(57)【要約】  対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含む方法を提供する。当該方法は転移の可能性を予測するために使用され得る。前立腺癌に対する処置を診断および選択するための方法、対応する処置方法も記載する。当該方法を行うためのシステム、キットおよびコンピュータープログラムも提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項２】
ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、Ｆ３、ＣＥＮＰＦ、ＭＹＢＰＣ１、ＳＥＬＥ、ＣＥＢＰＤ、およびＸＢＰ１の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前立腺癌の特性化および／または予後が、再発の可能性の増加を予測すること、および／または転移の可能性の増加を予測することを含むか、当該予測することから本質的になるか、または当該予測することからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前立腺癌の特性化および／または予後が、前立腺癌が予後不良を有するか否かを決定することを含むか、当該決定することから本質的になるか、または当該決定することからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
発現レベルを参照値とまたは１つ以上のコントロールサンプルの発現レベルと比較することを含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項６】
発現レベルを１つ以上のコントロールサンプルにおいて同じ遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項７】
サンプルにおいて前立腺癌細胞におけるＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、およびＦ１２の少なくとも１つの発現レベルを、同じサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項８】
参照遺伝子の発現レベルを決定することをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＨＪＵＲＰ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比較する、前記請求項に記載の方法。
【請求項１０】
参照遺伝子がＴＰＴ１、ＲＰＳ１４またはＲＰＬ３７Ａである、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示すか、またはＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す、前記請求項に記載の方法。
【請求項１２】
発現レベルがタンパク質、ＲＮＡまたはエピジェネティック修飾のレベルで決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１３】
エピジェネティック修飾がＤＮＡメチル化である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
発現レベルが免疫組織化学によって決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１５】
発現レベルが標識にコンジュゲートされた抗体を使用して決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１６】
発現レベルがマイクロアレイ、ノーザンブロット法、ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡシーケンシング）、ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＲＮＡ検出または核酸増幅によって決定される、前記請求項に記載の方法。
【請求項１７】
サンプルから全ＲＮＡを抽出することをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項１８】
対象由来のサンプルを得ることをさらに含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項１９】
サンプルが前立腺組織を含むか、当該組織から本質的になるか、または当該組織からなる、前記請求項に記載の方法。
【請求項２０】
サンプルがホルマリン固定パラフィン包埋生検サンプルを含むか、当該サンプルから本質的になるか、または当該サンプルからなる、前記請求項に記載の方法。
【請求項２１】
ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つ、およびＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含む、前記請求項に記載の方法。
【請求項２２】
対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、および
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること
を含む方法。
【請求項２３】
対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること、および
（ｃ）当該対象を選択された処置で処置すること
を含む方法。
【請求項２４】
前立腺癌の特性化および／または予後が再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加であるとき、選択された処置が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、さらに好ましくはＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ
ｄ）放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療
ｅ）標的療法
ｆ）手術
の１つ以上である、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、請求項２２から２４のいずれかに記載の方法に基づいて対象が処置を選択される、方法。
【請求項２６】
対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、請求項２２から２４のいずれかに記載の方法に基づいて対象が処置を選択される、化学療法剤。
【請求項２７】
化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、対象がＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、方法。
【請求項２８】
対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、当該対象が、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、化学療法剤。
【請求項２９】
請求項２５または２７に記載の方法または請求項２６または２８に記載の使用のための化学療法剤であって、当該化学療法剤が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、さらに好ましくはＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ、および／または
ｄ）標的治療剤
を含むか、当該物から本質的になるか、または当該物からなる、方法または化学療法剤。
【請求項３０】
細胞毒性剤が白金をベースとする薬剤および／またはタキサンである、請求項２４または２９に記載の方法。
【請求項３１】
白金をベースとする薬剤がシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
タキサンがパクリタキセルまたはドセタキセルである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的に結合する抗体。
【請求項３４】
標識にコンジュゲートされた請求項３３に記載の抗体。
【請求項３５】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するための、請求項３３または３４に記載の抗体の使用。
【請求項３６】
対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法。
【請求項３７】
対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＰＤＥ４Ｄ、およびＦ１２の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法。
【請求項３８】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定し、再発および／または転移の可能性の増加の細胞特性の存在または非存在を同定することを含み、前記細胞の決定された存在または非存在を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項３９】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、
ａ）当該対象由来のサンプルを得ること
ｂ）ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的な抗体を当該対象由来のサンプルに適用すること
ｃ）抗体−タンパク質複合体を検出する検出剤を適用すること
ｄ）検出剤を使用して、タンパク質のレベルを決定すること
ｄ）タンパク質の決定されたレベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供すること
を含む方法。
【請求項４０】
前の請求項に記載の方法を行うためのシステムまたは装置。
【請求項４１】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのシステムまたは試験キットであって、
ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定するための１つ以上の試験装置
ｂ）処理装置；および
ｃ）処理装置によって実行されるとき、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、当該サンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスする、および／または当該発現レベルを計算する
（ｉｉ）当該サンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算する；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後を処理装置から出力する
ように構成されるコンピューターのアプリケーションを含む、記憶媒体
を含む、システムまたは試験キット。
【請求項４２】
処理装置からの出力のためのディスプレーをさらに含む、請求項４１に記載のシステムまたは試験キット。
【請求項４３】
請求項４１または４２に記載のコンピューターのアプリケーションを含む、コンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体。
【請求項４４】
対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つのメチル化状態を決定することを含み、決定されたメチル化状態を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法。
【請求項４５】
ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つが高メチル化されているとき、再発および／または転移の可能性が増加する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項３３または３４に記載の１つ以上の抗体を含む、対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキット。
【請求項４７】
請求項４３に記載のコンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体をさらに含む、請求項４６に記載のキット。
【請求項４８】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのコンピュータープログラム製品であって、コンピューターに、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、サンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスさせる、および／または当該発現レベルを計算させる；
（ｉｉ）サンプルにおいて、ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算させる；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後に関して出力を提供させる
具体化されたコンピューター可読のプログラム命令を有する持続性のコンピューター可読の記憶装置を含む、コンピュータープログラム製品。
【請求項４９】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキットであって、
ＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのＲＮＡ産物に特異的な１つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを含み、
以下の成分：
ａ）ブロッキングプローブ
ｂ）ＰｒｅＡｍｐｌｉｆｉｅｒ
ｃ）Ａｍｐｌｉｆｉｅｒおよび／または
ｄ）標識分子
の１つ以上をさらに含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願発明は前立腺癌に関する。バイオマーカーに頼る前立腺癌を特徴付ける、および前立腺癌を予後決定するための方法を提供する。当該方法において有用な抗体、キットおよびシステムも記載する。
【背景技術】
【０００２】
前立腺癌は、生涯発生率１５．３％の男性において最も一般的な悪性腫瘍である（Howlader 2012）。１９９９−２００６年のデータによると、約８０％の前立腺癌患者は、前立腺に臨床的に限定される早期疾患を示し（Altekruse et al 2010）、この約６５％が外科的切除または放射線治療によって治療される（Kattan et al 1999、Pound et al 1999）。３５％がＰＳＡ再発を発症し、この約３５％が治療不可能である局所性再発または転移性再発を発生する。現在、早期前立腺癌を有するどの患者が再発を発症する可能性があるか、さらに集中治療から利益を受けるかは不明である。現在の予後因子、例えばＧｌｅａｓｏｎスコアにより測定されるときの腫瘍悪性度は予後値を有するが、考えられる低い悪性度（７以下）のかなりの数は再発し、高い悪性度の腫瘍の一部は再発しない。さらに、Ｇｌｅａｓｏｎの７つの腫瘍の予後においてかなりの多様性が存在する（Makarov et al 2002、Rasiah et al 2003）。さらに、Ｇｌｅａｓｏｎスコアの等級付けが変化し、時間とともにＧｌｅａｓｏｎスコアの分布において変化をもたらすことが明らかになっている（Albertsen et al 2005、Smith et al 2002）。
【０００３】
現在、同じ解剖学的部位由来の多くの固形腫瘍が分子レベルで多くの異なるエンティティー(entities)を示すことが明らかである（Perou et al 2000）。ＤＮＡマイクロアレイプラットフォームは、保管されたパラフィン包埋組織からの何万もの転写産物の同時の分析を可能とし、分子サブグループ(subgroup)の同定に理想的に適している。この種のアプローチは、乳癌（van't Veer et al 2002）および大腸癌（Bertucci et al 2004）のような固形腫瘍において転移能を有する原発性癌を同定している。
【発明の概要】
【０００４】
本願発明は、前立腺癌バイオマーカーの同定および確認に基づく。
【０００５】
本願発明者らは、分子レベルで転移性疾患と類似である原発性前立腺癌のグループを同定した。これらの腫瘍は、いくつかの遺伝子の発現および定義される経路の喪失によって定義される；さらに、このグループは、有糸分裂に関与する遺伝子の発現の増加をもたらすプロトオンコジーン(proto-oncogene)ＦＯＸＭ１の活性化により定義される。多変量(multivariate)予後力(prognostic power)を有し、腫瘍が再発および／または転移発生の増加した可能性を有するか否かをあらかじめ評価するために使用することができる、このサブグループ内で腫瘍を同定することができる一連のバイオマーカーを、定義している。
【０００６】
したがって、第１の局面において、本願発明は、対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法を提供する。
【０００７】
本願発明の全ての局面において、前立腺癌は原発性前立腺癌であり得る。
【０００８】
本願発明のさらなる局面において、対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法を提供する。
【０００９】
さらなる局面において、本願発明は、対象において増加した転移能を有する前立腺癌を診断するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２およびＰＤＫ４の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み、決定された発現レベルを使用して、対象が増加した転移能を有する前立腺癌を有するか否かを同定する、方法に関する。
【００１０】
本願発明はまた、対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定し、再発および／または転移の可能性の増加の細胞特性の存在または非存在を同定することを含み、前記細胞の決定された存在または非存在を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法に関する。
【００１１】
さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、
ａ）当該対象由来のサンプルを得ること
ｂ）ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的な抗体を当該対象由来のサンプルに適用すること
ｃ）抗体−タンパク質複合体を検出する検出剤を適用すること
ｄ）検出剤を使用して、タンパク質のレベルを決定すること
ｄ）タンパク質の決定されたレベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供すること
を含む方法に関する。
【００１２】
前立腺癌の特性化、予後または診断をまた、処置を導くために使用することができる。
【００１３】
したがって、さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、および
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること
を含む方法に関する。
【００１４】
さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌に対する処置を選択するための方法であって
（ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定すること、ここで、決定された発現レベルを使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、
（ｂ）前立腺癌の特性化および／または予後に適当な処置を選択すること、および
（ｃ）当該対象を選択された処置で処置すること
を含む方法に関する。
【００１５】
本願発明はまた、化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、本願明細書に記載されている方法に基づいて対象が処置を選択される、方法に関する。
【００１６】
さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、本願明細書に記載されている方法に基づいて対象が処置を選択される、化学療法剤に関する。
【００１７】
さらなる局面において、本願発明は、化学療法剤または放射線治療、所望により拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療を対象に投与するか、または手術を対象に行うことを含む前立腺癌を処置する方法であって、対象がＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、方法に関する。
【００１８】
本願発明はまた、対象において前立腺癌を処置することにおける使用のための化学療法剤であって、当該対象が、ＨＪＵＲＰ、ＰＤＲＧ１、ＴＲＰＭ３、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つの発現レベルの増加、および／またはＣＲＥＭ、ＥＲＲＦＩ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＫ４、ＰＤＥ４Ｄ、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少を有する、化学療法剤に関する。
【００１９】
１つの態様において、化学療法剤が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、さらに好ましくはＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ、および／または
ｄ）標的治療剤
を含むか、当該物から本質的になるか、または当該物からなる。
【００２０】
適当な治療および治療剤は、以下にさらに詳細に議論される。
【００２１】
遺伝子ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６ならびにそれらのタンパク質産物は、以下の表Ａにさらに詳細に記載され、定義される。遺伝子はまた、バイオマーカーと互換的に見なされる。
【００２２】
表Ａ
【表Ａ−１】
2017507320.tif 000002
【表Ａ−２】
2017507320.tif 000003
【表Ａ−３】
2017507320.tif 000004
【表Ａ−４】
2017507320.tif 000005
【表Ａ−５】
2017507320.tif 000006
【００２３】
１つの態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６個の発現レベルを決定する。いくつかの態様において、ＦＯＸＭ１が当該パネルに加えられ得る。
【００２４】
あるいは、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６個の少なくとも１つのグループの発現レベルを決定する。いくつかの態様において、ＦＯＸＭ１が当該グループに含められ得る。
【００２５】
１つの態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、Ｆ１２、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＣＥＮＰＦ、ＭＹＢＰＣ１、ＳＥＬＥ、ＣＥＢＰＤ、およびＸＢＰ１の少なくとも１つの発現レベルを決定する。
【００２６】
１つの態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、Ｆ１２、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＣＥＮＰＦ、ＭＹＢＰＣ１、ＳＥＬＥ、ＣＥＢＰＤ、およびＸＢＰ１の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個の発現レベルを決定する。
【００２７】
特性化は、前立腺癌の分類および／または評価を意味する。予後は、対象に対する前立腺癌の起こりそうな結果を予測することを示す。診断は、前立腺癌の存在を同定することを意味する。
【００２８】
本願発明の全ての局面において、前立腺癌の特性化および／または予後が再発の可能性の増加を予測することを含んでよく、当該予測することから本質的になってよく、または当該予測することからなってよい。前立腺癌の特性化および／または予後が再発までの時間の短縮を予測することを含んでよく、当該予測することから本質的になってよく、または当該予測することからなってよい。再発は、臨床的再発または生化学的再発であり得る。生化学的再発は、前立腺癌に対する処置後の対象においてＰＳＡレベルの上昇を意味する。生化学的再発は、前立腺癌が有効に処置されなかったか、または再発していることを示し得る。
【００２９】
前立腺癌の特性化および／または予後は転移の可能性の増加を予測することを含んでよく、当該予測することから本質的になってよく、または当該予測することからなってよい。転移または転移性疾患は、１つの臓器または器官から別の非隣接臓器または器官への癌の拡散である。したがって、産生される疾患の新規発生は転移と呼ばれる。
【００３０】
前立腺癌の特性化および／または予後はまた、前立腺癌が予後不良を有するか否かを決定することを含んでよく、当該決定することから本質的になってよく、または当該決定することからなってよい。予後不良は、原因特異的生存、すなわち癌特異的生存、または長期生存の可能性の低下であり得る。原因特異的生存または癌特異的生存は、死の他の原因の非存在下で癌生存を示す正味の生存尺度である。癌生存は、６、７、８、９、１０、１１、１２月または１、２、３、４、５年などであり得る。長期生存は、診断後１年、５年、１０年または２０年の生存であり得る。予後不良の前立腺癌は、侵襲性な急成長であり得、および／または処置に対して抵抗性を示し得る。
【００３１】
１つの態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＨＪＵＲＰ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の、またはＦＯＸＭ１の少なくとも１つの発現レベルの増加が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す。さらなる態様において、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少は、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す。
【００３２】
１つの態様において、本願明細書に記載されている方法は、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＨＪＵＲＰ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１またはＦＯＸＭ１の少なくとも１つ、およびＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することを含み得る。したがって、当該方法は、上方調節マーカーおよび下方調節マーカーの組合せに頼り得る。
【００３３】
１つの態様において、本願明細書に記載されている方法は、発現レベルを参照値と、または１つ以上のコントロールサンプルの発現レベルと、または同じサンプルにおいて１つ以上のコントロール細胞における発現レベルと比較することを含む。コントロール細胞は正常細胞（すなわち非癌性として独立した方法によって特徴付けられる細胞）であり得る。１つ以上のコントロールサンプルは、非癌性細胞からなってよく、または前立腺癌細胞および非癌性細胞の混合物を含んでもよい。発現レベルは、１つ以上のコントロールサンプルまたはコントロール細胞における同じ遺伝子の発現レベルと比較してもよい。
【００３４】
参照値は、前立腺癌を有する対象および前立腺癌を有さない対象由来の様々なサンプルにおいてレベルを決定することによって設定される少なくとも１つの遺伝子の発現の閾値レベルであり得る。前立腺癌は、再発および／または転移および／または予後不良の増加した可能性を有する、または当該可能性を有さない前立腺癌であり得る。閾値を設定するための適当な方法は当業者によく知られている。閾値は、患者データの訓練(training)セットから数学的に得てもよい。したがって、スコア閾値は特定の条件の存在または非存在にしたがって試験サンプルを分離する。この量の解釈、すなわちカットオフ閾値は、公知の結果での患者セットからの開発または訓練段階で得てもよい。したがって、閾値は、当業者に知られている方法によって訓練データから本願発明の方法の実行前に固定され得る。
【００３５】
参照値はまた、最初の時点で対象由来のサンプルにおいて少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを決定することによる少なくとも１つの遺伝子セットの発現の閾値レベルであり得る。次に、同じ対象に対する後の時点で決定される発現レベルを閾値レベルと比較する。したがって、本願発明の方法は、対象において疾患の進行をモニタリングするために、すなわち対象において疾患の継続特性化および／または予後を提供するために使用され得る。例えば、当該方法は、さらに侵襲性の、または潜在的に転移性な形態に発達している前立腺癌を同定するために使用され得る。これは、以下でさらに詳細に議論されるように、処置決定を導くために使用され得る。
【００３６】
発現レベルが正常細胞および再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有さない前立腺癌由来の細胞間で異ならない遺伝子について、同じサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子の発現レベルは、コントロールとして使用することができる。
【００３７】
したがって、特定の態様において、サンプルにおいて前立腺癌細胞におけるＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、およびＰＤＫ４の少なくとも１つの発現レベルを、同じサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子の発現レベルと比較する。
【００３８】
特定の態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、およびＰＤＫ４の少なくとも１つの決定された発現レベルが、サンプルにおいて正常細胞と比較して同じサンプルにおいて前立腺癌細胞にて異ならないとき、当該前立腺癌は再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有さない。
【００３９】
異なるは、統計的に有意に異なるであり得る。統計的に有意なは、偶然のみに起こっている可能性は低いことを意味する。適当な統計的評価は、任意の適当な方法によって行ってよい。
【００４０】
特定の態様において、遺伝子がＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１またはＦ１２であり、発現レベルがサンプルにおいて正常細胞と比較して同じサンプルにおいて前立腺癌細胞にて増加しているとき、当該前立腺癌は再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有する。
【００４１】
特定の態様において、遺伝子がＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４ＤまたはＰＤＫ４であり、発現レベルがサンプルにおいて正常細胞と比較して当該サンプルにおいて前立腺癌細胞にて減少しているとき、当該前立腺癌は再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有する。
【００４２】
本願明細書に記載されている方法は、参照遺伝子の発現レベルを決定することをさらに含み得る。参照遺伝子は、標的遺伝子発現レベルが正常細胞および再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有さない前立腺癌由来の細胞間で異なるとき、必要とされ得る。
【００４３】
１つの態様において、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比較する。
【００４４】
参照遺伝子は、全ての前立腺癌サンプルにわたって最小の発現分散を有する遺伝子であり得る。したがって、参照遺伝子は、発現レベルが再発および／または転移および／または予後不良の可能性によって変化しない遺伝子であり得る。当業者は、これらの基準に基づいて適当な参照遺伝子を同定することが十分にできる。特に、参照遺伝子はＴＰＴ１、ＲＰＳ１４またはＲＰＬ３７Ａであり得る。参照遺伝子の発現レベルは、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルと同じサンプルにおいて決定され得る。
【００４５】
参照遺伝子の発現レベルは異なるサンプルにおいて決定され得る。異なるサンプルは上記コントロールサンプルであり得る。参照遺伝子の発現レベルはサンプルにおいて正常細胞および／または前立腺癌細胞にて決定され得る。
【００４６】
対象由来のサンプルにおいて少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、統計的モデルを使用して分析され得る。特定の態様において、少なくとも２つの遺伝子の発現レベルを測定する場合、当該遺伝子を重くしてもよい。本願明細書において使用されるとき、用語「重くする」は、統計的計算において項目の相対的重要性を示す。それぞれの遺伝子の重くするは、当分野で知られている分析方法を使用して患者サンプルのデータセットに基づいて決定され得る。全体のスコアを計算し使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供し得る。
【００４７】
マーカーの発現レベルを決定するための方法は本願明細書により詳細に記載されている。一般的に、当該方法は、対象から得られるサンプルをマーカーに対して特異的な検出剤、例えばプライマー／プローブ／抗体（本願明細書に詳細に議論されている）と接触させ、発現産物を検出することを含み得る。比較は、コントロールサンプルにおいて決定される発現レベルに対して行われ、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する。
【００４８】
本願発明の全ての局面において、遺伝子の発現レベルは、任意の適当な方法により測定され得る。１つの態様において、発現レベルはタンパク質、ＲＮＡまたはエピジェネティック修飾のレベルで決定される。エピジェネティック修飾はＤＮＡメチル化であり得る。
【００４９】
発現レベルは免疫組織化学によって決定され得る。免疫組織化学は、タンパク質に特異的に結合する結合試薬、例えば抗体またはアプタマーを使用することによって、組織サンプルの細胞におけるタンパク質の検出を意味する。したがって、免疫組織化学によって測定されるときの発現レベルは、タンパク質レベルである。サンプルは、前立腺組織サンプルであり得、前立腺癌（腫瘍）細胞、前立腺上皮内腫瘍（ＰＩＮ）細胞、正常前立腺上皮細胞、間質細胞、所望により浸潤免疫細胞を含み得る。いくつかの態様において、サンプルにおいて前立腺癌（腫瘍）細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを、同じサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子（および／または参照遺伝子）の発現レベルと比較する。いくつかの態様において、サンプルにおいて前立腺癌（腫瘍）細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを、コントロールサンプルにおいて正常細胞における同じ遺伝子（および／または参照遺伝子）の発現レベルと比較する。正常細胞は、正常（非癌性）前立腺上皮細胞を含んでよく、当該細胞から本質的になってよく、または当該細胞からなってよい。１つの態様において、正常細胞は、ＰＩＮ細胞および／または間質細胞を含まない。１つの態様において、前立腺癌（腫瘍）細胞は、ＰＩＮ細胞および／または間質細胞を含まない。さらなる態様において、サンプルにおいて前立腺癌（腫瘍）細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを、コントロールサンプルにおいて同じ細胞または前立腺癌細胞における参照遺伝子の発現レベルと（さらに）比較する。参照遺伝子はＴＰＴ１、ＲＰＳ１４またはＲＰＬ３７Ａであり得る。さらなる態様において、サンプルにおいて前立腺癌（腫瘍）細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現レベルは、（正常細胞との比較なしで）前立腺癌（腫瘍）細胞における発現の強度、割合および／または局在に基づく方法を使用してスコア化される。スコア化する方法は、公知の結果での患者セットからの開発または訓練段階で得てもよい。
【００５０】
したがって、さらなる局面において、本願発明は、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのタンパク質産物に特異的に結合する抗体またはアプタマーに関する。
【００５１】
抗体は、モノクローナルまたはポリクローナル起源であり得る。フラグメントおよび誘導体抗体もまた利用することができ、限定はしないが、ペプチド特異的結合機能を保持するＦａｂフラグメント、ＳｃＦｖ、単一ドメイン抗体、ナノ抗体、重鎖抗体、アプタマーなどを含み、これらは「抗体」の定義に含まれる。このような抗体は本願発明の方法において有用である。それらは、特定のタンパク質、または場合によってはタンパク質の１つ以上の特定のアイソフォームのレベルを測定するために使用され得る。当業者は、特定のアイソフォームが互いに区別するエピトープを同定することが十分にできる。
【００５２】
特異的抗体を産生するための方法は当業者に知られている。抗体は、ヒトまたは非ヒト起源（例えば齧歯動物、例えばラットまたはマウス）であり得、公知の技術にしたがってヒト化などされ得る（Jones et al., Nature (1986) May 29-Jun. 4;321(6069):522-5; Roguska et al., Protein Engineering, 1996, 9(10):895-904;およびStudnicka et al., Humanizing Mouse Antibody Frameworks While Preserving 3-D Structure. Protein Engineering, 1994, Vol.7, pg 805）。
【００５３】
１つの態様において、発現レベルは、標識にコンジュゲートされた抗体またはアプタマーを使用して決定される。標識は直接的または間接的に検出を可能にする成分を意味する。例えば、標識は酵素、所望によりペルオキシダーゼ、またはフルオロフォアであり得る。
【００５４】
標識は検出剤の例である。検出剤は抗体−タンパク質複合体の検出を手助けするために使用され得る薬剤を意味する。抗体が酵素にコンジュゲートされる場合、検出剤は、酵素が化学反応を触媒して検出可能な産物を生産するような化学成分を含み得る。適当な酵素によって触媒される反応産物は、限定はしないが、蛍光、発光または放射性であり得、またはそれらは可視光線または紫外線を吸収し得る。かかる検出可能な標識を検出するために適当な検出器の例は、限定はしないが、ｘ線フィルム、放射線カウンター、シンチレーションカウンター、分光光度計、比色計、蛍光光度計、照度計、および濃度計を含む。１つの態様において、検出剤は二次抗体を含み得る。次に、発現レベルは、標的タンパク質に結合する非標識一次抗体および標識にコンジュゲートされた二次抗体（二次抗体は一次抗体に結合する）を使用して決定される。
【００５５】
本願発明はまた、対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するための上記抗体の使用に関する。
【００５６】
タンパク質レベルで発現レベルを決定するためのさらなる技術は、例えば、ウェスタンブロット、免疫沈降、免疫細胞化学、質量分析、ＥＬＩＳＡおよび他のものを含む（ImmunoAssay: A Practical Guide, edited by Brian Law, published by Taylor & Francis, Ltd., 2005 edition参照）。免疫反応に基づくアッセイ方法の特異性および感受性を改善するために、モノクローナル抗体はしばしば特定のエピトープ認識のために使用される。ポリクローナル抗体はまた、モノクローナル抗体と比較して標的に対する親和性の増加のために、種々の免疫測定法において成功裏に使用されている。
【００５７】
本願発明の方法において使用され得る、または本願発明のキットにおいて含まれ得る適当な抗体は、以下の表Ｂに挙げられている：
【００５８】
表Ｂ−本願発明のマーカーに結合する抗体の例
【表Ｂ−１】
2017507320.tif 000007
【表Ｂ−２】
2017507320.tif 000008
【００５９】
生物学的サンプルにおいてｍＲＮＡを測定することは、生物学的サンプルにおいて対応するタンパク質レベルの検出の代わりとして使用され得る。したがって、本願明細書に記載されている遺伝子のいずれかの発現レベルもまた、適当なＲＮＡを検出することによって検出することができる。
【００６０】
したがって、特定の態様において、発現レベルは、マイクロアレイ、ノーザンブロット法、ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡシーケンシング）、ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＲＮＡ検出または核酸増幅によって決定される。核酸増幅は、ＰＣＲおよびその全ての変形、例えばリアルタイムおよびエンドポイント方法およびｑＰＣＲを含む。他の核酸増幅技術は、当分野でよく知られており、ＮＡＳＢＡ、３ＳＲおよび転写媒介増幅(Transcription Mediated Amplification)（ＴＭＡ）のような方法を含む。他の適当な増幅方法は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅（ＵＳ特許第６，４１０，２７６号）、コンセンサス配列プライマーポリメラーゼ連鎖反応(consensus sequence primed polymerase chain reaction)（ＵＳ特許第４，４３７，９７５号）、任意プライムポリメラーゼ連鎖反応（ＷＯ  ９０／０６９９５）、ｉｎｖａｄｅｒ技術、鎖置換技術(strand displacement technology)、およびニック置換増幅(nick displacement amplification)（ＷＯ  ２００４／０６７７２６）を含む。このリストは完全であることを意図しない；適当な核酸産物が特異的に増幅されるとき、任意の核酸増幅技術が使用され得る。適当なプライマーおよび／またはプローブの設計は当業者の能力の範囲内である。種々のプライマー設計ツール、例えばＮＣＢＩ  Ｐｒｉｍｅｒ−ＢＬＡＳＴツールを、このプロセスにおいて手助けするために自由に利用できる。プライマーおよび／またはプローブは、少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５（またはそれ以上）ヌクレオチド長であり得る。ｍＲＮＡ発現レベルは、逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ、次にｑＰＣＲ）により測定され得る。ＲＴ−ＰＣＲを使用して、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを作る。ＤＮＡ増幅が進行を処理するとき蛍光を生産するように、ｃＤＮＡはｑＰＣＲアッセイにおいて使用され得る。標準曲線との比較によって、ｑＰＣＲは、絶対測定、例えば細胞あたりのｍＲＮＡのコピー数を示すことができる。毛細管電気泳動法と組み合わせられたノーザンブロット、マイクロアレイ、Ｉｎｖａｄｅｒアッセイ、およびＲＴ−ＰＣＲは全て、サンプルにおいてｍＲＮＡの発現レベルを測定するために使用されている。Gene Expression Profiling: Methods and Protocols, Richard A. Shimkets, editor, Humana Press, 2004参照。
【００６１】
ＲＮＡ−ｓｅｑは、遺伝子発現における変化を測定するための次世代シーケンシングを使用する。ＲＮＡは、ｃＤＮＡに変換され得るか、または直接的にシーケンシングされ得る。次世代シーケンシング技術は、パイロシーケンシング(pyrosequencing)、ＳＯＬｉＤシーケンシング、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ半導体シーケンシング(semiconductor sequencing)、Ｉｌｌｕｍｉｎａ色素シーケンシング(dye sequencing)、単一分子リアルタイムシーケンシング(single-molecule real-time sequencing)またはＤＮＡナノボールシーケンシング(DNA nanoball sequencing)を含む。
【００６２】
Ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＲＮＡ検出は、組織および細胞からの抽出なしでＲＮＡを検出することを含む。Ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＲＮＡ検出は、組織の部分または切片、または全組織（全載ＩＳＨ）、または細胞において特定のＲＮＡ配列を特定するために、標識（例えば、放射性標識、抗原標識または蛍光標識）プローブ（相補的ＤＮＡまたはＲＮＡ鎖）を使用するインサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を含む。放射性標識、蛍光標識または抗原標識ベース（例えば、ジゴキシゲニン）のいずれかで標識されたプローブはそれぞれ、オートラジオグラフィー、蛍光顕微鏡または免疫組織化学のいずれかを使用して組織において特定および定量され得る。ＩＳＨはまた、２つ以上の転写産物を同時に検出するために２つ以上のプローブを使用することができる。分岐ＤＮＡアッセイもまた、単一の分子感受性でのｉｎ  ｓｉｔｕ  ハイブリダイゼーションアッセイにてＲＮＡのために使用することができる。このアプローチはＶｉｅｗＲＮＡアッセイを含む。サンプル（細胞、組織）を固定し、次にＲＮＡ標的接近性を可能にするように処理する（ＲＮＡ脱マスキング）。標的特異的プローブは、それぞれの標的ＲＮＡにハイブリダイズする。後のシグナル増幅は、隣接プローブ（ＲＮＡ標的上に並んで結合する個々のオリゴヌクレオチド）の特異的ハイブリダイゼーションを前提とする。典型的な標的特異的プローブは４０オリゴヌクレオチドを含む。シグナル増幅は、一連の連続したハイブリダイゼーション工程を介してなし遂げられる。ｐｒｅ−ａｍｐｌｉｆｉｅｒ分子は、標的特異的ＲＮＡ上のそれぞれのオリゴ対にハイブリダイズし、次に複数の増幅分子はそれぞれのｐｒｅ−ａｍｐｌｉｆｉｅｒにハイブリダイズする。次に、（アルカリホスファターゼのような酵素に、またはフルオロフォアに直接的にコンジュゲートされた）複数の標識プローブオリゴヌクレオチドは、それぞれの増幅分子にハイブリダイズする。別々であるが適合性のシグナル増幅システムはマルチプレックス(multiplex)アッセイを可能にする。シグナルは、使用される検出システムに依存して放出される蛍光または光を測定することによって視覚化することができる。検出は、ハイコンテンツイメージングシステム(high content imaging system)、またはいくつかの態様において蛍光もしくは明視野顕微鏡を使用することを含み得る。
【００６３】
したがって、さらなる局面において、本願発明は、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのＲＮＡ産物に特異的な１つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを含む、対象において前立腺癌を（ｉｎ  ｓｉｔｕ）特徴付ける、および／または予後決定するためのキットに関する。
【００６４】
キットは、以下の成分：
ａ）ブロッキングプローブ
ｂ）ＰｒｅＡｍｐｌｉｆｉｅｒ
ｃ）Ａｍｐｌｉｆｉｅｒおよび／または
ｄ）標識分子
の１つ以上をさらに含み得る。
【００６５】
キットの成分は、ｖｉｅｗＲＮＡアッセイを行うために適当であり得る（https://www.panomics.com/products/rna-in-situ-analysis/view-rna-overview）。
【００６６】
キットの成分は、核酸ベースの分子、所望によりＤＮＡ（またはＲＮＡ）であり得る。ブロッキングプローブは、標的特異的プローブ（本願発明の少なくとも１つの遺伝子のＲＮＡ産物に特異的なプローブ）によって結合されない標的上の部位に結合することによって、バックグラウンドシグナルを低下させるように作用する分子である。ＰｒｅＡｍｐｌｉｆｉｅｒは、標的が結合するとき、標的特異的プローブ（の対）に結合することができる分子である。Ａｍｐｌｉｆｉｅｒは、ＰｒｅＡｍｐｌｉｆｉｅｒに結合することができる分子である。あるいは、Ａｍｐｌｉｆｉｅｒは、標的が結合するとき、標的特異的プローブ（の対）に直接的に結合することができてもよい。Ａｍｐｌｉｆｉｅｒは、（標識プローブであり得る）複数の標識分子に対する結合部位を有する。
【００６７】
本願発明はまた、前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキットの使用に関する。
【００６８】
ＲＮＡ発現は、プローブのセットへのＲＮＡのハイブリダイゼーションによって決定され得る。プローブは、アレイにおいて配置され得る。マイクロアレイプラットフォームは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、ＩｌｌｕｍｉｎａおよびＡｇｉｌｅｎｔのような会社によって製造されるものを含む。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって製造されるマイクロアレイプラットフォームの例は、Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ２  ａｒｒａｙ、Ａｌｍａｃ  ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ  Ｘｃｅｌ（登録商標）  ａｒｒａｙおよびＡｌｍａｃ  ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ  Ｃａｎｃｅｒ  ＤＳＡｓ（登録商標）、例えばＰｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  ＤＳＡ（登録商標）を含む。
【００６９】
特定の態様において、少なくとも１つの遺伝子の発現は、以下の表Ｃ中のものから選択される１つ以上のプローブを使用して決定され得る：
【００７０】
表Ｃ−アレイ上の遺伝子の発現レベルを測定するために使用されるプローブのリスト
【表Ｃ−１】
2017507320.tif 000009
【表Ｃ−２】
2017507320.tif 000010
【００７１】
これらのプローブはまた、本願発明のキットに組み込まれ得る。プローブ配列はまた、例えばＲＴ−ＰＣＲによって、発現の検出のためのプライマーを設計するために使用され得る。このようなプライマーはまた、本願発明のキットにおいて含まれ得る。
【００７２】
プロモーターでの、またはプロモーター付近でのＤＮＡメチル化の割合の増加は、遺伝子発現レベルの低下と相関することが示されている。ＤＮＡメチル化は、ヒトにおいて主なエピジェネティック修飾である。それは、メチル基（ｍ）をＤＮＡにおける特定のシトシン（Ｃ）残基に加えるメチルトランスフェラーゼと称される酵素によって行われるＤＮＡの化学修飾である。哺乳動物において、メチル化は、グアノシン残基に隣接したシトシン残基、すなわち配列ＣＧまたはＣｐＧジヌクレオチドのみで起こる。
【００７３】
したがって、さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌を特徴付けるため、および／または予後決定するための方法であって、当該対象由来のサンプルにおいて、ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つのメチル化状態を決定することを含み、決定されたメチル化状態を使用して、前立腺癌の特性化および／または予後を提供する、方法に関する。
【００７４】
１つの態様において、ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つが高メチル化されているとき、再発および／または転移の可能性が増加する。
【００７５】
メチル化状態の決定は、適当な手段を介してなし遂げられ得る。適当な例は、バイサルファイト(bisulphite)ゲノムシーケンシングおよび／またはメチル化特異的ＰＣＲを含む。メチル化状態を評価するための種々の技術は、当分野で知られており、本願発明と共に使用することができる：シーケンシング、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳ−ＰＣＲ）、融解曲線メチル化特異的ＰＣＲ（ＭｃＭＳ−ＰＣＲ）、バイサルファイト処理有り、またはバイサルファイト処理無しのＭＬＰＡ、ＱＡＭＡ（Zeschnigk et al, 2004）、ＭＳＲＥ−ＰＣＲ（Melnikov et al, 2005）、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（Eads et al., 2000）、ＣｏｎＬｉｇｈｔ−ＭＳＰ（Rand et al., 2002）、バイサルファイト変換特異的メチル化特異的ＰＣＲ（ＢＳ−ＭＳＰ）（Sasaki et al., 2003）、ＣＯＢＲＡ（これはバイサルファイトナトリウム−処理ＤＮＡのＰＣＲ産物においてメチル化依存性配列の違いを示すために制限酵素の使用に頼る）、メチル化感受性単一ヌクレオチドプライマー伸長構造（ＭＳ−ＳＮｕＰＥ）、メチル化感受性一本鎖構造分析（ＭＳ−ＳＳＣＡ）、融解曲線と組み合わせたバイサルファイト制限分析(Melting curve combined bisulphite restriction analysis)（ＭｃＣＯＢＲＡ）（Akey et al., 2002）、ＰｙｒｏＭｅｔｈＡ、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（Cottrell et al. 2004）、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、メチル化対立遺伝子の定量分析（ＱＡＭＡ）、酵素的局所メチル化アッセイ（ＥＲＭＡ）、ＱＢＳＵＰＴ、ＭｅｔｈｙｌＱｕａｎｔ、定量ＰＣＲシーケンシングおよびオリゴヌクレオチドベースのマイクロアレイシステム、パイロシーケンシング、Ｍｅｔｈ−ＤＯＰ−ＰＣＲ。ＤＮＡメチル化分析のためにいくつかの有用な技術のレビューは、Nucleic acids research, 1998, Vol. 26, No. 10, 2255-2264, Nature Reviews, 2003, Vol.3, 253-266; Oral Oncology, 2006, Vol. 42, 5-13において提供される。
【００７６】
メチル化状態を評価するための技術は別個のアプローチに基づく。いくつかは、エンドヌクレアーゼの使用を含む。かかるエンドヌクレアーゼは、非メチル化認識部位と比較してメチル化認識部位を優先的に開裂してもよく、またはメチル化認識部位と比較して非メチル化を優先的に開裂してもよい。前者のいくつかの例は、Ａｃｃ  ＩＩＩ、Ｂａｎ  Ｉ、ＢｓｔＮ  Ｉ、Ｍｓｐ  Ｉ、およびＸｍａ  Ｉである。後者のいくつかの例は、Ａｃｃ  ＩＩ、Ａｖａ  Ｉ、ＢｓｓＨ  ＩＩ、ＢｓｔＵ  Ｉ、Ｈｐａ  ＩＩ、およびＮｏｔ  Ｉである。開裂パターンの違いは、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドの存在または非存在を示す。開裂パターンは、直接的に、または容易に区別することができる産物を作るさらなる反応後に、検出することができる。改変されたサイズおよび／または電荷を検出する手段は、修飾産物を検出するために使用することができ、限定はしないが、電気泳動法、クロマトグラフィー、および質量分析を含む
【００７７】
あるいは、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドの同定は、ＭｅＣＰ２タンパク質のメチル結合ドメイン（ＭＢＤ）がメチル化ＤＮＡ配列に選択的に結合する能力を利用し得る（Cross et al, 1994; Shiraishi et al, 1999）。ＭＢＤはまた、ＭＢＰ、ＭＢＰ２、ＭＢＰ４、ポリ−ＭＢＤから（Jorgensen et al., 2006）またはメチル化核酸に結合する試薬、例えば抗体から得ることができる。ＭＢＤは、固体マトリックスに固定化され、調製カラムクロマトグラフィーのために使用され、高度にメチル化されたＤＮＡ配列を単離し得る。変異体形態、例えば発現されるＨｉｓ−タグ  メチル−ＣｐＧ結合ドメインは、メチル化ＤＮＡ配列に選択的に結合するように使用され得る。結局は、制限エンドヌクレアーゼで消化されたゲノムＤＮＡを、発現されるＨｉｓ−タグ  メチル−ＣｐＧ結合ドメインと接触させる。他の方法は、当分野でよく知られており、とりわけメチル化−ＣｐＧアイランド  リカバリーアッセイ（ＭＩＲＡ）を含む。別の方法であるＭＢ−ＰＣＲは、メチル化ＤＮＡを捕捉するためにＰＣＲ容器壁上に固定される組み換え二価メチル−ＣｐＧ結合ポリペプチドおよびＰＣＲによる結合されたメチル化ＤＮＡの後の検出を使用する。
【００７８】
メチル化ＣｐＧジヌクレオチドモチーフを検出するためのさらなるアプローチは、ＣｐＧジヌクレオチドモチーフのメチル化形態または非メチル化形態のいずれかを選択的に修飾する化学試薬を使用する。適当な化学試薬はヒドラジンおよびバイサルファイトイオンを含む。１つの態様において、本願発明の方法はバイサルファイトイオンを使用してもよい。バイサルファイト変換は、非メチル化シトシンをウラシルに変換するが、メチル化シトシンは維持されるバイサルファイトナトリウムでのＤＮＡサンプルの処理に頼る（Furuichi et al., 1970）。この変換は、最後に、元のＤＮＡの配列において変化をもたらす。得られるウラシルがシトシン塩基対合挙動と異なるチミジン塩基対合挙動を有することは一般知識である。これは、メチル化シトシンおよび非メチル化シトシンの区別を可能にさせる。配列の違いを評価するための分子生物学および核酸化学の有用な慣用の技術は、当分野でよく知られており、文献において説明されている。例えば、Sambrook, J., et al., Molecular cloning: A laboratory Manual, (2001) 3rd edition, Cold Spring Harbor, NY; Gait, M.J.(ed.), Oligonucleotide Synthesis, A Practical Approach, IRL Press (1984); Hames B.D., and Higgins, S.J. (eds.), Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press (1985);およびthe series, Methods in Enzymology, Academic Press, Inc.参照。
【００７９】
いくつかの技術は、ＣｐＧジヌクレオチドでのメチル化状態を評価するためのプライマーを使用する。プライマー設計のために２つのアプローチが可能である。第１に、ＤＮＡメチル化の可能性のある部位を覆わないプライマーが設計され得る。異なるメチル化部位での配列変異は２つのプライマー間に位置され、配列変異の視覚化はさらなるアッセイ工程を必要とする。このようなプライマーは、バイサルファイトゲノムシーケンシング、ＣＯＢＲＡ、Ｍｓ−ＳｎｕＰＥおよびいくつかの他の技術において使用される。第２に、最初の処理される配列のメチル化バージョンおよび非メチル化バージョンのいずれかと特異的にハイブリダイズするプライマーが設計され得る。ハイブリダイゼーション後、増幅反応を行い、当分野で知られている検出システムを使用して増幅産物をアッセイすることができる。増幅産物の存在は、サンプルがプライマーにハイブリダイズしたことを示す。プライマーの特異性は、ＤＮＡが修飾されていたか否かを示し、次に、ＤＮＡがメチル化されていたか否かを示す。標的に対して相補性の十分な領域、例えば、１２、１５、１８または２０ヌクレオチドがあるとき、プライマーはまた、ハイブリダイゼーションを妨げないが他の操作のために有用であり得る追加のヌクレオチド残基を含み得る。かかる他の残基の例は、制限エンドヌクレアーゼ開裂のための、リガンド結合のための、または因子結合またはリンカーまたはリピートのための部位であり得る。オリゴヌクレオチドプライマーは、修飾メチル化残基に特異的であるように、あってもよく、なくてもよい。
【００８０】
修飾核酸および非修飾核酸間を区別するためのさらなる方法は、オリゴヌクレオチドプローブを使用することである。かかるプローブは、修飾核酸と直接的に、または修飾核酸のさらなる産物、例えば増幅によって得られる産物とハイブリダイズし得る。プローブベースのアッセイは、特異的配列へのオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションおよびハイブリットの後の検出を利用する。増幅産物が検出される前にさらなる精製工程、例えば沈殿工程がまたあってもよい。オリゴヌクレオチドプローブは、当分野で知られている任意の検出システムを使用して標識化され得る。これらは、限定はしないが、蛍光部分、放射性同位体標識部分、生物発光部分、発光部分、化学発光部分、酵素、基質、受容体、またはリガンドを含む。
【００８１】
ＭＳＰアプローチにおいて、ＤＮＡは、バイサルファイトナトリウム処理の結果として配列の違いによって、メチル化ＤＮＡと非メチル化ＤＮＡを区別するように設計されるプライマー対を使用して増幅され得る（ＷＯ  ９７／４６７０５）。例えば、バイサルファイトイオンは、非メチル化シトシン塩基を修飾してウラシル塩基に変化させる。ウラシル塩基は、ハイブリダイゼーション条件下でアデニン塩基とハイブリダイズする。したがって、グアニン塩基の代わりにアデニン塩基を含むオリゴヌクレオチドプライマーは、バイサルファイト修飾ＤＮＡとハイブリダイズするが、グアニン塩基を含むオリゴヌクレオチドプライマーは、ＤＮＡにおいて非修飾（メチル化）シトシン残基とハイブリダイズする。ＤＮＡポリメラーゼおよび第２のプライマーを使用する増幅は、容易に観察することができる増幅産物を生じ、次に、ＤＮＡがメチル化されていたか否かを示す。ＰＣＲが好ましい増幅方法であるが、この基礎技術の変形、例えば、ネステッド(nested)ＰＣＲおよびマルチプレックスＰＣＲもまた本願発明の範囲内である。
【００８２】
上記のとおり、関連遺伝子のメチル化状態を評価するための１つの態様は、増幅産物を生じる増幅を必要とする。増幅産物の存在は、当分野でよく知られている方法を使用して直接的に評価され得る。それらは簡単に、適当なゲル、例えばアガロースまたはポリアクリルアミドゲル上で視覚化され得る。検出は、二本鎖ＤＮＡに挿入する特異的色素、例えば臭化エチジウムの結合、および例えばＵＶ照明器下でのＤＮＡバンドの視覚化を含み得る。増幅産物を検出するための別の手段は、オリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションを含む。あるいは、蛍光またはエネルギー移動を、メチル化ＤＮＡの存在を決定するために測定することができる。
【００８３】
ＭＳＰ技術の特定の例は、リアルタイム定量ＭＳＰ（ＱＭＳＰ）を示し、リアルタイムまたはエンドポイントでのメチル化ＤＮＡの信頼できる定量化を可能にする。リアルタイム方法は、増幅処理の連続的な光学モニタリングに一般的に基づき、産物における取り込みを定量することができ、定量化が鋳型において配列のコピー数を示す蛍光的標識試薬を利用する。かかる試薬の１つは、二本鎖ＤＮＡに優先的に結合し、蛍光が二本鎖ＤＮＡの結合によって大きく増強されるＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉと称される蛍光色素である。あるいは、標識プライマーおよび／または標識プローブを定量化のために使用することができる。それらは、よく知られており、市販されているリアルタイム増幅技術、例えばＴＡＱＭＡＮ（登録商標）、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＥＡＣＯＮＳ（登録商標）、ＡＭＰＬＩＦＬＵＯＲ（登録商標）およびＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）、ＤｚｙＮＡ（登録商標）、ＰｌｅｘｏｒＴＭなどの特定の適用を示す。リアルタイムＰＣＲシステムにおいて、ＰＣＲ産物の量における第１の有意な増加が標的鋳型の最初の量と相互関係がある、対数期においてＰＣＲ反応をモニタリングすることができる。
【００８４】
リアルタイムＰＣＲは、反応中のアンプリコンの蓄積を検出する。しかしながら、リアルタイム方法は利用する必要はない。多くの適用は定量化を必要とせず、リアルタイムＰＣＲは、便利な結果、提示および保存を得て、同時にＰＣＲ後の処理を回避するためのツールとしてのみ使用される。したがって、分析は、標的ＤＮＡがサンプルに存在するか否かを確認するためのみに行うことができる。かかるエンドポイント確認は、増幅反応が終わった後に行われる。
【００８５】
本願発明の全ての局面において、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定することは、遺伝子から生じる転写産物および／またはタンパク質アイソフォームの全てのレベルまたは選択物のレベルを決定することを含み得る。
【００８６】
それぞれの遺伝子に対して検出され得る転写産物および対応するタンパク質アイソフォームの例は、以下の表Ｄに示される：
【００８７】
表Ｄ−本願発明において検出され得る典型的な転写産物および対応するタンパク質アイソフォーム
【表Ｄ−１】
2017507320.tif 000011
【表Ｄ−２】
2017507320.tif 000012
【表Ｄ−３】
2017507320.tif 000013
【表Ｄ−４】
2017507320.tif 000014
【表Ｄ−５】
2017507320.tif 000015
【００８８】
本願明細書に記載されている方法は、サンプルから総核酸またはＲＮＡを抽出することをさらに含み得る。適当な方法は、当分野で知られており、市販されているキット、例えばＲｎｅａｓｙおよびＧｅｎｅＪＥＴ  ＲＮＡ精製キットの使用を含む。
【００８９】
１つの態様において、当該方法は、対象からサンプルを得ることをさらに含み得る。一般的に、当該方法は、単離されたサンプルで行われるインビトロ方法である。
【００９０】
本願発明の全ての局面において、サンプルは適当な形態であり得る。サンプルは、前立腺細胞、しばしば前立腺組織サンプルを含んでよく、当該物から本質的になってよく、または当該物からなってよい。前立腺細胞または前立腺組織は前立腺癌細胞を含み得る。特定の態様において、サンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋生検サンプルを含むか、当該サンプルから本質的になるか、または当該サンプルからなる。組織サンプルは任意の適当な技術によって得ることができる。例は、生検処理、所望により微細針吸引生検処理を含む。体液サンプルもまた利用され得る。適当なサンプル型は、全血、血清および血漿サンプルを含む血液、尿および精液を含む。
【００９１】
本願発明の方法は、対象において前立腺癌に対する処置を選択すること、および所望により処置を行うことを含み得る。１つの態様において、前立腺癌の特性化および／または予後が再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加であるとき、選択された処置が
ａ）抗ホルモン処置
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤
ｄ）放射線治療
ｅ）標的療法
ｆ）手術
の１つ以上である。
【００９２】
抗ホルモン処置（またはホルモン療法）は、選択されるホルモン、特にテストステロンのレベルおよび／または活性を低下させる処置の形態を意味する。ホルモンは、腫瘍増殖および／または転移を促進し得る。抗ホルモン処置は、黄体形成ホルモンブロッカー、例えばゴセレリン（Ｚｏｌａｄｅｘとも呼ばれる）、ブセレリン、リュープロレリン（Ｐｒｏｓｔａｐとも呼ばれる）、ヒストレリン（Ｖａｎｔａｓ）およびトリプトレリン（Ｄｅｃａｐｅｐｔｙｌとも呼ばれる）を含み得る。抗ホルモン処置は、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）ブロッカー、例えばデガレリクス（Ｆｉｒｍａｇｏｎ）または抗アンドロゲン、例えばフルタミド（Ｄｒｏｇｅｎｉｌとも呼ばれる）およびビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘとも呼ばれる）を含み得る。特定の態様において、抗ホルモン処置はビカルタミドおよび／またはアビラテロンであり得る。
【００９３】
細胞毒性剤は、白金をベースとする薬剤および／またはタキサンであり得る。特定の態様において、白金をベースとする薬剤は、シスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される。タキサンは、パクリタキセル、カバジタキセルまたはドセタキセルであり得る。細胞毒性剤はまた、ビンカアルカロイド、例えばビノレルビンまたはビンブラスチンであり得る。細胞毒性剤は、トポイソメラーゼインヒビター、例えばエトポシドまたはアントラサイクリン（抗生物質）、例えばドキソルビシンであり得る。細胞毒性剤は、アルキル化剤、例えばエストラムスチンであり得る。
【００９４】
生物学的製剤は、生物学的処理によって作られる医薬品を意味する。生物学的製剤は、例えば、ワクチン、血液または血液成分、細胞、遺伝子治療、組織、または組み換え治療タンパク質であり得る。所望により、生物学的製剤は抗体および／またはワクチンである。生物学的製剤はＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔであり得る。
【００９５】
１つの態様において、放射線治療は拡大放射線治療、好ましくは広範囲放射線治療である。
【００９６】
手術は前立腺全摘出術を含み得る。前立腺全摘出術は、全前立腺、精嚢および精管の除去を意味する。さらなる態様において、手術は、腫瘍切除、すなわち腫瘍の全ての除去または腫瘍の一部の除去を含む。
【００９７】
標的療法は、前立腺癌の処置に特異的な薬物標的に対して標的治療剤を使用する処置を意味する。特定の態様において、これは標的に対するインヒビター、例えばＰＡＲＰ、ＡＫＴ、ＭＥＴ、ＶＥＧＦＲなどを意味し得る。ＰＡＲＰインヒビターは、酵素ポリＡＤＰリボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）の薬理学的インヒビターのグループである。癌のいくつかの形態は、正常細胞よりもＰＡＲＰに依存しており、ＰＡＲＰを癌治療に対する魅力的な標的にさせる。（臨床試験において）例は、イニパリブ(iniparib)、オラパリブ(olaparib)、ルカパリブ(rucaparib)、ベリパリブ(veliparib)、ＣＥＰ  ９７２２、ＭＫ  ４８２７、ＢＭＮ−６７３および３−アミノベンズアミドを含む。タンパク質キナーゼＢ（ＰＫＢ）としても知られているＡＫＴは、多数の細胞過程、例えばグルコース代謝、アポトーシス、細胞増殖、転写および細胞移動において重要な役割を果たすセリン／スレオニン−特異的タンパク質キナーゼである。ＡＫＴは、腫瘍細胞の生存、増殖、および侵襲性と関連する。ＡＫＴインヒビターの例は、ＶＱＤ−００２、ペリホシン、ミルテホシンおよびＡＺＤ５３６３を含む。ＭＥＴは、肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）をコードするプロトオンコジーンである。肝細胞増殖因子受容体タンパク質は、チロシン−キナーゼ活性を有する。ＭＥＴの阻害のためのキナーゼインヒビターの例は、Ｋ２５２ａ、ＳＵ１１２７４、ＰＨＡ−６６７５２、ＡＲＱ１９７、フォレチニブ(Foretinib)、ＳＧＸ５２３およびＭＰ４７０を含む。ＭＥＴ活性はまた、ＨＧＦとの相互作用を阻害することによりブロックすることができる。切断されたＨＧＦ、抗ＨＧＦ抗体および開裂不可能なＨＧＦを含む多くの適当なアンタゴニストが知られている。ＶＥＧＦ受容体は血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）に対する受容体である。種々のインヒビター、例えばレンバチニブ、モテサニブ、パゾパニブおよびレゴラフェニブが知られている。
【００９８】
本願発明の方法は、治療選択ならびに新規治療の臨床試験評価中の強化戦略のための患者グループを選択することを導くことができる。例えば、推定抗癌剤または処置レジメンを評価するとき、本願明細書に記載されている方法は、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を有するとして特徴付けられる前立腺癌を有する臨床試験のための個体を選択するために使用され得る。
【００９９】
本願発明はまた、本願明細書に記載されている方法を実施するためのシステムまたは装置に関する。
【０１００】
さらなる局面において、本願発明は、対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのシステムまたは試験キットであって、
ａ）当該対象由来のサンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定するための１つ以上の試験装置
ｂ）処理装置；および
ｃ）処理装置によって実行されるとき、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、当該サンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスする、および／または当該発現レベルを計算する
（ｉｉ）当該サンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算する；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後を処理装置から出力する
ように構成されるコンピューターのアプリケーションを含む、記憶媒体
を含む、キットに関する。
【０１０１】
試験装置は、遺伝子の発現レベルが決定される成分の組合せを意味する。当該成分は、タンパク質、ＲＮＡまたはエピジェネティック修飾のレベルでの発現レベルを決定するための方法に関して上記のいずれかのものを含み得る。例えば、当該成分は抗体、プライマー、検出剤などであり得る。成分はまた、１つ以上の以下のもの：顕微鏡、顕微鏡スライド、ｘ線フィルム、放射線カウンター、シンチレーションカウンター、分光光度計、比色計、蛍光光度計、照度計、および濃度計を含み得る。
【０１０２】
１つの態様において、システムまたは試験キットは、処理装置からの出力のためのディスプレーをさらに含む。
【０１０３】
本願発明はまた、上記定義のコンピューターのアプリケーションを含むコンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体に関する。
【０１０４】
１つの態様において、本願明細書に記載されている方法にしたがって、対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するための、コンピューター実行方法、システム、およびコンピュータープログラム製品を提供する。例えば、コンピュータープログラム製品は、コンピューターによって実行されるとき、コンピューターが本願明細書に記載されている対象において前立腺癌を特性化および／または予後決定させる、具体化されたコンピューター可読のプログラム命令を有する持続性のコンピューター可読の記憶装置を含み得る。例えば、コンピューターの実行可能な命令は、コンピューターに、
（ｉ）１つ以上の試験装置にて、サンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの決定された発現レベルにアクセスさせる、および／または当該発現レベルを計算させ得る；
（ｉｉ）サンプルにおいて、ＦＯＸＭ１、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つのレベルの増加または減少が存在するか否かを計算させ得る；および
（ｉｉｉ）前立腺癌の特性化および／または予後に関して出力を提供させ得る。
【０１０５】
１つの態様において、コンピューター実行方法、システム、およびコンピュータープログラム製品は、例えばコンピューターおよびモジュールを操作および実行する、コンピューターのアプリケーションにおいて具体化され得る。実行されるとき、アプリケーションは、本願明細書に記載されている実施例態様にしたがって、対象において前立腺癌を特徴付け得る、および／または予後決定し得る。
【０１０６】
本願明細書において使用されるとき、コンピューターは、あらゆるコンピューター、サーバー、組み込みシステム、またはコンピューターシステムに対応し得る。モジュールは、種々の方法を行うこと、および本願明細書に示される機能を処理することにおいてコンピューターを促進するように構成される１つ以上のハードウェアまたはソフトウェアエレメントを含み得る。コンピューターは、種々の内部または付属部品、例えば処理装置、システムバス、システム記憶装置、記憶媒体、入出力インターフェース、およびネットワークとやりとりするためのネットワークインターフェースを含み得る。コンピューターは、慣用のコンピューターシステム、組み込みコントローラー、ラップトップ型コンピューター、サーバー、カスタマイズされた機械、任意の他のハードウェアプラットフォーム、例えば研究所コンピューターまたは装置、例えば、またはそれらの任意の組合せとして実行され得る。コンピューターは、例えばデータネットワークまたはバスシステムを介して、相互接続された複数のコンピューターを使用して機能するように構成される分散システムであり得る。
【０１０７】
処理装置は、本願明細書に記載されている操作および機能を行い、リクエストフロー(request flow)を管理し、マッピングに取り組むように、および、計算を行い、コマンドを生成するようにコードまたは命令を実行するように構成され得る。処理装置は、コンピューターにおいてコンポーネントの操作をモニタリングおよびコントロールするように構成され得る。処理装置は、汎用処理装置、処理装置コア、多重処理装置、再構成可能な処理装置、マイクロコントローラー、デジタルシグナル処理装置（「ＤＳＰ」）、特定用途向け集積回路（「ＡＳＩＣ」）、グラフィックス・プロセッシング・ユニット（「ＧＰＵ」）、フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ（「ＦＰＧＡ」）、プログラム可能論理回路（「ＰＬＤ」）、コントローラー、ステートマシン(state machine)、ゲーテッドロジック(gated logic)、別々のハードウェアコンポーネント、任意の他のプロセッシング・ユニット、またはそれらの任意の組合せもしくは多数であり得る。処理装置は、シングル・プロセッシング・ユニット、マルチプロセッシング・ユニット、シングル処理コア、マルチ処理コア、専用処理コア、コプロセッサー、またはそれらの任意の組合せであり得る。１つの実施例態様において、処理装置は、コンピューターの他のコンポーネントと一緒に、１つ以上の他のコンピューター内で実行するバーチャル化コンピューターであり得る。
【０１０８】
システム記憶装置は、非揮発性メモリー、例えば読取専用メモリー（「ＲＯＭ」）、プログラム可能型読取専用メモリー（「ＰＲＯＭ」）、消去可能型読取専用メモリー（「ＥＰＲＯＭ」）、フラッシュメモリー、または適用される電源有り、または無しで．プログラム命令またはデータを保存することができる他の任意の装置を含み得る。システム記憶装置はまた、揮発性メモリー、例えばランダムアクセスメモリー（「ＲＡＭ」）、スタティックランダムアクセスメモリー（「ＳＲＡＭ」）、ダイナミックランダムアクセスメモリー（「ＤＲＡＭ」）、および同期型ダイナミックランダムアクセスメモリー（「ＳＤＲＡＭ」）を含み得る。ＲＡＭの他のタイプはまた、システム記憶装置を実行するために使用され得る。システム記憶装置は、シングルメモリーモジュールまたはマルチメモリーモジュールを使用して実行され得る。システム記憶装置はコンピューターの一部であり得るが、当業者は、対象技術の範囲から逸脱することなく、システム記憶装置がコンピューターから分離され得ることを認識する。システム記憶装置は、非揮発性記憶装置、例えば記憶媒体を含んでよく、または共に操作してもよいことも理解すべきである。記憶媒体は、ハードディスク、フロッピーディスク、コンパクトディスク読取専用メモリー（「ＣＤ−ＲＯＭ」）、デジタル多用途ディスク（「ＤＶＤ」）、ブルーレイディスク、磁気テープ、フラッシュメモリー、他の非揮発性記憶装置、半導体ドライブ（「ＳＳＤ」）、任意の磁気記憶装置、任意の光学記憶装置、任意の蓄電装置、任意の半導体記憶装置、任意の物理ベースの記憶装置、任意の他のデータ記憶装置、またはそれらの任意の組合せもしくは多数を含み得る。記憶媒体は、１つ以上のオペレーティングシステム、アプリケーションプログラムおよびプログラムモジュール、例えばモジュール、データ、または任意の他の情報を保存し得る。記憶媒体は、コンピューターの一部であってよく、またはコンピューターと接続されていてもよい。記憶媒体はまた、コンピューター、例えばサーバー、データベースサーバー、クラウド保存、ネットワーク接続保存などと通信して、１つ以上の他のコンピューターの一部であり得る。
【０１０９】
モジュールは、種々の方法を行う、および本願明細書に示される機能を処理するコンピューターを促進するように構成される１つ以上のハードウェアまたはソフトウェアエレメントを含み得る。モジュールは、システム記憶装置、記憶媒体、またはその両方と一緒に、ソフトウェアまたはファームウェアとして記憶される１つ以上の一連の命令を含み得る。したがって、記憶媒体は、命令またはコードが処理装置による実行のために保存され得る機械またはコンピューター可読媒体の例を示し得る。機械またはコンピューター可読媒体は、一般的に、処理装置に命令を提供するために使用される任意の媒体を示し得る。モジュールと関連するかかる機械またはコンピューター可読媒体は、コンピューターソフトウェア製品を含み得る。モジュールを含むコンピューターソフトウェア製品が、ネットワークを介してコンピューターにモジュールを送達するための１つ以上の処理または方法、任意のシグナル含有媒体、または任意の他の通信または送達技術と関連してもよいことも理解すべきである。モジュールはまた、ハードウェア回路またはハードウェア回路を構成するための情報、例えばマイクロコードまたはＦＰＧＡまたは他のＰＬＤのための構成情報を含み得る。
【０１１０】
入出力（「Ｉ／Ｏ」）インターフェースは、１つ以上の外部装置と連結し、１つ以上の外部装置からデータを受け取り、１つ以上の外部装置にデータを送るように構成され得る。かかる外部装置はまた、種々の内部装置と共に、周辺装置として知られていてもよい。Ｉ／Ｏインターフェースは、種々の周辺装置とコンピューターまたは処理装置を作動可能に連結するために、電気的および物理的接続の両方を含み得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、データ、アドレス、および周辺装置、コンピューター、または処理装置間の調節シグナルを伝えるように構成され得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、あらゆる標準インターフェース、例えばスモールコンピューターシステムインターフェース（「ＳＣＳＩ」）、シリアル接続ＳＣＳＩ（「ＳＡＳ」）、ファイバーチャンネル、ペリフェラルコンポーネントインターコネクト（「ＰＣＩ」）、ＰＣＩエクスプレス（ＰＣＩｅ）、シリアルバス、パラレルバス、アドバンスドテクノロジーアタッチメント（advanced technology attached）（「ＡＴＡ」）、シリアルＡＴＡ（「ＳＡＴＡ」）、ユニバーサルシリアルバス（「ＵＳＢ」）、サンダーボルト（Ｔｈｕｎｄｅｒｂｏｌｔ）、ファイヤーワイヤー（ＦｉｒｅＷｉｒｅ）、種々のビデオバス(video buses)などを実行するように構成され得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、１つのインターフェースまたはバステクノロジーのみを実行するように構成され得る。
【０１１１】
あるいは、Ｉ／Ｏインターフェースは、マルチインターフェースまたはバステクノロジーを実行するように構成され得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、システムバスの一環として、システムバスの全てとして、またはシステムバスと共に操作するように構成され得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、１つ以上の外部装置、内部装置、コンピューター、または処理装置間の伝送をバッファーするための１つ以上のバッファーを含み得る。
【０１１２】
Ｉ／Ｏインターフェースは、コンピューターと、マウス、タッチスクリーン、スキャナー、エレクトロニックデジタイザー、センサー、レシーバー、タッチパッド、トラックボール、カメラ、マイクロホン、バステクノロジー、任意の他のポインティングデバイス、またはそれらの任意の組合せを含む種々の入力装置を連結し得る。Ｉ／Ｏインターフェースは、コンピューターと、ビデオディスプレイ、スピーカー、プリンター、プロジェクター、触感フィードバック装置(tactile feedback devices)、オートメーションコントロール(automation control)、ロボットコンポーネント(robotic components)、アクチュエータ、モーター、ファン、ソレノイド、バルブ(valves)、ポンプ(pumps)、トランスミッター、シグナルエミッター、ライトなどを含む種々の出力装置を連結し得る。
【０１１３】
コンピューターは、ネットワークを介して１つ以上の他のシステムまたはコンピューターへのネットワークインターフェースを介して論理的接続を使用するネットワーク環境において操作し得る。ネットワークは、広域ネットワーク（ＷＡＮ）、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、イントラネット、インターネット、ワイヤレスアクセスネットワーク、有線ネットワーク、携帯電話ネットワーク、電話ネットワーク、光ネットワーク、またはそれらの組合せを含み得る。ネットワークは、任意のトポロジーのパケット交換、回路交換であり得、任意の通信プロトコールを使用し得る。ネットワーク内の通信リンクは、種々のデジタルまたはアナログ通信媒体、例えば光ファイバーケーブル、自由空間光通信、導波管、導体、無線リンク、アンテナ、無線通信周波数などを含み得る。
【０１１４】
処理装置は、システムバスを介する本願明細書に記載のコンピューターまたは種々の周辺装置の他のエレメントに連結され得る。システムバスは、処理装置内、処理装置外、または両方であり得ること理解されるべきである。いくつかの態様において、任意の処理装置、コンピューターの他のエレメント、または本願明細書に記載の種々の周辺装置は、単一装置、例えばシステムオンチップ（「ＳＯＣ」）、システムオンパッケージ（「ＳＯＰ」）、またはＡＳＩＣ装置に組み込まれ得る。
【０１１５】
態様は、本願明細書に記載および説明される機能を具体化するコンピュータープログラムであって、該コンピュータープログラムは命令を実行する機械可読媒体および処理装置に保存される命令を含むコンピューターシステムにおいて実行するコンピュータープログラムを含み得る。しかしながら、コンピュータープログラミングにおいて態様を実行する多数の異なる方法が存在し得ることを理解すべきであり、該態様は、コンピュータープログラム命令の１つのセットに限定されると解釈されるべきでない。さらに、熟練したプログラマーは、本願明細書に記載されている１つ以上の記載の態様を実行するように、かかるコンピュータープログラムを書くことができる。したがって、プログラムコード命令の特定のセットの記載を、態様を作る方法および態様を使用する方法の十分な理解のために必要であると考えない。さらに、当業者は、本願明細書に記載されている態様の１つ以上の局面は、１つ以上のコンピューターシステムにおいて具体化させ得るとき、ハードウェア、ソフトウェア、またはそれらの組合せによって行われ得ると理解することができる。さらに、コンピューターによって行われる行為への言及は、２つ以上のコンピューターが行為を行ってもよく、単一のコンピューターによって行われると解釈すべきでない。
【０１１６】
本願明細書に記載されている例の態様は、以前に記載の方法および処理機能を行うコンピューターハードウェアおよびソフトウェアと共に使用することができる。本願明細書に記載されているシステム、方法、および処理は、プログラム可能型コンピューター、コンピューター実行可能なソフトウェア、またはデジタル回路において具体化することができる。ソフトウェアは、コンピューター可読媒体に保存することができる。例えば、コンピューター可読媒体は、フロッピーディスク、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ハードディスク、リムーバルメディア、フラッシュメモリー、メモリスティック、光媒体、光磁気メディア、ＣＤ−ＲＯＭなどを含むことができる。デジタル回路は、集積回路、ゲートアレイ、ビルディングブロックロジック(building block logic)、フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ（ＦＰＧＡ）などを含むことができる。
【０１１７】
本願明細書に記載されている方法を行うための試薬、ツール、および／または指示は、キットにおいて提供することができる。かかるキットは、例えば生検による、患者から組織サンプルを回収するための試薬、および組織を処理するための試薬を含むことができる。キットはまた、発現レベル分析を行うための１つ以上の試薬、例えば、患者サンプルにおいてバイオマーカーの発現レベルを決定するための、ＲＴ−ＰＣＲおよびｑＰＣＲを含む核酸増幅、ＮＧＳ、ノーザンブロット、プロテオーム分析、または免疫組織化学を行うための試薬を含むことができる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを行うためのプライマー、ノーザンブロット分析を行うためのプローブ、および／またはプロテオーム分析、例えばウェスタンブロット、免疫組織化学およびＥＬＩＳＡ分析を行うための本願明細書に記載の抗体またはアプタマーを、かかるキットに含むことができる。アッセイのための適当なバッファーもまた含むことができる。任意のこれらのアッセイのために必要とされる検出試薬もまた含むことができる。キットは、例えばアレイまたはＰＣＲをベースとするキットであってよく、例えばさらなる試薬、例えばポリメラーゼおよび／またはｄＮＴＰを含み得る。本願明細書に記載のキットはまた、発現レベルを測定するためのアッセイを行う方法を記載している指示書を含むことができる。
【０１１８】
キットは、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つに相補的な１つ以上のプライマー対を含み得る。
【０１１９】
キットはまた、参照遺伝子に相補的な１つ以上のプライマー対、例えばＴＰＴ１、ＲＰＳ１４またはＲＰＬ３７Ａの少なくとも１つに相補的なプライマーを含み得る。
【０１２０】
かかるキットはまた、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、Ｆ１２、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＮＰＦ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＨＪＵＲＰ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＲＮＦＴ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＳＴＲ１、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６個に相補的なプライマー対を含み得る。
【０１２１】
キットは、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＨＪＵＲＰ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１の少なくとも１つに相補的な１つ以上のプライマー対およびＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つに相補的な１つ以上のプライマー対を含み得る。
【０１２２】
対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキットは、ＡＤＡＭＴＳ９、ＥＭＰ１、Ｆ３、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＮＲ４Ａ３、ＰＴＧＳ２、ＲＩＮ２、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ３およびＴＳＣ２２Ｄ１の少なくとも１つのメチル化状態を決定することを可能にし得る。高メチル化であってもよい決定されたメチル化状態は、前立腺癌の特性化および／または予後を提供するために使用される。かかるキットは、遺伝子のメチル化状態を直接的に決定するためのプライマーおよび／またはプローブを含み得る。したがって、それらは、ハイブリダイゼーションによってＤＮＡのメチル化および非メチル化形態を区別するメチル化特異的プライマーおよび／またはプローブを含み得る。かかるキットはまた、一般的に、ＣｐＧジヌクレオチドモチーフのメチル化または非メチル化形態のいずれかを選択的に修飾する試薬を含む。適当な化学試薬は、ヒドラジンおよびバイサルファイトイオンを含む。例は、ナトリウムバイサルファイトである。しかしながら、キットは、メチル化状態を決定するための上記と他の試薬、例えば制限エンドヌクレアーゼを含み得る。
【０１２３】
したがって、本願発明はまた、上記１つ以上の抗体またはアプタマーを含む対象において前立腺癌を特徴付ける、および／または予後決定するためのキットに関する。
【０１２４】
上記のとおり、１つの態様において、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＨＪＵＲＰ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１、またはＦＯＸＭ１の少なくとも１つの発現レベルの増加が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す。さらなる態様において、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルの減少が、再発および／または転移および／または予後不良の可能性の増加を示す。
【０１２５】
したがって、本願明細書に記載されているキットは、ＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、Ｆ１２、ＣＥＮＰＦ、ＨＪＵＲＰ、ＲＮＦＴ２、およびＳＳＴＲ１またはＦＯＸＭ１の少なくとも１つおよびＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＫ４、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ９、Ｂ３ＧＮＴ５、ＣＤ３８、ＣＥＢＰＤ、ＣＲＥＭ、ＤＫＫ１、ＥＭＰ１、ＥＲＲＦＩ１、Ｆ３、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ８、ＪＵＮＢ、ＫＬＦ１０、ＫＬＦ４、ＬＤＬＲ、ＬＧＡＬＳ３、ＬＰＡＲ１、ＭＡＬＡＴ１、ＭＴＵＳ１、ＭＹＢＰＣ１、ＮＦＩＬ３、ＮＲ４Ａ３、ＯＡＴ、ＰＩ１５、ＰＴＧＳ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＩＮ２、ＳＥＬＥ、ＳＬＣ１５Ａ２、ＳＯＣＳ２、ＳＯＣＳ３、ＳＴ６ＧＡＬ１、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＸＢＰ１およびＺＦＰ３６の少なくとも１つの発現レベルを決定するための、（本願明細書に記載の）プライマー、プローブまたは抗体／アプタマーを含み得る。したがって、キットは、上方調節マーカーおよび下方調節マーカーの組合せの発現レベルを決定するために試薬を包含し得る。適当な抗体および／またはプライマー／プローブは、本願明細書の表Ｂ、ＣおよびＤから得ることができる。
【０１２６】
キットに含まれる情報材料は、本願明細書に記載されている方法および／または本願明細書に記載されている方法のための試薬の使用に関する記述的材料、教育的材料、マーケティング材料または他の材料であり得る。例えば、キットの情報材料は、連絡先情報、例えば、物理アドレス、電子メールアドレス、ウェブサイト、または電話番号を含むことができ、キットのユーザーは、遺伝子発現分析を行うことについて、および結果を解釈することについて実質的な情報を得ることができる。
【０１２７】
キットは、上記コンピューターのアプリケーションまたは記憶媒体をさらに含み得る。
【０１２８】
種々の態様の範囲および精神から逸脱することなく、以前に示されている態様に記載されている例のシステム、方法、および行為は説明のためであり、代替態様において、特定の行為を、異なる順序で、お互いに並行して行う、完全に省略する、および／または異なる例の態様間で組み合わせることができ、および／または特定のさらなる行為を行うことができる。したがって、かかる代替態様は本願明細書に記載されている例に含まれる。
【０１２９】
特定の態様は詳細に上記されているが、記載は単に説明の目的のためである。したがって、上記の多くの局面は、特に明白に指定のない限り、必要な要素または必須の要素として意図されないと理解すべきである。
【０１３０】
特許請求の範囲に定義の態様の範囲および精神から逸脱することなく、上記のものに加えて、例の態様の記載の局面の修飾、および対応する同等の成分または行為は、本願の利益を有する当業者によって作ることができ、該範囲は、かかる修飾および同等の構造を含むように最大限広範な解釈を与えられる。
【図面の簡単な説明】
【０１３１】
【図１】７０の原発性前立腺癌、２０の転移性疾患を伴っての原発性癌、１１の転移性疾患および２５の正常前立腺サンプルＦＦＰＥを含むＦＦＰＥ前立腺癌サンプルセットの監視されていない階層的クラスター分析。Ａ．データセットにわたって非常にバリアブルな(variable)遺伝子を使用して、転移性疾患適用とクラスター化する原発性腫瘍のサブセットを同定した（カイ二乗  ２．７７ｘ１０−１０）。Ｂ．Ｔａｙｌｏｒおよび仲間によって公開されたデータセットの内部データセットから同定された１０８３個の特異的に発現される遺伝子を使用する半監視(Semi-supervised)階層的クラスター分析は、転移性疾患適用とクラスター化する原発性腫瘍の同様のサブクラスターを同定した（カイ二乗  ２．７８ｘ１０−６）。Ｃ．患者が転移生物学グループの一部であったまたは一部でなかったとき、患者が手術後に無病のままであろう確率のＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ分析、危険率はログランク検定によって決定された。
【０１３２】
【図２】Ａ．開示由来のＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑヒットと８３個の過剰発現遺伝子の重複、重複の超幾何学的試験  ｐ−値  ９．２６９ｘ１０−５。Ｂ．ＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−ｓｅｑヒットと重複し、過剰発現標的のままである３９個の過剰発現標的のピアソン相関関係スコアのボックスプロット。Ｔ−検定（ｐ−値  ＜０．０００１）。
【０１３３】
【図３】Ａ．Ｇｒｅａｔの(http://bejerano.stanford.edu/great/public/html/)機能分析、高メチル化プローブが位置しているゲノム領域の分子機能。Ｂ．ＥＺＨ２およびＨ３Ｋ２７ｍｅ３のＣＨＩＰ−ＳＥＱ同定標的と過小発現遺伝子の重複を証明するベン図(Venn diagram)、重複の超幾何学的試験。Ｃ．高メチル化およびＨ３Ｋ２７ｍｅ３修飾と過小発現遺伝子の重複を証明するベン図。
【０１３４】
【図４】転移生物学サブグループおよび非転移生物学サブグループ（「Ｌｉｓｔ１および２」）間で低く相関されるものならびに非転移生物学サブグループおよび良性グループ（「Ｌｉｓｔ３」）間で高く相関されるものを含む上位１０，０００位のプローブセット間の重複を示すベン図。
【０１３５】
【図５】内部データセットにおいて同定されるサンプルクラスターのＧＡＰ分析。
【０１３６】
【図６】Ｔｏｐｐｆｕｎを使用して(http://toppgene.cchmc.org/)１１８２個のユニークな特異的に発現される遺伝子の機能分析Ａ．過小発現遺伝子の有意な分子プロセス(molecular process)Ｂ．過剰発現遺伝子の有意な分子プロセス
【０１３７】
【図７】可能なＩＨＣ抗体をスクリーニングするための試験アウトライン
【発明を実施するための形態】
【０１３８】
本願発明は、以下の実験例を参照することによりさらに理解される。
【０１３９】
結果
監視されていない階層的クラスター分析は、転移生物学により定義される前立腺癌において異なる分子サブグループを同定する
本願発明者らは、転移能を有する原発性前立腺癌が、転移性疾患および公知の随伴性転移を有する原発性疾患と転写的に類似であると仮説を立てた。この転移サブグループを同定するために、本願発明者らは、７０個の前立腺に臨床的に限定される切除された原発性前立腺癌サンプル、２０個の公知の随伴性転移性疾患を有する原発性前立腺癌サンプル、１１個の転移性疾患を有するリンパ節サンプル、および２５個の正常前立腺サンプルを使用して、監視されていない階層的クラスター分析アプローチを行った。全体のデータセットにわたって非常にバリアブルなプローブセットを使用して、クラスター分析を行った。ＧＡＰ統計的試験（Tibshirani et al 2001）は、統計的有意性を有する２つの主なサンプルクラスターを同定した（図１Ａ、図５）。
【０１４０】
これらの分子サブグループの１つは、転移性疾患および公知の随伴性転移を有する原発性腫瘍に対して有意な富化(enrichment)を有した（カイ二乗  ｐ＝２．７７ｘ１０−１０）。重要なことには、２９個の原発性前立腺サンプルがまた、このグループにおいて見出され、これは転移性疾患を示さなかったが、類似の転写生物学を共有した。腫瘍のこのグループは、本願明細書において「転移生物学サブグループ」および第２のサブグループ「非転移サブグループ」と称される。
【０１４１】
次に、本願発明者らは、転移および非転移サブグループにおいて原発性腫瘍間の遺伝子発現分析を行い、１１８２個の特異的に発現される転写産物を同定した。大多数のこれらの転写産物は転移サブグループにおいて過小発現された（１０９９個の過小発現  対  ８３個の過剰発現）。
【０１４２】
１１８２個の特異的に発現される遺伝子が第２のデータセットにおいて予後(prognostic)であるか否かを同定するために、本願発明者らは、Ｔａｙｌｏｒおよび仲間によって公開された前立腺癌データセット（Taylor et al 2010）をクラスターするように当該遺伝子を使用した。このデータセットは、ＰＳＡ追跡が利用できる手術によって管理される前立腺癌を示す。本願発明者らの内部訓練セットと一致して、本願発明者らは２つの強力なサンプルクラスターを見出し、その１つは転移サンプルに対して富化を証明した（カイ二乗  ｐ＝２．７８ｘ１０−６（図１Ｂ）。重要なことには、このグループはまた、提示期間時に公知の転移性疾患を有さない６３個の原発性腫瘍サンプルを含んだ。Ｋａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ分析は、転移生物学グループ内の原発性腫瘍が手術後の疾患再発までの時間がより短かったことを証明した（図１Ｃ）（危険率（ＨＲ）２．３７７およびｐ−値  ０．０３５１）。サンプルクラスターの臨床的および病理学的特性は表１に詳しく述べられている。重要なことには、他の予後臨床的因子、例えば処置前のステージ(stage)、グレード(grade)またはＰＳＡレベルにおいて違いを有さなかった。
【０１４３】
転移生物学グループの基礎となる分子経路
どの分子経路が転移表現型および予後不良を引き起こすかを確立するために、本願発明者らは、転移および非転移サブグループ間の１１８２個の特異的に発現される遺伝子を使用して経路分析を行った。これは、転移サブグループにおいて１０個の有意な過剰発現経路および２０個の過小発現経路を同定した（表２ｉおよび２ｉｉ）。興味深いことに、転移サブグループにおいて大多数の過剰発現経路は細胞分裂進行と関連し（表２ｉ）、過小発現分子経路は細胞接着、形態、ＡＴＦ２およびｐ５３転写に関与した。
【０１４４】
これらの分子経路のどれが予後不良に関与するかを確立するために、本願発明者らはＴａｙｌｏｒデータセットおよびＳｕｎおよび仲間によって公開された第２のデータセット(Sun et al 2009)をクラスターするためにそれぞれの経路を示す遺伝子を使用した。この後者のデータセットは、ＰＳＡ追跡を有する手術で管理される原発性前立腺癌を示す。再発までの時間のＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ分析を、観察されるクラスターのそれぞれに対して使用した（表２ｉおよび２ｉｉ）。
【０１４５】
過剰発現分子経路のうち、ＦＯＸＭ１転写因子ネットワークのみがＴａｙｌｏｒデータセットにおいて有意に予後であった（ＨＲ  ２．７５５  ｐ＝０．０１３４）。さらに、ＦＯＸＭ１それ自体は、本願発明者らの内部訓練データセットにて転移生物学サブグループにおいて過剰発現した（ＦＣ  ２．１３）。増加したＦＯＸＭ１が転移生物学グループにおいて有糸分裂遺伝子の過剰発現に関与するか否かを確立するために、本願発明者らは、Ｓａｎｄｅｒおよび仲間およびＣｈｅｎおよび仲間により公開された２つの公のＦｏｘＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑデータ（Chen et al 2013、Sanders et al 2013）を取り出した。本願発明者らは、転移生物学グループにおいて過剰発現される遺伝子と、同定されるＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑ標的を重複した。意義深く、転移サブグループにおいて８３個の過剰発現遺伝子のうち３９が、データセットのいずれかにおいてＦＯＸＭ１によって制限され、２０個は両方に共通していた。この重複は高度に有意であった（９．２６９ｘ１０−５）。さらに、本願発明者らは、内部データセットにおいてＦＯＸＭ１レベルに対する全ての過剰発現転写産物の相関関係分析を行った（補足表３）。非ＣＨＩＰ標的に対するＣＨＩＰ−Ｓｅｑデータの分析を介して同定される３９個のＦＯＸＭ１標的の相関関係の比較は、ＣＨＩＰ−Ｓｅｑ標的のＦＯＸＭ１標的  対  ＦＯＸＭ１によって制限されないものに対する相関関係スコアにおいて高度に有意な増加を証明した（ｔ検定  ｐ−値  ＜０．０００１）（図２Ｂ）。総合すれば、このデータは、ＦｏｘＭ１過剰発現が転移サブグループにおいて過剰発現として検出される８３個の遺伝子の大型サブセットの転写活性化に関与するということを強く示唆する。
【０１４６】
ＴａｙｌｏｒおよびＳｕｎデータセットの両方において有意に予後である過小発現分子経路は、筋収縮、脂質生成およびＡＴＦ２転写標的であった。ジルチアゼム経路は、Ｔａｙｌｏｒデータセットにおいて有意に予後であったが、インテグリンシグナル伝達およびｐ５３に対する転写標的は、Ｔａｙｌｏｒデータセットにおいて失ったが、Ｓｕｎデータセットにおいて予後有意性に達した。
【０１４７】
遺伝子発現のエピジェネティックサイレンシングは転移生物学サブグループにおいて起こる
転移生物学サブグループにおいて特異的に発現される遺伝子の大多数は下方調節された。次に、本願発明者らは、何の起こり得るメカニズムが転移生物学グループにおいて遺伝子発現のこの顕著な喪失を説明することができるかを求めた。分子プロセスの分析は、クロマチン結合に関与する遺伝子が過剰発現されることを同定し（図６）、重要なことには、本願発明者らは、エピジェネティック遺伝子制御に関与することが知られているいくつかの遺伝子（ＡＲ、ＥＺＨ２、ＨＥＬＬＳおよびＵＨＲＦ１を含む）が上方調節されたことに注目した（表３）。
【０１４８】
ＵＨＲＦ１は、転移生物学サブグループにおいて過剰発現された（２．３７５倍）。このタンパク質は最近、前立腺癌においてエピジェネティックサイレンシングに寄与すること、および該サイレンシングを維持することが示された（Babbio et al 2012）。ＵＨＲＦ１は、ヘミメチル化ＣｐＧに結合することができ、ＤＮＭＴ１をリクルートし(recruit)、ＤＮＡメチル化パターンを維持することができる（Bostick et al 2007、Sharif et al 2007）。プロモーターでの、またはプロモーター付近でのＤＮＡメチル化の割合の増加は、遺伝子発現の低下と相互関係があることが示されており、これは遺伝子プロモーターへの転写因子の接近性にほぼ確実に関連している。
【０１４９】
したがって、本願発明者らは、高含量ＤＮＡメチル化アレイを使用して、本願発明者らの暫定的(interim)訓練セットからの２２個の腫瘍のサブセット（それぞれのサブグループから１１個）においてＤＮＡメチル化レベルを測定した（サンプルは補足表３に詳細に記載されている）。転移サブグループにおいて１０９８個の過小発現遺伝子のグローバル分析は、４１８個がＤＮＡメチル化の割合を増加させたことを証明した（重複のｐ値  １．５４６ｘ１０−３４）（表４）。さらに、過剰発現遺伝子セットの分析は、有意な高または低メチル化状態を示さず、それにより、改変されたメチル化状態が過剰発現遺伝子セットにおいて重要ではないことを示唆した。
【０１５０】
高メチル化ゲノム領域のＧＲＥＡＴ（http://bejerano.stanford.edu/great/public/html/）分析は、多くの豊富な分子プロセス（図３Ａ）、特にＤＮＡ結合および転写因子機能を証明した。これは、メチル化が転移生物学グループにおいて遺伝子を直接的にサイレンシングすることだけでなく、遺伝子発現においてさらなる喪失を引き起こす転写に関与する遺伝子の喪失に関与することもできることを示唆した。
【０１５１】
エピジェネティックサイレンシングに関与する別の遺伝子であるＥＺＨ２は、転移生物学グループにおいて２倍を超えて過剰発現された（表３）。ＥＺＨ２は、ポリコームグループタンパク質または（ＰｃＧ）の２つのクラスの１つであるＰＲＣ２（ポリコーム抑制複合体２）の成分である。この複合体はヒストンメチルトランスフェラーゼ活性を有し、ＥＺＨ２は触媒サブユニットである。実際には、ＥＺＨ２発現は、ヒストンメチルトランスフェラーゼ活性の重要な決定因子である。ＰＲＣ２複合体は、ヒストンＨ３のリジン２７をトリメチル化し（すなわちＨ３Ｋ２７ｍｅ３）、この部位は、転写的にサイレントなクロマチンの特徴である。ＥＺＨ２機能が転移サブグループにおいて遺伝子発現の喪失の少なくとも一部を説明し得るか否かを確立するために、本願発明者らは、公のＣＨＩＰ−Ｓｅｑ（Wu et al 2012）前立腺癌細胞系データセットを使用した。具体的には、本願発明者らは、ＥＺＨ２およびＨ３Ｋ２７ｍｅ３に結合することが知られている遺伝子と転移生物学サブグループにおいて抑制されるものを比較した（図３Ｂ）。過小発現遺伝子のかなりの数がＥＺＨ２、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３または両方によって制限され（ｐ値  ２．５９７ｘ１０−１２）、それにより、転移サブグループ内で遺伝子のサブセットのサイレンシングのための重要なメカニズムとして、ＥＺＨ２介在ヒストン修飾を介するクロマチンサイレンシングを強く暗示した。
【０１５２】
興味深いことに、エピジェネティックサイレンシングの標的の一部のみが（１２３／６０２）高メチル化の割合を増加させ（図３Ｃ）、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３関連ヒストン修飾を有することが予測され、それにより２つのメカニズムが遺伝子発現をサイレンシングするように主に独立して働き得ることを示唆した。
【０１５３】
転移生物学サブグループの検出のための方法
階層的クラスター分析は、多くのサンプルからの遺伝子発現データの有用な分析方法である、しかしながら、それは、個々の腫瘍をあらかじめ分類するために使用することができない。さらに、以前の試験において、本願発明者らは、前立腺癌において腫瘍不均一性が同じ患者由来の腫瘍生検および切除された腫瘍プロフィール間の有意な不一致を引き起こすことを証明した。したがって、本願発明者らは、腫瘍が転移生物学サブグループと類似であるか否かをあらかじめ分類する免疫組織化学（ＩＨＣ）に適当なマーカーを開発することを決定した。
【０１５４】
これをなし遂げるために、本願発明者らは２つの方法を使用し、本願発明者らは第１に、転移生物学サブグループおよび非転移生物学サブグループ間で特異的に発現されるが、非転移生物学サブグループおよび正常間でほとんど発現の違いを有さない転写産物を同定した。このプロセスは、２つのサンプルのｔ−検定方法を使用して３９３個のプローブセットを同定し、これらのプローブセットの〜７５％は転移生物学サブグループと比較して非転移生物学サブグループにおいて過剰発現した。テストケース内で正常前立腺を参照として使用することができるとき、本願発明者らは、このアプローチを標的型(targeted)と称した。
【０１５５】
第２のアプローチについて、本願発明者らは、転移生物学サブグループおよび非転移サブグループ間で特異的に発現される１１８２個を評価し、この場合には、非転移生物学グループおよび良性／正常間で発現の違いが存在し得るとき、参照標的の必要条件が存在し、適当な参照を同定するために、本願発明者らはサブグループにかかわらず全ての前立腺癌サンプル内で最小の発現分散を有する遺伝子を同定した（上位３つの遺伝子が表７に要約される）。
【０１５６】
ＩＨＣ標的の予後有用性
第１のアプローチについて、外部データセットにおいて独自評価を手助けするために、３９３個のプローブセットを遺伝子レベルにマップした、Taylor et al 2010。このデータセットにおいて、計３４９個の遺伝子を検出した。本願発明者らは、年齢、グレードおよびステージに対して補正されたＣｏｘ比例ハザードと生化学的再発までの時間を使用してＴａｙｌｏｒにおいてこれらの３４９個の遺伝子の多変量分析を行い、これは有意な多変量予後機能を有する７つの遺伝子をもたらし（ｐ−値＜０．０５．）、これらはＴＲＰＭ３、ＰＤＲＧ１、ＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＣＮＰＹ４、Ｆ１２およびＰＤＫ４であった（表５）。一変量生存分析もまた行い、５２個の遺伝子がｐ−値＜０．０５で有意であった。これらの一流の(top ranked)プローブセットにおいて３つの遺伝子の重複が存在した；これらはＳＲＳＦ５、ＰＤＥ４ＤおよびＰＤＫ４であった。３９３個のプローブセットもまた、臨床的因子、すなわち病理学的Ｇｌｅａｓｏｎスコア（およびＧｌｅａｓｏｎスコア１および２）と有意に関連しているか否かを決定するためにａｎｏｖａ試験を使用して評価した。
【０１５７】
第２のアプローチについて、１１８２個の特異的に発現される遺伝子を同じ多変量分析において試験し、これは有意な多変量予後機能を有する５６個の遺伝子を同定した（ｐ−値＜０．０５．）（表６）。一変量生存分析もまた行い、３０４個のユニークな(unique)遺伝子はｐ−値＜０．０５で有意であった。これらの一流のプローブセットにおいて４１個の遺伝子の重複が存在した。有意な多変量予後機能を有する標的の数は、検証の範囲外であり、したがって、本願発明者らは、予後経路（表２ｉおよび２ｉｉ）、ＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑヒットおよび選択された文献レビューと相互参照することによってリストをさらに精密化した。集中的な経路および文献比較からの上位１４個の遺伝子は表７に要約されている。有意な多変量予後力を証明したＦＯＸＭ１それ自体および特異的に発現されるＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑ標的は表９において要約されている。
【０１５８】
議論
早期前立腺癌を発症する大多数の男性は該疾患が原因で死なないため、生物学を原因とする転移拡散をより良く理解するための明確な必要条件が存在する。これは、さらなる侵襲性の原発性治療に対して高リスクな患者の適当な選択を可能にし、低リスクな患者を不必要な副作用から救い得る。
【０１５９】
この試験において、本願発明者らは、分子レベルで転移性疾患と類似である原発性前立腺癌のグループを同定した。これらの腫瘍は、いくつかの遺伝子の発現および定義された経路の喪失によって定義される；さらに、このグループは、有糸分裂に関与する遺伝子の発現の増加を引き起こすプロトオンコジーンＦＯＸＭ１の活性化により定義される。
【０１６０】
本願発明者らは、腫瘍が再発および転移発生の可能性が増加しているか否かをあらかじめ評価するために、多変量予後力を有し、ＩＨＣ開発のために高度に適当である一連のマーカーを定義した。
【０１６１】
表１
【表１】
2017507320.tif 000016
【０１６２】
Ｔａｙｌｏｒデータセットにおいて転移生物学腫瘍および非転移生物学グループの臨床的および病理学的基準。
【０１６３】
表２ｉ
【表２ｉ】
2017507320.tif 000017
【０１６４】
ＴａｙｌｏｒおよびＳｕｎデータセットにおいてクラス標識をクラスターし、定義するために、Ｔｏｐｐｆｕｎ、知られている経路ｐ−値、経路を使用するＫａｐｌａｎ  ｍｅｉｅｒ生存分析結果を使用して検出されるときの、有意な過剰発現経路。
【０１６５】
表２ｉｉ
【表２ｉｉ−１】
2017507320.tif 000018
【表２ｉｉ−２】
2017507320.tif 000019
【０１６６】
ＴａｙｌｏｒおよびＳｕｎデータセットにおいてクラス標識をクラスターし、定義するために、Ｔｏｐｐｆｕｎ、知られている経路ｐ−値、経路を使用するＫａｐｌａｎ  ｍｅｉｅｒ生存分析結果を使用して検出されるときの、有意な過小発現経路。
【０１６７】
表３
【表３】
2017507320.tif 000020
【０１６８】
クロマチン結合として注釈される遺伝子、転移生物学グループ  対  非転移生物学グループの倍数変化発現およびＦＤＲ補正ｐ−値。転写抑制における公開された役割を言及する。
【０１６９】
表４
【表４】
2017507320.tif 000021
【０１７０】
転移生物学グループにおいて高メチル化の増加での過剰または過小発現遺伝子、重複の有意性を試験するための超幾何学的試験。
【０１７１】
表５
【表５】
2017507320.tif 000022
【０１７２】
Ｔａｙｌｏｒデータセットにおいて多変量生存分析に基づく一流の予後マーカー。
【０１７３】
表６
【表６−１】
2017507320.tif 000023
【表６−２】
2017507320.tif 000024
【０１７４】
転移生物学サブグループおよび非転移生物学サブグループ間の特異的に発現される遺伝子のＴａｙｌｏｒデータセットにおいて多変量生存分析に基づく一流の予後マーカー。
【０１７５】
表７
【表７】
2017507320.tif 000025
【０１７６】
要約されたＩＨＣは参照遺伝子を標的とする。
【０１７７】
表８
【表８】
2017507320.tif 000026
【０１７８】
高メチル化レベルが増加した上位過小発現マーカー。
【０１７９】
表９
【表９−１】
2017507320.tif 000027
【表９−２】
2017507320.tif 000028
【０１８０】
転移生物学グループにおいて特異的に発現されたＦＯＸＭ１およびＦＯＸＭ１  ＣＨＩＰ−Ｓｅｑ標的。
【０１８１】
方法
患者サンプル
１２６個のサンプル（７０個の前立腺に臨床的に限定される切除された原発性前立腺癌、２０個の公知の随伴性転移性疾患を有する原発性前立腺癌、１１個の転移性疾患を有するリンパ節、および２５個の正常前立腺）は、ローカルな倫理審査による承認の後に、Ａｄｄｅｎｂｒｏｏｋｅｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌおよびカロリンスカ(Karolinska)  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによって提供された。
【０１８２】
サブグループおよび予後有意性が、１７９個のサンプル（１３１個の原発性腫瘍、２９個の正常および１９個の転移性疾患）を含むＴａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌによって公開されたデータセットにおいて立証および試験された。生化学的再発までの時間および手術後の再発状態を使用して予後有意性を試験し、（手術タイプＰＣＡ００５６、およびネオアジュバント処置、ＰＣＡ００５０、ＰＣＡ０１０３、ＰＣＡ１１９およびＰＣＡ０１７６）のため、５つのサンプルを分析から除外した。
【０１８３】
Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ（７９個の腫瘍サンプル）、サンプルは手術後であり、７９症例のうち３９個が疾患再発を有すると分類された。
【０１８４】
遺伝子発現プロファイリング
以前に記載されている(Kennedy RD, Bylesjo M, Kerr P et al. Development and independent validation of a prognostic assay for stage II colon cancer using formalin-fixed paraffin-embedded tissue. J Clin Oncol 2011; 29: 4620-4626) Roche High Pure RNA Paraffin Kit (Roche Diagnostics Ltd.)を使用して、顕微解剖ＦＦＰＥ腫瘍サンプルから全ＲＮＡを抽出した。全ＲＮＡを、ＮｕＧＥＮ  ＷＴ−Ｏｖａｔｉｏｎ（登録商標）ＦＦＰＥ  Ｓｙｓｔｅｍ(NuGEN)を使用して増幅し、以前に記載されているAlmac Prostate Cancer DSA（登録商標）(Affymetrix)とハイブリダイズした。
【０１８５】
統計分析方法
一元配置ＡＮＯＶＡ分析は、ａｂｓ（ＦＣ）＞２の倍数変化（ＦＣ）閾値および偽発見率（ＦＤＲ）で調整された有意性ｐ−値閾値（ｐ−値ＦＤＲ＜０．０５）を使用して、２９個の原発性転移生物学グループ腫瘍および４１個の原発性非転移生物学腫瘍グループコントロール間で特異的に発現されるプローブセットを同定した。ユニークな遺伝子を、少なくとも６つのアラインされたプローブにてセンス方向におけるものとして決定した。
【０１８６】
背景および分散の組み合わせフィルターをデータマトリックスに適用し、組織内開発特徴選択プログラムを使用して非常にバリアブルな遺伝子を同定した。第１に、背景フィルターを使用して、背景ノイズから区別するには低すぎる発現値を有する遺伝子を除去した。高い閾値を使用して、多くのプローブセットを除去し、これらのプローブセットが高く発現されることを保証した（閾値：＜＝１０−１６）。第２に、強度依存性分散フィルターをデータマトリックスに適用し、全てのサンプルにわたって低い分散を有するプローブセットを除去した（閾値：＜＝５．１０−１６）。特徴選択は、１６５１個の非常にバリアブルなプローブセットをももたらした。
【０１８７】
階層的クラスター分析（ピアソン相関関係距離およびＷａｒｄの連結(linkage)）をそれぞれのデータセットからのプローブセットおよびサンプルに別々に適用した。サブクラスターの数は、ギャップ統計値を使用して決定した。
【０１８８】
ＩＨＣ標的同定
興味あるＩＨＣ標的は、転移および非転移グループ（Ｌｉｓｔ１および２）間で低く相関されるものならびに非転移および良性グループ（Ｌｉｓｔ３）間で高く相関されるものである。
【０１８９】
３つのリストのそれぞれにおいてプローブセットに対する相関関係ｐ−値を、これらの基準にしたがって順位付けした。それぞれのリストにおいて上位１０，０００個のプローブセットにて観察されたｐ−値の範囲は、Ｌｉｓｔ１に対して［０−６．６２ｅ−０５］、Ｌｉｓｔ２に対して［１．０３ｅ−１９−６．１７ｅ−０４］およびＬｉｓｔ３に対して［０．９９−０．８２］に及んだ。
【０１９０】
３つのリストにおいて上位１０，０００個のプローブセットの共通部分は、５１２個の共通なプローブセットを示した（図４）。アンチセンスプローブセットおよび該プローブセットにアラインされた６つ未満のプローブでのものを除去し、３９３個を残した。Ｐａｒｔｅｋ（登録商標）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ＳｕｉｔｅＴＭバージョン６．６を使用して、倍数変化値を産生した。
【０１９１】
メチル化
１１個の転移生物学サブグループおよび１１個の非転移生物学サブグループである２２人の患者について、Ｒｅｃｏｖｅｒａｌｌ（Life technologies）を使用してＤＮＡを抽出した。Illumina Infinium Methylation Assayを使用するとき推奨される代替インキュベーション条件にて、製造業者の手順にしたがってZymo EZ DNA Methylation KitTM（Zymo Research, Orange, CA, USA）を使用して、ゲノムＤＮＡ（８００ｎｇ）を亜硫酸水素ナトリウムで処理した。メチル化アッセイを、Infinium HD Methylation Assayプロトコールにしたがって５０ｎｇ／μｌで４μｌの亜硫酸水素転換ゲノムＤＮＡにて行った。サンプルを、製造業者の手順のとおりＩｌｌｕｍｉｎａ  ４５０ｋアレイにて処理した。未補正ｂ−値を同じソフトウェアにて抽出した。統計的に有意である２つの値(bivalues)における変化を有するプローブセットを、マイクロアレイの有意性分析（ＳＡＭ）を使用して評価した（Tusher et al 2001）。０．０５の偽発見率（ＦＤＲ）を使用して、アレイ上の２３５，５２６個のプローブセットの３２，２８６は、低メチル化（７，２２２個のユニークな遺伝子に対応する）および９，１８４個のプローブセット（４，００３個のユニークな遺伝子）であった。
【０１９２】
文献
【表１０】
2017507320.tif 000029
【表１１】
2017507320.tif 000030
【表１２】
2017507320.tif 000031
【０１９３】
補足表１
【表１３】
2017507320.tif 000032
【０１９４】
内部サンプルセットの患者特性。
【０１９５】
補足表２  ＦＯＸＭ１相関関係
【表１４−１】
2017507320.tif 000033
【表１４−２】
2017507320.tif 000034
【表１４−３】
2017507320.tif 000035
【表１４−４】
2017507320.tif 000036
【表１４−５】
2017507320.tif 000037
【表１４−６】
2017507320.tif 000038
【表１４−７】
2017507320.tif 000039
【０１９６】
全体の内部データセットにわたってＦＯＸＭ１レベルに対する過剰発現標的のピアソン相関関係。
【０１９７】
補足表３
メチル化分析のために使用されるサンプル
【表１５】
2017507320.tif 000040
【０１９８】
前立腺ＩＨＣ開発
アプローチ
適当な抗体を同定するために、本願発明者らは、（マイクロアレイプロファイリングによって確認される）バイオマーカーポジティブな前立腺癌サンプルからの４ｕＭの全断面(full face)切片に対して選択される標的について標的あたり３つの抗体の分析を行った。それぞれの抗体を、３つの希釈物を使用して３つの抗原回復方法を使用して試験した（図７）。
【０１９９】
それぞれの全断面切片は、腫瘍領域、前立腺上皮内腫瘍（ＰＩＮ）、正常前立腺上皮、ストロマおよびいくつかの切片において浸潤免疫細胞を含んだ。
【０２００】
このプロセスは、興味ある標的を検出する抗体、抗原回復プロトコールおよび希釈物の同定を可能にした。
【０２０１】
方法
前立腺腫瘍の全断面ＦＦＰＥ切片（４μｍ）を使用した。
【０２０２】
試験サンプル：
前立腺腫瘍（ＤＩ２００５２）：年齢５８：男性。前立腺の病理学的腺癌。腫瘍悪性度：３＋４＝７。
前立腺腫瘍（ＤＩ２００５４）：年齢７０：男性：前立腺の病理学的腺癌。腫瘍悪性度：３＋４＝７。
【０２０３】
プロトコール
全てのインキュベーションは、特に明記されていない限り、室温で行った。
【０２０４】
１．標的回復（ＦＦＰＥ）：
抗原回復１−Ｄａｋｏ  ＰＴ  Ｌｉｎｋおよび３−ｉｎ−１  ｐＨ６．１  標的回復（ＴＲ）溶液。
・自動加熱および冷却しながら＿９７℃２０分。
抗原回復２−Ｄａｋｏ  ＰＴ  Ｌｉｎｋおよび３−ｉｎ−１  ｐＨ９  標的回復  （ＴＲ）溶液。
・自動加熱および冷却しながら＿９７℃２０分。
抗原回復３−Ｍｉｃｒｏｗａｖｅ  Ｖｅｃｔｏｒ  クエン酸  ｐＨ６．１  熱誘導エピトープ回復（ＨＩＥＲ）。
・スライドを脱パラフィンし、親水化し(rehydrated)、次に全出力に設定された電子レンジで沸騰させた（３×５分）。
全てのスライドをＰＢＳで濯いだ−１０分。
【０２０５】
２．アッセイ工程（ＤＡＫＯ  Ｅｎｖｉｓｉｏｎ  Ｆｌｅｘ  ｐｌｕｓ）
・＿ＥｎＶｉｓｉｏｎ  ペルオキシダーゼブロック−５分
・＿濯ぎ
・＿Ｄａｋｏ  ＣＳＡＩＩ  無血清タンパク質ブロック−１０分
・＿空気除去
・＿一次抗体−３０分
・＿濯ぎｘ２
・＿ＥｎＶｉｓｉｏｎ  Ｆｌｅｘ／ＨＲＰ−２０分
・＿濯ぎｘ２
・＿ＤＡＢ−１０分
【０２０６】
３．対比染色およびカバースリッピィング(coverslipping)
・Ｍａｙｅｒのヘマトキシリン対比染色
・エタノールの上昇系列での脱水
・キシレンの透徹（ｘ３）
・ＤｅＰｅＸ下でカバースリップ
【０２０７】
試薬−一次抗体
ＣＲＥＭ−抗−ｃＡＭＰ応答配列モジュレーター
１）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＡｂｃａｍ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＡＢ６４８３２
２）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＮｏｖｕｓ  ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＮＢＰ１−８１７６０
３）０．８、０．４および０．２μｇ／ｍｌ（推奨濃度０．１６μｇ／ｍｌ）で試験されるＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＨＰＡ００１８１８−１００ＵＬ
・Ｒ−ＩｇＧ−ウサギポリクローナルＩｇＧ（ウサギアイソタイプコントロール）  Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
【０２０８】
ＥＲＲＦＩ１−抗−ＥＲＢＢ受容体フィードバックインヒビター１
１）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＡｂｃａｍ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ａｂ５０２７２
２）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＩｎｓｉｇｈｔ  ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＳＣ−１３７１５４（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｉｎｃ．）
３）Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＨＰＡ０２７２０６−１００ＵＬ  Ｔｅｓｔｅｄ  ａｔ  ４、２  および  １  μｇ／ｍｌ  
・Ｍ−ＩｇＧ１−マウスモノクローナルＩｇＧ１（マウスアイソタイプコントロール）  Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３１
・Ｒ−ＩｇＧ１−ウサギポリクローナルＩｇＧ（ウサギアイソタイプコントロール）  Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
【０２０９】
ＨＪＵＲＰ抗−ホリデイ構造認識タンパク質
１）４、２および１μｇ／ｍｌウサギポリクローナルで試験されるＡｂｃａｍ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＡＢ１００８００
２）４、２および１μｇ／ｍｌマウスモノクローナルで試験されるＡｂｃａｍ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＡＢ１７５５７７
３）４、２および１μｇ／ｍｌウサギポリクローナルで試験されるＢｉｏｒｂｙｔ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＯＲＢ１４０１５７
・ウサギアイソタイプコントロールＡｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
・マウスＩｇＧ１コントロールＡｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３１
【０２１０】
ＰＤＫ４−抗−ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ、アイソザイム４
１）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＨＰＡ０５６７３１−１００ＵＬ
２）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＬｉｆｅＳｐａｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＬＳ−Ｂ３４５９
３）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＴｈｅｒｍｏ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＰＡ５−１３７７８
・Ｒ−ＩｇＧ−ウサギポリクローナルＩｇＧ（ウサギアイソタイプコントロール）  Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
【０２１１】
・ＳＲＳＦ５−抗−セリン／アルギニン−リッチスプライシング因子５
１）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＮｏｖｕｓ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｈ００００６４３０−Ｂ０１Ｐ
２）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＨＰＡ０４３４８４−１００ＵＬ
３）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＬｉｆｅＳｐａｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＬＳ−Ｂ３０９１
・Ｒ−ＩｇＧ１−ウサギポリクローナルＩｇＧ（ウサギアイソタイプコントロール）Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
・Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｆ３５２０−１ＭＬ
・ＰｏｌｙマウスＩｇＧ（Ｍ−ＩｇＧ１、２ａ、２ｂ）
・Ｍ−ＩｇＧ１−Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３１
・Ｍ−ＩｇＧ２ａ−Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９４３
・Ｍ−ＩｇＧ２ｂ−Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９４４
【０２１２】
ＰＤＲＧ１−抗−ｐ５３およびＤＮＡ損傷制御タンパク質１
１）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＡｂｃａｍ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＡＢ１７５９６５
２）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＢｉｏｒｂｙｔ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＯＲＢ１６２３３４
３）４、２および１μｇ／ｍｌで試験されるＮｏｖｕｓ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  ＮＢＰ２−０１８５４
・Ｍ−ＩｇＧ１−マウスモノクローナルＩｇＧ１（マウスアイソタイプコントロール）Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３１
・Ｒ−ＩｇＧ１−ウサギポリクローナルＩｇＧ（ウサギアイソタイプコントロール）Ａｌｅｒｅ  Ｃａｔ  Ｎｏ：  Ｘ０９３６
【０２１３】
結果
全てのデータのレビューに続いて、以下の標的は、前立腺癌分類または予後に対して特異性および感受性であり、使用することができるＩＨＣアッセイを証明している。
【０２１４】
【表１６】
2017507320.tif 000041
【０２１５】
本願発明は、本願明細書に記載されている特定の態様による範囲において限定されるべきではない。実際に、本願明細書に記載されているものに加えて、本願発明の種々の修飾が、前記および図面から当業者にとって明らかである。かかる修飾が、特許請求の範囲の範囲内に入ると意図される。さらに、本願明細書に記載されている全ての態様は、適当なとき、広範に適用でき、および任意の、および全ての他の一貫した態様と組み合わせることができると考えられる。
【０２１６】
様々な文献が本願明細書に引用されており、かかる文献の記載は全体において出典明示により包含させる。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図２】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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