(57)【要約】  本明細書には、ＢＴＫ阻害剤による処置に対する耐性を付与する変異が記載される。本明細書には、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドが記載され、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドは、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤に対する阻害（例えば耐性）の低減を示す。本明細書には、修飾されたポリペプチド並びに修飾されたポリペプチドをコード化する核酸を検出する診断方法、及びその方法の適用を記載する。本明細書には、修飾されたポリペプチドを包含する組成物、組み合わせ、並びにキット、及び修飾されたポリペプチドの使用方法が記載される。本明細書にはまた、ＰＬＣγ２の阻害剤の識別及び設計のために、修飾されたポリペプチドをスクリーニング剤として使用する方法が記載される。【選択図】図５Ａ
2017509336.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
血液癌を患う被験体が、ＢＴＫ阻害剤による治療に対する反応をあまり示さない、或いは反応をあまり示さなくなる可能性があるかどうかを評価する方法であって、該方法は：
ａ．被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；
ｂ．コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び
ｃ．被験体がアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程
を含む方法。
【請求項２】
被験体は、血液癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を投与される、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
血液癌を患う被験体における維持療法の方法であって、該方法は：
ａ．被験体に治療上有効な用量のＢＴＫ阻害剤を投与することを含む、維持療法レジメンを被験体に施す工程；及び
ｂ．ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられるアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置における修飾を結果としてもたらすＰＬＣγ２をコード化する内因性遺伝子において被験体が変異を有するかどうかを判定するために、維持療法レジメンの期間にわたり予め定めた時間間隔で被験体をモニタリングする工程
を含む方法。
【請求項４】
修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において、アミノ酸の置換、付加、又は欠失を含む、ことを特徴とする請求項１乃至３の何れか１つに記載の方法。
【請求項５】
修飾は：
ａ．ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２における、ロイシン、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、アスパラギンの置換；
ｂ．ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５における、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、ロイシンの置換；及び
ｃ．ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０における、ロイシン、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、アスパラギン酸の置換
である、ことを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾は、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、及びＤ１１４０Ｇの中から選択される、ことを特徴とする請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
修飾されるＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられるヌクレオチドの配列における核酸位置２５３５に対応する核酸位置において、アデニンのチミジンへの変異を有する、ことを特徴とする請求項１乃至３の何れか１つに記載の方法。
【請求項８】
ＰＬＣγ２ポリペプチドは付加的なアミノ酸位置において修飾を更に含む、ことを特徴とする請求項１乃至７の何れか１つに記載の方法。
【請求項９】
被験体が、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾と共に１以上の修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む、請求項１乃至８の何れか１つに記載の方法。
【請求項１０】
被験体が、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾と共に１以上の修飾を有する場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む、請求項１乃至９の何れか１つに記載の方法。
【請求項１１】
被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ、ことを特徴とする請求項１乃至１０の何れか１つに記載の方法。
【請求項１２】
高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む、ことを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＰＬＣγ２ポリペプチド及び付加的なポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程、及び、付加的なポリペプチドが変異を含んでいるかどうかを判定する工程を更に含む、請求項１乃至１２の何れか１つに記載の方法。
【請求項１４】
付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである、ことを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
試験する工程は、等温増幅又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により行われる、ことを特徴とする請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１６】
ＢＴＫ阻害剤はイブルチニブである、ことを特徴と請求項１乃至１５の何れか１つに記載の方法。
【請求項１７】
血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である、ことを特徴とする請求項１乃至１６の何れか１つに記載の方法。
【請求項１８】
Ｂ細胞悪性腫瘍は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である、ことを特徴とする請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
被験体における不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、修飾されたＰＬＣγ２を検出するシステムであって、該システムは：
ａ．被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプル；及び
ｂ．ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を含むマイクロアレイ
を含むシステム。
【請求項２０】
マイクロアレイは、付加的なアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を更に含む、ことを特徴とする請求項１９に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
＜相互参照＞
本出願は、２０１４年３月２０日出願の米国仮特許出願第６１／９６８，３１５号；及び２０１４年５月２３日出願の第６２／００２，７４３号の利益を主張するものであり；それらはその全体において参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
＜ＥＦＳ−ＷＥＢを介して文書ファイルとして提出された配列表の参照による組み込み＞
本出願は配列表を包含しており、それは、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットでコンピューター読み取り可能な文書ファイルとして提出されており、本明細書における参照によりその全体において本明細書に組み込まれる。２０１４年５月２３日に作成された文書ファイルは、２５９２２＿３０７＿６１０  ＳＥＱ．ｔｘｔと命名され、サイズは１６，９９１バイトである。
【背景技術】
【０００３】
Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）複合体及びその関連タンパク質は、正常又は悪性のＢ細胞の進行、増殖、及び生存において重大な役割を果たす。ＢＣＲ機能は正常抗体の産生に必要とされ、異常なＢＣＲシグナル伝達はＢ細胞悪性腫瘍に関係される。ＢＣＲシグナル伝達は、ＰＬＣγ／カルシウム／ＮＦＡＴ経路、ＰＩ３Ｋ経路、ＩΚΚ／ＮＦ−ΚＢ経路、及び正準のＥＲＫ経路を含む、様々なシグナル伝達経路を通って作用する。
【０００４】
ホスホリパーゼＣガンマ２（ＰＬＣγ２）は、リン脂質ホスファチジルイノシトール４，５−ビスリン酸（ＰＩＰ２）をジアシルグリセロール（ＤＡＧ）及びイノシトール１，４，５−トリスホスファート（ＩＰ３）に開裂する、ホスホリパーゼＣのファミリーの酵素である。ＤＡＧは膜に結合されたままであり、ＩＰ３は可溶性構造としてサイトゾルへと放出される。その後、ＩＰ３は、ＩＰ３受容体、即ち滑面小胞体（ＥＲ）における特定のカルシウムチャネルに結合するためにサイトゾルを介して拡散する。これによりカルシウムのサイトゾル濃度が上がり、それにより細胞内の変化及び活動のカスケードを引き起こす。加えて、カルシウムとＤＡＧは共に、タンパク質キナーゼＣを活性化させるように機能し、これは、経路内の他の分子のリン酸化へと進み、そして細胞活性の変更に繋がる。幾つかの場合、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは構造的に活性である（即ち、ＢＴＫによるリン酸化を必要としない）。
【発明の概要】
【０００５】
本明細書には、被験体が、ＢＴＫ阻害剤による治療に対する反応をあまり示さない、或いは反応をあまり示さなくなる可能性があるかどうかを評価する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体がアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のために共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。本明細書には、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体が、治療に対する耐性を発達させたか、或いはその耐性を発達させる可能性があるかどうかをモニタリングする方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体がアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。本明細書には、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；及び（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において、アミノ酸の置換、付加、又は欠失を含む。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２における、ロイシン、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、アルギニンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２におけるプロリンへのアルギニンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５における、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリ���、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、ロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５におけるフェニルアラニン、チロシン、又はトリプトファンへのロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５におけるフェニルアラニンへのロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２における、アルギニン、ロイシン、システイン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、アスパラギン酸の置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２におけるグリシンへのアスパラギン酸の置換である。幾つかの実施形態において、修飾されるＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられるヌクレオチドの配列における核酸位置２５３５に対応する核酸位置において、アデニンのチミジンへの変異を有する。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは付加的なアミノ酸位置において修飾を更に含む。幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合にＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法は、被験体が、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾と共に１以上の修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法は、被験体が、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾と共に１以上の修飾を有する場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つか���実施形態において、前記方法は、ＰＬＣγ２ポリペプチド及び付加的なポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程、及び、付加的なポリペプチドが変異を含んでいるかどうかを判定する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、核酸分子はＲＮＡ又はＤＮＡである。幾つかの実施形態において、ＤＮＡはゲノムＤＮＡである。幾つかの実施形態において、前記方法は、サンプルからｍＲＮＡを単離する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、試験する工程は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸を増幅する工程を含む。幾つかの実施形態において、増幅は、等温増幅又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によるものである。幾つかの実施形態において、増幅はＰＣＲによるものである。幾つかの実施形態において、ＰＣＲ増幅は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する領域の側面にある（ｆｌａｎｋ）オリゴヌクレオチドプライマーの対を使用することを含む。幾つかの実施形態において、試験する工程は増幅した核酸を配列決定する工程を含む。幾つかの実施形態において、試験する工程は、配列に特異的な核酸プローブに核酸を接触させる工程を含み、ここで、配列に特異的な核酸プローブは：（ａ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２をコード化する何れかの核酸に結合し；及び（ｂ）アミノ酸位置７４２においてアルギニンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、アミノ酸位置８４５においてロイシンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、或いは、アミノ酸位置１１４０においてアスパラギン酸を有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合しない。幾つかの実施形態において、試験する工程は、配列に特異的な拡散プローブを使用するＰＣＲ増幅を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体からサンプルを得る工程を更に含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、被験体からの１以上の腫瘍細胞を包含する。幾つかの実施形態において、サンプルは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、腫瘍生検標本サンプル、血液サンプル、血清サンプル、リンパサンプル、又は骨髄穿刺液である。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔ��ｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の中から選択される。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、被験体は癌を患っている。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞
性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、サンプルは、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤の最初の投与後、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１４か月、１６か月、１８か月、２０か月、２２か月、又は２４か月で得られたサンプルである。幾つかの実施形態において、サンプルは、不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置の期間にわたり、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回得られる。幾つかの実施形態において、被験体は、不可逆ＢＴＫ阻害剤が最初に投与される場合に不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に反応する。
【０００６】
本明細書には、血液癌を患う患者における維持療法の方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体に治療上有効な用量のＢＴＫ阻害剤を投与することを含む、維持療法レジメンを患者に施す工程；及び（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられるアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置における修飾を結果としてもたらすＰＬＣγ２をコード化する内因性遺伝子において被験体が変異を有するかどうかを判定するために、維持療法レジメンの期間にわたり予め定めた時間間隔で患者をモニタリングする工程を含む。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾は、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、又はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾は付加的な修飾を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの変異を持つ１以上の変異を有している場合、維持療法レジメンを中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において変異を有していない場合、維持療法レジメンを継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、予め定められた時間間隔は、毎週、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、７か月ごと、８か月ごと、９か月ごと、１０か月ごと、１１か月ごと、又は毎年である。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、１以上の癌細胞を含む。幾つかの実施形態において、サンプルはｃｔＤＮＡを含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、ＢＴＫ阻害剤による処置の前に被験体からのサンプルを試験する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏ��）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の中から選択される。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、維持療法レジメンは、１日約１０ｍｇ乃至１日約２０００ｍｇ、１日約５０ｍｇ乃至１日約１５００ｍｇ、１日約１００ｍｇ乃至１日薬１０００ｍｇ、１日約２５０ｍｇ乃至１日約８５０ｍｇ、或いは１日約３００ｍｇ乃至１日約６００ｍｇの毎日の投与量で、ＢＴＫ阻害剤を投与することを含む。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、癌は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ���、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【０００７】
本明細書には、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ；２において述べられるアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置において修飾を含むＰＬＣγ２活性を有する、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその変異体が開示され、ここで、修飾は、ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する癌細胞の耐性を付与する。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられるアミノ酸のセットの配列、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた配列のセットを有するポリペプチドを備えた、少なくとも、又は、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれより多くの配列同一性を持つ変異体を含み、ここで、位置７４２のアミノ酸はアルギニンではなく、又は位置８４５のアミノ酸はロイシンではなく、又は位置１１４０のアミノ酸はアスパラギン酸ではない。幾つかの実施形態において、位置７４２のアミノ酸はプロリンである。幾つかの実施形態において、位置８４５のアミノ酸はフェニルアラニンである。幾つかの実施形態において、位置１１４０のアミノ酸はグリシンである。幾つかの実施形態において、本明細書には、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子が開示される。幾つかの実施形態において、核酸はＤＮＡ又はＲＮＡの分子である。幾つかの実施形態において、ＤＮＡはｃＤＮＡ分子である。幾つかの実施形態において、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられる核酸の配列、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた配列のセットを有する核酸を備えた、少なくとも、又は、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれより多くの配列同一性を持つ変異体を含み、ここで、位置７４２のアミノ酸をコード化する核酸コドンはアスパラギン酸をコード化せず、位置８４５のアミノ酸をコード化する核酸コドンはロイシンをコード化せず、位置１１４０のアミノ酸をコード化する核酸はグリシンをコード化しない。
【０００８】
本明細書には、被験体における不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、修飾されたＰＬＣγ２を検出するシステムが開示され、該システムは：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプル；及び（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を含むマイクロアレイを含む。幾つかの実施形態において、マイクロアレイは、付加的なアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を更に含む。幾つかの実施形態において、マイクロアレイはマイクロチップ上に包含される。
【０００９】
本明細書には、被験体における不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、修飾されたＰＬＣγ２を検出するシステムが開示され、該システムは：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプル；及び（ｂ）配列に特異的な核酸プローブを含み、ここで、配列に特異的な核酸プローブは：（ｉ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合し；及び（ｂ）アミノ酸位置７４２においてアルギニンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、アミノ酸位置８４５においてロイシンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、或いは、アミノ酸位置１１４０においてアスパラギン酸を有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合しない。幾つかの実施形態において、システムは更に、付加的な配列に特異的な核酸プローブを含み、ここで、付加的な配列に特異的な核酸プローブは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０、及び１以上の付加的な位置において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合する。本明細書には、被験体における不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、修飾されたＰＬＣγ２を検出するシステムが開示され、該システムは：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプル；及び（ｂ）ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸領域の側面にある一対のオリゴヌクレオチドプライマーを含む。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾は、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、又はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、システムは更に、ＰＬＣγ２ポリペプチドの付加的なアミノ酸修飾をコード化する核酸領域の側面にある付加的なオリゴヌクレオチドプライマーを含む。
【００１０】
本明細書には、修飾されたＰＬＣγ２を阻害する化合物をスクリーニングする方法が開示され、該方法は：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２を提供する工程；（ｂ）試験化合物に修飾されたＰＬＣγ２を接触させる工程；及び（ｃ）ＰＬＣγ２活性のレベルを検出する工程を含み、ここで、活性の減少は、化合物が修飾されたＰＬＣγ２を阻害することを示す。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置７４２、８４５、又は１１４０における、アミノ酸の置換、付加、又は欠失である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２におけるプロリンへのアルギニンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５におけるフェニルアラニンへのロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０におけるグリシンへのアスパラギン酸の置換である。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２活性のレベルの検出はインビトロのアッセイにより評価される。幾つかの実施形態において、宿主細胞は、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドを安定して発現させる。幾つかの実施形態において、細胞は、内因性の野生型ＰＬＣγ２の発現には不完全である。幾つかの実施形態において、細胞は、ニワトリＤＴ４０  ＰＬＣγ２−／−Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は非Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は哺乳動物非Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は２９３細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は非哺乳動物細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は、昆虫（ｉｎｓｅｔ）細胞、細菌細胞、酵母細胞、又は植物細胞である。
【００１１】
本明細書には、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体が、ＢＴＫ阻害剤による治療に対する反応をあまり示さない、或いは反応をあまり示さなくなる可能性があるかどうかを評価する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のために共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。本明細書には、ＢＴＫ阻害剤による治療の期間中に高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体が、治療に対する耐性を発達させたか、或いはその耐性を発達させる可能性があるかどうかをモニタリングする方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。本明細書には、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体のＢＴＫ阻害剤による治療を最適化する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合にはＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程、或いは、被験体が修飾を有していない場合にはＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは付加的なアミノ酸位置において修飾される。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸、及び付加的なポリペプチドをコード化する核酸を包含するサンプルを試験する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、サンプルは、１以上の癌細胞を含む。幾つかの実施形態において、サンプルはｃｔＤＮＡを含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤の最初の投与後、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１４か月、１６か月、１８か月、２０か月、２２か月、又は２４か月で得られたサンプルである。幾つかの実施形態において、前記方法は、ＢＴＫ阻害剤による処置の前に被験体からのサンプルを試験する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の中から選択される。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、維���療法レジメンは、１日約１０ｍｇ乃至１日約２０００ｍｇ、１日約５０ｍｇ乃至１日約１５００ｍｇ、１日約１００ｍｇ乃至１日薬１０００ｍｇ、１日約２５０ｍｇ乃至１日約８５０ｍｇ、或いは１日約３００ｍｇ乃至１日約６００ｍｇの毎日の投与量で、ＢＴＫ阻害剤を投与することを含む。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、癌は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００１２】
本明細書には、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの検出のための１以上の試薬を含むキットが開示され、ここで、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を、又は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、キットは、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸領域の側面にあるオリゴヌクレオチドプライマーの対を含む。幾つかの実施形態において、キットはオリゴヌクレオチドプライマーを含み、オリゴヌクレオチドプライマーは、（ａ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合し；及び（ｂ）アミノ酸位置７４２においてアルギニンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、アミノ酸位置８４５においてロイシンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合せず、或いは、アミノ酸位置１１４０においてアスパラギン酸を有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合しない。幾つかの実施形態において、キットはマイクロチップを含み、マイクロチップは、（ａ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有する、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド；又は（ｂ）変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を含み、ここで、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を、又は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含むその一部を有する。幾つかの実施形態において、キットは、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの検出のための１以上の試薬を含み、ここで、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０における修飾、及び１以上の付加的な修飾を含む。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】イブルチニブに耐性のある患者の特徴を示す。全体のエキソーム配列決定（ＷＥＳ）を６人の患者からサンプル上で実行した。＊は、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、セントロメア１２、及びｄｅｌ（１３ｑ１４．３）のためのＦＩＳＨ、並びに、刺激されたバンド形成された（ｂａｎｄｅｄ）分裂中期分析により判定された複雑性を含む。＊＊再発時にのみ見出される機能的な変異の完全な一覧は、表１に見出され得る。
【図２】エキソーム配列（ｅｘｏｍｅ−ｓｅｑ）分析のパイプラインのフローチャートを示す。
【図３】全サンプルに関するコピー数のプロファイルを示す。ＢｉｏＣｏｎｄｕｃｔｏｒのＤＮＡｃｏｐｙパッケージを使用してデータをプロットした。
【図４】再発時に患者の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）からＰＬＣγ２の連鎖停止反応ＤＮＡ配列決定により生成される、部分的なクロマトグラフを示す。患者（５）は、ＰＬＣγ２においてＡからＴへの変異を有しており、それはロイシンからフェニルアラニンへの置換を結果としてもたらす。このクローンはサンガー配列決定上で非常に小さかった。
【図５Ａ】ＰＬＣγ２におけるＬ８４５Ｆ変異の機能的な特徴化を示す。野生型ＰＬＣγ２又はＬ８４５Ｆ変異体を含むｐＲｅｔｒｏ  Ｘ  Ｔｅｔ−ｏｎ  Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓは、２９３及びＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞にトランスフェクトされ又はレトロウィルス性に送達された。トランスフェクション後、ＰＬＣγ２はこのような細胞に存在し、Ｙ１２１７リン酸化が２９３の細胞において検出され得る（図５Ａ−５Ｃ）。野生型又は変異されたｐＲｅｔｒｏ−ＰＬＣγ２の何れかを安定して発現するＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞は、３０分間ビヒクル又は１μＭのイブルチニブにより、その後、１５分間５μｇ／ｍｌの抗ＩｇＭによる刺激により処置して、その後溶解させた。イムノブロット解析は、リン酸化されたＡＫＴ及びＥＲＫにより証明されるような下流のＢＣＲシグナル伝達がこのような細胞において無傷であることを示す。Ｌ８４５Ｆ変異を持つ細胞において、このような下流のシグナルの抑制は、野生型と比較して、抗ＩｇＭ刺激後にイブルチニブによってより少ない程度にまで低減される（図５Ａ及び５Ｄ）。全ての図は代表的なものであり、少なくとも３つの独立した実験を反映する。
【図５Ｂ】ＰＬＣγ２におけるＬ８４５Ｆ変異の機能的な特徴化を示す。野生型ＰＬＣγ２又はＬ８４５Ｆ変異体を含むｐＲｅｔｒｏ  Ｘ  Ｔｅｔ−ｏｎ  Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓは、２９３及びＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞にトランスフェクトされ又はレトロウィルス性に送達された。トランスフェクション後、ＰＬＣγ２はこのような細胞に存在し、Ｙ１２１７リン酸化が２９３の細胞において検出され得る（図５Ａ−５Ｃ）。野生型又は変異されたｐＲｅｔｒｏ−ＰＬＣγ２の何れかを安定して発現するＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞は、３０分間ビヒクル又は１μＭのイブルチニブにより、その後、１５分間５μｇ／ｍｌの抗ＩｇＭによる刺激により処置して、その後溶解させた。イムノブロット解析は、リン酸化されたＡＫＴ及びＥＲＫにより証明されるような下流のＢＣＲシグナル伝達がこのような細胞において無傷であることを示す。Ｌ８４５Ｆ変異を持つ細胞において、このような下流のシグナルの抑制は、野生型と比較して、抗ＩｇＭ刺激後にイブルチニブによってより少ない程度にまで低減される（図５Ａ及び５Ｄ）。全ての図は代表的なものであり、少なくとも３つの独立した実験を反映する。
【図５Ｃ】ＰＬＣγ２におけるＬ８４５Ｆ変異の機能的な特徴化を示す。野生型ＰＬＣγ２又はＬ８４５Ｆ変異体を含むｐＲｅｔｒｏ  Ｘ  Ｔｅｔ−ｏｎ  Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓは、２９３及びＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞にトランスフェクトされ又はレトロウィルス性に送達された。トランスフェクション後、ＰＬＣγ２はこのような細胞に存在し、Ｙ１２１７リン酸化が２９３の細胞において検出され得る（図５Ａ−５Ｃ）。野生型又は変異されたｐＲｅｔｒｏ−ＰＬＣγ２の何れかを安定して発現するＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞は、３０分間ビヒクル又は１μＭのイブルチニブにより、その後、１５分間５μｇ／ｍｌの抗ＩｇＭによる刺激により処置して、その後溶解させた。イムノブロット解析は、リン酸化されたＡＫＴ及びＥＲＫにより証明されるような下流のＢＣＲシグナル伝達がこのような細胞において無傷であることを示す。Ｌ８４５Ｆ変異を持つ細胞において、このような下流のシグナルの抑制は、野生型と比較して、抗ＩｇＭ刺激後にイブルチニブによってより少ない程度にまで低減される（図５Ａ及び５Ｄ）。全ての図は代表的なものであり、少なくとも３つの独立した実験を反映する。
【図５Ｄ】ＰＬＣγ２におけるＬ８４５Ｆ変異の機能的な特徴化を示す。野生型ＰＬＣγ２又はＬ８４５Ｆ変異体を含むｐＲｅｔｒｏ  Ｘ  Ｔｅｔ−ｏｎ  Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓは、２９３及びＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞にトランスフェクトされ又はレトロウィルス性に送達された。トランスフェクション後、ＰＬＣγ２はこのような細胞に存在し、Ｙ１２１７リン酸化が２９３の細胞において検出され得る（図５Ａ−５Ｃ）。野生型又は変異されたｐＲｅｔｒｏ−ＰＬＣγ２の何れかを安定して発現するＰＬＣγ２−／−ＤＴ４０細胞は、３０分間ビヒクル又は１μＭのイブルチニブにより、その後、１５分間５μｇ／ｍｌの抗ＩｇＭによる刺激により処置して、その後溶解させた。イムノブロット解析は、リン酸化されたＡＫＴ及びＥＲＫにより証明されるような下流のＢＣＲシグナル伝達がこのような細胞において無傷であることを示す。Ｌ８４５Ｆ変異を持つ細胞において、このような下流のシグナルの抑制は、野生型と比較して、抗ＩｇＭ刺激後にイブルチニブによってより少ない程度にまで低減される（図５Ａ及び５Ｄ）。全ての図は代表的なものであり、少なくとも３つの独立した実験を反映する。
【図６】再発時の免疫ブロットによるＰＬＣγ２分析を示す。薬物が中止された後の再発時に、新鮮な細胞が、ビヒクル、プレートに固定された抗ＩｇＭ、１μＭのイブルチニブ、又はイブルチニブ＋抗ＩｇＭで処置された。ＰＬＣγ２（図６のＡ）及びＥＲＫ（図６のＢ）のリン酸化は、イブルチニブにより阻害されない。サンプルを患者（５）から得た。
【図７】イブルチニブ治療の期間中に進行性疾患を患う患者の中の慢性リンパ性白血病進行、リヒタートランスフォーメーション、又は他の事象の累積発現率を示す。
【図８】進行性疾患（例えば、ＣＬＬ、リヒター）を患う患者における研究中止、又は、非進行性の疾患（例えば、感染症、毒性、又は他のもの）を理由とする中止に関連した、ベースライン特徴を示す。
【図９】イブルチニブ治療時に再発を経験した患者におけるＢＴＫ及びＰＬＣγ２の変異の識別を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
薬物耐性は、感染症及び癌を含む様々な分野の医薬に影響を及ぼす問題である。癌治療の期間中、癌細胞集団が反復分裂により拡張するため自発的な突然変異が生じ、その中には、耐性、従って延命効果を付与するものもある。耐性変異の獲得は、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ）、ＥＧＦＲ阻害剤ゲフィチニブ、及びエルロチニブを含む、腫瘍学における全ての主要なチロシンキナーゼ阻害剤について記載されてきた。耐性の出現は、ダサチニブやニロチニブなどを含む他の治療へと患者を進ませるが、患者の多くは最終的に新たな耐性変異により再発してしまう。肺癌において、エルロチニブとゲフィチニブは、印象的且つ永続的な臨床結果を生み出してきたが、ほぼ全ては耐性により１２−１８か月以内に効果がなくなる。このような耐性のある患者の〜５０％は、単一のアミノ酸を変化させる、Ｔ７９０Ｍと呼ばれる標的キナーゼ（ＥＧＦＲ）において変異を有している。
【００１５】
本明細書には、不可逆ＢＴＫ阻害剤であるイブルチニブによる処置中に生じる、ＰＬＣγ２遺伝子における変異が記載される。幾つかの実施形態において、この変異は、野生型ＰＬＣγ２のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０（例えば、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、Ｄ１１４０Ｇ）においてアミノ酸置換を包含する、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドを結果としてもたらす。幾つかの実施形態において、そのような変異の存在は、イブルチニブなどのＢＴＫ阻害剤処置により、耐性の発達を伝える（ｓｉｇｎａｌｓ）。また本明細書には、幾つかの実施形態において、野生型ＰＬＣγ２のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０（例えばＲ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、Ｄ１１４０Ｇ）においてアミノ酸置換を包含する、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド、及び該ポリペプチドをコード化する核酸が記載される。
【００１６】
本明細書に記載されるように、幾つかの実施形態において、被験体は、ＰＬＣγ２におけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０における変異の識別のためにスクリーンされる。幾つかの実施形態において、被験体は、高リスクの細胞遺伝学的特徴（例えば、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型）を持つ。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２における変異の識別は、癌処置の処方又は癌処置の修飾を可能にする。幾つかの実施形態において、そのような変異の識別は、例えば、変異体ＰＬＣγ２の活性を阻害する阻害剤（例えばＰＬＣγ２阻害剤）による治療などの、特定の治療のために被験体を層別化するために使用される。幾つかの実施形態において、そのような変異の識別は、例えば、Ｂ細胞癌などの血液癌といったＢＴＫ媒介性の疾患又は疾病の再発の危険性が高いものとして被験体を特徴づけるために、使用される。幾つかの実施形態において、そのような変異の識別は、例えば、イブルチニブなどの共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤といった特定のＢＴＫ阻害剤に対する反応を欠くものとして被験体を特徴づけるために、使用される。
【００１７】
本明細書に記載されるように、幾つかの実施形態において、被験体は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０でＰＬＣγ２における変異の進行について、治療レジメンの期間全体にわたりモニタリングされる。幾つかの実施形態において、治療レジメンは維持治療レジメンである。幾つかの実施形態において、治療レジメンはＰＬＣγ２における変異の識別に基づいて最適化される。
【００１８】
また本明細書には、幾つかの実施形態において、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの変異を持つ１以上の耐性変異を有する変異体ＰＬＣγ２の阻害に有効な阻害剤の設計及びスクリーニングが記載される。そのような阻害剤は臨床適用及び治療適用に有用である。幾つかの実施形態において、阻害剤は、例えばＢ細胞悪性腫瘍などの血液癌といった癌の処置に有用である。
【００１９】
更に本明細書には、幾つかの実施形態において、本明細書に記載される修飾されたＰＬＣγ２核酸及びポリヌクレオチド、並びに、本明細書に記載される修飾されたＰＬＣγ２核酸及びポリヌクレオチドの検出のための試薬を包含する、組成物、組み合わせ、及びキットの方法が記載される。ＰＬＣγ２阻害剤を含む、変異体ＰＬＣγ２相互作用分子の識別のために、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドを使用する方法も提供される。本明細書に記載される修飾されたＰＬＣγ２核酸及びポリペプチドを生成する方法も提供される。
【００２０】
＜特定の専門用語＞
他に定義されない限り、本明細書で用いる全ての技術用語及び科学用語は、請求される主題が属する技術分野における当業者によって、一般に理解されるものと同じ意味を有する。前述の一般的な記述及び次の詳細な記述は、典型的且つ例示的なものだけであり、請求された任意の内容を限定するものでない、ことが理解される。本出願において、単数形の使用は、特に別記しない限り複数を含む。明細書と添付の特許請求の範囲に使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、他にその内容が明確に指示しない限り、複数の指示標的を含むということを留意しなければならない。本出願において、「又は」の使用は、特に明記しない限り、「及び／又は」を意味する。更に、用語「含んでいる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」といった他の形態と同じく、制限はない。
【００２１】
本明細書で使用されるように、範囲及び量は、特定の値又は範囲の「約（ａｂｏｕｔ）」として表わされ得る。「約」は正確な量も含む。従って、「約５μｇ」は「約５μｇ」と「５μｇ」を意味する。通常、用語「約」は、実験誤差内にあると予想される量を含む。
【００２２】
本明細書に使用されるセクション表題は、構成的な目的だけのためであり、記載された主題を制限すると解釈されるものではない。限定されないが、特許、特許出願、論文、書籍、マニュアル、及び論説を含む、本出願において引用される全ての文書、又は該文書の一部は、任意の目的のためにその全体を参照することで本明細書に明確に組み込まれる。
【００２３】
本明細書で使用されるように、用語「ＢＴＫ阻害剤」又は「ＢＴＫアンタゴニスト」は、ＢＴＫポリペプチドの少なくとも１つの活性を阻害する又は減らす薬剤を指す。ＢＴＫ活性は直接及び間接的な活性を含む。典型的な直接活性は、限定されないが、標的基質（即ち、キナーゼ活性）の標的分子又はリン酸化との関連を含む。典型的な間接活性は、限定されないが、例えばＮＦ−κＢ媒介性の遺伝子転写などの、下流の生物学的事象の活性化又は阻害を含む。
【００２４】
本明細書に使用されるように、用語「不可逆阻害剤」は、標的タンパク質（例えばキナーゼ）との接触後、タンパク質との又はタンパク質内の新しい共有結合の形成を引き起こし、それによって、標的タンパク質の生物活性（例えば、リン酸転移酵素活性）の１以上が、不可逆阻害剤の後の存在又は欠如にもかかわらず、減少又は消滅される、化合物を指す。
【００２５】
本明細書に使用されるように、用語「不可逆Ｂｔｋ阻害剤」は、ＢＴＫのアミノ酸残基との共有結合を形成することができるＢＴＫの阻害剤を指す。１つの実施形態において、ＢＴＫの不可逆阻害剤は、ＢＴＫのシステイン残基との共有結合を形成することができ；特定の実施形態において、不可逆阻害剤は、ＢＴＫのシステイン４８１残基（又はその同族体）或いは別のチロシンキナーゼの同族の対応する位置におけるシステイン残基との共有結合を形成することができる。
【００２６】
本明細書で使用されるように、ＢＴＫ活性の阻害は、阻害剤が存在しない状態のＢＴＫ活性と比較して、阻害剤の存在下でのＢＴＫ活性における任意の減少を指す。
【００２７】
本明細書で使用されるように、用語「ＰＬＣγ２阻害剤」は、位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸修飾を包含するＰＬＣγ２ポリペプチドの少なくとも１つの活性を阻害する薬剤を指す。幾つかの実施形態において、この薬剤は、７４２、８４５、又は１１４０から選択された位置、及び１以上の付加的な位置において２以上のアミノ酸修飾を包含する、ＰＬＣγ２ポリペプチドの少なくとも１つの活性を阻害する。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２阻害剤は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの活性も阻害する。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２阻害剤は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの活性を阻害しない。
【００２８】
本明細書で使用されるように、「維持療法」は、初期の治療に対する有益な反応（例えば寛解）の後の再発のリスク（癌の回帰）を下げるのを補助するための、化学療法又は別の処置の継続的な使用を意味する。維持療法はまた、進行した癌（例えば、治癒できない癌）が増殖して更に広がるのを防ぐのを支援するために、進行した癌を患う患者に使用されてもよい。
【００２９】
用語「癌」及び「癌性」は、未調節の細胞増殖により典型的に特徴化される、哺乳動物における生理学的疾病を指す、或いはそれを説明するものである。癌の例は、限定されないが、リンパ腫、白血病、及び固形腫瘍などの、Ｂ細胞リンパ増殖性障害（ＢＣＬＤ）を含む。「Ｂ細胞関連性の癌」又は「Ｂ細胞系列の癌」により、調節不全又は未調節の細胞増殖がＢ細胞に関連する、任意のタイプの癌が意図される。
【００３０】
癌の文脈における「難治性である」により、特定の癌は、特定の治療剤による治療に耐性がある、又はその治療に反応しないことが意図される。癌は、治療剤による最初の処置期間の間にわたり、又は、治療剤による次の処置期間の間、特定の治療剤による処置の開始から、又は、治療剤に対する耐性を発達させた結果として、特定の治療剤による治療に抵抗性があり得る（即ち、治療剤への初期暴露に反応しない）。
【００３１】
用語「核酸」は、単鎖又は二本鎖の形態である、デオキシリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシド、又はリボヌクレオチド及びそのポリマーを指す。具体的に限定されない限り、この用語は、参照の核酸と同様の結合特性を有し、且つ自然発生のヌクレオチドと同様の方式で代謝される、天然のヌクレオチドの既知のアナログを含む核酸を包含する。その他に具体的に限定されない限り、この用語はまた、ＰＮＡ（ペプチド核酸（ｐｅｐｔｉｄｏｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ））を含むオリゴヌクレオチドアナログ、アンチセンス技術に使用されるＤＮＡのアナログ（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロアミダート）を指す。その他に明示されない限り、特定の核酸配列はまた、その保存的に修飾された変異体（限定されないが、縮重コドン置換を含む）、及び相補的配列、同様に明確に示される配列を暗に包含する。具体的に、縮重コドン置換は、１以上の選択された（又は全ての）コドンの第三位置が混合された塩基及び／又はデオキシイノシン残基により置換される配列を生成することにより、達成される（Ｂａｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．  １９：５０８１；  Ｏｈｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６０：２６０５−２６０８；  及びＣａｓｓｏｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｐｒｏｂｅｓ  ６，  ３２７−３３１；及びＲｏｓｓｏｌｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｐｒｏｂｅｓ  ８：９１−９８）。
【００３２】
用語「アミノ酸」は、自然発生のアミノ酸と同様の方法において機能するアミノ酸アナログ及びアミノ酸模倣体と同様に、自然発生及び非自然発生のアミノ酸を指す。自然にコード化されたアミノ酸は、２０の共通のアミノ酸（アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリン）、ピロリジン（ｐｙｒｏｌｙｓｉｎｅ）、及びセレノシステインである。アミノ酸アナログは、自然発生のアミノ酸、即ち、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムといった、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基に結合するα炭素と同じ基礎的な化学構造を有する薬剤を指す。そのようなアナログは、修飾されたＲ基（ノルロイシンなど）又は修飾されたペプチドバックボーンを有するが、自然発生のアミノ酸と同じ基礎的な化学構造を保持する。
【００３３】
アミノ酸は、共通して知られている３文字記号、又はＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名法委員会に推奨された１文字記号の何れかによって、本明細書に引用され得る。ヌクレオチドは同様に、それらの共通して容認された１文字コードによって引用され得る。
【００３４】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すよう、本明細書にて互換的に使用される。この用語は、自然発生のアミノ酸ポリマー、同様に、１以上のアミノ酸残基が非自然発生のアミノ酸、例えばアミノ酸アナログであるアミノ酸ポリマーにも適用する。この用語は、完全長のタンパク質を含む任意の長さのアミノ酸鎖を含み、ここで、アミノ酸残基は共有結合性ペプチド結合により結合される。
【００３５】
本明細書で使用されるように、ポリペプチドのアミノ酸の配列、又は、核酸分子におけるヌクレオチドの配列の修飾に関する修飾は、アミノ酸及びヌクレオチドの欠失、挿入、及び置換それぞれを含む。
【００３６】
２つの配列間のパーセント相同性を判定するために、「Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ  （１９９３）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０：５８７３−５８７７」におけるように修飾される、「Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ  （１９９０）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８７：２２６４−２２６８」のアルゴリズムが使用される。そのようなアルゴリズムは、「Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３−４１０」のＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴのプログラムに組み込まれる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本明細書に記載又は開示される核酸分子に相同するヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２を用いて行なわれる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で実行される。比較目的のためギャップ付きの位置合せを得るために、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴが、「Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２」に記載されるように利用される。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴのプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えばＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータが使用される。更なる詳細は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのウェブサイトを参照（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ  ａｔ  ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ上にある）。本明細書に記載される方法に使用するのに適したタンパク質は、本明細書に記載される任意のタンパク質のアミノ酸配列と比較して、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のアミノ酸の置換、欠失、又は付加といった、１乃至１５のアミノ酸の変化を有するタンパク質を含む。他の実施形態において、変更されたアミノ酸配列は、本明細書に記載される任意のタンパク質のアミノ酸配列と、少なくとも７５％同一、例えば、７７％、８０％、８２％、８５％、８８％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一である。そのような配列の異なるタンパク質は、変更されたアミノ酸配列が本明細書に記載される組成物及び方法において機能的であるほど十分な生物活性を保持する限り、本明細書に記載される方法に適している。アミノ酸置換が行われる場合、置換は保存的なアミノ酸置換でなければならない。共通のアミノ酸の中で、例えば、「保存的なアミノ酸置換」は、以下の群の各々の中のアミノ酸の中の置換により示される：（１）グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシン、（２）フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファン、（３）セリン及びトレオニン、（４）アスパルテート及びグルタメート、（５）グルタミン及びアスパラギン、並びに（６）リジン、アルギニン、及びヒスチジン。当業者は、通常、ポリペプチドの不必要な領域における単一のアミノ酸置換が生物活性を実質的に変更しないことを認識する（例えば、「Ｗａｔｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｅ，  ４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  １９８７，  Ｔｈｅ  Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  Ｐｕｂ．  ｃｏ．，  ｐ．２２４」を参照）。ＢＬＯＳＵＭ６２の表は、タンパク質配列セグメントの約２，０００の局所の多数の位置合せに由来するアミノ酸置換マトリクスであり、関連タンパク質の５００より多くの群の保存領域を大きく表わす（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ  （１９９２）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８９：１０９１５−１０９１９）。従って、ＢＬＯＳＵＭ６２置換の頻度は、幾つかの実施形態において本明細書に記載又は開示されたアミノ酸配列に導入される、保存的なアミノ酸置換を定義するために使用される。（上記で議論されるような）化学的性質のみに基づいてアミノ酸置換を設計することは可能であるが、語「保存的なアミノ酸置換」は好ましくは、−１より大きなＢＬＯＳＵＭ６２値により表わされる置換を指す。例えば、置換が０、１、２、又は３のＢＬＯＳＵＭ６２値により特徴化される場合、アミノ酸置換は保存的である。このシステムに従い、好ましい保存的なアミノ酸置換は少なくとも１（例えば、１、２、又は３）のＢＬＯＳＵＭ６２値により特徴付けられ、一方でより多くの好ましい保存的なアミノ酸置換は少なくとも２（例えば２又は３）のＢＬＯＳＵＭ６２値により特徴付けられる。
【００３７】
本明細書で使用されるように、対応する残基は、位置合わせされた座位に生じる残基を指す。関連する又は異なるポリペプチドは、当業者に既知の任意の方法により位置合わせされる。そのような方法は典型的に、一致を最大限にし、そして、手動の位置合せを使用する、および、利用可能な多数の位置合せプログラム（例えばＢＬＡＳＴＰ）並びに当業者に既知の他のものを使用することによる方法を含む。ポリペプチドの配列を位置合わせすることにより、当業者は、ガイドとして保存された及び同一のアミノ酸残基を使用して、対応する残基を識別することができる。対応する位置はまた、例えばタンパク質構造のコンピューターによりシミュレートされた位置合せの使用による、構造的な位置合わせに基づく場合がある。他の例において、対応する領域は識別することができない。
【００３８】
本明細書で使用されるように、用語「被験体」、「個体」、及び「患者」は互換的に使用される。どの用語も、医療専門家（例えば、医者、看護師、医師助手、看護助手、ホスピスワーカー）に監督を要求すると解釈されるべきではない。本明細書で使用されるように、被験体は、哺乳動物（例えば、ヒト又は非ヒト動物）並びに非哺乳動物を含む、任意の動物であり得る。本明細書に提供される方法及び組成物の１つの実施形態において、哺乳動物はヒトである。
【００３９】
本明細書で使用されるように、用語「処置する」、「処置すること」、又は「処置」、並びに他の文法上の同等物は、疾患又は疾病の１以上の症状を緩和、軽減、又は改善すること、疾患又は疾病の１以上の付加的な症状の出現、重症度、又は頻度を改善、予防、又は減少させること、疾患又は疾病の１以上の症状の根本的な代謝原因を改善又は予防すること、疾患又は疾病を阻害すること、例えば、疾患又は疾病の進行を阻止すること、疾患又は疾病を緩和すること、疾患又は疾病の後退を引き起こすこと、疾患又は疾病によって生じる状態を緩和すること、又は、疾患又は疾病の症状を予防的及び／又は治療的に阻害することを含む。限定しない例において、予防的な利益のために、本明細書に開示される第三世代ＢＴＫ阻害剤化合物は、特定の障害を発症する危険性があり、特定の障害を進行しやすい個体、或いは、障害の１以上の生理学的症状を報告する個体に投与される。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される第三世代ＢＴＫ阻害化合物は、１以上の治療剤による処置後に被験体に投与される。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される第三世代ＢＴＫ阻害化合物は、１以上の治療剤による処置と組み合わせて被験体に投与される。
【００４０】
本明細書で使用されるように「接触すること」は、接触する、接触を生じさせる、又は物質を即座に接近させる行為を指す。「接触すること」は、流体又は半流体混合物における構成要素の混合により達成され得る。
【００４１】
＜変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド＞
本明細書には、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドが提供される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、単離された変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドである。幾つかの実施形態において、単離された変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、非天然の変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドである。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは組み換え型タンパク質である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは宿主細胞から精製される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは１以上の変異（例えば置換、欠失、又は追加）を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける１以上の変異は、結果としてＢＴＫ阻害剤による処置に対する患者の耐性をもたらす。幾つかの実施形態において、１以上の変異はＰＬＣγ２における機能獲得型変異である。幾つかの実施形態において、１以上の変異はＰＬＣγ２の構成的な活性化を結果としてもたらす。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２の構成的な活性化は、細胞内カルシウムの可動化、細胞外シグナルにより調節されたキナーゼ（ＥＲＫ）の活性化、及びｃ−Ｊｕｎ  ＮＨ２末端キナーゼ（ＪＮＫ）マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）経路を結果としてもたらす。
【００４２】
幾つかの実施形態において、変異は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置にて修飾を結果としてもたらす。幾つかの実施形態において、変異は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置での修飾を結果としてもたらす、フレームシフト変異である。幾つかの実施形態において、変異は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での、又はその後のＰＣＬγ２ポリペプチドのトランケーションを結果としてもたらす、フレームシフト変異である。
【００４３】
本明細書には、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチド、又は、多重突然変異を含むＰＬＣγ２活性を持つその変異体が提供される。幾つかの実施形態において、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、又はそれより多くの変異を含む。幾つかの実施形態において、単離されたＰＬＣγ２ポリペプチドは１つの変異を含む。幾つかの実施形態において、変異は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置にて修飾を結果としてもたらす。
【００４４】
幾つかの実施形態において、修飾は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２に匹敵する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸の置換、付加、又は欠失を含む。幾つかの実施形態において、修飾は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２のセットに匹敵する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸の置換を含む。
【００４５】
幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２にてロイシン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、システイン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、位置７４２におけるアルギニンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２におけるプロリンへのアルギニンの置換である。幾つかの実施形態において、置換はＲ７４２Ｐである。
【００４６】
幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５にて、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、システイン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、位置８４５におけるロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５におけるフェニルアラニン、チロシン、又はトリプトファンへのロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５におけるフェニルアラニンへのロイシンの置換である。幾つかの実施形態において、置換はＬ８４５Ｆである。
【００４７】
幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０にて、ロイシン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン、メチオニン、システイン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、及びグルタミン酸の中から選択されたアミノ酸への、位置１１４０におけるアスパラギン酸の置換である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０におけるグリシンへのアスパラギン酸の置換である。幾つかの実施形態において、置換はＤ１１４０Ｇである。
【００４８】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での修飾、及び、１以上の付加的なアミノ酸位置での修飾を含む。幾つかの実施形態において、１以上の付加的なアミノ酸位置での修飾は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれより多くのアミノ酸位置を含む。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置７４２での修飾は、Ｒ７４２Ｐである置換である。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置８４５での修飾は、Ｌ８４５Ｆである置換である。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置１１４０での修飾は、Ｄ１１４０Ｇである置換である。
【００４９】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２のセットに匹敵する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸の置換、及び、１以上の付加的なアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、位置７４２、８４５、又は１１４０でのアミノ酸の置換、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた配列を有するポリペプチドと少なくとも、又は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上の配列同一性を有する変異体を含む、アミノ酸の配列を含む。
【００５０】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２に匹敵する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸の置換、及び、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２に匹敵する、位置６６５又は７０７でのアミノ酸の置換の中から選択される１以上の付加的なアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２に匹敵する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてアミノ酸の置換、及び、Ｒ６６５Ｗ、Ｓ７０７Ｆ、Ｓ７０７Ｐ、並びにＳ７０７Ｙの中から選択された１以上の付加的なアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、Ｄ１１４０Ｇの中から選択されるアミノ酸置換、及び、Ｒ６６５Ｗ、Ｓ７０７Ｆ、Ｓ７０７Ｐ、並びにＳ７０７Ｙの中から選択されたおよび１以上の付加的なアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、Ｄ１１４０Ｇ、Ｒ６６５Ｗ、Ｓ７０７Ｆ、Ｓ７０７Ｐ、及びＳ７０７Ｙの中から選択された１以上のアミノ酸置換を含む。
【００５１】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの一部を含む。幾つかの実施形態において、その一部はＰＬＣγ２ポリペプチドの活性を示す。幾つかの実施形態において、その一部は、ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上のドメインを含む。ＰＬＣγ２ポリペプチドは、２つのＳＨ２ドメインと１つのＳＨ３ドメインを含む。幾つかの実施形態において、２つのＳＨ２ドメインは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸位置４９８−６３６及び６３６−７４４を含む。幾つかの実施形態において、ＳＨ３ドメインは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸位置７６２−８７７を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での変異を含む、ＰＣＬγ２ポリペプチドのＳＨ２ドメイン及びＳＨ３ドメインのうち１つ、又はその両方を含む。
【００５２】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは、異種ポリペプチドに連結されるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での修飾を含む、ＰＣＬγ２ポリペプチドのドメインを含む融合タンパク質である。融合タンパク質の生成方法は当該技術分野で既知であり、標準の組換ＤＮＡ技術を含む。例えば、幾つかの実施形態において、異なるポリペプチド配列をコード化するＤＮＡ断片は、例えば、平滑端（ｂｌｕｎｔ−ｅｎｄｅｄ）又はねじれ端（ｓｔａｇｇｅｒ−ｅｎｄｅｄ）を有する終端の利用、適切な終端を提供するための制限酵素消化、適切なものとしての粘着末端の充填、望ましくない結合を回避するためのアルカリフォスファターゼ処理、及び酵素ライゲーションにより、従来技術に従ってインフレームで共にライゲートされる（ｌｉｇａｔｅｄ）。幾つかの実施形態において、融合遺伝子は、自動ＤＮＡ合成装置を含む従来の技術により合成され得る。幾つかの実施形態において、遺伝子断片のＰＣＲ増幅は、キメラ遺伝子配列生成するために後にアニール及び再増幅され得る、２つの連続した遺伝子断片間に相補的なオーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して、実行され得る（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｅｄｓ．  Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ：  １９９２を参照）。幾つかの実施形態において、融合部分（例えばＧＳＴポリペプチド）をコード化する発現ベクターが市販で入手可能である。修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、融合部分が修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドにインフレームで連結されるように、前記発現ベクターへとクローン化され得る。
【００５３】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ペプチドタグに連結されるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む。幾つかの実施形態において、ペプチドタグは、タグ特異的抗体により認識されるエピトープタグである。幾つかの実施形態において、タグはエピトープタグであり、限定されないが、ｃ−ｍｙｃ、Ｖ−５、ヘマグルチニン（ＨＡ）、ＦＬＡＧのタグなどである。幾つかの実施形態において、タグはアフィニティータグであり、限定されないが、ビオチン、ｓｔｒｅｐ−ｔａｇ、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、グルタチオン−Ｓ−転移酵素（ＧＳＴ）、又はポリ（Ｈｉｓ）タグなどである。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは、発光タンパク質、化学発光タンパク質、又は蛍光タンパク質、或いはそれらの部分といった、検出自在なタンパク質又はその部分に連結されるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む。幾つかの実施形態において、蛍光タンパク質は、緑色（ＧＦＰ）、赤色（ＲＦＰ）、シアン（ＣＦＰ）、黄色（ＹＦＰ）、又は青色（ＢＦＰ）蛍光タンパク質である。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドは、例えばルシフェラーゼ又はベータ−ガラクトシダーゼといった酵素に連結されるＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む。
【００５４】
幾つかの実施形態において、本明細書には、本明細書に提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを含むアレイが提供される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドはマイクロチップに結合される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドはマイクロチップに直接結合される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドはリンカーを介してマイクロチップに間接的に結合される。幾つかの実施形態において、本明細書には、本明細書に提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを含むマイクロチップアレイが提供される。
【００５５】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する１以上のアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、１以上のアミノ酸置換は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する１以上のアミノ酸置換を含み、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ−３７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する１以上のアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での少なくとも１つの置換を含む１以上のアミノ酸置換を含み、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ−３７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での少なくとも１つの置換を含む１以上のアミノ酸置換を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での置換を含み、共有結合性及び／又は不可逆Ｂｔｋ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔ��ｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ−３７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による阻害に対する耐性を付与する、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での置換を含む。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤は、（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである。
【００５６】
＜変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸＞
本明細書には、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸が提供される。本明細書には、本明細書に記載される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの何れかをコード化する核酸が提供される。特定のポリペプチドをコード化する核酸を推定する方法は当該技術分野で既知であり、標準の分子生物学技術を含む。本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する例示的な核酸が提供される。遺伝コード多重変異体の縮重により、同じポリペプチドをコード化する核酸が存在することが理解される。本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、そのような変異体を包含する。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸は合成核酸である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はｃＤＮＡ分子である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はゲノムＤＮＡを含まない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はメチル化されない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はＰＬＣγ２のゲノムのイントロン配列を含まない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸は、ＰＬＣγ２ゲノム配列の２以上のエキソンからヌクレオチドの配列を含み、それは、ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化するコドン配列を含む核酸を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置７４２に対応する位置でプロリンをコード化するヌクレオチドの配列を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置８４５に対応する位置でフェニルアラニンをコード化するヌクレオチドの配列を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置１１４０に対応する位置でグリシンをコード化するヌクレオチドの配列を含む。
【００５７】
幾つかの実施形態において、本明細書に提供される修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、ＤＮＡ又はＲＮＡの分子である。
【００５８】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置７４２に対応する位置でアミノ酸プロリンの置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、アミノ酸位置７４２に対応する位置で、及び、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上の付加的な位置で置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた核酸の配列を含み、ここで、位置７４２でアミノ酸をコード化する核酸コドンは修飾され、それによりコドンは、アルギニン、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた配列を有するポリペプチドと少なくとも、又は、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上の配列同一性を有する変異体をコード化しない。
【００５９】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置８４５に対応する位置でアミノ酸フェニルアラニンの置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、アミノ酸位置８４５に対応する位置で、及び、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上の付加的な位置で置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた核酸の配列を含み、ここで、位置８４５でアミノ酸をコード化する核酸コドンは修飾され、それによりコドンは、ロイシン、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた配列を有するポリペプチドと少なくとも、又は、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上の配列同一性を有する変異体をコード化しない。
【００６０】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置１１４０に対応する位置でアミノ酸グリシンの置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、コード化されたポリペプチドが、アミノ酸位置１１４０に対応する位置で、及び、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられた野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上の付加的な位置で置換を含む、修飾を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた核酸の配列を含み、ここで、位置１１４０でアミノ酸をコード化する核酸コドンは修飾され、それによりコドンは、アスパラギン酸、又は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１において述べられた配列を有するポリペプチドと少なくとも、又は、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上の配列同一性を有する変異体をコード化しない。
【００６１】
幾つかの実施形態において、核酸修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する１以上のコドンのミスセンスの変異又は欠失である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２でアルギニンをコード化する核酸コドンを変化させるミスセンスの変異である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５でロイシンをコード化する核酸コドンを変化させるミスセンスの変異である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０でアスパラギン酸をコード化する核酸コドンを変化させるミスセンスの変異である。
【００６２】
幾つかの実施形態において、核酸修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する１以上のコドンのフレームシフトの変異又は欠失である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２でアルギニンをコード化する核酸コドンを変化させるフレームシフトの変異である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置８４５でロイシンをコード化する核酸コドンを変化させるミスセンスの変異である。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置１１４０でアスパラギン酸をコード化する核酸コドンを変化させるフレームシフトの変異である。
【００６３】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置７４２でアルギニンをコード化する核酸コドンは、ＣＧＴ、ＣＧＣ、ＣＧＡ、ＣＧＧ、ＡＧＡ、又はＡＧＧである。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置７４２でアルギニンをコード化する核酸コドンを、プロリンをコード化する核酸コドンに変化させる。幾つかの実施形態において、プロリンをコード化する核酸コドンはＣＣＴ、ＣＣＣ、ＣＣＡ、又はＣＣＧである。
【００６４】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置８４５でロイシンをコード化する核酸コドンは、ＴＴＡ、ＴＴＧ、ＣＴＴ、ＣＴＣ、ＣＴＡ、又はＣＴＧである。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置８４５でロイシンをコード化する核酸コドンを、フェニルアラニンをコード化する核酸コドンに変化させる。幾つかの実施形態において、フェニルアラニンをコード化する核酸コドンはＴＴＴ又はＴＴＣである。
【００６５】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置１１４０でアスパラギン酸をコード化する核酸コドンは、ＧＡＴ又はＧＡＣである。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ位置１１４０でアスパラギン酸をコード化する核酸コドンを、グリシンをコード化する核酸コドンに変化させる。幾つかの実施形態において、グリシンをコード化する核酸コドンはＧＧＴ、ＧＧＣ、ＧＧＡ、又はＧＧＧである。
【００６６】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、単離された核酸である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、ＤＮＡ分子である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、ｃＤＮＡ分子である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、ＲＮＡ分子である。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、抑制性ＲＮＡ分子（即ちＲＮＡｉ）である。幾つかの実施形態において、本明細書に提供される核酸は、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸に相補的であるか、又はそれに結合する核酸分子である。
【００６７】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０を含む、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの一部をコード化する。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０を含む、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの一部をコード化する。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上のドメインをコード化する。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、本明細書で提供される核酸は、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドのＳＨ２ドメイン及びＳＨ３ドメインのうち１つ、又はその両方をコード化する。
【００６８】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置７４２でアミノ酸をコード化する核酸を含み、アミノ酸はアルギニンではない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置７４２でプロリンをコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置７４２でアミノ酸をコード化する核酸を含む。
【００６９】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置８４５でアミノ酸をコード化する核酸を含み、アミノ酸はロイシンではない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置８４５でフェニルアラニンをコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置８４５でアミノ酸をコード化する核酸を含む。
【００７０】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置１１４０でアミノ酸をコード化する核酸を含み、アミノ酸はアスパラギン酸ではない。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置１１４０でグリシンをコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する、本明細書で提供される核酸は、位置１１４０でアミノ酸をコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される核酸は、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの一部をコード化するオリゴヌクレオチドである。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される核酸は、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸をコード化するヌクレオチドコドンを含む、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの一部をコード化するオリゴヌクレオチドである。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置７４２に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、アルギニンではないアミノ酸をコード化する。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置７４２に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、プロリンであるアミノ酸をコード化する。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置８４５に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、ロイシンではないアミノ酸をコード化する。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置８４５に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、フェニルアラニンであるアミノ酸をコード化する。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置１１４０に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、アスパラギン酸ではないアミノ酸をコード化する。幾つかの実施形態において、アミノ酸位置１１４０に対応するアミノ酸をコード化するコドンは、グリシンであるアミノ酸をコード化する。
【００７１】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供され核酸は、本明細書で提供される修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を含むベクターである。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される核酸は、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸を含むベクターであり、発現ベクターである。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は、操作自在にプロモータに連結される。幾つかの実施形態において、プロモータは、構成型又は誘導プロモータである。幾つかの実施形態において、本明細書には、本明細書で提供される修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化するベクター又は核酸分子を含む、宿主細胞が提供される。幾つかの実施形態において、宿主細胞は原核細胞又は真核細胞である。本明細書にはまた、宿主細胞により発現された変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドも提供される。
【００７２】
幾つかの実施形態において、ベクターはウィルスベクター又はプラスミドベクターである。幾つかの実施形態において、ウィルスベクターはＤＮＡ又はＲＮＡのウィルスベクターである。例示的なウィルスベクターは、限定されないが、ワクシニア、アデノウィルス、アデノ随伴ウィルス（ＡＡＶ）、レトロウィルス、又はヘルペスウィルスのベクターを含む。
【００７３】
幾つかの実施形態において、本明細書には、本明細書に提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの何れかをコード化する核酸を含むアレイが提供される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はマイクロチップに結合される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はマイクロチップに直接結合される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２核酸はリンカーを介してマイクロチップに間接的に結合される。幾つかの実施形態において、本明細書には、本明細書に提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの何れかをコード化する核酸を含むマイクロチップアレイが提供される。
【００７４】
＜診断法＞
本明細書には、特定の実施形態において、被験体における変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド、又は被験体における変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸の検出を含む、診断法が記載される。幾つかの実施形態において、被験体はＢＴＫ媒介性疾患又は疾病を患っている。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ媒介性疾患又は疾病はＢ細胞癌である。幾つかの実施形態において、診断法は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性のあるＢ細胞癌を患う被験体のスクリーニング、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置のための被験体の識別、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に反応する可能性がある又はその可能性の無いものとしての被験体の識別、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に対する耐性を被験体が発達させる可能性があるかどうかの予測、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を受ける被験体の治療のモニタリング、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療の最適化、及びそれらの任意の組み合わせのために、利用される。幾つかの実施形態において、診断法は変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの検出を含む。幾つかの実施形態において、診断法はＰＬＣγ２の阻害剤による治療のために被験体を選択する工程を含む。幾つかの実施形態において、診断法は更に、変異体ＰＬＣγ２を阻害するＰＬＣγ２の阻害剤を被験体に投与する工程を含む。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２修飾は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に対する癌細胞の耐性を付与する。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００７５】
幾つかの実施形態において、被験体が、ＢＴＫ阻害剤による治療に対する反応をあまり示さない、或いは反応をあまり示さなくなる可能性があるかどうかを評価する方法が提供され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体がアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、修飾はＲ７４２Ｐである。幾つかの実施形態において、修飾はＬ８４５Ｆである。幾つかの実施形態において、修飾はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のために共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが１以上の付加的なアミノ酸位置において修飾されるかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２と付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していない場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ��ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて７４２、８４５、又は１１４０の変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００７６】
幾つかの実施形態において、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体が、治療に対する耐性を発達させたか、或いはその耐性を発達させる可能性があるかどうかをモニタリングする方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体がアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、修飾はＲ７４２Ｐである。幾つかの実施形態において、修飾はＬ８４５Ｆである。幾つかの実施形態において、修飾はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが１以上の付加的なアミノ酸位置において修飾されるかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２と付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していない場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ、アミノ酸位置での１以上の修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体が、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置での１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおける修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００７７】
幾つかの実施形態において、本明細書には、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を受ける被験体の治療を最適化する方法が提供され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；及び（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、修飾はＲ７４２Ｐである。幾つかの実施形態において、修飾はＬ８４５Ｆである。幾つかの実施形態において、修飾はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、前記方法は、コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが付加的なアミノ酸位置において修飾されるかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２と付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していない場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合��共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００７８】
幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体が、ＢＴＫ阻害剤による治療に対する反応をあまり示さない、或いは反応をあまり示さなくなる可能性があるかどうかを評価する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける付加的な変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２と付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していない場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにて１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び／又はＢＴＫポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２において修飾を有していないが��付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００７９】
幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤による治療の期間中に高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体が、治療に対する耐性を発達させたか、或いはその耐性を発達させる可能性があるかどうかをモニタリングする方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＢＴＫポリペプチドをコード化する核酸分子及びＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合に、ＢＴＫ阻害剤による治療に耐性があるもの、又は耐性を持つようになる可能性があるものとして、被験体を特徴付ける工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける付加的な変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２と付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び／又はＢＴＫポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による���置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチド及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００８０】
幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体のＢＴＫ阻害剤による治療を最適化する方法が開示され、該方法は：（ａ）被験体からの、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を包含するサンプルを試験する工程；（ｂ）コード化されたＰＬＣγ２ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾されるかどうかを判定する工程；及び（ｃ）被験体が修飾を有する場合にはＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程、或いは、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにて修飾を有していない場合にはＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける付加的な変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、サンプルを試験する工程、及び、ＰＬＣγ２ポリペプチドと付加的なポリペプチドにおける変異の存在を判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾、及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有している場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて修飾を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な修飾を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合、ＢＴＫ阻害剤による処置を中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２及び／又はＢＴＫポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて修飾を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて修飾を有する場合に、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチド及び付加的なポリペプチドにおいて修飾を有していない場合、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置を継続する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、被験体は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、被験体はリンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は遷延性リンパ球増多症を患っている。幾つかの実施形態において、遷延性リンパ球増多症を患う被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて変異を有していない。幾つかの実施形態において、患者は、再発性又は難治性の癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の非ホジキンリンパ腫である。幾つかの実施形態において、再発性又は難治性の癌は、再発性又は難治性の慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、患者は、リヒタートランスフォーメーションの１以上の症状を示す。
【００８１】
幾つかの実施形態において、被験体は細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、細胞遺伝学的特徴は、低リスク又は好ましいもの、中間、又は高リスク、或いは好ましくない細胞遺伝学的特徴として更に分類される。幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、細胞遺伝学的特徴は細胞遺伝学的異常に関連する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は細胞遺伝学的異常に関連する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は細胞遺伝学的異常を患っている。
【００８２】
幾つかの実施形態において、細胞遺伝学的異常は、異常な染色体又は異常な染色体数に関連する。幾つかの実施形態において、異常な染色体は、欠失、複製、反転、挿入、転位、又はそれらの任意の組み合わせを含む染色体を指す。幾つかの実施形態において、異常な染色体数は染色体の追加又は欠失を指す。幾つかの実施形態において、多数の細胞遺伝学的異常は、異常な染色体又は染色体数に関連する。幾つかの実施形態において、多数の細胞遺伝学的異常は複雑な核型と称される。幾つかの実施形態において、複雑な核型は、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれより多くの細胞遺伝学的異常を含む。幾つかの実施形態において、細胞遺伝学的異常は、染色体１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、Ｘ、Ｙ、又はそれらの任意の組み合わせの上で生じる。
【００８３】
幾つかの実施形態において、細胞遺伝学的異常は遺伝子変化を結果としてもたらす。幾つかの実施形態において、遺伝子変化は、１以上のアミノ酸の挿入、欠失、又は置換を含む。幾つかの実施形態において、遺伝子変化は変異を結果としてもたらす。幾つかの実施形態において、変異は、ナンセンス変異、ミスセンス変異、サイレント変異、フレームシフト変異、動的突然変異、又はそれらの任意の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、変異は、染色体１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、Ｘ、Ｙ、又はそれらの任意の組み合わせの上で生じる。
【００８４】
幾つかの実施形態において、異なる癌は、異なる細胞遺伝学的異常に関連する。幾つかの実施形態において、特定の癌を患う被験体は、細胞遺伝学的異常の特定のセットに関連する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は細胞遺伝学的異常の特定のセットを患っている。幾つかの実施形態において、癌は血液癌又はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍はＣＬＬである。幾つかの実施形態において、ＣＬＬに関連した細胞遺伝学的異常は、１２トリソミー、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１３ｑ１４．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｔ（１１；１４）（ｑ１３；ｑ３２）、ｔ（１４；１９）（ｑ３２；ｑ１３）、又はｔ（２；１４）（ｐ１３；ｑ３２）を含む。幾つかの実施形態において、複雑な核型は、１２トリソミー、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１３ｑ１４．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｔ（１１；１４）（ｑ１３；ｑ３２）、ｔ（１４；１９）（ｑ３２；ｑ１３）、又はｔ（２；１４）（ｐ１３；ｑ３２）から選択される約２以上の細胞遺伝学的異常を含む。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴は、１２トリソミー、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１３ｑ１４．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｔ（１１；１４）（ｑ１３；ｑ３２）、ｔ（１４；１９）（ｑ３２；ｑ１３）、又はｔ（２；１４）（ｐ１３；ｑ３２）から選択される細胞遺伝学的異常を含む。幾つかの実施形態において、被験体はＣＬＬを患っている。幾つかの実施形態において、ＣＬＬを患う被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、１２トリソミー、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１３ｑ１４．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｔ（１１；１４）（ｑ１３；ｑ３２）、ｔ（１４；１９）（ｑ３２；ｑ１３）、又はｔ（２；１４）（ｐ１３；ｑ３２）から選択される細胞遺伝学的異常を患う。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はｄｅｌ（１１ｑ２２．３）を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はｄｅｌ（１７ｐ１３．１）を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は複雑な核型を有する。
【００８５】
幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はＣＬＬの再発に関連する。幾つかの実施形態において、ＣＬＬの再発はイブルチニブ耐性に関連する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はイブルチニブ耐性に関連する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性はＰＬＣγ２遺伝子における変異に関連する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性はＰＬＣγ２のみにおける変異に関連する。ＰＬＣγ２遺伝子は染色体１６に位置する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性は、ＰＬＣγ２及び付加的な遺伝子における変異に関連する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性はＰＬＣγ２における変異に関連しない。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性は、ＰＬＣγ２遺伝子におけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での変異に関連する（そのようなアミノ酸配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられる）。
【００８６】
幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２における変異を有する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２のみにおける変異を有する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２及び付加的な遺伝子における変異を有する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２遺伝子におけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での変異を有する。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２における変異を有していない。幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性を有する高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２におけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での変異を有していない。
【００８７】
幾つかの実施形態において、イブルチニブ耐性は、ＰＬＣγ２及び付加的な遺伝子における変異に関連する。幾つかの実施形態において、付加的な遺伝子は、染色体１に位置するＣＳＦ１、ＤＡＢ１、ＡＲＴＮ、ＣＯＬ８Ａ２、又はＬＤＬＲＡＰ１；染色体２に位置するＰＲＲ２１、ＮＤＵＦＡ１０、ＡＳＩＣ４、ＰＯＴＥＥ、又はＸＰＯ１；染色体３に位置するＲＡＢ６Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、又はＣＡＣＮＡ１Ｄ；染色体４に位置するＧＵＣＹ１Ｂ３、ＭＡＭＬ３、ＦＲＡＳ１、又はＥＶＣ２；染色体５に位置するＮＰＭ１、Ｇ３ＢＰ１、Ｈ２ＡＦＹ、ＨＥＡＴＲ７Ｂ２、又はＡＤＡＭＴＳ１２；染色体６に位置するＫＩＡＡ１２４４、ＥＮＰＰ１、ＮＫＡＩＮ２、ＲＥＶ３Ｌ、ＣＯＬ１２Ａ１、又はＩＲＦ４；染色体７に位置するＺＮＦ７７５、ＳＳＰＯ、ＺＮＦ７７７、又はＡＢＣＡ１３；染色体８に位置するＴＲＰＳ１；染色体９に位置するＵＡＰ１Ｌ１、ＡＧＰＡＴ２、ＳＮＡＰＣ４、ＲＡＬＧＰＳ１、又はＧＮＡＱ；染色体１０に位置するＰＩＫ３ＡＰ１、ＥＧＲ２、又はＮＲＰ１；染色体１１に位置するＫＲＴＡＰ５−９、ＣＡＰＮ１、又はＭＵＣ２；染色体１２に位置するＤＰＹ１９Ｌ２、ＫＲＴ７３、ＳＬＣ１１Ａ２、ＭＬＬ２、ＳＹＴ１０、又はＯＶＯＳ２；染色体１３に位置するＴＲＰＣ４；染色体１４に位置するＳＬＣ８Ａ３；染色体１５に位置するＢＬＭ、ＤＩＳＰ２、又はＣ１５ｏｒｆ５５；染色体１６に位置するＭＭＰ２５又はＭＡＰＫ８ＩＰ３；染色体１７に位置するＬＬＧＬ２、ＫＲＴＡＰ９−３、ＴＲＡＦ４、ＣＥＮＰＶ、又はＴＰ５３；染色体１９に位置するＣＥＡＣＡＭ１８、ＳＰＩＢ、ＴＰＲＸ１、ＤＭＫＮ、ＬＳＭ４、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＣＣＤＣ１５１、ＬＯＮＰ１、又はＳＴＡＰ２；染色体２１に位置するＴＳＰＥＡＲ、ＫＣＮＪ１５、ＤＹＲＫ１Ａ、又はＩＦＮＡＲ１；染色体２２に位置するＳＬＣ５Ａ４又はＨＩＲＡ；或いは、染色体Ｘに位置するＢＴＫ、ＩＬ１３ＲＡ２、ＭＡＧＥＥ１、ＳＨＲＯＯＭ４、又はＮＹＸから選択される。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２及びＢＴＫにおける変異を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ＰＬＣγ２、ＢＴＫ、及び付加的な遺伝子における変異を有する。
【００８８】
前記方法の幾つかの実施形態において、アッセイにおいて使用される核酸分子はＲＮＡ又はＤＮＡである。前記方法の幾つかの実施形態において、アッセイにおいて使用される核酸分子はゲノムＤＮＡである。前記方法の幾つかの実施形態において、アッセイにおいて使用される核酸分子は総ＲＮＡである。前記方法の幾つかの実施形態において、アッセイにおいて使用される核酸分子はｍＲＮＡである。前記方法の幾つかの実施形態において、前記方法は、ＲＮＡサンプルからｍＲＮＡを単離する工程を更に含む。前記方法の幾つかの実施形態において、アッセイにおいて使用される核酸分子はｃＤＮＡである。前記方法の幾つかの実施形態において、前記方法は、ｃＤＮＡにＲＮＡサンプルを逆転写する工程を更に含む。前記方法の幾つかの実施形態において、前記方法はｃＤＮＡを分析する工程を含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、循環する腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、ＲＮＡ（ｃｔＲＮＡ）、又はマイクロＲＮＡ（例えばＣｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００７）  Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．  ９６（５）：６８１−５を参照）を含む、血漿又は血清のサンプルである。
【００８９】
幾つかの実施形態において、ゲノム核酸サンプルは核酸増幅方法により増幅される。幾つかの実施形態において、核酸増幅方法はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である。幾つかの実施形態において、ゲノム核酸サンプルは、ＰＬＣγ２遺伝子に特異的な１セットのヌクレオチドプライマーを使用して増幅される。幾つかの実施形態において、ヌクレオチドプライマーのセットは、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸配列の側面にある。幾つかの実施形態において、増幅産物は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸である。幾つかの実施形態において、配列特異的プライマーは、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベル、放射ラベル、酵素ラベル、検出可能な基質、又は、第２の検出可能な分子と結合するペプチドなどの、検出可能な分子に共役される。
【００９０】
変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸における単一点の変異、及び、サンプル中のＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸変化の検出のための様々な方法が、当該技術分野で利用可能である。核酸及び変異体ポリペプチドにおける変異の検出のための以下の方法は、例示的なものであり、排他的ではないことを意図される。
【００９１】
前記方法の幾つかの実施形態において、試験する工程は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅を実行する工程を含む。幾つかの実施形態において、ＰＣＲ増幅は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０をコード化する領域の側面にあるオリゴヌクレオチドプライマーの対を使用する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、配列特異的プライマーを使用して増幅された核酸を配列決定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、増幅されたＰＣＲフラグメントをベクターにライゲートする工程、及び、その後でＰＬＣγ２ポリペプチド、又は、アミノ酸位置７４２、８４５、或いは１１４０を含むその一部をコード化する核酸を配列決定する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、ベクター配列に特異的なプライマーを使用して増幅された核酸を配列決定する工程を含む。幾つかの実施形態において、配列決定方法は、高スループットの方法である。幾つかの実施形態において、配列決定方法は、次世代の配列決定方法である。
【００９２】
本明細書に別記されるように、本明細書で提供される方法で使用される例示的な配列決定方法は、限定されないが、ジデオキシ又は連鎖終止反応法、Ｍａｘａｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、超並列署名配列決定（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（又はＭＰＳＳ）、ポロニー配列決定（ｐｏｌｏｎｙ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、パイロシーケンシング、イルミナ色素配列決定、ＳＯＬｉＤ（又はライゲーションによる配列決定）配列決定、イオン半導体配列決定（ｉｏｎ  ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、ＤＮＡナノボール配列決定（ＤＮＡ  ｎａｎｏｂａｌｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、ｈｅｌｉｓｃｏｐｅ配列決定、単分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、全エキソーム配列決定（ｗｈｏｌｅ−ｅｘｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ配列決定、Ｈｅｌｉｃｏｓ  Ｔｒｕｅ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅ配列決定（ｔＳＭＳ）（Ｈａｒｒｉｓ  Ｔ．Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２０：１０６−１０９）；４５４配列決定（Ｒｏｃｈｅ）（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．  ２００５，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４３７，  ３７６−３８０）；ＳＯＬｉＤ技術（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；ＳＯＬＥＸＡ配列決定（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）；Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓの単分子リアルタイム（ＳＭＲＴ（商標））技術；ナノ細孔配列決定（Ｓｏｎｉ  ＧＶ  ａｎｄ  Ｍｅｌｌｅｒ  Ａ．  （２００７）  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ５３：  １９９６−２００１）；半導体配列決定（Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ；  Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍａｃｈｉｎｅ）；ＤＮＡナノボール配列決定；Ｄｏｖｅｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓの技術を使用する配列決定（Ｐｏｌｏｎａｔｏｒ）、及び、ナノ細孔ベースの戦略（例えば、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ，  Ｇｅｎｉａ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  ａｎｄ  Ｎａｂｓｙｓ）などの、増幅を必要としない又は他に配列決定前の天然ＤＮＡを形質転換する技術（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ａｎｄ  Ｈｅｌｉｃｏｓ）を含む。
【００９３】
前記方法の幾つかの実施形態において、試験する工程は、配列に特異的な核酸プローブに、ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子を接触させる工程を含み、ここで、配列に特異的な核酸プローブは：（ａ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾される、修飾されたＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合し；及び（ｂ）アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にてロイシンを有する野生型ＰＬＣγ２をコード化する核酸に結合しない。前記方法の幾つかの実施形態において、試験する工程は、配列に特異的な核酸プローブを使用するＰＣＲ増幅を含む。幾つかの実施形態において、試験する工程は、付加的な配列に特異的な核酸プローブを含む。幾つかの実施形態において、配列に特異的なプライマーは、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベル、放射ラベル、酵素ラベル、検出可能な基質、又は、第２の検出可能な分子と結合するペプチドなどの、検出可能な分子に共役される。
【００９４】
前記方法の幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸７４２、８４５、又は１１４０をコード化する核酸領域の側面にある一対のオリゴヌクレオチドプライマーに核酸を接触させる工程を含む。幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程は更に、ＰＬＣγ２ポリペプチドの付加的なアミノ酸位置をコード化する核酸領域の側面にあるオリゴヌクレオチドプライマーを含む。幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程は更に、付加的なポリペプチドをコード化する核酸領域の側面にあるオリゴヌクレオチドプライマーを含む。
【００９５】
前記方法の幾つかの実施形態において、試験する工程は、対立遺伝子に特異的なＰＣＲを使用する工程を含む。幾つかの実施形態において、単一のヌクレオチド変化は、変異体配列に制限部位を作成するＰＣＲベースの開裂されて増幅された多形性配列（Ｍｉｃｈａｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ  （１９９８）  Ｐｌａｎｔ  Ｊ．  １４（３）：３８１−５）、又は、限定されないが蛍光団などの検出可能な部分に付けられる配列に特異的なヘアピンプローブ（Ｍｈｌａｎｇａ  ａｎｄ  Ｍａｌｍｂｅｒｇ  （２００１）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２５：４６３−４７１）を使用する、検出可能なＰＣＲである。幾つかの実施形態において、配列に特異的なプライマーは、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベル、放射ラベル、酵素ラベル、検出可能な基質、又は、第２の検出可能な分子と結合するペプチドなどの、検出可能な分子に共役される。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応する位置でセリンをコード化する核酸に特異的である。
【００９６】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２をコード化するＤＮＡは、ＢＥＡＭｉｎｇ（ビーズ、増幅、エマルジョン、磁気）ＰＣＲ配列決定方法により評価される（例えば、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ３（２）：９５−７；  Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ３（７）：５５１−９；及びＤｉｅｈｌ  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  Ｎａｔ  Ｍｅｄ．  １４（９）：  ９８５−９９０を参照）。ＢＥＡＭｉｎｇは、個々のＤＮＡ分子が油中水形エマルジョンにおいて磁気ビーズに付けられ、その後区画されたＰＣＲ増幅に供される技術である。その後、ビーズに結合されるＤＮＡの変異状態は、例えば、変異体又は野生型のＰＬＣγ２のための、蛍光性の対立遺伝子に特異的なプローブへのハイブリダイゼーションにより判定される。その後、血漿又は血清に存在する変異体ＤＮＡのレベルを定量化するためにフローサイトメトリーが用いられる（例えば、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．  （２０１２）  Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １８：  ３４６２−３４６９を参照）。
【００９７】
幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程は、高速液体クロマトグラフィー（Ｄ−ＨＰＬＣ）を変性させる工程を含む。Ｄ−ＨＰＬＣは、電解物勾配に対する電荷密度に従いＤＮＡ断片を分離するように設計されたカートリッジマトリックス内の、ヘテロ二本鎖／ホモ二本鎖ＤＮＡ種の差別的な保持動態に依存する。（例えば、Ｆｒｕｅｈ  ｅｔ  ａｌ  （２００３）  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  Ｌａｂ  Ｍｅｄ．  ４１（４）：４５２−６１を参照）。
【００９８】
幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程は、阻害剤に結合される野生型又は変異体ポリペプチドにおけるｐＩの差を判定するためにＮａｎｏＰｒｏを使用する工程を含む、ナノ流体工学を含む。例えば、ＮａｎｏＰｒｏは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にてＰＬＣγ２ポリペプチドに共有結合される野生型ＰＬＣγ２ポリペプチド、及び、ＰＬＣγ２阻害剤に共有結合されない変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド（例えば、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、Ｄ１１４０Ｇである修飾を有する）における、ｐＩ差を判定するために使用され得る。ＮａｎｏＰｒｏは、等電位点における小さな差に基づいてタンパク質を分離することができる器具である。共役されていない変異体ＰＬＣγ２と比較して、ＰＬＣγ２阻害剤によるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０の共有結合性修飾は、ＰＬＣγ２への薬物結合を検出するために使用される、その等電位点を変化させる。
【００９９】
幾つかの実施形態において、サンプルを試験する工程はマイクロアレイを使用する工程を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２をコード化するＤＮＡの存在は、オリゴヌクレオチドアレイを使用して評価される（例えば、Ｈａｓｔｉａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｊ  Ｍｅｄ  Ｇｅｎｅｔ．  ３６（１０）：７３０−６を参照）。幾つかの実施形態において、マイクロアレイは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を含む。幾つかの実施形態において、マイクロアレイは、付加的なアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその一部をコード化する核酸を更に含む。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドアレイはマイクロチップ上に包含される。幾つかの実施形態において、単一のヌクレオチド変化はマイクロチップを使用して検出可能となる。
【０１００】
前記方法の幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２の検出のためのサンプルは、ＰＬＣγ２ポリペプチドを含むタンパク質サンプルである。そのような例において、試験する工程は、変異体ポリペプチドに特異的な抗体を持つ変異の検出を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを検出する方法は、被験体からのサンプルを提供する工程を含み、ここで、サンプルは、ＰＬＣγ２ポリペプチドを含み、前記方法は、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドへの結合に特異的であり、且つ、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドのための減少した親和性に結合しない又は結合する抗体にサンプルを接触させることによる変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの存在のためにサンプルを試験する工程を含み、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの存在は、抗体−変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの複合体を作る。幾つかの実施形態において、前記方法は、抗体−変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの複合体を検出する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、検出試薬を持つ抗体−変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド複合体を検出することを更に含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２に特異的な抗体は、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベル、放射ラベル、酵素ラベル、検出可能な基質、又は、第２の検出可能な分子（例えば第２の抗体）と結合するペプチド或いは分子などの、検出可能な分子に共役される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２に特異的な抗体の結合は、検出可能な分子を分析することにより検出される。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２に特異的な抗体の結合は、第２の（例えば抗ＩｇＧ）抗体の使用により検出される。
【０１０１】
前記方法の幾つかの実施形態において、被験体はＢＴＫ媒介性疾患又は障害を患っている。前記方法の幾つかの実施形態において、被験体はＢ細胞増殖性障害を患っている。前記方法の幾つかの実施形態において、被験体は癌を患っている。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、被験体は固形腫瘍を患っている。
【０１０２】
幾つかの実施形態において、被験体は固形腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は、肉腫、癌腫、神経線維腫、又はリンパ腫を患う。
【０１０３】
幾つかの実施形態において、被験体は、肺、乳房、結腸、脳、前立腺、肝臓、膵臓、食道、腎臓、胃、甲状腺、膀胱、子宮、子宮頚、又は卵巣の癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は転移癌を患う。幾つかの実施形態において、被験体は癌を患い、癌は、急性リンパ芽球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、急性前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、副腎皮質癌、エイズ関連癌、エイズ関連リンパ腫、肛門癌、虫垂癌、星細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、癌腫、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、脳室上衣細胞腫、髄芽細胞腫、テント上の（ｓｕｐｒａｔｅｎｔｏｒｉａｌ）原始神経上皮腫瘍、視覚路又は視床下部膠腫、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、カルチノーマ、中枢神経系リンパ腫、子宮頚部癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸癌、悪性皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、脳室上衣細胞腫、扁平上皮癌、食道癌、ユーイング肉腫、頭蓋外の胚細胞腫瘍、性腺外の胚細胞腫瘍、肝臓外胆管癌、眼癌／眼球内黒色腫、眼癌／網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胆石腫瘍、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）／胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、胃腸間質性腫瘍、巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、神経膠腫、毛様細胞腫瘍、頭頚部癌、心臓癌、肝細胞性／肝臓癌、ホジキンリンパ腫、過形成症、過形成性角膜神経腫瘍、インサイツカルチノーマ、下咽頭癌、腸管神経節腫、島細胞腫、カポジ肉腫、腎臓／腎細胞癌、喉頭癌、平滑筋腫腫瘍、口唇及び口腔癌、脂肪肉腫、肝臓癌、非小細胞肺癌、肺小細胞癌、リンパ腫、マクログロブリン血症、悪性カルチノイド、骨の悪性線維性組織球症、悪性高カルシウム血症、黒色腫、マルファン症候群様体質腫瘍、髄様癌、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性皮膚癌、転移性鱗状頚部癌、口腔癌、粘膜神経腫、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、骨髄増殖性疾患、鼻腔及び副鼻腔癌、上咽頭癌、頚部癌、神経組織癌、神経芽腫、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、卵巣上皮性腫瘍、卵巣胚細胞腫瘍、膵癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、クロム親和細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚腫、松果体芽腫、下垂体腺腫、胸膜肺芽腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、細網細胞肉腫、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、セミノーマ、セザリー症候群、皮膚癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、鱗状頸部癌、胃癌、テント上の原始神経上皮腫瘍、精巣癌、咽喉癌、胸腺腫、甲状腺癌、局所皮膚病変、栄養膜腫瘍、尿道癌、子宮／子宮内膜癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、ワルデンストロームマクログロブリン血症、又はウィルム腫瘍である。
【０１０４】
幾つかの実施形態において、被験体は再発性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は難治性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に対して癌が抵抗性を持つ、難治性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は、被験体が共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に対する感受性の低減を示す、難治性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は、被験体が共有結合及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤の特定の投与量に対する感受性の低減を示す、難治性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は、被験体が癌の１以上の症状（即ち疾患進行）の重症度又は出現の増加を示す、難治性癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は癌の退行の減少を示す。幾つかの実施形態において、癌の退行は止まる。幾つかの実施形態において、被験体は、再発性又は難治性の血液癌を患っている。幾つかの実施形態において、被験体は再発性又は難治性のＢ細胞悪性腫瘍を患っている。
【０１０５】
幾つかの実施形態において、被験体は、血液癌を患っている疑いがあるか、又は血液癌を患っている危険性が高い。幾つかの実施形態において、被験体は、Ｂ細胞悪性腫瘍を患っている疑いがあるか、又はＢ細胞悪性腫瘍を患っている危険性が高い。幾つかの実施形態において、被験体は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫を患っている疑いがあるか、又はその危険性が高い。
【０１０６】
幾つかの実施形態において、被験体は血液癌の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、被験体はＢ細胞悪性腫瘍の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、被験体は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の１以上の症状を示す。幾つかの実施形態において、被験体は、限定されないが、異常なＢ細胞機能、異常なＢ細胞の大きさ又は形状、異常なＢ細胞数、疲労、発熱、寝汗、頻繁な感染症、リンパ節腫大、蒼白、貧血症、容易な出血又は挫傷、食欲不振、体重減少、骨又は関節痛、頭痛、及び点状出血などの１以上の症状を示す。
【０１０７】
幾つかの実施形態において、被験体は自己免疫疾患に悩んでおり、該疾患は例えば、炎症性腸疾患、関節炎、狼蒼、関節リウマチ、乾癬性関節炎、骨関節炎、スティル病、若年性関節炎、糖尿病、重症筋無力症、橋本甲状腺炎、Ｏｒｄ甲状腺炎、グレーブス病、シェーグレン症候群、多発性硬化症、ギラン・バレー症候群、急性散在性脳脊髄炎、アジソン病、眼球クローヌス・ミオクローヌス症候群、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、再生不良性貧血、自己免疫性肝炎、セリアック病、グッドパスチャー症候群、特発性血小板減少性紫斑病、視神経炎、硬皮症、原発性胆汁性肝硬変、ライター症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎、温式自己免疫性溶血性貧血、ウェゲナー肉芽腫症、乾癬、全身性脱毛症、ベーチェット病、慢性疲労、自律神経異常症、子宮内膜症、間質性膀胱炎、神経性筋緊張病、硬皮症、又は外陰部痛である。
【０１０８】
他の実施形態において、被験体は異種免疫疾病又は疾患に悩んでおり、該疾病又は疾患は例えば、移植片対宿主病、移植、輸血、アナフィラキシー、アレルギー、１型過敏症、アレルギー性結膜炎、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎である。
【０１０９】
幾つかの実施形態において、被験体は炎症性疾患を患っており、該疾患は例えば、喘息、虫垂炎、眼瞼炎、細気管支炎、気管支炎、滑液包炎、子宮頚管炎、胆管炎、胆嚢炎、大腸炎、結膜炎、膀胱炎、涙腺炎、皮膚炎、皮膚筋炎、脳炎、心内膜炎、子宮内膜炎、小腸炎、小腸結腸炎、上顆炎、副睾丸炎、筋膜炎、結合組織炎、胃炎、胃腸炎、肝炎、化膿性汗腺炎、喉頭炎、乳腺炎、髄膜炎、脊髄炎、心筋炎、筋炎、腎炎、卵巣炎、精巣炎、骨炎、耳炎、膵臓炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、静脈炎、間質性肺炎、肺炎、直腸炎、前立腺炎、腎盂腎炎、鼻炎、耳管炎、静脈洞炎、口内炎、関節滑膜炎、腱炎、扁桃腺炎、ぶどう膜炎、鞘膜炎、脈管炎、又は外陰炎である。
【０１１０】
更なる実施形態において、被験体は血栓塞栓障害に悩んでおり、該障害は例えば、心筋梗塞、狭心症、血管形成後の再閉塞、血管形成後の再狭窄、大動脈冠動脈バイパス後の再閉塞、大動脈冠動脈バイパス後の再狭窄、脳卒中、一時的な虚血、末梢動脈閉塞性障害、肺塞栓症、又は深部静脈血栓症である。
【０１１１】
幾つかの実施形態において、被験体は、疾患又は疾病の処置のために１以上の治療剤を投与される、又は投与されていた。幾つかの実施形態において、被験体は、疾患又は疾病の処置のためにＢＴＫ阻害剤を投与される、又は投与されていた。幾つかの実施形態において、被験体は、疾患又は疾病の処置のためにＢＴＫ阻害剤に加えて１以上の治療剤を投与される、又は投与されていた。
【０１１２】
幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のために１以上の化学療法剤を投与される、又は投与されていた。幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤を投与される、又は投与されていた。幾つかの実施形態において、被験体は、癌の処置のためにＢＴＫ阻害剤に加えて１以上の化学療法剤を投与される、又は投与されていた。
【０１１３】
幾つかの実施形態において、前記方法に使用されるサンプルは、生体の任意の組織又は流体のものである。サンプルは、限定されないが、全血液、乖離された骨髄、骨髄穿刺液、胸膜液、腹腔液、中心の髄液、腹部の流体、膵液、脳脊髄液、脳液、囲心腔液、尿、唾液、気管支洗浄法液（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ  ｌａｖａｇｅ）、汗、涙、耳流体（ｅａｒ  ｆｌｏｗ）、痰、陰嚢水腫流体、精液、膣流体、乳、羊水、及び、呼吸器又は腸管又は尿生殖器管の分泌物を含む。特定の実施形態において、サンプルは腫瘍生検標本サンプルである。特定の実施形態において、サンプルは、リンパ系又は循環系の一部、又はそれらに関連する、流体又は組織のものである。幾つかの実施形態において、サンプルは、静脈、動脈、末梢、組織、臍帯の血液サンプルである、血液サンプルである。特定の実施形態において、サンプルは、１以上の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を包含する血液細胞サンプルである。幾つかの実施形態において、サンプルは、１以上の循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、１以上の播種性の腫瘍細胞（例えば骨髄穿刺液サンプルにおけるＤＴＣ）を含む。
【０１１４】
組織及び流体のサンプルに含まれる細胞からの核酸及びタンパク質の単離のための方法は、当該技術分野で周知である。特定の実施形態において、被験体から得たサンプルは、被験体からの腫瘍生検標本に含まれる細胞から単離される。特定の実施形態において、被験体から得たサンプルは、骨髄穿刺液において細胞から単離される。特定の実施形態において、被験体から得たサンプルは、血清サンプルに含まれる細胞から単離される。特定の実施形態において、被験体から得たサンプルは、リンパサンプルに含まれる細胞から単離される。特定の実施形態において、サンプルは、細胞に含まれていない、循環する腫瘍核酸を含む。
【０１１５】
幾つかの実施形態において、サンプルは、周知の及び型通りの臨床方法を使用してサンプルを得る任意の適切な手段により、被験体から得られる。被験体から流体サンプルを得るための手順は、周知である。例えば、全血液及びリンパ液を引き抜き且つ処理するための手順は周知であり、提供される方法に使用するためのサンプルを得るために利用され得る。典型的に、血液サンプルの収集のために、抗凝固剤（例えばＥＤＴＡ、又はクエン酸塩とヘパリン、又はＣＰＤ（クエン酸塩、リン酸塩、デキストロース）、或いは同等の物質）が、血液の凝固を妨げるためにサンプルに加えられる。幾つかの例において、血液サンプルは、血液サンプルの凝固を妨げる量のＥＤＴＡを含有する、収集チューブの中に収集される。
【０１１６】
幾つかの実施形態において、サンプルは組織生検であり、例えば、針生検、ＣＴに誘導された針生検、吸引生検、内視鏡生検、気管支鏡生検、気管支洗浄、切開生検、切除生検、パンチ生検、薄片生検、皮膚生検、骨髄生検、及びループ式電気焼灼切除法（ＬＥＥＰ）により得られる。典型的に、１００ｍｇより多くの非壊死性の無菌の生検又は試料が得られるが、１００ｍｇ未満、５０ｍｇ以下、１０ｍｇ以下、又は５ｍｇ以下のように、より少なく；或いは、１００ｍｇより多く、２００ｍｇ以上、５００ｍｇ以上、１ｇｍ以上、２ｇｍ以上、３ｇｍ以上、４ｇｍ以上、又は５ｇｍ以上のように、より多くの場合もある。アッセイのために抽出されるサンプルの大きさは、限定されないが、実行されるアッセイの数、組織サンプルの健康、癌のタイプ、及び患者の状態を含む多くの要因に依存する。幾つかの実施形態において、組織は、無菌チューブ又は培養皿などの無菌容器に配され、随意に適切な培地に浸される。典型的に、細胞は、当該技術分野で周知であるような、機械的手段及び／又は酵素処理により細胞懸濁液へと分離される。典型的に、細胞は収集され、その後、アッセイのための核酸の単離のための標準手順に供される。
【０１１７】
幾つかの実施形態において、被験体からのサンプルの収集は、例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、４週、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、１年、毎日、毎週、隔月、四半期、二年毎、又は毎年といった、規則的な間隔で実行される。
【０１１８】
幾つかの実施形態において、サンプルの収集は、所定時間で、又は、１以上の抗癌剤による処置に関して規則的な間隔で実行される。幾つかの実施形態において、抗癌剤が、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の処置のために投与される。白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の処置のための例示的な抗癌剤は、限定されないが、アドリアマイシン（ドキソルビシン）、ｂｅｘｘａｒ、ベンダムスチン、ブレオマイシン、ｂｌｅｎｏｘａｎｅ、ボルテゾミブ、ダカルバジン、デルタゾン、シスプラチン、シクロホスファミド、シトキサン、ＤＴＩＣダカルバジン、ダサチニブ、ドキソルビシン、エトポシド、フルダラビン、グラニセトロン、カイトリル、レナリドミド、ｍａｔｕｌａｎｅ、メクロレタミン、ｍｕｓｔａｒｇｅｎ、ムスチン、ナツラン、リツキサン（リツキシマブ、抗ＣＤ２０抗体）、ＶＣＲ、ｎｅｏｓａｒ、ナイトロジェンマスタード、オンコビン、オンダンセトロン、オラゾン、プレドニゾン、プロカルバジン、サリドマイド、ＶＰ−１６、ｖｅｌｂａｎ、ｖｅｌｂｅ、ｖｅｌｓａｒ、ＶｅＰｅｓｉｄ、ビンブラスチン、ビンクリスチン、Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標）、ｚｏｆｒａｎ、幹細胞移植、放射線治療又は併用療法、例えばＡＢＶＤ（アドリアマイシン、ブレオマイシン、ビンブラスチン、及びダカルバジン）、ＣｈｌｖＰＰ（クロラムブシル、ビンブラスチン、プロカルバジン、及びプレドニゾロン）、Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｖ（ムスチン、ドキソルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ブレオマイシン、エトポシド、及びステロイド）、ＢＥＡＣＯＰＰ（ブレオマイシン、エトポシド、ドキソルビシン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プロカルバジン、及びプレドニゾロン）、ＢＥＡＭ（カルムスチン（ＢｉＣＮＵ）エトポシド、シタラビン（Ａｒａ−Ｃ、サイトシンアラビノサイド）、及びメルファラン）、ＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾン）、Ｒ−ＣＨＯＰ（リツキシマブ、ドキソルビシン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、及びプレドニゾン）、ＥＰＯＣＨ（エトポシド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びプレドニゾン）、ＣＶＰ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、及びプレドニゾン）、ＩＣＥ（イホスファミド−カルボプラチン−エトポシド）、Ｒ−ＡＣＶＢＰ（リツキシマブ、ドキソルビシン、シクロホスファミド、ビンデシン、ブレオマイシン、及びプレドニゾン）、ＤＨＡＰ（デキサメタゾン、高用量のシタラビン、（Ａｒａ−Ｃ）、シスプラチン）、Ｒ−ＤＨＡＰ（リツキシマブ、デキサメタゾン、高用量のシタラビン、（Ａｒａ−Ｃ）、シスプラチン）、ＥＳＨＡＰ（エトポシド（ＶＰ−１６）、メチル−プレドニゾロン、及び高用量のシタラビン（Ａｒａ−Ｃ）、シスプラチン）、ＣＤＥ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、及びエトポシド）、Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標）（ボルテゾミブ）並びにＤｏｘｉｌ（登録商標）（リポソームドキソルビシン）、Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標）（レナリドミド）並びにデキサメタゾン、及び、ボルテゾミブ並びにデキサメタゾンを含む。幾つかの実施形態において、抗癌剤はフルダラビンである。幾つかの実施形態において、抗癌剤���ベンダムスチンである。幾つかの実施形態において、抗癌剤はリツキサンである。幾つかの実施形態において、抗癌剤はダサチニブである。幾つかの実施形態において、サンプルは、所定時間、又は、抗癌剤による処置の前、間、又はその後、或いはその連続的な処置の間の規則的な間隔で収集される。特定の例において、サンプルは、抗癌剤治療の適用前、そしてその後、処置が達成された後に規則的な間隔で再度、被験体から得られる。
【０１１９】
幾つかの実施形態において、サンプルの収集は、所定時間で、又は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に関して規則的な間隔で実行される。例えば、サンプルは、所定時間、又は、処置の前、間、又は後、或いはその連続的な処置の間の規則的な間隔で収集される。特定の例において、サンプルは、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与前、そしてその後、不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置が達成された後に規則的な間隔で再度、被験体から得られる。幾つかの実施形態において、被験体は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤、及び１以上の付加的な抗癌剤を投与される。幾つかの実施形態において、被験体は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤、及び、不可逆ＢＴＫ阻害剤ではない１以上の付加的な抗癌剤を投与される。幾つかの実施形態において、被験体は１以上の不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）である。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ��７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである。幾つかの実施形態において、不荷逆ＢＴＫ阻害剤はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである。
【０１２０】
本明細書で提供される方法の何れかに使用される付加的なＢＴＫ阻害剤は、例えば、米国特許第７，５４７，６８９号、第７，９６０，３９６号、及び米国特許出願公開第ＵＳ２００９−０１９７８５３Ａ１号及び第ＵＳ２０１２−００６５２０１Ａ１号で見出すことができ、その全ては全体を参照することで組み込まれる。本明細書で提供される方法の何れかに使用される付加的なＢＴＫ阻害剤は、例えば、ＵＳ２０１０００２９６１０、ＷＯ０９０５１８２２、ＷＯ１０１２３８７０、ＷＯ０９１５８５７１、ＷＯ１１０３４９０７、ＷＯ１２０２１４４４、ＷＯ１１０２９０４６、ＷＯ０８１１０６２４、ＷＯ１００８０４８１、ＷＯ１０１４４６４７、ＷＯ１００５６８７５、ＷＯ０５０４７２９０、ＷＯ０６０５３１２１、ＷＯ０６０９９０７５、ＷＯ０８０３３８３４、ＷＯ０８０３３８５７、ＷＯ０８０３３８５８、ＷＯ０９１３７５９６、ＷＯ１００５６８７５、ＷＯ１００６８７８８、ＷＯ１００６８８０６、ＷＯ１００６８８１０、ＷＯ１１１４０４８８、ＷＯ１２０３０９９０、ＷＯ１２０３１００４、ＷＯ２０１００５６８７５、ＷＯ０５０６６１５６、ＷＯ１００５６８７５、ＵＳ２０１２０３１６１４８、ＷＯ０９０４８３０７、ＷＯ０９１４７１９０、ＷＯ１１１６２５１５、ＷＯ１１１６２５１５、ＷＯ０６０３６９４１、ＷＯ１０１２６９６０、ＷＯ０７１３６７９０、ＷＯ１２０２５１８６、ＷＯ２０１３０１０３８０、ＷＯ２０１３０１０８６８、ＷＯ２０１３０１０８６９、ＷＯ２０１３００８０９５、ＷＯ１１１５２３５１、ＷＯ２０１３０６００９８、ＷＯ２０１３０６００９８、ＷＯ０７００２３２５、ＷＯ０７００２４３３、ＷＯ０７０１３８９６、ＷＯ０９１４３０２４、ＷＯ１００６５８９８、ＷＯ２０１２１５８７６４、ＷＯ２０１２１５８７８５、ＷＯ２０１２１５８７９５、ＷＯ２０１２１５８８１０、ＷＯ０９０５３２６９、ＷＯ０９１５６２８４、ＷＯ２０１２０２０００８、ＷＯ２０１２１５６３３４、ＷＯ２０１３０２４０７８、ＷＯ０８０５７２５２、ＷＯ０３０８１２１０、ＷＯ０３０８７０５１、ＵＳ２０１３００５９８４７Ａ１、ＷＯ０６０６５９４６、ＷＯ０７０２７５９４、及びＷＯ０８０９２１９９でも見出すことができ、その全ては全体を参照することで組み込まれる。
【０１２１】
更に、本明細書で提供される方法の何れかに使用されるＢＴＫ阻害剤は、例えば、米国特許第７，５１４，４４４号；第７，９６０，３９６号；第８，２３６，８１２号；第８，４９７，２７７号；第８，５６３，５６３号；第８，３９９，４７０号；第８，０８８，７８１号；第８，５０１，７５１号；第８，００８，３０９号；第８，５５２，０１０号；第７，７３２，４５４号；第７，８２５，１１８号；第８，３７７，９４６号；第８，５０１，７２４号；米国特許出願公開第２０１１−００３９８６８号；米国特許第８，２３２，２８０号；第８，１５８，７８６号；米国特許出願公開第２０１１−０２８１３２２号；米国特許出願公開第２０１２−００８８９１２号；米国特許出願公開第２０１２−００８８９１２号；米国特許出願公開第２０１２−０１１５８８９号；米国特許出願公開第２０１３−０００５７４５号；米国特許出願公開第２０１２−０１２２８９４号；米国特許出願公開第２０１２−０１３５９４４号；米国特許出願公開第２０１２−０２１４８２６号；米国特許出願公開第２０１２−０２５２８２１号；米国特許出願公開第２０１２−０２５２８２２号；米国特許出願公開第２０１２−０２７７２５４号；米国特許出願公開第２０１０−００２２５６１号；米国特許出願公開第２０１０−０３２４０５０号；米国特許出願公開第２０１２−０２８３２７６号；米国特許出願公開第２０１２−００６５２０１号；米国特許出願公開第２０１２−０１７８７５３号；米国特許出願公開第２０１２−０１０１１１３号；米国特許出願公開第２０１２−０１０１１１４号；米国特許出願公開第２０１２−０１６５３２８号；米国特許出願公開第２０１２−０１８４０１３号；米国特許出願公開第２０１２−０１８４５６７号；米国特許出願公開第２０１２−０２０２２６４号；米国特許出願公開第２０１２−０２７７２２５号；米国特許出願公開第２０１２−０２７７２５５号；米国特許出願公開第２０１２−０２９６０８９号；米国特許出願公開第２０１３−００３５３３４号；米国特許出願公開第２０１２−０３２９１３０号；米国特許出願公開第２０１３−００１８０６０号；米国特許出願公開第２０１０−０２５４９０５号；米国特許出願第６１／８２６，７２０号；米国特許出願第６０／８２８，５９０号；米国特許出願第１３／６５４，１７３号；米国特許出願第１３／８４９，３９９号；米国特許出願第１３／８９０，４９８号；米国特許出願第１３／９５２，５３１号；米国特許出願第１４／０３３，３４４号；米国特許出願第１４／０７３，５４３号；米国特許出願第１４／０７３，５９４号；米国特許出願第１４／０７９，５０８号；米国特許出願第１４／０８０，６４０号；米国特許出願第１４／０８０，６４９号；米国特許出願第１４／０６９，２２２号；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００８／５８５２８；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０４６７７９；米国特許出願第６１／５８２，１９９号；米国特許出願第１３／６１９，４６６号；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１２／７２０４３；米国特許出願第６１／５９３，１４６号；米国特許出願第６１／６３７，７６５号；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／２３９１８；米国特許出願第６１／７８１，９７５号；米国特許出願第６１／７２７，０３１号；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／７０１６；米国特許出願第６１／６４７，９５６号；ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／４１２４２；米国特許出願第６１／７６９，１０３号；米国特許出願第６１／８４２，３２１号；及び米国特許出願第６１／８８４，８８８号で見出すことができ、その全ては全体を参照することで本明細書に組み込まれる。
【０１２２】
幾つかの実施形態において、被験体は、１以上の可逆的ＢＴＫ阻害剤と組み合わせて、野生型ＢＴＫのシステイン４８１に共有結合される、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。例えば、幾つかの実施形態において、被験体は、結合のためにシステイン４８１に依存しない１以上の可逆的ＢＴＫ阻害剤と組み合わせて、野生型ＢＴＫのシステイン４８１に共有結合される、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される。可逆的ＢＴＫ阻害剤は当該技術分野で既知であり、限定されないが、ダサチニブ、ＰＣ−００５、ＲＮ４８６、ＰＣＩ−２９７３２、又はテレイン酸を含む。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤であるイブルチニブは、可逆的ＢＴＫ阻害剤であるダサチニブと組み合わせて投与される。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤である（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンは、可逆的ＢＴＫ阻害剤であるダサチニブと組み合わせて投与される。
【０１２３】
幾つかの実施形態において、サンプルは、不可逆ＢＴＫ阻害剤の最初の投与後、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１４か月、１６か月、１８か月、２０か月、２２か月、２４か月、２６か月、２８か月、３０か月、３２か月、３４か月、３６か月以上で得られる。幾つかの実施形態において、サンプルは、不可逆ＢＴＫ阻害剤への曝露のために未処置の被験体への不可逆ＢＴＫ阻害剤の最初の投与後、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１４か月、１６か月、１８か月、２０か月、２２か月、２４か月、２６か月、２８か月、３０か月、３２か月、３４か月、３６か月以上で得られる。幾つかの実施形態において、サンプルは、再発性又は難治性の癌を患う被験体への不可逆ＢＴＫ阻害剤の最初の投与後、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１４か月、１６か月、１８か月、２０か月、２２か月、２４か月、２６か月、２８か月、３０か月、３２か月、３４か月、３６か月以上で得られる。幾つかの実施形態において、サンプルは、不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置の期間にわたり、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回以上得られる。幾つかの実施形態において、被験体は、不可逆ＢＴＫ阻害剤が最初に投与される場合に不可逆ＢＴＫ阻害剤による処置に反応する。
【０１２４】
＜配列決定方法＞
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法は増幅方法を利用する。幾つかの例において、増幅はＰＣＲ方法である。幾つかの例において、本明細書に記載される方法は高スループットの方法である。幾つかの例において、方法は次世代の配列決定方法である。幾つかの例において、次世代の配列決定方法は、限定されないが、半導体配列決定（Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ；  Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍａｃｈｉｎｅ）；Ｈｅｌｉｃｏｓ  Ｔｒｕｅ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅ配列決定（ｔＳＭＳ）（Ｈａｒｒｉｓ  Ｔ．Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２０：１０６−１０９）；４５４配列決定（Ｒｏｃｈｅ）（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．  ２００５，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４３７，  ３７６−３８０）；ＳＯＬｉＤ技術（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；ＳＯＬＥＸＡ配列決定（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）；Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓの単分子リアルタイム（ＳＭＲＴ（商標））技術；ナノ細孔配列決定（Ｓｏｎｉ  ＧＶ  ａｎｄ  Ｍｅｌｌｅｒ  Ａ．  （２００７）  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ５３：  １９９６−２００１）；ＤＮＡナノボール配列決定；Ｄｏｖｅｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓの技術を使用する配列決定（Ｐｏｌｏｎａｔｏｒ）、及び、ナノ細孔ベースの戦略（例えば、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ，  Ｇｅｎｉａ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  ａｎｄ  Ｎａｂｓｙｓ）などの、増幅を必要としない又は他に配列決定前の天然ＤＮＡを形質転換する技術（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ａｎｄ  Ｈｅｌｉｃｏｓ）を含む。
【０１２５】
幾つかの態様において、次世代配列決定は、イオン半導体配列決定（例えば、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  （Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ）の技術を使用する）を含む。場合によっては、イオン半導体配列決定は、ヌクレオチドがＤＮＡ鎖に組み込まれる場合にイオンが放出され得るという事実を利用する。イオン半導体配列決定を実行するために、微細加工されたウェルの高密度アレイが形成される。各ウェルは単一のＤＮＡテンプレートを保持する。ウェルの下にはイオンに敏感な層があり、イオンに敏感な層の下にはイオンセンサがある。ヌクレオチドがＤＮＡに加えられると、Ｈ＋が放出され、ｐＨにおける変化として測定される。Ｈ＋イオンは電圧に変換され、半導体センサにより記録される。アレイチップは、次々とヌクレオチドで連続して満たされる。走査、光、又はカメラは必要ではない。幾つかの実施形態において、核酸を順番に並べるためにＩＯＮＰＲＯＴＯＮ（商標）シーケンサが使用される。幾つかの実施形態において、ＩＯＮＰＧＭ（商標）シーケンサが使用される。
【０１２６】
幾つかの例において、次世代配列決定技術は、４５４配列決定（Ｌｏｃｈｅ）である（例えば、Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｎａｔｕｒｅ  ４３７：  ３７６−３８０を参照）。場合によっては、４５４配列決定は２つの工程を含む。第１の工程において、ＤＮＡは、約３００−８００の塩基対の断片へと切断され、その断片は平滑端を有する。その後、オリゴヌクレオチドアダプタがフラグメントの端部にライゲートされる。アダプタは、断片の増幅及び配列決定のためにプライマーをハイブリダイズするための部位として役立つ。断片は、ＤＮＡ捕捉ビーズ、例えば、５’−ビオチンタグを含むアダプタＢを使用する、ストレプトアビジンでコーティングされたビーズに付けられる。断片は、ハイブリダイゼーションを介してＤＮＡ捕捉ビーズに付けられる。単一の断片は１つのビーズごとに捕捉される。ビーズに付けられた断片は、油水エマルジョンの液滴内で増幅されたＰＣＲである。結果は、各ビーズ上のクローン的に増幅されたＤＮＡ断片の複数のコピーである。エマルジョンは分解され（ｂｒｏｋｅｎ）、一方で増幅された断片がそれらの特異的なビーズに結合される。第２の工程において、ビーズはウェルにおいて捕捉される（ピコリットルの大きさ；ＰｉｃｏＴｉｔｅｒＰｌａｔｅ（ＰＴＰ）装置）。表面は、１つのビーズのみが１つのウェルに適合するように設計される。ＰＴＰ装置は配列のための器具に充填される。パイロシーケンシングが、平行して各ＤＮＡ断片上で実行される。１以上のヌクレオチドの追加により、配列決定の器具においてＣＣＤカメラにより記録される光信号が生成される。信号強度は組み込まれたヌクレオチドの数に比例する。
【０１２７】
パイロシーケンシングは、ヌクレオチドの追加後に放出されるピロリン酸塩（ＰＰｉ）を使用する。ＰＰｉは、アデノシン’５ホスホ硫酸の存在下でＡＴＰスルフリラーゼによりＡＴＰへと変換される。その後、ルシフェラーゼは、ルシフェリンをオキシルシフェリンに変換するためにＡＴＰを使用し、この反応により、検出され且つ分析される光が生成される。幾つかの例において、４５４配列決定システムは、ＧＳ  ＦＬＸ＋システム又はＧＳ  Ｊｕｎｉｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した。
【０１２８】
幾つかの例において、次世代配列決定技術は、ＳＯＬｉＤ技術（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）である。ＳＯＬｉＤ配列決定において、ゲノムＤＮＡは断片に切断され、アダプタは断片ライブラリを生成するために断片の５’及び３’の末端に付けられる。代替的に、内部のアダプタは、断片の５’及び３’の末端にアダプタをライゲートし、断片を円形にし、内部のアダプタを生成するために円形となった断片を消化し、及び、メイトペアの（ｍａｔｅ−ｐａｉｒｅｄ）ライブラリを生成するために結果として生じる断片の５’及び３’の末端にアダプタを付けることにより、導入される。次に、クローンのビーズ集団は、ビーズ、プライマー、テンプレート、及びＰＣＲ成分を含むマイクロリアクタにおいて調製される。ＰＣＲの後、テンプレートは変性し、ビーズは拡張テンプレートによりビーズを分離するために強化される（ｅｎｒｉｃｈｅｄ）。選択されたビーズ上のテンプレートは、スライドガラスへの結合を可能にする３’の修飾に供される。配列決定プライマーはアダプタ配列に結合する。４つの蛍光的に標識化された二塩基（ｄｉ−ｂａｓｅ）のプローブのセットは、配列決定プライマーへのライゲーションを争う。二塩基のプローブの特異性は、各ライゲーション反応における全ての第１及び第２の塩基を照合することにより達成される。テンプレートの配列は、特異的な蛍光団により識別される判定された塩基（又は塩基の対）を備える部分的にランダムなオリゴヌクレオチドの連続的なハイブリダイゼーション及びライゲーションにより判定される。色が記録された後、ライゲートされたオリゴヌクレオチドは開裂されて取り除かれ、その後、プロセスが繰り返される。一連のライゲーションサイクルの後、伸長生成物は取り除かれ、テンプレートは、２回目のライゲーションサイクルのためにｎ−１の位置に相補的なプライマーによりリセットされる。５回のリセットされたプライマーは、各配列タグのために完了される。プライマーをリセットするプロセスを通じて、塩基の大半は、２つの異なるプライマーによる２つの独立したライゲーション反応において照合される。幾つかの例において、９９．９９％までの精度が、多塩基の符号化スキームを使用して付加的なプライマーにより配列決定を行うことにより達成される。
【０１２９】
幾つかの実施形態において、次世代配列決定技術は、ＳＯＬＥＸＡ配列決定（ＩＬＬＵＭＩＮＡ配列決定）である。ＩＬＬＵＭＩＮＡ配列決定は、折り返しのＰＣＲ及び固定されたプライマーを使用する、固体表面上のＤＮＡの増幅に基づく。ＩＬＬＵＭＩＮＡ配列決定は、ライブラリ調製工程、クラスタ生成工程、及び配列決定工程を含む。ライブラリ調製工程中、ゲノムＤＮＡは断片化され、切断された端部は修復されてアデニル化される。アダプタは断片の５’及び３’の末端に加えられる。その後、断片の大きさが選択され且つ精製される。クラスタ生成工程中、ＤＮＡ断片は、フローセルチャネルの表面に付けられたオリゴヌクレオチドのローン（ｌａｗｎ）にハイブダイズすることにより、フローセルチャネルの表面に付けられる。断片は、独特なクラスタを生成するためにブリッジ増幅を介して伸長され且つクローン的に増幅される。断片は二本鎖となり、二本鎖分子は変性する。変性後の固相増幅の複数のサイクルにより、フローセルの各チャネルにおいて同じテンプレートの一本鎖ＤＮＡ分子の約１，０００のコピーの数百万のクラスタが生成される。逆の鎖は開裂され且つ取り除かれる。末端は遮断され、プライマーはＤＮＡテンプレートにハイブリダイズされる。配列決定工程中、何億ものクラスタが一斉に配列決定される。プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、及び４つの蛍光団に標識付けされた可逆的終端ヌクレオチドは、連続的な配列決定を実行するために使用される。全部で４つの塩基が互いにテンプレートを争う。ヌクレオチドの組み込み後、蛍光団を励起するためにレーザーが使用され、画像が捕捉され、第１の塩基の同一性が記録される。組み込まれた塩基それぞれからの３’ターミネーター及び蛍光団は取り除かれ、組み込み、検出、及び識別の工程が繰り返される。単一の塩基がサイクルごとに読み取られる。幾つかの例において、ＨｉＳｅｑシステム（例えばＨｉＳｅｑ  ２５００、ＨｉＳｅｑ  １５００、ＨｉＳｅｑ  ２０００、又はＨｉＳｅｑ  １０００）が、配列決定に使用される。幾つかの例において、ＭｉＳｅｑパーソナルシーケンサが使用される。幾つかの例において、ＮｅｘｔＳｅｑシステムが使用される。幾つかの例において、Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  ＩＩｘが使用される。
【０１３０】
幾つかの実施形態において、次世代配列決定技術は、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓによるリアルタイム（ＳＭＲＴ（商標））技術を含む。ＳＭＲＴにおいて、４つのＤＮＡ塩基の各々は、４つの異なる蛍光染料のうちの１つに付けられる。このような色素がリン酸基を介して結合される（ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｎｋｅｄ）。単一のＤＮＡポリメラーゼは、ゼロモード導光路（ＺＭＷ）の中及び外にあるテンプレート一本鎖ＤＮＡの単一分子と共に固定される。ＺＭＷは、（マイクロ秒で）ＺＮＷから素早く拡散する蛍光性ヌクレオチドのバックグラウンドに対するＤＮＡポリメラーゼによる単一のヌクレオチドの組み込みの観察を可能にする、閉じ込め構造である。成長する鎖にヌクレオチドを組み込むのに数ミリ秒かかる。この間、蛍光ラベルは励起され、蛍光シグナルを生成し、蛍光タグは開裂される。ＺＭＷは下から照射される。励起ビームからの減衰光は、各ＺＭＷの２０−３０ｎｍ下側に浸透する。２０ゼプトリットル（ｚｅｐｔｏｌｉｔｅｒｓ）（１０〜２１リットル）の検出限界を持つ顕微鏡が作成される。小さな検出量は、バックグラウンドノイズの減少において１０００倍の改善をもたらす。色素の対応する蛍光の検出は、どの塩基が組み込まれるかを示す。
【０１３１】
幾つかの例において、次世代配列決定は、ナノ細孔配列決定である（例えば、Ｓｏｎｉ  ＧＶ  ａｎｄ  Ｍｅｌｌｅｒ  Ａ．  （２００７）  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ５３：  １９９６−２００１を参照）。ナノ細孔は小さな穴であり、直径約１ナノメートルである。導電性流体及び電位の適用におけるナノ細孔の浸漬は、ナノ細孔を介するイオンの伝導によりわずかな電流を結果としてもたらす。流れる電流の量は、ナノ細孔の大きさに感受性がある。ＤＮＡ分子がナノ細孔を通過するので、ＤＮＡ分子上の各ヌクレオチドは、異なる程度にまでナノ細孔を塞ぐ。故に、ＤＮＡ分子がナノ細孔を通過するにつれて、ナノ細孔を通過する電流の変化は、ＤＮＡ配列の読み取りを表わす。幾つかの例において、ナノ細孔配列決定技術は、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓに由来するものであり、例えばＧｒｉｄｌＯＮシステムである。単一のナノ細孔が、微小ウェルの上部にわたりポリマー膜に挿入される。各微小ウェルは個々の感知用の電極を持つ。微小ウェルは、１つのチップ当たり１００，０００以上の微小ウェル（例えば、約２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、又は１，０００，０００以上）を持つアレイチップに加工される。器具（又はノード）はチップを分析するために使用される。データはリアルタイムで分析される。１以上の器具が一度に操作される。場合によっては、ナノ細孔はタンパク質ナノ細孔であり、例えばタンパク質アルファ溶血素、七量体タンパク質細孔である。幾つかの例において、ナノ細孔は、作成された固体状ナノ細孔、例えば、合成膜（例えばＳｉＮｘ、又はＳ１Ｏ２）に形成されたナノメートルサイズの穴である。幾つかの例において、ナノ細孔は、ハイブリッド細孔（例えば、固体状膜へのタンパク質細孔の統合）である。場合によっては、ナノ細孔は、集積センサ（例えば、トンネリング電極検出器、容量検出器、又はグラフェンベースのナノギャップ又は縁状態検出器（例えば、Ｇａｒａｊ  ｅｔ  ａｌ．  （２０１０）  Ｎａｔｕｒｅ  ｖｏｌ．  ６７，  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ０９３７９を参照））を備えたナノ細孔である。幾つかの態様において、ナノ細孔は、分子（例えばＤＮＡ、ＲＮＡ、又はタンパク質）の特定型式の分析のために機能化される。場合によっては、ナノ細孔配列決定は、ＤＮＡがタンパク質ナノ細孔を移動させるため、リアルタイムでの配列決定により無傷のＤＮＡポリマーがタンパク質ナノ細孔を通過する、「鎖の配列決定」を含む。酵素は、二本鎖ＤＮＡの鎖を分離し、ナノ細孔を介して鎖を供給する。場合によっては、ＤＮＡは一端にヘアピンを有し、システムは両方の鎖を読み取る。幾つかの実施形態において、ナノ細孔配列決定は、個々のヌクレオチドが前進型エキソヌクレアーゼによるＤＮＡ鎖から開裂され、そしてヌクレオチドがタンパク質ナノ細孔を通過する、「エキソヌクレアーゼ配列決定」である。ヌクレオチドは、細孔における分子（例えばシクロデキストラン）と一時的に結合する。電流における特徴的な分裂が、塩基を識別するために使用される。
【０１３２】
幾つかの例において、ＧＥＮＩＡからのナノ細孔配列決定技術が使用される。改変タンパク質細孔は脂質二分子膜に埋め込まれる。「Ａｃｔｉｖｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ」技術は、効果的なナノ細孔膜アセンブリ、及び、チャネルを介するＤＮＡの動作の制御を可能にするために使用される。幾つかの実施形態において、ナノ細孔配列決定技術はＮＡＢｓｙｓのものである。ゲノムＤＮＡは約１００ｋｂの平均長の鎖に断片化される。１００ｋｂの断片は単一鎖として作られ、その後６量体のプローブによりハイブリダイズされる。プローブを持つゲノムの断片はナノ細孔を介して駆動され（ｄｒｉｖｅｎ）、電流−対−時間の追跡を作成する。電流の追跡は、各ゲノムの断片上のプローブの位置を提供する。ゲノムの断片は、ゲノムのためのプローブマップを作成するために並べられる。このプロセスはプローブのライブラリのために平行して行われる。各プローブのためのゲノム長さのプローブマップが生成される。誤差は、「ｍｏｖｉｎｇ  ｗｉｎｄｏｗ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｂｙ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ｍｗＳＢＨ）」と命名されたプロセスにより固定される。幾つかの実施形態において、ナノ細孔配列決定技術はＩＢＭ／Ｒｏｃｈｅのものである。電子ビームは、マイクロチップにナノ細孔サイズの開口部を作るために使用される。ナノ細孔を介してＤＮＡを引く又は通すために電界が使用される。ナノ細孔におけるＤＮＡトランジスタ装置は、金属と誘電体の代替的なナノメートルサイズの層を含む。ＤＮＡバックボーンにおける離散性の電荷はＤＮＡナノ細孔の内部の電界により捕捉される。ゲート電圧のオンオフの切り換えにより、ＤＮＡ配列の読み取りが可能になる。
【０１３３】
幾つかの例において、次世代配列決定は、ＤＮＡナノボール配列決定（例えばＣｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓにより実行されるようなもの；例えばＤｒｍａｎａｃ  ｅｔ  ａｌ．  （２０１０）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２７：  ７８−８１を参照）である。ＤＮＡは単離され、断片化され、大きさを選択される。例えば、ＤＮＡは約５００ｂｐの平均長に断片化される（例えば超音波処理による）。アダプタ（Ａｄｌ）は断片の末端に付けられる。アダプタは、配列決定反応のためにアンカーにハイブリダイズするために使用される。各端部に結合されたアダプタを備えたＤＮＡは、ＰＣＲ増幅される。アダプタ配列は、相補的な一本鎖末端が互いに成形環状ＤＮＡに結合するように修飾される。ＤＮＡは、後の工程で使用されるＩＩＳ型の制限酵素による開裂からＤＮＡを保護するためにメチル化される。アダプタ（例えば正確なアダプタ）は制限認識部位を持ち、制限認識部位はメチル化されないままである。アダプタにおけるメチル化されていない制限認識部位は、制限酵素（例えばＡｃｕｌ）により認識され、ＤＮＡは、線形の二本鎖ＤＮＡを形成するために右のアダプタの右側にある１３ｂｐのＡｃｕｌにより開裂される。第２周の左右のアダプタ（Ａｄ２）は、線形ＤＮＡの末端の何れかにライゲートされ、両方のアダプタが結合された全てのＤＮＡは、（例えばＰＣＲにより）ＰＣＲ増幅され得る。Ａｄ２配列は、それらが互いに結合し且つ環状ＤＮＡを形成することを可能にするように修飾される。ＤＮＡはメチル化されるが、制限酵素認識部位は左のＡｄｌアダプタ上でメチル化されないままである。制限酵素（例えばＡｃｕｌ）が適用され、線形ＤＮＡ断片を形成するためにＡｄｌの左側の１３ｂｐにあるＤＮＡが開裂される。第３周の左右のアダプタ（Ａｄ３）は、線形ＤＮＡの左右側部にライゲートされ、結果として生じる断片はＰＣＲ増幅される。アダプタは、互いに結合して環状ＤＮＡを形成するように修飾される。ＩＩＩ型制限酵素（例えばＥｃｏＰ１５）が加えられ；ＥｃｏＰ１５は、Ａｄ３の左側に対してＤＮＡ２６ｂｐを、Ａｄ２の右側に対して２６ｂｐを開裂する。この開裂は多数のＤＮＡを取り除き、ＤＮＡを再度線形化する。第４周の左右のアダプタ（Ａｄ４）はＤＮＡにライゲートされ、ＤＮＡは（例えばＰＣＲにより）増幅され、互いに結合して完成した環状ＤＮＡテンプレートを形成するように修飾される。ローリングサークル複製（例えば、Ｐｈｉ  ２９  ＤＮＡポリメラーゼを使用する）は、ＤＮＡの小断片を増幅するために使用される。４つのアダプタ配列は、場合によっては平均直径が約２００−３００ナノメートルであるＤＮＡナノボール（ＤＮＢ（商標））を形成するために、ハイブリダイズされ、その上で一本鎖が折り重なる、パリンドローム配列を含む。ＤＮＡナノボールはマイクロアレイ（配列決定フローセル）に（例えば吸着により）付けられる。フローセルは、二酸化ケイ素、チタニウム、及びヘキサメチルジシラザン（ＨＭＤＳ）で覆われたシリコンウェーハであり、フォトレジスト材料である。配列決定は、ＤＮＡへ蛍光プローブをライゲートすることによる鎖の無い配列決定により実行される。照合された位置の蛍光の色は高解像度カメラにより視覚化される。アダプー配列間のヌクレオチド配列の同一性が判定される。
【０１３４】
幾つかの実施形態において、次世代配列決定技術は、Ｈｅｌｉｃｏｓ  Ｔｒｕｅ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  （ｔＳＭＳ）である（例えば、Ｈａｒｒｉｓ  Ｔ．  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３２０：１０６−１０９を参照）。ｔＳＭＳ技術において、ＤＮＡサンプルは約１００乃至２００のヌクレオチドの鎖に開裂され、ポリＡ配列は各ＤＮＡ鎖の３’末端に加えられる。各鎖は蛍光的に標識化されたアデノシンヌクレオチドの追加により標識化される。その後、ＤＮＡ鎖はフローセルにハイブリダイズされ、それは、フローセル表面に固定された何百万ものオリゴＴ捕捉部位を含む。テンプレートは約１億のテンプレート／ｃｍ２の密度である。その後、フローセルは器具（例えばＨＥＬＩＳＣＯＰＥ（商標）シーケンサ）に充填され、レーザーはフローセルの表面を照射して、各テンプレートの位置を示す。ＣＣＤカメラは、フローセル表面上のテンプレートの位置をマッピングする。テンプレート蛍光ラベルは開裂され、取り除かれる。配列決定反応は、ＤＮＡポリメラーゼ及び蛍光的に標識化したヌクレオチドの導入により発生する。オリゴＴ核酸はプライマーとして役立つ。ＤＮＡポリメラーゼは、テンプレートに向けられた方式でプライマーに標識化されたヌクレオチドを組み込む。ＤＮＡポリメラーゼ及び組み込まれていないヌクレオチドが取り除かれる。蛍光的に標識化されたヌクレオチドの組み込みに向けられたテンプレートは、フローセル表面の画像化により検出される。撮像後、開裂工程により蛍光ラベルは取り除かれ、このプロセスは、所望の読み取りの長さが達成されるまで他の蛍光的に標識化されたヌクレオチドと共に繰り返される。配列情報が各ヌクレオチドの追加工程と共に収集される。配列決定は非同期的である。配列決定は、１日又は１時間当たり少なくとも１０億の塩基を含む。
【０１３５】
幾つかの実施形態において、配列決定技術は、前方及び逆方向のテンプレート鎖両方が配列決定される、対になった末端の配列を含む。幾つかの実施形態において、配列決定技術は対となったライブラリ配列決定を含む。対となったライブラリ配列決定において、ＤＮＡは断片を含み、２−５ｋｂの断片は末端で修復される（例えば、ビオチン標識化されたｄＮＴＰにより）。ＤＮＡ断片は円形化され、円形化されないＤＮＡは消化により取り除かれる。環状ＤＮＡは断片化されて精製される（例えば、ビオチンラベルを使用する）。精製された断片は、アダプタを配列決定するために末端で修復され且つライゲートされる。
【０１３６】
幾つかの実施形態において、配列決定方法は、Ｓａｎｇｅｒ配列決定、Ｍａｘａｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、Ｓｈｏｔｇｕｎ配列決定、ブリッジＰＣＲ、質量分析法に基づく配列決定、微小流体ベースのＳａｎｇｅｒ配列決定、顕微鏡検査ベースの配列決定、ＲＮＡＰ配列決定、ハイブリダイゼーションベースの配列決定を含む。Ｓａｎｇｅｒ配列決定は、複製中に、ＤＮＡポリメラーゼによる鎖終止ジデオキシヌクレオチドの選択的な組み込みに依存する連鎖終止反応法を利用する。Ｍａｘａｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定は、ＤＮＡの化学修飾、及び後の特異的な塩基における開裂を利用する。Ｓｈｏｔｇｕｎ配列決定方法において、ＤＮＡは無作為に断片化され、読み取りを得るために連鎖終止反応法を使用して配列決定される。多数の重複する読み取りが集められ、連続配列に組み合わせられる。ブリッジＰＣＲ方法において、ＤＮＡは断片化され、そして「ＤＮＡコロニー」又は「ＤＮＡクラスタ」を形成するために固体表面に繋ぎ止められたプライマーにより増幅される。多数の重複する「ＤＮＡコロニー」又は「ＤＮＡクラスタ」は集められ、連続配列に組み合わせられる。質量分析法に基づく配列決定において、ＤＮＡ断片は、連鎖停止反応配列決定方法により生成され、断片は、マトリクス支援レーザー脱離イオン化法飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ）などの質量分析法により読み取られる。微小流体のＳａｎｇｅｒ配列決定方法において、ＤＮＡ断片の増幅及びそれらの分離は、単一のガラスウェーファ上で達成される。顕微鏡検査に基づく方法において、透過型電子顕微鏡ＤＮＡ配列決定などの電子顕微鏡法が、重い原子により標識化されるＤＮＡ塩基を視覚化するために使用される。ＲＮＡＰ配列決定方法は、ＲＮＡポリメラーゼが各ヌクレオチド塩基の転写中に生成する別個の動作を利用し、この動作に基づいて配列を生成する。ハイブリダイゼーションベースの配列は、対象のＤＮＡの単一の集まりが蛍光的に標識化され、既知の配列を含むアレイにハイブリダイズされる、ＤＮＡマイクロアレイを利用する。アレイ上の特定のスポットからの強力なハイブリダイゼーションシグナルは、対象のＤＮＡの配列の識別を可能にする。
【０１３７】
幾つかの例において、核酸配列を増幅するために増幅方法が使用される。例示的な増幅方法は、限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、自立した配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性の等温増幅（ＬＡＭＰ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、全ゲノム増幅、多置換増幅、鎖置換増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、ニッキング酵素増幅反応、組み換え型ポリメラーゼ増幅、逆転写ＰＣＲ、ライゲーション媒介性ＰＣＲ、又はメチル化に特異的なＰＣＲを含む。
【０１３８】
幾つかの例において、核酸配列を得るために使用される付加的な方法は、例えば、アレイベースの比較ゲノムハイブリダイゼーション、アレイを持つ一塩基変異多型（ＳＮＰ）の検出、サブテロメアの蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＳＴ−ＦＩＳＨ）（例えば、超顕微鏡的なコピー数の変形（ＣＮＶ）を検出するためのもの）、ＤＮＡマイクロアレイ、高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイ、全ゲノムＲＮＡ発現アレイ、ペプチドマイクロアレイ、酵素結合抗体免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ゲノム配列決定、新規の（ｄｅ  ｎｏｖｏ）配列決定、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＳＭＲＴ配列決定、Ｇｅｎｉａ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのナノ細孔単一分子ＤＮＡ配列決定、Ｏｘｆｏｒｄのナノ細孔単一分子ＤＮＡ配列決定、ポロニー配列決定、コピー数変形（ＣＮＶ）分析配列決定、小型ヌクレオチド多型性（ＳＮＰ）分析、免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）、免疫細胞化学（ＩＣＣ）、質量分析法、タンデム型質量分析、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法飛行時間質量分析法（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ）、インサイツハイブリダイゼーション、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色原体のインサイツハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、銀のインサイツハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ、定量的ＰＣＲ（Ｑ−ＰＣＲ）、単一マーカーｑＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ分析（Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ウェスタンブロット法、サザンブロット法、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、ゲル電気泳動法、及びノーザンブロット法を含む。
【０１３９】
＜維持療法＞
本明細書には、Ｂ細胞増殖性障害を患う被験体の維持療法の方法が例供される。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞増殖性障害は癌である。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、維持療法の方法は、初期治療期間、その後維持療法レジメンの間、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤により血液癌を処置する工程を含む。幾つかの実施形態において、維持療法の方法は、６か月以上の期間、例えば、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１３か月、１４か月、１５か月、１６か月、１７か月、１８か月、１９か月、２０か月、２１か月、２２か月、２３か月、２４か月、２５か月、２６か月、２７か月、２８か月、２９か月、３０か月、３１か月、３２か月、３３か月、３４か月、３５か月、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年以上の間、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤により血液癌を処置する工程を含む。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は野生型ＢＴＫのシステイン４８１に共有結合する。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の中から選択される。幾つ��の実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ３７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンの中から選択される。幾つかの実施形態において、不荷逆ＢＴＫ阻害剤はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである。
【０１４０】
幾つかの実施形態において、血液癌を患う患者における維持療法の方法が提供され、該方法は：（ａ）被験体に治療上有効な用量のＢＴＫ阻害剤を投与することを含む、維持療法レジメンを患者に施す工程；及び（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられるアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置における修飾を結果としてもたらすＰＬＣγ２をコード化する内因性遺伝子において被験体が変異を有するかどうかを判定するために、維持療法レジメンの期間にわたり予め定めた時間間隔で患者をモニタリングする工程を含む。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾はＲ７４２Ｐである。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾はＬ８４５Ｆである。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾はＤ１１４０Ｇである。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおける修飾は付加的な修飾を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、被験体がＰＬＣγ２及び付加的なポリペプチドにおける変異を有するかどうかを判定する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドは、ＢＣＲ経路に関連した遺伝子によりコード化されるポリペプチドである。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫである。幾つかの実施形態において、付加的な変異の結果、Ｃ４８１でアミノ酸置換を有する、修飾されたＢＴＫポリペプチドがもたらされる。幾つかの実施形態において、付加的な変異の結果、Ｃ４８１Ｆ、Ｃ４８１Ｓ、Ｃ４８１Ｙ、及びＣ４８１Ｒの中から選択されたアミノ酸置換を有する、修飾されたＢＴＫポリペプチドがもたらされる。幾つかの実施形態において、付加的な変異の結果、Ｌ５２７でアミノ酸置換を有する、修飾されたＢＴＫポリペプチドがもたらされる。幾つかの実施形態において、付加的な変異の結果、Ｌ５２７Ｗであるアミノ酸置換を有する、修飾されたＢＴＫポリペプチドがもたらされる。幾つかの実施形態において、付加的な変異は遺伝子にあり、該遺伝子は、染色体１に位置するＴＰ５３、ｃ−ＭＹＣ、ＢＣＬ６、ＩＧＨＶ、ＣＤ３８、ＣＳＦ１、ＤＡＢ１、ＡＲＴＮ、ＣＯＬ８Ａ２、又はＬＤＬＲＡＰ１；染色体２に位置するＰＲＲ２１、ＮＤＵＦＡ１０、ＡＳＩＣ４、ＰＯＴＥＥ、又はＸＰＯ１；染色体３に位置するＲＡＢ６Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ７、又はＣＡＣＮＡ１Ｄ；染色体４に位置するＧＵＣＹ１Ｂ３、ＭＡＭＬ３、ＦＲＡＳ１、又はＥＶＣ２；染色体５に位置するＮＰＭ１、Ｇ３ＢＰ１、Ｈ２ＡＦＹ、ＨＥＡＴＲ７Ｂ２、又はＡＤＡＭＴＳ１２；染色体６に位置するＫＩＡＡ１２４４、ＥＮＰＰ１、ＮＫＡＩＮ２、ＲＥＶ３Ｌ、ＣＯＬ１２Ａ１、又はＩＲＦ４；染色体７に位置するＺＮＦ７７５、ＳＳＰＯ、ＺＮＦ７７７、又はＡＢＣＡ１３；染色体８に位置するＴＲＰＳ１；染色体９に位置するＵＡＰ１Ｌ１、ＡＧＰＡＴ２、ＳＮＡＰＣ４、ＲＡＬＧＰＳ１、又はＧＮＡＱ；染色体１０に位置するＰＩＫ３ＡＰ１、ＥＧＲ２、又はＮＲＰ１；染色体１１に位置するＫＲＴＡＰ５−９、ＣＡＰＮ１、又はＭＵＣ２；染色体１２に位置するＤＰＹ１９Ｌ２、ＫＲＴ７３、ＳＬＣ１１Ａ２、ＭＬＬ２、ＳＹＴ１０、又��ＯＶＯＳ２；染色体１３に位置するＴＲＰＣ４；染色体１４に位置するＳＬＣ８Ａ３；染色体１５に位置するＢＬＭ、ＤＩＳＰ２、又はＣ１５ｏｒｆ５５；染色体１６に位置するＭＭＰ２５又はＭＡＰＫ８ＩＰ３；染色体１７に位置するＬＬＧＬ２、ＫＲＴＡＰ９−３、ＴＲＡＦ４、ＣＥＮＰＶ、又はＴＰ５３；染色体１９に位置するＣＥＡＣＡＭ１８、ＳＰＩＢ、ＴＰＲＸ１、ＤＭＫＮ、ＬＳＭ４、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＣＣＤＣ１５１、ＬＯＮＰ１、又はＳＴＡＰ２；染色体２１に位置するＴＳＰＥＡＲ、ＫＣＮＪ１５、ＤＹＲＫ１Ａ、又はＩＦＮＡＲ１；染色体２２に位置するＳＬＣ５Ａ４又はＨＩＲＡ；或いは、染色体Ｘに位置するＢＴＫ、ＩＬ１３ＲＡ２、ＭＡＧＥＥ１、ＳＨＲＯＯＭ４、又はＮＹＸから選択される。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の変異を有している場合、維持療法レジメンを中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて変異を有していないが、ＰＬＣγ２ポリペプチドにおいて付加的な変異を有する及び／又は付加的なポリペプチドにおいて変異を有する場合、維持療法レジメンを中止する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有している場合、ＰＬＣγ２の阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおけるアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０にて少なくとも１つの修飾を持つ１以上の修飾を有する場合、ＬＹＮ、ＳＹＫ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋ、ＭＡＰＫ、ＭＥＫ、又はＮＦκＢの阻害剤を投与する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおける変異を有していない場合、維持療法レジメンを継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチドにおける変異を有していないが、付加的なポリペプチドにおいて変異を有する場合、維持療法レジメンを継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は更に、被験体がＰＬＣγ２ポリペプチド又は付加的なポリペプチドにおける変異を有していない場合、維持療法レジメンを継続する工程を含む。幾つかの実施形態において、付加的なポリペプチドはＢＴＫポリペプチドである。幾つかの実施形態において、予め定めた時間間隔は、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、７か月ごと、又は８か月ごとである。
【０１４１】
幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は、１日約１０ｍｇ乃至１日約２０００ｍｇ、１日約５０ｍｇ乃至１日約１５００ｍｇ、１日約１００ｍｇ乃至１日薬１０００ｍｇ、１日約２５０ｍｇ乃至１日約８５０ｍｇ、或いは１日約３００ｍｇ乃至１日約６００ｍｇの毎日の投与量で、投与される。幾つかの実施形態において、イブルチニブは、１日約１４０ｍｇ、１日４２０ｍｇ  １日５６０ｍｇ、又は１日８４０ｍｇの毎日の投与量で投与される。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ、ＰＣＩ４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１／ＣＣ−１０１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２６３／ＣＣ−２６３（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９２／ＣＣ−２９２（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＡＶＬ−２９１／ＣＣ−２９１（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、ＣＮＸ  ７７４（Ａｖｉｌａ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＭＳ−４８８５１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＢＭＳ−５０９７４４（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＣＧＩ−１７４６（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＧＩ−５６０（ＣＧＩ  Ｐｈａｒｍａ／Ｇｉｌｅａｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＴＡ−０５６、ＧＤＣ−０８３４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＨＹ−１１０６６（ＣＴＫ４Ｉ７８９１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２１、ＨＭＳ３２６５Ｇ２２、ＨＭＳ３２６５Ｈ２１、ＨＭＳ３２６５Ｈ２２、４３９５７４−６１−５、ＡＧ−Ｆ−５４９３０でもある）、ＯＮＯ−４０５９（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＯＮＯ−ＷＧ３７（Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ．，  Ｌｔｄ．）、ＰＬＳ−１２３（Ｐｅｋｉｎｇ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、ＲＮ４８６（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ）、ＨＭ７１２２４（Ｈａｎｍｉ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＬＦＭ−Ａ１３、ＢＧＢ−３１１１（Ｂｅｉｇｅｎｅ）、ＫＢＰ−７５３６（ＫＢＰ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＡＣＰ−１９６（Ａｃｅｒｔａ  Ｐｈａｒｍａ）、ＪＴＥ−０５１（Ｊａｐａｎ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｉｎｃ）、ＰＲＮ１００８（Ｐｒｉｎｃｉｐｉａ）、ＣＴＰ−７３０（Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、又はＧＤＣ−０８５３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の中から選択される。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は、イブルチニブ（ＰＣＩ−３２７６５）、ＰＣＩ−４５２９２、ＰＣＩ−４５４６６、ＡＶＬ−１０１、ＡＶＬ−２９１、ＡＶＬ−２９２、ＯＮＯ−ＷＧ３７、又は（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンの中から選択される。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤はイブルチニブである。幾つかの実施形態において、ＢＴＫ阻害剤は、（Ｒ）−６−アミノ−９−（１−ｂｕｔ−２−イノイルピロリジン−３−イル）−７−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−プリン−８（９Ｈ）−オンである。
【０１４２】
幾つかの実施形態において、被験体は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのＲ７４２、Ｌ８４５、Ｄ１１４０における修飾を結果としてもたらすＰＬＣγ２をコード化する内因性遺伝子における変異を被験体が獲得したかどうかを判定するために、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、７か月ごと、８か月ごと、９か月ごと、１０か月ごと、１１か月ごと、又は毎年モニタリングされる。
【０１４３】
幾つかの実施形態において、被験体は高リスクの細胞遺伝学的特徴を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、１２トリソミー、ｄｅｌ（１１ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１３ｑ１４．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、ｔ（１１；１４）（ｑ１３；ｑ３２）、ｔ（１４；１９）（ｑ３２；ｑ１３）、又はｔ（２；１４）（ｐ１３；ｑ３２）から選択される細胞遺伝学的異常を患う。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はｄｅｌ（１１ｑ２２．３）を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体はｄｅｌ（１７ｐ１３．１）を有する。幾つかの実施形態において、高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ被験体は複雑な核型を有する。
【０１４４】
幾つかの実施形態において、被験体は癌を患っている。幾つかの実施形態において、癌は血液癌である。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、癌は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の中から選択される。幾つかの実施形態において、血液癌はＢ細胞悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）、胚中心びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＧＣＢ  ＤＬＢＣＬ）、二重適合びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＨ−ＤＬＢＣＬ）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、前駆Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、有毛細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫／ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、又はリンパ腫様肉芽腫症である。幾つかの実施形態において、被験体は固形腫瘍を患っている。幾つかの実施形態において、Ｂ細胞悪性腫瘍は慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）である。
【０１４５】
幾つかの実施形態において、維持療法は投与の複数のサイクルを含む。幾つかの実施形態において、投与のサイクルは、１か月、２か月、３か月、４か月、６か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月以上である。幾つかの実施形態において、投与のサイクルは、サイクルにわたる不可逆ＢＴＫ阻害剤の単一の治療上の投与量の投与を含む。幾つかの実施形態において、投与のサイクルは、サイクルにわたる不可逆ＢＴＫ阻害剤の２以上の異なる投与量を含む。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は、連続的なサイクルにわたって異なる。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は、連続的なサイクルにわたって増加する。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は、連続的なサイクルにわたって同じである。
【０１４６】
幾つかの実施形態において、維持療法は、不可逆ＢＴＫ阻害剤の毎日の投与量の投与を含む。幾つかの実施形態において、投与される不可逆ＢＴＫ阻害剤の毎日の投与量は、１日１０ｍｇ乃至１日約２０００ｍｇ又は１日約１０ｍｇ乃至１日約２０００ｍｇ、例えば１日約５０ｍｇ乃至１日約１５００ｍｇ、例えば１日約１００ｍｇ乃至１日約１０００ｍｇ、例えば１日約２５０ｍｇ乃至１日約８５０ｍｇ、例えば１日約３００ｍｇ乃至１日約６００ｍｇなどである。特定の実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の維持量は、１日約８４０ｍｇである。不可逆阻害剤がイブルチニブである特定の実施形態において、維持量は１日約８４０ｍｇのイブルチニブである。特手の実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の維持量は、１日約５６０ｍｇである。不可逆阻害剤がイブルチニブである特定の実施形態において、維持量は１日約５６０ｍｇのイブルチニブである。特定の実施形態において、維持量は１日約４２０ｍｇである。不可逆阻害剤がイブルチニブである特定の実施形態において、維持量は１日約４２０ｍｇのイブルチニブである。特定の実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の維持量は、１日約１４０ｍｇである。不可逆阻害剤がイブルチニブである特定の実施形態において、維持量は１日約１４０ｍｇのイブルチニブである。
【０１４７】
幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は、１日１回、１日２回、１日３回、又はより頻繁に投与される。特定の実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤は１日１回投与される。幾つかの実施形態において、イブルチニブである不可逆ＢＴＫ阻害剤は、１日１回、１日２回、１日３回、又はより頻繁に投与される。特定の実施形態において、イブルチニブである不可逆ＢＴＫ阻害剤は１日１回投与される。
【０１４８】
幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は経時的に増量される。幾つかの実施形態において、イブルチニブである不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は経時的に増量される。幾つかの実施形態において、不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は、予め定めた期間にわたり、１．２５ｍｇ／ｋｇ／日乃至１２．５ｍｇ／ｋｇ／日又は約１．２５ｍｇ／ｋｇ／日乃至約１２．５ｍｇ／ｋｇ／日にまで増量される。幾つかの実施形態において、イブルチニブである不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与量は、予め定めた期間にわたり、１．２５ｍｇ／ｋｇ／日乃至１２．５ｍｇ／ｋｇ／日又は約１．２５ｍｇ／ｋｇ／日乃至約１２．５ｍｇ／ｋｇ／日にまで増量される。幾つかの実施形態において、予め定めた期間は、１か月以上、２か月以上、３か月以上、４か月以上、５か月以上、６か月以上、７か月以上、８か月以上、９か月以上、１０か月以上、１１か月以上、１２か月以上、１８か月以上、２４か月以上である。
【０１４９】
幾つかの実施形態において、投与のサイクルは、付加的な治療剤と組み合わせた不可逆ＢＴＫ阻害剤の投与を含む。幾つかの実施形態において、付加的な治療剤は、不可逆ＢＴＫ阻害剤と同時に、連続して、又は断続的に投与される。幾つかの実施形態において、付加的な治療剤は抗癌剤である。幾つかの実施形態において、付加的な治療剤は、白血病、リンパ腫、又は骨髄腫の処置のための抗癌剤である。共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤と組み合わせた投与のための例示的な抗癌剤は、本明細書の他の場所で提供される。特定の実施形態において、抗癌剤は抗ＣＤ２０抗体（例えばリツキサン）である。特定の実施形態において、抗癌剤はベンダムスチンである。幾つかの実施形態において、付加的な抗癌剤は可逆的ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、付加的な抗癌剤は、ＢＴＫへの結合のためにシステイン４８１に依存しない可逆的ＢＴＫ阻害剤である。幾つかの実施形態において、付加的な抗癌剤はダサチニブである。
【０１５０】
＜変異体ＰＬＣγ２と相互に作用する分子の識別＞
本明細書には、修飾されたＰＬＣγ２を阻害する化合物をスクリーニングする方法が提供され、該方法は：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２において述べられたアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置で修飾される、修飾されたＰＬＣγ２を提供する工程；（ｂ）試験化合物に修飾されたＰＬＣγ２を接触させる工程；及び（ｃ）ＰＬＣγ２活性のレベルを検出する工程を含み、ここで、活性の減少は、化合物が修飾されたＰＬＣγ２を阻害することを示す。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドの位置７４２、８４５、又は１１４０における、アミノ酸の置換、付加、又は欠失である。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２活性のレベルの検出は、インビトロのアッセイ（例えば、カルシウム流出アッセイ、共局在アッセイ、又はキナーゼアッセイ）によりが評価される。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２活性のレベルの検出は細胞内のカルシウムのレベルの測定により評価される。幾つかの実施形態において、細胞は、Ｂリンパ球、単核細胞、又はマクロファージである。幾つかの実施形態において、細胞は、リンパ腫、白血病、又は骨髄腫の細胞株などの癌細胞株である。幾つかの実施形態において、細胞株は、ＭＣＬ、ＤＢＣＬ、又は濾胞性リンパ腫の細胞株である。幾つかの実施形態において、細胞株は、ＤＴ４０  ＢＴＫノックアウト細胞株などのＢＴＫノックアウトＢリンパ腫細胞株である。幾つかの実施形態において、特定のＰＬＣγ２標的のレベルと位置を検出するために、抗体が使用される。幾つかの実施形態において、細胞は、試験化合物への曝露の前、間、又は後に、ＢＣＲシグナル経路を活性化するために最初に刺激される。幾つかの実施形態において、細胞は、試験化合物への曝露の前、間、又は後に、ＢＣＲシグナル経路を活性化するために抗ＩｇＭ又は抗ＩｇＧにより最初に刺激される。
【０１５１】
幾つかの実施形態において、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸によりトランスフェクトされ、且つＰＬＣγ２活性がモニタリングされ得る宿主細胞株が、前記方法において使用される。幾つかの実施形態において、宿主細胞は、野生型ＰＬＣγ２を発現しない。幾つかの実施形態において、宿主細胞は、内因性の野生型ＰＬＣγ２の発現には不完全である。幾つかの実施形態において、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドを発現する宿主細胞は、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドを安定して発現させる。幾つかの実施形態において、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸は細胞のゲノムに統合される。
【０１５２】
幾つかの実施形態において、宿主細胞は、ニワトリＤＴ４０  ＢＴＫ−／−Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は非Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は哺乳動物非Ｂ細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は２９３細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は非哺乳動物細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は、昆虫細胞、細菌細胞、酵母細胞、又は植物細胞である。
【０１５３】
ＢＴＫ阻害のための細胞機能的アッセイは、候補の阻害剤化合物の様々な濃度の存在の有無にかかわらず、細胞株におけるＢＴＫ媒介経路の刺激に応じて、１以上の細胞のエンドポイントを測定する工程を含む。ＢＣＲ活性化に対する反応を判定するのに有用なエンドポイントは、例えばＩＰ２のＩＰ３への阻害又は細胞質カルシウム流出を含む。
【０１５４】
幾つかの実施形態において、下流の転写標的アッセイが、試験化合物の有無にかかわらずＢＴＫ活性を判定するために利用される。幾つかの実施形態において、下流の転写標的アッセイはＮＦ−κＢベースのアッセイである。幾つかの例において、レポータータンパク質をコード化する遺伝子は、ＢＣＲ経路のシグナル伝達に感受性があり、且つＢＴＫが阻害される際に阻害される、ＮＦ−κＢ反応プロモータに操作自在に連結される。幾つかの実施形態において、レポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、蛍光タンパク質、生物発光タンパク質、又は酵素の中から選択されたタンパク質をコード化する。幾つかの実施形態において、アッセイは、レポーター及び変異体ＢＴＫを含む宿主細胞を含む。試験化合物の有無にかかわらず遺伝子発現のレベルの検出は、試験化合物が変異体ＢＴＫの存在下でＢＣＲ経路を阻害するかどうかを示す。幾つかの実施形態において、試験化合物は変異体ＰＬＣγ２を直接阻害する。
【０１５５】
多くの細胞の生化学的アッセイ（例えばキナーゼアッセイ）と、細胞の機能的アッセイ（例えばカルシウム流出）のための高スループットアッセイは、当業者に周知である。加えて、高スループット・スクリーニング・システムは、市販で入手可能である（例えば  Ｚｙｍａｒｋ  Ｃｏｒｐ．，  Ｈｏｐｋｉｎｔｏｎ，  ＭＡ；  Ａｉｒ  Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ，  Ｍｅｎｔｏｒ，  ＯＨ；  Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，  Ｉｎｃ．  Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ，  ＣＡ；  Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｎａｔｉｃｋ，  ＭＡ等を参照）。このようなシステムは典型的に、アッセイに適切な検出器において、サンプルと試薬のピペッティング、液体分配、時限のインキュベーション、及びマイクロプレートの最終的な読み取りを含む全体の手順を自動化する。それにより自動システムは、過度の労力を必要とすることなく、多数のＢＴＫ阻害剤の化合物の識別及び特徴付けを可能にする。
【０１５６】
幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２活性のレベルの検出はインビボのアッセイにより評価される。幾つかの実施形態において、ＰＬＣγ２活性のレベルの検出は動物モデルにおいて評価される。幾つかの実施形態において、動物モデルは白血病のマウスモデルである。そのような動物モデルは当該技術分野で周知であり、例えば、ＡＭＬ及びＣＬＬのマウスモデルを含む（参照、Ｚｕｂｅｒ，  （２００９）  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ２３（７）：８７７−８９及びＰｅｋａｒｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００７）  Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  １００（５）：１１０９−１８を参照）。幾つかの実施形態において、動物モデルは、Ｒ７４２、Ｌ８４５、又はＤ１１４０にて修飾される、修飾されたＰＬＣγ２を発現するトランスジェニック動物である。幾つかの実施形態において、試験化合物は、Ｒ７４２、Ｌ８４５、又はＤ１１４０にて修飾される、修飾されたＰＬＣγ２を発現するトランスジェニック動物に投与され、ＰＬＣγ２の活性は、本明細書に記載される１以上のアッセイにより評価される。幾つかの実施形態において、アッセイは、試験化合物を投与され且つ対照と比較されるトランスジェニック動物から単離された変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドと共に実行される。幾つかの実施形態において、１以上のＢＴＫ標的のリン酸化、転位、又はカルシウム流出のレベルは、試験化合物を投与され且つ対照と比較されるトランスジェニック動物からのＢ細胞サンプルにおいて評価される。幾つかの実施形態において、対照は、試験化合物を投与されない動物からのサンプルである。幾つかの実施形態において、対照は、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤を投与される動物からのサンプルである。
【０１５７】
＜キット及び製造品＞
本明細書に記載される診断及び治療の用途における使用のために、キット及び製造品も本明細書に記載される。このようなキットは、バイアルやチューブなどの１以上の容器を受けるように仕切られるキャリヤ、パッケージ、又は容器であり、容器の各々は、本明細書に記載される方法に使用される別個の要素の１つを含む。適切な容器は、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、及び試験管を含む。容器は、例えば、ガラス又はプラスチックなどの任意の許容可能な材料から形成される。
【０１５８】
本明細書には、特定の実施形態において、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドの検出のための１以上の試薬を含むキットが記載される。幾つかの実施形態において、キットは、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、又はＤ１１４０Ｇである修飾を有する変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを含むマイクロチップを含む。
【０１５９】
本明細書には、特定の実施形態において、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を含む、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸の検出のための１以上の試薬を含むキットが記載される。幾つかの実施形態において、キットは、Ｒ７４２Ｐ、Ｌ８４５Ｆ、又はＤ１１４０Ｇである修飾を有する変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドコード化する核酸を含むマイクロチップを含む。
【０１６０】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供されるキットは、被験体における修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸の検出、又は被験体における修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドの検出のために使用される。幾つかの実施形態において、本明細書で提供されるキットは、１以上の共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤によるコンパニオン診断として使用するためのものである。幾つかの実施形態において、キットは、ＰＬＣγ２阻害剤による処置のための患者の選択、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤に対して耐性がある又は耐性を持つようになる可能性があるものとしての被験体の識別、共有結合性及び／又は不可逆ＢＴＫ阻害剤に対する耐性の発達のモニタリング、又はそれらの組み合わせのために利用される。本明細書で提供されるキットは、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸の検出、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドの検出、被験体の細胞におけるＰＬＣγ２活性の検出、インビトロ又はインビボでのＰＬＣγ２活性の検出、或いはそれらの組み合わせのための１以上の試薬を含む。例示的な試薬は、限定されないが、オリゴヌクレオチド、ＰＣＲ試薬、バッファー、抗体、キナーゼ活性を判定するためのＢＴＫ基質、酵素染色法のための基質、色素原（ｃｈｒｏｍａｇｅｎｓ）、又は、スライド、容器、マイクロリットルプレートなどの他の材料、及び随意に前記方法を実行するための指示を含む。当業者は、様々な材料を接触させるために使用され得る、多くの他の多くの可能な容器、プレート、及び試薬を認識することになる。キットはまた、例えば、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチド、又は本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸などの、核酸又はタンパク質といった対照サンプルを含み得る。幾つかの実施形態において、キットは、変異体ＰＬＣγ２発現の検出のための１以上のセットのオリゴヌクレオチドプライマーを含む。
【０１６１】
幾つかの実施形態において、容器は、随意に本明細書に開示されるような組成物又は別の薬剤との組み合わせにおいて、本明細書に記載される方法により識別されるＰＬＣγ２の１以上の阻害剤を含み得る。容器は随意に、投与のための、シリンジ、針、投薬カップ、又はバイアルなどの材料を有する。このようなキットは、本明細書に記載される方法での使用に関する、識別（ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ）解説書、又はラベル、或いは説明書と共に、化合物を随意に含む。
【０１６２】
幾つかの実施形態において、キットは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ；２において述べられるアミノ酸配列のアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０に対応するアミノ酸位置において修飾を含むＰＬＣγ２活性を有する、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド又はその変異体を含む。幾つかの実施形態において、キットは、本明細書で提供される修飾されたＢＴＫポリペプチドをコード化する単離された核酸、又は、そのような核酸を含むベクターを含む。
【０１６３】
幾つかの実施形態において、キットは、本明細書で提供される修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチド、又は本明細書で提供される修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸を含む、マイクロチップを含む。幾つかの実施形態において、修飾は、ＰＬＣγ２ポリペプチドのアミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０での置換である。
【０１６４】
＜核酸及びポリペプチドの産生＞
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子は、標準の組み換え方法により生成される。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子は、ゲノムＤＮＡからの変異体ＰＬＣγ２配列の増幅により生成される。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子は、ＰＬＣγ２配列に特異的なプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応により生成される。
【０１６５】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子は、発現ベクターに挿入され、宿主細胞又は非細胞抽出物において発現される。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する、単離された核酸分子は、細胞又は非細胞抽出物におけるコード化ポリペプチドの発現のためのプロモータに効果的に連結される。幾つかの実施形態において、プロモータは構成型プロモータである。幾つかの実施形態において、プロモータは誘導プロモータである。
【０１６６】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する核酸分子は、細胞に対して「外因性」であり、それは、ベクターが導入されている細胞に対して外来性であり、又は、前記配列が、細胞におけるが、配列が通常見出されない宿主細胞の核酸内の位置における配列に相同する、ということを意味する。ベクターは、プラスミド、コスミド、ウィルス（バクテリオファージ、動物ウィルス、及び植物ウィルス）、並びに人工染色体（例えばＹＡＣ）を含む。当業者は、共に参照により本明細書に組み込まれるＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９及びＡｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６に記載される、標準の組み換え技術を介してベクターを構築する能力を十分に備えている。
【０１６７】
細胞におけるタンパク質の発現のための方法は当該技術分野で周知であり、例えば、動物及び植物細胞などの細胞における発現を含む。本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの発現のための例示的な動物細胞は、限定されないが、細菌、酵母菌、昆虫細胞、両生類、及び哺乳動物細胞、例えばヒト、霊長類、げっ歯類、ウシ、及びヒツジの細胞を含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２をコード化する核酸は宿主細胞のゲノムに統合される。
【０１６８】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの発現のための方法は、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドが細胞により生成されるように、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドをコード化する発現ベクターを含む宿主細胞を培養する工程を含む。幾つかの方法において、変異体ポリペプチドをコード化する核酸は、シグナル配列が変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドとの融合ペプチドとして発現されるように、シグナル配列をコード化する核酸に接続される。幾つかの実施形態において、シグナル配列は、宿主細胞による変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの分泌を可能にする。
【０１６９】
幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、変異体ポリペプチドを発現する宿主細胞から単離される。幾つかの実施形態において、抽出物は宿主細胞から調製され、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、限定されないがクロマトグラフィー、又はＰＬＣγ２ポリペプチドに特異的であるか或いは特に変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドに特異的である抗体との免疫親和性などの精製法により、単離される。
【０１７０】
＜抗体＞
本明細書には、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドに結合する、単離された抗体が提供される。幾つかの実施形態において、抗体は、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドに結合しない、又はそれに低親和性で結合する。幾つかの実施形態において、修飾されたＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０において修飾を有する。
【０１７１】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを特異的に認識するが、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドを認識しない抗体を使用して検出される。幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドは、アミノ酸位置７４２、８４５、又は１１４０においてフェニルアラニンを有する変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを特異的に認識するが、野生型ＰＬＣγ２ポリペプチドを認識しない抗体を使用して、検出される。幾つかの実施形態において、抗体は、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの１以上の対立形質に対して増加される（ｒａｉｓｅｄ）。ペプチド又はタンパク質上のエピトープを特異的に認識する抗体を誘発するための抗原として特異的なタンパク質又はオリゴペプチドを使用するための技術は、周知である。１つの実施形態において、標的遺伝子の所望の対立形質のＤＮＡ配列は、適切な発現ベクターへの挿入によりクローン化され、原核生物又は真核生物の宿主細胞においてタンパク質に翻訳される。タンパク質は回収され、特異抗体の産生を誘発するために抗原として使用される。別の実施形態において、標的遺伝子の所望の対立形質のＤＮＡは、ＰＣＲ技術により増幅され、その後、特異抗体の産生を誘発するために抗原として使用されるタンパク質にインビトロで翻訳される。別の実施形態において、代替的な対立遺伝子のＤＮＡ配列は、特異抗体の産生を誘発するための抗原として使用するための対立遺伝子のアミノ酸配列を表わす、合成ペプチドの生成を基礎として使用される。
【０１７２】
幾つかの実施形態において、抗体は、標準のモノクローナル抗体技術により生成され、又は、組み換えに基づく発現システムを通じて生成される。通常、Ａｂｂａｓ，  Ｌｉｃｈｔｍａｎ，  ａｎｄ  Ｐｏｂｅｒ，  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  Ｗ．  Ｂ．  Ｓａｕｎｄｅｒｓ  Ｃｏ．  （１９９１）を参照。用語「抗体」は、抗原に特異的に結合することができる、Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）２などの抗体断片又は誘導体と同様に、無傷の抗体分子も含むことが意図される。そのように産生された抗体は、抗体を作成するための光源として使用された対立形質において産生された変異体タンパク質にのみ優先的に結合する。対立遺伝子に特異的な抗体を生成する方法も、米国特許第６，２００，７５４号及び米国特許第６，０５４，２７３号に記載され、その全体の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１７３】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される抗体はヒト化抗体である。「ヒト化抗体」は、非ヒトドナーの免疫グロブリンに由来するＣＤＲを持つ一種の設計された抗体を指し、分子の残りの免疫グロブリン由来の部分は、１以上のヒト免疫グロブリンに由来する。幾つかの実施形態において、フレームワークサポート残基（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｓｕｐｐｏｒｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ）は、結合親和性を保存するために変更される（例えば、Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ，  ８６：１００２９−１００３２  （１９８９），  Ｈｏｄｇｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  ９：４２１  （１９９１）を参照）。幾つかの実施形態において、適切なヒトアクセプター抗体は、ドナー抗体のヌクレオチド及びアミノ酸配列に対する同族性により、従来のデータベース、例えば、ＫＡＢＡＴ（登録商標）のデータベース、Ｌｏｓ  Ａｌａｍｏｓのデータベース、及びＳｗｉｓｓ  Ｐｒｏｔｅｉｎのデータベースから選択された抗体である。幾つかの実施形態において、（アミノ酸に基づき）ドナー抗体のフレームワーク領域に対する同族性により特徴付けられたヒト化抗体は、ドナーＣＤＲの挿入のために重鎖定常領域及び／又は二重鎖可変フレームワーク領域を提供するのに適切である。幾つかの実施形態において、軽鎖定常領域又は可変フレームワーク領域を提供することができる適切なアクセプター抗体は、同様の方式で選択される。幾つかの実施形態において、アクセプター抗体の重鎖及び軽鎖は、同じアクセプター抗体から生じる。幾つかの実施形態において、アクセプター抗体の重鎖及び軽鎖は、異なるアクセプター抗体から生じる。先行技術は、そのようなヒト化抗体を生成する様々な方法を記載しており、例えば、ＥＰ−Ａ−０２３９４００及びＥＰ−Ａ−０５４９５１を参照。
【０１７４】
幾つかの実施形態において、本明細書で提供される変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドに特異的な抗体は、当該技術分野で既知の技術を使用して、サンプル、例えばアッセイサンプル、細胞サンプル、細胞抽出物、生物サンプル、又は患者サンプルにおける本明細書で提供された変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドの存在を検出するために使用される。このような技術は例えば、ウェスタンブロット、免疫組織化学的検査、間接免疫蛍光法、及び抗体マイクロアレイを含む。幾つかの実施形態において、変異体ＰＬＣγ２ポリペプチドを特異的に認識する抗体はＰＬＣγ２の阻害剤である。
【実施例】
【０１７５】
このような実施例は、例示目的のためのみに提供され、本明細書で提供される請求項の範囲を制限しない。
【０１７６】
＜実施例１：ＤＮＡ構築物及び細胞培養ＰＬＣγ２変異体の細胞株＞
ｐＲｅｔｒｏ−Ｘ  Ｔｅｔ−Ｏｎ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｍｏｕｎｔａｉｎｖｉｅｗ，ＣＡ）又はｐＢＡＢＥのベクターを使用して、レトロウィルス感染を介して導入されたＰＬＣγ２のＤＮＡ構築物を生成した。Ｒ６６５Ｗ又はＬ８４５Ｆの変異ＰＬＣγ２を、部位特異的突然変異誘発により導き出す（ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ  ＩＩ，  Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ−Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，  ＣＡ）。両方の構成物はピューロマイシン選択マーカーを有している。野生型又は変異体ＰＬＣγ２の発現を、ｐＲｅｔｒｏ−Ｘ  ｔｅｔ−ＯｎにおけるＣＭＶ又はｐＢＡＢＥベクターにおけるＳＶ４０プロモータの何れかのプロモータにより、制御した。ペニシリン／ストレプトマイシン抗生物質を加えた２ｍＭのＬ−グルタミン及び１０％のウシ胎仔血清を備えたＲＰＭＩ  １６４０（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，  ＮＹ）の中で細胞を維持した。安定的に感染された細胞を選択し、細胞培養培地にピューロマイシン（１．０μｇ／ｍＬ）を加えることにより維持した。
【０１７７】
＜初期のＣＬＬ細胞＞
初期のＣＬＬ細胞実験のために、Ｆｉｃｏｌｌ密度勾配遠心分離を使用して末梢血単核細胞を得た。Ｂ細胞は特異的に選択されなかったが、血液獲得の時間に、臨床的なフローサイトメトリーが合計の血液リンパ球のパーセンテージとして８５−９８％のＢ細胞を示した。
【０１７８】
＜実施例２：方法＞
＜ＤＮＡ配列決定＞
施設内治験審査委員会に承認されたイブルチニブの試験に登録された患者から血液を得た。ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、血中単核細胞から腫瘍ＤＮＡを単離した。Ａｇｉｌｅｎｔ  ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ  Ｈｕｍａｎ  Ａｌｌ  Ｅｘｏｎ  Ｖ４及びＩｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ２０００の技術を使用したサンプル調製及び全エキソーム配列決定を、Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（Ｄｕｒｈａｍ，ＮＣ）により実行した。
【０１７９】
＜データ分析ワークフロー＞
ＶａｒＳｃａｎ  ２．３．６及びＢｉｏＣｏｎｄｕｃｔｏｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ＤＮＡｃｏｐｙを使用して、エキソーム配列のデータのコピー数分析を行った。初期及び再発のサンプルの配列の位置合わせのファイルを対としてＶａｒＳｃａｎに提供した。独特にマッピングされた読み取りの比率を、初期サンプルと再発サンプルとの間の潜在的なバイアスを補正するために提供した。ＶａｒＳｃａｎは、潜在的なコピー数の変更により再発の特異的な候補領域を生成した。コピー数の変更により一体になった領域を識別するための環状バイナリ分節化（ｃｉｒｃｕｌａｒ  ｂｉｎａｒｙ  ｓｅｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ）（ＣＢＳ）のアルゴリズムを適用するために、ＤＮＡｃｏｐｙライブラリを使用した。これにより、染色体領域、及び被覆率の再発対初期の対数２の比率のリストが作成された。０．５９のカットオフは対数２の比率の絶対値に適用され、少なくともコピーの獲得又は損失を示唆する。コピー数の変更により影響を受けた遺伝子を識別するために、ＲｅｆＧｅｎｅのアノテーション上でＢｅｄｔｏｏｌｓの交差機能を使用した。
【０１８０】
図２は、エキソーム配列分析のパイプラインのフローチャートを示す。配列決定の読み取りを、ＢＷＡ（ｖ０．７．５）によりヒト参照ゲノム（１０００のＧｅｎｏｍｅｓ  Ｐｒｏｊｅｃｔのヒトアセンブリ／ＧＲＣｈ３７）に位置合わせした。潜在的なＰＣＲ／光学的複製をＰｉｃａｒｄ（ｖ１．９４，ｐｉｃａｒｄ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ）で印をつけた後、インデルの周囲の局所での再位置合わせをＧｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌｋｉｔ（ＧＡＴＫ  ｖ２．８．１）で実行し、再発に特異的な単点での変異及びインデルを、ＭｕＴｅｃｔ（ｖ１．１．４）及びＧＡＴＫ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｉｎｄｅｌ検出器によりそれぞれ検出した。ｄｂＳＮＰ（ｂｕｉｌｄ１３７）において以前に報告された変異体を除去した後、変異体をアノテートし、その潜在的な変異効果をＳｎｐＥｆｆ（ｖ３．４）により予測した。最終的に、新しく獲得した再発に特異的な高品質の非同義変異を、Ｓａｎｇｅｒ又はＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ配列決定により確認した。
【０１８１】
＜Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ分析＞
ＱＩＡｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ；Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、凍結保存細胞からＤＮＡを抽出した。Ｌｉｆｅ  ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔプラットフォーム（Ｃａｒｌｓｂａｄ，  ＣＡ）を使用してＰＬＣγ２遺伝子を分析した。遺伝子とＩｏｎＥｘｐｒｅｓｓバーコードアダプター（ｋｉｔ＃４４７１２５０）の両方のために全体のコード配列、イントロン性スプライスアクセプター、及びドナー部位を覆う、ＡｍｐｌｉＳｅｑプライマーのカスタム設計されたパネルを備えた、Ｉｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑ  Ｌｉｂｒａｒｙキット２．０（４４７５３４５）により、ライブラリを調製した。ＤＮＡを、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓからのＧｅｎｅＡｍｐ  ＯＣＲシステムの９７００  Ｄｕａｌ  ９６ウェルのサーマルサイクラー上で増幅した。ＰＣＲ生成物を、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰキット（Ａ６３８８１  Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ，  Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，  Ｉｎｄｉａｎａ）で精製した。器具上のＩｏｎ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ＴＡＱＭＡＮ  Ｑｕａｎｔｉｔｉａｔｉｏｎキット４４６８８０２２（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＶｉｉＡ７  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ）を持つリアルタイムＰＣＲを使用してライブラリを定量化し、Ｉｏｎ  Ｏｎｅ  Ｔｏｕｃｈ  ２００Ｔｅｍｐｌａｔｅ  Ｋｉｔ  ｖ２ＤＬ（４４８０２８５）を持つＯｎｅ  Ｔｏｕｃｈ  ＤＬバージョンの器具上でのテンプレート調製のためのライブラリの最適な最終的な希釈を可能にする。ＩＳＰの濃縮及び精製を、Ｏｎｅ  Ｔｏｕｃｈ  ２００Ｔｅｍｐｌａｔｅキットｖ２ＤＬ（４４８０２８５）を使用するＯｎｅ  Ｔｏｕｃｈ  ＥＳの上で実行した。精製されたＩＳＰを、ＩｏｎＰＧＭ  ２００  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇキット（４４７４００４）及び３１６ｃｈｉｐｓ  （４４６６６１６）を使用するＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍａｃｈｉｎｅの上で分析した。データを集め、Ｔｏｒｒｅｎｔ  Ｓｕｉｔｅ  ３．６．２を備えたＴｏｒｒｅｎｔ  Ｓｅｒｖｅｒ  （４４６２６１６）を使用して分析した。配列データの最終分析を、以下のソフトウェア：Ｖａｒｉａｎｔ  Ｃａｌｌｅｒ  ｖ．３．６．６３３３５、ＩｏｎＴｏｒｒｅｎｔ  ＩＧＶ３．６．０３３、及びＩｏｎＲｅｐｏｒｔｅｒＵｐｌｏａｄｅｒ  ｖ．３．６．２−ｒ６２８３４の組み合わせを使用して行った。以下の参照配列を分析に使用した；ＰＬＣＧ２  ＮＭ００２６６１．３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）。このようなプログラムを用いて配列の全長を手作業で確認し、参照配列からの偏差を評価し、そして配列の性質と被覆率の深さを評価した
【０１８２】
＜Ｐｈｏｓｐｈｏｆｌｏｗ及び免疫ブロットのアッセイ＞
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を示された発現構築物により一時的にトランスフェクトし、１時間イブルチニブで処置し、そしてパラホルムアルデヒドで固定し、又は新鮮培地の中で洗浄してから固定した細胞を透過性にし、染色して、ＢＤ  ＦＡＣＳ  Ｃａｎｔｏ  ＩＩの上で分析した。
【０１８３】
免疫ブロットのために、全体の細胞溶解物を調製し、等量のタンパク質をポリアクリルアミドゲル上で分離して、ニトロセルロース膜上に転写した。抗体インキュベーションの後、タンパク質を化学発光基質（ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ；Ｐｉｅｒｃｅ）により検出した。ホスホ−ＢＴＫ（Ｔｙｒ２２３）、ホスホ−ＡＫＴ（Ｓｅｒ４７３）、ＡＫＴ、ＥＲＫ１／２、ホスホ−ＰＬＣγ２（Ｔｙｒ７５９；Ｔｙｒ１２１７）に対する抗体を、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｄａｎｖｅｒｓ，  ＭＡ）から得た。Ｐｈｏｓｐｈｏ−Ｅｒｋ（Ｔｈｒ２０２／Ｔｙｒ２０４）及び合計のＰＬＣγ２を、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ又はＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，  ＣＡ）から得た。チューブリンをＡｂｃａｍから得て、アクチンをＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから得た。
【０１８４】
＜カルシウム流出アッセイ＞
野生型又は変異したＰＬＣγ２の何れかを安定して発現するＤＴ４０細胞を、３０分間３７℃で、ＤＭＳＯ又は１μＭのイブルチニブで処置した。細胞内カルシウム濃度をＣａｌｃｉｕｍ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  ＣＡ）により検出し、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  ＤＴＸ８８０のマイクロプレートリーダにより測定した。ベースラインを判定するための獲得の１９５秒後、３μｇ／ｍｌの抗ニワトリＩｇＭ（ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｉｏｔｅｃｈ，  Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，  ＡＬ）を加えて、細胞を刺激した。
【０１８５】
＜統計的方法＞
固定され且つ無作為な効果を備えた線形混合モデルを、異なる実験の全データのモデルを作るために使用した。自己リン酸化が変異した細胞対野生型細胞において阻害されたかどうか、及び、この阻害がイブルチニブ又はダサチニブによる処置の下で異なっていたかどうかを判定するように設計された実験において、対象の各濃度での相互作用の対比を、このような対比に関連した無作為な効果を含む阻害的な仮説を直接試験するために使用した。経時的なカルシウム流入及びその後の刺激が、イブルチニブ又は対照ビヒクルで処置される変異細胞株において異なっていたかどうかを試験する実験において、モデルは固定された効果として処置と時間に適合し、各条件及び複製のための無作為な妨害と勾配を可能にした。刺激の効果が観察された時点からのデータのみが含まれていた（即ち、時間＞３９秒）。統計的有意差をα＝．０５．で明言した。全ての解析をＳＡＳ  ９．３（ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，  Ｃａｒｙ  ＮＣ）を使用して実行した。
【０１８６】
＜実施例３：全体のエキソーム配列決定が、ＢＴＫ及びＰＬＣγ２における変異を示す＞
末梢血サンプルは、ベースライン及び再発の時間で進行性ＣＬＬを患う患者から利用可能となった。全体のエキソーム配列決定（ＷＥＳ）を各サンプル上で実行した。図１と表１は、一致したサンプルを持つ患者において再発時に識別される、臨床的特徴及び新規な変異を示す。表２は位置合わせの統計を示す。平均９９００万の読み取りが各サンプルのために生成された。９８％が参照ゲノムにマッピングされた一方で、それらの平均７８％が独特な染色体の位置にマッピングされ、更なる分析に使用された。これらの読み取りは、エキソン領域の約６０倍の被覆率をもたらす。コピー数分析を実行し、識別された変異体が潜在的なコピー数の変更の結果ではないことを確認した（表３、図３）。全ての患者は、ｄｅｌ（ｑ２２．３）、ｄｅｌ（１７ｐ１３．１）、又は複雑な核型を含む高リスクの細胞遺伝学的特徴を持つ。試験された患者集団において、再発性サンプルは、位置８４５においてロイシンからフェニルアラニンへの変異を含む、異なるＰＬＣγ２変異を示した（Ｌ８４５Ｆ；図４）。この患者において、ＰＬＣγ２  Ｌ８４５Ｆの変異をＷＥＳにより見出した。このクローンを確認するために、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｔ配列決定を再発の１カ月後にサンプルにおいて再度行い、変異はまだ存在していた（表４）。ＷＥＳにより識別された変異を、Ｓａｎｇｅｒ配列決定及び／又はＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔの深い配列決定により確認した。ベースラインにおいて、患者は、ＷＥＳによるＰＬＣγ２における変異の証拠を有していなかった。患者５において、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ配列決定を行い、変異は読み取りの＞０．５％ではなかった（表５）。他の高い信頼度の反復突然変異は、診断から再発まで試験された患者の何れにおいても注目されなかった。
【０１８７】
＜実施例４：ＰＬＣγ２の識別された変異は、潜在的にＢＣＲ刺激の存在下で機能の利得であり、患者における抵抗機構を表わす＞
ＷＴ  ＰＬＣγ２及びＬ８４５Ｆ  ＰＬＣγ２を、内因性のＰＬＣγ２発現を欠く２９３の細胞及びＤＴ４０細胞へと安定してトランスフェクトした（図５Ａ乃至Ｄ）。ＷＴ又は変異体ＰＬＣγ２の存在下での抗ＩｇＭの刺激の後、カルシウム流出をＤＴ４０細胞において調べた。ＰＬＣγ２変異体は、イブルチニブにより阻害されなかったＩｇＭ媒介性のカルシウム流出の増加を示した（図５Ａ）。これにより、変異がＢＴＫに依存しないＢＣＲ媒介性シグナル伝達を可能にしたことが示された。同様に、抗ＩｇＭによる刺激後、Ｌ８４５Ｆ変異を持つ細胞は、ＥＲＫ及びＡＫＴのリン酸化により測定されるように、ＷＴ細胞ほどイブルチニブの存在下で阻害をあまり示さなかった（図５Ｂ−５Ｄ）。このようなデータは、Ｌ８４５Ｆ  ＰＬＣγ２が潜在的にＢＣＲ刺激の存在下で機能獲得型変異であり、患者におけるイブルチニブに対する適切な耐性変異であり得ることを実証した。ＰＬＣγ２における付加的な変異が試験され、ＢＣＲ刺激の存在下で別の潜在的な機能獲得型変異であると示された。
【０１８８】
ＣＬＬ細胞を、ベースライン、及び患者＃５からの再発の時間に調べた。ＰＬＣγ２におけるＬ８４５Ｆ変異を持っていた患者５において、インビトロでのイブルチニブはＰＬＣγ２リン酸化を阻害しなかった（図６）。このようなデータは、インビトロで見られる機能表現型の利得が患者にも関連していることを示唆する。
【０１８９】
＜実施例５：イブルチニブに対して延長されたリンパ球増多症を患う患者はＰＬＣγ２変異を有していない＞
ＣＬＬ細胞がリンパ節及び脾臓から動員されるため、イブルチニブで処置された患者は特徴的なリンパ球増多症を進行させる。大抵の患者が８か月以内に自身のリンパ球増多症を解消する一方、患者の亜群は、イブルチニブに対する継続的な反応の存在下で１２か月より長く持続するリンパ球増多症を患っている。このような患者がＰＬＣγ２において新たな変異を発達させ、それ故再発の危険性があるかどうかを判定するために、イブルチニブの開始の１２か月後に少なくとも１２か月間リンパ球増多症を患う９人の患者に対しＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ技術を使用して、ＰＬＣγ２遺伝子を配列決定した。Ｌ８４５でのＰＬＣγ２に関する配列決定の深さは、＞１００倍であった。患者は、ＰＬＣγ２の任意の変異の証拠を有していなかった。このことは、既知の耐性変異が持続的なリンパ球増多症を患う患者には存在しないことを示唆する。
【０１９０】
【表１Ａ】
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【０１９１】
【表１Ｂ】
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【０１９２】
【表２】
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【０１９３】
【表３−１】
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【０１９４】
【表３−２】
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【０１９５】
【表３−３】
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【０１９６】
【表３−４】
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【０１９７】
【表３−５】
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【０１９８】
【表３−６】
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【０１９９】
【表３−７】
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【０２００】
【表４】
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【０２０１】
【表５】
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【０２０２】
＜実施例６：イブルチニブ治療に対する疾患進行に関連した耐性変異の獲得：単一中心研究＞
施設内治験審査委員会に承認されたイブルチニブの３つの試験に参加するＯｈｉｏ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒの２６７人の患者は、単一薬剤としてイブルチニブを受けた１９６人の患者、及びイブルチニブとオファツムマブを受けた７１人の患者を含んでいた。ＰＤを患う患者の亜群は、ベースライン及び再発時に末梢血上でＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔの深い配列決定を行われた。
【０２０３】
累積発現率のＦｉｎｅ及びＧｒａｙのモデルは、特定の型の中断に関連する、そして競合リスクの存在下にある変量を識別するために適合された。研究を中止していなかった患者は最後の接触の日に打ち切られ；移植又は他の場所での処置を持続するために研究を行っていなかった患者（ｎ＝７）も、その時点で打ち切られた。最終モデルは、治療のタイプを制御する一方で、前の選択を使用してｐ＜０．０５で有意な変量を、又は臨床的に意味があると認められた境界線上の有意性の変量を含んでいた。
【０２０４】
患者群の治療レジメンは以下のとおりであった：
【０２０５】
１．ＯＳＵ  １００３２（ＰＣＹＣ  １１０２）Ｎ＝５０
【０２０６】
疾患進行まで毎日イブルチニブを４２０ｍｇ又は８４０ｍｇ
【０２０７】
２．ＯＳＵ  １００５３（ＰＣＹＣ  １１０９）Ｎ＝７１
【０２０８】
コホート１：Ｃ１Ｄ１から始めて、疾患進行まで毎日イブルチニブを４２０ｍｇ；Ｃ２Ｄ１を開始し、８週間毎週、そして４ヶ月間毎月、オファツムマブ
【０２０９】
コホート２：Ｃ１Ｄ２から始めて、疾患進行まで毎日イブルチニブを４２０ｍｇ；Ｃ１Ｄ１を開始し、８週間毎週、そして４ヶ月間毎月、オファツムマブ
【０２１０】
コホート３：Ｃ１Ｄ１を開始し、８週間毎週、そして４ヶ月間毎月、オファツムマブ。Ｃ３Ｄ１を開始し、疾患進行まで毎日イブルチニブ。
【０２１１】
３．ＯＳＵ  １１１３３  Ｎ＝１４６
【０２１２】
疾患進行まで毎日イブルチニブを４２０ｍｇ
【０２１３】
＜結果＞
２０．２か月（２．６−４６か月の範囲）の中間のフォローアップにおいて、研究の中断に関係する要因は、進行性疾患（ｎ＝２９）、感染症（ｎ＝２５）、毒性（ｎ＝８）、又は他の合併症（ｎ＝７）、或いは他の場所で治療を受けること（ｎ＝７）含んでいた。図７は、進行性疾患を患う患者の中の慢性リンパ性白血病進行、リヒタートランスフォーメーション、又は他の事象の累積発現率を要約する。図８は、進行性疾患（例えば、ＣＬＬ、リヒター）を患う患者における研究中止、又は、非進行性の疾患（例えば、感染症、毒性、又は他のもの）を理由とする中止に関連した、ベースライン特徴を要約する。両方のモデルを、治療のタイプ：組み合わせ対イブルチニブによる単独療法のために調整した。図９は、イブルチニブ治療時に再発を経験した患者におけるＢＴＫ及びＰＬＣγ２の変異の識別を示す。
【０２１４】
リヒタートランスフォーメーションを持つと特徴化された患者に関して、５人の患者は付加的な治療を受けず、形質転換の１か月以内に死亡し、ＤＬＢＣＬを患う１０人の患者は付加的な治療を受けた：Ｒ−ＥＰＯＣＨ（Ｎ＝５）４  ＰＤ、１  ＰＲ、Ｒ−ＣＨＯＰ（Ｎ＝１）ＰＤ、Ｒ−ＩＣＥ（Ｎ＝１）ＰＤ、ＯＦＡＲ（Ｎ＝１）ＰＤ。研究の期間にわたって、現在まで、リヒタートランスフォーメーションを持つ１７人の患者のうち１４人が死亡した。イブルチニブ研究を中断した日からの生存中央値は１２０日であった。
【０２１５】
慢性リンパ性白血病進行を患っていると特徴化された患者に関して、２人の患者は付加的な治療を受けず、１０人の患者は、ＰＤの後２か月よりも前、最大で２週間以内に更なる治療を受けた。研究の期間にわたって、現在まで、ＣＬＬを患う１２人の患者のうち４人が死亡した。イブルチニブ研究を中断した日からの生存中央値は５３５日であった。
【０２１６】
この研究から、イブルチニブは十分に耐性があり且つ有効な治療であり、中断はフォローアップの研究期間内では稀であったことが、結論付けられた。イブルチニブに対する疾患進行は、ＦＩＳＨ上の核型の複雑性及びＢＣＬ６に関連した。リヒタートランスフォーメーションは、進行性のＣＬＬよりも一般的であり、治療において早期に生じる傾向があった。進行性のＣＬＬは、共通してＢＴＫ及びＰＬＣγにおける変異に関連した。リヒター及び進行性のＣＬＬの両方は、特にイブルチニブの中断後に、速く進行する傾向があった。
【０２１７】
本明細書に記載される実施例及び実施形態は、例示的目的のみのものであり、当業者に示唆される様々な修正又は変更は、本出願の精神及び範囲、並びに添付された請求項の範囲内に含まれるべきものである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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