(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析対象物質の検出用プローブであって、
（Ａ）分析対象物質特異的部分、それによりプローブが分析対象物質に直接的または間接的に結合することができ、
（Ｂ）骨格上に核酸塩基を含む部分、前記部分は枝分かれモノマーにより２以上、内部が分枝したものであって、２以上の枝分かれ点を有する中心のプライマリー配列と該枝分かれ点に連結した周辺のセカンダリー配列とを含み、標識誘因非ヌクレオシド基を含む、ここで、１つのヌクレオチド鎖上の２つの近接した標識誘因非ヌクレオシド基の中間点間の距離が１８ヌクレオチド未満である、
から構成されることを特徴とする、分析対象物質の検出用プローブ。
【請求項２】
枝分かれ点間の距離が１１ヌクレオチド未満であることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項３】
枝分かれ点間の距離が７ヌクレオチド未満であることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項４】
標識誘因非ヌクレオシド基およびプローブ骨格が４原子以上を有するスペーサーにより連結されていることを特徴とする、請求項１〜３いずれか記載のプローブ。
【請求項５】
標識誘因非ヌクレオシド基がプライマリー配列及びセカンダリー配列中に取り込まれていることを特徴とする、請求項１〜４いずれか記載のプローブ。
【請求項６】
請求項１〜５いずれか記載の核酸塩基を含むプローブと試料を、分析対象物質が直接的または間接的にプローブと結合する条件下で接触させることによる、試料中の分析対象物質の検出方法。
【請求項７】
１００ｋＤａ以下の分子量を有し、標識誘因非ヌクレオシド基にアフィニティーを有する基および４原子以上の長さのリンカーを介して結合しているシグナル生成成分とからなるコンジュゲートを介して、結合生成物が検出されることを特徴とする請求項６記載の方法。
【請求項８】
標識誘因非ヌクレオシド基がハプテンであることを特徴とする請求項７記載の方法。
【請求項９】
シグナル生成成分が、天然または組換えのカルシウム活性化フォトタンパク質であることを特徴とする、請求項７又は８記載の方法。
【請求項１０】
請求項１〜５いずれか記載のプローブと、測定シグナルを生成するために必要な試薬とを含むことを特徴とする、請求項６〜９いずれか記載の方法を行なうための試験キット。
【請求項１１】
試料中の分析対象物質の検出のための、請求項１〜５いずれか記載のプローブの使用。
【発明の詳細な説明】
分析対象物質の検出方法
本発明の主題は、ヌクレオ塩基を含むプローブを用いる試料中の分析対象物質の検出方法である。
試料中の低濃度の分析対象物質の検出は、臨床試験において非常に重要になっている。多くの開発の結果として、分析対象物質の検出限界は、初期の試験と比べて有意に小さくしている。前記開発は、核酸の検出の分野において特に強い影響力を有している。しかしながら、今日使用される多くの検出系は、複雑な作業工程を伴うかまたは製造するのが非常に難しい試薬を使用する。これらの系は、多くの不利な点を有する。
米国特許第４，６８３，２０２号明細書において、元の核酸のセグメントの増幅に基づく核酸の検出方法が記載されている。この方法は、ポリメラーゼ連鎖反応として公知となっている。しかしながら、この方法の不利な点は、結果を定量するのが難しいことである。
核酸プローブを使用して化学量論的ハイブリダイゼーションを行なうときには、結果を定量することは比較的容易である。残念ながら、これらの方法は感度が低い。
したがって、伝統的なハイブリダイゼーション試験のさらなる開発において、いくつかの同一のヌクレオチド配列が各プローブに結合することが提起された。分析物核酸とプローブとからなるハイブリッドを、前記同一のヌクレオチド配列に相補的ないくつかのセカンダリープローブとハイブリダイズさせることにより検出した。従来技術を記載するいくつかの記録は、プローブ、またはハイブリダイズし、よって互いに凝集可能なプローブからなる１組において多くの同一のヌクレオチド配列の最も好ましい配置を示唆する（米国特許第５，４２４，１８８号明細書；欧州特許出願−Ｂ−第０  ２４８  ８９６Ｂ１；米国特許第５，４２４，４１３号明細書；米国特許第５，４３７，９７７号明細書等）。米国特許第５，４２４，１８８号明細書において、例えば、同一のヌクレオチド配列が互いに直線様式で付着できることが述べられている。また、生成される同一のヌクレオチド配列の鎖は、閉鎖的な環を形成することもできる。米国特許第５，１２４，２４６号明細書において、同一のヌクレオチド配列が枝分かれ構造により互いに結合可能であることが述べられている。この場合、フォーク様枝分かれと櫛様枝分かれとの区別がなされる。いくつかの技術的態様の可能性が枝分かれに関して記載されている（Nucleic Acids Research 16/11,4937-4956,Gene 61,253-264,Nucleic Acids Research 17/17,6959-6967,Clinical Chemistry 35/8,1571-1575(1989),Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 4/8,1011-1018(1994),Nucleic Acids Research Symposium 24,197-200(1991)およびClin.Chem.39/4,725-726(1993)）。また、国際公開第９５／０１３６５号パンフレットにおいて、ホスホロチオエートとハロアシル基との間の反応により側枝が特殊な骨格に結合する枝分かれ法が記載されている。プローブがセカンダリープローブとハイブリダイズするためのいくつかの同一ヌクレオチド配列を有する方法は、較正曲線の感度の上昇をたびたび導くことができる。しかしながら、このために必要なプローブは、１）製造することが難しい、および２）標識プローブは、プローブ上の核酸配列を化学量論的に飽和させないものである。したがって、達成される試験の感度は、ＰＣＲ法よりもずっと低い（AIDS 7/suppl.,11-14(1993);J.Med.Virol.43,262-268(1994);J.Infect.Dis.170,1172-1179(1994);AIDS Res.&Human Retrovir.11/3,353-361(1995)）。
これらの概念のすべてが共有するという１つの特徴は、少なくとも２つの異なる型のプローブ（その１つは多数存在する）が、一本鎖の突出のハイブリダイゼーションの原理に基づき１つの検出可能な増幅単位に凝集されるということである。
したがって、本発明の目的は、従来技術を改良することにあり、特に、直接定量的でありうる高感度の検出方法を開発することにある。
したがって、本発明の主題は、分析対象物質が間接的または直接的にプローブと結合して結合生成物を検出する条件下で、ヌクレオ塩基と２つ以上の非ヌクレオシドの標識誘因基とを含むプローブと試料を接触させることによる試料中の分析対象物質の検出方法である。
本発明の分析対象物質は、試料中のいかなる成分であってもよい。しかしながら、該分析対象物質は、免疫学的にまたは塩基対形成により検出されうる分子であることが好ましい。免疫学的に検出可能な分析対象物質とは、例えば、抗体、抗原またはハプテンである。塩基対形成により検出されうる分析対象物質は、核酸である。それらは、リボ核酸およびデオキシリボ核酸を含む。これらの分析対象物質の型は、提案された方法を用いて実際上いかなる試料においても検出されうる。しかしながら、多くの場合、分析対象物質が検出の容易な型で存在するように試料を前処理することが好ましい。これは、分析物が最初に封入されていた細胞等の区画から分析対象物質を放出することを含む。しかしながら、表面抗原等のその表面上に検出可能な成分を有するならば、分析対象物質それ自体が区画であってもよい。さらに、実際の分析対象物質は、本発明により提供される方法が行なわれる前に、ＰＣＲ法等を用いて増幅されてもよいが、増幅が定量化されうる程度までのみであることが好ましい。血液、尿、痰、または綿棒で採集された標品は、検出に適する試料が生成されうる好適な液体であることがわかった。別の可能な調製工程は、固相上に固定すること等により粘性試料を液化するかまたは分析物を部分精製することである。分析物は、溶解した型または懸濁した型等で、液体中に存在してもよい。しかしながら、分析物も固相に結合してもよい。好適な固相としては、ラテックス粒子、磁気粒子または容器の壁が挙げられる。
本発明のプローブは、第１の核酸型の部分および分析物特異的もしくは分析物との接触を促進する第２の部分を有する分子である。核酸型の部分は、骨格上にヌクレオ塩基を含む。ヌクレオ塩基は、天然の塩基Ａ、Ｇ、Ｃ、ＴおよびＵまたはそれから派生するいかなる塩基をも含む。可能な骨格は、天然の糖リン酸構造である。また、ポリアミド骨格を有する分子も最近記載されている（国際公開第９１／２０７０２号パンフレット等）。プローブは、分析物特異的部分により直接または間接に分析物を結合することができる。直接結合の場合、分析特異的部分の性質は、分析対象物質の型に依存することができる。分析対象物質が免疫学的に作用するならば、結合は、分析物と免疫学的に相補的なパートナーと起こることが可能である。したがって、例えば、抗原を検出するためには、核酸型の部分に共有結合または非共有結合するこの抗原に対する抗体を含むプローブを使用することができる。分析対象物質が核酸であるならば、プローブは、分析物の塩基配列の一部分に相補的なヌクレオ塩基配列を含む。分析物に対するプローブの間接的結合は、分析物と結合可能なプロモータープローブの一部に対して分析物特異的部分を向けることにより達成可能である。したがって、プロモータープローブは、分析物特異的部分および分析物特異的部分と結合可能な部分を含むことが好ましい。この場合、プローブおよびプロモータープローブが塩基対形成により互いに結合することが好ましい。この場合、分析物と相補的な部分およびプローブと相補的な部分を有するプロモータープローブが選択されることが好ましい。本発明の方法の利点は、種々の分析物を検出するために検出対象の分析物の数に相当する比較的単純に構築された複数のプロモータープローブを用いることであるが、１つの比較的複雑な（komplexe）プローブのみを必要とする。
プローブの核酸型の部分は、反応混合物または試料混合物中に見出される他の核酸とハイブリッドを形成することができないような方法で設計される。核酸型の部分は、直鎖状であってもよい。しかしながら、核酸型の部分は、通常立体的に複雑（anspruchsvoll）であり、好ましい態様は、それ自体の内部で多数回枝分かれしている。この部分は、化学的に共有結合した様式で枝分かれしていることが好ましく、（デオキシ−）リボース単位間の官能基により枝分かれしていることが特に好ましい。また、該部分は、複数の同一のヌクレオチド配列を含むことが好ましい。この性質の枝分かれ分子の製造は、以前に記載された従来技術において詳細に記載されている。枝分かれした核酸様部分の製造のためのいくつかの構想を、以下に説明する。
１つの態様によれば、ホスホロアミダイト合成中にＮ4−（Ｎ−（６−トリフルオロアセチル−アミドカプロイル）−２−アミノエチル）−２’−デオキシシチジンを挿入することにより作製される核酸を、ホモ二官能リンカーとしてｐ−フェニレンジイソチオシアネート（ＤＩＴＣ）を用いて架橋し、星状構造多量体等の好適な二本鎖画分を生成混合物から単離する。これらの多量体の製造は、「Luminescence Immunoassay and Molecular Applications」（1990,編者:Knox Van Dyke,CRC Press,Boca Raton,USA）に記載されている。枝分かれのための別の可能性は、ヌクレオチド当たり全部で３つのヒドロキシル基を有する枝分かれしたモノマーにより提供される。５’、３’軸と直交する追加のヒドロキシル基は、例えば、ヘキサメチレン基によりシチジンのＮ４位に結合することが可能である。５’−ヒドロキシル基および（前もって同じ保護基を有する）塩基上に位置するヒドロキシル基は、ホスホロアミダイト手法に従って、オリゴヌクレオチド合成中にヌクレオシドホスホロアミダイトと反応する。結果として、枝分かれモノマーを使用する毎にオリゴヌクレオチド鎖は枝分かれを構築する。保護基を変えることにより、これらの枝分かれモノマーが取り込まれたいかなる箇所でも枝分かれ点を有する直鎖状のＤＮＡ鎖を合成することができる。続く第２のヒドロキシル基の保護基の選択的切断は、側鎖が別々に合成されることを可能にする。これらのセカンダリー配列は、櫛の歯に似たプライマリー配列（櫛構造）から反映される。これらの方法は、例えば、Nucleic Acids Research 17/17,6959-6967(1989)およびNucleic Acids Research Symposium 24,197-200(1991)等に記載されている。
本発明の核心は、プローブはその核酸様部分内に２以上の標識誘因非ヌクレオシド基を有するという事実である。したがって、本発明は、標識プロモーターとして以前に使用されていた長い同一のヌクレオチド配列を、比較的近接した間隔で取り込まれる（そして、骨格から離れて自由にスペースがあることが好ましい）低分子量の相対的に小さな非ヌクレオシド基と置換するという点で従来技術と異なるものである。これらの標識誘因基は、立体的にあまり複雑でない。好ましい標識誘因基は、ハプテン等の相対的に小さい免疫学的に検出可能な基である。本発明に関しては、強力な抗原決定基を示す十分可溶なハプテンが特に好ましい。候補としては、ジゴキシゲニン（米国特許第５，３４４，７５７号明細書）、ニトロフェノール（ジニトロフェノールまたはニトロヨードフェノール等）、ならびに特に、ラクトサミン等の糖または好適な薬剤が挙げられる。他の例としては、例えば、ＥＤＣを介するカルボキサミドとしてのアミノカプロン酸等のアミノスペーサーに結合し、さらにＮＨＳとのエステル化により活性化されて（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル）−ε−アミノカプロイル−ＮＰ−カルボキサミド（これは、例えば、アミノアルキル誘導化ホスホネート架橋、ヌクレオ塩基または糖を攻撃可能にする）を生成する４−ヒドロキシ−３−ニトロ−フェナセチル基（ＮＰ）、例えば、ＥＤＣを介するカルボキサミドとしてのアミノカプロン酸等のアミノスペーサーに結合し、さらにＮＨＳとのエステル化により活性化されて（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル）−ε−アミノカプロイル−ＮＩＰ−カルボキサミド（これは、アミノアルキル誘導化ホスホネートブリッジ、ヌクレオ塩基または糖を攻撃可能にする；特異的＜ＮＩＰ＞抗体が記載されている）を生成する４−ヒドロキシ−３−ヨード−５−ニトロ−フェナセチル基（ＮＩＰ）、ならびに１−ジメトキシトリチル−３−Ｏ−（（Ｎ−（２，４−ジニトロフェニル）−３−アミノプロピル）−トリエチレングリコール）−グリセリル−２−Ｏ−（シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト（ＤＮＰ−ＴＥＧ）（ＤＮＰ−ＴＥＧは、ＤＮＡ合成中にホスファイト法を用いて直接挿入可能である；特異的＜ＤＮＰ＞抗体が記載されている）が挙げられる。
標識誘因基は、合成した後核酸型部分に挿入することができる。これは、例えば、核酸特異的部分を核酸の基と共有結合可能な化合物と反応させることにより達成可能である。これらは、例えば、特に塩基の環外アミノ基等の核酸に結合している官能基と反応可能な試薬を含む。好適な方法は、例えば、欧州特許出願第０  １７３  ２５１号明細書に記載されている。また、核酸を光活性化可能な試薬とフォトカップリングすることにより、標識誘因基を製造することも可能である。この性質の方法は、例えば、米国特許第５，３４４，７５７号明細書に記載されている。この特許は、ジゴキシゲニン基を用いる標識を記載している。
しかしながら、核酸型の部分の合成中にすでに使用されたモノヌクレオチド成分に結合する様式で標識誘因基を使用することも可能である。ホスホロアミダイトは、例えば、標識誘因基または保護された前駆体基が塩基の環外アミノ基または生成したヌクレオシド間ホスホジエステルに結合するホスホロアミダイト合成に使用することができる。
本発明のプローブは、一本鎖の化学合成された化合物であることが好ましい。
別の可能な製造方法は、国際公開第９５／０１３６５号パンフレットに記載の合成方法に基づく。それは、チオホスフェートもしくはジチオホスフェート基とハロアシルもしくはハロアルキル基との非常に効率的なカップリングに基づく。カップリングしてチオホスホリルアセトアミドブリッジを生成するチオホスフェートおよびベータブロモアセトアミド官能基を用いることが好ましい。核酸型部分として使用可能な枝分かれした多量体は、以下のように作製することができる。第１の工程において、５’末端にアミノまたはアミノアルキルを誘導した第１のオリゴヌクレオチドを、Ｎ−ヒドロキシスクシンイメジル（hydroxysuccinimedyl）−ベータ−ブロモアセテートと反応させ、末端にベータ−ブロモアセトアミド官能基を生成させる。第２の工程において、第２のオリゴヌクレオチドを３’−Ｏ−ホスホリル−（２−アミノメチル）−エチル−チオホスフェートエステルとして３’末端に官能基を生成させる。次いで、第２のオリゴヌクレオチドの末端のチオホスフェート基は、第１のオリゴヌクレオチドの５’末端のブロモ置換ベータ−Ｃ原子上で求核的な攻撃で反応し、両オリゴヌクレオチドは連結される。次いで、アミノメチル官能基は、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル−ベータ−ブロモアセテートとの縮合を介してベータ−ブロモアセトアミド官能基に活性化される。
オリゴヌクレオチドのより大きい部分は、多数のオリゴヌクレオチドの３’と５’末端上で対応する官能基化工程を行なうことにより、および前記工程を行なうことにより製造することができる。これらのオリゴヌクレオチド部分は、潜在的な枝分かれ点を表す多くの官能基化されたベータ−ブロモアセトアミド基を有する。また、ホスホロアミダイト合成中にアミノアルキルホスファイト誘導体を用いて、活性化可能なアミノ基をオリゴヌクレオチド鎖に直接挿入することもできる。この方法の有利な点は、潜在的な枝分かれ点を有するプライマリー配列がＣＰＧ担体上で完全に合成できることである。その後の工程において、標識誘因基を用いて官能基化されたヌクレオチドを挿入することにより製造された第３のヌクレオチドを、５’末端上でチオホスフェートエステルに変換する。ここで、枝分かれした多量体は、このオリゴヌクレオチドを挿入されたベータ−ブロモアセトアミド官能基と反応させることにより、直接（鋳型なしで）作製することができる。これらの枝分かれしたマルチマーは、枝分かれ点の数と枝分かれ当たりの検出可能な標識に基づく所望のシグナル増幅に対する基礎を表す。国際公開第９５／０１３６５号パンフレットに記載の方法とは異なり、相対的に短い第３のオリゴヌクレオチドを本発明の方法において挿入することができる。前記したように、それらは、ホスホロアミダイト法により合成されたとき（例えば、欧州特許出願公開第０  ３９９  ３３０号明細書による）等の枝分かれ点に結合したときにすでに標識誘因基で標識されていることが好ましい。
標識誘因基は、間接的に検出されることが好ましい。それは、標識誘因基とアフィニティーを示す基およびシグナル生成成分のコンジュゲートを用いて検出されることが好ましい。アフィニティーを示すかかる基としては、例えば、標識誘因基と免疫学的に反応したり、コンジュゲートを標識誘因基に結合する基が挙げられる。したがって、ハプテンの場合、このハプテンに対する抗体をアフィニティーを示す基として使用することができる。ハプテンがジゴキシゲニンのとき、ジゴキシゲニンに対する抗体を利用してコンジュゲートを形成する。
本発明のシグナル生成成分とは、直接検出可能かまたは好ましくは化学反応において検出可能な成分に変換可能かのいずれかの基である。特に好ましいシグナル生成成分は、相対的に小さいタンパク質であり、具体的にはカルシウムにより活性化可能なフォトタンパク質である。発光を生成可能な分子系のファミリーは、Ｃａ2-活性化可能なフォトタンパク質という概念に分類される。それらは、以下の特徴を共有する：
ａ．物理化学的な側面
−  タンパク質の触媒（＝アポフォトタンパク質）、いまだに強固に非共有結合し、実際の発光剤（＝発光物質）を表す有機化学的基質およびこれも強固に固定された酸素分子（たぶん過酸化水素としてタンパク質と共有結合した）からなる最終型の反応複合体。酸素分子は、発光反応を開始する（＝オキシダント）のに必要である
−  発光反応に必要なすべての成分が結合しているという点で酵素系とは異なる
−  約２２，０００ダルトンの相対的分子量を有する
−  「コエレンテラジン」（［２−（ｐ−ヒドロキシベンジル）−６−（ｐ−ヒドロキシフェニル）−８−ベンジル−７−ヒドロイミダゾピラジン−３−オン］が発光物質である
−  発光のピーク波長（μmax）は、青色の範囲内である（約４７０ｎｍ）
−  発光反応は、アポフォトタンパク質への２−３個のＣａ2+イオンの結合により開始する
−  Ｃａ2+結合ドメインは、ＥＦハンド（＝ヘリックス−ループ−ヘリックス）構造の型でアポフォトタンパク質に存在する
−  発光反応は、雰囲気の酸素に依存しない、すなわち、周囲の空気のＯ2の存在下または非存在下で完全なフォトタンパク質が発光を示す
−  フォトタンパク質の反応は、閃光キネティックスの型で起こる、すなわち、凝縮された光の放出がＣａ2+イオンの添加から生ずる
（Blinks J.R.,ら、Pharmacological Reviews 28/1,1-93,1976を参照）
ｂ．分子生物学的側面
−  １８９〜１９６アミノ酸の長さのペプチドを有する機能的アポフォトタンパク質
−  エクオリン（Prasher D.,ら、Biochemical and Biophysical Research Communications 126/3,1259-1268,1985;Prasher D.,ら、Methods in Enzymology 133,288-299,1986;Prasher D.,ら、Biochemistry 26,1326-1332,1987;Cormier M.,ら、Photochemistry and Photobiology 49/4,509-512,1989）、Obelin（Illarionov Boris A.,ら、Gene 153,273-274,1995）、Clytin（Inouye S.& Tsuji F.,FEBS 315/3,343-346,1993）およびMitrocomin（Fagan T.F.,ら、FEBS 333/3,301-305,1993）のクローニングにより明らかに示されるように、Ｃａ2+により活性化可能なフォトタンパク質ファミリー由来の個々の代表例のヌクレオ塩基とアミノ酸配列との高い一致（＞６０％ホモロジー）。
Ｃａ2+により活性化可能なフォトタンパク質のこのファミリーのすべてのメンバーのうちで、エクオリンが近年最も頻繁に受容体リガンド結合アッセイで使用されている。好ましいタンパク質としては、オベリン、ハリスタウリン（＝ミトロコミン）、フィアリジン（＝クリティン）またはエクオリン等が挙げられる。これらのタンパク質は、すべて、活性化されたときに、光の強度を測定することによりその量と存在の決定を可能にする光シグナルを放出する。伝統的な試験におけるかかるフォトタンパク質の使用およびそれによりシグナル生成を導く機構は、例えば、コーミアー（Cormier,M.L.）ら、Photochem.& Photobiol.49/4,509-512(1989)またはスミス（Smith,D.F.）ら、「Bioluminescence and Chemiluminescence:Current Status（P.Stanley & L.Krick編）,John Wiley and Sons,Chichester,U.K.1991,529-532に記載されている。これらのシグナル生成成分の利点は、他の発光標識系と比べてより短い測定時間、より増加した量の収量ならびに試薬により誘導される低下したバックグランド、すなわち、十分活用できるルミノメーターの技術的な検出レンジとより広範な測定のダイナッミクレンジである。カルシウムにより活性化可能なフォトタンパク質とその補因子の相対的に小さな空間要求性は、コンジュゲートが結合した後に生成するプローブ複合体のサイズを大いに低下させる。また、これらのカルシウムにより活性化可能なフォトタンパク質は、アクリジニウム塩または種々の発色団等にあるようにＤＮＡ構造と相互作用しない。
驚くべきことに、そして一般的な意見に反して、酵素標識と比べてこの方法に酵素が触媒するシグナル増幅が存在しないことは、小さなエクオリンコンジュゲートの最小の非特異的結合、標識および誘因剤由来の最小の化学的ノイズ、高い特異的フォトタンパク質活性ならびに高シグナル／ノイズ比でのエクオリン閃光の非常に正確な測定の組み合わせにより提案された発明において非常に重要である。
シグナル生成成分および標識誘因基にアフィニティーを示す成分は、少なくとも４個好ましくは少なくとも８個の原子の長さを有する十分可溶化するリンカーにより結合することが好ましい。このことは、コンフォメーションの自由度が増加し、より少ない立体障害があることを意味する。このことは、基本的な結合反応もより迅速に起こることが可能であることを意味する。本発明の核心は、プローブに結合した近接したシグナル生成成分間の距離が本発明で非常に小さくなりうるという事実である。これは、特に、従来技術で使用されたヌクレオチドの繰り返し単位を標識誘因基で標識したヌクレオシド誘導体に置換するときに達成される。１つのヌクレオチド鎖上の２つの近接した標識誘因基の中間点間の距離は、本発明では１８または１５ヌクレオチドより小さく、３ヌクレオチドより大きいことが好ましい。
化学的に共有結合した枝分かれ多量体分子における枝分かれ点間の距離は、７ヌクレオチド未満であることが好ましいが、少なくとも１ヌクレオチドであることが好ましい。
標識誘因基は、スペーサー、すなわち、４以上の原子からなる架橋により結合していることが好ましい。枝分かれプローブ、すなわち、多数の枝分かれ点と枝分かれ点に結合した周辺のセカンダリー配列とを有する中心のプライマリー配列を含むプローブにおいて、標識誘因基をプライマリーもしくはセカンダリー配列または両配列のいずれかに挿入することができる。
本発明の方法は、特に核酸試験、すなわち、分析対象物質が核酸である試験で十分作用する。また、本発明の方法の利点は、管壁の表面上に結合したストレプトアビジン等の表面上の検出分子のような非常に簡単な手法において自明である。この場合、プローブは、分析物特異的部分としてビオチン分子を含むオリゴヌクレオチドである。オリゴヌクレオチド部分は、ジゴキシゲニン等の２以上の標識誘因基が結合する核酸型部分である。この方法において、ストレプトアビジンのビオチン結合部位を越える量のプローブを含む溶液をストレプトアビジンで被覆した表面を有する管に満たす。インキュベーション工程の後、過剰のプローブを除去し、ジゴキシゲニンに対する抗体とエクオリンとのコンジュゲートを、固定されたプローブとともに管の中でインキュベートする。次いで、過剰量のコンジュゲートを除去する。次いで、エクオリン標識の決定に必要な試薬を添加し、誘因工程を行なって閃光を測定する。閃光の強度は、エクオリン、よって、結合したプローブの相対量を示す。これは、表面上のストレプトアビジンの量も示す。
本発明の方法の利点は、シグナルを促進するハイブリダイゼーションゾーンを用いる方法よりもプローブがかなり小さくても、依然として同じシグナル強度を保持できることである。枝分かれした核酸の溶解度は、サイズが大きくなるにつれて非常に強く減少することが指摘される。本発明のプローブは、同じ数の標識誘因基を保持しつつ、以前のプローブよりもかなり小さいという事実は、高い溶解度を生じるかまたは、分子のサイズと溶解度が同じままならば、より高い標識密度を生じる。コンジュゲートのプローブに対する結合比は、非ヌクレオシドハプテン基および相対的に小さいシグナル生成成分および、したがって、コンジュゲート（好ましくは１００ＫＤよりも小さい）を用いるならば有意に改良することができる、すなわち、多重標識へのアクセスが改良されることが示された。空間が酵素（アルカリ性ホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ等）−標識検出オリゴマープローブよりも占領されず、より大きなコンフォメーションの自由度が存在するので、このことは達成される。換言すれば、ハプテンと骨格との間および抗ハプテン成分とコンジュゲートのシグナル生成成分との間の適当な空間は、より柔軟な空間の配向性を生じる。これは、分析の定量化をより容易にする。さらに、この性質のハイブリダイゼーションイムノアッセイを用いて、純粋なハイブリダイゼーションアッセイとは異なり、標識とコンジュゲートとのインキュベーションを、添加したコンジュゲートの比活性を保持するという観点からかなりの有利性に移す３７℃等の相対的に穏やかな温度で行なう。他方、純粋なハイブリダイゼーションアッセイにおいて、特異性（可能な最高温度）および標識活性（低温度）に対する要求は相反する。コンジュゲート官能基の温度破壊は、達成されうる分析的試験の感度のレベルを直ちに低下させる。本発明の方法は、プローブの多重標識を改良する。さらに、標識は、シグナル促進ハイブリダイゼーションゾーンに比べて、本発明の方法を用いて分子サイズを有意に増加させることなく骨格のプライマリー配列内に挿入することもできる。また、本発明の方法は、治療法のモニターにおける使用にも適する。
図１は、核酸を検出するために本発明の方法の過程で生成されうる複合体の図である。
図２は、細胞由来のリボ核酸の検出方法の図である。
図３は、細胞のＤＮＡの検出方法の図である。
図４は、実施例で使用されるペプチド（ＭＤＰ）の構造の図である。
図５は、オリゴヌクレオチド１、本発明の枝分かれオリゴヌクレオチドの構築の概略図である。
図６〜１１は、本発明の中間体または最終産物のいずれかとして使用されうる追加のオリゴヌクレオチド配列のリストである。
図１２は、標識基を挿入するために実施例で使用される試薬の構造の図である。
図１３は、核酸を検出するために本方法で作製され使用されるオリゴヌクレオチドに対する比較シグナル測定の図である。
図１は、検出対象の核酸（４）が、例えば、ビオチン化捕捉プローブおよび（ストレプト）アビジン被覆試験担体壁からなる汎用固相への捕捉プローブ（３）により結合されうることを示す。別法として、特別の固相プローブを排除し、反応複合体をビオチン化捕捉プローブにより直接固定することができる。結合した検出対象の核酸を、促進プローブ（５）および本発明のプローブ（６）により固相上で検出する。核酸は、同時に多数の部位で固相上に結合することができる。また、本発明のプローブは、多数の部位で核酸と結合することもできる。それは、ちょうど１つの型のプローブを用いて種々の核酸を検出する場合に有利である。ここで、中間体プローブ（５）は、適用の普遍的性質を確実にする役割を果たす。図１に示されるプローブは、１６の枝分かれ点とそれに結合する１６のセカンダリー配列を有するプライマリー配列から構成される。非ヌクレオシド性標識誘因基（７）は、枝分かれ点と重複しない領域中のプライマリー配列内に挿入される。さらに、各セカンダリー配列は、３つの標識誘因非ヌクレオシド基を含む。本発明のプローブの立体的条件により、非ヌクレオシド標識誘因基の実質的な化学量論的飽和は、標識誘因基に対する抗体とカルシウム依存性フォトタンパク質とからなるコンジュゲートの結合により容易になる。
図２は、細胞由来のリボ核酸（ＲＮＡ）に対する決定手法において行なわれる工程を示す。該手法の開始において、リボ核酸は細胞に存在する。最初の工程において、細胞を破壊して開き（プロテアーゼを用いる溶解等の公知の手法を用いる）、存在するいかなるＲＮアーゼをも分解してＲＮＡを放出させる。次の工程（Ｂ）において、オリゴヌクレオチド（５）、捕捉プローブ（３）およびＲＮＡを含む試料をマイクロタイタープレート中で混合してインキュベートする。これは、固相に結合するように添加した核酸およびプローブを生ずる。次いで、非結合タンパク質成分、過剰の捕捉プローブおよびオリゴヌクレオチド（５）を洗浄除去する。工程Ｃにおいて、本発明のプローブ（６）を、プローブの普遍的なヌクレオチド部分がオリゴヌクレオチド（５）の普遍的な部分とハイブリダイズすることができる条件下で、予想される結合オリゴヌクレオチド（５）の量よりも過剰の量でインキュベートする。過剰の本発明の非結合プローブを洗浄工程で除去する。工程Ｄにおいて、検出対象の核酸およびプローブ分子上に位置する標識誘因非ヌクレオシド基により固相に結合したプローブ分子は、コンジュゲートを添加（８）して混合物をインキュベートしたときに占有される。過剰のコンジュゲートは洗浄除去される。工程Ｅにおいて、シグナル生成成分を検出するために必要な試薬を、この特別の場合における引金としてカルシウムイオンとともに添加する。工程Ｆにおいて、生成する閃光（Ｇ）を測定し、検出対象の核酸の量を直接定量するために相対発光単位（ＲＬＵ）で与えられる測定シグナルとして評価する。閃光シグナルの強度は、結合したコンジュゲートの数、よって、結合した検出対象の核酸の量と直接比例するので、核酸の量を直接閃光強度から決定することができる。
図３に同様の手法を示すが、この場合、検出対象の核酸としてＤＮＡを使用する。まず、細胞を破壊して開きＤＮＡを放出する。また、工程Ａは、存在してもよいいかなる二本鎖ＤＮＡの変性工程も含む。これは、例えば、加熱工程を用いてまたはアルカリ条件下で行なうことができる。
本発明の好ましい特徴は、以下のようである：
１．増幅単位は、個々のプローブのハイブリダイゼーション／凝集を介して試験中に形成しないが、むしろ、それは、計画した構造と配置を有する化学化合物の観点から一定の既成の試薬である。
２．その後に添加された検出プローブに対するハイブリダイゼーションゾーンはないが、むしろ、ハイブリダイゼーションゾーンの通常の長さよりも小さい互いに一定の間隔の低分子のレポーター分子（１６〜２６ヌクレオチド）、すなわち、高いシグナル強度は、同じ分子サイズで達成されることがより簡単である。
３．小さい柔軟な空間のレポーター基を、リンカーを介して柔軟に集合した相対的に小さなコンジュゲートならびに高分子の添加物を有さない小さなシグナル生成引金物質と関連させて使用する。これにより、空間の充填と空間の配向性という観点から立体的有利性によるよりよい機能性が生じる。
４．高密度のレポーター基は、（セルフ）ハイブリダイズするプローブのシグナル促進（核酸様）部分のポテンシャルに干渉する、すなわち、核酸配列上に特異的要求性がないかまたはシグナル生成部分の関連する対称性がない。
５．本発明は、ハイブリダイゼーションイムノアッセイの原理、すなわち、検出試薬の比活性のよりよい保持を用いる。
６．ＤＮＡに対して不活性で高い試験感度を支持する立体的により簡単な検出系に加え、増幅プローブの使用は、エクオリン系のようにサイクルを使用した追加のシグナル増幅ではなく非常に高いシグナル／ノイズ比により特に有利である。
７．したがって、ルミノメーターの全技術的検出範囲を用いることができる、すなわち、広いダイナミックな測定範囲が得られる。
以下の実施例により本発明をさらに詳細に説明する。
実施例１
ジゴキシゲニンに対するポリクローナル抗体およびエクオリン由来のコンジュゲートの合成
以下の組成：
１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、２００ｍＭ  ＮａＣｌ、２ｍＭ  ＥＤＴＡ、２ｍＭ  ＤＴＴ、ｐＨ８．０を有する緩衝液中２．４ｍｇ／ｍｌの濃度で組換えエクオリン（AquaLiteTM,SeaLite Sciences,Inc.）を置く。
攪拌しながら１５倍モル過剰の２−イミノチオラン（＝Trautの試薬）と混合物を２５℃で３０分間反応させることにより、１．２〜１．６の追加のＳＨ基を導入する。２５℃で１５分間以上攪拌しながらＬ−リジンを添加して、反応を停止させる（最終濃度：１０ｍＭ）。反応溶液の緩衝液をコンジュゲート緩衝液のそれに調整して該溶液を濃縮する。
アフィニティークロマトグラフィー（陽性の免疫吸収）を用いて精製した抗ＤＩＧ−Ｆａｂ断片（ヒツジ抗血清から得たもの）を、３０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液、ｐＨ７．１中５ｍｇ／ｄｌ以上の濃度で溶解する。この混合物を、ＤＭＳＯに溶解した（２５℃で６０分間攪拌）１．３〜１．７倍モル過剰のＭＨＳ（マレインイミド−ヘキサノイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミデート）またはＳＭＣＣ（スクシンイミジル−４−［Ｎ−マレイミドメチル］−シクロヘキサン−１−カルボキシレート）と反応させる。これにより、Ｆａｂ断片当たり約１個のＭＨ基の挿入が可能になる。２５℃で３０分間攪拌しながらＬ−リジンを添加して反応を停止させる（最終濃度：１０ｍＭ）。反応溶液の緩衝液をコンジュゲート緩衝液のそれに調整して該溶液を濃縮する。
次いで、２つの活性化成分を、２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、３ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．５中、エクオリン−ＳＨ：Ｆａｂ−ＭＨ＝２．５：１のカップリング比で反応させる。エクオリン−ＳＨの濃度は、約１ｍｇ／ｍｌである。攪拌しながら２５℃で６０分間反応を行なわせる。システインまたはジチオスレイトールを添加して（それぞれ２ｍＭまたは５ｍＭの最終濃度）反応を停止させる。
次いで、生成した＜ＤＩＧ＞−Ｆａｂ−エクオリンコンジュゲートを、電荷による分離（イオン交換カラム、Ｑ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦまたはＤＥＡＥ  ５ＰＷ）と分子サイズによる分離（ゲル濾過カラム、Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ  Ｓ２００−ＨＲ）の組み合わせにより精製する。次いで、それを小容量に濃縮し、分注してＨＥＰＥＳ保存緩衝液中−７０℃で保存する。
分離工程の順序を逆にすることができる。
試験を行なうために、アリコートを融解させ、試験緩衝液で作業溶液濃度まで希釈して同日に使用する。
実施例２
本発明の枝分かれしないプローブの製造（ＴＤＮ）
下記式を有するオリゴヌクレオチドの製造
５’−Ｘ  ＴＴＴ  ＴＴＴ  ＴＡＴ  ＡＹＧ  ＧＧＣ  ＡＴＹ  ＴＧＧ  ＴＧＧ  ＹＣＴ−３’（配列番号：１）
（式中、Ｘはビオチンヘキサプロパノールホスフェートであり、Ｙは３−アミノ−１，２−プロパンジオールホスフェートであり、ここで、Ｙは、その後ジゴキシゲニン−３−Ｏ−メチル−カルボニル−６−アミノカプロン酸−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミドエステルで標識される。）
合成は、ファルマシア製のGene Assembler Plusで使用説明書の標準プロトコールにしたがって行なう。用いるヌクレオチド成分は、標準ホスホロアミダイト５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−ベンゾイル−２’−デオキシアデノシン，３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−ベンゾイル−２’−デオキシシチジン，３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−イソブチリル−２’−デオキシグアノシン，３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイトおよび５’−ジメトキシトリチル−２’−デオキシチミジン，［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト（ＡＢＩ製）である。ビオチンホスホロアミダイト（ＡＢＩ４０１３９５）をｘ位に使用し、９−フルオレニル−メトキシカルボニル−３−アミノ−１−ジメトキシトリチル−２−プロパンジオール−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイトをｙ位に使用する。合成量は、５’−ジメトキシトリチル−２’−デオキシチミジン３−スクシノイル長鎖アルキルアミノ制御孔ガラス担体上で１．３μｍｏｌである。３２％アンモニア溶液中３７℃で２０時間後、オリゴヌクレオチドを担体から分離すると同時にβ−シアノエチル基と遊離のアミノ基の保護基を分離する。未精製の生成物を、０．１ｍのトリエチルアンモニウムアセテート／アセトニトリル勾配を用いてＨＰＬＣ（ＣＳ Chromatography Service製、Lichrosorb RP 18.8 x 250mm）により精製し、透析により脱塩する。溶媒を減圧除去した後、ジゴキシゲニン−３−Ｏ−メチルカルボニル−５−アミノカプロン酸−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミドエステルを用いて、ベーリンガーマンハイムプロトコール（欧州特許出願第０  ３７１  ２６２号明細書）にしたがってオリゴヌクレオチドを標識する。標識反応後、オリゴヌクレオチドを透析し、濃縮して０．１Ｍのトリエチルアンモニウムアセテート／アセトニトリル勾配を用いてクロマトグラフィー（ＣＳ Chromatography Service製、ＨＰＬＣ Lichrosorb RP 18.8 x 250mm）により精製し、次いで透析により脱塩する。ジゴキシゲニン標識は、ゲベエシュ（Gebeyechu,G.）ら(1987),Nucl.Acids Res.15,4513により記載されたように検出する。
実施例３
本発明の方法を用いるマイクロタイタープレート上でのストレプトアビジンの検出と単一標識プローブとの比較
抗ＤＩＧ−ｆａｂ−エクオリンコンジュゲートを用いる試験の感度
試験担体：ＭｉｃｒｏＣｏａｔによりｔＢＳＡ−ＳＡ（サーモＢＳＡストレプトアビジン）で被覆したＮｕｎｃ製白色マイクロタイタープレート、ＭａｘｉＳｏｒｂ型
体積：    ２５μｌＤＩＧ試薬（種々の濃度のモノ−ビオチン−モノ−ジゴキシゲニン−ヘプタペプチド、図４（ＭＤＰ））＋試験緩衝液（約４ｘ１０6ＲＬＵ／試験）中実施例１由来の５０μｌ＜ＤＩＧ＞−エクオリンコンジュゲート
試験フォーマット：１５分間の連続インキュベーション（１工程アッセイ）
Ｂ／ｆ分離：ＳＬＴプレート洗浄器ＳＷ８１２Ａ２、プログ．２（＝４回の洗浄）
試験緩衝液：２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  ＥＧＴＡ、２ｍｇ／ｍｌ  ＢＳＡ、１．５ｍｇ／ｍｌ  ＢＳＡ−ｃ、０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ２０、０．１％（ｗ／ｖ）ＮａＮ3、ｐＨ７．０
測定装置：  Ｄｙｎａｔｅｃｈ  ＭＬ  ３０００プレートリーダー、ピークモード（ピーク前０．１秒＋ピーク後２．０秒）
0004097289.tif 000002
検出下限値*＝0.032pmol/l＝8x10-19mol/ウエル＝約4.8x105分子の分析対象物質
＊０用量で繰り返し測定から０値＋２倍の標準偏差に基づいて計算。
実施例４
モノ−ビオチン−モノ−ジゴキシゲニン−ヘプタペプチド（ＭＤＰ）対モノ−５’−ビオチン−トリ−ジゴキシゲニン−２８マー−オリゴヌクレオチド（ＴＤＮ）の比較評価
試験担体：ＭｉｃｒｏＣｏａｔによりｔＢＳＡ−ＳＡ（サーモＢＳＡストレプトアビジン）で被覆したＮｕｎｃ製白色マイクロタイタープレート、ＭａｘｉＳｏｒｂ型
体積：    ２５μｌＤＩＧ試薬（種々の濃度のモノ−ビオチン−モノ−ジゴキシゲニン−ヘプタペプチド）＋試験緩衝液（約４ｘ１０6ＲＬＵ／試験）中実施例１由来の５０μｌ＜ＤＩＧ＞−エクオリンコンジュゲート
試験フォーマット：１５分間の連続インキュベーション（１工程アッセイ）
Ｂ／ｆ分離：ＳＬＴプレート洗浄器ＳＷ８１２Ａ２、プログ．２（＝４回の洗浄）
試験緩衝液：２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  ＥＧＴＡ、２ｍｇ／ｍｌ  ＢＳＡ、１．５ｍｇ／ｍｌ  ＢＳＡ−ｃ、０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ２０、０．１％（ｗ／ｖ）ＮａＮ3、ｐＨ７．０
測定装置：Ｄｙｎａｔｅｃｈ  ＭＬ  ３０００プレートリーダー、インテグレーションモード
0004097289.tif 000003
注意：
この実験において、ＭＤＰとＴＤＮを連続して分析した。コンジュゲート作業溶液中のその後の架橋反応により、ＭＤＰよりもより（遅く）ＴＤＮで一定量の凝集物が生成した。これは、非特異的結合を変えるという結果となった。しかしながら、この違いは非常に小さいので、より高い特異性で結合するシグナルレベルに有意に寄与する。
その後の実験において、非特異的結合は、両ＤＩＧ試薬が１つの操作で製造されるときはそれらに対してほぼ同一であることが示された（括弧内のＴＤＮとＭＤＰに対する０値を参照のこと）。ブロッキング溶液のみで被覆したプレートを用いる追加の実験において、非特異的結合は全濃度範囲を通じて両ＤＩＧ試薬と事実上同一であることが示唆された。
実施例５
枝分かれオリゴヌクレオチドの合成
この実施例の説明として、図（図５〜１２）が参照される。図５において、Ｘは、３−アミノ−１，２−プロパンジオールホスフェートを介する枝分かれ点を示す。Ｙは、ＤＮＰ−ＴＥＧ−ホスホロアミダイト標識部位を示す。Ｚは、メルカプトヘキシル連結部位を示す。
１．オリゴヌクレオチド合成
一本鎖で直鎖状のオリゴヌクレオチドの配列に関する配列プロトコールを参照する。一本鎖であるが枝分かれしたオリゴヌクレオチドの配列に関する図を参照する。合成は、ファルマシア製のGene Assembler Plusで使用説明書の標準プロトコールとホスホロアミダイトの製造業者により提供されるデータに基づいて行なう。
以下の標準ホスホロアミダイトをヌクレオチド成分として用いる：
５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−ベンゾイル−２’−デオキシアデノシン，３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−ベンゾイル−２’−デオキシシチジン，３’−｛（シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、５’−ジメトキシトリチル−Ｎ−イソブチリル−２’−デオキシグアノシン，３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイトおよび５’−ジメトキシトリチル−２’−デオキシチミジン，［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト（ＡＢＩ製）。枝分かれに関してＸ位に下記を用いる：３−［Ｎ−（９−フルオレニルメトキシカルボニル）−６−アミノカプロン酸］−アミノ−１−（４，４’−ジメトキシトリチル）−１，２−プロパンジオール−２−［２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］ホスホロアミダイト。Ｙ位の標識として下記を用いる：ＤＮＰ−ＴＥＧ−ホスホロアミダイト（図１２、Glen Research 10-1985。Nucleic Acids Research 21,1993,1705-1712も参照される）。結合に関してＺ位に下記を用いる：５’−チオールモディファイヤーＣ６（Glen Research 10-1926）。合成されたオリゴヌクレオチドの量は、５’−ジメトキシトリチル−２’−デオキシチミジン３’−スクシノイル長鎖アルキルアミノ制御孔ガラス担体上で１．３μｍｏｌである。３２％アンモニア溶液中５５℃で５時間後、オリゴヌクレオチドを担体から分離すると同時にβ−シアノエチル基と塩基に不安定なアミノ保護基を分離する。未精製の生成物を、０．１Ｍのトリエチルアンモニウムアセテート／アセトニトリル勾配を用いてＨＰＬＣ（ＣＳ Chromatography Service製、Lichrosorb RP 18.8 x 250mm）により精製し、次いで透析により脱塩する。オリゴヌクレオチド２のチオール基の保護をGlen Research User Guideにより除去し、酢酸で５回抽出し、次いで、Speedvacで凍結乾燥する。
オリゴヌクレオチド１ＸＤＮＰ（＝１Ｘｌｉｎ），２ＸＤＮＰ（＝２Ｘｌｉｎ）および２Ｘ’ＤＮＰ（＝２’Ｘｌｉｎ）およびオリゴヌクレオチド１と２をこれらの明細書にしたがって別々に合成した。
２．オリゴヌクレオチド１のマレインイミド機能
凍結乾燥したオリゴヌクレオチド１を３５０μｌの炭酸水素ナトリウム緩衝液０．１ｍｏｌ／ｌ、ｐＨ８．５に溶解する。５０μｌのアセトニトリル中１ｍｇのマレインイミド−ヘキシル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルの溶液を添加する。サーマルミキサー中２０℃で一晩反応溶液を振盪させる。ＮＡＰ−２５カラム（Pharmacia製）を用いて遊離のマレインイミドと塩からオリゴヌクレオチドを分離し、次いで、それを濃縮して０．１Ｍのトリエチルアンモニウムアセテート／アセトニトリル勾配を用いてクロマトグラフィー（ＣＳ Chromatography Service製、ＨＰＬＣ Lichrosorb RP 18.8 x 250mm）により精製する。透析により調製物を脱塩する。
３．オリゴヌクレオチド１と２の結合反応
５０μｌの０．１Ｍリン酸塩緩衝液ｐＨ６．０に１０ＯＤのオリゴヌクレオチドを溶解し、それを３０ＯＤのオリゴヌクレオチド２に添加する。サーマルミキサー中２０℃で３日間反応ミキサーを振盪させる。８％の調製用ポリアクリルアミドゲルを用いて精製を行なう。この工程において、抽出物オリゴヌクレオチドおよび具体的には６ＸＤＮＰ中間体生成物（＝６ＸｂＮＡ）を所望の８ＸＤＮＰオリゴヌクレオチド（＝８ＸｂＮＡ）から分離する。６ＸＤＮＰオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド１へのオリゴヌクレオチド２の単に１倍のカップリングから生ずる。収量は、６．６ＯＤの８ＸＤＮＰオリゴヌクレオチドと４．８ＯＤの６ＸＤＮＰオリゴヌクレオチドである。純度は、０．１Ｍのトリエチルアンモニウムアセテート／アセトニトリル勾配を用いてＨＰＬＣ（ＣＳ Chromatography Service製、RP 18 Hypersil ODS 4.5 x 250mm）を用いて決定した。
実施例６
ＤＮＰ標識指標プローブを用いるハイブリダイゼーションイムノアッセイ
実施例５に記載の指標プローブを、比較目的のためにハイブリダイゼーションイムノアッセイで試験した。
説明：
・１Ｘｌｉｎ＝ＤＮＰ標識５’末端とＨＢＶオリゴ＃３３−１に相補的な２０ｎｔ配列３’末端を有する直鎖状３１マーＤＮＡオリゴ（図７）。
・２Ｘｌｉｎ（図１３においてはまた２Ｘｅｎｇ（２Ｘｎａｒｒｏｗ））＝２つのＤＮＰ標識（位置１と１１、５’→３’、すなわち、９ｎｔスペーサーにより互いに離れている）とＨＢＶオリゴ＃３３−１に相補的な２０ｎｔ配列３’末端を有する直鎖状４１マーＤＮＡオリゴ。
・２Ｘ’ｌｉｎ（図１３においてはまた２Ｘｗｅｉｔ（２Ｘｂｒｏａｄ））＝２つのＤＮＰ標識（位置１と２１、５’→３’、すなわち、１９ｎｔスペーサーにより離れている）とＨＢＶオリゴ＃３３−１に相補的な２０ｎｔ配列３’末端を有する直鎖状５１マーＤＮＡオリゴ。
・６ＸｂＮＡ＝幹配列に２つと２つの枝分かれ配列のそれぞれに２つの全部で６つのＤＮＰ標識を有する枝分かれした８３マーＤＮＡオリゴ、図１０による。
・８ＸｂＮＡ＝幹配列に２つと３つの枝分かれ配列のそれぞれに２つの全部で８つのＤＮＰ標識を有する枝分かれした１０４マーＤＮＡオリゴ、図１１による。
ＨＢＶ野生型配列に相補的な種々の濃度の５’ビオチン化した２０ｎｔオリゴマーを、固定化試薬と同時に検出対象物質として使用した。
試験フォーマット：
・試験担体：ＳＡで被覆したＮｕｎｃ製白色ＭａｘｉＳｏｒｐTMマイクロタイタープレート。または、Ｄｙｎａｔｅｃｈ製の被覆していない白色ＭｉｃｒｏＬｉｔｅTMマイクロタイタープレート。
・固定：検出対象物質としても機能する０．１〜１０，０００ｐｍｏｌ／ｌの濃度範囲の２０ｎｔ−オリゴ−５’−ビオチン（図７）による。
・ハイブリダイゼーション実験のための試験緩衝液
２５ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ  ｐＨ７．４
１５０ｍＭ  ＮａＣｌ
１０ｍＭ  ＥＧＴＡ
０．５％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ
０．５％（ｗ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０
０．１％ＮａＮ3
０．１５（ｖ／ｖ）ＢＳＡ−ｃ（一部直鎖状にしてアセチル化されたＢＳＡ標品、Aurion/オランダ製）または２００ｍＭ  酒石酸二ナトリウム二水和物の任意に追加した添加剤
・試験フォーマット：３工程遅れた固相アッセイ
・試験工程：２０ｎｔ−オリゴ−ビオチンと記載されたＤＮＰ標識指標プローブのそれぞれ１つとの溶液ハイブリダイゼーションを、被覆していないマイクロタイタープレート中で振盪させながらＲＴで６０分間行なう。マルチチャンネルピペットを用いてＳＡ被覆したマイクロタイタープレートに調製物を移す。ＳＡ−ビオチン相互作用による固定化を促進するために振盪させながら、室温で１５分間インキュベートする。洗浄（すなわち、固相に結合した反応複合体および結合していない反応複合体を分離する）し、次いで、固相に結合したハイブリダイゼーション複合体とＭＡｂ＜ＤＮＰ＞Ｍ−Ｆａｂ−エクオリンコンジュゲート（実施例１で記載された＜ＤＩＧ＞−エクオリンのように作製された）との反応を促進するために振盪させながら、室温で３０分間インキュベートする。再び洗浄し、次いで、エクオリンのバイオルミネッセンスを測定する。シグナルの強度は、分析物の濃度に直接比例する。
・反応体積：５０μｌの２０ｎｔオリゴ−５’−ビオチン（＝分析物）＋５０μｌの指標プローブ。ウエル当たり５０μｌの反応溶液を移す；５０μｌのコンジュゲート。
・洗浄モジュール：ＳＬＴ  Ｃｏｌｕｍｂｕｓ  Ｐｌａｔｅ  Ｗａｓｈｅｒ
・測定モジュール：Ｄｙｎａｔｅｃｈ  ＭＬ  ３０００  Ｐｌａｔｅ  Ｌｕｍｉｎｏｍｅｔｅｒ
・誘因剤：１００ｍＭ  ＣａＣｌ2を有する１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．４
・測定モード：インテグレートされたフラッシュモード、ピーク前０．１秒とピーク後＋１．０秒；高値を得る
実施例６Ａ
記載された試験条件下で２０ｎｔ−ＨＢＶ−オリゴ−５’−ビオチンの０〜１０００ｐｍｏｌ／ｌの濃度範囲を測定した。ＤＮＰ標識プローブは、１０ｎｍｏｌ／ｌの濃度で使用し、＜ＤＮＰ＞エクオリンコンジュゲートは、約１ｘ１０6ＲＬＵ／試験の濃度で使用した。結果を表１に示す。
0004097289.tif 000004
得られた用量応答特性は：
１Ｘｌｉｎに対して標準化したシグナル指数（力学増加（Dynamiksteigerung））
0004097289.tif 000005
１Ｘｌｉｎに基づいて絶対的シグナルは増加する
0004097289.tif 000006
非特異的結合は、ＤＮＰ挿入が増えるにつれて穏やかに増加する。具体的には、しかしながら、特に低濃度の範囲でＤＮＰ標識強度を関数とする特異的結合の巨大な増加が存在する。ＤＮＰの挿入が高くなるにつれて曲線の傾きがよくなる。換言すれば：本発明のシグナル増幅で、「０」から小さい分析物の濃度を区別することがさらに容易である。これは、シグナル指数と１Ｘｌｉｎに比べた絶対的シグナル増加により証明される。
これは、０値の４連の測定の平均から標準偏差の２倍に基づく０〜１０ｐｍｏｌ／ｌの直線回帰を用いて対応する分析感度を計算することにより支持される。
0004097289.tif 000007
６ＸｂＮＡでの例外的に陽性の検出限界は、この場合の極端によい０値の精度による。一般に、検出限界＝ｆ1（ＸＤＮＰ）。
また、表１は、上昇した特異的シグナル生成が全較正曲線を通してＤＮＰ標識強度の関数としての役割を果たすことを示す。
また、本発明の構想は、２Ｘｌｉｎプローブおよび２Ｘ’ｌｉｎプローブとの特異的結合が互いに有意に相違しない、すなわち、２つのハプテン標識（ＭＡｂ＜ＤＮＰ＞Ｆａｂエクオリンとの反応により）は、２つの標識が互いに離れている（９ｎｔまたは１９ｎｔ）かどうかに関わらず、１Ｘｌｉｎと比べてほとんど同じシグナル増加に導くという事実によっても確認される。換言すれば：従来技術と比べて非常に近接した標識部位が、ハプテン標識を柔軟に間隔をあけること（この場合：ＤＮＰ−ＴＥＧ中３−アミノプロピル−トリエチレングリコール−グリセリルスペーサー）および立体的にはほとんど要求しない抗ハプテンコンジュゲート（この場合：＜ＤＮＰ＞Ｆａｂエクオリン［１：１］、Ｍ、約７０ｋＤ、１４原子リンカーを用いて柔軟に連結されている）により理解される。
実施例６Ｂ
１０〜１０，０００ｐｍｏｌ／ｌのファクターにより拡大された測定範囲でコンジュゲート希釈緩衝液に０．１５％ＢＳＡ−ｃを用いることを除いて、実施例６Ａで記載されたように試験を行なった
もう一度、結果（表２を参照）により、２つの方法で本発明の構想を確認する：
−  ２Ｘｌｉｎプローブおよび２Ｘ’ｌｉｎプローブは、特異的結合の形成に関して互いに区別できない、すなわち、高い標識密度が十分理解されうる
−  特異的結合は、正確に、挿入されたＤＮＰ標識の数の関数である、すなわち、標識部位の大多数は十分理解されうる。
0004097289.tif 000008
得られた用量応答特性は：
１Ｘｌｉｎに対して標準化したシグナル指数（力学増加）
0004097289.tif 000009
１Ｘｌｉｎに基づいて絶対的シグナルは増加する
0004097289.tif 000010
実施例６Ｃ
この場合の測定範囲は、０〜１０００ｐｍｏｌ／ｌであった。非特異的結合量を低減するために、２００ｍＭ  酒石酸二ナトリウム二水和物を試験緩衝液に添加し（→塩の豊富な緩衝液の環境）、ＤＮＰプローブ濃度を５ｎｍｏｌ／ｌに下げた。実際、非特異的結合は半減以上された。特異的結合に比べ、初期に記載された結果および、よって本発明の構想は、もう一度確認された。表３が参照される。
0004097289.tif 000011
得られた用量応答特性は：
１Ｘｌｉｎに対して標準化したシグナル指数（力学増加）
0004097289.tif 000012
１Ｘｌｉｎに基づいて絶対的シグナルは増加する
0004097289.tif 000013
実施例６Ｄ
４日間＋２〜８℃で保存した試薬および各１０ｎＭの指標プローブ（実施例６Ｃの５ｎＭの試薬溶液を作製し、４日間＋２〜８℃で保存した１００ｎＭの予備希釈物（Vorverdunnung）から希釈した）を用いたことを除いて、実施例６Ｃに記載のように試験を行なった。
結果を表４に示す。
0004097289.tif 000014
得られた用量応答特性は：
１Ｘｌｉｎに対して標準化したシグナル指数（力学増加）
0004097289.tif 000015
１Ｘｌｉｎに基づいて絶対的シグナルは増加する
0004097289.tif 000016
結論：ハプテンを用いる多重標識と高い標識密度は、溶液中の安定性を低下させない。むしろ、逆が本当である。換言すれば：生成物の安定性は、本発明のシグナル増幅の構想を使用したときには影響されない。
最大特異的結合（１０００ｐｍｏｌ／ｌ分祈物）
1Xlin        実施例６Ｃ（＝新鮮）に比べて３２％の回収
2Xlin                                    ６２％
2X’lin                                  ５３％
6XbNA                                    ６２％
8XbNA                                    ６０％
同様に、電荷を帯びた試薬を用いたこの場合、本発明のシグナル増幅の利点は、シグナル指数とシグナル増加（６ＸｂＮＡから８ＸｂＮＡへの移行での増加に特に注意）を用いて、０値の精度が曲線の傾きに重きをおいている検出限界計算（実施例６Ａと類似）を用いることにより明らかに示される：
0004097289.tif 000017
略号：
ＤＮＰ              ジニトロフェニル
ＨＢＶ              Ｂ型肝炎ウイルス
ＳＡ                ストレプトアビジン
ＢＳＡ              ウシ血清アルブミン
ＲＴ                室温
ＭＡｂ＜Ｘ＞        Ｘに対するモノクローナル抗体
ＤＩＧ              ジゴキシゲニン
ＲＬＵ              相対光単位
ＣＶ                変動係数
配列表
(1)一般情報：
(i)出願人：
(A)名称：ベーリンガー  マンハイム  ゲーエムベーハー
(B)ストリート：サンドホファー  シュトラーセ  116
(C)市：マンハイム
(E)国：ドイツ連邦共和国
(F)郵便番号：68298
(G)電話番号：0621 759 4348
(H)ファクシミリ番号：0621 759 4457
(ii)発明の名称：分析対象物質の検出方法
(iii)配列の数：７
(iv)コンピュータ可読フォーム：
(A)媒体タイプ：フロッピーディスク
(B)コンピュータ：IBM PC互換機
(C)オペレーティング  システム：PC-DOS/MS-DOS
(D)ソフトウェア：パテントイン  リリース#1.0,バージョン#1.30（EPO）
(2)配列番号：１の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：27塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(iii)ハイポセティカル：NO
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：1..27
(D)他の情報：/note=「１位のヌクレオチドは結合したビオチンを含む。Yは6-アミノ-ヘキサン酸で伸長してジゴキシゲニン-N-ヒドロキシスクシンイミドエステルで標識された3-アミノ-1,2-プロパンジオールを意味する。」
(xi)配列：配列番号：１：
0004097289.tif 000018
(2)配列番号：２の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：31塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGと結合したDNPを意味する。」
(xi)配列：配列番号：２：
0004097289.tif 000019
(2)配列番号：３の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：20塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=［5’末端でアミノリンカーAMII（ベーリンガーマンハイム）を介してビオチンが結合している。」
(xi)配列：配列番号：３：
0004097289.tif 000020
(2)配列番号：４の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：41塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=「5’末端でDNP-TEGを介してDNPが結合している。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：11
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(xi)配列：配列番号：４：
0004097289.tif 000021
(2)配列番号：５の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：51塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：21
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(xi)配列：配列番号：５：
0004097289.tif 000022
(2)配列番号：６の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：65塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：11
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：24
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：29
(D)他の情報：/note=「YはここではAM IIIマレインイミドまたはAM III-マレインイミド-S-TTTTTTTTTYTTTTTTTTTYT-3’を意味し、配列中Yは、DNP-TEGを介して取り込まれたDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：34
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：39
(D)他の情報：/note=「Yは29位と同様に定義される。」
(xi)配列：配列番号：６：
0004097289.tif 000023
(2)配列番号：７の情報：
(i)配列の特徴：
(A)配列の長さ：61塩基対
(B)配列の型：核酸
(C)鎖の数：一本鎖
(D)トポロジー：直鎖状
(ii)配列の種類：他の核酸
(A)種類：/desc=「オリゴデオキシリボヌクレオチド」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：１
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：11
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：21
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：26
(D)他の情報：/note=「YはAM IIIマレインイミドまたはAM III-マレインイミド-S-TTTTTTTTTYTTTTTTTTTYT-3’を意味し、配列中、YはDNP-TEGを介して取り込まれたDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：31
(D)他の情報：/note=「YはDNP-TEGを介して結合したDNPを意味する。」
(ix)特徴：
(A)名称/記号：misc＿feature
(B)存在位置：36
(D)他の情報：/note=「Yは26位と同じ意味を有する。」
(xi)配列：配列番号：７：
0004097289.tif 000024
図のリスト
１．マイクロタイタープレートの底または壁。
２．（ストレプト）アビジンで被覆した試験担体壁と、配列が捕捉プローブ（３）の部分配列と相補的な、その壁に固定されたビオチン化固相プローブからなる活性化された固相。
３．検出対象の核酸と相補的な部分ヌクレオチド配列および固相プローブと相補的な部分配列を有する捕捉プローブ。
４．検出対象の核酸。
５．検出対象の核酸の一部に相補的な部分およびヌクレオ塩基（６）を含むプローブの一部に相補的な普遍的部分を含むオリゴヌクレオチド。
６．基本の幹から突き出た櫛様の側腕を有する本発明のプローブ。
７．プライマリー配列またはセカンダリー配列に結合した非ヌクレオシド標識誘因基（ジゴキシゲニン等）。
８．非ヌクレオシド標識誘因基の結合パートナーおよびカルシウム依存性フォトタンパク質のコンジュゲート（抗ジゴキシゲニン  エクオリン等）。
【図１】
0004097289.tif 000025
【図２】
0004097289.tif 000026
【図３】
0004097289.tif 000027
【図４】
0004097289.tif 000028
【図５】
0004097289.tif 000029
【図６】
0004097289.tif 000030
【図７】
0004097289.tif 000031
【図８】
0004097289.tif 000032
【図９】
0004097289.tif 000033
【図１０】
0004097289.tif 000034
【図１１】
0004097289.tif 000035
【図１２】
0004097289.tif 000036
【図１３】
0004097289.tif 000037