(57)【要約】本発明は、オリゴヌクレオチド治療薬の分野、具体的には、2個以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、生理学的に不安定なリンカーによって共有結合で連結されており、かつコンジュゲート基などの生物切断性官能基に連結されている、ポリオリゴ オリゴヌクレオチドコンジュゲートに関する。2017505623.tif 000078
2017505623.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域（A）；
b．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域（A'）；
c．領域AおよびA'を共有結合で連結する1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（B）；ならびに
d．1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域またはペプチドリンカー、例えば、リジンリンカーのいずれかを含む生物切断性（biocleavable）リンカーなどの生物切断性リンカー（B'）を介して領域AまたはA'に共有結合で連結された、コンジュゲート部分などの官能基（C）
を含むオリゴマー化合物。
【請求項２】
第1領域（i）および第2領域（ii）が、それぞれ、生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（iii）の5'および3'に位置する、請求項1記載のオリゴマー化合物。
【請求項３】
コンジュゲート部分が、ステロール、例えばコレステロール、またはGalNAc/GalNAcクラスタなどの炭水化物を含む、請求項1または2のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項４】
コンジュゲート部分が、親油基（例えば、脂質、脂肪酸、ステロール）、タンパク質、ペプチド、抗体もしくはその断片、ポリマー、レポーター基、色素、受容体リガンド、低分子薬物、プロドラッグ、またはビタミンを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載のオリゴマー化合物複合体。
【請求項５】
官能基（C）が、1〜5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドなどの1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、請求項1〜4のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項６】
官能基（C）が、リジンリンカーなどのペプチド領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、請求項1〜4のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項７】
官能基（C）が、3価GalNAcコンジュゲートなどのGalNAcコンジュゲートなどの炭水化物コンジュゲートである、請求項1〜6のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項８】
官能基（C）が、コレステロールコンジュゲートなどのステロールなどの親油性コンジュゲートである、請求項1〜6のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項９】
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が同一である、請求項1〜8のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１０】
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が異なる、請求項1〜8のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１１】
第1領域および第2領域が同一の核酸標的にターゲティングされている、請求項1〜10のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１２】
第1領域および第2領域が異なる核酸標的にターゲティングされている、請求項1〜10のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１３】
第1領域および第2領域が少なくとも1個のLNAヌクレオシドを各々含む、請求項1〜12のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１４】
第1領域および／または第2領域がLNAギャップマーなどのギャップマーオリゴマーである、請求項1〜13のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１５】
第1領域および／または第2領域がmRNA標的を標的とする、請求項1〜14のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１６】
第1領域および／または第2領域がマイクロRNA標的を標的とする、請求項1〜15のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１７】
第1領域および／または第2領域がミックスマーオリゴマーまたはトータルマー（totalmer）オリゴマーである、請求項1〜16のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１８】
第1領域および第2領域が10〜16ヌクレオチド長である、請求項1〜17のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１９】
第1領域および第2領域が8〜10ヌクレオチド長である、請求項1〜18のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２０】
第1領域および第2領域の少なくとも一方または両方がmiR ID NO 40〜976からなる群より選択されるマイクロRNAを標的とする、請求項1〜19のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２１】
第1領域が［例えばヒト］アポB-100 mRNAヌクレオチド配列に相補的であり、かつ／または第2領域が［例えばヒト］mtGPAT mRNAヌクレオチド配列に相補的である、請求項1〜20のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２２】
第1配列が第2配列の5'に位置する、請求項1〜21のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２３】
第1配列が第2配列の3'に位置する、請求項1〜22のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２４】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物と、薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントとを含む薬学的組成物。
【請求項２５】
細胞における核酸標的の阻害において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２６】
細胞における2種の異なる核酸標的の阻害において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２７】
医療において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２８】
医学的な疾患または障害の処置において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２９】
代謝疾患または代謝障害などの疾患または障害の処置のための医薬の調製のための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物の使用。
【請求項３０】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物を、治療的に有効な量で対象へ投与する工程を含む、処置を必要とする対象における疾患または障害の処置の方法。
【請求項３１】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物を、標的遺伝子を発現している細胞へ、細胞における標的遺伝子の発現を低下させるために有効な量で適切に投与する工程を含む、細胞における標的遺伝子の発現を阻害する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、オリゴヌクレオチド薬物療法学の分野、具体的には、2つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、生理学的に不安定なリンカー、および官能基、例えば、コンジュゲート基により共有結合で連結されている、ポリオリゴ オリゴヌクレオチドおよびコンジュゲートに関する。
【背景技術】
【０００２】
背景
オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、siRNAにおいて使用するために広範囲に評価されており、十分なインビボ効力を入手するために不可欠であると見なされている。例えば、RNA干渉経路を介して遺伝子発現を調節する修飾型オリゴマー化合物に言及しているWO2004/044141（特許文献1）を参照されたい。オリゴマー化合物は、結合しているオリゴマー化合物の薬物動態学的特性および薬力学的特性を修飾するかまたは増強することができる1種以上のコンジュゲート部分を含む。
【０００３】
対照的に、一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的には、コンジュゲーションまたは製剤化なしに治療的に投与される。アンチセンスオリゴヌクレオチドの主な標的組織は、肝臓および腎臓であるが、リンパ節、脾臓、骨髄を含む広範囲のその他の組織も、アンチセンスモダリティによって到達可能である。
【０００４】
WO2008/113832（特許文献2）は、隣接領域が、LNAヌクレオシド間にまたはLNAヌクレオシドに隣接して少なくとも1個のホスホジエステルを含む、LNAホスホロチオエートギャップマー（gapmer）オリゴヌクレオチドを開示している。オリゴマーは、腎臓へ優先的にターゲティングされた。
【０００５】
WO2004/087931（特許文献3）は、酸によって切断可能な親水性ポリマー（PEG）コンジュゲートを含むオリゴヌクレオチドに言及している。
【０００６】
WO2005/086775（特許文献4）は、治療用化学部分、切断可能リンカー、および標識ドメインを使用した、特定の器官への治療剤の標的特異的な送達に言及している。切断可能リンカーは、例えば、ジスルフィド基、ペプチド、または制限酵素によって切断可能なオリゴヌクレオチドドメインであり得る。
【０００７】
WO2009/126933（特許文献5）は、ターゲティングリガンドをエンドソーム溶解（endosomolytic）成分と組み合わせることによる、siRNA核酸の特異的な送達に言及している。
【０００８】
WO2011/126937（特許文献6）は、小分子リガンドとのコンジュゲーションを介した、オリゴヌクレオチドの標的特異的な細胞内送達に言及している。
【０００９】
WO2009/025669（特許文献7）は、ピリジルジスルフィド部分を含有しているポリマー（ポリエチレングリコール）リンカーに言及している。Zhao et al.,Bioconjugate Chem.2005 16 758-766（非特許文献1）も参照されたい。
【００１０】
WO2014/043544（特許文献8）およびWO2014/076195（特許文献9）は、DNAホスホジエステル結合を含む切断可能リンカーを介して連結されている多量体オリゴヌクレオチド化合物に言及している。
【００１１】
WO2014/076195（特許文献9）はまた、コンジュゲートをオリゴヌクレオチドに連結するために生物切断性（biocleavable）DNAホスホジエステル結合を利用しているオリゴヌクレオチドコンジュゲートにも言及している。
【００１２】
Chaltin et al.,Bioconjugate Chem.2005 16 827-836（非特許文献2）は、デンドリマー送達系を作製するため、アンチセンスオリゴヌクレオチドをカチオン性リポソームへ組み入れるために使用された、コレステロールによって修飾されたモノマー型、ダイマー型、およびテトラマー型のオリゴヌクレオチドについて報告している。コレステロールは、リジンリンカーを介して、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。
【００１３】
他の非切断可能コレステロールコンジュゲートは、siRNAおよびアンタゴmir（antagomir）を肝臓へターゲティングするために使用されている。例えば、Soutscheck et al.,Nature 2004 vol.432 173-178（非特許文献3）およびKrutzfeldt et al.,Nature 2005 vol 438,685-689（非特許文献4）を参照されたい。部分的にホスホロチオエート化されたsiRNAおよびアンタゴmirのための、肝臓ターゲティング存在物としてのコレステロールの使用は、インビボ活性にとって不可欠であることが見出された。
【００１４】
Bhatら（AASLD 2013年11月7〜11日（ポスター））は、前臨床研究における、HCVの低下のための、miR-122を標的とする、GalNacコンジュゲート付き抗miR、RG-101の使用からのデータを開示した。RG-101の同一性は開示されなかった。
【００１５】
本発明は、単一の薬物存在物が複数の標的を標的とすることを可能にする、複数の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを連結するための、短い、例えば1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えばDNAホスホジエステルの領域の使用、および複数の一本鎖オリゴヌクレオチドを標的組織または標的細胞へターゲティングするための単一のコンジュゲート部分の使用に関する。
【００１６】
本発明は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に連結するホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドなどのヌクレアーゼ不安定ヌクレオシドの短い領域を用いることにより2種以上のオリゴヌクレオチドに連結されたホーミングデバイスの使用によって、複数のオリゴヌクレオチドの高度に効果的なターゲティングされた送達が達成されるという発見にも基づく。
【００１７】
関連出願
参照によって本明細書に組み入れられるWO2014/076195（特許文献9）は、強力なオリゴヌクレオチドの標的細胞への効率的なターゲティングを可能にする、アンチセンスオリゴヌクレオチドをコンジュゲートに連結するための、DNAホスホジエステルなどの生理学的に不安定なヌクレオチドの短い領域の使用を開示している。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１８】
【特許文献１】WO2004/044141
【特許文献２】WO2008/113832
【特許文献３】WO2004/087931
【特許文献４】WO2005/086775
【特許文献５】WO2009/126933
【特許文献６】WO2011/126937
【特許文献７】WO2009/025669
【特許文献８】WO2014/043544
【特許文献９】WO2014/076195
【非特許文献】
【００１９】
【非特許文献１】Zhao et al.,Bioconjugate Chem.2005 16 758-766
【非特許文献２】Chaltin et al.,Bioconjugate Chem.2005 16 827-836
【非特許文献３】Soutscheck et al.,Nature 2004 vol.432 173-178
【非特許文献４】Krutzfeldt et al.,Nature 2005 vol 438,685-689
【発明の概要】
【００２０】
ポリオリゴマー化合物
本発明は、第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）、および生物切断性リンカー領域（領域B）、ならびに第3領域（領域C）を含み、生物切断性リンカー領域（B）が第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）の間に位置する、オリゴマー化合物（オリゴマー）を提供する。
【００２１】
本発明は、第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）、および1〜10個の生理学的に不安定なヌクレオシドの領域（領域B）、ならびに第3領域（領域C）を含み、生物切断性リンカー領域（B）が第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）の間に位置する、オリゴマー化合物（オリゴマー）を提供する。
【００２２】
本発明は、第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）、および1〜10個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドの領域（領域B）を含み、任意で、第3領域（領域C）を含み、生物切断性リンカー領域（B）が第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）の間に位置する、オリゴマー化合物（オリゴマー）を提供する。適切には、基Cは、さらなる領域B'を介して、オリゴマー複合体に共有結合で接合されている。
【００２３】
本発明は、第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）、および1〜10個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドの領域（領域B）、ならびに第3領域（領域C）を含み、生物切断性リンカー領域（B）が第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）の間に位置する、オリゴマー化合物（オリゴマー）を提供する。適切には、基Cは、さらなる領域B'を介して、オリゴマー複合体に共有結合で接合されている。
【００２４】
オリゴマー領域AおよびA'ならびにA''（存在する場合）は、同一の核酸標的を標的としてもよいし、または異なる核酸標的を標的としてもよい。オリゴマー領域AおよびA'ならびにA''（存在する場合）は、核酸塩基の同一の配列を含んでいてもよいし、または核酸塩基の異なる配列を含んでいてもよい。領域（C）は、存在する時、コンジュゲート部分、ターゲティング部分、反応基、活性化基、またはブロッキング部分を含んでいてよい。治療的に使用するためには、コンジュゲート基が好ましく、従って、本発明の化合物はコンジュゲーション基を含んでいてよい。コンジュゲーション基は、例えば、本発明のオリゴマー化合物の意図された作用部位への送達および／または取り込みを増強するターゲティング部分であり得る。いくつかの態様において、コンジュゲート基は、本発明のオリゴマー化合物の肝臓、例えば、ヘパトサイトへの送達および／または取り込みを増強する肝臓ターゲティング基である。コレステロールおよびトコフェロールなどのステロールならびにGalNAcコンジュゲートが、公知の肝臓ターゲティングコンジュゲートである。適切には、基Cは、さらなる領域Bを介して、オリゴマー複合体に共有結合で接合されている。官能基Cをオリゴマーに接合するための生物切断性または生理学的に不安定なリンカーの有益な使用は、参照によって本明細書に組み入れられるWO2014/076195に報告されている。領域Cまたは領域C-Yをオリゴマーに連結するための領域Bの使用は、意図された標的組織／細胞におけるコンジュゲーション基の予測可能な切断を可能にして、活性型かつ強力なオリゴマーの送達を可能にする。ステロールなどの親油性コンジュゲートの連結は、特に有益である。
【００２５】
本発明は、第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）、および1個、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドの領域（領域B）、ならびに第3領域（領域C）を含み、生物切断性リンカー領域（B）が第1オリゴマー領域（領域A）、第2オリゴマー領域（A'）の間に位置する、オリゴマー化合物（オリゴマー）を提供する。適切には、基Cは、さらなる領域B'を介して、オリゴマー複合体に共有結合で接合されている。
【００２６】
領域Cは、例えば、領域Aもしくは領域A'に共有結合で連結されていてもよいし、または領域Aもしくは領域A'に共有結合で連結された連結基（Y）に共有結合で連結されていてもよい。
【００２７】
存在する時、領域CまたはC-Yは、例えば、さらなる生理学的に不安定な基（B'）を介して、領域Aもしくは領域A'または連結基（Y）に共有結合で連結されていてもよい。領域B'は、領域Bと同様であってもよいし、または異なる連結基であってもよい。
【００２８】
領域Bは、例えば、少なくとも1個のホスホジエステル連結したDNAまたはRNA（例えば、DNA）、例えば、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド（例えば、DNAヌクレオシド）の領域であり得る。領域BおよびB'は、いくつかの態様において、同一の構造、例えば、同数のDNA/RNAヌクレオシドおよびホスホジエステル連結、ならびに／または同一の核酸塩基配列を有していてよい。他の態様において、領域BおよびB'は異なっていてもよい。例えば、そのようなポリオリゴマー化合物は、次のような構造を有していてよい:（5'-3'または3'-5'）コンジュゲート-PO-ON-PO'-ON'（コンジュゲートは領域Cであり、POは領域Bであり、PO'は領域B'であり、ON 1は領域Aであり、ON'は領域A'である）。いくつかの態様において、官能基（C）、例えば、コンジュゲート基は、非ヌクレオチド切断可能リンカー（B'）、例えば、ペプチドリンカー、例えば、リジンリンカー、例えば、モノリジンリンカーまたはポリリジンリンカー、例えば、トリリジンリンカーまたはジリジンリンカーを介して、第1オリゴマーに共有結合で連結されていてもよい。そのようなポリリジンリンカーは、例えば、炭水化物コンジュゲート、例えば、GalNAcコンジュゲート、例えば、3価GalNAcコンジュゲートと共に使用され得る。官能基、例えばコンジュゲート基（C）、および生物切断性リンカー（B'）、例えばC-B'〜は、領域Cを第1領域に連結するさらなるリンカー基（Y）にさらに接合されていてもよい。
【００２９】
非限定的な説明として、本発明のポリオリゴマー化合物は、本明細書においてオリゴマー化合物と呼ばれる。それらは、共有結合で結合した単一の存在物を形成しているが、体内の意図された標的部位であり得る細胞、非限定的な例として、ヘパトサイトへ送達された時に、リンカー基（B）が切断され、別々のオリゴマーを標的細胞へ放出すると考えられるため、「ポリオリゴマー」である。
【００３０】
領域A'は、いくつかの態様において、生物切断性リンカーを介して一列に連結された複数のさらなるオリゴマー化合物（例えば、2個または3個のさらなるオリゴマー化合物）、例えば：コンジュゲート-PO-ON-PO-ON'-PO''-ON''またはコンジュゲート-PO-ON-[PO-ON']n（nは、例えば、1、2、または3であり得、各ON'は、同一であってもよいしまたは異なっていてもよく、異なる場合、同一の標的を有していてもよいしまたは異なる標的を有していてもよい）を含んでいてもよいことが理解されるべきである。あるいは、2個以上のオリゴマー領域が、各々独立の領域Bを介して、共通の連結基に接合されていてもよい（即ち、オリゴマー領域は並列に連結される）。
【００３１】
オリゴマー領域に言及する時、第1オリゴマー領域はAと表記され、その後のオリゴマー領域は、A'、およびA''（存在する場合）と表記され得る。いくつかの非限定的な態様において、1個以上のオリゴマー領域（例えば、A、AおよびA'、またはAおよびA'およびA''）が、少なくとも1個の糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば、少なくとも1個のLNA単位を含む。従って、オリゴマー領域はLNAオリゴマーであり得る。
【００３２】
各オリゴマー領域（A、A'、またはA''）は、7〜26ヌクレオシド長であり、オリゴマー領域内のヌクレオシドはホスホジエステル以外である。いくつかの態様において、各オリゴマー領域（A、A'、およびA''）内のヌクレオシド連結、またはヌクレオシド連結の少なくとも70％は、ホスホロチオエート連結である。
【００３３】
本発明は、（i）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域（A）;（ii）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域（A'）を含み；第1領域および第2領域が、（iii）1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［またはRNA］ヌクレオシド）である少なくとも1個の領域（B）を介して、共有結合で連結されている、オリゴヌクレオチドを提供する。従って、オリゴヌクレオチド（本発明の化合物）は、オリゴヌクレオチド複合体またはポリオリゴマーと記載され得る。いくつかの態様において、本発明の化合物は、第1オリゴマー領域（A）、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）である領域（B）、ならびに第2オリゴマー（A'）領域（A-B-A'）を含む単一の連続ヌクレオチド配列を含む。
【００３４】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、第1オリゴマー領域（A）、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）である領域（B）、第2オリゴマー（A'）領域、その後の1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）であるさらなる領域（B）（B'とも呼ばれる）、その後の第3オリゴマー領域（A''）、即ち、A-B-A'-B'-A''を含む単一の連続ヌクレオチド配列を含む。そのような直鎖状の化合物は、例えば、オリゴマーAまたはA'またはA''（存在する時）に共有結合で結合し得る官能基、例えば、コンジュゲート基（C）をさらに含み得る。官能基またはコンジュゲート基は、リンカー（Y）を介して、単一の連続ヌクレオチド配列（例えば、A-B-A'またはA-B-A'-B'-A''）に結合していてもよい。官能基またはコンジュゲート基（C）または（C-Y）は、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）であるさらなる領域（B）を介して、単一の連続ヌクレオチド配列にさらに結合していてもよい。いくつかの態様において、領域A-領域Bおよび領域A'は、15〜50ヌクレオチド長、例えば、15〜40ヌクレオチド長、15〜35ヌクレオチド長、15〜30ヌクレオチド長、15〜25ヌクレオチド長、15〜24ヌクレオチド長の単一の連続ヌクレオチド配列を形成する。
【００３５】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、2個以上のオリゴマー領域（例えば、A、A'、およびA''（存在する場合））を含み、各オリゴマー領域が、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）である領域（B）を介して、連結基（F）（例えば、オリゴマーの各々が結合する分岐基）に共有結合で結合している。官能基またはコンジュゲート基が、オリゴマー領域のうちの1個以上または連結基のいずれかに結合していてもよい。非限定的な例として、トリリジンリンカーが、2個、3個、または4個のオリゴマーを一緒に接合するために、または、任意で2個または3個のオリゴマーと1個の官能基／コンジュゲート基とを接合するために、使用され得る。そのようなペプチド連結基は、本来、生理学的に不安定であり得、従って、ペプチド連結基が、いくつかの態様において、2個以上のオリゴマー領域を接合する生理学的に不安定なリンカー（B）であり得ることが認識されるであろう。あるいは、少なくとも1個のオリゴマー領域または各オリゴマー領域は、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）である領域（B）を介して、そのようなペプチドリンカー基に連結されていてもよい。ヌクレオチドベースの領域Bを使用することの利点は、切断が、予測可能なオリゴマー生成物をもたらし、従って、オリゴマーの完全な効力が保持されかつ治療活性についての所望の部位へ送達され得るということである。ジリジンおよびトリリジンなどのペプチドリンカーが、siRNAのコンジュゲート送達のための足場として使用され、従って、連結基（F）は、コンジュゲート基、例えば、炭水化物コンジュゲート基、例えば、ガラクトース基、例えば、GalNAc基、例えば、GalNAcクラスタの一部を形成していてもよいし、またはそれに結合していてもよい。
【００３６】
いくつかの態様において、本発明は、（i）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域（A）;（ii）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域（A'）を含み；第1領域および第2領域、ならびに任意で7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドのさらなる領域（例えば、A''）が、非ヌクレオチドまたはコンジュゲート（C）または連結部分を介して、共有結合で連結されており、第1領域（A）および第2領域（A'）、ならびに任意でさらなる領域（A''）の各々が、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［および／またはRNA］ヌクレオシド）である領域（B）を介して、独立にまたは依存的に、コンジュゲートまたは連結部分に連結されている化合物（オリゴヌクレオチド）を提供する。
【００３７】
領域C〜またはC-Y〜は、いくつかの態様において、〜によって図示されるリン含有連結基を介して、領域A、A'、またはA''（オリゴマー領域）のうちの1個に共有結合で結合していてよい。リン連結基は、例えば、ホスフェート（ホスホジエステル）基、ホスホロチオエート基、ホスホロジチオエート基、またはボラノホスフェート基であり得る。いくつかの態様において、このリン含有連結基は、オリゴマー領域と、領域Cに結合しているリンカー領域（Y）との間に位置する。いくつかの態様において、ホスフェート基はホスホジエステルである。いくつかの態様において、領域CまたはC-Y〜は、ホスフェートヌクレオシド連結、例えば、本明細書に記載されたもの、例えば、ホスホジエステルもしくはホスホロチオエートを介して、または別の基、例えば、トリアゾール基を介して、領域B'に共有結合で接合（連結）されていてもよい。
【００３８】
いくつかの態様において、領域Cは、活性化基、例えば、コンジュゲーションにおいて使用するための活性化基である。これに関して、本発明は、活性化されたオリゴマー化合物（活性化基を有する本発明の化合物）、例えば、その後のコンジュゲーション基またはその他の官能基との連結のために適切な、例えば、コンジュゲーションのために適切な中間体も提供する。
【００３９】
いくつかの態様において、領域Cは、反応基、例えば、コンジュゲーションにおいて使用するための反応基である。これに関して、本発明は、その後のコンジュゲーション基またはその他の官能基との連結のために適切な、例えば、コンジュゲーションのために適切なオリゴマー複合体を含む中間体も提供する。反応基は、いくつかの態様において、アミン基などのアルコール基のアミンを含んでいてよい。
【００４０】
いくつかの態様において、領域A、A'、およびA''（即ち、オリゴマー領域）内のヌクレオシド間連結は、各々、少なくとも50％、例えば、少なくとも75％、例えば、少なくとも90％のホスホロチオエート連結を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域内のヌクレオシド間連結は、全て、ホスホジエステル以外であり、例えば、ホスホロチオエート連結である。
【００４１】
好ましい態様において、領域B（B'およびB''）は、各々、1個、2個、3個、4個、または5個の連続するホスホジエステル連結したヌクレオチド、例えば、DNAヌクレオシドを含む。
【００４２】
本発明のオリゴマー複合体は、オリゴマー化合物、またはオリゴマー化合物コンジュゲート（Cが存在し、コンジュゲート基である時）とも呼ばれ得る。本発明は、本発明のオリゴマー化合物と薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントとを含む薬学的組成物を提供する。
【００４３】
本発明は、細胞における核酸標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。本発明の化合物のオリゴマー領域は、いくつかの態様において、同一の核酸標的、例えば、mRNAまたはウイルスRNAを標的とし得る。
【００４４】
本発明は、細胞における2種以上の独立の（即ち、異なる）核酸標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。2種以上の独立の核酸標的を標的とする時、オリゴマー領域A、A'、およびA''（存在する場合）は、同一でない核酸塩基配列を含んでいてよい。従って、各オリゴマー領域の連続核酸塩基配列は、異なっていてよい。
【００４５】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、標的を発現している細胞における1種または2種または3種またはそれ以上の標的の発現を阻害することができる。例えば、細胞は、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞であり得る。いくつかの態様において、標的のうちの少なくとも1種は、表2に列挙された標的（マイクロRNA標的）を含む、本明細書に列挙されたmRNA標的、ウイルスRNA標的、および／またはマイクロRNA標的より選択される。
【００４６】
本発明は、細胞におけるマイクロRNA標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。いくつかの態様において、本発明の化合物は、マイクロRNA標的を発現している細胞における1種（またはそれ以上、例えば、2種もしくは3種）のマイクロRNA標的の発現を阻害することができる。細胞は、例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞であり得る。
【００４７】
本発明は、細胞における2種以上の独立の（即ち、異なる）マイクロRNA標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。
【００４８】
本発明は、細胞における1種以上のmRNA標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。いくつかの態様において、本発明の化合物は、mRNA標的を発現している細胞における1種（またはそれ以上、例えば、2種または3種）のmRNA標的の発現を阻害することができる。細胞は、例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞であり得る。
【００４９】
本発明は、細胞におけるウイルスRNA標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。
【００５０】
本発明は、細胞における2種以上（例えば、3種）の独立の（即ち、異なる）mRNA標的の阻害において使用するための本発明によるオリゴマー化合物を提供する。いくつかの態様において、使用はインビトロである。いくつかの態様において、使用はインビボである。いくつかの態様において、mRNA標的のうちの少なくとも1種は、本明細書に列挙されたmRNA標的より選択される。
【００５１】
本発明は、医療において使用するための、例えば、医薬として使用するための、本発明のオリゴマー化合物を提供する。
【００５２】
本発明は、医学的な疾患または障害の処置において使用するための本発明のオリゴマー化合物を提供する。
【００５３】
本発明は、疾患または障害、例えば、代謝疾患または代謝障害の処置のための医薬の調製のための本発明のオリゴマー化合物の使用を提供する。
【００５４】
本発明は、本発明のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物を、治療的に有効な量で対象へ投与する工程を含む、処置を必要とする対象における疾患または障害の処置の方法を提供する。
【００５５】
本発明は、本発明によるオリゴマー化合物を、標的遺伝子を発現している細胞へ、細胞における標的遺伝子の発現を低下させるために有効な量で適切に投与する工程を含む、細胞における1種（またはそれ以上、例えば、2種もしくは3種）の標的遺伝子の発現を阻害する方法を提供する。いくつかの態様において、方法は、インビトロである（即ち、生体内ではないが、（例えば、エクスビボの）細胞または組織内において行われてもよい）。いくつかの態様において、方法はインビボである。
【００５６】
本発明のオリゴマー化合物は、（例えば、領域A、A'、および／またはA''として）LNAオリゴマーを含み得る。いくつかの態様において、領域Aおよび領域A'はいずれもLNAオリゴマーである。いくつかの態様において、領域Aならびに領域A'およびA''は全てLNAオリゴマーである。
【００５７】
いくつかの態様において、例えば、非限定的な局面において、領域A、および任意でA'（および任意でA''（存在する場合））がLNAオリゴマーである時、領域Cはコンジュゲートであり得る。ターゲティング部分は、例えば、本発明の化合物を肝臓へターゲティングするコンジュゲート（肝臓ターゲティングコンジュゲート部分）であり得る。コンジュゲートは、例えばステロール、例えばコレステロールもしくはトコフェロールであるかもしくはそれを含んでいてもよいし、または（非ヌクレオチド）炭水化物、例えばGalNacコンジュゲート、例えばGalNacクラスタ、例えばトリGalNac、もしくは本明細書に記載される他のコンジュゲートであるかもしくはそれを含んでいてもよい。そのような化合物は、任意で、領域Bを介して、コンジュゲート基とオリゴマー領域との間にリンカー基Yを含んでいてもよい。
【００５８】
従って、本発明の化合物は、いくつかの態様において、（領域Cと呼ばれる）さらなる領域の一部を形成し得るアシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分コンジュゲート部分、例えば、GalNAc部分に共有結合で連結された（本明細書において領域Aとも呼ばれ得る）少なくとも1種のLNAアンチセンスオリゴマー領域を含み得る。LNAアンチセンスオリゴマーは、少なくとも1個のLNA単位（ヌクレオシド）を含む。
【００５９】
従って、本発明の化合物は、（非ヌクレオシド）炭水化物部分またはステロール部分、例えば、炭水化物コンジュゲート部分またはコレステロール部分に共有結合で接合された（例えば、連結された）LNAアンチセンスオリゴマー領域を含み得る。いくつかの態様において、炭水化物部分は、直鎖状の炭水化物ポリマーではない。しかしながら、炭水化物部分は、多価であってもよく、例えば、2個、3個、4個、または4個の同一のもしくは同一でない炭水化物部分が、任意で、リンカーを介して、オリゴマーに共有結合で接合されていてもよい。
【００６０】
本発明は、式[LNAs]7-18-[DNA]1-5-[LNAs]7-18の連続ヌクレオチド配列と、非核酸塩基コンジュゲート、例えば、ステロール（例えば、コレステロールもしくはトコフェロール）またはGalNAcコンジュゲート部分、例えば3価GalNAcコンジュゲート、例えばコンジュゲート1、2、3、4、1a、2a、3a、4aのいずれかからなる群より選択されるコンジュゲート部分、もしくはその他の3価GalNAcコンジュゲート、例えば本明細書に開示されたもの、とを含むポリオリゴマー複合体を提供する。下付きのsは、ホスホロチオエート連結をさす。-[DNA]1-5-領域内のまたは-[DNA]1-5-領域に隣接している少なくとも1個のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル連結である。いくつかの態様において、-[DNA]1-5-領域内のまたは-[DNA]1-5-領域に隣接している全てのヌクレオシド間連結が、ホスホジエステル連結である。いくつかの態様において、-[DNA]1-5-領域は、ホスホジエステル連結によって接合された2個、3個、4個、または5個の連続DNAヌクレオシドを有する。そのような態様において、-[DNA]2-5-間のヌクレオシド間連結はホスホジエステル連結であり、任意で、領域-[DNA]1-5とLNA領域[LNAs]7-18との間のヌクレオシド間連結は、独立に、ホスホロチオエート連結またはホスホジエステル連結であり、例えば、両方がホスホジエステルであるか、または両方がホスホロチオエートであるか、または一方がホスホジエステルであって、一方がホスホロチオエートである。DNA領域が単一のDNAヌクレオシドである態様において、DNA領域に隣接しているヌクレオシド間連結の少なくとも一方または両方がホスホジエステルであり、一方のみがホスホジエステルの場合、他方はホスホロチオエートであり得る。領域-[DNA]1-5は、本明細書において領域Bによって記載されるように定義され得、即ち、生理学的に切断可能なヌクレオシドリンカー領域であり得る。各[LNAs]7-18は、LNAホスホロチオエートオリゴマーであり、例えば、LNAギャップマー、LNAミックスマー、またはLNAトータルマー（totalmer）からなる群より独立に選択される。GalNAcコンジュゲートは、例えば、連続ヌクレオチド配列の5'または3'に位置し得る。好ましい態様において、LNAオリゴマーの少なくとも一方、または両方のポリオリゴマーコンジュゲートが、7〜12ヌクレオチド長、例えば、8ヌクレオチド長、9ヌクレオチド長、または10ヌクレオチド長のLNAトータルマーである。いくつかの態様において、LNAトータルマーは、ホスホロチオエート連結によって連結されたLNAヌクレオチド、例えば、β-D-オキシLNAヌクレオシドのみを含み得る。例えば、ポリオリゴマーコンジュゲートは、連続ヌクレオチド配列[LNAs]7-10-[DNA]1-5-[LNAs]7-10、例えば、[LNAs]7-10-[DNA]2-[LNAs]7-10または[LNAs]7-10-[DNA]3-[LNAs]7-10または[LNAs]7-10-[DNA]4-[LNAs]7-10を含み得る。一つの態様において、連続ヌクレオチド配列は、[LNAs]8-[DNA]1-5-[LNAs]8、例えば、[LNAs]8-[DNA]2-[LNAs]8、[LNAs]8-[DNA]3-[LNAs]8、または[LNAs]8-[DNA]4-[LNAs]8を含む。そのようなポリオリゴマー複合体は、マイクロRNA、例えば、成熟マイクロRNAを標的とするのに特に有用である。第1の標的（例えば、mRNA、マイクロRNA、またはウイルス配列）を標的とする第1のLNAオリゴマー領域、および第2の標的（例えば、mRNA、マイクロRNA、またはウイルス配列）を標的とする第2のLNAオリゴマー領域を利用することによって、2種の別個の標的を標的とする単一の化合物を作製することができ、例えば、第1オリゴマー領域は、アポBを標的とし、例えば、第2オリゴマー領域は、他のmRNA、例えば、mtGPAT mRNAを標的としてもよい。
【００６１】
あるマイクロRNAを標的とする第1のLNAオリゴマー領域（例えば、[LNAs]7-10）および第2のマイクロRNAを標的とする第2のLNAオリゴマー領域を利用することによって、2種の異なるマイクロRNA標的、例えば、miR-21およびmiR-221（いずれも肝細胞癌において示されている）を標的とする単一の化合物を作製することができる。あるいは、この第1および第2のLNAオリゴマー領域が、同一のマイクロRNA、例えば、miR-122、miR-21、miR-155、miR-33、miR-221を標的としてもよく、それによって、単一のコンジュゲート部分のために、2種のオリゴマーが標的細胞へ送達されることが可能になる。
【００６２】
これは、例えばGalNAcコンジュゲート付きオリゴマーの受容体媒介取り込みが標的細胞の表面上の遊離受容体の利用可能性によって限定される、アシアロ糖タンパク質受容体コンジュゲートによるものなどの、受容体によって媒介されるコンジュゲートターゲティングのために特に重要であり、ポリオリゴマーコンジュゲートの使用は、標的細胞への増強された送達を可能にする。重要な生物学的機能を果たしている細胞表面受容体の完全飽和を回避することも重要であり、従って、ポリオリゴマー戦略の使用は、コンジュゲート部分による受容体飽和／競合による副作用のリスクを低下させつつ、関連する薬理を確実にするための、十分な化合物の効果的な送達を可能にする。従って、ポリオリゴマーコンジュゲートの使用は、治療指数の増強（オリゴマーの送達および活性の増加、ならび不適切な副作用の低下）のための効果的な解決策を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００６３】
【図１】第2の生物切断性リンカー（B）を介して、第1（または第2）のオリゴマーにさらに結合していてもよい官能基（C）に任意で共有結合で接合された、2個のオリゴマー領域（AおよびA'）間の生物切断性リンカー（B）を使用するポリオリゴマーの例。AおよびA'は、LNAオリゴマー、例えば、LNAギャップマー、LNAミックスマー、またはLNAトータルマーであり得る。領域Cは、コンジュゲート、例えば、ターゲティングコンジュゲート、例えば、（肝臓ターゲティングのための）ステロールまたはGalNAcコンジュゲートであり得る。領域BおよびB'は、例えば、1個、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域であり得る。
【図２】各オリゴマー（A、A'、およびA''）が、生物切断性領域（B、B'、およびB''）を介して非ヌクレオチドリンカー（F）に結合している、分岐型ポリオリゴマーの例。非ヌクレオチドリンカー（F）は、官能基（C）に結合していてもよいし、または官能基（C）であってもよい。領域Cは、コンジュゲート、例えばターゲティングコンジュゲート、例えば、（肝臓ターゲティングのための）ステロールまたはGalNAcコンジュゲートであり得る。領域B、B'、およびB''は、例えば、1個、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域であり得る。
【図３−１】コレステロールコンジュゲート、3価GalNacコンジュゲート、FAMコンジュゲート、葉酸コンジュゲート、1価GalNacコンジュゲート、およびトコフェロールコンジュゲートの例。
【図３−２】図3-1の続きの図である。
【図４−１】使用され得るトリGalNacコンジュゲートの例。コンジュゲート1〜4は、4種の適当なGalNacコンジュゲート部分を図示し、コンジュゲート1a〜4aは、コンジュゲートをオリゴマー（領域A）または生物切断性リンカー、例えば領域Bに連結するために使用される付加的なリンカー部分（Y）を含む同コンジュゲートをさす。波線は、オリゴマーとの共有結合性の連結を表す。コレステロールコンジュゲート部分およびトコフェロールコンジュゲート部分（5aおよび6a）の例も示される。波線は、オリゴマーとの共有結合性の連結を表す。
【図４−２】図4-1の続きの図である。
【図４−３】図4-2の続きの図である。
【図４−４】図4-3の続きの図である。
【図５】シードを標的とする小型LNAによるマウス肝臓におけるmiR-122のサイレンシング。（a）20mg/kgの小型抗miR-122、15mer抗miR-122、もしくはLNAスクランブル対照、または生理食塩水による3回の静脈内処置の後のマウスに由来する肝臓RNAのRNAブロット分析。
【図６】投与前、4日目、および7日目の総コレステロール分析。コレステロールは、miR122の減少に起因してアップレギュレートされる。
【図７】Aldo AおよびBckdkの発現を、標準的なTaqMan Q-PCRアッセイによって測定した。これらの遺伝子のmRNAレベルは、miR122の減少に起因してアップレギュレートされる。
【図８】化合物の耐容性を査定するため、最終血清（7日目）からALTを測定した。
【図９】Aldo AおよびBckdkの発現を、標準的なTaqMan Q-PCRアッセイによって測定した。これらの遺伝子のmRNAレベルは、miR122の減少に起因してアップレギュレートされる。
【図１０】アポB/mtGPATターゲティング化合物SEQID NO 55。他のコンジュゲート部分が使用されてもよく、別の切断可能リンカー、例えば1個、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域を含み得るPOリンカーが、例えばコンジュゲート部分と領域1の5'との間に使用されてもよい。GalNAc 1が生物切断性ジリジンリンカーを含むことに注意すること。
【図１１】インビボでマウスの肝臓においてアポBおよびmtGPATの両方を標的とするポリオリゴGalNAcコンジュゲートを使用して得られた結果。
【発明を実施するための形態】
【００６４】
発明の説明
いくつかの態様において、本発明は、第1領域（領域A）、第2領域（領域B）、および第3領域（領域C）を含み得るポリオリゴマー化合物を提供する。ここで、第1領域は、少なくとも1個のさらなるオリゴマー化合物（領域A'）に共有結合で連結されており、第1領域（領域A）および領域A'は、例えば、本明細書に開示される第2領域と同様であり得る生物切断性リンカー（領域B'）、例えば少なくとも1個のホスホジエステル連結したDNAまたはRNA（例えば、DNA）、例えば2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド（例えば、DNAヌクレオシド）の領域を介して、共有結合で連結されている。領域BおよびB'は、いくつかの態様において、同一の構造、例えば、同数のDNA/RNAヌクレオシドおよびホスホジエステル連結、ならびに／または同一の核酸塩基配列を有する。他の態様において、領域BおよびB'は、異なっていてもよい。例えば、そのようなポリオリゴマー化合物は、（5'-3'または3'-5'）コンジュゲート-PO-ON-PO'-ON'（コンジュゲートは領域Cであり、POは領域Bであり、PO'は領域B'であり、ON 1は領域Aであり、ON'は領域A'である）などの構造を有していてよい。
【００６５】
領域A'は、いくつかの態様において、生物切断性リンカーを介して一列に（または並列に）連結された複数のさらなるオリゴマー化合物（例えば、さらなる2個または3個のオリゴマー化合物）、例えば、コンジュゲート-PO-ON-PO-ON'-PO''-ON''またはコンジュゲート-PO-ON-[PO-ON']n（nは、例えば1、2、または3であり得、各ON'は同一であってもよいしまたは異なっていてもよく、異なる場合、同一の標的を有していてもよいしまたは異なる標的を有していてもよい）を含み得ることが理解されるべきである。
【００６６】
オリゴマー
本発明に関して「オリゴマー」という用語は、2個以上のヌクレオチドの共有結合性の連結によって形成された分子（即ち、オリゴヌクレオチド）をさす。本明細書において、単一のヌクレオチド（単位）は、モノマーまたは単位とも呼ばれ得る。いくつかの態様において、「ヌクレオシド」、「ヌクレオチド」、「単位」、および「モノマー」という用語は、交換可能に使用される。ヌクレオチドまたはモノマーの配列に言及する時、言及されるのは、A、T、G、C、またはUなどの塩基の配列であることが認識されるであろう。
【００６７】
本発明に関して、本明細書において使用される「オリゴマー」という用語は、本発明のヌクレオチドもしくは化合物の連続オリゴヌクレオチド配列、または本発明の化合物の一部を形成するオリゴマー領域、例えばいくつかの態様では本発明のヌクレオチドもしくは化合物の連続オリゴヌクレオチド配列の一部を形成していてもよいA、A'、およびA''を意味し得る。
【００６８】
本発明は、細胞における標的核酸の調節、例えば阻害において使用するために、（本明細書においてオリゴマー化合物とも呼ばれる）ポリオリゴマー化合物を利用する。オリゴマー化合物は、少なくとも2個のオリゴマー領域（例えば、AおよびA'）を含み、さらなるオリゴマー領域（例えば、A''）を含んでいてもよい。オリゴマー領域は、7〜26連続ヌクレオチドの長さを有していてよく、各オリゴマー領域には、例えば、少なくとも1個のホスホジエステル連結を含む1〜10連続ヌクレオチドのさらなる領域（領域B）であり得る生物切断性領域（領域B）が隣接していてよい。他の生理学的に不安定なヌクレオシド領域が使用されてもよい。
【００６９】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマー化合物は、任意で、（例えば、1〜10個の）ホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドを含む短い領域を介して、コンジュゲート基、ターゲティング基、反応基、活性化基、またはブロッキング基に共有結合で連結されている。
【００７０】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、RNA（単位）を含まない。いくつかの態様において、本発明による化合物は、官能基、例えばコンジュゲート基に任意で連結された単一の連続配列を形成し、例えば、直鎖状分子であるかまたは直鎖状分子として合成される。従って、オリゴマー化合物は、一本鎖分子であり得る。いくつかの態様において、オリゴマーは、同一オリゴマー内の対応する領域に相補的である短い領域、例えば、少なくとも3連続ヌクレオチド、4連続ヌクレオチド、または5連続ヌクレオチドの領域（即ち、二重鎖）を含まない。オリゴマーは、いくつかの態様において、（本質的に）二本鎖でなくてよい。いくつかの態様において、オリゴマーは、本質的に、二本鎖でなく、例えば、siRNAでない。
【００７１】
オリゴマー領域A、A'、およびA''（存在する場合）は、ホスホロチオエートオリゴマーであり、即ち、各オリゴマー領域A、A'、およびA''（存在する場合）内のヌクレオシド間連結の少なくとも70％がホスホロチオエート連結であり、例えば、オリゴマー領域A、A'、および（存在する場合）A''内に存在するヌクレオシド間連結の少なくとも80％または少なくとも90％または全てがホスホロチオエートである。
【００７２】
いくつかの態様において、オリゴマー領域A、A'、およびA''（存在する場合）は、単一の連続オリゴヌクレオチド配列を形成していてよい。領域A、A'、およびA''の間には、領域B、例えば、1個、2個、3個、4個、または5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域が存在する。
【００７３】
領域Bが1個のヌクレオシドのみを含む時、領域Bヌクレオシド（例えば、DNAヌクレオシド）の間のヌクレオシド間連結の少なくとも一方または両方が、ホスホジエステル連結であり得る。領域Bが2個以上のヌクレオシドを含む時、領域Bヌクレオシド（例えば、DNAヌクレオシド）の間のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル連結であってよく、かつ／または他のヌクレオシド間連結、例えば、ホスホロチオエート連結であってよい。
【００７４】
本発明のオリゴマー、例えば、A、A'、およびA''（存在する場合）は、siRNA複合体の一部を形成しない。
【００７５】
本発明のオリゴマー、例えば、A、A'、およびA''（存在する場合）は非相補的であり、例えば相互にハイブリダイズして8連続塩基対を超える、いくつかの態様においては6連続塩基対を超える領域を形成することはない。いくつかの態様において、領域AおよびA''は相互にハイブリダイズして4連続塩基対を超える領域を形成することはない。例示的な塩基対は、A-T、G-C、またはA-Uであり得る。3個のオリゴマー領域A、A'、およびA''が存在する場合、AとA'との間、A'とA''との間、およびAとA''との間に非相補性がある。
【００７６】
オリゴマー領域A、A'、およびA''（存在する場合）は、（実質的に）相補的なオリゴヌクレオチドとの二重鎖の形態になく、例えば、siRNAでない。
【００７７】
いくつかの態様において、オリゴマー領域A、A'、およびA''は、同一の連続ヌクレオチド配列を共有している。いくつかの態様において、オリゴマー領域AおよびA'は、同一の連続ヌクレオチド配列を共有している。この点で、本発明は、オリゴマーの複数コピー（即ち、同一の連続核酸塩基配列を有し、任意で、同一の化学的修飾を有するもの）を標的組織へ送達するために使用され得る単一の化合物を提供する。
【００７８】
オリゴマー領域の長さ
各オリゴマー領域（例えば、A、A'、およびA''）は、7〜26ヌクレオチド、例えば、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、11ヌクレオチド、12ヌクレオチド、13ヌクレオチド、14ヌクレオチド、15ヌクレオチド、16ヌクレオチド、17ヌクレオチド、18ヌクレオチド、19ヌクレオチド、20ヌクレオチド、21ヌクレオチド、22ヌクレオチド、23ヌクレオチド、24ヌクレオチド、25ヌクレオチド、または26ヌクレオチドであり得る。オリゴマー領域AおよびA'（ならびに、任意で、A''）が単一の連続ヌクレオチド配列を形成している態様において（図1を参照すること）、より短いオリゴマー領域、例えば、7〜18ヌクレオチド、例えば、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、11ヌクレオチド、12ヌクレオチド、13ヌクレオチド、14ヌクレオチド、15ヌクレオチド、16ヌクレオチド、および17ヌクレオチド、例えば、7〜16ヌクレオチドもしくは7〜14ヌクレオチドもしくは7〜12ヌクレオチド、または、いくつかの態様においては、例えば、LNAトータルマーを使用する時、7〜12連続ヌクレオチド、もしくは7連続ヌクレオチド、8連続ヌクレオチド、9連続ヌクレオチド、もしくは10連続ヌクレオチドのオリゴマー領域の使用が高度に好ましいことが認識される。適切には、オリゴマー領域および切断可能な領域Bの長さの合計は、40ヌクレオチド未満、例えば38ヌクレオチド未満、例えば36ヌクレオチド未満、例えば34ヌクレオチド未満、例えば32ヌクレオチド未満、例えば30ヌクレオチド未満、例えば28ヌクレオチド未満、例えば26ヌクレオチド未満、例えば24ヌクレオチド未満、例えば22ヌクレオチド未満、例えば20ヌクレオチド未満である。オリゴマー領域および切断可能な領域Bの長さの合計の最小長は、15ヌクレオチドであり、従って、16ヌクレオチド、17ヌクレオチド、または18ヌクレオチドであり得る。
【００７９】
オリゴマー領域が単一の連続ヌクレオチド配列を形成しない態様（例えば、図2を参照すること）、例えば並列に接合されている態様において、各オリゴマー領域（A、A'、またはA''）の長さは、7〜26ヌクレオチドであり得る。いくつかの態様において、あるオリゴマー領域（または全てのオリゴマー領域）の長さは、7〜20ヌクレオチド、例えば、7〜18ヌクレオチドまたは7〜18ヌクレオチドまたは7〜16ヌクレオチドであり得る。いくつかの態様において、オリゴマー領域（または全てのオリゴマー領域）の長さは、8〜20ヌクレオチド、例えば、8〜18ヌクレオチドまたは8〜18ヌクレオチドまたは8〜16ヌクレオチドであり得る。いくつかの態様において、オリゴマー領域（または全てのオリゴマー領域）の長さは、12〜20ヌクレオチド、例えば、12〜18ヌクレオチドまたは12〜18ヌクレオチドまたは12〜16ヌクレオチドであり得る。そのような長さは、ギャップマーオリゴマー、例えば、LNAギャップマーオリゴマー（領域）と共に使用するために特に適している。
【００８０】
いくつかの態様において、オリゴマー領域が、一列（図1）または並列に（図2）接合されている時、オリゴマー領域（または全てのオリゴマー領域）の長さは、7〜12ヌクレオチド、例えば7〜10ヌクレオチド、例えば7ヌクレオチド、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、または10ヌクレオチドであり得る。そのような長さは、LNAミックスマーオリゴマーまたはLNAトータルマーオリゴマー、例えばマイクロRNA、例えばマイクロRNAシード領域を標的とするオリゴマーを使用する時、特に有用である。
【００８１】
いくつかの態様において、オリゴマー領域は、全部で10〜22連続ヌクレオチド長、例えば12〜18連続ヌクレオチド長、例えば13〜17連続ヌクレオチド長または12〜16連続ヌクレオチド長、例えば13連続ヌクレオチド長、14連続ヌクレオチド長、15連続ヌクレオチド長、16連続ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる。
【００８２】
いくつかの態様において、オリゴマー領域は、全部で10連続ヌクレオチド長、11連続ヌクレオチド長、12連続ヌクレオチド長、13連続ヌクレオチド長、または14連続ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる。
【００８３】
いくつかの態様において、オリゴマー領域は、22個以下のヌクレオチド、例えば20個以下のヌクレオチド、例えば18個以下のヌクレオチド、例えば15個、16個、または17個のヌクレオチドからなる。いくつかの態様において、この領域は、20個未満のヌクレオチドを含む。オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列の長さについて範囲が与えられる場合、それには、範囲内に提供された下限および上限の長さが含まれ、例えば、10〜30には、10および30の両方が含まれることが理解されるべきである。
【００８４】
LNAオリゴマー領域
いくつかの態様において、オリゴマー領域（A、A'、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個は、LNAオリゴマー、例えばLNAアンチセンスオリゴマーである。いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも2個（AおよびA'）が、LNAオリゴマー、例えばLNAアンチセンスオリゴマーである。いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも3個（A、A'、およびA''）が、LNAオリゴマー、例えばLNAアンチセンスオリゴマーである。
【００８５】
いくつかの態様において、本発明の化合物、例えばLNAオリゴマー、例えばLNAアンチセンスオリゴマーは、炭水化物部分、例えば非直鎖状炭水化物、例えばGalNac部分、例えばトリGalNacクラスタにコンジュゲートされている。いくつかの態様において、本発明の化合物、例えばLNAオリゴマー、例えばLNAアンチセンスオリゴマーは、（領域Cであり得る）アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分コンジュゲート部分、例えば、GalNAc部分にコンジュゲートされている。炭水化物部分は、多価であってもよく、例えば、2個、3個、4個、または4個の同一のまたは同一でない炭水化物部分が、任意でリンカー（例えば、領域Y）を介して、オリゴマーに共有結合で接合されていてもよい。
【００８６】
いくつかの態様において、アンチセンスオリゴマーを含む、（本明細書において領域A、A'、およびA''と呼ばれ得る）LNAオリゴマー領域、例えば、LNAアンチセンスオリゴマーは、任意で、本明細書において定義される領域Bを介して、（領域Cと呼ばれ得る）アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分コンジュゲート部分、例えばGalNAc部分に共有結合で連結されている。炭水化物部分は多価であってもよく、例えば2個、3個、4個、または4個の同一のまたは同一でない炭水化物部分が、任意で（さらなる）リンカー（例えば、領域Y、例えば、C6アルキルリンカー）を介して、オリゴマーまたは領域Bに共有結合で接合されていてもよい。
【００８７】
オリゴマー領域（例えば、A、A'、およびA''（存在する場合））
いくつかの態様において、各オリゴマー領域は、核酸ベースのオリゴマー、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み得る。いくつかの態様において、各オリゴマー領域は、7〜25ヌクレオチド長または26ヌクレオチド長の、ホスホロチオエート連結したオリゴヌクレオチド、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。オリゴマー領域は「第1領域」として言及される場合があり、本発明が、同一であってもよいしまたは異なっていてもよい複数の第1領域が存在する態様に言及することが認識されるであろう。各オリゴマー領域は、少なくとも1個の修飾型ヌクレオシド（ヌクレオシド類似体）、例えば、少なくとも1個の二環式ヌクレオシド（例えば、LNA）または2'置換型ヌクレオシドを含んでいてよい。いくつかの態様において、各オリゴマー領域のヌクレオシドのいくつかまたは全てが、本明細書においてヌクレオシド類似体とも呼ばれる修飾型ヌクレオシドであり得る。いくつかの態様において、修飾型ヌクレオシドは、糖修飾型である（例えば、リボースまたはデオキシリボース以外の糖または糖代理部分を含む）。BNAとも呼ばれるLNAが、好ましいヌクレオシド修飾である。いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも1個、例えば全てのオリゴマー領域が、核酸標的に（独立にまたは依存的に）相補的である配列を含むアンチセンスオリゴマー（アンチセンスオリゴヌクレオチド）、例えば一本鎖オリゴマーである。
【００８８】
いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも1個、例えば全てのオリゴマー領域が、ギャップマーである。いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも1個、例えば全てのオリゴマー領域が、ミックスマーである。いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの少なくとも1個、例えば全てのオリゴマー領域が、トータルマーである。
【００８９】
いくつかの態様において、各オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））は、少なくとも1個、例えば少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個または25個のヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、ヌクレオシド類似体は、（任意で独立に）二環式ヌクレオシド類似体（例えば、LNA）および／または2'置換型ヌクレオシド類似体からなる群より選択され、例えば、（任意で独立に）2'-O-アルキル-RNA単位、2'-OMe-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、2'-AP単位、2'-FANA単位、2'-(3-ヒドロキシ)プロピル単位、および2'-フルオロ-DNA単位、ならびに／またはその他の（任意での）糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば、モルホリノ、ペプチド核酸（PNA）、CeNA、アンリンクト（unlinked）核酸（UNA）、ヘキシトール核酸（HNA）、ビシクロ-HNA（例えば、WO2009/100320を参照すること）からなる群より選択される。いくつかの態様において、ヌクレオシド類似体は、その標的核酸（または相補的なDNA配列もしくはRNA配列）に対する第1領域の親和性を増加させる。様々なヌクレオシド類似体が、参照によって本明細書に組み入れられるFreier & Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443およびUhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293-213に開示されている。
【００９０】
いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））、例えばギャップマー、ミックスマー、またはトータルマーのうちの少なくとも1個または各々は、少なくとも1個の二環式ヌクレオチド類似体、例えばLNAを含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、少なくとも1個の二環式ヌクレオシド類似体（例えば、LNA）および／または2'置換型ヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々に存在するヌクレオシド類似体は、全て、同一の糖修飾を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々に存在する少なくとも1個のヌクレオシド類似体は、二環式ヌクレオシド類似体であり、例えば少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、例えば全てのヌクレオシド類似体（またはトータルマーにおいては、全てのヌクレオシド）が、二環式ヌクレオシド類似体、例えばLNA、例えばβ-D-X-LNAもしくはα-L-X-LNA（Xは、オキシ、アミノ、もしくはチオである）、または(R/S)cET、cMOE、もしくは5'-Me-LNAを含むがこれらに限定されない、本明細書に開示されたその他のLNAである。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、DNA、ならびに糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば二環式ヌクレオシド類似体および／または2'置換型ヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、DNAヌクレオシド類似体およびLNAヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、LNAヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、ヌクレオシド類似体のみを含み、LNAヌクレオシドを含んでいてもよい。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A*、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、LNAヌクレオシド類似体のみを含む。
【００９１】
WO05013901、WO07/027775、WO07027894は、完全2'-O-MOEなどの完全2'置換型オリゴマーに言及している。いくつかの態様において、オリゴマーの第1領域は、2'置換型ヌクレオシドを含み得る。WO07/027775は、マイクロRNAを標的とするために使用するためのMOE、LNA、DNAミックスマーにも言及している。
【００９２】
いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A'、およびA''（存在する場合））のうちの少なくとも1個または各々は、4個または5個を超える連続DNA単位の領域を含まない。そのようなオリゴマー領域は、（本質的に）RNAseHをリクルートできない可能性がある。
【００９３】
第1領域は、例えば、5'末端または3'末端のヌクレオシド間連結、例えば、ホスホジエステル連結を介して、（第2領域とも呼ばれ得る）領域Bに共有結合で連結されている。従って、ホスホジエステル連結は、領域Aの最も5'のヌクレオシドと領域Bの最も3'のヌクレオシドとの間、および／または領域Aの最も3'のヌクレオシドと領域Bの最も5'のヌクレオシドとの間に位置し得る。この点で、いくつかの態様において、オリゴマー領域Aに共有結合で接合された2個の領域Bが、1個は領域Aの5'末端に、1個は領域Aの3'末端に、存在してもよい。2個の領域Bは、同一であってもよいしまたは異なっていてもよい。1個の領域Bは、さらなるオリゴマー領域（例えば、領域A'）（図1を参照すること）または非ヌクレオチドリンカー基（図2を参照すること）に接合されていてもよく、他方は、もう一つのさらなるオリゴマー領域（A''）に、または、例えば官能基（C）、例えばステロールコンジュゲートもしくはGalNAcコンジュゲートに、任意でリンカー（Y）を介して接合されていてもよい。
【００９４】
いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A'、および／またはA''）のうちの1個または各々のヌクレオシドのいくつかまたは全部が、本明細書においてヌクレオシド類似体とも呼ばれる修飾型ヌクレオシド、例えば糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば二環式ヌクレオシド類似体（例えば、LNA）および／または2'置換型ヌクレオシド類似体であり得る。いくつかの態様において、オリゴマー領域（例えば、A、A'、および／またはA''）のうちの1個または各々に存在するヌクレオシド類似体は、全て、同一の糖修飾を含み、これらは例えば、全て、二環式ヌクレオシド類似体、例えばLNA、例えばβ-D-X-LNAもしくはα-L-X-LNA（Xは、オキシ、アミノ、もしくはチオである）、または非限定的に(R/S)cET、cMOE、もしくは5'-Me-LNAを含む、本明細書に開示されたその他のLNAである。
【００９５】
オリゴマー領域（例えば、A、A'、および／またはA''）のうちの1個または各々のヌクレオシド間連結の少なくとも50％、例えば少なくとも75％、例えば少なくとも90％、例えば100％は、ホスホジエステル以外、例えばホスホロチオエートである。いくつかの態様において、ホスホジエステル以外のヌクレオシド間連結は、硫黄含有ヌクレオシド間連結、例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、およびボラノホスフェート、例えばホスホロチオエートである。
【００９６】
領域B（第2領域、領域B'、および領域B''とも呼ばれる）またはヌクレアーゼ感受性の生理学的に不安定な連結
オリゴマー領域（例えば、A、A'、およびA''（存在する場合））は、本明細書において領域B（ならびに複数の領域Bが存在する場合、領域B'および領域B''）と呼ばれる、少なくとも1個の生物切断性領域を介して連結されている。いくつかの態様において、領域Bは、オリゴマー領域間に、またはオリゴマー領域（もしくは各オリゴマー領域）と連結基との間に、生理学的に不安定な領域を形成する1〜10個のヌクレオシドを含む（図2を参照すること）。DNAホスホジエステルヌクレオシドの領域が使用され得るが、適切に生理学的に不安定であれば、他のヌクレオチド領域が使用されてもよい。
【００９７】
いくつかの態様において、オリゴマー領域（A、A'またはA''（存在する場合））と（各）第2領域Bとの間のヌクレオシド間連結はホスホジエステル連結であり、領域Bの最初の（または唯一の）DNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドは、少なくとも1個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドを含む。
【００９８】
領域Bは、いくつかの態様において、ホスホジエステルで連結されていてよい、さらなるDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドを含み得る。
【００９９】
本明細書において説明されるように、領域Bは、任意でさらなる連結基（Y）を介して、官能基をオリゴマー領域に接合するためにも使用され得る。官能基をオリゴマーに接合するための切断可能リンカーとしての領域Bの使用は、参照によって本明細書に組み入れられるPCT/EP2013/073858に詳細に記載されている。
【０１００】
いくつかの態様において、領域Bは、例えばコンジュゲート、ターゲティング基、反応基、および／またはブロッキング基であり得る第3領域にさらに共有結合で連結されている。
【０１０１】
いくつかの局面において、本発明は、第1領域、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドと、コンジュゲート基または官能基、例えばターゲティング基またはブロッキング基とを連結する、不安定な領域である第2領域の提供に基づく。不安定な領域は、少なくとも1個のホスホジエステル連結したヌクレオシド、例えばDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド、例えば1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個のホスホジエステル連結したヌクレオシド、例えばDNAまたはRNAを含む。いくつかの態様において、オリゴマー化合物は、切断可能（不安定）リンカーを含む。この点で、切断可能リンカーは、好ましくは、領域B（または、いくつかの態様において、領域Aと領域Bとの間）に存在する。
【０１０２】
いくつかの態様において、1個（またはそれ以上または全部）の領域Bは、ホスホジエステル連結を介して第1領域に連結された少なくとも1個のDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドを含むかまたはそれからなっていてよい。いくつかの局面において、オリゴマー領域と第2領域との間のヌクレオシド間連結は、領域Bの一部と見なされる。
【０１０３】
いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bは、少なくとも1〜10個の連結されたヌクレオシド、例えば、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個の連結されたDNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。DNA/RNAホスホジエステルの領域が切断可能リンカーの提供において重要であると考えられるが、領域Bは糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば上記の第1領域の下で言及されたものも含むことが可能である。しかしながら、いくつかの態様において、領域Bのヌクレオシドは、（任意で独立に）DNAおよびRNAからなる群より選択される。いくつかの態様において、領域Bのヌクレオシドは、（任意で独立に）DNAである。領域Bのヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基または天然には存在しない核酸塩基を含み得ることが、認識されるであろう。典型的には、領域Bは、（いくつかの態様において、オリゴマーに隣接している最初のヌクレオシドであってもよい）少なくとも1個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドを含む。領域Bが他のヌクレオシドを含む場合、領域Bは、ホスホジエステル以外の他のヌクレオシド連結、例えば、（任意で独立に）ホスホロチオエート、ホスホジチオエート、ボラノホスフェート、またはメチルホスホネートも含み得る。しかしながら、他の例示的な態様において、領域B内の全てのヌクレオシド間連結が、ホスホロチオエートである。いくつかの態様において、領域Bの全てのヌクレオシドが、（任意で独立に）2'-OHリボース糖（RNA）または2'-H糖のいずれかを含む（即ち、RNAまたはDNA）。1〜5個または1〜4個、例えば、2個、3個、4個のホスフェート（ホスホジエステル）によって連結されたDNAヌクレオシドは、本発明の化合物において特に有用であることが示された。
【０１０４】
いくつかの態様において、第2領域は、少なくとも1〜10個の（例えば、ホスホジエステルによって）連結されたDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド、例えば1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個の（例えば、ホスホジエステルによって）連結されたDNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。
【０１０５】
いくつかの態様において、領域Bは、3個以下または4個以下の連続するDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド（例えば、DNAヌクレオシド）を含む。従って、領域Bは、RNAseHをリクルートしないよう短いものであり得、この局面は、領域Bが、標的に相補的な単一の連続核酸塩基配列の一部を形成しない態様において、重要であり得る。より短い領域B、例えば、1〜4nt長の領域Bは、配列特異的な制限酵素の標的となる可能性が低いことからも、いくつかの態様において好ましい可能性がある。従って、エンドヌクレアーゼ切断に対する領域Bの感受性を変動させ、それによって、インビボでまたはさらには細胞内で活性オリゴマーの活性化の速度を微調整することが可能である。適切には、極めて急速な活性化が必要とされる場合には、より長い領域B、および／または（例えば、細胞特異的もしくは組織特異的なまたは差次的に発現される）制限酵素の認識部位を含む領域Bが利用され得る。
【０１０６】
いくつかの態様において、領域Bは、任意でリンカー基（Y）、例えば、本明細書に提供されたものを介して、官能基（C）、例えば、コンジュゲート基、ターゲティング基、反応基、活性化基、またはブロッキング基にコンジュゲートされていてよい。官能基は、他の手段を介して、例えば、ホスフェートヌクレオシド連結（例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホジチオエート、ボラノホスフェート、もしくはメチルホスホネート）、またはトリアゾール基を介して、オリゴマー領域または本発明の化合物に接合されていてもよい。いくつかの局面において、連結基は、オリゴマー領域のうちの少なくとも2個の間の領域Bと同一であり、従って、ホスホジエステル連結であり得る。
【０１０７】
いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域BのDNAヌクレオチドおよびRNAヌクレオチドは、独立に、DNAヌクレオチドおよびRNAヌクレオチドより選択される。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域BのDNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドは、DNAヌクレオチドである。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域BのDNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドは、RNAヌクレオチドである。
【０１０８】
第2領域に関して、DNAヌクレオシドおよびRNAヌクレオシドという用語には、天然に存在する塩基、または（塩基類似体もしくは修飾型塩基とも呼ばれる）天然には存在しない塩基が含まれ得る。
【０１０９】
いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bは、他のヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体をさらに含んでいてもよいことが認識されるであろう。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bは、DNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドのみを含む。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bは、複数個のヌクレオシドを含み、1個の領域Bまたは各領域Bにおけるヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル連結を含む。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bが複数個のヌクレオシドを含む時、第2領域内の全てのヌクレオシド間連結が、ホスホジエステル連結を含む。
【０１１０】
いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bの少なくとも2個の連続ヌクレオシドは、DNAヌクレオシド（例えば、少なくとも3個または4個または5個の連続DNAヌクレオチド）である。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bの少なくとも2個の連続ヌクレオシドは、RNAヌクレオシド（例えば、少なくとも3個または4個または5個の連続RNAヌクレオチド）である。いくつかの態様において、1個の（またはそれ以上のまたは各）領域Bの少なくとも2個の連続ヌクレオシドは、少なくとも1個のDNAおよび少なくとも1個のRNAヌクレオシドである。領域Aと領域Bとの間のヌクレオシド間連結はホスホジエステル連結であり得る。いくつかの態様において、領域Bが複数個のヌクレオシドを含む時、少なくとも1個のさらなるヌクレオシド間連結、例えば、領域Aに隣接している2個（または3個または4個または5個）のヌクレオシドの間の連結基は、ホスホジエステルである。
【０１１１】
領域Bの少なくとも片側（5'または3'のいずれか）には、第1領域、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドが隣接しており、反対側（それぞれ3'または5'のいずれか）には、任意で、リンカー基を介して（即ち、第2領域とコンジュゲート／ブロッキング基等の部分との間に介在）、さらなるオリゴマー領域（A'）、またはコンジュゲート部分もしくは類似した基（例えば、ブロッキング部分／基、ターゲティング部分／基、もしくは治療用低分子部分）が隣接している。
【０１１２】
領域Bにおける配列選択：
いくつかの態様では、オリゴマー領域（例えばA、A'、および/またはA''）およびBを、相補的な標的配列と整列させた時、領域Bは相補的な配列を形成しない。
【０１１３】
いくつかの態様では、オリゴマー領域（例えばA、A'、および/またはA''）およびBを、相補的な標的配列と整列させた時、領域Bは相補的な配列を形成する。この点で、領域Aおよび領域Bは、共に、標的配列に相補的である単一の連続配列を形成し得る。
【０１１４】
いくつかの態様において、領域B内の塩基の配列は、標的の組織または細胞または細胞内コンパートメントに存在する優勢なエンドヌクレアーゼ切断酵素に基づき、最適のエンドヌクレアーゼ切断部位を提供するよう選択される。この点で、標的組織および非標的組織から細胞抽出物を単離することによって、非標的細胞（例えば、腎臓）と比較して、所望の標的細胞（例えば、肝臓／ヘパトサイト）において優先的な切断活性に基づき、領域Bにおいて使用するためのエンドヌクレアーゼ切断配列が、選択され得る。この点で、標的ダウンレギュレーションのための化合物の効力は、所望の組織／細胞のために最適化され得る。
【０１１５】
いくつかの態様において、領域Bは、配列AA、AT、AC、AG、TA、TT、TC、TG、CA、CT、CC、CG、GA、GT、GC、またはGG（Cは5-メチルシトシンであってもよくかつ／またはTはUに交換されてもよい）のジヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、領域Bは、配列AAA、AAT、AAC、AAG、ATA、ATT、ATC、ATG、ACA、ACT、ACC、ACG、AGA、AGT、AGC、AGG、TAA、TAT、TAC、TAG、TTA、TTT、TTC、TAG、TCA、TCT、TCC、TCG、TGA、TGT、TGC、TGG、CAA、CAT、CAC、CAG、CTA、CTG、CTC、CTT、CCA、CCT、CCC、CCG、CGA、CGT、CGC、CGG、GAA、GAT、GAC、CAG、GTA、GTT、GTC、GTG、GCA、GCT、GCC、GCG、GGA、GGT、GGC、およびGGG（Cは5-メチルシトシンであってもよくかつ／またはTはUに交換されてもよい）のトリヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、領域Bは、配列AAAX、AATX、AACX、AAGX、ATAX、ATTX、ATCX、ATGX、ACAX、ACTX、ACCX、ACGX、AGAX、AGTX、AGCX、AGGX、TAAX、TATX、TACX、TAGX、TTAX、TTTX、TTCX、TAGX、TCAX、TCTX、TCCX、TCGX、TGAX、TGTX、TGCX、TGGX、CAAX、CATX、CACX、CAGX、CTAX、CTGX、CTCX、CTTX、CCAX、CCTX、CCCX、CCGX、CGAX、CGTX、CGCX、CGGX、GAAX、GATX、GACX、CAGX、GTAX、GTTX、GTCX、GTGX、GCAX、GCTX、GCCX、GCGX、GGAX、GGTX、GGCX、およびGGGX（Xは、A、T、U、G、C、およびそれらの類似体からなる群より選択され得、Cは5-メチルシトシンであってもよく、かつ／またはTはUに交換されてもよい）のトリヌクレオチドを含む。（天然に存在する）核酸塩基A、T、U、G、Cに言及する時、これらは、等価な天然核酸塩基として機能する（例えば、相補的なヌクレオシドと塩基対形成する）核酸塩基類似体に置換されてもよいことが認識されるであろう。
【０１１６】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、複数個のコンジュゲート基（または複数個の官能基X - 例えば、コンジュゲート基、ターゲティング基、ブロッキング基、または活性化された基、または反応基もしくは活性化基）、例えば、2個または3個のそのような基を含み得る。いくつかの態様において、領域Bは、任意で[例えば、非ヌクレオチド]リンカー基を介して、少なくとも1個の官能基、例えば、2個または3個の官能基に共有結合で連結されている。いくつかの態様において、第1領域（A）は、2個の領域B（例えば、1個は第1領域Aの5'、1個は3'）に、共有結合で連結されていてもよく（例えば、ヌクレオシド間連結、例えば、ホスホジエステル連結を介する）、各領域Bは、（任意で独立に）本明細書に記載された領域Bより選択され得る。
【０１１７】
マルチコンジュゲートオリゴマー化合物
いくつかの態様において、本発明の化合物は、同一であってもよいしまたは異なっていてもよい複数個のコンジュゲート領域（領域C）を含む。例えば、いくつかの態様において、コンジュゲート1およびコンジュゲート2のうちの一方が、炭水化物またはステロールコンジュゲートであり、他方が、親油性コンジュゲートである。
【０１１８】
上記式においてGalNacで表された炭水化物コンジュゲート部分（例えば、コンジュゲート1またはコンジュゲート2として使用される場合）は、例えば、ガラクトース、ガラクトサミン、N-ホルミル-ガラクトサミン、Nアセチルガラクトサミン、N-プロピオニル-ガラクトサミン、N-n-ブタノイル-ガラクトサミン、およびN-イソブタノイルガラクトース-アミンからなる群より選択され得る。親油性コンジュゲート（例えば、コンジュゲート1またはコンジュゲート2として使用され、上記式中にパルミトイルとして表される場合）は、疎水基、例えば、C16〜20疎水基、ステロール、コレステロールであり得る。使用され得るその他の炭水化物および親油基は、例えば、本明細書に開示されている。
【０１１９】
標的
本発明のポリオリゴマー化合物は、1種以上の核酸標的を標的とすることができる。いくつかの態様において、各オリゴマー領域は、同一の核酸標的を標的とし、従って、各オリゴマー領域は、同一の核酸塩基配列を含んでいてもよく（即ち、標的の正確に同一の核酸塩基配列を標的としてもよく）、または異なる核酸塩基配列を有していてもよい（即ち、オリゴマー領域のうちの少なくとも2個、例えば、全部の核酸塩基配列が同一の核酸標的を標的とする（即ち、それに相補的である）時）。
【０１２０】
いくつかの態様において、各オリゴマー領域は、異なる核酸標的を標的とし、従って、各オリゴマー領域は、異なる核酸塩基配列を含んでいてもよく、その場合、オリゴマー領域のうちの少なくとも2個、例えば、全部の核酸塩基配列は、異なる核酸標的を標的とする。2個を超えるオリゴマー領域、例えば、3個のオリゴマー領域が存在する時、オリゴマー領域のうちの2個が、同一の核酸標的を標的とし、第3オリゴマー領域が、異なる核酸塩標的を標的としてもよいことが認識されるであろう。オリゴマー領域は、非限定的な例として、mRNA、マイクロRNA、lncRNA（長鎖非コードRNA）、snRNA、snoRNA、およびウイルスRNAからなる群より選択される核酸を標的とし得る。
【０１２１】
例示的な、しかし非限定的なmRNA標的およびマイクロRNA標的には、例えば、以下のものが含まれる。
【０１２２】
癌において示されている遺伝子、例えば、Hif1-α、サバイビン、Bcl2、Mcl1、Her2、アンドロゲン受容体、β-カテニン、ヒトトランスフォーミング増殖因子TGF-β2、ras、TNF-α、c-RAF、HSP、例えば、Hsp27、eIF-4E（例えば、ISIS-EIF4ERx）、STAT3（例えば、ISIS-STAT3Rx）、クラスタリン（例えば、OGX-011）、AurkB、AurkA、PBK、miR-155、miR-21、miR-10b、mir-34（WO2011088309を参照）、miR-199a、miR-182。他のマイクロRNA標的には、miR-221が含まれる。
【０１２３】
炎症に関与する遺伝子のmRNA、例えば、ICAM-1（例えば、Alicoforsen）、CD49d、VLA-4、オステオポンチン、miR-21（乾癬）。
【０１２４】
その他の医学的に関連するmRNA標的には、CTGF（局所線維症）およびc-Raf-キナーゼ（眼疾患）、miR-29（心線維症）、第XI因子（凝固）、第VII因子（凝固）、miR15、miR-159（心筋梗塞後モデリング）、miR-138（骨量減少）、mir-21（WO12148952を参照）、およびmir214（線維症）（WO2012012716を参照）が含まれる。
【０１２５】
代謝疾患または代謝障害の標的、例えば、アポ-B（高LDLコレステロール、ACS）、アポCIII（高血清TG、糖尿病）、アポ（a）（心血管疾患）、FGFR4（肥満）、GCCR（T2糖尿病）、GCGR（T2糖尿病）、PTP1B（T2糖尿病）、DGAT2（NASH）、PCSK9（高脂血症および関連障害）、MtGPAT（肥満およびNAFLD）、miR-122（高コレステロール）、miR-33（代謝症候群、アテローム性動脈硬化症）、miR-208（慢性心不全）、miR-499（慢性心不全）、miR-378（心血管代謝疾患）、mir-143（血管疾患）、miR-145（血管疾患）、miR-92（末梢動脈疾患）、miR-375（糖尿病）、miR-27b（糖尿病）、miR-34a（糖尿病）、miR-199a、miR-27a（心疾患、虚血）、miR-338（糖尿病）。
【０１２６】
代謝疾患には、例えば、代謝症候群、肥満、高脂血症、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性複合型高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、ならびに冠動脈心疾患（CHD）、アテローム性動脈硬化症、心疾患、糖尿病（I型および／またはII型）、NASH、急性冠症候群（ACS）が含まれる。
【０１２７】
ウイルス性疾患：miR-451（赤血球増加症）、miR-122（HCV）、HBV、HCV、BKV等。重篤な希少疾患には、SMN2（脊髄性筋萎縮症）、TTR（TTRアミロイドーシス）、GHr（先端巨大症）、AAT（AATD関連肝疾患）、ジストロフィン（デュシェンヌ型筋ジストロフィー）が含まれる。
【０１２８】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、肝臓において発現される核酸、例えば、肝臓において発現されるmRNA、例えば、PCSK9、アポB、またはMtGPATを標的とする。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、PCSK9 mRNAを標的とする。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、アポB mRNAを標的とする。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、肝臓において発現されるマイクロRNA、例えば、miR-122を標的とする。
【０１２９】
適当なオリゴマー領域：いくつかの態様において、本発明の1個の（またはそれ以上のまたは全部）オリゴマー領域は、肝臓において発現されるマイクロRNA、例えば、miR-122を標的とする。miR-122を標的とするオリゴマーは、WO2007/112754、WO2007/112753、WO2009/043353に開示されており、ミックスマー、例えば、（配列
2017505623.tif 000003
［大文字はβ-D-オキシLNA、小文字はDNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは、5-メチルシトシンである］を有する）miravirsenとも呼ばれるSPC3649、または小型LNA、例えば、WO2009/043353に開示されたもの
2017505623.tif 000004
［大文字は（任意でβ-D_オキシ）LNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは任意で5-メチルシトシンである］であり得る。いくつかの態様において、miR-122を標的とするオリゴマーは、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、11ヌクレオチド、12ヌクレオチド、13ヌクレオチド、14ヌクレオチド、15ヌクレオチド、16ヌクレオチド、17ヌクレオチド、または18ヌクレオチドの長さを有する。いくつかの態様において、miR-122を標的とするオリゴマー領域は、オリゴマーの全長において測定されるようにmiR-122に完全に相補的である配列を含み、好ましくは、配列5'-CACACTCC-3'を含む。miRBaseによると、成熟マイクロRNA-122配列は、
2017505623.tif 000005
である。いくつかの態様において、マイクロRNA、例えば、miR-122を標的とするオリゴマー領域は、オリゴマーの全長においてマイクロRNAの対応する領域に相補的であり、いくつかの態様において、オリゴマーの3'ヌクレオシドは、マイクロRNA、例えば、miR-122の最初の、2番目の、3番目の、または4番目の5'ヌクレオチド、例えば、マイクロRNA、例えば、miR-122の2番目の5'ヌクレオチドに相補的である（即ち、それと整列する）。
【０１３０】
いくつかの態様において、本発明の1個（またはそれ以上または全部）のオリゴマーは、肝臓において発現されるマイクロRNA、例えば、miR-33（miR-33aおよび／またはmiR-33b）を標的とし、代謝障害、例えば、アテローム性動脈硬化症の処置において使用され得る（例えば、WO2010/120508を参照すること）。miR-33a/bを標的とするオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000006
からなる群より選択される核酸塩基配列を含み得、miR-33a/bを標的とする特異的なオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000007
［大文字は（任意でβ-D-オキシ）LNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは任意で5-メチルシトシンである］であり得る。miRBaseによると、成熟マイクロRNA-33a配列は、
2017505623.tif 000008
であり、miR-33bは、
2017505623.tif 000009
である。
【０１３１】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、肝臓において発現されるマイクロRNA例えば、miR-21を標的とし、肝硬変または肝細胞癌などの疾患の処置において使用され得る。本発明の化合物は、
2017505623.tif 000010
からなる群より選択される核酸塩基配列を含み得るmiR-21を標的とする1個（またはそれ以上または全部）のオリゴマー領域を含んでいてよく、miR-21を標的とする特異的なオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000011
［大文字は（任意でβ-D_オキシ）LNAであり、小文字はDNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは任意で5-メチルシトシンである］であり得る。配列5'-GATAAGCT-3'（LNA Cは5-メチルシトシンである）を有する完全LNAオリゴマーホスホロチオエート（例えば、β-D-オキシ-LNA）は、miR-21（SEQ ID NO 399）を阻害するために広範囲にインビボで使用されている。miRBaseによると、成熟マイクロRNA-21配列は、
2017505623.tif 000012
である。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、2個のオリゴマー領域を含み、1個はマイクロRNA-21配列を標的とし、さらなるオリゴマー領域はマイクロRNA-155配列を標的とする。
【０１３２】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、マイクロRNA、例えばmiR-155を標的とし、癌の処置において使用され得る。本発明の化合物は、
2017505623.tif 000013
からなる群より選択される核酸塩基配列を含み得る、miR-155を標的とする1個（またはそれ以上または全部）のオリゴマー領域を含み得、miR-21を標的とする特異的なオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000014
［大文字は（任意でβ-D-オキシ）LNAであり、小文字はDNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは任意で5-メチルシトシンである］であり得る。SEQ ID NO 304は、miR-155配列である。
【０１３３】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、肝臓において発現されるマイクロRNA、例えばmiR-221を標的とする1個（またはそれ以上または全部）のオリゴマー領域を含み得、例えば、肝細胞癌の処置において使用され得る。miR-221を標的とするオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000015
からなる群より選択される核酸塩基配列を含み得、miR-221を標的とする特異的なオリゴマー領域は、
2017505623.tif 000016
［大文字は（任意でβ-D-オキシ）LNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは任意で5-メチルシトシンである］を含む。miRBaseによると、成熟マイクロRNA-221配列は、
2017505623.tif 000017
である。
【０１３４】
マイクロRNAを標的とするための他の適当なオリゴマー領域は、表2に開示されている。
【０１３５】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、標的（例えば、標的核酸）の発現をダウンレギュレートする（例えば、低下させるかまたは除去する）ことができる。この点に関して、本発明のオリゴマーは、標的の阻害に影響を与えることが可能である。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、標的核酸に結合し、正常発現レベル（例えば、オリゴマーまたはコンジュゲートの非存在下での発現レベル）と比較した、少なくとも10％または20％の発現の阻害、より好ましくは、正常発現レベルと比較した少なくとも30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、または95％の阻害に影響を与える。いくつかの態様において、そのような調節は、0.04から25nM、例えば、0.8から20nMの濃度の本発明の化合物を使用した時に見られる。同一のまたは異なる態様において、発現の阻害は、100％未満、例えば、98％未満の阻害、95％未満の阻害、90％未満の阻害、80％未満の阻害、例えば、70％未満の阻害である。発現レベルの調節は、例えば、標的タンパク質に対する適切な抗体を使用したウエスタンブロッティングがその後に続くSDS-PAGEなどの方法により、タンパク質レベルを測定することによって、決定され得る。あるいは、発現レベルの調節は、例えば、ノーザンブロッティングまたは定量的RT-PCRにより、mRNAのレベルを測定することによって、決定され得る。mRNAレベルを介して測定する場合、適切な投薬量、例えば0.04から25nM、例えば0.8から20nMの濃度を使用した時のダウンレギュレーションのレベルは、いくつかの態様において、典型的には、本発明の化合物、コンジュゲート、または組成物の非存在下での正常レベルの10〜20％のレベルとなる。
【０１３６】
従って、本発明は、標的を発現している細胞における1つまたは複数の、例えば2つまたは3つの標的の発現をダウンレギュレートするかまたは阻害するため、本発明によるオリゴマーまたはコンジュゲートを該細胞へ投与する工程を含む、該細胞における標的の発現をダウンレギュレートするかまたは阻害する方法を提供する。適切には、細胞は、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞である。投与は、いくつかの態様において、インビトロで行われ得る。投与は、いくつかの態様において、インビボで行われ得る。
【０１３７】
本発明の化合物におけるオリゴマー領域、例えば、オリゴマーおよびそれらのコンジュゲートは、種々の標的、例えば、肝臓において発現されるmRNAまたはマイクロRNAまたはその他の核酸標的へターゲティングされ得る（NCBI Genbank/遺伝子IDの参照は、本発明の化合物によって標的とされ得る配列の例として与えられ、Genbank/NCBI配列は、参照によって本明細書に組み入れられる）。
【０１３８】
アポB
いくつかの態様において、第1領域（または第1領域および第2領域）は、アポB mRNA標的、例えば、アポB-100（参照によって本明細書に組み入れられるNCBI Genbank ID NM_000384.2 GI：105990531）の対応する領域に相補的である（即ち、それを標的とする）単一の連続核酸塩基配列を形成する。
【０１３９】
アポBを標的とする本発明の化合物は、急性冠症候群の処置において使用され得る（WO20100076248を参照のこと）。従って、本発明は、急性冠症候群の処置において使用するための、アポB100を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、急性冠症候群の処置の方法をさらに提供する。
【０１４０】
アポBを標的とする本発明の化合物は、アテローム性動脈硬化症の処置において使用され得る。従って、本発明は、アテローム性動脈硬化症の処置において使用するための、アポB100を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、アテローム性動脈硬化症の処置の方法をさらに提供する。アポBを標的とする本発明の化合物は、高コレステロール血症または高脂血症の処置において使用され得る。従って、本発明は、高コレステロール血症または高脂血症の処置において使用するための、アポB100を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、高コレステロール血症または高脂血症の処置の方法をさらに提供する。
【０１４１】
本発明は、細胞におけるアポBを阻害するため、本発明によるオリゴマーまたはコンジュゲートまたは薬学的組成物を細胞へ投与する工程を含む、アポBを発現している細胞におけるアポBの阻害のためのインビボまたはインビトロの方法を提供する。
【０１４２】
本発明のオリゴマー／コンジュゲートにおいて第1領域として使用され得るLNAオリゴマー領域の例には、例えば、参照によって本明細書に組み入れられるWO2007/031081、WO2008/113830、WO2007131238、およびWO2010142805に開示されたものが含まれる。具体的な好ましいオリゴマー領域には、以下のものが含まれる：
2017505623.tif 000018
配列中、大文字はβ-D-オキシLNA単位（ヌクレオシド）であり、小文字はDNA単位であり、下付きのsはホスホロチオエート連結であり、大文字のCの前の上付きのmは全てのLNAシトシンが5-メチルシトシンであることを示す。本発明の化合物はしたがって、SEQ ID NO:9を含む第1オリゴマー領域と、SEQ ID NO:9またはSEQ ID NO:10を含む第2オリゴマー領域とを含み得る。本発明の化合物はしたがって、SEQ ID NO:10を含む第1オリゴマー領域と、SEQ ID NO:9またはSEQ ID NO:10を含む第2オリゴマー領域とを含み得る。アポBを標的とする本発明の化合物は、本明細書に開示される、オリゴマーを肝臓へターゲティングするコンジュゲート、例えば、炭水化物または親油性コンジュゲート、例えば、GalNacコンジュゲートまたはステロールコンジュゲート（例えば、コレステロールもしくはトコフェロール）に、コンジュゲートされていてもよい。コンジュゲートは、例えば、（適宜領域Bを介して）オリゴマー化合物の5'末端または3'末端に在り得る。アポBを標的とするその他のオリゴマーは、WO03/011887、WO04/044181、WO2006/020676、WO2007/131238、WO2007/031081、およびWO2010142805に開示されている。
【０１４３】
PCSK9
いくつかの態様において、第1領域（または第1領域および第2領域）は、PCSK9 mRNA標的、例えば、ヒトPCSK9 mRNA（参照によって本明細書に組み入れられるNCBI Genbank ID NM_174936.3 GI：299523249）の対応する領域に相補的である（即ち、それを標的とする）単一の連続核酸塩基配列を形成する。
【０１４４】
本発明は、医薬として使用するための、例えば、高コレステロール血症または関連障害、例えば、アテローム性動脈硬化症、高脂血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、例えば、PCSK9の機能獲得型変異、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）からなる群より選択される障害の処置のための、PCSK9を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。
【０１４５】
本発明は、高コレステロール血症または関連障害、例えば、アテローム性動脈硬化症、高脂血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、例えば、PCSK9の機能獲得型変異、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）からなる群より選択される障害の処置のための医薬の製造のための、PCSK9を標的とする本発明のオリゴマーの使用を提供する。
【０１４６】
本発明は、PCSK9を標的とする有効量の本発明によるオリゴマーを高コレステロール血症または関連障害に罹患しているかまたは罹患する可能性が高い患者へ投与する工程を含む、高コレステロール血症または関連障害、例えば、アテローム性動脈硬化症、高脂血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、例えば、PCSK9の機能獲得変異、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）からなる群より選択される障害を処置する方法を提供する。
【０１４７】
本発明は、細胞におけるPCSK9を阻害するため、PCSK9を標的とする本発明によるオリゴマーを細胞へ投与する工程を含む、PCSK9を発現している細胞におけるPCSK9の阻害のためのインビボまたはインビトロの方法を提供する。
【０１４８】
以下は、ヒトPCSK9 mRNAを標的とし、本発明の化合物において領域Aとして使用され得るオリゴマーである。
2017505623.tif 000019
配列中、大文字はβ-D-オキシLNA単位（ヌクレオシド）であり、小文字はDNA単位であり、下付きのsはホスホロチオエート結合であり、大文字のCの前の上付きのmは全てのLNAシトシンが5-メチルシトシンであることを示す。PCSK9を標的とする本発明の化合物は、本明細書に開示される、オリゴマーを肝臓へターゲティングするコンジュゲート、例えば、炭水化物または親油性コンジュゲート、例えば、GalNacコンジュゲートまたはステロールコンジュゲート（例えば、コレステロールもしくはトコフェロール）へコンジュゲートされていてもよい。コンジュゲートは、例えば、（適宜領域Bを介して）オリゴマー化合物の5'末端または3'末端に在り得る。PCSK9を標的とするその他のオリゴマーは、参照により本明細書に組み入れられるWO2008/043753、WO2011/009697、WO08/066776、WO07/090071、WO07/146511、WO0/143315、WO09/148605、WO11/123621、およびWO11133871に開示されている。
【０１４９】
miR-122
いくつかの態様において、第1領域（または第1領域および第2領域）は、マイクロRNA-122、例えば、miR-122a、例えば、has-miR-122配列（miRBaseリリース20：MI0000442）、例えば、
2017505623.tif 000020
の対応する領域に相補的である（即ち、それを標的とする）単一の連続核酸塩基配列を形成する。miR-122は、HCV感染において示されており、感染の維持のために必要とされる不可欠の宿主因子である。従って、miR-122の阻害剤は、C型肝炎感染の処置において使用され得る。
【０１５０】
miR-122を標的とする本発明の化合物は、HCV感染の処置において使用され得る。従って、本発明は、HCV感染の処置において使用するための、miR-122を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、HCV感染の処置の方法をさらに提供する。
【０１５１】
本発明は、HCV感染の処置のための医薬の製造のための、miR-122を標的とする本発明のオリゴマーの使用を提供する。
【０１５２】
本発明は、miR-122を標的とする有効量の本発明によるオリゴマーをHCV感染に罹患している患者へ投与する工程を含む、HCV感染を処置する方法を提供する。
【０１５３】
本発明は、細胞におけるmiR-122を阻害するため、本発明によるオリゴマーまたはコンジュゲートまたは薬学的組成物を細胞へ投与する工程を含む、miR-122を発現している細胞、例えば、HCV感染細胞またはHCVレプリコン発現細胞におけるmiR-122の阻害のためのインビボまたはインビトロの方法を提供する。
【０１５４】
miR-122は、コレステロール代謝においても示されており、miR-122の阻害が、血漿コレステロールレベルを低下させる処置のために使用され得ることが示唆されている（Esau,Cell Metab.2006 Feb;3(2):87-98）。
【０１５５】
従って、miR-122の阻害剤は、血漿コレステロールレベルを低下させるための処置において、またはコレステロールレベル上昇に関連した代謝疾患（関連障害）、例えば、アテローム性動脈硬化症、高脂血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、脂質異常症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）からなる群より選択される適応症の処置において使用され得る。miR-122を標的とする本発明の化合物は、コレステロールレベル上昇または関連障害の処置において使用され得る。従って、本発明は、コレステロールレベル上昇または関連障害の処置において使用するための、miR-122を標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、コレステロールレベル上昇または関連障害の処置の方法をさらに提供する。
【０１５６】
本発明は、コレステロールレベル上昇または関連障害の処置のための医薬の製造のための、miR-122を標的とする本発明のオリゴマーの使用を提供する。
【０１５７】
本発明は、miR-122を標的とする有効量の本発明によるオリゴマーを障害に罹患している患者へ投与する工程を含む、コレステロールレベル上昇または関連障害を処置する方法を提供する。
【０１５８】
本発明は、細胞におけるmiR-122を阻害するため、本発明によるオリゴマーまたはコンジュゲートまたは薬学的組成物を細胞へ投与する工程を含む、miR-122を発現している細胞、例えば、HCV感染細胞またはHCVレプリコン発現細胞におけるmiR-122の阻害のためのインビボまたはインビトロの方法を提供する。
【０１５９】
miR-122を標的とするオリゴマーは、WO2007/112754、WO2007/112753、WO2009/043353に開示されており、ミックスマー、例えばSPC3649（ミラビルセン（miravirsen）とも呼ばれる。下記参照）、または小型LNA、例えばWO2009/043353に開示されたもの（例えば、
2017505623.tif 000021
、配列中、大文字はβ-D_オキシLNA、完全ホスホロチオエートであり、LNA Cは5-メチルシトシンである）であり得る。いくつかの態様において、miR-122を標的とするオリゴマーは、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、11ヌクレオチド、12ヌクレオチド、13ヌクレオチド、14ヌクレオチド、15ヌクレオチド、16ヌクレオチド、17ヌクレオチド、もしくは18ヌクレオチド（または19ヌクレオチド、20ヌクレオチド、21ヌクレオチド、22ヌクレオチド、もしくは23ヌクレオチド）の長さを有する。いくつかの態様において、miR-122を標的とするオリゴマーは、オリゴマーの長さの全てにわたって測定してmiR-122に完全に相補的である配列を含み、好ましくは、配列5'-CACACTCC-3'を含む。いくつかの態様において、マイクロRNA、例えば、miR-122を標的とするオリゴマーは、オリゴマーの長さの全てにわたってマイクロRNAの対応する領域に相補的であり、いくつかの態様において、オリゴマーの3'ヌクレオシドは、マイクロRNA、例えばmiR-122の、最初の、2番目の、3番目の、または4番目の5'ヌクレオチド、例えば、マイクロRNA、例えばmiR-122の、2番目の5'ヌクレオチドに相補的（すなわちそれらに対し整列する）である。
【０１６０】
以下は、has-miR-122（ヒトmiR-122）を標的とし、本発明の化合物において領域Aとして使用され得るオリゴマーである。
2017505623.tif 000022
本発明（領域A）に関して使用され得る、その他のmiR-122を標的とする化合物は、WO2007/027894、WO2007/027775に開示されている。
【０１６１】
MtGPAT：（NCBI遺伝子ID 57678 - 染色体：10；NC_000010.10（113907971..113975153、相補鎖）ミトコンドリアグリセロール-3-リン酸アシルトランスフェラーゼ1（EC 2.3.1.15、GPAT1、mtGPAT1、GPAM、mtGPAMとしても公知）は、肝臓におけるトリグリセリド形成において主要な役割を果たし、高レベルのmtGPAT1活性は、脂肪肝（肝臓脂肪過多症）をもたらし、mtGPAT1の欠如は、低レベルの肝臓トリグリセリドおよび刺激された脂肪酸酸化をもたらす（mtGPATを標的とするオリゴマーを開示しているWO2010/000656を参照のこと）。MtGPATを標的とする本発明の化合物は、過体重、肥満、脂肪肝、肝臓脂肪過多症、非アルコール性脂肪性肝疾患（NAFLD）、非アルコール性脂肪性肝炎（NASH）、インスリン抵抗性、糖尿病、例えば、インスリン非依存性糖尿病（NIDDM）などの状態を処置するために使用され得る。以下のオリゴマーは、ヒトmtGPATを標的とし、かつ、例えば上記に列記されているApoBを標的とする化合物（SEQ ID NO:9またはSEQ ID NO:10）のうちの1つと関連して本発明の化合物のオリゴマー領域として使用され得る。
2017505623.tif 000023
本発明の化合物はしたがって、mtGPATを標的とするオリゴマー領域を含む第1オリゴマー領域とApoB mRNAを標的とする第2オリゴマー領域とを含み得る。
【０１６２】
第VII因子（NCBI遺伝子ID 2155、NCBI J02933.1 GI：180333、またはEU557239.1 GI：182257998）。本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートは、第VII因子を標的とし、それによって、組織因子凝固経路の重大な成分である第VII因子の産生を阻害することができる。第VII因子を標的とする本発明の化合物は、（典型的には、出血を引き起こさずに）血栓性疾患、例えば、心発作、脳卒中、および血餅、または炎症性状態の処置または防止のために使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO2013/119979およびWO2012/174154は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、FVIIを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１６３】
第XI因子（NCBI Genbank BC122863.1 GI：114108211） - 肝臓において産生される凝固因子である第XI因子。高レベルの第XI因子は、心発作、脳卒中、および血餅に関連している。参照によって本明細書に組み入れられるWO2013/070771は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、XIを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。第XI因子を標的とする本発明の化合物は、血栓性疾患、例えば、心発作、脳卒中、および血餅、または炎症性状態、例えば、関節炎および大腸炎の処置または防止のために使用され得る。
【０１６４】
アポCIII（NCBI Genbank BC027977.1 GI：20379764）血中トリグリセリド代謝を制御するタンパク質。高レベルのアポC-IIIは、炎症、高トリグリセリド、アテローム性動脈硬化症、および代謝症候群に関連している。アポCIIIを標的とする本発明の化合物は、単一薬剤として、または他のトリグリセリド低下剤と組み合わせて、血清トリグリセリドレベルを低下させるため、または、例えば、家族性カイロミクロン血症症候群および重症高トリグリセリドの処置において使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO11085271は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、アポCIIIを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１６５】
アポ(a)（NCBI Genbank NM_005577.2 GI：116292749）は、肝臓におけるアポ(a)の産生を阻害し、心疾患の独立危険因子であるLp(a)を低下させるための直接アプローチを提示するため設計される。高レベルのLp(a)は、アテローム性動脈硬化症、冠動脈心疾患、心発作、および脳卒中のリスク増加に関連している。Lp(a)は、動脈における早熟のプラーク発達またはアテローム性動脈硬化症を促進する。アポ(a)を標的とする本発明の化合物は、例えば、アテローム性動脈硬化症および冠動脈心疾患の処置において使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO05000201およびWO03014307は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、アポリポタンパク質(a)を標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１６６】
B型肝炎（HBV）（例えば、全て参照によって本明細書に組み入れられるNCBI D23684.1 GI：560092；D23683.1 GI：560087；D23682.1 GI：560082；D23681.1 GI：560077；D23680.1 GI：560072；D23679.1 GI：560067；D23678.1 GI：560062；D23677.1 GI：560057を参照）
【０１６７】
HBVを標的とするオリゴマーは、当技術分野において周知である。例えば、WO96/03152、WO97/03211、WO2011/052911、WO2012/145674、WO2012/145697、WO2013/003520、およびWO2013/159109を参照されたい。
【０１６８】
HBVを標的とする本発明の化合物は、HBV感染の処置において使用され得る。従って、本発明は、HBVの処置において使用するための、HBVを標的とする本発明によるオリゴマーを提供する。本発明は、本発明のオリゴマーを、処置を必要とする対象へ投与する工程を含む、HBV感染の処置の方法をさらに提供する。
【０１６９】
本発明は、医薬として使用するための、例えば、B型肝炎感染または関連障害の処置のための、B型肝炎（HBV）を標的とする本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートを提供する。
【０１７０】
本発明は、B型肝炎感染または関連障害の処置のための医薬の製造のための、B型肝炎（HBV）を標的とする本発明によるオリゴマーまたはコンジュゲートまたは薬学的組成物の使用を提供する。本発明は、HBVを標的とする有効量の本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートをB型肝炎ウイルスに感染した患者へ投与する工程を含む、B型肝炎感染または関連障害を処置する方法を提供する。本発明は、HBV複製を阻害するために、HBVを標的とする本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートを細胞へ投与する工程を含む、HBV感染細胞におけるHBV複製の阻害のためのインビボまたはインビトロの方法を提供する。本発明のオリゴマー（領域A）として使用され得る、（WO2011/47312に開示されたような）HBVを標的とするLNAオリゴマーの例は、
2017505623.tif 000024
である。さらなる化合物は、参照によって本明細書に組み入れられる、WO2011/47312の表1、ならびにWO2011/052911、WO2012/145674、WO2012/145697、WO2013/003520、およびWO2013/159109に開示されている。
【０１７１】
RG-101は、miR-122を標的とし、GalNacコンジュゲートを含み、Regulus TherapeuticsによってHCVの処置のために開発中の化合物である。
【０１７２】
ANGPTL3（例えば、NCBI BC007059.1 GI：14712025またはBC058287.1 GI：34849466）アンジオポエチン様3-脂質、グルコース、およびエネルギーの代謝を制御するタンパク質。ANGPTL3レベルの上昇を有するヒトは、早熟心発作のリスクの増加、動脈壁厚の増加に関連した高脂血症、および複数の代謝異常、例えば、インスリン抵抗性を有する。対照的に、より低いANGPTL3レベルを有するヒトは、より低いLDLCおよびトリグリセリドのレベル、ならびに心血管疾患のより低いリスクを有する。ANGPTL3を標的とする本発明の化合物は、例えば、高脂血症および関連障害、代謝異常、アテローム性動脈硬化症、冠動脈心疾患、またはインスリン抵抗性の処置において使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO11085271は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、ANGPTL3を標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１７３】
グルカゴン受容体またはGCGR（BC112041.1 GI：85567507；L20316.1 GI：405189）：グルカゴンは、特に、2型糖尿病において、インスリンの作用に対抗し、グルコースを産生するよう肝臓を刺激するホルモンである。進行糖尿病を有する患者において、調節されないグルカゴン作用は、血中グルコースレベルの有意な増加に至る。従って、グルカゴン作用の減弱は、重度糖尿病を有する患者において有意なグルコース低下効果を有し得る。さらに、GCGRの低下によって、膵機能を保存しインスリン分泌を増強するホルモンである活性型のグルカゴン様ペプチドまたはGLP-1がより多く産生される。GCGRを標的とする本発明の化合物は、例えば、インスリン抵抗性、高血糖、糖尿病、例えば、1型または2型糖尿病の処置において、膵機能の保存において、そして血中グルコースレベルを調節するため、使用され得る。WO2007/134014は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、GCGRを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１７４】
線維芽細胞増殖因子受容体4またはFGFR4（NCBI遺伝子2264 - NC_000005.9（176513906..176525143））FGFR4は、肝臓および脂肪組織において発現され、脂肪を貯蔵する身体の能力を減少させると同時に、脂肪燃焼およびエネルギー消費を増加させることが示されている。多くの抗肥満薬が、食欲を抑制するよう脳に作用し、一般的に、CNS副作用をもたらす。FGFR4を標的とする本発明の化合物は、例えば、インスリン抵抗性、高血糖、糖尿病、例えば、1型または2型糖尿病の処置、肥満の保存（例えば、食欲抑制薬と組み合わせて使用された時）、体重の低下、およびインスリン感受性、糖尿病、例えば、1型糖尿病または2型糖尿病の改善、および血中グルコースレベルの調節において使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO09046141およびWO12174476は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、FGFR4を標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１７５】
ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ-2またはDGAT-2（NCBI遺伝子ID 84649）：トリグリセリドの合成における重大な成分。DGATの阻害は、非アルコール性脂肪性肝炎（NASH）を有する患者において肝臓脂肪を低下させることができ、2型糖尿病およびインスリン抵抗性を処置するためにも使用され得る。DGAT-2を標的とする本発明の化合物は、NASHを処置するため、肝臓脂肪を低下させるため、糖尿病、例えば、2型糖尿病を処置するため、インスリン抵抗性を処置するため、使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO05019418およびWO2007136989は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、DGAT-2を標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１７６】
グルココルチコイド受容体またはGCCR（BC150257.1 GI：152013043）：グルココルチコイドホルモンは、身体中の多様な過程に影響を与え、過剰なレベルのグルココルチコイドホルモンは、体内の組織および器官の多くに有害な効果を及ぼし得る。クッシング症候群は、高レベルのグルココルチコイドへの長期曝露によって引き起こされる奇病である。未処置の場合、クッシング症候群を有する患者は、高血圧、糖尿病、および免疫機能障害を発症し、早期死亡の増加したリスクを有し得る。クッシング症候群のため認可された処置が存在するが、現在の医薬は、高血圧および糖尿病などの重大な副作用に関連しており、これらの患者のための新しい治療の高い満たされていない医学的必要性が残存している。GCCR-2を標的とする本発明の化合物は、クッシング症候群および関連状態（例えば、上に列挙されたもの）を処置するために使用され得る。参照によって本明細書に組み入れられるWO07035759およびWO2007136988は、本発明のコンジュゲートへ組み入れられ得る、GCCRを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。
【０１７７】
補体成分C5（M57729.1 GI：179982）：補体系は、宿主防御のための保護機序として免疫において中心的な役割を果たしているが、その制御異常は、とりわけ、発作性夜間血色素尿症（PNH）、非典型溶血性尿毒症症候群（aHUS）、重症筋無力症、視神経脊髄炎を含む広範囲のヒト疾患において、重篤な命にかかわる合併症をもたらす。補体成分C5を標的とする本発明の化合物は、これらの障害のうちの一つ以上を処置するために使用され得る。C5は、遺伝学的にも臨床的にもバリデートされた標的であり；機能喪失型ヒト変異が、ある種の感染に対する免疫防御の減弱と関連付けられており、抗C5モノクローナル抗体の静脈内投与による治療は、補体によって媒介される多数の疾患において臨床活性および認容性を示している。βサラセミアおよび鉄過剰障害の処置のための膜貫通セリンプロテアーゼ6（Tmprss6）。
【０１７８】
α-1アンチトリプシン（AAT）：（M11465.1 GI：177826）肝疾患に関連している。参照によって本明細書に組み入れられるWO13142514は、本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートへ組み入れられ得る、AATを標的とするオリゴヌクレオチド化合物を開示している。AATを標的とする本発明の化合物は、その必要のある個体において、AIAT mRNAおよびタンパク質の発現を減少させ、線維症、例えば、AIATD関連肝疾患、および肺疾患、例えば、AIATD関連肺疾患を処置するか、寛解させるか、防止するか、進行を遅くするか、または進行を止めるための方法において使用され得る。
【０１７９】
トランスサイレチン - TTR（BC005310.1 GI：13529049）：TTRを標的とする本発明のオリゴマーは、トランスサイレチンアミロイドーシスまたはTTRアミロイドーシス（組織に次第に蓄積するTTRの誤って折り畳まれた型を産生する変異遺伝子が、患者に遺伝する、重篤な希少な遺伝性疾患）を処置するために使用され得る。TTRアミロイドーシスを有する患者においては、TTRの変異型および正常型の両方が、心臓、末梢神経、および胃腸管を含む組織において小線維として発達し得る。TTR小線維の存在は、これらの組織の正常な機能に干渉し、TTRタンパク質小線維が拡大するにつれ、より多くの組織傷害が起こり疾患が悪化する。TTRは、血中の甲状腺ホルモンおよびレチノールを輸送する担体タンパク質である。TTRアミロイドーシスを有する患者においては、TTRの変異型および正常型の両方が、組織において小線維として発達し得る。本発明の化合物は、TTRアミロイドーシスを処置するために使用され得る。Benson et al.,Amyloid.2010 Jun;17(2):43-9およびAckermann et al.,Amyloid.2012 Jun;19 Suppl 1:43-4を参照されたい。本発明のオリゴマーまたはコンジュゲートにおいて使用され得る、TTRを標的とするアンチセンス化合物は、参照によって本明細書に組み入れられるUS8101743、WO11139917、およびWO10017509に開示されている。
【０１８０】
アミノレブリン酸合成酵素-1（ALAS-1）（BC011798.2 GI：33877783；AK312566.1 GI：164690365；NM_199166.2 GI：362999012；NM_000688.5 GI：362999011）。ALAS1は、ポルフィリン症の処置のための、例えば、急性間欠性ポルフィリン症（AIP）を含む肝性ポルフィリン症の処置のためのバリデートされた標的である。ALAS-1を標的とする本発明の化合物は、これらの障害の処置において使用され得る。
【０１８１】
血管内皮増殖因子またはVEGF（遺伝子ID 7422、ヒト配列：染色体：6；NC_000006.11（43737946..43754224））。VEGFは、癌において示されている。VEGFを標的とする本発明の化合物は、過剰増殖性障害、例えば、癌、例えば、肝臓癌の処置において使用され得る。
【０１８２】
表1は、本発明の化合物によって標的とされ得る肝臓標的の群、および（例えば、関連障害に罹患した者を）処置するためにそのような化合物が使用され得る医学的適応症／障害を提供する（Sehgal et al.,Liver as a target for oligonucleotide therapeutics,J.of Hepatology 2013,In Pressを参照）。
【０１８３】
【表１】
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【０１８４】
配列
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、標的核酸内に存在するヌクレオチド配列（即ち、オリゴマーが標的とする配列）の逆相補鎖に対応する連続ヌクレオチド配列を含む。表3は、関連適応症に対してオリゴヌクレオチド化合物を使用した前臨床開発または臨床開発の途中にあり、従って、本発明の化合物によって標的とするのに適したmRNA標的およびmiRNA標的の群を提供する。
【０１８５】
いくつかの態様において、標的は、miR-122、アポB-100、アポCIII、PCSK9、CRP、KSP、VEGF、PLK1、miR-34、FGFR4、第IXa因子、第XI因子、TTR、GCCR、PTP-1B、GCGR、AAT、ALDH2、HAMP経路、miR-33、アポ(a)、miR-7、miR-378、miR-21、Myc、miR-122、HCVゲノム、例えば、HCV 5'UTRまたはHCV NS5B RNAもしくはNS3 RNA、TMPRSS6、アンチトロンビンIII、アポCIII、ANGPLT3、MTP、DGAT2、ALAS1、アンチトロンビンIII、血清アミロイドA、および第VII因子からなる群より選択される。
【０１８６】
いくつかの態様において、連続ヌクレオチド配列は、標的配列とハイブリダイズする時、1個以下のミスマッチを含む。領域Bはしかしながら非相補的であり得、したがって相補性の程度を判定する際に無視され得る。
【０１８７】
本発明のオリゴマー（またはその領域）と、核酸の標的領域、例えば、本明細書に開示されたものとの間の「相補性」の程度の決定において、「相補性」（「相同性」または「同一性」とも）の程度は、オリゴマー（またはその領域）の配列と、最適にそれと整列する標的領域（または標的領域の逆相補鎖）の配列との間の同一性百分率（または相同性百分率）として表される。百分率は、2種の配列の間で同一である整列した塩基の数を計数し、オリゴマー内の連続モノマーの総数で割り、100を掛けることによって計算される。そのような比較において、ギャップが存在する場合、そのようなギャップは、ギャップ内のモノマーの数が本発明のオリゴマーと標的領域との間で異なる区域ではなく、単なるミスマッチであることが好ましい。
【０１８８】
本明細書において使用される、「相同の」および「相同性」という用語は、「同一性」および「同一の」という用語と交換可能である。
【０１８９】
「〜に対応する（corresponding to）」および「〜に対応する（corresponds to）」という用語は、オリゴマーのヌクレオチド配列（即ち、核酸塩基または塩基の配列）または連続ヌクレオチド配列（第1領域）と、（i）核酸標的の逆相補鎖の部分配列のいずれかより選択されるさらなる配列の等価な連続ヌクレオチド配列との間の比較をさす。ヌクレオチド類似体は、それらの等価なまたは対応するヌクレオチドと直接比較される。（i）または（ii）のさらなる配列に対応する第1配列は、典型的には、第1配列（例えば、連続ヌクレオチド配列）の全長にわたりその配列と同一であるか、または、本明細書に記載されるように、いくつかの態様において、対応する配列と少なくとも80％、例えば、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％相同、例えば、100％相同（同一）であり得る。
【０１９０】
「対応するヌクレオチド類似体」および「対応するヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチド類似体および天然に存在するヌクレオチドにおけるヌクレオチドが同一であることを示すためのものである。例えば、ヌクレオチドの2-デオキシリボース単位がアデニンに連結されている時、「対応するヌクレオチド類似体」は、アデニンに連結された（2-デオキシリボースと異なる）ペントース単位を含有している。
【０１９１】
本明細書において使用される、「逆相補鎖」、「逆相補的」、および「逆相補性」という用語は、「相補鎖」、「相補的」、および「相補性」という用語と交換可能である。
【０１９２】
従って、オリゴマー（第1領域または第1領域および第2領域）の連続核酸塩基配列は、標的、例えば、本明細書において言及されたものに相補的であり得る。
【０１９３】
いくつかの態様において、第1領域または第1領域および第2領域は、mRNA標的、例えば、本明細書において言及されたもの、例えば、アポB-100（NM_000384.2 GI：105990531）またはPCSK9（NM_174936.3 GI：299523249）の領域に相補的な単一の連続核酸塩基配列を形成する。
【０１９４】
ヌクレオシドおよびヌクレオシド類似体
本明細書において使用される、「ヌクレオチド」という用語は、糖部分（またはその類似体）と、塩基部分と、共有結合で連結された基（連結基）、例えば、ホスフェート型またはホスホロチオエート型のヌクレオチド間連結基とを含む配糖体をさし、天然に存在するヌクレオチド、例えば、DNAまたはRNA、ならびに、本明細書において「ヌクレオチド類似体」とも呼ばれる、修飾型の糖および／または塩基部分を含む天然には存在しないヌクレオチドの両方を含む。本明細書において、単一のヌクレオチド（単位）は、モノマーまたは核酸単位とも呼ばれ得る。
【０１９５】
本発明に関して、ヌクレオシドおよびヌクレオチドという用語は、天然に存在するヌクレオチド／ヌクレオシド、例えば、DNAおよびRNA、ならびにヌクレオチド／ヌクレオシド類似体の両方をさすために使用されることが認識されるであろう。従って、「核酸塩基」は、公知のプリン複素環およびピリミジン複素環のみならず、それらの複素環式類似体および互変異性体も包含する。領域BのDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドは、例えばA、C、T、およびGの群、またはC、T、およびGの群から独立に選択されるDNA核酸塩基などの、天然に存在する核酸塩基および／または天然には存在しない核酸塩基を有し得ることが認識されるであろう。
【０１９６】
生化学の領域において、「ヌクレオシド」という用語は、糖部分と塩基部分とを含む配糖体をさすために一般的に使用され、従って、オリゴマーのヌクレオチドの間のヌクレオシド間連結によって共有結合で連結されたヌクレオチド単位をさす時に使用され得る。バイオテクノロジーの領域において、「ヌクレオチド」という用語は、核酸モノマーまたは単位をさすためにしばしば使用され、従って、オリゴヌクレオチドに関しては、塩基、例えば、「ヌクレオチド配列」をさすことができ、典型的には、核酸塩基配列をさす（即ち、糖骨格およびヌクレオシド間連結の存在は、潜在的である）。同様に、特に、ヌクレオシド間連結基のうちの1個以上が修飾されているオリゴヌクレオチドの場合、「ヌクレオチド」という用語は「ヌクレオシド」をさすことができ、例えば、ヌクレオシドの間の連結の存在または性質を特定する時ですら、「ヌクレオチド」という用語が使用され得る。
【０１９７】
当業者が認識するように、オリゴヌクレオチドの5'末端ヌクレオチドは、5'末端基を含んでいてもよいしまたは含んでいなくてもよいが、5'ヌクレオシド間連結基を含まない。
【０１９８】
天然には存在しないヌクレオチドには、修飾型糖部分を有するヌクレオチド、例えば、二環式ヌクレオチド、または2'修飾型ヌクレオチド、例えば、2'置換型ヌクレオチドが含まれる。
【０１９９】
「ヌクレオチド類似体」は、糖および／または塩基部分の修飾による、天然ヌクレオチド、例えば、DNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドのバリアントである。類似体は、原則として、「サイレント」であるに過ぎないか、またはオリゴヌクレオチドに関して、天然ヌクレオチドと「等価」であり、即ち、標的遺伝子発現を阻害するためにオリゴヌクレオチドが機能する方式に対して機能的な効果を及ぼさないものであり得る。しかしながら、そのような「等価な」類似体は、例えば、製造がより容易であるかもしくはより安価であるか、または保管もしくは製造の条件に対してより安定しているか、またはタグもしくは標識を表す場合、有用であり得る。しかしながら、好ましくは、類似体は、例えば、標的に対する結合親和性を増加させ、かつ／または細胞内ヌクレアーゼに対する抵抗性を増加させ、かつ／または細胞への輸送の容易さを増加させることによって、発現を阻害するためにオリゴマーが機能する方式に対して機能的な効果を及ぼすであろう。ヌクレオシド類似体の具体例は、例えば、Freier & Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443およびUhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293-213によって記載されており、スキーム1に記載される。
2017505623.tif 000026
【０２００】
従って、オリゴマーは、天然に存在するヌクレオチド、好ましくは、2'-デオキシヌクレオチド（本明細書において「DNA」と一般に呼ばれる）の単純な配列を含むかまたはそれからなっていてよいが、リボヌクレオチド（本明細書において「RNA」と一般に呼ばれる）、またはそのような天然に存在するヌクレオチドと1個以上の天然には存在しないヌクレオチド、即ち、ヌクレオチド類似体との組み合わせを含むかまたはそれからなることも可能である。そのようなヌクレオチド類似体は、適宜、標的配列に対するオリゴマーの親和性を増強し得る。
【０２０１】
適当な好ましいヌクレオチド類似体の例は、WO2007/031091によって提供されるか、またはその中で参照されている。本発明のオリゴマーにおいて使用され得るその他のヌクレオチド類似体には、三環式核酸が含まれ、例えば、参照によって本明細書に組み入れられるWO2013154798およびWO2013154798を参照されたい。
【０２０２】
親和性増強ヌクレオチド類似体、例えば、LNAまたは2'置換型糖のオリゴマーへの組み入れは、特異的に結合するオリゴマーのサイズの低下を可能にすることができ、非特異的なまたは異常な結合が起こる前にオリゴマーのサイズに対する上限を低下させることもできる。
【０２０３】
オリゴマー化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、本明細書において言及された化合物、例えば領域A、および、いくつかの任意の態様において、領域Bは、糖基が修飾されたヌクレオシドを1個以上含有していてもよい。そのような糖修飾型ヌクレオシド（ヌクレオシド類似体）は、増強されたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、または他の何らかの有益な生物学的特性を、アンチセンス化合物へ付与することができる。いくつかの態様において、ヌクレオシドは、化学的に修飾されたリボフラノース環部分を含む。
【０２０４】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、少なくとも1個、例えば、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、または25個のヌクレオシド類似体、例えば、糖修飾型ヌクレオシド類似体を含む。
【０２０５】
二環式ヌクレオシド類似体には、リボース環の第2炭素と第4炭素とを連結する架橋（またはビラジカル）（C4*-C2*架橋またはビラジカル）を含むヌクレオシド類似体が含まれる。第2炭素と第4炭素との間のビラジカルの存在は、リボースを3'エンド-（N型）立体構造へロックし、従って、C2*-C4*ビラジカルを有する二環式ヌクレオシド類似体は、しばしば、ロックド核酸（LNA）と呼ばれる。いくつかの態様において、ヌクレオシド類似体は、（任意で独立に）二環式ヌクレオシド類似体（例えば、LNA）および／または2'置換型ヌクレオシド類似体からなる群より選択され、例えば、（任意で独立に）2'-O-アルキル-RNA単位、2'-OMe-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、2'-AP、2'-FANA、2'-(3-ヒドロキシ)プロピル、および2'-フルオロ-DNA単位、ならびに／またはその他の（任意での）糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば、モルホリノ、ペプチド核酸（PNA）、CeNA、アンリンクト核酸（UNA）、ヘキシトール核酸（HNA）、ビシクロ-HNA（例えば、WO2009/100320を参照）からなる群より選択される。いくつかの態様において、ヌクレオシド類似体は、その標的核酸（または相補的なDNA配列もしくはRNA配列）に対する第1領域の親和性を増加させる。
【０２０６】
いくつかの態様において、オリゴマーは、少なくとも1個の二環式ヌクレオチド類似体、例えば、LNAを含む。いくつかの態様において、第1領域は、少なくとも1個の二環式ヌクレオシド類似体（例えば、LNA）および／または2'置換型ヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマー内に存在するヌクレオシド類似体は、全て同一の糖修飾を含む。いくつかの態様において、第1領域内に存在する少なくとも1個のヌクレオシド類似体が、二環式ヌクレオシド類似体であり、例えば、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、例えば、全てのヌクレオシド類似体（領域BのDNAヌクレオシドおよびまたはRNAヌクレオシド以外）が、糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば、二環式ヌクレオシド類似体、例えば、LNA、例えばβ-D-X-LNAもしくはα-L-X-LNA（Xはオキシ、アミノ、もしくはチオである）、または非限定的に(R/S)cET、cMOE、もしくは5'-Me-LNAを含む本明細書に開示されたその他のLNAである。
【０２０７】
化学的に修飾されたリボフラノース環の例には、非限定的に、置換基（例えば、5'置換基および2'置換基）の付加；二環式核酸（BNA）を形成するための非ジェミナル環原子の架橋；リボシル環酸素原子のS、N(R)、またはC(R1)(R2)（R＝H、C1-C2アルキル、または保護基）への置換；ならびにそれらの組み合わせが含まれる。化学的に修飾された糖の例には、2'-F-5'-メチル置換型ヌクレオシド（他の開示された5',2'-ビス置換型ヌクレオシドについては、8/21/08に公開されたPCT国際出願WO2008/101157を参照）、リボシル環酸素原子のSへの置換および2'位でのさらなる置換（2005年6月16日に公開された、公開された米国特許出願US2005/0130923を参照）、あるいはBNAの5'置換（LNAが、例えば、5'-メチル基または5'-ビニル基によって置換された、11/22/07に公開されたPCT国際出願WO2007/134181を参照）が含まれる。
【０２０８】
修飾型糖部分を有するヌクレオシドの例には、非限定的に、5'-ビニル置換基、5'-メチル置換基（RまたはS）、4'-S置換基、2'-F置換基、2'-OCH3置換基、および2'-O(CH2)2OCH3置換基を含むヌクレオシドが含まれる。2'位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C1-C10アルキル、OCF3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、およびO-CH2-C(=O)-N(Rm)（Rn）［RmおよびRnは、各々独立に、Hまたは置換型もしくは非置換型のC1-C10アルキルである］からも選択され得る。
【０２０９】
本明細書において使用される、「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾型ヌクレオシドをさす。二環式ヌクレオシドの例には、非限定的に、4'リボシル環原子と2'リボシル環原子との間に架橋を含むヌクレオシドが含まれる。いくつかの態様において、本明細書に提供される化合物には、架橋が4'〜2'二環式ヌクレオシドを含む、1種以上の二環式ヌクレオシドが含まれる。そのような4'〜2'二環式ヌクレオシドの例には、以下の式のうちのいずれかが含まれるが、これらに限定されない：4'-(CH2)-O-2'（LNA）；4'-(CH2)-S-2'；4'-(CH2)2-O-2'（ENA）；4'-CH(CH3)-O-2'、および4'-CH(CH2OCH3)-O-2*、ならびにそれらの類似体（2008年7月15日に発行された米国特許第7,399,845号を参照）；4'-C(CH3)(CH3)-O-2'およびその類似体（2009年1月8日に公開された公開されたPCT国際出願WO2009/006478を参照）；4'-CH2-N(OCH3)-2'およびその類似体（2008年12月11日に公開された、公開されたPCT国際出願WO2008/150729を参照）；4'-CH2-O-N(CH3)-2'（2004年9月2日に公開された、公開された米国特許出願US2004/0171570を参照）；4'-CH2-N(R)-O-2'［Rは、H、C1-C10アルキル、または保護基である］（2008年9月23日に発行された米国特許第7,427,672号を参照）；4'-CH2-C(H)(CH3)-2'（Chattopadhyaya,et al,J.Org.Chem.,2009,74,118-134を参照）；ならびに4'-CH2-C(=CH2)-2'およびその類似体（2008年12月8日に公開された、公開されたPCT国際出願WO2008/154401を参照）。例えば、Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638；Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc,129(26)8362-8379(Jul.4,2007)；Elayadi et al.,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561；Braasch et al.,Chem.Biol,2001,8,1-7；Oram et al,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243；米国特許第6,670,461号、第7,053,207号、第6,268,490号、第6,770,748号、第6,794,499号、第7,034,133号、第6,525,191号、第7,399,845号；公開されたPCT国際出願WO2004/106356、WO94/14226、WO2005/021570、およびWO2007/134181；米国特許公開番号US2004/0171570、US2007/0287831、およびUS2008/0039618；ならびに米国特許出願番号12/129,154、60/989,574、61/026,995、61/026,998、61/056,564、61/086,231、61/097,787、および61/099,844；ならびにPCT国際出願番号PCT/US2008/064591、PCT/US2008/066154、およびPCT/US2008/068922も参照。上記二環式ヌクレオシドの各々は、1種以上の立体化学的糖配置、例えば、a-L-リボフラノースおよびβ-D-リボフラノースを有して、調製され得る（1999年3月25日にWO99/14226として公開されたPCT国際出願PCT DK98/00393を参照）。
【０２１０】
いくつかの態様において、BNAヌクレオシドの二環式糖部分には、ペントフラノシル糖部分の4'位と2'位との間に少なくとも1個の架橋を有する化合物が含まれるが、これらに限定されない。そのような架橋は、独立に、-[CiRaXRb)],,-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-、および-N(Ra)-［式中、xは、0、1、または2であり；nは、1、2、3、または4であり；RaおよびRbは、各々独立に、H、保護基、ヒドロキシル、C1-C12アルキル、置換型C1-C12アルキル、C2-Ci2アルケニル、置換型C2-C12アルケニル、C2-Ci2アルキニル、置換型C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換型C5-C20アリール、複素環ラジカル、置換型複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換型ヘテロアリール、C5-C7脂環式ラジカル、置換型C5-C7脂環式ラジカル、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル（C(=O)-H）、置換型アシル、CN、スルホニル（S(=O)2-J1）、またはスルホキシル（S(=O)-J1）であり；J1およびJ2は、各々独立に、H、C1-C6アルキル、置換型C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換型C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換型C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換型C5-C20アリール、アシル（C(=O)-H）、置換型アシル、複素環ラジカル、置換型複素環ラジカル、C1-C12アミノアルキル、置換型C1-C12アミノアルキル、または保護基である］より独立に選択される1個または2〜4個の連結された基を含む。
【０２１１】
いくつかの態様において、二環式糖部分の架橋は、-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-、または-C(RaRb)-O-N(R)-である。いくつかの態様において、架橋は、4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4*-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'、および4'-CH2-N(R)-O-2'-［式中、Rは、各々独立に、H、保護基、またはC1-C12アルキルである］である。
【０２１２】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、4'-2'メチレン-オキシ架橋を含むヌクレオシドは、a-L配置またはβ-D配置にあり得る。以前に、アンチセンス活性を示したアンチセンスオリゴヌクレオチドへ、a-L-メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNAが組み入れられた（Frieden et al,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372）。
【０２１３】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドには、以下に図示されるような、（A）a-L-メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNA、（B）β-D-メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNA、（C）エチレンオキシ（4'-(CH2)2-O-2'）BNA、（D）アミノオキシ（4'-CH2-O-N(R)-2'）BNA、（E）オキシアミノ（4'-CH2-N(R)-O-2'）BNA、（F）メチル(メチレンオキシ)（4'-CH(CH3)-O-2'）BNA、（G）メチレン-チオ（4'-CH2-S-2'）BNA、（H）メチレン-アミノ（4'-CH2-N(R)-2'）BNA、（I）メチル炭素環式（4'-CH2-CH(CH3)-2'）BNA、および（J）プロピレン炭素環式（4'-(CH2)3-2'）BNAが含まれるが、これらに限定されない。
2017505623.tif 000027
式中、Bxは、塩基部分であり、Rは、独立に、H、保護基、またはC1-C2アルキルである。
【０２１４】
特定の態様において、二環式ヌクレオシドは、式Iを有する：
2017505623.tif 000028
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
-Qa-Qb-Qc-は、-CH2-N(Rc)-CH2-、-C(=O)-N(Rc)-CH2-、-CH2-O-N(Rc)-、-CH2-N(Rc)-O-、または-N(Rc)-O-CH2であり；
Rcは、C1-C12アルキルまたはアミノ保護基であり；かつ
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合性の結合である。
【０２１５】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、式IIを有する：
2017505623.tif 000029
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合性の結合であり；Zaは、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換型C1-C6アルキル、置換型C2-C6アルケニル、置換型C2-C6アルキニル、アシル、置換型アシル、置換型アミド、チオール、または置換型チオである。
【０２１６】
いくつかの態様において、置換型の基は、各々独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、OJc、NJd、SJc、N3、OC(=X)Jc、およびNJeC(=X)NJcJdより独立に選択される置換基によって一置換または多置換されている。Jc、Jd、およびJeは、各々独立に、H、C1-C6アルキル、または置換型C1-C6アルキルであり、Xは、OまたはNJCである。
【０２１７】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、式IIIを有する：
2017505623.tif 000030
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合性の結合であり；
Rdは、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換型C1-C6アルキル、置換型C2-C6アルケニル、置換型C2-C6アルキニル、または置換型アシル（C(=O)-）である。
【０２１８】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、式IVを有する：
2017505623.tif 000031
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合性の結合であり；
Rdは、C1-C6アルキル、置換型C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換型C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換型C2-C6アルキニルであり；qb、qc、およびqdは、各々独立に、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換型C1-C6アルキル、C2-Ceアルケニル、置換型C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換型C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシル、置換型Q-C6アルコキシル、アシル、置換型アシル、C1-C6アミノアルキル、または置換型C1-C6アミノアルキルである。
【０２１９】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、式Vを有する：
2017505623.tif 000032
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合性の結合であり；qa、qb、qc、およびqfは、各々独立に、水素、ハロゲン、C1-C12アルキル、置換型C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換型C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換型C2-C12アルキニル、C1-C12アルコキシ、置換型C1-C12アルコキシ、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk、もしくはN(H)C(=S)NJjJkであるか；またはqeおよびqfは、共に、=C(qg)(qh)であり；qgおよびqhは、各々独立に、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、または置換型C1-C12アルキルである。
【０２２０】
メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNAモノマー、アデニン、シトシン、グアニン、5-メチル-シトシン、チミン、およびウラシルの合成および調製は、それらのオリゴマー化および核酸認識特性と共に記載されている（例えば、Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630を参照）。BNAおよびその調製は、WO98/39352およびWO99/4226にも記載されている。
【０２２１】
メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNA、メチレンオキシ（4'-CH2-O-2'）BNA、および2'-チオ-BNAの類似体も、調製されている（例えば、Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222を参照）。核酸ポリメラーゼの基質としてのロックドヌクレオシド類似体を含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖の調製も記載されている（例えば、Wengel et al.,WO99/14226を参照）。さらに、新規の立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である2'-アミノ-BNAの合成が、当技術分野において記載されている（例えば、Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039を参照）。さらに、2'-アミノ-BNAおよび2'-メチルアミノ-BNAが調製されており、相補的なRNA鎖およびDNA鎖とのそれらの二重鎖の熱安定性が以前に報告されている。
【０２２２】
いくつかの態様において、二環式ヌクレオシドは、式VIを有する：
2017505623.tif 000033
式中、Bxは、複素環式塩基部分であり；
TaおよびTbは、各々独立に、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体へ共有結合性の結合であり；qj、qj、qk、およびqlは、各々独立に、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、置換型C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換型C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換型C2-C12アルキニル、C1-C12アルコキシル、置換型C2-C12アルコキシル、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk、または(H)C(=S)NJjJkであり；かつqiおよびqjまたはqlおよびqkは、共に、=C(qg)(qh)［式中、qgおよびqhは、各々独立に、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、または置換型C1-C6アルキルである］である。
【０２２３】
4'-(CH2)3-2'架橋およびアルケニル類似体、架橋4'-CH=CH-CH2-2'を有する炭素環式二環式ヌクレオシドが、記載されている（例えば、Freier et al,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443およびAlbaek et al,J.Org.Chem.,2006,71,7731-77'40を参照）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成および調製も、それらのオリゴマー化および生化学的研究と共に記載されている（例えば、Srivastava et al,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379を参照）。
【０２２４】
本明細書において使用される、「4'〜2'（4'-2'）二環式ヌクレオシド」または「4'〜2'（4' to 2'）二環式ヌクレオシド」とは、2'炭素原子と4'炭素原子とを接続する架橋を含むフラノース環を含む二環式ヌクレオシドをさす。
【０２２５】
本明細書において使用される、「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分でない修飾型糖部分を含むヌクレオシドをさす。いくつかの態様において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体は、任意の位置で修飾または置換されていてよい。本明細書において使用される、「2'修飾型糖」とは、2'位において修飾されたフラノシル糖を意味する。いくつかの態様において、そのような修飾には、以下のものより選択される置換基が含まれる：ハロゲン化物、例えば、非限定的に、置換型および非置換型のアルコキシ、置換型および非置換型のチオアルキル、置換型および非置換型のアミノアルキル、置換型および非置換型のアルキル、置換型および非置換型のアリル、ならびに置換型および非置換型のアルキニル。いくつかの態様において、2'修飾は、O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2),,NH2、O(CH2),,CH3、O(CH2),,ONH2、OCH2C(=O)N(H)CH3、およびO(CH2)nON[(CH2)nCH3]2（式中、nおよびmは、1〜約10である）を含むが、これらに限定されない置換基より選択される。その他の2'置換基も、以下のものより選択され得る：C1-C12アルキル；置換型アルキル；アルケニル；アルキニル；アルカリル；アラルキル；O-アルカリルまたはO-アラルキル；SH；SCH3；OCN；Cl；Br；CN；CF3；OCF3；SOCH3；SO2CH3；ONO2；NO2；N3；NH2；ヘテロシクロアルキル；ヘテロシクロアルカリル；アミノアルキルアミノ；ポリアルキルアミノ；置換型シリル；R；切断基；レポーター基；インターカレーター；薬物動態学的特性を改善するための基；およびアンチセンス化合物の薬力学的特性を改善するための基、ならびに類似の特性を有するその他の置換基。いくつかの態様において、修飾型ヌクレオシドは、2'-MOE側鎖を含む（例えば、Baker et al.,J.Biol.Chem.,1997,272,1 1944-12000を参照）。そのような2'-MOE置換は、未修飾ヌクレオシド、ならびに2'-O-メチル、O-プロピル、およびO-アミノプロピルなどのその他の修飾型ヌクレオシドと比較して改善された結合親和性を有することが記載されている。2-MOE置換基を有するオリゴヌクレオチドは、インビボで使用するための有望な特色を有する遺伝子発現のアンチセンス阻害剤であることも示されている（例えば、Martin,P.,He/v.Chim.Acta,1995,78,486-504；Altmann et al.,Chimia,1996,50,168-176；Altmann et al.,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637；およびAltmann et al.,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926を参照）。
【０２２６】
本明細書において使用される、「修飾型テトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾型THPヌクレオシド」とは、通常のヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基が6員テトラヒドロピラン「糖」（糖代替物）に置換されているヌクレオシドを意味する。修飾された?THPヌクレオシドには、ヘキシトール核酸（HNA）、アニトール核酸（ANA）、マニトール（manitol）核酸（MNA）（Leumann,CJ.Bioorg.and Med.Chem.(2002)10:841-854を参照）、フルオロHNA（F-HNA）と当技術分野において呼ばれているもの、または式Xを有する化合物が含まれるが、これらに限定されない：
式X
2017505623.tif 000034
式中、式Xの少なくとも1つの前記テトラヒドロピランヌクレオシド類似体のそれぞれについて独立に、
Bxは、複素環式塩基部分であり；
T3およびT4は、各々独立に、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物と連結しているヌクレオシド間連結基であるか、またはT3およびT4の一方が、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物と連結しているヌクレオシド間連結基であり、かつT3およびT4の他方が、H、ヒドロキシル保護基、連結されたコンジュゲート基、または5'末端もしくは3'末端の基であり；q1、q2、q3、q4、q5、q6、およびq7は、各々独立に、H、C1-C6アルキル、置換型C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換型C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換型C2-C6アルキニルであり；かつR1およびR2の一方は、水素であり、かつ他方は、ハロゲン、置換型または非置換型のアルコキシ、NJ、J2、SJ、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2、およびCN［式中、Xは、O、S、またはNJ1であり、J1、J2、およびJ3は、各々独立に、HまたはC1-C6アルキルである］より選択される。
【０２２７】
いくつかの態様において、qm、qn、qp、qr、qs、qt、およびquが各々Hである、式Xの修飾型THPヌクレオシドが提供される。いくつかの態様において、qm、qn、qp、qr、qs、qt、およびquのうちの少なくとも1個は、H以外である。いくつかの態様において、qm、qn、qp、qr、qs、qt、およびquのうちの少なくとも1個は、メチルである。いくつかの態様において、R1およびR2のうちの一方がFである、式XのTHPヌクレオシドが提供される。いくつかの態様において、R1がフルオロであり、かつR2がHであり、R1がメトキシであり、かつR2がHであり、R1がメトキシエトキシであり、かつR2がHである。
【０２２８】
本明細書において使用される、「2'修飾型」または「2'置換型」とは、HまたはOH以外の置換基を2'位に含む糖を含むヌクレオシドをさす。2'修飾型ヌクレオシドには、非架橋2'置換基、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリルおよびO-C1-C10アルキル、-OCF3、O-(CH2)2-O-CH3、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、またはO-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)［式中、RmおよびR,,は、各々独立に、Hまたは置換型もしくは非置換型のC1-C10アルキルである］を有するヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。2'修飾型ヌクレオシドは、例えば、糖の他の位置および／または核酸塩基に、他の修飾をさらに含んでいてもよい。
【０２２９】
本明細書において使用される、「2'-F」とは2'位にフルオロ基を含む糖をさす。
【０２３０】
本明細書において使用される、「2'-OMe」または「2'-OCH3」または「2'-O-メチル」とは、各々、糖環の2'位に-OCH3基を含む糖を含むヌクレオシドをさす。
【０２３１】
本明細書において使用される、「オリゴヌクレオチド」とは、多数の連結されたヌクレオシドを含む化合物をさす。
【０２３２】
いくつかの態様において、多数のヌクレオシドのうちの1個以上が修飾型である。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、1個以上のリボヌクレオシド（RNA）および／またはデオキシリボヌクレオシド（DNA）を含む。
【０２３３】
アンチセンス化合物へ組み入れるためのヌクレオシドを修飾するために使用され得るその他の多くのビシクロ糖代替環系およびトリシクロ糖代替環系も、当技術分野において公知である（例えば、概説論文：Leumann,J.C,Bioorganic and Medicinal Chemistry,2002,10,841-854を参照）。そのような環系は、活性を増強するために様々な付加的な置換を受けることができる。修飾型糖の調製の方法は、当業者に周知である。修飾型糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾型、またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのため、維持される。
【０２３４】
いくつかの態様において、アンチセンス化合物は、修飾型糖部分を有するヌクレオチドを1個以上含む。いくつかの態様において、修飾型糖部分は2'-MOEである。いくつかの態様において、2'-MOE修飾型ヌクレオチドは、ギャップマーモチーフに配置される。いくつかの態様において、修飾型糖部分は、cEtである。いくつかの態様において、cEt修飾型ヌクレオチドは、ギャップマーモチーフのウィング（wing）全体に配置される。
【０２３５】
いくつかの態様において、BNA（LNA）において、R4*およびR2*は、共に、R配置またはS配置のいずれかにあるビラジカル-O-CH(CH2OCH3)-を表す（2'O-メトキシエチル二環式核酸 - Seth at al.,2010,J.Org.Chem）。
【０２３６】
いくつかの態様において、BNA（LNA）において、R4*およびR2*は、共に、R配置またはS配置のいずれかにあるビラジカル-O-CH-(CH2CH3)-を表す（2'O-エチル二環式核酸 - Seth at al.,2010,J.Org.Chem）。
【０２３７】
いくつかの態様において、BNA（LNA）において、R4*およびR2*は、共に、R配置またはS配置のいずれかにあるビラジカル-O-CH-(CH3)-を表す。いくつかの態様において、R4*およびR2*は、共に、ビラジカル-O-CH2-O-CH2-を表す（Seth at al.,2010,J.Org.Chem）。
【０２３８】
いくつかの態様において、BNA（LNA）において、R4*およびR2*は、共に、ビラジカル-O-NR-CH3-を表す（Seth at al.,2010,J.Org.Chem）。
【０２３９】
いくつかの態様において、LNA単位は、以下の群より選択される構造を有する。
2017505623.tif 000035
【０２４０】
従って、オリゴマーは、天然に存在するヌクレオチド、好ましくは、2'-デオキシヌクレオチド（本明細書において「DNA」と一般に呼ばれる）の単純な配列を含むかまたはそれからなっていてもよいが、リボヌクレオチド（本明細書において「RNA」と一般に呼ばれる）、またはそのような天然に存在するヌクレオチドと1個以上の天然には存在しないヌクレオチド、即ち、ヌクレオチド類似体との組み合わせを含むかまたはそれからなることも可能である。そのようなヌクレオチド類似体は、適宜、標的配列に対するオリゴマーの親和性を増強し得る。
【０２４１】
親和性増強ヌクレオチド類似体、例えば、BNA（例えば、LNA）または2'置換型糖のオリゴマーへの組み入れは、特異的に結合するオリゴマーのサイズの低下を可能にすることができ、非特異的なまたは異常な結合が起こる前にオリゴマーのサイズに対する上限を低下させることもできる。
【０２４２】
いくつかの態様において、オリゴマーは、少なくとも1個のヌクレオシド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマーは、少なくとも2個のヌクレオチド類似体を含む。いくつかの態様において、オリゴマーは、3〜8個のヌクレオチド類似体、例えば、6個または7個のヌクレオチド類似体を含む。現在最も好ましい態様において、該ヌクレオチド類似体のうちの少なくとも1個は、BNA、例えば、ロックド核酸（LNA）であり；例えば、ヌクレオチド類似体のうちの少なくとも3個または少なくとも4個または少なくとも5個または少なくとも6個または少なくとも7個または8個が、BNA、例えば、LNAであり得る。いくつかの態様において、全てのヌクレオチド類似体が、BNA、例えば、LNAであり得る。
【０２４３】
ヌクレオチドのみからなる好ましいヌクレオチド配列モチーフまたはヌクレオチド配列に言及する際、その配列によって定義される本発明のオリゴマーは、該配列に存在するヌクレオチドのうちの1個以上の代わりに、対応するヌクレオチド類似体、例えば、オリゴマー／標的二重鎖の二重鎖安定性／Tmを上昇させるBNA単位またはその他のヌクレオチド類似体（即ち、親和性増強ヌクレオチド類似体）を含んでいてもよいことが認識されるであろう。
【０２４４】
好ましいヌクレオチド類似体は、LNA、例えば、オキシ-LNA（例えば、β-D-オキシ-LNAおよびα-L-オキシ-LNA）ならびに／またはアミノ-LNA（例えば、β-D-アミノ-LNAおよびα-L-アミノ-LNA）ならびに／またはチオ-LNA（例えば、β-D-チオ-LNAおよびα-L-チオ-LNA）ならびに／またはENA（例えば、β-D-ENAおよびα-L-ENA）である。最も好ましいのは、β-D-オキシ-LNAである。
【０２４５】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマー内に存在するヌクレオチド類似体は、例えば、2'-O-アルキル-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、2'-フルオロ-DNA単位、BNA単位、例えば、LNA単位、アラビノ核酸（ANA）単位、2'-フルオロ-ANA単位、HNA単位、INA単位（インターカレーティング核酸 - 参照によって本明細書に組み入れられるChristensen,2002.Nucl.Acids.Res.2002 30:4918-4925）、および2'MOE単位：より独立に選択される。いくつかの態様において、ヌクレオチド類似体の上記のタイプのうちの一つのみが、本発明のオリゴマー、例えば、その第1領域または連続ヌクレオチド配列に存在する。
【０２４６】
いくつかの態様において、ヌクレオチド類似体は、2'-O-メトキシエチル-RNA（2'MOE）、2'-フルオロ-DNAモノマー、またはLNAヌクレオチド類似体であり、従って、本発明のオリゴヌクレオチドは、これらの三つのタイプの類似体より独立に選択されるヌクレオチド類似体を含んでいてもよいし、または三つのタイプより選択される一つのタイプの類似体のみを含んでいてもよい。いくつかの態様において、ヌクレオチド類似体のうちの少なくとも1個は、2'-MOE-RNAであり、例えば、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個が、2'-MOE-RNAヌクレオチド単位である。いくつかの態様において、ヌクレオチド類似体のうちの少なくとも1個は、2'-フルオロDNAであり、例えば、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個が、2'-フルオロ-DNAヌクレオチド単位である。
【０２４７】
いくつかの態様において、本発明によるオリゴマーは、少なくとも1個のBNA、例えば、ロックド核酸（LNA）単位、例えば、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、もしくは8個のBNA/LNA単位、例えば、3〜7個もしくは4〜8個のBNA/LNA単位、または3個、4個、5個、6個、もしくは7個のBNA/LNA単位を含む。いくつかの態様において、全てのヌクレオチド類似体が、BNA、例えば、LNAである。いくつかの態様において、オリゴマーは、β-D-オキシ-LNA、および以下のLNA単位のうちの1種以上の両方を含み得る：β-D配置もしくはα-L配置のいずれかまたはそれらの組み合わせにあるチオ-LNA、アミノ-LNA、オキシ-LNA、および／またはENA。いくつかの態様において、全てのBNA、例えば、LNAシトシン単位が、5'-メチル-シトシンである。本発明のいくつかの態様において、オリゴマー（例えば、第1領域、任意で第2領域）は、BNA単位およびLNA単位ならびにDNA単位の両方を含み得る。いくつかの態様において、LNA単位およびDNA単位の合計は、10〜25、例えば、10〜24、好ましくは、10〜20、例えば、10〜18、例えば、12〜16である。本発明のいくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域のヌクレオチド配列、例えば、連続ヌクレオチド配列は、少なくとも1個のBNA、例えば、LNAからなり、残りのヌクレオチド単位はDNA単位である。いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、BNA、例えば、LNA、ヌクレオチド類似体、および天然に存在するヌクレオチド（例えば、RNAヌクレオチドまたはDNAヌクレオチド、最も好ましくは、DNAヌクレオチド）のみを、任意で、修飾型ヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートと共に含む。
【０２４８】
「核酸塩基」という用語は、ヌクレオチドの塩基部分をさし、天然に存在するバリアントおよび天然には存在しないバリアントの両方を含む。従って、「核酸塩基」は、公知のプリン複素環およびピリミジン複素環のみならず、それらの複素環式類似体および互変異性体も含む。領域BのDNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基および／または天然には存在しない核酸塩基を有し得ることが認識されるであろう。
【０２４９】
核酸塩基の例には、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、ヒポキサンチン、5-メチルシトシン、イソシトシン、プソイドイソシトシン、5-ブロモウラシル、5-プロピニルウラシル、6-アミノプリン、2-アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2-クロロ-6-アミノプリンが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、5-メチルシトシンからなる群より独立に選択され得る。いくつかの態様において、核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、および5-メチルシトシンからなる群より独立に選択され得る。
【０２５０】
いくつかの態様において、オリゴマー内に存在する核酸塩基のうちの少なくとも1個は、5-メチルシトシン、イソシトシン、プソイドイソシトシン、5-ブロモウラシル、5-プロピニルウラシル、6-アミノプリン、2-アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2-クロロ-6-アミノプリンからなる群より選択される修飾型核酸塩基である。
【０２５１】
LNA
「LNA」という用語は、C2*-C4*ビラジカル（架橋）を含み、「ロックド核酸」として公知である二環式ヌクレオシド類似体をさす。それはLNAモノマーをさす場合もあるし、または「LNAオリゴヌクレオチド」に関して使用された時、LNAとは、1個以上のそのような二環式ヌクレオチド類似体を含有しているオリゴヌクレオチドをさす。いくつかの局面において、二環式ヌクレオシド類似体は、LNAヌクレオチドであり、従って、これらの用語は、交換可能に使用され得、そのような態様において、いずれも、リボース糖環のC2'とC4'との間のリンカー基（例えば、架橋）の存在を特徴とする。
【０２５２】
いくつかの態様において、本発明のオリゴヌクレオチド化合物において使用されるLNAは、好ましくは、一般式IIの構造を有する：
2017505623.tif 000036
式中、Yは、-O-、-CH2O-、-S-、-NH-、N(Re)、および／または-CH2-からなる群より選択され；
2017505623.tif 000037
は、ヌクレオチド間連結、RH、末端基、または保護基の中から独立に選択され；Bは、天然または非天然のヌクレオチド塩基部分（核酸塩基）を構成し、RHは、水素およびC1-4-アルキルより選択され；Ra、Rb、Rc、Rd、およびReは、任意で独立に、水素、置換されていてもよいC1-12-アルキル、置換されていてもよいC2-12-アルケニル、置換されていてもよいC2-12-アルキニル、ヒドロキシ、C1-12-アルコキシ、C2-12-アルコキシアルキル、C2-12-アルケニルオキシ、カルボキシ、C1-12-アルコキシカルボニル、C1-12-アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロ-アリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ-およびジ(C1-6-アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ-およびジ(C1-6-アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C1-6-アルキル-アミノカルボニル、モノ-およびジ(C1-6-アルキル)アミノ-C1-6-アルキル-アミノカルボニル、C1-6-アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C1-6-アルカノイルオキシ、スルホノ（sulphono）、C1-6-アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1-6-アルキルチオ、ハロゲン、DNAインターカレーター、光化学的活性を有する基、熱化学的活性を有する基、キレート基、レポーター基、ならびにリガンドからなる群より選択され、ここで、アリールおよびヘテロアリールは、置換されていてもよく、2個のジェミナル置換基RaおよびRbは、共に、置換されていてもよいメチレン（=CH2）を表し得；RHは、水素およびC1-4-アルキルより選択される。いくつかの態様において、Ra、Rb、Rc、Rd、およびReは、任意で独立に、水素およびC1-6アルキル、例えば、メチルからなる群より選択される。全ての不斉中心について、非対称基はR方向またはS方向のいずれかで見出され得、例えば、2種の例示的な立体化学的異性体には、以下のように図示され得るβ-Dアイソフォームおよびα-Lアイソフォームが含まれる。
2017505623.tif 000038
【０２５３】
具体的な例示的なLNA単位は以下に示される。
2017505623.tif 000039
【０２５４】
「チオ-LNA」という用語には、上記一般式中のYがSまたは-CH2-S-より選択される、ロックドヌクレオチドが含まれる。チオ-LNAは、β-D配置およびα-L配置の両方であり得る。
【０２５５】
「アミノ-LNA」という用語には、上記一般式中のYが-N(H)-、N(R)-、CH2-N(H)-、および-CH2-N(R)-（式中、Rは水素およびC1-4-アルキルより選択される）より選択される、ロックドヌクレオチドが含まれる。アミノ-LNAは、β-D配置およびα-L配置の両方であり得る。
【０２５６】
「オキシ-LNA」という用語には、上記一般式中のYが-O-を表す、ロックドヌクレオチドが含まれる。オキシ-LNAは、β-D配置およびα-L配置の両方であり得る。
【０２５７】
「ENA」という用語には、上記一般式中のYが-CH2-O-（式中、-CH2-O-の酸素原子は塩基Bに対して2'位に結合している）である、ロックドヌクレオチドが含まれる。Reは水素またはメチルである。
【０２５８】
いくつかの例示的な態様において、LNAは、β-D-オキシ-LNA、α-L-オキシ-LNA、β-D-アミノ-LNA、およびβ-D-チオ-LNAより選択され、具体的には、β-D-オキシ-LNAである。
【０２５９】
RNAseリクルートメント
オリゴマー化合物は、非RNase媒介型の標的mRNAの分解を介して、例えば、翻訳の立体的な障害またはその他の方法によって機能し得ることが認識される。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、エンドリボヌクレアーゼ（RNase）、例えば、RNaseHをリクルートすることができる。
【０２６０】
そのようなオリゴマー、例えば、領域Aまたは連続ヌクレオチド配列は、少なくとも6連続ヌクレオチド単位、例えば、少なくとも7連続ヌクレオチド単位、例えば、少なくとも8または少なくとも9連続ヌクレオチド単位（残基）の領域を含むことが好ましく、7連続ヌクレオチド、8連続ヌクレオチド、9連続ヌクレオチド、10連続ヌクレオチド、11連続ヌクレオチド、12連続ヌクレオチド、13連続ヌクレオチド、14連続ヌクレオチド、15連続ヌクレオチド、または16連続ヌクレオチドを含み、相補的な標的RNAとの二重鎖を形成した時に、RNaseをリクルートすることができる。RNAseをリクルートすることができる連続配列は、本明細書に記載されるギャップマーに関して言及される領域Y'であり得る。いくつかの態様において、RNAseをリクルートすることができる連続配列、例えば、領域Y'のサイズは、より大きく、例えば、10ヌクレオチド単位、11ヌクレオチド単位、12ヌクレオチド単位、13ヌクレオチド単位、14ヌクレオチド単位、15ヌクレオチド単位、16ヌクレオチド単位、17ヌクレオチド単位、18ヌクレオチド単位、19ヌクレオチド単位、または20ヌクレオチド単位であってもよい。
【０２６１】
EP 1 222 309は、RNaseHをリクルートする能力を決定するために使用され得る、RNaseH活性を決定するためのインビトロの方法を提供する。相補的なRNA標的と共に準備された時に、EP 1 222 309の実施例91〜95によって提供された方法論を使用して、同一の塩基配列を有するが、DNAモノマーのみを含有しており、2'置換を有しておらず、オリゴヌクレオチド内の全てのモノマーの間にホスホロチオエート連結基を有するDNAのみのオリゴヌクレオチドを使用して決定された初速度の少なくとも1％、例えば、少なくとも5％、例えば、少なくとも10％、または20％を超える、pmol/l/分で測定される初速度を有している場合、そのオリゴマーは、RNaseHをリクルートすることができると見なされる。
【０２６２】
いくつかの態様において、相補的なRNA標的およびRNaseHと共に準備された時に、EP 1 222 309の実施例91〜95によって提供される方法論を使用して、pmol/l/分で測定されるRNaseH初速度が、2'置換を有しておらず、オリゴヌクレオチド内の全てのヌクレオチドの間にホスホロチオエート連結基を有する等価なDNAのみのオリゴヌクレオチドを使用して決定された初速度の1％未満、例えば、5％未満、例えば、10％未満、または20％未満である場合、そのオリゴマーはRNaseHをリクルートすることが本質的にできないと見なされる。
【０２６３】
他の態様において、相補的なRNA標的およびRNaseHと共に準備された時に、EP 1 222 309の実施例91〜95によって提供される方法論を使用して、pmol/l/分で測定されるRNaseH初速度が、2'置換を有しておらず、オリゴヌクレオチド内の全てのヌクレオチドの間にホスホロチオエート連結基を有する等価なDNAのみのオリゴヌクレオチドを使用して決定された初速度の少なくとも20％、例えば、少なくとも40％、例えば、少なくとも60％、例えば、少なくとも80％である場合、そのオリゴマーはRNaseHをリクルートすることができると見なされる。
【０２６４】
典型的には、相補的な標的RNAとの二重鎖を形成した時にRNaseをリクルートすることができる連続ヌクレオチド単位を形成するオリゴマーの領域は、RNA標的と共にDNA/RNA様二重鎖を形成するヌクレオチド単位からなる。本発明のオリゴマー、例えば、第1領域は、ヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体の両方を含むヌクレオチド配列を含んでいてよく、例えば、ギャップマー、ヘッドマー（headmer）、またはミックスマーの形態にあり得る。
【０２６５】
「ヘッドマー」とは、領域Y'の最も5'のモノマーが、領域X'の最も3'のモノマーに連結されている、領域X'およびそれと連続している領域Y'を含むオリゴマーとして定義される。領域X'は、RNaseをリクルートしないヌクレオシド類似体の連続ストレッチを含み、領域Y'は、RNaseによって認識可能であり切断可能であるDNAモノマーまたはヌクレオシド類似体モノマーの連続ストレッチ（例えば、少なくとも7連続モノマー）を含む。
【０２６６】
「テールマー（tailmer）」とは、領域Y'の最も5'のモノマーが領域X'の最も3'のモノマーに連結されている、領域X'およびそれと連続している領域Y'を含むオリゴマーとして定義される。領域X'は、RNaseによって認識可能であり切断可能であるDNAモノマーまたはヌクレオシド類似体モノマーの連続ストレッチ（例えば、少なくとも7連続モノマー）を含み、領域X'は、RNaseをリクルートしないヌクレオシド類似体の連続ストレッチを含む。
【０２６７】
「ミックスマー」と呼ばれる他の「キメラ」オリゴマーは、（i）RNaseによって認識可能であり切断可能であるDNAモノマーまたはヌクレオシド類似体モノマーと、（ii）RNaseをリクルートしないヌクレオシド類似体モノマーとの交互の組成からなる。
【０２６８】
いくつかの態様において、標的領域に対するオリゴマーの親和性の増強に加えて、いくつかのヌクレオシド類似体は、RNase（例えば、RNaseH）の結合および切断も媒介する。α-L-LNA（BNA）モノマーは、ある程度までRNaseH活性をリクルートするため、いくつかの態様において、α-L-LNAモノマーを含有しているオリゴマーのギャップ領域（例えば、本明細書において言及される領域Y'）は、RNaseHによって認識可能でありかつ切断可能である、より少ないモノマーからなり、ミックスマー構築に、より高い柔軟性が導入される。
【０２６９】
ギャップマー設計
いくつかの態様において、本発明の化合物における1つまたは複数の、例えば2つまたは3つのオリゴマー領域（例えばA、AおよびA'、またはA、A'、およびA''）は、ギャップマーを含むかまたはギャップマーである。ギャップマーオリゴマーは、RNAse、例えば、RNAseHをリクルートすることができるヌクレオチドの連続ストレッチ、例えば、本明細書において領域Y'（Y'）と呼ばれる、少なくとも6 DNAヌクレオチドまたは7 DNAヌクレオチドの領域を含むオリゴマーであり、領域Y'の5'および3'の両方に、親和性増強ヌクレオチド類似体の領域が隣接している。例えば、RNAseをリクルートすることができるヌクレオチドの連続ストレッチの5'および3'に、1〜6個のヌクレオチド類似体が隣接している。これらの領域は、それぞれ領域X'（X'）および領域Z'（Z'）と呼ばれる。ギャップマーの例は、WO2004/046160、WO2008/113832、およびWO2007/146511に開示されている。
【０２７０】
いくつかの態様において、RNAseをリクルートすることができるモノマーは、DNAモノマー、α-L-LNAモノマー、C4'アルキル化DNAモノマー（参照によって本明細書に組み入れられるPCT/EP2009/050349およびVester et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.18(2008)2296-2300を参照）、ならびにUNA（アンリンクト核酸）ヌクレオチド（参照によって本明細書に組み入れられるFluiter et al.,Mol.Biosyst.,2009,10,1039を参照）からなる群より選択される。UNAは、典型的には、リボースのC2-C3 C-C結合が除去され、ロックされていない「糖」残基が形成されている、ロックされていない核酸である。好ましくは、ギャップマーは、式（5'〜3'）X'-Y'-Z'の（ポリ）ヌクレオチド配列を含み；領域X'（X'）（5'領域）は、少なくとも1個のヌクレオチド類似体、例えば少なくとも1個のBNA（例えば、LNA）単位、例えば、1〜6個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）単位からなるかまたはそれを含み；領域Y'（Y'）は、（相補的なRNA分子、例えば、mRNA標的との二重鎖を形成した時に）RNAseをリクルートすることができる少なくとも5個の連続ヌクレオチド、例えば、DNAヌクレオチドからなるかまたはそれを含み、かつ；領域Z'（Z'）（3'領域）は、少なくとも1個のヌクレオチド類似体、例えば少なくとも1個のBNA（例えば、LNA単位）、例えば、1〜6個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）単位からなるかまたはそれを含む。
【０２７１】
いくつかの態様において、領域X'は、1個、2個、3個、4個、5個、もしくは6個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）単位、例えば、2〜5個のヌクレオチド類似体、例えば2〜5個のLNA単位、例えば、3個もしくは4個のヌクレオチド類似体、例えば3個もしくは4個のLNA単位からなり；かつ／または領域Z'は、1個、2個、3個、4個、5個、もしくは6個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）単位、例えば、2〜5個のヌクレオチド類似体、例えば2〜5個のBNA（例えば、LNA単位）、例えば、3個もしくは4個のヌクレオチド類似体、例えば3個もしくは4個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。
【０２７２】
いくつかの態様において、Y'は、RNAseをリクルートすることができる5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、もしくは12個の連続ヌクレオチド、またはRNAseをリクルートすることができる6〜10個もしくは7〜9個、例えば、8個の連続ヌクレオチドからなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、領域Y'は、少なくとも1個のDNAヌクレオチド単位、例えば1〜12個のDNA単位、好ましくは、4〜12個のDNA単位、より好ましくは、6〜10個のDNA単位、例えば、7〜10個のDNA単位、最も好ましくは、8個、9個、または10個のDNA単位からなるかまたはそれを含む。
【０２７３】
いくつかの態様において、領域X'は、3個または4個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）からなり、領域X'は、7個、8個、9個、または10個のDNA単位からなり、かつ領域Z'は、3個または4個のヌクレオチド類似体、例えばBNA（例えば、LNA）からなる。そのような設計には、（X'-Y'-Z'）3-10-3、3-10-4、4-10-3、3-9-3、3-9-4、4-9-3、3-8-3、3-8-4、4-8-3、3-7-3、3-7-4、4-7-3が含まれる。
【０２７４】
さらなるギャップマー設計は、参照によって本明細書に組み入れられるWO2004/046160に開示されている。参照によって本明細書に組み入れられる米国仮出願第60/977,409号に基づく優先権を主張するWO2008/113832は、「ショートマー（shortmer）」ギャップマーオリゴマーに言及している。いくつかの態様において、本明細書に提示されたオリゴマーは、そのようなショートマーギャップマーであってもよい。
【０２７５】
いくつかの態様において、オリゴマー、例えば、領域X'は、式（5'〜3'）X'-Y'-Z'を含むかまたは該式である、全部で10ヌクレオチド単位、11ヌクレオチド単位、12ヌクレオチド単位、13ヌクレオチド単位、または14ヌクレオチド単位の連続ヌクレオチド配列からなっている。X'は、1個、2個、または3個のヌクレオチド類似体単位、例えばBNA（例えば、LNA）単位からなり；Y'は、相補的なRNA分子（例えば、mRNA標的）との二重鎖を形成した時にRNAseをリクルートすることができる7個、8個、または9個の連続ヌクレオチド単位からなり；かつZ'は、1個、2個、または3個のヌクレオチド類似体単位、例えばBNA（例えば、LNA）単位からなる。
【０２７６】
いくつかの態様において、X'は、1個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、X'は、2個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、X'は、3個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、Z'は、1個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、Z'は、2個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、Z'は、3個のBNA（例えば、LNA）単位からなる。いくつかの態様において、Y'は、7個のヌクレオチド単位からなる。いくつかの態様において、Y'は、8個のヌクレオチド単位からなる。いくつかの態様において、Y'は、9個のヌクレオチド単位からなる。ある特定の態様において、領域Y'は、10個のヌクレオシドモノマーからなる。ある特定の態様において、領域Y'は、1〜10個のDNAモノマーからなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、Y'は、1〜9個のDNA単位、例えば、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、または9個のDNA単位を含む。いくつかの態様において、Y'は、DNA単位からなる。いくつかの態様において、Y'は、α-L配置にある少なくとも1個のBNA単位、例えば、α-L配置にある2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、または9個のLNA単位を含む。いくつかの態様において、Y'は、少なくとも1個のα-L-オキシBNA/LNA単位を含むか、またはα-L配置の全てのLNA単位がα-L-オキシLNA単位である。いくつかの態様において、X'-Y'-Z'内に存在するヌクレオチドの数は、次からなる群より選択される（ヌクレオチド類似体単位-領域Y'-ヌクレオチド類似体単位）：1-8-1、1-8-2、2-8-1、2-8-2、3-8-3、2-8-3、3-8-2、4-8-1、4-8-2、1-8-4、2-8-4、または；1-9-1、1-9-2、2-9-1、2-9-2、2-9-3、3-9-2、1-9-3、3-9-1、4-9-1、1-9-4、または；1-10-1、1-10-2、2-10-1、2-10-2、1-10-3、3-10-1。いくつかの態様において、X'-Y'-Z'内のヌクレオチドの数は、2-7-1、1-7-2、2-7-2、3-7-3、2-7-3、3-7-2、3-7-4、および4-7-3からなる群より選択される。ある特定の態様において、領域X'およびY'の各々は、3個のBNA（例えば、LNA）モノマーからなり、領域Y'は、8個または9個または10個のヌクレオシドモノマー、好ましくは、DNAモノマーからなる。いくつかの態様において、X'およびZ'の両方が、各々2個のBNA（例えば、LNA）単位からなり、Y'は、8個または9個のヌクレオチド単位、好ましくは、DNA単位からなる。様々な態様において、その他のギャップマー設計には、領域X'および／またはZ'が、3個、4個、5個、または6個のヌクレオシド類似体、例えば、2'-O-メトキシエチル-リボース糖（2'-MOE）を含有しているモノマーまたは2'-フルオロ-デオキシリボース糖を含有しているモノマー）からなり、領域Y'が、8個、9個、10個、11個、または12個のヌクレオシド、例えば、DNAモノマーからなり、ここで、領域X'-Y'-Z'が、3-9-3、3-10-3、5-10-5、または4-12-4のモノマーを有しているものが含まれる。さらなるギャップマー設計は、参照によって本明細書に組み入れられるWO2007/146511A2に開示されている。
【０２７７】
BNAおよびLNAギャップマー：
BNAおよびLNAという用語は、交換可能に用いられる。BNAギャップマーは、少なくとも1つのBNAヌクレオチドを含むギャップマーオリゴマー（領域A）である。LNAギャップマーは、少なくとも1つのLNAヌクレオチドを含むギャップマーオリゴマー（領域A）である。
【０２７８】
スプライススイッチングオリゴマー
いくつかの態様において、オリゴマー領域は、スプライススイッチングオリゴマー、即ち、プレmRNAのオルタナティブスプライシングを引き起こす、プレmRNAを標的とするオリゴマーであるアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
【０２７９】
スプライススイッチングオリゴマーの標的には、TNF受容体が含まれ得、例えば、スプライススイッチングオリゴマー（SSO）は、参照によって本明細書に組み入れられるWO2007/058894、WO08051306 A1、およびPCT/EP2007/061211に開示されたTNFR SSOのうちの1種以上であり得る。
【０２８０】
スプライススイッチングオリゴマーは、典型的には（本質的には）RNaseHをリクルートすることができず、従って、ギャップマー設計、テールマー設計、またはヘッドマー設計は一般に望ましくない。しかしながら、ミックスマー設計およびトータルマー設計は、SSOに適した設計である。
【０２８１】
スプライススイッチングオリゴマーは、デュシェンヌ型筋ジストロフィーにおけるジストロフィン欠損を標的とするためにも使用されている。
【０２８２】
ミックスマー
大部分のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、それらの意図された標的を分解するためにRNase酵素（例えば、RNaseH）をリクルートするよう設計されている化合物である。そのような化合物には、DNAホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、ならびにギャップマー、ヘッドマー、およびテールマーが含まれる。これらの化合物は、典型的には、少なくとも5 DNAヌクレオチドまたは6 DNAヌクレオチドの領域を含み、ギャップマーの場合には、親和性増強ヌクレオチド類似体が両側に隣接している。本発明のオリゴマーは、RNase(例えば、RNaseH）非依存性の機序を介して作動してもよい。非RNaseH（または非RNase）機序を介して作動するオリゴマーの例は、ミックスマーおよびトータルマーである。
【０２８３】
「ミックスマー」という用語は、ギャップマー、テールマー、およびヘッドマーとは対照的に、5個を超える隣接配列が存在しない、およびいくつかの態様において、4個を超える、例えば、3個を超える連続的な天然に存在するヌクレオチド、例えば、DNA単位が存在しない、天然に存在するヌクレオチドおよび天然には存在しないヌクレオチドの両方を含むオリゴマーをさす。いくつかの態様において、ミックスマーは、5個を超える連続ヌクレオシド類似体、例えば、BNA（LNA）を含まず、いくつかの態様において、4個を超える、例えば、3個を超える連続ヌクレオシド類似体、例えば、BNA（LNA）を含まない。そのようなミックスマーにおいて、残りのヌクレオシドは、例えば、DNAヌクレオシド、および／または非二環式ヌクレオシド類似体、例えば、本明細書において言及されたもの、例えば、2'置換型ヌクレオシド類似体、例えば、2'-O-MOEもしくは2'フルオロであり得る。
【０２８４】
本発明によるオリゴマーは、ミックスマーであり得、実際、オリゴマーもしくはその第1領域として（特に、マイクロRNA（抗miR）、mRNA上のマイクロRNA結合部位（Blockmir）を標的とする時）、またはスプライススイッチングオリゴマー（SSO）として、様々なミックスマー設計が高度に効果的である。例えば、WO2007/112754（LNA-抗miR（商標））およびWO2008/131807（LNAスプライススイッチングオリゴ）を参照されたい。
【０２８５】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーは、任意で、DNAヌクレオシドと共に、BNAおよび2'置換型ヌクレオシド類似体を含み得る。例えば、参照によって本明細書に組み入れられるWO07027894およびWO2007/112754を参照されたい。具体例には、LNAと2'-O-MOEとDNA、LNAと2'フルオロと2'-O-MOE、2'-O-MOEと2'フルオロ、2'-O-MOEと2'フルオロとLNA、またはLNAと2'-O-MOEとLNAとDNAを含むオリゴマーまたは第1領域が含まれる。
【０２８６】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーは、ヌクレオチド類似体および天然に存在するヌクレオチド、またはあるタイプのヌクレオチド類似体および第2のタイプのヌクレオチド類似体の繰り返しパターンの連続ヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる。繰り返しパターンは、例えば、2個毎または3個毎のヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体、例えば、BNA（LNA）であり、残りのヌクレオチドが、天然に存在するヌクレオチド、例えば、DNAであるか、または2'置換型ヌクレオチド類似体、例えば、本明細書において言及される2'MOE類似体もしくは2'フルオロ類似体であるか、または、いくつかの態様において、本明細書において言及されたヌクレオチド類似体の群より選択されるものであり得る。ヌクレオチド類似体、例えば、LNA単位の繰り返しパターンは、固定された位置、例えば、5'末端または3'末端のヌクレオチド類似体と組み合わせられてもよいことが認識される。
【０２８７】
いくつかの態様において、3'末端から数えて、オリゴマーまたはミックスマーの最初のヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体、例えば、LNAヌクレオチドである。
【０２８８】
同一であってもよいしまたは異なっていてもよいいくつかの態様において、3'末端から数えて、オリゴマーまたはミックスマーの2番目のヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体、例えば、LNAヌクレオチドである。
【０２８９】
同一であってもよいしまたは異なっていてもよいいくつかの態様において、3'末端から数えて、オリゴマーまたはミックスマーの7番目および／または8番目のヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体、例えば、LNAヌクレオチドである。
【０２９０】
同一であってもよいしまたは異なっていてもよいいくつかの態様において、3'末端から数えて、第1オリゴマーおよび／または第2オリゴマーの9番目および／または10番目のヌクレオチドは、ヌクレオチド類似体、例えば、LNAヌクレオチドである。
【０２９１】
同一であってもよいしまたは異なっていてもよいいくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーの5'末端は、ヌクレオチド類似体、例えば、LNAヌクレオチドである。
【０２９２】
上記の設計特色は、いくつかの態様において、ミックスマー設計、例えば、抗miRミックスマーへ組み入れられ得る。
【０２９３】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーは、4個を超える連続DNAヌクレオチド単位または3個を超える連続DNAヌクレオチド単位の領域を含まない。いくつかの態様において、ミックスマーは、2個を超える連続DNAヌクレオチド単位の領域を含まない。
【０２９４】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーは、少なくとも2個の連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、少なくとも2個の連続LNA単位からなる領域を少なくとも含む。
【０２９５】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはミックスマーは、少なくとも3個の連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、少なくとも3個の連続LNA単位からなる領域を少なくとも含む。
【０２９６】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、7個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、6個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、5個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、4個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、3個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーまたはミックスマーは、2個を超える連続ヌクレオチド類似体単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。ミックスマーは、4個以下の連続DNAヌクレオチドのDNAの短い領域を1個以上含み得るオリゴマーであり、典型的には、ヌクレオチド類似体（例えば、LNA単位）およびDNAヌクレオチドの交互の領域、任意で、他のヌクレオチド類似体（例えば、非LNAヌクレオチド類似体）の領域を含む。トータルマーは、（DNAおよびRNAの類似体または誘導体を含み得るが）DNAヌクレオチドまたはRNAヌクレオチドを含まない。いくつかの態様において、本発明のオリゴマー（例えば、領域A）は、いくつかの態様において、4個以下の連続DNAヌクレオチドまたは3個以下の連続DNAヌクレオチドを含み得る。
【０２９７】
以下の態様が、（例えば、領域Aとしての）ミックスマーまたはトータルマーオリゴマーに当てはまり得る：本発明のオリゴマー（例えば、領域A）は、いくつかの態様において、LNAヌクレオチドおよび非LNAヌクレオチド（例えば、DNAまたは2'置換型ヌクレオチド類似体）の少なくとも2個の交互の領域を含み得る。
【０２９８】
本発明のオリゴマーは、いくつかの態様において、式：5'([LNAヌクレオチド]1-5および[非LNAヌクレオチド]1-4)2-12.3'の連続配列を含み得る。
【０２９９】
いくつかの態様において、連続ヌクレオチド配列（またはオリゴマー）の5'ヌクレオチドは、LNAヌクレオチドである。
【０３００】
いくつかの態様において、連続ヌクレオチド配列の3'ヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体、例えばLNAであるか、または、2個、3個、4個、5個の3'ヌクレオチドが、ヌクレオチド類似体、例えばLNAヌクレオチド、もしくは増強された血清安定性をオリゴマーに付与するその他のヌクレオチド類似体である。
【０３０１】
いくつかの態様において、オリゴマーの連続ヌクレオチド配列は、式5'([LNAヌクレオチド]1-5-[非LNAヌクレオチド]1-4)2-11-[LNAヌクレオチド]1-5 3'を有する。
【０３０２】
いくつかの態様において、オリゴマーの連続ヌクレオチド配列は、LNAヌクレオチドおよび非LNAヌクレオチドの連続領域を2個、3個、または4個有し、例えば、式5'([LNAヌクレオチド]1-5および[非LNAヌクレオチド]1-4)2-3を含み、任意で、さらなる3'LNA領域[LNAヌクレオチド]1-5を含む。
【０３０３】
いくつかの態様において、オリゴマーの連続ヌクレオチド配列は、5'([LNAヌクレオチド]1-3および[非LNAヌクレオチド]1-3)2-5を含み、任意で、さらなる3'LNA領域[LNAヌクレオチド]1-3を含む。
【０３０４】
いくつかの態様において、オリゴマーの連続ヌクレオチド配列は、5'([LNAヌクレオチド]1-3および[非LNAヌクレオチド]1-3)3を含み、任意で、さらなる3'LNA領域[LNAヌクレオチド]1-3を含む。
【０３０５】
いくつかの態様において、非LNAヌクレオチドは全てDNAヌクレオチドである。
【０３０６】
いくつかの態様において、非LNAヌクレオチドは、DNA単位、RNA単位、2'-O-アルキル-RNA単位、2'-OMe-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、および2'-フルオロ-DNA単位からなる群より独立にまたは依存的に選択される。
【０３０７】
いくつかの態様において、非LNAヌクレオチドは（任意で独立に）2'置換型ヌクレオシド類似体からなる群より選択され、例えば、（任意で独立に）2'-O-アルキル-RNA単位、2'-OMe-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、2'-AP、2'-FANA、2'-(3-ヒドロキシ)プロピル、および2'-フルオロ-DNA単位、ならびに／またはその他の（任意での）糖修飾型ヌクレオシド類似体、例えば、モルホリノ、ペプチド核酸（PNA）、CeNA、アンリンクト核酸（UNA）、ヘキシトール核酸（HNA）、ビシクロ-HNA（例えば、WO2009/100320を参照）からなる群より選択される。いくつかの態様において、ヌクレオシド類似体は、その標的核酸（または相補的なDNA配列またはRNA配列）に対する第1領域の親和性を増加させる。様々なヌクレオシド類似体が、参照によって本明細書に組み入れられるFreier & Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443およびUhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293-213に開示されている。
【０３０８】
いくつかの態様において、非LNAヌクレオチドはDNAヌクレオチドである。いくつかの態様において、オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列は、LNAヌクレオチドを含み、任意で、親和性増強ヌクレオチド類似体および／または血清安定性増強ヌクレオチド類似体であり得るその他のヌクレオチド類似体（例えば、非LNAヌクレオチドについて列挙されたヌクレオチド類似体）を含む。
【０３０９】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列は、該ヌクレオチド類似体の連続ヌクレオチド配列からなる。
【０３１０】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列は、LNAヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列からなる。
【０３１１】
いくつかの態様において、オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列は、8〜12nt長、例えば、8〜10nt長または10〜20nt長、例えば、12〜18nt長または14〜16nt長である。
【０３１２】
いくつかの態様において、オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結を有する相補的な一本鎖RNA核酸分子と共に、少なくとも約60℃、例えば、少なくとも65℃のTmを有する二重鎖を形成することができる。
【０３１３】
Tmアッセイの例：オリゴヌクレオチド：オリゴヌクレオチドとRNA標的（PO）との二重鎖を、500mlのRNase不含水で3mMに希釈し、500mlの2×Tm緩衝液（200mM NaCl、0.2mM EDTA、20mMリン酸Na、pH7.0）と混合する。その溶液を3分間95℃に加熱し、次いで、30分間室温でアニールさせる。二重鎖融解温度（Tm）を、PE Templabソフトウェア（Perkin Elmer）を使用して、Peltier温度プログラマPTP6が装備されたLambda 40 UV/VIS分光光度計で測定する。温度を20℃から95℃まで上昇させ、次いで、25℃まで降下させ、260nmでの吸光を記録する。融解およびアニーリングの両方の一次導関数および極大を、二重鎖Tmを査定するために使用する。
【０３１４】
トータルマー
トータルマーは、天然には存在しないヌクレオシド、例えば、糖修飾型ヌクレオシド類似体のみを含む一本鎖オリゴマーである。
【０３１５】
本発明による第1領域はトータルマーであり得、実際、オリゴマーまたはその第1領域として（例えば、特に、マイクロRNA（抗miR）を標的とする時）、またはスプライススイッチングオリゴマー（SSO）として、様々なトータルマー設計が高度に効果的である。いくつかの態様において、トータルマーは、少なくとも1個のXYX配列モチーフまたはYXY配列モチーフ、例えば、配列XYXまたはYXY（配列中、Xは、LNAであり、Yは、代替的な（即ち、非LNA）ヌクレオチド類似体、例えば、2'-O-MOE RNA単位および2'-フルオロDNA単位である）の反復を含むかまたはそれからなる。上記配列モチーフは、いくつかの態様において、例えば、XXY、XYX、YXY、またはYYXであり得る。
【０３１６】
いくつかの態様において、トータルマーは、7〜16ヌクレオチド、例えば、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、11ヌクレオチド、12ヌクレオチド、13ヌクレオチド、14ヌクレオチド、または15ヌクレオチド、例えば、7〜12ヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなり得る。
【０３１７】
いくつかの態様において、トータルマーの連続ヌクレオチド配列は、少なくとも30％、例えば、少なくとも40％、例えば、少なくとも50％、例えば、少なくとも60％、例えば、少なくとも70％、例えば、少なくとも80％、例えば、少なくとも90％、例えば、95％、例えば、100％、BNA（LNA）単位を含む。残りの単位は、本明細書において言及された非LNAヌクレオチド類似体より選択され得、例えば、2'-O_アルキル-RNA単位、2'-OMe-RNA単位、2'-アミノ-DNA単位、2'-フルオロ-DNA単位、LNA単位、PNA単位、HNA単位、INA単位、および2'MOE RNA単位からなる群、または2'-OMe RNA単位および2'-フルオロDNA単位からなる群より選択され得る。
【０３１８】
いくつかの態様において、トータルマーは、LNA単位のみからなる連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、トータルマー、例えば、LNAトータルマーは、7〜12ヌクレオシド単位長である。いくつかの態様において、（オリゴマーまたはその第1領域としての）トータルマーは、参照によって本明細書に組み入れられるWO2009/043353において言及されたように、マイクロRNAに対してターゲティングされ得る（即ち、抗miRである）。
【０３１９】
いくつかの態様において、オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列は、LNAヌクレオチドを含み、任意で、親和性増強ヌクレオチド類似体および／または血清安定性増強ヌクレオチド類似体であり得るその他のヌクレオチド類似体を含む。
【０３２０】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列は、該ヌクレオチド類似体の連続ヌクレオチド配列からなる。
【０３２１】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはそれらの連続ヌクレオチド配列は、LNAヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列からなる。
【０３２２】
オリゴマーまたはその第1領域を介したマイクロRNAの調節
いくつかの態様において、1つまたは複数のオリゴマー領域（例えば、A、AおよびA'、ならびにA、A'、およびA''）は、マイクロRNA配列、例えば成熟マイクロRNA配列またはその一部に対応するかまたは完全に相補的である連続ヌクレオチド配列を含むかまたはそれからなる抗miR、例えばLNAミックスマーまたはトータルマーである。マイクロRNAのインビボ活性を調節するための本発明の使用は、マイクロRNAが典型的には対象における多数のmRNAを制御するという事実のため、最重要と考えられる。従って、治療用の抗miRを不活化する能力は、極めて望ましい。
【０３２３】
多数のマイクロRNAが、多数の疾患に関連している。例えば、本発明の薬学的組成物によって処置され得る治療的適応症の非限定的な例は、以下である。
2017505623.tif 000040
【０３２４】
腫瘍抑制遺伝子トロポマイシン（tropomysin）1（TPM1）mRNAが、miR-21の標的として示されている。ミオトロフィン（mtpn）mRNAが、miR375の標的として示されている。
【０３２５】
従って、オリゴマーまたはその第1領域は、上に列挙されたマイクロRNAのうちの1種を標的とする（即ち、その対応する領域に完全に相補的である連続ヌクレオチド配列を含むかもしくはそれからなる）か、またはそれに対する1個以下のミスマッチを含む抗mirであり得る。
【０３２６】
従って、本発明のいくつかの局面は、感染性疾患、例えば、ウイルス性疾患、例えば、C型肝炎ウイルスおよびHIV、脆弱X精神遅滞、炎症性疾患、癌、例えば、慢性リンパ球性白血病、乳癌、肺癌、および結腸癌からなる群より選択される、マイクロRNAの発現に関連した疾患の処置に関する。
【０３２７】
マイクロRNA（miRNA）は、標的mRNAと塩基対形成することによって遺伝子発現の転写後制御因子として作用する短い内在性RNAの豊富なクラスである。成熟miRNAは、RNAse IIIリボヌクレアーゼドローシャによって、より長いヘアピン転写物から逐次プロセシングされる。成熟マイクロRNA（miR）は、典型的には、20〜25個の連続RNAヌクレオチドを含む。数種のマイクロRNAが医学的な状態および疾患に関連していることは、現在広く確立されており、いくつかの会社が、マイクロRNAを模倣するか、または疾患表現型に関連した特異的なマイクロRNAと特異的にハイブリダイズする、オリゴマーに基づく治療薬を開発中である。そのようなオリゴマーは、本明細書において、それぞれ、マイクロRNA模倣物および抗miRと呼ばれ、オリゴマーまたはその第1領域は、いくつかの態様において、そのようなマイクロRNAを調節するオリゴマーであり得る。
【０３２８】
いくつかの態様において、本発明によるオリゴマーまたはその第1領域は、マイクロRNA配列、例えば、成熟マイクロRNA配列、例えば、miRBase（http://microrna.sanger.ac.uk/cgi-bin/sequences/mirna_summary.pl?org=hsa）に発表されたヒトマイクロRNAに対応するかまたは完全に相補的である連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、マイクロRNAは、ウイルスマイクロRNAである。本明細書作成の時点で、miRbase 19では、1600の前駆体および2042の成熟ヒトmiRNA配列がmiRBase内に存在しており、それらは、各ヒトマイクロRNAの成熟マイクロRNA配列を含め、全て、参照によって本明細書に組み入れられる。オリゴマーまたはその第1領域によって標的とされ得るその他のヒトマイクロRNAには、参照によって本明細書に組み入れられるWO08040355Aに開示されたものが含まれる。いくつかの態様において、本発明によるオリゴマーまたはその第1領域は、hsa-miR19b、hsa-miR21、hsa-miR 122、hsa-miR 142 a7b、hsa-miR 155、およびhsa-miR 375からなる群より選択されるマイクロRNA配列に対応するかまたは完全に相補的である連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、本発明によるオリゴマーまたはその第1領域は、hsa-miR221およびhsa-miR222からなる群より選択されるマイクロRNA配列に対応するかまたは完全に相補的である連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、本発明によるオリゴマーまたはその第1領域は、hsa-miR122（NR_029667.1 GI：262205241）、例えば、成熟has-miR122に対応するかまたは完全に相補的である連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含む。
【０３２９】
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域がmiR-122を標的とする時、そのオリゴマーは、C型肝炎感染の処置において使用するためのものである。
【０３３０】
抗miRオリゴマー
好ましいオリゴマーまたはその第1領域の「抗miR」設計およびオリゴマーは、WO2007/112754、WO2007/112753、PCT/DK2008/000344、ならびに米国仮出願第60/979217号および第61/028062号に開示されており、それらは、全て、参照によって本明細書に組み入れられる。いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、ミックスマーまたはトータルマーである抗miRである。
【０３３１】
抗miRオリゴマーは、マイクロRNA配列またはその対応する部分配列に完全に相補的であるかまたは本質的に相補的である（即ち、1個もしくは2個のミスマッチを含んでいてもよい）連続ヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含むオリゴマーである。この点に関して、抗miRは、成熟マイクロRNA全体に相補的であるかもしくは本質的に相補的である連続ヌクレオチド配列を含んでいてもよいし、または抗miRは、成熟マイクロRNAもしくはプレマイクロRNAの部分配列に相補的であるかもしくは本質的に相補的である連続ヌクレオチド配列を含んでいてもよいと考えられ、そのような部分配列（従って、対応する連続ヌクレオチド配列）は、典型的には、少なくとも8ヌクレオチド長、例えば、8〜25ヌクレオチド、例えば、9ヌクレオチド長、10ヌクレオチド長、11ヌクレオチド長、12ヌクレオチド長、13ヌクレオチド長、14ヌクレオチド長、15ヌクレオチド長、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、例えば、10〜17ヌクレオチドまたは10〜16ヌクレオチド、例えば、12〜15ヌクレオチドである。
【０３３２】
抗miRの多数の設計が提唱されており、典型的には、治療的に使用するための抗miR、例えば、その連続ヌクレオチド配列は、1個以上のヌクレオチド類似体単位を含む。
【０３３３】
いくつかの態様において、抗miRは、本明細書に記載されるギャップマー構造を有し得る。しかしながら、WO2007/112754およびWO2007/112753に説明されるように、その他の設計、例えば、ミックスマーまたはトータルマーも、好ましい場合がある。
【０３３４】
いずれも参照によって本明細書に組み入れられるWO2007/112754およびWO2007/112753は、成熟マイクロRNAに相補的な抗miRオリゴマーおよび抗miRオリゴマー設計を提供している。
【０３３５】
いくつかの態様において、抗miRの部分配列はmiRNAシード（seed）領域に対応する。いくつかの態様において、オリゴマーの1番目または2番目の3'核酸塩基は、マイクロRNA配列の2番目の5'ヌクレオチドに対応する。
【０３３６】
いくつかの抗miR態様において、オリゴマーの領域の3'末端から測定されるオリゴマーの核酸塩基単位1〜6（両端を含む）は、マイクロRNAシード領域配列に相補的である。
【０３３７】
いくつかの抗miR態様において、オリゴマーの領域の3'末端から測定されるオリゴマーの核酸塩基単位1〜7（両端を含む）は、マイクロRNAシード領域配列に相補的である。
【０３３８】
いくつかの抗miR態様において、オリゴマーの領域の3'末端から測定されるオリゴマーの核酸塩基単位2〜7（両端を含む）は、マイクロRNAシード領域配列に相補的である。
【０３３９】
いくつかの態様において、抗miRオリゴマーは、miRNAシード領域に相補的な領域内の位置に、少なくとも1個のヌクレオチド類似体単位、例えば、少なくとも1個のLNA単位を含む。抗miRオリゴマーは、いくつかの態様において、miRNAシード領域に相補的な領域内の位置に、1〜6個または1〜7個のヌクレオチド類似体単位、例えば、1〜6個および1〜7個のLNA単位を含み得る。
【０３４０】
いくつかの態様において、本発明の抗miRは、7ヌクレオチド長、8ヌクレオチド長、または9ヌクレオチド長であり、ヒトまたはウイルスのマイクロRNAのシード領域に相補的な連続ヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチドの少なくとも80％、例えば85％、例えば90％、例えば95％、例えば100％が、LNAである。
【０３４１】
いくつかの態様において、本発明の抗miRは、7ヌクレオチド長、8ヌクレオチド長、または9ヌクレオチド長であり、ヒトまたはウイルスのマイクロRNAのシード領域に相補的な連続ヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチドの少なくとも80％がLNAであり、ヌクレオチド間結合の少なくとも80％、例えば85％、例えば90％、例えば95％、例えば100％がホスホロチオエート結合である。
【０３４２】
いくつかの態様において、抗miRは、3'末端から数えて、3〜8位に1個または2個のLNA単位を含む。これは、RNA:RNA二重鎖と構造が類似している二重鎖であるオリゴヌクレオチド:マイクロRNA二重鎖によって形成されるAヘリックスの安定性に有利であると考えられる。
【０３４３】
WO2007/112754の48頁15行目〜51頁9行目までの表は、抗マイクロRNAオリゴマー（即ち、オリゴマーまたはその第1領域であり得る抗miR）の例を提供しており、参照によって本明細書に具体的に組み入れられる。
【０３４４】
さらなるポリ抗miRオリゴマー化合物およびそれらのコンジュゲート
いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの2個、例えば領域Aおよび領域A'、ならびに、任意で領域A''は、マイクロRNA核酸を標的とする。オリゴマー領域は、同一のマイクロRNA標的を標的としてもよいしまたは異なるマイクロRNA標的を標的としてもよい。例えば、オリゴマー領域は、全て、同一のマイクロRNA、例えば、マイクロRNA-122、マイクロRNA-221、マイクロRNA-33、またはマイクロRNA-21を標的としてもよい。あるいは、1個のオリゴマー領域が第1のマイクロRNA標的を標的とし、さらなるオリゴマー領域が第2のマイクロRNA標的を標的としてもよい。従って、本発明は、2種以上の異なるマイクロRNAの同時阻害の方法を提供し、従って、マイクロRNAファミリーの複数のメンバー、または2種のマイクロRNAを標的とするために使用され得る：一例は、miR-21に存在する少なくとも7個のヌクレオチドに相補的な第1オリゴマー領域、およびmiR-221に存在する少なくとも7個のヌクレオチドに相補的なさらなるオリゴマー領域を含む、ポリオリゴ化合物である。miR-21およびmiR-221は、いずれも、肝細胞癌などの癌のいくつかの形態において示されている。
【０３４５】
ポリmRNAターゲティング化合物
いくつかの態様において、オリゴマー領域のうちの2個、例えば領域Aおよび領域A'、ならびに、任意で領域A''は、mRNA核酸を標的とする。オリゴマー領域は、同一のmRNA標的を標的としてもよいしまたは異なるmRNA標的を標的としてもよい。例えば、オリゴマー領域は、全て、同一のマイクロRNA、例えば、本明細書に提供されたもの、例えば、アポBを標的としてもよく、例えば、
2017505623.tif 000041
［大文字はβ-D-オキシ-LNAなどのLNAであり、小文字はDNAであり、下付きのsはホスホロチオエート連結であり、他のヌクレオシド間連結はホスホジエステルである］である。LNAシトシンは5-メチルシトシンであり得る。3価GalNAcは、例えば、コンジュゲート1、2、3、4、1a、2a、3a、または4a、例えば、コンジュゲート2aであり得る。コンジュゲート基は、POリンカー、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域、例えば実施例において使用される5'コンジュゲート-ca-3'ジヌクレオチドを介してオリゴに連結されていてよい。
【０３４６】
あるいは、1個のオリゴマー領域が第1のmRNA標的を標的とし、さらなるオリゴマー領域が第2のmRNA標的を標的としてもよい。従って、本発明は、2種以上の異なるmRNAの同時阻害のための方法を提供する。一例は、アポB mRNAに存在する少なくとも10個のヌクレオチドに相補的な第1オリゴマー領域、およびmtGPAT mRNAに存在する少なくとも10個のヌクレオチドに相補的なさらなるオリゴマー領域を含むポリオリゴ化合物である。第1の標的（例えば、mRNA、マイクロRNA、またはウイルス配列）を標的とする第1のLNAオリゴマー領域および第2の標的（例えば、mRNA、マイクロRNA、またはウイルス配列）を標的とする第2のLNAオリゴマー領域を利用することによって、2種の別個の標的を標的とする単一の化合物を作製することができ、これは、例えば第1オリゴマー領域がアポBを標的とし、第2オリゴマー領域がもう一つのmRNA、例えばmtGPAT mRNAを標的としてもよく、例えば:
2017505623.tif 000042
［大文字はβ-D-オキシ-LNAなどのLNAであり、小文字はDNAであり、下付きのsはホスホロチオエート連結であり、他のヌクレオシド間連結はホスホジエステルである］である。LNAシトシンは5-メチルシトシンであり得る。3価GalNAcは、例えば、コンジュゲート1、2、3、4、1a、2a、3a、または4a、例えば、コンジュゲート2aであり得る。コンジュゲート基は、POリンカー、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオシドの領域、例えば実施例において使用される5'コンジュゲート-ca-3'ジヌクレオチドを介してオリゴに連結されていてよい。
【０３４７】
マイクロRNA模倣物
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、1種以上のmRNA標的の発現を抑制するために細胞へ導入され得るmiRNA模倣物の形態にある。miRNA模倣物は、典型的には、全長miRNA配列に完全に相補的である。miRNA模倣物は、本明細書において提供されたまたは参照されたmiRNA配列のうちの1種以上の対応する領域に相同である連続ヌクレオチド配列を含む化合物である。miRNA模倣物または抗miRの使用は、（任意で）さらにmRNA標的を抑制するため、またはmiRNAをサイレンシング（ダウンレギュレート）し、それによって、内在性miRNAの機能を阻害し、mRNA標的の抑制解除を引き起こし、発現を増加させるために使用され得る。
【０３４８】
アプタマー
いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、治療用アプタマー、スピーゲルマー（spiegelmer）であり得る。アプタマーは、リガンド、例えば、受容体リガンドであってもよく、従って、ターゲティング部分（即ち、領域3）として使用され得ることに注意されたい。本発明に関するアプタマー（スピーゲルマーとも呼ばれる）は、ヌクレオチドの配列ではなく、立体構造に基づいて選択された、20〜50ヌクレオチド長の核酸であり、インビボで直接、標的タンパク質に結合することによって治療効果を顕現させ、従って、標的の逆相補鎖を含まない。実際、それらの標的は、核酸ではなくタンパク質である。オリゴマーまたはその第1領域であり得る具体的なアプタマーには、Macugen（OSI Pharmaceuticals）またはARC1779（Archemix,Cambridge,MA）が含まれる。いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、アプタマーではない。いくつかの態様において、オリゴマーまたはその第1領域は、アプタマーでもスピーゲルマーでもない。
【０３４９】
ヌクレオチド間連結
本明細書に記載されたオリゴマー（例えば、第1領域および第2領域）のヌクレオシドモノマーは、［ヌクレオシド間］連結基を介して、共に結合されている。適宜、各モノマーは、連結基を介して、3'隣接モノマーに連結されている。
【０３５０】
本発明に関して、オリゴマーの末端の5'モノマーは、5'末端基を含んでいてもよいしまたは含んでいなくてもよいが、5'連結基を含まないことを、当業者は理解するであろう。
【０３５１】
「連結基」または「ヌクレオチド間連結」という用語は、2個のヌクレオチドを共有結合で共に結合することができる基を意味するものである。具体的な好ましい例には、ホスフェート基およびホスホロチオエート基が含まれる。
【０３５２】
本発明のオリゴマーのヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列は、連結基を介して、共に結合されている。適宜、各ヌクレオチドは、連結基を介して、3'隣接ヌクレオチドに連結されている。
【０３５３】
適したヌクレオチド間連結には、WO2007/031091に列挙されたもの、例えば、（参照によって本明細書に組み入れられる）WO2007/031091の34頁の第1段落に列挙されたヌクレオチド間連結が含まれる。
【０３５４】
いくつかの態様において、ホスホジエステル連結または領域B以外のヌクレオチド間連結を、通常のホスホジエステルから、ヌクレアーゼによる攻撃に対してより抵抗性のもの、例えば、ホスホロチオエートまたはボラノホスフェートへ修飾することが好ましい。これらの2種は、RNaseHによって切断可能であり、標的遺伝子の発現の低下におけるアンチセンス阻害の経路も可能にする。
【０３５５】
本明細書に提供される適切な硫黄（S）含有ヌクレオチド間連結、例えば、ホスホロチオエートまたはホスホジチオエートが、好ましい場合がある。ホスホロチオエートヌクレオチド間連結は、特に、第1領域のため、例えば、ギャップマー、ミックスマー、抗mir、スプライススイッチングオリゴマー、およびトータルマーにおいても好ましい。
【０３５６】
ギャップマーについて、オリゴマー内のヌクレオチド間連結は、例えば、標的とされたRNAのRNaseHによる切断を可能にするため、ホスホロチオエートまたはボラノホスフェートであり得る。ホスホロチオエートは、改善されたヌクレアーゼ抵抗性およびその他の理由、例えば、製造の容易さのため、好ましい。
【０３５７】
一つの局面において、第1領域と第2領域との間のホスホジエステル連結を除き、および任意で、領域B内のホスホジエステル連結を除き、本発明のオリゴマーの残りのヌクレオシド間連結、ヌクレオチドおよび／またはヌクレオチド類似体は、ホスホロチオエート基によって相互に連結されている。いくつかの態様において、第1領域内のヌクレオシド間の少なくとも50％、例えば、少なくとも70％、例えば、少なくとも80％、例えば、少なくとも90％、例えば、全てのヌクレオシド間連結が、ホスホジエステル（ホスフェート）以外であり、例えば、ホスホロチオエート、ホスホジチオエート、またはボラノホスフェートからなる群より選択される。いくつかの態様において、第1領域内のヌクレオシド間の少なくとも50％、例えば、少なくとも70％、例えば、少なくとも80％、例えば、少なくとも90％、例えば、全てのヌクレオシド間連結が、ホスホロチオエートである。
【０３５８】
WO09124238は、中性ヌクレオシド間連結によって3'末端または5'末端に結合した少なくとも1個の二環式ヌクレオシドを有するオリゴマー化合物に言及している。従って、本発明のオリゴマーは、中性ヌクレオシド間連結、例えば、1個以上のホスホトリエステル、メチルホスホネート、MMI、アミド-3、ホルムアセタール（formacetal）、またはチオホルムアセタールによって3'末端または5'末端に結合した少なくとも1個の二環式ヌクレオシドを有し得る。残りの結合は、ホスホロチオエートであり得る。
【０３５９】
コンジュゲート、ターゲティング部分、およびブロッキング基
「コンジュゲート」という用語は、本明細書に記載されるオリゴマーの、1個以上の非ヌクレオチド部分または非ポリヌクレオチド部分への共有結合性の結合（「コンジュゲーション」）によって形成された不均質の分子を示すものである。非ヌクレオチド部分または非ポリヌクレオチド部分の例には、高分子薬剤、例えば、タンパク質、脂肪酸鎖、糖残基、糖タンパク質、ポリマー、またはそれらの組み合わせが含まれる。典型的には、タンパク質は、標的タンパク質に対する抗体であり得る。典型的なポリマーは、ポリエチレングリコールであり得る。
【０３６０】
従って、様々な態様において、本発明のオリゴマーは、典型的にはヌクレオチドの連続配列からなるポリヌクレオチド領域、およびさらなる非ヌクレオチド領域の両方を含み得る。連続ヌクレオチド配列からなる本発明のオリゴマーに言及する時、化合物は、非ヌクレオチド成分、例えば、コンジュゲート成分を含み得る。
【０３６１】
本発明の様々な態様において、オリゴマー化合物は、例えば、オリゴマー化合物の細胞取り込みを増加させるために使用され得るリガンド／コンジュゲートに連結されている。WO2007/031091は、適当なリガンドおよびコンジュゲートを提供しており、それらは参照によって本明細書に組み入れられる。
【０３６２】
本発明の化合物が、本明細書に開示される指定された核酸またはヌクレオチド配列からなる、様々な態様において、化合物は、該化合物に共有結合で結合した少なくとも1個の非ヌクレオチド部分または非ポリヌクレオチド部分（例えば、1個以上のヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含まない）を含んでいてもよい。
【０３６３】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、親油性コンジュゲートまたはタンパク質（例えば、抗体、酵素、血清タンパク質）；ペプチド；ビタミン（水溶性または脂溶性）；ポリマー（水溶性または脂溶性）；薬物、毒素、レポーター分子、および受容体リガンドを含む小分子；炭水化物複合体；核酸切断複合体；金属キレート剤（例えば、ポルフィリン、テキサフィリン、クラウンエーテル等）；ハイブリッドフォトヌクレアーゼ（photonuclease）／インターカレーターを含むインターカレーター；架橋剤（例えば、光活性、酸化還元活性）、ならびにそれらの組み合わせおよび誘導体であり得る。多数の適当なコンジュゲート部分、それらの調製およびオリゴマー化合物との連結は、例えば、各々参照によってその全体が本明細書に組み入れられるWO93/07883および米国特許第6,395,492号に提供されている。オリゴヌクレオチドコンジュゲートおよびそれらの合成は、各々参照によってその全体が本明細書に組み入れられるManoharan in Antisense Drug Technology,Principles,Strategies,and Applications,S.T.Crooke,ed.,Ch.16,Marcel Dekker,Inc.,2001、およびManoharan,Antisense and Nucleic Acid Drug Development,2002,12,103による包括的な概説においても報告されている。
【０３６４】
（コンジュゲート部分との）コンジュゲーションは、本発明のオリゴマーの活性、細胞分布、または細胞取り込みを増強し得る。そのような部分には、抗体、ポリペプチド、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル-s-トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール残基もしくはウンデシル残基、リン脂質、例えば、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム1,2-ジ-o-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-h-ホスホネート、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミン、またはヘキシルアミノ-カルボニル-オキサコレステロール部分が含まれるが、これらに限定されない。
【０３６５】
本発明のオリゴマーは、活性原薬、例えば、アスピリン、イブプロフェン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、または抗生物質にコンジュゲートされてもよい。
【０３６６】
ある特定の態様において、コンジュゲートされる部分は、ステロール、例えば、コレステロールである。
【０３６７】
様々な態様において、コンジュゲートされる部分は、正の電荷を有するポリマー、例えば、1〜50アミノ酸残基長、例えば、2〜20アミノ酸残基長、例えば、3〜10アミノ酸残基長の正の電荷を有するペプチド、および／またはポリアルキレンオキシド、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）もしくはポリプロピレンエチレングリコールを含むかまたはそれからなる（参照によって本明細書に組み入れられるWO2008/034123を参照）。
【０３６８】
コンジュゲートの使用は、しばしば、増強された薬物動態学的または薬力学的な動的特性に関連している。しかしながら、コンジュゲート基の存在は、例えば、ハイブリダイゼーションまたはヌクレアーゼリクルートメント（例えば、RNAseHもしくはRISCのリクルートメント）を防止する立体障害を介して、その意図された標的に対するオリゴヌクレオチドの活性に干渉する場合がある。本発明によるオリゴヌクレオチド（領域A）とコンジュゲート部分（X）との間のDNAおよび／またはRNAホスホジエステル領域（領域B）の使用は、コンジュゲート基の存在による改善された特性を可能にしながら、標的組織においては、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドの有効な活性を防止しないことを確実にする。
【０３６９】
本発明のオリゴマー化合物は、いくつかの態様において、任意で1個以上のリンカーを通して、1個以上のコンジュゲート基に共有結合で結合される。得られたコンジュゲート化合物は、例えば、コンジュゲートされていないオリゴマー化合物と比較して、改良された増強された特性、例えば、改良されたまたは増強された薬物動態学的特性、薬力学的特性、およびその他の特性を有し得る。オリゴマー化合物の薬物動態学的特性を改良するかまたは増強することができるコンジュゲート部分は、オリゴマー化合物の細胞分布、生物学的利用能、代謝、排出、透過性、および／または細胞取り込みを改善し得る。オリゴマー化合物の薬力学的特性を改良するかまたは増強することができるコンジュゲート部分は、活性、分解に対する抵抗性、配列特異的なハイブリダイゼーション、取り込み等を改善し得る。いくつかの態様において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの不適切な活性、例えば、オフターゲット活性、または非標的組織もしくは非標的器官における活性を低下させるかまたは防止することができる。これは、例えば、コンジュゲートであり得るブロッキング部分の使用によって達成され得、オリゴヌクレオチドに共有結合で結合した（任意でリンカーを介する）ブロッキング基の存在は、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび／または活性を防止するかまたは妨害することができる。DNA/RNAホスホジエステル領域（例えば、意図された標的部位にある）の切断は、ブロッキング基を除去し、意図された部位への活性オリゴヌクレオチドの送達を可能にする。
【０３７０】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、コンジュゲート基を含む。例えば、特異的な組織へのターゲティングのため、あるコンジュゲート基を使用し、例えば、肝臓へのターゲティングのため、親油基を使用し、さらなる利益を提供するため、第2のコンジュゲート基、例えば、ブロッキング基またはさらなる治療用存在物を使用してもよいことが認識されるであろう。コンジュゲート／部分の適当な一方または両方が、本発明によるDNA/RNAホスホジエステル領域を介して、オリゴヌクレオチドに連結され得る。いくつかの態様において、コンジュゲートは、オリゴヌクレオチドの5'末端および／または3'末端で、任意でリンカーを介して、オリゴヌクレオチドに共有結合で結合する。この点で、2個のコンジュゲート／部分基が使用される場合、1個は5'末端に、1個は3'末端に連結され得る。
【０３７１】
炭水化物コンジュゲート
いくつかの態様において、コンジュゲート基は、炭水化物、親油性部分、ポリマー、タンパク質またはペプチド、標識または色素、小分子、例えば、小分子治療用部分、細胞表面受容体リガンドからなる群より選択される。
【０３７２】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、炭水化物であるかもしくは炭水化物を含んでいてもよく、または炭水化物基を含む。いくつかの態様において、炭水化物は、ガラクトース、ラクトース、n-アセチルガラクトサミン、マンノース、およびマンノース-6-リン酸からなる群より選択される。いくつかの態様において、コンジュゲート基は、マンノースもしくはマンノース-6-リン酸であるかまたはそれを含んでいてもよい。炭水化物コンジュゲートは、ある範囲の組織、例えば、肝臓および／または筋肉における送達または活性を増強するために使用され得る。例えば、EP1495769、WO99/65925、Yang et al.,Bioconjug Chem(2009)20(2):213-21、Zatsepin & Oretskaya Chem Biodivers.(2004)1(10):1401-17を参照されたい。
【０３７３】
いくつかの態様において、コンジュゲート基は炭水化物部分である。さらに、オリゴマーは、1個以上の付加的なコンジュゲート部分をさらに含んでいてもよく、それらのうち、親油性部分または疎水性部分が特に関心対象である。これらは、例えば、薬物動態モジュレーターとして作用することができ、任意で、リンカー、例えば、生物切断性リンカーを介して、炭水化物コンジュゲート、炭水化物コンジュゲートをオリゴマーに連結するリンカー、または複数の炭水化物コンジュゲート（多価コンジュゲート）をオリゴマーに連結するリンカーに、または共有結合で連結され得る。
【０３７４】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、炭水化物であるかもしくは炭水化物を含んでいてもよく、または炭水化物基を含む。いくつかの態様において、炭水化物は、ガラクトース、ラクトース、n-アセチルガラクトサミン、マンノース、およびマンノース-6-リン酸からなる群より選択される。いくつかの態様において、コンジュゲート基は、マンノースもしくはマンノース-6-リン酸であるかまたはそれを含んでいてもよい。炭水化物コンジュゲートは、ある範囲の組織、例えば、肝臓および／または筋肉における送達または活性を増強するために使用され得る。例えば、EP1495769、WO99/65925、Yang et al.,Bioconjug Chem(2009)20(2):213-21、Zatsepin & Oretskaya Chem Biodivers.(2004)1(10):1401-17を参照されたい。
【０３７５】
GalNAcコンジュゲート
本発明は、アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分にコンジュゲートされたオリゴヌクレオチド、例えば、LNAアンチセンスオリゴマーも提供する。いくつかの態様において、コンジュゲート部分（例えば、第3領域または領域C）は、アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分、例えば、ガラクトース、ガラクトサミン、N-ホルミル-ガラクトサミン、Nアセチルガラクトサミン、N-プロピオニル-ガラクトサミン、N-n-ブタノイル-ガラクトサミン、およびN-イソブタノイルガラクトサミンを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、ガラクトースクラスタ、例えば、N-アセチルガラクトサミン三量体を含む。いくつかの態様において、コンジュゲート部分は、GalNAc（N-アセチルガラクトサミン）、例えば、一価、二価、三価、または四価のGalNAcを含む。3価GalNAcコンジュゲートは、化合物を肝臓へターゲティングするために使用され得る。GalNAcコンジュゲートは、メチルホスホネートおよびPNAアンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、US 5,994517およびHangeland et al.,Bioconjug Chem.1995 Nov-Dec;6(6):695-701）ならびにsiRNA（例えば、WO2009/126933、WO2012/089352＆WO2012/083046）と共に使用されている。GalNAcの参照およびそこで使用された具体的なコンジュゲートは、参照によって本明細書に組み入れられる。WO2012/083046は、本発明において使用するために適当である切断可能な薬物動態モジュレーターを含むGalNAcコンジュゲート部分を有するsiRNAを開示しており、好ましい薬物動態モジュレーターは、C16疎水基、例えば、パルミトイル、ヘキサデカ-8-エノイル、オレイル、(9E,12E)-オクタデカ-9,12-ジエノイル、ジオクタノイル、およびC16-C20アシルである。'046号の切断可能な薬物動態モジュレーターは、コレステロールでもあり得る。
【０３７６】
ターゲティング部分（コンジュゲート部分）は、ガラクトース、ガラクトサミン、N-ホルミル-ガラクトサミン、N-アセチルガラクトサミン、Nプロピオニル-ガラクトサミン、N-n-ブタノイル-ガラクトサミン、N-イソ-ブタノイルガラクトサミン、ガラクトースクラスタ、およびN-アセチルガラクトサミン三量体からなる群より選択され得、16個以上の炭素原子を有する疎水基、16〜20個の炭素原子を有する疎水基、パルミトイル、ヘキサデカ-8-エノイル、オレイル、(9E,12E)-オクタデカ-9,12-ジエノイル、ジオクタノイル、およびC16-C20アシル、およびコレステロールからなる群より選択される薬物動態モジュレーターを有し得る。'046号に開示されたある特定のGalNacクラスタには、(E)-ヘキサデカ-8-エノイル（C16）、オレイル（C18）、(9,E,12E)-オクタデカ-9,12ジエノイル（C18）、オクタノイル（C8）、ドデカノイル（C12）、C-20アシル、C24アシル、ジオクタノイル（2×C8）が含まれる。ターゲティング部分-薬物動態モジュレーターターゲティング部分は、生理学的に不安定な結合、または、例えば、ジスルフィド結合、またはPEGリンカーを介して、ポリヌクレオチドに連結され得る。本発明は、オリゴマー領域とコンジュゲート基との間のホスホジエステルリンカー、例えばDNAホスホジエステルリンカーの使用にも関する（これらは本明細書において領域Bと定義され得、適宜、オリゴマー領域と炭水化物コンジュゲート基との間に位置する）。
【０３７７】
肝臓のヘパトサイトを標的とするため、好ましいターゲティングリガンドは、ガラクトースクラスタである。
【０３７８】
ガラクトースクラスタには、2〜4個の末端ガラクトース誘導体を有する、例えば、それを含む、分子が含まれる。本明細書において使用される、ガラクトース誘導体という用語には、ガラクトース、およびガラクトースと同等以上のアシアロ糖タンパク質受容体に対する親和性を有するガラクトースの誘導体の両方が含まれる。末端ガラクトース誘導体は、そのC-l炭素を通して分子に結合する。アシアロ糖タンパク質受容体（ASGPr）は、ヘパトサイトに特有であり、枝分かれした末端にガラクトースを有する糖タンパク質に結合する。好ましいガラクトースクラスタは、各々アシアロ糖タンパク質受容体に対する親和性を有するガラクトサミンまたはガラクトサミン誘導体を、3個、末端に有する。より好ましいガラクトースクラスタは、3個のN-アセチルガラクトサミンを末端に有する。当技術分野において一般的な他の用語には、三分岐型ガラクトース、三価ガラクトース、およびガラクトース三量体が含まれる。三分岐型ガラクトース誘導体クラスタは、二分岐型または単分岐型のガラクトース誘導体構造より大きい親和性で、ASGPrに結合することが公知である（Baenziger and Fiete,1980,Cell,22,611-620；Connolly et al.,1982,1.Biol.Chern.,257,939-945）。nMレベルの親和性を達成するためには多価が必要とされる。WO2012/083046によると、アシアロ糖タンパク質受容体に対する親和性を有する単一のガラクトース誘導体の結合は、送達ポリマーと共に同時投与された時、インビボでRNAiポリヌクレオチドのヘパトサイトへの機能的送達を可能にしない。
【０３７９】
ガラクトースクラスタは、各々中心分岐点に連結された2個、または好ましくは3個のガラクトース誘導体を含み得る。ガラクトース誘導体は、糖類のC-l炭素を通して中心分岐点に結合する。ガラクトース誘導体は、好ましくは、リンカーまたはスペーサー（領域Yであり得る）を介して分岐点に連結される。好ましいスペーサーは、フレキシブル親水性スペーサー（米国特許第5885968号；Biessen et al.J.Med.Chern.1995 Vol.39 p.1538-1546）である。好ましいフレキシブル親水性スペーサーは、PEGスペーサーである。好ましいPEGスペーサーは、PEG3スペーサーである。分岐点は、3個のガラクトース誘導体の結合を可能にし、さらにオリゴマーへの分岐点の結合を可能にする任意の小分子であり得る。例示的な分岐点基はジリジンである。ジリジン分子は、3個のガラクトース誘導体が結合し得る3個のアミン基、およびジリジンがオリゴマーに結合し得るカルボキシル反応基を含有している。分岐点のオリゴマーへの結合は、リンカーまたはスペーサーを通して起こり得る。好ましいスペーサーは、フレキシブル親水性スペーサーである。好ましいフレキシブル親水性スペーサーは、PEGスペーサーである。好ましいPEGスペーサーは、PEG3スペーサー（3個のエチレン単位）である。ガラクトースクラスタは、当技術分野において公知の方法を使用して、オリゴマーの3'末端または5'末端に結合させられ得る。
【０３８０】
好ましいガラクトース誘導体は、N-アセチル-ガラクトサミン（GalNAc）である。アシアロ糖タンパク質受容体に対する親和性を有するその他の糖類は、ガラクトサミン、N-n-ブタノイルガラクトサミン、およびN-イソ-ブタノイルガラクトサミンを含むリストより選択され得る。アシアロ糖タンパク質受容体に対する多数のガラクトース誘導体の親和性が研究されており（例えば、Jobst,S.T.and Drickamer,K.JB.C.1996,271,6686を参照）、または当技術分野において典型的な方法を使用して、容易に決定される。
2017505623.tif 000043
ガラクトースクラスタの一つの態様
2017505623.tif 000044
分岐点と核酸との間にPEGスペーサを有するガラクトースクラスタ
【０３８１】
GalNacコンジュゲートは図1に図示される。本発明のコンジュゲートのさらなる例は、以下に図示される。
2017505623.tif 000045
2017505623.tif 000046
2017505623.tif 000047
領域Aは、例えばオリゴマー領域、例えば非限定的な例ではLNAアンチセンスオリゴヌクレオチド（図示）であり得る。
【０３８２】
従って、本明細書に記載されるように、炭水化物コンジュゲート（例えば、GalNAc）は、生物切断性リンカー、例えば、本明細書において定義される領域Bを介して、任意で、上記図中にジリジンとして図示された領域Yを介して、オリゴマーに連結され得る。
【０３８３】
ここで、上記GalNacクラスタコンジュゲート内の疎水性または親油性の部分（またはさらなるコンジュゲート部分）（即ち、薬物動態モジュレーター）は、BNAオリゴマーまたはLNAオリゴマー、例えば、LNAアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用する時には、任意である。
【０３８４】
本研究において使用された具体的なGalNacクラスタ、コンジュゲート1、2、3、4、ならびにコンジュゲート1a、2a、3a、および4a（GalNacクラスタをオリゴマーに接合する任意でのC6リンカーと共に示されている - 図12および17を参照）については、図面を参照されたい。
【０３８５】
従って、GalNacクラスタの各炭水化物部分（例えば、GalNAc）は、スペーサー、例えば、(ポリ)エチレングリコールリンカー（PEG）、例えば、ジエチレングリコールリンカー、トリエチレングリコールリンカー、テトラエチレングリコールリンカー、ペンタエチレングリコールリンカー、ヘキサエチレングリコールリンカーを介して、オリゴマーに接合され得る。上に示されるように、PEG部分は、ガラクトース糖部分とペプチド（トリリジンが示されている）リンカーとの間のスペーサーを形成する。
【０３８６】
いくつかの態様において、GalNacクラスタは、ビラジカルリンカーを介してオリゴマー（または領域Yもしくは領域B）に結合したペプチドリンカー、例えば、Tyr-Asp(Asp)トリペプチドまたはAsp(Asp)ジペプチドを含み、例えば、GalNacクラスタは、以下のビラジカルリンカーを含み得る。
2017505623.tif 000048
R1は、-C2H4-、-C3H6-、-C4H8-、-C5H10-、-C6H12-、1,4-シクロヘキシル（-C6H10-）、1,4-フェニル(-C6H4-)、-C2H4OC2H4-、-C2H4(OC2H4)2-または-C2H4(OC2H4)3-、C(O)CH2-、-C(O)C2H4-、-C(O)C3H6-、-C(O)C4H8-、-C(O)C5H10-、-C(O)C6H12-、1,4-cyclohexyl (-C(O)C6H10-)、1,4-フェニル(-C(O)C6H4-)、-C(O)C2H4OC2H4-、-C(O)C2H4(OC2H4)2-または-C(O)C2H4(OC2H4)3-より好ましくは選択されるビラジカルである。いくつかの態様において、R1は、-C2H4-、-C3H6-、-C4H8-、-C5H10-、-C6H12-、1,4-cyclohexyl (-C6H10-)、1,4-フェニル（-C6H4-）、-C2H4OC2H4-、-C2H4(OC2H4)2-、または-C2H4(OC2H4)3-より好ましくは選択されるビラジカルである。
【０３８７】
さらに、炭水化物コンジュゲート（例えば、GalNAc）または炭水化物-リンカー部分（例えば、炭水化物-PEG部分）は、分岐点基、例えば、アミノ酸または適宜2個以上（例えば、3個、4個、または5個）のアミノ基を含むペプチド、例えば、リジン、ジリジンまたはトリリジンまたはテトラリジンを介して、オリゴマー（または領域B）に共有結合で接合（連結）され得る。トリリジン分子は、3個の炭水化物コンジュゲート基、例えば、ガラクトース＆誘導体（例えば、GalNAc）およびさらなるコンジュゲート部分／基、例えば、疎水性または親油性の部分／基が結合させられ得る4個のアミン基、ならびにトリリジンがオリゴマーに結合させられ得るカルボキシル反応基を含有している。さらなるコンジュゲート部分、例えば、親油性／疎水性部分は、オリゴマーに結合しているリジン残基に結合させられ得る。いくつかの態様において、コンジュゲート（C）は、1価GalNacではない。
【０３８８】
本発明は、アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分にコンジュゲートされたLNAアンチセンスオリゴヌクレオチドも提供する。いくつかの態様において、コンジュゲート部分（例えば、第3領域または領域C）は、アシアロ糖タンパク質受容体ターゲティング部分、例えば、ガラクトース、ガラクトサミン、N-ホルミル-ガラクトサミン、Nアセチルガラクトサミン、N-プロピオニル-ガラクトサミン、N-n-ブタノイル-ガラクトサミン、およびN-イソブタノイルガラクトサミンを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、ガラクトースクラスタ、例えば、N-アセチルガラクトサミン三量体を含む。いくつかの態様において、コンジュゲート部分は、GalNac（N-アセチルガラクトサミン）、例えば、一価、二価、三価、または四価のGalNacを含む。3価のGalNacコンジュゲートは、化合物を肝臓へターゲティングするために使用され得る。GalNacコンジュゲートは、メチルホスホネートおよびPNAアンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、US 5,994517およびHangeland et al.,Bioconjug Chem.1995 Nov-Dec; 6(6):695-701）ならびにsiRNA（例えば、WO2009/126933、WO2012/089352＆WO2012/083046）と共に使用されている。GalNacの参照およびそこで使用された具体的なコンジュゲートは、参照によって本明細書に組み入れられる。WO2012/083046は、切断可能な薬物動態モジュレーターを含むGalNacコンジュゲート部分を開示しており、好ましい薬物動態モジュレーターは、C16疎水基、例えば、パルミトイル、ヘキサデカ-8-エノイル、オレイル、(9E,12E)-オクタデカ-9,12-ジエノイル、ジオクタノイル、およびC16-C20アシルである。'046号の切断可能な薬物動態モジュレーターは、コレステロールでもあり得る。'046号のターゲティング部分は、ガラクトース、ガラクトサミン、N-ホルミル-ガラクトサミン、N-アセチルガラクトサミン、Nプロピオニル-ガラクトサミン、N-n-ブタノイル-ガラクトサミン、N-イソ-ブタノイルガラクトサミン、ガラクトースクラスタ、およびN-アセチルガラクトサミン三量体からなる群より選択され得、16個以上の炭素原子を有する疎水基、16〜20個の炭素原子を有する疎水基、パルミトイル、ヘキサデカ-8-エノイル、オレイル、(9E,12E)-オクタデカ-9,12ジエノイル、ジオクタノイル、およびC16-C20アシル、およびコレステロールからなる群より選択される薬物動態モジュレーターを有し得る。'046号に開示されたある特定のGalNacクラスタには、(E)-ヘキサデカ-8-エノイル（C16）、オレイル（C18）、(9,E,12E)-オクタデカ-9,12-ジエノイル（C18）、オクタノイル（C8）、ドデカノイル（C12）、C-20アシル、C24アシル、ジオクタノイル（2×C8）が含まれる。'046号によると、ターゲティング部分-薬物動態モジュレーターターゲティング部分は、生理学的に不安定な結合、または、例えば、ジスルフィド結合、またはPEGリンカーを介して、ポリヌクレオチドに連結され得る。
【０３８９】
その他のコンジュゲート部分には、例えば、オリゴ糖および炭水化物クラスタ、例えば、Tyr-Glu-Glu-(アミノヘキシルGalNAc)3(YEE(ahGalNAc)3；ヘパトサイト上のGal/GalNAc受容体に結合するグリコトリペプチド、例えば、Duff,et al.,Methods Enzymol,2000,313,297を参照）；リジンベースのガラクトースクラスタ（例えば、L3G4；Biessen,et al.,Cardovasc.Med.,1999,214）；ならびにコランベースのガラクトースクラスタ（例えば、アシアロ糖タンパク質受容体の炭水化物認識モチーフ）が含まれ得る。さらなる適当なコンジュゲートには、アシアロ糖タンパク質受容体（ASGP-R）上に見出される炭水化物認識ドメイン（CRD）に結合することができるオリゴ糖が含まれ得る。オリゴ糖および／または炭水化物複合体を含有しているコンジュゲート部分の例は、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第6,525,031号に提供されている。
【０３９０】
薬物動態モジュレーター
本発明の化合物は、1個以上の付加的なコンジュゲート部分をさらに含むことができ、その中で、例えば、コンジュゲート基が炭水化物部分である場合、親油性または疎水性の部分が特に関心対象である。そのような親油性または疎水性の部分は、薬物動態モジュレーターとして作用することができ、任意で、リンカー、例えば、生物切断性リンカーを介して、炭水化物コンジュゲート、炭水化物コンジュゲートをオリゴマーに連結するリンカー、または複数の炭水化物コンジュゲート（多価コンジュゲート）をオリゴマーに連結するリンカーに、共有結合で連結され得る。
【０３９１】
従って、オリゴマーまたはコンジュゲート部分は、薬物動態モジュレーター、例えば、親油性または疎水性の部分を含み得る。そのような部分は、WO2012/082046においてsiRNAコンジュゲートに関して開示されている。疎水性部分には、飽和または不飽和であり得るC8〜C36脂肪酸が含まれ得る。いくつかの態様において、C10、C12、C14、C16、C18、C20、C22、C24、C26、C28、C30、C32、およびC34脂肪酸が使用され得る。疎水基は、16個以上の炭素原子を有し得る。例示的な適当な疎水基は、ステロール、コレステロール、パルミトイル、ヘキサデカ-8-エノイル、オレイル、(9E,12E)-オクタデカ-9,12-ジエノイル、ジオクタノイル、およびC16-C20アシルからなる群より選択され得る。WO'346号によると、16個未満の炭素原子を有する疎水基は、ポリヌクレオチドのターゲティングを増強する効果が劣っているが、複数コピー（例えば、2×、例えば、2×C8、C10、C12、C14）で使用して、効力が増強され得る。ポリヌクレオチドターゲティング部分として有用な薬物動態モジュレーターは、コレステロール、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アリール基、アラルキル基、アラルケニル基、およびアラルキニル基からなる群より選択され得、それらは、各々、直鎖状、分岐状、または環状であり得る。薬物動態モジュレーターは、好ましくは、炭素原子および水素原子のみを含有している炭化水素である。しかしながら、疎水性を維持する置換またはヘテロ原子、例えば、フッ素は、許容され得る。
【０３９２】
驚くべきことに、本発明者らは、LNAオリゴマーと共に使用するためのGalNacコンジュゲートが、薬物動態モジュレーターを必要としないことを見出し、従って、いくつかの態様において、GalNacコンジュゲートは、親油性または疎水性の部分、例えば、本明細書に記載されたものに共有結合で連結されていない、例えば、C8-C36脂肪酸またはステロールを含まない。従って、本発明は、親油性または疎水性の薬物動態モジュレーターまたはコンジュゲート部分／基を含まないLNAオリゴマーGalNacコンジュゲートも提供する。いくつかの態様において、コンジュゲート部分は親水性である。いくつかの態様において、コンジュゲート基は、親油性置換基、例えば脂肪酸置換基、例えばC8〜C26、例えばパルミトイル置換基を含まず、ステロール、例えばコレステロール置換基も含まない。これに関して、本発明の一部は、薬物動態モジュレーター、例えば脂肪酸置換基（例えば、＞C8または＞C16脂肪酸基）を使用しなくても、LNAオリゴマーGalNACコンジュゲートが顕著な薬物動態学的特性を有するという驚くべき発見に基づく。
【０３９３】
親油性コンジュゲート
本発明の化合物は、オリゴマー（A）および親油性コンジュゲート（C）を含むコンジュゲートであってもよい。生物切断性リンカー（B）は、そのようなオリゴマーコンジュゲートの活性の維持または増強において特に有効であることが見出された。いくつかの態様において、コンジュゲート基（C）およびまたはリンカー基（Y）は、親油基を含む。
【０３９４】
代表的なコンジュゲート部分には、ステロール分子およびステロイド分子を含む親油性分子（芳香族および非芳香族）が含まれ得る。親油性コンジュゲート部分は、例えば、オリゴマー化合物の親水性に対抗し、細胞侵入を増強するため、使用され得る。親油性部分には、例えば、ステロイドおよび関連化合物、例えば、コレステロール（米国特許第4,958,013号およびLetsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553）、チオコレステロール（Oberhauser et al,Nucl Acids Res.,1992,20,533）、ラノステロール、コプロスタノール、スチグマステロール、エルゴステロール、カルシフェロール、コール酸、デオキシコール酸、エストロン、エストラジオール、エストラトリオール、プロゲステロン、スチルベストロール、テストステロン、アンドロステロン、デオキシコルチコステロン、コルチゾン、17-ヒドロキシコルチコステロン、それらの誘導体等が含まれる。
【０３９５】
その他の親油性コンジュゲート部分には、脂肪族基、例えば、直鎖状、分岐状、および環状のアルキル、アルケニル、およびアルキニルが含まれる。脂肪族基は、例えば、5〜約50個、6〜約50個、8〜約50個、または10〜約50個の炭素原子を有し得る。脂肪族基の例には、ウンデシル、ドデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル、オクタデシル、ノナデシル、テルペン、ボルニル、アダマンチル、それらの誘導体等が含まれる。いくつかの態様において、脂肪族基内の1個以上の炭素原子が、ヘテロ原子、例えば、O、S、またはNに置換されていてもよい（例えば、ゲラニルオキシヘキシル）。さらなる適当な親油性コンジュゲート部分には、グリセロールの脂肪族誘導体、例えば、アルキルグリセロール、ビス(アルキル)グリセロール、トリス(アルキル)グリセロール、モノグリセリド、ジグリセリド、およびトリグリセリドが含まれる。いくつかの態様において、親油性コンジュゲートは、ジ-ヘキシルデシル-rac-グリセロールもしくは1,2-ジ-O-ヘキシルデシル-rac-グリセロール（Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651；Shea,et al.,Nuc.Acids Res.,1990,18,3777）、またはそれらのホスホネートである。飽和および不飽和の脂肪族官能性、例えば、脂肪酸、脂肪族アルコール、脂肪酸エステル、および脂肪族アミンも、親油性コンジュゲート部分として役立ち得る。いくつかの態様において、脂肪族官能性は、約6〜約30個または約8〜約22個の炭素を含有し得る。脂肪酸の例には、カプリン酸、カプリル酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ミリスチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、リノレン酸、アラキドン酸、エイコサン酸等が含まれる。
【０３９６】
さらなる態様において、親油性コンジュゲート基は、6〜約50個、10〜約50個、または14〜約40個の炭素原子を有する多環芳香族基であり得る。多環芳香族基の例には、ピレン、プリン、アクリジン、キサンテン、フルオレン、フェナントレン、アントラセン、キノリン、イソキノリン、ナフタレン、それらの誘導体等が含まれる。その他の適当な親油性コンジュゲート部分には、メントール、トリチル（例えば、ジメトキシトリチル（DMT））、フェノキサジン、リポ酸、リン脂質、エーテル、チオエーテル（例えば、ヘキシル-S-トリチルチオール）、それらの誘導体等が含まれる。オリゴマー化合物の親油性コンジュゲートの調製は、当技術分野において、例えば、Saison-Behmoaras et al,EMBO J.,1991,10,1111；Kabanov et al.,FEBSLett.,1990,259,327；Svinarchuk et al,Biochimie,1993,75,49；Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229、およびManoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651に十分に記載されている。
【０３９７】
低密度リポタンパク質（LDL）に対する親和性を有するコンジュゲート部分を含有しているオリゴマー化合物は、効果的な標的特異的送達系の提供を支援することができる。腫瘍細胞上における、LDLの受容体の高い発現レベルから、LDLは、これらの細胞に対する薬物の選択的送達のための、魅力的な担体である（Rump,et al.,Bioconjugate Chem.,1998,9,341；Firestone,Bioconjugate Chem.,1994,5,105；Mishra,et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229）。LDLに対する親和性を有する部分には、多くの親油基、例えば、ステロイド（例えば、コレステロール）、脂肪酸、それらの誘導体、およびそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの態様において、LDL親和性を有するコンジュゲート部分は、コール酸、例えば、ケノデオキシコール酸およびリトコール酸のジオレイルエステルであり得る。
【０３９８】
いくつかの態様において、コンジュゲート基は、親油性部分、例えば、ステロール（例えば、コレステロール、コレステリル、コレスタノール、スチグマステロール、コラン酸、およびエルゴステロール）であるかまたはそれを含み得る。いくつかの態様において、コンジュゲートは、コレステロールであるかまたはそれを含み得る。例えば、Soutschek et al.,Nature(2004)432,173；Krutzfeldt Nature 2005,NAR 2007を参照されたい。
【０３９９】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、脂質、リン脂質、または親油性アルコール、例えば、カチオン性脂質、中性脂質、スフィンゴ脂質、ならびに脂肪酸、例えば、ステアリン酸、オレイン酸、エライジン酸、リノール酸、リノールエライジン酸、リノレン酸、およびミリスチン酸であるかまたはそれを含み得る。いくつかの態様において、脂肪酸には、飽和または不飽和のC4〜C30アルキル鎖が含まれる。アルキル鎖は、直鎖状であってもよいしまたは分岐状であってもよい。
【０４００】
いくつかの態様において、親油性コンジュゲートは、ビオチンであってもよいしまたはビオチンを含んでいてもよい。いくつかの態様において、親油性コンジュゲートは、グリセリドもしくはグリセリドエステルであってもよいしまたはグリセリドもしくはグリセリドエステルを含んでいてもよい。
【０４０１】
親油性コンジュゲート、例えば、コレステロールまたは本明細書に開示されるものは、オリゴヌクレオチドの、例えば、肝臓（典型的には、ヘパトサイト）への送達を増強するために使用され得る。
【０４０２】
以下の参照が、親油性コンジュゲートの使用に言及している：Kobylanska et al.,Acta Biochim Pol.(1999);46(3):679-91；Felber et al,.Biomaterials(2012)33(25):599-65；Grijalvo et al.,J Org Chem(2010)75(20):6806-13；Koufaki et al.,Curr Med Chem(2009)16(35):4728-42；Godeau et al J.Med.Chem.(2008)51(15):4374-6。
【０４０３】
ポリマーコンジュゲート
コンジュゲート部分には、ポリマーも含まれ得る。ポリマーは、コンジュゲートされたオリゴマー化合物の透過、細胞輸送、および局在化に影響を与えるために、かさの増大および様々な官能基を提供することができる。例えば、オリゴマー化合物のポリマーとのコンジュゲーションによって引き起こされる水力学的半径の増加は、核への進入の防止に役立ち、細胞質への局在化を助長することができる。いくつかの態様において、ポリマーは、細胞取り込みを実質的に低下させず、相補鎖またはその他の標的へのハイブリダイゼーションにも干渉しない。さらなる態様において、コンジュゲートポリマー部分は、例えば、約40kDa未満、約30kDa未満、または約20kDa未満の分子量を有する。さらに、ポリマーコンジュゲート部分は、水溶性であり得、任意で、その他のコンジュゲート部分、例えば、ペプチド、炭水化物、薬物、レポーター基、またはさらなるコンジュゲート部分をさらに含み得る。
【０４０４】
いくつかの態様において、ポリマーコンジュゲートには、ポリエチレングリコール（PEG）ならびにそのコポリマーおよび誘導体が含まれる。PEGへのコンジュゲーションは、オリゴマー化合物のヌクレアーゼ安定性を増加させることが示されている。PEGコンジュゲート部分は、任意の分子量、例えば、約100、約500、約1000、約2000、約5000、約10,000、またはそれ以上のものであり得る。いくつかの態様において、PEGコンジュゲート部分は、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、または少なくとも25個のエチレングリコール残基を含有している。さらなる態様において、PEGコンジュゲート部分は、約4〜約10個、約4〜約8個、約5〜約7個、または約6個のエチレングリコール残基を含有している。PEGコンジュゲート部分は、修飾されていてもよく、例えば、末端ヒドロキシルが、アルコキシ、カルボキシ、アシル、アミド、またはその他の官能性に置換されていてもよい。その他のコンジュゲート部分、例えば、レポーター基、例えば、ビオチンまたはフルオレセインが、PEGコンジュゲート部分に結合していてもよい。PEGのコポリマーも、コンジュゲート部分として適当である。オリゴヌクレオチドのポリエチレングリコールコンジュゲートの調製および生物学的活性は、例えば、Bonora,et al.,Nucleosides Nucleotides,1999,18,1723；Bonora,et al.,Farmaco,1998,53,634；Efimov,Bioorg.Khim.1993,19,800；およびJaschke,et al,Nucleic Acids Res.,1994,22,4810に記載されている。PEGコンジュゲート部分のさらなる例および対応するコンジュゲートされたオリゴマー化合物の調製は、例えば、各々参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第4,904,582号および第5,672,662号に記載されている。1個以上のPEG部分にコンジュゲートされたオリゴマー化合物は、市販されている。
【０４０５】
コンジュゲート部分として適切なその他のポリマーには、ポリアミン、ポリペプチド、ポリメタクリレート（例えば、ヒドロキシルプロピルメタクリレート（HPMA））、ポリ(L-乳酸)、DL乳酸-グリコール酸コポリマー（PGLA）、ポリアクリル酸、ポリエチレンイミン（PEI）、ポリアルキルアクリル酸、ポリウレタン、ポリアクリルアミド、N-アルキルアクリルアミド、ポリスペルミン（PSP）、ポリエーテル、シクロデキストリン、それらの誘導体、およびそれらのコポリマーが含まれる。多くのポリマー、例えば、PEGおよびポリアミンは、ある特定の細胞に存在する受容体を有し、それにより、細胞取り込みを容易にする。ポリアミンおよびその他のアミン含有ポリマーは、生理学的pHにおいてプロトン化された形態で存在することができ、いくつかのオリゴマー化合物の陰イオン性骨格に効果的に対抗し、細胞透過を効果的に増強する。ポリアミンのいくつかの例には、ポリペプチド（例えば、ポリリジン、ポリオルニチン、ポリヒスチジン、ポリアルギニン、およびそれらのコポリマー）、トリエチレンテトラアミン、スペルミン、ポリスペルミン、スペルミジン、synノルスペルミジン、C分岐型スペルミジン、ならびにそれらの誘導体が含まれる。ポリアミンコンジュゲートの調製および生物学的活性は、例えば、Guzaev,et al,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,3671；Corey,et al,J Am.Chem.Soc,1995,117,9373；およびPrakash,et al,Bioorg.Med.Chem.Lett.1994,4,1733に記載されている。オリゴヌクレオチドのポリペプチドコンジュゲートの例は、例えば、Wei,et al.,Nucleic Acids Res.,1996,24,655およびZhu,et al.,Antisense Res.Dev.,1993,3,265に提供されている。デンドリマーポリマーも、コンジュゲート部分として使用され得、例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第5,714,166号に記載されている。ポリアミンおよび関連ポリマーについて上に記述されたように、その他のアミン含有部分も、例えば、生理学的条件におけるカチオン種の形成のため、適当なコンジュゲート部分として役立ち得る。アミン含有部分の例には、3-アミノプロピル、3-(N,N-ジメチルアミノ)プロピル、2-(2-(N,N-ジメチルアミノ)エトキシ)エチル、2-(N-(2-アミノエチル)-N-メチルアミノオキシ)エチル、2-(l-イミダゾリル)エチル等が含まれる。G-クランプ部分も、アミン含有コンジュゲート部分として役立ち得る（Lin,et al.,J.Am.Chem.Soc,1998,120,8531）。
【０４０６】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）、ポリアミドアミン（PAA）、ポリエチレンオキシド、およびポリエチレンイミン（PEI）からなる群より選択されるポリマーであってもよいしまたはそれを含んでいてもよい。ガラクトース、ラクトース、n-アセチルガラクトサミン、マンノース、マンノース-6-リン酸。いくつかの態様において、ポリマーは、ポリカチオン性ポリマーである。いくつかの態様において、コンジュゲート部分は、カチオン性ポリマーであってもよいし、またはカチオン性ポリマーに基づいていてもよい（含んでいてもよい）。カチオン性ポリマー、例えば、カチオン性アルブミンが、特定の細胞型および／または組織への送達を大いに増強し得ることを、多数の研究が証明している（例えば、脳送達。Lu,W.et.al.(2005)J of Control Release 107:428-448を参照）。これらの分子の利点から、コンジュゲート部分は、カチオン性ポリマー、例えば、ポリエチレンイミン、デンドリマー、ポリ(アルキルピリジニウム)塩、またはカチオン性アルブミンであり得る。いくつかの態様において、親水性ポリマーである。いくつかの態様において、ポリマーは、ポリ(ビニルピロリドン)（PVP）である。いくつかの態様において、ポリマーは、ポリアミンまたはポリアミド（例えば、US7,816,337＆US5525465）である。ポリマーコンジュゲートについては、例えば、Zhao et al.,Bioconjugate Chem 2005,16,758-766；Kim et al.,J.Control Release(2006)116；123；Pettit et al.,Ther.Deliv.(2011)2(7):907-17；Yang et al.,Bioconjug Chem(2009)20(2):213-21；Winkler et al(2009)Eur J Med Chem 44(2):670-7；Zelikin et al,Biomacromolecules(2007)8(9):2950-3を参照されたい。酵素によって切断可能なポリヌクレオチド送達コンジュゲートに言及しているWO12092373も参照されたい。
【０４０７】
タンパク質コンジュゲートおよびペプチドコンジュゲート
その他のコンジュゲート部分には、タンパク質、サブユニット、またはそれらの断片が含まれ得る。タンパク質には、例えば、酵素、レポーター酵素、抗体、受容体等が含まれる。いくつかの態様において、タンパク質コンジュゲート部分は、抗体またはその断片であり得る（Kuijpers,et al,Bioconjugate Chem.,1993,4,94）。抗体は、所望の標的、例えば、腫瘍およびその他の疾患に関連する抗原に結合するよう設計され得る。さらなる態様において、タンパク質コンジュゲート部分は、血清タンパク質、例えば、HAS、または糖タンパク質、例えば、アシアロ糖タンパク質であり得る（Rajur,et al.,Bioconjugate Chem.,1997,6,935）。さらなる態様において、オリゴマー化合物は、RNAiに関連するタンパク質、RNAiに関連するタンパク質複合体、サブユニット、およびそれらの断片にコンジュゲートされ得る。例えば、オリゴマー化合物は、ダイサーまたはRISCにコンジュゲートされ得る。インターカレーターおよび副溝結合剤（MGB）も、コンジュゲート部分として適当であり得る。いくつかの態様において、MGBは、DPI（l,2-ジヒドロ-3H-ピロロ(2,3-e)インドール-7-カルボキシレート）サブユニットまたはその誘導体の繰り返しを含有し得る（Lukhtanov,et al.,Bioconjugate Chem.,1996,7,564およびAfonina,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1996,93,3199）。適当なインターカレーターには、例えば、多環式芳香族化合物、例えば、ナフタリン、ペリレン、フェナントリジン、ベンゾフェナントリジン、フェナジン、アントラキノン、アクリジン、およびそれらの誘導体が含まれる。ハイブリッドインターカレーター／リガンドには、フォトヌクレアーゼ／インターカレーターリガンド6-[[[9-[[6-(4-ニトロベンズアミド)ヘキシル]アミノ]アクリジン-4-イル]カルボニル]アミノ]ヘキサノイル-ペンタフルオロフェニルエステルが含まれる。この化合物は、インターカレーターであるアクリジン部分であり、かつフォトヌクレアーゼであるp-ニトロベンズアミド基でもある。さらなる態様において、切断剤がコンジュゲート部分として役立ち得る。切断剤は、加水分解または酸化還元の切断機序によって、標的、例えば、標的核酸の分解を容易にし得る。コンジュゲート部分として適当であり得る切断基には、例えば、金属錯体、ペプチド、アミン、酵素、およびヌクレアーゼの活性部位の構成要素を含有している構築物、例えば、イミダゾール、グアニジウム、カルボキシル、アミノ基等が含まれる。金属錯体の例には、例えば、Cu-テルピリジル錯体、Fe-ポルフィリン錯体、Ru錯体、およびランタニド錯体、例えば、様々なEu(III)錯体が含まれる（Hall,et al.,Chem.Biol,1994,1,185；Huang,et al.,J.Biol.Inorg.Chem.,2000,5,85；およびBaker,et al,Nucleic Acids Res.,1999,27,1547）。切断特性を有するその他の金属錯体には、メタロポルフィリンおよびその誘導体が含まれる。標的切断特性を有するペプチドの例には、ジンクフィンガーが含まれる（米国特許第6,365,379号；Lima,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1999,96,10010）。ヌクレアーゼ活性部位構成要素を含有している構築物の例には、ビスイミダゾールおよびヒスタミンが含まれる。
【０４０８】
コンジュゲート部分には、ペプチドも含まれ得る。適当なペプチドは、2〜約30個、2〜約20個、2〜約15個、または2〜約10個のアミノ酸残基を有し得る。アミノ酸残基は、D異性体およびL異性体の両方を含む、天然に存在するものまたは天然には存在しないものであり得る。いくつかの態様において、ペプチドコンジュゲート部分は、pH感受性ペプチド、例えば、融合性ペプチドである。融合性ペプチドは、薬剤、例えば、オリゴマー化合物の細胞質へのエンドソーム放出を容易にすることができる。融合性ペプチドは、酸性pHにおいて立体構造を変化させ、効果的にエンドソーム膜を不安定にし、それによって、エンドソーム内容物の細胞質送達を増強すると考えられている。融合性ペプチドの例には、ポリミクシンB、インフルエンザHA2、GALA、KALA、EALAに由来するペプチド、メリチン由来ペプチド、a-ヘリカルペプチド、またはアルツハイマーβ-アミロイドペプチド等が含まれる。融合性ペプチドにコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドの調製および生物学的活性は、例えば、Bongartz,et al.,Nucleic Acids Res.,1994,22,4681ならびに米国特許第6,559,279号および第6,344,436号に記載されている。コンジュゲート部分として役立ち得るその他のペプチドには、細胞膜を越えて比較的大きい極性分子（例えば、ペプチド、オリゴヌクレオチド、およびタンパク質）を輸送する能力を有する送達ペプチドが含まれる。送達ペプチドの例には、HIV Tatタンパク質由来のTatペプチドおよびショウジョウバエ触角（Drosophila antenna）タンパク質由来のAntペプチドが含まれる。TatおよびAntのオリゴヌクレオチドとのコンジュゲーションは、例えば、Astriab-Fisher,et al.,Biochem.Pharmacol,2000,60,83に記載されている。コンジュゲート部分として使用され得るこれらおよびその他の送達ペプチドは、下記表Iに提供される。
【０４０９】
コンジュゲートされた送達ペプチドは、細胞の特定の領域、例えば、細胞質、核、核小体、および小胞体（ER）へのオリゴマー化合物の局在化の調節に役立ち得る。核局在化は、核局在化シグナル（NLS）のコンジュゲーションによって達成され得る。対照的に、細胞質局在化は、核輸出シグナル（NES）のコンジュゲーションによって容易になり得る。コンジュゲートされたオリゴマー化合物の核への局在化のために適当なペプチドには、例えば、N,N-ジパルミチルグリシル-アポEペプチドまたはN,N-ジパルミチルグリシル-アポリポタンパク質Eペプチド（dpGアポE）が含まれる（Liu,et al,Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol,1999,19,2207；Chaloin,et al.,Biochem.Biophys.Res.Commun.,1998,243,601）。核または核小体への局在化は、アルギニンリッチモチーフおよび／またはリジンリッチモチーフを有するペプチド、例えば、HIV-1 Tat、FXR2P、およびアンジオゲニン由来ペプチド（Lixin,et al,Biochem.Biophys.Res.Commun.,2001,284,185）によっても容易になり得る。さらに、SV40抗原T由来の核局在化シグナル（NLS）ペプチド（Branden,et al.,Nature Biotech,1999,17,784）が、コンジュゲートされたオリゴマー化合物を細胞の核へ送達するために使用され得る。核または核小体への局在化特性を有するその他の適当なペプチドは、例えば、Antopolsky,et al.,Bioconjugate Chem.,1999,10,598；Zanta,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1999（サルウイルス40ラージ腫瘍抗原）；Hum.Mol.Genetics,2000,9,1487；およびFEBSLett.,2002,532,36に記載されている。
【０４１０】
いくつかの態様において、核または核小体への局在化のための送達ペプチドは、少なくとも3個の連続アルギニン残基または少なくとも4個の連続アルギニン残基を含む。核局在化は、RSリピートモチーフ、REリピートモチーフ、またはRDリピートモチーフを含有しているペプチドコンジュゲートによっても容易になり得る（Cazalla,et al.,Mol Cell.Biol,2002,22,6871）。いくつかの態様において、ペプチドコンジュゲートは、少なくとも2個のRSモチーフ、REモチーフ、またはRDモチーフを含有している。
【０４１１】
例えば、オリゴマー化合物のERへの局在化は、シグナルペプチドKDEL（Arar,et al.,Bioconjugate Chem.,1995,6,573；Pichon,et al.,Mol.Pharmacol.1997,57,431）へのコンジュゲーションによって達成され得る。オリゴマー化合物の細胞質局在化は、例えば、核輸出シグナル（NES）（Meunier,et al.,Nucleic Acids Res.,1999,27,2730）を有するペプチドへのコンジュゲーションによって容易になり得る。NESペプチドには、HIV-1 Rev由来のロイシンリッチNESペプチド（Henderson,et al.,Exp.Cell Res.,2000,256,213）、転写因子III A、MAPKK、PKI-α、サイクリンBl、およびアクチン（Wada,et al.,EMBO J.,1998,17,1635）、ならびに関連タンパク質が含まれる。抗菌ペプチド、例えば、デルマセプチン（dermaseptin）誘導体も、細胞質局在化を容易にすることができる（Hariton-Gazal,et al.,Biochemistry,2002,41,9208）。RGリピートモチーフおよび／またはKSリピートモチーフを含有しているペプチドも、オリゴマー化合物を細胞質へ指し向けるために適当であり得る。いくつかの態様において、ペプチドコンジュゲート部分は、少なくとも2個のRGモチーフ、少なくとも2個のKSモチーフ、または少なくとも1個のRGモチーフおよび1個のKSモチーフを含有している。本明細書において使用される、「ペプチド」には、本明細書に記述された具体的な分子または配列（存在する場合）のみならず、所望の機能性が保持されている、それらの断片、および記述された配列の全部または一部を含む分子も含まれる。いくつかの態様において、ペプチド断片は、6個以上のアミノ酸を含有している。ペプチドは、その機能的特徴を実質的に変化させない保存的なアミノ酸置換を含有していてもよい。保存的置換は、機能的に類似したアミノ酸の以下のセットの中でなされ得る：中性-弱疎水性（A、G、P、S、T）、親水性-酸性アミン（N、D、Q、E）、親水性-塩基性（I、M、L、V）、および疎水性-芳香族（F、W、Y）。ペプチドには、相同ペプチドも含まれる。相同性は、例えば、BLASTアルゴリズム（短い配列のためのデフォルトパラメーター）を使用して同一性パーセントによって測定され得る。例えば、相同ペプチドは、50パーセント、60パーセント、70パーセント、80パーセント、90パーセント、95パーセント、または99パーセントを越える同一性を有し得る。ペプチドを、オリゴマー化合物、例えば、オリゴヌクレオチドへコンジュゲートする方法は、例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第6,559,279号に記載されている。
【０４１２】
いくつかの態様において、コンジュゲート部分は、タンパク質もしくはペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、ペプチドは、細胞侵入ペプチド、例えば、ペネトラチン、トランスポータン、ペプタイボール（例えば、トリコロビン（trichorovin）-XIIa(TV-XIIa)）、TATペプチド（HIV）である。いくつかの態様において、ペプチドは、ポリアルギニン（例えば、ステアリル-(RxR)(4)）である。いくつかの態様において、ペプチドは、テトラペプチドGly-Phe-Leu-Gly（GFLG）を含有しているN-(2-ヒドロキシプロピル)メタクリルアミド（HPMA）である。いくつかの態様において、ペプチドは、β-アミロイドペプチドである。いくつかの態様において、タンパク質またはペプチドは、抗体またはその抗原結合部位含有断片（エピトープ結合部位）である。いくつかの態様において、コンジュゲートは、M6P-HPMA-GFLG（Yang et al 2009を参照）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、アルギニンリッチペプチド（WO2005/115479）であるかまたはそれを含む。WO09005793 （RGDペプチド）も参照されたい。いくつかの態様において、コンジュゲートは、タンパク質担体（例えば、アルブミン、アルブミン-PEGコンジュゲート、RGD-PEG-アルブミン）（Kang et al）であるかまたはそれを含む。WO09045536も参照されたい。いくつかの態様において、コンジュゲートは、ヒスチジル化オリゴリジン（例えば、WO0032764）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、糖タンパク質：トランスフェリン-ポリカチオン（例えば、US5354844、WO9217210、WO9213570）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、アシアロ糖タンパク質（US5346696）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、ポリカチオン性タンパク質（例えば、US603095）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、ポリ-プソイド-リジンコンジュゲート（例えば、WO07113531）であるかまたはそれを含む。
【０４１３】
レポーター基および色素コンジュゲート基
コンジュゲート部分として適当であるレポーター基には、例えば、分光学的手段によって検出され得る任意の部分が含まれる。レポーター基の例には、色素、フルオロフォア、リン光体、放射標識等が含まれる。いくつかの態様において、レポーター基は、ビオチン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、または関連化合物である。レポーター基は、他のコンジュゲート部分に結合していてもよい。いくつかの態様において、コンジュゲートは、標識または色素、例えば、フルオロフォア、例えば、FAM（カルボキシフルオレセイン）であるかまたはそれを含む。
【０４１４】
架橋剤も、コンジュゲート部分として役立ち得る。架橋剤は、コンジュゲートされたオリゴマー化合物の、他の化合物との共有結合性の連結を容易にする。いくつかの態様において、架橋剤は、二本鎖核酸を共有結合で連結し、効果的に、二重鎖安定性を増加させ、薬物動態学的特性を調節することができる。いくつかの態様において、架橋剤は、光活性または酸化還元活性を有し得る。架橋剤の例には、光活性化によって核酸の鎖間架橋を容易にすることができるソラレン（Lin,et al,Faseb J,1995,9,1371）が含まれる。他の架橋剤には、例えば、マイトマイシンCおよびそれらの類似体（Maruenda,et al.,Bioconjugate Chem.,1996,7,541；Maruenda,et al.,Anti-Cancer Drug Des.,1997,12,473；およびHuh,et al,Bioconjugate Chem.,1996,7,659）が含まれる。マイトマイシンCによって媒介される架橋は、還元的活性化、例えば、生物学的還元剤（例えば、NADPH-シトクロムc還元酵素／NADPH系）によって達成され得る。さらなる光架橋剤には、例えば、N-ヒドロキシサクシニミジル-4-アジドベンゾエート（HSAB）およびN-サクシニミジル-6(-4'-アジド-2'-ニトロフェニル-アミノ)ヘキサノエート（SANPAH）などのアリールアジドが含まれる。オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされたアリールアジドは、照射によって核酸およびタンパク質との架橋を達成する。それらは、アーナー（earner）タンパク質（例えば、KLHまたはBSA）とも架橋する。
【０４１５】
様々な機能性コンジュゲート基
その他の適当なコンジュゲート部分には、例えば、ポリボラン、カルボラン、メタロポリボラン、メタロカルボラン、それらの誘導体等が含まれる（例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第5,272,250号を参照）。
【０４１６】
多くの薬物、受容体リガンド、毒素、レポーター分子、およびその他の小分子が、コンジュゲート部分として役立ち得る。小分子コンジュゲート部分は、しばしば、ある特定のの受容体またはその他の生体分子と特異的に相互作用し、それによって、コンジュゲートされたオリゴマー化合物の特定の細胞または組織へのターゲティングを可能にする。小分子コンジュゲート部分の例には、ミコフェノール酸（イノシン-5'-一リン酸ジヒドロゲナーゼの阻害剤；乾癬およびその他の皮膚障害を処置するために有用）、クルクミン（乾癬、癌、細菌性疾患、およびウイルス性疾患への治療的適用を有する）が含まれる。さらなる態様において、小分子コンジュゲート部分は、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン（HSA）のリガンドであり得る。HSAの多数のリガンドが、公知であり、例えば、アリールプロピオン酸、イブプロフェン、ワルファリン、フェニルブタゾン、スプロフェン、カプロフェン、フェンフフェン（fenfufen）、ケトプロフェン、アスピリン、インドメタシン、(S)-(+)-プラノプロフェン、ダンシルサルコシン、2,3,5-トリヨード安息香酸、フルフェナム酸、フォリニン酸、ベンゾチアジアジド（benzothiadiazide）、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン（indomethicin）、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ薬、抗菌薬、抗生物質（例えば、ピューロマイシンおよびパラマイシン）等を含む。オリゴヌクレオチド-薬物コンジュゲートおよびそれらの調製は、例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられるWO00/76554に記載されている。
【０４１７】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、小分子、例えば、小分子薬物または小分子プロドラッグであるかまたはそれを含み得る。ある特定の薬物は、特定の標的組織または標的細胞を標的とするために高度に効果的であり、従って、それらは、オリゴヌクレオチドをその意図された作用部位へターゲティングするために使用され得る。さらに、小分子は、典型的には、コンジュゲートのオリゴヌクレオチド成分から切断された後、それ自体、治療活性を有し得る。例には、ビスホスホネート（骨粗鬆症の処置のために広く使用されており、骨組織を標的とするために有効である）、抗癌薬、および化学療法剤（例えば、ドキソルビシンまたはマイトマイシンC - US5776907を参照）が含まれる。いくつかの態様において、薬物は、ヌクレオシド類似体、例えば、ヌクレオシドポリメラーゼ阻害剤であり得る。
【０４１８】
さらなる態様において、小分子コンジュゲートは、ある特定の受容体または細胞を標的とするかまたはそれに結合することができる。T細胞は適切な分子とのシッフ塩基複合体を形成することができる露出アミノ基を有することが公知である。従って、露出アミノ基と相互作用するかまたは反応することができる官能基、例えば、アルデヒドを含有している小分子も、適当なコンジュゲート部分であり得る。ツカレソール（Tucaresol）および関連化合物は、アルデヒドがT細胞標的と自由に相互作用することができるような方式で、オリゴマー化合物にコンジュゲートされ得る。ツカレソールのT細胞との相互作用は、シッフ塩基形成によって、免疫系の治療的な強化をもたらすと考えられている（Rhodes,et al.,Nature,1995,377,6544）。
【０４１９】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、（例えば、細胞表面）受容体リガンドであるかまたはそれを含む。いくつかの態様において、コンジュゲートは、葉酸受容体リガンド、例えば、葉酸基であるかまたはそれを含む（例えば、EP1572067またはWO2005/069994、WO2010/045584を参照）。その他の細胞表面受容体リガンドには、抗体およびその断片、前立腺特異膜抗原、ニューロン表面抗原（WO2011/131693を参照）が含まれる。
【０４２０】
いくつかの態様において、コンジュゲート部分は、受容体のリガンドであるか、または（次に）受容体と結合する分子と結合することができる。このクラスには、胆汁酸、小分子薬物リガンド、ビタミン、アプタマー、炭水化物、ペプチド（ホルモン、タンパク質、タンパク質断片、抗体、または抗体断片を含むが、これらに限定されない）、ウイルスタンパク質（例えば、カプシド）、毒素（例えば、細菌毒素）等が含まれる。このクラスには、ステロイド性のコンジュゲート、例えば、コレステロール、コレスタノール、コラン酸、スチグマステロール、プレグノロン（pregnolones）、プロゲステロン、コルチコステロン、アルドステロン、テストステロン、エストラジオール、エルゴステロール等も含まれる。本開示の好ましいコンジュゲート部分は、コレステロール（CHOL）、コレスタノール（CHLN）、コラン酸（CHLA）、スチグマステロール（STIG）、およびエルゴステロール（ERGO）である。ある特定の好ましい態様において、コンジュゲート部分はコレステロールである。
【０４２１】
いくつかの態様において、コンジュゲートは、ステロール、例えばコレステロールまたはトコフェロールを含み、リンカー、例えば脂肪酸リンカー、例えばC6リンカーを任意で含む。いくつかの態様において、コンジュゲートには、コンジュゲート5aまたはコンジュゲート6aが含まれる。
2017505623.tif 000049
【０４２２】
コンジュゲート部分には、ビタミンも含まれ得る。ビタミンは、多数の細胞輸送系によって細胞へ輸送されることが公知である。典型的には、ビタミンは、水溶性または脂溶性として分類され得る。水溶性ビタミンには、チアミン、リボフラビン、ニコチン酸またはナイアシン、ビタミンB6ピリドキサール基、パントテン酸、ビオチン、葉酸、B]2コバミド補酵素、イノシトール、コリン、およびアスコルビン酸が含まれる。脂溶性ビタミンには、ビタミンAファミリー、ビタミンD、ビタミンEトコフェロールファミリー、およびビタミンK（およびフィトール）が含まれる。関連化合物には、レチノイド誘導体、例えば、タザロテンおよびエトレチナートが含まれる。いくつかの態様において、コンジュゲート部分には、葉酸（葉酸塩）および／またはその様々な形態のうちの1種以上、例えば、ジヒドロ葉酸、テトラヒドロ葉酸、フォリン酸、プテロ（ptero）ポリグルタミン酸、ジヒドロ葉酸塩、テトラヒドロ葉酸塩、テトラヒドロプテリン、葉酸塩の1-デアザ類似体、3-デアザ類似体、5-デアザ類似体、8-デアザ類似体、10-デアザ類似体、1,5-ジデアザ類似体、5,10-ジデアザ類似体、8,10-ジデアザ類似体、および5,8-ジデアザ類似体、ならびに葉酸代謝拮抗薬が含まれる。葉酸塩は、核酸の生合成に関与し、従って、細胞の生存および増殖に影響を与える。葉酸塩補助因子は、ピリミジンヌクレオシドの生合成のために必要とされる1炭素移動において役割を果たす。従って、細胞は、葉酸塩を細胞質へ輸送する系を有している。葉酸受容体は、多くのヒト癌細胞において過剰発現される傾向もあり、オリゴヌクレオチドの卵巣癌細胞への葉酸塩によって媒介されるターゲティングが報告されている（参照によってその全体が本明細書に組み入れられるLi,et al,Pharm.Res.1998,15,1540）。核酸の葉酸コンジュゲートの調製は、例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第6,528,631号に記載されている。
【０４２３】
ビタミンコンジュゲート部分には、例えば、ビタミンA（レチノール）および／または関連化合物が含まれる。レチノイン酸およびレチノールを含むビタミンAファミリー（レチノイド）は、典型的には、特異的なタンパク質、例えば、サイトゾルレチノール結合タンパク質II型（CRBP-II）、レチノール結合タンパク質（RBP）、および細胞レチノール結合タンパク質（CRBP）との相互作用を通して、吸収され、標的組織へ輸送される。化合物のビタミンAファミリーは、様々なファミリーメンバーに見出される酸官能性またはアルコール官能性を介してオリゴマー化合物に結合させられ得る。例えば、レチノイン酸の酸部分のN-ヒドロキシサクシニミドエステルの、オリゴヌクレオチドに付属しているリンカー上のアミン官能へのコンジュゲーションは、アミド結合を介したビタミンA化合物のオリゴマー化合物への連結をもたらすことができる。レチノールは、5'コンジュゲーションのために有用であるそのホスホラミダイトに変換されてもよい。α-トコフェロール（ビタミンE）およびその他のトコフェロール（β〜ζ）は、親油特徴によって取り込みを増強するため、オリゴマー化合物にコンジュゲートされ得る。ビタミンDおよびそのエルゴステロール前駆体も、まずヒドロキシル基を、例えば、ヘミコハク酸エステルへ活性化することによって、ヒドロキシル基を通してオリゴマー化合物にコンジュゲートされ得る。次いで、オリゴマー化合物、またはオリゴマー化合物に付属しているアミノリンカーと、直接、コンジュゲーションが達成され得る。オリゴマー化合物に同様にコンジュゲートされ得る他のビタミンには、チアミン、リボフラビン、ピリドキシン、ピリドキサミン、ピリドキサール、デオキシピリドキシンが含まれる。脂溶性ビタミンKおよび関連キノン含有化合物は、キノン環上のカルボニル基を介してコンジュゲートされ得る。ビタミンKのフィトール部分も、オリゴマー化合物の細胞との結合を増強するために役立ち得る。
【０４２４】
本発明の化合物においてコンジュゲートとして使用され得るその他の官能基には、イミダゾールコンジュゲート - RNase A触媒中心模倣物（ポリアミン-イミダゾールコンジュゲート）が含まれる（Guerniou et al Nucleic Acids Res(2007);35(20):6778-87を参照）。
【０４２５】
コンジュゲートは、典型的には、非ヌクレオチド部分である。しかしながら、ブロッキング基もしくはターゲティング基、またはヌクレオチド類似体小分子治療薬に関して、オリゴヌクレオチドは、本発明のDNA/RNAホスホジエステル領域を介して、ヌクレオチド部分に共有結合で連結され得ることが認識される。適宜、本発明に関して使用される核酸基は、いくつかの態様において、オリゴヌクレオチド（領域A）の標的に対する相補性を欠いていてもよい。
【０４２６】
いくつかの態様において、ブロッキング部分またはターゲティング部分は、アプタマーである（例えば、Meng et al.,PloS(2012)7(4):e33434、WO2005/111238＆WO12078637を参照）。
【０４２７】
ブロッキング基は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの一部に相補的であるオリゴヌクレオチド領域であってもよいしまたはそれを含んでいてもよい。この点に関して、ブロッキングオリゴヌクレオチドは、DNA/RNAホスホジエステル領域（領域b）を介して、任意でリンカーを介して、アンチセンスオリゴヌクレオチドに共有結合で結合している。従って、ブロッキングオリゴヌクレオチドは、いくつかの態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成することができる。適宜、（第3領域または領域Cとしての）ブロッキングヌクレオチド配列は、等しい長さの第1領域と二重鎖を形成する（即ち、それに相補的である）、例えば3〜10ヌクレオチド長の短いオリゴヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、リンカーは、第2領域とブロッキング領域との間に使用される。
【０４２８】
送達ペプチドと同様に、核酸も、細胞におけるコンジュゲートされたオリゴマー化合物の局在化に影響を与えることができるコンジュゲート様部分として役立ち得る。例えば、核酸コンジュゲート部分は、ポリA含有分子を細胞質へ局在化させるポリA結合タンパク質（PABP）によって認識されるモチーフであるポリAを含有することができる（Gorlach,et al.,Exp.Cell Res.,1994,211,400）。いくつかの態様において、核酸コンジュゲート部分は、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個の連続A塩基を含有している。核酸コンジュゲート部分は、1個以上のAUリッチ配列要素（ARE）を含有していてもよい。AREは、細胞質への局在化を容易にすることができるELAVファミリータンパク質によって認識される（Bollig,et al,Biochem.Bioophys.Res.Commun.,2003,301,665）。AREの例には、UUAUUUAUU、およびこのモチーフの複数の繰り返しを含有している配列が含まれる。他の態様において、核酸コンジュゲート部分は、2個以上のAUモチーフまたはAUUモチーフを含有している。同様に、核酸コンジュゲート部分は、タンパク質のELAVファミリーのタンパク質HuDおよび／またはHuRに結合することができるCUリッチ配列要素（CRE）（Wein,et al,Eur.J.Biochem.,2003,270,350）を1個以上含有していてもよい。AREと同様に、CREは、コンジュゲートされたオリゴマー化合物の細胞質への局在化に役立ち得る。いくつかの態様において、核酸コンジュゲート部分は、モチーフ(CUUU)n（例えば、nは1〜約20、1〜約15、または1〜約11であり得る）を含有している。任意で、(CUUU)nモチーフの前または後に1個以上のUが存在していてもよい。いくつかの態様において、nは、約9〜約12または約11である。核酸コンジュゲート部分には、hnRNPタンパク質（ヘテロ核リボヌクレオタンパク質）の基質も含まれ得、これらのいくつかは、核と細胞質との間の核酸の往復に関与している（例えば、nhRNP Al、nhRNP K；例えば、Mili,et al,Mol.Cell Biol,2001,21,7307を参照）。hnRNP基質のいくつかの例には、配列UAGGA/Uまたは(GG)ACUAGC(A)を含有している核酸が含まれる。その他の核酸コンジュゲート部分には、Yストリング、または、例えば、linRNP Iに結合することができるその他のトラクト（tract）が含まれ得る。いくつかの態様において、核酸コンジュゲートは、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、および少なくとも25個の連続ピリミジン塩基を含有していてもよい。他の態様において、核酸コンジュゲートは、50パーセントを越える、60パーセントを越える、70パーセントを越える、80パーセントを越える、90パーセントを越える、または95パーセントを越えるピリミジン塩基を含有していてもよい。
【０４２９】
その他の核酸コンジュゲート様部分には、例えば、Wang,et al.,Cell,2002,110,501に記載されたようなpumilio（pufタンパク質）認識配列が含まれ得る。pumilio認識配列の例には、UGUANAUR（Nは、任意の塩基であり得、Rは、プリン塩基であり得る）が含まれ得る。細胞質への局在化は、AREおよび／またはCREを含有している核酸コンジュゲート部分によって容易になり得る。hnRNPの基質として役立つ核酸コンジュゲート様部分は、コンジュゲートされたオリゴマー化合物の細胞質（例えば、hnRNP AlもしくはK）または核（例えば、hnRNP I）への局在化を容易にすることができる。さらに、核局在化は、ポリピリミジントラクトを含有している核酸コンジュゲート様部分によって容易になり得る。
【０４３０】
反応基
反応基は、本発明に関して、第3領域（X）、例えば、コンジュゲート基、ブロッキング基、もしくはターゲティング基、または任意でリンカー（Y）にオリゴヌクレオチドを「コンジュゲートする」ため、またはオリゴヌクレオチドを共有結合で連結するために使用され得る、化学合成において使用される基である。反応基の一例は、オリゴヌクレオチド合成において広く使用されているホスホラミダイトである。
【０４３１】
活性化基
活性化基は、反応基を形成するよう活性化され得る基である。この点で、活性化基は、例えば、本明細書に開示された合成／製造の方法において、反応基の使用を可能にするために事前に脱保護され得る、保護された反応基と見なされ得る。
【０４３２】
連結基
ヌクレオシド連結は、オリゴヌクレオチド内のヌクレオシド間の連結基であるか、または、存在する場合、第3領域（XもしくはC）またはリンカー（Y）を領域Bに結合させる基も意味し得る。例えば、このリンカーは、ホスフェート（含有）連結基またはトリアゾール基であり得る。
【０４３３】
ブロッカー基（ブロッキング／ブロッカー部分とも呼ばれる）
いくつかの局面において、第3領域はブロッキング領域である。ブロッカーは、典型的には、例えば、（非限定的に）立体障害を通して、または第1領域（もしくは第1領域および第2領域）とのハイブリダイゼーションを通して、オリゴマーの活性を防止するかまたは低下させるコンジュゲートまたはオリゴヌクレオチド（典型的には、標的領域に相補的でない）である。（阻止される）活性は、その意図された標的（ターゲット）に対するものであってもよいし、または、いくつかの態様において、意図されない標的（オフターゲット（off-target））に対するものであってもよい。
【０４３４】
従って、本発明のオリゴマー化合物は、第1領域、例えば、ギャップマーまたはLNAギャップマーオリゴヌクレオチド（例えば、式X'Y'Zのギャップマー）と、生物切断性リンカーである第2領域、例えば、本明細書に記載される領域Bと、第1領域の対応する成分に相補的である少なくとも2個の連続ヌクレオシド、例えば、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個のヌクレオチドの領域を含む第3領域である領域Cとを含み得る。いくつかの態様において、領域Cの少なくとも2個のヌクレオシド、例えば、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、または10個のヌクレオシドは、高親和性ヌクレオシド類似体、例えば、LNA（BNA）であり、いくつかの態様において、これらは、領域Cの遠位成分を形成し得る。領域Cの高親和性ヌクレオシド類似体は、高親和性ヌクレオシド類似体の連続配列を形成していてもよく、これに、他のヌクレオシド、例えば、DNAヌクレオシド（同じく領域Cの一部であり、領域Cの近位成分と呼ばれる）が隣接していてもよい。いくつかの態様において、領域Cは、2〜8個、例えば、3個、4個、5個、6個、7個のLNA（BNA）ヌクレオチドを含み、同一のまたは異なる態様において、2〜16個（例えば、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個）のDNAヌクレオチドの領域を含む。いくつかの態様において、領域Bの遠位成分は、高親和性ヌクレオチド類似体の連続領域、例えば、2個、3個、4個、5個、6個、7個、または8個のLNAヌクレオチドの連続領域を含む。近位領域は、非LNAヌクレオチド、例えば、本明細書において言及されたもの、例えば、DNAヌクレオチドの連続領域、例えば、2〜16個の非LNAヌクレオチドの領域を含み得る。しかしながら、近位領域は、LNAを含む高親和性ヌクレオチド類似体を含み得るが、LNAの連続領域は、近位領域（ループとして作用すると考えられる）の構造的柔軟性を制限し得ることも理解される。いくつかの態様において、近位（またはループ形成成分）内のLNAの長いストレッチの使用を限定することが有用であり得る（例えば、4個以下の連続LNA、例えば、3個以下の連続LNA、または2個以下の連続LNA）。
【０４３５】
いくつかの態様において、領域C内の他のヌクレオチド（例えば、DNAヌクレオチド）の領域は、領域Bとの連続配列を形成する、即ち、領域Bの末端ヌクレオチドに近位であるため、高親和性ヌクレオチドの領域は領域Bに対して遠位である。そのような態様において、領域B、および領域Cの近位成分（例えば、DNAヌクレオチドを含む領域）は、フレキシブルループを形成することができ、これは、領域Cの遠位成分が第1領域とハイブリダイズすることを可能にする。領域Cの近位成分は、領域Aの対応する成分に相補的であってもよいしまたは相補的でなくてもよい。いくつかの態様において、領域Cの遠位成分は、RNaseHをリクルートすることができる領域、例えば、ギャップマーのギャップ領域（本明細書において領域Y'と呼ばれる）を形成するヌクレオチドに相補的である。そのような態様において、ブロッキング領域（領域C）は、ギャップ領域またはその一部と二重鎖を形成し、それによって、他の分子またはターゲットまたはオフターゲットと相互作用するためのギャップマーの中央領域の利用可能性を阻止する。従って、本発明は、標的組織または標的細胞におけるギャップマーオリゴマー（領域A）の調節された活性化を可能にするため、DNAホスホロチオエートオリゴヌクレオチド（ギャップマーのギャップ領域のために典型的に使用される）の固有の毒性を解決する。この点で、ブロッキング領域の使用は、プロドラッグとして作用することができる。ブロッキング領域（領域Cまたはその遠位成分）は、ミックスマーまたはトータルマーオリゴマーを含むオリゴマーの他の領域、またはギャップマーの隣接領域、またはギャップマーのウィング領域およびギャップ領域にかかる領域に対するものであってもよいことが認識される。そのような態様において、領域C（またはその遠位成分）の、領域A（または領域Aの一部）に対するハイブリダイゼーションは、領域Aの対応する成分の、生体分子に対するハイブリダイゼーションを防止し、従って、他の生体分子との意図されない相互作用を防止し、特異性、組織特異的活性を増強し、毒性のリスクを減じるためにも使用され得る。領域Cのヌクレオチド間のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル以外のものであり得、例えば、ホスホロチオエートであり得る。
【０４３６】
ターゲティング基（ターゲティング部分とも呼ばれる）
ターゲティング部分は、オリゴマー化合物上に存在する場合に、オリゴマー化合物の、ディファレンシャルなパターンの体内分布および／または細胞取り込みを引き起こす基である。ターゲティング基は、例えば、受容体リガンド、抗体、ホルモン、またはホルモン類似体、アプタマー等であり得る。実施例は、ターゲティング基としてのコレステロールの使用を示す。コレステロールは、ヘパトサイトの表面にあるLDL受容体によって認識され、コレステロールがコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドの、肝臓への優先的な取り込みをもたらす。実施例は、GalNac、トコフェロール、および葉酸のターゲティング基としての使用も例証する。
【０４３７】
オリゴマーと連結された生物切断性コンジュゲート
オリゴマー化合物は、オリゴマー領域（領域AおよびA'および任意でA''と呼ばれる）のうちの少なくとも2つの間に位置する少なくとも1個の領域B（第2領域（領域B））を含む。
【０４３８】
さらに、領域Bは、例えば領域A'とA''との間、またはオリゴマー領域と官能基、例えばコンジュゲート（領域Cと呼ばれる）との間に位置し得る。1個の領域B（または複数の領域B）は、リンカー、例えば切断可能なリンカー（生理学的に不安定な連結とも呼ばれる）であり得る。
【０４３９】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、オリゴマー領域（または連続ヌクレオチド配列または領域A）および任意でコンジュゲート部分（または領域C）を、任意でさらなるリンカー（Y）を介してオリゴマーのうちの1つに接合する、生物切断性リンカー（生理学的に不安定なリンカー、ヌクレアーゼ感受性の生理学的に不安定な連結、またはヌクレアーゼ感受性リンカーとも呼ばれる）、例えばホスフェートヌクレオチドリンカー（例えば、領域B）またはペプチドリンカーを含む。
【０４４０】
本発明による生物切断性リンカーとは、標的組織、例えば、肝臓および／または腎臓において、切断に対して感受性（即ち、生理学的に不安定）であるリンカーをさす。標的組織において見られる切断速度は、血清において見られるものより大きいことが好ましい。組織（例えば、肝臓または腎臓）および血清における切断のレベル（％）を決定するための適当な方法は、実施例6に見出される。いくつかの態様において、本発明の化合物における生物切断性リンカー（生理学的に不安定なリンカーまたはヌクレアーゼ感受性リンカーとも呼ばれる）、例えば、領域Bは、実施例6の肝臓または腎臓のホモジネートアッセイにおいて、少なくとも約20％切断され、例えば、少なくとも約30％切断され、例えば、少なくとも約40％切断され、例えば、少なくとも約50％切断され、例えば、少なくとも約60％切断され、例えば、少なくとも約70％切断され、例えば、少なくとも約75％切断される。いくつかの態様において、実施例6におけるアッセイにおいて使用される血清における切断（％）は、約20％未満、例えば、約10％未満、例えば、5％未満、例えば、約1％未満である。
【０４４１】
本発明による生物切断性リンカーとは、標的組織、例えば、肝臓および／または腎臓において、切断に対して感受性（即ち、生理学的に不安定）であるリンカーをさす。標的組織において見られる切断速度は、血清において見られるものより大きいことが好ましい。組織（例えば、肝臓または腎臓）および血清における切断のレベル（％）を決定するための適当な方法は、実施例6に見出される。いくつかの態様において、本発明の化合物における生物切断性リンカー（生理学的に不安定なリンカーまたはヌクレアーゼ感受性リンカーとも呼ばれる）、例えば、領域Bは、実施例6の肝臓または腎臓のホモジネートアッセイにおいて、少なくとも約20％切断され、例えば、少なくとも約30％切断され、例えば、少なくとも約40％切断され、例えば、少なくとも約50％切断され、例えば、少なくとも約60％切断され、例えば、少なくとも約70％切断され、例えば、少なくとも約75％切断される。いくつかの態様において、実施例6におけるアッセイにおいて使用される血清における切断（％）は、約30％未満であり、約20％未満、例えば、約10％未満、例えば、5％未満、例えば、約1％未満である。
【０４４２】
同一であってもよいしまたは異なっていてもよいいくつかの態様において、本発明の化合物における生物切断性リンカー（生理学的に不安定なリンカーまたはヌクレアーゼ感受性リンカーとも呼ばれる）、例えば、領域Bは、S1ヌクレアーゼ切断に対して感受性である。S1切断に対する感受性は、実施例6において示されるS1ヌクレアーゼアッセイを使用して評価され得る。いくつかの態様において、本発明の化合物における生物切断性リンカー（生理学的に不安定なリンカーまたはヌクレアーゼ感受性リンカーとも呼ばれる）、例えば、領域Bは、実施例6において使用されるアッセイによるS1ヌクレアーゼとの120分のインキュベーションの後に、少なくとも約30％切断され、例えば、少なくとも約40％切断され、例えば、少なくとも約50％切断され、例えば、少なくとも約60％切断され、例えば、少なくとも約70％切断され、例えば、少なくとも約80％切断され、例えば、少なくとも約90％切断され、例えば、少なくとも95％切断される。
【０４４３】
ヌクレアーゼ感受性の生理学的に不安定な連結：いくつかの態様において、本発明のオリゴマー（オリゴマー化合物とも呼ばれる）、（またはコンジュゲート）は、以下の3種の領域を含む：
（i）7〜18個の連続ヌクレオチドを含む第1領域（領域A）；
（ii）生物切断性リンカーを含む第2領域（領域B）
（iii）7〜18個の連続ヌクレオチドを含むさらなる第1領域（領域A'）；
（iv）任意で、さらなる領域B；
（v）コンジュゲート部分、ターゲティング部分、活性化部分を含み、第2領域に共有結合で連結されている、第3領域（C）。
【０４４４】
適切には、第1領域はホスホロチオエート連結されたオリゴマー領域である。いくつかの態様において、領域Bは、ホスフェートヌクレオチドリンカーであり得る。第3領域は、コンジュゲート、例えば親油性コンジュゲート、例えば、脂質、脂肪酸、ステロール、例えばコレステロールまたはトコフェロールであり得る。ホスフェートヌクレオチドリンカーは、他のコンジュゲート、例えば、炭水化物コンジュゲート、例えば、GalNacのためにも使用され得る。
【０４４５】
ペプチドおよびその他のリンカー
いくつかの態様において、生物切断性リンカー（領域B）は、ポリGalNacコンジュゲート、例えば、トリGalNacコンジュゲートにおいて使用され得るペプチド、例えば、トリリジンペプチドリンカーである。ジスルフィドリンカー（本明細書においてジチオまたはジスルフィドとも呼ばれる）を含む、当技術分野において公知の他のリンカーも、使用され得る。他のペプチドリンカーには、例えば、Tyr-Asp(Asp)トリペプチドまたはAsp(Asp)ジペプチドが含まれる。
【０４４６】
領域Bとしての他のホスフェートヌクレオチドリンカー
いくつかの態様において、領域B（第2領域）は、例えば、ヌクレオシド間連結基、例えば、ホスホジエステル連結を介して、第1領域（オリゴマー領域）の5'ヌクレオチドまたは3'ヌクレオチドに共有結合で連結されている1〜6個のヌクレオチドを含む。
【０４４７】
いくつかの態様において、領域Bは、生理学的に不安定なヌクレオシド間連結であり得、例えば、第1オリゴマー領域（A）と第2オリゴマー領域（A'）との間、および、任意で、第2オリゴマー領域（A'）と第3オリゴマー領域（A''）との間のヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル連結であり得、任意で、第1領域に［例えば、直接］隣接している第2オリゴマー領域のヌクレオシドは、DNAまたはRNAのいずれかである（図1を参照すること）。いくつかの態様において、領域Bは、例えば、生理学的に不安定なヌクレオシド間連結であり得、1個以上の（または各）オリゴマー領域と連結基との間のヌクレオシド間連結（図2を参照すること）は、ホスホジエステル連結であり得、任意で、連結基に［例えば、直接］隣接しているオリゴマー領域のヌクレオシドは、DNAまたはRNAのいずれかである。
【０４４８】
いくつかの態様において、1個以上の（または各）領域Aおよび領域Bは、8〜22ヌクレオチド長、例えば、10〜20ヌクレオチド長の単一の連続ヌクレオチド配列を形成する。
【０４４９】
いくつかの局面において、領域Aと領域Bとの間のヌクレオシド間連結は、領域Bの一部と見なされ得る。
【０４５０】
リンカー
連結またはリンカーは、1個以上の共有結合を介して、ある関心対象の化学基またはセグメントを、もう一つの関心対象の化学基またはセグメントに連結する、2個の原子の間の接続である。コンジュゲート部分（またはターゲティング部分またはブロッキング部分）は、直接、または連結部分（リンカーもしくはテザー）を通して、オリゴマー化合物に結合し得る。リンカーは、第3領域、例えば、コンジュゲート部分を、オリゴマー化合物（例えば、領域B）に、共有結合で接続するために役立つ二官能性部分である。いくつかの態様において、リンカーは、反復単位、例えば、エチレングリコール単位またはアミノ酸単位の鎖構造またはオリゴマーを含む。リンカーは、少なくとも2種類の官能性を有することができ、一つは、オリゴマー化合物に対する結合のためのものであり、他方は、コンジュゲート部分に対する結合のためのものである。リンカーの官能性の例は、オリゴマー上もしくはコンジュゲート部分上の求核基と反応するため求電子性であるか、または求電子基と反応するため求核性であり得る。いくつかの態様において、リンカーの官能性には、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、ホスホルアミダート、ホスフェート、ホスファイト、不飽和（例えば、二重結合または三重結合）等が含まれる。リンカーのいくつかの例には、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸（ADO）、サクシニミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-l-カルボキシレート（SMCC）、6-アミノヘキサン酸（AHEXまたはAHA）、6-アミノヘキシルオキシ、4-アミノ酪酸、4-アミノシクロヘキシルカルボン酸、サクシニミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-l-カルボキシ-(6-アミド-カプロエート)（LCSMCC）、サクシニミジルm-マレイミド-ベンゾイレート（MBS）、サクシニミジルN-e-マレイミド-カプロイレート（EMCS）、サクシニミジル6-(β-マレイミド-プロピオンアミド)ヘキサノエート（SMPH）、サクシニミジルN-(a-マレイミドアセテート)（AMAS）、サクシニミジル4-(p-マレイミドフェニル)ブチレート（SMPB）、β-アラニン（β-ALA）、フェニルグリシン（PHG）、4-アミノシクロヘキサン酸（ACHC）、β-(シクロプロピル)アラニン（β-CYPR）、アミノドデカン酸（ADC）、アルキレンジオール、ポリエチレングリコール、アミノ酸等が含まれる。
【０４５１】
コンジュゲート部分のオリゴマー化合物への結合において有用であり得る多様なさらなるリンカー基が、当技術分野において公知である。有用なリンカー基の多くの概説が、例えば、Antisense Research and Applications,S.T.Crooke and B.Lebleu,Eds.,CRC Press,Boca Raton,Fla.,1993,p.303-350に見出され得る。ジスルフィド連結は、オリゴヌクレオチドの3'末端を、ペプチドに連結するために使用されている（Corey,et al.,Science 1987,238,1401；Zuckermann,et al,J Am.Chem.Soc.1988,110,1614；およびCorey,et al.,J Am.Chem.Soc.1989,111,8524）。Nelson,et al.,Nuc.Acids Res.1989,17,7187は、オリゴヌクレオチドの3'末端にビオチンを結合させるための連結試薬を記載している。この試薬、N-Fmoc-O-DMT-3-アミノ-1,2-プロパンジオールは、3'-Amineの名称でClontech Laboratories（Palo Alto,Calif.）から市販されている。それは、Glen Research Corporation（Sterling,Va.）からも3'-Amino-Modifier試薬の名称で市販されている。この試薬は、Judy,et al.,Tetrahedron Letters 1991,32,879によって報告されたように、ペプチドをオリゴヌクレオチドに連結するためにも利用された。オリゴヌクレオチドの5'末端に連結するための類似の市販の試薬は、5'-Amino-Modifier C6である。これらの試薬は、Glen Research Corporation（Sterling,Va.）から入手可能である。これらの化合物または類似のものは、フルオレセインをオリゴヌクレオチドの5'末端に連結するため、Krieg,et al,Antisense Research and Development 1991,1,161によって利用された。他の化合物、例えば、アクリジンは、ポリメチレン連結を介して、オリゴヌクレオチドの3'末端ホスフェート基に結合させられた（Asseline,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1984,81,3297）。上記の基のいずれかは、単一のリンカーとして、または1種以上のさらなるリンカーと組み合わせて使用され得る。
【０４５２】
リンカー、およびオリゴマー化合物のコンジュゲートの調製におけるそれらの使用は、当技術分野において、例えば、各々参照によってその全体が組み入れられる、WO96/11205およびWO98/52614ならびに米国特許第4,948,882号；第5,525,465号；第5,541,313号；第5,545,730号；第5,552,538号；第5,580,731号；第5,486,603号；第5,608,046号；第4,587,044号；第4,667,025号；第5,254,469号；第5,245,022号；第5,112,963号；第5,391,723号；第5,510475号；第5,512,667号；第5,574,142号；第5,684,142号；第5,770,716号；第6,096,875号；第6,335,432号；および第6,335,437号に提供されている。
【０４５３】
本明細書において使用される、生理学的に不安定な結合とは、哺乳動物体内に通常見られる条件またはそれに類似している条件の下で切断可能である不安定結合である（切断可能リンカーとも呼ばれる）。生理学的に不安定な連結基は、ある特定の生理学的条件に存在する時に化学的変換（例えば、切断）を受けるよう選択される。哺乳動物の細胞内の条件には、哺乳動物細胞内に見出される化学的条件、例えば、pH、温度、酸化条件もしくは還元条件、酸化剤もしくは還元剤、および塩濃度、またはそれらに類似している条件が含まれる。哺乳動物の細胞内の条件には、哺乳動物細胞に通常存在する、例えば、タンパク質分解酵素または加水分解酵素からの酵素活性の存在も含まれる。いくつかの態様において、切断可能リンカーは、例えば、標的細胞において発現され得るヌクレアーゼに対して感受性であり、従って、本明細書に詳述されるように、リンカーは、例えば、1〜10個のホスホジエステル連結したヌクレオシド、例えば、DNAヌクレオシドの短い領域であり得る。
【０４５４】
化学的変形（不安定結合の切断）は、薬学的に許容される薬剤の細胞への添加によって開始し得るか、または不安定結合を含有している分子が、適切な細胞内および／もしくは細胞外の環境に到達した時に自然に起こり得る。例えば、pH不安定結合は、分子が酸性化されたエンドソームに進入する時に切断され得る。従って、pH不安定結合は、エンドソーム切断可能結合であると見なされ得る。酵素切断可能結合は、酵素、例えば、エンドソームもしくはリソソームまたは細胞質に存在するものに曝された時に切断され得る。ジスルフィド結合は、細胞質のより還元性の環境に分子が進入する時に切断され得る。従って、ジスルフィドは、細胞質切断可能結合であると見なされ得る。本明細書において使用される、pH不安定結合とは、酸性条件（pH＜7）下で選択的に分解される不安定結合である。細胞エンドソームおよびリソソームは7未満のpHを有するため、そのような結合は、エンドソーム不安定結合とも名付けられ得る。
【０４５５】
活性化されたオリゴマー
いくつかの態様において、本発明は、活性化されたオリゴマー、即ち、本発明のオリゴマー、例えば、コンジュゲートされたオリゴマーの合成において使用される中間体を提供する。この点で、本発明のオリゴマーは、いくつかの態様において、本明細書に記載される領域Aおよび領域Bを含んでいてよく、領域Bは、オリゴマーのコンジュゲーションにおいて使用するために適当な活性化（または反応）基に共有結合で連結されている。
【０４５６】
本明細書において使用される、「活性化されたオリゴマー」という用語は、本明細書に記載されたコンジュゲートを形成するため、1種以上のコンジュゲートされる部分、即ち、それ自体核酸またはモノマーでない部分へのオリゴマーの共有結合性の連結を許容する少なくとも1個の官能基部分に共有結合で連結されている（即ち、官能化されている）本発明のオリゴマーをさす。典型的には、官能基部分は、例えば、アデニン塩基の3'ヒドロキシル基または環外NH2基、好ましくは親水性であるスペーサー、およびコンジュゲートされる部分に結合することができる末端基（例えば、アミノ基、スルフヒドリル基、またはヒドロキシル基）を介して、オリゴマーに共有結合で結合することができる化学基を含むであろう。いくつかの態様において、この末端基は、保護されておらず、例えば、NH2基である。他の態様において、末端基は、例えば、適当な保護基、例えば、"Protective Groups in Organic Synthesis" by Theodora W Greene and Peter G M Wuts,3rd edition(John Wiley & Sons,1999）に記載されたものによって保護されている。適当なヒドロキシル保護基の例には、エステル、例えば、酢酸エステル、アラルキル基、例えば、ベンジル、ジフェニルメチル、またはトリフェニルメチル、およびテトラヒドロピラニルが含まれる。適当なアミノ保護基の例には、ベンジル基、α-メチルベンジル基、ジフェニルメチル基、トリフェニルメチル基、ベンジルオキシカルボニル基、tert-ブトキシカルボニル基、およびアシル基、例えば、トリクロロアセチルまたはトリフルオロアセチルが含まれる。いくつかの態様において、官能基部分は、自己切断性である。他の態様において、官能基部分は、生分解性である。例えば、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第7,087,229号を参照されたい。
【０４５７】
いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、該オリゴマーの5'末端に対する、コンジュゲートされた部分の共有結合性の結合を可能にするために5'末端で官能化されている。他の態様において、本発明のオリゴマーは、3'末端で官能化されていてもよい。さらに他の態様において、本発明のオリゴマーは、骨格に沿って、または複素環式塩基部分において官能化されている。さらに他の態様において、本発明のオリゴマーは、5'末端、3'末端、骨格、および塩基より独立に選択される複数の位置で官能化されていてもよい。
【０４５８】
いくつかの態様において、本発明の活性化されたオリゴマーは、合成中に、官能基部分に共有結合で結合している1個以上のモノマーを組み入れられることによって合成される。他の態様において、本発明の活性化されたオリゴマーは、官能化されていないモノマーによって合成され、合成の完了後にオリゴマーが官能化される。いくつかの態様において、オリゴマーは、アルキル部分が式(CH2)w（式中、wは、1〜10の範囲の整数、好ましくは、約6である）を有するアミノアルキルリンカーを含有しているヒンダード（hindered）エステルによって官能化される。アルキルアミノ基のアルキル部分は、直鎖または分岐鎖であり得、官能基はエステル基（-O-C(O)-(CH2)wNH）を介してオリゴマーに結合している。
【０４５９】
他の態様において、オリゴマーは、(CH2)w-スルフヒドリル（SH）リンカー（式中、wは、1〜10の範囲の整数、好ましくは、約6である）を含有しているヒンダードエステルによって官能化される。アルキルアミノ基のアルキル部分は、直鎖または分岐鎖であり得、官能基はエステル基（-O-C(O)-(CH2)wSH）を介してオリゴマーに結合している。
【０４６０】
いくつかの態様において、スルフヒドリルによって活性化されたオリゴヌクレオチドは、（ジスルフィド結合の形成を介して）ポリマー部分、例えば、ポリエチレングリコールまたはペプチドとコンジュゲートされる。
【０４６１】
上記のヒンダードエステルを含有している活性化されたオリゴマーは、当技術分野において公知の方法によって、特に、参照によってその全体が本明細書に組み入れられるPCT公開番号WO2008/034122およびその実施例に開示された方法によって合成され得る。
【０４６２】
さらに他の態様において、本発明のオリゴマーは、米国特許第4,962,029号および第4,914,210号に実質的に記載されるような官能化試薬、即ち、保護されたまたは保護されていないスルフヒドリル基、アミノ基、またはヒドロキシル基を含む反対の末端へ親水性スペーサー鎖を通して連結された、一方の末端にホスホラミダイトを有する実質的に直鎖状の試薬によって、スルフヒドリル基、アミノ基、またはヒドロキシル基をオリゴマーを導入することによって官能化される。そのような試薬は、主として、オリゴマーのヒドロキシル基と反応する。いくつかの態様において、そのような活性化されたオリゴマーは、オリゴマーの5'-ヒドロキシル基に結合された官能化試薬を有する。他の態様において、活性化されたオリゴマーは、3'-ヒドロキシル基に結合された官能化試薬を有する。さらに他の態様において、本発明の活性化されたオリゴマーは、オリゴマーの骨格上のヒドロキシル基に結合された官能化試薬を有する。さらなる態様において、本発明のオリゴマーは、参照によってその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第4,962,029号および第4,914,210号に記載されるような官能化試薬のうちの2種以上によって官能化される。そのような官能化試薬を合成し、モノマーまたはオリゴマーへそれらを組み入れる方法は、米国特許第4,962,029号および第4,914,210号に開示されている。
【０４６３】
いくつかの態様において、固相に結合したオリゴマーの5'末端をジエニルホスホラミダイト誘導体によって官能化し、その後、ディールス・アルダー環付加反応を介して、脱保護されたオリゴマーを、例えば、アミノ酸またはペプチドとコンジュゲートする。
【０４６４】
様々な態様において、2'-糖修飾、例えば、2'-カルバメート置換型糖または2'-(O-ペンチル-N-フタリミド）デオキシリボース糖を含有しているモノマーのオリゴマーへの組み入れは、コンジュゲートされた部分の、オリゴマーの糖への共有結合性の結合を容易にする。他の態様において、1個以上のモノマーの2'-位にアミノ含有リンカーを有するオリゴマーは、例えば、5'-ジメトキシトリチル-2'-O-(e-フタリミジルアミノペンチル)-2'-デオキシアデノシン-3'--N,N-ジイソプロピル-シアノエトキシホスホラミダイトなどの試薬を使用して調製される。例えば、Manoharan,et al.,Tetrahedron Letters,1991,34,7171を参照されたい。
【０４６５】
さらなる態様において、本発明のオリゴマーは、核酸塩基、例えば、N6プリンアミノ基、グアニンの環外N2、またはシトシンのN4位もしくは5位に、アミン含有官能基部分を有し得る。様々な態様において、そのような官能化は、オリゴマー合成において既に官能化されている市販の試薬を使用することによって達成され得る。
【０４６６】
いくつかの官能基部分が市販されており、例えば、ヘテロ二官能性およびホモ二官能性の連結部分が、Pierce Co.（Rockford,Ill.）から入手可能である。他の市販の連結基は、5'-Amino-Modifier C6試薬および3'-Amino-Modifier試薬（両方ともGlen Research Corporation（Sterling,Va.）から入手可能）である。5'-Amino-Modifier C6は、Aminolink-2として、ABI（Applied Biosystems Inc.,Foster City,Calif.）からも入手可能であり、3'-Amino-Modifierは、Clontech Laboratories Inc.（Palo Alto,Calif.）からも入手可能である。
【０４６７】
合成および製造の方法
本発明は、本発明のオリゴマーの合成または製造の方法も提供する。オリゴマーは、典型的には、固体支持体、例えば、ユニバーサル支持体で実施される、標準的なオリゴヌクレオチド合成を使用して作製され得る。本発明のオリゴマーは、例えば、オリゴマー領域A'、領域B（B）、および第2オリゴマー領域（A'）を逐次合成し、任意でその後、任意でリンカー（Y）を介して、第3領域（C）を付加（例えば、コンジュゲート）することによって合成され得る。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、例えば、オリゴマー領域A'、領域B（B）、および第2オリゴマー領域（A'）、第2領域B（B'）を逐次合成し、任意でその後、任意でリンカー（Y）を介して、第3領域（C）を付加（例えば、コンジュゲート）することによって合成され得る。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、例えば、オリゴマー領域A'、領域B（B）、および第2オリゴマー領域（A'）、第2領域B（B'）、および第3オリゴマー領域（A''）を逐次合成し、任意でその後、任意でリンカー（Y）を介して、第3領域（C）を付加（例えば、コンジュゲート）することによって合成され得る。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーは、例えば、オリゴマー領域A'、領域B（B）、および第2オリゴマー領域（A'）、第2領域B（B'）、および第3オリゴマー領域（A''）、続いて第3領域B（B''）を逐次合成し、その後、任意でリンカー（Y）を介して、第3領域（C）を付加（例えば、コンジュゲート）することによって合成され得る。
【０４６８】
領域Y（存在する場合）を領域Bに接合し、その後、領域Cを領域Yに付加してもよいし、または単一の反応工程で、領域Yおよび領域Cを領域Bに付加してもよい。
【０４６９】
あるいは、領域Cまたは領域CおよびYのオリゴヌクレオチド支持カラムへの最初の結合、それに続く、本発明の化合物のオリゴヌクレオチド部分の逐次オリゴヌクレオチド合成を介して、オリゴマー合成を行ってもよい。
【０４７０】
あるいは、（最初の工程または前工程において）オリゴヌクレオチド合成支持体に結合された切断可能な双方向基の使用は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド領域を二官能基の1個の反応基で合成し、かつ領域Cまたは領域CおよびYを二官能基の第2の反応基で合成する方法を可能にし、ここで、オリゴヌクレオチド合成または支持体へのC（またはCおよびY）の付加は、いかなる順序で行われてもよく、または一緒に行われてもよい。次いで、支持体からの二官能基の切断は、本発明のオリゴマーをもたらす。二官能基は、例えば、1個の存在物（例えば、領域BまたはCまたはC-Y-）がヌクレオシド上のホスフェート含有基（例えば、5'または3'の基）に結合しており、他方（例えば、領域BまたはCまたはC-Y-）が、例えば、核酸塩基上に存在する反応基に結合しているヌクレオシドであり得る。
【０４７１】
あるいは、領域CまたはC-Yは、オリゴヌクレオチド合成の後、例えば、切断工程の後、オリゴマー（領域B）に接合されてもよい。従って、本発明は、本発明の化合物のオリゴヌクレオチド部分と、領域Cまたは領域CおよびYを領域Bに接合するためにその後使用される、領域Bに結合した反応基または活性化基とを含む中間体オリゴマーにも関する。
【０４７２】
領域Yまたは領域Cは、例えば、単一のオリゴヌクレオチド合成でのオリゴマーの形成、それに続く、オリゴヌクレオチド合成支持体（US）からのオリゴマーの切断を可能にするホスホラミダイトとして、領域Bまたはオリゴマーに連結され得る。この点に関して、いくつかの態様において、オリゴマー領域または領域Bと領域CまたはYとの間の連結基は、ホスフェート含有基、例えばヌクレオシド連結、例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホジチオエート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、またはその他、例えば本明細書において言及されたものであり得る。あるいは、他の化学的連結、例えば、トリアゾール基が使用されてもよい。
【０４７３】
いくつかの態様において、第3領域（C）またはC-Y-は、5'または3'のホスフェート以外の基を介して、例えば、別の位置にある反応基、例えば、領域B内のヌクレオシドの塩基上の反応基、例えばアミンを介して、領域Bまたはオリゴマー領域に連結され得る。
【０４７４】
オリゴヌクレオチド合成は、5'〜3'方向に行われてもよいし、または大部分のオリゴヌクレオチド合成に典型的であるように、3'〜5'方向に行われてもよい。
【０４７５】
いくつかの非限定的な例において、オリゴヌクレオチド-コンジュゲート構築物は、異なる方式、例えば以下の方式で組み立てられ得る。
（A）構築物のB〜A成分を、ホスホロチオエート連結およびホスホジエステル連結の両方を合成することができるオリゴヌクレオチド合成機で作製することができる。次いで、任意で、C-A-B-Aを作製するためビルディングブロックC-A-P（例えば、リンカーが結合しているコンジュゲート部分）を使用して、またはC-B-Aを作製するためビルディングブロックC-P（リンカーを含まないコンジュゲート部分）を用いて、標準的なホスホラミダイト化学によって、B〜Aを延長することができる。
2017505623.tif 000050
（B）構築物のB〜A成分を、ホスホロチオエート連結およびホスホジエステル連結の両方を合成することができるオリゴヌクレオチド合成機で作製することができる。次いで、任意で、C成分とA成分との間にPO連結またはPS連結を有するC-A-B-Aを作製するため、ビルディングブロックDMTrO-A-Pを使用し、続いて、ビルディングブロックC-Pを使用して、標準的なホスホラミダイト化学によって、B〜Aを逐次延長することができる。
2017505623.tif 000051
【０４７６】
構築物のB〜A成分を、ホスホロチオエート連結およびホスホジエステル連結の両方を合成することができるオリゴヌクレオチド合成機で作製することができる。次いで、任意で、H2N-A-B-Aを作製するため、ビルディングブロックPGN-A-Pを使用して、標準的なホスホラミダイト化学によってB〜Aを逐次延長することができる。オリゴヌクレオチドの切断および脱保護の後、オリゴヌクレオチドの遊離アミンを、Cの官能基がオリゴヌクレオチドの末端第一級アミンと反応するよう活性化された部分Cとコンジュゲートすることができる。
【０４７７】
組成物
本発明のオリゴマーは、薬学的な製剤および組成物において使用され得る。適宜、そのような組成物は、薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントを含む。WO2007/031091は、適当な好ましい薬学的に許容される希釈剤、担体、およびアジュバントを提供しており、それらは、参照によって本明細書に組み入れられる。適当な投薬量、製剤、投与経路、組成物、剤形、他の治療剤との組み合わせ、プロドラッグ製剤も、WO2007/031091に提供されており、それらも、参照によって本明細書に組み入れられる。
【０４７８】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、薬学的組成物または製剤の調製のため、薬学的に許容される活性物質または不活性物質と混合され得る。薬学的組成物の製剤化のための組成物および方法は、投与経路、疾患の程度、または投与すべき用量を含むが、これらに限定されない、多数の基準に依る。
【０４７９】
アンチセンス化合物は、適切な薬学的に許容される希釈剤または担体とアンチセンス化合物を組み合わせることによって、薬学的組成物において利用され得る。薬学的に許容される希釈剤には、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）が含まれる。PBSは、非経口送達される組成物において使用するために適切な希釈剤である。
【０４８０】
アンチセンス化合物を含む薬学的組成物は、薬学的に許容される塩、エステル、またはそのようなエステルの塩、またはヒトを含む動物への投与によって生物学的活性を有する代謝物質もしくはその残基を（直接もしくは間接的に）提供することができる他のオリゴヌクレオチドを包含する。従って、例えば、本開示は、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、およびその他の生物学的等価物にも関する。適切な薬学的に許容される塩には、ナトリウム塩およびカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。プロドラッグは、活性アンチセンス化合物が形成されるよう体内の内在性ヌクレアーゼによって切断される付加的なヌクレオシドの、アンチセンス化合物の一方または両方の末端への組み入れを含み得る。この点に関して、プロドラッグは、本発明による領域B、およびコンジュゲート部分、ターゲティング部分、またはブロッキング部分を含み得る。いくつかの態様において、本発明のオリゴマーはプロドラッグである。
【０４８１】
本発明による親油性コンジュゲートの使用は、例えば、肝臓、例えば、siRNAへのオリゴマーの送達のために特に有用であるリピドイド（lipidoid）またはリポソーム、例えば、カチオン性リポソーム、例えば、カチオン性リポソームSNALP（安定核酸脂質粒子）への本発明のオリゴマーの組み入れを可能にする。
【０４８２】
適用
本発明のオリゴマーは、例えば、診断、治療、および予防のための研究試薬として利用され得る。
【０４８３】
研究において、いくつかの態様において、そのようなオリゴマーは、細胞および実験動物において（典型的には、mRNAを分解するかまたは阻害し、それによって、タンパク質形成を防止することによって）タンパク質の合成を特異的に阻害し、それによって、標的の機能的分析、または治療的介入のための標的としての有用性の評価を容易にするために使用され得る。
【０４８４】
治療のため、標的の発現を調節することによって処置され得る疾患または障害を有すると推測される動物またはヒトが、本発明によるオリゴマー化合物を投与することによって処置される。本発明のオリゴマーまたは組成物のうちの1種以上を、治療的にまたは予防的に有効な量で投与することによって、哺乳動物を処置する方法、例えば、標的の発現に関連した疾患または状態を有するかまたはその素因を有すると推測されるヒトを処置する方法が、さらに提供される。本発明によるオリゴマー、コンジュゲート、または薬学的組成物は、典型的には、有効量で投与される。
【０４８５】
本発明は、本明細書において言及される障害の処置のための医薬の製造のための、または本明細書において言及される障害の処置の方法のための、記載される本発明の化合物またはコンジュゲートの使用も提供する。
【０４８６】
本発明は、本明細書に記載される本発明による化合物、および／または本発明によるコンジュゲート、および／または本発明による薬学的組成物を、その必要のある患者へ投与する工程を含む、本明細書において言及される障害を処置する方法も提供する。
【０４８７】
医学的適応症
いくつかの態様において、疾患は、癌である。いくつかの態様において、疾患は、炎症性疾患である。いくつかの態様において、疾患は、心血管疾患であり、例えばいくつかの態様において、疾患または障害は、心筋梗塞（MI）である。
【０４８８】
いくつかの態様において、疾患または障害は、線維症、例えば、肝線維症、心線維症、もしくは局所線維症であるか、またはそれらをもたらすか、またはそれらに関連している。
【０４８９】
いくつかの態様において、疾患または障害は、血液凝固障害である。
【０４９０】
いくつかの態様において、疾患または障害は、骨量減少であるかまたはそれを含む（それをもたらすかまたはそれに関連している）。
【０４９１】
いくつかの態様において、疾患または障害は、肝疾患または肝障害である。
【０４９２】
いくつかの態様において、疾患または障害は、例えば、肝疾患もしくは肝障害、および／または、いくつかの局面において、心血管疾患もしくは新血管障害であり得る代謝障害である。
【０４９３】
心血管／代謝疾患には、例えば、代謝症候群、肥満、高脂血症、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性複合型高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）、アテローム性動脈硬化症、心疾患、糖尿病（I型および／またはII型）、NASH、急性冠症候群（ACS）、NASH、慢性心不全、心疾患、心代謝疾患、高脂血症および関連障害、代謝症候群、アテローム性動脈硬化症、慢性心不全、血管疾患、末梢動脈障害、心疾患、虚血、2型糖尿病、1型糖尿病が含まれる。
【０４９４】
いくつかの態様において、疾患または障害は、代謝症候群、肥満、高脂血症、アテローム性動脈硬化症、HDL/LDLコレステロール不均衡、脂質異常症、例えば、家族性複合型高脂血症（FCHL）、後天性高脂血症、スタチン抵抗性高コレステロール血症、冠動脈疾患（CAD）、および冠動脈心疾患（CHD）からなる群より選択される。
【０４９５】
いくつかの態様において、疾患または障害は、慢性心不全、心血管疾患、心代謝疾患、慢性心不全、血管疾患、末梢動脈障害、心疾患、虚血、急性冠症候群（ACS）からなる群より選択される。
【０４９６】
いくつかの態様において、疾患または障害は、2型糖尿病、1型糖尿病である。
【０４９７】
いくつかの態様において、疾患または障害は、ウイルス性疾患、例えば、赤血球増加症、C型肝炎、B型肝炎、BKV、HIVである。
【０４９８】
いくつかの態様において、疾患または障害は、重篤な希少疾患（または遺伝病）である。
【０４９９】
本発明は、疾患、障害、または状態、例えば、本明細書において言及されたものの処置のための医薬の製造における、本発明の化合物の使用をさらに提供する。
【０５００】
一般的に述べると、本発明のいくつかの局面は、1個以上のLNA単位を含む標的へターゲティングされたオリゴマーを、治療的に有効な量で哺乳動物へ投与する工程を含む、標的の異常なレベルに関連した状態に罹患しているかまたは罹患し易い哺乳動物を処置する方法に関する。本発明によるオリゴマー、コンジュゲート、または薬学的組成物は、典型的には、有効量で投与される。
【０５０１】
本発明の重要な局面は、本明細書において言及される疾患、障害、または状態の処置のための医薬の調製のための、本明細書において定義される化合物の使用に関する。
【０５０２】
さらに、本発明は、疾患または状態、例えば、本明細書において言及されたものに罹患している対象を処置する方法に関する。
【０５０３】
処置を必要とする患者は、疾患もしくは障害に罹患しているかまたは罹患する可能性が高い患者である。
【０５０４】
いくつかの態様において、本明細書において使用される、「処置」という用語は、既存の疾患（例えば、本明細書において言及される疾患もしくは障害）の処置、または疾患の防止、即ち、予防の両方をさす。従って、本明細書において言及される処置とは、いくつかの態様において、予防的であり得ることが認識されるであろう。
【０５０５】
【表２】
2017505623.tif 000052
2017505623.tif 000053
2017505623.tif 000054
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【０５０６】
上記の7〜9mer化合物（またはオリゴマー領域）は、完全LNA修飾型、完全ホスホロチオエートであってもよく、LNAシトシンは5-メチルシトシンであり得る。LNAは、いくつかの態様において、β-D-オキシLNA、または、例えば(S)cETであり得る。
【０５０７】
独立の態様において、本発明は、GalNAcコンジュゲート、例えば3価GalNAcコンジュゲート、例えば、コンジュゲート1、2、3、4、1a、2a、3a、4aからなる群より選択されるGalNAcコンジュゲート、例えば、コンジュゲート2aにコンジュゲートされた7〜12個、例えば7〜10個、例えば、7個、8個、または9個の連続LNAヌクレオシド（例えば、表2を参照すること）を含むオリゴマーを提供する。そのようなオリゴマーは、いくつかの態様において、本明細書に記載されるオリゴマー領域のうちの一つであり得る。上記の表2または7〜12mer化合物（またはオリゴマー領域）は、完全LNA修飾型、完全ホスホロチオエートであってもよく、LNAシトシンは5-メチルシトシンであり得る。LNAは、いくつかの態様において、β-D-オキシLNA、または、例えば(S)cETであり得る。β-D-オキシLNAは、好ましいヌクレオシドである。7〜12mer化合物は、例えば、マイクロRNAを発現している細胞においてマイクロRNAを阻害することができるものであり得る。
【０５０８】
独立の態様において、本発明は、表2の化合物のうちの1種（またはそれ以上、例えば、2種または3種）、およびGalNAcコンジュゲート、例えば3価GalNAcコンジュゲート、例えば、コンジュゲート1、2、3、4、1a、2a、3a、4aのいずれかからなる群より選択されるGalNAcコンジュゲート、例えば、コンジュゲート2aを含むオリゴマーを提供する。
【０５０９】
態様
本発明の以下の局面は、本明細書に記載された他の局面と組み合わせられ得る。
【０５１０】
1. （i）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域；（ii）7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域を含み；第1領域と第2領域とが（iii）1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNAヌクレオシドまたはRNAヌクレオシド）である領域を介して共有結合で連結されている、オリゴマー化合物。
【０５１１】
2. 第1領域（i）および第2領域（ii）が、それぞれ、生理学的に不安定なヌクレオチド（iii）の5'および3'に位置する、態様1によるオリゴマー化合物。
【０５１２】
3. 第1領域または第2領域が、官能基（iv）、例えばコンジュゲート部分に共有結合で連結されている、態様1または2によるオリゴマー化合物。
【０５１３】
4. 官能基が、生物切断性リンカー（v）を介して、第1領域または第2領域に共有結合で連結されている、態様2または3によるオリゴマー化合物。
【０５１４】
5. 生物切断性リンカー（v）が、1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチド、例えば、1〜5個のホスホジエステル連結したヌクレオチド（例えば、DNA［またはRNA］ヌクレオシド）である領域を含む、態様4によるオリゴマー化合物。
【０５１５】
6. コンジュゲート部分が、ステロール、例えばコレステロール、またはGalNac/GalNacクラスタなどの炭水化物を含む、態様3〜5のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５１６】
7. コンジュゲート部分が、親油基（例えば、脂質、脂肪酸、ステロール）、タンパク質、ペプチド、抗体もしくはその断片、ポリマー、レポーター基、色素、受容体リガンド、低分子薬物、プロドラッグ、またはビタミンを含む、態様3〜5のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５１７】
8. 第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が同一である、態様1〜7のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５１８】
9. 第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が異なる、態様1〜7のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５１９】
10. 第1領域および第2領域が同一の核酸標的にターゲティングされている、態様1〜9のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２０】
11. 第1領域および第2領域が少なくとも1個のLNAヌクレオシドを各々含む、態様1〜10のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２１】
12. 第1領域および／または第2領域がギャップマーオリゴマー、例えばLNAギャップマーである、態様1〜11のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２２】
13. 第1領域および／または第2領域がmRNA標的を標的とする、態様1〜12のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２３】
14. 第1領域および／または第2領域がマイクロRNA標的を標的とする、態様1〜13のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２４】
15. 第1領域および／または第2領域がミックスマーオリゴマーまたはトータルマーオリゴマーである、態様1〜14のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２５】
16. 第1領域および第2領域が10〜16ヌクレオチド長である、態様1〜15のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２６】
17. 第1領域および第2領域が8〜10ヌクレオチド長である、態様1〜15のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２７】
18. 第1領域が［ヒト］アポB-100 mRNAヌクレオチド配列に相補的であり、かつ／または第2領域が［ヒト］mtGPAT mRNAヌクレオチド配列に相補的である、態様1〜16のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２８】
19. 第1配列が第2配列の5'に位置する、態様1〜18のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５２９】
20. 第1配列が第2配列の3'に位置する、態様1〜18のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５３０】
21. 前記態様のいずれか一つのオリゴマー化合物と薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントとを含む薬学的組成物。
【０５３１】
22. 細胞における核酸標的の阻害において使用するための、前記態様のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５３２】
23. 医療において使用するための、前記態様のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５３３】
24. 医学的な疾患または障害の処置において使用するための、前記態様のいずれか一つによるオリゴマー化合物。
【０５３４】
25. 代謝疾患または代謝障害などの疾患または障害の処置のための医薬の調製のための、前記態様のいずれか一つによるオリゴマー化合物の使用。
【０５３５】
26. 前記態様のいずれか一つのオリゴマー化合物を含む薬学的組成物を、治療的に有効な量で対象へ投与する工程を含む、処置を必要とする対象における疾患または障害の処置の方法。
【０５３６】
27. 前記態様のいずれか一つによるオリゴマー化合物を、標的遺伝子を発現している細胞へ、細胞における標的遺伝子の発現を低下させるために有効な量で適切に投与する工程を含む、細胞における標的遺伝子の発現を阻害する方法。
【実施例】
【０５３７】
オリゴヌクレオチドのリスト
以下のリストにおいて、大文字はβ-D-オキシLNAなどの、LNAヌクレオシドを表し、小文字はDNAヌクレオシドを表す。大文字のLはβ-D-オキシなどのLNAであり、小文字dはDNAヌクレオシドである。LNAシトシンは任意で5'メチルシトシンであってよい。領域A内のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートであり、領域B内のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルである(表示の通り)。領域AとBとの間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルであるが、しかし領域Bが>1のDNAヌクレオチドである場合、任意でホスホジエステル以外であってもよい(例えばホスホロチオエートであってもよい)。任意で、領域Bと領域Cとの間にC6リンカーなどのさらなるリンカー(Y)が存在してもよい。#はSEQ ID Noを意味する。
FAM標識コンジュゲートを有するアポBターゲティング化合物
2017505623.tif 000070
【０５３８】
実施例1〜5、および7〜11については、PCT/EP2013/073858の実施例1〜11を参照されたい。
【０５３９】
実施例6. さまざまなDNA/PO-リンカーのインビトロ切断
さまざまなDNA/PO-リンカー(POリンカー)を有するFAM標識ASOをS1ヌクレアーゼ抽出物中でのインビトロ切断に供し(図6A)、肝臓もしくは腎臓ホモジネートまたは血清中のさまざまなDNA/PO-リンカーを有するFAM標識ASO 100 μMを20および120分間のヌクレアーゼ緩衝液中でのS1ヌクレアーゼ(60 U/100 μL)によるインビトロ切断に供した(A)。EDTAを緩衝溶液に加えることによって、酵素活性を停止させた。溶液を次に、Dionex DNApac p-100カラムおよび10 mM〜1 Mの過塩素酸ナトリウムpH 7.5に及ぶ勾配を用いたDionex Ultimate 3000でのAIE HPLC分析に供した。蛍光検出器を615 nmでおよびuv検出器を260 nmでともに用いて、切断オリゴヌクレオチドおよび非切断オリゴヌクレオチドの含量を標準物質に対して判定した。
2017505623.tif 000071
【０５４０】
結論:
POリンカー(または本明細書においていわれるように領域B)は、コンジュゲート(または群C)が切断されることを可能にし、リンカーの長さおよび/または配列組成の両方を用いて、領域Bの核酸分解切断に対する感受性を調節することができる。ヌクレアーゼS1抽出物中で20分後に見られたようにDNA PO-リンカーの配列は切断速度を調節することができ、それゆえ領域Bに対する(例えばDNA PO-リンカーに対する)配列の選択を用いて、血清中でのおよび標的組織の細胞中での切断のレベルを調節することもできる。
【０５４１】
肝臓、腎臓、および血清(B)に200 μg/g組織の濃度にまでオリゴヌクレオチドNO 16を添加した。NMRIマウスから集められた肝臓および腎臓サンプルをホモジナイゼーション緩衝液(0,5% Igepal CA-630, 25 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, pH 8.0 (1 N NaOHで調整)中でホモジナイズした。ホモジネートを37℃で24時間インキュベートし、その後、ホモジネートをフェノール・クロロホルムで抽出した。肝臓および腎臓由来の、ならびに血清由来の抽出物中の切断オリゴヌクレオチドおよび非切断オリゴヌクレオチドの含量を、上記のHPLC法を用い標準物質に対して判定した。
2017505623.tif 000072
【０５４２】
結論:
POリンカー(または本明細書においていわれるように領域B)は、肝臓または腎臓ホモジネートにおいて、オリゴヌクレオチドからのコンジュゲート(または群C)の切断をもたらすが、しかし血清においてはそうでない。
【０５４３】
注釈:
上記のアッセイ法における切断は、切断可能なリンカーの切断をいい、オリゴマーまたは領域Aは機能的に完全なままでなければならない。上記のアッセイ法での切断に対する感受性を用いて、リンカーが生物学的に切断可能であるかどうか、または生理学的に不安定であるかどうかを判定することができる。
【０５４４】
実施例12：LNA抗miRs GalNacポリオリゴコンジュゲート
化合物
大文字はLNA、例えばβ-D-オキシLNAである。小文字はDNAである。下付きのsはホスホロチオエート連結である。他のヌクレオシド間連結はホスホジエステル（ホスフェート）連結である。Cの前の上付きのmはLNA 5-メチルシトシンを表す。いくつかの態様において、LNAシトシンによって化合物が生成されてもよい。いくつかの態様において、コンジュゲート1a基は、もう一つのGalNAcコンジュゲート基、例えば本明細書に開示されたもの、例えばコンジュゲート2aであってもよい。
2017505623.tif 000073
【０５４５】
インビボマウス研究を、全部で9群のマウス（n＝5）を使用して実施した。各マウスに、0日目、2日目、および4日目に、0.5mg/kgまたは2mg/kgまたは親LNA化合物と比較して等モル用量のGalNAcコンジュゲート付きLNA、および単一8mer化合物と比較して等モルの二重8merの切断後の活性化合物を静脈内投薬した。生理食塩水対照群を含めた（下記の研究セットアップを参照すること）。血清試料を投与の4日前、中間の4日目、およびエンドポイント7日目に採取した。肝臓および腎臓の試料をRNAlaterで保存した。miR122ノックダウンのバリデーションを、Obad Nat Genet.2011 Mar 20;43(4):371-8に記載されるように行った（図17）。血清中のコレステロールレベルを、Elmen J,et al.LNA-mediated microRNA silencing in non-human primates.Nature.2008;452:896-899に記載されるように分析し（図18）、2種のmiR122によってダウンレギュレートされる遺伝子（Aldo AおよびBckdk）のmRNAレベルを、標準的なQPCRアッセイ技術を使用して分析した（図19）。ALTを、化合物の耐容性を査定するために測定した（図20）。
【０５４６】
研究セットアップ
2017505623.tif 000074
【０５４７】
結論：抗miR122へのGalNAcのコンジュゲーション（化合物ID 52および54）は、総コレステロールレベルの減少（図2）ならびに低用量群において既に起こったAldo AおよびBckdk mRNAのアップレギュレーション（図3、3×0.5mg/kg）によって示された、肝臓におけるmiR122ノックダウンの著しい改善を示した。抗miR122オリゴヌクレオチドの効果は、腎臓においては見られなかった。ALTの極めてわずかな増加が化合物ID 52について測定されたが、それは、1個のGalNAcへの2個のオリゴヌクレオチドのコンジュゲーション（化合物ID 54）によって改善される傾向を示した。ポリオリゴ化合物と比較したGalNAcコンジュゲート付き単一小型LNA化合物の活性に大きな差は認めることができず（化合物ID 52を54と比較。図18および19）、それは過剰投薬による可能性がある。コンジュゲートなしの小型LNAおよびポリオリゴ化合物は、低い用量範囲のため、活性を示さなかった。単一オリゴ構想とポリオリゴ構想のよりよい比較を可能にするため、用量範囲探索研究を実施した（実施例13）。
【０５４８】
実施例13：LNA抗miR GalNacポリオリゴコンジュゲート - 用量範囲探索
化合物:実施例12と同様。
【０５４９】
インビボマウス研究を、全部で11群のマウス（n＝5）を使用して実施した。各マウスに、0日目に、0.05mg/kg、0.1mg/kg、0.2mg/kg、または0.5mg/kgの、GalNAcコンジュゲート付き小型LNA（化合物ID 52）、またはポリオリゴ化合物の切断後の等モルの活性化合物（化合物ID 54）のいずれかを静脈内投薬した。比較のため、2群に、20mg/kgのコンジュゲートなしの親小型LNA（化合物ID 51）およびポリオリゴ化合物の切断後の等モルの活性化合物（化合物ID 53）を投薬した。生理食塩水対照群を含めた（研究セットアップを参照すること）。
【０５５０】
実施例12に記載されたように、試料を採取し分析した。2種のmiR122によってダウンレギュレートされる遺伝子（Aldo AおよびBckdk）のmRNAレベルを、標準的なQPCRアッセイ技術を使用して分析した（図21）。ALT測定は、化合物全体にわたって比較してALTの有意な上昇を示さなかった。
【０５５１】
研究セットアップ
2017505623.tif 000075
【０５５２】
結論：2種のマーカー遺伝子ALDO AおよびBCKDKの増加として測定されたGalNAcコンジュゲート付き化合物の活性は、用量依存性、ならびに小型LNAおよびポリオリゴヌクレオチド化合物について同等の活性を示した。コンジュゲートなしの親化合物（単一小型オリゴヌクレオチドおよびポリオリゴヌクレオチド）も、20mg/kgでの投薬で同等の活性を示した（図21）。従って、ポリオリゴヌクレオチド構想は、同一の活性における原価の改善を提供する。限定された発現もしくはアシアロ糖タンパク質受容体より遅いターンオーバーを有する受容体クラスに結合するコンジュゲートを使用する時、または耐容性に対する影響を有するコンジュゲートもしくは受容体を使用する時、ポリオリゴヌクレオチドアプローチが有益である可能性が高い。
【０５５３】
実施例14:GalNAcコンジュゲート付きLNAアンチセンスオリゴヌクレオチド
化合物ID NO 55は、図10に示され、以下の構造を有する。
2017505623.tif 000076
この実施例においては、GalNAc1コンジュゲートを使用したが、本明細書に記載されるような他のコンジュゲートが使用されてもよい。A、T、C、またはGの後の上付きの大文字のLは、LNAヌクレオシドを表し、そうでないヌクレオシドはDNAであり、下付きのsはホスホロチオエート連結であり、下付きのOはホスホジエステル連結であることに注意すること。
【０５５４】
インビボマウス研究を、全部で3群のマウス（n＝5、C57/bl）を使用して実施した。各マウスに、0日目に、0.25mg/kgまたは0.5mg/kgのGalNAcコンジュゲート付きポリLNA（Seq ID 55）を静脈内投薬した。生理食塩水対照群を含めた（下記表中の研究セットアップを参照すること）。肝臓および腎臓の試料をRNAlaterにおいて保存した。2種の標的とされた遺伝子（アポBおよびmtGPAT）のmRNAレベルを、標準的なQPCRアッセイ技術を使用して分析した（図11）。
【０５５５】
研究セットアップ
2017505623.tif 000077
【０５５６】
結論：GalNAc-ポリLNA化合物は、標的とされたmRNA（アポBおよびmtGPAT）の両方のダウンレギュレーションを誘導した。さらに、用量依存性が見出された。従って、ポリオリゴヌクレオチド構想は、切断可能リンカーを介して一緒に連結される1個のコンジュゲートに複数個のLNAを結合させ、その結果元の構築物における一緒に連結された全てのLNA親化合物に由来する意図された標的に対する活性を有する可能性を提示する。限定された発現もしくはアシアロ糖タンパク質受容体より遅いターンオーバーを有する受容体クラスに結合するコンジュゲートを使用する時、または耐容性に対する影響を有するコンジュゲートもしくは受容体を使用する時、ポリオリゴヌクレオチドアプローチが有益である可能性が高い。
【図１】
2017505623.tif 000079
【図２】
2017505623.tif 000080
【図３−１】
2017505623.tif 000081
【図３−２】
2017505623.tif 000082
【図４−１】
2017505623.tif 000083
【図４−２】
2017505623.tif 000084
【図４−３】
2017505623.tif 000085
【図４−４】
2017505623.tif 000086
【図５】
2017505623.tif 000087
【図６】
2017505623.tif 000088
【図７】
2017505623.tif 000089
【図８】
2017505623.tif 000090
【図９】
2017505623.tif 000091
【図１０】
2017505623.tif 000092
【図１１】
2017505623.tif 000093
【配列表】
2017505623000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成28年10月13日(2016.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域（A）；
b．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域（A'）；
c．領域AおよびA'を共有結合で連結する1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（B）；ならびに
d．1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域またはペプチドリンカー、例えば、リジンリンカーのいずれかを含む生物切断性（biocleavable）リンカーなどの生物切断性リンカー（B'）を介して領域AまたはA'に共有結合で連結された、コンジュゲート部分（C）であって、GalNAc/GalNAcクラスタを含むコンジュゲート部分
を含むオリゴマー化合物。
【請求項２】
第1領域（A）および第2領域（A'）が、それぞれ、生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（B）の5'および3'に位置する、請求項1記載のオリゴマー化合物。
【請求項３】
コンジュゲート部分（C）が、1〜5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドなどの1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、請求項1または2記載のオリゴマー化合物。
【請求項４】
コンジュゲート部分（C）が、リジンリンカーなどのペプチド領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、請求項1または2記載のオリゴマー化合物。
【請求項５】
コンジュゲート部分（C）が、3価GalNAcコンジュゲートである、請求項1〜4のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項６】
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が同一である、請求項1〜5のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項７】
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が異なる、請求項1〜5のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項８】
第1領域および第2領域が同一の核酸標的にターゲティングされている、請求項1〜7のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項９】
第1領域および第2領域が異なる核酸標的にターゲティングされている、請求項1〜7のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１０】
第1領域（A）および第2領域（A'）が少なくとも1個のLNAヌクレオシドを各々含む、請求項1〜9のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１１】
第1領域（A）および／または第2領域（A'）がLNAギャップマーなどのギャップマーオリゴマーである、請求項1〜10のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１２】
第1領域および／または第2領域がmRNA標的を標的とする、請求項1〜11のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１３】
第1領域および／または第2領域がマイクロRNA標的を標的とする、請求項1〜12のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１４】
第1領域および／または第2領域がミックスマーオリゴマーまたはトータルマー（totalmer）オリゴマーである、請求項1〜13のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１５】
第1領域および第2領域が10〜16ヌクレオチド長である、請求項1〜14のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１６】
第1領域および第2領域が8〜10ヌクレオチド長である、請求項1〜14のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１７】
第1領域および第2領域の少なくとも一方または両方がmiR ID NO 40〜976からなる群より選択されるマイクロRNAを標的とする、請求項1〜16のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１８】
第1領域が［例えばヒト］アポB-100 mRNAヌクレオチド配列に相補的であり、かつ／または第2領域が［例えばヒト］mtGPAT mRNAヌクレオチド配列に相補的である、請求項1〜16のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項１９】
第1配列が第2配列の5'に位置する、請求項1〜18のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２０】
第1配列が第2配列の3'に位置する、請求項1〜18のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２１】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物と、薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントとを含む薬学的組成物。
【請求項２２】
細胞における核酸標的の阻害において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２３】
細胞における2種の異なる核酸標的の阻害において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２４】
医療において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２５】
医学的な疾患または障害の処置において使用するための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物。
【請求項２６】
代謝疾患または代謝障害などの疾患または障害の処置のための医薬の調製のための、前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物の使用。
【請求項２７】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物を、治療的に有効な量で対象へ投与する工程を含む、処置を必要とする対象における疾患または障害の処置の方法。
【請求項２８】
前記請求項のいずれか一項記載のオリゴマー化合物を、標的遺伝子を発現している細胞へ、細胞における標的遺伝子の発現を低下させるために有効な量で適切に投与する工程を含む、細胞における標的遺伝子の発現を阻害する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
これは、例えばGalNAcコンジュゲート付きオリゴマーの受容体媒介取り込みが標的細胞の表面上の遊離受容体の利用可能性によって限定される、アシアロ糖タンパク質受容体コンジュゲートによるものなどの、受容体によって媒介されるコンジュゲートターゲティングのために特に重要であり、ポリオリゴマーコンジュゲートの使用は、標的細胞への増強された送達を可能にする。重要な生物学的機能を果たしている細胞表面受容体の完全飽和を回避することも重要であり、従って、ポリオリゴマー戦略の使用は、コンジュゲート部分による受容体飽和／競合による副作用のリスクを低下させつつ、関連する薬理を確実にするための、十分な化合物の効果的な送達を可能にする。従って、ポリオリゴマーコンジュゲートの使用は、治療指数の増強（オリゴマーの送達および活性の増加、ならび不適切な副作用の低下）のための効果的な解決策を提供する。
[本発明1001]
a．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第1領域（A）；
b．7〜26個のホスホロチオエート連結したヌクレオシドの連続配列の第2領域（A'）；
c．領域AおよびA'を共有結合で連結する1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（B）；ならびに
d．1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域またはペプチドリンカー、例えば、リジンリンカーのいずれかを含む生物切断性（biocleavable）リンカーなどの生物切断性リンカー（B'）を介して領域AまたはA'に共有結合で連結された、コンジュゲート部分などの官能基（C）
を含むオリゴマー化合物。
[本発明1002]
第1領域（i）および第2領域（ii）が、それぞれ、生理学的に不安定なヌクレオチドの領域（iii）の5'および3'に位置する、本発明1001のオリゴマー化合物。
[本発明1003]
コンジュゲート部分が、ステロール、例えばコレステロール、またはGalNAc/GalNAcクラスタなどの炭水化物を含む、本発明1001または1002のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1004]
コンジュゲート部分が、親油基（例えば、脂質、脂肪酸、ステロール）、タンパク質、ペプチド、抗体もしくはその断片、ポリマー、レポーター基、色素、受容体リガンド、低分子薬物、プロドラッグ、またはビタミンを含む、本発明1001〜1003のいずれかのオリゴマー化合物複合体。
[本発明1005]
官能基（C）が、1〜5個のホスホジエステル連結したDNAヌクレオチドなどの1〜5個の生理学的に不安定なヌクレオチドの領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、本発明1001〜1004のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1006]
官能基（C）が、リジンリンカーなどのペプチド領域を介して領域AまたはA'に共有結合で連結されている、本発明1001〜1004のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1007]
官能基（C）が、3価GalNAcコンジュゲートなどのGalNAcコンジュゲートなどの炭水化物コンジュゲートである、本発明1001〜1006のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1008]
官能基（C）が、コレステロールコンジュゲートなどのステロールなどの親油性コンジュゲートである、本発明1001〜1006のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1009]
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が同一である、本発明1001〜1008のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1010]
第1領域および第2領域の核酸塩基の連続配列が異なる、本発明1001〜1008のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1011]
第1領域および第2領域が同一の核酸標的にターゲティングされている、本発明1001〜1010のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1012]
第1領域および第2領域が異なる核酸標的にターゲティングされている、本発明1001〜1010のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1013]
第1領域および第2領域が少なくとも1個のLNAヌクレオシドを各々含む、本発明1001〜1012のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1014]
第1領域および／または第2領域がLNAギャップマーなどのギャップマーオリゴマーである、本発明1001〜1013のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1015]
第1領域および／または第2領域がmRNA標的を標的とする、本発明1001〜1014のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1016]
第1領域および／または第2領域がマイクロRNA標的を標的とする、本発明1001〜1015のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1017]
第1領域および／または第2領域がミックスマーオリゴマーまたはトータルマー（totalmer）オリゴマーである、本発明1001〜1016のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1018]
第1領域および第2領域が10〜16ヌクレオチド長である、本発明1001〜1017のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1019]
第1領域および第2領域が8〜10ヌクレオチド長である、本発明1001〜1018のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1020]
第1領域および第2領域の少なくとも一方または両方がmiR ID NO 40〜976からなる群より選択されるマイクロRNAを標的とする、本発明1001〜1019のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1021]
第1領域が［例えばヒト］アポB-100 mRNAヌクレオチド配列に相補的であり、かつ／または第2領域が［例えばヒト］mtGPAT mRNAヌクレオチド配列に相補的である、本発明1001〜1020のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1022]
第1配列が第2配列の5'に位置する、本発明1001〜1021のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1023]
第1配列が第2配列の3'に位置する、本発明1001〜1022のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1024]
前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物と、薬学的に許容される希釈剤、担体、塩、またはアジュバントとを含む薬学的組成物。
[本発明1025]
細胞における核酸標的の阻害において使用するための、前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1026]
細胞における2種の異なる核酸標的の阻害において使用するための、前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1027]
医療において使用するための、前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1028]
医学的な疾患または障害の処置において使用するための、前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物。
[本発明1029]
代謝疾患または代謝障害などの疾患または障害の処置のための医薬の調製のための、前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物の使用。
[本発明1030]
前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物を含む薬学的組成物を、治療的に有効な量で対象へ投与する工程を含む、処置を必要とする対象における疾患または障害の処置の方法。
[本発明1031]
前記本発明のいずれかのオリゴマー化合物を、標的遺伝子を発現している細胞へ、細胞における標的遺伝子の発現を低下させるために有効な量で適切に投与する工程を含む、細胞における標的遺伝子の発現を阻害する方法。
【国際調査報告】
2017505623.tif 000094
2017505623.tif 000095