(57)【要約】養子細胞療法のための細胞の複数の投与のため、および先の投与を受けたことのある対象への細胞の投与の方法、ならびに本法において使用するための組成物および製品が提供される。細胞は、一般に、組換え受容体のような組換え分子、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）および/またはその他のトランスジェニック受容体を発現する。本法は、第1のもしくは先の受容体を発現する細胞、および、一般に、第1の受容体を発現しない、第1のものとは異なる第2のもしくは後の受容体を発現する細胞を投与する工程、ならびに/または第1の投与を受けたことのある対象へ第2の受容体を発現する細胞を投与する工程を含むことができる。本法は、第1のもしくは先の受容体に対する対象における免疫応答の状況における、かつ/または第1のもしくは先の投与の後の抗原の喪失、ダウンレギュレーション、もしくは修飾の状況における効力の改善のような、様々な利点を提供することができる。2017537919.tif 000034
2017537919.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）対象における疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合する第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を該対象へ投与する工程、および
（b）第1のCARとは異なる第2のCARを発現しかつ第1のCARを発現しない細胞を該対象へ投与する工程
を含む、処置方法。
【請求項２】
第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現せずかつ第2のCARを発現する細胞を対象へ投与する工程を含む処置方法であって、
該対象が、第1のCARを発現する細胞の投与を以前に受けたことがあり；
第1のCARが、該対象における疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原または該対象における疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、方法。
【請求項３】
第2のCARを発現する細胞を投与する前に、第1のCARを発現する細胞を対象へ投与する、請求項2記載の方法。
【請求項４】
第2のCARを発現する細胞の投与の時点でまたはその直前に、
対象が、第1のCARに対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/もしくは細胞性免疫応答を示しており；
疾患もしくは状態が、該対象において持続しており；かつ/または
疾患もしくは状態が、該対象において再発している、
請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
第1のCARを発現する細胞の投与と第2のCARを発現する細胞の投与との間の時間が、少なくとも約28日間、少なくとも約35日間、少なくとも約42日間、少なくとも約49日間、および/または少なくとも約60日間である、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
第1のCARが、第2のCARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のB細胞エピトープを含み；かつ/または
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のT細胞エピトープを含む、
請求項6記載の方法。
【請求項８】
対象が、（a）における投与の前に、第1のCARを発現する細胞の用量を受けたことがなく；かつ/または
該対象が、（b）における投与の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、
請求項1および4〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
対象が、前記投与の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、請求項2〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
第2のCARが、第1のCARと同じ抗原に特異的に結合する、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
疾患または状態が腫瘍である、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
疾患または状態がB細胞悪性腫瘍である、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
第1のCARが、前記抗原との結合について第2のCARと競合する、請求項10〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の異なるエピトープに特異的に結合する、請求項10〜12および14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
第2のCARが、前記疾患もしくは状態に関連した、第1のCARが結合する抗原とは別の抗原に特異的に結合するか；または
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない、
請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
第1のCARが、CD19、CD22、またはCD20より選択される、B細胞悪性腫瘍に関連した抗原に特異的に結合し、かつ第2のCARが、第1のCARが結合する抗原とは異なる、CD19、CD22、またはCD20のうちの別の抗原に結合する、請求項12〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
第1のCARがCD19に特異的に結合し、かつ第2のCARがCD22に特異的に結合する、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
第2のCARを発現する細胞が、第1のCARが特異的に結合する前記抗原に特異的に結合する受容体を含まない、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
対象が、第2のCARを発現する細胞の投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内の、第2のCARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を示さない、請求項1〜19のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
第2のCARが、第1のCARと比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含み；かつ/または
該1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
請求項21記載の方法。
【請求項２３】
第2のCARを発現する細胞の投与の前に、対象におけるCAR特異的な免疫応答の存在を検出する工程をさらに含む、請求項1〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
検出が、対象が特異的な免疫応答を示す第1のCARの少なくとも1個の領域の同定を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
第2のCARが、免疫応答が特異的である第1のCARの前記領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
第1のCARの領域が、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個もしくは複数個のCAR部分の中の領域を含み、かつ/または第1のCARの該領域が、2個のドメインの間のジャンクションの各側のアミノ酸を含むジャンクション領域である、請求項22〜25のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
前記領域がscFv部分の中のフレームワーク領域（FR）を含み、
該領域が重鎖FR配列を含み、
該領域が重鎖CDR配列を含み、
該領域が軽鎖FR配列を含み、かつ/または
該領域が軽鎖CDR配列を含む、
請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記領域がジャンクション領域を含み、ジャンクション領域が、第1のCARの第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の最大15個の連続アミノ酸、および/または該ジャンクションのすぐN末端側の最大15個の連続アミノ酸を含み、任意で、該ジャンクションをさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメインもしくはその機能性部分に対して100％の同一性を有するドメインを含み、該天然もしくは内在性のヒトタンパク質が、任意で、処置される対象によって発現され；かつ/あるいは
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、または細胞内シグナル伝達ドメインを含み、細胞内シグナル伝達ドメインが、任意で、共刺激シグナル伝達ドメインまたは活性化細胞質シグナル伝達ドメインである、
請求項28記載の方法。
【請求項３０】
第1のドメインおよび第2のドメインが、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しないか、または単一の天然もしくは内在性のヒトタンパク質もしくはヒトポリペプチドに存在しない、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
第1のドメインおよび第2のドメインがそれぞれ、細胞外リガンド結合ドメインおよびヒンジドメイン、ヒンジドメインおよび膜貫通ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、ならびに、細胞内共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかまたはそれらを含み、これらはそのようなドメインの機能性部分を含んでいてもよい、請求項29または請求項30記載の方法。
【請求項３２】
第1のドメインが膜貫通ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含み、かつ第2のドメインが共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含む、請求項29〜31のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
膜貫通ドメインがCD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分であり、かつ共刺激シグナル伝達ドメインが4-1BBシグナル伝達ドメインまたはその機能性部分である、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
第2のCARが、
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび/もしくは第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；
第1のドメインと配列が同一であるドメインおよび第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；または
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび第2のドメインと配列が同一であるドメイン
を含み、
第2のCARに存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含む部分において、第1のCARの第1のドメインおよび第2のドメインの一方または両方と比較して、少なくとも1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含む、請求項29〜33のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
第1のCARが、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:5と少なくとも95％同一であるアミノ酸の配列を含むそのバリアントもしくは機能性部分を共に含む、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインを含み、かつジャンクション領域を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARと比較して修飾された配列を含み、修飾が、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42または15〜40の配列を含む部分における少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、請求項32〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
第2のCARが、第1のCARと比較して20以下のアミノ酸配列の違いを含むか、または第2のCARが、第1のCARに対して少なくとも95％のアミノ酸配列同一性を含む、請求項21〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
1つまたは複数の配列の違いのうちの少なくとも1つを含有している第2のCARの領域が、
1000nM未満のIC50のヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性を有する第1のCARの対応する領域と比較して、より少ない8〜15アミノ酸部分を含有しているか；または
参照キメラ受容体のジャンクション領域の対応する部分の配列を有するペプチド断片の同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低いHLA分子に対する結合親和性を有するか；または
第1のCARの対応する領域と比較して、ヒト白血球抗原（HLA）分子に対する、該領域の中の少なくとも1個のペプチド断片の結合親和性、もしくは該領域の中の8〜15アミノ酸部分の配列を有する全てのペプチド断片の低下した平均結合親和性を有する、
請求項21〜36のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
対象への投与の後に対象において第1のCARの中の領域に対して生じる免疫応答と比較して、低下した検出可能な免疫応答が、第2のCARを発現する細胞の投与の後に、対象において少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む第2のCARの対応する領域に対して生じる、請求項21〜37のいずれか一項記載の方法。
【請求項３９】
第1のCARが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分および4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARのそのようなドメインの一方または両方とは異なる膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む、
請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項４０】
第2のCARが、第1のCARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む、請求項1〜39のいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
第1のCARの対応する領域が、第2のCARを発現する細胞の投与の時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
第1のCARの対応する領域が、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/または宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域を含む、請求項40または請求項41記載の方法。
【請求項４３】
第2のCARを発現する細胞の投与の後のCAR発現細胞の最大数、経時的なCAR発現細胞の曲線下面積（AUC）、および/または対象における検出可能なCAR発現細胞の持続時間が、第1のCARを発現する細胞の投与を実施し、続いて第1のCARを発現する細胞の第2の投与を実施することを含む代替投薬計画を含む方法を介して達成されたものと比較して、より大きく、かつ該第2の投与が、第2のCARを発現する細胞の投与と同時に実施される、請求項1〜42のいずれか一項記載の方法。
【請求項４４】
前記方法が、1マイクロリットル当たり少なくとも約10個もしくは少なくとも10個のCAR発現細胞、末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも50％、少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、もしくはDNA 1マイクログラム当たり少なくとも1,000コピーもしくは少なくとも2,000コピーもしくは少なくとも3,000コピーもしくは少なくとも4,000コピーもしくは少なくとも5,000コピーのCARコードDNAの、対象の血液の中のCAR発現細胞の最大濃度もしくは最大数をもたらし；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、CAR発現細胞が、対象の血液もしくは血清の中で検出可能であり；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含有している、
請求項1〜43のいずれか一項記載の方法。
【請求項４５】
第1のCARを発現する細胞の用量および/または第2のCARを発現する細胞の用量が、独立に、対象における疾患または状態の負荷の低減のために十分な量の細胞を含む、請求項1〜44のいずれか一項記載の方法。
【請求項４６】
第1のCARを発現する細胞の投与および/または第2のCARを発現する細胞の投与が、対象における疾患または状態の負荷の低減を達成し、それによって、疾患または状態を処置する、請求項1〜45のいずれか一項記載の方法。
【請求項４７】
細胞がT細胞である、請求項1〜46のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
T細胞が対象に対して自己である、請求項1〜47のいずれか一項記載の方法。
【請求項４９】
第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞によって以前に処置された対象における疾患または状態の処置のための医薬の製造のための、第2のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を含む組成物の使用であって、
第1のCARが、該対象における該疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する該抗原、または該疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、使用。
【請求項５０】
第1のキメラ受容体（CAR）によって以前に処置された対象における疾患または状態の処置において使用するための、第2のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を含む組成物であって、
第1のCARが、該対象における該疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する該抗原、または該疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、組成物。
【請求項５１】
前記使用が、第1のCARに対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/もしくは細胞性免疫応答を示す対象におけるものであり；
該疾患もしくは状態が、第1のCARを発現する細胞の投与の後に該対象において持続しており；かつ/または
該疾患もしくは状態が、第1のCARを発現する細胞の投与の後に該対象において再発している、
請求項49記載の使用または請求項50記載の組成物。
【請求項５２】
前記組成物が、第1のCARを発現する細胞の投与の少なくとも約28日後、少なくとも約35日後、少なくとも約42日後、少なくとも約49日後、および/または少なくとも約60日後に使用するためのものである、請求項49〜51のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５３】
第1のCARが、第2のCARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む、請求項49〜52のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５４】
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のB細胞エピトープを含み；かつ/または
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のT細胞エピトープを含む、
請求項53記載の使用または組成物。
【請求項５５】
対象が、前記使用の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、請求項49〜54のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５６】
第2のCARが、第1のCARと同じ抗原に特異的に結合する、請求項49〜55のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５７】
疾患または状態が腫瘍である、請求項49〜56のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５８】
疾患または状態がB細胞悪性腫瘍である、請求項49〜57のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項５９】
第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する、請求項56〜58のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６０】
第1のCARが、前記抗原との結合について第2のCARと競合する、請求項56〜59のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６１】
第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の異なるエピトープに特異的に結合する、請求項56〜58および60のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６２】
第2のCARが、前記疾患もしくは状態に関連した、第1のCARが結合する抗原とは別の抗原に特異的に結合するか；または
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない、
請求項49〜55のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６３】
第1のCARが、CD19、CD22、またはCD20より選択される、B細胞悪性腫瘍に関連した抗原に特異的に結合し、かつ第2のCARが、第1のCARが結合する抗原とは異なる、CD19、CD22、またはCD20のうちの別の抗原に結合する、請求項58〜62のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６４】
第1のCARがCD19に特異的に結合し、かつ第2のCARがCD22に特異的に結合する、請求項63記載の使用または組成物。
【請求項６５】
第2のCARを発現する細胞が、第1のCARが特異的に結合する前記抗原に特異的に結合する受容体を含まない、請求項49〜55のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６６】
第2のCARの使用が、対象への投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内の、第2のCARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答をもたらさない、請求項49〜65のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６７】
第2のCARが、第1のCARと比較してアミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む、請求項49〜66のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項６８】
1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含み；かつ/または
該1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
請求項67記載の使用または組成物。
【請求項６９】
対象が、第1のCARに対するCAR特異的な免疫応答が該対象において検出されている対象である、請求項49〜68のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項７０】
検出が、対象が特異的な免疫応答を示す第1のCARの少なくとも1個の領域の同定を含む、請求項69記載の使用または組成物。
【請求項７１】
第2のCARが、免疫応答が特異的である第1のCARの前記領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している、請求項70記載の使用または組成物。
【請求項７２】
第1のCARの領域が、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個もしくは複数個のCAR部分の中の領域を含み、かつ/または第1のCARの該領域が、2個のドメインの間のジャンクションの各側のアミノ酸を含むジャンクション領域である、請求項68〜71のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項７３】
前記領域がscFv部分の中のフレームワーク領域（FR）を含み、
該領域が重鎖FR配列を含み、
該領域が重鎖CDR配列を含み、
該領域が軽鎖FR配列を含み、かつ/または
該領域が軽鎖CDR配列を含む、
請求項72記載の使用または組成物。
【請求項７４】
前記領域がジャンクション領域を含み、ジャンクション領域が、第1のCARの第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の最大15個の連続アミノ酸、および/または該ジャンクションのすぐN末端側の最大15個の連続アミノ酸を含み、任意で、該ジャンクションをさらに含む、請求項72記載の使用または組成物。
【請求項７５】
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメインもしくはその機能性部分に対して100％の同一性を有するドメインを含み、該天然または内在性のヒトタンパク質が、任意で、処置される対象によって発現され；かつ/あるいは
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、または細胞内シグナル伝達ドメインを含み、細胞内シグナル伝達ドメインが、任意で、共刺激シグナル伝達ドメインもしくは活性化細胞質シグナル伝達ドメインである、
請求項74記載の使用または組成物。
【請求項７６】
第1のドメインおよび第2のドメインが、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しないか、または単一の天然もしくは内在性のヒトタンパク質もしくはヒトポリペプチドに存在しない、請求項74または請求項75記載の使用または組成物。
【請求項７７】
第1のドメインおよび第2のドメインがそれぞれ、細胞外リガンド結合ドメインおよびヒンジドメイン、ヒンジドメインおよび膜貫通ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、ならびに、細胞内共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかまたはそれらを含み、これらはそのようなドメインの機能性部分を含んでいてもよい、請求項74〜76のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項７８】
第1のドメインが、膜貫通ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含み、かつ第2のドメインが、共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含む、請求項74〜77のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項７９】
膜貫通ドメインが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分であり、かつ共刺激シグナル伝達ドメインが、4-1BBシグナル伝達ドメインまたはその機能性部分である、請求項78記載の使用または組成物。
【請求項８０】
第2のCARが、
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび/もしくは第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；
第1のドメインと配列が同一であるドメインおよび第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；または
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび第2のドメインと配列が同一であるドメイン
を含み、
第2のCARに存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含む部分において、第1のCARの第1のドメインおよび第2のドメインの一方または両方と比較して、少なくとも1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含む、
請求項74〜79のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８１】
第1のCARが、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:5と少なくとも95％同一であるアミノ酸の配列を含むそのバリアントもしくは機能性部分を共に含む、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインを含み、かつジャンクション領域を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARと比較して修飾された配列を含み、修飾が、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42または15〜40の配列を含む部分における少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
請求項78〜80のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８２】
第2のCARが、第1のCARと比較して20以下のアミノ酸配列の違いを含むか、または第2のCARが、第1のCARに対して少なくとも95％のアミノ酸配列同一性を含む、請求項67〜81のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８３】
1つまたは複数の配列の違いのうちの少なくとも1つを含有している第2のCARの領域が、
1000nM未満のIC50のヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性を有する第1のCARの対応する領域と比較して、より少ない8〜15アミノ酸部分を含有しているか；または
参照キメラ受容体のジャンクション領域の対応する部分の配列を有するペプチド断片の同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低いHLA分子に対する結合親和性を有するか；または
第1のCARの対応する領域と比較して、ヒト白血球抗原（HLA）分子に対する、該領域の中の少なくとも1個のペプチド断片の結合親和性、もしくは該領域の中の8〜15アミノ酸部分の配列を有する全てのペプチド断片の低下した平均結合親和性を有する、請求項67〜82のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８４】
第2のCARの使用が、対象への投与の後に対象において第1のCARの領域に対して生じる免疫応答と比較して、対象において少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む第2のCARの対応する領域に対して生じる検出可能な免疫応答の低下をもたらす、請求項67〜83のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８５】
第1のCARが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分および4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARのそのようなドメインの一方または両方とは異なる膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む、
請求項49〜70のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８６】
第2のCARが、第1のCARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む、請求項49〜85のいずれか一項記載の使用または組成物。
【請求項８７】
第1のCARの対応する領域が、第2のCARを発現する細胞の投与の時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である、請求項86記載の使用または組成物。
【請求項８８】
第1のCARの対応する領域が、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/または宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域を含む、請求項86または請求項87記載の使用または組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、その内容全体が参照によって組み入れられる「Methods and Compositions for Adoptive Cell Therapy」という名称の2014年12月3日に出願された米国仮出願第62/087,224号に基づく優先権を主張する。
【０００２】
配列表の参照による組み入れ
本願は、電子フォーマットの配列表と共に出願される。配列表は、65,266バイトのサイズの2015年12月3日に作成された735042001240SeqList.txtという名称のファイルとして提供された。配列表の電子フォーマットの情報は、参照によってその全体が組み入れられる。
【０００３】
分野
本開示は、例えば、複数の投与工程を介した、かつ/または先の投与を受けたことのある対象への投与による、遺伝子改変（組換え）受容体を発現する細胞の複数の用量の投与を含む、養子細胞療法に関する。一般に、いくつかの異なる投与工程に関して投与される細胞は、別の受容体を発現する。組換え受容体には、キメラ受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）、および/またはトランスジェニックT細胞受容体（TCR）のようなその他のトランスジェニック受容体が含まれ得る。方法の特色は、例えば、疾患関連抗原を標的とする受容体を発現する投与された細胞への処置された対象の曝露の増加による、効力の改善のような、様々な利点を提供する。第1のまたは先の投与における細胞が発現するものとは別の受容体を発現する細胞の後の投与は、効力を改善することができる。例えば、それは、対象における特異的な抗受容体免疫応答に起因し得る細胞への曝露の低下のリスクを最小化することができ、かつ/または第1のもしくは先の受容体が標的とする抗原もしくはエピトープの抗原喪失および/もしくはダウンレギュレーションもしくは修飾のケースにおいて有効なターゲティングを可能にする。
【背景技術】
【０００４】
背景
キメラ抗原受容体（CAR）のような組換え受容体を発現する改変細胞を使用した養子細胞療法のため、様々な方法が利用可能である。例えば、投与された細胞への対象の曝露を増加させることによって、例えば、そのような治療の効力を改善するため、改善された方法が必要とされている。例えば、投与された細胞の増大および/もしくは持続性を改善し、難治性もしくは再発性の対象を処置する能力を提供し、かつ/または毒性もしくはその他の望まれない事象のリスクを低下させる、そのような方法が必要とされている。そのような必要性を満たす方法、組成物、および製品が提供される。
【発明の概要】
【０００５】
概要
例えば、養子細胞療法のため、例えば、癌およびその他の疾患、状態、または障害の処置において、細胞を対象へ投与する方法、ならびにそのような方法において使用するための細胞、組成物、および製品が、提供される。細胞は、一般に、キメラ抗原受容体（CAR）、その他の抗原受容体、および/またはその他のキメラ受容体のような、1種または複数種の組換え受容体を発現する。いくつかの態様において、方法は、例えば、投与された細胞の増大および/または持続性を改善することによって、投与された細胞への対象の曝露を増加させ、難治性もしくは再発性の対象、および/または標的とされた抗原もしくはそのエピトープの喪失、ダウンレギュレーション、もしくは修飾を示す対象を処置する能力を提供する。いくつかの態様において、方法は、細胞療法の他の方法と比較して、毒性またはその他の望まれない事象のリスクを低下させる。
【０００６】
いくつかの態様において、第1の（または先の）受容体、例えば第1の（または先の）CARまたはTCRを発現する細胞の投与または用量を以前に受けたことのある対象へ、第2の（または後の）受容体、例えば第2の（または後の）キメラ抗原受容体（CAR）またはトランスジェニックTCRを発現する細胞を投与することによって実施される処置方法が、提供される。第2のまたは後の受容体は、一般に、第1のまたは先の受容体とは異なるものである。いくつかの態様において、方法は、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の前に、第1のまたは先の受容体を発現する細胞を投与する工程をさらに含む。例えば、いくつかの態様において、方法は、（a）第1のまたは先の受容体（例えば、第1のまたは先のCAR）を発現する細胞を対象へ投与する工程、および（b）第1のまたは先の受容体、例えば、CARを発現する細胞を対象へ投与する工程；および（b）第2のまたは後の受容体、例えば、CARを発現する細胞を対象へ投与する工程によって実施される。
【０００７】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体、例えば、CARを発現する細胞は、第1のまたは先の受容体、例えば、CARを発現しない。いくつかの態様において、第1の（または先の）受容体および/または第2の（または後の）受容体は、CARまたはトランスジェニックTCRのような抗原受容体である。いくつかのそのような態様において、第1のまたは先の受容体、例えば、CARは、対象における疾患または状態または障害に関連した抗原に特異的に結合する。いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体、例えば、CARは、第1のまたは先の受容体が特異的に結合する抗原に特異的に結合する。いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体、例えば、CAR、および第2のまたは後の受容体、例えば、CARは、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する。いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体が、前記抗原との結合について、第2のまたは後の受容体と競合するか、またはその逆である。いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体および第2のまたは後の受容体は、別のエピトープまたは抗原の部分に特異的に結合する。
【０００８】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体は、対象における疾患または状態または障害に関連した別の抗原に特異的に結合する。例えば、いくつかの態様において、第1の受容体が認識するかまたは結合する抗原は、CD19であり、第2のまたは後の受容体が特異的に結合するかまたは認識する抗原は、CD22またはCD20のような、CD19とは異なる、B細胞に特異的なもしくはB細胞に関連した抗原（またはB細胞疾患、例えば、B細胞悪性腫瘍に関連したもしくは特異的な抗原）である。
【０００９】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体、例えば、CARは、第1のまたは先の受容体、例えば、CARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない。いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞は、第1のまたは先の受容体が特異的に結合する抗原に特異的に結合する受容体を含まない。
【００１０】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の時点で、その前に、かつ/またはその直前に、対象は、第1のまたは先の受容体に対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/または細胞性免疫応答を示す。いくつかの態様において、対象は、（b）における投与のような、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内に、第2のまたは後の受容体、例えば、CARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を示さない。
【００１１】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の時点で、その前に、かつ/またはその直前に、疾患もしくは状態が対象において持続しており；かつ/または疾患もしくは状態が対象において再発している。
【００１２】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の時点で、その前に、かつ/またはその直前に、対象は、第1のまたは先の受容体が特異的に結合する抗原のダウンレギュレーション、喪失、または修飾を示す。
【００１３】
いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体を発現する細胞の投与と第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与との間の時間は、少なくとも約28日間；少なくとも約35日間；少なくとも約42日間；少なくとも約49日間；または少なくとも約60日間である。いくつかの態様において、その時間は、少なくとも約14日間、約15日間、約16日間、約17日間、約18日間、約19日間、約20日間、約21日間、約22日間、約23日間、約24日間、約25日間、約26日間、または約27日間、例えば、少なくとも14日間または少なくとも21日間である。
【００１４】
いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体、例えば、CARは、第2のまたは後の受容体、例えば、CARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む。いくつかの態様において、少なくとも1種の免疫反応性エピトープには、少なくとも1種のB細胞エピトープもしくは体液性免疫系によって認識されるエピトープが含まれ；かつ/または少なくとも1種のT細胞エピトープもしくは細胞性応答によって認識されるエピトープ、例えば、細胞傷害性T細胞および/もしくはヘルパーT細胞によって認識されるものが含まれる。
【００１５】
いくつかの態様において、対象は、（a）における投与の前に、第1のまたは先の受容体を発現する細胞の用量を受けたことがなく；かつ/または（b）における投与の前に、または方法の開始の前に、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の用量を受けたことがない
【００１６】
いくつかの態様において、疾患または状態は腫瘍である。いくつかの態様において、それは、感染性疾患であるかまたはそれに関連している。いくつかの態様において、それは、自己免疫疾患もしくは自己免疫障害であるかまたはそれに関連している。
【００１７】
第2のまたは後の受容体、例えば、第2のまたは後のCARは、一般に、第1のまたは先の受容体、例えば、第1のまたは先のCARと比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の違いには、（a）における投与または第1のもしくは先の受容体、例えば、CARを発現する細胞の先の投与の後に、対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のまたは先の受容体、例えば、CARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いが含まれる。いくつかの態様において、そのような1つまたは複数の違いには、（a）における投与または先の投与の後に、対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のまたは先の受容体の各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いが含まれる。いくつかの態様において、そのような免疫応答は、方法に関連して検出される。
【００１８】
いくつかの態様において、方法は、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の前に、または（b）における投与の前に、対象における受容体特異的な、例えば、CAR特異的な免疫応答の存在を検出する工程をさらに含む。いくつかの態様において、検出は、対象が特異的な抗体免疫応答または細胞性免疫応答のような特異的な免疫応答を示す、第1のまたは先の受容体、例えば、CARの少なくとも1個の領域の同定を含む。
【００１９】
いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体、例えば、CARは、対象における検出可能な免疫応答のような対象における免疫応答が特異的である第1のまたは先の受容体、例えば、CARの領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している。いくつかのそのような態様において、第1のまたは先の受容体のそのような領域は、2個の内在性配列またはドメインの間のジャンクションであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、それは、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個または複数個のCAR部分の中の領域であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、それは、scFv部分の中のフレームワーク領域（FR）、重鎖FR配列、重鎖CDR配列、軽鎖FR配列、および/もしくは軽鎖CDR配列であるかまたはそれを含む。
【００２０】
いくつかの態様において、後のまたは第2の受容体、例えば、CARは、第1のまたは先の受容体、例えば、CARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む。いくつかの態様において、第1のまたは先の受容体、例えば、CARのそのような対応する領域は、例えば、第2の受容体を発現する細胞の投与の前にまたはその時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である。いくつかの態様において、それは、内在性配列であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、それは、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/もしくは宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域であるかまたはそれを含む。
【００２１】
いくつかの態様において、方法は、他の方法と比較して、細胞への対象の曝露の増加または増強をもたらす。いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与の後のCAR発現細胞の最大数、経時的なCAR発現細胞の曲線下面積（AUC）、および/または対象における検出可能なCAR発現細胞の持続時間は、第1のまたは先の受容体を発現する細胞の投与、例えば、（a）における投与、および後のまたは第2の受容体を発現する細胞の提供された方法における投与、例えば、（b）における投与と同じ時点でかつ/または同一の条件の下で実施される、第1のまたは先の受容体を発現する細胞の第2のまたは後の投与を含む代替投薬計画を使用した方法を介して達成されるものと比較して、より大きい。
【００２２】
いくつかの態様において、方法は、1マイクロリットル当たり少なくとも10個または少なくとも約10個の受容体発現（例えば、CAR発現）細胞、末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも50％、少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、またはDNA 1マイクログラム当たり少なくとも1,000コピー、2,000コピー、3,000コピー、4,000コピー、もしくは5,000コピーのCARコードDNAの、対象の血液の中の受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞の最大濃度または最大数をもたらす。いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与、例えば、（b）における投与の開始の後、30日目、60日目、または90日目に、受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞が、対象の血液または血清の中で検出可能であり；かつ/または対象の血液は、少なくとも20％の受容体発現（例えば、CAR発現）細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個の受容体発現（例えば、CAR発現）細胞、または少なくとも1×104個の受容体発現（例えば、CAR発現）細胞を含有している。
【００２３】
いくつかの態様において、上記の態様のいずれかは、複数の後の投与を含んでいてもよい。例えば、いくつかの態様において、方法は、さらなる後の受容体を各々発現する細胞の複数の投与（例えば、第1のまたは先の受容体と何らかの方式で各々別のものである、第3、第4、第5、第6等の受容体を発現する細胞の投与）を含む反復的な様式で実施される。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
（図１）図1は、ヒト対象における抗CD19 CAR発現細胞の投与の後の、CAR発現細胞に特異的な細胞溶解免疫応答の存在を検出する、例示的なクロム放出アッセイからの結果を示す。CAR発現（「CD19-CAR」）および非CAR発現（「モック」）の存在下での、CAR発現細胞の注入前（左パネル）および注入後（右パネル）の対象に由来する末梢血単核細胞（PBMC）を含有している混合リンパ球培養物についての結果が示される。「E/T」=エフェクター細胞と標的細胞との比。
（図２）図2は、例示的なヒト対象におけるCARの特定の領域を表すいくつかのオーバーラップペプチドに対する免疫応答を確認する例示的なELISpot分析からの結果を示す。「ペプチド」と共に表記された数字は、CAR配列の長さに沿った様々なオーバーラップペプチドを表し、対応する領域がチャートの上に示される。
（図３）図3は、アミノ酸配列
2017537919.tif 000003
（残基1〜15は例示的なCD28膜貫通ドメインに相当し、残基16〜30は例示的な4-1BB共刺激ドメインに相当する）を有する例示的なジャンクション領域の一連の8アミノ酸長〜14アミノ酸長のオーバーラップペプチドを含む、キメラ受容体の例示的な領域のペプチドのHLA-A2:01との結合についての予測結合親和性のエピトープ親和性マップを示す。図は、CD28膜貫通ドメインと4-1BB共刺激ドメインとの間に挿入されたアスパラギン残基を含有しているアミノ酸配列
2017537919.tif 000004
を有するバリアントジャンクション領域の一連の8アミノ酸長〜14アミノ酸長のオーバーラップペプチドの予測結合親和性も示す。
（図４）図4Aおよび図4Bは、集団内の個々のHLA対立遺伝子の頻度によって重み付けされた50nm未満の予測IC50を有する配列の長さに沿った各位置を含むデータセットにおける配列の総数を示す、それぞれ、HLAクラスIおよびHLAクラスIIの対立遺伝子についてのアルゴリズムに基づくT細胞エピトープ予測を示す。
（図５）図5は、一連のバリアントペプチドのHLAクラスIおよびHLAクラスIIの対立遺伝子についてのアルゴリズムに基づくT細胞エピトープ予測を示す。スコアは、実施例2に記載されるように決定され重み付けされた。三角および点線は、クラスI重み付きスコアを示す。丸および実線は、クラスII重み付きスコアを示す。
（図６）図6は、SEQ ID NO:5の例示的なCD28-4-1BB配列のアミノ酸配列を示す。CD28膜貫通ドメインに相当するアミノ酸は、最初および最後の位置を示す矢印を有する実線によって示され；例示的な4-1BB共刺激ドメインのアミノ酸は、最初および最後の位置を示す矢印を有する破線によって示され；例示的なジャンクション領域のアミノ酸は、最初および最後の位置を示す矢印を有する破線および点線ならびにイタリック体によって示される。ジャンクション部位にすぐ隣接する2個のアミノ酸は、ボックスによって示される。K28、R31、およびL34を含む、いくつかの態様において、修飾の標的とされる例示的なアミノ酸は、太字であり、下線付きである。4-1BBによって媒介されるTRAFの結合およびシグナル伝達に関与し得る酸性残基の領域は、二重下線によって示される。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
詳細な説明
I.組換え受容体を発現する細胞による処置方法
例えば、腫瘍のような様々な疾患および状態の処置のための、細胞療法において使用するための方法、組成物、および製品が、提供される。方法は、疾患もしくは状態に関連した分子を認識しかつ/もしくはそれに特異的に結合し、かつ/または特定の治療効果を促進するよう設計された組換え分子、典型的には、組換え受容体を発現する改変細胞を、対象へ投与する工程を含む。そのような結合は、そのような分子を標的とする免疫応答のような応答をもたらすことができる。組換え受容体には、キメラ受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）、および/またはトランスジェニックT細胞受容体（TCR）を含むトランスジェニック抗原受容体のようなその他のトランスジェニック受容体が含まれ得る。
【００２６】
具体的には、方法は、そのような細胞の複数の投与、または先の投与もしくは用量を受けたことのある対象への細胞の投与を含む。典型的には、第1のまたは先の投与（例えば、第1のまたは先の用量）において投与される細胞は、第2のまたは後の投与または用量において投与されるものとは異なるものである。典型的には、細胞は、少なくとも一部分、別の組換え分子、例えば、別の組換え受容体の発現のため、別のものである。いくつかの態様において、第2のまたは後の投与または用量の細胞は、第1の用量または投与のものが発現する受容体を発現しない。いくつかの態様において、そのような細胞は、第1の投与または用量のものとは異なる受容体を発現する。従って、いくつかの態様において、方法は、細胞の第2の（および/もしくは第3、第4、第5等の）用量を、第1の用量を受けたことのある対象へ投与する工程、ならびに/または第1および第2（および/もしくは第3、第4、第5等の）用量を対象へ投与する工程を含む。ここで、第2の用量において投与される細胞は、第1の用量において投与される細胞が発現する受容体とは異なる受容体を発現する。方法は反復的な様式で実施されてもよい。
【００２７】
いくつかの局面において、提供される態様は、組換え受容体を発現する投与された細胞への対象の曝露の増加（例えば、経時的な細胞数または持続時間の増加）が、養子細胞療法における効力および治療転帰を改善し得るという本明細書中の観察に基づく。複数の臨床試験において、CD19を標的とする種々のCAR発現T細胞の、様々なCD19発現癌を有する対象への投与の後に実施された予備分析は、CAR発現細胞へのより大きくかつ/またはより長い曝露の程度と処置転帰との間の相関を明らかにした。
【００２８】
そのような転帰には、患者の生存および寛解が含まれ、重度のまたは有意な腫瘍負荷を有する個体における生存および寛解すら含まれていた。にも関わらず、早すぎる細胞の排除をもたらし得る、投与された細胞によって発現された組換え受容体に対する宿主免疫応答によって、曝露は制限され得る。そのような宿主の獲得免疫応答または自然免疫応答が発達した後は、同一の組換え受容体を発現する細胞の後の用量を投与することによって、曝露の増加または対象の再処置の提供を試みることは実現可能または有効ではない場合がある。受容体に対するそのような免疫応答が発達した後、同一の受容体または類似した免疫原性エピトープを含むものを発現する細胞のそのような第2のまたは後の用量の投与は、有効または実質的な程度に増大しかつ/または持続する機会を有する前に、細胞の迅速な排除をもたらし得る。これらの困難を解決する態様が提供される。
【００２９】
いくつかの態様において、第1のまたは先の用量が発現する第1のまたは先の受容体とは異なる、第2の（および/またはその他の後の）受容体（例えば、CAR）を発現する細胞の第2の（および/またはその他の後の）用量を提供することによって、提供される方法は、第1のまたは先の受容体に対する宿主免疫応答による曝露の低下の問題を解決する。具体的には、第2のまたは後の用量の細胞は、第1のまたは先の用量の細胞が発現するのと同じ受容体を発現しないため、第2のまたは後の用量の細胞に存在する分子に特異的な免疫応答を対象が開始するリスクは低下する。
【００３０】
いくつかの局面において、提供される態様は、免疫療法、例えば、養子細胞免疫療法の状況における抗原の喪失、変異、修飾、および/またはダウンレギュレーションの観察に基づく。例えば、抗CD19 CAR発現T細胞を含むCD19標的療法を投与された数人の対象において、CD19陰性疾患が観察されている。いくつかの態様において、提供される方法には、そのような抗原のダウンレギュレーションまたは喪失または修飾の状況における利点がある。例えば、第1のまたは先の受容体が標的とする抗原またはエピトープと比較して異なる抗原に特異的に結合する第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与は、対象がそのようなエピトープまたは抗原の喪失または修飾を経験しているかまたは示す場合に、疾患もしくは状態の処置の継続および/または効力の改善を可能にすることができる。異なる抗原は、いくつかの態様において、第1の抗原が特異的であるかまたは関連しているのと同じ疾患または状態に特異的であるかまたは関連しているもう一つの抗原である。いくつかの態様において、それは、例えば、治療的介入の途中または後に、対象において発現されたスプライスバリアントまたは変異バージョンのような、第1の抗原のバリアントである。従って、本明細書に提供されるいくつかの方法および組成物の利点には、第1の処置アプローチの有効性を低下させる抗原の喪失、ダウンレギュレーション、または修飾を経験している対象における継続的な有効な処置を提供する能力が含まれる。
【００３１】
いくつかの態様において、対象は、第1のまたは先の投与の後に、例えば、第2のまたは後の投与の時点でまたはその直前に、第1のまたは先の受容体に対する免疫応答を示すため、第1の受容体を発現する細胞のさらなる投与、または類似した免疫原性による方法は、無効であり得る。いくつかの態様において、対象は、第2の受容体を発現する細胞の投与の後に、第2の受容体に対する免疫応答もしくは特定の型もしくは程度の免疫応答を示さないか、または一定の期間内に、例えば、それらの細胞の投与の約60日以内に、そのような応答を示さない。免疫応答の型は、検出可能な免疫応答、体液性免疫応答、および/または細胞性免疫応答であり得る。いくつかの態様において、第1のまたは先の投与の後のそのような免疫応答の存在または欠如は、検出され、第1のまたは先の受容体と比較して、第2のまたは後の受容体にどのような差が存在するよう設計されるかを通知することができる。そのような検出は、対象が特異的な免疫応答を示す第1のまたはその他の先の受容体（例えば、CAR）の少なくとも1個の領域の同定を含み得る。そのような同定された領域を、第2のまたはその他の後の受容体において変動させることができ、例えば、その1個または複数個の領域において異なる受容体を、第2の投与において選択することができる。
【００３２】
具体的には、第2の分子、例えば、第2の受容体（例えば、第2のCAR）は、一般に、第1の受容体（例えば、第1のCAR）と、例えば、アミノ酸配列および/または免疫学的エピトープにおいて、一定程度異なる。従って、第1のまたは先の受容体は、一般に、細胞が投与される対象の免疫系によって認識され得る、少なくとも1種のB細胞エピトープおよび/または少なくとも1種のT細胞エピトープのような、第2のまたは後の受容体に存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む。具体的な態様において、第2の（または後の）受容体、例えば、CARは、第1のまたは先の受容体と比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む。
【００３３】
そのような違いには、第1のまたは先の投与の後に対象において検出可能な免疫応答が示される第1のまたは先の受容体の領域と比較した少なくとも1つの違い、例えば、第1のまたは先の受容体のそのような領域に対応する第2のまたは後の受容体の領域における違いが含まれ得る。違いを含む領域には、scFv部分のような抗原結合部分、例えば、scFvの中のフレームワーク領域（FR）、もしくは、例えば、VHのFR1、FR2、FR3のような可変領域部分、重鎖および/もしくは軽鎖の可変領域部分、リンカー部分、ヒンジ部分、2個のCARドメインの間のジャンクション、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、ならびに/または非内在性である、例えば、宿主の内在性分子に存在する配列と同一でない、CARの中のアミノ酸の配列、例えば、天然環境において単一のアミノ酸配列において互いに天然に関連していない2個のドメインの間のジャンクション領域、例えば、キメラ受容体もしくは抗体/抗体断片の中の2個の内在性配列の間のジャンクションが含まれ得る。
【００３４】
一般に、第2のまたはその他の後の受容体には、第1のまたはその他の先の受容体と比較して、1つまたは複数の違いが存在するが、受容体は、類似性を有する領域、例えば、アミノ酸配列同一性を有する領域も含んでいてよい。いくつかの態様において、同一性を有する領域は、対象が、第1のまたは先の投与の後に、免疫応答を示さないかまたは示す可能性が低いものである。そのような領域には、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、CDR、および/または形質導入マーカーもしくは発現マーカーの中の領域が含まれ得る。scFvおよび/または可変領域が異なる受容体の間で異なる場合、それぞれのscFvまたは可変領域は、同一の種（例えば、マウスもしくはヒト）に由来してもよいし、異なる種に由来してもよいし、かつ/またはそれらの組み合わせであってもよい。
【００３５】
いくつかの態様において、第1の用量または投与の細胞の中の組換え分子、例えば、組換え受容体と、第2の用量または投与との間に認められる違いは、唯一の違いまたは実質的にもしくは本質的に唯一の違いである。いくつかの態様において、受容体における違いおよび/またはその他の認められる違いの他には、先および後の投与において投与される細胞および/または細胞集団は、同一であるかまたは本質的にもしくは実質的に同一である。いくつかの態様において、ある投与における、検出可能な表面レベルの1種または複数種のマーカーを発現する細胞の比は、後の投与と比較して、同一であるかまたは類似している。いくつかの態様において、異なる用量または投与における細胞の集団および/または亜集団の百分率は、同一であるかまたは実質的にもしくは本質的に同一である。異なる用量は、T細胞、CD8+および/またはCD4+T細胞、特定の系統または活性化状態または経験のT細胞の同一の百分率、例えば、エフェクターT細胞、未感作T細胞、および/もしくはメモリーT細胞、および/もしくはTCM細胞、TEM細胞、TSCM細胞のようなその亜集団の同一の相対百分率を含有していてよく、かつ/または細胞は、同一の対象、試料、組織、および/もしくは液体もしくはコンパートメントに由来してよい。いくつかの態様において、例えば、組換え受容体をコードするベクターによる形質導入によって、第1の用量の細胞を改変するために使用されるのと同じ細胞組成物のもう一つの部分が、第2の投与の細胞を改変するために使用される。いくつかの態様において、組成物は、第2の投与の前に、例えば、凍結保存によって保存される。
【００３６】
いくつかの態様において、用量は、特定の量でかつ/または特定のタイミングパラメータによって投与される。いくつかの態様において、第2（または第3、第4、第5等）の受容体を発現する細胞の第2のまたはその他の後の用量は、第1のまたはその他の先の用量における受容体に対する免疫応答が発達した後、発達する機会を有した後、かつ/または検出されるかもしくはその他の方法で存在することが確認された後の時点で、例えば、第1のもしくはその他の先の用量の、28日後もしくは約28日後もしくは35日後もしくは約35日後または少なくとも28日後もしくは約28日後もしくは35日後もしくは約35日後に与えられる。
【００３７】
後の用量は、標的とされた疾患もしくは障害の再発時の再処置のため、かつ/またはその再発を防止するため、かつ/または第1もしくは先の用量の後の疾患もしくは状態もしくは関心対象の抗原を標的とする組換え受容体を発現する細胞への曝露の低下を解決するかもしくは防止するため、使用され得る。例えば、後の用量は、いくつかの態様において、そのような細胞の持続性もしくは増大または対象もしくはその臓器もしくは液体の中のそのような細胞の総数もしくは相対数の減退の検出後または検出時に投与される。従って、いくつかの態様において、これらのパラメータのうちの1個または複数個が、第1のまたはその他の先の用量と第2のまたはその他の後の用量との間の時間に測定されるか、検出されるか、または査定され、そのような査定の結果に基づき、後の用量を投与するタイミングまたは決定がなされる。例えば、受容体を発現する細胞の数または濃度が、所望のレベルより低くなるか、または最大のもしくはその他の測定された濃度もしくは数に対する一定の百分率より低く減退したことが決定された時点で、第2の用量が投与されてよい。
【００３８】
組換え受容体、例えば、CAR、またはトランスジェニックTCRは、一般に、対象および/またはその細胞もしくは組織における疾患または状態によって発現され、それらに関連しており、かつ/またはそれらに特異的である1種または複数種の抗原に特異的に結合する。そのような疾患には、腫瘍、癌、その他の増殖性疾患、自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、および/または感染性の病原体もしくは疾患が含まれ得る。いくつかの態様において、第1の（またはその他の先の）受容体および第2の（またはその他の後の）受容体は、別のものであるが、同一のそのような抗原に特異的に結合する。結合は、類似したまたは同一のエピトープに対するものであってよい。いくつかの態様において、一方の受容体の抗原との結合は、抗原との結合について、他方のものと競合する。結合は、いくつかの態様において、他の受容体のものと競合しない完全に異なるエピトープ、および/または完全に異なる抗原に対するものである。これに関して、方法は、いくつかの態様において、疾患もしくは状態もしくはその細胞による標的のダウンレギュレーションもしくは変異に起因するような、特定のエピトープもしくは抗原を標的とする処置に対して抵抗性になった疾患もしくは状態を有し、かつ/または抗原喪失を経験している対象を処置するのに有用であり得る。例えば、いくつかの態様において、第1の受容体が認識するかまたは結合する抗原は、CD19であり、第2のまたは後の受容体が特異的に結合するかまたは認識する抗原は、CD22またはCD20のような、CD19とは異なる、B細胞に特異的なもしくはB細胞に関連した抗原（またはB細胞疾患、例えば、B細胞悪性腫瘍に関連しているかもしくは特異的な抗原）である。
【００３９】
従って、類似しているが別のものである疾患に関連したエピトープまたは抗原を標的とする能力を提示することによって、方法は、いくつかの態様において、対象における改変細胞の全体的な持続性を増加させるのみならず、細胞および/または療法の形態が、最初の標的のダウンレギュレーションまたは変異の状況ですら機能することを可能にすることによっても、効力を改善する。いくつかの態様において、第2の受容体は、同一の抗原および同一の疾患における異なる抗原に結合し、かつ/または細胞は、各々異なる抗原もしくはエピトープに結合する複数の受容体を含有し、そのうちの1種または複数種は、第1の受容体が認識するものと別のものであってもよいしもしくは同一であってもよい。いくつかの態様において、第2のまたは後の受容体は、第1の受容体が認識する抗原のバリアント、例えば、異なるスプライスバリアントまたは修飾バージョンに結合する。
【００４０】
いくつかの態様において、異なる受容体は、同一の種に起源を有する配列を有する（抗原結合ドメイン、例えば、sFv、および/もしくはキメラ受容体のその他のドメイン、例えば、その他のCARドメインのような）ドメイン、ならびに/または異なる種に起源を有する配列を有するものを有する。例えば、いくつかの態様において、異なる受容体は、2種のマウス由来scFvドメイン、またはそれぞれFMC63およびSJ25C1に由来するもののようなマウスに由来するフレームワーク領域（FR）配列を含む2種のscFvドメインのような、同一の種に由来する2種の異なる結合ドメインを含有している。他の態様において、異なる受容体は、異なる種に由来する同一のまたは異なる抗原のための2種の異なる結合ドメインを含有している。例えば、第1の受容体は、FMC63またはSJ25C1のようなマウス配列に由来するscFvまたはその他の結合ドメインを有し、もう一つの受容体は、もう一つの種に完全にまたは部分的に由来するドメイン、例えば、ヒトのまたはヒト化された配列、例えば、同一の抗原、例えば、同一のもしくは類似しているもしくは別のエピトープ、または別の抗原に結合するものを有する。
【００４１】
いくつかの態様において、受容体は、他方のパートナーが、疾患もしくは状態もしくはその細胞もしくは組織の状況において特異的に発現され、かつ/またはその発現が疾患もしくは状態に関連している、結合パートナー対の一方および/またはそのバリアントのような、抗原受容体以外の受容体である。いくつかの態様において、そのような受容体は、キメラ受容体である。いくつかの態様において、そのようなキメラ受容体は、そのような結合パートナーと特異的に相互作用する細胞外結合部分を含有し、かつ、例えば、いくつかのキメラ抗原受容体に存在するもののような、活性化ドメインおよび/または共刺激ドメインのような、免疫賦活性シグナルを強化することができる膜貫通ドメインおよび/または細胞内シグナル伝達ドメインを含有している。
【００４２】
いくつかの態様において、提供される方法は、対象における疾患または障害の長期的または連続的な処置または管理のためのものであり、改変細胞の第1、第2、第3、および/または複数の付加的な後の投与を含む。ここで、用量のうちの一つまたは複数は、他の用量におけるものとは異なるものであるが、対象における同一の疾患または状態を標的とする組換え受容体、例えば、同一のまたは異なるエピトープにおいて、同一のまたは異なる、疾患に特異的なまたは疾患に関連した抗原を標的とする別の受容体を発現する細胞を含む。長期的なまたは慢性の処置または管理は、いくつかの態様において、免疫原性、ならびに/または細胞の曝露、存在、持続性、数、および/もしくは百分率の下落について対象をモニタリングし、第1のまたは先の受容体または細胞に関する効力の喪失またはそのリスクの特定の指標が検出された場合、検出された時に、次の後の投与（例えば、次の後の受容体）を導入する、反復過程である。いくつかの態様において、先の用量における細胞の持続性、増大、もしくは曝露の低下、対象におけるそれに特異的な免疫応答、再発、抵抗性、および/または標的抗原のダウンレギュレーションもしくは変化のような、効力の喪失のリスクの一つまたは複数の指標の検出時に、各々の後の投与が開始される。
【００４３】
第2のキメラ受容体の投薬の例示的な方法
いくつかの態様において、方法は、第1のキメラ受容体に対する免疫応答を発達させており、かつ/または第1のキメラ受容体に対して免疫原性である可能性の高い対象への、第2のキメラ受容体の投与を含む。いくつかの態様において、第1のキメラ受容体は、免疫原性である第1および第2のドメインのジャンクション領域を含有している。いくつかの態様において、免疫原性領域は、1種または複数種の（T細胞エピトープとも呼ばれる）ペプチドエピトープを含む。いくつかのケースにおいて、2個のドメインのジャンクションにかかる、可能性のあるペプチドエピトープを含有しているジャンクション領域は、免疫原性であり得、ジャンクション領域を含有しているキメラ受容体の対象への投与時に免疫応答の生成をもたらし得る。いくつかの態様において、ジャンクション領域には、キメラ受容体の第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側にある約8〜24アミノ酸（例えば、8〜15アミノ酸もしくは8〜13アミノ酸、例えば、約8アミノ酸、約9アミノ酸、約10アミノ酸、約11アミノ酸、約12アミノ酸、約13アミノ酸、約14アミノ酸、約15アミノ酸、もしくは、8アミノ酸、9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、13アミノ酸、14アミノ酸、15アミノ酸、もしくはそれ以上）および/またはジャンクションのすぐN末端側にある約8〜24アミノ酸（例えば、8〜15アミノ酸もしくは8〜13アミノ酸、例えば、約8アミノ酸、約9アミノ酸、約10アミノ酸、約11アミノ酸、約12アミノ酸、約13アミノ酸、約14アミノ酸、約15アミノ酸、もしくは、8アミノ酸、9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、13アミノ酸、14アミノ酸、15アミノ酸、もしくはそれ以上）の連続配列の複数の個々のオーバーラップペプチド断片が含まれ得る。ペプチド断片は、各々、2個のドメインのジャンクションを含むかまたはそれにかかっていてよい。従って、いくつかのケースにおいて、ジャンクション領域は、HLA分子に対する結合親和性を示し、かつ/または免疫応答を誘導することができる複数の可能性のあるペプチドエピトープを含有していてよい。
【００４４】
いくつかの態様において、キメラ受容体のジャンクション領域のような免疫原性領域を同定することができる。いくつかの態様において、MHC分子に結合する能力または一定の条件の下で免疫応答を誘発する能力によって、免疫原性領域を同定することができる。いくつかの態様において、9アミノ酸長、10アミノ酸長、11アミノ酸長、12アミノ酸長、13アミノ酸長、14アミノ酸長、または15アミノ酸長のような、8アミノ酸長〜20アミノ酸長のオーバーラップペプチドのような、キメラ受容体のオーバーラップペプチドを、下記のようなアルゴリズムまたはその他の計算法を使用して、MHC結合について査定することができる。いくつかの態様において、キメラ受容体（例えば、CAR）によって遺伝学的に改変された細胞を投与された対象のような、それが投与された対象において、免疫応答を査定することによって、免疫原性であるか否かを決定するため、キメラ受容体を査定することができる。免疫応答を査定する例示的な方法は、以下に記載される。
【００４５】
いくつかの態様において、少なくとも1種のペプチドエピトープは、細胞機構によってプロセシングされたペプチドを含むポリペプチドのペプチド断片と、いくつかのケースにおいて、複合体を形成することができる多形のペプチド結合部位または結合溝を含有している分子である、クラスIまたはクラスIIのタンパク質のような、主要組織適合性複合体（MHC）分子に結合することができる。いくつかの態様において、ペプチドエピトープは、ヒトMHC分子であるMHC分子に結合することができる。いくつかの態様において、MHC分子は、ヒト白血球抗原（HLA）分子である。いくつかの態様において、少なくとも1種のペプチドエピトープは、HLAクラスI分子またはHLAクラスII分子のようなHLA分子に対する結合親和性（例えば、IC50）を示す。いくつかの態様において、参照キメラ受容体のジャンクション領域は、1000nM未満、500nM未満、または50nM未満の結合親和性を示すペプチドエピトープを含有している。
【００４６】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体のジャンクション領域の少なくとも1種または複数種のペプチドエピトープは、MHCクラスIIエピトープである。いくつかの態様において、MHCクラスII分子に結合するペプチドは、8〜20アミノ酸長、例えば、10〜17アミノ酸長であってよい。いくつかの態様において、MHCクラスII分子に結合するペプチドは、20アミノ酸より長くてもよい。いくつかの態様において、ペプチドは、MHC IIペプチド結合溝に沿って拡張型（extended）コンフォメーションで存在する。いくつかの態様において、MHC IIペプチド結合溝は、両端が開放されている。いくつかの態様において、ペプチドは、少なくとも一部分、ペプチド結合溝を裏打ちする保存された残基との主鎖原子接触によって適所に保持される。いくつかの態様において、MHCクラスII対立遺伝子は、ヒト対象のような対象に存在することが公知の任意のものであってよい。いくつかの態様において、MHC対立遺伝子は、DR1、DR3、DR4、DR7、DR52、DQ1、DQ2、DQ4、DQ8、およびDP1であってよいが、これらに限定されない。いくつかの態様において、MHCクラスII対立遺伝子は、表1Bに示された任意のものであってよい。いくつかの態様において、MHCクラスII対立遺伝子は、HLA-DRB1*0101、HLA-DRB*0301、HLA-DRB*0701、HLA-DRB*0401、HLA-DQB1*0201である。
【００４７】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体のジャンクション領域の少なくとも1種のペプチドエピトープは、MHCクラスIエピトープである。いくつかの態様において、MHCクラスI分子に結合するペプチドは、7〜15アミノ酸長であってよい。いくつかの態様において、MHCクラスI分子に結合するペプチドは、8〜13アミノ酸長であってよい。いくつかの態様において、ペプチドの結合は、ペプチドの主鎖の原子と、全てのMHCクラスI分子のペプチド結合溝にある不変部位との間の接触によって、2個の末端において安定化される。いくつかの態様において、ペプチドのアミノ末端およびカルボキシ末端に結合する溝の両端に不変部位が存在する。いくつかの態様において、ペプチド長の変動は、ねじれによってペプチド骨格に適応する。いくつかの態様において、ねじれは、可動性を可能にすることができるプロリン残基またはグリシン残基を含む。いくつかの態様において、MHCクラスI対立遺伝子は、ヒト対象のような対象に存在することが公知の任意のものであってよい。いくつかの態様において、MHCクラスI対立遺伝子は、HLA-A2、HLA-A1、HLA-A3、HLA-A24、HLA-A28、HLA-A31、HLA-A33、HLA-A34、HLA-B7、HLA-B45、またはHLA-Cw8対立遺伝子である。いくつかの態様において、MHCクラスI対立遺伝子は、最も高頻度のMHCクラスI対立遺伝子に含まれる、表1Aに示された任意のものであってよい（Solberg et al.,(2008)Hum Immunol.2008 Jul;69(7):443-6）。いくつかの態様において、HLAクラスI対立遺伝子は、HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、またはHLA-B*08:01である。
【００４８】
いくつかの態様において、MHCクラスI対立遺伝子は、いくつかの集団において、集団のおよそ50％によって発現されている、HLA-A2対立遺伝子である。いくつかの態様において、HLA-A2対立遺伝子は、HLA-A*0201、*0202、*0203、*0206、または*0207遺伝子産物であってよい。いくつかのケースにおいて、異なる集団の間には亜型の頻度の違いが存在し得る。例えば、いくつかの態様において、HLA-A2陽性コーカサス人集団の95％超が、HLA-A*0201であるが、中国人集団においては、頻度が、およそ23％ HLA-A*0201、45％ HLA-A*0207、8％ HLA-A*0206、および23％ HLA-A*0203であることが報告されている。いくつかの態様において、MHC分子は、HLA-A*0201である。
【００４９】
いくつかの態様において、第2のキメラ受容体は、参照キメラ受容体の第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の8〜24位のアミノ酸（例えば、8〜15個または8〜13個、例えば、約8個、約9個、約10個、約11個、約12個、約13個、約14個、約15個、または8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、またはそれ以上のアミノ酸）および/またはジャンクションのすぐN末端側の8〜24位のアミノ酸（例えば、8〜15個もしくは8〜13個、例えば、約8個、約9個、約10個、約11個、約12個、約13個、約14個、約15個、または8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、またはそれ以上のアミノ酸）の1個または複数個のアミノ酸残基が、例えば、挿入、欠失、またはアミノ酸置換によって修飾されている、第1のキメラ受容体であり得る参照キメラ受容体のジャンクション領域と比較して修飾されたジャンクション領域を含有しているバリアントキメラ受容体である。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体のジャンクション領域と比較して、修飾されたジャンクション領域において、最大1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、または20個のアミノ酸の違いまたは修飾を含有している。
【００５０】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体の第1のドメインに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するドメインを含有し、かつ/または参照キメラ受容体の第2のドメインに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するドメインを含有している。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体の第1のドメインと配列が同一であるドメインを含有し、かつ参照キメラ受容体の第2のドメインに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を有するドメインを含有している。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体の第1のドメインに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を有するドメインを含有し、かつ参照キメラ受容体の第2のドメインと配列が同一であるドメインを含有している。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体に存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含有している部分において、参照キメラ受容体の第1のドメインおよび/または第2のドメインと比較して、修飾されている。
【００５１】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を有する。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体と比較して、最大1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、または20個のアミノ酸の違いまたは修飾（例えば、アミノ酸の挿入、欠失、または置換）を含有している。
【００５２】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体（例えば、参照CAR）の第1および/または第2のドメインは、天然内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のタンパク質のドメインもしくはその機能部分に対して100％の同一性を有するドメインである。いくつかの態様において、第1のドメインおよび第2のドメインは、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しない。いくつかの態様において、第1のドメインおよび第2のドメインは、単一の天然または内在性のヒトタンパク質またはヒトポリペプチドに存在しない。
【００５３】
いくつかの態様において、第1および/または第2のドメインは、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、もしくは細胞内シグナル伝達ドメイン、もしくはそれらの機能性部分であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28、4-1BB、もしくはICOSの共刺激シグナル伝達ドメインのような共刺激シグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、T細胞受容体（TCR）成分であるかもしくはそれを含み、かつ/または免疫受容活性化チロシンモチーフ（ITAM）を含有しているドメインのような活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかもしくはそれを含む。いくつかのケースにおいて、活性化細胞質ドメインは、CD3ζ鎖の細胞質シグナル伝達ドメインもしくはその機能性バリアントもしくはシグナル伝達部分であるかまたはそれを含む。
【００５４】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体はCARである。いくつかの態様において、CARのようなキメラ受容体は、N末端からC末端へ順に、細胞外リガンド結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含有している。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、活性化シグナル伝達ドメイン（例えば、TCRのかつ/もしくはITAMを含有している成分、例えば、CD3ζシグナル伝達ドメイン）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメイン（例えば、CD28、4-1BB、もしくはICOSのシグナル伝達ドメイン）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメインもしくは活性化シグナル伝達ドメインの一方のみを含有しているか、またはいずれかの順に両方のドメインを含有している。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化シグナル伝達ドメインの両方を含有している。
【００５５】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、N末端からC末端へ順に、細胞外リガンド結合ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに細胞内シグナル伝達ドメインの一部として各々単独でまたはいずれかの順に、共刺激シグナル伝達ドメイン（例えば、CD28、4-1BB、もしくはICOS）および/または活性化シグナル伝達ドメイン（例えば、TCRのかつ/もしくはITAMを含有している成分、例えば、CD3ζシグナル伝達ドメイン）を任意で含んでいてよい細胞内シグナル伝達ドメインを含有していてもよく、バリアントキメラ受容体は、ジャンクションのいずれかの側（N末端側および/またはC末端側）にある8〜24アミノ酸（例えば、8〜15アミノ酸または8〜13アミノ酸、例えば、約8アミノ酸、約9アミノ酸、約10アミノ酸、約11アミノ酸、約12アミノ酸、約13アミノ酸、約14アミノ酸、約15アミノ酸、または8アミノ酸、9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、13アミノ酸、14アミノ酸、15アミノ酸、またはそれ以上）の連続部分の中の1個または複数個のアミノ酸残基において修飾を含有している。
【００５６】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体の特色は、下記のサブセクションIIIに記載される任意のものであってよい。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体の特色は、バリアントキメラ受容体が、記載されたような修飾されたジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有していること以外は、下記のサブセクションIIIに記載される任意のものであってもよい。
【００５７】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、記載されたような参照キメラ受容体のジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有している修飾されたジャンクション領域を含有しており、参照キメラ受容体は、ジャンクションにおいて連続配列へと接合された、細胞外リガンド結合ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第1のドメインと、ヒンジドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第2のドメインとを含有している。
【００５８】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、記載されたような参照キメラ受容体のジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有している修飾されたジャンクション領域を含有しており、参照キメラ受容体は、ジャンクションにおいて連続配列へと接合された、ヒンジドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第1のドメインと、膜貫通ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第2のドメインとを含有している。
【００５９】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、記載されたような参照キメラ受容体のジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有している修飾されたジャンクション領域を含有しており、参照キメラ受容体は、ジャンクションにおいて連続配列へと接合された、膜貫通ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第1のドメインと、共刺激シグナル伝達ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第2のドメインとを含有している。
【００６０】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、記載されたような参照キメラ受容体のジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有している修飾されたジャンクション領域を含有しており、参照キメラ受容体は、ジャンクションにおいて連続配列へと接合された、共刺激シグナル伝達ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第1のドメインと、活性化細胞質シグナル伝達ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第2のドメインとを含有している。
【００６１】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体の第1のドメインは、膜貫通ドメインまたはその一部であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインには、T細胞受容体のα鎖、β鎖、もしくはζ鎖、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CDS、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD 154に由来する（即ち、それらの膜貫通領域を少なくとも含む）もの、および/またはそれらの構造的特性、例えば、膜貫通特性を有する実質的な部分を保持するもののような、それらの機能性バリアントを含有している膜貫通領域が含まれる。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、CD4、CD28、もしくはCD8、例えば、CD8αに由来する膜貫通ドメイン、またはそれらの機能性バリアントである。いくつかの態様において、参照キメラ受容体の第2のドメインは、膜貫通ドメインに直接連結されているかもしくは接合されている共刺激シグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、およびICOSのシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。
【００６２】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、記載されたような参照キメラ受容体のジャンクション領域における1個または複数個の修飾（例えば、挿入、欠失、または置換）を含有している修飾されたジャンクション領域を含有しており、参照キメラ受容体は、ジャンクションにおいて連続配列へと接合された、CD28膜貫通ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第1のドメインと、4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインもしくはその一部であるかまたはそれを含む第2のドメインとを含有している。いくつかの態様において、CD28膜貫通ドメインは、SEQ ID NO:2、103、もしくは104に示されたアミノ酸の配列であるかもしくはそれを含むか、またはSEQ ID NO:2、103、もしくは104に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を示す配列を含むそれらの機能性部分もしくはバリアントである。いくつかの態様において、4-1BBシグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:3に示されたアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:3に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を示す配列を含むそれらの機能性部分もしくはバリアントであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、第1のドメインおよび第2のドメインは、共に、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:5に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むそれらの機能性部分もしくはバリアントを含むかまたは有する。いくつかの態様において、参照キメラ受容体の第1のドメインおよび第2のドメインは、共に、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列を有するかまたは含む。
【００６３】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、SEQ ID NO:137に対して100％より小さいが85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、または96％より大きい配列同一性を有し、かつ修飾を含む、修飾されたジャンクション領域を含む。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、SEQ ID NO:5に対して100％より小さいが85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、または96％より大きい配列同一性を有し、かつ修飾を含む、アミノ酸の配列を有するかまたは含む。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、各々修飾を含む、SEQ ID NO:138〜157のいずれかに示されたアミノ酸の配列、SEQ ID NO:138〜157のいずれかに示されたアミノ酸の配列に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、もしくは96％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むそれらの機能性バリアント、またはそれらの機能性部分を有するかまたは含む。
【００６４】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、CD28膜貫通ドメインのような膜貫通ドメインにおいて、疎水性アミノ酸残基における修飾もしくは疎水性アミノ酸残基の修飾、または疎水性部分の中の修飾を含有していない。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、CD28膜貫通ドメインのような膜貫通ドメインにおいて、疎水性アミノ酸残基における修飾もしくは疎水性アミノ酸残基の修飾、または疎水性部分の中の修飾を1個または複数個含有している。いくつかの態様において、1個または複数個の修飾は、疎水性アミノ酸のもう一つの異なる疎水性アミノ酸残基への置換であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、1個または複数個の修飾は、もう一つの疎水性アミノ酸残基への置換以外の、膜貫通ドメインにおける、疎水性アミノ酸残基における修飾もしくは疎水性アミノ酸残基の修飾、もしくは疎水性部分の中の修飾ではないかまたはそれを含まない。
【００６５】
いくつかのケースにおいて、膜貫通ドメインは、膜の脂質二重層と相互作用する1個または複数個のトリプトファン残基を含有している。いくつかのケースにおいて、1個または複数個のトリプトファン残基は、脂質水界面の近くに位置していてよい。いくつかのケースにおいて、1個または複数個のトリプトファン残基は、膜貫通ドメインを膜内にアンカリングするかまたはそのアンカリングを支援する。例えば、de Jesus and Allen,Biochim Biophys Acta.2013 Feb;1828(2):864-76を参照すること。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、CD28膜貫通ドメインのような膜貫通ドメインにおいてトリプトファン残基の一方または両方に修飾を含有していない。いくつかの態様において、キメラ受容体は、各々、参照キメラ受容体におけるトリプトファンに相当する、SEQ ID NO:5のナンバリングに基づく2位および/または26位に相当するアミノ酸位置に、修飾を含有していない。
【００６６】
いくつかの態様において、参照キメラ受容体の膜貫通ドメインに相当するバリアントキメラ受容体のドメインは、実質的に疎水性のヒドロパシープロファイルを有し、かつ/または1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、もしくはそれ以上のヒドロパシー（GRAVY）値の全体平均を有する。
【００６７】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、4-1BBシグナル伝達に関与するかまたはそのために必要なアミノ酸残基における修飾またはそれらのアミノ酸残基の修飾のような、共刺激シグナル伝達ドメインのシグナル伝達に関与するかまたはそのために必要なアミノ酸残基における修飾またはそれらのアミノ酸残基の修飾を含有していない。一般に、共刺激シグナル伝達は、TRAF分子との相互作用を含む。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、TRAF分子と相互作用するか、またはTRAF分子との結合のための結合モチーフの一部であるアミノ酸残基における修飾またはそれらのアミノ酸残基の修飾を含有していない。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、モチーフ(P/S/A/T)X(Q/E)Eを含む参照キメラ受容体の共刺激シグナル伝達ドメインのアミノ酸残基における修飾またはそれらのアミノ酸残基の修飾を含有していない。いくつかの態様において、TRAF分子は、TRAF1、TRAF2、および/またはTRAF3である。いくつかの態様において、参照キメラ受容体の共刺激シグナル伝達ドメインに相当するバリアントキメラ受容体のドメインは、TRAFの活性化または細胞局在を誘導することができ、かつ/またはTRAFによって媒介されるシグナル伝達を誘導することができる。いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、各々SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく49〜52に相当する位置にアミノ酸TTQEを含有し、かつ/または残基60〜63に相当する位置にアミノ酸PEEEを含有している。
【００６８】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42またはアミノ酸残基15〜40の部分の中に1個または複数個のアミノ酸修飾を含有している。
【００６９】
いくつかの態様において、修飾は、1個もしくは複数個のアミノ酸残基の挿入であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、1個または複数個の挿入は、ドメイン間のジャンクションに隣接しているアミノ酸残基の間になされる。いくつかの態様において、1個または複数個のアミノ酸挿入は、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づくアミノ酸残基27と28との間になされる。いくつかの態様において、1個または複数個の挿入は、最大1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、または15個のアミノ酸残基の挿入を含んでいてよい。いくつかの態様において、挿入は、1個、2個、3個、4個、または5個のアミノ酸残基の挿入である。いくつかの態様において、挿入は、任意のアミノ酸残基になされる。いくつかの態様において、挿入は、アスパラギン（N）の挿入である。
【００７０】
いくつかの態様において、修飾は、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基28、31、もしくは34に相当する残基における1個もしくは複数個のアミノ酸置換であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、アミノ酸置換は、任意の他のアミノ酸へのものであってよい。いくつかの態様において、アミノ酸置換は、ロイシン（L）、アスパラギン（N）、グルタミン（Q）、アラニン（A）、セリン（S）、またはヒスチジン（H）であるアミノ酸残基へのものである。いくつかの態様において、アミノ酸置換は、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づくK28A、K28H、K28L、K28Q、K28S、R31A、R31H、R31L、R31N、L34A、およびL34Sのうちの1個もしくは複数個であるかまたはそれらに相当する。
【００７１】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、参照キメラ受容体のジャンクション領域と比較して、2個以上、例えば、最大2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、またはそれ以上のアミノ酸修飾を有する修飾されたジャンクション領域を含有している。いくつかの態様において、アミノ酸置換は、K28Q/R31A、K28Q/R31N、K28Q/R31S、K28Q/L34A、K28Q/L34S、R31N/L34A、R31N/L34S、K28Q/R31N/L34A、K28Q/R31N/L34Sの中から選択されるアミノ酸置換であるかまたはそれに相当する。
【００７２】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、各々修飾を含む、SEQ ID NO:138〜157のいずれかに示されたアミノ酸の配列を有する修飾されたジャンクション領域、SEQ ID NO:138〜157のいずれかに示されたアミノ酸の配列に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、もしくは96％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むそれらの機能性バリアント、もしくはそれらの機能性部分を有するかまたは含む。
【００７３】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、各々修飾を含む、SEQ ID NO:114〜134のいずれかに示されたアミノ酸の配列、SEQ ID NO:114〜134のいずれかに示されたアミノ酸の配列に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、もしくは96％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むそれらの機能性バリアント、もしくはそれらの機能性部分を有するかまたは含む。
【００７４】
いくつかの態様において、バリアントキメラ受容体は、そのような領域のペプチド断片が、ヒト白血球抗原（HLA）に対してより低い結合親和性を示し、かつ/または領域が、例えば、対象への投与の後、低下した免疫原性を示すような、修飾されたジャンクション領域を含有している。
【００７５】
いくつかの態様において、修飾されたジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片は、参照キメラ受容体のジャンクション領域の相当する部分の配列を有するペプチド断片の、同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低い、HLA分子に対する結合親和性を有する。いくつかの態様において、参照キメラ受容体のジャンクション領域の相当する部分のペプチド断片は、1000nM未満、500nM未満、または50nM未満の結合親和性を有する。
【００７６】
いくつかの態様において、修飾されたジャンクション領域の中の全ての8〜15アミノ酸断片、または全ての8、9、10、11、12、13、14、もしくは15アミノ酸断片の、ヒトHLA分子に対する結合親和性の平均は、参照キメラ受容体のジャンクション領域の中の全ての8〜15アミノ酸断片、または全ての8、9、10、11、12、13、14、もしくは15アミノ酸断片の結合親和性の平均より低い。いくつかの態様において、結合親和性または結合親和性の平均は、2倍超、5倍超、10倍超、25倍超、50倍超、または100倍超、低い。
【００７７】
いくつかの態様において、1000nM未満のヒト白血球抗原（HLA）に対する結合親和性を有する修飾されたジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数は、同一のHLAとの結合について同一の親和性を有する参照キメラ受容体のジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数と比較して、低下している。いくつかの態様において、500nM未満のヒト白血球抗原（HLA）に対する結合親和性を有する修飾されたジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数は、同一のHLAとの結合について同一の親和性を有する参照キメラ受容体のジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数と比較して、低下している。いくつかの態様において、50nM未満のヒト白血球抗原（HLA）に対する結合親和性を有する修飾されたジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数は、同一のHLAとの結合について同一の親和性を有する参照キメラ受容体のジャンクション領域の8〜15アミノ酸部分の配列を有するペプチド断片の数と比較して、低下している。
【００７８】
いくつかの態様において、結合親和性は、実験またはアルゴリズムによって決定され得る。いくつかの態様において、MHCに対するペプチドの結合親和性は、計算によって、例えば、定量的結合親和性モデルに基づくアルゴリズム（Lafuente and Reche(2009)Current Pharmaceutical Design,15:3209-3220）を使用することによって、決定され得る。いくつかの態様において、結合親和性は、インビトロアッセイにおいて決定され得る。
【００７９】
いくつかの態様において、MHC分子に対するペプチドの結合親和性の決定は、放射能または蛍光による競合結合アッセイを含む。例えば、Ettinger et al.,J.Immunol.160:2365(1998)を参照すること。いくつかの態様において、競合アッセイは、異なるペプチドの結合親和性の比較を与える。いくつかのMHC結合研究は、EBVによって形質転換された細胞株に由来する界面活性剤によって可溶化されたクラスI分子を利用している（例えば、Sette,A.,et al.,Mol Immunol,31(11):813-22(1994)を参照すること）。いくつかの態様において、競合アッセイは、天然に負荷されたMHCを含み、関心対象のMHC分子は、界面活性剤による溶解物の中の他のMHC分子から精製されてもよいし、または他のMHC分子との混合物として使用されてもよい。いくつかの態様において、当該MHC分子に対する高い親和性を有する放射標識ペプチドを同定することができる。いくつかの態様において、次いで、高親和性放射標識ペプチドと競合する能力によって、当該MHC分子に対する付加的な「試験」ペプチドの親和性を決定する。
【００８０】
いくつかの態様において、ペプチドの親和性の決定は、pH2〜3で短期間インキュベートすることによって、適切なMHC対立遺伝子を発現する細胞からネイティブ結合ペプチドを「取り除く（stripped）」、例えば、「T2」細胞を使用した、再構成アッセイを含んでいてもよい。いくつかの態様において、同一のMHC対立遺伝子に対する推定MHC結合ペプチドの結合親和性を決定するため、取り除かれたMHCモノマーを、溶液中で、推定MHC結合ペプチド、β2ミクログロブリン、およびコンフォメーション依存性モノクローナル抗体と合わせることができる。いくつかの態様において、例えば、標識されたモノクローナルまたは蛍光標識された二次抗体のいずれかによって直接標識した後、試験結合ペプチドと共にインキュベートされた細胞と、試験結合ペプチドなしでインキュベートされた細胞との間の決定された蛍光強度の違いを、試験ペプチドの結合を決定するために使用することができる。
【００８１】
いくつかの態様において、MHC（例えば、HLA）分子に対する結合親和性は、参照ペプチドの結合の50％の阻害が観察される結合アッセイにおけるペプチドの濃度である、IC50によって表される。いくつかのケースにおいて、そのようなアッセイは、IC50値がKD値に近似する条件（即ち、HLAタンパク質および標識されたペプチドの限界濃度）において実行され得る。いくつかの態様において、結合は、参照ペプチドに対して相対的に表され得る。
【００８２】
いくつかの態様において、結合親和性はインシリコの方法を使用して予測され得る。アルゴリズムまたはその他の計算の方法を使用してMHC結合についての結合親和性を予測するための例示的なインシリコの方法は、当技術分野において公知である（例えば、Marsh,et al.,The HLA Factsbook(Academic Press,2000)を参照すること）。いくつかの態様において、アルゴリズムは、関心対象のペプチドが所定のMHC分子に結合するか否かを予測するために使用され得る。例えば、Southwood,et al.,J.Immunol.160:3363(1998)；Honeyman,et al.,Nat.Biotechnol.16:966-969(1998)；Breisie,et al.,Bioinformatics 14:121-131(1998)、および「SYFPEITHI」アルゴリズム（Hans-Georg Rammensee,et al.,Immunogenetics(1999)50:213-219)、Zhang et al.,PLoS ONE 7(2):e30483.doi:10.1371/journal.pone.0030483,the Immune Epitope and Analysis Resource(IEDB)(Peters B,et al.PLoS Biology 3:379(2005)）、および「BIMAS」アルゴリズム（Parker,K.C .,M.A.Bednarek,and J.E.Coligan.J.Immunol.152:163(1994)）を参照すること。
【００８３】
いくつかの態様において、IEDBから入手可能なものを含むアルゴリズム予測ツールは、ANN（Nielsen et al.(2003)Protein Sci.,12:1007-1017およびLundegaard et al.(2008)NAR,36:W509-512）、SMM（Peters and Sette(2005)BMC Bioinformatics,6:132）、およびcomblib（Sidney et al.(2008)Immuno Res.4:2）、またはコンセンサスツール（Kim,et al.(2012)Immune epitope database analysis resource,NARを参照すること。上記のいずれかからの予測を組み合わせる）を使用した1種または複数種の予測を使用する。
【００８４】
いくつかの態様において、抗原プロセシングの予測は、プロテアソーム切断についてのアルゴリズム（PaProC）を使用して達成され得る。Kuttler et al.,J.Mol.Biol.298(2000),417-429およびNussbaum et al.,Immunogenetics 53(2001),87-94を参照すること。
【００８５】
いくつかの態様において、第2のキメラ受容体であり得るバリアントキメラ受容体は、第1のキメラ受容体であり得る参照キメラ受容体と比較して、検出可能な免疫応答の低下を示す。いくつかの態様において、免疫応答は体液性免疫応答である。いくつかの態様において、免疫応答は細胞性免疫応答である。いくつかの態様において、免疫応答は、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、50倍、100倍、またはそれ以上、低下する。いくつかの態様において、免疫応答はインビトロで査定される。いくつかの態様において、免疫応答は、キメラ受容体を発現する細胞の投与のような、キメラ受容体の対象への投与によって、インビボで査定される。いくつかの態様において、キメラ受容体に対する宿主免疫応答は、下記のように査定される。
【００８６】
II.養子細胞療法における細胞の投与
提供される方法は、一般に、その成分が組換え分子、例えば、受容体によって特異的に認識されかつ/または処置される疾患または状態のような疾患または状態を有する対象へ、組換え分子、例えば、組換え受容体、例えば、CAR、その他のキメラ受容体、またはその他の抗原受容体、例えば、トランスジェニックTCRを発現する細胞の複数の用量を投与する工程を含む。投与は、一般に、疾患もしくは状態の一つまたは複数の症状の改善を達成し、かつ/または疾患もしくは状態もしくはその症状を処置するかもしくは防止する。
【００８７】
本明細書において使用されるように、「対象」とは、ヒトまたはその他の動物のような哺乳動物であり、典型的には、ヒトである。いくつかの態様において、対象は、一回または複数回の投与または用量の前に、疾患または状態を標的とする治療剤によって処置されたことがある。いくつかの局面において、対象は、他の治療剤に対して難治性もしくは非応答性であるかまたは難治性もしくは非応答性になる。いくつかの態様において、対象は、難治性または非応答性になっていないが、例えば、対象が処置に対して難治性または抵抗性になるのを防止するため、予防的に、第2のまたは後の受容体を発現する細胞の投与が実施される。
【００８８】
いくつかの態様において、対象は、一回または複数回の投与の時点でまたはその直前に、持続性または再発性の疾患を有する。例えば、疾患は、化学療法、放射線、および/もしくは造血幹細胞移植（HSCT）、例えば、同種HSCTを含む、もう一つの治療的介入による処置の後に再発していてもよいし、またはそのような処置に対して難治性になっていてもよい。疾患または状態は、第2の投与の前にまたはその時点で、再発していてもよいし、または第1の投与もしくは用量の細胞に対して難治性になっていてもよい。いくつかの態様において、投与は、養子細胞療法以外の療法または養子細胞療法のようなもう一つの療法、例えば、別の受容体を発現する細胞の第1の投与に対して対象が抵抗性になっていたとしても、対象を有効に処置する。
【００８９】
いくつかの態様において、対象は、他の治療剤または細胞投与に対して応答性であり、治療剤または投与による処置は、疾患負荷を低減する。いくつかの局面において、対象は、最初は、治療剤または投与に対して応答性であるが、次第に、例えば、細胞治療の投与または第2の用量もしくは投与が実施される時点で、疾患または状態の再発を示す。いくつかの態様において、対象は再発していない。いくつかのそのような態様において、対象は、再発のリスクを有する、例えば、再発の高いリスクを有すると決定され、従って、例えば、再発の可能性を低下させるかまたは再発を防止するため、予防的に細胞が投与される。
【００９０】
いくつかの態様において、対象は、もう一つの治療剤による先の処置を受けたことがない。いくつかの態様において、対象は、第1の用量の投与の前に、受容体、例えば、CARを発現する細胞の用量を受けたことがなく、かつ/またはそのような細胞が発現するCARもしくはその他の受容体を発現するか、もしくは同一の分子もしくは抗原を標的とする組換え受容体を発現する細胞の用量を受けたことがない。いくつかの態様において、対象は、第1の用量の投与の前に、第1の用量の受容体を発現する細胞の用量を受けたことがない。他の態様において、第1および/または第2の投与の細胞の複数の用量が与えられる。
【００９１】
疾患、状態、および障害の中には、固形腫瘍、血液悪性腫瘍、およびメラノーマを含み、局所および転移性の腫瘍を含む腫瘍、感染症、例えば、ウイルスまたは他の病原体、例えば、HIV、HCV、HBV、CMV、ＨＰＶによる感染、ならびに寄生生物疾患、ならびに自己免疫性疾患および炎症性疾患がある。一部の態様において、疾患または状態は、腫瘍、癌、悪性腫瘍、新生物、または他の増殖性の疾患もしくは障害である。このような疾患には、白血病、リンパ腫、例えば、慢性リンパ性白血病(CLL)、ALL、非ホジキンリンパ腫、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、難治性濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、無痛性B細胞リンパ腫、B細胞悪性腫瘍、結腸癌、肺癌、肝臓癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、皮膚癌、メラノーマ、骨癌、および脳癌、卵巣癌、上皮癌、腎細胞癌、膵臓腺癌、ホジキンリンパ腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、グリア芽細胞腫、神経芽細胞腫、ユーイング肉腫、髄芽腫、骨肉腫、滑膜肉腫、ならびに/または中皮腫が含まれるが、これに限定されない。
【００９２】
一部の態様において、疾患または状態は腫瘍であり、第1の用量の投与前に、対象の腫瘍負荷が多いか、例えば、固形腫瘍が大きいか、または疾患に関連する、例えば腫瘍の細胞の数が多いか、もしくは容積が大きい。一部の局面において、対象の転移数が多い、および/または転移が広範囲に局在している。一部の局面において、対象の腫瘍負荷は少なく、対象に転移はほとんどない。一部の態様において、用量のサイズまたはタイミングは対象における初期疾患負荷によって決定される。例えば、一部の局面において対象には、第1の用量において比較的少ない数の細胞が投与され得るが、低疾患負荷の状況では、用量が多くてもよい。
【００９３】
一部の態様において、疾患または状態は、ウイルス感染、レトロウイルス感染、細菌感染、および原生動物感染、免疫不全症、サイトメガロウイルス(CMV)、エプスタイン-バーウイルス(EBV)、アデノウイルス、BKポリオーマウイルスなどがあるが、これに限定されない感染性の疾患または状態である。一部の態様において、疾患または状態は自己免疫性または炎症性の疾患または状態、例えば、関節炎、例えば、慢性関節リウマチ(RA)、I型糖尿病、全身性エリテマトーデス(SLE)、炎症性腸疾患、乾癬、硬皮症、自己免疫性甲状腺疾患、グレーブス病、クローン病、多発性硬化症、喘息、および/または移植に関連する疾患もしくは状態である。
【００９４】
一部の態様において、疾患または障害に関連する抗原は、オーファンチロシンキナーゼ受容体RORl、tEGFR、Her2、Ll-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、およびB型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、0EPHa2、ErbB2、3、もしくは4、FBP、胎児アセチコリンe(acethycholine e)受容体、GD2、GD3、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ軽鎖、ルイス(Lewis)Y、L1-細胞接着分子、MAGE-A1、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、癌胎児性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、癌胎児抗原(CEA)、前立腺特異的抗原、PSMA、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、CS-1、c-Met、GD-2、およびMAGEA3、CE7、Wilms' Tumor 1(WT-1)、サイクリン、例えば、サイクリンA1(CCNA1)、ならびに/またはビオチン化分子、ならびに/またはHIV、HCV、HBV、もしくは他の病原体が発現する分子からなる群より選択される。
【００９５】
本明細書で使用する「処置」(およびその文法上の語尾変化、例えば、「処置する(treat)」または「処置する(treating)」)とは、疾患もしくは状態もしくは障害、あるいはこれらに関連する症状、副作用もしくは転帰、または表現型の完全または部分的な寛解または低減を指す。処置の望ましい治療効果には、疾患の発生または再発の阻止、症状の緩和、疾患のあらゆる直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移の阻止、疾患進行速度の減少、疾患状態の寛解または軽減、および寛解または予後の改善が含まれるが、これに限定されない。この用語は、疾患の完治、またはあらゆる症状の完全な除去、または全ての症状もしくは転帰に及ぼす影響を必ずしも意味しない。
【００９６】
本明細書で使用する「疾患の発症を遅らせる」とは、疾患(例えば、癌)の発症を延ばす、邪魔する、遅くする、減速する、安定化する、抑制する、および/または延期することを意味する。この遅れは、病歴および/または処置されている個体に応じて様々な長さの時間でよい。当業者に明らかなように、十分な、または大きな遅れは、実際には、個体が疾患を発症しない点では予防を含む。例えば、転移の発症などの末期癌を遅らせることができる。
【００９７】
本明細書で使用する「予防する」は、疾患の素因がある可能性があるがまだ疾患と診断されていない対象における疾患の発生または再発に関する予防を提供することを含む。一部の態様において、提供される細胞および組成物は、疾患の発症を遅らせるのに、または疾患の進行を遅くするのに用いられる。
【００９８】
本明細書で使用する、機能または活性を「抑制する」ということは、関心対象の条件もしくはパラメータ以外は同じ条件と比較した時に、または別の条件と比較した時に機能または活性を低減することである。例えば、腫瘍成長を抑制する細胞は、前記細胞の非存在下での腫瘍成長の速度と比較して腫瘍成長の速度を低減する。
【００９９】
投与の文脈において、薬剤、例えば、薬学的製剤、細胞、または組成物の「有効量」とは、望ましい結果、例えば、治療結果または予防結果を成し遂げるのに、必要な投与量/量で、かつ期間にわたって、有効な量を指す。
【０１００】
薬剤、例えば、薬学的製剤または細胞の「治療的有効量」とは、望ましい治療結果、例えば、疾患、状態、もしくは障害を処置するための望ましい治療結果、および/または処置の薬物動態学的効果もしくは薬力学的効果を成し遂げるのに、必要な投与量で、かつ期間にわたって、有効な量を指す。治療的有効量は、対象の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに投与される細胞集団などの要因に応じて変化する場合がある。一部の態様において、提供される方法は、有効量、例えば、治療的有効量の前記細胞および/または組成物を投与する工程を伴う。
【０１０１】
「予防的有効量」とは、望ましい予防結果を成し遂げるのに、必要な投与量で、かつ期間にわたって、有効な量を指す。典型的には、疾患の前に、または疾患の初期段階に対象において予防用量が用いられるので、予防的有効量は治療的有効量より少ないが、必ず治療的有効量より少ないとは限らない。少ない腫瘍負荷の状況では、予防的有効量は一部の局面では治療的有効量より多い。
【０１０２】
養子細胞療法のために細胞を投与するための方法は公知であり、提供される方法および組成物に関連して用いられる場合がある。例えば、養子T細胞療法方法は、例えば、Gruenbergらへの米国特許出願公開第2003/0170238号; Rosenbergへの米国特許第4,690,915号; Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol. 8(10):577-85)に記載されている。例えば、Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338.を参照されたい。
【０１０３】
一部の態様において、細胞療法、例えば、養子細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受けようとする対象から、またはこのような対象に由来する試料から細胞が単離される、および/または別の方法で調製される自家移入によって行われる。従って、一部の局面において、前記細胞は、対象、例えば、処置および細胞を必要とする患者に由来し、単離および処理された後に同じ対象に投与される。
【０１０４】
一部の態様において、細胞療法、例えば、養子細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受けようとする対象、または細胞療法を最終的に受ける対象、例えば、第1の対象以外の対象から細胞が単離される、および/または別の方法で調製される同種異系移入によって行われる。このような態様では、次いで、前記細胞は、同じ種の異なる対象、例えば、第2の対象に投与される。一部の態様において、第1の対象および第2の対象は遺伝的に同一であるか類似している。一部の態様において、第2の対象は第1の対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現する。
【０１０５】
前記細胞は、任意の適切な手段によって、例えば、大量瞬時注入によって、注射、例えば、静脈内注射または皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、眼房内(intracameral)注射、結膜下(subconjectval)注射、結膜下(subconjuntival)注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後強膜近傍(posterior juxtascleral)送達によって投与することができる。一部の態様において、前記細胞は、非経口投与、肺内投与、および鼻腔内投与によって、所望であれば、局所処置の場合、病巣内投与によって投与される。非経口注入には、筋肉内投与、静脈内投与、動脈内投与、腹腔内投与、胸腔内投与、頭蓋内投与、または皮下投与が含まれる。一部の態様において、ある特定の用量が前記細胞の単回大量瞬時投与によって投与される。一部の態様において、ある特定の用量が、前記細胞の複数回大量瞬時投与によって、例えば、3日以下の期間にわたって送達されるか、または前記細胞の連続注入投与によって送達される。
【０１０６】
疾患の予防または処置のために、適切な投与量は、治療される疾患のタイプ、細胞または組換え受容体のタイプ、疾患の重症度および経過、細胞が治療目的または予防目的で投与されるかどうか、以前の療法、患者の病歴、細胞に対応する応答、ならびに主治医の判断に左右されることがある。前記組成物および細胞は、一部の態様では、一度に、または一連の処置にわたって対象に適切に投与される。
【０１０７】
一部の態様において、前記細胞は、組み合わせ処置の一部として、例えば、別の治療介入、例えば、抗体または操作された細胞または受容体または他の薬剤、例えば、細胞傷害剤または治療剤と同時に、または任意の順番で連続して投与される。従って、前記細胞は、一部の態様では、1種類もしくは複数種のさらなる治療剤と一緒に、または別の治療介入と共に、同時に、または任意の順番で連続して同時投与される。ある状況では、前記細胞は、前記細胞集団が1種類もしくは複数種のさらなる治療剤の効果を強化するような十分に短い期間で別の療法と一緒に同時投与されるか、または逆もまた同じである。一部の態様において、前記細胞は、1種または複数種のさらなる治療剤の前に投与される。一部の態様において、前記細胞は、1種または複数種のさらなる治療剤の後に投与される。一部の態様において、1種または複数種のさらなる薬剤は、例えば持続性を強化するために、サイトカイン、例えばIL-2、または他のサイトカインを含む。
【０１０８】
一部の態様において、前記方法は、例えば、用量の投与前に腫瘍負荷を低減するために、化学療法剤、例えば、コンディショニング化学療法剤を投与することを含む。
【０１０９】
前記細胞が対象(例えば、ヒト)に投与されたら、操作された細胞集団の生物学的活性は、一部の局面では、多数の公知の方法のどの方法でも測定される。評価するパラメータには、インビボでは、例えば、画像化による、またはエクスビボでは、例えば、ELISAもしくはフローサイトメトリーによる、操作された、もしくは天然のT細胞または他の免疫細胞と抗原との特異的結合が含まれる。ある特定の態様において、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力は、当技術分野において公知の任意の適切な方法、例えば、細胞傷害アッセイ、例えば、Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009)およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)に記載の細胞傷害アッセイを用いて測定することができる。ある特定の態様において、前記細胞の生物学的活性はまた、ある特定のサイトカイン、例えば、CD107a、IFNγ、IL-2、およびTNFの発現および/または分泌をアッセイすることでも測定することができる。一部の局面において、生物学的活性は、臨床転帰、例えば、腫瘍負荷(tumor burden)または腫瘍量(tumor load)の低減を評価することによって測定される。一部の局面において、毒性転帰、細胞の持続性および/もしくは増殖、ならびに/または宿主免疫応答の存在もしくは非存在が評価される。
【０１１０】
ある特定の態様では、操作された細胞は、治療効力または予防効力が向上するように任意の数のやり方で改変される。例えば、集団によって発現される操作されたCARまたはTCRは、リンカーを介して標的化部分と直接的または間接的に結合体化することができる。化合物、例えば、CARまたはTCRを標的化部分に結合体化する手法は当技術分野において公知である。例えば、Wadwa et al., J. Drug Targeting 3: 111 (1995)および米国特許第5,087,616号を参照されたい。
【０１１１】
III.前記細胞が発現する組換え受容体
前記細胞は通常、組換え受容体を発現する。異なる用量の前記細胞によって発現された前記受容体は典型的に、少なくとも部分的に、互いとは異なっている。前記受容体は、抗原受容体、例えば、キメラ抗原受容体(CAR)を含む機能的な非TCR抗原受容体、および他の抗原結合受容体、例えば、トランスジェニックT細胞受容体(TCR)を含み得る。前記受容体は、他のキメラ受容体、例えば、特定のリガンドに結合しかつ、CAR内に存在するようなものと類似した膜貫通ドメインおよび/または細胞内シグナル伝達ドメインを有する、受容体も含み得る。
【０１１２】
CARを含む例示的な抗原受容体ならびにこのような受容体を操作するための方法およびこのような受容体を細胞に導入するための方法には、例えば、国際特許出願公開番号WO200014257、WO2013126726、WO2012/129514、WO2014031687、WO2013/166321、WO2013/071154、WO2013/123061、米国特許出願公開第US2002131960号、US2013287748、US20130149337、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、および同第8,479,118号、ならびに欧州特許出願第EP2537416号に記載のもの、ならびに/またはSadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75に記載のものが含まれる。一部の局面において、前記抗原受容体には、米国特許第7,446,190号に記載のCARおよび国際特許出願公開番号WO/2014055668A1に記載のCARが含まれる。CARの例には、上述の任意の刊行物、例えば、WO2014031687、US8,339,645、US7,446,179、US2013/0149337、米国特許第7,446,190号、米国特許第8,389,282号、Kochenderfer et al., 2013, Nature Reviews Clinical Oncology, 10, 267-276 (2013); Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701、およびBrentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5(177)に開示されるCARが含まれる。国際公開公報WO2014031687、米国特許第8,339,645号、同第7,446,179号、同第7,446,190号、および同第8,389,282号、ならびに米国特許出願公開US 2013/0149337も参照されたい。キメラ受容体の中にはキメラ抗原受容体(CAR)がある。キメラ受容体、例えば、CARは、一般的に、細胞外抗原結合ドメイン、例えば、抗体分子の一部、一般的に、抗体の可変重(VH)鎖領域および/または可変軽(VL)鎖領域、例えば、scFv抗体断片を含む。
【０１１３】
一部の態様において、組換え受容体の結合ドメイン、例えば抗体、例えば抗体断片の一部は、免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部、例えば、ヒンジ領域、例えば、IgG4ヒンジ領域、および/もしくはCH1/CLおよび/もしくはFc領域をさらに含む。一部の態様において、定常領域または一部はヒトIgG、例えば、IgG4またはIgG1の定常領域または一部である。一部の局面において、定常領域の一部は、抗原認識成分、例えば、scFvと、膜貫通ドメインとの間にあるスペーサー領域として役立つ。スペーサーは、スペーサーが存在しない場合と比較して抗原結合後の前記細胞の応答性を高める長さのスペーサーでよい。例示的なスペーサー、例えばヒンジ領域は、国際公開公報WO2014031687に記載のものを含む。一部の例では、スペーサーは長さが12アミノ酸もしくは約12アミノ酸であるか、または長さが12アミノ酸以下である。例示的なスペーサーには、少なくとも約10〜229アミノ酸、約10〜200アミノ酸、約10〜175アミノ酸、約10〜150アミノ酸、約10〜125アミノ酸、約10〜100アミノ酸、約10〜75アミノ酸、約10〜50アミノ酸、約10〜40アミノ酸、約10〜30アミノ酸、約10〜20アミノ酸、または約10〜15アミノ酸を有し、列挙された任意の範囲の端点間の任意の整数を含むスペーサーが含まれる。一部の態様において、スペーサー領域には、約12アミノ酸もしくはこれより少ないアミノ酸、約119アミノ酸もしくはこれより少ないアミノ酸、または約229アミノ酸もしくはこれより少ないアミノ酸がある。例示的なスペーサーには、IgG4ヒンジのみ、CH2およびCH3ドメインと連結したIgG4ヒンジ、またはCH3ドメインと連結したIgG4ヒンジが含まれる。例示的なスペーサーには、Hudecek et al. (2013) Clin. Cancer Res., 19:3153、国際特許出願公開番号WO2014031687、米国特許第8,822,647号、または米国特許出願公開第US2014/0271635号に記載のスペーサーが含まれるが、これに限定されない。
【０１１４】
一部の態様において、定常領域または一部は、ヒトIgG、例えば、IgG4またはIgG1の定常領域または一部である。一部の態様において、スペーサーは、配列
2017537919.tif 000005
(SEQ ID NO:1に示した)を有し、SEQ ID NO:158に示した配列によってコードされる。一部の態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:107に示した配列を有する。一部の態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:108に示した配列を有する。一部の態様において、定常領域または一部はIgDの定常領域または一部である。一部の態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:109に示した配列を有する。一部の態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:1、107、108、または109のいずれかに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を有する。
【０１１５】
この抗原認識ドメインは、一般的に、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分、例えば、抗原受容体複合体、例えば、TCR複合体を通じた活性化、および/または別の細胞表面受容体を介したシグナルを模倣するシグナル伝達成分に連結される。一部の態様において、シグナルは免疫賦活性および/または共刺激性であり得る。一部の態様において、これは抑制性、例えば免疫抑制性であり得る。従って、一部の態様において、抗原結合成分(例えば、抗体)は1つまたは複数の膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。一部の態様において、膜貫通ドメインは細胞外ドメインに融合される。一態様において、前記受容体、例えば、CARにおいて前記ドメインの1つと天然に結合している膜貫通ドメインが用いられる。場合によっては、膜貫通ドメインは、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小にするために、このようなドメインと、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインとの結合を避けるように選択されるか、またはアミノ酸置換によって改変される。
【０１１６】
膜貫通ドメインは、一部の態様では、天然供給源または合成供給源のいずれかに由来する。供給源が天然の場合、前記ドメインは、一部の局面では、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域は、T細胞受容体のα鎖、β鎖、もしくはζ鎖、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CDS、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154に由来する膜貫通領域を含む(すなわち、少なくとも、その膜貫通領域を含む)、および/またはその機能的バリアントを含有する膜貫通領域、例えば、その構造特性、例えば、膜貫通特性のかなりの部分を保持している膜貫通領域を含む。一部の態様において、膜貫通ドメインは、CD4、CD28、もしくはCD8、例えば、CD8αに由来する膜貫通ドメイン、またはその機能的バリアントである。膜貫通ドメインは一部の態様では合成である。一部の局面において、合成膜貫通ドメインは、主に疎水性の残基、例えば、ロイシンおよびバリンを含む。一部の局面において、フェニルアラニン、トリプトファン、およびバリンのトリプレットが合成膜貫通ドメインの各末端に見られる。一部の態様において、連結は、リンカー、スペーサー、および/または膜貫通ドメインによるものである。
【０１１７】
細胞内シグナル伝達ドメインの中には、天然抗原受容体を介したシグナル、このような受容体と共刺激受容体の組み合わせを介したシグナル、および/または共刺激受容体だけを介したシグナルを模倣するか、またはこれに似せる細胞内シグナル伝達ドメインがある。一部の態様において、短いオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカー、例えば、長さが2〜10アミノ酸のリンカー、例えば、グリシンおよびセリン、例えば、グリシン-セリンダブレット(doublet)を含有するリンカーが、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に存在し、連結を形成する。
【０１１８】
前記受容体、例えば、CARは、一般的には、少なくとも1種類の細胞内シグナル伝達成分を含む。一部の態様において、前記受容体は、TCR複合体の細胞内成分、例えば、T細胞活性化および細胞傷害性を媒介するTCR CD3鎖、例えば、CD3ζ鎖を含む。従って、一部の局面において、抗原結合部分は1つまたは複数の細胞シグナル伝達モジュールに連結される。一部の態様において、細胞シグナル伝達モジュールには、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または他のCD膜貫通ドメインが含まれる。一部の態様において、前記受容体、例えば、CARは、1種または複数種のさらなる分子、例えば、Fc受容体γ、CD8、CD4、CD25、またはCD16の一部をさらに含む。例えば、一部の局面において、CARまたは他のキメラ受容体には、CD3-ゼータ(CD3-ζ)またはFc受容体γと、CD8、CD4、CD25、またはCD16とのキメラ分子が含まれる。
【０１１９】
一部の態様において、CARまたは他のキメラ受容体が連結されると、前記受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば、CARを発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも1つを活性化する。例えば、ある状況では、CARは、T細胞の機能、例えば、細胞溶解活性またはTヘルパー活性、例えば、サイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。一部の態様において、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの切断部分は、例えば、エフェクター機能シグナルを伝達するのであれば、インタクトな免疫賦活性鎖の代わりに用いられる。一部の態様において、細胞内シグナル伝達ドメインはT細胞受容体(TCR)の細胞質配列を含み、一部の局面では、天然の状況では、このような受容体と協調して、抗原受容体結合後にシグナル伝達を開始するように働く補助受容体の細胞質配列も含む。
【０１２０】
天然TCRの状況では、完全活性化には、一般的に、TCRを介したシグナル伝達だけでなく共刺激シグナルも必要とされる。従って、一部の態様において、完全活性化を促進するには、二次シグナルまたは共刺激シグナルを発生させるための成分もCARに含まれる。他の態様において、CARは、共刺激シグナルを発生させるための成分を含まない。一部の局面において、さらなるCARが同じ細胞において発現され、二次シグナルまたは共刺激シグナルを発生させるための成分を提供する。
【０１２１】
T細胞活性化は、一部の局面では、2種類の細胞質シグナル伝達配列:TCRを介して抗原依存的一次活性化を開始する細胞質シグナル伝達配列(一次細胞質シグナル伝達配列)、および抗原非依存的に二次シグナルまたは共刺激シグナルを供給するように働く細胞質シグナル伝達配列(二次細胞質シグナル伝達配列)によって媒介されると説明される。一部の局面において、CARは、このようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
【０１２２】
一部の局面において、CARは、天然の状況においてTCR複合体の一次活性化を促進するシグナル伝達分子またはドメインに由来する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激するように働く一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容活性化チロシンモチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含有してもよい。ITAMを含有する一次細胞質シグナル伝達配列の例には、CD3ζ鎖、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CDS、CD22、CD79a、CD79b、およびCD66dに由来する一次細胞質シグナル伝達配列が含まれる。一部の態様において、CARにある細胞質シグナル伝達分子は、CD3ζに由来する細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、または配列を含有する。
【０１２３】
一部の態様において、CARは、共刺激受容体、例えば、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、およびICOSのシグナル伝達ドメインおよび/または膜貫通部分を含む。一部の局面において、同じCARが活性化成分と共刺激成分を両方とも含む。
【０１２４】
一部の態様において、あるCARには活性化ドメインが含まれるのに対して、同一細胞上に存在する別の抗原を認識する別のCARによって共刺激成分が提供される。一部の態様において、CARは活性化CARまたは刺激CAR、共刺激CARを含み、両方とも同じ細胞上に発現される(WO2014/055668を参照されたい)。一部の局面において、前記細胞は、1種または複数種の刺激CARもしくは活性化CARおよび/または共刺激CARを含む。一部の態様において、前記細胞は、阻害CAR(iCAR、Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215)(December, 2013)を参照されたい)、例えば、疾患もしくは状態に関連するおよび/または疾患もしくは状態に特異的な抗原以外の抗原を認識するCARをさらに含み、ここで、疾患標的化CARを通じて送達された活性化シグナルは、例えば、オフターゲット効果を小さくするための阻害性CARとそのリガンドとの結合によって、減弱または阻害される。
【０１２５】
一部の態様において、組換え受容体、例えば、CARの細胞内シグナル伝達成分は、CD3ζ細胞内ドメインと共刺激シグナル伝達領域を含む。ある特定の態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3(例えば、CD3-ζ)細胞内ドメインと連結した、CD28膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインを含む。一部の態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζ細胞内ドメインと連結した、キメラCD28およびCD137(4-1BB、TNFRSF9)共刺激ドメインを含む。
【０１２６】
一部の態様において、CARは、細胞質部分に、1種または複数種の、例えば、2種類以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば、一次活性化ドメインを含む。例示的なCARには、CD3-ζ、CD28、および4-1BBの細胞内成分が含まれる。
【０１２７】
一部の態様において、CARまたは他の抗原受容体は、受容体、例えば、切断型バージョンの細胞表面受容体、例えば、切断型EGFR(tEGFR)を発現させるための細胞の形質導入または操作を確認するために用いられ得るマーカー、例えば、細胞表面マーカーをさらに含む。一部の局面において、マーカーは、CD34、NGFR、または上皮増殖因子受容体の全てまたは一部(例えば、切断型)(例えば、tEGFR)を含む。一部の態様において、マーカーをコードする核酸は、リンカー配列、例えば、切断可能なリンカー配列、例えば、T2Aをコードするポリヌクレオチドに機能的に連結される。例えば、マーカー、任意で、リンカー配列は、公開された特許出願番号WO2014031687に開示されるような任意のものでよい。例えば、マーカーは、任意で、リンカー配列、例えば、T2A切断可能なリンカー配列に連結された切断型EGFR(tEGFR)でもよい。切断型EGFR(例えば、tEGFR)の例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO:111に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:111と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。例示的なT2Aリンカー配列は、SEQ ID NO:110に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:110と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
【０１２８】
一部の態様において、マーカーは、T細胞上に天然で見出されないか、もしくはT細胞の表面に天然で見出されない分子、例えば、細胞表面タンパク質、またはその一部である。
【０１２９】
一部の態様において、前記分子は、非自己分子、例えば、非自己タンパク質、すなわち、前記細胞が養子移入される宿主の免疫系が「自己」と認識しない分子である。
【０１３０】
一部の態様において、マーカーは治療機能を果たさない、および/または遺伝子操作するための、例えば、首尾良く操作された細胞を選択するためのマーカーとして使用する以外の効果を生じない。他の態様において、マーカーは治療用分子でもよく、何らかの望ましい効果を別の方法で発揮する分子、例えば、細胞がインビボで遭遇するリガンド、例えば、養子移入時に前記細胞の応答を強める、および/または弱めるための、ならびにリガンドに遭遇するための共刺激分子または免疫チェックポイント分子でもよい。
【０１３１】
場合によっては、CARは、第一世代CAR、第二世代CAR、および/または第三世代CARと呼ばれる。一部の局面において、第一世代CARは、抗原が結合した時に、CD3鎖によって誘導されるシグナルしか生じないCARである。一部の局面において、第二世代CARは、このようなシグナルと共刺激シグナルを生じるCAR、例えば、CD28またはCD137などの共刺激受容体に由来する細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである。一部の局面において、第三世代CARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むCARである。
【０１３２】
一部の態様において、キメラ抗原受容体は、抗原結合ドメイン、例えば抗体または抗原結合抗体断片、例えばscFvまたはFvを含有する細胞外部分を含む。一部の局面において、キメラ抗原受容体は、抗体または断片を含有する細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の態様において、抗体または断片はscFvを含み、細胞内ドメインはITAMを含有する。一部の局面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ(CD3ζ)鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。一部の態様において、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。一部の局面において、膜貫通ドメインはCD28の膜貫通部分を含有する。一部の態様において、キメラ抗原受容体はT細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含有する。細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインは直接的または間接的に連結することができる。一部の態様において、細胞外ドメインおよび膜貫通は、スペーサー、例えば、本明細書に記載の任意のスペーサーによって連結される。一部の態様において、前記受容体は、膜貫通ドメインが得られた分子の細胞外部分、例えば、CD28細胞外部分を含有する。一部の態様において、キメラ抗原受容体は、例えば、膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間に、T細胞共刺激分子に由来する細胞内ドメインまたはその機能的バリアントを含有する。一部の局面において、T細胞共刺激分子はCD28または41BBである。
【０１３３】
例えば、一部の態様において、CARは、抗体、例えば、抗体断片と、CD28の膜貫通部分もしくはその機能的バリアントであるか、またはそれを含有する膜貫通ドメインと、CD28のシグナル伝達部分またはその機能的バリアントおよびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントを含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。一部の態様において、CARは、抗体、例えば、抗体断片と、CD28の膜貫通部分もしくはその機能的バリアントであるか、またはそれを含有する膜貫通ドメインと、4-1BBのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントおよびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントを含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。このような一部の態様において、前記受容体は、Ig分子、例えば、ヒトIg分子の一部、例えば、Igヒンジ、例えば、IgG4ヒンジを含有するスペーサー、例えば、ヒンジのみのスペーサーをさらに含む。
【０１３４】
一部の態様において、組換え受容体、例えば、CARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28の膜貫通ドメイン(例えば、アクセッション番号P01747.1)またはそのバリアント、例えば、SEQ ID NO:2に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:2と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含む膜貫通ドメインであるか、あるいはこれを含む。一部の態様において、組換え受容体の一部を含有する膜貫通ドメインは、SEQ ID NO:104に示したアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:104と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはこれより多い配列同一性、または少なくとも約85％、約86％、約87％、約88％、約89％、約90％、約91％、約92％、約93％、約94％、約95％、約96％、約97％、約98％、約99％、もしくはこれより多い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【０１３５】
一部の態様において、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。一部の局面において、T細胞共刺激分子はCD28または41BBである。
【０１３６】
一部の態様において、組換え受容体、例えば、CARの細胞内シグナル伝達成分は、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、天然CD28タンパク質の位置186-187においてLL→GG置換のあるドメインを含有する。例えば、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:112もしくは113に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:112もしくは113と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含んでもよい。一部の態様において、細胞内ドメインは、4-1BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン(例えば、(アクセッション番号Q07011.1)またはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、SEQ ID NO:3に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:3と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
【０１３７】
一部の態様において、組換え受容体、例えば、CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアント、例えば、ヒトCD3ζのアイソフォーム3の112 AA細胞質ドメイン(アクセッション番号: P20963.2)、または米国特許第7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載のCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。例えば、一部の態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:4、105、もしくは159に示したアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:4、105、もしくは159と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の、もしくはこれより多い配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
【０１３８】
一部の局面において、スペーサーは、IgGのヒンジ領域しか含有せず、例えば、IgG4またはIgG1のヒンジ領域しか含有せず、例えば、SEQ ID NO:1に示した、ヒンジだけのスペーサーである。他の態様において、スペーサーは、任意で、CH2ドメインおよび/またはCH3ドメインに連結された、Igヒンジ、例えば、IgG4由来ヒンジであるか、これを含有する。一部の態様において、スペーサーは、例えば、SEQ ID NO:108に示した、CH2ドメインおよびCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。一部の態様において、スペーサーは、例えば、SEQ ID NO:107に示した、CH3ドメインだけに連結されたIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。一部の態様において、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列もしくは他の可動性リンカー、例えば、公知の可動性リンカーであるか、またはこれを含む。
【０１３９】
例えば、一部の態様において、CARは、抗体、例えば、scFvを含む、抗体断片と、スペーサー、例えば、免疫グロブリン分子の一部、例えば、重鎖分子のヒンジ領域および/または1つもしくは複数の定常領域を含有するスペーサー、例えば、Ig-ヒンジ含有スペーサーと、CD28由来膜貫通ドメインの全てまたは一部を含有する膜貫通ドメインと、CD28由来細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ζシグナル伝達ドメインを含む。一部の態様において、CARは、抗体または断片、例えば、scFvと、スペーサー、例えば、任意のIg-ヒンジ含有スペーサーと、CD28由来膜貫通ドメインと、4-1BB由来細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ζ由来シグナル伝達ドメインを含む。
【０１４０】
いくつかの態様において、そのようなCAR構築物をコードする核酸分子は、例えば、CARをコードする配列の下流に、T2Aリボソームスキップ要素をコードする配列および/またはtEGFR配列をさらに含む。いくつかの態様において、配列は、SEQ ID NO:110に示されたT2Aリボソームスキップ要素、またはSEQ ID NO:110に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。いくつかの態様において、抗原受容体（例えば、CAR）を発現するT細胞は、（例えば、同一の構築物から2種のタンパク質を発現させるため、T2Aリボソームスイッチによって分離されたCARおよびEGFRtをコードする構築物の導入によって）非免疫原性選択エピトープとしての短縮EGFR（EGFRt）を発現するよう生成されてもよい。次いで、それは、そのような細胞を検出するためのマーカーとして使用され得る（例えば、米国特許第8,802,374号を参照すること）。いくつかの態様において、配列は、SEQ ID NO:111に示されたtEGFR配列、またはSEQ ID NO:111に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。
【０１４１】
「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーをさすために交換可能に使用され、最小の長さに限定されない。提供される受容体およびその他のポリペプチド、例えば、リンカーまたはペプチドを含むポリペプチドは、天然アミノ酸残基および/または非天然アミノ酸残基を含むアミノ酸残基を含んでいてよい。その用語には、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、およびリン酸化も含まれる。いくつかの局面において、タンパク質が所望の活性を維持する限り、ポリペプチドは、ネイティブまたは天然の配列と比べて修飾を含有していてもよい。これらの修飾は、例えば、部位特異的変異誘発を通した計画的なものであってもよいし、または、例えば、タンパク質を産生する宿主の変異もしくはPCR増幅によるエラーを通した偶発的なものであってもよい。
【０１４２】
様々な用量において対象へ投与される細胞が発現するCARのような組換え受容体は、一般に、処置されている疾患または状態またはその細胞において発現され、それに関連しており、かつ/またはそれに特異的な分子を認識するかもしくはそれに特異的に結合する。分子、例えば、抗原との特異的な結合によって、受容体は、一般に、ITAMによって伝達されるシグナルのような免疫賦活性シグナルを細胞へ送達し、それによって、疾患または状態を標的とする免疫応答を促進する。例えば、いくつかの態様において、第1の用量における細胞は、疾患もしくは状態の細胞もしくは組織によって発現されるかまたは疾患もしくは状態に関連した抗原に特異的に結合する受容体、例えば、CARを発現する。
【０１４３】
いくつかの態様において、後の用量における細胞は、疾患もしくは状態の細胞もしくは組織によって発現されるかまたは疾患もしくは状態に関連した抗原に特異的に結合する受容体、例えば、CARを発現する。いくつかの局面において、第2の用量の細胞が発現する受容体は、第1の用量の受容体と同じ抗原に特異的に結合するか、または結合について第1の用量の受容体と競合する。他の態様において、第2の用量の細胞が発現する受容体は、第1の用量の受容体が結合するものとは異なる抗原に特異的に結合する。
【０１４４】
従って、いくつかの態様において、第2の受容体（例えば、第2のCAR）は、例えば、アミノ酸配列および/または免疫学的エピトープが、第1の受容体（例えば、第1のCAR）と、ある程度異なる。例えば、いくつかの局面において、第1の用量において投与される細胞が発現する受容体、例えば、CARは、後の用量の細胞が発現しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含有している。いくつかの態様において、第2の用量の細胞が発現する受容体、例えば、CARは、第1の用量の細胞が発現する免疫反応性エピトープを含有していない。例示的な免疫反応性エピトープには、細胞が投与される対象の免疫系によって認識され得るB細胞エピトープおよびT細胞エピトープが含まれる。
【０１４５】
従って、いくつかの態様において、後の用量のCARの1種または複数種の成分は、第1の用量のCARと異なる。いくつかの態様において、第2の（または後の）受容体、例えば、CARは、第1のまたは先の受容体と比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む。例えば、いくつかの局面において、後の用量の細胞が発現するCARは、第1の用量の細胞が発現するCARと比較して、別のscFv、別のシグナル伝達ドメイン、および/または別のジャンクションを含有している。いくつかの態様において、第1および/または第2の受容体の配列、または宿主に非内在性の、例えば、宿主に天然に存在する分子にそれ自体存在しないその他の分子。そのような非内在性配列の例示的なものは、CARのようなキメラ分子の中の非天然に会合または融合したドメインのジャンクションにかかる配列である。いくつかの態様において、後の用量の細胞が発現するCARは、第1の用量のものとは異なる共刺激ドメイン、刺激ドメイン、膜貫通ドメイン、および/またはその他のドメインを含有している。
【０１４６】
そのような違いには、第1のまたは先の投与の後に対象において検出可能な免疫応答が示される第1のまたは先の受容体の領域と比較した少なくとも1つの違い、例えば、第1のまたは先の受容体のそのような領域に相当する第2のまたは後の受容体の領域における違いが含まれ得る。違いを含む領域には、scFv部分のような抗原結合部分、例えば、scFvの中のフレームワーク領域、または重鎖および/もしくは軽鎖の可変領域部分のような可変領域部分、リンカー部分、ヒンジ部分、2個のCARドメインの間のジャンクション、ならびに/または形質導入マーカーもしくは発現マーカーが含まれ得る。
【０１４７】
いくつかの態様において、第1のまたはその他の先の受容体、および第2のまたはその他の後の受容体は、類似性を有する領域、例えば、アミノ酸配列同一性を有する領域を含んでいてよい。例えば、いくつかの態様において、後の用量の細胞が発現するCARは、第1の用量の細胞が発現するCARと同じscFv、同一のシグナル伝達ドメイン、および/または同一のジャンクションを含有している。いくつかの態様において、それは、第1の用量のものと同じ共刺激ドメイン、刺激ドメイン、膜貫通ドメイン、および/またはその他のドメインをさらに含有している。
【０１４８】
いくつかの局面において、同一性を有する領域は、対象が、第1のまたは先の投与の後に免疫応答を示さないかまたは示す可能性が低いものである。そのような領域には、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、CDR、および/または形質導入マーカーもしくは発現マーカーの中の領域が含まれ得る。
【０１４９】
いくつかの局面において、第2の受容体、例えば、第2のCARの抗原結合ドメイン、例えば、抗体または抗体断片および/またはそのドメイン、例えば、軽鎖および/または重鎖の可変領域、例えば、scFvは、第1の受容体、例えば、第1のCARのものとは異なる種に由来する。そのようなドメインまたは断片が由来し得る例示的な種には、ヒトおよびマウスのような非ヒト種が含まれる。例えば、いくつかの態様において、第1のまたは先のCARのscFvが、マウス抗体もしくはFMC63もしくはSJ25C1のscFvのようなマウス由来部分を有する抗体に由来し、かつ第2のまたは後のCARのscFvが、ヒト抗体もしくはヒト抗体断片に由来するか、またはその逆である。
【０１５０】
いくつかの態様において、第1のCARの抗原結合ドメイン、例えば、抗体部分または断片、例えば、scFvと、第2のCARのものとは、同一の種に由来する。いくつかのそのような態様において、第1および第2の受容体のドメインは、同一の種に由来するが、配列の1つまたは複数の違いを含有している。いくつかの局面において、第1のCARのscFvが、マウス配列、例えば、FMC63に由来し、かつ第2のCARのscFvが、別のマウス配列、例えば、SJ25C1に由来するか、またはその逆である。
【０１５１】
いくつかの局面において、第2の用量の受容体、例えば、CARは、第1の用量の受容体、例えば、CARと同じ抗原結合ドメイン、例えば、抗体断片または部分、例えば、scFvを含有している。いくつかの態様において、そのような後のまたは第2の受容体は、第1のまたは先の用量のCARと比較して、1個または複数個の異なるジャンクション領域を含有している。
【０１５２】
いくつかのそのような態様において、第2のまたは後のCARを発現する細胞の投与は、第2のCARが、第1の用量の細胞と同じジャンクションを含有し、かつ/または第1の用量の受容体に存在する非内在性配列を含有している方法と比較して、第2のまたは後の用量の細胞の排除の低下をもたらす。
【０１５３】
いくつかの局面において、第1および第2の受容体は、同一の抗原を標的とする。いくつかの態様において、第1および第2の受容体は、前記抗原の同じエピトープを標的とする。例えば、いくつかの態様において、第1および第2の受容体は、同一のまたはオーバーラップするエピトープを標的とし、かつ/または前記抗原との結合について相互に競合するが、それぞれマウスおよびヒトのような異なる種に由来する。他の態様において、第1および第2の受容体は、同一の抗原上の異なるエピトープを標的とする。
【０１５４】
いくつかの態様において、第2の分子、例えば、受容体、例えば、CARは、第1のものに含有されている1個または複数個の免疫原性部分を含まず；いくつかの態様において、第2の受容体は、第1の受容体の免疫原性部分（または指定されたアッセイによって免疫原性であると見なされた部分）を含有していない。いくつかのそのような態様において、第2の受容体、例えば、CARは、第1の受容体に含有されている免疫原性部分を含まず、かつ/または、例えば、特定の対象において免疫原性であると見なされ、かつ/または、例えば、処置された対象において特異的な免疫応答が検出される部分を含有しないよう、特異的に選択されかつ/または設計される。いくつかの局面において、第1の受容体、例えば、CARの免疫原性部分が、別の配列に交換される。
【０１５５】
いくつかの態様において、例えば、対象が、第1の受容体もしくは分子が標的とする抗原もしくはその他の結合パートナーを標的とする処置に対して抵抗性になった場合、および/または抗原もしくは結合パートナーが、対象もしくは疾患組織（例えば、腫瘍）においてダウンレギュレートされているかもしくは変異している場合、第2の用量の受容体（例えば、CAR）は、第1の用量の受容体が標的とするものと比較して別の抗原を標的とするよう設計されるかまたは選択される。いくつかのそのような局面において、第2の用量（即ち、第2の分子、例えば、第2の受容体を発現する細胞）の投与は、同一の細胞の後の用量、同一の受容体を発現する細胞、および/または同一の抗原を標的とする受容体を発現する細胞の投与より、対象における疾患負荷、例えば、腫瘍負荷のより大きい低減を達成する。
【０１５６】
これに関して、方法は、いくつかの態様において、疾患または状態またはその細胞によるダウンレギュレーションまたは変異に起因するような、特定のエピトープまたは抗原またはその他の疾患標的を標的とする処置に対して疾患または状態が抵抗性になった対象の処置において有用であり得る。従って、類似しているが別のものである疾患関連エピトープまたは疾患を標的とする能力を提示することによって、方法は、いくつかの態様において、例えば、対象におけるそのような改変細胞の増大または持続性の増加を介して、受容体またはその他の組換え分子を発現する細胞への対象の全体的な曝露を増加させることのみならず、最初の標的のダウンレギュレーションまたは変異の状況ですら細胞が機能することを可能にすることによっても、効力を改善する。
【０１５７】
IV.投与された細胞に対する宿主免疫応答
いくつかの態様において、養子細胞療法の効力は、投与された細胞および/または構築物に対する、対象における免疫応答の発達によって、制限され得る。しばしば免疫不全であるB細胞悪性腫瘍を有する何人かの対象においてすら、養子細胞療法において投与された細胞が発現する受容体の領域に特異的な免疫応答が検出され得ることが、本明細書において観察される。さらに、いくつかの状況において、細胞療法が標的とする疾患に特異的なまたは疾患に関連した抗原の喪失、ダウンレギュレーション、および/または修飾が、対象において起こり得、それは、その抗原またはエピトープを標的とする療法の効力を損なうことができる。例えば、抗CD19免疫療法によって処置された何人かの対象において、CD19陰性疾患が観察されている。いくつかの態様において、提供される方法は、一つまたは複数のそのような状況において、改善された効力を提供する。
【０１５８】
提供される方法のいくつかの態様において、第2の受容体を発現する細胞の一つまたは複数の用量または投与、例えば、後の用量または投与は、第1の組換え受容体および/または細胞に対する免疫応答、例えば、適応免疫応答または特異的な免疫応答が、対象において、存在するか、検出可能であるか、または一定のレベルを超えて検出可能であるようになった時点で投与される。組換え分子に対する特異的な免疫応答の存在または程度は、細胞が発現する受容体、例えば、CARまたはトランスジェニックTCRの免疫原性特性および/または対象がそれに曝される時間に関係し得る。例えば、いくつかの態様において、受容体に対する免疫応答、例えば、特異的な体液性免疫応答および/または細胞性免疫応答は、第1の受容体を発現する細胞への対象の最初の曝露の後、28日目、約28日目、35日目、約35日目、42日目、または約42日目に検出される。従って、いくつかの態様において、第1の用量の細胞が発現する受容体を発現しない、受容体を発現する細胞の後の用量は、第1のまたは先の用量の第1の組換え受容体または細胞に対する免疫応答、適応免疫応答もしくは特異的免疫応答、検出可能な免疫応答、および/またはメモリ応答が対象において発達した後に投与される。この点に関して、後の用量の細胞の対象において増大しかつ/または持続する能力は、後の用量の細胞が第1の用量と同じ受容体を発現する他の方法と比較して、改善される。いくつかの態様において、第2のまたは後の用量は、少なくとも28日目、約28日目、35日目、約35日目、42日目、もしくは約42日目の時点で、または、28日目、約28日目、35日目、約35日目、42日目、もしくは約42日目以降の時点で投与される。いくつかの態様において、それは、14日目もしくは約14日目もしくは21日目もしくは約21日目、または少なくとも14日目もしくは約14日目もしくは21日目もしくは約21日目に投与される。
【０１５９】
前記方法は、このような免疫応答またはその指標の存在もしくは非存在またはレベルを、例えば、第1の用量または第2の用量の投与後、および後の用量または次の後の用量の投与前に検出することを伴ってもよい。
【０１６０】
一部の態様において、後の用量をいつ投与するか、および/または後の用量を投与するかどうかの決断は、対象が、このような免疫応答またはその検出可能な読み取り値を、例えば、第1の用量の細胞、もしくは第1の用量の細胞によって発現される組換え受容体、例えば、CARに対して特異的である検出可能な特異的な宿主免疫応答もしくは適応宿主免疫応答を、示すかどうか、ならびに/またはこのような応答が、ある特定のレベルを上回って検出されたかどうかに左右される。一部の態様において、このような応答が検出された場合、対象には後の用量が投与される。
【０１６１】
一般的に、対象が、第1の用量の細胞によって発現される受容体、例えば、CARに対する特異的な免疫応答もしくは適応免疫応答、例えば、体液性免疫応答もしくは細胞性免疫応答を示すか、またはこのような応答もしくはその指標を、検出可能なレベルで、もしくは許容されるレベルを上回って示す時期に、後の用量は投与される。一部の局面において、後の用量が投与される時には、対象は、第1の用量の細胞によって発現される受容体、例えばCARに対する体液性免疫応答または細胞性免疫応答を示す。
【０１６２】
一部の態様において、宿主免疫応答は体液性免疫応答であるか、または体液性免疫応答を含む。体液性免疫応答は、対象の血清、他の体液、および/または臓器もしくは組織の中にある、前記細胞またはそれによって発現される受容体に特異的な抗体の存在によって示されてもよい。一部の態様において、特定のアイソタイプのこのような抗体、例えば、IgMまたはIgG、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、および/またはIgG4が存在する。一部の態様において、このような抗体はIgEを含む。
【０１６３】
一部の態様において、免疫応答は細胞性成分であるか、または細胞性成分を含む。細胞性応答は、T細胞受容体を介して、組換え受容体の1つもしくは複数のエピトープまたは細胞を特異的に認識する細胞、例えば、T細胞、例えば、ヘルパー細胞または細胞傷害性T細胞の存在によって示されてもよい。
【０１６４】
一部の態様において、免疫応答は一次免疫応答である。一部の局面において、免疫応答は記憶応答である。
【０１６５】
上述の任意の態様の一部において、検出可能な免疫応答とは、特定の抗原および細胞に対する特異的免疫応答を評価するための多数の公知の方法のうちのどの方法でも検出することができる量を指す。例えば、一部の態様において、特定のタイプの免疫応答は、前記細胞上に存在する抗原に特異的に結合する、および/または前記細胞上に存在する抗原を中和する抗体、例えば、組換え受容体、例えば、CARのエピトープに結合する抗体の存在を検出するために、対象に由来する血清に対して、ELISpot、ELISA、または細胞に基づく抗体検出方法を行うことによって、例えば、フローサイトメトリーによって検出することができる。このような一部のアッセイでは、検出される抗体のアイソタイプが決定され、応答のタイプ、および/または応答が記憶応答かどうかを示し得る。
【０１６６】
一部の態様において、特定の免疫応答は、組換え受容体中のエピトープに特異的に結合し、これに応答して細胞傷害性を誘導するCD8+T細胞を検出するための細胞傷害性T-リンパ球(CTL)アッセイ、および/または組換え受容体を発現する細胞、例えば、放射線照射済み細胞をスティミュレーター(stimulator)細胞として用いる混合リンパ球反応によって検出することができる。
【０１６７】
一部の局面において、検出可能な免疫応答は、対照試料、例えば、コーティングされていないウェル、または対照ペプチド、もしくは組換え受容体を発現しない細胞でコーティングされたウェルのレベル、および/または組換え受容体発現細胞を用いた処置前の対象に由来する処置前の血清もしくは血液試料に基づいて検出されたレベルを上回るか、または有意に上回る、このような方法によって検出された免疫応答である。
【０１６８】
一部の局面において、このような宿主免疫応答の存在もしくは非存在、および/またはその数量、程度、もしくは度合いは、例えば、第1の用量または後の用量の投与後に検出または測定される。
【０１６９】
体液性免疫応答は、結合アッセイ、イムノアッセイを含み、かつ細胞に基づくアッセイを含む、特定の抗原または細胞に特異的な抗体を検出するための多数の周知のアッセイのうちのどのアッセイでも検出することができる。前記アッセイには、抗体の特定の機能、例えば、抗原に結合した時に特定のエフェクター機能を行う能力の存在または非存在を評価するように設計されたアッセイ、例えば、中和抗体アッセイが含まれ得る。一部の態様では、細胞に基づくアッセイを用いて、例えば、対象に由来する処置前および処置後の細胞を、組換え受容体発現細胞(および対照細胞)とインキュベートし、抗原特異的結合および/または他の転帰、例えば、中和転帰を、例えば、フローサイトメトリーまたは酵素アッセイで検出することによって、体液性免疫応答の転帰、例えば、抗原特異的抗体、例えば、中和抗体が検出される。一部の態様では、組換え受容体、例えば、CAR、および公知の技法を用いてマッピングされたエピトープ、例えば、前記受容体の一部に相当する個々のペプチドを用いたエピトープに特異的な抗体を検出および定量するために、ELISAおよび/またはELISpotアッセイが用いられる。例えば、Berger et al. Blood. 2006 March; 107(6): 2294-2302、Berger et al. J Virol. 2001 January 75(2): 799-808、Riddell et al. Nature Medicine. 1996 February 2(2): 216-223、Berger et al. Blood. 2005 February 105(4): 1640-1647、Jensen et al. Biol Blood Marrow Transplant. 2010 September; 16(9): 1245-1256を参照されたい。一部の態様において、検出された抗体のアイソタイプは、例えば、特定のアイソタイプ、例えば、ヒトアイソタイプに特異的な検出抗体を用いて評価される。
【０１７０】
前記細胞および/または受容体に対する細胞免疫応答または細胞に基づく免疫応答は、多数の周知の技法のうちのどの技法でも検出および/または測定することができる。このような技法には、投与された組換え受容体、例えば、CAR、および/または細胞の中にあるエピトープに特異的に結合し、これに応答して細胞傷害性を誘導するCD8+T細胞を検出するための細胞傷害性T-リンパ球(CTL)アッセイが含まれ得る。一部の態様において、前記アッセイは、混合リンパ球反応、例えば、レスポンダー(responder)細胞として、血液または他の臓器もしくは組織に由来するPBMCまたは他の宿主由来細胞と、スティミュレーター細胞として組換え受容体を発現するように誘導された細胞、例えば、放射線照射済みCAR発現T細胞を使用する混合リンパ球反応である。スティミュレーター細胞は一般的に自己由来であり、対象に投与される同じ細胞でもよく、放射線照射されてもよい。関心対象のトランスジーンを発現しない形質導入されていない細胞が、対照試料中で、スティミュレーター細胞の代わりに負の対照として用いられてもよい。同様に、処置前の時点または他の対象からのレスポンダー細胞試料が対照試料中に用いられてもよい。一部の局面において、このようなアッセイでは、宿主細胞が1つまたは複数のエフェクター機能、例えば、抗原特異的細胞溶解を行う能力を、例えば、投与された細胞の表面または投与された細胞の中に存在する抗原を特異的に認識し、細胞傷害応答を誘導する、対象に存在する細胞傷害性T細胞を検出するクロム放出アッセイを用いて評価する。一部の態様において、前記細胞の投与前および投与後に対象から末梢血細胞、例えば、PBMCが得られ、それぞれが、組換え受容体を発現するように改変された、一般的に放射線照射済みの自己由来T細胞を用いたアッセイ、例えば、細胞溶解アッセイにおいて用いられる。特異的溶解は、受容体特異的な細胞性免疫応答が存在することを示す。エピトープマッピングは、前記組換え受容体の一部に相当するペプチドのパネルを用いて行われてもよい。例えば、Berger et al. Blood. 2006 March; 107(6): 2294-2302、Berger et al. J Virol. 2001 January 75(2): 799-808、Riddell et al. Nature Medicine. 1996 February 2(2): 216-223 (1996)、Berger et al. Blood. 2005 February 105(4): 1640-1647、Lamers, Blood 2011 117: 72-82を参照されたい。抗原特異的T細胞を数え上げるためにHLA四量体結合アッセイが用いられてもよい。一部の局面において、トランスジーン特異的CD4+T細胞を検出するために、リンパ球増殖アッセイ(LPA)および/または分泌型サイトカインを評価するアッセイ、例えば、ELISAおよび/または細胞内染色、ならびにフローサイトメトリーによる評価が用いられる。
【０１７１】
いくつかの態様において、対象における細胞または受容体に対する特異的な免疫応答の存在または欠如は、例えば、本明細書に記載されたアッセイのいずれか、例えば、エピトープマッピングによって査定される。いくつかの局面において、例えば、第1の投与の後に対象において免疫応答が発達したかまたは発達した可能性が高い第1の受容体の中の免疫原性エピトープおよび/または領域が決定され、そのような免疫原性のエピトープもしくは領域を含有せず、かつ/またはそのような領域においてアミノ酸の違いを含有している第2の受容体が選択される。
【０１７２】
いくつかの態様において、第1のまたは先の投与の後にそのような免疫応答の存在または欠如が検出され、第1のまたは先の受容体と比較して、どのような違いが、第2のまたは後の受容体に存在するよう設計されるかを通知する。そのような検出は、対象が特異的な免疫応答を示す、第1のまたはその他の先の受容体（例えば、CAR）の少なくとも1個の領域の同定を含み得る。
【０１７３】
従って、いくつかの態様において、第2の用量の細胞は、それらが発現する受容体に基づき選択される。いくつかの態様において、第2の用量は、対象が第1のもしくは先の用量の投与の後に免疫応答を発達させた特定の免疫反応性エピトープを含有しておらず、および/またはそのような免疫反応性エピトープもしくは免疫原性であると決定された任意のそのようなエピトープを含有していない受容体（例えば、CAR）を発現する細胞を含有している。いくつかの局面において、対象は、免疫原性であると決定された1個または複数個の領域において第1の用量の細胞が発現する受容体とは異なるものである受容体を発現する細胞の第2のまたは後の用量を投与され得る。従って、いくつかの態様において、第2の（またはその他の後の）用量において投与される受容体を発現する細胞の選択は、患者特異的である。
【０１７４】
いくつかの態様において、第1の用量の細胞が発現する受容体とは異なるものである受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している第2の用量の投与は、第1の用量の受容体に対して特異的である検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発しない。いくつかの局面において、第2の用量は、第2の用量の細胞が発現する受容体に対して、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発しない。
【０１７５】
従って、いくつかの態様において、対象は、第2の受容体を発現する細胞の投与の後に、第2の受容体に対する検出可能な免疫応答、例えば、体液性免疫応答もしくは細胞性免疫応答のような免疫応答を示さないか、または一定の期間内、例えば、それらの細胞の投与の約60日以内に、そのような応答を示さない。
【０１７６】
いくつかの態様において、方法は、第2の用量の細胞が発現する受容体に対する抗体の誘導を防止するかまたはそのレベルを低下させる。例えば、後の用量の投与の後の、例えば、ELISAによって対象の血清において測定されるような、抗受容体抗体、例えば、抗CAR抗体の抗体力価は、第1の用量の細胞と同じ受容体を発現する細胞の後の用量が投与される方法と比較して、減少する。従って、いくつかの態様において、方法は、投与された細胞を除去するかまたはその増大を防止するであろう宿主免疫応答を防止するかまたは低下させることによって、投与された細胞への対象の曝露を増加させることによって、効力を改善する。
【０１７７】
V.投薬法
方法は、一般に、例えば、経時的な、細胞への対象の曝露の増加を提供することによって、養子細胞療法の効力を改善するため、設計される。方法は、いくつかの異なる用量の間の特定の時間枠で、第1の用量を投与した後、一般に、第2のおよび/または一つもしくは複数の付加的な後の用量を投与する工程を含む。
【０１７８】
養子細胞療法の状況において、所定の「用量」の投与には、単一の組成物および/または単一の中断されない投与としての、例えば、単一の注射または連続注入としての、所定の量または数の細胞の投与が包含され、これには、3日以内である指定された期間にわたり複数の個々の組成物または注入として提供される分割用量としての所定の量または数の細胞の投与も包含される。従って、いくつかの状況において、用量は、単一の時点で与えられるかまたは開始される、指定された数の細胞の単一のまたは連続的な投与である。しかしながら、いくつかの状況において、用量は、3日以内の期間での複数の注射または注入で、例えば、1日1回、3日間もしくは2日間の、または1日での複数の注入によって、投与される。
【０１７９】
従って、いくつかの局面において、細胞は単一の薬学的組成物で投与される。
【０１８０】
いくつかの態様において、細胞は、単一の用量の細胞を集合的に含有している複数の組成物で投与される。
【０１８１】
「分割用量」という用語は、2回以上の注入によって、例えば、2日以上にわたり投与されるよう分割された用量をさす。この型の投薬法は、本発明の方法に包含され、単一の用量であると見なされる。分割用量は、3日以内の期間にわたり注入される。
【０１８２】
従って、一つまたは複数の用量が、いくつかの局面において、分割用量として投与されてもよい。例えば、いくつかの態様において、用量は、2日にわたりまたは3日にわたり対象へ投与されてよい。分割投薬法の例示的な方法には、1日目に用量の25％を投与し、2日目に用量の残りの75％を投与することが含まれる。他の態様において、用量の33％が1日目に投与され、残りの67％が2日目に投与されてもよい。いくつかの局面において、用量の10％が1日目に投与され、用量の30％が2日目に投与され、用量の60％が3日目に投与される。いくつかの態様において、分割用量は3日を超えて拡張されない。
【０１８３】
いくつかの態様において、複数の用量は、いくつかの局面において、第1の用量と第2の用量との間のタイミングに関するものと同じタイミングガイドラインを使用して、例えば、後の用量が、第1のまたは先の用量の投与の約28日後より遅い時点で与えられる、第1および複数の後の用量の投与によって、与えられる。
【０１８４】
本明細書において使用されるように、「第1の用量」とは、所定の用量のタイミングが、後のまたは第2の用量の投与の前であることを記載するために使用される。その用語は、対象が細胞療法の用量を過去に受けたことがないことを必ずしも暗示せず、対象が、同一の細胞、または同一のもしくは異なる組換え受容体を発現するか、もしくは同一のもしくは異なる抗原を標的とする細胞の用量を過去に受けたことがないことも必ずしも暗示しない。例えば、いくつかの態様において、第1の用量とは、本明細書において使用されるように、第2またはそれ以上の細胞の対象への注入を表す。
【０１８５】
本明細書において使用されるように、「第2の用量」とは、所定の用量のタイミングが、先の、例えば、第1の用量の投与の後であることを記載するために使用される。その用語は、対象が細胞療法の一つの用量のみを過去に受けたことがあることを必ずしも暗示せず、対象が、同一の組換え受容体を発現するかまたは同一の抗原を標的とする細胞の用量のみを過去に受けたことがあることも必ずしも暗示しない。いくつかの態様において、複数の用量が、第1の用量と第2の用量との間に、かつ/または第1の用量の前に、または第2の用量の後に投与される。例えば、第1の用量の細胞（または第1の用量の受容体を発現する細胞）の複数の用量が投与された後、第2の用量の細胞または受容体の複数の用量が投与されてもよい。第1および第2という用語は、時間的に相互に異なる用量を記載するために使用されるに過ぎない。
【０１８６】
第1の用量のような先の用量に対して、「後の用量」という用語は、先の、例えば、第1の用量の後に同一の対象へ投与される用量をさす。いくつかの局面において、後の用量は、第2、第3、第4等の用量である。用量を記載する時、「後の」という用語も、特定の数値（例えば、「第2の」）も、介在する用量が存在しないことを暗示しない。
【０１８７】
いくつかの態様において、第1の用量と同じ受容体、例えば、CARを発現する細胞の一つまたは複数の連続的な用量が、対象へ投与されてもよい。
【０１８８】
第1の用量のような先の用量に対して、「連続的な用量」という用語は、間に対象へ投与される介在する用量なしに、先の、例えば、第1の用量の後に同一の対象へ投与される用量をさす。にも関わらず、その用語には、単一の分割用量に含まれる一連の注入または注射の中の第2、第3等の注射または注入は包含されない。従って、特記されない限り、1日、2日、または3日の期間内の第2の注入は、本明細書において使用されるような「連続的な」用量であるとは見なされない。同様に、分割用量における一連の複数の用量の中の第2、第3等も、「連続的な」用量の意味の状況における「介在する」用量であるとは見なされない。従って、特記されない限り、対象が、第1の用量の開始の後に、第2のまたは後の細胞の注射または注入を受けたとしても、第2のまたは後の注射または注入が、第1のまたは先の用量の開始の後、3日以内に起こる限り、第1のまたは先の用量の開始の、3日を超える一定期間後に投与される用量は、「連続的な」用量であると見なされる。
【０１８９】
従って、特記されない限り、3日までの期間にわたる同一の細胞の複数の投与は、単一の用量であると見なされ、最初の投与の3日以内の細胞の投与は、連続する用量とは見なされず、第2の用量が第1に「連続的」であるか否かを決定する目的のため、介在する用量であるとは見なされない。
【０１９０】
いくつかの態様において、複数の連続的な用量が与えられる。複数の連続的な用量は、例えば、第1の用量と第1の連続的な用量との間のタイミングについて指定されたのと同じタイミングガイドラインを使用して、例えば、連続的な用量が、各々、第1のまたは直前の用量の投与の、約14日を超え、約28日より少ない期間内に、例えば、約21日以内に与えられる、第1および複数の連続的な用量の投与によって、投与されてよい。いくつかの態様において、第1の用量に対して、連続的な用量は、各々、第1の用量において投与されたものと同じ細胞、および/または第1の用量におけるものが発現するのと同じ組換え受容体を含む。いくつかのそのような態様において、そのような連続的な用量の投与の後に、第2の用量、および、いくつかのケースにおいて、付加的な連続的な用量が投与されてもよい。
【０１９１】
従って、いくつかの局面において、対象は、同一の受容体を発現する細胞の複数の用量を投与され得る。いくつかの態様において、第1の受容体を発現する細胞を含有している複数の連続的な用量は、別の受容体を発現する細胞の後の投与の前に、例えば、第2の用量の投与の前に、対象へ投与され得、いくつかの態様において、その後に、第2の用量の細胞の連続的な投与が行われてもよい。いくつかの局面において、第2（または第3、第4、第5等）の受容体を発現する細胞の複数の連続的な用量が、対象へ投与され得る。
【０１９２】
いくつかの態様において、例えば、複合臨床試験の状況において、対象は、第1の臨床試験において調査される受容体を発現する細胞の第1の用量、および第2の臨床試験において調査される受容体を発現する細胞の第2の（またはその他の後の）用量を投与され得る。
【０１９３】
いくつかの態様において、提供される方法は、対象における同一の疾患または状態を標的とする別の組換え受容体を各々発現している改変細胞の第1、第2、第3、および/または複数の付加的な後の投与を含む、対象における疾患または障害の長期的または継続的な処置または管理のためのものである。そのような長期的な処置または管理は、対象がモニタリングされ、効力の喪失またはそのリスクの具体的な指標が検出された場合、検出された時に、次の後の投与（例えば、次の後の受容体）が導入される、反復過程を含んでいてもよい。いくつかの態様において、後の投与は、各々、先の用量における細胞の持続性、増大、もしくは曝露の低下、対象におけるそれに特異的な免疫応答、再発、抵抗性、および/または標的抗原のダウンレギュレーションもしくは変化のような、効力の喪失のリスクの1個または複数個の指標の検出時に開始される。
【０１９４】
いくつかの態様において、後の用量は、再発時の再処置のため、かつ/または標的とされた疾患もしくは障害の再発を防止するため、かつ/または第1の用量の後の組換え受容体を発現する細胞への曝露の低下を解決するかもしくは防止するため、例えば、そのような細胞の持続性もしくは増大またはそのような細胞の数の減衰の検出時に、投与される、従って、いくつかの態様において、これらのパラメータのうちの1個または複数個が、第1のまたはその他の先の用量と第2のまたはその他の後の用量との間の時間に測定されるか、検出されるか、または査定され、そのような査定の結果に基づき、後の用量を投与するタイミングまたは決定がなされる。例えば、受容体を発現する細胞の数または濃度が、所望のレベルより低いか、または最大のもしくはその他の測定された濃度または数に対する一定の百分率より低く減衰したことが決定された時点で、第2の用量が投与され得る。
【０１９５】
投与量またはサイズ
一部の態様において、第1の用量または後の用量は、対象体重1キログラムあたり約105〜約106個のこのような細胞の範囲内の数の細胞、組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、もしくは末梢血単核球(PBMC)、および/または対象体重1キログラムあたり約105個以下もしくは約106個以下のこのような細胞の数のこのような細胞を含有する。例えば、一部の態様において、第1の用量または後の用量は、対象体重1キログラムあたり1x105個もしくは約1x105個より少ないもしくはそれ以下、2x105個もしくは約2x105個より少ないもしくはそれ以下、5x105個もしくは約5x105個より少ないもしくはそれ以下、または1x106個もしくは約1x106個より少ないもしくはそれ以下のこのような細胞を含む。一部の態様において、第1の用量は、対象体重1キログラムあたり1x105個もしくは約1x105個、2x105個もしくは約2x105個、5x105個もしくは約5x105個、または1x106個もしくは約1x106個のこのような細胞、あるいは前述の値のいずれか2つの間の範囲内にある値を含む。特定の態様において、細胞の数および/または濃度は組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞の数を指す。他の態様において、細胞の数および/または濃度は、投与される全ての細胞、T細胞、または末梢血単核球(PBMC)の数または濃度を指す。
【０１９６】
一部の態様において、例えば、対象がヒトの場合、第1の用量または後の用量は、約1x108個より少ない全組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、もしくは末梢血単核球(PBMC)、例えば、約1x106〜1x108個の範囲のこのような細胞、例えば、2x106個、5x106個、1x107個、5x107個、もしくは1x108個のこのような細胞、または前述の値のいずれか2つの間の範囲を含む。
【０１９７】
一部の態様において、第1の用量または後の用量は、対象1m2あたり約1x108個より少ない全組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、もしくは末梢血単核球(PBMC)細胞、例えば、対象1m2あたり約1x106〜1x108個の範囲のこのような細胞、例えば、対象1m2あたり2x106個、5x106個、1x107個、5x107個、もしくは1x108個のこのような細胞、または前述の値のいずれか2つの間の範囲を含有する。
【０１９８】
ある特定の態様において、第1の用量または後の用量における細胞、組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、または末梢血単核球(PBMC)の数は、対象体重1キログラムあたり約1x106個より多いこのような細胞、例えば、体重1キログラムあたり2x106個、3x106個、5x106個、1x107個、5x107個、1x108個、1x109個、もしくは1x1010個のこのような細胞、および/または、対象1m2あたり1x108個、もしくは1x109個、1x1010個のこのような細胞、もしくは合計、あるいは前述の値のいずれか2つの間の範囲である。
【０１９９】
一部の態様において、後の用量において投与される細胞の数は、本明細書中の任意の態様の第1の用量において投与される細胞の数と同じまたは同等である、例えば、対象体重1キログラムあたりのそのような細胞1x105個もしくは約1x105個より少ないもしくはそれ以下、2x105個もしくは約2x105個より少ないもしくはそれ以下、5x105個もしくは約5x105個より少ないもしくはそれ以下、または1x106個もしくは約1x106個より少ないもしくはそれ以下である。一部の態様において、後の用量は、対象体重1キログラムあたりのそのような細胞1x105個もしくは約1x105個、2x105個もしくは約2x105個、5x105個もしくは約5x105個、または1x106個もしくは約1x106個、あるいは前述の値のいずれか2つの間の範囲内にある値を含有する。一部の態様では、このような値は組換え受容体発現細胞の数を指し、他の態様では、投与されるT細胞またはPBMCまたは全細胞の数を指す。一部の局面において、後の用量量は第1の用量量より多い。例えば、一部の態様において、後の用量は、対象体重1キログラムあたり約1x106個を超える細胞、組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、および/またはPBMC、例えば、対象体重1キログラムあたり約3x106個、約5x106個、約1x107個、約1x108個、または約1x109個のこのような細胞を含有する。一部の態様において、後の用量の量またはサイズは、疾患負荷もしくはその指標、および/または疾患もしくは状態の1つもしくは複数の症状を低減するのに十分である。一部の態様において、第2の（または他の後の）用量は、対象の生存を改善するのに、例えば、少なくとも6ヶ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、もしくは5年にわたって対象の生存、無再発生存、または無事象生存を誘導するのに有効なサイズの用量である。一部の態様において、後の用量において投与される、細胞、組換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、および/もしくはPBMCの数、ならびに/または対象体重あたりの投与される、このような細胞の数は、第1の用量において投与される数の少なくとも2倍、5倍、10倍、50倍、もしくは100倍であるか、またはこれより多い。一部の態様において、後の用量の後に、疾患負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量、および/または腫瘍量もしくは腫瘍容積は、第1の用量または第2の（または他の後の）用量の投与直前と比較して少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、もしくはこれより多く、または少なくとも約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、もしくはこれより多く低減する。
【０２００】
他の態様において、後の用量において投与される細胞の数は、第1の用量において投与される細胞の数より少ない。
【０２０１】
一部の態様において、第2の（または他の後の）用量の投与後に、追加の用量が投与されるように、第1の用量の後に複数の後の用量が投与される。一部の局面において、追加の後の用量(すなわち、第3、第4、第5など)において対象に投与される細胞の数は第1の用量、第2の用量、および/もしくは他の後の用量と同じまたは同等である。一部の態様において、追加の用量は先の用量より多い。
【０２０２】
一部の局面において、第1の用量および/または後の用量のサイズは、1つまたは複数の判断基準、例えば、前処置、例えば、化学療法に対する対象の応答、対象における疾患負荷、例えば、腫瘍量、容積、サイズ、もしくは程度、転移の度合いもしくはタイプ、ステージ、ならびに/または対象が毒性転帰、例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性を発症する可能性もしくは発生率、ならびに/または投与されている細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主免疫応答に基づいて決定される。
【０２０３】
一部の局面において、第1の用量および/または後の用量のサイズは、対象における疾患または状態の負荷によって決定される。例えば、一部の局面において、第1の用量において投与される細胞の数は、第1の用量の投与直前の対象に存在する腫瘍負荷に基づいて決定される。一部の態様において、第1の用量および/または後の用量のサイズは疾患負荷と逆相関がある。多疾患負荷の状況のような一部の局面では、少数の細胞、例えば、対象体重1キログラムあたり約1x106個未満の細胞が対象に投与される。低疾患負荷の状況のような他の態様では、多数の細胞、例えば、対象体重1キログラムあたり約1x106個を超える細胞が対象に投与される。
【０２０４】
一部の局面において、後の用量において投与される細胞の数は、第1の用量の投与後の、対象に存在する腫瘍負荷に基づいて決定される。一部の態様において、例えば、第1の用量が疾患負荷の減少を有する場合、または特定の閾値量もしくはレベルよりかなり少なく、例えば、上回ると毒性転帰のリスクが高まる閾値量もしくはレベルより少なく低減もしくは減少した場合、後の用量量は多く、例えば、体重1キログラムあたり1x106個を超える細胞(例えば、全細胞、受容体発現細胞、T細胞、もしくはPBMC)であり、および/または第1の用量量より多い。他の局面では、第1の用量が腫瘍負荷をわずかに低減したか、または第1の用量が腫瘍負荷の検出可能な低減につながらなかった場合、後の用量において投与される細胞の数は少なく、例えば、約1x106個未満であり、第1の用量と同じであるか、または第1の用量より少ない。
【０２０５】
いくつかの態様において、第1の用量において投与される細胞の数は、免疫応答が発達する前に細胞を投与するため、細胞の大きい用量が単回投与されるもののような、他の方法において投与される細胞の数より少ない。従って、いくつかの態様において、方法は、より大きい用量の投与を含む他の方法と比較して、毒性または毒性事象を低下させる。
【０２０６】
いくつかの態様において、第1の用量は、毒性または毒性事象、例えば、サイトカイン放出症候群（CRS）、重症CRS（sCRS）、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、3日以上の少なくとも38℃もしくは少なくとも約38℃の発熱、少なくとも20mg/dLもしくは少なくとも約20mg/dLのCRPの血漿レベル、および/または神経毒性を引き起こさないかまたはその可能性を低下させる量の細胞を含む。いくつかの局面において、第1の用量において投与される細胞の数は、対象が、細胞の投与の後に毒性または毒性事象、例えば、CRS、sCRS、および/またはCRS関連事象を示す可能性に基づき決定される。例えば、いくつかの態様において、対象における毒性事象の発症の可能性は、腫瘍負荷に基づき予測される。いくつかの態様において、方法は、用量の投与の前に、毒性事象および/または疾患負荷を検出するかまたは査定する工程を含む。
【０２０７】
いくつかの態様において、第2の（またはその他の後の）用量は、第1の投与の後、サイトカイン放出症候群（CRS）、マクロファージ活性化症候群、または腫瘍溶解症候群、または神経毒性を発症する臨床的なリスクが、存在しないかまたは終わったかまたは鎮静した時点で、例えば、そのようなイベントが、一般に、特定の疾患または状態を有する対象の、例えば、60％、70％、80％、90％、または95％において鎮静し、かつ/または起こる可能性が低くなる、臨界期の後に投与される。
【０２０８】
用量のタイミング
いくつかの局面において、第2のまたは後の用量のタイミングは、第1の用量の開始から、後の用量の開始まで測定される。他の態様において、例えば、用量が、1日を超えて、例えば、2日または3日にわたり投与される、本明細書に記載された分割投薬法の状況においては、後の用量のタイミングは、第1の用量の完了から、または第1の用量の投与の中央日から、測定される。
【０２０９】
いくつかの態様において、第1の用量の細胞が発現するものとは異なる受容体、例えば、CARを発現する細胞の後の用量が投与されるか否かは、第1の用量の細胞またはそれが発現する組換え受容体に対する対象における免疫応答または検出可能な免疫応答の存在または程度に基づき決定される。いくつかの局面において、第1の用量の細胞と異なる受容体を発現する細胞を含有している後の用量は、検出可能な宿主適応免疫応答、または一定のレベル、ステージ、もしくは程度に確立もしくは到達した免疫応答を有する対象へ投与されるであろう。
【０２１０】
いくつかの態様において、第2の（またはその他の後の）用量は、第1の受容体（例えば、CAR）を発現する細胞の第2の投与が、宿主免疫系によって排除される可能性が高いかまたは排除されると予測される時点で、投与される。免疫応答の発達の可能性は、本明細書に記載されるように、第1の用量の投与の後に、対象における受容体に特異的な免疫応答を測定することによって決定され得る。
【０２１１】
例えば、いくつかの態様において、対象は、第1の用量の後に対象において免疫応答が検出可能であるか否かを決定するため、第1の（またはその他の先の）用量の後、第2の（またはその他の後の）用量の前に試験され得る。いくつかのそのような態様において、第1の用量に対する免疫応答の検出は、第2の用量を投与する必要を誘発し得る。
【０２１２】
いくつかの局面において、第1のまたは先の用量の後、対象において、本明細書に記載されるように、減衰が存在するか、または所望の曝露より低いか、例えば、細胞の一定の数または濃度より少ないかを決定するため、本明細書に記載されるように、対象に由来する試料を試験することができる。いくつかのそのような局面において、細胞への対象の曝露の減衰の検出は、第2の用量を投与する必要を誘発し得る。
【０２１３】
いくつかの態様において、後の用量は、第1のまたは先の用量に応答して起こった疾患負荷の低減の後、対象における疾患または状態が再発していない時点で投与される。いくつかの態様において、疾患負荷の低減は、対象もしくはその液体もしくは臓器もしくは組織における疾患細胞の負荷もしくは数、腫瘍の重量もしくは体積、または転移の程度もしくは範囲のような1種または複数種の因子の低下によって示される。そのような因子は、初期の処置または投与に応答して起こった因子の低下の後、因子がその後に増加した場合に、再発したと見なされる。
【０２１４】
いくつかの態様において、第2の用量は、疾患が再発した時点で投与される。いくつかの態様において、再発は、1種もしくは複数種の因子、または、一般に、疾患負荷に関する。いくつかの局面において、後の用量は、対象、疾患負荷、またはその因子が、第1のまたは先の投与の後に測定されたまたは到達された最低点と比較して再発しているが、第1の用量の直前と比較してまだ低い時点で投与される。いくつかの態様において、対象は、疾患負荷またはそれを示す因子が変化していない時点で、例えば、疾患負荷の増加が防止されている時に、後の用量を投与される。
【０２１５】
いくつかの態様において、後の用量は、宿主適応免疫応答が検出された時、確立された時、または一定のレベル、程度、もしくはステージに到達した時に投与される。いくつかの局面において、後の用量は、対象における記憶免疫応答の発達の後に投与される。
【０２１６】
いくつかの局面において、第1の用量の投与と後の用量の投与との間の時間は、約28〜約35日であるか、約29〜約35日であるか、または約35日より長い。いくつかの態様において、第2の用量の投与は、第1の用量の投与の約28日後より後の時点でなされる。いくつかの局面において、第1の用量と後の用量との間の時間は、約28日である。
【０２１７】
いくつかの態様において、付加的な用量、例えば、後の用量は、第2の用量の投与の後に投与される。いくつかの局面において、付加的な用量は、先の用量の投与の少なくとも約28日後に投与される。いくつかの態様において、先の用量の約28日後より前に、用量は投与されない。
【０２１８】
いくつかの局面において、本発明の方法は、他の方法が第1の用量の受容体を発現する細胞を含有している第2の用量を投与し得る時間範囲を越えた時点で、例えば、第1の用量の細胞に対する免疫応答が検出された後に、受容体を発現する細胞を投与することを可能にするという点で有利である。
【０２１９】
いくつかの態様において、方法は、例えば、第1の受容体に対する免疫応答によって、第1の受容体を発現する細胞の第2の投与が除去されるであろう時点であり得る、例えば、第1の用量の後の毒性事象が除去された後に、第2の投与を行うことを可能にすることによって、他の方法と比較して毒性または毒性事象を低下させる。
【０２２０】
いくつかの局面において、方法は、再発が起こった時点で、例えば、対象が最初は処置に応答したが、再発を発症した時、例えば、第1の受容体に対する免疫応答によって第1の受容体を発現する細胞の第2の投与が除去されるであろう時点で、第2の用量の投与を可能にする。
【０２２１】
いくつかの態様において、例えば、第1の用量の細胞が発現する受容体を発現する一つまたは複数の連続的な用量が対象へ投与される場合、連続的な用量は、約14日、約15日、約21日、約27日、または約28日、分離されていてよい。いくつかの局面において、連続的な用量は、先の用量の21日後に投与される。いくつかの態様において、連続的な用量は、先の用量の投与の14〜28日後に投与される。
【０２２２】
任意の態様において、前記方法は、場合によっては、第1の用量または先の用量および後の用量の投与を含み、他の場合では、以前に第1の用量または先の用量が与えられたことがある対象への後の用量の投与を含むが、第1の用量または先の用量それ自体の投与を含まない。従って、前記方法は、場合によっては、強化処置を投与すること、例えば、後の強化用量を、ある用量の組換え受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞が以前に与えられたことがある対象に投与することによって強化処置を投与することを伴う。
【０２２３】
一部の態様において、後の用量の後に、疾患負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量、および/または腫瘍量もしくは腫瘍容積は、第1の用量もしくは先の用量の投与直前または第2の用量もしくは後の用量の投与直前と比較して少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、もしくはこれより多く、または少なくとも約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、もしくはこれより多く低減する。
【０２２４】
VI.細胞曝露および持続性
一部の態様において、提供される方法は、投与された細胞への対象の曝露を増大させる(例えば、細胞数を増やすか、もしくはある期間にわたる持続期間を延ばす)、ならびに/または養子細胞療法における効力および治療転帰を改善する。一部の局面において、前記方法は、組換え受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞への曝露の程度を大きく、および/または長期間にすることで、他の方法と比較して処置転帰が改善される点で有利である。このような転帰には、重度の腫瘍負荷を有する個体であっても、患者が生存および寛解することが含まれることがある。
【０２２５】
一部の態様において、第1の用量の後および/または後の用量の後に、対象における組換え受容体発現細胞(例えば、CAR発現細胞)の存在および/または量が検出される。一部の局面において、対象の血液もしくは血清または臓器もしくは組織(例えば、疾患部位)における組換え受容体発現細胞(例えば、CAR発現細胞)の量を評価するために定量PCR(qPCR)が用いられる。一部の局面において、持続性は、DNA 1マイクログラムあたりの、受容体、例えば、CARをコードするDNAもしくはプラスミドのコピーとして、あるいは試料、例えば、血液もしくは血清1マイクロリットルあたりの受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞の数として、または試料1マイクロリットルあたりの末梢血単核球(PBMC)もしくは白血球もしくはT細胞の総数あたりの受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞の数として定量される。
【０２２６】
一部の態様において、前記細胞は、第2の（または他の後の）用量を投与して4日後、14日後、15日後、27日後、もしくは28日後、または少なくとも4日後、14日後、15日後、27日後、もしくは28日後に対象において検出される。一部の局面において、前記細胞は、第2の（または他の後の）用量を投与して2週間後、4週間後、もしくは6週間後または少なくとも2週間後、4週間後、もしくは6週間後、あるいは3ヶ月後、6ヶ月後、または12ヶ月後、18ヶ月後、または24ヶ月後、または30ヶ月後、または36ヶ月後、あるいは1年後、2年後、3年後、4年後、5年後、またはこれより後で検出される。
【０２２７】
一部の態様において、後の用量の投与後の、前記方法による対象における受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞の持続性は、後の用量の後の、代替の方法によって、例えば、単回用量の投与を伴う前記方法によって、または、第1の（または他の先の）用量の細胞と同じ受容体、例えばCARを発現する細胞の後の用量の投与を伴う方法によって成し遂げられるものと比較して、大きい。
【０２２８】
一部の態様において、第2の用量の投与後の対象における組換え受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞の持続性および/または増殖および/または存在は、代替投薬計画を用いる方法、例えば、単一用量の受容体発現細胞の投与を伴う方法、または第1の用量の細胞が発現するのと同じ受容体を発現する第2の用量もしくは複数の用量の細胞を伴う方法により得られたものと比較して、大きい。
【０２２９】
曝露、例えば、増殖および/または持続性を示す細胞の数は、対象が曝露される前記細胞の最大数、ある特定の数もしくはパーセントを上回る検出可能な細胞の持続期間、ある期間にわたる細胞の数の曲線下面積、ならびに/またはその組み合わせおよびその指標で述べられてもよい。このような転帰は、公知の方法、例えば、特定の試料、例えば、血液もしくは血清における核酸もしくはDNAの全量と比較して、組換え受容体をコードする核酸のコピー数を検出するqPCR、および/または受容体発現細胞を、一般的に、その受容体に特異的な抗体を用いて検出するフローサイトメトリーアッセイを用いて評価されてもよい。細胞に基づくアッセイも、機能細胞、例えば、疾患もしくは状態の細胞、または受容体によって認識される抗原を発現する細胞に結合することができる、および/あるいはこれを中和ことができる、および/あるいはこれに対する応答、例えば、細胞傷害応答を誘導することができる細胞の数またはパーセントを検出するのに用いられてもよい。
【０２３０】
一部の局面において、前記細胞に対する対象の曝露の増加は、前記細胞の増殖の増加を含む。一部の態様において、受容体(例えば、CAR)発現細胞は、第1の用量の投与後および/または後の用量の投与後に増殖する。一部の局面において、前記方法は、他の方法、例えば、単一用量の細胞の投与または、第1の用量と同じ受容体を発現する細胞の、1つまたは複数の後の用量の投与を伴う方法と比較して多い、前記細胞の増殖をもたらす。
【０２３１】
一部の局面において、前記方法は、例えば、フローサイトメトリーによって測定された時に、投与された細胞の多量のインビボ増殖をもたらす。一部の局面において、前記細胞の高いピーク割合が検出される。例えば、一部の態様において、第1の投与後または後の投与後のピークまたは最大レベルにおいて、対象の血液もしくは疾患部位、またはその白血球画分、例えば、PBMC画分もしくはT細胞画分における、前記細胞の少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％は、前記組換え受容体、例えば、CARを発現する。
【０２３２】
一部の態様において、前記方法は、対象の血液もしくは血清もしくは他の体液または臓器もしくは組織において、DNA 1マイクログラムあたり少なくとも100、500、1000、1500、2000、5000、10,000、もしくは15,000コピーの最大濃度の、前記受容体、例えば、CARをコードする核酸、または末梢血単核球(PBMC)の総数、単核細胞の総数、T細胞の総数、もしくはマイクロリットルの総数あたり少なくとも0.1個、0.2個、0.3個、0.4個、0.5個、0.6個、0.7個、0.8個、もしくは0.9個の受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞をもたらす。一部の態様において、前記受容体発現細胞は、対象の血液中に、総PBMCの少なくとも10％、20％、30％、40％、50％、または60％として検出される、および/あるいは第1の投与または後の投与の後少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、24週間、36週間、48週間、または52週間にわたって、あるいはこのような投与の後1年、2年、3年、4年、もしくは5年、またはこれより長く、このようなレベルで検出される。
【０２３３】
一部の局面において、前記方法は、例えば、対象の血清中にある、DNA 1マイクログラムあたりの前記組換え受容体、例えば、CARをコードする核酸のコピーの少なくとも2倍、少なくとも4倍、少なくとも10倍、または少なくとも20倍の増加をもたらす。
【０２３４】
一部の態様において、前記受容体発現細胞は、第1の用量を投与して、または第2の（または後の）用量を投与して少なくとも、20日後、21日後、22日後、23日後、24日後、25日後、26日後、27日後、28日後、29日後、30日後、31日後、32日後、33日後、34日後、35日後、36日後、37日後、38日後、39日後、40日後、41日後、42日後、43日後、44日後、45日後、46日後、47日後、48日後、49日後、50日後、51日後、52日後、53日後、54日後、55日後、56日後、57日後、58日後、59日後、もしくは60日後、またはこれより後に、あるいは、第1の用量または後の用量を投与して少なくとも、2週間後、3週間後、4週間後、5週間後、6週間後、7週間後、8週間後、9週間後、10週間後、11週間後、12週間後、13週間後、14週間後、15週間後、16週間後、17週間後、18週間後、19週間後、20週間後、21週間後、22週間後、23週間後、もしくは24週間後、またはこれより後に、あるいは約2週間後、約3週間後、約4週間後、約5週間後、約6週間後、約7週間後、約8週間後、約9週間後、約10週間後、約11週間後、約12週間後、約13週間後、約14週間後、約15週間後、約16週間後、約17週間後、約18週間後、約19週間後、約20週間後、約21週間後、約22週間後、約23週間後、もしくは約24週間後、またはこれより後に、例えば、特定の方法、例えば、qPCRまたはフローサイトメトリーに基づく検出方法によって、対象の血液中または血清中で検出することができる。
【０２３５】
一部の局面において、対象もしくは流体、組織、またはその区画において、例えば、血液中、例えば、末梢血中に、またはその疾患部位において、少なくとも約1x102個、少なくとも約1x103個、少なくとも約1x104個、少なくとも約1x105個、もしくは少なくとも約1x106個、もしくは少なくとも約5x106個、もしくは少なくとも約1x107個、もしくは少なくとも約5x107個、もしくは少なくとも約1x108個の組換え受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞、および/あるいは1マイクロリットルあたり少なくとも10個、25個、50個、100個、200個、300個、400個、もしくは500、または1000個の受容体発現細胞、例えば、1マイクロリットルあたり少なくとも10個が検出可能であるか、または存在する。一部の態様において、このような数または濃度の細胞は、第1の用量の投与後または後の用量の投与後少なくとも約20日間、少なくとも約40日間、もしくは少なくとも約60日間、または少なくとも約3ヶ月間、約4ヶ月間、約5ヶ月間、約6ヶ月間、約7ヶ月間、約8ヶ月間、約9ヶ月間、約10ヶ月間、約11ヶ月間、もしくは約12ヶ月間、または少なくとも2年もしくは3年にわたって対象において検出可能である。このような細胞数は、フローサイトメトリーに基づく方法または定量PCRに基づく方法と、公知の方法を用いた総細胞数への外挿によって検出されてもよい。例えば、Brentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5(177), Park et al, Molecular Therapy 15(4):825-833 (2007), Savoldo et al., JCI 121(5):1822-1826 (2011), Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4):e61338, Davila et al., Oncoimmunology 1(9):1577-1583 (2012), Lamers, Blood 2011 117:72-82, Jensen et al. Biol Blood Marrow Transplant 2010 September; 16(9): 1245-1256, Brentjens et al., Blood 2011 118(18):4817-4828を参照されたい。
【０２３６】
一部の局面において、前記細胞を投与して、例えば、第1の用量または後の用量を投与して約1週間後、約2週間後、約3週間後、約4週間後、約5週間後、もしくは少なくとも約6週間後、または少なくとも約2ヶ月後、約3ヶ月後、約4ヶ月後、約5ヶ月後、約6ヶ月後、約7ヶ月後、約8ヶ月後、約9ヶ月後、約10ヶ月後、約11ヶ月後、もしくは約12ヶ月後、または少なくとも2年後もしくは3年後に、免疫組織化学、PCR、および/またはフローサイトメトリーによって測定された時の、100個の細胞あたりの、例えば、末梢血もしくは骨髄または他の区画にある100個の細胞あたりの、前記組換え受容体をコードする核酸のコピー数、例えば、ベクターコピー数は、少なくとも0.01、少なくとも0.1、少なくとも1、または少なくとも10である。一部の態様において、第1の用量または後の用量の受容体発現細胞、例えば、CAR発現細胞を投与して約1週間後、約2週間後、約3週間後、または少なくとも約4週間後、あるいはこのような投与の少なくとも2ヶ月後、3ヶ月後、4ヶ月後、5ヶ月後、6ヶ月後、7ヶ月後、8ヶ月後、9ヶ月後、10ヶ月後、11ヶ月後、もしくは12ヶ月後、または少なくとも2年後もしくは3年後の時期に、ゲノムDNA 1マイクログラムあたりの前記受容体、例えば、CARを発現するベクターのコピー数は少なくとも100、少なくとも1000、少なくとも5000、または少なくとも10,000、または少なくとも15,000、または少なくとも20,000である。
【０２３７】
一部の局面において、前記細胞によって発現される受容体、例えば、CARは、前記細胞を投与して、例えば、第1の用量または第2の用量もしくは後の用量の投与を開始して、少なくとも約3ヶ月後、少なくとも約6ヶ月後、少なくとも約12ヶ月後、少なくとも約1年後、少なくとも約2年後、少なくとも約3年後、または3年を超えた時期に、対象、その血液、および/またはその疾患部位において定量PCR(qPCR)またはフローサイトメトリーによって検出することができる。
【０２３８】
一部の態様において、第1の用量の投与後、ある期間にわたる、対象の流体、組織、または臓器、例えば、血液における受容体(例えば、CAR)発現細胞の濃度の曲線下面積(AUC)は、単一用量の細胞または同じ受容体を発現する複数用量の細胞が対象に投与される代替投薬計画により得られたものと比較して、大きい。
【０２３９】
一部の局面において、後の用量の投与後、ある期間にわたる、対象の流体、組織、または臓器、例えば、血液における受容体(例えば、CAR)発現細胞の濃度の曲線下面積(AUC)は、単一用量の細胞または同じ受容体を発現する複数用量の細胞が対象に投与される代替投薬計画により得られたものと比較して、大きい。
【０２４０】
VII.疾患負荷
前記用量の投与は、一般的には、対象における疾患または状態の増殖または負荷を低減または阻止する。例えば、疾患または状態が腫瘍である場合、前記方法は、一般的には、腫瘍サイズ、容積、もしくは転移を低減する、および/または予後もしくは生存または腫瘍負荷に関連する他の症状を改善する。一部の態様において、第2の用量または後の用量の投与の時間は、第1の用量または先の用量の後のトランスジーン特異的免疫応答の発生および/または再発に関連して決められる。
【０２４１】
疾患負荷は、対象における、または対象の臓器、組織、もしくは体液における、例えば、腫瘍の臓器もしくは組織または別の位置、例えば、転移を示す位置における疾患の細胞の総数を包含してもよい。例えば、腫瘍細胞は、ある特定の血液腫瘍の状況では血液中または骨髄中で検出および/または定量されてもよい。疾患負荷は、一部の態様では、腫瘍の質量、および/または転移の数もしくは程度を含んでもよい。
一部の態様において、2つ以上の用量の投与は、疾患負荷を低減させる。
【０２４２】
一部の局面において、複数の用量の投与は疾患負荷の増加を阻止する場合があり、これは、疾患負荷が変化しないことで証明される場合がある。
【０２４３】
一部の局面において、第1の用量の投与後に疾患または状態は持続する、および/または第1の用量の投与は対象における疾患もしくは状態を根絶するのに十分でない。
【０２４４】
一部の局面において、第2の用量の投与は、第1の用量の直前または第2の用量の直前の疾患負荷と比較して疾患負荷を低減する。一部の局面において、例えば、再発の状況では、第2の用量の投与は、第1の用量の投与後の疾患負荷のピークレベルと比較して疾患負荷の低減をもたらす。
【０２４５】
一部の態様において、前記方法は、代替投薬計画、例えば、対象に単一用量の細胞または同じ受容体、例えばCARを発現する複数用量の細胞が与えられる代替の投与計画を用いる方法を用いて観察される低減と比較して大きな程度までおよび/または長い期間にわたって、疾患または状態の負荷、例えば、腫瘍細胞の数、腫瘍のサイズ、患者生存または無事象生存の持続期間を低減する。一部の態様において、第2の用量の後に、疾患負荷は、同じ受容体、例えばCARを発現する第2の用量の細胞を投与することによって生じる低減と比較して大きな度合いで、または長い期間にわたって、低減する。
【０２４６】
一部の態様において、対象における疾患または状態の負荷は検出、評価、または測定される。疾患負荷は、一部の局面では、対象における、または対象の臓器、組織、もしくは体液、例えば、血液もしくは血清における疾患細胞または疾患関連細胞、例えば、腫瘍細胞の総数を検出することによって検出されてもよい。一部の態様において、疾患負荷、例えば、腫瘍負荷は、固形腫瘍の質量および/または転移の数もしくは程度を測定することによって評価される。一部の局面において、対象の生存、ある特定の期間内での生存、生存の度合い、無事象生存もしくは無症状生存(symptom-free survival)または無再発生存の存在もしくは持続期間が評価される。一部の態様において、疾患または状態の任意の症状が評価される。一部の態様において、疾患または状態の負荷の判断基準が指定される。
【０２４７】
一部の局面において、第1の用量の投与前に、第1の用量の投与後であるが第2の用量の投与前に、および/または第2の用量もしくは後の用量の投与後に、疾患負荷が測定または検出される。後の複数の用量の状況では、疾患負荷は、一部の態様では、任意の後の用量の前もしくは後に、または後の用量の投与の間の期間において測定されてもよい。
【０２４８】
一部の局面において、複数の用量の投与は、疾患負荷、例えば、腫瘍負荷の低減、例えば、第2の用量の投与直前と比較した負荷における、あるいは第1の用量の直前と比較した全体における、10パーセント、20パーセント、30パーセント、40パーセント、50パーセント、60パーセント、70パーセント、90パーセント、もしくは100パーセント、または約10パーセント、約20パーセント、約30パーセント、約40パーセント、約50パーセント、約60パーセント、約70パーセント、約90パーセント、もしくは約100パーセントの減少をもたらす。一部の態様において、第2の用量の後に、疾患負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量、および/または腫瘍量もしくは腫瘍容積は、第1の用量または後の用量の投与直前と比較して少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、もしくはそれより多く、または少なくとも約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、もしくはそれより多く、低減する。
【０２４９】
一部の態様において、前記方法による疾患負荷の低減は、例えば、第1の用量または任意の後の用量の投与、例えば、開始から1ヶ月後、2ヶ月後、3ヶ月後に、または3ヶ月を超えた後に評価された時の、形態学的な完全寛解の誘導を含む。一部の局面において、例えば、マルチパラメトリックフローサイトメトリー(multiparametric flow cytometry)によって評価された時の、微小残存病変アッセイは陰性であるか、または微小残存病変のレベルは約0.3％未満、約0.2％未満、約0.1％未満、もしくは約0.05％未満である。
【０２５０】
一部の態様において、対象の無事象生存率または全生存率は、前記方法によって、他の方法と比較して改善される。例えば、一部の態様において、第1の用量の6ヶ月後の、前記方法で処置した対象の無事象生存率または確率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。一部の局面において、全生存率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。一部の態様において、前記方法で処置した対象は、無事象生存、無再発生存、または少なくとも6ヶ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、もしくは10年までの生存を示す。一部の態様において、例えば、6ヶ月を超える、もしくは約6ヶ月を超える、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、もしくは10年の腫瘍増殖停止時間(time to progression)など腫瘍増殖停止時間が改善される。
【０２５１】
一部の態様において、前記方法による処置後に再発確率は他の方法と比較して低下する。例えば、一部の態様において、第1の用量の6ヶ月後の再発確率は、約80％未満、約70％未満、約60％未満、約50％未満、約40％未満、約30％未満、約20％未満、または約10％未満である。
【０２５２】
VIII.毒性および毒性転帰
いくつかの態様において、方法は、例えば、単一の用量としての細胞の投与、第1の用量と同じ受容体を発現する細胞の後の用量の投与、および/または方法によって指定された第1の用量と後の用量との間の時間より早い時点での後の用量の投与と比較して、毒性またはその事象もしくは症状を低下させるかまたは防止する。
【０２５３】
キメラ抗原受容体を発現するT細胞による処置のような養子T細胞療法の投与は、サイトカイン放出症候群および神経毒性のような毒性の効果または事象を誘導する場合がある。いくつかの例において、そのような効果または事象は、観察された毒性の基礎となり得る、循環血中サイトカインの高いレベルと平行する。
【０２５４】
いくつかの局面において、本発明の方法は、例えば、同一の受容体を発現する細胞の複数回のより小さな用量が宿主免疫応答によって排除され得る場合に、例えば大きな用量が単回投与される他の方法よりも小さな第1の用量の投与を可能にすることによって、他の方法と比較して毒性または毒性事象を低下させることができる。
【０２５５】
いくつかの態様において、本発明は、第1の用量の投与の28日後より後、例えば、再び投与された場合に、第1の受容体を発現する細胞が排除されるであろう、第1の受容体に対する免疫応答が発達した時点で、後の用量の投与を可能にすることによって、他の方法と比較して毒性または毒性事象を低下させることができる。従って、いくつかの局面において、方法は、対象がCRSを発症するリスクを有する時点で、複数の用量を投与する方法と比較して、毒性を低下させる。
【０２５６】
一部の局面において、毒性転帰はサイトカイン放出症候群(CRS)もしくは重度のCRS(sCRS)であるか、サイトカイン放出症候群(CRS)もしくは重度のCRS(sCRS)に関連するか、またはサイトカイン放出症候群(CRS)もしくは重度のCRS(sCRS)を示す。CRS、例えば、sCRSは、場合によっては、養子T細胞療法後に、および他の生物製品が対象に投与された後に起こることがある。Davila et al., Sci Transl Med 6, 224ra25 (2014); Brentjens et al., Sci. Transl. Med. 5, 177ra38 (2013); Grupp et al., N. Engl. J. Med. 368, 1509-1518 (2013);およびKochenderfer et al., Blood 119, 2709-2720 (2012); Xu et al., Cancer Letters 343 (2014) 172-78を参照されたい。
【０２５７】
CRSは、抗炎症性療法、例えば、抗IL-6療法、例えば、抗IL-6抗体、例えば、トシリズマブ、または抗生物質を用いて治療されることがある。一部の態様において、第1の投与の後に、対象はこのような療法で処置され、このような処置の後に、CRS関連症状が低減したか、もしくは低下している最中であるか、許容されるレベルを下回って低下した場合および時にだけ、後の用量が投与される。
【０２５８】
CRSの転帰、徴候、および症状は公知であり、本明細書に記載のものを含む。一部の態様において、特定の投与計画もしくは投与が、ある特定のCRS関連転帰、徴候、もしくは症状をもたらす場合、または特定の投与計画もしくは投与が、ある特定のCRS関連転帰、徴候、もしくは症状をもたらさない場合、特定の転帰、徴候、および症状、ならびに/またはその数量もしくは程度が指定されることがある。
【０２５９】
様々な転帰を測定または検出するための方法を特定することができる。
【０２６０】
一部の局面において、第1の用量の投与前に、第1の用量の投与後で後の用量の投与前に、または後の用量の投与後に、CRS関連転帰が対象において評価される。一部の態様において、毒性転帰、例えば、CRS関連転帰のレベル、例えば、CRSの指標の血清レベルがELISAによって測定される。一部の局面において、毒性転帰は神経毒性であるか、または神経毒性に関連する。
【０２６１】
一部の局面において、前記方法は、他の方法と比較して神経毒性に関連する症状を低減する。例えば、本方法に従って処置された対象は、他の方法によって処置された対象と比較して、神経毒性の症状、例えば、四肢の脱力またはしびれ、記憶、視力、および/または知性の喪失、制御不能な強迫行動および/または強制行動、妄想、頭痛、運動制御の喪失を含む認知問題および行動問題、認知衰退、ならびに自律神経系機能不全、ならびに性機能不全を低減している可能性がある。
【０２６２】
一部の態様において、前記方法は、神経系および/または脳に対する損傷、例えば、ニューロン死を含む、神経毒性に関連する転帰を低減する。一部の局面において、前記方法は、神経毒性に関連する因子、例えば、βアミロイド(Aβ)、グルタミン酸、および酸素ラジカルのレベルを低減する。
【０２６３】
一部の態様において、本方法による複数の用量が投与された対象では、単一用量の投与、第1の用量と同じ受容体、例えばCARを発現する細胞の後の用量の投与、ならびに/または前記方法によって特定された第1の用量と後の用量との間の時点より早い時点での後の用量の投与と比較して、神経毒性に関連する症状、転帰、または因子を低減した。
【０２６４】
IX.細胞
前記細胞は通常、真核細胞、例えば、哺乳動物細胞であり、典型的にはヒト細胞、例えば、ヒト対象に由来しかつ例えば組換え受容体を発現するように操作された、ヒト細胞である。一部の態様において、前記細胞は血液、骨髄、リンパ、またはリンパ系臓器に由来し、免疫系の細胞、例えば、自然免疫または適応免疫の細胞、例えば、リンパ球、典型的にはT細胞および/またはNK細胞を含む骨髄系細胞またはリンパ系細胞である。他の例示的な細胞には、幹細胞、例えば、人工多能性幹細胞(iPSC)を含む多分化能性幹細胞および多能性幹細胞が含まれる。前記細胞は、典型的には、初代細胞、例えば、対象から直接単離された、および/または対象から単離され、凍結された細胞である。一部の態様において、前記細胞には、T細胞または他の細胞タイプの1つまたは複数のサブセット、例えば、全T細胞集団、CD4+細胞、CD8+細胞、およびその部分母集団、例えば、機能、活性化状態、成熟度、分化能、増殖、再循環、局在化、および/もしくは持続能力、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の臓器もしくは区画における存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロファイル、ならびに/または分化の程度によって規定されるT細胞または他の細胞タイプの1つまたは複数のサブセットが含まれる。処置しようとする対象に関して、前記細胞は同種異系および/または自己由来でもよい。前記方法の中には既製の方法が含まれる。一部の局面において、例えば、既製の技術の場合、前記細胞は多能性および/または多分化能性であり、例えば、幹細胞、例えば、人工多能性幹細胞(iPSC)である。一部の態様において、前記方法は、対象から細胞を単離する工程、細胞を調製、処理、培養、および/または操作する工程、ならびに凍結保存前または凍結保存後に細胞を同じ対象に再導入する工程を含む。
【０２６５】
T細胞ならびに/またはCD4+T細胞および/もしくはCD8+T細胞のサブタイプおよび部分母集団の中には、ナイーブT(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞およびそのサブタイプ、例えば、幹細胞メモリーT(TSCM)、セントラルメモリー(central memory)T(TCM)、エフェクターメモリーT(TEM)、または高度に分化したエフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連インバリアント(mucosa-associated invariant)T(MAIT)細胞、天然および適応性の調節性T(Treg)細胞、ヘルパーT細胞、例えば、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞ヘルパーT細胞、α/βT細胞、ならびにδ/γT細胞がある。
【０２６６】
一部の態様において、前記細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である。一部の態様において、前記細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄系細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、および/または好塩基球である。
【０２６７】
一部の態様において、前記細胞は、遺伝子操作を介して導入された1種または複数種の核酸を含み、それによって、このような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。一部の態様において、前記核酸は異種である、すなわち、細胞または細胞から得られた試料に通常は存在せず、例えば、別の生物または細胞から得られたもの、例えば、操作されている細胞、および/またはこのような細胞が得られた生物に普通は見られないものである。一部の態様において、前記核酸は非天然であり、例えば、複数の異なる細胞タイプに由来する様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含む核酸を含む、天然に見られない核酸である。
【０２６８】
遺伝子操作のためのベクターおよび方法
遺伝子操作された組換え受容体発現細胞を生成するための方法、組成物、およびキットも提供される。遺伝子操作は、一般的に、例えば、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換によって、組換え成分または操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することを伴う。
【０２６９】
一部の態様において、遺伝子移入は、最初に、細胞を刺激し、例えば、細胞を、例えば、サイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるような増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と組み合わせ、その後に、活性化された細胞に形質導入し、臨床用途に十分な数まで培養で増殖させることによって成し遂げられる。
【０２７０】
ある状況では、刺激因子(例えば、リンホカインまたはサイトカイン)の過剰発現が対象に対して毒性をもつ場合がある。従って、ある状況では、操作された細胞は、例えば、養子免疫治療において投与された時に、インビボで細胞を負の選択に対して感受性にする遺伝子セグメントを含む。例えば、一部の局面において、前記細胞は、細胞が投与された対象のインビボ状態が変化した結果として排除可能になるように操作される。負の選択が可能な表現型は、投与された薬剤、例えば、化合物に対する感受性を付与する遺伝子の挿入に起因してもよい。負の選択が可能な遺伝子には、ガンシクロビル感受性を付与する単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ(HSV-I TK)遺伝子(Wigler et al., Cell II :223, 1977);細胞ヒポキサンチンホスフリボシルトランスフェラーゼ(phosphribosyltransferase)(HPRT)遺伝子、細胞アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(APRT)遺伝子、細菌シトシンデアミナーゼ、(Mullen et al.,Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:33 (1992))が含まれる。
【０２７１】
一部の局面において、前記細胞は、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するようにさらに操作される。遺伝子操作された成分、例えば、抗原受容体、例えば、CARを導入するための様々な方法は周知であり、提供される方法および組成物と共に使用することができる。例示的な方法には、ウイルス、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介した方法を含む、受容体をコードする核酸を移入するための方法が含まれる。
【０２７２】
一部の態様において、組換え核酸は、組換え感染性ウイルス粒子、例えば、シミアンウイルス40(SV40)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するベクターを用いて細胞に移入される。一部の態様において、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えば、γ-レトロウイルスベクターを用いてT細胞に移入される(例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November; 29(11): 550-557を参照されたい)。
【０２７３】
一部の態様において、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、骨髄増殖性肉腫ウイルス(myeloproliferative sarcoma virus)(MPSV)、マウス胚性幹細胞ウイルス(MESV)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)、脾フォーカス形成ウイルス(SFFV)、またはアデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するレトロウイルスベクターには末端反復配列(LTR)がある。ほとんどのレトロウイルスベクターはマウスレトロウイルスに由来する。一部の態様において、レトロウイルスには、任意の鳥類細胞供給源または哺乳動物細胞供給源に由来するレトロウイルスが含まれる。レトロウイルスは典型的に両種指向性である。両種指向性とは、レトロウイルスが、ヒトを含む、いくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一態様において、発現させようとする遺伝子はレトロウイルスgag配列、pol配列、および/またはenv配列に取って代わる。多数の例示的なレトロウイルス系が述べられている(例えば、米国特許第5,219,740号;同第6,207,453号;同第5,219,740号; Miller and Rosman(1989) BioTechniques 7:980-990; Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14; Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037;およびBoris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3: 102-109)。
【０２７４】
レンチウイルス形質導入法は公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101: 1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114;およびCavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。
【０２７５】
一部の態様において、組換え核酸はエレクトロポレーションを介してT細胞に移入される(例えば、Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298およびVan Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437)を参照されたい)。一部の態様において、組換え核酸は転位を介してT細胞に移入される(例えば、Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437; Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74およびHuang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126を参照されたい)。免疫細胞において遺伝物質を導入および発現する他の方法には、リン酸カルシウムトランスフェクション(例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.に記載)、プロトプラスト融合、カチオン性リポソームを介したトランスフェクション;タングステン粒子によって促進されるマイクロパーティクルボンバードメント(microparticle bombardment)(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990));およびリン酸ストロンチウムDNA共沈殿(Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987))が含まれる。
【０２７６】
組換え産物をコードする核酸を移入するための他のアプローチおよびベクターは、例えば、国際特許出願公開番号WO2014055668および米国特許第7,446,190号に記載のものである。
【０２７７】
さらなる核酸、例えば、導入用の遺伝子の中には、Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991);およびRiddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)に記載のように、療法の効力を改善するための、例えば、移入された細胞の生存および/または機能を促進することによって療法の効力を改善するための遺伝子;細胞を選択および/または評価するための、例えば、インビボ生存または局在化を評価するための遺伝子マーカーを提供するための遺伝子;安全性を改善する、例えば、細胞をインビボで負の選択に対して感受性にすることによって安全性を改善する遺伝子がある。ドミナントポジティブ選択マーカーと負の選択マーカーとの融合から得られた二機能性の選択可能な融合遺伝子の使用について説明している、LuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公報も参照されたい。例えば、Riddell et al., 米国特許第6,040,177号の縦列14〜17を参照されたい。
【０２７８】
操作のための細胞の調製
一部の態様において、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養工程および/または調製工程を含む。トランスジェニック受容体、例えば、CARをコードする核酸を導入するための細胞は、試料、例えば、生物学的試料、例えば、対象から得られた、または対象に由来する生物学的試料から単離されてもよい。一部の態様において、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有する対象、または細胞療法を必要とするか、もしくは細胞療法が投与される対象である。対象は、一部の態様では、特定の治療介入、例えば、細胞が単離、処理、および/または操作される養子細胞療法を必要とするヒトである。
【０２７９】
従って、前記細胞は、一部の態様では、初代細胞、例えば、初代ヒト細胞である。前記試料には、対象から直接採取した組織、液体、および他の試料、ならびに1つまたは複数の処理工程、例えば、分離、遠心分離、遺伝子操作（例えば、ウイルスベクターを用いた形質導入）、洗浄、および/またはインキュベーションに起因する試料が含まれる。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料でもよく、処理された試料でもよい。生物学的試料には、体液、例えば、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗、組織および臓器試料が、これらから得られた処理済み試料を含めて含まれるが、これに限定されない。
【０２８０】
一部の局面において、前記細胞が得られる、または単離される試料は血液もしくは血液由来試料であるか、アフェレーシスもしくは白血球搬出法による生成物であるか、またはこれから得られる。例示的な試料には、全血、末梢血単核球（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検材料、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、消化管に関連するリンパ系組織、粘膜に関連するリンパ系組織、脾臓、他のリンパ系組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、もしくは他の臓器、および/またはこれらに由来する細胞が含まれる。試料には、細胞療法、例えば、養子細胞療法の状況では、自己供給源および同種異系供給源に由来する試料が含まれる。
【０２８１】
いくつかの局面において、第2の用量の細胞は、第1の用量の細胞と同じアフェレーシス生成物に由来する。いくつかの態様において、複数の用量、例えば、第1、第2、第3等の用量の細胞は、同一のアフェレーシス生成物に由来する。
【０２８２】
他の態様において、第2の（またはその他の後の）用量の細胞は、第1の（またはその他の先の）用量の細胞が由来するものとは異なるアフェレーシス生成物に由来する。
【０２８３】
一部の態様において、前記細胞は細胞株、例えば、T細胞株に由来する。前記細胞は、一部の態様では、異種供給源から、例えば、マウス、ラット、非ヒト霊長類、およびブタから得られる。
【０２８４】
一部の態様において、前記細胞の単離には、1つまたは複数の調製工程および/または親和性に基づかない細胞分離工程が含まれる。一部の例では、例えば、望ましくない成分を除去するために、望ましい成分を濃縮するために、細胞を溶解するか、または特定の試薬に対して感受性のある細胞を除去するために、1種または複数種の試薬の存在下で細胞が洗浄、遠心分離、および/またはインキュベートされる。一部の例では、細胞は、密度、粘着性、サイズ、特定の成分に対する感受性および/または耐性などの1つまたは複数の特性に基づいて分離される。
【０２８５】
一部の例では、対象の循環血に由来する細胞は、例えば、アフェレーシスまたは白血球搬出法によって得られる。試料は、一部の局面では、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球を含むリンパ球、赤血球、および/または血小板を含有し、一部の局面では、赤血球および血小板以外の細胞を含有する。
【０２８６】
一部の態様において、例えば、血漿画分を除去するために、および後の処理工程のために前記細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために、対象から収集した血球は洗浄される。一部の態様において、前記細胞はリン酸緩衝食塩水（PBS）で洗浄される。一部の態様において、洗浄溶液には、カルシウムおよび/もしくはマグネシウムならびに/または多くの、もしくは全ての二価カチオンが無い。一部の局面において、洗浄工程は半自動「フロースルー」遠心機（例えば、Cobe 2991 cell processor, Baxter）によって製造業者の説明書に従って成し遂げられる。一部の局面において、洗浄工程はタンジェント流（tangential flow）濾過（TFF）によって製造業者の説明書に従って成し遂げられる。一部の態様において、洗浄後に、前記細胞は、様々な生体適合性緩衝液、例えば、Ca++/Mg++を含まないPBSで再懸濁される。ある特定の態様において、血球試料の成分は除去され、前記細胞は培養培地に直接、再懸濁される。
【０２８７】
一部の態様において、前記方法には、密度に基づく細胞分離方法、例えば、赤血球溶解による末梢血からの白血球の調製、およびPercoll勾配またはFicoll勾配による遠心分離が含まれる。
【０２８８】
一部の態様において、単離方法には、細胞における、1種または複数種の特定の分子、例えば、表面マーカー、例えば、表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸の発現または存在に基づく様々な細胞タイプの分離が含まれる。一部の態様において、このようなマーカーに基づいて分離するための任意の公知の方法を使用することができる。一部の態様において、分離は親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、単離は、一部の局面では、例えば、このようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとインキュベートし、その後に、一般的に洗浄工程を行い、抗体または結合パートナーに結合している細胞を、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から分離することによって、1種または複数種のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞発現または発現レベルに基づいて細胞および細胞集団を分離することを含む。
【０２８９】
このような分離工程は、さらに使用するために、試薬に結合した細胞が保持される正の選択に基づいてもよく、および/または抗体または結合パートナーに結合していない細胞が保持される負の選択に基づいてもよい。一部の例では、さらに使用するために両画分とも保持される。一部の局面において、不均質な集団の中にある細胞タイプを特異的に特定する抗体が利用できない場合、望ましい集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて分離が最も良く行われるように、負の選択が特に有用な場合がある。
【０２９０】
分離によって、特定のマーカーを発現する特定の細胞集団または細胞が100％濃縮または除去される必要はない。例えば、特定のタイプの細胞、例えば、マーカーを発現する細胞の正の選択または濃縮とは、このような細胞の数またはパーセントが増加することを指すが、このマーカーを発現しない細胞が完全に無くなる必要はない。同様に、特定のタイプの細胞、例えば、マーカーを発現する細胞の負の選択、除去、または枯渇とは、このような細胞の数またはパーセントが減少することを指すが、このような細胞が全て完全に取り除かれる必要はない。
【０２９１】
一部の例では、複数回の分離工程が行われ、この場合、ある工程に由来する正に選択された画分または負に選択された画分は別の分離工程、例えば、後の正の選択または負の選択に供される。一部の例では、1回の分離工程で、例えば、それぞれが負の選択のために標的化されたマーカーに特異的な複数種の抗体または結合パートナーと細胞をインキュベートすることによって、同時に、複数種のマーカーを発現する細胞を枯渇することができる。同様に、様々な細胞タイプの表面に発現している複数種の抗体または結合パートナーと細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞タイプを同時に正に選択することができる。
【０２９２】
例えば、一部の局面において、特定のT細胞部分母集団、例えば、1種類もしくは複数種の表面マーカーが陽性の細胞または高レベルの1種類もしくは複数種の表面マーカーを発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および/またはCD45RO+T細胞が正の選択法または負の選択法によって単離される。
【０２９３】
例えば、CD3+、CD28+T細胞は、CD3/CD28結合磁気ビーズ（例えば、DYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28 T Cell Expander）を用いて正に選択することができる。
【０２９４】
一部の態様において、単離は、特定の細胞集団を正の選択によって濃縮することによって、または特定の細胞集団を負の選択によって枯渇させることによって行われる。一部の態様において、正の選択または負の選択は、それぞれ、正に選択された細胞または負に選択された細胞の表面に発現している1種類もしくは複数種の表面マーカー（マーカー+）または比較的高いレベルで発現している1種類もしくは複数種の表面マーカー（マーカーhigh）に特異的に結合する1種または複数種の抗体または他の結合剤と細胞をインキュベートすることによって成し遂げられる。
【０２９５】
一部の態様において、T細胞は、非T細胞、例えば、B細胞、単球、または他の白血球の表面に発現しているマーカー、例えば、CD14の負の選択によってPBMC試料から分離される。一部の局面において、CD4+ヘルパーおよびCD8+細胞傷害性T細胞を分離するために、CD4+選択工程またはCD8+選択工程が用いられる。このようなCD4+集団およびCD8+集団は、1つまたは複数のナイーブ、メモリー、および/またはエフェクターT細胞部分母集団の表面において発現しているか、または比較的多量に発現しているマーカーを対象にした正の選択または負の選択によって部分母集団にさらに選別することができる。
【０２９６】
一部の態様において、さらに、CD8+細胞は、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および/またはセントラルメモリー幹細胞について、例えば、それぞれの部分母集団に関連する表面抗原に基づいた正の選択または負の選択によって濃縮または枯渇される。一部の態様において、効力を高めるために、例えば、長期生存、増殖、および/または投与後の生着を改善するために、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮が行われる。一部の局面において、この効力は、このような部分母集団において特にロバストである。Terakura et al.（2012） Blood.1:72-82; Wang et al.（2012） J Immunother. 35（9）:689-701を参照されたい。一部の態様において、TCMが濃縮されたCD8+T細胞およびCD4+T細胞を組み合わせると効力がさらに高まる。
【０２９７】
態様において、メモリーT細胞は、CD8+末梢血リンパ球のCD62L+サブセットおよびCD62L-サブセットの両方に存在する。PBMCは、例えば、抗CD8抗体および抗CD62L抗体を用いて、CD62L-CD8+画分および/またはCD62L+CD8+画分について濃縮または枯渇することができる。
【０２９８】
一部の態様において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の正の、または多量の表面発現に基づいている。一部の局面において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現するか、または多量に発現する細胞を対象にした負の選択に基づいている。一部の局面において、TCM細胞が濃縮されたCD8+集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇と、CD62Lを発現する細胞を対象にした正の選択または濃縮によって行われる。一局面において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択された細胞の負の画分から開始して行われ、この画分は、CD14およびCD45RAの発現に基づく負の選択と、CD62Lに基づく正の選択に供される。このような選択は一部の局面では同時に行われ、他の局面では連続して、どちらの順序でも行われる。一部の局面において、CD4に基づく分離から正の画分および負の画分が両方とも保持され、この方法の後の工程において、任意で、1つまたは複数のさらなる正の選択工程または負の選択工程の後に用いられるように、CD8+細胞集団または部分母集団の調製において用いられた同じCD4発現に基づく選択工程が、CD4+細胞集団または部分母集団を作製するのにも用いられる。
【０２９９】
特定の例では、PBMC試料または他の白血球試料はCD4+細胞の選択に供される。この場合、負の画分および正の画分が両方とも保持される。次いで、負の画分は、CD14およびCD45RAまたはCD19の発現に基づく負の選択と、セントラルメモリーT細胞に特徴的なマーカー、例えば、CD62LまたはCCR7に基づく正の選択に供される。この場合、正の選択および負の選択はどちらの順序でも行われる。
【０３００】
CD4+Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を特定することによってナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、およびエフェクター細胞に選別される。CD4+リンパ球は標準的な方法によって得ることができる。一部の態様において、ナイーブCD4+Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+T細胞である。一部の態様において、セントラルメモリーCD4+細胞はCD62L+およびCD45RO+である。一部の態様において、エフェクターCD4+細胞はCD62L-およびCD45RO-である。
【０３０１】
一例では、負の選択によってCD4+細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。一部の態様において、正の選択および/または負の選択のために細胞の分離を可能にするために、抗体または結合パートナーは固体支持体またはマトリックス、例えば、磁気ビーズまたは常磁性ビーズに結合される。例えば、一部の態様において、前記細胞および細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気（affinitymagnetic））分離法を用いて分離または単離される（Methods in Molecular Medicine, vol. 58: Metastasis Research Protocols, Vol.2: Cell Behavior In Vitro and In Vivo, p 17-25 Edited by: S. A. Brooks and U. Schumacher（著作権）Humana Press Inc., Totowa, NJにおいて概説される）。
【０３０２】
一部の局面において、分離しようとする細胞の試料または組成物は、小さな、磁化可能な、または磁気に反応する材料、例えば、磁気に反応する粒子または微粒子、例えば、常磁性ビーズ（例えば、DynalbeadsまたはMACSビーズ）とインキュベートされる。磁気に反応する材料、例えば、粒子は、一般的に、分離することが望ましい細胞または細胞集団、例えば、負に選択する、または正に選択することが望ましい細胞または細胞集団の表面に存在する分子、例えば、表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば、抗体に直接的または間接的に取り付けられる。
【０３０３】
一部の態様において、磁性粒子または磁気ビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合メンバーに結合される、磁気に反応する材料を含む。磁気分離方法において用いられる多くの周知の磁気に反応する材料がある。適切な磁性粒子には、参照により本明細書に組み入れられる、Molday,米国特許第4,452,773号、および欧州特許明細書EP452342Bに記載の磁性粒子が含まれる。コロイドサイズの粒子、例えば、Owen 米国特許第4,795,698号およびLiberti et al.,米国特許第5,200,084号に記載のコロイドサイズの粒子が他の例である。
【０３０４】
インキュベーションは、一般的に、磁性粒子または磁気ビーズに取り付けられている、抗体または結合パートナーまたはこのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する分子、例えば、二次抗体もしくは他の試薬が、もし細胞表面分子が試料中の細胞の表面に存在すれば細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
【０３０５】
一部の局面において、試料は磁場の中に置かれ、磁気に反応する粒子または磁化可能な粒子が取り付けられている細胞は磁石に引き付けられるか、非標識細胞から分離される。正の選択の場合、磁石に引き付けられた細胞が保持される。負の選択の場合、引き付けられなかった細胞（非標識細胞）が保持される。一部の局面において、同じ選択工程の間に正の選択と負の選択の組み合わせが行われ、正の画分および負の画分が保持され、さらに処理されるか、またはさらなる分離工程を受ける。
【０３０６】
ある特定の態様において、磁気に反応する粒子は一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、もしくはストレプトアビジンでコーティングされる。ある特定の態様において、磁性粒子は、1種または複数種のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に取り付けられる。ある特定の態様において、前記細胞はビーズではなく、一次抗体または結合パートナーで標識され、次いで、細胞タイプ特異的な二次抗体または他の結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン）でコーティングされた磁性粒子が添加される。ある特定の態様において、ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子が、ビオチン化した一次抗体または二次抗体と一緒に用いられる。
【０３０７】
一部の態様において、後でインキュベート、培養、および/または操作される細胞に、磁気に反応する粒子を取り付けたままにしておく。一部の局面において、患者に投与するために、前記粒子を細胞に取り付けたままにしておく。一部の態様において、磁化可能な粒子または磁気に反応する粒子は細胞から取り除かれる。磁化可能な粒子を細胞から取り除くための方法は公知であり、例えば、競合する非標識競合抗体、磁化可能な粒子、または切断可能なリンカーと結合体化した抗体などの使用を含む。一部の態様において、磁化可能な粒子は生分解性である。
【０３０８】
一部の態様において、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別（MACS）（Miltenyi Biotech, Auburn, CA）を介した選択である。磁気活性化細胞選別（MACS）システムは、磁化粒子が取り付けられている細胞を高純度で選択することができる。ある特定の態様において、MACSは、外部磁場が印加された後に、非標的種および標的種が連続して溶出されるモードで動作する。すなわち、取り付けられなかった種が溶出される間に、磁化粒子に取り付けられた細胞は所定の位置に保たれる。次いで、この第1の溶出工程が完了した後に、磁場に閉じ込められ、溶出しないようにされていた種は、このような種が溶出および回収が可能なように何らかのやり方で遊離される。ある特定の態様において、非標的細胞は標識され、不均質な集団細胞から枯渇される。
【０３０９】
ある特定の態様において、単離または分離は、前記方法の単離工程、細胞調製工程、分離工程、処理工程、インキュベーション工程、培養工程、および/または製剤化工程の1つまたは複数を行うシステム、装置、または器具を用いて行われる。一部の局面において、前記システムは、例えば、誤り、使用者の操作、および/または汚染を最小限にするために、これらの各工程を閉じた、または無菌の環境において行うのに用いられる。一例では、システムは、国際特許出願公開番号WO2009/072003またはUS20110003380A1に記載のシステムである。
【０３１０】
一部の態様において、システムまたは器具は、統合システム型もしくは自立型システムにおいて、および/または自動的に、もしくはプログラム可能なやり方で、単離工程、処理工程、操作工程、および製剤化工程の1つまたは複数、例えば、全てを行う。一部の局面において、システムまたは器具は、使用者が、処理工程、単離工程、操作工程、および製剤化工程の様々な局面をプログラムする、制御する、その転帰を評価する、および/または調整するのを可能にする、システムまたは器具と通信するコンピュータおよび/またはコンピュータプログラムを備える。
【０３１１】
一部の局面において、例えば、閉じた無菌のシステムにおいて細胞を臨床規模レベルで自動分離するために、分離工程および/または他の工程はCliniMACSシステム（Miltenyi Biotic）を用いて行われる。構成要素には、内蔵型マイクロコンピュータ、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、および様々なピンチ弁が含まれる場合がある。内蔵型コンピュータは一部の局面では機器の全構成要素を制御し、反復手順を統一された順序で行うようにシステムを命令する。磁気分離ユニットは、一部の局面では、可動性の永久磁石および選択カラム用のホルダを備える。蠕動ポンプはチューブセット全体にわたる流速を制御し、ピンチ弁と一緒に、緩衝液がシステムを制御されて流れ、細胞が絶え間なく懸濁されるのを確かなものにする。
【０３１２】
CliniMACSシステムは、一部の局面では、滅菌した非発熱性の溶液に溶解して供給される、抗体に結合した磁化可能な粒子を使用する。一部の態様において、細胞は磁性粒子で標識された後に、余分な粒子を除去するために洗浄される。次いで、細胞調製バッグがチューブセットに接続され、そして次にチューブセットは緩衝液含有バックおよび細胞収集バッグに接続される。チューブセットは、プレカラムおよび分離カラムを含む予め組み立てられた滅菌チューブからなり、使い捨て専用である。分離プログラムが開始した後に、システムは分離カラムに細胞試料を自動的にアプライする。標識された細胞はカラム内に保持されるのに対して、標識されなかった細胞は一連の洗浄工程によって除去される。一部の態様において、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団は標識されず、カラム内に保持されない。一部の態様において、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団は標識され、カラム内に保持される。一部の態様において、磁場が取り除かれた後に、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団はカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
【０３１３】
ある特定の態様において、分離工程および/または他の工程はCliniMACS Prodigyシステム（Miltenyi Biotec）を用いて行われる。CliniMACS Prodigyシステムには、一部の局面では、細胞を自動洗浄し、遠心分離によって分画する細胞処理ユニット（cell processing unity）が付いている。CliniMACS Prodigyシステムはまた、内蔵カメラと、供給源の細胞産物の巨視的な層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントを決定する画像認識ソフトウェアも備えている場合がある。例えば、末梢血は赤血球、白血球、および血漿の層に自動的に分離される。CliniMACS Prodigyシステムはまた、細胞培養プロトコール、例えば、細胞分化および増殖、抗原添加、ならびに長期細胞培養を行う内臓型細胞発育チャンバーも備えている場合がある。インプットポートを用いると、培地を無菌的に取り出し、補充することができる。細胞は、内臓型顕微鏡を用いてモニタリングすることができる。例えば、Klebanoff et al.（2012） J Immunother. 35（9）: 651-660, Terakuraet al.（2012） Blood.1:72-82、およびWang et al.（2012） J Immunother. 35（9）:689-701を参照されたい。
【０３１４】
一部の態様において、本明細書に記載の細胞集団はフローサイトメトリーを介して収集および濃縮（または枯渇）される。フローサイトメトリーでは、複数種の細胞表面マーカーについて染色された細胞は流体の流れに入って運ばれる。一部の態様において、本明細書に記載の細胞集団は、分取スケール（preparative scale）（FACS）選別を介して収集および濃縮（または枯渇）される。ある特定の態様において、本明細書に記載の細胞集団は、FACSに基づく検出系と組み合わせて微小電気機械システム（MEMS）チップを用いることによって収集および濃縮（または枯渇）される（例えば、WO2010/033140, Cho et al.（2010） Lab Chip 10, 1567-1573;および Godin et al.（2008） J Biophoton. 1（5）:355-376を参照されたい）。どちらの場合でも、細胞は複数種のマーカーで標識することができ、それによって、詳細に明らかにされたT細胞サブセットを高純度で単離することが可能になる。
【０３１５】
一部の態様において、正の選択および/または負の選択のために分離を容易にするために、抗体または結合パートナーは1種または複数種の検出可能なマーカーで標識される。例えば、分離は蛍光標識抗体との結合に基づいてもよい。一部の例では、1種または複数種の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、流体の流れの中で、例えば、分取スケール（FACS）および/または微小電気機械システム（MEMS）チップを備える蛍光標識細胞分取（FACS）によって、例えば、フローサイトメトリー検出系と組み合わせて行われる。このような方法を用いると、複数種のマーカーに基づいて正の選択および負の選択を同時に行うことができる。
【０３１６】
一部の態様において、調製方法は、単離、インキュベーション、および/または操作の前または後に細胞を凍結、例えば、凍結保存するための工程を含む。一部の態様において、凍結工程およびその後の解凍工程によって、細胞集団の中にある顆粒球が取り除かれ、単球がある程度まで取り除かれる。一部の態様において、例えば、血漿および血小板を取り除く洗浄工程の後に、前記細胞は凍結溶液に懸濁される。様々な任意の公知の凍結溶液およびパラメータを一部の局面で使用することができる。一例は、20％DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、または他の適切な細胞凍結培地を使用することを伴う。次いで、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10％および4％になるように、これを培地で1:1に希釈する。次いで、細胞は通常、1分につき1°の速度で-80℃まで凍結され、液体窒素貯蔵タンクの気相の中で保管される。
【０３１７】
一部の態様において、提供される方法は、発育工程、インキュベーション工程、培養工程、および/または遺伝子操作工程を含む。例えば、一部の態様において、枯渇された細胞集団および培養開始組成物をインキュベートおよび/または操作するための方法が提供される。
【０３１８】
従って、一部の態様において、前記細胞集団は培養開始組成物中でインキュベートされる。インキュベーションおよび/または操作は、培養容器、例えば、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チューブセット、弁、バイアル、培養皿、バック、または細胞を培養もしくは発育するための他の容器の中で行われてもよい。
【０３１９】
一部の態様において、前記細胞は遺伝子操作の前に、または遺伝子操作に関連してインキュベートおよび/または培養される。インキュベーション工程は、培養、発育、刺激、活性化、および/または増殖を含んでもよい。一部の態様において、前記組成物または細胞は刺激条件または刺激薬剤の存在下でインキュベートされる。このような条件は、遺伝子操作のために、例えば、組換え抗原受容体を導入するために、集団内の細胞の増殖（proliferation）、増殖（expansion）、活性化、および/もしくは生存を誘導するように、抗原曝露を模倣するように、ならびに/または細胞を初回刺激（prime）するように設計された条件を含む。
【０３２０】
条件は、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、薬剤、例えば、栄養分、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、ならびに細胞を活性化するように設計された他の任意の薬剤のうち1つまたは複数を含んでもよい。
【０３２１】
一部の態様において、刺激条件または刺激薬剤には、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1種または複数種の薬剤、例えば、リガンドが含まれる。一部の局面において、この薬剤は、T細胞におけるTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードをオンにするか、または開始する。このような薬剤には、例えば、ビーズなどの固体支持体に結合した、抗体、例えば、TCR成分および/もしくは共刺激受容体に特異的な抗体、例えば、抗CD3、抗CD28、ならびに/または1種類もしくは複数種のサイトカインが含まれ得る。任意で、増殖方法は、抗CD3および/または抗CD28の抗体を（例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度で）培養培地に添加する工程をさらに含んでもよい。一部の態様において、刺激薬剤には、IL-2および/またはIL-15、例えば、少なくとも約10単位/mLの濃度のIL-2が含まれる。
【０３２２】
一部の局面において、インキュベーションは、Riddellらへの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.（2012） J Immunother. 35（9）: 651-660、Terakuraet al.（2012） Blood.1:72-82、および/またはWang et al.（2012） J Immunother. 35（9）:689-701に記載の技法などの技法に従って行われる。
【０３２３】
一部の態様において、T細胞は、（例えば、結果として生じた細胞集団が、増殖させようとする初期集団内でTリンパ球1個につき少なくとも約5個、10個、20個、もしくは40個またはそれより多いPBMCフィーダー細胞を含有するように）フィーダー細胞、例えば、非分裂末梢血単核球（PBMC）を培養開始組成物に添加し、培養物を（例えば、T細胞の数を増やすのに十分な時間にわたって）インキュベートすることによって増殖される。一部の局面において、非分裂フィーダー細胞はγ線を照射したPBMCフィーダー細胞を含んでもよい。一部の態様において、細胞分裂を阻止するために、PBMCに約3000〜3600ラドの範囲のγ線が照射される。一部の局面において、フィーダー細胞が培養培地に添加された後に、T細胞の集団が添加される。
【０３２４】
一部の態様において、刺激条件は、ヒトTリンパ球の増殖に適した温度、例えば、少なくとも約25℃、一般的には少なくとも約30度、および一般的には37℃または約37℃を含む。任意で、インキュベーションは、フィーダー細胞として非分裂性のEBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）を添加する工程をさらに含んでもよい。LCLに、約6000〜10,000ラドの範囲のγ線を照射することができる。LCLフィーダー細胞は、一部の局面では、LCLフィーダー細胞と初回Tリンパ球との比が少なくとも約10:1などの任意の適切な量で提供される。
【０３２５】
態様において、抗原特異的T細胞、例えば、抗原特異的CD4+および/またはCD8+T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的なTリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染対象からT細胞を単離し、前記細胞をインビトロで同じ抗原で刺激することによって作製することができる。
【０３２６】
X.組成物および製剤
細胞を含む組成物も、薬学的組成物および製剤、例えば、ある特定の用量で投与するための、またはある特定の用量を分けて投与するための数の細胞を含む単位剤形組成物を含めて提供される。薬学的組成物および製剤は、一般的に、1つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体または賦形剤を含む。一部の態様において、前記組成物は、少なくとも1種類のさらなる治療剤を含む。
【０３２７】
「薬学的製剤」という用語とは、「薬学的製剤」に含まれる活性成分の生物学的活性が有効になるような形をとり、製剤が投与される対象に対して容認できないほどの毒性がある、さらなる成分を含有しない調製物を指す。
【０３２８】
「薬学的に許容される担体」とは、対象に無毒な、活性成分以外の、薬学的製剤中にある成分を指す。薬学的に許容される担体には、緩衝液、賦形剤、安定剤、または防腐剤が含まれるが、これに限定されない。
【０３２９】
一部の局面において、担体の選択は、一つには、特定の細胞および/または投与方法によって決定される。従って、様々な適切な製剤がある。例えば、薬学的組成物は防腐剤を含有してもよい。適切な防腐剤には、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムが含まれ得る。一部の局面において、2種類以上の防腐剤の混合物が用いられる。防腐剤またはその混合物は典型的には全組成物の重量に対して約0.0001％〜約2％の量で存在する。担体は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に記載されている。薬学的に許容される担体は、一般的に、使用される投与量および濃度でレシピエントに無毒であり、緩衝液、例えば、リン酸、クエン酸、および他の有機酸;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化物質;防腐剤(例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム;塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール;アルキルパラベン、例えば、メチルパラベンもしくはプロピルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;およびm-クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン;親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン;アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン;単糖、二糖、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物;キレート剤、例えば、EDTA;糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール;塩を形成する対イオン、例えば、ナトリウム;金属錯体(例えば、Zn-タンパク質錯体);ならびに/または非イオン界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)を含むが、これに限定されない。
【０３３０】
一部の局面では、緩衝剤が前記組成物に含まれる。適切な緩衝剤には、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに様々な他の酸および塩が含まれる。一部の局面において、2種類以上の緩衝剤の混合物が用いられる。緩衝剤またはその混合物は典型的には全組成物の重量に対して約0.001〜約4重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)において、さらに詳細に説明されている。
【０３３１】
前記製剤は水溶液を含んでもよい。前記製剤または組成物はまた、前記細胞で処置されている特定の適応症、疾患、または状態に有用な複数種の活性成分、好ましくは、前記細胞を補う活性を有する活性成分も含有してよく、この場合、それぞれの活性は互いに悪影響を及ぼさない。このような活性成分は、所期の目的に有効な量で組み合わせられて適切に存在する。従って、一部の態様において、薬学的組成物は、他の薬学的に活性な薬剤または薬物、例えば、化学療法剤、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、および/またはビンクリスチンをさらに含む。
【０３３２】
薬学的組成物は、一部の態様では、疾患または状態を処置または予防するのに有効な量、例えば、治療的有効量または予防的有効量の細胞を含む。治療効力または予防効力は、一部の態様では、処置される対象を定期的に評価することによってモニタリングされる。望ましい投与量は細胞の単回大量瞬時投与によって送達されてもよく、細胞の複数回大量瞬時投与によって送達されてもよく、細胞の連続注入投与によって送達されてもよい。
【０３３３】
前記の細胞および組成物は、標準的な投与技法、製剤、および/または装置を用いて投与され得る。前記細胞の投与は自家投与でもよく、または異種投与でもよい。例えば、ある対象から免疫応答性細胞または前駆細胞を入手し、同じ対象または異なる適合性の対象に投与することができる。末梢血に由来する免疫応答性細胞またはその子孫(例えば、インビボ、エクスビボ、またはインビトロで得られる)を、カテーテル投与を含む局所注射、全身注射、局所注射、静脈内注射、または非経口投与を介して投与することができる。治療用組成物(例えば、遺伝子組換えされた免疫応答性細胞を含有する薬学的組成物)が投与される時に、一般的に、注射用単位剤形(溶液、懸濁液、エマルジョン)の形で製剤化される。
【０３３４】
製剤には、経口投与、静脈内投与、腹腔内投与、皮下投与、肺投与、経皮投与、筋肉内投与、鼻腔内投与、頬投与、舌下投与、または坐剤投与のための製剤が含まれる。一部の態様において、前記細胞集団は非経口投与される。本明細書で使用する「非経口」という用語は、静脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、直腸投与、腟投与、および腹腔内投与を含む。一部の態様において、前記細胞は、静脈内注射、腹腔内注射、または皮下注射による末梢全身送達を用いて対象に投与される。
【０３３５】
組成物は、一部の態様では、滅菌した液体調製物、例えば、等張性水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液として提供されるか、または粘性のある組成物として提供され、これらは、一部の局面では、選択されたpHまで緩衝化されてもよい。液体調製物は、通常、ゲル、他の粘性のある組成物、および固体組成物より調製しやすい。さらに、液体組成物の方が、投与するのに、特に、注射によって投与するのに若干便利である。他方で、粘性のある組成物は、特定の組織との長い接触期間をもたらすように適切な粘性の範囲内で製剤化することができる。液体組成物または粘性のある組成物は、例えば、水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール(polyoi)(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール)およびその適切な混合物を含有する、溶媒または分散媒でもよい担体を含んでもよい。
【０３３６】
滅菌注射液は、細胞を溶媒の中に取り入れて、例えば、適切な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどと混合して調製することができる。前記組成物は、望ましい投与経路および調製物に応じて、補助物質、例えば、湿潤剤、分散剤、または乳化剤(例えば、メチルセルロース)、pH緩衝剤、ゲル化または粘性を高める添加物、防腐剤、着香剤、および/または染料を含有することができる。一部の局面では、適切な調製物を調製するために標準的な教科書が調べられる場合がある。
【０３３７】
抗菌性防腐剤、抗酸化物質、キレート剤、および緩衝液を含む、前記組成物の安定性および無菌性を向上させる様々な添加物を添加することができる。微生物の作用は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸によって防止することができる。注射用薬学的剤形の長期吸収は、吸収を遅延する薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを使用することによって引き起こすことができる。
【０３３８】
インビボ投与のために使用しようとする製剤は一般的に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜で濾過することによって、容易に成し遂げられ得る。
【０３３９】
XI.製造品
養子細胞療法のために、提供される方法に従って対象に前記細胞を投与するための、ならびに前記細胞および組成物を保管および投与するための製造品、例えば、キットおよび装置製造品も提供される。
【０３４０】
製造品は、1つまたは複数の容器、典型的には、複数の容器と、包装材料と、前記容器および/もしくはパッケージの表面にあるか、または前記容器および/もしくはパッケージに付けられたラベルまたは添付文書を備え、一般的には、ラベルまたは添付文書は前記細胞を対象に投与するための説明書を含む。
【０３４１】
前記容器は、一般的に、投与される前記細胞、例えば、その1つまたは複数の単位用量を収容する。製造品は典型的には複数の容器を備え、それぞれの容器には1単位用量の前記細胞が入っている。単位用量は、第1の用量において対象に投与される前記細胞の量または数でもよく、第1の用量または後の（複数の）用量において投与される前記細胞の数の2倍(以上)でもよい。単位用量は、投与方法に関連して対象に投与される、前記細胞の最も少ない用量または可能性のある最も少ない用量でもよい。一部の態様において、単位用量は、最小数の細胞であるか、あるいは特定の疾患もしくは状態を有する任意の対象または本明細書における方法に従う任意の対象に単一用量で投与される最小数の細胞である。例えば一部の局面では、例えば提供される方法に従って、場合によっては複数の単位用量が第1の用量としてある特定の対象に投与され、1または複数の単位用量が1つまたは複数の後の用量においてある特定の対象に投与されるように、単位用量は、体重が比較的軽くかつ/または疾患負荷が比較的多い患者に投与される最小限の数の細胞を含んでもよい。一部の態様において、単位用量の細胞の数は、第1の用量において、特定の対象、例えば、前記細胞が得られた対象に投与することが望ましい細胞の数、または組換え受容体発現細胞もしくはCAR発現細胞の数である。一部の態様において、前記細胞は、本明細書において提供される方法によって処置しようとする対象、または本明細書において提供される方法を必要とする対象から得られたものである。
【０３４２】
一部の態様において、1つまたは複数の単位用量は、同じ受容体、例えばCARを発現する細胞を含有する。一部の局面において、1つまたは複数の単位用量は、1つまたは複数の残りの単位用量とは異なる受容体、例えばCARを発現する細胞を含有する。
【０３４３】
一部の態様において、前記容器はそれぞれ個々に、例えば、同じ数または実質的に同じ数の細胞を含む、第1のまたは第2のまたは第3のおよびその他の受容体を発現する単位用量の前記細胞を含む。従って、一部の態様において、前記容器はそれぞれ、同じ数もしくはほぼ同じ数もしくは実質的に同じ数の細胞、または同じ数もしくはほぼ同じ数もしくは実質的に同じ数の組換え受容体発現細胞を含む。一部の態様において、単位用量は、処置しようとする対象および/または前記細胞が得られた対象1kgあたり、約1x108個未満、約5x107個未満、約1x106個未満、または約5x105個未満の操作された細胞、全細胞、T細胞、またはPBMCを含む。一部の態様において、それぞれの単位用量は、2x106個、5x106個、1x107個、5x107個、もしくは1x108個、または約2x106個、約5x106個、約1x107個、約5x107個、もしくは約1x108個の操作された細胞、全細胞、T細胞、またはPBMCを含有する。
【０３４４】
適切な容器には、例えば、瓶、バイアル、注射器、および可撓性のあるバッグ、例えば、注入バッグが含まれる。特定の態様において、前記容器は、バッグ、例えば、可撓性のあるバッグ、例えば、対象に細胞を注入するのに適した可撓性のあるバッグ、例えば、可撓性のあるプラスチックバッグもしくはPVCバッグ、および/またはIV溶液バッグである。前記バッグは、一部の態様では、前記細胞および組成物の無菌溶液および無菌送達を提供するように密閉することができる、および/または滅菌することができる。一部の態様において、前記容器、例えば、バッグの容量は、10ml、20ml、30ml、40ml、50ml、60ml、70ml、80ml、90ml、100ml、200ml、300ml、400ml、500ml、もしくは1000ml、または約10ml、約20ml、約30ml、約40ml、約50ml、約60ml、約70ml、約80ml、約90ml、約100ml、約200ml、約300ml、約400ml、約500ml、もしくは約1000ml容量、または少なくとも10ml、20ml、30ml、40ml、50ml、60ml、70ml、80ml、90ml、100ml、200ml、300ml、400ml、500ml、もしくは1000ml、または少なくとも約10ml、約20ml、約30ml、約40ml、約50ml、約60ml、約70ml、約80ml、約90ml、約100ml、約200ml、約300ml、約400ml、約500ml、もしくは約1000ml容量、例えば、10mLもしくは約10mLから100mLもしくは約100mL、または10mLもしくは約10mLから500mLもしくは約500mL容量である。一部の態様において、前記容器、例えば、バッグは、安定な、ならびに/あるいは様々な温度の1つまたは複数において、例えば、低温、例えば、-20℃未満もしくは約-20℃未満、-80℃未満もしくは約-80℃未満、-120℃未満もしくは約-120℃未満、-135℃未満もしくは約-135℃未満、または-20℃もしくは約-20℃、-80℃もしくは約-80℃、-120℃もしくは約-120℃、-135℃もしくは約-135℃、ならびに/あるいは凍結保存に適した温度、ならびに/あるいは他の温度、例えば、前記細胞を解凍するのに適した温度、および体温、例えば、37℃または約37℃、例えば、処置の直前に、例えば、対象の場所または処置の場所、例えば、ベッドサイドで解凍が可能な温度で、細胞を安定して保管および/もしくは維持する材料である、ならびに/あるいはこのような材料から作られる。
【０３４５】
前記容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成されてもよい。一部の態様において、前記容器は、例えば、チューブを接続するための、または1つもしくは複数のチューブにカニューレ挿入するための、例えば、静脈内注入もしくは他の注入のためにカニューレ挿入するための、ならびに/あるいは他の容器、例えば、細胞培養バッグおよび/もしくは保管バッグまたは他の容器に移入する目的で、ならびにこれから移入する目的で接続するための1つまたは複数のポート、例えば、無菌のアクセスポートを有する。例示的な容器には、注射用に針で穴を開けることができる栓が付いたものを含む、注入バッグ、静脈内溶液バッグ、バイアルが含まれる。
【０３４６】
さらに、製造品は、1つもしくは複数の識別情報および/または使用のための説明書が付いた添付文書またはラベルを備えてもよい。一部の態様において、情報または説明書は、特定の状態もしくは疾患を処置するために、その内容を使用することができるか、もしくは使用しなければならならいこと、および/またはそのために説明書を提供することを示す。ラベルまたは添付文書は、疾患または状態を処置するために製造品の中身が用いられることを示してもよい。一部の態様において、ラベルまたは添付文書は、例えば、提供される方法の任意の態様に従って、第1の用量および1つまたは複数の後の用量の前記細胞を投与することを伴う方法を介して、対象、例えば、前記細胞が得られた対象を処置するための説明書を提供する。一部の態様において、説明書は、第1の用量において1単位用量、例えば、製造品の中にある1個の個別容器の内容物を投与し、それに続いて、特定の時点で、もしくは特定の時間枠内で、および/あるいは対象において1つもしくは複数の因子もしくは転帰の存在もしくは非存在または量もしくは程度が検出された後に、1つまたは複数の後の用量を投与することを規定している。
【０３４７】
いくつかの態様において、説明書は、第1の投与および後の投与を実施することによる、複数の単位用量の対象への投与を説明する。いくつかの態様において、第1の投与は、第1の受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している単位用量のうちの一つの対象への送達を含み、後の投与は、第1の投与と同じ受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している単位用量のうちの一つまたは複数の対象への投与を含む。
【０３４８】
いくつかの局面において、第1の投与は、第1の受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している単位用量のうちの一つの対象への送達を含み、後の投与は、別の受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している単位用量のうちの一つまたは複数の対象への投与を含む。いくつかの態様において、患者が、第1の投与と同じ受容体を発現する細胞を含有している第2の投与を受けるか、または第1の投与の細胞が発現するものとは異なる受容体、例えば、CARを発現する細胞を含有している第2の投与を受けるかは、本明細書に記載された方法のパラメータのいずれかに基づき決定され得る。例えば、いくつかの局面において、例えば、患者が第1の受容体に対する免疫応答を発達させた場合には、第1の受容体とは異なる受容体を発現する細胞を含有している単位用量が投与され得る。
【０３４９】
いくつかの態様において、説明書は、第1の投与、例えば、第1の投与または先の投与の開始の少なくとも約28日後または少なくとも約35日後の時点で、第2の（またはその他の後の）投与が実施されることを説明する。いくつかの態様において、説明書は、第1の（またはその他の先の）用量の細胞が発現する受容体、例えば、CARに対して特異的である検出可能な適応宿主免疫応答を対象が示すことが決定された後の時点で、後の用量が投与されることを説明する。
【０３５０】
一部の態様において、ラベルまたは添付文書またはパッケージは、前記細胞が得られた、および/または前記細胞が投与される対象の具体的な身元を示す識別子を備える。自家移入の場合、前記細胞が得られた対象の身元は、前記細胞が投与される対象の身元と同じである。従って、識別情報は、前記細胞が特定の患者、例えば、前記細胞が最初に得られた患者に投与されることを指定することがある。このような情報は、バーコードまたは他のコード化した識別子の形で包装材料および/またはラベルの中に存在してもよく、対象の名前および/または他の識別特性を示してもよい。
【０３５１】
製造品は、一部の態様では、前記細胞を含む組成物、例えば、その個々の単位剤形を収容する、1つまたは複数の、典型的には複数の容器を備え、1つまたは複数のさらなる容器と、その中に収容される、さらなる薬剤、例えば、細胞傷害剤またはそうでない場合は治療剤、例えば、前記細胞と一緒に、組み合わせて投与される、例えば、同時に、または任意の順番で連続して投与される、さらなる薬剤を含む組成物をさらに備える。代わりに、または加えて、製造品は、薬学的に許容される緩衝液を収容する別の容器または同じ容器をさらに備えてもよい。製造品は、緩衝液、希釈剤、フィルター、チューブ、針、および/または注射器などの他の材料をさらに備えてもよい。
【０３５２】
「添付文書」という用語は、適応症、用法、投与量、投与、併用療法、禁忌症についての情報、および/またはこのような治療製品の使用に関する警告を収めている、市販の治療製品パッケージに慣例に従って入れられている説明書を指すために用いられる。
【０３５３】
特に定義のない限り、本明細書において用いられる専門用語、注釈、ならびに他の技術用語および科学用語または専門語は全て、クレームされた対象が属する当業者に一般的に理解するものと同じ意味を有することが意図される。場合によっては、理解しやすいように、および/または容易に参照できるように、一般的に理解されている意味を有する用語が本明細書において定義される。本明細書における、このような定義の記載が、必ず、当技術分野において一般的に理解されているものと、かなり大きく異なると解釈することはしてはならない。
【０３５４】
本明細書で使用する単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」は、特に文脈によってはっきり示されていない限り複数の指示物を含む。例えば、「1つの(a)」または「1つの(an)」は「少なくとも1つの」または「1つまたは複数の」を意味する。本明細書に記載の局面およびバリエーションは、「からなる」および/または「から本質的になる」局面およびバリエーションを含むことが理解される。
【０３５５】
本開示全体を通じて、クレームされた対象の様々な局面が範囲の形で示される。範囲の形での説明は単なる便宜および簡略のためであり、クレームされた対象の範囲に対する融通の利かない限定として解釈してはならないと理解されるはずである。従って、範囲の説明は、可能性のある全ての部分範囲(sub-range)ならびにその範囲内にある個々の数値を具体的に開示したとみなされるはずである。例えば、値の範囲が示された場合、その範囲の上限と下限との間の、間にあるそれぞれの値と、その述べられた範囲内にある他の任意の述べられた値または間にある値が、クレームされた対象に包含されると理解される。これらのさらに小さな範囲の上限および下限は、独立して、その小さな範囲に含まれてもよく、その述べられた範囲内にある、明確に除外されるあらゆる限界を条件としてクレームされた対象にも包含される。述べられた範囲が限界の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界のいずれかまたは両方を除外する範囲もまた、クレームされた対象に含まれる。このことは範囲の幅に関係なく適用される。
【０３５６】
本明細書で使用する「約」という用語は、この技術分野の当業者に容易に分かる、それぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」のついた値またはパラメータについての言及は、その値またはパラメータそのものに向けられた態様を含む(およびその態様について説明している)。例えば、「約X」についての説明は「X」の説明を含む。
【０３５７】
本明細書で使用する組成物とは、細胞を含む、2種類以上の産物、物質、または化合物の任意の混合物を指す。組成物は、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはその任意の組み合わせでもよい。
【０３５８】
本明細書で使用する、細胞または細胞集団が特定のマーカーについて「陽性」であるという記載は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞の表面に、または細胞の中に検出可能に存在することを指す。表面マーカーを指している場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体で染色し、この抗体を検出することによって検出される時に表面発現が存在することを指す。ここで、染色は、フローサイトメトリーによって、他の点では同一の条件下で、アイソタイプが一致する対照を用いた同じ手順を行って検出される染色をかなり上回るレベルで、および/またはマーカーが陽性であることが分かっている細胞のレベルと実質的に類似するレベルで、および/またはマーカーが陰性であることが分かっている細胞のレベルよりかなり高いレベルで検出することができる。
【０３５９】
本明細書で使用する、細胞または細胞集団が特定のマーカーについて「陰性」であるという記載は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞の表面に、または細胞の中に実質的に検出可能に存在することが無いことを指す。表面マーカーを指している場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体で染色し、この抗体を検出することによって検出される時に表面発現が存在しないことを指す。ここで、染色は、フローサイトメトリーによって、他の点では同一の条件下で、アイソタイプが一致する対照を用いた同じ手順を行って検出される染色をかなり上回るレベルで、および/またはマーカーが陽性であることが分かっている細胞のレベルよりかなり低いレベルで、および/またはマーカーが陰性であることが分かっている細胞のレベルと比較して実質的に類似するレベルで検出されない。
【０３６０】
本明細書で使用する「ベクター」という用語とは、連結されている別の核酸を増やすことができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造であるベクター、ならびに導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある特定のベクターは、機能的に連結されている核酸の発現を起こすことができる。このようなベクターは本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。
【０３６１】
本願において言及された、特許文書、科学文献、およびデータベースを含む刊行物は全て、それぞれ個々の刊行物が個々に参照により組み入れられるのと同じ程度に、全ての目的のためにその全体が参照により組み入れられる。本明細書において示された定義が、参照により本明細書に組み入れられる特許、出願、公開された出願、および他の刊行物に示された定義と相違するか、または他の点で一致しない場合、参照により本明細書に組み入れられる定義ではなく、本明細書において示された定義が優先される。
【０３６２】
本明細書において用いられるセクションの見出しは、系統立ててまとめることだけを目的とし、説明された対象を限定すると解釈してはならない。
【０３６３】
XII.例示的な態様
提供される態様には、以下が含まれる。
１．（a）対象における疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合する第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を該対象へ投与する工程、および
（b）第1のCARとは異なる第2のCARを発現しかつ第1のCARを発現しない細胞を該対象へ投与する工程
を含む、処置方法。
２．第2のCARを発現する細胞の投与の時点でまたはその直前に、
対象が、第1のCARに対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/もしくは細胞性免疫応答を示しており；
疾患もしくは状態が、該対象において持続しており；かつ/または
疾患もしくは状態が、該対象において再発している、
態様1の方法。
３．第1のCARを発現する細胞の投与と第2のCARを発現する細胞の投与との間の時間が、少なくとも約28日間、少なくとも約35日間、少なくとも約42日間、少なくとも約49日間、および/または少なくとも約60日間である、態様1または態様2の方法。
４．第1のCARが、第2のCARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む、態様1〜3のいずれかの方法。
５．少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のB細胞エピトープを含み；かつ/または
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のT細胞エピトープを含む、
態様4の方法。
６．対象が、（a）における投与の前に、第1のCARを発現する細胞の用量を受けたことがなく；かつ/または
該対象が、（b）における投与の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、
態様1〜5のいずれかの方法。
７．第2のCARが、第1のCARと同じ抗原に特異的に結合する、態様1〜6のいずれかの方法。
８．疾患または状態が腫瘍である、態様1〜7のいずれかの方法。
９．疾患または状態がB細胞悪性腫瘍である、態様1〜8のいずれかの方法。
１０．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する、態様9の方法。
１１．第1のCARが、前記抗原との結合について第2のCARと競合する、態様7〜10のいずれかの方法。
１２．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の異なるエピトープに特異的に結合する、態様7〜9および11のいずれかの方法。
１３．第2のCARが、前記疾患もしくは状態に関連した、第1のCARが結合する抗原とは別の抗原に特異的に結合するか；または
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない、
態様1〜12のいずれかの方法。
１４．第1のCARが、CD19、CD22、またはCD20より選択される、B細胞悪性腫瘍に関連した抗原に特異的に結合し、かつ第2のCARが、第1のCARが結合する抗原とは異なる、CD19、CD22、またはCD20のうちの別の抗原に結合する、態様9〜13のいずれかの方法。
１５．第1のCARがCD19に特異的に結合し、かつ第2のCARがCD22に特異的に結合する、態様14の方法。
１６．第2のCARを発現する細胞が、第1のCARが特異的に結合する前記抗原に特異的に結合する受容体を含まない、態様1〜6のいずれかの方法。
１７．対象が、第2のCARを発現する細胞の投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内の、第2のCARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を示さない、態様1〜16のいずれかの方法。
１８．第2のCARが、第1のCARと比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む、態様1〜17のいずれかの方法。
１９．1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含み；かつ/または
該1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
態様18の方法。
２０．第2のCARを発現する細胞の投与の前に、対象におけるCAR特異的な免疫応答の存在を検出する工程をさらに含む、態様1〜19のいずれかの方法。
２１．検出が、対象が特異的な免疫応答を示す第1のCARの少なくとも1個の領域の同定を含む、態様20の方法。
２２．第2のCARが、免疫応答が特異的である第1のCARの前記領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している、態様21の方法。
２３．第1のCARの領域が、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個もしくは複数個のCAR部分の中の領域を含み、かつ/または第1のCARの該領域が、2個のドメインの間のジャンクションの各側のアミノ酸を含むジャンクション領域である、態様19〜22のいずれかの方法。
２４．領域がscFv部分の中のフレームワーク領域（FR）を含み、
該領域が重鎖FR配列を含み、
該領域が重鎖CDR配列を含み、
該領域が軽鎖FR配列を含み、かつ/または
該領域が軽鎖CDR配列を含む、
態様23の方法。
２５．領域がジャンクション領域を含み、ジャンクション領域が、第1のCARの第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の最大15個の連続アミノ酸、および/または該ジャンクションのすぐN末端側の最大15個の連続アミノ酸を含み、任意で、該ジャンクションをさらに含む、態様24の方法。
２６．第1のドメインおよび/または第2のドメインが、天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメインもしくはその機能性部分に対して100％の同一性を有するドメインを含み、該天然もしくは内在性のヒトタンパク質が、任意で、処置される対象によって発現され；かつ/あるいは
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、または細胞内シグナル伝達ドメインを含み、細胞内シグナル伝達ドメインが、任意で、共刺激シグナル伝達ドメインまたは活性化細胞質シグナル伝達ドメインである、
態様25の方法。
２７．第1のドメインおよび第2のドメインが、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しないか、または単一の天然もしくは内在性のヒトタンパク質もしくはヒトポリペプチドに存在しない、態様26の方法。
２８．第1のドメインおよび第2のドメインがそれぞれ、細胞外リガンド結合ドメインおよびヒンジドメイン、ヒンジドメインおよび膜貫通ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、ならびに、細胞内共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかまたはそれらを含み、これらはそのようなドメインの機能性部分を含んでいてもよい、態様26または態様27の方法。
２９．第1のドメインが膜貫通ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含み、かつ第2のドメインが共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含む、態様26〜28のいずれかの方法。
３０．膜貫通ドメインがCD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分であり、かつ共刺激シグナル伝達ドメインが4-1BBシグナル伝達ドメインまたはその機能性部分である、態様29の方法。
３１．第2のCARが、
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび/もしくは第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；
第1のドメインと配列が同一であるドメインおよび第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；または
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび第2のドメインと配列が同一であるドメイン
を含み、
第2のCARに存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含む部分において、第1のCARの第1のドメインおよび第2のドメインの一方または両方と比較して、少なくとも1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含む、態様26〜30のいずれかの方法。
３２．第1のCARが、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:5と少なくとも95％同一であるアミノ酸の配列を含むそのバリアントもしくは機能性部分を共に含む、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインを含み、かつジャンクション領域を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARと比較して修飾された配列を含み、修飾が、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42または15〜40の配列を含む部分における少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、態様29〜31のいずれかの方法。
３３．第2のCARが、第1のCARと比較して20以下のアミノ酸配列の違いを含むか、または第2のCARが、第1のCARに対して少なくとも95％のアミノ酸配列同一性を含む、態様18〜32のいずれかの方法。
３４．1つまたは複数の配列の違いのうちの少なくとも1つを含有している第2のCARの領域が、
1000nM未満のIC50のヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性を有する第1のCARの対応する領域と比較して、より少ない8〜15アミノ酸部分を含有しているか；または
参照キメラ受容体のジャンクション領域の対応する部分の配列を有するペプチド断片の同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低いHLA分子に対する結合親和性を有するか；または
第1のCARの対応する領域と比較して、ヒト白血球抗原（HLA）分子に対する、該領域の中の少なくとも1個のペプチド断片の結合親和性、もしくは該領域の中の8〜15アミノ酸部分の配列を有する全てのペプチド断片の低下した平均結合親和性を有する、
態様18〜33のいずれかの方法。
３５．対象への投与の後に対象において第1のCARの中の領域に対して生じる免疫応答と比較して、低下した検出可能な免疫応答が、第2のCARを発現する細胞の投与の後に、対象において少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む第2のCARの対応する領域に対して生じる、態様18〜34のいずれかの方法。
３６．第1のCARが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分および4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARのそのようなドメインの一方または両方とは異なる膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む、
態様1〜17のいずれかの方法。
３７．第2のCARが、第1のCARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む、態様1〜36のいずれかの方法。
３８．第1のCARの対応する領域が、第2のCARを発現する細胞の投与の時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である、態様37の方法。
３９．第1のCARの対応する領域が、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/または宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域を含む、態様37または態様38の方法。
４０．第2のCARを発現する細胞の投与の後のCAR発現細胞の最大数、経時的なCAR発現細胞の曲線下面積（AUC）、および/または対象における検出可能なCAR発現細胞の持続時間が、第1のCARを発現する細胞の投与を実施し、続いて第1のCARを発現する細胞の第2の投与を実施することを含む代替投薬計画を含む方法を介して達成されたものと比較して、より大きく、かつ該第2の投与が、第2のCARを発現する細胞の投与と同時に実施される、態様1〜39のいずれかの方法。
４１．前記方法が、1マイクロリットル当たり少なくとも約10個もしくは少なくとも10個のCAR発現細胞、末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも50％、少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、もしくはDNA 1マイクログラム当たり少なくとも1,000コピーもしくは少なくとも2,000コピーもしくは少なくとも3,000コピーもしくは少なくとも4,000コピーもしくは少なくとも5,000コピーのCARコードDNAの、対象の血液の中のCAR発現細胞の最大濃度もしくは最大数をもたらし；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、CAR発現細胞が、対象の血液もしくは血清の中で検出可能であり；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含有している、
態様1〜40のいずれかの方法。
４２．第1のCARを発現する細胞の用量および/または第2のCARを発現する細胞の用量が、独立に、対象における疾患または状態の負荷の低減のために十分な量の細胞を含む、態様1〜41のいずれかの方法。
４３．第1のCARを発現する細胞の投与および/または第2のCARを発現する細胞の投与が、対象における疾患または状態の負荷の低減を達成し、それによって、疾患または状態を処置する、態様1〜42のいずれかの方法。
４４．細胞がT細胞である、態様1〜43のいずれかの方法。
４５．T細胞が対象に対して自己である、態様1〜44のいずれかの方法。
４６．第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現せずかつ第2のCARを発現する細胞を対象へ投与する工程を含む処置方法であって、
該対象が、第1のCARを発現する細胞の投与を以前に受けたことがあり；
第1のCARが、該対象における疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原または該対象における疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、方法。
４７．第2のCARを発現する細胞を投与する前に、第1のCARを発現する細胞を対象へ投与する、態様46の方法。  ４８．第2のCARを発現する細胞の投与の時点でまたはその直前に、
対象が、第1のCARに対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/もしくは細胞性免疫応答を示しており；
疾患もしくは状態が、該対象において持続しており；かつ/または
疾患もしくは状態が、該対象において再発している、
態様46〜47のいずれかの方法。
４９．第1のCARを発現する細胞の投与と第2のCARを発現する細胞の投与との間の時間が、少なくとも約28日間、少なくとも約35日間、少なくとも約42日間、少なくとも約49日間、および/または少なくとも約60日間である、態様46〜48のいずれかの方法。
５０．第1のCARが、第2のCARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む、態様46〜49のいずれかの方法。
５１．少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のB細胞エピトープを含み；かつ/または
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のT細胞エピトープを含む、
態様50の方法。
５２．対象が、前記投与の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、態様46〜51のいずれかの方法。  ５３．第2のCARが、第1のCARと同じ抗原に特異的に結合する、態様46〜52のいずれかの方法。
５４．疾患または状態が腫瘍である、態様46〜53のいずれかの方法。
５５．疾患または状態がB細胞悪性腫瘍である、態様46〜54のいずれかの方法。
５６．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する、態様53の方法。
５７．第1のCARが、前記抗原との結合について第2のCARと競合する、態様53〜56のいずれかの方法。
５８．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の異なるエピトープに特異的に結合する、態様53〜55および57のいずれかの方法。
５９．第2のCARが、前記疾患もしくは状態に関連した、第1のCARが結合する抗原とは別の抗原に特異的に結合するか；または
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない、
態様46〜58のいずれかの方法。
６０．第1のCARが、CD19、CD22、またはCD20より選択される、B細胞悪性腫瘍に関連した抗原に特異的に結合し、かつ第2のCARが、第1のCARが結合する抗原とは異なる、CD19、CD22、またはCD20のうちの別の抗原に結合する、態様55〜59のいずれかの方法。
６１．第1のCARがCD19に特異的に結合し、かつ第2のCARがCD22に特異的に結合する、態様60の方法。
６２．第2のCARを発現する細胞が、第1のCARが特異的に結合する前記抗原に特異的に結合する受容体を含まない、態様46〜52のいずれかの方法。
６３．対象が、第2のCARを発現する細胞の投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内の、第2のCARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を示さない、態様46〜62のいずれかの方法。
６４．第2のCARが、第1のCARと比較して、アミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む、態様46〜63のいずれかの方法。
６５．1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含み；かつ/または
該1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
態様64の方法。
６６．第2のCARを発現する細胞の投与の前に、対象におけるCAR特異的な免疫応答の存在を検出する工程をさらに含む、態様46〜65のいずれかの方法。
６７．検出が、対象が特異的な免疫応答を示す第1のCARの少なくとも1個の領域の同定を含む、態様66の方法。
６８．第2のCARが、免疫応答が特異的である第1のCARの前記領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している、態様67の方法。
６９．第1のCARの領域が、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個もしくは複数個のCAR部分の中の領域を含み、かつ/または第1のCARの該領域が、2個のドメインの間のジャンクションの各側のアミノ酸を含むジャンクション領域である、態様65〜68のいずれかの方法。
７０．領域がscFv部分の中のフレームワーク領域（FR）を含み、
該領域が重鎖FR配列を含み、
該領域が重鎖CDR配列を含み、
該領域が軽鎖FR配列を含み、かつ/または
該領域が軽鎖CDR配列を含む、
態様69の方法。
７１．領域がジャンクション領域を含み、ジャンクション領域が、第1のCARの第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の最大15個の連続アミノ酸、および/または該ジャンクションのすぐN末端側の最大15個の連続アミノ酸を含み、任意で、該ジャンクションをさらに含む、態様69の方法。
７２．第1のドメインおよび/または第2のドメインが、天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメインもしくはその機能性部分に対して100％の同一性を有するドメインを含み、該天然もしくは内在性のヒトタンパク質が、任意で、処置される対象によって発現され；かつ/あるいは
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、または細胞内シグナル伝達ドメインを含み、細胞内シグナル伝達ドメインが、任意で、共刺激シグナル伝達ドメインまたは活性化細胞質シグナル伝達ドメインである、
態様71の方法。
７３．第1のドメインおよび第2のドメインが、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しないか、または単一の天然もしくは内在性のヒトタンパク質もしくはヒトポリペプチドに存在しない、態様72の方法。
７４．第1のドメインおよび第2のドメインがそれぞれ、細胞外リガンド結合ドメインおよびヒンジドメイン、ヒンジドメインおよび膜貫通ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、ならびに、細胞内共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかまたはそれらを含み、これらはそのようなドメインの機能性部分を含んでいてもよい、態様72または態様73の方法。
７５．第1のドメインが膜貫通ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含み、かつ第2のドメインが共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含む、態様72〜74のいずれかの方法。
７６．膜貫通ドメインがCD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分であり、かつ共刺激シグナル伝達ドメインが4-1BBシグナル伝達ドメインまたはその機能性部分である、態様75の方法。
７７．第2のCARが、
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび/もしくは第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；
第1のドメインと配列が同一であるドメインおよび第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；または
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび第2のドメインと配列が同一であるドメイン
を含み、
第2のCARに存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含む部分において、第1のCARの第1のドメインおよび第2のドメインの一方または両方と比較して、少なくとも1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含む、態様72〜76のいずれかの方法。
７８．第1のCARが、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:5と少なくとも95％同一であるアミノ酸の配列を含むそのバリアントもしくは機能性部分を共に含む、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインを含み、かつジャンクション領域を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARと比較して修飾された配列を含み、修飾が、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42または15〜40の配列を含む部分における少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、態様75〜77のいずれかの方法。
７９．第2のCARが、第1のCARと比較して20以下のアミノ酸配列の違いを含むか、または第2のCARが、第1のCARに対して少なくとも95％のアミノ酸配列同一性を含む、態様64〜78のいずれかの方法。
８０．1つまたは複数の配列の違いのうちの少なくとも1つを含有している第2のCARの領域が、
1000nM未満のIC50のヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性を有する第1のCARの対応する領域と比較して、より少ない8〜15アミノ酸部分を含有しているか；または
参照キメラ受容体のジャンクション領域の対応する部分の配列を有するペプチド断片の同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低いHLA分子に対する結合親和性を有するか；または
第1のCARの対応する領域と比較して、ヒト白血球抗原（HLA）分子に対する、該領域の中の少なくとも1個のペプチド断片の結合親和性、もしくは該領域の中の8〜15アミノ酸部分の配列を有する全てのペプチド断片の低下した平均結合親和性を有する、
態様64〜79のいずれかの方法。
８１．対象への投与の後に対象において第1のCARの中の領域に対して生じる免疫応答と比較して、低下した検出可能な免疫応答が、第2のCARを発現する細胞の投与の後に、対象において少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む第2のCARの対応する領域に対して生じる、態様64〜80のいずれかの方法。
８２．第1のCARが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分および4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARのそのようなドメインの一方または両方とは異なる膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む、
態様46〜63のいずれかの方法。
８３．第2のCARが、第1のCARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む、態様46〜82のいずれかの方法。
８４．第1のCARの対応する領域が、第2のCARを発現する細胞の投与の時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である、態様83の方法。
８５．第1のCARの対応する領域が、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/または宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域を含む、態様83または態様84の方法。
８６．第2のCARを発現する細胞の投与の後のCAR発現細胞の最大数、経時的なCAR発現細胞の曲線下面積（AUC）、および/または対象における検出可能なCAR発現細胞の持続時間が、第1のCARを発現する細胞の投与を実施し、続いて第1のCARを発現する細胞の第2の投与を実施することを含む代替投薬計画を含む方法を介して達成されたものと比較して、より大きく、かつ該第2の投与が、第2のCARを発現する細胞の投与と同時に実施される、態様46〜85のいずれかの方法。
８７．前記方法が、1マイクロリットル当たり少なくとも約10個もしくは少なくとも10個のCAR発現細胞、末梢血単核細胞（PBMC）の総数の少なくとも50％、少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、もしくはDNA 1マイクログラム当たり少なくとも1,000コピーもしくは少なくとも2,000コピーもしくは少なくとも3,000コピーもしくは少なくとも4,000コピーもしくは少なくとも5,000コピーのCARコードDNAの、対象の血液の中のCAR発現細胞の最大濃度もしくは最大数をもたらし；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、CAR発現細胞が、対象の血液もしくは血清の中で検出可能であり；かつ/または
第2のCARを発現する細胞の投与の開始の後、30日目、60日目、もしくは90日目に、対象の血液が、少なくとも20％のCAR発現細胞、1マイクロリットル当たり少なくとも10個のCAR発現細胞、もしくは少なくとも1×104個のCAR発現細胞を含有している、
態様46〜86のいずれかの方法。
８８．第1のCARを発現する細胞の用量および/または第2のCARを発現する細胞の用量が、独立に、対象における疾患または状態の負荷の低減のために十分な量の細胞を含む、態様46〜87のいずれかの方法。
８９．第1のCARを発現する細胞の投与および/または第2のCARを発現する細胞の投与が、対象における疾患または状態の負荷の低減を達成し、それによって、疾患または状態を処置する、態様46〜88のいずれかの方法。
９０．細胞がT細胞である、態様46〜89のいずれかの方法。
９１．T細胞が対象に対して自己である、態様46〜90のいずれかの方法。
９２．第1のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞によって以前に処置された対象における疾患または状態の処置のための医薬の製造のための、第2のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を含む組成物の使用であって、
第1のCARが、該対象における該疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する該抗原、または該疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、使用。
９３．第1のキメラ受容体（CAR）によって以前に処置された対象における疾患または状態の処置において使用するための、第2のキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を含む組成物であって、
第1のCARが、該対象における該疾患または状態に関連した抗原に特異的に結合し；かつ
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する該抗原、または該疾患もしくは状態に関連した別の抗原に特異的に結合する、組成物。
９４．前記使用が、第1のCARに対して特異的である検出可能な体液性免疫応答および/もしくは細胞性免疫応答を示す対象におけるものであり；
該疾患もしくは状態が、第1のCARを発現する細胞の投与の後に該対象において持続しており；かつ/または
該疾患もしくは状態が、第1のCARを発現する細胞の投与の後に該対象において再発している、
態様92の使用または態様93の組成物。
９５．前記組成物が、第1のCARを発現する細胞の投与の少なくとも約28日後、少なくとも約35日後、少なくとも約42日後、少なくとも約49日後、および/または少なくとも約60日後に使用するためのものである、態様92〜94のいずれかの使用または組成物。
９６．第1のCARが、第2のCARに存在しない少なくとも1種の免疫反応性エピトープを含む、態様92〜95のいずれかの使用または組成物。
９７．少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のB細胞エピトープを含み；かつ/または
少なくとも1種の免疫反応性エピトープが少なくとも1種のT細胞エピトープを含む、
態様96の使用または組成物。
９８．対象が、前記使用の前に、第2のCARを発現する細胞の用量を受けたことがない、態様92〜97のいずれかの使用または組成物。
９９．第2のCARが、第1のCARと同じ抗原に特異的に結合する、態様92〜98のいずれかの使用または組成物。
１００．疾患または状態が腫瘍である、態様92〜99のいずれかの使用または組成物。
１０１．疾患または状態がB細胞悪性腫瘍である、態様92〜100のいずれかの使用または組成物。
１０２．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の同じエピトープに特異的に結合する、態様56〜101のいずれかの使用または組成物。
１０３．第1のCARが、前記抗原との結合について第2のCARと競合する、態様99〜102のいずれかの使用または組成物。
１０４．第1のCARおよび第2のCARが、前記抗原の異なるエピトープに特異的に結合する、態様99〜101および103のいずれかの使用または組成物。
１０５．第2のCARが、前記疾患もしくは状態に関連した、第1のCARが結合する抗原とは別の抗原に特異的に結合するか；または
第2のCARが、第1のCARが特異的に結合する抗原に特異的に結合しない、
態様92〜98のいずれかの使用または組成物。
１０６．第1のCARが、CD19、CD22、またはCD20より選択される、B細胞悪性腫瘍に関連した抗原に特異的に結合し、かつ第2のCARが、第1のCARが結合する抗原とは異なる、CD19、CD22、またはCD20のうちの別の抗原に結合する、態様101〜105のいずれかの使用または組成物。
１０７．第1のCARがCD19に特異的に結合し、かつ第2のCARがCD22に特異的に結合する、態様106の使用または組成物。
１０８．第2のCARを発現する細胞が、第1のCARが特異的に結合する前記抗原に特異的に結合する受容体を含まない、態様92〜98のいずれかの使用または組成物。
１０９．第2のCARの使用が、対象への投与の約30日以内、約60日以内、または約90日以内の、第2のCARに対する検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答をもたらさない、態様92〜108のいずれかの使用または組成物。
１１０．第2のCARが、第1のCARと比較してアミノ酸配列の1つまたは複数の違いを含む、態様92〜109のいずれかの使用または組成物。
１１１．1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含み；かつ/または
該1つもしくは複数の違いが、第1のCARを発現する細胞の投与の後に対象において検出可能な免疫応答を生じさせる第1のCARの各領域と比較した、少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
態様110の使用または組成物。
１１２．対象が、第1のCARに対するCAR特異的な免疫応答が該対象において検出されている対象である、態様92〜11のいずれかの使用または組成物。
１１３．検出が、対象が特異的な免疫応答を示す第1のCARの少なくとも1個の領域の同定を含む、態様112の使用または組成物。
１１４．第2のCARが、免疫応答が特異的である第1のCARの前記領域と比較して、1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含有している、態様113の使用または組成物。
１１５．第1のCARの領域が、scFv部分、リンカー部分、対象にとって内在性でないアミノ酸配列、対象とは異なる種に由来する配列、および/もしくは2個のCARドメインの間のジャンクションからなる群より選択される1個もしくは複数個のCAR部分の中の領域を含み、かつ/または第1のCARの該領域が、2個のドメインの間のジャンクションの各側のアミノ酸を含むジャンクション領域である、態様111〜114のいずれかの使用または組成物。
１１６．領域がscFv部分の中のフレームワーク領域（FR）を含み、
該領域が重鎖FR配列を含み、
該領域が重鎖CDR配列を含み、
該領域が軽鎖FR配列を含み、かつ/または
該領域が軽鎖CDR配列を含む、
態様115の使用または組成物。
１１７．領域がジャンクション領域を含み、ジャンクション領域が、第1のCARの第1のドメインと第2のドメインとを接合するジャンクションのすぐC末端側の最大15個の連続アミノ酸、および/または該ジャンクションのすぐN末端側の最大15個の連続アミノ酸を含み、任意で、該ジャンクションをさらに含む、態様115の使用または組成物。
１１８．第1のドメインおよび/または第2のドメインが、天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメイン、または天然もしくは内在性のヒトタンパク質のドメインもしくはその機能性部分に対して100％の同一性を有するドメインを含み、該天然または内在性のヒトタンパク質が、任意で、処置される対象によって発現され；かつ/あるいは
第1のドメインおよび/または第2のドメインが、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、または細胞内シグナル伝達ドメインを含み、細胞内シグナル伝達ドメインが、任意で、共刺激シグナル伝達ドメインもしくは活性化細胞質シグナル伝達ドメインである、
態様117の使用または組成物。
１１９．第1のドメインおよび第2のドメインが、ヒト対象においてインビボで同一分子に存在しないか、または単一の天然もしくは内在性のヒトタンパク質もしくはヒトポリペプチドに存在しない、態様117または態様118の使用または組成物。
１２０．第1のドメインおよび第2のドメインがそれぞれ、細胞外リガンド結合ドメインおよびヒンジドメイン、ヒンジドメインおよび膜貫通ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、ならびに、細胞内共刺激シグナル伝達ドメインおよび活性化細胞質シグナル伝達ドメインであるかまたはそれらを含み、これらはそのようなドメインの機能性部分を含んでいてもよい、態様117〜119のいずれかの使用または組成物。
１２１．第1のドメインが、膜貫通ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含み、かつ第2のドメインが、共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分であるかまたはそれを含む、態様117〜120のいずれかの使用または組成物。
１２２．膜貫通ドメインが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分であり、かつ共刺激シグナル伝達ドメインが、4-1BBシグナル伝達ドメインまたはその機能性部分である、態様121の使用または組成物。
１２３．第2のCARが、
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび/もしくは第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；
第1のドメインと配列が同一であるドメインおよび第2のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメイン；または
第1のドメインに対して少なくとも95％の配列同一性を有するドメインおよび第2のドメインと配列が同一であるドメイン
を含み、
第2のCARに存在するドメインの少なくとも一方または両方が、修飾されたジャンクション領域を含む部分において、第1のCARの第1のドメインおよび第2のドメインの一方または両方と比較して、少なくとも1つまたは複数のアミノ酸配列の違いを含む、
態様117〜122のいずれかの使用または組成物。
１２４．第1のCARが、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:5と少なくとも95％同一であるアミノ酸の配列を含むそのバリアントもしくは機能性部分を共に含む、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインを含み、かつジャンクション領域を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARと比較して修飾された配列を含み、修飾が、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく残基13〜42または15〜40の配列を含む部分における少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む、
態様121〜132のいずれかの使用または組成物。
１２５．第2のCARが、第1のCARと比較して20以下のアミノ酸配列の違いを含むか、または第2のCARが、第1のCARに対して少なくとも95％のアミノ酸配列同一性を含む、態様110〜124のいずれかの使用または組成物。
１２６．1つまたは複数の配列の違いのうちの少なくとも1つを含有している第2のCARの領域が、
1000nM未満のIC50のヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性を有する第1のCARの対応する領域と比較して、より少ない8〜15アミノ酸部分を含有しているか；または
参照キメラ受容体のジャンクション領域の対応する部分の配列を有するペプチド断片の同じヒト白血球抗原（HLA）分子に対する結合親和性より低いHLA分子に対する結合親和性を有するか；または
第1のCARの対応する領域と比較して、ヒト白血球抗原（HLA）分子に対する、該領域の中の少なくとも1個のペプチド断片の結合親和性、もしくは該領域の中の8〜15アミノ酸部分の配列を有する全てのペプチド断片の低下した平均結合親和性を有する、態様110〜125のいずれかの使用または組成物。
１２７．第2のCARの使用が、対象への投与の後に対象において第1のCARの領域に対して生じる免疫応答と比較して、対象において少なくとも1つのアミノ酸配列の違いを含む第2のCARの対応する領域に対して生じる検出可能な免疫応答の低下をもたらす、態様110〜126のいずれかの使用または組成物。
１２８．第1のCARが、CD28膜貫通ドメインまたはその機能性部分および4-1BB共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性部分を含み；かつ
第2のCARが、第1のCARのそのようなドメインの一方または両方とは異なる膜貫通ドメインおよび共刺激シグナル伝達ドメインを含む、
態様92〜113のいずれかの使用または組成物。
１２９．第2のCARが、第1のCARの対応する領域とアミノ酸配列が同一である少なくとも1個の領域を含む、態様92〜128のいずれかの使用または組成物。
１３０．第1のCARの対応する領域が、第2のCARを発現する細胞の投与の時点で、検出可能な体液性免疫応答または細胞性免疫応答を対象が示さない領域である、態様129の使用または組成物。
１３１．第1のCARの対応する領域が、共刺激ドメイン、ITAM含有ドメイン、膜貫通ドメイン、形質導入マーカーもしくは発現マーカー、宿主にとって内在性の配列、および/または宿主と同じ種に由来する抗体ドメインからなる群より選択されるCAR部分の中の領域を含む、態様129または態様130の使用または組成物。
【実施例】
【０３６４】
以下の実施例は例示のためだけに含まれ、本発明の範囲を限定することを目的としない。
【０３６５】
実施例1：トランスジーン生成物に特異的な宿主免疫応答の分析
CD19特異的CARを発現する自己T細胞によって処置されたB細胞悪性腫瘍を有する4人の対象から、処置前および処置後の末梢血単核細胞（PBMC）試料を入手した。CARは、マウス抗体に由来する抗CD19 scFv、ヒンジドメイン、CD28膜貫通ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、CD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン、T2Aドメイン、および短縮EGFR（EGFRt）部分を含んでいた。
【０３６６】
対象から入手された注入前および注入後（42日目）のPBMCを、本質的に、Berger et al.Blood.2006 March;107(6):2294-2302、Berger et al.J Virol.2001 January 75(2):799-808、Riddell et al.Nature Medicine.1996 February 2(2):216-223、Berger et al.Blood.2005 February 105(4):1640-1647によって記載されたようにして、特異的な抗CAR免疫応答の存在または欠如を検出するために査定した。簡単に説明すると、投与された細胞が発現するCARによって形質導入された自己のγ照射済み細胞（1:1または2:1の応答細胞対刺激細胞比の刺激細胞）によって、インビトロでPBMC（応答細胞）を刺激した。次いで、様々なエフェクター標的比（E/T）で、自己の51Cr標識CAR形質導入T細胞（「CD19 CAR」）および非形質導入（「モック」）T細胞（標的）に対する細胞傷害について、クロム放出アッセイにおいて培養物を査定した。コインキュベーションの後、クロムの放出を定量化し、各試料における最大の達成可能な溶解に対する百分率を決定した。
【０３６７】
1人の例示的な患者に由来する試料についての結果が、図1に示され、注入前および注入後42日目のPBMCの細胞溶解活性が示される。注入前のPBMC由来培養物においては、CAR形質導入標的細胞に特異的な細胞溶解活性は検出されなかったが、査定された4人の対象のうちの2人において、注入後のPBMC試料に由来する培養物において、CAR特異的な溶解活性が検出された。これらの結果は、CAR発現T細胞の一回の注入の後に、CAR特異的な免疫応答が発達し得ることを示している。
【０３６８】
特異的な免疫応答によって認識されるCARの領域を査定するため、エピトープマッピングを実施した。投与された細胞が発現するCARのおよそ500アミノ酸の配列の全長のオーバーラップする部分（11アミノ酸オーバーラップ）を表す配列を有する複数の15アミノ酸長ペプチドの個々のプールの存在下で、注入前および注入後のPBMC試料を刺激した。CD8およびCD4の表面発現ならびにサイトカインの細胞内発現を検出するため、抗体によって細胞を染色した。各々10種のペプチドを含有し、集合的に125種の個々のオーバーラップペプチドを含む、23個のプールを、査定した。各ペプチドは、プールのうちの少なくとも2個において表される。
【０３６９】
この設計は、このアッセイにおいてヒットとして検出された複数個のプールに存在するペプチドが、免疫原性である可能性のあるペプチドヒットと見なされる、個々のペプチドに特異的な応答を査定するための分析グリッドの生成を可能にした。CAR特異的な免疫応答が検出された2人の患者について、それぞれ、6個および3個のペプチドヒットが同定された。
【０３７０】
これらの個々のヒットの各々について特異的な免疫応答の存在または欠如を査定するため、抗サイトカイン捕捉抗体を使用して、個々のELISpotアッセイを実施した（Berger et al.(2006)；Berger et al.(2001)；Riddell et al.(1996)；およびBerger et al.(2005)（前記）を参照すること）。1人の患者についての例示的なアッセイの結果が、図2に示される。CARのscFvのVH部分の中の配列を有する（1人の患者については、FR1領域、CDR1領域、およびFR2領域の中、他方についてはFR3の中の領域を含む）ペプチドに対する特異的な免疫応答が、査定された両方の患者において検出された。第1の患者については、CARの膜貫通ドメインと共刺激ドメインとの間のジャンクションを各々含有している2種のオーバーラップ15アミノ酸長ペプチド（図2中、「融合部位」と表示される）に対しても、特異的な免疫応答が検出された。これらの2種のオーバーラップ15アミノ酸長ペプチドは、それぞれ、アミノ酸配列
2017537919.tif 000006
を有していた。マウスscFv、CD28膜貫通ドメインおよび共刺激ドメイン、ならびにCD3ζドメインを有する異なるCARの投与の後の、類似した方法を使用した、もう一つの研究においても、1人の対象について、抗CD19 scFvのVH部分を含有しているプールに対して免疫応答が検出され、もう1人の対象について、ジャンクション部分を含有しているプールに対して検出された。
【０３７１】
このアッセイによって、他の領域の中のペプチドに対しては、患者における特異的な免疫応答は検出されなかった。例えば、このアッセイにおいて、scFvの他のCDRもしくはフレームワーク領域の中の配列を有するペプチド、共刺激ドメインもしくは膜貫通ドメインの領域の中にあるがその2つの間のジャンクションにかからないペプチド、またはCARのEGFRt領域もしくはCD3ζ領域の中のペプチドに対しては、特異的な応答は検出されなかった。内在性配列に対する特異的な免疫応答は検出されなかった。
【０３７２】
実施例2：CARのジャンクション領域に由来するペプチドのHLAクラスIおよびHLAクラスIIとの結合についてのインシリコ分析
例示的なCAR配列の部分の中の一連のオーバーラップペプチド配列の各々について、MHC結合親和性および可能性のある免疫原性に関係のあるその他の特性を予測するためのインシリコ分析のため、Immune Epitope Database and analysis resource（IEDB）から入手可能なT細胞エピトープ予測ツールを使用した。部分には、免疫グロブリン由来ヒンジドメインを有するスペーサー、ヒトCD28膜貫通ドメイン、ヒト4-1BB共刺激ドメイン、およびヒトCD3ζシグナル伝達ドメインが含まれた。査定された部分において、ヒンジドメインはヒトIgG4ヒンジドメインであり、CD28膜貫通ドメインは、SEQ ID NO:2に示された配列を含み、4-1BB共刺激ドメインは、SEQ ID NO:3に示された配列を含有していた。従って、この部分は、スペーサー領域と膜貫通ドメインとの間のジャンクション、膜貫通ドメインと共刺激ドメインとの間のジャンクション、および共刺激ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間のジャンクション（図3Aおよび3Bを参照すること）という、ヒト配列に由来する異なるドメインの間の3つのジャンクションを含有していた（それらのジャンクションは、ヒト対象への投与時のCARに対する可能性のある免疫原性の部位を表していた可能性がある）。
【０３７３】
T細胞へ提示される可能性を高める特定の特性を有し得る配列の部分を同定するため、27種の個々のHLAクラスI対立遺伝子および56種の個々のHLAクラスII対立遺伝子との結合の親和性を、それぞれ、（9アミノ酸長結合コアを含有している）8〜14アミノ酸長および15アミノ酸長の部分の長さに沿ったオーバーラップペプチドについて予測した。集合的には世界中の集団の99％超に存在するHLA対立遺伝子を表すこれらの対立遺伝子、および米国集団におけるそれらのおよその頻度が、表1Aおよび1Bにリストされる。
【０３７４】
（表１Ａ）HLAクラスI
2017537919.tif 000007
2017537919.tif 000008
【０３７５】
（表１Ｂ）HLAクラスII
2017537919.tif 000009
2017537919.tif 000010
【０３７６】
ANNを使用したデータセットにおいて、各8〜14アミノ酸ペプチドについてHLAクラスI分子との結合についてのIC50値を予測するため、IEDBから入手可能なアルゴリズムに基づくT細胞エピトープ予測ツールを使用し（Nielsen et al.(2003)Protein Sci.,12:1007-1017およびLundegaard et al.(2008)NAR,36:W509-512）、いくつかのケースにおいては、SMM（Peters and Sette(2005)BMC Bioinformatics,6:132）およびcomblib（Sidney et al.(2008)Immuno Res.4:2）またはコンセンサスツール（Kim,et al.(2012)Immune epitope database analysis resource、NARを参照すること（上記のいずれかからの予測の組み合わせ））を使用した1種または複数種の付加的な予測を使用した。データセット中の各15アミノ酸ペプチドについて、HLAクラスIIとの結合についてのIC50値を、NetMHCIIpan法（Karosiene et al.(2013)Immunogenetics 65(10):711；Nielsen et al.(2008)PLoS Comput Biol.4(7)e1000107）を使用して予測した。CARアミノ酸配列の部分の中の各々の個々の位置について、その位置を含み、50nm未満の予測IC50でクラスIまたはクラスIIの対立遺伝子のいずれかと結合すると予測されたデータセット中の配列の総数を決定した。図4A（HLAクラスI）および4B（HLAクラスII）は、それぞれ、クラスIおよびクラスIIの対立遺伝子についての結果を示し、集団内の個々のHLA対立遺伝子の頻度によって重み付けされた、決定されたた総数に基づく、配列の長さに沿ったポジショナルカバレッジ（positional coverage）を示している。査定された領域全体の曲線下面積（AUC）は、およそ、HLAクラスI結合について1321、HLAクラスII結合について2943であった。膜貫通-共刺激ドメイン領域についてのAUCは、およそ、HLAクラスI結合について931、HLAクラスII結合について2212であった。
【０３７７】
図4Aおよび4Bに示されるように、配列のいくつかの部分が、MHC複合体に強く結合し、従って、T細胞による可能性のある認識のためのエピトープとして提示される可能性がより高い断片を含有していることが、この方法によって予測された。HLA対立遺伝子に対する結合親和性は、単独では、必ずしも免疫原性を予測しない。この例示的なCARの個々のドメイン（例えば、膜貫通、共刺激）はヒト由来であるため、（通常は互いに関連していない複数の領域にかかり、かつ/またはそのような領域の間のジャンクションを含むエピトープとは対照的に）ヒト対象への投与時に、これらの個々の領域のいずれかの中の単独のエピトープに対して免疫原性応答が発達する可能性は低かった。例えば、MHC分子に強く結合し、MHC分子の状況において提示されると予測されたペプチドについても、ペプチドが完全に内在性タンパク質に由来する場合、それは「自己」と認識され、従って、生産的な免疫応答を誘導し得ない。例えば、実施例1に記載された結果において、完全に単一の膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインの中にあるいくつかの領域は、HLA結合親和性予測において高スコアであったが、類似したCAR配列のこれらのドメインのいずれかの中の単独のペプチド配列に対して、免疫応答は検出されなかった。従って、様々な「ホットスポット」が予測HLA結合親和性に関して観察されたが、その後の査定および改変は、より高い予測IC50値を有するのみならず、2種の異なるタンパク質に由来する異なるドメインの間のジャンクションにかかる、可能性のあるエピトープを含む区域に焦点を当てた。
【０３７８】
具体的には、例示的なCARのCD28膜貫通ドメインと4-1BBシグナル伝達ドメインとのジャンクションにかかる、1種または複数種の可能性のあるペプチドエピトープを含むジャンクション領域を、さらに査定した。例示的なヒトCD28膜貫通ドメイン（SEQ ID NO:2）および例示的なヒト4-1BB共刺激ドメイン（SEQ ID NO:3）を含むSEQ ID NO:5に示された配列に関して、査定されたジャンクション領域は、以下のようなCD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインにかかるジャンクションの両側の13アミノ酸を含有していた：
2017537919.tif 000011
（26アミノ酸ジャンクション領域は太字で示され、ドメインの間のジャンクションのすぐC'側およびN'側の2個のアミノ酸は下線で示される）。査定された26アミノ酸ジャンクション領域は、SEQ ID NO:137に示され、SEQ ID NO:5に示されたアミノ酸の配列のアミノ酸残基15〜40に相当する。
【０３７９】
クラスIおよびクラスIIの対立遺伝子に高いIC50値で結合すると予測され、従って、この領域を含有しているCARに対する免疫原性を誘導する可能性を低下させる可能性が高いペプチド断片をもたらす、SEQ ID NO:137に示された26アミノ酸ジャンクション領域の中の1個または複数個のアミノ酸修飾（変異）を同定するため、インシリコモデリングを実施した。具体的には、（SEQ ID NO:5のナンバリングに基づく28位、31位、および34位に相当するアミノ酸位置における1個または複数個の変異に相当する）SEQ ID NO:137のナンバリングに基づく14位、17位、および20位に相当するアミノ酸位置における1個または複数個の変異を含有しているジャンクション領域のバリアントペプチド断片について予測を行った。この例示的な研究においては、エピトープ全体の全ての可能な単一アミノ酸置換を予測IC50値に対する影響について調査する、全ての高親和性エピトープのインシリコ変異誘発および結合予測の後、これらの残基がさらなる分析のために選択された。より大きいIC50予測（結合の減少）をもたらす残基を同定し、前記の残基を、置換に感受性があるものとして同定した。
【０３８０】
査定された位置における1個または複数個のアミノ酸置換を各々含有している一連の異なるバリアントジャンクション領域を、例示的なCAR配列の中の非変異ジャンクション領域と比較して査定した。膜貫通領域または共刺激シグナル伝達ドメインのいずれかの構造または機能に対して破壊的である可能性の低い、同定された位置におけるアミノ酸置換の例示的なサブセットを選択した。エピトープはオーバーラップしているため、一度に複数種のエピトープに影響することができる可能性のある置換も選択した。具体的には、個々のバリアントジャンクション領域は、以下の修飾（アミノ酸置換）を含有していた：SEQ ID NO:5のナンバリングに基づく、K28A、K28H、K28L、K28Q、K28S、R32A、R31H、R31L、R31N、L34A、L34S、K28Q/R31A、K28Q/R31N、K28Q/R31S、K28Q/L34A、K28Q/L34S、R31N/L34A、R31N/L34S、K28Q/R31N/L34A、K28Q/R31N/L34S。
【０３８１】
IEDBから入手可能なT細胞エピトープ予測ツールを使用して、非バリアントジャンクション領域およびバリアントジャンクション領域について、重み付き免疫原性スコアを、クラスIおよびクラスIIの対立遺伝子について入手した。それぞれの（バリアントまたは非バリアント）26アミノ酸ジャンクション領域の中の（個々に27種のHLAクラスI対立遺伝子の各々のための）一連の8アミノ酸長〜14アミノ酸長オーバーラップペプチドおよび（個々に56種のHLAクラスII対立遺伝子の各々のための）一連の15アミノ酸長オーバーラップペプチドの各々について、予測IC50値を使用してスコアを導出し、個々のHLAクラスIおよびクラスIIの対立遺伝子の集団内の相対頻度に基づき重み付けした。より高い相対スコアは、より高度の予測される結合を示す。
【０３８２】
結果は図5に示される。結果は、領域の中のアミノ酸を修飾することによって、CARジャンクション領域の中の全体的な予測HLAクラスI免疫原性スコアを減少させることが可能であることを証明している。結果は、HLAクラスII結合についての予測免疫原性スコアの実質的な増加をもたらすことなく、予測されたHLAクラスI結合親和性を低下させ（従って、予測免疫原性スコアを低下させ）ることが可能であることも確認する。従って、一般に、結果は、CARのCD28膜貫通ドメインと4-1BB共刺激ドメインとの間のジャンクションにかかる領域の中にアミノ酸修飾を作成し、この領域を有するが、この領域に修飾または修飾の組み合わせを含有している受容体と同じキメラ受容体のヒト対象への投与時の免疫原性の可能性の低下に一致するであろうヒトHLA結合についての予測親和性の全体的な低下を達成し得ることを示した。
【０３８３】
実施例3：CARのジャンクション領域に由来するペプチドのHLAクラスIとの結合についてのインシリコ分析とインビトロ結合との比較
CD28と4-1BBとのジャンクションにかかる26アミノ酸ジャンクション領域の部分の中の例示的なオーバーラップ9アミノ酸ペプチド配列について、いくつかのHLAクラスI対立遺伝子（A*02:01、A*03:01、A*11:01、およびB*08:01）に対する実際の結合親和性を、インビトロで査定した。具体的には、CD28膜貫通ドメインおよび4-1BB共刺激ドメインのドメイン間のジャンクション（下線で示された2個のアミノ酸を接合している結合）にかかる部分を含有している（SEQ ID NO:7に示される）配列VAFIIFWVKRGRKKLLに由来する一連のオーバーラップ9アミノ酸ペプチドを査定した。さらに、実施例2に記載されるような、この領域における変異を各々含有している、この部分の多数の異なるバリアントの各々の一連のオーバーラップ9アミノ酸ペプチドも、査定した。
【０３８４】
様々な9アミノ酸長オーバーラップペプチドを合成し、それらの純度をMALDI-TOF質量分析によって試験した。次いで、各ペプチドが3成分MHCペプチド複合体を安定化することができる程度を測定するハイスループット結合アッセイであるREVEAL Epitope Discovery System（ProImmune,Oxford,United Kingdom）を使用して、結合特性を査定するため、合成ペプチドを組換えMHC分子と共にインキュベートした。各ペプチドを、HLAクラスI対立遺伝子の各々に関してこの能力について別々に試験し、陽性対照（関連対立遺伝子についての既知のT細胞エピトープ）について観察された程度に対してノーマライズした。結果は、100％に設定された陽性対照ペプチドに対して結合がノーマライズされたスコアとして報告される。この分析においては、50を越えるスコアを、一般に、強いまたは高親和性の結合を表すと見なした。
【０３８５】
実施例2に記載されたようなインシリコ予測法を使用して同一のペプチド:MHC複合体の結合について入手された予測結合（IC50）値と、結果を比較した。予測された最大IC50値が約50,000であったため、IC50値を対数変換し、LOG(50000)から差し引き、LOG(50000)で割って、ノーマライズされたインシリコスコアを得た（(Log(50000) - logIC50)/log(50000)）。この分析においては、2.0より大きいインシリコ結合予測スコアを、一般に、予測された強いまたは高親和性の結合を表すと見なした。
【０３８６】
結果は、表2A（HLA-A*02:01およびHLA-A*03:01）ならびに表2B（HLA-A*11:01およびHLA-B*08:01）に示される。一般に、インシリコ結合予測は、実際のインビトロ結合結果を予測する。いくつかのケースにおいて、比較的高い結合がインシリコで予測されるが、インビトロアッセイにおいては観察されない。
【０３８７】
結果は、インビトロアッセイにおいて測定される親和性を一般に予測する、予測結合親和性と一致していた。さらに、結果は、ジャンクション領域の中の修飾によるHLAに対する結合親和性の成功した低下を証明し、同一の残基を含有しているオーバーラップエピトープのうちのもう1種に対する結合親和性を増加させることなく（または低下させつつ）、可能性のあるオーバーラップエピトープのうちの1種の予測または実際の結合親和性またはスコアの低下をもたらすよう、配列を修飾することが可能であることを証明した。いくつかの態様において、そのような変異または修飾は、特に有利であり得る。結果の非限定的な例として、SEQ ID NO:5に示されたナンバリングに基づく修飾K29L、R31H、L34S、および/またはL34Aは、一般に、もう1種のHLA対立遺伝子に対するより高い結合親和性をもたらすことなく、かつ/またはもう1種のペプチドに対するより高い結合親和性をもたらすことなく、少なくとも1種のHLA対立遺伝子および/または査定された領域の中の少なくとも1種のペプチドについて予測または実際の結合親和性またはスコアの低下をもたらした。
【０３８８】
（表２Ａ）バリアントペプチドのインシリコおよびインビトロのMHC結合
2017537919.tif 000012
2017537919.tif 000013
2017537919.tif 000014
【０３８９】
（表２Ｂ）バリアントペプチドのインシリコおよびインビトロのMHC結合
2017537919.tif 000015
2017537919.tif 000016
【０３９０】
実施例4：CARのジャンクション領域に由来するペプチドのHLA-A2:01との結合についての分析
免疫原性応答を誘導することができる可能性のあるCAR由来ペプチドを同定するため、CARのCD28膜貫通ドメインと4-1BB共刺激ドメインとの間のジャンクションを含有している非バリアント（参照）配列の中の一連のオーバーラップペプチドをインシリコで査定した。結合についての親和性を予測するためのインシリコ分析を使用して、一般的なヒトMHCクラスI分子（HLA-A2:01）のペプチド溝に対する結合親和性を予測するため、アルゴリズムを使用した。図3に示されるように、CARの査定された部分は、下線によって示されたドメインのジャンクションにかかる残基と共に(SEQ ID NO:2に示された）CD28膜貫通ドメインの一部および(SEQ ID NO:3に示された）4-1BB共刺激ドメインの一部を含有している(SEQ ID NO:6に示された）配列
2017537919.tif 000017
を有していた。予測されたHLA-A2:01結合親和性を、SEQ ID NO:6に示された配列の8〜14アミノ酸の一連の140種のオーバーラップペプチドについてインシリコで査定した。ペプチドのうちの35種は、膜貫通ドメイン部分に由来する配列のみを含有しており；ペプチドのうちの35種は、共刺激ドメイン部分に由来する配列のみを含有しており、ペプチドのうちの70種は、ドメイン間のジャンクションを架橋するアミノ酸残基を含有しているジャンクションまたは融合領域の配列を有していた。この査定のため、0nM〜50nMの解離定数でHLA-A2:01に結合すると予測されたペプチド断片を、高い親和性で結合すると予測されるものと見なした。51nM〜1000nMの解離定数で結合すると予測されたペプチド断片を、低い親和性で結合すると予測されるものと見なした。1000nM〜5000nMの予測親和性で結合すると予測されたペプチド断片を、極めて低い親和性で結合すると予測されるものと見なした。結果は図3に提示される。
【０３９１】
図3に示されるように、ドメイン間のジャンクションにかかるオーバーラップ領域を含む配列を各々含有している、この領域の参照配列に由来するペプチドのうちの2種が、HLA-A2:01に対する低い結合親和性を示すと予測された。具体的には、配列
2017537919.tif 000018
を有する14アミノ酸長ペプチドが、294nMの解離定数で結合すると予測され、
2017537919.tif 000019
の配列を有する13アミノ酸長ペプチドが、618nMの解離定数で結合すると予測された。これらのペプチドは、各々、SEQ ID NO:1に示され、実施例1において同定された15アミノ酸長ペプチドの部分を含んでいた。この配列の中のより短い8アミノ酸長〜12アミノ酸長ペプチドは、HLA-A2:01との結合を示すと予測されなかった。アミノ酸配列
2017537919.tif 000020
を含有しているもう一つの13アミノ酸長ペプチドは、およそ3000nMの予測解離定数を有する極めて低い結合親和性を有すると予測された。2個のドメインの間のジャンクションを架橋する残りの断片は、いずれも、このアッセイによって、HLA-A2:01に対する結合親和性を示すと予測されなかった（全てが、5000nMよりはるかに大きく、ほとんどのケースにおいて、14,000nmより高いかまたは20,000nM以上の予測解離定数を有していた）。HLA-A2:01と結合すると予測されたペプチドの各々において、2個のジャンクションにかかる残基（VK）は、いずれも、それ自体、アンカー残基であると予測されず；むしろ、そのようなペプチドは、隣接しない位置にこれらの残基を含有していた。
【０３９２】
膜貫通ドメインに由来する配列のみを含有しているペプチドのうちのおよそ15種は、5000nM未満のHLA-A2:01に対する解離定数を有すると予測された。共刺激ドメインに由来する配列のみを含有している2種のペプチドは、5000nM未満のHLA-A2:01結合についての解離定数を有すると予測された。査定された配列の共刺激ドメインおよび膜貫通ドメインは、一般にヒト対象に対して免疫原性である可能性がより低い、内在性ヒト配列に由来する。例えば、実施例1に記載された研究において、CARのこれらのドメインのいずれかの中のペプチド配列に特異的な免疫応答は検出されなかった。従って、ジャンクション領域にかかる配列を含有しているペプチドのバリアントを査定した。
【０３９３】
HLA-A2:01に対する低下した結合親和性および/またはこのHLA対立遺伝子を有するヒト対象における低下した免疫原性を有すると予測されるバリアントペプチドを生成するため、SEQ ID NO:6に示された配列と比較して、ジャンクション領域に変異を含有しているバリアント配列を、インシリコで生成した。（非アンカー位置に）ジャンクションにかかる「VK」残基を含有しているペプチドは、HLA-A2:01に対する高い結合親和性を示すと予測されたため、CD28膜貫通ドメインと4-1BB共刺激ドメインとの間のジャンクションに2個のアスパラギン残基を挿入した。バリアントは、（SEQ ID NO:13に示された）配列
2017537919.tif 000021
（アスパラギン残基の挿入によって生成されたジャンクションに隣接する配列は、下線で示される）を含有していた。SEQ ID NO:13の例示的なバリアント配列を、同一の予測法によって査定した。このバリアント配列について予測結合親和性を査定するため、SEQ ID NO:13に示された配列の8〜14アミノ酸の一連の154種のオーバーラップする断片を、前記のようなインシリコ分析によって査定した。35種のペプチドは膜貫通部分の配列のみを有し、35種のペプチドは共刺激ドメイン部分の配列のみを有し、84種のペプチドは挿入されたアスパラギン残基の一方または両方を含むドメインを架橋するアミノ酸を含有しているジャンクション領域配列を含有していた。
【０３９４】
結果は図3に示される。示されるように、全体として、ジャンクションを含有しているバリアント領域の中のオーバーラップペプチドのHLA-A2:01結合親和性は、集合的に、非バリアント配列と比較して、実質的に低下していた。具体的には、免疫原性であると以前に予測されたジャンクション領域の部分におけるペプチドのHLA-A2:01との結合についての予測解離定数は、実質的に低下していた。例えば、それぞれSEQ ID NO:10および11に示される同定されたペプチドと比較して、改変された隣接残基を含むペプチドバリアント
2017537919.tif 000022
は、HLA-A2:01との検出可能な結合親和性を示さないと予測された。2種の14アミノ酸ペプチド
2017537919.tif 000023
は、1000nM〜5000nMの範囲内の極めて低い結合親和性を示すこのHLAとの結合についての解離定数を示すと予測された。修飾されたジャンクション領域配列を含有している他の全てのペプチドは、5000nMより大きく、大部分のケースにおいて、14,000nMより高いかまたは20,000nM以上の解離定数を示すと予測され、従って、この査定によってHLA-A2:01に対する結合親和性を示すと予測されなかった。さらに、ジャンクション領域配列の修飾は、共刺激ドメインまたは膜貫通ドメインの領域の中に、HLA-A2:01に対するより高い結合親和性を有すると予測される新しいペプチドを作出しなかった。
【０３９５】
実施例5：抗CD19 CARによって以前に処置された対象への抗CD22 CAR発現細胞の投与
再発性/難治性CD22+B細胞急性リンパ芽球性白血病（ALL）を有する6人の対象へ、抗CD22キメラ抗原受容体（CAR）を発現する自己T細胞を投与した。CARは、ヒト抗CD22 scFv抗体、CD8α膜貫通ドメイン、4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、およびCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメインを含んでいた。
【０３９６】
全ての対象が、少なくとも1種の先の同種造血幹細胞移植を以前に受けたことがあり、かつ様々なCD19に対するCAR-T細胞治療のうちの1種による処置を受けたことがあった。対象のうちの5人は、CD19が検出されない（「CD19陰性」）ALLを再発しており、それ以外の1人の対象は、先のCD19 CAR療法に対する非応答者であった。
【０３９７】
表3は、処置された患者の特徴を要約する。
【０３９８】
（表３）患者の特徴
2017537919.tif 000024
HCT：造血細胞移植
【０３９９】
細胞の投与の前に、患者は、末梢血単核細胞（PBMC）を採集するための自己白血球アフェレーシスを受けた。CD3発現についてのイムノアフィニティに基づく濃縮によって、採集されたPBMCからT細胞を単離し、抗CD3/CD28ビーズの存在下で培養した後、抗CD22 CARをコードするレンチウイルスベクターによって形質導入した。細胞を7〜10日間培養した。対象は、-4日目、-3日目、および-2日目に、25mg/m2フルダラビンによる導入化学療法を受け、-2日目に900mg/m2シクロホスファミドを受けた（0日目に細胞注入）。各患者は、静脈注射によって、レシピエントの体重1kg当たり3×105個の形質導入T細胞の最初のCAR T細胞用量を受けた。登録された2番目の対象が、用量規制毒性（DLT）の基準を満たすグレード3の下痢を発症したため、全部で6人の対象を処置するため、最初の用量レベルで用量拡大を行った。その後、この用量でDLTは見られなかった。2人の対象が、グレード1のサイトカイン放出症候群（CRS）を発症し、1人の対象が、グレード2のCRSを発症し、2人の対象において、CRSは存在しなかった。
【０４００】
末梢血、骨髄、または脳脊髄液におけるCAR-T細胞の数を、CD22-Fcと共に細胞をインキュベートすることによって、処置後のいくつかの時点で決定した。増大が観察された患者については、約7日目から、末梢血、骨髄、および脳脊髄液において、CAR-T細胞増大の証拠が見られた。最大またはピークのCAR-T細胞増大は、一般に、注入後、約12日目〜約15日目に観察された。表7は、処置された対象についての各試料における全T細胞に対する百分率としての、この査定期間に観察された抗CD22 CAR-T細胞の最大またはピークに対する百分率を示す。注入後28日目（+/-4日）に臨床的な応答を評価した。
【０４０１】
表4に示されるように、結果は、CAR-T細胞増大の程度と一般に相関している応答と一致していた。CAR-T細胞の増大を示さないかまたは低い増大を示した3人の対象は、疾患進行の証拠も示した。2人の他の対象は安定（stable disease）を有し、1人はMRDを伴わない完全寛解を有することが観察された。この対象において、フローサイトメトリーによるCAR持続は、注入後47日目まで検出され、注入後3ヶ月間、寛解が維持された。結果は、抗CD19 CAR療法を以前に受けたことがあり（例えば、エピトープ/抗原喪失のため、非応答性になった）対象における、安全で、実現可能で、臨床的に活性な抗CD22 CAR T細胞療法を証明している。
【０４０２】
（表４）処置応答
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PB：末梢血；CSF：脳脊髄液；CRS：サイトカイン放出症候群；PD：進行（progressive disease）：MRD：微小残存病変；CR：完全寛解；SD：安定。
【０４０３】
本発明は、本発明の個々の局面の例示に過ぎないものとして意図される本明細書に開示された態様によって、その範囲を制限されず、機能的に等価である任意のものが、本発明の範囲に含まれる。本明細書に記載されたものに加えて、本発明のモデルおよび方法に対する様々な修飾が、上記の説明および教示から、当業者に明白になり、同様に、本発明の範囲に含まれることが意図される。そのような修飾またはその他の態様は、本発明の真の範囲および本旨を逸脱することなく実施され得る。
【０４０４】
（表５）配列
2017537919.tif 000026
2017537919.tif 000027
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2017537919.tif 000032
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【図１】
2017537919.tif 000035
【図２】
2017537919.tif 000036
【図３】
2017537919.tif 000037
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
2017537919000001.app
【国際調査報告】
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