(57)【要約】  本発明は、少なくとも１つの末端修飾を備えるポリヌクレオチドの組成物、ならびにその調製、製造および治療的使用のための方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）目的のポリペプチドをコードする連結したヌクレオシドの第１の領域；
（ｂ）５’非翻訳領域を備える、前記第１の領域に対して５’側に位置する第１の末端領域；
（ｃ）前記第１の領域に対して３’側に位置する第２の末端領域；および
（ｄ）テーリング領域
を備え、前記５’非翻訳領域は３〜１３ヌクレオチドの長さを有する合成５’非翻訳領域であるポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記合成５’非翻訳領域の長さが１０〜１２ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記第２の末端領域が３’非翻訳領域を備える、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記３’非翻訳領域が、長さが２０〜５０ヌクレオチドの長さを有する、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記３’非翻訳領域の長さが３０ヌクレオチドである、請求項４に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記テーリング領域が、長さが概ね８０ヌクレオチドのポリＡテールを備える、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記テーリング領域が少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える、請求項６に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が、ポリＡテールの始まり、ポリＡテールの中間およびポリＡテールの終わりからなる群から選択される位置にある、請求項７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記第２の末端領域が少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記第２の末端領域が３’非翻訳領域を備え、前記３’非翻訳領域が前記少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える、請求項９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１２２、ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１２５、ｍｉＲ−１２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１７、ｍｉＲ−３４ａおよびそれらの断片からなる群から選択される、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が、筋肉、内皮、肺、卵巣、結腸直腸、前立腺、肝臓および脾臓からなる群から選択される組織に特異的である、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
前記組織が筋肉であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が、ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−１およびｍｉＲ−２０６からなる群から選択される、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−２０６である、請求項１３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
前記組織が内皮であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−１２６である、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１６】
前記組織が肺であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−２１である、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１７】
前記組織が卵巣であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−４８４である、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１８】
前記組織が結腸直腸であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−１７である、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
前記組織が前立腺であり、前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−３４ａである、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が中枢神経系に対して特異的である、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列が、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１２５およびｍｉＲ−１２４からなる群から選択される、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
前記５’非翻訳領域が少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのｍｉＲ配列がｍｉＲ−１０ａである、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
少なくとも１つの化学的修飾をさらに備える、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
細胞または組織で目的のポリペプチドを生成する方法であって、前記細胞または組織を請求項１乃至２３のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと接触させる工程を備える方法。
【請求項２６】
前記接触させる工程が、筋肉内、静脈内、皮内および皮下からなる群から選択される投与経路である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
細胞または組織で目的のポリペプチドの発現を低減する方法であって、前記細胞または組織を請求項１３乃至２３のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと接触させる工程を備える方法。
【請求項２８】
前記接触させる工程が、筋肉内、静脈内、皮内および皮下からなる群から選択される投与経路である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
請求項１乃至２３のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび薬学的に許容される賦形剤を備える医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、少なくとも１つの末端修飾を備えるポリヌクレオチド、少なくとも１つの末端修飾を備えるポリヌクレオチドを使用した方法、プロセス、キットおよびデバイスに関する。
【背景技術】
【０００２】
１９９０年代初期に、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写したバソプレシンｍＲＮＡを視床下部に注射することによって、ブルーム（Ｂｌｏｏｍ）および同僚はバソプレシン欠損ラットの救済に成功した（非特許文献１）。しかし、翻訳の低いレベルおよび分子の免疫原性は、治療薬としてのｍＲＮＡの開発を妨げ、その後は、これらの落し穴を代わりに活用し得る代替適用、すなわちがん抗原をコードするｍＲＮＡによる免疫化に努力が集中した。
【０００３】
より最近、他者は目的のポリペプチドをコードする構築物を送達するためのｍＲＮＡの使用を調査し、ｍＲＮＡ分子のある特定の化学的修飾、特にプソイドウリジンおよび５−メチル−シトシンが免疫賦活効果を低減することを示した。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】ブルーム（Ｂｌｏｏｍ）ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５５：９９６−９９８；１９９２
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
修飾がＲＮＡ中に均一に存在するプソイドウリジンおよび５−メチル−シトシンを含む化学的修飾の選択に限定されるこれらの報告にもかかわらず、生理的応答および結果を微調整または調整するための、異なる化学的修飾の選択的組み込みまたは以前不可能であった化学的修飾の組み込みへの障壁を含む、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの細胞内翻訳およびプロセシングの効果的なモジュレーションを取り巻く無数の障壁に対処するための治療方法の必要性が当技術分野に残されている。
【０００６】
本発明は、当技術分野における問題の１つまたは複数を回避する構造的および／または化学的特徴、例えば、構造的および機能的完全性を保持しつつ、核酸をベースとした治療法を最適化するために、発現の閾値を克服するために、発現速度、半減期および／またはタンパク質濃度を改善するために、タンパク質局在化を最適化するために、ならびに免疫応答および／または分解経路などの有害な生物応答を回避するために有益である特徴を有する、核酸をベースとした化合物またはポリヌクレオチド（コードおよび非コードおよびその組合せ）、ならびにその製剤を提供する。これらの障壁は、本発明を使用して低減または排除され得る。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本明細書には、少なくとも１つの末端修飾を備えるポリヌクレオチド、１つまたは複数の非翻訳領域に少なくとも１つの末端修飾を備えるポリヌクレオチドを使用した方法、プロセス、キットおよびデバイスが記載される。そのような非翻訳領域は、５’または３’非翻訳領域であってよい。
【０００８】
一部の態様では、非翻訳領域は、３〜１３ヌクレオチドの長さを有する合成５’非翻訳領域である。
一部の態様では、合成５’非翻訳領域の長さは、１０〜１２ヌクレオチドの長さである。
【０００９】
一部の態様では、３’非翻訳領域は、長さが２０〜５０ヌクレオチドの長さを有する。
一部の態様では、３’非翻訳領域の長さは、３０ヌクレオチドである。
一部の態様では、非翻訳領域は、長さが概ね８０ヌクレオチドのポリＡテーリング領域である。
【００１０】
一部の態様では、テーリング領域は、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。
一部の態様では、ｍｉＲ配列は、ポリＡテールの始まり、ポリＡテールの中間およびポリＡテールの終わりからなる群から選択される位置にある。
【００１１】
一部の態様では、第２の末端領域は、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。
一部の態様では、第２の末端領域は３’非翻訳領域を備え、前記３’非翻訳領域は少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。
【００１２】
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列は、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１２２、ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１２５、ｍｉＲ−１２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１７、ｍｉＲ−３４ａおよびそれらの断片からなる群から選択される。
【００１３】
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列は、筋肉、内皮、肺、卵巣、結腸直腸、前立腺、肝臓および脾臓からなる群から選択される組織に対して特異的である。
一部の態様では、組織は筋肉であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列は、ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−１およびｍｉＲ−２０６からなる群から選択される。
【００１４】
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−２０６である。
一部の態様では、組織は内皮であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−１２６である。
【００１５】
一部の態様では、組織は肺であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−２１である。
一部の態様では、組織は卵巣であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−４８４である。
【００１６】
一部の態様では、組織は結腸直腸であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−１７である。
一部の態様では、組織は前立腺であり、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−３４ａである。
【００１７】
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列は中枢神経系に対して特異的である。
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列は、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１２５およびｍｉＲ−１２４からなる群から選択される。
【００１８】
一部の態様では、５’非翻訳領域は、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。
一部の態様では、少なくとも１つのｍｉＲ配列はｍｉＲ−１０ａである。
一部の態様では、非翻訳領域を備えるポリヌクレオチドは少なくとも１つの化学的修飾を備える。
【００１９】
一部の態様では、細胞または組織で目的のポリペプチドを生成する方法であって、前記
細胞または組織を本明細書で開示される非翻訳領域を有するポリヌクレオチドと接触させる工程を備える方法が提供される。
【００２０】
一部の態様では、接触させる工程は、筋肉内、静脈内、皮内および皮下からなる群から選択される投与経路である。
本発明の様々な実施形態の詳細は、下の記載に示される。本発明の他の特徴、目的および利点は、記載および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかとなる。
【００２１】
前述および他の目的、特徴および利点は、同様の参照記号が種々の視点を通じて同じ部分を指す、添付の図面に図示されるような、本発明の特定の実施形態の以下の説明から明らかになるであろう。この図面は、必ずしも一定の比率であるというわけではなく、本発明の種々の実施形態の原理を図示する際には代わりに強調が行われる。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１Ａ】ＩＶＴポリヌクレオチド構築物の概略を示す図。図１Ａは、その内容が、参照によって本明細書に援用される、２０１３年３月９日出願の同一人が所有する同時係属の米国特許出願公開第１３／７９１，９２２号に教示されるポリヌクレオチド構築物の模式図である。
【図１Ｂ】ＩＶＴポリヌクレオチド構築物の概略を示す図。図１Ｂは、ポリヌクレオチド構築物の模式図である。
【図２】本発明の一連のキメラポリヌクレオチドの模式図。
【図３】種々のパターンの位置的修飾を図示し、ｍＲＮＡポリヌクレオチドのこれらの領域に類似の領域を示している、一連のキメラポリヌクレオチドの模式図。
【図４】式Ｉに基づく種々のパターンの位置的修飾を図示している、一連のキメラポリヌクレオチドの模式図。
【図５】式Ｉに基づく種々のパターンの位置的修飾を図示しており、さらにブロックされるか、または構築された３’末端を図示している、一連のキメラポリヌクレオチドの模式図。
【図６Ａ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ａは、非核酸部分を含む環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｂ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｂは、非核酸部分を含まない環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｃ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｃは、少なくとも１つのスペーサー領域を有する環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｄ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｄは、少なくとも１つのセンサー領域を有する環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｅ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｅは、少なくとも１つのスペーサーおよびセンサー領域を有する環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｆ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｆは、非コード環状ポリヌクレオチドである。
【図６Ｇ】本発明の環状ポリヌクレオチド構築物の模式図。図６Ｇは、非コード環状ポリヌクレオチドである。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
例えば、細胞、組織または器官に、および最終的に生物体に有益である生理的成果を達成するために、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｓｉｔｕまたはｅｘ  ｖｉｖｏにせよ、核酸、例えば細胞中のリボ核酸（ＲＮＡ）を設計、合成および送達することができることは、治療法、診断薬、試薬の分野で、およびバイオアッセイにとって大いに関心がある。１つの有益な成果は、核酸の細胞内翻訳、および少なくとも１つのコードされた目的のペプチドまたはポリペプチドの生成を引き起こすことである。同様に、非コード
ＲＮＡが、多くの研究の焦点になっている。単独での、およびコードポリヌクレオチドと併用しての非コードポリヌクレオチドの利用は、治療シナリオで有益な成果を提供する可能性がある。
【００２４】
本明細書において、少なくとも１つの末端修飾を備える核酸の設計、調製、製造および／または製剤化のための組成物（医薬組成物を含む）および方法が記載される。少なくとも１つの末端修飾を備える核酸は、ＩＶＴポリヌクレオチド、キメラポリヌクレオチドおよび／または環状ポリヌクレオチドであってよい。核酸の末端修飾は、核酸の１つまたは複数の末端領域に位置する。そのような末端領域は、コード領域の５’または３’側の領域、例えば、限定するものではないが、核酸の５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および３’ＵＴＲ、キャッピング領域、例えば５’キャップ、およびテーリング領域を含む。
【００２５】
同様に、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの選択、設計および／または利用のための系、プロセス、デバイスおよびキットも提供される。
本発明により、ポリヌクレオチドは、当技術分野の他の分子の欠陥を回避するような方法で修飾されてよい。
【００２６】
ヒト疾患、抗体、ウイルスの分野および様々なｉｎ  ｖｉｖｏ場面でのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（例えば、ポリヌクレオチド、修飾されたポリヌクレオチドまたは修飾されたｍＲＮＡ）の使用が以前に探求され、目的のポリペプチドが、例えば、国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１７３６の表６；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７２の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７１の表６、１７８および１７９；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６７の表６、１８５および１８６で開示され；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。上述のいずれも、ＩＶＴポリヌクレオチド、キメラポリヌクレオチドまたは環状ポリヌクレオチドとして合成され得、各々は少なくとも１つの末端修飾を備えることができ、そのような実施形態は本発明によって企図される。
【００２７】
本明細書において、細胞の状態、機能および／または活性をモジュレートすることが可能なポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、これらの核酸およびポリペプチドを作製し、使用する方法が一部提供される。本明細書、ならびに、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属および共同所有の、２０１１年８月５日に出願の国際公開番号ＷＯ２０１２０１９１６８、２０１１年１０月３日に出願の国際公開番号ＷＯ２０１２０４５０８２、２０１１年１０月３日に出願の国際公開番号ＷＯ２０１２０４５０７５、２０１２年１０月３日に出願の国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３および２０１２年１２月１４日に出願の国際公開番号ＷＯ２０１３０９０６４８に記載されるように、これらのポリヌクレオチドは、それらが導入される細胞の集団の生得的免疫活性を低減することが可能であり、このように、その細胞集団でタンパク質の生成の効率を増加させる。
【００２８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは少なくとも１つの末端修飾を備えることができ、少なくとも１つの化学的修飾、例えば、限定するものではないが、非天然のヌクレオシドおよびヌクレオチドを含むこともできる。化学的修飾の非限定的な例は、２０１１年１０月３日に出願の国際特許公開番号ＷＯ２０１２０４５０７５、２０１２年１０月３日に出願の米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１１５２７２、２０１３年１２月１３日に出願の国際特許公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ０３６．２０）に記載され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。一実施形態では、少なくとも１つの末端修飾および少なくとも１つの化学的修飾の利用は、細胞集団からのタンパク質の生成を増加させることができる。
【００２９】
したがって、本明細書では、組織での安定性および／もしくはクリアランス、受容体取り込みおよび／もしくは動態、細胞アクセス、翻訳機構への関与、ｍＲＮＡ半減期、転写効率、免疫回避、免疫誘導（ワクチンのために）、タンパク質生成能力、分泌効率（適用可能なとき）、循環へのアクセス性、タンパク質半減期ならびに／または細胞の状態、機能および／もしくは活性のモジュレーションの１つまたは複数を改善するように設計されたポリヌクレオチドが提供される。
【００３０】
Ｉ．発明の組成物
ポリヌクレオチド
本発明は、一部の実施形態では、１つまたは複数の目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸分子、具体的にはポリヌクレオチドを提供する。用語「核酸」は、最も広義には、ヌクレオチドのポリマーを含む任意の化合物および／または物質を含む。これらのポリマーは、ポリヌクレオチドとしばしば呼ばれる。
【００３１】
本発明の例示的な核酸またはポリヌクレオチドには、限定するものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロック核酸（β−Ｄ−リボ構成を有するＬＮＡ、α−Ｌ−リボ構成を有するα−ＬＮＡ（ＬＮＡのジアステレオマー）、２’−アミノ官能化を有する２’−アミノ−ＬＮＡ、および２’−アミノ官能化を有する２’−アミノ−α−ＬＮＡを含むＬＮＡ）、エチレン核酸（ＥＮＡ）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）またはそのハイブリッドもしくは組合せが含まれる。
【００３２】
一実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写（ＩＶＴ）酵素合成方法だけを使用して作製される本発明のポリヌクレオチドは、「ＩＶＴポリヌクレオチド」と呼ばれる。ＩＶＴポリヌクレオチドを作製する方法は当技術分野で公知であり、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１６７１、ＷＯ２０１３１５１６７２、ＷＯ２０１３１５１６６７およびＷＯ２０１３１５１７３６に記載されており；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【００３３】
別の実施形態では、サイズおよび／または化学的修飾パターン、化学的修飾位置、化学的修飾パーセントもしくは化学的修飾集団および上述の組合せが異なる部分または領域を有する本発明のポリヌクレオチドは、「キメラポリヌクレオチド」として知られる。本発明による「キメラ」は、２つまたはそれを超える不調和であるか不均一な一部または領域を有する実体である。本明細書で使用するように、ポリヌクレオチドの「一部」または「領域」は、ポリヌクレオチドの全体の長さ未満であるポリヌクレオチドの任意の部分と規定される。
【００３４】
さらに別の実施形態では、環状である本発明のポリヌクレオチドは、「環状ポリヌクレオチド」または「ｃｉｒｃＰ」として知られる。本明細書で使用するように、「環状ポリヌクレオチド」または「ｃｉｒｃＰ」は、実質的にＲＮＡのように作用し、およびその特性を有する一本鎖の環状ポリヌクレオチドを意味する。用語「環状」は、ｃｉｒｃＰの任意の二次または三次配置を包含することも意味する。
【００３５】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、約３０から約１００，０００ヌクレオチドを含む（例えば、３０から５０、３０から１００、３０から２５０、３０から５００、３０から１，０００、３０から１，５００、３０から３，０００、３０から５，０００、３０から７，０００、３０から１０，０００、３０から２５，０００、３０から５０，００
０、３０から７０，０００、１００から２５０、１００から５００、１００から１，０００、１００から１，５００、１００から３，０００、１００から５，０００、１００から７，０００、１００から１０，０００、１００から２５，０００、１００から５０，０００、１００から７０，０００、１００から１００，０００、５００から１，０００、５００から１，５００、５００から２，０００、５００から３，０００、５００から５，０００、５００から７，０００、５００から１０，０００、５００から２５，０００、５００から５０，０００、５００から７０，０００、５００から１００，０００、１，０００から１，５００、１，０００から２，０００、１，０００から３，０００、１，０００から５，０００、１，０００から７，０００、１，０００から１０，０００、１，０００から２５，０００、１，０００から５０，０００、１，０００から７０，０００、１，０００から１００，０００、１，５００から３，０００、１，５００から５，０００、１，５００から７，０００、１，５００から１０，０００、１，５００から２５，０００、１，５００から５０，０００、１，５００から７０，０００、１，５００から１００，０００、２，０００から３，０００、２，０００から５，０００、２，０００から７，０００、２，０００から１０，０００、２，０００から２５，０００、２，０００から５０，０００、２，０００から７０，０００および２，０００から１００，０００）。
【００３６】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、非コード性であってよい。
【００３７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドの少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする領域の長さは、約３０を超えるヌクレオチドの長さである（例えば、少なくとも約３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００、１，９００、２，０００、２，５００および３，０００、４，０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００もしくはそれを超えるか、または１００，０００以下のヌクレオチド）。本明細書で使用するように、そのような領域は、「コード領域」または「コードする領域」と呼ばれ得る。
【００３８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）であるかまたはその機能を果たす。本明細書で使用するように、用語「メッセンジャーＲＮＡ」（ｍＲＮＡ）は、少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードし、翻訳されて目的のコードされたペプチドまたはポリペプチドをｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｉｎ  ｓｉｔｕまたはｅｘ  ｖｉｖｏで生成することが可能である任意のポリヌクレオチドを指す。
【００３９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、構造的に修飾されるかまたは化学的に修飾されてよい。本明細書で使用するように、「構造的な」修飾は、ヌクレオチド自体への有意な化学的修飾なしで、２つまたはそれを超える連結されたヌクレオシドがポリヌクレオチドにおいて挿入されるか、削除されるか、複製されるか、逆転されるかまたは無作為化されるものである。化学結合は必然的に切断され、刷新されて構造的修飾を達成するので、構造的修飾は化学的性質であり、したがって化学的修飾である。しかし、構造的修飾は、ヌクレオチドの異なる配列をもたらす。例えば、ポリヌクレオチド「ＡＴＣＧ」は、「ＡＴ−５ｍｅＣ−Ｇ」に化学的に修飾され得る。同じポリヌクレオチドが、「ＡＴＣＧ」から「ＡＴＣＣＣＧ」に構造的に修飾され得る。ここでは、ジヌクレオチド「ＣＣ」が挿入され、ポリヌクレオチドへの構造的修飾をもたらしている。
【００４０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチド、例えばＩＶＴポリヌクレオチドまたは環状ポリヌクレオチドは、同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかの均一な化学的修飾もしくは同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかでの同じ出発修飾の単なる下方滴定によって生成される修飾の集団、または、全てのウリジンがウリジン類似体、例えばプソイドウリジンと置き換えられる場合などの、同じヌクレオシドタイプであるがランダムな組み込みの全てまたはいずれかの化学的修飾の測定されたパーセントを有することができる。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド全体で同じヌクレオシドタイプの２、３または４つの均一な化学的修飾を有することができる（例えば、全てのウリジンおよび全てのシトシン等が同じ方法で修飾される）。
【００４１】
本発明のポリヌクレオチドが化学的および／または構造的に修飾されるとき、ポリヌクレオチドは「修飾されたポリヌクレオチド」と呼ばれ得る。
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、自己切断するペプチドをコードする配列を含むことができる。自己切断するペプチドは、限定するものではないが、２Ａペプチドであってよい。非限定例として、２Ａペプチドは、タンパク質配列：ＧＳＧＡＴＮＦＳＬＬＫＱＡＧＤＶＥＥＮＰＧＰ（配列番号１）、その断片または変異体を有することができる。一実施形態では、２Ａペプチドは、最後のグリシンと最後のプロリンとの間で切断する。別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、タンパク質配列ＧＳＧＡＴＮＦＳＬＬＫＱＡＧＤＶＥＥＮＰＧＰ（配列番号１）その断片または変異体を有する２Ａペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含むことができる。
【００４２】
２Ａペプチドをコードする１つのそのようなポリヌクレオチド配列は、ＧＧＡＡＧＣＧＧＡＧＣＴＡＣＴＡＡＣＴＴＣＡＧＣＣＴＧＣＴＧＡＡＧＣＡＧＧＣＴＧＧＡＧＡＣＧＴＧＧＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＴＧＧＡＣＣＴ（配列番号２）である。さらに、２Ａペプチドのポリヌクレオチド配列は、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知である方法によって修飾されるかまたはコドン最適化されてもよい。
【００４３】
一実施形態では、この配列は、２つまたはそれを超える目的のポリペプチドのコード領域を分けるために使用されてよい。非限定例として、２Ａペプチドをコードする配列は、第１のコード領域Ａと第２のコード領域Ｂとの間にあってよい（Ａ−２Ａｐｅｐ−Ｂ）。２Ａペプチドの存在は、タンパク質Ａ、タンパク質Ｂおよび２Ａペプチドへの１つの長いタンパク質の切断をもたらすだろう。タンパク質Ａおよびタンパク質Ｂは、同じであるか異なる目的のペプチドまたはポリペプチドであってよい。別の実施形態では、２Ａペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれを超えるタンパク質を生成するために、本発明のポリヌクレオチドで使用されてよい。
【００４４】
ＩＶＴポリヌクレオチド構造
伝統的に、ｍＲＮＡ分子の基本的な構成要素は、少なくともコード領域、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップおよびポリＡテールを含む。本発明のＩＶＴポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡの機能を果たすことができるが、核酸をベースとした治療法を使用した有効なポリペプチド生成の既存の問題を克服する役目をする、それらの機能的および／または構造的な設計特徴において、野生型ｍＲＮＡから区別される。
【００４５】
図１は、本発明のＩＶＴポリヌクレオチドの一次構築物１００を示す。本明細書で使用するように、「一次構築物」は、１つまたは複数の目的のポリペプチドをコードし、その中にコードされる目的のポリペプチドが翻訳されることを可能にするのに十分な構造的および／または化学的特徴を保持する本発明のポリヌクレオチドを指す。
【００４６】
図１Ａおよび１Ｂにより、ここのＩＶＴポリヌクレオチドの一次構築物１００は、第１
の隣接領域１０４および第２の隣接領域１０６に隣接する連結したヌクレオチドの第１の領域１０２を含有する。第１の隣接領域１０４は、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、例えばポリペプチドの天然の５’ＵＴＲまたは非天然の５’ＵＴＲ、例えば、限定するものではないが、異種５’ＵＴＲまたは合成５’ＵＴＲをコードする核酸のいずれかの５’ＵＴＲとしての機能を果たす連結したヌクレオシドの配列を含むことができる。目的のポリペプチドは、ポリヌクレオチドのシグナル配列領域１０３によってコードされる１つまたは複数のシグナル配列をその５’末端に含むことができる。隣接領域１０４は、完全にコドン最適化されてもまたは部分的にコドン最適化されてもよい１つまたは複数の完全または不完全な５’ＵＴＲ配列を含む、連結したヌクレオチドの領域を含むことができる。隣接領域１０４は、限定するものではないが、ｍｉＲ配列、ＴＥＲＺＡＫ（商標）配列および翻訳調節配列を含む、少なくとも１つの核酸配列を含むことができる。隣接領域１０４は、５’末端キャップ１０８を含むこともできる。５’末端キャッピング領域１０８は、天然に存在するキャップ、合成キャップまたは最適化されたキャップを含むことができる。最適化されたキャップの非限定例には、米国特許番号ＵＳ７０７４５９６および国際特許出願公開番号ＷＯ２００８１５７６６８、ＷＯ２００９１４９２５３およびＷＯ２０１３１０３６５９でローズ（Ｒｈｏａｄｓ）によって教示されるキャップが含まれ、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。第２の隣接領域１０６は、ポリペプチドの天然の３’ＵＴＲまたは非天然の３’ＵＴＲ、例えば、限定するものではないが、異種３’ＵＴＲまたは合成３’ＵＴＲをコードすることができる１つまたは複数の完全または不完全な３’ＵＴＲを含む、連結したヌクレオチドの領域を含むことができる。隣接領域１０６は、３’テーリング配列１１０を含むこともできる。第２の隣接領域１０６は、完全にコドン最適化されてもまたは部分的にコドン最適化されてもよい。隣接領域１０６は、限定するものではないが、ｍｉＲ配列および翻訳調節配列を含む、少なくとも１つの核酸配列を含むことができる。３’テーリング配列１１０は、限定するものではないが、ポリＡテール、ポリＣテール、ポリＡ−Ｇカルテットおよび／またはステムループ配列であってもよい。
【００４７】
第１の領域１０２の５’末端と第１の隣接領域１０４の架橋は、第１の作動領域１０５である。伝統的に、この作動領域は、開始コドンを含む。代わりに、作動領域は、開始コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。
【００４８】
第１の領域１０２の３’末端と第２の隣接領域１０６の架橋は、第２の作動領域１０７である。伝統的に、この作動領域は、終止コドンを含む。代わりに、作動領域は、終止コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。ＩＶＴポリヌクレオチドで、複数の連続的終止コドンが使用されてよい。一実施形態では、本発明の作動領域は、２つの終止コドンを含むことができる。第１の終止コドンは「ＴＧＡ」または「ＵＧＡ」であってもよく、第２の終止コドンは、「ＴＡＡ」、「ＴＧＡ」、「ＴＡＧ」、「ＵＡＡ」、「ＵＧＡ」または「ＵＡＧ」からなる群から選択されてもよい。
【００４９】
図１は、本発明の代表的ＩＶＴポリヌクレオチド一次構築物１００を示す。ＩＶＴポリヌクレオチド一次構築物は、１つまたは複数の目的のポリペプチドをコードし、その中にコードされる目的のポリペプチドが翻訳されることを可能にするのに十分な構造的および／または化学的特徴を保持する、ポリヌクレオチド転写物を指す。目的のポリペプチドおよび目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの非限定例は、国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１７３６の表６；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７２の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７１の表６、１７８および１７９；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６７の表６、１８５および１８６に記載され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【００５０】
図１に転じると、ここのＩＶＴポリヌクレオチドの一次構築物１３０は、第１の隣接領域１３４および第２の隣接領域１３６に隣接する連結したヌクレオチドの第１の領域１３２を含有する。本明細書で使用するように、「第１の領域」は、「コード領域」または「コードする領域」または単に「第１の領域」と呼ばれてもよい。この第１の領域は、限定するものではないが、目的のコードされたポリペプチドを含むことができる。一態様では、第１の領域１３２は、限定するものではないが、少なくとも１つの目的のポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含むことができる。オープンリーディングフレームは、全部または一部がコドン最適化されてもよい。隣接領域１３４は、完全にコドン最適化されるかまたは部分的にコドン最適化されてもよい１つまたは複数の完全または不完全な５’ＵＴＲ配列を含む、連結したヌクレオチドの領域を含むことができる。隣接領域１３４は、限定するものではないが、ｍｉＲ配列、ＴＥＲＺＡＫ（商標）配列および翻訳調節配列を含む、少なくとも１つの核酸配列を含むことができる。隣接領域１３４は、５’末端キャップ１３８を含むこともできる。５’末端キャッピング領域１３８は、天然に存在するキャップ、合成キャップまたは最適化されたキャップを含むことができる。最適化されたキャップの非限定例には、米国特許番号ＵＳ７０７４５９６および国際特許出願公開番号ＷＯ２００８１５７６６８、ＷＯ２００９１４９２５３およびＷＯ２０１３１０３６５９でローズ（Ｒｈｏａｄｓ）によって教示されるキャップが含まれる。第２の隣接領域１０６は、１つまたは複数の完全または不完全な３’ＵＴＲを含む、連結したヌクレオチドの領域を含むことができる。第２の隣接領域１３６は、完全にコドン最適化されてもまたは部分的にコドン最適化されてもよい。隣接領域１３４は、限定するものではないが、ｍｉＲ配列および翻訳調節配列を含む、少なくとも１つの核酸配列を含むことができる。第２の隣接領域１３６の後に、ＩＶＴポリヌクレオチド一次構築物は、３’テーリング配列１４０を含むことができる。３’テーリング配列１４０は、合成テーリング領域１４２および／または鎖終止ヌクレオシド１４４を含むことができる。合成テーリング領域の非限定例には、ポリＡ配列、ポリＣ配列、ポリＡ−Ｇカルテットが含まれる。鎖終止ヌクレオシドの非限定例には、２’−Ｏメチル、Ｆおよびロック核酸（ＬＮＡ）が含まれる。
【００５１】
第１の領域１３２の５’末端と第１の隣接領域１３４の架橋は、第１の作動領域１４４である。伝統的に、この作動領域は、開始コドンを含む。代わりに、作動領域は、開始コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。
【００５２】
第１の領域１３２の３’末端と第２の隣接領域１３６の架橋は、第２の作動領域１４６である。伝統的に、この作動領域は、終止コドンを含む。代わりに、作動領域は、終止コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。本発明により、複数の連続的終止コドンが使用されてもよい。
【００５３】
本発明のＩＶＴポリヌクレオチドの一次構築物の第１の領域の最短長は、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、ペンタペプチド、ヘキサペプチド、ヘプタペプチド、オクタペプチド、ノナペプチドまたはデカペプチドをコードするのに十分である、核酸配列の長さであってよい。別の実施形態では、長さは、２〜３０アミノ酸、例えば５〜３０、１０〜３０、２〜２５、５〜２５、１０〜２５または１０〜２０アミノ酸のペプチドをコードするのに十分であってよい。長さは、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１７、２０、２５または３０アミノ酸のペプチド、または４０アミノ酸以下、例えば３５、３０、２５、２０、１７、１５、１４、１３、１２、１１または１０アミノ酸以下の長さのペプチドをコードするのに十分であってよい。ポリヌクレオチド配列がコードすることができるジペプチドの例には、限定するものではないが、カルノシンおよびアンセリンが含まれる。
【００５４】
本発明の目的のポリペプチドをコードするＩＶＴポリヌクレオチドの一次構築物の第１
の領域の長さは、約３０ヌクレオチドを超える長さである（例えば、少なくとも約３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００、１，９００、２，０００、２，５００および３，０００、４，０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００もしくはそれを超えるか、または１００，０００以下のヌクレオチド）。
【００５５】
一部の実施形態では、ＩＶＴポリヌクレオチドは、約３０から約１００，０００ヌクレオチドを含む（例えば、３０から５０、３０から１００、３０から２５０、３０から５００、３０から１，０００、３０から１，５００、３０から３，０００、３０から５，０００、３０から７，０００、３０から１０，０００、３０から２５，０００、３０から５０，０００、３０から７０，０００、１００から２５０、１００から５００、１００から１，０００、１００から１，５００、１００から３，０００、１００から５，０００、１００から７，０００、１００から１０，０００、１００から２５，０００、１００から５０，０００、１００から７０，０００、１００から１００，０００、５００から１，０００、５００から１，５００、５００から２，０００、５００から３，０００、５００から５，０００、５００から７，０００、５００から１０，０００、５００から２５，０００、５００から５０，０００、５００から７０，０００、５００から１００，０００、１，０００から１，５００、１，０００から２，０００、１，０００から３，０００、１，０００から５，０００、１，０００から７，０００、１，０００から１０，０００、１，０００から２５，０００、１，０００から５０，０００、１，０００から７０，０００、１，０００から１００，０００、１，５００から３，０００、１，５００から５，０００、１，５００から７，０００、１，５００から１０，０００、１，５００から２５，０００、１，５００から５０，０００、１，５００から７０，０００、１，５００から１００，０００、２，０００から３，０００、２，０００から５，０００、２，０００から７，０００、２，０００から１０，０００、２，０００から２５，０００、２，０００から５０，０００、２，０００から７０，０００および２，０００から１００，０００）。
【００５６】
本発明により、ＩＶＴポリヌクレオチドの第１および第２の隣接領域は、独立して長さが１５〜１，０００ヌクレオチドの範囲内であってよい（例えば、３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００および９００ヌクレオチドを超えるか、または少なくとも３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００および１，０００ヌクレオチド）。
【００５７】
本発明により、ＩＶＴポリヌクレオチドのテーリング配列は、長さが０〜５００ヌクレオチドの範囲内であってよい（例えば、少なくとも６０、７０、８０、９０、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００ヌクレオチド）。テーリング領域がポリＡテールである場合は、ポリＡ結合性タンパク質の結合の単位でまたは関数として長さが決定されてもよい。この実施形態では、ポリＡテールは、ポリＡ結合性タンパク質の少なくとも４つのモノマーに結合するのに十分長い。ポリＡ結合性タンパク質モノマーは、概ね３８ヌクレオチドのひと続きの配列に結合する。このように、約８０ヌクレオチドおよび１６０ヌクレオチドのポリＡテールが機能的であると観察された。
【００５８】
本発明により、ＩＶＴポリヌクレオチドのキャッピング領域は、単一のキャップまたはキャップを形成する一連のヌクレオチドを含むことができる。この実施形態では、キャッピング領域は、長さが１から１０、例えば２〜９、３〜８、４〜７、１〜５、５〜１０または少なくとも２、または１０以下のヌクレオチドであってもよい。一部の実施形態では、キャップは不在である。
【００５９】
本発明により、ＩＶＴポリヌクレオチドの第１および第２の作動領域は、長さが３から４０の範囲内、例えば、５〜３０、１０〜２０、１５、または少なくとも４、または３０以下のヌクレオチドであってもよく、開始および／または終止コドンに加えて、１つまたは複数のシグナルおよび／または制限配列を含むことができる。
【００６０】
一実施形態では、本発明のＩＶＴポリヌクレオチドは、構造的に修飾されるかまたは化学的に修飾されてもよい。本発明のＩＶＴポリヌクレオチドが化学的および／または構造的に修飾されるとき、ポリヌクレオチドは「修飾されたＩＶＴポリヌクレオチド」と呼ばれてよい。
【００６１】
一実施形態では、本発明のＩＶＴポリヌクレオチドが化学的に修飾される場合は、それらは、同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかの均一な化学的修飾もしくは同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかでの同じ出発修飾の単なる下方滴定によって生成される修飾の集団、または、全てのウリジンがウリジン類似体、例えばプソイドウリジンと置き換えられる場合などの、同じヌクレオシドタイプであるがランダムな組み込みの全てまたはいずれかの化学的修飾の測定されたパーセントを有することができる。別の実施形態では、ＩＶＴポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド全体で同じヌクレオシドタイプの２、３または４つの均一な化学的修飾を有することができる（例えば、全てのウリジンおよび全てのシトシン等が同じ方法で修飾される）。
【００６２】
一実施形態では、本発明のＩＶＴポリヌクレオチドは、本明細書に記載される自己切断するペプチド、例えば、限定するものではないが、２Ａペプチドをコードする配列を含むことができる。ＩＶＴポリヌクレオチド中の２Ａペプチドのポリヌクレオチド配列は、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知である方法によって修飾されるかまたはコドン最適化されてもよい。
【００６３】
一実施形態では、この配列は、ＩＶＴポリヌクレオチド中の２つまたはそれを超える目的のポリペプチドのコード領域を分けるために使用されてよい。
一実施形態では、本発明のＩＶＴポリヌクレオチドは、構造的および／または化学的に修飾されてもよい。化学的に修飾されるおよび／または構造的に修飾されるとき、ＩＶＴポリヌクレオチドは「修飾されたＩＶＴポリヌクレオチド」と呼ばれてよい。
【００６４】
一実施形態では、ＩＶＴポリヌクレオチドは、少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。別の実施形態では、ＩＶＴポリヌクレオチドは、２つまたはそれを超える目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。目的のペプチドまたはポリペプチドの非限定例には、抗体の重鎖および軽鎖、酵素およびその基質、標識およびその結合性分子、第２メッセンジャーおよびその酵素または多量体タンパク質もしくは複合体の構成要素が含まれる。
【００６５】
一実施形態では、ＩＶＴポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシド、例えば、限定するものではないが、プソイドウリジン、１−メチルプソイドウリジン、５−メトキシウリジンおよび５−メチルシトシンを含む米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１１５２７２に記載される修飾されたヌクレオシドを含むことができる。非限定例として、ＩＶＴポリヌクレオチドは、１−メチルプソイドウリジンおよび５−メチルシトシンを含むことが
できる。別の非限定例として、ＩＶＴポリヌクレオチドは、１−メチルプソイドウリジンを含むことができる。さらに別の非限定例として、ＩＶＴポリヌクレオチドは、５−メトキシウリジンおよび５−メチルシトシンを含むことができる。非限定例として、ＩＶＴポリヌクレオチドは、５−メトキシウリジンを含むことができる。
【００６６】
ＩＶＴポリヌクレオチド（例えば、限定するものではないが、一次構築物）、ＩＶＴポリヌクレオチドを含む製剤および組成物、ならびにＩＶＴポリヌクレオチドを作製、使用および投与する方法は、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１６７１、ＷＯ２０１３１５１６７２、ＷＯ２０１３１５１６６７およびＷＯ２０１３１５１７３６に記載されており；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【００６７】
キメラポリヌクレオチド構造
本発明のキメラポリヌクレオチドまたはＲＮＡ構築物はＩＶＴポリヌクレオチドに類似したモジュール式の組織を維持しているが、キメラポリヌクレオチドはポリヌクレオチドに有益な特性を付与する１つまたは複数の構造的および／または化学的な修飾または変更を含む。このように、本発明の修飾されたｍＲＮＡ分子であるキメラポリヌクレオチドは、「キメラ修飾ｍＲＮＡ」または「キメラｍＲＮＡ」と命名される。
【００６８】
キメラポリヌクレオチドは、サイズおよび／または化学的修飾パターン、化学的修飾位置、化学的修飾パーセントもしくは化学的修飾集団および上述の組合せが異なる部分または領域を有する。
【００６９】
キメラポリヌクレオチドがｍＲＮＡとしての機能を果たし、目的のポリペプチドをコードする場合の一部または領域の例には、限定するものではないが、非翻訳領域（ＵＴＲ、例えば５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ）、コード領域、キャップ領域、ポリＡテール領域、出発領域、終止領域、シグナル配列領域およびそれらの組合せが含まれる。図２は、ｍＲＮＡとして使用されてよい本発明のキメラポリヌクレオチドのある特定の実施形態を例示する。図３は、位置的修飾の様々なパターンを識別し、ｍＲＮＡポリヌクレオチドのそれらの領域に相似の領域を示す、一連のキメラポリヌクレオチドの概略図を例示する。他の領域をつなぐかまたはそれらの間にある領域または一部は、小領域を有するように設計されてもよい。これらは、図に示される。
【００７０】
一部の実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、式Ｉを含む構造を有する。
５’［Ａｎ］ｘ−Ｌ１−［Ｂｏ］ｙ−Ｌ２−［Ｃｐ］ｚ−Ｌ３  ３’
式Ｉ
上式で：
ＡおよびＢの各々は、連結したヌクレオシドの領域を独立して含み；
Ｃは連結したヌクレオシドの任意選択の領域であり；
領域Ａ、ＢまたはＣの少なくとも１つは位置的に修飾され、位置的に修飾された領域はアデノシン、チミジン、グアノシン、シチジンまたはウリジンの同じヌクレオシドタイプの１つまたは複数の少なくとも２つの化学的に修飾されたヌクレオシドを含み、同じタイプのヌクレオシドの化学的修飾の少なくとも２つは異なる化学的修飾であり；
ｎ、ｏおよびｐは、独立して１５〜１０００の間の整数であり；
ｘおよびｙは、独立して１〜２０であり；
ｚは、０〜５であり；
Ｌ１およびＬ２は、独立して、任意選択のリンカー部分であり、リンカー部分は核酸ベースまたは非核酸ベースであり；
Ｌ３は任意選択のコンジュゲートまたは任意選択のリンカー部分であり、リンカー部分は
核酸ベースまたは非核酸ベースである。
【００７１】
一部の実施形態では、式Ｉのキメラポリヌクレオチドは、１つまたは複数の目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする。そのようなコードされた分子は、２つまたはそれを超える領域にわたってコードされてよい。
【００７２】
研究、診断法および治療法でキメラポリヌクレオチドを作製して使用する方法も提供される。
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを特徴として有し、そこで、ポリヌクレオチドは式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
各ＡおよびＢは、独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１０〜１０，０００、例えば、１０〜１０００または１０〜２０００であり；
Ｌ１は、式ＩＩＩの構造を有し：
【００７３】
【化１】
2017523777.tif 000002
【００７４】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であって、式中、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆが０である場合にはＲ４は結合ではなく；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置で）［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する。
【００７５】
一部の実施形態では、［Ａｎ］および［Ｂｏ］の少なくとも１つは、式ＩＶの構造を含
み：
【００７６】
【化２】
2017523777.tif 000003
【００７７】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立してＯ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、ＯＨまたはＳＨ、またはその塩である。
【００７８】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを特徴として有し、そこで、ポリヌクレオチドは式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは、独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１０〜１０，０００、例えば、１０〜１０００または１０〜２０００であり；
Ｌ１は結合であるか、または式ＩＩＩの構造を有し：
【００７９】
【化３】
2017523777.tif 000004
【００８０】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択
され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置で）［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着し、
上式で、［Ａｎ］または［Ｂｏ］の少なくとも１つは、式ＩＶの構造を含み：
【００８１】
【化４】
2017523777.tif 000005
【００８２】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、ＯＨまたはＳＨ、またはその塩であり；
上式で、Ｘ１、Ｘ２またはＸ４の少なくとも１つは、ＮＨまたはＳである。
【００８３】
一部の実施形態では、Ｘ１はＮＨである。他の実施形態では、Ｘ４はＮＨである。ある
特定の実施形態では、Ｘ２はＳである。
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは以下を含む：（ａ）コード領域；（ｂ）少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ；（ｃ）３’ＵＴＲ；および（ｄ）少なくとも１つの５’キャップ構造。他の実施形態では、ポリヌクレオチドは（ｅ）ポリＡテールをさらに含む。
【００８４】
一部の実施形態では、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの１つは、［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］を含む。
【００８５】
他の実施形態では、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの１つは［Ａｎ］を含み、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの別のものは［Ｂｏ］を含む。
【００８６】
ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（例えば、本明細書に記載されるヌクレオシド）を含む。
一部の実施形態では、Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ２〜９ヘテロシクリレンであり、例えば、複素環は以下の構造を有することができる：
【００８７】
【化５】
2017523777.tif 000006
【００８８】
ある特定の実施形態では、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの５員環の糖環の３’位置または６員環の糖環の４’位置で［Ａｎ］に、および、ヌクレオシドの１つの５員環の糖環の５’位置または６員環の糖環の６’位置で［Ｂｏ］に付着される。
【００８９】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは環状である。
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＶａまたはＶｂの構造を含む：
【００９０】
【化６】
2017523777.tif 000007
【００９１】
この方法は、式ＶＩａまたはＶＩｂの構造を有する化合物を：
【００９２】
【化７】
2017523777.tif 000008
【００９３】
式ＶＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【００９４】
【化８】
2017523777.tif 000009
【００９５】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立してＯ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、ＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨまたはＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ１７およびＲ１９の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ１８は、ハロゲンである。
【００９６】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＶＩＩＩａまたはＶＩＩＩｂの構造を含む：
【００９７】
【化９】
2017523777.tif 000010
【００９８】
この方法は、式ＩＸａまたはＩＸｂの構造を有する化合物を：
【００９９】
【化１０】
2017523777.tif 000011
【０１００】
式ＸａまたはＸｂの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０１０１】
【化１１】
2017523777.tif 000012
【０１０２】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立してＯ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ１およびＸ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨ、ＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ２０およびＲ２３の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２１およびＲ２２の各々は、独立して、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルコキシである。
【０１０３】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＸＩａ、ＸＩｂ、ＸＩＩａまたはＸＩＩｂの構造を含む：
【０１０４】
【化１２】
2017523777.tif 000013
【０１０５】
この方法は、式ＸＩＩＩａ、ＸＩＩＩｂ、ＸＩＶａまたはＸＩＶｂの構造を有する化合物を：
【０１０６】
【化１３】
2017523777.tif 000014
【０１０７】
【化１４】
2017523777.tif 000015
【０１０８】
式ＸＶａまたはＸＶｂの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０１０９】
【化１５】
2017523777.tif 000016
【０１１０】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、不在、Ｏ、ＮＨまたはＳまたはその塩であり；
Ｒ２４およびＲ２７の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２５およびＲ２６の各々は、不在もしくは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレンもしくは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレンであるか、またはＲ２５およびアルキニル基は任意選択で置換されたシクロアルキニルを一緒に形成する。
【０１１１】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＩＩを含む配列を有する：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
この方法は、式ＸＶＩの構造を有する化合物を：
［Ａｎ］−（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃ−Ｎ３
式ＸＶＩ
式ＸＶＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
Ｒ２７−（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆ−［Ｂｏ］
式ＸＶＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１０〜１０，０００、例えば、１０〜１０００または１０〜２０００であり；
Ｌ１は式ＩＩＩの構造を有し：
【０１１２】
【化１６】
2017523777.tif 000017
【０１１３】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から各々独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたトリアゾレンであり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ３〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
Ｒ２７は、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ３アルキニルまたは任意選択で置換されたＣ８〜Ｃ１２シクロアルキニルであり、
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する。
【０１１４】
一部の実施形態では、任意選択で置換されたトリアゾレンは、以下の構造を有する：
【０１１５】
【化１７】
2017523777.tif 000018
【０１１６】
本発明の様々な実施形態の詳細は、下の記載に示される。本発明の他の特徴、目的および利点は、記載および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかとなる。
一実施形態では、Ａの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）として機能を果たすことができる連結したヌクレオシドの配列を含むことができる。連結したヌクレオシドの配列は、天然または合成の５’ＵＴＲであってもよい。非限定例として、キメラポリヌクレオチドは目的のポリペプチドをコードすることができ、Ａの連結したヌクレオシドの配列は、キメラポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの天然の５’ＵＴＲをコードすることができるか、または連結したヌクレオシドの配列は非異種５’ＵＴＲ、例えば、限定するものではないが、合成ＵＴＲであってよい。
【０１１７】
別の実施形態では、Ａの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、キャップ領域であってよい。キャップ領域は、５’ＵＴＲの機能を果たすＡの連結したヌクレオシド
の領域の５’側に位置することができる。キャップ領域は、少なくとも１つのキャップ、例えば、限定するものではないが、Ｃａｐ０、Ｃａｐ１、ＡＲＣＡ、イノシン、Ｎ１−メチル−グアノシン、２’フルオロ−グアノシン、７−デアザ−グアノシン、８−オキソ−グアノシン、２−アミノ−グアノシン、ＬＮＡ−グアノシン、２−アジド−グアノシン、Ｃａｐ２およびＣａｐ４を含むことができる。
【０１１８】
一実施形態では、Ｂの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、核酸配列の少なくとも１つのオープンリーディングフレームを含むことができる。核酸配列はコドン最適化されてもよく、および／または少なくとも１つの修飾を含むことができる。
【０１１９】
一実施形態では、Ｃの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、３’ＵＴＲとして機能を果たすことができる連結したヌクレオシドの配列を含むことができる。連結したヌクレオシドの配列は、天然または合成の３’ＵＴＲであってもよい。非限定例として、キメラポリヌクレオチドは目的のポリペプチドをコードすることができ、Ｃの連結したヌクレオシドの配列は、キメラポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの天然の３’ＵＴＲをコードすることができるか、または連結したヌクレオシドの配列は非異種３’ＵＴＲ、例えば、限定するものではないが、合成ＵＴＲであってよい。
【０１２０】
一実施形態では、Ａの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、５’ＵＴＲとして機能を果たす連結したヌクレオシドの配列を含み、Ｃの連結したヌクレオシドの領域の少なくとも１つは、３’ＵＴＲとして機能を果たす連結したヌクレオシドの配列を含む。一実施形態では、５’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲは、同じかまたは異なる種からであってもよい。別の実施形態では、５’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲは、同じかまたは異なる種からの異なるタンパク質からの天然の非翻訳領域をコードすることができる。
【０１２１】
一態様では、キメラポリヌクレオチドは、式Ｉを含む配列または構造を有し、
５’［Ａｎ］ｘ−Ｌ１−［Ｂｏ］ｙ−Ｌ２−［Ｃｐ］ｚ−Ｌ３  ３’
式Ｉ
上式で：
ＡおよびＢの各々は連結したヌクレオシドの領域を独立して含み；
Ｃは連結したヌクレオシドの任意選択の領域であり；
領域Ａ、ＢまたはＣの少なくとも１つは位置的に修飾され、位置的に修飾された前記領域は、アデノシン、チミジン、グアノシン、シチジンまたはウリジンの同じヌクレオシドタイプの１つまたは複数の少なくとも２つの化学的に修飾されたヌクレオシドを含み、同じタイプのヌクレオシドの化学的修飾の少なくとも２つは異なる化学的修飾であり；
ｎ、ｏおよびｐは、独立して１５〜１０００の間の整数であり；
ｘおよびｙは、独立して１〜２０であり；
ｚは、０〜５であり；
Ｌ１およびＬ２は、独立して、任意選択のリンカー部分であり、前記リンカー部分は核酸ベースまたは非核酸ベースであり；
Ｌ３は任意選択のコンジュゲートまたは任意選択のリンカー部分であり、前記リンカー部分は核酸ベースまたは非核酸ベースである。
【０１２２】
一部の実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は、式ＩＩＩの構造を有し：
【０１２３】
【化１８】
2017523777.tif 000019
【０１２４】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であって、式中、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ、ｇおよびｈが０である場合にはＲ４は結合ではなく；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの糖の３’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの糖の５’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの糖の５’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの糖の３’位置で）。
【０１２５】
他の実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は結合であるか、または式ＩＩＩの構造を有し：
【０１２６】
【化１９】
2017523777.tif 000020
【０１２７】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々
独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着し（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの糖の３’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの糖の５’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの糖の５’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの糖の３’位置で）；
［Ａｎ］または［Ｂｏ］の少なくとも１つは、式ＩＶの構造を含み：
【０１２８】
【化２０】
2017523777.tif 000021
【０１２９】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立してＯ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、ＯＨまたはＳＨ、またはその塩であり；
Ｘ１、Ｘ２またはＸ４の少なくとも１つは、ＮＨまたはＳである。
【０１３０】
例えば、一部の実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、以下の構造を含む：
【０１３１】
【化２１】
2017523777.tif 000022
【０１３２】
他の実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は、式ＩＩＩの構造を有し：
【０１３３】
【化２２】
2017523777.tif 000023
【０１３４】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任
意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であって、式中、ｃ、ｄ、ｅ、ｆ、ｇおよびｈが０である場合にはＲ４は結合ではなく；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置で）。
【０１３５】
一部の実施形態では、［Ａｎ］および［Ｂｏ］の少なくとも１つは、式ＩＶの構造を含み：
【０１３６】
【化２３】
2017523777.tif 000024
【０１３７】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、ＯＨまたはＳＨ、またはその塩である。
【０１３８】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを特徴として有し、そこで、ポリヌクレオチドは式ＩＩを含む配列を有し：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］
式ＩＩ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は結合であるか、または式ＩＩＩの構造を有し：
【０１３９】
【化２４】
2017523777.tif 000025
【０１４０】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０アルキレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルケニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１０アルキニレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ９ヘテロシクリレン、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリーレン、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ１００ポリエチレングリコレンまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ１０ヘテロアルキレンであるか、または（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃを（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆに連結する結合であり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着し（例えば、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置で、または、［Ａｎ］のヌクレオシドの５員環の糖環の５’位置もしくは６員環の糖環の６’位置および［Ｂｏ］のヌクレオシドの５員環の糖環の３’位置もしくは６員環の糖環の４’位置で）、
［Ａｎ］または［Ｂｏ］の少なくとも１つは、式ＩＶの構造を含み：
【０１４１】
【化２５】
2017523777.tif 000026
【０１４２】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、ＯＨまたはＳＨ、またはその塩であり；
Ｘ１、Ｘ２またはＸ４の少なくとも１つは、ＮＨまたはＳである。
【０１４３】
一部の実施形態では、Ｘ１はＮＨである。他の実施形態では、Ｘ４はＮＨである。ある特定の実施形態では、Ｘ２はＳである。
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは以下を含む：（ａ）コード領域；（ｂ）少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ；（ｃ）３’ＵＴＲ；および（ｄ）少なくとも１つの５’キャップ構造。他の実施形態では、ポリヌクレオチドは（ｅ）ポリＡテールをさらに含む。
【０１４４】
一部の実施形態では、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの１つは、［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］を含む。
【０１４５】
他の実施形態では、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの１つは［Ａｎ］を含み、コード領域、少なくとも１つのコザック配列を含む５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ構造またはポリＡテールの別のものは［Ｂｏ］を含む。
【０１４６】
ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（例えば、本明細書に記載されるヌクレオシド）を含む。
一部の実施形態では、Ｒ４は、任意選択で置換されたＣ２〜９ヘテロシクリレンであり、例えば、複素環は以下の構造を有することができる：
【０１４７】
【化２６】
2017523777.tif 000027
【０１４８】
ある特定の実施形態では、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの５員環の糖環の３’位置または６員環の糖環の４’位置で［Ａｎ］に、および、ヌクレオシドの１つの５員環の糖環の５’位置または６員環の糖環の６’位置で［Ｂｏ］に付着する。
【０１４９】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは環状である。
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式Ｖの構造を含む：
【０１５０】
【化２７】
2017523777.tif 000028
【０１５１】
この方法は、式ＶＩの構造を有する化合物を：
【０１５２】
【化２８】
2017523777.tif 000029
【０１５３】
式ＶＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０１５４】
【化２９】
2017523777.tif 000030
【０１５５】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨまたはＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ１７およびＲ１９の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ１８は、ハロゲンである。
【０１５６】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＶＩＩＩの構造を含む：
【０１５７】
【化３０】
2017523777.tif 000031
【０１５８】
この方法は、式ＩＸの構造を有する化合物を：
【０１５９】
【化３１】
2017523777.tif 000032
【０１６０】
式Ｘの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０１６１】
【化３２】
2017523777.tif 000033
【０１６２】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたア
ミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨ、ＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ２０およびＲ２３の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２１およびＲ２２の各々は、独立して、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルコキシである。
【０１６３】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＸＩの構造を含む：
【０１６４】
【化３３】
2017523777.tif 000034
【０１６５】
この方法は、式ＸＩＩの構造を有する化合物を：
【０１６６】
【化３４】
2017523777.tif 000035
【０１６７】
式ＸＩＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０１６８】
【化３５】
2017523777.tif 000036
【０１６９】
上式で、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨ、ＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ２４およびＲ２６の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２５は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレンもしくは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレンであるか、またはＲ２５およびアルキニル基は任意選択で置換されたシクロアルキニルを一緒に形成する。
【０１７０】
別の態様では、本発明は、ポリペプチドをコードするキメラポリヌクレオチドを含む組成物を生成する方法を特徴として有し、ポリヌクレオチドは式ＩＩを含む配列を有する：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］、
式ＩＩ
この方法は、式ＸＩＶの構造を有する化合物を：
［Ａｎ］−（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃ−Ｎ３
式ＸＩＶ
式ＸＶの構造を有する化合物と反応させることを含み：
Ｒ２７−（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆ−［Ｂｏ］
式ＸＶ
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は、式ＩＩＩの構造を有し：
【０１７１】
【化３６】
2017523777.tif 000037
【０１７２】
上式で、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
上式で、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から各々独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたトリアゾレンであり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ３〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
Ｒ２７は、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ３アルキニルまたは任意選択で置換されたＣ８〜Ｃ１２シクロアルキニルであり、
上式で、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する。
【０１７３】
一部の実施形態では、任意選択で置換されたトリアゾレンは、以下の構造を有する：
【０１７４】
【化３７】
2017523777.tif 000038
【０１７５】
図４および５は、式Ｉに基づく位置的修飾の様々なパターンを例示する一連のキメラポリヌクレオチドならびにブロックまたは構造化された３’末端を有するものの概略図を提供する。
【０１７６】
その一部または領域を含む本発明のキメラポリヌクレオチドは、ヘミマー、ギャップマー、ウィングマーまたはブロックマーに分類されてもよい。
本明細書で使用するように、「ヘミマー」は、化学的修飾（複数可）の１つのパターン、パーセント、位置または集団の半分、および化学的修飾（複数可）の第２のパターン、パーセント、位置または集団の半分を含む領域または一部を含むキメラポリヌクレオチドである。本発明のキメラポリヌクレオチドは、ヘミマー小領域を含むこともできる。一実施形態では、一部または領域は、１つの５０％および別の５０％である
一実施形態では、全体のキメラポリヌクレオチドが１つの５０％および他の５０％であってよい。本発明の任意のキメラポリヌクレオチドの任意の領域または一部が、ヘミマーであってよい。ヘミマーのタイプには、パターンヘミマー、集団ヘミマーまたは位置ヘミマーが含まれる。定義上、ヘミマーは５０：５０パーセントのヘミマーである。
【０１７７】
本明細書で使用するように、「ギャップマー」は、それらの一部または領域の間にギャップを有する少なくとも３つの一部または領域を有するキメラポリヌクレオチドである。「ギャップ」は、それに隣接する２つの一部または領域のキメラ性質と異なる、連結したヌクレオシドまたは単一のヌクレオシドの領域を含むことができる。ギャップマーの２つ
の一部または領域は、互いと同じであるかまたは異なってもよい。
【０１７８】
本明細書で使用するように、「ウィングマー」は、それらの一部または領域の間にギャップを有する少なくとも３つの一部または領域を有するキメラポリヌクレオチドである。ギャップマーと異なって、ウィングマーでギャップを囲む２つの隣接する一部または領域は、程度または種類で同じである。そのような類似性は、異なる修飾の単位の数の長さ、または修飾の数であってもよい。ウィングマーのウィングは、ギャップより長くてもまたは短くてもよい。ウィングの一部または領域は、長さがギャップを含む領域よりも２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％大きいかまたは短くてもよい。
【０１７９】
本明細書で使用するように、「ブロックマー」は、一部または領域が同等のサイズまたは数およびタイプの修飾である、パターン化ポリヌクレオチドである。ブロックマーでの領域または小領域は、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５、１８６、１８７、１８８、１８９、１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、１９７、１９８、１９９、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２１０、２１１、２１２、２１３、２１４、２１５、２１６、２１７、２１８、２１９、２２０、２２１、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、２２９、２３０、２３１、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２３９、２４０、２４１、２４２、２４３、２４４、２４５、２４６、２４７、２４８、２４９、２５０、２５１、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６８、２６９、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４、２７５、２７６、２７７、２７８、２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２８９、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９７、２９８、２９９、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０または５００ヌクレオシドの長さであってよい。
【０１８０】
化学的修飾パターンを有する、その一部または領域を含む本発明のキメラポリヌクレオチドは、「パターンキメラ」と呼ばれる。パターンキメラは、ブロックマーと呼ばれてもよい。パターンキメラは、領域または一部の中、全域またはそれらの間で修飾のパターンを有するポリヌクレオチドである。
【０１８１】
一部または領域の中の修飾のパターンは、規定の領域の中で開始および停止するパターンである。一部または領域全域にわたる修飾のパターンは、一部または領域で始まり、別の隣接する一部または領域で終わるパターンである。一部または領域の間の修飾のパターンは、１つの一部または領域で始まって終わり、必ずしも第１の領域または一部に隣接してない異なる一部または領域で繰り返されるものである。
【０１８２】
パターンキメラまたはブロックマーの領域または小領域は、単純な交互のパターン、例えばＡＢＡＢ［ＡＢ］ｎを有することができ、ここでは、各「Ａ」および各「Ｂ」は、異なる化学的修飾（塩基、糖または骨格リンカーの少なくとも１つで）、異なるタイプの化学的修飾（例えば、天然に存在するおよび天然に存在しない）、修飾の異なる百分率または修飾の異なる集団を表す。パターンは、ｎ回繰り返すことができ、ｎ＝３〜３００である。さらに、各ＡまたはＢは、パターンで１〜２５００単位（例えば、ヌクレオシド）を占めることができる。パターンは、ＡＡＢＢＡＡＢＢ［ＡＡＢＢ］ｎ（交互の二重多重）またはＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ［ＡＡＡＢＢＢ］ｎ（交互の三重多重）パターンなどの交互多重であってもよい。パターンは、ｎ回繰り返すことができ、ｎ＝３〜３００である。
【０１８３】
異なるパターンは、一緒にミックスして二次パターンを形成することもできる。例えば、単一の交互パターンを三重交互パターンと組み合わせて、二次交互パターンＡ’Ｂ’を形成することができる。１つの例は、［ＡＢＡＢＡＢ］［ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ］［ＡＢＡＢＡＢ］［ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ］［ＡＢＡＢＡＢ］［ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ］であろうが、そこで、［ＡＢＡＢＡＢ］はＡ’であり［ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ］はＢ’である。同様に、これらのパターンは、ｎ回繰り返すことができ、ｎ＝３〜３００である。
【０１８４】
パターンは、３つまたはそれを超える異なる修飾を含んで、ＡＢＣＡＢＣ［ＡＢＣ］ｎパターンを形成することができる。これらの３つの構成要素パターンは多重であっても、例えばＡＡＢＢＣＣＡＡＢＢＣＣ［ＡＡＢＢＣＣ］ｎであってもよく、他のパターンとの組合せ、例えばＡＢＣＡＢＣＡＡＢＢＣＣＡＢＣＡＢＣＡＡＢＢＣＣとして設計されてもよく、より高次のパターンであってもよい。
【０１８５】
位置、パーセントおよび集団修飾の領域または小領域は、各修飾タイプからの等しい寄与を反映する必要はない。それらは、「１−２−３−４」、「１−２−４−８」などの系列を形成することができ、ここで、各整数は特定の修飾タイプの単位の数を表す。あるいは、それらは奇数だけ、例えば「１−３−３−１−３−１−５」であっても、または偶数だけ「２−４−２−４−６−４−８」、または奇数と偶数の単位の混合、例えば「１−３−４−２−５−７−３−３−４」であってもよい。
【０１８６】
パターンキメラは、それらの化学的修飾が、程度（例えば上記のもの）または種類（例えば、異なる修飾）において異なり得る。
同じヌクレオシドタイプ（Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴまたはＵ）の２つまたはそれを超えるヌクレオシドメンバーの２つまたはそれを超える異なる化学的修飾を有する少なくとも１つの領域を有する、その一部または領域を含む本発明のキメラポリヌクレオチドは、「位置的に修飾された」キメラと呼ばれる。位置的に修飾されたキメラは、本明細書において、「選択的配置」キメラまたは「選択的配置ポリヌクレオチド」とも呼ばれる。名前が示すように、選択的配置は、任意のＡ、Ｃ、Ｇ、ＴまたはＵへの修飾が合成方法の理由で同じである、当技術分野のポリヌクレオチドと違って、ポリヌクレオチドまたはその領域で個々のＡ、Ｃ、Ｇ、ＴまたはＵへの異なる修飾を有することができるポリヌクレオチドの設計を指す。例えば、位置的に修飾されたキメラポリヌクレオチドでは、Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴまたはＵのヌクレオシドタイプのいずれかに対して２つまたはそれを超える異なる化学的修飾があってもよい。同じヌクレオシドタイプの任意の２つまたはそれを超えるものに対して、２つまたはそれを超えるものの組合せがあってもよい。例えば、位置的に修飾されたかまたは選択的配置のキメラポリヌクレオチドは、分子中のアデニンの集団への３つの異なる修飾を含むことができ、構築物中のシトシンの集団への３つの異なる修飾を有することもできる−その全ては特異な非ランダム配置を有することができる。
【０１８７】
化学的修飾パーセントを有する、その一部または領域を含む本発明のキメラポリヌクレオチドは、「パーセントキメラ」と呼ばれる。パーセントキメラは、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも５％、少なくとも８％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％の位置的、パターンまたは集団の修飾を含む領域または一部を有することができる。あるいは、パーセントキメラは、修飾の位置、パターンまたは集団に関して完全に修飾され得る。パーセントキメラの修飾のパーセントは、天然に存在するおよび天然に存在しない修飾の間で分割されてよい。
【０１８８】
化学的修飾集団を有する、その一部または領域を含む本発明のキメラポリヌクレオチドは、「集団キメラ」と呼ばれる。集団キメラは、ヌクレオシド（それらの塩基、糖または骨格連結またはそれらの組合せ）が修飾の選択集団を有する、領域または一部を含むことができる。そのような修飾は、機能的集団、例えば表現型の成果を誘導、変更またはモジュレートする修飾から選択されてよい。例えば、機能的集団は、サイトカインのレベルを増加させる化学的修飾の集団または選択物であってもよい。他の機能的集団は、１つまたは複数のサイトカインのレベルを減少させるために、個々にまたは総合的に機能を果たすことができる。したがって、キメラポリヌクレオチドでのこれらの類似機能修飾の選択物の使用は、「機能的集団キメラ」を構成するだろう。本明細書で使用するように、「機能的集団キメラ」は、その特異な機能的特徴が前記のような修飾の集団によって規定されるものであってよいか、またはこの用語はキメラポリヌクレオチド自体の全体的機能に適用されてよい。例えば、全体として、キメラポリヌクレオチドは、未修飾または非キメラのポリヌクレオチドと比較して、異なるかまたは優れた方法で機能を果たすことができる。
【０１８９】
同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかの均一な化学的修飾もしくは同じヌクレオシドタイプの全てまたはいずれかでの同じ出発修飾の単なる下方滴定によって生成される修飾の集団、または全てのウリジンがウリジン類似体、例えばプソイドウリジンと置き換えられる場合などの、同じヌクレオシドタイプであるがランダムな組み込みの全てまたはいずれかの化学的修飾の測定されたパーセントを有するポリヌクレオチドは、キメラとみなされないことに注意すべきである。同様に、ポリヌクレオチド全体で同じヌクレオシドタイプの２、３または４つの均一な化学的修飾を有する（例えば、全てのウリジンおよび全てのシトシン等が同じ方法で修飾される）ポリヌクレオチドは、キメラポリヌクレオチドとみなされない。キメラでないポリヌクレオチドの１つの例は、先行技術の正規のプソイドウリジン／５−メチルシトシン修飾ポリヌクレオチドである。これらの均一なポリヌクレオチドには、完全にｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写（ＩＶＴ）酵素合成を通して到達し；合成酵素の限界により、それらは、ポリヌクレオチドで見出される、同じヌクレオシドタイプの各々、すなわち、アデノシン（Ａ）、チミジン（Ｔ）、グアノシン（Ｇ）、シチジン（Ｃ）またはウリジン（Ｕ）の出現場所で１種類の修飾だけを含有する。そのようなポリヌクレオチドは、ＩＶＴポリヌクレオチドと特徴付けられ得る。
【０１９０】
本発明のキメラポリヌクレオチドは、構造的に修飾されるかまたは化学的に修飾されてもよい。本発明のキメラポリヌクレオチドが化学的および／または構造的に修飾されるとき、ポリヌクレオチドは「修飾されたキメラポリヌクレオチド」と呼ばれてよい。
【０１９１】
本発明の一部の実施形態では、キメラポリヌクレオチドは、２つまたはそれを超える目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。目的のそのようなペプチドまたはポリペプチドには、抗体の重鎖および軽鎖、酵素およびその基質、標識およびその結合性分子、第２メッセンジャーおよびその酵素または多量体タンパク質もしくは複合体の構成要素が含まれる。
【０１９２】
本発明のキメラポリヌクレオチドの領域または一部は、リンカーまたはスペーサー部分によって分けられてもよい。そのようなリンカーまたは空間は、核酸ベースであっても非ヌクレオシドであってもよい。
【０１９３】
一実施形態では、本発明のキメラポリヌクレオチドは、本明細書に記載される自己切断するペプチド、例えば、限定するものではないが、２Ａペプチドをコードする配列を含むことができる。キメラポリヌクレオチド中の２Ａペプチドのポリヌクレオチド配列は、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知である方法によって修飾されるかまたはコドン最適化されてもよい。
【０１９４】
上記にかかわらず、本発明のキメラポリヌクレオチドは、本明細書に規定される通りに位置的に修飾されていないかまたはキメラでない領域または一部を含むことができる。
例えば、キメラポリヌクレオチドの領域または一部は、１つまたは複数のＡ、Ｔ、Ｃ、ＧまたはＵで均一に修飾されてよいが、本発明により、ポリヌクレオチドは領域または一部の全体にわたって均一に修飾されることはない。
【０１９５】
キメラポリヌクレオチドの領域または一部は、長さが１５〜１０００ヌクレオシドであってよく、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるような２〜１００個の異なる領域または領域のパターンを有することができる。
【０１９６】
一実施形態では、キメラポリヌクレオチドは、１つまたは複数の目的のポリペプチドをコードする。別の実施形態では、キメラポリヌクレオチドは、実質的に非コードである。別の実施形態では、キメラポリヌクレオチドは、コードと非コードの両方の領域および一部を有する。
【０１９７】
図４は、図１のポリヌクレオチドの足場に基づくときの、本発明のある特定のキメラポリヌクレオチドの設計を例示する。この図には、パターン化領域が位置的に修飾される領域を表し、開放領域は、修飾されても修飾されなくてもよいが修飾されるときは均一に修飾される領域を例示する、キメラポリヌクレオチドの領域または一部が示される。本発明のキメラポリヌクレオチドは、完全に位置的に修飾されるか、または部分的に位置的に修飾されてもよい。それらは、任意のパターンまたは設計であってもよい小領域を有することもできる。キメラ小領域およびヘミマー小領域が、図２に示される。
【０１９８】
一実施形態では、ペプチドをコードする本発明のキメラポリヌクレオチドの領域の最短長は、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、ペンタペプチド、ヘキサペプチド、ヘプタペプチド、オクタペプチド、ノナペプチドまたはデカペプチドをコードするのに十分である長さであってよい。別の実施形態では、長さは、２〜３０アミノ酸、例えば５〜３０、１０〜３０、２〜２５、５〜２５、１０〜２５または１０〜２０アミノ酸のペプチドをコードするのに十分であってよい。長さは、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１７、２０、２５または３０アミノ酸のペプチド、または４０アミノ酸以下、例えば３５、３０、２５、２０、１７、１５、１４、１３、１２、１１または１０アミノ酸以下の長さのペプチドをコードするのに十分であってよい。ポリヌクレオチド配列がコードすることができるジペプチドの例には、限定するものではないが、カルノシンおよびアンセリンが含まれる。
【０１９９】
一実施形態では、目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする本発明のキメラポリヌクレオチドの領域の長さは、約３０ヌクレオチドを超える長さである（例えば、少なくとも約３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６０
０、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００、１，９００、２，０００、２，５００および３，０００、４，０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００もしくはそれを超えるか、または１００，０００以下のヌクレオチド）。本明細書で使用するように、そのような領域は、「コード領域」または「コードする領域」と呼ばれてもよい。
【０２００】
一部の実施形態では、キメラポリヌクレオチドは、約３０から約１００，０００ヌクレオチドを含む（例えば、３０から５０、３０から１００、３０から２５０、３０から５００、３０から１，０００、３０から１，５００、３０から３，０００、３０から５，０００、３０から７，０００、３０から１０，０００、３０から２５，０００、３０から５０，０００、３０から７０，０００、１００から２５０、１００から５００、１００から１，０００、１００から１，５００、１００から３，０００、１００から５，０００、１００から７，０００、１００から１０，０００、１００から２５，０００、１００から５０，０００、１００から７０，０００、１００から１００，０００、５００から１，０００、５００から１，５００、５００から２，０００、５００から３，０００、５００から５，０００、５００から７，０００、５００から１０，０００、５００から２５，０００、５００から５０，０００、５００から７０，０００、５００から１００，０００、１，０００から１，５００、１，０００から２，０００、１，０００から３，０００、１，０００から５，０００、１，０００から７，０００、１，０００から１０，０００、１，０００から２５，０００、１，０００から５０，０００、１，０００から７０，０００、１，０００から１００，０００、１，５００から３，０００、１，５００から５，０００、１，５００から７，０００、１，５００から１０，０００、１，５００から２５，０００、１，５００から５０，０００、１，５００から７０，０００、１，５００から１００，０００、２，０００から３，０００、２，０００から５，０００、２，０００から７，０００、２，０００から１０，０００、２，０００から２５，０００、２，０００から５０，０００、２，０００から７０，０００および２，０００から１００，０００）。
【０２０１】
本発明により、キメラポリヌクレオチドの領域または小領域は、独立して長さが１５〜１，０００ヌクレオチドの範囲内であってもよい（例えば、３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００および９５０ヌクレオチドを超えるか、または少なくとも３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０および、１，０００ヌクレオチド）。
【０２０２】
本発明により、キメラポリヌクレオチドの領域または小領域は、長さが０から５００ヌクレオチドの範囲内であってよい（例えば、少なくとも６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００ヌクレオチド）。領域がポリＡテールである場合は、ポリＡ結合性タンパク質の結合の単位でまたは関数として長さが決定されてもよい。この実施形態では、ポリＡテールは、ポリＡ結合性タンパク質の少なくとも４つのモノマーに結合するのに十分長い。ポリＡ結合性タンパク質モノマーは、概ね３８ヌクレオチドのひと続きの配列に結合する。このように、約８０ヌクレオチドから約１６０ヌクレオチドのポリＡテールが機能的と観察された。ｍＲＮＡとして機能を果たす
本発明のキメラポリヌクレオチドは、ポリＡテールを備える必要がない。
【０２０３】
本発明により、ｍＲＮＡとして機能を果たすキメラポリヌクレオチドは、キャッピング領域を有することができる。キャッピング領域は、単一のキャップまたはキャップを形成する一連のヌクレオチドを含むことができる。この実施形態では、キャッピング領域は、長さが１から１０、例えば２〜９、３〜８、４〜７、１〜５、５〜１０または少なくとも２、または１０以下のヌクレオチドであってもよい。一部の実施形態では、キャップは不在である。
【０２０４】
本発明は、環状または環式であるキメラポリヌクレオチドを企図する。名前が示すように、環状ポリヌクレオチドは本来環状であり、それは、末端が、ライゲーション、共有結合、同じタンパク質または他の分子または複合体との共通の関連によるか、またはハイブリダイゼーションによるかどうかにかかわらず、何らかの方法で連結されることを意味する。例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１４年９月３日に出願された同時係属の国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５３９０４（代理人整理番号Ｍ０５１．２０）で教示される環状ポリヌクレオチドのいずれも、本発明によってキメラにされ得る。
【０２０５】
キメラポリヌクレオチド、キメラポリヌクレオチドを含む製剤および組成物、ならびにキメラポリヌクレオチドを作製、使用および投与する方法も、その各々は完全に援用する、２０１４年９月３日に出願された同時係属の国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５３９０７（代理人整理番号Ｍ０５７．２０）に記載される。
【０２０６】
環状ポリヌクレオチド構造
本発明は、環状または環式であるポリヌクレオチドを企図する。名前が示すように、環状ポリヌクレオチドは本来環状であり、それは、末端が、ライゲーション、共有結合、同じタンパク質または他の分子または複合体との共通の関連によるか、またはハイブリダイゼーションによるかどうかにかかわらず、何らかの方法で連結されることを意味する。例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５（代理人整理番号Ｍ０５１．２０）に教示される環状ポリヌクレオチドのいずれか。
【０２０７】
本発明の環状ポリヌクレオチドは、図６Ａ〜６Ｇに示す環状ＲＮＡ構築物足場によって設計されてよい。これらの図も、同時係属の国際出願番号ＷＯ２０１５０３４９２５（代理人整理番号Ｍ０５１．２０）に記載され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。そのようなポリヌクレオチドは、環状ポリヌクレオチドまたは環状構築物と呼ばれてもよい。
【０２０８】
少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする本発明の環状ポリヌクレオチドまたはｃｉｒｃＰは、環状ＲＮＡまたはｃｉｒｃＲＮＡとして公知である。本明細書で使用するように、「環状ＲＮＡ」または「ｃｉｒｃＲＮＡ」は、少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる環状ポリヌクレオチドを意味する。少なくとも１つのセンサー配列を含み、目的のペプチドまたはポリペプチドをコードしない本発明のｃｉｒｃＰは、環状スポンジまたはｃｉｒｃＳＰとして公知である。本明細書で使用するように、「環状スポンジ」、「環状ポリヌクレオチドスポンジ」または「ｃｉｒｃＳＰ」は、少なくとも１つのセンサー配列を含み、目的のポリペプチドをコードしない環状ポリヌクレオチドを意味する。本明細書で使用するように、「センサー配列」は、内因性の核酸結合性分子の受容体または偽受容体を意味する。センサー配列の非限定例には、マイクロＲＮＡ結合部位、マイクロＲＮＡシード配列、シード配列のないマイクロＲＮＡ結合部位、転写因子結合部位、および偽受容体として作用するように工学
的に操作された人工結合部位ならびにその部分および断片が含まれる。
【０２０９】
少なくとも１つのセンサー配列を含み、少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする本発明のｃｉｒｃＰは、環状ＲＮＡスポンジまたはｃｉｒｃＲＮＡ−ＳＰとして公知である。本明細書で使用するように「環状ＲＮＡスポンジ」または「ｃｉｒｃＲＮＡ−ＳＰ」は、少なくとも１つのセンサー配列および少なくとも１つの目的のペプチドまたはポリペプチドをコードする少なくとも１つの領域を含む環状ポリヌクレオチドを意味する。
【０２１０】
図６Ａ〜６Ｇは、本発明の環状ポリヌクレオチドの代表的環状構築物２００を示す。本明細書で使用するように、用語「環状構築物」は、ＲＮＡ分子に実質的に類似した作用をすることができ、その特性を有する環状ポリヌクレオチド転写物を指す。一実施形態では、環状構築物は、ｍＲＮＡとして作用する。環状構築物が１つまたは複数の目的のペプチドまたはポリペプチド（例えば、ｃｉｒｃＲＮＡまたはｃｉｒｃＲＮＡ−ＳＰ）をコードするならば、ポリヌクレオチド転写物は、その中にコードされる目的のポリペプチドが翻訳されることを可能にするのに十分な構造的および／または化学的特徴を保持する。環状構築物は、本発明のポリヌクレオチドであってよい。構造的または化学的に修飾されるとき、構築物は修飾されたｃｉｒｃＰ、修飾されたｃｉｒｃＳＰ、修飾されたｃｉｒｃＲＮＡまたは修飾されたｃｉｒｃＲＮＡ−ＳＰと呼ばれてもよい。
【０２１１】
図６Ａに転じると、ここの環状構築物２００は、第１の隣接領域２０４および第２の隣接領域２０６に隣接する連結したヌクレオチドの第１の領域２０２を含有する。本明細書で使用するように、「第１の領域」は、「コード領域」、「非コード領域」または「コードする領域」または単に「第１の領域」と呼ばれてもよい。一実施形態では、この第１の領域は、ヌクレオチド、例えば、限定するものではないが、少なくとも１つの目的のペプチドもしくはポリペプチドをコードするものおよび／またはセンサー領域をコードするヌクレオチドを含むことができる。目的のペプチドまたはポリペプチドは、シグナルペプチド配列領域２０３によってコードされる１つまたは複数のシグナルペプチド配列を、その５’末端に含むことができる。第１の隣接領域２０４は、ｍＲＮＡおよび／またはＤＮＡ配列中の非翻訳領域（ＵＴＲ）と同様に作用することができる、連結したヌクレオシドまたはその部分の領域を含むことができる。第１の隣接領域は、極性の領域２０８を含むこともできる。極性の領域２０８は、ＩＲＥＳ配列またはその部分を含むことができる。非限定例として、線状化したとき、この領域は、第１の領域２０２の５’末端の上に第１の部分を、および第１の領域２０２の３’末端の上に第２の部分を有するように分割されてよい。第２の隣接領域２０６は、テーリング配列領域２１０を含むことができ、ｍＲＮＡおよび／またはＤＮＡ中のＵＴＲと同様に作用することができる、連結したヌクレオチドまたはその部分の領域２１２を含むことができる。
【０２１２】
第１の領域２０２の５’末端と第１の隣接領域２０４の架橋は、第１の作動領域２０５である。一実施形態では、この作動領域は、開始コドンを含むことができる。代わりに、作動領域は、開始コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。
【０２１３】
第１の領域２０２の３’末端と第２の隣接領域２０６の架橋は、第２の作動領域２０７である。伝統的に、この作動領域は、終止コドンを含む。代わりに、作動領域は、終止コドンを含む任意の翻訳開始配列またはシグナルを含むことができる。本発明により、複数の連続的終止コドンが使用されてもよい。一実施形態では、本発明の作動領域は、２つの終止コドンを含むことができる。第１の終止コドンは「ＴＧＡ」または「ＵＧＡ」であってもよく、第２の終止コドンは、「ＴＡＡ」、「ＴＧＡ」、「ＴＡＧ」、「ＵＡＡ」、「ＵＧＡ」または「ＵＡＧ」からなる群から選択されてもよい。
【０２１４】
図６Ｂに転じると、少なくとも１つの非核酸部分２０１は、第１の隣接領域２０４を第２の隣接領域２０６の近くに持ってくるために非核酸部分２０１が使用される、環状構築物２００を調製するために使用されてよい。本発明で使用されてよい非核酸部分の非限定例は、本明細書に記載される。環状構築物２００は１つを超える非核酸部分を含むことができ、そこでは、追加の非核酸部分は第１の非核酸部分に対して異種または同種であってもよい。
【０２１５】
図６Ｃに転じると、連結したヌクレオシドの第１の領域２０２は、スペーサー領域２１４を含むことができる。このスペーサー領域２１４は、１つを超えるオープンリーディングフレーム、非コード領域またはオープンリーディングフレームおよび非コード領域を環状構築物が含むことができるように、連結したヌクレオシドの第１の領域２０２を分けるために使用されてよい。
【０２１６】
図６Ｄに転じると、第２の隣接領域２０６は、３’ＵＴＲ  ２１２に１つまたは複数のセンサー領域２１６を含むことができる。本明細書で論じたこれらのセンサー配列は、環状構築物の局所の微小環境のリガンドのための偽受容体（または結合部位）として作動する。例えば、それらが環状ポリヌクレオチドの環境中に存在する任意のマイクロＲＮＡのための偽受容体として機能を果たすように、マイクロＲＮＡ結合部位またはｍｉＲＮＡシードはセンサーとして使用されてよい。図６Ｄに示すように、１つまたは複数のセンサー領域２１６は、スペーサー領域２１４によって分けられてよい。
【０２１７】
図６Ｅに示すように、１つまたは複数のセンサー領域２１６を含む環状構築物２００は、連結したヌクレオシドの第１の領域２０２にスペーサー領域２１４を含むこともできる。図６Ｂについて上で論じたように、このスペーサー領域２１４は、１つを超えるオープンリーディングフレームおよび／または１つを超える非コード領域を環状構築物が含むことができるように、連結したヌクレオシドの第１の領域２０２を分けるために使用されてよい。
【０２１８】
図６Ｆに転じると、環状構築物２００は、少なくとも１つの非コード領域、例えば、限定するものではないが、センサー領域２１６を含むｃｉｒｃＳＰとして公知である非コード構築物であってよい。センサー領域２１６の各々は、限定するものではないが、ｍｉＲ配列、ｍｉＲシード、ｍｉＲ結合部位および／またはシードなしのｍｉＲ配列を含むことができる。
【０２１９】
図６Ｇに転じると、少なくとも１つの非核酸部分２０１は、非コード構築物である環状構築物２００を調製するために使用されてよい。非コード構築物である環状構築物２００は１つを超える非核酸部分を含むことができ、そこでは、追加の非核酸部分は第１の非核酸部分に対して異種または同種であってもよい。
【０２２０】
環状ポリヌクレオチド、環状ポリヌクレオチドを含む製剤および組成物、ならびに環状ポリヌクレオチドを作製、使用および投与する方法は、同時係属の国際特許出願公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５にも記載され、その内容は完全に援用する。
【０２２１】
ポリヌクレオチドの多量体
本発明により、複数の異なるポリヌクレオチド、例えば、キメラポリヌクレオチドおよび／またはＩＶＴポリヌクレオチドは、３’末端で修飾されたヌクレオチドを使用して３’末端を通して一緒に連結され得る。細胞への送達の化学量を制御するために、化学的コンジュゲーションが使用されてよい。例えば、細胞脂肪酸代謝を変更するために、グリオキシル酸回路酵素、イソクエン酸リアーゼおよびリンゴ酸合成酵素は１：１の比で細胞に供給され得る。この比は、１つのポリヌクレオチド種で３’アジド末端ヌクレオチドを、
および反対のポリヌクレオチド種でＣ５−エチニルまたはアルキニル含有ヌクレオチドを使用して、キメラポリヌクレオチドおよび／またはＩＶＴポリヌクレオチドを化学的に連結することによって制御され得る。修飾されたヌクレオチドは、製造業者のプロトコールに従って末端転移酵素（ニューイングランドバイオラブ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）、イプスウィッチ（Ｉｐｓｗｉｃｈ）、ＭＡ）を使用して、転写後に加えられる。３’修飾ヌクレオチドの添加の後、銅の存在下または不在下で２つのポリヌクレオチド種を水溶液中で合わせて、文献に記載のクリック化学機構を通して新しい共有結合を形成することができる。
【０２２２】
別の例では、官能化されたリンカー分子を使用して、２つを超えるポリヌクレオチド、例えばキメラポリヌクレオチドおよび／またはＩＶＴポリヌクレオチドが一緒に連結されてよい。例えば、３’官能化ｍＲＮＡ分子（すなわち、３’−マレイミドエステル、３’−ＮＨＳエステル、アルキニル）の上で同族部分と反応する複数の化学的反応性基（ＳＨ−、ＮＨ２−、Ｎ３など）を含有するように、官能化されたサッカライド分子が化学的に修飾されてよい。修飾されたサッカライドの上の反応性基の数は、コンジュゲートしたキメラポリヌクレオチドおよび／またはＩＶＴポリヌクレオチドの化学量的な比を直接的に制御するために、化学量的な方法で制御され得る。
【０２２３】
一実施形態では、キメラポリヌクレオチドおよび／またはＩＶＴポリヌクレオチドは、パターン中で一緒に連結されてよい。パターンは、ＣＤ［ＣＤ］ｘなどの単純な交互パターンであってよく、そこで、各「Ｃ」および各「Ｄ」は、キメラポリヌクレオチド、ＩＶＴポリヌクレオチド、異なるキメラポリヌクレオチドまたは異なるＩＶＴポリヌクレオチドを表す。パターンは、ｘ回繰り返すことができ、ｘ＝１〜３００である。パターンは、ＣＣＤＤ［ＣＣＤＤ］ｘ（交互の二重多重）またはＣＣＣＤＤＤ［ＣＣＣＤＤＤ］ｘ（交互の三重多重）パターンなどの交互多重であってもよい。交互の二重多重または交互の三重多重は、ｘ回繰り返すことができ、ｘ＝１〜３００である。
【０２２４】
ポリヌクレオチドのコンジュゲートおよび組合せ
タンパク質生成をさらに増強するために、本発明のポリヌクレオチドは、他のポリヌクレオチド、色素、挿入剤（例えばアクリジン）、架橋剤（例えばソラレン、マイトマイシンＣ）、ポルフィリン（ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン）、多環式芳香族炭化水素（例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン）、人工エンドヌクレアーゼ（例えばＥＤＴＡ）、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ（例えば、ＰＥＧ−４０Ｋ）、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換されたアルキル、放射標識されたマーカー、酵素、ハプテン（例えばビオチン）、運搬／吸収促進剤（例えば、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸）、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、例えば糖タンパク質、またはペプチド、例えば共リガンドに特異的親和性を有する分子、または抗体、例えば特定の細胞型、例えばがん細胞、内皮細胞もしくは骨細胞に結合する抗体、ホルモンおよびホルモン受容体、非ペプチド種、例えば脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子または薬物とコンジュゲートするように設計されてよい。
【０２２５】
コンジュゲーションは、増加した安定性および／または半減期をもたらすことができ、細胞、組織または生物体の特異的部位をポリヌクレオチドの標的にさせることで特に有益であり得る。
【０２２６】
本発明により、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡｉ薬剤、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ結合部位、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム、触媒ＤＮＡ、ｔＲＮＡ、三重ヘリックス形成を誘導するＲＮＡ、アプタマーまたはベクター等の１つまたは複数で投与され、それとコンジュゲートされ、またはそれをさらにコードすることもできる。
【０２２７】
二官能性ポリヌクレオチド
本発明の一実施形態には、二官能性ポリヌクレオチド（例えば、二官能性ＩＶＴポリヌクレオチド、二官能性キメラポリヌクレオチドまたは二官能性環状ポリヌクレオチド）がある。名前が示すように、二官能性ポリヌクレオチドは、少なくとも２つの機能を有するかまたはそれが可能なものである。これらの分子は、慣例により多官能性と呼ばれてもよい。二官能性ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の段落［０００１７６］〜［０００１７８］に記載される。
【０２２８】
非コードポリヌクレオチド
本明細書に記載されるように、部分的または実質的に翻訳可能でない配列を有する、例えば非コード領域を有するポリヌクレオチドが提供される。１つの非限定例として、非コード領域は、ＩＶＴポリヌクレオチドまたは環状ポリヌクレオチドの第１の領域であってよい。あるいは、非コード領域は、第１の領域以外の領域であってよい。別の非限定例として、非コード領域は、キメラポリヌクレオチドのＡ、Ｂおよび／またはＣ領域であってよい。
【０２２９】
そのような分子は一般に翻訳されないが、リボソームタンパク質または転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）などの１つまたは複数の翻訳機構構成要素への結合およびそれの隔離の１つまたは複数によって、タンパク質生成に対する効果を発揮することができ、それによって、細胞でのタンパク質発現を効果的に低減するか、または細胞で１つまたは複数の経路もしくはカスケードをモジュレートし、それは次にタンパク質レベルを変化させる。ポリヌクレオチドは、１つまたは複数の長い非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡまたはｌｉｎｃＲＮＡ）もしくはその部分、小さい核小体ＲＮＡ（ｓｎｏ−ＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはＰｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）を含有するかまたはコードすることができる。そのいずれもポリヌクレオチドでコードされ得るそのようなｌｎｃＲＮＡを標的にするように設計されたそのようなｌｎｃＲＮＡ分子およびＲＮＡｉ構築物の例は、国際公開ＷＯ２０１２／０１８８８１Ａ２で教示され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０２３０】
目的のポリペプチド
本発明のポリヌクレオチドは、１つまたは複数の目的のペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。それらは、１つまたは複数のペプチドまたはポリペプチドのレベル、シグナル伝達または機能に影響することもできる。本発明による目的のポリペプチドには、例えば、国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１７３６の表６；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７２の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７１の表６、１７８および１７９；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６７の表６、１８５および１８６、に掲載されたものに教示されているもののいずれも含まれ、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０２３１】
本発明により、ポリヌクレオチドは、１つまたは複数の目的のポリペプチドまたはその断片をコードするように設計されてよい。目的のそのようなポリペプチドには、限定するものではないが、完全なポリペプチド、複数のポリペプチドまたはポリペプチドの断片が含まれてもよく、それらは、ポリヌクレオチドの１つまたは複数の領域もしくは一部、またはその全体によって独立してコードされてもよい。本明細書で使用するように、用語「目的のポリペプチド」は、本発明のポリヌクレオチドの中でコードされるか、またはその機能がそれによって影響されるように選択される、任意のポリペプチドを指す。
【０２３２】
本明細書で使用するように、「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって最も頻繁に一緒に連結されるアミノ酸残基（天然または非天然）のポリマーを意味する。本用語は、本明細書で使用するように、任意のサイズ、構造または機能のタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドを指す。一部の場合には、コードされるポリペプチドは約５０アミノ酸より小さく、この場合、ポリペプチドはペプチドと呼ばれる。ポリペプチドがペプチドである場合は、それは少なくとも約２、３、４、または少なくとも５アミノ酸残基の長さになる。したがって、ポリペプチドには、遺伝子生成物、天然に存在するポリペプチド、合成ポリペプチド、上述の相同体、オルソログ、パラログ、断片ならびに他の同等物、変異体および類似体が含まれる。ポリペプチドは単一の分子であってよいか、またはダイマー、トリマーもしくはテトラマーなどの多分子複合体であってもよい。それらは抗体またはインスリンなどの単鎖または多連鎖ポリペプチドを備えることもでき、会合または連結されてもよい。最も一般的には、ジスルフィド結合が多連鎖ポリペプチドで見出される。用語ポリペプチドは、１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工の化学的類似体であるアミノ酸ポリマーに適用されてもよい。
【０２３３】
用語「ポリペプチド変異体」は、天然のまたは参照配列とそれらのアミノ酸配列が異なる分子を指す。アミノ酸配列変異体は、アミノ酸配列の中のある特定の位置に、天然のまたは参照配列と比較して置換、欠失および／または挿入を保有することができる。通常、変異体は、天然のまたは参照配列と少なくとも約５０％の同一性（相同性）を保有し、好ましくは、それらは天然のまたは参照配列と少なくとも約８０％、より好ましくは少なくとも約９０％同一（相同的）である。
【０２３４】
一部の実施形態では、「変異体模倣物」が提供される。本明細書で使用するように、用語「変異体模倣物」は、活性化配列を模倣するだろう１つまたは複数のアミノ酸を含有するものである。例えば、グルタミン酸はホスホロ−トレオニンおよび／またはホスホロ−セリンの模倣物の役割をすることができる。あるいは、変異体模倣物は失活または模倣物を含有する不活性化生成物をもたらすことができ、例えば、フェニルアラニンはチロシンのための不活性化置換物として作用することができ；または、アラニンはセリンのための不活性化置換物として作用することができる。
【０２３５】
「相同性」は、アミノ酸配列に適用されるとき、最大パーセント相同性を達成するために、必要に応じて配列を整列させ、ギャップを導入した後に、第２の配列のアミノ酸配列中の残基と同一である、候補アミノ酸配列中の残基の百分率と規定される。整列のための方法およびコンピュータプログラムは、当技術分野で周知である。相同性はパーセント同一性の計算に依存するが、計算に導入されるギャップおよびペナルティにより値が異なり得ると理解される。
【０２３６】
ポリペプチド配列に適用されるとき、「相同体」は、第２の種の第２の配列と実質的な同一性を有する他の種の対応配列を意味する。
「類似体」は、１つまたは複数のアミノ酸変更、例えば、親または出発ポリペプチドの特性の１つまたは複数をなお維持する、アミノ酸残基の置換、付加または欠失で異なるポリペプチド変異体を含むことを意味する。
【０２３７】
本発明は、変異体および誘導体を含む、ポリペプチドベースの数種類の組成物を企図する。これらには、置換型、挿入型、欠失型および共有結合性の変異体および誘導体が含まれる。用語「誘導体」は、用語「変異体」と同義的に使用されるが、参照分子または出発分子と比較して任意の方法で修飾および／または変更された分子を一般に指す。
【０２３８】
このように、参照配列、特に本明細書に開示されるポリペプチド配列に関して置換、挿入および／または付加、欠失ならびに共有結合性修飾を含有するペプチドまたはポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチドは、本発明の範囲に含まれる。例えば、配列タグまたはアミノ酸、例えば１つまたは複数のリシンが、本発明のペプチド配列に加えられてよい（例えば、Ｎ末端またはＣ末端に）。配列タグは、ペプチドの精製または局在化のために使用され得る。ペプチド溶解性を増加させるかまたはビオチン化を可能にするために、リシンが使用されてよい。あるいは、ペプチドまたはタンパク質のアミノ酸配列のカルボキシおよびアミノ末端領域に位置するアミノ酸残基が任意選択で削除されて、トランケーションされた配列を提供することができる。あるいは、例えば可溶性であるかまたは固体支持体に連結されたより大きな配列の一部としての配列の発現のように、配列の使用によっては、ある特定のアミノ酸（例えば、Ｃ末端またはＮ末端残基）が削除されてよい。
【０２３９】
「置換型変異体」は、ポリペプチドを指すとき、天然または出発配列の少なくとも１つのアミノ酸残基が取り除かれ、同じ位置にその代わりに異なるアミノ酸が挿入されたものである。置換は、分子中の１つのアミノ酸だけが置換された単一型、または同じ分子中で２つまたはそれを超えるアミノ酸が置換された複数型であってもよい。
【０２４０】
本明細書で使用するように、用語「保存的アミノ酸置換」は、配列に通常存在するアミノ酸の、類似のサイズ、電荷または極性の異なるアミノ酸による置換を指す。保存的置換の例には、イソロイシン、バリンおよびロイシンなどの無極性（疎水性）残基の別の無極性残基への置換が含まれる。同様に、保存的置換の例には、アルギニンとリシンの間、グルタミンとアスパラギンとの間およびグリシンとセリンとの間などの、１つの極性（親水性）残基の別のものへの置換が含まれる。さらに、リシン、アルギニンもしくはヒスチジンなどの塩基性残基の別への置換、またはアスパラギン酸もしくはグルタミン酸などの１つの酸性残基の別の酸性残基への置換は、保存的置換の追加例である。非保存的置換の例には、イソロイシン、バリン、ロイシン、アラニン、メチオニンなどの無極性（疎水性）アミノ酸残基のシステイン、グルタミン、グルタミン酸もしくはリシンなどの極性（親水性）残基への置換、および／または極性残基の無極性残基への置換が含まれる。
【０２４１】
「挿入型変異体」は、ポリペプチドを指すとき、天然または出発配列中の特定の位置のアミノ酸の直ぐ隣に挿入された１つまたは複数のアミノ酸を有するものである。アミノ酸の「直ぐ隣に」は、アミノ酸のアルファ−カルボキシまたはアルファ−アミノ官能基のいずれかに接続されることを意味する。
【０２４２】
「欠失型変異体」は、ポリペプチドを指すとき、天然または出発アミノ酸配列中の１つまたは複数のアミノ酸が取り除かれたものである。通常、欠失型変異体は、分子の特定領域で１つまたは複数のアミノ酸が削除される。
【０２４３】
「共有結合性誘導体」は、ポリペプチドを指すとき、有機タンパク性もしくは非タンパク性誘導体化剤による天然もしくは出発タンパク質の修飾、および／または翻訳後修飾を含む。タンパク質の標的化アミノ酸残基を、選択された側鎖または末端残基と反応することが可能である有機誘導体化剤と反応させることによって、または選択された組換え宿主細胞中で機能する翻訳後修飾の機構を利用することによって、共有結合性修飾が伝統的に導入される。その結果としての共有結合性誘導体は、生物学的活性のために、イムノアッセイのために、または組換え糖タンパク質の免疫親和性精製のための抗タンパク質抗体の調製のために重要な残基を識別することに向けられたプログラムで有益である。そのような修飾は当技術分野の通常の範囲内であり、不相応な実験なしで実行される。
【０２４４】
ある特定の翻訳後修飾は、発現されるポリペプチドへの組換え宿主細胞の作用の結果である。グルタミニルおよびアスパラギニル残基は、翻訳後に対応するグルタミルおよびアスパルチル残基に頻繁に脱アミド化される。あるいは、これらの残基は、緩酸性条件下で脱アミド化される。これらの残基のいずれの形態も、本発明によって生成されるポリペプ
チドに存在することができる。
【０２４５】
他の翻訳後修飾には、プロリンおよびリシンのヒドロキシル化、セリルまたはトレオニン残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のアルファ−アミノ基のメチル化が含まれる（ティー  イー  クレイトン（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ）、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ、ダブリュー  エッチ  フリーマン  アンド社（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．、サンフランシスコ（Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）、ｐｐ．７９−８６（１９８３））。
【０２４６】
ポリペプチドを指すとき、「特徴」は、分子の異なるアミノ酸配列ベースの構成要素と規定される。本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの特徴には、表面発現、局所の立体配置的形状、折畳み、ループ、半ループ、ドメイン、半ドメイン、部位、末端またはそれらの任意の組合せが含まれる。
【０２４７】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「表面発現」は、最も外側の表面に出現するタンパク質のポリペプチドベースの構成要素を指す。
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「局所の立体配置的形状」は、タンパク質の定義可能な空間の中に位置するタンパク質のポリペプチドベースの構造的発現を意味する。
【０２４８】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「折畳み」は、エネルギー最小化によるアミノ酸配列のその結果としての立体配置を指す。折畳みは、折畳み過程の二次または三次レベルで起こり得る。二次レベルの折畳みの例には、βシートおよびαヘリックスが含まれる。三次折畳みの例には、エネルギッシュな力の集合または分離により形成されるドメインおよび領域が含まれる。このように形成される領域には、疎水性および親水性のポケット等が含まれる。
【０２４９】
本明細書で使用するように、タンパク質立体配座に関して、用語「曲がり」は、ペプチドまたはポリペプチドの骨格の方向を変化させる屈曲を意味し、１つ、２つ、３つまたはそれを超えるアミノ酸残基を含むことができる。
【０２５０】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「ループ」は、ペプチドまたはポリペプチドの骨格の方向を反転させる役目をすることができる、ポリペプチドの構造的特徴を指す。ループがポリペプチドで見出され、骨格の方向を変化させるだけの場合、それは４つまたはそれを超えるアミノ酸残基を備えることができる。オリバら（Ｏｌｉｖａ  ｅｔ  ａｌ．）は、タンパク質ループの少なくとも５つのクラスを同定した（Ｊ．Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２６６（４）：８１４−８３０；１９９７）。ループは、開放的であるかまたは閉鎖的であってもよい。閉鎖的ループまたは「環式」ループは、架橋部分の間に２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超えるアミノ酸を備えることができる。そのような架橋部分は、ジスルフィド架橋を有するポリペプチドで一般的なシステイン−システイン架橋（Ｃｙｓ−Ｃｙｓ）を備えることができるか、あるいは、架橋部分は本明細書で使用されるジブロモジリル剤などの非タンパクベースであってもよい。
【０２５１】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「半ループ」は、それが由来するループの少なくとも半数のアミノ酸残基を有する、同定されたループの部分を指す。ループは、必ずしも偶数のアミノ酸残基を含有することができるとは限らないことが理解される。したがって、ループが奇数のアミノ酸を含有するかまたは備えると同定される場合は、奇数ループの半ループは、ループの自然数部分またはその次の自然数部分を備える（ループのアミノ酸の数／２＋／−０．５アミノ酸）。例えば、７アミノ酸ループと同
定されるループは、３アミノ酸または４アミノ酸の半ループを生成し得る（７／２＝３．５＋／−０．５は３または４である）。
【０２５２】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「ドメイン」は、１つまたは複数の識別可能な構造的または機能的特性または性質（例えば、結合能力、タンパク質−タンパク相互作用のための部位の役割をする）を有する、ポリペプチドのモチーフを指す。
【０２５３】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、用語「半ドメイン」は、それが由来するドメインの少なくとも半数のアミノ酸残基を有する、同定されたドメインの部分を意味する。ドメインは、必ずしも偶数のアミノ酸残基を含有することができるとは限らないことが理解される。したがって、ドメインが奇数のアミノ酸を含有するかまたは備えると同定される場合は、奇数ドメインの半ドメインは、ドメインの自然数部分またはその次の自然数部分を備える（ドメインのアミノ酸の数／２＋／−０．５アミノ酸）。例えば、７アミノ酸ドメインと同定されるドメインは、３アミノ酸または４アミノ酸の半ドメインを生成し得る（７／２＝３．５＋／−０．５は３または４である）。ドメインまたは半ドメインの中でサブドメインが同定され得ることも理解され、これらのサブドメインは、それらが由来するドメインまたは半ドメインで同定される構造的または機能的性質の全て未満を保有する。本明細書のドメインタイプのいずれかを備えるアミノ酸は、ポリペプチドの骨格に沿って連続している必要がないことも理解される（すなわち、非隣接アミノ酸は構造的に折り畳まれて、ドメイン、半ドメインまたはサブドメインを生成することができる）。
【０２５４】
本明細書で使用するように、ポリペプチドを指すとき、アミノ酸ベースの実施形態に関係する用語「部位」は、「アミノ酸残基」および「アミノ酸側鎖」と同義的に使用される。部位は、本発明のポリペプチドベースの分子の中で修飾、操作、変更、誘導体化または変動され得る、ペプチドまたはポリペプチドの中の位置を表す。
【０２５５】
本明細書で使用するように、用語「末端（ｔｅｒｍｉｎｉ）」または「末端（ｔｅｒｍｉｎｕｓ）」は、ポリペプチドを指すとき、ペプチドまたはポリペプチドの先端を指す。そのような先端はペプチドまたはポリペプチドの最初または最後の部位にだけ限定されず、末端領域の追加のアミノ酸を含むことができる。本発明のポリペプチドベースの分子は、Ｎ末端（遊離アミノ基（ＮＨ２）を有するアミノ酸で終了する）およびＣ末端（遊離カルボキシル基（ＣＯＯＨ）を有するアミノ酸で終了する）の両方を有すると特徴付けられ得る。本発明のタンパク質は、一部の場合には、ジスルフィド結合または非共有結合力（多量体、オリゴマー）によって一緒にされる複数のポリペプチド鎖で構成される。これらの類いのタンパク質は、複数のＮ末端およびＣ末端を有する。あるいは、ポリペプチドの末端は、それらが、場合によっては、有機コンジュゲートなどの非ポリペプチドベースの部分で始まるかまたは終わるように修飾されてもよい。
【０２５６】
特徴のいずれかが、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの所望の構成要素と同定または確定されると、これらの特徴のいくつかの操作および／または修飾のいずれも、移動、交換、反転、削除、無作為化または反復することによって実行され得る。さらに、特徴の操作は、本発明の分子への修飾と同じ成果をもたらすことができるものと理解される。例えば、ドメインを削除することを含む操作は、完全長分子未満をコードするように核酸を修飾することがもたらすだろうことと同じように、分子の長さの変更をもたらすだろう。
【０２５７】
修飾および操作は、当技術分野で公知の方法、例えば、限定するものではないが、部位特異的突然変異誘発または化学合成の間の先験的な組み込みによって達成され得る。結果
として生じる修飾された分子は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏアッセイ、例えば本明細書に記載されるもの、または当技術分野で公知である任意の他の適するスクリーニングアッセイを使用して、活性について次に試験され得る。
【０２５８】
本発明により、ポリペプチドは、数回の実験を通して発見されるコンセンサス配列を備えることができる。本明細書で使用するように、「コンセンサス」配列は、１つまたは複数の部位での変動性を可能にする総体的な配列集団を代表する単一の配列である。
【０２５９】
当業者によって認識されるように、タンパク質断片、機能的タンパク質ドメインおよび相同タンパク質も、本発明の目的のポリペプチドの範囲内にあると考えられる。例えば、長さが１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００または１００アミノ酸を超える参照タンパク質の任意のタンパク質断片（参照ポリペプチド配列より少なくとも１アミノ酸残基短いが、それ以外は同一であるポリペプチド配列を意味する）が、本明細書で提供される。別の例では、本明細書に記載される配列のいずれかと約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％または約１００％同一である、約２０、約３０、約４０、約５０または約１００アミノ酸のストレッチを含む任意のタンパク質が、本発明に従って利用され得る。ある特定の実施形態では、本明細書で提供または参照される配列のいずれかに示すように、本発明に従って利用されるポリペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超える数の突然変異を含む。
【０２６０】
目的のポリペプチドのタイプ
本発明のポリヌクレオチドは、限定するものではないが、生物学的製剤、抗体、ワクチン、治療的なタンパク質またはペプチド、細胞貫通性ペプチド、分泌タンパク質、血漿膜タンパク質、細胞質または細胞骨格タンパク質、細胞内膜結合タンパク質、核タンパク質、ヒト疾患に関連するタンパク質、標的化部分、または治療適応症が同定されていないが、それにもかかわらず研究および発見の領域で有用性を有するヒトゲノムによってコードされるタンパク質を含む、いくつかの標的カテゴリーのいずれかから選択される目的のポリペプチドをコードするように設計され得る。
【０２６１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、参照ポリペプチド配列とある特定の同一性を有する変異体ポリペプチドをコードすることができる。本明細書で使用するように、「参照ポリペプチド配列」は、出発ポリペプチド配列を指す。参照配列は、野生型配列または別の配列の設計において参照される任意の配列であり得る。「参照ポリペプチド配列」は、例えば、米国特許仮出願第６１／６８１，７２０号、第６１／７３７，２１３号、第６１／６８１，７４２号の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１７３６の表６；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７２の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７１の表６、１７８および１７９；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６７の表６、１８５および１８６；に開示されるポリペプチドのいずれか１つであってよく、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０２６２】
参照分子（ポリペプチドまたはポリヌクレオチド）は、設計された分子（ポリペプチドまたはポリヌクレオチド）とある特定の同一性を共有することができる。当技術分野で公知であるように、用語「同一性」は、配列を比較することによって決定される、２つまたはそれを超えるペプチド、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列間の関係を指す。当技術分野で、同一性は、２つまたはそれを超えるアミノ酸残基またはヌクレオシドのストリングの間のマッチ数によって決定される、それらの間の配列相関性の程度も意味する。同一性は、特定の数理モデルまたはコンピュータプログラム（すなわち、「アルゴリズム」）によって対処されるギャップアラインメント（それがある場合）により、２つまた
はそれを超える配列のより小さいものの間で同一マッチのパーセントを測定する。関係するペプチドの同一性は、公知の方法によって容易に計算され得る。そのような方法には、限定するものではないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、レスク、エーエム編（Ｌｅｓｋ、Ａ．Ｍ．、ｅｄ．）、オックスフォード  ユニバーシティ  プレス（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ）、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ、スミス、ディーダブリュ編（Ｓｍｉｔｈ、Ｄ．Ｗ．、ｅｄ．）、アカデミックプレス（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ、パート１（Ｐａｒｔ１）、グリフィン、エーエム（Ｇｒｉｆｆｉｎ、Ａ．Ｍ．）およびグリフィン、エッチジー（Ｇｒｉｆｆｉｎ、Ｈ．Ｇ．）、編（ｅｄｓ．）、ヒューマナプレス（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ）、ニュージャージー（Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）、１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、フォンハインジェ、ジー（ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ、Ｇ．、アカデミックプレス（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）、１９８７；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ、グリブスコフ、エム（Ｇｒｉｂｓｋｏｖ、Ｍ．）およびデブルー、ジェイ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ、Ｊ．）、編（ｅｄｓ．）、エム  ストックトンプレス（Ｍ．Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ）、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、１９９１；および、カリロら（Ｃａｒｉｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．）、ＳＩＡＭ  Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ．４８、１０７３（１９８８）に記載されるものが含まれる。
【０２６３】
一部の実施形態では、コードされたポリペプチド変異体は、参照ポリペプチドと同じかまたは類似した活性を有することができる。あるいは、変異体は、参照ポリペプチドと比較して変更された活性（例えば、増加または減少した）を有することができる。一般に、本発明の特定のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変異体は、本明細書に記載され、当業者に公知である配列アラインメントプログラムおよびパラメータで決定したときに、その特定の参照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドと、少なくとも約４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％であるが１００％未満の配列同一性を有する。アラインメントのためのそのようなツールには、ＢＬＡＳＴスイートのそれらが含まれる（スティーブン  エフ  アルチュール（Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ｆ．Ａｌｔｓｃｈｕｌ）、トーマス  エル  マッデン（Ｔｈｏｍａｓ  Ｌ．Ｍａｄｄｅｎ）、アレハンドロ  エー  シェイファー（Ａｌｅｊａｎｄｒｏ  Ａ．Ｓｃｈａｆｆｅｒ）、ジングイ  チャン（Ｊｉｎｇｈｕｉ  Ｚｈａｎｇ）、チェン  チャン（Ｚｈｅｎｇ  Ｚｈａｎｇ）、ウェブ  ミラー（Ｗｅｂｂ  Ｍｉｌｌｅｒ）およびデービッド  ジェイ  リップマン（Ｄａｖｉｄ  Ｊ．Ｌｉｐｍａｎ（１９９７）、「ギャップＢＬＡＳＴおよびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：新世代タンパク質データベース検索プログラム（Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ）」、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２）。他のツールが、本明細書で、特に「同一性」の定義において記載される。
【０２６４】
ＢＬＡＳＴアルゴリズムのデフォルトパラメータには、例えば、１０の予想閾値、２８のワードサイズ、マッチ／ミスマッチスコア１、−２、ギャップコストリニアが含まれる。任意のフィルター、ならびに種特異的反復配列、例えばヒトのための選択が適用されてよい。
【０２６５】
ポリヌクレオチド領域
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、他の核酸ベースの分子の公知の領域または一部と類似の方法で機能する領域、小領域または一部を備えるように設計されてよい。そ
のような領域には、本明細書で論じられるポリヌクレオチド領域ならびに非コード領域が含まれる。非コード領域は、その領域が１つまたは複数の細胞傷害性ヌクレオシドであるかまたはそれを組み込む場合など、単一ヌクレオシドのレベルにあってよい。
【０２６６】
細胞傷害性ヌクレオシド
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、１つまたは複数の細胞傷害性ヌクレオシドを組み込むことができる。例えば、細胞傷害性ヌクレオシドは、二官能性修飾ＲＮＡまたはｍＲＮＡなどのポリヌクレオチドに組み込まれてよい。細胞傷害性ヌクレオシドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の段落［０００２２３］〜［０００２２７］に記載される。
【０２６７】
非翻訳領域（ＵＴＲ）を有するポリヌクレオチド
本発明のポリヌクレオチドは、非翻訳領域として作用または機能する１つまたは複数の領域または一部を備えることができる。ポリヌクレオチドが少なくとも１つの目的のポリペプチドをコードするように設計される場合は、ポリヌクレオチドはこれらの非翻訳領域の１つまたは複数を備えることができる。
【０２６８】
定義上、遺伝子の野生型非翻訳領域（ＵＴＲ）は転写されるが、翻訳されない。ｍＲＮＡでは、５’ＵＴＲは転写開始点から出発し、開始コドンに続くが、開始コドンを含まない；一方、３’ＵＴＲは終止コドンの直後から出発し、転写終止シグナルまで続く。核酸分子および翻訳の安定性に関してＵＴＲが果たす調節的役割について、ますます多くの証拠がある。ＵＴＲの調節的特徴は、とりわけ、分子の安定性を増強するために本発明のポリヌクレオチドに組み込まれてよい。特異的特徴は、それらが望ましくない器官部位に誤って向けられる場合に、転写物の制御された下方調節を確実にするために組み込まれてもよい。非翻訳領域は、目的のポリペプチドを生成するために、ｍＲＮＡを生成することができるベクター系に組み込まれ得、および／または細胞、組織および／もしくは生物体に送達され得る。
【０２６９】
ヌクレオチドは、突然変異されること、５’（または３’）ＵＴＲから置き換えられ、および／または除去され得る。例えば、開始コドンの上流の１つまたは複数のヌクレオチドが、別のヌクレオチドで置き換えられてよい。置き換えられるヌクレオチドまたは複数のヌクレオチドは、開始コドンの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０または６０を超えるヌクレオチド上流であってよい。別の例として、開始コドンの上流の１つまたは複数のヌクレオチドが、ＵＴＲから除去されてよい。
【０２７０】
一実施形態では、開始コドンの上流の少なくとも１つのプリンは、ピリミジンで置き換えられてよい。置き換えられるプリンは、開始コドンの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０または６０を超えるヌクレオチド上流であってよい。非限定例として、開始コドンの３ヌクレオチド上流であるアデニンが、チミンで置き換えられてよい。別の非限定例として、開始コドンの９ヌクレオチド上流であるアデニンが、チミンで置き換えられてよい。
【０２７１】
一実施形態では、開始コドンの上流の少なくとも１つのヌクレオチドが、ＵＴＲから除去されてよい。一態様では、開始コドンの上流の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０または６０を超えるヌクレオチドが、本明細書に記載されるポリヌクレオチドのＵＴＲから除去されてよい。非限定
例として、開始コドンの上流の９ヌクレオチドが、ＵＴＲから除去されてよい（例えば、表２に記載の５ＵＴＲ−０３８を参照）。別の非限定例として、開始コドンの上流の２１ヌクレオチドが、ＵＴＲから除去されてよい（例えば、表２に記載の５ＵＴＲ−０４０を参照）。
【０２７２】
一実施形態では、コザック配列を備えているポリヌクレオチドの５’ＵＴＲは、少なくとも１つの置換を備えることができる。非限定例として、置換前のコザック配列はＧＣＣＡＣＣであってよく、置換後は、それはＧＣＣＴＣＣである。
【０２７３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの５’ＵＴＲは、コザック配列を含むことができない（例えば、表２に記載される５ＵＴＲ−０４０を参照）。
５’ＵＴＲおよび翻訳開始
天然の５’ＵＴＲは、翻訳開始で役割を演ずる特徴を有する。リボソームが多くの遺伝子の翻訳を開始する過程に関与することが一般的に知られている、コザック配列のようなサインをそれらは抱える。コザック配列はコンセンサスＣＣＲ（Ａ／Ｇ）ＣＣＡＵＧＧを有し、ここでＲは、別の「Ｇ」が続く開始コドン（ＡＵＧ）の３塩基上流のプリン（アデニンまたはグアニン）である。５’ＵＴＲは、伸長因子結合に関与する二次構造を形成することも公知である。
【０２７４】
伸長因子結合に関与する５’ＵＴＲ二次構造は、５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲの他のＲＮＡ結合性分子と相互作用して遺伝子発現を調節することができる。例えば、５’ＵＴＲの二次構造化エレメントへの伸長因子ＥＩＦ４Ａ２の結合が、マイクロＲＮＡ媒介抑制のために必要である（メイヤー  エッチエーら（Ｍｅｉｊｅｒ  ＨＡ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２０１３、３４０、８２−８５、本願明細書に完全に援用する）。特異的組織または細胞でｍＲＮＡを安定させるかまたは選択的に不安定にするために、５’ＵＴＲの異なる二次構造が隣接領域に組み込まれてよい。
【０２７５】
特異的標的器官の豊富に発現される遺伝子で一般的に見出される特徴を工学的に操作することによって、本発明のポリヌクレオチドの安定性およびタンパク質生成を増強することができる。例えば、肝臓細胞系または肝臓でポリヌクレオチドなどの核酸分子の発現を増強するために、肝臓で発現されるｍＲＮＡ、例えばアルブミン、血清アミロイドＡ、アポリポタンパク質Ａ／Ｂ／Ｅ、トランスフェリン、アルファフェトタンパク、エリスロポエチンまたはＶＩＩＩ因子の５’ＵＴＲの導入が使用されてもよい。同様に、その組織での発現を改善するための他の組織特異的ｍＲＮＡからの５’ＵＴＲの使用が、筋肉（ＭｙｏＤ、ミオシン、ミオグロビン、ミオゲニン、ハーキュリン）、内皮細胞（Ｔｉｅ−１、ＣＤ３６）、骨髄細胞（Ｃ／ＥＢＰ、ＡＭＬ１、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＣＤ１１ｂ、ＭＳＲ、Ｆｒ−１、ｉ−ＮＯＳ）、白血球（ＣＤ４５、ＣＤ１８）、脂肪組織（ＣＤ３６、ＧＬＵＴ４、ＡＣＲＰ３０、アディポネクチン）、および肺上皮細胞（ＳＰ−Ａ／Ｂ／Ｃ／Ｄ）について可能である。ポリヌクレオチドの設計および製造で有益な非翻訳領域には、限定するものではないが、同時係属の共同所有された国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４１６４２５３（代理人整理番号Ｍ４２．２０）に開示されるものが含まれ、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０２７６】
ポリヌクレオチドの中の領域または小領域として、他の非ＵＴＲ配列が使用されてよい。例えば、イントロンまたはイントロン配列の一部が、本発明のポリヌクレオチドの領域に組み込まれてよい。イントロン配列の組み込みは、タンパク質生成ならびにポリヌクレオチドレベルを増加させることができる。
【０２７７】
特徴の組合せが隣接領域に含まれてもよく、他の特徴の中に含有されてもよい。例えば、強力なコザック翻訳開始シグナルを含有することができる５’ＵＴＲおよび／またはポ
リＡテールのテンプレート式付加のためにオリゴ（ｄＴ）配列を含むことができる３’ＵＴＲが、ＯＲＦに隣接してよい。５’ＵＴＲは、本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１００２９３６２５号に記載される５’ＵＴＲなどの、同じおよび／または異なる遺伝子からの第１のポリヌクレオチド断片および第２のポリヌクレオチド断片を備えることができる。
【０２７８】
同時係属の共同所有された国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４１６４２５３（代理人整理番号Ｍ４２．２０）は、本発明のポリヌクレオチドで隣接領域として利用され得る例示的なＵＴＲのリストを提供する。Ａ、Ｔ、ＣまたはＧを含む１つまたは複数のヌクレオチドが末端に加えられるかまたは除去される、５’または３’ＵＴＲの変異体が利用されてよい。
【０２７９】
任意の遺伝子からの任意のＵＴＲがポリヌクレオチドの領域に組み込まれてよいことを理解すべきである。さらに、任意の公知の遺伝子の複数の野生型ＵＴＲが、利用されてよい。野生型領域の変異体でない人工ＵＴＲを提供することも、本発明の範囲内である。これらのＵＴＲまたはその一部は、それらが選択された転写物におけるのと同じ配向で置かれてもよく、または、配向もしくは位置が変更されてもよい。したがって、５’または３’ＵＴＲは、反転、短縮、延長されてもよく、１つまたは複数の他の５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲで作製されてもよい。本明細書で使用するように、用語「変更された」は、ＵＴＲ配列に関するとき、そのＵＴＲが参照配列に対してなんらかの方法で変えられたことを意味する。例えば、３’または５’ＵＴＲは、上で教示される配向もしくは位置の変化によって野生型もしくは天然のＵＴＲに対して変更されてもよく、または、追加のヌクレオチドの組入れ、ヌクレオチドの欠失、ヌクレオチドの交換もしくは転位によって変更されてもよい。「変更された」ＵＴＲ（３’であれ、５’であれ）を生成するこれらの変化のいずれも、変異体ＵＴＲを備える。
【０２８０】
一実施形態では、二重、三重または四重のＵＴＲ、例えば５’または３’ＵＴＲが使用されてよい。本明細書で使用するように、「二重」ＵＴＲは、同じＵＴＲの２つのコピーが直列で、または実質的に直列でコードされるものである。例えば、二重βグロビン３’ＵＴＲは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１００１２９８７７号に記載されている通りに使用されてよい。
【０２８１】
パターン化ＵＴＲを有することも、本発明の範囲内である。本明細書で使用するように、「パターン化ＵＴＲ」は、１回、２回または３回を超えて反復される、反復または交互のパターン、例えば、ＡＢＡＢＡＢまたはＡＡＢＢＡＡＢＢＡＡＢＢまたはＡＢＣＡＢＣＡＢＣまたはその変異体を反映するＵＴＲである。これらのパターンでは、各文字、Ａ、ＢまたはＣは、ヌクレオチドレベルで異なるＵＴＲを表す。
【０２８２】
一実施形態では、隣接領域は、そのタンパク質が共通の機能、構造、特徴または特性を共有する転写物のファミリーから選択される。例えば、目的のポリペプチドは、特定の細胞、組織で、または発生のいずれかの時点で発現されるタンパク質のファミリーに属することができる。これらの遺伝子のいずれかからのＵＴＲは、新しいポリヌクレオチドを作り出すために、同じか異なるタンパク質ファミリーの任意の他のＵＴＲに交換されてよい。本明細書で使用するように、「タンパク質のファミリー」は、少なくとも１つの機能、構造、特徴、局在化、起源または発現パターンを共有する、２つまたはそれを超える目的のポリペプチドの群を指すために、最も広い意味で使用される。
【０２８３】
一実施形態では、隣接領域は異種であってよい。
一実施形態では、５’非翻訳領域は、３’非翻訳領域と異なる種に由来することができる。
【０２８４】
非翻訳領域は、翻訳エンハンサーエレメント（ＴＥＥ）を含むこともできる。非限定例として、ＴＥＥには、本願明細書に完全に援用する米国特許出願第２００９０２２６４７０号に記載されるもの、および当技術分野で公知であるものが含まれてよい。
【０２８５】
５’ＵＴＲおよびヒストンステムループ
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、５’末端オリゴピリミジン（ＴＯＰ）遺伝子の５’ＵＴＲに由来する核酸配列および少なくとも１つのヒストンステムループを含むことができる。ＴＯＰ遺伝子の５’ＵＴＲに由来する核酸配列の非限定例は、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１４３６９９で教示され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０２８６】
５’ＵＴＲおよびＧＴＸ遺伝子配列
一実施形態では、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの断片が、５’ＵＴＲに含まれてよい。非限定例として、断片は、ＧＴＸ遺伝子のＩＲＥＳからの１８ヌクレオチド配列であってよい。理論によって縛られることを望まないが、５’ＵＴＲでのＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの断片の付加は、タンパク質発現を増加させることができる５’ＵＴＲへのリボソームのドッキングを支援することができる。別の非限定例として、ＧＴＸ遺伝子のＩＲＥＳ配列からの１８ヌクレオチドの配列断片は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの５’ＵＴＲでタンデム的に反復されてよい。１８ヌクレオチド配列は、少なくとも１回、少なくとも２回、少なくとも３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、少なくとも８回、少なくとも９回または１０回を超えて、５’ＵＴＲで反復されてよい。
【０２８７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの１８ヌクレオチド断片を５’ＵＴＲに含むことができる。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも５つの１８ヌクレオチド断片を５’ＵＴＲに含むことができる。一実施形態では、１８ヌクレオチド断片は、ＡＡＴＴＣＴＧＡＣＡＴＣＣＧＧＣＧＧ（配列番号３）またはその断片もしくは変異体であってもよい。
【０２８８】
一実施形態では、ポリヌクレオチドによってコードされるタンパク質の発現を増加させるために、ポリヌクレオチドは、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの１８ヌクレオチド断片を５’ＵＴＲに含むことができる。
【０２８９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲに含まれてよい、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの断片を含むことができ、ここで、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの断片は、少なくとも１つの化学的修飾を含む。非限定例として、少なくとも１つの化学的修飾は、５−メチルシトシンであってよい。
【０２９０】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＧＴＸ遺伝子からのＩＲＥＳ配列の少なくとも１つの断片、および、少なくとも１つの翻訳エンハンサーエレメント配列またはその断片を５’ＵＴＲに含むことができる。
【０２９１】
翻訳のための出発部位の５’ＵＴＲおよびプリン
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のための出発部位に少なくとも１つのプリン残基（アデニンまたはグアニン）を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のための出発部位に少なくとも２つの連続したプリン残基（アデニンまたはグアニン）を備える。
【０２９２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のためのＴ７出発部位に少なくとも１つのプリン残基（アデニンまたはグアニン）を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のためのＴ７出発部位に少なくとも２つの連続したプリン残基（アデニンまたはグアニン）を備える。
【０２９３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に３つの連続したグアニン（Ｇ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に２つの連続したグアニン（Ｇ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に１つのグアニン（Ｇ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位にグアニン（Ｇ）残基を備えない。
【０２９４】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に３つの連続したグアニン（Ｇ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に２つの連続したグアニン（Ｇ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に１つのグアニン（Ｇ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位にグアニン（Ｇ）残基を備えない。
【０２９５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のための出発部位に少なくとも１つのピリミジン残基（シトシン、チミンまたはウラシル）を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のための出発部位に少なくとも２つの連続したピリミジン残基（シトシン、チミンまたはウラシル）を備える。
【０２９６】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のためのＴ７出発部位に少なくとも１つのピリミジン残基（シトシン、チミンまたはウラシル）を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳のためのＴ７出発部位に少なくとも２つの連続したピリミジン残基（シトシン、チミンまたはウラシル）を備える。
【０２９７】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に３つの連続したシトシン（Ｃ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に２つの連続したシトシン（Ｃ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に１つのシトシン（Ｃ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位にシトシン（Ｃ）残基を備えない。
【０２９８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に３つの連続したシトシン（Ｃ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に２つの連続したシトシン（Ｃ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に１つのシトシン（Ｃ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位にシトシン（Ｃ）残基を備えない。
【０２９９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に３つの連続したチミン（Ｔ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポ
リヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に２つの連続したチミン（Ｔ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に１つのチミン（Ｔ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位にチミン（Ｔ）残基を備えない。
【０３００】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に３つの連続したチミン（Ｔ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に２つの連続したチミン（Ｔ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に１つのチミン（Ｔ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位にチミン（Ｔ）残基を備えない。
【０３０１】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に３つの連続したウラシル（Ｕ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に２つの連続したウラシル（Ｕ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に１つのウラシル（Ｕ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位にウラシル（Ｕ）残基を備えない。
【０３０２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に３つの連続したウラシル（Ｕ）残基を備える。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に２つの連続したウラシル（Ｕ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位に１つのウラシル（Ｕ）残基を備える。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のためのＴ７出発部位にウラシル（Ｕ）残基を備えない。
【０３０３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、翻訳のための出発部位に、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）、ウラシル（Ｕ）残基を備えない。
５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲおよび翻訳エンハンサーエレメント（ＴＥＥ）
一実施形態では、ポリヌクレオチドの５’ＵＴＲは、少なくとも１つの翻訳のエンハンサーポリヌクレオチド、翻訳エンハンサーエレメント、翻訳のエンハンサーエレメント（「ＴＥＥ」と総称される）を含むことができる。非限定例として、ＴＥＥは、転写プロモーターと開始コドンの間に位置することができる。５’ＵＴＲに少なくとも１つのＴＥＥを有するポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲにキャップを含むことができる。さらに、キャップ依存性またはキャップ非依存性の翻訳を受けるポリヌクレオチドの５’ＵＴＲに、少なくとも１つのＴＥＥが位置することができる。
【０３０４】
用語「翻訳のエンハンサーエレメント」または「翻訳エンハンサーエレメント」（本明細書で「ＴＥＥ」と総称される）は、核酸から生成されるポリペプチドまたはタンパク質の量を増加させる配列を指す。ＴＥＥは、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７の段落［００１１６］〜［００１４０］に記載される。
【０３０５】
異種５’ＵＴＲ
５’ＵＴＲは、本発明のポリヌクレオチドへの隣接領域として提供され得る。５’ＵＴＲは、本発明のポリヌクレオチドで見出されるコード領域に対して同種または異種であってよい。複数の５’ＵＴＲが隣接領域に含まれてよく、また、同じであってもまたは異なる配列であってもよい。皆無を含む隣接領域の任意の部分がコドン最適化されてよく、い
ずれも、コドン最適化の前および／または後に、１つまたは複数の異なる構造的または化学的修飾を独立して含有することができる。
【０３０６】
各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１３年３月９日に出願の、ｍＲＮＡのための異種非翻訳領域（Ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ  Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｍＲＮＡ）と題された、米国特許仮出願第６１／７７５，５０９号の長い表２１、２０１３年５月３１日に出願の、ｍＲＮＡのための異種非翻訳領域（Ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ  Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｍＲＮＡ）と題された、米国特許仮出願第６１／８２９，３７２号の表２、表２１および表２２、ならびに２０１４年３月７日に出願の、ｍＲＮＡのための異種非翻訳領域（Ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ  Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｍＲＮＡ）と題された、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０２１５２２の表２、表２１および表２２に、本発明のポリヌクレオチドの出発および終止部位のリストが示される。表２１に、その天然または野生型（同種）の転写物に対して、各５’ＵＴＲ（５’ＵＴＲ−００５から５’ＵＴＲ６８５１１）がその出発および終止部位別に識別される（ＥＮＳＴ；ＥＮＳＥＭＢＬデータベースで使用される識別子）。
【０３０７】
本発明のポリヌクレオチドで使用され得る追加の５’ＵＴＲは、本開示の表２に示される。
本発明のポリヌクレオチド、一次構築物またはｍｍＲＮＡの１つまたは複数の性質を変更するために、本発明のポリヌクレオチドのコード領域に異種である５’ＵＴＲが本発明の化合物中に工学的に操作される。ポリヌクレオチドは細胞、組織または生物体に次に投与され、異種５’ＵＴＲが本発明のポリヌクレオチドに及ぼすことができる有益な影響を評価するために、タンパク質レベル、局在化および／または半減期などの成果が測定される。Ａ、Ｔ、ＣまたはＧを含む１つまたは複数のヌクレオチドが末端に加えられるかまたは除去される、５’ＵＴＲの変異体が利用されてよい。５’ＵＴＲは、本明細書に記載される任意の方法で、コドン最適化されるかまたは修飾されてもよい。
【０３０８】
５’ＵＴＲおよびリボスイッチ
リボスイッチはｍＲＮＡの５’ＵＴＲに普通に見出され、アプタマードメインおよび発現プラットホームを備える。理論によって縛られることを望まないが、小分子リガンドに直接的に結合することによって、リボスイッチは転写物に対してシス様式で調節制御を発揮する（ガルストら（Ｇａｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ  Ｂｉｏｌ  ２０１１；３：ａ００３５３３、１−１３、その内容は本願明細書に完全に援用する）。アプタマードメインはエフェクター分子を認識し、発現プラットホームは、転写または翻訳の機構と結びつく構造的スイッチを含有する。アプタマードメインと発現プラットホームとの間の重複部分は、ｍＲＮＡのオンまたはオフの状態にＲＮＡの折畳みを調節するスイッチング配列と呼ばれる（その内容は本願明細書に完全に援用する、ガルストら（Ｇａｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ  Ｂｉｏｌ  ２０１１；３：ａ００３５３３、１−１３に記載される図１Ｂを参照）。非限定例として、リボスイッチは、その内容は本願明細書に完全に援用する、ガルストら（Ｇａｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ  Ｂｉｏｌ  ２０１１；３：ａ００３５３３、１−１３の表１に記載されるリボスイッチのいずれかであってよい。別の非限定例として、リボスイッチは、発現機構に指示することができる合成ＲＮＡスイッチであり得る。
【０３０９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのリボスイッチまたはその断片もしくは変異体を備えることができ、それはポリヌクレオチドの非翻訳領域に位置することができる。非限定例として、ポリヌクレオチドの５’非翻訳領域に、少なくとも１つのリボスイッチが位置することができる。別の非限定例として、ポリ
ヌクレオチドの３’非翻訳領域に、少なくとも１つのリボスイッチが位置することができる。
【０３１０】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０または２０を超える個数のリボスイッチを備えることができる。
【０３１１】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド中のリボスイッチの順序は、分枝状または桿状構造を形成するために変更され得る（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、ガルストら（Ｇａｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ  Ｂｉｏｌ  ２０１１；３：ａ００３５３３、１−１３の図６Ａを参照）。
【０３１２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの５’非翻訳領域に分枝状構造を形成するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは少なくとも２つのリボスイッチを備えることができる。別の実施形態では、ポリヌクレオチドの５’非翻訳領域に２つの分枝状構造を形成するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは少なくとも４つのリボスイッチを備えることができる。
【０３１３】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの５’非翻訳領域に桿状構造を形成するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは少なくとも２つのリボスイッチを備えることができる。別の実施形態では、ポリヌクレオチドの５’非翻訳領域に桿状構造を形成するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは少なくとも４つのリボスイッチを備えることができる。
【０３１４】
３’ＵＴＲおよびＡＵに富むエレメント
天然または野生型の３’ＵＴＲは、それらに埋め込まれたアデノシンおよびウリジンのストレッチを有することが知られている。これらのＡＵに富むサインは、高率の代謝回転を有する遺伝子で特に多発する。それらの配列の特徴および機能的性質に基づいて、ＡＵに富むエレメント（ＡＲＥ）は３つのクラスに分けられ得る（チェンら（Ｃｈｅｎ  ｅｔ
ａｌ）、１９９５）：クラスＩ  ＡＲＥは、Ｕに富む領域中にＡＵＵＵＡモチーフのいくつかの分散したコピーを含有する。Ｃ−ＭｙｃおよびＭｙｏＤは、クラスＩ  ＡＲＥを含有する。クラスＩＩ  ＡＲＥは、２つ以上の重複するＵＵＡＵＵＵＡ（Ｕ／Ａ）（Ｕ／Ａ）ノナマーを所有する。このタイプのＡＲＥを含有する分子には、ＧＭ−ＣＳＦおよびＴＮＦ−ａが含まれる。クラスＩＩＩ  ＡＲＥは、はっきりとは規定されていない。これらのＵに富む領域は、ＡＵＵＵＡモチーフを含有しない。ｃ−Ｊｕｎおよびミオゲニンは、このクラスの２つのよく研究された例である。ＡＲＥに結合するほとんどのタンパク質は、メッセンジャーを不安定にすることが知られているが、ＥＬＡＶファミリーのメンバー、最も注目すべきことにＨｕＲは、ｍＲＮＡの安定性を増加させることが実証されている。ＨｕＲは、全３クラスのＡＲＥに結合する。核酸分子の３’ＵＴＲ中にＨｕＲ特異的結合部位を工学的に操作することは、ｉｎ  ｖｉｖｏでのＨｕＲ結合、したがってメッセージの安定化につながる。
【０３１５】
３’ＵＴＲのＡＵに富むエレメント（ＡＲＥ）の導入、除去または修飾は、本発明のポリヌクレオチドの安定性をモジュレートするために使用されてよい。特異的ポリヌクレオチドを工学的に操作する場合、本発明のポリヌクレオチドをより不安定にし、それによって翻訳を削減し、その結果としてのタンパク質の生成を減少させるために、ＡＲＥの１つ
または複数のコピーが導入されてよい。同様に、細胞内安定性を増加させ、それによりその結果としてのタンパク質の翻訳および生成を増加させるために、ＡＲＥが同定され、除去または突然変異されてもよい。本発明のポリヌクレオチドを使用して関連する細胞系でトランスフェクション実験が実行されてよく、トランスフェクション後に様々な時点でタンパク質生成が分析されてよい。例えば、関連するタンパク質にＥＬＩＳＡキットを使用し、トランスフェクションの６時間、１２時間、２４時間、４８時間および７日後に生成されるタンパク質を分析することによって、細胞が異なるＡＲＥ工学的操作分子でトランスフェクトされてよい。
【０３１６】
非翻訳領域およびマイクロＲＮＡ結合部位
マイクロＲＮＡ（またはｍｉＲＮＡ）は、核酸分子の３’ＵＴＲに結合し、核酸分子安定性を低減するかまたは翻訳を阻害することによって遺伝子発現を下方制御する１９〜２５ヌクレオチド長の非コードＲＮＡである。本発明のポリヌクレオチドは、１つまたは複数のマイクロＲＮＡ標的配列、マイクロＲＮＡ配列またはマイクロＲＮＡシードを備えることができる。そのような配列は、任意の公知のマイクロＲＮＡ、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２００５／０２６１２１８および米国特許出願公開番号ＵＳ２００５／００５９００５で教示されるものに対応することができる。非限定実施形態として、ヒトゲノム中の公知のマイクロＲＮＡ、それらの配列およびシード配列が、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４０１４７４５４の表１１に掲載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。本明細書に記載されるポリヌクレオチドで使用され得るｍｉＲ配列は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４０１４７４５４の表１１に掲載される配列番号１７１〜１１９１または２２１３〜３２３３のいずれかであってよい。本明細書に記載されるポリヌクレオチドで使用され得るｍｉＲ結合部位（ｍｉＲ  ＢＳ）配列は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４０１４７４５４の表１１に掲載される配列番号１１９２〜２２１２または３２３４〜４２５４のいずれかであってよい。
【０３１７】
その内容は本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４０１４７４５４の表１２に記載の通り、マイクロＲＮＡは異なる組織および細胞で差次的に発現される。
【０３１８】
特異的タイプの免疫細胞で濃縮されるマイクロＲＮＡが、米国仮出願第６２／０２５９８５号の表１に掲載され、その内容は下で本願明細書に完全に援用する。非限定例として、特異的タイプの免疫細胞で濃縮されるマイクロＲＮＡが、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４０１４７４５４の表１３に記載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。さらに、新規マイクロＲＮＡが、当技術分野においてマイクロアレイハイブリダイゼーションおよびマイクロトーム分析を通して免疫細胞で発見される（ジマ  ディーディーら（Ｊｉｍａ  ＤＤ  ｅｔ  ａｌ）、Ｂｌｏｏｄ、２０１０、１１６：ｅ１１８−ｅ１２７；バズ  シーら（Ｖａｚ  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．）、ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２０１０、１１、２８８、各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０３１９】
マイクロＲＮＡ配列は、「シード」領域、すなわち、ｍｉＲＮＡ標的配列と完全なワトソン−クリック相補性を有する、成熟マイクロＲＮＡの２〜８位の領域の配列を備える。マイクロＲＮＡシードは、成熟マイクロＲＮＡの２〜８位または２〜７位を備えることができる。一部の実施形態では、マイクロＲＮＡシードは、７つのヌクレオチド（例えば、成熟マイクロＲＮＡのヌクレオチド２〜８）を備えることができ、ここで、対応するｍｉＲＮＡ標的中のシード相補部位には、マイクロＲＮＡの１位に対向してアデニン（Ａ）が隣接する。一部の実施形態では、マイクロＲＮＡシードは、６つのヌクレオチド（例えば、成熟マイクロＲＮＡのヌクレオチド２〜７）を備えることができ、ここで、対応するｍｉＲＮＡ標的中のシード相補部位には、マイクロＲＮＡの１位に対向してアデニン（Ａ）
が隣接する。例えば、グリムソン  エー（Ｇｒｉｍｓｏｎ  Ａ）、ファー  ケイケイ（Ｆａｒｈ  ＫＫ）、ジョンストン  ダブリュケイ（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ  ＷＫ）、ガレット−エンゲル  ピー（Ｇａｒｒｅｔｔ−Ｅｎｇｅｌｅ  Ｐ）、リム  エルピー（Ｌｉｍ  ＬＰ）、バーテル  ディーピー（Ｂａｒｔｅｌ  ＤＰ）；Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．２００７  Ｊｕｌ  ６；２７（１）：９１−１０５を参照のこと；各々は本願明細書に完全に援用する。マイクロＲＮＡシードの塩基は、標的配列と完全な相補性を有する。問題のマイクロＲＮＡが利用できるならば、本発明のポリヌクレオチド中に（例えば、３’ＵＴＲ様領域または他の領域に）マイクロＲＮＡ標的配列を工学的に操作することによって、分解または翻訳の低減を分子の標的にすることができる。この方法は、核酸分子の送達への的外れな影響の危険を低減する。マイクロＲＮＡ、マイクロＲＮＡ標的領域の同定、ならびにそれらの発現パターンおよび生物学における役割が報告されている（ボナウアーら（Ｂｏｎａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｃｕｒｒ  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  ２０１０  １１：９４３−９４９；アナンドおよびチェレシ（Ａｎａｎｄ  ａｎｄ  Ｃｈｅｒｅｓｈ）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ２０１１  １８：１７１−１７６；コントレラおよびラオ（Ｃｏｎｔｒｅｒａｓ  ａｎｄ  Ｒａｏ）、Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２０１２  ２６：４０４−４１３（２０１１  Ｄｅｃ  ２０．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｌｅｕ．２０１１．３５６）；バーテル（Ｂａｒｔｅｌ）Ｃｅｌｌ  ２００９  １３６：２１５−２３３；ランドグラフら（Ｌａｎｄｇｒａｆ  ｅｔ  ａｌ）、Ｃｅｌｌ、２００７  １２９：１４０１−１４１４；各々は本願明細書に完全に援用する）。
【０３２０】
マイクロＲＮＡは異なる組織および細胞で差次的に発現され、異なるタイプの疾患（例えば、がん細胞）としばしば関連する。マイクロＲＮＡ結合部位の除去または挿入、または任意の組合せの決定は、がん細胞でのマイクロＲＮＡ発現パターンおよびそれらのプロファイリングに依存する。様々なマイクロＲＮＡおよび組織、関連疾患および生物学的機能は、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ１３／６２９４３（代理人整理番号Ｍ３９．２１）の表１２に記載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０３２１】
マイクロＲＮＡがｍＲＮＡを調節し、それによってタンパク質発現を調節することが知られている組織の例には、限定するものではないが、肝臓（ｍｉＲ−１２２）、筋肉（ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−２０８）、内皮細胞（ｍｉＲ−１７−９２、ｍｉＲ−１２６）、骨髄細胞（ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１４２−５ｐ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２４、ｍｉＲ−２７）、脂肪組織（ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−３０ｃ）、心臓（ｍｉＲ−１ｄ、ｍｉＲ−１４９）、腎臓（ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−２０４）および肺上皮細胞（ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−１３３、ｍｉＲ−１２６）が含まれる。マイクロＲＮＡは、血管新生などの複雑な生物学的過程を調節することもできる（ｍｉＲ−１３２）（アナンドおよびチェレシ（Ａｎａｎｄ  ａｎｄ  Ｃｈｅｒｅｓｈ）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ２０１１  １８：１７１−１７６；本願明細書に完全に援用する。
【０３２２】
マイクロＲＮＡは、特異タイプの免疫細胞で濃縮されることもある。免疫細胞で濃縮されるマイクロＲＮＡの非網羅的リストは、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ１３／６２９４３（代理人整理番号Ｍ３９．２１）の表１３に記載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。さらに、新規マイクロＲＮＡが、当技術分野においてマイクロアレイハイブリダイゼーションおよびマイクロトーム分析を通して免疫細胞で発見される（ジマ  ディーディーら（Ｊｉｍａ  ＤＤ  ｅｔ  ａｌ）、Ｂｌｏｏｄ、２０１０、１１６：ｅ１１８−ｅ１２７；バズ  シーら（Ｖａｚ  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．）、ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２０１０、１１、２８８、各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０３２３】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリペプチドだけでなくて、マイクロＲＮＡ配列またはセンサー配列もコードする。センサー配列には、例えば、マイクロＲＮ
Ａ結合部位、転写因子結合部位、構造化ｍＲＮＡ配列および／またはモチーフ、内因性核酸結合性分子のための偽受容体として作用するように工学的に操作された人工結合部位が含まれる。少なくとも１つのセンサー配列を備えているポリヌクレオチドの非限定例が、同時係属の共同所有された米国特許仮出願番号ＵＳ６１／７５３，６６１、ＵＳ６１／７５４，１５９、ＵＳ６１／７８１，０９７、ＵＳ６１／８２９，３３４、ＵＳ６１／８３９，８９３、ＵＳ６１／８４２，７３３、ＵＳ６１／８５７，３０４、および２０１３年９月３０日に出願の、細胞表現型の変更のためのシグナル−センサーポリヌクレオチド（Ｓｉｇｎａｌ−Ｓｅｎｓｏｒ  Ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ）と題された、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ１３／６２５３１に記載され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０３２４】
一実施形態では、細胞または組織中のｍｉＲＮＡの存在または不在を決定するために、標的細胞または組織のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）プロファイリングが実行される。
例えば、ポリヌクレオチドが肝臓に送達されることを目的とせず、そこで終わるならば、ｍｉＲ−１２２、肝臓で豊富なマイクロＲＮＡは、ｍｉＲ−１２２の１つまたは複数の標的部位がポリヌクレオチドの３’ＵＴＲ領域中に工学的に操作されるならば、目的の遺伝子の発現を阻害することができる。ポリヌクレオチドの寿命、安定性およびタンパク質翻訳をさらに減少させるために、異なるマイクロＲＮＡのための１つまたは複数の結合部位の導入が工学的に操作されてよい。
【０３２５】
本明細書で使用するように、用語「マイクロＲＮＡ部位」は、マイクロＲＮＡ標的部位またはマイクロＲＮＡ認識部位、またはマイクロＲＮＡが結合もしくは関連する任意のヌクレオチド配列を指す。「結合」は伝統的なワトソン−クリックハイブリダイゼーション規則に従うことができるか、またはマイクロＲＮＡ部位のもしくはそれに隣接した標的配列との、マイクロＲＮＡの任意の安定した関連を反映することができることを理解すべきである。
【０３２６】
反対に、本発明のポリヌクレオチドのために、例えば特異組織でのタンパク質発現を増加させるために、それらが存在する配列からマイクロＲＮＡ結合部位が切り離されて（すなわち、除去されて）よい。例えば、肝臓でのタンパク質発現を改善するために、ｍｉＲ−１２２結合部位が除去されてよい。１つまたはいくつかのマイクロＲＮＡ結合部位の導入または除去を通して、複数の組織での発現調節が達成され得る。
【０３２７】
一実施形態では、特異細胞、例えば、限定するものではないが、正常なおよび／またはがん性の細胞（例えば、ＨＥＰ３ＢまたはＳＮＵ４４９）に細胞傷害性または細胞保護的なｍＲＮＡ治療薬を向けるために、本発明のポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲに少なくとも１つのｍｉＲＮＡ結合部位を含むことができる。
【０３２８】
別の実施形態では、特異細胞、例えば、限定するものではないが、正常なおよび／またはがん性の細胞（例えば、ＨＥＰ３ＢまたはＳＮＵ４４９）に細胞傷害性または細胞保護的なｍＲＮＡ治療薬を向けるために、本発明のポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲに３つのｍｉＲＮＡ結合部位を含むことができる。
【０３２９】
本発明で有益な発現プロファイル、マイクロＲＮＡおよび細胞系には、例えば、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４１１３０８９（代理人整理番号Ｍ３７）およびＷＯ２０１４０８１５０７（代理人整理番号Ｍ３９）で教示されるものが含まれ、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０３３０】
本発明のポリヌクレオチドでは、生物学的に関連する細胞型または関連する生物学的過
程の状況にポリヌクレオチド発現の発現を調整するために、そのような過程に関与するマイクロＲＮＡのための結合部位が除去されるかまたは導入され得る。マイクロＲＮＡ、ｍｉＲ配列およびｍｉＲ結合部位のリストは、２０１３年１月１７日に出願の米国仮出願第６１／７５３，６６１号の表９、２０１３年１月１８日に出願の米国仮出願第６１／７５４，１５９号の表９、および２０１３年１月３１日に出願の米国仮出願第６１／７５８，９２１号の表７に掲載され、各々は本願明細書に完全に援用する。
【０３３１】
組織または疾患特異的遺伝子発現を推進するマイクロＲＮＡの使用例が、掲載される（ゲトナーおよびナルジニ（Ｇｅｔｎｅｒ  ａｎｄ  Ｎａｌｄｉｎｉ）、Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ。２０１２、８０：３９３−４０３；本願明細書に完全に援用する）。さらに、生物学的改善をもたらすある特定の細胞での発現を低下させるｍＲＮＡにマイクロＲＮＡシード部位が組み込まれてよい。この１つの例は、ＵＧＴ１Ａ１を発現するレンチウイルスベクターへのｍｉＲ−１４２部位の組み込みである。ｍｉＲ−１４２シード部位の存在は造血細胞での発現を低減し、結果として抗原提示細胞での発現を低減し、ウイルスによって発現されるＵＧＴ１Ａ１に対する免疫応答の不在につながった（シュミットら（Ｓｃｈｍｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１０；１３９：９９９−１００７；ゴンザレス−アセキノラザら（Ｇｏｎｚａｌｅｚ−Ａｓｅｑｕｉｎｏｌａｚａ  ｅｔ  ａｌ．）Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１０、１３９：７２６−７２９；ともに本願明細書に完全に援用する）。修飾されたｍＲＮＡなどのポリヌクレオチドへのｍｉＲ−１４２部位の組み込みは、造血細胞でコードされたタンパク質の発現を低減するだけでなく、ｍＲＮＡによってコードされたタンパク質への免疫応答も低減または消滅させ得る。ｍＲＮＡへのｍｉＲ−１４２シード部位（１つまたは複数）の組み込みは、完全なタンパク欠乏を有する患者（ＵＧＴ１Ａ１  Ｉ型、ＬＤＬＲ欠損患者、ＣＲＩＭ陰性ポンペ患者など）の治療の場合に重要だろう。
【０３３２】
具体的には、マイクロＲＮＡは、免疫細胞（造血細胞とも呼ばれる）、例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞およびマクロファージ）、マクロファージ、単球、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、顆粒球、ＮＫ細胞などで、差次的に発現されることが知られている。免疫細胞特異的マイクロＲＮＡは、免疫原性、自己免疫、感染への免疫応答、炎症、ならびに遺伝子療法および組織／器官移植後の望ましくない免疫応答に関与する。免疫細胞特異的マイクロＲＮＡは、造血細胞（免疫細胞）の発生、増殖、分化およびアポトーシスの多くの態様も調節する。例えば、ｍｉＲ−１４２およびｍｉＲ−１４６は免疫細胞で排他的に発現され、骨髄の樹状細胞で特に豊富である。送達された遺伝子構築物の３’ＵＴＲにｍｉＲ−１４２結合部位を加え、組織および細胞でより安定した遺伝子導入を可能にすることにより、外因性核酸分子への免疫応答が遮断されることが、当技術分野で実証された。ｍｉＲ−１４２は抗原提示細胞で外因性ｍＲＮＡを効率的に分解し、変換された細胞の細胞傷害性排除を抑制する（アノニ  エーら（Ａｎｎｏｎｉ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．）、ｂｌｏｏｄ、２００９、１１４、５１５２−５１６１；ブラウン  ビーディーら（Ｂｒｏｗｎ  ＢＤ、ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  ｍｅｄ．２００６、１２（５）、５８５−５９１；ブラウン  ビーディーら（Ｂｒｏｗｎ  ＢＤ、ｅｔ  ａｌ．）、ｂｌｏｏｄ、２００７、１１０（１３）：４１４４−４１５２、各々は本願明細書に完全に援用する。
【０３３３】
抗原媒介免疫応答は、生物体に入ると抗原提示細胞によってプロセシングされ、抗原提示細胞の表面で提示される外来抗原によって誘発される免疫応答を指すことができる。Ｔ細胞は提示される抗原を認識して、抗原を発現する細胞の細胞傷害性排除を誘導することができる。
【０３３４】
ｍｉＲ−１４２結合部位を本発明のポリヌクレオチドの３’−ＵＴＲに導入することは、ｍｉＲ−１４２媒介ｍＲＮＡ分解を通して抗原提示細胞で遺伝子発現を選択的に抑圧することができ、ＡＰＣ（例えば樹状細胞）で抗原提示を制限し、それによってポリヌクレ
オチドの送達の後の抗原媒介免疫応答を阻止する。したがって、ポリヌクレオチドは、細胞傷害性排除を誘発することなく、標的組織または細胞で安定して発現される。
【０３３５】
一実施形態では、マイクロＲＮＡ媒介ＲＮＡ分解を通してＡＰＣでセンサー−シグナルポリヌクレオチドの発現を抑制し、抗原媒介免疫応答を抑えるために、免疫細胞、特に抗原提示細胞で発現されることが知られているマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチド中に工学的に操作されてよく、一方、免疫細胞特異的マイクロＲＮＡが発現されない非免疫細胞でポリヌクレオチドの発現は維持される。例えば、肝臓特異的タンパク質発現によって引き起こされる免疫原性反応を阻止するために、ｍｉＲ−１２２結合部位が除去され、ｍｉＲ−１４２（および／またはｍｉｒＲ−１４６）結合部位がポリヌクレオチドの３−ＵＴＲ中に工学的に操作されてよい。
【０３３６】
ＡＰＣおよびマクロファージでｍＲＮＡの選択的分解および抑制をさらに推進するために、ポリヌクレオチドは、３−ＵＴＲにおいて別の負の調節エレメントを単独で、またはｍｉｒ−１４２および／またはｍｉｒ−１４６結合部位と一緒に含むことができる。非限定例として、１つの調節エレメントは、構成的減衰エレメント（ＣＤＥ）である。
【０３３７】
免疫細胞特異的マイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ａ−２−３ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ａ−３ｐ、ｈｓａ−７ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｃ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｅ−３ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｅ−５ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｇ−３ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｇ−５ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｉ−３ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｉ−５ｐ、ｍｉＲ−１０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１１８４、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｆ−１−３ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｆ−２−５ｐ、ｈｓａ−ｌｅｔ−７ｆ−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−１−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１２７９、ｍｉＲ−１３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１３２−３ｐ、ｍｉＲ−１３２−５ｐ、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１４２−５ｐ、ｍｉＲ−１４３−３ｐ、ｍｉＲ−１４３−５ｐ、ｍｉＲ−１４６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１４６ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１４６ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１４６ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１４７ａ、ｍｉＲ−１４７ｂ、ｍｉＲ−１４８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１５０−３ｐ、ｍｉＲ−１５０−５ｐ、ｍｉＲ−１５１ｂ、ｍｉＲ−１５５−３ｐ、ｍｉＲ−１５５−５ｐ、ｍｉＲ−１５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１５ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１５ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１６−１−３ｐ、ｍｉＲ−１６−２−３ｐ、ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−１８１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１８１ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１８１ａ−２−３ｐ、ｍｉＲ−１８２−３ｐ、ｍｉＲ−１８２−５ｐ、ｍｉＲ−１９７−３ｐ、ｍｉＲ−１９７−５ｐ、ｍｉＲ−２１−５ｐ、ｍｉＲ−２１−３ｐ、ｍｉＲ−２１４−３ｐ、ｍｉＲ−２１４−５ｐ、ｍｉＲ−２２３−３ｐ、ｍｉＲ−２２３−５ｐ、ｍｉＲ−２２１−３ｐ、ｍｉＲ−２２１−５ｐ、ｍｉＲ−２３ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−２３ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２４−１−５ｐ、ｍｉＲ−２４−２−５ｐ、ｍｉＲ−２４−３ｐ、ｍｉＲ−２６ａ−１−３ｐ、ｍｉＲ−２６ａ−２−３ｐ、ｍｉＲ−２６ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２６ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−２６ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２７ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２７ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２７ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−２７ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２８−３ｐ、ｍｉＲ−２８−５ｐ、ｍｉＲ−２９０９、ｍｉＲ−２９ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２９ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２９ｂ−１−５ｐ、ｍｉＲ−２９ｂ−２−５ｐ、ｍｉＲ−２９ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−２９ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｅ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−３３１−５ｐ、ｍｉＲ−３３９−３ｐ、ｍｉＲ−３３９−５ｐ、ｍｉＲ−３４５−３ｐ、ｍｉＲ−３４５−５ｐ、ｍｉＲ−３４６、ｍｉＲ−３４ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３４ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３６３−３ｐ、ｍｉＲ−３６３−５ｐ、ｍｉＲ−３７２、ｍｉＲ−３７７−３ｐ、ｍｉＲ−３７７−５ｐ、ｍｉＲ−４９３−３ｐ、ｍｉＲ−４９３−５ｐ、ｍｉＲ−５４２、ｍｉＲ−５４８ｂ−５ｐ、ｍｉＲ５４８ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｉ、ｍｉＲ−５４８ｊ、ｍｉＲ−５４８ｎ、ｍｉＲ−５７４−３ｐ、ｍｉＲ−５９８、ｍｉＲ−７１８、ｍｉＲ−９３５、ｍｉＲ−９９ａ−
３ｐ、ｍｉＲ−９９ａ−５ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ−３ｐおよびｍｉＲ−９９ｂ−５ｐが含まれる。特異タイプの免疫細胞で濃縮されるマイクロＲＮＡは、２０１３年１０月２日に出願された、米国特許出願第１４／０４３，９２７号（代理人整理番号Ｍ０３９．１１）の表１３に掲載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。さらに、新規マイクロＲＮＡが、当技術分野においてマイクロアレイハイブリダイゼーションおよびマイクロトーム分析を通して免疫細胞で発見される（ジマ  ディーディーら（Ｊｉｍａ  ＤＤ  ｅｔ  ａｌ）、Ｂｌｏｏｄ、２０１０、１１６：ｅ１１８−ｅ１２７；バズ  シーら（Ｖａｚ  Ｃ
ｅｔ  ａｌ．）、ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２０１０、１１、２８８、各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０３３８】
肝臓で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１２２−３ｐ、ｍｉＲ−１２２−５ｐ、ｍｉＲ−１２２８−３ｐ、ｍｉＲ−１２２８−５ｐ、ｍｉＲ−１２４９、ｍｉＲ−１２９−５ｐ、ｍｉＲ−１３０３、ｍｉＲ−１５１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１５２、ｍｉＲ−１９４−３ｐ、ｍｉＲ−１９４−５ｐ、ｍｉＲ−１９９ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１９９ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１９９ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２９６−５ｐ、ｍｉＲ−５５７、ｍｉＲ−５８１、ｍｉＲ−９３９−３ｐ、ｍｉＲ−９３９−５ｐが含まれる。肝臓でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の肝臓特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。肝臓でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、肝臓特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作されてもよい。
【０３３９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、肝臓で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−１２２配列またはその断片を含むことができる。ｍｉＲ−１２２配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−１２２配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３４０】
肺で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｌｅｔ−７ａ−２−３ｐ、ｌｅｔ−７ａ−３ｐ、ｌｅｔ−７ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１２６−３ｐ、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉＲ−１２７−３ｐ、ｍｉＲ−１２７−５ｐ、ｍｉＲ−１３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１３０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１３０ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１８ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１８ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１８ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２４−１−５ｐ、ｍｉＲ−２４−２−５ｐ、ｍｉＲ−２４−３ｐ、ｍｉＲ−２９６−３ｐ、ｍｉＲ−２９６−５ｐ、ｍｉＲ−３２−３ｐ、ｍｉＲ−３３７−３ｐ、ｍｉＲ−３３７−５ｐ、ｍｉＲ−３８１−３ｐ、ｍｉＲ−３８１−５ｐおよびｍｉｒ−２１が含まれる。肺でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の肺特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。肺でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、肺特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作されてもよい。
【０３４１】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、肺で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−２１配列またはその断片を含むことができる。ｍｉＲ−２１配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配
列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−２１配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３４２】
心臓で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１４９−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｍｉＲ−１８６−３ｐ、ｍｉＲ−１８６−５ｐ、ｍｉＲ−２０８ａ、ｍｉＲ−２０８ｂ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２９６−３ｐ、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−４５１ｂ、ｍｉＲ−４９９ａ−３ｐ、ｍｉＲ−４９９ａ−５ｐ、ｍｉＲ−４９９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−４９９ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−７４４−３ｐ、ｍｉＲ−７４４−５ｐ、ｍｉＲ−９２ｂ−３ｐおよびｍｉＲ−９２ｂ−５ｐが含まれる。心臓でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の心臓特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。心臓でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、心臓特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作されてもよい。
【０３４３】
神経系で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｍｉＲ−１２４−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−１−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１２７１−３ｐ、ｍｉＲ−１２７１−５ｐ、ｍｉＲ−１２８、ｍｉＲ−１３２−５ｐ、ｍｉＲ−１３５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１３５ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１３５ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１３５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１３７、ｍｉＲ−１３９−５ｐ、ｍｉＲ−１３９−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｍｉＲ−１５３、ｍｉＲ−１８１ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−１８１ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−１８３−３ｐ、ｍｉＲ−１８３−５ｐ、ｍｉＲ−１９０ａ、ｍｉＲ−１９０ｂ、ｍｉＲ−２１２−３ｐ、ｍｉＲ−２１２−５ｐ、ｍｉＲ−２１９−１−３ｐ、ｍｉＲ−２１９−２−３ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ−１−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ−２−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｄ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｄ−５ｐ、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４２−３ｐ、ｍｉＲ−３６６５、ｍｉＲ−３６６６、ｍｉＲ−３８０−３ｐ、ｍｉＲ−３８０−５ｐ、ｍｉＲ−３８３、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−４２５−３ｐ、ｍｉＲ−４２５−５ｐ、ｍｉＲ−４５４−３ｐ、ｍｉＲ−４５４−５ｐ、ｍｉＲ−４８３、ｍｉＲ−５１０、ｍｉＲ−５１６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−５７１、ｍｉＲ−７−１−３ｐ、ｍｉＲ−７−２−３ｐ、ｍｉＲ−７−５ｐ、ｍｉＲ−８０２、ｍｉＲ−９２２、ｍｉＲ−９−３ｐ、ｍｉＲ−９−５ｐ、ｍｉＲ−１３２−３ｐおよびｍｉＲ−１３２−５ｐが含まれる。神経系で濃縮されるマイクロＲＮＡには、ニューロンで特異的に発現されるもの、例えば、限定するものではないが、ｍｉＲ−１３２−３ｐ、ｍｉＲ−１３２−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２１２−３ｐ、ｍｉＲ−２１２−５ｐ、ｍｉＲ−３２０ｂ、ｍｉＲ−３２０ｅ、ｍｉＲ−３２３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−３２５、ｍｉＲ−３２６、ｍｉＲ−３２８、ｍｉＲ−９２２、およびグリア細胞で特異的に発現されるもの、例えば、限定するものではないが、ｍｉＲ−１２５０、ｍｉＲ−２１９−１−３ｐ、ｍｉＲ−２１９−２−３ｐ、ｍｉＲ−２１９−５ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０６５−３ｐ、ｍｉＲ−３０６５−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｅ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−３２−５ｐ、ｍｉＲ−３３８−５ｐ、ｍｉＲ−６５７がさらに含まれる。神経系でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意のＣＮＳ特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。神経系でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、神経系特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作さ
れてもよい。
【０３４４】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、中枢神経系に関連する組織または中枢神経系で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−１３２−３ｐ、ｍｉＲ−１３２−５ｐ、ｍｉＲ−１２４−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−１−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐおよびｍｉＲ−１２５ｂ−５ｐを含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、中枢神経系を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３４５】
膵臓で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｍｉＲ−１０５−３ｐ、ｍｉＲ−１０５−５ｐ、ｍｉＲ−１８４、ｍｉＲ−１９５−３ｐ、ｍｉＲ−１９５−５ｐ、ｍｉＲ−１９６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１９６ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２１４−３ｐ、ｍｉＲ−２１４−５ｐ、ｍｉＲ−２１６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２１６ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−７−１−３ｐ、ｍｉＲ−７−２−３ｐ、ｍｉＲ−４９３−３ｐ、ｍｉＲ−４９３−５ｐおよびｍｉＲ−９４４が含まれる。膵臓でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の膵臓特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。膵臓でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、膵臓特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作されてもよい。
【０３４６】
腎臓で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｍｉＲ−１２２−３ｐ、ｍｉＲ−１４５−５ｐ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−１９２−３ｐ、ｍｉＲ−１９２−５ｐ、ｍｉＲ−１９４−３ｐ、ｍｉＲ−１９４−５ｐ、ｍｉＲ−２０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２０４−３ｐ、ｍｉＲ−２０４−５ｐ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２１６ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２９６−３ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ−１−３ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ−２−３ｐ、ｍｉＲ３０ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３２４−３ｐ、ｍｉＲ−３３５−３ｐ、ｍｉＲ−３３５−５ｐ、ｍｉＲ−３６３−３ｐ、ｍｉＲ−３６３−５ｐおよびｍｉＲ−５６２がさらに含まれる。腎臓でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の腎臓特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。腎臓でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、腎臓特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的に操作されてもよい。
【０３４７】
筋肉で発現されることが知られているマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｌｅｔ−７ｇ−３ｐ、ｌｅｔ−７ｇ−５ｐ、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−１２８６、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１４０−３ｐ、ｍｉＲ−１４３−３ｐ、ｍｉＲ−１４３−５ｐ、ｍｉＲ−１４５−３ｐ、ｍｉＲ−１４５−５ｐ、ｍｉＲ−１８８−３ｐ、ｍｉＲ−１８８−５ｐ、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−２０８ａ、ｍｉＲ−２０８ｂ、ｍｉＲ−２５−３ｐ、ｍｉＲ−２５−５ｐおよびｍｉＲ−１がさらに含まれる。筋肉でのポリヌクレオチドの発現を調節するために、任意の筋肉特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。筋肉でのタンパク質発現に対する免疫反応を阻止するために、筋肉特異的マイクロＲＮＡ結合部位が、単独で、または免疫細胞（例えばＡＰＣ）マイクロＲＮＡ結合部位と一緒にさらに工学的
に操作されてもよい。
【０３４８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、筋肉組織で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えば、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１およびｍｉＲ−２０６を含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、筋肉組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３４９】
マイクロＲＮＡは、異なるタイプの細胞、例えば、内皮細胞、上皮細胞および脂肪細胞で差次的に発現される。例えば、内皮細胞で発現されるマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｌｅｔ−７ｂ−３ｐ、ｌｅｔ−７ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１００−３ｐ、ｍｉＲ−１００−５ｐ、ｍｉＲ−１０１−３ｐ、ｍｉＲ−１０１−５ｐ、ｍｉＲ−１２６−３ｐ、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉＲ−１２３６−３ｐ、ｍｉＲ−１２３６−５ｐ、ｍｉＲ−１３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−１７−３ｐ、ｍｉＲ−１８ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１９ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９ｂ−１−５ｐ、ｍｉＲ−１９ｂ−２−５ｐ、ｍｉＲ−１９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−２０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２１７、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１−３ｐ、ｍｉＲ−２１−５ｐ、ｍｉＲ−２２１−３ｐ、ｍｉＲ−２２１−５ｐ、ｍｉＲ−２２２−３ｐ、ｍｉＲ−２２２−５ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２９６−５ｐ、ｍｉＲ−３６１−３ｐ、ｍｉＲ−３６１−５ｐ、ｍｉＲ−４２１、ｍｉＲ−４２４−３ｐ、ｍｉＲ−４２４−５ｐ、ｍｉＲ−５１３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−９２ａ−１−５ｐ、ｍｉＲ−９２ａ−２−５ｐ、ｍｉＲ−９２ａ−３ｐ、ｍｉＲ−９２ｂ−３ｐおよびｍｉＲ−９２ｂ−５ｐが含まれる。ディープシークエンシング分析から多くの新規マイクロＲＮＡが内皮細胞で発見される（フェレンクル  シーら（Ｖｏｅｌｌｅｎｋｌｅ  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．）、ＲＮＡ、２０１２、１８、４７２−４８４、本願明細書に完全に援用する）。様々な条件において内皮細胞でのポリヌクレオチドの発現をモジュレートするために、任意の内皮細胞特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。
【０３５０】
さらなる例として、上皮細胞で発現されるマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、呼吸器繊毛性上皮細胞で特異的な、ｌｅｔ−７ｂ−３ｐ、ｌｅｔ−７ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１２４６、ｍｉＲ−２００ａ−３ｐ、ｍｉＲ−２００ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２００ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−２００ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２００ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−２００ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３３８−３ｐ、ｍｉＲ−４２９、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−４５１ｂ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−８０２およびｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−３４ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３４ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−４４９ａ、ｍｉＲ−４４９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−４４９ｂ−５ｐ；肺上皮細胞で特異的なｌｅｔ−７ファミリー、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１２６；腎臓上皮細胞で特異的なｍｉＲ−３８２−３ｐ、ｍｉＲ−３８２−５ｐならびに、角膜上皮細胞で特異的なｍｉＲ−７６２が含まれる。様々な条件において上皮細胞でのポリヌクレオチドの発現をモジュレートするために、任意の上皮細胞特異的マイクロＲＮＡからのマイクロＲＮＡ結合部位が、ポリヌクレオチドに導入されるかまたは除去されてもよい。
【０３５１】
さらに、大群のマイクロＲＮＡが胚幹細胞で濃縮され、幹細胞自己更新ならびに様々な細胞系統、例えば神経細胞、心臓、造血細胞、皮膚細胞、骨形成細胞および筋細胞の発生および／または分化を制御する（クップサミ  ケイティーら（Ｋｕｐｐｕｓａｍｙ  ＫＴ
ｅｔ  ａｌ．）、Ｃｕｒｒ．Ｍｏｌ  Ｍｅｄ、２０１３、１３（５）、７５７−７６４
；ビジガル  ジェイエーおよびベンチュラ  エー、セミン（Ｖｉｄｉｇａｌ  ＪＡ  ａｎｄ  Ｖｅｎｔｕｒａ  Ａ，Ｓｅｍｉｎ）Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌ．２０１２、２２（５−６）、４２８−４３６；ゴフ  エルエーら（Ｇｏｆｆ  ＬＡ  ｅｔ  ａｌ．）、ＰＬｏＳ
Ｏｎｅ、２００９、４：ｅ７１９２；モリン  アールディーら（Ｍｏｒｉｎ  ＲＤ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ、２００８、１８、６１０−６２１；ユー  ジェイケイら（Ｙｏｏ  ＪＫ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｄｅｖ．２０１２、２１（１１）、２０４９−２０５７、各々は本願明細書に完全に援用する）。胚性幹細胞で豊富なマイクロＲＮＡには、限定するものではないが、ｌｅｔ−７ａ−２−３ｐ、ｌｅｔ−ａ−３ｐ、ｌｅｔ−７ａ−５ｐ、ｌｅｔ７ｄ−３ｐ、ｌｅｔ−７ｄ−５ｐ、ｍｉＲ−１０３ａ−２−３ｐ、ｍｉＲ−１０３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１０６ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１０６ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１２４６、ｍｉＲ−１２７５、ｍｉＲ−１３８−１−３ｐ、ｍｉＲ−１３８−２−３ｐ、ｍｉＲ−１３８−５ｐ、ｍｉＲ−１５４−３ｐ、ｍｉＲ−１５４−５ｐ、ｍｉＲ−２００ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−２００ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−２９０、ｍｉＲ−３０１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３０１ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３０２ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−３０２ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−３０２ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ｄ−３ｐ、ｍｉＲ−３０２ｄ−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ｅ、ｍｉＲ−３６７−３ｐ、ｍｉＲ−３６７−５ｐ、ｍｉＲ−３６９−３ｐ、ｍｉＲ−３６９−５ｐ、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−３８０−５ｐ、ｍｉＲ−４２３−３ｐ、ｍｉＲ−４２３−５ｐ、ｍｉＲ−４８６−５ｐ、ｍｉＲ−５２０ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｅ、ｍｉＲ−５４８ｆ、ｍｉＲ−５４８ｇ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｇ−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｉ、ｍｉＲ−５４８ｋ、ｍｉＲ−５４８ｌ、ｍｉＲ−５４８ｍ、ｍｉＲ−５４８ｎ、ｍｉＲ−５４８ｏ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｏ−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｐ、ｍｉＲ−６６４ａ−３ｐ、ｍｉＲ−６６４ａ−５ｐ、ｍｉＲ−６６４ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−６６４ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−７６６−３ｐ、ｍｉＲ−７６６−５ｐ、ｍｉＲ−８８５−３ｐ、ｍｉＲ−８８５−５ｐ、ｍｉＲ−９３−３ｐ、ｍｉＲ−９３−５ｐ、ｍｉＲ−９４１、ｍｉＲ−９６−３ｐ、ｍｉＲ−９６−５ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ−３ｐおよびｍｉＲ−９９ｂ−５ｐが含まれる。ヒト胚性幹細胞で、ディープシークエンシングによって多くの予測された新規マイクロＲＮＡが発見される（モリン  アールディーら（Ｍｏｒｉｎ  ＲＤ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ、２００８、１８、６１０−６２１；ゴフ  エルエーら（Ｇｏｆｆ  ＬＡ  ｅｔ  ａｌ．）、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ、２００９、４：ｅ７１９２；バー  エムら（Ｂａｒ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ、２００８、２６、２４９６−２５０５、各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０３５２】
一実施形態では、胚性幹細胞の発生および／または分化をモジュレートするために、変性状態（例えば変性疾患）で幹細胞の老化を抑制するために、または疾患状態の幹細胞（例えばがん幹細胞）の老化およびアポトーシスを刺激するために、胚性幹細胞特異的マイクロＲＮＡの結合部位が、ポリヌクレオチドの３−ＵＴＲに含まれるかまたはそれから除去されてもよい。
【０３５３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、脾臓で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−１４２−３ｐを含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、脾臓の組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３５４】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、内皮で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−
１２６を含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、内皮組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３５５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、卵巣組織で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−４８４を含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、卵巣組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３５６】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、結腸直腸組織で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−１７を含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、結腸直腸組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３５７】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、前立腺組織で発現されることが知られている少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片、例えばｍｉＲ−３４ａを含むことができる。ｍｉＲ配列はシード配列を含むことができるか、または、それはシード配列なしであってもよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、前立腺組織を標的にすることができる少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片を３’ＵＴＲに含むことができる。
【０３５８】
様々ながん細胞／組織および他の疾患でマイクロＲＮＡの差次的発現をプロファイリングするために、多くのマイクロＲＮＡ発現研究が当技術分野で実行される。一部のマイクロＲＮＡはある特定のがん細胞で異常に過剰発現され、他は過小発現される。例えば、マイクロＲＮＡは、がん細胞（ＷＯ２００８／１５４０９８、ＵＳ２０１３／００５９０１５、ＵＳ２０１３／００４２３３３、ＷＯ２０１１／１５７２９４）；がん幹細胞（ＵＳ２０１２／００５３２２４）；膵臓のがんおよび疾患（ＵＳ２００９／０１３１３４８、ＵＳ２０１１／０１７１６４６、ＵＳ２０１０／０２８６２３２、ＵＳ８３８９２１０）；喘息および炎症（ＵＳ８４１５０９６）；前立腺がん（ＵＳ２０１３／００５３２６４）；肝細胞がん（ＷＯ２０１２／１５１２１２、ＵＳ２０１２／０３２９６７２、ＷＯ２００８／０５４８２８、ＵＳ８２５２５３８）；肺がん細胞（ＷＯ２０１１／０７６１４３、ＷＯ２０１３／０３３６４０、ＷＯ２００９／０７０６５３、ＵＳ２０１０／０３２３３５７）；皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＷＯ２０１３／０１１３７８）；結腸直腸がん細胞（ＷＯ２０１１／０２８１７５６、ＷＯ２０１１／０７６１４２）；がん陽性リンパ節（ＷＯ２００９／１００４３０、ＵＳ２００９／０２６３８０３）；上咽頭がん（ＥＰ２１１２２３５）；慢性閉塞性肺疾患（ＵＳ２０１２／０２６４６２６、ＵＳ２０１３／００５３２６３）；甲状腺がん（ＷＯ２０１３／０６６６７８）；卵巣がん細胞（ＵＳ２０１２／０３０９６４５、ＷＯ２０１１／０９５６２３）；乳がん細胞（ＷＯ２００８／１５４０９８、ＷＯ２００７／０８１７４０、ＵＳ２０１２／０２１４６９９）、白血病およびリンパ腫（ＷＯ２００８／０７３９１５、ＵＳ２００９／００９２９７４、ＵＳ２０１２／０３１６０８１、ＵＳ２０１２／０２８３３１０、ＷＯ２０１０／０１８５６３）で差次的に発現され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０３５９】
非限定例として、ある特定のがんおよび／または腫瘍細胞で過剰発現されるマイクロＲＮＡ部位は、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの３−ＵＴＲから除去して、がん細胞で過剰発現されるマイクロＲＮＡによって抑制される発現を回復し、こうして、対応する生物学的機能、例えば、転写の刺激および／または抑圧、細胞周期停止、アポトーシスならびに細胞死を改善することができる。マイクロＲＮＡ発現が上方制御されない正常な細胞および組織は、影響を受けないままである。
【０３６０】
マイクロＲＮＡは、血管新生などの複雑な生物学的過程を調節することもできる（ｍｉＲ−１３２）（アナンドおよびチェレシ（Ａｎａｎｄ  ａｎｄ  Ｃｈｅｒｅｓｈ）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ２０１１  １８：１７１−１７６）。本発明のポリヌクレオチドでは、生物学的に関連する細胞型または関連する生物学的過程の状況にポリヌクレオチド発現の発現を調整するために、そのような過程に関与するマイクロＲＮＡのための結合部位が除去または導入されてよい。この状況において、ｍＲＮＡは栄養要求性ｍＲＮＡと規定される。
【０３６１】
マイクロＲＮＡ遺伝子調節は、マイクロＲＮＡ周囲の配列、例えば、限定するものではないが、周囲の配列の種、配列のタイプ（例えば、異種、同種および人工）、周囲の配列中の調節エレメント、および／または周囲の配列中の構造的エレメントによって影響されることがある。マイクロＲＮＡは、５’ＵＴＲおよび／または３’ＵＴＲによって影響されることがある。非限定例として、非ヒト３’ＵＴＲは、同じ配列型のヒト３’ＵＴＲと比較して、目的のポリペプチドの発現に対するマイクロＲＮＡ配列の調節効果を増加させることができる。
【０３６２】
一実施形態では、５’ＵＴＲの他の調節エレメントおよび／または構造的エレメントは、マイクロＲＮＡ媒介遺伝子調節に影響することができる。調節エレメントおよび／または構造的エレメントの１つの例は、５’ＵＴＲの構造化ＩＲＥＳ（リボソーム内部進入部位）であり、それはタンパク質翻訳を開始するために翻訳伸長因子の結合のために必要である。５’ＵＴＲのこの二次構造化エレメントへのＥＩＦ４Ａ２の結合が、マイクロＲＮＡ媒介遺伝子発現のために必要である（メイヤー  エッチエーら（Ｍｅｉｊｅｒ  ＨＡ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２０１３、３４０、８２−８５、本願明細書に完全に援用する）。マイクロＲＮＡ媒介遺伝子調節を増強するために、本発明のポリヌクレオチドは、この構造化５’ＵＴＲを含むようにさらに修飾されてよい。
【０３６３】
少なくとも１つのマイクロＲＮＡ部位が、本発明のポリヌクレオチドの３’ＵＴＲ中に工学的に操作されてよい。この状況において、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０以上の個数のマイクロＲＮＡ部位が、本発明のリボ核酸の３’ＵＴＲ中に工学的に操作されてよい。一実施形態では、ポリヌクレオチドに組み込まれるマイクロＲＮＡ部位は、同じであるかまたは異なるマイクロＲＮＡ部位であってもよい。別の実施形態では、ポリヌクレオチドに組み込まれるマイクロＲＮＡ部位は、体内の同じかまたは異なる組織を標的にすることができる。非限定例として、ポリヌクレオチドの３’ＵＴＲへの組織−、細胞型−または疾患特異的マイクロＲＮＡ結合部位の導入を通して、特異細胞型（例えば、肝細胞、骨髄細胞、内皮細胞、がん細胞など）での発現の程度が低減され得る。
【０３６４】
一実施形態では、マイクロＲＮＡ部位は、３’ＵＴＲの５’末端の近く、３’ＵＴＲの５’末端と３’末端との間の約中間、および／または３’ＵＴＲの３’末端の近くに工学的に操作され得る。非限定例として、マイクロＲＮＡ部位は、３’ＵＴＲの５’末端の近く、および３’ＵＴＲの５’末端と３’末端との間の約中間に工学的に操作され得る。別の非限定例として、マイクロＲＮＡ部位は、３’ＵＴＲの３’末端の近く、および３’Ｕ
ＴＲの５’末端と３’末端との間の約中間に工学的に操作され得る。さらに別の非限定例として、マイクロＲＮＡ部位は、３’ＵＴＲの５’末端の近く、および３’ＵＴＲの３’末端の近くに工学的に操作され得る。
【０３６５】
別の実施形態では、３’ＵＴＲは、４つのマイクロＲＮＡ部位を備えることができる。マイクロＲＮＡ部位は、完全なマイクロＲＮＡ結合部位、マイクロＲＮＡシード配列および／またはシード配列なしのマイクロＲＮＡ結合部位配列であってよい。
【０３６６】
一実施形態では、抗原提示細胞による抗原提示を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドが少なくとも１つのマイクロＲＮＡを含むように工学的に操作されてよい。マイクロＲＮＡは、完全なマイクロＲＮＡ配列、マイクロＲＮＡシード配列、シードのないマイクロＲＮＡ配列またはその組合せであってよい。非限定例として、核酸に組み込まれるマイクロＲＮＡは、造血系に特異的であってよい。別の非限定例として、抗原提示を弱めるために本発明の核酸に組み込まれるマイクロＲＮＡは、ｍｉＲ−１４２−３ｐである。
【０３６７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、対象の異なる組織で発現されるマイクロＲＮＡ部位を含むように工学的に操作されてよい。非限定例として、対象の肝臓および腎臓でポリヌクレオチドの発現を調節するために、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１９２およびｍｉＲ−１２２を含むように工学的に操作されてよい。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、同じ組織のために１つを超えるマイクロＲＮＡ部位を含むように工学的に操作されてよい。例えば、対象の内皮細胞でポリヌクレオチドの発現を調節するために、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１７−９２およびｍｉＲ−１２６を含むように工学的に操作されてよい。
【０３６８】
一実施形態では、発明のポリヌクレオチドによってコードされる標的ポリペプチドに関連した治療ウインドウおよびまたは差次的発現が、変更され得る。例えば、それらの細胞のｍｉＲＮＡサインによってがん細胞で死亡シグナル（または正常細胞で生存シグナル）がより高度に発現されるように、ポリヌクレオチドが設計されてよい。がん細胞がより低いレベルの特定のｍｉＲＮＡを発現する場合、そのｍｉＲＮＡ（または複数のｍｉＲＮＡ）のための結合部位をコードするポリヌクレオチドがより高度に発現されるだろう。したがって、ポリヌクレオチドによってコードされる標的ポリペプチドは、細胞死を誘発または誘導するタンパク質として選択される。３’ＵＴＲでコードされる結合部位または「センサー」へのｍｉＲＮＡ結合の影響のために、ポリヌクレオチドはより低いレベルで発現されるので、同じｍｉＲＮＡのより高い発現を抱える近隣の非がん細胞は、コードされた死シグナルによってより少なく影響されるだろう。反対に、細胞生存または細胞保護シグナルは、がんおよび非がん性細胞を含有する組織に送達され得、ここでｍｉＲＮＡはがん細胞でより高い発現を有する−結果はがん細胞に対するより低い生存シグナルおよび正常細胞に対するより大きな生存サインである。前のパラダイムによる異なるシグナルを有する、複数のポリヌクレオチドが設計され、投与され得る。
【０３６９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲに位置する少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。ｍｉＲ配列は、３’ＵＴＲのどこかに、例えば、限定するものではないが、３’ＵＴＲの始め、ポリＡテーリング領域の５’末端の近く、３’ＵＴＲの中央、途中で３’ＵＴＲの５’末端と３’末端の中間、３’ＵＴＲの終わり、および／または３’ＵＴＲの３’末端に位置することができる。
【０３７０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲに位置する１つを超えるｍｉＲ配列を備える。非限定例として、３’ＵＴＲは、２つのｍｉＲ配列を備えることができる。別の非限定例として、３’ＵＴＲは、３つのｍｉＲ配列を備えることができる。さらに別の非限定例として、３’ＵＴＲは、４つのｍｉＲ配列を備えるこ
とができる。
【０３７１】
一実施形態では、核酸の発現は、核酸に少なくとも１つのセンサー配列を組み込んで、核酸を製剤化することによって制御され得る。非限定例として、核酸にｍｉＲ−１２２結合部位を組み込み、カチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡを備えている脂質ナノ粒子で製剤化することによって、正所性腫瘍を核酸の標的にすることができる。
【０３７２】
異なる細胞型でのマイクロＲＮＡの発現パターンの理解を通して、ポリヌクレオチドは、特異細胞型での、または特異生物学的条件の下だけでのより多くの標的化発現のために工学的に操作され得る。組織特異的マイクロＲＮＡ結合部位の導入を通して、組織でまたは生物学的条件の状況でタンパク質発現に最適だろうポリヌクレオチドが設計され得る。
【０３７３】
ポリヌクレオチドを使用して関連する細胞系でトランスフェクション実験が実行されてよく、トランスフェクション後に様々な時点でタンパク質生成が分析されてよい。例えば、関連するタンパク質にＥＬＩＳＡキットを使用し、トランスフェクションの６時間、１２時間、２４時間、４８時間、７２時間および７日後に生成されるタンパク質を分析することによって、細胞が異なるマイクロＲＮＡ結合部位−ポリヌクレオチドでトランスフェクトされてよい。製剤化されたポリヌクレオチドの組織特異的発現の変化を検討するために、マイクロＲＮＡ結合部位工学的操作分子を使用して、ｉｎ  ｖｉｖｏ実験が実行されてもよい。
【０３７４】
これらの調査で有益であり得る細胞系の非限定例には、ＡＴＣＣ（バージニア州マナサス（Ｍａｎａｓｓａｓ）からのもの、例えば、ＭＲＣ−５、Ａ５４９、Ｔ８４、ＮＣＩ−Ｈ２１２６［Ｈ２１２６］、ＮＣＩ−Ｈ１６８８［Ｈ１６８８］、ＷＩ−３８、ＷＩ−３８ＶＡ−１３サブライン２ＲＡ、ＷＩ−２６ＶＡ４、Ｃ３Ａ［ＨｅｐＧ２／Ｃ３Ａ、Ｈｅｐ  Ｇ２の誘導体（ＡＴＣＣ  ＨＢ−８０６５）］、ＴＨＬＥ−３、Ｈ６９ＡＲ、ＮＣＩ−Ｈ２９２［Ｈ２９２］、ＣＦＰＡＣ−１、ＮＴＥＲＡ−２  ｃｌ．Ｄ１［ＮＴ２／Ｄ１］、ＤＭＳ  ７９、ＤＭＳ  ５３、ＤＭＳ  １５３、ＤＭＳ  １１４、ＭＳＴＯ−２１１Ｈ、ＳＷ  １５７３［ＳＷ−１５７３、ＳＷ１５７３］、ＳＷ  １２７１［ＳＷ−１２７１、ＳＷ１２７１］、ＳＨＰ−７７、ＳＮＵ−３９８、ＳＮＵ−４４９、ＳＮＵ−１８２、ＳＮＵ−４７５、ＳＮＵ−３８７、ＳＮＵ−４２３、ＮＬ２０、ＮＬ２０−ＴＡ［ＮＬ２０Ｔ−Ａ］、ＴＨＬＥ−２、ＨＢＥ１３５−Ｅ６Ｅ７、ＨＣＣ８２７、ＨＣＣ４００６、ＮＣＩ−Ｈ２３［Ｈ２３］、ＮＣＩ−Ｈ１２９９、ＮＣＩ−Ｈ１８７［Ｈ１８７］、ＮＣＩ−Ｈ３５８［Ｈ−３５８、Ｈ３５８］、ＮＣＩ−Ｈ３７８［Ｈ３７８］、ＮＣＩ−Ｈ５２２［Ｈ５２２］、ＮＣＩ−Ｈ５２６［Ｈ５２６］、ＮＣＩ−Ｈ７２７［Ｈ７２７］、ＮＣＩ−Ｈ８１０［Ｈ８１０］、ＮＣＩ−Ｈ８８９［Ｈ８８９］、ＮＣＩ−Ｈ１１５５［Ｈ１１５５］、ＮＣＩ−Ｈ１４０４［Ｈ１４０４］、ＮＣＩ−Ｎ８７［Ｎ８７］、ＮＣＩ−Ｈ１９６［Ｈ１９６］、ＮＣＩ−Ｈ２１１［Ｈ２１１］、ＮＣＩ−Ｈ２２０［Ｈ２２０］、ＮＣＩ−Ｈ２５０［Ｈ２５０］、ＮＣＩ−Ｈ５２４［Ｈ５２４］、ＮＣＩ−Ｈ６４７［Ｈ６４７］、ＮＣＩ−Ｈ６５０［Ｈ６５０］、ＮＣＩ−Ｈ７１１［Ｈ７１１］、ＮＣＩ−Ｈ７１９［Ｈ７１９］、ＮＣＩ−Ｈ７４０［Ｈ７４０］、ＮＣＩ−Ｈ７４８［Ｈ７４８］、ＮＣＩ−Ｈ７７４［Ｈ７７４］、ＮＣＩ−Ｈ８３８［Ｈ８３８］、ＮＣＩ−Ｈ８４１［Ｈ８４１］、ＮＣＩ−Ｈ８４７［Ｈ８４７］、ＮＣＩ−Ｈ８６５［Ｈ８６５］、ＮＣＩ−Ｈ９２０［Ｈ９２０］、ＮＣＩ−Ｈ１０４８［Ｈ１０４８］、ＮＣＩ−Ｈ１０９２［Ｈ１０９２］、ＮＣＩ−Ｈ１１０５［Ｈ１１０５］、ＮＣＩ−Ｈ１１８４［Ｈ１１８４］、ＮＣＩ−Ｈ１２３８［Ｈ１２３８］、ＮＣＩ−Ｈ１３４１［Ｈ１３４１］、ＮＣＩ−Ｈ１３８５［Ｈ１３８５］、ＮＣＩ−Ｈ１４１７［Ｈ１４１７］、ＮＣＩ−Ｈ１４３５［Ｈ１４３５］、ＮＣＩ−Ｈ１４３６［Ｈ１４３６］、ＮＣＩ−Ｈ１４３７［Ｈ１４３７］、ＮＣＩ−Ｈ１５２２［Ｈ１５２２］、ＮＣＩ−Ｈ１５６３［Ｈ１５６３］、ＮＣＩ−Ｈ１５６８［Ｈ１５６８］、ＮＣＩ−Ｈ１５７３［Ｈ１５７３］、ＮＣＩ−Ｈ１５８１［Ｈ１５
８１］、ＮＣＩ−Ｈ１６１８［Ｈ１６１８］、ＮＣＩ−Ｈ１６２３［Ｈ１６２３］、ＮＣＩ−Ｈ１６５０［Ｈ−１６５０、Ｈ１６５０］、ＮＣＩ−Ｈ１６５１［Ｈ１６５１］、ＮＣＩ−Ｈ１６６６［Ｈ−１６６６、Ｈ１６６６］、ＮＣＩ−Ｈ１６７２［Ｈ１６７２］、ＮＣＩ−Ｈ１６９３［Ｈ１６９３］、ＮＣＩ−Ｈ１６９４［Ｈ１６９４］、ＮＣＩ−Ｈ１７０３［Ｈ１７０３］、ＮＣＩ−Ｈ１７３４［Ｈ−１７３４、Ｈ１７３４］、ＮＣＩ−Ｈ１７５５［Ｈ１７５５］、ＮＣＩ−Ｈ１７５５［Ｈ１７５５］、ＮＣＩ−Ｈ１７７０［Ｈ１７７０］、ＮＣＩ−Ｈ１７９３［Ｈ１７９３］、ＮＣＩ−Ｈ１８３６［Ｈ１８３６］、ＮＣＩ−Ｈ１８３８［Ｈ１８３８］、ＮＣＩ−Ｈ１８６９［Ｈ１８６９］、ＮＣＩ−Ｈ１８７６［Ｈ１８７６］、ＮＣＩ−Ｈ１８８２［Ｈ１８８２］、ＮＣＩ−Ｈ１９１５［Ｈ１９１５］、ＮＣＩ−Ｈ１９３０［Ｈ１９３０］、ＮＣＩ−Ｈ１９４４［Ｈ１９４４］、ＮＣＩ−Ｈ１９７５［Ｈ−１９７５、Ｈ１９７５］、ＮＣＩ−Ｈ１９９３［Ｈ１９９３］、ＮＣＩ−Ｈ２０２３［Ｈ２０２３］、ＮＣＩ−Ｈ２０２９［Ｈ２０２９］、ＮＣＩ−Ｈ２０３０［Ｈ２０３０］、ＮＣＩ−Ｈ２０６６［Ｈ２０６６］、ＮＣＩ−Ｈ２０７３［Ｈ２０７３］、ＮＣＩ−Ｈ２０８１［Ｈ２０８１］、ＮＣＩ−Ｈ２０８５［Ｈ２０８５］、ＮＣＩ−Ｈ２０８７［Ｈ２０８７］、ＮＣＩ−Ｈ２１０６［Ｈ２１０６］、ＮＣＩ−Ｈ２１１０［Ｈ２１１０］、ＮＣＩ−Ｈ２１３５［Ｈ２１３５］、ＮＣＩ−Ｈ２１４１［Ｈ２１４１］、ＮＣＩ−Ｈ２１７１［Ｈ２１７１］、ＮＣＩ−Ｈ２１７２［Ｈ２１７２］、ＮＣＩ−Ｈ２１９５［Ｈ２１９５］、ＮＣＩ−Ｈ２１９６［Ｈ２１９６］、ＮＣＩ−Ｈ２１９８［Ｈ２１９８］、ＮＣＩ−Ｈ２２２７［Ｈ２２２７］、ＮＣＩ−Ｈ２２２８［Ｈ２２２８］、ＮＣＩ−Ｈ２２８６［Ｈ２２８６］、ＮＣＩ−Ｈ２２９１［Ｈ２２９１］、ＮＣＩ−Ｈ２３３０［Ｈ２３３０］、ＮＣＩ−Ｈ２３４２［Ｈ２３４２］、ＮＣＩ−Ｈ２３４７［Ｈ２３４７］、ＮＣＩ−Ｈ２４０５［Ｈ２４０５］、ＮＣＩ−Ｈ２４４４［Ｈ２４４４］、ＵＭＣ−１１、ＮＣＩ−Ｈ６４［Ｈ６４］、ＮＣＩ−Ｈ７３５［Ｈ７３５］、ＮＣＩ−Ｈ７３５［Ｈ７３５］、ＮＣＩ−Ｈ１９６３［Ｈ１９６３］、ＮＣＩ−Ｈ２１０７［Ｈ２１０７］、ＮＣＩ−Ｈ２１０８［Ｈ２１０８］、ＮＣＩ−Ｈ２１２２［Ｈ２１２２］、Ｈｓ  ５７３．Ｔ、Ｈｓ  ５７３．Ｌｕ、ＰＬＣ／ＰＲＦ／５、ＢＥＡＳ−２Ｂ、Ｈｅｐ
Ｇ２、Ｔｅｒａ−１、Ｔｅｒａ−２、ＮＣＩ−Ｈ６９［Ｈ６９］、ＮＣＩ−Ｈ１２８［Ｈ１２８］、ＣｈａＧｏ−Ｋ−１、ＮＣＩ−Ｈ４４６［Ｈ４４６］、ＮＣＩ−Ｈ２０９［Ｈ２０９］、ＮＣＩ−Ｈ１４６［Ｈ１４６］、ＮＣＩ−Ｈ４４１［Ｈ４４１］、ＮＣＩ−Ｈ８２［Ｈ８２］、ＮＣＩ−Ｈ４６０［Ｈ４６０］、ＮＣＩ−Ｈ５９６［Ｈ５９６］、ＮＣＩ−Ｈ６７６Ｂ［Ｈ６７６Ｂ］、ＮＣＩ−Ｈ３４５［Ｈ３４５］、ＮＣＩ−Ｈ８２０［Ｈ８２０］、ＮＣＩ−Ｈ５２０［Ｈ５２０］、ＮＣＩ−Ｈ６６１［Ｈ６６１］、ＮＣＩ−Ｈ５１０Ａ［Ｈ５１０Ａ、ＮＣＩ−Ｈ５１０］、ＳＫ−ＨＥＰ−１、Ａ−４２７、Ｃａｌｕ−１、Ｃａｌｕ−３、Ｃａｌｕ−６、ＳＫ−ＬＵ−１、ＳＫ−ＭＥＳ−１、ＳＷ  ９００［ＳＷ−９００、ＳＷ９００］、Ｍａｌｍｅ−３Ｍ、およびＣａｐａｎ−１が含まれる。
【０３７５】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、既知のシード配列と１００％の同一性を有するかまたはシード配列と１００％未満の同一性を有する、マイクロＲＮＡ結合性領域部位を組み込むように設計され得る。シード配列はマイクロＲＮＡ結合親和性を低下させるように部分的に突然変異され得、このようにそのｍＲＮＡ転写物の低減された下方モジュレーションをもたらす。本質的には、標的ｍＲＮＡとマイクロＲＮＡシードとの間のマッチまたはミスマッチの程度は、タンパク質発現をモジュレートするマイクロＲＮＡの能力をより微細にチューニングする加減抵抗器として作用することができる。さらに、マイクロＲＮＡ結合部位の非シード領域の突然変異は、タンパク質発現をモジュレートするマイクロＲＮＡの能力に影響を与えることもできる。
【０３７６】
一実施形態では、ｍｉＲ配列は、ステムループのループに組み込まれてよい。
別の実施形態では、ｍｉＲシード配列はステムループのループに組み込まれてよく、ｍｉＲ結合部位はステムループの５’または３’ステムに組み込まれてよい。
【０３７７】
一実施形態では、ＴＥＥはステムループのステムの５’末端に組み込まれてよく、ｍｉＲシードはステムループのステムに組み込まれてよい。別の実施形態では、ＴＥＥはステムループのステムの５’末端に組み込まれてよく、ｍｉＲシードはステムループのステムに組み込まれてよく、ｍｉＲ結合部位は、ステムの３’末端またはステムループの後の配列に組み込まれてよい。ｍｉＲシードおよびｍｉＲ結合部位は、同じおよび／または異なるｍｉＲ配列のためであってよい。
【０３７８】
一実施形態では、ｍｉＲ配列および／またはＴＥＥ配列の組み込みは、翻訳を増加および／または減少させることができるステムループ領域の形状を変化させる。（例えば、本願明細書に完全に援用する、ケデら（Ｋｅｄｄｅ  ｅｔ  ａｌ．）．ｐ２７−３’ＵＴＲのプミリオ誘導ＲＮＡ構造スイッチはｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−２２のアクセス性を制御する（Ａ  Ｐｕｍｉｌｉｏ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ＲＮＡ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｉｎ  ｐ２７−３’ＵＴＲ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｍｉＲ−２２１  ａｎｄ  ｍｉＲ−２２  ａｃｃｅｓｓｉｂｉｌｉｔｙ）。Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ。２０１０を参照）。
【０３７９】
一実施形態では、ｍｉＲ配列および／またはＴＥＥ配列の組み込みは、翻訳を増加および／または減少させることができるステムループ領域の形状を変化させる。（例えば、本願明細書に完全に援用する、ケデら（Ｋｅｄｄｅ  ｅｔ  ａｌ．）．ｐ２７−３’ＵＴＲのプミリオ誘導ＲＮＡ構造スイッチはｍｉＲ−２２１およびｍｉＲ−２２のアクセス性を制御する（Ａ  Ｐｕｍｉｌｉｏ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ＲＮＡ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｓｗｉｔｃｈ  ｉｎ  ｐ２７−３’ＵＴＲ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｍｉＲ−２２１  ａｎｄ  ｍｉＲ−２２  ａｃｃｅｓｓｉｂｉｌｉｔｙ）。Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ。２０１０を参照）。
【０３８０】
一実施形態では、５’ＵＴＲは、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ配列を備えることができる。マイクロＲＮＡ配列は、限定するものではないが、１９または２２ヌクレオチド配列および／またはシードなしのマイクロＲＮＡであってもよい。
【０３８１】
一実施形態では、５’ＵＴＲ中のマイクロＲＮＡ配列は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを安定させるために使用され得る。
別の実施形態では、５’ＵＴＲ中のマイクロＲＮＡ配列は、翻訳開始部位、例えば、限定するものではないが、開始コドンのアクセス性を減少させるために使用され得る。マツダら（Ｍａｔｓｕｄａ  ｅｔ  ａｌ）（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ。２０１０  １１（５）：ｅ１５０５７；本願明細書に完全に援用する）は、第１の開始コドン（ＡＵＧ）へのアクセス性を減少させるために、開始コドンの周囲（−４〜＋３７、ＡＵＧコドンのＡは＋１である）にアンチセンスロック核酸（ＬＮＡ）オリゴヌクレオチドおよびエクソン−接合部複合体（ＥＪＣ）を使用した。マツダ（Ｍａｔｓｕｄａ）は、開始コドン周囲の配列をＬＮＡまたはＥＪＣで変更すると、ポリヌクレオチドの効率、長さおよび構造的安定性が影響されることを示した。翻訳開始部位へのアクセス性を減少させるために、本発明のポリヌクレオチドは、マツダら（Ｍａｔｓｕｄａ  ｅｔ  ａｌ）によって記載されるＬＮＡまたはＥＪＣ配列の代わりにマイクロＲＮＡ配列を翻訳開始部位の近くに備えることができる。翻訳開始部位は、マイクロＲＮＡ配列の前、後またはその範囲内にあることができる。非限定例として、翻訳開始部位は、マイクロＲＮＡ配列、例えばシード配列または結合部位の範囲内に位置することができる。別の非限定例として、翻訳開始部位は、ｍｉＲ−１２２配列、例えばシード配列またはｍｉｒ−１２２結合部位の範囲内に位置することができる。
【０３８２】
一実施形態では、抗原提示細胞による抗原提示を弱めるために、本発明のポリヌクレオ
チドは少なくとも１つのマイクロＲＮＡを含むことができる。マイクロＲＮＡは、完全なマイクロＲＮＡ配列、マイクロＲＮＡシード配列、シードのないマイクロＲＮＡ配列またはその組合せであってよい。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドに組み込まれるマイクロＲＮＡは、造血系に特異的であってよい。別の非限定例として、抗原提示を弱めるために本発明の核酸またはｍＲＮＡに組み込まれるマイクロＲＮＡは、ｍｉＲ−１４２−３ｐである。
【０３８３】
一実施形態では、目的の細胞でコードされたポリペプチドの発現を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのマイクロＲＮＡを含むことができる。非限定例として、肝臓で目的のコードされたポリペプチドの発現を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−１２２結合部位を含むことができる。別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−１４２−３ｐ結合部位、ｍｉＲ−１４２−３ｐシード配列、シードのないｍｉＲ−１４２−３ｐ結合部位、ｍｉＲ−１４２−５ｐ結合部位、ｍｉＲ−１４２−５ｐシード配列、シードのないｍｉＲ−１４２−５ｐ結合部位、ｍｉＲ−１４６結合部位、ｍｉＲ−１４６シード配列および／またはシード配列なしのｍｉＲ−１４６結合部位を含むことができる。
【０３８４】
一実施形態では、筋肉でコードされたポリペプチドの発現を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１３３配列、その断片または変異体を備えることができる。別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−２０６配列、その断片または変異体を備えることができる。さらに別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１配列、その断片または変異体を備えることができる。
【０３８５】
一実施形態では、内皮でコードされたポリペプチドの発現を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１２６配列、その断片または変異体を備えることができる。
【０３８６】
一実施形態では、中枢神経系（ＣＮＳ）でコードされたポリペプチドの発現を弱めるために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１３２配列、その断片または変異体を備えることができる。別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１２５配列、その断片または変異体を備えることができる。さらに別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１２４配列、その断片または変異体を備えることができる。
【０３８７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、造血系統特異的ｍｉＲ配列またはその断片もしくは変異体である、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。非限定例として、造血系統特異的ｍｉＲ配列は、ｍｉＲ−１４２−３ｐまたはその断片である。
【０３８８】
一実施形態では、治療薬送達によって引き起こされる望ましくない免疫原性反応を和らげるために免疫細胞でｍＲＮＡ治療薬を選択的に分解するために、本発明のポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲに少なくとも１つのマイクロＲＮＡ結合部位を備えることができる。非限定例として、マイクロＲＮＡ結合部位は、抗原提示細胞中でポリヌクレオチドをより不安定にすることができる。これらのマイクロＲＮＡの非限定例には、ｍｉｒ−１４２−５ｐ、ｍｉｒ−１４２−３ｐ、ｍｉｒ−１４６ａ−５ｐおよびｍｉｒ−１４６−３ｐが含まれる。
【０３８９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ結合性タンパク質と相互作用す
ることができるポリヌクレオチドの領域に、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ配列を備える。
【０３９０】
５’ＵＴＲ、ｍｉＲ結合部位、翻訳増強および翻訳特異性
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳を増強するために、５’ＵＴＲに少なくとも１つのマイクロＲＮＡ結合部位を備える。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ−１０ａ配列またはその断片を備えることができる。
【０３９１】
一実施形態では、アミノ酸飢餓の間、リボソームタンパク質ｍＲＮＡの翻訳抑圧を低減するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲに少なくとも１つのマイクロＲＮＡ結合部位を備える（例えば、オロムら（Ｏｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．）Ｍｏｌ
Ｃｅｌｌ（２００８）３０、１６０−４７１を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０３９２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ｍｉＲ−１０ａまたはｍｉＲ−１０ｂまたはその断片のための少なくとも１つの配列を５’ＵＴＲに備える。
一実施形態では、特異組織でポリヌクレオチドの翻訳を開始するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。
【０３９３】
一実施形態では、コードされたポリペプチドの適切な折畳みの変化を改善するためにポリヌクレオチドの翻訳を低速化させるために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲに少なくとも１つの配列を備える。別の実施形態では、翻訳過程の誤りを低減するためにポリヌクレオチドの翻訳を低速化させるために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲに少なくとも１つの配列を備える。
【０３９４】
一実施形態では、コードされたポリペプチドの発現が望ましくない組織で翻訳を低速化させるために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは５’ＵＴＲに少なくとも１つの配列を備える。
【０３９５】
３’ＵＴＲおよびヘテロｍｉＲ
本明細書に記載されるポリヌクレオチドの３’ＵＴＲは、同じでない少なくとも２つのｍｉＲ配列を備えることができる。ｍｉＲ配列は、同じ組織および／もしくは器官でポリヌクレオチドの発現を下方制御することができるか、または、ｍｉＲ配列は、異なる組織および／もしくは器官でポリヌクレオチドの発現を下方制御することができる。同じ配列でない少なくとも２つのｍｉＲ配列を本明細書に記載されるポリヌクレオチドのＵＴＲが備える場合は、これらのｍｉＲ配列はヘテロｍｉＲとして知られる。
【０３９６】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも２つの異なるｍｉＲ配列を３’ＵＴＲに備える。各ｍｉＲ配列は、異なる器官および／または組織でポリヌクレオチドの発現を下方制御することができる。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの３’ＵＴＲは、器官Ａでポリヌクレオチドの発現を下方制御するために少なくとも１つのｍｉＲ配列を、および器官Ｂでポリヌクレオチドの発現を下方制御するために少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。別の非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの３’ＵＴＲは、器官Ａでポリヌクレオチドの発現を下方制御するために少なくとも１つのｍｉＲ配列を、および器官Ｂでポリヌクレオチドの発現を下方制御するために少なくとも１つのｍｉＲ配列を備えることができる。
【０３９７】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲに少なくとも１つのｍｉＲ−１２２配列および少なくとも１つのｍｉＲ−１４２配列を備える。
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、同じ細胞型でのタンパク質発現を低減または抑制することができる少なくとも２つの異なるｍｉＲ配列を備えることができる。
【０３９８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、同じ細胞型でのタンパク質発現を低減または抑制することができる少なくとも２つの異なるｍｉＲ配列を３’ＵＴＲに備える。各ｍｉＲ配列は、同じ組織でポリヌクレオチドの発現を下方制御することができる。
【０３９９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲに、同じ細胞型でのタンパク質発現を低減または抑制することができる、ｍｉＲ−１４２−３ｐ配列およびｍｉＲ−１４２−５ｐ配列またはその変異体を少なくとも備える。
【０４００】
３’ＵＴＲおよびアルブミン変異体
本明細書に記載されるポリヌクレオチドの３’ＵＴＲは、アルブミン遺伝子の３’ＵＴＲまたはアルブミン遺伝子の３’ＵＴＲの変異体に由来する核酸配列を備えることができる。３’ＵＴＲおよびアルブミン変異体は、国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の段落［０００２５６］〜［０００２５７］に記載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０４０１】
３’ＵＴＲおよび三重ヘリックス
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの３’末端に三重ヘリックスを含むことができる。本発明のポリヌクレオチドの３’末端は、三重ヘリックスを単独で、またはポリＡテールと一緒に含むことができる。
【０４０２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、第１および第２のＵに富む領域、第１と第２の領域との間の保存されたステムループ領域、ならびにＡに富む領域を少なくとも備えることができる。第１および第２のＵに富む領域ならびにＡに富む領域は、結びついて核酸の３’末端に三重ヘリックスを形成することができる。この三重ヘリックスは、ポリヌクレオチドを安定させること、ポリヌクレオチドの翻訳効率を増強することおよび／または３’末端を分解から保護することができる。例示的な三重ヘリックスには、限定するものではないが、転移関連の肺腺癌転写物１（ＭＡＬＡＴ１）、ＭＥＮ−βおよびポリアデニル化核（ＰＡＮ）ＲＮＡの三重ヘリックス配列が含まれる（ウィルズら（Ｗｉｌｕｓｚ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｅｓ  ＆  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ２０１２  ２６：２３９２−２４０７を参照；本願明細書に完全に援用する）。一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドの３’末端は、第１のＵに富む領域、第２のＵに富む領域およびＡに富む領域を備える。非限定例として、第１のＵに富む領域は、米国仮出願第６２／０２５，９８５号に記載される配列番号４であり、第２のＵに富む領域は、米国仮出願第６２／０２５，９８５号に記載される配列番号５または６であり、Ａに富む領域は、米国仮出願第６２／０２５，９８５号に記載される配列番号７を有し、それらの内容は本願明細書に完全に援用する。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドの３’末端は、第１のＵに富む領域、保存された領域、第２のＵに富む領域およびＡに富む領域を備える三重ヘリックス編成構造を備える。
【０４０３】
一実施形態では、三重ヘリックスは、クローバ葉構造の前のＭＡＬＡＴ１配列の切断から形成され得る。理論によって縛られることを意図しないが、ＭＡＬＡＴ１は、切断するときに三重ヘリックスおよびｔＲＮＡ様クローバ葉構造を形成する長い非コードＲＮＡである。ＭＡＬＡＴ１転写物は次に核スペックルに局在化し、ｔＲＮＡ様クローバ葉は細胞質に局在化する（ウィルズら（Ｗｉｌｕｓｚ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃｅｌｌ  ２００８  １３５（５）：９１９−９３２；その内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０４０４】
非限定例として、ＭＡＬＡＴ１配列を備えている本発明のポリヌクレオチドの終端は、クローバ葉構造からのＲＮａｓｅＰ切断の後、核酸を安定させる三重ヘリックス構造を次に形成することができる（パートら（Ｐｅａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．）非ｍＲＮＡ  ３’末端形成：他の半分はどのように生きるか（Ｎｏｎ−ｍＲＮＡ  ３’ｅｎｄ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ：ｈｏｗ  ｔｈｅ  ｏｔｈｅｒ  ｈａｌｆ  ｌｉｖｅｓ）；ＷＩＲＥｓ  ＲＮＡ  ２０１３；その内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０４０５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ＭＡＬＡＴ１配列を備える。別の実施形態では、ポリヌクレオチドはポリアデニル化されてよい。さらに別の実施形態では、ポリヌクレオチドはポリアデニル化されないが、未修飾の核酸またはｍＲＮＡと比較して分解への増加した抵抗性を有する。
【０４０６】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、第２の隣接領域（例えば、３’ＵＴＲ）にＭＡＬＡＴ１配列を備えることができる。非限定例として、ＭＡＬＡＴ１配列はヒトまたはマウスであってもよい。
【０４０７】
別の実施形態では、ＭＡＬＡＴ１配列のクローバ葉構造は、ＲＮａｓｅＺおよびＣＣＡ付加酵素によるプロセシングを受けて、ｍａｓｃＲＮＡ（ＭＡＬＡＴ１関連の小さい細胞質ＲＮＡ）と呼ばれるｔＲＮＡ様構造を形成することもできる。非限定例として、ｍａｓｃＲＮＡはタンパク質またはその断片をコードすることができ、および／またはマイクロＲＮＡ配列を備えることができる。ｍａｓｃＲＮＡは、本明細書に記載される少なくとも１つの化学的修飾を備えることができる。
【０４０８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡテールを欠くＲＮＡ分子を含むハイブリッド核酸を備えることができる。非限定例では、ポリＡテールを欠くポリヌクレオチドは、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０６２８０１で教示されるように、一部の場合には三重ヘリカル構造を有し、ＲＮＡを安定させる機能をする３’末端配列に連結され得るか、または、ＷＯ２０１４０６２８０１に記載されるベクター構築物を使用して生成され得、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０４０９】
３’ＵＴＲ中の他の調節エレメント
マイクロＲＮＡ結合部位に加えて、異なる組織および細胞でｍＲＮＡの安定性および翻訳を調節する、天然のｍＲＮＡの３’ＵＴＲ中の他の調節配列が除去されるかまたはポリヌクレオチドに導入されてもよい。そのようなシス調節エレメントには、限定するものではないが、シス−ＲＮＰ（リボ核タンパク質）／ＲＢＰ（ＲＮＡ結合性タンパク質）調節エレメント、ＡＵに富むエレメント（ＡＵＥ）、構造化ステム−ループ、構成的減衰エレメント（ＣＤＥ）、ＧＣ豊富および他の構造化ｍＲＮＡのモチーフが含まれてよい（パーカー  ビージェイら（Ｐａｒｋｅｒ  ＢＪ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２０１１、２１、１９２９−１９４３、本願明細書に完全に援用する）。例えば、ＣＤＥは、ロキンタンパク質とのそれらの相互作用を通してｍＲＮＡ分解を媒介する調節モチーフのクラスである。特に、ＣＤＥは、マクロファージでサイトカイン生成を制限する、発生および炎症の調節因子をコードする多くのｍＲＮＡで見出される（レペック  ケーら（Ｌｅｐｐｅｋ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．）、２０１３、Ｃｅｌｌ、１５３、８６９−８８１、本願明細書に完全に援用する）。
【０４１０】
一実施形態では、細胞または組織でのポリペプチドの分解が所望の場合は、特定のＣＤＥがポリヌクレオチドに導入されてよい。タンパク質発現を支えるために細胞または組織でより安定したｍＲＮＡを維持するために、特定のＣＤＥが核酸またはｍＲＮＡから除去されてもよい。
【０４１１】
３’ＵＴＲおよびウイルスの配列
追加のウイルス配列、例えば、限定するものではないが、オオムギ萎黄病ウイルス（ＢＹＤＶ−ＰＡＶ）、ヤーグシークテ（Ｊａａｇｓｉｅｋｔｅ）ヒツジレトロウイルス（ＪＳＲＶ）および／または風土病の鼻腫瘍ウイルス（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１２１２９６４８を参照；本願明細書に完全に援用する）の翻訳エンハンサー配列が、本発明のポリヌクレオチド中に工学的に操作されて挿入されてよく、構築物の翻訳をｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏで刺激することができる。トランスフェクション実験が関連する細胞系で実行されてよく、トランスフェクションの１２時間、２４時間、４８時間、７２時間および７日後にＥＬＩＳＡによってタンパク質生成が分析され得る。
【０４１２】
ＵＴＲの長さ
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲおよび／または３’ＵＴＲを含むことができる。ポリヌクレオチドは、テーリング領域、例えば、限定するものではないが、ポリＡテール、および／またはキャッピング領域をさらに含むことができる。
【０４１３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲを含むことができ、３’ＵＴＲを含まない。ポリヌクレオチドは、テーリング領域、例えば、限定するものではないが、ポリＡテールをさらに含むことができる。
【０４１４】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲを含むことができ、５’ＵＴＲを含まない。ポリヌクレオチドは、テーリング領域、例えば、限定するものではないが、ポリＡテールをさらに含むことができる。
【０４１５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのヌクレオチドの５’ＵＴＲを含むことができる。５’ＵＴＲは、長さが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００または１００を超えるヌクレオチドであってよい。非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが３〜１３ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが１０〜１２ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが１３ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが４２〜４７ヌクレオチドであってよい。
【０４１６】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲを含むことができる。環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲは、長さが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００または１００を超えるヌクレオチドであってよい。
非限定例として、環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲは、長さが３〜１３ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲは、長さが１０〜１２ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲは、長さが１３ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、環状化を呼び起こさない５’ＵＴＲは、長さが４２〜４７ヌクレオチドであってよい。
【０４１７】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、リボソームをポリヌクレオチドに結びつけて、ポリヌクレオチドの翻訳を開始させるのに十分な長さを有する５’ＵＴＲを含むことができる。５’ＵＴＲは、長さが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００または１００を超えるヌクレオチドであってよい。非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが３〜１３ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが１０〜１２ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが１３ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、５’ＵＴＲは、長さが４２〜４７ヌクレオチドであってよい。
【０４１８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、長さが概ね４７ヌクレオチドである５’ＵＴＲおよび長さが概ね１１０ヌクレオチドである３’ＵＴＲを含むことができる。
【０４１９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、長さが概ね１３ヌクレオチドである５’ＵＴＲおよび長さが概ね３１ヌクレオチドである３’ＵＴＲを含むことができる。
【０４２０】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’ＵＴＲとして機能することができるヌクレオチドの配列を含まない。
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲとして機能することができるヌクレオチドの配列を含まない。
【０４２１】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲを含むことができる。３’ＵＴＲは、長さが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５または１２５を超えるヌクレオチドであってよい。非限定例として、３’ＵＴＲは、長さが３０ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、３’ＵＴＲは、長さが３１ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、３’ＵＴＲは、長さが１１０ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、３’ＵＴＲは、長さが１１９ヌクレオ
チドであってよい。
【０４２２】
ＲＮＡ結合性タンパク質（ＲＢＰ）のためのＲＮＡモチーフ
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＲＮＡ結合性タンパク質および／またはその断片をコードすることができる。ＲＮＡ結合性タンパク質およびＲＮＡ結合性タンパク質のためのＲＮＡモチーフは、同時係属の国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７（代理人整理番号Ｍ０３９．２１）の段落［００２０１］〜［００２１５］および実施例２３に記載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。非限定例として、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７（代理人整理番号Ｍ０３９．２１）の実施例２３の表２６は、ＲＮＡ結合性タンパク質ならびに関連する核酸およびタンパク質配列を記載する。
【０４２３】
ステムループ
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ステムループ、例えば、限定するものではないが、ヒストンステムループを含むことができる。ステムループは、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７の段落［００２３０］〜［００２４１］に記載される。ステムループは、長さが約２５または約２６ヌクレオチドであるヌクレオチド配列、例えば、限定するものではないが、本願明細書に完全に援用する国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１０３６５９に記載される配列番号７〜１７であってよい。ヒストンステムループは、コード領域に対して３’側に位置することができる（例えば、コード領域の３’末端）。非限定例として、ステムループは、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの３’末端に位置することができる。
【０４２４】
５’キャップを有する領域
天然ｍＲＮＡの５’キャップ構造は核外移行に関与し、ｍＲＮＡの安定性を増加させ、ポリ（Ａ）結合性タンパク質とのＣＢＰの結びつきにより成熟した環式のｍＲＮＡ種を形成することを通して細胞でのｍＲＮＡの安定性および翻訳能力の役割を担う、ｍＲＮＡキャップ結合性タンパク質（ＣＢＰ）に結合する。キャップは、ｍＲＮＡスプライシングの間の、５’近位イントロンの除去をさらに支援する。
【０４２５】
内因性のｍＲＮＡ分子は５’末端がキャップされてよく、ｍＲＮＡ分子の末端グアノシンキャップ残基と５’末端転写センスヌクレオチドとの間で５’−ｐｐｐ−５’−三リン酸連結を生成する。Ｎ７−メチル−グアニル酸残基を生成するために、この５’グアニル酸キャップは次にメチル化されてよい。ｍＲＮＡの５’末端の終端および／または前終端転写ヌクレオチドのリボース糖は、任意選択で２’−Ｏ−メチル化されてもよい。グアニル酸キャップ構造の加水分解および切断を通した５’のキャップ除去は、分解のためにｍＲＮＡ分子などの核酸分子を標的にすることができる。
【０４２６】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドはキャップ部分を組み込むように設計され得る。本発明のポリヌクレオチドへの修飾は、キャップ除去を阻止し、こうしてｍＲＮＡ半減期を増加させる非加水分解抵抗性キャップ構造を生成することができる。キャップ構造の加水分解は５’−ｐｐｐ−５’ホスホロジエステル連結の切断を必要とするので、キャッピング反応の間、修飾されたヌクレオチドが使用され得る。例えば、５’−ｐｐｐ−５’キャップでホスホロチオエート連結を作製するために、製造業者の説明書に従って、ニューイングランドバイオラブ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）（マサチューセッツ州イプスウィッチ（Ｉｐｓｗｉｃｈ、ＭＡ））からのワクシニアキャッピング酵素が、α−チオ−グアノシンヌクレオチドと一緒に使用されてよい。α−メチルホスホネートおよびセレノ−リン酸ヌクレオチドなどの、追加の修飾されたグアノシンヌクレオチドが使用されてよい。
【０４２７】
追加の修飾には、限定するものではないが、糖環の２’−ヒドロキシル基の上のポリヌクレオチドの５’末端および／または５’前末端ヌクレオチドのリボース糖の２’−Ｏ−メチル化（前述の通り）が含まれる。ｍＲＮＡ分子として機能するポリヌクレオチドなどの核酸分子の５’キャップを生成するために、複数の異なる５’キャップ構造が使用されてよい。
【０４２８】
本明細書で合成キャップ類似体、化学的キャップ、化学的キャップ類似体または構造的もしくは機能的キャップ類似体とも呼ばれるキャップ類似体は、天然の（すなわち、内因性、野生型または生理的な）５’キャップとそれらの化学構造で異なる一方で、キャップ機能を保持する。キャップ類似体は、化学的に（すなわち、非酵素的に）もしくは酵素的に合成されてよく、および／または本発明のポリヌクレオチドに連結されてよい。
【０４２９】
例えば、アンチリバースキャップ類似体（ＡＲＣＡ）キャップは、５’−５’−三リン酸基によって連結される２つのグアニンを含有し、そこで、１つのグアニンはＮ７メチル基ならびに３’−Ｏ−メチル基を含有する（すなわち、Ｎ７，３’−Ｏ−ジメチル−グアノシン−５’−三リン酸−５’−グアノシン（ｍ７Ｇ−３’ｍｐｐｐ−Ｇ；３’Ｏ−Ｍｅ−ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇと同等に命名され得る）。他の未修飾のグアニンの３’−Ｏ原子は、キャップされたポリヌクレオチドの５’末端ヌクレオチドに連結されるようになる。Ｎ７−および３’−Ｏ−メチル化グアニンは、キャップされたポリヌクレオチドの末端部分を提供する。
【０４３０】
別の例示的なキャップはｍＣＡＰであり、それはＡＲＣＡに類似しているが、グアノシンの上に２’−Ｏ−メチル基を有する（すなわち、Ｎ７，２’−Ｏ−ジメチル−グアノシン−５’−三リン酸−５’−グアノシン、ｍ７Ｇｍ−ｐｐｐ−Ｇ）。
【０４３１】
一実施形態では、キャップはジヌクレオチドキャップ類似体である。非限定例として、ジヌクレオチドキャップ類似体は、異なるリン酸位置において、ボラノ−リン酸基またはホスホロ−セレノエート基、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する米国特許番号ＵＳ８，５１９，１１０に記載されるジヌクレオチドキャップ類似体で修飾されてよい。
【０４３２】
別の実施形態では、キャップ類似体は、当技術分野で公知であるおよび／または本明細書に記載されるキャップ類似体のＮ７−（４−クロロフェノキシエチル）置換ジヌクレオチド形態である。キャップ類似体のＮ７−（４−クロロフェノキシエチル）置換ジヌクレオチド形態の非限定例には、Ｎ７−（４−クロロフェノキシエチル）−Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）ＧおよびＮ７−（４−クロロフェノキシエチル）−ｍ３’−ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇキャップ類似体が含まれる（例えば、コアら（Ｋｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２０１３  ２１：４５７０−４５７４に記載される様々なキャップ類似体およびキャップ類似体の合成方法を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。別の実施形態では、本発明のキャップ類似体は、４−クロロ／ブロモフェノキシエチル類似体である。
【０４３３】
キャップ類似体はポリヌクレオチドまたはその領域の同時キャッピングを可能にするが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写反応では、転写物の最高２０％はキャップなしのままであってよい。内因性の細胞性転写機構によって生成される核酸の内因性５’キャップ構造からのキャップ類似体のこの、ならびに構造的な差は、低減した翻訳能力および低減した細胞性安定性につながることができる。
【０４３４】
本発明のポリヌクレオチドは、より真正な５’キャップ構造を生成するために、酵素を
使用して製造（ＩＶＴまたは化学的合成にかかわらず）の後にキャップされてもよい。本明細書で使用するように、「より真正な」という語句は、内因性または野生型の特徴を構造的または機能的に精密に映すかまたは模倣する特徴を指す。すなわち、「より真正な」特徴は、先行技術の合成特徴または類似体などと比較して、または対応する内因性の野生型の天然または生理的特徴に１つまたは複数の観点で優る、内因性の野生型の天然または生理的な細胞性機能および／または構造をよりよく表す。本発明のより真正な５’キャップ構造の非限定例は、とりわけ、当技術分野で公知である合成５’キャップ構造（または、野生型の天然または生理的５’キャップ構造）と比較して、キャップ結合性タンパク質の増強した結合、増加した半減期、５’エンドヌクレアーゼへの低減した感受性および／または低減した５’キャップ除去を有するそれらである。例えば、組換えワクシニアウイルスキャッピング酵素および組換え２’−Ｏ−メチルトランスフェラーゼ酵素は、ポリヌクレオチドの５’末端ヌクレオチドとグアニンキャップヌクレオチドとの間に正規の５’−５’−三リン酸連結を作製することができ、ここで、キャップグアニンはＮ７メチル化を含有し、ｍＲＮＡの５’末端ヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルを含有する。そのような構造は、Ｃａｐ１構造と呼ばれる。このキャップは、例えば当技術分野で公知である他の５’キャップ類似構造と比較して、より高い翻訳能力および細胞性安定性、および細胞性炎症誘発性サイトカインの低減した活性化をもたらす。キャップ構造には、限定するものではないが、７ｍＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｎ，ｐＮ２ｐ（キャップ０）、７ｍＧ（５’）ｐｐｐ（５’）ＮｌｍｐＮｐ（キャップ１）および７ｍＧ（５’）−ｐｐｐ（５’）ＮｌｍｐＮ２ｍｐ（キャップ２）が含まれる。
【０４３５】
非限定例として、ポリヌクレオチドのほぼ１００％がキャップされ得るので、製造後のキャッピングポリヌクレオチドはより効率的であり得る。これは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写反応の間キャップ類似体がポリヌクレオチドに連結するときの、約８０％と対照的である。
【０４３６】
本発明により、５’末端キャップは、内因性キャップまたはキャップ類似体を含むことができる。本発明により、５’末端キャップは、グアニン類似体を備えることができる。有益なグアニン類似体には、限定するものではないが、イノシン、Ｎ１−メチル−グアノシン、２’フルオロ−グアノシン、７−デアザ−グアノシン、８−オキソ−グアノシン、２−アミノ−グアノシン、ＬＮＡ−グアノシンおよび２−アジド−グアノシンが含まれる。
【０４３７】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、修飾された５’キャップを含有することができる。５’キャップの修飾は、ポリヌクレオチドの安定性を増加させること、ポリヌクレオチドの半減期を増加させることができ、ポリヌクレオチド翻訳効率を増加させ得る。修飾された５’キャップには、限定するものではないが、以下の修飾の１つまたは複数が含まれてよい：キャップされたグアノシン三リン酸（ＧＴＰ）の２’および／または３’位置での修飾、メチレン部分（ＣＨ２）による糖環酸素（炭素環を生成）の置き換え、キャップ構造の三リン酸架橋部分の修飾、または核酸塩基（Ｇ）部分の修飾。
【０４３８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、５’キャップ、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７（代理人整理番号Ｍ０３９．２１）に記載されるＣＡＰ−００１〜ＣＡＰ−２２５を含有することができる。
【０４３９】
修飾されたキャッピング構造の別の非限定例では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドのための修飾されたキャップを形成するために、ワクシニアキャッピング酵素の存在下で、基質ＣＡＰ−１１２〜ＣＡＰ−２２５が、限定するものではないが、Ｓ−アデノシ
ルメチオニン（ＡｄｏＭｅｔ）などの酵素活性を生成する構成要素と共に加えられ得る。
【０４４０】
一実施形態では、Ｃ−Ｎ結合は酸または酵素加水分解に耐性であるので、メチレン部分（ＣＨ２）による糖環酸素（炭素環を生成）の置き換えは、ホスホリラーゼに対してＣ−Ｎ結合に、より大きな安定性を生成し得る。メチレン部分は、三リン酸架橋部分の安定性を増加させ、こうしてポリヌクレオチドの安定性を増加させることもできる。非限定例として、キャップ依存性翻訳のためのキャップ基質構造は、限定するものではないが、ＣＡＰ−０１４およびＣＡＰ−０１５などの構造、ならびに／または、限定するものではないが、ＣＡＰ−１２３およびＣＡＰ−１２４などの、ワクシニアｍＲＮＡキャッピング酵素のためのキャップ基質構造を有することができる。別の例では、メチレン部分（ＣＨ２）で糖環酸素（炭素環を生成）を置き換えることによって、ＣＡＰ−１１２〜ＣＡＰ−１２２および／またはＣＡＰ−１２５〜ＣＡＰ−２２５が修飾され得る。
【０４４１】
別の実施形態では、三リン酸架橋は、硫黄（チオ）、ボラン（ＢＨ３）部分、メチル基、エチル基、メトキシ基および／またはその組合せによる少なくとも１つの酸素の置き換えによって修飾されてよい。この修飾は、キャップ除去酵素に対するｍＲＮＡの安定性を増加させ得る。非限定例として、キャップ依存性翻訳のためのキャップ基質構造は、限定するものではないが、ＣＡＰ−０１６〜ＣＡＰ−０２１などの構造、ならびに／または、限定するものではないが、ＣＡＰ−１２５〜ＣＡＰ−１３０などの、ワクシニアｍＲＮＡキャッピング酵素のためのキャップ基質構造を有することができる。別の例では、ＣＡＰ−００３〜ＣＡＰ−０１５、ＣＡＰ−０２２〜ＣＡＰ−１２４および／またはＣＡＰ−１３１〜ＣＡＰ−２２５は、硫黄（チオ）、ボラン（ＢＨ３）部分、メチル基、エチル基、メトキシ基および／またはその組合せで三リン酸架橋酸素の少なくとも１つを置き換えることによって、三リン酸架橋で修飾されてよい。
【０４４２】
一実施形態では、ＣＡＰ−００１〜１３４および／またはＣＡＰ−１３６〜ＣＡＰ−２２５は、ＣＡＰ−１３５に類似のチオグアノシン類似体になるように修飾されてよい。チオグアノシン類似体は、追加の修飾、例えば、限定するものではないが、三リン酸部分での修飾（例えば、チオ、ＢＨ３、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ＯＣＨ３、ＳおよびＳとＯＣＨ３）、本明細書に記載される６−チオグアノシンの２’および／または３’位置での修飾、ならびに／または本明細書に記載される糖環酸素（炭素環を生成）の置き換えを備えることができる。
【０４４３】
一実施形態では、ＣＡＰ−００１〜１２１および／またはＣＡＰ−１２３〜ＣＡＰ−２２５は、ＣＡＰ−１２２に類似の修飾された５’キャップになるように修飾されてよい。修飾された５’キャップは、追加の修飾、例えば、限定するものではないが、三リン酸部分での修飾（例えば、チオ、ＢＨ３、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ＯＣＨ３、ＳおよびＳとＯＣＨ３）、本明細書に記載される６−チオグアノシンの２’および／または３’位置での修飾、ならびに／または本明細書に記載される糖環酸素（炭素環を生成）の置き換えを備えることができる。
【０４４４】
一実施形態では、５’キャップ修飾は、ビオチンの付着、またはＧＴＰの２’もしくは３’位置でのコンジュゲーションであってもよい。
別の実施形態では、５’キャップ修飾は、ＣＦ２修飾三リン酸部分を含むことができる。
【０４４５】
ＩＲＥＳ配列
さらに、リボソーム内部進入部位（ＩＲＥＳ）を含有することができるポリヌクレオチドが提供される。ピコルナウイルスＲＮＡの特徴として最初に同定されたＩＲＥＳは、５’キャップ構造の不在下でのタンパク質合成の開始で重要な役割をする。ＩＲＥＳは唯一
のリボソーム結合部位として作用することができるか、またはｍＲＮＡの複数のリボソーム結合部位の１つの役割をすることができる。１つを超える機能的リボソーム結合部位を含有するポリヌクレオチドは、リボソームによって独立して翻訳されるいくつかのペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる（「多シストロン核酸分子」）。ポリヌクレオチドがＩＲＥＳと提供されるとき、第２の翻訳可能な領域が任意選択でさらに提供される。本発明により使用され得るＩＲＥＳ配列の例には、限定するものではないが、ピコルナウイルス（例えば、ＦＭＤＶ）、ペスチウイルス（ＣＦＦＶ）、ポリオウイルス（ＰＶ）、脳心筋炎ウイルス（ＥＣＭＶ）、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、古典的ブタコレラウイルス（ＣＳＦＶ）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）またはコオロギ麻痺病ウイルス（ＣｒＰＶ）からのものが含まれる。
【０４４６】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ＩＲＥＳ、その断片または変異体を備えることができる。一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの点突然変異を備えるＩＲＥＳ配列またはその断片を備えることができる。
【０４４７】
テーリング領域
ポリＡテール
ＲＮＡプロセシングの間、安定性を増加させるために、ｍＲＮＡ分子などのポリヌクレオチドに、アデニンヌクレオチドの長鎖（ポリＡテール）が加えられてよい。転写の直後に、転写物の３’末端が切断されて、３’ヒドロキシルを遊離させることができる。次に、ポリＡポリメラーゼは、アデニンヌクレオチドの鎖をＲＮＡに加える。ポリアデニル化と呼ばれるこの過程は、例えば、概ね８０から概ね２５０残基の長さであってよい、概ね８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０または２５０残基の長さを含むポリＡテールを加える。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドのポリＡテールは、長さが概ね１６０ヌクレオチドであってよい。別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドのポリＡテールは、長さが概ね１４０ヌクレオチドであってよい。さらに別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドのポリＡテールは、長さが概ね８０ヌクレオチドであってよい。
【０４４８】
構築物が核から移行された後に、ポリＡテールが加えられてもよい。
本発明により、安定化のためにポリＡテール上の末端基が組み込まれてよい。本発明のポリヌクレオチドは、デス−３’ヒドロキシルテールを含むことができる。ジュニエ  リら（Ｊｕｎｊｉｅ  Ｌｉ、ｅｔ  ａｌ．）（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌ．１５、１５０１−１５０７、Ａｕｇｕｓｔ  ２３、２００５、その内容は本願明細書に完全に援用する）によって教示されるように、それらは、構造的な部分または２’−Ｏメチル修飾を含むこともできる。
【０４４９】
本発明のポリヌクレオチドは、ヒストンｍＲＮＡを含む代替ポリＡテール構造を有する転写物をコードするように設計され得る。ノルベリー（Ｎｏｒｂｕｒｙ）によると、「末端ウリジル化は、ヒト複製依存性ヒストンｍＲＮＡの上でも検出された。これらのｍＲＮＡの代謝回転は、染色体ＤＮＡ複製の完了または阻害の後の、潜在的に毒性のヒストン蓄積の阻止にとって重要であると考えられる。これらのｍＲＮＡは、３’ポリ（Ａ）テールの欠如によって区別され、その機能は、安定したステム−ループ構造およびその同族のステム−ループ結合性タンパク質（ＳＬＢＰ）が代わりに引き受ける；後者はポリアデニル化ｍＲＮＡ上のＰＡＢＰのそれらと同じ機能を実行する」（ノルベリー（Ｎｏｒｂｕｒｙ）、「細胞質ＲＮＡ：イヌ尾振りのケース（Ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ  ＲＮＡ：ａ  ｃａｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔａｉｌ  ｗａｇｇｉｎｇ  ｔｈｅ  ｄｏｇ）」、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ；ＡＯＰ、２０１３年
８月２９日にオンラインで公開；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｒｍ３６４５）その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０４５０】
特異なポリＡテール長は、本発明のポリヌクレオチドに対してある特定の利点を提供する。
一般に、存在するとき、ポリＡテールの長さは３０ヌクレオチドを超える長さである。別の実施形態では、ポリＡテールは長さが３５ヌクレオチドを超える（例えば、少なくとも約３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、１，０００、１，１００、１，２００、１，３００、１，４００、１，５００、１，６００、１，７００、１，８００、１，９００、２，０００、２，５００および３，０００ヌクレオチドまたはそれを超える）。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドまたはその領域は、約３０から約３，０００ヌクレオチドを含む（例えば、３０から５０、３０から１００、３０から２５０、３０から５００、３０から７５０、３０から１，０００、３０から１，５００、３０から２，０００、３０から２，５００、５０から１００、５０から２５０、５０から５００、５０から７５０、５０から１，０００、５０から１，５００、５０から２，０００、５０から２，５００、５０から３，０００、１００から５００、１００から７５０、１００から１，０００、１００から１，５００、１００から２，０００、１００から２，５００、１００から３，０００、５００から７５０、５００から１，０００、５００から１，５００、５００から２，０００、５００から２，５００、５００から３，０００、１，０００から１，５００、１，０００から２，０００、１，０００から２，５００、１，０００から３，０００、１，５００から２，０００、１，５００から２，５００、１，５００から３，０００、２，０００から３，０００、２，０００から２，５００、および２，５００から３，０００）。
【０４５１】
一実施形態では、ポリＡテールは、全体のポリヌクレオチドの長さまたはポリヌクレオチドの特定領域の長さに対して設計される。この設計は、コード領域の長さ、特定の特徴もしくは領域の長さに基づくことができるか、またはポリヌクレオチドから発現される最終生成物の長さに基づくことができる。
【０４５２】
この状況において、ポリＡテールは、長さがポリヌクレオチドまたはその特徴より１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００％大きくてよい。ポリＡテールはまた、それが属するポリヌクレオチドの一部分として設計され得る。この状況において、ポリＡテールは、構築物の全長、構築物領域または構築物の全長からポリＡテールを引いたものの１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０または９０％、またはそれを超えてよい。さらに、ポリＡ結合性タンパク質のための工学的に操作された結合部位およびポリヌクレオチドのコンジュゲーションは、発現を増強することができる。
【０４５３】
一実施形態では、ポリＡ結合性タンパク質のための工学的に操作された結合部位および／またはポリヌクレオチドのコンジュゲーションが、発現を増強するために使用されてよい。工学的に操作された結合部位は、ポリヌクレオチドの局所微小環境のリガンドのための結合部位として作動することができる、センサー配列であってよい。非限定例として、ポリＡ結合性タンパク質（ＰＡＢＰ）およびその類似体の結合親和性を変更するために、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの工学的に操作された結合部位を備えることができる。少なくとも１つの工学的に操作された結合部位の組み込みは、ＰＡＢＰおよびその類似体の結合親和性を増加させることができる。
【０４５４】
さらに、ポリＡテールの３’末端で修飾されたヌクレオチドを使用して、３’末端までＰＡＢＰ（ポリＡ結合性タンパク質）を通して、複数の異なるポリヌクレオチドが一緒に連結され得る。トランスフェクション実験が関連する細胞系で実行されてよく、トランス
フェクションの１２時間、２４時間、４８時間、７２時間および７日後にＥＬＩＳＡによってタンパク質生成がアッセイされ得る。非限定例として、少なくとも１つの工学的に操作された結合部位の付加の結果としての、ＰＡＢＰまたはその類似体の結合親和性に及ぼす影響を評価するために、トランスフェクション実験が使用され得る。
【０４５５】
一実施形態では、翻訳開始をモジュレートするために、ポリＡテールが使用され得る。理論によって束縛されることを望まないが、ポリＡテールはＰＡＢＰを動員し、それは次に翻訳開始複合体と相互作用することができ、このようにタンパク質合成のために必須であり得る。
【０４５６】
別の実施形態では、３’−５’エキソヌクレアーゼ消化に対して保護するために、ポリＡテールが本発明で使用されてもよい。
ポリＡテールおよびｍｉＲ配列
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡテールおよび少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。ｍｉＲ配列は、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲおよび／またはポリＡテーリング領域に位置することができる。
【０４５７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡテールおよびポリＡテーリング領域に位置する少なくとも１つのｍｉＲ配列を備える。ｍｉＲ配列は、ポリＡテーリング領域のどこかに、例えば、限定するものではないが、ポリＡテーリング領域の始め、ポリＡテーリング領域の５’末端の近く、ポリＡテーリング領域の中央、ポリＡテーリング領域の５’末端と３’末端の中間、ポリＡテーリング領域の終わり、および／またはポリＡテーリング領域の３’末端に位置することができる。
【０４５８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡテールおよび少なくとも１つのｍｉＲ−１４２−３ｐ配列またはその断片を備える。非限定例として、ポリヌクレオチドは、３’ＵＴＲにｍｉＲ−１４２−３ｐ配列、およびｍｉＲ配列なしのポリＡテールを備えることができる。別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、ポリＡテールの始めにｍｉＲ−１４２−３ｐ配列を備えることができる。さらに別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、ポリＡテールの中央にｍｉＲ−１４２−３ｐ配列を備えることができる。さらに別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、ポリＡテールの終わりにｍｉＲ−１４２−３ｐ配列を備えることができる。
【０４５９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、概ね８０ヌクレオチドのポリＡテールを備えることができ、そこで、ポリＡテールは少なくとも１つのｍｉＲ配列またはその断片も備える。
【０４６０】
ポリＡ−Ｇカルテット
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡ−Ｇカルテット領域を含むように設計される。Ｇカルテットは、ＤＮＡおよびＲＮＡの両方でＧに富む配列によって形成され得る、４つのグアニンヌクレオチドの環式の水素結合したアレイである。この実施形態では、Ｇカルテットは、ポリＡテールの末端に組み込まれる。その結果としてのポリヌクレオチドは、様々な時点で、安定性、タンパク質生成および半減期を含む他のパラメータについてアッセイされる。ポリＡ−Ｇカルテットは、１２０ヌクレオチドのポリＡテールを単独使用して見られるそれの少なくとも７５％に同等である、ｍＲＮＡからのタンパク質生成をもたらすことが発見されている。
【０４６１】
別の実施形態では、ポリＡテールまたはポリＡ−Ｇカルテットを備えるポリヌクレオチドは、オリゴ（Ｕ）の付加を阻止および／または抑制することができる、核酸の３’領域への修飾によって安定化され得る（例えば、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願
公開番号ＷＯ２０１３１０３６５９を参照）。
【０４６２】
ポリＡテールおよび鎖終止ヌクレオシド
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡテールを備えることができ、鎖終止ヌクレオシドの付加によって安定化され得る。ポリＡテールを有するポリヌクレオチドは、５’キャップ構造をさらに備えることができる。
【０４６３】
別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ポリＡ−Ｇカルテットを備えることができ、鎖終止ヌクレオシドの付加によって安定化され得る。ポリＡ−Ｇカルテットを有するポリヌクレオチドは、５’キャップ構造をさらに備えることができる。
【０４６４】
一実施形態では、ポリＡテールまたはポリＡ−Ｇカルテットを備えているポリヌクレオチドを安定化させるために使用され得る鎖終止ヌクレオシドは、限定するものではないが、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１０３６５９に記載されるものであってよい。別の実施形態では、本発明と使用され得る鎖終止ヌクレオシドには、限定するものではないが、３’−デオキシアデノシン（コルジセピン）、３’−デオキシウリジン、３’−デオキシシトシン、３’−デオキシグアノシン、３’−デオキシチミン、２’，３’−ジデオキシヌクレオシド、例えば、２’，３’−ジデオキシアデノシン、２’，３’−ジデオキシウリジン、２’，３’−ジデオキシシトシン、２’，３’−ジデオキシグアノシン、２’，３’−ジデオキシチミン、２’−デオキシヌクレオシドまたは−Ｏ−メチルヌクレオシドが含まれる。
【０４６５】
さらに別の実施形態では、ポリＡテールまたはポリＡ−Ｇカルテットを備える核酸、例えば、限定するものではないが、ｍＲＮＡは、３’−デオキシヌクレオシド、２’，３’−ジデオキシヌクレオシド３’−Ｏ−メチルヌクレオシド、３’−Ｏ−エチルヌクレオシド、３’−アラビノシド、ならびに当技術分野で公知であるおよび／または本明細書に記載される他の修飾ヌクレオシドで終わる鎖終止ヌクレオシドの付加によって安定化され得る。
【０４６６】
開始コドン領域
一部の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、開始コドン領域に類似しているかまたはそれと同様に機能する領域を有することができる。
【０４６７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの翻訳は、開始コドンＡＵＧでないコドンの上で開始することができる。ポリヌクレオチドの翻訳は、代替開始コドン、例えば、限定するものではないが、ＡＣＧ、ＡＧＧ、ＡＡＧ、ＣＴＧ／ＣＵＧ、ＧＴＧ／ＧＵＧ、ＡＴＡ／ＡＵＡ、ＡＴＴ／ＡＵＵ、ＴＴＧ／ＵＵＧの上で開始することができる（ツリオールら（Ｔｏｕｒｉｏｌ  ｅｔ  ａｌ．）Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｅｌｌ  ９５（２００３）１６９−１７８およびマツダおよびマウロ（Ｍａｔｓｕｄａ  ａｎｄ  Ｍａｕｒｏ）ＰＬｏＳ  ＯＮＥ、２０１０  ５：１１を参照；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。非限定例として、ポリヌクレオチドの翻訳は、代替開始コドンＡＣＧの上で始まる。別の非限定例として、ポリヌクレオチド翻訳は、代替開始コドンＣＴＧまたはＣＵＧの上で始まる。さらに別の非限定例として、ポリヌクレオチドの翻訳は、代替開始コドンＧＴＧまたはＧＵＧの上で始まる。
【０４６８】
限定するものではないが、開始コドンまたは代替開始コドンなどの翻訳を開始するコドンに隣接しているヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの翻訳効率、長さおよび／または構造に影響することが公知である。（例えば、マツダおよびマウロ（Ｍａｔｓｕｄａ  ａｎｄ  Ｍａｕｒｏ）ＰＬｏＳ  ＯＮＥ、２０１０  ５：１１を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。ポリヌクレオチドの翻訳開始位置、翻訳効率、長さおよび／または
構造を変更するために、翻訳を開始するコドンに隣接しているヌクレオチドのいずれかのマスキングが使用され得る。
【０４６９】
一実施形態では、マスキングされた開始コドンまたは代替開始コドンでの翻訳開始の確率を低減するためにコドンをマスキングするか隠すために、マスキング剤が開始コドンまたは代替開始コドンの近くで使用されてよい。マスキング剤の非限定例には、アンチセンスロック核酸（ＬＮＡ）ポリヌクレオチドおよびエクソン接合部複合体（ＥＪＣ）が含まれる（例えば、マスキング剤ＬＮＡポリヌクレオチドおよびＥＪＣを記載している、マツダおよびマウロ（Ｍａｔｓｕｄａ  ａｎｄ  Ｍａｕｒｏ）（ＰＬｏＳ  ＯＮＥ、２０１０
５：１１を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０４７０】
別の実施形態では、代替開始コドンの上で翻訳が開始する可能性を増加させるためにポリヌクレオチドの開始コドンをマスキングするために、マスキング剤が使用されてよい。
一実施形態では、マスキングされた開始コドンまたは代替開始コドンの下流の開始コドンまたは代替開始コドンの上で翻訳が開始する見込みを増加させるために、第１の開始コドンまたは代替開始コドンをマスキングするために、マスキング剤が使用されてよい。
【０４７１】
一実施形態では、開始コドンまたは代替開始コドンは、ｍｉＲ結合部位の完全な相補体の中に位置することができる。ｍｉＲ結合部位の完全な相補体は、マスキング剤に類似して、ポリヌクレオチドの翻訳、長さおよび／または構造の制御を助けることができる。非限定例として、開始コドンまたは代替開始コドンは、ｍｉＲ−１２２結合部位の完全な相補体の中央に位置することができる。開始コドンまたは代替開始コドンは、第１のヌクレオチド、第２のヌクレオチド、第３のヌクレオチド、第４のヌクレオチド、第５のヌクレオチド、第６のヌクレオチド、第７のヌクレオチド、第８のヌクレオチド、第９のヌクレオチド、第１０のヌクレオチド、第１１のヌクレオチド、第１２のヌクレオチド、第１３のヌクレオチド、第１４のヌクレオチド、第１５のヌクレオチド、第１６のヌクレオチド、第１７のヌクレオチド、第１８のヌクレオチド、第１９のヌクレオチド、第２０のヌクレオチドまたは第２１のヌクレオチドの後に位置することができる。
【０４７２】
別の実施形態では、開始コドンでないコドンからポリヌクレオチドの翻訳を開始させるために、ポリヌクレオチドの開始コドンは、ポリヌクレオチド配列から除去されてよい。ポリヌクレオチドの翻訳は、除去された開始コドンの後のコドンの上で、または下流の開始コドンもしくは代替開始コドンの上で始まることができる。非限定例では、下流の開始コドンまたは代替開始コドンの上で翻訳を開始させるために、ポリヌクレオチド配列の最初の３つのヌクレオチドとして開始コドンＡＴＧまたはＡＵＧが除去される。翻訳の開始、ポリヌクレオチドの長さおよび／またはポリヌクレオチドの構造を制御するかまたは制御しようと試みるために、開始コドンが除去されたポリヌクレオチド配列は、下流の開始コドンおよび／または代替開始コドンのための少なくとも１つのマスキング剤をさらに備えることができる。
【０４７３】
終止コドン領域
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは２つを超える終止コドンを、３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の前に含むことができる。終止コドンは、ＴＧＡ、ＴＡＡおよびＴＡＧから選択されてよい。一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、終止コドンＴＧＡおよび１つの追加の終止コドンを含む。さらなる実施形態では、追加の終止コドンはＴＡＡであってよい。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、３つの終止コドンを含む。
【０４７４】
シグナル配列
ポリヌクレオチドは、治療に関連する部位へのポリペプチドの輸送を促進する、追加機
能をコードすることもできる。タンパク質輸送を助ける１つのそのような特徴は、シグナル配列である。本明細書で使用するように、「シグナル配列」または「シグナルペプチド」は、それぞれポリヌクレオチドまたはポリペプチドであり、それぞれコード領域またはコードされたポリペプチドの５’（またはＮ末端）に組み込まれ、長さが約９から２００ヌクレオチド（３〜６０アミノ酸）である。これらの配列の追加は、１つまたは複数の分泌経路を通して小胞体へのコードされたポリペプチドの輸送をもたらす。タンパク質が輸送された後、一部のシグナルペプチドはシグナルペプチダーゼによってタンパク質から切断される。
【０４７５】
本発明で利用され得る追加のシグナル配列には、例えば、ｗｗｗ．ｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅ．ｄｅ／またはｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｌｉｎｅ．ｂｉｃ．ｎｕｓ．ｅｄｕ．ｓｇ／ｓｐｄｂ／で見出されるそれらなどのデータベースで教示されるものが含まれる。米国特許第８，１２４，３７９号；第７，４１３，８７５号および第７，３８５，０３４号に記載されるものも本発明の範囲内にあり、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０４７６】
標的選択
本発明により、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの目的のポリペプチドをコードする連結されたヌクレオシドの第１の領域を少なくとも備えることができる。目的のポリペプチドまたは本発明の「標的」の非限定例は、国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６、ＷＯ２０１３１５１６６８、ＷＯ２０１３１５１６６３、ＷＯ２０１３１５１６６９、ＷＯ２０１３１５１６７０、ＷＯ２０１３１５１６６４、ＷＯ２０１３１５１６６５、ＷＯ２０１３１５１７３６の表６；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７２の表６および７；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６７１の表６、１７８および１７９；国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６７の表６、１８５および１８６に掲載され；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０４７７】
タンパク質切断シグナルおよび部位
一実施形態では、本発明のポリペプチドは、少なくとも１つのタンパク質切断部位を含有する、少なくとも１つのタンパク質切断シグナルを含むことができる。タンパク質切断シグナルおよび部位は、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際特許公開番号ＷＯ２０１４０８１５０７の段落［００３３９］〜［００３４８］に記載される。
【０４７８】
挿入および置換
一実施形態では、ポリヌクレオチドのＵＴＲは、同じ塩基のヌクレオシドの少なくとも１つの領域および／またはストリングの挿入によって置き換えられ得る。ヌクレオチドの領域および／またはストリングは、限定するものではないが、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７または少なくとも８ヌクレオチドを含むことができ、ヌクレオチドは天然および／または非天然であってよい。非限定例として、ヌクレオチドの群は、５〜８個のアデニン、シトシン、チミン、本明細書に開示される他のヌクレオチドのいずれかのストリングおよび／またはその組合せを含むことができる。
【０４７９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドのＵＴＲは、２つの異なる塩基、例えば、限定するものではないが、アデニン、シトシン、チミン、本明細書に開示される他のヌクレオチドのいずれかおよび／またはその組合せのヌクレオチドの少なくとも２つの領域および／またはストリングの挿入によって置き換えられ得る。非限定例として、５’ＵＴＲは、５〜８個のアデニン塩基の挿入と、続く５〜８個のシトシン塩基の挿入によって置き換えられ得る。別の例では、５’ＵＴＲは、５〜８個のシトシン塩基の挿入と、続く５〜８個のアデニン塩基の挿入によって置き換えられ得る。
【０４８０】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識され得る転写出発部位の下流に、少なくとも１つの置換および／または挿入を含むことができる。非限定例として、転写出発部位の直ぐ下流の領域で（例えば、限定するものではないが、＋１から＋６）少なくとも１つの核酸を置換することによって、少なくとも１つの置換および／または挿入は転写出発部位の下流に存在することができる。転写出発部位の直ぐ下流のヌクレオチドの領域の変化は、開始速度に影響すること、見かけのヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）反応定数値を増加させること、および初期転写を硬化する転写複合体からの短い転写物の解離を増加させることができる（ブリーバら（Ｂｒｉｅｂａ  ｅｔ  ａｌ）、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００２）４１：５１４４−５１４９；本願明細書に完全に援用する）。少なくとも１つのヌクレオシドの修飾、置換および／または挿入は、配列のサイレント突然変異を引き起こすことができるか、またはアミノ酸配列で突然変異を引き起こすことができる。
【０４８１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２または少なくとも１３個のグアニン塩基の置換を転写出発部位の下流に含むことができる。
【０４８２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、転写出発部位の直ぐ下流の領域に、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５または少なくとも６個のグアニン塩基の置換を含むことができる。非限定例として、領域中のヌクレオチドがＧＧＧＡＧＡである場合は、グアニン塩基は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３または少なくとも４個のアデニンヌクレオチドによって置換され得る。別の非限定例として、領域中のヌクレオチドがＧＧＧＡＧＡである場合は、グアニン塩基は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３または少なくとも４個のシトシン塩基によって置換され得る。別の非限定例として、領域中のヌクレオチドがＧＧＧＡＧＡである場合は、グアニン塩基は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３または少なくとも４個のチミン、および／または本明細書に記載のヌクレオチドのいずれかによって置換され得る。
【０４８３】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、開始コドンの上流に少なくとも１つの置換および／または挿入を含むことができる。明瞭さのために、開始コドンはタンパク質コード領域の第１のコドンであり、転写出発部位は転写が始まる部位であることを、当業者は理解するだろう。ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、ヌクレオチド塩基の少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７または少なくとも８個の置換および／または挿入を含むことができる。ヌクレオチド塩基は、開始コドンの上流の１つ、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４または少なくとも５つの位置で挿入または置換され得る。挿入および／または置換されたヌクレオチドは、同じ塩基（例えば、全てＡまたは全てＣまたは全てＴまたは全てＧ）、２つの異なる塩基（例えば、ＡおよびＣ、ＡおよびＴ、またはＣおよびＴ）、３つの異なる塩基（例えば、Ａ、ＣおよびＴ、またはＡ、ＣおよびＴ）または少なくとも４つの異なる塩基であってもよい。非限定例として、ポリヌクレオチド中のコード領域の上流のグアニン塩基は、アデニン、シトシン、チミン、または本明細書に記載されるヌクレオチドのいずれかで置換され得る。別の非限定例では、ポリヌクレオチド中のグアニン塩基の置換は、転写出発部位の下流および開始コドンの前の領域に１つのグアニン塩基を残すように設計され得る（エスベルトら（Ｅｓｖｅｌｔ  ｅｔ  ａｌ．）Ｎａｔｕｒｅ（２０１１）４７２（７３４４）：４９９−５０３を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。非限定例として、転写出発部位の下流であるが開始コドンの上流の１つの位置に少なくとも５つのヌクレオチドが挿入され得、少なくとも５つのヌクレオチドは同じ塩基タイプであってよい。
【０４８４】
転写後制御モジュレーターの組み込み
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの転写後制御モジュレーターを含むことができる。これらの転写後制御モジュレーターは、限定するものではないが、小分子、化合物および調節配列であってよい。非限定例として、転写後制御は、そのＧＥＭＳ（商標）（小分子による遺伝子発現モジュレーション）スクリーニング技術を使用して、ピーティーシー  セラプティックス  インク（ＰＴＣ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  Ｉｎｃ．）（ニュージャージー州サウスプレンフィールド（Ｓｏｕｔｈ  Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ、ＮＪ））によって同定された小分子を使用して、達成され得る。
【０４８５】
転写後制御モジュレーターは、本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００６０２２７１２に詳述される方法でスクリーニングされる遺伝子発現モジュレーター、またはそこに記載される遺伝子発現モジュレーターであってよい。翻訳調節に関与するＲＮＡ調節配列を同定する方法は、本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００４０６７７２８に記載され、遺伝子の非翻訳領域依存性発現をモジュレートする化合物を同定する方法は、本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００４０６５５６１に記載される。
【０４８６】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、本発明のポリヌクレオチドの５’および／または３’非翻訳領域に位置する少なくとも１つの転写後制御モジュレーターを含むことができる。
【０４８７】
別の実施形態では、早発の翻訳終止をモジュレートするために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの転写後制御モジュレーターを含むことができる。転写後調節モジュレーターは、国際公開番号ＷＯ２００４０１０１０６、ＷＯ２００６０４４４５６、ＷＯ２００６０４４６８２、ＷＯ２００６０４４５０３およびＷＯ２００６０４４５０５に記載される化合物またはそこで概説される方法によって見出される化合物であってもよく、その各々は本願明細書に完全に援用する。非限定例として、早発の翻訳終止をモジュレートするために、化合物は、２８ＳリボソームＲＮＡの領域に結合することができる（例えば、本願明細書に完全に援用する、ＷＯ２００４０１０１０６を参照）。
【０４８８】
一実施形態では、タンパク質発現を変更するために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの転写後制御モジュレーターを含むことができる。非限定例として、ＶＥＧＦの発現は、国際公開番号ＷＯ２００５１１８８５７、ＷＯ２００６０６５４８０、ＷＯ２００６０６５４７９およびＷＯ２００６０５８０８８に記載される化合物またはそこに記載される方法によって見出される化合物を使用して調節され得、その各々は本願明細書に完全に援用する。
【０４８９】
翻訳を制御するために、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの転写後制御モジュレーターを含むことができる。一実施形態では、転写後調節モジュレーターは、ＲＮＡ調節配列であってよい。非限定例として、ＲＮＡ調節配列は、本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００６０７１９０３に記載される方法によって同定され得る。
【０４９０】
ＩＩ．ポリヌクレオチドの設計、合成および定量化
設計−コドン最適化
ポリヌクレオチド、それらの領域または部分または小領域は、コドン最適化され得る。コドン最適化方法は当技術分野で公知であり、いくつかの目標の１つまたは複数を達成する努力において有益であり得る。これらの目標には、適切な折畳みを確実にするために標的および宿主生物体でのコドン頻度を一致させること、ｍＲＮＡ安定性を増加させるかまたは二次構造を低減するようにＧＣ含有量をバイアスすること、遺伝子の構築または発現を損なう可能性のある縦列反復配列コドンまたは塩基ランを最小にすること、転写および
翻訳の制御領域をカスタマイズすること、タンパク質輸送配列を挿入または除去すること、コードされたタンパク質での翻訳後修飾部位（例えばグリコシル化部位）を除去／追加すること、タンパク質ドメインを追加、除去またはシャッフルすること、制限部位を挿入または削除すること、リボソーム結合部位およびｍＲＮＡ分解部位を修飾すること、タンパク質の様々なドメインが適切に折り畳まれるように翻訳速度を調整すること、またはポリヌクレオチド中の問題の二次構造を低減または排除することが含まれる。コドン最適化ツール、アルゴリズムおよびサービスは当技術分野で公知であり、非限定例には、ＧｅｎｅＡｒｔ（ライフ  テクノロジーズ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ））、ＤＮＡ２．０（カリフォルニア州メンロ  パーク（Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ  ＣＡ）および／または所有権付きの方法からのサービスが含まれる。一実施形態では、ＯＲＦ配列は、最適化アルゴリズムを使用して最適化される。各アミノ酸のコドン選択肢は、表１で与えられる。
【０４９１】
【表１】
2017523777.tif 000039
【０４９２】
本発明の一部の実施形態で有益であると考えられ得る特徴が、ポリヌクレオチドの領域によってコードされ得、そのような領域は、ポリペプチドをコードする領域の上流（５’）または下流（３’）であってよい。これらの領域は、タンパク質コード領域またはオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）のコドン最適化の前および／または後に、ポリヌクレオチドに組み込まれ得る。ポリヌクレオチドが５’および３’隣接領域を含有する必要はない。そのような特徴の例には、限定するものではないが、非翻訳領域（ＵＴＲ）、コザック配列、オリゴ（ｄＴ）配列および検出可能なタグが含まれ、ＸｂａＩ認識を有することができるマルチクローニングサイトを含むことができる。
【０４９３】
一部の実施形態では、５’ＵＴＲおよび／または３’ＵＴＲ領域が、隣接領域として提供されてよい。複数の５’または３’ＵＴＲが隣接領域に含まれてよく、また、同じであってもまたは異なる配列であってもよい。皆無を含む隣接領域の任意の部分がコドン最適化されてよく、いずれも、コドン最適化の前および／または後に、１つまたは複数の異なる構造的または化学的修飾を独立して含有することができる。
【０４９４】
表２および３は、本発明のポリヌクレオチドで利用され得る例示的なＵＴＲのリストを提供する。本発明の５’非翻訳領域のリストが、表２に示される。Ａ、Ｔ、ＣまたはＧを含む１つまたは複数のヌクレオチドが末端に追加または除去される、５’ＵＴＲの変異体が利用されてよい。
【０４９５】
【表２】
2017523777.tif 000040
【０４９６】
本発明の３’非翻訳領域のリストが、表３に示される。Ａ、Ｔ、ＣまたはＧを含む１つまたは複数のヌクレオチドが末端に追加または除去される、３’ＵＴＲの変異体が利用されてよい。
【０４９７】
【表３】
2017523777.tif 000041
【０４９８】
前の表に掲載されるものは例であること、および任意の遺伝子からの任意のＵＴＲが一次構築物のそれぞれの第１または第２の隣接領域に組み込まれ得ることを理解すべきである。さらに、任意の公知の遺伝子の複数の野生型ＵＴＲが、利用されてよい。野生型遺伝子の変異体でない人工ＵＴＲを提供することも、本発明の範囲内である。これらのＵＴＲまたはその一部は、それらが選択された転写物におけるものと同じ配向で置かれてもよく、または、配向もしくは位置が変更されてもよい。したがって、５’または３’ＵＴＲは、反転、短縮、延長されてもよく、１つまたは複数の他の５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲとキメラ化されてもよい。本明細書で使用するように、用語「変更された」は、ＵＴＲ配列に関するとき、そのＵＴＲが参照配列に対してなんらかの方法で変えられたことを意味する。例えば、３’または５’ＵＴＲは、上で教示される配向もしくは位置の変化によって野生型もしくは天然のＵＴＲに対して変更されてもよく、または、追加のヌクレオチドの組入れ、ヌクレオチドの欠失、ヌクレオチドの交換もしくは転位によって変更されてもよい。「変更された」ＵＴＲ（３’であれ、５’であれ）を生成するこれらの変化のいずれも、変異体ＵＴＲを構成する。
【０４９９】
一実施形態では、二重、三重または四重のＵＴＲ、例えば５’または３’ＵＴＲが使用されてよい。本明細書で使用するように、「二重」ＵＴＲは、同じＵＴＲの２つのコピーが直列で、または実質的に直列でコードされるものである。例えば、二重βグロビン３’ＵＴＲは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１００１２９８７７号に記載されている通りに使用されてよい。
【０５００】
パターン化ＵＴＲを有することも、本発明の範囲内である。本明細書で使用するように、「パターン化ＵＴＲ」は、１回、２回または３回を超えて反復される、反復または交互
のパターン、例えば、ＡＢＡＢＡＢまたはＡＡＢＢＡＡＢＢＡＡＢＢまたはＡＢＣＡＢＣＡＢＣまたはその変異体を反映するＵＴＲである。これらのパターンでは、各文字、Ａ、ＢまたはＣは、ヌクレオチドレベルで異なるＵＴＲを表す。
【０５０１】
一実施形態では、隣接領域は、そのタンパク質が共通の機能、構造、特徴または性質を共有する転写物のファミリーから選択される。例えば、目的のポリペプチドは、特定の細胞、組織で、または発生のいずれかの時点で発現されるタンパク質のファミリーに属することができる。これらの遺伝子のいずれかからのＵＴＲは、新しい一次転写物を作製するために、同じか異なるタンパク質ファミリーの任意の他のＵＴＲに交換されてよい。本明細書で使用するように、「タンパク質のファミリー」は、少なくとも１つの機能、構造、特徴、局在化、起源または発現パターンを共有する、２つまたはそれを超える目的のポリペプチドの群を指すために、最も広い意味で使用される。
【０５０２】
最適化の後（所望により）、ポリヌクレオチド構成要素は、ベクター、例えば、限定するものではないが、プラスミド、ウイルス、コスミドおよび人工染色体に再構成および形質転換される。例えば、最適化されたポリヌクレオチドは、本明細書に記載される方法によって高コピープラスミド様または染色体構造が存在する、化学的にコンピテントな大腸菌、酵母、ニューロスポラ、メイズ、ショウジョウバエなどに再構成および形質転換されてよい。
【０５０３】
合成ポリヌクレオチドおよびそれらの核酸類似体は、生化学的過程の調査および研究で重要な役割を演ずる。ポリヌクレオチドおよび核酸を合成するために、様々な酵素支援および化学ベースの方法が開発されている。
【０５０４】
合成方法
合成ポリヌクレオチドおよびそれらの核酸類似体は、生化学的過程の調査および研究で重要な役割を演ずる。ポリヌクレオチドおよび核酸を合成するために、様々な酵素支援および化学ベースの方法が開発されている。
【０５０５】
酵素的方法には、本発明のポリヌクレオチドを合成するためにＲＮＡポリメラーゼを使用するｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写が含まれる。転写のための酵素的方法およびＲＮＡポリメラーゼは、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００２７６］〜［０００２９７］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５０６】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドまたはその一部を製造するために、固相化学的合成が使用され得る。本明細書に記載されるポリヌクレオチドの固相化学的合成製造は、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００２９８］〜［０００３０７］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５０７】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドまたはその一部を製造するために、液相化学的合成が使用され得る。本明細書に記載されるポリヌクレオチドの液相化学的合成製造は、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００３０８］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５０８】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドまたはその一部を製造するために、異なる合成方法の組合せが使用され得る。これらの組合せは、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００３０９］〜［０００３１２］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５０９】
本発明のポリヌクレオチドの領域または小領域のために使用され得る小領域合成。これ
らの合成方法は、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００３１３］〜［０００３１４］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５１０】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドを調製するために、ポリヌクレオチドの領域または小領域のライゲーションが使用され得る。これらのライゲーション方法は、その内容は本願明細書に完全に、例えば段落［０００３１５］〜［０００３２２］に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／５３９０７に記載される。
【０５１１】
例えば、式Ｉを備える配列を有する本発明のポリヌクレオチドは：
［Ａｎ］−Ｌ１−［Ｂｏ］、
式Ｉ
式ＸＩＶの構造を有する化合物を：
［Ａｎ］−（Ｒ１）ａ−（Ｒ２）ｂ−（Ｒ３）ｃ−Ｎ３
式ＸＩＶ
式ＸＶの構造を有する化合物と反応させることによって合成され得：
Ｒ２７−（Ｒ５）ｄ−（Ｒ６）ｅ−（Ｒ７）ｆ−［Ｂｏ］
式ＸＶ
式中、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｌ１は、式ＩＩＩの構造を有し：
【０５１２】
【化３８】
2017523777.tif 000042
【０５１３】
式中、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅおよびｆは、各々独立して０または１であり；
式中、各ＡおよびＢは独立して任意のヌクレオシドであり；
ｎおよびｏは、独立して１５〜１０００であり；
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５およびＲ７の各々は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレン、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレン、Ｏ、ＳおよびＮＲ８から独立して選択され；
Ｒ２およびＲ６は、カルボニル、チオカルボニル、スルホニルまたはホスホリルから各々独立して選択され；
Ｒ４は、任意選択で置換されたトリアゾレンであり；
Ｒ８は、水素、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ４アルキル、任意選択で置換されたＣ３〜Ｃ４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１２アリールまたは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ７ヘテロアルキルであり；
Ｒ２７は、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ３アルキニルまたは任意選択で置換されたＣ８〜Ｃ１２シクロアルキニルであり、
式中、Ｌ１は、ヌクレオシドの１つの糖で［Ａｎ］および［Ｂｏ］に付着する。
【０５１４】
式ＸＩの構造を含む本発明のポリヌクレオチドは：
【０５１５】
【化３９】
2017523777.tif 000043
【０５１６】
式ＸＩＩの構造を有する化合物を：
【０５１７】
【化４０】
2017523777.tif 000044
【０５１８】
式ＸＩＩＩの構造を有する化合物と反応させることによって合成され得：
【０５１９】
【化４１】
2017523777.tif 000045
【０５２０】
式中、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立し
て、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２およびＸ３は、独立して、ＯまたはＳであり；
Ｒ２４およびＲ２６の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２５は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレンもしくは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレンであるか、またはＲ２５およびアルキニル基は任意選択で置換されたシクロアルキニルを一緒に形成する。
【０５２１】
例えば、本発明のキメラポリヌクレオチドは、以下に示すように合成され得る：
【０５２２】
【化４２】
2017523777.tif 000046
【０５２３】
一部の実施形態では、５’キャップ構造またはポリＡテールがこの方法で本発明のキメラポリヌクレオチドに付着され得る。
５’キャップ構造は、以下に示すように本発明のキメラポリヌクレオチドに付着され得る：
【０５２４】
【化４３】
2017523777.tif 000047
【０５２５】
ポリＡテールは、以下に示すように本発明のキメラポリヌクレオチドに付着され得る：
【０５２６】
【化４４】
2017523777.tif 000048
【０５２７】
逐次的なライゲーションは、固体基質の上で実行され得る。例えば、末端がビオチンで修飾された最初のリンカーＤＮＡ分子が、ストレプトアビジンでコーティングされたビーズに付着される。リンカーＤＮＡ分子の３’末端は、後続のＤＮＡ断片の５’末端と相補的である。各ライゲーション工程の後にビーズは洗浄、収集され、最終直鎖状構築物がメガヌクレアーゼによって放出される。この方法は、最適化された順序および配向での遺伝子の迅速で効率的なアセンブリを可能にする。（タキタ（Ｔａｋｉｔａ）、ＤＮＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、ｖｏｌ．２０（４）、１−１０（２０１３）、その内容は本願明細書に完全に援用する）。固体支持体の上で合成される標識ポリヌクレオチドは、ソロベイチクら（Ｓｏｌｏｖｅｉｃｈｉｋ  ｅｔ  ａｌ．）への米国特許出願公開第２００１／００１４７５３号およびビナヤクら（Ｖｉｎａｙａｋ  ｅｔ  ａｌ．）への米国特許出願公開第２００３／０１９１３０３号に開示され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０５２８】
修飾され、コンジュゲートされたポリヌクレオチド
所望の機能または性質を達成するために、鎖の合成中または合成後に、非天然の修飾されたヌクレオチドがポリヌクレオチドまたは核酸に導入されてよい。修飾は、ヌクレオチド間連結、プリンもしくはピリミジン塩基、または糖の上にあってよい。修飾は、化学的合成またはポリメラーゼ酵素によって、鎖の末端または鎖の他のどこにでも導入され得る。例えば、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）はヌクレアーゼ抵抗性であり、ＲＮＡに対して強力なハイブリダイゼーションを提供する。２つのコドンにヘキシトール残基を有する短いメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）が構築された（ラブリックら（Ｌａｖｒｉｋ  ｅｔ  
ａｌ．）、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、４０、１１７７７−１１７８４（２００１）、その内容は本願明細書に完全に援用する）。５’および３’ＨＮＡ配列が隣接したホスホロチオエート中心配列を備えているキメラＨＮＡギャップマーオリゴヌクレオチドのアンチセンス効果も、研究されている（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、カングら（Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、ｖｏｌ．３２（４）、４４１１−４４１９（２００４）を参照）。ＲＮＡ干渉、アンチセンス療法または他の適用における６員環を備えている修飾されたヌクレオチドの調製および使用は、ヘルデウィジンら（Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ  ｅｔ  ａｌ．）への米国特許出願第２００８／０２６１９０５号、米国特許出願第２０１０／０００９８６５号および国際公開番号ＷＯ９７／３００６４に開示され；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。修飾された核酸およびそれらの合成は、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ０９）に開示され、その内容は本願明細書に完全に援用する。修飾されたポリヌクレオチドの合成および戦略は、Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、ｖｏｌ．７６、９９−１３４（１９９８）でベルマおよびエクスタイン（Ｖｅｒｍａ  ａｎｄ  Ｅｃｋｓｔｅｉｎ）によってレビューされ、その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０５２９】
ポリヌクレオチドまたはそれらの領域を異なる機能的ブロック、例えば蛍光標識、液体、ナノ粒子、送達剤などにコンジュゲートするために、酵素的または化学的ライゲーション方法が使用され得る。ポリヌクレオチドおよび修飾されたポリヌクレオチドのコンジュゲートは、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、ｖｏｌ．１（３）、１６５−１８７（１９９０）で、グッドチャイルド（Ｇｏｏｄｃｈｉｌｄ）によってレビューされ、その内容は本願明細書に完全に援用する。ビナヤクら（Ｖｉｎａｙａｋ  ｅｔ  ａｌ．）への米国特許第６，８３５，８２７号および米国特許第６，５２５，１８３号（各々の内容は本願明細書に完全に援用する）は、標識された固体支持体を使用した標識オリゴヌクレオチドの合成を教示する。
【０５３０】
例えば、式Ｖの構造を含む本発明のキメラポリヌクレオチド：
【０５３１】
【化４５】
2017523777.tif 000049
【０５３２】
この方法は、式ＶＩの構造を有する化合物を：
【０５３３】
【化４６】
2017523777.tif 000050
【０５３４】
式ＶＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０５３５】
【化４７】
2017523777.tif 000051
【０５３６】
式中、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ１およびＸ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨもしくはＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ１７およびＲ１９の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ１８は、ハロゲンである。
【０５３７】
式ＶＩＩＩの構造を含む本発明のキメラポリヌクレオチド：
【０５３８】
【化４８】
2017523777.tif 000052
【０５３９】
この方法は、式ＩＸの構造を有する化合物を：
【０５４０】
【化４９】
2017523777.tif 000053
【０５４１】
式Ｘの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０５４２】
【化５０】
2017523777.tif 000054
【０５４３】
式中、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたア
ミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨ、ＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ２０およびＲ２３の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２１およびＲ２２の各々は、独立して、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルコキシである。
【０５４４】
式ＸＩの構造を含む本発明のキメラポリヌクレオチド：
【０５４５】
【化５１】
2017523777.tif 000055
【０５４６】
この方法は、式ＸＩＩの構造を有する化合物を：
【０５４７】
【化５２】
2017523777.tif 000056
【０５４８】
式ＸＩＩＩの構造を有する化合物と反応させることを含み：
【０５４９】
【化５３】
2017523777.tif 000057
【０５５０】
式中、Ｎ１およびＮ２の各々は独立して核酸塩基であり；
Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１６の各々は、独立して、Ｈ、ハロ、ヒドロキシ、チオール、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２〜Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたアミノ、アジドまたは任意選択で置換されたＣ６〜Ｃ１０アリールであり；
ｇおよびｈの各々は、独立して０または１であり；
各Ｘ４は、独立して、Ｏ、ＮＨまたはＳであり；
各Ｘ２は、独立してＯまたはＳであり；
各Ｘ３は、独立してＯＨ、ＳＨ、またはその塩であり；
Ｒ２４およびＲ２６の各々は、独立して、連結したヌクレオシドの領域であり；
Ｒ２５は、任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６アルキレンもしくは任意選択で置換されたＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキレンであるか、またはＲ２５およびアルキニル基は任意選択で置換されたシクロアルキニレンを一緒に形成する。
【０５５１】
本発明のキメラポリヌクレオチドは、以下に示すように合成され得る：
【０５５２】
【化５４】
2017523777.tif 000058
【０５５３】
本発明のキメラポリヌクレオチドの合成のための他の方法が、下で示され：
【０５５４】
【化５５】
2017523777.tif 000059
【０５５５】
【化５６】
2017523777.tif 000060
【０５５６】
【化５７】
2017523777.tif 000061
【０５５７】
式中、ＣＥＯは２−シアノエトキシであり、ＸはＯまたはＳである。
３’（または、ｇまたはｈが１であるときは４’位置）および５’（または、ｇまたはｈが１であるときは６’位置）に示される反応性基は逆にされてよいことが理解されよう。例えば、ハロゲン、アジドまたはアルキニル基は５’位置（または、ｇまたはｈが１であるときは６’位置）に付着され得、チオリン酸、（チオ）ホスホリルまたはアジド基は３’位置（または、ｇまたはｈが１であるときは４’位置）に付着され得る。
【０５５８】
定量化
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、エクソソームで、または１つまたは複数の体液に由来するときに定量化され得る。本明細書で使用するように、「体液」には、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、喀痰、唾液、骨髄、滑液、体液、
羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液または射精前液、汗、糞便物、毛髪、涙、のう胞液、胸膜および腹膜液、心膜液、リンパ液、消化粥、乳び、胆汁、間質性液、月経、膿、脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜分泌物、大便水、膵液、副鼻洞からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液およびさい帯血が含まれる。あるいは、エクソソームは、肺、心臓、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、精巣、皮膚、結腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓および胎盤からなる群から選択される器官から回収され得る。
【０５５９】
エクソソーム定量化方法では、対象から２ｍＬ以下の試料が得られ、エクソソームは、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心法、差次的遠心分離、ナノ膜限外濾過、免疫吸収捕捉、親和性精製、微流動分離またはその組合せによって単離される。分析では、ポリヌクレオチドのレベルまたは濃度は、投与された構築物の発現レベル、存在、不在、トランケーションまたは変更であってもよい。レベルを１つまたは複数の臨床表現型と、またはヒト疾患バイオマーカのためのアッセイと関連付けることが有利である。アッセイは、構築物特異的プローブ、サイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、電気泳動、質量分析またはその組合せを使用して実行され得、エクソソームは、免疫組織化学的方法、例えば酵素結合免疫吸着検定（ＥＬＩＳＡ）方法を使用して単離され得る。エクソソームはまた、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心法、差次的遠心分離、ナノ膜限外濾過、免疫吸収捕捉、親和性精製、微流動分離またはその組合せによっても単離され得る。
【０５６０】
これらの方法は、残っているかまたは送達されたポリヌクレオチドのレベルをリアルタイムで監視する能力を試験担当医に与える。構造的または化学的修飾により本発明のポリヌクレオチドは内因性の形と異なるので、これが可能である。
【０５６１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、紫外線可視分光法（ＵＶ／可視光）などの方法を使用して定量化され得る。ＵＶ／可視光分光器の非限定例は、ＮＡＮＯＤＲＯＰ（登録商標）分光器（マサチューセッツ州ウォルサム、サーモフィッシャー（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ））である。定量化されたポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドが適切なサイズであるか判定し、ポリヌクレオチドの分解が起こっていないことをチェックするために分析され得る。ポリヌクレオチドの分解は、限定するものではないが、アガロースゲル電気泳動、ＨＰＬＣベースの精製方法、例えば、限定するものではないが、強力なアニオン交換ＨＰＬＣ、弱いアニオン交換ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）および疎水性相互作用ＨＰＬＣ（ＨＩＣ−ＨＰＬＣ）、液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣＭＳ）、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）ならびにキャピラリーゲル電気泳動（ＣＧＥ）などの方法によってチェックされ得る。
【０５６２】
精製
本明細書に記載されるポリヌクレオチドの精製には、限定するものではないが、ポリヌクレオチドクリーンアップ、品質保証および品質管理が含まれてよい。クリーンアップは、当技術分野で公知の方法、例えば、限定するものではないが、ＡＧＥＮＣＯＵＲＴ（登録商標）ビーズ（ベックマン  コールタ  ゲノミックス（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）、マサチューセッツ州ダンヴェール（Ｄａｎｖｅｒｓ、ＭＡ））、ポリＴビーズ、ＬＮＡ（商標）オリゴ−Ｔ捕捉プローブ（ＥＸＩＱＯＮ（登録商標）インク（ＥＸＩＱＯＮ（Ｒ）Ｉｎｃ）、デンマークベドベック（Ｖｅｄｂａｅｋ、Ｄｅｎｍａｒｋ））またはＨＰＬＣベースの精製方法、例えば、限定するものではないが、強力なアニオン交換ＨＰＬＣ、弱いアニオン交換ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）および疎水性相互作用ＨＰＬＣ（ＨＩＣ−ＨＰＬＣ）によって実行され得る。用語「精製された」は、「精製されたポリヌクレオチド」などのポリヌクレオチドに関して使用されるとき、少なくとも１つの汚染物質から分けられたものを指す。本明細書で使用するように、「汚染物質」は、別の物質を不適当、不純または劣等にする任意の物質である。したが
って、精製されたポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡ）は、それが天然に見出されるものと異なる形もしくは状況で、または、それを処理もしくは精製方法にかける前に存在したものと異なる形もしくは状況で存在する。
【０５６３】
品質保証および／または品質管理は、限定するものではないが、ゲル電気泳動、ＵＶ吸光度または分析的ＨＰＬＣなどの方法を使用して実行され得る。
別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、逆転写酵素ＰＣＲを含む方法によって配列決定され得る。
【０５６４】
ＩＩＩ．修飾
本明細書で使用するように、ポリヌクレオチド（キメラポリヌクレオチド、ＩＶＴポリヌクレオチドまたは環状ポリヌクレオチドなど）では、用語「化学的修飾」または必要に応じて「化学的に修飾された」は、それらの位置、パターン、パーセントまたは集団の１つまたは複数における、アデノシン（Ａ）、グアノシン（Ｇ）、ウリジン（Ｕ）、チミジン（Ｔ）またはシチジン（Ｃ）リボ−またはデオキシリボヌクレオシドに対する修飾を指す。一般に、本明細書において、これらの用語は、天然に存在する５’末端ｍＲＮＡキャップ部分でのリボヌクレオチド修飾を指すことを意図されていない。
【０５６５】
ポリペプチドでは、用語「修飾」は、２０アミノ酸の正規のセットと比較した修飾を指す。
修飾は、様々な異なる修飾であってよい。一部の実施形態では、領域は、１つ、２つまたはそれを超える個数の（任意選択で異なる）ヌクレオシドまたはヌクレオチド修飾を含有することができる。一部の実施形態では、細胞に導入された修飾ポリヌクレオチドは、未修飾のポリヌクレオチドと比較して低減された分解を細胞で示すことができる。
【０５６６】
本発明で有益である修飾には、限定するものではないが、国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の表４の中のものが含まれ、その内容は本願明細書に完全に援用する。修飾の記号、核酸塩基タイプおよびその修飾が天然に存在するかそうでないかについて、表で注記される。
【０５６７】
本発明で有益でありえる修飾の非限定例には、以下のものが含まれる：２−メチルチオ−Ｎ６−（ｃｉｓ−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン；２−メチルチオ−Ｎ６−メチルアデノシン；２−メチルチオ−Ｎ６−トレオニルカルバモイルアデノシン；Ｎ６−グリシニルカルバモイルアデノシン；Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；Ｎ６−メチルアデノシン；Ｎ６−トレオニルカルバモイルアデノシン；１，２’−Ｏ−ジメチルアデノシン；１−メチルアデノシン；２’−Ｏ−メチルアデノシン；２’−Ｏ−リボシルアデノシン（ホスフェート）；２−メチルアデノシン；２−メチルチオ−Ｎ６  イソペンテニルアデノシン；２−メチルチオ−Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；２’−Ｏ−メチルアデノシン；２’−Ｏ−リボシルアデノシン（ホスフェート）；イソペンテニルアデノシン；Ｎ６−（ｃｉｓ−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン；Ｎ６，２’−Ｏ−ジメチルアデノシン；Ｎ６，２’−Ｏ−ジメチルアデノシン；Ｎ６，Ｎ６，２’−Ｏ−トリメチルアデノシン；Ｎ６，Ｎ６−ジメチルアデノシン；Ｎ６−アセチルアデノシン；Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；Ｎ６−メチル−Ｎ６−トレオニルカルバモイルアデノシン；２−メチルアデノシン；２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；７−デアザ−アデノシン；Ｎ１−メチル−アデノシン；Ｎ６、Ｎ６（ジメチル）アデニン；Ｎ６−ｃｉｓ−ヒドロキシ−イソペンテニル−アデノシン；α−チオ−アデノシン；２（アミノ）アデニン；２（アミノプロピル）アデニン；２（メチルチオ）Ｎ６（イソペンテニル）アデニン；２−（アルキル）アデニン；２−（アミノアルキル）アデニン；２−（アミノプロピル）アデニン；２−（ハロ）アデニン；２−（ハロ）アデニン；２−（プロピル）アデニン；２’−アミノ−２’−デオキシ−ＡＴＰ；２’−ア
ジド−２’−デオキシ−ＡＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アミノアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アジドアデノシンＴＰ；６（アルキル）アデニン；６（メチル）アデニン；６−（アルキル）アデニン；６−（メチル）アデニン；７（デアザ）アデニン；８（アルケニル）アデニン；８（アルキニル）アデニン；８（アミノ）アデニン；８（チオアルキル）アデニン；８−（アルケニル）アデニン；８−（アルキル）アデニン；８−（アルキニル）アデニン；８−（アミノ）アデニン；８−（ハロ）アデニン；８−（ヒドロキシル）アデニン；８−（チオアルキル）アデニン；８−（チオール）アデニン；８−アジド−アデノシン；アザアデニン；デアザアデニン；Ｎ６（メチル）アデニン；Ｎ６−（イソペンチル）アデニン；７−デアザ−８−アザ−アデノシン；７−メチルアデニン；１−デアザアデノシンＴＰ；２’フルオロ−Ｎ６−Ｂｚ−デオキシアデノシンＴＰ；２’−ＯＭｅ−２−アミノ−ＡＴＰ；２’Ｏ−メチル−Ｎ６−Ｂｚ−デオキシアデノシンＴＰ；２’−ａ−エチニルアデノシンＴＰ；２−アミノアデニン；２−アミノアデノシンＴＰ；２−アミノ−ＡＴＰ；２’−ａ−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；２−アジドアデノシンＴＰ；２’−ｂ−エチニルアデノシンＴＰ；２−ブロモアデノシンＴＰ；２’−ｂ−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；２−クロロアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’，２’−ジフルオロアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−メルカプトアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−チオメトキシアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アミノアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アジドアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ブロモアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−クロロアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−フルオロアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ヨードアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−メルカプトアデノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−チオメトキシアデノシンＴＰ；２−フルオロアデノシンＴＰ；２−ヨードアデノシンＴＰ；２−メルカプトアデノシンＴＰ；２−メトキシ−アデニン；２−メチルチオ−アデニン；２−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；３−デアザ−３−ブロモアデノシンＴＰ；３−デアザ−３−クロロアデノシンＴＰ；３−デアザ−３−フルオロアデノシンＴＰ；３−デアザ−３−ヨードアデノシンＴＰ；３−デアザアデノシンＴＰ；４’−アジドアデノシンＴＰ；４’−炭素環式アデノシンＴＰ；４’−エチニルアデノシンＴＰ；５’−ホモ−アデノシンＴＰ；８−アザ−ＡＴＰ；８−ブロモ−アデノシンＴＰ；８−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；９−デアザアデノシンＴＰ；２−アミノプリン；７−デアザ−２，６−ジアミノプリン；７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリン；７−デアザ−８−アザ−２−アミノプリン；２，６−ジアミノプリン；７−デアザ−８−アザ−アデニン、７−デアザ−２−アミノプリン；２−チオシチジン；３−メチルシチジン；５−ホルミルシチジン；５−ヒドロキシメチルシチジン；５−メチルシチジン；Ｎ４−アセチルシチジン；２’−Ｏ−メチルシチジン；２’−Ｏ−メチルシチジン；５，２’−Ｏ−ジメチルシチジン；５−ホルミル−２’−Ｏ−メチルシチジン；リシジン；Ｎ４，２’−Ｏ−ジメチルシチジン；Ｎ４−アセチル−２’−Ｏ−メチルシチジン；Ｎ４−メチルシチジン；Ｎ４，Ｎ４−ジメチル−２’−ＯＭｅ−シチジンＴＰ；４−メチルシチジン；５−アザ−シチジン；プソイド−イソ−シチジン；ピロロ−シチジン；α−チオ−シチジン；２−（チオ）シトシン；２’−アミノ−２’−デオキシ−ＣＴＰ；２’−アジド−２’−デオキシ−ＣＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アミノシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アジドシチジンＴＰ；３（デアザ）  ５（アザ）シトシン；３（メチル）シトシン；３−（アルキル）シトシン；３−（デアザ）５（アザ）シトシン；３−（メチル）シチジン；４，２’−Ｏ−ジメチルシチジン；５（ハロ）シトシン；５（メチル）シトシン；５（プロピニル）シトシン；５（トリフルオロメチル）シトシン；５−（アルキル）シトシン；５−（アルキニル）シトシン；５−（ハロ）シトシン；５−（プロピニル）シトシン；５−（トリフルオロメチル）シトシン；５−ブロモ−シチジン；５−ヨード−シチジン；５−プロピニルシトシン；６−（アゾ）シトシン；６−アザ−シチジン；アザシトシン；デアザシトシン；Ｎ４（アセチル）シトシン；１−メチル−１−デアザ−プソイドイソシチジン；１−メチル−プソイドイソシチジン；２−メトキシ−５−メチル−シチジン；２−メトキシ−シチジン；２−チオ−５−メチル−シ
チジン；４−メトキシ−１−メチル−プソイドイソシチジン；４−メトキシ−プソイドイソシチジン；４−チオ−１−メチル−１−デアザ−プソイドイソシチジン；４−チオ−１−メチル−プソイドイソシチジン；４−チオ−プソイドイソシチジン；５−アザ−ゼブラリン；５−メチル−ゼブラリン；ピロロ−プソイドイソシチジン；ゼブラリン；（Ｅ）−５−（２−ブロモ−ビニル）シチジンＴＰ；２，２’−アンヒドロ−シチジンＴＰヒドロクロリド；２’フルオロ−Ｎ４−Ｂｚ−シチジンＴＰ；２’フルオロ−Ｎ４−アセチル−シチジンＴＰ；２’−Ｏ−メチル−Ｎ４−アセチル−シチジンＴＰ；２’Ｏ−メチル−Ｎ４−Ｂｚ−シチジンＴＰ；２’−ａ−エチニルシチジンＴＰ；２’−ａ−トリフルオロメチルシチジンＴＰ；２’−ｂ−エチニルシチジンＴＰ；２’−ｂ−トリフルオロメチルシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’，２’−ジフルオロシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−メルカプトシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−チオメトキシシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アミノシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アジドシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ブロモシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−クロロシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−フルオロシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ヨードシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−メルカプトシチジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−チオメトキシシチジンＴＰ；２’−Ｏ−メチル−５−（１−プロピニル）シチジンＴＰ；３’−エチニルシチジンＴＰ；４’−アジドシチジンＴＰ；４’−炭素環式シチジンＴＰ；４’−エチニルシチジンＴＰ；５−（１−プロピニル）アラ−シチジンＴＰ；５−（２−クロロ−フェニル）−２−チオシチジンＴＰ；５−（４−アミノ−フェニル）−２−チオシチジンＴＰ；５−アミノアリル−ＣＴＰ；５−シアノシチジンＴＰ；５−エチニルアラ−シチジンＴＰ；５−エチニルシチジンＴＰ；５’−ホモ−シチジンＴＰ；５−メトキシシチジンＴＰ；５−トリフルオロメチル−シチジンＴＰ；Ｎ４−アミノ−シチジンＴＰ；Ｎ４−ベンゾイル−シチジンＴＰ；プソイドイソシチジン；７−メチルグアノシン；Ｎ２，２’−Ｏ−ジメチルグアノシン；Ｎ２−メチルグアノシン；ワイオシン；１，２’−Ｏ−ジメチルグアノシン；１−メチルグアノシン；２’−Ｏ−メチルグアノシン；２’−Ｏ−リボシルグアノシン（ホスフェート）；２’−Ｏ−メチルグアノシン；２’−Ｏ−リボシルグアノシン（ホスフェート）；７−アミノメチル−７−デアザグアノシン；７−シアノ−７−デアザグアノシン；アルカエオシン；メチルワイオシン；Ｎ２，７−ジメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２，２’−Ｏ−トリメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２，７−トリメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２−ジメチルグアノシン；Ｎ２，７，２’−Ｏ−トリメチルグアノシン；６−チオ−グアノシン；７−デアザ−グアノシン；８−オキソ−グアノシン；Ｎ１−メチル−グアノシン；α−チオ−グアノシン；２（プロピル）グアニン；２−（アルキル）グアニン；２’−アミノ−２’−デオキシ−ＧＴＰ；２’−アジド−２’−デオキシ−ＧＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アミノグアノ���ンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アジドグアノシンＴＰ；６（メチル）グアニン；６−（アルキル）グアニン；６−（メチル）グアニン；６−メチル−グアノシン；７（アルキル）グアニン；７（デアザ）グアニン；７（メチル）グアニン；７−（アルキル）グアニン；７−（デアザ）グアニン；７−（メチル）グアニン；８（アルキル）グアニン；８（アルキニル）グアニン；８（ハロ）グアニン；８（チオアルキル）グアニン；８−（アルケニル）グアニン；８−（アルキル）グアニン；８−（アルキニル）グアニン；８−（アミノ）グアニン；８−（ハロ）グアニン；８−（ヒドロキシル）グアニン；８−（チオアルキル）グアニン；８−（チオール）グアニン；アザグアニン；デアザグアニン；Ｎ（メチル）グアニン；Ｎ−（メチル）グアニン；１−メチル−６−チオ−グアノシン；６−メトキシ−グアノシン；６−チオ−７−デアザ−８−アザ−グアノシン；６−チオ−７−デアザ−グアノシン；６−チオ−７−メチル−グアノシン；７−デアザ−８−アザ−グアノシン；７−メチル−８−オキソ−グアノシン；Ｎ２，Ｎ２−ジメチル−６−チオ−グアノシン；Ｎ２−メチル−６−チオ−グアノシン；１−Ｍｅ−ＧＴＰ；２’フルオロ−Ｎ２−イソブチル−グアノシンＴＰ；２’Ｏ−メチル−Ｎ２−イソブチル−グアノシンＴＰ；２’−ａ−エチニルグアノシンＴＰ；２’−ａ−トリフルオロメチルグアノシンＴＰ；２’−ｂ−エチニルグアノシンＴＰ；２’−ｂ−トリフルオロメチルグアノシ
ンＴＰ；２’−デオキシ−２’，２’−ジフルオログアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−メルカプトグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−チオメトキシグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アミノグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アジドグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ブロモグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−クロログアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−フルオログアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ヨードグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−メルカプトグアノシンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−チオメトキシグアノシンＴＰ；４’−アジドグアノシンＴＰ；４’−炭素環式グアノシンＴＰ；４’−エチニルグアノ
シンＴＰ；５’−ホモ−グアノシンＴＰ；８−ブロモ−グアノシンＴＰ；９−デアザグアノシンＴＰ；Ｎ２−イソブチル−グアノシンＴＰ；１−メチルイノシン；イノシン；１，２’−Ｏ−ジメチルイノシン；２’−Ｏ−メチルイノシン；７−メチルイノシン；２’−Ｏ−メチルイノシン；エポキシクエオシン；ガラクトシル−クエオシン；マンノシルクエオシン；クエオシン；アリアミノ−チミジン；アザチミジン；デアザチミジン；デオキシ−チミジン；２’−Ｏ−メチルウリジン；２−チオウリジン；３−メチルウリジン；５−カルボキシメチルウリジン；５−ヒドロキシウリジン；５−メチルウリジン；５−タウリノメチル−２−チオウリジン；５−タウリノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；プソイドウリジン；（３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン；１−メチル−３−（３−アミノ−５−カルボキシプロピル）プソイドウリジン；１−メチルプソイドウリジン；１−メチル−プソイドウリジン；２’−Ｏ−メチルウリジン；２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン；２’−Ｏ−メチルウリジン；２−チオ−２’−Ｏ−メチルウリジン；３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン；３，２’−Ｏ−ジメチルウリジン；３−メチル−プソイド−ウリジンＴＰ；４−チオウリジン；５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン；５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジンメチルエステル；５，２’−Ｏ−ジメチルウリジン；５，６−ジヒドロ−ウリジン；５−アミノメチル−２−チオウリジン；５−カルバモイルメチル−２’−Ｏ−メチルウリジン；５−カルバモイルメチルウリジン；５−カルボキシヒドロキシメチルウリジン；５−カルボキシヒドロキシメチルウリジンメチルエステル；５−カルボキシメチルアミノメチル−２’−Ｏ−メチルウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン；５−カルバモイルメチルウリジンＴＰ；５−メトキシカルボニルメチル−２’−Ｏ−メチルウリジン；５−メトキシカルボニルメチル−２−チオウリジン；５−メトキシカルボニルメチルウリジン；５−メトキシウリジン；５−メチル−２−チオウリジン；５−メチルアミノメチル−２−セレノウリジン；５−メチルアミノメチル−２−チオウリジン；５−メチルアミノメチルウリジン；５−メチルジヒドロウリジン；５−オキシ酢酸−ウリジンＴＰ；５−オキシ酢酸−メチルエステル−ウリジンＴＰ；Ｎ１−メチル−プソイド−ウリジン；ウリジン５−オキシ酢酸；ウリジン  ５−オキシ酢酸メチルエステル；３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）−ウリジンＴＰ；５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）−２−チオウリジンＴＰ；５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）−２’−Ｏ−メチルウリジンＴＰ；５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）ウリジンＴＰ；５−プロピニルウラシル；α−チオ−ウリジン；１（アミノアルキルアミノ−カルボニルエチレニル）−２（チオ）−プソイドウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）−２，４−（ジチオ）プソイドウラシル；１（アミノアルキル��ミノカルボニルエチレニル）−４（チオ）プソイドウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）−プソイドウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）−２（チオ）−プソイドウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）−２，４−（ジチオ）プソイドウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）−４（チオ）プソイドウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）−プソイドウラシル；１置換２（チオ）−プソイドウラシル；１置換２，４−（ジチオ）プソイドウラシル；１置換４（チオ）プソ
イドウラシル；１置換プソイドウラシル；１−（アミノアルキルアミノ−カルボニルエチレニル）−２−（チオ）−プソイドウラシル；１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）プソイドウリジンＴＰ；１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−プソイド−ＵＴＰ；２（チオ）プソイドウラシル；２’デオキシウリジン；２’フルオロウリジン；２−（チオ）ウラシル；２，４−（ジチオ）プソイドウラシル；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ−グアノシン；２’−アミノ−２’−デオキシ−ＵＴＰ；２’−アジド−２’−デオキシ−ＵＴＰ；２’−アジド−デオキシウリジンＴＰ；２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン；２’デオキシウリジン；２’フルオロウリジン；２’−デオキシ−２’−ａ−アミノウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−アジドウリジンＴＰ；２−メチルプソイドウリジン；３（３  アミノ−３カルボキシプロピル）ウラシル；４（チオ）プソイドウラシル；４−（チオ）プソイドウラシル；４−（チオ）ウラシル；４−チオウラシル；５（１，３−ジアゾール−１−アルキル）ウラシル；５（２−アミノプロピル）ウラシル；５（アミノアルキル）ウラシル；５（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５（メトキシカルボニルメチル）−２−（チオ）ウラシル；５（メトキシカルボニル−メチル）ウラシル；５（メチル）２（チオ）ウラシル；５（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチル）  ４（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）−２（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）−２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）−４（チオ）ウラシル；５（プロピニル）ウラシル；５（トリフルオロメチル）ウラシル；５−（２−アミノプロピル）ウラシル；５−（アルキル）−２−（チオ）プソイドウラシル；５−（アルキル）−２，４（ジチオ）プソイドウラシル；５−（アルキル）−４（チオ）プソイドウラシル；５−（アルキル）プソイドウラシル；５−（アルキル）ウラシル；５−（アルキニル）ウラシル；５−（アリルアミノ）ウラシル；５−（シアノアルキル）ウラシル；５−（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル；５−（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５−（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５−（ハロ）ウラシル；５−（１，３−ジアゾール−１−アルキル）ウラシル；５−（メトキシ）ウラシル；５−（メトキシカルボニルメチル）−２−（チオ）ウラシル；５−（メトキシカルボニル−メチル）ウラシル；５−（メチル）２（チオ）ウラシル；５−（メチル）
２，４（ジチオ）ウラシル；５−（メチル）４（チオ）ウラシル；５−（メチル）−２−（チオ）プソイドウラシル；５−（メチル）−２，４（ジチオ）プソイドウラシル；５−（メチル）−４（チオ）プソイドウラシル；５−（メチル）プソイドウラシル；５−（メチルアミノメチル）−２（チオ）ウラシル；５−（メチルアミノメチル）−２，４（ジチオ）ウラシル；５−（メチルアミノメチル）−４−（チオ）ウラシル；５−（プロピニル）ウラシル；５−（トリフルオロメチル）ウラシル；５−アミノアリル−ウリジン；５−ブロモ−ウリジン；５−ヨード−ウリジン；５−ウラシル；６（アゾ）ウラシル；６−（アゾ）ウラシル；６−アザ−ウリジン；アリアミノ−ウラシル；アザウラシル；デアザウラシル；Ｎ３（メチル）ウラシル；プソイド−ＵＴＰ−１−２−エタン酸；プソイドウラシル；４−チオ−プソイド−ＵＴＰ；１−カルボキシメチル−プソイドウリジン；１−メチル−１−デアザ−プソイドウリジン；１−プロピニル−ウリジン；１−タウリノメチル−１−メチル−ウリジン；１−タウリノメチル−４−チオ−ウリジン；１−タウリノメチル−プソイドウリジン；２−メトキシ−４−チオ−プソイドウリジン；２−チオ−１−メチル−１−デアザ−プソイドウリジン；２−チオ−１−メチル−プソイドウリジン；２−チオ−５−アザ−ウリジン；２−チオ−ジヒドロプソイドウリジン；２−チオ−ジヒドロウリジン；２−チオ−プソイドウリジン；４−メトキシ−２−チオ−プソイドウリジン；４−メトキシ−プソイドウリジン；４−チオ−１−メチル−プソイドウリジン；４−チオ−プソイドウリジン；５−アザ−ウリジン；ジヒドロプソイドウリジン；（±）１−（２−ヒドロキシプロピル）プソイドウリジンＴＰ；（２Ｒ）−１−（２−ヒドロキシプロピル）プソイドウリジンＴＰ；（２Ｓ）−１−（２−ヒドロキシプロピル）プソイドウリジンＴＰ；（Ｅ）−５−（２−ブロモ−ビニル）アラ−ウリジンＴＰ；（Ｅ）−５−（２−ブロモ−ビニル）ウリジンＴＰ；（Ｚ）−５−（２−ブロモ−ビニル）アラ−ウリジン
ＴＰ；（Ｚ）−５−（２−ブロモ−ビニル）ウリジンＴＰ；１−（２，２，２−トリフルオロエチル）−プソイド−ＵＴＰ；１−（２，２，３，３，３−ペンタフルオロプロピル）プソイドウリジンＴＰ；１−（２，２−ジエトキシエチル）プソイドウリジンＴＰ；１−（２，４，６−トリメチルベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（２，４，６−トリメチル−ベンジル）プソイド−ＵＴＰ；１−（２，４，６−トリメチル−フェニル）プソイド−ＵＴＰ；１−（２−アミノ−２−カルボキシエチル）プソイド−ＵＴＰ；１−（２−アミノ−エチル）プソイド−ＵＴＰ；１−（２−ヒドロキシエチル）プソイドウリジンＴＰ；１−（２−メトキシエチル）プソイドウリジンＴＰ；１−（３，４−ビス−トリフルオロメトキシベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（３，４−ジメトキシベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）プソイド−ＵＴＰ；１−（３−アミノ−プロピル）プソイド−ＵＴＰ；１−（３−シクロプロピル−プロパ−２−イニル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−アミノ−４−カルボキシブチル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−アミノ−ベンジル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−アミノ−ブチル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−アミノ−フェニル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−アジドベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−ブロモベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−クロロベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−フルオロベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−ヨードベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−メタンスルホニルベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−メトキシベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−メトキシ−ベンジル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−メトキシ−フェニル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−メチルベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−メチル−ベンジル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−ニトロベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−ニトロ−ベンジル）プソイド−ＵＴＰ；１（４−ニトロ−フェニル）プソイド−ＵＴＰ；１−（４−チオメトキシベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−トリフルオロメトキシベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（４−トリフルオロメチルベンジル）プソイドウリジンＴＰ；１−（５−アミノ−）ペンチル）プソイド−ＵＴＰ；１−（６−アミノ−ヘキシル）プソイド−ＵＴＰ；１，６−ジメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−［３−（２−｛２−［２−（２−アミノエトキシ）−エトキシ］−エトキシ｝−エトキシ）−プロピオニル］プソイドウリジンＴＰ；１−｛３−［２−（２−アミノエトキシ）−エトキシ］−プロピオニル｝プソイドウリジンＴＰ；１−アセチルプソイドウリジンＴＰ；１−アルキル−６−（１−プロピニル）−プソイド−ＵＴＰ；１−アルキル−６−（２−プロピニル）−プソイド−ＵＴＰ；１−アルキル−６−アリル−プソイド−ＵＴＰ；１−アルキル−６−エチニル−プソイド−ＵＴＰ；１−アルキル−６−ホモアリル−プソイド−ＵＴＰ；１−アルキル−６−ビニル−プソイド−ＵＴＰ；１−アリルプソイドウリジンＴＰ；１−アミノメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−ベンゾイルプソイドウリジンＴＰ；１−ベンジルオキシメチルプソイドウリジンＴＰ；１−ベンジル−プソイド−ＵＴＰ；１−ビオチニル−ＰＥＧ２−プソイドウリジンＴＰ；１−ビオチニルプソイドウリジンＴＰ；１−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シアノメチルプソイドウリジンＴＰ；１−シクロブチルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロブチル−プソイド−ＵＴ
Ｐ；１−シクロヘプチルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロヘプチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロヘキシルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロヘキシル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロオクチルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロオクチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロペンチルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロペンチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロプロピルメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−シクロプロピル−プソイド−ＵＴＰ；１−エチル−プソイド−ＵＴＰ；１−ヘキシル−プソイド−ＵＴＰ；１−ホモアリルプソイドウリジンＴＰ；１−ヒドロキシメチルプソイドウリジンＴＰ；１−イソ−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；１−Ｍｅ−２−チオ−プソイド−ＵＴＰ；１−Ｍｅ−４−チオ−プソイド−ＵＴＰ；１−Ｍｅ−α−チオ−プソイド−ＵＴＰ；１−メタンスルホニルメチルプソイドウリジンＴＰ；１−メトキシメチルプソイドウリジンＴＰ；１−メ
チル−６−（２，２，２−トリフルオロエチル）プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−（４−モルホリノ）−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−（４−チオモルホリノ）−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−（置換フェニル）プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−アミノ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−アジド−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ブロモ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−クロロ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−シアノ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ジメチルアミノ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−エトキシ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−エチルカルボキシレート−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−エチル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−フルオロ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ホルミル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ヒドロキシアミノ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ヒドロキシ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ヨード−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−イソ−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−メトキシ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−メチルアミノ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−フェニル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−ｔｅｒｔ−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−トリフルオロメトキシ−プソイド−ＵＴＰ；１−メチル−６−トリフルオロメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−モルホリノメチルプソイドウリジンＴＰ；１−ペンチル−プソイド−ＵＴＰ；１−フェニル−プソイド−ＵＴＰ；１−ピバロイルプソイドウリジンＴＰ；１−プロパルギルプソイドウリジンＴＰ；１−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；１−プロピニル−プソイドウリジン；１−ｐ−トリル−プソイド−ＵＴＰ；１−ｔｅｒｔ−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；１−チオメトキシメチルプソイドウリジンＴＰ；１−チオモルホリノメチルプソイドウリジンＴＰ；１−トリフルオロアセチルプソイドウリジンＴＰ；１−トリフルオロメチル−プソイド−ＵＴＰ；１−ビニルプソイドウリジンＴＰ；２，２’−アンヒドロ−ウリジンＴＰ；２’−ブロモ−デオキシウリジンＴＰ；２’−Ｆ−５−メチル−２’−デオキシ−ＵＴＰ；２’−ＯＭｅ−５−Ｍｅ−ＵＴＰ；２’−ＯＭｅ−プソイド−ＵＴＰ；２’−ａ−エチニルウリジンＴＰ；２’−ａ−トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’−ｂ−エチニルウリジンＴＰ；２’−ｂ−トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’，２’−ジフルオロウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−メルカプトウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ａ−チオメトキシウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アミノウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−アジドウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ブロモウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−クロロウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−フルオロウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−ヨードウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−メルカプトウリジンＴＰ；２’−デオキシ−２’−ｂ−チオメトキシウリジンＴＰ；２−メトキシ−４−チオ−ウリジン；２−メトキシウリジン；２’−Ｏ−メチル−５−（１−プロピニル）ウリジンＴＰ；３−アルキル−プソイド−ＵＴＰ；４’−アジドウリジンＴＰ；４’−炭素環式ウリジンＴＰ；４’−エチニルウリジンＴＰ；５−（１−プロピニル）アラ−ウリジンＴＰ；５−（２−フラニル）ウリジンＴＰ；５−シアノウリジンＴＰ；５−ジメチルアミノウリジンＴＰ；５’−ホモ−ウリジンＴＰ；５−ヨード−２’−フルオロ−デオキシウリジンＴＰ；５−フェニルエチニルウリジンＴＰ；５−トリジュウテロメチル−６−ジュウテロウリジンＴＰ；５−トリフルオロメチル−ウリジンＴＰ；５−ビニルアラウリジンＴＰ；６−（２，２，２−トリフルオロエチル）−プソイド−ＵＴＰ；６−（４−モルホリノ）−プソイド−ＵＴＰ；６−（４−チオモルホリノ）−プソイド−ＵＴＰ；６−（置換−フェニル）−プソイド−ＵＴＰ；６−アミノ−プソイド−ＵＴＰ；６−アジド−プソイド−ＵＴＰ；６−ブロモ−プソイド−ＵＴＰ；６−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；６−クロロ−プソイド−ＵＴＰ；６−シアノ−プソイド−ＵＴＰ；６−ジメチルアミノ−プソイド−ＵＴＰ；６−エトキシ−プソイド−ＵＴＰ；６−エチルカルボキシレート−プソイド−ＵＴＰ；６−エチル−プソイド−ＵＴＰ；６−フルオロ−プソイド−ＵＴＰ；６−ホルミル−プソイド−ＵＴＰ；６−ヒドロキシアミノ−プソイド−ＵＴＰ；６−ヒドロキシ−プソイド−ＵＴＰ；６−ヨード−プソイド−ＵＴＰ；６−イソ−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；６−メトキ
シ−プソイド−ＵＴＰ；６−メチルアミノ−プソイド−ＵＴＰ；６−メチル−プソイド−ＵＴＰ；６−フェニル−プソイド−ＵＴＰ；６−フェニル−プソイド−ＵＴＰ；６−プロピル−プソイド−ＵＴＰ；６−ｔｅｒｔ−ブチル−プソイド−ＵＴＰ；６−トリフルオロメトキシ−プソイド−ＵＴＰ；６−トリフルオロメチル−プソイド−ＵＴＰ；α−チオ−プソイド−ＵＴＰ；プソイドウリジン１−（４−メチルベンゼンスルホン酸）ＴＰ；プソイドウリジン１−（４−メチル安息香酸）ＴＰ；プソイドウリジンＴＰ  １−［３−（２−エトキシ）］プロピオン酸；プソイドウリジンＴＰ  １−［３−｛２−（２−［２−（２−エトキシ）−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸；プソイドウリジンＴＰ  １−［３−｛２−（２−［２−｛２（２−エトキシ）−エトキシ｝−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸；プソイドウリジンＴＰ  １−［３−｛２−（２−［２−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸；プソイドウリジンＴＰ
１−［３−｛２−（２−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸；プソイドウリジンＴＰ  １−メチルホスホン酸；プソイドウリジンＴＰ  １−メチルホスホン酸ジエチルエステル；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−３−プロピオン酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−４−ブタン酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−５−ペンタン酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−６−ヘキサン酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−７−ヘプタン酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−メチル−ｐ−安息香酸；プソイド−ＵＴＰ−Ｎ１−ｐ−安息香酸；ワイブトシン；ヒドロキシワイブトシン；イソワイオシン；ペルオキシワイブトシン；修飾不十分なヒドロキシワイブトシン；および４−デメチルワイオシン。
【０５６８】
本発明のポリヌクレオチドで有益でありえる他の修飾は、国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の表５に掲載され、その内容は本願明細書に完全に援用する。
ポリヌクレオチドは、ヌクレオシドの間に任意の有益なリンカーを含むことができる。骨格の修飾を含むそのようなリンカーは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の表６に与えられる。本明細書に記載されるポリヌクレオチドに含まれてよいリンカーの非限定例には、３’−アルキレンホスホネート；３’−アミノホスホロアミデート；アルケン含有骨格；アミノアルキルホスホロアミデート；アミノアルキルホスホトリエステル；ボラノホスフェート；−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−；−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−；−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ２−；キラルホスホネート；キラルホスホロチオエート；ホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格；メチレン（メチルイミノ）；メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格；メチレンイミノおよびメチレンヒドラジノ骨格；モルホリノ連結；−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−ＣＨ２−；ヘテロ原子ヌクレオシド間連結を有するオリゴヌクレオシド；ホスフィネート；ホスホロアミデート；ホスホロジチオエート；ホスホロチオエートヌクレオシド間連結；ホスホロチオエート；ホスホトリエステル；ＰＮＡ；シロキサン骨格；スルファメート骨格；スルフィドスルホキシドおよびスルホン骨格；スルホネートおよびスルホンアミド骨格；チオノアルキルホスホネート；チオノアルキルホスホトリエステル；およびチオノホスホロアミデートが含まれる。
【０５６９】
ポリヌクレオチドは、例えば糖、核酸塩基またはヌクレオシド間連結（例えば、連結リン酸／ホスホジエステル連結／ホスホジエステル骨格に）に、任意の有益な修飾を含むことができる。ピリミジン核酸塩基の１つまたは複数の原子が、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたチオール、任意選択で置換されたアルキル（例えば、メチルまたはエチル）またはハロ（例えば、クロロまたはフルオロ）で置き換えられるかまたは置換されてよい。ある特定の実施形態では、修飾（例えば、１つまたは複数の修飾）が、糖およびヌクレオシド間連結の各々に存在する。本発明による修飾は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロック核酸（ＬＮＡ）またはそのハイブリッドへのリボ核酸（ＲＮＡ）の修飾であってもよい。追加の修飾が、本明細書に記載される。
【０５７０】
一部の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡが導入される細胞の生得的免疫応答を実質的に誘導しない。誘導される生得的免疫応答の特徴には、１）炎症誘発性サイトカインの発現増加、２）細胞内ＰＲＲ（ＲＩＧ−Ｉ、ＭＤＡ５など）の活性化、および／または３）タンパク質翻訳の終止もしくは低減が含まれる。
【０５７１】
ある特定の実施形態では、細胞に導入されたポリヌクレオチドを細胞内で分解することが望ましい可能性がある。例えば、タンパク質生成の正確なタイミングが所望される場合は、ポリヌクレオチドの分解が好ましい可能性がある。したがって、一部の実施形態では、本発明は、細胞の中で指示された方法で作用されることが可能である、分解ドメインを含有するポリヌクレオチドを提供する。
【０５７２】
伝統的に、ｍＲＮＡ分子の基本的な構成成分は、少なくともコード領域、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップおよびポリＡテールを含む。この野生型モジュール構造に基づき、本発明は、モジュール組織を維持するが、一部の実施形態では、ポリヌクレオチドが導入される細胞の生得的免疫応答の実質的な誘導の不足を含む有益な性質をポリヌクレオチドに付与する、１つまたは複数の構造的および／または化学的修飾または変更を備えるポリヌクレオチドを提供することによって、伝統的なｍＲＮＡ分子の機能の範囲を拡張する。本明細書で使用するように、「構造的な」特徴または修飾は、ヌクレオチド自体への有意な化学的修飾なしで、２つまたはそれを超える連結されたヌクレオチドがポリヌクレオチドにおいて挿入されるか、削除されるか、複製されるか、逆転されるかまたは無作為化されるものである。化学結合は必然的に切断され、刷新されて構造的修飾を達成するので、構造的修飾は化学的性質であり、したがって化学的修飾である。しかし、構造的修飾は、ヌクレオチドの異なる配列をもたらす。例えば、ポリヌクレオチド「ＡＴＣＧ」は、「ＡＴ−５ｍｅＣ−Ｇ」に化学的に修飾され得る。同じポリヌクレオチドが、「ＡＴＣＧ」から「ＡＴＣＣＣＧ」に構造的に修飾され得る。ここでは、ジヌクレオチド「ＣＣ」が挿入され、ポリヌクレオチドへの構造的修飾をもたらしている。
【０５７３】
本明細書に教示されるように、または、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１２年１０月３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ９）および２０１３年１２月１３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ３６）に教示されるように、ポリヌクレオチドの領域のいずれも化学的に修飾され得る。
【０５７４】
修飾されたポリヌクレオチド分子
本発明は、ポリヌクレオチド分子の構成単位、例えば、修飾されたリボヌクレオシドおよび修飾されたリボヌクレオチドも含む。例えば、これらの構成単位は、本発明のポリヌクレオチドを調製するために有益でありえる。そのような構成単位は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１２年１０月３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ９）および２０１３年１２月１３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ３６）に教示されている。
【０５７５】
糖での修飾
ポリヌクレオチド（例えば、本明細書に記載されるＲＮＡまたはｍＲＮＡ）に組み込まれ得る修飾されたヌクレオシドおよびヌクレオチド（例えば、構成単位分子）は、リボ核酸の糖の上で修飾されてよい。例えば、２’ヒドロキシル基（ＯＨ）は、いくつかの異なる置換基で修飾されるかまたは置き換えられ得る。２’位置の例示的な置換には、限定するものではないが、Ｈ、ハロ、任意選択で置換されたＣ１〜６アルキル；任意選択で置換されたＣ１〜６アルコキシ；任意選択で置換されたＣ６〜１０アリールオキシ；任意選択で置換されたＣ３〜８シクロアルキル；任意選択で置換されたＣ３〜８シクロアルコキシ；任意選択で置換されたＣ６〜１０アリールオキシ；任意選択で置換されたＣ６〜１０ア
リール−Ｃ１〜６アルコキシ、任意選択で置換されたＣ１〜１２（ヘテロシクリル）オキシ；糖（例えば、リボース、ペントースまたは本明細書に記載されるいずれか）；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ、上式でＲはＨまたは任意選択で置換されたアルキルであり、ｎは、０から２０までの整数であり（例えば、０から４、０から８、０から１０、０から１６、１から４、１から８、１から１０、１から１６、１から２０、２から４、２から８、２から１０、２から１６、２から２０、４から８、４から１０、４から１６および４から２０）；Ｃ１〜６アルキレンまたはＣ１〜６ヘテロアルキレン架橋によって２’−ヒドロキシルが同じリボース糖の４’−炭素に接続される「ロックされた」核酸（ＬＮＡ）、上式で、例示的な架橋にはメチレン、プロピレン、エーテルまたはアミノ架橋が含まれ；本明細書に規定されるアミノアルキル；本明細書に規定されるアミノアルコキシ；本明細書に規定されるアミノ；ならびに、本明細書に規定されるアミノ酸が含まれる。
【０５７６】
一般に、ＲＮＡは糖基リボースを含み、それは酸素を有する５員環である。例示的で非限定的な修飾されたヌクレオチドは、リボースの酸素の置き換え（例えば、Ｓ、Ｓｅまたはメチレンもしくはエチレンなどのアルキレンによる）；二重結合の付加（例えば、シクロペンテニルまたはシクロヘキセニルによってリボースを置き換えるために）；リボースの環縮小（例えば、シクロブタンまたはオキセタンの４員環を形成するために）；リボースの環拡大（例えば、ホスホロアミデート骨格も有する、例えばアンヒドロヘキシトール、アルトリトール、マンニトール、シクロヘキサニル、シクロヘキセニルおよびモルホリノのための、追加の炭素またはヘテロ原子を有する６−または７員環を形成するために）；多環式形（例えば、トリシクロ；および「アンロック」形、例えばグリコール核酸（ＧＮＡ）（例えば、Ｒ−ＧＮＡまたはＳ−ＧＮＡ、ここで、リボースはホスホジエステル結合に付着されるグリコール単位と置き換えられる）、トレオース核酸（ＴＮＡ、ここで、リボースはα−Ｌ−トレオフラノシル−（３’→２’）と置き換えられる）、およびペプチド核酸（ＰＮＡ、ここで、２−アミノ−エチル−グリシン連結がリボースおよびホスホジエステル骨格を置き換える）を含む。糖基は、リボースの対応する炭素のそれと反対の立体化学的配置を所有する１つまたは複数の炭素を含有することもできる。したがって、ポリヌクレオチド分子は、糖として例えばアラビノースを含有するヌクレオチドを含むことができる。そのような糖修飾は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１２年１０月３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ９）および２０１３年１２月１３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ３６）に教示されている。
【０５７７】
核酸塩基での修飾
本開示は、修飾されたヌクレオシドおよびヌクレオチドを提供する。本明細書に記載されるように、「ヌクレオシド」は、有機塩基（例えば、プリンまたはピリミジン）またはその誘導体（本明細書では「核酸塩基」とも呼ばれる）と組み合わせた、糖分子（例えば、ペントースまたはリボース）またはその誘導体を含有する化合物と規定される。本明細書に記載されるように、「ヌクレオチド」は、リン酸基を含むヌクレオシドと規定される。修飾されたヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の有益な方法によって（例えば、１つまたは複数の修飾されたまたは非天然のヌクレオシドを含むように化学的、酵素的または組換え的に）合成され得る。ポリヌクレオチドは、連結されたヌクレオシドの領域または複数領域を備えることができる。そのような領域は、可変骨格連結を有することができる。連結は標準のリン酸エステル連結であってよく、その場合には、ポリヌクレオチドはヌクレオチドの領域を備えるだろう。
【０５７８】
修飾されたヌクレオチド塩基対形成は、標準のアデノシン−チミン、アデノシン−ウラシルまたはグアノシン−シトシン塩基対だけでなく、非標準または修飾された塩基を備えているヌクレオチドおよび／または修飾ヌクレオチドの間で形成される塩基対も包含し、
ここでは、水素結合ドナーおよび水素結合アクセプターの配置は、非標準塩基と標準塩基との間の、または２つの相補的な非標準塩基構造の間の水素結合を可能とする。そのような非標準塩基対形成の１つの例は、修飾されたヌクレオチドイノシンとアデニン、シトシンまたはウラシルの塩基対形成である。
【０５７９】
修飾されたヌクレオシドおよびヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含むことができる。ＲＮＡで見出される核酸塩基の例には、限定するものではないが、アデニン、グアニン、シトシンおよびウラシルが含まれる。ＤＮＡで見出される核酸塩基の例には、限定するものではないが、アデニン、グアニン、シトシンおよびチミンが含まれる。そのような修飾された核酸塩基（天然に存在するものと天然に存在しないものとの間の相違を含む）は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１２年１０月３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ９）および２０１３年１２月１３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ３６）に教示される。
【０５８０】
修飾された糖、核酸塩基およびヌクレオシド間連結の組合せ
本発明のポリヌクレオチドは、糖、核酸塩基および／またはヌクレオシド間連結への修飾の組合せを含むことができる。これらの組合せは、本明細書に記載される任意の１つまたは複数の修飾を含むことができる。
【０５８１】
修飾されたヌクレオチドおよび修飾されたヌクレオチドの組合せの例は、下の表４および５で提供される。修飾されたヌクレオチドのこれらの組合せは、本発明のポリヌクレオチドを形成するために使用され得る。特に明記しない限り、修飾されたヌクレオチドは、本発明のポリヌクレオチドの天然のヌクレオチドに完全に置換され得る。非限定例として、天然のヌクレオチドウリジンは、本明細書に記載される修飾されたヌクレオシドで置換され得る。別の非限定例では、天然のヌクレオチドウリジンは、本明細書に開示される修飾されたヌクレオシドの少なくとも１つで部分的に（例えば、約０．１％、１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９．９％）置換されてよい。塩基／糖またはリンカーの任意の組合せが本発明のポリヌクレオチドに組み込まれ得、そのような修飾は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、２０１２年１０月３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１３０５２５２３（代理人整理番号Ｍ９）、２０１３年１２月１３日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１４０９３９２４（代理人整理番号Ｍ３６）、２０１４年１０月２日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１５０５１１７３（代理人整理番号Ｍ７１）および２０１４年１０月２日に出願された国際公開番号ＷＯ２０１５０５１１６９（代理人整理番号Ｍ７２）に教示される。
【０５８２】
【表４−１】
2017523777.tif 000062
【０５８３】
【表４−２】
2017523777.tif 000063
【０５８４】
【表５−１】
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【０５８５】
【表５−２】
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【０５８６】
【表５−３】
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【０５８７】
【表５−４】
2017523777.tif 000067
【０５８８】
本発明により、本発明のポリヌクレオチドは、表５の組合せまたは単一の修飾を備えるように合成され得る。
単一の修飾が掲載される場合、掲載されたヌクレオシドまたはヌクレオチドは、そのＡ、Ｕ、ＧまたはＣヌクレオチドまたはヌクレオシドの１００パーセントが修飾されたことを表す。百分率が掲載される場合、これらは、存在するＡ、Ｕ、ＧまたはＣトリホスフェートの全量のその特定のＡ、Ｕ、ＧまたはＣ核酸塩基トリホスフェートの百分率を表す。例えば、組合せ：２５％５−アミノアリル−ＣＴＰ＋７５％ＣＴＰ／２５％５−メトキシ−ＵＴＰ＋７５％ＵＴＰは、シトシントリホスフェートの２５％が５−アミノアリル−ＣＴＰであり、シトシンの７５％がＣＴＰであり；ウラシルの２５％が５−メトキシＵＴＰであり、ウラシルの７５％がＵＴＰであるポリヌクレオチドを指す。修飾されたＵＴＰが掲載されない場合には、天然に存在するＡＴＰ、ＵＴＰ、ＧＴＰおよび／またはＣＴＰが
ポリヌクレオチドで見出されるヌクレオチドの部位の１００％で使用される。この例では、ＧＴＰおよびＡＴＰヌクレオチドの全てが未修飾のままである。
【０５８９】
ＩＶ．医薬組成物
製剤、投与、送達および投薬
本発明は、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤と組み合わせたポリヌクレオチド組成物および複合体を提供する。医薬組成物は、１つまたは複数の追加の活性物質、例えば治療的および／または予防的に活性である物質を任意選択で備えることができる。本発明の医薬組成物は、無菌および／または無発熱物質であってよい。医薬用薬剤の製剤および／または製造での一般考慮事項は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ２１ｓｔ  ｅｄ．、リッピンコット  ウィリアムズ＆ウィルキンス（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ）、２００５に見出され得る（その内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０５９０】
一部の実施形態では、組成物は、ヒト、ヒト患者または対象に投与される。本開示のために、「有効成分」という語句は、本明細書に記載される通りに送達されるポリヌクレオチドを一般に指す。
【０５９１】
本明細書で提供される医薬組成物の記載は、主にヒトへの投与のために適する医薬組成物に向けられているが、当業者は、そのような組成物は、任意の他の動物、例えばヒト以外の動物、例えば非ヒト哺乳動物への投与のために一般に適することを理解するだろう。様々な動物への投与のためにそれらの組成物が適するようにするための、ヒトへの投与のために適する医薬組成物の修飾は十分理解されており、通常のスキルを有する獣医薬理学者は、要るとしても単に通常の実験だけでそのような修飾を設計および／または実行することができる。医薬組成物の投与が企図される対象には、限定するものではないが、ヒトおよび／または他の霊長類；商業的に重要な哺乳動物、例えばウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ネコ、イヌ、マウスおよび／もしくはラットを含む哺乳動物；ならびに／または商業的に重要な鳥類、例えば家禽、ニワトリ、カモ、ガチョウおよび／もしくは七面鳥を含む鳥類が含まれる。
【０５９２】
本明細書に記載される医薬組成物の製剤は、公知であるかまたは今後薬学分野で開発される任意の方法によって調製され得る。一般に、そのような調製方法は、有効成分を賦形剤および／または１つまたは複数の他の副成分と関連させる工程と、次に、必要に応じておよび／または望ましい場合、所望の単回または多回投与単位に生産品を分割、成形および／またはパッケージする工程を含む。
【０５９３】
本発明による医薬組成物中の有効成分、薬学的に許容される賦形剤および／または任意の追加の成分の相対量は、処置対象の個性、サイズおよび／または状態によって、さらに、組成物が投与される経路によって異なる。例として、組成物は、０．１％から１００％、例えば、０．５〜５０％、１〜３０％、５〜８０％、少なくとも８０％（ｗ／ｗ）の有効成分を備えることができる。
【０５９４】
製剤
本発明のポリヌクレオチドは：（１）安定性を増加させるため；（２）細胞トランスフェクションを増加させるため；（３）持続または遅延放出（例えば、ポリヌクレオチドのデポー製剤からの）を可能にするため；（４）体内分布を変更するため（例えば、特異的組織または細胞型をポリヌクレオチドの標的にする）；（５）コードされたタンパク質のｉｎ  ｖｉｖｏ翻訳を増加させるため；および／または（６）コードされたタンパク質のｉｎ  ｖｉｖｏ放出プロファイルを変更するために、１つまたは複数の賦形剤を使用して
製剤化され得る。あらゆる溶媒、分散媒体、希釈剤または他の液体ビヒクル、分散または懸濁補助、界面活性剤、等張剤、増粘または乳化剤、保存剤などの伝統的な賦形剤に加えて、本発明の賦形剤には、限定するものではないが、リピドイド、リポソーム、脂質ナノ粒子、ポリマー、リポプレックス、コア−シェルナノ粒子、ペプチド、タンパク質、ポリヌクレオチドでトランスフェクトされた細胞（例えば、対象への移植のために）、ヒアルロニダーゼ、ナノ粒子模倣物およびその組合せが含まれてよい。したがって、本発明の製剤は、１つまたは複数の賦形剤を、各々、一緒にポリヌクレオチドの安定性を増加させ、ポリヌクレオチドによる細胞トランスフェクションを増加させ、ポリヌクレオチドによってコードされたタンパク質の発現を増加させ、および／または、ポリヌクレオチドによってコードされたタンパク質の放出プロファイルを変更する量で含むことができる。さらに、本発明のポリヌクレオチドは、自己集合核酸ナノ粒子を使用して製剤化され得る。
【０５９５】
本明細書に記載される医薬組成物の製剤は、公知であるかまたは今後薬学分野で開発される任意の方法によって調製され得る。一般に、そのような調製方法は、有効成分を賦形剤および／または１つまたは複数の他の副成分と関連させる工程を含む。
【０５９６】
本開示による医薬組成物は、バルクで、単一の単位用量としておよび／または複数の単一単位用量として調製、パッケージおよび／または販売され得る。本明細書で用いるように、「単位用量」は、有効成分の所定量を備えている医薬組成物の個別の量を指す。有効成分の量は、対象に投与されるだろう有効成分の投薬量および／またはそのような投薬量の都合のよい割合、例えばそのような投薬量の１／２または１／３に一般に等しい。
【０５９７】
本開示による医薬組成物中の有効成分、薬学的に許容される賦形剤および／または任意の追加の成分の相対量は、処置対象の個性、サイズおよび／または状態によって、さらに、組成物が投与される経路によって異なることができる。例えば、組成物は、０．１％から９９％（ｗ／ｗ）の有効成分を備えることができる。例として、組成物は、０．１％から１００％、例えば、０．５〜５０％、１〜３０％、５〜８０％、少なくとも８０％（ｗ／ｗ）の有効成分を備えることができる。
【０５９８】
一部の実施形態では、本明細書に記載される製剤は、少なくとも１つのポリヌクレオチドを含有することができる。非限定例として、製剤は、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのポリヌクレオチドを含有することができる。
【０５９９】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤は、１つを超えるタイプのポリヌクレオチドを備えることができる。一実施形態では、製剤は、直鎖状および環状のキメラポリヌクレオチドを備えることができる。別の実施形態では、製剤は、環状ポリヌクレオチドおよびＩＶＴポリヌクレオチドを備えることができる。さらに別の実施形態では、製剤は、ＩＶＴポリヌクレオチド、キメラポリヌクレオチドおよび環状ポリヌクレオチドを備えることができる。
【０６００】
一実施形態では、製剤は、限定するものではないが、ヒトタンパク質、獣医学的タンパク質、細菌タンパク質、生物学的タンパク質、抗体、免疫原性タンパク質、治療的なペプチドおよびタンパク質、分泌タンパク質、血漿膜タンパク質、細胞質および細胞骨格タンパク質、細胞内膜結合タンパク質、核タンパク質、ヒト疾患に関連したタンパク質および／または非ヒト疾患に関連したタンパク質などのカテゴリーから選択されるタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有することができる。一実施形態では、製剤は、タンパク質をコードする少なくとも３つのポリヌクレオチドを含有する。一実施形態では、製剤は、タンパク質をコードする少なくとも５つのポリヌクレオチドを含有する。
【０６０１】
医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤をさらに備えることができ、本明細書で使用さ
れるとき、それらには、限定するものではないが、所望の特定の剤形に適するものとして、あらゆる溶媒、分散媒体、希釈剤、または他の液体ビヒクル、分散もしくは懸濁補助剤、界面活性剤、等張剤、増粘もしくは乳化剤、保存剤等が含まれる。医薬組成物を製剤化するための様々な賦形剤および組成物を調製する技術は、当技術分野で公知である（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ、２１ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、エー  アール  ゲナロ（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ）、リッピンコット（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ）、ウィリアムズ＆ウィルキンス（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ）、メリーランド州バルチモア（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ、ＭＤ）、２００６を参照；本願明細書に完全に援用する）。任意の従来の賦形剤媒体が、例えば任意の望ましくない生物学的作用を起こすか、さもなければ医薬組成物の任意の他の構成要素（複数可）と有害な相互作用を起こすことによって物質またはその誘導体と相容れない場合以外は、従来の賦形剤媒体の使用は本開示の範囲内にあると考えてよい。
【０６０２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤は、限定するものではないが、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ脂質、コレステロール、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ＤＯＰＥ、ＤＳＰＣ、メトキシＰＥＧ−ＤＳＰＣ、水素化されたダイズホスファチジルグリセロール、スフィンゴミエリン、ＤＯＰＣ、ＤＰＰＣ、ジエルコイルホスファチジルコリン（ＤＥＰＣ）、トリカプリリン（Ｃ８：０）、トリオレイン（Ｃ１８：１）、ダイズ油、メトキシ−ＰＥＧ−４０−カルボニル−ジステアロイルホスファチジルエタノールアミン、Ｌ−ジミリストイルホスファチジルコリン、Ｌ−ジミリストイルホスファチジルグリセロール、卵ホスファチジルグリセロール、ＭＰＥＧ５０００ＤＰＰＥ、ＤＰＰＡ（ジパルミトイルホスファチド）、ホスファチジルコリン、ＤＰＰＧ、ＬＥＣＩＶＡ−Ｓ９０（ダイズからの精製されたＰＣ）、ＬＥＣＩＶＡ−Ｓ７０（ダイズレシチンからの純粋なリン脂質）、ＬＩＰＯＶＡ−Ｅ１２０（精製された卵レシチンＵＳＰ）、卵レシチン、プロピレングリコール、グリセロール、ポリソルベート８０、グルタチオン（還元された）、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＡ）、アスコルビルパルミテート、アルファトコフェロール、炭酸ナトリウム、ＴＲＩＳ、ヒスチジン、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、硫酸アンモニウム、マンニトール、スクロース、ラクトース、トレハロース、コハク酸二ナトリウム六水化物および窒素などの構成要素を備えることもできる。
【０６０３】
一部の実施形態では、脂質ナノ粒子の粒径は、増加および／または減少されてもよい。粒径の変化は、限定するものではないが、炎症などの生物学的反応に対抗するのを助けることができるか、または哺乳動物に送達される修飾されたｍＲＮＡなどのポリヌクレオチドの生物学的作用を増加させることができる。
【０６０４】
医薬組成物の製造で使用される薬学的に許容される賦形剤には、限定するものではないが、不活性の希釈剤、界面活性剤および／または乳化剤、保存剤、緩衝剤、潤滑剤および／またはオイルが含まれる。そのような賦形剤は、本発明の医薬製剤に任意選択で含まれ得る。
【０６０５】
ポリヌクレオチドの製剤および送達方法の非限定例は、国際公開番号ＷＯ２０１３０９０６４８（代理人整理番号Ｍ０１１．２０）および国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ３０．２０）に教示され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６０６】
リピドイド
リピドイドの合成は広く記載されており、これらの化合物を含有する製剤はポリヌクレオチドの送達に特に適している（マホンら（Ｍａｈｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ．２０１０  ２１：１４４８−１４５４；シュレーダら（Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｊ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ．２０１０  ２６７：９−２１；ア
キンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００８  ２６：５６１−５６９；ラブら（Ｌｏｖｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０１０  １０７：１８６４−１８６９；ジークバルトら（Ｓｉｅｇｗａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０１１  １０８：１２９９６−３００１を参照；その全ては本願明細書に完全に援用する）。
【０６０７】
これらのリピドイドは、齧歯動物および非ヒト霊長類で二本鎖小分子干渉ＲＮＡ分子を効果的に送達するために使用されたが（アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００８  ２６：５６１−５６９；フランク−カメネツキーら（Ｆｒａｎｋ−Ｋａｍｅｎｅｔｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００８  １０５：１１９１５−１１９２０；アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２００９  １７：８７２−８７９；ラブら（Ｌｏｖｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０１０
１０７：１８６４−１８６９；ロイシュナーら（Ｌｅｕｓｃｈｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１１  ２９：１００５−１０１０を参照；その全ては本願明細書に完全に援用する）、本開示は、ポリヌクレオチドの送達におけるそれらの製剤および使用を記載する。
【０６０８】
これらのリピドイドを含有する複合体、ミセル、リポソームまたは粒子が調製され得、したがって、限局性および／または全身性投与経路を通したリピドイド製剤の注射の後の、コードされたタンパク質の生成によって判断される通り、ポリヌクレオチドの有効な送達をもたらすことができる。ポリヌクレオチドのリピドイド複合体は、限定するものではないが、静脈内、筋肉内または皮下経路を含む様々な手段によって投与され得る。
【０６０９】
核酸のｉｎ  ｖｉｖｏ送達は、限定するものではないが、製剤組成、粒子ペグ化の性質、投入の程度、ポリヌクレオチド対脂質比、および限定するものではないが、粒径などの生物物理学的パラメータを含む、多くのパラメータによって影響され得る（アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２００９  １７：８７２−８７９；本願明細書に完全に援用する）。一例として、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）脂質のアンカー鎖長の小さい変化は、ｉｎ  ｖｉｖｏ有効性に対する有意な影響をもたらすことができる。限定するものではないが、ペンタ［３−（１−ラウリルアミノプロピオニル）］−トリエチレンテトラアミン塩酸塩（ＴＥＴＡ−５ＬＡＰ；別名９８Ｎ１２−５、ムルガイアら（Ｍｕｒｕｇａｉａｈ  ｅｔ  ａｌ．）、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、４０１：６１（２０１０）を参照；本願明細書に完全に援用する）、Ｃ１２−２００（誘導体および変異体を含む）およびＭＤ１を含む異なるリピドイドによる製剤が、ｉｎ  ｖｉｖｏ活性について試験され得る。
【０６１０】
本明細書で「９８Ｎ１２−５」と呼ばれるリピドイドは、アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２００９  １７：８７２−８７９によって開示され、完全に援用する。
【０６１１】
本明細書で「Ｃ１２−２００」と呼ばれるリピドイドは、ラブら（Ｌｏｖｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２０１０  １０７：１８６４−１８６９およびリウおよびホワン（Ｌｉｕ  ａｎｄ  Ｈｕａｎｇ）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ．２０１０  ６６９−６７０によって開示され；その両方は本願明細書に完全に援用する。リピドイド製剤は、ポリヌクレオチドに加えて３つまたは４つまたはそれを超える構成要素を備えている粒子を含むことができる。
【０６１２】
リピドイドおよびリピドイドを備えているポリヌクレオチド製剤は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３
０．２０）に、例えば段落［０００４１５］〜［０００４２２］に記載される。
【０６１３】
リポソーム、リポプレックスおよび脂質ナノ粒子
本発明のポリヌクレオチドは、１つまたは複数のリポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子を使用して製剤化され得る。一実施形態では、ポリヌクレオチドの医薬組成物は、リポソームを含む。リポソームは、主に脂質二重層で構成されてよく、栄養素および医薬製剤の投与のための送達ビヒクルとして使用され得る、人工的に調製された小胞である。リポソームは、限定するものではないが、直径数百ナノメートルであってよく、狭い水性のコンパートメントによって分けられた一連の同心性二重層を含有することができる、多層小胞（ＭＬＶ）、直径５０ｎｍ未満であってよい小単細胞小胞（ＳＵＶ）、および直径５０〜５００ｎｍであってよい大単層小胞（ＬＵＶ）などのように異なるサイズであってよい。不健康な組織へのリポソームの付着を改善するかまたは、限定するものではないが、エンドサイトーシスなどの事象を活性化するために、リポソーム設計は、限定するものではないが、オプソニンまたはリガンドを含むことができる。リポソームは、医薬製剤の送達を改善するために、低いか高いｐＨを含有することができる。
【０６１４】
リポソームの形成は、物理化学的特性、例えば、限定するものではないが、取り込まれる医薬製剤およびリポソームの成分、脂質小胞が分散させられる媒体の性質、取り込まれた物質の有効な濃度およびその潜在的毒性、小胞の適用および／または送達の間に関与する任意の追加の過程、意図された適用のための小胞の最適化サイズ、多分散および有効期間、ならびにバッチ間の再現性および安全で効率的なリポソーム生産品の大規模生産の可能性に依存することができる。
【０６１５】
非限定例として、合成膜小胞などのリポソームは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７７６３８、ＵＳ２０１３０１７７６３７、ＵＳ２０１３０１７７６３６、ＵＳ２０１３０１７７６３５、ＵＳ２０１３０１７７６３４、ＵＳ２０１３０１７７６３３、ＵＳ２０１３０１８３３７５、ＵＳ２０１３０１８３３７３およびＵＳ２０１３０１８３３７２および国際特許出願公開番号ＷＯ２００８０４２９７３に記載される方法、装置およびデバイスで調製され得る。
【０６１６】
一実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、限定するものではないが、１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）リポソーム、マリナバイオテック（Ｍａｒｉｎａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）（ワシントン州ボセル（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ））からのＤｉＬａ２リポソーム、１，２−ジリノレイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ−ＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−（２−ジメチルアミノエチル）−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）およびＭＣ３（ＵＳ２０１００３２４１２０；本願明細書に完全に援用する）から形成されるそれらなどのリポソーム、ならびに、限定するものではないが、ジャンセンバイオテックインク（Ｊａｎｓｓｅｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．）（ペンシルベニア州ホーシャム（Ｈｏｒｓｈａｍ、ＰＡ））からのＤＯＸＩＬ（登録商標）などの小分子薬物を送達することができるリポソームを含むことができる。
【０６１７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、脂質二重層およびポリマー−コンジュゲート脂質を備えているリポソームで製剤化され得、ここで、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１５３３３８の方法に記載されおよび／またはそれによって作製されるように、グリコサミノグリカン（ＧＡＧ）−コンジュゲート脂質を限定されずに含む前記ポリマー−コンジュゲート脂質は、前記脂質二重層に組み込まれる。
【０６１８】
一実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、限定するものではないが、前に
記載され、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏでのオリゴヌクレオチド送達のために適することが示された、安定化プラスミド−脂質粒子（ＳＰＬＰ）または安定化核酸脂質粒子（ＳＮＡＬＰ）の合成から形成されるそれらなどのリポソームを含むことができる（ホイーラら（Ｗｈｅｅｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ．１９９９  ６：２７１−２８１；チャンら（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ．１９９９  ６：１４３８−１４４７；ジェフら（Ｊｅｆｆｓ  ｅｔ  ａｌ．）Ｐｈａｒｍ
Ｒｅｓ．２００５  ２２：３６２−３７２；モリッシーら（Ｍｏｒｒｉｓｓｅｙ  ｅｔ
ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５  ２：１００２−１００７；ジマーマンら（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔｕｒｅ．２００６  ４４１：１１１−１１４；ヘイズら（Ｈｅｙｅｓ  ｅｔ  ａｌ．）Ｊ  Ｃｏｎｔｒ  Ｒｅｌ．２００５  １０７：２７６−２８７；センプルら（Ｓｅｍｐｌｅ  ｅｔ  ａｌ．）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．２０１０  ２８：１７２−１７６；ジャッジら（Ｊｕｄｇｅ  ｅｔ
ａｌ．）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ．２００９  １１９：６６１−６７３；デフージュロル（ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００８  １９：１２５−１３２；米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１２２１０４およびＵＳ２０１３０３０３５８７を参照；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。ホイーラら（Ｗｈｅｅｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）による元の製造方法は洗浄剤透析方法であって、それはジェフら（Ｊｅｆｆｓ  ｅｔ  ａｌ．）によって後に改善され、自発的小胞形成方法と呼ばれる。リポソーム製剤は、ポリヌクレオチドに加えて３から４つの脂質構成要素で構成される。一例として、ジェフら（Ｊｅｆｆｓ  ｅｔ  ａｌ．）によって記載されるように、リポソームは、限定するものではないが、５５％コレステロール、２０％ジステロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、１０％ＰＥＧ−Ｓ−ＤＳＧ、および１５％１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）を含有することができる。別の例として、その内容は本願明細書に完全に援用する、ヘイズら（Ｈｅｙｅｓ  ｅｔ
ａｌ．）によって記載されるように、ある特定のリポソーム製剤は、限定するものではないが、４８％コレステロール、２０％ＤＳＰＣ、２％ＰＥＧ−ｃ−ＤＭＡおよび３０％カチオン性脂質を含有することができ、ここで、カチオン性脂質は１，２−ジステアリルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＤＭＡまたは１，２−ジリノレニルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｅｎＤＭＡ）であってもよい。
【０６１９】
一部の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１４００６５２２８号の方法に記載され、それによって作製されるＳＮＡＬＰ粒子の構成要素として製剤化され得、粒子中に存在する全脂質の５０モル％から６５モル％を占めるカチオン性脂質；粒子中に存在する全脂質の最高４９．５モル％を占め、リン脂質およびコレステロールまたはその誘導体の混合物を備えている非カチオン性脂質であって、このコレステロールまたはその誘導体は粒子中に存在する全脂質の３０モル％から４０モル％を占める非カチオン性脂質；ならびに、粒子中に存在する全脂質の０．５モル％から２モル％を占める、粒子の集合を抑制するコンジュゲート脂質をさらに含む。
【０６２０】
一部の実施形態では、リポソーム製剤は、約２５．０％のコレステロールから約４０．０％のコレステロール、約３０．０％のコレステロールから約４５．０％のコレステロール、約３５．０％のコレステロールから約５０．０％のコレステロールおよび／または約４８．５％のコレステロールから約６０％のコレステロールを備えることができる。好ましい実施形態では、製剤は、２８．５％、３１．５％、３３．５％、３６．５％、３７．０％、３８．５％、３９．０％および４３．５％からなる群から選択されるコレステロールの百分率を備えることができる。一部の実施形態では、製剤は、約５．０％から約１０．０％のＤＳＰＣおよび／または約７．０％から約１５．０％のＤＳＰＣを備えることができる。
【０６２１】
一実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１つの免疫原または任意の他の目的のポリペプチドをコードすることができるポリヌクレオチドを送達するように形成されてよい、リポソームを含むことができる。ポリヌクレオチドはリポソームによって封入され得、および／または、それは水性コアに含有されてよく、水性コアは次にリポソームによって封入され得る（国際公開番号ＷＯ２０１２０３１０４６、ＷＯ２０１２０３１０４３、ＷＯ２０１２０３０９０１およびＷＯ２０１２００６３７８ならびに米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１８９３５１、ＵＳ２０１３０１９５９６９およびＵＳ２０１３０２０２６８４を参照；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。
【０６２２】
一実施形態では、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１４０５４０２６に記載のように、医薬組成物は、ジステアロイルホスホコリン（ＤＳＰＣ）およびジステアロイルホスファチジルエタノールアミン−ｍ−ポリエチレングリコール（ＤＳＰＥ−ｍ−ＰＥＧ）からなるリポソームシェルを備えているリポソームを含むことができる。
【０６２３】
別の実施形態では、リポソームは標的化送達のために製剤化されてよい。非限定例として、リポソームは、肝臓への標的化送達のために製剤化されてよい。標的化送達のために使用されるリポソームには、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９５９６７およびそこに記載されるリポソーム作製方法に記載されるリポソームが含まれてよい。非限定例では、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９５９６７により、ポリヌクレオチドは、ポリアミン；および脂質構成要素をさらに備えるリポソームで製剤化され得；ここで、脂質構成要素は中性リン脂質を備えるがカチオン性脂質を本質的に備えず、ポリヌクレオチドおよび脂質構成要素は、その内容は本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９５９６７に記載のようにある特定の比で存在し、リポソームは、直径３０から５００ナノメートルである。
【０６２４】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願第２０１４００６５２０４号に記載され、その方法によって作製されるリポソームで製剤化され得る。
【０６２５】
一実施形態では、例えば免疫応答を刺激するために、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１４９０４５の組成物および方法により、リポソームワクチン組成物で製剤化され得る。
【０６２６】
別の実施形態では、免疫原をコードすることができるポリヌクレオチドが、カチオン性水中油型乳剤で製剤化されてよく、そこでは、乳剤粒子は、オイルコアおよび乳剤粒子に分子をアンカーするポリヌクレオチドと相互作用することができるカチオン性脂質を備える（国際公開番号ＷＯ２０１２００６３８０を参照；本願明細書に完全に援用する）。
【０６２７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、親水相が分散させられる連続疎水相を備えている油中水型乳剤で製剤化されてよい。非限定例として、乳剤は、本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１０８７７９１に記載される方法によって作製され得る。
【０６２８】
別の実施形態では、脂質製剤は、少なくともカチオン性脂質、トランスフェクションを増強することができる脂質、および脂質部分に連結している親水性頭基を含有する少なくとも１つの脂質を含むことができる（国際公開番号ＷＯ２０１１０７６８０７および米国特許出願公開第２０１１０２００５８２号；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。別の実施形態では、免疫原をコードするポリヌクレオチドは、官能化された脂質二重層
の間で架橋を有することができる脂質小胞で製剤化され得る（その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１２０１７７７２４号を参照）。
【０６２９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０８６５２６に記載のように、リポソームで製剤化されてよい。ポリヌクレオチドは、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０８６５２６に記載されるように、逆ｐＨ勾配および／または最適化内部緩衝組成物を使用して、リポソームに封入されてよい。
【０６３０】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、イオン化脂質を備えているリポソームで送達され得る。非限定例として、イオン化脂質は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１４９１４０および米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０３３０４０１に記載されるイオン化脂質の式のいずれかであってよい。
【０６３１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００８０４２９７３および米国特許番号ＵＳ８６４２０７６に記載される核酸ベースの療法を使用して投与され得る。非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００８０４２９７３に記載のように、リポソームおよびリポプレックスなどの連合体によって投与されてよい。別の非限定例として、リポソームまたはリポプレックスは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２００８０４２９７３および米国特許番号ＵＳ８６４２０７６に記載されるポリアミン化合物または脂質部分を含むことができる。さらに別の非限定例として、リポソームまたはリポプレックスは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許番号ＵＳ８６４２０７６の式（ＸＶ）によって記載されるポリアミン化合物または脂質部分を含むことができる。
【０６３２】
一実施形態では、医薬組成物は、限定するものではないが、ＤｉＬａ２リポソーム（マリナバイオテック（Ｍａｒｉｎａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ワシントン州ボセル（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ））、ＳＭＡＲＴＩＣＬＥＳ（登録商標）（マリナバイオテック（Ｍａｒｉｎａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ワシントン州ボセル（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ））、中性ＤＯＰＣ（１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン）ベースのリポソーム（例えば、卵巣がんのためのｓｉＲＮＡ送達（ランデンら（Ｌａｎｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ＆  Ｔｈｅｒａｐｙ  ２００６  ５（１２）１７０８−１７１３）；本願明細書に完全に援用する）、およびヒアルロナンでコーティングされたリポソーム（クワイエットセラプティックス（Ｑｕｉｅｔ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、イスラエル（Ｉｓｒａｅｌ））などのリポソームで製剤化されてよい。
【０６３３】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、αｖβ３インテグリン受容体を標的化することができるリポソーム、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、欧州特許番号ＥＰ１４０４８６０に記載されるリポソームで製剤化されてよい。
【０６３４】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、両性リポソーム、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許番号ＵＳ８５８０２９７に記載される両性脂質を備えているリポソームで製剤化されてよい。両性リポソームの非限定例および両性リポソームを作製する方法は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１４００５６９７０号にも記載される。
【０６３５】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの製剤化および／または送達のためのリポソームは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００４４
７７２に記載される装置および／または方法を使用して作製され得る。非限定例として、本方法は、第１のリザーバーで緩衝溶液を、第２のリザーバーで脂質溶液を提供し、リポソームが生成されるまでミキシングチャンバーで脂質溶液を緩衝溶液で連続的に希釈することを含むことができる。脂質溶液は、有機溶媒、例えば、限定するものではないが、低級アルカノールを備えることもできる（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００４４７７２でマクラクランら（Ｍａｃｌａｃｈｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．）によって記載される方法を参照）。
【０６３６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの製剤化および／または送達のためのリポソームは、内部構造化自己集合リポソーム（ＩＳＳＡＬ）であってよい。非限定例として、ＩＳＳＡＬは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０２６２８４に記載されるＩＳＳＡＬのいずれかであってよい。一実施形態では、ＩＳＳＡＬは、第１の親和性増強分子を備えている核コア分子または複合体および核コア分子または複合体を包含するリポソームを備える（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０２６２８４を参照）。
【０６３７】
一実施形態では、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０５２６３４に記載のように、本発明のポリヌクレオチドは、リポソームによって封入されるナノ沈殿生体活性化合物を含む送達系複合体を備えている製剤中にあってよい。
【０６３８】
一実施形態では、カチオン性脂質は、低分子量カチオン性脂質、例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願第２０１３００９０３７２号、第２０１３０２７４５０４号および第２０１３０２７４５２３号に記載されるものであってよい。
【０６３９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、官能化された脂質二重層の間で架橋を有することができる脂質小胞で製剤化されてよい。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、カチオン性脂質を備えているリポソームで製剤化されてよい。本願明細書に完全に援用する国際公開番号ＷＯ２０１３００６８２５に記載されるように、リポソームは、ＲＮＡのリン酸に対するカチオン性脂質中の窒素原子の、１：１から２０：１の間のモル比（Ｎ：Ｐ比）を有することができる。別の実施形態では、リポソームは、２０：１を超えるまたは１：１未満のＮ：Ｐ比を有することができる。
【０６４０】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、脂質−ポリカチオン複合体で製剤化されてよい。脂質−ポリカチオン複合体の形成は、当技術分野で公知のおよび／または本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開第２０１２０１７８７０２号に記載される方法によって達成され得る。非限定例として、ポリカチオンは、カチオン性ペプチドまたはポリペプチド、例えば、限定するものではないが、ポリリシン、ポリオルニチンおよび／またはポリアルギニンおよび国際公開番号ＷＯ２０１２０１３３２６または米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１４２８１８に記載されるカチオン性ペプチドを含むことができ；各々は本願明細書に完全に援用する。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、中性脂質、例えば、限定するものではないが、コレステロールまたはジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）をさらに含むことができる脂質−ポリカチオン複合体で製剤化されてよい。
【０６４１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、アミノアルコールリピドイドで製剤化されてよい。本発明で使用され得るアミノアルコールリピドイドは、本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４５０，２９８号に記載される方法によって調製され得る。
【０６４２】
リポソーム製剤は、限定するものではないが、カチオン性脂質構成要素の選択、カチオン性脂質の飽和度、ペグ化の性質、全ての構成要素の比およびサイズなどの生物物理学的パラメータに影響され得る。センプルら（Ｓｅｍｐｌｅ  ｅｔ  ａｌ．）（センプルら（Ｓｅｍｐｌｅ  ｅｔ  ａｌ．）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．２０１０  ２８：１７２−１７６；本願明細書に完全に援用する）による１つの例では、リポソーム製剤は、５７．１％カチオン性脂質、７．１％ジパルミトイルホスファチジルコリン、３４．３％コレステロールおよび１．４％ＰＥＧ−ｃ−ＤＭＡで構成された。別の例として、カチオン性脂質の組成を変えることは、様々な抗原提示細胞にｓｉＲＮＡをより効果的に送達することができた（バーシャら（Ｂａｓｈａ  ｅｔ  ａｌ．）Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１１  １９：２１８６−２２００；本願明細書に完全に援用する）。一部の実施形態では、リポソーム製剤は、約３５から約４５％のカチオン性脂質、約４０％から約５０％のカチオン性脂質、約５０％から約６０％のカチオン性脂質および／または約５５％から約６５％のカチオン性脂質を備えることができる。一部の実施形態では、リポソーム中の脂質対ｍＲＮＡの比は、約５：１から約２０：１、約１０：１から約２５：１、約１５：１から約３０：１および／または少なくとも３０：１であってよい。
【０６４３】
一部の実施形態では、ＬＮＰ製剤の薬物動態および／または体内分布を変更するために、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）製剤中のＰＥＧの比が増加もしくは減少させられてよく、および／またはＰＥＧ脂質の炭素鎖長がＣ１４からＣ１８まで修飾されてもよい。非限定例として、ＬＮＰ製剤は、カチオン性脂質、ＤＳＰＣおよびコレステロールと比較して、約０．５％から約３．０％、約１．０％から約３．５％、約１．５％から約４．０％、約２．０％から約４．５％、約２．５％から約５．０％および／または約３．０％から約６．０％のＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧの脂質モル比を含有することができる。別の実施形態では、ＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧは、ＰＥＧ脂質、例えば、限定するものではないが、ＰＥＧ−ＤＳＧ（１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロール、メトキシポリエチレングリコール）、ＰＥＧ−ＤＭＧ（１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロール）および／またはＰＥＧ−ＤＰＧ（１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロール、メトキシポリエチレングリコール）で置き換えられてよい。カチオン性脂質は、当技術分野で公知の任意の脂質、例えば、限定するものではないが、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、Ｃ１２−２００およびＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡから選択されてよい。
【０６４４】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの脂質および少なくとも１つのアルブミン−ポリマーコンジュゲート（ＡＰＣ）を備える脂質ナノ粒子で製剤化されてよく、そこで、ポリマーは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１２１７０９３０に記載のように、少なくとも１つの正電荷のポリマーを備える。
【０６４５】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、脂質ナノ粒子、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１７７４２１に記載されるかまたはその方法で作製されるもので製剤化されてよい。
【０６４６】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、コレステロールおよびＰＥＧ脂質を備えることができる。脂質ナノ粒子の構成要素は、送達経路および所望の成果に基づいて、ポリヌクレオチドの最適な送達のために調整され得る。非限定例として、脂質ナノ粒子は、４０〜６０％カチオン性脂質、８〜１６％非カチオン性脂質、３０〜４５％コレステロールおよび１〜５％ＰＥＧ脂質を備えることができる。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％カチオン性脂質、１０％非カチオン性脂質、３８．５％コレステロールおよび１．５％ＰＥＧ脂質を備えることができる。さらに別の非限定例として、４０〜６０％のカチオン性脂質は、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡまたはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡであってよく、８〜１５％の非カチオン性脂質はＤＳＰＣまたはＤＯＰＥであってよく、１〜５％のＰＥＧ脂質はＰＥＧ２０
００−ＤＭＧまたはアニオン性ｍＰＥＧ−ＤＳＰＣであってよく、脂質ナノ粒子は３０〜４５％のコレステロールを備えることができる。脂質ナノ粒子は、限定するものではないが、ｐＨ７のクエン酸またはリン酸、塩および／または糖などの緩衝液をさらに備えることができる。塩および／または糖は、等張性のために本明細書に記載される製剤に含まれてよい。
【０６４７】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５：１、１０：１、１５：１、２０：１、２５：１、３０：１、３５：１、４０：１、４５：１または５０：１の脂質：ｍＲＮＡ重量比でポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）を備えることができる。非限定例として、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、２０：１の脂質：ｍＲＮＡ重量比でｍＲＮＡを備えることができる。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、４０〜６０％のカチオン性脂質（例えば、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡまたはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、８〜１５％の非カチオン性脂質（例えば、ＤＳＰＣまたはＤＯＰＥ）、３０〜４５％のコレステロールおよび１〜５％のＰＥＧ脂質（例えば、ＰＥＧ２０００−ＤＭＧまたはアニオン性ｍＰＥＧ−ＤＳＰＣ）を備える。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質（例えば、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡまたはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、１０％の非カチオン性脂質（例えば、ＤＳＰＣまたはＤＯＰＥ）、３８．５％のコレステロールおよび１．５％のＰＥＧ脂質（例えば、ＰＥＧ２０００−ＤＭＧ）を備える。
【０６４８】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドおよび脂質ナノ粒子を備えている製剤は、０．１５ｍｇ／ｍｌから２ｍｇ／ｍｌの本明細書に記載されるポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）、５０％カチオン性脂質（例えば、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、３８．５％コレステロール、１０％非カチオン性脂質（例えば、ＤＳＰＣ）、１．５％ＰＥＧ脂質（例えば、ＰＥＧ−２Ｋ−ＤＭＧ）、１０ｍＭのクエン酸緩衝液を備えることができ、製剤は、９％ｗ／ｗのスクロースをさらに備えることができる。
【０６４９】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、非拡散性ＰＥＧであるＰＥＧ脂質を備えることができる。非拡散性ＰＥＧの非限定例には、ＰＥＧ−ＤＳＧおよびＰＥＧ−ＤＳＰＥが含まれる。非限定例として、ＰＥＧ脂質を備える脂質ナノ粒子は、４０〜６０％のカチオン性脂質（例えば、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡまたはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、８〜１５％の非カチオン性脂質（例えば、ＤＳＰＣまたはＤＯＰＥ）、３０〜４５％のコレステロールおよび０．５〜１０％のＰＥＧ脂質（例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧまたはＰＥＧ−ＤＳＰＥ）を備える。別の非限定例として、ＰＥＧ脂質を備える脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質（例えば、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡまたはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、１０％の非カチオン性脂質（例えば、ＤＳＰＣまたはＤＯＰＥ）、３９．５％、３８．５％、３５％または３０％のコレステロールおよび０．５％、１．５％、５％または１０％のＰＥＧ脂質（例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧまたはＰＥＧ−ＤＳＰＥ）を備える。
【０６５０】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３９．５％コレステロールおよび０．５％ＰＥＧ−ＤＳＧを備えることができる。一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３９．５％コレステロールおよび０．５％ＰＥＧ−ＤＳＰＥを備えることができる。
【０６５１】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３８．５％コレステロールおよび１．５％ＰＥＧ−ＤＳＧを備えることができる。一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３８．５％コレステロールおよび１．５％ＰＥＧ
−ＤＳＰＥを備えることができる。
【０６５２】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３５％コレステロールおよび５％ＰＥＧ−ＤＳＧを備えることができる。一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３５％コレステロールおよび５％ＰＥＧ−ＤＳＰＥを備えることができる。
【０６５３】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３９．５％コレステロールおよび０．５％ＰＥＧ−ＤＳＧを備えることができる。一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、５０％ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％ＤＳＰＣ、３０％コレステロールおよび１０％ＰＥＧ−ＤＳＰＥを備えることができる。
【０６５４】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを、概ね０．１ｍｇ／ｍｌから２ｍｇ／ｍｌ、例えば、限定するものではないが、０．１ｍｇ／ｍｌ、０．２ｍｇ／ｍｌ、０．３ｍｇ／ｍｌ、０．４ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、０．６ｍｇ／ｍｌ、０．７ｍｇ／ｍｌ、０．８ｍｇ／ｍｌ、０．９ｍｇ／ｍｌ、１．０ｍｇ／ｍｌ、１．１ｍｇ／ｍｌ、１．２ｍｇ／ｍｌ、１．３ｍｇ／ｍｌ、１．４ｍｇ／ｍｌ、１．５ｍｇ／ｍｌ、１．６ｍｇ／ｍｌ、１．７ｍｇ／ｍｌ、１．８ｍｇ／ｍｌ、１．９ｍｇ／ｍｌ、２．０ｍｇ／ｍｌまたは２．０ｍｇ／ｍｌを超える濃度で備えることができる。
【０６５５】
一実施形態では、本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、製剤および／またはポリヌクレオチドの保存安定性を改善するために、凍結乾燥され得る。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、脂質ナノ粒子、例えば、本願明細書に完全に援用する国際公開番号ＷＯ２０１２１７０９３０に記載されるもので製剤化されてよい。
【０６５６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドを備えている製剤は、少なくとも１つの脂質を備えることができるナノ粒子である。脂質は、限定するものではないが、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ、９８Ｎ１２−５、Ｃ１２−２００、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡ、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ペグ化脂質およびアミノアルコール脂質から選択され得る。別の態様では、脂質は、カチオン性脂質、例えば、限定するものではないが、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｄ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡおよびアミノアルコール脂質であってよい。アミノアルコールカチオン性脂質は、本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１５０６２５に記載される、および／またはそこに記載の方法によって作製される脂質であってよい。非限定例として、カチオン性脂質は、２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５中の化合物１）；２−アミノ−３−［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５中の化合物２）；２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−［（オクチルオキシ）メチル］プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５中の化合物３）；および２−（ジメチルアミノ）−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５中の化合物４）；または任意の薬学的に許容されるその塩または立体異性体であってよい。
【０６５７】
一実施形態では、カチオン性脂質は、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の段落［０００４４４］に記載されるカチオン性脂質から選択され得る。
【０６５８】
一実施形態では、脂質は切断可能な脂質、例えば、本願明細書に完全に援用する国際公開番号ＷＯ２０１２１７０８８９に記載されるものであってよい。
別の実施形態では、脂質は、カチオン性脂質、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願番号ＵＳ２０１３００６４８９４の式（Ｉ）であってよい。
【０６５９】
一実施形態では、カチオン性脂質は、当技術分野で公知の、および／または、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１２０４０１８４、ＷＯ２０１１１５３１２０、ＷＯ２０１１１４９７３３、ＷＯ２０１１０９０９６５、ＷＯ２０１１０４３９１３、ＷＯ２０１１０２２４６０、ＷＯ２０１２０６１２５９、ＷＯ２０１２０５４３６５、ＷＯ２０１２０４４６３８、ＷＯ２０１００８０７２４、ＷＯ２０１０２１８６５、ＷＯ２０１３０８６３７３およびＷＯ２０１３０８６３５４に記載される方法によって合成され得る。
【０６６０】
別の実施形態では、カチオン性脂質は、トリアルキルカチオン性脂質であってよいトリアルキルカチオン性脂質の非限定例ならびにトリアルキルカチオン性脂質の作製および使用方法は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１２６８０３に記載される。
【０６６１】
一実施形態では、カチオン性脂質は、リンカー構造によって接続される正電荷の親水性頭部および疎水性のテールを有することができる。非限定例として、親水性頭基は、一級、二級、三級アミンまたは四級アンモニウム塩であってよい。別の非限定例として、脂質は、グアニジノ、イミダゾール、ピリジニウム、リンおよびヒ素基を有することができる。
【０６６２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤化および／または送達で使用され得る脂質または複数の脂質は、限定するものではないが、１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、コレステロール、Ｎ−［１−（２，３−ジオレイルオキシ）プロピル］Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）、１，２−ジオレイルオキシ−３−トリメチルアンモニウム−プロパン（ＤＯＴＡＰ）、ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン（ＤＯＧＳ）、Ｎ−（３−アミノプロピル）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，３−ビス（ドデシルオキシ）−１−プロパナミニウムブロミド（ＧＡＰ−ＤＬＲＩＥ）、臭化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、６−ラウロキシヘキシルオルニチネート（ＬＨＯＮ）、１−（２，３−ジオレオロキシプロピル）２，４，６−トリメチルピリジニウム（２Ｏｃ）、２，３−ジオレイルオキシ−Ｎ−［２（スペルミンカルボキシアミド）−エチル］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−プロパナミニウムトリフルオロアセテート（ＤＯＳＰＡ）、１，２−ジオレイル−３−トリメチルアンモニウム−プロパン（ＤＯＰＡ）、Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，３−ビス（テトラデシルオキシ）−１−プロパナミニウムブロミド（ＭＤＲＩＥ）、ジミリストオキシプロピルジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド（ＤＭＲＩ）、３β−［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル］コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）、ビス−グアニジウム−トレン−コレステロール（ＢＧＴＣ）、１，３−ジオレオキシ−２−（６−カルボキシ−スペルミル）−プロピルアミド（ＤＯＳＰＥＲ）、ジメチルオクタデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、ジオ
クタデシルアミドグリシルスペルミジン（ＤＳＬ）、ｒａｃ−［（２，３−ジオクタデシルオキシプロピル）（２−ヒドロキシエチル）］−ジメチルアンモニウムクロリド（ＣＬＩＰ−１）、ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピル−オキシメチルオキシ）エチル］トリメチルアンモニウムクロリド（ＣＬＩＰ−６）、エチルジミリストイルホスファチジルコリン（ＥＤＭＰＣ）、１，２−ジステアリルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、１，２−ジミリストイル−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＭＴＡＰ）、Ｏ，Ｏ’−ジミリスチル−Ｎ−リシルアスパルテート（ＤＭＫＥ）、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−エチルホスホコリン（ＤＳＥＰＣ）、Ｎ−パルミトイル−Ｄ−エリトロ−スピンゴシルカルバモイル−スペルミン（ＣＣＳ）、Ｎ−ｔ−ブチル−Ｎｏ−テトラデシル−３−テトラデシルアミノプロピオンアミジン（ｄｉＣ１４−アミジン）、オクタデセノリオキシ［エチル−２−ヘプタデセニル−３ヒドロキシエチル］イミダゾリニウムクロリド（ＤＯＴＩＭ）、Ｎ１−コレステリルオキシカルボニル−３，７−ジアザノナン−１，９−ジアミン（ＣＤＡＮ）および２−（３−［ビス−（３−アミノ−プロピル）−アミノ］プロピルアミノ）−Ｎ−ジテトラデシルカルバモイル−メチル−アセトアミド（ＲＰＲ２０９１２９０）であってよい。
【０６６３】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤および送達剤で使用され得るカチオン性脂質は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００３９０３２の式（Ｉ）によって表され得る。非限定例として、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００３９０３２の式（Ｉ）を有するカチオン性脂質は、核酸分子（例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチド）を送達するための脂質ナノ粒子で使用され得る。
【０６６４】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤および／または送達で使用され得る脂質は、切断可能な脂質であってよい。非限定例として、切断可能な脂質および／または切断可能な脂質を備える医薬組成物は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１７０８８９に記載のものであってよい。別の非限定例として、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１７０８８９に記載のように、切断可能な脂質は、ＨＧＴ４００１、ＨＧＴ４００２、ＨＧＴ４００３、ＨＧＴ４００４および／またはＨＧＴ４００５であってよい。
【０６６５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤および／または送達で使用され得るポリマーは、限定するものではないが、ポリ（エチレン）グリコール（ＰＥＧ）、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、ジチオビス（スクシンイミジルプロピオン酸）（ＤＳＰ）、ジメチル−３，３’−ジチオビスプロピオンイミデート（ＤＴＢＰ）、ポリ（エチレンイミン）ビスカーバメート（ＰＥＩＣ）、ポリ（Ｌ−リシン）（ＰＬＬ）、ヒスチジン修飾ＰＬＬ、ポリ（Ｎ−ビニルピロリドン）（ＰＶＰ）、ポリ（プロピレンイミン（ＰＰＩ）、ポリ（アミドアミン）（ＰＡＭＡＭ）、ポリ（アミドエチレンイミン）（ＳＳ−ＰＡＥＩ）、トリエチレンテトラミン（ＴＥＴＡ）、ポリ（β−アミノエステル）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロインエステル）（ＰＨＰ）、ポリ（アリルアミン）、ポリ（α−［４−アミノブチル］−Ｌ−グリコール酸（ＰＡＧＡ）、ポリ（Ｄ，Ｌ−乳酸−ｃｏ−グリコリド酸（ＰＬＧＡ）、ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド）、ポリ（ホスファゼン）（ＰＰＺ）、ポリ（リン酸エステル）（ＰＰＥ）、ポリ（ホスホロアミデート）（ＰＰＡ）、ポリ（Ｎ−２−ヒドロキシプロピルメタクリルアミド）（ｐＨＰＭＡ）、ポリ（２−（ジメチルアミノ）エチルメタクリレート）（ｐＤＭＡＥＭＡ）、ポリ（２−アミノエチルプロピレンホスフェート）ＰＰＥ＿ＥＡ）、キトサン、ガラクトシル化キトサン、Ｎ−ドデシル化キトサン、ヒストン、コラーゲンおよびデキストラン−スペルミンであってよい。一実施形態では、ポリマーは、限定するものではないが、ＰＥＧなどの不活性のポリマーであってよい。一実施形態では、ポリマーは、限定するものではないが、ＰＥＩ、ＰＬＬ、ＴＥＴＡ、ポリ（アリルアミン）、ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド）、ｐＨＰＭＡおよびｐＤＭＡＥＭＡなどのカチオン性
ポリマーであってよい。一実施形態では、ポリマーは、限定するものではないが、ＤＳＰ、ＤＴＢＰおよびＰＥＩＣなどの生分解性ＰＥＩであってよい。一実施形態では、ポリマーは、限定するものではないが、ヒスチン修飾ＰＬＬ、ＳＳ−ＰＡＥＩ、ポリ（β−アミノエステル）、ＰＨＰ、ＰＡＧＡ、ＰＬＧＡ、ＰＰＺ、ＰＰＥ、ＰＰＡおよびＰＰＥ−ＥＡなどのように生分解性であってよい。
【０６６６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドのＬＮＰ製剤は、３％の脂質モル比でＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧを含有することができる。別の実施形態では、ＬＮＰ製剤ポリヌクレオチドは、１．５％の脂質モル比でＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧを含有することができる。
【０６６７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドの医薬組成物は、本願明細書に援用する国際公開番号ＷＯ２０１２０９９７５５に記載されるペグ化された脂質の、少なくとも１つを含むことができる。
【０６６８】
一実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ  ２０００（１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン−Ｎ−［メトキシ（ポリエチレングリコール）−２０００）を含有することができる。一実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ  ２０００、当技術分野で公知であるカチオン性脂質、および少なくとも１つの他の構成要素を含有することができる。別の実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ
２０００、当技術分野で公知であるカチオン性脂質、ＤＳＰＣおよびコレステロールを含有することができる。非限定例として、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ  ２０００、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＳＰＣおよびコレステロールを含有することができる。別の非限定例として、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ  ２０００、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＳＰＣおよびコレステロールを２：４０：１０：４８のモル比で含有することができる（例えば、ゲオールら（Ｇｅａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．）、自己増幅ＲＮＡワクチンの非ウイルス性送達（Ｎｏｎｖｉｒａｌ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｓｅｌｆ−ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ  ＲＮＡ  ｖａｃｃｉｎｅｓ）、ＰＮＡＳ  ２０１２；ＰＭＩＤ：２２９０８２９４を参照；本願明細書に完全に援用する）。
【０６６９】
一実施形態では、ＬＮＰ製剤は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１１１２７２５５またはＷＯ２００８１０３２７６に記載される方法によって製剤化され得る。非限定例として、ＷＯ２０１１１２７２５５および／またはＷＯ２００８１０３２７６に記載されているように、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ＬＮＰ製剤に封入され得る；各々は本願明細書に完全に援用する。別の非限定例として、米国特許出願公開第２０１２０２０７８４５号および国際公開番号ＷＯ２０１４００８３３４に記載されているように、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、非経口経路によって送達されるナノ粒子で製剤化され得る；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６７０】
一実施形態では、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１２０２０７８４５に記載されているように、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、非経口経路によって送達されるナノ粒子で製剤化され得る；その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６７１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１５６８４５または国際公開番号ＷＯ２０１３０９３６４８もしくはＷＯ２０１２０２４５２６に記載される方法によって作製された脂質ナノ粒子で製剤化されてよい。
【０６７２】
本明細書に記載される脂質ナノ粒子は、本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１６４４００に記載の系および／または方法によって、無菌環境で作
製され得る、
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを送達するために使用され得る脂質ナノ粒子は、モートンら（Ｍｏｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）（受注生産のナノ医薬のスケーラブルな製造：ＰＲＩＮＴナノ粒子の噴霧支援レイヤー−バイ−レイヤー官能化（Ｓｃａｌａｂｌｅ  Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｅ  ｏｆ  Ｂｕｉｌｔ−ｔｏ−Ｏｒｄｅｒ  Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ：Ｓｐｒａｙ  Ａｓｓｉｓｔｅｄ  Ｌａｙｅｒ−ｂｙ−ｌａｙｅｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＰＲＩＮＴ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ）、Ａｄｖ．Ｍａｔ．２０１３、２５、４７０７−４７１３；その内容は本願明細書に完全に援用する）によって記載されるように、非湿潤鋳型で粒子複製（ＰＲＩＮＴ）型のナノ粒子であってよい。所望の組成、サイズ、形状および表面官能性を有することができる均一なナノ粒子を生成するために、ＰＲＩＮＴナノ粒子は、モートンら（Ｍｏｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）によって概説される方法によって製造されてよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ＰＲＩＮＴナノ粒子で製剤化されてよい。別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、がん細胞との標的化相互作用のために、ＰＲＩＮＴナノ粒子で製剤化されてよい。
【０６７３】
一実施形態では、ＬＮＰ製剤は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４９２，３５９号に記載の核酸−脂質粒子などのナノ粒子で製剤化されてよい。非限定例として、脂質粒子は、１つまたは複数の活性剤または治療剤；粒子中に存在する全脂質の約５０モル％から約８５モル％を占める１つまたは複数のカチオン性脂質；粒子中に存在する全脂質の約１３モル％から約４９．５モル％を占める１つまたは複数の非カチオン性脂質；ならびに、粒子中に存在する全脂質の約０．５モル％から約２モル％を占める、粒子の集合を抑制する１つまたは複数のコンジュゲート脂質を備えることができる。ナノ粒子中の核酸は、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知であるポリヌクレオチドであってよい。
【０６７４】
一実施形態では、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０２８４８７に記載されるように、脂質ナノ粒子は、アクリレートへのアルキルアミンの共役付加によって調製されるリピドイドを備えることができる。
【０６７５】
一実施形態では、ＬＮＰ製剤は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１１１２７２５５またはＷＯ２００８１０３２７６に記載される方法によって製剤化され得る。非限定例として、ＷＯ２０１１１２７２５５および／またはＷＯ２００８１０３２７６に記載されるように、本明細書に記載される修飾されたＲＮＡは、ＬＮＰ製剤に封入されてよく；各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６７６】
一実施形態では、本明細書に記載されるＬＮＰ製剤は、ポリカチオン性組成物を備えることができる。非限定例として、ポリカチオン性組成物は、米国特許出願公開番号ＵＳ２００５０２２２０６４の式１〜６０から選択され得る；その内容は本願明細書に完全に援用する。別の実施形態では、ポリカチオン性組成物を備えているＬＮＰ製剤は、本明細書に記載される修飾されたＲＮＡのｉｎ  ｖｉｖｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｔｒｏでの送達のために使用され得る。
【０６７７】
一実施形態では、本明細書に記載されるＬＮＰ製剤は、透過性エンハンサー分子をさらに備えることができる。非限定的な透過性エンハンサー分子は、米国特許出願公開番号ＵＳ２００５０２２２０６４に記載され；その内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６７８】
一実施形態では、医薬組成物は、限定するものではないが、ＤｉＬａ２リポソーム（マリナバイオテック（Ｍａｒｉｎａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ワシントン州ボセル（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ））、ＳＭＡＲＴＩＣＬＥＳ（登録商標）（マリナバイオテック（Ｍａｒｉｎ
ａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ワシントン州ボセル（Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ））、中性ＤＯＰＣ（１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン）ベースのリポソーム（例えば、卵巣がんのためのｓｉＲＮＡ送達（ランデンら（Ｌａｎｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ＆  Ｔｈｅｒａｐｙ  ２００６  ５（１２）１７０８−１７１３）；本願明細書に完全に援用する）、およびヒアルロナンでコーティングされたリポソーム（クワイエットセラプティックス（Ｑｕｉｅｔ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、イスラエル（Ｉｓｒａｅｌ））などのリポソームで製剤化されてよい。
【０６７９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１２０６０２９３に記載されるように、凍結乾燥ゲル相リポソーム組成物で製剤化されてよい。
【０６８０】
ナノ粒子製剤は、リン酸コンジュゲートを備えることができる。リン酸コンジュゲートは、ｉｎ  ｖｉｖｏ循環時間を増加させることおよび／またはナノ粒子の標的化送達を増加させることができる。本発明用のリン酸コンジュゲートは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際出願番号ＷＯ２０１３０３３４３８または米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９６９４８に記載される方法によって作製され得る。非限定例として、リン酸コンジュゲートは、本願明細書に完全に援用する国際出願番号ＷＯ２０１３０３３４３８に記載される式のいずれか１つの化合物を含むことができる。
【０６８１】
ナノ粒子製剤は、ポリマーコンジュゲートを備えることができる。ポリマーコンジュゲートは、水溶性コンジュゲートであってよい。ポリマーコンジュゲートは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願第２０１３００５９３６０号に記載されるような構造を有することができる。一態様では、本発明のポリヌクレオチドとのポリマーコンジュゲートは、本願明細書に完全に援用する米国特許出願第２０１３００７２７０９号に記載される方法および／またはセグメント化ポリマー試薬を使用して作製され得る。別の態様では、ポリマーコンジュゲートは、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９６９４８に記載のポリマーコンジュゲートなどのように、環部分を備えているペンダント側鎖基を有することができる。
【０６８２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、第１のリンカーを通してポリヌクレオチドに共有結合している疎水性ポリマーを備えている核酸コンジュゲートの一部であってよく、前記コンジュゲートは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０４７６４９に記載されるように、例えば、核酸をヌクレアーゼ消化に対して抵抗性にするために、疎水性コアおよび親水性シェルを有するナノ粒子状ミセルを形成する。
【０６８３】
ナノ粒子製剤は、対象で本発明のナノ粒子の送達を増強するために、コンジュゲートを備えることができる。さらに、コンジュゲートは、対象でナノ粒子の食作用性クリアランスを抑制することができる。一態様では、コンジュゲートは、ヒト膜タンパク質ＣＤ４７から設計された「自己」ペプチドであってよい（例えば、本願明細書に完全に援用する、ロドリゲスら（Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ  ｅｔ  ａｌ．）（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１３  ３３９、９７１−９７５）によって記載される「自己」粒子）。「自己」ペプチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の段落［０００４７１］〜［０００４７３］に記載される。
【０６８４】
一実施形態では、コンジュゲートは、肝臓へのポリヌクレオチドのコンジュゲート送達のためであってよい。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを送達するために、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３
０２４５０９１に記載されるコンジュゲート送達系が使用されてよい。
【０６８５】
一実施形態では、活性薬剤を送達するために、完全に援用する国際公開番号ＷＯ２０１３１３８３４６に記載されるポリマー−薬物コンジュゲートおよび式などの、非線状マルチブロックコポリマー−薬物コンジュゲートが使用されてよい。非限定例として、非線状マルチブロックコポリマーは、本明細書に記載されるポリヌクレオチドなどの核酸にコンジュゲートされてよい。別の非限定例として、非線状マルチブロックコポリマーは、眼内新生血管疾患を処置するために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドなどの核酸にコンジュゲートされてよい。
【０６８６】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，６５８，７３３号に記載される、およびそれに記載される方法で作製される単分散ポリマー粒子で製剤化され得る。
【０６８７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１４００５７１０９号に記載される、およびその方法で作製されるポリマー粒子で製剤化され得る。
【０６８８】
別の実施形態では、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１３１３８３４３に記載のように、ＨＩＦ−１阻害剤が、ポリマー−コンジュゲートなどの制御放出製剤にコンジュゲートされるかまたはその中に分散され得る。本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ＨＩＦ−１阻害剤をコードすることができ、ポリマー−コンジュゲートの制御放出製剤を使用して送達され得る。ＨＩＦ−１阻害剤を備えているポリマー−コンジュゲートは、限定するものではないが、がん、肥満および目の疾患、例えば湿性ＡＭＤなどの血管化と関連する疾患および／または障害を処置するために使用され得る。
【０６８９】
一実施形態では、リンパ節への標的化送達のために、アルブミン結合性脂質がカーゴ（例えば、ポリヌクレオチドおよびその製剤）にコンジュゲートされてよい。アルブミン結合性脂質およびそのコンジュゲートの非限定例は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１５１７７１に記載される。
【０６９０】
別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドおよび分解可能な連結を有することができるコンジュゲートを備えている医薬組成物。コンジュゲートの非限定例は、イオン化水素原子、スペーサー部分および水溶性ポリマーを備えている芳香族部分を含む。非限定例として、分解可能な連結を有するコンジュゲートを備えている医薬組成物およびそのような医薬組成物を送達するための方法は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１８４４４３に記載される。
【０６９１】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドを備えている医薬組成物は、可逆的ジスルフィドリンカーを有するナノ粒子、リポソーム、ポリマー、薬剤およびタンパク質を含有する。非限定例では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１４００８１０１２号に記載される連結を通して、送達ビヒクルに可逆的に連結され得る。
【０６９２】
ナノ粒子製剤は、炭水化物担体およびポリヌクレオチドを備えている炭水化物ナノ粒子であってよい。非限定例として、炭水化物担体には、限定するものではないが、無水物修飾フィトグリコーゲンまたはグリコーゲン型材料、フィトグリコーゲンオクテニルスクシネート、フィトグリコーゲンベータ−デキストリン、無水物修飾フィトグリコーゲンベータ−デキストリンが含まれてよい。（例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する
、国際公開番号ＷＯ２０１２１０９１２１または米国特許出願公開第２０１４００６６３６３を参照）。粒子の送達を改善するために、本発明のナノ粒子製剤は、界面活性剤またはポリマーでコーティングされてよい。一実施形態では、ナノ粒子は、親水性コーティング、例えば、限定するものではないが、ＰＥＧコーティングおよび／または中性の表面電荷を有するコーティングでコーティングされてよい。親水性コーティングは、より大きなペイロードを有するナノ粒子、例えば、限定するものではないが、ポリヌクレオチドを、中枢神経系内で送達するのを助けることができる。非限定例として、親水性コーティングを備えているナノ粒子およびそのようなナノ粒子を作製する方法は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１８３２４４に記載される。
【０６９３】
一実施形態では、本発明の脂質ナノ粒子は、親水性ポリマー粒子であってよい。親水性ポリマー粒子の非限定例および親水性ポリマー粒子を作製する方法は、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０２１０９９１および米国特許出願公開第２０１４００７３７３８号および第２０１４００７３７１５号に記載され、各々の内容は本願明細書に完全に援用する。
【０６９４】
別の実施形態では、本発明の脂質ナノ粒子は、疎水性ポリマー粒子であってよい。
脂質ナノ粒子製剤は、急速排除脂質ナノ粒子（ｒｅＬＮＰ）として公知である生分解性カチオン性脂質でカチオン性脂質を置き換えることによって、改善され得る。イオン化カチオン性脂質、例えば、限定するものではないが、ＤＬｉｎＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡおよびＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡは、血漿および組織の中に経時的に蓄積することが示されており、毒性の潜在的供与源であり得る。急速排除脂質の急速代謝は、ラットで、脂質ナノ粒子の耐容性および治療指数を、１ｍｇ／ｋｇ用量から１０ｍｇ／ｋｇ用量に１桁改善することができる。酵素分解エステル連結の組入れは、ｒｅＬＮＰ製剤の活性を維持しつつも、カチオン性構成要素の分解および代謝プロファイルを改善することができる。エステル連結は脂質鎖の中の内部に位置することができるか、またはそれは脂質鎖の末端に最後に位置することができる。内部エステル連結は、脂質鎖の任意の炭素を置き換えることができる。
【０６９５】
一実施形態では、内部エステル連結は、飽和炭素のいずれの側にも位置することができる。
一実施形態では、ナノ種、ポリマーおよび免疫原を含むことができる脂質ナノ粒子を送達することによって、免疫応答が導き出され得る。（米国特許出願公開第２０１２０１８９７００号および国際公開番号ＷＯ２０１２０９９８０５；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。ポリマーはナノ種を封入することができるか、またはナノ種を部分的に封入することができる。免疫原は、本明細書に記載される組換えタンパク質、修飾されたＲＮＡおよび／またはポリヌクレオチドであってよい。一実施形態では、脂質ナノ粒子は、限定するものではないが病原体などに対するワクチンで使用するために製剤化され得る。
【０６９６】
脂質ナノ粒子は、脂質ナノ粒子が粘膜障壁を透過することができるように、粒子の表面性質を変更するように工学的に操作され得る。粘膜障壁および粘液が位置する領域を透過する脂質ナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０２７０７７（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に、例えば段落［０００４９１］〜［０００５０１］に記載される。
【０６９７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、リポプレックスとして、例えば、限定するものではないが、サイレンスセラプティックス（Ｓｉｌｅｎｃｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（英国ロンドン（Ｌｏｎｄｏｎ、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｋｉｎｇｄｏｍ））からのＡＴＵＰＬＥＸ（商標）系、ＤＡＣＣ系、ＤＢＴＣ系および他のｓｉＲＮＡ−リポプレックス技術、
ＳＴＥＭＧＥＮＴ（登録商標）（マサチューセッツ州ケンブリッジ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ））からのＳＴＥＭＦＥＣＴ（商標）、ならびに核酸のポリエチレンイミン（ＰＥＩ）またはプロタミンベースの標的化および非標的化送達で製剤化される（アレクら（Ａｌｅｋｕ  ｅｔ  ａｌ．）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２００８  ６８：９７８８−９７９８；ストラムベルグら（Ｓｔｒｕｍｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．）Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ  ２０１２  ５０：７６−７８；サンテルら（Ｓａｎｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ２００６  １３：１２２２−１２３４；サンテルら（Ｓａｎｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ２００６  １３：１３６０−１３７０；グトビアら（Ｇｕｔｂｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｕｌｍ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１０  ２３：３３４−３４４；カウフマンら（Ｋａｕｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．）Ｍｉｃｒｏｖａｓｃ  Ｒｅｓ  ２０１０  ８０：２８６−２９３；ウェイドら（Ｗｅｉｄｅ  ｅｔ  ａｌ．）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２００９  ３２：４９８−５０７；ウェイドら（Ｗｅｉｄｅ  ｅｔ  ａｌ．）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２００８
３１：１８０−１８８；パスコロ（Ｐａｓｃｏｌｏ）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．４：１２８５−１２９４；フォチン−ムレチェクら（Ｆｏｔｉｎ−Ｍｌｅｃｚｅｋ  ｅｔ  ａｌ．）、２０１１  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３４：１−１５；ソングら（Ｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５、２３：７０９−７１７；ピアら（Ｐｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７  ６；１０４：４０９５−４１００；デフージュロル（ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００８  １９：１２５−１３２；その全ては本願明細書に完全に援用する）。
【０６９８】
一実施形態では、肝細胞、免疫細胞、腫瘍細胞、内皮細胞、抗原提示細胞および白血球を非限定的に含む異なる細胞型に、それらがｉｎ  ｖｉｖｏで受動的または能動的に向かうように、そのような製剤がまた構築されるかまたは組成物が変更され得る（アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１０  １８：１３５７−１３６４；ソングら（Ｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５  ２３：７０９−７１７；ジャッジら（Ｊｕｄｇｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ．２００９  １１９：６６１−６７３；カウフマンら（Ｋａｕｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｉｃｒｏｖａｓｃ  Ｒｅｓ  ２０１０  ８０：２８６−２９３；サンテルら（Ｓａｎｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ２００６  １３：１２２２−１２３４；サンテルら（Ｓａｎｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ２００６  １３：１３６０−１３７０；グトビアら（Ｇｕｔｂｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｕｌｍ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１０  ２３：３３４−３４４；バーシャら（Ｂａｓｈａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１１  １９：２１８６−２２００；フェンスクおよびクリス（Ｆｅｎｓｋｅ  ａｎｄ  Ｃｕｌｌｉｓ）、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ
Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．２００８  ５：２５−４４；ピアら（Ｐｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００８  ３１９：６２７−６３０；ピアおよびリーベルマン（Ｐｅｅｒ  ａｎｄ  Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２０１１  １８：１１２７−１１３３；その全ては本願明細書に完全に援用する）。肝細胞への製剤の受動標的化の１つの例は、アポリポタンパク質Ｅに結合して、これらの製剤の肝細胞への結合および取り込みをｉｎ  ｖｉｖｏで促進することが示されている、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡおよびＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡベースの脂質ナノ粒子製剤を含む（アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１０  １８：１３５７−１３６４；本願明細書に完全に援用する）。製剤はまた、限定するものではないが、葉酸、トランスフェリン、Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）および抗体標的化手法によって例示されるように、それらの表面での異なるリガンドの発現を通して選択的に標的化され得る（コルハツカら（Ｋｏｌｈａｔｋａｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｃｕｒｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  Ｔｅｃｈｎｏｌ．２０１１  ８：１９７−２０６；ムサキオおよびトルチリン（Ｍｕｓａｃｃｈｉｏ  ａｎｄ  Ｔｏｒｃｈｉｌｉｎ）、Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏ
ｓｃｉ．２０１１  １６：１３８８−１４１２；ユら（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｍｅｍｂｒ  Ｂｉｏｌ．２０１０  ２７：２８６−２９８；パチルら（Ｐａｔｉｌ  ｅｔ
ａｌ．）、Ｃｒｉｔ  Ｒｅｖ  Ｔｈｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｃａｒｒｉｅｒ  Ｓｙｓｔ．２００８  ２５：１−６１；ベノワら（Ｂｅｎｏｉｔ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１１  １２：２７０８−２７１４；チャオら（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．２００８  ５：３０９−３１９；アキンクら（Ａｋｉｎｃ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１０  １８：１３５７−１３６４；スリニバサンら（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２０１２  ８２０：１０５−１１６；ベン−アリーら（Ｂｅｎ−Ａｒｉｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２０１２  ７５７：４９７−５０７；ピア（Ｐｅｅｒ）２０１０  Ｊ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ．２０：６３−６８；ピアら（Ｐｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７  １０４：４０９５−４１００；キムら（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２０１１  ７２１：３３９−３５３；スブラマニャら（Ｓｕｂｒａｍａｎｙａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１０  １８：２０２８−２０３７；ソングら（Ｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５  ２３：７０９−７１７；ピアら（Ｐｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００８  ３１９：６２７−６３０；ピアおよびリーベルマン（Ｐｅｅｒ
ａｎｄ  Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２０１１  １８：１１２７−１１３３；その全ては本願明細書に完全に援用する）。
【０６９９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、固体脂質ナノ粒子として製剤化される。固体脂質ナノ粒子（ＳＬＮ）は、１０〜１０００ｎｍの平均直径の球状であってよい。ＳＬＮは、親油性分子を可溶化することができ、界面活性剤および／または乳化剤で安定化させることができる、固体脂質コアマトリックスを所有する。さらなる実施形態では、脂質ナノ粒子は、自己集合脂質−ポリマーナノ粒子であってよい（チャンら（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．）、ＡＣＳ  Ｎａｎｏ、２００８、２（８）、ｐｐ１６９６−１７０２を参照；その内容は本願明細書に完全に援用する）。非限定例として、ＳＬＮは、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１０５１０１に記載されるＳＬＮであってよく、その内容は本願明細書に完全に援用する。別の非限定例として、ＳＬＮは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１０５１０１に記載される方法またはプロセスで作製され得る。
【０７００】
リポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子は、これらの製剤がポリヌクレオチドによる細胞トランスフェクションを増加させること、および／またはコードされたタンパク質の翻訳を増加させることができるので、ポリヌクレオチド誘導タンパク質生成の有効性を改善するために使用され得る。そのような１つの例は、ポリプレックスプラスミドＤＮＡの有効な全身送達を可能にするために、脂質封入の使用を含む（ヘイズら（Ｈｅｙｅｓ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２００７  １５：７１３−７２０；本願明細書に完全に援用する）。リポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子はまた、ポリヌクレオチドの安定性を増加させるために使用され得る。
【０７０１】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、制御放出および／または標的化送達のために製剤化され得る。本明細書で用いるように、「制御放出」は、治療成果を達成するための特定の放出パターンに一致する医薬組成物または化合物の放出プロファイルを指す。一実施形態では、ポリヌクレオチドは、制御放出および／または標的化送達のために、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知である送達剤に封入されてよい。本明細書で用いるように、用語「封入する」は、包む、囲むまたはケースに入れることを意味する。それが本発明の化合物の製剤に関する場合、封入は、実質的、完全または部分的であってよい。用語「実質的に封入された」は、本発明の医薬組成物または化合物の少
なくとも５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、９９．９、９９．９または９９．９９９％を超えて送達剤の中に封入され、囲まれ、またはケースに入れられ得ることを意味する。「部分的封入」は、本発明の医薬組成物または化合物の１０未満、１０、２０、３０、４０、５０以下が送達剤の中に封入され、囲まれ、またはケースに入れられ得ることを意味する。有利には、蛍光および／または電子顕微鏡写真を使用して本発明の医薬組成物または化合物の漏れまたは活性を測定することによって、封入が判定され得る。例えば、本発明の医薬組成物または化合物の少なくとも１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、９９．９、９９．９９または９９．９９％を超えて送達剤の中に封入される。
【０７０２】
一実施形態では、制御放出製剤は、限定するものではないが、トリブロックコポリマーを含むことができる。非限定例として、製剤は、２つの異なるタイプのトリブロックコポリマーを含むことができる（国際公開番号ＷＯ２０１２１３１１０４およびＷＯ２０１２１３１１０６；各々は本願明細書に完全に援用する）。
【０７０３】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドは脂質ナノ粒子または急速排除脂質ナノ粒子に封入され得、次に、脂質ナノ粒子または急速排除脂質ナノ粒子は、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知であるポリマー、ヒドロゲルおよび／または外科シーラントに封入され得る。非限定例として、ポリマー、ヒドロゲルまたは外科シーラントは、ＰＬＧＡ、エチレン酢酸ビニル（ＥＶＡｃ）、ポロキサマー、ＧＥＬＳＩＴＥ（登録商標）（ナノセラプティックスインク（Ｎａｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．フロリダ州アラチュア（Ａｌａｃｈｕａ，ＦＬ））、ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）（ハロザイムセラプティックス（Ｈａｌｏｚｙｍｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、カリフォルニア州サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  ＣＡ））、外科シーラント、例えばフィブリノーゲンポリマー（エチコンインク（Ｅｔｈｉｃｏｎ  Ｉｎｃ．）ジョージア州コルネリア（Ｃｏｒｎｅｌｉａ，ＧＡ））、ＴＩＳＳＥＬＬ（登録商標）（バクスターインターナショナルインク（Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ）イリノイ州ディアフィールド（Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ））、ＰＥＧベースのシーラント、およびＣＯＳＥＡＬ（登録商標）（バクスターインターナショナルインク（Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ）イリノイ州ディアフィールド（Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ））であってよい。
【０７０４】
別の実施形態では、脂質ナノ粒子は、対象に注射されるときにゲルを形成することができる、当技術分野で公知である任意のポリマーに封入され得る。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、生分解性であってよいポリマーマトリックスに封入され得る。
【０７０５】
一実施形態では、制御放出および／または標的化送達のためのポリヌクレオチド製剤は、少なくとも１つの制御放出コーティングを含むこともできる。制御放出コーティングには、限定するものではないが、ＯＰＡＤＲＹ（登録商標）、ポリビニルピロリドン／酢酸ビニルコポリマー、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ＥＵＤＲＡＧＩＴ  ＲＬ（登録商標）、ＥＵＤＲＡＧＩＴ  ＲＳ（登録商標）およびセルロース誘導体、例えばエチルセルロース水性分散液（ＡＱＵＡＣＯＡＴ（登録商標）およびＳＵＲＥＬＥＡＳＥ（登録商標））が含まれる。制御放出および／または標的化送達製剤は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０２７０７７に記載され、製剤の非限定例は、段落［０００５１５］〜［０００５１９］にある。
【０７０６】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１６２７４２に記載されるかまたはそこに記載の方法で作製される、ポリマー封入粒子状材料の水性分散液で製剤化され得る。
【０７０７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ＡＣＣＵＲＩＮＳ（商標）を含む治療用ナノ粒子に封入され得る。治療用ナノ粒子は、本明細書に記載されるおよび当技術分野で公知の、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、特許出願公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）の、例えば段落［０００５１９］〜［０００５５１］の方法で製剤化され得る。非限定例として、治療用ナノ粒子は、持続的放出ナノ粒子、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に、例えば段落［０００５３１］〜［０００５３３］に記載されるものであってよい。
【０７０８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、合成ナノキャリアに封入され得る。合成ナノキャリアは、本明細書に記載されるおよび当技術分野で公知の、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）、例えば段落［０００５５２］〜［０００５６３］の方法によって製剤化され得る。
【０７０９】
一実施形態では、本発明のナノ粒子は、ポリマーマトリックスを備えることができる。非限定例として、ナノ粒子は、２つまたはそれを超えるポリマー、例えば、限定するものではないが、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフメレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリリシン、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−ｃｏ−Ｌ−リシン）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）またはその組合せを備えることができる。
【０７１０】
一実施形態では、治療用ナノ粒子は、ジブロックコポリマーを備える。一実施形態では、ジブロックコポリマーは、ＰＥＧをポリマー、例えば、限定するものではないが、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフメレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリリシン、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−ｃｏ−Ｌ−リシン）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）またはその組合せと一緒に含むことができる。別の実施形態では、ジブロックコポリマーは、その内容は本願明細書に完全に援用する、欧州特許公開番号に記載されるジブロックコポリマーを備えることができる。さらに別の実施形態では、ジブロックコポリマーは、高Ｘジブロックコポリマー、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１２００５２に記載されるものであってよい。
【０７１１】
一実施形態では、ナノ粒子（例えば、治療用ナノ粒子）はマルチブロックコポリマーを備えることができる（例えば、米国特許第８，２６３，６６５号および第８，２８７，９１０号ならびに米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９５９８７を参照；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。非限定例として、本明細書に記載されるナノ粒子で使用され得るマルチブロックコポリマーは、非線状マルチブロックコポリマー、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１３０２７２９９４号に記載されるものであってよい。
【０７１２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国
特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１９７１００に記載されるように、コロイドナノキャリアで製剤化されてよい。
【０７１３】
一実施形態では、ナノ粒子は経口投与のために最適化されてよい。ナノ粒子は、少なくとも１つのカチオン性バイオポリマー、例えば、限定するものではないが、キトサンまたはその誘導体を備えることができる。非限定例として、ナノ粒子は、本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１２０２８２３４３号に記載される方法によって製剤化され得る。
【０７１４】
一部の実施形態では、ＬＮＰは脂質ＫＬ５２（本願明細書に明示的に完全に援用する米国特許出願公開第２０１２／０２９５８３２号で開示されるアミノ−脂質）を備える。ＬＮＰ投与の活性および／または安全性（ＡＬＴ／ＡＳＴ、白血球数およびサイトカイン誘導の１つまたは複数を検査することによって測定される）は、そのような脂質の組み込みによって改善され得る。ＫＬ５２を備えているＬＮＰは、静脈内におよび／または１つまたは複数の用量で投与され得る。一部の実施形態では、ＫＬ５２を備えているＬＮＰの投与は、ＭＣ３を備えているＬＮＰと比較して、等しいか改善されたｍＲＮＡおよび／またはタンパク質の発現をもたらす。
【０７１５】
一部の実施形態では、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，６９１，７５０号に記載されるように、ＬＮＰは線状のアミノ−脂質を備えることができる。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、約１ｎｍから約１００ｎｍ、約１ｎｍから約１０ｎｍ、約１ｎｍから約２０ｎｍ、約１ｎｍから約３０ｎｍ、約１ｎｍから約４０ｎｍ、約１ｎｍから約５０ｎｍ、約１ｎｍから約６０ｎｍ、約１ｎｍから約７０ｎｍ、約１ｎｍから約８０ｎｍ、約１ｎｍから約９０ｎｍ、約５ｎｍから約１００ｎｍ、約５ｎｍから約１０ｎｍ、約５ｎｍから約２０ｎｍ、約５ｎｍから約３０ｎｍ、約５ｎｍから約４０ｎｍ、約５ｎｍから約５０ｎｍ、約５ｎｍから約６０ｎｍ、約５ｎｍから約７０ｎｍ、約５ｎｍから約８０ｎｍ、約５ｎｍから約９０ｎｍ、約１０ｎｍから約１００ｎｍ、約１０ｎｍから約２０ｎｍ、約１０ｎｍから約３０ｎｍ、約１０ｎｍから約４０ｎｍ、約１０ｎｍから約５０ｎｍ、約１０ｎｍから約６０ｎｍ、約１０ｎｍから約７０ｎｍ、約１０ｎｍから約８０ｎｍ、約１０ｎｍから約９０ｎｍ、約２０ｎｍから約１００ｎｍ、約２０ｎｍから約３０ｎｍ、約２０ｎｍから約４０ｎｍ、約２０ｎｍから約５０ｎｍ、約２０ｎｍから約６０ｎｍ、約２０ｎｍから約７０ｎｍ、約２０ｎｍから約８０ｎｍ、約２０ｎｍから約９０ｎｍ、約３０ｎｍから約１００ｎｍ、約３０ｎｍから約４０ｎｍ、約３０ｎｍから約５０ｎｍ、約３０ｎｍから約６０ｎｍ、約３０ｎｍから約７０ｎｍ、約３０ｎｍから約８０ｎｍ、約３０ｎｍから約９０ｎｍ、約４０ｎｍから約１００ｎｍ、約４０ｎｍから約５０ｎｍ、約４０ｎｍから約６０ｎｍ、約４０ｎｍから約７０ｎｍ、約４０ｎｍから約８０ｎｍ、約４０ｎｍから約９０ｎｍ、約５０ｎｍから約１００ｎｍ、約５０ｎｍから約６０ｎｍ、約５０ｎｍから約７０ｎｍ、約５０ｎｍから約８０ｎｍ、約５０ｎｍから約９０ｎｍ、約６０ｎｍから約１００ｎｍ、約６０ｎｍから約７０ｎｍ、約６０ｎｍから約８０ｎｍ、約６０ｎｍから約９０ｎｍ、約７０ｎｍから約１００ｎｍ、約７０ｎｍから約８０ｎｍ、約７０ｎｍから約９０ｎｍ、約８０ｎｍから１００ｎｍ、約８０ｎｍから約９０ｎｍまたは約９０ｎｍから約１００ｎｍの直径を備えることができるＬＮＰを使用して送達され得る。
【０７１６】
一部の実施形態では、そのようなＬＮＰは、微流動ミキサーを備えている方法を使用して合成される。例示的な微流動ミキサーには、限定するものではないが、マイクロイノバ（Ｍｉｃｒｏｉｎｎｏｖａ）（オーストラリア、アレルハイリゲンバイウィルドン（Ａｌｌｅｒｈｅｉｌｉｇｅｎ  ｂｅｉ  Ｗｉｌｄｏｎ、Ａｕｓｔｒｉａ））によって製造されるものを限定されずに含むスリットインターデジタルマイクロミキサーおよび／またはスタガーヘリンボーンマイクロミキサー（ＳＨＭ）が含まれてよい（ジガルツェフ、アイヴ
ィーら（Ｚｈｉｇａｌｔｓｅｖ，Ｉ．Ｖ．ｅｔ  ａｌ．）、ミリ秒微流動ミキシングを使用した水性およびトリグリセリドコアを有する限界サイズ脂質ナノ粒子系のボトムアップ設計および合成が公開された（Ｂｏｔｔｏｍ−ｕｐ  ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  ｌｉｍｉｔ  ｓｉｚｅ  ｌｉｐｉｄ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ  ｓｙｓｔｅｍｓ  ｗｉｔｈ  ａｑｕｅｏｕｓ  ａｎｄ  ｔｒｉｇｌｙｃｅｒｉｄｅ  ｃｏｒｅｓ  ｕｓｉｎｇ  ｍｉｌｌｉｓｅｃｏｎｄ  ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ  ｍｉｘｉｎｇ  ｈａｖｅ  ｂｅｅｎ  ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ）、Ｌａｎｇｍｕｉｒ．２０１２．２８：３６３３−４０；べリボ、エヌエムら（Ｂｅｌｌｉｖｅａｕ，Ｎ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．）、ｓｉＲＮＡのｉｎ  ｖｉｖｏ送達のための高度強力限界サイズ脂質ナノ粒子の微流動合成（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  ｈｉｇｈｌｙ  ｐｏｔｅｎｔ  ｌｉｍｉｔ−ｓｉｚｅ  ｌｉｐｉｄ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ｆｏｒ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｓｉＲＮＡ）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ−Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ．２０１２．１：ｅ３７；チェン、ディーら（Ｃｈｅｎ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ．）、制御された微流動製剤によって可能となった強力なｓｉＲＮＡ含有脂質ナノ粒子の迅速な発見（Ｒａｐｉｄ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｏｔｅｎｔ  ｓｉＲＮＡ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｌｉｐｉｄ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ｅｎａｂｌｅｄ  ｂｙ  ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ  ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）．Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．２０１２．１３４（１６）：６９４８−５１；各々は本願明細書に完全に援用する）。一部の実施形態では、ＳＨＭを備えるＬＮＰ生成の方法は、ミキシングが微細構造誘導無秩序移流（ＭＩＣＡ）によって起こる少なくとも２つのインプットストリームをミックスすることをさらに備える。この方法により、ヘリンボーンパターンに存在するチャネルを通して流体ストリームが流れ、回転流を引き起こし、互いの周りに流体をフォールディングする。この方法は、流体ミキシングのための表面を備えることもでき、そこでは、流体循環の間、表面は配向を変える。ＳＨＭを使用してＬＮＰを生成する方法には、各々は本願明細書に明示的に完全に援用する、米国特許出願公開第２００４／０２６２２２３号および第２０１２／０２７６２０９号で開示されるものが含まれる。
【０７１７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、マイクロミキサー、例えば、限定するものではないが、スリットインターデジタル微細構造ミキサー（ＳＩＭＭ−Ｖ２）、または標準スリットインターデジタルマイクロミキサー（ＳＳＩＭＭ）またはキャタピラー（ＣＰＭＭ）またはインスティテュートフーミクロテクニックマインツＧｍｂＨ（Ｉｎｓｔｉｔｕｔ  ｆｕｒ  Ｍｉｋｒｏｔｅｃｈｎｉｋ  Ｍａｉｎｚ  ＧｍｂＨ（独国マインツ（Ｍａｉｎｚ  Ｇｅｒｍａｎｙ））からの衝突噴流（ＩＪＭＭ）を使用して作製される脂質ナノ粒子で製剤化され得る。
【０７１８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、微流動技術を使用して作製される脂質ナノ粒子で製剤化され得る（ホワイトサイド、ジョージエム（Ｗｈｉｔｅｓｉｄｅｓ，Ｇｅｏｒｇｅ  Ｍ）。微流動の起源および将来（Ｔｈｅ  Ｏｒｉｇｉｎｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ
Ｆｕｔｕｒｅ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ）．Ｎａｔｕｒｅ、２００６  ４４２：３６８−３７３；アブラハムら（Ａｂｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．）．マイクロチャネルのための無秩序ミキサー（Ｃｈａｏｔｉｃ  Ｍｉｘｅｒ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｃｈａｎｎｅｌｓ）．Ｓｃｉｅｎｃｅ、２００２  ２９５：６４７−６５１；およびバレンシアら（Ｖａｌｅｎｃｉａ  ｅｔ  ａｌ．）。がん療法のための標的化ナノ粒子のコンビナトリアル合成および最適化のための微流動プラットホーム（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ  Ｐｌａｔｆｏｒｍ  ｆｏｒ  Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ）．ＡＣＳ  Ｎａｎｏ２０１３（ＤＯＩ／１０．１０２１／ｎｎ４０３３７０ｅ）を参照；各々の内容は本願明細書に完全に援用する）。非限定例として、制御された微流動製剤化は、低いレイノルズ数のマイクロチャネル中の定常
圧作動流のストリームをミックスするための受動方法を含む（例えば、本願明細書に完全に援用する、アブラハムら（Ａｂｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．）。マイクロチャネルのための無秩序ミキサー（Ｃｈａｏｔｉｃ  Ｍｉｘｅｒ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｃｈａｎｎｅｌｓ）．Ｓｃｉｅｎｃｅ、２００２  ２９５：６４７−６５１を参照）。
【０７１９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、マイクロミキサーチップ、例えば、限定するものではないが、ハーバードアパレイタス（Ｈａｒｖａｒｄ  Ａｐｐａｒａｔｕｓ）（マサチューセッツ州ホリストン（Ｈｏｌｌｉｓｔｏｎ，ＭＡ））またはドロマイトマイクロフルイディクス（Ｄｏｌｏｍｉｔｅ  Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ）（英国ロイストン（Ｒｏｙｓｔｏｎ，ＵＫ））からのものを使用して作製される脂質ナノ粒子で製剤化され得る。マイクロミキサーチップは、スプリットおよび再結合機構による２つまたはそれを超える流体ストリームの急速ミキシングのために使用され得る。
【０７２０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ＮａｎｏＡｓｓｅｍｂｌｒ  Ｙ−ミキサーチップ技術を使用して作製される脂質ナノ粒子で製剤化され得る。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、微流動デバイス、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０１６４３９に記載されるナノ粒子の作製方法を使用して作製されるナノ粒子で製剤化され得る。非限定例として、ナノ粒子は、１つまたは複数の流路を通して微流動デバイスにナノ粒子前駆体を加え、微流動デバイスでマイクロプラズマを発生させ、マイクロプラズマをナノ粒子前駆体と相互作用させてナノ粒子を生成し、１つまたは複数の流路を通して微流動デバイスにコンジュゲート材料を加え、連続流でナノ粒子をコンジュゲート材料とミックスさせてコンジュゲートナノ粒子を形成することによって作製され得る（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１４０１６４３９を参照）。
【０７２１】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、各々は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０６３４６８または米国特許第８，４４０，６１４号に記載される薬物封入マイクロスフェアを使用した送達のために、製剤化され得る。マイクロスフェアは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願番号ＷＯ２０１３０６３４６８に記載される、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）または（ＶＩ）の化合物を備えることができる。別の態様では、本発明のポリヌクレオチドを細胞に送達することにおいて、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、脂質（ＡＰＰＬ）が有益である（本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０６３４６８を参照）。
【０７２２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、約１０から約１００ｎｍ、例えば、限定するものではないが、約１０から約２０ｎｍ、約１０から約３０ｎｍ、約１０から約４０ｎｍ、約１０から約５０ｎｍ、約１０から約６０ｎｍ、約１０から約７０ｎｍ、約１０から約８０ｎｍ、約１０から約９０ｎｍ、約２０から約３０ｎｍ、約２０から約４０ｎｍ、約２０から約５０ｎｍ、約２０から約６０ｎｍ、約２０から約７０ｎｍ、約２０から約８０ｎｍ、約２０から約９０ｎｍ、約２０から約１００ｎｍ、約３０から約４０ｎｍ、約３０から約５０ｎｍ、約３０から約６０ｎｍ、約３０から約７０ｎｍ、約３０から約８０ｎｍ、約３０から約９０ｎｍ、約３０から約１００ｎｍ、約４０から約５０ｎｍ、約４０から約６０ｎｍ、約４０から約７０ｎｍ、約４０から約８０ｎｍ、約４０から約９０ｎｍ、約４０から約１００ｎｍ、約５０から約６０ｎｍ、約５０から約６０ｎｍ、約５０から約８０ｎｍ、約５０から約９０ｎｍ、約５０から約１００ｎｍ、約６０から約７０ｎｍ、約６０から約８０ｎｍ、約６０から約９０ｎｍ、約６０から約１００ｎｍ、約７０から約８０ｎｍ、約７０から約９０ｎｍ、約７０から約１００ｎｍ、約８０から約９０ｎｍ、約８０から約１００ｎｍおよび／または約９０から約１００ｎｍの直径を有する脂質ナノ粒子で製剤化され得る。
【０７２３】
一実施形態では、脂質ナノ粒子は、約１０から５００ｎｍの直径を有することができる。
一実施形態では、脂質ナノ粒子は、１００ｎｍを超える、１５０ｎｍを超える、２００ｎｍを超える、２５０ｎｍを超える、３００ｎｍを超える、３５０ｎｍを超える、４００ｎｍを超える、４５０ｎｍを超える、５００ｎｍを超える、５５０ｎｍを超える、６００ｎｍを超える、６５０ｎｍを超える、７００ｎｍを超える、７５０ｎｍを超える、８００ｎｍを超える、８５０ｎｍを超える、９００ｎｍを超える、９５０ｎｍを超えるまたは１０００ｎｍを超える直径を有することができる。
【０７２４】
一態様では、脂質ナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０５９９２２に記載される限界サイズの脂質ナノ粒子であってよい。限界サイズの脂質ナノ粒子は、水性コアまたは疎水性コアを囲んでいる脂質二重層を備えることができ、脂質二重層は、リン脂質、例えば、限定するものではないが、ジアシルホスファチジルコリン、ジアシルホスファチジルエタノールアミン、セラミド、スフィンゴミエリン、ジヒドロスフィンゴミエリン、ケファリン、セレブロシド、Ｃ８〜Ｃ２０脂肪酸ジアシルホスファチジルコリンおよび１−パルミトイル−２−オレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）を備えることができる。別の態様では、限界サイズの脂質ナノ粒子は、ポリエチレングリコール−脂質、例えば、限定するものではないが、ＤＬＰＥ−ＰＥＧ、ＤＭＰＥ−ＰＥＧ、ＤＰＰＣ−ＰＥＧおよびＤＳＰＥ−ＰＥＧを備えることができる。
【０７２５】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０６３５３０に記載される送達方法を使用して、特異位置に送達、局在化および／または濃縮され得る。非限定例として、対象は、対象にポリヌクレオチドを送達する前、それと同時にまたはその後に、空のポリマー粒子を投与されてよい。空のポリマー粒子は対象と接触すると量の変化を受けて、対象の特異位置で収容されるか、埋め込まれるか、固定化されるかまたは取り込まれる。
【０７２６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、活性物質放出系で製剤化されてよい（例えば、本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１０２５４５を参照）。活性物質放出系は、１）触媒活性核酸とハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド阻害剤鎖に結合した少なくとも１つのナノ粒子、および２）治療活性物質（例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチド）に結合した少なくとも１つの基質分子に結合した化合物を備えることができ、ここで、治療活性物質は触媒活性核酸による基質分子の切断によって放出される。
【０７２７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、非細胞性材料を備えている内部コアおよび細胞性膜を備えている外部表面を備えているナノ粒子で製剤化され得る。細胞性膜は、細胞に由来することができるかまたはウイルス由来の膜であってよい。非限定例として、ナノ粒子は、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０５２１６７に記載される方法によって作製され得る。別の非限定例として、本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０５２１６７に記載されるナノ粒子は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを送達するために使用され得る。
【０７２８】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、多孔性ナノ粒子で支持された脂質二重層（前細胞）で製剤化され得る。前細胞は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１４９３７６、ＷＯ２０１３０５６１３２および米国特許出願公開第２０１４００７９７７４号に記載され、肝細胞性または他のがん細胞を非限定的に含む、標的化送達のために使用され得る。
【０７２９】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４２０，１２３号、第８，５１８，９６３号および第８，６１８，２４０号ならびに欧州特許番号ＥＰ２０７３８４８Ｂ１および米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０２７３１１７に記載されるかそれに記載の方法によって作製されるポリマーナノ粒子で製剤化され得る。非限定例として、ポリマーナノ粒子は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，５１８，９６３号、ならびに米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００３０３５１およびＵＳ２０１１０２９４７１７に記載されるナノ粒子またはそこに記載される方法によって作製されるナノ粒子のように、高いガラス転移温度を有することができる。別の非限定例として、経口、非経口および局所の製剤のためのポリマーナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、欧州特許番号ＥＰ２０７３８４８Ｂ１に記載される方法によって作製され得る。さらに別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，６１８，２４０号に記載されるように、概ね同じサイズで両親媒性コポリマー（例えば、ＰＬＡ）を有する複数のポリマーナノ粒子を備えている、ポリマーナノ粒子の集団で製剤化され得る。
【０７３０】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、ポリマーナノ粒子を備えている凍結乾燥された医薬組成物、例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，６０３，５３５号および第８，６３７，０８３号（ＢＩＮＤセラプティックス（ＢＩＮＤ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ））ならびに米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０２９５１９１およびＵＳ２０１３０２９５１８３に記載される組成物で製剤化され得る。非限定例として、凍結乾燥された組成物は、ポリ（乳）酸−ブロック−ポリ（エチレン）グリコールコポリマーまたはポリ（乳酸）−ｃｏ−ポリ（グリコール）酸−ブロック−ポリ（エチレン）グリコールコポリマーを備えることができるポリマーナノ粒子、および治療剤（例えば、ポリヌクレオチド）を含むことができる。
【０７３１】
別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、画像化で使用されるナノ粒子で製剤化されてよい。ナノ粒子は、リポソームナノ粒子、例えば、本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１２９６３６に記載されるものであってよい。非限定例として、リポソームは、ガドリニウム（ＩＩＩ）２−｛４，７−ビス−カルボキシメチル−１０−［（Ｎ，Ｎ−ジステアリルアミドメチル−Ｎ’−アミド−メチル］−１，４，７，１０−テトラ−アザシクロドデカ−１−イル｝−酢酸および中性の完全飽和リン脂質構成要素を備えることができる（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１２９６３６を参照）。
【０７３２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，６６３，５９９号に記載されるように、光分解の結果陽子を放出する感光性化合物を含有するナノ粒子を非限定的に含む、ｐＨ感受性のリポソームナノ粒子で製剤化され得る。
【０７３３】
一実施形態では、本発明で使用され得るナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願番号ＵＳ２０１３０１３０３４８に記載される方法によって形成される。
【０７３４】
本発明のナノ粒子は、栄養素、例えば、限定するものではないが、その欠乏が貧血から神経管欠損への健康危険につながることができるものをさらに含むことができる（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３０７２９２９に記載されるナノ粒子を参照）。非限定例として、栄養素は、第一鉄、第二鉄の塩もしくは元素鉄の形の鉄、ヨウ素、葉酸、ビタミンまたは微量栄養であってよい。
【０７３５】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、膨潤可能なナノ粒子で製剤化され得る。膨潤可能なナノ粒子は、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４４０，２３１号および米国特許出願公開第２０１３０３２３１０号に記載されるものであってよい。非限定的な実施形態として、膨潤可能なナノ粒子は、肺系への本発明のポリヌクレオチドの送達のために使用され得る（例えば、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４４０，２３１号および米国特許出願公開第２０１３０３２３１０を参照）。
【０７３６】
本発明のポリヌクレオチドは、ポリ無水物ナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，４４９，９１６号に記載されるもので製剤化され得る。
【０７３７】
本発明のナノ粒子および微粒子は、マクロファージおよび／または免疫応答をモジュレートするように、幾何学的に工学的に操作され得る。一態様では、幾何学的に工学的に操作される粒子は、標的化送達、例えば、限定するものではないが、肺送達のために本発明のポリヌクレオチドを組み込むために、様々な形状、サイズおよび／または表面電荷を有することができる（例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１３０８２１１１を参照）。幾何学的に工学的操作される粒子が有し得る他の物理的特徴には、限定するものではないが、細胞および組織との相互作用を変更することができる、有窓、角度をつけたアーム、非対称および表面粗さ、電荷が含まれる。非限定例として、本発明のナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１３０８２１１１に記載される方法によって作製され得る。
【０７３８】
一実施形態では、本発明のナノ粒子は、水溶性ナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１３０９０６０１に記載のものであってよい。ナノ粒子は、優れた水溶性を示すために、コンパクトで双性イオンのリガンドを有する無機のナノ粒子であってよい。ナノ粒子は、小さい流体力学的径（ＨＤ）、時間、ｐＨおよび塩分に関する安定性、ならびに低いレベルの非特異的タンパク質結合を有することもできる。
【０７３９】
一実施形態では、本発明のナノ粒子は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６（Ｂｉｎｄ）、ＵＳ２０１３０２５１８１７（Ｂｉｎｄ）、ＵＳ２０１３２５１８１６（Ｂｉｎｄ）およびＵＳ２０１３０２５１７６６（Ｂｉｎｄ）に記載される方法によって開発され得る。ステルスナノ粒子は、ジブロックコポリマーおよび化学療法剤を備えることができる。これらのステルスナノ粒子は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６、ＵＳ２０１３０２５１８１７、ＵＳ２０１３２５１８１６およびＵＳ２０１３０２５１７６６に記載される方法によって作製され得る。非限定例として、ステルスナノ粒子は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６、ＵＳ２０１３０２５１８１７、ＵＳ２０１３２５１８１６およびＵＳ２０１３０２５１７６６に記載されるナノ粒子などのように、がん細胞を標的にすることができる。
【０７４０】
一実施形態では、本発明のナノ粒子は、ステルスナノ粒子または標的特異的ステルスナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載されるものである。本発明のナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載される方法によって作製され得る。
【０７４１】
別の実施形態では、ステルスまたは標的特異的ステルスナノ粒子は、ポリマーマトリックスを備えることができる。ポリマーマトリックスは、２つまたはそれを超えるポリマー、例えば、限定するものではないが、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフメレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルソエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリエステル、ポリ無水物、ポリエーテル、ポリウレタン、ポリメタクリレート、ポリアクリレート、ポリシアノアクリレートまたはその組合せを備えることができる。
【０７４２】
一実施形態では、ナノ粒子は、高密度核酸層を有するナノ粒子−核酸ハイブリッド構造であってよい。非限定例として、ナノ粒子−核酸ハイブリッド構造は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１７１６４６に記載される方法によって作製され得る。ナノ粒子は、限定するものではないが、本明細書に記載されるおよび／または当技術分野で公知であるポリヌクレオチドなどの核酸を備えることができる。
【０７４３】
本発明のナノ粒子の少なくとも１つは、ナノ構造のコアに埋め込まれてよいか、または低密度多孔性３Ｄ構造、もしくはナノ構造の中もしくは表面で少なくとも１つのペイロードを運ぶかそれと結びつくことが可能であるコーティングでコーティングされてよい。少なくとも１つのナノ粒子を備えているナノ構造の非限定例は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１２３５２３に記載される。
【０７４４】
一実施形態では、ナノ粒子は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１４０１４６１３またはＷＯ２０１４０１８６７５に記載される自己集合ペプチドを備えることができる。非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１４０１４６１３に記載される自己集合ペプチドナノ構造で製剤化され得る。別の非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際公開番号ＷＯ２０１４０１８６７５に記載される自己集合核酸ナノ構造で製剤化され得る。
【０７４５】
一実施形態では、本明細書に記載されるナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０３１５８３１に記載される脂質−ポリマーハイブリッド粒子であってよい。脂質−ポリマーハイブリッド粒子は、水性コア、水性コアを囲む第１の両親媒層、および両親媒層を囲むポリマーマトリックスを有することができる。非限定例として、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、脂質−ポリマーハイブリッド粒子で製剤化されてよい。別の非限定例として、脂質−ポリマーハイブリッドナノ粒子は、脂質−ＰＥＧ−ＣＯＯＨ、脂質−ＰＥＧ−ＮＨ２および脂質−ＰＥＧ−ＯＣＨ３などの不均一な表面官能基を有することができる。
【０７４６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１２１７０９３０に記載される脂質ナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。脂質ナノ粒子は、１つまたは複数のカチオン性脂質、１つまたは複数の非カチオン性脂質および１つまたは複数のＰＥＧ修飾脂質を備えることができる。非限定例として、脂質ナノ粒子は、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、コレステロール（ＣＨＯＬ）、ＤＯＰＥおよびＤＭＧ−ＰＥＧ−２０００を備える。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、Ｃ１２−２００、ＤＯＰＥ、コレステロール（ＣＨＯＬ）およびＤＭＧＰＥＧ２Ｋを備える。
【０７４７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国
特許第８，６６３，６９２号に記載されるかまたはそこに記載される方法によって作製される、高濃縮脂質ナノ粒子分散液で、例えば、軟膏またはローションで製剤化および／または送達され得る。
【０７４８】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１７４４０９に記載されるように、ポリヌクレオチドの可逆的固定化および／または制御放出のためのポリマーでコーティングされたナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。非限定例として、ナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許出願公開番号ＷＯ２０１３１７４４０９に記載される生分解性ポリマーでコーティングされる。
【０７４９】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、疎水性ナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。疎水性ナノ粒子は、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００１７３２９に記載される疎水性ナノ粒子のように、肝臓標的化部分をさらに備えることができる。
【０７５０】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、粉砕されたナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。非限定例として、粉砕されたナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許番号ＵＳ８５６８７８４に記載されるまたは記載される方法によって作製されるそれらであってよい。粉砕されたナノ粒子は、生物活性物質、少なくとも１つのバイオポリマーおよびポリマーまたはリガンドコーティングを備えることができる。
【０７５１】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４３５５５およびＷＯ２０１３１４３６８３に記載される製剤のように、免疫応答を誘導する組成物で製剤化され得る。非限定例として、製剤は、ポリヌクレオチドの全身投与の後に免疫応答を誘導することができる。別の非限定例として、免疫応答を誘導することができる製剤は、各々の内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４３５５５およびＷＯ２０１３１４３６８３に記載されるように、少なくとも１つの核酸分子を備えているナノ粒子を含むことができる。
【０７５２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、中性ナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。非限定例として、中性ナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４９１４１に記載されるかまたは記載される方法によって作製されるそれらであってよい。
【０７５３】
一実施形態では、ナノ粒子は、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４９１４１に記載される方法によって中和されてよい。
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、核酸ナノ構造コアおよび脂質コーティングを有するナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４８１８６に記載されるナノ粒子で製剤化および／または送達され得る。
【０７５４】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、核酸薬剤を送達するためのコンジュゲートを備えている粒子、例えば、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００３７５７３に記載される粒子で製剤化され得る。非限定例として、複数の疎水性部分、複数の親水性−疎水性ポリマーおよび核酸薬剤を備えている粒子。
【０７５５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを製剤化および／または送達するために使用され得るナノ粒子は、カチオン性脂質、例えば、限定するものではないが
、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００４５９１３に記載される式（Ｉ）のカチオン性脂質を備えることができる。
【０７５６】
一実施形態では、ナノ粒子は、ポリエチレングリコール化（ペグ化）ナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００４４７９１に記載されるペグ化ナノ粒子であってよい。ペグ化ナノ粒子は、特異細胞を組成物の標的にするために、ナノ粒子のポリエチレングリコールに結合させた少なくとも１つの標的化部分を備えることができる。ペグ化ナノ粒子および標的化部分の非限定例は、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１４００４４７９１に記載される。
【０７５７】
一実施形態では、ナノ粒子は、中多孔性ナノ粒子、例えば、限定するものではないが、その内容は本願明細書に完全に援用する、国際特許公開番号ＷＯ２０１２１４２２４０に記載されるそれらであってよい。中多孔性ナノ粒子にはポリヌクレオチドを負荷させることができ、所望の時間、例えば、限定されずに長時間、負荷を制御された方法で放出することができる。
【０７５８】
ポリマー、生分解性ナノ粒子およびコア−シェルナノ粒子
本発明のポリヌクレオチドは、天然および／または合成のポリマーを使用して製剤化され得る。送達のために使用され得るポリマーの非限定例には、限定するものではないが、ＤＹＮＡＭＩＣ  ＰＯＬＹＣＯＮＪＵＧＡＴＥ（登録商標）（アローヘッドリサーチ社（Ａｒｒｏｗｈｅａｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐ．）、カリフォルニア州パサデナ（Ｐａｓａｄｅｎａ，ＣＡ））、ＭＩＲＵＳ（登録商標）Ｂｉｏ（ウィスコンシン州マジソン（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）およびロッシュマジソン（Ｒｏｃｈｅ  Ｍａｄｉｓｏｎ）（ウィスコンシン州マジソン（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）からの製剤、ＰＨＡＳＥＲＸ（商標）ポリマー製剤、例えば、限定するものではないが、ＳＭＡＲＴＴ  ＰＯＬＹＭＥＲ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ（商標）（ＰＨＡＳＥＲＸ（登録商標）、ワシントン州シアトル（Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ））、ＤＭＲＩ／ＤＯＰＥ、ポロキサマー、ビカール（Ｖｉｃａｌ）（カリフォルニア州サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）からのＶＡＸＦＥＣＴＩＮ（登録商標）アジュバント、キトサン、カランドファーマスーティカルズ（Ｃａｌａｎｄｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）（カリフォルニア州パサデナ（Ｐａｓａｄｅｎａ，ＣＡ））からのシクロデキストリン、デンドリマーおよびポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ポリマーが含まれる。ロンデル（ＲＯＮＤＥＬ）（商標）（ＲＮＡｉ／オリゴヌクレオチドナノ粒子送達）ポリマー（アローヘッドリサーチ社（Ａｒｒｏｗｈｅａｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、カリフォルニア州パサデナ（Ｐａｓａｄｅｎａ，ＣＡ））およびｐＨ応答性コ−ブロックポリマー、例えば、限定するものではないが、ＰＨＡＳＥＲＸ（登録商標）（ワシントン州シアトル（Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）。
【０７５９】
本発明のポリヌクレオチドは、生理的に応答性の活性モジュレーションを提供する構成部分を接続する複数の可逆的または生物学的に不安定な連結と一緒にポリコンジュゲート系を使用して、製剤化され得る。例えば、本発明のポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許第８、６５８、２１１号に記載されるように、ポリヌクレオチドに可逆的にコンジュゲートされた送達ポリマーとして、可逆的にマスキングされた膜活性ポリアミンにより細胞に送達され得る。
【０７６０】
別の非限定例では、本発明のポリヌクレオチドは、全ての細胞の中で遍在的に起こる内因性過程を用いて標的化細胞内位置に組成物を送達する送達系で製剤化され得る。例えば、ポリヌクレオチドは、その内容は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２０１４００６５１７２号に記載されるように、細胞標的化を媒介して細胞取り込みを促進
する少なくとも１つのモジュール、小胞体（ＥＲ）への運搬を促進する少なくとも１つのモジュール、ポリヌクレオチドおよび各モジュールと任意の配置で連結された、ＥＲからサイトゾルへの転位を媒介する少なくとも１つのモジュールからさらに本質的になることができる送達系で製剤化され得る。
【０７６１】
キトサン製剤の非限定例は、正電荷のキトサンのコアおよび負電荷の基質の外部の部分を含む（本願明細書に完全に援用する米国特許出願公開第２０１２０２５８１７６号）。キトサンには、限定するものではないが、Ｎ−トリメチルキトサン、モノ−Ｎ−カルボキシメチルキトサン（ＭＣＣ）、Ｎ−パルミトイルキトサン（ＮＰＣＳ）、ＥＤＴＡ−キトサン、低分子量キトサン、キトサン誘導体またはその組合せが含まれる。
【０７６２】
一実施形態では、本発明で使用されるポリマーは、ポリマーの表面への望ましくない物質、例えば、限定するものではないが、細菌の付着を低減および／または抑制するための処理を受けている。ポリマーは、当技術分野で公知のおよび／もしくは記載される、ならびに／または本願明細書に完全に援用する国際公開番号ＷＯ２０１２１５０４６７に記載される方法によって処理され得る。
【０７６３】
ＰＬＧＡ製剤の非限定例には、限定するものではないが、ＰＬＧＡ注射用デポー剤（例えば、ＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標）、６６％Ｎ−メチル−２−ピロリドン（ＮＭＰ）にＰＬＧＡを溶解することによって形成され、残りは水性溶媒およびロイプロリドである。注射されると、ＰＬＧＡおよびロイプロリドペプチドは、皮下空間に沈殿する）が含まれる。
【０７６４】
これらのポリマーアプローチの多くは、細胞質へのオリゴヌクレオチドのｉｎ  ｖｉｖｏ送達において有効性を実証した。（デフージュロル（ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００８  １９：１２５−１３２でレビューされる；本願明細書に完全に援用する）。核酸、この場合は小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の頑強なｉｎ  ｖｉｖｏ送達を与えた２つのポリマーアプローチは、動的ポリコンジュゲートおよびシクロデキストリンベースのナノ粒子である（例えば、本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１３０１５６７２１を参照）。これらの送達アプローチの第１のものは動的ポリコンジュゲートを用い、ｓｉＲＮＡを効果的に送達し、肝細胞で内因性標的ｍＲＮＡを静止することがマウスにおいてｉｎ  ｖｉｖｏで示されている。（ロゼマら（Ｒｏｚｅｍａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７  １０４：１２９８２−１２８８７；本願明細書に完全に援用する）。この特定のアプローチは、その鍵となる特徴が、ジスルフィド結合によって核酸、この場合はｓｉＲＮＡが共有結合する膜活性ポリマーを含み、ＰＥＧ（電荷マスキングのため）とＮ−アセチルガラクトサミン（肝細胞標的化のため）基の両方がｐＨ感受性結合によって連結する、多成分ポリマー系である（ロゼマら（Ｒｏｚｅｍａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７  １０４：１２９８２−１２８８７；本願明細書に完全に援用する）。肝細胞への結合およびエンドソームへの侵入の結果、ポリマー複合体は低いｐＨ環境で分解し、ポリマーはその正電荷を曝露させ、ポリマーからのｓｉＲＮＡのエンドソーム漏れおよび細胞質放出につながる。マンノース基によるＮ−アセチルガラクトサミン基の置き換えを通して、アシアロ糖タンパク受容体発現肝細胞から類洞内皮およびクッパー細胞に標的化を変更できることが示された。別のポリマーアプローチは、トランスフェリン標的化シクロデキストリン含有ポリカチオンナノ粒子の使用を含む。これらのナノ粒子は、トランスフェリン受容体発現ユーイング肉腫腫瘍細胞で、ＥＷＳ−ＦＬＩ１遺伝子生成物の標的化サイレンシングを実証し（ヒュー−リースコバンら（Ｈｕ−Ｌｉｅｓｋｏｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２００５  ６５：８９８４−８９８２；本願明細書に完全に援用する）、これらのナノ粒子で製剤化されたｓｉＲＮＡは、ヒト以外の霊長類で耐容性が良好であった（ハイデルら（Ｈｅｉｄｅｌ
ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ２００７  １０４：５７１５−２１；本願明細書に完全に援用する）。これらの送達戦略の両方とも、標的化送達およびエンドソーム漏れ機構を使用した合理的なアプローチを組み込む。
【０７６５】
ポリマー製剤は、ポリヌクレオチドの持続的または遅延型の放出を可能とする（例えば、筋肉内または皮下注射後の）。ポリヌクレオチドの変更された放出プロファイルは、例えば、コードされたタンパク質の長時間の翻訳をもたらすことができる。ポリマー製剤はまた、ポリヌクレオチドの安定性を増加させるために使用され得る。ポリヌクレオチド以外の核酸を分解から保護するために生分解性ポリマーが前に使用され、ペイロードの持続的放出をｉｎ  ｖｉｖｏでもたらすことが示された（ロゼマら（Ｒｏｚｅｍａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７  １０４：１２９８２−１２８８７；サリバンら（Ｓｕｌｌｉｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．２０１０  ７：１４３３−１４４６；コンバーチンら（Ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１０
Ｏｃｔ  １；チューら（Ｃｈｕ  ｅｔ  ａｌ．）、Ａｃｃ  Ｃｈｅｍ  Ｒｅｓ．２０１２  Ｊａｎ  １３；マンガニエロら（Ｍａｎｇａｎｉｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ．２０１２  ３３：２３０１−２３０９；ベノワら（Ｂｅｎｏｉｔ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１１  １２：２７０８−２７１４；シンハら（Ｓｉｎｇｈａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｔｈｅｒ．２０１１  ２：１３３−１４７；デフージュロル（ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００８  １９：１２５−１３２；シャファートおよびワグナー（Ｓｃｈａｆｆｅｒｔ  ａｎｄ  Ｗａｇｎｅｒ）、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００８  １６：１１３１−１１３８；チャツルベディら（Ｃｈａｔｕｒｖｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．２０１１  ８：１４５５−１４６８；デービス（Ｄａｖｉｓ）、Ｍｏｌ  Ｐｈａｒｍ．２００９  ６：６５９−６６８；デービス（Ｄａｖｉｓ）Ｎａｔｕｒｅ  ２０１０  ４６４：１０６７−１０７０；各々は本願明細書に完全に援用する）。
【０７６６】
一実施形態では、医薬組成物は、持続的放出製剤であってよい。さらなる実施形態では、持続的放出製剤は、皮下送達のためであってよい。持続的放出製剤には、限定するものではないが、ＰＬＧＡマイクロスフェア、エチレン酢酸ビニル（ＥＶＡｃ）、ポロキサマー、ＧＥＬＳＩＴＥ（登録商標）（ナノセラプティックスインク（Ｎａｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．フロリダ州アラチュア（Ａｌａｃｈｕａ，ＦＬ））、ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）（ハロザイムセラプティックス（Ｈａｌｏｚｙｍｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、カリフォルニア州サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  ＣＡ））、外科シーラント、例えばフィブリノーゲンポリマー（エチコンインク（Ｅｔｈｉｃｏｎ  Ｉｎｃ．）ジョージア州コルネリア（Ｃｏｒｎｅｌｉａ，ＧＡ））、ＴＩＳＳＥＬＬ（登録商標）（バクスターインターナショナルインク（Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ）イリノイ州ディアフィールド（Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ））、ＰＥＧベースのシーラント、およびＣＯＳＥＡＬ（登録商標）（バクスターインターナショナルインク（Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ）イリノイ州ディアフィールド（Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ））が含まれてよい。
【０７６７】
非限定例として、調整可能な放出速度（例えば、日数および週数）でＰＬＧＡマイクロスフェアを調製し、修飾されたｍＲＮＡをＰＬＧＡマイクロスフェアに封入し、封入プロセスの間には修飾されたｍＲＮＡの完全性を維持することによって、修飾されたｍＲＮＡはＰＬＧＡマイクロスフェアで製剤化され得る。ＥＶＡｃは、前臨床持続的放出インプラント適用で広く使用される、非生物分解性の生体適合性ポリマーである（例えば、長期放出生産品Ｏｃｕｓｅｒｔ緑内障のためのピロカルピン眼科インサートまたはｐｒｏｇｅｓｔａｓｅｒｔ持続的放出プロゲステロン子宮内デバイス；経皮送達系Ｔｅｓｔｏｄｅｒｍ
、Ｄｕｒａｇｅｓｉｃおよびセレジリン；カテーテル）。ポロキサマーＦ−４０７ＮＦは、５℃未満の温度で低い粘度を有し、１５℃を超える温度で固体ゲルを形成する、ポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレン−ポリオキシエチレンの親水性、非イオン性界面活性剤トリブロックコポリマーである。ＰＥＧベースの外科シーラントは、１分で調製され、３分で密封し、３０日以内に再吸収される、送達デバイス中でミックスされた２つの合成ＰＥＧ構成要素を備える。ＧＥＬＳＩＴＥ（登録商標）および天然ポリマーは、投与部位でｉｎ−ｓｉｔｕゲル化が可能である。それらは、イオン性相互作用を通してタンパク質およびペプチド治療薬候補と相互作用して、安定化効果を提供することが示された。
【０７６８】
ポリマー製剤はまた、限定するものではないが、葉酸、トランスフェリンおよびＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）によって例示されるように、異なるリガンドの発現を通して選択的に標的化され得る（ベノワら（Ｂｅｎｏｉｔ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１１  １２：２７０８−２７１４；ロゼマら（Ｒｏｚｅｍａ  ｅｔ  ａｌ．）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．２００７
１０４：１２９８２−１２８８７；デービス（Ｄａｖｉｓ）、Ｍｏｌ  Ｐｈａｒｍ．２００９  ６：６５９−６６８；デービス（Ｄａｖｉｓ）、Ｎａｔｕｒｅ  ２０１０  ４６４：１０６７−１０７０；各々は本願明細書に完全に援用する）。
【０７６９】
本発明のポリヌクレオチドは、ポリマー化合物により、またはそれで製剤化され得る。ポリマーは、少なくとも１つのポリマー、例えば、限定するものではないが、ポリエテン、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリ（ｌ−リシン）（ＰＬＬ）、ＰＬＬに移植されたＰＥＧ、カチオン性リポポリマー、生分解性カチオン性リポポリマー、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、架橋分枝状ポリ（アルキレンイミン）、ポリアミン誘導体、修飾ポロキサマー、生分解性ポリマー、弾性生分解性ポリマー、生分解性ブロックコポリマー、生分解性ランダムコポリマー、生分解性ポリエステルコポリマー、生分解性ポリエステルブロックコポリマー、生分解性ポリエステルブロックランダムコポリマー、多ブロックコポリマー、線状生分解性コポリマー、ポリ［α−（４−アミノブチル）−Ｌ−グリコール酸）（ＰＡＧＡ）、生分解性架橋カチオン性多ブロックコポリマー、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフメレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリリシン、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−ｃｏ−Ｌ−リシン）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）、アクリルポリマー、アミン含有ポリマー、デキストランポリマー、デキストランポリマー誘導体またはその組合せを含むことができる。
【０７７０】
非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、本願明細書に完全に援用する、米国特許第６，１７７，２７４号に記載されるように、ＰＬＬ移植ＰＥＧのポリマー化合物で製剤化され得る。製剤は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで細胞をトランスフェクトするために、またはポリヌクレオチドのｉｎ  ｖｉｖｏ送達のために使用され得る。別の例では、ポリヌクレオチドは、各々は本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開第２００９００４２８２９号および第２００９００４２８２５号に記載されるように、カチオン性ポリマーを有する溶液または媒体に、乾燥した医薬組成物、または乾燥させることが可能である溶液に懸濁させられ得る。
【０７７１】
別の非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ＰＬＧＡ−ＰＥＧブロックコポリマー（本願明細書に完全に援用する、米国特許出願公開番号ＵＳ２０１２０００４２９３および米国特許第８，２３６，３３０号を参照）またはＰＬＧＡ−ＰＥＧ−ＰＬＧＡブロックコポリマー（例えば、本願明細書に完全に援用する、米国特許第６，００４，５７３
号を参照）によって製剤化され得る。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ＰＥＧおよびＰＬＡまたはＰＥＧおよびＰＬＧＡのジブロックコポリマーによって製剤化され得る（本願明細書に完全に援用する、米国特許第８，２４６，９６８号を参照）。
【０７７２】
一実施形態では、ポリマー組合せは、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤化および／または送達のために使用され得る。非限定例として、ポリマー組合せは、１：１、１：２、１：２．５、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２．５、１：１５、１：２０、１：２５、１：３０、１：４０または少なくとも１：５０の比で使用される２つのポリマーであってよい。ポリヌクレオチドの送達の間の脂質への剪断応力を低減するために、送達の間の分解に感受性であるポリマーを安定させるためにポリマーが使用されてよい。
【０７７３】
一実施形態では、ＰＬＧＡおよびＰＥＧのポリマー組合せが、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの製剤化および／または送達のために使用され得る。非限定例として、送達の間のＰＬＧＡの分解を低減するために、ポリヌクレオチドの送達および／または製剤化でＰＥＧがＰＬＧＡと使用され得る。別の非限定例として、ポリヌクレオチドの製剤化および／または送達で使用されるＰＬＧＡおよびＰＥＧ脂質は、５０：５０の比であってよい。さらに別の非限定例として、ＰＬＧＡは概ね１５Ｋのサイズを有し、ＰＥＧは概ね２Ｋのサイズを有し、ポリヌクレオチドの製剤化および／または送達において５０：５０の比で使用される。
【０７７４】
ポリアミン誘導体は、核酸を送達するか、または疾患を治療および／もしくは予防するために使用されてもよく、または植込み型もしくは注射用デバイスに包含されてもよい（それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１００２６０８１７号（現在は、米国特許第８，４６０，６９６号）および同第２０１４００５０７７５号）。非限定例として、医薬組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１００２６０８１７号（現在は、米国特許第８，４６０，６９６号に記載される、ポリヌクレオチドおよびポリアミン誘導体を含むことができる。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、炭水化物ジアジド単量体と、オリゴアミンを含むジルキン単位（ｄｉｌｋｙｎｅ  ｕｎｉｔｅ）とを合わせることで調製される１，３−双極性付加ポリマーを含むポリマーなどであるが、これに限定されるものではない、ポリアミンポリマーを使用して送達されてもよい（米国特許第８，２３６，２８０号；その内容が本願明細書で完全に援用される）。別の非限定例として、本発明の修飾核酸および／またはｍｍＲＮＡは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１４００５０７７５号に記載の式Ｉ−ＶＩに記載のもののようなポリアミン誘導体を含む組成物を使用して送達されてもよいし、またはその組成物中に製剤化されてもよい。
【０７７５】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４０４２９２０に記載されるような、疎水性カルバメート末端基を含むカルバメート官能化分岐ポリエチレンイミンのような、分岐したポリアミンとの製剤中で送達されてもよい。
【０７７６】
本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのアクリルポリマーと共に製剤化されてもよい。アクリルポリマーとしては、限定するものではないが、アクリル酸、メタクリル酸、アクリル酸およびメタクリル酸コポリマー、メタクリル酸メチルコポリマー、エトキシエチルメタクリレート、シアノエチルメタクリレート、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、ポリシアノアクリル酸、およびそれらの組み合わせが挙げられる。非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０３１７０７９号に記載されるような、少なくとも１つのポリ（アクリレート）コポリマーと共に製剤化されてもよ
い。別の非限定例として、このポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１５８１４１に記載されるような、少なくとも１つのポリ（アクリレート）ポリマーと共に製剤化されてもよい。
【０７７７】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１１１１５８６２、ＷＯ２０１２０８２５７４、およびＷＯ２０１２０６８１８７、および米国特許出願公開第２０１２０２８３４２７号に記載される、少なくとも１つのポリマーおよび／またはその誘導体と共に製剤化されてもよい。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１１１１５８６２に記載される、式Ｚのポリマーと共に製剤化されてもよい。さらに別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０８２５７４号またはＷＯ２０１２０６８１８７および米国特許出願公開第２０１２０２８３４２号に記載される、式Ｚ、Ｚ’またはＺ’’のポリマーと共に製剤化されてもよい。本発明の修飾ＲＮＡと共に製剤化されたポリマーは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０８２５７４またはＷＯ２０１２０６８１８７に記載される方法によって合成されてもよい。
【０７７８】
本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのアクリルポリマーと共に製剤化されてもよい。アクリルポリマーとしては、限定するものではないが、アクリル酸、メタクリル酸、アクリル酸およびメタクリル酸コポリマー、メタクリル酸メチルコポリマー、エトキシエチルメタクリレート、シアノエチルメタクリレート、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、ポリシアノアクリル酸、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
【０７７９】
本発明のポリヌクレオチドの製剤は、ポリリシン、ポリエチレンイミン、ポリ（アミドアミン）デンドリマー、ポリ（アミン−ｃｏ−エステル）またはそれらの組み合わせなどであるが、これに限定されるものではない少なくとも１つのアミン含有ポリマーを含むことができる。非限定例として、ポリ（アミン−ｃｏ−エステル）は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０８２５２９に記載されるポリマーであるか、および／またはそれに記載される方法によって製造されてもよい。別の非限定例として、ポリ（アミドアミン）ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願番号２０１３０２８９２０７に記載されるポリマーであるか、および／またはそれに記載される方法によって製造されてもよい。
【０７８０】
本発明のポリヌクレオチドの製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５８１２７およびＷＯ２０１３１４８５４１に記載されるカチオン性脂質の少なくとも１つを含むことができる。非限定例として、このカチオン性脂質は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５８１２７に記載の構造（Ｉ）を有する。別の非限定例として、カチオン脂質は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１４８５４１に記載の構造式Ａを有する。
【０７８１】
本発明のポリヌクレオチドの製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５８５７９に記載の少なくとも１つのジエステルおよびトリエステルベースの低分子量、生分解性カチオン性脂質を含むことができる。非限定例として、カチオン性脂質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５８５７９に記載の式Ａを有する。
【０７８２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドの製剤は、その内容が本願明細書で完全に
援用される欧州特許公開番号ＥＰ２３５００４３に記載のようなアミノ脂質またはその塩を含む、カチオン性脂質および脂質粒子を含むことができる。
【０７８３】
一実施形態では、本明細書に記載のポリマーは、可逆的付加−開裂連鎖移動（ＲＡＦＴ）重合化を使用して合成してもよい。ＲＡＦＴは、制御されたラジカル重合化であって、部位特異的なバイオコンジュゲーションの機会をもたらす、ブロックまたは他の構造およびテレキリック（ｔｅｌｅｃｈｅｌｉｃ）末端化学による単分散およびポリマーの合成を可能にし得る（例えば、Ｎｅｌｓｏｎら、Ｔｕｎａｂｌｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｓｉＲＮＡ  ｆｒｏｍ  ａ  Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  Ｓｃａｆｆｏｌｄ  ｔｏ  Ｐｒｏｍｏｔｅ  Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  Ｉｎ  Ｖｉｖｏ．Ａｄｖ．Ｍａｔｅｒ．２０１３を参照；その内容が本願明細書で完全に援用される）。
【０７８４】
例えば、本発明のポリヌクレオチドは、ポリ（アルキレンイミン）、生分解性カチオン性リポポリマー、生分解性ブロックコポリマー、生分解性ポリマー、または生分解性ランダムコポリマー、生分解性ポリエステルブロックコポリマー、生分解性ポリエステルポリマー、生分解性ポリエステルランダムコポリマー、直鎖生分解性コポリマー、ＰＡＧＡ、生分解性架橋カチオン性多重ブロックコポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、医薬化合物中に製剤化されてもよい。生分解性カチオン性リポポリマーは、当技術分野で公知の方法によって製造されても、および／またはそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，６９６，０３８号、米国特許出願公開第２００３００７３６１９号および米国特許出願公開第２００４０１４２４７４号に記載される方法によって製造されてもよい。ポリ（アルキレンイミン）は、当技術分野で公知の方法、および／またはその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１００００４３１５号に記載される方法を使用して、製造されてもよい。生分解性ポリマー、生分解性ブロックコポリマー、生分解性ランダムコポリマー、生分解性ポリエステルブロックコポリマー、生分解性ポリエステルポリマー、または生分解性ポリエステルランダムコポリマーは、当技術分野で公知の方法および／または各々その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，５１７，８６９号および米国特許第６，２６７，９８７号に記載されるような方法を使用して、製造されてもよい。直鎖生分解性コポリマーは、当技術分野で公知の方法を使用して製造されても、および／または米国特許第６，６５２，８８６号に記載されるような方法を使用して、製造されてもよい。ＰＡＧＡポリマーは、当技術分野で公知の方法および／またはその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，２１７，９１２号に記載されるような方法を使用して、製造されてもよい。ＰＡＧＡポリマーは、ポリ−Ｌ−リシン、ポリアルギン（ｐｏｌｙａｒｇｉｎｅ）、ポリオルニチン、ヒストン、アビジン、プロタミン、ポリラクチドおよびポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコリド）などであるが、これに限定されるものではない、ポリマーと共重合されて、コポリマーまたはブロックコポリマーを形成してもよい。生分解性架橋カチオン性多重ブロックコポリマーは、当技術分野で公知の方法によって製造されてもよいし、および／またはそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，０５７，８２１号、米国特許第８，４４４，９９２号、または米国特許出願公開第２０１２００９１４５号に記載されるような方法によって製造されてもよい。例えば、多重ブロックコポリマーは、分枝ポリエチレンイミンと比較して、別個のパターンを有する、直鎖ポリエチレンイミン（ＬＰＥＩ）ブロックを使用して合成されてもよい。さらに、組成物または医薬組成物は、本明細書に記載される、またはそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１００００４３１５号、もしくは米国特許第６，２６７，９８７号および米国特許第６，２１７，９１２号に記載されるような、当技術分野で公知の方法によって製造されてもよい。
【０７８５】
本発明のポリヌクレオチドは、ポリカチオン性側鎖を含み得る少なくとも１つの分解性ポリエステルと共に、製剤化されてもよい。分解性ポリエステルとしては、限定するもの
ではないが、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−ｃｏ−Ｌ−リシン）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）、およびそれらの組み合わせが挙げられる。別の実施形態では、分解性ポリエステルは、ＰＥＧ化ポリマーを形成するために、ＰＥＧコンジュゲーションを含むことができる。
【０７８６】
本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの架橋性ポリエステルと共に製剤化されてもよい。架橋性ポリエステルとしては、当技術分野で公知のもの、およびその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１２０２６９７６１号に記載されるものが挙げられる。
【０７８７】
本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのシクロデキストリンポリマー中に製剤化されてもよく、またはそれと共に製剤化されてもよい。シクロデキストリンポリマーおよびシクロデキストリンポリマーを製造する方法としては、当技術分野で公知のもの、およびその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１８４４５３号に記載されるものが挙げられる。
【０７８８】
本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの送達ポリマー、例えば、ポリアミド、樹状高分子および炭水化物含有分解性ポリエステル中に製剤化されてもよく、またはそれと共に製剤化されてもよい。例えば、ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，６８５，３６８号に記載される、シクロデキストリンコアおよびシクロデキストリンコアに結合されたオリゴアミンシェルを含むシクロデキストリンベースの樹状高分子であってもよい。
【０７８９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの架橋カチオン結合ポリマーに製剤化されてもよく、またはそれと共に製剤化されてもよい。架橋カチオン結合ポリマーおよび架橋カチオン結合ポリマーを製造する方法としては、当技術分野で公知のもの、およびそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１０６０７２、ＷＯ２０１３１０６０７３、およびＷＯ２０１３１０６０８６に記載されるものが挙げられる。
【０７９０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの分枝ポリマーに製剤化されてもよく、またはそれと共に製剤化されてもよい。分枝ポリマーおよび分枝ポリマーを製造する方法としては、当技術分野で公知のもの、およびそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際ＷＯ２０１３１１３０７１号に記載されるものが挙げられる。
【０７９１】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、複数のポリマー分岐を含むポリマーで製剤化されてもよく、ここで少なくとも１つの分岐は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４０５３６５４に記載のように、少なくとも１つのジスルフィド基および少なくとも１つのビニル基（非置換ビニルまたは官能化ビニル基であってもよい）を含む。
【０７９２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、少なくともＰＥＧ化アルブミンポリマーに製剤化されてもよく、またはそれと共に製剤化されてもよい。ＰＥＧ化アルブミンポリマーおよびＰＥＧ化アルブミンポリマーを製造する方法としては、当技術分野で公知のもの、およびそれぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２３１２８７号に記載されるものが挙げられる。
【０７９３】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリマーは、ＰＥＧ末端の脂質にコンジュゲートされてもよい。非限定例として、ＰＬＧＡがＰＥＧ末端の脂質にコンジュゲートされて
、ＰＬＧＡ−ＤＳＰＥ−ＰＥＧが形成されてもよい。別の非限定例として、本発明によって使用されるＰＥＧコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２００８１０３２７６に記載される。ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，２７３，３６３号に記載されるコンジュゲートなどであるが、これに限定されるものではない、リガンドコンジュゲートを使用して、コンジュゲートされてもよい。
【０７９４】
一実施形態では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、投与前にＰＥＧまたはリン酸ナトリウム／炭酸ナトリウム溶液と混合されてもよい。別の実施形態では、目的のタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、ＰＥＧと混合されてもよく、またリン酸ナトリウム／炭酸ナトリウム溶液と混合されてもよい。さらに別の実施形態では、目的のタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、ＰＥＧと混合されてもよく、第２の目的のタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、リン酸ナトリウム／炭酸ナトリウム溶液と混合されてもよい。
【０７９５】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、別の化合物とコンジュゲートされてもよい。コンジュゲートの非限定例は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第７，９６４，５７８号および米国特許第７，８３３，９９２号に記載される。別の実施形態では、本発明の修飾ＲＮＡは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第７，９６４，５７８号および米国特許第７，８３３，９９２号に記載されるような、式１〜１２２のコンジュゲートとコンジュゲートされてもよい。本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、限定するものではないが、金などの金属とコンジュゲートされてもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｇｉｌｊｏｈａｎｎら著、Ｊｏｕｒｎ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００９、１３１（６）、ｐ２０７２〜２０７３を参照）。別の実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、金−ナノ粒子にコンジュゲートされてもよく、および／またはその中にカプセル化されてもよい（それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２１６２６９および米国特許出願公開第２０１２０３０２９４０号および米国特許出願公開第２０１３０１７７５２３号）。
【０７９６】
その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１００００４３１３号に記載されるように、遺伝子送達組成物は、ヌクレオチド配列およびポロキサマーを含むことができる。例えば、本発明のポリヌクレオチドは、米国特許出願公開第２０１００００４３１３号に記載される、ポロキサマーを含む遺伝子送達組成物中で使用されてもよい。
【０７９７】
一実施形態では、本発明のポリマー製剤は、コレステロールおよびポリエチレングリコール基に共有結合され得るカチオン性リポポリマーと、カチオン性担体を含み得るポリマー製剤とを接触させることで、安定化され得る。ポリマー製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２００９００４２８２９号に記載される方法を使用して、カチオン性リポポリマーと接触されてもよい。カチオン性担体としては、限定するものではないが、ポリエチレンイミン、ポリ（トリメチレンイミン）、ポリ（テトラメチレンイミン）、ポリプロピレンイミン、アミノグリコシド−ポリアミン、ジデオキシ−ジアミノ−ｂ−シクロデキストリン、スペルミン、スペルミジン、ポリ（２−ジメチルアミノ）メタクリル酸エチル、ポリ（リシン）、ポリ（ヒスチジン）、ポリ（アルギニン）、カチオン化ゼラチン、デンドリマー、キトサン、１，２−ジオレオイル−３−トリメチルアンモニウム−プロパン（ＤＯＴＡＰ）、Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム塩化物（ＤＯＴＭＡ）、１−［２−（オレオイルオキシ）エチル］−２−オレイル−３−（２−ヒドロキシエチル）イミダゾリニウム塩化物（ＤＯＴＩＭ）、２，３−ジオレイルオキシ−Ｎ−［２（スペルミンカル
ボキサミド）エチル］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−プロパンアミニウムトリフルオロ酢酸塩（ＤＯＳＰＡ）、３Ｂ−［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル］コレステロール塩酸塩（ＤＣ−コレステロールＨＣｌ）ジヘプタデシルアミドグリシルスペルミジン（ＤＯＧＳ）、Ｎ，Ｎ−ジステアリル−Ｎ，Ｎ−ジメチルアンモニウム臭化物（ＤＤＡＢ）、Ｎ−（１，２−ジミリスチルオキシプロプ−３−イル）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−Ｎ−ヒドロキシエチル臭化アンモニウム（ＤＭＲＩＥ）、Ｎ，Ｎ−ジオレイル−Ｎ，Ｎ−ジメチルアンモニウム塩化物ＤＯＤＡＣ）、およびそれらの組み合わせが挙げられる。非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３００６５９４２号に記載されるものなどのカチオン性リポポリマーと共に製剤化されてもよい。
【０７９８】
本発明のポリヌクレオチドは、１つまたは複数のポリマーのポリプレックスに製剤化されてもよい（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５０１，４７８号、米国特許出願公開第２０１２０２３７５６５号および同第２０１２０２７０９２７号および同第２０１３０１４９７８３号および同第２０１３０３４４１１７号および国際公開番号ＷＯ２０１３０９０８６１を参照）。非限定例として、ポリプレックスは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０９０８６１に記載される、新規のα−アミノアミジンポリマーを使用して形成されてもよい。別の非限定例として、ポリプレックスは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５０１，４７８号に記載されるクリックポリマーを使用して形成されてもよい。まだ別の非限定例として、ポリプレックスは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０３４４１１７号に記載される、式Ｉ、Ｉ−ａ、Ｉ−ｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＩＩ−ａ、ＩＩＩ−ｂ、ＩＶ、Ｖ、Ｖ−ａ、Ｖ−ｂ、ＶＩ、ＶＩ−ｂ、ＶＩ−ａ、ＶＩＩを有するカチオン性ポリマーを含むことができる。
【０７９９】
一実施形態では、ポリプレックスは、２つ以上のカチオン性ポリマーを含む。カチオン性ポリマーは、直鎖ＰＥＩなどのポリ（エチレンイミン）（ＰＥＩ）を含むことができる。別の実施形態では、ポリプレックスは、ｐ（ＴＥＴＡ／ＣＢＡ）、そのＰＥＧ化アナログｐ（ＴＥＴＡ／ＣＢＡ）−ｇ−ＰＥＧ２ｋ、およびそれらの混合物を含む（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１４９７８３号を参照。
【０８００】
本発明のポリヌクレオチドはまた、ポリマー、脂質、および／またはリン酸カルシウムなどであるが、これに限定されるものではない、その他の生分解性因子の組み合わせを使用して、ナノ粒子として製剤化されてもよい。ポリヌクレオチドの送達が促進されるように、成分を、コア−シェル中、ハイブリッド中、および／またはレイヤー−バイ−レイヤー構造中で混合して、ナノ粒子の微調整を可能にしてもよい（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｗａｎｇら、Ｎａｔ  Ｍａｔｅｒ．２００６、５：７９１〜７９６；Ｆｕｌｌｅｒら、Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ．，２００８，２９：１５２６〜１５３２；ＤｅＫｏｋｅｒら、Ａｄｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ  Ｒｅｖ．，２０１１、６３：７４８〜７６１；Ｅｎｄｒｅｓら、Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ．，２０１１、３２：７７２１〜７７３１；Ｓｕら、Ｍｏｌ  Ｐｈａｒｍ．，２０１１年６月６日、８（３）：７７４〜８７）。非限定例として、ナノ粒子は、限定するものではないが、親水性−疎水性ポリマー（例えばＰＥＧ−ＰＬＧＡ）、疎水性ポリマー（例えばＰＥＧ）および／または親水性ポリマーなど、複数のポリマーを含むことができる（その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０２２５１２９）。
【０８０１】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開番号２０１４００９３５７５に記載どおり、安定なレイヤー−バイ−レイヤーコーティング粒子に製剤化されてもよいし、またはそこに記載の方法によっ
て製造されてもよい。
【０８０２】
別の非限定例として、ポリヌクレオチドのための親水性ポリマーを含むナノ粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１１９９３６に記載されるものであっても、またはそれに記載される方法によって製造されるものであってもよい。
【０８０３】
一実施形態では、本発明で使用されてもよい生分解性ポリマーは、ポリ（エーテル無水物）ブロックコポリマーである。非限定例として、本明細書で使用される生分解性ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２００６０６３２４９に記載されるようなブロックコポリマーであってもよく、またはその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２００６０６３２４９に記載される方法によって製造されてもよい。
【０８０４】
別の実施形態では、本発明で使用されてもよい生分解性ポリマーは、アルキルおよびシクロアルキル末端生分解性脂質である。非限定例として、アルキルおよびシクロアルキル末端生分解性脂質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０８６３２２に記載されるものであってもよく、および／または国際公開番号ＷＯ２０１３０８６３２２に記載される方法によって製造されてもよい。
【０８０５】
さらに別の実施形態では、本発明で使用されてもよい生分解性ポリマーは、脂質部分に位置する、１つまたは複数の生分解性基を有するカチオン性脂質である。非限定例として、生分解性脂質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１９５９２０号に記載されるものであってもよい。
【０８０６】
別の実施形態では、本発明で使用され得る生分解性ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８５３５６５５号に記載される。この生分解性ポリマーは、限定するものではないが、本明細書に記載のポリヌクレオチドのような少なくとも１つの生理活性部分を含むことができる。この生理活性部分は、生分解性ポリマー骨格からぶらさがってもよいし、および／またはそれに共有結合されてもよく、この生理活性部分は、ポリマー骨格の生分解性の速度と等しい速度で放出されてもよいし、またはそれより速く放出されてもよい。
【０８０７】
一実施形態では、本明細書に記載の生分解性ポリマーおよび／または当技術分野で公知のポリマーは、本明細書に記載のポリヌクレオチドを送達するためにナノ粒子中で用いられてもよい。非限定例として、ポリヌクレオチドなどの核酸を送達するために用いられ得る生分解性ポリマーを含むナノ粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８６２８８０１号に記載される。
【０８０８】
脂質および／またはポリマーと組み合わされた生分解性リン酸カルシウムナノ粒子は、ｉｎ  ｖｉｖｏでポリヌクレオチドを送達することが示されている。一実施形態では、アニスアミドなどの標的化リガンドもまた含有する場合がある、脂質コーティングリン酸カルシウムナノ粒子を使用して、本発明のポリヌクレオチドを送達してもよい。例えば、マウス転移性肺モデルにおいて、ｓｉＲＮＡを効果的に送達するために、脂質コーティングリン酸カルシウムナノ粒子を使用した（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｌｉら、Ｊ  Ｃｏｎｔｒ  Ｒｅｌ．２０１０、１４２：４１６〜４２１；Ｌｉら、Ｊ  Ｃｏｎｔｒ  Ｒｅｌ．２０１２、１５８：１０８〜１１４；Ｙａｎｇら、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１２、２０：６０９〜６１５）。この送達系は、標的化ナノ粒子とエンドソーム漏出を促進する成分であるリン酸カルシウムとの両方を組み合わせて、ｓｉＲＮＡの送達を改善する。
【０８０９】
一実施形態では、リン酸カルシウムを、ＰＥＧ−ポリアニオンブロックコポリマーと共に使用して、ポリヌクレオチドを送達してもよい（それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、Ｋａｚｉｋａｗａら、Ｊ  Ｃｏｎｔｒ  Ｒｅｌ．，２００４、９７：３４５〜３５６；Ｋａｚｉｋａｗａら、Ｊ  Ｃｏｎｔｒ  Ｒｅｌ．２００６、１１１、３６８〜３７０）。
【０８１０】
一実施形態では、ＰＥＧ電荷反転型ポリマー（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｐｉｔｅｌｌａら、Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ．２０１１、３２：３１０６〜３１１４）を使用して、ナノ粒子を形成し、本発明のポリヌクレオチドを送達してもよい。ＰＥＧ電荷反転型ポリマーを、酸性ｐＨでポリカチオンに切断し、ひいてはエンドソーム漏出を促進することで、ＰＥＧポリアニオンブロックコポリマー上で改善してもよい。
【０８１１】
一実施形態では、本発明で使用されるポリマーは、本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０５５３３１に記載されるペンタブロックポリマーなどであるが、これに限定されるものではない、ペンタブロックポリマーであり得る。非限定例として、ペンタブロックポリマーは、ＰＧＡ−ＰＣＬ−ＰＥＧ−ＰＣＬ−ＰＧＡを含んでおり、式中、ＰＥＧはポリエチレングリコールであり、ＰＣＬは、ポリ（Ｅ−カプロラクトン）であり、ＰＧＡはポリ（グリコール酸）であり、ＰＬＡはポリ（乳酸）である。別の非限定例として、ペンタブロックポリマーは、ＰＥＧ−ＰＣＬ−ＰＬＡ−ＰＣＬ−ＰＥＧを含んでおり、式中、ＰＥＧはポリエチレングリコールであり、ＰＣＬはポリ（Ｅ−カプロラクトン）であり、ＰＧＡはポリ（グリコール酸）であり、ＰＬＡはポリ（乳酸）である。
【０８１２】
一実施形態では、本発明で使用されてもよいポリマーは、少なくとも１つのジエポキシドおよび少なくとも１つのアミノグリコシドを含む（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０５５９７１を参照）。ジエポキシドは、限定するものではないが、１，４ブタンジオールジグリシジルエーテル（１，４Ｂ）、１，４−シクロヘキサンジメタノールジグリシジルエーテル（１，４Ｃ）、４−ビニルシクロヘキセンジエポキシド（４ＶＣＤ）、エチレングリコールジグリシジルエーテル（ＥＤＧＥ）、グリセロールジグリシジルエーテル（ＧＤＥ）、ネオペンチルグリコールジグリシジルエーテル（ＮＰＤＧＥ）、ポリ（エチレングリコール）ジグリシジルエーテル（ＰＥＧＤＥ）、ポリ（プロピレングリコール）ジグリシジルエーテル（ＰＰＧＤＥ）、およびレソルシノールジグリシジルエーテル（ＲＤＥ）から選択されてもよい。アミノグリコシドは、限定するものではないが、ストレプトマイシン、ネオマイシン、フラマイセチン、パロモマイシン、リボスタマイシン、カナマイシン、アミカシン、アルベカシン、ベカナマイシン、ジベカシン、トブラマイシン、スペクチノマイシン、ハイグロマイシン、ゲンタマイシン、ネチルマイシン、シソマイシン、イセパマイシン、ベルダマイシン、アストロマイシン、およびアプラマイシンから選択されてもよい。非限定例として、ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０５５９７１に記載される方法によって、製造されてもよい。別の非限定例として、少なくとも１つのジエポキシドと少なくとも１つのアミノグリコシドとを含む、任意のポリマーを含む組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０５５９７１に記載される方法によって製造されてもよい。
【０８１３】
一実施形態では、本発明で使用されてもよいポリマーは、架橋ポリマーであってもよい。非限定例として、架橋ポリマーを使用して、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，４１４，９２７号に記載されるような粒子を形成してもよい。別の非限定例として、架橋ポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１７２６００号に記載される方法によって得てもよい。
【０８１４】
別の実施形態では、本発明で使用してもよいポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，４６１，１３２号に記載されるものなどの架橋ポリマーであってもよい。非限定例として、この架橋ポリマーは、体組織の処置のための治療用組成物で使用してもよい。治療用組成物は、注射またはカテーテル挿入など、様々な当技術分野で公知の方法、および／または本明細書に記載される方法を使用して、損傷を受けた組織に投与してもよい。
【０８１５】
一実施形態では、本発明で使用されてもよいポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０４９３２８に記載されるものなどであるが、これに限定されるものではない、ジアルファテック（ｄｉ−ａｌｐｈａｔｉｃ）置換ペグ化脂質であってもよい。
【０８１６】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドの送達および／または形成で用いられ得るポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０９９７５５に記載されるものなどであるが、これに限定されるものではない、ペグ化ポリマーである。
【０８１７】
一実施形態では、ブロックコポリマーは、ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧであり（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、熱感受性のハイドロゲル（ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧ）が、ＴＧＦ−β１遺伝子送達ビヒクルとして使用される、Ｌｅｅら、「Ｔｈｅｒｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  Ｈｙｄｒｏｇｅｌ  ａｓ  ａ  Ｔｇｆ−β１  Ｇｅｎｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｖｅｈｉｃｌｅ  Ｅｎｈａｎｃｅｓ  Ｄｉａｂｅｔｉｃ  Ｗｏｕｎｄ  Ｈｅａｌｉｎｇ」、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００３、２０（１２）：１９９５〜２０００；制御される遺伝子送達系として使用される、Ｌｉら、「Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｇｅｎｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｂａｓｅｄ  ｏｎ  Ｔｈｅｒｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  Ｈｙｄｒｏｇｅｌ」、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００３、（２０）６：８８４〜８８８；ならびにＣｈａｎｇら、「Ｎｏｎ−ｉｏｎｉｃ  ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ  ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧ  ｃｏｐｏｌｙｍｅｒ  ｅｎｈａｎｃｅｓ  ｇｅｎｅ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｉｎ  ｒａｔ  ｓｋｅｌｅｔａｌ  ｍｕｓｃｌｅ）」、Ｊ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ、２００７、１１８：２４５〜２５３を参照）、本発明で用いてもよい。本発明は、限定するものではないが、筋肉内および皮下投与などの投与のために、ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧと共に製剤化されてもよい。
【０８１８】
別の実施形態では、ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧブロックコポリマーを本発明で使用して、生分解性徐放システムを開発する。一態様では、本発明のポリヌクレオチドを、投与前にブロックコポリマーと混合する。別の態様では、本発明のポリヌクレオチド酸を、ブロックコポリマーと同時投与する。
【０８１９】
一実施形態では、本発明で使用されるポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８４５４９４６号に記載されるような多官能価Ｎ−マレイミジルポリマー誘導体などであるが、これに限定されるものではない、多官能価ポリマー誘導体であってもよい。別の実施形態では、本発明で用いられるポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２３６９６８号に記載のような多官能性コポリマーであってもよい。非限定例として、多官能性コポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２３６９６８号に記載のように式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）または（ＶＩ）を有してもよい。
【０８２０】
一実施形態では、本発明で使用され得るポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４０２５７９５に記載されるような、式Ａ−Ｌ−Ｄ（Ａは、線形、分岐または樹状のポリアミンであり；Ｄは、脂質であり；かつＬは、水溶性ポリマーを含むリンカーである）を有するコポリマーである。
【０８２１】
コア−シェルナノ粒子の使用は、カチオン性架橋ナノゲルコアおよび様々なシェルを合成する、ハイスループットアプローチにさらに焦点を合わせている（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｓｉｅｇｗａｒｔら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ、２０１１、１０８：１２９９６〜１３００１）。重合性ナノ粒子の複合体形成、送達、および内部移行は、ナノ粒子のコアおよびシェル成分の両方で化学成分を変化させることで、正確に制御され得る。例えば、コア−シェルナノ粒子は、それらがコレステロールをナノ粒子に共有結合的に付着した後に、マウス肝実質細胞にｓｉＲＮＡを効率的に送達し得る。
【０８２２】
一実施形態では、中央ＰＬＧＡ層を含む中空脂質コア、およびＰＥＧ含有外部中性脂質層を使用して、本発明のポリヌクレオチドを送達してもよい。非限定例として、ルシフェラーゼ（ｌｕｃｉｆｅｒｅａｓｅ）発現腫瘍を保有するマウスでは、脂質−ポリマー−脂質ハイブリッドナノ粒子が、従来のリポプレックスと比較して、ルシフェラーゼ発現を有意に抑制することが確認された。（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｓｈｉら、Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍ  Ｉｎｔ  編，２０１１、５０：７０２７〜７０３１）。
【０８２３】
一実施形態では、脂質ナノ粒子は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドのコアと、ポリマーシェルとを含むことができる。ポリマーシェルは、本明細書に記載され、当技術分野で公知である任意のポリマーであってもよい。追加的な実施形態では、ポリマーシェルを使用して、ポリヌクレオチドをコア内で保護してもよい。
【０８２４】
本発明のポリヌクレオチドと共に使用するためのコア−シェルナノ粒子は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，３１３，７７７号または国際公開番号ＷＯ２０１３１２４８６７に記載され、それに記載される方法によって形成されてもよい。
【０８２５】
一実施形態では、コア−シェルナノ粒子は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドのコアと、ポリマーシェルとを含むことができる。ポリマーシェルは、本明細書に記載され、当技術分野で公知である任意のポリマーであってもよい。追加的な実施形態では、このポリマーシェルを使用して、ポリヌクレオチドをコア内で保護してもよい。
【０８２６】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤と共に使用されるポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１１１２００５３に記載されるような修飾ポリマー（限定するものではないが、修飾ポリアセタールなど）であってもよい。
【０８２７】
一実施形態では、製剤は、ポリマー担体と少なくとも１つの核酸分子とを含む、ポリマー担体カーゴ複合体であってもよい。ポリマー担体カーゴ複合体の非限定例は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１１３３２６、ＷＯ２０１３１１３５０１、ＷＯ２０１３１１３３２５、ＷＯ２０１３１１３５０２、およびＷＯ２０１３１１３７３６、ならびに欧州特許出願番号ＥＰ２６２３１２１に記載される。一態様では、ポリマー担体カーゴ複合体は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される国際公開番号ＷＯ２０１３１１３３２５およびＷＯ２０１３１１３５０２に記載されるものなどであるが、これに限定されるものではない、負に帯電した核酸分子を含むことができる。
【０８２８】
一実施形態では、医薬組成物は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリマー担体カーゴ複合体を含むことができる。ポリヌクレオチドは、感染症に関連する病原体からの抗原、アレルギーまたはアレルギー性疾患に関連する抗原、自己免疫疾患に関連する抗原、またはがんもしくは腫瘍疾患関連抗原などであるが、これに限定されるものではない、目的のタンパク質をコードし得る（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１１３３２６、ＷＯ２０１３１１３５０１、ＷＯ２０１３１１３３２５、ＷＯ２０１３１１３５０２、およびＷＯ２０１３１１３７３６号、ならびに欧州特許出願番号ＥＰ２６２３１２１に記載される抗原を参照）。
【０８２９】
非限定例として、コア−シェルナノ粒子を使用して、眼疾患または障害を処置してもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１２０３２１７１９号を参照）。
【０８３０】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤と共に使用されるポリマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１１１２００５３に記載されるような修飾ポリマー（修飾ポリアセタールなどであるが、これに限定されるものではない）であってもよい。
【０８３１】
ペプチドおよびタンパク質
本発明のポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドによる細胞のトランスフェクションを増大させるために、ペプチドおよび／またはタンパク質と共に製剤化され得る。本発明で用いられ得るペプチドおよび／またはタンパク質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５の段落［０００５４０］〜［０００５４３］に記載される。
【０８３２】
細胞
本発明のポリヌクレオチドを、ｅｘ  ｖｉｖｏで（生体外で）細胞内にトランスフェクションしてもよく、この細胞を引き続いて対象に移植する。非限定例として、医薬組成物は、修飾ＲＮＡを肝臓および骨髄性細胞に送達するための赤血球、ウイルス様粒子（ＶＬＰ：ｖｉｒｕｓ−ｌｉｋｅ  ｐａｒｔｉｃｌｅ）内に修飾ＲＮＡを送達するためのビロソーム、およびその内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５の段落［０００５４４］〜［０００５４６］に記載されるものなどの電気穿孔細胞を含むことができるが、これに限定されるものではない。
【０８３３】
細胞への導入
ウイルス媒介性技術および非ウイルス媒介性技術を含む多様な方法が、当技術分野で公知であり、細胞に核酸を導入するのに適する。本発明に用いられ得る導入方法の例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５の段落［０００５４７］〜［０００５４９］に記載される。
【０８３４】
微小器官
ポリヌクレオチドは、微小器官に含有されてもよく、次にこれが持続性治療製剤中で、目的のコードされるポリペプチドを発現し得る。微小器官およびそれらの製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００７０１］〜［０００７０５］中などに記載される。
【０８３５】
ヒアルロニダーゼ
本発明のポリヌクレオチドの筋肉内または皮下局所注射は、ヒアルロナンの加水分解を触媒するヒアルロニダーゼを含むことができる。ヒアルロニダーゼは、間質関門の構成要
素であるヒアルロナンの加水分解を触媒することで、ヒアルロナンの粘度を低下させ、それによって組織透過性を高める（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｆｒｏｓｔ、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．（２００７）４：４２７〜４４０）。それは、トランスフェクション細胞によって生成されるコードされるタンパク質の分散と、全身分布を促進するのに有用である。あるいは、ヒアルロニダーゼを使用して、筋肉内または皮下投与される本発明のポリヌクレオチドに曝露される、細胞数を増大してもよい。
【０８３６】
ナノ粒子模倣物
本発明のポリヌクレオチドは、ナノ粒子模倣物内にカプセル化されてもよいし、および／またはそれに吸収されてもよい。ナノ粒子模倣物は、限定するものではないが、病原体、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、プリオン、および細胞などの送達機能生物または粒子を模倣し得る。非限定例として、本発明のポリヌクレオチドは、ウイルスの送達機能を模倣し得る、非ヴィロン粒子内にカプセル化されてもよい。（それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３７６および米国特許出願公開第２０１３０１７１２４１号および米国特許出願公開第２０１３０１９５９６８号を参照）。
【０８３７】
ナノチューブ
本発明のポリヌクレオチドは、限定するものではないが、ロゼットナノチューブ、リンカーがある対塩基を有するロゼットナノチューブ、炭素ナノチューブ、および／または単一壁の炭素ナノチューブなど、少なくとも１つのナノチューブに付着し得るか、または別の方法でそれに結合し得る。ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、立体化学力、イオン力、共有結合力および／またはその他の力などである力を介して、ナノチューブに結合してもよい。ポリヌクレオチドを含むナノチューブおよびナノチューブ製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００７０８］〜［０００７１４］中などに記載される。
【０８３８】
コンジュゲート
本発明のポリヌクレオチドは、担体または標的化群に共有結合するか、または一緒になって融合タンパク質（例えば、標的化群と治療用タンパク質またはペプチドとを保有する）を生じる２つのコード領域を含む、ポリヌクレオチドなどのコンジュゲートを含む。
【０８３９】
本発明のコンジュゲートとしては、タンパク質（例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ：ｈｕｍａｎ  ｓｅｒｕｍ  ａｌｂｕｍｉｎ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ：ｌｏｗ−ｄｅｎｓｉｔｙ  ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ：ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ  ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ）、またはグロブリン）；炭水化物（例えば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、イヌリン、シクロデキストリンまたはヒアルロン酸）；または脂質などの天然に存在する物質が挙げられる。リガンドはまた、例えば、合成ポリアミノ酸、オリゴヌクレオチド（例えばアプタマー）のような合成ポリマーなどの組換え体または合成分子であってもよい。ポリアミノ酸の例としては、ポリリシン（ＰＬＬ）、ポリＬ−アスパラギン酸、ポリＬ−グルタミン酸、スチレン−マレイン酸無水物コポリマー、ポリ（Ｌ−ラクチド−ｃｏ−グリコリド）コポリマー、ジビニルエーテル−無水マレイン酸コポリマー、Ｎ−（２−ヒドロキシプロピル）メタクリルアミドコポリマー（ＨＭＰＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリウレタン、ポリ（２−エチルアクリル酸）、Ｎ−イソプロピルアクリルアミドポリマー、またはポリホスファジンが挙げられる。ポリアミンの例としては、以下が挙げられる：ポリエチレンイミン、ポリリシン（ＰＬＬ）、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、擬ペプチド−ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポ
リアミンの四級塩、またはαらせんペプチド。
【０８４０】
ポリヌクレオチドコンジュゲート、特にＲＮＡの調製を教示する、限定するものではないが、代表的な米国特許としては、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第４，８２８，９７９号；同第４，９４８，８８２号；同第５，２１８，１０５号；同第５，５２５，４６５号；同第５，５４１，３１３号；同第５，５４５，７３０号；同第５，５５２，５３８号；同第５，５７８，７１７号、同第５，５８０，７３１号；同第５，５９１，５８４号；同第５，１０９，１２４号；同第５，１１８，８０２号；同第５，１３８，０４５号；同第５，４１４，０７７号；同第５，４８６，６０３号；同第５，５１２，４３９号；同第５，５７８，７１８号；同第５，６０８，０４６号；同第４，５８７，０４４号；同第４，６０５，７３５号；同第４，６６７，０２５号；同第４，７６２，７７９号；同第４，７８９，７３７号；同第４，８２４，９４１号；同第４，８３５，２６３号；同第４，８７６，３３５号；同第４，９０４，５８２号；同第４，９５８，０１３号；同第５，０８２，８３０号；同第５，１１２，９６３号；同第５，２１４，１３６号；同第５，０８２，８３０号；同第５，１１２，９６３号；同第５，２１４，１３６号；同第５，２４５，０２２号；同第５，２５４，４６９号；同第５，２５８，５０６号；同第５，２６２，５３６号；同第５，２７２，２５０号；同第５，２９２，８７３号；同第５，３１７，０９８号；同第５，３７１，２４１号、同第５，３９１，７２３号；同第５，４１６，２０３号、同第５，４５１，４６３号；同第５，５１０，４７５号；同第５，５１２，６６７号；同第５，５１４，７８５号；同第５，５６５，５５２号；同第５，５６７，８１０号；同第５，５７４，１４２号；同第５，５８５，４８１号；同第５，５８７，３７１号；同第５，５９５，７２６号；同第５，５９７，６９６号；同第５，５９９，９２３号；同第５，５９９，９２８号、および同第５，６８８，９４１号；同第６，２９４，６６４号；同第６，３２０，０１７号；同第６，５７６，７５２号；同第６，７８３，９３１号；同第６，９００，２９７号；同第７，０３７，６４６号が挙げられる。
【０８４１】
一実施形態では、本発明のコンジュゲートは、本発明のポリヌクレオチドのための担体として機能してもよい。コンジュゲートは、ポリ（エチレングリコール）にグラフト化されてもよい、限定するものではないが、ポリアミン、ポリリシン、ポリアルキレンイミン、およびポリエチレンイミンなどのカチオン性ポリマーを含むことができる。非限定例として、コンジュゲートは、ポリマーコンジュゲートと類似してもよく、ポリマーコンジュゲートを合成する方法は、本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，５８６，５２４号に記載される。
【０８４２】
基質にコンジュゲーションさせる方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２１１２４９号に記載される。方法は、ポリヌクレオチドを含むコンジュゲートされたポリマー粒子を製造するのに使用されてもよい。
【０８４３】
コンジュゲートはまた、標的化群、例えば、細胞または組織標的化剤、例えば、腎細胞などの特定の細胞型と結合するレクチン、糖タンパク質、脂質、またはタンパク質、例えば抗体も含むことができる。標的化群は、甲状腺刺激ホルモン、メラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、界面活性剤プロテインＡ、ムチン炭水化物、多価の乳糖、多価のガラクトース、Ｎ−アセチル−ガラクトサミン、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン、Ｎ−アセチル−グルコサミン多価マンノース、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸、多価ガラクトース、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、葉酸、ビタミンＢ１２、ビオチン、ＲＧＤペプチド、ＲＧＤペプチド模倣剤、またはアプタマーであってもよい。
【０８４４】
標的化群は、タンパク質、例えば、糖タンパク質、またはペプチド、例えば、共リガン
ドに対する特異的親和性を有する分子、または抗体、例えば、がん細胞、内皮細胞、または骨細胞などの特定の細胞型と結合する抗体であってもよい。標的化群はまた、ホルモンおよびホルモン受容体も含むことができる。それらとしてはまた、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補助因子、多価乳糖、多価ガラクトース、Ｎ−アセチルガラクトサミン、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン、Ｎ−アセチル−グルコサミン多価マンノース、多価フコース、またはアプタマーなどの非ペプチド種も挙げられる。リガンドは、例えば、リポ多糖、またはｐ３８ＭＡＰキナーゼの活性化因子であってもよい。
【０８４５】
標的化群は、特定の受容体を標的とする能力がある、任意のリガンドであってもよい。例としては、限定するものではないが、葉酸、ＧａｌＮＡｃ、ガラクトース、マンノース、マンノース−６Ｐ、アプタマー（ａｐａｔａｍｅｒ）、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、ＰＳＭＡ、エンドセリン、ＧＣＰＩＩ、ソマトスタチン、ＬＤＬ、およびＨＤＬリガンドが挙げられる。特定の実施形態では、標的化群は、アプタマーである。アプタマーは、未修飾であってもよいし、または本明細書で開示される修飾の任意の組み合わせを有してもよい。
【０８４６】
非限定例として、標的化群は、血液−中枢神経系関門を越える標的化送達のための、グルタチオン受容体（ＧＲ：ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）結合コンジュゲートであってもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２１６６１０１２号を参照。
【０８４７】
一実施形態では、本発明のコンジュゲートは、相乗的な生体分子−ポリマーコンジュゲートであってもよい。相乗的な生体分子−ポリマーコンジュゲートは、より大きな治療効果を提供する、長時間作用型連続放出系であってもよい。相乗的生体分子−ポリマーコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１９５７９９号に記載されるものであってもよい。
【０８４８】
一実施形態では、その製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，６６８，９２６号に記載されるように、ナノ粒子中に処方され得るポリマーコンジュゲートを含むことができる。
【０８４９】
別の実施形態では、本発明で使用されてもよいコンジュゲートは、アプタマーコンジュゲートであってもよい。アプタマー（ａｐａｔａｍｅｒ）コンジュゲートの非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０４０５２４に記載される。アプタマーコンジュゲートは、ポリヌクレオチドを含む製剤の標的化送達を提供するために、使用されてもよい。
【０８５０】
一実施形態では、本発明で使用されてもよいコンジュゲートは、ポリマーコンジュゲートを含有するアミンであってもよい。ポリマーコンジュゲートを含有するアミンの非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５０７，６５３号に記載される。第ＩＸ因子部分ポリマーコンジュゲートは、対象に対する送達の際および／または送達の後にポリヌクレオチドを放出するように遊離可能な連結を備えてもよい。
【０８５１】
一実施形態では、本発明の医薬組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２１５３２９７に記載される、骨関連の疾患または障害を例えば処置またはモニターするために、結合した治療活性剤および骨標的化部分を有するポリマー骨格を備えてもよい。
【０８５２】
一実施形態では、本発明の医薬組成物は、ロックド核酸と類似した修飾などであるが、
これに限定されるものではない、化学修飾を含むことができる。
Ｓａｎｔａｒｉｓからのものなど、ロックド核酸（ＬＮＡ）の調製を教示する典型的な米国特許としては、限定するものではないが、以下が挙げられる：それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，２６８，４９０号；米国特許第６，６７０，４６１号；米国特許第６，７９４，４９９号；米国特許第６，９９８，４８４号；米国特許第７，０５３，２０７号；米国特許第７，０８４，１２５号；および米国特許第７，３９９，８４５号。
【０８５３】
ＰＮＡ化合物の調製を教示する典型的な米国特許としては、そのそれぞれが参照により本明細書に援用される、米国特許第５，５３９，０８２号；米国特許第５，７１４，３３１号；および米国特許第５，７１９，２６２号が挙げられるが、これに限定されるものではない。ＰＮＡ化合物のさらなる教示は、例えば、Ｎｉｅｌｓｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、１９９１、２５４、１４９７〜１５００に見ることができる。
【０８５４】
本発明で取り上げる一部の実施形態としては、ホスホロチオエート骨格があるポリヌクレオチド、および、具体的には、先述の米国特許第５，４８９，６７７号の−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−［メチレン（メチルイミノ）またはＭＭＩ骨格として知られている］、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−および−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ２−ＣＨ２−［式中、天然リン酸ジエステル骨格は、−Ｏ−Ｐ（Ｏ）２−Ｏ−ＣＨ２−として表される］；および上述の米国特許第５，６０２，２４０号のアミド骨格である、その他の修飾骨格を有するオリゴヌクレオシドが挙げられる。一部の実施形態では、本明細書で取り上げるポリヌクレトチドは、先述の米国特許第５，０３４，５０６号のモルホリノ骨格構造を有する。
【０８５５】
２’位における修飾はまた、送達を促進し得る。好ましくは、２’位における修飾は、ポリペプチドコード配列中に位置せず、すなわち、翻訳可能領域にない。２’位における修飾は、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲおよび／またはテーリング領域に位置してもよい。２’位における修飾は、以下の１つを２’位に含み得る：Ｈ（すなわち、２’−デオキシ）；Ｆ；Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルケニル；Ｏ−、Ｓ−またはＮ−アルキニル；またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキル、式中、アルキル、アルケニルおよびアルキニルは、置換または非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルまたはＣ２〜Ｃ１０アルケニルおよびアルキニルであってもよい。例示的な適切な修飾としては、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）．ｎＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、およびＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎおよびｍは１〜約１０である）が挙げられる。その他の実施形態では、ポリヌクレオチドは、以下の１つを２’位に含む：Ｃ１〜Ｃ１０低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリールまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカアリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、薬物動態特性を改善する基、または薬力学的特性を改善する基、および同様の性質を有するその他の置換基。一部の実施形態では、修飾としては、２’−メトキシエトキシ（２’−Ｏ−−ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）または２’−ＭＯＥとしてもまた知られている）（Ｍａｒｔｉｎら、Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ、１９９５、７８、４８６〜５０４）すなわち、アルコキシ−アルコキシ基が挙げられる。別の代表的修飾は、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、すなわち、以下に本明細書の実施例で記載されるように、２’−ＤＭＡＯＥとしてもまた知られているＯ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２基、および２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ（当技術分野では２’−Ｏ−ジメチルアミノエトキシエチルまたは２’−ＤＭＡＥＯＥとして
も知られている）、すなわち、下で本明細書の実施例にもまた記載される、２’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ２）２である。他の修飾としては、２’−メトキシ（２’−ＯＣＨ３）、２’−アミノプロポキシ（２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ２）および２’−フルオロ（２’−Ｆ）が挙げられる。同様の修飾はまた、その他の位置、特に、３’末端ヌクレオチド上の糖の３’位に、または２’−５’連結ｄｓＲＮＡ中に、および５’末端ヌクレオチドの５’位に作成されてもよい。本発明のポリヌクレオチドはまた、ペントフラノシル糖の代わりに、シクロブチル部分などの糖模倣物を有してもよい。このような修飾糖構造の調製を教示する典型的な米国特許としては、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第４，９８１，９５７号；同第５，１１８，８００号；同第５，３１９，０８０号；同第５，３５９，０４４号；同第５，３９３，８７８号；同第５，４４６，１３７号；同第５，４６６，７８６号；同第５，５１４，７８５号；同第５，５１９，１３４号；同第５，５６７，８１１号；同第５，５７６，４２７号；同第５，５９１，７２２号；同第５，５９７，９０９号；同第５，６１０，３００号；同第５，６２７，０５３号；同第５，６３９，８７３号；同第５，６４６，２６５号；同第５，６５８，８７３号；同第５，６７０，６３３号；および同第５，７００，９２０号が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【０８５６】
なおも別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、細胞浸透性ポリペプチドに、共有結合的にコンジュゲートされる。細胞浸透性ペプチドはまた、シグナル配列も含むことができる。本発明のコンジュゲートは、安定性増大；細胞トランスフェクション増大；および／または生体内分布の変化（例えば、特定の組織または細胞型に標的化される）を有するように設計してもよい。
【０８５７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、送達を促進する因子にコンジュゲートされてもよい。非限定例として、この因子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１１０６２９６５に記載されるような、標的化ブロックを有する、標的化単量体またはポリマーなどの単量体またはポリマーであってもよい。別の非限定例では、この因子は、本発明のポリヌクレオチドと共有結合的に連結する、輸送因子であってもよい（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，８３５．３９３号および同第７，３７４，７７８号を参照）。さらに別の非限定例では、この因子は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第７，７３７，１０８号および同第８，００３，１２９号に記載されるものなどの膜関門輸送促進因子であってもよい。
【０８５８】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＳＭＡＲＴＴ  ＰＯＬＹＭＥＲ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ（登録商標）（ＰＨＡＳＥＲＸ（登録商標），Ｉｎｃ．Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）にコンジュゲートされてもよい。
【０８５９】
別の態様では、コンジュゲートは、組織または生物中で、ナノ粒子をニューロンに選択的に誘導するペプチドであってもよい。非限定例として、使用されるペプチドは、限定するものではないが、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１２９６２７号に記載されるペプチドであってもよい。
【０８６０】
さらに別の態様では、コンジュゲートは、血液脳関門を越えるのを補佐し得るペプチドであってもよい。
一実施形態では、このコンジュゲートは、標的化発現に用いられ得るアプタマー−ｍＲＮＡコンジュゲートであってもよい。非限定例として、アプタマー−ｍＲＮＡコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３００２２５３８号に記載される任意のアプタマーおよび／またはコンジュゲートを含み得る。このアプタマー−ｍＲＮＡコンジュゲートは、標的細胞上の膜会合タンパク質に結合し得る
アプタマー成分を含むことができる。
【０８６１】
一実施形態では、このコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８６３６９９４号に記載されるコンジュゲートなどの水溶性のポリマーコンジュゲートであってもよい。非限定例として、水溶性ポリマーコンジュゲートは、抗菌剤の少なくとも１つの残滓を含むことができる（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８６３６９９４号に記載のコンジュゲートを参照）。
【０８６２】
一実施形態では、このコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される国際特許公開番号ＷＯ２０１４０２５８９０に記載の、限定するものではないが、標的化アミノ酸および生体適合性ポリマーなどの、生体適合性ポリマーに結合された標的化アミノ酸鎖であってもよい。非限定例として、標的化アミノ酸は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４０２５８９０の配列番号１〜６２に記載の任意の標的化アミノ酸鎖であってもよい。一実施形態では、この標的化アミノ酸鎖は、５０アミノ酸長未満である。
【０８６３】
一実施形態では、このコンジュゲートは、その内容が本願明細書で完全に援用される米国特許出願公開第２０１４００４５９５０号に記載の、限定するものではないが、標的化アミノ酸およびカルボン酸などの、カルボン酸にコンジュゲートされた標的化アミノ酸鎖を含む標的化ポリアミノ酸サブユニットであってもよい。一実施形態では、この標的化薬物送達ビヒクルは、５〜５０個の標的化アミノ酸サブユニットを含む。非限定例として、この標的化アミノ酸は、その内容が本願明細書で完全に援用される米国特許出願公開第２０１４００４５９５０号の配列番号１〜６２に記載の任意の標的化アミノ酸鎖であってもよい。
【０８６４】
自己組織化ナノ粒子
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、自己組織化ナノ粒子に製剤化されてもよい。核酸自己組織化ナノ粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００７４０］〜［０００７４３］中などに記載される。ポリマーベースの自己組織化ナノ粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００７４４］〜［０００７４９］中などに記載される。
【０８６５】
自己組織化巨大分子
このポリヌクレオチドは、送達のために、両親媒性巨大分子（ＡＭ：ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ  ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ）に製剤化されてもよい。ＡＭは、ポリ（エチレングリコール）に共有結合されたアルキル化糖骨格を有する、生体適合性両親媒性ポリマーを含む。水溶液中において、ＡＭは、自己組織化してミセルを形成する。ＡＭを形成する方法、およびＡＭの非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２１７７５３号に記載される。
【０８６６】
無機ナノ粒子
本発明のポリヌクレオチドは、無機ナノ粒子に製剤化されてもよい（その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，２５７，７４５号）。無機ナノ粒子としては、限定するものではないが、水膨潤性の粘土物質が挙げられる。非限定例として、無機ナノ粒子としては、単純なケイ酸塩から製造される合成スメクタイト粘土が挙げられる（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第５，５８５，１０８号および米国特許第８，２５７，７４５号を参照）。
【０８６７】
一実施形態では、無機ナノ粒子は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドのコアと、
ポリマーシェルとを含むことができる。ポリマーシェルは、本明細書に記載され、かつ当技術分野で公知である任意のポリマーであってもよい。追加的な実施形態では、ポリマーシェルを使用して、ポリヌクレオチドをコア内で保護してもよい。
【０８６８】
半導電および金属ナノ粒子
本発明のポリヌクレオチドは、半導電または金属素材を含む水分散性ナノ粒子に製剤化されてもよく（その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１２０２２８５６５号）、または磁性ナノ粒子に形成されてもよい（それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１２０２６５００１号および米国特許出願公開第２０１２０２８３５０３号）。水分散性ナノ粒子は、疎水性ナノ粒子であっても、または親水性ナノ粒子であってもよい。
【０８６９】
一実施形態では、半導電および／または金属ナノ粒子は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドのコアと、ポリマーシェルとを含むことができる。ポリマーシェルは、本明細書に記載され、当技術分野で公知であるポリマーのいずれであってもよい。追加的な実施形態では、ポリマーシェルを使用して、ポリヌクレオチドをコア内で保護してもよい。
【０８７０】
ミセル
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、送達のためにミセル中に製剤化してもよいし、またはミセル上にコーティングしてもよい。非限定例として、ミセルは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５４７７４および米国特許出願公開第２０１３０２４３８６７号に記載の任意のミセルであってもよい。非限定例として、このミセルは、ポリエチレングリコール−ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）、ＤＣ−コレステロールおよびジオレオイルホスファチジル−エタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含むことができる。別の非限定的な実施例として、このミセルは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５４７７４に記載のような少なくとも１つのマルチブロックコポリマーを含むことができる。
【０８７１】
一実施形態では、このポリヌクレオチドを、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２６６６１７号に記載のポリマーミセル中にカプセル化してもよい。
【０８７２】
外科用シーラント：ゲルおよびハイドロゲル
一実施形態では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、対象に注射されるとゲルを形成し得る、当技術分野で公知の任意のハイドロゲル中にカプセル化されてもよい。ゲルおよびハイドロゲルなどの外科用シーラントは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００７６２］〜［０００８０９］中などに記載される。
【０８７３】
ナノリポゲル
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、ナノリポゲルを用いて製剤化されてもよいし、および／または送達されてもよい。ナノリポゲルは、ヒドロゲルコア周囲に１つまたは複数の脂質層を備え得る送達ビヒクルである、ナノリポゲル製剤を使用して、制御された方式でポリヌクレオチドを放出してもよい。ナノリポゲルの非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５５４８７に記載されている。非限定例として、炎症ならびに自己免疫の疾患および障害の処置に使用され得るナノリポゲルは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１５５４９３に記載されている。
【０８７４】
懸濁製剤
一部の実施形態では、ポリヌクレオチド、水不混和性油デポー、界面活性剤および／または補助界面活性剤および／または共溶媒を含む、懸濁製剤が提供される。油および界面活性剤の組み合わせは、ポリヌクレオチドとの懸濁製剤を可能にし得る。水不混和性デポー中のポリヌクレオチド送達を使用して、デポーから周囲の生理学的環境内へのｍＲＮＡの持続性放出を通じてバイオアベイラビリティーを改善し、ヌクレアーゼによるポリヌクレオチド分解を防止してもよい。本発明で用いられ得る懸濁製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際特許公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５の段落［０００６４０］〜［０００６４６］に記載されている。
【０８７５】
カチオンおよびアニオン
本明細書で開示されるポリヌクレオチド製剤は、カチオンまたはアニオンを含むことができる。一実施形態では、製剤は、限定するものではないが、Ｚｎ２＋、Ｃａ２＋、Ｃｕ２＋、Ｍｇ＋、およびそれらの組み合わせなどの金属カチオンを含む。非限定例として、製剤は、金属カチオンと複合体化されたポリマーおよびポリヌクレオチドを含むことができる。（例えば、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第６，２６５，３８９号および同第６，５５５，５２５号を参照）。
【０８７６】
一部の実施形態では、二価および一価カチオンの組み合わせを含むカチオン性ナノ粒子は、ポリヌクレオチドと共に製剤化されてもよい。このようなナノ粒子は、所定時間（例えば、数時間、数日間など）にわたり、溶液中で自然発生的に形成してもよい。このようなナノ粒子は、二価のカチオン単独の存在下でも、または一価カチオン単独の存在下でも形成しない。カチオン性ナノ粒子中の、またはカチオン性ナノ粒子を含む１つまたは複数のデポー中の、ポリヌクレオチドの送達は、長時間作用型デポーとして作用することで、および／またはヌクレアーゼによる分解速度を低下させることで、ポリヌクレオチドのバイオアベイラビリティーを改善し得る。
【０８７７】
成形ナノ粒子および微粒子
本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、ナノ粒子および／または微粒子に製剤化されてもよい。これらのナノ粒子および／または微粒子は、任意のサイズ、形状、および化学的性質に成形されてもよい。一例として、ナノ粒子および／または微粒子は、ＬＩＱＵＩＤＡ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＩＥＳ（登録商標）（Ｍｏｒｒｉｓｖｉｌｌｅ，ＮＣ）によるＰＲＩＮＴ（登録商標）技術を使用して製造してもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２００７０２４３２３を参照）。
【０８７８】
一実施形態では、成形ナノ粒子は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドのコアと、ポリマーシェルとを含むことができる。ポリマーシェルは、本明細書に記載され、当技術分野で公知の任意のポリマーであり得る。追加的な実施形態では、ポリマーシェルを使用して、ポリヌクレオチドをコア内で保護してもよい。
【０８７９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、微粒子に製剤化されてもよい。微粒子は、ポリヌクレオチドのコアと、生体適合性および／または生分解性ポリマーのコルテキスト（ｃｏｒｔｅｘｔ）とを含むことができる。非限定例として、本発明と共に使用されてもよい微粒子は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，４６０，７０９号、米国特許出願公開第２０１３０１２９８３０号、および国際公開番号ＷＯ２０１３０７５０６８に記載されるものであってもよい。別の非限定例として、微粒子は、所望の期間にわたり本発明のポリヌクレオチドの放出を延長するように、設計されてもよい。（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１２９８３０号における治療用タンパク質の持続放出を参照）。
【０８８０】
別の非限定例では、微粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、欧州特許出
願公開番号ＥＰ２０３８３２０に記載のマルチブロックビニル系ポリマーを含むポリマー微粒子であってもよい。
【０８８１】
本発明と共に使用される微粒子は、少なくとも１ミクロン〜少なくとも１００ミクロン（例えば、少なくとも１ミクロン、少なくとも５ミクロン、少なくとも１０ミクロン、少なくとも１５ミクロン、少なくとも２０ミクロン、少なくとも２５ミクロン、少なくとも３０ミクロン、少なくとも３５ミクロン、少なくとも４０ミクロン、少なくとも４５ミクロン、少なくとも５０ミクロン、少なくとも５５ミクロン、少なくとも６０ミクロン、少なくとも６５ミクロン、少なくとも７０ミクロン、少なくとも７５ミクロン、少なくとも８０ミクロン、少なくとも８５ミクロン、少なくとも９０ミクロン、少なくとも９５ミクロン、少なくとも９７ミクロン、少なくとも９９ミクロン、および少なくとも１００ミクロン）の直径を有してもよい。
【０８８２】
微粒子は、ヒドロゲル微粒子であってもよい。一実施形態では、このヒドロゲル微粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４０２５３１２に記載の方法を用いて作製されてもよい。このヒドロゲル微粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４０２５３１２に記載のヒドロゲル微粒子のように、その上に結合されるか、および／またはその中にカプセル化された生きている細胞の１つまたは複数の種を含むことができる。非限定例として、本明細書に記載のポリヌクレオチドは、ヒドロゲル微粒子を用いて製剤化されてもよいし、または送達されてもよい。
【０８８３】
ナノジャケットおよびナノリポソーム
本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、Ｋｅｙｓｔｏｎｅ  Ｎａｎｏ（Ｓｔａｔｅ
Ｃｏｌｌｅｇｅ，ＰＡ）によって、ナノジャケット（ＮａｎｏＪａｃｋｅｔ）およびナノリポソーム（ＮａｎｏＬｉｐｏｓｏｍｅ）に製剤化されてもよい。ナノジャケットは、カルシウム、リン酸塩を含む体内で天然に見られる化合物からできており、小量のケイ酸塩もまた含むことができる。ナノジャケットは、サイズが５〜５０ｎｍの範囲であってもよく、ポリヌクレオチドなどであるが、これに限定されるものではない、親水性および疎水性化合物を送達するのに使用してもよい。
【０８８４】
ナノリポソームは、体内で天然に生じる脂質などであるが、これに限定されるものではない、脂質からできている。ナノリポソームは、サイズが６０〜８０ｎｍの範囲であってもよく、ポリヌクレオチドなどであるが、これに限定されるものではない、親水性および疎水性化合物を送達するのに使用されてもよい。一態様では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、セラミドナノリポソーム（Ｃｅｒａｍｉｄｅ  ＮａｎｏＬｉｐｏｓｏｍｅ）などであるが、これに限定されるものではない、ナノリポソームに製剤化される。
【０８８５】
偽ウイルス粒子
一実施形態では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドは、偽ウイルス粒子（ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｉｏｎ）（例えば、偽ウイルス粒子（ｐｓｅｕｄｏ−ｖｉｒｉｏｎ））に製剤化されてもよい。本発明で用いられ得る偽ウイルス粒子は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３４９２５の段落［０００６５５］〜［０００６６０］に記載される。
【０８８６】
ミニ細胞
一態様では、ポリヌクレオチドは、細菌ミニ細胞に製剤化されてもよい。非限定例として、細菌ミニ細胞は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０８８２５０または米国特許出願公開第２０１３０１７７４９９号に記載されるものであってもよい。本明細書に記載されるポリヌクレオチドなどの治療剤を含む細
菌ミニ細胞は、脳腫瘍に治療剤を送達するのに使用されてもよい。一実施形態では、このポリヌクレオチドは、それらのカーゴが異なる少なくとも２つの別個の種類のミニ細胞の組成物中で製剤化されてもよい。一態様では、本発明のポリヌクレオチドは、ミニ細胞中で製剤化されて、腫瘍細胞中の癌化学療法剤に対する耐性に寄与するポリペプチドをコードしてもよく、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，６９１，９６３号に記載のように、ミニ細胞について薬学的に許容される担体と共に、上記癌化学療法剤を含むミニ細胞と共に製剤化されてもよい。
【０８８７】
半固体組成物
一実施形態では、ポリヌクレオチドを、疎水性マトリックスと共に製剤化して、半固体組成物を形成してもよい。非限定例として、半固体組成物またはペースト様組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０７６０４に記載される方法によって製造されてもよい。半固体組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０７６０４に記載されるような徐放性製剤であってもよい。
【０８８８】
別の実施形態では、半固体組成物は、組成物周囲に形成される、微小孔性膜または生分解性ポリマーをさらに有してもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０７６０４を参照）。
【０８８９】
本発明のポリヌクレオチドを使用する半固体組成物は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０７６０４に記載されるような半固体混合物の特徴を有してもよい（例えば、少なくとも１０−４Ｎ・ｍｍ−２の弾性係数、および／または少なくとも１００ｍＰａ・ｓの粘度）。
【０８９０】
エクソソーム
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、エクソソームに製剤化されてもよい。エクソソームには、少なくとも１つのポリヌクレオチドをロードして、細胞、組織および／または生物体に送達してもよい。非限定例として、ポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０８４０００に記載されるエクソソームにロードしてもよい。
【０８９１】
一実施形態では、このエキソームは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４０２８７６３に記載されるエクソソームなどであるが、これには限定されるものではない酸化的ストレスを受けるように誘導された細胞から得る。
【０８９２】
シルクベースの送達
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、徐放性シルクベース送達システムに製剤化されてもよい。シルクベース送達システムは、シルクフィブロイン溶液と、本明細書に記載されるか、および／または当技術分野で公知のポリヌクレオチドなどであるが、これに限定されるものではない、治療剤とを接触させることで、形成されてもよい。非限定例として、本発明で使用されてもよい徐放性シルクベース送達システム、およびこのようなシステムを製造する方法は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８５３０６２５号および米国特許出願公開第２０１３０１７７６１１号に記載される。
【０８９３】
微粒子
一実施形態では、ポリヌクレオチドを含む製剤は、微粒子を含むことができる。微粒子は、本明細書に記載されるポリマー、および／またはポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリカプロラクトン、ポリオルトエステルおよびポリ酸無水物などであるが、これに限定されるものではない、当技術分野で公知のポリマーを含むことができる。
微粒子は、吸着材表面を有して、ポリヌクレオチドなどの生物活性分子を吸着してもよい。非限定例として、本発明と共に使用される微粒子、および微粒子を製造する方法は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３１９５９２３号、米国特許出願公開第２０１３０１９５８９８号、および米国特許出願公開第２０１３０２３６５５０、および米国特許第８，３０９，１３９号および米国特許第８，２０６，７４９号に記載される。非限定例として、ポリヌクレオチドを含む製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２３６５５０号、に記載される任意の微粒子を含むことができるし、またはそこに記載の方法によって作製されてもよい。
【０８９４】
別の実施形態では、製剤は、微粒子およびポリヌクレオチドを含む、マイクロエマルジョンであってもよい。非限定例として、微粒子を含むマイクロエマルジョンは、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３１９５９２３号および米国特許出願公開第２０１３０１９５８９８号、および米国特許第８，３０９，１３９号および米国特許第８，２０６，７４９号に記載される。
【０８９５】
アミノ酸脂質
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、アミノ酸脂質に製剤化されてもよい。アミノ酸脂質は、アミノ酸残基および１つまたは複数の親油性テールを含む、親油性化合物である。アミノ酸脂質およびアミノ酸脂質を製造する方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５０１，８２４号および米国特許出願公開第２０１４００３７７１４号に記載される。
【０８９６】
一実施形態では、アミノ酸脂質は、親水性部分および親油性部分を有する。親水性部分は、アミノ酸残基であってもよく、親油性部分は、少なくとも１つの親油性テールを含むことができる。
【０８９７】
一実施形態では、アミノ酸脂質製剤は、対象にポリヌクレオチドを送達するのに使用してもよい。
別の実施形態では、アミノ酸脂質製剤は、ポリヌクレオチドに結合して、それを放出する、アミノ酸脂質を含む、放出可能形態でポリヌクレオチドを送達してもよい。非限定例として、ポリヌクレオチドの放出は、それぞれその内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第７，０９８，０３２号、米国特許第６，８９７，１９６号、米国特許第６，４２６，０８６号、米国特許第７，１３８，３８２号、米国特許第５，５６３，２５０号、および米国特許第５，５０５，９３１号に記載されるものなどであるが、これに限定されるものではない、酸不安定性リンカーによって提供されてもよい。
【０８９８】
一実施形態では、アミノ酸脂質は、式Ｉを有するアミノ酸脂質などであるが、これに限定されるものではない、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１３５３５９に記載のような標的化アミノ酸脂質である。非限定例として、この標的化アミノ酸は、特異的な組織および／または細胞を標的してもよい。
【０８９９】
別の実施形態では、アミノ酸脂質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１３５３６０に記載のような一般式Ｉを有するエーテル脂質である。
【０９００】
一実施形態では、アミノ酸脂質は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１４００３７７１４号に記載のような式Ｉのアミノ酸脂質である。
微小胞
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、微小胞に製剤化されてもよい。微小胞の非限定
例としては、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２０９５４４号に記載されるものが挙げられる。
【０９０１】
一実施形態では、微小胞は、ＡＲＲＤＣ１媒介微小胞（ＡＲＭＭ：ＡＲＲＤＣ１−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｍｉｃｒｏｖｅｒｓｉｃｌｅ）である。ＡＲＭＭおよびＡＲＭＭを製造する方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１１９６０２に記載される。
【０９０２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドを製剤化するために用いられ得る微小胞は、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１３８４２７に記載される方法によって作製されてもよい。非限定例として、ポリヌクレオチドを含む微小胞を使用して、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３１３８４２７に記載されるような癌などの疾患を処置してもよい。
【０９０３】
一実施形態では、ポリヌクレオチドを製剤化するために用いられ得る微小胞は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１９５７６５号に記載される細胞由来の微小胞であってもよい。非限定例として、ポリヌクレオチドを含む微小胞を使用して、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０１９５７６５号に記載されるような癌などの疾患を処置してもよい。
【０９０４】
高分子電解質間複合体
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、高分子電解質間複合体に製剤化されてもよい。高分子電解質間複合体は、電荷動的高分子が、１つまたは複数のアニオン性分子と複合体化すると形成される。電荷動的高分子および高分子電解質間複合体、ならびに高分子電解質間複合体を製造する方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５２４，３６８号に記載される。
【０９０５】
結晶性高分子システム
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、結晶性高分子システムに製剤化されてもよい。結晶性高分子システムは、結晶性部分、および／または結晶性部分を含む末端単位を有するポリマーである。「ＣＹＣポリマー」結晶性ポリマー系と称される、結晶性部分、および／または結晶性部分を含む末端単位を有するポリマー、ならびにこのようなポリマーおよび系を製造する方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８，５２４，２５９号に記載される。
【０９０６】
ポリマーおよび合成の足場
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、ポリマー足場中に製剤化されてもよく、ポリマー足場で送達されてもよく、またはポリマー足場と会合されてもよい。一実施形態では、このポリマー足場は、ポリエステルウレタンポリマー足場（ＰＥＵＲ）であってもよい。
【０９０７】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、生分解性の合成足場、例えば、限定するものではないが、事前に製造されたε−カプロラクトンおよびエチルエチレンリン酸コポリマーコポリマー（ＰＣＬＥＥＰ）ナノファイバー、ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ナノファイバー、および多孔性ポリエステルウレタン（ＰＥＵＲ）足場設計中に製剤化されても、それによって送達されても、またはそれに会合されてもよい（例えば、Ｎｅｌｓｏｎら、Ｔｕｎａｂｌｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｓｉＲＮＡ  ｆｒｏｍ  ａ  Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  Ｓｃａｆｆｏｌｄ  ｔｏ  Ｐｒｏｍｏｔｅ  Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  Ｉｎ  Ｖｉｖｏ．Ａｄｖ．Ｍａｔｅｒ．２０１３を参照；その内容が本願明細書で完全に援用される）。
【０９０８】
ポリマーインプラント
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、ポリマーインプラントに製剤化されてもよいし、ポリマーインプラントを使用して送達されてもよい。非限定例として、このポリマーインプラントが、損傷されたヒト組織中にまたはその上に挿入され、そしてポリヌクレオチドが、ポリマーインプラントから放出される（例えば、損傷された組織の処置については、ＫｅｒｅｃｉｓのＭａｒｉＧｅｎ  Ｏｍｅｇａ３を参照）。
【０９０９】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、ポリマーインプラントを含む送達デバイスに製剤化されてもよいし、または送達デバイスを使用して送達されてもよい。
リポマー
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、コンジュゲートされたリポマーに製剤化されてもよいし、またはコンジュゲートされたリポマーを使用して送達されてもよい。非限定例として、このコンジュゲートされたリポマーは、その内容が本願明細書で完全に援用される国際特許公開番号ＷＯ２０１２１３５０２５に記載のような式（ｉｉｉ）の１つまたは複数の基を含む、コンジュゲートされたポリエチレンイミン（ＰＥＩ）ポリマーまたはコンジュゲートされたアザ大員環であってもよい。
【０９１０】
ポロキサマー送達
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのポロキサマーを含む医薬ビヒクルに製剤化されてもよいし、またはそのようなビヒクルを使用して送達されてもよい。一実施形態では、この医薬ビヒクルは、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４０２７００６に記載の医薬ビヒクルなどであるが、これに限定はされない粘膜表面に対する薬物の送達に適切であり得る。非限定例として、医薬ビヒクルで用いられるポロキサマーは、ポロキサマー４０７およびポロキサマー１８８である。
【０９１１】
賦形剤
医薬製剤は、本明細書において用いる場合、所望される特定の投与形態に適する、任意のかつ全ての溶媒、分散媒、希釈剤、またはその他の液体ビヒクル、分散体または懸濁助剤、表面活性剤、等張剤、増粘または乳化剤、保存料、固体バインダー、潤滑剤、着香剤、安定剤、抗酸化剤、浸透圧調節剤、ｐＨ調節剤などを含むが、これに限定されるものではない、薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含むことができる。医薬組成物を製剤化するための様々な賦形剤、およびこの組成物を調製する技術は、当技術分野で公知である（その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ
ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ、第２１版、Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ、（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，２００６を参照）。任意の従来の賦形剤媒体が、任意の望ましくない生物学的効果の発生、そうでなければ医薬組成物の任意のその他の成分との有害な方法での相互作用などによって、ある物質またはその誘導体と不適合である場合を除き、従来の賦形剤媒体の使用は、本開示の範囲内で検討されてもよく、その使用は、本発明の範囲内で考慮される。
【０９１２】
一部の実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤は、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％純粋であってもよい。一部の実施形態では、賦形剤は、ヒト用途および獣医学用途のために認可される。一部の実施形態では、賦形剤は、米国食品医薬品局によって認可されてもよい。一部の実施形態では、賦形剤は、製薬等級であってもよい。一部の実施形態では、賦形剤は、米国薬局方（ＵＳＰ：Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅｉａ）、欧州薬局方（ＥＰ：Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅｉａ）、英国薬局方、および／または国際薬局方の標準規格を満たし得る。
【０９１３】
医薬組成物の製造で使用される薬学的に許容可能な賦形剤としては、限定するものではないが、不活性希釈剤、分散剤および／または顆粒化剤、表面活性剤および／または乳化剤、崩壊剤、結合剤、保存料、緩衝剤、平滑剤、および／または油が挙げられる。このような賦形剤は、任意選択で、医薬組成物中に含まれてもよい。組成物はまた、ココアバターおよび坐薬ワックス、着色剤、コート剤、甘味剤、着香料、および／または芳香剤などの賦形剤も含むことができる。
【０９１４】
例示的な希釈剤、顆粒化剤、および／または分散剤、表面活性剤および／または乳化剤、結合剤、保存料、緩衝剤、平滑剤、油、添加物、ココアバターおよび坐薬ワックス、着色剤、コート剤、甘味剤、着香料、および／または芳香剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００８２８］〜［０００８３８］に記載される。
【０９１５】
ｍＲＮＡのための抗凍結剤
一部の実施形態では、ポリヌクレオチド製剤は、抗凍結剤（ｃｙｒｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）を含むことができる。本明細書において用いる場合、「抗凍結剤」という用語は、所与の物質と組み合わされると、凍結時に起こる物質に対する障害を低下させるか、または排除するのを促進する１つまたは複数の薬剤を指す。一部の実施形態では、抗凍結剤は、凍結の間にポリヌクレオチドを安定化させるために、それらと組み合わされる。−２０℃〜−８０℃におけるｍＲＮＡの冷凍貯蔵は、ポリヌクレオチドの長期間（例えば３６カ月間）安定性にとって有利である場合がある。一部の実施形態では、抗凍結剤は、ポリヌクレオチド製剤に包含されて、凍結／解凍サイクルを通じて、および冷凍貯蔵条件下でポリヌクレオチドを安定化させる。本発明の抗凍結剤としては、限定するものではないが、スクロース、トレハロース、ラクトース、グリセロール、デキストロース、ラフィノースおよび／またはマンニトールが挙げられる。トレハロースは、米国食品医薬品局によって、一般的に安全とみなされている（ＧＲＡＳ）として記載され、一般に商業的医薬製剤で使用される。
【０９１６】
増量剤
一部の実施形態では、ポリヌクレオチド製剤は、増量剤を含むことができる。本明細書において用いる場合、「増量剤」という用語は、製剤に包含されて、その製剤に、所望の粘稠度および／または製剤成分安定化を与える、１つまたは複数の薬剤を指す。一部の実施形態では、増量剤を凍結乾燥ポリヌクレオチド製剤に包含して、「薬理的にエレガントな」ケーキをもたらし、長期間（例えば３６カ月間）の保管中に、凍結乾燥ポリヌクレオチドを安定化させる。本発明の増量剤としては、限定するものではないが、スクロース、トレハロース、マンニトール、グリシン、ラクトースおよび／またはラフィノースが挙げられる。一部の実施形態では、抗凍結剤と増量剤との組み合わせ（例えば、スクロース／グリシンまたはトレハロース／マンニトール）を包含して、ポリヌクレオチドを凍結中に安定化させて、凍結乾燥のための増量剤もまた提供してもよい。
【０９１７】
本発明のポリヌクレオチド製剤およびその製剤化方法の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、２０１２年１２月１４日に出願された、国際公開番号ＷＯ２０１３０９０６４８でもまた提供される。
【０９１８】
不活性成分
一部の実施形態では、ポリヌクレオチド製剤は、不活性成分である少なくとも１つの賦形剤を備えることができる。本明細書において用いる場合、「不活性成分」という用語は、製剤に包含される１つまたは複数の不活性剤を指す。一部の実施形態では、本発明の製剤で使用され得る不活性成分は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ：Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）によって全てが承認される場合もあるし、全く承認
されない場合もあるし、一部が承認される場合もある。不活性成分およびこの製剤化され得る不活性成分の投与経路の非総記的リストは、同時係属の国際出願番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０）の表４に記載される。
【０９１９】
送達
本開示は、薬物送達の科学における有望な進歩を勘案した、任意の適切な手段による、任意の治療、製薬、診断またはイメージングのためのポリヌクレオチドの送達を包含する。送達は、ネイキッド（むき出し）であってもよいし、または製剤化されてもよい。
【０９２０】
ネイキッド送達
本発明のポリヌクレオチドは、細胞にネイキッドで送達されてもよい。本明細書において用いる場合、「ネイキッド」とは、トランスフェクションを促進する薬剤を含まないポリヌクレオチドを送達することを指す。例えば、細胞に送達されるポリヌクレオチドは、修飾を含有しなくてもよい。ネイキッドポリヌクレオチドは、当技術分野で公知であり、本明細書に記載される、投与経路を使用して、細胞に送達されてもよい。
【０９２１】
製剤化送達
本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載される方法を使用して、製剤化されてもよい。この製剤は、修飾であってもおよび／または未修飾であってもよい、ポリヌクレオチドを含有し得る。この製剤はさらに、限定するものではないが、細胞透過剤、薬学的に許容できる担体、送達剤、生体内分解性または生体適合性のポリマー、溶剤、および徐放性送達デポーを含むことができる。製剤化されたポリヌクレオチドは、当技術分野で公知であり、本明細書に記載される、投与経路を使用して、細胞に送達されてもよい。
【０９２２】
組成物はまた、限定するものではないが、直接浸漬または浴；カテーテル経由、ゲル、粉末、軟膏、クリーム、ゲル、ローション、および／またはドロップによる、組成物でコーティングまたは含浸された織布または生分解性物質などの基材の使用などによるものを含む、当技術分野における任意のいくつかの方法で、臓器または組織への直接送達のために製剤化されてもよい。
【０９２３】
投与
本発明のポリヌクレオチドは、治療的に有効な成果をもたらす、任意の手段によって投与されてもよい。これらとしては、限定するものではないが、腸内（腸管内へ）、胃腸部、硬膜外（硬膜内へ）、経口（口を経由する）、経皮、硬膜周囲、大脳内（大脳内へ）、脳室内（脳室内へ）、皮膚上（皮膚上への塗布）、皮内（皮膚自体の中へ）、皮下（皮膚の下）、経鼻投与（鼻を通じて）、静脈内（静脈内へ）、静脈内ボーラス、点滴、動脈内（動脈内へ）、筋肉内（筋肉内へ）、心臓内（心臓内へ）、骨内注入（骨髄内へ）、クモ膜下腔内（脊柱管内へ）、腹腔内（腹膜内への輸液または注射）、膀胱内注入、硝子体内（眼を通じて）、空洞内注射（病的窩洞内へ）、腔内（陰茎基部内へ）、膣内投与、子宮内、羊膜外投与、経皮（全身分布のための無傷の皮膚を通じた拡散）、経粘膜（粘膜を通じた拡散）、経腟、吹送（鼻からの吸引）、舌下、唇下、浣腸、点眼（結膜上へ）、点耳、耳介（耳介内へまたはそれを経由する）、口腔内（頬に向けられた）、結膜、皮膚性、歯性（１つまたは複数の歯へ）、電気浸透、子宮頚、副鼻腔内、気管内、体外、血液透析、浸潤、間質内、腹腔内、羊水内、関節内、胆管内、気管支内、滑液包内、軟骨内（軟骨内部）、仙骨内（ウマの尾内部）、大槽内（小脳延髄槽大槽内部）、角膜内（角膜内部）、歯冠内、冠内（冠動脈内部）、陰茎海綿体内（陰茎の陰核海綿体の膨張性空隙内部）、椎間板内（椎間板内部）、導管内（腺導管内部）、十二指腸内（十二指腸内部）、硬膜内（硬膜内部または真下）、表皮内（表皮へ）、食道内（食道へ）、胃内（胃内部）、歯肉内（歯肉内部）、回腸内（小腸遠位部分内部）、病巣内（局在性の病変の内部またはそれへの直接導入）、管腔内（管腔内部）、リンパ管内（リンパ内部）、髄内（骨髄腔内部）
、髄膜内（髄膜内部）、心筋内（心筋内）、眼内（眼内部）、卵巣内（卵巣内部）、心膜内（心膜内部）、胸膜内（胸膜内部）、前立腺内（前立腺腺内部）、肺内（肺またはその気管支内部）、副鼻腔内（鼻洞または眼窩周囲洞内部）、脊髄内（脊柱内部）、滑液嚢内（関節の滑液腔内部）、腱内（腱内部）、精巣内（精巣内部）、クモ膜下腔内（脳脊髄軸の任意のレベルにおける脳脊髄液内部）、胸郭内（胸郭内部）、小管内（臓器細管内部）、腫瘍内（腫瘍内部）、鼓室内（中耳内部）、血管内（１つまたは複数の血管内部）、脳（心）室内（脳（心）室内部）、イオン注入（その中で可溶性塩イオンが身体組織に移動する電流の手段による）、灌注（開放創傷または身体窩洞を浸すまたは洗い流す）、喉頭（喉頭に直接）、鼻腔胃（鼻を通じて胃内に）、密封包帯技術（後で領域を閉鎖する包帯剤によってコーティングされる局所投与手段）、眼部（外眼部に）、中咽頭（口および咽頭に直接）、非経口、経皮、関節周囲、硬膜周囲、神経周囲、歯周、直腸、呼吸器（局所性または全身性効果のための経口または経鼻吸入による気道内部）、眼球後（脳橋背後または眼球背後）、心筋内の（心筋に入る）、軟部組織、クモ膜下、結膜下、粘膜下、局所、経胎盤性（胎盤を通じてまたはそれを越える）、経気管（気管壁を通じて）、経鼓膜（鼓室を越えてまたはそれを通じて）、尿管（尿管へ）、尿道（尿道へ）、膣、仙骨ブロック、診断、神経ブロック、胆管灌流、心臓灌流、フォトフェレーシスまたは脊髄が挙げられるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、組成物は、それらが、血液脳関門、血管関門、またはその他の上皮性関門を越えられるようにする方法で投与されてもよい。非限定例として、本明細書に記載のポリヌクレオチドの製剤は、心筋内注射によって送達され得る。別の非限定例として、本明細書に記載のポリヌクレオチドの製剤は、筋肉内注射によって、冠動脈結紮の前、間または後に虚血性領域に注射されてもよい。
【０９２４】
一実施形態では、ある投与経路のための製剤は、少なくとも１つの不活性成分を含むことができる。投与経路および特定の投与経路のための製剤に包含されてもよい不活性成分の非限定例は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２の表９に示される。この表では、「ＡＮ」は麻酔薬を意味し、「ＣＮＢＬＫ」は頸神経ブロックを意味し、「ＮＢＬＫ」は神経ブロックを意味し、「ＩＶ」は静脈内を意味し、「ＩＭ」は筋肉内を意味し、「ＳＣ」は皮下を意味する。
【０９２５】
本発明のポリヌクレオチドのための非限定的投与経路は、下に記載される。
非経口および注射投与
非経口投与のための液体剤形としては、限定するものではないが、薬学的に許容可能なエマルジョン、マイクロエマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ、および／またはエリキシル剤が挙げられる。活性成分に加えて、液体剤形は、例えば、水またはその他の溶媒、可溶化剤および乳化剤、例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油（特に、綿実油、ラッカセイ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物などの、当技術分野で一般に使用される不活性希釈剤を含むことができる。不活性希釈剤に加えて、経口組成物は、湿潤剤、乳化剤および懸濁剤、甘味剤、着香料、および／または芳香剤などの補助剤を含むことができる。非経口投与のための特定の実施形態では、組成物を、クレモフォール（ＣＲＥＭＯＰＨＯＲ）（登録商標）、アルコール、油、改質油、グリコール、ポリソルベート、シクロデキストリン、ポリマー、および／またはそれらの組み合わせなどの可溶化剤と混合する。
【０９２６】
非経口投与のための医薬組成物は、少なくとも１つの不活性成分を含むことができる。使用される任意の不活性成分は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって認可される場合もあるし、またはどれも認可されない場合もある。非経口投与のための医薬組成物で使用するための不活性成分の非総記的リストとしては、塩酸、マンニトール、窒素、酢酸ナトリ
ウム、塩化ナトリウム、および水酸化ナトリウムが挙げられる。
【０９２７】
注射用製剤、例えば、無菌注射用水性または油性懸濁液は、適当な分散剤、湿潤剤、および／または懸濁剤を使用して、公知の技術に従って製剤化してもよい。無菌注射用製剤は、無毒の非経口的に許容可能な希釈剤および／または溶媒中の、例えば、１，３−ブタンジオール中の溶液としての、無菌注射液、懸濁液、および／またはエマルジョンであってもよい。なかでも用いられ得る許容できるビヒクルおよび溶媒は、水、米国薬局方リンゲル液、および等張塩化ナトリウム溶液である。無菌の不揮発性油が、溶剤または懸濁媒として慣習的に用いられている。この目的で、合成モノまたはジグリセリドを含む、任意の無刺激不揮発性油を用いてもよい。オレイン酸などの脂肪酸を、注射剤の調製で使用してもよい。無菌製剤はまた、局所麻酔薬、保存料、および緩衝剤などの補助剤を含むことができる。
【０９２８】
注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通過させる濾過によって滅菌してもよいし、および／または使用前に滅菌水またはその他の無菌注射用培地中に溶解または分散され得る、無菌固体組成物の形態の滅菌剤を組み込むことによって、滅菌してもよい。
【０９２９】
注射用製剤は、組織、臓器および／または対象の領域内に直接注射してもよい。非限定例として、虚血性領域への心筋内注射によって、組織、臓器および／または対象に、製剤を直接注射してもよい。（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｚａｎｇｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、２０１３を参照）。
【０９３０】
活性成分の効果を延長するために、皮下または筋肉内注射からの活性成分の吸収を遅延させることが、望ましい場合が多い。これは、水溶性が劣る結晶性または非晶質物質の液体懸濁液の使用によって、達成してもよい。次に薬剤の吸収速度は、その溶解速度に左右され、それは今度は、結晶サイズおよび結晶形態に左右される場合がある。あるいは、非経口的投与薬剤形態の吸収遅延は、薬剤をオイルのビヒクルに溶解または懸濁することで達成される。注射用デポー型は、ポリラクチド−ポリグリコリドなどの生分解性ポリマー内に、薬剤の微小カプセル化マトリックスを形成することで製造される。薬剤とポリマーの比率および用いられる特定のポリマーの性質に応じて、薬剤放出速度を調節し得る。その他の生分解性ポリマーの例としては、ポリ（オルトエステル）およびポリ（酸無水物）が挙げられる。デポー注射用製剤は、身体組織と適合性のリポソームまたはマイクロエマルジョンに、薬剤を封入することで調製される。
【０９３１】
一実施形態では、注射用製剤は、本明細書に記載のポリヌクレオチドに加えて賦形剤を備えることができる。非限定例として、この賦形剤は、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミンであってもよい。
【０９３２】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含む製剤は、筋肉内送達のために製剤化されてもよく、賦形剤を備えることができる。非限定例として、賦形剤は、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミンであってもよい。
【０９３３】
直腸内投与および膣内投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９１０］〜［０００９１３］中などに記載される方法または組成物によって、直腸内および膣内投与のために製剤化されてもよい。
【０９３４】
経口投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照によ
り援用される、国際特許公開ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９１４］〜［０００９２４］中などに記載される方法または組成物によって、経口投与のために製剤化されてもよい。
【０９３５】
局所または経皮投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９２５］〜［０００９４１］中などに記載される方法または組成物によって、局所または経皮投与のために製剤化されてもよい。
【０９３６】
デポー投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９４２］〜［０００９４８］中などに記載される方法または組成物によって、デポー投与のために製剤化されてもよい。
【０９３７】
肺投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９４９］〜［０００９５４］中などに記載される方法または組成物によって、肺投与のために製剤化されてもよい。
【０９３８】
鼻腔内、経鼻、および口腔内投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９５５］〜［０００９５８］中などに記載される方法または組成物によって、鼻腔内、経鼻または口腔内投与のために製剤化されてもよい。
【０９３９】
眼部および耳介（耳の）投与
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１において、段落［０００９５９］〜［０００９６５］中などに記載される方法または組成物によって、眼部または耳介（耳の）投与のために製剤化されてもよい。
【０９４０】
ペイロード投与：検出可能剤および治療剤
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その中で、生物学的標的への物質の送達（「ペイロード」）が所望される、例えば、標的検出のための検出可能物質の送達、または治療剤送達などの、多数の異なるシナリオで使用されてもよい。検出法としては、例えば、免疫組織化学的検査、生物発光イメージング（ＢＬＩ：ｂｉｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｍａｇｉｎｇ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ：Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  Ｉｍａｇｉｎｇ）、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ：ｐｏｓｉｔｒｏｎ  ｅｍｉｓｓｉｏｎ  ｔｏｍｏｇｒａｐｈｙ）、電子顕微鏡検査、Ｘ線コンピュータ断層撮影、ラマンイメージング、光干渉断層撮影、吸収イメージング、赤外線画像、蛍光反射イメージング、蛍光顕微鏡検査、蛍光分子断層撮影、核磁気共鳴イメージング、Ｘ線イメージング、超音波イメージング、光音響イメージング、実験室アッセイ、または標識付け／染色／イメージングが必要な任意の状況などの、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏの両方でのイメージング法が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【０９４１】
ポリヌクレオチドは、任意の有用な配向でリンカーおよびペイロードの両方を含むように設計されてもよい。例えば、２つの末端を有するリンカーを使用して、デアザ−アデノ
シンもしくはデアザ−グアノシンのＣ−７もしくはＣ−８位、またはシトシンもしくはウラシルのＮ−３もしくはＣ−５位など、一端にペイロードが付着され、もう一方の末端に核酸塩基が付着される。本発明のポリヌクレオチドは、２つ以上のペイロード（例えば、標識および転写阻害剤）、ならびに切断可能なリンカーを含むことができる。一実施形態では、修飾ヌクレオチドを、修飾７−デアザ−アデノシン三リン酸であって、切断可能なリンカーの一端が７−デアザ−アデニンのＣ７位に付着されて、リンカーのもう一方の末端が阻害剤（例えば、シチジン上の核酸塩基のＣ５位）に付着されて、標識（例えば、Ｃｙ５）がリンカーの中心に付着する（例えば、参照により本明細書に援用される、米国特許第７，９９４，３０４号の図５ならびに９および１０欄のＡ＊ｐＣｐ  Ｃ５  Ｐａｒｇ
Ｃａｐｌｅｓｓの化合物１を参照）。コードする領域への修飾７−デアザ−アデノシン三リン酸の組み込み時に、生じるポリヌクレオチドは、標識および阻害剤（例えばポリメラーゼ阻害剤）に付着する切断可能なリンカーを有する。（例えば、切断可能なジスルフィド部分を有するリンカーを還元する還元条件による）リンカーの切断時に、標識および阻害剤が放出される。追加的なリンカーおよびペイロード（例えば、治療剤、検出可能標識、および細胞浸透性ペイロード）は、本明細書において、およびその内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日に出願された、国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００）に記載される。
【０９４２】
例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、クラスター中の全細胞と比較してトランスフェクトされる、細胞を直接追跡し得る、再プログラミング誘導性多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）中に使用してもよい。別の実施例では、リンカーを介してポリヌクレオチドに結合されてもよく、蛍光的に標識され得る薬物を使用して、ｉｎ  ｖｉｖｏで、例えば、細胞内で薬物を追跡してもよい。他の例としては、限定するものではないが、細胞中への可逆性の薬物送達におけるポリヌクレオチドの使用が挙げられる。
【０９４３】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、例えば、検出可能薬剤または治療剤の特定細胞小器官へのペイロードという細胞内標的化に使用してもよい。例示的な細胞内標的としては、限定するものではないが、高度なｍＲＮＡプロセシングのための核局在化、または阻害剤を含有するｍＲＮＡに連結された核局在配列（ＮＬＳ：ｎｕｃｌｅａｒ  ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）が挙げられる。
【０９４４】
さらに、本明細書に記載のポリヌクレオチドを使用して、例えば、生きている動物において、細胞または組織に治療剤を送達してもよい。例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを使用して、癌細胞を殺傷するために高度に極性の化学療法剤を送達してもよい。リンカーを介して治療剤に結合されたポリヌクレオチドは、メンバーの透過を容易にし、これによって治療剤が細胞へ移動して細胞内標的に達することが可能になる。非限定例として、その内容が本願明細書で完全に援用される、ＷＯ２０１２０６４４２９号に記載される皮膚浸透性および細胞侵入性（ｓｋｉｎ  ｐｅｒｍｅａｔｉｎｇ  ａｎｄ  ｃｅｌｌ  ｅｎｔｅｒｉｎｇ：ＳＰＡＣＥ）ペプチドなどのペプチドまたはペプチド組成物を使用して、角質層および／または生きている細胞の細胞膜を通じた送達を容易にしてもよい。別の非限定的な実施例として、癌細胞への侵入を増強するように設計されたナノ粒子を使用して、本明細書に記載のポリヌクレオチドを送達してもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１７３６９３に記載の、第一のシェル物質、治療剤およびエンドサイトーシス増強剤（治療剤とは異なる）を含む第一のシェルを有するナノ粒子を参照）。
【０９４５】
一例では、リンカーは、リボース環の２’位および／またはポリヌクレオチドの３’および／または５’位に付着する（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０３０６８３を参照）。リンカーは、本明細書で開示され、当技術分野で公知のおよび／またはその内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号
ＷＯ２０１２０３０６８３で開示される任意のリンカーであってもよい。
【０９４６】
別の実施例では、ポリヌクレオチドは、切断可能なリンカーを介して、ウイルス阻害性ペプチド（ｖｉｒａｌ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ｐｅｐｔｉｄｅ：ＶＩＰ）のポリヌクレオチドに付着し得る。切断可能なリンカーは、細胞内でＶＩＰおよび色素を放出し得る。別の実施例では、ポリヌクレオチドは、リンカーを介して、コレラ毒素、ジフテリア毒素、および百日咳毒素などのいくつかの細菌毒素の作用の原因であるＡＤＰ−リボシル化に付着され得る。これらの毒素タンパク質は、ヒト細胞内で標的タンパク質を修飾する、ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼである。例えば、コレラ毒素ＡＤＰ−リボシル化Ｇタンパク質は、生命にかかわる下痢をもたらす小腸内層からの大量の体液分泌を引き起こすことで、ヒト細胞を修飾する。
【０９４７】
一部の実施形態では、ペイロードは、細胞毒、放射性イオン、化学療法剤、またはその他の治療剤などの治療剤であってもよい。細胞毒または細胞毒性剤としては、細胞に有害であり得る任意の薬剤が挙げられる。例としては、限定するものではないが、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン（ｄｉｈｙｄｒｏｘｙａｎｔｈｒａｃｉｎｅｄｉｏｎｅ）、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、例えばマイタンシノールなどのマイタンシノイド（その内容全体を本明細書に援用する、米国特許第５，２０８，０２０号を参照）、ラケルマイシン（ＣＣ−１０６５、それらの全てが参照により本明細書に援用される、米国特許第５，４７５，０９２号、米国特許第５，５８５，４９９号、および米国特許第５，８４６，５４５号を参照）、およびそれらの類似体または相同体が挙げられる。放射性イオンとしては、限定するものではないが、ヨウ素（例えば、ヨウ素１２５またはヨウ素１３１）、ストロンチウム８９、亜リン酸、パラジウム、セシウム、イリジウム、ホスフェート、コバルト、イットリウム９０、サマリウム１５３、およびプラセオジムが挙げられる。その他治療剤としては、限定するものではないが、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオテパクロランブシル、ラケルマイシン（ＣＣ−１０６５）、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、およびシス−ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（以前のダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（以前のアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（ＡＭＣ））、および有糸分裂阻害剤（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、タキソール、およびマイタンシノイド）が挙げられる。
【０９４８】
一部の実施形態では、ペイロードは、様々な有機低分子、無機化合物、ナノ粒子、酵素または酵素基質、蛍光性物質、ルミネセンス物質（例えば、ルミノール）、生物発光物質（例えば、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリン）、化学発光物質、放射性物質（例えば、１８Ｆ、６７Ｇａ、８１ｍＫｒ、８２Ｒｂ、１１１Ｉｎ、１２３Ｉ、１３３Ｘｅ、２０１Ｔｌ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、３Ｈ、または９９ｍＴｃ（例えば、過テクネチウム酸塩（テクネチウム酸塩（ＶＩＩ）、ＴｃＯ４−）として）、および造影剤（例えば、金（例えば、金ナノ粒子）、ガドリニウム（例えば、キレート化Ｇｄ）、酸化鉄（例えば、超常磁性酸化鉄（ＳＰＩＯ）、単結晶酸化鉄ナノ粒子（ＭＩＯＮ）、および超小型超常磁性酸化鉄（ＵＳＰＩＯ））、マンガンキレート（例えば、Ｍｎ−ＤＰＤＰ）、硫酸バリウム、ヨウ化造影剤（イオヘキソール）、マイクロバブル、またはパーフルオ
ロカーボン）などの検出可能薬剤であってもよい。このような光学的検出可能標識としては、例えば、限定するものではないが、４−アセトアミド−４’−イソチオシアナトスチルベン−２，２’ジスルホン酸；アクリジンおよび誘導体（例えば、アクリジンおよびイソチオシアン酸アクリジン）；５−（２’−アミノエチル）アミノナフタレン−１−スルホン酸（ＥＤＡＮＳ）；４−アミノ−Ｎ−［３−ビニルスルホニル）フェニル］ナフタルイミド−３，５−二スルホン酸塩；Ｎ−（４−アニリノ−１−ナフチル）マレイミド；アントラニルアミド；ＢＯＤＩＰＹ；ブリリアントイエロー；クマリンおよび誘導体（例えば、クマリン、７−アミノ−４−メチルクマリン（ＡＭＣ、クマリン１２０）、および７−アミノ−４−トリフルオロチルクマリン（クマリン１５１））；シアニン染料；シアノシン；４’，６−ジアミニジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）；５’５’’−ジブロモピロガロール−スルホナフタレイン（ブロモピロガロールレッド）；７−ジエチルアミノ−３−（４’−イソチオシアナトフェニル）−４−メチルクマリン；ジエチレントリアミン五酢酸塩；４，４’−ジイソチオシアナトジヒドロ−スチルベン−２，２’−ジスルホン酸；４，４’−ジイソチオシアナトスチルベン−２，２’−ジスルホン酸；５−［ジメチルアミノ］−ナフタレン−１−塩化スルホニル（ＤＮＳ、塩化ダンシル）；４−ジメチルアミノフェニルアゾフェニル−４’−イソチオシアン酸（ＤＡＢＩＴＣ）；エオジンおよび誘導体（例えば、エオジンおよびエオジンイソチオシアン酸塩）；エリスロシンおよび誘導体（例えば、エリスロシンＢおよびエリスロシンイソチオシアン酸塩）；エチジウム；フルオレセインおよび誘導体（例えば、５−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、５−（４，６−ジクロロトリアジン−２−イル）アミノフルオレセイン（ＤＴＡＦ）、２’，７’−ジメトキシ−４’５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、Ｘ−ローダミン−５−（および−６）−イソチオシアン酸塩（ＱＦＩＴＣまたはＸＲＩＴＣ）、およびフルオレスカミン）；２−［２−［３−［［１，３−ジヒドロ−１，１−ジメチル−３−（３−スルホプロピル）−２Ｈ−ベンズ［ｅ］インドール−２−イルイデン］エチリデン］−２−［４−（エトキシカルボニル）−１−ピペラジニル］−１−シクロペンテン−１−イル］エテニル］−１，１−ジメチル−３−（３−スルホルプロピル）−１Ｈ−ベンズ［ｅ］インドリウム水酸化物、分子内塩、ｎ，ｎ−ジエチルエタンアミンとの化合物（１：１）（ＩＲ１４４）；５−クロロ−２−［２−［３−［（５−クロロ−３−エチル−２（３Ｈ）−ベンゾチアゾール−イルイデン）エチリデン］−２−（ジフェニルアミノ）−１−シクロペンテン−１−イル］エテニル］−３−エチルベンゾチアゾリウム過塩素酸塩（ＩＲ１４０）；マラカイトグリーンイソチオシアン酸塩；４−メチルウンベリフェロンオルトクレゾールフタレイン；ニトロチロシン；パラローザニリン；フェノールレッド；Ｂ−フィコエリトリン；ｏ−フタルジアルデヒド；ピレンおよび誘導体（例えば、ピレン、酪酸ピレン、およびスクシンイミジル１−ピレン）；酪酸塩量子ドット；リアクティブレッド４（ＣＩＢＡＣＲＯＮ（商標）ブリリアントレッド３Ｂ−Ａ）；ローダミンおよび誘導体（例えば、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシローダミン（Ｒ６Ｇ）、リサミンローダミンＢスルホニルクロライドローダミン（ｒｈｏｄａｒｎｉｎｅ）（Ｒｈｏｄ）、ローダミンＢ、ローダミン１２３、ローダミンＸイソチオシアン酸塩、スルホローダミンＢ、スルホローダミン１０１、スルホローダミン１０１の塩化スルホニル誘導体（テキサスレッド）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ）テトラメチルローダミン、およびテトラメチルローダミンイソチオシアン酸塩（ＴＲＩＴＣ））；リボフラビン；ロゾール酸；テルビウムキレート誘導体；シアニン−３（Ｃｙ３）；シアニン−５（Ｃｙ５）；シアニン−５．５（Ｃｙ５．５）；シアニン−７（Ｃｙ７）；ＩＲＤ７００；ＩＲＤ８００；アレクサ６４７；ラジョルタブルー（Ｌａ  Ｊｏｌｔａ  Ｂｌｕｅ）；フタロシアニン；およびナフタロシアニンが挙げられる。
【０９４９】
一部の実施形態では、検出可能薬剤は、活性化に際して検出可能になる検出不能前駆物質（例えば、蛍光発生テトラジン−フルオロフォア構築物（例えば、テトラジン−ＢＯＤＩＰＹ  ＦＬ、テトラジン−オレゴングリーン４８８、またはテトラジン−ＢＯＤＩＰＹ
ＴＭＲ−Ｘ）または酵素活性化可能な蛍光発生剤（例えば、プロセンス（ＰＲＯＳＥＮＳＥ）（登録商標）（ＶｉｓＥｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ）））であってもよい。その中で酵素標識組成物が利用され得るｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイとしては、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降法アッセイ、免疫蛍光、酵素免疫測定法（ＥＩＡ：ｅｎｚｙｍｅ  ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ：ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）、およびウエスタンブロット分析が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【０９５０】
組み合わせ
１つまたは複数のその他の治療剤、予防薬、診断薬、または造影剤と組み合わせて、ポリヌクレオチドを使用されてもよい。「と組み合わせて」とは、薬剤が、同時に投与されなくてはならない、および／または一緒に送達するために製剤化されなくてはならないと、暗示することは意図していないが、これらの送達方法は本開示の範囲内である。組成物は、１つまたは複数のその他の所望の治療剤または医学的手技と、同時に、その前に、またはそれに引き続いて、投与してもよい。一般に、各薬剤は、その薬剤について決定された、用量で、および／または時間スケジュールで、投与される。一部の実施形態では、本開示は、医薬組成物、予防組成物、診断組成物、またはイメージング組成物のバイオアベイラビリティーを改善し得るか、それらの代謝を低減および／または修正し得るか、それらの排出を阻害し得るか、および／またはそれらの体内分布を修正し得る薬剤と組み合わされた、医薬組成物、予防組成物、診断組成物、またはイメージング組成物の送達を包含する。
【０９５１】
一実施形態では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、その内容全体が参照により援用される、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０２７０７７において、段落［０００９７８］〜［００１０２３］中などに記載されるような、１つまたは複数のその他の薬剤との組み合わせで使用されてもよい。
【０９５２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのアミノ酸および／または少なくとも１つの低分子添加物と共に同時投与されてもよい。本明細書において用いる場合、「同時投与される」とは、２つ以上の成分の投与を意味する。同時投与のためのこれらの成分としては、限定するものではないが、活性成分、ポリヌクレオチド、アミノ酸、不活性成分および賦形剤が挙げられる。
【０９５３】
同時投与のためのアミノ酸および他の部分、ならびにそれらの方法および使用の非限定例は、その内容全体が参照により援用される、２０１４年９月１２日出願の、同時係属の国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５５３９４（代理人整理番号Ｍ０６０．２０）において、具体的には、段落［０００９６７］〜［００１０３１］中などに記載される。
【０９５４】
組み合わせで利用される治療剤、予防剤、診断剤、またはイメージング活性薬剤は、単一組成物中で合わせて投与されてもよく、または異なる組成物中で別々に投与されてもよいことがさらに理解されるであろう。一般に、組み合わせで利用される薬剤は、それらが個々に利用されるレベルを超えないレベルで利用されることが予期される。一部の実施形態では、組み合わせで利用されるレベルは、個々に利用されるものよりも低いであろう。一実施形態では、組み合わせは、本明細書に記載される分割投与計画に従って、個別に投与されてもよいし、または一緒に投与されてもよい。
【０９５５】
投薬
本発明は、本発明に従って、それを必要とする対象に、修飾ｍＲＮＡおよびそれらがコードするタンパク質または複合体を投与するステップを含む方法を提供する。核酸、タンパク質もしくは複合体、またはそれらの医薬、イメージング、診断もしくは予防的組成物
は、疾患、障害、および／または病状（例えば、作業記憶欠陥に関する疾患、障害、および／または病状）を予防し、治療し、診断し、またはイメージングするのに効果的な、任意の量および任意の投与経路を使用して、対象に投与されてもよい。必要とされる正確な量は、対象の種、年齢、および全身状態、疾患の重症度、特定の組成物、その投与方法、その活性の方式などに応じて、対象毎に様々であろう。本発明に従った組成物は、典型的に、投与の容易さと投与量の均一性のために、投与単位形態で製剤化される。しかし、本発明の組成物の１日の総使用量は、主治医によって、健全な医学的判断の範囲内で決定されてもよいことが、理解される。任意の特定患者のための、特定の治療的に有効であり、予防的に有効であり、または適切なイメージング用量であるレベルは、処置される障害および障害の重症度；用いられる特定化合物の活性；用いられる特定組成物；患者の年齢、体重、総体的な健康、性別、および食生活；用いられる特定化合物の投与時間、投与経路、および排出速度；治療持続期間；用いられる特定化合物との組み合わせでまたはそれと同時に使用される薬剤；ならびに医療技術分野で周知の同様の要素を含む、多様な要素に左右されるであろう。
【０９５６】
特定の実施形態では、本発明による組成物は、所望の治療、診断、予防、またはイメージング効果を得るために、１日あたり、対象の体重あたり、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００５ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．００５ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇで、毎日１回以上、送達するのに十分な用量レベルで投与されてもよい（例えば、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１３０７８１９９に記載される単位用量範囲を参照）。所望の用量は、毎日３回、毎日２回、毎日１回、隔日、３日に１回、毎週、隔週、３週間毎、または４週間毎に送達されてもよい。特定の実施形態では、所望の用量は、複数回投与を使用して送達されてもよい（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４回、またはそれを超える投与）。複数回投与が用いられる場合、本明細書に記載されるものなどの分割投与計画を使用してもよい。
【０９５７】
本発明によれば、分割投与計画でのポリヌクレオチドの投与は、哺乳類対象において、より高レベルのタンパク質を生じることが発見された。本明細書において用いる場合、「分割投与」とは、例えば単一単位用量の２回以上の投与などの、単一単位用量または総一日用量の２つ以上の用量への分配である。本明細書において用いる場合、「単一単位用量」とは、１用量／１回／単一経路／単一接触点で、すなわち、単回投与事象で、投与される任意の治療剤の用量である。本明細書において用いる場合、「総一日用量」とは、２４時間以内に投与されまたは処方される量である。それは、単一単位用量として投与されてもよい。一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、対象に分割用量で投与される。ポリヌクレオチドは、緩衝液のみの中で製剤化されてもよく、または本明細書に記載される製剤に製剤化されてもよい。
【０９５８】
剤形
本明細書に記載される医薬組成物は、局所、鼻腔内、気管内、または注射用（例えば、静脈内、眼内、硝子体内、筋肉内、心臓内、腹腔内、皮下）などの本明細書に記載される剤形に製剤化してもよい。
【０９５９】
液体剤形
非経口投与のための液体剤形は、その内容全体が参照により完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２において、例えば、限定するものではないが
、段落［０００１０３７］中などに記載される。
【０９６０】
注射用
注射用製剤、例えば、無菌注射用水性または油性懸濁液は、当技術分野で公知のように処方されてもよく、適当な分散剤、湿潤剤、および／または懸濁剤を含むことができる。無菌注射用製剤は、例えば、１，３−ブタンジオール中の溶液などの、無毒の非経口的に許容可能な希釈剤および／または溶媒中の無菌注射液、懸濁液、および／またはエマルジョンであってもよい。なかでも用いられてもよい許容できるビヒクルおよび溶媒としては、限定するものではないが、水、米国薬局方リンゲル液、および等張塩化ナトリウム溶液が挙げられる。無菌の不揮発性油が、溶剤または懸濁媒として慣習的に用いられている。この目的で、合成モノまたはジグリセリドを含む、任意の無刺激不揮発性油を用いてもよい。オレイン酸などの脂肪酸を、注射剤の調製物に使用してもよい。
【０９６１】
注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通過させる濾過によって、および／または使用前に滅菌水またはその他の無菌注射用培地中に溶解または分散され得る、無菌固体組成物の形態で滅菌剤を組み込むことによって、滅菌してもよい。
【０９６２】
活性成分の効果を延長するために、皮下または筋肉内注射からの活性成分の吸収を遅延させることが、望ましいこともある。これは、水溶性が劣る結晶性または非晶質物質の液体懸濁液の使用によって、達成され得る。そのためポリヌクレオチドの吸収速度は、その溶出速度に左右され、それは次に、結晶サイズおよび結晶形態に左右され得る。あるいは、非経口的に投与されたポリヌクレオチドの吸収遅延は、オイルのビヒクルにポリヌクレオチドを溶解させまたは懸濁させることで、達成してもよい。注射用デポー型は、ポリラクチド−ポリグリコリドなどの生分解性ポリマー内に、ポリヌクレオチドの微小カプセル化マトリックスを形成することで製造される。ポリヌクレオチドとポリマーの比率および用いられる特定のポリマーの性質に応じて、ポリヌクレオチド放出速度は調節され得る。その他の生分解性ポリマーの例としては、限定するものではないが、ポリ（オルトエステル）およびポリ（酸無水物）が挙げられる。デポー注射用製剤は、身体組織と適合性のリポソームまたはマイクロエマルジョン内に、ポリヌクレオチドを封入することで調製してもよい。
【０９６３】
裸のＤＮＡの局在化された注射を、１９９０年に筋肉内で実証して、後に、肝臓、皮膚および脳を含むいくつかの他の組織中に注射した。ＤＮＡの取り込みは、ほぼ注射跡の領域に局在していた。異なる剤を使用して、全体的な遺伝子発現を増強してもよい。一実施形態では、このポリヌクレオチドは、発現を増強するための剤と共に投与されてもよい。剤の非限定例としては、トランスフェリン、水不混和性溶媒、非イオン性ポリマー、界面活性剤およびヌクレアーゼ阻害剤が挙げられる。
【０９６４】
ジェットインジェクションとして公知の針なしの送達法を使用して、薬物を組織に送達してもよい。このジェットインジェクション法は、加圧ガスで駆動される溶液の高速超微細流を使用する。この方法の浸透力は、ガスの圧力および標的組織の機械的特性を変更することによって調節され得る。投与される液体は、抵抗が最低の通路を通って移動し、送達の伝統的なゾーンの外側への移動を容易にし得る。非限定例として、溶液は、本明細書に記載のポリヌクレオチドを含むことができる。この溶液（約３〜５ｕｌ）は、ジェットインジェクションデバイスにロードされてもよく、約１〜３バールの圧力で組織に投与されてもよい。市販の液体ジェットインジェクターとしては、限定するものではないが、Ｖｉｔａｊｅｃｔおよびバイオジェクト（ｂｉｏｊｅｃｔ）２０００（Ｂｉｏｊｅｃｔ），Ａｄｖａｎｔａｇｅｃｔ（Ａｃｔｉｖａ  ｓｙｓｔｅｍｓ）、Ｉｎｊｅｘ  ３０（Ｉｎｊｅｘ  ｅｑｕｉｄｙｎｅ）およびＭｅｄｉｊｅｃｔ  ＶＩＳＩＯＮ（Ａｎｔａｒｅｓ  Ｐｈａｒｍａ）が挙げられる。
【０９６５】
マイクロニードルを使用し、本明細書に記載のポリヌクレオチドおよびその製剤を注射してもよい。マイクロニードルは、表皮内に治療剤（例えば、ポリヌクレオチド）の送達を提供するために対象に投与され得る薬物でコーティングされ得る微小構造の突起の整列である。マイクロニードルは、約１ｕｍの直径であり、かつ約１ｕｍ〜約１００ｕｍ（例えば、約１ｕｍ、約２ｕｍ、約３ｕｍ、約４ｕｍ、約５ｕｍ、約６ｕｍ、約７ｕｍ、約８ｕｍ、約９ｕｍ、約１０ｕｍ、約１２ｕｍ、約１４ｕｍ、約１５ｕｍ、約１６ｕｍ、約１８ｕｍ、約２０ｕｍ、約２５ｕｍ、約３０ｕｍ、約３５ｕｍ、約４０ｕｍ、約４５ｕｍ、約５０ｕｍ、約５５ｕｍ、約６０ｕｍ、約６５ｕｍ、約７０ｕｍ、約７５ｕｍ、約８０ｕｍ、約８５ｕｍ、約９０ｕｍ、約９５ｕｍ、または約１００ｕｍ）の長さであってもよい。マイクロニードルを作製するために用いられる材料としては、限定するものではないが、金属、ケイ素、二酸化ケイ素、ポリマー、ガラスおよび他の材料であってもよく、および選択された材料は、送達される薬剤の種類および接触される組織次第である場合がある。一実施形態では、マイクロニードルは、中実であってもよく、直線的であっても、屈曲されても、または濾過されてもよい。一実施形態では、このマイクロニードルは中空であってもよく、直線的であっても、屈曲されても、または濾過されてもよい。
【０９６６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドおよびその製剤は、マイクロニードル薬物送達系を使用して投与されてもよい。このマイクロニードルは中空であっても、中実であっても、またはそれらの組み合わせであってもよい。非限定例として、マイクロニードル薬物送達系は、３Ｍ  Ｈｏｌｌｏｗ  Ｍｉｃｒｏｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ  Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ
Ｓｙｓｔｅｍ（ｈＭＴＳ）であってもよい。別の非限定的な実施例として、マイクロニードル薬物送達系は、３Ｍの中実マイクロニードル技術（３Ｍ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を含むマイクロニードルパッチであってもよい。
【０９６７】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤は、多数の突起物（ｍｕｌｔｉ−ｐｒｏｎｇ）のニードルデバイスを使用して投与されてもよい。非限定例として、このデバイスは、単回送達で２つ以上の製剤を投与してもよい。この製剤は、同時に送達されてもよいし、またはこの製剤は、各々の製剤送達の間が事前に決定された間隔であってもよい。
【０９６８】
一実施形態では、本明細書に記載される製剤は、多数の突起物（ｍｕｌｔｉ−ｐｒｏｎｇ）のニードルデバイスを使用して、同時に組織、器官または対象に対して２つ以上の位置に投与されてもよい。この製剤は、同時に投与されてもよいし、またはこの製剤は、各々の製剤の投与の間が事前に決定された間隔であってもよい。
【０９６９】
一実施形態では、投与されたポリヌクレオチドを含む製剤の量は、注射および／または製剤が投与される細胞、組織もしくは器官の種類次第で変化し得る。非限定例として、筋肉内注射のために、この製剤を、さらに濃縮して、静脈内送達のための製剤と比較して目的のポリペプチドを生成してもよい。
【０９７０】
肺
送達および投与のための肺および鼻腔内製剤は、その内容が本願明細書で完全に援用される同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６において、例えば、限定するものではないが、段落［０００７６６］〜［０００７８１］に記載される。
【０９７１】
コーティングまたはシェル
錠剤、糖衣丸、カプセル、丸薬、および顆粒の固体剤形は、腸内コーティングおよび製剤処方技術分野で周知のその他のコーティングなどのコーティングおよびシェルを用いて調製され得る。それらは任意選択によって不透明剤を含むことができ、または任意選択によって遅延方法で、腸管の特定部分で活性成分のみを放出し、または活性成分を優先的に
放出する、組成物であってもよい。使用され得る包埋組成物の例としては、ポリマー物質、およびワックスが挙げられる。類似タイプの固体組成物は、ラクトースまたは乳糖類、ならびに高分子量ポリエチレングリコールなどの賦形剤を使用する、軟質および硬質充填ゼラチンカプセル中の充填剤として用いられてもよい。
【０９７２】
複数用量および反復用量投与
一部の実施形態では、本発明の化合物および／または組成物は、２つ以上の用量で投与されてもよい（本明細書で「複数用量投与」と称される）。このような用量は、同一成分を含むことができ、または先の用量に包含されない成分を含むことができる。このような用量は、先の用量と比較して、同一の質量および／または容量の成分を含むことができ、または変化した質量および／または容量の成分を含むことができる。一部の実施形態では、複数用量投与は、反復用量投与を含むことができる。本明細書において用いる場合、「反復用量投与」という用語は、連続して、または実質的に同一質量および／または容量で供される、実質的に同一成分を含む反復投与計画中で、投与される２つ以上の用量を指す。一部の実施形態では、対象は、反復用量応答を示してもよい。本明細書において用いる場合、「反復用量応答」という用語は、反復用量投与計画中で投与される別の投与量と異なる反復用量に対する、対象中の反応を指す。一部の実施形態では、このような反応は、ｍＲＮＡを含む反復用量に応答した、タンパク質の発現であってもよい。このような実施形態では、タンパク質の発現は、反復用量投与レジメンで投与される別の投与量と比較して、上昇される場合もあるし、またはタンパク質発現は、反復用量投与レジメン中で投与される別の投与量と比較して低下される場合もある。タンパク質発現の変化は、約１％〜約２０％、約５％〜約５０％、約１０％〜約６０％、約２５％〜約７５％、約４０％〜約１００％および／または少なくとも１００％であってもよい。投与されるＲＮＡから翻訳されるタンパク質のレベルが、反復投与レジメン中の別の用量と比較して、４０％を超えて低下する、反復投与レジメンの一部として投与されるｍＲＮＡの発現低下は、本明細書で「反復用量耐性」と称される。
【０９７３】
医薬組成物の特性
本明細書に記載される医薬組成物は、以下の特性のうち１つまたは複数によって特徴付けられ得る。
【０９７４】
バイオアベイラビリティー
ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるような送達剤と共に組成物に製剤化された際に、本明細書に記載されるような送達剤を欠く組成物と比較して、バイオアベイラビリティーの増大を示し得る。本明細書において用いる場合、「バイオアベイラビリティー」という用語は、哺乳類に投与された所与の量のポリヌクレオチドの全身性の利用可能性を指す。バイオアベイラビリティーは、哺乳類への化合物の投与に続いて、化合物の無変化型の曲線下面積（ＡＵＣ：ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｔｈｅ  ｃｕｒｖｅ）、または最大血清または血漿濃度（Ｃｍａｘ）を測定することで、評価され得る。ＡＵＣは、横軸（Ｘ−軸）に沿う時間に対して、縦軸（Ｙ−軸）に沿う化合物の血清濃度または血漿濃度をプロットしている曲線下面積の測定である。概して、特定化合物のＡＵＣは、当業者に公知であり、その内容が本願明細書で完全に援用される、Ｇ．Ｓ．Ｂａｎｋｅｒ、「Ｍｏｄｅｒｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ，Ｄｒｕｇｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、第７２巻、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｉｎｃ．，１９９６に記載されるような方法を使用して、計算され得る。
【０９７５】
Ｃｍａｘ値は、哺乳類への化合物の投与に続いて、哺乳類の血清または血漿中で得られる化合物の最大濃度である。特定化合物のＣｍａｘ値は、当業者に公知の方法を使用して測定してもよい。「バイオアベイラビリティー増大」または「薬物動態改善」いう語句は、本明細書において用いる場合、哺乳類におけるＡＵＣ、Ｃｍａｘ、またはＣｍｉｎとし
て測定される第１のポリヌクレオチドの全身性の利用可能性が、本明細書に記載されるような送達剤との同時投与される際に、このような同時投与が起こらない場合よりも大きいことを意味する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのバイオアベイラビリティーは、少なくとも約２％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、または約１００％増大し得る。
【０９７６】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドの液体製剤は、様々なｉｎ  ｖｉｖｏ半減期を有する場合があり、治療効果を得るために用量のモジュレーションを要する。これに対処するために、本発明の一部の実施形態では、ポリヌクレオチド製剤は、反復投与の間に、バイオアベイラビリティーおよび／または治療効果を改善するように設計されてもよい。このような製剤は、ポリヌクレオチドの徐放性を可能にし得、および／またはヌクレアーゼによるポリヌクレオチド分解速度を低下し得る。一部の実施形態では、ポリヌクレオチド、水不混和性油デポー、界面活性剤および／または共界面活性剤および／または共溶媒を含む、懸濁製剤が提供される。油および界面活性剤の組み合わせは、ポリヌクレオチドとの懸濁製剤を可能にし得る。水不混和性デポー中のポリヌクレオチド送達を使用して、デポーから周囲の生理学的環境内へのポリヌクレオチドの徐放性を通じてバイオアベイラビリティーを改善し、および／またはヌクレアーゼによるポリヌクレオチド分解を防止してもよい。
【０９７７】
一部の実施形態では、二価および一価カチオンの組み合わせを含むカチオン性ナノ粒子は、ポリヌクレオチドと共に製剤化されてもよい。このようなナノ粒子は、所定時間（例えば、数時間、数日間など）にわたり、溶液中で自然発生的に形成し得る。このようなナノ粒子は、二価のカチオン単独の存在下でも、または一価カチオン単独の存在下でも形成しない。カチオン性ナノ粒子中の、またはカチオン性ナノ粒子を含む１つまたは複数のデポー中の、ポリヌクレオチドの送達は、長時間作用型デポーとして作用することで、および／またはヌクレアーゼによる分解速度を低下させることで、ポリヌクレオチドのバイオアベイラビリティーを改善し得る。
【０９７８】
治療ウインドウ
ポリヌクレオチドを、本明細書に記載されるような送達剤と共に組成物に製剤化した場合、本明細書に記載されるような送達剤を欠いている、投与されたポリヌクレオチド組成物の治療ウインドウと比較して、この投与されたポリヌクレオチド組成物の治療ウインドウの増大を示し得る。本明細書において用いる場合、「治療ウインドウ」は、高確率で治療効果を引き起こす、作用部位における治療効果のある物質の血漿濃度範囲またはレベル範囲を指す。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドの治療ウインドウは、本明細書に記載されるような送達剤と同時投与されると、少なくとも約２％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、または約１００％増大し得る。
【０９７９】
分布容積
ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるような送達剤と共に、組成物へ製剤化されると、本明細書に記載されるような送達剤を欠いている組成物と比較して、分布容積（Ｖｄｉｓｔ）の改善、例えば、低下または標的化などを示し得る。分布容積（Ｖｄｉｓｔ）
は、血液中または血漿中の薬剤濃度に対する、体内の薬剤の量に関する。本明細書において用いる場合、「分布容積」という用語は、血液中または血漿中と同一濃度で、体内に薬剤総量を含むのに必要な液量を指す：Ｖｄｉｓｔは、体内薬剤量／血液中または血漿中の薬剤濃度に等しい。例えば、１０ｍｇの用量および１０ｍｇ／Ｌの血漿濃度では、分布容積は、１リットルになる。分布容積は、薬剤が血管外組織内に存在する程度を反映する。大きな分布容積は、化合物が、血漿タンパク質結合と比較して、組織構成要素に結合する傾向を反映する。臨床状況において、Ｖｄｉｓｔを利用して、定常状態濃度を達成するための負荷量を決定してもよい。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような送達剤と同時投与された場合、ポリヌクレオチドの分布容積は、少なくとも約２％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％低下し得る。
【０９８０】
生物学的効果
一実施形態では、動物に送達される修飾ｍＲＮＡの生物学的効果は、動物中のタンパク質発現を分析することで、分類してもよい。タンパク質発現は、本発明の修飾ｍＲＮＡを投与された哺乳類から収集された生物学的サンプルを分析することで、判定してもよい。一実施形態では、哺乳類に投与された修飾ｍＲＮＡによってコードされる発現タンパク質は、少なくとも５０ｐｇ／ｍｌであることが好ましい場合がある。例えば、哺乳類に送達される修飾ｍＲＮＡによってコードされるタンパク質について５０〜２００ｐｇ／ｍｌのタンパク質の発現を、哺乳類におけるタンパク質の治療有効量とみなしてもよい。
【０９８１】
質量分析法によるポリヌクレオチド酸の検出
質量分析法（ＭＳ：Ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）は、イオンへの変換後の分子に関する構造的情報および分子量／濃度の情報を提供し得る分析技術である。分子を最初にイオン化して、正または負の荷電を獲得し、次にそれらが、質量分析器を通過して移動し、それらの質量／電荷（ｍ／ｚ）比に応じて、検出器の異なる領域に到達する。ポリヌクレオチドを検出するための方法は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２において、例えば、限定するものではないが、段落［０００１０５５］〜［０００１０６７］において記載される。
【０９８２】
Ｖ．本発明のポリヌクレオチドの用途
本発明のポリヌクレオチドは、好ましい実施形態では、免疫応答および／または分解経路などの有害な生体応答の回避または逃避（発現の閾値を乗り越えるか、および／またはタンパク質産生能力を改善する）、発現率もしくは翻訳効率の改善、薬物もしくはタンパク質半減期および／またはタンパク質濃度の改善、タンパク質局在化の最適化を提供し、組織での安定性および／もしくはクリアランス、受容体取り込みおよび／もしくは動態、組成物による細胞アクセス、翻訳機構への関与、分泌効率（許容できる場合）、循環へのアクセス性、ならびに／または細胞の状態、機能および／もしくは活性のモジュレーションのうちの１つまたは複数を改善するように設計される。
【０９８３】
治療
治療剤
本発明のポリヌクレオチド、例えば、限定するものではないが、ＩＶＴポリヌクレオチド、キメラポリヌクレオチド、修飾核酸および修飾ＲＮＡ、ならびに本明細書に記載のそれらから翻訳されたタンパク質は、治療剤または予防剤として用いられてもよい。それらは、医薬の中での使用のために提供される。例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、対象に投与されてもよく、ここでこのポリヌクレオチドは、対象中で、ｉｎ  ｖｉｖｏで翻訳されて治療的または予防的なポリペプチドを生成する。提供されるのは、ヒ
トおよび他の哺乳動物における疾患または病態の診断、処置または予防のための組成物、方法、キットおよび試薬である。本発明の活性な治療剤としては、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドを含む細胞、またはポリヌクレオチドから翻訳されたポリペプチドが挙げられる。
【０９８４】
特定の実施形態では、本明細書に提供されるのは、抗体依存性細胞毒性を誘発するタンパク質と共に哺乳動物の対象の免疫をブーストする１つまたは複数のタンパク質をコードする翻訳可能領域を含む１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む併用治療剤である。例えば、本明細書に提供されるのは、トラスツズマブをコードする１つまたは複数の核酸および顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）を含む治療剤である。具体的には、このような併用の治療剤は、トラスツズマブに対する耐性の誘導を生じるＨｅｒ２＋乳癌患者で有用である（例えば、Ａｌｂｒｅｃｈｔ，Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．２（６）：７９５−８（２０１０）を参照）。
【０９８５】
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のポリヌクレオチドを使用して細胞集団で組換えポリペプチドの翻訳を誘導する方法である。このような翻訳は、ｉｎ  ｖｉｖｏであっても、エキソビボであって、培養物中であっても、またはｉｎ  ｖｉｔｒｏであってもよい。この細胞集団は、少なくとも１つのヌクレオシド修飾を有する核酸、および組換えポリペプチドをコードする翻訳可能領域を含む組成物の有効量と接触される。この集団は、核酸が細胞集団の１つまたは複数の細胞中に局在化され、かつ組換えポリペプチドがこの核酸から細胞中に翻訳されるような条件下で接触される。
【０９８６】
この組成物の「有効量」は、少なくとも一部は、核酸の標的組織、標的細胞種、投与手段、物理的特徴（例えば、大きさ、修飾ヌクレオシドの程度）、および他の決定要因に基づいて提供される。一般に、組成物の有効量は、細胞中で効率的な（好ましくは、対応する非修飾核酸を含む組成物よりも効率的である）タンパク質産生を生じさせる。効率の増大は、細胞のトランスフェクション（すなわち、核酸にトランスフェクトされた細胞の割合）の増大、核酸からのタンパク質翻訳の増大、核酸分解の低下（例えば、修飾核酸からのタンパク質翻訳の期間延長によって実証される）、または宿主細胞の先天性の免疫応答の低下によって実証され得る。
【０９８７】
本発明の態様は、その必要な哺乳動物対象において組換えポリペプチドのｉｎ  ｖｉｖｏ翻訳を誘導する方法に関する。その点で、少なくとも１つの構造的または化学的な修飾、および組換えポリペプチドをコードする翻訳可能領域を有する核酸を含む有効量の組成物を、本明細書に記載の送達方法を使用して対象に投与する。この核酸は、この核酸が対象の細胞中に局在化され、かつ組換えポリペプチドがこの核酸から細胞中に翻訳されるような量および他の条件下で提供される。核酸が局在化される細胞、またはこの細胞が存在する組織は、２回以上の核酸投与で標的されてもよい。
【０９８８】
特定の実施形態では、投与されたポリヌクレオチドは、１つまたは複数の組換えポリペプチドの生成であって、その組換えポリペプチドが翻訳される細胞、組織または生物体中に実質的に存在しない機能的活性を提供するポリペプチドの生成を指向する。例えば、機能的活性の喪失は、事実上、酵素的である場合もあるし、構造的である場合もあるし、または遺伝子調節的である場合もある。関連の実施形態では、投与されたポリヌクレオチドは、１つまたは複数の組換えポリペプチドの生成であって、その組換えポリペプチドが翻訳される細胞中に存在するが実質的に欠けている機能的活性を増大する（例えば、相乗作用的に）組換えポリペプチドの生成を指向する。
【０９８９】
他の実施形態では、投与されたポリヌクレオチドは、１つまたは複数の組換えポリペプチドの生成であって、その組換えポリペプチドが翻訳される細胞中に、実質的に存在しな
いポリペプチド（または多数のポリペプチド）を置き換える１つまたは複数の組換えポリペプチドの生成を指向する。このような非存在は、コード遺伝子またはその調節経路の遺伝子変異に起因し得る。一部の実施形態では、この組換えポリペプチドは、細胞中の内因性のタンパク質のレベルを所望のレベルまで増大し、そのような増大は、内因性タンパク質のレベルを、正常未満のレベルから正常レベルに、または正常レベルから正常を超えるレベルにさせる場合がある。
【０９９０】
あるいは、組換えポリペプチドは、細胞中に存在するか、細胞の表面に存在するか、または細胞から分泌される内因性タンパク質の活性を拮抗するように機能する。通常は、内因性タンパク質の活性は、対象に有害であり；例えば、内因性タンパク質の変異に起因して、活性または局在化の変化が生じる。さらに、組換えポリペプチドは、細胞中に存在するか、細胞の表面に存在するか、または細胞から分泌される生物学的部分の活性を直接または間接的に拮抗する。拮抗された生物学的部分の例としては、脂質（例えば、コレステロール）、リポタンパク質（例えば、低密度リポタンパク質）、核酸、炭水化物、タンパク質毒素、例えば、志賀毒素および破傷風毒素、または低分子毒素、例えば、ボツリヌス菌、コレラおよびジフテリア毒素が挙げられる。さらに、拮抗された生物学的分子は、細胞毒性または細胞増殖抑制活性などの望ましくない活性を示す内因性タンパク質であってもよい。
【０９９１】
本明細書に記載される組換えタンパク質は、細胞内、可能性としては、核のような特定の区画内に局在するために工学的に操作される場合もあり、または細胞からの分泌または細胞の原形質膜への転位のために工学的に操作される場合もある。
【０９９２】
一部の実施形態では、本発明による、修飾ｍＲＮＡおよびそれらのコードされたポリペプチドは、任意の種々の疾患、障害、および／または病態の処置に用いられてもよく、これらの１つまたは複数に限定するものではないが、以下が挙げられる：自己免疫障害（例えば、糖尿病、狼瘡、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ）；炎症性障害（例えば、関節炎、骨盤炎症疾患）；感染性疾患（例えば、ウイルス感染（例えば、ＨＩＶ、ＨＣＶ、ＲＳＶ）、細菌感染、真菌感染、敗血症）；神経学的障害（例えば、アルツハイマー病、ハンチントン病；自閉症；デュシェンヌ型筋ジストロフィー）；心血管系障害（例えば、アテローム性動脈硬化症、高コレステロール血症、血栓症、凝固障害、血管新生障害、例えば、黄斑変性症）；増殖性障害（例えば、癌、良性新生物）；呼吸器障害（例えば、慢性閉塞性肺疾患）；消化系障害（例えば、炎症性腸疾患、潰瘍）；筋骨格系障害（例えば、線維筋痛、関節炎）；内分泌、代謝および栄養の障害（例えば、糖尿病、骨粗しょう症）；泌尿器系障害（例えば、腎臓病）；精神的障害（例えば、抑うつ、統合失調症）；皮膚障害（例えば、創傷、皮膚炎）；血液およびリンパ系の障害（例えば、貧血、血友病）；など。
【０９９３】
機能不全または異常なタンパク質活性によって特徴付けられる疾患としては、嚢胞性線維症、鎌状赤血球貧血、表皮水疱症、筋萎縮性側索硬化症、およびグルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症が挙げられる。本発明は、本明細書に提供されるポリヌクレオチドを含む核酸または細胞ベースの治療剤を誘導する（ここでこのポリヌクレオチドは、対象の細胞に存在する異常なタンパク質活性を拮抗するか、そうでなければ克服するタンパク質をコードする）ことによって、対象におけるこのような病態または疾患を処置するための方法を提供する。機能不全のタンパク質の特定の例は、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子のミスセンス変異の変異体であり、これは、嚢胞性線維症を生じる、ＧＦＴＲタンパク質の機能不全タンパク質変異体を生じる。
【０９９４】
タンパク質活性を失う（または実質的に縮小され、その結果、適切な（正常または生理学的なタンパク質機能が生じない）ことによって特徴付けられる疾患としては、嚢胞性線
維症、ニーマン・ピックＣ型、β地中海貧血症（サラセミア）メジャー、デュシェンヌ筋ジストロフィー、ハーラー症候群、ハンター症候群、および血友病Ａが挙げられる。このようなタンパク質は、存在しない場合もあり、または本質的に非機能性である。本発明は、本明細書に提供されるポリヌクレオチドを含む核酸または細胞ベースの治療剤を誘導する（ここでこのポリヌクレオチドは、対象の標的細胞から失われているタンパク質活性を置き換えるタンパク質をコードする）ことによって、対象におけるこのような病態または疾患を処置するための方法を提供する。機能不全タンパク質の特異的な例は、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子のノンセンス変異の変異体であり、これは、嚢胞性線維症を生じるＣＦＴＲタンパク質の非機能的タンパク質変異体を生じる。
【０９９５】
従って、提供されるのは、有効量のＣＴＦＲポリペプチドが細胞中に存在するような条件下で、機能的なＣＦＴＲポリペプチドをコードする翻訳可能領域を有するポリヌクレオチドと、対象の細胞とを接触させることによって哺乳動物対象で嚢胞性線維症を処置する方法である。好ましい標的細胞は、上皮、内皮および中皮の細胞、例えば、肺であり、投与方法は、標的組織を考慮して決定される；すなわち、肺送達のためには、ＲＮＡ分子は、吸入、エアロゾル化（例えば、気管内エアロゾル化）、噴霧または滴下による投与のために製剤化される。これに限定するという例ではないが、ポリヌクレオチドは、その各々の内容が、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際特許出願番号ＷＯ２０１３１８５０６９およびＷＯ２０１３１８２６８３に記載の方法および組成物によって肺に投与されてもよい。別の非限定的な例として、ポリヌクレオチドは、その内容が、本願明細書で完全に援用される、国際特許出願番号ＷＯ２０１３１５５５１３に記載のエアロゾル送達の方法およびデバイスによって投与されてもよい。
【０９９６】
別の実施形態では、本発明は、ゲノム研究によって最近特徴付けられたタンパク質であるＳｏｒｔｉｌｉｎをコードする修飾ｍＲＮＡ分子を対象の細胞集団に導入すること、それによって対象で高脂血症を改善することによって、対象で高脂血症を処置する方法を提供する。ＳＯＲＴ１遺伝子は、Ｓｏｒｔｉｌｉｎと呼ばれるトランスゴルジ（ｔｒａｎｓ−Ｇｏｌｇｉ）網（ＴＧＮ）膜貫通タンパク質をコードする。遺伝子研究によって、５例の個体のうちの１例が、ＳＯＲＴ１遺伝子の１ｐ１３遺伝子座中に、単一ヌクレオチド多型ｒｓ１２７４０３７４を有することが示された（この遺伝子によって、彼らは、低レベルの低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）および極めて低密度のリポタンパク質（ＶＬＤＬ）を有するようにさせられる）。人々のうち約３０％に存在するマイナーな対立遺伝子の各コピーは、ＬＤＬコレステロールを８ｍｇ／ｄＬまで変更するが、集団のうち約５％に存在するマイナーな対立遺伝子の２つのコピーは、ＬＤＬコレステロールを１６ｍｇ／ｄＬに下げる。マイナーな対立遺伝子のキャリアは、心筋梗塞のリスクが４０％低下することも示された。マウスでの機能的なｉｎ  ｖｉｖｏ研究では、マウス肝臓組織中のＳＯＲＴ１の過剰発現が、８０％低いのと同じ程度の、有意に低いＬＤＬ−コレステロールレベルをもたらしたこと、およびＳＯＲＴ１をサイレンシングすることが、ＬＤＬ−コレステロールを約２００％まで増大したことが記載されている（Ｍｕｓｕｎｕｒｕ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｆｒｏｍ  ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ  ｖａｒｉａｎｔ  ｔｏ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  ｖｉａ  ＳＯＲＴ１  ａｔ  ｔｈｅ  １ｐ１３  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ  ｌｏｃｕｓ．  Ｎａｔｕｒｅ  ２０１０；４６６：７１４−７２１）。
【０９９７】
別の実施形態では、本発明は、造血系障害、心血管系疾患、腫瘍学、糖尿病、嚢胞性線維症、神経学的疾患、代謝の先天異常、皮膚および全身の障害、および失明を処置するための方法を提供する。これらの特定の疾患を処置するための分子標的の正体は記載されている（Ｔｅｍｐｌｅｔｏｎ編，Ｇｅｎｅ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，第３版、Ｂｏｔａ  Ｒａｔｏｎ，ＦＬ：ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ；その内容が本願明細書で完全に援用され
る）。
【０９９８】
本明細書に提供されるのは、感染および／または敗血症を発症するリスクの対象において、感染および／または敗血症を予防する方法であって、この方法は、このような予防の必要な対象に対して、抗微生物ポリペプチド（例えば、抗細菌性ポリペプチド）をコードするポリヌクレオチド前駆体、またはそれらの部分的にもしくは完全にプロセシングされた型を含む組成物を、感染および／または敗血症を防ぐのに十分な量で投与するステップを包含する。特定の実施形態では、感染および／または敗血症を発症するリスクの対象は、癌患者である場合がある。特定の実施形態では、この癌患者は、コンディショニングレジメンを受けてもよい。一部の実施形態では、このコンディショニングレジメンとしては、限定するものではないが、化学療法、放射線療法または両方が挙げられる。非限定的な例としては、ポリヌクレオチドは、タンパク質Ｃ、その酵素前駆体またはプレプロタンパク質、プロテインＣの活性型（ＡＰＣ）またはプロテインＣの変異体（当技術分野で公知である）をコードし得る。このポリヌクレオチドは、化学的に修飾されて、細胞に送達されてもよい。本発明の化学的に修飾されたｍＲＮＡ内でコードされ得るポリペプチドの非限定的な例としては、各々、その内容が本願明細書で完全に援用される米国特許第７，２２６，９９９号；同第７，４９８，３０５号；同第６，６３０，１３８号に教示されるポリペプチドが挙げられる。これらの特許は、プロテインＣ様の分子、変異体および誘導体（そのいずれかは、本発明の化学的に修飾された分子内にコードされ得る）を教示する。
【０９９９】
さらに本明細書に提供されるのは、対象において感染および／または敗血症を処置するための方法であって、この方法はこのような処置の必要な対象に対して、抗微生物ポリペプチド（例えば、抗菌性ポリペプチド）、例えば、本明細書に記載の抗微生物ポリペプチド、またはその部分的にもしくは完全にプロセシングされた形態をコードするポリヌクレオチド前駆体を含む組成物を、感染および／または敗血症を処置するのに十分な量で投与スするステップを包含する。特定の実施形態では、処置の必要な対象は、癌患者である。特定の実施形態では、この癌患者は、コンディショニングレジメンを受けていた。一部の実施形態では、このコンディショニングレジメンとしては、限定するものではないが、化学療法、放射線療法またはその両方が挙げられる。
【１０００】
特定の実施形態では、この対象は、急性または慢性の微生物感染（例えば、細菌感染）を示す場合がある。特定の実施形態では、この対象は、治療を受けていてもよいし、または治療中であってもよい。特定の実施形態では、この治療としては限定するものではないが、放射線療法、化学療法、ステロイド類、紫外照射、またはそれらの組み合わせを挙げてもよい。特定の実施形態では、患者は、微小血管の障害を受けている場合がある。一部の実施形態では、この微小血管の障害は、糖尿病であってもよい。特定の実施形態では、この患者は、創傷を有する場合がある。一部の実施形態では、この創傷は、潰瘍であってもよい。特定の実施形態では、この創傷は、糖尿病性の足の潰瘍である場合がある。特定の実施形態では、この対象は、１つまたは複数の火傷の創傷を有する場合がある。特定の実施形態では、この投与は局所であっても、または全身であってもよい。特定の実施形態では、この投与は皮下であってもよい。特定の実施形態では、この投与は静脈内であってもよい。特定の実施形態では、この投与は経口であってもよい。特定の実施形態では、この投与は、局所であってもよい。特定の実施形態では、この投与は吸入によってもよい。特定の実施形態では、この投与は直腸であってもよい。特定の実施形態では、この投与は膣であってもよい。
【１００１】
本開示の他の態様は、哺乳動物対象に対するポリヌクレオチドを含有する細胞の移植に関する。哺乳動物対象への細胞の投与は、当業者に公知であり、これには限定するものではないが、局所移植（例えば、局所もしくは皮下投与）、器官送達もしくは全身注射（例えば、静脈内注射もしくは吸入）、および薬学的に許容される担体に含まれる細胞の製剤
が挙げられる。ポリヌクレオチドを含有するこのような組成物は、筋内、動脈内、腹腔内、静脈内、鼻内、皮下、内視鏡で、経皮的に、または髄腔内への投与のために製剤化されてもよい。一部の実施形態では、この組成物は、徐放のために製剤化されてもよい。
【１００２】
治療剤を投与され得る対象は、疾患、障害もしくは有害な病態に罹患しているか、またはそれらを発生するリスクがある場合がある。これらの基準に基づいて対象を特定、診断、および分類する方法が提供され、こうした方法としては、臨床診断、バイオマーカーレベル、ゲノムワイド関連解析（ＧＷＡＳ）、および当分野で公知の他の方法が挙げられる。
【１００３】
創傷管理
本発明のポリヌクレオチドは、例えば、治癒が遅い創傷の、創傷処置のために使用してもよい。本明細書に提供されるのは、創傷の処置を管理するためのポリヌクレオチドの投与を包含する方法である。創傷の処置を管理するためのポリヌクレオチドの投与を含む方法は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際特許公開ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００１０８９］〜［０００１０９２］に記載される。
【１００４】
抗体の産生
本発明の一実施形態では、ポリヌクレオチドは、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際特許公開ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００１０９３］〜［０００１０９５］に記載されるような、抗体およびそのような抗体の断片をコードしてもよい。
【１００５】
感染の管理
一実施形態では、対象において、抗微生物ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを投与することによって、微生物感染（例えば、細菌感染）および／または、微生物もしくはウイルスの感染と関連する疾患、障害もしくは病態、またはそれらの症状を処置もしくは予防する方法が提供される。この投与は、抗微生物剤（例えば、抗菌剤）、例えば、本明細書に記載される抗微生物ポリペプチドまたは低分子抗微生物化合物と組み合わされてもよい。抗微生物剤としては、限定するものではないが、抗菌剤、抗ウイルス剤、抗真菌剤、抗原生動物剤、抗寄生生物剤および抗プリオン剤が挙げられ、同様に本明細書のポリヌクレオチドの組成物、送達および使用法は、その内容が本願明細書で完全に援用される、同時係属の国際特許公開ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００１０９６］〜［０００１１１６］に記載される。
【１００６】
免疫応答のモジュレーション
免疫応答の回避
本明細書に記載される通り、本発明のポリヌクレオチドの有用な特徴は、細胞の先天性免疫応答を低減、逃避または回避する能力である。一態様では、本明細書に提供されるのは、細胞に送達された場合、参照化合物によって誘発される応答と比較して、宿主からの免疫応答の低減を生じる、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、本発明のポリヌクレオチドに相当する未修飾のポリヌクレオチド、または本発明の異なるポリヌクレオチドである。本明細書で用いるように、「参照化合物」とは、哺乳動物に投与された場合、既知の程度、レベルまたは量の免疫刺激を有する先天性免疫応答を生じる任意の分子または物質である。参照化合物は、核酸分子である必要はなく、本発明のいずれかのポリヌクレオチドである必要はない。従って、免疫応答の誘発を回避、逃避または失敗するポリヌクレオチドの測定は、このような応答を誘発することが公知である任意の化合物または物質に対してはっきり表現され得る。
【１００７】
「先天性免疫応答」という用語は、一般にはウイルスまたは細菌に由来する、外因性の一本鎖の核酸に対する細胞応答を包含し、これは、サイトカイン発現および放出、特にインターフェロンの誘導、ならびに細胞死を包含する。本明細書で用いるように、先天性免疫応答、またはインターフェロン応答は、単一細胞レベルで作動し、これは、サイトカイン発現、サイトカイン放出、タンパク質合成の全体的な阻害、細胞ＲＮＡの全体的な破壊、主要組織適合性分子の上方制御、および／またはアポトーシス性死亡の誘導、アポトーシスに関与する遺伝子の遺伝子転写の誘導、抗増殖、ならびに先天性および適応免疫細胞活性化を生じる。Ｉ型ＩＦＮによって誘導される遺伝子のいくつかとしては、ＰＫＲ、ＡＤＡＲ（ＲＮＡに作用するアデノシンデアミナーゼ）、ＯＡＳ（２’，５’−オリゴアデニレートシンセターゼ）、ＲＮａｓｅ  Ｌ、およびＭｘタンパク質が挙げられる。ＰＫＲおよびＡＤＡＲは、それぞれ、翻訳開始の阻害とＲＮＡ編集をもたらす。ＯＡＳは、エンドリボヌクレアーゼＲＮａｓｅ  Ｌを活性化してｓｓＲＮＡを分解するｄｓＲＮＡ依存性シンセターゼである。
【１００８】
一部の実施形態では、先天性免疫応答は、Ｉ型またはＩＩ型のインターフェロンの発現を含み、かつこのＩ型またはＩＩ型のインターフェロンの発現は、本発明のポリヌクレオチドと接触されていない細胞由来の参照と比較して２倍を超えて増大されなかった。
【１００９】
一部の実施形態では、先天性免疫応答は、１つまたは複数のＩＦＮの特徴遺伝子の発現を含み、この１つまたは複数のＩＦＮの特徴遺伝子の発現は、本発明のポリヌクレオチドと接触されていない細胞由来の参照と比較して３倍を超えて増大されることはない。
【１０１０】
いくつかの状況では、細胞中で先天性免疫応答を排除することが有利である場合があるが、本発明は、インターフェロンシグナル伝達を含めて、免疫応答を投与の際に実質的に低下し（有意に下げ）（このような応答を全体的に排除することはない）ポリヌクレオチドを提供する。
【１０１１】
一部の実施形態では、免疫応答は、参照化合物によって誘導された免疫応答と比較して、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、９９．９％、または９９．９％を超えて低下している。この免疫応答自体は、Ｉ型インターフェロンの発現もしくは活性のレベル、またはインターフェロン調節性遺伝子、例えば、トール様受容体（例えば、ＴＬＲ７およびＴＬＲ８）の発現を決定することによって測定され得る。先天性免疫応答の低下はまた、細胞集団に対する１回以上の投与後、低下した細胞死のレベルを測定することによっても測定できる；例えば、細胞死は、参照化合物で観察された細胞死頻度よりも１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、または９５％低い。さらに、細胞死は、ポリヌクレオチドと接触された細胞の５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、１％、０．１％、０．０１％未満に、または０．０１％未満に影響し得る。
【１０１２】
別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、同じ配列または参照化合物を使用して未修飾のｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成されたポリヌクレオチドよりも有意に免疫原性が低い。本明細書で用いるように、「有意に低い免疫原性」とは、免疫原性の検出可能な低下を指す。別の実施形態では、この用語は、免疫原性の倍数低下を指す。別の実施形態では、この用語は、有効な量のポリヌクレオチドが、検出可能な免疫応答を誘発することなく投与できるような低下を指す。別の実施形態では、この用語は、組換えタンパク質の発現を検出可能に低下するのに十分な免疫応答を排除することなく、ポリヌクレオチドが反復して投与され得るような低下を指す。別の実施形態では、この低下とは、ポリヌクレオチドが、組換えタンパク質の検出可能な発現を排除するのに十分な免疫応答を排除することなく反復して投与され得るような低下である。
【１０１３】
別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、その未修飾の対応物または参照化合物よりも免疫原性が２分の１である。別の実施形態では、免疫原性は、３分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、５分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、７分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、１０分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、１５分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、１倍まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、５０分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、１１０分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、２００分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、５００分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、１０００分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、２０００分の１まで低下される。別の実施形態では、免疫原性は、別の倍数の相違まで低下される。
【１０１４】
免疫原性を決定する方法は、当技術分野で周知であり、これには、例えば、サイトカイン（例えば、ＩＬ−１２、ＩＦＮα、ＴＮＦ−α、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１αまたはβ、ＩＬ−６、ＩＦＮ−β、またはＩＬ−８）の分泌を測定するステップ、ＤＣ活性化マーカー（例えば、ＣＤ８３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８０およびＣＤ８６）の発現を測定するステップ、または適応免疫応答のためのアジュバントとして作用する能力を測定するステップを包含する。
【１０１５】
本明細書で教示される修飾の組み合わせを含む本発明のポリヌクレオチドは、それらを治療の様相にさらに適切にする優れた特性を有し得る。
当技術分野における「全てか、またはなし（オールオアナン）」モデルは、修飾されたｍＲＮＡの治療有用性に関連する生物学的現象を記述するにはひどく不十分であることが確認された。本発明者らは、タンパク質生成を改善するためには、当業者が修飾の性質、または修飾の組み合わせ、修飾のパーセントを考慮し、２つ以上のサイトカインまたは測定基準を調査して、特定の修飾ｍＲＮＡの有効性およびリスクプロファイルを決定し得ることを確認した。
【１０１６】
本発明の一態様では、修飾されていないｍＲＮＡと比較して修飾されたｍＲＮＡの有効性を決定する方法は、１つまたは複数のサイトカイン（その発現が、本発明の外因性の核酸の投与によって誘発される）の測定および解析に関与する。これらの値を、未修飾の核酸の投与と、または標準的な測定基準、例えば、サイトカイン応答、ＰｏｌｙＩＣ、Ｒ−８４８または当技術分野で公知の他の標準と比較する。
【１０１７】
本明細書で開発された標準的な測定基準の１例は、その発現が、投与の結果、または修飾された核酸との接触の結果として、細胞、組織または器官で誘発される１つまたは複数の（またはパネル）のサイトカインのレベルまたは量に対する、細胞、組織または器官で生成されたコードされたポリペプチド（タンパク質）のレベルまたは量の比の測定である。このような比は、本明細書では、タンパク質：サイトカイン比、または「ＰＣ」比と呼ぶ。ＰＣ比が高いほど、修飾された核酸（測定されたタンパク質をコードするポリヌクレオチド）は、効果的である。本発明の好ましいＰＣ比（サイトカインによる）は、１より大きくても、１０より大きくても、１００より大きくても、１０００より大きくても、１０，０００以上であってもよい。異なる構築物または未修飾の構築物の修飾された核酸よりも高いＰＣ比を有する修飾された核酸が好ましい。
【１０１８】
ＰＣ比は、ポリヌクレオチド中に存在する修飾のパーセントによってさらに定量され得る。例えば、１００％の修飾核酸に対して正規化して、サイトカイン（またはリスク）の関数としてのタンパク質産生またはサイトカインプロファイルを決定してもよい。
【１０１９】
一実施形態では、本発明は、化学にまたがって、サイトカイン、または修飾のパーセン
ト、任意の特定の修飾されたポリヌクレオチドの相対的有効性を、修飾された核酸（ポリヌクレオチド）のＰＣ比とを比較することによって、決定するための方法を提供する。
【１０２０】
タンパク質産生の増大、および免疫刺激能の低下を維持する、種々のレベルの核酸塩基置換を含むポリヌクレオチドが生成され得る。任意の修飾されたヌクレオチドの、その天然に存在するヌクレオチド対応物に対する相対的なパーセンテージは、ＩＶＴ反応の間に変化されてもよい（例えば、１００、５０、２５、１０、５、２．５、１、０．１、０．０１％の５メチルシチジンの使用、対シチジン；１００、５０、２５、１０、５、２．５、１、０．１、０．０１％のプソイドウリジンまたはＮ１−メチル−プソイドウリジンの使用対ウリジン）。同じ塩基に対して２つ以上の異なるヌクレオチドを使用する異なる比を利用するポリヌクレオチドもまた作製され得る（例えば、異なる比のプソイドウリジンおよびＮ１−メチル−プソイドウリジン）。ポリヌクレオチドはまた、同時に、５メチルシチジン／シチジンおよびプソイドウリジン／Ｎ１−メチル−プソイドウリジン／ウリジンの比のような２以上の「塩基」位置の混合比で作製されてもよい。修飾ヌクレオチドの比が変更された修飾ｍＲＮＡの使用は、化学的に修飾されたヌクレオチドに対する潜在的な暴露を低下するのに有益であり得る。最後に、タンパク質産生または免疫刺激能またはその両方をモジュレートするポリヌクレオチドへの修飾ヌクレオチドの位置的な導入も可能である。このようなポリヌクレオチドが、これらの改善された特性を実証する能力は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで評価可能であり（本明細書に記載されるＰＢＭＣアッセイなどのアッセイを使用する）、またポリヌクレオチドコードタンパク質産生および先天性の免疫認識の媒介因子、例えば、サイトカインの両方の測定を通じてｉｎ  ｖｉｖｏで評価することもできる。
【１０２１】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドおよびその未修飾の対応物の相対的な免疫原性は、上記の応答のうちの１つを未修飾ヌクレオチドまたは参照化合物の所定の量と同じ程度まで惹起するのに必要なポリヌクレオチドの量を決定することによって決定される。例えば、同じ応答を惹起するのに２倍大きいポリヌクレオチドが必要であるならば、そのポリヌクレオチドは、未修飾のヌクレオチドまたは参照化合物よりも免疫原性が二分の１である。
【１０２２】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドの相対的な免疫原性、およびその未修飾の対応物は、同じ量の未修飾のヌクレオチドまたは参照化合物に対して、ポリヌクレオチドの投与に応答して分泌されたサイトカイン（例えば、ＩＬ−１２、ＩＦＮα、ＴＮＦ−α、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１αもしくはβ、ＩＬ−６、ＩＦＮ−β、またはＩＬ−８）の量を決定することによって決定される。例えば、サイトカインの二分の１程度が分泌されるならば、ポリヌクレオチドは、未修飾のヌクレオチドよりも免疫原性が二分の１である。別の実施形態では、刺激のバックグラウンドレベルを差引きした後に、上記の方法において免疫原性を算出する。
【１０２３】
本明細書に提供されるのは、細胞または細胞の集団における免疫応答の滴定、低下または排除を行うための方法でもある。一部の実施形態では、この細胞は、種々の用量の同じポリヌクレオチドと接触されて、用量応答が評価される。一部の実施形態では、細胞を、多数の異なるポリヌクレオチドと同じ用量または異なる用量で接触させて、所望の効果を生じるための最適組成を決定する。免疫応答に関して、所望の効果は、細胞の免疫応答を回避、逃避または低減することであり得る。所望の効果とはまた、タンパク質産生の有効性を変更することである場合もある。
【１０２４】
本発明のポリヌクレオチドは、本明細書において、その内容が本願明細書で完全に援用される、国際公開ＷＯ２０１３００３４７５に記載の方法を使用して免疫応答を減らすために使用してもよい。
【１０２５】
免疫応答の活性化：ワクチン
本発明によれば、本明細書に開示されるポリヌクレオチドは、１つまたは複数のワクチンをコードし得る。本明細書で用いるように、「ワクチン」とは、特定の疾患または感染性因子に対する免疫を改善する生物学的調製物である。ワクチンは、抗原を対象の組織または細胞に導入して、免疫応答を惹起し、それによって、特定の疾患または病原性感染から対象を保護する。本発明のポリヌクレオチドは、抗原をコードし得、かつポリヌクレオチドが細胞中で発現される場合、所望の免疫応答が達成される。
【１０２６】
ＲＮＡをワクチンとして使用すれば、免疫応答を生成するための安全性、実現可能性、適用性および有効性に関して、細胞にＤＮＡを組み込むステップを包含する従来の遺伝子ワクチン接種の不利な点が克服される。ＲＮＡ分子は、ＤＮＡワクチンよりも有意に安全であるとみなされる。なぜなら、ＲＮＡはより容易に分解されるからである。それらは、生物体の外に迅速に排出され、そしてゲノムに組み込まれて、細胞の遺伝子発現に制御不能な方式で影響することはできない。ＲＮＡワクチンが、自己免疫疾患または抗ＤＮＡ抗体の生成のような重度の副作用を生じる可能性は低い（Ｂｒｉｎｇｍａｎｎ  Ａ．ら、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｎｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２０１０），ｖｏｌ．２０１０，記事ＩＤ６２３６８７）。ＲＮＡによるトランスフェクションは、細胞の細胞質への挿入しか必要とせず、これは、核へ挿入するよりも達成が容易である。しかし、ＲＮＡは、細胞の細胞質でのＲＮａｓｅ分解および他の天然の分解に感受性である。ＲＮＡワクチンの安定性および保存可能期間を増すには種々試みられている。Ｖｏｎ  Ｄｅｒ  Ｍｕｌｂｅらの米国特許出願公開第２００５／００３２７３０号は、ｍＲＮＡ分子のＧ（グアノシン）／Ｃ（シトシン）含量を増大することによって、ｍＲＮＡワクチン組成物の安定性を改善することを開示している。Ｆｅｌｇｎｅｒらの米国特許第５５８０８５９号は、ｍＲＮＡに結合して安定性を調節する調節性タンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を組み込むことを教示する。理論で束縛されることが望まないが、本発明のポリヌクレオチドワクチンは、少なくとも一部は、構築物設計の特異性、純度および選択性に起因して、安定性および治療有効性の改善を生じると考えられる。
【１０２７】
さらに、特定の修飾ヌクレオシド、またはそれらの組み合わせは、本発明のポリヌクレオチド中に導入された場合、先天性免疫応答を活性化する。このような活性化分子は、ポリペプチドおよび／または他のワクチンと組み合わせた場合、アジュバントとして有用である。特定の実施形態では、活性化分子は、ワクチンとして有用なポリペプチド配列をコードする翻訳可能領域を含み、これによって自己アジュバントである能力が得られる。
【１０２８】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、抗原または感染性因子によって生じる疾患または身体的攪乱の予防、処置および診断に用いられ得る。本発明のポリヌクレオチドは、目的の少なくとも１つのポリペプチド（例えば、抗体または抗原）をコードしてもよく、免疫系を刺激して、疾患の原因因子に対して防御するように個体に与えられてもよい。非限定的な例として、生物学的活性および／または抗原もしくは感染性因子からの影響は、抗原および／または感染性因子に結合して中和する能力を有する、１つまたは複数のポリヌクレオチドを提供することによって、阻害および／または無効にされる場合がある。
【１０２９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、免疫原をコードし得る。免疫原をコードするポリヌクレオチドの送達は、免疫応答を活性化し得る。非限定的な例として、免疫原をコードするポリヌクレオチドを、細胞に送達して、多数の先天性応答経路を誘発してもよい（国際公開ＷＯ２０１２００６３７７、および米国特許出願公開第２０１３０１７７６３９号を参照；その内容が本願明細書で完全に援用される）。別の非限定的な例としては、免疫原をコードする本発明のポリヌクレオチドは、脊椎動物に対して免疫原性であ
るのに十分な大きさの用量で脊椎動物に送達されてもよい（国際公開ＷＯ２０１２００６３７２およびＷＯ２０１２００６３６９、ならびに米国特許出願公開第２０１３０１４９３７５号、および米国特許出願公開第２０１３０１７７６４０号を参照；その各々の内容は、その内容が本願明細書で完全に援用される）。ポリヌクレオチドワクチンが処置し得る感染性疾患の非限定的なリストとしては、ウイルス感染性疾患、例えば、ＡＩＤＳ（ＨＩＶ）、肝炎Ａ、ＢまたはＣ、ヘルペス、帯状疱疹（水痘症）、風疹（風疹ウイルス）、黄熱病、デング熱など（フラビウイルス）、インフルエンザ（ｆｌｕ）（インフルエンザウイルス）、出血性感染性疾患（マールブルグウイルスまたはエボラウイルス）、細菌感染性疾患、例えば、レジオネラ病（レジオネラ）、胃潰瘍（ヘリコバクター）、コレラ（ビブリオ）、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、ブドウ球菌感染、サルモネラ感染または連鎖球菌感染、破傷風（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、または原生動物感染性疾患（マラリア、睡眠病、リーシュマニア症、トキソプラズマ症、すなわち、プラスモディウム、トリパノソーム、リーシュマニアおよびトキソプラズマによって生じる感染）が挙げられる。
【１０３０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、癌を処置するための腫瘍抗原をコードし得る。腫瘍抗原の非限定的なリストとしては、７０７−ＡＰ、ＡＦＰ、ＡＲＴ−４、ＢＡＧＥ、β−カテニン／ｍ、Ｂｃｒ−ａｂｌ、ＣＡＭＥＬ、ＣＡＰ−１、ＣＡＳＰ−８、ＣＤＣ２７／ｍ、ＣＤＫ４／ｍ、ＣＥＡ、ＣＴ、Ｃｙｐ−Ｂ、ＤＡＭ、ＥＬＦ２Ｍ、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１、Ｇ２５０、ＧＡＧＥ、ＧｎＴ−Ｖ、Ｇｐ１００、ＨＡＧＥ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１−Ｒ１７０Ｉ、ＨＰＶ−Ｅ７、ＨＳＰ７０−２Ｍ、ＨＡＳＴ−２、ｈＴＥＲＴ（またはｈＴＲＴ）、ｉＣＥ、ＫＩＡＡ０２０５、ＬＡＧＥ、ＬＤＬＲ／ＦＵＴ、ＭＡＧＥ、ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ、ＭＣ１Ｒ、ミオシン／ｍ、ＭＵＣ１、ＭＵＭ−１、−２、−３、ＮＡ８８−Ａ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｐ１９０マイナーｂｃｒ−ａｂｌ、Ｐｍｌ／ＲＡＲα、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＡ、ＰＳＭ、ＲＡＧＥ、ＲＵ１またはＲＵ２、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ−１またはＳＡＲＴ−３、ＴＥＵＡＭＬ１、ＴＰＩ／ｍ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ−２／ＩＮＴ２およびＷＴ１が挙げられる。
【１０３１】
本発明のポリヌクレオチドは、ワクチン用のポリペプチド配列をコードしてもよく、さらに阻害剤を含むことができる。阻害剤は、抗原提示を障害するか、および／または当技術分野で公知の様々な経路を阻害し得る。非限定的な例として、本発明のポリヌクレオチドは、抗原提示を障害し得る阻害剤と組み合わせたワクチンに使用してもよい（国際公開番号：国際公開ＷＯ２０１２０８９２２５およびＷＯ２０１２０８９３３８を参照；これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）。
【１０３２】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、自己複製ＲＮＡであってもよい。自己複製ＲＮＡ分子は、ＲＮＡ送達の効率および封入された遺伝子産物の発現を増強し得る。一実施形態では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、および／または当技術分野で公知の少なくとも１つの修飾を含むことができる。一実施形態では、自己複製ＲＮＡが感染性ウイルス粒子の産生を誘導しないように、自己複製ＲＮＡを設計してもよい。非限定的な例として、自己複製ＲＮＡは、米国特許出願公開第２０１１０３００２０５号および国際公開ＷＯ２０１１００５７９９およびＷＯ２０１３０５５９０５（これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されている方法によって設計してもよい。
【１０３３】
一実施形態では、本発明の自己複製ポリヌクレオチドは、免疫応答を高め得るタンパク質をコードし得る。非限定的な例として、このポリヌクレオチドは、少なくとも１つの抗原をコードし得る自己複製ｍＲＮＡであってもよい（米国特許出願公開第２０１１０３００２０５号、米国特許出願公開第２０１３０１７１２４１号、同第２０１３０１７７６４０号および同第２０１３０１７７６３９号並びに国際公開番号ＷＯ２０１１００５７９９、ＷＯ２０１２００６３７２、ＷＯ２０１２００６３７７、ＷＯ２０１３００６８３８、
ＷＯ２０１３００６８４２、ＷＯ２０１２００６３６９およびＷＯ２０１３０５５９０５を参照；これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）。一態様では、自己複製ＲＮＡは、大型哺乳動物における免疫応答を高めるのに十分大きい用量で、哺乳動物に投与してもよい（例えば、本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３６９を参照）。
【１０３４】
一実施形態では、本発明の自己複製ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される方法または当技術分野で公知の方法を使用して、製剤化してもよい。非限定的な例として、自己複製ＲＮＡは、Ｇｅａｌｌら（自己増幅ＲＮＡワクチンの非ウイルス送達（Ｎｏｎｖｉｒａｌ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｓｅｌｆ−ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ  ＲＮＡ  ｖａｃｃｉｎｅｓ）、ＰＮＡＳ  ２０１２；ＰＭＩＤ：２２９０８２９４；この内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されている方法によって送達のために製剤化してもよい。
【１０３５】
別の非限定的な例として、本発明のポリヌクレオチド（例えば、自己複製ＲＮＡなどの免疫原をコードする核酸分子）は、ペグ化（ＰＥＧｙｌａｔｅｄ）リポソーム内に実質的にカプセル化してもよい（国際特許出願番号：国際公開ＷＯ２０１３０３３５６３を参照；本願明細書で完全に援用される）。なお別の非限定的な例において、自己複製ＲＮＡは、国際特許出願番号ＷＯ２０１３０５５９０５（本願明細書で完全に援用される）に記載のように製剤化してもよい。一つの非限定的な例では、自己複製ＲＮＡは、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３５９または米国特許出願公開第２０１３０１８３３５５号（これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されているように、生分解性ポリマー粒子を使用して製剤化してもよい。
【１０３６】
一実施形態では、自己複製ＲＮＡは、ビリオン様粒子に製剤化してもよい。非限定的な例として、自己複製ＲＮＡは、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３７６（本願明細書で完全に援用される）に記載されているように、ビリオン様粒子に製剤化する。
【１０３７】
別の実施形態では、自己複製ＲＮＡは、リポソームに製剤化してもよい。非限定的な例として、自己複製ＲＮＡは、国際公開番号ＷＯ２０１２００６７３７８（本願明細書で完全に援用される）に記載されているように、リポソームに製剤化してもよい。一態様では、リポソームは、限定はされないが、ｍＲＮＡなどのポリヌクレオチドの送達のために有利となり得るｐＫａ値を有する脂質を含むことができる。別の態様では、リポソームは、生理学的ｐＨで基本的に中性の表面電荷を有してもよく、従って、免疫に有効となり得る（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１２００６７３７８（本願明細書で完全に援用される）に記載されているリポソームを参照）。
【１０３８】
なお別の実施形態では、自己複製ＲＮＡは、カチオン性水中油型エマルジョン中に製剤化してもよい。非限定的な例として、自己複製ＲＮＡは、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３８０（本願明細書で完全に援用される）に記載されているカチオン性水中油型エマルジョン中に製剤化してもよい。本明細書に記載される自己複製ＲＮＡ（例えば、ポリヌクレオチド）と一緒に使用してもよいカチオン性水中油型エマルジョンは、国際公開番号ＷＯ２０１２００６３８０（本願明細書で完全に援用される）に記載されている方法により作製してもよい。
【１０３９】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、両親媒性および／または免疫原性両親媒性ペプチドをコードし得る。
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドの製剤は、両親媒性および／または免疫原性両親媒性ペプチドをさらに含むことができる。非限定的な例として、両親媒性および／または免疫原性両親媒性ペプチドを含むポリヌクレオチドは、米国特許出願公開第２０１１０２５０２３７号、ならびに国際公開番号ＷＯ２０１０００９２７７および同２０１０
００９０６５（これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されているように製剤化してもよい。
【１０４０】
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、免疫刺激性であってもよい。非限定的な例として、このポリヌクレオチドは、プラス鎖またはマイナス鎖のＲＮＡウイルスゲノムの全部もしくは一部をコードし得る（これらの各々の内容が、本願明細書で完全に援用される、国際公開番号ＷＯ２０１２０９２５６９および米国特許出願公開第２０１２０１７７７０１号を参照）。別の非限定的な例では、本発明の免疫刺激性ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるか、および／または当技術分野で公知のように投与用の賦形剤と一緒に製剤化してもよい（国際公開番号ＷＯ２０１２０６８２９５および米国特許出願公開第２０１２０２１３８１２号を参照；これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）。このポリヌクレオチドは、免疫応答を促進するサイトカイン、例えば、モノカイン、リンホカイン、インターロイキンもしくはケモカイン、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＮＦ−α、ＩＮＦ−γ、ＧＭ−ＣＦＳ、ＬＴ−α、またはｈＧＨなどの増殖因子をコードする配列領域をさらに含むことができる。
【１０４１】
一実施形態では、本明細書に記載される方法によって製剤化されたワクチンの応答を、様々な化合物の添加によって増強することにより、治療効果を誘導してもよい。非限定的な例として、ワクチン製剤は、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドまたはＭＨＣＩＩ結合ペプチドと類似の配列を有するペプチドを含むことができる（国際公開番号ＷＯ２０１２０２７３６５、同第２０１１０３１２９８および米国特許出願公開第２０１２００７０４９３号、同第２０１１０１１０９６５号を参照；これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）。別の例として、ワクチン製剤は、対象においてニコチン残基に対する抗体応答を生成することができる修飾ニコチン化合物を含むことができる（国際公開番号ＷＯ２０１２０６１７１７および米国特許出願公開第２０１２０１１４６７７号を参照；これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）。
【１０４２】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの抗体またはその断片もしくは部分をコードし得る。抗体は、広範な感染因子を阻害し、それらに対して防御し得る、広域の中和抗体であってもよい。非限定的な例として、感染症から対象を防御するか、および／または感染症を処置するために、少なくとも１つの抗体またはその断片もしくは部分をコードするポリヌクレオチドが提供される。別の非限定的な例として、感染症から対象を防御するか、および／または感染症を治療するために、広範囲の感染因子を中和することができる２つ以上の抗体またはその断片もしくは部分をコードするポリヌクレオチドが提供される。
【１０４３】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、抗体重鎖をコードしても、または抗体軽鎖をコードしてもよい。抗体重鎖および抗体軽鎖をコードするポリヌクレオチドの最適な比を評価して、機能性抗体および／または所望される応答の最大量を生み出す比を決定してもよい。このポリヌクレオチドはまた、抗体の単一ｓｖＦｖ鎖をコードしてもよい。
【１０４４】
本発明によれば、感染性ウイルスへの曝露の前に、１つまたは複数の広域中和抗体をコードするポリヌクレオチドを対象に投与してもよい。
一実施形態では、細胞、組織または対象に提供されるポリヌクレオチドの有効量は、免疫防御に十分であり得る。
【１０４５】
一部の実施形態では、癌細胞特異的タンパク質をコードするポリヌクレオチドを癌ワクチンとして製剤化してもよい。非限定的な例として、本発明の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む癌ワクチンを、癌を予防するために予防的に使用してもよい。ワクチンは
、アジュバントおよび／または防腐剤を含むことができる。非限定的な例として、アジュバントは、スクアレンであってもよい。別の非限定的な例として、防腐剤は、チメロサールであってもよい。
【１０４６】
一実施形態では、本発明は、１つまたは複数の抗体をコードするポリヌクレオチド、および／または他の抗感染試薬を含有する免疫原性組成物を提供する。これらの免疫原性組成物は、アジュバントおよび／または防腐剤を含むことができる。非限定的な例として、抗体は、広域の中和抗体であってもよい。
【１０４７】
別の例では、本発明は、１つまたは複数の抗体をコードするポリヌクレオチド、および／または他の抗感染試薬を含有する抗体治療薬を提供する。
一実施形態では、本発明のポリヌクレオチド組成物は、他の予防化合物または治療化合物と一緒に投与してもよい。非限定的な例として、予防化合物または治療化合物は、アジュバントであっても、またはブースターであってもよい。本明細書で用いるように、ワクチンなどの予防用組成物に対して言うとき、「ブースター」という用語は、予防的組成物の追加投与を指す。ブースター（もしくは追加ワクチン）は、これより早期に行われる予防組成物の投与後に実施してよい。予防組成物の最初の投与とブースターとの間の投与時間は、限定するものではないが、以下に挙げるものであり得る：１分、２分、３分、４分、５分、６分、７分、８分、９分、１０分、１５分、２０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日、３６時間、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、１０日、２週間、３週間、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１年、１８カ月、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２５年、３０年、３５年、４０年、４５年、５０年、５５年、６０年、６５年、７０年、７５年、８０年、８５年、９０年、９５年または９９年超。
【１０４８】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、生ワクチンの投与と同様に鼻腔内に投与してもよい。別の態様では、ポリヌクレオチドは、当技術分野で公知の不活性化ワクチンの投与と同様に、筋肉内に投与しても、または皮内に投与してもよい。
【１０４９】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、新興の脅威または工学的操作による脅威（既知または未知いずれでもあり得る）の伝播から防御するか、および／または予防するために使用してもよい。
【１０５０】
別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、本明細書に記載される方法により製剤化してもよい。この製剤は、２種以上の抗体またはワクチンのためのポリヌクレオチドを備えることができる。一態様では、この製剤は、２つ以上の疾患、障害もしくは病態に対する治療および／または予防効果を有し得るポリヌクレオチドを備えることができる。非限定的な例として、この製剤は、抗原、抗体またはウイルスタンパク質をコードするポリヌクレオチドを備えることができる。
【１０５１】
さらに、本発明の抗体は、限定するものではないが、細胞内および細胞外タンパク質、タンパク質相互作用、シグナル経路および細胞生物学の同定および位置決定など、多くの用途における研究のために使用してもよい。
【１０５２】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば、限定はされないが、国際公開番号ＷＯ２０１３０９３６２９（この内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されてい
るモジュラーワクチンなどのワクチンに使用してもよい。非限定的な例として、このポリヌクレオチドは、少なくとも１つの抗原、少なくとも１つの細胞内局在エレメントおよび少なくとも１つのＣＤ４ヘルパーエレメントをコードする。一態様では、細胞内局在エレメントは、細胞質ゾルからの抗原の輸出をもたらすタンパク質配列のシグナルペプチドであってもよい。別の態様では、ＣＤ４ヘルパーエレメントは、限定はされないが、Ｐ３０、ＮＥＦ、Ｐ２３ＴＴ、Ｐ３２ＴＴ、Ｐ２１ＴＴ、ＰｆＴ３、Ｐ２ＴＴ、ＨＢＶｎｃ、ＨＡ、ＨＢｓＡｇおよびＭＴ（国際公開番号ＷＯ２０１３０９３６２９；この内容は、本願明細書で完全に援用される）であってもよい。
【１０５３】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、ＲＳＶ感染の予防もしくは処置、またはＲＳＶ感染のリスクの低減に使用してもよい。Ｖａｉｓｈｎａｗらは、米国特許出願公開第２０１３１０６５４９９号（この内容は、本願明細書で完全に援用される）において、ＲＳＶ感染を治療および／または予防するためのｓｉＲＮＡを含む組成物の使用を記載している。非限定的な例として、このポリヌクレオチドは、ＲＳＶの予防および／または処置のための鼻腔内投与のために製剤化してもよい（例えば、米国特許出願公開第２０１３０１６５４９９号を参照；この内容は、本願明細書で完全に援用される）。
【１０５４】
別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、インフルエンザウイルスの感染、例えば、限定はされないが、高度に病原性のトリインフルエンザウイルス（例えば、限定はされないが、Ｈ５Ｎ１サブタイプ）感染およびヒトインフルエンザウイルス（例えば、限定はされないが、Ｈ１Ｎ１サブタイプおよびＨ３Ｎ２サブタイプ）感染のリスクを低減するか、またはそれを阻害するのに使用してもよい。その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許第８４７０７７１号に記載されているタンパク質配列のいずれかをコードし得る本明細書に記載のポリヌクレオチドは、インフルエンザ感染の治療に、またはそのリスクを低減するために使用してもよい。
【１０５５】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、ワクチンとして、または寄生生物により産生
されるタンパク質に対する免疫応答をモジュレートするために使用してもよい。Ｂｅｒｇｍａｎｎ−Ｌｅｉｔｎｅｒらは、米国特許第８４７０５６０号（この内容は、本願明細書で完全に援用される）において、マラリア原虫のスポロゾイト周囲タンパク質（ＣＳＰ）に対するＤＮＡワクチンを記載している。非限定的な例として、このポリヌクレオチドは、Ｃ３ｄのＣＲ２結合モチーフをコードし得るので、マラリア原虫のＣＳＰに対する免疫系をモジュレートするためのワクチンまたは治療薬として使用してもよい。
【１０５６】
一実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定するものではないが、国際公開ＷＯ２０１３１１２７７８およびＷＯ２０１３１１２７８０（これらの内容は各々、本願明細書で完全に援用される）に記載されているものなどの、アルキン修飾生体分子で標識し得るウイルスを生成するために使用してもよい。標識ウイルスは、ウイルスの感染性を増大し得るので、ワクチン製造に有益となる場合がある。標識ウイルスは、国際公開番号ＷＯ２０１３１１２７７８およびＷＯ２０１３１１２７８０（これらの各々の内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されているものなど、様々な方法により生成し得る。
【１０５７】
一実施形態では、このポリヌクレオチドは、ワクチンとして使用してもよく、さらにこのワクチンは、より高い免疫応答を誘発することを可能にし得るアジュバントを含むことができる。非限定的な例として、アジュバントは、ヒト小児集団においてより高い免疫応答を惹起し得るサブミクロンの水中油型エマルジョンであってよい（例えば、米国特許出願公開第２０１２００２７８１３号および米国特許第８５０６９６６号（これらの内容は各々、本願明細書で完全に援用される）に記載されているアジュバント添加ワクチンを参照）。
【１０５８】
別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ワクチンとして使用してもよく、また、安定性を改善し、かつワクチンの発現を高めるために、５’キャップ類似体も備えることができる。５’キャップ類似体の非限定的な例は、米国特許出願公開第２０１２０１９５９１７号（この内容は、本願明細書で完全に援用される）に記載されている。
【１０５９】
天然に存在する突然変異体
別の実施形態では、このポリヌクレオチドは、その内容が完全に援用される同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００１１７４］〜［０００１１７５］に記載されるように、改善された疾患修飾活性（増大した生物活性、改善された患者転帰、または防御機能などを含む）を有する天然に存在するタンパク質の変異体を発現させるために利用してもよい。
【１０６０】
病原性生物または罹患細胞の標的化
細胞増殖抑制または細胞傷害性のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを使用して、細菌、酵母、原生動物、蠕虫などのような病原性微生物、または癌細胞などの罹患細胞を標的化する方法が本明細書では提供される。好ましくは、導入されたｍＲＮＡは、治療剤の潜在的なオフターゲット効果を低減するために、標的病原性生物において、排他的、または優先的に翻訳される、修飾ヌクレオシドまたは他の核酸配列修飾物を含有する。このような方法は、血液、精液、卵などの任意の生物材料、ならびに胚、組織、および器官などの移植材料に見出される病原性生物の除去、または罹患細胞の殺傷に有用である。
【１０６１】
バイオプロセシング
本明細書に示される方法は、その内容が完全に援用される、同時係属の国際公開番号ＷＯ２０１５０３８８９２に、例えば、限定するものではないが、段落［０００１１７６］〜［０００１１８７］に記載されるように、細胞培養プロセスにおけるタンパク質産物収率を増強するために有用であり得る。
【１０６２】
細胞
一実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞、細菌細胞、植物、微生物、藻類および真菌細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、この細胞は、例えば、限定するものではないが、ヒト、マウス、ラット、ヤギ、ウマ、ウサギ、ハムスターまたはウシの細胞などの哺乳動物細胞である。さらなる実施形態では、細胞は、限定するものではないが、ＨｅＬａ、ＮＳ０、ＳＰ２／０、ＫＥＫ  ２９３Ｔ、Ｖｅｒｏ、Ｃａｃｏ、Ｃａｃｏ−２、ＭＤＣＫ、ＣＯＳ−１、ＣＯＳ−７、Ｋ５６２、Ｊｕｒｋａｔ、ＣＨＯ−Ｋ１、ＤＧ４４、ＣＨＯＫ１ＳＶ、ＣＨＯ−Ｓ、Ｈｕｖｅｃ、ＣＶ−１、Ｈｕｈ−７、ＮＩＨ３Ｔ３、ＨＥＫ２９３、２９３、Ａ５４９、ＨｅｐＧ２、ＩＭＲ−９０、ＭＣＦ−７、Ｕ−２０Ｓ、Ｐｅｒ．Ｃ６、ＳＦ９、ＳＦ２１またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を含む樹立細胞株に由来するものであってもよい。
【１０６３】
特定の実施形態では、この細胞は、真菌細胞、例えば、限定するものではないが、クリソスポリウム属（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）細胞、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）細胞、トリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）細胞、タマホコリカビ属（Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍ）細胞、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）細胞、サッカロミセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）細胞、シゾサッカロミセス属（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）細胞、およびアオカビ属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）細胞である。
【１０６４】
特定の実施形態では、細胞は、細菌細胞、例えば、限定するものではないが、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、またはＢＬ２１細胞である。本発明の方法によってトランスフェクトしようとする初代細胞および二次細胞は
、多様な組織から取得することができ、これには、限定するものではないが、培養物中に維持することができる全ての細胞型を含む。例えば、本発明の方法によってトランスフェクトすることができる初代および二次細胞としては、限定するものではないが、線維芽細胞、ケラチノサイト、上皮細胞（例えば、哺乳動物上皮細胞、腸管上皮細胞）、内皮細胞、グリア細胞、神経細胞、血液の形成成分（例えば、リンパ球、骨髄細胞）、筋肉細胞およびこれら体細胞型の前駆体が挙げられる。初代細胞は、同じ種のドナーから得てもよいし、または別の種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、トリ、ヒツジ、ヤギ、ウマ）から得てもよい。
【１０６５】
精製および単離
当業者であれば、培養細胞から目的のタンパク質を精製または単離するために使用する方法を決定することができるはずである。一般に、これは、親和性結合または非親和性精製を用いた捕獲方法によって行う。目的のタンパク質が、培養細胞により分泌されないならば、精製または単離の前に、培養細胞の溶解を行うべきである。細胞培養培地成分、さらに本発明における細胞培養添加物、例えば、消泡化合物、ならびに他の栄養素および補充物、細胞、細胞破片、宿主細胞タンパク質、ＤＮＡ、ウイルスなどと一緒に、目的のタンパク質を含有する非浄化細胞培養液を使用してもよい。このプロセスは、バイオリアクター自体において実施してもよい。液体をｐＨ、温度またはその他の刺激特性などの所望される刺激に対して事前に順化してもよいし、または液体をポリマーの添加時に順化してもよいし、あるいは、ポリマーを、液体中に可溶化させようとするポリマーに要する刺激条件に必要なパラメータに対して適切に順化する担体液体に添加してもよい。このポリマーは、液体と一緒に徹底的に循環させた後、刺激を適用して（ｐＨ、温度、塩濃度の変化など）、所望されるタンパク質およびポリマー沈殿物を溶液から取り出してもよい。ポリマーおよび所望のタンパク質を、残りの液体から分離した後、任意選択で、１回または複数回洗浄することにより、捕捉されたまたは緩く結合した混入物を全て除去してもよい。次に、例えば、溶離などによって、要望のタンパク質をポリマーから回収してもよい。好ましくは、溶離は、ポリマーがその沈殿形態中に残り、所望のタンパク質の選択溶離のステップ中にそれに対する任意の不純物を保持するようなある設定の条件下で行ってもよい。ポリマーおよびタンパク質ならびに任意の不純物は、水または緩衝溶液などの新しい液体に溶解されてもよく、親和性、イオン交換、疎水性、またはポリマーもしくは不純物に対して、タンパク質に優先性および選択性を有するいずれか他のタイプのクロマトグラフィーなどの手段により回収されてもよい。次いで、溶離したタンパク質を回収し、任意選択でバッチ様ステップまたは連続フロースルーステップいずれかの追加処理ステップに供してもよい。
【１０６６】
別の実施形態では、潜在的な関心のある細胞株または細胞株のコレクションにおける特定のポリペプチド、特に、既知の活性を有する参照タンパク質のタンパク質変異体などの目的のポリペプチドの発現を最適化することは有用であり得る。一実施形態では、複数の標的細胞型を用意し、複数の標的細胞型の各々と、ポリペプチドをコードする修飾ｍＲＮＡとを独立して接触させることにより、標的細胞中の目的のポリペプチドの発現を最適化する方法が提供される。さらに、タンパク質生産効率を高めるために、培養条件を変更してもよい。引き続き、複数の標的細胞型における目的のポリペプチドの存在および／またはレベルを検出および／または定量して、効率的な標的細胞およびそれに関連する細胞培養条件の選択により、目的のポリペプチドの発現の最適化を可能にする。このような方法は、目的のポリペプチドが、１つまたは複数の翻訳後修飾を含むか、または実質的な三次構造、すなわち、往々にして効率的なタンパク質生産を困難にする状況を有する場合、有用であり得る。
【１０６７】
タンパク質回収
目的のタンパク質は、好ましくは、分泌ポリペプチドとして培養培地から回収してもよ
いし、または分泌シグナルなしで発現される場合、宿主細胞溶解物から回収してもよい。目的のタンパク質の実質的に均質な調製物が得られる方法で他の組換えタンパク質および宿主細胞タンパク質から目的のタンパク質を精製することが必要な場合もある。細胞および／または粒子状細胞残屑を、培養培地または溶解物から除去してもよい。次いで、目的の産物を、混入可溶性タンパク質、ポリペプチドおよび核酸から、例えば、免疫親和性またはイオン交換カラムでの分別、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）、セファデックス（ＳＥＰＨＡＤＥＸ）（登録商標）クロマトグラフィー、シリカもしくはカチオン交換樹脂（ＤＥＡＥなど）でのクロマトグラフィーにより、精製してもよい。宿主細胞により発現された異種タンパク質を精製する方法は、当技術分野で公知である。
【１０６８】
本明細書に記載される方法および組成物は、内因性アゴニスト生体応答を減弱もしくはブロックするか、および／または哺乳動物対象において受容体もしくはシグナル伝達分子に拮抗することができるタンパク質を生成するために使用してもよい。例えば、ＩＬ−１２およびＩＬ−２３受容体シグナル伝達を、多発性硬化症などの慢性自己免疫障害、ならびに関節リウマチ、乾癬、全身性エリテマトーデス、強直性脊椎炎およびクローン病などの炎症性疾患において、増強してもよい（Ｋｉｋｌｙ  Ｋ、Ｌｉｕ  Ｌ、Ｎａ  Ｓ、Ｓｅｄｇｗｉｃｈ  ＪＤ、（２００６）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（６）：６７０〜５）。別の実施形態では、核酸は、ケモカイン受容体のためのアンタゴニストをコードする。ケモカイン受容体ＣＸＣＲ−４およびＣＣＲ−５は、宿主細胞へのＨＩＶ侵入に必要である（Ａｒｅｎｚａｎａ−Ｓｅｉｓｄｅｄｏｓ  Ｆら、（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ．１０月３日；３８３（６５９９）：４００）。
【１０６９】
遺伝子サイレンシング
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、細胞集団における１つまたは複数の標的遺伝子の発現をサイレンシングする（すなわち、防止するか、または実質的に低減する）上で有用である。ポリペプチドが翻訳されて、ヒストンＨ３メチル化および後のヘテロクロマチン形成によって標的遺伝子の遺伝子転写を低減するような条件下で、配列特異的ヒストンＨ３メチル化を指令し得る目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを集団内の細胞に導入する。一部の実施形態では、サイレンシング機構は、哺乳動物対象に存在する細胞集団に対して行われる。非限定的な例として、有用な標的遺伝子は、突然変異したヤヌスキナーゼ（Ｊａｎｕｓ  Ｋｉｎａｓｅ）−２ファミリーメンバーであり、ここで、哺乳動物対象は、突然変異標的遺伝子を発現し、異常キナーゼ活性に起因する骨髄増殖性疾患に罹患している。
【１０７０】
ポリヌクレオチドおよびＲＮＡｉ剤の同時投与も本明細書に記載される。
生物学的経路のモジュレーション
細胞に導入される急速な翻訳ポリヌクレオチドは、標的生物学的経路をモジュレートする望ましい機構を提供する。このようなモジュレーションは、所与の経路の拮抗作用または作動を包含する。一実施形態では、細胞における生物学的経路に拮抗する方法が提供されるが、この方法は、ポリヌクレオチドがこの細胞に局在化されて、このポリヌクレオチドからこの細胞でポリペプチドが翻訳されることができるような条件下で（ここで、このポリペプチドは、生物学的経路において機能性のポリペプチドの活性を阻害する）、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む有効量の組成物と、細胞とを接触させることにより実施される。生物学的経路の例は、多発性硬化症、関節リウマチ、乾癬、全身性エリテマトーデス、強直性脊椎炎、またはクローン病などの自己免疫もしくは炎症性疾患において欠損した経路であり；とりわけ、ＩＬ−１２およびＩＬ−２３シグナル伝達経路の拮抗作用が特に有用である。（Ｋｉｋｌｙ  Ｋ、Ｌｉｕ  Ｌ、Ｎａ  Ｓ、Ｓｅｄｇｗｉｃｋ  ＪＤ、（２００６）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（６）：６７０〜５を参照）。
【１０７１】
さらに、ケモカイン受容体のアンタゴニストをコードするポリヌクレオチドが提供される；ケモカイン受容体ＣＸＣＲ−４およびＣＣＲ−５は、例えば、宿主細胞へのＨＩＶの侵入に必要である（Ａｒｅｎｚａｎａ−Ｓｅｉｓｄｅｄｏｓ  Ｆら、（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ．１０月３日；３８３（６５９９）：４００）。
【１０７２】
あるいは、核酸が細胞に局在化されて、核酸から細胞において組換えポリペプチドが翻訳されることが可能で、かつこの組換えポリペプチドが、生物学的経路において機能的なポリペプチドの活性を誘導するような条件下で、この組換えポリペプチドをコードする有効量のポリヌクレオチドと、細胞とを接触させることによる、細胞における生物学的経路をアゴナイズする方法が提供される。アゴナイズされる生物学的経路の例としては、細胞運命決定をモジュレートする経路が挙げられる。このようなアゴナイズは、可逆的であるか、あるいは、不可逆的である。
【１０７３】
細胞表面上でのリガンドまたは受容体の発現
本明細書に記載されるいくつかの態様および態様の実施形態では、細胞表面上にリガンドまたはリガンド受容体（例えば、ホーミング部分）を発現させるために、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを使用してもよい。細胞表面に結合したリガンドまたはリガンド受容体部分によって、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏで組織または薬剤との所望される生物学的相互作用を有することが可能になる。リガンドは、抗体、抗体断片、アプタマー、ペプチド、ビタミン、炭水化物、タンパク質もしくはポリペプチド、受容体、例えば、細胞表面受容体、接着分子、糖タンパク質、糖残基、治療剤、薬物、グリコサミノグリカン、またはこれらの任意の組み合わせであってもよい。例えば、リガンドは、癌細胞特異的抗原を認識する抗体であってよく、これは、細胞が、優先的に腫瘍細胞と相互作用して、修飾細胞の腫瘍特異的局在化を可能にすることができるようにする。好ましいリガンドは、治療しようとする組織の外面上の標的分子と相互作用し得るので、リガンドは、細胞組成物が治療しようとする組織中に蓄積する能力を付与し得る。他の組織に対して限定された交差反応性を有するリガンドが一般に好ましい。
【１０７４】
いくつかの場合には、リガンドは、細胞が、特定の組織を標的化すること、または特定のリガンドと相互作用することを可能にするホーミング部分として作用し得る。このようなホーミング部分としては、限定するものではないが、特定の結合ペアの任意のメンバー、抗体、モノクローナル抗体、またはそれらの誘導体もしくは類似体、例としては、限定するものではないが：Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、単一ドメイン抗体、ラクダ抗体およびその抗体断片、ヒト化抗体およびその抗体断片、ならびに前述の多価形態；多価結合試薬、限定するものではないが：単一特異性もしくは二重特異性抗体、例えば、ジスルフィド安定化Ｆｖ断片、ｓｃＦｖタンデム（（ＳＣＦＶ）２断片）、ダイアボティ（ｄｉａｂｏｄｙ）、トリボディもしくはテトラボディ（これらは、典型的に、共有結合か、そうでなければ安定化（すなわち、ロイシンジッパーもしくはヘリックス安定化）ｓｃＦｖ断片である）を挙げることができ；また、他のホーミング部分としては、例えば、アプタマー、受容体および融合タンパク質が挙げられる。
【１０７５】
一部の実施形態では、ホーミング部分は、細胞標的化特異性の調整を可能にし得る表面結合抗体であってもよい。所望の標的化部位についての目的のエピトープに対して、高度に特異的な抗体を惹起することができるので、これは、特に有用である。一実施形態では、複数の抗体を細胞の表面上に発現させ、各抗体は、所望の標的について異なる特異性を有してもよい。このようなアプローチは、ホーミング相互作用の結合活性および特異性を増大し得る。
【１０７６】
当業者は、細胞の所望の局在化または機能に基づいて任意のホーミング部分を選択し得
、例えば、タモキシフェンなどのエストロゲン受容体リガンドは、細胞表面に増加した数のエストロゲン受容体を有するエストロゲン依存性乳癌細胞に細胞を標的化し得る。リガンド／受容体相互作用の他の非限定的な例としては、ＣＣＲＩ（例えば、関節リウマチ、および／または多発性硬化症における炎症関節組織または脳の治療のため）、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８（例えば、リンパ節組織への標的化）、ＣＣＲ６、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０（例えば、腸組織への標的化のため）、ＣＣＲ４、ＣＣＲ１０（例えば、皮膚への標的化のため）、ＣＸＣＲ４（例えば、移動の全体的増強のため）、ＨＣＥＬＬ（例えば、炎症および炎症性障害、骨髄の処置のため）、α４β７（例えば、腸粘膜標的化のため）、ＶＬＡ−４／ＶＣＡＭ−１（例えば、内皮への標的化）が挙げられる。一般に、標的化（例えば、癌転移）に関与するあらゆる受容体を、本明細書に記載される方法および組成物での使用に活用してもよい。
【１０７７】
細胞系列のモジュレーション
標的哺乳動物細胞において細胞運命の変更を誘導する方法が提供される。標的哺乳動物細胞は、前駆体細胞であってもよく、変更は、ある系列への分化の駆動、またはこのような分化のブロックを含み得る。あるいは、標的哺乳動物細胞は、分化した細胞であってもよく、細胞運命の変更は、多能性前駆細胞への脱分化の駆動、またはこのような脱分化（例えば、癌幹細胞への癌細胞の脱分化）のブロックを含む。細胞運命の変化が所望される状況では、細胞運命誘導性ポリペプチドをコードする有効量のｍＲＮＡを、細胞運命の変更が誘導されるような条件下で、標的細胞に導入する。一部の実施形態では、修飾ｍＲＮＡは、細胞の亜集団を第１表現型から第２表現型に再プログラムする上で有用である。このような再プログラミングは、一過性または永続的のいずれであってもよい。任意選択で、再プログラミングは、標的細胞が中間表現型を採用するように誘導する。
【１０７８】
さらに、本発明の方法は、高い効率のトランスフェクション、細胞を再トランスフェクトする能力、および標的細胞中に産生される組換えポリペプチドの量の維持能力のおかげで、人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）を作製する上で特に有用である。さらに、本明細書に記載される方法を使用して作製されたｉＰＳ細胞の使用は、奇形腫形成の発生率低下をもたらすと予想される。
【１０７９】
また、標的細胞集団における細胞分化を低減する方法も提供される。例えば、ポリペプチドが翻訳されて、前駆細胞の分化を低減するような条件下で、１つまたは複数の前駆細胞型を含有する標的細胞集団を、ポリペプチドをコードする有効量のポリヌクレオチドを有する組成物と接触させる。非限定的な例では、標的細胞集団は、哺乳動物対象における損傷組織、または外科的処置により影響を受けた組織を含む。前駆細胞は、例えば、間質前駆細胞、神経前駆細胞、または間葉前駆細胞である。
【１０８０】
具体的な実施形態では、１つまたは複数の分化因子Ｇａｔａ４、Ｍｅｆ２ｃおよびＴｂｘ４をコードするポリヌクレオチドが提供される。これらのｍＲＮＡ生成因子を線維芽細胞中に導入して、心筋細胞への再プログラミングを駆動する。このような再プログラミングは、ｍＲＮＡ含有パッチまたは他の材料を損傷された心臓組織と接触させて、心臓の再生を促進することにより、ｉｎ  ｖｉｖｏで行ってもよい。このようなプロセスは、線維形成とは対照的に、心筋細胞発生を促進する。
【１０８１】
細胞死の媒介
一実施形態では、細胞死受容体、細胞死受容体リガンドまたはこれらの組み合わせの発現を増大することによって、細胞（例えば、癌細胞）でアポトーシスを誘導するために、ポリヌクレオチド組成物を使用してもよい。この方法は、任意の所望される細胞に細胞死を誘導するために使用してもよく、細胞が自然のアポトーシスシグナルから逃れる癌の処置において特に有用である。
【１０８２】
アポトーシスは、複数の独立したシグナル伝達経路によって誘導され得るが、これらの経路は、いくつかの「細胞死受容体」とそれらのリガンド（腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）受容体／リガンドスーパーファミリーに属する）との間の多重相互作用からなる最終エフェクター機構に収束する。最もよく特徴付けされた細胞死受容体は、ＣＤ９５（「Ｆａｓ」）、ＴＮＦＲＩ（ｐ５５）、細胞死受容体３（ＤＲ３またはＡｐｏ３／ＴＲＡＭＯ）、ＤＲ４およびＤＲ５（ａｐｏ２−ＴＲＡＩＬ−Ｒ２）である。アポトーシスの最終エフェクター機構は、カスパーゼと呼ばれる一連のプロテイナーゼの活性化であり得る。これらカスパーゼの活性化は、一連の生存細胞のタンパク質の切断および細胞死を引き起こす。細胞死受容体／リガンド誘導性のアポトーシスの分子機構は、当技術分野において周知である。例えば、Ｆａｓ／ＦａｓＬ媒介性アポトーシスは、３つのＦａｓＬ分子の結合によって誘導され、この結合は、Ｃ末端細胞死ドメイン（ＤＤ）を介してＦａｓ受容体の三量体化を誘導し、次に、これが、アダプタータンパク質ＦＡＤＤ（細胞死ドメインを有するＦａｓ関連タンパク質）およびカスパーゼ−８を動員する。この３分子複合体、Ｆａｓ／ＦＡＩＤＤ／カスパーゼ−８のオリゴマー化によって、プロ酵素カスパーゼ−８の活性カスパーゼ−８へのタンパク質分解切断が起こり、次に、これが、タンパク質分解を通じて他の下流カスパーゼ（カスパーゼ−３など）を活性化することにより、アポトーシスプロセスが開始される。細胞死リガンドは、一般に、三量体またはより高次の構造に形成されるとき、アポトーシス性となる。単量体の場合、これらは、細胞死受容体との結合のために、三量体と競合することにより、抗アポトーシス因子として作用し得る。
【１０８３】
一実施形態では、ポリヌクレオチド組成物は、細胞死受容体（例えば、Ｆａｓ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＭＯ、ＴＮＦＲ、ＴＬＲなど）をコードする。ポリヌクレオチドのトランスフェクションにより細胞死受容体を発現するようにした細胞は、その受容体を活性化するリガンドによって誘導される細胞死を受けやすくなる。同様に、例えば、細胞表面上に細胞死リガンドを発現するように作製した細胞は、トランスフェクトされた細胞が標的細胞と接触する場合、受容体によって細胞死を誘導する。別の実施形態では、ポリヌクレオチド組成物は、細胞死受容体リガンド（例えば、ＦａｓＬ、ＴＮＦなど）をコードする。別の実施形態では、ポリヌクレオチド組成物は、カスパーゼ（例えば、カスパーゼ３、カスパーゼ８、カスパーゼ９など）をコードする。癌細胞が、非増殖または制御された増殖形態への適正な分化の失敗を頻繁に示す場合、別の実施形態において、合成の、ポリヌクレオチド組成物は、細胞死受容体と、その適切な活性化リガンドの両方をコードする。別の実施形態では、合成のポリヌクレオチド組成物は、分化因子をコードし、この因子が、癌幹細胞などの癌細胞に発現される場合、非病原性もしくは非自己再生表現型（例えば、細胞増殖速度の低下、細胞分裂の抑制など）に分化するように細胞を誘導するか、または休止細胞期（例えば、Ｇ０休止期）に入るよう細胞を誘導する。
【１０８４】
当業者であれば、アポトーシス誘導技術の使用は、ポリヌクレオチドを、例えば、腫瘍細胞に適正に標的化して、広範囲に広がる不要な細胞死を防止する必要があり得ることは理解されよう。従って、当業者は、ポリヌクレオチドを癌細胞だけで発現させるように癌抗原を認識する送達機構（例えば、結合リガンドまたは抗体、標的リポソームなど）を使用してもよい。
【１０８５】
美容品用途
一実施形態では、ポリヌクレオチドを美容状態の処置、改善または予防に使用してもよい。このような状態としては、座瘡、酒さ、瘢痕、皺、湿疹、帯状疱疹、乾癬、シミ、母斑、乾燥肌、皮膚硬結、発疹（例えば、おむつかぶれ、汗疹）、疥癬、蕁麻疹、疣贅、虫刺され、尋常性白斑、ふけ、そばかす、ならびに加齢の一般的兆候が挙げられる。
【１０８６】
ＶＩ．キットおよびデバイス
キット
本発明は、本発明の方法を好都合および／または効果的に行うための種々のキットを提供する。典型的に、このキットは、ユーザが、対象の様々な処置を実施するか、および／または様々な実験を実施することを可能にするのに十分な量および／または数の成分を含む。
【１０８７】
一態様では、本発明は、本発明の分子（ポリヌクレオチド）を含むキットを提供する。一実施形態では、このキットは、１つまたは複数の機能性抗体またはその機能性断片を含む。
【１０８８】
このキットは、翻訳可能領域を含むポリヌクレオチドを含む、タンパク質産生を目的とするものであってもよい。このキットは、製剤組成物を形成するためのパッケージングおよび説明書ならびに／または送達剤をさらに含むことができる。送達剤は、生理食塩水、緩衝液、脂肪様物質（ｌｉｐｉｄｏｉｄ）または本明細書に開示する任意の送達剤を含むことができる。
【１０８９】
一実施形態では、緩衝液は、塩化ナトリウム、塩化カルシウム、リン酸塩および／またはＥＤＴＡを含むことができる。別の実施形態では、緩衝液としては、限定するものではないが、生理食塩水、２ｍＭカルシウムを含む生理食塩水、５％スクロース、２ｍＭカルシウムを含む５％スクロース、５％マンニトール、２ｍＭカルシウムを含む５％マンニトール、乳酸リンゲル液、塩化ナトリウム、２ｍＭカルシウムを含む塩化ナトリウム、およびマンノースが挙げられる（例えば、米国特許出願公開第２０１２０２５８０４６号を参照；本願明細書で完全に援用される）。さらなる実施形態では、緩衝液は沈殿させてもよく、または凍結乾燥してもよい。一定の、再現可能で、より高い濃度の生理食塩水または単純な緩衝液製剤を可能にするために、各成分の量を変えてもよい。また、特定の期間にわたり、および／または様々な条件下で、緩衝液中の修飾ＲＮＡの安定性を高めるために、成分を変えてもよい。一態様では、本発明は、タンパク質産生のためのキットを提供し、このキットには、以下のものを含む：標的細胞に導入されたとき、翻訳可能領域によりコードされる所望の量のタンパク質を産生するのに有効な量で提供される、翻訳可能領域を含むポリヌクレオチド；細胞の先天性免疫応答を実質的に阻害するのに有効な量で提供される、阻害性核酸を含む第２のポリヌクレオチド；ならびにパッケージングおよび説明書。
【１０９０】
一態様では、本発明は、タンパク質産生のためのキットを提供し、このキットには、翻訳可能領域を含むポリヌクレオチド（このポリヌクレオチドは、細胞ヌクレアーゼによる分解の低減を呈する）、ならびにパッケージングおよび説明書を備える。
【１０９１】
一態様では、本発明は、タンパク質産生のためのキットを提供し、このキットには、翻訳可能領域を含むポリヌクレオチド（このポリヌクレオチドは、細胞ヌクレアーゼによる分解の低減を呈する）、ならびに第１核酸の翻訳可能領域の翻訳に好適な哺乳動物細胞を備える。
【１０９２】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドを使用するキットは、その各々の内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日出願の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００．２０）、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に記載される。
【１０９３】
デバイス
本発明は、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを組み込み得るデバイスを提供する。これらのデバイスは、安定な製剤において、ヒト患者など、それを必要とす
る対象に直ちに送達するために利用可能な製剤中にポリヌクレオチドを合成するための試薬を含有する。
【１０９４】
投与のためのデバイスは、本明細書に教示する単一回、複数回、または分割投与レジメンに従い、本発明のポリヌクレオチドを送達するために使用してもよい。このようなデバイスは、例えば、その各々の内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日出願の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００．２０）、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に教示される。
【１０９５】
細胞、器官および組織への複数回投与のための当技術分野で公知の方法およびデバイスは、本発明の実施形態として本明細書に開示される方法および組成物と組み合わせた使用について考慮される。これらとしては、例えば、複数の針を有する方法およびデバイス、例えば、管腔またはカテーテルを使用するハイブリッドデバイス、ならびに熱、電流または放射線駆動機構を使用するデバイスが挙げられる。
【１０９６】
本発明によれば、これらの複数回投与デバイスは、本明細書で考慮する単一回、複数回、または分割用量を送達するために利用してもよい。このようなデバイスは、例えば、その各々の内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日出願の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００．２０）、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に教示される。
【１０９７】
一実施形態では、ポリヌクレオチドを３つの異なる、任意選択で、隣接した部位に、同時に、または６０分の間隔内に（例えば、４、５、６、７、８、９、または１０の部位への同時または６０分の間隔内の投与）、少なくとも３つの針で皮下もしくは筋肉内に投与する。
【１０９８】
固体生分解性マイクロニードルを使用する治療剤送達の方法は、その内容が本願明細書で完全に援用される、米国特許出願公開第２０１３０２８７８３２号でＯ’ｈａｇａｎらによって記載される。このマイクロニードルは、少なくとも１つの固体賦形剤と組み合わせた治療剤（例えば、インフルエンザワクチン）から製造される。皮膚への浸透後、そのマイクロニードルは、その場で溶解して、対象に治療剤を放出する。非限定的な例として、このマイクロニードルの製造に用いられる治療剤は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドである。
【１０９９】
経皮的な薬物送達のためのマイクロニードルアセンブリは、その内容が本願明細書で完全に援用される米国特許第８６３６６９６号で、Ｒｏｓｓらが記載している。このアセンブリは、第１の表面と第２の表面とを有し、ここでこのマイクロニードルは、支持体の第２の表面から外側に突出する。このアセンブリは、チャネルと開口部とを備えて、液体（例えば、治療剤または薬物）の通過を可能にする接合部を形成してもよい。
【１１００】
カテーテルおよび／または管腔を利用する方法およびデバイス
カテーテルおよび管腔を使用する方法およびデバイスは、単一回、複数回、または分割投与のスケジュールで、本発明のポリヌクレオチドを投与するために使用してもよい。このような方法およびデバイスは、その各々の内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日出願の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００．２０）、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に記載される。
【１１０１】
電流を利用する方法およびデバイス
電流を利用する方法およびデバイスを、本明細書に教示される単一回、複数回、または
分割投与レジメンに従い、本発明のポリヌクレオチドを送達するために使用してもよい。このような方法およびデバイスは、その各々の内容が本願明細書で完全に援用される、２０１３年３月９日出願の国際公開番号ＷＯ２０１３１５１６６６（代理人整理番号Ｍ３００．２０）、国際公開番号ＷＯ２０１４１５２２１１（代理人整理番号Ｍ０３０．２０）に記載される。
【１１０２】
ＶＩＩ．定義
本明細書の様々な箇所で、本開示の化合物の置換基をグループまたは範囲で開示する。本開示が、そのようなグループおよび範囲のメンバーのありとあらゆるサブコンビネーションを含むことが特に意図されている。例えば、「Ｃ１〜６アルキル」という用語は具体的には、メチル、エチル、Ｃ３アルキル、Ｃ４アルキル、Ｃ５アルキル、およびＣ６アルキルを個別に示すことを意図する。本明細書において、「任意選択で置換されたＸ」（例えば、任意選択で置換されたアルキル）という形態の句は、「Ｘであって、ここでＸは、任意選択で置換されている」（例えば、「アルキルであって、前記アルキルは、任意選択で置換されている」）と同等であることを意図する。「Ｘ」（例えば、アルキル）という特徴自体が任意であることを意味するものではない。
【１１０３】
約：本明細書で用いるように、「約」という用語は、記載する値の＋／−１０％を意味する。
組み合わせた投与：本明細書で用いるように、「組み合わせた投与」または「併用投与」という用語は、患者に対して各薬剤の効果の重複が存在し得るように、２つ以上の薬剤を同時に、またはある間隔内に、対象に投与することを意味する。一部の実施形態では、それらは、互いに約６０、３０、１５、１０、５、もしくは１分以内に投与される。一部の実施形態では、薬剤の投与は、組み合わせ（例えば、相乗）効果が達成されるように、十分に短い間隔とする。
【１１０４】
アジュバント：本明細書で用いるように、「アジュバント」という用語は、抗原に対する対象の免疫応答を増強する物質を意味する。
動物：本明細書で用いるように、「動物」という用語は、動物界の任意のメンバーを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発育段階のヒトを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発育段階の非ヒト動物を指す。特定の実施形態では、非ヒト動物とは、哺乳動物（例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、畜牛、霊長類、またはブタ）である。一部の実施形態では、動物としては、限定するものではないが、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、および蠕虫が挙げられる。一部の実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作した動物、またはクローンである。
【１１０５】
抗原：本明細書で用いるように、「抗原」という用語は、各々の抗体に特異的に結合する物質を指す。抗原は、本明細書に使用する癌抗原など、身体由来であるものであっても、または例えば、感染因子などの外部環境由来のもののいずれであってもよい。
【１１０６】
目的の抗原または所望される抗原：本明細書で用いるように、「目的の抗原」または「所望の抗原」という用語は、本明細書に記載される抗体ならびにそれらの断片、突然変異体、変異体および変更物によって免疫特異的に結合される、本明細書に記載のタンパク質およびその他の生体分子を包含する。目的の抗原の例としては、限定するものではないが、インスリン、インスリン様増殖因子、ｈＧＨ、ｔＰＡ、サイトカイン、例えば、インターロイキン（ＩＬ）、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、インターフェロン（ＩＦＮ）α、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＩＦＮω、またはＩＦＮτ、腫瘍壊死因子（ＴＮ
Ｆ）、例えば、ＴＮＦαおよびＴＮＦβ、ＴＮＦγ、ＴＲＡＩＬ；Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＣＰ−１およびＶＥＧＦが挙げられる。
【１１０７】
約：本明細書で用いるように、「約、およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」または「約（ａｂｏｕｔ）」という用語は、関心のある１つまたは複数の値に適用されるとき、言及される参照値に類似する値を指す。特定の実施形態では、「約、およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」または「約（ａｂｏｕｔ）」という用語は、別途述べられるか、または文脈から明らかに別の意味に解釈されるのでない限り、言及される参照値の２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ以下の範囲内に、いずれかの方向で（より大きいか、またはより小さい）入る値の範囲を指す（ただし、このような数値が、考えられる値の１００％を超える場合を除く）。
【１１０８】
〜と会合した：本明細書で用いるように、「〜と会合した（ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ）」、「結合した、コンジュゲートした（ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ）」、「連結した（ｌｉｎｋｅｄ）」、「結合した（ａｔｔａｃｈｅｄ）」、および「テザリングした（ｔｅｔｈｅｒｅｄ）」という用語は、２つ以上の部分に関して使用するとき、この部分が、直接、もしくは結合物質として作用する１つまたは複数の追加の部分を介して、互いに物理的に会合または連結されて十分に安定した構造を形成し、その結果、この構造が用いられる条件、例えば、生理学的条件下で、この部分が物理的に結合したままになることを意味する。「会合、結合」とは、厳密には直接的共有化学結合によるものである必要はない。また、これは、「結合した」実体が、物理的に結合したままであるような、十分に安定したイオンもしくは水素結合またはハイブリダイゼーションによる結合性を示唆する場合もある。
【１１０９】
二官能性：本明細書で用いるように、「二官能性」という用語は、少なくとも２つの機能を維持することが可能か、または維持する任意の物質、分子もしくは部分を指す。機能は、同じ成果または異なる成果を果たし得る。機能を生み出す構造は、同じであっても、または異なってもよい。例えば、本発明の二官能性修飾ＲＮＡは、細胞傷害性ペプチドをコードし得る（第１機能）が、コードＲＮＡを含むこれらのヌクレオシドは、それ自体で、かつそれ自体が細胞傷害性である（第２機能）。この例では、癌細胞に対する二官能性修飾ＲＮＡの送達は、癌を改善または処置し得るペプチドもしくはタンパク質分子を産生するだけでなく、細胞にヌクレオシドの細胞傷害性ペイロードを送達し、それによって修飾ＲＮＡの翻訳ではなく、分解が起こる。
【１１１０】
生体適合性：本明細書で用いるように、「生体適合性」という用語は、免疫系による傷害、毒性もしくは拒絶のリスクをほとんどもしくは全く呈示せずに、生存細胞、組織、器官もしくは系と適合性であることを意味する。
【１１１１】
生分解性：本明細書で用いるように、「生分解性」という用語は、生物の作用により、無害の生成物に分解可能であることを意味する。
生物活性：本明細書で用いるように、「生物活性」という用語は、生物系および／または生物体において、活性を有する任意の物質の特徴を指す。例えば、ある生物体に投与されて、この生物体に生物学的作用を及ぼす物質は、生物活性であると考えられる。詳細な実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの一部であっても、生物活性であるか、または生物学的に関連すると考えられる活性を模倣する場合には、生物活性であるとみなされ得る。
【１１１２】
癌幹細胞：本明細書で用いるように、「癌幹細胞」とは、自己再生および／または異常増殖および分化を経て、腫瘍を形成し得る細胞である。
化学用語：以下に、「アシル」から「チオール」までの種々の化学用語の定義を記載する。
【１１１３】
本明細書で用いるように、「アシル」という用語は、本明細書に定義されるカルボニル基を介して親分子基に結合している、本明細書に定義される水素またはアルキル基（例えば、ハロアルキル基）を示し、例としては、ホルミル（すなわち、カルボキシアルデヒド基）、アセチル、トリフルオロアセチル、プロピオニル、ブタノイルなどである。例示的な非置換アシル基としては、１〜７、１〜１１、または１〜２１個の炭素を含む。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換される。
【１１１４】
任意選択で置換されたアシル基の非限定的な例としては、アルコキシカルボニル、アルコキシカルボニルアシル、アリールアルコキシカルボニル、アリーロイル、カルバモイル、カルボキシアルデヒド、（ヘテロシクリル）イミノ、および（ヘテロシクリル）オイルが挙げられる。
【１１１５】
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニル」基とは、カルボニル原子を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアルコキシを示す（例えば、−Ｃ（Ｏ）−ＯＲ、式中、Ｒは、Ｈまたは任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜２０アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルは、１〜２１個の炭素（例えば、１〜１１または１〜７個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルコキシ基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換される。
【１１１６】
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニルアシル」基とは、本明細書に定義されるアルコキシカルボニル基で置換される、本明細書に定義されるアシル基を示す（例えば、−Ｃ（Ｏ）−アルキル−Ｃ（Ｏ）−ＯＲ、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜２０アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルアシルは、３〜４１個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシカルボニル−Ｃ１〜６アシル、Ｃ１〜１０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜１０アシル、またはＣ１〜２０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜２０アシルのように、３〜１０、３〜１３、３〜１７、３〜２１、または３〜３１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、各々のアルコキシおよびアルキル基はさらに、各々の基について、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）で独立して置換される。
【１１１７】
本明細書で用いるように、「アリールアルコキシカルボニル」基とは、カルボニルを介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアリールアルコキシ基を示す（例えば、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ−アルキル−アリール）。例示的な非置換のアリールアルコキシ基は、８〜３１個の炭素（例えば、Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ−カルボニル、Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜１０アルコキシ−カルボニル、またはＣ６〜１０アリール−Ｃ１〜２０アルコキシ−カルボニルのように、８〜１７または８〜２１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アリールアルコキシカルボニル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１１８】
本明細書において使用する「アリーロイル」基とは、カルボニル基を介して親分子基に結合されている、本明細書に定義されるアリール基を示す。例示的な非置換のアリーロイル基は、炭素数が７〜１１個である。一部の実施形態では、アリール基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１１９】
本明細書で用いるように、「カルバモイル」基とは、−Ｃ（Ｏ）−Ｎ（ＲＮ１）２を示し、ここで、各々のＲＮ１の意味は、本明細書に記載される「アミノ」の定義に見出され
る。
【１１２０】
本明細書で用いるように、「カルボキシアルデヒド」基とは、構造−ＣＨＯを有するアシル基を示す。
本明細書において使用する、「（ヘテロシクリル）イミノ」基とは、イミノ基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるヘテロシクリル基を示す。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１２１】
本明細書で用いるように、「（ヘテロシクリル）オイル」基とは、カルボニル基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるヘテロシクリル基を示す。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換してもよい。
【１１２２】
本明細書で用いるように、「アルキル」という用語は、別段特定されていない限り、１〜２０個の炭素（例えば、１〜１０または１〜６個の炭素）の直鎖および分岐鎖の両方の飽和基を含む。アルキル基の例は、メチル、エチル、ｎ−およびイソ−プロピル、ｎ−、ｓｅｃ−、イソ−およびｔｅｒｔ−ブチル、ネオペンチルであり、これらは、任意選択で、以下からなる群より独立して選択される、１、２、３個、または炭素数２以上のアルキル基の場合には、４個の置換基で置換されてもよい：（１）Ｃ１〜６アルコキシ；（２）Ｃ１〜６アルキルスルフィニル；（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２、式中、ＲＮ１は、アミノについて定義した通り）；（４）Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ；（５）アジド；（６）ハロ；（７）（Ｃ２〜９ヘテロシクリル）オキシ；（８）任意選択でＯ−保護基で置換されたヒドロキシ；（９）ニトロ；（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）；（１１）Ｃ１〜７スピロシクリル；（１２）チオアルコキシ；（１３）チオール；（１４）任意選択でＯ−保護基で置換された−ＣＯ２ＲＡ’、式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（１５）−Ｃ（Ｏ）ＮＲＢ’ＲＣ’、式中、ＲＢ’およびＲＣ’は各々、独立して、以下：（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１６）−ＳＯ２ＲＤ’、式中、ＲＤ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）ヒドロキシからなる群から選択される；（１７）−ＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’、式中、ＲＥ’およびＲＦ’は各々、独立して、以下：（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリールおよび（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１８）−Ｃ（Ｏ）ＲＧ’、式中、ＲＧ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１〜２０アルキ
ル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（１９）−ＮＲＨ’Ｃ（Ｏ）ＲＩ’、式中、ＲＨ’は、以下：（ａ１）水素および（ｂ１）Ｃ１〜６アルキルからなる群から選択され、ＲＩ’は、以下：（ａ２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（２０）−ＮＲＪ’Ｃ（Ｏ）ＯＲＫ’、式中、ＲＪ’は、以下：（ａ１）水素および（ｂ１）Ｃ１〜６アルキルからなる群から選択され、ＲＫ’は、以下：（ａ２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；ならびに（２１）アミジン。一部の実施形態では、これらの基は各々、本明細書に記載されるように、さらに置換してもよい。例えば、Ｃ１−アルカリールのアルキレン基をオキソ基でさらに置換することにより、それぞれのアリーロイル置換基を得てもよい。
【１１２３】
本明細書で用いるように、「アルキレン」という用語は、２つの水素原子の除去により、直鎖または分岐鎖飽和炭化水素由来の飽和二価炭化水素基を示しており、例としては、メチレン、エチレン、イソプロピレンなどである。「Ｃｘ〜ｙアルキレン」および接頭辞「Ｃｘ〜ｙアルク−（ａｌｋ−）」という用語は、ｘ〜ｙ個の炭素を有するアルキレン基を示す。ｘの例示的値は、１、２、３、４、５、および６であり、ｙの例示的値は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、または２０である（例えば、Ｃ１〜６、Ｃ１〜１０、Ｃ２〜２０、Ｃ２〜６、Ｃ２〜１０、またはＣ２〜２０アルキレン）。一部の実施形態では、アルキレンは、アルキル基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換してもよい。同様に、任意の基に付けら
れる接尾辞「−エン（−ｅｎｅ）」は、その基が、二価の基であることを表す。
【１１２４】
任意選択で置換されたアルキルおよびアルキレン基の非限定的な例としては、アシルアミノアルキル、アシルオキシアルキル、アルコキシアルキル、アルコキシカルボニルアルキル、アルキルスルフィニル、アルキルスルフィニルアルキル、アミノアルキル、カルバモイルアルキル、カルボキシアルキル、カルボキシアミノアルキル、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、ペルフルオロアルキル、およびスルホアルキルが挙げられる。
【１１２５】
本明細書において使用する、「アシルアミノアルキル」基とは、アミノ基に結合し、次にはこれが、本明細書に定義されるアルキレン基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアシル基を示す（すなわち、−アルキル−Ｎ（ＲＮ１）−Ｃ（Ｏ）−Ｒ、式中、Ｒは、Ｈまたは任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜２０アルキル基（例えば、ハロアルキル）であり、かつＲＮ１は、本明細書に定義される通りである）。例示的な非置換のアシルアミノアルキル基は、１〜４１個の炭素（例えば、１〜７、１〜１３、１〜２１、２〜７、２〜１３、２〜２１、または２〜４１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキレン基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されるか、および／またはアミノ基は、−ＮＨ２または−ＮＨＲＮ１であり、式中、ＲＮ１は、独立して、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２、ＮＲＮ２２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、アルキル、アリール、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、もしくは本明細書に記載されるその他）、またはアルコキシカルボニルアルキルであり、ＲＮ２は各々、Ｈ、アルキル、もしくはアリールであってよい。
【１１２６】
本明細書で用いるように、「アシルオキシアルキル」基とは、酸素原子に結合し、次にはこれが、アルキレン基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアシル基を示す（すなわち、−アルキル−Ｏ−Ｃ（Ｏ）−Ｒ、式中、Ｒは、Ｈまたは任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜２０アルキル基である）。例示的な非置換のアシルオキシアルキル基は、１〜２１個の炭素（例えば、１〜７または１〜１１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキレン基は、独立して、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換される。
【１１２７】
本明細書で用いるように、「アルコキシアルキル」基とは、アルコキシ基で置換されているアルキル基を示す。例示的な非置換のアシルオキシアルキル基は、２〜４０個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシ−Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜１０アルコキシ−Ｃ１〜１０アルキル、またはＣ１〜２０アルコキシ−Ｃ１〜２０アルキルのように、２〜１２または２〜２０個の炭素）を含む。一部の実施形態では、各々のアルキルおよびアルコキシは、それぞれの基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１２８】
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニルアルキル」基とは、本明細書に定義されるアルコキシカルボニル基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す（例えば、−アルキル−Ｃ（Ｏ）−ＯＲ、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ１〜２０、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜６アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルアルキルは、３〜４１個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシカルボニル−Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜１０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜１０アルキル、またはＣ１〜２０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜２０アルキルのように、３〜１０、３〜１３、３〜１７、３〜２１、または３〜３１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキルおよびアルコキシ基は各々、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに独立して置換されている。
【１１２９】
本明細書で用いるように、「アルキルスルフィニルアルキル」基とは、アルキルスルフ
ィニル基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す。例示的な非置換のアルキルスルフィニルアルキル基は、２〜１２、２〜２０、または２〜４０個の炭素である。一部の実施形態では、アルキル基は各々、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１３０】
本明細書で用いるように、「アミノアルキル」基とは、本明細書に定義されるアミノ基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す。アルキルおよびアミノは各々、それぞれの基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい（例えば、ＣＯ２ＲＡ’、式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、例えば、カルボキシ、および／またはＮ−保護基からなる群から選択される）。
【１１３１】
本明細書で用いるように、「カルバモイルアルキル」基とは、本明細書に定義されるカルバモイル基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す。アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１３２】
本明細書で用いるように、「カルボキシアルキル」基とは、本明細書に定義されるカルボキシ基で置換される、本明細書に定義されるアルキル基を示す。アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよく、カルボキシ基は、任意選択で、１つまたは複数のＯ−保護基で置換されてもよい。
【１１３３】
本明細書で用いるように、「カルボキシアミノアルキル」基とは、本明細書に定義されるカルボキシで置換される、本明細書に定義されるアミノアルキル基を示す。カルボキシ、アルキルおよびアミノは各々、それぞれの基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい（例えば、ＣＯ２ＲＡ’、式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、例えば、カルボキシ、および／またはＮ−保護基、および／またはＯ−保護基からなる群から選択される）。
【１１３４】
本明細書で用いるように、「ハロアルキル」基とは、ハロゲン基（すなわち、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、またはＩ）で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す。ハロアルキルは、１、２、３個、または炭素数２以上のアルキル基の場合には、４個のハロゲンで置換してもよい。ハロアルキル基としては、ペルフルオロアルキル（例えば、−ＣＦ３）、−ＣＨＦ２、−ＣＨ２Ｆ、−ＣＣｌ３、−ＣＨ２ＣＨ２Ｂｒ、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｂｒ）ＣＨ３、および−ＣＨＩＣＨ３が挙げられる。一部の実施形態では、ハロアルキル基は、アルキル基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１３５】
本明細書で用いるように、「ヒドロキシアルキル」基とは、ただ１個以下のヒドロキシ基がアルキル基の単一の炭素原子に結合され得るという条件で、１〜３個のヒドロキシ基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示し、例として、ヒドロキシメチル、ジヒドロキシプロピルなどがある。一部の実施形態では、ヒドロキシアルキル基は、アルキルについて本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、Ｏ−保護基）で置換されてもよい。
【１１３６】
本明細書で用いるように、「ペルフルオロアルキル」基とは、本明細書に定義されるアルキル基を示し、ここでは、アルキル基に結合した各々の水素ラジカルは、フッ化物ラジカルによって置換されている。ペルフルオロアルキル基の例として、トリフルオロメチル、ペンタフルオロエチルなどがある。
【１１３７】
本明細書で用いるように、「スルホアルキル」基とは、−ＳＯ３Ｈのスルホ基で置換された、本明細書に定義されるアルキル基を示す。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換することができ、スルホ基は、１つまたは複数のＯ−保護基（例えば、本明細書に記載されるもの）でさらに置換されてもよい。
【１１３８】
本明細書で用いるように、「アルケニル」という用語は、別段特定されていない限り、１つまたは複数の炭素−炭素二重結合を含む、２〜２０個の炭素（例えば、２〜６または２〜１０個の炭素）の一価直鎖または分岐鎖基を示し、例として、エテニル、１−プロペニル、２−プロペニル、２−メチル−１−プロペニル、１−ブテニル、２−ブテニルなどがある。アルケニルは、シスおよびトランス異性体の両方を含む。アルケニル基は、任意選択で、本明細書に定義されるアミノ、アリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）、または本明細書に記載される例示的アルキル置換基のいずれかから独立して選択される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１３９】
任意選択で置換されるアルケニル基の非限定的な例としては、アルコキシカルボニルアルケニル、アミノアルケニル、およびヒドロキシアルケニルが挙げられる。
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニルアルケニル」基とは、本明細書に定義されるアルコキシカルボニル基で置換される、本明細書に定義されるアルケニル基を示す（例えば、−アルケニル−Ｃ（Ｏ）−ＯＲであって、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ１〜２０、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜６アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルアルケニルは、４〜４１個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシカルボニル−Ｃ２〜６アルケニル、Ｃ１〜１０アルコキシカルボニル−Ｃ２〜１０アルケニル、またはＣ１〜２０アルコキシカルボニル−Ｃ２〜２０アルケニルのように、４〜１０、４〜１３、４〜１７、４〜２１、または４〜３１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキル、アルケニルおよびアルコキシ基は各々、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに独立して置換されている。
【１１４０】
本明細書で用いるように、「アミノアルケニル」基とは、本明細書に定義されるアミノ基で置換された、本明細書に定義されるアルケニル基を示す。アルケニルおよびアミノは各々、それぞれの基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい（例えば、ＣＯ２ＲＡ’であって、式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、例えば、カルボキシ、および／またはＮ−保護基からなる群から選択される）。
【１１４１】
本明細書で用いるように、「ヒドロキシアルケニル」基とは、１個だけのヒドロキシ基がアルキル基の１炭素原子に結合し得るという条件で、１〜３個のヒドロキシ基で置換された、本明細書に定義されるアルケニル基を示し、例としては、ジヒドロキシプロペニル、ヒドロキシイソペンテニルなどが挙げられる。一部の実施形態では、ヒドロキシアルケニル基は、アルキルについて本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、Ｏ−保護基）で置換されてもよい。
【１１４２】
本明細書で用いるように、「アルキニル」という用語は、１つの炭素−炭素三重結合を含む、２〜２０個の炭素（例えば、２〜４、２〜６、または２〜１０個の炭素）の一価直鎖または分岐鎖基を示し、例としては、エチニル、１−プロピニルなどが挙げられる。アルキニル基は、任意選択で、本明細書に定義されるアリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）、または本明細書に記載される例示的アルキル置換基のいずれかから独立して選択される、１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１４３】
任意選択で置換されるアルキニル基の非限定的な例としては、アルコキシカルボニルアルキニル、アミノアルキニル、およびヒドロキシアルキニルが挙げられる。
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニルアルキニル」基とは、本明細書に定義されるアルコキシカルボニル基で置換された、本明細書に定義されるアルキニル基を示す（例えば、−アルキニル−Ｃ（Ｏ）−ＯＲであって、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ１〜２０、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜６アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルアルキニルは、４〜４１個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシカルボニル−Ｃ２〜６アルキニル、Ｃ１〜１０アルコキシカルボニル−Ｃ２〜１０アルキニル、またはＣ１〜２０アルコキシカルボニル−Ｃ２〜２０アルキニルのように、４〜１０、４〜１３、４〜１７、４〜２１、または４〜３１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキル、アルキニルおよびアルコキシ基は各々が、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに独立して置換されている。
【１１４４】
本明細書で用いるように、「アミノアルキニル」基とは、本明細書に定義されるアミノ基で置換された、本明細書に定義されるアルキニル基を示す。アルキニルおよびアミノは各々、それぞれの基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい（例えば、ＣＯ２ＲＡ’であって、式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、例えば、カルボキシ、および／またはＮ−保護基からなる群から選択される）。
【１１４５】
本明細書で用いるように、「ヒドロキシアルキニル」基とは、ただ１個のヒドロキシ基がアルキル基の単一の炭素原子に結合し得るという条件で、１〜３個のヒドロキシ基で置換された、本明細書に定義されるアルキニル基を示す。一部の実施形態では、ヒドロキシアルキニル基は、アルキルについて本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基（例えば、Ｏ−保護基）で置換されてもよい。
【１１４６】
本明細書で用いるように、「アミノ」という用語は、−Ｎ（ＲＮ１）２を示し、式中、ＲＮ１は各々、独立して、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ２、Ｎ（ＲＮ２）２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、Ｎ−保護基、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アリール、アルカリール、シクロアルキル、アルクシクロアルキル、カルボキシアルキル（例えば、任意選択でＯ−保護基で置換されたもの、例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基または本明細書に記載のいずれか）、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載されるその他）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、Ｏ−保護基で任意選択により置換されたもの、例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基または本明細書に記載のいずれか）、ヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）、またはアルクヘテロシクリル（例えば、アルクヘテロアリール）であり、式中、これらに列挙したＲＮ１基の各々は、それぞれの基について本明細書に定義されるように、任意選択で置換されてもよい；あるいは、２つのＲＮ１が結合して、ヘテロシクリルまたはＮ−保護基を形成し、式中、ＲＮ２は各々、独立して、Ｈ、アルキル、またはアリールである。本発明のアミノ基は、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２）であってよい。好ましい実施形態では、アミノは、−ＮＨ２または−ＮＨＲＮ１であり、式中、ＲＮ１は、独立して、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２、ＮＲＮ２２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、アルキル、カルボキシアルキル、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載されるその他）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、ｔ−ブトキシカルボニルアルキル）またはアリールであり、ＲＮ２は各々、Ｈ、Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、またはＣ６〜１０アリールであってよい。
【１１４７】
任意選択で置換されるアミノ基の非限定的な例としては、アシルアミノおよびカルバミルが挙げられる。
本明細書で用いるように、「アシルアミノ」基とは、本明細書に定義されるアミノ基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアシル基を示す（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）−Ｃ（Ｏ）−Ｒであって、式中、Ｒは、Ｈまたは任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、もしくはＣ１〜２０アルキル基（例えば、ハロアルキル）であり、ＲＮ１は、本明細書に定義される通りである）。例示的な非置換のアシルアミノ基は、１〜４１個の炭素（例えば、１〜７、１〜１３、１〜２１、２〜７、２〜１３、２〜２１、または２〜４１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換され、および／またはアミノ基は、−ＮＨ２または−ＮＨＲＮ１であり、式中、ＲＮ１は、独立して、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２、ＮＲＮ２２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、アルキル、アリール、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、もしくは本明細書に記載されるその他）、またはアルコキシカルボニルアルキルであり、ＲＮ２は各々、Ｈ、アルキル、もしくはアリールであってもよい。
【１１４８】
本明細書で用いるように、「カルバミル」基とは、構造−ＮＲＮ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲまたは−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（ＲＮ１）２を有するカルバメート基を指し、式中、ＲＮ１は各々、本明細書に記載される「アミノ」の定義にある意味を有し、Ｒは、本明細書に記載されるアルキル、シクロアルキル、アルクシクロアルキル、アリール、アルカリール、ヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）、またはアルクヘテロシクリル（例えば、アルクヘテロアリール）である。
【１１４９】
本明細書で用いるように、「アミノ酸」という用語は、側鎖、アミノ基、および酸性基（例えば、−ＣＯ２Ｈのカルボキシ基または−ＳＯ３Ｈのスルホ基）を有する分子を指し、ここで、アミノ酸は、側鎖、アミノ基、または酸性基（例えば、側鎖）により、親分子基に結合されている。一部の実施形態では、アミノ酸は、カルボニル基により親分子基に結合されており、ここでは、側鎖またはアミノ基が、カルボニル基に結合されている。側鎖の例としては、任意選択で置換されたアルキル、アリール、ヘテロシクリル、アルカリール、アルクヘテロシクリル、アミノアルキル、カルバモイルアルキル、およびカルボキシアルキルが挙げられる。例示的なアミノ酸としては、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、ヒドロキシノルバリン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、ピロリシン、セレノシステイン、セリン、タウリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、およびバリンが挙げられる。アミノ酸基は、任意選択で、以下のものからなる群より独立して選択される１、２、３個、または炭素数２以上のアミノ酸基の場合には、４個の置換基で置換されてもよい：（１）Ｃ１〜６アルコキシ；（２）Ｃ１〜６アルキルスルフィニル；（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２、式中、ＲＮ１は、アミノについて定義した通り）；（４）Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ；（５）アジド；（６）ハロ；（７）（Ｃ２〜９ヘテロシクリル）オキシ；（８）ヒドロキシ；（９）ニトロ；（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）；（１１）Ｃ１〜７スピロシクリル；（１２）チオアルコキシ；（１３）チオール；（１４）−ＣＯ２ＲＡ’、式中、ＲＡ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜
１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（１５）−Ｃ（Ｏ）ＮＲＢ’ＲＣ’、式中、ＲＢ’およびＲＣ’は各々、独立して、以下：（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１６）−ＳＯ２ＲＤ’、式中、ＲＤ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）ヒドロキシからなる群から選択される；（１７）−ＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’、式中、ＲＥ’およびＲＦ’は各々、独立して、以下：（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリールおよび（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１８）−Ｃ（Ｏ）ＲＧ’であって、式中、ＲＧ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（１９）−ＮＲＨ’Ｃ（Ｏ）ＲＩ’、式中、ＲＨ’は、以下：（ａ１）水素および（ｂ１）Ｃ１〜６アルキルからなる群から選択され、ＲＩ’は、以下：（ａ２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；（２０）−ＮＲＪ’Ｃ（Ｏ）ＯＲＫ’、式中、ＲＪ’は、以下：（ａ１）水素および（ｂ１）Ｃ１〜６アルキルからなる群から選択され、ＲＫ’は、以下：（ａ２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２〜２０アルケニル（例えば、Ｃ２〜６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６〜１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１〜２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’のポリエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１〜２０アルキルである）、ならびに（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１のアミノ−ポ
リエチレングリコール（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２およびｓ３は各々、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または１〜１０）の整数であり、ＲＮ１は各々、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１〜６アルキルである）からなる群から選択される；ならびに（２１）アミジン。一部の実施形態では、これらの基は各々、本明細書に記載されるように、さらに置換されてもよい。
【１１５０】
本明細書で用いるように、「アリール」という用語は、１または２個の芳香族環を有する単環式、二環式、または多環式炭素環系を示し、例としては、フェニル、ナフチル、１，２−ジヒドロナフチル、１，２，３，４−テトラヒドロナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、フルオレニル、インダニル、インデニルなどが挙げられ、任意選択で、以下からなる群より独立して選択される１、２、３、４、または５個の置換基で置換されてもよい：（１）Ｃ１〜７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）；（２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルコキシ−Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルキルスルフィニル−Ｃ１〜６アルキル、アミノ−Ｃ１〜６アルキル、アジド−Ｃ１〜６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１〜６アルキル、ハロ−Ｃ１〜６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１〜６アルキル、ニトロ−Ｃ１〜６アルキル、またはＣ１〜６チオアルコキシ−Ｃ１〜６アルキル）；（３）Ｃ１〜２０アルコキシ（例えば、Ｃ１〜６アルコキシとしてペルフルオロアルコキシ）；（４）Ｃ１〜６アルキルスルフィニル；（５）Ｃ６〜１０アリール；（６）アミノ；（７）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール；（８）アジド；（９）Ｃ３〜８シクロアルキル；（１０）Ｃ１〜６アルク−Ｃ３〜８シクロアルキル；（１１）ハロ；（１２）Ｃ１〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（１３）（Ｃ１〜１２ヘテロシクリル）オキシ；（１４）ヒドロキシ；（１５）ニトロ；（１６）Ｃ１〜２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１〜６チオアルコキシ）；（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’、式中、ｑは、０〜４の整数であり、かつＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’であって、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’およびＲＣ’は、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’であって、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｃ）アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’であって、ここで、ｑは、０〜４の整数であり、かつＲＥ’およびＲＦ’の各々は、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２１）チオール；（２２）Ｃ６〜１０アリールオキシ；（２３）Ｃ３〜８シクロアルコキシ；（２４）Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ；（２５）Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（２６）Ｃ２〜２０アルケニル；および（２７）Ｃ２〜２０アルキニル。一部の実施形態では、これらの基は各々、本明細書に記載されるように、さらに置換されてもよい。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基をオキソ基でさらに置換することにより、それぞれのアリーロイルおよび（ヘテロシクリル）オイル置換基を得てもよい。
【１１５１】
本明細書で用いるように、「アリールアルキル」基とは、本明細書に定義されるアルキレン基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアリール基を示す。例示的な非置換のアリールアルキル基は、７〜３０個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、Ｃ１〜１０アルク−Ｃ６〜１０アリール、またはＣ１〜２０アルク−Ｃ６〜１０アリールのように、７〜１６または７〜２０個の炭素）である。一部の実施形態では、アルキレンおよびアリールは、それぞれの基について本明細書に記載される１、２、３
、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。接頭辞「アルク−（ａｌｋ−）」が前に付く他の基も同様に定義され、「アルク−（ａｌｋ−）」は、別に注記のない限り、Ｃ１〜６アルキレンを指し、結合した化学構造は、本明細書に定義される通りである。
【１１５２】
「アジド」という用語は、−Ｎ＝Ｎ＝Ｎとして表すこともできる−Ｎ３基を示す。
本明細書で用いるように、「二環式」という用語は、芳香族または非芳香族のいずれであってもよい、２つの環を有する構造を指す。二環式構造は、本明細書に定義されるスピロシクリル基と、１つまたは複数の架橋を共有する２つの環を含み、このような架橋は、１個の原子、または２、３、もしくはそれ以上の原子を有する鎖を含むことができる。二環式基の例としては、二環式カルボシクリル基（第１および第２環が、本明細書に定義されるカルボシクリル基である）；二環式アリール基（第１および第２環が、本明細書に定義されるアリール基である）；二環式ヘテロシクリル基（第１環が、ヘテロシクリル基であり、第２環が、カルボシクリル（例えば、アリール）またはヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）基である）；ならびに二環式ヘテロアリール基（第１環が、ヘテロアリール基であり、第２環が、カルボシクリル（例えば、アリール）またはヘテロシクリル（例えば、ヘテロアリール）基である）。一部の実施形態では、二環式基は、シクロアルキル、ヘテロシクリル、およびアリール基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１５３】
本明細書で用いるように、「ボラニル」という用語は、−Ｂ（ＲＢ１）３を示し、式中、ＲＢ１は各々、独立して、Ｈおよび任意選択で置換されたアルキルからなる群から選択される。一部の実施形態では、ボラニル基は、アルキルについて本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１５４】
本明細書で用いるように、「炭素環式」および「カルボシクリル」という用語は、任意選択で置換されたＣ３〜１２単環式、二環式、または三環式構造を指し、ここで、環（芳香族または非芳香族のいずれであってもよい）は、炭素原子によって形成される。炭素環式構造としては、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、およびアリール基が挙げられる。
【１１５５】
本明細書で用いるように、「カルボニル」という用語は、Ｃ（Ｏ）基を示し、Ｃ＝Ｏとして表すこともできる。
本明細書で用いるように、「カルボキシ」という用語は、−ＣＯ２Ｈを意味する。
【１１５６】
本明細書で用いるように、「シアノ」という用語は、−ＣＮ基を示す。
本明細書で用いるように、「シクロアルキル」という用語は、別に明記しない限り、炭素数３〜８の一価飽和または不飽和非芳香族環状炭化水素基を示し、例として、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、二環ヘプチルなどが挙げられる。そうでなければシクロアルキル基となり得るものが、１つまたは複数の炭素−炭素二重結合を含む場合、この基は、「シクロアルケニル」基と呼ばれる。本発明の目的に関して、シクロアルケニルは、アリール基を排除する。そうでなければシクロアルキルとなり得るものが、１つまたは複数の炭素−炭素三重結合を含む場合、この基は、「シクロアルキニル」基と呼ばれる。シクロアルケニル基の例として、シクロペンテニル、シクロヘキセニルなどが挙げられる。本発明のシクロアルキル基は、任意選択で以下のもので置換されてもよい：（１）Ｃ１−７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）；（２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルコキシ−Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルキルスルフィニル−Ｃ１〜６アルキル、アミノ−Ｃ１〜６アルキル、アジド−Ｃ１〜６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１〜６アルキル、ハロ−Ｃ１〜６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１〜６アルキル、ニトロ−Ｃ１〜６アルキル、またはＣ１〜６チオアルコキシ−Ｃ１〜６アルキル）；（
３）Ｃ１〜２０アルコキシ（例えば、Ｃ１〜６アルコキシとしてペルフルオロアルコキシ）；（４）Ｃ１〜６アルキルスルフィニル；（５）Ｃ６〜１０アリール；（６）アミノ；（７）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール；（８）アジド；（９）Ｃ３〜８シクロアルキル；（１０）Ｃ１〜６アルク−Ｃ３〜８シクロアルキル；（１１）ハロ；（１２）Ｃ１〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（１３）（Ｃ１〜１２ヘテロシクリル）オキシ；（１４）ヒドロキシ；（１５）ニトロ；（１６）Ｃ１〜２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１〜６チオアルコキシ）；（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’、ここで、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’およびＲＣ’は、独立して、以下：（ａ）水素、（ｂ）Ｃ６〜１０アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’、ここで、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ６〜１０アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｃ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’であって、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＥ’およびＲＦ’は、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ６〜１０アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２１）チオール；（２２）Ｃ６〜１０アリールオキシ；（２３）Ｃ３〜８シクロアルコキシ；（２４）Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ；（２５）Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（２６）オキソ；（２７）Ｃ２〜２０アルケニル；および（２８）Ｃ２〜２０アルキニル。一部の実施形態では、これらの基は各々、本明細書に記載されるように、さらに置換されてもよい。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基をオキソ基でさらに置換することにより、それぞれのアリーロイルおよび（ヘテロシクリル）オイル置換基を得てもよい。
【１１５７】
本明細書で用いるように、「シクロアルキルアルキル」基とは、本明細書に定義されるアルキレン基（例えば、炭素数１〜４、１〜６、１〜１０または１〜２０のアルキレン基）を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるシクロアルキル基を示す。一部の実施形態では、アルキレンおよびシクロアルキルは各々、それぞれの基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１５８】
本明細書で用いるように、「ジアステレオマー」という用語は、互いの鏡像ではなく、互いに重なり合わない立体異性体を意味する。
本明細書で用いるように、「鏡像異性体」という用語は、本発明の化合物の各々の個別の光学的に活性な形態であって、少なくとも８０％（すなわち、１つの鏡像異性体の少なくとも９０％および他の鏡像異性体の最大１０％）、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９８％の光学純度または鏡像異性体過剰率（当技術分野で標準的な方法により決定される）を有する形態を意味する。
【１１５９】
本明細書で用いるように、「ハロ」という用語は、臭素、塩素、ヨウ素、またはフッ素から選択されるハロゲンを示す。
本明細書で用いるように、「ヘテロアルキル」という用語は、成分の炭素原子の１または２個が、各々、窒素、酸素、またはイオウによって置換された、本明細書に定義されるアルキル基を指す。一部の実施形態では、ヘテロアルキル基は、アルキル基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。本明細書で用いるように、「ヘテロアルケニル」および「ヘテロアルキニル」という用語は、それぞれ、成分の炭素原子の１または２個が、各々、窒素、酸素、またはイオウによって置換された、本明細書に定義されるアルケニル基およびアルキニル基を指す。一部の実施形態
では、ヘテロアルケニル基およびヘテロアルキニル基は、アルキル基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１６０】
任意選択で置換されたヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、およびヘテロアルキニル基の非限定的な例としては、アシルオキシ、アルケニルオキシ、アルコキシ、アルコキシアルコキシ、アルコキシカルボニルアルコキシ、アルキニルオキシ、アミノアルコキシ、アリールアルコキシ、カルボキシアルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルコキシ、（ヘテロシクリル）オキシ、ペルフルオロアルコキシ、チオアルコキシ、およびチオヘテロシクリルアルキルが挙げられる。
【１１６１】
本明細書で用いるように、「アシルオキシ」基とは、酸素原子を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアシル基を示す（すなわち、−Ｏ−Ｃ（Ｏ）−Ｒであって、式中、Ｒは、Ｈまたは任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、またはＣ１〜２０アルキル基である）。例示的な非置換のアシルオキシ基は、１〜２１個の炭素（例えば、１から７または１〜１１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換される。
【１１６２】
本明細書で用いるように、「アルケニルオキシ」基とは、別段特定されていない限り、式−ＯＲ（Ｒは、Ｃ２〜２０アルケニル基（例えば、Ｃ２〜６またはＣ２〜１０アルケニル基））の化学置換基を示す。アルケニルオキシ基の例として、エテニルオキシ、プロペニルオキシなどが挙げられる。一部の実施形態では、アルケニル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに置換されてもよい。
【１１６３】
本明細書で用いるように、「アルコキシ」基とは、別段特定されていない限り、式−ＯＲ（Ｒは、Ｃ１〜２０アルキル基（例えば、Ｃ１〜６またはＣ１〜１０アルキル）である）の化学置換基を示す。アルコキシ基の例として、メトキシ、エトキシ、プロポキシ（例えば、ｎ−プロポキシおよびイソプロポキシ）、ｔ−ブトキシなどが挙げられる。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシまたはアルコキシ）でさらに置換されてもよい。
【１１６４】
本明細書で用いるように、「アルコキシアルコキシ」基とは、アルコキシ基で置換されたアルコキシ基を示す。例示的な非置換のアルコキシアルコキシ基は、２〜４０個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシ−Ｃ１〜６アルコキシ、Ｃ１〜１０アルコキシ−Ｃ１〜１０アルコキシ、またはＣ１〜２０アルコキシ−Ｃ１〜２０アルコキシのように、２〜１２または２〜２０個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルコキシ基は各々、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１６５】
本明細書で用いるように、「アルコキシカルボニルアルコキシ」基とは、本明細書に定義されるアルコキシカルボニル基で置換された本明細書に定義されるアルコキシ基を示す（例えば、−Ｏ−アルキル−Ｃ（Ｏ）−ＯＲであって、式中、Ｒは、任意選択で置換されたＣ１〜６、Ｃ１〜１０、またはＣ１〜２０アルキル基である）。例示的な非置換のアルコキシカルボニルアルコキシは、３〜４１個の炭素（例えば、Ｃ１〜６アルコキシカルボニル−Ｃ１〜６アルコキシ、Ｃ１〜１０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜１０アルコキシ、またはＣ１〜２０アルコキシカルボニル−Ｃ１〜２０アルコキシのように、３〜１０、３〜１３、３〜１７、３〜２１、または３〜３１個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アルコキシ基は各々、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに独立して置換される。
【１１６６】
本明細書で用いるように、「アルキニルオキシ」基とは、別段特定されていない限り、
式−ＯＲ（Ｒは、Ｃ２〜２０アルキニル基（例えば、Ｃ２〜６またはＣ２〜１０アルキニル））の化学置換基を示す。アルキニルオキシ基の例としては、エチニルオキシ、プロピニルオキシなどが挙げられる。一部の実施形態では、アルキニル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ヒドロキシ基）でさらに置換されてもよい。
【１１６７】
本明細書で用いるように、「アミノアルコキシ」基とは、本明細書に定義されるアミノ基で置換された、本明細書に定義されるアルコキシ基を示す。アルキルおよびアミノは各々、それぞれの基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えば、ＣＯ２ＲＡ’、式中、ＲＡ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール、例えば、カルボキシからなる群から選択される）でさらに置換されてもよい。
【１１６８】
本明細書で用いるように、「アリールアルコキシ」基とは、酸素原子を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるアルカリール基を示す。例示的な非置換のアリールアルコキシ基は、７〜３０個の炭素（例えば、Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜６アルコキシ、Ｃ６〜１０アリール−Ｃ１〜１０アルコキシ、またはＣ６〜１０アリール−Ｃ１〜２０アルコキシのように、７〜１６または７〜２０個の炭素）を含む。一部の実施形態では、アリールアルコキシ基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１６９】
本明細書で用いるように、「アリールオキシ」基とは、別段特定されていない限り、式−ＯＲ’（式中、Ｒ’は、炭素数６〜１８のアリール基である）の化学置換基を示す。一部の実施形態では、このアリール基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１７０】
本明細書で用いるように、「カルボキシアルコキシ」基とは、本明細書に定義されるカルボキシ基で置換された、本明細書に定義されるアルコキシ基を示す。アルコキシ基は、アルキル基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換することができ、また、カルボキシ基は、任意選択で１つまたは複数のＯ−保護基で置換されてもよい。
【１１７１】
本明細書で用いるように、「シクロアルコキシ」基とは、別段特定されていない限り、本明細書に定義される式−ＯＲ（式中、Ｒは、Ｃ３〜８シクロアルキル基である）の化学置換基を示す。シクロアルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。例示的な非置換のシクロアルキル基は、炭素数３〜８である。一部の実施形態では、シクロアルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７２】
本明細書で用いるように、「ハロアルコキシ」基とは、ハロゲン基（すなわち、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、もしくはＩ）で置換された、本明細書に定義されるアルコキシ基を示す。ハロアルコキシは、１、２、３個、または炭素数２以上のアルキル基の場合には、４個のハロゲンで置換してもよい。ハロアルコキシ基としては、ペルフルオロアルコキシ（例えば、−ＯＣＦ３）、−ＯＣＨＦ２、−ＯＣＨ２Ｆ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｂｒ、−ＯＣＨ２ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｂｒ）ＣＨ３、および−ＯＣＨＩＣＨ３が挙げられる。一部の実施形態では、ハロアルコキシ基は、アルキル基について本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７３】
本明細書で用いるように、「（ヘテロシクリル）オキシ」基とは、酸素原子を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるヘテロシクリル基を示す。一部の実施形態では
、ヘテロシクリル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１７４】
本明細書で用いるように、「ペルフルオロアルコキシ」基とは、アルコキシ基に結合した各々の水素ラジカルが、フッ化物ラジカルにより置換された、本明細書に定義されるアルコキシ基を示す。ペルフルオロアルコキシ基の例としては、トリフルオロメトキシ、ペンタフルオロエトキシなどが挙げられる。
【１１７５】
本明細書で用いるように、「アルキルスルフィニル」基とは、−Ｓ（Ｏ）−基を介して、親分子基に結合されたアルキル基を示す。例示的な非置換のアルキルスルフィニル基は、炭素数１〜６、１〜１０、または１〜２０である。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７６】
本明細書で用いるように、「チオアリールアルキル」基とは、式−ＳＲ（式中、Ｒは、アリールアルキル基である）の化学置換基を示す。一部の実施形態では、アリールアルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７７】
本明細書で用いるように、「チオアルコキシ」基とは、本明細書に定義される式−ＳＲ（式中、Ｒは、アルキル基である）の化学置換基を示す。一部の実施形態では、アルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７８】
本明細書で用いるように、「チオヘテロシクリルアルキル」基とは、式−ＳＲ（式中、Ｒは、ヘテロシクリルアルキル基である）の化学置換基を示す。一部の実施形態では、ヘテロシクリルアルキル基は、本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１７９】
本明細書で用いるように、「ヘテロアリール」という用語は、芳香族である（すなわち、単環式または多環式環系内に４ｎ＋２ｐｉ電子を含む）、本明細書に定義されるヘテロシクリルのサブセットを示す。例示的な非置換のヘテロアリール基は、炭素数１〜１２（例えば、１〜１１、１〜１０、１〜９、２〜１２、２〜１１、２〜１０、または２〜９）である。一部の実施形態では、ヘテロアリールは、ヘテロシクリル基について定義する１、２、３、または４個の置換基で置換される。
【１１８０】
「ヘテロアリールアルキル」という用語は、本明細書に定義されるアルキレン基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるヘテロアリール基を示す。例示的な非置換のヘテロアリールアルキル基は、炭素数２〜３２（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリール、Ｃ１〜１０アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリール、またはＣ１〜２０アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリールのように、炭素数２〜２２、２〜１８、２〜１７、２〜１６、３〜１５、２〜１４、２〜１３、または２〜１２）である。一部の実施形態では、アルキレンおよびヘテロアリールは各々、それぞれの基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。ヘテロアリールアルキル基は、ヘテロシクリルアルキル基のサブセットである。
【１１８１】
本明細書で用いるように、「ヘテロシクリル」という用語は、別段特定されていない限り、窒素、酸素、およびイオウからなる群より独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有する５、６もしくは７員の環を示す。５員環は、０〜２個の二重結合を含み、６および７員環は、０〜３個の二重結合を含む。例示的な非置換のヘテロシクリル基は、炭素数１〜１２（例えば、１〜１１、１〜１０、１〜９、２〜１２、２〜１１
、２〜１０、または２〜９）である。「ヘテロシクリル」という用語はまた、１つまたは複数の炭素および／またはヘテロ原子が、単環式環、例えば、キヌクリジニル基の２つの非隣接メンバーを架橋する、架橋多環式構造を有する複素環式化合物も示す。「ヘテロシクリル」という用語は、上記複素環式環のいずれかが、１、２、もしくは３つの炭素環式環、例えば、アリール環、シクロヘキサン環、シクロヘキセン環、シクロペンタン環、シクロペンテン環、または別の単環式複素環、例えば、インドリル、キノリル、イソキノリル、テトラヒドロキノリル、ベンゾフリル、ベンゾチエニルなどに融合している二環式、三環式、および四環式基を包含する。融合したヘテロシクリルの例としては、トロパンおよび１，２，３，５，８，８ａ−ヘキサヒドロインドリジンが挙げられる。複素環式基の例としては、ピロリル、ピロリニル、ピロリジニル、ピラゾリル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピリジル、ピペラジニル、ホモピペリジニル、ピラジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、イソキサゾリル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、チアゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリジニル、インドリル、インダゾリル、キノリル、イソキノリル、キノキサリニル、ジヒドロキノキサリニル、キナゾリニル、シンノリニル、フタラジニル、ベンジミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾキサゾリル、ベンゾチアジアゾリル、フリル、チエニル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル（例えば、１，２，３−オキサジアゾリル）、プリニル、チアジアゾリル（例えば、１，２，３−チアジアゾリル）、テトラヒドロフラニル、ジヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ジヒドロチエニル、ジヒドロインドリル、ジヒドロキノリル、テトラヒドロキノリル、テトラヒドロイソキノリル、ジヒドロイソキノリル、ピラニル、ジヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、イソベンゾフラニル、ベンゾチエニルなどが挙げられ、これには、１つまたは複数の二重結合が還元されて、水素で置換されるこれらのジヒドロおよびテトラヒドロ形態を含む。さらに他のヘテロシクリルの例としては、以下のが挙げられる：２，３，４，５−テトラヒドロ−２−オキソ−オキサゾリル；２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−イミダゾリル；２，３，４，５−テトラヒドロ−５−オキソ−１Ｈ−ピラゾリル（例えば、２，３，４，５−テトラヒドロ−２−フェニル−５−オキソ−１Ｈ−ピラゾリル）；２，３，４，５−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−１Ｈ−イミダゾリル（例えば、２，３，４，５−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−５−メチル−５−フェニル−１Ｈ−イミダゾリル）；２，３−ジヒドロ−２−チオキソ−１，３，４−オキサジアゾリル（例えば、２，３−ジヒドロ−２−チオキソ−５−フェニル−１，３，４−オキサジアゾリル）；４，５−ジヒドロ−５−オキソ−１Ｈ−トリアゾリル（例えば、４，５−ジヒドロ−３−メチル−４−アミノ５−オキソ−１Ｈ−トリアゾリル）；１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソピリジニル（例えば、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３，３−ジエチルピリジニル）；２，６−ジオキソ−ピペリジニル（例えば、２，６−ジオキソ−３−エチル−３−フェニルピペリジニル）；１，６−ジヒドロ−６−オキソピリジミニル；１，６−ジヒドロ−４−オキソピリミジニル（例えば、２−（メチルチオ）−１，６−ジヒドロ−４−オキソ−５−メチルピリミジン−１−イル）；１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソピリミジニル（例えば、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３−エチルピリミジニル）；１，６−ジヒドロ−６−オキソ−ピリダジニル（例えば、１，６−ジヒドロ−６−オキソ−３−エチルピリダジニル）；１，６−ジヒドロ−６−オキソ−１，２，４−トリアジニル（例えば、１，６−ジヒドロ−５−イソプロピル−６−オキソ−１，２，４−トリアジニル）；２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−インドリル（例えば、３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−インドリルおよび２，３−ジヒドロ−２−オキソ−３，３’−スピロプロパン−１Ｈ−インドール−１−イル）；１，３−ジヒドロ−１−オキソ−２Ｈ−イソ−インドリル；１，３−ジヒドロ−１，３−ジオキソ−２Ｈ−イソ−インドリル；１Ｈ−ベンゾピラゾリル（例えば、１−（エトキシカルボニル）−１Ｈ−ベンゾピラゾリル）；２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−ベンゾイミダゾリル（例えば、３−エチル−２，３−ジヒ
ドロ−２−オキソ−１Ｈ−ベンゾイミダゾリル）；２，３−ジヒドロ−２−オキソ−ベンゾオキサゾリル（例えば、５−クロロ−２，３−ジヒドロ−２−オキソ−ベンゾオキサゾリル）；２，３−ジヒドロ−２−オキソ−ベンゾオキサゾリル；２−オキソ−２Ｈ−ベンゾピラニル；１，４−ベンゾジオキサニル；１，３−ベンゾジオキサニル；２，３−ジヒドロ−３−オキソ，４Ｈ−１，３−ベンゾチアジニル；３，４−ジヒドロ−４−オキソ−３Ｈ−キナゾリニル（例えば、２−メチル−３，４−ジヒドロ−４−オキソ−３Ｈ−キナゾリニル）；１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３Ｈ−キナゾリル（例えば、１−エチル−１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３Ｈ−キナゾリル）；１，２，３，６−テトラヒドロ−２，６−ジオキソ−７Ｈ−プリニル（例えば、１，２，３，６−テトラヒドロ−１，３−ジメチル−２，６−ジオキソ−７Ｈ−プリニル）；１，２，３，６−テトラヒドロ−２，６−ジオキソ−１Ｈ−プリニル（例えば、１，２，３，６−テトラヒドロ−３，７−ジメチル−２，６−ジオキソ−１Ｈ−プリニル）；２−オキソベンゾ［ｃ，ｄ］インドリル；１，１−ジオキソ−２Ｈ−ナフタ［１，８−ｃ，ｄ］イソチアゾリル；および１，８−ナフチレンジカルボキサミド。別の複素環式基としては、３，３ａ，４，５，６，６ａ−ヘキサヒドロ−ピロロ［３，４−ｂ］ピロール−（２Ｈ）−イル、および２，５−ジアザビシクロ［２．２．１］ヘプタン−２−イル、ホモピペラジニル（またはジアゼパニル）、テトラヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチエニル、オキセパニル、チエパニル、アゾカニル、オキセカニル、およびチオカニルが挙げられる。複素環式基はまた、式：
【１１８２】
【化５８】
2017523777.tif 000068
【１１８３】
（式中、Ｅ’は、−Ｎ−および−ＣＨ−からなる群から選択され；Ｆ’は、−Ｎ＝ＣＨ−、−ＮＨ−ＣＨ２−、−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨ−、−ＣＨ＝Ｎ−、−ＣＨ２−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−ＣＨ２−、−ＣＨ２ＣＨ２−、−ＣＨ２Ｏ−、−ＯＣＨ２−、−Ｏ−、および−Ｓ−からなる群から選択され；Ｇ’は、−ＣＨ−および−Ｎ−からなる群から選択される）の基も含む。本明細書に記載される複素環式基のいずれも、任意選択で、以下のものからなる群より独立して選択される１、２、３、４もしくは５個の置換基で置換されてもよい：（１）Ｃ１〜７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）；（２）Ｃ１〜２０アルキル（例えば、Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルコキシ−Ｃ１〜６アルキル、Ｃ１〜６アルキルスルフィニル−Ｃ１〜６アルキル、アミノ−Ｃ１〜６アルキル、アジド−Ｃ１〜６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１〜６アルキル、ハロ−Ｃ１〜６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１〜６アルキル、ニトロ−Ｃ１〜６アルキル、またはＣ１〜６チオアルコキシ−Ｃ１〜６アルキル）；（３）Ｃ１〜２０アルコキシ（例えば、ペルフルオロアルコキシなどのＣ１〜６アルコキシ）；（４）Ｃ１〜６アルキルスルフィニル；（５）Ｃ６〜１０アリール；（６）アミノ；（７）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリール；（８）アジド；（９）Ｃ３〜８シクロアルキル；（１０）Ｃ１〜６アルク−Ｃ３〜８シクロアルキル；（１１）ハロ；（１２）Ｃ２〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（１３）（Ｃ１〜１２ヘテロシクリル）オキシ；（１４）ヒドロキシ；（１５）ニトロ；（１６）Ｃ１〜２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１〜６チオアルコキシ）；（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＡ’は、以下：（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、（ｃ）水素、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’、式中、
ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’およびＲＣ’は、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ１〜６アルキル、（ｂ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｃ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’、式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＥ’およびＲＦ’は各々、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１〜６アルキル、（ｃ）Ｃ６〜１０アリール、および（ｄ）Ｃ１〜６アルク−Ｃ６〜１０アリールからなる群から選択される；（２１）チオール；（２２）Ｃ６〜１０アリールオキシ；（２３）Ｃ３〜８シクロアルコキシ；（２４）アリールアルコキシ；（２５）Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロアリール）；（２６）オキソ；（２７）（Ｃ１〜１２ヘテロシクリル）イミノ；（２８）Ｃ２〜２０アルケニル；および（２９）Ｃ２〜２０アルキニル。一部の実施形態では、これらの基は各々、本明細書に記載されるように、さらに置換されてもよい。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基をオキソ基でさらに置換することにより、それぞれのアリーロイルおよび（ヘテロシクリル）オイル置換基を付与し得る。
【１１８４】
本明細書で用いるように、「ヘテロシクリルアルキル」基とは、本明細書に定義されるアルキレン基を介して親分子基に結合した、本明細書に定義されるヘテロシクリル基を示す。例示的な非置換のヘテロシクリル基は、炭素数２〜３２（例えば、Ｃ１〜６アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリル、Ｃ１〜１０アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリル、またはＣ１〜２０アルク−Ｃ１〜１２ヘテロシクリルのように、炭素数２〜２２、２〜１８、２〜１７、２〜１６、３〜１５、２〜１４、２〜１３、または２〜１２）である。一部の実施形態では、アルキレンおよびヘテロシクリルは各々、それぞれの基について本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基でさらに置換されてもよい。
【１１８５】
本明細書で用いるように、「炭化水素」という用語は、炭素と水素原子のみから構成される基を示す。
本明細書で用いるように、「ヒドロキシ」という用語は、−ＯＨ基を示す。
【１１８６】
本明細書で用いるように、「異性体」という用語は、本発明のいずれかの化合物の任意の互変異性体、立体異性体、鏡像異性体、またはジアステレオマーを意味する。本発明の化合物は、１つまたは複数のキラル中心および／または二重結合を有し得るため、二重結合異性体（すなわち、幾何Ｅ／Ｚ異性体）または、ジアステレオマー（例えば、鏡像異性体（すなわち、（＋）もしくは（−））またはシス／トランス異性体）のような立体異性体として存在し得ることが認識される。本発明によれば、本明細書に説明する化学構造、従って、本発明の化合物は、対応する立体異性体の全て、すなわち、立体化学的に純粋な形態（例えば、幾何学的に純粋、鏡像異性的に純粋、またはジアステレオマーとして純粋な）ならびに、鏡像異性体および立体異性体混合物、例えば、ラセミ体の両方を包含する。本発明の化合物の鏡像異性体および立体異性体混合物は、典型的には、周知の方法、例えば、キラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩複合体としての化合物の結晶化、またはキラル溶媒中での化合物の結晶化によって、それらの成分鏡像異性体または立体異性体に分割することができる。また、鏡像異性体および立体異性体は、周知の不斉合成方法により、立体異性体または鏡像異性体的に純粋な中間体、試薬、および触媒から得ることもできる。
【１１８７】
本明細書で用いるように、「Ｎ−保護アミノ」という用語は、本明細書に定義される１つまたは２つのＮ−保護基が結合した、本明細書に定義されるアミノ基を指す。
本明細書で用いるように、「Ｎ−保護基」という用語は、合成手順の間に望ましくない反応からアミノ基を保護することが意図される基を示す。一般に用いられるＮ保護基は、
本明細書において参照により援用される、Ｇｒｅｅｎｅ、「有機合成における保護基（Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）」、第３版、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）に開示されている。Ｎ−保護基としては、アシル、アリーロイル、またはカルバミル基、例えば、ホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、２−クロロアセチル、２−ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ−ニトロフェノキシアセチル、α−クロロブチリル、ベンゾイル、４−クロロベンゾイル、４−ブロモベンゾイル、４−ニトロベンゾイル、およびキラル補助基、例えば、アラニン、ロイシン、フェニルアラニンなどの保護もしくは非保護Ｄ，ＬもしくはＤ，Ｌ−アミノ酸；スルホニル含有基、例えば、ベンゼンスルホニル、ｐ−トルエンスルホニルなど；カルバメート形成基、例えば、ベンジルオキシカルボニル、ｐ−クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ−メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ−ニトロベンジルオキシカルボニル、２−ニトロベンジルオキシカルボニル、ｐ−ブロモベンジルオキシカルボニル、３，４−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、２，４−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、４−メトキシベンジルオキシカルボニル、２−ニトロ−４，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，４，５−トリメトキシベンジルオキシカルボニル、１−（ｐ−ビフェニリル）−１−メチルエトキシカルボニル、α，α−ジメチル−３，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ベンズヒドリルオキシカルボニル、ｔ−ブチルオキシカルボニル、ジイソプロピルメトキシカルボニル、イソプロピルオキシカルボニル、エトキシカルボニル、メトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、２，２，２，−トリクロロエトキシカルボニル、フェノキシカルボニル、４−ニトロフェノキシ  カルボニル、フルオレニル−９−メトキシカルボニル、シクロペンチルオキシカルボニル、アダマンチルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、フェニルチオカルボニルなど、アルカリル基、例えば、ベンジル、トリフェニルメチル、ベンジルオキシメチルなど、およびシリル基、例えば、トリメチルシリルなどが挙げられる。好ましいＮ−保護基は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、アラニル、フェニルスルホニル、ベンジル、ｔ−ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、およびベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）である。
【１１８８】
本明細書で用いるように、「ニトロ」という用語は、−ＮＯ２基を示す。
本明細書で用いるように、「Ｏ−保護基」という用語は、合成手順の間に望ましくない反応から、酸素含有（例えば、フェノール、ヒドロキシル、またはカルボニル）基を保護することが意図される基を示す。一般に用いられるＯ−保護基は、本明細書において参照により援用される、Ｇｒｅｅｎｅ、「有機合成における保護基（Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）」、第３版、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）に開示されている。例示的なＯ−保護基としては、アシル、アリーロイル、またはカルバミル基、例えば、ホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、２−クロロアセチル、２−ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ−ニトロフェノキシアセチル、α−クロロブチリル、ベンゾイル、４−クロロベンゾイル、４−ブロモベンゾイル、ｔ−ブチルジメチルシリル、トリ−イソ−プロピルシリルオキシメチル、４，４’−ジメトキシトリチル、イソブチリル、フェノキシアセチル、４−イソプロピルペヘノキシアセチル、ジメチルホルムアミジノ、および４−ニトロベンゾイル；アルキルカルボニル基、例えば、アシル、アセチル、プロピオニル、ピバロイルなど；任意選択で置換されたアリールカルボニル基、例えば、ベンゾイル；シリル基、例えば、トリメチルシリル（ＴＭＳ）、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、トリ−イソ−プロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）など；ヒドロキシルを有するエーテル形成基、例えば、メチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、トリチルなど；アルコキシカルボニル、例えば、メトキシカルボニル、エトキシカルボニル、イソプロポキシカルボニル、ｎ−イソプロポキ
シカルボニル、ｎ−ブチルオキシカルボニル、イソブチルオキシカルボニル、ｓｅｃ−ブチルオキシカルボニル、ｔ−ブチルオキシカルボニル、２−エチルヘキシルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、メチルオキシカルボニルなど；アルコキシアルコキシカルボニル基、例えば、メトキシメトキシカルボニル、エトキシメトキシカルボニル、２−メトキシエトキシカルボニル、２−エトキシエトキシカルボニル、２−ブトキシエトキシカルボニル、２−メトキシエトキシメトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、プロパルギルオキシカルボニル、２−ブテノキシカルボニル、３−メチル−２−ブテノキシカルボニルなど；ハロアルコキシカルボニル、例えば、２−クロロエトキシカルボニル、２−クロロエトキシカルボニル、２，２，２−トリクロロエトキシカルボニルなど；任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基、例えば、ベンジルオキシカルボニル、ｐ−メチルベンジルオキシカルボニル、ｐ−メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ−ニトロベンジルオキシカルボニル、２，４−ジニトロベンジルオキシカルボニル、３，５−ジメチルベンジルオキシカルボニル、ｐ−クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ−ブロモベンジルオキシ−カルボニル、フルオレニルメチルオキシカルボニルなど；ならびに任意選択で置換されたアリールオキシカルボニル基、例えば、フェノキシカルボニル、ｐ−ニトロフェノキシカルボニル、ｏ−ニトロフェノキシカルボニル、２，４−ジニトロフェノキシカルボニル、ｐ−メチル−フェノキシカルボニル、ｍ−メチルフェノキシカルボニル、ｏ−ブロモフェノキシカルボニル、３，５−ジメチルフェノキシカルボニル、ｐ−クロロフェノキシカルボニル、２−クロロ−４−ニトロフェノキシ−カルボニルなど）；置換されたアルキル、アリール、およびアルカリールエーテル（例えば、トリチル；メチルチオメチル；メトキシメチル；ベンジルオキシメチル；シロキシメチル；２，２，２，−トリクロロエトキシメチル；テトラヒドロピラニル；テトラヒドロフラニル；エトキシエチル；１−［２−（トリメチルシリル）エトキシ］エチル；２−トリメチルシリルエチル；ｔ−ブチルエーテル；ｐ−クロロフェニル、ｐ−メトキシフェニル、ｐ−ニトロフェニル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、およびニトロベンジル）；シリルエーテル（例えば、トリメチルシリル；トリエチルシリル；トリイソプロピルシリル；ジメチルイソプロピルシリル；ｔ−ブチルジメチルシリル；ｔ−ブチルジフェニルシリル；トリベンジルシリル；トリフェニルシリル；およびジフェニルメチルシリル）；炭酸塩（例えば、メチル、メトキシメチル、９−フルオレニルメチル；エチル；２，２，２−トリクロロエチル；２−（トリメチルシリル）エチル；ビニル、アリル、ニトロフェニル；ベンジル；メトキシベンジル；３，４−ジメトキシベンジル；およびニトロベンジル）；カルボニル保護基（例えば、ジメチルアセタール、１，３−ジオキソランなどのアセタールおよびケタール基；アシラール基；および１，３−ジチアン、１，３−ジチオランなどのジチアン基）；カルボン酸保護基（例えば、メチルエステル、ベンジルエステル、ｔ−ブチルエステル、オルトエステルなどのエステル基；およびオキサゾリン基が挙げられる。
【１１８９】
本明細書で用いるように、「オキソ」という用語は、＝Ｏを示す。
本明細書で用いるように、「ペルフルオロ」という接頭辞は、アルキル基に結合した水素ラジカルが各々、フッ化物ラジカルによって置換された、本明細書に定義されるように任意の基を示す。例えば、ペルフルオロアルキル基の例としては、トリフルオロメチル、ペンタフルオロエチルなどである。
【１１９０】
本明細書で用いるように、「保護ヒドロキシ」という用語は、Ｏ−保護基に結合した酸素原子を指す。
本明細書で用いるように、「スピロシクリル」という用語は、両端が、親基の同じ炭素原子に結合して、スピロ環式基を形成するＣ２〜７アルキレンジラジカル、さらにまた、両端が同じ原子に結合したＣ１〜６ヘテロアルキレンジラジカルも示す。スピロシクリル基を形成するヘテロアルキレンラジカルは、窒素、酸素、およびイオウからなる群より独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、スピロシクリル基は、ジラジカルが結合した炭素原子を除いて、１〜７個の炭素を含
む。本発明のスピロシクリル基は、任意選択で、シクロアルキルおよび／またはヘテロシクリル基のための任意選択の置換基として本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基で置換されてもよい。
【１１９１】
本明細書で用いるように、「立体異性体」という用語は、化合物が有し得る（例えば、本明細書に記載されるいずれかの式の化合物）考えられる全ての異なる異性体、ならびに立体配座形態、特に、基本的分子構造の考えられる全ての立体化学および立体配座異性体形態、全てのジアステレオマー、鏡像異性体および／または配座異性体を指す。本発明の一部の化合物は、様々な互変異性体形態中に存在してもよく、これらの互変異性体は全て、本発明の範囲に含まれる。
【１１９２】
本明細書で用いるように、「スルホニル」という用語は、−Ｓ（Ｏ）２−基を示す。
本明細書で用いるように、「チオール」という用語は、−ＳＨ基を示す。
キメラ：本明細書で用いるように、「キメラ」とは、２つ以上の不釣り合いまたは異種の部分または領域を有する体である。
【１１９３】
キメラポリヌクレオチド：本明細書で用いるように、「キメラポリヌクレオチド」とは、サイズおよび／または化学修飾パターン、化学修飾位置、化学修飾パーセントまたは化学修飾集団、および前述の組み合わせが異なる部分または領域を有する核酸ポリマーである。
【１１９４】
化合物：本明細書で用いるように、「化合物」という用語は、説明される構造のあらゆる立体異性体、幾何異性体、互変異性体、および同位体を包含するものとする。
本明細書に記載される化合物は、不斉性（例えば、１つまたは複数の立体中心を有する）であってもよい。別段示さない限り、光学異性体およびジアステレオマーなどの全ての立体異性体が意図される。不斉置換炭素原子を含有する本開示の化合物は、任意選択で活性またはラセミ形態で単離することができる。光学活性出発材料から光学活性形態を調製する方法は、ラセミ混合物の分割または立体選択的合成によるものなどのように、当技術分野において公知である。オレフィン、Ｃ＝Ｎ二重結合などの多くの幾何異性体も本明細書に記載される化合物に存在し得るが、このような安定な異性体の全てが、本開示において考慮される。本開示の化合物のシスおよびトランス幾何異性体が記載され、これらは、異性体の混合物または分離した異性体形態として単離されてもよい。
【１１９５】
本開示の化合物はまた、互変異性体形態も含む。互変異性体形態は、プロトンの同時転移を伴う、隣接する二重結合による単結合の交換（ｓｗａｐｐｉｎｇ）によって得られる。互変異性体形態は、同じ実験式および総電荷を有する異性体プロトン化状態であるプロトン互変異性体（ｐｒｏｔｏｔｒｏｐｉｃ  ｔａｕｔｏｍｅｒ）を包含する。プロトン互変異性体の例としては、ケトン−エノールペア、アミド−イミド酸ペア、ラクタム−ラクチムペア、アミド−イミド酸ペア、エナミン−イミンペア、ならびにプロトンが複素環系の２つ以上の位置を占有し得る環状形態、例えば、１Ｈ−および  ３Ｈ−イミダゾール、１Ｈ−、２Ｈ−および４Ｈ−１，２，４−トリアゾール、１Ｈ−および２Ｈ−イソインドール、ならびに１Ｈ−および２Ｈ−ピラゾールが挙げられる。互変異性形態は、平衡状態にあってもよく、または適切な置換によって１つの形態へと立体的に固定（ｓｔｅｒｉｃａｌｌｙ  ｌｏｃｋ）することができる。
【１１９６】
本開示の化合物はまた、中間体または最終化合物において生じる、原子の全ての同位体も包含する。「同位体」とは、同じ原子番号を有するが、核における中性子の数が異なるために異なる質量数を有する原子を指す。例えば、水素の同位体は、トリチウムおよび重水素を含む。
【１１９７】
本開示の化合物および塩は、溶媒または水分子と組み合わせて調製することにより、慣用的な方法により、溶媒和物および水和物を形成することができる。
方向付けられた：本明細書で使用する「方向付けられた（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ）」という用語は、細胞に関していう場合、その細胞が、異なる細胞型へ分化、またはより未分化の細胞型に逆分化するのではなく、正常な状況で、特定の細胞型または細胞型のサブセットに分化し続ける分化経路中に十分に進行している場合を意味する。
【１１９８】
保存されている：本明細書で用いるように、「保存されている」という用語は、ポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列のヌクレオチドまたはアミノ酸残基をそれぞれ指し、これらは、比較される２つ以上の配列の同じ位置で変更されずに存在するものである。比較的保存されているヌクレオチドまたはアミノ酸は、当該配列の他の場所に出現するヌクレオチドまたはアミノ酸よりも関連する配列の間で保存されているものである。
【１１９９】
一部の実施形態では、２つ以上の配列が互いに１００％同一である場合、これらは「完全に保存されている」と言う。一部の実施形態では、２つ以上の配列が、互いに少なくとも７０％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一であれば、これらは「高度に保存されている」と言う。一部の実施形態では、２つ以上の配列が、互いに約７０％同一、約８０％同一、約９０％同一、約９５％、約９８％、または約９９％同一であれば、これらは「高度に保存されている」と言う。一部の実施形態では、２つ以上の配列が、互いに少なくとも３０％同一、少なくとも４０％同一、少なくとも５０％同一、少なくとも６０％同一、少なくとも７０％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一であれば、これらは「保存されている」と言う。一部の実施形態では、２つ以上の配列が、互いに約３０％同一、約４０％同一、約５０％同一、約６０％同一、約７０％同一、約８０％同一、約９０％同一、約９５％同一、約９８％同一、または約９９％同一であれば、これらは「保存されている」と言う。配列の保存は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの全長に適用されるか、またはその一部、領域もしくは特徴に適用され得る。
【１２００】
制御放出：本明細書で用いるように、「制御放出」という用語は、治療転帰をもたらすような特定の放出パターンに従う医薬組成物または化合物放出プロファイルを指す。
環状または環化：本明細書で用いるように、「環状」という用語は、連続的ループの存在を指す。環状分子は、環状である必要はなく、結合して、切れ目のないサブユニットの鎖を形成していればよい。本発明の工学的に操作されたＲＮＡまたはｍＲＮＡのような環状分子は、単一の単位もしくは多量体であってもよく、または、複合体もしくはより高次の構造の１つまたは複数の成分を含むことができる。
【１２０１】
細胞増殖抑制性：本明細書で用いるように、「細胞増殖抑制性」とは、細胞（例えば、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞））、細菌、ウイルス、真菌、原生動物、寄生生物、プリオン、またはこれらの組み合わせの成長、分裂、もしくは増殖を阻害、低減、抑制することを指す。
【１２０２】
細胞傷害性：本明細書で用いるように、「細胞傷害性」とは、細胞（例えば、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞））、細菌、ウイルス、真菌、原生動物、寄生生物、プリオン、またはこれらの組み合わせを殺傷するか、またはそれに対して傷害、毒性、もしくは致死的作用を引き起こすことを指す。
【１２０３】
送達：本明細書で用いるように、「送達」とは、化合物、物質、実体、部分、カーゴまたはペイロードを送達する行為または様式を指す。
送達剤：本明細書で用いるように、「送達剤」とは、標的細胞に対するポリヌクレオチドのｉｎ  ｖｉｖｏ送達を、少なくとも部分的に促進する任意の物質を指す。
【１２０４】
不安定化した：本明細書で用いるように、「不安定な」、「不安定化する」、または「不安定化領域」という用語は、同じ領域または分子の出発、野生型もしくは天然型よりも、不安定な領域または分子を意味する。
【１２０５】
検出可能な標識：本明細書で用いるように、「検出可能な標識」とは、Ｘ線撮影、蛍光、化学発光、酵素活性、吸光などを含む、当技術分野において公知の方法によって容易に検出される別の実体と結合したか、これが組み込まれたか、または会合した１つまたは複数のマーカー、シグナル、もしくは部分を指す。検出可能な標識としては、放射線同位体、発蛍光団、発色団、酵素、色素、金属イオン、リガンド、例えば、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジンおよびハプテン、量子ドットなどが挙げられる。検出可能な標識は、本明細書に開示するペプチドまたはタンパク質における任意の位置に配置してよい。これらは、アミノ酸、ペプチド、またはタンパク質内にあってもよく、あるいは、Ｎ−またはＣ−末端に位置してもよい。
【１２０６】
ジアステレオマー：本明細書で用いるように、「ジアステレオマー」という用語は、互いに鏡像ではなく、しかも、互いに重なり合わない立体異性体を意味する。
消化する：本明細書で用いるように、「消化する」という用語は、より小さい部分または成分に分解することを意味する。ポリペプチドまたはタンパク質に関して言う場合、消化によって、ペプチドの産生が起こる。
【１２０７】
分化細胞：本明細書で用いるように、「分化細胞」という用語は、その天然型において、多能性ではない任意の体細胞を指す。分化細胞はまた、部分的に分化した細胞も包含する。
【１２０８】
分化：本明細書で用いるように、「分化因子」という用語は、発生能変更因子、例えば、細胞を所望される細胞型に分化するように誘導することができるタンパク質、ＲＮＡもしくは低分子を指す。
【１２０９】
分化する：本明細書で用いるように、「分化する」とは、方向付けられていないかまたは方向付けが少ない細胞が、方向付けられた細胞の特徴を獲得するプロセスを指す。
遠位：本明細書で用いるように、「遠位」という用語は、中心から離れて、または目的の地点もしくは領域から離れて位置していることを意味する。
【１２１０】
投与レジメン：本明細書で用いるように、「投与レジメン」は、投与スケジュールまたは医師が決定した治療、予防もしくは緩和医療のレジメンである。
用量分割係数（ＤＳＦ）−１日の総用量または１単位用量をＰＵＤで割って得られる、用量分割治療のＰＵＤの比。この値は、投与レジメン群の比較から誘導される。
【１２１１】
鏡像異性体：本明細書で用いるように、「鏡像異性体」という用語は、本発明の化合物の各々個別の光学的に活性な形態を意味し、これは、少なくとも８０％（すなわち、１つの鏡像異性体の少なくとも９０％および他の鏡像異性体の最大１０％）、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９８％の光学純度または鏡像異性体過剰率（当技術分野で標準的な方法によって決まる）を有する。
【１２１２】
カプセル化する：本明細書で用いるように、「カプセル化する」という用語は、封入する、取り囲む、または包むことを意味する。
コードされたタンパク質切断シグナル：本明細書で用いるように、「コードされたタンパク質切断シグナル」とは、タンパク質切断シグナルをコードするヌクレオチド配列を指す。
【１２１３】
工学的に操作された：本明細書で用いるように、本発明の実施形態が、出発点、野生型もしくはネイティブ分子から変異した特徴または特性（構造もしくは化学のいずれにかかわらず）を有するように設計されていれば、これらは「工学的に操作」されている。
【１２１４】
有効量：本明細書で用いるように、ある薬剤の「有効量」という用語は、有益または所望される結果、例えば、臨床結果をもたらすのに十分な量であり、従って、「有効量」は、それが適用される状況に応じて変動する。例えば、癌を治療する薬剤を投与する状況では、薬剤の有効量は、例えば、薬剤の投与なしで得られる応答と比較して、本明細書に定義される癌の治療を達成するのに十分な量である。
【１２１５】
エクソソーム：本明細書で用いるように、「エクソソーム」とは、哺乳動物細胞により分泌される小胞またはＲＮＡ分解に関与する複合体である。
発現：本明細書で用いるように、核酸配列の「発現」とは、以下の事象のうち１つまたは複数を指す：（１）ＤＮＡ配列からのＲＮＡテンプレートの生成（例えば、転写による）；（２）ＲＮＡ転写物のプロセシング（例えば、スプライシング、編集、５’キャップ形成、および／または３’末端プロセシングによる）；（３）ポリペプチドまたはタンパク質へのＲＮＡの翻訳；ならびに（４）ポリペプチドまたはタンパク質の翻訳後修飾。
【１２１６】
特徴：本明細書で用いるように、「特徴」とは、特徴、特性、または特有の要素を指す。
製剤：本明細書で用いるように、「製剤」とは、少なくともポリヌクレオチドおよび送達剤を含む。
【１２１７】
断片：本明細書で用いるように、「断片」とは、１部分を指す。例えば、タンパク質の断片は、培養細胞から単離した完全長タンパク質を消化することにより得られたポリペプチドを含むことができる。
【１２１８】
機能性：本明細書で用いるように、「機能性」生体分子とは、それが特徴とする特性および／または活性を呈示する形態における生体分子である。
相同性：本明細書で用いるように、「相同性」という用語は、ポリマー分子の間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子および／もしくはＲＮＡ分子）の間、ならびに／またはポリペプチド分子の間の全体的関連性を指す。一部の実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％同一または類似していれば、互いに「相同性」であると考えられる。「相同性」という用語は、必然的に少なくとも２つの配列（ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列）の間の比較に関する。本発明によれば、２つのポリヌクレオチド配列は、これらがコードするポリペプチドが、少なくとも約２０アミノ酸の少なくとも１つの一続きの配列（ストレッチ）について、少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくはさらに９９％であれば、相同性であると考えられる。一部の実施形態では、相同ポリヌクレオチド配列は、少なくとも４〜５個の独自に指定されたアミノ酸の一続きの配列をコードする能力によって特徴付けられる。長さ６０ヌクレオチド未満のポリヌクレオチド配列の場合には、相同性は、少なくとも４〜５個の独自に指定されたアミノ酸の一続きの配列をコードする能力によって決定される。本発明によれば、２つのタンパク質配列は、これらのタンパク質が、少なくとも約２０アミノ酸の少なくとも１つの一続きの配列について、少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、もしくは９０％同一であれば、相同性であると考えられる。
【１２１９】
同一性：本明細書で用いるように、「同一性」という用語は、ポリマー分子の間、例え
ば、ポリヌクレオチド分子（例えば、ＤＮＡ分子および／もしくはＲＮＡ分子）の間、ならびに／またはポリペプチド分子の間の全体的関連性を指す。２つのポリヌクレオチド配列の同一性パーセントの計算は、例えば、最適な比較目的のために、２つの配列をアラインメントすることによって実施することができる（例えば、最適アラインメントのために第１および第２核酸配列の一方または両方に、ギャップを導入してもよく、非同一配列は、比較目的のために、無視してもよい）。特定の実施形態では、比較目的のために整列される配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％である。次に、対応するヌクレオチド位置でのヌクレオチドを比較する。第１配列における１位置が、第２配列における対応位置と同じヌクレオチドによって占められているならば、この分子はその位置で同一である。２つの配列の間の同一性パーセントは、２つの配列の最適アラインメントに導入する必要があるギャップの数、および各ギャップの長さを考慮して、配列が共有する同じ位置の数の関数である。２つの配列の間の配列比較および同一性パーセントの決定は、数学アルゴリズムを使用して達成することができる。例えば、２つのヌクレオチド配列の間の同一性パーセントは、分子計算生物学（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）、Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ
Ｙｏｒｋ、１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ、Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９３；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９８７；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ、Ｐａｒｔ  Ｉ、Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．編、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；ならびにＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．編、Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９１年（これらは各々、本明細書において参照により援用される）に記載されているものなどの方法を使用して、決定することができる。例えば、２つのヌクレオチド配列の間の同一性パーセントは、ＭｅｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ、１９８９年、４：１１〜１７）のアルゴリズムを使用して決定することができ、このアルゴリズムは、ＰＡＭ１２０重量残基表、ギャップ長ペナルティ１２およびギャップペナルティ４を使用するＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。あるいは、２つのヌクレオチド配列の間の同一性パーセントは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用いたＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して決定することができる。配列の間の同一性パーセントを決定するために一般に用いられる方法として、限定するものではないが、Ｃａｒｉｌｌｏ，Ｈ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．、ＳＩＡＭ  Ｊ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８年）（本明細書において参照により援用される）に開示されているものが挙げられる。同一性を決定する技術は、一般に入手可能なコンピュータプログラムに体系化されている。２つの配列の間の相同性を決定するためのコンピュータソフトウェアの例として、限定するものではないが、以下のものが挙げられる：ＧＣＧプログラムパッケージ、Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１２（１）、３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら著、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．，２１５，４０３（１９９０年））。
【１２２０】
感染因子：本明細書で用いるように、「感染因子」という句は、感染を引き起こすことができる因子を意味する。
遺伝子の発現を阻害する：本明細書で用いるように、「遺伝子の発現を阻害する」という句は、遺伝子の発現産物の量に低減を引き起こすことを意味する。発現産物は、遺伝子から転写されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）であってもよく、または遺伝子から転写され
たｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドであってよい。典型的には、ｍＲＮＡのレベル低下は、そこから翻訳されたポリペプチドのレベル低下をもたらす。発現のレベルは、ｍＲＮＡまたはタンパク質を測定するための標準的技術を使用して、決定してもよい。
【１２２１】
感染因子：本明細書で用いるように、「感染因子」は、生物工学の結果として工学的に操作することができる任意の微生物、ウイルス、感染性物質、または生物製剤を指し、あるいは、このような任意の微生物、ウイルス、感染性物質、または生物製剤の任意の天然または生体操作成分は、ヒト、動物、植物または別の生物において、新興または伝染性疾患、死亡または他の生物学的機能不全を引き起こし得る。
【１２２２】
インフルエンザ：本明細書で用いるように、「インフルエンザ」または「フルー（ｆｌｕ）」は、オルソミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）のＲＮＡウイルスであるインフルエンザウイルスを原因とする鳥類および哺乳動物の感染症である。
【１２２３】
異性体：本明細書で用いるように、「異性体」という用語は、本発明のいずれかの化合物の任意の互変異性体、立体異性体、鏡像異性体、またはジアステレオマーを意味する。本発明の化合物は、１つまたは複数のキラル中心および／または二重結合を有し得るため、二重結合異性体（すなわち、幾何Ｅ／Ｚ異性体）あるいは、ジアステレオマー（例えば、鏡像異性体（すなわち、（＋）もしくは（−））またはシス／トランス異性体）のような立体異性体として存在し得ることが認識されよう。本発明によれば、本明細書に説明する化学構造、従って、本発明の化合物は、対応する立体異性体の全て、すなわち、立体化学的に純粋な形態（例えば、幾何学的に純粋、鏡像異性的に純粋、またはジアステレオマーとして純粋な）ならびに、鏡像異性体および立体異性体混合物、例えば、ラセミ体の両方を包含する。本発明の化合物の鏡像異性体および立体異性体混合物は、典型的に、周知の方法、例えば、キラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩複合体としての化合物の結晶化、またはキラル溶媒中での化合物の結晶化によって、それらの成分鏡像異性体または立体異性体に分割することができる。また、鏡像異性体および立体異性体は、周知の不斉合成方法により、立体異性体または鏡像異性体的に純粋な中間体、試薬、および触媒から取得することもできる。
【１２２４】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ：本明細書で用いるように、「ｉｎ  ｖｉｔｒｏ」という用語は、生物体（例えば、動物、植物、もしくは微生物）内ではなく、人工の環境、例えば、試験管または反応容器、細胞培養物、ペトリ皿などにおいて起こる事象を指す。
【１２２５】
ｉｎ  ｖｉｖｏ：本明細書で用いるように、「ｉｎ  ｖｉｖｏ」という用語は、生物（例えば、動物、植物、もしくは微生物またはその細胞もしくは組織）内で起こる事象を指す。
【１２２６】
単離された：本明細書で用いるように、「単離された」という用語は、結合していた（自然または実験環境のいずれにかかわらず）成分の少なくとも一部から分離された物質または実体を指す。単離された物質は、それらが結合していた物質に関して、様々なレベルの純度を有し得る。単離された物質および／または実体は、それらが最初に結合していた他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれ以上から分離したものでよい。一部の実施形態では、単離された作用物質は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。本明細書で用いるように、物質は、他の成分を実質的に含まなければ、「純粋」である。実質的に単離される：「実質的に単離される」とは、化合物が、それが形成された、または検出された環境から、実質的に分離されることを意味する。部分的な分離は、例えば、本開示の化合物が富化した組成物を包含し得る。実質的な分離は、
少なくとも約５０重量％、少なくとも約６０重量％、少なくとも約７０重量％、少なくとも約８０重量％、少なくとも約９０重量％、少なくとも約９５重量％、少なくとも約９７重量％、もしくは少なくとも約９９重量％の本開示の化合物またはその塩を含有する組成物を包含し得る。化合物およびその塩を単離するための方法は、当技術分野において慣用的なものである。
【１２２７】
ＩＶＴポリヌクレオチド：本明細書で用いるように、「ＩＶＴポリヌクレオチド」とは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏの転写（ＩＶＴ）酵素合成法のみを使用して行うことができる線形のポリヌクレオチドである。
【１２２８】
リンカー：本明細書で用いるように、「リンカー」は、原子、例えば、１０〜１，０００原子の１団を指し、例えば、限定するものではないが、炭素、アミノ、アルキルアミノ、酸素、イオウ、スルホキシド、スルホニル、カルボニル、およびイミンなどの原子または原子団から構成されてもよい。リンカーは、第１末端で、ヌクレオ塩基または糖部分上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドに結合し、第２末端では、ペイロード、例えば、検出可能な薬剤もしくは治療薬に結合することができる。リンカーは、核酸配列への組み込みを妨害しないように、十分な長さであり得る。リンカーは、任意の有用な目的、例えば、ポリヌクレオチド多量体（例えば、２つ以上のキメラポリヌクレオチド分子またはＩＶＴポリヌクレオチドの連結を介して）またはポリヌクレオチドコンジュゲートを形成するために、ならびに本明細書に記載されるように、ペイロードを投与するために、使用してもよい。リンカーに組み込むことができる化学基の例として、限定するものではないが、アルキル、アルケニル、アルキニル、アミド、アミノ、エーテル、チオエーテル、エステル、アルキレン、ヘテロアルキレン、アリール、またはヘテロシクリルが挙げられ、これらは各々、本明細書に記載されるように、任意選択で置換されてもよい。リンカーの例としては、限定するものではないが、不飽和アルカン、ポリエチレングリコール（例えば、エチレンまたはプロピレングリコール単量体単位、例えば、ジエチレングリコール、ジプロピレングリコール、トリエチレングリコール、トリプロピレングリコール、テトラエチレングリコール、またはテトラエチレングリコール）、およびデキストランポリマーおよびそれらの誘導体が挙げられる。その他の例として、限定するものではないが、リンカー内の切断可能部分、例えば、還元剤もしくは光分解を使用して切断可能な、ジスルフィド結合（−Ｓ−Ｓ−）またはアゾ結合（−Ｎ＝Ｎ−）が挙げられる。選択的に切断可能な結合の非限定的な例としては、例えばトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、もしくはその他の還元剤、および／または光分解の使用により切断することができるアミノ結合、ならびに、例えば酸性もしくは塩基性加水分解により切断することができるエステル結合が挙げられる。
【１２２９】
ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）結合部位：本明細書で用いるように、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）結合部位は、ｍｉＲＮＡの少なくとも「シード」領域が結合する核酸転写物のヌクレオチド位置または領域を示す。
【１２３０】
修飾（されている）：本明細書で用いるように、「修飾（されている）」とは、本発明の分子の変化した状態または構造を指す。分子は、化学的に、構造的に、および機能的になど、様々な方法で修飾することができる。一実施形態では、本発明のｍＲＮＡ分子は、例えば、それが、天然リボヌクレオチドＡ、Ｕ、Ｇ、およびＣに関連するとき、非天然ヌクレオシドおよび／またはヌクレオチドの導入によって修飾する。キャップ構造などの非標準ヌクレオチドは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕリボヌクレオチドの化学構造とは異なるが、「修飾されている」とみなされない。
【１２３１】
粘液：本明細書で用いるように、「粘液」とは、粘性であり、ムチン糖タンパク質を含む天然物質を指す。
天然に存在する：本明細書で用いるように、「天然に存在する」とは、人工的補助なしで天然に存在することを意味する。
【１２３２】
中和抗体：本明細書で用いるように、「中和抗体」とは、その抗原に結合して、この抗原が有するあらゆる生物活性を中和するか、または無効化することにより、抗原または感染因子から細胞を防御する抗体を指す。
【１２３３】
非ヒト脊椎動物：本明細書で用いるように、「非ヒト脊椎動物」とは、ヒト（Ｈｏｍｏ
ｓａｐｉｅｎｓ）を除く全ての脊椎動物を包含し、野生および家畜化種を含む。非ヒト脊椎動物の例としては、限定するものではないが、哺乳動物、例えば、アルパカ、バンテン、バイソン、ラクダ、ネコ、畜牛、シカ、イヌ、ロバ、ガヤル、ヤギ、モルモット、ウマ、ラマ、ラバ、ブタ、ウサギ、トナカイ、ヒツジ、スイギュウ、およびヤクが挙げられる。
【１２３４】
オフターゲット：本明細書で用いるように、「オフターゲット」とは、任意の１つまたは複数の標的、遺伝子、または細胞転写物に対する意図されない任意の作用を指す。
オープンリーディングフレーム：本明細書で用いるように、「オープンリーディングフレーム」または「ＯＲＦ」とは、所与のリーディングフレーム内に終止コドンを含まない配列を指す。
【１２３５】
作動可能に連結された：本明細書で用いるように、「作動可能に連結された」という句は、２つ以上の分子、構築物、転写物、実体、または部分などの間の機能性結合を指す。
任意選択で置換された：本明細書において、「任意選択で置換されたＸ（例えば、任意選択で置換されたアルキル）」という形態の句は、「Ｘ（Ｘは、任意選択で置換されている）」（例えば、「任意選択で置換されているアルキル」）と同等であることが意図される。特徴「Ｘ」（例えば、アルキル）自体が任意であることを意味するものではない。
【１２３６】
部分：本明細書で用いるように、ポリヌクレオチドの「部分」または「領域」とは、ポリヌクレオチドの全長よりも短いポリヌクレオチドの任意の部分として定義される。
ペプチド：本明細書で用いるように、「ペプチド」とは、長さが５０アミノ酸以下、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０アミノ酸である。
【１２３７】
パラトープ：本明細書で用いるように、「パラトープ」は、抗体の抗原結合部位を指す。
患者：本明細書で用いるように、「患者」とは、処置を求めるか、必要とし得る、処置を要する、処置を受けている、処置を受ける予定の対象、または特定の疾患もしくは病態について専門家による管理を受けている対象を指す。
【１２３８】
薬学的に許容される：本明細書で用いるように、「薬学的に許容される」という句
は、妥当な医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、またはその他の問題もしくは合併症なしに、ヒトおよび動物の組織との接触における使用に好適で、しかも妥当な有益性／リスク比と釣り合う化合物、材料、組成物、および／または投与形態を指して使用される。
【１２３９】
薬学的に許容される賦形剤：本明細書で用いるように、「薬学的に許容される賦形剤」という句は、本明細書に記載される化合物以外の任意の成分（例えば、活性化合物を懸濁させるか、または溶解させることができるビヒクル）であって、かつ患者において実質的に無毒性かつ非炎症性の特性を有するものを指す。賦形剤として、例えば、以下：抗接着剤、抗酸化剤、結合剤、コーティング、圧縮補助剤、崩壊剤、色素（着色料）、柔軟剤、
乳化剤、充填剤（希釈剤）、膜形成剤もしくはコーティング、香料、芳香剤、滑剤（流動促進剤）、潤滑剤、防腐剤、印刷用インク、ソルベント、懸濁もしくは分散剤、甘味料、および水和用の水が挙げられる。賦形剤の例として、限定するものではないが、以下：ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム（二塩基性）、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶性セルロース、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポビドン、αデンプン、プロピルパラベン、パルミチン酸レチニル、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ソルビトール、デンプン（トウモロコシ）、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＣ、およびキシリトールが挙げられる。
【１２４０】
薬学的に許容される塩；本開示はまた、本明細書に記載される薬学的に許容される化合物の塩も包含する。本明細書で用いるように、「薬学的に許容される塩」とは、開示される化合物の誘導体であって、親化合物が、存在する酸または塩基部分をその塩形態へと変換することによって（例えば、遊離塩基を好適な有機酸と反応させることにより）修飾されたものである。薬学的に許容される塩の例としては、限定するものではないが、例えばアミンなどの塩基性残基の鉱酸または有機酸塩；カルボン酸などの酸性残基のアルカリまたは有機塩；などが挙げられる。代表的な酸性付加塩としては、酢酸塩、酢酸、アジピン酸塩、アルギニン酸塩、アスコルビン酸塩、アルパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、カンホレート、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタン硫酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、硫酸ラウリル、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデンカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的アルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなど、ならびに非毒性アンモニウム、第四アンモニウム、およびアミンカチオン、例えば、限定するものではないが、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、エチルアミンなどが挙げられる。本開示の薬学的に許容される塩としては、例えば、無毒性無機または有機酸から形成される親化合物の一般的無毒性塩が挙げられる。本開示の薬学的に許容される塩は、従来の化学的方法により、塩基性または酸性部分を含む親化合物から合成することができる。一般に、このような塩は、これらの化合物の遊離酸または塩基を、水もしくは有機溶媒中、またはこれら２つの混合物中で、化学量の適切な塩基または酸と反応させることにより、調製することができる；一般に、エーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノール、またはアセトニトリルなどの非水性媒体が好ましい。好適な塩のリストは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、第１７版、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｅａｓｔｏｎ、Ｐａ．，１９８５、ｐ．１４１８、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｕｓｅ、Ｐ．Ｈ．ＳｔａｈｌおよびＣ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ（編）、Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ、２００８、ならびにＢｅｒｇｅら、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、６６、１〜１９（１９７７）に記載されており、これらの各々の内容は、本願明細書で
完全に援用される。
【１２４１】
薬学的に許容される溶媒和物：本明細書で用いるように、「薬学的に許容される溶媒和物」という用語は、好適な溶媒の分子が結晶格子に組み込まれた本発明の化合物を意味する。好適な溶媒は、投与された用量で、生理学的に許容されるものである。例えば、溶媒和物は、有機溶媒、水、またはこれらの混合物を含む溶液からの結晶化、再結晶化、または沈殿により調製してもよい。適切な溶媒の例は、エタノール、水（例えば、モノ−、ジ−、およびトリ−水和物）、Ｎ−メチルピロリドン（ＮＭＰ）、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、Ｎ，Ｎ’−ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ，Ｎ’−ジメチルアセトアミド（ＤＭＡＣ）、１，３−ジメチル−２−ジミダゾリジノン（ＤＭＥＵ）、１，３−ジメチル−３，４，５，６−テトラヒドロ−２−（１Ｈ）−ピリミジノン（ＤＭＰＵ）、アセトニトリル（ＡＣＮ）、プロピレングリコール、酢酸エチル、ベンジルアルコール、２−ピロリドン、安息香酸ベンジルなどである。水が溶媒であるとき、溶媒和物は、「水和物」と呼ばれる。
【１２４２】
薬物動態：本明細書で使用する「薬物動態」は、それが、生きている生物体に投与される物質の運命の決定に関する場合、分子または化合物の任意の１つまたは複数の特性を指す。薬物動態は、吸収、分布、代謝および排泄の範囲および速度など、複数の領域に分けられる。これは、一般に、ＡＤＭＥと呼ばれ、ここで、（Ａ）吸収は、血液循環に進入する物質のプロセスであり；（Ｄ）分布は、身体の体液および組織全体にわたる物質の分散または播種であり；（Ｍ）代謝（または生体内変化）は、親化合物から娘代謝物への不可逆的変化であり；かつ（Ｅ）排泄（または排除）とは、身体からの物質の排除を指す。稀に、一部の薬剤は、身体組織中に不可逆的に蓄積する。
【１２４３】
物理化学的：本明細書で用いるように、「物理化学的」とは、物理的および／または化学的特性を意味するか、またはそれに関する。
単位薬剤あたりのポリペプチド（ＰＵＤ）：本明細書で用いるように、ＰＵＤ、すなわち単位薬剤あたりの生成物は、体液または組織中で測定される生成物（例えば、ポリペプチド）の１日の総用量の細分部分（通常、１ｍｇ、ｐｇ、ｋｇなど）として定義され、通常、体液の測定単位で割ったピコモル／ｍＬ、ミリモル／ｍＬのような濃度で示される。
【１２４４】
予防（すること）：本明細書で用いるように、「予防（すること）」という用語は、感染症、疾患、障害および／または病態の開始を部分的もしくは完全に遅延させること；特定の感染症、疾患、障害、および／または病態の１つまたは複数の症状、特徴、または臨床的発症の開始を部分的もしくは完全に遅延させること；特定の感染症、疾患、障害、および／または病態の１つまたは複数の症状、特徴、または発症の開始を部分的もしくは完全に遅延させること；感染症、特定の疾患、障害、および／または病態の進行を部分的もしくは完全に遅延させること；および／または感染症、疾患、障害、および／または病態に関連する疾患の発生のリスクを低減することを指す。
【１２４５】
プロドラッグ：本開示はまた、本明細書に記載される化合物のプロドラッグも包含する。本明細書で用いるように、「プロドラッグ」とは、その物質、分子または実体が、化学的もしくは物理的変更時に治療薬として作用することを示す形態である任意の物質、分子または実体を指す。プロドラッグは、何らかの方法で共有結合または封鎖してもよく、哺乳動物対象への投与前、投与時、もしくは投与後に、活性薬剤部分を放出するか、または活性薬剤部分に変換される。プロドラッグは、修飾物が、慣用的な操作またはｉｎ  ｖｉｖｏでのいずれかで親化合物へと切断されるような方法で、化合物中に存在する官能基を修飾することにより調製され得る。プロドラッグとは、ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、またはカルボキシル基が、任意の基に結合し、これが哺乳動物対象に投与されると、切断して、それぞれ遊離ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、またはカルボキシ
ル基を形成する化合物を包含する。プロドラッグの調製および使用については、両方とも、本願明細書で完全に援用される、Ｔ．ヒグチ（Ｔ．Ｈｉｇｕｃｈｉ）およびＶ．Ｓｔｅｌｌａ、「Ｐｒｏ−ｄｒｕｇｓ  ａｓ  Ｎｏｖｅｌ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ」、Ａ．Ｃ．Ｓ．Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓの第１４巻、およびＢｉｏｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ、Ｅｄｗａｒｄ  Ｂ．Ｒｏｃｈｅ編、米国製薬協会およびＰｅｒｇａｍｏｎ  ｐｒｅｓｓ、１９８７年、に考察されている。
【１２４６】
増殖（する）：本明細書で用いるように、「増殖（する）」という用語は、増殖、拡大もしくは増加すること、または急速に増殖、拡大もしくは増加させることを意味する。「増殖性」とは、増殖する能力を有することを意味する。「抗増殖性」とは、増殖性に対抗するか、または増殖性に不適切な特性を有することを意味する。
【１２４７】
前駆細胞：本明細書で用いるように、「前駆細胞」という用語は、分化によってこの前駆細胞がなり得る細胞と比較して、大きな発生能を有する細胞を指す。
予防的：本明細書で用いるように、「予防的」とは、疾患の広がりを予防するのに用いられる作用の治療または経過を指す。
【１２４８】
予防：本明細書で用いるように、「予防」とは、健康を維持し、疾患の広がりを予防するのに用いられる措置を指す。「免疫予防」は、疾患の広がりを予防する目的で、能動免疫または受動免疫を生み出すための措置である。
【１２４９】
タンパク質切断部位：本明細書で用いるように、「タンパク質切断部位」とは、アミノ酸鎖の制御された切断を、化学、酵素もしくは光化学的手段によって達成することができる部位を指す。
【１２５０】
タンパク質切断シグナル：本明細書で用いるように、「タンパク質切断シグナル」とは、切断のためのポリペプチドにフラグまたはマークを付ける少なくとも１つのアミノ酸を指す。
【１２５１】
目的のタンパク質：本明細書で用いるように、「目的のタンパク質」または「所望されるタンパク質」という用語は、本明細書に記載されるタンパク質ならびにその断片、突然変異体、変異体、および変更物を含む。
【１２５２】
近位：本明細書で用いるように、「近位」という用語は、中心または目的の地点もしくは領域に対し、より近くに位置することを意味する。
プソイドウリジン：本明細書で用いるように、プソイドウリジンは、ヌクレオシドウリジンのＣ−グリコシド異性体を指す。「プソイドウリジン類似体」は、プソイドウリジンの任意の修飾物、変異体、異性体もしくは誘導体である。例えば、プソイドウリジン類似体として、限定するものではないが、１−カルボキシメチル−プソイドウリジン、１−プロピニル−プソイドウリジン、１−タウリノメチル−プソイドウリジン、１−タウリノメチル−４−チオ−プソイドウリジン、１−メチルプソイドウリジン（ｍ１Ψ）、１−メチル−４−チオ−プソイドウリジン（ｍ１ｓ４Ψ）、４−チオ−１−メチル−プソイドウリジン、３−メチル−プソイドウリジン（ｍ３Ψ）、２−チオ−１−メチル−プソイドウリジン、１−メチル−１−デアザ−プソイドウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−プソイドウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２−チオ−ジヒドロプソイドウリジン、２−メトキシウリジン、２−メトキシ−４−チオ−ウリジン、４−メトキシ−プソイドウリジン、４−メトキシ−２−チオ−プソイドウリジン、Ｎ１−メチル−プソイドウリジン、１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）プソイドウリジン（ａｃｐ３Ψ）、および２’−Ｏ−メチル−プソイドウリジン（Ψｍ）が挙げられる。
【１２５３】
精製（された）：本明細書で用いるように、「精製する」、「精製（された）」、「精製」とは、実質的に純粋にするか、または不要な成分、材料の汚染、混合もしくは欠陥から浄化することを意味する。
【１２５４】
反復トランスフェクション：本明細書で用いるように、「反復トランスフェクション」という用語は、ポリヌクレオチドによる同じ細胞培養物の複数回のトランスフェクションを指す。細胞培養物は、少なくとも２回、少なくとも３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、少なくとも８回、少なくとも９回、少なくとも１０回、少なくとも１１回、少なくとも１２回、少なくとも１３回、少なくとも１４回、少なくとも１５回、少なくとも１６回、少なくとも１７回、少なくとも１８回、少なくとも１９回、少なくとも２０回、少なくとも２５回、少なくとも３０回、少なくとも３５回、少なくとも４０回、少なくとも４５回、少なくとも５０回またはそれ以上トランスフェクトしてもよい。
【１２５５】
試料：本明細書で用いるように、「試料」または「生物学的試料」という用語は、その組織、細胞もしくは構成部分（例えば、限定するものではないが、血液、粘液、リンパ液、滑液、脳脊髄液、唾液、羊水、臍帯血、尿、膣液および精液などの体液）のサブセットを指す。試料はさらに、全生物、あるいはその組織、細胞もしくは構成部分のサブセット、またはその断片もしくは部分、限定するものではないが、例えば、血漿、血清、髄液、リンパ液、皮膚、呼吸器、腸、および消化管の外側部分、涙、唾液、乳汁、血液細胞、腫瘍、器官などから調製したホモジネート、溶解物もしくは抽出物も含み得る。試料とはさらに、タンパク質または核酸分子などの細胞成分を含有し得る培地、例えば、ニュートリエントブロスまたはジェルも指す。
【１２５６】
シグナル配列：本明細書で用いるように、「シグナル配列」という句は、タンパク質の輸送または局在化を指令し得る配列を指す。
単一単位用量：本明細書で用いるように、「単一単位用量」とは、接触、すなわち単一投与事象の１回／１経路／１地点に１用量で投与される任意の治療薬の用量である。
【１２５７】
類似性：本明細書で用いるように、「類似性」という用語は、ポリマー分子、例えば、ポリヌクレオチド分子（例えば、ＤＮＡ分子および／もしくはＲＮＡ分子）ならびに／またはポリペプチド分子の間の全体的関連性を指す。別の分子に対するポリマー分子の類似性パーセントの計算は、当技術分野で理解されているように、類似性パーセントの計算の場合、保存的置換を考慮に入れる以外は、同一性パーセントの計算と同様に行うことができる。
【１２５８】
分割用量：本明細書で用いるように、「分割用量」とは、１単位用量または１日総用量の２つ以上の用量への分割である。
安定した：本明細書で用いるように、「安定した」とは、反応混合物から有用な純度までの単離に耐える上で十分に頑健であり、好ましくは、有効な治療剤への製剤化が可能である化合物を指す。
【１２５９】
安定化（した）：本明細書で用いるように、「安定化する」、「安定化した」、「安定化領域」という用語は、安定した状態にするか、または安定した状態になることを意味する。
【１２６０】
立体異性体：本明細書で用いるように、「立体異性体」という用語は、化合物（例えば、本明細書に記載される任意の式の化合物）が有し得る、考えられる全ての異なる異性体ならびに立体配座形態、特に、基本分子構造の考えられる全ての立体化学および立体配座
異性体型、あらゆるジアステレオマー、鏡像異性体および／または配座異性体を指す。本発明の一部の化合物は、様々な互変異性体型で存在してもよく、この形態は全て、本発明の範囲に含まれる。
【１２６１】
対象：本明細書で用いるように、「対象」または「患者」という用語は、本発明の組成物が、例えば、実験、診断、予防、および／または治療の目的で、投与され得る任意の生物体を指す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、およびヒトなどの哺乳動物）ならびに／または植物が挙げられる。
【１２６２】
実質的に：本明細書で用いるように、「実質的に」という用語は、目的の特徴または特性の全もしくはほぼ全範囲または程度を発揮する定性的条件を指す。生物学的分野の当業者であれば、生物学的および化学的現象が、完了に到るか、および／あるいは完全性まで進行するか、または完全な結果を達成もしくは回避するのは、たとえあったとしても極めて稀であることを理解するであろう。従って、本明細書で使用される「実質的に」という用語は、多くの生物学的および化学的現象に特有の完全性の潜在的欠如を表現するために用いられる。
【１２６３】
実質的に等しい：本明細書で用いるように、それが、用量の間の時間差に関するとき、この用語は、プラス／マイナス２％を意味する。
実質的に同時に：本明細書で用いるように、それが、複数の用量に関するとき、この用語は、２秒以内を意味する。
【１２６４】
〜に罹患している：疾患、障害、および／もしくは病態「に罹患している」個体とは、疾患、障害、および／もしくは病態の１つまたは複数の症状を有すると診断されているか、またはそのような症状を呈している。
【１２６５】
〜に罹患しやすい：疾患、障害、および／もしくは病態「に罹患しやすい」個体とは、疾患、障害、および／もしくは病態の症状を有すると診断されていないか、ならびに／または疾患、障害、および／もしくは病態の症状を呈していないこともあるが、疾患もしくはその症状を発症する傾向を有する。一部の実施形態では、疾患、障害、および／もしくは病態（例えば、癌）に罹患しやすい個体は、以下の１つまたは複数を特徴とし得る：（１）疾患、障害、および／もしくは病態の発症に関連する遺伝子突然変異；（２）疾患、障害、および／もしくは病態の発症に関連する遺伝子多型；（３）疾患、障害、および／もしくは病態に関連するタンパク質および／または核酸の発現および／または活性の増大および／または低減；（４）疾患、障害、および／もしくは病態の発症に関連する習慣および／または生活様式；（５）疾患、障害、および／もしくは病態の家族歴；ならびに（６）疾患、障害、および／もしくは病態の発症に関連する微生物への曝露および／または微生物での感染。一部の実施形態では、ある疾患、障害、および／もしくは病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害、および／もしくは病態を発症する。一部の実施形態では、ある疾患、障害、および／もしくは病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害、および／もしくは病態を発症しない。
【１２６６】
持続的放出：本明細書で用いるように、「持続的放出」という用語は、特定の時間にわたって放出速度が一定の医薬組成物または化合物放出プロファイルを指す。
合成：「合成」という用語は、人の手により生成、調製、および／または製造されることを意味する。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドまたは他の分子の合成は、化学的または酵素的のいずれであってもよい。
【１２６７】
標的細胞：本明細書で用いるように、「標的細胞」とは、任意の１つまたは複数の目的の細胞を指す。細胞とは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、インサイチュまたは生物
体の組織もしくは器官に見出され得る。生物体とは、動物、好ましくは、哺乳動物、より好ましくはヒト、最も好ましくは患者であってもよい。
【１２６８】
治療剤：「治療剤」という用語は、対象に投与されると、治療、診断、および／もしくは予防効果を有するか、ならびに／または所望される生物学的および／もしくは薬理効果を誘発する任意の薬剤を指す。
【１２６９】
治療有効量：本明細書で用いるように、「治療有効量」という用語は、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態に罹患しているか、または罹患しやすい対象に投与されると、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態の症状を処置、改善するか、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態の発症を診断、予防、ならびに／または遅延させるのに十分な、送達しようとする薬剤（例えば、核酸、薬物、治療剤、診断剤、予防剤など）の量を意味する。
【１２７０】
治療上有効な転帰：本明細書で用いるように、「治療上有効な転帰」という用語は、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態に罹患しているか、または罹患しやすい対象において、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態の症状を処置、改善するか、感染症、疾患、障害、および／もしくは病態の発症を診断、予防、ならびに／または遅延させるのに十分な転帰を意味する。
【１２７１】
１日の総用量：本明細書で用いるように、「１日の総用量」とは、２４時間内に投与または処方される量である。これは、１単位用量として投与してもよい。
全能性：本明細書で用いるように、「全能性」とは、成体の身体に存在する全細胞、ならびに胎盤などの胚外組織を生成する発生能を備える細胞を指す。
【１２７２】
転写因子：本明細書で用いるように、「転写因子」という用語は、例えば、転写の活性化または抑制により、ＤＮＡのＲＮＡへの転写を調節するＤＮＡ結合タンパク質を指す。一部の転写因子は、転写のみの調節をもたらし、一方で、他の因子は、他のタンパク質と共同して作用する。一部の転写因子は、特定の条件下で転写の活性化および抑制の両方を行うことができる。一般に、転写因子は、標的遺伝子の調節領域において、特定のコンセンサス配列と高度に類似した、特定の１つまたは複数の標的配列と結合する。転写因子は、標的遺伝子のみ、または他の分子との複合体中の標的遺伝子の転写を調節し得る。
【１２７３】
転写：本明細書で用いるように、「転写」という用語は、細胞に外性核酸を導入する方法を指す。トランスフェクションの方法として、限定するものではないが、化学的方法、物理的処理、およびカチオン脂質または混合物がある。
【１２７４】
分化転換：本明細書で用いるように、「分化転換」とは、１タイプの分化細胞が、識別する特徴を喪失して、その表現型を他の完全に分化した細胞の表現型に変化させる能力を指す。
【１２７５】
処置（すること）：本明細書で用いるように、「処置（すること）」という用語は、特定の感染症、疾患、障害、および／もしくは病態の１つまたは複数の症状もしくは特徴の発症を部分的または完全に緩和、軽減、改善、免荷、遅延させること、その進行を阻害すること、その重症度を軽減すること、ならびに／またはその発生率を低減することを指す。例えば、癌を「治療すること」は、腫瘍の生存、増殖および／または広がりを阻害することを指し得る。ある疾患、障害、および／もしくは病態に関連する病理が発症するリスクを低減する目的のために、処置は、この疾患、障害、および／もしくは病態の兆候を示していない対象、ならびに／またはこの疾患、障害、および／もしくは病態の早期兆候のみを示す対象に施してもよい。
【１２７６】
非修飾：本明細書で用いるように、「非修飾」とは、任意の方法で変更される前の任意の物質、化合物または分子を指す。非修飾は、生体分子の野生型もしくは天然型も指すこともあるが、常にそうであるとは限らない。分子は、一連の修飾を受けてもよく、それによって、修飾された分子は各々、続く修飾のための「非修飾」出発分子として役立つ場合がある。
【１２７７】
単分化能：本明細書で用いるように、「単分化能」は、細胞に関していうとき、単一細胞系列をもたらすことを意味する。
ワクチン：本明細書で用いるように、「ワクチン」という句は、特定の疾患に対する免疫を改善する生物学的調製物を指す。
【１２７８】
ウイルスタンパク質：本明細書で用いるように、「ウイルスタンパク質」という句は、ウイルスに由来する任意のタンパク質を意味する。
同等物および範囲
当業者は、常用的実験を使用するだけで、本明細書に記載される本発明の具体的な実施形態の多くの同等物を認識するか、または確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記の説明に限定されるものではなく、添付の特許請求の範囲に記載する通りである。
【１２７９】
特許請求の範囲において、「１つの（不定冠詞：ａｎ、ａ）」、および「その、この（定冠詞：ｔｈｅ）」などの冠詞は、反対の意味が記載されているか、または文脈から別の解釈が明らかであるのでない限り、１つまたは２つ以上を意味し得る。１群の１つまたは複数のメンバーの間に「または」を含む請求項または記載は、反対の意味が記載されているか、または文脈から別の解釈が明らかであるのでない限り、前記群のメンバーの１つ、２つ以上、または全部が、所与の製品または方法に存在する、使用されている、あるいは、それに関連していれば、満たされるとみなされる。本発明は、前記群のメンバーの厳密に１つが、所与の製品または方法に存在する、使用されている、あるいは、それに関連している実施形態を包含する。本発明は、前記群のメンバーの２つ以上、または全部が、所与の製品または方法に存在する、使用されている、あるいは、それに関連している実施形態を包含する。
【１２８０】
また、「含む」という用語は、非限定的であるものとし、追加の要素またはステップの包含を可能にするが、それを必要とするわけではないことが留意される。「含む」という用語が本明細書で用いられる場合、「〜からなる、〜から構成される」という用語も包含され、開示される。
【１２８１】
別に定義されていない限り、本明細書で用いられる全ての技術および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本開示で使用するための方法および材料を本明細書に記載しているが；当技術分野において公知である他の適切な方法および材料も使用してもよい。
【１２８２】
範囲が記載されている場合、両端の値も含まれる。さらに、別段示されているか、または文脈および当業者の理解から別の解釈が明らかであるのでない限り、範囲として表現される値は、本発明の様々な実施形態において記載される範囲内の任意の具体的値または部分範囲を、文脈が明らかに別のことを指示するのでない限り、前記範囲の下限の単位の１／１０まで想定してもよいことが理解されるべきである。
【１２８３】
さらに、従来の技術に含まれる本発明のいずれかの詳細な実施形態は、請求項のいずれか１つまたは複数から明示的に除外され得ることは理解すべきである。このような実施形
態は、当業者には周知であるとみなされることから、その排除が本明細書に明示的に記載されていない場合であっても、これらは除外され得る。本発明の組成物のいずれか詳細な実施形態（例えば、任意の核酸またはそれによりコードされたタンパク質；任意の生成方法；任意の使用方法など）は、あらゆる理由のために、従来技術の存在に関連するか否かにかかわらず、いずれか１つまたは複数の請求項から除外してもよい。
【１２８４】
引用する全ての資料、例えば、本明細書に引用される参考文献、刊行物、データベース、データベースエントリ、および技術は、引用に際して明示していなくても、参照により本出願に組み込むものとする。引用した資料と本出願の記載内容に矛盾が生じる場合には、本明細書の記載内容が優先されるものとする。
【１２８５】
節および表の見出しは、限定を意図するものではない。
（実施例）
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