(57)【要約】造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）後、早期の類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）の危険性がある対象を評価するためのバイオマーカーパネルが開示される。具体的には、本開示は、ＳＯＳを予後判断、診断、および／または治療するためのＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１のうちの１つまたは複数の使用に関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍形成性のサプレッサー２（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含む診断バイオマーカーパネル。
【請求項２】
Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含む予後バイオマーカーパネル。
【請求項３】
造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象における類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）を診断するまたは診断を助ける方法であって、
前記対象からの生物試料においてＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を、前記対象から取得される前記生物試料を前記バイオマーカーに特異的に結合する特異的な結合因子と接触させることにより測定するステップであって、前記特異的な結合因子が前記バイオマーカーとの複合体を形成するステップと、
前記因子−バイオマーカー複合体を検出し、それによって前記バイオマーカー発現レベルを判定するステップであって、対照から取得される生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルがＳＯＳを示すステップと
を含む方法。
【請求項４】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日目に取得される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から７日目に取得される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から１４日目に取得される、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から２１日目に取得される、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記特異的な結合因子が、核酸、抗体、受容体、およびレクチンからなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項９】
前記生物試料が、全血および血漿からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項１０】
前記特異的な結合因子−バイオマーカー複合体を検出するステップが、マイクロアレイ解析、免疫測定法、免疫組織化学法、および質量分析法からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項１１】
前記測定するステップが、前記生物試料を腫瘍形成性のサプレッサー２（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含むバイオマーカーパネルと接触させるステップを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象における類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）の予後を判断するまたは予後の判断を助ける方法であって、
前記対象からの生物試料においてＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を、前記対象から取得される前記生物試料を前記バイオマーカーに特異的に結合する特異的な結合因子と接触させることにより測定するステップであって、前記特異的な結合因子が前記バイオマーカーとの複合体を形成するステップと、
前記因子−バイオマーカー複合体を検出し、それによって前記バイオマーカー発現レベルを判定するステップであって、対照から取得される生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルがＳＯＳを有する対象に関する予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項１３】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日目に取得される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から７日目に取得される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から１４日目に取得される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記生物試料が、ＨＳＣＴから０日から２１日目に取得される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記特異的な結合因子が、核酸、抗体、受容体、およびレクチンからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
前記生物試料が、全血、血漿および血清からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記特異的な結合因子−バイオマーカー複合体を検出するステップが、マイクロアレイ解析、免疫測定法、免疫組織化学法、および質量分析法からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
前記測定するステップが、前記生物試料をＬ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含むバイオマーカーパネルと接触させるステップを含む、請求項１２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、その全体が参照により本明細書に援用される、２０１４年１０月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／０６９，３９４号の優先権を主張する。
【０００２】
連邦政府による資金提供を受けた研究開発の記載
本発明は、国立衛生研究所によって授与されたＨＤ０７１５９８、ＨＬ１０１１０２、およびＣＡ１６８８１４の下で政府支援により成された。政府は、本発明に関して一定の権利を有する。
【０００３】
本開示は、一般には対象の造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）後、早期の類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）の危険性を評価するためのバイオマーカーに関する。具体的には、本開示は、ＳＯＳ（静脈閉塞性疾患（ＶＯＤ）とも呼ばれる）の予後を判断する、診断する、および／または治療するためのバイオマーカーパネルとしてのＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−Ｆｉｃｏｌｉｎ、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の使用に関する。本開示は、ＳＯＳの発病率および重症度を最小化するための先制介入のための本バイオマーカーパネルの使用をさらに対象とする。
【背景技術】
【０００４】
造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）は、遺伝による障害および血液系腫瘍を有する多くの患者にとって場合によっては命を救う治療である。しかしながら、その実用性は、類洞閉塞症候群（ＳＯＳ、静脈閉塞性疾患（ＶＯＤ）の最近好まれる名称であり、幹細胞移植または化学療法後に発生する）を含めた、深刻な有害事象の危険性によって妨げられる。全体的な発病率および重症度は近年低下しているものの、ＳＯＳは、いまだに重症例において８０％より高い死亡率を有する生命に関わる肝臓損傷合併症でありこれは一部の施設において最大２０％の同種ＨＳＣＴ受容者に影響する。ＳＯＳは、化学療法または放射線が全身性炎症および特に肝腺房の類洞内皮細胞への組織損傷の両方を誘発する場合に強化化学療法後にも発生し得る。さらに、ＳＯＳは、ある種の環境下でのゲムツズマブオゾガマイシンならびにタクロリムスおよびシロリムスの併用などの薬物の使用後にも発生し得る。
【０００５】
ＳＯＳの病因は、サイトカイン放出、内皮損傷、止血活性化、およびグルタチオン経路を介した肝薬物解毒に関与し、複雑である。肝細胞壊死、線維症、および血管閉塞は、最終的に肝不全、肝腎症候群、多臓器不全、および死に繋がる。ＳＯＳを有する患者は、原因不明の体重増加および腹水症ならびに、より重症な例においては、体液過剰に起因する呼吸困難、ビリルビン値上昇、および重症例における右上腹部痛の旧知の３徴を示し得る。しかしながら、症状は、重症度がより低い例においては変わり得る。したがって、ＨＳＣＴ後の腹痛および体重増加の原因は、診断上の困難を与える。ＳＯＳは典型的には、ＨＳＣＴ後第１週から第３週の間に発生するが、より遅く発生することがあり、かつしばしば特に子供における体重増加および呼吸困難の他の原因（例えば、サイトカインストーム症候群および特発性肺炎症候群）または腹痛および黄疸の他の原因（例えば、消化管または肝臓の移植片対宿主病）と臨床的に区別不能である。ＳＯＳの診断は、肝機能不全および体重増加の異なる程度を測定する２つの臨床的尺度（ボルチモア（非特許文献１）およびシアトル（非特許文献２））に従って評価され、かつ類洞流の逆転を示す、腹部超音波が診断を確認するために一般的に使用される。しかしながら、これらの臨床基準および類洞流の逆転は、疾患の病状における後期事象であり、かつこの現象の超音波検査は、標準化されておらずかつ技師に依存する実践によって変動する。組織学的評価は、それらの肝生検での出血合併症に関する危険性の増加が原因でこれらの患者における診断を確認するために日常的には行われていない。
【０００６】
ＳＯＳを診断するための臨床基準の使用に関する一般協定はあるが、Ｂｅａｒｍａｎの尺度（非特許文献３）を超える疾患重症度に関する適した分類体系に関して最終的な合意には達していない。その結果として、重症のＳＯＳの診断は、多臓器不全および高死亡率と関連している。
【０００７】
米国においてＳＯＳ治療のために承認されている薬剤は無いが、治験薬デフィブロタイドは、いくつかの臨床試験において最も有望な結果を示しておりかつＳＯＳの治療に関して欧州連合において承認されている。デフィブロタイドは、線維素溶解性および血管内皮の保護効果を備えた多分散系のオリゴヌクレオチドである。しかしながら、デフィブロタイド療法での治療は、疾患経過における後期に与えられた場合に重大な危険性、特に重症の出血を抱える。したがって、ＳＯＳの早期かつ正確な診断のための非侵襲性の方法が緊急に必要とされる。
【０００８】
さらに、いくつかの可能性があるＳＯＳのためのバイオマーカーが仮説駆動型試験に基づいて特定されているが、ＳＯＳのために有効な血液試験はまだない。したがって、ＨＳＣＴ後の早期にＳＯＳを診断および予後を判断することにおける使用のための非侵襲性バイオマーカーを特定する必要性が存在する。これらの方法がＳＯＳの発病率および重症度を最小化するための先制介入を提供するために使用され得る場合はさらに有利であろう。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｊｏｎｅｓ  ＲＪら著、「Ｖｅｎｏｏｃｃｌｕｓｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｌｉｖｅｒ  ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ  ｂｏｎｅ  ｍａｒｒｏｗ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ」、Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ、１９８７年：４４（６）：７７８〜７８３）
【非特許文献２】Ｓｈｕｌｍａｎ  ＨＭら著、「Ｈｅｐａｔｉｃ  ｖｅｎｏ−ｏｃｃｌｕｓｉｏｎ  ｄｉｓｅａｓｅ-ｌｉｖｅｒ  ｔｏｘｉｃｉｔｙ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ａｆｔｅｒ  ｂｏｎｅ  ｍａｒｒｏｗ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ」、Ｂｏｎｅ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ、１９９２年：１０（３）：１９７〜２１４
【非特許文献３】Ｂｅａｒｍａｎ  ＳＩら著、「Ｖｅｎｏｏｃｃｌｕｓｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｌｉｖｅｒ：ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ｆａｔａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ａｆｔｅｒ  ｍａｒｒｏｗ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ」、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．１９９３年：１１（９）：１７２９〜１７３６
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
一態様において、本開示は、腫瘍形成性のサプレッサー２（ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｉｃｉｔｙ  ２）（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含む診断バイオマーカーパネルを対象とする。
【００１１】
別の態様において、本開示は、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含む予後バイオマーカーパネルを対象とする。
【００１２】
別の態様において、本開示は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象における類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）を診断するまたは診断を助ける方法を対象とする。方法は、特異的な結合因子がバイオマーカーとの複合体を形成する、特異的にバイオマーカーに結合する特異的な結合因子と対象から得られる生物試料を接触させることによってＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を対象からの生物試料において測定すること、ならびに因子−バイオマーカー複合体を検出すること、それによって対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルがＳＯＳを示す、バイオマーカー発現レベルを判定することを含む。
【００１３】
別の態様において、本開示は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象における類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）の予後を判断するまたは予後の判断を助ける方法を対象とする。方法は、特異的な結合因子がバイオマーカーとの複合体を形成する、特異的にバイオマーカーに結合する特異的な結合因子と対象から得られる生物試料を接触させることによってＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を対象からの生物試料において測定すること、ならびに因子−バイオマーカー複合体を検出すること、それによって対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルがＳＯＳを有する対象における生存期間中央値と比較して短縮した生存期間に関する予後を示し、かつ対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して低下したバイオマーカー発現レベルにおける生存期間中央値と比較して増加した生存期間に関する予後を示す、バイオマーカー発現レベルを判定することを含む。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】下記の実施例において用いられるプロテオミクス解析のフロー図を描く。
【図２】図２Ａ〜２Ｈは、最高ＡＵＣ（０．９１〜０．７０）によるＳＯＳの８つの診断バイオマーカーを描く。
【図３】５つの最良ＳＯＳ診断マーカー（ＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１）に関する個々のＲＯＣ曲線と比較した複合物ＲＯＣ曲線を描く。
【図４】図４Ａ〜４Ｃは、ＨＳＣＴ後の異なる時間（０日、７日、およびＳＯＳ発症）において測定したＳＯＳマーカーの曲線を描く。
【図５】図５Ａ〜Ｃは、実施例３において分析されたような母集団混合効果（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｍｉｘｅｄ  ｅｆｆｅｃｔ）アプローチによってモデル化されたような訓練セットにおけるＬ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の軌道を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図６】図６Ａ〜６Ｃは、ＨＳＣＴ前および後の異なる時間（−７日、０日、７日、および１４日）において測定したＳＯＳマーカーの曲線を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図７】図７Ａ〜７Ｃは、実施例４において分析されたような母集団混合効果（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｍｉｘｅｄ  ｅｆｆｅｃｔ）アプローチによってモデル化されたような独立セットにおけるＬ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の軌道を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図８】実施例５において用いられるようなＳＯＳ予後のためのモデル化戦略を描く。
【図９】予後バイオマーカーモデルに基づいた先制的ＳＯＳ試行を描く。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
腫瘍形成性のサプレッサー２（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）は、ＳＯＳを診断するためのバイオマーカーパネルにおいて用いてよいことが本明細書において発見されている。さらに、一実施形態において、バイオマーカーパネルは、ＳＯＳ臨床症状の発病率および重症度を最小化するため、およびそれによって生存期間を増加するための先制介入の好機を提供するために用いてよい。本開示はさらに、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けたまたは受けている対象においてＳＯＳを予後判断、診断および／または治療するためのこれらのバイオマーカーおよびバイオマーカーパネルの使用に関する。
【００１６】
本開示は、任意のパネルまたはデバイスを作成することおよび使用することならびに任意の組み込まれた方法を実行することを含めた、任意の当業者が本発明を実践できるようにするために本発明を開示するための実施例を使用する。本発明の特許を受けられる範囲は、特許請求の範囲によって定義され、かつ当業者が思いつく他の実施例を含み得る。こうした他の実施例は、それらが特許請求の範囲の文言と異ならない構造要素を有する場合、またはそれらが特許請求の範囲の文言とは実質的ではない違いを有する同等の構造要素を含む場合は特許請求の範囲内であることが意図される。
【００１７】
別段の定義がない限り、本明細書で使用される技術、表記および他の科学技術用語の全ての語は、当業者によって一般に理解される本発明が関係する通常の意味を有することが意図される。場合によっては、一般に理解される意味を有する語は、明瞭性のためにおよび／または即時参考のために本明細書において定義され、かつ本明細書におけるこうした定義の包含は、必ずしも当技術分野において一般的に理解されるものに対する実質的な違いを表すと解釈されるべきではない。本明細書において記載または参照されている技術および手順は、例えば、広く利用されているＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ第２編（１９８９年）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．に記載されている分子クローニング方法論など、一般的によく理解されかつ当業者によって従来型の方法論を用いて一般に採用されている。必要に応じて、市販のキットおよび試薬の使用を含む手順は、特に記載のない限り一般的には製造者が規定したプロトコルおよび／またはパラメーターに従って実行される。
【００１８】
Ａ．定義
本明細書で使用する場合、「バイオマーカー」と言う語は、例えば、対象の生物試料において検出され得る、対象の病理学的状態の指標を指す。バイオマーカーには、ＤＮＡに基づく分子マーカー、ＲＮＡに基づく分子マーカー、およびタンパク質に基づく分子マーカーが含まれる。
【００１９】
本明細書で使用する場合、「診断」と言う語は、分子または病理学的状態、疾患または状態の特定または分類を指す。例えば、「診断」は、状態の特定の種類の特定（類洞閉塞症候群（「ＳＯＳ」）など）を指し得る。
【００２０】
本明細書で使用する場合、「診断を助ける」と言う語は、（ＳＯＳなどの）状態の症状の特定の種類の存在、または性質に関する臨床的判断を行うことにおいて手助けする方法を指す。例えば、（ＳＯＳなどの）状態の診断を助ける方法には、個体からの生物試料におけるある種の遺伝子の発現を測定することが含まれ得る。
【００２１】
本明細書で使用する場合、「予後」と言う語は、（ＳＯＳなどの）疾患の危険性またはこうした疾患の進行の程度による患者のカテゴリー化を指すために本明細書で使用される。「予後マーカー」は、疾患発生または進行の危険性の程度によって患者をカテゴリー化するアッセイを指す。
【００２２】
本明細書で使用する場合、「試料」と言う語は、例えば物理的、生化学的、化学的および／または生理学的特性に基づいて、特徴付けられるおよび／または特定される細胞のおよび／または他の分子の存在物を含有する当該の対象から得られるまたは導かれる組成物を指す。例えば、語句「疾患試料」およびその変形は、特徴付けられる細胞のおよび／または分子の存在物を含有することが予期されるまたは知られているであろう当該の対象から得られる任意の試料を指す。「組織」または「細胞試料」は、対象または患者の組織から得られる類似の細胞の集合を指す。組織または細胞試料の原料源は、対象からの血液または任意の血液構成物質（例えば、全血、血漿、血清）であってよい。組織試料は、初代のまたは培養された細胞または細胞株であってもよい。場合によっては、組織または細胞試料は、疾患組織／器官から取得される。組織試料は、防腐剤、抗凝血剤、緩衝液、固定液、栄養分、抗生物質、および同類のものなどの本質的に組織と自然には混合しない化合物を含有し得る。
【００２３】
本明細書で使用する場合、「対照」、「対照コホート」、「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、および「対照組織」という語は、本発明の方法または組成物がその特定のために用いられている疾患または状態に掛かっていないと分かっている、または考えられている原料源から得られる試料、細胞または組織を指す。対照には、１種の対照または複数の対照が含まれ得る。一実施形態において、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、疾患または状態が本発明の組成物または方法を用いて特定されている同一の対象または患者の身体の健康な部分から得られる。一実施形態において、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、疾患または状態が本発明の組成物または方法を用いて特定されている対象または患者ではない個体の身体の健康な部分から得られる。
【００２４】
「抗体」と言う語は、その最も広い意味において用いられかつ具体的には、例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多エピトープ特異性（ｐｏｌｙｅｐｉｔｏｐｉｃ  ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）を有する抗体、一本鎖抗体、多特異性抗体および抗体のフラグメントを範囲に含む。こうした抗体は、キメラ、ヒト化、ヒトおよび合成であってよい。
【００２５】
「対象」と言う語は、本明細書において「患者」と区別なく用いられて治療される個体を指す。対象は、哺乳動物（例えば、ヒト、非ヒト霊長類、ラット、マウス、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコなど）である。対象は、臨床患者、臨床試験ボランティア、実験動物などであってよい。対象は、（ＳＯＳなどの）状態を有する疑いがあるまたは有する危険性があるあるいは（ＳＯＳなどの）状態を有すると診断されていてよい。対象は、ＳＯＳを有する疑いまたは有する危険性があってもよい。一実施形態によれば、本発明に従って治療される対象は、ヒトである。
【００２６】
本明細書で使用する場合、「治療すること」、「治療」および「軽減」は、目的が、標的とされる病理学的状態または障害を予防するまたは遅らせる（減らす）あるいは障害の症状の一部を緩和することである、尺度を指す。治療の必要がある者には、既に障害を有する者ならびに障害を有する傾向がある者、障害を有する危険性がある者および障害が予防される者が含まれ得る。
【００２７】
「高い発現レベル」および「高いレベル」は、対象またはＳＯＳを患っていない対象などの、対照と比較して増加した患者（例えば、ＳＯＳを有する疑いのあるまたは有すると診断された患者）におけるｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を指す。
【００２８】
Ｂ．予後判断の方法
一実施形態において、本開示は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象における類洞閉塞症候群（ＳＯＳ）の予後を判断するまたは予後の判断を助ける方法を対象とする。方法は、対象から生物試料を取得すること、特異的な結合因子がバイオマーカーとの複合体を形成する、特異的にバイオマーカーに結合する特異的な結合因子と対象から得られる生物試料を接触させることによってＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を対象からの生物試料において測定すること、ならびに因子−バイオマーカー複合体を検出すること、それによって対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルが、ＳＯＳを有する対象における生存期間中央値と比較して短縮した生存期間に関する予後を示し、かつ対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して低下したバイオマーカー発現レベルが、ＳＯＳを有する対象における生存期間中央値と比較して増加した生存期間に関する予後を示す、バイオマーカー発現レベルを判定することを含む。
【００２９】
特異的な結合因子は、核酸、抗体、受容体、およびレクチンから選択してよい。
【００３０】
試料は、肝臓組織、全血、血漿および血清から選択してよい。
【００３１】
一部の実施形態において、測定のステップには、生物試料をＬ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含むバイオマーカーパネルと接触させることが含まれる。
【００３２】
特異的な結合因子−バイオマーカー複合体は、例えば、マイクロアレイ解析、免疫測定法、免疫組織化学法、および質量分析法などの、当業者に既知の方法を用いて検出してよい。代表的な免疫測定法には、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡが含まれる。
【００３３】
本開示の方法において用いられるバイオマーカーパネルは、ＨＳＣＴ後の早期にＳＯＳの予後を判断するために用いてよいことが有利に分かっている。具体的には、一部の実施形態において、方法は、ＨＳＣＴと同日にＳＯＳの予後を判断するために用いてよい。他の実施形態において、予後は、ＨＳＣＴから１週間、２週間、または３週間で行ってよい。したがって、ＳＯＳの予後を判断する方法には、ＨＳＣＴから０日目から７日目に試料を取得すること、ＨＳＣＴから０日目から１４日に試料を取得すること、およびＨＳＣＴから０日目から２１日目に試料を取得することを含めて、ＨＳＣＴから０日目に生物試料を取得することが含まれ得る。
【００３４】
Ｃ．診断の方法
別の実施形態において、本開示は、対象、具体的には造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）を受けている対象におけるＳＯＳを診断するための方法を対象とする。方法は、特異的な結合因子がバイオマーカーとの複合体を形成する、特異的にバイオマーカーに結合する特異的な結合因子と対象から得られる生物試料を接触させることによってＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現を対象からの生物試料において測定すること、ならびに因子−バイオマーカー複合体を検出すること、それによって対照から得られる生物試料から得られるバイオマーカー発現と比較して高いバイオマーカー発現レベルがＳＯＳを示す、バイオマーカー発現レベルを判定することを含む。
【００３５】
特異的な結合因子は、核酸、抗体、受容体、およびレクチンから選択してよい。
【００３６】
試料は、全血および血漿から選択してよい。
【００３７】
一部の実施形態において、測定のステップは、生物試料を腫瘍形成性のサプレッサー２（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）および血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）を含むバイオマーカーパネルと接触させることを含む。
【００３８】
特異的な因子−バイオマーカー複合体は、例えば、マイクロアレイ解析、免疫測定法、免疫組織化学法、および質量分析法などの、当業者に既知の方法を用いて検出してよい。代表的な免疫測定法には、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡが含まれる。
【００３９】
本開示の方法において用いられるバイオマーカーパネルは、ＨＳＣＴ後の早期にＳＯＳの診断のために用いてよいことが有利に分かっている。具体的には、一部の実施形態において、方法は、ＨＳＣＴと同日にＳＯＳを診断するために用いてよい。他の実施形態において、診断は、ＨＳＣＴから１週間、２週間、または３週間で行ってよい。したがって、ＳＯＳを診断する方法には、ＨＳＣＴから０日目から７日目に試料を取得すること、ＨＳＣＴから０日目から１４日に試料を取得すること、およびＨＳＣＴから０日目から２１日目に試料を取得することを含めて、ＨＳＣＴから０日目に生物試料を取得することが含まれ得る。
【００４０】
Ｇ．生物試料
本開示の方法において用いられる生物試料は、当業者に既知のある種の方法を用いて取得してよい。生物試料は、脊椎動物、および具体的には、哺乳動物から取得してよい。特定の場合には、生物試料は、全血、血漿、または血清である。こうした人体試料をスクリーニングすることによって、ＳＯＳについての予後または診断を達成してよい。
【００４１】
本開示の種々の方法において用いる場合、「対照」、「対照値」、「参照」および「参照値」という語は、それを特定するために方法または組成物が用いられている状態に掛かっていないと分かっている、または考えられている原料源から得られる「対照試料」、「対照細胞」、および「対照組織」、「参照試料」、「参照細胞」、および「参照組織」から得られる発現レベル値を指す。対照は、対象の生物試料が取得されるのと同時に取得される必要はないことを理解すべきである。したがって、発現レベルに関する対照値は、対象の生物試料または複数の対象の生物試料についての発現レベルの比較のために決定されかつ用いられてよい。
【００４２】
Ｈ．バイオマーカーの検出
タンパク質の発現レベルは、全血、血漿、または血清の試料において検出してよい。種々の免疫測定法を含めた、こうした生物試料におけるタンパク質発現レベルを検出するために種々の方法が、当技術分野において知られている。
【実施例】
【００４３】
材料および方法
Ａ．患者および試料
これらの実施例には３組のＨＳＣＴ患者が含まれた。患者は、ミシガン大学、インディアナ大学、およびバルセロナ大学において治療した。全ての患者または彼らの法定後見人は同意書を提供し、かつＨＳＣＴ後合併症例集に関する調査がミシガン大学、インディアナ大学の治験審査委員会、およびバルセロナ大学、医学部病院（Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｃｌｉｎｉｃ）によって承認された。
【００４４】
ヘパリン化血試料を、ＨＣＴの前または当日、次いで同種ＨＳＣＴ後の２週または４週間に週１回、次いで２か月間に月１回、ならびにＳＯＳと一致する症状の発症を含めた、主要な臨床事象の時に収集した。血漿試料を、機関のガイドラインに従って前向きに収集した。
【００４５】
分析のために、血漿試料を解凍して１２，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離にかけ血漿から血塊を底部におよび脂質を上部に分離した。次いで、それぞれの未希釈血漿試料の１５０μｌのアリコートを、９６ウェルＶ字底プレートにおいて手動のピペット操作によって平板化した。プレートを、パラフィルムで包んで９６時間を超えないプロセスの間ずっと４℃の湿潤チャンバー内に保持した。
【００４６】
Ｂ．プロテオミクス解析
インタクトなタンパク質の分析システムの間の試料調製、タンパク質分留、ＭＳ分析、タンパク質同定、およびタンパク質濃度の定量分析のために用いられる方法は、これまでにＦａｃａ  Ｖ．ら、「Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ａｃｒｙｌａｍｉｄｅ  ｌａｂｅｌｅｄ  ｓｅｒｕｍ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｂｙ  ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ」、Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  Ｒｅｓ．２００６年：５（８）：２００９〜２０１８、Ｆａｃａ  Ｖ．ら、「Ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ  ｔｏ  ｄｅｐｔｈ  ｏｆ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓｅｒｕｍ  ａｎｄ  ｐｌａｓｍａ  ｐｒｏｔｅｏｍｅｓ」、Ｊ  Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  Ｒｅｓ．２００７年：６（９）：３５５８〜３５６５、およびＰａｃｚｅｓｎｙ  Ｓ．ら、「Ｅｌａｆｉｎ  ｉｓ  ａ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒ  ｏｆ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｈｏｓｔ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓｋｉｎ」、Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２０１０年：２（１３）：１３ｒａ１２において報告されている。これらの実施例において用いたＭＳに基づいたプロテオミクスのアプローチを、図１に例示する。
【００４７】
Ｃ．免疫測定法
腫瘍形成性のサプレッサー２（ＳＴ２）、アンジオポエチン２（ＡＮＧ２）、Ｌ−フィコリン、ヒアルロン酸（ＨＡ）、血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）、組織メタロプロテアーゼ阻害物質１（ＴＩＭＰ１）、トロンボモジュリン（ｓＣＤ１４１）、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ１）、プラスミノーゲン活性化因子阻害因子−１（ＰＡＩ−１）、ヴォンヴィレブランド因子（ｖＷＦ）、およびＣＤ９７濃度を、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって測定した。これらのＥＬＩＳＡのために用いた抗体対は、以下の通りであった：抗ＳＴ２（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、ミネソタ州、ミネアポリス）、抗ＡＮＧ２（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、抗Ｌ−フィコリン（Ｈｙｃｕｌｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、ペンシルベニア州、プリマスミーティング）、抗ＨＡ（Ｃｏｒｇｅｎｉｘ、コロラド州、ブルームフィールド）、抗ＶＣＡＭ１（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、抗ＴＩＭＰ１（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、抗トロンボモジュリン（Ｄｉａｃｌｏｎｅ、フランス、ブザンソン）、抗ＩＣＡＭ１（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、抗ＰＡＩ−１（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カリフォルニア州、サンディエゴ）、抗ｖＷＦ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ、コネチカット州、スタンフォード）、および抗ＣＤ９７（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）。
【００４８】
捕捉抗体を再構成して製造者の仕様書に従って希釈またはプレコートしたプレートを製造者の推奨する通りに用いた。次いで、５０μｌの希釈した抗体を、９６ウェル高結合ハーフウェルプレートのウェルに加え、次いでこれを密閉して一晩インキュベートした。翌日、補足抗体を含有する試験プレートを洗い特異的な製造者推奨のブロッキング緩衝液でブロックした。さらなる洗浄ステップの後、血漿試料（表１に列挙した希釈）の５０μｌまたは１００μｌのアリコートを、複製してＥＬＩＳＡ試験プレートに加えた。さらに、異なる濃度（表１を参照）の再構成した標準の５０μｌまたは１００μｌのアリコートを、製造者のプロトコルに従って８点標準曲線の調製のために複製して加えた。試料および標準溶液の追加後、プレートを密閉してプレート回転装置上で３００ｒｐｍで室温で２時間インキュベートした。ＥＬＩＳＡを、それぞれの標的に特異的なビオチン化検出抗体その後ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）酵素およびＨＲＰ基質を加えることによって完了した。それぞれのウェルの光学密度を、４５０〜５７０ｎｍに設定したプレートリーダーを用いて読み取った。ＥＬＩＳＡを、複製してかつ連続的に実行した。
【００４９】
【表１】
2017534870.tif 000002
【００５０】
Ｄ．統計的分析
ＩＰＡＳのために用いた統計的方法は、Ｆａｃａ  Ｖ．ら、Ｊ  Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  Ｒｅｓ．２００６年：５（８）：２００９〜２０１８、Ｆａｃａ  Ｖ．ら、Ｊ  Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  Ｒｅｓ．２００７年：  ６（９）：３５５８〜３５６５、およびＰａｃｚｅｓｎｙ  Ｓ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２０１０年：２（１３）：１３ｒａ１２において以前に記述されている。患者群の間の特性の差異を、連続値についてのクラスカル−ウォリス検定およびカテゴリー値についての相関のカイ二乗検定で評価した。発見および検証セット（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｓｅｔ）における個々の試料からのタンパク質濃度を、２標本Ｔ検定を用いて比較した。曲線下の受診者動作特性（ＲＯＣ）面積（ＡＵＣ）を、ノンパラメトリックに概算した。ＲＯＣ曲線は、マーカーの全ての可能なレベルについてのｘ軸上の偽陽性率およびｙ軸上の真陽性率のプロットである。完璧な試験は、１００％の真陽性および偽陽性が無いことを実証する直角であるＲＯＣ曲線を有するであろう。この場合、対応する曲線下の面積（ＡＵＣ）は、１に等しくなる。無作為試験は、全て真陽性に対して１つの偽陽性があることを意味する０．５のＡＵＣを有するであろう。ＳＯＳ−患者とＳＯＳ＋患者との間のＨＣＴ前、０日目、＋７日目、および＋１４日目の中心値のバイオマーカーレベルにおける差異を、ウィルコクソンの順位和検定を用いて評価した。さらに、バイオマーカー軌道における差異を、モデリングアプローチを用いて経時的に検査した。
【００５１】
Ｅ．予後のベイジアンモデリング
ＨＣＴ当日の３つのプロテオミクスバイオマーカー（Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１）の血漿濃度を、ＳＯＳ発症の将来の発生についてのそれらの予後性能を評価するために用いた。分析における臨床特性には、年齢、性別、ドナーの種類（血縁または非血縁）、ドナーの一致（一致または不一致）、移植期間（２００５年以前または２００５年より後）、移植数（１または＞１）、前処置レジメン（化学療法のみまたは放射線照射との併用）、前処置におけるブスルファン（１６ｍｇ／ｋｇ）使用（はいまたはいいえ）、および前処置におけるシクロホスファミド使用（はい（ｙｅｓ）またはいいえ（ｎｏ））も含まれた。血漿タンパク濃度および臨床特性を、ＳＯＳ発症の予後のための属性として用いた。単純ベイズ分類器は、その単純性および高分類性能が理由でＳＯＳ発症予後のために選択した。１０倍交差検証を、過剰訓練、予断、および／または人為的結果を回避するために用いた。この単純ベイズ分類器は、Ｗａｉｋａｔｏ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓソフトウェアｖ３．６．１０で開発された。
【００５２】
実施例１
本実施例では、プロテオミクス解析を、２０人のＳＯＳを有する患者からプールした血漿を、ＳＯＳを有さない２０人の患者からプールした血漿と比較するために行った。患者の臨床特性を、表２に示す。
【００５３】
【表２−１】
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【００５４】
【表２−２】
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【００５５】
同定および定量化した４９４種のタンパク質のうち、１５１種のタンパク質が、重／軽同位体比の少なくとも２倍の増加を示し、かつ７７種のタンパク質が、０．５以下の重−軽同位体比を示した（完全な一覧については表３を参照）。同定したタンパク質から、さらなる分析のために６のタンパク質、Ｌ−フィコリン、ＶＣＡＭ１、ＴＩＭＰ１、ｖＷＦ、およびＣＤ９７を選択した。これらのタンパク質は、重／軽同位体比における少なくとも２倍の増加または減少の観察およびＳＯＳの病因に関与する可能性があるネットワークにおけるそれらの関与に基づいて選択した。さらに、５つの内皮細胞マーカー（ＳＴ２、ＡＮＧ２、ＨＡ、トロンボモジュリン、およびＰＡＩ−１）を、ＳＯＳにおけるそれらの関与に基づいて分析した。
【００５６】
【表３−１】
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【００５７】
【表３−２】
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【００５８】
【表３−３】
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【００５９】
【表３−４】
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【００６０】
【表３−５】
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【００６１】
【表３−６】
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【００６２】
【表３−７】
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【００６３】
【表３−８】
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【００６４】
【表３−９】
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【００６５】
【表３−１０】
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【００６６】
【表３−１１】
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【００６７】
【表３−１２】
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【００６８】
【表３−１３】
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【００６９】
【表３−１４】
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【００７０】
【表３−１５】
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【００７１】
実施例２
本実施例では、実施例１において特定したバイオマーカーを、４５人の患者の検証セット（疾患発症時の３２人のＳＯＳ患者（ＨＳＣＴ後＋１４から＋２１日））からおよび１３回一致した対照からシーケンシャルＥＬＩＳＡ（ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ  ＥＬＩＳＡ）を用いて血漿においてさらに分析した。
【００７２】
本検証セットにおける患者の臨床特性を、表１に記載する。さらに、ＳＯＳ発症の時に採取したＳＯＳ＋患者からの診断試料を用いかつＳＯＳ−患者からの試料を、両方の試料の群が取得の時間に従って均衡するように選択した。本訓練コホートにおける患者の臨床特性を、表１に記載する。ＳＯＳ−およびＳＯＳ＋群は、年齢、原発性疾患、ドナーの種類（血縁対非血縁）、ドナーの一致、および前処置レジメンの強度（全て、ほとんどが最高の１６ｍｇ／ｋｇのブスルファンを４日間または全身照射を受ける最大強度）について均衡した。患者の９０％より多くは、標準継続時間のメトトレキサートおよびタクロリムス（またはシクロスポリン）のＧＶＨＤ予防法を受けた。ＳＯＳの診断バイオマーカーとしてのこれらのタンパク質の値を、２標本Ｔ検定を用いてかつマーカーの全ての可能なレベルについての偽陽性率および真陽性率を表すＲＯＣのＡＵＣを計算することによって分析した。
【００７３】
ＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、ＶＣＡＭ１、ＴＩＭＰ１、ｓＣＤ１４１、ＩＣＡＭ１、およびＰＡＩ−１を、＜０．００１から０．０４の範囲のｐ値および０．９１から０．７０のＡＵＣを有するＳＯＳの診断バイオマーカーとして特定した（図２Ａ〜２Ｈ）。マーカーＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の複合物ＲＯＣは、０．９８のＡＵＣを有した（９５％信頼区間、０．９４〜１．００、図３）。バイオマーカーパネルへのＴＩＭＰ１、トロンボモジュリン、およびＩＣＡＭ１の追加は、このＡＵＣ値を改善しなかった（データは示さず）。ＳＴ２は、急性ＧＶＨＤの発病と関係があることが示されているので、訓練および独立コホートにおけるその予後値を評価した。これらの２つのコホートにおいて、ＳＯＳ患者の約４５％が後日ＧＶＨＤを発病した（それぞれ、訓練および独立コホートにおけるＳＯＳについて３３および２１対１１および９の発症までの日数の中心値）。ＨＣＴの１４日後（この時ほぼ全てのＳＯＳ患者が既にＳＯＳの臨床的兆候が発生している）におけるＳＴ２血漿濃度は、ＳＯＳ＋ＧＶＨＤ−群とＳＯＳ＋ＧＶＨＤ＋群との間で違いが無く、ＳＯＳ症例に関しては、ＳＴ２がＳＯＳの診断マーカーでありかつこれは将来のＧＶＨＤに関するその予後値よりも重要であることを意味する。
【００７４】
実施例３
本実施例では、実施例２において特定されたバイオマーカーの予後的意義を、臨床的兆候の提示前（ＨＳＣＴ後０日および＋７日）に測定したタンパク質レベルのウィルコクソンの順位和分析を用いて分析した。３つの診断バイオマーカーも、臨床的兆候が現れる前の予後徴候であることを判定し（Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１；ＡＵＣ：０．８３〜０．６９）、かつＨＣＴ当日のバイオマーカー値に対応するＡＵＣ値は、０．８４から０．７０の間であった（図４Ａ〜４Ｃ）。これらのバイオマーカーの軌道のモデリングは、ＳＯＳ−群とＳＯＳ＋群との間で有意差を示した（図５Ａ〜５Ｃ）。これらの結果は、先天性免疫応答、ミトコンドリアのクリアランス、および肝臓の類洞内皮細胞における白血球−内皮細胞接着のバイオマーカーが、ＳＯＳの臨床的兆候より前に変更されかつＨＳＣＴ当日（０日）に早くも検出され得ることを示した。
【００７５】
実施例４
本実施例では、実施例３において予後バイオマーカーとして特定された３つのバイオマーカー（Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１）を、インディアナ大学ＨＳＣＴバイオバンクからの３５人の患者（１３人のＳＯＳを有する患者、２２人のＳＯＳを有さない患者）の独立セットにおける予後バイオマーカーとして検証した。これらのバイオマーカーの予後的意義を、臨床的兆候の前（０日、ＨＳＣＴ後＋７日、およびＨＳＣＴ後＋１４日）に測定したそれらの血漿レベルのウィルコクソンの順位和分析を用いて分析した。さらに、移植前に測定したこれらのマーカーの血漿レベルは、差異を示さず前処置レジメン（すなわち、その移植片のために対象を調製するための強化化学療法＋／−全身照射）が０日目に見られるレベルを説明することを示唆する。具体的には、前処置レジメンは、−７日（前試料（すなわち、前処置レジメンの前に採取された試料））から−１日までに行われる。０日目に、ドナー細胞を、移植片を注入する前に注入した。したがって、−７日の試料と０日目の試料との間の唯一の差異は、前処置レジメンである。
【００７６】
このより小さいセットにおいて、Ｌ−フィコリンは早くも移植当日に０．８８のＡＵＣを有する強い予後マーカーを残した。注目すべきことに、３つのマーカーが、１４日目（発症の中間の日）において高度に有意であった（図６Ａ〜６Ｃを参照）。
【００７７】
Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１を、次いでＳＯＳの予後マーカーとしてＳＯＳの臨床的兆候の出現前に採取した試料で試験した。Ｌ−フィコリンおよびＨＡは、本独立コホートにおいてＨＣＴ当日に早くもＳＯＳに関する危険性で患者の層別化もした（図６Ａ〜６Ｃ）。これらのバイオマーカー軌道のモデリングは、Ｌ−フィコリンおよびＨＡについてＳＯＳ＋群とＳＯＳ−群との間の有意差を示したがＶＣＡＭ１については示さなかった（図７Ａ〜７Ｃ）。特に、本コホートにおけるほとんどの患者について、０日目および７日目の試料に加えて、前処置前に収集した試料が含まれ、かつ移植前に測定したＬ−フィコリン、およびＨＡの血漿レベルは、ＳＯＳ−群とＳＯＳ＋群との間で差が無かった。したがって、これらの結果は、これらのバイオマーカーのレベルが、それらがＨＣＴ当日に早くも検出され得るので、前処置レジメンの間およびＳＯＳの臨床的兆候の出現前に変更されたことを強く示唆する。
【００７８】
実施例５
本実施例では、Ｗａｉｋａｔｏ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＷＥＫＡ）に実装された単純ベイズ分類器を、２４人の患者（１１人のＳＯＳ−、１３人のＳＯＳ＋）の均衡したサブセットに基づくＳＯＳ予後のために開発した。分類器性能を、１０倍交差検証を行うことによって評価した。
【００７９】
単純ベイズは、確率のベイズの規則に基づいたアルゴリズムである。単純ベイズは、結果の正確な予測の確率を最大化するために全ての属性を組み合わせる。単純ベイズは、それぞれの属性の確率を計算し次いでそれらを掛けることによって機能する。
【００８０】
Ｉｎｆｏｇａｉｎは、それぞれの属性を、結果に関してのそれらの情報利得を計算することによって別個に評価する属性選択アルゴリズムである。
【００８１】
１０倍交差検証：データセットを１０倍に分割する手法。それぞれの倍数（ｆｏｌｄ）はモデルを試験または検証するために提供され余りはモデルを学習または構築するために使用される。
【００８２】
両方のモデルで用いられているモデリング戦略（図８を参照）：
１）最も有益な属性の選択をもたらす１０倍交差検証でのｉｎｆｏｇａｉｎアルゴリズム。
２）最終予測の生成をもたらす１０倍交差検証での単純ベイズモデル。
【００８３】
試験した属性は、
１）ＶＣＡＭ−１、Ｌ−フィコリン、ＨＡ（０日目および勾配）
２）ＳＯＳ発症時の年齢
３）性別
４）ドナーの種類（血縁（ＲＤ）、非血縁（ＵＲＤ））
５）一致（はい、いいえ）
６）移植期間（≦２００５＝０、＞２００５＝１）
７）総移植中の移植数（１＝０、２以上＝１）
８）前処置レジメン：
ａ．ＴＢＩ包含
ｂ．ブスルファン包含
ｃ．シクロホスファミド包含
であった。
【００８４】
患者の３つの異なる群を評価した。
１）サブセット１は、一部の０日目バイオマーカー情報が欠けている物を含む不均衡なデータセット（８人のＳＯＳ−対２０人のＳＯＳ＋）であった、
２）サブセット２は、完全な臨床およびバイオマーカー情報を含む均衡したデータセット（１１人のＳＯＳ−対１３人のＳＯＳ＋）であった、および
３）サブセット３は、一部の０日目バイオマーカー情報が欠けている物を含む均衡したデータセット（２１人のＳＯＳ−対２０人のＳＯＳ＋）であった。
【００８５】
欠けている属性情報がない均衡したサブセット２を、予後モデルを構築するために選択した。この選択は、試験した３つのサブセットとそれらの対応するＲＯＣ  ＡＵＣとの間で正確な予後を比較する結果に基づいた（表４）。
【００８６】
【表４】
2017534870.tif 000020
【００８７】
このセットにおける患者の臨床特性を、表５に示す。
【００８８】
【表５】
2017534870.tif 000021
【００８９】
モデルを、臨床特性の追加ありおよびなしで０日目のバイオマーカーの血漿濃度を用いて評価した。表６は、選択したデータサブセットを用いるモデル構築の結果（正確な予後ならびに偽陰性および陽性）を示す。正確な予後は、臨床属性（ＲＯＣ  ＡＵＣ＝０．９０）に加えて０日目の血漿バイオマーカー濃度を用いて患者の８３．３％において達成された。
【００９０】
【表６】
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【００９１】
ｉｎｆｏｇａｉｎの結果（表７）は、全ての群において０日目のバイオマーカーまたはバイオマーカー勾配が最良のｉｎｆｏｇａｉｎを提供したことを示した。
【００９２】
【表７】
2017534870.tif 000023
【００９３】
実施例６
本実施例では、バイオマーカーの診断および予後値を、インディアナ大学ＨＳＣＴバイオバンクからの１６人の患者（６人のＳＯＳを有する患者、１０人のＳＯＳを有さない患者）の独立前向きセットにおいて分析した。この独立セットにおける患者の基本および臨床特性を、表８に示す。小さい試料サイズにもかかわらず、結果はさらにＳＯＳの診断マーカー（それぞれ、ＡＵＣ：０．８３および０．７５）および予後マーカーとしてＬ−フィコリンおよびＨＡを検証した。
【００９４】
【表８】
2017534870.tif 000024
【００９５】
前述の実施例に基づいて、初めて、同種のＨＳＣＴを受けている患者からの血漿試料におけるＳＯＳのバイオマーカーが特定された。ＳＯＳ診断に（すなわち、信頼できる、ＳＯＳの非侵襲的診断のためのバイオマーカーパネルを表す（ＡＵＣ＝０．９８））ＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１と共に）使用できるバイオマーカーのパネルを特定することに加えて、早ければＨＳＣＴ当日にでも、臨床的兆候が出現する前にＳＯＳを発病する危険性を評価するために使用できる３つのバイオマーカーのパネル（Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１）を特定した。Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１は、早ければＨＳＣＴ当日にＳＯＳの危険性で患者を層別化することができ、これは可能性のある先制介入を含めた治療の意義を有する。Ｌ−フィコリンの作用の反応機構は、鬱血および内皮損傷に関連するもの以外のＳＯＳにおける経路に影響を与える。
【００９６】
これらの結果は、ＳＯＳが血漿におけるバイオマーカーのパネルに基づいて診断されかつ早ければ患者におけるＨＳＣ注入当日に予測され得ることを実証する。特定されたマーカーは、鬱血および内皮損傷に関与することが疑われる経路、ならびに先天性免疫性およびミトコンドリアの恒常的クリアランスに関連した新規の経路を含めた、いくつかの経路を表す。バイオマーカーパネルを用いる分析は、ＳＯＳ臨床症状の発病率および重症度を最小化するための先制介入を提供し、かつそれによって生存期間を増加する。
【００９７】
ベイジアンモデリングの考察
ベイジアンモデリングは、多数の可能性があるネットワークモデルを無作為に生成することとデータに最も良く適合する合意モデルを選択するために統計的手法を用いることとによる分子相互作用の間の因果関係を推論する。したがって、これらの方法は、先行知識とデータとの間のトレードオフの均衡を取る。ベイジアンモデルは、より公平なアプローチで患者をＳＯＳについて危険性で層別化するために予後バイオマーカーパネルの値を裏付けるために開発された。本開示において特定されたバイオマーカーの高感受性および特異性は、それらをリアルタイム臨床試験および早期臨床介入のために有用なものにする。
【００９８】
提案されるＳＯＳ先制臨床研究を、図９に示す。バイオマーカー中断は、臨床的兆候の提示前にＳＯＳを発病することについての低危険性または高危険性において患者を危険性で層別化するために用いてよい。低危険性患者は、先制介入を受けないが、一方で高危険性患者は、標準のＳＯＳ介入（デフィブロタイド）を受けるかまたは介入を受けないことが無作為化されるであろう。無作為化した高危険性群からの結果の比較は、先制介入が、開発されたバイオマーカーパネルに従って特定された高危険性患者におけるＳＯＳの発病率を低下させるかどうかを示すであろう。期待されるのは、無症状のＳＯＳが早期治療によって効果的に管理され得ることである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【手続補正書】
【提出日】平成29年6月20日(2017.6.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、それらの全体が参照により明確に本明細書に援用される、２０１４年１０月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／０６９，３９４号の優先権を主張する、２０１５年１０月２６日に出願された国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０５７３９３の優先権を主張する。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
【図１】下記の実施例において用いられるプロテオミクス解析のフロー図を描く。
【図２】図２Ａ〜２Ｈは、最高ＡＵＣ（０．９１〜０．７０）によるＳＯＳの８つの診断バイオマーカーを描く。
【図３】５つの最良ＳＯＳ診断マーカー（ＳＴ２、ＡＮＧ２、Ｌ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１）に関する個々のＲＯＣ曲線と比較した複合物ＲＯＣ曲線を描く。
【図４】図４Ａ〜４Ｃは、ＨＳＣＴ後の異なる時間（０日、７日、およびＳＯＳ発症）において測定したＳＯＳマーカーの曲線を描く。
【図５】図５Ａ〜５Ｃは、実施例３において分析されたような母集団混合効果（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｍｉｘｅｄ  ｅｆｆｅｃｔ）アプローチによってモデル化されたような訓練セットにおけるＬ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の軌道を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図６】図６Ａ〜６Ｃは、ＨＳＣＴ前および後の異なる時間（−７日、０日、７日、および１４日）において測定したＳＯＳマーカーの曲線を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図７】図７Ａ〜７Ｃは、実施例４において分析されたような母集団混合効果（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｍｉｘｅｄ  ｅｆｆｅｃｔ）アプローチによってモデル化されたような独立セットにおけるＬ−フィコリン、ＨＡ、およびＶＣＡＭ１の軌道を描く。２つの群の軌道と比較したｐ値を有する各バイオマーカーの母集団中心値が示される。
【図８】実施例５において用いられるようなＳＯＳ予後のためのモデル化戦略を描く。
【図９】予後バイオマーカーモデルに基づいた先制的ＳＯＳ試行を描く。
【国際調査報告】
2017534870.tif 000034