(57)【要約】本発明は、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティクプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法。
【請求項２】
ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、請求項１記載のインビトロでの方法。
【請求項３】
ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストントリメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストントリメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストントリメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストントリメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、請求項１記載のインビトロでの方法。
【請求項４】
被験体の生物学的試料中において、６ｐ２２．２に位置するＨＩＳＴ１クラスターのＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法。
【請求項５】
被験体の生物学的試料中において、６ｐ２２．２の２６２１６０００位〜２６２８５００位に位置するＨＩＳＴ１クラスターのＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法。
【請求項６】
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）が、正常な核型を有する急性骨髄性白血病（ＣＮ−ＡＭＬ）である、請求項１〜５記載のインビトロでの方法。
【請求項７】
被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティクプロファイルを決定するための手段を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのキット。
【請求項８】
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間についてのバイオマーカーとしての、６ｐ２２．２に位置するＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイル。
【請求項９】
ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベル及びＮＰＭ１突然変異の存在を決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、並びにｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも高い場合、かつＮＰＭ１に突然変異が存在する場合に良好な予後を与える工程、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも高い場合、かつＮＭＰ１に突然変異が全く存在しない場合に良好な予後を与える工程、及び、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも低い場合、かつＮＰＭ１に突然変異が存在する場合又はＮＰＭ１に突然変異が全く存在しない場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法。
【請求項１０】
ａ）請求項１記載のＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程、及び；
ｂ）被験体の予後が、本発明の方法によって決定したところ悪い場合には、ＡＭＬの処置に有用な化合物をそれを必要とする被験体に投与する工程を含む、該被験体におけるＡＭＬの処置法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野：
本発明は、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【０００２】
発明の背景：
ＡＭＬは、数多くの遺伝子的かつエピジェネティックな変化を獲得した造血前駆細胞のクローン増殖によって特徴付けられる。かなりの割合（約４０％）の症例において、白血病細胞にはあらゆる眼に見える染色体異常がなく（ＣＮ−ＡＭＬ（正常核型ＡＭＬ））；この群は、生物学及び臨床的転帰の観点から非常に不均一であり、依然としてあまり解明されていない［Mrozek K et al., 2007］。造血への関与／分化の調節、細胞周期、及びより近年にはエピジェネティクスに関与している遺伝子に影響を及ぼす突然変異事象の発見は分子的な発病を分析し、ＣＮ−ＡＭＬの分類を高めるのを助けた［Dohner H. et al., 2010 and Miller C.A. et al., 2013］。実際に、標的化シークエンスアプローチを使用した分子プロファイリングは、処置アプローチを誘導する価値がある可能性がある、独立した予後情報を提供することが示された［Patel, J.P. et al., 2012］。
【０００３】
ＡＭＬにおけるエピジェネティックな変化は十分に研究され、まず特定の発癌遺伝子座又は腫瘍抑制遺伝子座に着眼し、次いでより近年にはゲノム全体のレベルに着眼し、ＤＮＡメチル化プロファイリングが、可能性あるバイオマーカーを同定するために使用された［Figueroa M.E. et al., 2010 and Deneberg S. et al., 2011］。
【０００４】
しかしながら、関連性のあるバイオマーカーは全く検出されていない。したがって、新規なバイオマーカー、及びしたがって予後の悪いＡＭＬ患者をより良く同定するための新規な予後予測法が依然として必要である。
【０００５】
発明の要約：
本発明者らは、５１症例のＣＮ−ＡＭＬの大規模集団において、６ｐ２２．２（２６２１６０００〜２６２８５００）に位置するＨＩＳＴ１クラスターのエピジェネティックプロファイル（ヒストンのメチル化プロファイル）及びより正確にはヒストンＨ３のリジン２７（Ｈ３Ｋ２７）のメチル化プロファイルを分析した。この分析は、ＨＩＳＴ１クラスターにおいてＨ３Ｋ２７のトリメチル化（Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３）が非常に濃縮されていることによって特徴付けられる、異常なエピジェネティックプロファイルの存在を患者の約５０％において明らかとした。これは、特定のＨＩＳＴ１遺伝子の低発現に関連し、ＮＰＭ１突然変異の存在と強く関連し、予後に対して有意に影響を及ぼした。
【０００６】
したがって、本発明は、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【０００７】
発明の詳細な説明：
本発明の第一の目的は、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【０００８】
本明細書において使用される「Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイル」という用語は、ＤＮＡ配列の改変以外の、６ｐ２２．２（２６２１６０００〜２６２８５００）に位置するＨＩＳＴ１クラスターに位置するＨ３Ｋ２７の全ての修飾を示す。ヒストンＨ３のリジン２７のエピジェネティックプロファイルに影響を及ぼし得る修飾は、メチル化であり得る（例えば、モノメチル化、ジメチル化、又はトリメチル化）。特に、ヒストンＨ３のｌｙｓ２７のトリメチル化が決定される。
【０００９】
したがって、本発明はまた、被験体の生物学的試料中において、６ｐ２２．２に位置するＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００１０】
別の実施態様では、本発明は、被験体の生物学的試料中において、６ｐ２２．２の２６２１６００位〜２６２８５００位に位置するＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００１１】
したがって、本発明は、ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合に良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００１２】
本発明によると、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、正常な核型を有する急性骨髄性白血病（ＣＮ−ＡＭＬ）、８番染色体トリソミーを有する急性骨髄性白血病、及び１５番染色体と１７番染色体の転座（ｔ（１５；１７））を有する急性白血病であり得る。
【００１３】
本発明によると、被験体は、脱メチル化剤のような抗ＡＭＬ化合物を用いて、又は同種移植によって処置され得る。
【００１４】
本明細書において使用される「同種移植患者」という用語は、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）によって処置された患者を示す。同種移植患者という用語によると、造血幹細胞は、レシピエントに関連しているか又は関連していないが同じ種に由来するドナーからもたらされる。
【００１５】
別の実施態様では、本発明に記載の方法は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている患者の全生存期間（ＯＳ）を予測するのに、又は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている患者の無病生存期間（ＦＳ）を予測するのに有用であり得る。
【００１６】
特定の実施態様では、本発明は、ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている患者の全生存期間（ＯＳ）を予測するための方法に関する。
【００１７】
特定の実施態様では、本発明は、ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合に良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている患者の無病生存期間（ＦＳ）を予測するための方法に関する。
【００１８】
本明細書において使用される「全生存期間（ＯＳ）」という用語は、ＡＭＬ（本発明に記載）などの疾病であると診断された後、又は該疾病の処置を開始した後に、一定の期間、依然として生存している、試験群又は処置群における人々の比率を示す。全生存率はしばしば、その診断後又は処置開始後に５年間生存している、試験群又は処置群における人々の比率である、５年生存率として記載される。
【００１９】
本明細書において使用される「無病生存期間（ＦＳ）」（又は無イベント生存期間）という用語は、癌の最初の処置が終了した後の、処置により予防又は遅延させようとした特定の合併症又はイベントが患者に依然として無い期間を示す。これらのイベントは、癌の再発又は特定の症状の発症、例えば骨まで広がった癌性骨痛を含み得る。
【００２０】
本明細書において使用される「Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベル」という用語は、６ｐ２２．２（２６２１６０００〜２６２８５００）に位置するＨＩＳＴ１クラスターの中のヒストンＨ３のリジン２７のメチル化レベル、すなわちヒストンＨ３のリジン２７のＣＨ３基の数である。
【００２１】
本発明によると、Ｈ３Ｋ２７上のヒストンメチル化は、モノメチル化、ジメチル化、又はトリメチル化であり得る。
【００２２】
特定の実施態様では、Ｈ３Ｋ２７はトリメチル化されている。
【００２３】
したがって、本発明はまた、ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストントリメチル化プロファイルレベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストントリメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストントリメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合に良好な予後を与える工程、又は、工程ｉ）で決定されたヒストントリメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも低い場合に悪い予後を与える工程を含む、請求項１記載のインビトロでの方法に関する。
【００２４】
本明細書において使用される「被験体」という用語は、ヒト又は動物をいい、例えば霊長類（特に高等霊長類）、ヒツジ、イヌ、げっ歯類（例えばマウス又はラット）、モルモット、ヤギ、ブタ、ネコ、ウサギ、ウシ等の哺乳動物；及び、例えばニワトリ、両生類、爬虫類等の非哺乳動物のような、全ての脊椎動物を含む。好ましい実施態様では、被験体はヒトである。別の実施態様では、被験体は疾病モデルとして適した実験動物又は動物である。
【００２５】
本明細書において使用される本発明の内容における「生物学的試料」という用語は、被験体から単離された生物学的試料であり、例えばであって制限するものではないが、体液及び／又は組織抽出物、例えば被験体から得られたホモジネート若しくは可溶化組織が挙げられ得る。組織抽出物は慣用的には、組織生検材料及び剖検材料から得られる。本発明において有用である体液としては、血液、骨髄穿刺液、尿、唾液、又は任意の他の体からの分泌物若しくはその誘導体が挙げられる。本明細書において使用される「血液」は、全血、血漿、血清、循環中の細胞、構成成分、又は任意の血液製剤を含む。特定の実施態様では、生物学的試料は血液試料、より特定すると循環中の白血球（ＷＢＣ）を含む生物学的試料である。
【００２６】
このような試料としては、痰、血液、血球（例えば白血球）、羊水、血漿、精液、骨髄、及び組織又は細針生検試料、尿、腹腔液、及び胸水、又はそれに由来する細胞が挙げられるがこれらに限定されない。生物学的試料としてはまた、組織切片、例えば組織学的検査の目的で採取された凍結切片が挙げられ得る。生物学的試料はまた、「患者の試料」とも称され得る。
【００２７】
特定の実施態様では、試料は核酸を含む。
【００２８】
生物学的試料からクロマチンを抽出し、ヒストンメチル化レベルを決定するための方法は、当技術分野において周知である。一般的には、クロマチン単離手順は、ＤＮＡと結合しているタンパク質を固定する１工程の架橋後の細胞の溶解を含む。細胞の溶解後、クロマチンを断片化し、免疫沈降させ、ＤＮＡを回収する。次いで、ＤＮＡをフェノールで抽出し、アルコール中で沈降させ、水溶液中に溶かす。
【００２９】
Ｈ３Ｋ２７メチル化レベルは、クロマチン免疫沈降法（例えばBoukarabila H., et al, 2009を参照）、ＣｈＩＰ−マイクロアレイ法によって又はＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ法（例えば材料及び方法の部、並びにWu J. et al., 2006を参照）によって決定され得る。
【００３０】
本発明によると、「基準値」は、ＡＭＬに罹患していない被験体の生物学的試料中において決定されたＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化レベルである。好ましくは、対照試料（例えばＡＭＬに罹患していない健康な患者に由来する試料）中の前記の正常なヒストンメチル化レベルであり、好ましくはいくつかの対照試料中の前記遺伝子の平均的なヒストンメチル化プロファイルレベルである。
【００３１】
本発明によると、「基準値」又は「カットオフ値」は、全ての患者についての５つのＨＩＳＴ１の中央値の分布を考慮することによって決定される。これは明らかに、患者の二峰性分布を示す。最初の群は、１０を超える中央値を有する第二の群と比較して、１０を下回る非常に均一で低い中央値を有する（本出願の材料及び方法の「ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ標準化」の部を参照）。
【００３２】
本発明のさらなる実施態様では、本発明の方法は、少なくとも１つのさらに他のバイオマーカーのヒストンメチル化プロファイルレベル又は予後予測スコアの測定を含む。
【００３３】
本明細書において使用される「バイオマーカー」という用語は一般的に、細胞遺伝学的マーカーすなわち分子をいい、患者の試料中におけるその発現は、当技術分野における標準的な方法（並びに本明細書に開示された方法）によって検出され得、それが得られた被験体の容態を予測するか又は示す。
【００３４】
様々な検証された予後予測バイオマーカー又は予後予測スコアをＨ３Ｋ２７ｍ３と組み合わせて、本発明の方法、特にいくつかのパラメーター、例えば特異性などを改善させることができる（例えばCornelissen et al. 2012を参照）。
【００３５】
例えば、他のバイオマーカーは、細胞遺伝学的マーカー（例えばt(8;21)、t(15;17)、inv(16)、t(16;16)、t(9;11)、-5、-7、5q-、7q-、11q23、excl. t(9;11)、Inv(3)、t(3;3)、t(6;9)、t(9;22)、例えばGrimwade et al., 2010又はByrd et al., 2002を参照）、乳酸デヒドロゲナーゼ（例えばHaferlach et al 2003を参照）、ＦＬＴ３、ＮＰＭ１、ＣＥＢＰα（例えばSchnittger et al., 2002を参照）からなるＡＭＬバイオマーカーの群から選択され得る。
【００３６】
ＨＩＳＴ１ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３と組み合わせ得る予後予測スコアは、例えば、造血細胞移植併存疾患指標（ＨＣＴ−ＣＩ）（Sorror et al 2005）、併存症及び疾患状態（Sorror et al 2007）、又は疾患リスク指標（ＤＲＩ）（Armand et al 2012）であり得る。
【００３７】
本発明によると、ＮＰＭ１遺伝子における突然変異の検出は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するために、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルの決定に加えることができる。
【００３８】
本明細書において使用される「ＮＰＭ１」という用語は、核小体リン酸化タンパク質Ｂ２３又はヌマトリンとしても知られる、ヌクレオフォスミン（ＮＰＭ）というタンパク質をコードしている遺伝子を示す。ＮＰＭ１タンパク質は、核小体のリボ核タンパク質構造に関連し、一本鎖及び二本鎖の核酸に結合するが、それは優先的にはグアニン四重鎖を形成している核酸に結合する。ＮＰＭ１突然変異はＡＭＬのバイオマーカーであることが知られている（Falini B et al., 2009）。
【００３９】
したがって、本発明はまた、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイル、及びＮＰＭ１遺伝子に突然変異が存在するかどうかを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００４０】
したがって、本発明は、ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベル及びＮＰＭ１突然変異の存在を決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）のＨ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、並びにｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも高い場合、かつＮＰＭ１に突然変異が存在する場合に良好な予後を与える工程、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも高い場合、かつＮＭＰ１に突然変異が全く存在しない場合に良好な予後を与える工程、及び、工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルが、その予め決定された基準値よりも低い場合、かつＮＰＭ１に突然変異が存在する場合又はＮＰＭ１に突然変異が全く存在しない場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００４１】
本発明によると、ＨＩＳＴ１クラスターの遺伝子発現レベルの決定は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するために、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルの決定に加えることができる。
【００４２】
本発明によると、ＨＩＳＴ１クラスターの遺伝子は、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＥ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＩ又はＨＩＳＴ１Ｈ４Ｈであり得る。
【００４３】
様々な遺伝子のアクセッション番号は、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５１８．３ ＧｅｎＢａｎｋ：Ｍ６０７５０．１；ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＥ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿０２１０５２ ＧｅｎＢａｎｋ：Ｍ６０７５２；ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｅ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５３２ ＧｅｎＢａｎｋ：Ｍ６０７４６；ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００５３２０ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｍ６０７４７；ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５４０ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｍ６０７４９；ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５４７ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｚ８０７８８；ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿０２１０１８ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｚ８０７８６；ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５２４ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｚ８０７８１；ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｇ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５３４ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｚ８０７８５及びＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＩ：Ｒｅｆ Ｓｅｑ ＮＭ＿００３５２５ ＧｅｎｅＢａｎｋ：Ｚ８０７８２である。
【００４４】
したがって、本発明はまた、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイル、及び、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＥ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＩ又はＨＩＳＴ１Ｈ４Ｈからなる群から選択された少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００４５】
したがって、本発明はまた、工程ｉ）被験体から得られた試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベル、及び、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＥ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｇ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＩ又はＨＩＳＴ１Ｈ４Ｈからなる群より選択された少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、ｉｉ）Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベル及び工程ｉ）の遺伝子発現レベルを、その予め決定された基準値と比較する工程、及びｉｉｉ）工程ｉ）で決定されたヒストンメチル化プロファイルレベルがその予め決定された基準値よりも高い場合、かつ少なくとも１つの遺伝子の発現レベルがその予め決定された値よりも低い場合には良好な予後を与える工程、工程ｉ）で決定された発現レベルがその予め決定された基準値よりも高い場合、かつ少なくとも１つの遺伝子の発現レベルがその予め決定された値よりも低い場合に良好な予後を与える工程、あるいは、工程ｉ）で決定された発現レベルがその予め決定された基準値よりも低い場合、かつ少なくとも１つの遺伝子の発現レベルがその予め決定された値よりも高い又は低い場合に悪い予後を与える工程を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのインビトロでの方法に関する。
【００４６】
遺伝子の発現レベルを決定するための方法は、当技術分野において周知である。例えば、ＰＣＲ、ｒｔＰＣＲ又はシークエンスを使用することができる。
【００４７】
本発明はまた、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定するための手段を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのキットに関する。
【００４８】
特定の実施態様では、本発明は、被験体の生物学的試料中において、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルを決定するための手段を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間を予測するためのキットに関する。
【００４９】
本発明はまた、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間についてのバイオマーカーとしての、Ｈ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルの使用に関する。
【００５０】
本発明はまた、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を患っている被験体の生存期間についてのバイオマーカーとしての、Ｈ３Ｋ２７のヒストンメチル化プロファイルレベルの使用に関する。
【００５１】
１．本発明に従ってＨ３Ｋ２７のエピジェネティックプロファイルを決定する工程；及び
２．被験体の予後が、本発明の方法によって決定したところ悪い場合には、ＡＭＬの処置に有用な化合物をＡＭＬの処置を必要とする被験体に投与する工程を含む、該被験体におけるＡＭＬの処置法。
【００５２】
ＡＭＬの処置に有用な化合物は、当技術分野において周知である（例えばSweet K. et al., 2014を参照）。
【００５３】
使用される処置は、同種移植（同種幹細胞移植）又はＡＭＬを処置するために使用される全ての化合物、例えばアントラサイクリン及びシタラビン「３＋７」の併用、並びに他の化学療法であり得る。
【００５４】
本発明はさらに、以下の図面及び実施例によって説明されるだろう。しかしながら、これらの実施例及び図面は、いずれにしても本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】ＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３の獲得は、ＣＮ−ＡＭＬ患者の２つの亜群を区別する。（Ａ）５１個のＣＮ−ＡＭＬ試料、３個の正常な骨髄試料、及び３個のＣＤ３４＋の選別された臍帯血試料において、５つのＨＩＳＴ１領域におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルのＣｈＩＰ−ｑＰＣＲによる分析。濃縮は、結合量／インプット量の比として計算され、ＨＯＸＤ４及びＧＡＰＤＨを用いて標準化された。データはヒートマップとして提示される。各々の縦列は、ＨＩＳＴ１の濃縮についての中央値が増えた順に選別された、患者の試料を示す。（Ｂ）Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の高い濃縮度の患者と、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の低い濃縮度の患者との間の４つのヒストン遺伝子の発現レベルの比較。マンホイットニーｔ検定を使用して統計学的有意性を推定した、（＊＊＊）ｐ≦０．０００１。高いは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの高い患者をいい、低いは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの低い患者をいい、ｎＬＣは非白血病細胞を意味し、かつ正常な骨髄細胞又はＣＤ３４＋の選別された臍帯血細胞をいう。
【図２】高いＨ３Ｋ２７ｍｅ３ ＨＩＳＴ１レベルはＮＰＭ１突然変異に関連するが、より強力な転帰予測因子である。（Ａ）ＮＰＭ１突然変異体（ｎ＝４６）とＮＰＭ１野生型（ｎ＝２５）との間の５つのヒストンプロモーター領域のＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの比較。（Ｂ）同種移植を受け中途で打ち切られた無白血病生存期間。統計学的有意性をログランク検定を使用して推定した。
【００５６】
【表１】
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【００５７】
【表２】
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【００５８】
実施例：
材料及び方法
患者の試料
本発明者らは、パオリ・カルメット研究所（ＩＰＣ）に入院していた８６人の新規ＣＮ−ＡＭＬ患者から診断時に得られた、凍結保存された一次骨髄試料又は末梢血試料を選択した。芽球細胞を、密度勾配（フィコール）分離を通して血液試料又は骨髄試料から慣用的に分離し、液体窒素中で保存する。８０％超の芽球を含有しているＣＮ−ＡＭＬ試料のみを、遺伝子学的研究及びエピジェネティックな研究の目的でＩＰＣ生物資源センターの目録から選択した。全ての患者についてインフォームドコンセントが得られ、試験は、本発明者らの機関審査委員会（ＣＯＳ）によって承認された。
【００５９】
慣用的な技術を使用した細胞遺伝学的分析を、慣用的な診断精密検査の一部として実施した。全ての患者は国のＡＭＬガイドラインに従って処置された。患者らは標準的な導入療法（すなわちアントラサイクリン及びシタラビン「３＋７」の併用）を受け、導入化学療法に対する応答について評価された。完全な寛解を達成した患者は、１又は２サイクルの強化療法（中用量から高用量のシタラビン）及び／又は同種幹細胞移植を受けた。患者の臨床的特徴を表１に示す。
【００６０】
突然変異のスクリーニングのために、ゲノムＤＮＡを標準的なプロトコールを使用して抽出した。ＦＬＴ３、ＮＰＭ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＡＳＸＬ１、及びＷＴ１の突然変異状態は、Illumina社のHiSeq2000プラットフォーム（Illumina、サンディエゴ、ＣＡ州）でHaloPlex Target Enrichment（Agilent Technologies、サンタクララ、ＣＡ州）を使用したハイスループットシークエンスによって確立された。
【００６１】
クロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ）−マイクロアレイ法、及びＣｈＩＰ後にｑＰＣＲ実験（ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ）
患者の試料を解凍し、トリパンブルーによって生存率を推定した。５００万個の細胞をＣｈＩＰ−マイクロアレイ実験に使用し、１００万個をＣｈＩＰ−ｑＰＣＲに使用した。クロマチン免疫沈降法は以前に記載されているように行なわれた（Boukarabila, H. et al., 2009）。２つの異なる抗Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３抗体を使用した（０７−４４９番；Millipore社又はａｂ６００２番；Abcam社）。ＣｈＩＰ−マイクロアレイ分析のために（ｎ＝３５）、インプット試料及びＣｈＩＰ後ＤＮＡ試料をそれぞれＣｙ３−ｄＵＰＴ及びＣｙ５−ｄＵＴＰ（Perkin-Elmer、ＭＡ、米国）で標識した。ハイブリダイゼーションを、ｒｅｆｓｅｑ遺伝子（ＵＣＳＣ ＨＧ１８）の６kbのプロモーター領域（転写開始部位に対して−３kbから＋３kb）を網羅する４００，０００個を超える独立したゲノムオリゴヌクレオチドを含有しているカスタムプロモーターオリゴヌクレオチド（ＣｈＩＰ／ＣＨ３ ２×４００ｋ SurePrint G3 personnal; Agilent Technologies27）アレイ上で実施した。ＤＮＡマイクロアレイスキャナーを使用して画像をスキャンし、Agilent社のFeature Extractionソフトウェアバージョン9.5.1（Agilent Technologies、ＣＡ州サンタクララ、米国）を使用して処理した。ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ（ｎ＝５４）のために、ＤＮＡをＣｈｅｌｅｘで精製し、Ｑｉａｑｕｉｃｋ（Qiagen、フェンロー、オランダ）でクリーンアップし、７５００リアルタイムＰＣＲシステム（Applied Biosystem,、フォスターシティ、ＣＡ州、米国）でpower SYBR Greenを使用してｑＰＣＲによって分析した。ＩｇＧ対照の「閾値に達した時のサイクル」であるＣｔ値を、インプットＣｔ値又はＩＰ Ｃｔ値から差し引き、２（−（ＩＰ Ｃｔ又はインプットＣｔ−ＩｇＧ ＩＰ Ｃｔ））によって境界値へと変換した。ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲでは、患者の試料は、（１）ＧＡＰＤＨ遺伝子座（陰性対照）と比較してＨＯＸＤ４遺伝子座（陽性対照）においてＨ３Ｋ２７ｍｅ３が高度な濃縮；（２）Ｘ染色体上に位置するＧＥＭＩＮ８プロモーター上のＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルに着眼することによって性別が決定される可能性について、本発明者らの品質管理試験に合格した場合にのみ考慮された。
【００６２】
発現分析
全ＲＮＡを、製造業者のプロトコール（Qiagen）に従ってＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉキットを使用して抽出した。ｃＤＮＡ合成の前に、ＲＮＡ試料をＤＮａｓｅＩ（Sigma-Aldrich, Saint-Louis, MO, USA）を用いて処理した。逆転写を、全ＲＮＡ １００ng、オリゴｄＴ、ｄＮＴＰ、ＤＴＴ、緩衝液、及び高忠実度の逆転写酵素を用いて行なった。ｃＤＮＡを、７５００リアルタイムＰＣＲシステム（Applied Biosystems）でpower SYBR Greenを使用してｑＰＣＲによって分析した。プライマー配列はリクエストすれば提供されるだろう。
【００６３】
生物情報学
ＣｈＩＰ−マイクロアレイ分析
各患者試料について、標準化されたｌｏｇ２の濃縮比（ＣｈＩＰ／インプット）を、ＣｏＣＡＳソフトウェアを使用して計算した２８。各プロモーター（６ｋｂの領域に対応する）を、２ｋｂの長さの３つの独立した領域として分析した（領域１：−３から−１ｋｂ；領域２：−１から＋１ｋｂ；領域３：＋１から＋３ｋｂ）。領域の値は、Ｐｅｒｌプログラミング言語を使用して開発されたカスタムスクリプトを用いて、プローブの標準化された強度を平均化することによって計算された。６２，９７９個の領域が最初に同定され、ゲノムの繰り返し領域の除去後に４８，６９０個の独特な領域まで減少させた。全患者についてマイナスの値を有する領域と性染色体上に位置する領域を除去した後に、患者間の超可変領域（標準偏差＞０．６）が選択された。これらのフィルターは、５８６個という短くなったリストの変異プロモーター領域を規定した。教師なし階層的クラスタリング及びヒートマップの作成のために、平均で完全で非中心のピアソン係数の距離を、Ａｍａｐ（Ｒパッケージバージョン０．８〜７、http://CRAN.R-project.org/package=amap）及びBioconductorのHeatplusパッケージに基づいたカスタムスクリプトを使用して計算した。Ｘ染色体の１つは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３抑制の関与する機序によりエピジェネティックにサイレンス状態となっているので２９、本発明者らは、Ｘ染色体上のプロモーター領域を用いて患者の性別を決定することによって、本発明者らのデータ分析の経路を検証した（データは示されていない）。Ｒパッケージpvclust（１０，０００回の繰り返し）を使用して統計学的に有意な遺伝子クラスターの検出のために、ブートストラップ工程を実施した３０。０．９５を超える近似的に不偏で（ＡＵ）補正されたｐ値を有し、最小５個の独特なプロモーターを含有しているクラスターのみが選択された。ヒートマップ、大きな分散成分のプロット、及び規定されたクラスターを使用して、結果を可視化した（データは示されていない）。
【００６４】
ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲの標準化
まずＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ値であるＸｉを、ｘＧＡＰＤＨ（本発明者らの陰性対照値）に対して標準化し、ｌｏｇ２変換した。
ｘ’ｉ＝ｌｏｇ２（ｘｉ／ｘＧＡＰＤＨ）
【００６５】
次いで、ｘ’ｉを、ｘ’ＨＯＸＤ４（本発明者らの陽性対照値）に対して標準化した。
ｘ’’ｉ＝ｘ’ｉ／ｘ’ＨＯＸＤ４
【００６６】
本発明者らの陰性対照（ＧＡＰＤＨ）を１％に、本発明者らの陽性対照（ＨＯＸＤ４）を１００％に設定するために、本発明者らは式：ｘ’’’ｉ＝２（ｘ’’Ｉ×ｌｏｇ２（１００））を適用した。
【００６７】
１０未満のｘ’’’ｉを有する試料をＨ３Ｋ２７ｍｅ３（低い）と判断し、１０を超えるｘ’’’ｉを有する試料をＨ３Ｋ２７ｍｅ３（高い）と判断し、１５０を超えるｘ’’’を有する試料を試験から除外した。
【００６８】
遺伝子オントロジーの濃縮
遺伝子オントロジーで定義された用語である濃縮は、カスタムスクリプトを使用した超幾何分布によって測定された。
【００６９】
統計分析
高い及び低いＨＩＳＴ１Ｈ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルを有する患者を、Ｒパッケージ「生存期間」（Ｒパッケージバージョン２．３７−４、http://CRAN.R-project.org/package=survival）で利用可能なゲーハン・ウィルコクソン検定及びｋｈｉ２検定を使用して臨床的及び分子的特徴について比較した。本発明者らの分析では、完全寛解（ＣＲ）を提示した患者のみが選択された。全生存期間（ＯＳ）は、ＲＣの日から最後のニュース（死亡又は臨床的経過観察の終了）の日までの期間として定義された。無白血病生存期間（ＬＦＳ）は、ＲＣから、再発日、死亡日、又は最後のニュースの日までの間の期間として定義される。死亡した患者について、再発の場合には、生存期間の終了は再発日である。他については、生存期間の終了は死亡事象の日であり、同種移植患者は、移植日に中途で打ち切られた（同種移植患者の無白血病期間（ＬＦＳ−ａｌｌｏ））。ＯＳ及びＬＦＳ−ａｌｌｏの推定確率はカプランマイヤー法を使用して計算され、ログランク検定を使用して、生存分布間の差異を評価した。
【００７０】
結果
ここで、本発明者らは、平衡のとれた染色体再編成の結果として起こるキメラ発癌タンパク質を有する稀なＡＭＬのサブセットと比較してはるかにあまりよく特徴付けられていない、ＣＮ−ＡＭＬへのさらなる洞察を得るためにエピジェネティックプロファイリングを使用した。ＥＺＨ２は、ヒトの悪性疾患の発病に最も頻繁に関与しているが１０、ＡＭＬにおいては非常に稀にしか突然変異（１％未満）していないことが判明しているポリコーム群（ＰｃＧ）複合体のヒストンＨ３メチルトランスフェラーゼ触媒サブユニットであるので１１、本発明者らは、３５個のＣＮ−ＡＭＬ患者試料においてオリゴヌクレオチドプロモーターアレイ上でのハイブリダイゼーションと組み合わせたクロマチン免疫沈降法（Ｃｈｉｐ−マイクロアレイ）によって、全体的なＨ３Ｋ２７ｍｅ３プロファイルを分析した。それを行なうことによって、本発明者らは、ＣＮ−ＡＭＬ間のＥＺＨ２活性のばらつきを実証することができ、ばらつきは、細胞表面及びクロマチンの構成に関与する遺伝子のプロモーター領域に最も観察され（データは示されていない）、本発明者らは、ＡＭＬの発病において影響を及ぼすことが知られる１０個の遺伝子をはじめとする、様々にＨ３Ｋ２７がトリメチル化されているＰｃＧ標的遺伝子の有意な過剰提示を観察した（データは示されていない）。観察されたＥＺＨ２活性のばらつきは、ＡＭＬにおけるＰｃＧ／ＥＺＨ２標的遺伝子の部位特異的脱調節の仮説を支持する１２。
【００７１】
これらのＨ３Ｋ２７ｍｅ３高度変異プロモーター領域の教師なしの階層的クラスター分析（ＨＣＬ）は、様々なゲノム領域の中から、均一に濃縮されたレベルを有する９つの重要なクラスターを明らかとした（データは示されていない）。クラスター３番は顕著に、２２個の連続的なゲノム領域を含む頑強なクラスターであり（０．６〜１の樹状図の尺度）、全てが染色体６ｐ２１上に位置するＨＩＳＴ１遺伝子座に属する。２２個のＨＩＳＴ１ゲノム領域のＨ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮について実施された階層的クラスタリングは、そのＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルに基づいて２つの患者群を明瞭に区別した：１つの群は、高くかつ均一なＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルを有し、他方は低いＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルを有する（データは示されていない）。ＨＩＳＴ１クラスターにおけるこれらの明確に異なるＨ３Ｋ２７ｍｅ３パターンは、年齢又は性別などの患者の特徴と相関しなかった（データは示されていない）。ＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３のこれらの差異の特異性を、本発明者らの患者集団内の第６染色体上の大半のＨＩＳＴ１クラスタープロモーター領域におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの教師ありクラスタリングによって分析した（データは示されていない）。クラスタリングは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの不均一さは、本発明者らのＨＣＬ分析によって以前に判明しているように、第６染色体の２２個の領域に限定されているが、他のＨＩＳＴ１プロモーター領域は患者の試料間で均一であったことを示した（データは示されていない）。したがって、本発明者らは、本発明者らのＣＮ−ＡＭＬ患者群内でＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの劇的な差異を有するクラスター化ゲノム領域を同定し、エピジェネティックな脱調節が、キメラ発癌タンパク質を欠失している腫瘍細胞における局所的な染色体領域に影響を及ぼし得ることを実証した。
【００７２】
ＨＩＳＴ１ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮の差異は、クロマチン免疫沈降法、続いてＲＴ−ｑＰＣＲ（ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲ）を使用して４つの患者試料を再分析することによって、独立して確認された。本発明者らは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮の差異を、２人の「Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の高い」患者及び２人の「Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の低い」患者における、５つの「可変的な」ＨＩＳＴ１領域（ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＧ−２ＡＥ、ＨＩＳＴ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｇ、およびＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ−２ＢＨ）に確認したが、２つのフランキング領域ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ及びＨＩＳＴ１Ｈ４Ｅには確認しなかった（データは示されていない）。この観察を独立して伸展させるために、本発明者らは、独立した５１人のＣＮ−ＡＭＬ患者集団において、同じ５つのＨＩＳＴ１ゲノム位置で、ＣｈＩＰ−ｑＰＣＲによってＨ３Ｋ２７ｍｅ３の状態を分析した。これらの実験は、ＨＩＳＴ１遺伝子座における以前に記載されたクラスター化されたＨ３Ｋ２７ｍｅ３プロファイルを確認し、これにより２つの別々の患者群が区別された（図１Ａ）。非白血病造血細胞（正常な骨髄、ＣＤ３４＋の選別された臍帯血）を使用したＨ３Ｋ２７ｍｅ３ ＣｈＩＰ実験は、ＨＩＳＴ１クラスタープロモーターには通常、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３が濃縮されていないことを明らかとした（図１Ａ）。この観察は、ヒトＣＤ３４＋造血幹細胞のＨＩＳＴ１遺伝子座においてＨ３Ｋ２７ｍｅ３の印がないことを示した、公共的に入手可能なＣｈＩＰシークエンスデータ（ＧＥＯ、ＧＳＭ７７３０４１）の分析によって確認された（データは示されていない）。まとめると、これらの結果は、ＨＩＳＴ１遺伝子座におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３の獲得が、ＣＮ−ＡＭＬ患者の２つの亜群を区別するエピジェネティックなサインを提供することを強調する。
【００７３】
Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３は、低い転写率に関連しているエピジェネティックな抑制の印である１３。Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の状態とＨＩＳＴ１ ｍＲＮＡレベルを比較するために、本発明者らは、ＣＮ−ＡＭＬ試料の全集団（ｎ＝８６）において、リアルタイム定量ＰＣＲによって４つのＨＩＳＴ１遺伝子（ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｄ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｆ、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｆ）の発現を測定した。４つのＨＩＳＴ１遺伝子の発現は、「Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの高い」群と比較して、「Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの低い」群の方が有意に高かった（ｐ値≦０．０００１；図１Ｂ）。さらに、本発明者らは、非白血病造血細胞が、高いレベルのＨＩＳＴ１遺伝子のｍＲＮＡを発現することを確認した。Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルとＨＩＳＴ１発現との間に観察された逆相関は、上昇したレベルのＨ３Ｋ２７ｍｅ３が、ＣＮ−ＡＭＬ患者芽球におけるＨＩＳＴ１クラスター遺伝子のいくつかの転写の抑制に関与している可能性があることを示唆する。
【００７４】
ＣＮ−ＡＭＬ試料を、ＨＩＳＴ１クラスター遺伝子におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮レベルの中央値に従って２つの群に分けた。これらの２つの群を臨床学的特徴及び分子的特徴について分析した：診断時のＡＭＬ年齢の中央値に有意差は全く観察されず、このことは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮が加齢と相関しないことを示唆する（表１）。さらに、２つの群は、特定のフランス・アメリカ・イギリス（ＦＡＢ）分類に関連せず、このことは、ＨＩＳＴ１遺伝子座におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルは、白血病細胞の分化段階によって偏らないことを示唆する（表１）。Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの高い患者は、顕著により高いＮＰＭ１突然変異の発症率（８９％対４０％；ｐ＝１．７５×１０−５）を有し、実質的により低いＷＴ１突然変異の発症率を有していた（０％対２０％；ｐ＝０．０２８）。ＦＬＴ３（ＩＴＤ及びＴＫＤ）突然変異にも、ＩＤＨ１／２突然変異にも、ＤＮＭＴ３Ａ突然変異にも、ＡＳＸＬ１突然変異にも有意な関連は観察されなかった（表１）。本発明者らは、ＮＰＭ１突然変異型及びＮＰＭ１野生型の両方における（全部で８６症例のＡＭＬ）、５つのＨＩＳＴ１プロモーター領域上でのＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルを比較した。５つの各々のプロモーター領域について、本発明者らは、より高いＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルが、ＮＰＭ１の突然変異したＡＭＬ症例に限定されていたことを観察した（全てのｐ値が０．０００１以下；図２Ａ）。これらの所見は、ＮＰＭ１の突然変異したＡＭＬにおけるいくつかのＨＩＳＴ１遺伝子の低レベルの発現の以前の観察を支持し、ＮＰＭ１突然変異に関連した白血病の機序を解明するための新たな分子的洞察を与える。
【００７５】
共起情報分析は、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の高いプロファイルを伴う好ましい突然変異プロファイル（ＮＰＭ１突然変異の発生率が高く、ＷＴ１の突然変異は全くない）を明らかとし（データは示されていない）、これは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルの高いＣＮ−ＡＭＬ患者亜群のより良好な転帰と一致していた。高いＨＩＳＴ１ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルを有する患者はより長い全生存期間（２３．１１カ月対１５．２１カ月；ｐ＝０．１６７）を有し、同種移植された患者が５年目に中途で打ち切られた場合に無白血病生存期間は有意により長かった（ＬＦＳ−ａｌｌｏ；１３．３３カ月対８．９２カ月、ｐ＝０．００５３）（表１；図２Ｂ）。興味深いことに、多変量分析におけるＨＩＳＴ１ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の予後的意義は、年齢、及びＮＰＭ１又はＦＬＴ３の突然変異の存在から独立していた（表２）。これらのデータは、ＨＩＳＴ１ Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３レベルが、異なる臨床転帰を有する生物学的に明確に異なるＣＮ−ＡＭＬのサブセットを区別するバイオマーカーであることを示唆した。
【００７６】
ここで、本発明者らは、ＣＮ−ＡＭＬにおいて標準のヒストンの発現に影響を及ぼす新規なエピジェネティックな変化としての、ＨＩＳＴ１クラスターの規定の領域におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３の獲得を記載した。Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３のこのような獲得の根底にある機序は不明であるが、このような特異的なＨ３Ｋ２７ｍｅ３の獲得が、ＥＺＨ２の活性に影響を及ぼすことが知られている経路の変化に関連していないことを注記することは興味深い（表１）。近年、ヒストン変異体Ｈ３．３における突然変異が小児癌において記載され１６、１７、これはＬｙｓ２７メチル化の全体的な欠失と、いくつかのゲノム領域におけるＬｙｓ２７メチル化の獲得を誘導し、このことは、全体的なＨ３Ｋ２７ｍｅ３の再形成を示唆する。本発明者らがここに明らかとしたエピジェネティックなサインは、ＥＺＨ２の間接的な脱調節の結果であり得る。
【００７７】
注目すべきことに、この特異的なＨＩＳＴ１遺伝子サインは、ゲノム発現プロファイルデータ、及び同じ集団に関する本発明者らの公表されていないデータによって強調されなかった。これは、以下のヒストン遺伝子の固有の特徴によって説明され得る：５つの標準ヒストン遺伝子の重複性、並びに、個々のヒストン遺伝子の機能及び発現に関する研究を困難なものとするその対応するタンパク質の僅かな差異。いくつかの標準ヒストン遺伝子の脱調節がどのように白血病の発病に寄与するのかは不明である。次第に増えているエビデンスは、ヒストン遺伝子の突然変異が、血液学的悪性疾患に関連していることを示唆する：ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｂ及びＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃの突然変異が、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）に見られた。興味深いことに、本発明者らのＨ３Ｋ２７ｍｅ３領域と重複している、６ｐ２２におけるヒストン遺伝子クラスターの局所的な欠失が、ほぼ一倍体の急性リンパ芽球性白血病の症例の１９％に記載されている。これらの所見と一致して、本発明者らのデータは、ヒストンとＤＮＡの相互作用、クロマチンの凝縮、又はヒストンに結合する他のエフェクターとの相互作用を変化させることによって、ヌクレオソームの構造及び機能に影響を及ぼすことを通して、ヒストンの機能及び調節を変化させ得る、共通した腫瘍形成機序を示唆する。
【００７８】
結論として、本発明者らは、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３プロファイルには、ＣＮ−ＡＭＬ患者間でばらつきがあることを発見し、その他の点では均質な病態におけるエピジェネティックな調節の複雑さを明らかとした。本発明者らは、ＨＩＳＴ１クラスター内の遺伝子におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３レベルに応じて異なる、ＣＮ−ＡＭＬ患者の２つの亜群を同定した。ＨＩＳＴ１クラスターにおけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３の濃縮はＮＰＭ１突然変異に関連し、診断及び予後予測において価値がある可能性のある新規分子マーカーを提供する。この例は、病態に関連した新たに脱調節された遺伝子座を同定するために、エピジェネティックプロファイリングを使用することの利点を支持する。
【００７９】
参考文献：
本出願全体を通して、様々な参考文献が、本発明が属する技術分野の最新技術を記載する。これらの参考文献の開示は、本開示への参照により本明細書に組み入れられる。
【００８０】
【表３】
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【図１Ａ】
2017514505.tif 000006
【図１Ｂ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【国際調査報告】
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