【手続補正書】
【提出日】平成20年9月26日(2008.9.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
測定対象となる物質をイオン化する手段と、
前記イオン化する手段により生成されたイオンの中から特定の質量対電荷比を持つイオン種を選択して解離させる手段と、
前記解離されたイオン種の、質量対電荷比に対する強度のピークで表されるマススペクトルを測定する手段と、
を有し、前記イオン種の選択，解離、及び測定を複数段階繰り返すタンデム型質量分析装置を用いた質量分析システムであり、
ｎ−１回（ｎは１以上の整数）のイオン種の選択・解離を行い測定されたｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、
測定対象となる物質の構造の分析時間内において、
前記タンデム型質量分析装置の分析条件を変更する質量分析システム。
【請求項２】
前記マススペクトル結果をもととした前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
連続するマススペクトルの測定と同時期に行われる請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項３】
前記マススペクトル結果をもととした前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
１のマススペクトルの測定後、次のマススペクトルの測定開始までの準備時間に行われる請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項４】
前記マススペクトル結果をもととした前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
連続するマススペクトルの測定におけるデッドタイムに行われる請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項５】
前記マススペクトル結果をもととした前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
１００msec，１０msec，５msec、又は１msec以内に行われる請求項１に記載の質量分析装置。
【請求項６】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件とは、
前記質量分析装置内の諸電圧の値である請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項７】
前記質量分析装置内の諸電圧の値とは、
マススペクトルを測定するイオン種の範囲（マスレンジ）を決定する電圧値，解離するイオン種以外を排除するための電圧値、のうち１以上である請求項６に記載の質量分析システム。
【請求項８】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件とは、
前記質量分析装置内の諸電圧印加時間の設定値である請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項９】
前記質量分析装置内の諸電圧印加時間の設定値とは、
解離するイオン種以外を排除するための電圧印加時間の設定値，解離するイオン種を溜め込むための電圧印加時間の設定値、のうち１以上である請求項８に記載の質量分析システム。
【請求項１０】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
分析条件として規定された所定範囲内の設定値を、徐々に変更し、又はスキャンして変更し行われる請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項１１】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
前記マススペクトル結果の解析値に対応した最適な分析条件の情報を格納した、データベース又はテーブルを用いて行われる請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項１２】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
前記マススペクトル結果を、インターネット又はイントラネットにより、外部サーバに格納された前記データベース又はテーブルに送信し、
前記サーバから前記マススペクトルの解析値に対応する最適な分析条件の情報を受信して行われる請求項１１に記載の質量分析システム。
【請求項１３】
前記測定対象となる物質に調整ターゲットとする物質を調整マーカとして混入し、
前記調整マーカのマススペクトルを所定時間毎、又は所定測定回数毎に取得し、
前記取得した調整マーカのマススペクトル結果をもとに前記タンデム型質量分析装置の分析条件を変更する請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項１４】
前記タンデム型質量分析装置の分析条件の変更は、
前記調整マーカのマススペクトル結果の解析値に対応した最適な分析条件の情報を格納した、データベース又はテーブルを用いて行われる請求項１３に記載の質量分析システム。
【請求項１５】
前記測定対象となる物質は蛋白質由来物質であり、
前記マススペクトル結果はアミノ酸配列の情報を有し、
１回のイオン種の選択・解離を行い測定された２段階目のマススペクトルに対し、前記アミノ酸の配列情報を解析する請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項１６】
前記マススペクトル結果の解析値と、予め設定された規定値とを比較し、前記解析値が前記規定値に満たない場合にのみ、前記タンデム型質量分析装置の分析条件を変更する請求項１に記載の質量分析システム。
【請求項１７】
前記ｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、前記タンデム型質量分析装置の分析条件を変更した後、再度ｎ段階目のマススペクトルの測定を行う請求項１６に記載の質量分析システム。
【請求項１８】
前記ｎは１である請求項１７に記載の質量分析システム。
【請求項１９】
前記ｎは２以上である請求項１７に記載の質量分析システム。
【請求項２０】
前記マススペクトル結果を解析した情報、及び前記情報をもとに変更した分析条件、をログに記録する請求項１６に記載の質量分析システム。
【請求項２１】
前記分析条件の変更前に測定したｎ段階目のマススペクトルを、前記分析条件の変更後に再度測定したｎ段階目のマススペクトルに置換、又はマージする請求項１７に記載の質量分析システム。
【請求項２２】
測定対象となる物質をイオン化する手段と、
前記イオン化する手段により生成されたイオンの中から特定の質量対電荷比を持つイオン種を選択して解離させる手段と、
前記解離されたイオン種の、質量対電荷比に対する強度のピークで表されるマススペクトルを測定する手段と、
を有し、前記イオン種の選択，解離、及び測定を複数段階繰り返すタンデム型質量分析装置を用いた質量分析システムであり、
ｎ−１回（ｎは１以上の整数）のイオン種の選択・解離を行い測定されたｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、
予め設定した優先順位に基づいて、次のマススペクトル測定の内容を決定する質量分析システム。
【請求項２３】
前記ｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、予め設定した優先順位に基づいて、ｎ回目の解離及びマススペクトル測定の対象となるイオン種の選択を行う請求項２２に記載の質量分析システム。
【請求項２４】
前記ｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、再度ｎ段階目のマススペクトルの測定を行うか、又はｎ回目の選択・解離を行いｎ＋１段階目のマススペクトルの測定を行うか、を予め設定した情報に基づいて決定する請求項２２に記載の質量分析システム。
【請求項２５】
測定対象となる物質をイオン化する手段と、
前記イオン化する手段により生成されたイオンの中から特定の質量対電荷比を持つイオン種を選択して解離させる手段と、
前記解離されたイオン種の、質量対電荷比に対する強度のピークで表されるマススペクトルを測定する手段と、
を有し、前記イオン種の選択，解離、及び測定を複数段階繰り返すタンデム型質量分析装置を用いた質量分析システムであり、
ｎ−１回（ｎは１以上の整数）のイオン種の選択・解離を行い測定されたｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、
測定対象となる物質の構造の分析時間内において、
イオン種を解離するために印加する電圧値を変更する質量分析システム。
【請求項２６】
測定対象となる物質をイオン化する手段と、
前記イオン化する手段により生成されたイオンの中から特定の質量対電荷比を持つイオン種を選択して解離させる手段と、
前記解離されたイオン種の、質量対電荷比に対する強度のピークで表されるマススペクトルを測定する手段と、
を有し、前記イオン種の選択，解離、及び測定を複数段階繰り返すタンデム型質量分析装置を用いた質量分析システムであり、
ｎ−１回（ｎは１以上の整数）のイオン種の選択・解離を行い測定されたｎ段階目のマススペクトル結果をもとに、
測定対象となる物質の構造の分析時間内において、
イオンを解離するための電圧印加時間の設定値を変更する質量分析システム。