(57)【要約】免疫療法に対する癌応答の分子決定因子が記載されており、また免疫療法に応答する可能性が高い癌を同定及び／または特徴決定するためのシステム及びツールも記載されている。本発明は、癌免疫療法に対する好ましい応答の可能性を予測することができるという発見を包含する。本発明はさらに、癌細胞が非自己として、患者の免疫系によって認識できるネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）をもたらす体細胞変異を保有し得るという発見を含む。癌サンプル中の１つまたは複数のネオエピトープの同定は、どの癌患者が免疫療法に、特に免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好ましく応答する可能性が高いかを判定するのに有用である。2017504324.tif 000029
2017504324.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ；及び
前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の候補として同定するステップ
を含む、方法。
【請求項２】
前記検出するステップが、前記癌サンプル由来の１つまたは複数のエクソームを配列決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記体細胞変異が、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
変異を有さない対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記体細胞変異が、体細胞変異を有さない同じ細胞型において発現していない四量体を含むネオエピトープを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ネオエピトープが、感染性病原体とコンセンサス配列を共有する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記四量体が、表１に示されるものから選択される配列である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記癌が黒色腫であるかまたは黒色腫を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｄｅａｔｈ  １）（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ−３）（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（Ｂ−  ａｎｄ  Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ）（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ａｎｄ  ｍｕｃｉｎ  ｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ３）（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記抗体がイピルミマブ（ｉｐｉｌｕｍｉｍａｂ）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記対象にイピルミマブを投与するステップをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ；及び
前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の不十分な候補として同定するステップ
を含む、方法。
【請求項１７】
前記対象が、免疫チェックポイントモジュレーターを投与された場合に１つまたは複数の自己免疫性合併症を患う可能性が高いとして同定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記自己免疫性合併症が甲状腺機能低下症である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
表１からの四量体を含むネオエピトープを含む体細胞変異を含む癌を対象が有すると判定するステップ、及び
前記対象のために、免疫チェックポイントモジュレーターを含む癌治療を選択するステップ
を含む、方法。
【請求項２０】
前記癌が黒色腫を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記抗体がイピルミマブである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると以前に同定された対象を、免疫チェックポイントモジュレーターで治療する方法。
【請求項２８】
前記癌が黒色腫を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記免疫チェックポイントモジュレーターが抗体作用物質である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記抗体がイピルミマブである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記対象が以前に癌治療法で治療されていない、請求項２７に記載の方法。
【請求項３４】
前記対象が以前に癌免疫治療法で治療されていない、請求項２７に記載の方法。
【請求項３５】
免疫チェックポイントモジュレーターによる癌治療の有効性を改善する方法であって、
前記治療を受けることについて、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象を選択するステップ
を含む、方法。
【請求項３６】
免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すことによって癌を治療する方法における、
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、前記療法を施すステップ
を含む改善。
【請求項３７】
癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を治療する方法であって、
Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すステップ
を含む、方法。
【請求項３８】
前記癌が黒色腫であるかまたは黒色腫を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
免疫チェックポイントモジュレーター療法に関する応答シグネチャーを定義する方法であって、
その存在が免疫チェックポイントモジュレーター療法に対する共通応答特徴に関連または相関する遺伝子配列要素が、比較によって定義されるように、前記共通応答特徴を共有するサンプルを含む第１の複数の腫瘍サンプル由来の遺伝子配列情報を、第１のセットのサンプルに対して前記共通応答特徴を共有しないがその他の点では同等であるサンプルを含む第２の複数の腫瘍サンプルから得られた遺伝子配列情報と比較するステップ；及び
定義された前記遺伝子配列要素のいずれがネオエピトープを生成するかを判定するステップ；及び
前記ネオエピトープの存在を前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義するステップ
を含む、方法。
【請求項４０】
前記ネオエピトープのいずれがペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させるかを判定するステップ
をさらに含み、
前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義する前記ステップが、前記シグネチャーとして、ペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させると判定された前記ネオエピトープの少なくとも１つを定義することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記共通応答特徴に関するシグネチャーとして定義する前記ステップが、前記シグネチャーとして、ペプチド−ＭＨＣ結合強度を変化させると判定された前記ネオエピトープのセットを定義することを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記ネオエピトープが四量体であるかまたは四量体を含む、請求項３９〜４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記ネオエピトープが、表１に記載の四量体であるか、または表１に記載の四量体を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記ネオエピトープのセットが、表１に記載の複数のネオエピトープを含むか、または表１に記載の複数のネオエピトープからなる、請求項４４に記載の方法。
それは複数の腫瘍サンプルを分析する共通応答特徴を共有しないので、本発明者らは、腫瘍を分析し、かつ、全エクソーム配列決定を使用して血液ＤＮＡとマッチさせた。発見セットでは、少なくとも１０×深度までカバーされた９０％超の標的配列、及び１０３×の平均エクソームカバレッジ（図５）を用いて、６．４ＧＢのマッピングされた配列を作製した。サンプルの間での広範囲の変異負荷（図２Ａ及び２Ｂ）、及び再発変異（図６Ａ）は、文献と一致していた。
本発明者らは、患者に特異的なＨＬＡ型を使用して、体細胞ネオエピトープのサブセットがペプチド−ＭＨＣ結合の強度を変えるかどうかを試験した。本発明者らは最初に、全野生型ペプチドに対する全変異体ペプチドの全体的な抗原性傾向を比較した。興味深いことに、全体として、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性でＭＨＣクラスＩに結合することが予測された（図１０Ａ及び１０Ｂ）。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１４年１月２日出願された米国仮特許出願番号６１／９２３，１８３；２０１４年１０月２０日に出願された米国仮特許出願番号６２／０６６，０３４；及び２０１４年１０月３０日に出願された米国仮特許出願番号６２／０７２，８９３、のそれぞれに優先権を主張し、それぞれの全内容は、参照により本明細書に組込まれる。
【背景技術】
【０００２】
背景
癌免疫療法は、患者の免疫系による癌細胞の攻撃を含む。Ｔリンパ球の調節及び活性化は、Ｔ細胞受容体によるシグナル伝達、及び活性化のために正または負のシグナルを送達する受容体の共シグナル伝達にも依存する。Ｔ細胞による免疫応答は、免疫チェックポイントと呼ばれる、共刺激シグナルと阻害シグナルのバランスによって制御される。
【０００３】
免疫チェックポイント阻害剤を用いた免疫療法は、癌治療に革命を起こしている。例えば、特定の黒色腫患者においては、抗ＣＴＬＡ４抗体及び抗ＰＤ１抗体は、転移性の設定における長期疾患制御のための顕著な機会を提供する。
【発明の概要】
【０００４】
概要
本発明は、癌免疫療法に対する好ましい応答の可能性を予測することができるという発見を包含する。本発明はさらに、癌細胞が非自己として、患者の免疫系によって認識できるネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）をもたらす体細胞変異を保有し得るという発見を含む。癌サンプル中の１つまたは複数のネオエピトープの同定は、どの癌患者が免疫療法に、特に免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好ましく応答する可能性が高いかを判定するのに有用である。
【０００５】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に応答する可能性が高い対象を同定するための方法を提供する。
【０００６】
いくつかの実施形態では、その方法は、対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出するステップ、及び前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の候補として同定するステップを含む。いくつかの実施形態では、対象は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好適に応答する可能性が高いと同定される。
【０００７】
いくつかの実施形態では、体細胞変異を検出することは、癌サンプル由来の１つまたは複数のエクソームを配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、変異を有さない対応するエピトープと比較して、ネオエピトープは、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する。
【０００９】
いくつかの実施形態では、体細胞変異は、体細胞変異を有さない同じ細胞型において発現していない四量体を含むネオエピトープを含む。
【００１０】
いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、感染性病原体とコンセンサス配列を共有する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、細菌とコンセンサス配列を共有する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ウイルスとコンセンサス配列を共有する。
【００１１】
いくつかの実施形態では、体細胞変異は、表１の四量体を含むネオエピトープを含む。
【００１２】
いくつかの実施形態では、癌サンプルは、黒色腫であるかまたは黒色腫を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、１つまたは複数の細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｄｅａｔｈ  １）（ＰＤ−１）もしくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子−３（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ−３）（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（Ｂ−  ａｎｄ  Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ）（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ａｎｄ  ｍｕｃｉｎ  ｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ３）（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組合せと相互作用する。
【００１４】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、抗体もしくはその抗原結合断片であるか、または抗体もしくはその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターはイピルミマブ（ｉｐｉｌｕｍｉｍａｂ）である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターはトレメリムマブであるかまたはトレメリムマブを含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターはニボルマブであるかまたはニボルマブを含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターはランブロリズマブであるかまたはランブロリズマブを含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターはペンブロリズマブであるかまたはペンブロリズマブを含む。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に応答する可能性が高いと同定するため方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、以前に癌免疫治療法で治療されていない対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に応答する可能性が高いと同定するための方法を提供する。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象由来の癌サンプルにおける体細胞変異を検出し、かつ前記対象を免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の不十分な候補として同定するための方法を提供する。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターを投与された場合に１つまたは複数の自己免疫性合併症を患う可能性が高いとして対象を同定するための方法を提供する。
【００１８】
いくつかの実施形態では、自己免疫性合併症は、腸炎、肝炎、皮膚炎（中毒性表皮壊死症を含む）、神経障害及び／または内分泌障害であるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、自己免疫性合併症は甲状腺機能低下症であるか、または甲状腺機能低下症を含む。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象が、表１からの四量体を含むネオエピトープを含む体細胞変異を含む癌を有すると判定し、かつ前記対象のために、免疫チェックポイントモジュレーターを含む癌治療を選択するための方法を提供する。
【００２０】
いくつかの実施形態では、本発明は、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると以前に同定された対象を、免疫チェックポイントモジュレーターで治療するための方法を提供する。
【００２１】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる癌治療の有効性を改善するための方法であって、前記治療を受けることについて、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象を選択するステップを含む、方法を提供する。
【００２２】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターを投与することによって癌を治療する方法に対する改善を提供し、ここで改善は、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、療法を施すことを含む。いくつかの実施形態では、長期的な臨床的有用性は、ＣＴＬＡ−４遮断（例えば、イピリムマブまたはトレメリムマブを介して）治療後に観察される。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本発明は、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を治療するための方法であって、Ｔ細胞によって認識されるネオエピトープを含む１つまたは複数の体細胞変異を伴う癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイントモジュレーター療法を施すステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、癌は黒色腫である。いくつかの実施形態では、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
添付の図面は、例示のみを目的として提示され、限定することを意図するものではない。
（図１）図１（図１Ａ〜１Ｃから構成される）は、療法からの長期的な臨床的有用性を示した患者（図１Ａ、１／２／２０１１及び８／２６／２０１３）；（図１Ｂ、９／６／２０１１及び１／１４／２０１３）並びに有用性なし／進行性疾患を有する患者（図１Ｃ、８／１３／２００９及び１／９／２０１０）からの治療前後のスキャンの対を示す。
（図２）図２（図２Ａ〜２Ｉから構成される）は、イピリムマブ治療からの異なる臨床的有用性を示す患者からの腫瘍の変異状況を示す。図２Ａは、臨床的有用性によって分類される変異負荷（エクソーム1個あたりの非同義変異の数）を示す。図２Ｂは、イピリムマブからの変異負荷と有用性の関係を示す。ＬＢ、長期的な臨床的有用性グループ；ＮＢ、最少の有用性または有用性なしのグループ；Ｐ＝０．０１（長期的な臨床的有用性を示す患者と示さない患者間の中央値変異負荷の差に対するマンホイットニー両側ｔ検定比較中央値）。図２Ｃは、臨床サブグループによる遷移（Ｔｉ）とトランスバージョン（Ｔｖ）の割合を示す。図２Ｄは、発見と検証のセットにおけるヌクレオチド変化を示す。変異スペクトルは、以前の黒色腫遺伝子の研究と一致する。１９図２Ｅは、発見セットにおいてエクソーム1個あたり１００個（ログランク検定でＰ＝０．０４１）超または未満の非同義コーディング変異を有する患者に対する全体的な生存率のカプランマイヤー曲線を描いている。図２Ｆは、イピリムマブからの変異負荷と有用性の関係を示す。ＬＢ、長期的なの臨床的有用性グループ；ＮＢ、最少の有用性または有用性なしのグループ；Ｐ＝０．０１（長期的な臨床的有用性を示す患者と示さない患者間の中央値変異負荷の差に対するマンホイットニー両側ｔ検定比較中央値）。図２Ｇは、発見セットにおいてエクソーム1個あたり１００個（ログランク検定でＰ＝０．０４１）超または未満の非同義コーディング変異を有する患者に対する全体的な生存率のカプランマイヤー曲線を描いている。図２Ｈは、検証セットにおいてエクソーム1個あたり１００個（ログランク検定でＰ＝０．０１０）超または未満の非同義コーディング変異を有する患者に対する全体的な生存率のカプランマイヤー曲線を描いている。図２Ｉは、臨床サブグループによる遷移（Ｔｉ）とトランスバージョン（Ｔｖ）の割合を示す。
（図３）図３（図３Ａ〜３Ｈから構成される）は、ネオエピトープシグネチャーがイピリムマブに臨床的有用性を定義することを示す。補足方法で説明されるように、候補ネオエピトープは、変異解析により同定した。図３Ａは、発見セット（ｎ＝２５）において長期的な臨床的有用性を示す患者（ＬＢ）または最少の臨床的有用性もしくは臨床的有用性なしの患者（ＮＢ）によって共有される候補テトラペプチドネオエピトープのヒートマップを示す。各行は、ネオエピトープを表わす。赤い線は、応答に関連するテトラペプチドシグネチャーを示す。それらが発生する正確なテトラペプチド、染色体遺伝子座、並びに野生型及び変異九量体は、表４及び図１９に記載されている。図３Ｂは、検証セット（Ｎ＝１５）に対する同じ情報を示す。図３Ｃは、単離された非応答性の腫瘍を除き、ネオエピトープシグネチャー正（青線）または負（赤線）によって、発見セットに対するカプランマイヤー曲線を示す。シグネチャーを有する患者対シグネチャーを有さない患者のログランク検定によりＰ＜０．０００１。図３Ｄは、検証セットに対する同じデータを示す。ログランクによりｐ＝０．０４９。図３Ｅは、発見セット（ｎ＝２５）において長期的な臨床的有用性を示す患者（ＬＢ）または最少の臨床的有用性もしくは臨床的有用性なしの患者（ＮＢ）によって共有される候補テトラペプチドネオエピトープのヒートマップを示す。各行は、ネオエピトープを表わす。赤い線は、応答に関連したテトラペプチドシグネチャーを示す。それらが発生する正確なテトラペプチド、染色体遺伝子座、並びに野生型及び変異九量体は、表４及び図１９に記載されている。図３Ｆは、検証セット（ｎ＝１５）に対する同じ情報を示す。図３Ｇは、単離された非応答性の腫瘍を除き、ネオエピトープシグネチャー正（青線）または負（赤線）によって、発見セットに対するカプランマイヤー曲線を示す。シグネチャーを有する患者対シグネチャーを有さない患者のログランク検定によりＰ＜０．０００１。図３Ｈは、検証セットに対するデータを示す。ログランクによりＰ＝０．０４９。
（図４）図４（図４Ａ〜４Ｆから構成される）は、ネオエピトープがイピリムマブ治療された患者由来のＴ細胞を活性化することを示す。図４Ａは、ゲノム位置の関数としてのネオエピトープの生成の多様性を示す。３つの代表的なＬＢの患者由来のネオエピトープが、ゲノム位置の関数としてプロットされている。シグネチャーにおける候補ネオエピトープは、異なる遺伝子によって生成され得る。ネオエピトープの染色体位置がｘ軸に沿ってプロットされている。ピークの高さは、発見と検証のセットにおいて、何人の患者がそのアミノ酸配列を共有しているかを示す。図４Ｂは、トキソプラズマ原虫のテトラペプチドサブストリングの例を示す。それぞれの場合において、変異を含む九量体が結合すると予測され、患者特異的ＨＬＡによって提示される。図４Ｃは、ＴＥＳＰＦＥＱＨＩ対野生型ペプチドＴＫＳＰＦＥＱＨＩに対する多官能性Ｔ細胞応答を示す。図４Ｄは、ＴＥＳＰＦＥＱＨＩ対野生型ペプチドＴＫＳＰＦＥＱＨＩに対する二重陽性（ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−α）ＣＤ８＋  Ｔ細胞応答並びに経時ＩＦＮ−γ＋  Ｔ細胞の増加を示す。図４Ｅは、ＧＬＥＲＥＧＦＴＦ対野生型ペプチドＧＬＥＲＧＧＦＴＦする二重陽性（ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−α）ＣＤ８＋  Ｔ細胞応答を示し、ベースラインに対する、イピリムマブによる治療開始後２４週のペプチド特異的Ｔ細胞の増加を示す。図４Ｆは、ヒトサイトメガロウイルス前初期エピトープのテトラペプチドサブストリングの例を示す。それぞれの場合において、変異を含む九量体が結合すると予測され、患者特異的ＨＬＡによって提示される。
（図５）図５は発見セットに関する解析パイプラインを示しており、ここで、１０×以下の範囲の変異は除外し、３５×未満の範囲の候補を統合ゲノミクスビューア（ＩＧＶ）を使用して手動でレビューした。
（図６）図６は（図６Ａ〜６Ｄから構成される）、各臨床サブグループにおいて最も一般的に変異した遺伝子の代表的なリストを示す。候補変異は、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ配列決定法またはＭｉＳｅｑなどの直交配列決定法により検証した。図６Ａは、発見と検証のセットにおいて反復的に変異した遺伝子の代表的なリストを示す。図６Ｂは、発見と検証のセットにおけるサンプル全体の変異型の分布を示す。図６Ｃは、発見と検証のセットで反復的に変異した遺伝子の代表的なリストを示す。図６Ｄは、発見と検証のセットにおけるサンプル全体の変異型の分布を示す。
（図７）図７（図７Ａ〜７Ｆから構成される）は、長期的な有用性の患者及び最少の有用性または有用性なしの患者に対するドライバーと変異負荷を示す。図７Ａは、発見セット内の各臨床グループの腫瘍における公知の黒色腫ドライバー遺伝子の変異の発生を示す。図７Ｂは、検証セットの各臨床グループの腫瘍における公知の黒色腫ドライバー遺伝子の変異を示す。図７Ｃは、検証セットのサンプル1個あたりのエクソンミスセンス変異の数を示す。図７Ｄは、検証セットのサンプル1個あたりのエクソンミスセンス変異の中央値の比較を示す。図７Ｅは、疾患のＸ線証拠なし（ＮＥＤ）、６ヶ月超の疾患の制御（１人を除くすべての患者で進行中）、６ヶ月未満の疾患の制御、及び応答なし（ＮＲ）の患者のサブグループの変異負荷を示す。ＮＥＤを有する患者と応答がない患者間の差に対しＰ＝０．０３（マンホイットニー両側ｔ検定比較中央値）。図７Ｆは、疾患の証拠となるＸ線写真なし（ＮＥＤ）、６ヶ月超の疾患の制御（１人を除くすべての患者で進行中）、６ヶ月未満の疾患の制御、及び応答なし（ＮＲ）の患者のサブグループの変異負荷を示す。ＮＥＤを有する患者と応答がない患者間の差に対しＰ＝０．０３（マンホイットニー両側ｔ検定比較中央値）。
（図８）図８は、ネオエピトープ解析パイプラインを示す。すべてのステップは、予測された野生型及び変異に対して実行される。ＭＨＣクラスＩ予測はＮｅｔＭＨＣｖ３．４及び／またはＲＡＮＫＰＥＰによる。ＨＬＡ特異的アミノ酸をマスクするＩＥＤＢプログラムによるＴ細胞免疫原性予測（ｈｔｔｐ：／／ｔｏｏｌｓ．ｉｍｍｕｎｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ／）。
（図９）図９（図９Ａ〜９Ｃから構成される）は、治療前後の発見セットの患者からの代表的なスキャンを示す。図９Ａは、疾患のＸ線証拠のない１人の患者からの２つの部位（５／１／０８と５／３０／１３）を示す。図９Ｂは、６ヶ月超の臨床的有用性を示す患者からのスキャンを示す。トップは９／６／１１と１／１４／１３からである。ボトムは９／１９／０７と１／１５／０９からである。図９Ｃは、療法に対する応答がない患者からのスキャンを示す。トップは５／２７／１０と１２／２１／１０からである。ボトムは３／３／１１と１１／１８／１１からである。
（図１０）図１０（図１０Ａ〜１０Ｋから構成される）は、ペプチド解析、発見及び検証を示す。図１０Ａは、発見セット内のすべてのサンプルにわたって示し、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりもＭＨＣクラスＩに結合する可能性が高い。図１０Ｂは、検証セット内のすべてのサンプルにわたって示し、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりもＭＨＣクラスＩに結合する可能性が高い。図１０Ｃ及び１０Ｄは、ＬＢとＮＢグループにおける共通のテトラペプチド中のアミノ酸の頻度を示す。各文字の高さは、その位置で所定のアミノ酸の頻度を反映する。位置３及び４のフェニルアラニン（Ｆ）は、ＮＢグループでは見られない。図１０Ｅは、そのテトラペプチドが、臨床グループによる、サブストリングを含む公知の抗原を示す。保存されたテトラペプチドネオエピトープは、Ｔ細胞活性化に対するインビトロでの証拠を有する感染性病原体由来の抗原のサブストリングを構成する。図１０Ｆは、ＭＡＲＴ−１及びＥＫＬＳサブストリングを示す。図１０Ｇは、発見セット内のすべてのサンプルにわたって示し、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりもＭＨＣクラスＩに結合する可能性が高い。図１０Ｈは、検証セット内のすべてのサンプルにわたって示し、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりもＭＨＣクラスＩに結合する可能性が高い。図１０Ｉ及び１０Ｊは、ＬＢとＮＢグループにおける共通のテトラペプチド中のアミノ酸の頻度を示す。各文字の高さは、その位置で所定のアミノ酸の頻度を反映する。図１０Ｋは、そのテトラペプチドが、臨床グループによって配置された、サブストリングを含む公知の抗原を示す。保存されたテトラペプチドネオエピトープは、Ｔ細胞活性化に対するインビトロでの証拠を有する感染性病原体由来の抗原のサブストリングを構成する。
（図１１）図１１は、６０週血液サンプルでペプチドプールＡ、Ｂ、及びＣで検出された多官能性のＣＤ８  Ｔ細胞応答を示す。患者ＣＲ１５０９、ＣＲ９６９９及びＣＲ９３０６由来の冷凍ＰＢＭＣを解凍し、方法に記載されるように、ペプチドプールＡ、Ｂ、及びＣでそれぞれ再刺激した。細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）を、以下の条件で１０日目に行った：刺激なし（陰性対照）、ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ、陽性対照）及び対応するペプチドプール。ＣＤ８＋ＩＦＮ−γ＋、ＣＤ８＋ＩＦＮ−γ＋ＴＮＦ−α＋及びＣＤ８＋ＩＦＮ−γ＋ＣＤ１０７ａ＋Ｔ細胞の代表的なドットプロットを、図１１Ａ（患者ＣＲ１５０９用プールＡ）、図１１Ｂ（患者ＣＲ９６９９用プールＢ）及び図１１Ｃ（患者ＣＲ９３０６用プールＣ）に示した。図１１Ｄは、野生型
2017504324.tif 000003
と比較した、変異体ペプチド
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で刺激した場合のパーセントＣＤ８＋ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、ＣＤ−１０７ａ及びＭＩＰ−１βデュアル陽性細胞を示す。
（図１２）図１２は、シグネチャーが、実際のデータの並べ替え、またはシミュレートされたデータセットのいずれかの、異なるデータセットから生じたであろうという帰無仮説を試験するためのシミュレーションのフローチャートを示す。
（図１３）図１３は、変異体ペプチドと野生型ペプチドのいずれも３人の健康なドナーにＣＤ８＋ＩＦＮ−γ応答を誘発しなかったことを示す。
（図１４）図１４は、新抗原の生成がゲノム位置の関数であり得ることを示す。３つの代表的なＬＢの患者由来の新抗原が、ゲノム位置の関数としてプロットされている。シグネチャーにおける候補ネオエピトープが異なる遺伝子で生成されている。ネオエピトープの染色体の位置が、ｘ軸に沿ってプロットされている。ピークの高さは、発見と検証のセットにおいて、何人の患者がそのアミノ酸配列を共有しているかを示す。テトラペプチドは、ゲノム全体の多様な遺伝子の変異によってコードされた。
（図１５）図１５は、検証セットに関するエクソーム解析パイプラインを示す。
（図１６）図１６は、ＬＣＡ（白血球共通抗原）、ＣＤ８、及びＦＯＸＰ３に対して染色した腫瘍生検を示す。図１６Ａによると、臨床的有用性なしのもの（ＮＢ；Ａ〜Ｅ）では、長期的な有用性を示すもの（ＬＢ；Ｆ−Ｊ）に比べて、ＬＣＡ（Ｂ、Ｇ、２００×倍率、矢印先端は陽性細胞をマーク）、ＣＤ８（Ｃ、Ｈ、２００×倍率、矢印先端は陽性細胞をマーク）、またはＦＯＸＰ３（Ｄ、Ｉ、２００×倍率、矢印先端は陽性細胞をマーク）による染色細胞のパーセントに有意差はなかった。ＮＢ患者とＬＢ患者の両方に由来する腫瘍は壊死（Ｅ、Ｊ、１００×倍率）を示し、壊死を示す腫瘍のパーセントはグループ（Ｏ）間で有意に異なる（Ｐ＝０．０３４）が、この知見は、単一の外れ値の包含に依存する（除外される場合Ｐ＝０．６８３）。図１６Ｂによると、ＮＢグループに比べて、ＬＢグループにおけるＣＤ８：ＦＯＸＰ３比（Ｃ）に有意の増加（Ｐ＝０．０２８）がある。ＬＣＡ（白血球共通抗原）はＬＢグループの上位に現れるが、統計的に有意ではない。
（図１７）図１７は、検証セットにおける患者の詳細な特性を示す。
（図１８）図１８は、発見と検証のセットに対する腫瘍1個あたりの非同義エクソンの変異を示す。
（図１９）図１９は、応答シグネチャーにおけるテトラペプチドの状況、遺伝子及び遺伝子座を示す。
（図２０）図２０は、ＴＣＧＡのＲＮＡ−ｓｅｑのデータセットからの応答シグネチャーに存在するテトラペプチドにつながる変異をコードする遺伝子の発現を示す。発現のない腫瘍を除いた後、各遺伝子について平均ＳＥＭ値が示されている。遺伝子がいずれのサンプルでも発現していない場合、ゼロが示されている。
（図２１）図２１は、各患者サンプルに対するサンプル部位、サンプルサイズ、及び生検のタイプを示す。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
定義
本発明がより容易に理解されるために、特定の用語を以下に定義する。当業者は、特定の用語の定義は、本明細書の他の個所に提供されてもよく、かつ／または状況から明らかになるであろうということを認識するであろう。
【００２６】
投与：本明細書で使用される場合、用語「投与」は、対象への組成物の投与を指す。投与は、任意の適切な経路によってもよい。例えば、いくつかの実施形態では、投与は、気管支、（気管支点滴注入によるものを含む）、口腔、経腸、皮膚間、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、経粘膜、経鼻、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管内（気管内注入によるものを含む）、経皮、膣及び硝子体であってもよい。
【００２７】
親和性：当該分野で公知のように、「親和性」は、特定のリガンドがそのパートナーに結合する堅固さの尺度である。親和性は、異なる方法で測定することができる。いくつかの実施形態では、親和性は、定量的アッセイによって測定される。いくつかのそのような実施形態では、結合パートナーの濃度は、生理学的条件を模倣するように、リガンド濃度を超えるように固定し得る。あるいはまたは追加的に、いくつかの実施形態では、結合パートナーの濃度及び／またはリガンド濃度を変化させ得る。いくつかのそのような実施形態では、親和性は、同等の条件（例えば、濃度）下で基準と比較することができる。
【００２８】
アミノ酸：本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸」は、その最も広い意味において、ポリペプチド鎖に組込まれ得る任意の化合物及び／または物質を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は合成アミノ酸であり；いくつかの実施形態では、アミノ酸はｄ−アミノ酸であり；いくつかの実施形態では、アミノ酸はｌ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」は、天然に存在するペプチドに通常見られる２０種標準ｌ−アミノ酸のうちの任意のものを指す。「標準的でないアミノ酸」とは、それが合成的に調製されるかまたは天然の供給源から得られるかにかかわらず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。本明細書で使用される場合、「合成アミノ酸」は、塩、アミノ酸誘導体（アミドなど）及び／または置換体を含むがこれらに限定されない、化学的に修飾されたアミノ酸を包含する。ペプチドにおけるカルボキシ末端及び／またはアミノ末端のアミノ酸を含むアミノ酸は、メチル化、アミド化、アセチル化、保護基、及び／またはそのペプチドの活性に悪影響を及ぼすことなくその循環半減期を変化させ得る他の化学基による置換によって修飾され得る。アミノ酸は、ジスルフィド結合に関与し得る。アミノ酸は、１つまたは複数の化学物質（例えば、メチル基、酢酸基、アセチル基、リン酸基、ホルミル部分、イソプレノイド基、硫酸基、ポリエチレングリコール部分、脂質部分、炭水化物部分、ビオチン部分、など）との会合などの、１つまたは翻訳後の修飾を含み得る。用語「アミノ酸」は、「アミノ酸残基」と交換可能に使用され、遊離アミノ酸及び／またはペプチドのアミノ酸残基を指し得る。その用語が遊離アミノ酸を指すのかまたはペプチドの残基を指すのかは、その用語が使用されている状況から明らかになるであろう。
【００２９】
抗体作用物質：本明細書で使用される場合、用語「抗体作用物質」は、特定の抗原に特異的に結合する作用物質を指す。いくつかの実施形態では、該用語は、特異的結合を付与するのに十分な免疫グロブリン構造要素を有する任意のポリペプチドを包含する。好適な抗体剤としては、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、結合体化抗体（すなわち、他のタンパク質、放射標識、細胞毒素に結合体化または融合された抗体）、小モジュラー免疫薬剤（Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｄｕｌａｒ  ＩｍｍｕｎｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔicals）（「ＳＭＩＰｓ（商標）」）、一本鎖抗体、ラクダ科抗体及び抗体断片が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、用語「抗体剤」は、完全なモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体（例えば、サメの単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはその断片））、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び、それらが所望の生物学的活性を示す限り、抗体断片、も含む。いくつかの実施形態では、該用語は、ステープルされたペプチドを包含する。いくつかの実施形態では、該用語は、１つ以上の抗体様結合ペプチド模倣物を包含する。いくつかの実施形態では、該用語は、１つまたは複数の抗体様結合足場タンパク質を包含する。いくつかの実施形態では、該用語は、モノボディまたはアドネクチンを包含する。多くの実施形態では、抗体剤は、そのアミノ酸配列が当業者によって相補性決定領域（ＣＤＲ）として認識される１つまたは複数の構造要素を含むポリペプチドであるかまたはそれを含む；いくつかの実施形態では、抗体剤は、そのアミノ酸配列が参照抗体に見られるＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲ（例えば、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲ及び／または少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ）を含むポリペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、配列が同一であるかまたは参照ＣＤＲと比較して１〜５個のアミノ酸置換を含むということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、それが、参照ＣＤＲと少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を示すということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、それが、参照ＣＤＲと少なくとも９６％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を示すということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、その含まれるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加または置換されているが、その含まれるＣＤＲは、その他の点では参照ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、含まれるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加または置換されているが、その含まれるＣＤＲが、その他の点では参照ＣＤＲと同一であるアミノ酸配列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、その含まれるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して置換されているが、その含まれるＣＤＲが、その他の点では参照ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれるＣＤＲは、その含まれるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加または置換されているが、その含まれるＣＤＲが、その他の点では参照ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態では、抗体剤は、そのアミノ酸配列が当業者によって免疫グロブリン可変ドメインとして認識される構造要素を含むポリペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態では、抗体剤は、免疫グロブリン結合ドメインと相同であるかまたはほぼ相同である結合ドメインを有するポリペプチドタンパク質である。
【００３０】
抗体ポリペプチド：本明細書で使用される場合、互換的に使用することができる用語「抗体ポリペプチド」または「抗体」または「その抗原結合断片」は、エピトープに結合することができるポリペプチドを指す。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、全長抗体であり、いくつかの実施形態では、全長未満であるが、少なくとも１つの結合部位（抗体「可変領域」の構造を有する少なくとも１つの、好ましくは少なくとも２つの配列を含む）を含む。いくつかの実施形態では、用語「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインと相同であるか、またはほぼ相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質を包含する。特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインと少なくとも９９％の同一性を示す結合ドメインを有するポリペプチドを包含する。いくつかの実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメイン、例えば、参照免疫グロブリン結合ドメインと少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を示す結合ドメインを有する任意のタンパク質である。含まれる「抗体ポリペプチド」は、天然の供給源に見出される抗体のものと同一のアミノ酸配列を有することができる。本発明による抗体ポリペプチドは、例えば、天然の供給源もしくは抗体ライブラリーからの単離、宿主系内での、もしくはこれを用いた組換え生産、化学合成など、またはこれらの組合せを含めた任意の使用可能な手段によって調製することができる。抗体ポリペプチドは、モノクローナルまたはポリクローナルであることができる。抗体ポリペプチドは、ヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥの任意のものを含む任意の免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る。特定の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る。本明細書で使用される場合、用語「抗体ポリペプチド」または「抗体の特徴的な部分」は、互換的に使用され、対象とするエピトープに結合する能力を有する抗体の任意の誘導体を指す。特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、全長抗体の特異的結合能の少なくとも有意の部分を保持する抗体断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ（ａｂ'）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ二重特異性抗体、及びＦｄ断片が挙げられるが、これらに限定されない。あるいはまたは追加的に、抗体断片は、例えば、ジスルフィド連結によって一緒に連結された複数の鎖を含み得る。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト化抗体であり得る。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト化され得る。含有するヒト化抗体ポリペプチドは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最少配列を含有するキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、または抗体ポリペプチド（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ（ａｂ'）２、もしくは抗体の他の抗原結合性部分配列など）であり得る。一般に、ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）に由来する残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）、例えば、マウス、ラット、またはウサギなどのＣＤＲに由来する残基によって置換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）��ある。特定の実施形態では、本発明に従って使用する抗体ポリペプチドは、免疫チェックポイント分子上の特定のエピトープに結合する。
【００３１】
抗原：「抗原」は、抗体が結合する分子または物質である。いくつかの実施形態では、抗原は、ポリペプチドまたはその一部であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、抗原は、抗体によって認識される感染性病原体の一部である。いくつかの実施形態では、抗原は、免疫応答を誘発する作用物質；及び／または（ｉｉ）Ｔ細胞受容体によって結合される（例えば、ＭＨＣ分子によって提示された場合）か、または生物に露出もしくは投与された場合に抗体（例えば、Ｂ細胞によって産生される）に結合する、作用物質である。いくつかの実施形態では、抗原は、生物内に体液性応答を誘発する（例えば、抗原特異的抗体の産生を含む）。あるいはまたは追加的に、いくつかの実施形態では、抗原は、生物内に細胞応答（例えば、受容体が抗原と特異的に相互作用するＴ細胞を含む）を誘発する。当業者によって、特定の抗原は、標的生物種のすべてのメンバーにおいてではなく、標的生物（例えば、マウス、ウサギ、霊長類、ヒト）の１つまたはいくつかのメンバーにおいて、免疫応答を誘発し得ることが、理解されるであろう。いくつかの実施形態では、抗原は、少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の標的生物種のメンバーにおいて免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、抗原は、抗体及び／またはＴ細胞受容体に結合し、並びに生物における特定の生理学的応答を誘導してもしなくてもよい。いくつかの実施形態では、例えば、そのような相互作用がインビボで起るかどうかによらず、抗原はインビトロで抗体に及び／またはＴ細胞受容体に結合することができる。一般に、抗原は、任意の化学物質、例えば、小分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂質、ポリマー［生物学的ポリマー以外（例えば、核酸またはアミノ酸ポリマー以外）のいくつかの実施形態における］など、であり得るかまたはそれらを含み得る。いくつかの実施形態では、抗原はポリペプチドであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、抗原はグリカンであるか、またはそれを含む。当業者は、一般に、抗原は、単離されたまたは純粋な形態で提供され得るか、または、あるいは粗形態（例えば、例えば、抗原含有源の細胞抽出物または他の比較的粗な調製物などの抽出物における、他の材料と一緒に）で提供され得ることを、理解するであろう。いくつかの実施形態では、本発明に従って用いられる抗原は、粗形態で提供される。いくつかの実施形態では、抗原は組換え抗原であるか、またはそれを含む。
【００３２】
およそ：本明細書で使用される場合、１つまたは複数の目的の値に適用される用語「およそ」または「約」は、述べられている参照値に類似の値を指す。特定の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、特に明記されていないかまたは特に状況から明らかでない限り（そのような数が可能性のある値の１００％を超える場合を除き）、述べられている参照値のいずれの方向（超または未満）においても、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％以下に入る値の範囲を指す。
【００３３】
併用療法：用語「併用療法」は、本明細書で使用される場合、対象が同時に両方の薬剤に暴露されるように、２つ以上の異なる剤が重複するレジメンで投与される状況を指す。併用療法で使用される場合、２つ以上の異なる剤は同時にまたは別々に投与され得る。この併用投与は、同じ剤形での２つ以上の剤の同時投与、別個の剤形での同時投与、及び個別投与を含むことができる。すなわち、２つ以上の剤は、同じ剤形で一緒に製剤化することができ、同時に投与することができる。あるいは、別々の製剤で存在する２つ以上の剤を同時に投与することができる。別の代替案では、第１の剤を投与し、すぐ続いて１つまたは複数の追加の剤を投与することができる。別個の投与プロトコルでは、２つ以上の剤は、数分間隔で、または数時間間隔で、または数日間隔で投与され得る。
【００３４】
同等の：用語「同等の」は、得られた結果または観察された事象の比較を可能にするのに、互いに十分類似している２つ（またはそれ以上）のセットの条件、状況、固体または集団を記述するために、本明細書では使用される。いくつかの実施形態では、条件、状況、固体、または集団の同等のセットは、複数の実質的に同一の特徴及び１つまたは少数の変化する特徴を特徴とする。当業者は、異なる条件セットの状況、固体または集団の下で、またはそれらによって得られた結果または観察された事象の差異が、変化するそれらの特徴の変動によって引き起されるかまたはその変動を示唆するという合理的な結論を保証するのに十分な数及びタイプの実質的に同一の特徴を特徴とする場合、状況、固体または集団のセットは互いに同等であることを認識するであろう。当業者は、本明細書中で使用される相対的な言語（例えば、強化された、活性化された、減少した、阻害された、など）は、典型的には、同等の条件下でなされた比較を指すことを認識するであろう。
【００３５】
コンセンサス配列：本明細書で使用される場合、用語「コンセンサス配列」は、生理学的現象（例えば、免疫応答）を誘発または駆動するコア配列を指す。感染性病原体の抗原を有する「コンセンサス配列」を共有する癌細胞は、ＭＨＣ分子に対する抗原の結合親和性（直接またはアロステリックに）影響を与え、及び／またはＴ細胞受容体による認識を容易にするアミノ酸配列の一部を共有することが、当業者によって理解されるべきである。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列はテトラペプチドである。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列はノナペプチドである。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列は、長さが４〜９個の間のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列の長さは９個のアミノ酸より大きい。
【００３６】
診断情報：本明細書で使用される場合、診断情報あるいは診断で使用するための情報は、患者が疾患または病態を有するかどうかを判定すること、及び／あるいは、疾患または病態を、表現型カテゴリー、または疾患もしくは病態の予後、または疾患もしくは病態の治療（一般の治療もしくは任意の特定の治療）に対する可能な応答に関して有意性を有する任意のカテゴリーに分類することにおいて、有用である任意の情報である。同様に、診断は、対象が疾患もしくは病態（癌など）を有する可能性が高いかどうか、対象に顕在化した疾患もしくは病態の状態、病期、もしくは特徴、腫瘍の性質もしくは分類に関する情報、予後に関する情報、及び／または適切な治療の選択に有用な情報を含むがこれらに限定されない、任意のタイプの診断情報を提供することを指す。治療の選択としては、特定の治療（例えば、化学療法）剤、もしくは手術、照射などの他の治療法の選択、療法を保留するか提供するかについての選択、投薬レジメン（例えば、１つもしくは複数の特定の治療用物質または治療用物質の併用の頻度またはレベル）に関する選択などを挙げることができる。
【００３７】
投薬レジメン：「投薬レジメン」（または「治療レジメン」）は、その用語が本明細書で使用される場合、一般に時間の期間で区切られて、対象に個別に投与される単位用量のセット（典型的には複数）である。いくつかの実施形態では、所与の治療用物質は、１つまたは複数の用量を含み得る、推奨される投薬レジメンを有する。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、それぞれが同じ長さの時間期間によって互いに区切られた複数の用量を含む；いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、複数の用量、及び個々の投薬を区切る少なくとも２つの異なる時間を含む。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、患者の集団全体に投与される場合、所望の治療転帰であるか、またはそれと相関していた。
【００３８】
好ましい応答：本明細書で使用される場合、用語、好ましい応答は、疾患の病態生理学における症状の軽減、完全もしくは部分的な寛解、または他の改善を指す。特定の疾患、障害または病態の１つまたは複数の症状が大きさ（例えば、強度、重篤度、など）、及び／または頻度が低下すると症状が軽減される。明確にするために、特定の症状の発症の遅延は、その症状の頻度を低減させる一形態と考えられる。より小さい腫瘍を有する多くの癌患者は症状がない。症状が除去される場合にのみ本発明を限定することは意図していない。本発明は特に、１つまたは複数の症状が、完全に排除されなくても、低減される（及び対象の病態が、それにより「改善される」）ように、治療を意図する。いくつかの実施形態では、好ましい応答は、関連する集団全体に投与されたときに特定の治療レジメンが、統計学的に有意な効果を示す場合に確立され；特定の固体における特定の結果の証拠が必要とされないことがある。従って、いくつかの実施形態では、特定の治療レジメンは、その投与が関連する所望の効果に相関している好ましい応答を有するように決定される。
【００３９】
相同性：本明細書中で使用される場合、用語「相同性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）間及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。いくつかの実施形態において、ポリマー分子は、それらの配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％同一である場合、互いに「相同」であると考えられる。いくつかの実施形態で、ポリマー分子は、それらの配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％類似である場合、互いに「相同」であると考えられる。
【００４０】
同一性：本明細書で使用される場合、用語「同一性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）間及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。例えば、２つの核酸配列のパーセント同一性の計算は、最適な比較目的のための２つの配列をアラインメントさせることによって行うことができる（例えば、最適なアラインメントのために第１及び第２の核酸配列の一つまたは両方にギャップを導入することができ、非同一性配列は、比較目的のために無視することができる）。特定の実施形態では、比較目的でアラインメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または実質的に１００％である。次いで、対応するヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドを比較する。第１の配列における位置が第２の配列における対応する位置と同じヌクレオチドによって占められる場合、分子はその位置で同一である。２つの配列間のパーセント同一性は、２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮すると、それらの配列によって共有される同一である位置の数の関数である。２つの配列間の配列の比較及びパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成することができる。例えば、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＰＡＭ１２０重み付き残基表、ギャップ長ペナルティ１２及びギャップペナルティ４を使用する、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組込まれた、Ｍｅｙｅｒｓ及びＭｉｌｌｅｒのアルゴリズム（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）を用いて決定することができる。あるいは、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用いたＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを用いて決定することができる。
【００４１】
免疫チェックポイントモジュレーター：本明細書で使用される場合、用語「免疫チェックポイントモジュレーターは、免疫チェックポイントと直接的または間接的に相互作用する作用物質を指す。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、例えばＴ細胞活性化のための陽性シグナルを刺激することにより、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増加させる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、例えばＴ細胞の活性化のための陰性シグナルを阻害すること（例えば阻害剤除去）により、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増加させる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、Ｔ細胞アネルギーのためのシグナル伝達と干渉する。いくつかの実施形態では、チェックポイントモジュレーターは、１つまたは複数の抗原に対する免疫寛容を低減、削除、または防止する。
【００４２】
長期的な有用性：一般に、用語「長期的な有用性」は、例えば、特定の治療または関心対象の療法の実施後に観察される望ましい臨床転帰を指し、それは臨床的に関連する時間の期間維持される。いくつかの実施形態では、ほんの一例を挙げると、癌治療の長期的な有用性は、（１）疾患の証拠がないこと（「ＮＥＤ」、例えばＸ線撮影評価で）及び／または（２）安定したもしくは減少した疾患の体積、であるか、またはそれらを含む。いくつかの実施形態では、臨床的に関連する時間の期間は、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月またはそれ以上ある。いくつかの実施形態では、臨床的に関連する時間の期間は、少なくとも６ヶ月である。いくつかの実施形態では、臨床的に関連する時間の期間は、少なくとも１年である。
【００４３】
マーカー：マーカーは、本明細書で使用される場合、その存在またはレベルが、特定の腫瘍もしくはそれらの転移性疾患の特徴である作用物質を指す。例えば、いくつかの実施形態では、その用語は、特定の腫瘍、腫瘍サブクラス、腫瘍の病期、などの特徴である遺伝子発現産物を指す。あるいはまたは追加的に、いくつかの実施形態では、特定のマーカーの存在またはレベルは、例えば、腫瘍の特定のクラスの特徴であり得る特定のシグナル伝達経路の活性（または活性レベル）に相関する。マーカーの存在または非存在の統計的有意性は、特定のマーカーに応じて変化し得る。いくつかの実施形態では、マーカーの検出は、マーカーが、腫瘍が特定のサブクラスのものである高い確率を反映するということにおいて高度に特異的である。このような特異性は、感度を犠牲にして生じ得る（すなわち、腫瘍が、そのマーカーを発現すると予想される腫瘍であっても、負の結果が起り得る）。反対に、高度の感度を有するマーカーは、より低い感度を有するものより特異的が低くなり得る。本発明によれば、有用なマーカーは、１００％の精度で特定のサブクラスの腫瘍を区別する必要はない。
【００４４】
モジュレーター：用語「モジュレーター」は、目的の活性が観察される系におけるその存在が、モジュレーターが存在しない場合にその他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、その活性のレベル及び／または性質の変化と相関する実態を指すのに使用される。いくつかの実施形態では、モジュレーターは、モジュレーターが存在しない場合にその他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、その存在において活性が増加するという点で、アクチベーターである。いくつかの実施形態では、モジュレーターは、モジュレーターが存在しない場合にその他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、その存在において活性が減少するという点で、阻害剤である。いくつかの実施形態では、モジュレーターは、その活性が目的である標的実体と直接相互作用する。いくつかの実施形態では、モジュレーターは、その活性が目的である標的実体と間接的に（すなわち、標的実体と相互作用する中間剤と直接）相互作用する。いくつかの実施形態では、モジュレーターは、目的の標的実体のレベルに影響を与えるか；代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、モジュレーターは、標的実体のレベルに影響を与えることなく、目的の標的実体の活性に影響を与える。いくつかの実施形態では、モジュレーターは目的の標的実体のレベルと活性の両方に影響を与えるので、観察される活性の差は、観察されるレベルの差によって完全には説明されないか、または観察されるレベルの差と等しくはない。
【００４５】
ネオエピトープ：「ネオエピトープ」は、特定の事象（例えば、例えば、感染症、癌、癌の病期、などの特定の疾患、障害または病態の発症または進行）への暴露またはその発生の後に、対象に出現または発症するエピトープを指すと当該技術分野で理解されている。本明細書で使用される場合、ネオエピトープは、その存在及び／またはレベルが事象への暴露またはその発生と相関するものである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、事象を発現する（例えば、関連するレベルで）細胞に対する免疫応答を引き起すものである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、事象を発現する細胞を死滅させるかまたはそうでなければ破壊する（例えば、関連するレベルで）免疫応答を引き起すものである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープを動作させる関連する事象は、細胞内の体細胞変異であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、免疫応答（例えば、ネオエピトープを発現する癌細胞を標的にするのに十分な免疫応答）を引き起す及び／もしくはサポートするレベルに並びに／または方法で、非癌細胞では発現されない。
【００４６】
有用性なし：本明細書で使用される場合、語句「有用性なし」は、検出可能な臨床的有用性（例えば、目的の特定の療法または治療の実施に応答して）がないことを指すのに使用される。いくつかの実施形態では、臨床的有用性がないことは、特定の疾患、障害、または病態の任意の特定の症状または特徴の統計的に有意な変化が存在しないことを指す。いくつかの実施形態では、臨床的有用性がないことは、例えば、約６ヶ月未満、約５ヶ月未満、約４ヶ月未満、約３ヶ月未満、約２ヶ月未満、約１ヶ月未満、またはそれ以下などのほんの短い時間期間持続する、疾患、障害、または病態の１つまたは複数の症状または特徴の変化を指す。
【００４７】
患者：本明細書において、用語「患者」または「対象」は、提供される組成物が、例えば、実験、診断、予防、美容、及び／または治療の目的で投与されるか、または投与され得る任意の生物を指す。典型的な患者は動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及び／またはヒトなどの哺乳動物）を含む。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の障害または病態に罹患しているかまたはかかりやすい。いくつかの実施形態では、患者は、障害または病態の１つまたは複数の症状を示す。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の障害または病態と診断されたことがある。いくつかの実施形態では、障害または病態は、癌または１つもしくは複数の腫瘍の存在であるか、またはこれらを含む。いくつかの実施形態では、障害または病態は、転移性癌である。
【００４８】
ポリペプチド：本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」は、一般的に言えば、ペプチド結合によって互いに結合した少なくとも２つのアミノ酸のストリングである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも３〜５個のアミノ酸を含むことができ、それらのアミノ酸のそれぞれは、少なくとも１つのペプチド結合によって他のアミノ酸に結合している。当業者は、ポリペプチドが、「非天然の」アミノ酸、または、それにもかかわらず、任意選択でポリペプチド鎖に組み込むことができる他の実体を含むことがあることを認識するであろう。
【００４９】
予後情報及び予測情報：本明細書で使用される場合、用語予後情報及び予測情報は、治療の非存在下または存在下で、疾患または病態の過程の任意の態様を示すのに使用され得る任意の情報を指すのに互換的に使用される。そのような情報としては、患者の平均寿命、患者が所与の量の時間（例えば、６カ月、１年、５年など）生存する可能性、患者が疾患から治癒される可能性、患者の疾患が特定の療法に応答する可能性（応答は、様々な方法の任意のもので定義され得る）を挙げることができるが、これらに限定されない。予後情報及び予測情報は、診断情報の広いカテゴリー内に含まれる。
【００５０】
タンパク質：本明細書で使用される場合、用語「タンパク質」は、ポリペプチドを指す（すなわち、ペプチド結合によって互いに連結された少なくとも２つのアミノ酸のストリング）。タンパク質は、アミノ酸以外の部分を含んでもよく（例えば、糖タンパク質、プロテオグリカン、などであってもよい）、及び／または他の方法で処理または修飾されてもよい。「タンパク質」は、（シグナル配列の有無によらず）細胞によって産生される完全なポリペプチド鎖であり得るか、またはその特徴的部分であり得ることを、当業者は理解するであろう。タンパク質は、例えば１つまたは複数のジスルフィド結合によって連結された、または他の手段によって結合された複数のポリペプチド鎖を含むこともあることを、当業者は理解するであろう。ポリペプチドは、Ｌ−アミノ酸、Ｄ−アミノ酸、または両方を含んでもよく、当該技術分野で公知の様々なアミノ酸修飾または類似体の任意のものを含んでもよい。有用な修飾には、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化、などが含まれる。いくつかの実施形態では、タンパク質は、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、合成アミノ酸、及びそれらの組合せを含み得る。用語「ペプチド」は、一般に、約１００アミノ酸未満、約５０アミノ酸未満、２０アミノ酸未満、または１０アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指すのに使用される。
【００５１】
参照サンプル：本明細書で使用される場合、参照サンプルは以下の任意のものまたは全てを含むことができるが、これらに限定されない：細胞または複数の細胞、組織の一部、血液、血清、腹水、尿、唾液、お呼び他の体液、分泌物、排泄物。  用語「サンプル」は、そのようなサンプルを処理することによって誘導される任意の材料も含む。誘導されたサンプルは、サンプルから抽出されるか、または増幅またはｍＲＮＡの逆転写、などの技法にサンプルを供することによって得られるヌクレオチド分子またはポリペプチドを含み得る。
【００５２】
応答：本明細書において、治療に対する応答は、治療の結果して生じる、または治療と相関する対象の病態の任意の有益な変化を指すことができる。そのような変化としては、病態の安定化（例えば、治療の非存在下で生じたであろう悪化の防止）、病態の症状の寛解及び／または病態の治癒に対する見通しの改善などを挙げることができる。それは、対象の応答または腫瘍の応答を指し得る。腫瘍または対象の応答は、臨床基準及び客観的基準を含む多様な基準によって測定することができる。応答を評価するための技法としては、臨床検査、陽電子放出断層撮影、胸部Ｘ線ＣＴスキャン、ＭＲＩ、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、対象から得られるサンプル中の腫瘍マーカーの存在もしくはレベル、細胞学的検査、及び／または組織診断が挙げられるが、これらに限定されない。治療に対する応答を評価するための方法及び指針は、Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ．ａｌ．，"Ｎｅｗ  ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ"，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｃａｎａｄａ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，２０００，９２（３）：２０５−２１６で議論されている。正確な応答基準は、腫瘍及び／または患者のグループを比較する場合、比較されるグループは、反応速度を決定するための同じまたは同等の基準に基づいて評価されるという条件で、任意の適切な方法で選択することができる。当業者は、適切な基準を選択することができるであろう。
【００５３】
サンプル：本明細書で使用される場合、対象から得られるサンプルとしては、以下の任意のものまたはすべてを挙げることができるが、これらに限定されない：細胞または複数の細胞、組織の一部、血液、血清、腹水、尿、唾液、及び他の体液、分泌物、または排泄物。用語「サンプル」は、そのようなサンプルを処理することによって誘導される任意の材料も含む。誘導されたサンプルは、サンプルから抽出されるか、または増幅またはｍＲＮＡの逆転写、などの技法にサンプルを供することによって得られるヌクレオチド分子またはポリペプチドを含み得る。
【００５４】
特異的結合：本明細書で使用される場合、用語「特異的結合」または「〜に対して特異的な」または「〜に特異的な」は、標的実体（例えば、標的タンパク質またはポリペプチド）と結合物質（例えば、提供される抗体などの抗体）の間の相互作用（一般に非共有結合性）を指す。当業者は理解するであろうが、相互作用は、これが代替の相互作用の存在下で有利である場合、「特異的」と考えられる。多くの実施形態では、相互作用は一般に、結合分子によって認識される抗原決定基またはエピトープなどの標的分子の特定の構造的特徴の存在に依存する。例えば、抗体がエピトープＡに対して特異的である場合、遊離標識Ａ及びそれに対する抗体の両方を含有する反応物中に、エピトープＡを含有するポリペプチドが存在するか、または遊離非標識Ａが存在すると、抗体に結合する標識Ａの量が低減するであろう。特異性は、絶対的である必要はないことが理解されるべきである。例えば、多数の抗体は、標的分子中に存在するものに加えて、他のエピトープと交差反応することが当該技術分野で周知である。そのような交差反応性は、抗体が使用される用途に応じて許容され得る。特定の実施形態では、受容体チロシンキナーゼに対して特異的な抗体は、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ＡＣＴ）に結合した受容体チロシンキナーゼと１０％未満の交差反応性を有する。当業者は、任意の所与の用途（例えば、標的分子を検出するため、治療目的のため、など）において適切に実施するのに十分な程度の特異性を有する抗体を選択することができるであろう。特異性は、結合分子の標的分子に対する親和性対結合分子の他の標的（例えば、競合相手）に対する親和性などの追加の要因の状況において評価することができる。結合分子が、検出することが望まれている標的分子に対して高い親和性、及び非に対して低い親和性を示す場合。
【００５５】
癌の病期：本明細書で使用される場合、用語「癌の病期は癌の進行レベルの定性的または定量的評価を指す。癌の病期を決定するのに使用される基準としては、腫瘍のサイズ及び転移の程度（例えば、局部的または遠位）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５６】
対象：本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、例えば、実験、診断、予防、及び／または治療の目的のために、本発明の実施形態が、使用または投与され得る、任意の生物を指す。典型的な対象は、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物；昆虫；虫；など）を含む。
【００５７】
実質的に：本明細書において、用語「実質的に」は、対象とする特徴または特性の総合的またはほぼ総合的な程度もしくは度合いを示す定性的条件を指す。生物学的技術分野の当業者は、生物学的及び化学的現象は、まれに、もしあれば、完了まで進み、及び／または完全性まで進行し、または絶対的な結果を達成もしくは回避することを理解するであろう。したがって、用語「実質的に」は、本明細書では、多くの生物学的及び化学的現象に固有の完全性の潜在的な欠如を捕捉するために使用される。
【００５８】
に罹患している：疾患、障害、または病態（例えば、癌）「に罹患している」個体は、疾患、障害、または病態の１つまたは複数の症状を有する、及び／またはそれらを示すと診断されている。いくつかの実施形態では、癌に罹患している個体は癌を有するが、癌の症状を何ら示さず、及び／または癌を有すると診断されていない。
【００５９】
にかかりやすい：疾患、障害または病態（例えば、癌）「にかかりやすい」個体は、その疾患、障害または病態を発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、疾患、障害または病態にかかりやすい個体は、その疾患、障害または病態のいかなる症状も示さない。いくつかの実施形態では、疾患、障害または病態にかかりやすい個体は、その疾患、障害及び／または病態と診断されたことがない。いくつかの実施形態では、疾患、障害または病態にかかりやすい個体は、その疾患、障害または病態の発症に関連する条件を示す個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び／または病態を発症するリスクは、集団ベースのリスクである。
【００６０】
標的細胞または標的組織：本明細書で使用される場合、用語「標的細胞」または「標的組織」は、本明細書に記載の病態によって影響を受け、治療される任意の細胞、組織、もしくは生物、または本明細書に記載の病態に関与するタンパク質が発現される任意の細胞、組織、もしくは生物を指す。いくつかの実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生物は、免疫チェックポイントシグナル伝達及び／または活性の検出可能な量が存在している細胞、組織、または生物を含む。いくつかの実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生物は、疾患関連の病状、症状、または機能を示す細胞、組織または生物を含む。
【００６１】
治療レジメン：本明細書で使用される場合、用語「治療レジメン」は、特定の疾患、障害及び／または病態の１つまたは複数の症状または特徴を、部分的または完全に、軽減し、改善し、緩和し、阻害し、防止し、その発症を遅らせ、その重症度を減少させ、及び／またはその発生率を低下させるために使用される任意の方法を指す。それは、特定の効果、例えば、癌などの有害な病態または疾患の減少または除去、を達成するように設計された治療または一連の治療を含み得る。治療は、同一または異なる時間の量に対して、同時に、逐次的にまたは異なる時点でのいずれかで、１つまたは複数の化合物を投与することを含み得る。あるいは、または追加的に、治療は、放射線照射、化学療法剤、ホルモン療法、または手術を含み得る。さらに、「治療レジメン」は、遺伝子由来ｍＲＮＡの特定の遺伝子または翻訳の発現を減少させることが知られている遺伝子治療、遺伝子アブレーションまたは他の方法などの遺伝学的方法を含み得る。
【００６２】
治療用物質：本明細書で使用される場合、語句「治療用物質」は、対象に投与された場合に、治療効果を有し、並びに／または所望の生物学的及び／もしくは薬理学的効果を誘発する任意の作用物質を指す。
【００６３】
治療有効量：本明細書で使用される場合、用語「治療有効量」は、任意の医学的治療に適用可能な合理的なベネフィット／リスク比で、治療される対象に治療効果を付与する作用物質（例えば、免疫チェックポイントモジュレーター）の量を指す。治療効果は、客観的（すなわち、何らかの試験またはマーカーによって測定可能）または主観的（すなわち、対象が効果の指標を与えるかまたは効果を感じる）であり得る。特に、「治療有効量」は、疾患に関連する症状を改善すること、疾患の発症を予防または遅延させること、及び／または疾患の症状の重症度または頻度を軽減することによるなど、所望の疾患または状態を治療、改善、もしくは予防するのに、または検出可能な治療効果もしくは予防効果を示すのに有効な治療用物質または組成物の量を指す。治療有効量は、通常、複数の単位用量を含み得る投与レジメンで投与される。任意の特定の治療用物質の場合、治療有効量（及び／または有効な投与レジメン内の適切な単位用量）は、例えば、投与経路、他の薬剤との併用に応じて、変化し得る。また、任意の特定の患者に対する具体的な治療有効量（及び／または単位用量）は、治療される障害及びその障害の重症度；使用される特定の薬剤の活性；使用される特定の組成物；対象の年齢、体重、一般的な健康状態、性別及び食事；使用される特定の融合タンパク質の投与時間、投与経路及び／または排泄速度もしくは代謝速度；治療の期間；並びに医学分野で周知の類似の因子を含む様々な因子に依存し得る。
【００６４】
治療：本明細書中で使用される場合、用語「治療」（「治療する」または「治療している」も）は、特定の疾患、障害及び／または病態（例えば、癌）の１つまたは複数の症状、特徴及び／または原因を、部分的または完全に軽減する、改善する、回復させる、緩和する、阻害する、その発生を遅延させる、その重症度を低下させる、及び／またはその発生率を低下させる物質（例えば、提供される組成物）の任意の投与を指す。そのような治療は、関連する疾患、障害及び／もしくは病態の徴候を示さない対象並びに／またはその疾患、障害及び／もしくは病態の初期徴候のみを示す対象の治療であり得る。あるいはまたは追加的に、そのような治療は、関連する疾患、障害及び／または病態の１つまたは複数の確立された徴候を示す対象の治療であり得る。いくつかの実施形態では、治療は、関連する疾患、障害及び／または病態に罹患していると診断された対象の治療であり得る。いくつかの実施形態では、治療は、関連する疾患、障害及び／または病態の発症のリスクの増加と統計的に相関する１つまたは複数の罹病性因子を有すると知られている対象の治療であり得る。
【００６５】
野生型：本明細書で使用される場合、用語「野生型」は、「正常な」（変異体、病的なもの、変化したものなどと対照される）状態または状況において天然に見られるような構造及び／または活性を有する実体を指す、当該技術分野で理解されている意味を有する。当業者は、野生型の遺伝子及びポリペプチドは、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することが多いことを認識するであろう。
【００６６】
特定の実施形態の詳細な説明
本発明は、腫瘍変異の結果として形成されるその高い変異負荷及び体細胞ネオエピトープが、免疫チェックポイントモジュレーターの抗腫瘍免疫応答に寄与するという発見を包含する。
【００６７】
とりわけ、本開示は、癌細胞中のネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩ分子及び／または細胞傷害性Ｔ細胞による改善された認識に対する結合親和性の増加と関連していることを、具体的に示す。
【００６８】
本発明は、とりわけ、癌細胞中に存在する体細胞ネオエピトープを検出し、かつ／またはそのようなネオエピトープと免疫に対する応答の間のまたは間での関連を確立するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫療法による（例えば、免疫チェックポイントモジュレーターによる）治療に好適に応答する可能性が高い癌患者を同定するため、及び／もしくはそのような免疫療法を受け入れるべき患者を選択するための方法並びに／または試薬を提供する。あるいはまたはさらに、本発明は、体細胞ネオエピトープを保有する癌を有すると同定されている免疫チェックポイントモジュレーターによって患者を治療するための方法及び／または試薬を提供する。
【００６９】
体細胞変異
体細胞変異は、非生殖系列細胞におけるＤＮＡの変化を含み、一般的に癌細胞内で起る。本明細書では、癌細胞における特定の体細胞変異は、いくつかの実施形態では、アミノ酸の伸長を「自己」として認識されていることから「非自己」へ移行させるような、ネオエピトープの発現をもたらすということが発見されている。本発明によれば、「非自己」抗原を保有する癌細胞は癌細胞に対する免疫応答を誘発する可能性が高い。癌細胞に対する免疫応答は、免疫チェックポイントモジュレーターにより増強され得る。本発明は、ネオエピトープを発現している癌は免疫チェックポイントモジュレーターを用いた治療に対してより応答することができることを教示する。とりわけ、本発明は、治療を受け入れるべき患者の同定及び／または選択を可能にすることによって癌治療を改善するためのストラテジーを提供する。本発明は、ネオエピトープまたはそのセットを定義する技術も提供し、その存在は、目的の特定の臨床転帰を示す（例えば、例えば特定の免疫チェックポイントモジュレーターによる、療法に対する応答性、及び／または療法の特定の望ましくない副作用を発症する危険性）。本発明は、免疫チェックポイントモジュレーター療法に対する有益な（または望ましくない）応答に関連する１つまたは複数のネオエピトープ「シグネチャー」を定義するか、またはその定義を可能にする。
【００７０】
いくつかの実施形態では、体細胞変異は、新抗原またはネオエピトープをもたらす。とりわけ、本開示は体細胞変異に起因するネオエピトープの存在を示しており、その存在は免疫チェックポイントモジュレーター療法に対する特定の応答に関連する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、例えば、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増加及び／または免疫系の細胞（すなわちＴ細胞）による「非自己」としての認識に寄与する、テトラペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの特定の実施形態では、体細胞変異は、表１に記載されたテトラペプチドを含むネオエピトープをもたらす。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、感染性病原体由来の抗原とコンセンサス配列を共有する。
【００７１】
いくつかの実施形態では、本発明による目的のネオエピトープシグネチャーは、ネオエピトープまたはそのセットであるかまたはそれを含み、腫瘍サンプル中のその存在は特定の臨床転帰と相関する。本開示は、そのようなネオエピトープシグネチャーの効果的な定義を示す。いくつかの実施形態では、有用なシグネチャーは、表１に見出される１つまたは複数のコンセンサステトラペプチド体細胞ネオエピトープであるかまたはそれらを含む；いくつかの実施形態では、有用なシグネチャーは、表２で下線をつけた１つまたは複数のテトラペプチド体細胞ネオエピトープであるかまたはそれらを含む；いくつかの実施形態では、有用なシグネチャーは、表２に見出される１つまたは複数の九量体ペプチドであるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、有用なシグネチャーは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７−、７１、７２、７３、７４、７５個、またはそれ以上のネオエピトープであるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、ネオエピトープシグネチャー、及び特に免疫チェックポイントモジュレーター療法に関連するものを定義並びに／または検出するための技術を提供する。
【００７２】
とりわけ、本開示は、免疫チェックポイントモジュレーター療法の特定の応答または応答特徴（例えば、療法に対する応答性または副作用のリスク）に関連したネオエピトープ及びネオエピトープシグネチャーの定義を示す。本明細書に提示される特定の例では、このような定義は、その存在が免疫チェックポイントモジュレーター療法に対する共通応答特徴と関連または相関する遺伝子配列要素が、比較によって定義されるように、共通応答特徴を共有するサンプルを含む第１の複数の腫瘍サンプルからの遺伝子配列情報を、共通応答特徴を共有しないがその他の点では第１のセットのサンプルと同等である第２の複数の腫瘍サンプルから得られた遺伝子配列情報と比較することによって達成される。本開示は、変異負荷の増加が応答特徴（例えば、療法に対する応答性）と相関することができることを具体的に示すばかりでなく、そのような変異負荷の増加単独では応答特徴を予測するのに十分ではないであろうということを示す。本開示は、そのような体細胞変異がネオエピトープを生成する場合、応答特徴に関連した有用なネオエピトープシグネチャーを定義し得ることを示す。本開示は、そのようなシグネチャーを定義し、用いるための具体的な技術を提供する。
【００７３】
いくつかの実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は、癌、肉腫、黒色腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫から選択される。いくつかの実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は黒色腫である。いくつかの実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は、非小細胞肺癌である。
【００７４】
（表１）黒色腫における例示的なコンセンサステトラペプチド体細胞ネオエピトープ
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【００７５】
（表２）ＣＴＬＡ−４遮断（例えば、イピリムマブ治療を介する）に対する応答に関連したネオエピトープのセット
各九量体におけるテトラペプチドネオエピトープは下線が引かれている。
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【００７６】
免疫チェックポイントモジュレーション
免疫チェックポイントは、自己寛容を維持し、生理的免疫応答の持続時間及び振幅を調節する原因となる免疫系の阻害経路を指す。
【００７７】
特定の癌細胞は、特に、腫瘍抗原に特異的なＴ細胞に対して、免疫耐性の主要なメカニズムとして免疫チェックポイント経路を利用して成長する。例えば、特定の癌細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞応答を阻害する原因となる１つまたは複数の免疫チェックポイント蛋白質を過剰発現し得る。従って、免疫チェックポイントモジュレーターは、阻害シグナルを克服し、癌細胞に対する免疫攻撃を可能にし、及び／または増強するために投与され得る。免疫チェックポイントモジュレーターは、負の免疫応答調節因子（例えば、ＣＴＬＡ４）によるシグナル伝達を減少、阻害、または抑止することにより、癌細胞に対する免疫細胞応答を促進し得るか、または免疫応答（例えば、ＣＤ２８）の正の調節因子のシグナル伝達を刺激または増強し得る。
【００７８】
免疫チェックポイントモジュレーターを標的とする免疫療法剤は、癌細胞を標的とする免疫攻撃を促進するために投与され得る。免疫療法剤は、免疫チェックポイントモジュレーターを標的とする抗体作用物質（例えば、特定の特異的であるもの）であるか、またはそれを含み得る。免疫療法剤の例としては、１つまたは複数のＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、；及びＣＤ１３７を標的とする抗体作用物質が挙げられる。
【００７９】
抗体作用物質の具体例としては、モノクローナル抗体を含み得る。免疫チェックポイントモジュレーターを標的とする特定のモノクローナル抗体が使用可能である。例えば、イピルミマブはＣＴＬＡ−４を標的とし；トレメリムマブはＣＴＬＡ−４を標的とし；ペンブロリズマブはＰＤ−１を標的とする、など。
【００８０】
ネオエピトープの検出
癌は、様々な公知の技術の任意のものを使用して、ネオエピトープを検出するためにスクリーニングされ得る。いくつかの実施形態では、ネオエピトープ、またはその発現は、核酸レベルで（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡにおいて）検出される。いくつかの実施形態では、ネオエピトープ、またはその発現は、タンパク質レベルで検出される（例えば、癌細胞由来のポリペプチドを含むサンプルにおいて、そのサンプルは、ポリペプチド複合体または細胞、組織、または器官を含むがこれらに限定されない他の高次構造であるかまたはそれらを含む）。
【００８１】
いくつかの特定の実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープの全エクソーム配列決定によって検出される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは免疫測定法によって検出される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープはマイクロアレイによって検出される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは、大規模並列エクソームシーケンシング配列決定を用いて検出され得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープはゲノム配列決定によって検出され得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープはＲＮＡ配列決定によって検出され得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは、標準的なＤＮＡまたはＲＮＡ配列決定によって検出され得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは質量分析によって検出され得る。
【００８２】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは、次世代配列決定（ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）を使用して核酸レベルで検出され得る。いくつかの実施形態では、次のネオエピトープ、またはその発現は、ゲノム配列決定、ゲノム再配列決定、標的配列決定パネル、トランスクリプトームプロファイリング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）、ＤＮＡ−タンパク質相互作用（ＣｈＩＰ配列決定）、及び／またはエピゲノムの特性評価を使用して検出され得る。のいくつかの実施形態では、患者のゲノムの再配列決定が、例えばゲノムの変化を検出するために、用いられ得る。
【００８３】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネオエピトープは、ＥＬＩＳＡ、Ｗｅｓｔｅｒｎ  Ｔｒａｎｆｅｒ、免疫測定法、質量分析法、マイクロアレイ解析、などの手法を使用して検出され得る。
【００８４】
特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または等価の方法及び材料が本発明の実施または試験において使用され得るが、好適な方法及び材料は、本明細書に記載されている。
【００８５】
治療方法
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好適に応答する可能性が高い癌患者を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好適に応答する可能性が高い癌患者を同定して免疫チェックポイントモジュレーターで患者を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好適に応答する可能性が高いと以前に同定された癌患者を免疫チェックポイントモジュレーターで治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療に好適に応答しない可能性が高い癌患者を同定し、免疫チェックポイントモジュレーターで癌患者を治療しないための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターを投与された場合に１つまたは複数の自己免疫性合併症を患う可能性が高い癌患者を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイントモジュレーターで治療された場合、１つまたは複数の自己免疫性合併症を患う可能性が高いと以前に同定された癌患者を免疫抑制剤で治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤は、免疫チェックポイントモジュレーターの前またはそれと同時に患者に投与される。
【００８６】
免疫チェックポイントモジュレーターの投与
本発明の特定の方法によれば、免疫チェックポイントモジュレーターは個体に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療は単独療法として用いられる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療は、１つまたは複数の他の治療法と併用して使用される。
【００８７】
当業者は、適切な処方、適応症、及び投与レジメンは、典型的には分析して、米国のＦｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎなどの政府の規制当局によって分析され、承認されることを認識するであろう。例えば、実施例５は、イピルミマブ、抗ＣＴＬ−４抗体に対する特定の承認投薬情報を提示する。多くの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、そのような承認されたプロトコルに従って、本発明に従って投与される。しかし、本開示は、免疫チェックポイントモジュレーターが望ましい投与され得る特定の患者を同定、特徴決定、及び／または選択するための特定の技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示によって提供される知見は、本明細書に記載のように同定された両方の個体（例えば、ネオエピトープを発現している個体と他の個体）を含む集団研究に基づいて推奨または承認される用量に対して、より高い頻度及び／またはより多い個別の用量で（例えば、望ましくない効果に対する感度の低下及び／またはその発生または強度に依存して）所与の免疫チェックポイントモジュレーターを投与することを許容する。いくつかの実施形態では、本開示によって提供される知見は、本明細書に記載のように同定された両方の個体（例えば、ネオエピトープを発現している個体と他の個体）を含む集団研究に基づいて推奨または承認される用量に対して、より低い頻度及び／またはより少ない個別の用量で（例えば、応答性の増加に依存して）所与の免疫チェックポイントモジュレーターを投与することを許容する。
【００８８】
いくつかの実施形態では、免疫系のモジュレーターは、生理学的に許容される担体または賦形剤も含む薬学的組成物で投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は無菌である。多くの実施形態では、薬学的組成物は、特定の投与モードに対して処方される。
【００８９】
適切な薬学的に許容される担体としては、水、塩溶液（例えば、ＮａＣｌ）、生理食塩水、緩衝食塩水、アルコール、グリセロール、エタノール、アラビアゴム、植物油、ベンジルアルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトースなどの炭水化物、アミロースまたはデンプン、例えば、マンニトール、スクロース、またはその他の糖、デキストロース、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、など、並びにそれらの組合せ、が挙げられるが、これらに限定されない。薬学的製剤は、所望されれば、活性化合物と有害に反応しないまたはそれらの活性と干渉しない１つまたは複数の補助剤（例えば、潤滑剤、防腐剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を及ぼす塩、緩衝剤、着色剤、香料及び／または芳香物質など）含むことができる。いくつかの実施形態では、静脈内投与に適した水溶性担体が使用される。
【００９０】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物または医薬は、所望されれば、ある量（典型的には少量）の湿潤剤もしくは乳化剤、及び／またはｐＨ緩衝剤を含むことができる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、溶液、懸濁液、エマルジョン、錠剤、ピル、カプセル、徐放性製剤、または粉末であり得る。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、トリグリセリドなどの従来の結合剤及び担体とともに、坐剤として製剤化され得る。経口製剤は、薬学的グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、などの標準的な担体を含むことができる。
【００９１】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、ヒトへの投与に適した薬学的組成物として常法に従って製剤化され得る。例えば、いくつかの実施形態では、静脈内投与のための組成物は典型的には、滅菌等張水性緩衝液の溶液である。必要な場合、組成物は注射部位の痛みを和らげるための可溶化剤及び局所麻酔剤を含むこともできる。一般に、成分は、例えば、活性物質の量を示すアンプルまたは小袋などの密封容器中の凍結乾燥粉末または水を含まない濃縮物として、別々にまたは単位剤形で一緒に混合して、供給される。組成物が注入によって投与される場合、それは、滅菌薬学的グレードの水、生理食塩水またはデキストロース／水を含む注入ボトルで分配され得る。組成物が注射によって投与される場合、成分が投与前に混合され得るように、注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルを提供することができる。
【００９２】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは中性形態で製剤化され得；いくつかの実施形態では、それは塩の形態で製剤化され得る。薬学的に許容される塩としては、等、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸、などに由来するものなどの遊離アミノ基で形成されるもの、及びナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどに由来するものなどの遊離カルボキシル基で形成されるものが挙げられる。
【００９３】
本発明に従って使用するための薬学的組成物は、任意の適切な経路によって投与され得る。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は静脈内に投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は皮下に投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、心臓や筋肉（例えば、筋肉内）、または神経系（例えば、脳への直接注射；脳室内に；髄腔内に）などの、標的組織への直接投与により投与される。あるいはまたは追加的に、いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、非経口的に、経皮的に、または経粘膜的に（例えば、経口でまたは経鼻で）投与される。所望であれば、複数の経路を同時に使用することができる。
【００９４】
免疫チェックポイントモジュレーター（または免疫チェックポイントモジュレーターを含む組成物または医薬）は、単独で、または他の免疫チェックポイントモジュレーターと併用して投与することができる。用語「併用して」は、第１の免疫チェックポイントモジュレーターが、別の免疫チェックポイントモジュレーターの前に、それとほぼ同時に、またはそれに続いて投与されることを示す。例えば、第１の免疫チェックポイントモジュレーターは１つまたは複数の異なる免疫チェックポイントモジュレーターを含む組成物に混合することができ、それによって同時に投与され得るか；あるいは、作用物質は混合せず、同時に投与され得る（例えば、それによって免疫チェックポイントモジュレーターも投与される、静脈ライン上への作用物質の「ピギーバッキング」送達によって、またはその逆）。別の例では、免疫チェックポイントモジュレーターは別々に（例えば、混合されずに）、しかし免疫チェックポイントモジュレーターの投与の短い時間枠内（例えば、２４時間以内）で投与され得る。
【００９５】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターで治療される対象は、１つまたは複数の免疫抑制剤を投与される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、自己免疫応答（例えば、腸炎、肝炎、皮膚炎（中毒性表皮壊死症を含む）、神経障害及び／または内分泌障害）、例えば、甲状腺機能低下症を、減少させ、阻害し、または、予防するために投与される。例示的な免疫抑制剤は、ステロイド、抗体、免疫グロブリン融合タンパク質、などを含む。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤は、Ｂ細胞活性を阻害する（例えばリツキシマブ）。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤はおとりポリペプチド抗原である。
【００９６】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーター（または免疫チェックポイントモジュレーターを含む組成物または医薬）は、治療有効量（例えば、関連する集団に投与される場合、癌に関連する症状を改善する、癌の発症を予防または遅延させる、及び／または、癌の症状の重症度または頻度も軽減するなどによって、癌を治療するのに十分であると示されている、投薬量及びまたは投与レジメンに従って）で投与される。いくつかの実施形態では、長期的な臨床的有用性は、例えば、イピルミマブまたはトレメリムマブ、及び／または他の剤などのＣＴＬＡ−４遮断薬、を含む、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の後に観察される。当業者は、所与の患者の癌の治療に対して治療的に有効な用量は、癌の性質及び程度に、少なくともある程度、依存し得るものであり、標準臨床技術によって決定され得ることを認識するであろう。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のインビトロまたはインビボのアッセイは、任意選択で、最適な用量範囲の同定に役立つように使用され得る。いくつかの実施形態では、所与の個体の治療において使用される特定の用量は、投与経路、癌の程度、依存することができる、及び／または患者の状況に照らして、医師の判断で関連するとみなされる１つまたは複数の他の因子に依存し得る。されているようにいくつかの実施形態では、有効用量は、インビトロまたは動物モデル試験システムから得られる用量−応答曲線から外挿することができる（例えば、ｔｈｅ  Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈによって、"Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ：Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ  Ｍａｘｉｍｕｍ  Ｓａｆｅ  Ｓｔａｒｔｉｎｇ  Ｄｏｓｅ  ｉｎ  Ｉｎｉｔｉａｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌｓ  ｆｏｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ｉｎ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌｕｎｔｅｅｒｓ"，Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，Ｊｕｌｙ  ２００５に記載されているように）。
【００９７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターの治療有効量は、例えば、約０．０１ｍｇ／ｋｇ超、約０．０５ｍｇ／ｋｇ超、約０．１ｍｇ／ｋｇ超、約０．５ｍｇ／ｋｇ超、約１．０ｍｇ／ｋｇ超、約１．５ｍｇ／ｋｇ超、約２．０ｍｇ／ｋｇ超、約２．５ｍｇ／ｋｇ超、約５．０ｍｇ／ｋｇ超、約７．５ｍｇ／ｋｇ超、約１０ｍｇ／ｋｇ超、約１２．５ｍｇ／ｋｇ超、約１５ｍｇ／ｋｇ超、約１７．５ｍｇ／ｋｇ超、約２０ｍｇ／ｋｇ超、約２２．５ｍｇ／ｋｇ超、または約２５ｍｇ／ｋｇ超体重であることができる。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約０．０１〜２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜７．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜４ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜３ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜２ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１．０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜０．１ｍｇ／ｋｇ、約１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約４〜２０ｍｇ／ｋｇ、約５〜１５ｍｇ／ｋｇ、約５〜１０ｍｇ／ｋｇ体重であることができる。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１．０ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、約１．９ｍｇ／ｋｇ、約２．０ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約３．０ｍｇ／ｋｇ、約４．０ｍｇ／ｋｇ、約５．０ｍｇ／ｋｇ、約６．０ｍｇ／ｋｇ、約７．０ｍｇ／ｋｇ、約８．０ｍｇ／ｋｇ、約９．０ｍｇ／ｋｇ、約１０．０ｍｇ／ｋｇ、約１１．０ｍｇ／ｋｇ、約１２．０ｍｇ／ｋｇ、約１３．０ｍｇ／ｋｇ、約１４．０ｍｇ／ｋｇ、約１５．０ｍｇ／ｋｇ、約１６．０ｍｇ／ｋｇ、約１７．０ｍｇ／ｋｇ、約１８．０ｍｇ／ｋｇ、約１９．０ｍｇ／ｋｇ、約２０．０ｍｇ／ｋｇ、体重、またはそれ以上であることができる。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約３０ｍｇ／ｋｇ以下、約２０ｍｇ／ｋｇ以下、約１５ｍｇ／ｋｇ以下、約１０ｍｇ／ｋｇ以下、約７．５ｍｇ／ｋｇ以下、約５ｍｇ／ｋｇ以下、約４ｍｇ／ｋｇ以下、約３ｍｇ／ｋｇ以下、約２ｍｇ／ｋｇ以下、または約１ｍｇ／ｋｇ以下体重またはそれ以下である。
【００９８】
いくつかの実施形態では、特定の固体に対して投与される用量は、その固体のニーズに応じて、時間に対して変化させる（例えば、増加または減少）。
【００９９】
さらに別の実施例では、治療組成物の負荷用量（例えば、初期のより高い用量）は治療の経過の始めに与えられ、続いて、治療組成物の減少した維持用量（例えば、後続のより少ない用量）が投与される。
【０１００】
任意の理論に拘束されることを望むものではないが、負荷用量は、細胞（例えば、肝臓の）における、初期の、及びいくつかのケースでは大量の、望ましくない物質（例えば、脂肪性物質及び／または腫瘍細胞、など）の蓄積を除去することができ、維持容量は、初期の除去後の脂肪性物質の蓄積を遅延させ、低減し、または防止し得ることが意図されている。
【０１０１】
治療の負荷用量量及び維持用量量、間隔並びに持続時間は、本明細書に例示されたものと、当該技術分野で公知のものなど、任意の使用可能な方法によって決定され得ることが理解されるであろう。いくつかの実施形態では、負荷用量量は、約０．０１〜１ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２５ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜３０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１ｍｇ／ｋｇ、または約０．１〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、維持用量量は、約０〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０〜５ｍｇ／ｋｇ、約０〜２ｍｇ／ｋｇ、約０〜１ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、負荷用量は、所与の時間期間（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上）及び／または所与の数の用量（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０用量以上）に対し、一定間隔で個体に投与され、続いて維持投与がなされる。いくつかの実施形態では、維持用量は、０-２ｍｇ／ｋｇ、約０〜１．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜１．０ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．７５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ、または約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、維持用量は、約０．０１、０．０２、０．０４、０．０６、０．０８、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．２、１．４、１．６、１．８、または２．０ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、維持投与は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上投与される。いくつかの実施形態では、維持投与は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年以上投与される。いくつかの実施形態では、維持投与は（例えば、一生涯）無期限に投与される。
【０１０２】
治療有効量の免疫チェックポイントモジュレーターは、１回用量として投与され得るか、または癌の性質と程度に応じて、間隔的に、及び継続的に投与され得る。「間隔」での投与は、本明細書で使用される場合、治療有効量が定期的に（１回用量と区別されるように）投与されることを示す。間隔は、標準的な臨床技術によって決定され得る。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントモジュレーターは、隔月、毎月、月２回、３週間毎、隔週、毎週、週２回、週３回、または毎日投与される。単一の個体に対する投与間隔は、固定間隔である必要はなく、個体のニーズ及び回復速度に応じて、時間に対して変化させることができる。
【０１０３】
本明細書で使用される場合、用語「隔月」は２ヶ月あたり１回（すなわち、２カ月毎に１回）の投与を意味し；用語「毎月」は１ヶ月あたり１回の投与を意味し；用語「３週間毎」は３週間あたり１回（すなわち、３週間毎に１回）の投与を意味し；用語「隔週」は２週間あたり１回（すなわち、２週間毎に１回）の投与を意味する。用語「毎週」は、１週間あたり１回の投与を意味する。用語「毎日」は、１日あたり１回の投与を意味する。
【０１０４】
本発明はさらに、本明細書に記載されるように、癌の治療のための組成物の投与に対する指示を含むラベルを有する容器（例えば、静脈内投与、シリンジ、などのためのバイアル、瓶、袋）内に免疫チェックポイントモジュレーターを含む薬学的組成物に関する。
【実施例】
【０１０５】
以下の実施例は、当業者に本発明の方法及び組成物をいかに作製し使用するかを説明するように提供され、本発明者らが発明とみなすものの範囲を限定することを意図するものではない。
【０１０６】
概説
免疫チェックポイント遮断は、転移性黒色腫、非小細胞肺癌癌、及び他の腫瘍型を有する患者における耐性抗腫瘍効果に導いた新しい治療パラダイムであるが、患者が応答するかどうか判定することはわかりにくいままである。１〜５これは癌の免疫療法の分野におけるもっとも重要な未解決の問題の１つである。完全なヒトモノクローナル抗体イピリムマブ及びトレメリムマブは細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）を遮断し、Ｔ細胞の活性化をもたらす。４、６ペンブロリズマブは、転移性黒色腫の治療としてプログラム細胞死１（ＰＤ−１）受容体を標的とする薬物である。多くの研究が、イピリムマブに対する転帰と、末梢血リンパ球数、抗原特異的免疫、Ｔ細胞活性化のマーカー、７、８「炎症性」微小環境９〜１２、及び高周波のＴＣＲクローン型の維持６９との間の相関を、確立している。
【０１０７】
しかしながら、腫瘍の遺伝子プロファイルが、ＣＴＬＡ−４遮断に対する応答（例えば、イピリムマブを経由して）を決定するかどうかは不明である。腫瘍の遺伝的状況、変異の負荷、及び治療からの有用性の間の関係が、調査の課題であった。非同義黒色腫の変異に起因する免疫原性がマウスモデルで示されており、１３ヒト黒色腫の腫瘍の抗原性の多様性がコンピューターでモデル化されている。１４制御性Ｔ細胞の枯渇のように１８、エフェクター、ヘルパーＴ細胞の機能と制御性Ｔ細胞の枯渇が抗ＣＴＬＡ−４の有効性に対して必要であるが、１５〜１７特定のＨＬＡ型と臨床的有用性の間の関連は観察されていない。２６黒色腫は、任意の固体腫瘍の最大の変異負荷を有する（１メガベースあたり０．５〜１００個超）。１９〜２０体細胞変異はネオエピトープを生じさせることができ２１、２２、これらは前臨床モデル及び患者において新抗原として作用し得る２３〜２５ことを、研究が示している。イピルミマブ応答は、腫瘍細胞のゲノムによって決定されるという仮説が関連する。これまでの研究は、特定のＨＬＡ型とイピリムマブ応答の間の関連性の欠如を示している。２６本研究では、腫瘍の遺伝的状況がＣＴＬＡ−４遮断に対する臨床応答を決定するかどうかを調べる（例えば、イピリムマブまたはトレメリムマブなどの剤による治療を経由して）。１８
【０１０８】
この仮説を調査するために、発見セットに対して、本発明者らは腫瘍由来のＤＮＡの全エクソーム塩基配列決定を行い、２５人のイピリムマブ治療患者の正常な血液（表３）、続いて検証として、そのうちの５人がトレメリムマブで治療された追加の３９人の腫瘍と対応させた。本発明者らは、より高い変異負荷がＣＴＬＡ−４遮断（例えばイピリムマブまたはトレメリムマブ経由）からの強い臨床的有用性と相関しているが、それだけで予測するには不十分であることを見出した。その代わりに、ＣＴＬＡ−４遮断からの臨床的有用性を示す患者由来の腫瘍における変異は、共通の体細胞ネオエピトープ保有していた。ここで、本発明者らは、免疫チェックポイント阻害に対する臨床応答の遺伝的基礎を示し、療法に対する応答の根底にあるネオエピトープの状況を定義する。
【０１０９】
本開示を読む当業者は、本明細書に含まれる特定の実施例は、代表的なものであり限定的なものではないことを認識するであろう。例えば、当業者は、以下に詳細に提供される、黒色腫におけるイピリムマブ応答のデータをレビューして、概念実証を表し、ネオエピトープ変異シグネチャーが免疫チェックポイントモジュレーターに対する応答を予測し得ることを確立する。本開示を読む当業者は、該アプローチは癌及び免疫ェックポイントモジュレーター療法全体に広く適用可能であることを認識し理解するであろう。
【０１１０】
実施例１．イピリムマブに対する多様な臨床転帰を有する患者の黒色腫の変異状況
この実施例は、癌の遺伝的状況の分析を示し、免疫チェックポイントモジュレーターに対して好適にまたは不十分に反応する患者の有用な特徴を定義することにおけるその有効性を示す。該実施例は、特にＣＴＬＡ−４遮断（例えば、イピリムマブ）で治療された黒色腫患者の分析を例示し、そのような患者における例示的な遺伝的特性を定義する。
【０１１１】
ＣＴＬＡ−４遮断剤で治療された黒色腫患者は、全体の生存優位性と多様な応答を示す。１、２７〜２９ベースライン患者特性は表３に記載されている。
【０１１２】
（表３）発見セット及び検証セットにおける患者の臨床的特徴
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【０１１３】
この研究には、長期的な臨床的有用性ありまたは長期的な臨床的有用性なしの患者が含まれる。ここで、本発明者らは、長期的な臨床的有用性を、（１）Ｘ線写真で疾患がない患者（ＣＴＬＡ−４遮断剤単独からまたは単離された安定したもしくは非応答性の病変の摘除により）；（２）＞６ヶ月で、安定したまたは減少した体積の疾患の証拠を有する患者、のいずれかとして定義する。本発明者らは、臨床的有用性がないことを、治療開始後のすべてのスキャンにおける腫瘍の増殖（有用性なしまたは応答なし）、または＜６ヶ月持続する一時的な臨床的有用性もしくは応答（最少の有用性）（代表的スキャン、図１Ａ〜Ｃ及び図９Ａ〜Ｃ）として定義する。
【０１１４】
ＣＴＬＡ−４遮断薬からの応答の遺伝的状況を決定するために、本発明者らは、腫瘍を分析し、かつ、全エクソーム配列決定を使用して血液ＤＮＡとマッチさせた。発見セットでは、少なくとも１０×深度までカバーされた９０％超の標的配列、及び１０３×の平均エクソームカバレッジ（図５）を用いて、６．４ＧＢのマッピングされた配列を作製した。検証セットの結果は図１５に示されている。サンプルの間での広範囲の変異負荷（図２Ａ及び２Ｂ）、並びに再発変異及びドライバー変異（図６Ａ及び６Ｃ）は、文献と一致していた。３０〜３４
【０１１５】
発見と検証のセットにおいては、同様の遷移対転換の比率（図２Ｃ、２Ｉ）、並びに変異型及びヌクレオチド変化（図２Ｄ並びに図６Ｂ及び６Ｄ）があった。１９有用性を得た応答者または患者全体で、遺伝子は普遍的変異しなかった。既知の、再発性の黒色腫ドライバー遺伝子における変異は、各グループで観察され（図７Ａ及び７Ｂ）、応答は多様なドライバー変異を伴う黒色腫で見られた。３５
【０１１６】
実施例２．治療有効性に関連する体細胞ネオエピトープ
この実施例は、体細胞ネオエピトープが、免疫チェックポイントモジュレーターによる治療の有効性と関連していることを示し、とりわけ、特定の例示的なモジュレーター（すなわち、イピリムマブ）に対する応答に関連するネオエピトープシグネチャーを定義する。
【０１１７】
変異負荷は臨床的有用性と相関しているが単独では転帰を予測するのに十分ではない
本発明者らは、転移性黒色腫サンプルにおける変異負荷の増加が、ＣＴＬＡ−４遮断に対する（例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、などの剤による治療に対する）応答
と関連するであろうと仮定した。発見セット（図２Ｂ、マンホイットニー検定、ｐ＝０．０１３）、及び検証セット（図７Ｃ及び７Ｄ、マンホイットニー検定、ｐ＝０．００９）における、ＣＴＬＡ−４遮断剤からの長期的な臨床的有用性（ＬＢ）を有する患者対、最少の有用性または臨床的有用性のない（ＮＢ）患者の間には変異負荷に有意差があった。発見セットでは、変異負荷は、改善された全生存期間と相関し（図２Ｅ、ログランク検定、ｐ＝０．０４１）、検証セットでは生存率の改善に向けて推移した（図２Ｅ、及び図２Ｈ）。後者のセットは、そうでなければ、突然変異負荷と生存の間の関係を混乱させ得る全身性疾患制御が行われる患者から摘除した非応答性の腫瘍を含んでいた。４つの臨床のカテゴリーへのさらなる細分化は、発見セットにおける用量応答を示唆した（図７Ｅ）。これらのデータは、高い変異負荷がＣＴＬＡ−４遮断剤（例えば、イピリムマブ）からの臨床的有用性と相関するが、応答しない高い変異負荷を有する腫瘍があるので、単独では臨床応答を付与するのに十分ではないことを示している。
【０１１８】
応答する腫瘍に共通する体細胞ネオエピトープは抗ＣＴＬＡ−４の有効性と関連している
ＭＨＣクラスＩ提示及び細胞傷害性Ｔ細胞認識は、イピリムマブ活性に対して必要とされる。１５変異負荷単独ではイピリムマブに対する臨床的応答を説明しなかったので、本発明者らは特定の腫瘍新生抗原の存在が様々な治療応答を説明するであろうと仮定した。そのようなネオエピトープを同定するために、ＭＨＣクラスＩ結合予測、Ｔ細胞受容体結合のモデル化、患者に特異的なＨＬＡ型及びエピトープ相同性の解析（図８及び方法）を取入れて、最先端のバイオインフォマティクスパイプラインを開発した。
【０１１９】
ＭＨＣクラスＩによる腫瘍抗原提示は、Ｔ細胞による認識のために重要である。３６、３７本発明者らは、すべての非同義のミスセンス変異を変異体及び野生型ペプチドに変換するために、計算アルゴリズムを作成したＮＡＳｅｅｋ、方法、及び図８）。本発明者らは、患者に特異的なＨＬＡ型を使用して、体細胞ネオエピトープのサブセットがペプチド−ＭＨＣ結合の強度を変えるかどうかを試験した。本発明者らは最初に、全野生型ペプチドに対する全変異体ペプチドの全体的な抗原性傾向を比較した。興味深いことに、全体として、変異体ペプチドは、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性でＭＨＣクラスＩに結合することが予測された（図１０Ａ及び１０Ｂ、図１０Ｆ及び１０Ｇ）。
【０１２０】
ＭＨＣクラスＩ（ＩＣ５０≦５００ｎＭ）に結合すると予測されたペプチドのストリングのみを使用して、本発明者らは、テトラペプチドに重点を置いて、複数の腫瘍によって共有されるアミノ酸の保存されたストレッチを探索した。これらは、タンパク質中に比較的まれに発生し、典型的には機能を反映するので、ゲノム系統発生のモデル化で使用される。３８本発明者らは、コンセンサス配列を同定するために、標準的な機械学習、階層的クラスタリング、及びシグネチャー導出アプローチを使用した。本発明者らは、応答者によって共有されるが、非応答者には完全に存在しない、多くのテトラペプチド配列を同定した。（図３Ａ及び３Ｂ）。最近公開された画期的な論文では、短いアミノ酸ストリングは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）によって認識される抗原を横切って保存される領域を含むことが示された。３９エピトープのＴＣＲ認識はコンセンサステトラペプチドによって駆動され、交差反応するＴＣＲエピトープ内のテトラペプチドは、抗原性及びＴ細胞増殖を駆動するのに必要かつ十分であった。このポリペプチドの長さは、ＴＣＲによる認識を駆動するのに十分であるという強力な証拠がある。４０〜４２
【０１２１】
テトラペプチドは、Ｔ細胞にＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるノナペプチドのコアを形成することができ、または横方向に配置され得る。４３テトラペプチドは、タンパク質中に比較的まれに発生し、典型的には機能を反映するので、ゲノム系統発生のモデル化で使用される。本発明者らは、設定発見セットを、候補ネオエピトープから予測シグネチャーを生成するのに使用した。各グループ（候補ネオエピトープ）に共通のテトラペプチドは、発見セット内で臨床的有用性を示す患者の中で、独占的に共有される１０１を含んだ。これは、検証セットで独立して観察された（図３Ａ、３Ｂ、３Ｅ及び３Ｆ並びに図１２）。このセットは、非常に統計的に有意である（Ｐ＜０．００１、フィッシャーの正確確率検定）、ＣＴＬＡ−４遮断からの有用性を得るために関連付けられるネオエピトープシグネチャーを定義する（例えば、イピリムマブ経由）（図３Ａ及び３Ｂ、赤線）。
【０１２２】
重要なことには、共有テトラペプチドネオエピトープはより高い変異負荷から単純には生じなかった。例えば、発見セットで、最大数の変異を有する（１０２８個の変異を有するＳＤ７３５７）ＮＢ患者（非応答者）は、テトラペプチドシグネチャーのいずれも共有しなかった（図３Ａ）。この概念は、１０００個を超える変異を伴う腫瘍（ＮＲ９５２１とＮＲ４６３１）でも応答しない検証セットにおいて再び示された（図３Ｂ及び図７Ｃ）。５つの異なるモデルを用いたシミュレーション・テストは、本発明者らのシグネチャーは、高度に統計学的に有意であり、偶然によってお飲み生じた可能性は低いによって生じている可能性は低い（方法ａ〜ｄに対してｐ＜０．００１及び方法ｅに対してｐ＋０．００２）（図１２）ことを示した。高い変異負荷は確率を高めるが、有用性に関連するネオエピトープの形成を保証するものではないように見える。コンセンサス分析は、ネオエピトープはランダムではないことを明らかにした。有用性のあるグループ内でテトラペプチドを構成するアミノ酸の頻度は、有用性のないグループで観察されたものとは異なっていた（図１０Ｃ、１０Ｄ、１０Ｉ及び１０Ｊ）。
【０１２３】
発見セット由来のネオエピトープシグネチャーは、検証セットにおける生存率と強く相関し（図３Ｃ及び３Ｄ、ｐ＜０．０００１）、識別転帰において変異負荷よりも効率的であった（図２Ｄ、２Ｂ、２Ｅ、２Ｈ）。本発明者らは、組織及び適合する血液を所有するイピリムマブで治療した黒色腫患者の独立したコホート（ｎ＝１５）を分析し、シグネチャーはこの独立したセットで検証された（図３Ｄ）。
【０１２４】
これらのテトラペプチドは、ゲノムを横切る多様な遺伝子の変異によりコードされた（図４Ａ、図１４、図１９、及び表４）。癌ゲノムアトラス（ＴＣＧＡ）由来のＲＮＡＳｅｑデータを使用して、本発明者らは、本発明者らの体細胞ネオエピトープを保有する遺伝子が黒色腫で広く発現されることを確認した。いくつかのケースでは、体細胞変異をもたらすアミノ酸の変化は、テトラペプチド自体の変化をもたらした。他では、記載されているように、変異アミノ酸は、テトラペプチドから分離されて、ＭＨＣ結合を変えた。３８、４０、４４〜４６さらに、各臨床グループに共通の候補ネオエピトープを、免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ）を使用して分析した。これは、実験的に検証され、公開され、及び精選された抗原の最も包括的なデータベースであり、高精度で抗原を同定するためのアルゴリズムを開発するのに使用されてきた。２３本発明者らは、有用性を得た者に共通の候補ネオエピトープは、他の臨床グループよりも、ＩＥＤＢにおけるより多くのウイルス及び細菌抗原に相当することを見出した（図１０Ｅ、図１０Ｋ）。
【０１２５】
（表４）応答シグネチャーにおけるテトラペプチドの状況、遺伝子、及び遺伝子座
４ｍｅｒ＝共通のテトラペプチドアミノ酸配列。Ｍｕｔ＝変異体の位置。ＷＴＳｅｑ＝予測された野生型９アミノ酸ペプチド。ＭＴＳｅｑ＝予測された変異体９アミノ酸ペプチド。
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【０１２６】
例えば、表５と図２１に示される分析は、テトラペプチドサブストリングＥＳＳＡは有用性のあるグループ内の患者によって共有されていて（図４Ｆも参照）、ヒトサイトメガロウイルス即時早期エピトープ（ＭＥＳＳＡＫＲＫＭＤＰＤＮＰＤ）に相当することを示す。さらに、テトラペプチドサブストリングＬＬＫＫは、ＬＢグループ内の患者によって共有され得；このサブストリングは、トキソプラズマ顆粒抗原の正確な抗原性部分（ＲＳＦＫＤＬＬＫＫ、図４Ｂ）に相当する。４７、４８これらのデータは、ＣＴＬＡ−４遮断からの強い臨床的有用性を示す患者（例えば、イピリムマブ及びトレメリムマブに対する強い応答を有する患者）のネオエピトープは、Ｔ細胞が認識するように連動されている病原体由来のエピトープに似ることができることを示唆する。
【０１２７】
全エクソーム配列決定アプローチを使用して、本発明者らは全体の予測された抗原ペプチドスペースを特徴決定した（方法参照）。本発明者らの研究のさらなる検証として、本発明者らはＴ細胞によって認識される黒色腫抗原（ＭＡＲＴ−１、ＭｅｌａｎＡとしても知られる）、実験的に検証されたメラニン細胞抗原を「再発見した」（図１０Ｆ）。３７、４９〜５１完全かつ長期的な応答者によって共有されたＥＫＬＳは、ＭＡＲＴ−１  ＭＨＣクラスＩＩエピトープのコアアミノ酸を含み、ホスホ−セリン部分はＴ細胞受容体（ＴＣＲ）認識に重要である。５１、５２
【０１２８】
（表５）サンプルの部位、サイズ、及びタイプ
2017504324.tif 000020
【０１２９】
実施例３．免疫原性ペプチドのインビトロ分析
この実施例は、免疫原性ペプチドのインビトロ分析を示す。
【０１３０】
ペプチド予測のインビトロ検証への次世代配列決定の翻訳は、非常に低い公開検証率により、専門家の手においても挑戦的であることを証明した。２４インビトロアッセイは、患者材料の不足、凍結／解凍プロセスに対する保存された細胞の感受性、患者材料中の抗新生抗原のＴ細胞の低頻度、及び複雑なインビボ免疫原性微小環境の非存在下でのインビトロでのＴ細胞の非常に低い感度、によって妨げられている。
【０１３１】
本発明者らのシステムは、複数の高スループットのアプローチを統合することにより予測を最適化することを試みた（図８）。本発明者らの予測アルゴリズムに基づいて、本発明者らはペプチドのプールを生成し、本発明者らが十分なリンパ球を有する患者のためのＴ細胞活性化アッセイを行った（方法参照）。陽性プールは５人の患者のうちの３人について観察された（図１１Ａ〜Ｃ）。本発明者らは、適切な末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）により、患者の正確なペプチドを同定した。本発明者らは、その野生型の対応物ＴＫＳＰＦＥＱＨＩと比較して、患者ＣＲ９３０６（図４Ｃ）によるペプチドＴＥＳＰＦＥＱＨＩに対する多官能性Ｔ細胞応答を発見した。この応答は治療開始後６０週でピークに達した（図４Ｄ）。Ｔ細胞応答は、健康なドナーからは存在しなかった（図１３）。このペプチドは、ＴＫＳＰＦＥＱＨＩに対する１８３２３ｎＭと比較して、４７２ｎＭのＢ４４０２に対して予測されたＭＨＣクラスＩの親和性を有した。ＥＳＰＦは応答シグネチャーに見出される一般的なテトラペプチドであり、Ｄ型肝炎ウイルス大デルタエピトープｐ２７（ＰＥＳＰＦＡとＥＳＰＦＡＲ）のサブストリング（位置１７６〜１７９）である。５３、５４ＴＥＳＰＦＥＱＨＩは、ＦＡＭ３Ｃ（ｃ．Ａ５７７Ｇ；ｐ．Ｋ１９３Ｅ）、黒色腫で高度に発現される遺伝子、における変異から生じる。
【０１３２】
本発明者らは、野生型ＧＬＥＲＧＧＦＴＦと比較して、ペプチドＧＬＥＲＥＧＦＴＦは、患者ＣＲ００９５において多官能性Ｔ細胞応答（図４Ｅ及び図１１Ｄ）を誘発することも見出した。この応答は、治療後２４週間でピークに達した（図４Ｅ）。ＧＬＥＲＥＧＦＴＦはＣＳＭＤ１（ｃ．Ｇ１０３３７Ａ；ｐ．Ｇ３４４６Ｅ）における変異から生じ、これは、黒色腫においても高度に発現され、公知の類鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｈｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）抗原（ＩＥＤＢ参照ＩＤ：１０２７０４３）に８０％の相同性を有する。重要なことに、インビトロアッセイは、上記のように感度がすべて制限されるので、Ｔ細胞活性化の欠如は、所与の新生抗原を排除し得ない。
【０１３３】
実施例４．実施例１〜３の材料と方法
本実施例は、本明細書で実施例１〜３に提示した作業の詳細な材料及び方法を提供する。
【０１３４】
本発明者らは、イピリムマブで治療された黒色腫患者から腫瘍組織を得た。これらのサンプルは、長期的な有用性（ＬＢ）、または最少の有用性／有用性なし（ＮＢ）を経験した、イピリムマブで治療された患者由来のものであった。これらの腫瘍で全エクソーム配列決定を行い、正常な血液にマッチさせた。これらの変異から生成された体細胞変異及び候補体細胞新生抗原を同定および特徴決定した。
【０１３５】
患者データ
発見セットと検証セットに、臨床サブグループ及びその他のパラメータを割り当てるために、チャートは、２人の研究者によって独立してレビューされた。全生存期間は、死亡または問責の日付と抗ＣＴＬＡ４療法（発見セットにおけるイピリムマブまたは検証セットにおけるイピリムマブもしくはトレメリムマブ）の最初の投与の間の差として計算された。発見セットのすべての患者は、ステージＩＶ黒色腫を有し、２００６年と２０１２年の間に治療された；サンプルは２００７年と２０１２年の間に収集された。検証セットの患者は、２００６年〜２０１３年に治療され、サンプルは２００５年と２０１３年の間に収集された。患者は、市販のイピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ）またはＮＣＴ００７９６９９１、ＮＣＴ００４９５０６６、ＮＣＴ００９２０９０７、ＮＣＴ００３２４１５５、ＮＣＴ００１６２１２３、ＮＣＴ０１４００４５、ＮＣＴ００２８９６４０；ＮＣＴ００４９５０６６、ＮＣＴ００６３６１６８、ＮＣＴ０１５１５１８９、ＮＣＴ０００８６４８９、及びＮＣＴ００４７１８８７を含む臨床試験のいずれかで治療された。患者は、３または１０ｍｇ／ｋｇで、様々な用量とレジメンのイピリムマブを受け、２人の患者はダカルバジンまたはベムラフェニブで同時治療された（図１７参照）。検証セットの４人の患者は、１０ｍｇ／ｋｇ×６（１患者）または１５ｍｇ／ｋｇ×４（３患者）の用量でトレメリムマブで治療された。これらの４人の患者のうち３人は、ステージＩＩＩＣの疾患を有した；含まれる他のすべての患者は、ステージＭ１ａ〜ｃを有した。患者は、分析のために凍結された組織から単離されたＤＮＡを有し、イピリムマブの少なくとも２回の投与を受け、及び最初の治療後少なくとも１２週間で１回の放射線評価を有する患者が含まれていた。ＬＢグループ内の２人の患者は、無疾患にするために、摘除された、単離された病変を有した。１つの進行する病変（ＣＲ７６２３）がトレーニングセットで配列決定された。検証セットでは、８つの腫瘍が、そうでなければ長期的な有用性を示した患者の非応答性病変を示す。これらはＣＲＮＲ４９４１、ＬＳＤＮＲ１６５０、ＣＲＮＲ２４７２、ＬＳＤＮＲ１１２０、ＣＲＮＲ０２４４、ＬＳＤＮＲ９２９８、ＬＳＤＮＲ３０８６、及びＰＲ０３８０３を含む。進行したすべての腫瘍は、「有用性なし」の腫瘍として分子分析を受ける。
【０１３６】
研究で生成された患者データは、以下に詳述する一連の表にまとめられた：検証セットの患者の臨床的特徴；発見セットの患者の詳細な臨床的特徴；発見セット変異リスト；変異から得られた予測ペプチドがＮｅｔＭＨＣｖ３．４による５００ｎｍ未満の結合親和性を有する遺伝子座；シグネチャーのためのＴＣＧＡ  ＲＮＡＳｅｑ；応答シグネチャーにおけるテトラペプチドの状況、遺伝子及び遺伝子座；検証セット変異リスト；ＨＬＡタイプ、発見セット及び検証セット；並びにサンプル部位、サイズ、及びタイプ。
【０１３７】
ＤＮＡの単離と全エクソーム配列決定
原発腫瘍サンプル及びマッチした正常な検体（末梢血）が、承認された治験審査委員会（ＩＲＢ）のプロトコルごとの同意書とともに得られた。すべての検体は切除生検またははっきりと目に見える病変の摘除であった。すべての検体は高い腫瘍細胞性を含んでいた。検体は、外科的切除後または生検後に液体窒素中で凍結し、−８０℃で保存した。ヘマトキシリン及びエオシンで染色した切片を調製し、診断は皮膚病理専門医によって確認された。ＤＮＡはＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡミニキット及びＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ血液ミニキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して抽出された。
【０１３８】
エクソンキャプチャーは、ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ  Ｈｕｍａｎ  Ａｌｌ  Ｅｘｏｎ  ５０ＭＢ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して行った。濃縮されたエクソームライブラリーはＨｉＳｅｑ２０００プラットフォーム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で＞１００×カバレッジまで配列決定した（ＭＳＫＣＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｃｏｒｅ  ａｎｄ  Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）。アラインメント、ベース品質スコアの再キャリブレーション及び重複読み除去を行い、生殖細胞系列変異体は除外し、変異に注釈をつけ、及び上述のようにインデルを評価した（図９Ａ）。７０腫瘍カバレッジ≦１０×のサンプルは除外した。中位の確信度の読み（１１〜３４×）を、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｖｉｅｗｅｒ（ＩＧＶ）ｖ２．１を使用して手動で再レビューした。７１候補変異の配列決定に対する検証率は、カバレッジ１０×に対し９７％以上であった。７０臨床グループ間の変異数の中央値は、フィッシャー検定を使用して比較した。
【０１３９】
ＴＣＧＡ  ＲＮＡＳｅｑ遺伝子発現はＲＳＥＭによって正規化し、その遺伝子を発現する腫瘍に対して平均発現を計算した（図１８参照）。
【０１４０】
ＨＬＡタイピング
ＨＬＡタイピングは、低から中間解像度のポリメラーゼ連鎖反応配列特異的プライマー（ＰＣＲ−ＳＳＰ）法または高解像度ＳｅＣｏｒｅ  ＨＬＡ配列ベースのタイピング法（ＨＬＡ−ＳＢＴ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）のいずれかにより、ＭＳＫＣＣ  ＨＬＡ  ｔｙｐｉｎｇ  ｌａｂまたはＮｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒで行われた。ＡＴＨＬＡＴＥＳ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｒａｏｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ／ｓｃｉｅｎｃｅ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ｖｉｒａｌ−ｇｅｎｏｍｉｃｓ／ａｔｈｌａｔｅｓ）７２も、ＨＬＡタイピング及び確認のために使用された。
【０１４１】
免疫原性の分析
ＮＡｓｅｅｋと呼ばれるバイオインフォマティクスツールが作成された。このプログラムは、２つの機能を実行する：各変異を囲むストレッチの翻訳、及び相同性に関する得られたペプチドとの間の比較。まず、ＮＡｓｅｅｋはエクソームの中のすべての変異を翻訳し、それにより変異に起因するアミノ酸が中央に位置する、１７アミノ酸のストリングが、予測された野生型及び変異のために生成された。ＭＨＣクラスＩ結合を評価するために、完全な応答者に共通のテトラペプチドを含む野生型及び変異九量体が、スライディングウィンドウ法を用いて、患者特異的ＨＬＡタイプに対し、ＮｅｔＭＨＣ  ｖ３．４（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣ／）またはＲＡＮＫＰＥＰ（ｈｔｔｐ：／／ｉｍｅｄ．ｍｅｄ．ｕｃｍ．ｅｓ／Ｔｏｏｌｓ／ｒａｎｋｐｅｐ．ｈｔｍｌ）に入力された。本発明者らは、スライディングウィンドウ法及びノナペプチドにおける改変されたアミノ酸の位置を使用した。これらのプログラムは、予測されたＭＨＣクラスＩ結合強度を生成した。患者特異的ＭＨＣクラスＩによって提示されると予測された九量体は次に、互いに類似性について評価された。アミノ酸の頻度のロゴプロットは、デフォルトパラメーターを有するＷｅｂｌｏｇｏ（ｈｔｔｐ：／／ｗｅｂｌｏｇｏ．ｂｅｒｋｅｌｅｙ．ｅｄｕ／ｌｏｇｏ．ｃｇｉ）を使用して実行された。文字の高さは、その位置における対応するアミノ酸の相対頻度を反映する。インビトロでの試験のための予測九量体をさらに絞り込むために、患者特異的ＨＬＡタイプ（ｈｔｔｐ：／／ｔｏｏｌｓ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ／）またはＣＴＬＰｒｅｄ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｔｅｃｈ．ｒｅｓ．ｉｎ／ｒａｇｈａｖａ／ｃｔｌｐｒｅｄ／）を有するＩＥＤＢ免疫原性予測装置を使用して、Ｔ細胞受容体への推定結合部位について評価した。
【０１４２】
既知の病原体の抗原に対するＴ細胞の活性化と相同性を評価するために、保存されたテトラペプチドを、免疫エピトープデータベース（ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ）を使用して分析し、ホモサピエンス宿主における陽性Ｔ細胞応答のためのデータベース内の免疫原のサブストリングとして評価した。本発明者らは、予測Ｔ細胞応答がないまたは排他的に抗自己のまたはアレルゲン特性を有するペプチドを除外した。「新抗原シグネチャー」は、長期的な有用性を示す患者に共通のペプチドを含む九量体から生成された（表４及び図１９参照）。共有テトラペプチドの総数に対するカイ二乗検定を、ＮＢグループに対してＬＢグループについて行った。ロジスティック回帰分析が続く、教師なし階層的クラスタリングを用いたシグネチャー導出のための標準的な方法を、発見セットのデータのみに基づいて予測モデルを決定するために使用した。このモデルは、全てのテトラペプチドは発見セット内に少なくとも２倍存在しなければならない、及び３倍未満存在する任意のテトラペプチドは、インビトロでＴ細胞応答を誘発することが示されている既知の抗原の共通のサブストリングを含んでいなければならないというコアルールに基づいていた。次いで、最良適合シグネチャーが検証セットに適用された。
【０１４３】
本発明者らは、新抗原シグネチャーが偶然に起因する可能性は非常に低いことを示すために厳密なシミュレーション／順列テストを実施した。発見されたシグネチャーが偶然によるものであるという帰無仮説を評価するために、新しいデータセットを有する２つと、本発明者らのデータセットの順列を使用する２つの、５つの個別のシミュレーションモデルを評価した。シミュレーションを、（ａ）ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベースから引出された九量体（ｂ）ＴＣＧＡ黒色腫のデータセットからの変異（ｃ）ランダムに生成された九量体（ｄ）本発明者らのデータで見出された変異の再分配（ｅ）本発明者らのデータセットで提示されると予測された各九量体内の９アミノ酸の並べ替え、を使用して実行した。各シミュレーションでは、九量体はランダムに及び本発明者らのデータに比例して分布していた（例えば、実際のサンプルがＭＨＣクラスＩを結合すると予測された１５０九量体を保有した場合、次いで、「仮想」サンプルが１５０九量体に割り当てられた）。シミュレーション試験は、次いで、この仮想データセットに適用される実際のデータに使用したのと同じ繰返しモデルを適用し、このプロセスを１，０００回繰返し、ｐ値を決定するために実際のシグネチャーより大きいシグネチャーの頻度を記録することによって、行った。Ｐ値は、繰返と、臨床集団の分離を正しく分類した大きい方のシグネチャーとの比を、１，０００回の繰返しで割って算出された。
【０１４４】
細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）
イピリムマブで治療された５人の黒色腫患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、ＩＲＢ承認の制度的プロトコルの下で複数の時点で収集した。全エクソーム／トランスクリプトーム解析から同定されたこれらの患者に対する候補新抗原ペプチドを合成した（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）。２．５×１０６の患者のＰＢＭＣ試料を、サイトカインＩＬ−１５（１０ｎｇ／ｍｌ）及びＩＬ−２（１０ＩＵ／ｍｌ）を補充した１０％のプールヒト血清（ＰＨＳ）ＲＰＭＩ１６４０培地中で、１プールあたり３０〜５０ペプチドのプールでパルスした２．５×１０６照射自己ＰＢＭＣによって培養した。培地は１日おきに交換し、１０日目に細胞を収穫した。７３細胞はブレフェルジンＡ及びモネンシン（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）の存在下で６時間、新抗原ペプチドを加えて再刺激した。次いで、細胞を以下の抗体で染色した：Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ−ＣＤ３（クローンＯＫＴ３）、ＡＰＣ−ＡＦ７５０−ＣＤ８（クローンＳＫ１、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及びＥＣＤ−ＣＤ４（クローンＳＦＣ１２Ｔ４Ｄ１１、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）。その後の洗浄及び透過化の際に、以下の抗体を使用して細胞を染色した：ＰＥ−Ｃｙ５−ＣＤ１０７ａ（クローンＨ４Ａ３）、ＡＰＣ−ＩＬ−２（クローンＭＱ１−１７Ｈ１２）ＰＥ−ＭＩＰ−１β（クローンＤ２１−１３５１）、ＦＩＴＣ−ＩＦＮ−γ（クローンＢ２７）（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）及びＰＥ−Ｃｙ７−ＴＮＦ−α（クローンＭＡＢ１１  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）。データは、ＣＹＡＮフローサイトメーターとＳｕｍｍｉｔソフトウェア（Ｄａｋｏ  Ｃｙｔｏｍａｔｉｏｎ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  Ｉｎｃ．，Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ，ＣＡ）を使用して取得した。フロー分析は、ＦｌｏｗＪｏソフトソフトウェアｖ９．７．５（ＴｒｅｅＳｔａｒ，Ｉｎｃ．）を用いて行った。可能な場合、無刺激対照に対するサイトカイン応答の誘導を引き起したプールは、それらのコンポーネント個々のペプチドにデコンボリューションした。上記のプロセスを、個々のペプチドについて繰返し、対応する予測野生型九量体と比較した。ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）はＴ細胞応答のための陽性対照として機能した。
【０１４５】
免疫組織化学
免疫組織化学的及びヘマトキシリン及びエオシン染色スライドを、Ａｐｅｒｉｏスライドスキャナーを使用してスキャンした。スライド上に含まれるすべての壊死領域の同定に続いて、パーセント腫瘍壊死を、Ａｐｅｒｉｏイメージングソフトウェアを用いて判定した。免疫染色されたスライドは、それぞれについて手動で校正され検証されるＡｐｅｒｉｏ画像解析アルゴリズム（細胞核の及び細胞質のｖ９）を使用して、皮膚病理専門医によって定量された。最低３０００細胞を、腫瘍の領域に限定されるカウントでカウントされる全細胞あたりの免疫染色陽性細胞として報告される結果による３つの代表的な領域の和を表わす場合ごとにカウントした。セクションを、以下に対する抗体で染色した：ＬＣＡ（１ｎｇ／μｌ、ＤＡＫＯ、クローン２Ｂ１１＋ＰＤ７／２６）、ＣＤ８（０．５ｎｇ／μｌ、ＤＡＫＯ、クローンＣ８／１４４Ｂ）及びＦｏｘｐ３（２．５ｎｇ／μｌ、Ａｂｃａｍ、クローン２３６Ａ／Ｅ７）。
【０１４６】
統計的方法
マンホイットニー検定を、臨床グループ（発見セット及び検証セット内のＬＢ及びＮＢそれぞれ）間の非同義変異エクソン負荷を比較するのに使用した。ログランク検定を、発見セット及び検証セットにおける全生存期間に関するカプランマイヤー曲線を比較するのに使用した。前述のように、本発明者らが発見したサイズのシグネチャーが偶然に生じたのかどうかを判定するために、すべてのテトラペプチドは臨床的有用性に同程度に寄与するという帰無仮説によって、シミュレーション試験を使用した。
【０１４７】
実施例５．イピルミマブによる治療
この実施例は、転移性黒色腫の治療に対してＵｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｆｏｏｄ  ＆  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎによって承認されている、抗体免疫療法（イピルミマブ）による癌（黒色腫）の治療の指針を提供する。いくつかの実施形態では、長期的な臨床的有用性は、イピルミマブ治療後に観察される。本発明によれば、この実施例に記載のプロトコルは、いくつかの実施形態では、望ましくは体細胞変異を有すると同定された１人または複数の対象に投与され得る。
【０１４８】
静脈内注入の米国の初期承認：２０１１に適した、ＹＥＲＶＯＹ（商標）注射
【０１４９】
警告：免疫介在性有害反応
完全な枠組み警告の全処方情報参照。
【０１５０】
ＹＥＲＶＯＹはＴ細胞活性化及び増殖に起因する重大かつ致命的な免疫介在性有害反応をもたらし得る。これらの免疫介在性反応は、任意の器官系を含むことができるが；しかし、最も一般的な重度の免疫介在性有害反応は、腸炎、肝炎、（中毒性表皮壊死症を含む）、皮膚炎、神経障害、及び内分泌障害である。これらの免疫介在反応の大部分は、最初は治療中に現われた；しかし、少数はＹＥＲＶＯＹの中止後数週間から数ヶ月で発生した。
【０１５１】
ＹＥＲＶＯＹを恒久的に中止し、重度の免疫介在性反応のための全身高用量コルチコステロイド療法を開始する。（２．２）
【０１５２】
腸炎、皮膚炎、神経障害、及び内分泌障害の徴候や症状について患者を評価し、ベースラインにおける肝機能検査及び甲状腺機能検査を含みかつ各投与の前に臨床化学を評価する。（５．１、５．２、５．３、５．４、５．５）
【０１５３】
適応及び使用
ＹＥＲＶＯＹは、切除不能または転移性黒色腫の治療に適応したヒト細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）遮断性抗体である。（１）
【０１５４】
用量及び投与
・全４回の投与で、ＹＥＲＶＯＹ３ｍｇ/ｋｇが３週間毎に９０分かけて静脈内に投与される。（２．１）
・重度の有害反応に対しては恒久的に中止する。（２．２）
【０１５５】
全処方情報
警告：免疫介在性有害反応
ＹＥＲＶＯＹはＴ細胞活性化及び増殖に起因する重大かつ致命的な免疫介在性有害反応をもたらし得る。これらの免疫介在性反応は、任意の器官系を含むことができるが；しかし、最も一般的な重度の免疫介在性有害反応は、腸炎、肝炎、（中毒性表皮壊死症を含む）、皮膚炎、神経障害、及び内分泌障害である。これらの免疫介在反応の大部分は、最初は治療中に現われた；しかし、少数はＹＥＲＶＯＹの中止後数週間から数ヶ月で発生した。
【０１５６】
ＹＥＲＶＯＹを恒久的に中止し、重度の免疫介在反応のための全身高用量コルチコステロイド療法を開始する。[用量及び投与（２．２）参照]
【０１５７】
腸炎、皮膚炎、神経障害、及び内分泌障害の徴候や症状について患者を評価し、ベースラインにおける肝機能検査及び甲状腺機能検査を含みかつ各投与の前に臨床化学を評価する。[警告及び使用上の注意（５．１、５．２、５．３、５．４、５．５）参照]
【０１５８】
１  適応及び使用
ＹＥＲＶＯＹ（イピリムマブ）は、切除不能または転移性黒色腫の治療に適応している。
【０１５９】
２  用量及び投与
２．１  推奨用量
ＹＥＲＶＯＹの推奨用量は、全４回の投与で、３週間毎に９０分かけて静脈内に投与される３ｍｇ/ｋｇである。
【０１６０】
２．２  推奨用量変更
任意の中程度の免疫介在性有害反応のためまたは徴候性内分泌障害のために予定の用量のＶＥＲＶＯＹを差し控える。有害反応の完全または部分的な解決（グレード０〜１）を有し、１日あたり７．５ｍｇ未満のプレドニゾンまたは等価物を受けている患者については、３週間毎に３ｍｇ／ｋｇの用量ですべての４回の計画された用量まで、または初回投与から１６週間のいずれか早い方で、ＹＥＲＶＯＹを再開する。
【０１６１】
以下の任意のものに対してはＹＥＲＶＯＹを恒久的に中止する。
・永続的な中程度の有害反応またはできないことは、１日あたり７．５ｍｇのプレドニゾンまたは等価物にコルチコステロイドの投与量を減らすことができない。
・最初の用量の投与から１６週間以内に全治療コースを完了できない。
・以下の任意のものを含む重度または生命を脅かす、有害反応：
腹痛、発熱、イレウス、または腹膜徴候を伴う大腸炎;排便回数の増加（７回以上のベースライン）、便失禁、２４時間超にわたる静脈内水分補給の必要性、消化管出血、及び消化管穿孔、
アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）またはアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）＞正常の上限の５倍または総ビリルビン＞正常の上限の３倍、
スティーブンスジョンソン症候群、中毒性表皮壊死症、または全層皮膚潰瘍が合併した発疹、または壊死、水疱、または出血性症状、
重度の運動または感覚神経障害、ギランバレー症候群、または重症筋無力症、
任意の臓器系が関与する重度の免疫介在性反応（例えば、腎炎、肺炎、膵炎、非感染性心筋炎）、
局所免疫抑制療法に応答しない免疫介在性眼疾患。
【０１６２】
２．３  調製及び投与
・製品を振らない。
・投与前に粒子状物質や変色について視覚的に、非経口薬物製品を検査する。溶液が濁っている、顕著な変色（溶液が淡黄色を有していてもよい）がある、または半透明から白色の、アモルファス粒子以外の粒子状異物がある場合、バイアルを廃棄する。
【０１６３】
溶液の調製
・注入準備前約５分間バイアルを室温で放置する。
・ＹＥＲＶＯＹの必要量を回収し、静脈内バッグに移す。
・０．９％塩化ナトリウム注射液、ＵＳＰまたは５％デキストロース注射液、ＵＳＰで希釈して、１ｍｇ／ｍＬ〜２ｍｇ／ｍＬの範囲の最終濃度の希釈溶液を調製する。穏やかな反転により希釈溶液を混合する。
・冷凍下（２°Ｃ〜８°Ｃ、３６°Ｆ〜４６°Ｆ）または室温で（２０°Ｃ〜２５°Ｃ，６８°Ｆ〜７７°Ｆ）２４時間以内希釈溶液を保存する。
・ＹＥＲＶＯＹの部分的に使用したバイアルまたは空のバイアルを廃棄する。
【０１６４】
投与指針
・ＹＥＲＶＯＹを、他の医薬品と混合しない、または他の医薬品とともに注入として投与しない。
・各投与後、０．９％塩化ナトリウム注射液、ＵＳＰまたは０．５％ブドウ糖注射液、ＵＳＰで静脈ラインを洗い流す。
・滅菌、非発熱性、低タンパク質結合インラインフィルターを含む静脈ラインを介して９０分かけて希釈液を投与する。
【０１６５】
３  剤形及び強度
５０ｍｇ／１０ｍＬ（５ｍｇ／ｍＬ）。２００ｍｇ／４０ｍＬ（５ｍｇ／ｍＬ）。
【０１６６】
４  禁忌
なし。
【０１６７】
５  警告及び使用上の注意
ＹＥＲＶＯＹはＴ細胞活性化及び増殖に起因する重大かつ致命的な免疫介在性作用をもたらし得る。
【０１６８】
等価物
本発明はその詳細な説明に関連して説明してきたが、前述の説明は、例示的なものであり、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものではないことを意図していることが理解されるべきである。他の態様、利点、及び修飾は、添付の特許請求の範囲内にある。
【０１６９】
参考文献
2017504324.tif 000021
2017504324.tif 000022
2017504324.tif 000023
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【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図２Ｇ】
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【図２Ｈ】
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【図２Ｉ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図３Ｆ】
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【図３Ｇ】
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【図３Ｈ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図４Ｆ】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図７Ｆ】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【図１０Ｄ】
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【図１０Ｅ】
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【図１０Ｇ】
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【図１０Ｈ】
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【図１０Ｉ】
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【図１０Ｊ】
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【図１０Ｋ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１１Ｃ】
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【図１１Ｄ】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９Ａ】
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【図１９Ｂ】
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【図１９Ｃ】
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【図１９Ｄ】
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【図１９Ｅ】
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【図１９Ｆ】
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【図１９Ｇ】
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【図１９Ｈ】
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【図１９Ｉ】
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【図１９Ｊ】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
2017504324.tif 000103
【図２０Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２０Ｅ】
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【図２０Ｆ】
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【図２０Ｇ】
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【図２１】
2017504324.tif 000109
【手続補正書】
【提出日】平成28年9月2日(2016.9.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2017504324000001.app
【国際調査報告】
2017504324.tif 000110
2017504324.tif 000111
2017504324.tif 000112
2017504324.tif 000113
2017504324.tif 000114