(57)【要約】  本発明は、薬理学的治療に対する、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染患者の反応を予測するために有用な方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：
患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す
工程を含む、前記方法。
【請求項２】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：
患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す
工程を含む、前記方法。
【請求項３】
ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：
患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す
工程を含む、前記方法。
【請求項４】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：
患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す
工程を含む、前記方法。
【請求項５】
患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：
（ｉ）患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおけるｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在を決定し、そして
（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する
工程を含む、前記方法。
【請求項６】
ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：
前記ヒト被験体由来の試料を提供し、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を検出し、そしてｒｓ１３０４７５９９で少なくとも１つのＧアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査時のＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する
工程を含む、前記方法。
【請求項７】
インターフェロンが、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ｂ、インターフェロン・アルファ−２ａおよびインターフェロン・アルファ−２ｂの群より選択される、請求項１〜６のいずれかの方法。
【請求項８】
インターフェロンが、式：
【化１】
2017502663.tif 000021
式中、ＲおよびＲ’はメチルであり、ＸはＮＨであり、そしてｎおよびｎ’は個々にまたはともに４２０または５２０のいずれかである
を有する、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａコンジュゲートである、請求項７の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）に感染した患者の薬理学的治療に対する反応を予測するために有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、世界中で３億５千万〜４億人の人々を感染させ；毎年、感染による肝硬変、肝不全、および肝細胞癌から生じる１００万の死亡例が記録される。感染性病原体、Ｂ型肝炎ウイルスは、経皮的に、性的に、そして出生時に伝染しうるＤＮＡウイルスである。アジアにおける感染の蔓延（≧８％）は、欧州および北米（＜２％）におけるより実質的により高い（Ｄｉｅｎｓｔａｇ  Ｊ．Ｌ．，  Ｂ型肝炎ウイルス感染，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００８；  ３５９：  １４８６−１５００）。感染した母から出生時に獲得されるＨＢＶの発生率は、アジアにおいてはるかにより高く、曝露されたものの＞９０％で慢性感染を導く（ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂）。さらに、小児期に慢性感染した成人の２５％がＨＢＶ関連肝臓癌または肝硬変で死亡する（ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂）。インターフェロン・アルファ（ＩＦＮα）は、抗ウイルス経路の強力な活性化因子であり、そしてさらに、多数の免疫制御機能を仲介する（Ｍｕｌｌｅｒ  Ｕ．，  Ｓｔｅｉｎｈｏｆｆ  Ｕ．，  Ｒｅｉｓ  Ｌ．Ｆ．ら，  抗ウイルス防御におけるＩ型およびＩＩ型インターフェロンの機能的役割，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９４；  ２６４：  １９１８−２１）。
【０００３】
ＨＢＶの治療における１８０μｇ／週の用量のＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ＰＥＧ化ＩＦＮアルファ２ａ  ４０ＫＤ、Ｐｅｇ−ＩＦＮ）の有効性は、２つの大規模中枢的研究において立証された。１つの研究は、ＨＢｅＡｇ陰性患者（ＷＶ１６２４１）におけるものであり、そしてもう一方は、ＨＢｅＡｇ陽性患者（ＷＶ１６２４０）におけるものであった。
【０００４】
ＷＶ１６２４１は、２００１年６月〜２００３年８月の間に行われた；  ５５２人のＨＢｅＡｇ陰性ＣＨＢ患者を３つの治療アーム：ＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法、ＰＥＧ−ＩＦＮに加えてラミブジン、またはラミブジンのみで４８週間の１つにランダムに割り当てた。治療停止２４週間後に評価したウイルス学的反応（ＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０，０００コピー／ｍＬと定義）は、ＰＥＧ−ＩＦＮを投与された群において匹敵し（４３％および４４％）、そして両方のアームは、ラミブジン群（２９％）よりも優れていた（Ｍａｒｃｅｌｌｉｎ  Ｐ．，  Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｂｏｎｉｎｏ  Ｆ．ら，  ＨＢｅＡｇ陰性慢性肝炎患者における、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａのみ、ラミブジンのみ、および２つの組み合わせ，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００４；  ３５１：  １２０６−１７）。
【０００５】
研究ＷＶ１６２４０は、２００２年１月〜２００４年１月の間に行われた。この研究では、８１４人のＨＢｅＡｇ陽性ＣＨＢ患者を、ＷＶ１６２４１におけるものと同じ治療アーム、すなわちＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法、ＰＥＧ−ＩＦＮに加えてラミブジン、またはラミブジンのみで４８週間にランダムに割り当てた。治療停止２４週間後に評価した反応は、ＰＥＧ−ＩＦＮ＋ラミブジンおよびラミブジン単一療法でのそれぞれ２７％および１９％に比較して、ＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法群における３２％の率のＨＢｅＡｇ血清変換を示した（Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｐｉｒａｔｖｉｓｕｔｈ  Ｔ，．  Ｌｕｏ  Ｋ．Ｘ．ら，  ＨＢｅＡｇ陽性慢性Ｂ型肝炎に対するＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ラミブジン、およびその組み合わせ，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００５；  ３５２：  ２６８２−９５）。対照ＨＢＶ臨床研究のメタ分析は、ＰＥＧ−ＩＦＮ含有治療が、ＣＨＢ患者において、有意なＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換を促進することを立証してきている（Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換に焦点を当てた、慢性Ｂ型肝炎のためのＰＥＧインターフェロン・アルファに基づく療法：対照臨床試験のメタ分析，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７）。
【０００６】
より最近、Ｎｅｐｔｕｎｅ研究（ＷＶ１９４３２）が２００７年５月〜２０１０年４月の間に行われ、そしてＨＢｅＡｇ陽性患者において、２４または４８週間のいずれかに渡って、９０または１８０μｇ／週のいずれかとして投与されるＰＥＧ−ＩＦＮを比較した（Ｌｉａｗ  Ｙ．Ｆ．，  Ｊｉａ  Ｊ．Ｄ．，  Ｃｈａｎ  Ｈ．Ｌ．ら，  より短い期間およびより低い用量のＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａは、Ｂ型肝炎ウイルス遺伝子型ＢまたはＣにおける劣ったＢ型肝炎ｅ抗原血清変換率と関連する，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５４：  １５９１−９）。治療終了２４週間後に有効性を決定した。この研究は、治療のより低い用量およびより短い期間の両方が、ＷＶ１６２４０研究において以前用いた認可された用量および期間よりも劣っていることを立証し、したがって、認可された治療措置、すなわち１８０μｇ／週で４８週間の措置が、ＨＢｅＡｇ陽性ＣＨＢ患者には最も有益であることが確認された。
【０００７】
しかし、ＰＥＧ−ＩＦＮが、ＣＨＢ治療において、成功裡に用いられてきているという事実にもかかわらず、治療反応に対する宿主因子（遺伝的および非遺伝的）およびウイルス因子の影響に関しては、ほとんど知られていない。
【０００８】
ウイルスおよび環境因子は、ＨＢＶ病因形成に重要な役割を果たすが、遺伝的影響が明らかに存在する。小規模な遺伝的研究によって、ＨＢＶ感染の転帰において宿主免疫／炎症因子（例えばＨＬＡ、サイトカイン、阻害分子）が関与している可能性が示唆されてきている一方、全ゲノム関連研究（ＧＷＡＳ）によって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＤＰ遺伝子領域に渡る１１の一塩基多型（ＳＮＰ）が、日本およびタイＨＢＶコホートにおいて、持続性慢性Ｂ型肝炎ウイルスキャリアーの発展に有意に関連することが明らかに立証された（Ｋａｍａｔａｎｉ  Ｙ．，  Ｗａｔｔａｎａｐｏｋａｙａｋｉｔ  Ｓ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．ら，  全ゲノム関連研究は、アジア人における慢性Ｂ型肝炎と関連するＨＬＡ−ＤＰ遺伝子座中の変異体を同定する。  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  ５９１−５９５）。続いて、この知見はまた、ＴａｑＭａｎに基づく遺伝子型決定アッセイを用いた、別の中国人コホート研究においても確認された（Ｇｕｏ  Ｘ．，  Ｚｈａｎｇ  Ｙ．，  Ｌｉ  Ｊ．ら，  漢民族集団における持続性慢性Ｂ型肝炎ウイルスの発展に対するヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＤＰ遺伝子変異体の強い影響，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５３：  ４２２−８）。さらに、別個のＧＷＡＳおよび複製分析は、日本人および韓国人集団における、ＨＬＡ−ＤＰ遺伝子座および持続性ＨＢＶ感染に対する防御効果の間に有意な関連があるという類似の結果を結論づけた（Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓａｗａｉ  Ｈ．，  Ｍａｔｓｕｕｒａ  Ｋ．ら，  日本人および韓国人における、慢性Ｂ型肝炎に対する防御およびウイルスクリアランスと、ＨＬＡ−ＤＰの関連を確認する、全ゲノム関連研究。  ＰＬｏｓ  Ｏｎｅ  ２０１２；  ７：  ｅ３９１７５）。最後に、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子座内の２つのさらなるＳＮＰ（ｒｓ２８５６７１８およびｒｓ７４５３９２０）が、ＣＨＢ感受性に対して、ＨＬＡ−ＤＱ変異体の独立の影響を有することが見出された（Ｍｂａｒｅｋ  Ｈ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．，  Ｕｒａｂｅ  Ｙ．ら，  慢性Ｂ型肝炎の全ゲノム関連研究は、日本人集団において、新規リスク遺伝子座を同定した，  Ｈｕｍ．  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０１１；  ２０：  ３８８４−９２）。総合すると、ロバストな遺伝的証拠によって、アジア人集団において、ＨＬＡ領域での多型変異が、急性感染に続く慢性Ｂ型肝炎の進行に有意に寄与することが示唆された。
【０００９】
対照ＨＢＶ臨床試験のメタ分析は、慣用的ＩＦＮアルファまたはＰＥＧ化ＩＦＮアルファ（２ａまたは２ｂ）含有治療が、ラミブジン措置よりも、ＣＨＢ患者における有意なＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換を促進することを立証している（Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換に焦点を当てた、慢性Ｂ型肝炎のためのＰＥＧインターフェロン・アルファに基づく療法：対照臨床試験のメタ分析，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７）。しかし、Ｐｅｇ−ＩＦＮがＣＨＢの治療に成功裡に用いられてきているという事実にもかかわらず、一塩基多型（ＳＮＰ）のレベルでは、治療反応および宿主因子の影響の間の関連に関してはほとんどわかっていない。リバビリン（ＲＢＶ）と組み合わせたＰＥＧ化インターフェロン・アルファは、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染の治療において成功裡に用いられてきている。ＨＣＶ患者が、Ｐｅｇ−ＩＦＮ／ＲＢＶ治療にどのように反応したかにおける主な科学的知見は、全ゲノム関連研究（ＧＷＡＳ）を通じた、１９番染色体上の遺伝子ＩＬ２８Ｂ周囲の遺伝子多型が、治療転帰と強く関連することである（Ｇｅ  Ｄ．，  Ｆｅｌｌａｙ  Ｊ．，  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  Ａ．Ｊ．ら，  ＩＬ２８Ｂにおける遺伝子変異は、Ｃ型肝炎治療が誘導するウイルスクリアランスを予測する，  Ｎａｔｕｒｅ  ２００９；  ４６１：  ３９９−４０１；  Ｔａｎａｋａ  Ｙ．，  Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓｕｇｉｙａｍａ  Ｍ．ら，  慢性Ｃ型肝炎に対するＰＥＧ化インターフェロン−アルファおよびリバビリン療法に対する反応と、ＩＬ２８Ｂの全ゲノム関連，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１０５−９；  Ｓｕｐｐｉａｈ  Ｖ．，  Ｍｏｌｄｏｖａｎ  Ｍ．，  Ａｈｌｅｎｓｔｉｅｌ  Ｇ．ら，  ＩＬ２８Ｂは、慢性Ｃ型肝炎インターフェロン−アルファおよびリバビリン療法に対する反応と関連する，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１００−４）。ＩＬ２８Ｂがコードするタンパク質は、ＩＩＩ型ＩＦＮ（ＩＦＮ−λ３）であり、そして同じ染色体領域のＩＬ２８ＡおよびＩＬ２９と、サイトカイン遺伝子クラスターを形成する。ＩＬ２８Ｂは、ウイルス感染によって誘導可能であり、そして抗ウイルス活性を有する。しかし、Ｐｅｇ−ＩＦＮで治療されたＣＨＢ患者においては、治療反応と、ＩＬ２８Ｂ領域周囲の特定のＳＮＰ（例えばｒｓ１２９８９７６０、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５）の関連に関して、限定され、そして幾分矛盾するデータがある（Ｌａｍｐｅｒｔｉｃｏ  Ｐ．，  Ｖｉｇａｎｏ  Ｍ．，  Ｃｈｅｒｏｎｉ  Ｃ．ら，  ＩＬ２８Ｂ多型における遺伝子変異は、インターフェロン・アルファで治療された遺伝子型Ｄ、ＨＢｅＡｇ陰性患者におけるＨＢｓＡｇクリアランスを予測可能である，  ＡＡＳＬＤ  ２０１０；  Ｍａｎｇｉａ  Ａ．，  Ｓａｎｔｏｒｏ  Ｒ．，  Ｍｏｔｔｏｌａら，  ＩＬ２８Ｂ変異体およびインターフェロン治療後のＨＢｓＡｇクリアランスの間の関連の欠如，  ＥＡＳＬ  ２０１１；  ｄｅ  Ｎｉｅｔ  Ａ．，  Ｔａｋｋｅｎｂｅｒｇ  Ｒ．Ｂ．，  Ｂｅｎａｙｅｄ  Ｒ．ら，  ＩＬ２８Ｂにおける遺伝子変��、ならびにＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａおよびアデフォビルで治療したＨＢｅＡｇ陽性および陰性慢性Ｂ型肝炎患者における治療転帰，  Ｓｃａｎｄ．  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  ２０１２，  ４７：  ４７５−８１；  Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ  Ｍ．Ｊ．，  Ｗｏｎｇ  Ｖ．Ｗ．，  Ｗｏｌｔｍａｎ  Ａ．Ｍ．ら，  慢性Ｂ型肝炎を伴うＨＢｅＡｇ陽性患者における、ＩＬ２８Ｂ近傍の多型およびＰＥＧインターフェロンに対する血清学的反応，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１２；  １４２：  ５１３−５２０）。
【００１０】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、慢性Ｃ型肝炎におけるＰＥＧ化インターフェロン（ｐｅｇ−ＩＦＮ）に基づく療法に対する反応を予測する。Ｈｏｌｍｅｓらは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、主にアジア系であるＣＨＢコホートにおいて、ｐｅｇ−ＩＦＮ治療転帰と関連するかどうかを調べた。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を９６人の患者に関して決定した（Ｈｏｌｍｅｓら，  ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、ＰＥＧ化インターフェロン−アルファで治療したアジア系慢性Ｂ型肝炎患者における治療転帰を予測するためには有用でない，  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．，  ２０１３，  ２８（５）：  ８６１−６）。８８％がアジア系であり、６２％がＨＢｅＡｇ陽性であり、そして１３％がＭＥＴＡＶＩＲ段階Ｆ３−４であった。追跡調査期間中央値は３９．３ヶ月であった。大部分の患者は、ＣＣ  ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を所持した（８４％）。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、ＨＢｅＡｇ状態にしたがっては異ならなかった。一次終点は、ＨＢｅＡｇ陽性患者の２７％およびＨＢｅＡｇ陰性患者の６１％で達成された。ＩＬ−２８Ｂ遺伝子型および一次終点の間には、いずれの群でも関連はなかった。さらに、ＨＢｅＡｇ喪失のみ、ＨＢｓＡｇ喪失、ＡＬＴ正常化または治療中のＨＢＶ  ＤＮＡレベルには、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型による相違はまったくなかった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Ｄｉｅｎｓｔａｇ  Ｊ．Ｌ．，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００８；  ３５９：  １４８６−１５００
【非特許文献２】ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂
【非特許文献３】Ｍｕｌｌｅｒ  Ｕ．，  Ｓｔｅｉｎｈｏｆｆ  Ｕ．，  Ｒｅｉｓ  Ｌ．Ｆ．ら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９４；  ２６４：  １９１８−２１
【非特許文献４】Ｍａｒｃｅｌｌｉｎ  Ｐ．，  Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｂｏｎｉｎｏ  Ｆ．ら，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００４；  ３５１：  １２０６−１７
【非特許文献５】Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｐｉｒａｔｖｉｓｕｔｈ  Ｔ，．  Ｌｕｏ  Ｋ．Ｘ．ら，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００５；  ３５２：  ２６８２−９５
【非特許文献６】Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７
【非特許文献７】Ｌｉａｗ  Ｙ．Ｆ．，  Ｊｉａ  Ｊ．Ｄ．，  Ｃｈａｎ  Ｈ．Ｌ．ら，，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５４：  １５９１−９
【非特許文献８】Ｋａｍａｔａｎｉ  Ｙ．，  Ｗａｔｔａｎａｐｏｋａｙａｋｉｔ  Ｓ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  ５９１−５９５
【非特許文献９】Ｇｕｏ  Ｘ．，  Ｚｈａｎｇ  Ｙ．，  Ｌｉ  Ｊ．ら，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５３：  ４２２−８
【非特許文献１０】Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓａｗａｉ  Ｈ．，  Ｍａｔｓｕｕｒａ  Ｋ．ら，  ＰＬｏｓ  Ｏｎｅ  ２０１２；  ７：  ｅ３９１７５
【非特許文献１１】Ｍｂａｒｅｋ  Ｈ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．，  Ｕｒａｂｅ  Ｙ．ら，  Ｈｕｍ．  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０１１；  ２０：  ３８８４−９２
【非特許文献１２】Ｇｅ  Ｄ．，  Ｆｅｌｌａｙ  Ｊ．，  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  Ａ．Ｊ．ら，  Ｎａｔｕｒｅ  ２００９；  ４６１：  ３９９−４０１
【非特許文献１３】Ｔａｎａｋａ  Ｙ．，  Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓｕｇｉｙａｍａ  Ｍ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１０５−９
【非特許文献１４】Ｓｕｐｐｉａｈ  Ｖ．，  Ｍｏｌｄｏｖａｎ  Ｍ．，  Ａｈｌｅｎｓｔｉｅｌ  Ｇ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１００−４
【非特許文献１５】Ｌａｍｐｅｒｔｉｃｏ  Ｐ．，  Ｖｉｇａｎｏ  Ｍ．，  Ｃｈｅｒｏｎｉ  Ｃ．ら，  ＡＡＳＬＤ  ２０１０
【非特許文献１６】Ｍａｎｇｉａ  Ａ．，  Ｓａｎｔｏｒｏ  Ｒ．，  Ｍｏｔｔｏｌａら，  ＥＡＳＬ  ２０１１
【非特許文献１７】ｄｅ  Ｎｉｅｔ  Ａ．，  Ｔａｋｋｅｎｂｅｒｇ  Ｒ．Ｂ．，  Ｂｅｎａｙｅｄ  Ｒ．ら，  Ｓｃａｎｄ．  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  ２０１２，  ４７：  ４７５−８１
【非特許文献１８】Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ  Ｍ．Ｊ．，  Ｗｏｎｇ  Ｖ．Ｗ．，  Ｗｏｌｔｍａｎ  Ａ．Ｍ．ら，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１２；  １４２：  ５１３−５２０
【非特許文献１９】Ｈｏｌｍｅｓら，  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．，  ２０１３，  ２８（５）：  ８６１−６
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
Ｐｅｇ−ＩＦＮで治療され、そして限定的な臨床転帰を有するＣＨＢ患者における全血試料収集で、宿主遺伝的因子が、治療反応およびＨＢＶ疾患生物学にどのように影響を及ぼすかが機構的に理解できれば、Ｐｅｇ−ＩＦＮ治療に反応する可能性が高い患者を同定する将来の臨床診療に、そして新規ＨＢＶ医薬の開発に、非常に有益であろうことが正当化される。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
発明の概要
本発明は、抗ＨＢＶ剤、例えばインターフェロンでの抗ＨＢＶ治療に反応するであろう患者を同定するための方法を提供する。
【００１４】
本発明の１つの態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１５】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１６】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１７】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１８】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおけるｒｓ１３０４７５９９での少なくとも１つのＧアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００１９】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、２１番染色体上の遺伝子ＳＯＮにおける一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ１３０４７５９９で少なくとも１つのＧアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００２０】
いくつかの態様において、インターフェロンは、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ｂ、インターフェロン・アルファ−２ａおよびインターフェロン・アルファ−２ｂの群より選択される。
【００２１】
いくつかの態様において、インターフェロンは、以下の式を有する、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａコンジュゲートである：
【００２２】
【化１】
2017502663.tif 000002
【００２３】
式中、ＲおよびＲ’はメチルであり、ＸはＮＨであり、そしてｎおよびｎ’は個々にまたはともに４２０または５２０のいずれかである。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】ＧＷＡＳマーカーセット中の染色体によるマーカー数の棒グラフ。さらなる１０９５マーカーは、ゲノム位置が未知であるため、プロットされなかった。
【図２】祖先分析のためのスクリープロット。情報（最高の固有値）の大部分は、祖先の最初の２つの主成分から得られ、５番目の主成分後には情報はほとんど獲得されないことが明らかである。
【図３】ＨａｐＭａｐ個体のみに関する祖先の最初の３つの主成分。集団コードは表２に列挙する通りである。図３は、ＨａｐＭａｐ参照データのみに関するＰＣＡの結果を示す。５つのクラスターが可視であり、これらは５つの主要な生物地理的祖先起源に対応する。上部左から時計回りに読むと、これらは：アフリカ起源（青／橙／桃／えび茶）、南アジア起源（灰）、東南アジア（黄／青／緑）、メキシコ（深緑）、ならびに北欧および西欧（青／赤）である。
【図４】ＨａｐＭａｐ個体に関する祖先の最初の３つの主成分；集団群にしたがって着色（表２）。重ね合わせたのは、「東洋系」（黒十字）または別の人種群（灰色の十字）と自己申告した患者である。ＨａｐＭａｐ個体のみに関する祖先の最初の３つの主成分。集団コードは表２に列挙する通りである。
【図５】終点１に関するマンハッタンプロット。
【図６】終点２に関するマンハッタンプロット。
【図７】終点４に関するマンハッタンプロット。
【図８】優性モデル下でのｒｓ１３０４７５９９に関する反応（終点１）の率の棒プロット。
【図９】優性モデル下でのｒｓ１２０００に関する反応（終点４）の率の棒プロット。
【図１０】優性モデル下でのｒｓ１９１３２２８に関する反応（終点４）の率の棒プロット。
【図１１】優性モデル下でのｒｓ１２６３６５８１に関する反応（終点４）の率の棒プロット。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
発明の詳細な説明
定義
本発明の理解を容易にするため、いくつかの用語を以下に定義する。本明細書に定義する用語は、本発明が関連する領域の一般的な当業者によって一般的に理解されるような意味を有する。「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」のような用語は、単数形の実体のみを指すようには意図されず、特定の例を例示のために使用可能な一般的なクラスを含む。本明細書の用語を用いて、本発明の特定の態様を記載するが、その使用は、請求項に概略されるようなものを除いて、本発明の限界を定めない。
【００２６】
用語「試料」または「生物学的試料」は、限定されるわけではないが、例えば、組織生検、血漿、血清、全血、脊髄液、リンパ液、皮膚の外部部分、呼吸管、腸管および泌尿生殖器管、涙、唾液、ミルク、血球、腫瘍、臓器を含む、個体から単離される組織または体液試料を指す。やはり含まれるのは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞培養構成要素の試料（限定されるわけではないが、培地中の細胞増殖から生じる馴化培地、ウイルスに感染したと推定される細胞、組換え細胞、および細胞構成要素を含む）である。
【００２７】
用語「インターフェロン」および「インターフェロン−アルファ」は、本明細書において交換可能に用いられ、そしてウイルス複製および細胞増殖を阻害し、そして免疫反応を調節する非常に相同な種特異的タンパク質のファミリーを指す。典型的な適切なインターフェロンには、限定されるわけではないが、組換えインターフェロン・アルファ−２ｂ、例えばＳｃｈｅｒｉｎｇ社、ニュージャージー州ケニルワースから入手可能なＩｎｔｒｏｎ（登録商標）Ａインターフェロン、組換えインターフェロン・アルファ−２ａ、例えばＨｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ、ニュージャージー州ナットレーより入手可能なＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａインターフェロン、組換えインターフェロン・アルファ−２Ｃ、例えばＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，  Ｉｎｃ．、コネチカット州リッジフィールドより入手可能なＢｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２インターフェロン、天然アルファ・インターフェロンの精製ブレンドであるインターフェロン・アルファ−ｎ１、例えば住友、日本より入手可能なＳｕｍｉｆｅｒｏｎ（登録商標）またはＧｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．、英国ロンドンより入手可能なＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロン・アルファ−ｎ１（ＩＮＳ）、あるいはコンセンサス・アルファ・インターフェロン、例えば米国特許第４，８９７，４７１号および第４，６９５，６２３号（特に実施例７、８または９）に記載されるもの、ならびにＡｍｇｅｎ，  Ｉｎｃ．、カリフォルニア州ニューベリーパークから入手可能な特定の産物、あるいはインターフェロン・アルファ−ｎ３、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓによって作製され、そしてＡｌｆｅｒｏｎの商標名の下にＰｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．より入手可能な天然アルファ・インターフェロンの混合物が含まれる。インターフェロン・アルファ−２ａまたはアルファ−２ｂの使用が好ましい。インターフェロンには、以下に定義するようなＰＥＧ化インターフェロンが含まれることも可能である。
【００２８】
用語「ＰＥＧ化インターフェロン」、「ＰＥＧ化インターフェロン・アルファ」および「ＰＥＧインターフェロン」は、本明細書において交換可能に用いられ、そしてインターフェロン・アルファ、好ましくはインターフェロン・アルファ−２ａおよびアルファ−２ｂのポリエチレングリコール修飾コンジュゲートを意味する。典型的な適切なＰＥＧ化インターフェロン・アルファには、限定されるわけではないが、Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）が含まれる。
【００２９】
本明細書において、用語「アレル」および「アレル変異体」は、イントロン、エクソン、イントロン／エクソン接合部、ならびに遺伝子またはその部分に関連する３’および／または５’非翻訳領域の代替型を指す。一般的に、アレルは、相同染色体上の同じ遺伝子座または位を占める。被験体が遺伝子の２つの同一のアレルを有する場合、被験体は、遺伝子またはアレルに関してホモ接合性であると言われる。被験体が遺伝子の２つの異なるアレルを有する場合、被験体は、遺伝子に関してヘテロ接合性であると言われる。特定の遺伝子のアレルは、単一ヌクレオチド、または数ヌクレオチドで互いに異なることも可能であり、そしてヌクレオチドの置換、欠失、および挿入を含むことも可能である。
【００３０】
本明細書において、用語「多型」は、エクソンおよびイントロン、またはその部分（例えばアレル変異体）を含む、核酸の１つの型よりも多い共存を指す。少なくとも２つの異なる型、すなわち２つの異なるヌクレオチド配列がある遺伝子の部分は、遺伝子の多型領域と称される。多型領域は、単一ヌクレオチド、すなわち「一塩基多型」または「ＳＮＰ」であってもよく、その同一性は異なるアレルで異なる。多型領域はまた、数ヌクレオチドの長さであってもよい。
【００３１】
多型の検出のための多くの方法が知られ、そして本発明と組み合わせて使用可能である。一般的に、これらには、根底にある核酸配列中の１またはそれより多い突然変異を、直接（例えばｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）または間接的に（二次分子、例えばタンパク質配列またはタンパク質結合に対する変化を同定する）のいずれかで同定する工程が含まれる。
【００３２】
多型を検出するための１つの周知の方法は、突然変異または多型部位と重複し、そして突然変異または多型領域周囲の約５、１０、２０、２５、または３０ヌクレオチドを有するプローブを用いた、アレル特異的ハイブリダイゼーションである。キットにおいて使用するため、例えばアレル変異体、例えば一塩基多型に特異的にハイブリダイズ可能ないくつかのプローブを、ユーザーのために提供するか、あるいはさらに、固体支持体、例えばビーズまたはチップに付着させる。
【００３３】
一塩基多型、「ｒｓ１３０４７５９９」は、ＳＮＰデータベース（ｄｂＳＮＰ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／）中の受入番号によって同定されるＳＮＰを指し、そしてＳＯＮ  ＤＮＡ結合タンパク質遺伝子中のヒト２１番染色体上に位置する。
【００３４】
略語
【００３５】
【表１】
2017502663.tif 000003
【実施例】
【００３６】
目的および終点
目的は、慢性Ｂ型肝炎患者において、ＰＥＧＡＳＹＳ含有措置での治療に対する反応と関連する遺伝的変異体を決定することであった。
【００３７】
患者群により、以下の終点を考慮した。
ＨＢｅ陽性患者：
１．  ＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換（反応者対非反応者）
２．  ＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換に加えてＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）
３．  ＞＝２４週追跡調査でのＨＢｓＡｇ喪失または血清変換（反応者対非反応者）
終点の上記リストを、以後、それぞれ、終点１〜３と称するものとする。
ＨＢｅ陰性患者：
４．  ＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）
後者を終点４と称するものとする。
【００３８】
終点３および４をまた、ＨＢｅ陽性およびＨＢｅ陰性患者を組み合わせたセットでも分析した。
【００３９】
すべての終点およびすべてのマーカーに関して、遺伝子型および終点の間に関連がないとするヌル仮説を、関連が存在するという両側代替物に対して試験した。
【００４０】
研究設計
会社が出資した臨床試験由来のデータ、および一般診療ケアにおける患者由来のデータの累積メタ分析が進行中である。併せたデータは、最終分析で、少なくとも２４週間、Ｐｅｇａｓｙｓで、ヌクレオチド／ヌクレオシド類似体を伴いまたは伴わずに治療され、そして２４週間の追跡調査データが入手可能である最大１５００人の患者を含むであろう。
【００４１】
以下の試験／患者供給源を包含に関して考慮した：
・ＲＧＴ（ＭＬ２２２６６）
・Ｓ−Ｃｏｌｌａｔｅ（ＭＶ２２００９）
・ＳｏＮ（ＭＶ２２４３０）
・Ｓｗｉｔｃｈ（ＭＬ２２２６５）
・Ｃｏｍｂｏ
・Ｎｅｗ  Ｓｗｉｔｃｈ（ＭＬ２７９２８）
・ＮＥＥＤ
・ＰＥＧ．Ｂｅ．Ｌｉｖｅｒのイタリアコホート
・Ｔｅｅｒｈａ教授（タイ）：臨床診療患者および何人かのレガシーＰｈ３患者
・Ｈｏｎｇｆｅｉ  Ｚｈａｎｇ教授（中国・北京）：臨床診療患者および何人かのレガシーＰｈ３患者
・Ｙａｏ  Ｘｉｅ教授（中国・北京）：臨床診療患者
・Ｘｉｎ  Ｙｕｅ  Ｃｈｅｎ教授（中国・北京）：臨床診療患者
慢性Ｂ型肝炎を有する成人患者（男性または女性患者、≧１８歳）は、研究エントリーのため、以下の基準を満たさなければならない：
・Ｒｏｃｈｅ研究に以前登録され、そして慢性Ｂ型肝炎に関して、少なくとも２４週間、Ｐｅｇ−ＩＦＮ±ヌクレオシド類似体（ラミブジンまたはエンタカビル）またはＰｅｇ−ＩＦＮ±ヌクレオチド類似体（アデフォビル）で治療され、≧２４週間治療後追跡調査を伴う、あるいは；
・標準治療にしたがって、そして現在の製品概要（ＳＰＣ）／ローカルラベルにしたがって、慢性Ｂ型肝炎に関して一般診療においてＰｅｇ−ＩＦＮで治療され、ローカルラベルにより、Ｐｅｇ−ＩＦＮ療法に対する禁忌を持たず、そしてＰｅｇ−ＩＦＮで少なくとも２４週間治療されており、そして血液収集の時点で、≧２４週治療後反応が入手可能である。
・患者はＨＡＶ、ＨＣＶ、またはＨＩＶに感染していない
・患者の以下の医学的記録が入手可能でなければならない（病歴／進行中の研究データベースから、あるいは医学的診療ノートからのいずれか）：
・人口統計学データ（例えば年齢、性別、民族的起源）
・治療前ＨＢｅＡｇ状態、既知のまたは未知のＨＢＶ遺伝子型
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）、ＩＵ／ｍｌでのＰＣＲ試験による定量的ＨＢＶ  ＤＮＡ
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）定量的ＨＢｓＡｇ試験（入手不能な場合、定性的ＨＢｓＡｇ試験）および抗ＨＢ
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）血清ＡＬＴ
すべての患者は能動的措置を受けるであろうことが注目される。
【００４２】
分析集団
患者の大部分は中国出身であろう。統計分析の目的のため、４つの分析集団を以下のように定義した。
・ＰＧｘ−ＦＡＳは、少なくとも１つの遺伝子型を持つすべての患者である。
・ＰＧｘ−ＧＴは、その遺伝子データが品質検査を通過したＰＧｘ−ＦＡＳのサブセットである。
・ＰＧｘ−ＣＮは、これらが、ＨａｐＭａｐバージョン３由来のＣＨＢおよびＣＨＤ参照被験体とクラスター形成するという意味で、共通の遺伝的バックグラウンドを共有する、ＰＧｘ−ＧＴのサブセットである。
・ＰＧｘ−非ＣＮは、ＰＧｘ−ＣＮ内に属さない、ＰＧｘ−ＧＴの残りである。
【００４３】
分析の段階にしたがって、それぞれ、ＨＢｅ陽性およびＨＢｅ陰性サブセットを表すＨＢｅＰｏｓまたはＨＢｅＮｅｇのように、そして中間１、・・・中間３、および最終のように、さらなる接尾辞が付随する。
【００４４】
遺伝子マーカー
ＧＷＡＳマーカーパネルは、７５０，０００  ＳＮＰマーカーより多く、そして２５０，０００エクソンマーカーより多いものからなる、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＯｍｎｉＥｘｐｒｅｓｓＥｘｏｍｅマイクロアレイ（ｗｗｗ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ）であった。品質検査を通過したマーカー群をＧＷＡＳマーカーセットと称する。
【００４５】
データ分析に関する一般的な配慮
ＧＷＡＳは仮説を含まない。補正されないｐ＜５ｘ１０−８を持つマーカーは、全ゲノムで有意であると見なされた。統計的検出力のため、多数の終点または多数の分析周期に関して、補正は行わなかった。
【００４６】
第一中間分析に関する結果
以下の段落は、第一中間分析から生じた結果を記載する。集積データの最大３つのさらなるバッチに関して類似の分析を行い、患者セットは接尾辞：中間２、中間３および最終を伴って適切に標識される。
【００４７】
データの説明
ｄｅｍｏｅｘｔ．ｃｓｖ．と表題が付けられた、カンマで区切ったフラットファイルの形で、臨床データを受け取った。ファイルは、２０列、およびヘッダー行を含め２１８行あり、１人の患者あたり１つの行がある。２４−ｌｕｏｓｈｉ＿ＦｉｎａｌＲｅｐｏｒｔ．ｔｘｔ、２５＿ＦｉｎａｌＲｅｐｏｒｔ．ｔｘｔ、３２＿ＦｉｎａｌＲｅｐｏｒｔ．ｔｘｔおよび５６＿ＦｉｎａｌＲｅｐｏｒｔ．ｔｘｔと表題が付けられた、４つのＩｌｌｕｍｉｎａ形式のファイルの形で、遺伝子データを受け取った。これらのファイルの組み合わせは、１３７人の患者、および９５１，１１７のＳＮＰを含有した。以下の表１は、少なくとも１つの遺伝子型を含む１３７人の患者に関するベースラインおよび人口統計特性を示す。すべての患者をプロトコルＭＶ２２４３０の下に研究した。被験体セットは、ＰＧｘ−ＦＡＳ−中間１である。
【００４８】
表１：ベースラインおよびＰＧｘ−ＦＡＳ−中間１に関する人口統計特性
【００４９】
【表２】
2017502663.tif 000004
【００５０】
＊自己申告人種は以下の通りであった：太平洋諸島住民；マオリ人；インディアン；ビルマ人；黒人
患者による品質検査
任意の自己申告人種のすべての１３７人の患者において、フィルタリングされていないＧＷＡＳデータに基づいて、以下の基準を評価した（ＰＧｘ−ＦＡＳ−中間１）。
・＜５％遺伝子型データ喪失
・＜３０％ヘテロ接合性全ゲノム
・別の試料との＜３０％遺伝子型一致
・Ｘ染色体データと一致する報告される性別
すべての患者は＜５％遺伝子型喪失、＜３０％の全ゲノムヘテロ接合性および自己申告性別とＸ染色体データの一致を有した。しかし、一等親親族の１対が検出された。患者同定因子（ＡＮＯＮＩＤ）は８７３４（女性コーカソイド、年齢５５歳）および８７６０（男性コーカソイド、年齢２５歳）であった。２人のうち、患者８７３４は、わずかにより多いデータ喪失を有し（０．２％対０．１％）、そしてしたがってさらなる分析から排除されるであろう。
【００５１】
残りの１３６人の患者は、ＰＧｘ−ＧＴ−中間１セットに取り込まれた。
【００５２】
マーカーによる品質検査
ＧＷＡＳおよび候補遺伝子研究に関して得られたマーカーを、データ喪失に関して評価した。総数１７１２マーカー（全体の＜０．２％）が、５％を超えるデータ喪失を有し、そしてさらなる分析から排除された。ＧＷＡＳマーカーセットは、したがって、９４９，４０５マーカーからなる。図１は、ＧＷＡＳマーカーセット中の染色体によるマーカー数を示す。予期されるように、常染色体に渡って、マーカーの数は、染色体サイズとほぼ一致して多様である。
【００５３】
祖先の多変数分析
主成分分析（ＰＣＡ）は、データセットの次元性を減少させるための技術である。これは、変数セットを、元来のセット中の情報の最も多くに相当する未修正変数のより小さいセットに線形変換する（Ｄｕｎｔｅｍａｎ、１９８９）。現在の研究において、マーカー変数を、自己申告民族群分けに匹敵する主成分に変換した。目的は、関連試験のための準備において、相同遺伝子バックグラウンドを共有する個体クラスターを決定することであった。
【００５４】
以下のように、ＰＧｘ−ＧＴ−中間１を用いて、祖先分析に適切なＧＷＡＳマーカーセットを得た。５％未満の頻度を有する場合、あるいは既知の高い連鎖不平衡（ＬＤ）または反転を持つことが知られる領域（Ｃｈｒ５、４４〜５１．５Ｍｂ；  Ｃｈｒ６、２４〜３６Ｍｂ；  Ｃｈｒ８、８〜１２Ｍｂ；  Ｃｈｒ１１、４２〜５８Ｍｂ；  Ｃｈｒ１７、４０〜４３Ｍｂ）に対応する場合、マーカーを排除した。合併を容易にするため、相補的塩基変化をコードするマーカーもまた除去した。残りのマーカーは、サイズ１０００のウィンドウ内のすべてのＳＮＰがｒ２＜０．２５を有するように、薄められた。
【００５５】
ＨａｐＭａｐバージョン３のデータを、生じたマーカーセットに関してダウンロードした（Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＨａｐＭａｐ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，  ２００３：２００５；２００７）。表２は、ＨａｐＭａｐ被験体の組成を示し、こうした被験体を、ＰＧｘ−ＧＴ−中間１由来のデータを比較する参照セットとして用いた。２つの供給源の間のいかなる鎖相違も解決するよう考慮しながら、ＨａｐＭａｐデータをＰＧｘ−ＧＴ−中間１のデータと合併した。ＨａｐＭａｐ被験体に関して利用不能であるいかなるマーカーも、合併ファイルから排除された。
【００５６】
上述のように選択された１３４，５７５のマーカーを用いて、ＰＣＡを適用し、そして１３６人の研究個体および９８８人のＨａｐＭａｐ参照個体に渡って遺伝子型決定した。
【００５７】
表２：ＨａｐＭａｐバージョン３参照被験体の詳細
【００５８】
【表３】
2017502663.tif 000005
【００５９】
図４は、研究参加者を重ね合わせた同じデータを示す。「東洋系」と自己申告した患者は、黒十字で示され；別の民族グループと自己申告した患者は、灰色の十字で示される。２つの観察が注目される。まず、「東洋系」クラスターと自己申告した患者は、中国人および日本人ＨａｐＭａｐ参照個体を含むかまたはそれに近いが、これらははるかにより広いクラスターを形成することが明らかにわかる。こうしたものとして、研究参加者は、参照セットよりも遺伝的により多様な個体群に相当する。研究参加者は、東南アジアの異なる国から抽出されてきたようである。第二に、黒十字のクラスター内で、いくつかの灰色の十字が観察される−これらは、「東洋系」と自己申告しなかったが、その遺伝的バックグラウンドが「東洋系」グループのメンバーのものと区別不能である個体に相当する。
【００６０】
遺伝子分析の目的のため、ＰＧｘ−ＣＮ−中間１は、「東洋系」クラスターと自己申告した境界内に属する１２８人の患者で構成された。プロットされた祖先が、このクラスターから明らかに離れている８人の患者が、ＰＧｘ−非ＣＮ−中間１を構成し：これらは、コーカソイド（ｎ＝６）、マオリ（ｎ＝１）およびインディアン（ｎ＝１）と自己申告した。７。
【００６１】
共変数の評価
次の全ゲノム関連分析のための共変数を決定するため、後退型段階的回帰を用いて、一連の変数を各終点との関連に関して試験した。計画した分析にしたがって、終点１〜３に関する被験体セットはＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓ−中間１（ｎ＝１３４）であり；終点４に関する被験体セットはすべてＰＧｘ−ＧＴ−中間１（ｎ＝１３６）のメンバーであった。赤池情報量規準（ＡＩＣ）に基づいて、後退型段階を行った。
【００６２】
完全モデルの共変数は以下の通りであった：年齢、性別、ベースラインＨＢＶ  ＤＮＡ、ベースラインＡＬＴ、ＨＢＶ遺伝子型、およびヌクレオチド／ヌクレオシド類似体の同時使用。ベースラインＨＢＶおよびベースラインＡＬＴの両方を、対称性を改善するため、対数変換した。ほぼすべての患者が相同遺伝的バックグラウンドを共有するという事実のため、祖先の主成分は後退型段階的回帰には含めなかった。表３〜５は、多様な終点に関して選択した共変数を示す。
【００６３】
ベースラインＨＢＶ  ＤＮＡおよびベースラインＡＬＴは５例すべてで選択されることがわかる；同時ヌクレオチド／ヌクレオシド類似体は、５例のうち３例で選択され；ＨＢＶ遺伝子型は、終点４に関して選択されたが、その変数のコード化（３つの低頻度カテゴリーを伴う）は、個々のエフェクトサイズがよく概算されないことを意味した。
【００６４】
表３：終点１に関する後退型段階的回帰によって選択される共変数
【００６５】
【表４】
2017502663.tif 000006
【００６６】
表４：終点２に関する後退型段階的回帰によって選択される共変数
【００６７】
【表５】
2017502663.tif 000007
【００６８】
表５：終点４に関する後退型段階的回帰によって選択される共変数
【００６９】
【表６】
2017502663.tif 000008
【００７０】
単一点関連分析
方法
最初の中間分析が中程度のサンプルサイズ（ｎ＝１３６）であったため、５％未満の頻度を有する場合、単一点関連分析からマーカーを排除した。残りの５７１８３２マーカーを、以下のように２つの方法でコード化した。まず、マイナーアレルの計数によって提供される付加モデルにしたがってこれらをコード化した。次に、マイナーアレルの保因に基づき、遺伝の優性モデルにしたがってこれらをコード化した。
【００７１】
２つの患者セットおよび５つの終点に関して、２つの遺伝モードの元に、関連分析を行った。
【００７２】
多変数ロジスティック回帰を用いて、以下のモデルを適合させた：
終点＝切片＋［共変数］＋マーカー
上で選択するように、共変数を適用した（セクション７．５）。元来の意図に関わらず、祖先主成分に関する修正は、この主に均質であるセットにおいて過剰適合の問題を生じるため、ＰＧｘ−ＧＴの分析に適用されなかった。祖先の主成分に関する修正は、将来の中間分析において試みられるであろう。研究に関する修正もまた、現在の中間分析におけるすべての患者が同じプロトコルから採用されているため、適用されなかった。
【００７３】
ｔ検定を用いて、各マーカーの有意性を決定した。各ＧＷＡＳ分析に関してゲノム対照ラムダを計算し、そしてＱＱープロットを調べたが、試験統計インフレーションの明らかな証拠は見出されなかった（ＤｅｖｌｉｎおよびＲｏｅｄｅｒ  １９９９）。
【００７４】
カイ二乗検定を用いて、ハーディ−ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）とは別に、すべてのマーカーを試験した。ＰＧｘ−ＣＮ−中間１セットの患者に関して計算を行い、そして結果を用いて関連分析出力の解釈を補助した。
【００７５】
関心対象のマーカーに関してバープロットを生成し、遺伝子型による反応率を示した。
【００７６】
結果
図５〜７は、終点によるマンハッタンプロットであり、そして表６〜１７は、ｐ＜１０−４の関連結果を列挙する。
【００７７】
表６  終点１、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅＰｏｓ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００７８】
【表７】
2017502663.tif 000009
【００７９】
表７  終点１、ＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００８０】
【表８】
2017502663.tif 000010
【００８１】
表８  終点１、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅＰｏｓ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００８２】
【表９】
2017502663.tif 000011
【００８３】
表９  終点１、ＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００８４】
【表１０】
2017502663.tif 000012
【００８５】
表１０  終点２、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅＰｏｓ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００８６】
【表１１】
2017502663.tif 000013
【００８７】
表１１  終点２、ＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００８８】
【表１２】
2017502663.tif 000014
【００８９】
表１２  終点２、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅＰｏｓ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００９０】
【表１３】
2017502663.tif 000015
【００９１】
表１３  終点２、ＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００９２】
【表１４】
2017502663.tif 000016
【００９３】
表１４  終点４、ＰＧｘ−ＣＮ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００９４】
【表１５】
2017502663.tif 000017
【００９５】
表１５  終点４、ＰＧｘ−ＧＴ、付加モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００９６】
【表１６】
2017502663.tif 000018
【００９７】
表１６  終点４、ＰＧｘ−ＣＮ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【００９８】
【表１７】
2017502663.tif 000019
【００９９】
表１７  終点４、ＰＧｘ−ＧＴ、優性モデルに関する、ｐ＜１０−４の関連結果
【０１００】
【表１８】
2017502663.tif 000020
【０１０１】
解釈
５％より大きいＰＧｘ−ＣＮ（ｎ＝１２８）中の概算される頻度を持つ５７１８３２のマーカーに、全ゲノム関連スキャンを適用した。
【０１０２】
４つの関連がｐ＜１０−５のレベルを超えた：
・ＣＡＤＰＳ中のイントロン性マーカー（終点４；ＰＧｘ−ＧＴ；優性）
ＣＡＤＰＳは、カルシウム依存性分泌活性化因子である。この遺伝子は、分泌小胞のカルシウム制御エキソサイトーシスに必要な、神経／内分泌特異的細胞質ゾルおよび表在性膜タンパク質をコードする。ＣＡＤＰＳと関連する疾患には、松果体芽腫および小児期髄芽腫が含まれる。
【０１０３】
２つの非同義変化がｐ＜１０−４を有した：
・ＳＯＮ中のｒｓ１３０４７５９９（ＳＯＮ  ＤＮＡ結合タンパク質）
・ＮＫＡＰＬ中のｒｓ１２０００（ＮＦＫＢ活性化タンパク質様）
これらのうちの最初のものは、遺伝の優性モデル下で、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅＰｏｓおよびＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅＰｏｓの両方で、終点１に関して観察されたが、付加モデルでは観察されなかった。コードされるタンパク質は、ＲＮＡに結合し、そしてプレｍＲＮＡスプライシング、特に劣ったスプライス部位を持つ転写物のスプライシングを促進する。該タンパク質はまた、ヒトＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）に見られる特異的ＤＮＡ配列も認識し、そしてＨＢＶコアプロモーター活性を抑制する。ＳＯＮと関連する疾患には、Ｂ型肝炎が含まれる。ｒｓ１３０４７５９９および終点１に関する優性モデル下の遺伝子型による反応率を示すバープロットを、以下の図９に提供する。
【０１０４】
第二の非同義変化は、ＰＧｘ−ＧＴ中の終点４に関して観察された。これは、統合失調症と関連するタンパク質コード遺伝子ＮＫＡＰＬ中にある。ｒｓ１２０００および終点４に関する遺伝子型による反応率を示すバープロットを、以下の図１０に提供する。
【０１０５】
予期されるように、結果の一致の大部分が、各終点内で観察され；ＣＮおよびＧＴ群間の相違は、少数の患者のみの問題である。総数３３の遺伝子が、上記表に列挙される。これらのうち、少なくとも２つが、Ｂ型肝炎疾患リスクまたは進行と以前関連づけられている。
・ＰＴＰＮ３（タンパク質チロシンホスファターゼ；Ｈｓｕら、２００７）
・ＴＲＥＭ１（骨髄細胞上に発現される誘発受容体１；Ｌｉａｏら、２０１２）
ソフトウェア
特注のパール・スクリプト（Ｗａｌｌら、１９９６）を用いて、データを再フォーマットし、祖先分析のためのマーカーを選択し、そして表を作成した。ＰＬＩＮＫバージョン１．０７（Ｐｕｒｃｅｌｌら、２００７）を用いて、遺伝的ＱＣ分析を行い、ＨａｐＭａｐデータと研究データを合併し、そして関連分析を行った。ＰＣＡのため、ＥＩＧＥＮＳＯＦＴ  ４．０（Ｐａｔｔｅｒｓｏｎら、２００６；Ｐｒｉｃｅら、２００６）を用いた。図の作成には、Ｒ、バージョン２．１５．２（Ｒ  Ｃｏｒｅ  Ｔｅａｍ、２０１２）を用いた。
【０１０６】
本明細書に開示し、そして請求する組成物および／または方法はすべて、本開示に関する過度の実験を伴わずに作製し、そして実行することが可能である。本発明の組成物および方法は、好ましい態様に関して記載されてきているが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書記載の組成物および／または方法に、そして方法の工程に、または工程順序に、変動を適用することも可能であることが明らかであろう。当業者に明らかであるすべてのこうした類似の置換および修飾は、付随する請求項に定義されるような、本発明の精神、範囲および概念内であると見なされる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【国際調査報告】
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