(57)【要約】本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法に応答性である可能性がある、膠芽腫を有する患者を特定かつ治療するための１つ以上のバイオマーカーの発現を検出する方法及び組成物を提供する。本発明は、本方法で使用するためのキット及び製品も提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があるかのどうかを決定する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、
（ｃ）前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答性である可能性が高いことを前記患者に知らせることと、を含む、前記方法。
【請求項２】
膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性を最適化する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、
（ｃ）前記抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を前記患者に行うことと、を含む、前記方法。
【請求項３】
膠芽腫を有する患者に対する療法を選択する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、
（ｃ）前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があると特定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法を選択し、前記選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであると前記患者に助言することと、を含む、方法。
【請求項４】
前記患者が、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記基準レベルが、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記患者から得られた前記生体試料における前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、ｍＲＮＡの測定によって検出される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記患者から得られた前記生体試料における前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、血漿タンパク質レベルの測定によって検出される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記生体試料が腫瘍組織である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の前記方法。
【請求項９】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも２つの発現を検出することを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも３つの発現を検出することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも４つの発現を検出することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも１３の発現を検出することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６の発現を検出することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも１４の発現を検出することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１の発現を検出することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちのすべての発現を検出することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がＡ４．６．１エピトープに結合する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記投与されるＶＥＧＦアンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がＡ４．６．１エピトープに結合する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体が可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含む、請求項２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記投与される化学療法薬がテモゾロミド（ＴＭＺ）である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が全生存期間（ＯＳ）の増加である、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記方法が、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があることが判明した患者が、非前神経型（ｎｏｎ−ｐｒｏｎｅｕｒａｌ  ｔｙｐｅ）の膠芽腫を有する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があるかのどうかを決定する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、を含む、前記方法。
【請求項３２】
膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性を最適化する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、を含む、前記方法。
【請求項３３】
膠芽腫を有する患者に対する療法を選択する方法であって、
（ａ）前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、前記患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子の発現を検出することであって、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、前記検出することと、
（ｂ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）前記基準レベルに対する、前記患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、前記比較することと、を含む、前記方法。
【請求項３４】
前記患者が、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記基準レベルが、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記患者から得られた前記生体試料における前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、ｍＲＮＡの測定によって検出される、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記患者から得られた前記生体試料における前記少なくとも１つの遺伝子の発現が、血漿タンパク質レベルの測定によって検出される、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記生体試料が腫瘍組織である、請求項３１〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも２つの発現を検出することを含む、請求項３１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも３つの発現を検出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記方法が、の前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも４つの発現を検出することを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも１３の発現を検出することを含む、請求項４１に記載の前記方法。
【請求項４３】
前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも３分の１の発現を検出することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちの少なくとも１４の発現を検出することを含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１の発現を検出することを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記方法が、前記患者由来の前記生体試料における前記遺伝子のうちのすべての発現を検出することを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項３１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がＡ４．６．１エピトープに結合する、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む、請求項３１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記投与されるＶＥＧＦアンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がＡ４．６．１エピトープに結合する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体が可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含む、請求項５１〜５５のいずれか一項に記載の前記方法。
【請求項５７】
前記投与される化学療法薬がＴＭＺである、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性が全生存期間（ＯＳ）の増加である、請求項３１〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
前記方法が、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現を検出することを含む、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があることが判明した患者が、非前神経型の膠芽腫を有する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
膠芽腫を有する患者の治療方法であって、前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することを含み、前記患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されている、前記方法。
【請求項６２】
膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性の最適化方法であって、前記患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されており、前記方法が、前記少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルの前記事前決定された変化に基づいて、前記抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を前記患者に行うことを含む、前記方法。
【請求項６３】
膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、前記患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化を、前記少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されており、前記方法が、前記少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルの前記事前決定された変化に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法を選択し、前記選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであると前記患者に提言することを含む、前記方法。
【請求項６４】
前記変化が、前記基準レベルに対する前記少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルの増加であり、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１である、請求項６１〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記変化が、前記基準レベルに対する前記少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルの減少であり、前記少なくとも１つの遺伝子が、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６である、請求項６１〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
前記患者が、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し、前記基準レベルが、前記患者集団における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項６１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
前記基準レベルが、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における前記少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである、請求項６１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む、請求項６２〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記投与されるＶＥＧＦアンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項６１または６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がＡ４．６．１エピトープに結合する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
前記投与される抗ＶＥＧＦ抗体がＶＨ及びＶＬを含み、前記ＶＨが配列番号２のアミノ酸配列を有し、前記ＶＬが配列番号１のアミノ酸配列を有する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、   （ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含む、請求項６１〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記投与される化学療法薬がＴＭＺである、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記患者が、非前神経型の膠芽腫を有する、請求項６１〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得るかどうかを決定するためのキットであって、
（ａ）ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、
（ｂ）ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される前記遺伝子のうちの少なくとも１つの前記発現レベルを決定するための前記ポリペプチドまたは前記ポリヌクレオチドの使用説明書であって、基準レベルに対する前記少なくとも１つの遺伝子の前記発現レベルの変化が、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得ることを示す、前記使用説明書と、を含む、前記キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されており、かつ参照により全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０１５年７月１４日に作成されたＡＳＣＩＩのコピーは、５０４７４＿０９６ＷＯ２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿７＿１４＿１５＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前であり、２，４８８バイトのサイズである。
【０００２】
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療の恩恵を受けることになる、膠芽腫を有する患者を特定するための方法を対象とする。
【背景技術】
【０００３】
膠腫は、すべての悪性脳及びＣＮＳ腫瘍の８１％を占める。特に、膠芽腫（多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、世界保健機関（ＷＨＯ）等級ＩＶの星状細胞腫）が悪性膠腫の６０％〜７０％を占め、依然として最も悪性度の高い膠腫サブタイプである。これは、主に成人に発症し（診断時年齢中央値：６４歳）、この発症率は、米国では１００，０００人に３．０５人であると推定されている。１年及び５年の全生存率はそれぞれ２９％及び３％であり、膠芽腫の予後は依然として著しく不良のままである（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｕｍｏｒ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ（２００５）（ＣＢＴＲＵＳ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｔｒｕｓ．ｏｒｇ））。
【０００４】
バイオマーカーの発現レベルの測定は、例えば抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療を含む特定の療法に応答することになる膠芽腫を有する患者を特定するための有効な手段であり得る。
【０００５】
どの膠芽腫患者がどの治療に応答するかを決定し、かつ単剤として使用されるか、他の薬剤と組み合わせられるかにかかわらず、かかる決定をＶＥＧＦアンタゴニストで治療される患者の有効な治療レジメンに組み込むための有効な手段が必要とされている。
【発明の概要】
【０００６】
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性がある、膠芽腫を有する患者を特定するための方法を提供する。これらの患者は、以下の遺伝子、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７）の発現レベルに基づいて特定される。
【０００７】
第１の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があるかを決定する方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、（ｃ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答性である可能性が高いことを患者に知らせることと、を含む、方法を提供する。
【０００８】
第２の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の有効性の最適化方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、（ｃ）抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことと、を含む、方法も提供する。
【０００９】
第３の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、（ｃ）患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があると特定された場合、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法を選択し、任意に、選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであると患者に提言することと、を含む、方法を含む。
【００１０】
上述の方法では、患者は、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し得、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の中央値発現レベルであり得る。これらの方法の他の実施形態では、この基準レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の中央値発現レベルであり得る。
【００１１】
患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現は、例えば、ｍＲＮＡレベル及び／または血漿タンパク質レベルを測定することによって検出され得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、少なくとも１つの遺伝子の平均値（平均）発現レベルであり得る。他の実施形態では、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。
【００１２】
生体試料は、例えば、腫瘍組織生検等の腫瘍組織または血漿試料であり得る。
【００１３】
本発明のこれらの方法は、患者由来の生体試料における少なくとも２つ、３つ、４つ、またはそれ以上の遺伝子の発現を検出することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における少なくとも１３の遺伝子の発現を検出することを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６の発現を検出することを含み得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における少なくとも１４の遺伝子の発現を検出することを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１の発現を検出することを含み得る。他の実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における２７すべての遺伝子の発現を検出することを含み得る。さらに他の実施形態では、これらの方法は、２７すべての遺伝子の発現を検出することと、患者由来の生体試料における少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上の異なる遺伝子の発現をさらに検出することとを含む。
【００１４】
上述の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体であり得る。抗ＶＥＧＦ抗体は、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【００１５】
上述の方法は、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップをさらに含み得る。投与されるＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【００１６】
上述の方法は、患者に、（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、投与される化学療法薬は、テモゾロミド（ＴＭＺ）である。
【００１７】
上述の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、全生存期間（ＯＳ）の増加または延長であり得る。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加または延長であり得る。
【００１８】
上述の方法のうちのいずれかでは、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可））の発現の検出を使用して、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある、非前神経型（ｎｏｎ−ｐｒｏｎｅｕｒａｌ  ｔｙｐｅ）の膠芽腫を有する患者を特定することができる。いくつかの実施形態では、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少は、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある、非前神経型の膠芽腫を有する患者を特定する。
【００１９】
第４の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があるかどうかを決定する方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、を含む、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、この第４の態様の方法は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答性である可能性が高いことを患者に知らせることをさらに含み得る。
【００２０】
第５の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の有効性の最適化方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、を含む、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、この第５の態様の方法は、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことをさらに含み得る。
【００２１】
第６の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、（ａ）患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する前に、患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することであって、少なくとも１つの遺伝子が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される、検出することと、（ｂ）少なくとも１つの遺伝子の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルと比較することであって、（ｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加、ならびに／または（ｉｉ）基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する、比較することと、を含む、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、この第６の態様の方法は、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を前記患者に行うことをさらに含み得る。
【００２２】
第４、第５、及び第６の態様の方法のうちのいずれかでは、患者は、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し得、基準レベルは、少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の中央値発現レベルであり得る。これらの方法の他の実施形態では、この基準レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の中央値発現レベルであり得る。
【００２３】
患者から得られた生体試料における少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現は、例えば、ｍＲＮＡレベル及び／または血漿タンパク質レベルを測定することによって検出され得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、少なくとも１つの遺伝子の平均値（平均）発現レベルであり得る。他の実施形態では、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。
【００２４】
生体試料は、例えば、腫瘍組織生検等の腫瘍組織または血漿試料であり得る。
【００２５】
本発明のこれらの方法は、患者由来の生体試料における少なくとも２つ、３つ、４つ、またはそれ以上の遺伝子の発現を検出することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における少なくとも１３の遺伝子の発現を検出することを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６の発現を検出することを含み得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における少なくとも１４の遺伝子の発現を検出することを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１の発現を検出することを含み得る。他の実施形態では、本発明の方法は、患者由来の生体試料における２７すべての遺伝子の発現を検出することを含み得る。さらに他の実施形態では、これらの方法は、２７すべての遺伝子の発現を検出することと、患者由来の生体試料における少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上の異なる遺伝子の発現をさらに検出することとを含む。
【００２６】
第４、第５、及び第６の方法のうちのいずれかでは、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体であり得る。抗ＶＥＧＦ抗体は、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【００２７】
上述の方法は、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップをさらに含み得る。投与されるＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【００２８】
上述の方法は、患者に、（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、投与される化学療法薬は、テモゾロミド（ＴＭＺ）である。
【００２９】
上述の方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、全生存期間（ＯＳ）の増加または延長であり得る。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への応答性は、例えば、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加または延長であり得る。
【００３０】
上述の方法のうちのいずれかでは、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可））の発現の検出を使用して、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある、非前神経型（ｎｏｎ−ｐｒｏｎｅｕｒａｌ  ｔｙｐｅ）の膠芽腫を有する患者を特定することができる。いくつかの実施形態では、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少は、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある、非前神経型の膠芽腫を有する患者を特定する。
【００３１】
第７の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者の治療方法であって、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することを含み、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されている、方法を特色とする。
【００３２】
第８の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性の最適化方法であって、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されており、該方法が、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの事前決定された変化に基づいて、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことを含む、方法を特色とする。
【００３３】
第９の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されており、該方法が、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの事前決定された変化に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法を選択し、選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであると患者に提言することを含む、方法を特色とする。
【００３４】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、変化は、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの増加であり得、少なくとも１つの遺伝子は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１であり得る。いくつかの実施形態では、この方法は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む。
【００３５】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、変化は、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの減少であり得、少なくとも１つの遺伝子は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６であり得る。いくつかの実施形態では、この方法は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む。
【００３６】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、患者は、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し得、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。
【００３７】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、基準レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。
【００３８】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、この方法は、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含み得、このＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み得、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【００３９】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、この方法は、患者に、（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、投与される化学療法薬は、テモゾロミド（ＴＭＺ）である。
【００４０】
第７、第８、第９の態様の方法のうちのいずれかでは、患者は、非前神経型の膠芽腫を有し得る。
【００４１】
第１０の態様では、本発明は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得るかどうかを決定するためのキットであって、（ａ）ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベル（例えば、平均値発現レベル）を決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドと、（ｂ）ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルを決定するためのポリペプチドまたはポリヌクレオチドの使用説明書であって、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの変化が、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得ることを示す、使用説明書とを含む、キットを特色とする。
【図面の簡単な説明】
【００４２】
【図１】ＡｖａＧｌｉｏ試験からの３３９の野生型ＩＤＨ１試料にわたる１９３の免疫関連遺伝子（行）のＮａｎｏｓｔｒｉｎｇデータを示すヒートマップである。遺伝子（行）をコンセンサスクラスタリングの結果に従って順序付けし、試料（列）をＰｈｉｌｌｉｐｓ  ＧＢＭサブタイプ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．９（３）：１５７−７３，２００６）で順序付けする。
【図２】ＡｖａＧｌｉｏからの３３９の野生型ＩＤＨ１試料にわたる１５の遺伝子クラスター（行）の各々の平均発現を示すヒートマップである。これらの試料（列）をＰｈｉｌｌｉｐｓサブタイプラベルで順序付けし、行をそれらのクラスター番号順に示す。
【図３】既知の予後共変量を含む多変量ＣｏｘＰＨモデルから得られたｐ値及び治療群と相互作用した各クラスターの平均遺伝子発現を示すグラフである。バーの高さは、相互作用項のｐ値（すなわち、全生存期間（ＯＳ）におけるベバシズマブ治療に対する遺伝子発現の予測値）を示す。破線は、生ｐ値０．０５を示す。
【図４】Ｐｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．９（３）：１５７−７３，２００６）に従って定義されたＧＢＭサブタイプにわたるクラスター２の遺伝子発現の分布（ｚスコア）を示すボックスプロットである。
【図５】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター２の平均遺伝子発現を予測因子として使用して全バイオマーカー利用可能ＡｖａＧｌｉｏ集団のＯＳに当てはまったときに、クラスター２の平均遺伝子発現が著しく予後的であり、かつ予測的でもあることを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図６】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター２の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）前神経ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター２の平均遺伝子発現が予後的でも予測的でもないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図７】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター２の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）増殖性ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター２の平均遺伝子発現が予後的であるが、予測的ではないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図８】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター２の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）間葉性ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター２の平均遺伝子発現が予後的でも予測的でもないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図９】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター２の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）非前神経ＧＢＭ患者のＯＳに当てはまったときに、クラスター２の平均遺伝子発現が予後的でも予測的でもないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１０Ａ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群におけるクラスター２の「バイオマーカー高」（三角形のマーカーを有する線）患者及び「バイオマーカー低」（四角形のマーカーを有する線）患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター２遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量は、カプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらに組み込まなかった。ｐ値＝０．０１。
【図１０Ｂ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のベバシズマブ治療群におけるクラスター２の「バイオマーカー高」（三角形のマーカーを有する線）患者及び「バイオマーカー低」（四角形のマーカーを有する線）患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター２遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量は、カプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらに組み込まなかった。ｐ値＝０．８８７。
【図１０Ｃ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群（破線）及びベバシズマブ治療群（実線）におけるクラスター２の「バイオマーカー低」患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター２遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量は、カプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらに組み込まなかった。ｐ値＝０．６２１。
【図１０Ｄ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群（破線）及びベバシズマブ治療群（実線）におけるクラスター２の「バイオマーカー高」患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター２遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量は、カプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらに組み込まなかった。ｐ値＝０．０３８。
【図１１】Ｐｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．９（３）：１５７−７３，２００６）に従って定義されたＧＢＭサブタイプにわたるクラスター６の遺伝子発現の分布（ｚスコア）を示すボックスプロットである。
【図１２】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター６の平均遺伝子発現を予測因子として使用して全バイオマーカー利用可能ＡｖａＧｌｉｏ集団のＯＳに当てはまったときに、クラスター６の平均遺伝子発現が著しく予後的であるのみならず、予測的でもあることを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１３】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター６の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）前神経ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター６の平均遺伝子発現が予後的でも予測的でもないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１４】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター６の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）増殖性ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター６の平均遺伝子発現が予後的であるが、予測的ではないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１５】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター６の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）間葉性ＧＢＭ患者のＯＳのみに当てはまったときに、クラスター６の平均遺伝子発現が予後的でも予測的でもないことを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１６】多変量ＣｏｘＰＨモデルが臨床的共変量及びクラスター６の平均遺伝子発現を予測因子として使用してＡｖａＧｌｉｏ集団の（Ｐｈｉｌｌｉｐｓによって分類された）非前神経ＧＢＭ患者のＯＳに当てはまったときに、クラスター６の平均遺伝子発現が予後的かつ予測的であることを示す表である。＊は、０．０５以下のｐ値を示し、＊＊は、０．０１以下のｐ値を示し、＊＊＊は、０．００１以下のｐ値を示す。
【図１７Ａ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群におけるクラスター６の「バイオマーカー高」（三角形のマーカーを有する線）患者及び「バイオマーカー低」（四角形のマーカーを有する線）患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター６遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量をカプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらを組み込まなかった。ｐ値＝０．００１。
【図１７Ｂ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のベバシズマブ治療群におけるクラスター６の「バイオマーカー高」（三角形のマーカーを有する線）患者及び「バイオマーカー低」（四角形のマーカーを有する線）患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター６遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量をカプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらを組み込まなかった。ｐ値＝０．２７１。
【図１７Ｃ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群（破線）及びベバシズマブ治療群（実線）におけるクラスター６の「バイオマーカー低」患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター６遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量をカプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらを組み込まなかった。ｐ値＝０．０４４。
【図１７Ｄ】ＡｖａＧｌｉｏ試験のプラセボ治療群（破線）及びベバシズマブ治療群（実線）におけるクラスター６の「バイオマーカー高」患者のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。クラスター６遺伝子の二値化発現の場合、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。これらのｐ値を単変量ＣｏｘＰＨモデルから得て、さらなる臨床的共変量をカプラン・マイヤープロットに組み込むことができないため、それらを組み込まなかった。ｐ値＝０．７３５。
【発明を実施するための形態】
【００４３】
Ｉ．序文
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療に感受性または応答性である、膠芽腫を有する患者を監視かつ／または特定するための方法及び組成物を提供する。本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（抗ＶＥＧＦ抗体等）で治療する前の、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可）発現レベルの決定が、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体での治療に感受性または応答性である患者の特定に有用であるという発見に基づく。任意に、その後、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法をそれらの患者に選択することができ、さらに、ＶＥＧＦアンタゴニスト療法を任意にそれらの患者に投与することができる。
【００４４】
ＩＩ．定義
「抗血管新生薬」または「血管新生阻害剤」とは、血管新生、脈管形成、または望ましくない血管透過性を直接または間接的のいずれかで阻害する、低分子量の物質、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、単離されたタンパク質、組換えタンパク質、抗体、またはそれらのコンジュゲートもしくは融合タンパク質を指す。抗血管新生薬が血管新生因子またはその受容体に結合し、かつその血管新生活性を遮断する薬剤を含むことを理解されたい。例えば、抗血管新生薬は、本明細書を通じて定義されるか、または当該技術分野で既知の血管新生薬に対する抗体または他のアンタゴニストであり、例えば、ＶＥＧＦ−ＡまたはＶＥＧＦ−Ａ受容体（例えば、ＫＤＲ受容体またはＦｌｔ−１受容体）、ＶＥＧＦトラップ、抗ＰＤＧＦＲ阻害剤、例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（メシル酸イマチニブ）に対する抗体であるが、これらに限定されない。抗血管新生（Ａｎｔｉ−ａｎｇｉｏｇｅｎｓｉｓ  ａｇｅｎｔｓ）は、天然血管新生阻害剤、例えば、アンギオスタチン、エンドスタチン等も含む。例えば、Ｋｌａｇｓｂｒｕｎ  ａｎｄ  Ｄ’Ａｍｏｒｅ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，５３：２１７−３９（１９９１），Ｓｔｒｅｉｔ  ａｎｄ  Ｄｅｔｍａｒ，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：３１７２−３１７９（２００３）（例えば、悪性黒色腫における抗血管新生療法を列記する表３）、Ｆｅｒｒａｒａ  ＆  Ａｌｉｔａｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ５：１３５９−１３６４（１９９９）、Ｔｏｎｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：６５４９−６５５６（２００３）（例えば、既知の抗血管新生因子を列記する表２）、及びＳａｔｏ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．，８：２００−２０６（２００３）（例えば、表１は、臨床試験で使用される抗血管新生薬を列記する）を参照されたい。
【００４５】
本明細書における「抗体」という用語は、その最も広義の意味で使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片（所望される抗原結合活性を呈する限り）を含むが、これらに限定されない、様々な抗体構造体を包含する。
【００４６】
「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」という用語は、例えば、Ｌｅｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４６：１３０６（１９８９）及びＨｏｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ，５：１８０６（１９９１）によって説明されるように、天然に存在する対立遺伝子形態及びそのプロセシングされた形態と一緒に、１６５アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子、ならびに関連１２１、１４５、１８９、及び２０６アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子を指すために使用される。ＶＥＧＦ−Ａは、ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＶＥＧＦ−Ｅ、ＶＥＧＦ−Ｆ、及びＰｌＧＦを含む遺伝子ファミリーの一部である。ＶＥＧＦ−Ａは、主に２つの高親和性受容体チロシンキナーゼ、ＶＥＧＦＲ−１（Ｆｌｔ−１）及びＶＥＧＦＲ−２（Ｆｌｋ−１／ＫＤＲ）に結合し、後者は、ＶＥＧＦ−Ａの血管内皮細胞裂促進シグナルの主な伝達物質である。さらに、ニューロピリン−１は、ヘパリン結合ＶＥＧＦ−Ａアイソフォームの受容体と特定されており、血管発生に関与し得る。「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」という用語は、マウス、ラット、または霊長類等の非ヒト種由来のＶＥＧＦも指す。特定の種由来のＶＥＧＦは、ヒトＶＥＧＦの場合はｈＶＥＧＦ、またはマウスＶＥＧＦの場合はｍＶＥＧＦ等の用語で示されることもある。典型的には、ＶＥＧＦとは、ヒトＶＥＧＦを指す。「ＶＥＧＦ」という用語は、１６５アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子のアミノ酸８〜１０９または１〜１０９を含むポリペプチドの切断形態または断片を指すためにも使用される。ＶＥＧＦのいずれのかかる形態への言及は、本出願において、例えば、「ＶＥＧＦ（８−１０９）」、「ＶＥＧＦ（１−１０９）」、または「ＶＥＧＦ１６５」で特定され得る。「切断された」天然ＶＥＧＦのアミノ酸位置は、天然ＶＥＧＦ配列に示されるように番号付けされる。例えば、切断された天然ＶＥＧＦにおけるアミノ酸位置１７（メチオニン）は、天然ＶＥＧＦにおける位置１７（メチオニン）でもある。この切断された天然ＶＥＧＦは、天然ＶＥＧＦに匹敵するＫＤＲ及びＦｌｔ−１受容体に対する結合親和性を有する。
【００４７】
「抗ＶＥＧＦ抗体」とは、十分な親和性及び特異性を有するＶＥＧＦに結合する抗体である。選択される抗体は、通常、ＶＥＧＦに対する結合親和性を有し、例えば、この抗体は、１００ｎＭ〜１ｐＭのＫｄ値を有するｈＶＥＧＦに結合し得る。抗体親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号に記載のＢＩＡｃｏｒｅアッセイ等）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、及び競合アッセイ（例えば、ＲＩＡ’ｓ）によって決定され得る。ある特定の実施形態では、本発明の抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦ活性が関与する疾患または状態を標的とし、かつそれらを妨害する際の治療薬として使用され得る。また、この抗体に対して、例えば、治療薬としてのその有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイを行うことができる。かかるアッセイは、当該技術分野で知られており、標的抗原及びこの抗体の目的用途によって決定される。例としては、ＨＵＶＥＣ阻害アッセイ、腫瘍細胞成長阻害アッセイ（例えば、ＷＯ８９／０６６９２に記載のもの）、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）及び補体媒介性細胞毒性（ＣＤＣ）アッセイ（米国特許第５，５００，３６２号）、ならびにアゴニスト活性または造血アッセイ（ＷＯ９５／２７０６２を参照のこと）が挙げられる。抗ＶＥＧＦ抗体は、通常、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃ等の他のＶＥＧＦ相同体にも、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦ、またはｂＦＧＦ等の他の成長因子にも結合しない。
【００４８】
本発明による「Ｂ２０シリーズ抗体」とは、全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号の図２７〜２９のうちのいずれか１つによるＢ２０抗体またはＢ２０由来の抗体の配列由来の抗ＶＥＧＦ抗体である。ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０４４８５３号、及び米国特許出願第６０／９９１，３０２号も参照されたい。これらの特許出願の内容は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。一実施形態では、Ｂ２０シリーズ抗体は、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合する。
【００４９】
本発明による「Ｇ６シリーズ抗体」とは、全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号の図７、２４〜２６、及び３４〜３５のうちのいずれか１つによるＧ６抗体またはＧ６由来の抗体の配列由来の抗ＶＥＧＦ抗体である。全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０４４８５３号も参照されたい。一実施形態では、Ｇ６シリーズ抗体は、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合する。
【００５０】
抗ＶＥＧＦ抗体「ベバシズマブ（ＢＶもしくはＢｅｖ）」（別名「ｒｈｕＭＡｂ  ＶＥＧＦ」）または「Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）」は、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９（１９９７）に従って生成される組換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体である。これは、ヒトＶＥＧＦのその受容体への結合を遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１由来の変異ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域及び抗原結合相補性決定領域を含む。フレームワーク領域の大部分を含むベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％がヒトＩｇＧ１由来であり、その配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１由来である。ベバシズマブは、約１４９，０００ダルトンの分子量を有し、グリコシル化されている。他の抗ＶＥＧＦ抗体としては、米国特許第６，８８４，８７９号及びＷＯ２００５／０４４８５３に記載の抗体が挙げられる。
【００５１】
「エピトープＡ４．６．１」とは、抗ＶＥＧＦ抗体ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））によって認識されるエピトープを指す（Ｍｕｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．６：１１５３−１１６７，１９９８を参照のこと）。本発明のある特定の実施形態では、この抗ＶＥＧＦ抗体としては、ハイブリドーマＡＴＣＣ  ＨＢ  １０７０９によって産生されるモノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７）に従って生成される組換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５２】
本発明による「機能的エピトープ」とは、抗体の結合にエネルギー的に寄与する抗原のアミノ酸残基を指す。エネルギー的に寄与する抗原の残基のうちのいずれか１つの変異（例えば、アラニンまたは相同体変異による野生型ＶＥＧＦの変異）は、抗体の相対的親和性比（ＩＣ５０変異体ＶＥＧＦ／ＩＣ５０野生型ＶＥＧＦ）が５を超えるように、抗体の結合を妨害する（ＷＯ２００５／０１２３５９の実施例２を参照のこと）。一実施形態では、この相対的親和性比は、溶液結合ファージディスプレイＥＬＩＳＡによって決定される。簡潔に、９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｐ免疫プレート（ＮＵＮＣ）を４℃で一晩、ＰＢＳ中２μｇ／ｍＬの濃度で、試験されるＦａｂ形態の抗体でコーティングし、ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＴ）で、室温で２時間遮断する。ファージディスプレイｈＶＥＧＦアラニン点変異体（残基８〜１０９型）または野生型ｈＶＥＧＦ（８−１０９）を含むＰＢＴの連続希釈物を、最初にＦａｂコートプレート上で、室温で１５分間インキュベートし、これらのプレートを、ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＳＴ）で洗浄する。結合したファージを、ＰＢＴ中に１：５０００で希釈した抗Ｍ１３モノクローナル抗体西洋ワサビペルオキシダーゼ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）コンジュゲートで検出し、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ、Ｋｉｒｋｅｇａａｒｄ  ＆  Ｐｅｒｒｙ  Ｌａｂｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍｄ．）基質でおよそ５分間発現させ、１．０Ｍ  Ｈ３ＰＯ４でクエンチし、４５０ｎｍで分光光度的に読み取る。ＩＣ５０値の比率（ＩＣ５０、ａｌａ／ＩＣ５０、重量）は、結合親和性（相対的結合親和性）の減少倍率を表す。
【００５３】
抗ＶＥＧＦ抗体ラニビズマブまたはＬＵＣＥＮＴＩＳ（登録商標）抗体もしくはｒｈｕＦａｂ  Ｖ２は、ヒト化親和性成熟抗ヒトＶＥＧＦ  Ｆａｂ断片である。ラニビズマブは、大腸菌発現ベクター及び細菌発酵における標準の組換え技術法によって産生される。ラニビズマブはグリコシル化されておらず、約４８，０００ダルトンの分子量を有する。ＷＯ９８／４５３３１及び米国第２００３／０１９０３１７号を参照されたい。
【００５４】
「単離された」抗体は、その天然環境の成分から特定、分離かつ／または回収されているものである。その天然環境の汚染成分とは、その抗体の研究、診断、または治療的使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク性質溶質を含み得る。いくつかの実施形態では、抗体は、（１）例えばローリー法によって決定される、抗体の９５重量％を超えるまで、いくつかの実施形態では、９９重量％を超えるまで、（２）例えば回転カップシークエネーターの使用により、Ｎ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５の残基を得るのに十分な程度まで、または（３）例えばクマシーブルーもしくはシルバー染色を使用して、還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均質性まで精製される。抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、単離された抗体には、組換え細胞内のインサイチュ抗体が含まれる。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製される。
【００５５】
「天然抗体」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖から成る約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖が１つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に連結される一方で、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で異なる。各重鎖及び軽鎖は、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、続いていくつかの定常ドメインを有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、他方の端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列する。特定のアミノ酸残基が軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている。
【００５６】
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」とは、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは「ＶＨ」と称され得る。軽鎖の可変ドメインは「ＶＬ」と称され得る。これらのドメインは、一般に、抗体の最も可変の部分であり、抗原結合部位を含む。
【００５７】
「可変」という用語は、可変ドメインのある特定の部分が抗体間の配列で広範囲にわたって異なり、かつ各特定の抗体の結合及びその特定の抗原に対する特異性において使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体を通して均一に分布していない。それは、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方の超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々、４つのＦＲ領域を含み、大部分でベータシート立体配置を採用し、３つのＨＶＲによって連結され、これらは、ベータシート構造を連結し、ある場合には、その一部を形成するループを形成する。各鎖のＨＶＲは、ＦＲ領域によって近接して一緒に保持され、他方の鎖のＨＶＲとともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）を参照のこと）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与しないが、抗体依存性細胞毒性における抗体の関与等の様々なエフェクター機能を呈する。
【００５８】
任意の脊椎動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの明らかに異なる型のうちの１つに割り当てられ得る。
【００５９】
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は、異なるクラスに割り当てられ得る。免疫グロブリンには５つの主なクラス、すなわちＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのうちのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分類され得る。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配置が周知であり、概して、例えば、Ａｂｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．，２０００）で説明されている。抗体は、抗体と１つ以上の他のタンパク質またはペプチドとの共有または非共有会合によって形成されるより大きい融合分子の一部であり得る。
【００６０】
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、以下に定義される抗体断片ではなくその実質的にインタクトな形態の抗体を指すために本明細書で互換的に使用される。これらの用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【００６１】
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含むインタクトな抗体の一部を含む。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、ダイアボディ、直鎖抗体、一本鎖抗体分子、ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【００６２】
抗体のパパイン消化により「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片が産生され、各々は、単一の抗原結合部位及び残留「Ｆｃ」断片を有し、その名前は、容易に結晶化するその能力を反映している。ペプシン処理により、２つの抗原結合部位を有するが、依然として抗原を架橋することができるＦ（ａｂ’）２断片が産出される。
【００６３】
「Ｆｖ」は、完全抗原結合部位を含む最小抗体断片である。一実施形態では、二本鎖Ｆｖ種は、密接に非共有会合した１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種では、１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖及び重鎖が二本鎖Ｆｖ種の構造と類似の「二量体」構造で会合することができるように、柔軟なペプチドリンカーによって共有結合され得る。この立体配置において、各可変ドメインのこれらの３つのＨＶＲが相互作用して、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面上に抗原結合部位を画定する。集合的に、これらの６つのＨＶＲは、抗体に抗原結合特異性を与える。しかしながら、単一可変ドメイン（または抗原に特異的なＨＶＲを３つのみ含むＦｖの半分）でも、抗原を認識してそれに結合する能力を有するが、親和性は全結合部位よりも低い。
【００６４】
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されていることが、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは本明細書中では、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離チオール基を有するＦａｂ’の名称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、本来、それらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として産生された。抗体断片の他の化学的カップリングも知られている。
【００６５】
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成するのを可能にするポリペプチドリンカーをＶＨドメインとＶＬドメインとの間にさらに含む。ｓｃＦｖの総説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：１９９４），ｐｐ２６９−３１５を参照されたい。
【００６６】
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖上でのこれらの２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することにより、これらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合せざるを得ず、２つの抗原結合部位を作製する。ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る。ダイアボディについては、例えば、欧州第４０４，０９７号、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）でより完全に説明されている。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）で説明されている。
【００６７】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られた抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、想定される変異、例えば、わずかな量で存在し得る天然に存在する変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾句は、別個の抗体の混合物ではない抗体の特徴を示す。ある特定の実施形態では、かかるモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、この標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列からの単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を含むプロセスによって得られたものである。例えば、この選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、または組換えＤＮＡクローンのプール等の複数のクローンからの独特のクローンの選択であり得る。選択された標的結合配列を、例えば、標的への親和性を改善すること、標的結合配列をヒト化すること、細胞培養でのその生成を改善すること、その免疫原性をインビボで低減させること、多重特異性抗体を作製すること等を行うようにさらに改変することができ、この改変された標的結合配列を含む抗体も本発明のモノクローナル抗体であることを理解されたい。典型的に異なる決定基（エピトープ）を対象とする異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基を対象としている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、典型的に他の免疫グロブリンで汚染されていないという点で有利である。
【００６８】
「モノクローナル」という修飾句は、抗体の実質的に同種の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ．，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７（１９７５）、Ｈｏｎｇｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  １４（３）：２５３−２６０（１９９５）、Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ  ｅｄ．１９８８）、Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｔ−Ｃｅｌｌ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ５６３−６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）、Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  １０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）を参照のこと、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の一部もしくはすべてまたはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子を有する動物においてヒトまたはヒト様抗体を産生するための技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３、ＷＯ１９９６／３４０９６、ＷＯ１９９６／３３７３５、ＷＯ１９９１／１０７４１、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ９０：２５５１（１９９３）、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：２５５−２５８（１９９３）、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｙｅａｒ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、及び同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）、Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８５６−８５９（１９９４）、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８１２−８１３（１９９４）、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５−８５１（１９９６）、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）、ならびにＬｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）を参照のことを含む、様々な技法によって作製され得る。
【００６９】
本明細書のモノクローナル抗体は、具体的には、それらが所望の生物学的活性を呈する限り、重鎖及び／または軽鎖の一部が、特定の種由来であるか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または相同である一方で、その鎖（複数可）の残りが、別の種由来であるか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびにかかる抗体の断片を含む（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５（１９８４））。キメラ抗体としては、ＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられ、この抗体の抗原結合領域は、例えば対象の抗原でマカクザルを免疫化することによって産生された抗体由来である。
【００７０】
「ヒト化」形態の非ヒト（例えば、マウス）抗体は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小配列を含むキメラ抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体は、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性、及び／または能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類等の非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基で置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基で置き換えられる。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含み得る。抗体機能をさらに改良するために、これらの修飾がなされ得る。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループのすべてまたは実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、かつＦＲのすべてまたは実質的にすべてがヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含む。このヒト化抗体は、任意に、免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部も含む。さらなる詳細については、例えば、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）、及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照されたい。例えば、Ｖａｓｗａｎｉ  ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ  ＆  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５−１１５（１９９８）、Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ２３：１０３５−１０３８（１９９５）、Ｈｕｒｌｅ  ａｎｄ  Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．  Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８−４３３（１９９４）、ならびに米国特許第６，９８２，３２１号及び同第７，０８７，４０９号も参照されたい。
【００７１】
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生された抗体、及び／または本明細書に開示されるヒト抗体を作製するための技法のうちのいずれかを使用して作製された抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト抗体を明確に除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリを含む、当該技術分野で既知の様々な技法を使用して産生され得る。Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２７：３８１（１９９１）、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１（１９９１）。Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）、Ｂｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７（１）：８６−９５（１９９１）に記載の方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である。ｖａｎ  Ｄｉｊｋ  ａｎｄ  ｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−３７４（２００１）も参照されたい。ヒト抗体は、抗原投与に応答してかかる抗体を産生するように修飾されているが、その内因性遺伝子座が無効にされているトランスジェニック動物、例えば、免疫化ゼノマウスに抗原を投与することによって調製され得る（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術については、米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号を参照のこと）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術によって生成されるヒト抗体については、例えば、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  １０３：３５５７−３５６２（２００６）も参照されたい。
【００７２】
「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列及び／または形態で構造的に定義されたループにおいて超可変性である抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、ＶＨ中に３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）及びＶＬ中に３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の６つのＨＶＲを含む。天然抗体では、Ｈ３及びＬ３が６つのＨＶＲの最も高い多様性を提示し、特にＨ３は、抗体に優れた特異性を与えるのに特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １３：３７−４５（２０００）、Ｊｏｈｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｗｕ  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１−２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）を参照されたい。実際に、重鎖のみからなる天然に存在するラクダ科抗体は、軽鎖の不在下で機能的であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ−Ｃａｓｔｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６３：４４６−４４８（１９９３）及びＳｈｅｒｉｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３−７３６（１９９６）を参照されたい。
【００７３】
いくつかのＨＶＲ描写が使用されており、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）であるＨＶＲは、配列可変性に基づき、最も一般に使用されている（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１））。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに、構造的ループの位置について言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。ＡｂＭ  ＨＶＲは、ＫａｂａｔのＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａの構造的ループとの間の折衷案に相当し、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデル化ソフトウェアで使用される。「接触」ＨＶＲは、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらのＨＶＲの各々由来の残基を以下に記載する。
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【００７４】
ＨＶＲは、以下の通り、「延長されたＨＶＲ」を含み得る。ＶＬでは、２４〜３６または２４〜３４（Ｌ１）、４６〜５６または５０〜５６（Ｌ２）、及び８９〜９７または８９〜９６（Ｌ３）、ＶＨでは、２６〜３５（Ｈ１）、５０〜６５または４９〜６５（Ｈ２）、及び９３〜１０２、９４〜１０２、または９５〜１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの延長されたＨＶＲの定義の各々についてＫａｂａｔら（上記参照）に従って番号付けされる。
【００７５】
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
【００７６】
「Ｋａｂａｔにおいて見られるような可変ドメイン残基番号付け」または「Ｋａｂａｔにおいて見られるようなアミノ酸位置番号付け」という表現及びそれらの変形は、Ｋａｂａｔら（上記参照）における抗体編集の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用される番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用して、実際の直鎖アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲもしくはＨＶＲの短縮、またはそれへの挿入に対応するより少ないアミノ酸またはさらなるアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従う残基５２ａ）、重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入残基（例えば、Ｋａｂａｔに従う残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃ等）を含み得る。残基のＫａｂａｔ番号付けは、所与の抗体の場合、「標準の」Ｋａｂａｔ番号付け配列とのこの抗体の配列の相同領域での整列によって決定され得る。
【００７７】
「親和性成熟」抗体とは、その１つ以上のＨＶＲに１つ以上の改変を有するものであり、これにより、それらの改変（複数可）を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性の改善がもたらされる。一実施形態では、親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモルまたはさらにはピコモル親和性を有する。親和性成熟抗体は、当該技術分野で既知の手順によって産生される。例えば、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟について説明している。ＨＶＲ及び／またはフレームワーク残基のランダム変異誘発は、例えば、Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３８０９−３８１３（１９９４）、Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５（１９９５）、Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４−２００４（１９９５）、Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−３３１９（１９９５）、及びＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）によって説明されている。
【００７８】
本明細書で使用される「アンタゴニスト」とは、それらが結合する分子の生物学的活性を阻害または低減する化合物または薬剤を指す。アンタゴニストとしては、抗体、合成もしくは天然配列ペプチド、免疫付着因子、及びＶＥＧＦに結合し、任意に別の分子とコンジュゲートされるか、またはそれに融合される小分子アンタゴニストが挙げられる。「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体は、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害または低減するものである。
【００７９】
「ＶＥＧＦアンタゴニスト」とは、ＶＥＧＦもしくは１つ以上のＶＥＧＦ受容体またはそれらをコードする核酸へのその結合等のＶＥＧＦ活性を中和、遮断、阻害、抑制、低減、または妨害することができる分子を指す。好ましくは、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体に結合する。ＶＥＧＦアンタゴニストとしては、抗ＶＥＧＦ抗体及びその抗原結合断片、ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ受容体に結合し、かつリガンド−受容体相互作用を遮断するポリペプチド（例えば、免疫付着因子、ペプチボディ）、抗ＶＥＧＦ受容体抗体、及びＶＥＧＦ受容体アンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦＲチロシンキナーゼの小分子阻害剤、ＶＥＧＦに結合するアプタマー、及びストリンジェントな条件下でＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体をコードする核酸配列（例えば、ＲＮＡｉ）にハイブリダイズする核酸が挙げられる。好ましい一実施形態によると、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦに結合し、インビトロでＶＥＧＦ誘導内皮細胞増殖を阻害する。好ましい一実施形態によると、ＶＥＧＦアンタゴニストは、非ＶＥＧＦまたは非ＶＥＧＦ受容体よりも高い親和性を有するＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体に結合する。好ましい一実施形態によると、ＶＥＧＦアンタゴニストは、１ｕＭ〜１ｐＭのＫｄを有するＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体に結合する。別の好ましい実施形態によると、ＶＥＧＦアンタゴニストは、５００ｎＭ〜１ｐＭのＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体に結合する。
【００８０】
好ましい一実施形態によると、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ポリペプチド、例えば、抗体、ペプチボディ、免疫付着因子、小分子、またはアプタマーから選択される。好ましい一実施形態では、この抗体は、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）抗体等の抗ＶＥＧＦ抗体、または抗ＶＥＧＦＲ２もしくは抗ＶＥＧＦＲ３抗体等の抗ＶＥＧＦ受容体抗体である。ＶＥＧＦアンタゴニストの他の例としては、ＶＥＧＦトラップ、Ｍｕｃａｇｅｎ、ＰＴＫ７８７、ＳＵ１１２４８、ＡＧ−０１３７３６、Ｂａｙ  ４３９００６（ソラフェニブ）、ＺＤ−６４７４、ＣＰ６３２、ＣＰ−５４７６３２、ＡＺＤ−２１７１、ＣＤＰ−１７１、ＳＵ−１４８１３、ＣＨＩＲ−２５８、ＡＥＥ−７８８、ＳＢ７８６０３４、ＢＡＹ５７９３５２、ＣＤＰ−７９１、ＥＧ−３３０６、ＧＷ−７８６０３４、ＲＷＪ−４１７９７５／ＣＴ６７５８、及びＫＲＮ−６３３が挙げられる。
【００８１】
「抗悪性腫瘍組成物」または「抗癌組成物」または「抗癌剤」という用語は、少なくとも１つの活性治療薬、例えば、「抗癌剤」を含む、癌の治療に有用な組成物を指す。治療薬（抗癌剤）の例としては、例えば、化学療法薬、成長阻害薬、細胞毒性薬、放射線療法に使用される薬剤、抗血管新生薬、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療するための他の薬剤、例えば、抗ＨＥＲ−２抗体、抗ＣＤ２０抗体、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）アンタゴニスト（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤）、ＨＥＲ１／ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（商標））、血小板由来成長因子阻害剤（例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、以下の標的、すなわちＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＰＤＧＦＲ−ｂｅｔａ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ  ＶＥＧＦ、またはＶＥＧＦ受容体（複数可）のうちの１つ以上に結合するアンタゴニスト（例えば、中和抗体）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、ならびに他の生物活性及び有機化学剤等が挙げられるが、これらに限定されない。それらの組み合わせも本発明に包含される。
【００８２】
「化学療法薬」とは、癌治療に有用な化学化合物である。化学療法薬の例としては、癌治療に有用な化学化合物が挙げられる。化学療法薬の例としては、例えばテモゾロミド（ＴＭＺ）等のアルキル化剤、アルキル化剤ダカルバジンのイミダゾテトラジン誘導体が挙げられる。化学療法薬のさらなる例としては、例えば、パクリタキセルまたはトポテカンまたはペグ化リポソームドキソルビシン（ＰＬＤ）が挙げられる。化学療法薬の他の例としては、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロスホスファミド（ｃｙｃｌｏｓｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）等のアルキル化剤、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン等のスルホン酸アルキル、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ等のアジリジン、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチホスホラミド、及びトリメチロロメラミン等のエチレンイミン及びメチラメラミン、アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン、ブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）、クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）、ドラスタチン、デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）、エリュテロビン、パンクラティスタチン、サルコジクチイン、スポンギスタチン、クロランブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード等のナイトロジェンマスタード、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン等のニトロスウレア、エンジイン抗生物質等の抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４）を参照のこと）、ダイネミシンＡを含むダイネミシン、クロドロネート等のビスホスフォネート、エスペラミシンならびにネオカルチノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、プロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン、メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）等の抗代謝剤、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート等の葉酸類似体、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン等のプリン類似体、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン等のピリミジン類似体、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン等のアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン等の抗副腎剤、フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）等の葉酸補充剤、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキセート、デフォファミン、デメコルチン、ジアジコン、エフロミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシウレア、レンチナン、ロニダイニン、メイタンシン及びアンサマイトシン等のメイタンシノイド、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダムノール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジクオン、２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン、トリクロテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラキュリンＡ、ロリジンＡ、及びアングイジン）、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「アラ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）パクリタキセルのクレモフォア非含有アルブミン操作ナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌ．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）、クロランブシル、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）ゲムシタビン、６−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキセート、シスプラチン、オキサリプラチン及びカルボプラチン等の白金類似体、ビンブラスチン、白金、エトポシド（ＶＰ−１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ，ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５−ＦＵ及びロイコボリンとの治療レジメンを含む）、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００、ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイン酸等のレチノイ��、カペシタビン、コンブレタスタチン、ロイコボリン（ＬＶ）、オキサリプラチン治療レジメン（ＦＯＬＦＯＸ）を含むオキサリプラチン、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、細胞増殖を低減させるＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲ（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）））、及びＶＥＧＦ−Ａ阻害剤、ならびに上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。
【００８３】
本明細書で使用される「細胞毒性薬」という用語は、細胞機能を阻害もしくは阻止し、かつ／または細胞破壊を引き起こす物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、及びＬｕの放射性同位体）、化学療法薬、例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン、または他のインターカレート剤、核酸分解酵素等の酵素及びそれらの断片、抗生物質、及び毒素、例えば、それらの断片及び／または変異型を含む、細菌、真菌、植物、または動物由来の小分子毒素または酵素的に活性な毒素、ならびに以下に開示される様々な抗腫瘍薬または抗癌剤を包含するよう意図されている。他の細胞毒性薬については以下で説明される。殺腫瘍薬は、腫瘍細胞破壊を引き起こす。
【００８４】
「成長阻害薬」とは、本明細書で使用される場合、インビトロまたはインビボのいずれかで細胞（例えば、Ｒｏｂｏ４を発現する細胞）の成長及び／または増殖を阻害する化合物または組成物を指す。したがって、成長阻害薬は、Ｓ期のＲｏｂｏ４発現細胞の割合を著しく低下させるものであり得る。成長阻害薬の例としては、Ｇ１停止及びＭ期停止を含む薬剤等の細胞周期の進行（Ｓ期以外の時期）を遮断する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断剤としては、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えば、アントラサイクリン抗生物質ドキソルビシン（（８Ｓ−シス）−１０−［（３−アミノ−２，３，６−トリデオキシ−α−Ｌ−リキソ−ヘキサピラノシル）オキシ］−７，８，９，１０−テトラヒドロ−６，８，１１−トリヒドロキシ−８−（ヒドロキシアセチル）−１−メトキシ−５，１２−ナフタセネジオン）、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンが挙げられる。Ｇ１を停止する薬剤、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、及びアラ−Ｃは、Ｓ期停止にも波及する。さらなる情報は、ＭｕｒａｋａｍｉらのＴｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ａｎｄ  Ｉｓｒａｅｌ編、第１章、標題「Ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ  ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｄｒｕｇｓ」（ＷＢ  Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）、特に１３頁で見つけることができる。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は、両方ともにイチイ由来の抗癌薬である。ヨーロッパイチイ由来のドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセルの半合成類似体（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体由来の微小管の組み立てを促進し、解重合を阻止することによって微小管を安定化させ、その結果、細胞における有糸分裂が阻害される。
【００８５】
「バイオマーカー」及び「マーカー」という用語は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、または糖脂質に基づく分子マーカーを指すために本明細書で互換的に使用され、対象または患者の試料におけるそれらの発現または存在は、標準の方法（または本明細書に開示される方法）によって検出され得、哺乳類対象のＶＥＧＦアンタゴニストに対する応答性または感受性の監視に有用である。かかるバイオマーカーとしては、以下の遺伝子、すなわちＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６が挙げられるが、これらに限定されない。かかるバイオマーカーの発現は、ＶＥＧＦアンタゴニストに感受性または応答性である患者から得られた試料において、基準レベル（例えば、ある患者群／集団、例えば、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル、ある患者群／集団、例えば、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル、先の時点で個体から以前に得られた試料におけるレベル、または原発腫瘍状況下で以前にＶＥＧＦアンタゴニスト（抗ＶＥＧＦ抗体等）での治療を受けており、かつ転移を経験している可能性がある患者由来の試料におけるレベル等）よりも高いか低いと決定され得る。ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６等の少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルを超えるか、またはそれ未満の（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上の基準発現レベルを超えるか、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上の基準発現レベル未満の）発現レベルを有する個体が、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある対象／患者と特定され得る。例えば、基準レベル（上述の中央値レベル等）に対して最大５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％（すなわち、高いまたは低い）の遺伝子発現レベルを呈する対象／患者が、抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある対象／患者（例えば、膠芽腫を有する患者）と特定され得る。
【００８６】
「発現のレベル」または「発現レベル」という用語は、互換的に使用され、概して、生体試料中のポリヌクレオチドもしくはアミノ酸産物またはタンパク質の量を指す。「発現」とは、概して、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し、かつそこで動作する構造に変換されるプロセスを指す。したがって、本発明によると、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、またはさらにはタンパク質の翻訳後修飾を指し得る。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、または翻訳後修飾されたタンパク質の断片は、それらが選択的スプライシングによって生成された転写物または分解転写物に由来するか、例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセスに由来するかにかかわらず、発現したとも見なされるものとする。「発現遺伝子」としては、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、その後、タンパク質に翻訳されたものが挙げられ、ＲＮＡに転写されているが、タンパク質には翻訳されていないもの（例えば、転移及びリボソームＲＮＡ）も挙げられる。
【００８７】
「試料」及び「生体試料」という用語は、体液、身体組織（例えば、腫瘍組織）、細胞、または他の源を含む個体から得られた任意の生体試料を指すように互換的に使用される。体液は、例えば、リンパ液、血清、新鮮全血、末梢血単核細胞、冷凍全血、血漿（新鮮なものまたは冷凍されたものを含む）、尿、唾液、精液、滑液、及び髄液である。試料は、乳房組織、腎組織、結腸組織、脳組織、筋肉組織、滑膜組織、皮膚、毛嚢、骨髄、及び腫瘍組織も含む。哺乳動物から組織生検及び体液を得るための方法は、当該技術分野で周知である。
【００８８】
本明細書に使用されるとき、「治療」（及び「治療する」または「治療すること」等のその文法上の変形）は、治療されている個体の自然な過程の変化を試みる臨床的介入を指し、予防目的で、または臨床病理の過程のいずれかで行われ得る。望ましい治療効果としては、疾患の発生または再発の予防、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的因果関係の減弱、転移の予防、全生存期間（ＯＳ）の増加、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加、疾患増悪率の減少、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後改善が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８９】
本明細書で使用される、治療に関して「患者に知らせる」または「患者に提言を行う」という語句は、患者がある療法での治療に好適であるか、または好適ではないと特定するための、患者の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）のレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータの使用を指す。いくつかの実施形態では、この療法は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含み得る。いくつかの実施形態では、提言は、投与される有効量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の適合を必要とする患者の特定を含み得る。いくつかの実施形態では、治療の提言は、投与されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の量が適合されるべきであるという提言を含む。本明細書で使用される、治療に関して「患者に知らせる」または「提言を行う」という語句は、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いまたは低いと特定または選択される患者にＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む療法を提案または選択するために生成された情報またはデータの使用も指し得る。使用または生成された情報またはデータは、任意の形態、すなわち、書面によるもの、口頭のもの、または電子的なものであり得る。いくつかの実施形態では、生成された情報またはデータの使用は、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせは、コンピューティングデバイス、分析装置、またはそれらの組み合わせによって行われる。いくつかのさらなる実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせは、研究室または医療専門家によって行われる。
いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）のレベルと基準レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）が試料中に存在するか、または不在であるという指示を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む療法での治療に好適であるか、または好適ではないという指示を含む。
【００９０】
本明細書で使用される「患者を特定すること」または「患者を特定する」という語句は、患者を、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む療法の恩恵を受ける可能性が高いか低いと特定または選択するための、患者の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）のレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータの使用を指す。使用または生成された情報またはデータは、任意の形態、すなわち、書面によるもの、口頭のもの、または電子的なものであり得る。いくつかの実施形態では、生成された情報またはデータの使用は、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせは、コンピューティングデバイス、分析装置、またはそれらの組み合わせによって行われる。いくつかのさらなる実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、移行、供給、伝送、配信、またはそれらの組み合わせは、研究室または医療専門家によって行われる。
いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）のレベルと基準レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つが、試料中に存在するか、または不在であるという指示を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む療法に応答する可能性が高いか低いという指示を含む。
【００９１】
本明細書で使用される「療法を選択すること」またはという語句は、患者に対する療法を特定または選択するための、患者の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／もしくはＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つ（例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、またはＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上）のレベルまたは存在に関して生成された情報またはデータの使用を指す。いくつかの実施形態では、この療法は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含み得る。いくつかの実施形態では、「療法を選択すること」という語句は、投与される有効量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の適合を必要とする患者の特定を含み得る。
【００９２】
「単剤療法」によるとは、一連の治療期間中に癌または腫瘍を治療するための単一の治療薬のみを含む治療レジメンを意味する。ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を使用する単剤療法とは、ＶＥＧＦアンタゴニストが治療期間中にさらなる抗癌療法の不在下で投与されることを意味する。
【００９３】
「有効量」という用語は、哺乳動物、例えばヒト等の対象または患者における膠芽腫等の疾患または障害を治療するのに有効な薬物の量を指す。癌の場合、治療有効量の薬物は、癌細胞の数を減少させ、腫瘍の大きさを低減させ、末梢器官への癌細胞浸潤を阻害し（すなわち、ある程度遅らせ、好ましくは停止し）、腫瘍転移を阻害し（すなわち、ある程度遅らせ、好ましくは停止し）、腫瘍成長をある程度阻害し、かつ／または障害に関連する症状のうちの１つ以上をある程度軽減することができる。それは、薬物が成長を阻止し、かつ／または既存の癌細胞を死滅させることができる程度に、細胞増殖抑制性及び／または細胞毒性であり得る。癌療法について、インビボでの有効性は、例えば、生存期間、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、全生存期間（ＯＳ）、応答率（ＲＲ）、応答期間、及び／または生活の質を査定することによって測定され得る。
【００９４】
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療への患者の「有効な応答」または患者の「応答性」もしくは「感受性」とは、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療から、またはその結果として、膠芽腫の危険性があるか、またはそれを有する患者に与えられる臨床的または治療的利益を指す。かかる利益としては、アンタゴニストでの治療からの、またはその結果としての、患者の細胞性もしくは生物学的応答、完全応答、部分応答、安定した疾患（増悪もしくは再発なし）、または後の再発での応答が挙げられる。例えば、有効な応答は、基準レベル（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル、先の時点で個体から以前に得られた試料におけるレベル、または原発腫瘍状況下で以前にＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療を受けており、かつ転移を経験している可能性がある患者由来の試料におけるレベル等）と比較して、（ａ）より高いレベルのＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／もしくはＴＮＦＲＳＦ２１のうちの１つ以上、（ｂ）より低いレベルのＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、及び／もしくはＴＮＦＳＦ４のうちの１つ以上、または（ｃ）（ａ）及び（ｂ）の両方を発現すると診断された患者における腫瘍の大きさの減少、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加、及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加であり得る。遺伝子バイオマーカー（複数可）の発現から、かかる有効な応答を有効に予測するか、またはそれを高感受性で予測する。
【００９５】
「生存期間（Ｓｕｒｖｉｖａｌ）」とは、生存し続ける対象を指し、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）を含む。生存期間は、カプラン・マイヤー法によって推定され得、いかなる生存期間の差も層別ログランク試験を使用して算出される。
【００９６】
「全生存期間」または「ＯＳ」とは、治療開始または初期診断から規定された期間、例えば、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年、約１０年等の期間、生存し続ける対象を指す。本発明の基礎をなす研究において、生存期間分析のために使用された事象は、任意の原因による死であった。
【００９７】
「無増悪生存期間」または「ＰＦＳ」とは、治療（または無作為化）から最初の疾患増悪または死までの期間を指す。例えば、これは、対象が癌の再発なしに生存し続ける期間、治療開始または初期診断から、例えば、規定の期間、例えば、約１ヶ月、約２ヶ月、約３ヶ月、約４ヶ月、約５ヶ月、約６ヶ月、約７ヶ月、約８ヶ月、約９ヶ月、約１年、約２年、約３年等である。本発明の一態様では、ＰＦＳは、ＭａｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１９９０；８：１２７７−８０，１９９０）によって説明されるＭａｃＤｏｎａｌｄ応答基準によって査定され得る。
【００９８】
「全応答率」または「客観的応答率」（ＯＲＲ）とは、最小時間で癌（例えば、膠芽腫）の大きさまたは量の減少を経験する人々の割合を指し、ＯＲＲは、完全応答率と部分応答率の合計で表され得る。
【００９９】
「生存期間を延長する」または「生存可能性を増加させる」ことによってとは、それぞれ、治療されていない対象（例えば、ＶＥＧＦ抗体で治療されていない対象）もしくは治療されていない対象の集団に対する、または化学療法薬のみでの治療、例えば、膠芽腫の標準治療で使用するもの、例えば、放射線療法を伴うまたは伴わないテモゾロミド（ＴＭＺ）等の対照治療プロトコルに対する、治療された対象（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）で治療された対象）もしくは治療された対象の集団におけるＰＦＳ及び／またはＯＳの増加を意味する。生存期間は、治療開始後、または初期診断後少なくとも約１ヶ月、約２ヶ月、約４ヶ月、約６ヶ月、約９ヶ月、または少なくとも約１年、または少なくとも約２年、または少なくとも約３年、または少なくとも約４年、または少なくとも約５年、または少なくとも約１０年等、監視される。
【０１００】
危険率（ＨＲ）とは、事象率の統計的定義である。本発明では、危険率は、任意の特定の時点での対照群における事象の確率で除算した実験群における事象の確率を表すものと定義される。無増悪生存期間分析における「危険率」とは、フォローアップの期間にわたる対照と比較した治療時の死の危険性の減少を表す２つの無増悪生存期間曲線間の差の要約である。
【０１０１】
本明細書における「患者」または「対象」とは、任意の単一の動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、ウシ、ブタ、ヒツジ、非ヒト霊長類、及びヒト等の哺乳動物を含む）、例えば、膠芽腫（ＧＢＭ）等の疾患もしくは障害の１つ以上の兆候、症状、もしくは他の指標を経験しているか、または経験した、治療に適格なヒトを指す。いずれの疾患の臨床的兆候も示さない臨床研究試験に関与する任意の患者、または疫学的研究に関与する患者、または以前に対照として使用された患者が、患者として含まれるよう意図されている。患者は、以前にＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）または別の薬物で治療されている可能性があるか、またはそのように治療されていない可能性がある。患者は、本明細書の治療が開始されるときに使用されるさらなる薬物（複数可）で処置されていない可能性があり、すなわち、患者は、「ベースライン」で（すなわち、治療が開始する前に対象をスクリーニングする日等の、本明細書の治療法における第１の用量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の投与前の設定された時点で）、例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）以外の療法で以前に治療されていない可能性がある。かかる「処置されていない」患者または対象は、一般に、かかるさらなる薬物（複数可）での治療の候補であると見なされる。
【０１０２】
「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には制御されていない細胞成長を特徴とする哺乳動物における生理学的状態を指すか、またはそれについて説明する。良性及び悪性癌、ならびに休眠腫瘍または微小転移（ｍｉｃｒｏｍｅｔａｓｔａｔｓｅｓ）がこの定義に含まれる。癌の例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が挙げられるが、これらに限定されない。かかる癌のより具体的な例としては、膠芽腫（ＧＢＭ）、例えば、前神経ＧＢＭ、神経ＧＢＭ、古典的ＧＢＭ、及び間葉性ＧＢＭ等が挙げられるが、これらに限定されない。ＧＢＭは、新たに診断されたのもの、診断されたもの、または再発性のものであり得る。他の癌としては、例えば、乳癌、扁平上皮細胞癌、肺癌（小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌、及び肺扁平上皮癌腫を含む）、腹膜癌、肝細胞癌、胃または腹部癌（胃腸癌を含む）、膵癌、卵巣癌、子宮頸癌、肝癌、膀胱癌、肝細胞癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌腫、唾液腺癌腫、腎臓または腎癌、肝癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌腫、及び様々な種類の頭頸部癌、ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性の非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞状のＮＨＬ、中悪性度のびまん性ＮＨＬ、高悪性度の免疫芽細胞性ＮＨＬ、高悪性度のリンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度の小型非開裂細胞ＮＨＬ、巨大病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、及びヴァルデンストレームマクログロブリン血症を含む）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリー細胞白血病、慢性骨髄性白血病、及び移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、ならびに母斑症に関連する異常血管増殖、浮腫（脳腫瘍に関連するもの等）、及びメーグス症候群が挙げられる。
【０１０３】
本明細書で使用される「腫瘍」とは、悪性または良性にかかわらず、すべての腫瘍性細胞成長及び増殖、ならびにすべての前癌性及び癌性細胞及び組織を指す。「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」という用語は、本明細書に記載されるように、相互排他的ではない。
【０１０４】
「薬学的製剤」という用語は、薬剤の生物学的活性が有効となるような形態であり、かつ製剤が投与される対象に対して許容できないほどに毒性の成分をさらに含まない無菌調製物を指す。
【０１０５】
「薬学的に許容される担体」とは、対象に対して毒性でない、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体には、緩衝剤、賦形剤、安定化剤、または保存剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０６】
「キット」とは、少なくとも１つの試薬、例えば、膠芽腫を有する患者を治療するための薬剤、または本発明のバイオマーカー遺伝子もしくはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含む、任意の製造物（例えば、パッケージまたは容器）である。この製造物は、好ましくは、本発明の方法を行うための装置として販売促進されるか、流通するか、または販売される。
【０１０７】
本明細書で使用されるとき、「共変量」という用語は、患者に関するある特定の変数または情報を指す。臨床的エンドポイントは、エンドポイントが従属変数を表し、バイオマーカーが主変数または標的独立変数（リグレッサー）を表す回帰モデルで頻繁に検討される。臨床的データプールからのさらなる変数が検討される場合、それらは、（臨床的）共変量を意味する。
【０１０８】
「臨床的共変量」という用語は、一般にベースラインで利用可能な患者についてのすべての臨床的情報を説明するために本明細書で使用される。これらの臨床的共変量は、性別、年齢等の人口統計学的情報、他の既往情報、合併症、併用療法、身体検査の結果、得られる研究室共通パラメータ、血管新生障害の既知の特性、臨床的病期、タイミング、及び前治療の結果、病歴、ならびに治療に対する臨床応答に関連し得るすべての同様の情報を含む。
【０１０９】
本明細書で使用されるとき、「生分析」または「調整されていない分析」という用語は、検討されるバイオマーカーに加えて、さらなる臨床的共変量が回帰モデルにおいて独立因子としても層化共変量としても使用されない回帰分析を指す。
【０１１０】
本明細書で使用されるとき、「共変量によって調整される」という用語は、検討されるバイオマーカーに加えて、さらなる臨床的共変量が回帰モデルにおいて独立因子または層化共変量として使用される回帰分析を指す。
【０１１１】
本明細書で使用されるとき、「単変量」という用語は、独立変数として、標的バイオマーカーのうちの１つのみが回帰モデルの一部である回帰モデルまたはグラフィカルアプローチを指す。これらの単変量モデルは、さらなる臨床的共変量を伴って、または伴わずに検討され得る。
【０１１２】
本明細書で使用されるとき、「多変量」という用語は、独立変数として、標的バイオマーカーのうちの２つ以上が回帰モデルの一部である回帰モデルまたはグラフィカルアプローチを指す。これらの多変量モデルは、さらなる臨床的共変量を伴って、または伴わずに検討され得る。
【０１１３】
ＩＩＩ．ＶＥＧＦアンタゴニストに応答性である患者の特定方法
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）療法に応答性である可能性がある患者を特定かつ／または監視するための方法を提供する。この方法は、とりわけ、患者へのＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の投与が効果的である可能性の増加に有用である。この方法は、患者由来の生体試料における１つ以上の遺伝子バイオマーカーの発現を検出することを含み、１つ以上のかかるバイオマーカーの発現は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに感受性または応答性であるかを示す。
【０１１４】
より具体的には、患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの決定は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに応答性または感受性であるかの監視に有用である。本明細書に記載の方法のうちのいずれかでは、例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）（「クラスター２遺伝子」）の発現レベル（複数可）を決定することができる。いくつかの例では、本明細書に記載の方法のうちのいずれかで、例えば、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）（「クラスター６遺伝子」）の発現レベル（複数可）を決定することができる。
【０１１５】
いくつかの例では、本明細書に記載の方法のうちのいずれかで、クラスター２遺伝子及びクラスター６遺伝子のうちのいくつかまたはすべての組み合わせの発現レベルを決定することができる。一例では、患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）、ならびにＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの異なる遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の異なる遺伝子（複数可））の発現レベル（複数可）の決定は、患者がベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに応答性または感受性であるかの監視に有用である。一例では、患者由来の試料における２７すべての遺伝子（すなわち、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６）の発現レベルの決定は、患者がベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに応答性または感受性であるかの監視に有用である。
【０１１６】
本開示の方法及びアッセイは、患者の治療に適切または有効な療法の査定に有用なデータ及び情報を得るための便利かつ効率的で潜在的に費用効率の高い手段を提供する。例えば、患者は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療前及び／または後に組織試料（例えば、腫瘍生検または血液試料）を提供することができ、その試料を様々なインビトロアッセイによって試験して、患者の細胞がベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに感受性であるかどうかを決定することができる。
【０１１７】
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）への患者の感受性または応答性の監視方法も提供する。この方法は、遺伝子またはタンパク質発現を検出するアッセイ（ＰＣＲ及び酵素免疫アッセイ等）ならびに適切な活性を検出する生化学的アッセイを含む、様々なアッセイ形式で行われ得る。患者試料におけるかかるバイオマーカーの発現または存在の決定は、患者がベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストの生物学的効果に感受性であるかどうかを予測する。本明細書における本出願者の発明は、基準レベル（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル、または膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカーの中央値発現レベル等）に対する、膠芽腫を有する患者由来の試料における１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可）ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６の発現の差または変化（すなわち、増加または減少）が、かかる患者のベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療と相関することである。
【０１１８】
実施例６は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１のうちの少なくとも１つの発現レベルが、少なくとも１つの評価されたバイオマーカーの基準レベルに対して増加することにより、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者が特定されることを示す。加えて、実施例７は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６のうちの少なくとも１つの発現レベルが、少なくとも１つの評価されたバイオマーカーの基準レベルに対して減少することにより、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者が特定されることを示す。典型的には、基準レベル（例えば、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカー（複数可）の中央値発現レベル（複数可）、または膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者群／集団由来の試料におけるバイオマーカー（複数可）の中央値発現レベル（複数可））に対する、それらの遺伝子のうちの少なくとも１つにおける発現の少なくとも約１．５倍、１．６倍、１．８倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、もしくは１０倍の差もしくは変化（すなわち、減少もしくは増加）、または測定されるそれらの遺伝子（複数可）の平均値発現レベル（複数可）からの少なくとも約−２、−３、−４、−５、もしくは−６標準偏差の平均ログ比の差もしくは変化（すなわち、減少もしくは増加）は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答するか、またはそれに感受性であることを示す。
【０１１９】
本発明の方法によると、特定の個体（例えば、患者）がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答し得る可能性は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルを検出し、それらの遺伝子の発現レベルを基準発現レベルと比較することによって決定され得る。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）のレベルの増加は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）の発現レベルの減少は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。例えば、上述のように、基準発現レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）への応答性について試験される患者群／集団における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。いくつかの実施形態では、基準発現レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）治療に応答しないと特定された患者における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである。いくつかの実施形態では、基準発現レベルは、先の時点で個体から以前に得られた試料における少なくとも１つの遺伝子の発現レベルである。他の実施形態では、個体は、原発腫瘍状況下でＶＥＧＦアンタゴニストでの前治療を受けた患者である。いくつかの実施形態では、個体は、転移を経験している患者である。本明細書に記載の少なくとも１つのバイオマーカー遺伝子の基準発現レベルを超えるか、またはそれ未満の発現レベルを有する個体は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある対象／患者と特定される。中央値に対して、例えば、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％（すなわち、高いまたは低い）の遺伝子発現レベル（例えば、平均／平均値遺伝子発現レベル）を呈する対象／患者は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に応答する可能性がある患者と特定される。対象／患者に、対象／患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答性である可能性が高いことが知らされ得、かつ／または抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言が行われ得る。遺伝子発現レベルは、本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子のうちの少なくとも１つ、または当該技術分野で既知であり、かつ例えば、Ｓｏｋａｌ  Ｒ．Ｒ．ａｎｄ  Ｒｈｏｌｆ，Ｆ．Ｊ．（１９９５）“Ｂｉｏｍｅｔｒｙ：ｔｈｅ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｉｎ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｒｅｓｅａｒｃｈ，”Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ．に記載される方法を使用した本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子の任意の線型結合（例えば、平均値、加重平均値、または中央値）を使用して決定され得る。
【０１２０】
一態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答するかどうかの決定方法であって、バイオマーカーとして、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストが患者に投与される前、または（ｉｉ）かかる治療の前及び後のいずれかに得られる患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を査定することを含む、方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子のうちの少なくとも１つの発現の変化（すなわち、増加または減少）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があることを示す。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）のレベルの増加は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）の発現レベルの減少は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。患者に、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが知らされ得、かつ／または抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言が行われ得る。
【０１２１】
別の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性の最適化方法であって、バイオマーカーとして、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストが患者に投与される前、または（ｉｉ）かかる治療の前及び後のいずれかに得られる患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することを含む、方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子のうちの少なくとも１つの発現の変化（すなわち、増加または減少）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があることを示す。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）のレベルの増加は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）の発現レベルの減少は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。患者に、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性が高いことが知らされ得、かつ／または抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言が行われ得る。
【０１２２】
別の態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、バイオマーカーとして、（ｉ）任意のＶＥＧＦアンタゴニストが患者に投与される前、または（ｉｉ）かかる治療の前及び後のいずれかに得られる患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現を検出することを含む、方法を提供する。基準レベル（上記を参照のこと）に対する遺伝子のうちの少なくとも１つの発現の変化（すなわち、増加または減少）は、患者が抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があることを示す。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）のレベルの増加は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）の発現レベルの減少は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含む療法は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性があると特定された場合に選択され得、患者に、選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言が行われ得る。
【０１２３】
別の実施形態では、本発明は、抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストに対する患者の感受性または応答性の監視方法を提供する。この方法は、患者由来の試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の遺伝子発現を査定することと、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストに対する患者の感受性または応答性を予測することと、を含み、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現の変化（すなわち、増加または減少）は、ＶＥＧＦアンタゴニストでの有効な治療に対する患者の感受性または応答性に相関する。この方法の一実施形態によると、生体試料は、任意のＶＥＧＦアンタゴニストの投与前に患者から得られ、その生体試料に対して、その試料における少なくとも１つの遺伝子の発現産物のレベルを評価するためのアッセイを行う。基準レベル（例えば、上記を参照のこと）に対して、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択されるもののうちの少なくとも１つの発現が変化した（すなわち、増加または減少した）場合、患者は、抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に感受性または応答性であると決定される。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可）のレベルの増加は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。いくつかの例では、例えば、基準レベルに対する、患者試料におけるＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可）の発現レベルの減少は、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に応答する可能性がある患者を特定する。患者に、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に感受性または応答性である可能性が高いことが知らされ得、かつ／または抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言が行われ得る。この方法の別の実施形態では、生体試料は、本明細書に記載されるように、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与前及び後に患者から得られる。
【０１２４】
さらなる一態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者の治療方法であって、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することを含み、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されている、方法を提供する。
【０１２５】
なおさらなる一態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する抗癌療法の治療有効性の最適化方法であって、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されており、該方法が、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの事前決定された変化に基づいて、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことを含む、方法を提供する。いくつかの例では、第８の態様の方法は、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことをさらに含み得る。
【０１２６】
なおさらなる一態様では、本発明は、膠芽腫を有する患者に対する療法の選択方法であって、患者が、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対する、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を有すると事前決定されており、該方法が、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの事前決定された変化に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを含む療法を選択し、選択された療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであると患者に提言することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、第９の態様の方法は、抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言を患者に行うことをさらに含み得る。
【０１２７】
前述の方法のうちのいずれかでは、変化は基準レベルに対する、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの増加であり得、少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可））は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１であり得る。いくつかの実施形態では、この方法は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１の発現レベルの増加に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む。
【０１２８】
前述の方法のうちのいずれかでは、変化は、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの減少であり得、少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可））は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６であり得る。いくつかの実施形態では、この方法は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６の発現レベルの減少に基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含む。
【０１２９】
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニストへの応答性について試験される患者集団に属し得、基準レベルは、患者集団における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルである。いくつかの例では、基準レベルは、膠芽腫を有し、かつＶＥＧＦアンタゴニスト治療に応答しないと特定された患者における少なくとも１つの遺伝子の中央値発現レベルであり得る。
【０１３０】
前述の方法のうちのいずれも、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することをさらに含み得る。いくつかの例では、投与されるＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、Ａ４．６．１エピトープに結合する抗ＶＥＧＦ抗体であるベバシズマブであり得るか、または抗ＶＥＧＦ抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み得、ＶＨは配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＶＬは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【０１３１】
前述の方法のうちのいずれかでは、本方法は、患者に、（ｉ）抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、及び細胞毒性薬からなる群から選択される薬剤、（ｉｉ）放射線療法、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせを投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、投与される化学療法薬は、テモゾロミド（ＴＭＺ）である。
【０１３２】
前述の方法のうちのいずれかでは、患者は、非前神経型の膠芽腫を有し得る。
【０１３３】
医術分野の当業者、特に診断試験及び治療薬での治療の適用に関連する当業者であれば、生物学的系が幾分可変的であり、必ずしも完全に予測可能ではなく、それ故に多くの良好な診断試験または治療薬が時折無効であることを認識するであろう。したがって、試験結果、患者の状態及び病歴、ならびに患者自身の経験に基づく、個々の患者に対する最も適切な治療過程の決定は、最終的には主治医の判断次第である。例えば、医師が患者を抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストで治療することを選択する場合、さらに診断試験もしくは他の基準からのデータに基づいて、患者がＶＥＧＦアンタゴニストにとりわけ感受性であると予測されない場合も、特に他の明らかな治療選択肢のうちのすべてまたは大半が失敗してしまった場合、または別の治療が与えられるときにある相乗作用が予期される場合さえあり得る。
【０１３４】
さらに明示的な実施形態では、本発明は、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に対する患者の感受性の予測方法、またはＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に対して患者が有効に応答するかどうかの予測方法であって、試料における本明細書において発現された特定された遺伝子バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルを査定することと、ＶＥＧＦアンタゴニストによる阻害に対する患者の感受性を予測することと、を含み、これらの遺伝子バイオマーカーのうちの１つ以上の発現レベルが、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療への有効な応答に対する患者の高感受性と相関する、方法を提供する。
【０１３５】
試料は、膠芽腫を有する疑いがあるか、または膠芽腫を有すると診断され、それ故に、治療を必要とする可能性がある患者から、またはいずれの障害も有する疑いのない健常な個体から採取され得る。マーカー発現の査定のために、患者試料、例えば、細胞、またはこれらの細胞によって産生されるタンパク質もしくは核酸を含むものが、本発明の方法に使用され得る。本発明の方法では、バイオマーカーのレベルは、試料、好ましくは、組織試料（例えば、生検等の腫瘍組織試料）中のマーカーの量（例えば、絶対量または濃度）を査定することによって決定され得る。加えて、バイオマーカーのレベルは、検出可能なレベルのバイオマーカーを含む体液または排泄物において査定され得る。本発明における試料として有用な体液または分泌物としては、例えば、血液、尿、唾液、便、胸膜液、リンパ液、痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、またはそれらの任意の他の体分泌物もしくは誘導体が挙げられる。「血液」という語は、全血、血漿、血清、または血液の任意の誘導体を含むよう意図されている。かかる体液または排泄物におけるバイオマーカーの査定は、時折、侵襲的サンプリング法が不適切または不便である場合に好ましい場合がある。しかしながら、試料が体液である場合、本明細書で試験されるこの試料は、好ましくは、血液、滑膜組織、または滑液、最も好ましくは、血液である。
【０１３６】
試料は、冷凍されたもの、新鮮なもの、固定されたもの（例えば、ホルマリン固定されたもの）、遠心分離されたもの、及び／または包埋されたもの（例えば、パラフィン包埋されたもの）等であり得る。もちろん、細胞試料に対して、試料中のマーカーの量を査定する前に、様々な周知の収集後調製及び保管技法（例えば、核酸及び／またはタンパク質抽出、固定、保管、冷凍、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離等）を行っても良い。同様に、生検に対して、収集後調製及び保管技法、例えば、固定を行っても良い。
【０１３７】
本明細書に記載の方法のうちのいずれかでは、個体（例えば、患者／対象）に対して、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に感受性または応答性である可能性が高いまたは低いことを知らせることができ、抗癌療法（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストを含むか、またはそれを含まない抗癌療法）の提言を行うことができ、かつ／または好適な療法（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／または他の抗血管新生薬）を選択することができる。
【０１３８】
Ａ．遺伝子発現の検出
本明細書に記載の遺伝子バイオマーカーは、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して検出され得る。例えば、哺乳動物由来の組織または細胞試料は、ノーザンブロット、ドットブロット、またはポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）分析、アレイハイブリダイゼーション、ＲＮａｓｅ保護アッセイを使用して、またはＤＮＡマイクロアレイスナップショットを含む市販のＤＮＡ  ＳＮＰチップマイクロアレイを使用して、例えば、対象の遺伝子バイオマーカー由来のｍＲＮＡまたはＤＮＡについて好都合にアッセイされ得る。例えば、定量ＰＣＲアッセイ等のリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイが当該技術分野で周知である。本発明の例証的な実施形態では、腫瘍試料（例えば、膠芽腫腫瘍試料）等の生体試料における対象の遺伝子バイオマーカー由来のｍＲＮＡの検出方法は、少なくとも１つのプライマーを使用した逆転写によって試料からｃＤＮＡを生成することと、そのように生成されたｃＤＮＡを増幅することと、増幅されたｃＤＮＡの存在を検出することと、を含む。加えて、かかる方法は、（例えば、アクチンファミリーメンバー等の「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に試験することによって）生体試料におけるｍＲＮＡのレベルを決定するのを可能にする１つ以上のステップを含み得る。任意に、増幅されたｃＤＮＡの配列が決定され得る。
【０１３９】
１．核酸の検出
具体的な一実施形態では、本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子の発現は、ＲＴ−ＰＣＲ技術によって行われ得る。ＰＣＲに使用されるプローブは、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤、または酵素等の検出可能なマーカーで標識され得る。かかるプローブ及びプライマーを使用して、試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可）の存在を検出することができる。当業者に理解されるように、非常に多くの異なるプライマー及びプローブを調製かつ有効に使用して、上記の遺伝子のうちの１つ以上を増幅し、それらをクローニングし、かつ／またはそれらの存在及び／または発現レベル決定することができる。
【０１４０】
他の方法は、マイクロアレイ技術によって、組織（例えば、腫瘍組織、例えば、膠芽腫腫瘍組織）または細胞試料におけるＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））由来のｍＲＮＡを試験または検出するためのプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及び対照組織試料由来の試験及び対照ｍＲＮＡ試料が逆転写かつ標識されて、ｃＤＮＡプローブが生成される。その後、これらのプローブは、固体支持体上で固定された核酸アレイにハイブリダイズされる。このアレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が分かるように構成される。例えば、ある特定の疾患状態で発現する可能性のある遺伝子の選択により、固体支持体上でアレイ化することができる。特定のアレイメンバーを有する標識プローブのハイブリダイゼーションは、そのプローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。疾患組織の差次的遺伝子発現分析により、有益な情報を提供することができる。マイクロアレイ技術は、核酸ハイブリダイゼーション技法及びコンピューティング技術を利用して、単一の実験内で何千もの遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価する（例えば、ＷＯ２００１／７５１６６を参照のこと）。アレイ製作の考察については、例えば、米国特許第５，７００，６３７号、米国特許第５，４４５，９３４号、及び米国特許第５，８０７，５２２号、Ｌｏｃｋａｒｔ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：１６７５−１６８０（１９９６）、及びＣｈｅｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２１（Ｓｕｐｐｌ）：１５−１９（１９９９）を参照されたい。
【０１４１】
加えて、欧州第１７５３８７８号に記載のマイクロアレイを利用するＤＮＡプロファイリング及び検出方法が用いられ得る。この方法は、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）分析及びＤＮＡマイクロアレイを利用して、異なるＤＮＡ配列を迅速に特定し、それらを区別する。一実施形態では、標識されたＳＴＲ標的配列は、相補的プローブを持つＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズされる。これらのプローブは、想定されるＳＴＲの範囲を網羅するように長さが異なる。ＤＮＡハイブリッドの標識された一本鎖領域は、ハイブリダイゼーション後の酵素的消化を利用して、マイクロアレイ表面から選択的に除去される。未知の標的における繰り返しの数は、マイクロアレイにハイブリダイズされたままの標的ＤＮＡのパターンに基づいて推定される。
【０１４２】
マイクロアレイプロセッサの一例は、市販のものであり、かつガラス表面上でのオリゴヌクレオチドの直接合成により製作されるアレイを含むＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）システムである。当業者に既知の他のシステムも使用され得る。
【０１４３】
ＲＴ−ＰＣＲまたは別のＰＣＲに基づく方法以外のバイオマーカーのレベルを決定するための他の方法としては、プロテオミクス技法、及び分子レベルでの患者応答に基づく血管新生障害の治療が必要な個別化された遺伝子プロファイルが挙げられる。本明細書における特殊化マイクロアレイ、例えば、オリゴヌクレオチドマイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイは、１つ以上の抗ＶＥＧＦ抗体への感受性または耐性のいずれかと相関する発現プロファイルを有する１つ以上のバイオマーカーを含み得る。本発明で使用するための核酸を検出するために使用され得る他の方法は、例えばＲＮＡＳｅｑ等のＲＮＡに基づくゲノム分析を含む、ハイスループットＲＮＡ配列発現分析を伴う。
【０１４４】
上記の技法を適用する際のガイダンスを提供する多くの参考文献が入手可能である（Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８０）、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ａｎｄ  Ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｎｉｍｕｎｏａｓｓａｙｓ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，１９８５）、Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，１９８４）、Ｈｕｒｒｅｌｌ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，ＦＬ，１９８２）、及びＺｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｐ．１４７−１  ５８（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，１９８７））。ノーザンブロット分析は、当該技術分野で周知の従来の技法であり、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９，Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｃｈ，Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，１０  Ｓｋｙｌｉｎｅ  Ｄｒｉｖｅ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ  １１８０３−２５００に記載されている。遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９５，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｕｎｉｔｓ  ２（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｂｌｏｔｔｉｎｇ），４（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｂｌｏｔｔｉｎｇ），１５（Ｉｍｍｕｎｏｂｌｏｔｔｉｎｇ）、ａｎｄ  １８（ＰＣＲ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）で見出だされる。
【０１４５】
２．タンパク質の検出
タンパク質バイオマーカー、例えば、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））に対応するタンパク質バイオマーカーの検出について、例えば、抗体に基づく方法、ならびに質量分析及び当該技術分野で既知の他の同様の手段を含む、例えば、様々なタンパク質アッセイが利用可能である。抗体に基づく方法の場合、例えば、試料を、抗体−バイオマーカー複合体が生じるのに十分な条件下で該バイオマーカーに特異的な抗体と接触させ、その後、前記複合体を検出することができる。タンパク質バイオマーカーの存在の検出は、ウエスタンブロット（免疫沈降を伴うまたは伴わない）、２次元ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、免疫沈降、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、及びＥＬＩＳＡ手技等のいくつかの方法で達成されて、血漿または血清を含む多種多様の組織及び試料をアッセイすることができる。かかるアッセイ形式を使用した広範囲の免疫アッセイ技法が利用可能である。例えば、米国特許第４，０１６，０４３号、同第４，４２４，２７９号、及び同第４，０１８，６５３号を参照されたい。これらには、非競合型の単一部位アッセイ及び二部位アッセイの両方、または「サンドイッチ」アッセイ、ならびに従来の競合的結合アッセイが含まれる。これらのアッセイは、標識抗体の標的バイオマーカーへの直接結合も含む。
【０１４６】
サンドイッチアッセイは、最も有用な一般に使用されているアッセイの１つである。サンドイッチアッセイ技法のいくつかの変形が存在し、すべて本発明により包含されるよう意図されている。簡潔に、典型的なフォワードアッセイでは、非標識抗体が固体基質上に固定され、試験される試料が結合分子と接触する。好適なインキュベーション期間後、抗体−抗原複合体の形成を可能にするのに十分な期間にわたって、検出可能なシグナルを生成することができるレポーター分子で標識された抗原に特異的な第２の抗体が添加され、抗体−抗原−標識抗体の別の複合体の形成に十分な期間にわたって、インキュベートされる。任意の未反応物質も洗い流され、レポーター分子によって生成されたシグナルの観察により抗原の存在が決定される。結果は、可視的なシグナルの単純な観察による質的なものであるか、または既知の量のバイオマーカーを含有する対照試料との比較による定量的なものであるかのいずれかであり得る。
【０１４７】
フォワードアッセイの変形としては、試料及び標識抗体の両方が結合抗体に同時に添加される同時アッセイが挙げられる。これらの技法は、当業者に周知であり、容易に明らかとなる任意の些細な変形が含まれる。典型的なフォワードサンドイッチアッセイでは、バイオマーカーに対する特異性を有する第１の抗体は、固体表面に共有結合しているか、または受動結合しているかのいずれかである。この固体表面は、典型的には、ガラスまたはポリマーであり、最も一般に使用されるポリマーは、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンである。これらの固体支持体は、管、ビーズ、マイクロプレートディスク、または免疫アッセイを行うのに好適な任意の他の表面の形態であり得る。結合プロセスは、当該技術分野で周知であり、一般に架橋共有結合または物理的吸着からなり、ポリマー−抗体複合体は試験試料の調製の際に洗浄される。試験される一定分量の試料が固相複合体に添加され、十分な期間（例えば、２〜４０分間、またはより好都合な場合は一晩）かつ好適な条件（例えば、２５℃〜３２℃等も含む室温〜４０℃）下でインキュベートされて、抗体中に存在する任意のサブユニットの結合が可能となる。インキュベーション期間後、抗体サブユニット固相が洗浄され、乾燥され、バイオマーカーの一部に特異的な第２の抗体とインキュベートされる。第２の抗体は、レポーター分子に結合され、これが第２の抗体の分子マーカーへの結合を示すために使用される。
【０１４８】
代替方法は、試料中に標的バイオマーカーを固定し、その後、固定された標的を、レポーター分子で標識されていてもされていなくても良い特異的抗体に曝露することを伴う。標的の量及びレポーター分子シグナルの強度に応じて、結合標的は、抗体で直接標識することにより検出可能であり得る。あるいは、第１の抗体に特異的な第２の標識抗体が標的−第１の抗体複合体に曝露されて、標的−第１の抗体−第２の抗体の三次複合体を形成する。この複合体は、レポーター分子から放出されるシグナルによって検出される。「レポーター分子」によるとは、本明細書で使用されるとき、その化学的性質により、抗原結合抗体の検出を可能にする分析的に特定可能なシグナルを提供する分子を意味する。この種のアッセイで最も一般に使用されるレポーター分子は、酵素、フルオロフォア、または放射性核種含有分子（すなわち、放射性同位体）のいずれか、及び化学発光分子である。
【０１４９】
酵素免疫アッセイの場合、酵素は、一般にグルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸塩を用いて第２の抗体にコンジュゲートされる。しかしながら、容易に認識されるように、当業者が容易に利用可能な多種多様の異なるコンジュゲート技法が存在する。一般に使用される酵素としては、とりわけ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、及びアルカリ性ホスファターゼが挙げられる。これらの特定の酵素と使用される基質は、一般に、対応する酵素による加水分解時の検出可能な色変化の生成のために選択される。好適な酵素の例としては、アルカリ性ホスファターゼ及びペルオキシダーゼが挙げられる。上述の色素発生基質ではなく蛍光産物を産出する蛍光発生基質を用いることも可能である。すべての場合では、酵素−標識抗体は、第１の抗体−分子マーカー複合体に添加され、結合が可能になり、その後、過剰な試薬が洗い流される。適切な基質を含有する溶液が抗体−抗原−抗体の複合体に添加される。この基質は、第２の抗体に結合している酵素と反応し、質的視覚シグナルをもたらし、これが通常分光光度法でさらに定量されて、試料中に存在したバイオマーカーの量の指標をもたらす。あるいは、フルオレセイン及びローダミン等の蛍光化合物が、それらの結合能力を改変することなく抗体に化学的に結合することができる。特定の波長の光を有する照明によって活性化されると、蛍光色素標識抗体は、光エネルギーを吸着し、分子においてある状態を興奮性状態に誘導し、その後、光学顕微鏡で視覚的に検出可能な特徴的な色でこの光が放出される。ＥＩＡで見られるように、蛍光標識抗体を、第１の抗体−分子マーカー複合体に結合させる。非結合試薬を洗い落とした後、残りの三次複合体が適切な波長の光に曝露され、蛍光の観察によって、対象の分子マーカーの存在が示される。免疫蛍光及びＥＩＡ技法はいずれも、当該技術分野で非常によく確立されたものである。しかしながら、放射性同位体、化学発光分子、または生物発光分子等の他のレポーター分子も用いることができる。
【０１５０】
Ｂ．キット
バイオマーカーの検出において使用するために、キットまたは製品も本発明によって提供される。かかるキットを使用して、患者がＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療の恩恵を受け得るかどうかを決定することができる。これらのキットは、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルを決定することができるポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含み得る。基準レベル（例えば、上記を参照のこと）に対して、またはそれとは異なって、上記の遺伝子のうちの少なくとも１つの発現が変化した（すなわち、増加または減少した）場合、患者は、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得る。その後、患者に、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療に感受性または応答性である可能性が高いことが知らせることができ、かつ／または抗癌療法がＶＥＧＦアンタゴニストを含むべきであるという提言行うことができる。
【０１５１】
これらのキットは、バイアル、管等の１つ以上の容器手段を密接に閉じ込めた状態で受容するように区画化された担体手段を含み得、これらの容器手段は各々、この方法で使用される別個の化合物または要素のうちの１つを含む。例えば、これらの容器手段のうちの１つは、検出可能に標識されるか、または検出可能に標識され得るプローブを含み得る。かかるプローブは、それぞれ、タンパク質またはメッセージに特異的なポリペプチド（例えば、抗体）またはポリヌクレオチドであり得る。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチド（複数可）を収容する容器、及び／または酵素標識、蛍光（ｆｌｏｒｅｓｃｅｎｔ）標識、もしくは放射性同位体標識等のレポーター分子に結合している、ビオチン結合タンパク質、例えば、アビジンもしくはストレプトアビジン等のレポーター手段を含む容器も含有し得る。
【０１５２】
かかるキットは、典型的には、上述の容器、ならびに緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用説明書を有する添付文書を含む、商業的観点及び使用者の観点から望ましい材料を含む１つ以上の他の容器を含む。組成物が特定の用途のために使用されることを示し、かつ上述のもの等のインビボまたはインビトロのいずれかでの用法に関する指示も示し得るラベルが容器上に存在し得る。
【０１５３】
本発明のキットは、いくつかの実施形態を有する。典型的な一実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に収容される組成物を含むキットであり、この組成物は、タンパク質または自己抗体バイオマーカーに結合する一次抗体を含み、該容器上のラベルは、この組成物を使用して、ある試料におけるかかるタンパク質または抗体の存在を評価することができることを示し、このキットは、特定の種類の試料におけるバイオマーカータンパク質の存在を評価するための抗体の使用説明書を含む。このキットは、試料を調製するための、かつこの試料に抗体を適用するための一組の指示及び材料をさらに含み得る。このキットは、一次抗体及び二次抗体の両方を含み得、この二次抗体は、標識、例えば、酵素標識にコンジュゲートされる。
【０１５４】
別の実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に収容される組成物を含むキットであり、この組成物は、ストリンジェントな条件下で本明細書に記載のバイオマーカーの相補体にハイブリダイズする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、該容器上のラベルは、この組成物を使用して、ある試料における本明細書に記載のバイオマーカーの存在を評価することができることを示し、このキットは、特定の種類の試料におけるバイオマーカーＲＮＡまたはＤＮＡの存在を評価するためのポリヌクレオチド（複数可）の使用説明書を含む。
【０１５５】
このキットの他の任意の成分としては、１つ以上の緩衝液（例えば、遮断緩衝液、洗浄緩衝液、基質緩衝液等）、酵素標識によって化学的に改変される基質等の他の試薬（例えば、色原体）、エピトープ回収溶液、対照試料（陽性対照及び／または陰性対照）、対照スライド（複数可）等が挙げられる。キットは、このキットを使用して得られた結果を解釈するための指示も含み得る。
【０１５６】
さらなる具体的な実施形態では、抗体に基づくキットでは、このキットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質に結合する第１の抗体（例えば、固体支持体に結合しているもの）と、任意に（２）タンパク質または第１の抗体のいずれかに結合し、検出可能な標識にコンジュゲートされる第２の異なる抗体とを含み得る。
【０１５７】
オリゴヌクレオチドに基づくキットでは、このキットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、または（２）バイオマーカー核酸分子の増幅に有用な一対のプライマーを含み得る。このキットは、例えば、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定化剤も含み得る。このキットは、検出可能な標識（例えば、酵素または基質）の検出に必要な成分をさらに含み得る。このキットは、アッセイされて試験試料と比較され得る対照試料または一連の対照試料も含み得る。このキットの各成分は、個々の容器内に封入され得、様々な容器のすべてが、このキットを使用して行われるアッセイの結果を解釈するための指示とともに、単一のパッケージ内に存在し得る。
【０１５８】
Ｃ．統計
本明細書で使用されるとき、一般形態の予測ルールは、本明細書において、応答もしくは非応答を予測するか、またはより一般には、好適に定義された臨床的エンドポイントの観点での利益もしくは利益の欠如を予測するための臨床的共変量を潜在的に含む１つまたは複数のバイオマーカーの関数からなる。
【０１５９】
最も単純な形態の予測ルールは、共変量を有しない単変量モデルからなり、この予測は、カットオフまたは閾値を用いて決定される。これは、具体的なカットオフｃ及びバイオマーカー測定値ｘについてヘビサイド関数の観点で言い表され得、ここで、二値予測ＡまたはＢが行われ、Ｈ（ｘ−ｃ）＝０の場合、Ａを予測し、Ｈ（ｘ−ｃ）＝１の場合、Ｂを予測する。
【０１６０】
これは、予測ルールで単変量バイオマーカー測定値を使用する最も単純な方法である。かかる単純なルールが十分である場合、それは、その効果の方向、すなわち、高いまたは低い発現レベルが患者に有益であるかを単純に特定するのを可能にする。
【０１６１】
この状況は、臨床的共変量が考慮されなければならない場合、かつ／または複数のバイオマーカーが多変量予測ルールで使用される場合により複雑になり得る。以下の２つの仮説例は、関連する問題を例証する。
【０１６２】
共変量調整（仮説例）：
バイオマーカーＸでは、臨床試験集団において、高い発現レベルがより低い臨床応答に関連することが見出される（単変量分析）。より綿密な分析により、この集団には２つの種類の臨床応答が存在し、第１の群が第２の群よりも低い応答を有し、同時に、第１の群のバイオマーカー発現が少なくとも１用量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の投与後、概して高くなることが示される。共変量分析の調整により、これらの群の各々では、臨床的利点と臨床応答の関係が逆転する、すなわち、これらの群内で、より低い発現レベルがより良好な臨床応答に関連することが明らかになる。全体的逆効果を共変量型でマスクして、予測ルールの一部としての共変量調整分析により、方向が逆転した。
【０１６３】
多変量予測（仮説例）：
バイオマーカーＸでは、臨床試験集団において、高い発現レベルがより低い臨床応答に若干関連することが見出される（単変量分析）。第２のバイオマーカーＹでは、同様の観察を単変量分析で行った。ＸとＹの組み合わせにより、両方のバイオマーカーが低い場合に良好な臨床応答が見られることが明らかになった。これは、両方のバイオマーカーがいくつかのカットオフ未満である場合に、利益を予測するルール（及びヘビサイド予測関数の関係）をもたらす。この組み合わせルールでは、単純なルールは、もはや単変量の意味では当てはまらず、例えば、Ｘにおいて低い発現レベルを有しても、臨床応答がより良好であると自動的に予測されることにはならない。
【０１６４】
これらの単純な例は、共変量を伴うまたは伴わない予測ルールを各バイオマーカーの単変量レベルでは判断することができないことを示す。複数のバイオマーカーと共変量による潜在的調整との組み合わせても、単純な関係は単一のバイオマーカーに割り当てられない。特に血清中のマーカー遺伝子が、他の臨床的共変量を潜在的に含む複数のマーカー予測モデルに使用され得るため、かかるモデル内の単一のマーカー遺伝子の有益な効果の方向は、単純な方法で決定することができず、単変量分析で見出される方向、すなわち、単一のマーカー遺伝子について記載される状況と矛盾する場合がある。
【０１６５】
臨床医であれば、当該技術分野で既知のいくつかの方法のうちのいずれかを使用して、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の特定の投薬量スキームの有効性を測定することができる。例えば、インビボ撮像（例えば、ＭＲＩ）を使用して、腫瘍の大きさを決定し、任意の転移も特定して療法への相対的な有効な応答性を決定することができる。投薬レジメンを調整して、最適な所望の応答（例えば、治療応答）を提供することができる。例えば、ある用量が投与され得、いくつかの分割された用量が経時的に投与され得るか、またはその用量を治療状況の緊急事態によって示されるように比例的に減少または増加させることができる。
【０１６６】
ＩＶ．ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療
Ａ．投薬量及び投与
本明細書に記載のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）での治療に対する患者の応答性または感受性が特定されると、ＶＥＧＦアンタゴニストでの治療を、単独でまたは他の薬剤と組み合わせて行うことができる。かかる治療によって、例えば、腫瘍の大きさ（例えば、膠芽腫腫瘍の大きさ）減少し、または無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／もしくは全生存期間（ＯＳ）が増加する場合がある。さらに、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）と少なくとも１つの第２の薬剤（複数可）との組み合わせでの治療によって、好ましくは、患者に、相加的治療利益、より好ましくは、相乗的治療利益（または相加的治療利益を超えるもの）をもたらす。好ましくは、この組み合わせ法では、第２の薬剤の少なくとも１回の投与とアンタゴニストの少なくとも１回の投与との間のタイミングは、本明細書では、約１ヶ月以下、より好ましくは、約２週間以下である。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、本発明は、膠芽腫を有する患者の治療方法であって、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与することを含み、患者が、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７の遺伝子（複数可））の発現レベルの変化を、少なくとも１つの遺伝子の基準発現レベルに対して有すると事前決定されている、方法を提供する。この変化は、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの増加であり得、少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４の遺伝子（複数可））は、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及び／またはＴＮＦＲＳＦ２１であり得る。いくつかの実施形態では、この変化は、基準レベルに対する少なくとも１つの遺伝子の発現レベルの減少であり得、少なくとも１つの遺伝子（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の遺伝子（複数可））は、ＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及び／またはＺＢＴＢ１６であり得る。
【０１６８】
医術分野の当業者は、患者がＶＥＧＦアンタゴニストに応答する可能性があると診断された後に患者に治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を投与する正確な方法が、主治医の判断によるものであることを理解する。投薬量、他の薬剤との組み合わせ、タイミング、及び投与頻度等を含む投与方法は、患者がかかるＶＥＧＦアンタゴニストに応答する可能性があるという診断、ならびに患者の状態及び病歴に影響され得る。したがって、ＶＥＧＦアンタゴニストに比較的非感受性であると予測される膠芽腫を有する患者でさえも、特に患者のアンタゴニストへの応答性を変化させ得る薬剤を含む他の薬剤と組み合わせて、依然としてＶＥＧＦアンタゴニストでの治療の恩恵を受け得る。
【０１６９】
ＶＥＧＦアンタゴニストを含む組成物は、優れた医療実践と一致する様式で製剤化、服用、かつ投与される。この文脈で考慮すべき要因としては、治療される特定の種類の膠芽腫（例えば、新たに診断された膠芽腫もしくは再発性膠芽腫、前神経型の膠芽腫、間葉型の膠芽腫、または増殖型の膠芽腫）、治療される特定の哺乳動物（例えば、ヒト）、個々の患者臨床状態、膠芽腫の原因、薬剤の送達部位、想定される副作用、アンタゴニストの種類、投与方法、投与スケジュール、及び医療施術者に既知の他の要因が挙げられる。投与されるＶＥＧＦアンタゴニストの有効量は、かかる考慮すべき事項によって制御される。
【０１７０】
当該技術分野における通常の技術を有する医師であれば、特定の種類のアンタゴニスト等の要因に応じて必要とされる薬学的組成物の有効量を容易に決定かつ処方することができる。例えば、医師は、所望の治療効果を達成するのに必要なレベルよりも低いレベルで薬学的組成物中に用いられるかかるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の用量から開始し、所望の効果が達成されるまで投薬量を徐々に増加させ得る。アンタゴニストの所与の用量または治療レジメンの有効性は、例えば、標準の有効性尺度を使用して患者における兆候及び症状を査定することによって決定され得る。
【０１７１】
ある特定の例では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、対象に投与される唯一の（すなわち、単剤療法としての）薬剤であり得る。
【０１７２】
ある特定の例では、患者は、同じＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）で少なくとも２回治療される。したがって、最初及び第２のＶＥＧＦアンタゴニスト曝露は、好ましくは、同じアンタゴニストによるものであり、より好ましくは、すべてのＶＥＧＦアンタゴニスト曝露は同じＶＥＧＦアンタゴニストによるものであり、すなわち、最初の２回の曝露、好ましくは、すべての曝露の治療が、一種類のＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体等のＶＥＧＦに結合するアンタゴニストによるものであり、例えば、すべてベバシズマブによるものである。
【０１７３】
一般的な提案として、１用量当たり非経口投与されるＶＥＧＦアンタゴニストの有効量は、１回以上の投薬量により、約２０ｍｇ〜約５０００ｍｇの範囲である。抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等の抗体の例示的な投薬レジメンでは、１、２、３、もしくは４週間毎に１００もしくは４００ｍｇを含むか、または１、２、３、もしくは４週間毎に約１、３、５、１０、１５、もしくは２０ｍｇ／ｋｇの用量が投与される。例えば、有効量の抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）は、任意に、静脈内（ｉ．ｖ．）投与により、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇで投与され得る。別の例では、有効量の抗ＶＥＧＦ抗体は、任意に、ｉ．ｖ．投与により、３週間毎に１５ｍｇ／ｋｇで投与され得る。この用量は、単回用量として、または複数回用量（例えば、２回用量もしくは３回用量）として、例えば、注入物として投与され得る。
【０１７４】
いくつかの例では、疾患の種類及び重症度に応じて、例えば、１回以上の別個の投与によるか、または持続注入によるかにかかわらず、対象に投与するための初期候補投薬量として、約１ｕｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ）のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）。一実施形態では、望ましい投薬量としては、例えば、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、及び１５ｍｇ／ｋｇが挙げられる。状態に応じた数日またはそれ以上にわたる繰り返し投与またはサイクルの場合、治療は、上述の方法または当該技術分野で既知の方法によって測定されるように、癌が治療されるまで持続される。しかしながら、他の投薬レジメンが有用である場合がある。一例では、抗ＶＥＧＦ抗体は、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、または１５ｍｇ／ｋｇを含むが、これらに限定されない、約６ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇの用量範囲で、１週間、２週間、または３週間に１回投与される。本発明の療法の進行は、従来の技法及びアッセイによって容易に監視される。他の実施形態では、かかる投薬レジメンは、膠芽腫において化学療法レジメンと組み合わせて使用される。
【０１７５】
ＶＥＧＦアンタゴニストの複数の曝露が提供される場合、各曝露は、同じまたは異なる投与手段を使用して提供され得る。一実施形態では、各曝露は、静脈内投与によるものである。別の実施形態では、各曝露は、皮下投与によりもたらされる。さらに別の実施形態では、曝露は、静脈内投与及び皮下投与の両方によりもたらされる。
【０１７６】
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、静注または静脈内ボーラスではなく、緩徐な静脈内注入として投与される。例えば、プレドニゾロンまたはメチルプレドニゾロン等のステロイド（例えば、ｉ．ｖ．で約８０〜１２０ｍｇ、より具体的には、ｉ．ｖで約１００ｍｇ）が、抗ＶＥＧＦ抗体の任意の注入の約３０分前に投与される。例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体は、専用ラインを介して注入され得る。
【０１７７】
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）への多用量曝露の初回用量、または単回用量では、曝露が１回用量のみを伴う場合、かかる注入は、好ましくは、約５０ｍｇ／時間の速度で開始される。これは、例えば、約３０分間毎に約５０ｍｇ／時間の速度の増分で最大約４００ｍｇ／時間まで増大され得る。しかしながら、対象が注入関連反応を経験している場合、その注入速度は、好ましくは、例えば、現在の速度の半分に、例えば、１００ｍｇ／時間から５０ｍｇ／時間に低減される。例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストのかかる用量（例えば、全用量約１０００ｍｇ）の注入は、約２５５分間（４時間１５分）で完了する。任意に、対象は、注入開始の約３０〜６０分前に、アセトアミノフェン／パラセタモール（例えば、約１ｇ）及びジフェンヒドラミンＨＣｌ（例えば、約５０ｍｇまたは等価用量の同様の薬剤）の予防的治療を経口で受ける。
【０１７８】
全曝露を達成するためにＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の２回以上の注入（用量）が与えられる場合、第２またはその後のＶＥＧＦアンタゴニスト注入は、この実施形態では、初回注入よりも早い速度で、例えば、約１００ｍｇ／時間で開始する。この速度は、例えば、約３０分間毎に約１００ｍｇ／時間の増分で最大約４００ｍｇ／時間まで増大され得る。注入関連反応を経験する対象は、好ましくは、その速度の半分に、例えば、１００ｍｇ／時間から５０ｍｇ／時間に低減された注入速度を有する。好ましくは、ＶＥＧＦアンタゴニストのかかる第２またはその後の用量（例えば、全用量約１０００ｍｇ）の注入は、約１９５分間（３時間１５分間）で完了する。
【０１７９】
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）であり、約０．４〜４グラムの用量で投与され、より好ましくは、この抗体は、約１ヶ月以内に１〜４回用量の頻度で、約０．４〜１．３グラムの用量で投与される。さらにより好ましくは、この用量は、約５００ｍｇ〜１．２グラムであり、他の実施形態では、約７５０ｍｇ〜１．１グラムである。かかる態様では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、好ましくは、２〜３回用量で投与され、かつ／または約２〜３週間以内に投与される。
【０１８０】
治療期間は、医療的に指示される限り、または所望の治療効果（例えば、本明細書に記載の治療効果）が得られるまで継続され得る。ある特定の実施形態では、治療は、１ヶ月間、２ヶ月間、４ヶ月間、６ヶ月間、８ヶ月間、１０ヶ月間、１年間、２年間、３年間、４年間、５年間、または数年間〜対象の生涯期間、継続される。
【０１８１】
しかしながら、上述されるように、これらの提案されるＶＥＧＦアンタゴニストの量は、治療的判断を前提とするものである。適切な用量及びスケジュールの選択時の主要な要因は、上述の得られる結果である。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、可能な限り膠芽腫の第１の兆候、診断、出現、または発生の寸前に投与される。
【０１８２】
１．投与経路
ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、非経口、局所、皮下、腹腔内、肺内、経鼻、及び／または病巣内投与を含む、任意の好適な手段によって投与され得る。非経口注入としては、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が挙げられる。髄腔内投与も企図される。加えて、ＶＥＧＦアンタゴニストは、好適には、例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストの用量を低減させて、パルス注入によって投与され得る。最も好ましくは、投薬は、静脈内注射によりもたらされる。
【０１８３】
抗ＶＥＧＦ抗体の複数の曝露が提供される場合、各曝露は、同じまたは異なる投与手段を使用して提供され得る。一実施形態では、各曝露は、静脈内（ｉ．ｖ．）投与によるものである。例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体は、専用ラインを介して注入され得る。例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体は、最初に約９０分間にわたって静脈内投与され得、その後、約６０分間にわたって、次いで、約３０分間にわたって注入され得る。別の実施形態では、各曝露は、皮下（ｓ．ｃ．）投与によりもたらされる。さらに別の実施形態では、これらの曝露は、ｉ．ｖ．投与及びｓ．ｃ．投与の両方によりもたらされる。
【０１８４】
上述の従来の経路による患者へのＶＥＧＦアンタゴニストの投与に加えて、本発明は、遺伝子療法による投与を含む。遺伝子療法を使用した細胞内抗体の生成に関しては、例えば、ＷＯ１９９６／０７３２１を参照されたい。
【０１８５】
核酸（任意にベクターに含まれるもの）を患者の細胞に導入する２つの主要なアプローチ、すなわちインビボアプローチ及びエクスビボアプローチが存在する。インビボ送達の場合、核酸は、患者に、通常、アンタゴニストが必要とされる部位に直接注入される。エクスビボ治療の場合、患者の細胞が取り除かれ、核酸がこれらの単離された細胞に導入され、修飾された細胞が、直接、または例えば、多孔質膜内に被包された状態でのいずれかで、患者に投与され、これが患者に移植される（例えば、米国特許第４，８９２，５３８号及び同第５，２８３，１８７号を参照のこと）。核酸を生存細胞に導入するための利用可能な様々な技法が存在する。これらの技法は、核酸が対象とする宿主の細胞における培養細胞にインビトロまたはインビボで導入されるかによって異なる。核酸の哺乳類細胞へのインビトロ導入に好適な技法としては、リポソームの使用、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法等が挙げられる。遺伝子のエクスビボ送達で一般に使用されているベクターは、レトロウイルスである。
【０１８６】
現在好ましいインビボ核酸導入技法としては、ウイルスベクター（アデノウイルス、単純ヘルペスＩウイルス、またはアデノ随伴ウイルス等）でのトランスフェクション、ならびに脂質に基づく系（遺伝子の脂質媒介導入に有用な脂質は、例えば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、及びＤＣ−Ｃｈｏｌである）が挙げられる。いくつかの状況では、核酸源に、標的細胞に特異的な薬剤、例えば、標的細胞上の細胞表面膜タンパク質に特異的な抗体、標的細胞上の受容体に対するリガンド等を提供することが望ましい。リポソームが用いられる場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質を使用して、例えば、特定の細胞型に向性のカプシドタンパク質またはその断片、サイクリングで内部移行を受けるタンパク質の抗体、及び細胞内局在化を標的とし、かつ細胞内半減期を延長させるタンパク質を標的とし、かつ／またはその取り込みを促進することができる。受容体媒介エンドサイトーシス技法は、例えば、Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９−４４３２（１９８７）、及びＷａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８７：３４１０−３４１４（１９９０）に記載されている。遺伝子マーキング及び遺伝子療法プロトコルは、例えば、Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５６：８０８−８１３（１９９２）、及びＷＯ１９９３／２５６７３に記載されている。
【０１８７】
２．組み合わせ療法
いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、１つ以上のさらなる抗癌剤または療法と組み合わせて使用され得る。抗癌療法の例としては、外科手術、放射線療法（放射線療法（ＲＴ））、生物療法、免疫療法、化学療法（例えば、テモゾロミド（ＴＭＺ））、またはこれらの療法の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。加えて、細胞毒性薬、抗血管新生剤、及び抗増殖剤が、抗ＶＥＧＦ抗体と組み合わせて使用され得る。１つ以上のさらなる抗癌剤または療法は、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさないように、ＶＥＧＦアンタゴニストに対する相補的活性を有する。組み合わせ投与としては、別個の製剤または単一の薬学的製剤を使用した同時投与、及びいずれの順の連続投与が挙げられ、好ましくは、両方の（またはすべての）活性薬剤がそれらの生物学的活性を同時に発揮する期間が存在する。
【０１８８】
１つ以上のさらなる抗癌剤は、化学療法薬、細胞毒性薬、サイトカイン、成長阻害薬、抗ホルモン剤、及びそれらの組み合わせであり得る。かかる分子は、好適には、対象とする目的に有効な量で組み合わせて存在する。ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）を含有する薬学的組成物は、治療有効量の抗腫瘍薬、化学療法薬、成長阻害薬、細胞毒性薬、またはそれらの組み合わせも含み得る。
【０１８９】
一態様では、第１の化合物は、抗ＶＥＧＦ抗体であり、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＶＥＧＦ抗体以外の治療抗体である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、癌細胞表面マーカーに結合する抗体である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＨＥＲ２抗体、トラスツズマブ（例えば、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗ＨＥＲ２抗体、ペルツズマブ（Ｏｍｎｉｔａｒｇ（商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ、米国特許第６，９４９，２４５号を参照のこと）である。一実施形態では、少なくとも１つのさらなる化合物は、抗体（ネイキッド抗体またはＡＤＣのいずれか）であり、さらなる抗体は、第２、第３、第４、第５、第６、またはそれより高次の抗体であり、かかる第２、第３、第４、第５、第６、またはそれより高次の抗体の組み合わせ（ネイキッドまたはＡＤＣのいずれか）が血管新生障害の治療に効果的になる。
【０１９０】
本発明による他の治療レジメンは、抗癌剤の投与を含み得、放射線療法ならびに／または骨髄及び末梢血移植、ならびに／または細胞毒性薬、化学療法薬、もしくは成長阻害薬を含むが、これらに限定されない。かかる実施形態のうちの１つでは、化学療法薬は、例えば、シクロホスファミド、ヒドロキシダウノルビシン、アドリアマイシン、ドキソルビンシン、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（商標））、プレドニゾロン、ＣＨＯＰ、ＣＶＰ、もしくはＣＯＰ、または免疫治療薬、例えば、抗ＰＳＣＡ、抗ＨＥＲ２（例えば、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、ＯＭＮＩＴＡＲＧ（商標））等の薬剤または薬剤の組み合わせである。別の実施形態では、この組み合わせには、ドセタキセル、ドキソルビシン、及びシクロホスファミドが含まれる。この組み合わせ療法は、同時レジメンまたは順次レジメンとして投与され得る。順次投与されるとき、この組み合わせは、２回以上の投与で投与され得る。組み合わせ投与としては、別個の製剤または単一の薬学的製剤を使用した同時投与、及びいずれの順の連続投与が挙げられ、好ましくは、両方の（またはすべての）活性薬剤がそれらの生物学的活性を同時に発揮する期間が存在する。
【０１９１】
一実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体）での治療は、異なる化学療法薬のカクテルの同時投与を含む、本明細書で特定される抗癌剤と１つ以上の化学療法薬または成長阻害薬との組み合わせ投与を伴う。化学療法薬としては、タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル等）ならびに／またはアントラサイクリン抗生物質が挙げられる。かかる化学療法薬の調製及び投薬スケジュールは、製造業者の指示に従って、または当業者によって経験的に決定されるように使用され得る。かかる化学療法薬の調製及び投薬スケジュールは、「Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  Ｓｅｒｖｉｃｅ」（１９９２）Ｅｄ．，Ｍ．Ｃ．Ｐｅｒｒｙ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍｄ．にも記載されている。
【０１９２】
上記の同時投与される薬剤のうちのいずれかの好適な投薬量は、現在使用されているものであり、ＶＥＧＦアンタゴニストと他の化学療法薬または治療薬との組み合わせ作用（相乗作用）により低減され得る。
【０１９３】
組み合わせ療法は、「相乗作用」を提供し、かつ「相乗的である」と証明することができ、すなわち、効果は、一緒に使用される活性成分が化合物を別々に使用することによって生じる効果の合計を超えるときに達成される。相乗効果は、活性成分が、（１）単位投薬量製剤を組み合わせて同時に製剤化かつ投与されるか、もしくは同時に送達される場合に、（２）別個の製剤として交互にもしくは並行して送達される場合に、または（３）他のあるレジメンによって送達される場合に実現され得る。交互療法で送達される場合、相乗効果は、化合物が、例えば、別個のシリンジでの異なる注射によって、順次投与または送達されるときに実現され得る。一般に、交互療法中、有効な投薬量の各活性成分が順次、すなわち、連続して投与される一方で、組み合わせ療法では、有効な投薬量の２つ以上の活性成分が一緒に投与される。
【０１９４】
一般に、疾患の予防または治療の場合、さらなる治療薬の適切な投薬量は、治療される疾患の種類、抗体の種類、疾患の重症度及び経過、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びさらなる薬剤（例えば、ＴＭＺ）が予防または治療目的のために投与されるか、以前の療法、患者の病歴、ならびにＶＥＧＦアンタゴニスト及びさらなる薬剤への応答、ならびに主治医の判断によって決定される。ＶＥＧＦアンタゴニスト及びさらなる薬剤は、好適には、患者に１回または一連の治療にわたって投与される。ＶＥＧＦアンタゴニストは、典型的には、上述のように投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、さらなる薬剤の約２０ｍｇ／ｍ２〜６００ｍｇ／ｍ２が、例えば、１回以上の別個の投与か、または連続注入かにかかわらず、患者への投与の初回候補投薬量となる。１つの典型的な１日投薬量は、上述の要因に応じて、約または約２０ｍｇ／ｍ２、８５ｍｇ／ｍ２、９０ｍｇ／ｍ２、１２５ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２、またはそれ以上の範囲であり得る。数日間以上にわたる繰り返し投与の場合、状態に応じて、治療は、疾患症状の所望の抑制が生じるまで持続される。したがって、約２０ｍｇ／ｍ２、８５ｍｇ／ｍ２、９０ｍｇ／ｍ２、１２５ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２、６００ｍｇ／ｍ２（またはそれらの任意の組み合わせ）のうちの１つ以上の用量が患者に投与され得る。かかる用量は、（例えば、患者が、約２〜約２０回、例えば、約６回用量のさらなる薬剤を受けるように）例えば、毎週、または２週間毎、３週間毎、４週間毎、５週間毎、もしくは６週間毎に断続的に投与され得る。初回のより高い負荷用量に続いて、１回以上のより低い用量が投与され得る。しかしながら、他の投薬レジメンが有用である場合がある。この療法の進行は、従来の技法及びアッセイによって監視される。
【０１９５】
一実施形態では、対象は、膠芽腫を治療するための薬物（複数可）のいずれも以前に投与されていない。別の実施形態では、対象または患者に、膠芽腫を治療するための１つ以上の薬剤（複数可）が以前に投与されている。さらなる一実施形態では、対象または患者は、以前に投与された薬剤のうちの１つ以上に応答性ではなかった。対象が非応答性であり得るかかる薬物としては、例えば、抗腫瘍薬、化学療法薬、細胞毒性薬、及び／または成長阻害薬が挙げられる。より具体的には、対象が非応答性であり得る薬物としては、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）等のＶＥＧＦアンタゴニストが挙げられる。さらなる一態様では、かかるＶＥＧＦアンタゴニストとしては、抗体または免疫付着因子が挙げられ、それによって、対象が以前に非応答性であった１つ以上の抗体または免疫付着因子での再治療が企図されるようになる。
【０１９６】
Ｂ．ＶＥＧＦアンタゴニスト
本明細書に記載のすべての方法では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体であり得る。
【０１９７】
ある特定の実施形態では、この抗ＶＥＧＦ抗体は、キメラ抗体であり得る。ある特定のキメラ抗体が、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５（１９８４））で説明されている。一実施例では、キメラ抗体は、非ヒト可変ドメイン（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサル等の非ヒト霊長類由来の可変ドメイン）、及びヒト定常領域を含む。さらなる一実施例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合断片が含まれる。
【０１９８】
ある特定の実施形態では、本抗ＶＥＧＦ抗体は、ヒト化抗体であり得る。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫を低減させながら親非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持するようにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が非ヒト抗体由来であり、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列由来である、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、任意に、ヒト定常領域の少なくとも一部も含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、抗体特異性または親和性を回復または改善させるために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。ヒト化抗体及びそれらの作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）で総説されており、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）、Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１００２９−１００３３（１９８９）、米国特許第５、８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：２５−３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングについて説明）、Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（１９９１）（「リサーフェシング」について説明）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：４３−６０（２００５）（「ＦＲシャッフリング」について説明）、ならびにＯｓｂｏｕｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：６１−６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０（２０００）（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」アプローチについて説明）でさらに説明されている。
【０１９９】
ある特定の実施形態では、本抗ＶＥＧＦ抗体は、ヒト抗体であり得る。ヒト抗体は、当該技術分野で既知の様々な技法を使用して産生され得る。ヒト抗体は、概して、ｖａｎ  Ｄｉｊｋ  ａｎｄ  ｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４（２００１）、及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）で説明されている。ヒト抗体は、抗原投与に応答してインタクトなヒト抗体またはヒト可変ドメインを有するインタクトな抗体を産生するように修飾されているトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製され得る。かかる動物は、典型的には、ヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべてもしくは一部を含んでおり、これらは、内在性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、または染色体外に存在するか、または動物の染色体内に無作為に組み込まれる。かかるトランスジェニックマウスにおいて、内在性免疫グロブリン遺伝子座は、通常、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照されたい。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術について説明する米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術について説明する米国特許第５，７７０，４２９号、Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について説明する米国特許第７，０４１，８７０号、ならびにＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術）について説明する米国特許出願公開第ＵＳ２００７／００６１９００号も参照されたい。かかる動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変ドメインは、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、さらに修飾され得る。ヒト抗体は、ハイブリドーマに基づく方法によっても作製され得る。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫細胞株について説明されている（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照のこと）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術によりされたヒト抗体も、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５６２（２００６）で説明されている。さらなる方法としては、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生について説明）、及びＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８（２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマについて説明）に記載されるものが挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）は、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）��９２７−９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｆｉｎｄｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５−９１（２００５）でも説明されている。
【０２００】
ある特定の実施形態では、本抗ＶＥＧＦ抗体は、所望の１つの活性または複数の活性を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離される可能性があるか、または単離されている可能性がある。例えば、ファージディスプレイライブラリを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてかかるライブラリをスクリーニングするための様々な方法が、当該技術分野で既知である。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）で概説されており、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）、Ｍａｒｋｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｄｂｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１６１−１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）、Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  １０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）でさらに説明されている。
【０２０１】
いくつかのファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングされ、ファージライブラリで無作為に再結合し、次いで、それが、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−４５５（１９９４）で説明されるように抗原結合ファージについてスクリーニングされる。ファージは、典型的には、抗体断片を一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとして提示する。免疫源由来のライブラリは、ハイブリドーマの構築を必要とせずに、免疫原に対する高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ，１２：７２５−７３４（１９９３）によって説明されるように、ナイーブレパートリーをクローニング（例えば、ヒトから）して、いかなる免疫化も伴わずに広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対する単一の抗体源を提供することができる。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１−３８８（１９９２）によって説明されるように、ナイーブライブラリはまた、幹細胞由来の再配列されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、かつランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用して高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、インビトロでの再配列を達成することによって、合成的に作製され得る。ヒト抗体ファージライブラリについて説明する特許公開公報としては、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、本発明の方法に有用な抗ＶＥＧＦ抗体としては、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合し、かつＶＥＧＦの生物学的活性を低減または阻害することができる、任意の抗体またはその抗原結合断片が挙げられる。抗ＶＥＧＦ抗体は、通常、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃ等の他のＶＥＧＦ相同体にも、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦ、またはｂＦＧＦ等の他の成長因子にも結合しない。例えば、本発明のある特定の実施形態では、この抗ＶＥＧＦ抗体としては、ハイブリドーマＡＴＣＣ  ＨＢ  １０７０９によって産生されるモノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９に従って生成される組換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体が挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、この抗ＶＥＧＦ抗体は、ベバシズマブ（ＢＶまたはＢｅｖ）（別名「ｒｈｕＭＡｂ  ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」）である。これは、ヒトＶＥＧＦのその受容体への結合を遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１由来の変異ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域及び抗原結合相補性決定領域を含む。フレームワーク領域の大部分を含むベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％がヒトＩｇＧ１由来であり、その配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１由来である。ベバシズマブ及び他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体は、米国特許第６，８８４，８７９号（２００５年２月２６日発行）で説明されている。さらなる抗体としては、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００５／０４４８５３号、及び米国特許出願第６０／９９１，３０２号に記載のＧ６またはＢ２０シリーズ抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が挙げられ、これらの特許出願の内容は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。さらなる抗体については、米国特許第７，０６０，２６９号、同第６，５８２，９５９号、同第６，７０３，０２０号、同第６，０５４，２９７号、ＷＯ９８／４５３３２、ＷＯ９６／３００４６、ＷＯ９４／１０２０２、欧州特許第ＥＰ０６６６８６８Ｂ１号、米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同第２００５０１８６２０８号、同第２００３０２０６８９９号、同第２００３０１９０３１７号、同第２００３０２０３４０９号、及び同第２００５０１１２１２６号、ならびにＰｏｐｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８８：１４９−１６４（２００４）を参照されたい。他の抗体としては、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ１９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むか、または代替として、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合するものが挙げられる。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つに有用な抗ＶＥＧＦ抗体は、以下のアミノ酸配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ  ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ  ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ  ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ  ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ  ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ  ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ  ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ  ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ  ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ  ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１）を含む軽鎖可変領域と、
以下のアミノ酸配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ  ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ  ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ  ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ  ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ  ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ  ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ  ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ  ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ  ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ  ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ  ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ  ＶＳＳ（配列番号２）を含む重鎖可変領域と、を有し得る。
【０２０４】
本明細書の抗ＶＥＧＦ抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体であり得、例えば、ベバシズマブであり得る。
【０２０５】
さらに他の実施形態では、本抗ＶＥＧＦ抗体は、ネイキッド抗ＶＥＧＦ抗体等のコンジュゲートされていないものであり得るか、または例えば半減期の改善等のさらなる有効性のために別の分子とコンジュゲートされ得る。
【０２０６】
Ｖ．薬学的製剤
本発明に従って使用されるアンタゴニストの治療製剤は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、所望の純度を有するアンタゴニストと任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤とを混合することによって保管のために調製される。製剤に関する一般情報については、例えば、Ｇｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９０），Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｅｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，８ｔｈ  Ｅｄ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（ｅｄ．），Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，（１９９０），Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｒｉ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ．、Ａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９３）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、及びＬｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．）（１９９０），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｋｅｎｎｅｔｈ  Ａ．Ｗａｌｔｅｒｓ（ｅｄ．）（２００２）Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ  Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ（Ｄｒｕｇｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｖｏｌ  １１９，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒを参照されたい。
【０２０７】
許容される担体、賦形剤、または安定化剤は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに非毒性であり、それらとしては、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸等の緩衝液、アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤、防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベン等のアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノール、及びｍ−クレゾール）、低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質、ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸、グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物、ＥＤＴＡ等のキレート剤、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖類、ナトリウム等の塩形成対イオン、金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）、ならびに／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。
【０２０８】
例示的な抗ＶＥＧＦ抗体製剤は、米国特許第６，８８４，８７９号に記載されている。ある特定の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、使い捨てバイアル中に２５ｍｇ／ｍＬで製剤化される。ある特定の実施形態では、１００ｍｇの抗ＶＥＧＦ抗体が、２４０ｍｇのα，α−トレハロース二水和物、２３．２ｍｇのリン酸ナトリウム（一塩基性、一水和物）、４．８ｍｇのリン酸ナトリウム（二塩基性無水）、１．６ｍｇのポリソルベート２０、及び注射用水、ＵＳＰ中で製剤化される。ある特定の実施形態では、４００ｍｇの抗ＶＥＧＦ抗体が、９６０ｍｇのα，α−トレハロース二水和物、９２．８ｍｇのリン酸ナトリウム（一塩基性、一水和物）、１９．２ｍｇのリン酸ナトリウム（二塩基性無水）、６．４ｍｇのポリソルベート２０、及び注射用水、ＵＳＰ中で製剤化される。
【０２０９】
皮下投与に適合される凍結乾燥製剤は、例えば、米国特許第６，２６７，９５８号に記載されている。かかる凍結乾燥製剤は、高タンパク質濃度になるように好適な希釈剤で再構成され得、再構成された製剤は、本明細書の治療される哺乳動物に皮下投与され得る。
【０２１０】
アンタゴニスト結晶化形態も企図される。例えば、米国特許第２００２／０１３６７１９号Ａ１を参照されたい。
【０２１１】
本明細書の製剤は、２つ以上の活性化合物（上述の第２の薬剤）、好ましくは、互いに悪影響を及ぼすことのない相補的活性を有するものも含有し得る。かかる薬剤の種類及び有効量は、例えば、製剤中に存在するＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）の量及び種類、ならびに対象の臨床パラメータによって決定される。好ましいかかる第２の薬剤については、上述のものである。
【０２１２】
活性成分はまた、例えばコアセルベーション技法または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれ、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、及びナノカプセル）中、またはマクロエマルジョン中のヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセル及びポリ−（メチルメタシレート（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセル中に封入され得る。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
【０２１３】
持続放出調製物が調製され得る。持続放出調製物の好適な例としては、本アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは、成形物品、例えば、膜またはマイクロカプセルの形態である。持続放出マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール）｝、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とＬ−グルタミン酸γエチルのコポリマー、非分解性エチレン酢酸ビニル、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、例えば、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから成る注射可能なマイクロスフェア）、ならびにポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【０２１４】
インビボ投与に使用される製剤は、無菌でなければならない。これは、無菌濾過膜による濾過によって容易に達成される。
【実施例】
【０２１５】
以下の実施例は、例証のために提供されており、現在特許請求されている本発明を限定するものではない。
【０２１６】
実施例１．統計的方法及びマイクロアレイ分析
統計的方法
統計的作業は、一般に、以下のステップを含み得る。
・１．候補バイオマーカーの事前選択
・２．関連臨床的有効性応答予測的共変量の事前選択
・３．単変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
・４．単変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
・５．多変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
・６．多変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
【０２１７】
以下の本文では、異なるステップが詳述される。
【０２１８】
１．候補バイオマーカーの事前選択
候補バイオマーカーの統計的事前選択は、臨床的利益の尺度との関連性の強度を対象としている。この目的のために、異なる臨床的エンドポイントを、導き出された代用スコアに、例えば、打ち切り観察を回避するＴＴＰに関する臨床的利益スコアの程度の順序割り当てとして変換することができる。これらの代用変換尺度を、例えば、ノンパラメトリックスピアマン順位相関アプローチにより、単純な相関分析のために容易に使用することができる。代替案は、例えば、Ｃｏｘ比例ハザード回帰のように、時間−事象回帰モデルにおけるメトリック共変量としてバイオマーカー測定値を使用することである。バイオマーカー値の統計的分布に応じて、このステップでは、例えば、分散安定化変換としての何らかの事前処理、及び好適なスケールの使用を必要とする場合がり、または代替として、生測定値の代わりにパーセンタイルを使用すること等の標準化ステップを必要とする場合がある。さらなるアプローチは、例えば、単一患者に基づく、（ｘ軸＝バイオマーカー値、ｙ軸＝臨床的利益の尺度）の散布を示すことによる、二変量散布図の精査である。例えば平滑化スプラインによって達成されるいくつかのノンパラメトリック回帰線は、バイオマーカーと臨床的利益との関連性を可視化するのに有用である場合がある。
【０２１９】
これらの異なるアプローチの目標は、用いられる利益尺度のうちの少なくとも１つにおいて臨床的利益と何らかの関連性を示しながら、他の尺度の結果が矛盾しないバイオマーカー候補の事前選択である。利用可能な対照群が存在する場合、異なる群におけるバイオマーカーと臨床的利益との関連性の差異が、バイオマーカー（複数可）をさらなる考慮すべき事項に適格なものにする示差予測の兆候であり得る。
【０２２０】
２．関連臨床的有効性応答予測的共変量の事前選択
本明細書で定義される臨床的共変量の統計的事前選択は、バイオマーカーを事前選択するためのアプローチに類似しており、臨床的利益の尺度との関連性の強度を対象としている。それ故に、原則として、上記１で考慮される方法と同じ方法が適用される。統計的基準に加えて、臨床経験及び理論的知識由来の基準を、関連臨床的共変量の事前選択に適用することができる。
【０２２１】
臨床的共変量の予測値は、バイオマーカーの予測値と相互作用し得る。必要に応じて、これらは、予測ルールを改良するために考慮される。
【０２２２】
３．単変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
「予測関数」という用語は、目標予測を暗示するためにスケーリングされた数をもたらすバイオマーカー測定値の数値関数を意味するために一般的な意味で使用される。
【０２２３】
単純な例は、特定のカットオフｃ及びバイオマーカー測定値ｘについてのヘビサイド関数の選択であり、ここで、二値予測ＡまたはＢが行われ、Ｈ（ｘ−ｃ）＝０の場合、Ａを予測し、Ｈ（ｘ−ｃ）＝１の場合、Ｂを予測する。
【０２２４】
これは、恐らく、予測ルールにおいて単変量バイオマーカー測定値を使用する最も一般的な方法である。上述の「予測関数」の定義は、予測可能性を調査するために使用され得る既存の訓練データセットへの照会を含む。この訓練セットから好適なカットオフｃを得るために、異なる経路を選択ことができる。最初に、１で述べられた平滑化スプラインを用いた散布図を使用して、カットオフを定義することができる。代替として、分布のいくらかのパーセンタイル、例えば、中央値または四分位値を選択することができる。臨床的利益の尺度に関するそれらの予測可能性に従ってすべての想定されるカットオフを検討することによって、カットオフを体系的に抽出することもできる。次に、これらの結果をプロットして、マニュアル選択を可能にするか、または最適化のためのいくつかの探索アルゴリズムを用いることができる。これを、Ｃｏｘモデルを使用するある特定の臨床エンドポイントに基づいて実現することができ、各試験カットオフで、バイオマーカーを二値共変量として使用する。次いで、臨床エンドポイントの結果を一緒に考慮して、両エンドポイントに沿った予測を示すカットオフを選択することができる。
【０２２５】
予測関数を選択するための一般的でない別のアプローチは、共変量としてバイオマーカー値（変換された可能性があるもの）を有する訓練セットから得られた固定パラメータＣｏｘ回帰モデルに基づき得る。さらに、いくらかの尤度比（またはその単調変換）に基づいて決定される可能性があり、この場合、目標確率密度を予測状態の分離用の訓練セットで事前決定する。次いで、バイオマーカーを予測基準のいくつかの関数に当てはめる。
【０２２６】
４．単変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
単変量とは、１つのバイオマーカーのみの使用を指し、臨床的共変量に関して、これは、多変量モデルであり得る。このアプローチは、この方法によって関連共変量情報を組み込みことが可能となるべきであることを除いて、臨床的共変量を用いない探索と類似している。カットオフを選択する散布図法により、共変量の使用を限定することのみが可能になり、例えば、二値共変量をそのプロット内で色分けすることができる。この分析がいくつかの回帰アプローチを依拠する場合、通常、共変量を使用することが（また、一度にそれらの多くを使用することも）促進される。上の３に記載されるＣｏｘモデルに基づくカットオフ探索により、共変量の容易な組み込みが可能になり、それにより、共変量調整単変量カットオフ探索がもたらされる。共変量による調整を、モデルにおける共変量として、または層別分析に包含することにより行うことができる。
【０２２７】
予測関数の他の選択も、共変量の組み込みを可能にする。
【０２２８】
これは、予測関数としてのＣｏｘモデル選択に対して直接的なものである。これは、相互作用レベルに及ぼす共変量の影響を推定するための選択肢を含み、これは、例えば、異なる年齢群では異なる予測基準が適用されることを意味する。
【０２２９】
尤度比型の予測関数では、共変量を含む予測密度を推定すべきである。この目的のために、多変量パターン認識の方法論を使用することができるか、またはバイオマーカー値を（密度推定前に）共変量についての重回帰によって調整することができる。
【０２３０】
バイオマーカー（生測定レベル）及び臨床的共変量を用いて、かつ応答として臨床的利益尺度を利用して、ＣＡＲＴ技術（Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｒｅｅｓ；Ｂｒｅｉｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｗａｄｓｗｏｒｔｈ，Ｉｎｃ．：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８４）をこの目的のために使用することができる。カットオフが探索され、決定木型の関数が予測のための共変量に関与していることが見出されることになる。ＣＡＲＴによって選択されるカットオフ及びアルゴリズムは、ほぼ最適なものであることが多く、異なる臨床的利益尺度を考慮することによって組み合わされて統合され得る。
【０２３１】
５．多変量レベルでのバイオマーカー予測関数の選択
異なる一変量予測関数選択内にそれらの予測可能性を維持するいくつかのバイオマーカー候補が存在する場合、バイオマーカーの組み合わせによって、すなわち多変量予測関数を考慮することによって、さらなる改善を達成することができる。
【０２３２】
単純なヘビサイド関数モデルに基づいて、例えば、最適カットオフが示されるバイオマーカー値の二変量散布図を考慮することによって、バイオマーカーの組み合わせを評価することができる。次いで、論理「ＡＮＤ」及び「ＯＲ」演算子により異なるヘビサイド関数を組み合わせることによってバイオマーカーの組み合わせを得て、改善された予測を得ることができる。
【０２３３】
複数のバイオマーカー（生測定レベル）及び応答としての臨床的利益尺度を用いて、ＣＡＲＴ技術をこの目的のために使用して、バイオマーカーのカットオフ及び予測用の決定木型の関数を得ることができる。ＣＡＲＴによって選択されるカットオフ及びアルゴリズムは、ほぼ最適なものであることが多く、異なる臨床的利益尺度を考慮することによって組み合わされて統合され得る。
【０２３４】
Ｃｏｘ回帰を異なるレベルで用いることができる。第１の方法は、複数のバイオマーカーを二値方法に組み込むことである（すなわち、いくつかのカットオフを有するヘビサイド関数に基づいて）。他の選択肢は、メトリック方法（好適な変換後）、または二値とメトリックの混合アプローチにおいて、バイオマーカーを用いることである。発展的多変量予測関数は、上記３のＣｏｘ型のものである。
【０２３５】
多変量尤度比アプローチの実行は困難であるが、それにより多変量予測関数の別の選択肢が提示される。
【０２３６】
６．多変量レベルでの臨床的共変量を含むバイオマーカー予測関数の選択
関連臨床的共変量が存在する場合、複数のバイオマーカーと複数の臨床的共変量とを組み合わせることによって、さらなる改善を達成することができる。異なる予測関数選択は、臨床的共変量を含む可能性に関して評価される。
【０２３７】
バイオマーカーに対するヘビサイド関数の単純な論理的組み合わせに基づいて、さらなる共変量を訓練セットにおいて得られたロジスティック回帰モデルに基づく予測関数に含めることができる。
【０２３８】
ＣＡＲＴ技術及び発展的決定木をさらなる共変量とともに容易に使用することができ、これらは予測アルゴリズムに含まれる。
【０２３９】
Ｃｏｘ回帰に基づくすべての予測関数では、さらなる臨床的共変量を使用することができる。相互作用レベルに及ぼす共変量の影響を推定する選択肢が存在するが、これは、例えば、異なる年齢群では異なる予測判定基準が適用されることを意味する。
【０２４０】
多変量尤度比アプローチを、直接的にさらなる共変量の使用に拡大適用することはできない。
【０２４１】
マイクロアレイ分析
オープンソースのプログラミング言語Ｒ（Ｒ  Ｃｏｒｅ  Ｔｅａｍ（２０１３）Ｒ：Ａ  Ｌａｎｇｕａｇｅ  ａｎｄ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．Ｒ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ，Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して、すべての分析ステップを行った。ＲｅｆＰｌｕｓ  Ｒ  ｐａｃｋａｇｅ（Ｈａｒｂｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２３（１８）：２４９３−２４９４，２００７）を使用して、すべてのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイからの生データを共通基準分布に正規化した。
【０２４２】
実施例２．ＡｖａＧｌｉｏ試験
ＡｖａＧｌｉｏ試験により、新たに診断された膠芽腫に対する、テモゾロミド及び放射線療法を組み合わせたベバシズマブの有効性及び安全性を評価した。ベバシズマブ＋化学療法対化学療法のみの、前向き、無作為化、二重盲検、プラセボ対照第ＩＩＩ相評価としてこの試験を設計した。適格であるために、患者は、外科的切除または生検のいずれかの後に確立された組織診断で新たに診断された膠芽腫を有しなければならなかった。ベバシズマブを化学療法及び放射線療法に加えることにより、ＡｖａＧｌｉｏ試験は、治療的選択肢が限定された、かつ顕著な予後不良に直面した患者群の全生存期間（ＯＳ）及び無増悪生存期間（ＰＦＳ）の改善を目指した。主要な目的は、テモゾロミド（ＴＭＺ）及び放射線療法のみに無作為化された患者またはテモゾロミド及び放射線療法＋ベバシズマブに無作為化された患者のＯＳ及びＰＦＳを比較することであった。
【０２４３】
ＡｖａＧｌｉｏ試験の概説
この試験は、３つの段階（併用、維持、及び単剤療法）及び２つの（２）治療群：ＴＭＺ及び放射線療法（ＲＴ）（第１群）ならびにＴＭＺ及びＲＴ＋ベバシズマブ（第２群）からなった。患者をいずれかの群に無作為に割り当てた（１：１）。
【０２４４】
第１群（化学療法及び放射線療法のみ）：適格な患者に、週５日６週間にわたって２Ｇｙの放射線療法を行い、放射線療法の１日目から最終日まで毎日６週間にわたって経口で７５ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを投与した。その際、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのプラセボの静脈内投与を併用した。４週間の治療中断後、適格な患者に対して、４週間毎のスケジュールの１日目から５日目に１５０〜２００ｍｇ／ｍ２のＴＭＺの６サイクルを行った。その際、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのプラセボの静脈内投与を併用した。ＴＭＺを、増大され得る１５０ｍｇ／ｍ２の用量で開始して経口投与した。次いで、疾患が増悪するまでプラセボ単剤療法（３週間毎に１５ｍｇ／ｋｇ）を継続した。疾患が増悪した時点で、治験責任医師の判断で患者を治療した。
【０２４５】
第２群（化学療法及び放射線療法＋ベバシズマブ）：適格な患者に対して、週５日６週間にわたって２Ｇｙの放射線療法を行い、放射線療法の１日目から最終日まで毎日６週間にわたって経口で７５ｍｇ／ｍ２のＴＭＺを投与した。その際、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのベバシズマブの静脈内投与を併用した。４週間の治療中断後、適格な患者に対して、４週間毎のスケジュールの１〜５日目に１５０〜２００ｍｇ／ｍ２のＴＭＺの６サイクルを行った。その際、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇのベバシウマブ（ｂｅｖａｃｉｕｍａｂ）の静脈内投与を併用した。ＴＭＺを、増大され得る１５０ｍｇ／ｍ２の用量で開始して経口投与した。次いで、疾患が増悪するまでベバシアズマブ（Ｂｅｖａｃｉａｚｕｍａｂ）単剤療法（３週間毎に１５ｍｇ／ｋｇ）を継続した。疾患が増悪した時点で、治験責任医師の判断で患者を治療した。
【０２４６】
耐えられる限り、最初のベバシズマブ注入は９０分間にわたり、その後の注入は６０分間にわたり、次いで３０分間にわたった。ベバシズマブを、放射線療法及びＴＭＺ治療の最終日に、すなわち、ＴＭＺ治療の中断の開始前日に投与した。
ＰＦＳの分析は、Ｍａｃｄｏｎａｌｄら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．８：１２７７−８０，１９９０）によって説明される脳のＭＲＩ及び神経学的評価を使用した腫瘍評価Ｍａｃｄｏｎａｌｄ応答基準（ＷＨＯ基準の改変版）に基づくものであった。腫瘍査定を、ベースラインで、４週間の治療中断の終了時に、その後、８週間毎に行った。
【０２４７】
試験集団−包含基準
１８歳以上であり、かつ外科的切除または生検のいずれかの後に確定された組織診断で新たに診断されたテント上膠芽腫（ＧＢＭ）を有する患者を含んだ。これは、組織学的に検証されたＧＢＭにアップグレードされた低悪性度星状細胞腫と以前に診断された未治療の化学療法及び放射線療法患者を含む。患者は、２以下のＷＨＯのパフォーマンスステータスを有しなければならなかった。
【０２４８】
試験集団−排除基準
脳の手術後ＭＲＩにおける最新の出血の証拠によって、候補患者を排除した。しかしながら、臨床的に無症状のヘモジデリンの存在を有し、手術に関連した出血性変化が消散した、腫瘍において点状出血の存在を有する患者は、本研究への参加が許可された。臨床試験への登録のためのＭＧＭＴステータスについての事前集中スクリーニング、膠芽腫及び低悪性度星状細胞腫に対する任意の事前化学療法（カルムスチン含有ウエハー（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標）を含む）または免疫療法（ワクチン療法を含む）、脳への任意の事前放射線療法または放射線場に潜在的な重複をもたらす任意の事前放射線療法、高血圧性クリーゼまたは高血圧性脳症の前病歴、無作為化前１ヶ月以内のＮＣＩ−ＣＴＣ基準に従うグレード２以上の喀血の病歴、（治療的抗凝血の不在下での）出血性素因または凝血障害の証拠、無作為化前の２８日以内の重大な外科処置、直視下生検、頭蓋内生検、脳室腹腔短絡術、または重大な外傷性損傷、無作為化前の７日以内のコア生検（頭蓋内生検を除く）または他の軽微な外科的処置の患者も排除した。ベバシズマブ／プラセボ投与前の２日以内に行われる場合の中心血管アクセスデバイス（ＣＶＡＤ）の配置、無作為化前の６ヶ月以内の腹瘻または消化管穿孔の病歴、無作為化前の６ヶ月以内の頭蓋内膿瘍の病歴、深刻な非治癒創傷、活動性潰瘍、または未治療骨折の患者も排除した。妊娠中または授乳中の女性に関して、試験治療開始前の７日以内または１４日以内（試験治療開始前の７日以内に尿妊娠検査確認を伴う）に血清妊娠検査を査定した。非常に有効なホルモン性または非ホルモン性避妊手段（すなわち、子宮内避妊具）を使用しない（最後の月経後２年未満かつ外科的に不妊ではないと定義される）多産の女性及び男性、無作為化前の６ヶ月以内の脳卒中または一過性脳虚血発作（ＴＩＡ）の病歴、無作為化前の６ヶ月以内のコントロール不十分な高血圧（収縮期１５０ｍｍＨｇ超及び／もしくは拡張期１００ｍｍＨｇ超の持続）、または外科的修復を必要とする大動脈瘤または最近の末梢動脈血栓症を含む重大な血管疾患患者も排除した。無作為化前の６ヶ月以内に心筋梗塞もしくは不安定狭心症、ニューヨーク心臓協会（ＮＹＨＡ）グレードＩＩ以上のうっ血性心不全（ＣＨＦ）、または試験薬物または賦形剤のうちのいずれかに対する既知の過敏症を有する患者も排除した。
【０２４９】
実施例３．免疫系における役割を有するＡｖａＧｌｉｏデータセットにおける遺伝子の教師なし分析
原発性ＧＢＭにおけるベバシズマブ治療のための免疫遺伝子発現の潜在的予測値を試験するために、ＡｖａＧｌｉｏ  Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇデータにおける潜在的に免疫に関連する遺伝子を、教師なし分析によって相関遺伝子クラスターに細分した。遺伝子アノテーションを、ｒｅａｃｔｏｍｅ．ｄｂ（Ｌｉｇｔｅｎｂｅｒｇ  Ｗ．Ｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．４８．０）及びｏｒｇ．Ｈｓ．ｅｇ．ｄｂ（Ｃａｒｌｓｏｎ  Ｍ．Ｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．１４．０）のＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ（Ｆｒｅｄ  Ｈｕｔｃｈｉｎｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ）パッケージによって提供されるように、Ｒｅａｃｔｏｍｅデータベース（Ｃｒｏｆｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．４２（Ｄ１）：Ｄ４７２−Ｄ４７７，２０１４、Ｃｒｏｆｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１０２１：２７３−２８３，２０１３、及びＭｉｌａｃｉｃ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒｓ．４（４）：１１８０−１２１１，２０１２）及びＧｅｎｅ  Ｏｎｔｏｌｏｇｙ（ＧＯ）データベース（Ａｓｈｂｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２５：２５−２９，２０００）から読み出した。
【０２５０】
ＧＯ生物学的プロセス免疫応答（もしくはその子用語のうちのいずれか）またはＲｅａｃｔｏｍｅパスウェイ免疫系で注釈が付けられた１，７９２すべての固有のヒト遺伝子記号を読み出した。Ｒｅａｃｔｏｍｅ及びＧＯによって注釈が付けられたこれらの１，７９２の遺伝子のうち、ＡｖａＧｌｉｏ  Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇコードセットは、免疫遺伝子と特定された１９３の遺伝子を含んだ。
【０２５１】
次に、ＡｖａＧｌｉｏデータセットにわたるこれらの１９３の注釈が付けられた免疫遺伝子の発現を試験した。教師なし分析（クラスタリング）の場合、正規化されたＡｖａＧｌｉｏ  Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇデータを中心とし、バイオマーカーが評価され得る３３９すべてのイソクエン酸デヒドロゲナーゼ１（ＩＤＨ１）野生型試料にわたってスケールした。ＡｖａＧｌｉｏデータセットにわたって一貫した相関発現を示す遺伝子群を特定するために、Ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ  Ａｒｏｕｎｄ  Ｍｅｄｏｉｄｓ（ＰＡＭ）アルゴリズム（Ｒｅｙｎｏｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  ａｎｄ  Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ．５：４７５−５０４，１９９２）を使用して、このデータセットをクラスターに分割し、これを１５のクラスターに戻した。「コンセンサスクラスタリング」（Ｍｏｎｔｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ．５２：９１−１１８，２００３）を使用して、ロバスト遺伝子群を得て、これにより、例えば、クラスタリングを１，０００回繰り返し、毎回利用可能な試料の８０％及び利用可能な遺伝子の８０％を有する別の無作為試料を含ませた。教師なし分析によって、１９３の遺伝子を１５のクラスター（クラスター１〜１５）に分類し、それらの数は、ＡｖａＧｌｉｏバイオマーカーデータセットにわたって一貫した発現を示した（図１）。可視化のために、距離メトリックとしてピアソン相関及びクラスタリングのためのｗａｒｄ．Ｄ２法を使用して、各ＰＡＭクラスター内の遺伝子を階層的クラスタリングで順序付けた。
【０２５２】
実施例４．遺伝子クラスターと事前に定義されたＧＢＭサブタイプとの関係
Ｐｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．９（３）：１５７−１７３，２００６）に従って、ＡｖａＧｌｉｏ試料をＧＢＭサブタイプに事前に分類し、各試料を４つのラベル、すなわち前神経、間葉性、増殖性、または分類不能のうちの１つと関連付けた。Ｐｈｉｌｌｉｐｓサブタイプに従ってこれらの試料を再順序付けすることにより、これらの遺伝子クラスターの多くの発現がＧＢＭサブタイプのうちの１つ以上と関連していることが明らかになった（図１）。例えば、クラスター４及び５の遺伝子が、典型的には、間葉性試料でより高いレベルで発現する一方で、クラスター２の遺伝子は、前神経試料で最も高い発現レベルを示した。
【０２５３】
各クラスターの発現について説明するために、すべての含まれる遺伝子にわたる平均値を計算することにより発現を集約し、各遺伝子群の連続数値発現スコアを提供した（図２）。以上で概説されるように、１５の遺伝子クラスターの多くの平均発現スコアは、１つ以上のＧＢＭサブタイプと差次的に関連していた（図２）。例えば、クラスター１及び１５の遺伝子は、増殖性腫瘍で最も高度に発現し、クラスター２の遺伝子は、前神経腫瘍で最も高度に発現し、クラスター３の遺伝子は、前神経での高い発現及び増殖性腫瘍での中程度の発現を示し、クラスター４、５、７、及び１３の遺伝子は、間葉性腫瘍で最も高度に発現する。
【０２５４】
実施例５．ＡｖａＧｌｉｏ試験におけるベバシズマブ有効性の免疫遺伝子クラスターの予測値
次に、１５の遺伝子クラスターのうちのいずれかの平均値発現が、バイオマーカーが利用可能なＡｖａＧｌｉｏ集団における全生存期間（ＯＳ）へのベバシズマブ治療の効果を予測するものかを試験した。各クラスターでは、既知の臨床的予後共変量（例えば、年齢、コルチコステロイド、切除の程度、性別、カルノフスキーパフォーマンススコア（ＫＰＳ）、Ｏ−６−メチルグアニン−ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）プロモーターのメチル化状態、ミニメンタルステート試験スコア（ＭＭＳＥ）、再帰分割分析（ＲＰＡ）クラス、及びＷＨＯパフォーマンススコア）、及びそのクラスターに割り当てられた遺伝子で観察された平均遺伝子発現の両方を含む、多変量Ｃｏｘ比例ハザード（ＣｏｘＰＨ）モデルを適合させた。
【０２５５】
図３に示されるように、２つのクラスター、すなわちクラスター２及びクラスター６の平均発現は、遺伝子発現と治療群（ｐ＜０．０５）との間の相互作用の有意なｐ値と関連し、ベバシズマブ治療効果に対するこれらの２つのクラスターの予測値が示された。
【０２５６】
実施例６．クラスター２遺伝子は、前神経Ｐｈｉｌｌｉｐｓサブタイプと関連しており、ＡｖａＧｌｉｏにおいて予後的かつ予測的である。
クラスター２は、以下の１４個の遺伝子、ＡＫＴ３、ＣＤＨ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＮＭ３、ＤＹＮＬＬ１、ＥＲＢＢ３、ＫＬＲＫ１、ＭＢＰ、ＭＤＭ２、ＮＣＡＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＲＫＣＺ、ＳＮＣＡ、及びＴＮＦＲＳＦ２１を含む。免疫応答と間接的に関連しているものの、これらの遺伝子の大半は免疫細胞に特異的ではないが、例えば、多くの異なる生物学的状況で使用されるシグナル伝達経路に関与する。クラスター２遺伝子のうち、ＮＣＡＭ１が、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇコードセットで利用可能なＰｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．９（３）：１５７−１７３、２００６）によって定義される３２の分類遺伝子のうちの１つであり、前神経サブタイプのマーカーを表す。クラスター２遺伝子のうちの２つ、すなわちＰＲＫＣＺ及びＤＮＭ３も、Ｐｈｉｌｌｉｐｓ分類によって特定されたが、最終分類リストには含まれなかった。加えて、クラスター２遺伝子のうちの４つ、すなわちＥＲＢＢ３、ＤＮＭ３、ＫＬＲＫ１、及びＮＣＡＭ１は、ＴＣＧＡコンソーシアム（Ｖｅｒｈａａｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．１７（１）：９８−１１０，２０１０）によって定義される８４０のＧＢＭサブタイプマーカーに含まれ、４つすべての遺伝子が前神経ＴＣＧＡサブタイプに関連するものと定義された。
【０２５７】
クラスター２遺伝子は、平均して、前神経腫瘍で最も高度に発現する（図４）。図４は、平均して、クラスター２遺伝子が間葉性腫瘍での低い発現レベル及び増殖性腫瘍での中程度の発現レベルを呈することも示す。
【０２５８】
クラスター２の平均遺伝子発現は、ＣｏｘＰＨモデルが全バイオマーカー利用可能ＡｖａＧｌｉｏ集団の全生存期間（ＯＳ）に適合されるときに、著しく予後的（ｐ＝０．０２０４）、かつ予測的（ｐ＝０．０２１６）でもある（図５）。対照的に、それぞれのＰｈｉｌｌｉｐｓ  ＧＢＭサブタイプ内に同じＣｏｘＰＨモデルを別々に適合させたとき、クラスター２遺伝子発現の予測値は検出されない（図６〜８）。最後に、試料サイズの縮小によるパワー低下のために各サブタイプ内の予後的または予測的効果が失われることがないように、あるモデルを非前神経（すなわち、増殖性、間葉性、及び分類不能試料）に分類された一組の試料の組み合わせに適合させた。この場合も、前神経患者を排除した場合、著しい予後的効果も予測的効果も検出されなかった（図９）。
【０２５９】
患者のＯＳをクラスター２遺伝子の高い／低い発現で示すために、クラスター２遺伝子の発現を二値化し、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。図１０Ａ〜１０Ｄのカプラン・マイヤー生存曲線に見られるように、クラスター２遺伝子の高い発現（「バイオマーカー高」群）が、とりわけ、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブ）を標準ケア治療（ｐ＝０．０３８）に付加することによる恩恵を受けると予測した。
【０２６０】
実施例７．クラスター６遺伝子は、間葉性Ｐｈｉｌｌｉｐｓサブタイプと弱く関連しており、ＡｖａＧｌｉｏにおいて予後的かつ予測的である。
クラスター６は、以下の１３個の遺伝子、すなわちＡＸＬ、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤ３６、ＥＴＳ１、ＩＣＡＭ２、ＩＬ１７Ａ、ＩＲＳ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＬ１３Ａ、ＴＧＦＢ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＳＦ４、及びＺＢＴＢ１６を含む。これは、例えば、ＯＸ４０／ＣＤ１３４（ＴＮＦＲＳＦ４）及びその結合パートナーＯＸ４０Ｌ／ＣＤ２５２（ＴＮＦＳＦ４）の両方をコードする遺伝子を含み、これらは、活性化ＣＤ４（＋）細胞及びＣＤ８（＋）Ｔ細胞上、ならびにいくつかの他のリンパ系細胞及び非リンパ系細胞上で発現する腫瘍壊死因子受容体／腫瘍壊死因子スーパーファミリーのメンバーである。ＯＸ４０が免疫応答の維持において重要な役割を果たすことが知られている。加えて、クラスター６は、ＡＸＬ受容体チロシンキナーゼ、アポトーシス細胞の先天性免疫応答及び食細胞クリアランスの制御因子、ならびに腫瘍成長中の免疫監視に関与するＩＣＡＭ２等の、免疫監視に関与するさらなる遺伝子を含む。その産物がプログラム細胞死に関与する遺伝子（ＣＤ３６等）、アポトーシス細胞の内部移行にも関与する血管新生の負の制御因子、及びアポトーシスの制御因子であるＢＣＬ２Ｌ１もクラスター６に含まれる。これらの遺伝子のいずれもＰｈｉｌｌｉｐｓらによって定義されたサブタイプ符号にも拡張された組のマーカーにも含まれず、クラスター６遺伝子のうちの１つ、ＩＲＳ２のみが、ＴＣＧＡコンソーシアム（Ｖｅｒｈａａｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．１７（１）：９８−１１０，２０１０）によって定義される古典的ＧＢＭサブタイプのマーカーとして含まれた。
【０２６１】
クラスター６遺伝子は、平均して、間葉性腫瘍で最も高度に発現する（図１１）。図１１は、平均して、クラスター６遺伝子が増殖性腫瘍及び前神経腫瘍でより低い発現レベルを呈することも示す。
【０２６２】
クラスター６の平均遺伝子発現は、ＣｏｘＰＨモデルが全バイオマーカー利用可能ＡｖａＧｌｉｏ集団の全生存期間（ＯＳ）に適合されたときに著しく予後的（ｐ＝１．３×１０−６）かつ、予測的（ｐ＝０．００３８）である（図１２）。対照的に、それぞれのＰｈｉｌｌｉｐｓ  ＧＢＭサブタイプ内に同じＣｏｘＰＨモデルを別々に適合させても、クラスター６遺伝子発現の予測値は検出されない（図１３〜１５）。最後に、試料サイズの縮小によるパワー低下のために各サブタイプ内の予後的または予測的効果が失われることがないように、上記のクラスター２遺伝子で行ったように、あるモデルを非前神経（すなわち、増殖性、間葉性、及び分類不能試料）に分類された一組の試料の組み合わせに適合させた。しかしながら、クラスター２遺伝子とは対照的に、クラスター６遺伝子は、依然として非前神経群内で著しく予後的（ｐ＝２．９×１０−６）、かつ予測的（ｐ＝０．００６４）であった（図１６）。
【０２６３】
患者のＯＳをクラスター６遺伝子の高い／低い発現で示すために、クラスター６遺伝子の発現を二値化し、ＡｖａＧｌｉｏ中央値を超える患者を「バイオマーカー高」と見なし、ＡｖａＧｌｉｏ中央値未満の患者を「バイオマーカー低」と見なした。図１７Ａ〜１７Ｄのカプラン・マイヤー生存曲線に見られるように、クラスター６遺伝子（「バイオマーカー低」群）の低い発現が、とりわけ、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブ）を標準ケア治療（ｐ＝０．０４４）に付加することによる恩恵を受けると予測した。
【０２６４】
前述の発明が、明確な理解の目的のために、例証及び実施例を用いてある程度詳細に記載されているが、これらの記述及び実施例は、本発明の範囲を限定するものと見なされるべきではない。本明細書で引用されるすべての特許、特許出願、科学的参考文献、及びＧｅｎｂａｎｋ受託番号の開示は、各特許、特許出願、科学的参考文献、及びＧｅｎｂａｎｋ受託番号が参照により具体的かつ個別に組み込まれるかのように、すべての目的のために参照によりそれらの全体が明確に組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【図１０Ｄ】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１７Ｃ】
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【図１７Ｄ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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