(57)【要約】  本明細書に提供するデータは、腫瘍または癌の細胞内で見られるバイオマーカーがまた、患者尿内でもまた適切なレベルで存在し、検出が可能でありうることを示す。診断、患者選択および治療の方法を、キットおよびデバイスとともに提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者が癌を有するか否かを決定する方法であって、患者由来の体液試料において癌タンパク質の存在または非存在を決定する工程を含み、試料中の癌タンパク質の存在が、患者が癌を有する指標である、前記方法。
【請求項２】
癌タンパク質が細胞内タンパク質、例えばＰＲＬ３、ＰＲＬ１、ＶＨＺ、ｃ−ｍｙｃ、Ｈ−ｒａｓ、ＡＫＴ−１、ｐ５３、Ｒａｃ１、ＦＡＫ、Ｒｕｎｘ１、エストロゲン受容体（ＥＲ）、ＰＴＥＮ、ｂ−アクチンまたはＧＡＰＤＨ、好ましくはＰＲＬ３である、請求項１の方法。
【請求項３】
患者由来の体液試料が尿試料である、請求項１の方法。
【請求項４】
癌タンパク質が細胞外癌タンパク質、例えばＨｅｒ２、Ｎ−カドヘリン、ＰＤＧＦ受容体（アルファ）、ＦＬＴ−３またはｐ−ＥＧＦＲである、請求項１の方法。
【請求項５】
試料中の癌タンパク質レベルを定量化する工程をさらに含む、先行する請求項のいずれか一項の方法。
【請求項６】
癌が初期または早期の癌である、先行する請求項のいずれか一項の方法。
【請求項７】
癌が膀胱癌、肺癌、乳癌、胃癌、鼻咽頭癌または前立腺癌より選択される、先行する請求項のいずれか一項の方法。
【請求項８】
癌タンパク質が可溶性癌タンパク質である、先行する請求項のいずれか一項の方法。
【請求項９】
患者が癌を有するか否かを決定する方法であって、患者由来の体液試料から得たエクソソームを含有する試料において、癌タンパク質の存在または非存在を決定する工程を含み、試料はエクソソームに関して濃縮され、そして／または実質的にエクソソームのみを含有し、好ましくは試料が尿であるかまたは尿に由来する、前記方法。
【請求項１０】
癌タンパク質が試料中のエクソソーム内に存在する、先行する請求項のいずれか一項の方法。
【請求項１１】
抗癌療法に関して患者を選択する方法であって、患者由来の体液試料において、または体液から得られる試料において、癌タンパク質の存在を検出し、そして存在すると決定された癌タンパク質に基づいて治療を選択する工程を含み、体液が好ましくは尿である、前記方法。
【請求項１２】
１またはそれより多い抗・癌タンパク質抗体を含む、側方流動デバイス。
【請求項１３】
体液試料における癌タンパク質を検出するためのキットであって、場合によって請求項１２の側方流動デバイスを含む、前記キット。
【請求項１４】
患者において膀胱癌を診断する方法であって、患者由来の尿試料からエクソソームを単離し、そしてエクソソーム中の癌タンパク質の存在を決定する工程を含み、エクソソーム中の癌タンパク質の存在が、患者が膀胱癌を有する指標である、前記方法。
【請求項１５】
患者において癌の治療に使用するための抗癌療法抗体であって、患者が、患者由来の体液試料において癌タンパク質の存在を決定する工程を含む方法によって、治療に関して選択されている、前記療法抗体。
【請求項１６】
癌タンパク質がＰＲＬ３である、先行する請求項のいずれか一項記載の方法、キットまたは側方流動デバイス。
【請求項１７】
請求項１〜１０のいずれか一項記載の方法によって選択される患者を治療する工程を含む、治療法。
【請求項１８】
患者に抗癌療法を投与する工程を含む、請求項１７記載の治療法。
【請求項１９】
抗癌療法が抗体療法である、請求項１１、１５または１８のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
抗体療法が抗ＰＲＬ３抗体療法である、請求項１９記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、細胞生物学、分子生物学および生化学の分野に関する。本発明はまた、医学の分野にも関する。特に、本発明は、疾患、特に癌の診断に関する。
【背景技術】
【０００２】
癌は、過去２０年間、徹底した研究の対象であった。しかし、癌転移に関与する根底にある原因はほとんど理解されず、そして大部分のタイプの癌予防はいまだに限定されている。
【０００３】
抗体に基づく療法は、癌治療に有効であることが証明されている；が、このアプローチは伝統的に、癌細胞によって発現される細胞外タンパク質または分泌タンパク質に限定されてきた。したがって、多くの潜在的な癌または腫瘍マーカーおよび癌抗原が文献において同定されてきており、そして抗体療法がこれらのうちのいくつかに対して開発されてきている。
【０００４】
例えば、周知の癌療法、ハーセプチン（トラスツズマブ）は、ＨＥＲ２陽性癌細胞を殺すことが可能なモノクローナル抗体である。ハーセプチンは、癌細胞上のＨＥＲ２（ヒト上皮増殖因子受容体２）抗原に結合する。同様に、ベバシズマブ（アバスチンＴＭ）は、新規血管形成に関与する増殖因子の１つである血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）に対してターゲティングされたモノクローナル抗体である。血管形成を阻害することによって、ベバシズマブは、腫瘍が生存するために必要な酸素および栄養を受け取るために、血液の一定の供給を腫瘍細胞が受け入れることを妨げる。
【０００５】
しかし、異なる癌に対する抗体療法剤の適用可能性は普遍的ではない。抗体療法剤の一般的な使用を妨げてきた限界の１つは、抗体分子のサイズが大きく、そしてその結果、形質膜または細胞膜を横断不能であることである。修飾しない場合、抗体（モノクローナル抗体を含む）は、一般的に、宿主細胞の表面または外部に位置する癌抗原をターゲティングするために適しているのみである。上の例において、ＨＥＲ２受容体は細胞表面上に位置し、そしてしたがって、ハーセプチンによる抗体結合に対してアクセス可能である。同様に、ＶＥＧＦは血流に分泌され、そしてベバシズマブによって結合可能である。
【０００６】
大部分の発癌タンパク質は細胞内タンパク質（例えば細胞内ホスファターゼ、細胞内キナーゼ、転写因子等）であり、そして抗体療法のアプローチによっては十分には探究されないままであった。抗体は細胞膜に浸透するには大きすぎるという見方が長い間なされてきており、このことが細胞内タンパク質をターゲティングする際に抗体療法技術が用いられるのを妨げてきた。
【０００７】
本発明者らは、以前、３つの異なる抗体が、それぞれ、３つの細胞内タンパク質：癌関連ホスファターゼであるＰＲＬ−３（肝再生ホスファターゼ３）；一般的なレポーターであるＥＧＦＰ（増進緑色蛍光タンパク質）；およびポリオーマウイルス・ミドルＴ癌タンパク質であるｍＴ（ポリオーマウイルス・ミドルＴ）をターゲティングしうることを示した（ＷＯ２０１１／０６５９２３）。ＰＲＬ−３細胞内ホスファターゼ（酵素）のみがヒト癌転移と関連づけられており（Ｓａｈａら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４；１３４３（２００１）およびＷａｎｇら，  Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  １８；５２−６３（２０１０）を参照されたい）、その他の２つの細胞内タンパク質（ＥＧＦＰおよびミドルＴ）は、抗体が細胞内タンパク質をターゲティング可能であるという一般的な現象を解明するために用いられた。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】ＷＯ２０１１／０６５９２３
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｓａｈａら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４；１３４３（２００１）
【非特許文献２】Ｗａｎｇら，  Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ  １８；５２−６３（２０１０）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、正常な制御のものに比較して、癌患者の尿試料または尿エクソソームにおいて、いくつかの癌タンパク質が優先的に存在することを見出した。本研究において、本発明者らは、いくつかの細胞内および細胞外タンパク質：ＰＲＬ−３、ＰＲＬ−１、ＶＨＺ、ｍｙｃ、ｒａｓ、アクチン、ＧＡＰＤＨ、ｐ５３、Ｎ−カドヘリン、Ｈｅｒ２、ＥＧＦＲ、ＦＬＴ、エストロゲン受容体、ＰＤＧＦ、ＰＤＧＦ−ａを試験した。ウェスタンブロットで分析を行った。数百の癌尿試料を調べ、これらには膀胱癌、肺癌、リンパ腫、前立腺腺癌、乳癌、胃癌、鼻咽頭癌および上咽頭癌（ＮＰＣ）が含まれ、そしてこれらを対照正常尿試料と比較した。尿中のこれらの癌タンパク質のレベルは、癌病期、例えば膀胱癌の初期およびより後期の病期と関連する。これらの発見によって、多様な免疫学的アッセイを用いて尿癌タンパク質の存在を決定することによる、単純な癌試験が提供される。本発明者らのデータは、体液（血液、尿、唾液等）内を長距離移動するエクソソームを通じて、細胞内癌タンパク質が慣用的でなく分泌されうることを示す。本明細書に開示するのは、診断、癌病期決定、癌療法、および抗癌療法の監視のために癌タンパク質の存在を検出するための尿試験である。
【００１１】
本明細書で提供するデータは、驚くべきことに、腫瘍または癌の細胞内で見出されるバイオマーカーが、患者尿内に、検出を可能にするために適したレベルで存在しうることを示す。さらに、本発明者らは、驚くべきことに、癌発展の非常に初期の段階で、尿中で特定の癌タンパク質が検出可能であることを見出した。検出および診断を可能にするために十分な量の癌タンパク質が、これらの初期段階で、腫瘍から遠く離れた患者尿中に存在することは驚くべきことである。
【００１２】
本発明者らは、多数のタイプのヒト癌尿の６２％において、そしてＰＲＬ３＋腫瘍所持マウス由来の癌尿の１００％において、分泌ＰＲＬ３癌タンパク質を見出した（しかしＰＲＬ３−腫瘍所持マウスでは見出されなかった）。尿ＰＲＬ３レベルは、抗ＰＲＬ３抗体での有効な治療の後に有意に減少した。尿ＰＲＬ３は、したがって、癌における抗ＰＲＬ３抗体療法の療法反応を監視するための新規診断および代理バイオマーカーとして提唱される。
【００１３】
尿などの体液試料の使用は、癌がアクセス不能である場合には特に好適でありうる。
本発明は、個体が癌を有するか否か決定するための方法であって、個体由来の体液試料における癌タンパク質の存在または非存在を決定する工程を含む、前記方法を提供する。癌タンパク質の存在は、個体が癌を有する指標でありうる。いくつかの場合において、癌タンパク質の量を定量化する。試料中に存在する癌タンパク質の量は、個体が癌を有する指標でありうる。例えば、より高いレベルの癌タンパク質は、癌の存在の指標でありうる。癌タンパク質の量は、癌の病期、例えば初期、中期または後期の指標でありうる。該方法は、エクソソーム癌タンパク質の検出を含みうる。すなわち、エクソソーム内のまたはエクソソームに付着した、体液内の癌タンパク質の検出である。
【００１４】
本明細書に開示する方法を用いて、療法治療に対する患者の反応を監視することも可能である。例えば、尿中の癌タンパク質の存在またはレベルを、療法治療を投与する前および後に決定することも可能である。療法治療は、化学療法、放射線療法または他の療法治療であることも可能である。癌タンパク質のレベルの減少は、療法が抗癌効果を有することの指標でありうる。
【００１５】
本明細書に開示する方法を用いて、抗癌療法で治療する患者を選択するか、またはこうした治療に適した患者を決定することも可能である。いくつかの場合、本明細書開示の方法は、本明細書開示の方法による治療に適していると決定された患者の治療に関する。こうした方法において使用するための剤もまた開示される。
【００１６】
本発明の方法で有用な体液試料には、尿、唾液、血液または血漿、あるいは母乳を含む任意の他の体液が含まれる。好ましくは、体液は尿である。
癌タンパク質は試料中のエクソソームに存在することも可能であるし、または可溶性であることも可能である。該方法は、試料からのエクソソームの単離、およびエクソソーム中の癌タンパク質の存在または非存在の決定を含むことも可能である。該方法は、個体から単離した試料に比較して、エクソソームを濃縮する工程を含むことも可能である。エクソソームを溶解するかまたは破裂させるなど、エクソソーム内容物を放出させるように、エクソソーム試料を処理してもよいしまたは処理しなくてもよい。体液試料からあらかじめ単離されたエクソソーム試料に対して、該方法を実行してもよい。特に、試料中のエクソソームにおける癌タンパク質の存在は、患者が膀胱癌を有することの指標でありうる。いくつかの場合、癌タンパク質は可溶性であり、例えば可溶性ＰＲＬ３である。可溶性癌タンパク質は試料中のエクソソームに会合していなくても、またはエクソソーム中に存在していなくてもよい。
【００１７】
癌タンパク質の存在または非存在は、イムノアッセイ、例えばＥＬＩＳＡまたはウェスタンブロットに基づく方法を含むことも可能である。該方法は、抗体またはアプタマーの使用を含むことも可能である。抗体は、癌タンパク質に特異的に結合可能な任意の抗体であることも可能である。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであることも可能であり、ヒト、ウサギまたはマウス抗体であることも可能であり、あるいは任意の適切な哺乳動物由来であってもよく、あるいは細胞培養において産生されてもよい。抗体はヒト化またはキメラであることも可能である。抗体は、Ｌｉら（Ｃｌｉｎ．  Ｃａｎｃ．  Ｒｅｓ．（２００５）１１：２１９５−２０４）に論じられるような抗体２２３または３１８であることも可能である。抗体は、通常、細胞内、例えば形質膜、細胞質または核内に提示される癌タンパク質の領域に結合可能である。いくつかの場合、抗体は、癌タンパク質の細胞外部分、例えば細胞表面上に通常提示される癌タンパク質の部分に結合しない。
【００１８】
本明細書開示の方法において有用な癌タンパク質は、非癌組織に比較した際、癌において上方制御されるかまたは過剰発現される。いくつかの場合、癌タンパク質は、非癌組織で発現されるタンパク質に比較した際、突然変異を所持する。本明細書に論じるような癌タンパク質は細胞内または細胞外であることも可能である。つまり、その発現は、実質的に細胞内、例えば核、細胞質中、または細胞膜の内側、または実質的に細胞の外側、例えば細胞表面上である。好ましくは、癌タンパク質は細胞内癌タンパク質である。
【００１９】
本明細書記載の好ましい方法において、癌タンパク質は、ＰＲＬ３、ＰＲＬ１、ＶＨＺ、ｃ−ｍｙｃ、Ｈ−ｒａｓ、ＡＫＴ−１、ｐ５３、Ｒａｃ１、ＦＡＫ、Ｒｕｎｘ１、エストロゲン受容体（ＥＲ）、ＰＴＥＮ、ｂ−アクチンまたはＧＡＰＤＨより選択される。ｐ５３は突然変異体ｐ５３であることも可能である。例えば、ｐ５３タンパク質は、７２位のアルギニン残基の代わりにプロリン残基を有することも可能である。好ましくは、癌タンパク質はＰＲＬ３、ＰＲＬ１またはＶＨＺである。いくつかの場合、癌タンパク質は、非癌組織に見られる形に比較して突然変異しているＧＡＰＤＨまたはｂ−アクチンの形である。いくつかの場合、１より多い癌タンパク質の存在または非存在を決定する。癌タンパク質は、Ｈｅｒ２、Ｎ−カドヘリン、ＰＤＧＦ受容体（アルファ）、ＦＬＴ−３またはｐ−ＥＧＦＲであることも可能である。
【００２０】
本明細書開示の方法によって検出可能な癌には、胃癌、膀胱癌、肺癌、乳癌、胃癌、鼻咽頭癌、前立腺癌（例えば前立腺腺癌または前立腺肥大、特に前立腺肥大）が含まれる。癌は、試料供給源から離れている可能性もある。癌は、アクセスする、例えば試料採取するかまたは生検することが困難であり、そして／または観血性であるものである可能性もある。
【００２１】
いくつかの場合、該方法は、試料中の癌タンパク質レベルが、癌を持たない個体から得られる試料のレベルよりも高いかまたは低いか決定する工程を含む。いくつかの場合、非癌個体に比較してより高いレベルの癌タンパク質は、個体が癌を有する指標である。いくつかの場合、発現レベルは、癌の病期の指標である。高レベルの発現は、個体が後期の、または進行した癌を有することの指標でありうる。
【００２２】
個体は、好ましくはヒト個体であり、そして検出する癌タンパク質は、好ましくはヒト癌タンパク質である。
いくつかの場合、癌タンパク質は、Ｈｅｒ２、Ｎ−カドヘリン、ＰＤＧＦ受容体（アルファ）、ＦＬＴ−３またはｐ−ＥＧＦＲではない。いくつかの場合、癌は膀胱癌ではない。
【００２３】
いくつかの場合、本発明の方法は、個体における癌の病期を決定する工程を含む。すなわち、試料中の特定の癌タンパク質の存在または非存在は、癌が、初期、中期、または後期であることの指標でありうる。特定の癌タンパク質の存在または非存在は、癌が転移性であるかまたは転移性になるであろうことの指標でありうる。いくつかの場合、癌タンパク質の量は、癌の病期の指標である。
【００２４】
該方法は、個体由来の試料中のバイオマーカーのレベルを、非癌個体に関して得た試料中のバイオマーカーのレベルに比較する比較工程を含むことも可能である。レベルを、非癌個体由来の試料（例えば対照試料）に直接比較してもよいし、あるいは１またはそれより多い参照値のデータベースと比較してもよい。
【００２５】
当該技術分野に知られる任意の適切な方法によって、個体から体液試料を得ることも可能である。試料は、本明細書開示の方法を開始する前に得られていてもよいし、またはその方法の一部として得られてもよい。体液は、その中にエクソソームが存在する液であることも可能である。該方法は、可溶性癌タンパク質などの、試料中の癌タンパク質の検出を含むことも可能である。該方法は、試料からのエクソソームの単離、または試料内のエクソソームの濃縮、およびエクソソーム中の癌タンパク質の検出を含むことも可能である。
【００２６】
試料由来のエクソソームを単離するための方法が当該技術分野に知られる。例えば、ＥＸＯＱＵＩＣＫ−ＴＣＴＭプロセスは、エクソソームを含有する固形沈殿物を形成するために遠心分離する前に、試料を沈殿溶液中でインキュベーションする、商業的に入手可能な技術である。エクソソームを単離するかまたは濃縮するための他の方法には、超遠心が含まれる。
【００２７】
エクソソームは細胞由来小胞である。これらは３０〜１００ｎｍの直径を有しうる。これらは膜結合性であり、そして形質膜から放出される。エクソソームは、ｍｉＲＮＡおよびタンパク質を含む、多様な分子構成要素を含有する。エクソソームへの臨床的関心は増加してきており、特に、診断、予後診断および療法における使用に関心が持たれる。エクソソームは、尿、血液、血清、唾液および母乳を含む多様な生物学的液体中に同定されてきている。
【００２８】
本発明の方法によって単離されるエクソソームは、癌タンパク質検出前に破裂させることも可能である。本明細書開示の方法は、さらに、エクソソームマーカー、例えばＣＤ６３、あるいはエクソソームに特徴的である他のタンパク質またはＲＮＡ配列の検出を含むことも可能である。
【００２９】
本明細書にやはり開示するのは、試料中の癌タンパク質の存在または非存在を決定するためのキットである。キットは、癌タンパク質に特異的な抗体を含むことも可能である。
本明細書にやはり提供するのは、抗・癌タンパク質抗体が結合している固体支持体である。該固体支持体は、したがって、試料中の癌タンパク質に結合するために適しており、したがって、癌タンパク質を試料から分配し、そして検出することも可能である。
【００３０】
やはり本明細書に開示するのは、試料中のターゲットの存在または非存在を検出するための、側方流動試験、または側方流動免疫クロマトグラフィアッセイ（「側方流動試験」）である。試験は、家庭での試験、ポイントオブケア試験または実験室使用のために適している可能性もある。側方流動試験は、１またはそれより多い抗・癌タンパク質抗体を含有することも可能である。
【００３１】
キットには、癌タンパク質を検出するため、そして／または支持体に結合した癌タンパク質を洗浄するため、そして／または結合した癌タンパク質を検出するため、生物学的液体を調製するための１またはそれより多い溶液が含まれていることも可能である。キットには、側方流動試験が含まれていることも可能である。
【００３２】
試料中のタンパク質の検出に適した任意の方法を、本明細書記載の方法で用いることも可能である。該方法は、癌タンパク質の存在または非存在の検出を含むことも可能である。該方法は、癌タンパク質の発現レベルの定量化を含むことも可能である。
【００３３】
いくつかの場合、癌タンパク質のレベルは、癌の病期の指標である。したがって、特定の癌タンパク質の高レベルの発現は、癌がより進行した病期、例えば後期の癌であることの指標でありうる。いくつかの場合、癌タンパク質の存在は、後期の癌であることの指標でありうる。
【００３４】
本明細書で有用な方法には、ウェスタンブロットまたはドットブロットが含まれる。こうした方法は、試料を、抗体、または癌タンパク質に特異的に結合可能な他の剤に曝露することによる、特定の癌タンパク質の検出を含む。
【００３５】
特に好ましい方法は、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、例えばサンドイッチＥＬＩＳＡを含む。ＥＬＩＳＡは、捕捉剤を使用して、表面に癌タンパク質を特異的に結合させることを含み、そして検出剤を適用して、結合した癌タンパク質を検出する。典型的には、捕捉剤および検出剤は抗体である。検出剤は、レポーター、好ましくは酵素に連結可能である。次いで、基質を表面に適用して、そして検出剤と基質の反応を通じて、結合した癌タンパク質を検出する。
【００３６】
いくつかの場合、生物学的液体、または生物学的液体から得たエクソソーム試料中に浸すことが可能な固体支持体を用いて、ＥＬＩＳＡを行うことも可能である。固体支持体は、プレート、ディップスティックまたはビーズ、あるいは当該技術分野に知られる他の支持体であることも可能である。
【００３７】
やはり本明細書に含まれるのは、体液中の癌タンパク質を検出するかまたは測定するためのキットである。キットには、側方流動試験デバイスが含まれてもよい。キットには、使用説明書が含まれてもよい。側方流動試験には、反応ゾーン、試験ゾーン、および場合によって対照ゾーンが含まれてもよい。
【００３８】
癌タンパク質を検出するためのＥＬＩＳＡに基づく方法で使用するために適した抗体には、当該技術分野に知られる任意の抗・癌タンパク質抗体が含まれる。ＰＲＬ３を検出するため、抗体は、Ｌｉらに開示されるようなモノクローナル抗体２２３または３１８、あるいはウサギ＃１９９２または＃１９９３由来のポリクローナル抗体血清であることも可能である。任意の組み合わせの抗体を捕捉剤または検出剤として用いてもよい。しかし、好ましくは、捕捉剤および検出剤は異なる。ＰＲＬ３の場合、特に好ましい組み合わせは、捕捉抗体としてのモノクローナル抗体２２３の使用である。ウサギ抗血清＃１９９２は検出剤として好ましい。検出剤を金粒子に連結させて、検出を可能にすることも可能である。
【００３９】
本発明記載の方法には、以下の工程が含まれることも可能である：
ａ）個体から得た生物学的試料を提供する工程；
ｂ）癌タンパク質結合剤を固定した固体支持体に、生物学的試料を曝露し、生物学的試料内の癌タンパク質が固体支持体に固定されるようにする工程；
ｃ）生物学的試料から癌タンパク質を分配する工程；
ｄ）癌タンパク質を検出する工程。
【００４０】
癌タンパク質の存在は、個体が癌を有する指標となりうる。該方法は、検出される癌タンパク質の量を定量化する工程を含むことも可能である。該方法は、１またはそれより多い洗浄工程を、例えば固体支持体上に癌タンパク質を固定した後に含むことも可能である。該方法は、工程（ｄ）で得た結果を、癌を持たないことが知られる個体から得た結果に比較する、比較工程を含むことも可能である。比較は、データベース中の既知の値との比較を含むことも可能である。
【００４１】
いくつかの場合、固体支持体は、ニトロセルロース膜、特にニトロセルロースＡＥ９９である。好ましくは、モノクローナル抗体を、捕捉抗体として、固体支持体に結合させる。好ましくは、抗体は抗体２２３である。アッセイは、生物学的試料を、捕捉抗体に、１０〜２０分間、好ましくは１１〜１９分間、好ましくは１４〜１６分間、好ましくはおよそ１５分間曝露する工程を含むことも可能である。
【００４２】
好ましくは、ポリクローナル抗体を検出剤として用いる。好ましくは、ウサギ抗ＰＲＬ３＃１９９２血清を検出剤として用いる。好ましくは、検出剤を金粒子にコンジュゲート化して、検出を可能にする。
【００４３】
特定の癌タンパク質の存在またはレベルによる癌の診断後、個体は、適切な療法治療を処方されるかまたは経ることも可能である。例えば、特定の癌タンパク質の検出は、特定の免疫療法が有益でありうることの指標でありうる。例えば、ＰＲＬ３の存在の同定は、患者がＰＲＬ３免疫療法、例えば抗ＰＲＬ３抗体療法から利益を得るであろうことの指標でありうる。
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１】図１：ＰＲＬ−３は癌病期のバイオマーカーとして使用可能である。より後期の患者の８／１０でＰＲＬ−３が高発現し、一方、初期の患者の１／１０で高発現する。
【図２】図２：２つの正常な尿試料および膀胱癌患者由来の６つの尿試料における癌タンパク質発現。癌タンパク質は、癌尿試料において一般的に検出可能である。
【図３】図３：レーン１〜２、正常尿、３〜８、癌尿。ＰＲＬ−３を後期癌のバイオマーカーとして用いることも可能である。より後期の患者の８／１０でＰＲＬ−３が高発現し、一方、初期の患者の１／１０で高発現する。ＰＲＬ３に関連するエクソソームが膀胱癌患者の尿中に存在する。膀胱癌患者尿試料由来の精製エクソソーム分画を、ＰＲＬ３、ＣＤ６３、エクソソームマーカーに対する抗体で分析した。
【図４】図４：肺癌患者由来の３４の尿試料。
【図５】図５：肺癌患者由来の３４の尿試料。
【図６】図６：乳癌、胃癌および鼻咽頭癌患者由来の肺、尿試料における癌タンパク質発現。
【図７】図７：肺癌、膀胱炎、前立腺腺癌対良性前立腺肥大患者由来の２２の尿試料。
【図８】図８：正常尿（レーン１）と比較して、本発明者らは、大細胞型Ｂ細胞リンパ腫患者（レーン２）において、非常に強いＰＲＬ−３発現レベルを、そして肺癌尿（レーン３〜４）において、低レベルを検出する。
【図９】図９：ドットブロット（左パネル）上のＰＲＬ−３陰性試料（１、２、３、５）および陽性試料（８、９、１２、１４、１６）をウェスタンブロット（右パネル）によって再確認する。本発明者らは、ドットブロットを用いて、一度に多数の試料を試験可能である。
【図１０】図１０：ＳＤＳ  ＰＡＧＥによって試験した抗体純度。左から、Ａｂ２２３、３１８、１９９２、１９９４、参照ＭｏＡｂおよび参照ウサギ抗体（４％−２０％  Ｔｒｉｓ−グリシンゲル）。
【図１１】図１１：ＰＲＬ３原型デバイスに関する用量反応曲線。
【図１２−１】図１２：Ａ、試験ラインシグナルをスコア付けするために用いたＱＣカラーチャート；Ｂ、原型試験デバイス；Ｃ、試験デバイス解釈；Ｄ、陰性、陽性および希釈陽性尿試料を用いた原型試験デバイス。
【図１２−２】図１２：Ａ、試験ラインシグナルをスコア付けするために用いたＱＣカラーチャート；Ｂ、原型試験デバイス；Ｃ、試験デバイス解釈；Ｄ、陰性、陽性および希釈陽性尿試料を用いた原型試験デバイス。
【図１３−１】図１３：細胞内ＰＲＬ−３癌タンパク質は、細胞培地内に分泌されることも可能であり、そして癌尿の６１％で存在するが、正常尿には存在しない。（ａ）マッチした溶解物および示すＧＣ細胞株の馴化培地におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロッティング。ＣＡＮＸ、カルネキシン。（ｂ）研究したすべての癌患者および正常個体由来の尿試料におけるＰＲＬ−３陽性％の要約。（ｃ〜ｆ）（ｃ）正常個体およびＧＣ患者、（ｄ）鼻咽頭癌患者および（ｅ）膀胱癌患者の尿におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロット検出。代表的なブロットを示す。Ｍｒ、相対分子量（ｋＤａ）。
【図１３−２】図１３：細胞内ＰＲＬ−３癌タンパク質は、細胞培地内に分泌されることも可能であり、そして癌尿の６１％で存在するが、正常尿には存在しない。（ａ）マッチした溶解物および示すＧＣ細胞株の馴化培地におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロッティング。ＣＡＮＸ、カルネキシン。（ｂ）研究したすべての癌患者および正常個体由来の尿試料におけるＰＲＬ−３陽性％の要約。（ｃ〜ｆ）（ｃ）正常個体およびＧＣ患者、（ｄ）鼻咽頭癌患者および（ｅ）膀胱癌患者の尿におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロット検出。代表的なブロットを示す。Ｍｒ、相対分子量（ｋＤａ）。
【図１３−３】図１３：細胞内ＰＲＬ−３癌タンパク質は、細胞培地内に分泌されることも可能であり、そして癌尿の６１％で存在するが、正常尿には存在しない。（ａ）マッチした溶解物および示すＧＣ細胞株の馴化培地におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロッティング。ＣＡＮＸ、カルネキシン。（ｂ）研究したすべての癌患者および正常個体由来の尿試料におけるＰＲＬ−３陽性％の要約。（ｃ〜ｆ）（ｃ）正常個体およびＧＣ患者、（ｄ）鼻咽頭癌患者および（ｅ）膀胱癌患者の尿におけるＰＲＬ−３のウェスタンブロット検出。代表的なブロットを示す。Ｍｒ、相対分子量（ｋＤａ）。
【図１４】有効な抗ＰＲＬ３抗体処置は、尿ＰＲＬ−３の喪失を生じ、そして機構的に腫瘍内集積および免疫エフェクター補充を伴う。（ａ）ＰＲＬ−３＋  ＳＮＵ４８４またはＰＲＬ−３−  ＭＫＮ４５同所性胃腫瘍を宿する、未処置または抗ＰＲＬ３抗体処置マウス由来のマッチした尿および腫瘍試料におけるＰＲＬ−３タンパク質のウェスタンブロッティング。上部パネル、第２８日（ＳＮＵ−４８４）または第５６日（ＭＫＮ４５）の切除胃。（ｂ）ＰＲＬ−３＋癌細胞に対する抗ＰＲＬ３抗体作用の提唱される機構。２つの型の分泌ＰＲＬ−３抗原、可溶性遊離型またはエクソソーム結合型を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４５】
本発明者らは、ウェスタンブロット、ドットブロット、ＥＬＩＳＡなどの多様な免疫学的アッセイを記載する。本発明者らはまた、尿および血液試料（およびまた唾液）において、癌タンパク質を検出する妊娠様試験も記載する。
【００４６】
本発明者らは、癌タンパク質のレベルが癌の病期と関連するかどうかを調べる。
尿および血液試料を用いたバイオマーカーのスクリーニングは、腫瘍試料を用いた場合に比較してより容易であり、これは、例えば内部中心部の脳腫瘍など、腫瘍に到達することが困難である可能性があるためである。
【００４７】
本発明者らは、２つの独立のＰＲＬ−３モノクローナル抗体（＃３１８または＃２２３）を有する；本発明者らはまた、ＰＲＬ−３、ならびにその関連ＰＲＬ−１およびＰＲＬ−２と反応するポリクローナルウサギ抗体も有する。ウェスタンブロットおよびＥＬＩＳＡアッセイに加えて、本発明者らは、尿または血清（おそらく唾液）試料からＰＲＬ−３抗原を捕捉するためのＰＲＬ−３クローナル抗体＃３１８または＃２２３のいずれかを含有する紙片を作製可能であり、ＨＲＰまたはＡＰとコンジュゲート化された二次抗体は、紙片またはプレート上で、ＰＲＬ−３抗原が存在することを反映する抗体−抗原酵素反応の色を明らかに表すであろう。この技術は、家庭用妊娠試験（反応ゾーン、試験ゾーン、対照ゾーン）に似ており、これを尿試料中で検出される任意の他のバイオマーカーに適用可能である。
【００４８】
本発明者らはまた、単純な尿試料において他の分泌癌ターゲットを試験する類似の技術も使用する。
細胞内タンパク質が、エクソソームを通じて尿に排出されうることは、以前には報告されてこなかった。本発明はこれを立証する最初の研究であり、そして癌を検出し、そして癌の病期を反映する単純な方法を提供する。本明細書に開示するのは、癌尿試料または前年以来の数百の尿試料から精製した対応するエクソソームを分析することによって得られるデータである。
【００４９】
本明細書において、用語「バイオマーカー」は、個体において生物学的状態または疾患、例えば癌の指標となるタンパク質を指す。本発明のバイオマーカーは、典型的にはタンパク質、または癌タンパク質である。癌タンパク質は、癌を引き起こす能力を持つかまたは癌と関連するタンパク質である。特に、本発明は、細胞内癌タンパク質であるバイオマーカーに関する。
【００５０】
細胞内癌タンパク質
本発明者らは、細胞内癌タンパク質が、体内で長い距離を移動して、エクソソームを通じて非慣用的に分泌されうることを決定した。本発明はしたがって、特に、細胞内癌タンパク質に関する。
【００５１】
細胞内癌タンパク質および細胞内抗原は当該技術分野に知られ、そしてこれらには、とりわけ、以下のもの、あるいはその変異体、誘導体、相同体または断片の任意の１またはそれより多くが含まれることも可能である。
【００５２】
適切な細胞内癌タンパク質は、当業者に認識されうるであろう。腫瘍形成中には特異的に上方制御されるが、宿主組織においてほとんどまたはまったく発現されない遺伝子は、腫瘍特異的ターゲットとして特に有望である。遺伝的関連を示す癌に関しては、免疫適格性の若い感受性ファミリーメンバーを、家族性癌に関連する抗原（エピトープに基づくペプチドワクチン）で免疫すると、その癌タンパク質に対する免疫系をプライミングすることも可能である。これらの内因性刺激抗体は、次いで、その特定の癌タンパク質を発現する癌細胞と潜在的に戦いうる。本明細書記載の結果は、抗体に基づく療法および癌に対するワクチン接種が、療法ターゲットとしてより広く多様な細胞内癌タンパク質に拡張可能であることを示唆する。療法抗体またはワクチン接種によってターゲットとすることが不能であると以前考えられていた細胞内癌タンパク質のすべてのクラスが、現在、オーダーメード癌療法の範囲を拡張するとともに、癌ワクチンの新時代を先導することも可能になっている。本発明者らは、細胞内自己抗原を用いる１つの潜在的な利点が、これらが細胞外自己抗原よりも免疫反応を誘発するより優れた可能性を有しうる点であると期待しており、これは細胞外自己抗原をターゲティングする免疫細胞が一般的に発生中に排除されるためである。本発明者らは、外因性送達抗体に比較して、抗原誘導性抗体療法が類似の抗腫瘍療法効率を達成可能であることを見出した。存在する慣用的な臨床抗体療法は高価であるため、高力価の抗原誘導抗体を誘導する手段として、ワクチン接種がより有用であり、そして経済的でありうる。「癌ワクチン接種」のこの概念は有望であり、そして魅力的である。
【００５３】
本明細書に記載するような癌タンパク質は、腫瘍原性細胞増殖に関連するタンパク質の制御または合成に関与するタンパク質である。癌タンパク質は、正常細胞の癌細胞への形質転換に関与する、発癌性ポリペプチドであることも可能である。癌タンパク質は正常細胞におけるよりも腫瘍細胞においてより高い発現を有しうる。癌タンパク質は細胞内であり、つまり、これらは細胞内部、例えば核または細胞質に位置するか、あるいは細胞膜の細胞内表面に付着する。好ましくは、癌タンパク質は自己抗原であり、つまり、これらは、動物に通常見られるタンパク質であり、そして動物ゲノムから発現されるタンパク質集団の一部を形成し、そして動物にとって異種の、例えばウイルスタンパク質ではない。
【００５４】
あるいは、細胞内癌タンパク質は、細胞内領域を有する癌タンパク質であることも可能である。例えば、該タンパク質は、細胞質内に伸長する領域を有する、膜係留タンパク質であることも可能である。
【００５５】
癌タンパク質は、非自己抗原、例えば感染細胞によって発現されるウイルスタンパク質であることも可能である。いくつかの場合、細胞内癌タンパク質は、微生物由来ではない。例えば、該タンパク質は、ウイルス性癌タンパク質ではなく、また細菌性癌タンパク質ではなく、また真菌性癌タンパク質ではない。好ましくは、癌タンパク質は自己抗原である。細胞内自己抗原を用いる１つの潜在的な利点は、これらが細胞外自己抗原よりも免疫反応を誘発するより優れた可能性を有しうることであり、これは、細胞外自己抗原をターゲティングする免疫細胞が、一般的に、発生中に除去されるためである。
【００５６】
ＰＲＬ−３
以下のテキストは、ＯＭＩＭエントリー６０６４４９より適合されている。
ＰＲＬ−３はまた、プロテイン−チロシン・ホスファターゼ４Ａ型３；ＰＴＰ４Ａ３としても知られる。ＰＲＬ−３の染色体位置は、遺伝子マップ遺伝子座８ｑ２４．３である。
【００５７】
心臓において、プロテインキナーゼは、収縮性、イオン輸送、代謝および遺伝子発現を制御する。ホスファターゼは、脱リン酸化における役割に加えて、心臓肥大および機能不全に関与する。
【００５８】
心臓ｃＤＮＡライブラリーのデータベース検索およびスクリーニングによって、Ｍａｔｔｅｒら  ２００１，  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ｒｅｓ．  Ｃｏｍｍｕｎ．  ２８３：１０６１−１０６８は、ＰＴＰ４Ａ３をコードするｃＤＮＡを同定し、これをＰＲＬ３と名付けた。推定されるＰＲＬ３タンパク質は、ＰＲＬ１（ＰＴＰ４Ａ１；６０１５８５）に７６％同一であり、そしてマウスＰｒｌ３に９６％同一である。ノーザンブロット分析は、主に心臓および骨格筋において、より低い発現で膵臓において、およそ２．３ｋｂ  ＰＲＬ３転写物の発現を明らかにした。この発現パターンは、ＰＲＬ１およびＰＲＬ２（ＰＴＰ４Ａ２；６０１５８４）のより広い発現とは異なっている。ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション分析によって、ＰＲＬ３発現は心筋細胞に位置づけられた。Ｔｒｉｓグリシンゲル分析によって、ＰＲＬ３が２２ｋＤタンパク質として発現されることが示された。機能的および突然変異分析によって、リン酸切断は、ＰＲＬ３のｃｙｓｌ  ０４に依存することが示された。ＰＲＬ３の過剰発現は、細胞増殖増加を生じた。ウェスタンブロット分析によって、アンギオテンシンＩＩ（１０６１５０）に反応したｐＩ３０ｃａｓ（ＢＣＡＲ１；６０２９４１）の脱リン酸化が示され、アンギオテンシンＩＩによって誘導される細胞内カルシウム・トランジェントの調節において、ＰＲＬ３の役割が示唆される。
【００５９】
転移の分子的基礎に関する洞察を得るため、Ｓａｈａら，  ２００１，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：１３４３−１３４６は、原発性癌、良性結腸直腸腫瘍および正常結腸直腸上皮と転移性結腸直腸癌の全体的な遺伝子発現プロファイルを比較した。ＰＲＬ３は、研究した１８の癌転移各々で高レベルで発現されたが、非転移性腫瘍および正常結腸直腸上皮ではより低いレベルで発現された。調べた１２の転移のうち３つで、染色体８ｑ２４．３に位置する小さいアンプリコン内に、多コピーのＰＲＬ３遺伝子が見出された。Ｓａｈａら（２００１）は、ＰＲＬ３遺伝子が結腸直腸癌転移に重要であると結論づけた。
【００６０】
Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｇ３放射ハイブリッドパネルおよびデータベース配列分析を用いて、Ｓａｈａら（２００１）は、ＰＲＬ３遺伝子を周囲マーカー１４５．２０にマッピングした。ＰＲＬ３遺伝子はまた、８ｑテロメアからおよそ３Ｍｂである８ｑ２４．３に位置するマーカーＳＨＧＣ−２２１５４に緊密に関連づけられる。
【００６１】
マウスおよびヒトＰＲＬ−３タンパク質は、Ｌｉら（２００５），  Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ；ｌ１：２１９５−２０４に詳細に記載された。
ＰＲＬ−３配列
本明細書に記載する方法および組成物は、以下に詳細に記載するＰＲＬ−３ポリペプチドを利用する。本明細書において、用語「ＰＲＬ−３」は、以下より選択される配列を指すよう意図される。
【００６２】
【表１−１】
2017526916.tif 000003
【００６３】
【表１−２】
2017526916.tif 000004
【００６４】
【表１−３】
2017526916.tif 000005
【００６５】
「ＰＲＬ−３ポリペプチド」は、ヒトＰＲＬ−３ポリペプチド、例えばＵｎｉｇｅｎｅ寄託番号ＡＦ０４１４３４．１を有する配列を含むかまたはこうした配列からなることも可能である。
【００６６】
これらのポリペプチドのいずれか、いくつかまたはすべての相同変異体および誘導体もまた含まれる。例えば、ＰＲＬ−３には、Ｕｎｉｇｅｎｅ寄託番号ＢＣ０６６０４３．１も含まれることも可能である。
【００６７】
ＰＲＬ１
以下のテキストは、ＯＭＩＭエントリー６０６４４９より適合されている。
ＰＲＬ１はまた、プロテイン−チロシン・ホスファターゼ４ａ型１；ＰＴＰ４Ａ１、ホスファターゼまたは肝臓再生１、ＰＴＰ（ＣＡＡＸ１）としても知られる。ＰＲＬ１の染色体位置は、遺伝子マップ遺伝子座６ｑ１２である。
【００６８】
増殖、分化、および代謝を伴う細胞プロセスはしばしば、部分的に、タンパク質リン酸化および脱リン酸化によって制御される。チロシン残基のリン酸一エステルを加水分解するプロテイン・チロシン・ホスファターゼ（ＰＴＰ）はすべて、共通の活性部位モチーフを共有し、そして３つの群に分類される。
【００６９】
これらには、受容体様ＰＴＰ、細胞内ＰＴＰ、および二重特異性ＰＴＰが含まれ、これらはセリンおよびスレオニン残基で、ならびにチロシンで、脱リン酸化可能である。
Ｄｉａｍｏｎｄら  １９９４  Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏ．１４：３７５２−３７６２は、再生ラット肝臓由来の、第４のクラスのメンバーであるＰＴＰを記載した。ＰＲＬ１と名付けられたこの遺伝子は、多くの極初期遺伝子の１つであり、そして主に核において発現された。安定トランスフェクションされる細胞においてＰＲｌ１の過剰発現は、形質転換された表現型を生じ、これは、これが腫瘍形成において何らかの役割を果たしうることを示唆した。
【００７０】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏプレニル化スクリーンを用いることによって、Ｃａｔｅｓら，  １９９６，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ．  １１０：４９−５５は、ＰＲＬ１相同体をコードする２つのヒトｃＤＮＡを単離し、ＰＴＰ（ＣＡＡＸ１）およびＰＴＰ（ＣＡＡＸ２）（ＰＲＬ２；６０１５８４）と名付け、これらは哺乳動物ファルネシル：タンパク質トランスフェラーゼによって、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでファルネシル化される。上皮細胞におけるこれらのＰＴＰの過剰発現は、培養細胞において形質転換表現型を、そしてヌードマウスにおいて腫瘍増殖を引き起こした。著者らは、ＰＴＰ（ＣＡＡＸ１）およびＰＴＰ（ＣＡＡＸ２）がイソプレニル化発癌性ＰＴＰの新規クラスに相当すると結論づけた。
【００７１】
Ｐｅｎｇら  １９９８，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｒｎ．  ２７３：１７２８６−１７２９５は、ヒトＰＴＰ（ＣＡＡＸ１）遺伝子、またはＰＲＬ１が６つのエクソンで構成され、そして２つのプロモーターを含有すると報告した。予測されるマウス、ラット、およびヒトＰＲＬ１タンパク質は同一である。Ｚｅｎｇら  １９９８，  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ｒｅｓ．  Ｃｏｍｍｕｎ．  ２４４：４２１−４２７は、ヒトＰＲＬ１およびＰＲＬ２タンパク質が、８７％アミノ酸配列同一性を共有すると決定した。ＦＩＳＨによって、Ｐｅｎｇら（１９９８）は、ＰＲＬ１遺伝子を６ｑ１２にマッピングした。
【００７２】
用語「ＰＲＬ１」を用いる場合、これは、ＰＲＬ−１タンパク質またはＰＲＬ−１核酸およびその任意の断片、変異体相同体、誘導体、変異体を含む、任意のＰＲＬ−１配列を指すと解釈すべきである。
【００７３】
ＰＲＬ−１の特性および活性を本文書に、例えば参考文献中に記載する。
マウスおよびヒトＰＲＬ−１タンパク質は、Ｚｅｎｇら（１９９８）、上記に詳細に記載された。
【００７４】
ＰＲＬ−１配列
本明細書に記載する方法および組成物は、以下に詳細に記載するＰＲＬ−１ポリペプチドを利用する。本明細書において、用語「ＰＲＬ−１」は、以下の表Ｄ１に示す配列を指すよう意図される。
【００７５】
【表２−１】
2017526916.tif 000006
【００７６】
【表２−２】
2017526916.tif 000007
【００７７】
【表２−３】
2017526916.tif 000008
【００７８】
【表２−４】
2017526916.tif 000009
【００７９】
「ＰＲＬ−１ポリペプチド」は、ヒトＰＲＬ−１ポリペプチド、例えばＵｎｉｇｅｎｅ寄託番号ＮＭ＿００３４６３．３を有する配列を含むかまたはこうした配列からなることも可能である。これらのポリペプチドのいずれか、いくつかまたはすべての相同変異体および誘導体もまた含まれる。例えば、ＰＲＬ−１には、Ｕｎｉｇｅｎｅ寄託番号Ｕ８４４１１．１も含まれることも可能である。
【００８０】
ＶＨＺ
本明細書記載の方法および組成物は、以下に詳細に記載するＶＨＺを利用する。
ＶＨＺはまた、ＤＵＳＰ２３、ＭＯＳＰ、ＬＤＰ−３、ＤＵＳＰ２５、ＦＬＪ２０４４２およびＲＰ１  １−１９０Ａ  １２．１としても知られる。
【００８１】
本明細書において、用語「ＶＨＺ」は、ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＰ＿０６０２９３．２、ＮＰ＿０８１００１．１、ＸＰ＿３４１  １５７．１、ＸＰ＿００１  １７０８１９．１、ＸＰ＿００１  １７０８３５．１、ＸＰ＿５４５７４７．２、ＮＰ＿００１０７６０７８．１、ＮＰ  ００１０１  １３７１．１、ＮＰ＿７８３８５９．１、ＮＰ＿００１０３４７０９．１、ＸＰ＿００１４８０７３０．１、ＸＰ＿００１  １  １７２５３．１またはＸＰ  ００１  １  １７２５６．１を有するポリペプチド配列を指すことも可能である。
【００８２】
「ＶＨＺポリペプチド」は、ヒトＶＨＺポリペプチド、例えば寄託番号ＮＰ  ０６０２９３を有する配列を含むかまたはこうした配列からなることも可能である。
核酸配列に関して、用語「ＶＨＺポリヌクレオチド」、「ＶＨＺヌクレオチド」、および「ＶＨＺ核酸」は交換可能に使用可能であり、そしてｃＤＮＡおよびゲノム両方のＶＨＺ配列を特に含むと理解されるべきである。これらの用語はまた、ＶＨＺポリペプチドおよび／またはその断片、誘導体、相同体または変異体をコード可能な核酸配列を含むこともまた意図される。
【００８３】
ＶＨＺ核酸に言及される場合、これは核酸のＶＨＺファミリーの任意のメンバーへの言及と解釈されるべきである。特に興味深いのは：ＮＭ＿０１７８２３．３、ＮＭ＿０２６７２５．２、ＸＭ＿３４１  １５６．３、ＸＭ＿００１  １７０８１９．１、  ΧΜ＿  １７０８３５．１、ΧΜ＿５４５７４７．２、ΝΜ＿００１０８２６０９．１、ΝΜ＿００１０１  １３７１．１、Ν  ＿１７５７３２．１、ΝΜ＿００１０３９６２０．１、ΧΜ＿００１４８０６８０．１、ΧΜ＿００１  １  １７２５３．１またはΧΜ  ００１  １  １７２５６．１からなる群より選択されるＶＨＺ核酸である。
【００８４】
やはり含まれるのは、以下の「他のＶＨＺ核酸配列」として示される核酸配列の任意の１またはそれより多くである。
例えば、ＶＨＺ核酸は、ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＭ  ０１７８２３．３を有するヒトＶＨＺ配列を含むことも可能である。
【００８５】
Ｈｅｒ２
Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ＥｒｂＢ−２としても知られる）は、「ヒト上皮増殖因子受容体２」を指し、そして乳癌において、より高い悪性度を与えるタンパク質である。該タンパク質は、ＥｒｂＢタンパク質ファミリーのメンバーであり、より一般的に、上皮増殖因子受容体ファミリーとして知られる。ＨＥＲ２／ｎｅｕはまた、ＣＤ３４０（分化クラスター３４０）およびｐ１８５とも称されてきている。ＨＥＲ２は細胞膜表面結合受容体チロシンキナーゼであり、そして一般的に、細胞増殖および分化を導くシグナル伝達経路に関与する。
【００８６】
本明細書に記載するように、ＨＥＲ２は、ＮＰ＿００４４３９．２、ＮＰ＿００１００５８６２．１、ＮＰ＿００１００３８１７．１、ＡＡＩ６７１４７．１より選択されるポリペプチド配列を指すことも可能である。
【００８７】
「Ｈｅｒ２ポリペプチド」は、本明細書において、寄託番号Ｐ０４６２６．１のものなどのヒトＨＥＲ２ポリペプチド配列を含むかまたはこうした配列からなることも可能である。
【００８８】
Ｈｅｒ２ポリペプチドは、ＵＳ６３３３１６９およびＥＰ１４１８２３５に記載される。
本発明で有用な他の癌タンパク質には、ＥＧＦＲ（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＣＡＡ２５２４０（ＧＩ：１１９５３３）、ＡＤＺ７５４６１．１（ＧＩ３２６４６７０４９））、ＳＨＰ１（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＰ００２８２２．２（ＧＩ：１８１０４９８９）、ＮＰ５３６８５８．１（ＧＩ：１８１０４９９１）、ＮＰ５３６８５９．１（ＧＩ：１８１０４９９１））、Ｔｉａｍ（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＰ００３２４４．２（ＧＩ：１１５５８３６７０）、ＡＡＡ９８４４３．１（ＧＩ：８９７５５７）、Ｑ１３００９．２（ＧＩ：１５２０３１７０９））、Ｍｙｃ（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＡＡ５９８８６．１（ＧＩ：１８８９７５）、ＡＡＡ５９８８７．１（ＧＩ：１８８９７７）、ＣＡＡ２５０１５．２（ＧＩ：２９８３９７５８）、ＮＰ００２４５８．２（ＧＩ：７１７７４０８３））、Ｒａｓ（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＡＡ３４５５７．１（ＧＩ：１７１３７４））およびＲｕｎｘ−１（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＰ００１０７９９６６．１（ＧＩ：１４８２３２０６４））が含まれる。
【００８９】
エストロゲン受容体
本発明で有用な癌タンパク質は、エストロゲン受容体（ＥＲ）である。癌タンパク質は、ヒトＥＲであることも可能である。該タンパク質は、Ｐ０３３７２（ＧＩ：５４４２５７）に示されるタンパク質配列を含むかまたはこうした配列からなることも可能である。
【００９０】
エストロゲン受容体およびその断片は、エストロゲン受容体（ＥＲ）の過剰発現によって引き起こされるかまたは過剰発現と関連する乳癌の治療に有用であろう。ＥＲに対する抗体あるいはＥＲ癌タンパク質またはその断片を用いたワクチン接種を用いて、蔓延を防止することも可能である。これは、Ｈｅｒ２または他のタンパク質の発現に関わりなく、ＥＲ陽性乳癌患者をターゲティングするために特に有用である。
【００９１】
エストロゲン受容体（ＥＲ）は、ホルモン結合、ＤＮＡ結合、および転写活性化に重要ないくつかのドメインで構成されるリガンド活性化転写因子である。選択的スプライシングは、いくつかのＥＲ  ｍＲＮＡ転写物を生じ、これは主に、５’非翻訳領域で異なる。翻訳された受容体は、より少ない可変性を示す（ＯＭＩＭ参照１３３４３０を参照されたい）。
【００９２】
Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）タンパク質
Ｂ型肝炎ウイルスタンパク質は、本発明で使用するために適している可能性もある。ＨＢＶは、８遺伝子型として存在する。
【００９３】
例えば、ＨＢＶ  Ｘ−タンパク質。ＨＢＶ  Ｘ−タンパク質は、感染細胞の核に局在する。大部分の肝細胞癌（ＨＣＣ）は、ＨＢＶ感染と関連する。したがって、ＨＢＶタンパク質は、ＨＣＣを治療するために有用である可能性もあり、ウイルスタンパク質をターゲティングする抗体は、ウイルス感染細胞を特異的に破壊する一方、正常細胞を無傷のまま残す。
【００９４】
ＨＢＶ−Ｘタンパク質のタンパク質配列はＧｅｎＢａｎｋに寄託され、そして本発明で使用するために適している。例えば、用語「ＨＢＶ−Ｘタンパク質」を用いて、ＧｅｎＢａｎｋ  ＣＢＸ４６８０５．１（ＧＩ：３１０９２３５２０）、またはＥＭＢＬ寄託番号ＦＲ７１４５０６．１に示される配列を含むかまたはこうした配列からなるタンパク質、あるいは寄託番号ＡＢ６７０３１１．１（ＧＩ：３７１９１９０３０）に示されるような配列を有する遺伝子によってコードされるタンパク質を指すことも可能である。
【００９５】
本明細書において特に好ましい他の癌タンパク質は、ｃ−ｍｙｃ（ＣＡＡ４６９８４．１  ＧＩ：３９６５１２）、Ｈ−ｒａｓ（ＣＡＧ３８８１６．１  ＧＩ：４９１６８６４２）、ＡＫＴ−１（ＡＡＬ５５７３２．１  ＧＩ：１８０２７２９８）、ｐ５３（ＢＡＣ１６７９９．１  ＧＩ：２３４９１７２９またはその変異体、例えばＮＰ＿０００５３７．３    ＧＩ：１２０４０７０６８）、Ｒａｃ１（ＣＡＢ５３５７９．５  ＧＩ：８５７４０３８）、ＦＡＫ（ＮＰ＿７２２５６０．１  ＧＩ：２４４７６０１３またはＮＰ＿００５５９８．３  ＧＩ：２７８８６５９３）、Ｒｕｎｘ１（ＡＡＩ３６３８１．１  ＧＩ：２２３４５９６１２）、ＰＴＥＮ（ＡＡＤ１３５２８．１  ＧＩ：４２４０３８７）、ｂ−アクチン（ＮＰ＿００１０９２．１  ＧＩ：４５０１８８５）またはＧＡＰＤＨ（ＮＰ＿００１２４３７２８．１  ＧＩ：３７８４０４９０８）、Ｎ−カドヘリン（ＣＡＡ４０７７３．１  ＧＩ：１３３５２２９）、ＰＤＧＦ受容体（アルファ）（ＮＰ＿００６１９７．１  ＧＩ：５４５３８７０）、ＦＬＴ−３（ＮＰ＿００４１１０．２  ＧＩ：１２１１１４３０４）またはＥＧＦＲまたはｐ−ＥＧＦＲ（ＮＰ＿００５２１９．２  ＧＩ：２９７２５６０９）である。
【００９６】
ポリペプチド
「ポリペプチド」は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合によって互いに連結された、２またはそれより多いアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタンパク質、すなわちペプチドアイソスターを指す。「ポリペプチド」は、一般的にペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマーと称される短い鎖、および一般的にタンパク質と称されるより長い鎖の両方を指す。ポリペプチドは、２０の遺伝子コードアミノ酸以外のアミノ酸を含有することも可能である。
【００９７】
「ポリペプチド」には、天然プロセス、例えば翻訳後プロセシングによって、または当該技術分野に周知である化学的修飾技術によってのいずれかで修飾されるアミノ酸配列が含まれる。こうした修飾は、基本的教科書、そしてより詳細なモノグラフ、ならびに、膨大な研究文献によく記載されている。修飾は、ペプチド主鎖、アミノ酸側鎖およびアミノ末端またはカルボキシル末端を含めて、ポリペプチドのどこに存在することも可能である。同じタイプの修飾が、所定のポリペプチドのいくつかの部位で、同じ度合いで、または異なる度合いで存在することも可能であることが認識されるであろう。また、所定のポリペプチドが、多くのタイプの修飾を含有することも可能である。
【００９８】
ポリペプチドは、ユビキチン化の結果として分枝していることも可能であるし、そして分枝を伴い、または伴わずに、環状であることも可能である。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、翻訳後天然プロセスから生じることも可能であるし、または合成法によって作製されることも可能である。修飾には、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトール（ｐｈｏｓｐｈｏｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）の共有結合、架橋、環状化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化（ｓｅｌｅｎｏｙｌａｔｉｏｎ）、硫酸化、アルギニル化などのトランスファーＲＮＡが仲介するタンパク質へのアミノ酸の付加、およびユビキチン化が含まれる。例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，  第２版，  Ｔ．  Ｅ．  Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，  Ｗ．  Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  ニューヨーク，  １９９３およびＷｏｌｄ，  Ｆ．，  Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ：  Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ，  １−１２ページ  Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｖａｌｅｎｔ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ中，  Ｂ．  Ｃ．  Ｊｏｈｎｓｏｎ監修，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９８３；  Ｓｅｉｆｔｅｒら，  ”タンパク質修飾および非タンパク質補因子の分析”，  Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ（１９９０）１８２：６２６−６４６、およびＲａｔｔａｎら，  ”タンパク質合成：翻訳後修飾および加齢”，  Ａｎｎ  ＮＹ  ＡｃａｄＳｃｉ（１９９２）６６３：４８−６２を参照されたい。
【００９９】
用語「ポリペプチド」には、当該技術分野に知られる多様な合成ペプチド変異、例えばレトロインベルソ（ｒｅｔｒｏｉｎｖｅｒｓｏ）Ｄペプチドが含まれる。ペプチドは、抗原決定基および／またはＴ細胞エピトープであることも可能である。ペプチドはｉｎ  ｖｉｖｏで免疫原性でありうる。ペプチドは、ｉｎ  ｖｉｖｏで中和抗体を誘導可能でありうる。
【０１００】
細胞内癌タンパク質に適用した際、生じるアミノ酸配列は、細胞内癌タンパク質ポリペプチド、例えばヒト細胞内癌タンパク質と共通の生物学的活性などの１またはそれより多い活性を有することも可能である。例えば、細胞内癌タンパク質相同体は、正常乳房細胞に比較して、癌細胞において、増加した発現レベルを有することも可能である。特に、用語「相同体」は、生じるアミノ酸配列が細胞内癌タンパク質活性を有するならば、構造および／または機能に関する同一性を含む。配列同一性（すなわち類似性）に関して、少なくとも７０％、例えば少なくとも７５％、例えば少なくとも８５％、例えば少なくとも９０％の配列同一性があることも可能である。少なくとも９５％、例えば少なくとも９８％の配列同一性があることも可能である。これらの用語はまた、細胞内癌タンパク質核酸配列のアレル変異であるアミノ酸に由来するポリペプチドもまた含む。
【０１０１】
ポリペプチド、例えば細胞内癌タンパク質の「活性」または「生物学的活性」に言及する場合、これらの用語は、類似の活性または改善された活性または望ましくない副作用が減少したこれらの活性を含めて、細胞内癌タンパク質の代謝または生理学的機能を指すよう意図される。やはり含まれるのは、細胞内癌タンパク質の抗原性および免疫原性活性である。こうした活性の例、およびこれらの活性をアッセイし、そして定量化する方法が当該技術分野に知られ、そして本文書の別の箇所に詳細に記載される。
【０１０２】
変異体、誘導体および相同体
本明細書記載の方法は、ＰＲＬ３ポリペプチド、あるいはこうしたペプチドの変異体、相同体または誘導体の検出または定量化を伴うことも可能である。本明細書記載の方法は、本明細書開示の配列に同一ではない癌タンパク質の検出を伴うことも可能であるが、既知の配列に対して１またはそれより多い突然変異を所持することも可能である。したがって、こうした配列は、本文書に示す特定の配列に限定されず、相同配列、例えば関連細胞相同体、他の種由来の相同体およびその変異体または誘導体もまた含む。
【０１０３】
本文書に記載するヌクレオチド配列に関連する用語「変異体」、「相同体」または「誘導体」には、配列の置換、変動、修飾、交換、配列からのまたは配列への１（またはそれより多い）ヌクレオチドの欠失または付加のいずれも含まれる。生じる配列は、本文書の別の箇所に記載するように、細胞内癌タンパク質結合活性を有するポリペプチドをコードすることが可能でありうる。
【０１０４】
上に示すように、配列同一性に関して、「相同体」は、例えば、適切な配列に対して、少なくとも５％同一性、少なくとも１０％同一性、少なくとも１５％同一性、少なくとも２０％同一性、少なくとも２５％同一性、少なくとも３０％同一性、少なくとも３５％同一性、少なくとも４０％同一性、少なくとも４５％同一性、少なくとも５０％同一性、少なくとも５５％同一性、少なくとも６０％同一性、少なくとも６５％同一性、少なくとも７０％同一性、少なくとも７５％同一性、少なくとも８０％同一性、少なくとも８５％同一性、少なくとも９０％同一性、または少なくとも９５％同一性を有する。
【０１０５】
少なくとも９５％同一性、例えば少なくとも９６％同一性、例えば少なくとも９７％同一性、例えば少なくとも９８％同一性、例えば少なくとも９９％同一性を有することも可能である。ヌクレオチド相同性比較を、上述のように行うことも可能である。配列比較プログラム、例えば上述のＧＣＧ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｂｅｓｔｆｉｔプログラムを、この目的のために用いてもよい。デフォルト・スコアリング・マトリックスは、同一のヌクレオチド各々に関して１０、そして各ミスマッチに関して−９のマッチ値を有する。デフォルトギャップ生成ペナルティは−５０であり、そしてデフォルトギャップ伸長ペナルティは、各ヌクレオチドに関して−３である。
【０１０６】
患者
治療される患者は、任意の動物またはヒトであってもよい。患者は、好ましくは、非ヒト哺乳動物、より好ましくはヒト患者である。患者は男性であってもまたは女性であってもよい。患者は癌を有してもよいし、または有すると推測されてもよい。いくつかの場合、患者は以前、癌を有すると診断されたことがない。いくつかの場合、患者は癌に関連する症状を示さない。いくつかの場合、患者は癌に対する素因、例えば癌の家族歴、または癌のライフスタイル指標を有することが知られる。いくつかの場合、個体または患者は、以前、癌を有すると診断されている。
【０１０７】
用語、患者および被験体は、本明細書において交換可能に用いられる。
癌
本明細書開示の方法は、癌の診断、予後診断、治療または防止に関する。癌はＰＲＬ３を発現する癌であることも可能である。癌はＰＲＬ３を過剰発現する癌（すなわち非癌組織に比較して上昇したレベルで、または他の癌組織に比較して上昇したレベルで、ＰＲＬ３を発現する癌）であることも可能である。
【０１０８】
特に、本明細書開示の方法は、胃癌に関する。方法は、鼻咽頭癌、膀胱癌、肺癌、乳癌または前立腺癌に関することも可能である。いくつかの方法は、結腸癌またはブドウ膜黒色腫に関する。癌は、原発性癌または転移性癌であることも可能である。
【０１０９】
やはり本明細書において、「癌」は、以下の任意の１またはそれより多くを含むことも可能である：急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、肛門癌、膀胱癌、血液癌、骨癌、脳腫瘍、乳癌、女性生殖器系癌、男性生殖器系癌、中枢神経系リンパ腫、子宮頸癌、小児横紋筋肉腫、小児肉腫、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、結腸および直腸癌、結腸癌、子宮内膜癌、子宮内膜肉腫、食道癌、眼の癌、胆嚢癌、胃癌、胃腸管癌、毛様細胞白血病、頭頸部癌、肝細胞癌、ホジキン病、下咽頭癌、カポジ肉腫、腎癌、喉頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌、悪性線維性組織球腫、悪性胸腺腫、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄腫、鼻腔および副鼻腔癌、鼻咽頭癌、神経系癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体腫瘍、形質細胞新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、前立腺癌、直腸癌、呼吸器、網膜芽細胞腫、唾液腺癌、皮膚癌、小腸癌、軟組織肉腫、胃癌、精巣癌、甲状腺癌、泌尿器系癌、子宮肉腫、膣癌、血管系、ワルデンストレーム・マクログロブリン血症およびウィルムス腫瘍。
【０１１０】
癌は特定のタイプのものであってもよい。癌のタイプの例には、星状細胞腫、癌腫（例えば腺癌、肝細胞癌、髄様癌、乳頭癌、扁平細胞癌）、神経膠腫、リンパ腫、髄芽腫、黒色腫、骨髄腫、髄膜腫、神経芽腫、肉腫（例えば血管肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫）が含まれる。
【０１１１】
試料
本明細書記載の方法を、患者から得られている試料に対して行ってもよい。したがって、こうした方法をｅｘ  ｖｉｖｏで行ってもよい。これらをｉｎ  ｖｉｔｒｏで行ってもよい。
【０１１２】
好ましくは、本明細書記載の方法で有用な試料は尿試料である。
いくつかの設定において、試料を体液、より好ましくは体全体を循環する体液から採取する。したがって、試料は血液試料またはリンパ液試料であることも可能である。本発明の方法で適切な他の体液には、血清、尿、唾液および母乳が含まれる。
【０１１３】
試料は：ある量の血液；フィブリン塊および血球を除去した後に得られる、血液の液体部分を含んでもよい、個体の血液由来のある量の血清；ある量の血漿；ある量の膵液；組織試料または生検；あるいは前記個体から単離された細胞を含んでもよいし、またはこれらに由来してもよい。
【０１１４】
試料は血液試料または血液由来試料であってもよい。血液由来試料は、患者血液の選択された分画、例えば選択された細胞含有分画あるいは血漿または血清分画であってもよい。
【０１１５】
試料は、体液試料から調製したエクソソームの試料、例えば尿、血漿または唾液由来のエクソソームの試料であってもよい。試料は、エクソソームの比率が、患者から抽出した試料に比較して増加している（すなわちエクソソームが濃縮されている）試料であることも可能である。いくつかの場合、試料は、実質的にエクソソームのみを含有する。
【０１１６】
診断
診断は、疾患、例えば癌の同定を指す。本明細書に記載する方法を用いて、癌を検出することも可能である。これらを用いて、特定の癌のサブタイプまたはサブクラス、あるいは病期を診断してもよい。
【０１１７】
本発明の方法にしたがって、癌タンパク質の試料における検出を、患者における癌状態の診断、癌状態に対する素因の診断の目的のために、あるいは癌状態の予後（予後診断）を決定するために、使用可能である。診断または予後診断は、存在する（以前診断された）良性または悪性であってもよい癌状態に関連することも可能であり、あるいは推測される癌状態に関連することも可能であり、あるいは患者における癌状態（以前未診断であってもよい）に関してスクリーニングすることに関連することも可能である。
【０１１８】
他の診断試験は、本明細書に記載するものと組み合わせて用い、癌状態の診断または予後診断の正確さを増進するか、あるいは本明細書記載の試験を用いることによって得られる結果を確認することも可能である。
【０１１９】
診断法は、患者試料に対して、または患者試料のプロセシング後に実行されるｉｎ  ｖｉｔｒｏ法であってもよい。試料が収集されたら、診断のｉｎ  ｖｉｔｒｏ法が実行されるために、患者が居合わせる必要はなく、そしてしたがって、方法は、ヒトまたは動物の身体に対して行わないものであることも可能である。
【０１２０】
他の診断試験を、本明細書に記載するものと組み合わせて用いて、診断または予後診断の正確さを増進してもよいし、あるいは本明細書記載の試験を用いることによって得た結果を確認してもよい。
【０１２１】
予後診断
予後診断、予後診断することおよび予後診断する、は、臨床および非臨床特性に基づいて、個体における将来の転帰のリスクを推定することを指す。特に、本明細書に用いるような予後を決定する方法は、個体または患者の癌の転帰または将来の経過の予測を指す。予後診断には、患者の生存の予測が含まれる。予後診断は、適切な療法治療を決定するために有用でありうる。予後試験は、以前診断されなかった癌状態の診断とともに（例えば同時に）行ってもよいし、あるいは現存する（以前診断された）状態に関連してもよい。
【０１２２】
予後診断の方法は、患者試料に対して、または患者試料のプロセシング後に行うｉｎ  ｖｉｔｒｏ法であってもよい。試料が収集されたら、予後診断ｉｎ  ｖｉｔｒｏ法が実行されるために、患者が居合わせる必要はなく、そしてしたがって、方法は、ヒトまたは動物の身体に対して行わないものであることも可能である。
【０１２３】
本明細書に開示するように、試料中の癌タンパク質レベルを用いて、患者癌の予後を示すことも可能である。本明細書に記載するように、上昇した癌タンパク質発現および活性は、より後期またはより進行した癌と相関する可能性もあり、そしてより短い全生存を示しうる。したがって、癌タンパク質レベルの増加は、劣った予後、例えば生存時間減少を示す可能性もある。
【０１２４】
予後診断を用いて、個体の無病生存時間、無進行生存時間、疾患特異的生存時間、生存率、または生存時間を予測することも可能である。
患者選択
本明細書開示の方法には、治療に適した患者の選択または分類が含まれる。例えば、方法は、抗ＰＲＬ３抗体療法での治療に適した患者を選択するかまたは分類するために有用でありうる。本明細書において、治療に適していると見なされる被験体は、治療から利益を得るかまたは治療に反応とすると期待される被験体である。被験体は、癌を有するか、または癌を有すると推測されるか、または癌を有するリスクがある可能性もある。被験体は癌の診断を受けていてもよい。特に、被験体は、癌を有するか、または癌を有すると推測されるか、または癌を有するリスクがある可能性もある。いくつかの側面において、患者は、試料における癌タンパク質の存在、または癌タンパク質発現の量、例えば患者由来の尿試料におけるＰＲＬ３の存在または量に基づいて選択される。やはり開示するのは、これらの方法によって選択される患者を治療する方法である。
【０１２５】
いくつかの場合、バイオマーカータンパク質、例えばＰＲＬ３が、非癌患者由来の試料に比較した際、試料において過剰発現されるという観察は、該患者が治療に適していることの指標でありうる。他の場合、非癌患者由来の試料における非存在に比較した際、バイオマーカータンパク質の存在は、該患者が治療に適していることの指標でありうる。
【０１２６】
検出および定量化
本明細書に開示する方法は、癌タンパク質の検出および／または定量化を伴う。本明細書において、検出は、定量化を伴わない癌タンパク質の測定を指す。ＰＲＬ３ヌクレオチドおよびタンパク質の検出および定量化のための方法は、当該技術分野に周知であり、そして当業者によって容易に認識されるであろう。
【０１２７】
タンパク質は、例えば、イムノアッセイによって検出または定量化可能である。イムノアッセイ法は、当該技術分野に周知であり、そして一般的に：（ａ）前記タンパク質に対する抗体によって結合可能なエピトープを含むポリペプチドを提供し；（ｂ）抗体−抗原複合体の形成を可能にする条件下で、前記ポリペプチドと生物学的試料をインキュベーションし；そして（ｃ）前記ポリペプチドを含む抗体−抗原複合体が形成されるかどうかを決定する工程を含むであろう。イムノアッセイ法には、ウェスタンブロッティングおよびＥＬＩＳＡが含まれる。
【０１２８】
イムノアッセイには、限定されるわけではないが、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、側方流動試験、ラテックス凝集、イムノクロマトグラフィの他の型、ウェスタンブロット、および／または磁気イムノアッセイが含まれる。
【０１２９】
タンパク質はまた、質量分析を用いて、検出または定量化可能である。例えば、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）またはマトリックス補助レーザー脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）を用いた質量分析。
【０１３０】
タンパク質定量化の他の方法には、分光法に基づく方法が含まれる。こうした方法は、比色アッセイまたは分光光度測定アッセイを伴うことも可能である。
核酸を検出し、そして定量化するための方法が当該技術分野に周知である。方法には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づく方法およびハイブリダイゼーション法が含まれる。
【０１３１】
ポリメラーゼ連鎖反応に基づく方法には、ＰＣＲ、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、および定量的ＲＴ−ＰＣＲが含まれる。こうした方法は、関心対象のＤＮＡ配列に特異的に結合するプライマー、または小分子ＤＮＡ断片を利用する。方法前にまたは方法中に、ＲＮＡをＤＮＡに転写することも可能である。
【０１３２】
上昇した発現または活性
本明細書に開示するように、上昇した癌タンパク質発現は、癌患者の劣った予後の指標でありうる。本明細書において、上昇した発現は、増加した発現、高発現または高レベルと交換可能に用いられる。タンパク質発現上昇は、尿中のそのタンパク質のレベル上昇と相関しうる。
【０１３３】
上昇した発現は、癌タンパク質レベルの増加を意味する。発現は、例えば特定の組織または細胞タイプ内で、例えば腫瘍内または骨髄内で、局所的にまたは全体として上昇していてもよく、あるいは患者の身体全体で上昇していてもよい。上昇した発現は、そのタンパク質または核酸の産生増加によって、あるいはそのタンパク質または核酸の除去または破壊の減少によって、あるいはその両方によって、引き起こされていてもよい。
【０１３４】
上昇した活性は、タンパク質または核酸の量の増加によって、あるいは各個々の分子の活性の増加によって引き起こされていてもよい。これは、遺伝子またはタンパク質配列の突然変異、例えば活性化突然変異によって引き起こされてもよいし、あるいは翻訳後変化、例えば異常なタンパク質リン酸化のためであってもよい。
【０１３５】
いくつかの場合、癌タンパク質の発現は、非癌個体または非癌組織の発現に比較して、患者または試料において有意に上方制御されている。
対照に比較した癌タンパク質の過剰発現または活性増加は、劣った予後および劣った生存の指標でありうる。癌タンパク質の非常に高い過剰発現または非常に高い活性は、非常に劣った予後、および非常に劣った生存の指標でありうる。
【０１３６】
いくつかの場合、対照の発現または活性より５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、７５０％または１０００％あるいはそれより高い割合は、劣った予後の指標である。
【０１３７】
いくつかの場合、対照の発現または活性よりも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、１００倍、またはそれより多い発現または活性は、劣った予後の指標である。
【０１３８】
対照
いくつかの場合、方法は、１またはそれより多い対照試料における癌タンパク質と、患者由来の試料における癌タンパク質を比較する工程を含む。
【０１３９】
比較は、対照試料の分析が、患者由来の試料の分析と同時にまたは連続して行われることを必要としない可能性もある。その代わり、比較は、対照試料から以前得られた結果、例えばデータベースに保存されている結果と行うことも可能である。
【０１４０】
対照試料は、癌の開始前、または癌に関連する症状の観察前に、患者から得られた試料であることも可能である。
対照試料は、別の個体、例えば癌を持たない個体から得た試料であってもよい。個体は、１またはそれより多い特性、例えば性別、年齢、病歴、民族、体重または特定のマーカーの発現にしたがって、患者にマッチしていてもよい。対照試料は、身体の位置から得られていてもよいし、あるいは患者から得た試料と同じ組織または試料タイプのものであってもよい。
【０１４１】
対照試料は、いくつかの異なる個体または組織に渡る代表値を提供する、試料のコレクションであってもよい。
いくつかの場合、対照は、参照試料または参照データセットであってもよい。参照は、特定の治療に関して既知の度合いの適切性を持つ被験体から以前得られていた試料であることも可能である。参照は、参照試料を分析することから得られたデータセットであることも可能である。
【０１４２】
対照は、ターゲット分子が存在するか、または高レベルで発現されることが知られる、陽性対照であることも可能であるし、あるいはターゲット分子が存在しないか、または低レベルで発現されることが知られる、陰性対照であることも可能である。
【０１４３】
対照は、治療から利益を得ることが知られる被験体由来の組織試料であることも可能である。組織は、試験しようとする試料と同じタイプのものであることも可能である。例えば、治療に適していることが知られる被験体、例えば治療に以前反応したことがある被験体由来の腫瘍組織の対照試料に、被験体由来の腫瘍組織の試料を比較することも可能である。
【０１４４】
いくつかの場合、対照は、試験試料と同じ被験体から、しかし被験体が健康であったことが知られる時点、例えば被験体が癌ではないことが知られていた時点から得られた試料であることも可能である。したがって、被験体由来の癌組織試料を、非癌組織試料に比較することも可能である。
【０１４５】
いくつかの場合、対照は細胞培養試料である。
いくつかの場合、試験試料は、その試料に生得的なバックグラウンド染色レベルを決定するため、抗体とインキュベーションする前に分析される。
【０１４６】
いくつかの場合、アイソタイプ対照を用いる。アイソタイプ対照は、ターゲット特異的抗体と同じクラスであるが、試料と免疫反応しない抗体を用いる。こうした対照は、ターゲット特異的抗体の非特異的相互作用を区別するために有用である。
【０１４７】
抗癌タンパク質抗体
本明細書開示の方法において有用である抗体を、当該技術分野に知られる任意の方法によって作製することも可能である。用語、抗体には、本明細書において、全抗体および抗体断片、ヒト化、キメラ、および組換え抗体が含まれる。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであることも可能である。
【０１４８】
ＰＲＬ１およびＰＲＬ３に結合するであろう抗体が知られる。例えば、Ｌｉら、２００５に開示される通りである。
抗原結合部分は、抗体の一部（例えばＦａｂ断片）または合成抗体断片（例えば一本鎖Ｆｖ断片［ＳｃＦｖ］）であってもよい。選択した抗原に対する適切なモノクローナル抗体を、既知の技術、例えば”モノクローナル抗体：技術マニュアル”，  Ｈ  Ｚｏｌａ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８８）および”モノクローナルハイブリドーマ抗体：技術および適用”，  Ｊ  Ｇ  Ｒ  Ｈｕｒｒｅｌｌ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８２）に開示されるものによって調製することも可能である。キメラ抗体は、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら（１９８８，  ８ｔｈ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｐａｒｔ  ２，  ７９２−７９９）によって議論される。
【０１４９】
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、本発明の方法において有用であり、そして抗原上の単一のエピトープを特異的にターゲティングする抗体の均一な集団である。当該技術分野に周知の方法を用いて、適切なモノクローナル抗体を調製することも可能である（例えば、Ｋｏｅｈｌｅｒ，  Ｇ．；  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，  Ｃ．（１９７５）．  ”あらかじめ定義した特異性の抗体を分泌する、融合細胞の連続培養”．  Ｎａｔｕｒｅ  ２５６（５５１７）：  ４９５；  Ｓｉｅｇｅｌ  ＤＬ（２００２）．  ”組換えモノクローナル抗体技術”．  Ｓｃｈｍｉｔｚ  Ｕ，  Ｖｅｒｓｍｏｌｄ  Ａ，  Ｋａｕｆｍａｎｎ  Ｐ，  Ｆｒａｎｋ  ＨＧ（２０００）；  ”ファージディスプレイ：抗体生成のための分子ツール−−概説”．  Ｐｌａｃｅｎｔａ．  ２１  Ｓｕｐｐｌ  Ａ：  Ｓ１０６−１２．  Ｈｅｌｅｎ  Ｅ．  ＣｈａｄｄおよびＳｔｅｖｅｎ  Ｍ．  Ｃｈａｍｏｗ；  ”療法抗体発現技術，”  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １２，  第２号（２００１年４月１日）：  １８８−１９４；  ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ，  Ｊ．；  Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，  Ａ．；  Ｗｉｎｔｅｒ，  Ｇ．；  Ｃｈｉｓｗｅｌｌ，  Ｄ．  （１９９０）．  ”ファージ抗体：抗体可変ドメインをディスプレイする糸状ファージ”．  Ｎａｔｕｒｅ  ３４８  （６３０１）：  ５５２−５５４；  ”モノクローナル抗体：技術マニュアル”，  Ｈ  Ｚｏｌａ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８８）および”モノクローナルハイブリドーマ抗体：技術および適用”，  Ｊ  Ｇ  Ｒ  Ｈｕｒｒｅｌｌ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８２）を参照されたい。キメラ抗体は、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら（１９８８，  ８ｔｈ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｐａｒｔ  ２，  ７９２−７９９）に論じられる）。
【０１５０】
ポリクローナル抗体は、本発明の方法に有用である。単一特異性ポリクローナル抗体が好ましい。当該技術分野に周知の方法を用いて、適切なポリクローナル抗体を調製することも可能である。
【０１５１】
抗体断片、例えばＦａｂおよびＦａｂ２断片もまた使用可能であり、遺伝子操作抗体および抗体断片も使用可能である。抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）ドメインが抗原認識に関与し、この事実は、先のプロテアーゼ消化実験によって最初に認識された。さらなる確証は、齧歯類抗体の「ヒト化」によって見出された。生じる抗体が、齧歯類親抗体の抗原特異性を保持するように、齧歯類起源の可変ドメインをヒト起源の定常ドメインに融合させてもよい（Ｍｏｒｒｉｓｏｎら（１９８４）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｄ．  ＵＳＡ  ８１，  ６８５１−６８５５）。
【０１５２】
抗原特異性は、可変ドメインによって与えられ、そして定常ドメインに独立であることは、すべて１またはそれより多い可変ドメインを含有する抗体断片の細菌発現を伴う実験から知られる。これらの分子には、Ｆａｂ様分子（Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０，  １０４１）；  Ｆｖ分子（Ｓｋｅｒｒａら（１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０，  １０３８）；ＶＨおよびＶＬパートナードメインが、柔軟なオリゴペプチドを通じて連結されている一本鎖Ｆｖ（ＳｃＦｖ）分子（Ｂｉｒｄら（１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２，  ４２３；  Ｈｕｓｔｏｎら（１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｄ．  ＵＳＡ  ８５，  ５８７９）ならびに単離されたＶドメインを含む単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）（Ｗａｒｄら（１９８９）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４１，  ５４４）が含まれる。特異的結合部位を保持する抗体断片の合成に関与する技術の一般的な概説は、ＷｉｎｔｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９９１）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４９，  ２９３−２９９に見出される。
【０１５３】
「ＳｃＦｖ分子」によって、本発明者らは、ＶＨおよびＶＬパートナードメインが、例えば直接、ペプチドによってまたは柔軟なオリゴペプチドによって共有結合される分子を意味する。Ｆａｂ、Ｆｖ、ＳｃＦｖおよびｄＡｂ抗体断片は、すべて、大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）において発現され、そしてそこから分泌されることが可能であり、したがって、前記断片を多量に容易に産生することが可能である。
【０１５４】
全抗体、およびＦ（ａｂ’）２断片は、「二価」である。「二価」によって、本発明者らは、前記抗体およびＦ（ａｂ’）２断片が２つの抗原結合部位を有することを意味する。対照的に、Ｆａｂ、Ｆｖ、ＳｃＦｖおよびｄＡｂ断片は、１つの抗原結合部位しか持たない、一価である。ＰＲＬ３に結合する合成抗体もまた、当該技術分野に周知であるようなファージディスプレイ技術を用いて作製可能である（例えば、”ファージディスプレイ：抗体生成のための分子ツール−−概説”．  Ｐｌａｃｅｎｔａ．  ２１  Ｓｕｐｐｌ  Ａ：  Ｓ１０６−１２．  Ｈｅｌｅｎ  Ｅ．  ＣｈａｄｄおよびＳｔｅｖｅｎ  Ｍ．  Ｃｈａｍｏｗ；  ”ファージ抗体：抗体可変ドメインをディスプレイする糸状ファージ”．  Ｎａｔｕｒｅ  ３４８  （６３０１）：  ５５２−５５４を参照されたい）。
【０１５５】
いくつかの好ましい態様において、抗体は、検出可能に標識されるか、または少なくとも検出可能である。例えば、抗体を放射性原子または着色分子または蛍光分子または任意の他の方式で容易に検出可能な分子で標識してもよい。適切な検出可能分子には、蛍光タンパク質、ルシフェラーゼ、酵素基質、および放射標識が含まれる。抗体は、検出可能標識で直接標識されてもよいし、または間接的に標識されてもよい。例えば、抗体を標識しなくてもよく、そしてそれ自体が標識されている別の抗体によって検出してもよい。あるいは、第二の抗体がビオチンに結合していてもよく、そして標識ストレプトアビジンのビオチンへの結合を用いて、第一の抗体を間接的に標識する。
【０１５６】
抗体は、エピトープＫＡＫＦＹＮおよび／またはＨＴＨＫＴＲに結合可能な抗体であってもよい。抗体は、Ｌｉら、２００５に報告されるようなハイブリドーマ・クローン２２３またはハイブリドーマ・クローン３１８由来のマウス抗ＰＲＬ３抗体と同一の配列を有する抗体であってもよい。抗体は、Ｌｉら、２００５に記載されるハイブリドーマ・クローン２２３またはハイブリドーマ・クローン３１８由来の抗体とのターゲット結合に関して競合することも可能である。抗体はヒト化抗体、キメラ抗体または完全ヒト抗体であってもよい。抗体は、本明細書記載の抗体に相同であってもよい。
【０１５７】
上に示すように、配列同一性に関して、「相同体」は、適切な配列に対して、例えば少なくとも５％同一性、少なくとも１０％同一性、少なくとも１５％同一性、少なくとも２０％同一性、少なくとも２５％同一性、少なくとも３０％同一性、少なくとも３５％同一性、少なくとも４０％同一性、少なくとも４５％同一性、少なくとも５０％同一性、少なくとも５５％同一性、少なくとも６０％同一性、少なくとも６５％同一性、少なくとも７０％同一性、少なくとも７５％同一性、少なくとも８０％同一性、少なくとも８２％同一性、少なくとも８４％同一性、少なくとも８６％同一性、少なくとも８８％同一性、少なくとも９０％同一性、少なくとも９２％同一性、少なくとも９４％同一性、少なくとも９６％同一性、または少なくとも９８％同一性を有する。適切な配列は、ＣＤＲ配列、あるいは重鎖および／または軽鎖可変鎖の配列に渡ってもよい。
【０１５８】
方法
本発明記載の方法をｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏで行うことも可能である。用語「ｉｎ  ｖｉｔｒｏ」は、材料、生物学的物質、細胞および／または組織を用いた、実験室条件中または培養中の実験を含むよう意図される。「ｅｘ  ｖｉｖｏ」は、生物外部、例えばヒトまたは動物体外で存在するかまたは外部で行われる何かを指し、これは生物から取り出された組織（例えば全器官）または細胞上であることも可能である。
【０１５９】
本明細書開示の方法は、タンパク質発現の決定に関する。細胞、組織または試料においてタンパク質の量を定量化することによって、あるいは細胞および組織内でタンパク質の局在を観察することによって、タンパク質発現を測定することも可能である。
【０１６０】
いくつかの場合、イムノアッセイを用いて、被験体由来の試料においてターゲット（例えばＰＲＬ３）を検出する。イムノアッセイは、検出可能な分子と組み合わせて、ターゲット分子に関する特異的アフィニティを持つ抗体を用いる。いくつかの場合、抗体を検出可能分子にコンジュゲート化する。検出可能分子は標識と称されることも可能である。検出可能分子は、抗体がターゲット分子に結合した際、検出可能シグナルを生じる。検出可能シグナルは、定量化可能シグナルであることも可能である。いくつかの場合、アプタマーを抗体の代わりにまたは抗体とともに用いる。イムノアッセイには、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、イムノブロッティングおよびフローサイトメトリーが含まれる。本明細書記載の特定の側面において、アッセイは免疫組織化学アッセイである。こうしたアッセイは、一般的に、抗体を用いるが、他のターゲット特異的分子、例えばアプタマーまたは他のリガンドを用いることも可能である。
【０１６１】
方法は監督官庁によって使用に関して認可されることも可能である。方法はＦＤＡに認可された方法であることも可能である。
ＥＬＩＳＡ
いくつかの場合、ターゲットをＥＬＩＳＡ（酵素連結免疫吸着アッセイ）によって検出することも可能である。試料由来のターゲット分子を表面に付着させ、そして特異的抗体を用いて検出する。ターゲットを表面に非特異的に（表面への吸着を通じて）または特異的に（特異的捕捉剤、例えば抗体）付着させることも可能である。ＥＬＩＳＡを用いて、試料中のターゲットを定量化することも可能である。ＥＬＩＳＡは、液体試料、例えば血清、尿または唾液の分析に特に適している。
【０１６２】
イムノブロッティング
いくつかの側面において、イムノブロッティングまたはウェスタンブロッティングによってターゲットを検出する。こうした方法において、試料中のタンパク質は、電荷またはサイズに基づいて分離される。これらを電気泳動に基づく方法によって分離することも可能である。分離されたタンパク質を膜にトランスファーして、ここでこれらのタンパク質は、ターゲットに特異的な抗体で染色される。次いで、検出可能な標識にコンジュゲート化された抗体によって直接、または標識二次抗体を添加することによって間接的にのいずれかで、検出する。
【０１６３】
治療
本明細書に開示する診断法を用いて、療法の選択を導くことも可能である。該方法を用いて、治療、例えば特定のタイプの治療に関して、患者を選択することも可能である。該方法を用いて、特定の療法の進行、または成功を監視することも可能である。該方法を用いて、治療に関して患者を選択することも可能である。やはり本明細書に開示するのは、治療法であって、患者由来の尿試料において、１またはそれより多い癌タンパク質の存在またはレベルに基づいて、治療に関して選択された患者を治療する工程を含む、前記方法である。
【０１６４】
治療は、癌の症状の軽減を生じることも可能であるし、または癌の完全な治療を生じることも可能である。治療は癌の進行を遅延させることも可能であるし、または癌の症状の悪化を防止することも可能である。特に好ましい態様において、方法を用いて、治療に関して患者を選択するか、あるいは抗細胞内癌タンパク質抗体、例えば抗ＰＲＬ３抗体での治療の進行または成功を監視することも可能である。
【０１６５】
本発明の側面にしたがった薬剤および薬学的組成物を、限定されるわけではないが、非経口、静脈内、動脈内、筋内、腫瘍内、口腔および鼻を含むいくつかの経路による投与のために配合することも可能である。薬剤および組成物を液体または固体型で配合してもよい。液体配合物を、ヒトまたは動物の身体の選択した領域への注射による投与のために配合してもよい。
【０１６６】
投与は、好ましくは、個体への利益を示すために十分な「療法的有効量」である。投与する実際の量、ならびに投与速度および時間的経過は、治療中の疾患の性質および重症度に応じるであろう。治療の処方、例えば投薬量等に関する決定は、開業医および他の医師の責任の範囲内であり、そして典型的には、治療される障害、個々の患者の状態、送達部位、投与法および医師に知られる他の要因を考慮する。上述の技術およびプロトコルの例は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  第２０版，  ２０００，  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ刊行に見出されうる。
【０１６７】
治療は、１より多い療法剤の投与を伴ってもよい。治療しようとする状態に応じて、剤を単独で、あるいは他の治療と組み合わせて、同時にまたは連続してのいずれかで投与してもよい。例えば、治療は、１またはそれより多くが癌を治療することを意図しうる、２つの剤の投与を伴う共療法であってもよい。したがって、抗ＰＲＬ３抗体を、別の薬剤、例えば化学療法剤、プロドラッグ、抗体またはホルモン治療とともに投与してもよい。治療はさらに、放射療法を伴ってもよい。
【０１６８】
治療および療法の例には、限定されるわけではないが、化学療法（例えば薬剤、例えば化学療法剤を含む、活性剤投与）；手術；および放射線療法が含まれる。
「化学療法剤」は、作用機構に関わらず、癌の治療に有用な化学的化合物である。化学療法剤のクラスには、限定されるわけではないが：アルキル化剤、代謝拮抗剤、紡錘体毒植物アルカロイド、細胞傷害性／抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、光増感剤、およびキナーゼ阻害剤が含まれる。化学療法剤には、「ターゲティング療法」および慣用的化学療法で用いる化合物が含まれる。
【０１６９】
化学療法剤の例には：レナリドミド（ＲＥＶＬＩＭＩＤ（登録商標）、Ｃｅｌｇｅｎｅ）、ボリノスタット（ＺＯＬＩＮＺＡ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）、パノビノスタット（ＦＡＲＹＤＡＫ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、モセティノスタット（ＭＧＣＤ０１０３）、エベロリムス（ＺＯＲＴＲＥＳＳ（登録商標）、ＣＥＲＴＩＣＡＮ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ベンダムスチン（ＴＲＥＡＫＩＳＹＭ（登録商標）、ＲＩＢＯＭＵＳＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＶＡＣＴ（登録商標）、ＴＲＥＡＮＤＡ（登録商標）、Ｍｕｎｄｉｐｈａｒｍａ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍ．）、ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）、５−ＦＵ（フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、ＣＡＳ  Ｎｏ．  ５１−２１−８）、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）、Ｌｉｌｌｙ）、ＰＤ−０３２５９０１（ＣＡＳ  Ｎｏ．  ３９１２１０−１０−９、Ｐｆｉｚｅｒ）、シスプラチン（シス−ジアミン、ジクロロ白金（ＩＩ）、ＣＡＳ  Ｎｏ．  １５６６３−２７−１）、カルボプラチン（ＣＡＳ  Ｎｏ．  ４１５７５−９４−４）、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、ニュージャージー州プリンストン）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、テモゾロミド（４−メチル−５−オキソ−２，３，４，６，８−ペントアザビシクロ［４．３．０］ノナ−２，７，９−トリエン−９−カルボキサミド、ＣＡＳ  Ｎｏ．  ８５６２２−９３−１、ＴＥＭＯＤＡＲ（登録商標）、ＴＥＭＯＤＡＬ（登録商標）、Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｐｌｏｕｇｈ）、タモキシフェン（（Ｚ）−２−［４−（１，２−ジフェニルブト−１−エニル）フェノキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチルエタンアミン、ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）、ＩＳＴＵＢＡＬ（登録商標）、ＶＡＬＯＤＥＸ（登録商標））、およびドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標））、Ａｋｔｉ−１／２、ＨＰＰＤ、およびラパマイシンが含まれる。
【０１７０】
化学療法剤のより多くの例には：オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍ．）、スーテント（ＳＵＮＩＴＩＮＩＢ（登録商標）、ＳＵ１１２４８、Ｐｆｉｚｅｒ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＸＬ−５１８（Ｍｅｋ阻害剤、エキセリキス、ＷＯ  ２００７／０４４５１５）、ＡＲＲＹ−８８６（Ｍｅｋ阻害剤、ＡＺＤ６２４４、Ａｒｒａｙ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ、Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ＳＦ−１１２６（ＰＩ３Ｋ阻害剤、Ｓｅｍａｆｏｒｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＢＥＺ−２３５（ＰＩ３Ｋ阻害剤、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＸＬ−１４７（ＰＩ３Ｋ阻害剤、Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、ＰＴＫ７８７／ＺＫ  ２２２５８４（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ロイコボリン（フォリン酸）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ  Ｋｌｉｎｅ）、ロナファルニブ（ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ、ＳＣＨ  ６６３３６、Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｐｌｏｕｇｈ）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、ＢＡＹ４３−９００６、Ｂａｙｅｒ  Ｌａｂｓ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、イリノテカン（ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標）、ＣＰＴ−１１、Ｐｆｉｚｅｒ）、ティピファルニブ（ＺＡＲＮＥＳＴＲＡＴＭ、Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＆  Ｊｏｈｎｓｏｎ）、ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ不含）、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子配合物（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、イリノイ州ショームバーグ）、バンデタニブ（ｒＩＮＮ、ＺＤ６４７４、ＺＡＣＴＩＭＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、クロラムブシル、ＡＧ１４７８、ＡＧ１５７１（ＳＵ  ５２７１；  Ｓｕｇｅｎ）、テムシロリムス（ＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、パゾパニブ（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、キャンホスファミド（ＴＥＬＣＹＴＡ（登録商標）、Ｔｅｌｉｋ）、チオテパおよびシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）、ＮＥＯＳＡＲ（登録商標））；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、イムプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボクオン、メツレドパ、およびウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミドおよびトリメチロメラミンを含むエチレンイミンおよびメチラメラミン；アセトゲニン（特にブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−Ｔ��１を含む）；エリュテロビン；パンクラティスタチン；サルコジクティン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、酸化メクロレタミン塩酸、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン；抗生物質、例えばエンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、カリケアマイシン・ガンマ１ｌ、カリケアマイシン・オメガｌ１（Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍ．  Ｉｎｔｌ．  Ｅｄ．  Ｅｎｇｌ．  （１９９４）  ３３：１８３−１８６）；ダイネマイシン、ダイネマイシンＡ；ビホスホネート、例えばクロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチン発色団および関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウスラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシン）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、ネモルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えばフロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えばメイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、オレゴン州ユージーン）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラキュリンＡ、ロリジンＡおよびアンギジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金類似体、例えばシスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）、Ｒｏｃｈｅ）；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えばレチノイン酸；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容されうる塩、酸および誘導体が含まれる。剤の組み合わせ、例えばＣＨＰ（ドキソルビシン、プレドニゾン、シクロホスファミド）、またはＣＨＯＰ（ドキソルビシン、プレドニゾン、シクロホスファミド、ビンクリスチン）を使用してもよい。
【０１７１】
「化学療法剤」の定義にやはり含まれるのは：（ｉ）例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）；クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、およびＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）（クエン酸トレミフィン）を含む、抗エストロゲンおよび選択的エストロゲン受容体調節剤（ＳＥＲＭ）のように、腫瘍に対するホルモン作用を制御するかまたは阻害するよう作用する、抗ホルモン剤；（ｉｉ）副腎におけるエストロゲン産生を制御する、酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、例えば４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（酢酸メゲストロール）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン；Ｐｆｉｚｅｒ）、フォルメスタン、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、およびＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）など；（ｉｉｉ）抗アンドロゲン、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、およびゴセレリン；ならびにトロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；（ｉｖ）プロテインキナーゼ阻害剤、例えばＭＥＫ阻害剤（ＷＯ  ２００７／０４４５１５）；（ｖ）脂質キナーゼ阻害剤；（ｖｉ）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子、例えばＰＫＣ−アルファ、ＲａｆおよびＨ−Ｒａｓの発現を阻害するもの、例えばオブリメルセン（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標）、Ｇｅｎｔａ  Ｉｎｃ．）；（ｖｉｉ）リボザイム、例えばＶＥＧＦ発現阻害剤（例えばＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標））およびＨＥＲ２発現阻害剤；（ｖｉｉｉ）ワクチン、例えば遺伝子療法ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、およびＶＡＸＩＤ（登録商標）；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ−２；トポイソメラーゼ１阻害剤、例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；（ｉｘ）抗血管形成剤、例えばベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ならびに上記いずれかの薬学的に許容されうる塩、酸および誘導体である。
【０１７２】
「化学療法剤」の定義にやはり含まれるのは、療法抗体、例えばアレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）；パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ）、オファツムマブ（ＡＲＺＥＲＲＡ（登録商標）、ＧＳＫ）、ペルツズマブ（ＰＥＲＪＥＴＡＴＭ、ＯＭＮＩＴＡＲＧＴＭ、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）、ＭＤＸ−０６０（Ｍｅｄａｒｅｘ）および抗体薬剤コンジュゲート、ゲムツズマブ・オゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）である。
【０１７３】
本発明のコンジュゲートと組み合わせて、化学療法剤として療法的潜在性を持つヒト化モノクローナル抗体には：アレムツズマブ、アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピニューズマブ、ベバシズマブ、ビバツズマブ・メルタンシン、カンツズマブ・メルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブ・ペゴール、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、イノツズマブ・オゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクツズマブ、ペルツズマブ、ペキセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブ・テトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、トラスツズマブ、ツコツズマブ・セルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、およびビジリズマブが含まれる。
【０１７４】
治療監視
やはり本明細書に開示するのは、療法治療の成功を監視する方法である。こうした方法は、異なる時点の同じ患者に由来する２またはそれより多い試料の比較を伴う。例えば、治療を開始する前に、または開始する時点で、試料を採取することも可能である。こうした試料を、治療開始後、例えば治療開始１週間後、１ヶ月後、２ヶ月後、３ヶ月後、４ヶ月後、５ヶ月後、６ヶ月後、７ヶ月後、８ヶ月後、９ヶ月後、１０ヶ月後、１１ヶ月後、１２ヶ月後、１４ヶ月後、１６ヶ月後、１８ヶ月後または２年後に採取した試料に比較してもよい。尿中のバイオマーカーレベルの減少は、治療が成功した指標となりうる。尿中のバイオマーカーレベルの増加、またはバイオマーカーレベルの有意な変化がないことは、より徹底的な治療が必要とされる、例えば療法剤の投薬量増加、または療法措置へのさらなる剤の追加が必要である指標となりうる。あるいは、こうした増加または有意でない変化は、存在する治療の代わりに別の治療を行うべきであることの指標でありうる。
【０１７５】
疾患の再燃または再発を監視するなどのため、治療を終えた後に試料の１つが採取されていてもよい。例えば治療を止めた１ヶ月後、３ヶ月後、６ヶ月後、９ヶ月後、１２ヶ月後、１８ヶ月後、２年後、２〜５年後、３年後、５年後またはそれより後であってもよい。例えば、最後の投薬後、または患者が癌を持たないと決定された後であってもよい。
【０１７６】
本発明には、こうした組み合わせが明らかに許容し得ないか、または明確に回避される場合を除いて、記載する側面および好ましい特徴の組み合わせが含まれる。
本明細書で用いるセクション見出しは、構成目的のみのためであり、そして記載する主題を限定すると見なされないものとする。
【０１７７】
本テキストに言及するすべての文書は、本明細書に援用される。
本発明の１またはそれより多い態様の詳細を、例として、本発明を実行するために本発明者らに意図される最適な様式の特定の詳細を含めて、以下の付随する説明に示す。当業者には、これらの特定の詳細に限定されることなく、本発明を実施可能であることが明らかであろう。
【実施例】
【０１７８】
実施例１
本発明者らは、１０１の癌の尿（２６の膀胱癌、４４の肺癌、１０の乳癌、６の胃癌、１５のＮＰＣ）、および１１の正常尿から、細胞内癌タンパク質：ＰＲＬ−３、ＰＲＬ−１、ＶＨＺ、ｃ−ｍｙｃ、Ｈ−ｒａｓ、ＡＫＴ−１、ｐ５３、Ｒａｃ１、ＦＡＫ、Ｒｕｎｘ１、エストロゲン受容体、ＰＴＥＮ、ｂ−アクチン、ＧＡＰＤＨを調べた。本発明者らはしばしば、癌の尿において、これらの細胞内癌タンパク質を検出する。本発明者らはまた、癌の尿においてＧＡＰＤＨおよびｂ−アクチンの突然変異型も検出する（が正常尿ではしない）。これらの結果を図１〜８に示す。
【０１７９】
本発明者らは、８１の癌の尿（６の膀胱癌、４４の肺癌、１０の乳癌、６の胃癌、１５のＮＰＣ）および１１の正常尿から、細胞外癌タンパク質：Ｈｅｒ２、Ｎ−カドヘリン、ＰＤＧＦ受容体（アルファ）、ＦＬＴ−３、ｐ−ＥＧＦＲを調べ、ウェスタンブロットを用いて、６の膀胱癌の尿のうち３つで低レベルのＦＬＴ−３を検出したのみだった。
【０１８０】
本発明者らは、癌の尿において、細胞外癌タンパク質よりも細胞内癌タンパク質を（はるかにより頻繁に）検出したが、正常尿においては検出しなかった。理論によって束縛されることは望ましくないが、これは、細胞外癌タンパク質が、脂質二重層により緊密に会合している可能性があり、したがって、これらは細胞膜から解離して、そしてエクソソームとともに尿内に移動することがより困難であることを示唆する。しかし、細胞内癌タンパク質は、より容易にそして自由に形成され、そしてエクソソームを通じて分泌されて、体液（血液、尿、唾液）内へと移動することが可能である。本発明者らの知見は、癌治療に用いた癌バイオマーカーの診断を容易にするであろう。
【０１８１】
実施例２：エクソソーム単離およびキット
本実施例は、体液試料中のエクソソームからタンパク質を得るためのサンプル・プロトコルを提供する。該プロトコルを図９に示す。
【０１８２】
プロトコル：カタログ番号ＥＸＯＡＢ−ＫＩＴ−１
試料が凍結されている場合、氷上で融解する
１０ｍｌ試料＋２ｍｌ  ＥｘｏＱｕｉｃｋ−ＴＣを合わせる（すなわち、試料が５００μｌであれば、１００μｌのＥｘｏＱｕｉｃｋ−ＴＣを合わせる）
３回反転することによってよく混合する
４℃で一晩置く
１５００ｘｇで３０分間遠心分離する（または１．５ｒｆｃ）
上清を取り除き、エクソソームペレットを保持する
１５００ｘｇで５分間遠心分離して、液体のすべての痕跡を取り除く
１００μｌ  ＲＩＰＡ（放射免疫沈殿アッセイ）緩衝液またはＰＢＳ（ペレットによる）をエクソソームペレットに添加し、そして簡単に１５秒間ボルテックスする。
【０１８３】
室温に２０分間置き、そして５９５ｎｍでタンパク質を読み取る
ＳＤＳ色素を添加し、そして試料を１００℃で５分間加熱する
ウェスタンブロットを行う。
【０１８４】
実施例３：原型迅速試験デバイスの評価
Ｉ．目的
１．患者尿試料におけるバイオマーカーＰＲＬ３の検出のための原型迅速試験デバイスを開発する可能性を研究する。
【０１８５】
ＩＩ．背景
バイオマーカーＰＲＬ３は、シンガポール国立大学ＩＭＣＢのＺｅｎｇ  Ｑｉ博士によって、１９９８年に発見された。数千の癌患者において、ＰＲＬ３レベルが上昇していることが示された。Ｚｅｎｇ博士は、２つのモノクローナルおよび２つのウサギ抗体抗ＰＲＬ３を開発した。本研究は、これらの４つの抗体を評価し、そしてこれらの抗体を用いて、癌および正常個人の間の尿を区別する、側方流動技術を用いた免疫クロマトグラフィデバイスを開発する実現可能性を調べることを意図する。
【０１８６】
迅速試験形式（側方流動デバイス）は、短いアッセイ時間（試験結果を見るために１０〜２０分しか必要としない）の利点を有する。アッセイはまた、特別な装置を伴わずに、現場または医院で実行可能である。Ｚｅｎｇ博士は、こうした迅速試験を開発することに関心を持ち、そしてＡＤ  Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔ（アリゾナ州フェニックス）と、これらの抗体を用いることによって実現可能性試験を実行する契約を結んだ。以下がこの研究の結果である。
【０１８７】
ＩＩＩ．推奨：
ＩＶ部の結論に基づいて、本発明者らは以下を推奨する：
・セットアップ  明細
１．  感度、未定
２．  特異性、未定
３．  検出限界（ＬＯＤ）：未定
４．  １５分間アッセイ
５．  試料タイプ：尿試料
６．  保管：室温
７．  使用期限：製造後２４ヶ月
８．  緩衝研究：未定
９．  提出タイプ：未定
１０．  時間スケジュール：未定
・迅速試験のため、捕捉抗体としてＭｏＡｂ２２３（コーティングのため）および検出剤として（金粒子にコンジュゲート化された）ウサギ抗ＰＲＬ３（１９９２）を用いる。
【０１８８】
・抗体２２３が結合する固相としてニトロセルロース膜ＡＥ９９を用いる。
・臨床試料（５０陽性および１００陰性）を泳動して、この原型の特異性および感度を決定する
・必要な場合、さらなる改善には、アフィニティ精製ウサギ抗ＰＲＬ３抗体を用いることによって達成される感度および特異性の増加が含まれるであろう。
【０１８９】
・必要な場合さらなる修飾のためにフィードバックする。
ＩＶ．結論：
１．  ＭｏＡｂ２２３およびポリクローナル抗体１９９２は、ＰＲＬ３迅速試験を開発するために最適な対である。ＭｏＡｂ２２３を検出剤として、そしてポリクローナル１９９２を捕捉剤として用いた（Ｖ．２を参照されたい）。
【０１９０】
２．  １０〜２０ｎｇのＰＲＬ３−ＧＳＴ／ｍｌの検出可能性は、１５分間で達成可能である（Ｖ．３．３を参照されたい）。
３．  １２．５ｎｇ／ｍｌ〜４，０００ｎｇ／ｍｌの反応曲線をＶ．３．１に示した。
【０１９１】
４．  陰性尿および低レベル試料再現性をＶ．３．２に示した。
５．  この原型は、１つの陽性尿（Ｂ）を他の８つの陰性尿試料から区別可能である（３．４を参照されたい）
６．  抗体精製はＶ．１であった。
【０１９２】
７．  抗体目録はＶＩであった。
Ｖ．  試験結果および考察：
１．抗体精製
ハイブリドーマ２２３および３１８の腹水、ならびに１９９２および１９９３の抗血清を２０１４年５月２８日に受け取った。４つの抗体はすべて、タンパク質を用いて精製された。結果を表に要約する。
【０１９３】
モノクローナルおよびポリクローナル抗体のプロテインＧ精製の要約
【０１９４】
【表３】
2017526916.tif 000010
【０１９５】
抗体純度をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって試験した。図１０を参照されたい。
考察：
１．  ＰＡＧＥには、軽鎖（２５ｋＤａ）および重鎖（５５ｋＤａ）のみが見られた。抗体純度は満足のいくものである。
【０１９６】
２．  腹水からの抗体回収収量は２．０〜２．５ｍｇ／ｍｌである。これは、透析および濃縮後に計算され、そして少量の腹水（５．１ｍｌおよび２．３ｍｌ）に基づいた。
３．  ２匹のウサギの抗血清からの抗体回収収量は、それぞれ、１０〜１１ｍｇ／ｍｌであった。
【０１９７】
２．最適マッチ対に関する研究
抗体対形成のための設計チャート
【０１９８】
【表４】
2017526916.tif 000011
【０１９９】
１６対を研究し、そして結果を以下の２つの表に列挙する。
陰性試料試験結果
【０２００】
【表５】
2017526916.tif 000012
【０２０１】
陽性対照試験結果
【０２０２】
【表６】
2017526916.tif 000013
【０２０３】
結果および考察：
２．１  陽性対照試験結果から、ウサギ抗体１９９２が最高のアフィニティを示した（対１１）。
【０２０４】
２．２  対１〜８、９、１０、１３および１４の情報に基づいて、ＭｏＡｂ２２３のアフィニティは３１８より高いと推測された。
２．３  アフィニティ精製を伴わない場合、ポリクローナル抗体は、通常、動物免疫中の感染から生じるいくつかの抗体を含有しうる。よい例は、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍａｎａｓ）による感染である。通常の精製後、この抗体は、試験ラインおよび試験デバイス中のコンジュゲート化に導入され、こうして患者試料がシュードモナスを含有する場合、偽陽性を引き起こすであろう。
【０２０５】
２．４  ２．３の理由のため、本研究は、試験デバイスにおいて、検出剤および捕捉剤として、同時にポリクローナル抗体を使用することを考慮しないであろう。
２．５  原型試験後に感度および特異性が満たされない場合、アフィニティ精製ウサギ抗ＰＲＬ３は、オプションでありうる。
【０２０６】
３．  原型ＰＲＬ３迅速試験の性能
用量反応曲線および再現性に関して、ＰＲＬ３原型デバイスを実行するため、この研究は、迅速試験読み取り装置を用いて、試験ラインシグナルをデジタルに定量化した。
【０２０７】
３．１  ＰＲＬ３反応曲線
本研究において、ＰＲＬ３抗原を試料緩衝液６１２９（社内）に希釈した。１４０μｌの希釈ＰＲＬ３を試験カセットの試料ウェルに適用した（デバイス）。１５分後、試験デバイスを迅速試験読み取り装置によって読み取った。３つ組を各ＰＲＬ３レベルに関して実行した。ＣＶ％を各レベルに関して計算した。
【０２０８】
結果および考察：
【０２０９】
【表７】
2017526916.tif 000014
【０２１０】
考察：
３．１．１  ２０００ｎｇ／ｍｌの後、曲線はより深くなくなった（感度低下）。
３．１．２  ４０００ｎｇ／ｍｌ未満ではフック効果（ｈｏｏｋ  ａｆｆｅｃｔｉｏｎ）は見られなかった。曲線の分析物（ａｎａｌｙｓｔ）はＰＲＬ３−ＧＳＴであった。遊離のＰＲＬ３がどのようにフック効果を受けるかは明らかでない。
【０２１１】
３．２  再現性
アッセイプロトコルは３．１に記載するものと同じであった。２０回の実行を、定義される陰性尿試料に関して反復し、そしてＩＭＣＢによって提供した。１０回の実行を、試料緩衝液中で調製された低陽性ＰＲＬ３に関して反復した。ＣＶ％を各々計算した。
【０２１２】
陰性尿＃２の２０の読み取り
【０２１３】
【表８】
2017526916.tif 000015
【０２１４】
１つの弱陽性対照の１０の読み取り
【０２１５】
【表９】
2017526916.tif 000016
【０２１６】
考察
３．２．１  陰性尿のＣＶは４０％であるが、最高および最低読み取り値は０．００５４および０．００１４であった。この読み取り装置の閾値は、陽性としては０．０１０またはそれより高い。したがってこのデータは許容されうる。
【０２１７】
３．２．２  低陽性ＣＶは１４．１％であり、そして許容可能である。
３．３  検出限界（ＬＯＤ）
ＱＣ対照カラーチャートを用いて、試験ラインシグナルをスコア付けした。スコア３は境界線であり、そして３未満が陰性と見なされるであろう。
【０２１８】
ＰＲＬ３−ＧＳＴを表に示す各レベルで試料緩衝液中に希釈した。
１００μｌの希釈物を試験カセットの試料ウェルに適用した。１５分のシグナルをスコア付けした。
【０２１９】
【表１０】
2017526916.tif 000017
【０２２０】
考察
３．３．１  検出可能性は１０〜２０ｍｇ  Ｔ３−ＧＳＴ／ｍｌであった。
３．２．２  １０，０００ｎｇ／ｍｌの高さでもフック効果は見られなかった。
【０２２１】
３．４  臨床尿試料研究
５つの陰性尿試料および２つの陽性尿試料をＩＭＣＢから受け取った。さらに３つの尿試料を本発明者らの実験室から収集した。陽性尿試料の１つ（Ｌ）を用いて、抗体を認定した。したがって、原型デバイスを用いた最終試験では、１つの陽性尿試料（尿Ｂ）しか用いなかった。
【０２２２】
３．４．１  アッセイプロトコル
１）  尿試料を室温にする（注：ＰＲＬ３は、冷却下では、膜上で異なる遊走の振る舞いを有するため、試験実行前に試料を室温にしておくことは非常に重要である）。
【０２２３】
２）  １００μｌの尿試料を試験デバイスに適用する。
３）  １５分で結果を読み取る。
４）  試験結果解釈：
３．４．２  アッセイ結果
試料＃１〜＃５はＩＭＣＢ由来の陰性尿であり、＃６〜＃８は本発明者らの研究室由来であり、＃９は、陽性尿Ｂであった。尿Ｂは陽性であり、そして１：１０希釈でもまた弱陽性が観察された。
【０２２４】
【表１１】
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【０２２５】
ＶＩ．  抗体目録
【０２２６】
【表１２】
2017526916.tif 000019
【０２２７】
実施例４
予期せぬことに、本発明者らは、多数のタイプのヒト癌尿の６１％において、そしてＰＲＬ−３＋腫瘍所持マウス由来のすべての癌尿において、分泌ＰＲＬ−３癌タンパク質を見出した（ＰＲＬ−３−では見出されなかった）。ＰＲＬ３抗体での有効な治療後、尿ＰＲＬ−３レベルは有意に減少した。本発明者らは、多数の癌タイプにおけるＰＲＬ３抗体療法の療法反応監視のための新規診断および代理バイオマーカーとしての尿ＰＲＬ−３を提唱する。
【０２２８】
材料および方法
ウェスタンブロッティング。２００μｇの溶解物を１２％ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲルの別個のウェルにおいて分離し、そしてニトロセルロース膜にトランスファーした後、ブロッキングし、そして１：１，０００希釈の示す一次抗体で４℃で一晩探査した（ｐｒｏｂｉｎｇ）。ＴＢＳ−Ｔ緩衝液（２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．６、１４０ｍＭ  ＮａＣｌ、０．２％Ｔｗｅｅｎ−２０）で徹底的に洗浄した後、１：５，０００希釈したそれぞれのセイヨウワサビ（ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ）ペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）−コンジュゲート化二次抗体と膜を１時間インキュベーションし、ＴＢＳ−Ｔで洗浄し、そして化学発光基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を用いて視覚化した。
【０２２９】
抗体。Ｂ細胞マーカー（ＣＤ４５／ＣＤ２２０、クローンＲＡ３−６Ｂ２）、ＮＫ細胞マーカー（ＣＤ３３５／Ｎｋｐ４６、クローン２９Ａ１．４）、およびＨＳＰ７０（カタログ番号６１０６０７）抗体をＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎより購入した。カルネキシン（カタログ番号２６７９）抗体をＣｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇより購入した。ＣＤ６３（カタログ番号ｓｃ−１５３６３）抗体をＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｙより購入した。ＧＡＰＤＨ（クローンＭＡＢ３７４）抗体をＭｉｌｌｉｐｏｒｅより購入した。
【０２３０】
尿分析。シンガポール国立大学病院から患者の承諾を得て収集した朝の尿試料を、分析まで−８０℃で保存した。分析前に、試料を４，０００ｘｇ、４℃で２０分間、２回遠心分離して、不溶性破片を除去した。等体積（３０μＬ）の尿試料をウェスタンブロッティングのためのゲル上に装填した。
【０２３１】
エクソソーム単離。７０〜８０％集密で指数関数的に増殖している細胞をＰＢＳで２回洗浄した後、１０ｍｌの血清不含ＲＰＭＩ−１６４０と２４時間インキュベーションした。馴化培地を３００ｘｇで１０分間、２回遠心分離して、死んだ細胞および破片を除去した。あらかじめ清澄にした馴化培地を、続いて、超遠心３Ｋフィルター濃縮装置（Ｍｉｌｉｐｏｒｅ）を用いて〜５００μＬに濃縮し、そして製造者の指示にしたがって、総エクソソーム単離試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、保持物からエクソソームを抽出した。ヒト尿エクソソーム抽出に関しては、１ｍＬのあらかじめ清澄にした尿を、記載するようなエクソソーム抽出に直接用いた。
【０２３２】
結果
細胞内ＰＲＬ−３癌タンパク質を細胞培地内に分泌することも可能であり、そして該タンパク質は、癌尿の６１％に存在するが、正常尿には存在しない。２００８年、本発明者らは、細胞内癌タンパク質に対する伝統的でない免疫療法を最初に報告し、そしてＰＲＬ−３抗体が腫瘍細胞によって取り込まれうることを立証した２２。しかし、細胞内抗原の抗体認識がどのように、そしてどこで行われているのかはなお不明であった。本明細書において、本発明者らは、「細胞内」ＰＲＬ−３タンパク質が、対応するＰＲＬ−３＋癌細胞株由来の濃縮培地中でｉｎ  ｖｉｔｒｏで検出可能であるが、ＰＲＬ−３−癌細胞株のものは検出不能であるという、知られていなかった自然現象を見出した（図１３ａ、レーン５〜８）。対照として、ＥＲ局在タンパク質、カルネキシン（ＣＡＮＸ）はもっぱら溶解物中に見られ、馴化培地中には見られず（図１３ａ）、したがって、死んだ細胞または細胞破片による非特異的混入の可能性は排除された。ＰＲＬ−３は、マイクロアレイおよび組織学的研究に基づいて、有望な癌バイオマーカー潜在性を有する６ため、本発明者らは、健康な個体および癌患者の両方に由来する尿試料を分析することによって、「分泌された」ＰＲＬ−３がバイオマーカーとして臨床的に適切でありうるかどうかを調べることにした。
【０２３３】
健康な個体由来の総数１５の尿試料および癌患者由来の１９５の尿試料を、ウェスタンブロットによって分析して、ＰＲＬ−３タンパク質を検出した。予期せぬことに、ＰＲＬ−３は、異なるタイプの癌の患者由来の尿試料の平均６１％（１９５のうち１１９）で容易に検出された（図１３ｂ）が、いかなる正常尿試料でも検出されなかった（図１３ｃ、レーン１〜１５）。特に、尿ＰＲＬ−３タンパク質は、胃癌尿の１０／１２（８３％）（図１３ｃ、レーン１６〜２７）、鼻咽頭癌尿の１２／１７（７０％）（図１３ｄ）、膀胱癌尿の３０／６７（４５％）（図１３ｅ）、肺癌尿の５６／８５（６６％）（図１３ｆ）、乳癌尿の８／１０（８０％）、および前立腺癌尿の３／４（７５％）（データ未提示）で検出された。これらの２１０の尿試料からの本発明者らの結果は、ＰＲＬ−３を一般的な癌特異的尿タンパク質として同定する。
【０２３４】
ＰＲＬ−３タンパク質は、ＥＲ／ゴルジ経路を通じた古典的な分泌のための配列ペプチドを持たないため、本発明者らは、該タンパク質が非古典的なエクソソーム分泌を通じて分泌される可能性を考慮した。エクソソームは、多くの生物学的液体および細胞培地中に存在する５０〜１５０ｎｍの間の細胞膜および／またはエンドソーム由来小胞である３３。分泌されたＰＲＬ−３がエクソソーム性であるかどうかを決定するため、本発明者らは、対照エクソソームタンパク質としてテトラスパニンＣＤ６３を用いて、異なるタイプの癌を有する患者由来の尿試料のエクソソーム分画を行った３４。驚くべきことに、本発明者らはもっぱら膀胱癌の尿でエクソソーム会合ＰＲＬ−３を検出した（図３）が、他のタイプの癌尿では検出しなかった（データ未提示）。上皮性膀胱癌細胞によって分泌されるエクソソームは、糸球体濾過によって強制される物理的排除限界をバイパスし３５、そして膀胱の尿プールに直接進入しうるため、本発明者らの結果は、ＰＲＬ−３が、ｉｎ  ｖｉｖｏで、腫瘍細胞から少なくとも２つの型で分泌されうることを間接的に示す：１）多数のタイプの癌の尿に存在する、〜２０ｋＤａ可溶性濾過可能型として。この「遊離ＰＲＬ−３」は、腫瘍壊死、アポトーシス、または腫瘍細胞溶解によって体液内に漏出しうる。「遊離ＰＲＬ−３」は、概算されるカットオフ値が７０ｋＤａである腎臓濾過系を通過するために十分に小さい（〜２０ｋＤａ）ため３５、癌の尿中に容易に集積可能である。２）膀胱癌患者の尿中にもっぱら見られるエクソソーム会合型として。他の癌組織（例えば胃、肝臓、肺）由来の循環エクソソームは、糸球体濾過を通過不能であるため、膀胱尿系への妨害されないアクセスを持つ膀胱癌細胞のみが、こうしたＰＲＬ−３含有エクソソームを尿内に直接排出しうる。要約すると、分泌ＰＲＬ−３は、少なくとも２つの型、可溶性「遊離」型（多様な癌患者由来の尿で検出可能）、およびより大きいエクソソーム会合型（膀胱癌患者の尿でのみ検出可能）を含む癌特異的マーカーである。
【０２３５】
尿ＰＲＬ−３は、抗ＰＲＬ３抗体療法を監視する療法反応に関する新規代理バイオマーカーである。ＰＲＬ−３は、癌患者由来の尿試料で頻繁に検出可能であるため、本発明者らは、尿ＰＲＬ−３発現がｉｎ  ｖｉｖｏで真性ＰＲＬ−３＋腫瘍の存在を反映するかどうか疑問を持った。臨床的にマッチした腫瘍−尿試料を得て、この関係を検証することが困難であるため、本発明者らは、代わりに、ＰＲＬ−３＋  ＳＮＵ−４８４およびＰＲＬ−３−  ＭＫＮ４５同所性胃マウスモデルを用いて、マッチした腫瘍−尿対でのＰＲＬ−３の発現を比較した。さらに、各同所性モデルを２つの群−ＰＢＳを投与されるマウス（未処置）、または抗ＰＲＬ３抗体処置（処置）に細分割して、抗ＰＲＬ３抗体療法および尿ＰＲＬ−３発現の間の関係を解明した。
【０２３６】
未処置ＰＲＬ−３＋  ＳＮＵ−４８４腫瘍所持マウスにおいて、ＰＲＬ−３は、尿中に非常に豊富であった（図１４ａ、奇数レーン１〜９）。しかし、抗ＰＲＬ３抗体処置後、ＰＲＬ−３の腫瘍内発現減少と一致して、すべてのマウスにおいて、尿ＰＲＬ−３は、もはや検出不能であった（図１４ａ、偶数レーン２〜１０）。重要なことに、抗ＰＲＬ３抗体処置マウス由来の尿ＰＲＬ−３シグナルの喪失は、各場合で、胃の腫瘍収縮と対応し（図１４ａ、上部パネル）、尿ＰＲＬ−３が、抗ＰＲＬ３抗体療法有効性の代理バイオマーカーとして有用でありうることを示唆する。対照として、本発明者らは、ＰＲＬ−３−  ＭＫＮ４５同所性腫瘍を所持するマウスにおいて、抗ＰＲＬ３抗体療法とは関わりなく、尿ＰＲＬ−３を検出しなかった（図１４ａ、レーン１１〜１２）。したがって、尿ＰＲＬ−３は、ＰＲＬ−３＋を所持するマウスで特異的に検出されたが、ＰＲＬ−３−癌を持つマウスでは検出されず、そして抗ＰＲＬ３抗体での処置に際して減少する。
【０２３７】
考察
本研究は、診断および療法反応監視のための分泌尿ＰＲＬ−３のバイオマーカー潜在能力を同定する。本発明者らは、多数のヒト癌患者の平均６１％で、尿ＰＲＬ−３を検出した。
【０２３８】
可溶性ＰＲＬ−３は、多数の癌患者由来の尿で検出されたが、本発明者らは、膀胱癌患者の尿においてのみ、エクソソーム会合ＰＲＬ−３を検出し、他の悪性腫瘍の患者では検出しなかった。この尿のありうる説明は、糸球体濾過によって課される物理的制約であり、このため、尿排出のため、血漿からボウマン嚢には７０ｋＤａより小さいタンパク質しか通過は可能でない３５。したがって、可溶性「遊離」ＰＲＬ−３（〜２０ｋＤａ）は、これらの他の癌タイプ由来の尿中で検出可能なままであり、エクソソーム会合ＰＲＬ−３は検出不能であった。にもかかわらず、エクソソーム会合ＰＲＬ−３が存在することは、ＰＲＬ−３＋腫瘍から出芽するエクソソームが、ｉｎ  ｖｉｖｏで、腫瘍領域内の抗ＰＲＬ３抗体認識およびエフェクター免疫反応開始の係留点として働きうるという興味深い可能性を提示する（図１４ｂ）。
【０２３９】
マウスモデルにおいて観察される、腫瘍および尿ＰＲＬ−３発現の間の緊密な相関によって、多様なヒト悪性腫瘍において、尿ＰＲＬ−３発現が、ＰＲＬ−３ターゲティング癌療法（抗ＰＲＬ３抗体を含む）の有望な診断バイオマーカーとして使用可能であることを示唆する。さらに、尿ＰＲＬ−３はまた、代理バイオマーカーとして機能可能であり、臨床家に療法有効性を示す、非侵襲性、迅速、および単純な定性法を提供する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２−１】
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【図１２−２】
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【図１３−１】
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【図１３−２】
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【図１３−３】
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【図１４】
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【国際調査報告】
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2017526916.tif 000038
2017526916.tif 000039
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