(57)【要約】  本発明は、ｐａｒＣ、ＫＰＮ０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ０１９５１、ＫＰＮ０１９６１、ＫＰＮ０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ０２１２８、ＫＰＮ０２１４４、ＫＰＮ０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ０２２９８、ＫＰＮ０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ０２１７０、ＫＰＮ０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ０２４４０、ＫＰＮ０２５４０、ＫＰＮ０１７５２、およびＫＰＮ０４１９５、並びに／またはＫＯＸ２６１２５、ＫＯＸ１３３６５、ＫＯＸ１６７３５、ＫＯＸ２５６９５、ＫＯＸ１２２７０、およびＫＯＸ１５０５５の遺伝子における変異を検出することにより、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染を決定する方法；抗生物質耐性クレブシエラ感染を患う患者の処置を選択する方法；および、クレブシエラ属種の細菌微生物の抗生物質耐性プロファイルを決定する方法、並びに、これらの方法で用いられるコンピュータプログラム製品に関する。例示的な方法では、サンプルを、分子検査に用いて、次に、分子フィンガープリントを行う。次に、結果をリファレンスライブラリーと比較して、その結果を報告する。
2017535250.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗菌薬（抗生物質など）処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染を決定する診断方法であって、
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ株による感染を示す、
のステップを含む診断方法。
【請求項２】
潜在的に耐性であるクレブシエラ株による感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質薬など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質薬など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質薬など）を選択すること、
のステップを含む方法。
【請求項３】
クレブシエラ属種がクレブシエラ・ニューモニエであり、ｐａｒＣにおける、特に、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関しては位置３７６３２１０における、少なくとも１つの変異が決定され、および／または、
クレブシエラ属種がクレブシエラ・オキシトカであり、ＫＯＸ＿２６１２５における、特に、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関しては位置５６４５６１１における、少なくとも１つの変異が決定される、請求項１〜２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
１つ以上の抗菌薬（抗生物質薬など）に対するクレブシエラ属の耐性を決定することを包含する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
抗菌薬（抗生物質薬など）がラクタム系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／もしくはＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、および／もしくはＫＯＸ＿１５０５５；かつ／または、
抗菌薬（抗生物質薬など）が、キノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質、および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質、および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／もしくはＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５；かつ／または、
抗菌薬（抗生物質薬など）がアミノグリコシド系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５、
請求項１〜４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６】
抗菌薬（抗生物質薬など）が、アモキシシリン／クラブラン酸カリウム（ＡＵＧ）、アンピシリン（ＡＭ）、アズトレオナム（ＡＺＴ）、セファゾリン（ＣＦＺ）、セフェピム（ＣＰＥ）、セフォタキシム（ＣＦＴ）、セフタジジム（ＣＡＺ）、セフトリアキソン（ＣＡＸ）、セフロキシム（ＣＲＭ）、セファロチン（ＣＦ）、シプロフロキサシン（ＣＰ）、エルタペネム（ＥＴＰ）、ゲンタマイシン（ＧＭ）、イミペネム（ＩＭＰ）、レボフロキサシン（ＬＶＸ）、メロペネム（ＭＥＲ）、ピペラシリン／タゾバクタム（Ｐ／Ｔ）、アンピシリン／スルバクタム（Ａ／Ｓ）、テトラサイクリン（ＴＥ）、トブラマイシン（ＴＯ）、およびトリメトプリム／スルファメトキサゾール（Ｔ／Ｓ）からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該抗生物質薬がＣＦ、ＣＦＴ、ＩＭＰ、ＣＦＺ、ＣＲＭ、ＥＴＰ、ＣＡＸ、ＡＺＴ、Ｐ／Ｔ、ＣＰＥ、ＡＭ、Ａ／Ｓ、ＣＡＺ、ＭＥＲ、ＡＵＧ、ＣＰ、ＬＶＸ、ＧＭ、ＴＯ、ＴＥ、およびＴ／Ｓの少なくとも１つであり、以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５、２３６５６２９、２３７５６９２、２４０２８７１、２４５９３６０、２５１７２７４、２５２１８２９、２５３２０１２、２５４７５３６、２６２９２８３、２６５８４９７、２７０３２８６、２７７４５２１、２８１２９４１、２８３１２３８、２８７５７４５、２８７８８７８、２９２０２４５、２３７９７１６、２２１８３１９、２５０４３４６、２５０５２３０、２５０６８１６、２６４１６３１、２６４６７２８、１７０４７６９、２５２４５６２、２７７２８３９、２６２７３６２、２１２４０１７、２１７４７５４、２２７５８０５、２６６２８１４、２７８４１４８、１９３３７２３、４５９５５５４；かつ／または、
クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該抗生物質薬がＣＦ、ＣＦＺ、ＣＲＭ、ＡＺＴ、ＡＭ、およびＡ／Ｓの少なくとも１つであり、以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１、２８８７４６９、２８８７４７３、３６３１９９０、５５４４６６５、５５４４６６８、２６５２３４５、３２６０５７３；かつ／または、
クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該抗生物質薬がＣＦＴ、ＣＡＸ、Ｐ／Ｔ、ＣＰＥ、ＣＡＺ、ＡＵＧ、ＣＰ、ＬＶＸ、ＴＥ、およびＴ／Ｓの少なくとも１つであり、以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１、
請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
クレブシエラ属の種に属する細菌微生物の、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６、１７、１８、１９、２０または２１個の抗生物質薬に対する耐性が決定される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
核酸配列情報または変異の存在を決定することが、該少なくとも２つの遺伝子の部分的配列または全体の配列を決定することを含む、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
核酸配列情報または変異の存在を決定することが、クレブシエラ属種のゲノムの部分的配列または全体の配列を決定することを含み、該ゲノムの部分的配列または全体の配列が、該少なくとも２つの遺伝子の少なくとも部分的な配列を含む、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
核酸配列情報または変異の存在を決定することが、次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることを含み、好ましくは、クレブシエラ属種の細菌性生物の部分的ゲノム配列または全体のゲノム配列が、次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることにより決定される、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
クレブシエラ属種の細菌性微生物の抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法であって：
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属のリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
クレブシエラ属のゲノム中の抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連する遺伝子部位を決定すること、
を含む方法。
【請求項１３】
抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染を決定する診断方法であって：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）請求項１２の方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、該患者における抗菌薬耐性クレブシエラ株による感染を示す、
のステップを含む診断方法。
【請求項１４】
潜在的に耐性であるクレブシエラ株による感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）請求項１２の方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも１つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬を選択すること、
のステップを含む方法。
【請求項１５】
クレブシエラ属種の細菌性微生物の抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを取得する方法であって：
クレブシエラ属種の臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属のリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、第一のデータセットの遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
第一のデータセットのクレブシエラ属のゲノムにおいて、抗菌薬（抗生物質など）耐性と関連のある遺伝子部位を決定すること、
を含む方法。
【請求項１６】
実行された場合に請求項１２〜１５のいずれかに従う方法を実施するコンピュータ実行可能命令を含む、コンピュータプログラム製品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種（Klebsiella species）による患者の感染を決定する方法、潜在的に耐性であるクレブシエラ株による感染を患う患者の処置を選択する方法、およびクレブシエラ属種の細菌性微生物の抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法、並びに、これらの方法で用いられるコンピュータプログラム製品に関する。
【０００２】
さらに、本発明は、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエについての抗生物質耐性プロファイルを決定する方法、および、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエの抗生物質薬に対する耐性を決定する方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
抗生物質耐性は、薬剤耐性の一形態であり、これにより微生物の亜集団、例えば細菌種のある株が、抗生物質薬に曝されているにもかかわらず生存して繁殖し得る。それは個人の患者にとって重大な健康上の懸念であり、並びに公衆衛生上の主要な問題である。細菌感染のタイムリーな処置は、有効な治療を選択するために、患者から得られた臨床分離株の抗生物質耐性に関する解析を必要とする。一般的に、この目的のために、同定された耐性と、特定の微生物との関連付け（すなわち、ＩＤ）が必要である。
【０００４】
抗細菌薬耐性（ＡＤＲ）は、大きな健康負担を示す。世界保健機関のantimicrobial resistance global report on surveillanceによると、ＡＤＲは、ヨーロッパで年間２５，０００の死、および米国で年間２３，０００の死を引き起こしている。ヨーロッパにおいて、２５０万日の余分な在院日数は、１５億ユーロの社会的コストにつながっている。米国において、２００万件の疾患の直接費用は、２００億ドルの直接費用につながっている。総費用は、実質的にはさらに高いと推定され、最大１．６％国内総生産を減少させている。
【０００５】
クレブシエラ属種は、腸内細菌科に属するグラム陰性桿菌である。クレブシエラ・ニューモニエおよびクレブシエラ・オキシトカは、たいていのヒトの感染症の原因である本属の２つのメンバーである。臨床症候群の範囲（spectrum）には、肺炎、菌血症、血栓性静脈炎、尿路感染症、下痢、上気道感染症、創傷感染症、および髄膜炎が含まれる。クレブシエラ・ニューモニエによる感染は、病院において、早期産児および免疫不全患者などの脆弱な人や、高度医療を受けている人の間で、特によく見られる。クレブシエラ・ニューモニエ院内感染肺炎による死亡率は、基礎疾患（underling condition）の重症度により、また適切な抗細菌薬で処置した際でさえ、脆弱な患者において５０％を超え得る。
【０００６】
2014 WHO Report 「Antimicrobial RESISTANCE: Global Report on Surveillance」によると、大半の国が、第三世代セファロスポリン（通常病院にて重度感染症を処置するために用いられる）に対するクレブシエラ・ニューモニエの３０％を超える耐性を報告している。これは、クレブシエラ・ニューモニエ感染が確認されているか、または、疑われている者に対する処置が、より高いコストと、カルバペネム耐性株のさらなる拡大のリスクとを伴うカルバペネム系薬剤に頼らなければならないことを意味する。該報告により、後者が驚くべき割合であり、いくつかの患者群において、たとえあったとしても、ほとんど代替処置の選択肢を残さないことが見出された。
【０００７】
多剤耐性病原菌により引き起こされる感染症の大幅な増加の進行は、特に病院内において、および、重症疾患の患者にとって、大きな脅威となる。新薬の開発は、長期に渡る費用のかかる事業であり、研究と開発に多くの投資を行うにもかかわらず、最後の数年で停滞する。
【０００８】
広域スペクトルの抗生物質を大量に処方することは、細菌における多剤耐性の進行を促進する。また、部分的に感受性のある抗生物質の適用は、細菌株が課された選択圧に起因して耐性を高めて進化する可能性を高める。それ故に、迅速に患者を階層化して、患者に最適な治療を提供するために、より注意深く抗生物質を選択するための臨床的に適用可能な方法が必要とされている。さらに、遺伝的薬剤耐性メカニズムについての知識の向上が、新薬につながり得る。
【０００９】
一般に、抗菌処置に対する細菌の耐性メカニズムは、かなり相当な部分を、生物の遺伝学に頼っている。個々の遺伝子または分子メカニズムは、細菌のゲノム上、または、異なる細菌間で交換可能なプラスミド上のいずれかでコードされる。最も一般的な耐性メカニズムには、以下が含まれる：
１）排出ポンプは、膜に存在する高親和性逆輸送システムであり、抗生物質を細胞の外へ輸送する。例えば、テトラサイクリンに対する耐性。
２）特定の酵素が、抗生物質の活性を失うように、抗生物質を修飾する。ストレプトマイシンの場合、該抗生物質は、もはやリボソームに結合してタンパク質合成を遮断しないように、化学的に修飾される。
３）抗生物質を分解する酵素が産生され、それにより抗生物質は失活する。例えば、ペニシリナーゼは、ペニシリン分子のβラクタム環を切断するβラクタマーゼ酵素の群である。
【００１０】
その上、いくつかの病原菌は薬剤に対して自然耐性を示す。例えば、ある生物は抗生物質の輸送システムを欠損し得、または、抗生物質分子の標的が該生物に存在しない。
【００１１】
原則として薬剤に感受性である病原菌は、現存する遺伝物質の修飾（例えば、ある感染において、約１億の細菌あたり１つの頻度で生じる、抗生物質耐性についての自然突然変異）または他の起源からの新たな遺伝物質の獲得により、耐性となり得る。一例は遺伝子水平伝播であり、ＤＮＡの小さなパケットに含有された遺伝物質が、同種の個々の細菌間、あるいは異種の個々の細菌間でさえ移動できるプロセスである。遺伝子水平伝播は、形質導入、形質転換、または接合により生じ得る。
【００１２】
概して、抗菌剤に対する感受性／耐性の試験は、異なる濃度の抗菌剤で生物を培養することにより行われる。
【００１３】
今のところ、耐性／感受性試験は、疑わしい細菌の培養物を得て、それを様々な抗生物質薬プロトコールに供し、かつ、細菌が特定の物質の存在下で生育しない場合を決定することにより実行される。この場合、細菌は耐性ではなく（すなわち該抗生物質薬に感受性である）、個々の患者にその治療を施すことができる。
【００１４】
手短に言えば、寒天プレートに、患者のサンプル（例えば、尿、痰、血液、便）を一晩播種する。翌日、個々のコロニーを用いて、培養または質量分析の使用のいずれかにより生物を同定する。同定された生物に基づき、該生物の処置に用いられる薬剤を増加していく濃度で含有する新しいプレートに播種し、さらに１２−２４時間生育させる。生育を阻止する最も低い薬剤濃度（最小発育阻止濃度−ＭＩＣ）を、試験した薬剤に対する感受性／耐性を決定するために用いる。該プロセスは、経験的に患者が処置される期間のうち少なくとも２〜３日の作業日数を要する。結果に至るまでの時間の大幅な減少が、特に生命に関わる疾病の患者において必要とされ、また、抗生物質の広範な誤用を解決するために必要とされる。
【００１５】
近年の技術進歩は、細菌の同定を改善することを約束する。近年の発展には、迅速な細菌同定のためのＰＣＲベースのテストキット(例えば Biomerieux Biofire Tests, Curetis Unyvero Tests)が含まれる。これらのテストにより、非常に限られた数の薬剤に対しては、選択された耐性の遺伝子座の検出が可能であるが、培養によるＡＳＴとの相関関係は提供されない。質量分析は、臨床サンプルにおける病原菌の同定のために、用いられることが増えてきており(例えばBruker Biotyper)、抗生物質に対する感受性／耐性の検出方法を確立するために、研究が続いている。例えば、マトリックス支援レーザー脱離イオン化−飛行時間型（MALDI TOF）質量分析が細菌の検出に、成功裏に応用されているが、本技術の耐性試験への応用は、未だに初期段階である。
【００１６】
遺伝子型タイピング技術における大幅な改善は、新しい種類の遺伝学的抗菌感受性試験を促進した。既に２００２年に、Beerenwinkelおよび共同研究者が、ウイルスゲノムに応じたＨＩＶ−１薬剤耐性の多様性について研究し、４７１の異なる臨床ＨＩＶ分離株でエラー率１５％未満という、彼らの遺伝学的手法の性能の良さを示した(Beerenwinkel, N. et al. Diversity and complexity of HIV-1 drug resistance: a bioinformatics approach to predicting phenotype from genotype. Proc Natl Acad Sci U S A 99, 8271-6 (2002))。これらの発展と一致して、また、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の進歩に駆り立てられて、様々な細菌についての耐性メカニズムの遺伝学的な根拠が現在調査されている。現在、黄色ブドウ球菌、結核菌、肺炎連鎖球菌またはクレブシエラ・ニューモニエなどの様々なグラム陰性細菌およびグラム陽性細菌が解析されている。
【００１７】
これらのいくつかの薬剤に対して、少なくとも２つの標的が指定されることが知られており、例えば、シプロフロキサシン(ドラッグバンク ID 00537; http://www.drugbank.ca/drugs/DB00537)の場合、標的にはＤＮＡトポイソメラーゼＩＶ、ＤＮＡトポイソメラーゼＩＩおよびＤＮＡジャイレースが含まれる。個々の第二の標的は未だ同定されていないが、他の薬剤についてもまた、同様であることが期待され得る。一般的な制御の場合、関連する遺伝子部位は共に、共通の相関関係または冗長性を天然に示すであろう。
【００１８】
薬剤耐性は、遺伝子多型と関連し得ることが知られている。このことは、耐性試験が確立された臨床診療である、ウイルスにも適用できる（例えばＨＩＶ遺伝子型タイピング）。最近になって、微生物において、および、例えばいくつかの細胞増殖抑制剤に対する腫瘍耐性が遺伝的変異と関連し得るヒトなどの高等生物においてさえ、耐性がまた、遺伝的な原因を有することが示されてきている。
【００１９】
Wozniak et al. (BMC Genomics 2012, 13(Suppl 7):S23)は、遺伝子型および表現型データに基づく黄色ブドウ球菌の薬剤耐性の遺伝的決定因子を開示している。Stoesser et al.は、全ゲノム配列データを用いた、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエ分離株の抗菌薬感受性の予測を開示している(J Antimicrob Chemother 2013; 68: 2234-2244)。
【００２０】
Chewapreecha et al (Chewapreecha et al (2014) Comprehensive Identification of single nucleotid polymorphisms associated with beta-lactam resistance within pneumococcal mosaic genes. PLoS Genet 10(8): e1004547)は、グラム陽性肺炎連鎖球菌（Streptococcus Pneumonia）における変異を同定するために、比較法を用いた。
【００２１】
クレブシエラ属種による感染症の迅速かつ正確な検出、および、抗菌薬治療への応答の予測は、未だ対処されていない高い臨床的必要性となっている。さらに、現在の治療法を個別化し、また、新薬を開発するために、病原菌の遺伝的多様性の理解は極めて重要である。
【００２２】
本必要性は、本発明によって対処されるものである。
【発明の概要】
【００２３】
本発明者は、分子検査を用いて、抗菌薬に対する細菌の感受性／耐性を検出することに用いられ得る試験を開発する目的で、クレブシエラ属の臨床分離株の大規模コホートの全ゲノムシーケンシングを行い、遺伝的変異プロファイルを古典的な培養による抗菌薬感受性試験と比較することによって、本必要性に対処した。
【００２４】
本発明者は、抗菌薬（抗生物質など）に感受性、あるいは、耐性のいずれかである、クレブシエラ属種の微生物のゲノムについて、詳細な研究を行った。本情報に基づき、ヌクレオチドレベルの個々の遺伝子または変異に基づき、クレブシエラ株の耐性パターンについて詳細な解析を提供することが、今や可能である。本解析には、個々の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性、並びにそれらのクラスターの同定が含まれる。これにより、単一の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性のみならず、抗菌薬（抗生物質など）の群、例えばラクタム系およびキノロン系抗生物質、あるいは、さらに全ての関連抗生物質薬に対する耐性の決定もまた可能となる。
【００２５】
それ故、本発明は、患者におけるクレブシエラ感染の処置のための抗生物質などの適切な抗菌薬の選択を大幅に容易にし、ひいては診断および処置の質を大きく改善するであろう。
【００２６】
第一の局面によると、本発明は、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ感染を決定する方法としても記載され得る、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染を決定する診断方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）以下の表１ａおよび／または表１ｂ、または表２ａおよび／または表２ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ株による感染を示す、
のステップを含む診断方法を開示している。
【００２７】
本明細書における、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染は、該クレブシエラ属種が特定の抗菌薬による処置に感受性であるかどうか、または、該クレブシエラ属種が該抗菌薬に耐性であるかどうかが不明であるクレブシエラ属種による患者の感染を意味する。
【表１】
2017535250.tif 000003
【表２】
2017535250.tif 000004
【００２８】
上述のステップｂ）、並びに対応するステップにおいて、少なくとも２つの遺伝子における少なくとも１つの変異が決定され、そのため、合計で少なくとも２つの変異が決定され、該２つの変異は異なる遺伝子に存在する。
【表３】
2017535250.tif 000005
【表４】
2017535250.tif 000006
【００２９】
第二の局面によると、本発明は、潜在的に耐性であるクレブシエラ株による感染、例えば、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）上述の表１または表２に挙げられる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ感染の処置に好適である１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【００３０】
本発明の第三の局面は、クレブシエラ属種の細菌性微生物の抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法であって：
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属のリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること（assembling）；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
クレブシエラ属のゲノム中の抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連する遺伝子部位を決定すること、
を含む方法に関する。
【００３１】
その上、本発明は、第四の局面において、クレブシエラ属の種（species Klebsiella）に属する細菌微生物の抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法であって、
ａ）該細菌性微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面に従う方法により決定される、細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における変異の存在を決定すること；
ここで、変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す、
のステップを含む方法に関する。
【００３２】
さらに、本発明は、第五の局面において、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種による患者の感染を決定する診断方法であって、第一の局面と同様に、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面に従う方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ感染を示す、
のステップを含む診断方法を開示している。
【００３３】
第六の局面において、潜在的に耐性であるクレブシエラ株による感染、例えば、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面に従う方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法もまた、開示されている。
【００３４】
本発明の第七の局面は、クレブシエラ属種の細菌性微生物について抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを取得し、それぞれ決定する方法であって：
クレブシエラ属種の臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種の複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属のリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、第一のデータセットの遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
；第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
第一のデータセットのクレブシエラ属のゲノムにおいて、抗菌薬（抗生物質など）耐性と関連のある遺伝子部位を決定すること、
を含む方法に関する。
【００３５】
第八の局面によると、本発明は、実行された場合に、本発明の第三、第四、第五、第六または第七の局面に従う方法を実施する実行可能命令を含むコンピュータプログラム製品を開示している。
【００３６】
本発明のさらなる局面および実施形態が、特許請求の範囲の従属項において開示されており、かつ、以下の記述、図面および実施例から理解され得るが、これらに限定されない。
【図面の簡単な説明】
【００３７】
添付の図面は、本発明の実施形態を説明して、そのさらなる理解を伝えるべきである。明細書と関連して、それらは本発明の概念と原理の説明としての役割を果たす。他の実施形態および上述した利点の多くは、図面と関連して導かれ得る。図面の各要素は、必ずしも同じ縮尺で記載されていない。同一の、機能的に同等の、および同等に作用する特徴および構成成分は、特記しない限り、図面中の各図において、同じ参照番号で表されている。
【００３８】
【図１】本発明の方法による診断テストのための、読み取り概念（read out concept）を模式的に示す。
【図２】フィッシャーの直接検定の算出のための例示的な分割表と、実施例、特に実施例２における、精度、感度、特異度、陽性的中率（ＰＰＶ）および陰性的中率（ＮＰＶ）の測定値を示す。数字は、大腸菌におけるアミノ酸置換Ｓ８３Ｌ（ＧｙｒＡ）およびシプロフロキサシンに対して与えられたものである。
【図３】実施例、特に実施例２における、ＧｙｒＡ（Ｓ８３、Ｄ８７）およびＰａｒＣ（Ｓ８０）に変異を有さない大腸菌サンプル、ＧｙｒＡにいずれか１つの変異を有しＰａｒＣに変異を有さない大腸菌サンプル、ＧｙｒＡに両方の変異を有しＰａｒＣに変異を有さない大腸菌サンプル、または３つ全ての変異を有する大腸菌サンプルについての、シプロヘキサシンに対する平均のＭＩＣ値の概要を示す。
【図４】実施例、特に実施例２に関して、以下を示す：パネルＡ：最多数の有意な部位を有する大腸菌遺伝子の棒グラフ。パネルＢ．少なくとも３つの薬剤と相関する部位を最多数有する遺伝子を詳述する棒グラフ。パネルＣ．遺伝子における有意な部位の総数の関数として、少なくとも３つの薬剤と相関する有意な部位の数を各遺伝子について示す散布図。パネルＤ．ｙｊｇＮについての遺伝子に沿ったプロット。遺伝子配列に沿った有意な部位をドットで示し、ｙ軸は個々の部位に対して有意な薬剤クラスの数を示している。下には、該膜貫通タンパク質の、いわゆるスネークプロットを示し、影響を受けたアミノ酸は色付けされている。
【図５】実施例、特に実施例２に関して、以下を示す：パネルＡ：薬剤を四角形で示し、個々の薬剤についての耐性が示されている場合に、より高い、または低いカバー率（coverage）を有する大腸菌遺伝子を円で示している、ネットワーク図。パネルＢおよびＣ：染色体に沿ったプロットの２つの例。
【発明を実施するための形態】
【００３９】
本発明の詳細な説明
定義
他に規定されない限り、本明細書で用いられる技術的および科学的用語は、本発明が属する分野の当業者により、通常理解されるのと同じ意味を有する。
【００４０】
本発明における「抗菌薬」は、抗生物質、抗真菌薬、抗原虫薬、および抗ウイルス薬を含む薬の群を指す。いくつかの実施形態によると、該抗菌薬は抗生物質である。
【００４１】
「核酸分子」という用語は、規定の配列を有するポリヌクレオチド分子を指す。核酸分子は、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ヌクレオチドアナログ分子、並びに、それらの組み合わせおよび誘導体、例えばヌクレオチドアナログが組み込まれているＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子またはｃＤＮＡなどを含む。
【００４２】
「核酸配列情報」という用語は、配列そのもの、または配列におけるリファレンスシーケンスと比較した変化などの、核酸分子の配列に由来し得る情報に関する。
【００４３】
「変異」という用語は、配列におけるリファレンスシーケンスと比較した変化に関する。このリファレンスシーケンスは、優勢な野生型生物または参照生物、例えば、規定された既知の細菌株または亜系において決定された配列であり得る。変異は、例えば、１つもしくは複数のヌクレオチドの欠失、１つもしくは複数のヌクレオチドの挿入、または１つもしくは複数のヌクレオチドの置換、１つもしくは一連の複数のヌクレオチドの重複、１つもしくは一連の複数のヌクレオチドの転座、および、特に、一塩基多型（ＳＮＰ）である。
【００４４】
本発明の文脈において、「サンプル」は、細菌微生物由来の少なくとも１つの核酸分子を含むサンプルである。サンプルの例は：細胞、組織、体液、生検試料、血液、尿、唾液、血漿、血清、細胞培養上清、拭き取りサンプルおよび他のサンプルである。いくつかの実施形態によると、該サンプルは患者のサンプル（臨床分離株）である。
【００４５】
次世代シーケンシングと呼ばれる、核酸シーケンシングの新しい高効率な方法が、大規模なゲノム解析の可能性を開いた。「次世代シーケンシング」または「ハイスループットシーケンシング」という用語は、配列決定プロセスを並列化し、数千または数百万の配列を一度に作成する高処理量の配列決定技術を指す。例には、Massively Parallel Signatureシーケンシング(MPSS)、Polonyシーケンシング、454ピロシーケンシング、Illumina(Solexa)シーケンシング、SOLiDシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、Helioscope(商標)単分子シーケンシング、Single Molecule SMRT（商標）シーケンシング、単分子リアルタイム(RNAP)シーケンシング、Nanopore ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、アンプリコンシーケンシング、GnuBioが含まれる。
【００４６】
本記述の範囲内において、「微生物（microorganism）」という用語は、微生物（microbe）という用語を含む。微生物のタイプは、他に断りの無い限り、または明らかでない限り、特に限定されず、例えば、細菌、ウイルス、真菌、微細な藻類および原生生物、並びにこれらの組み合わせが含まれる。いくつかの局面によると、微生物は、１つ以上のクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを指す。
【００４７】
本記述の微生物という言及には、１つの微生物並びに複数の微生物、例えば２、３、４、５、６つ以上の微生物という言及が含まれる。
【００４８】
本発明内の脊椎動物は、椎骨を有する動物を指し、ヒトを含む哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、および魚類を含む。本発明は従って、ヒトの医療のみならず動物の医療にもまた好適である。
【００４９】
いくつかの実施形態によると、本方法における患者は脊椎動物であり、より好ましくは哺乳動物であり、最も好ましくはヒト患者である。
【００５０】
本発明が例示的に詳細に記載される前に、本明細書に記載される方法が変化してもよいように、本発明が、その方法のプロセスステップの特定の構成部分に限定されないことは、理解されるべきである。本明細書で用いられる用語は、特定の実施形態を記述することのみを目的とし、限定することは意図されていないこともまた、理解されるべきである。明細書および添付の特許請求の範囲で用いられる場合、文脈が明らかに他に指示しない限り、単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」には、単数形および／または複数形の指示対象が含まれることは、注意する必要がある。例えば、本明細書で用いられる場合、「ａ」という用語は、単一の実体として、あるいは「１つ以上の」実体の意味で、理解され得る。文脈が明らかに他に指示しない限り、複数形には単数形および／または複数形の指示対象が含まれることもまた、理解されるべきである。さらに、数値により境界を定めたパラメーター範囲が与えられる場合、該範囲はこれらの境界値を含むと見なされることは、理解されるべきである。
【００５１】
抗菌薬（抗生物質など）の投与量については、ヒトの医学および獣医学における薬理学の確立された原理が参照される。例えば、Forth, Henschler, Rummel "Allgemeine und spezielle Pharmakologie und Toxikologie", 9th edition, 2005は、ガイドラインとして用いられてよい。すぐに使える医薬品の製剤については、「Remington, The Science and Practice of Pharmacy」, 22nd edition, 2013が参照される。
【００５２】
遺伝子配列のアセンブリングは、任意の既知の方法により実行され得、特に限定されない。
【００５３】
いくつかの実施形態によると、アライメントを用いて見出された変異はまた、アライメントを用いない方法と、例えば、アセンブリングにより見出されたコンティグに基づいて、比較または適合され得る（例えば、一塩基置換を検出するために）。例えば、シーケンシングから得られた読み取りデータを、コンティグにアセンブリングし得、コンティグを相互に比較し得る。
【００５４】
第一の局面によると、本発明は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの株による感染を示す、
のステップを含む、診断方法に関する。
【００５５】
いくつかの実施形態によると、第一の局面の方法は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエ感染を決定する方法としても記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエの株による感染を示す、
のステップを含む、診断方法に関する。
【００５６】
いくつかの実施形態によると、第一の局面の方法は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカの株による感染を示す、
のステップを含む、診断方法に関する。
【００５７】
本方法並びに本発明の他の方法において、該サンプルは任意の方法で、好ましくは非侵襲的に、提供するか、得てよく、例えば、インビトロサンプルとして提供するか、インビトロサンプルとして調製してよい。
【００５８】
いくつかの局面によると、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子における変異が、本発明の方法のいずれかにおいて決定され、例えば、少なくとも２個の遺伝子または少なくとも３個の遺伝子における変異が決定される。単一の遺伝子または変異のみを試験する代わりに、いくつかの変異の位置を組み合わせることは、予測精度を改善し、さらに、他の要因により影響を受ける擬陽性の結果を減らし得る。従って、表１または表２から選択された２、３、４、５、６、７、８、または９個（またはそれ以上）の遺伝子における変異の存在を決定することが特に好ましい。
【００５９】
特にクレブシエラ・ニューモニエについての上記遺伝子、すなわち表１ａおよび２ａにも示される遺伝子について、少なくとも１つの抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性の最高の確率を観測し得、ｐ値が１０−９０より小さく、特に１０−１００より小さく、特に１０−１１０より小さく、値の有意性が高いことを示した（ｎ＝１１７６；α＝０．０５）。特にクレブシエラ・オキシトカについての上記遺伝子、すなわち表１ｂおよび２ｂにも示される遺伝子について、少なくとも１つの抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性の最高の確率を観測し得、ｐ値が１０−３０より小さく、特に１０−４０より小さく、値の有意性が高いことを示した（ｎ＝４００；α＝０．０５）。
【００６０】
表１ａおよび２ａに関する詳細は、実施例に開示されている表３ａおよび４ａ、４ｂ、４ｃから理解することができ、表１ｂおよび２ｂに関する詳細は、実施例に開示されている表３ｂおよび４ｄ、４ｅ、４ｆから理解することができる。
【００６１】
変異を有する少なくとも２つの遺伝子が決定されると、高確率の抗菌薬（抗生物質など）耐性が決定され得る。表１ａおよび１ｂは、それによって、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムにおいて変異が観察された５０個の最良の遺伝子を表し、一方表２ａおよび２ｂの遺伝子は、以下に記載されるように、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカについての抗菌薬（抗生物質など）感受性試験において、相互相関関係が観察された最良の遺伝子を表している。
【００６２】
いくつかの実施形態によると、本方法並びに本発明の他の方法において、該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供することは、以下を含み得る：
ヒトなどの脊椎動物のサンプルを提供し、または得て、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列などの核酸配列を、核酸を記録するための既知の方法により記録するが、これらに特に限定されるものではない。例えば、核酸はシーケンシング法により記録され得、ここではいずれのシーケンシング法も適しており、特に、少なくとも１つの目的の微生物、特に少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの、核酸および／または核酸フラグメントおよび／またはその一部を含む、サンプル中に短時間含有される核酸および／または核酸フラグメントおよび／またはその一部について、サンプル中、例えば血液サンプル中の多数の構成成分が解析され得るシーケンシング法が適している。例えば、シーケンシングは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、特に多重ＰＣＲ、またはハイスループットシーケンシング、または次世代シーケンシングを用いて実行され得、好ましくは、ハイスループットシーケンシングを用いて実行され得る。好ましくは、シーケンシングのために、インビトロのサンプルが用いられる。
【００６３】
シーケンシングにより得られたデータは、任意のフォーマットであってよく、これを用いて、既知の方法、例えば、フィンガープリント法、ゲノム比較、および／または、１つ以上の目的の微生物の種の、少なくとも１つ以上のゲノム、すなわちリファレンスゲノムに対するアライメントなどにより、同定すべき微生物、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの核酸を、従って遺伝子を、同定する。かくして、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカについてアライメントした遺伝子の第三のデータセットを形成し、他の起源、例えば脊椎動物由来の余分なデータを廃棄する。リファレンスゲノムは特に限定されず、いくつかのデータベースから取得されてよい。微生物に応じて、異なるリファレンスゲノムまたは２つ以上のリファレンスゲノムがアライメントに用いられてよい。リファレンスゲノム、並びに、他の種、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノム由来のデータもまた用いることで、様々な種、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのサンプルのそれぞれの種および集団全体について、遺伝子の変異が得られ得る。
【００６４】
例えば、ゲノムワイド関連解析において、目的のポイント、例えば変異を、ある一定のリファレンスに対して参照させることは、標準化の強化のために有用である。高いゲノムの一貫性と個人間で９９％同一の配列を有するヒトの場合、対応するリファレンスゲノムがデータベースで利用可能であるため、このことは容易であり、標準的である。しかし、感染性疾病を引き起こす生物（例えば、細菌およびウイルス）の場合、このことははるかに難しい。１つの可能性は、ある属の全配列を含有する仮想上の汎用ゲノムに頼ることである。さらなる可能性は、全ての利用可能なリファレンスの解析であるが、これははるかに複雑である。この場合、データベース（例えばRefSeq）からｎ個全てのリファレンスを抽出し、新たにシーケンシングされた細菌ゲノムｋと比較する。その後、マトリックス（マッピングされた読み取りデータの％、網羅されたゲノムの％）を適用し、どのリファレンスが全ての新しい細菌に最適であるかを推定する。しかし、ｎ×ｋの完全なアライメントが実行される。とはいえ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの場合のように、多数のリファレンスがあれば、安定した結果を得ることができる。
【００６５】
いくつかの実施形態によると、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムを、１つのリファレンスゲノムに参照させる。しかしながら、他の微生物に対しては２つ以上のリファレンスゲノムが用いられることは除外されない。本方法において、いくつかの実施形態によると、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエのリファレンスゲノムは、ＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿００９６４８であり、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムは、ＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿０１６６１２である。該リファレンスゲノムは、配列表として本願に添付されている。
【００６６】
１つのリファレンスシーケンスは、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエの株ＮＣ＿００９６４８(http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?refseq+NC_009648)から取得された。
LOCUS  NC_009648  5315120 bp  DNA  circular CON 07-FEB-2015
DEFINITION  Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578, complete sequence.
ACCESSION   NC_009648
VERSION     NC_009648.1  GI:152968582
DBLINK      BioProject: PRJNA224116
BioSample: SAMN02603941
Assembly: GCF_000016305.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
ORGANISM  Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Klebsiella.
REFERENCE   1  (bases 1 to 5315120)
AUTHORS   McClelland,M., Sanderson,E.K., Spieth,J., Clifton,W.S., Latreille,P., Sabo,A., Pepin,K., Bhonagiri,V., Porwollik,S., Ali,J. and Wilson,R.K.
CONSRTM   The Klebsiella pneumonia Genome Sequencing Project
TITLE     Direct Submission
JOURNAL   Submitted (06-SEP-2006) Genetics, Genome Sequencing Center, 4444 Forest Park Parkway, St. Louis, MO 63108, USA
【００６７】
もう１つのリファレンスシーケンスは、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカの株ＮＣ＿０１６６１２(http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?refseq+NC_016612)から取得された。
LOCUS  NC_016612  5974109 bp  DNA  circular CON 07-FEB-2015
DEFINITION  Klebsiella oxytoca KCTC 1686, complete genome.
ACCESSION   NC_016612
VERSION     NC_016612.1  GI:375256816
DBLINK      BioProject: PRJNA224116
BioSample: SAMN02603580
Assembly: GCF_000240325.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Klebsiella oxytoca KCTC 1686
ORGANISM  Klebsiella oxytoca KCTC 1686
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Klebsiella.
REFERENCE   1  (bases 1 to 5974109)
AUTHORS   Shin,S.H., Kim,S., Kim,J.Y., Lee,S., Um,Y., Oh,M.K., Kim,Y.R., Lee,J. and Yang,K.S.
TITLE     Complete genome sequence of Klebsiella oxytoca KCTC 1686, used in production of 2,3-butanediol
JOURNAL   J. Bacteriol. 194 (9), 2371-2372 (2012)
PUBMED   22493189
REFERENCE   2  (bases 1 to 5974109)
AUTHORS   Shin,S.H., Kim,S., Kim,J.Y., Yang,K.-S. and Seo,J.-S.
TITLE     Direct Submission
JOURNAL   Submitted (21-DEC-2011) Life Science Institute, Macrogen Inc., 10F, World Meridian Center, 60-24, Gasan-dong, Kumchun-gu, Seoul 153-781, Republic of Korea
【００６８】
または、あるいはさらに、第一のデータセットの遺伝子配列は、少なくとも部分的に、既知の方法で、例えば、新規アセンブリングまたはマッピングによるアセンブリングにより、アセンブリングされ得る。該配列アセンブリングは特に限定されず、任意の既知のゲノムアセンブラが用いられ得、例えばSanger, 454, Solexa, Illumina, SOLid technologiesに基づくものなど、並びにそれらのハイブリッド（hybrid）／ミクスチャー（mixture）が、用いられ得る。
【００６９】
いくつかの実施形態によると、目的の微生物、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカと異なる起源の核酸データは、目的の核酸が同定された後に、例えば、該データをフィルタリングして除くことにより取り除かれよい。これらのデータには、例えば、患者、例えばヒトなどの脊椎動物、および／または他の微生物などの核酸が含まれ得る。これは、例えば、Meyerson et al. 2002により開発されたコンピュータによる減算により行われ得る。このために、脊椎動物などのゲノムに対してアライメントすることもまた可能である。アライメントのために、いくつかのアライメントツールが利用可能である。このように該サンプルからの元のデータ量は、大幅に減少させ得る。
【００７０】
また、これらの「余分な」データの除去の後、フィンガープリンティングおよび／またはアライメント、および／またはアセンブリングなどが、上述のように実行され得、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカについてアライメントされた、および／またはアセンブリングされた遺伝子の第三のデータセットを形成する。
【００７１】
これらの技術を用いて、目的の微生物、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの、変異を有する遺伝子が、様々な種について獲得され得る。
【００７２】
これらの同じ種を、例えば以下に記載したように、例えば、抗菌薬（抗生物質など）取り込みを伴うプレート上での標準的な培養方法を用いて、多くの抗菌薬（抗生物質など）に対する抗菌薬（抗生物質など）感受性について試験した場合、これらの抗菌薬（抗菌物質など）感受性試験の結果を、個々の微生物、例えばクレブシエラ属、特にレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムにおける変異と相互参照／相関させ得る。いくつかの、例えば５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、１０００以上、１１００以上の異なる微生物の種、例えば異なるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを用いて、これらの数の種について得られた変異と抗菌薬（抗生物質など）感受性との相互参照データについて、既知の方法を用いて統計解析が実行され得る。
【００７３】
培養方法に関しては、サンプルは、例えば一晩培養され得る。翌日、培養または質量分析の使用のいずれかにより生物を同定するために、個々のコロニーを用いることができる。同定された生物に基づき、該生物の処置に用いられる抗生物質を増加していく濃度で含有する新しいプレートに播種し、さらに１２−２４時間生育させる。生育を阻止する最も低い薬剤濃度(最小発育阻止濃度−ＭＩＣ)を用いて、試験した抗生物質に対する感受性／耐性を決定できる。
【００７４】
核酸／遺伝子変異と、抗菌薬（抗生物質など）耐性との相関づけは、通常の方法で実行され得、特に限定されない。例えば、耐性は特定の遺伝子または遺伝子上の特定の変異、例えばＳＮＰと相関し得る。相関づけの後、統計解析が実行され得る。
【００７５】
その上、遺伝子変異と抗菌薬（抗生物質など）耐性との相関関係の統計解析は、特に限定されず、例えばデータ量に応じて、様々な方法で実行され得、例えば、分散分析（ＡＮＯＶＡ）またはスチューデントｔ検定を用いて、例えば、サンプルサイズｎが５０、１００、２００、２５０、３００、３５０、１０００または１１００で、および、例えば０．０５以下の有意水準（αエラーレベル）、例えば、０．０５、好ましくは０．０１以下の有意水準で、実行され得る。統計値は、ゲノム上の各遺伝子および／または各位置について、並びに、試験した全ての抗生物質、抗生物質の群または単一の抗生物質について、獲得され得る。獲得したｐ値はまた、必要であれば、統計的誤差に適応され得る。
【００７６】
統計的に適切な結果のために、多数の個体がサンプリングされるべきであり、ｎ＝５０、１００、２００、２５０、３００、３５０、１０００または１１００で、および例えば０．０５以下の有意水準（αエラーレベル）、例えば、０．０５、好ましくは０．０１以下の有意水準でサンプリングされるべきである。いくつかの実施形態によると、特に有意な結果は、ｎ＝２００、２５０、３００、３５０、１０００または１１００について獲得され得る。
【００７７】
統計的に適切な結果のために、多数の個体がサンプリングされるべきであり、ｎ＝５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、１０００以上または１１００以上で、および例えば０．０５以下の有意水準（αエラーレベル）、例えば、０．０５、好ましくは０．０１以下の有意水準でサンプリングされるべきである。いくつかの実施形態によると、特に有意な結果は、ｎ＝２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、１０００以上または１１００以上について獲得され得る。
【００７８】
上記手順が、１１００を超える、例えば１１７６の、および／または３５０を超える、例えば４００の、個々のクレブシエラ属の種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのそれぞれについて実行された後、表１ａおよび１ｂおよび２ａおよび２ｂに開示されたデータが、遺伝子変異と抗菌薬（抗生物質など）耐性との最良の相関関係について獲得された。このようにして、これらの遺伝子における変異が、抗菌薬（抗生物質など）耐性に対する有効なマーカーであることが証明された。
【００７９】
さらなる局面によると、本発明は、第二の局面において、潜在的に耐性であるクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの株による感染を患う、例えば抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【００８０】
いくつかの実施形態によると、第二の局面の方法は、潜在的に耐性であるクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエの株による感染を患う、例えば、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【００８１】
いくつかの実施形態によると、第二の局面の方法は、潜在的に耐性であるクレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカの株による感染を患う、例えば、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【００８２】
本方法において、サンプルを得るか、あるいは提供するステップａ）、および、少なくとも１つの変異の存在を決定するステップｂ）は、第一の局面の方法にある通りである。
【００８３】
ステップｃ）で同定された少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）は、ステップｂ）で得た結果に基づいて、該変異に相関する抗菌薬（抗生物質など）に対応する。これらの抗菌薬（抗生物質など）が除外されると、残りの抗菌薬（抗生物質薬／抗生物質など）は、処置に好適であるものとして、ステップｄ）において選択され得る。
【００８４】
本明細書において、第一および第二の局面に対する参照はまた、それらが適用されないことが文脈から明らかでない限り、同一の遺伝子に関して、第十四、第十五、第十六および第十七の局面にも適用される。
【００８５】
いくつかの実施形態によると、第一または第二の局面の方法において、該クレブシエラ属種はクレブシエラ・ニューモニエであり、ｐａｒＣにおける、特に、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関しては位置３７６３２１０における、少なくとも１つの変異が決定される。これらの変異に対して、抗菌薬（抗生物質など）耐性と特に関連のある相関関係が決定され得る。具体的には、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関する位置３７６３２１０における変異は、非同義置換、特にコドン変化ａＧｃ／ａＴｃをもたらす。
【００８６】
いくつかの実施形態によると、第一または第二の局面の方法において、該クレブシエラ属種はクレブシエラ・オキシトカであり、ＫＯＸ＿２６１２５における、特に、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関しては位置５６４５６１１における、少なくとも１つの変異が決定される。これらの変異に対して、抗菌薬（抗生物質など）耐性と特に関連のある相関関係が決定され得る。具体的には、ＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関する位置５６４５６１１における変異は、非同義置換、特にコドン変化ａＣｔ／ａＴｔをもたらす。
【００８７】
いくつかの実施形態によると、第一または第二の局面の方法における、並びに、本発明の他の方法における、抗菌薬（抗生物質など）は、βラクタム系、βラクタム阻害剤、キノリン系およびそれらの誘導体、アミノグリコシド系、ポリケチド系、それぞれテトラサイクリン系、および葉酸合成阻害剤の群から選択される少なくとも１つである。
【００８８】
本発明の方法において、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性は、いくつかの実施形態に従い決定され得る。
【００８９】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）は、ラクタム系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／もしくはＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、および／もしくはＫＯＸ＿１５０５５。
【００９０】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、抗菌薬（抗生物質など）は、ラクタム系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【００９１】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、抗菌薬（抗生物質など）は、ラクタム系抗生物質から選択され、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、および／またはＫＯＸ＿１５０５５。
【００９２】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）は、キノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質、および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質、および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５、および／またはＫＯＸ＿２６１２５。
【００９３】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、抗菌薬（抗生物質など）は、キノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質、および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質、および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【００９４】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、抗菌薬（抗生物質など）は、キノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質、および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質、および／またはベンゼン由来/スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ＫＯＸ＿２６１２５。
【００９５】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）はアミノグリコシド系抗生物質から選択され、また、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【００９６】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、抗菌薬（抗生物質など）はアミノグリコシド系抗生物質から選択され、また、以下の遺伝子における変異の存在が決定される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【００９７】
いくつかの実施形態によると、抗菌薬は、抗生物質／抗生物質薬である。
【００９８】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、核酸配列情報または変異の存在を決定することは、ある遺伝子において、単一の位置において、単一のヌクレオチドの存在を決定することを含む。従って、本発明は、一塩基多型または単一のヌクレオチド位置における変異の存在を検出する方法を含む。
【００９９】
いくつかの実施形態によると、抗生物質薬は、本発明の方法において、アモキシシリン／クラブラン酸カリウム（ＡＵＧ）、アンピシリン（ＡＭ）、アズトレオナム（ＡＺＴ）、セファゾリン（ＣＦＺ）、セフェピム（ＣＰＥ）、セフォタキシム（ＣＦＴ）、セフタジジム（ＣＡＺ）、セフトリアキソン（ＣＡＸ）、セフロキシム（ＣＲＭ）、セファロチン（ＣＦ）、シプロフロキサシン（ＣＰ）、エルタペネム（ＥＴＰ）、ゲンタマイシン（ＧＭ）、イミペネム（ＩＭＰ）、レボフロキサシン（ＬＶＸ）、メロペネム（ＭＥＲ）、ピペラシリン／タゾバクタム（Ｐ／Ｔ）、アンピシリン／スルバクタム（Ａ／Ｓ）、テトラサイクリン（ＴＥ）、トブラマイシン（ＴＯ）、およびトリメトプリム／スルファメトキサゾール（Ｔ／Ｓ）からなる群から選択される。
【０１００】
本発明者は、驚くべきことに、いくつかの遺伝子における変異が、１つの抗菌薬（抗生物質など）に対してのみならず、いくつかの薬を含む群に対しても耐性を示すことを見出した。
【０１０１】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はラクタム系抗生物質より選択され、また以下の遺伝子の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【０１０２】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ｂおよび／または表２ｂ、特に表２ｂに由来し、該抗生物質薬はラクタム系抗生物質より選択され、また以下の遺伝子の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、および／またはＫＯＸ＿１５０５５。
【０１０３】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はキノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また以下の遺伝子の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【０１０４】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ｂおよび／または表２ｂ、特に表２ｂに由来し、該抗生物質薬はキノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また以下の遺伝子の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：ＫＯＸ＿２６１２５。
【０１０５】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はアミノグリコシド系抗生物質から選択され、また以下の遺伝子の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、および／またはＫＰＮ＿０４１９５。
【０１０６】
特定の抗菌薬（抗生物質など）について、高い統計学的有意性が観察される上記遺伝子の特定の位置が決定され得る。本発明者は、抗生物質に対して耐性を示す上記遺伝子とは別に、一塩基多型（＝ＳＮＰ）もまた、規定された抗生物質薬に対する耐性の存在にとって高度な有意性を有し得ることを見出した。ヌクレオチドレベルでのこれらの遺伝子多型の解析は、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカにおける、抗菌薬（抗生物質など）に対する薬剤耐性の決定をさらに改善し、加速し得る。
【０１０７】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はラクタム系抗生物質より選択され、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５、２３６５６２９、２３７５６９２、２４０２８７１、２４５９３６０、２５１７２７４、２５２１８２９、２５３２０１２、２５４７５３６、２６２９２８３、２６５８４９７、２７０３２８６、２７７４５２１、２８１２９４１、２８３１２３８、２８７５７４５、２８７８８７８、２９２０２４５、２３７９７１６、２２１８３１９、２５０４３４６、２５０５２３０、２５０６８１６、２６４１６３１、２６４６７２８、１７０４７６９、２５２４５６２、２７７２８３９、２６２７３６２、２１２４０１７、２１７４７５４、２２７５８０５、２６６２８１４、２７８４１４８、１９３３７２３、４５９５５５４。
【０１０８】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ｂおよび／または表２ｂ、特に表２ｂに由来し、該抗生物質薬はラクタム系抗生物質より選択され、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１、２８８７４６９、２８８７４７３、３６３１９９０、５５４４６６５、５５４４６６８、２６５２３４５、３２６０５７３。
【０１０９】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はキノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質および／またはベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５、２３６５６２９、２３７５６９２、２４０２８７１、２４５９３６０、２５１７２７４、２５２１８２９、２５３２０１２、２５４７５３６、２６２９２８３、２６５８４９７、２７０３２８６、２７７４５２１、２８１２９４１、２８３１２３８、２８７５７４５、２８７８８７８、２９２０２４５、２３７９７１６、２２１８３１９、２５０４３４６、２５０５２３０、２５０６８１６、２６４１６３１、２６４６７２８、１７０４７６９、２５２４５６２、２７７２８３９、２６２７３６２、２１２４０１７、２１７４７５４、２２７５８０５、２６６２８１４、２７８４１４８、１９３３７２３、４５９５５５４。
【０１１０】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ｂおよび／または表２ｂ、特に表２ｂに由来し、該抗生物質薬はキノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質および／またはポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質および／またはベンゼン由来/スルフォンアミド系抗生物質から選択され、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１。
【０１１１】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該遺伝子は表１ａおよび／または表２ａ、特に表２ａに由来し、該抗生物質薬はアミノグリコシド系抗生物質から選択され、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５、２３６５６２９、２３７５６９２、２４０２８７１、２４５９３６０、２５１７２７４、２５２１８２９、２５３２０１２、２５４７５３６、２６２９２８３、２６５８４９７、２７０３２８６、２７７４５２１、２８１２９４１、２８３１２３８、２８７５７４５、２８７８８７８、２９２０２４５、２３７９７１６、２２１８３１９、２５０４３４６、２５０５２３０、２５０６８１６、２６４１６３１、２６４６７２８、１７０４７６９、２５２４５６２、２７７２８３９、２６２７３６２、２１２４０１７、２１７４７５４、２２７５８０５、２６６２８１４、２７８４１４８、１９３３７２３、４５９５５５４。
【０１１２】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエについての耐性が決定され、該抗生物質薬はＣＦ、ＣＦＴ、ＩＭＰ、ＣＦＺ、ＣＲＭ、ＥＴＰ、ＣＡＸ、ＡＺＴ、Ｐ／Ｔ、ＣＰＥ、ＡＭ、Ａ／Ｓ、ＣＡＺ、ＭＥＲ、ＡＵＧ、ＣＰ、ＬＶＸ、ＧＭ、ＴＯ、ＴＥ、およびＴ／Ｓの少なくとも１つであり、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して検出される：３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５、２３６５６２９、２３７５６９２、２４０２８７１、２４５９３６０、２５１７２７４、２５２１８２９、２５３２０１２、２５４７５３６、２６２９２８３、２６５８４９７、２７０３２８６、２７７４５２１、２８１２９４１、２８３１２３８、２８７５７４５、２８７８８７８、２９２０２４５、２３７９７１６、２２１８３１９、２５０４３４６、２５０５２３０、２５０６８１６、２６４１６３１、２６４６７２８、１７０４７６９、２５２４５６２、２７７２８３９、２６２７３６２、２１２４０１７、２１７４７５４、２２７５８０５、２６６２８１４、２７８４１４８、１９３３７２３、４５９５５５４。
【０１１３】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該抗生物質薬はＣＦ、ＣＦＺ、ＣＲＭ、ＡＺＴ、ＡＭ、およびＡ／Ｓの少なくとも１つであり、以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１、２８８７４６９、２８８７４７３、３６３１９９０、５５４４６６５、５５４４６６８、２６５２３４５、３２６０５７３。
【０１１４】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ・オキシトカについての耐性が決定され、該抗生物質薬はＣＦＴ、ＣＡＸ、Ｐ／Ｔ、ＣＰＥ、ＣＡＺ、ＡＵＧ、ＣＰ、ＬＶＸ、ＴＥ、およびＴ／Ｓの少なくとも１つであり、また以下のヌクレオチド位置の少なくとも１つにおける変異がリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して検出される：５６４５６１１。
【０１１５】
抗生物質クラスおよび特定の抗生物質に関する遺伝子および遺伝子位置は、簡潔さのために、２つのリファレンスゲノムに対して別々に上述されているが、同一の抗生物質クラスおよび／または特定の抗生物質についての異なるリストからの結果はまた、本発明のいくつかの実施形態によると、組み合わせられ得る。
【０１１６】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６、１７、１８、１９、２０または２１個の抗生物質薬に対する耐性が決定される。
【０１１７】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、検出した変異は、検出した変異が位置する個々の遺伝子由来のポリペプチドにおいて、アミノ酸配列の変化をもたらす変異である。この局面によると、従って、検出した変異が、該ポリペプチドの切断型バージョンをもたらし（新たなストップコドンが変異により作成される）、あるいは、個々の位置においてアミノ酸置換を有するポリペプチドの変異バージョンをもたらす。
【０１１８】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、核酸配列情報または変異の存在を決定することは、少なくとも２つの遺伝子の部分的配列または全体の配列を決定することを含む。
【０１１９】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、核酸配列情報または変異の存在を決定することは、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムの部分的配列または全体の配列を決定することを含み、ここで、該ゲノムのこれらの部分的配列または全体の配列は、少なくとも２つの遺伝子の少なくとも部分的な配列を含む。
【０１２０】
本発明の第一および／または第二の局面のいくつかの実施形態によると、核酸配列情報または変異の存在を決定することは、次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることを含む。本発明の第一および／または第二の局面の好ましい実施形態によると、クレブシエラ属種の細菌性生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの部分的ゲノム配列または全体のゲノム配列は、次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることにより決定される。
【０１２１】
さらなる第三の局面において、本発明は、クレブシエラ属種の細菌性微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法であって：
クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの複数の臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノム中の抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連する遺伝子部位を決定すること、
を含む方法に関する。
【０１２２】
本発明の第一の局面の方法に関して記載されるように、異なるステップが実行されてよい。
【０１２３】
第二のデータセットに言及する場合（ここでは第二のデータセットは、複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性のセットを例えば含み、個別的にはそれ自体である）、これは、新しいサンプルが解析されるとそのサンプルを第二のデータセットに組み込んでそのデータベースを拡大することができる自己学習データベースにもまた、本発明の範囲内で、言及し得る。従って、第二のデータセットは、固定的である必要はなく、外部入力、あるいは、自己学習により新たなデータを組み込むことのいずれかにより、拡張され得る。しかしながら、このことは、本発明の第三の局面に限定されず、第二のデータセットに言及する本発明の他の局面に適用され、必ずしも抗菌薬耐性に言及しなくてよい。適用可能な場合、例えば第三の局面において、同じことが第一のデータセットに適用される。
【０１２４】
いくつかの実施形態によると、本方法の統計解析は、ｐ＜１０−６、好ましくはｐ＜１０−９、特にｐ＜１０−１０、特にｐ＜１０−１１であるフィッシャー検定を用いて実行される。
【０１２５】
本発明の第三の局面の方法は、関連する方法、例えば第七および第十の局面による方法と同様に、いくつかの実施形態によると、異なる遺伝子部位を互いに相関させることを含む。このようにして、さらに高い統計学的有意性が達成され得る。
【０１２６】
上述の、第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態において、第二のデータセットは、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの臨床分離株を、抗菌薬（抗生物質など）が様々な濃度で与えられた寒天プレートで培養することにより提供され、第二のデータは、それぞれのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの生育を阻害するプレートの最小濃度を利用することにより得られる。
【０１２７】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、該抗生物質は、βラクタム系、βラクタム阻害剤、キノリン系およびその誘導体、アミノグリコシド系、テトラサイクリン系、並びに葉酸合成阻害剤の群から選択される少なくとも１つであり、好ましくはアモキシシリン／クラブラン酸カリウム、アンピシリン、アズトレオナム、セファゾリン、セフェピム、セフォタキシム、セフタジジム、セフトリアキソン、セフロキシム、セファロチン、シプロフロキサシン、エルタペネム、ゲンタマイシン、イミペネム、レボフロキサシン、メロペネム、ピペラシリン／タゾバクタム、アンピシリン／スルバクタム、テトラサイクリン、トブラマイシン、およびトリメトプリム／スルファメトキサゾールである。
【０１２８】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、第三のデータセットにおける遺伝子配列は、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群から、または、表５ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子からの少なくとも１つの遺伝子に含まれる。
【０１２９】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、細菌微生物であるクレブシエラ・ニューモニエについての抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルが決定され、第三のデータセットにおける遺伝子配列は、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群から、または表５ａに挙げられる遺伝子からの少なくとも１つの遺伝子に含まれる。
【０１３０】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、細菌微生物であるクレブシエラ・オキシトカについての抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルが決定され、第三のデータセットにおける遺伝子配列は、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群から、または表５ｂに挙げられる遺伝子からの少なくとも１つの遺伝子に含まれる。
【０１３１】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連するクレブシエラ属のゲノム中の遺伝子部位は、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの１つの遺伝子に、少なくとも含まれる。
【０１３２】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、細菌微生物であるクレブシエラ・ニューモニエについての抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルが決定され、抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連するクレブシエラ属のゲノム中の遺伝子部位は、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの１つの遺伝子に、少なくとも含まれる。
【０１３３】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、細菌微生物であるクレブシエラ・オキシトカの抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルが決定され、抗菌薬（抗生物質など）耐性に関連するクレブシエラ属のゲノム中の遺伝子部位が、少なくとも、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの１つの遺伝子に、少なくとも含まれる。
【０１３４】
第三の局面の方法および関連する方法のいくつかの実施形態によると、該遺伝子変異体は、点変異、最大４塩基の挿入および／または欠失、および／またはフレームシフト変異を含み、特にクレブシエラ・ニューモニエの場合はＹＰ＿００１３３７０６３．１における非同義のコード、クレブシエラ・オキシトカの場合はＹＰ＿００５０２１１７３．１における非同義のコードを含む。
【０１３５】
本発明の第四の局面は、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを決定する方法であって、
ａ）該細菌性微生物を含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面の方法により決定される、該細菌微生物の少なくとも１つの遺伝子における変異の存在を決定すること；
ここで、変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す、
のステップを含む方法に関する。
【０１３６】
ステップａ）およびｂ）は、本局面において、本発明の以下の局面についてと同様に、第一の局面に関して記載されるように実行され得る。
【０１３７】
本方法により、抗菌薬（抗生物質など）耐性と相関する、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムにおけるいずれの変異も決定され得、詳細な抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルが確立され得る。
【０１３８】
本局面に記載される診断テストのシンプルな読み取り概念が、図１に模式的に示されている。
【０１３９】
図１によると、サンプル１、例えば患者由来の血液が、例えば次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を用いた分子検査２に用いられ、続いて、分子フィンガープリント３が取得され、例えばＮＧＳの場合、選択されたゲノム／プラスミド領域の配列または全ゲノムがアセンブリングされる。これは、続いてリファレンスライブラリー４と比較され、すなわち選択された配列または全配列が１つ以上のリファレンスシーケンスと比較され、かつ、変異（ＳＮＰ、配列−遺伝子付加／欠失など）がリファレンスライブラリーのリファレンス株の感受性／耐性プロファイルと相関させられる。本明細書におけるリファレンスライブラリー４は多くのゲノムを含有し、１つのリファレンスゲノムとは異なる。その後、ＩＤ（病原菌同定）、すなわち、サンプル中で同定される全ての（病原菌）種のリスト、およびＡＳＴ（抗菌薬感受性試験）、すなわち、挙げられた全種についての感受性／耐性プロファイル、を含む結果５が報告される。
【０１４０】
本発明の第五の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面の方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの少なくとも１つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を示す、
のステップを含む診断方法に関する。
【０１４１】
さらに、本局面のステップａ）およびｂ）は、本発明の第一の局面に関して記載されるように実行されてよい。
【０１４２】
この局面によると、患者における、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染は、シーケンシング法並びに、クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を用いて決定され得、従来の方法と比較して短い時間で決定され得る。
【０１４３】
第六の局面において、本発明は、潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの株による感染、例えば、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）本発明の第三の局面の方法により決定される、該クレブシエラ属の種に属する細菌微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの少なくとも１つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０１４４】
本方法は、本発明の第二の局面と同様に実行され得、未知のクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染に対して、抗生物質による好適な処置を選択することを可能にする。
【０１４５】
本発明の第七の局面は、クレブシエラ属種の細菌性微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカについて抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを取得し、それぞれ決定する方法であって：
クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの臨床分離株の遺伝子配列の第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、第一のデータセットの遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを第二のデータセットと相関させ、相関関係を統計的に解析すること；および
第一のデータセットのクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのゲノムにおける、抗菌薬（抗生物質など）耐性と関連のある遺伝子部位を決定すること、
を含む方法に関する。
【０１４６】
本方法により、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの未知の分離株における、抗菌薬（抗生物質など）耐性が決定され得る。
【０１４７】
いくつかの実施形態によると、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムは、ＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿００９６４８および／またはＮＣ＿０１６６１２である。いくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエのリファレンスゲノムはＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿００９６４８であり、クレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムはＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿０１６６１２である。いくつかの実施形態によると、本方法の統計解析は、いくつかの実施形態によると、本方法の統計解析は、ｐ＜１０−６、好ましくはｐ＜１０−９、特にｐ＜１０−１０、特にｐ＜１０−１１であるフィッシャー検定を用いて実行される。また、いくつかの実施形態によると、本方法はさらに、異なる遺伝子部位を互いに相関させることを含む。
【０１４８】
本発明の第八の局面は、実行された場合に本発明の第三、第四、第五、第六、または第七の局面に従う方法を実施する、コンピュータ実行可能命令を含むコンピュータプログラム製品に関する。
【０１４９】
いくつかの実施形態において、コンピュータプログラム製品には、該方法を実行するためのコンピュータプログラムのプログラムコマンドまたはプログラムコードが保存されている。いくつかの実施形態によると、該コンピュータプログラム製品は保存媒体である。同じことが、後述の局面、すなわち本発明の第十一の局面のコンピュータプログラム製品に適用される。上述のように、本発明のコンピュータプログラム製品は、例えば第一および第二のデータセットに関する自己学習的であり得る。
【０１５０】
非常に複雑な遺伝子データから可能な限り最良の情報を得て、診断用途および処置用途、並びに本発明の方法に最適なモデルであって、安定して臨床ルーチンにおいて適用され得る最適なモデルを開発するために、完全なインシリコの解析が必要とされ得る。提案される原理は、、例えば、少なくとも１つ、好ましくはより多くのリファレンスゲノムとのアライメント、および／またはゲノムのアセンブリング、および例えば各患者由来の、全てのサンプルで見られる変異と、全てのリファレンスおよび薬剤（抗生物質など）との相関関係、および、いくつかの薬剤およびいくつかの株で生じる変異の調査などの様々な手法の組み合わせに基づく。
【０１５１】
上記のステップを用いて、遺伝子と同様に変異のリストが作成される。これらはデータベースに保管され得、統計モデルが該データベースから導き出され得る。該統計モデルは、少なくとも１つ以上の遺伝子における少なくとも１つ以上の変異に基づき得る。訓練され得る統計モデルは、変異および遺伝子と組み合わせられ得る。これらのモデルを作成し得るアルゴリズムの例は、アソシエーションルール（association Rules）、サポートベクターマシン（Support Vector Machines）、決定木（Decision Trees）、ディシジョンフォレスト（Decision Forests）、判別分析（Discriminant-Analysis）、クラスター法（Cluster-Methods）であり、また、さらにもっと存在する。
【０１５２】
該訓練の目的は、ルーチンの処理において、再現性のある、標準化された適用を可能にすることである。
【０１５３】
このために、例えば、微生物のゲノムまたはゲノムの一部が、診断される患者からシーケンシングされ得る。その後、耐性を予測するために用いられ得る中心となる特性が、配列データから導き出され得る。これらは、最終モデルに用いられる該データベース中のポイント、すなわち、少なくとも１つの変異または少なくとも１つの遺伝子であり、変異の組み合わせなどでもある。
【０１５４】
これらの対応する特性は、統計モデルに対するインプットとして用いられ得、その結果新しい患者に対する予後診断が可能になる。全ての微生物、例えばクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの、全ての薬剤、例えば抗生物質に対する全ての耐性に関する情報が、コンピュータ決定サポートツールに組み込まれ得るのみならず、対応する指令（例えばEUCAST）もまた組み込まれ得、該指令に一致する処置提案のみがなされる。
【０１５５】
本発明の第九の局面は、クレブシエラ属種の細菌性微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカについての抗菌薬（抗生物質など）耐性プロファイルを取得するための、または、本発明の第三の局面の方法における、第八の局面に従うコンピュータプログラム製品の使用に関する。
【０１５６】
第十の局面において、クレブシエラ属種の細菌性微生物、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を有する患者の処置を選択する方法であって：
該患者由来の、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの少なくとも１つの臨床分離株の遺伝子配列を含む第一のデータセットを得ること、または提供すること；
クレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットを提供すること；
第一のデータセットの遺伝子配列を、少なくとも１つ、好ましくは１つのクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムに対してアライメントすること、および／または第一のデータセットの遺伝子配列を少なくとも部分的にアセンブリングすること；
第一のデータセットの遺伝子配列を遺伝子変異体について解析し、第一のデータセットの遺伝子変異体の第三のデータセットを得ること；
第三のデータセットを、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの複数の臨床分離株の抗菌薬（抗生物質など）耐性の第二のデータセットと相関させること、および、統計的に相関関係を解析すること；
抗菌薬（抗生物質など）耐性と関連している、第一のデータセットのクレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカの臨床分離株のゲノムにおける遺伝子部位を決定すること；および
抗菌薬（抗生物質など）耐性と関連している遺伝子部位の決定において同定されたものと異なる１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）による患者の処置を選択すること、
を含む方法が開示されている。
【０１５７】
さらに、これらのステップは、前述の同様のステップのように実行されてよい。本方法、並びに同様の方法において、ゲノムおよびゲノム配列が作成された後、未知のサンプルが直接第二のデータセットと相関付けられ得、その結果変異および抗菌薬（抗生物質など）耐性が決定され得るので、アライメントは必須ではない。第一のデータセットは、例えば、既知の技術を用いてアセンブリングされ得る。
【０１５８】
いくつかの実施形態によると、本方法の統計解析は、ｐ＜１０−６、好ましくはｐ＜１０−９、特にｐ＜１０−１０、特にｐ＜１０−１１であるフィッシャー検定を用いて実行される。また、いくつかの実施形態によると、本方法はさらに、異なる遺伝子部位を互いに相関させることを含む。
【０１５９】
本発明の第十一の局面は、実行された場合に第十の局面に従う方法を実施する、コンピュータ実行可能命令を含むコンピュータプログラム製品に関する。
【０１６０】
本発明の第十二の局面によると、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を示す、
のステップを含む診断方法が開示されている。
【０１６１】
第十二の局面のいくつかの実施形態によると、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ・ニューモニエによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ・ニューモニエ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ・ニューモニエの株を含有している、または、含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ・ニューモニエによる感染を示す、
のステップを含む診断方法が、開示されている。
【０１６２】
第十二の局面のいくつかの実施形態によると、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ・オキシトカの株を含有している、または、含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ・オキシトカによる感染を示す、
のステップを含む診断方法が、開示されている。
【０１６３】
本発明の第十三の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法を開示している。
【０１６４】
いくつかの実施形態によると、第十三の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって、
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ・ニューモニエの株を含有している、または、含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）において同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０１６５】
いくつかの実施形態によると、第十三の局面は、抗菌薬（抗生物質など）に耐性であるクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ・オキシトカの株を含有している、または、含有している疑いのあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）において同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０１６６】
さらに、これらのステップは、前述の同様の方法、例えば、本発明の第一および第二の局面と同様に、実行され得る。本発明の第十二および第十三の局面において、本方法において考えられる全ての種類の抗生物質が網羅される。
【０１６７】
本明細書において、クレブシエラ・ニューモニエに関する詳細な表５ａの遺伝子は、以下の通りである：
ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、ＫＰＮ＿０４１９５。
【０１６８】
本明細書において、クレブシエラ・オキシトカに関する詳細な表５ｂの遺伝子は、以下の通りである：
ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、ＫＯＸ＿１５０５５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｚｎｔＢ、ＫＯＸ＿０７４１０、ＫＯＸ＿００７６５、ｍｅｔＨ、ＫＯＸ＿２５８４５、ＫＯＸ＿２３２１５、ＫＯＸ＿２３６７０、ＫＯＸ＿０７５００、ＫＯＸ＿１２２３５、ＫＯＸ＿１００７０、ＫＯＸ＿０１１１０、ＫＯＸ＿０１３７０、ＫＯＸ＿１３８６５、ＫＯＸ＿１６９４５、ＫＯＸ＿１６７５５、ｒｎｆＤ、ＫＯＸ＿２６０７０、ＫＯＸ＿１８３２０、ＫＯＸ＿０１４７０、ＫＯＸ＿０３０５０、ＫＯＸ＿０３６３０、ＫＯＸ＿０５３００、ｔｒｅＦ、ＫＯＸ＿１６０２０、ＫＯＸ＿１６０６０、ｃｅｌＡ、ＫＯＸ＿０４１６０、ｇｌｔＸ。
【表５】
2017535250.tif 000007
【０１６９】
いくつかの実施形態によると、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子における変異が、本発明の方法のいずれかにおいて決定され、例えば、少なくとも２個の遺伝子または少なくとも３個の遺伝子における変異が決定される。単一の遺伝子または変異のみを試験する代わりに、いくつかの変異の位置を組み合わせることは、予測精度を改善し、さらに、他の要因により影響を受ける擬陽性の結果を減らし得る。従って、表５ａおよび／または表５ｂから選択される２、３、４、５、６、７、８または９個（またはそれ以上）の遺伝子における変異の存在を決定することが特に好ましい。
【表６】
2017535250.tif 000008
【０１７０】
いくつかの実施形態によると、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムは、ＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿００９６４８および／またはＮＣ＿０１６６１２である。いくつかの実施形態によると、クレブシエラ・ニューモニエのリファレンスゲノムはＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿００９６４８であり、クレブシエラ・オキシトカのリファレンスゲノムはＮＣＢＩで注釈付けされたＮＣ＿０１６６１２である。いくつかの実施形態によると、本方法の統計解析は、ｐ＜１０−６、好ましくはｐ＜１０−９、特にｐ＜１０−１０、特にｐ＜１０−１１であるフィッシャー検定を用いて実行される。また、いくつかの実施形態によると、本方法はさらに、異なる遺伝子部位を互いに相関させることを含む。また、本発明の第一および第二の局面の実施形態の他の局面が適用される。
【０１７１】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該抗菌薬は抗生物質である。いくつかの実施形態によると、該抗生物質はラクタム系抗生物質であり、表６ａおよび／または表６ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表６ａおよび／または表６ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１７２】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はラクタム系抗生物質であり、表６ａに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表６ａに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１７３】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はラクタム系抗生物質であり、表６ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表６ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１７４】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はＣＦ、ＣＦＴ、ＩＭＰ、ＣＦＺ、ＣＲＭ、ＥＴＰ、ＣＡＸ、ＡＺＴ、Ｐ／Ｔ、ＣＰＥ、ＡＭ、Ａ／Ｓ、ＣＡＺ、ＭＥＲおよびＡＵＧの少なくとも１つであり、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９の遺伝子の少なくとも１つの変異、または３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【表７】
2017535250.tif 000009
【表８】
2017535250.tif 000010
【表９】
2017535250.tif 000011
【０１７５】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＦ、ＣＲＭおよびＡ／Ｓの少なくとも１つであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｇｌｔＸの遺伝子の少なくとも１つにおける変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、１９５５１６４、４２４７７１９、５０５１８５９、３６４２２２５、８８３８６５、１１４４４３２、１１８０２０２、１３５７６１８、３１９５６３６、３２８２９０８、３９６９４９８、５６４８９１８、５７８６６５８の位置の少なくとも１つにおける変異が検出される。
【０１７６】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＦＺであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿１６７８５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｇｌｔＸの遺伝子の少なくとも１つにおける変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、１９５５１６４、４２４７７１９、３６４２２２５、８８３８６５、１１４４４３２、１１８０２０２、１３５７６１８、３１９５６３６、３２８２９０８、３９６９４９８、５６４８９１８、５７８６６５８の位置の少なくとも１つにおける変異が検出される。
【０１７７】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＡＺＴであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｇｌｔＸの遺伝子の少なくとも１つにおける変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、１９５５１６４、５０５１８５９、８８３８６５、１１４４４３２、１１８０２０２、１３５７６１８、３１９５６３６、３２８２９０８、３９６９４９８、５６４８９１８、５７８６６５８の位置の少なくとも１つにおける変異が検出される。
【０１７８】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＡＭであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｇｌｔＸの遺伝子の少なくとも１つの変異、または５６４５６１１、１９５５１６４、４２４７７１９、８８３８６５、１１４４４３２、１１８０２０２、１３５７６１８、３１９５６３６、３２８２９０８、３９６９４９８、５６４８９１８、５７８６６５８の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１７９】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＡＵＧであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５、ＫＯＸ＿０４２１５、ＫＯＸ＿０５５００、ｍａｌＳ、ＫＯＸ＿０６５１５、ＫＯＸ＿１４７３５、ＫＯＸ＿１５１５０、ＫＯＸ＿１８３５０、ＫＯＸ＿２６１３５、ｇｌｔＸの遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、４２４７７１９、５０５１８５９、３６４２２２５、８８３８６５、１１４４４３２、１１８０２０２、１３５７６１８、３１９５６３６、３２８２９０８、３９６９４９８、５６４８９１８、５７８６６５８の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８０】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＰ／Ｔであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、１９５５１６４、４２４７７１９、５０５１８５９、３６４２２２５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８１】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＡＸであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５、ＫＯＸ＿１９６４５、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５の遺伝子の少なくとも１つの変異、または５６４５６１１、２８８０８２０、１９５５１６４、４２４７７１９、５０５１８５９、３６４２２２５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８２】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＰＥであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿２３４１５、ＫＯＸ＿１６７８５の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、５０５１８５９、３６４２２２５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８３】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＦＴであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿０９２０５の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、２８８０８２０、１９５５１６４の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８４】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＡＺであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８５】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該抗生物質はキノロン系抗生物質、特にフルオロキノロン系抗生物質であり、表７ａおよび／または表７ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つ、または、表７ａおよび／または表７ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【表１０】
2017535250.tif 000012
【表１１】
2017535250.tif 000013
【０１８６】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はキノロン系抗生物質であり、表７ａに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表７ａに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８７】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はキノロン系抗生物質であり、表７ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表７ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１８８】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はＣＰおよびＬＶＸの少なくとも１つであり、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【表１２】
2017535250.tif 000014
【０１８９】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＣＰおよびＬＶＸの少なくとも１つであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿０２９２０、ｚｎｔＢ、ＫＯＸ＿０７４１０、ＫＯＸ＿００７６５、ｍｅｔＨ、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿２５８４５、ＫＯＸ＿２３２１５、ＫＯＸ＿２３６７０、ＫＯＸ＿０７５００、ＫＯＸ＿１２２３５、ＫＯＸ＿１００７０、ＫＯＸ＿０１１１０の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、６１７５１０、４１１２７３２、１５５２２８７、１６８２１６、１７１９２１８、２８８０８２０、５５７８４５８、５００５１９３、５１０９４７６、１５７７１７１、２６４２７９１、２１４９６０６、２３７４１６の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９０】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該抗生物質はアミノグリコシド系抗生物質であり、表８に挙げられた遺伝子の少なくとも１つ、または、表８に挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つが検出され、ここで該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエである。
【表１３】
2017535250.tif 000015
【表１４】
2017535250.tif 000016
【０１９１】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はＧＭおよびＴＯの少なくとも１つであり、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９２】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該抗生物質はポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質であり、表９ａおよび／または表９ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または、表９ａおよび／または表９ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９３】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質であり、表９ａに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または、表９ａに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【表１５】
2017535250.tif 000017
【表１６】
2017535250.tif 000018
【０１９４】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はポリケチド系抗生物質、特にテトラサイクリン系抗生物質であり、表９ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または、表９ｂに挙げられた位置(表中ではＰＯＳと表示)の少なくとも１つの変異が検出される。
【表１７】
2017535250.tif 000019
【０１９５】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質はＴＥであり、ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、３７６３２１０、１７８４３０５、１７８４３０２、２９０５４１１、２６７３９０６、２７７３２３２、１４０５１７、８０９１４８、１３６４５８６、２１５０６９１、２１５９０２４、２３１７０２４、２３２５８７７、２３３１６４９、２３４７９３０、２３５５７８５の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９６】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はＴＥであり、ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３３０、ＫＯＸ＿１３８６５、ＫＯＸ＿１６９４５、ＫＯＸ＿１６７５５、ｒｎｆＤ、ＫＯＸ＿２６０７０の遺伝子の少なくとも１つの変異、または、５６４５６１１、２８８０８２０、３００１３２８、３６７８２７３、３６３６４６６、４７４０８０３、５６２６０１０の位置の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９７】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該抗生物質はベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質、特にＴ／Ｓであり、表１０ａおよび／または表１０ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表１０ａおよび／または表１０ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９８】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・ニューモニエであり、該抗生物質ベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質、特にＴ／Ｓであり、表１０ａに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表１０ａに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【０１９９】
本発明の第十二および／または第十三の局面の方法、並びにまた、本発明の第十八の局面の方法のいくつかの実施形態によると、該クレブシエラ属種は特にクレブシエラ・オキシトカであり、該抗生物質はベンゼン由来／スルフォンアミド系抗生物質、特にＴ／Ｓであり、表１０ｂに挙げられた遺伝子の少なくとも１つの変異、または表１０ｂに挙げられた位置（表中ではＰＯＳと表示）の少なくとも１つの変異が検出される。
【表１８】
2017535250.tif 000020
【表１９】
2017535250.tif 000021
【表２０】
2017535250.tif 000022
【０２００】
本発明の第十四の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの、好ましくは、ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、該患者における抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を示す、
のステップを含む診断方法に関する。
【０２０１】
いくつかの実施形態によると、第十四の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエ感染を決定する方法としても記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの、好ましくはＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる該患者における感染を示す、
のステップを含む、診断方法に関する。
【０２０２】
いくつかの実施形態によると、第十四の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる該患者における感染を示す、
のステップを含む、診断方法に関する。
【０２０３】
本発明の第十五の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの、好ましくはＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２０４】
いくつかの実施形態によると、第十五の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの、好ましくはＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２０５】
いくつかの実施形態によると、第十五の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって、
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２０６】
さらに、第十四および第十五の局面において、これらのステップは第一または第二の局面におけるステップに対応する（少なくとも１つの遺伝子における１つの変異のみが決定されても）。
【０２０７】
本発明の第十六の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの、好ましくはＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に向けられる。
【０２０８】
いくつかの実施形態によると、第十六の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの、好ましくはＫＰＮ＿０１６０７、ＫＰＮ＿０２４５１、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子における少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２０９】
いくつかの実施形態によると、第十六の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１０】
本発明の第十七の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５、並びに／またはＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に向けられる。
【０２１１】
いくつかの実施形態によると、第十七の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ｐａｒＣ、ＫＰＮ＿０１６０７、ｇｙｒＡ、ＫＰＮ＿０２４５１、ｂａｅＲ、ａｃｅＦ、ｙｂｇＨ、ｙｎｊＥ、ＫＰＮ＿０１９５１、ＫＰＮ＿０１９６１、ＫＰＮ＿０２１１４、ｍｈｐＡ、ＫＰＮ＿０２１２８、ＫＰＮ＿０２１４４、ＫＰＮ＿０２１４９、ｙｄｉＪ、ｂｔｕＥ、ｏｐｐＣ、ｐｔｈ、ＫＰＮ＿０２２９８、ＫＰＮ＿０２３０２、ｄａｄＡ、ｙｏａＡ、ｆｔｎ、ｃｂｌ、ｈｉｓＢ、ｙｅｇＱ、ｙｅｈＹ、ＫＰＮ＿０２５８０、ｙｅｊＨ、ＫＰＮ＿０２６２１、ｙｆａＷ、ＫＰＮ＿０２１７０、ＫＰＮ＿０２０２５、ｌｉｖＧ、ｌｉｖＭ、ｌｉｖＨ、ｆｌｉＹ、ｙｅｄＱ、ａｂｇＢ、ｔｒｅＡ、ｂａｅＳ、ＫＰＮ＿０２３９９、ｙｄｃＲ、ａｎｍＫ、ｃｃｍＦ、ＫＰＮ＿０２４４０、ＫＰＮ＿０２５４０、ＫＰＮ＿０１７５２、およびＫＰＮ＿０４１９５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１２】
いくつかの実施形態によると、第十七の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）ＫＯＸ＿２６１２５、ＫＯＸ＿１３３６５、ＫＯＸ＿１６７３５、ＫＯＸ＿２５６９５、ＫＯＸ＿１２２７０、およびＫＯＸ＿１５０５５からなる遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において、少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１３】
本発明の第十八の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に向けられる。
【０２１４】
いくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ａに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１５】
いくつかの実施形態によると、第十八の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの少なくとも２つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで該少なくとも２つの変異の存在は、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１６】
本発明の第十九の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは、表１２ａおよび／または表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む、方法に向けられる。
【０２１７】
いくつかの実施形態によると、第十九の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ａに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１８】
いくつかの実施形態によると、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者を処置する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること；および
ｅ）該１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）により該患者を処置すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２１９】
また、本発明の第十六から第十九の局面において、ステップａ）からｄ）は本発明の第二の局面の方法におけるこれらのステップに類似している。ステップｅ）は限定されることなく十分に実施され得、例えば非侵襲的に行われ得る。
【０２２０】
本発明の第二十の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは、表１２ａおよび／または表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる該患者における感染を示す、
のステップを含む診断方法に向けられる。
【０２２１】
いくつかの実施形態によると、第二十の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエ感染を決定する方法としても記載され得：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ａに挙げられた遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる該患者における感染を示す、
のステップを含む診断方法に関する。
【０２２２】
いくつかの実施形態によると、第二十の局面は、抗菌薬処置に潜在的に耐性であるクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカによる患者の感染を決定する診断方法であって、患者の抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカ感染を決定する方法としてもまた記載され得、
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる該患者における感染を示す、
のステップを含む診断方法に関する。
【０２２３】
本発明の第二十一の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａおよび／または表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは、表１２ａおよび／または表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエおよび／またはクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に向けられる。
【０２２４】
いくつかの実施形態によると、第二十一の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・ニューモニエを含有しているか、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表１１ａに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ａに挙げられた遺伝子群からの少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・ニューモニエによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２２５】
いくつかの実施形態によると、第二十一の局面は、抗菌薬（抗生物質など）耐性クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染を患う患者の処置を選択する方法であって：
ａ）該患者由来の、少なくとも１つのクレブシエラ属種、特にクレブシエラ・オキシトカを含有している、または含有している疑いがあるサンプルを得ること、または提供すること；
ｂ）表５ｂに挙げられた遺伝子群からの、好ましくは表１２ｂに挙げられた遺伝子群からの、少なくとも１つの遺伝子において少なくとも１つの変異の存在を決定すること、ここで、該少なくとも１つの変異の存在は１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）に対する耐性を示す；
ｃ）該少なくとも１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を同定すること；および
ｄ）ステップｃ）で同定したものと異なり、かつ、クレブシエラ属、特にクレブシエラ・オキシトカによる感染の処置に好適である、１つ以上の抗菌薬（抗生物質など）を選択すること、
のステップを含む方法に関する。
【０２２６】
さらに、第二十および第二十一の局面において、これらのステップは、第一または第二の局面におけるステップに対応する（少なくとも１つの遺伝子における１つの変異のみが決定されても）。
【表２１】
2017535250.tif 000023
【表２２】
2017535250.tif 000024
【０２２７】
第二十二の局面において、本発明は、大腸菌種および／またはクレブシエラ・ニューモニエに属する細菌微生物についての抗生物質耐性プロファイルを決定する方法であって、
−大腸菌種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いのあるサンプルを提供すること；
−下記、特に実施例２および３に関して記載の遺伝子群から選択される少なくとも１つの遺伝子における、および／または、下記、特に実施例２および３に関して記載の変異群から選択される、変異の存在を決定すること；
ここで、変異の存在は抗生物質薬に対する耐性を示す、
のステップを含む方法に関する。
【表２３】
2017535250.tif 000025
【０２２８】
第二十三の局面において、本発明は、大腸菌種および／またはクレブシエラ・ニューモニエに属する細菌微生物の抗生物質薬に対する耐性を決定する方法であって：
−大腸菌種に属する細菌微生物を含有しているか、または含有している疑いのあるサンプルを提供すること；
−下記、特に実施例２および３に関して記載の遺伝子群から選択される少なくとも１つの遺伝子の核酸配列情報を、該サンプルから決定すること；および
−該遺伝子情報の決定に基づき、抗生物質薬に対する耐性を決定すること、
を含む方法に関する。
【０２２９】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法であって、核酸配列情報または変異の存在を決定することが、少なくとも１つの遺伝子において、単一の位置で単一のヌクレオチドの存在を決定すること、具体的には、本明細書において上述した変異、具体的には、該核酸配列によりコードされるアミノ酸配列の少なくとも１つの変化につながる変異を決定することを含む方法に関する。
【０２３０】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、一塩基多型または単一のヌクレオチド位置における変異の存在が、本明細書において上述した遺伝子群から選択される少なくとも１つの遺伝子において検出される、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３１】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、検出した変異が、それが位置する個々の遺伝子由来のポリペプチドにおいてアミノ酸配列の変化をもたらす変異である、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３２】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、変異が、本明細書において上述した変異の群から選択される変異である、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３３】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、核酸配列情報または変異の存在を決定することが、少なくとも１つの遺伝子の部分的配列または全体の配列を決定することを含む、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３４】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、核酸配列情報または変異の存在を決定することが、該細菌微生物のゲノムの部分的配列または全体の配列を決定することを含み、該ゲノムの部分的配列または全体の配列が、該少なくとも１つの遺伝子の少なくとも部分的配列を含む、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３５】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、サンプルが患者サンプル（臨床分離株）である、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３６】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、核酸配列情報または変異の存在を決定することが、次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることを含む、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３７】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、細菌性生物の部分的ゲノム配列または全体のゲノム配列が次世代シーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いることにより決定される、第二十二および二十三の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３８】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、核酸配列情報または変異の存在を決定することが、本明細書において上述した遺伝子群から選択された２、３、４、５、６、７、８または９個の遺伝子の核酸配列情報または変異を決定することを含む、第２２および第２３の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【０２３９】
第二十二および二十三の局面のいくつかの実施形態によると、本発明は、本発明の方法がさらに、２、３、４、５または６個の抗生物質薬に対する耐性を決定することを含む、第２２および第２３の局面の少なくとも１つの方法に関する。
【実施例】
【０２４０】
本発明は、そのいくつかの実施例を参照して詳細にここに記述されるであろう。しかしながら、これらの実施例は例示的であり、本発明の範囲を限定するものではない。
【０２４１】
実施例１
１５７６個の検体、具体的にはクレブシエラ・ニューモニエについて１１７６個、およびクレブシエラ・オキシトカについて４００個のコホートに対して、同じ分離株についての古典的な抗菌薬感受性試験に加えて、全体のゲノムシーケンシングを行った。これにより、１つまたは複数の薬剤に対する耐性と有意に相関のある、ゲノムおよびプラスミドにおける遺伝子変異体（例えば、点変異、小さな挿入および欠失、より大きな構造変異体、プラスミドコピー数の増加、遺伝子量効果）を見つけるためのゲノムワイド相関解析を行うことを可能にした。本手法はまた、ゲノムにおける関連する部位を、相互に比較することを可能にする。
【０２４２】
本手法において、遺伝的耐性の様々な起源、並びに、細菌がいかにして耐性となり得たかについての様々な道のりが、網羅された。広範囲の地理的領域で、３０年の長い期間にわたって収集された臨床分離株を測定することにより、実験室で作成された耐性メカニズムのかなり人工的なステップをはるかに超える全体像を作成することが試みられた。
【０２４３】
本目的のために、５個の異なる作用機序を持つ２１個の臨床的に関連のある抗菌剤のセットを作り、クレブシエラ属分離株に対する該２１個の薬剤の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を測定した。
【０２４４】
詳細な手順は、次に示す：
【０２４５】
細菌株
本発明者は、１５７６個のクレブシエラ株、具体的にはクレブシエラ・ニューモニエについて１１７６個、およびクレブシエラ・オキシトカについて４００個を、感受性試験および全体のゲノムシーケンシングのために、Siemens Healthcare Diagnostics (West Sacramento, CA)の微生物菌株コレクション（microbiology strain collection）から選択した。
【０２４６】
抗菌薬感受性試験（ＡＳＴ）パネル
臨床検査標準協会（Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI)）の推奨に従い、凍結参照ＡＳＴパネルを調製した。以下の抗菌剤が（括弧内に示した濃度μｇ／ｍｌで）、該パネルに含まれた：アモキシシリン／クラブラン酸カリウム（０．５／０．２５−６４／３２）、アンピシリン（０．２５−１２８）、アンピシリン／スルバクタム（０．５／０．２５−６４／３２）、アズトレオナム（０．２５−６４）、セファゾリン（０．５−３２）、セフェピム（０．２５−６４）、セフォタキシム（０．２５−１２８）、セフタジジム（０．２５−６４）、セフトリアキソン（０．２５−１２８）、セフロキシム（１−６４）、セファロチン（１−６４）、シプロフロキサシン（０．０１５−８）、エルタペネム（０．１２−３２）、ゲンタマイシン（０．１２−３２）、イミペネム（０．２５−３２）、レボフロキサシン（０．２５−１６）、メロペネム（０．１２−３２）、ピペラシリン／タゾバクタム（０．２５／４−２５６／４）、テトラサイクリン（０．５−６４）、トブラマイシン（０．１２−３２）、およびトリメトプリム／スルファメトキサゾール（０．２５／４．７−３２／６０８）。ＡＳＴパネルを、臨床分離株で用いる前に、ＱＣ株で試験した。ＱＣの結果がＣＬＳＩ１６により記載されたＱＣ範囲に合っていた場合、ＡＳＴパネルは臨床分離株による試験に受け入れられると見なした。
【０２４７】
接種材料の調製
分離株を、５％ヒツジ血液を含むトリプチケースソイ寒天培地(BBL, Cockeysville, Md.)で培養し、大気中において３５±１℃で１８−２４時間培養した。単離したコロニー（４〜５個の大きなコロニーまたは５〜１０個の小さなコロニー）を、３ｍｌのSterile Inoculum Water (Siemens)に移し、0.5 McFarland基準の最終濁度まで乳化した。本懸濁液２ｍｌを、Pluronic-Fを含む25ml Inoculum Water(Siemens)に加えた。凍結ＡＳＴパネルに特異的なInoculator (Siemens)を用いて、５μｌの細胞懸濁液を、ＡＳＴパネルの各ウェルに移した。接種したＡＳＴパネルを、大気中において３５±１℃で１６−２０時間培養した。パネルの結果を視覚的に読み取り、最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を決定した。
【０２４８】
ＤＮＡ抽出
各グラム陰性細菌分離株の４つの画線を、５％ヒツジ血液含有トリプチケースソイ寒天培地上で培養し、細胞懸濁液を５０μｌのNuclease-Free Water (AM9930, Life Technologies)を含有する１.５ｍｌの滅菌コレクションチューブに作成した。細菌分離株サンプルを、核酸抽出まで−２０℃で保管した。Tissue Preparation System (TPS) (096D0382-02_01_B, Siemens)およびVERSANT（登録商標）Tissue Preparation Reagents (TPR)キット(10632404B, Siemens)を、これらの細菌分離株からＤＮＡを抽出するために用いた。抽出に先立ち、細菌分離株を室温で解凍し、２０００Ｇ、５秒間でペレット状にした。ＤＮＡ抽出プロトコールＤＮＡｅｘｔを４８個の分離株サンプルの全核酸抽出に用い、各５０μｌを４時間で溶出した。全核酸溶出液を、その後、ＲＮａｓｅ Ａ消化、ＤＮＡ定量化、および、プレートＤＮＡ濃度標準化プロセスのために、９６ウェルqPCR Detection Plate(401341, Agilent Technologies)に移した。製造業者の説明書に従い、ヌクレアーゼフリーの水に希釈したＲＮａｓｅ Ａ(AM2271, Life Technologies)を、５０μｌの全核酸溶出液に加え、最終使用濃度を２０μｇ／ｍｌとした。消化酵素および溶出液混合物を、Siemens VERSANT（登録商標） Amplification and Detection instrumentを用いて、３７℃で３０分間インキュベートした。ＲＮａｓｅ消化溶出液由来のＤＮＡを、Quant-iT（商標） PicoGreen dsDNA Assay (P11496, Life Technologies)を用いて、アッセイキットの指示に従い定量化し、蛍光をSiemens VERSANT（登録商標） Amplification and Detection instrumentで決定した。データ解析を、icrosoft（登録商標） Excel 2007を用いて行った。２５μｌの定量化したＤＮＡ溶出液を、ライブラリ調製に先立ちプレートＤＮＡ濃度標準化のために、新しい９６ウェルＰＣＲプレートに移した。ＴＲＰキットの溶出バッファーを、ＤＮＡ濃度を調整するために用いた。標準化したＤＮＡ溶出液プレートを、その後、ライブラリ調製まで−８０℃で保管した。
【０２４９】
次世代シーケンシング
ライブラリ調製に先立ち、分離した細菌のＤＮＡの品質管理を、Qubit 2.0 Fluorometer (Qubit dsDNA BR Assay Kit, Life Technologies)およびAgilent 2200 TapeStation (Genomic DNA ScreenTape, Agilent Technologies)を用いて行った。ＮＧＳライブラリを、NexteraXT DNA Sample Preparation KitおよびNexteraXT Index Kit for 96 Indexes (Illumina)を用いて、製造業者のプロトコールに従い、９６ウェルの形態で調製した。得られたシーケンシングライブラリを、ViiA 7 real time PCR system (Life Technologies)のKAPA SYBR FAST qPCR MasterMix Kit (Peqlab)を用いて、ｑＰＣＲベースの手法で定量化した。９６サンプルを、TruSeq PE Cluster v3およびTruSeq SBS v3 sequncing chemistry (Illumina)を用いた、Illumina Hiseq2000 またはHiseq2500 sequencersにおけるペアードエンドシーケンシング (2x 100bp)のために、レーンごとにプールした。基本的なシーケンシングクオリティーパラメーターを、ハイスループットシーケンスデータのための、FastQC品質管理ツール(Babraham Bioinformatics Institute)を用いて決定した。
【０２５０】
データ解析
１５７６個のクレブシエラ属サンプル、具体的にはクレブシエラ・ニューモニエについて１１７６個およびクレブシエラ・オキシトカについて４００個のペアードエンドシーケンシング生データを、クレブシエラ属リファレンス（クレブシエラ・ニューモニエについてはＮＣ＿００９６４８、クレブシエラ・オキシトカについてはＮＣ＿０１６６１２）に対して、ＢＷＡ ０．６．１．２０でマッピングした。Picardツールパッケージ１．１０４(http://picard.sourceforge.net/)を用いて、得られたＳＡＭファイルを選別し、ＢＡＭファイルに変換して、ＰＣＲ重複物（PCR duplicate）に印をつけた。Genome Analysis Toolkit 3.1.1 (GATK)を用いて、２００個のクレブシエラサンプルのブロックに対して、ＳＮＰおよびインデルを要求した（パラメーター：−ploidy 1-glm BOTH−stand_call_conf 30-stand_emit_conf 10）。ＶＣＦファイルを、単一のファイルと組み合わせて、ＳＮＰに対する品質選別（ＱＤ＜２．０｜｜ＦＳ＞６０．０｜｜ＭＱ＜４０．０）およびインデルに対する品質選別（ＱＤ＜２．０｜｜ＦＳ＞２００．０）を実行した。検出した変異体を、コーディング効果（coding effect）を示すために、ＳｎｐＥｆｆ２２で注釈付けした。注釈付けした各位置に対して、全てのクレブシエラサンプルの遺伝子型を考慮した。クレブシエラサンプルをあるＭＩＣ濃度（ブレークポイント）について２つの群、耐性の低い群（検討される薬剤に対して低いＭＩＣ濃度を有する）と高い群（高いＭＩＣ濃度を有する）とに分けた。最良のブレークポイントを見つけるために、全ての閾値を評価し、２×２分割表（参照または変異体の遺伝子型を有するクレブシエラサンプルの数対、耐性の低い群および高い群に属するサンプルの数）を頼りにフィッシャーの直接検定によりｐ値を算出した。最良の算出されたブレークポイントは、あるゲノム位置および薬剤に対して最低のｐ値を生じた閾値であった。さらなる解析のために、非同義の変化およびｐ値＜１０−１１を有する位置を考慮した。該分割表に基づき、精度（ＡＣＣ）、感度（ＳＥＮＳ）、特異度（ＳＰＥＣ）、および陽性／陰性的中率（ＰＰＶ／ＮＰＶ）を算出した。
【０２５１】
薬剤耐性の潜在的な原因は遺伝子重複であるため、遺伝子数依存性（gene dose dependency）を評価した。各サンプルについて、各位置に対する遺伝子カバー率をBED Toolを用いて決定した。遺伝子範囲を参照アセンブリーNC_009648.gffおよびNC_016612.gffから抽出し、遺伝子当たりの正規化したカバー率の中央値を算出した。耐性の低い分離株と高い分離株を比較するために、最良の曲線面積下（ＡＵＣ）値を算出した。その遺伝子に対し、ゼロよりも大きいカバー率の中央値を有する全てのサンプルのうち少なくとも２０％の群であって、群当たり１５よりも多いサンプルを含有する群を、アーティファクトを除外するために考慮して、ＡＵＣ＞０．７５のケースをさらに評価した。
【０２５２】
耐性メカニズムが獲得される様々な方法に関するデータを含めるために、３０年を超えて回収されたクレブシエラ分離株を解析して、遺伝子水平伝播もまた潜在的に発見できるようにした。
【０２５３】
詳細には、以下のステップを実行した：
試験するクレブシエラ株を寒天プレート上に播種し、増殖条件下で２４時間培養した。その後、コロニーを採取し、増殖培地において、希釈系列の所与の抗生物質薬の存在下で、増殖条件下で１６〜２０時間培養した。細菌の増殖は、濁度を観察することにより、決定した。
【０２５４】
次に、表現型の耐性試験の結果と高度に相関している変異を探索した。
【０２５５】
シーケンシングのために、Nextera ライブラリ調製を用いてサンプルを調製し、続いてIlluminat HiSeq 2500 systemを用いた多重シーケンシング、ペアードエンドシーケンシングを行った。データをＢＷＡ(Li H. and Durbin R. (2010) Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler Transform. Bioinformatics, Epub. [PMID: 20080505])を用いてマッピングし、ＳＮＰをsamtool (Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence aligment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]) を用いて要求した。
【０２５６】
リファレンスゲノムとしては、クレブシエラ・ニューモニエについてはＮＣ＿００９６４８およびクレブシエラ・オキシトカについてはＮＣ＿０１６６１２（ＮＣＢＩで注釈付けされた）を、最適であると決定した。
【０２５７】
変異を、該遺伝子に適合させ、アミノ酸変化を計算した。様々なアルゴリズム（ＳＶＭ、ホモロジーモデリング）を用いて、おそらく病原性／耐性を有するアミノ酸変化をもたらす変異を計算した。
【０２５８】
全体として、１５７６個のクレブシエラ属種の異なる臨床分離株、具体的にはクレブシエラ・ニューモニエについて１１７６個およびクレブシエラ・オキシトカについて４００個の全ゲノムおよびプラスミドをシーケンシングし、上述の２１個の処置形態に対する古典的な抗菌薬感受性試験（ＡＳＴ）を、全ての生物に対して行った。古典的なＡＳＴより、それぞれ１１７６または４００行（分離株）および２１列（２１個の薬剤に対するＭＩＣ値）の２つの表が得られた。各表の入力は、個々の分離株および個々の薬剤に対するＭＩＣを含有した。該遺伝子データをＮＣＢＩ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)で注釈付けされたクレブシエラ属の様々なリファレンスゲノムにマッピングし、最良のリファレンスをアライメントについてのテンプレートとして選択した−クレブシエラ・ニューモニエについてはＮＣ＿００９６４８、およびクレブシエラ・オキシトカについてはＮＣ＿０１６６１２（ＮＣＢＩで注釈付けされた）。さらに、アセンブリングを実行し、配列決定したゲノムがリファレンスゲノムとなるための全ての品質基準を満たすことを確認した。
【０２５９】
次に、遺伝子変異体を評価した。本手法により、列に遺伝子部位を、それぞれ１１７６行または４００行に同じ分離株を有する表を得た。各表の入力は、個々の分離株に対する、個々の部位における遺伝的決定因子（Ａ、Ｃ、Ｔ、Ｇ、小さな挿入および欠失、・・・）を含有した。
【０２６０】
次のステップにおいて、様々な統計検定を行った
１）耐性／感受性を遺伝子部位と比較するために、分割表を計算し、フィッシャー検定を用いて有意性を決定した。
２）異なる部位を互いに比較するために、異なる遺伝子部位間の相関関係を計算した。
３）遺伝子量効果、例えば（ゲノムまたはプラスミドにおける）遺伝子の減少または増加を検出するために、耐性および非耐性分離株について各部位でのカバー率（すなわち、現行の位置に対してどれだけの数の読み取りデータマップが得られたか）を計算した。
【０２６１】
該データより、まず初めに、最良のｐ値を有する遺伝子を、変異のリスト、並びに、相関する抗生物質耐性のリストに対して選択し、それぞれ表１ａおよび１ｂ、並びに表２ａおよび２ｂで表した。
【０２６２】
全ての遺伝子部位、薬剤、薬剤クラス、影響を受けた遺伝子などの完全なリストは、表３ａおよび３ｂおよび４ａ、４ｂ、４ｃ、４ｄ、４ｅおよび４ｆにおいて提供され、ここで、表３ａは表１ａに対応し（クレブシエラ・ニューモニエについて）、表３ｂは表１ｂに対応し（クレブシエラ・オキシトカについて）、また、それらは、遺伝子において変異を決定した後に最低のｐ値を有する遺伝子を表す。表４ａ、４ｂおよび４ｃ（クレブシエラ・ニューモニエについて）並びに表４ｄ、４ｅ、および４ｆ（クレブシエラ・オキシトカについて）はそれぞれ、表２ａおよび２ｂに対応し、変異を個々の抗生物質に対する抗生物質耐性と相関させた後に最低のｐ値を有する遺伝子を表す。
【０２６３】
さらに、ほとんどの抗生物質薬を有する各抗生物質クラス、並びに各抗生物質に対する最良のｐ値を有するデータを評価し、表５ａ、５ｂ、６ａ、６ｂ、７ａ、７ｂ、８、９ａ、９ｂ、１０ａおよび１０ｂに開示した。
【０２６４】
表３−１０ｂにおいて、列は、以下のように指定した：
遺伝子名:影響を受けた遺伝子；
ＰＯＳ：エンテロバクターリファレンスゲノムにおけるＳＮＰ／変異体のゲノム位置（上記参照）；
ｐ値: フィッシャー直接検定を用いて計算された有意性値（ＦＤＲ(Benjamini Hochberg)法により決定される(Benjamini Hochberg, 1995)）；
ジェンバンクタンパク質アクセッション番号：遺伝子に対応するタンパク質の（ＮＣＢＩ）アクセッション番号
【表２４】
2017535250.tif 000026
【表２５】
2017535250.tif 000027
【表２６】
2017535250.tif 000028
【表２７】
2017535250.tif 000029
【表２８】
2017535250.tif 000030
【表２９】
2017535250.tif 000031
【表３０】
2017535250.tif 000032
【表３１】
2017535250.tif 000033
【表３２】
2017535250.tif 000034
【表３３】
2017535250.tif 000035
【表３４】
2017535250.tif 000036
【表３５】
2017535250.tif 000037
【表３６】
2017535250.tif 000038
【表３７】
2017535250.tif 000039
【表３８】
2017535250.tif 000040
【表３９】
2017535250.tif 000041
【表４０】
2017535250.tif 000042
【表４１】
2017535250.tif 000043
【表４２】
2017535250.tif 000044
【表４３】
2017535250.tif 000045
【表４４】
2017535250.tif 000046
【表４５】
2017535250.tif 000047
【０２６５】
抗生物質／薬剤クラス、変異と相関する有意な抗生物質の数（全ての抗生物質に対して、または、特定のクラスに対して）、並びに相関する抗生物質が、表中に表されている。
【０２６６】
ｐ値を、４つの欄による分割表に基づくフィッシャー直接検定を用いて計算した：＃サンプル 耐性／野生型；＃サンプル 耐性／変異型；＃サンプル 非耐性／野生型；＃サンプル 非耐性／野生型
【０２６７】
該検定は、４つの欄におけるサンプルの分布に基づく。均一な分布は有意性を示さず、一方、２つの欄へのクラスタリングは有意性を示す。
【０２６８】
次の結果が、クレブシエラ・ニューモニエについて得られた：
−遺伝子部位と抗菌剤との間の全部で３８，２２５の異なる相関関係が検出された（ｐ値＜１０−１１）。
−これらの最大の部分は点変異（すなわち一塩基置換）であった
−達した最高の有意性は、ＹＰ＿００１３３７０６３．１における、特にＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿００９６４８に関して位置３７６３２１０における、特にコドン変化ａＧｃ／ａＴｃである変異に対して、１０−１５９であった
−これらの他に、最大４塩基の挿入または欠失を発見した
−さらに、耐性に関する５つの異なる薬剤クラスについての潜在的遺伝子検査が見出された
・βラクタム系（ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、モノバクタムを含む）
・キノロン系、特にフルオロキノロン系
・アミノグリコシド系
・ポリケチド系、特にテトラサイクリン系
・葉酸合成阻害剤
−全ての試験した薬剤／薬剤の組み合わせについての潜在的遺伝子検査が見出された：
アモキシシリン／クラブラン酸、アンピシリン、アンピシリン／スルバクタム、アズトレオナム、セファゾリン、セフェピム、セフタジジム、セフロキシム、セファロチン、イミペネム、ピペラシリン／タゾバクタム、シプロフロキサシン、レボフロキサシン、ゲンタマイシン、トブラマイシン、テトラサイクリン、トリメトプリム／スルファメトキサゾール
−４，０５３個の異なる遺伝子において、変異が観察された
【０２６９】
次の結果が、クレブシエラ・オキシトカについて得られた：
−遺伝子部位と抗菌剤との間の全部で７４，０８８の異なる相関関係が検出された（ｐ値＜１０−１１）。
−これらの最大の部分は点変異（すなわち一塩基置換）であった
−達した最高の有意性は、ＹＰ＿００５０２１１７３．１における、特にＮＣＢＩで注釈付けされたリファレンスゲノムＮＣ＿０１６６１２に関して位置５６４５６１１における、特にコドン変化ａＣｔ／ａＴｔである変異に対して、１０−６７であった
−これらの他に、最大４塩基の挿入または欠失を発見した
−さらに、耐性に関する４つの異なる薬剤クラスについての潜在的遺伝子検査が見出された
・βラクタム系（ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、モノバクタムを含む）
・キノロン系、特にフルオロキノロン系
・ポリケチド系、特にテトラサイクリン系
・葉酸合成阻害剤
−試験した薬剤／薬剤の組み合わせについての潜在的遺伝子検査が見出された：
アモキシシリン／クラブラン酸、アンピシリン、アンピシリン／スルバクタム、アズトレオナム、セファゾリン、セフェピム、セフタジジム、セフロキシム、セファロチン、イミペネム、ピペラシリン／タゾバクタム、シプロフロキサシン、レボフロキサシン、ゲンタマイシン、トブラマイシン、テトラサイクリン、トリメトプリム／スルファメトキサゾール
−４，５９９個の異なる遺伝子において、変異が観察された
【０２７０】
実施例２
１，１７６個のクレブシエラ・ニューモニエ分離株に加えて、感受性試験および全体のゲノムシーケンシングのために、他に記載されないかぎり実施例１に記載したのと同じ方法で全ゲノム次世代シーケンシングを用いて、Siemens Healthcare Diagnostics (West Sacramento, CA)の微生物菌株コレクション由来の１，１６２個の病原性大腸菌分離株の遺伝子プロファイルを作成した。同じ分離株に対して、現在のゴールドスタンダードとして２１個の異なる薬剤についての、培養による耐性試験を行った。次に、遺伝子型と耐性プロファイルとの間のゲノムワイド相関を計算した。遺伝子のデータおよび培養によるデータの体系的な分析に続いて、一般的な耐性メカニズムを同定するために両方の属を比較した。
【０２７１】
データ解析
データ解析を、以下の違いを除いて、実施例１のように大腸菌について行った。
【０２７２】
さらなる解析のために、非同義の変化を有する位置と、ｐ値＜１０−９を考慮した。分割表に基づき、精度（ＡＣＣ）、感度（ＳＥＮＳ）、特異度（ＳＰＥＣ）、および陽性／陰性的中率（ＰＰＶ／ＮＰＶ）を計算し、図２に示した。図２は、フィッシャーの直接検定の算出のための例示的な分割表および、精度、感度、特異度、陽性的中率（ＰＰＶ）、および陰性的中率（ＮＰＶ）の測定値を示している。数字は大腸菌におけるアミノ酸置換Ｓ８３Ｌ（ＧｙｒＡ）およびシプロフロキサシンに対して与えられている。
【０２７３】
大腸菌に対して、遺伝子範囲はリファレンスアセンブリーＮＣ＿０１０４７３．ｇｆｆから抽出された。
【０２７４】
我々は、薬剤耐性と有意に相関する（ｐ＜１０−９）大腸菌ゲノムにおける２５，６４６個の非同義の部位を報告する。最高の有意性は、薬剤標的ＤＮＡジャイレースＡにおけるアミノ酸（ＡＡ）置換Ｓ８３Ｌについて、薬剤シプロフロキサシンおよびレボフロキサシンに対して達成された（ｐ＝１０−２３５、精度、特異度および感度：９８％、９９％、および９４％）。２番目に有意な関連は、キノロン系抗生物質の別の標的である、ＤＮＡトポイソメラーゼＩＶ サブユニットＡ（ＰａｒＣ）のＳ８０Ｉについて観察された（ｐ＝１０−１９６）。
【０２７５】
実施例３
大腸菌（実施例２）およびクレブシエラ・ニューモニエ（実施例１から）における変異を、高い類似性を有する遺伝子において比較するために、初めに、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエ由来の全てのアミノ酸配列で、対でのタンパク質ＢＬＡＳＴを行った。その後、少なくとも８０％陽性を有する一致（同一のＡＡ（アミノ酸）および同様の特性を有するＡＡ）、および、少なくとも９０％の長さのアラインメントと重複を有する、比較するとより小さな配列を選別した。さらなる選別ステップにおいて、両方の遺伝子の正式な遺伝子名が同じであるマッピングのみを継続した。大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエにおいて、薬剤耐性と関連し、現在重複する変異を見つけるために、両方の生物の遺伝子名およびアミノ酸置換を抽出して、２つのリストを交差させた。結果として得られたリストを、機能的に類似するヒットだけを維持するために、さらにＢＬＡＳＴリスト由来の遺伝子名と一致させた。
【０２７６】
大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエ分離株の耐性分類を、分類上の特徴として非同義のＳＮＰを用いて行った。各サンプルについて、欠側値を有する特徴の数を計算した。２５％を超える欠測データを有する分離株を除去したところ、それぞれ、大腸菌については１，１５１サンプル、クレブシエラ・ニューモニエについては１，１７６サンプルとなった。
【０２７７】
耐性についての予測を改善するために、変異の組み合わせが用いられ得る。従って、モデル訓練および予測のためのＲパッケージrpartを用いて、サンプルを各薬剤に対して別々に耐性または非耐性としてそれぞれ分類するために、決定木を構築した。サンプルを、欧州抗菌薬感受性試験法検討委員会（the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing）のブレークポイントの表(EUCAST, Version 4.0, 2014, Enterobacteriaceae)に基づき、各２１の薬剤について、耐性または非耐性として分類した。２１個の薬剤のうち３個（セファロチン、セファゾリン、およびテトラサイクリン）は、EUCAST表で特定されるブレークポイントを持たないため、耐性予測については考えなかった。さらに、データセットにおいて１０個未満の耐性分離株を有する薬剤（大腸菌についてはメロペネム、イミペネム、クレブシエラ・ニューモニエについては無し）を除いた。該分類子が、独立したデータセットにいかによく一般化し得るかを評価するために、５倍のクロスバリデーション（繰り返し１０回）を実行し、平均の性能値および標準偏差を算出した。その後、完全なデータセットについて最終モデルを構築した。クラス不均衡を説明するために、クラス比率に関して算出した損失行列を用いて、決定木を構築する。
【０２７８】
大腸菌については、結果は上記の実施例２に記載している。クレブシエラ・ニューモニエについては、薬剤耐性と相関する上述の部位を報告している。これらは大腸菌の変異に高度な一致を示した。５５個の場合において、同一のＡＡ置換が見られた。一例は、最も有意な、ＰａｒＣにおけるクレブシエラ・ニューモニエＡＡ置換Ｓ８０Ｉである（ｐ＝１０−１６０、精度、特異度、および感度：９７％、１００％、および８３％）。単一のＡＡ置換の他に、いくつかの遺伝子の遺伝子量効果、例えば、耐性分離株についてのクレブシエラ・ニューモニエにおけるβラクタマーゼのカバー率の増加を発見した。
【表４６】
2017535250.tif 000048
【０２７９】
実施例１由来のクレブシエラ・ニューモニエおよび実施例２由来の大腸菌についてのさらなる結果、並びに、これらの種についての結果を比較する実施例３由来のさらなる結果が、以下に提供される。
【０２８０】
病原菌の遺伝子耐性メカニズムの理解を改善するために、１，１６２個の大腸菌および１，１７６個のクレブシエラ・ニューモニエ分離株、および５個の異なる薬剤クラス：βラクタム系、フルオロキノロン系、アミノグリコシド系、テトラサイクリン系、および葉酸合成阻害剤に属する２１個の抗菌薬について、培養によるＡＳＴを行った。薬剤の完全なリストは上記の通りであり、また、以下の表１３でもまた提供している。大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエの、並びにまたクレブシエラ・オキシトカの分離株の、完全なリストが利用可能であるが、本明細書には挙げていない。同じ分離株について、全体のゲノムシーケンシングおよび、培養による耐性試験に対する遺伝子変異体のゲノムワイド相関を行い、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエの結果を比較した。
【０２８１】
大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエゲノムの最も有意な部位
ゲノムワイド有意性スコア（significance score）を計算するために、１，１６２個の大腸菌ゲノムを全て、リファレンス株ＤＨ１０Ｂに対してマッピングした。各ゲノム位置について、各サンプルの塩基を決定し、品質選別を通過し、少なくとも１つのサンプルが非参照塩基（non-reference base）を有する９７３，２２６個の部位を発見した。個々の部位を、フィッシャーの直接検定を用いて、２１個の薬剤に対するＡＳＴデータと相関させた。我々の解析により、遺伝的変異が有意に少なくとも１つの薬剤と相関し（ｐ値＜１０−９）、点変異および小さな挿入および欠失を含むＡＡ配列における変化をもたらす、２５，６４６個の部位が明らかになった。ＧｙｒＡにおけるＡＡ置換Ｓ８３Ｌおよび薬剤シプロフロキサシンについて、最高の有意性に達した（ｐ＝１０−２３５）。注目すべきことに、ＧｙｒＡはシプロフロキサシンの標的の１つである。この位置について、３つのＡＡ置換、Ｓ８３Ｌ、Ｓ８３Ｗ、Ｓ８３Ａが、ＵｎｉＰｒｏｔにおいて、キノロンに耐性を与えるとして、注釈付けされている。ここでは、１，１３９個のサンプルが、それぞれ９８．０％、９９．４％、および９３．８％の精度、特異度、および感度に対応して正確に同定されたが、５個の擬陽性サンプル（０．４％）および１８個の擬陰性サンプル（１．６％）のみが発見された（図２参照）。同様に、ＧｙｒＡの２番目に有意な部位、Ｄ８７Ｎ／Ｄ８７Ｙは、ちょうど１２個の擬陽性および１０個の擬陰性を示した。それぞれのｐ値は１０−２０６で、精度は９８．１％であった。さらに、この部位に対してＤ８７Ｎ置換は、ＵｎｉＰｒｏｔにおいてキノロン耐性を与えるとして注釈付けされている。第二のシプロフロキサシン標的ＰａｒＣに位置する三番目および四番目に有意な部位に対して（Ｓ８０Ｉ、Ｅ８４Ｇ）、耐性に関する変異体もまた記述されている。図３において、ＧｙｒＡ（Ｓ８３／Ｄ８７）およびＰａｒＣ（Ｓ８０）において変異体を有さないサンプル、ＧｙｒＡ Ｓ８３またはＤ８７のいずれかにおいて１つだけ変異を有しＰａｒＣには有さないサンプル、ＧｙｒＡの両方に変異を有しＰａｒＣには有さないサンプル、および全ての３つの変異を有するサンプルに対して、シプロフロキサシンに対するＭＩＣの平均値および標準偏差を提示する。平均のＭＩＣの値は、変異なしまたは単一の変異に対する１．０未満から、二重または三重の変異に対する７．８を超える値まで上昇し、単一の変異の蓄積効果がより高い耐性レベルに達することを強調している。
【０２８２】
ＩＩ型トポイソメラーゼ薬剤標的（ＧｙｒＡ／ＰａｒＣ）における変異の他に、遺伝子ｙｇｉＦ（Ａ１１０Ｔ、ｐ＝１０−６７、ａｃｃ＝８６％、ｓｐｅｃ＝８９．５％、ｓｅｎｓ＝６９．９％）およびｙｇｊＭ（Ａ６８Ｖ、ｐ＝１０−６３、ａｃｃ＝８９．９％、ｓｐｅｃ＝９４．４％、ｓｅｎｓ＝６７．１％）における変異もまた高い有意性を有する。上述のＡＡ置換と比較して、これらの２つの部位は、感度および陽性的中率（ＰＰＶ）の実質的な減少を示す。ＧｙｒＡおよびＰａｒＣにおける４つのＡＡ置換に対するＰＰＶは９４．８％ないし９８．２％であったが、これらの２つの置換のＰＰＶは５９．０％および７０．８％にまで減少した。このことは、ＡＡ置換が行われて耐性である尤度は、ＡＡ置換が行われて感受性である尤度とほぼ同程度高いことを意味し、個々のＡＡ置換が原因となる確率を制限している。
【０２８３】
潜在的に薬剤耐性の原因となる他のＡＡ置換を発見するために、全２５，６４６部位のリストを選別した（少なくとも１５０個の耐性大腸菌分離株がＡＡ置換を保持している、ＮＰＶ＞５０％、ＰＰＶ＞７５％）。本選別により、表１４に示す１２７個の候補部位が明らかになった。
【表４７】
2017535250.tif 000049
【表４８】
2017535250.tif 000050
【表４９】
2017535250.tif 000051
【表５０】
2017535250.tif 000052
【表５１】
2017535250.tif 000053
【表５２】
2017535250.tif 000054
【表５３】
2017535250.tif 000055
【表５４】
2017535250.tif 000056
【表５５】
2017535250.tif 000057
【表５６】
2017535250.tif 000058
【表５７】
2017535250.tif 000059
【表５８】
2017535250.tif 000060
【０２８４】
既に記載のＧｙｒＡおよびＰａｒＣにおける置換の他に、様々なβラクタムに対する予測耐性に関連するＹｄｊＯにおけるＡＡ置換を発見した（Ｖ１２１Ｅ、Ｓ１２０Ｃ、Ｖ１１８Ｆ、Ｉ１１４Ｖ、Ｋ１１１Ｅ、およびＤ１１２Ｎ）。同様に、ラクタムについて、ＹｃｂＳ（Ｅ８４８Ｑ、８４８＊）、ＲｈｓＣ（Ｒ７１７Ｑ、Ｗ４９２Ｃ）、ＹｃｂＱ（Ｔ８６Ｉ）、ＹａｇＲ（Ｓ２７４Ｔ）、およびＹｅａＵ（Ｎ２９３Ｋ）におけるＡＡ置換を報告する。最後に、ＹｈａＬにおける、キノロン、テトラサイクリン、およびラクタムに関するＡＡ置換を発見した（全部で２３個の異なる部位）。
【０２８５】
全２１個の薬剤が、薬剤耐性とゲノムワイド相関を示すかどうかをチェックするために、各薬剤に対して最も有意な非同義のＡＡ置換を調査した（ｐ値閾値＜１０−９）。試験した２１個の薬剤のうち、２個のみ（イミペネム、メロペネム）が、このような低いｐ値のＡＡ置換と関連していないことがわかった。興味深い事に、ＧｙｒＡにおけるＳ８３Ｌ変異が、１５個の薬剤において優勢な置換である。しかしながら、ＧｙｒＡがその標的である薬剤シプロフロキサシンおよびレボフロキサシンについて、ｐ値は、残りの１３個の薬剤に関連するこの変異に対するｐ値よりもはるかに低かった（＞１０−６２対＜１０−２０９）。その上、これらの場合、感度および／またはＰＰＶにおいて有意な減少もまた観察された：ＧｙｒＡが標的でない薬剤に対して、感度またはＰＰＶのいずれかは５５％を下回り、これらの測定値が真の標的における変異を他と分けるのに有効であることを示す。
【０２８６】
類似的に、作成されたＮＧＳ読み取りデータを、リファレンス株ＭＧＨ７８５７８（ＮＣ＿００９６４８）に対してマッピングすることにより、１，１７６個のクレブシエラ・ニューモニエ分離株（ｐ値閾値＜１０−９）を解析した。品質フィルターを通過し、少なくとも１つのサンプルが非参照塩基を有する１，４５６，０７４個のゲノム位置を発見した。遺伝子変化データをＡＳＴデータと相関させた後、非同義の変異体をコードし、少なくとも１つの薬剤と関連する４０，８９６個の特有のゲノム位置が残った。（ＦＤＲ調整の前の）最も高い有意性は、キノロン系のシプロフロキサシン（ｐ＝１０−１６０）およびレボフロキサシン（ｐ＝１０−１４２）についてのＰａｒＣにおけるＡＡ置換Ｓ８０Ｉにおいて達していた。これらの２つの薬剤の第二の標的、ＧｙｒＡは、ＡＡ置換Ｙ８３Ｎに対して最低のｐ値を示す（シプロフロキサシンについてはｐ＝１０−１１２、レボフロキサシンについてはｐ＝１０−１１１）。その上、βラクタマーゼＳＨＶ−１１としてもまた知られるＫＰＮ＿０１６０７において、有意に全ての試験した薬剤と関連する２つの位置（Ｇ２３４Ｓ、Ｅ２３５Ｋ）を検出したが、特に薬剤クラスラクタム系に対しては低いｐ値に達していた。ここでは、セフォタキシムはＧ２３４Ｓに対して最低のｐ値（１０−１２２）に達し、アズトレオナムはＥ２３５Ｋに対して最低のｐ値（１０−１２１）に達する。
【表５９】
2017535250.tif 000061
【０２８７】
次のステップにおいて、該２つの属の機能的に同様のタンパク質において変異の重複が存在するかどうかを評価した。興味深いことに、少なくとも１つの薬剤と有意に関連したタンパク質を考慮した場合、大腸菌並びにクレブシエラ・ニューモニエにおいて影響を受けた１，７４６個のタンパク質の重複（同一の正式名称、および、ＢＬＡＳＴにおけるペアワイズ比較において８０％を超えるポジティブ（positive））を見出した。これらのタンパク質における正確なＡＡ置換に解析を広げ、両生物で同一の５５個の変異位置の重複をさらに検出した。これらの間で、一般的な変異は、例えばＧｙｒＡにおけるＤ８７ＮおよびＤ８７Ｙ、並びにＰａｒＣにおけるＳ８０ＩおよびＳ８０Ｒである。さらに、これらのタンパク質の多くは、多種多様な代謝経路、例えばチアミン代謝（Ｄｘｓ、ＴｈｉＣ、ＴｈｉＥ、ＴｈｉＭ）またはプリン代謝（ＣｙｓＤ、ＰｕｒＨ、ＰｕｒＫ、ＰｕｒＬ、ＹｊｊＧ）と関連している。該タンパク質および同一のＡＡ置換の完全なリストは、表１５において見つけることができる。
【０２８８】
既知の薬剤標的における変異
前項において、既に、薬剤標的における高度に有意な変異を報告した。これらの他に、他の既知の薬剤標的におけるＡＡ置換について、体系的に調べた。大腸菌については、薬剤と有意に関連するこれらのＡＡ置換を、９個のケースで検出した。クレブシエラ・ニューモニエについては、１０個の薬剤標的におけるＡＡ置換をそれぞれ発見した。既に記載のＰａｒＣおよびＧｙｒＡにおける重複に加えて、タンパク質ＦｏｌＣ、ＭｒｃＢ、およびＰｂｐＣにおける置換が、両方の属で重複していた。影響を受けた部位の完全なリストが、表１６において提供される。
【表６０】
2017535250.tif 000062
【表６１】
2017535250.tif 000063
【０２８９】
大腸菌における、最も影響を受けた遺伝子および多剤耐性部位
次に、ゲノムにおける非同義変異体の分布を解析し、変異は大腸菌遺伝子上に均一に分布していないことを示し、その詳細を図４に示した：例えば、ｙｆａＬ、ｆｈｕＡ、ｙｅｈＩ、ｙｊｇＬ、およびｙｅｅＪは、遺伝子当たり１２０個を超える非同義変異体を保持しており（図４Ａ）；ｙｆａＬにおいて、１８２個もの有意な置換を発見した。多剤耐性に関連のある部位を発見するために、少なくとも３個の薬剤クラスと関連して有意なＡＡ置換の数を計算し（図４Ｂ）、各遺伝子に対する個々の部位の数を図４Ｃにプロットした。平均で、全ての有意な部位の３５％が、少なくとも３個の薬剤と関連していた。３個の遺伝子、ｙｆａＬ、ｙｅｈＩ、およびｙｊｇＬが、最高のＡＡ置換の数を有したが、ｙｊｇＮは多剤耐性と関連する部位の数が実質的に多く（６４部位のうち５３部位、８３％）、一方、ｙｅｅＪ（１２２部位のうち１５部位、１２％）およびｆｈｕＡ（１６６部位のうち１２部位、７％）は、複数の薬剤クラスに関連のある部位が予想より少ない。ｙｊｇＮにおいて、複数の薬剤クラスと有意に関連している位置は、該遺伝子の末端領域に集中していた（図４Ｄ）。まとめると、図４は以下を示す：
パネルＡ：最多数の有意な部位を有する大腸菌遺伝子の棒グラフ。パネルＢ．少なくとも３個の薬剤と相関する有意な部位を最多数有する大腸菌遺伝子の棒グラフ。パネルＣ．該遺伝子における有意な部位の総数の関数として、少なくとも３個の薬剤と相関する有意な部位の数を、各遺伝子について示す散布図。パネルＤ．ｙｊｇＮについての遺伝子に沿ったプロット。遺伝子配列に沿った有意な部位をドットで示し、ｙ軸は個々の部位にとって有意な薬剤クラスの数を示している。下には、該膜貫通タンパク質の、いわゆるスネークプロットを示し、影響を受けたアミノ酸は色付けされている。
【０２９０】
決定木により耐性を予測するための、変異の組み合わせの解析
ｇｙｒＡおよびｐａｒＣの例について既に言及したように、単一の変異はしばしば、ある種の薬剤に対して耐性を付与するのに十分ではなく、複数の変異が累積性の効果を有し得る（図３参照）。さらに、完全なデータセットについて最適な閾値を選択したため、単一部位に対する精度、特異度、および感度は、実際の能力を過大評価し得る。それゆえ、EUCAST MICブレークポイントに従い規定された耐性について学習した決定木を適用し、変異の組み合わせに頼った本手法を、５分割のクロスバリデーションを１０反復用いることにより評価した。
【０２９１】
EUCASTガイドラインよると本データセットにおけるいくつかの薬剤に対する耐性大腸菌サンプルが比較的少ないために、ここではクレブシエラ・ニューモニエに着目する。予想通り、単一の変異およびクラス不均衡についての上述した最適なシナリオのために、有意に改善された予測精度は概して観察されなかった。単一の変異についての特異度の中央値は９８．９％であったが、感度は６１．３％にすぎなかった。決定木について、特異度は依然として９４％であったが、感度は有意に７５％まで増加した。分類精度は、７６．８％（アンピシリン／スルバクタム）から９６．１％（メロペネム）の範囲内であった。注目すべきことに、アンピシリン／スルバクタム以外の全ての薬剤は、８０％を超える精度に達した。６個の薬剤に対しては、９０％閾値さえ上回った。ツリーサイズ（tree size）は、１個から最大９個の変異の間で変化し（補足図１）、また、全体では１３個の異なる遺伝子におけるちょうど１４個の変異が、全ての木の構築に必要であった。
【０２９２】
遺伝子量効果の解析
薬剤耐性の潜在的原因は、遺伝子の重複または欠失であり、このことは、耐性および感受性の分離株の群における様々な遺伝子の読み取りカバー率（read coverage）を調べることにより、我々のデータセットにおいて観察され得る。カバー率の違いを推定するために、２つの群における遺伝子当たりの正規化したカバー率の中央値についてのＡＵＣ値を計算した。全体では、耐性と感受性の大腸菌の間で１０個の遺伝子の遺伝子カバー率において、ＡＵＣ＞０．７５をもたらす２３例の異常な違いを発見した（図４Ａ）。３つのβラクタムと２つのキノロンについての関係を報告する。中心的な遺伝子は、推定上のＳ−メチルメチオニントランスポーターおよびホモシステインＳ−メチルトランスフェラーゼをそれぞれコードするｍｍｕＰおよびｍｍｕＭであり、これらに対するカバー率は、５つの全ての薬剤に対して耐性である細菌において実質的に高い。レボフロキサシンおよびシプロフロキサシンに耐性である株において、挿入因子のレギュレーターである内膜タンパク質ＹｉｅＩおよびＩｎｓＮ−１は、同様に、より豊富であった。対照的に、グルコシルトランスフェラーゼＹａｉＰ、ＹａｉＯ、外膜タンパク質ＮｍｐＣおよびＤＮＡ結合転写制御因子ＭｎｇＲをコードする遺伝子は、これらの薬剤に耐性である株において、カバー率が低かった。詳細は図５に示しており、図５は以下を示す：パネルＡ：薬剤を四角形で示し、個々の薬剤についての耐性が示されている場合に、より高い、または低いカバー率を有する大腸菌遺伝子を円で示している、ネットワーク図。パネルＢおよびＣ：染色体に沿ったプロットの２つの例。
【０２９３】
図５Ｂおよび５Ｃは、シプロフロキサシンに耐性である株における、カバー率がより低いｙａｉＰと、カバー率がより高いｍｍｕＰのカバー率プロットの例を示す。最良の診断精度は、シプロフロキサシンおよび遺伝子ｍｍｕＰに対して達成され、ＡＵＣ値は０．９２３であり、この量的な情報が耐性および感受性の株の間の正確な分離を可能にすることを示した。
【０２９４】
クレブシエラ・ニューモニエについて、ＡＵＣ＞０．７５をもたらす、遺伝子カバー率における２１６例の異常な差異を見つけた。薬剤の組み合わせ、トリメトプリムとスルファメトキサゾールの薬剤の組み合わせを除いた全ての薬剤と３２の異なる遺伝子に対して、薬剤／遺伝子量の組み合わせを見つけた。薬剤メロペネムおよび遺伝子ｒｍｌＣについて、０．９０の最良のＡＵＣ値が観察された。薬剤エルタペネム、イミペネム、およびアモキシシリンクラブラン酸は、同遺伝子に対して、０．８９のＡＵＣ値とほぼ同程度の高さに達した。合計で、本遺伝子は、最多数の薬剤（１７個）と関連している。本遺伝子のカバー率は、これらの薬剤に耐性である細菌において低い。さらに、１４個の薬剤と関連のある遺伝子ＫＰＮ＿０１６０７を見出し、ここでは、アズトレオナムが最良のＡＵＣ値０．８５を有した。本遺伝子に対するカバー率は、これらの薬剤に対する細菌において、概して高い。大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエについてのＡＵＣ値の概要は、表１７および１８において見ることができる。
【表６２】
2017535250.tif 000064
【表６３】
2017535250.tif 000065
【表６４】
2017535250.tif 000066
【表６５】
2017535250.tif 000067
【表６６】
2017535250.tif 000068
【表６７】
2017535250.tif 000069
【表６８】
2017535250.tif 000070
【表６９】
2017535250.tif 000071
【表７０】
2017535250.tif 000072
【表７１】
2017535250.tif 000073
【表７２】
2017535250.tif 000074
【表７３】
2017535250.tif 000075
【０２９５】
大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエを用いる２つの実施例において、比較した２，３００を超える病原菌について、既知の薬剤標的における変異を強調し、耐性に対する新規の推定上の遺伝的な原因を提示する。単一のＡＡ置換を超えて、特に遺伝子量効果が、遺伝的耐性にとって非常に重要であると考えられる。両方の属を比較して、興味深いことに、薬剤耐性に関連する同一のＡＡ変異を発見した。
【０２９６】
本明細書において、薬剤耐性遺伝子の同定についての遺伝学的手法を検討し、ゴールドスタンダードとしてのＡＳＴとこれらの結果を注意深く比較した。
【０２９７】
包括的な研究において、１１６２個の大腸菌および１１７６個のクレブシエラ・ニューモニエ分離株について、全体のゲノムシーケンシングおよびＡＳＴを行った。多剤耐性、並びに重度の菌血症および敗血症を引き起こす頻度が増加していたために、病原性グラム陰性大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエに着目した。大腸菌／クレブシエラ・ニューモニエに対して効能を有する２１個の薬剤を選択することにより、臨床分離株の感受性について綿密な分析を行うことができた。全体で、大腸菌について２５，６４６個の有意な部位を、および、クレブシエラ・ニューモニエについて４０，８９６個の有意な部位を見出した（ｐ値＜１０−９）。我々の方法は、いくつかの既知の遺伝子／薬剤の組み合わせ：ｇｙｒＡ（シプロフロキサシン、レボフロキサシン）、ｐａｒＣ（シプロフロキサシン、レボフロキサシン）、ａｍｐＣ（セファロチン）、ｆｏｌＣ（トリメトプリムスルファメトキサゾール）、ｍｒｃＢ（セファゾリン）、ｐｂｐＣ（セファゾリン）、ｐｂｐＧ（セフタジジム）、ｆｔｓＩ（セファゾリン）、ｍｒｄＡ（セファゾリン）、ｄａｃＣ（エルタペネム）、ｄａｃＢ（エルタペネム、メロペネム）、およびｍｒｃＡ（エルタペネム、イミペネム、セフタジジム、セファゾリン）を正しく同定し、本手法をこれらの耐性メカニズムの検出に適したものにした。
【０２９８】
統計的に薬剤耐性に高度に関連する単一のヌクレオチドの変異体の同定の他に、散発性の耐性メカニズムとして、遺伝子の重複および欠失もまた見出した。大腸菌については２３例、クレブシエラ・ニューモニエについては２１６例に、両ゲノムにおけるこれらの構造変化の指標として、局所的な配列カバー率における変化が見られる。膜タンパク質または輸送タンパク質については、遺伝子量の増加または減少の両方が、薬剤が膜を透過できないようにすること、または、薬剤を細胞外により効率的に輸送することにより、薬剤感受性に影響を与えうるが、代謝酵素または転写因子の量の減少は本文脈において簡単には解釈できず、分離株の適応度（fitness）に関連するであろう。興味深いことに、クレブシエラ・ニューモニエについてβラクタマーゼＳＨＶ−１１（ＫＰＮ＿０１６０７）における変異を発見しただけでなく、耐性細菌ではカバー率が高いという本遺伝子の量効果もまた同定した。ＳＨＶ型耐性遺伝子はクレブシエラ・ニューモニエにおいて偏在性であると考えられるため、点変異は本酵素の活性の改善につながり得る。その上、多くのクレブシエラ属はまた、βラクタマーゼをコードするプラスミドを有している。ラクタマーゼの活性の改変並びに発現の増加は共に、ラクタム系に対する耐性の改善につながるであろう。Mendonca et al. (Mendonca, N., Ferreira, E., Louro, D., Participants, A. & Canica, M. Molecular epidemiology and antimicrobial susceptibility of extended- and broad-spectrum be-ta-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae isolated in Portugal. Int J Antimicrob Agents 34, 29-37 (2009))はまた、βラクタマーゼＳＨＶ−７３およびＳＨＶ−１０７においてＡＡ位置２３４および２３５の変異を同定したが、これらは我々がＳＨＶ−１１で見つけたＡＡ置換とは異なった。内在性のβラクタマーゼ活性のために、クレブシエラ・ニューモニエ株は、結果としてβラクタム化合物に低レベルの耐性を示す。このことはまた、我々がアンピシリンと有意に関連があると同定した多くの位置においても見られるが、ラクタム系に対する多数の耐性は他の耐性をカバーし得る。
【０２９９】
大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエが共に腸内細菌科のグループに属するために、両株において機能的に同様のタンパク質に生じ、我々の解析において薬剤に対する耐性と関連しているＡＡ変異を同定することを試みた。相同タンパク質において、全く同じＡＡ位置での５５個の変異を見出した。このことは、これらの関連する株間の耐性の進化的発達に対するさらなる洞察を与え得、また、新規の推定上の薬剤標的を示し得る。
【０３００】
我々の解析の精度を改善し得る別の情報源は、株特異的プラスミドである。これらのプラスミドに対してシーケンシングデータをマッピングすることは、さらなる耐性メカニズムについての我々の知識を広げるであろう。最初のアプローチとして、大腸菌シーケンシングデータのサブセットを、約３００個の大腸菌プラスミドに対してマッピングした。最大の変異率を有する遺伝子には、複製、プラスミド転移、およびメンテナンスに直接関連するｒｅｐＡ１、ｔｒｂＩ、ｐｓｉＢ、およびｔｒａＧがあり、耐性遺伝子の伝播を促進する能力を宿主に提供することにより、耐性の発達において間接的な役割を果たし得る。
【０３０１】
患者サンプルからの直接の病原菌同定および抗菌薬感受性試験の組み合わせのための遺伝子検査は、すぐに使用可能な結果に至る時間を、数日から数時間に、有意に減少させ得、それにより、標的化された処置が可能となる。さらに、本手法は、中枢の研究所に限られることはなく、個々の試験を可能にするケア装置のポイントが開発され得る。本方法およびコンピュータプログラム製品に沿ったこれらの技術が、例えば、集中治療室または一般的な入院での治療を改革し得る。さらに、リアルタイムの大流行モニタリングなどの応用でさえ、本方法を用いて達成され得る。
【０３０２】
単一の変異体のみを用いる代わりに、いくつかの変異の位置を組み合わせることは、予測精度を改善し、さらに他の因子により影響を受ける擬陽性の所見を減らし得る。
【０３０３】
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳに頼る手法と比較して、我々の遺伝学的手法は、ほぼ完全なゲノムを網羅し、従って、耐性に関連しているであろう潜在的なゲノム部位の同定を可能にするという利点を有する。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳはまた、細菌のタンパク質における点変異を同定するために用いられ得るが、この技術はタンパク質のサブセットを検出するのみで、全てのタンパク質が同様に十分網羅されるわけではない。その上、特定の関連する株の同定および差別化は、常に実行可能なわけではない。我々の遺伝学的方法は、ほぼ全ゲノムを網羅することを可能にし、分離株を耐性と感受性の群に分けるための、最良のブレークポイントを算出する。
【０３０４】
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳを用いる手法と比較して、本手法は、ほぼ完全なゲノムを網羅するために、耐性に関連しているであろう潜在的なゲノム部位の同定を可能にするという利点をさらに有する。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳはまた、細菌のタンパク質における点変異を同定するために用いられ得るが、この技術はタンパク質のサブセットを検出するのみで、全てのタンパク質が同様に十分網羅されるわけではない。その上、特定の関連する株の同定および差別化は、常に実行可能なわけではない。
【０３０５】
本方法は、分離株を耐性と感受性の群に分けるための、最良のブレークポイント算出することを可能にする。本発明者は、最良のブレークポイントの他に、異なるガイドライン（例えば、ヨーロッパおよび米国ガイドライン）により規定される値もまた考慮させる柔軟なソフトウエアツールを設計し、異なる国におけるＧＡＳＴの出願に備えた。
【０３０６】
本発明はさらに、本手法が、薬剤標的としてすでに知られている遺伝子における変異を同定でき、かつ、潜在的な新しい標的部位を検出できることを示す。
【０３０７】
全体のゲノムシーケンシングと実質的な培養による感受性試験を組み合わせる研究は、遺伝子型と薬剤耐性とのゲノムワイドの関連付けを初めて可能にする。しかしながら、ヒトのゲノムワイド相関解析（ＧＷＡＳ）に関しては、実質的なコホートが必要である。病原菌についての個々の手法は、現在の抗菌薬の、より良い、かつ、より個別化された利用を可能にする。さらに、遺伝子耐性メカニズムの理解の改善はまた、これらのメカニズムを標的とした新薬の開発を促進し得る。
【０３０８】
我々は、ゲノムワイド相関解析におけるＡＳＴと組み合わされた次世代シーケンシングが、薬剤標的として既に知られている遺伝子における変異を同定すること、並びに、潜在的な新しい耐性メカニズムおよびそれぞれの薬剤標的部位を検出することができることを示している。我々の結果によると、遺伝子量効果もまた、薬剤耐性に重要な役割を果たす。ここに提示されるパイプラインは、シュードモナス種のような他のグラム陰性細菌、およびまた黄色ブドウ球菌などのグラム陽性細菌の遺伝的耐性の調査にも、容易に適用され得る。
【０３０９】
本手法は、以下を可能にする。
ａ．１つの診断テストにおける、遺伝子同定のためのマーカーの同定とバリデーション、および感受性／耐性試験
ｂ．既知の薬剤標的および作用機序のバリデーション
ｃ．新しい治療のための推定上の新規の標的／第二の標的遺伝子につながる、潜在的に新規の耐性メカニズムの検出
【図１】
2017535250.tif 000076
【図２】
2017535250.tif 000077
【図３】
2017535250.tif 000078
【図４−１】
2017535250.tif 000079
【図４−２】
2017535250.tif 000080
【図４−３】
2017535250.tif 000081
【図４−４】
2017535250.tif 000082
【図５−１】
2017535250.tif 000083
【図５−２】
2017535250.tif 000084
【図５−３】
2017535250.tif 000085
【配列表】
2017535250000001.app
【国際調査報告】
2017535250.tif 000086
2017535250.tif 000087
2017535250.tif 000088
2017535250.tif 000089
2017535250.tif 000090
2017535250.tif 000091
2017535250.tif 000092