(57)【要約】不妊および関連する病態を評価し、処置の種類およびそのタイミングについて通知するための方法が提供される。ある特定の実施形態に従い、本発明の方法は、子宮内膜症を有することが疑われる被験体から得られた試料中に存在する１または複数の転写物のレベルを決定することと、子宮周期における時点に特異的な調節パターンに対応する転写物レベルを同定することと、同定された転写物レベルに基づき、被験体の子宮内膜症を特徴付けることとを含む。本発明は、年齢と関連する異数性率の増大を、ＦＳＨレベルに基づき評価し、ＩＶＦの成功率を、ＰＣＯＳ患者における肥満に基づき評価するための方法を含む。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
子宮内膜症を評価するための方法であって、
子宮内膜症を有することが疑われる被験体から得られた組織試料中に存在する１または複数の転写物のレベルを決定する検査手技を実行するステップと、
該レベルを、子宮周期における時点に特異的な調節パターンとマッチさせ、これにより、患者特異的シグネチャーを作製するステップと、
該レベルに基づき、該被験体の子宮内膜症状況を特徴付ける報告を作成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記時点が、前記子宮周期における期を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記期が、月経期、増殖期、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記組織が、子宮内膜組織を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記子宮内膜組織が、異所性、正所性、またはこれらの両方である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記調節パターンが、異所性組織、正所性組織、またはこれらの両方に特異的である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記調節パターンが、脱調節された転写物、上方調節された転写物、およびこれらの組合せからなる群から選択される１または複数の転写物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
特徴付けるステップが、前記被験体の前記子宮周期における期を決定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記被験体の前記子宮周期における期に基づき、処置コースを決定するステップをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
子宮内膜症を評価するための方法であって、
子宮内膜症を有する被験体が発現する１または複数の転写物のレベルを、該被験体の子宮周期の異なる時点にわたり決定するためにアッセイするステップと、
該決定された転写物レベルを、該子宮周期の該異なる時点に対応する基準転写物レベルと比較するステップと、
各時点における差次的転写物を決定し、これにより、各時点における、子宮内膜症に特異的な遺伝子シグネチャーを同定するステップと、
該特異的な遺伝子シグネチャーに基づき、子宮内膜症を分類するステップと
を含む方法。
【請求項１１】
前記異なる時点が、前記被験体の子宮周期の期を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
異なる前記期が、月経期、増殖期、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期からなる群から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記分類するステップが、前記子宮内膜症の種類を決定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
子宮内膜症の前記種類が、微細子宮内膜症、定型子宮内膜症、嚢胞性卵巣子宮内膜症、および深部子宮内膜症からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記被験体の遺伝子シグネチャーに特異的な処置コースを決定するステップ
をさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
前記処置コースが、差次的転写物が同定された時点の間に、治療を適用することを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
試料が、子宮内膜組織を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
前記子宮内膜組織が、異所性、正所性、またはこれらの両方である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
子宮内膜症を評価するためのアレイであって、基材と；個別のアドレス可能な位置において、該基材へと結合させた複数のオリゴヌクレオチドとを含み、該オリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１つが、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥ１１Ａ、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂ、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＰＤＧＦＣ、ＣＸＣＬ１４、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、ＲＯＢＯ３、ＭＴ１Ｍ、およびＳＯＲＢＳ１を含む群から選択される遺伝子の部分とハイブリダイズするアレイ。
【請求項２０】
将来における異数性の危険性を評価するための方法であって、
個体から得られた試料中の卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）レベルを決定する検査手技を実行するステップと、
該ＦＳＨレベルを、該個体の年齢とマッチさせるステップと、
所与の年齢において異数性胚を生み出す予測される危険性を、該マッチさせるステップに基づき同定するステップと
を含む方法。
【請求項２１】
前記試料が、前記個体から得られた血液または尿を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記マッチさせるステップが、前記ＦＳＨレベルを閾値レベルと比較することを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＦＳＨレベルが前記閾値レベルを下回っていると、予測される危険性が、異数性胚を生み出す初期の危険性をとること、および、その危険性を、思春期を越える前記個体の年齢の各年について約１０％ずつ増大させることにより同定される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＦＳＨレベルが前記閾値レベルを上回っていると、予測される危険性が、異数性胚を生み出す初期の危険性をとること、および、その危険性を、思春期を越える前記個体の年齢の各年について約１５％ずつ増大させることにより同定される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記閾値レベルが、約１３ｍＵＩ／ｍＬである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記個体について、処置コースの促進を推奨する報告書を作成するステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＦＳＨレベルが前記閾値レベルを超える場合、採卵および低温保存を推奨する報告書を作成するステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＦＳＨレベルが前記閾値レベルを超える場合、前記個体から採卵しそれを低温保存するステップをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
この出願は、２０１４年７月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／０２５，８０２号、および２０１４年１０月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／０６５，４１６号への優先権および利益を主張し、これらそれぞれの全体が参照によって組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
米国疾病予防センターによれば、米国内で、１５〜４４歳の間の女性６７０万人（およそ１０．９％）が、生殖能障害、または妊娠し、出産予定日までベビーをはらむ能力の障害を患っている。Ｃｈａｎｄｒａ  Ａ、Ｃｏｐｅｎ  ＣＥ、Ｓｔｅｐｈｅｎ  ＥＨ、Ｉｎｆｅｒｔｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｉｍｐａｉｒｅｄ  ｆｅｃｕｎｄｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ，１９８２−２０１０：Ｄａｔａ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｕｒｖｅｙ  ｏｆ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｇｒｏｗｔｈ、Ｎａｔｉｏｎａｌ  ｈｅａｌｔｈ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｒｅｐｏｒｔｓ、６７号、Ｈｙａｔｔｓｖｉｌｌｅ、ＭＤ：Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ、２０１３年を参照されたい。子宮内膜症、高率の異数性胚、および多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）など、様々な因子が、生殖能障害に寄与する可能性があり、これらの原因について症例ごとに理解することは、処置決定について通知する一助となりうる。
【０００３】
子宮内膜症には、生殖年齢の女性のうちの１０〜１５％が罹患する。子宮内膜症の症状は、不妊、慢性骨盤の疼痛、不規則な子宮の出血、月経困難症、および／または性交疼痛を含みうる。子宮内膜症は、通常は子宮の内側を覆う子宮内膜組織が、子宮の外側で異常に増殖することによって特徴付けられる。移動した子宮内膜組織（ｄｉｓｐｌａｃｅｄ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  ｔｉｓｓｕｅ）は、卵巣、腸、または骨盤組織へと拡散する可能性があり、場合によって、正常な子宮内の子宮内膜組織と同様に、子宮周期において作用し続ける（肥厚し、崩壊し、出血することにより）。子宮周期は、ホルモンにより調節され、３つの主要な期（ｐｈａｓｅ）：月経期、増殖期、および分泌期を有する。分泌期は、分泌期早期段階（ｅａｒｌｙ  ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｓｔａｇｅ）、分泌期中期（ｍｉｄ−ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｐｈａｓｅ）、および分泌期後期（ｌａｔｅ  ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｐｈａｓｅ）へとさらに分けられることが多い。症状および重症度も、不妊治療に対する必要およびその成功の確度（ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）も、症例により変動する。
【０００４】
子宮内膜症の原因は、不明である。子宮内膜症についての、最も広く受容されている説明は、逆行性月経である。逆行性月経は、子宮内膜細胞を含有する経血が、体外へと流出するのとは対照的に、ファローピウス管を通って、骨盤腔へと逆流する場合に生じる。逆流液中に存在する子宮内膜細胞は、骨盤壁および骨盤内器官表面へと粘着し、そこで増殖し続けると考えられる。子宮内膜症について提起されている他の原因は、胚細胞の増殖、手術瘢痕への着床（ｓｕｒｇｉｃａｌ  ｓｃａｒ  ｉｍｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）、子宮内膜細胞の輸送、または免疫系の障害を含む。
【０００５】
子宮内膜症と関連する遺伝子について試験するための発現研究から、その病因についてのさらなる理解がもたらされている。例えば、発現研究は、多数の分子経路の誤調節が、子宮内膜症と関連することを指し示している。発現研究により、どの遺伝子が、子宮内膜症と相関するのかについての洞察が与えられる一方で、発現レベルおよび調節パターンに基づき、子宮内膜症を特徴付けるか、または子宮内膜症の処置について通知することを可能とする、一貫した手法は、いまだもたらされていない。
【０００６】
ＰＣＯＳとは、一般的な内分泌系障害であり、月経期間の不規則または消失、重い生理（ｈｅａｖｙ  ｐｅｒｉｏｄ）、体毛および顔毛の過剰、座瘡、骨盤の疼痛、妊娠の困難、ならびに肥厚し、暗色で、ビロード状の皮膚による斑点を含みうる症状を伴う。ＰＣＯＳから生じる生殖能障害は、食事による調整、排卵誘導薬、手術による介入、および体外受精（ＩＶＦ）などの生殖補助技法を含む多数の方法を使用して処置することができる。受精能に影響を及ぼす他の障害と同様、ＰＣＯＳを有する女性についても、これらの処置の成功率は、症例ごとに変動し、一般に予測可能ではなく理解されてもいない。
【０００７】
異数性とは、細胞内の異常な数の染色体の存在である。高い異数性率は、卵母細胞および胚の質が悪いことと関連することが多く、その両方とも、年齢と共に低下し、生存不可能な胚をもたらし、したがって、生殖能障害をもたらすことが多い。異数性率は、女性の年齢と共に増大すると考えられるが、その関連は十分に特徴付けられておらず、所与の個体についての異数性率を予測することができれば、家族計画および可能な不妊治療について通知するときに有用である。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Ｃｈａｎｄｒａ  Ａ、Ｃｏｐｅｎ  ＣＥ、Ｓｔｅｐｈｅｎ  ＥＨ、Ｉｎｆｅｒｔｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｉｍｐａｉｒｅｄ  ｆｅｃｕｎｄｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ，１９８２−２０１０：Ｄａｔａ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｕｒｖｅｙ  ｏｆ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｇｒｏｗｔｈ、Ｎａｔｉｏｎａｌ  ｈｅａｌｔｈ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｒｅｐｏｒｔｓ、６７号、Ｈｙａｔｔｓｖｉｌｌｅ、ＭＤ：Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ、２０１３年
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
言及した通り、生殖能障害の多くの症例は、処置可能であり、女性が妊娠し、出産日までベビーをはらむことを可能とする。ＩＶＦなど、一部の方法は、高価であり、有痛でありうるが、必ずしも所望の転帰をもたらさない。したがって、個々の患者が、所与の処置方法により成功する確度についての正確な見通しを提示し、患者がその確度を最大化できるようにすることは、処置レジメンに着手する前に極めて重要である。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明は、不妊ならびに関連する病態であって、子宮内膜症、ＰＣＯＳ、および高い異数性率を含む病態を評価するための方法およびシステムに関する。本発明は、子宮内膜症を評価し、処置コースについて通知するためのシステムおよび方法を含む。本発明の態様は、女性の子宮周期の多様な期と相関する、子宮内膜症の遺伝子シグネチャーを同定することを含む。ある特定の実施形態では、患者のゲノム発現データを、子宮内膜症と関連する、基準となる期特異的発現パターンと比較することにより、女性の期特異的子宮内膜症シグネチャーを同定する。期特異的子宮内膜症シグネチャーを活用して、正確な診断を提供し（例えば、患者の子宮周期の期を決定するか、または子宮内膜症の種類／重症度を決定し）、期特異的子宮内膜症シグネチャーに基づき、処置を適合させ（ｔａｉｌｏｒ）、かつ／または処置を、目的の期と一致するように適合させる。
【００１１】
本発明のシステムおよび方法はまた、ＰＣＯＳを有する患者におけるＩＶＦ不成功の危険性を評価することにも関する。一般に、方法は、肥満度指数（ＢＭＩ）などの尺度により、ＰＣＯＳを患う肥満患者を同定することと、ＩＶＦ処置における、着床、臨床的妊娠、および／または生児出生の転帰の確度を予測することとを含む。本発明は、年齢および卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）レベルを含む因子に基づき、異数性胚を生み出す個体の危険性を評価するためのシステムおよび方法を含む。
【００１２】
ある特定の態様に従い、子宮周期の特異的な期と関連する調節パターンに対応する、患者の遺伝子発現レベルを同定することにより、患者についての期特異的遺伝子シグネチャーを決定する。調節パターンは、子宮内膜症性状態を示す場合もあり、非子宮内膜症性状態を示す場合もある。子宮周期に特異的な調節パターンは、ある特定の患者集団、刊行物、研究、およびデータリポジトリー（タンパク質間相互作用および組織発現パターンを含む）を含む、１または複数の供給源に由来するデータを組み込む、コンセンサスデータセットから得ることができる。特定の実施形態では、調節パターンは、コンセンサスデータセットから得られた、子宮内膜症と関連する、統計的に有意な発現パターンを含む。ある特定の実施形態では、メタ解析を、コンセンサスデータセットに対して実施して、調節パターンを決定する。メタ解析により、異所性組織および／または正所性組織、子宮周期の期、特定の患者集団、例えば、不妊集団／非不妊集団、子宮内膜症についての診断が陽性の集団／陰性の集団、異所性組織の場所、疼痛、ならびに他の子宮内膜症関連症状など、多数の変数に基づきデータを加工し、これらにフィルターをかけることができる。
【００１３】
一部の実施形態では、本発明は、子宮内膜症を評価するための方法であって、子宮内膜症を有することが疑われる患者から得られた試料中に存在する転写物のレベルを決定する検査手技（ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ）を実行することと、患者の子宮周期における時点に特異的な調節パターンに対応する転写物レベルを同定することとを含む方法を提供する。一部の実施形態では、調節パターンの時点は、子宮周期の期である。次いで、同定された患者の転写物レベルを使用して、子宮内膜症を特徴付ける。特徴付けは、同定された転写物に基づき、被験体の子宮周期の期（複数可）を決定することを含みうる。加えて、特徴付けは、同定された転写物に基づき、子宮内膜症の種類／段階を決定することも含みうる。さらなる実施形態では、方法はさらに、特徴付けに基づき、子宮内膜症のための処置の種類（例えば、遺伝子または遺伝子と関連する生化学的経路を標的とする薬物または治療剤）または処置のタイミング（例えば、子宮周期のある特定の期における）を決定することを含みうる。
【００１４】
他の態様は、子宮内膜症の処置を対象とするための方法を伴う。ある特定の実施形態では、このような方法は、被験体の子宮周期の間の異なる時点にわたり、１または複数の遺伝子の発現レベルを決定することと、発現レベルが、非子宮内膜症性状態に照らして同期しないかまたは相違する、子宮周期内の間の時点を同定することとを含む。例えば、被験体は、ある特定の期において、遺伝子を差次的に発現しうる（増殖期における被験体の遺伝子の調節パターン（すなわち、上方調節／脱調節）が、増殖期における非子宮内膜症性調節パターンと異なる状況下では）。次いで、誤調節が指し示される期と一致するように、処置コースを指し示すことができる。加えて、誤調節に基づき、処置コース、例えば、遺伝子または遺伝子と関連する生化学的経路を標的とする薬物または治療剤も指し示すことができる。
【００１５】
さらなる実施形態は、子宮内膜症を分類するために、患者の子宮周期の多様な期にわたり、患者の遺伝子シグネチャーを決定することを伴う。このような方法は、被験体の子宮周期の異なる時点にわたり、子宮内膜症を有する被験体から得られた試料中の、１または複数の転写物の発現レベルを決定することを含む。次いで、決定された転写物レベルを、子宮周期の異なる時点に対応する基準転写物レベルと比較する。基準転写物レベルは、ある特定の被験体の集団から得られた、１または複数の転写物のコンセンサス発現レベル（ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｌｅｖｅｌ）でありうる。基準レベルのための集団をなす被験体は、ある特定の表現型形質（例えば、子宮内膜症について陽性、子宮内膜症について陰性、不妊性、受胎性、ある特定の年齢、または体重など）に基づき選ぶことができる。比較に基づき、子宮周期の各時点における差次的転写物を決定する。各時点における差次的転写物を、それぞれの時点についての、被験体の遺伝子シグネチャーと考える。次いで、被験体の遺伝子シグネチャーを使用して、子宮内膜症を分類する、例えば、子宮内膜症の種類／段階を決定し、被験体の遺伝子シグネチャーに特異的な処置コースを決定することができる。
【００１６】
本発明のある特定の態様は、子宮内膜症を評価するためのアレイを含む。アレイは、基材と、個別のアドレス可能な位置において、基材へと結合させた複数のオリゴヌクレオチドとを含む。オリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、以下の遺伝子：ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥ１１Ａ、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂ、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＰＤＧＦＣ、ＣＸＣＬ１４、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、およびＳＯＲＢＳ１のうちの１つの部分とハイブリダイズする。
【００１７】
ある特定の態様では、本発明のシステムおよび方法は、患者が、ＰＣＯＳと診断され、患者のＢＭＩが、閾値レベルを超えるか、またはこれと等しい場合、患者のＩＶＦ処置の成功の確率が低下することを決定することに関する。ある特定の実施形態では、閾値レベルは、３０ｋｇ／ｍ２でありうる。
【００１８】
ある特定の態様では、本発明の方法は、将来における異数性率を評価することに関する。方法は、個体から得られた試料中の卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）レベルを決定する検査手技を実行することと、ＦＳＨレベルを、個体の年齢とマッチさせることとを含む。方法はまた、所与の年齢において異数性胚を生み出す予測される危険性を、前記マッチさせるステップに基づき同定するステップも含む。
【００１９】
ある特定の実施形態では、試料は、個体から得られた血液または尿を含みうる。マッチさせるステップは、ＦＳＨレベルを閾値レベルと比較することを含みうる。ＦＳＨレベルが閾値レベルを下回る、多様な実施形態では、予測される危険性は、異数性胚を生み出す初期の危険性をとること（ｔａｋｉｎｇ）、および、その危険性を、思春期を越える個体の年齢の各年について約１０％ずつ増大させることにより同定することができる。ＦＳＨレベルが閾値レベルを上回る、代替方法では、予測される危険性は、異数性胚を生み出す初期の危険性をとること、および、その危険性を、思春期を越える個体の年齢の各年について約１５％ずつ増大させることにより同定することができる。ある特定の実施形態では、閾値レベルは、約１３ｍＵＩ／ｍＬでありうる。方法は、個体について、処置コースの促進を推奨する報告書を作成すること、または採卵および低温保存を推奨する報告書を作成することを含みうる。ある特定の実施形態では、方法は、ＦＳＨレベルが閾値レベルを超える場合、個体から採卵しそれを低温保存することを含みうる。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】図１は、子宮周期が、増殖期段階（ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ｓｔａｇｅ）から分泌期後期段階（ｌａｔｅ  ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｓｔａｇｅ）へと進むときの、子宮内膜内層の厚さの変化を例示する図である。
【図２】図２は、メタ解析工程についての概略的例示を提示する図である。
【図３】図３は、逆行性月経を例示する図である。
【図４】図４は、子宮内膜症と関連する状態を例示する図である。
【図５】図５は、データのメタ解析で試験された、子宮内膜症と関連する、多様なパラメータを例示する図である。
【図６Ａ】図６Ａは、増殖期、分泌期早期（ｅａｒｌｙ  ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｐｈａｓｅ）、分泌期中期、および分泌期後期にわたり、試料の正所性子宮内膜の遺伝子発現を例示する図である。
【図６Ｂ】図６Ｂは、増殖期、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期にわたり、子宮内膜症陽性試料の異所性子宮内膜の遺伝子発現を例示する図である。
【図７】図７は、子宮内膜症集団と、正常集団との期特異的遺伝子シグネチャーの差違を例示する図である。
【図８】図８は、増殖期段階において上方調節および脱調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する図である。
【図９】図９は、分泌期早期段階において上方調節および脱調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する図である。
【図１０】図１０は、分泌期中期〜分泌期後期において上方調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する図である。
【図１１】図１１は、いくつかの診断群について、コホートの百分率を例示する図である。
【図１２】図１２は、マルチサイクルのＩＶＦデータを解析するための方法を例示する図である。
【図１３】図１３は、いくつかの診断群について、採卵、生存可能な胚の数、着床率、および生児出生の転帰に対する肥満の影響を例示する図である。
【図１４】図１４は、本発明の方法を実施するためのシステムを例示する図である。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
本発明は一般に、被験体における子宮内膜症を評価し、処置コースについて通知するための方法およびシステムに関する。本発明の態様は、女性の子宮周期の多様な期（ｐｈａｓｅ）と相関する、子宮内膜症についてのゲノムシグネチャーを同定することを含む。期特異的子宮内膜症シグネチャーを活用して、正確な診断を提供し（例えば、患者の子宮周期の期を決定するか、または子宮内膜症の種類／重症度を決定し）、期特異的子宮内膜症シグネチャーに基づき、処置を適合させ、かつ／または特定の期と一致するように、処置を適合させる。
【００２２】
本発明の方法は、子宮内膜症を特徴付け、子宮内膜症の処置について通知することに関する。子宮内膜症とは、子宮の外側における子宮内膜組織の異常な増殖である。子宮の外側における子宮内膜組織を、異所性組織と称するのに対し、子宮の内側を覆う正常な子宮内膜組織は、正所性組織と称することが多い。場合によって、異所性子宮内膜組織は、正所性組織と同様に挙動する、すなわち、子宮（または月経）周期の経過にわたり、肥厚し、出血する。正所性組織と異なり、異所性組織から生成した月経液は、直接的な排出路を有さない。結果として、子宮内膜症性癒着部位において、嚢胞が形成されることが多く、周辺の領域は、慢性的に炎症状態となる可能性があり、これにより、免疫と関連する細胞応答および組織のリモデリングが誘発される。
【００２３】
子宮内膜症には、いくつかの異なる種類／段階がある。子宮内膜症の段階は、異所性組織の場所、量、深さ、およびサイズに基づく。具体的な評価基準は、組織の広がり（ｅｘｔｅｎｔ）および拡散、疾患における骨盤構造の関与、骨盤癒着の広がり、ならびにファローピウス管の目詰まりを含む。ステージＩ（微細段階（ｓｕｂｔｌｅ  ｓｔａｇｅ））は、極小の異所性組織、すなわち、１〜３ｍｍの微小な嚢胞様成長を伴う。ステージＩＩ（定型段階）は、１〜２ｃｍに及びうる、嚢胞および線維性成長を含む、軽度の異所性組織を含む。ステージＩＩＩ（嚢胞性卵巣段階）は、卵巣を覆う、４〜１５ｃｍの範囲の大型の嚢胞を伴う。ステージＩＶ（重症段階）は、骨盤構造の大部分を覆う、広範に拡散する充実性腫瘍を伴う。
【００２４】
子宮内膜組織（正所性子宮内膜組織および異所性子宮内膜組織の両方）を統御する子宮周期は、いくつかの異なる期を有する。異なる期は、ホルモンの変化によって特徴付けられ、このため、期は、人によって変動する。子宮周期は、月経期（ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｐｈａｓｅ）または月経期（ｍｅｎｓｔｒｕａｔｉｏｎ  ｐｈａｓｅ）と共に始まる。月経期（ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｐｈａｓｅ）とは、子宮内膜が月経流として脱落する期である。正所性組織では、月経流は、子宮頚部および膣から流れ出るのに対し、異所性組織では、月経流を排出することができない。月経流の１日目を、月経周期の１日目と定義する。月経期は、約３〜７日間にわたり持続する。月経期の間、脳下垂体は、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を分泌し始める。ＦＳＨの上昇は、増殖期（卵胞期）を誘発する。
【００２５】
増殖期とは、卵巣の内部の卵胞が、排卵を準備して発達および成熟する、子宮周期の一部である。ＦＳＨのレベルは、増殖期において血流中で増加し、卵胞の成熟を刺激する。卵胞は各々、卵子を含有するが、通例１つだけが、完全な成長に達し、排卵のときに放出される。これもまた増殖期において、卵巣は、エストロゲンを産生し、これが、子宮内膜組織を肥厚させる。エストロゲンレベルがピークに達したら、脳下垂体は、黄体形成ホルモン（ＬＨ）の分泌に好都合となるように、ＦＳＨの分泌を緩める。ＬＨレベルの上昇は、成熟した卵胞を破裂させ、卵子を放出させる。放出された卵子は、ファローピウス管へと移動する。卵子の放出は、排卵と呼ばれ、排卵は、通例、次の子宮周期の開始から約１４日に生じる。
【００２６】
排卵の終了は、分泌期（黄体期）の開始を特徴づける。分泌期において、ＬＨおよびＦＳＨは、減少する。破裂した卵胞は、卵子を放出した後で閉じ、黄体を形成し、これにより、プロゲステロンが産生される。エストロゲンレベルは、分泌期において高く、プロゲステロンおよびエストロゲンは、可能な受精を準備するために、子宮の内層をさらに肥厚させる。卵子が受精しなければ、黄体は退行し、プロゲステロンの産生は止まり、エストロゲンレベルは低下する。最終的に、子宮内膜内層の上層が崩壊し、脱落し、新たな子宮周期を開始させる。分泌期の進行は、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期へとさらに分けることができる。図１は、子宮周期が、増殖期段階から分泌期後期段階へと進むときの、子宮内膜内層の厚さの変化を例示する。
【００２７】
本発明の態様では、子宮周期にわたる異なる時点において、遺伝子発現パターンを決定および解析する。ある特定の実施形態では、異なる時点は、子宮周期の多様な期である。例えば、１または複数の遺伝子の発現レベルは、月経期、増殖期、または分泌期（早期、中期、または後期）において決定することができる。
【００２８】
本発明の方法は、試料、例えば、子宮内膜関連遺伝子または子宮内膜関連遺伝子産物を含むことが疑われる、組織または体液を得ることを伴う。試料は、任意の臨床的に許容可能な方式で回収することができる。組織とは、例えば、ヒトまたは他の哺乳動物に由来する、連結された細胞（ｃｏｎｎｅｃｔｅｄ  ｃｅｌｌｓ）および／または細胞外マトリックス材料の塊、例えば、皮膚組織、子宮内膜組織、鼻孔組織、ＣＮＳ組織、神経組織、眼組織、肝臓組織、腎臓組織、胎盤組織、乳腺組織、胎盤組織、消化管組織、筋骨格組織、生殖泌尿組織、骨髄などであり、細胞および／または組織と関連する、連結材料および液体材料を含む。体液とは、例えば、ヒトまたは他の哺乳動物に由来する液体材料である。このような体液は、粘液、血液、血漿、血清、血清派生物、胆汁、血液、母体血液、痰、唾液、汗、羊水、月経液、乳腺液、卵巣の卵胞液、ファローピウス管液、腹腔液、尿、および腰椎ＣＳＦまたは脳室ＣＳＦなどの脳脊髄液（ＣＳＦ）を含むがこれらに限定されない。試料はまた、微細針吸引物または生検組織であってもよい。試料はまた、細胞または生物学的材料を含有する培地であってもよい。ある特定の実施形態では、不妊関連遺伝子または不妊関連遺伝子産物は、配偶子細胞、性腺組織、受精胚、および胎盤など、生殖細胞内または生殖組織内で見出すことができる。ある特定の実施形態では、試料は、取り出された母体血液または唾液である。
【００２９】
特定の実施形態では、試料を、子宮内膜組織から得る。子宮内膜組織は、正所性（例えば、正常な子宮内の子宮内膜組織）の場合もあり、異所性（例えば、誤配置された子宮内膜組織）の場合もある。子宮内膜組織試料は、子宮周期の異なる時点にわたり得ることができる。
【００３０】
下記に記載される検査手技（例えば、マイクロアレイ、または核酸抽出、富化、増幅、もしくはシークエンシングを使用して、発現レベルを決定する）を、試料に対して実施して、１または複数の転写物についての発現レベルを決定する。核酸は、当技術分野で公知の方法に従い、試料から抽出する。例えば、その内容が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｍａｎｉａｔｉｓら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．、２８０〜２８１頁、１９８２年を参照されたい。ある特定の実施形態では、ゲノム試料を被験体から回収するのに続き、例えば、目的の子宮内膜に関連する遺伝子または子宮内膜に関連する遺伝子断片を含むヌクレオチドアレイとのハイブリダイゼーションにより、目的の遺伝子領域または遺伝子断片について富化する。試料は、ハイブリッド捕捉など、当技術分野で公知の方法を使用して、目的の遺伝子（例えば、子宮内膜関連遺伝子）について富化することができる。例えば、その内容が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｌａｐｉｄｕｓ（米国特許第７，６６６，５９３号）を参照されたい。
【００３１】
ＲＮＡは、細胞の溶解およびその中に含有されるタンパク質の変性を伴う手技により、真核細胞から単離することができる。目的の組織は、配偶子細胞、性腺組織、子宮内膜組織、受精胚、および胎盤を含む。ＲＮＡは、その中に含有されるタンパク質の変性を伴う手技により、目的の体液から単離することができる。目的の体液は、血液、月経液、乳腺液、卵巣の卵胞液、腹腔液、または培養培地を含む。さらなるステップを援用して、ＤＮＡを除去することができる。細胞溶解は非イオン系界面活性剤により遂行し、続くマイクロ遠心分離により核を除去して、細胞内ＤＮＡのバルクを除去することができる。一実施形態では、ＲＮＡは、目的とする多様な種類の細胞から、チオシアン酸グアニジウム溶解、これに続く、ＲＮＡをＤＮＡから分離するためのＣｓＣｌ遠心分離によって抽出する（Ｃｈｉｒｇｗｉｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１８巻：５２９４〜５２９９頁（１９７９年））。ポリ（Ａ）＋ＲＮＡは、オリゴ−ｄＴセルロースを用いる選択により選択する（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ−−Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ（２版）、１〜３巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．（１９８９年）を参照されたい）。代替的に、ＲＮＡの、ＤＮＡからの分離は、例えば、熱フェノールまたはフェノール／クロロホルム／イソアミルアルコールを用いる有機抽出により遂行することもできる。所望の場合、ＲＮアーゼ阻害剤を、溶解緩衝液へと添加することができる。同様に、ある特定の細胞型のためには、タンパク質の変性／消化ステップを、プロトコールへと追加することも所望でありうる。
【００３２】
多くの適用では、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）およびリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）など、他の細胞内ＲＮＡに対して、ｍＲＮＡを優先的に富化することが望ましい。大半のｍＲＮＡは、それらの３’末端において、ポリ（Ａ）テールを含有する。このため、例えば、セルロースまたはＳＥＰＨＡＤＥＸなどの固体支持体へとカップリングさせた、オリゴ（ｄＴ）またはポリ（Ｕ）を使用して、それらをアフィニティークロマトグラフィーにより富化することが可能である（Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、２巻、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９４年）を参照されたい）。結合させたら、２ｍＭのＥＤＴＡ／０．１％ＳＤＳを使用して、ポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡを、アフィニティーカラムから溶出させる。
【００３３】
ある特定の実施形態に従い、患者の発現レベルを、子宮周期における期に特異的な基準データと比較する。基準データは、期特異的子宮内膜症シグネチャー（異所性シグネチャー）を含む場合もあり、期特異的正常シグネチャー（正所性）を含む場合もある。シグネチャーは、正常患者、子宮内膜症患者、またはこれらの両方から得られた発現データの１または複数の供給源に対して、メタ解析を実行することにより決定することができる。本発明に従う使用に適するメタ解析については、本明細書の後出で記載する。期特異的シグネチャーは、健常組織または罹患組織が呈する調節パターンであることが典型的である。子宮内膜症と関連する調節パターンは、子宮周期の多様な期にわたる、上方調節される遺伝子または脱調節される遺伝子および誤調節変化を含むことが典型的である。上方調節とは、細胞内で生じる過程であって、シグナル（細胞の内部または外部から発せられる）により誘発される過程であり、この結果として、１または複数の遺伝子の発現の増大がもたらされ、結果として、これらの遺伝子によりコードされるタンパク質（複数可）の増大がもたらされる。逆に、脱調節とは、遺伝子および対応するタンパク質の発現の減少を結果としてもたらす過程である。ある特定の実施形態では、基準データは、特定の患者集団（例えば、子宮内膜症集団または正常集団）と関連する、コンセンサス発現レベルを含みうる。
【００３４】
以下：ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥ１１Ａ、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂ、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＰＤＧＦＣ、ＣＸＣＬ１４、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、およびＳＯＲＢＳ１は、それらの発現レベルが、子宮内膜症と有意に相関する遺伝子のリストである。図８において示される通り、増殖期と関連して脱調節される遺伝子は、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂを含む。増殖期と関連して上方調節される遺伝子は、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１４を含む。図９において指し示される通り、分泌期早期と関連して脱調節される遺伝子は、ＣＸＣＬ１３を含む。分泌期早期と関連して上方調節される遺伝子は、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂを含む。図１０において示される通り、分泌期中期〜後期と関連して上方調節される遺伝子は、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、およびＳＯＲＢＳ１を含む。
【００３５】
子宮内膜症と関連する期特異的遺伝子についてはまた、Ｈａｗｋｉｎｓ，  Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｍ．ら、「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  ｉｎｖｏｌｖｅｄ  ｉｎ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ」、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ、２５巻、５号（２０１１年）：８２１〜８３２頁；Ｓｈａ，  Ｇ．ら、「Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ  ｄｅｒｉｖｅｄ  ｆｒｏｍ  ｅｕｔｏｐｉｃ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｕｍ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ  ｃｏｍｐａｒｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔｈｏｓｅ  ｆｒｏｍ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ」、Ｈｕｍａｎ  ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ、２２巻、１２号（２００７年）：３１５９〜３１６９頁；Ｂｕｒｎｅｙ，  Ｒｉｃｈａｒｄ  Ｏ．ら、「Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｕｍ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｐｒｏｇｅｓｔｅｒｏｎｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ａｎｄ  ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｗｏｍｅｎ  ｗｉｔｈ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ」、Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ、１４８巻、８号（２００７年）：３８１４〜３８２６頁；Ｃｒｉｓｐｉ，  Ｓｔｅｆａｎｉａら、「Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ｇｅｎｅｓ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｔｏ  ｏｒｇａｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｄｅｆｅｃｔｓ」、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ、２２８巻、９号（２０１３年）：１９２７〜１９３４頁；Ｅｙｓｔｅｒ，  Ｋａｔｈｌｅｅｎ  Ｍ．ら、「Ｗｈｏｌｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｅｃｔｏｐｉｃ  ｖｅｒｓｕｓ  ｅｕｔｏｐｉｃ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｕｍ」、Ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｔｅｒｉｌｉｔｙ、８８巻、６号（２００７年）：１５０５〜１５３３頁；Ｈｅｖｅｒ，  Ａｎｉｋｏら、「Ｈｕｍａｎ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｓｉｓ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｐｌａｓｍａ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｂ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ」、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１０４巻、３０号（２００７年）：１２４５１〜１２４５６頁；Ｈｕｌｌ，  Ｍ．  Ｌｏｕｉｓｅら、「Ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ−ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｄｕｒｉｎｇ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｔｉｃ  ｌｅｓｉｏｎ  ｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔ」、Ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｐａｔｈｏｌｏｇｙ、１７３巻、３号（２００８年）：７００〜７１５頁；Ｔａｌｂｉ，  Ｓ．ら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｕｍ  ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｅｓ  ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｃｙｃｌｅ  ｐｈａｓｅｓ  ａｎｄ  ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ  ｂｉｏｌｏｇ���ｃａｌ  ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ  ｉｎ  ｎｏｒｍｏ−ｏｖｕｌａｔｏｒｙ  ｗｏｍｅｎ」、Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ、１４７巻、３号（２００６年）：１０９７〜１１２１頁においても記載されている。
【００３６】
ある特定の態様に従い、本発明の方法は、多数の子宮内膜症に関連する供給源から得られたデータに基づき、期特異的遺伝子の基準データ（すなわち、シグネチャーまたは調節パターン）を得ることをもたらす。データ供給源は、子宮内膜症に関連する、公開または非公開のデータベースを含みうる。基準の子宮内膜症データセットは、類似するバックグラウンドまたは多様なバックグラウンドの多数の患者、様々な試料型、および異なる時点にわたり採取された試料から得られたデータを含みうる。ある特定の実施形態では、データセットと関連するパラメータは、年齢、子宮内膜症についての陰性／陽性の診断、疾患の段階／種類、子宮内膜症と関連する疼痛、妊娠回数／経産回数、子宮内膜腫位置、組織サンプリング方法、子宮周期の期、および人種を含む。
【００３７】
図２は、メタ解析工程についての概略的例示を提示する。図２において示される通り、マイクロアレイデータは、子宮内膜症を有する患者の組織と、正常患者（例えば、正常患者）の組織との間の遺伝子発現の差違について試験するいくつかの研究から得る。遺伝子発現と、子宮内膜症との関連は、各症例内で解析することもでき、分散分析を使用して、症例と対照とを比較することにより解析することもできる。ある特定の実施形態に従い、マイクロアレイデータは、患者のばらつき、組織型、サンプリング時の子宮期、実験の技法などに起因して、研究間で異なりうる。マイクロアレイデータを、システムへと入力し、発現データを処理して正規化し、次いで、統計解析にかけて、統計的有意性を有する子宮内膜症に関連する発現パターンを同定する。統計的パラメータは、統計的に有意な遺伝子発現パターンを同定するように選ぶことができる。データに基づき、システムはまた、子宮周期の特異的な期と関連する、統計的に有意な発現パターンも同定しうる。
【００３８】
ロジスティック回帰方法については、例えば、それらの各々の内容が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｒｕｃｚｉｎｓｋｉ（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｎｄ  Ｇｒａｐｈｉｃａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ、１２巻：４７５〜５１２頁、２００３年）；Ａｇｒｅｓｔｉ（Ａｎ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｃａｔｅｇｏｒｉｃａｌ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｉｎｃ．、１９９６年、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、８章）；およびＹｅａｔｍａｎら（米国特許出願第２００６／０１９５２６９号）において記載されている。
【００３９】
関連を解析するための、他のアルゴリズムも公知である。例えば、アウトカムの確率の範囲を予測する、多重加法型回帰樹木法（ＭＡＲＴ）モデルを生成するのに、確率勾配ブースティングを使用する。各ツリーは、その可能な帰結により、患者パラメータを分割する再帰判定グラフ（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｇｒａｐｈ  ｏｆ  ｄｅｃｉｓｉｏｎ）であり、各ノードは、問い（例えば、ＦＳＨレベルは、ｘを超えるか？）を表し、そのノードから分岐するブランチは、下される判定（例えば、超える、または超えない）を表す。各ノードに対応する問いの選び出しは、自動化されている。ＭＡＲＴモデルとは、反復的に作成される回帰ツリーの重み付け和である。各反復では、回帰ツリーを、予測誤差への関与が大きな試料に優先度を与える評価基準に従い当てはめる。このツリーを、既存のツリーに加え、予測誤差を再度計算し、サイクルを続け、予測の漸進的な洗練をもたらす。この方法の強みには、それらの複雑な相互作用について事前に知ることなしに多くの変数を解析することが含まれる。
【００４０】
一般化線形モデルと呼ばれる異なる手法は、アウトカムを、予測因子変数についての関数の重み付け和として表す。重みは、トレーニングセットセットについての予測誤差を最小化する、最小二乗法またはベイズ法に基づき計算する。予測因子の重みは、他の予測因子を一定に保ちながら、その予測因子を変化させることの、アウトカムに対する効果を明らかにする。共線性として公知の現象において、１または複数の予測因子が高度に相関する場合、それらの重みの相対的価値は、それほど有意味ではなくなり、モデルからほぼ冗長である変数を除外することなどにより、この共線性を除去する措置を講じなくてはならない。こうして、適正に解釈された場合、重みは、予測因子の相対的重要性を表す。一般化線形モデルの、それほど一般的でない定式化は、線形回帰モデル、多重回帰モデル、および多因子ロジスティック回帰モデルを含み、医学界において、臨床的予測因子としてよく使用されている。
【００４１】
子宮内膜症と関連する発現レベルであって、統計的に有意な発現レベルを決定するために、一連のロジスティック回帰モデルを使用することができる。ｐ値およびオッズ比を、統計的推定のために使用することができる。ロジスティック回帰モデルは、一般的な統計的分類モデルである。異なる期にわたる子宮内膜症性発現パターンであって、統計的に有意な発現パターンは、疾患についてのバイオマーカーまたはシグネチャーと考えられる。
【００４２】
本発明の態様に従い、次いで、基準となる期特異的子宮内膜症性シグネチャーを使用して、患者の期特異的子宮内膜症性シグネチャーを同定し、患者の子宮内膜症を分類し、患者の子宮内膜症の処置を適合させることができる。
【００４３】
ある特定の実施形態では、子宮周期における１または複数の時点にわたる患者の発現データを、基準となる期特異的発現レベルと比較することにより、患者の遺伝子シグネチャーを同定する。子宮内膜症についての、患者の期特異的な遺伝子シグネチャーは、基準となる期特異的基準データと同じ発現レベルを含む場合もあり、これと相違する発現レベルを含む場合もある。例えば、基準となる期特異的パターンまたは発現データは、子宮内膜症を有する被験体の発現レベルを表しうる。このような場合には、患者の発現レベルと基準との間の類似が、患者の期特異的遺伝子シグネチャーを指し示しうる。別の例では、基準となる期特異的パターンまたは発現データは、子宮内膜症を有さない被験体の発現レベルを表しうる。このような場合には、患者の発現レベルと基準との間の相違が、患者の期特異的遺伝子シグネチャーを指し示しうる。
【００４４】
患者の期特異的子宮内膜症シグネチャーを同定することにより、処置レジメンを、患者のシグネチャーを対象とする通知のための報告において、処方または明示することができる。例えば、遺伝子または遺伝子と関連する生化学的経路を標的とする、薬物または治療剤を処方することができる。ある特定の実施形態では、処置コースを、各期における患者の発現シグネチャーに対して適合させる。例えば、処置を、期（増殖期など）のうちの１つだけにおいて指し示すこともでき、異なる処置を、２つまたはこれを超える期について指し示すこともできる。したがって、本発明の方法は、処置のタイミングおよび種類の両方を通知するのに有利である。
【００４５】
ある特定の実施形態では、本発明は、子宮内膜症を評価するための方法であって、子宮内膜症を有することが疑われる患者の試料に存在する転写物のレベルを決定することと、子宮周期における時点に特異的な調節パターンに対応するこれらの転写物レベルを同定することと、同定された転写物レベルに基づき、子宮内膜症を特徴付けることとを含む方法を提供する。一部の実施形態では、調節パターンの時点は、子宮周期の期である。特徴付けは、同定された転写物に基づき、被験体の子宮周期の期（複数可）を決定することを含みうる。加えて、特徴付けは、同定された転写物に基づき、子宮内膜症の種類／段階を決定することを含みうる。さらなる実施形態では、方法はさらに、特徴付けに基づき、子宮内膜症のための処置のタイミングまたは種類を決定することも含みうる。
【００４６】
他の実施形態は、子宮内膜症の処置を対象とするための方法を伴う。例えば、子宮内膜症の処置を対象とするための一部の実施形態は、被験体の子宮周期の間の異なる時点にわたり、１または複数の遺伝子の発現レベルを決定することと、発現レベルが、非子宮内膜症性状態に照らして同期しないかまたは相違する、子宮周期の間の時点を同定することと、被験体に特異的な処置コースであって、同定された時点と一致する処置コースについて通知することとを含む。例えば、被験体は、増殖期の間の、被験体の遺伝子の調節パターン（すなわち、上方調節／脱調節）が、増殖期における非子宮内膜症性調節パターンと異なる状況下では、ある特定の期において、遺伝子を差次的に発現しうる。処置は、ホルモン療法（例えば、ホルモン性避妊薬、ゴナドトロピン放出ホルモン（Ｇｎ−ＲＨ）アゴニストおよびＧｎ−ＲＨアンタゴニスト、メドロキシプロゲステロン、ならびにダナゾール）、子宮内膜組織を除去する手術、なおまたは子宮摘出術など、様々な公知の方法を伴いうる。
【００４７】
さらなる実施形態は、患者の子宮周期の多様な期にわたり、患者の期特異的遺伝子シグネチャーを決定して、子宮内膜症を分類することを伴う。このような方法は、被験体の子宮周期の異なる時点にわたり、子宮内膜症を有する被験体から得られた試料中の、１または複数の転写物の発現レベルを決定することを含む。次いで、決定された転写物レベルを、子宮周期の異なる時点に対応する基準転写物レベルと比較する。基準転写物レベルは、患者集団から得られた、１または複数の転写物のコンセンサス発現レベルでありうる。基準レベルのために選ばれる患者集団は、ある特定の表現型形質（例えば、子宮内膜症について陽性、子宮内膜症について陰性、不妊性、受胎性、ある特定の年齢、または体重など）に基づき選ぶことができる。比較に基づき、子宮周期の各時点における差次的転写物を決定する。各時点における差次的転写物を、それぞれの時点についての、被験体の遺伝子シグネチャーと考える。次いで、被験体の遺伝子シグネチャーを使用して、子宮内膜症を分類する、例えば、子宮内膜症の種類／段階を決定し、被験体の遺伝子シグネチャーに特異的な処置コースを決定することができる。
【００４８】
ある特定の態様では、本発明は、生体試料中に存在する転写物を評価することを伴う。このような方法は、総ＲＮＡから増幅されたｃＤＮＡを調製することを伴いうる。ｃＤＮＡは、単離されたＲＮＡ試料を希釈したり、単離されたＲＮＡ中の遺伝子材料の混合物を、個別の反応試料へと分配したりせずに、調製し、無差別的に増幅する。増幅は、ｍＲＮＡおよび非ポリアデニル化転写物の両方の増幅を可能とするように、試料中の全トランスクリプトームにわたって、３’末端からおよびランダムに開始することが好ましい。こうして、二本鎖ｃＤＮＡ増幅産物を、次世代シークエンシングプラットフォームのためのシークエンシングライブラリーの生成のために最適化する。本発明の方法に従い、ｃＤＮＡを増幅するのに適するキットは、例えば、Ｏｖａｔｉｏｎ（登録商標）ＲＮＡ−Ｓｅｑ  Ｓｙｓｔｅｍを含む。
【００４９】
本発明の方法はまた、増幅されたｃＤＮＡのシークエンシングも伴う。増幅されたｃＤＮＡ混合物を配列決定するのに、任意の公知のシークエンシング方法を使用しうるが、単一分子シークエンシング方法が好ましい。増幅されたｃＤＮＡは、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（本明細書ではまた、「ＲＮＡ−Ｓｅｑ」とも称する）により配列決定することが好ましい。全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒプラットフォーム、ＡＢＩ  Ｓｏｌｉｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇプラットフォーム、またはＬｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅの４５４  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇプラットフォームなど、様々な次世代シークエンシングプラットフォームを使用して遂行することができる。
【００５０】
生体試料中の差次的転写物レベルはまた、マイクロアレイ技法を使用して解析することもできる。増幅されたｃＤＮＡを使用して、任意の出産前状態、または任意の種類のがん、炎症性疾患、もしくは自己免疫疾患など、１または複数の状態または疾患と関連する遺伝子転写物を含有するマイクロアレイをプローブすることができる。
【００５１】
ある特定の態様では、本発明は、個別のアドレス可能な位置において基材へと結合させた、複数のオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイであって、オリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１つが、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥ１１Ａ、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂ、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＰＤＧＦＣ、ＣＸＣＬ１４、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、およびＳＯＲＢＳ１から選択される遺伝子の部分とハイブリダイズするマイクロアレイを提供する。
【００５２】
当技術分野では、マイクロアレイを構築する方法が公知である。例えば、その内容が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｙｅａｔｍａｎら（米国特許出願第２００６／０１９５２６９号）を参照されたい。
【００５３】
マイクロアレイは、ポリヌクレオチド配列を含むプローブを選択し、次いで、このようなプローブを、固体支持体または固体表面へと固定することにより調製する。例えば、プローブは、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、またはＤＮＡとＲＮＡとのコポリマー配列を含みうる。プローブのポリヌクレオチド配列はまた、ＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡ類似体、またはこれらの組合せも含みうる。例えば、プローブのポリヌクレオチド配列は、ゲノムＤＮＡの完全断片の場合もあり、部分断片の場合もある。プローブのポリヌクレオチド配列はまた、合成オリゴヌクレオチド配列など、合成されたヌクレオチド配列であってもよい。プローブ配列は、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて酵素的に合成することもでき、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて（例えば、ＰＣＲにより）酵素的に合成することもでき、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて非酵素的に合成することもできる。
【００５４】
本発明の方法において使用される１または複数のプローブは、多孔性の場合もあり、非多孔性の場合もある固体支持体へと固定することが好ましい。例えば、本発明のプローブは、ポリヌクレオチドの３’末端または５’末端において、ニトロセルロース膜もしくはニトロセルロースフィルターまたはナイロン膜もしくはナイロンフィルターへと、共有結合的に付着させたポリヌクレオチド配列でありうる。当技術分野では、このようなハイブリダイゼーションプローブが周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ−−Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ（２版）、１〜３巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．（１９８９年）を参照されたい）。代替的に、固体支持体または固体表面は、ガラスまたはプラスチック表面であってもよい。特に好ましい実施形態では、その表面に、ＤＮＡもしくはＤＮＡ模倣体の集団、または、代替的に、ＲＮＡもしくはＲＮＡ模倣体の集団など、ポリヌクレオチドの集団を固定した固相からなる、プローブのマイクロアレイとのハイブリダイゼーションレベルを測定する。固相は、非多孔性材料の場合もあり、任意選択で、ゲルなどの多孔性材料の場合もある。
【００５５】
好ましい実施形態では、マイクロアレイは、各々が、本明細書で記載される遺伝子のうちの１つ、特に、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥ１１Ａ、ＣＣＮＡ２、ＫＩＦ２０Ａ、ＢＵＢ１Ｂ、ＨＳＤ１７Ｂ６、ＨＳＤ１１Ｂ１、Ｃ７、Ｃ３、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＰＤＧＦＣ、ＣＸＣＬ１４、ＡＣＴＡ２、ＴＡＧＬＮ、およびＳＯＲＢＳ１のうちの１つを表す、結合性（例えば、ハイブリダイゼーション）部位または「プローブ」の順序付けられたアレイを伴う、支持体または表面を含む。好ましくは、マイクロアレイは、アドレス可能なアレイであり、より好ましくは、位置アドレス可能なアレイである。より具体的には、アレイの各プローブは、各プローブの実体（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）（すなわち、配列）を、アレイ内の（すなわち、支持体上または表面上の）その位置から決定しうるように、固体支持体上の、既知の、所定の位置に配置することが好ましい。好ましい実施形態では、各プローブを、単一部位において、固体支持体へと、共有結合的に付着させる。
【００５６】
マイクロアレイは、多数の方式で作製することができ、それらのうちのいくつかについては、下記で記載される。しかし、作製されたマイクロアレイは、ある特定の特徴を共有する。アレイは、複製可能であり、所与のアレイの複数のコピーを生成し、互いと容易に比較することを可能とする。マイクロアレイは、結合（例えば、核酸ハイブリダイゼーション）条件下で安定な材料から作製することが好ましい。マイクロアレイは、小型、例えば、１ｃｍ２〜２５ｃｍ２の間、１２ｃｍ２〜１３ｃｍ２の間、または３ｃｍ２であることが好ましい。しかし、また、大型のアレイも想定され、例えば、アレイのスクリーニングにおける使用のために好ましい場合がある。マイクロアレイ内の所与の結合性部位または結合性部位の固有のセットは、細胞内の単一の遺伝子の産物（例えば、特異的なｍＲＮＡ、またはこれに由来する特異的なｃＤＮＡ）に特異的に結合する（例えば、これとハイブリダイズする）ことが好ましい。しかし、一般に、他の関連の配列または類似の配列も、所与の結合性部位と交差ハイブリダイズする。
【００５７】
本発明のマイクロアレイは、それらの各々が、検出されるＲＮＡまたはＤＮＡの部分配列と相補的なポリヌクレオチド配列を有する、１または複数の被験プローブを含む。固体表面上の各プローブの位置は、既知であることが好ましい。実際、マイクロアレイは、好ましくは、位置アドレス可能なアレイである。具体的には、アレイの各プローブは、各プローブの実体  （すなわち、配列）を、アレイ上の（すなわち、支持体上または表面上の）その位置から決定しうるように、固体支持体上の、既知の、所定の位置に配置することが好ましい。
【００５８】
本発明によると、マイクロアレイとは、各位置が、本明細書で記載されるバイオマーカーのうちの１つを表すアレイ（すなわち、マトリックス）である。例えば、各位置は、ゲノムＤＮＡに基づくＤＮＡまたはＤＮＡ類似体であって、その遺伝子マーカーから転写される特定のＲＮＡまたはｃＤＮＡが特異的にハイブリダイズしうる、ＤＮＡまたはＤＮＡ類似体を含有しうる。ＤＮＡまたはＤＮＡ類似体は、例えば、合成オリゴマーの場合もあり、遺伝子断片の場合もある。一実施形態では、マーカーの各々を表すプローブが、アレイ上に存在する。ある特定の実施形態では、アレイは、子宮内膜症と関連することが公知の遺伝子についてのプローブを含む。加えて、アレイプローブは、子宮周期のある特定の期において、子宮内膜症と関連することが公知の遺伝子に特異的でありうる。
【００５９】
上記で言及した通り、本発明による特定のポリヌクレオチド分子が特異的にハイブリダイズするプローブは、相補的なゲノムポリヌクレオチド配列を含有する。マイクロアレイのプローブは、１，０００ヌクレオチド以下のヌクレオチド配列からなることが好ましい。一部の実施形態では、アレイのプローブは、１０〜１，０００ヌクレオチドのヌクレオチド配列からなる。好ましい実施形態では、プローブのヌクレオチド配列は１０〜２００ヌクレオチドの長さの範囲内にあって、生物の種のゲノム配列であり、その結果、このような生物の種のゲノムと相補的であり、そのためそのゲノムにハイブリダイズすることが可能な配列であって、このようなゲノムの全部または一部にわたり、順次タイリングされる配列を有する複数の異なるプローブが存在する。他の具体的な実施形態では、プローブは、１０〜３０ヌクレオチドの長さの範囲内、１０〜４０ヌクレオチドの長さの範囲内、２０〜５０ヌクレオチドの長さの範囲内、４０〜８０ヌクレオチドの長さの範囲内、５０〜１５０ヌクレオチドの長さの範囲内、８０〜１２０ヌクレオチドの長さの範囲内であり、最も好ましくは、６０ヌクレオチドの長さである。
【００６０】
プローブは、生物のゲノムの部分に対応する、ＤＮＡまたはＤＮＡ「模倣体」（例えば、誘導体および類似体）を含みうる。別の実施形態では、マイクロアレイのプローブは、相補的なＲＮＡまたはＲＮＡ模倣体である。ＤＮＡ模倣体とは、ＤＮＡとの、特異的な、ワトソン−クリック様ハイブリダイゼーション、またはＲＮＡとの特異的なハイブリダイゼーションが可能なサブユニットから構成されるポリマーである。核酸は、塩基部分において修飾することもでき、糖部分において修飾することもでき、リン酸骨格において修飾することもできる。例示的なＤＮＡ模倣体は、例えば、ホスホロチオエートを含む。
【００６１】
ＤＮＡは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による、ゲノムＤＮＡまたはクローニングされた配列の増幅によって得ることができる。ＰＣＲプライマーは、公知のゲノムの配列であって、ゲノムＤＮＡの特異的な断片の増幅を結果としてもたらす配列に基づき選ぶことが好ましい。当技術分野では、Ｏｌｉｇｏバージョン５．０（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）など、要請される特異性および最適な増幅特性を有するプライマーのデザインにおいて有用なコンピュータプログラムが周知である。マイクロアレイ上の各プローブは、１０塩基〜５０，０００塩基の間、通例、３００塩基〜１，０００塩基の間の長さであることが典型的である。当技術分野では、ＰＣＲ方法が周知であり、例えば、Ｉｎｎｉｓら編、ＰＣＲ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ：  Ａ  ＧＵＩＤＥ  ＴＯ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０年）において記載されている。当業者には、制御型ロボットシステムが、核酸の単離および増幅に有用であることが明らかである。
【００６２】
マイクロアレイのポリヌクレオチドプローブを生成するための、代替的な、好ましい手段は、例えば、Ｎ−ホスホネート化学反応またはホスホルアミダイト化学反応（Ｆｒｏｅｈｌｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．、１４巻：５３９９〜５４０７頁（１９８６年）；ＭｃＢｒｉｄｅら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．、２４巻：２４６〜２４８頁（１９８３年））を使用する、合成ポリヌクレオチドまたは合成オリゴヌクレオチドの合成による手段である。合成配列は、典型的には、約１０〜約５００塩基の間の長さであり、より典型的には、約２０〜約１００塩基の間であり、最も好ましくは、約４０〜約７０塩基の間の長さである。一部の実施形態では、合成核酸は、イノシンなどであるが、これらには決して限定されない非天然塩基を含む。上記で言及した通り、核酸類似体は、ハイブリダイゼーションのための結合性部位として使用することができる。適切な核酸類似体の例は、ペプチド核酸（例えば、Ｅｇｈｏｌｍら、Ｎａｔｕｒｅ、３６３巻：５６６〜５６８頁（１９９３年）；米国特許第５，５３９，０８３号を参照されたい）である。
【００６３】
プローブは、結合エネルギー、塩基組成、配列の複雑性、交差ハイブリダイゼーション結合エネルギー、および二次構造を考慮に入れるアルゴリズムを使用して選択することが好ましい。２００１年１月２５日に公開された、Ｆｒｉｅｎｄら、国際特許公開第ＷＯ０１／０５９３５号；Ｈｕｇｈｅｓら、Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１９巻：３４２〜７頁（２００１年）を参照されたい。
【００６４】
当業者はまた、陽性対照プローブ、例えば、標的ポリヌクレオチド分子内の配列と相補的であり、ハイブリダイズ可能であることが公知のプローブ、および陰性対照プローブ、例えば、標的ポリヌクレオチド分子内の配列と相補的でなく、ハイブリダイズ可能でないことが公知のプローブを、アレイ上に含めるべきことも十分に理解する。一実施形態では、陽性対照を、アレイの外周に沿って合成する。別の実施形態では、陽性対照を、アレイを横切って対角線状に合成する。さらに別の実施形態では、各プローブの逆相補体を、プローブに隣接した位置に合成して、陰性対照として用いる。さらに別の実施形態では、他の生物の種に由来する配列を、陰性対照または「スパイクイン」対照として使用する。
【００６５】
プローブは、例えば、ガラス、プラスチック（例えば、ポリプロピレン、ナイロン）、ポリアクリルアミド、ニトロセルロース、ゲル、または他の多孔性材料もしくは非多孔性材料から作製されうる、固体支持体または固体表面へと付着させる。核酸を表面へと付着させるための好ましい方法は、Ｓｃｈｅｎａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７０巻：４６７〜４７０頁（１９９５年）により一般に記載されている通り、ガラスプレート上にプリントすることによる方法である。この方法は、ｃＤＮＡのマイクロアレイを調製するために、とりわけ有用である（ＤｅＲｉｓｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１４巻：４５７〜４６０頁（１９９６年）；Ｓｈａｌｏｎら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、６巻：６３９〜６４５頁（１９９６年）；およびＳｃｈｅｎａら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．、９３巻：１０５３９〜１１２８６頁（１９９５年）もまた参照されたい）。
【００６６】
マイクロアレイを作製するための第２の好ましい方法は、高密度オリゴヌクレオチドアレイの作製による方法である。ｉｎ  ｓｉｔｕにおける合成のためのフォトリソグラフィー技法（Ｆｏｄｏｒら、１９９１年、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５１巻：７６７〜７７３頁；Ｐｅａｓｅら、１９９４年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、９１巻：５０２２〜５０２６頁；Ｌｏｃｋｈａｒｔら、１９９６年、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４巻：１６７５頁；米国特許第５，５７８，８３２号；同第５，５５６，７５２号、および同第５，５１０，２７０号を参照されたい）、または定義されたオリゴヌクレオチドの迅速な合成および沈着のための他の方法（Ｂｌａｎｃｈａｒｄら、Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ  ＆  Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ、１１巻：６８７〜６９０頁）を使用して、定義された配列と相補的な、数千に及ぶオリゴヌクレオチドを含有するアレイを、表面上の定義された場所において作製するための技法が公知である。これらの方法を使用する場合、公知の配列のオリゴヌクレオチド（例えば、６０マー）を、誘導体化されたスライドガラスなどの表面上で直接合成する。通例、作製されるアレイは、冗長であり、ＲＮＡ  １つ当たりいくつかのオリゴヌクレオチド分子を有する。
【００６７】
また、マイクロアレイを作製するための他の方法、例えば、マスキングによる方法（ＭａｓｋｏｓおよびＳｏｕｔｈｅｒｎ、１９９２年、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．、２０巻：１６７９〜１６８４頁）も使用することができる。原理的には、かつ、上掲で言及されている通り、任意の種類のアレイ、例えば、ナイロンハイブリダイゼーション膜上のドットブロット（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ−−Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ（２版）、１〜３巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．（１９８９年）を参照されたい）も使用しうる。しかし、当業者により認識される通り、ハイブリダイゼーション容量がより少なくなるため、極小アレイがしばしば好ましい。
【００６８】
一実施形態では、本発明のアレイは、ポリヌクレオチドプローブを、支持体上で合成することにより調製する。このような実施形態では、ポリヌクレオチドプローブを、ポリヌクレオチドの３’末端または５’末端において、支持体へと、共有結合的に付着させる。
【００６９】
特に好ましい実施形態では、本発明のマイクロアレイを、例えば、Ｂｌａｎｃｈａｒｄ、米国特許第６，０２８，１８９号；Ｂｌａｎｃｈａｒｄら、１９９６年、Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ  ａｎｄ  Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ、１１巻：６８７〜６９０頁；Ｂｌａｎｃｈａｒｄ、１９９８年、Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ＤＮＡ  Ａｒｒａｙｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、２０巻、Ｊ．Ｋ．Ｓｅｔｌｏｗ編、Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１１１〜１２３頁により記載されている方法およびシステムを使用する、オリゴヌクレオチド合成のためのインクジェット式プリンティングデバイスにより製造する。具体的には、このようなマイクロアレイ内のオリゴヌクレオチドプローブは、プロピレンカーボネートなど、高表面張力の溶媒による「マイクロ液滴」中に、個々のヌクレオチド塩基を順次沈着させることにより、例えば、スライドガラス上のアレイ内で合成することが好ましい。マイクロ液滴は、容量が小さく（例えば、１００ｐＬまたはこれ未満、より好ましくは、５０ｐＬまたはこれ未満）、マイクロアレイ上で互いから分離され（例えば、疎水性ドメインにより）て、アレイエレメント（すなわち、異なるプローブ）の場所を定義する、円形の表面張力ウェルを形成する。このインクジェット方法により製造されるマイクロアレイは、好ましくは、１ｃｍ２当たり少なくとも約２，５００の密度の異なるプローブを有する高密度であることが典型的である。ポリヌクレオチドプローブは、ポリヌクレオチドの３’末端または５’末端において、支持体へと、共有結合的に付着させる。
【００７０】
本発明により解析しうるポリヌクレオチド分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質である。標的ポリヌクレオチドは、１または複数のヌクレオチドにおいて、検出可能な形で標識する。当技術分野で公知の任意の方法を使用して、標的ポリヌクレオチドを、検出可能な形で標識することができる。この標識付けは、標識を、ＤＮＡまたはＲＮＡの全長に沿って、均一に組み込むことが好ましく、標識付けは、高効率で実行することがより好ましい。
【００７１】
好ましい実施形態では、検出可能な標識は、発光標識である。本発明では、例えば、蛍光標識、生物発光標識、化学発光標識、および比色標識を使用することができる。高度に好ましい実施形態では、標識は、フルオレセイン色素誘導体、リン光体（ｐｈｏｓｐｈｏｒ）色素誘導体、ローダミン色素誘導体、またはポリメチン色素誘導体などの蛍光標識である。市販の蛍光標識の例は、例えば、ＦｌｕｏｒｅＰｒｉｍｅ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）、Ｆｌｕｏｒｅｄｉｔｅ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、Ｍａｓｓ．）、ＦＡＭ（ＡＢＩ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆ．）、およびＣｙ３またはＣｙ５（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）などの蛍光ホスホルアミダイトを含む。別の実施形態では、検出可能な標識は、放射性標識されたヌクレオチドである。
【００７２】
さらに好ましい実施形態では、患者試料に由来する標的ポリヌクレオチド分子を、基準試料の標的ポリヌクレオチド分子と別々に標識する。基準試料は、正常組織試料に由来する標的ポリヌクレオチド分子を含みうる。
【００７３】
核酸ハイブリダイゼーション条件および洗浄条件は、標的ポリヌクレオチド分子が、アレイの相補的なポリヌクレオチド配列、好ましくは、その相補的なＤＮＡを配置した特異的なアレイ部位に特異的に結合するか、またはこれと特異的にハイブリダイズするように選ぶ。
【００７４】
その上に置かれた二本鎖のプローブＤＮＡを含有するアレイは、標的ポリヌクレオチド分子と接触させる前に、変性条件に供して、ＤＮＡを一本鎖とすることが好ましい。一本鎖のプローブＤＮＡ（例えば、合成オリゴデオキシリボ核酸）を含有するアレイは、標的ポリヌクレオチド分子と接触させる前に変性させて、例えば、自己相補的配列に起因して形成される、ヘアピンまたは二量体を除去することが必要な場合がある。
【００７５】
最適のハイブリダイゼーション条件は、プローブおよび標的核酸の長さ（例えば、２００塩基を超えるポリヌクレオチドと対比されるオリゴマー）および種類（例えば、ＲＮＡ、またはＤＮＡ）に依存する。当業者は、オリゴヌクレオチドが短くなるにつれて、満足のゆくハイブリダイゼーション結果のために、比較的均一な溶融温度を達成するそれらの長さを調整することが必要となりうることを十分に理解する。核酸の特異的な（すなわち、厳密な）ハイブリダイゼーション条件のための一般的なパラメータについては、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ−−Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ（２版）、１〜３巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．（１９８９年）、およびＡｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、２巻、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９４年）において記載されている。ＳｃｈｅｎａらによるｃＤＮＡマイクロアレイのための、典型的なハイブリダイゼーション条件は、５倍濃度のＳＳＣ＋０．２％のＳＤＳ中、６５℃で４時間にわたるハイブリダイゼーションに続く、低厳密性の洗浄緩衝液（１倍濃度のＳＳＣ＋０．２％のＳＤＳ）中、２５℃における洗浄に続く、高厳密性の洗浄緩衝液（０．１倍濃度のＳＳＣ＋０．２％のＳＤＳ）中、２５℃で１０分間にわたる洗浄（Ｓｃｈｅｎａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、９３巻：１０６１４頁（１９９３年））である。有用なハイブリダイゼーション条件についてはまた、例えば、Ｔｉｊｅｓｓｅｎ、１９９３年、ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ  ＷＩＴＨ  ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤ  ＰＲＯＢＥＳ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ  Ｂ．Ｖ．；およびＫｒｉｃｋａ、１９９２年、ＮＯＮＩＳＯＴＯＰＩＣ  ＤＮＡ  ＰＲＯＢＥ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．においても提示されている。
【００７６】
特に好ましいハイブリダイゼーション条件は、１ＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのＭＥＳ緩衝液（ｐＨ６．５）、０．５％のサルコシンナトリウム、および３０％のホルムアミド中、プローブの平均溶融温度、またはこの近傍の温度（例えば、５１℃以内、より好ましくは、２１℃以内）におけるハイブリダイゼーションを含む。
【００７７】
蛍光標識された遺伝子または遺伝子産物を使用する場合、マイクロアレイの各部位における蛍光放射は、走査共焦点レーザー顕微鏡法により検出することが好ましい場合がある。一実施形態では、適切な励起線を使用して、使用される２つのフルオロフォアの各々について、別個の走査を実行する。代替的に、２つのフルオロフォアに特異的な波長における同時的な検体の照射を可能とするレーザーを使用することができ、２つのフルオロフォアに由来する放射を、同時に解析することができる（参照によりその全体において全ての目的で組み込まれる、Ｓｈａｌｏｎら、１９９６年、「Ａ  ＤＮＡ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ａｎａｌｙｚｉｎｇ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ＤＮＡ  ｓａｍｐｌｅｓ  ｕｓｉｎｇ  ｔｗｏ−ｃｏｌｏｒ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｐｒｏｂｅ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、６巻：６３９〜６４５頁を参照されたい）。好ましい実施形態では、アレイを、コンピュータ制御Ｘ−Ｙステージおよび顕微鏡対物レンズを伴う、レーザー蛍光スキャナーで走査する。２つのフルオロフォアの順次励起は、多重線混合ガスレーザー（ｍｕｌｔｉ−ｌｉｎｅ，ｍｉｘｅｄ  ｇａｓ  ｌａｓｅｒ）により達成し、放射される光は、波長で分け、２つの光電子増倍管により検出する。蛍光レーザー走査デバイスについては、Ｓｃｈｅｎａら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、６巻：６３９〜６４５頁（１９９６年）、および本明細書で引用される他の参考文献において記載されている。代替的に、Ｆｅｒｇｕｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１４巻：１６８１〜１６８４頁（１９９６年）により記載されている光ファイバーバンドルを使用して、ｍＲＮＡの存在レベルを、多数の部位において同時にモニタリングすることができる。
【００７８】
下記の実施例３で論じられる研究では、ＰＣＯＳ患者において、肥満は、オッズ比またはＯＲ（＜５０％、ＯＲ＝０．５５、ｐ＝０．０２）で着床率に対して、臨床的妊娠（ＯＲ＝０．５７、ｐ＝０．０３）、および生児出生（ＯＲ＝０．４４、ｐ＝０．０２）の転帰に対して、有意な負の作用を有したのに対し、他の患者群（すなわち、卵巣予備能低下、子宮内膜症、特発性、男性因子、ＰＣＯＳおよび卵管因子）については、肥満に由来する有意な有害作用は決定されなかった。図１１は、研究における患者群について、コホートの百分率を例示する。図１２は、マルチサイクルのＩＶＦデータを解析するための方法であって、下記で論じられる研究において使用される方法を含み、入手可能な全ての患者特異的ＩＶＦサイクルデータを使用して、患者レベル分布を計算するのに、一般化推定方程式（ＧＥＥ）を使用する方法を例示する。
【００７９】
ＰＣＯＳ患者では、肥満は、ＩＶＦ処置不成功の危険性を、２倍を超えて増大させ、具体的には、肥満は、着床率、臨床的妊娠、および生児出生の転帰に有害な影響を及ぼすことが見出され、肥満は、ＰＣＯＳ患者の子宮の受容性および胚着床に対して負の影響を有することが見出された。図１３は、卵巣予備能低下、子宮内膜症、特発性、男性因子、ＰＣＯＳ、および卵管因子を患う患者を含む患者群について、採卵、生存可能な胚の数、着床率、および生児出生の転帰に対する肥満の影響を例示し、肥満のＰＣＯＳ患者について、着床率および生児出生転帰の数の有意な低下を示す。
【００８０】
本発明の方法は、ＰＣＯＳの診断および肥満の尺度に基づき、患者または個体についての、ＩＶＦ処置が成功する確度を決定することを含む。体脂肪は、体重、胴囲（例えば、自然なウェスト（最下方の肋骨と、寛骨の上方との間）、臍（ｕｍｂｉｌｉｃｕｓ）（臍（ｂｅｌｌｙ  ｂｕｔｔｏｎ））、または胴体中央部の最も幅の狭い地点において測定された腹囲）、ウェスト対ヒップ比（例えば、ウェストおよびヒップ（臀部の最も幅の広い直径における）を測定し、次いで、ウェストの測定値を、ヒップの測定値で除することにより計算される）、皮下脂肪厚（例えば、皮膚の「ピンチ」の厚さ、およびその下方の体内の特殊な領域内の脂肪を測定する特殊なキャリパーを使用し、これらの測定値に基づき、体脂肪百分率を予測する式を使用して）、生体電気インピーダンス（その全体において本明細書に組み込まれる、Ｈｕ  Ｆ．、Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ  ｏｆ  Ａｄｉｐｏｓｉｔｙ  ａｎｄ  Ｂｏｄｙ  Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ、Ｈｕ  Ｆ編、Ｏｂｅｓｉｔｙ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ｃｉｔｙ：Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、２００８年、５３〜８３頁を参照されたい）、水中体重法（身体密度計測）、空気置換プレスチモグラフィー、希釈方法（磁気共鳴イメージング、または二重エネルギーＸ線吸収測定法）により指し示されうる。好ましい実施形態では、体脂肪は、肥満度指数（ＢＭＩ）により指し示され得る。ＢＭＩとは、身長に対する体重の比であり、体重（ｋｇ）／身長（ｍ２）、または体重（ｌｂ）／身長（ｉｎ２）に７０３を乗じたものとして計算される。
【００８１】
次いで、上記の方法のうちの１つにより測定される体脂肪を、基準数と比較して、個体が肥満であるのかどうかを決定することができる。例えば、ＢＭＩが、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５ｋｇ／ｍ２を超えることが決定される場合、ＰＣＯＳを診断された個体についての成功率の低下が指し示される場合がある。好ましい実施形態では、３０ｋｇ／ｍ２を超えるＢＭＩは、肥満であり、ＩＶＦ不成功の危険性が高いと考えられる。
【００８２】
ある特定の実施形態では、本発明のシステムおよび方法は、患者がＰＣＯＳの診断を受けることを含む。他の実施形態では、システムおよび方法は、例えば、Ｓｈｅｅｈａｎ、Ｐｏｌｙｃｙｓｔｉｃ  Ｏｖａｒｉａｎ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅ：Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ａｎｄ  Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ、Ｃｌｉｎ  Ｍｅｄ  Ｒｅｓ．、２００４年２月、２巻（１号）：１３〜２７頁において記載されている方法のうちの１つを介して、個体におけるＰＣＯＳを診断することを含みうる。
【００８３】
個体におけるＰＣＯＳの診断および肥満の指標を得るか、または決定した後で、本発明の方法は、個体についての、ＩＶＦが成功する確度（例えば、ＩＶＦ処置の後における生児出生の確度を指し示す％によるスコア、平均成功率からの低減％、または生児出生を達成する推定サイクル数により表される）を決定することを含みうる。ＩＶＦ成功率（ＩＶＦ  ｓｕｃｃｅｓｓ  ｒａｔｅ）の確度は、個体または個体の主治医へと、単独で報告することもでき、他の受精能情報と組み合わせて報告することもできる。
【００８４】
ある特定の実施形態では、ＰＣＯＳおよび肥満についての情報を、他の因子と組み合わせて、患者についての、ＩＶＦが成功する全体的確度を決定することもでき、患者についての、処置上の推奨を提供することもできる。
【００８５】
下記の実施例４で論じられる研究では、遡及的な着床前遺伝子スクリーニング（ＰＧＳ）データについての大規模なコホートについて研究して、ＦＳＨおよび年齢の、異数性に対するそれぞれの寄与を明らかにした。ＦＳＨと異数性オッズとの間で、年齢非依存的関連は見出されなかったのに対し、ＦＳＨレベルが１３ｍＵＩ／ｍＬを上回る患者では、異数性オッズの年齢と関連する増大はより顕著であり、この場合、異数性のオッズは、生存年数が加わるごとに、かなりより高い率（５０％）で増大した（ＯＲ＝１．５２、ｐ＜０．０００１）。
【００８６】
本発明の方法は、女性の年齢および女性のＦＳＨレベルに基づき、女性が異数性胚を生み出す相対的危険性を決定することを含む。ＦＳＨレベルは、尿または血液などの体液から決定することができる。試料は、患者から直接得ることも取得することもできる。ＦＳＨの尿レベルは、１日を通して変動するため、ある特定の実施形態では、尿は、ＦＳＨレベルを決定する前の２４時間にわたり回収することができる。試料中のＦＳＨレベルは、免疫蛍光測定アッセイなどの検査手技を使用して決定することができる。参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｋｅｓｎｅｒ  ＪＳ、Ｋｎｅｃｈｔ  ＥＡ、Ｋｒｉｅｇ  ＥＦ．，Ｊｒ、Ｔｉｍｅ−ｒｅｓｏｌｖｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｏｍｅｔｒｉｃ  ａｓｓａｙｓ  ｆｏｒ  ｕｒｉｎａｒｙ  ｌｕｔｅｉｎｉｚｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ  ａｎｄ  ｆｏｌｌｉｃｌｅ  ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ、Ａｎａｌ  Ｃｈｉｍ  Ａｃｔａ．、１９９４年、２８５巻：１３〜２２頁を参照されたい。
【００８７】
女性のＦＳＨレベルが、例えば、１０、１１、１２、１３、１４、または１５ｍＵＩ／ｍＬなどの閾値レベルを超える場合、年齢による、異数性率のより大きな増大が指し示され得る。女性のＦＳＨレベルが、１３ｍＵＩ／ｍＬを上回る、好ましい実施形態では、女性は、年齢を重ねるに応じて、異数性胚を生み出す危険性が増大し得る。多様な実施形態では、女性が異数性胚を生み出す危険性は、女性のＦＳＨレベルおよび思春期を越える女性の年齢または受精能から決定することができる。女性のＦＳＨレベルが閾値レベルを下回る場合、危険性は、女性の生殖寿命（例えば、思春期の始まりから閉経期まで、または定期的な排卵の始まりから閉経期までの時間）の各年について８％、９％、１０％、１１％、または１２％（初期の危険性レベルまたは基底の危険性レベルから）ずつ増大し得る。女性のＦＳＨレベルが閾値レベルを上回る場合、危険性は、女性の生殖寿命の各年について１３％、１４％、１５％、１６％、または１７％（初期の危険性レベルまたは基底の危険性レベルから）ずつ増大し得る。ある特定の場合、生殖寿命は、個体が、思春期に達するか、または定期的な排卵を始めた実際の年齢（例えば、詳細な患者履歴により決定される）に基づき、個体ごとに決定することもでき、１２、１３、１４、１５、１６、または１７などの標準年齢で始まったと仮定することもできる。異数性胚を生み出す初期の危険性または基底の危険性は、集団間の平均率から決定することもでき、その全体において本明細書に組み込まれる、Ｆｒａｎａｓｉａｋら、Ｔｈｅ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ａｎｅｕｐｌｏｉｄｙ  ｗｉｔｈ  ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ  ａｇｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｆｅｍａｌｅ  ｐａｒｔｎｅｒ：  ａ  ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  １５，１６９  ｃｏｎｓｅｃｕｔｉｖｅ  ｔｒｏｐｈｅｃｔｏｄｅｒｍ  ｂｉｏｐｓｉｅｓ  ｅｖａｌｕａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ、Ｆｅｒｔｉｌ  Ｓｔｅｒｉｌ．、２０１４年３月、１０１巻（３号）：６５６〜６６３頁など、公知の研究から得ることもできる。
【００８８】
ある特定の実施形態では、本発明のシステムおよび方法は、患者のＦＳＨレベルが、１３ｍＵＩ／ｍＬを超える場合に、患者、主治医、または他の個体に、この危険性の増大について報告することを含みうる。多様な実施形態は、患者のための処置の推奨または実施であって、ある特定の生殖補助技術を回避すること、処置を早期に始めること、または、場合によって、卵子もしくは胚を採取し、ＩＶＦなどの生殖補助技術における後日の使用のために保存することを含む推奨または実施を含みうる。卵子および胚を採取および／または保存するための方法は、公知である。それらの内容がそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Ｃｉｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｔｒｅｎｄｓ  ａｎｄ  ｐｒｏｇｒｅｓｓ  ｉｎ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｏｏｃｙｔｅ  ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｏｎ、Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｏｂｓｔｅｔ  Ｇｙｎｅｃｏｌ．、２０１３年６月、２５巻（３号）；Ｋｉｌｌｉｃｋ，  Ｓ（２００６年）、「Ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ  ａｎｄ  ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ」、Ｂａｔｅｓ，  Ｊ．、Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  ｇｙｎａｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ  ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ（２版）、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｅｎｇｌａｎｄ：Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ．、１２０〜５頁を参照されたい。
【００８９】
本明細書で言及される報告は、紙の上の書面の形式で作成することもでき、コンピュータファイルで作成することもでき、演算デバイスにより用意し、例えば、モニター、対話型ディスプレイ、またはプリンターなどの入力／出力デバイスを介して、使用者（例えば、患者、主治医または他の個体）へと送付することができる。
【００９０】
本発明の方法は、プロセッサー、例えば、中央演算装置を含むコンピュータなど、任意の種類の演算デバイスを使用して実施することもでき、各デバイスが、工程または方法の少なくとも一部を果たす場合は、演算デバイスの任意の組合せを使用して実施することもできる。一部の実施形態では、本明細書で記載されるシステムおよび方法は、携帯型デバイス、例えば、スマートタブレットまたはスマートフォンにより実施することもでき、システム専用に作製されたデバイスにより実施することもできる。
【００９１】
本発明の方法は、ソフトウェア、ハードウェア、ファームウェア、ハード配線、またはこれらのうちのいずれかの組合せを使用して実施することができる。また、機能を実装するフィーチャ（ｆｅａｔｕｒｅ）は、機能の一部は、異なる物理的場所に実装する（例えば、無線接続または有線接続により、例えば、イメージング装置は、１つの部屋に実装し、ホストワークステーションは、別の部屋または別個の建物に実装する）ように、分配を含め、物理的に、多様な位置に配置することもできる。
【００９２】
コンピュータプログラムの実行に適するプロセッサーは、例を目的として述べると、一般的な目的のマイクロプロセッサーおよび特殊な目的のマイクロプロセッサーの両方、ならびに任意の種類のディジタル式コンピュータの、任意の１または複数のプロセッサーを含む。一般に、プロセッサーは、読出し専用メモリもしくはランダムアクセスメモリまたはこれらの両方から、命令およびデータを受け取る。命令を実行するためのプロセッサーと、命令およびデータを保存するための１または複数のメモリデバイスとは、コンピュータの不可欠の要素である。一般に、コンピュータはまた、データを受け取るか、もしくはデータを転送するか、またはこれらの両方を行うのに、データを保存するための、１または複数の大容量記憶デバイス、例えば、磁気、磁気光ディスク、または光ディスクを含むか、またはこれらに作動的にカップリングさせる。コンピュータプログラムの命令およびデータを具体化するのに適する情報担体は、例を目的として述べると、半導体メモリデバイス（例えば、ＥＰＲＯＭデバイス、ＥＥＰＲＯＭデバイス、ソリッドステートドライブ（ＳＳＤ）デバイス、およびフラッシュメモリデバイス）；磁気ディスク（例えば、内蔵ハードディスクまたはリムーバブルディスク）；磁気光ディスク；および光ディスク（例えば、ＣＤディスクおよびＤＶＤディスク）を含む、全ての形態の非揮発性メモリを含む。プロセッサーおよびメモリは、特殊な目的の論理回路を補充することもでき、これに組み込むこともできる。
【００９３】
使用者との対話をもたらすために、本明細書で記載される対象物は、Ｉ／Ｏデバイス、例えば、ＣＲＴ、ＬＣＤ、ＬＥＤ、または使用者に情報を表示するための投影デバイス、ならびに、キーボードおよびポインティングデバイス（例えば、マウスまたはトラックボール）など、使用者がコンピュータへと入力を施しうる、入力デバイスまたは出力デバイスを有するコンピュータ上で実装することができる。他の種類のデバイスを使用して、使用者との対話もまたもたらすことができる。例えば、使用者へともたらされるフィードバックは、任意の形態の感覚フィードバック（例えば、視覚フィードバック、聴覚フィードバック、または触覚フィードバック）であることが可能であり、使用者からの入力は、音響入力、発話入力、または触覚入力を含む任意の形態で受け取ることができる。
【００９４】
本明細書で記載される対象物は、バックエンドコンポーネント（例えば、データサーバー）、ミドルウェアコンポーネント（例えば、アプリケーションサーバー）、もしくはフロントエンドコンポーネント（例えば、本明細書で記載される対象物の実装により、それを介して使用者が対話しうる、グラフィカルユーザーインターフェースまたはウェブブラウザーを有する、クライアントコンピュータ）、またはこのようなバックエンドコンポーネント、ミドルウェアコンポーネント、およびフロントエンドコンポーネントの任意の組合せを含む演算システムにより実装することができる。システムのコンポーネントは、ディジタル式データ通信、例えば、通信ネットワークの任意の形態または媒体を介するネットワークにより相互接続することができる。例えば、基準データセットは、遠隔の場所に保存することができ、コンピュータにより、ネットワークを越えて通信して、全ての患者について、臨床的転帰（例えば、ＩＶＦ成功率）と共に、基準データセットにアクセスして、女性被験体に由来するデータを、基準セットと比較する。しかし、他の実施形態では、基準セットを、ローカルのコンピュータ内に保存し、コンピュータにより、ＣＰＵ内で基準セットにアクセスして、対象データを、基準セットと比較する。通信ネットワークの例は、セルネットワーク（例えば、３Ｇまたは４Ｇ）、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、およびワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、例えば、インターネットを含む。
【００９５】
本明細書で記載される対象物は、情報担体（例えば、非一時的コンピュータ可読媒体）により有形で具体化される、１または複数のコンピュータプログラムであって、データ処理装置（例えば、プログラム可能型プロセッサー、コンピュータ、または複数のコンピュータ）により実行するためのコンピュータプログラム、またはデータ処理装置の作動を制御するコンピュータプログラムなど、１または複数のコンピュータプログラム製品として実装することができる。コンピュータプログラム（プログラム、ソフトウェア、ソフトウェアアプリケーション、ａｐｐ（アプリケーションソフトウェア）、マクロ、またはコードとしてもまた公知である）は、コンパイラ型言語またはインタープリタ型言語（例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｐｅｒｌ）を含む、プログラミング言語の任意の形態で書き込むことができ、スタンドアロン型プログラムとして含めるか、またはモジュール、コンポーネント、サブルーチン、もしくは演算環境における使用に適する他のユニットとして含めることを含め、任意の形態で配備することができる。本発明のシステムおよび方法は、任意の適切なプログラミング言語であって、限定なしに述べると、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｐｅｒｌ、Ｊａｖａ（登録商標）、ＡｃｔｉｖｅＸ、ＨＴＭＬ５、Ｖｉｓｕａｌ  Ｂａｓｉｃ、またはＪａｖａＳｃｒｉｐｔ（登録商標）を含む、当技術分野で公知のプログラミング言語で書かれた命令を含みうる。
【００９６】
コンピュータプログラムは必ずしも、ファイルに対応しない。プログラムは、ファイルまたは他のプログラムもしくはデータを保持するファイルの部分に保存することもでき、問題のプログラム専用の単一のファイルに保存することもでき、複数の協調ファイル（例えば、１または複数のモジュール、サブプログラム、またはコードの部分を保存するファイル）に保存することもできる。コンピュータプログラムは、１つのコンピュータ上で実行されるように配備することもでき、１つのサイトにおける複数のコンピュータ上で実行されるように配備することもでき、複数のサイトにわたり分配され、通信ネットワークにより相互接続された複数のコンピュータ上で実行されるように配備することもできる。
【００９７】
ファイルは、例えば、ハードドライブ上、ＳＳＤ上、ＣＤ上、または他の有形の非一時的媒体上に保存されたディジタル式ファイルでありうる。ファイルは、１つのデバイスから別のデバイスへと、ネットワークにわたり送付することができる（例えば、例えば、Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ  Ｃａｒｄ、モデム、無線カードなどを介して、サーバーからクライアントへと送付されるパケットとして）。
【００９８】
本発明に従いファイルに書き込むことは、例えば、粒子を付加するか、除去するか、または再編成する（例えば、読取り／書込みヘッドにより、正味の電荷または双極子モーメントを有する粒子を、磁化パターンへと）ことにより、有形の非一時的コンピュータ可読媒体を変換することを伴い、次いで、パターンは、客観的な物理現象についての情報の新たなコロケーションであって、使用者により所望され、使用者に有用なコロケーションを表す。一部の実施形態では、書き込むことは、有形の非一時的コンピュータ可読媒体における、材料の物理的な変換（例えば、次いで、光読取り／書込みデバイスが、新たで有用な情報のコロケーションを読み取りうるような、ある特定の光特性による変換、例えば、ＣＤ−ＲＯＭを焼くことによる変換）を伴う。一部の実施形態では、ファイルに書き込むことは、ＮＡＮＤフラッシュメモリデバイスなどの物理的フラッシュメモリ装置を変換し、フローティングゲートトランジスターから作製された一群のメモリセルの物理的エレメントを変換することにより、情報を保存することを含む。当技術分野では、ファイルに書き込む方法が周知であり、例えば、手動で発動させることもでき、プログラムにより自動で発動させることもでき、ソフトウェアの保存コマンドまたはプログラミング言語の書込みコマンドにより発動させることもできる。
【００９９】
適切な演算デバイスは、大容量メモリ、少なくとも１つのグラフィカルユーザーインターフェース、少なくとも１つのディスプレイデバイスを含むことが典型的であり、デバイス間の通信を含むことが典型的である。大容量メモリは、コンピュータ可読媒体、すなわち、コンピュータ記憶媒体の種類を例示する。コンピュータ記憶媒体は、コンピュータ可読命令、データ構造、プログラムモジュール、または他のデータなどの情報を保存するための、任意の方法または技術により実装された、揮発性媒体、非揮発性媒体、リムーバブルメディア、および非リムーバブルメディアを含みうる。コンピュータ記憶媒体の例は、所望の情報を保存するのに使用することができ、演算デバイスによりアクセスしうる、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、フラッシュメモリ、または他のメモリ技術、ＣＤ−ＲＯＭ、ディジタル式多用途ディスク（ＤＶＤ）もしくは他の光記憶装置、磁気カセット、磁気テープ、磁気ディスク記憶デバイス、または他の磁気記憶デバイス、無線周波数識別タグもしくは無線周波数識別チップ、あるいは他の任意の媒体を含む。
【０１００】
当業者が、本発明の方法を実施するために必要であるか、または最もよく適すると認識する通り、本発明のコンピュータシステムまたはマシンは、１または複数のプロセッサー（例えば、中央演算装置（ＣＰＵ）、グラフィックスプロセッシングユニット（ＧＰＵ）、またはこれらの両方）、メインメモリ、およびスタティックメモリを含み、これらはバスを介して互いと通信する。
【０１０１】
図１４において示される例示的な実施形態では、本発明の方法を行うことが可能なシステム２００は、コンピュータ２４９（例えば、ラップトップ、デスクトップ、またはタブレット）を含みうる。コンピュータ２４９は、ネットワーク２０９を越えて通信するように構成することができる。コンピュータ２４９は、１または複数のプロセッサー２５９およびメモリ２６３のほか、入力／出力機構２５４を含む。本発明の方法が、クライアント／サーバー型アーキテクチャーを援用する場合、本発明の方法のステップは、プロセッサー２２１およびメモリ２２９のうちの１または複数を含むサーバー２１３であって、データ、命令などを得るか、またはインターフェースモジュール２２５を介して結果を提示するか、またはファイル２１７として結果を提示することが可能なサーバー２１３を使用して実施することができる。サーバー２１３を、コンピュータ２４９もしくはターミナル２６７を介して、ネットワーク２０９にわたりエンゲージさせることができ、またはサーバー２１３を、１もしくは複数のプロセッサー２７５およびメモリ２７９のほか、入力／出力機構２７１も含む、ターミナル２６７へと直接連結することができる。
【０１０２】
本発明に従うシステム２００またはマシンはさらに、Ｉ／Ｏ２５９もしくは２３７またはインターフェースモジュール２２５のうちのいずれかのために、ビデオディスプレイユニット（例えば、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）または陰極線管（ＣＲＴ））も含みうる。本発明に従うコンピュータシステムまたはマシンはまた、英数字入力デバイス（例えば、キーボード）、カーソル制御デバイス（例えば、マウス）、ディスクドライブユニット、シグナル発生デバイス（例えば、スピーカー）、タッチスクリーン、アクセロメータ、マイクロフォン、セル式無線周波数アンテナ（ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｒａｄｉｏ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ａｎｔｅｎｎａ）、および、例えば、ネットワークインターフェースカード（ＮＩＣ）、Ｗｉ−Ｆｉカード、またはセル式モデムでありうる、ネットワークインターフェースデバイスも含みうる。
【０１０３】
本発明に従うメモリ２６３、２７９、または２２９は、本明細書で記載される方法または機能のうちの任意の１または複数を具体化する、１または複数の命令のセット（例えば、ソフトウェア）が保存された、マシン可読媒体を含みうる。ソフトウェアはまた、コンピュータシステム、メインメモリ、およびやはりマシン可読媒体を構成するプロセッサーによるその実行の間に、メインメモリ内にかつ／またはプロセッサー内に完全にもしくは少なくとも部分的に存在する場合もある。ソフトウェアはさらに、ネットワークインターフェースデバイスを介して、ネットワークにわたり、送信することもでき、受信することもできる。
【０１０４】
本明細書で開示されるシステムおよび方法のうちの任意の部分も、上記で記載したデバイスを含むコンピュータにより実装しうることが理解される。情報は、女性被験体から回収する。次いで、このデータを、コンピュータの中央演算装置（ＣＰＵ）へと入力する。ＣＰＵは、本発明の方法を実装するための命令を保存するためのストレージまたはメモリへとカップリングさせる。命令は、ＣＰＵにより実行されると、体外受精の選択されたサイクルにおける体外受精の成功の確率を、ＣＰＵに提示させる。ＣＰＵは、ＩＶＦの各サイクルについて、受精能関連表現型形質および妊娠転帰が既知である複数の女性に由来する基準データセット上で訓練されたアルゴリズムへと対象データを入力することにより、この決定を提示する。基準データセットは、コンピュータメモリ内など、ローカルのコンピュータ内に保存することができる。代替的に、基準セットは、サーバーなど、コンピュータから遠隔の場所に保存することもできる。この場合、コンピュータにより、ネットワークを越えて通信して、基準データセットにアクセスする。次いで、ＣＰＵは、アルゴリズムに入ったデータに基づき、選択された時点において、妊娠を達成する確率を提示する。
【０１０５】
参照による組込み
本開示を通して、特許、特許出願、特許公開、雑誌、書籍、論文、ウェブコンテンツなど、他の文書に対する言及およびこれらの引用を行ってきた。全てのこのような文書は、参照によりそれらの全体において全ての目的で本明細書に組み込まれる。
【０１０６】
同等物
本発明は、その精神または不可欠の特徴から逸脱しない限りにおいて、他の特殊な形態でも具体化することができる。したがって、上掲の実施形態は、全ての点で、本明細書で記載される本発明に対して、限定的なものではなく、例示的なものであると考えるべきである。こうして、本発明の範囲は、上掲の記載ではなく、付属の特許請求の範囲により指し示され、したがって、特許請求の範囲と同等な意味および範囲の中に納まる全ての変化は、
【実施例】
【０１０７】
（実施例１）
いくつかの研究が、正常患者に由来する組織の遺伝子発現シグネチャーと、子宮内膜症患者に由来する組織の遺伝子発現シグネチャーとを比較し、病巣癒着（ｆｏｃａｌ  ａｄｈｅｓｉｏｎ）、組織のリモデリング、および免疫応答など、特定の機能的経路の発現の有意差を同定している。
【０１０８】
しかし、遺伝子自体の実体に相違が見られることが多く、実験間の患者のばらつき、組織型、コホートサイズ、実験の技法、有意性の閾値などの帰結である可能性が極めて高い。子宮内膜症と一貫して関連する遺伝子発現シグネチャーを、より信頼できる形で定義する一助とするため、マイクロアレイデータについてのメタ解析を、公表されているいくつかの論文から得る。
【０１０９】
メタ解析の目的は、このシグネチャーの、患者特異的な遺伝子発現データとの比較が、その発現変化が子宮内膜症の帰結としての発現変化に過ぎない遺伝子とは違って、その差次的発現が患者特異的遺伝子変動に由来する遺伝子の同定をもたらすのかどうかを決定することである。
方法：
【０１１０】
・データセット：
○ＧＳＥ２３３３９（Ｈａｗｋｉｎｓら、２０１１年）：正常患者の別個の群に由来する、正所性子宮内膜と対比した卵巣子宮内膜腫。
○ＧＳＥ７８４６、ＧＳＥ６３６４（Ｓｈａら、２００７年；Ｂｕｒｎｅｙら、２００７年）：正常患者の別個の群に由来する正所性子宮内膜と対比した、子宮内膜症患者に由来する正所性子宮内膜。
・各研究について、正規化発現行列を計算した：Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘデータについては、ＲＭＡ正規化を使用した（Ｒａｆａｅｌら、２００３年）。Ｉｌｌｕｍｉｎａについては、元の刊行物において報告された、ｌｏｇ２による正規化値を使用した。
・ＱＣ計量（ｍｅｔｒｉｃ）は、ａｒｒａｙＱｕａｌｉｔｙＭｅｔｒｉｃｓおよびａｆｆｙＱＣＲｅｐｏｒｔなどのＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージ（Ｇｅｎｔｌｅｍａｎら、２００４年）を使用して計算した。
・症例対照解析は、各研究内で、各転写物について、ｅｍｐｉｒｉｃａｌ  Ｂａｙｅｓ  ｍｏｄｅｒａｔｅｄ  ｔ検定を使用して実施した。所与の遺伝子についての転写物を研究間で組み合わせ、分散の逆数により各転写物についての推定値に重み付けする、固定効果メタ解析を使用して、結果を研究間で組み合わせた。こうして、メタ解析により、各遺伝子について、コンセンサス平均値、関連する標準誤差、ｔスコア、およびｐ値がもたらされた。偽発見率は、標準方法を使用して推定した。
・ＳＰＩＡ（シグナル伝達経路影響解析）を使用して、経路解析を実施した。ｉ）所与のＧＯターム内で有意な遺伝子のカウント、および所与のＧＯターム以外で有意な遺伝子のカウントに対するフィッシャーの正確検定（ｐ＜０．００５）、ならびにｉｉ）所与のＧＯターム内の遺伝子と、所与のＧＯターム以外の遺伝子とを比較する、遺伝子特異的ｔスコアに対するウィルコクソンの順位和検定の両方を使用して、遺伝子オントロジー解析を実施した。
結果：
【０１１１】
・経路リスト（下記）を参照されたい：経路カテゴリーが「特異的」であるほど、子宮内膜症試料による遺伝子発現と、正常試料による遺伝子発現との差違の大きさが小さくなるようである。これは、子宮内膜症が、少数の特異的な駆動遺伝子（ｄｒｉｖｅｒ）による疾患とは対照的に、「多くの遺伝子」による疾患であることを示唆しうる。これは、その病因が様々であることのほか、研究が、子宮内膜症発現シグネチャーについてコンセンサスに達しないように見える事実とも符合する。
・既存の文献に従い、大きさが最大の経路カテゴリーは、ケモカイン／サイトカインによるシグナル伝達、および他の免疫応答機構、病巣癒着、細胞外マトリックス相互作用、ならびに血管新生（「経路」リストを参照されたい）を含む。
・同様に、その発現が、子宮内膜症と関連して有意に異なる遺伝子のリスト（下記を参照されたい）において、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３、ＦＡＭ１８０Ａ、ＴＨＢＳ２、ＰＤＧＦＲＬ、ＦＮ１、ＣＬＥＣ１１Ａの上方調節はいずれも、子宮内膜症の発症と関連する、浸潤性の組織のリモデリングおよび免疫応答を反映する。
・別の２つの興味深い経路であって、著明な経路として同定されているが、過去の研究では、それほど論じられていない経路が存在する。これらは、より注意深い考察に値しうる。
【０１１２】
１．白血球経内皮遊走
・これは、子宮内膜症性組織内の免疫細胞の存在に少なくとも部分的に起因して、有意であるとして検出される可能性が極めて高い。しかし、過去の研究が、子宮内膜症は、浸潤性であるが、厳密に転移性ではないと論じている一方、ＬＴＭ経路内の多数の遺伝子の発現は、白血球または白血球遊走に特異的ではない。
・中でも、ＡＣＴＧ１、Ｃｌａｕｄｉｎ−４、およびＥＺＲはいずれも、異なるがん型における細胞の運動性の媒介に関与している。
・さらに、その発現が、子宮内膜症性状況において最も大きく変更される遺伝子の間で、最も大きく上方調節される遺伝子のうちの２つは、マトリックスメタロプロテイナーゼ２３Ｂ（ＭＭＰ２３Ｂ、２．０２９倍の増大、信頼限界（ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ）＝１１．０３）およびトロンボスポンジン２（ＴＨＢＳ２、２．０１２倍の増大、信頼限界＝５．０３７）を含む。
・ＭＭＰ２３は主に、生殖組織内で発現することが見出されている（Ｖｅｌａｓｃｏら、１９９９年）。ＥＣＭの分解は、細胞が腹膜に浸潤するために不可欠である。ＭＭＰは、胚発生の間および生殖の間のほか、関節炎の間および転移の間における細胞外マトリックスの分解に関与する（Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｅら、２０１４年により総説されている）。
・ＴＨＢＳ２は、細胞−マトリックス間相互作用をモジュレートし、興味深いことに、インテグリンａＶＢ３と共に、細胞拡散および内皮細胞の遊走のモジュレーションに関与する（Ｂｏｒｎｓｔｅｉｎら、２０００年）。
・同様に、ＯＳＲ２は、有意に下方調節される（０．７１２倍、信頼限界＝１２．６５）。ＴＧＦ−ベータ１によって媒介される、この転写因子の下方調節は、細胞遊走の誘導と関連する（Ｋａｗａｉら、２０１２年）。ＴＧＦＢ１は実際、異所性子宮内膜の部位において富化される（Ｋｏｍｉｙａｎａら、２００７年；ＭｅｄｉｎａおよびＬｅｂｏｖｉｃ、２０１０年）。
【０１１３】
２．軸索誘導／セマフォリン間相互作用
・生体ニューロンマーカーは、特異的な種類の神経線維が、内膜層内に存在することを指し示す（Ｔｏｋｕｓｈｉｇｅら、２００６年）。
・一部の文献は、子宮内膜症を診断された女性と、子宮内膜症を有さない女性との神経線維密度の差違について記載しているが、駆動機構については指し示されていない。
・本発明者らによる有意な遺伝子発現の同定は、この神経支配の増大が起き得る機構を示唆する（少なくともその中で）最初のものである。
・本発明者らによる解析は、軸索誘導に関与する多数の遺伝子が、子宮内膜症と関連して、有意に上方調節されることを明らかにする。例えば、
・ＲＯＢＯ１／２と競合し、抗反発機構を表すＲＯＢＯ３；
・マウスにおいて、その非存在下では、神経内分泌細胞の遊走が損なわれる、ＳＥＭＡ７Ａである（Ｍｅｓｓｉｎａら、２０１１年）。
【表Ａ−１】
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【表Ａ−２】
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【表Ａ−３】
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【表Ａ−４】
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【表Ａ−５】
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【表Ａ−６】
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【表Ａ−７】
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【表Ａ−８】
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【表Ａ−９】
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【表Ａ−１０】
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【表Ａ−１１】
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【表Ａ−１２】
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【表Ｂ−１】
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【表Ｂ−２】
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【０１１４】
（実施例２）
子宮内膜症についての期特異的遺伝子シグネチャーの同定
子宮内膜症の発症機構についての知見が不明確であるために、その処置は複雑になっている。子宮内膜症について受容されている機構は、ファローピウス管を介する、月経液および関連する子宮内膜細胞の逆流である、逆行性月経である。図３を参照されたい。図４において示される通り、逆行性月経は、子宮の外側における、子宮内膜細胞の癒着および増殖を引き起こす。異所性子宮内膜の成長は、炎症、免疫系の回避、およびＥＰ依存性／Ｐ４抵抗性を引き起こす。図４はまた、ミュラー管の機能停止、子宮内膜幹細胞、および化生の存在を含む、子宮内膜症の、他の潜在的な寄与因子も明示する。
【０１１５】
ある特定の実施形態に従う本発明の方法は、臨床的に有意な子宮内膜症の遺伝子シグネチャーを同定するために、遺伝学およびバイオインフォマティクスに依拠する。本発明の方法を介して決定される遺伝子シグネチャーは、被験体の臨床的状態（例えば、子宮期または子宮内膜症のグレード）を分類するのに使用することができ、処置を対象とするのにも使用することができる。
【０１１６】
データセット
メタ解析を行って、いくつかの異なる子宮内膜研究による期特異的マイクロアレイデータを組み合わせ、相関させた。以下の表は、研究、マイクロアレイの種類、および患者の数を列挙する。全ての研究を組み込むことにより、メタ解析では、６１名の患者に由来する１０６例の試料によるデータを解析した。研究に由来するデータは、既に記載した通りにメタ解析に供した。図５は、マイクロアレイ研究のために評価された臨床パラメータ：年齢、子宮内膜症の存在／非存在、疾患の段階、疼痛の存在、妊娠回数／経産回数、子宮内膜腫の位置、組織のサンプリング方法、子宮周期の期、人種、および平滑筋腫（ｌｅｉｏｍｙａｔａ）を例示する。
【表Ｃ】
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【０１１７】
結果
メタ解析に基づき、遺伝子発現パターンにおいて優勢のパラメータは、１）子宮周期の期、および２）子宮内膜症の存在／非存在を含む。図６Ａは、増殖期、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期にわたる、試料の正所性子宮内膜の遺伝子発現を例示する。図６Ｂは、増殖期、分泌期早期、分泌期中期、および分泌期後期にわたる、異所性子宮内膜の遺伝子発現を例示する。表示のマイクロアレイデータについてのＫ平均法によるクラスター解析は、異所性子宮内膜組織の遺伝子シグネチャーと正所性子宮内膜組織の遺伝子シグネチャーとは、異なる様式で期依存的であることを示した。
【０１１８】
子宮内膜症に特異的な遺伝子的発現シグネチャー、および子宮周期のある特定の期に特異的な遺伝子的発現シグネチャーを同定するために、子宮内膜症における期特異的発現パターンを、正常における期特異的発現パターンと比較した。図７は、子宮内膜症集団と、正常集団との期特異的遺伝子シグネチャーの差違を例示する。増殖期は、倍数変化が２．０を超える（０．０００５未満のＰ値）４３０の遺伝子を示し、分泌期早期は、倍数変化が２．０を超える（０．０００５未満のＰ値）１５１の遺伝子を示し、分泌期中期−後期は、倍数変化が２．０を超える（０．０００５未満のＰ値）３つの遺伝子を示した。
【０１１９】
図８〜１０において例示する通り、メタ解析は、子宮内膜症試料のある特定の遺伝子が、正常試料と比較して、上方調節および下方調節されることを明らかにした。加えて、子宮内膜症試料での遺伝子の誤調節は、異なる期にわたり変動した。子宮内膜症と関連する遺伝子の期特異的調節パターンを、疾患の調節シグネチャーとして使用することができる。図８は、増殖期段階において上方調節および脱調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する。図９は、分泌期早期段階において上方調節および脱調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する。図１０は、分泌期中期〜分泌期後期において上方調節された、子宮内膜症と関連する遺伝子を例示する。
【０１２０】
考察
本発明の方法を使用して同定される期特異的子宮内膜症シグネチャーは、疾患についてのバイオマーカーとして使用することができ、処置コースを手引きするのに使用することができる。さらなる情報をメタ解析と関連付けて、特定のパラメータ、例えば、年齢、子宮内膜症の段階、不妊、および他の表現型形質と関連する期特異的子宮内膜症シグネチャーを得ることもできる。期特異的子宮内膜症シグネチャーの臨床的適用については、本明細書の下記で論じる。
【０１２１】
ある特定の実施形態では、期特異的子宮内膜症シグネチャーを活用して、子宮内膜症の診断を対象とすることができる。例えば、子宮内膜症を有することが疑われる患者から得られた１または複数の試料中の転写物の発現レベルを、公知の期特異的子宮内膜症シグネチャーと比較することができる。試料は、特定の期において得ることもでき、患者の子宮周期のいくつかの時点にわたり得ることもできる。発現レベルは、１つの期に対応するシグネチャーと比較することもでき、子宮周期の多様な期に由来する様々なシグネチャー群と比較することもできる。患者の発現レベルと、期特異的子宮内膜症シグネチャーとの類似性は、患者の期特異的子宮内膜症シグネチャーであり、患者が子宮内膜症を有することを指し示す。患者の期特異的子宮内膜症シグネチャーに対して適合させた処置コースを選ぶことができる。例えば、薬物は、患者が子宮内膜症シグネチャーを有する期と一致するように、患者へと推奨または処方することができる。加えて、遺伝子または遺伝子と関連する生化学的経路を標的とすることが公知の薬物も、患者へと推奨または処方することができる。期特異的子宮内膜症シグネチャーが、子宮内膜症の特定のグレード（すなわち、重症度）ともまた符合する場合、患者の発現パターンと子宮内膜症シグネチャーとの比較は、患者の子宮内膜症のグレードを指し示しうる。
【０１２２】
期特異的遺伝子シグネチャーはまた、患者の特異的な子宮周期を同定し、図表に示すのにも適用することができる。子宮周期は、極めて個体特異的である（２１日間〜３５日間の間の範囲であり、標準値は２８日間である）。加えて、子宮周期の期の長さはまた、個体間で変動もする。子宮内膜症の処置は、ある特定の期に関与しうるので、個体の期を遺伝子的に確認して、処置のタイミングを方向付けることができると有利である。本発明の方法に従い、異なる時点にわたる患者の発現レベルを、期特異的子宮内膜症シグネチャーと比較して、患者の子宮周期のタイミングを決定することができる。例えば、特定の期の患者の発現レベルと、シグネチャーとの相関は、患者の期を指し示す。遺伝学を活用して、患者の子宮周期のタイミングを決定することにより、不妊、月経前不快気分障害、および子宮内膜症の処置を含む、様々な生殖状態の処置を適合させうることなどの利益がもたらされる。多様な状況において、子宮周期のタイミングについての良好な理解により、患者のホルモン状態に対するいっそうの洞察がもたらされ、これにより、ホルモン処置レジメンを進める（ｇｕｉｄｅ）こともできる。
【０１２３】
（実施例３）
肥満は、ＩＶＦ成功率に対して影響を及ぼす可能性があるようであるが、これらの２つパラメータの間の関係の正確な性質については、見解の相違が見られる。この問いに取り組む論文は、それらの手法において異なる：論文の多くが、具体的な不妊診断を有する患者に焦点を当てているのに対し、他の論文は、組入れ基準を有さない。肥満が、患者のＩＶＦの成功率に、どのようにして影響を及ぼすのかを決定し、この関係が、不妊診断が異なる患者の間で異なるのかどうかを決定するために、肥満と、ＩＶＦ処置不成功の危険性の増大との関係を、不妊診断が異なる女性の間で調査した。大規模生殖医療施設に由来する、非特定化された、新鮮な自家ＩＶＦサイクルおよび凍結融解した自家ＩＶＦサイクル（患者のＮ＝５２０８、２７３８）を使用して、遡及解析を採用した。
【０１２４】
方法：
Ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ  ｏｆ  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＬＬＰによる、５２０８サイクルについてのデータセットを、解析に使用した。ロジスティック回帰モデルを作製し、年齢、３日目の卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、ピークエストラジオールレベル、採卵数、胚移植数、および顕微授精（ＩＣＳＩ）手技を実施したのかどうかについて調整した（ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ）。
【０１２５】
解析に組み入れられた不妊診断は、卵巣予備能低下、子宮内膜症、特発性、男性因子、ＰＣＯＳ、および卵管因子であった（表１）。
【表１】
2017526345.tif 000018
【０１２６】
結果：
臨床的妊娠および生児出生のいずれの転帰も、肥満をＢＭＩ３０ｋｇ／ｍ２として定義し、非肥満をＢＭＩ＜３０ｋｇ／ｍ２として定義したところ、全ての患者にわたり肥満と相関した。患者の全ての診断を組み合わせたデータについては、肥満と、臨床的妊娠の転帰［表２］または生児出生の転帰［表３］との間の相関がなかった。
【０１２７】
解析を繰り返した。今回は診断によりコホートを分割し、臨床的妊娠の転帰率および生児出生の転帰率を、肥満との関連で比較した。ＰＣＯＳは、肥満と、臨床的妊娠の転帰（ＯＲ＝０．５７、ｐ＝０．０３）［表２］および生児出生の転帰（ＯＲ＝０．４４、ｐ＝０．０２）［表３］との間の関係が存在する、唯一の診断であることが見出された。
【表２】
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【表３】
2017526345.tif 000020
【０１２８】
副次的解析として、肥満の影響が有意となる、ＩＶＦサイクルにおける特異的な時点を決定した。これを行うために、採卵数、胚発生率、胚移植数、および着床率などの「ランドマーク」を、肥満と相関させた。各診断について、サイクルのうちのどの部分が、肥満から最も大きな影響を受けるのかを決定するのに、異なる一般的な不妊診断についてのデータサブセットを使用して、この解析を繰り返した。
【０１２９】
肥満は、ＰＣＯＳ集団内のＥＴ（胚移植）後の全ての転帰に対して影響を有することが見出されたので、さらなる解析を使用して、影響が顕在化するのはどの時点であるのかを特定した。これを達成するために、ＬＢ（生児出生）転帰解析において、５０％未満の着床率（標準的な交絡変数に加えて）について調整した。
【０１３０】
肥満は、任意の診断について、採卵と胚移植との間の、いかなるＩＶＦサイクル「ランドマーク」とも、有意に相関しなかった。この結果は、肥満の、ＩＶＦ転帰に対する影響は、胚移植が行われた後で生じることを指し示す。
【０１３１】
着床率は、ＰＣＯＳ患者では、肥満の存在と有意に逆相関した（ａｄｖｅｒｓｅｌｙ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ）が、他の診断では逆相関しなかった。５０％未満の着床率が肥満と相関したのかどうかについて調査する中で、ＰＣＯＳ患者については、患者が肥満である場合、着床率＜５０％は、ほぼ２倍である（ＯＲ＝１．８２、ｐ＝０．０２）ことが決定された［表４］。この結果は、ＰＣＯＳ患者では、肥満の、ＩＶＦの成功に対する影響が、胚移植の後で生じるという仮説を裏付ける。
【表４】
2017526345.tif 000021
【０１３２】
ＰＣＯＳ患者では、肥満が、着床率の低減と相関することを見出したので、次いで、生児出生転帰に対する影響が、その着床率の低減と独立に生じるのか、着床率の低減が、生児出生に対する負の影響の原因であるのかについて調査した。
【０１３３】
解析は、肥満の、着床率に対する負の効果が、生児出生に対する負の影響の原因であり、単なる独立な影響ではないことを指し示した。
【表５】
2017526345.tif 000022
【０１３４】
実施例３についての詳細なデータ：
【表Ｄ−１】
2017526345.tif 000023
【表Ｄ−２】
2017526345.tif 000024
【表Ｄ−３】
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【表Ｄ−４】
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【表Ｄ−５】
2017526345.tif 000027
【表Ｄ−６】
2017526345.tif 000028
【０１３５】
２）卵母細胞／胚の発生転帰（採卵を条件とする）
【表Ｅ−１】
2017526345.tif 000029
【表Ｅ−２】
2017526345.tif 000030
【０１３６】
３）卵母細胞／胚の発生転帰（採卵を条件とする、採卵時に群分けした）
【表Ｆ−１】
2017526345.tif 000031
【表Ｆ−２】
2017526345.tif 000032
【０１３７】
４）卵母細胞／胚の発生転帰（採卵を条件とする）
【表Ｇ−１】
2017526345.tif 000033
【表Ｇ−２】
2017526345.tif 000034
【０１３８】
５）卵母細胞／胚の発生転帰（採卵を条件とする、ＭＩＩに群分けした）
【表Ｈ−１】
2017526345.tif 000035
【表Ｈ−２】
2017526345.tif 000036
【表Ｉ−１】
2017526345.tif 000037
【表Ｉ−２】
2017526345.tif 000038
【表Ｉ−３】
2017526345.tif 000039
【表Ｉ−４】
2017526345.tif 000040
試料情報
【表Ｊ】
2017526345.tif 000041
【表Ｋ】
2017526345.tif 000042
【表Ｌ】
2017526345.tif 000043
【０１３９】
（実施例４）
高い異数性率は、卵母細胞および胚の質が悪いことと関連することが多く、これらのいずれも、年齢と共に低下する。異数性についてはまた、ＦＳＨレベルも年齢と共に上昇するが、ＦＳＨレベルと異数性との間の直接的な関連は、実証されていない。遡及的な着床前遺伝子スクリーニング（ＰＧＳ）データについての大規模なコホートについて研究して、ＦＳＨおよび年齢の、異数性に対するそれぞれの寄与を明らかにした。
【０１４０】
解析される患者には、パートナーが正常核型である患者であって、サイクルごとに、１つの卵母細胞を採取し、ＰＧＳを実施し、３日目のＦＳＨレベルが既知である、新鮮な体外受精（ＩＶＦ）サイクルを経た患者を組み入れた。一般化推定方程式（ＧＥＥ）モデルを使用して、患者の年齢の影響およびＦＳＨレベル（連続変数として、および１３ｍＵＩ／ｍＬの閾値の上側かそれとも下側かの両方で評価する）の影響を、異数性状況と相関させた。
【０１４１】
のべ４６２名の患者を、２２０７の胚について解析した。全体的に、倍数性が正常な患者は、異数性を有する患者と比較して、若齢であり（３５．５±４．０対３８．１±４．４）、基底のＦＳＨレベルがより低かった（７．５６±３．６対８．１±３．５）。異数性のオッズは、女性の生殖寿命の各年について、１０％ずつ増大した（ＯＲ＝１．１、ｐ＜０．０００１）。連続変数として評価する場合（ｐ＝０．７５）も、１３の閾値の上方で試験する場合（ｐ＝０．４５）も、ＦＳＨレベルの、異数性のオッズに対する独立の寄与は見出されなかった。しかし、ＦＳＨレベルが１３ｍＵＩ／ｍＬを上回る女性については、彼女らの異数性のオッズが、生存年数が加わるごとに、実質的により高い率（５０％）で増大する（ＯＲ＝１．５２、ｐ＜０．０００１）ことが観察された。
【０１４２】
所見は、年齢の異なる女性では、同等なＦＳＨレベルを、卵子の質と直接に等置すべきではないことを示唆する。これは、ＦＳＨレベルの高い若齢女性における不妊の管理について、重要な意味を有する。また、これらの女性は、彼女らの異数性のオッズが、時間経過と共に、同じ年齢で、ＦＳＨレベルが高くない女性より急速に上昇することを踏まえると、早期の処置による介入および卵子／胚バンキングから利益を得ることもできる。
【図１】
2017526345.tif 000044
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
2017526345.tif 000051
【図８】
2017526345.tif 000052
【図９】
2017526345.tif 000053
【図１０】
2017526345.tif 000054
【図１１】
2017526345.tif 000055
【図１２】
2017526345.tif 000056
【図１３】
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【図１４】
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【国際調査報告】
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