【手続補正書】
【提出日】平成20年6月23日(2008.6.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内でのsiRNAのトランスフェクション効果を測定および／または定量する方法であって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子が基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイを用意するステップと、
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分を前記アレイと接触させるステップと、
捕獲分子に基づく信号の強度を検出および／または定量するステップと、
トランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを少なくとも1つの参照物または対照の状態と比較するステップとを含んでおり、
結合イベントのパターンおよび／または強度が、トランスフェクトされた細胞内にsiRNAが存在することによる潜在的に有害な非特異的副作用を示している方法。
【請求項２】
細胞内でのsiRNAのトランスフェクション効果を測定および／または定量する方法であって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子と、細胞接着、細胞周期、増殖因子、サイトカイン、細胞のシグナル伝達／受容体、染色体プロセシング、中間代謝、細胞外マトリックス、細胞構造、タンパク質代謝、酸化代謝、転写、ハウスキーピング遺伝子という細胞生存機能のうちの少なくとも4つに属する、またはそれらを示す少なくとも1つの核酸またはタンパク質とが基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイを用意するステップと、
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分を前記アレイと接触させるステップと、
捕獲分子に基づく信号の強度を検出および／または定量するステップと、
トランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを少なくとも1つの参照物または対照の状態と比較するステップとを含んでおり、
結合イベントのパターンおよび／または強度が、siRNAが存在しているために細胞の生存機能に関する特定の遺伝子の発現が抑制されたことの効果と、トランスフェクトされた細胞内にsiRNAが存在することによる潜在的に有害な非特異的副作用の効果を示している方法。
【請求項３】
siRNAの効果を変化させることのできる薬剤をスクリーニングする方法であって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子と、細胞接着、細胞周期、増殖因子、サイトカイン、細胞のシグナル伝達／受容体、染色体プロセシング、中間代謝、細胞外マトリックス、細胞構造、タンパク質代謝、酸化代謝、転写、ハウスキーピング遺伝子という細胞生存機能のうちの少なくとも4つに属する、またはそれらを示す少なくとも1つの核酸またはタンパク質とが基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイを用意するステップと、
siRNAをトランスフェクトされた細胞を薬剤に曝露するステップと、
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分を前記アレイと接触させるステップと、
上記3つの非特異的効果機能のうちの少なくとも2つのそれぞれに関係する少なくとも1つの遺伝子の発現レベルと、少なくとも3つの生存機能と関係する以下の表に示した他の少なくとも10種類の遺伝子の発現レベルを検出するステップと、
薬剤に曝露したトランスフェクトされた細胞の発現レベルを、薬剤に曝露しなかったトランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを含む少なくとも1つの参照物または対照の状態と比較するステップとを含んでおり、
結合イベントのパターンおよび／または強度が、siRNAが存在しているために細胞の生存機能に関する特定の遺伝子の発現が抑制されることに薬剤が及ぼす効果を示している方法：
【表１】
2006174827.tif 000001
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【請求項４】
アレイが、トランスフェクトされたsiRNAの標的となる遺伝子を検出するための捕獲分子も備えている、又は
アレイが、50種類超かつ1000種類未満の異なる捕獲分子を備えている、又は
アレイが、請求項３記載の表に示したリストに載っている少なくとも20種類、又は50種類、又は100種類の遺伝子または全遺伝子を検出するための捕獲分子を備えている、又は
アレイが、少なくとも20種類、又は50種類超の異なる捕獲分子を備えていて、上記3つの非特異的効果機能のそれぞれについて少なくとも1種類の捕獲分子が割り当てられている、又は
アレイが、少なくとも20種類、又は50種類超の異なる捕獲分子を備えていて、上記3つの非特異的効果機能のそれぞれについて少なくとも5種類の捕獲分子が割り当てられている、又は
アレイが、上記3つの非特異的効果機能のそれぞれに関する少なくとも5種類の異なる捕獲分子と、少なくとも4種類の細胞生存機能に関する少なくとも5種類の異なる捕獲分子とを備えている、又は
アレイが、上記3つの非特異的効果機能のそれぞれに関する少なくとも5種類の異なる捕獲分子と、少なくとも4種類の細胞生存機能に関する少なくとも20種類の異なる捕獲分子とを備えている、又は
アレイが捕獲分子を備えており、その捕獲分子は、固体基板上に存在するポリヌクレオチドである、又は
アレイが、タンパク質に対する特異的親和性を有する抗体または関連するタンパク質を備えている、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項５】
信号を検出し、場合によってはその強度を定量するステップを、単一の捕獲ヌクレオチド種について実行する、又は
アレイ上での定量値として、3回の実験データの平均値を採用する、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項６】
アレイ上の上記3つの非特異的効果機能が、1つの機能につき表1からの少なくとも1個の遺伝子で表わされる、又は
アレイ上の上記3つの非特異的効果機能が、1つの機能につき表1からの少なくとも5個の遺伝子で表わされる、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項７】
アレイ上の上記細胞生存機能が、請求項３記載の表からの少なくとも5個の遺伝子で表わされる、又は
アレイ上の上記細胞生存機能が、請求項３記載の表からの少なくとも20個の遺伝子で表わされる、又は
11の生存機能のそれぞれに関する少なくとも1個の遺伝子が、その機能の調節活性に影響を与える遺伝子である、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項８】
トランスフェクトされる細胞の選択を、心筋細胞、内皮細胞、感覚ニューロン、運動ニューロン、CNSニューロン、星状細胞、グリア細胞、シュワン細胞、マスト細胞、好酸球、平滑筋細胞、骨格筋細胞、周皮細胞、リンパ球、腫瘍細胞、単球、マクロファージ、泡沫マクロファージ、樹状細胞、顆粒球、メラノサイト、ケラチノサイト、滑膜細胞／滑膜線維芽細胞、上皮細胞からなるグループの中から行なう、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
捕獲分子を基板上に物理的堆積法で堆積させる、又は
捕獲分子を基板上の所定の位置においてその場で合成する、又は
捕獲分子が、アレイ上で検出および／または定量されるそれぞれの遺伝子専用のポリヌクレオチドである、又は
上記ポリヌクレオチドの長さが15〜1000ヌクレオチドである、又は
基板の表面に結合する捕獲ヌクレオチド配列の量が、その基板の表面積1cm2当たり3フェムトモルを超える、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０】
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分が、RNA転写産物であるか、そのRNA転写産物からの核酸である、又は
上記RNA転写産物に由来する核酸がcDNAである、又は
サンプルの状態と対照の状態を、2つの同等なアレイを備えた同じ基板上で分析する、又は
調べるサンプルと対照を、遺伝子を分析するための同じ捕獲分子を備えた複数のアレイ上で分析する、又は
細胞内で発現する遺伝子のアレイ上での測定が定量的であり、データの変動係数が80％未満である、あるいは25％未満または15％未満でさえある、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】
細胞内でのsiRNAのトランスフェクション効果を、非特異的なRNAi効果を決定することによって測定および／または定量するためのキットであって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子が基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイと、
場合によっては緩衝液および標識とを含むキット。
【請求項１２】
細胞内でのsiRNAのトランスフェクション効果を、特異的なRNAi効果と非特異的なRNAi効果を決定することによって測定および／または定量するためのキットであって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子と、細胞接着、細胞周期、増殖因子、サイトカイン、細胞のシグナル伝達／受容体、染色体プロセシング、中間代謝、細胞外マトリックス、細胞構造、タンパク質代謝、酸化代謝、転写、ハウスキーピング遺伝子という細胞生存機能のうちの少なくとも4つに属する、またはそれらを示す少なくとも1つの核酸またはタンパク質とが基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイと、
場合によっては緩衝液および標識とを含むキット。
【請求項１３】
非特異的な副作用が存在しないsiRNAをスクリーニングする方法であって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子が基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイを用意するステップと、
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分をアレイと接触させるステップと、
捕獲分子に基づく信号の強度を検出および／または定量するステップと、
トランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを少なくとも1つの参照物または対照の状態と比較するステップとを含んでおり、
結合イベントのパターンおよび／または強度が、トランスフェクトされた細胞内にsiRNAが存在することによる有害な非特異的副作用を示している方法。
【請求項１４】
siRNA配列の設計を改善する方法であって、
アポトーシス、DNA修復／合成、インターフェロン型応答という3つの非特異的効果機能のそれぞれに属するか、その各機能を代表する核酸またはタンパク質に対して特異的な最大で2999種類の異なる捕獲分子が基板上に固定されていて、そのうちの少なくとも20種類の異なる核酸またはタンパク質を検出できるアレイを用意するステップと、
配列および／または長さが異なるさまざまなsiRNAを細胞にトランスフェクトするステップと、
トランスフェクトされた細胞に由来するサンプル成分を前記アレイと接触させるステップと、
捕獲分子に基づく信号の強度を検出および／または定量するステップと、
トランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを、さまざまなsiRNAをトランスフェクトされた細胞のトランスクリプトームまたはプロテオームを含む少なくとも1つの参照物または対照の状態と比較するステップとを含んでおり、
結合イベントのパターンおよび／または強度の違いが、所定のsiRNAの効果を示している方法。