(57)【要約】  食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす病原体を検出するための方法が提供される。さらに、食肉、植物もしくは植物の一部分のための疾患を予測するための方法および／または疾患管理のための方法も提供される。一部の実施形態において、核酸に基づく増幅を含む方法が提供される。そのような核酸に基づく増幅方法の例には、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）およびリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）が含まれる。
2017532026.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出する方法であって：
（ａ）前記食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、前記サンプルから核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）前記サンプルから前記少なくとも１つの病原体の存在または非存在を決定する工程を含む方法。
【請求項２】
前記核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つの病原体は、アクレモニウム属種（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｓｐｐ．）、アルブゴ属種（Ａｌｂｕｇｏ  ｓｐｐ．）、アルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ．）、アスコキタ属種（Ａｓｃｏｃｈｙｔａ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、ボトリオディプロディア属種（Ｂｏｔｒｙｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリオスフェリア属種（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリチス属種（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｓｐｐ．）、ビソクラミス属種（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、セファロスポリウム属種（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、セラトシスチス属種（Ｃｅｒａｔｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐｐ．）、セルコスポラ属種（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、カララ属種（Ｃｈａｌａｒａ  ｓｐｐ．）、クラドスポリウム属種（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コレトトリクム属種（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリオプシス属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、シリンドロカルポン属種（Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｒｐｏｎ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ディアポルテ属種（Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ  ｓｐｐ．）、ディジメラ属種（Ｄｉｄｙｍｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ディプロディア属種（Ｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ドチオレラ属種（Ｄｏｔｈｉｏｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エルシノエ属種（Ｅｌｓｉｎｏｅ  ｓｐｐ．）、フザリウム属種（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ゲオトリクム属種（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、グロエオスポリウム属種（Ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、グロメレラ属種（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘルミントスポリウム属種（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クスキア属種（Ｋｈｕｓｋｉａ  ｓｐｐ．）、ラシオジプロディア属種（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、マクロフォーマ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、マクロホミナ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｓｐｐ．）、マイクロドキウム属種（Ｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、モニリニア属種（Ｍｏｎｉｌｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、モニロカエテス属種（Ｍｏｎｉｌｏｃｈａｅｔｈｅｓ  ｓｐｐ．）、ムコール属種（Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ．）、マイコセントロスポラ属種（Ｍｙｃｏｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、マイコスファエレラ属種（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ネクトリア属種（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、ネオファブラエア属種（Ｎｅｏｆａｂｒａｅａ  ｓｐｐ．）、ニグロスポラ属種（Ｎｉｇｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペニシリウム属種（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ペロノフィトラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｐｈｙｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペロノスポラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペスタロチオプシス属種（Ｐｅｓｔａｌｏｔｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ペジクラ属種（Ｐｅｚｉｃｕｌａ  ｓｐｐ．）、ファシジオピクニス属種（Ｐｈａｃｉｄｉｏｐｙｃｎｉｓ  ｓｐｐ．）、フォーマ属種（Ｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、ホモプシス属種（Ｐｈｏｍｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ��）、フィロスティクタ属種（Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ  ｓｐｐ．）、フィトフトラ属種（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ポリスキタルム属種（Ｐｏｌｙｓｃｙｔａｌｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードセルコスポラ属種（Ｐｓｅｕｄｏｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ピリクラリア属種（Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｓｐｐ．）、ピチウム属種（Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、リゾクトニア属種（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、リゾプス属種（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ．）、スクレロティウム属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スクレロティニア属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、セプトリア属種（Ｓｅｐｔｏｒｉａ  ｓｐｐ．）、スファセローマ属種（Ｓｐｈａｃｅｌｏｍａ  ｓｐｐ．）、スファエロプシス属種（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ステムフィリウム属種（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スチルベラ属種（Ｓｔｉｌｂｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、チエラビオプシス属種（Ｔｈｉｅｌａｖｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、チロネクトリア属種（Ｔｈｙｒｏｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、トラチスファエラ属種（Ｔｒａｃｈｙｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．）、ウロミセス属種（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ウスチラゴ属種（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｓｐｐ．）、ベンツリア属種（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｓｐｐ．），ベルチシリウム属種（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの病原体は、エルウィニア属種（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、パントエア属種（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｐｐ．）、ペクトバクテリウム属種（Ｐｅｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、ラルストニア属種（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、キサントモナス属種（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、リューコノストック属種（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラヴィバクター属種（Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ジアルディア属種（Ｇｉａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの病原体は、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記植物もしくは植物の一部分は、バナナ、パイナップル、柑橘類、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジク、柑橘類およびベリー類からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記植物もしくは植物の一部分は、ベリーおよびベリー類を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記ベリー類は、ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリーおよびそれらの組合せからなる群から選択される請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出する方法であって：
（ａ）前記食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、前記サンプルから核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）多層リスクシステムに基づいて前記サンプルから前記少なくとも１つの病原体のリスクレベルを決定する工程を含む方法。
【請求項１５】
前記多層リスクシステムは、低リスク、中リスクおよび高リスクを含む３階層を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための方法であって：
（ａ）前記食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、前記サンプルから核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）前記サンプル内の前記少なくとも１つの病原体の胞子数を決定する工程を含む方法。
【請求項１７】
植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットであって、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む診断キット。
【請求項１８】
植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットであって、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む診断キット。
【請求項１９】
植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットであって、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む診断キット。
【請求項２０】
食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するためのオリゴヌクレオチドプライマーの組合せであって、前記プライマーは少なくとも１つの病原体を検出するための様々な感受性を有する組合せ。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される、請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドプライマーの組合せ。
【請求項２２】
植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するためにストロベリーからガクをサンプリングするための方法であって、
（ａ）前記ストロベリーから前記ガクを除去する工程；
（ｂ）前記除去したガクをホモジナイズする工程；および
（ｃ）少なくとも１つの標的配列に対する複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して前記サンプルから核酸に基づく増幅を実施する工程を含む方法。
【請求項２３】
前記核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む、請求項２２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）項の下での２０１４年９月１１日に出願された米国仮特許出願第６２／０４９，０８０号明細書の利益を主張するものであり、上記特許の全開示は参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
電子的に提出された配列表の参照
配列表の正式な写しは、２０１５年９月１０日に作成されたファイル名「２４２１８１＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」を備え、１７．５キロバイトのサイズを有し、本明細書と同時に提出されるＡＳＣＩＩフォーマットの配列表としてＥＦＳ  Ｗｅｂを介して電子的に提出される。このＡＳＣＩＩフォーマット文書に含有される配列表は、本明細書の一部であり、これにより全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００３】
収穫後の様々な果実は、病原体およびその結果として疾患の発症に曝される可能性がある。例えば、ストロベリーを含むベリーは、典型的には収穫時に手で摘ままれ、カビ菌に曝され、後にその結果として腐ることになる。
【０００４】
そこで、食肉、植物もしくは植物の一部分上で病原体を検出するための方法を開発する必要が依然としてある。さらに、病原体の検出は、関与する場合は食肉、植物または植物の一部分のためのより優れた疾患管理を可能にできる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす病原体を検出するための方法が提供される。さらに、食肉、植物もしくは植物の一部分のための疾患を予測するための方法および／または疾患管理のための方法も提供される。一部の実施形態において、核酸に基づく増幅を含む方法が提供される。そのような核酸に基づく増幅方法の例には、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）およびリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）が含まれる。
【０００６】
詳細には、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）を検出するためのオリゴヌクレオチドプライマーセットの配列が提供される。１つの実施形態において、提供されるプライマーセットはＲＰＡのために使用できる。
【０００７】
さらに、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）感染症に関連する疾患発生のリスクレベルを決定するための疾患管理のために、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）検出のために様々な感受性にあるプライマーの組合せが提供される。例えば、低リスク、中リスクおよび高リスクからなる３階層リスクレベルを提供できる。
【０００８】
さらに、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）検出のためのストロベリーのガク（萼）をサンプリングする方法も提供される。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）リボソームＩＧＳ標的に対する初期ＲＰＡプライマースクリーンの代表的な結果を示す図である。融解曲線分析は、強力な増幅プライマー対（Ｒ１Ｆ１）および１０コピーのボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）ゲノムＤＮＡでの良好な増幅を証明している。
【図２Ａ】Ｒ１Ｆ１プライマーを使用したＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ分析の代表的な写真を示す図である。図２Ａについては、所望のアンプリコンは、約１２０塩基対である。陰性コントロールはバックグラウンドの所望のアンプリコン産物を示していない。強度の増幅は５コピーのボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡで観察される。１０個のボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡコピーでは有意なアーチファクト増幅は観察されず、これはＲ１Ｆ６プライマー対と比較した場合のＲ１Ｆ１プライマー対の感受性がより高いことを証明している。
【図２Ｂ】Ｒ１Ｆ６プライマーを使用したＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ分析の代表的な写真を示す図である。図２Ｂについては、所望のアンプリコンは、約１４８塩基対である。陰性コントロールはバックグラウンドの所望のアンプリコン産物を示していない。強度の増幅は、２００〜５００コピーのボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡで観察される。５０コピーのボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡでは増幅は観察されない。
【図３】Ｒ１Ｆ１およびＲ１Ｆ６とのＲＰＡ反応の産物のＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ分析の代表的な写真を示す図である。これらの反応は、フォワードプライマーＦ１またはＦ６を用いて実施される。
【図４】増幅時間の関数としての蛍光を示す図である。標的ＤＮＡの非存在下では、依然として蛍光の増加が起こり得る。
【図５】Ｒ２Ｆ３プライマー対のＲＰＡおよびＰＣＲ反応産物についてのエレクトロフェログラムを示す図である。広域（ＰＣＲ）または多重産物（ＲＰＡ）が同定されている。
【図６】Ｒ１Ｆ１およびＲ１Ｆ３  ＲＰＡ反応アンプリコンのエレクトロフェログラムを示す図である。鋳型が存在しない場合、複数のアーチファクトのアンプリコンが存在する。２５０コピーのボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）ｇＤＮＡを用いると、所望のアンプリコンが特異的に生成される。
【図７】概念実証実験のためのＲＰＡ反応産物の分析を示す図である。陰性サンプルは、ＲＰＡマスターミックスおよびプライマー対しか含有していなかった。ガク＃１およびガク＃２サンプルは、２つの別個に調製されたガクからのゾウ副産物を示している。ガク＋ＢＣサンプルは、無傷ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子でスパイクされたガクについてである。ＢＣ単独サンプルはボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子だけを含有し、ガク物質を含有していなかった。
【図８】Ｔａｒｇｅｔ１についてのＲＰＡアッセイを開発するために発注されたプライマーを示す図である。下方パネルに列挙したプライマーは、図示した配列の逆補体として購入された。
【図９】ＲＰＡ反応のために発注されたリボソームＩＧＳプライマーを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
他に特に言及しない限り、本明細書および特許請求の範囲を含む本出願において使用する下記の用語は、下記に示す定義を有する。本明細書および添付の特許請求の範囲において使用するように、単数形「１つの」および「その」は、状況が明白に他のことを指示していない限り、複数形を含むことに留意されたい。
【００１１】
病原体（例えば、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ））を検出するための診断キットが提供される。そのような診断キットは、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）腐食のリスクを予測するためのベリー価値連鎖（例えば、ストロベリー）における使用者／参加者が使用できる。１つの実施形態において、提供される診断キットは、等温核酸に基づく試験、例えば、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。
【００１２】
サンプル上のボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）の量に損傷の可能性で相関するリスクモデルもまた提供される。１つの実施形態において、提供される診断キットは、ストロベリーのガク１つ当たり病原体の胞子１０〜１０，０００個；胞子２５〜５，０００個；胞子５０〜２，５００個；または胞子１００〜１，０００個を検出できる。
【００１３】
１つの実施形態において、提供される診断キットは、病原体の存在または非存在の検出を可能にする。別の実施形態において、提供される診断キットは、病原体の定量的および／または半定量的（例えば、多層リスクレベルシステム）検出も可能にする。また別の実施形態において、定量的および／または半定量的検出の能力は、等温核酸増幅に基づく試験、例えばＲＰＡに対する異なる感受性の複数のプライマーセットの使用／組合せによって可能になる。
【００１４】
リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）は、以前に、それらの内容が参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許第７，４８５，４２８号明細書、同第７，６６６，５９８号明細書および同第７，７６３，４２７号明細書に開示されている。
【００１５】
１つの態様において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための方法が提供される。本方法は、
（ａ）食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、サンプルからの核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）サンプルから少なくとも１つの病原体の存在または非存在を決定する工程を含む。
【００１６】
提供される方法の１つの実施形態において、核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、等温核酸増幅を含む。また別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。
【００１７】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、アクレモニウム属種（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｓｐｐ．）、アルブゴ属種（Ａｌｂｕｇｏ  ｓｐｐ．）、アルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ．）、アスコキタ属種（Ａｓｃｏｃｈｙｔａ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、ボトリオディプロディア属種（Ｂｏｔｒｙｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリオスフェリア属種（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリチス属種（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｓｐｐ．）、ビソクラミス属種（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、セファロスポリウム属種（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、セラトシスチス属種（Ｃｅｒａｔｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐｐ．）、セルコスポラ属種（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、カララ属種（Ｃｈａｌａｒａ  ｓｐｐ．）、クラドスポリウム属種（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コレトトリクム属種（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリオプシス属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、シリンドロカルポン属種（Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｒｐｏｎ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ディアポルテ属種（Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ  ｓｐｐ．）、ディジメラ属種（Ｄｉｄｙｍｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ディプロディア属種（Ｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ドチオレラ属種（Ｄｏｔｈｉｏｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エルシノエ属種（Ｅｌｓｉｎｏｅ  ｓｐｐ．）、フザリウム属種（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ゲオトリクム属種（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、グロエオスポリウム属種（Ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、グロメレラ属種（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘルミントスポリウム属種（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クスキア属種（Ｋｈｕｓｋｉａ  ｓｐｐ．）、ラシオジプロディア属種（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、マクロフォーマ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、マクロホミナ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｓｐｐ．）、マイクロドキウム属種（Ｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、モニリニア属種（Ｍｏｎｉｌｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、モニロカエテス属種（Ｍｏｎｉｌｏｃｈａｅｔｈｅｓ  ｓｐｐ．）、ムコール属種（Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ．）、マイコセントロスポラ属種（Ｍｙｃｏｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、マイコスファエレラ属種（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ネクトリア属種（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、ネオファブラエア属種（Ｎｅｏｆａｂｒａｅａ  ｓｐｐ．）、ニグロスポラ属種（Ｎｉｇｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペニシリウム属種（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ペロノフィトラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｐｈｙｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペロノスポラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペスタロチオプシス属種（Ｐｅｓｔａｌｏｔｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ペジクラ属種（Ｐｅｚｉｃｕｌａ  ｓｐｐ．）、ファシジオピクニス属種（Ｐｈａｃｉｄｉｏｐｙｃｎｉｓ  ｓｐｐ．）、フォーマ属種（Ｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、ホモプシス属種（Ｐｈｏｍ���ｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、フィロスティクタ属種（Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ  ｓｐｐ．）、フィトフトラ属種（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ポリスキタルム属種（Ｐｏｌｙｓｃｙｔａｌｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードセルコスポラ属種（Ｐｓｅｕｄｏｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ピリクラリア属種（Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｓｐｐ．）、ピチウム属種（Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、リゾクトニア属種（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、リゾプス属種（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ．）、スクレロティウム属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スクレロティニア属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、セプトリア属種（Ｓｅｐｔｏｒｉａ  ｓｐｐ．）、スファセローマ属種（Ｓｐｈａｃｅｌｏｍａ  ｓｐｐ．）、スファエロプシス属種（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ステムフィリウム属種（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スチルベラ属種（Ｓｔｉｌｂｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、チエラビオプシス属種（Ｔｈｉｅｌａｖｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、チロネクトリア属種（Ｔｈｙｒｏｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、トラチスファエラ属種（Ｔｒａｃｈｙｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．）、ウロミセス属種（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ウスチラゴ属種（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｓｐｐ．）、ベンツリア属種（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｓｐｐ．）、およびベルチシリウム属種（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を含む。
【００１８】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、エルウィニア属種（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、パントエア属種（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｐｐ．）、ペクトバクテリウム属種（Ｐｅｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、ラルストニア属種（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、キサントモナス属種（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、リューコノストック属種（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラヴィバクター属種（Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ジアルディア属種（Ｇｉａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。
【００１９】
また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トランスジェニック植物もしくはトランスジェニック植物の一部分を含む。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トウモロコシ、小麦、綿、米、大豆およびカノーラからなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、果実、野菜、苗木、芝生および観賞用作物からなる群から選択される。また別の実施形態において、果実は、バナナ、パイナップル、柑橘類（オレンジ、レモン、ライム、グレープフルーツおよび他の柑橘類を含む）、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン類、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクならびにベリー（ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリー、カラントおよび他の種類のベリーを含む）からなる群から選択される。また別の実施形態において、野菜は、トマト、ジャガイモ、サツマイモ、キャッサバ、コショウ、ピーマン、ニンジン、セロリ、カボチャ、ナス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、アスパラガス、マッシュルーム、タマネギ、ニンニク、ニラネギおよびサヤマメからなる群から選択される。また別の実施形態では、花もしくは花の一部分は、バラ、カーネーション、ラン、ゼラニウム、ユリもしくは他の観賞用の花からなる群から選択される。また別の実施形態では、食肉は、牛肉、バイソン、鶏肉、シカ、ヤギ、七面鳥、豚肉、羊、魚、貝、軟体動物、または乾蔵肉製品の群から選択される。
【００２０】
別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、バナナ、パイナップル、柑橘類、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクおよびベリー類からなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、ベリーおよびベリー類を含む。さらにまた別の実施形態において、ベリー類は、ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリーおよびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、柑橘類は、オレンジ、レモン、ライムおよびグレープフルーツからなる群から選択される。
【００２１】
１つの実施形態において、少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む。
【００２２】
別の態様において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための方法が提供される。本方法は、
（ａ）食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、サンプルからの核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）多層リスクシステムに基づいてサンプルから少なくとも１つの病原体のリスクレベルを決定する工程を含む。
【００２３】
提供される方法の１つの実施形態において、多層リスクシステムは、低リスク、中リスクおよび高リスクを含む３階層を含む。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、等温核酸増幅を含む。また別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。
【００２４】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、アクレモニウム属種（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｓｐｐ．）、アルブゴ属種（Ａｌｂｕｇｏ  ｓｐｐ．）、アルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ．）、アスコキタ属種（Ａｓｃｏｃｈｙｔａ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、ボトリオディプロディア属種（Ｂｏｔｒｙｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリオスフェリア属種（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリチス属種（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｓｐｐ．）、ビソクラミス属種（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、セファロスポリウム属種（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、セラトシスチス属種（Ｃｅｒａｔｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐｐ．）、セルコスポラ属種（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、カララ属種（Ｃｈａｌａｒａ  ｓｐｐ．）、クラドスポリウム属種（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コレトトリクム属種（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリオプシス属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、シリンドロカルポン属種（Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｒｐｏｎ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ディアポルテ属種（Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ  ｓｐｐ．）、ディジメラ属種（Ｄｉｄｙｍｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ディプロディア属種（Ｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ドチオレラ属種（Ｄｏｔｈｉｏｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エルシノエ属種（Ｅｌｓｉｎｏｅ  ｓｐｐ．）、フザリウム属種（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ゲオトリクム属種（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、グロエオスポリウム属種（Ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、グロメレラ属種（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘルミントスポリウム属種（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クスキア属種（Ｋｈｕｓｋｉａ  ｓｐｐ．）、ラシオジプロディア属種（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、マクロフォーマ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、マクロホミナ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｓｐｐ．）、マイクロドキウム属種（Ｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、モニリニア属種（Ｍｏｎｉｌｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、モニロカエテス属種（Ｍｏｎｉｌｏｃｈａｅｔｈｅｓ  ｓｐｐ．）、ムコール属種（Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ．）、マイコセントロスポラ属種（Ｍｙｃｏｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、マイコスファエレラ属種（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ネクトリア属種（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、ネオファブラエア属種（Ｎｅｏｆａｂｒａｅａ  ｓｐｐ．）、ニグロスポラ属種（Ｎｉｇｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペニシリウム属種（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ペロノフィトラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｐｈｙｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペロノスポラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペスタロチオプシス属種（Ｐｅｓｔａｌｏｔｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ペジクラ属種（Ｐｅｚｉｃｕｌａ  ｓｐｐ．）、ファシジオピクニス属種（Ｐｈａｃｉｄｉｏｐｙｃｎｉｓ  ｓｐｐ．）、フォーマ属種（Ｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、ホモプシス属種（Ｐｈｏｍ���ｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、フィロスティクタ属種（Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ  ｓｐｐ．）、フィトフトラ属種（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ポリスキタルム属種（Ｐｏｌｙｓｃｙｔａｌｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードセルコスポラ属種（Ｐｓｅｕｄｏｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ピリクラリア属種（Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｓｐｐ．）、ピチウム属種（Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、リゾクトニア属種（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、リゾプス属種（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ．）、スクレロティウム属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スクレロティニア属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、セプトリア属種（Ｓｅｐｔｏｒｉａ  ｓｐｐ．）、スファセローマ属種（Ｓｐｈａｃｅｌｏｍａ  ｓｐｐ．）、スファエロプシス属種（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ステムフィリウム属種（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スチルベラ属種（Ｓｔｉｌｂｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、チエラビオプシス属種（Ｔｈｉｅｌａｖｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、チロネクトリア属種（Ｔｈｙｒｏｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、トラチスファエラ属種（Ｔｒａｃｈｙｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．）、ウロミセス属種（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ウスチラゴ属種（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｓｐｐ．）、ベンツリア属種（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｓｐｐ．），ベルチシリウム属種（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を含む。
【００２５】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、エルウィニア属種（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、パントエア属種（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｐｐ．）、ペクトバクテリウム属種（Ｐｅｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、ラルストニア属種（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、キサントモナス属種（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、リューコノストック属種（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラヴィバクター属種（Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ジアルディア属種（Ｇｉａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。
【００２６】
また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トランスジェニック植物もしくはトランスジェニック植物の一部分を含む。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トウモロコシ、小麦、綿、米、大豆およびカノーラからなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、果実、野菜、苗木、芝生および観賞用作物からなる群から選択される。また別の実施形態において、果実は、バナナ、パイナップル、柑橘類（オレンジ、レモン、ライム、グレープフルーツおよび他の柑橘類を含む）、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン類、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクならびにベリー（ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリー、カラントおよび他の種類のベリーを含む）からなる群から選択される。また別の実施形態において、野菜は、トマト、ジャガイモ、サツマイモ、キャッサバ、コショウ、ピーマン、ニンジン、セロリ、カボチャ、ナス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、アスパラガス、マッシュルーム、タマネギ、ニンニク、ニラネギおよびサヤマメからなる群から選択される。また別の実施形態では、花もしくは花の一部分は、バラ、カーネーション、ラン、ゼラニウム、ユリもしくは他の観賞用の花からなる群から選択される。また別の実施形態では、食肉は、牛肉、バイソン、鶏肉、シカ、ヤギ、七面鳥、豚肉、羊、魚、貝、軟体動物、または乾蔵肉製品の群から選択される。
【００２７】
別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、バナナ、パイナップル、柑橘類、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクおよびベリー類からなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、ベリーおよびベリー類を含む。さらにまた別の実施形態において、ベリー類は、ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリーおよびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、柑橘類は、オレンジ、レモン、ライムおよびグレープフルーツからなる群から選択される。
【００２８】
１つの実施形態において、少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む。
【００２９】
別の態様において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための方法が提供される。本方法は、
（ａ）食肉、植物もしくは植物の一部分のサンプルを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの標的配列に対して複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、サンプルからの核酸に基づく増幅を実施する工程；および
（ｃ）サンプル内の少なくとも１つの病原体の胞子数を決定する工程を含む。
【００３０】
提供される方法の１つの実施形態において、サンプル中の胞子数は、少なくとも１つの病原体の１０〜１０，０００個の胞子；２５〜５，０００個の胞子；５０〜２，５００個の胞子；または１００〜１，０００個の胞子である。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、等温核酸増幅を含む。また別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。
【００３１】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、アクレモニウム属種（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｓｐｐ．）、アルブゴ属種（Ａｌｂｕｇｏ  ｓｐｐ．）、アルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ．）、アスコキタ属種（Ａｓｃｏｃｈｙｔａ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、ボトリオディプロディア属種（Ｂｏｔｒｙｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリオスフェリア属種（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリチス属種（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｓｐｐ．）、ビソクラミス属種（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、セファロスポリウム属種（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、セラトシスチス属種（Ｃｅｒａｔｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐｐ．）、セルコスポラ属種（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、カララ属種（Ｃｈａｌａｒａ  ｓｐｐ．）、クラドスポリウム属種（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コレトトリクム属種（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリオプシス属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、シリンドロカルポン属種（Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｒｐｏｎ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ディアポルテ属種（Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ  ｓｐｐ．）、ディジメラ属種（Ｄｉｄｙｍｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ディプロディア属種（Ｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ドチオレラ属種（Ｄｏｔｈｉｏｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エルシノエ属種（Ｅｌｓｉｎｏｅ  ｓｐｐ．）、フザリウム属種（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ゲオトリクム属種（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、グロエオスポリウム属種（Ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、グロメレラ属種（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘルミントスポリウム属種（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クスキア属種（Ｋｈｕｓｋｉａ  ｓｐｐ．）、ラシオジプロディア属種（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、マクロフォーマ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、マクロホミナ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｓｐｐ．）、マイクロドキウム属種（Ｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、モニリニア属種（Ｍｏｎｉｌｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、モニロカエテス属種（Ｍｏｎｉｌｏｃｈａｅｔｈｅｓ  ｓｐｐ．）、ムコール属種（Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ．）、マイコセントロスポラ属種（Ｍｙｃｏｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、マイコスファエレラ属種（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ネクトリア属種（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、ネオファブラエア属種（Ｎｅｏｆａｂｒａｅａ  ｓｐｐ．）、ニグロスポラ属種（Ｎｉｇｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペニシリウム属種（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ペロノフィトラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｐｈｙｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペロノスポラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペスタロチオプシス属種（Ｐｅｓｔａｌｏｔｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ペジクラ属種（Ｐｅｚｉｃｕｌａ  ｓｐｐ．）、ファシジオピクニス属種（Ｐｈａｃｉｄｉｏｐｙｃｎｉｓ  ｓｐｐ．）、フォーマ属種（Ｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、ホモプシス属種（Ｐｈｏｍ���ｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、フィロスティクタ属種（Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ  ｓｐｐ．）、フィトフトラ属種（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ポリスキタルム属種（Ｐｏｌｙｓｃｙｔａｌｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードセルコスポラ属種（Ｐｓｅｕｄｏｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ピリクラリア属種（Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｓｐｐ．）、ピチウム属種（Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、リゾクトニア属種（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、リゾプス属種（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ．）、スクレロティウム属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スクレロティニア属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、セプトリア属種（Ｓｅｐｔｏｒｉａ  ｓｐｐ．）、スファセローマ属種（Ｓｐｈａｃｅｌｏｍａ  ｓｐｐ．）、スファエロプシス属種（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ステムフィリウム属種（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スチルベラ属種（Ｓｔｉｌｂｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、チエラビオプシス属種（Ｔｈｉｅｌａｖｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、チロネクトリア属種（Ｔｈｙｒｏｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、トラチスファエラ属種（Ｔｒａｃｈｙｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．）、ウロミセス属種（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ウスチラゴ属種（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｓｐｐ．）、ベンツリア属種（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｓｐｐ．），ベルチシリウム属種（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を含む。
【００３２】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、エルウィニア属種（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、パントエア属種（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｐｐ．）、ペクトバクテリウム属種（Ｐｅｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、ラルストニア属種（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、キサントモナス属種（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、リューコノストック属種（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラヴィバクター属種（Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ジアルディア属種（Ｇｉａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。
【００３３】
また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トランスジェニック植物もしくはトランスジェニック植物の一部分を含む。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、トウモロコシ、小麦、綿、米、大豆およびカノーラからなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、果実、野菜、苗木、芝生および観賞用作物からなる群から選択される。また別の実施形態において、果実は、バナナ、パイナップル、柑橘類（オレンジ、レモン、ライム、グレープフルーツおよび他の柑橘類を含む）、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン類、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクならびにベリー（ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリー、カラントおよび他の種類のベリーを含む）からなる群から選択される。また別の実施形態において、野菜は、トマト、ジャガイモ、サツマイモ、キャッサバ、コショウ、ピーマン、ニンジン、セロリ、カボチャ、ナス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、アスパラガス、マッシュルーム、タマネギ、ニンニク、ニラネギおよびサヤマメからなる群から選択される。また別の実施形態では、花もしくは花の一部分は、バラ、カーネーション、ラン、ゼラニウム、ユリもしくは他の観賞用の花からなる群から選択される。また別の実施形態では、食肉は、牛肉、バイソン、鶏肉、シカ、ヤギ、七面鳥、豚肉、羊、魚、貝、軟体動物、または乾蔵肉製品の群から選択される。
【００３４】
別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、バナナ、パイナップル、柑橘類、ブドウ、スイカ、カンタロープ、マスクメロンおよびその他のメロン、リンゴ、モモ、西洋ナシ、サクランボ、キウィフルーツ、マンゴ、ネクタリン、グアバ、パパイヤ、カキ、プラム、ザクロ、アボカド、イチジクおよびベリー類からなる群から選択される。また別の実施形態において、植物もしくは植物の一部分は、ベリーおよびベリー類を含む。さらにまた別の実施形態において、ベリー類は、ストロベリー、ブルーベリー、ラズベリー、ブラックベリー、クランベリーおよびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、柑橘類は、オレンジ、レモン、ライムおよびグレープフルーツからなる群から選択される。
【００３５】
１つの実施形態において、少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む。
【００３６】
別の実施形態において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットが提供される。診断キットは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む。
【００３７】
別の実施形態において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットが提供される。診断キットは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む。
【００３８】
別の実施形態において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するための診断キットが提供される。診断キットは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む複数のオリゴヌクレオチドプライマーを含む。また別の態様において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの標的配列を検出するためのオリゴヌクレオチドプライマーの組合せであって、プライマーは少なくとも１つの病原体を検出するための様々な感受性を有する組合せが提供される。１つの実施形態において、少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される。また別の実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む。
【００３９】
別の態様において、食肉、植物もしくは植物の一部分に影響を及ぼす少なくとも１つの病原体を検出するためにストロベリーからガクをサンプリングするための方法が提供される。本方法は、
（ａ）ストロベリーからガクを除去する工程；
（ｂ）除去したガクをホモジナイズする工程；および
（ｃ）少なくとも１つの標的配列に対する複数のオリゴヌクレオチドプライマーを使用してサンプルから核酸に基づく増幅を実施する工程を含む。
【００４０】
方法の１つの実施形態において、核酸に基づく増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）またはリコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、等温核酸増幅を含む。また別の実施形態において、核酸に基づく増幅は、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）を含む。
【００４１】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、アクレモニウム属種（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｓｐｐ．）、アルブゴ属種（Ａｌｂｕｇｏ  ｓｐｐ．）、アルテルナリア属種（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ．）、アスコキタ属種（Ａｓｃｏｃｈｙｔａ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、ボトリオディプロディア属種（Ｂｏｔｒｙｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリオスフェリア属種（Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ボトリチス属種（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｓｐｐ．）、ビソクラミス属種（Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、セファロスポリウム属種（Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、セラトシスチス属種（Ｃｅｒａｔｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐｐ．）、セルコスポラ属種（Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、カララ属種（Ｃｈａｌａｒａ  ｓｐｐ．）、クラドスポリウム属種（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コレトトリクム属種（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリオプシス属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、シリンドロカルポン属種（Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｒｐｏｎ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ディアポルテ属種（Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ  ｓｐｐ．）、ディジメラ属種（Ｄｉｄｙｍｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ディプロディア属種（Ｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、ドチオレラ属種（Ｄｏｔｈｉｏｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エルシノエ属種（Ｅｌｓｉｎｏｅ  ｓｐｐ．）、フザリウム属種（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ゲオトリクム属種（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｐｐ．）、グロエオスポリウム属種（Ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、グロメレラ属種（Ｇｌｏｍｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘルミントスポリウム属種（Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クスキア属種（Ｋｈｕｓｋｉａ  ｓｐｐ．）、ラシオジプロディア属種（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｓｐｐ．）、マクロフォーマ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、マクロホミナ属種（Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｓｐｐ．）、マイクロドキウム属種（Ｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、モニリニア属種（Ｍｏｎｉｌｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、モニロカエテス属種（Ｍｏｎｉｌｏｃｈａｅｔｈｅｓ  ｓｐｐ．）、ムコール属種（Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ．）、マイコセントロスポラ属種（Ｍｙｃｏｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、マイコスファエレラ属種（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ネクトリア属種（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、ネオファブラエア属種（Ｎｅｏｆａｂｒａｅａ  ｓｐｐ．）、ニグロスポラ属種（Ｎｉｇｒｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペニシリウム属種（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ペロノフィトラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｐｈｙｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペロノスポラ属種（Ｐｅｒｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ペスタロチオプシス属種（Ｐｅｓｔａｌｏｔｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ペジクラ属種（Ｐｅｚｉｃｕｌａ  ｓｐｐ．）、ファシジオピクニス属種（Ｐｈａｃｉｄｉｏｐｙｃｎｉｓ  ｓｐｐ．）、フォーマ属種（Ｐｈｏｍａ  ｓｐｐ．）、ホモプシス属種（Ｐｈｏｍ���ｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、フィロスティクタ属種（Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ  ｓｐｐ．）、フィトフトラ属種（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐｐ．）、ポリスキタルム属種（Ｐｏｌｙｓｃｙｔａｌｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードセルコスポラ属種（Ｐｓｅｕｄｏｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ  ｓｐｐ．）、ピリクラリア属種（Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｓｐｐ．）、ピチウム属種（Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐｐ．）、リゾクトニア属種（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、リゾプス属種（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ．）、スクレロティウム属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スクレロティニア属種（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、セプトリア属種（Ｓｅｐｔｏｒｉａ  ｓｐｐ．）、スファセローマ属種（Ｓｐｈａｃｅｌｏｍａ  ｓｐｐ．）、スファエロプシス属種（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、ステムフィリウム属種（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）、スチルベラ属種（Ｓｔｉｌｂｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、チエラビオプシス属種（Ｔｈｉｅｌａｖｉｏｐｓｉｓ  ｓｐｐ．）、チロネクトリア属種（Ｔｈｙｒｏｎｅｃｔｒｉａ  ｓｐｐ．）、トラチスファエラ属種（Ｔｒａｃｈｙｓｐｈａｅｒａ  ｓｐｐ．）、ウロミセス属種（Ｕｒｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、ウスチラゴ属種（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｓｐｐ．）、ベンツリア属種（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｓｐｐ．），ベルチシリウム属種（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。また別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を含む。
【００４２】
別の実施形態において、少なくとも１つの病原体は、エルウィニア属種（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、パントエア属種（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｐｐ．）、ペクトバクテリウム属種（Ｐｅｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、ラルストニア属種（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐｐ．）、キサントモナス属種（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、リューコノストック属種（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、デバリオマイセス属種（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バチルス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラヴィバクター属種（Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属種（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、ジアルディア属種（Ｇｉａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）およびそれらの組合せからなる群から選択される。
【００４３】
１つの実施形態において、少なくとも１つの標的配列は、配列番号１〜１３から選択される。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１４〜２９から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号３０〜４５から選択される少なくとも１つの配列を含む。また別の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号４６〜６１から選択される少なくとも１つの配列を含む。
【００４４】
当業者であれば、提供される開示に基づくと特定の変形が存在しうることを理解するであろう。そこで、本発明を例示するために下記の実施例を提供するが、実施例は、本発明の範囲または特許請求項の範囲を限定するものであると解釈すべきではない。
【実施例】
【００４５】
実施例１
ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を検出するための有益な遺伝子標的の同定
公表されたボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）（ＢＣ）ゲノム（Ｔ．４およびＢ０５．１０）は、感受性ＤＮＡに基づく診断の開発を促進するために最高コピー数の領域を決定するためにコンピュータにより分析したが（表１参照）、このときリボソームＩＧＳ、チューブリンおよびクチナーゼ遺伝子は複数の学術刊行物において分析されている。最高コピー数の標的は、１ゲノム当たり約４０コピーを含有していた。標的の１つのＢＣＴａｒｇｅｔ３は、５ＳリボソームＲＮＡをコードすると同定されている。各遺伝子標的の配列は、配列番号１〜１３として列挙した。定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＰＣＲ）アッセイは、コンピュータによる予測の妥当性を確認するために開発されている。
【００４６】
【表１】
2017532026.tif 000003
【００４７】
ｑＰＣＲのためのプライマーは表２に列挙したが、このときｄｓＤＮＡ結合蛍光プローブであるＥｖａＧｒｅｅｎ色素がｑＰＣＲのために使用される。ＥｖａＧｒｅｅｎ色素は、ＳＹＢＲ緑色色素の高品質バージョンである。ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ｇＤＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ  Ｐｌａｎｔ  ＤＮｅａｓｙキットを使用して単離される。
【００４８】
各ｑＰＣＲ反応のために、下記の試薬を一緒に混合する：
１．８μＬのフォワードプライマー（５０μＭ）
１．８μＬのリバースプライマー（５０μＭ）
５．０μＬの２０×のＥｖａＧｒｅｅｎ色素
５０μＬのＴａｑＭａｎ高速マスターミックスａｍｐｅｒａｓｅなし（２×）
３１．４μＬのＨ2Ｏ
【００４９】
ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ｇＤＮＡ（１０ｎｇ／μＬ）は、１ｐｇ／μＬ（２４コピー／μＬ）の濃度へ連続的に１０倍に連続希釈する。各反応について、２μＬの適切に希釈した鋳型ｇＤＮＡをウエルに加え、次に上記で調製した反応ミックス１８μＬを加えた。プレートは、２２００  ＲＣＦで５分間、沈降させる。増幅反応は、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社のＳｔｅｐＯｎｅ  ＰｌｕｓリアルタイムＰＣＲシステム（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）上で実施する。サイクル条件は、変性のためには９５℃で２０秒間、９５℃で３秒間および６０℃で３０秒間の４０サイクルである。
【００５０】
【表２】
2017532026.tif 000004
【００５１】
ＣT値は、チューブリン遺伝子が単一コピーとして存在することを前提にすると、１ゲノム当たりのコピー数へ変換させることができる。この前提は、ボトトリティス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）およびその他の関連真菌のゲノムについてのバイオインフォーマティクスの知見によって強力に支持される。１ゲノム当たりのコピー数は、下記の方程式：
【数１】
2017532026.tif 000005
を使用して計算される。
【００５２】
表３に示した実験結果に基づくと、標的は次の順番でランク付けされる：リボソームＩＧＳ＞（ＢＣＴａｒｇｅｔ１およびＢＣＴａｒｇｅｔ３）＞（ＢＣＴａｒｇｅｔ７およびＢＣＴａｒｇｅｔ８）＞（ＢＣＴａｒｇｅｔ５、ＢＣＴａｒｇｅｔ６およびＢＣＴａｒｇｅｔ９）＞チューブリン＞ＢＣＴａｒｇｅｔ４。
【００５３】
リボソームＩＧＳ、ＢＣＴａｒｇｅｔ１およびＢＣＴａｒｇｅｔ３は、高コピー数の遺伝子であると思われる。ＢＣＴａｒｇｅｔ７およびＢＣＴａｒｇｅｔ８のコピー数は、１ゲノム当たり２〜３分の１であると思われる。ＢＣＴａｒｇｅｔ５、ＢＣＴａｒｇｅｔ６およびＢＣＴａｒｇｅｔ９は、これらの実験において初期ｑＰＣＲ実験において選択された他の標的より不良に機能した。このためこれより後の分析のためには、ＢＣＴａｒｇｅｔ１を選択した。
【００５４】
【表３】
2017532026.tif 000006
【００５５】
実施例２
ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）Ｔａｒｇｅｔ１を増幅させるためのＲＰＡプライマーセットの設計および評価
リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）において使用するためのプライマーセットを開発するために、実施例１からのＢＣＴａｒｇｅｔ１を選択した。ボトトリティス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノム１つ当たり約２５コピーのＢＣＴａｒｇｅｔ１があり、この配列はＲＰＡに対して好都合なＧＣ含量（４０％）を有する。ＢＣＴａｒｇｅｔ１遺伝要素は２４５塩基であり、ＢＣＴａｒｇｅｔ３に比較して多数のプライマーをスクリーニングするためのある程度の余裕をもたらす。
【００５６】
ＲＰＡのためのプライマーセットを開発するための公知のコンピュータソフトウエアまたはモデルは存在しない。プライマーセットを開発するためには、各標的に対して相当に大きな努力を重ねなければならない。ＲＰＡ増幅のために最良領域を決定するためには、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノム内のＢＣＴａｒｇｅｔ１配列の複数の配列アラインメントを実施する。ＢＣＴａｒｇｅｔ１遺伝要素は、ゲノム内の多数の類似する、しかし同一ではないコピー中に存在する。ＢＣＴａｒｇｅｔ１遺伝要素は、ＢＣＴａｒｇｅｔ１の大多数の保存領域のためのプライマーを設計するために提供される。したがって、ＢＣＴａｒｇｅｔ１遺伝要素の大多数の保存領域のために、８個のフォワードプライマー（Ｆ１〜Ｆ８）および８個のリバースプライマー（Ｒ１〜Ｒ８）（配列番号３０〜４５）が選択される。
【００５７】
プライマーは次に、１×ＥｖａＧｒｅｅｎ色素の添加を除いて、ＲＰＡを用いてスクリーニングする。増幅反応は、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社のＳｔｅｐＯｎｅ  ＰｌｕｓリアルタイムＰＣＲシステム上で実施する。増幅は、ＲＰＡ反応により生成される二本鎖ＤＮＡへのＥｖａＧｒｅｅｎ色素の結合に起因する蛍光の増加によって監視する。
【００５８】
標的ＤＮＡの非存在下での蛍光の増加は、所望のアンプリコンが生成されるかどうかを決定するための融解曲線の分析を促した。融解曲線は、融解曲線への標的ＤＮＡ依存性作用を決定するために標的ＤＮＡの存在および非存在下で各プライマー対を対象に実施する。特異的増幅が発生する場合は、標的ＤＮＡの存在下では融解曲線において鮮明な単一ピークが生じるであろうと解釈される。
【００５９】
スクリーニングされたプライマー対の大多数は、融解曲線において標的ＤＮＡの存在下または非存在下において差を示さなかった。ＢＣＴａｒｇｅｔ１のためのＲ２Ｆ３プライマー対は、初期スクリーンにおいて最良の全体的性能を示す。反応産物は、次にＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ上で分析する。複数の反応産物は、特定の状況下でＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒにおいて同定できる。
【００６０】
実施例３
ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）リボソーム遺伝子間スペーサーを増幅させるためのＲＰＡプライマーセットの設計および評価
選択されたＢＣＴａｒｇｅｔ１は、特定の状況下で複数の増副産物を生成することができる。リボソームＩＧＳ標的はｑＰＣＲアッセイにおいて最高に機能し、文献ではこれがボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）を検出するための高感度標的であるという先例があるので、その後の開発のためにもリボソーム遺伝子間スペーサー（ＩＧＳ）を選択した。プライマーを設計し、配列番号４６〜６１に規定した。プライマーは最初にＥｖａＧｒｅｅｎ色素および融解曲線分析戦略によりスクリーニングした。初期スクリーニング結果は図１に示した。この特定スクリーンのためには、１反応当たり約２５０コピーのボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）ゲノムＤＮＡを使用した。
【００６１】
Ｒ１Ｆ１およびＲ１Ｆ３プライマー対は、強度の増幅および優れた感受性を示す。Ｒ１Ｆ１およびＲ１Ｆ３プライマー対の産物は、ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ上で分析した。これらのプライマー対を使用するＲＰＡ反応は、エレクトロフェログラムにおいて予想サイズでの単一アンプリコンの産生を示す。Ｒ１Ｆ１プライマー対の特異性および感受性は、さらにＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ上の反応産物の連続希釈および分析によって特徴付けられる。より低い感受性のプライマー対であるＲ１Ｆ６もまたさらに同様に特徴付けられる（図２Ａおよび２Ｂを参照）。
【００６２】
Ｒ１Ｆ１プライマー対は、Ｒ１Ｆ６プライマー対より有意に優れた感受性を示す。Ｒ１Ｆ１プライマー対は、５ゲノムコピーで所望のアンプリコンの有意な増幅を示す。Ｒ１Ｆ６プライマー対は、１００ゲノムコピー以上でのみ匹敵する増幅を示す。
【００６３】
これらの実験結果は、同一標的に対する異なる感受性を備えるプライマー対を生成できることを証明している。図３に示したように、プライマー対Ｒ１Ｆ１は５〜１０コピーという低濃度のボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡを検出するために有用な可能性があるが、他方Ｒ１Ｆ６プライマー対は１００コピー以上を検出するために有用な可能性がある。
【００６４】
実施例４
ストロベリーのガク上のボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を検出するためのｉｎ  ｖｉｖｏ実験
ボトリチス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａ）を検出するためのｉｎ  ｖｉｖｏ実験のためにストロベリーのガクを選択した。したがって、ガクを手作業で取り除き、次に破砕または切削する工程によってプラスチック袋の内側でホモジナイズした。ホモジナイゼーションの前に、ガクサンプルをボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡまたは水でスパイクすることができる。一部のサンプルについては、およそ５〜１０ｍｇ（ミリグラム）のボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子をホモジナイゼーションの前にガクに加えた。プラスチック袋内のホモジナイゼーション後に、１μＬ（マイクロリットル）のガクホモジネートを４０μＬのＲＰＡマスターミックス［少なくとも１つのプライマー対（例えば、Ｒ１Ｆ１）およびＲＰＡ基本バッファー］に移した。反応液を２０分間にわたり３９℃でインキュベートし、次に生成物をＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ上で分析した。ガクホモジネートは、緑色の極粘性物質であると思われた。
【００６５】
ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒの結果は、ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子またはボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）ゲノムＤＮＡを用いてスパイクしたサンプルに対して陽性シグナルを示した。陰性コントロール反応（ガクを全く加えていないＲＰＡミックスだけを含有していた）は、増幅の徴候を示さなかった。ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）を用いてスパイクしていないガクサンプルの一部は、所望のアンプリコンを示し、これはこれらのサンプルが既にボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）で感染されていることを示唆した。ガク＃２は陰性コントロールに緊密に適合し、これはストロベリーが感染していなかったことを示唆した。ボトリチス（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ）胞子だけを含有してガクを含有していない陽性コントロールは、所望のアンプリコンの強力な増幅を示した。
【００６６】
配列表
【化１】
2017532026.tif 000007
【化２】
2017532026.tif 000008
【化３】
2017532026.tif 000009
配列番号１４  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ１＿Ｆ１
ＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴＧＣＧＡＡＡＧＡＧ
配列番号１５  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ１＿Ｒ１
ＣＧＡＧＡＡＧＧＡＴＡＣＧＧＡＡＧＡＣＧ
配列番号１６  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ７＿Ｆ１
ＣＡＧＧＣＴＧＴＡＧＡＡＴＣＡＣＣＡＡＣＧ
配列番号１７  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ７＿Ｒ１
ＣＴＡＡＧＧＣＴＴＴＣＣＴＴＧＧＡＴＧＣ
配列番号１８  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ３＿Ｆ１
ＣＴＧＡＡＧＡＧＡＡＴＴＧＧＧＣＡＴＣＣ
配列番号１９  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ３＿Ｒ１
ＣＡＴＡＣＡＡＣＡＧＴＧＧＧＧＡＴＴＣＧ
配列番号２０  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ４＿Ｆ１
ＣＡＣＣＡＴＧＧＧＧＡＴＧＧＴＧＡＡＴ
配列番号２１  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ４＿Ｒ１
ＴＴＣＧＧＣＡＣＴＡＣＡＧＣＡＡＴＡＣＧ
配列番号２２  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ５＿Ｆ１
ＣＣＣＴＣＴＴＴＴＧＧＡＣＣＡＣＣＴＡＡ
配列番号２３  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ５＿Ｒ１
ＣＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＧＡＡＡＴＴＧＡＧ
配列番号２４  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ６＿Ｆ１
ＡＡＧＣＡＣＴＡＣＣＴＣＣＣＡＡＣＴＴＣＡ
配列番号２５  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ６＿Ｒ１
ＧＣＡＡＴＴＧＣＡＡＡＡＡＧＴＧＣＴＧ
配列番号２６  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ８＿Ｆ１
ＣＴＡＣＴＡＧＣＧＴＧＣＣＣＴＧＣＴＴＣ
配列番号２７  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ８＿Ｒ１
ＡＡＧＧＣＡＣＧＧＧＴＡＡＡＧＡＣＧＴＡ
配列番号２８  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ９＿Ｆ１
ＣＡＴＡＧＡＧＣＡＡＧＴＧＧＣＴＡＣＡＣＧ
配列番号２９  ＢＣ＿ｔａｒｇｅｔ９＿Ｒ１
ＴＴＧＡＧＴＧＣＣＣＡＧＣＴＣＴＴＡＣＣ
配列番号３０  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿１Ｆ
ＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴＧＣＧＡＡＡＧＡＧＡＣＴＡＧＣＴＣＴＴＴ
配列番号３１  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿２Ｆ
ＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴＧＣＧＡＡＡＧＡＧＡＣＴＡＧＣ
配列番号３２  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿３Ｆ
ＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴＧＣＧＡＡＡＧＡＧＡ
配列番号３３  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿４Ｆ
ＡＴＡＧＣＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴＧＣＧＡＡ
配列番号３４  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿５Ｆ
ＧＴＡＡＴＡＴＡＧＣＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧＣＧＡＡＴ
配列番号３５  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿６Ｆ
ＣＣＡＣＴＧＴＡＡＴＡＴＡＧＣＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣＣＴＡＡＧ
配列番号３６  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿７Ｆ
ＡＡＴＴＡＣＣＡＣＴＧＴＡＡＴＡＴＡＧＣＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡＡＧＣＣ
配列番号３７  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿８Ｆ
ＡＡＴＴＣＡＡＴＴＡＣＣＡＣＴＧＴＡＡＴＡＴＡＧＣＷＡＣＴＧＴＡＲＴＡＡ
配列番号３８  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿１Ｒ
ＧＴＴＧＧＴＡＣＧＡＧＡＡＧＧＡＴＡＣＧＧＡＡＧＡＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣ
配列番号３９  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿２Ｒ
ＴＡＣＧＡＧＡＡＧＧＡＴＡＣＧＧＡＡＧＡＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡ
配列番号４０  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿３Ｒ
ＧＡＡＧＧＡＴＡＣＧＧＡＡＧＡＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧ
配列番号４１  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿４Ｒ
ＡＴＡＣＧＧＡＡＧＡＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧＴＡＧＧＴ
配列番号４２  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿５Ｒ
ＧＡＡＧＡＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧＴＡＧＧＴＣＣＴＧＴ
配列番号４３  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿６Ｒ
ＣＧＴＡＧＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧＴＡＧＧＴＣＣＴＧＴＡＴＧＴＣ
配列番号４４  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿７Ｒ
ＣＡＣＣＣＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧＴＡＧＧＴＣＣＴＧＴＡＴＧＴＣＴＡＡＴＴ
配列番号４５  ＴＡＲＧＥＴ１＿ＴＤＸ＿８Ｒ
ＡＣＧＡＡＴＷＫＣＧＴＡＧＧＴＣＣＴＧＴＡＴＧＴＣＴＡＡＴＴＧＴＡＴＴ
配列番号４６  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿１Ｆ
ＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧＧＣＴＧＴＡＡＴＴＴＣＡＡＴＧＴＧＣＡＧＡＡＴＣＴ
配列番号４７  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿２Ｆ
ＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧＧＣＴＧＴＡＡＴＴＴＣＡＡＴＧＴＧＣＡＧ
配列番号４８  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿３Ｆ
ＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧＧＣＴＧＴＡＡＴＴＴＣＡＡＴＧ
配列番号４９  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿４Ｆ
ＴＡＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧＧＣＴＧＴＡＡＴＴＴ
配列番号５０  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿５Ｆ
ＧＣＧＡＧＴＡＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧＧＣＴＧＴ
配列番号５１  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿６Ｆ
ＴＴＴＧＴＧＣＧＡＧＴＡＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧＡＧＣＡＧ
配列番号５２  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿７Ｆ
ＴＡＴＡＧＴＴＴＧＴＧＣＧＡＧＴＡＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＴＧ
配列番号５３  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿８Ｆ
ＣＣＣＣＡＴＡＴＡＧＴＴＴＧＴＧＣＧＡＧＴＡＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣ
配列番号５４  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿１Ｒ
ＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＡＡＣＡＡＴＴＡＡＴＣＧＣＡＴＴＴＣ
配列番号５５  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿２Ｒ
ＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＡＡＣＡＡＴＴＡＡＴＣＧＣ
配列番号５６  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿３Ｒ
ＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＡＡＣＡＡＴＴＡ
配列番号５７  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿４Ｒ
ＴＣＣＣＡＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＡＡＣ
配列番号５８  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿５Ｒ
ＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＧＧＡ
配列番号５９  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿６Ｒ
ＧＡＴＧＧＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧＣＴＣＡＣ
配列番号６０  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿７Ｒ
ＴＡＴＧＡＧＡＴＧＧＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡＧＴＧＧＧ
配列番号６１  Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ＿ＩＧＳ＿ＴＤｘ＿８Ｒ
ＴＧＡＡＡＴＡＴＧＡＧＡＴＧＧＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＡＡＴＴＡＴＴＴＡ
【図１】
2017532026.tif 000010
【図２Ａ】
2017532026.tif 000011
【図２Ｂ】
2017532026.tif 000012
【図３】
2017532026.tif 000013
【図４】
2017532026.tif 000014
【図５】
2017532026.tif 000015
【図６】
2017532026.tif 000016
【図７】
2017532026.tif 000017
【図８】
2017532026.tif 000018
【図９】
2017532026.tif 000019
【配列表】
2017532026000001.app
【国際調査報告】
2017532026.tif 000020
2017532026.tif 000021