【手続補正書】
【提出日】平成20年7月8日(2008.7.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の実質的に同時のトレースを有する、ヘテロ接合核酸試料からの入力核酸クロマトグラムを処理する方法において、前記複数のトレースにおける各トレースは、複数のデータポイントを有し、かつ各前記複数のデータポイントにおける各それぞれのデータポイントは、前記それぞれのデータポイントに対応する前記トレースにおける位置での信号強度を表す方法であって、
前記複数のトレースにおける第2のトレースの第2のピークと実質的に重なり合う前記複数のトレースにおける第1のトレースの第1のピークを識別することと、
前記へテロ接合核酸試料の第1の出力ホモ接合表示に対する前記第1のピークと、前記へテロ接合核酸試料の第2の出力ホモ接合表示に対する前記第2のピークとを出力することと含む方法。
【請求項２】
前記第1の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第1のホモ接合配列表示であり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第2のホモ接合配列表示である請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記第1の出力ホモ接合表示は、第1のホモ接合核酸クロマトグラムであり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、第2のホモ接合核酸クロマトグラムである請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記識別は、
（A）前記第1のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークすることを含み、前記第1のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第1のピークを含み、
（B）前記第2のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークすることを含み、前記第2のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第2のピークを含み、
（C）（i）前記第1のピークにおいて最大値を有する第1のデータポイント、および（ii） 前記第2のピークにおいて最大値を有する第2のデータポイントから、データポイントの重なり合う閾値数以内である前記入力核酸クロマトグラムの座標を識別すること含む請求項1に記載の方法。
【請求項５】
前記第1のデータポイントおよび前記第2のデータポイントが、2個のデータポイントから7個のデータポイントの間に離れるときに、前記第1のピークは、前記第2のピークに実質的に重なり合う請求項4に記載の方法。
【請求項６】
前記第1のデータポイントおよび前記第2のデータポイントが、3個未満のデータポイント離れるときに、前記第1のピークは、前記第2のピークに実質的に重なり合う請求項4に記載の方法。
【請求項７】
前記第1のピークおよび前記第2のピークは、それぞれ無関係に、5個のデータポイントから40個のデータポイントを備える請求項1に記載の方法。
【請求項８】
前記入力クロマトグラムは、ABIトレースファイルフォーマット、SCFファイルフォーマット、ZTRファイルフォーマット、またはALFファイルフォーマットである請求項1に記載の方法。
【請求項９】
前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示は、それぞれABIトレースファイルフォーマット、SCFファイルフォーマット、ZTRファイルフォーマット、またはALFファイルフォーマットに書き込まれる請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
前記座標の周りの所定の領域における前記入力クロマトグラムのピークの閾値数より多いときに、前記第1のピークおよび前記第2のピークは、前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示の両方にそれぞれ書き込まれる請求項4に記載の方法。
【請求項１１】
前記ピークの閾値数は、2個のピークから5個のピークの間である請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
前記所定の領域は、前記座標の周りで2個のデータポイントと20個のデータポイントの間である請求項10に記載の方法。
【請求項１３】
前記第1のピークの前記第1のデータポイントと前記第2のピークの前記第2のデータポイントとの間の比が、閾値比の値より大きいとき、前記第1のピークおよび前記第2のピークは、前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示にそれぞれ書き込まれる請求項4に記載の方法。
【請求項１４】
前記閾値比の値は、少なくとも0.20である請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
前記閾値比の値は、少なくとも0.40である請求項13に記載の方法。
【請求項１６】
前記第1のピークの前記第1のデータポイントと前記第2のピークの前記第2のデータポイントとの間の比が、閾値比の値より小さいとき、前記第1のピークおよび前記第2のピークは、前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示にそれぞれ書き込まれる請求項4に記載の方法。
【請求項１７】
前記入力核酸クロマトグラムに関して平均ピークバックグラウンド値を決定することと、
前記第1のピークの前記第1のデータポイントまたは前記第2のピークの前記第2のデータポイントが、前記平均ピークバックグラウンド値より小さいとき、前記第1のピークおよび前記第2のピークを、前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示に書き込むこととをさらに含む請求項4に記載の方法。
【請求項１８】
前記平均ピークバックグラウンド値は、
（i）（a）試験トレースにおけるピークの最大値を有する前記複数のトレースにおける前記試験トレースのデータポイントを、（b）前記複数のトレースの他のトレースの対応する領域内に最大値を有する対応するデータポイントと比較することと、
（ii）前記複数のトレースにおける各トレースが、前記比較することで（i）比較されるまで、前記複数のトレースにおける他のトレースの対応する領域内に最大値を有する対応するデータポイントに対する、前記試験トレースにおける前記データポイントとの比較を繰り返すことであって、
前記試験トレースにおける前記データポイントが、前記複数のトレースにおける各他のトレースの対応するデータポイントによって保持される前記値より大きい値を有するとき、前記データポイントの前記値は、カウンタに追加される、前記データポイントとの比較を繰り返すことと、
（iii）前記試験トレースにおける前記ピークの全てまたは前記ピークの一部が、前記比較すること（i）によって比較されるまで、前記試験トレースにおける異なるピークの最大値を有する異なるデータポイントを使用して、前記比較すること（i）および前記繰り返すこと（ii）を繰り返すことと、
（iv）前記複数のトレースにおける各トレースが、前記比較すること（i）における試験トレースとして考慮されるまで、前記複数のトレースにおける異なる試験トレースを使用して、前記比較すること（i）、前記繰り返すこと（ii）、および前記繰り返すこと（iii）を繰り返すことと、
（v）前記カウンタに追加されるピーク数によって前記カウンタを平均化することにより、前記平均ピークバックグラウンド値を得る請求項17に記載の方法。
【請求項１９】
前記入力核酸クロマトグラムは、ヘテロ接合核酸サンプルからの核酸配列を表し、
前記ヘテロ接合核酸サンプルへの挿入または削除のポイントのために、前記入力核酸クロマトグラムを走査することと、
前記挿入または削除のポイントが見出され、かつ前記座標が前記ポイントの後であるとき、前記第1のピークおよび前記第2のピークは、それぞれ前記第1の出力ホモ接合表示および前記第2の出力ホモ接合表示に書き込まれる請求項4に記載の方法。
【請求項２０】
前記走査は、前記座標後に前記複数のトレースで生じるピークの数をカウントすることを含み、前記ピークの数が、挿入/削除の閾値数を超えるとき、前記座標は、前記ヘテロ接合核酸サンプルにおいて挿入/削除の前記ポイントであることが決定される請求項19に記載の方法。
【請求項２１】
前記挿入/削除の閾値数が、25から75の間である請求項20に記載の方法。
【請求項２２】
前記挿入/削除の閾値数が、75から200の間である請求項20に記載の方法。
【請求項２３】
前記走査は、前記座標後に前記複数のトレースで重なり合うピークのパーセンテージを決定することを含み、重なり合う前記ピークのパーセンテージが、挿入/削除の閾値パーセンテージを超えるとき、前記座標は、前記ヘテロ接合核酸サンプルにおいて挿入または削除の前記ポイントであることが決定される請求項19に記載の方法。
【請求項２４】
前記挿入/削除の閾値パーセンテージは、2パーセントから90パーセントの間である請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
前記挿入/削除の閾値パーセンテージは、10パーセントから50パーセントの間である請求項23に記載の方法。
【請求項２６】
前記入力核酸クロマトグラムは、ヘテロ接合核酸サンプルからの核酸配列を表し、前記出力する前に、スケーリング定数によって前記第1のピークおよび前記第2のピークを乗算することを含む請求項1に記載の方法。
【請求項２７】
前記スケーリング定数は、1.1から3.2の間である請求項26に記載の方法。
【請求項２８】
前記スケーリング定数は、2.0である請求項26に記載の方法。
【請求項２９】
前記入力核酸クロマトグラムにおける複数のピークに関する共通ピークプロファイルを生成することと、前記出力する前に、
前記共通ピークプロファイルに対して前記第1のピークまたは前記第2のピークを調べることをさらに含む請求項1に記載の方法。
【請求項３０】
前記生成することは、
前記入力核酸クロマトグラムにおけるピークのデータポイントの平均数を決定することと、
前記データポイントの平均数を有する前記入力核酸クロマトグラムにおけるピークの全てまたはピークの一部のプロファイルを平均化し、それによって前記共通ピークプロファイルを形成することとを含む請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
前記調べることは、前記第1のピークまたは前記第2のピークにおける試験データポイントの値が、誤りパーセンテージだけ、前記試験データポイントに対応する前記共通ピークプロファイルにおける前記データポイントの値を超えるかどうかを決定することを含む請求項29に記載の方法。
【請求項３２】
前記誤りパーセンテージは、0.01から0.4の間である請求項31に記載の方法。
【請求項３３】
前記誤りパーセンテージは、0.1である請求項31に記載の方法。
【請求項３４】
前記入力クロマトグラム核酸における前記複数のトレースは、グアニンに関する第1のトレース、シトシンに関する第2のトレース、アデノシンに関する第3のトレース、およびチミンに関する第4のトレースからなる請求項1に記載の方法。
【請求項３５】
請求項1に記載の方法のステップを実行するためのコンピュータ実行可能な指示を有するコンピュータ読み取り可能媒体。
【請求項３６】
コンピュータシステムと共に使用するためのコンピュータプログラム製品であって、コンピュータ読み取り可能記憶媒体、および前記コンピュータ読み取り可能記憶媒体に埋め込まれたコンピュータプログラム機構を備え、前記コンピュータプログラム機構は、複数の実質的に同時のトレースを有する、ヘテロ接合核酸試料からの入力核酸クロマトグラムを処理するためのものであり、前記コンピュータプログラム機構は、
前記複数のトレースの第2のトレースにおける第2のピークと実質的に重なり合う前記複数のトレースの第1のトレースにおける第1のピークを識別する指示と、
前記ヘテロ接合核酸試料の第1の出力ホモ接合表示に対する前記第1のピークと、前記ヘテロ接合核酸試料の第2の出力ホモ接合表示に対する前記第2のピークとを出力する指示とを含むコンピュータプログラム製品。
【請求項３７】
前記第1の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第1のホモ接合配列表示であり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第2のホモ接合配列表示である請求項36に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３８】
前記第1の出力ホモ接合表示は、第1のホモ接合核酸クロマトグラムであり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、第2のホモ接合核酸クロマトグラムである請求項36に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３９】
前記識別する指示は、
（A）前記第1のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークする指示を含み、前記第1のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第1のピークを含み、
（B）前記第2のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークする指示を含み、前記第2のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第2のピークを含み、
（C）（i）前記第1のピークにおいて最大値を有する第1のデータポイント、および（ii） 前記第2のピークにおいて最大値を有する第2のデータポイントから、データポイントの重なり合う閾値数以内である前記入力核酸クロマトグラムの座標を識別する指示を含む請求項36に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４０】
複数の実質的に同時のトレースを有する、ヘテロ接合核酸試料からの入力核酸クロマトグラムを処理するコンピュータシステムであって、
中央処理ユニットと、
前記中央処理ユニットに結合されたメモリであって、前記入力核酸クロマトグラムを格納するメモリと、
プログラムモジュールとを備え、前記プログラムモジュールは、
前記複数のトレースの第2のトレースにおける第2のピークと実質的に重なり合う前記複数のトレースの第1のトレースにおける第1のピークを識別する指示と、
前記ヘテロ接合核酸試料の第1の出力ホモ接合表示に対する前記第1のピークと、前記ヘテロ接合核酸試料の第2の出力ホモ接合表示に対する前記第2のピークとを出力する指示とを含むコンピュータシステム。
【請求項４１】
前記第1の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第1のホモ接合配列表示であり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、前記入力核酸クロマトグラムの第2のホモ接合配列表示である請求項40に記載のコンピュータシステム。
【請求項４２】
前記第1の出力ホモ接合表示は、第1のホモ接合核酸クロマトグラムであり、かつ
前記第2の出力ホモ接合表示は、第2のホモ接合核酸クロマトグラムである請求項40に記載のコンピュータシステム。
【請求項４３】
前記識別する指示は、
（A）前記第1のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークする指示を含み、前記第1のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第1のピークを含み、
（B）前記第2のトレースにおける1個または複数のピークの各それぞれのピークに関して、前記それぞれのピークにおける最大値を有するデータポイントをマークする指示を含み、前記第2のトレースにおける前記1個または複数のピークは、前記第2のピークを含み、
（C）（i）前記第1のピークにおいて最大値を有する第1のデータポイント、および（ii）前記第2のピークにおいて最大値を有する第2のデータポイントからなるデータポイントの重なり合う閾値数以内である前記入力核酸クロマトグラムの座標を識別する指示を含む請求項40に記載のコンピュータシステム。
【請求項４４】
コンピュータシステムと共に使用するためのコンピュータプログラム製品であって、コンピュータ読み取り可能記憶媒体、および前記コンピュータ読み取り可能記憶媒体に埋め込まれたコンピュータプログラム機構を備え、前記コンピュータプログラム機構は、複数のトレースを有する、ヘテロ接合核酸試料からの入力核酸クロマトグラムを処理するためのものであり、前記コンピュータプログラム機構は、トレース分割ルーチンを備え、前記トレース分割ルーチンは、
前記ヘテロ接合核酸試料の第1の出力ホモ接合表示に対して前記入力核酸クロマトグラムにおける第1のトレースからの第1のピークの表示を出力する指示と、
前記ヘテロ接合核酸試料の第2の出力ホモ接合表示に、前記第1のピークと実質的に重なり合うポイントで前記入力クロマトグラムにおける第2のトレースで発生する第2のピークの表示を出力する指示とを含むコンピュータプログラム製品。
【請求項４５】
前記入力核酸クロマトグラムにおける座標が、（i）前記第1のピークにおいて最大値を有する第1のデータポイント、および（ii）前記第2のピークにおいて最大値を有する第2のデータポイントから、データポイントの重なり合う閾値数以内であるとき、前記第2のピークは、前記第1のピークと実質的に重なり合う請求項44に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４６】
前記重なり合う閾値数は、2個のデータポイントから7個のデータポイントの間である請求項45に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４７】
複数の実質的に同時のトレースを有する、ヘテロ接合核酸試料からの入力核酸クロマトグラムを処理する方法において、前記複数のトレースにおける各トレースは、複数のデータポイントを有し、かつ各前記複数のデータポイントにおける各それぞれのデータポイントは、前記それぞれのデータポイントに対応する前記トレースにおける位置での信号強度を表す方法であって、
前記複数のトレースにおける第2のトレースの第2のピークと実質的に重なり合う前記複数のトレースにおける第1のトレースの第1のピークを識別することと、
前記第1のピークの塩基表示を形成するために前記第1のピークをベースコーリングすることと、
前記第2のピークの塩基表示を形成するために前記第2のピークをベースコーリングすることと、
前記ヘテロ接合核酸試料の第1の出力ホモ接合配列に対する前記第1のピークの前記塩基表示を出力することと、
前記ヘテロ接合核酸試料の第2の出力ホモ接合配列に対する前記第2のピークの前記塩基表示を出力することと含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４３】
peak_sizeルーチン58は、ピーク期間を決定するように指示され、is_peakルーチン60は、各ピークの最大値、すなわちピーク位置または強度を正確に識別するように指示される。is_peakルーチン60は、各4個のトレース48における各データポイントを評価する。各そのようなデータポイントに関して、is_peakルーチン60は、データポイントがピークの最大値であるかどうかを決定する。最大値であれば、is_peakルーチン60は、データポイントに状態「TRACE_STATUS_PEAK」を割り当てる。そうでなければ、is_peakルーチン60は、データポイントに状態「TRACE_STATUS_NOTHING」を割り当てる。図3において、is_peakルーチン60は、走査48-1および48-2におけるピークではない各データポイントに値「NP」を割り当て、値「NP」は、データポイントがピークでなければTRACE_STATUS_NOTHINGと等価である。さらに、is_peakルーチン60は、トレース48-1および48-2におけるデータポイント6で発生のピークに値「PE」を割り当て、値「PE」は、TRACE_STATUS_PEAKと等価である。これらの指定は、以降の処理ステップでsplit_traceメインモジュール44によって使用される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６３】
ステップ236。全ての候補の重なり合うピークが、擬似的に重なり合う、詰まっている、または重なり合う（234-はい）としてラベルが付けられると、入力クロマトグラム46全体にわたって新たなループが、挿入または削除が存在するかどうかを決定するために実行される。トレース48は、挿入または削除が2個の染色体の一方で始まる座標で始まる、擬似的に重なり合うまたは重なり合うとしてマークされた多数のピークを有する。さらに、染色体は、挿入または削除のポイントの後でもはや整列されないので、トレース48において、対応する染色体が適切に整列されたなら一般的に見出されるはずのものより多くのピークが存在することになる。この状態は、図5に示される。図5において、挿入は、配列されているヘテロ接合核酸の座標166で現れる。したがって、座標166から、入力クロマトグラム（ボックス508）において多数のピークが存在する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図４】
2006084471.tif 000001
【手続補正５】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図５】
2006084471.tif 000002