＰは、ＰＳＡでスクリーニングされた患者集団において最も一般的に診断されるＣａＰの型を表す。
【００７８】
前立腺癌が生検において見られる場合、通例、どれほど迅速に発達し、広がりそうであるかを推定するためにグレード分類される。グリーソングレード分類と称される、最も一般的に使用されている前立腺癌グレード分類システムは、顕微鏡下で見た場合のそれら前立腺癌細胞のパターンに基づいて、１から５のスケールで前立腺癌細胞を評価する。
【００７９】
依然として健康前立腺細胞に似ている癌細胞は、明確な境界を伴って均一なパターンを有しており、高分化（グリーソングレード１及び２）であるとみなされる。癌細胞が前立腺組織により似ているほど、細胞はより正常前立腺組織のように振る舞うとともに、癌の悪性度は低くなる。最も一般的なグレードであるグリーソングレード３は、中程度に分化した細胞を示し、即ち、依然としていくらか高分化であるが、あまり明確でない境界を伴う。低分化癌細胞は明確性の乏しい境界を伴うランダムなパターンを有し、もはや前立腺組織に似ておらず（グリーソングレード４及び５）、より高悪性度の癌であることが示される。
【００８０】
前立腺癌は、しばしば異なるグレードの領域を有する。複合グリーソンスコアは、腫瘍内の２つの最もよく見られる癌細胞パターンからのグレードを足すことによって判定する。例えば、最もよく見られるパターンがグレード４であり、２番目によく見られるパターンがグレード３であれば、複合グリーソンスコアは、４＋３＝７となる。腫瘍内に１つのパターンのみ存在する場合、複合グリーソンスコアは、１＋１＝２と低くなる可能性があり、又は５＋５＝１０と高くなる可能性がある。２〜４の複合スコアは高分化であるとみなされ、５〜６のスコアは中程度の分化であるとみなされ、７〜１０のスコアは低分化であるとみなされる。高いグリーソンスコアを有する癌は、癌が見つかった時にはすでに前立腺を超えて広がっている（転移している）可能性が高い。
【００８１】
一般に、グリーソンスコアが低いほど、癌の悪性度は低く、予後（治癒又は長期生存についての見通し）はより良好である。グリーソンスコアが高いほど、癌の悪性度は高く、長期の転移のない生存についての予後はより不良である。
【００８２】
患者の治療
本願は、対象から得られたサンプルにおいて前立腺癌を診断及び予後判定する方法であって、前立腺細胞及び／又は組織における遺伝子発現が分析される、方法を記載している。サンプルがＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成の発現を示す場合に、その対象が前立腺癌を有するか、又はより進行型／侵襲型の前立腺癌（例えばＰＤ前立腺癌）を有する可能性が増大している。そのような結果の事象において、前立腺癌を検出又は予後判定する方法は、前立腺癌又はＰＤ前立腺癌を有する可能性があることを患者に通知する工程、前立腺組織の確認的な組織学的試験を実施する工程、及び／又は該対象を治療する工程の１又は複数を含んでよい。
【００８３】
このように、いくつかの態様においては、上記検出工程により、対象由来の前立腺細胞がＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を有することが示された場合、本方法は、該対象から前立腺生検を採取するとともに、該生検中の前立腺組織を検査（例えば組織学的検査）することで、該患者が前立腺癌又は侵襲型の前立腺癌を有するかどうかを確認する工程を更に含む。代替的に、前立腺癌を検出又は予後判定する方法は、治療の必要性を評価するためか、又は治療に対する応答（例えば手術又は他の療法後の無症候性再発）をモニタリングするために使用してよく、したがって前立腺癌を有する対象を治療する更なる工程を含んでよい。
【００８４】
前立腺癌の治療選択肢は、外科手術、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、生物学的療法、又は高密度焦点式超音波療法を含む。前立腺癌に関して承認された薬物は、酢酸アビラテロン、カバジタキセル、デガレリクス、エンザルタミド（ＸＴＡＮＤＩ）、ジェブタナ（カバジタキセル）、プレドニゾン、プロベンジ（シプロイセルＴ）、シプロイセルＴ又はドセタキセルを含む。このように、本願に記載される方法は、陽性の結果の後に、外科手術、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、生物学的療法、又は高密度焦点式超音波療法の更なる工程を含む。
【００８５】
コンピュータにより実現されるモデル
本発明の全ての態様及び実施の形態によれば、提供される方法は、コンピュータにより実現されてよい。
【００８６】
ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子又はＰＴＥＮ遺伝子のゲノム再編成の状態は、デジタル式コンピュータにおいて分析し、対象の状態（例えば前立腺癌の存在又は疾患の重症度（例えばＷＤ若しくはＰＤの前立腺癌））に関連づけることができる。場合により、そのようなコンピュータは、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成又はＰＴＥＮ遺伝子の欠失の発現に関連した実験的に決められたシグナルを受け取るスキャナー等と直接接続されている。代替的に、発現レベルは、他の手段によって入力することができる。コンピュータは、未処理のシグナルを発現レベル（絶対的又は相対的）へと変換し、測定された発現レベルと、１又は複数のリファレンス発現レベル、又はかかる値のスケールとを比較するようにプログラムすることができる。コンピュータはまた、値又は他の指示を、１又は複数のリファレンス発現レベルとの比較に基づいて、発現レベルに割り当てるとともに、発現プロファイルにおける複数の遺伝子についてのかかる値又は指示を統合するように、プログラムすることもできる。コンピュータはまた、前立腺癌の存在又は重症度の指標を提供する値又は他の指示と、かかる値又は指示の判定に使用される未処理データ又は中間データのいずれかとを出力するようにプログラムすることもできる。
【００８７】
典型的なコンピュータ（米国特許第６，７８５，６１３号、図４及び図５を参照されたい）は、中央処理装置、システム記憶装置、入出力制御装置、パラレルポートを介するプリンター、ディスプレーアダプターを介する表示画面、シリアルポート、キーボード、固定ディスクドライブ、及び外部記憶装置を受けるように作動するポート（例えば、ＵＳＢポート）等の外部装置等の主要サブシステムを相互接続するバスを含む。入出力制御装置を介するスキャナー、シリアルポートに接続されるマウス、又はネットワークインターフェース等の多くの他のデバイスを接続することができる。コンピュータは、コンピュータが様々な機能を実施することを可能にするコンピュータ可読媒体保持コードを含有する。これらの機能は、上記のように、自動装置の制御、入力の受信及び出力の送信を含む。自動装置は、発現レベルの判定用の試薬の送達用のロボットアームと、小型容器、例えば、発現解析の実施用のマイクロタイターウェルとを含むことができる。
【００８８】
典型的なコンピュータシステム１０６はまた、図３に示すとともに、上述するように、オペレーティングシステムの制御下で又はオペレーティングシステムと共に作動するランダムアクセスメモリに接続されている、１又は複数のプロセッサ１１０を含むこともできる。
【００８９】
一つの実施の形態においては、本発明のコンピュータにより実現される方法のいずれかは、生体サンプルがＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成又はＰＴＥＮ遺伝子の欠失を含むかどうかを反映する情報を少なくとも１つのプロセッサにより取得する工程を含んでよい。一つの実施の形態においては、上記生体サンプルは、アフリカ系人種の対象から得られる。別の実施の形態においては、上記生体サンプルは、由来する前立腺癌がＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ遺伝子融合物を発現しない対象から得られる。
【００９０】
別の実施の形態においては、本発明のコンピュータにより実現される方法のいずれかは、アフリカ系人種の患者から得られた生体サンプルにおいて、以下のヒト遺伝子、つまりＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１の少なくとも２、３、４、５、６又は７つの発現レベルを反映する情報を少なくとも１つのプロセッサにより取得する工程を更に含んでよい。
【００９１】
本発明のコンピュータにより実現される方法の別の実施の形態においては、本方法は、取得工程で取得された情報をユーザーが読み取り可能なフォーマットに出力する工程を更に含んでよい。
【００９２】
本発明のコンピュータにより実現される方法の別の実施の形態においては、本方法は、出力工程に伝達された情報に基づき、対象が前立腺癌又は低分化前立腺癌を有するという決定をユーザーが読み取り可能なフォーマットに出力することを更に含んでよい。
【００９３】
組成物及びキット
本願に記載される方法で使用されるポリヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー若しくは抗体若しくはポリペプチドプローブは、組成物又はキットにおいて準備されていてよい。このように、一つの実施の形態は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を検出するためのポリヌクレオチドプローブを含む前立腺癌を診断又は予後判定するための組成物に関する。ゲノム再編成がＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の融合物、例えばＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊又はエキソン４との間の融合物を含むいくつかの実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃを含む、エキソン１の全て又は一部）と、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分（例えばエキソン３＊又はエキソン４の全て又は一部）とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする。本明細書に記載されるポリヌクレオチドプローブの全ては、場合により標識されていてよい。
【００９４】
一つの実施の形態においては、前立腺癌の診断又は予後判定のための組成物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分（例えば、Ｅ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃを含むエキソン１の全て又は一部）と、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分（例えばエキソン３＊又はエキソン４の全て又は部分）とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出するように設計されているポリヌクレオチドプローブを含む。一つの実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、配列番号１のヌクレオチド配列を含む染色体再編成にハイブリダイズする。
【００９５】
別の実施の形態においては、前立腺癌の診断又は予後判定のための組成物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の核酸部分と、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の核酸部分とを有するキメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物を検出するように設計されているポリヌクレオチドプローブを含む。一つの実施の形態においては、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４との間の融合物を含む。例えば、いくつかの実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、配列番号４、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８又は配列番号４０のヌクレオチド配列を有するキメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物にハイブリダイズする。別の実施の形態においては、上記キメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊との間の融合物を含む。例えば、いくつかの実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、配列番号３３、配列番号３９又は配列番号４１のヌクレオチド配列を有するキメラ型のｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ転写産物にハイブリダイズする。
【００９６】
更に別の実施の形態においては、前立腺癌の診断又は予後判定のための組成物は、染色体領域３ｑ１３における、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子にまたがる欠失を検出するように設計されているポリヌクレオチドプローブを含む。
【００９７】
他の実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊（配列番号４５）にハイブリダイズするか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする。
【００９８】
更に他の実施の形態においては、上記ポリヌクレオチドプローブは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊（配列番号４７）にハイブリダイズするか、又はＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分とを含むキメラ型の核酸の接合部にハイブリダイズする。
【００９９】
前立腺癌の診断又は予後判定のための組成物は、プライマーを含んでもよい。ゲノム再編成がＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合物、例えばＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊又はエキソン４との間の融合物を含む一つの実施の形態においては、上記組成物は、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物を増幅するためのプライマー、特にＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃを含む、エキソン１の全て又は一部）と、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分（例えばエキソン３＊又はエキソン４の全て又は一部）との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーを含む。このように、上記プライマーは、ＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合物を特異的に同定するために使用することができる。一つの実施の形態においては、上記組成物は、高ストリンジェンシー条件下で、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃを含む、エキソン１の全て又は一部）にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分（例えばエキソン３＊又はエキソン４の全て又は一部）にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーとを含み、ここで、上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、上記ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分と上記ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ遺伝子融合物からヌクレオチド配列を増幅することができる。いくつかの実施の形態においては、上記組成物は、ＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間の遺伝子融合物を増幅するための第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーを含み、ここで上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分との間の接合部をまたぐ配列番号３２〜４１の１つ若しくは複数又はその一部分を増幅することができる。
【０１００】
一つの実施の形態においては、上記ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分は、配列番号２のヌクレオチド配列を含み、かつ上記ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分は、配列番号３のヌクレオチド配列を含む。別の実施の形態においては、上記ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の遺伝子融合物の第１の部分は、配列番号５のヌクレオチド配列を含み、かつ上記ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の遺伝子融合物の第２の部分は、配列番号６のヌクレオチド配列を含む。更に別の実施の形態においては、上記第１のポリヌクレオチドプライマーは、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、かつ上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を含む。
【０１０１】
エキソン３＊（配列番号４５）は、今までにアノテーションされておらず、目下ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成から生ずる融合転写産物に見られるＬＳＡＭＰ座由来の新規のエキソン配列を表す。したがって、他の遺伝子には存在しないエキソン３＊の領域に対応するｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ配列の増幅は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を検出するための更に別の機構を提供する。一つの実施の形態においては、上記組成物は、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊の第１の部分にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊の第２の部分に相補的な配列にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーとを含み、ここで、上記ＬＳＡＭＰのエキソン３＊の第１の部分及び第２の部分は重複しておらず、かつ上記ポリヌクレオチドプライマーは、他の遺伝子配列に見られない３＊エキソンに固有のＬＳＡＭＰのエキソン３＊内のヌクレオチド配列を増幅することができ、こうして、増幅された配列をＬＳＡＭＰのエキソン３＊に由来する陽性のものとして同定するために使用することができる。他の実施の形態においては、上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン４内の領域に相補的な配列にハイブリダイズし、こうして該プライマー対により、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊とエキソン４との間の接合部をまたぐ増幅産物が得られる。上記第２のプライマーは、また、ＬＳＡＭＰのエキソン５、６又は７を有する領域と相補的な配列にハイブリダイズすることもできる。
【０１０２】
エキソン０＊（配列番号４７）は、今までにアノテーションされておらず、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を有する患者の選択的にスプライシングされた転写産物において同定されたＬＳＡＭＰ座の新規のエキソン配列を表す。したがって、他の遺伝子には存在しないエキソン０＊の領域に対応するｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ配列の増幅は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成を検出するための更に別の機構を提供する。一つの実施の形態においては、組成物は、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン０＊の第１の部分にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン０＊の第２の部分に相補的な配列にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーとを含み、ここで、上記ＬＳＡＭＰのエキソン０＊の第１の部分及び第２の部分は重複しておらず、かつ上記ポリヌクレオチドプライマーは、他の遺伝子配列に見られない０＊エキソンに固有のＬＳＡＭＰのエキソン０＊内のヌクレオチド配列を増幅することができ、こうして、増幅された配列をＬＳＡＭＰのエキソン０＊に由来する陽性のものとして同定するために使用することができる。他の実施の形態においては、上記第２のポリヌクレオチドプライマーは、高ストリンジェンシー条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン１内の領域に相補的な配列にハイブリダイズし、こうして該プライマー対により、ＬＳＡＭＰのエキソン０＊とエキソン１との間の接合部をまたぐ増幅産物が得られる。上記第２のプライマーは、また、ＬＳＡＭＰのエキソン２、３又は４を有する領域と相補的な配列にハイブリダイズすることもできる。
【０１０３】
ゲノム再編成が染色体領域３ｑ１３における、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の両方にまたがる欠失を含む別の実施の形態においては、前立腺癌を診断又は予後判定するための組成物は、該欠失によって作られるキメラ型の接合部を増幅するためのプライマーを含む。このように、一つの実施の形態においては、上記組成物は、高ストリンジェンシー条件下で、該欠失の５’末端と境をなす第１の核酸にハイブリダイズする配列を含む第１のポリヌクレオチドプライマーと、高ストリンジェンシー条件下で、該欠失の３’末端と境をなす第２の核酸にハイブリダイズする配列を含む第２のポリヌクレオチドプライマーとを含み、ここで上記第１のポリヌクレオチドプライマー及び第２のポリヌクレオチドプライマーは、該欠失によって作られるキメラ型の接合部をまたぐヌクレオチド配列を増幅することができ、その際、上記欠失は、染色体領域３ｑ１３に存在し、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子にまたがっている。
【０１０４】
別の態様は、第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分に融合されたＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸を含む、二本鎖オリゴヌクレオチド二重鎖体に関する。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【０１０５】
別の実施の形態においては、上記オリゴヌクレオチド二重鎖体は、第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分に融合されたＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン３＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸を含む。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【０１０６】
更に別の実施の形態においては、上記オリゴヌクレオチド二重鎖体は、第１の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン１由来の第２の部分に融合されたＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分を含み、かつ第２の核酸が、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン０＊由来の第１の部分とＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４由来の第２の部分との間の接合部にハイブリダイズされるポリヌクレオチドプローブである、該第２の核酸にハイブリダイズされた該第１の核酸を含む。上記ポリヌクレオチドプローブは、場合により標識される。
【０１０７】
別の態様は、前立腺癌の診断又は予後判定のためのキットに関する。一つの実施の形態においては、前立腺癌を診断又は予後判定するためのキットは、先に論じられたＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成を検出するための１種又は複数種のポリヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーを含む第１の組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１から選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含む。
【０１０８】
別の実施の形態においては、前立腺癌を診断又は予後判定するためのキットは、先に論じられたＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成を検出するための１種又は複数種のポリヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーを含む第１の組成物と、高ストリンジェンシー条件下で、ＥＲＧ、ＡＭＡＣＲ、ＰＣＡ３及びＰＳＡから選択される遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブを含む第２の組成物とを含む。
【０１０９】
前立腺癌の診断又は予後判定のためのキットは、抗体を含んでもよい。このように、一つの実施の形態においては、前立腺癌の診断又は予後判定のためのキットは、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合する抗体を含む。上記抗体は、場合により標識されていてよい。別の実施の形態においては、上記キットは、以下のヒト遺伝子：ＣＯＬ１０Ａ１、ＨＯＸＣ４、ＥＳＰＬ１、ＭＭＰ９、ＡＢＣＡ１３、ＰＣＤＨＧＡ１及びＡＧＳＫ１によってコードされるポリペプチドの少なくとも１、２、３、４、５、６又は７つを検出するための１種又は複数種の抗体を更に含む。別の実施の形態においては、上記キットは、ＥＲＧ、ＡＭＡＣＲ又はＰＳＡを検出するための１種又は複数種の抗体を更に含む。
【０１１０】
一つの実施の形態においては、前立腺癌の診断又は予後判定のためのキットは、開示された方法においてキット内容物を使用する方法を明らかにする説明資料を含む。上記説明資料は、限定されるものではないが、書かれた形（例えばハードコピー紙等）を含む多くの形において、電子的な形（例えばコンピュータディスケット又はコンパクトディスク）において提供されてよく、又は映像（例えばビデオフィルム）であってよい。上記キットは、キットの想定される特定用途を容易にするための追加の構成要素を含んでもよい。こうして例えば、上記キットは、限定されるものではないが、バッファー、酵素（例えばポリメラーゼ）、標識化化合物等を含む、特定の方法の実施に通常使用される他の試薬を追加的に含んでもよい。そのようなキット及び適切な内容物は、当業者に十分に知られている。上記キットはまた、参照サンプル又は対照サンプルを含んでもよい。参照サンプル又は対照サンプルは、生体サンプル又はデータベースであってよい。
【０１１１】
本願に記載されるポリヌクレオチドプローブ及び抗体は、検出可能な標識で場合により標識されている。当業者に知られるように、プローブ又は抗体技術と一緒に使用される任意の検出可能な標識を使用することができる。特定の実施の形態においては、プローブは、蛍光標識、化学発光標識、消光剤、放射性標識、ビオチン、質量タグ及び／又は金からなる群から選択される検出可能な標識で標識される。
【０１１２】
キメラ型のＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ融合タンパク質に結合する抗体
本開示は、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるタンパク質に結合する抗体を提供する。抗体は、免疫グロブリンとしても知られているが、一般的に、それぞれ約２５ｋＤａの２つの軽（Ｌ）鎖と、それぞれ約５０ｋＤａの２つの重（Ｈ）鎖とから構成される四量体のグリコシル化タンパク質である。λ及びκと呼ばれる２つの種類の軽鎖が抗体中に存在し得る。重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは、５種の主要なクラス：Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ及びＭに割り当てることができ、これらのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２に更に分けることができる。それぞれの軽鎖は、１つのＮ末端可変（Ｖ）ドメイン（ＶＬ）と、１つの定常（Ｃ）ドメイン（ＣＬ）とを含む。それぞれの重鎖は、１つのＮ末端Ｖドメイン（ＶＨ）と、３又は４つのＣドメイン（ＣＨ）と、１つのヒンジ領域とを含む。ＶＨの最も近くにあるＣＨドメインは、ＣＨ１と表される。上記ＶＨドメイン及びＶＬドメインは、超可変配列の３つの領域（相補性決定領域、ＣＤＲ）のための足場を形成するフレームワーク領域（ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４）と呼ばれる比較的保存された配列の４つの領域からなる。上記ＣＤＲは、抗体と抗原との特異的相互作用を担うほとんどの残基を含む。ＣＤＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３と呼ばれる。したがって、重鎖にあるＣＤＲ成分は、Ｈ１、Ｈ２及びＨ３と呼ばれ、一方で、軽鎖にあるＣＤＲ成分は、Ｌ１、Ｌ２及びＬ３と呼ばれる。フレームワーク及びＣＤＲ残基の特定及び番号付けは、Chothiaら、免疫グロブリン可変ドメインの配列における構造決定基（Structural determinants in the sequences of immunoglobulin variable domain）, J Mol Biol 1998,278:457-79によって記載される通りであり、これは引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。
【０１１３】
一つの実施の形態においては、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるタンパク質は、欠損型のＬＳＡＭＰタンパク質である。いくつかの実施の形態においては、上記欠損型のＬＳＡＭＰタンパク質に結合する抗体は、該欠損型のＬＳＡＭＰタンパク質中に存在するが、野生型のＬＳＡＭＰタンパク質中には存在しないエピトープに結合する。一つの実施の形態においては、上記抗体は、ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１と、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４との間の遺伝子融合物によってコードされるキメラ型のポリペプチドに結合する。いくつかの実施の形態においては、上記ＺＢＴＢ２０遺伝子のエキソン１と、ＬＳＡＭＰ遺伝子のエキソン４との間の遺伝子融合物によってコードされるキメラ型のポリペプチドに結合する抗体は、野生型ＺＢＴＢ２０タンパク質又は野生型ＬＳＡＭＰタンパク質のいずれにも存在しない遺伝子融合物によってコードされるポリペプチド中に存在するエピトープに結合する。別の実施の形態においては、上記遺伝子融合物は、配列番号４のヌクレオチド配列を含む。
【０１１４】
抗体又はその抗原結合断片の製造方法並びにそれらの治療的投与のための製剤化方法は、例えば国際公開ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３２７１４号において論じられるように十分に知られており、これは引用することによりその全体が本明細書の一部をなす。
【０１１５】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合する本明細書に記載される抗体は、様々な調査用途及び医療用途において使用することができる。一つの態様においては、本開示は、対象において前立腺癌を治療する方法であって、上記対象に、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合する抗体が医薬的に許容可能なビヒクル中で製剤化されたものを治療的有効量投与することを含む、方法を提供する。
【０１１６】
本開示は、また、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされたポリペプチドに結合する抗体を含む組成物を提供する。いくつかの実施の形態においては、上記組成物は、医薬品への使用及び患者への投与のために適している。これらの組成物は、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合する抗体と、医薬的に許容可能な賦形剤とを含む。上記組成物は、補助的機能、追加的機能又は治療効果増強をもたらす他の有効化合物を含有してもよい。上記医薬組成物は、容器、包装又はディスペンサー中に投与のための説明書と一緒に含まれていてもよい。一つの実施の形態においては、上記組成物は、前立腺癌の治療において使用するための、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物によってコードされるポリペプチドに結合するモノクローナル抗体を含む。
【０１１７】
本発明の医薬組成物は、その意図される投与経路と適合されるように製剤化される。投与を達成する方法は、当業者に知られている。この投与には、例えば、非経口経路、例えば静脈内、血管内、動脈内、皮下、筋内、腫瘍内、腹膜腔内、心室内、硬膜内等による注射と同様に、経口、鼻内、眼内、直腸内又は局所投与が含まれる。徐放性投与は、具体的には、デポー注射又は侵食型インプラントのような手段によるものも検討される。局所的な送達は、特に１又は複数の動脈、例えば腎動脈又は限局性腫瘍に供給する血管へのカテーテルを介した送達のような手段によるものが検討される。
【０１１８】
上記組成物の毒性及び治療効力は、細胞培養又は実験動物における標準医薬手法により、例えばＬＤ５０（集団の５０％までの致死用量）及びＥＤ５０（集団の５０％に治療的に有効な用量）を決定することによって決定することができる。毒性効果と治療効果との間の用量比は、治療指数であり、ＬＤ５０／ＥＤ５０の比率として表現することができる。大きな治療指数を表す抗体は、ほとんど毒性がなく、及び／又はより治療的に有効であり得る。
【０１１９】
他に規定のない限り、本明細書で用いられる全ての技術用語及び科学用語は、当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様の又は均等の方法及び材料を、本発明の実施又は試験に使用することができるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。矛盾が生じる場合には、定義を含めて本明細書に従うものとする。さらに、材料、方法、及び実施例は一例にすぎず、限定を意図するものではない。
【実施例】
【０１２０】
実施例１．  比較ゲノムＤＮＡ解析
比較全ゲノム解析を、７名のＡＡのＣａＰ患者及び７名のＣＡのＣａＰ患者のコホートにおいて、原発性前立腺腫瘍及び対応する正常組織（血液）を用いて行った（２８の検体）。コホートは、以下の基準：一次治療前立腺全摘除術、ネオアジュバント療法なし、グリーソン６〜７（即ち、プライマリーパターン３又はグリーソングレード３＋３及び３＋４、診断／一次治療の際にＰＳＡによりスクリーニングしたＣａＰの大部分を表す）、８０％以上の腫瘍細胞含有量を有する凍結腫瘍組織、２μｇを超える高分子量ゲノムＤＮＡをもたらす解剖腫瘍組織、対応する血液ゲノムＤＮＡの入手可能性、並びに患者の臨床病理学的データに基づいて選択した。
【０１２１】
２８のサンプルをシーケンシングのためにIllumina Inc.（英国）に送った。腫瘍サンプルからの配列を、IlluminaのＥＬＡＮＤアライメントアルゴリズムを用いてリファレンスゲノムに対してマップした。シーケンシングは、良好なカバレッジ（平均３７）を報告した。一塩基多型（ＳＮＰ）、小さな挿入及び欠失（ＩｎＤｅｌ）、コピー数バリアント（ＣＮＶ）、並びに構造バリアント（ＳＶ）についてのバリアントコーリングを、Ｓｔｒｅｌｋａアルゴリズムを用いて同時に実施した。全ての確立しているＣａＰ突然変異（ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ、ＳＰＯＰ、ＣＨＤ１、及びＰＴＥＮ）を、このコホートにおいて予測される頻度にて同定した。１４名の患者のゲノム配列のカバレッジの概要を表２に表す。
【０１２２】
【表２】
2017506910.tif 000004
【０１２３】
１４名の患者のうち少なくとも２名において、ＳＮＰ、ＣＮＶ又はＩｎＤｅｌ体細胞突然変異を有する３１の遺伝子（既知の突然変異を含む）：ＡＣ０９１４３５．２；ＡＰＣ；ＡＳＭＴＬ；ＡＳＭＴＬ−ＡＳ１；ＣＤＣ７３；ＣＨＤ１；ＣＳＦ２ＲＡ；ＥＹＳ；ＦＲＧ１；ＦＲＧ１Ｂ；ＨＫ２；ＩＬ３ＲＡ；ＫＬＬＮ；ＬＩＰＦ；ＬＯＣ１００２９３７４４；ＭＴ−ＡＴＰ６；ＭＴ−ＢＤ４；ＭＴ−ＣＯ１；ＭＴ−ＣＹＢ；ＭＴ−ＮＤ２；ＭＴ−ＮＤ３；ＭＵＣ１６；ＭＵＣ６；ＮＯＸ３；ＰＤＨＡ２；ＰＴＥＮ；ＳＬＣ２５Ａ６；ＳＬＣ９Ｂ１；ＳＰＯＰ；ＴＲＡＶ２０；及びＵＳＨ２Ａを同定した。１４名の患者のうち少なくとも２名に存在する上位のＳＶ及びＣＮＶ（最高の信頼度）を、表３に示す。
【０１２４】
【表３】
2017506910.tif 000005
【０１２５】
表３において、「スコア」は、それぞれの患者についての、ＳＶの場合は最高５の、又はＣＮＶの場合は最高４の個々のスコアの合計である（１４名の患者についての理論上の最高スコアは、ＳＶの場合は１４×５で７０であり、又はＳＮＶの場合は１４×４で５６である）。ＳＶについて１、４又は５のスコアが示されており（５は、ＳＶがＲＮＡデータで裏付けられていることを意味し、４は、ＳＶがスプライスリードで裏付けられていることを意味し、１は、スプライスリード又はＲＮＡデータが利用することができない場合を意味する）、かつＣＮＶについて２又は４のスコアが示されている（２は、１つのアルゴリズムによって予想される場合であり、かつ４は、２つ以上のアルゴリズムによって予想される場合である）。
【０１２６】
いくつかのＳＮＶ、ＣＮＶ又はＩｎＤｅｌ体細胞突然変異は、特定の民族（ＡＤ（アフリカ系人種）、ＣＤ（コーカサス系人種）との好ましい関連性を示した（ＡＤ＞ＣＤ又はＣＤ＞ＡＤ）。特に、ＡＡの患者におけるＰＴＥＮ欠失の非存在は予想外であった。ＰＴＥＮ欠失は、７名のＣＤのうち４名に検出され、これは、ＰＴＥＮ欠失がＣＤの事例だけである可能性を指摘している。
【０１２７】
実施例２  民族性に基づいたＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ及びＰＴＥＮ遺伝的改変の階層化
樹立された前立腺癌のゲノム欠陥（ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ、ＰＴＥＮ）とともに染色体３ｑ１３にあるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ座に関わりのある新規の再現性のある再編成を、この１４名の患者のコホートにおいて確認した。３つ（ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ（ＧＰ１０）、ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ（ＧＰ１−１４）及びＰＴＥＮ（ＧＰ１−１４））すべてについて、ＲＴ−ＰＣＲ又はＦＩＳＨ解析を行い検証した。
【０１２８】
【表４】
2017506910.tif 000006
【０１２９】
ＰＴＥＮ欠失は、ＡＤの患者のいずれにおいても観察されなかった（７名中０名）。ＰＴＥＮ欠失はＣＤの患者においてのみ検出され（７名中４名）、ＰＴＥＮの損失がＡＤの男性のＣａＰ発生においてまれな事象であることを示唆している。ＰＴＥＮ欠失に関連しているＥＲＧの活性化（アンドロゲン調節遺伝子、例えばＴＭＰＲＳＳ２との遺伝子融合を介して）は、また、ＡＤのＣａＰ患者においてあまり頻度が高くない［２０］。ＰＴＥＮ欠失とＣＤ民族の間で観察された関連性は明らかであり、他の構造変異（ＳＶ）又はコピー数変異（ＣＮＶ）と比較してＥＲＧ再編成とだけ類似していた（上記の表３を参照のこと）。
【０１３０】
全ゲノムシーケンシングによって特定されたＰＴＥＮ欠失は、７名のＡＤ及び７名のＣＤからの前立腺の全組織標本の連続切片における同じ腫瘍病巣におけるＦＩＳＨアッセイによって独立して確認された（図４Ａ）。
【０１３１】
これらの知見を実証するために、ＰＴＥＮ欠失を、グリーソン６、グリーソン７又はグリーソン８〜１０の腫瘍を呈する４１名のＡＤの事例及び５８名のＣＤの事例の組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）におけるＦＩＳＨアッセイによって評価した。それぞれの事例からの異なる腫瘍病巣を含む複数のサンプルをＴＭＡに表した。ＴＭＡにおいて全てのコアを試験すると、ＣＤ（６２．１％）の事例と比較した場合にＡＤ（１９．５％）において、顕著に低いＰＴＥＮ欠失の全体頻度が観察された（表５Ａ）。ＡＤのＣａＰのグリーソン６〜７の腫瘍の全ゲノム配列からのＰＴＥＮ欠失の低い頻度が示されたのと同様に、ＰＴＥＮ欠失は、グリーソン合計６のＡＤの事例１５名中１名（６．７％）のみと、グリーソン合計７のＡＤの事例１５名中４名（２７％）のみにおいて認められた（表５Ｂ）。これは、グリーソン合計６のＣＤのＣａＰ１９名中１０名（５２．６％）と、グリーソン合計７のＣＤのＣａＰ２１名中１４名（６６．７％）において見られるＰＴＥＮ欠失の頻度とはかなり異なっている。まとめると、これらの結果は、ＰＴＥＮ損失がＡＤのＣａＰにおいてまれな事象であるという知見を実証している。ＣａＰにおいて注目される民族性の差は、アジア人の男性と比較した場合にＣＤにおいてより高いゲノムのＰＴＥＮ欠失頻度を含む［３４］。最新の報告では、ＡＤのＣａＰ患者においては、ＣＤのＣａＰ患者と比較してより低いＰＴＥＮ欠失頻度が示されている［３５、３６］。
【０１３２】
【表５Ａ】
2017506910.tif 000007
【０１３３】
【表５Ｂ】
2017506910.tif 000008
【０１３４】
ＥＲＧ陰性のＣａＰ（即ちＥＲＧ／ＴＭＰＲＳＳ２融合物を有さない）を有するＡＤの患者において、ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ染色体座（染色体３ｑ１３）のゲノム再編成は、４名中３名の患者で示された。関わりのある遺伝子座及びＲＮＡ−Ｓｅｑデータの詳細な分析によって、３ｑ１３座の３つの異なるゲノム再編成が明らかになった。
【０１３５】
関わりのある遺伝子座及びＲＮＡ−Ｓｅｑデータの詳細な分析により、一つの例において、３ｑ１３座のゲノム再編成が、ＺＢＴＢ２０のエキソン１とＬＳＡＭＰのエキソン４との間の融合を起こすタンデム重複を含むことが指摘された（図１及び図２）。より具体的には、上記ゲノム再編成は、以下の（ａ）と（ｂ）との間の融合を生じた。
【０１３６】
（ａ）配列：
ＡＧＡＧＴＣＴＣＴＴＣＴＴＴＧＧＧＴＣＴＣＴＴＣＣＡＣＡＴＡＧＣＴＴＧＴＴＴＧＴＡＡＴＣＴＣＣＡＡＧＡＡＡＧＡＣＴＴＣＡＣＡＴＴＡＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＡＧＡＡＴＣＡＣＣＴＡＣＧＧＴＴＴＣＣＡＴＡＴＴＴＴＧＡＡＡＧＡＡＡＴＴＴＴＴＡＡＡＡＡＣＣＡＴＧＡＡＡＡＣＡＡＡＣＡＡＡＣＡＡＡＡＡＴＣＣＴＡＧＴＴＴＣＣＴＴＴＡＴＡＡＡＡＴＡＧＣＡＡＡＧＧＡＡＡＧＴＴＣＴＣＴＣＴＣＣＴＧＴＣＡＣＣＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＴＡＴＧＡＴＣＡＧＴＴＧＧＴＴＡＴＴＴＡＧＧＴＣＡＣＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＡＡＴＧＡＡＡＧＡＧＧＡＧＧＣＡＴＧＧＧＡＡＴＧＴＡＡＧＧＧＡＧＡＡＴＡＧＴＡＧＴＣＴＧＣＣＣＴＣＡＡＧＴＣＴＧＣＡＡＡＣＧ（配列番号２）を有するＬＳＡＭＰ遺伝子の一部；及び、
（ｂ）配列：
ＣＴＣＧＡＧＡＡＣＡＧＴＧＡＧＣＡＡＴＡＡＡＴＴＴＴＴＣＴＴＴＡＴＡＣＡＴＴＡＣＣＣＡＧＴＣＴＧＴＧＧＴＡＴＴＣＴＧＴＴＡＴＧＧＣＡＡＣＡＣＡＡＡＡＴＡＡＡＣＴＡＡＧＡＣＡＧＴＡＴＴＡＴＧＴＡＴＴＴＴＴＴＣＴＴＴＴＧＴＴＴＴＡＣＡＴＴＴＴＡＣＴＡＡＧＴＧＣＣＧＡＣＴＴＡＴＴＣＧＡＡＡＡＧＧＴＡＡＴＴＡＧＣＴＴＴＧＧＴＴＡＡＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＴＴＴＧＴＣＴＴＴＣＣＴＴＴＣＣＴＡＣＴＴＴＴＧＴＣＣＣＡＣＴＡＡＧＣＡＡＡＡＡＡＣＡＡＡＡＣＡＡＴＧＡＧＣＡＴＴＧＡＣＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＣＴＣＴＧＧＴＡＡＧＧＧＡＧＴＡＴＧＧＡＡＧＧＴＴＴＴＣＴＡＣＴＡＣＴＴＴＧＴＡＡＡＡＡＴＡＣＴＧＣＴＡＣＡＧＡＴＧＧ（配列番号３）を有するＺＢＴＢ２０遺伝子の一部。
【０１３７】
この一つの事例においては、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成は、組み合わせると以下の配列を有するものであった：
ＣＴＣＧＡＧＡＡＣＡＧＴＧＡＧＣＡＡＴＡＡＡＴＴＴＴＴＣＴＴＴＡＴＡＣＡＴＴＡＣＣＣＡＧＴＣＴＧＴＧＧＴＡＴＴＣＴＧＴＴＡＴＧＧＣＡＡＣＡＣＡＡＡＡＴＡＡＡＣＴＡＡＧＡＣＡＧＴＡＴＴＡＴＧＴＡＴＴＴＴＴＴＣＴＴＴＴＧＴＴＴＴＡＣＡＴＴＴＴＡＣＴＡＡＧＴＧＣＣＧＡＣＴＴＡＴＴＣＧＡＡＡＡＧＧＴＡＡＴＴＡＧＣＴＴＴＧＧＴＴＡＡＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＴＴＴＧＴＣＴＴＴＣＣＴＴＴＣＣＴＡＣＴＴＴＴＧＴＣＣＣＡＣＴＡＡＧＣＡＡＡＡＡＡＣＡＡＡＡＣＡＡＴＧＡＧＣＡＴＴＧＡＣＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＣＴＣＴＧＧＴＡＡＧＧＧＡＧＴＡＴＧＧＡＡＧＧＴＴＴＴＣＴＡＣＴＡＣＴＴＴＧＴＡＡＡＡＡＴＡＣＴＧＣＴＡＣＡＧＡＴＧＧＡＧＡＧＴＣＴＣＴＴＣＴＴＴＧＧＧＴＣＴＣＴＴＣＣＡＣＡＴＡＧＣＴＴＧＴＴＴＧＴＡＡＴＣＴＣＣＡＡＧＡＡＡＧＡＣＴＴＣＡＣＡＴＴＡＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＡＧＡＡＴＣＡＣＣＴＡＣＧＧＴＴＴＣＣＡＴＡＴＴＴＴＧＡＡＡＧＡＡＡＴＴＴＴＴＡＡＡＡＡＣＣＡＴＧＡＡＡＡＣＡＡＡＣＡＡＡＣＡＡＡＡＡＴＣＣＴＡＧＴＴＴＣＣＴＴＴＡＴＡＡＡＡＴＡＧＣＡＡＡＧＧＡＡＡＧＴＴＣＴＣＴＣＴＣＣＴＧＴＣＡＣＣＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＴＡＴＧＡＴＣＡＧＴＴＧＧＴＴＡＴＴＴＡＧＧＴＣＡＣＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＡＡＴＧＡＡＡＧＡＧＧＡＧＧＣＡＴＧＧＧＡＡＴＧＴＡＡＧＧＧＡＧＡＡＴＡＧＴＡＧＴＣＴＧＣＣＣＴＣＡＡＧＴＣＴＧＣＡＡＡＣＧ（配列番号１）。
【０１３８】
このゲノム再編成から得られるＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物のｃＤＮＡ配列は、以下のように特定された：
ＣＡＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＡＡＡＡＴＧＧＡＣＴＣＡＴＴＡＧＧＧＡＧＧＣＡＧＧＣＡＧＴＣＡＴＴＡＣＣＡＣＴＣＡＣＡＣＴＧＴＡＣＴＴＣＣＡＧＧＧＡＧＡＣＡＣＣＧＡＴＴＡＴＡＡＧＡＡＧＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＣＧＣＴＧＧＧＧＡＡＧＡＡＧＧＡＡＧＧＧＡＡＴＴＴＧＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＡＧＡＡＴＡＴＣＴＧＧＡＧＡＴＣＣＴＴＧＧＣＡＴＣＡＣＣＡＧＧＧＡＧＣＡＧＴＣＡＧＧＣＡＡＡＴＡＴＧＡＧＴＧＣＡＡＡＧＣＴＧＣＣＡＡＣＧＡＧＧＴＣＴＣＣＴＣＧＧＣＧＧＡＴＧＴＣＡＡＡＣＡＡＧＴＣＡＡＧＧＴＣＡＣＴＧＴＧＡＡＣＴＡＴＣＣＴＣＣＣＡＣＴＡＴＣＡＣＡＧＡＡＴＣＣＡＡＧＡＧＣＡＡＴＧＡＡＧＣＣＡＣＣＡＣＡＧＧＡＣＧＡＣＡＡＧＣＴＴＣＡＣＴＣＡＡＡＴＧＴＧＡＧＧＣＣＴＣＧＧＣＡＧＴＧＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＡＣＴＴＴＧＡＧＴＧＧＴＡＣＣＧＧＧＡＴＧＡＣＡＣＴＡＧＧＡＴＡＡＡＴＡＧＴＧＣＣＡＡＴＧＧＣＣＴＴＧＡＧＡＴＴＡＡＧＡＧＣＡＣＧＧＡＧＧＧＣＣＡＧＴＣＴＴＣＣＣＴＧＡＣＧＧＴＧＡＣＣＡＡＣＧＴＣＡＣＴＧＡＧＧＡＧＣＡＣＴＡＣＧＧＣＡＡＣＴＡＣＡＣＣＴＧＴＧＴＧＧＣＴＧＣＣＡＡＣＡＡＧＣＴＧＧＧＧＧＴＣＡＣＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＣＴＡＧＴＣＣＴＴＴＴＣＡＧＡＣＣＴＧＧＧＴＣＧＧＴＧＡＧＡＧＧＡＡＴＡＡＡＴＧＧＡＴＣＣＡＴＣＡＧＴＣＴＧＧＣＣＧＴＡＣＣＡＣＴＧＴＧＧＣＴＧＣＴＧＧＣＡＧＣＡＴＣＴＣＴＧＣＴＣＴＧＣＣＴＴＣＴＣＡＧＣＡＡＡＴＧＴＴＡＡ（配列番号４）。
【０１３９】
このＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物において、以下の配列：
ＣＡＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＡＡＡＡＴＧＧＡＣＴＣＡＴＴＡＧＧＧＡＧＧＣＡＧＧＣＡＧＴＣＡＴＴＡＣＣＡＣＴＣＡＣＡＣＴＧＴＡＣＴＴＣＣＡＧＧＧＡＧＡＣＡＣＣＧＡＴＴＡＴＡＡＧＡＡＧＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＣＧＣＴＧＧＧＧＡＡＧＡＡＧ（配列番号５）は、ＺＢＴＢ２０のエキソン１から得られ、残りの配列（配列番号６）は、ＬＳＡＭＰのエキソン４〜７から得られた。
【０１４０】
当業者であれば、このＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物を増幅するためのプライマーを設計することができる。一つの実施の形態においては、上記フォワードプライマーは、配列番号５のヌクレオチド配列又はそれに相補的な配列を含み、上記リバースプライマーは、配列番号６のヌクレオチド配列又はそれに相補的な配列を含む。以下の例示的なプライマーは、この特定のＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合物を増幅するように設計された。
【０１４１】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰフォワードプライマー：
ＧＣＡＧＧＣＡＧＴＣＡＴＴＡＣＣＡＣＴＣ（配列番号７）
【０１４２】
ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰリバースプライマー：
ＴＧＡＣＴＴＧＴＴＴＧＡＣＡＴＣＣＧＣＣ（配列番号８）
【０１４３】
別の事例においては、上記３ｑ１３座のゲノム再編成は欠失を含み、こうしてＺＢＴＢ２０遺伝子とＬＳＡＭＰ遺伝子との間に融合が生じた（図１）。第３の事例においては、上記３ｑ１３座のゲノム再編成はＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子の両方にまたがる、少なくとも２２．７Ｍｂの大きな欠失を含んでいた（図１）。印象的なことには、染色体３ｑ１３の再編成を伴う３名中２名の患者は転移を発生し（このコホートにおいて２名だけの転移）、そして３人目はＣａＰの生化学的再発（該コホートにおいて３名中１名）があった。このことは、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成は、侵襲型の前立腺癌に関連しているか、又は侵襲型の前立腺癌を発生する可能性の増大に関連していることを指摘している（図１）。
【０１４４】
上記ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ融合転写産物とＡＡの民族性、陰性のＥＲＧ状態及び不利な疾患の結果との関連性を検証するために、ＡＡ系人種及びＣＡ系人種の２０の追加のＣａＰ及び２４のＣａＰ由来の細胞系統を、ＰＣＲ及び上記のプライマーを使用して評価した。解析した２０のＡＡの腫瘍サンプルのうち１つは、ＧＰ１０検体中に存在したのと同じＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ融合転写産物を含んでいた。この患者は、ＥＲＧ陰性の侵襲型の前立腺癌（転移への進行を伴う低分化型）を有していた。ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰゲノム再編成は、３４の健常サンプル（２０の健常前立腺組織検体と、７名のＣＡ及び７名のＡＡの患者由来の生まれつきのＤＮＡ）のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡにおいて検出されなかった。ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ再編成は、低分化前立腺癌を有するＡＤの患者から得られた１つのＣａＰ細胞系統（ＣＰＤＲ  ＲＣ９２）において検出された。
【０１４５】
２名のＡＤの事例の腫瘍ゲノムにおいて特定されたＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ欠失を、３番染色体のゲノム領域（ＺＢＴＢ２０プロモーター上流配列からＧＡＰ４３遺伝子を通じてＬＳＡＭＰ座の３’隣接領域まで）をプロービングすることによるＦＩＳＨアッセイによって確認した（図４Ｂ）。ＡＤの事例のうち１名は、上記ＺＢＴＢ２０のプロモーターと第１エキソン及びＬＳＡＭＰのコーディング配列との間の失活化遺伝子融合が予測されるＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ重複再編成を有していた。この遺伝子融合は、５’−ＲＡＣＥ法によって、５’融合相手、つまりＺＢＴＢ２０の１番目のエキソンと、融合接合部と、３’融合相手、つまりＬＳＡＭＰのエキソン４との完全なｃＤＮＡ配列を規定していることが確認された。上記融合転写産物はＬＳＡＭＰ遺伝子の本来の翻訳開始（ＡＴＧ）を排除し、こうして未熟な欠損ＬＳＡＭＰタンパク質を引き起こす。
【０１４６】
上記知見を実証するために、組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）をグリーソン６、グリーソン７又はグリーソン８〜１０の腫瘍を呈する２３名のＡＤの事例及び７名のＣＤの事例におけるＺＢＴＢ２０遺伝子座とＬＳＡＭＰ遺伝子座との間のＤＮＡ領域の非存在又は存在を検出するＦＩＳＨアッセイによって評価した。ＡＤの事例の２６％（２３名中６名）において欠失が検出され、その一方で、ＣＤの事例においては７名中１名（１４％）だけに該欠失が検出された（表６Ａ）。欠失を有する７名の事例のうち６名は、生化学的再発を起こした（表６Ｂ）。ＥＲＧ発現再編成は、ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ領域における欠失を有する７名中２名の患者においてのみ見られた。ＰＴＥＮ欠失は、７名中１名の事例においてのみ見られた（表６Ｂ）。ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ領域に欠失を有する７名中６名の患者は、生化学的再発（ＢＣＲ）又は転移（Ｍｅｔ）を経験した（表６Ｂ）。これらのデータは、ＡＤのＣａＰ患者におけるよりかなり高い割合のＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ領域の欠失と予後不良（前立腺切除術後の生化学的再発又は転移）との関連性を示す本発明者らの当初の発見を裏付けるものである。
【０１４７】
【表６Ａ】
2017506910.tif 000009
【０１４８】
【表６Ｂ】
2017506910.tif 000010
【０１４９】
関わりのある３ｑ１３座及びＲＮＡ−Ｓｅｑデータの評価により、１名のＡＤのＥＲＧ陰性の事例におけるゲノム再編成が、５’−ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ−３’融合転写産物を生ずるタンデム重複を含むことが示唆された。このＡＤのＥＲＧ陰性の事例からの５’−ＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ−３’融合転写産物を、「ｃＤＮＡ末端の迅速増幅」（ＲＡＣＥ）法によっても評価した。ＲＡＣＥ産物の配列は、Ｍ１３シーケンシングベクター中にクローニングし、それぞれのＲＡＣＥのｃＤＮＡ産物につき６つのクローンについて順方向と逆方向とのＤＮＡシーケンシングによって確認した。１０個の原型となるＣａＰ関連融合ｃＤＮＡ、つまりＺＢＴＢ２０−ＬＳＡＭＰ融合型１〜１０のそれぞれと、１個の選択的にスプライシングされたＬＳＡＭＰ座のｃＤＮＡ（ＬＳＡＭＰ前立腺癌の選択的にスプライシング形の型１：ＬＰＣＳ１）が同定された（図５）。これらの転写産物の配列は、ＺＢＴＢ２０遺伝子由来の部分を示す太字と、ＲＡＣＥ法でリバースプライマーとして使用された配列を示す下線部とともに以下に示されている。ユニバーサルな５’ＲＡＣＥ配列を、これらの増幅法におけるフォワードプライマーとして使用した。融合転写産物のエキソン及びＬＰＣＳ１は、通常の文字とイタリック体の文字とを交互に繰り返している。
【０１５０】
型１：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１−ＬＳＡＭＰ−Ｅ４−Ｅ５−Ｅ６−Ｅ７
2017506910.tif 000011
【０１５１】
型２：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１Ｃ  ＬＳＡＭＰ  Ｅ３Ａ−Ｅ４−Ｅ５−Ｅ６−Ｅ７
2017506910.tif 000012
【０１５２】
型３：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１Ｃ  ＬＳＡＭＰ−Ｅ４−Ｅ５−Ｅ６−Ｅ７
2017506910.tif 000013
【０１５３】
型４：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１−Ｅ１Ａ−Ｅ１Ｂ−ＬＳＡＭＰ−Ｅ４
2017506910.tif 000014
【０１５４】
型５：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１＊Ａ−ＬＳＡＭＰ−Ｅ４
2017506910.tif 000015
【０１５５】
型６：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１−Ｅ１Ｂ−ＬＳＡＭＰ−Ｅ４
2017506910.tif 000016
【０１５６】
型７：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１−ＬＳＡＭＰ−Ｅ４
2017506910.tif 000017
【０１５７】
型８：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１−ＬＳＡＭＰ−Ｅ３＊−Ｅ４
2017506910.tif 000018
【０１５８】
型９：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１Ｃ  ＬＳＡＭＰ−Ｅ４
2017506910.tif 000019
【０１５９】
型１０：ＺＢＴＢ２０−Ｅ１Ｃ−ＬＳＡＭＰ−Ｅ３＊−Ｅ４
2017506910.tif 000020
【０１６０】
ＬＰＣＳ１：ＬＳＡＭＰ−Ｅ０＊−Ｅ１−Ｅ２−Ｅ３−Ｅ４
2017506910.tif 000021
【０１６１】
全てのｃＤＮＡ配列は、野生型のＬＳＡＭＰ及びＺＢＴＢ２０配列とは異なっていた。１０個の融合転写産物のうち７個は、ＺＢＴＢ２０のエキソン１とＬＳＡＭＰのエキソン４との間の融合物を含んでいた（図５）。残りの３つの融合転写産物は、ＺＢＴＢ２０のエキソン１とＬＳＡＭＰのエキソン３＊との間の融合物を含んでいた（図５）。エキソン３＊は、今までにアノテーションされておらず、かつＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成に関連しているＬＳＡＭＰ座由来の新規のエキソン配列を表す。エキソン３＊のヌクレオチド配列は、配列番号４５に相当する。オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）調査により、ＬＳＡＭＰタンパク質の激しいＮ末端欠損又はＬＳＡＭＰのｃＤＮＡ中のＯＲＦの非存在が予測された。
【０１６２】
当業者であれば、これらのＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合転写産物を増幅するためのプライマーを設計することができる。一つの実施の形態においては、フォワードプライマーは、ＺＢＴＢ２０のエキソン１（例えば、Ｅ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）の領域にハイブリダイズするように設計されており、かつリバースプライマーは、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４にハイブリダイズするように設計されている。別の実施の形態においては、上記プライマーは、ＺＢＴＢ２０のエキソン１（例えばＥ１、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ又はＥ１Ｃ）の第１の領域と、ＬＳＡＭＰのエキソン３＊又はエキソン４由来の第２の領域とを含む増幅産物を増幅するように設計され、ここで該増幅産物の検出は、ＺＢＴＢ２０／ＬＳＡＭＰ遺伝子融合転写産物が存在することを示している。いくつかの実施の形態においては、上記フォワードプライマーは、高ストリンジェンシーの条件下で、ＺＢＴＢ２０遺伝子のＥ１内の領域にハイブリダイズし、かつ上記リバースプライマー（例えば配列番号４４）は、高ストリンジェンシーの条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン４内の領域にハイブリダイズする。ＬＳＡＭＰのエキソン４は、配列番号１０のヌクレオチド１０２２〜１１５６に相当する。これらのプライマーは、例えば図５における型１、４、５、６、７及び８の融合転写産物を増幅するために使用することができた。他の実施の形態においては、上記フォワードプライマーは、ストリンジェントな条件下で、ＺＢＴＢ２０遺伝子のＥ１Ｃ内の領域にハイブリダイズし、かつ上記リバースプライマー（例えば配列番号４４）は、ストリンジェントな条件下で、ＬＳＡＭＰのエキソン４内の領域にハイブリダイズする。これらのプライマーは、例えば図５における型２、３、９及び１０の融合転写産物を増幅するために使用することができた。いくつかの実施の形態においては、上記リバースプライマー（例えば配列番号４２又は配列番号４３）は、ＬＳＡＭＰのエキソン７内の領域又はそれに相補的な配列にハイブリダイズする。エキソン３＊は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成に関連する固有のＬＳＡＭＰエキソンであるので、エキソン３＊の固有の領域又はＬＳＡＭＰのエキソン３＊とエキソン４との間の接合部をまたぐ固有の領域を増幅するようにプライマーを設計することもでき、したがってＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム編成を特異的に同定するために使用することができる。
【０１６３】
ＬＰＣＳ１（配列番号４６）は、ＬＳＡＭＰ座の選択的にスプライシングされたｃＤＮＡを表すとともに、エキソン０＊、つまり今までにアノテーションされておらず、かつＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム再編成に関連しているＬＳＡＭＰ座由来の新規のエキソン配列を含む。エキソン０＊のヌクレオチド配列は、配列番号４７に相当する。エキソン０＊は、ＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム編成に関連する固有のＬＳＡＭＰエキソンであるので、当業者は、エキソン０＊の固有の領域又はＬＳＡＭＰのエキソン０＊とエキソン１との間の接合部をまたぐ固有の領域を増幅するようにプライマーを設計することができ、したがってＺＢＴＢ２０遺伝子及びＬＳＡＭＰ遺伝子のゲノム編成を特異的に同定するために使用することができる。
【０１６４】
本明細書において言及した、全ての特許、特許出願、及び公表された参考文献は、引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす。本発明を、特に、その好ましい実施の形態に関連して示し、記載したが、添付の特許請求の範囲により包含される本発明の範囲を逸脱することなく、形態及び詳細における様々な変更を、本発明内でなすことができることが当業者に理解されるであろう。
【０１６５】
参考文献
以下の参考文献が、本願において引用され、本発明の分野についての一般的情報を提供し、本願において論じたアッセイ及び他の詳細を提供する。以下の参考文献は、引用することによってそれら全体が本明細書の一部をなす。
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【図３】
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【図５】
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【図１】
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【図２】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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