【事件の表示】
　特許第６３９７３３５号発明「ＲＮＦ４３変異ステータスを利用したＷｎｔシグナル伝達阻害剤の投与のためのがん患者選択法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６３９７３３５号の請求項１ないし１３に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６３９７３３５号の請求項１〜１３に係る特許についての出願は、平成２５年２月２２日（パリ条約による優先権主張　平成２４年２月２８日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成３０年９月７日にその特許権の設定登録がされ、同年９月２６日に特許掲載公報が発行された。その後、その請求項１〜１３に係る特許について、平成３１年３月２６日に特許異議申立人　猪狩充により特許異議の申立てがされたものである。
　
第２　本件発明
　特許第６３９７３３５号の請求項１〜１３の特許に係る発明（以下、「本件特許発明１〜１３」という。）は、その特許請求の範囲の請求項１〜１３に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。
　
「【請求項１】Ｗｎｔ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、
（ａ）患者からの腫瘍細胞の試料におけるバイオマーカーのレベルを検出する段階であって、前記バイオマーカーは、
　（ｉ）ヘテロ接合性の消失を決定するための、ＲＮＦ４３染色体領域および／またはＺＮＲＦ３染色体領域におけるＤＮＡコピー数、
　（ｉｉ）ＲＮＦ４３遺伝子および／またはＺＮＲＦ３遺伝子の不活性化変異を検出するために配列決定されたがん組織からのゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはＲＮＡ；
　（ｉｉｉ）ＲＮＦ４３　ｍＲＮＡ発現および／またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡ発現；
　（ｉｖ）ＲＮＦ４３タンパク質発現および／またはＺＮＲＦ３タンパク質発現；または
　（ｖ）バイオマーカー（ｉ）〜（ｉｖ）の組み合わせからなる群から選択される、段階、
（ｂ）（ａ）で検出した、腫瘍細胞試料における前記バイオマーカーのレベルを
　（ｉ）Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性と相関している前記バイオマーカーの対照レベル；および
　（ｉｉ）Ｗｎｔ阻害剤に対する耐性と相関している前記バイオマーカーの対照レベルからなる群から選択される前記バイオマーカーの対照レベルと比較する段階；ならびに
（ｃ）患者の腫瘍がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、患者の腫瘍がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または患者の腫瘍がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有し、それにより患者の腫瘍がＷｎｔ阻害剤に対して感受性である可能性が高いことが示される場合に、Ｗｎｔ阻害剤の治療的投与が有益であることが予測されるものとして患者を選択する段階
を含む方法。
【請求項２】Ｗｎｔ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞を少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤に接触させる段階および
（ａ）腫瘍細胞におけるバイオマーカーのレベルを検出する段階であって、前記バイオマーカーは、
　（ｉ）ヘテロ接合性の消失を決定するための、ＲＮＦ４３染色体領域および／またはＺＮＲＦ３染色体領域におけるＤＮＡコピー数；
　（ｉｉ）ＲＮＦ４３遺伝子および／またはＺＮＲＦ３遺伝子の不活性化変異を検出するための、腫瘍細胞からのゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはＲＮＡ；
　（ｉｉｉ）ＲＮＦ４３　ｍＲＮＡ発現および／またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡ発現；
　（ｉｖ）ＲＮＦ４３タンパク質発現および／またはＺＮＲＦ３タンパク質発現；並びに
　（ｖ）バイオマーカー（ｉ）〜（ｉｖ）の組み合わせからなる群から選択される、段階；
（ｂ）（ａ）で検出した、腫瘍細胞における前記バイオマーカーのレベルを対照レベルと比較する段階；及び
（ｃ）腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと決定する段階
を含む方法。
【請求項３】ＲＮＦ４３染色体領域におけるＤＮＡコピー数の検出が、配列番号１の配列を有するヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いたハイブリダイゼーションによるものである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】ＺＮＲＦ３染色体領域におけるＤＮＡコピー数の検出が、配列番号２の配列を有するヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いたハイブリダイゼーションによるものである、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】ＺＮＲＦ３染色体領域におけるＤＮＡコピー数の検出が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によるものである、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】ＲＮＦ４３　ｍＲＮＡの発現が、配列番号１の配列を有するヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いたハイブリダイゼーションにより測定されるものである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項７】ＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡの発現が、配列番号２の配列を有するヌクレオチドにハイブリダイズするプローブを用いたハイブリダイゼーションにより測定されるものである、請求項１、２または６に記載の方法。
【請求項８】ＲＮＦ４３タンパク質の発現が、免疫組織化学により測定されるものである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項９】比較する段階が、腫瘍細胞における前記バイオマーカーレベルを、Ｗｎｔ阻害剤に対して耐性である１つまたは複数の対照細胞における前記バイオマーカーの対照レベルと比較することを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】比較する段階が、腫瘍細胞における前記バイオマーカーレベルを、Ｗｎｔ阻害剤に対して感受性である１つまたは複数の対照細胞における前記バイオマーカーの対照レベルと比較することを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性と相関している前記バイオマーカーの対照レベルが予め決定されている、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】Ｗｎｔ阻害剤に対する耐性と相関している前記バイオマーカーの対照レベルが予め決定されている、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】Ｗｎｔ阻害剤が、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその医薬的に許容される塩である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。」
　
第３　申立理由の概要及び証拠方法
　特許異議申立人が請求項１〜１３に係る特許に対して申し立てた特許異議申立理由の概要及び証拠方法は、次のとおりである。
　
１　理由１：甲第１号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　本件特許発明１〜２、５、８〜９は、甲第１号証に記載されたものであるか、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明１〜２、５、８〜９は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜２、５、８〜９は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜２、５、８〜９は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　本件特許発明３〜４、６〜７、１０〜１３は、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明３〜４、６〜７、１０〜１３は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明３〜４、６〜７、１０〜１３は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
２　理由２：甲第１号証の２に基づく拡大先願違反（特許法第２９条の２）
　本件特許発明１〜１３は、甲第１号証の２（特願２０１４−５２０７７２号（特表２０１４−５２０５６６号））に記載されたものであるから、特許法第２９条の２の規定に違反して特許されたものである。
　
３　理由３：甲第７号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　本件特許発明１〜１３は、甲第７号証に記載されたものであるか、甲第７号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明１〜１３は、甲第７号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜１３は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜１３は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
４　理由４：甲第８号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　本件特許発明１〜１３は、甲第８号証に記載されたものであるか、甲第８号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明１〜１３は、甲第８号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜１３は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜１３は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
５　理由５：甲第９号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　本件特許発明１は、甲第９号証に記載されたものであるか、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明１は、甲第９号証に記載された発明及び甲第５又は６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　本件特許発明２〜１３は、甲第９号証に記載されたものであるか、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明２〜１３は、甲第９号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明２〜１３は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明２〜１３は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
６　理由６：甲第１０、３、１１〜１３号証を主引用例とした進歩性欠如（特許法第２９条第２項）
　本件特許発明１〜１３は、甲第１０、３、１１〜１３号証のいずれかに記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項並びに甲第９、１１号証に記載されている周知事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜１３は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
７　理由７：実施可能要件違反及びサポート要件違反（特許法第３６条第４項第１号及び特許法第３６条第６項第１号）
（１）腫瘍細胞増殖の高い感受性は予測できないことについて
　本件特許明細書の実施例には、不活性変異を有するＲＮＦ４３遺伝子を有する細胞株として、７つのがん細胞株が開示され、これらのうちの３つ、ＨＰＡＦＩＩ、ＰａＴｕ−８９８８Ｓ及びＣａｐａｎ−２は、増殖アッセイにおいてＬＧＫ９７４によって阻害されることが開示されているが、他の４つの細胞株は、ＬＧＫ９７４による増殖阻害はほとんど又は全くないことが示されているから、「不活性変異を有する」という指標のみで、Ｗｎｔ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の有無を決定することはできない。
　本件特許明細書の表２の１０個の細胞株のうち、増殖アッセイにおいてＬＧＫ９７４に対して感受性の高い増殖を示すのは、ＨＰＡＦＩＩ及びＰａＴｕ−８９８８Ｓの２つのみであるから、「ヘテロ接合性の消失」のみでは、Ｗｎｔ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を正確に予測することはできない。
　本件特許明細書には、「ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少」のみで、Ｗｎｔ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測できることを実証したデータは記載されていないので、上記指標を使用できるとは理解できない。
　したがって、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（２）患者にとっての有益の予測について
　本件特許明細書には、具体的に何が患者にとっての「有益」であるかについて何ら記載されていないので、当業者は、患者を選択するために必要な基準を認識することができないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（３）「対照」について
　請求項１には「対照レベル」という記載があるが、「対照レベル」との記載に基づいて具体的なレベルを特定することはできず、また、その定義は本件特許明細書中に記載されていないので、当業者が患者のバイオマーカーのレベルと何らかの意味のある比較を行うことは不可能であり、そして、「感受性と相関している対照」は、Ｗｎｔ阻害剤に対する任意のレベルの感受性を有するすべての対照細胞株を包含するが、例えば、「感受性と相関している対照」として、ＰＫ１を用いて患者の腫瘍細胞と比較した場合、Ｗｎｔ阻害剤に対する患者の腫瘍細胞の増殖の感受性の予測を行うことができないし、また、「耐性と相関している対照」は、Ｗｎｔシグナル伝達が不活性であることに起因するいかなる応答をも引き起こさない細胞株のみを包含する（本件特許明細書の段落【００５４】及び【００９５】）が、健康細胞又は腫瘍細胞がＷｎｔ阻害剤の作用に完全に耐性であることを予測することは不可能であるから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（４）バイオマーカーとしてＺＮＲＦ３を使用できないことについて
　本件特許明細書の実施例で具体的に記載されているのは、ＲＮＦ４３のみで、ＺＮＲＦ３については具体的に記載されておらず、また、ＲＮＦ４３とＺＮＲＦ３が機能的ホモログであることを根拠にしているが、両者の機能が類似であったとしても、両者のレギュレーションも類似になるとはいえず、ＲＮＦ４３の結果をＺＮＲＦ３にそのまま適用することはできないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（５）すべてのＷｎｔ阻害剤について、阻害に対する増殖感受性は予測できないことについて
　本件特許明細書の実施例で具体的に記載されているのは、ＬＧＫ９７４のみで、Ｗｎｔ阻害剤には他にも異なるＷｎｔシグナル伝達を標的とするものがあり、ＬＧＫ９７４の結果をそれ以外のＷｎｔ阻害剤にも適用することはできないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（６）「ＲＮＦ４３及び／又はＺＮＲＦ３」の両方は使用できないことについて
　本件特許明細書には、どのような場合に一方若しくは両方の使用するのか、それらの相対的な重要性について何ら記載されていないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（７）請求項２の「腫瘍細胞に接触させる段階」について
　本件特許明細書には、「腫瘍細胞を少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤に接触させる段階」の特徴が定義されていないので、どのように実施するのか把握することができないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明２〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明２〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（８）本件特許の方法は、すべての腫瘍細胞について使用することができないことについて
　本件特許明細書の実施例で具体的に記載されているのは、膵臓がん細胞株のみで、ＲＮＦ４３、ＺＮＲＦ３が、どのような腫瘍で変異しているのか具体的に記載されていないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
（９）不活性化変異の存在の測定は過度の試行錯誤を要することについて
　本件特許明細書は、「不活性化変異」の特定、特に、保存性残基におけるミスセンス変異の特定に関して、これをどのように達成するのか何ら指針が示されておらず、ＰａＴｕ−８９８８Ｓ細胞とＰａＴｕ−８９８８Ｔ細胞の試験結果から、Ｆ６９Ｃ変異が、不活性変異を構成したと知ることは不可能であるから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜１３の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものではない。
　
８　理由８：新規事項の追加（特許法第１７条の２第３項）
　平成２９年１１月７日付けの補正書により、請求項２の「（ｃ）腫瘍細胞における前記バイオマーカーレベルと対照レベルの差に基づいて、Ｗｎｔ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を決定する段階」が、「（ｃ）腫瘍細胞が不活性化ＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと決定する段階 」に補正されたが、補正後の「感受性である可能性が高いと決定する」態様が、請求項２記載に方法により特定される結果であることは、特許明細書には何ら根拠がなく、また、補正後の請求項２記載に方法において、感受性の決定に使用されるバイオマーカーにおける上記のような特定の変化について、特許明細書には何ら根拠がないから、上記補正書による補正は、新規事項を追加するものであるから、特許法第１７条の２第３項の規定に違反して特許されたものである。
　
９　証拠方法 
（１）甲第１号証：国際公開第２０１３／０１１４７９号
（２）甲第１号証の２：特表２０１４−５２０５６６号公報
（３）甲第２号証：Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２００９）Ｖｏｌ．５，Ｎｏ．２，ｐ．１００−１０７
（４）甲第３号証：Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（２０１１）Ｖｏｌ．７１，Ｎｏ．２４，Ｓｕｐｐｌ．，Ａｂｓ．ＰＤ０８−１１
（５）甲第４号証：Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．（２０１１）Ｖｏｌ．１，Ｎｏ．１６１，ｐ．１−７
（６）甲第５号証：Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２００７）Ｖｏｌ．２６，Ｎｏ．２０，ｐ．２８７３−２８８４
（７）甲第６号証：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１）Ｖｏｌ．１０８，Ｎｏ．５２，ｐ．２１１８８−２１１９３
（８）甲第７号証：Ｎａｔｕｒｅ（２０１２．Ａｐｒｉｌ）Ｖｏｌ．４８５，Ｎｏ．７３９７，ｐ．１９５−２００
（９）甲第８号証：Ｎａｔｕｒｅ（２０１２．Ａｕｇ．）Ｖｏｌ．４８８，Ｎｏ．７４１３，ｐ．６６５−６６９
（１０）甲第９号証：Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（２００７）Ｖｏｌ．６７，Ｎｏ．９，Ｓｕｐｐｌ．，Ａｂｓ．１２７０
（１１）甲第１０号証：Ｃｅｌｌ　Ｒｅｓ．（２００５）Ｖｏｌ．１５，Ｎｏ．１，ｐ．２８−３２
（１２）甲第１１号証：Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ（２００７）Ｖｏｌ．１３２，ｐ．６２８−６３２
（１３）甲第１２号証：Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２００６）Ｖｏｌ．２５，Ｎｏ．２９，ｐ．４１１６−４１２１
（１４）甲第１３号証：ＥＭＢＯ　Ｊ．（２０１０）Ｖｏｌ．２９，Ｎｏ．１３，ｐ．２１１４−２１２５
（１５）甲第１４号証：Ｎａｔ．Ｍｅｄ．（２００４）Ｖｏｌ．１０，Ｎｏ．１，ｐ．５５−６３
（１６）甲第１５号証：Ｄｉａｂｅｔｅｓ（２００３）Ｖｏｌ．５２，Ｎｏ．３，ｐ．５８８−５９５
（１７）甲第１６号証：「Ｓｍａｌｌ　ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ　ｉｎ　Ｗｎｔ　ｓｉｇｎａｌｉｎｇ」（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｅｂ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｇｒｏｕｐ／ｎｕｓｓｅｌａｂ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｗｎｔ／ｓｍａｌｌｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）
（１８）甲第１７号証：欧州特許出願公開第２２７５５４４号、第１頁〜第３頁
（１９）甲第１８号証：米国仮特許出願第６１／６０４２９０号
（２０）甲第１８号証の２：米国仮特許出願第６１／６０４２９０号の翻訳文
　
第４　甲号証の記載
　甲第１号証の２（甲第１号証）〜甲第１３号証には、以下の事項が記載されている（英語で記載されている証拠は、日本語訳で摘記する。）。
　
１　甲第１号証の２（甲第１号証）：特表２０１４−５２０５６６号公報
　
（甲１−１）「本発明は、（本明細書において記載される）方法にも関し、当該方法は、
　抽出された医療対象者の組織の試料において測定されるＷｎｔ経路の標的遺伝子の組のうち２つ、３つ、若しくはそれ以上の標的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づき医療対象者の組織におけるＷｎｔ経路の活性を推量するステップ、・・・を含む。」（【００２６】）
　
（甲１−２）「好ましくは、前記Ｗｎｔ経路の標的遺伝子の組は、ＫＩＡＡ１１９９、ＡＸＩＮ２、ＲＮＦ４３、ＴＢＸ３、ＴＤＧＦ１、ＳＯＸ９、ＡＳＣＬ２、ＩＬ８、ＳＰ５、ＺＮＲＦ３、ＫＬＦ６、ＣＣＮＤ１、ＤＥＦＡ６、及びＦＺＤ７を含むか若しくは該標的遺伝子から成る群から選択される少なくとも９つ、好ましくは全ての標的遺伝子を含み、」（【００２７】）
　
（甲１−３）「本発明に従って使用されることになる１つ又は複数の試料は、好ましくは生検手順又は他の試料抽出手順を介した、例えば、乳房病変から、又は、結腸癌を有すると知られるか若しくは結腸癌を有するのではないかと疑われる医療対象者の結腸から、又は、肝癌を有すると知られるか若しくは肝癌を有するのではないかと疑われる医療対象者の肝臓等から得られる試料であり得る。試料が抽出される組織は、例えば、結腸、乳房、肝臓、又は、結腸、乳房、肝臓、若しくは他の臓器の外に広がる他の臓器から生じる（疑われる）悪性の組織等、転移性の組織であってもよい。一部の例において、組織試料は、循環性腫瘍細胞、すなわち、血流に入った腫瘍細胞であってもよく、さらに、適した単離技術を使用して抽出される組織試料として抽出してもよい。」（【００２９】）
　
（甲１−４）「標的遺伝子の発現レベルは、マイクロアレイの対応するプローブセットの測定された強度に基づいて計算されてもよく、たとえば加算平均又は他の技術の他の手段（たとえば、ＲＮＡ配列）によって計算されてもよい。・・・・・・確率モデルは、任意で、変異、コピー数多型、遺伝子発現、メチル化、転座情報などの、ゲノム配列を変更する追加のゲノム情報を取り入れてもよく、当該ゲノム配列は、経路のシグナルカスケードに関連して経路の活性を推量し且つ（活性又は不活性のいずれかの）機能異常を引き起こすＷｎｔ経路における欠陥を特定し、このことはメチル化及びコピー数データの例示的なケースについての図７の例示的な参照に記載の通りである。」（【００４８】、【００４９】）
　
（甲１−５）「前記１つ又は複数の細胞シグナル経路の異常な機能を矯正する薬物を前記医療対象者に対して処方することを勧めるステップをさらに含み、・・・、請求項１乃至１１のいずれか一項に記載の方法。」（【請求項１２】）
　
（甲１−６）「本明細書において記載される本発明は、例えば、・・・
−予測される（推量される）活性に基づく薬効の予測、・・・
に関しても有利に使用することができる。」（【００３８】）
　
（甲１−７）「ＣＤＳシステム１０は、（異常な経路の活性が過度に高い活性であることを仮定して）この特定の経路に対する一般的な抑制薬物の処方を勧めるデフォルトの勧告２８を提供することができる。」（【０１５８】）
　
（甲１−８）「他の熟考される測定アプローチは、病理学スライド上で行われる、免疫組織化学（ＩＨＣ）、細胞学、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、又は、近接ライゲーションアッセイ等を含む。マイクロアレイ処理、質量分析、遺伝子配列決定、又は、他の研究技術によって生じることができる他の情報は、メチル化情報を含む。そのようなゲノム及び／又はプロテオミクスの測定の種々の組み合わせもまた行ってもよい。」（【０１５１】）
　
（甲１−９）「図３５は、ＧＳＥ２０９１６データセットにおける、バーの色によって示された分類によってグループ化された結腸試料の予測したＷｎｔ活性を示しており、試料に対して、縦軸上のロジットＰ（Ｗｎｔオン）として描かれており、横軸上のバーによって例示されている。全ての正常な結腸試料は、健康な組織の試料であることに基づき、不活性の経路を有する（スコア＜０）と正しく予測されている。４つの試料以外の、活性の経路を有すると疑わしい試料は全て、活性のＷｎｔ経路を有すると予測されている。」（【００９９】）
　
２　甲第２号証：Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２００９）Ｖｏｌ．５，Ｎｏ．２，ｐ．１００−１０７
　
（甲２−１）「・・・・・・我々は、Ｗｎｔ経路応答を阻害する２つの新規クラスの小分子を発見した。・・・・・・我々は、がん性の細胞増殖を標的とするために作用機構ベースのアプローチを確立した。・・・・・・」（要約）
　
３　甲第３号証：Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（２０１１）Ｖｏｌ．７１，Ｎｏ．２４，Ｓｕｐｐｌ．，Ａｂｓ．ＰＤ０８−１１
　
（甲３−１）「Ｗｎｔリガンドは、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）誘発性乳がん発生の誘発におけるその形質転換活性に基づいて最初に発見された。Ｗｎｔシグナル伝達は、乳腺の正常な発達に必要であり、そして、Ｗｎｔシグナル伝達の調節異常は、がん、とりわけ乳がん及び結腸がんに関係している。さらに、小葉乳がんは、一般にＥ−カドヘリンの発現低下を示し、これが細胞質への膜結合β−カテニンの放出をもたらし、Ｗｎｔリガンドの存在下でＷｎｔシグナル伝達を潜在的に増加させる可能性がある。」（第１頁第１行〜第１１行）
　
（甲３−２）「ポーキュパインの阻害は、ＬＲＰ６リン酸化やＡｘｉｎ２等のＷｎｔ標的遺伝子の発現などの、Ｗｎｔリガンド依存性の活性をブロックし、それにより自己分泌又は傍分泌のＷｎｔシグナル伝達依存性のがん細胞の増殖を抑制する。ｉｎ　ｖｉｔｒｏ及びｉｎ　ｖｉｖｏでＷｎｔ経路を阻害する、選択的かつ経口生体利用性のポーキュパイン阻害剤（ＮＰＶ−ＬＧＫ９７４）が医薬品化学最適化によって開発された。前臨床評価において、当該化合物はｉｎ　ｖｉｖｏでＷｎｔ経路シグナル伝達を強力に抑制し、ＭＭＴＶ−Ｗｎｔ１駆動のマウス乳がんモデルにおいて腫瘍を退化させた。」（第２頁第６行〜第１７行）
　
４　甲第４号証：Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．（２０１１）Ｖｏｌ．１，Ｎｏ．１６１，ｐ．１−７
　
（甲４−１）「ＲＮＦ４３は、Ｅ３ユビキチンリガーゼをコードし、Ｅ３ユビキチンリガーゼは、直腸がんで発現し、かつ、卵巣がんで変異している。」（第５頁右欄第１６行〜第１８行）
　
５　甲第５号証：Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２００７）Ｖｏｌ．２６，Ｎｏ．２０，ｐ．２８７３−２８８４
　
（甲５−１）「
表２　ＧＩＮＩを用いて特定された、結腸がんにおいて変異された遺伝子」（第２８７９頁、表２）
　
６　甲第６号証：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１）Ｖｏｌ．１０８，Ｎｏ．５２，ｐ．２１１８８−２１１９３
　
（甲６−１）「８つの管内乳頭状粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ）のうち、６つ、及び、粘液性嚢胞性腫瘍（ＭＣＮ）のうち３つは、内在性Ｅ３ユビキチンリガーゼ活性を有するタンパク質をコードする遺伝子であるＲＮＡ４３の変異を保有していた。ヒトのがんのいずれにおいても、ＲＮＦ４３の遺伝的な改変は従前知られていなかった。ＲＮＦ４３における不活性化変異の優位性は、ＲＮＦ４３がＩＰＭＮ及びＭＣＮの両方の抑制因子であることを明確に確立している。」（要約、第１６行〜第２２行）
　
（甲６−２）「ＲＮＡ４３によりコードされるタンパク質は、強力なＥ３ユビキチンリガーゼ活性を有することが示された。」（第２１１９１頁右欄第９行〜第１１行）
　
７　甲第７号証：Ｎａｔｕｒｅ（２０１２．Ａｐｒｉｌ）Ｖｏｌ．４８５，Ｎｏ．７３９７，ｐ．１９５−２００
　
（甲７−１）「我々は、細胞表面膜貫通型Ｅ３ユビキチンリガーゼジンク及びリングフィンガー３（ＺＮＲＦ３）及びそのホモログリングフィンガー４３（ＲＮＦ４３）が、Ｗｎｔシグナル伝達の負のレギュレーターであることをここに示す。」（要約、第２行〜第４行）
　
（甲７−２）「Ｗｎｔシグナル伝達の障害は、変性疾患又はがんを引き起こす可能性がある。」（第１９５頁左欄第６行〜第７行）
　
（甲７−３）「ＲＮＦ４３ではなくＺＮＲＦ３の枯渇は、外因性Ｗｎｔ３ａの非存在下又は存在下でＳＴＦ活性を強く増加させた（図１ｂ及び補足図４ａ）。」（第１９５頁右欄下から第９行〜第７行）
　
（甲７−４）「さらに、野生型ＺＮＲＦ３の過剰発現は、Ｗｎｔ３ａ誘導性ＳＴＦ活性化を減少させたが、ＲＩＮＧドメインを欠くＺＮＲＦ３（ＺＮＲＦ３　ΔＲＩＮＧ）の過剰発現は、ＳＴＦ活性を強く増加させた（図１ｃ）。」（第１９５頁右欄下から第４行〜第１行）
　
（甲７−５）「さらに、Ｗｎｔ分泌を遮断するポーキュパイン阻害剤であるＩＷＰ−２は、外因性Ｗｎｔ３ａの非存在下、ＺＮＲＦ３　ｓｉＲＮＡ又はＺＮＲＦ３　ΔＲＩＮＧにより誘導したβ−カテニン蓄積及びＳＴＦ活性化を完全に阻害した（図１ｄ、ｅ及び示されていないデータ）。」（第１９６頁左欄第９行〜第１２行）
　
（甲７−６）「我々の知る限り、ＲＮＦ４３は、がんにおいて変異している最初の上流Ｗｎｔ経路の要素である。このことは、Ｗｎｔ阻害剤の開発のための絶好の機会を提供する。ポーキュパイン阻害剤やタンキラーゼ阻害剤などの様々な化合物が、ＲＮＦ４３変異を有するがんの治療について試験すべきである。」（第１９９頁右欄第７行〜第１２行）
　
８　甲第８号証：Ｎａｔｕｒｅ（２０１２．Ａｕｇ．）Ｖｏｌ．４８８，Ｎｏ．７４１３，ｐ．６６５−６６９
　
（甲８−１）「関連するＲＮＦ４３及びＺＮＲＦ３の膜貫通型Ｅ３ユビキチンリガーゼは、ＬＧＲ５＋幹細胞において特徴的に発現していることを見出した。」（要約、第３行〜第５行）
　
（甲８−２）「我々は、ＲＮＦ４３及びＺＮＲＦ３が、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ受容体を選択的にユビキチン化し、それによりこれらのＷｎｔ受容体を分解の標的とすることによって、Ｗｎｔシグナルを抑制すると結論づける。」（要約、第１５行〜第１８行）
　
（甲８−３）「低用量のタモキシフェンを使用したＲＮＦ４３及びＺＮＲＦ３のクローン除去によって１ヶ月以内に腺腫形成が生じた（図２ｉ）。」（第２頁左欄第１６行〜第１７行）
　
（甲８−４）「我々は、変異幹細胞がパネート細胞由来のＷＮＴ３に高感受性であり、それによりＲＳＰＯ１（Ｒ−スポンジン１）非依存性になると提案した。これをテストするために、我々は、培養物をポーキュパインの低分子阻害剤で処理してパネート細胞による機能的ＷＮＴ３の分泌を遮断した。阻害剤処理は、５日以内に野生型及びＲｎｆ４３　Ｚｎｒｆ３変異体オルガノイド培養物の両方の死をもたらし、パネート細胞由来のＷＮＴ３が実際に必須であることを示した（補足図９ｇ、ｉ）。」（第２頁右欄第２行〜第９行）
　
（甲８−５）「しかしながら、ＡＰＣ−変異腺腫とは異なり、ＲＮＦ４３及びＺＮＲＦ３変異を有する腫瘍は、その変異クローン中のパネート細胞からのパラクリンＷｎｔ要素に依存する。」（第４頁左欄第６行〜第９行）
　
（甲８−６）「我々の発見は、ＲＮＦ４３に変異を有すると特定されたヒト腫瘍が、Ｗｎｔ分泌又は受容体活性化のレベルで作用するＷｎｔ経路阻害剤によって治療できる可能性があることを示す。」（第４頁左欄第１７行〜第２０行）
　
９　甲第９号証：Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（２００７）Ｖｏｌ．６７，Ｎｏ．９，Ｓｕｐｐｌ．，Ａｂｓ．１２７０
　
（甲９−１）「古典的Ｗｎｔシグナリングは、胚発育及び結腸を含む様々な組織の腫瘍形成において重要である。」（第１頁第１行〜第３行）
　
（甲９−２）「具体的には、いくつかのｗｎｔ標的遺伝子（Ｅｐｈｂ２及びＴＩＡＭ１遺伝子を含む）は、動物モデルにおいて腫瘍の進行を抑制するように機能し得る。」（第１頁第９行〜第１１行）
　
（甲９−３）「我々は、何百もの結腸直腸腺腫及びがん、リンパ節及び肝転移を含む組織マイクロアレイを用いて、免疫組織化学又はｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのいずれかにより７つの推定ｗｎｔ標的遺伝子（Ａｘｉｎ２、Ｒｎｆ４３、Ｇｐｒ４９、Ａｓｃｌ２、Ｓｏｘ４、Ｅｐｈ８２及びＰｌａ２ｇ２ａを含む）の発現の系統的な特徴付けを行い、その結果を異常なβ−カテニン発現と関連づけた。」（第１頁第１１行〜第１９行）
　
（甲９−４）「７つの遺伝子すべてが、正常結腸の陰窩の基部で高レベルの発現を示し、これは異常なβ−カテニン発現を示す細胞と一致する。正常結腸上皮と比較して、これらの遺伝子の発現は、大部分の腺腫において有意に高かった。」（第１頁第１９行〜第２４行）
　
（甲９−５）「これら７つの遺伝子のそれぞれの発現は、異常なβ−カテニン発現と有意に関連しており、それらがＷｎｔ標的遺伝子であることを裏付けるさらなる証拠を提供している。」（第１頁第２４行〜第２頁第３行）
　
（甲９−６）「カプランマイヤー生存分析に基づいて、高い平均遺伝子発現を有する結腸がんは、デュークス病期Ｂ期及びデュークス病期Ｃ期の患者の両方において、全体的な無病生存期間の延長と関連していた。さらに、肝転移は、原発性結腸がんと比較して低い平均遺伝子発現を示す傾向があった（＜０．００１）。」（第２頁第１５行〜第２１行）
　
（甲９−７）「我々の結果は、ｗｎｔシグナル伝達の活性化及びこれら７つのｗｎｔ標的遺伝子の誘導が腺腫期の初期に起こることを示唆するが、攻撃的な腫瘍性質と相関する浸潤性がんにおいてこれらの遺伝子は進行的にダウンレギュレーションする傾向がある。」（第２頁第２１行〜第２６行）
　
（甲９−８）「これらのｗｎｔ標的遺伝子の組み合わせた発現レベルの強力な予後予測力は、補助化学療法を受けるためのハイリスク患者のサブグループを同定することを可能にし得る。最後に、我々の結果は、ｗｎｔシグナル伝達の機能の複雑さを支持し、ｗｎｔ阻害剤を利用する治療戦略における注意を要求する。」（第２頁第２６行〜第３２行）
　
１０　甲第１０号証：Ｃｅｌｌ　Ｒｅｓ．（２００５）Ｖｏｌ．１５，Ｎｏ．１，ｐ．２８−３２
　
（甲１０−１）「Ｗｎｔシグナル伝達の異常は、ヒトの変性疾患及びがんを引き起こす。」（要約、第５行〜第６行）
　
（甲１０−２）「成人において、Ｗｎｔ経路の誤制御もさまざまな異常や疾患につながる。」（第３０頁右欄第１５行〜第１６行）
　
１１　甲第１１号証：Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ（２００７）Ｖｏｌ．１３２，Ｎｏ．２，ｐ．６２８−６３２
　
（甲１１−１）「ほとんどすべての結腸直腸がん（ＣＲＣ）が、Ｗｎｔ経路における活性化変異によって開始される。」（第６２８頁本文左欄第１行〜第３行）
　
（甲１１−２）「
表１　ｄｎＴＣＦの過剰発現により４つのすべての結腸直腸がん細胞株においてダウンレギュレートされる標的遺伝子」（第６２９頁、表１）
　
１２　甲第１２号証：Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２００６）Ｖｏｌ．２５，Ｎｏ．２９，ｐ．４１１６−４１２１
　
（甲１２−１）「本論文において、我々は初めて、別の細胞外Ｗｎｔ阻害剤であるＤＩＣＫＫＯＦＦ−１（ＤＫＫ−１）遺伝子が、結腸がん細胞株においてＣｐＧアイランドプロモーターの過剰メチル化によって転写的にサイレンシング（ｎ＝９）ことを示す。」（要約、第９行〜第１３行）
　
１３　甲第１３号証：ＥＭＢＯ　Ｊ．（２０１０）Ｖｏｌ．２９，Ｎｏ．１３，ｐ．２１１４−２１２５
　
（甲１３−１）「最後に、Ｗｎｔシグナル伝達の制御不全は、様々なヒト疾患に関係しており（Ｌｏｎｇａｎ　ａｎｄ　Ｎｕｓｓｅ、２００４年；Ｃｌｅｖｅｒｓ、２００６年）、Ｆｚのアップレギュレーションがヒトがんにおいて報告されている（Ｌｕ　ｅｔ　ａｌ、２００４年；Ｂｅｎｇｏｃｈｅａ　ｅｔ　ａｌ、２００８年）。慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）において、いくつかのＷｎｔリガンド及びＦｚ受容体に対するｍＲＮＡの過剰発現ががん細胞の長期生存に関与している（Ｌｕ　ｅｔ　ａｌ、２００４年）。」（第２１２３頁右欄下から第１２行〜第６行）
　
第５　当審の判断
１　理由１：甲第１号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
（１）本件の優先権主張について
　本件特許発明１〜１３が、本件の優先権主張の基礎となる米国特許出願第６１／６０４２９０号（２０１２年２月２８日出願）の明細書（甲第１８号証。以下、「優先権明細書」という。）に記載されているか否かについて検討する。
　本件優先権明細書には、ＲＮＦ４３遺伝子が、膵臓がん、大腸がん、食道がん及び皮膚がんにおいて変異していること（実施例１）、ＲＮＦ４３遺伝子が、複数の膵臓がん細胞株において変異しており、ＲＮＦ４３不活性化変異を有する３つの細胞株（ＨＰＡＦＩＩ、Ｐａｎｃ　１０．０５、ＰａＴｕ−８９８８Ｓ）が同定されたこと（実施例２）が記載されており、そして、ＲＮＦ４３野生型ＰＫ１細胞は、Ｗｎｔ阻害剤であるＬＧＫ９７４への感受性を示さなかったのに対し、ＲＮＦ４３遺伝子に不活性化変異を有するＨＰＡＦＩＩ細胞は、Ｗｎｔ阻害剤であるＬＧＫ９７４によりコロニー形成が阻害されたことが記載されている（第５頁第２８行〜第６頁第２行及び図４）から、ＲＮＦ４３遺伝子に不活性化変異を有する腫瘍細胞の増殖が、Ｗｎｔ阻害剤により阻害されることが示されているといえる。
　また、本件優先権明細書には、「ヘテロ接合性の消失・・・・・・本発明の方法において、・・・・・・患者の腫瘍細胞におけるＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子ヘテロ接合性の消失のレベルが、Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性と相関しているＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子ヘテロ接合性の消失の対照レベルに統計学的に類似しているかまたはそれよりも高い場合、または、患者の腫瘍細胞におけるＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子ヘテロ接合性の消失のレベルが、Ｗｎｔ阻害剤に対する耐性と相関しているＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子ヘテロ接合性の消失のレベルよりも統計学的に高い場合、患者は、Ｗｎｔ阻害剤、そのアゴニスト、またはＷｎｔ阻害剤と実質的に同様の生物学的活性を有する薬物の治療的投与が有益であることが予測されるものとして選択される。」（第１７頁第３２行〜第２０頁第２０行）、「不活性化変異・・・・・・ＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子の１つまたは複数の変異が検出されると、Ｗｎｔ阻害剤を用いた治療が患者に有益であることが予測される。」（第２０頁第３１行〜第３６行）、「タンパク質発現　一実施形態において、本発明はＷｎｔ阻害剤の治療的投与が有益または有益でないと予測されるがん患者を選択する方法を提供する。この方法は、・・・・・・（ｃ）患者の腫瘍細胞におけるＲＮＦ４３タンパク質またはＺＮＲＦ３タンパク質の発現のレベルが、Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性と相関しているＲＮＦ４３タンパク質またはＺＮＲＦ３タンパク質の発現の対照レベルに統計学的に類似しているかまたはそれよりも低いか、または患者の腫瘍細胞におけるＲＮＦ４３タンパク質またはＺＮＲＦ３タンパク質の発現のレベルが、Ｗｎｔ阻害剤に対する耐性と相関しているＲＮＦ４３タンパク質またはＺＮＲＦ３タンパク質の発現のレベルよりも統計学的に低い場合に、Ｗｎｔ阻害剤の治療的投与が有益であることが予測されるものとして患者を選択する段階」（第２１頁第２１行〜第２２頁第２行）と記載されているから、「患者を選択する」ための手段について記載されているといえる。
　また、本件優先権明細書に記載されている「対照レベル」、「Ｗｎｔ阻害剤」の用語の意味と国際出願（２０１３年２月２２日出願）の明細書に記載されている「対照レベル」、「Ｗｎｔ阻害剤」の用語の意味との差異は、新たな技術的事項を導入するものに該当する程の差異であるとはいえない。
　また、本件優先権明細書には、「ＬＧＫ９７４処理によるコロニー形成アッセイを示す写真である。図４（ａ）は、２つの濃度（３００ｎＭおよび１μＭ）のＬＧＫ９７４の存在下における、ＨＰＡＦＩＩ細胞コロニー形成アッセイを示す図である。・・・・・・図４（ｂ）は１μＭのＬＧＫ９７４単独の存在下または１０％のＷｎｔ３ａならし培地（ＣＭ）をともに毎日添加した条件での（機能性ＲＮＦ４３タンパク質を有する）ＰＫ１および（非機能性ＲＮＦ４３タンパク質を有する）ＨＰＡＦＩＩ細胞コロニー形成アッセイを示す図である。」と記載されている（第５頁第２８行〜第６頁第２行）から、「Ｗｎｔ阻害剤に接触させる段階」を含む態様について記載されているといえる。
　したがって、本件特許発明１〜１３は、本件優先権明細書に記載されているといえるので、本件特許発明１〜１３について優先権主張の利益を享受できる。
　
（２）新規性及び進歩性についての判断
　甲第１号証（２０１３年１月２４日発行）は、本件優先日前に頒布された刊行物ではなく、また、（１）で述べたように、本件特許発明１〜１３について優先権主張の利益を享受できるので、甲第１号証により本件特許発明１〜１３の新規性及び進歩性を否定することはできない。
　したがって、本件特許発明１〜２、５、８〜９は、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件特許発明１〜１３は、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件特許発明１〜１３は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
２　理由２：甲第１号証の２に基づく拡大先願違反（特許法第２９条の２）
　上記記載事項（甲１−１）〜（甲１−９）は、医療対象者の腫瘍細胞などの組織試料におけるＷｎｔ経路の標的遺伝子のＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子の発現レベルを測定し、Ｗｎｔ経路の活性を推量する方法は記載されているものの、甲第１号証の２には、「Ｗｎｔ阻害剤」の明示的な記載はなく、また、患者からの腫瘍細胞の試料において、ＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子の不活性化変異などを検出し、患者の腫瘍がＲＮＦ４３またはＺＮＲＦ３の不活性化変異などを有する場合に、腫瘍細胞がＷｎｔ阻害剤に対して感受性である可能性が高いと予測することは記載されておらず、また、記載されているに等しいともいえない。
　したがって、本件特許発明１〜１３は、甲第１号証の２に記載されたものであるから、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない、ということはできない。
　
３　理由３：甲第７号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　甲第７号証（２０１２年５月１０日発行）は、本件優先日前に頒布された刊行物ではなく、また、１（１）で述べたように、本件特許発明１〜１３について優先権主張の利益を享受できるので、甲第７号証により本件特許発明１〜１３の新規性及び進歩性を否定することはできない。
　したがって、本件特許発明１〜１３は、甲第７号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件特許発明１〜１３は、甲第７号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件特許発明１〜１３は、甲第７号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
４　理由４：甲第８号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　甲第８号証（２０１２年８月１５日発行）は、本件優先日前に頒布された刊行物ではなく、また、１（１）で述べたように、本件特許発明１〜１３について優先権主張の利益を享受できるので、甲第８号証により本件特許発明１〜１３の新規性及び進歩性を否定することはできない。
　したがって、本件特許発明１〜１３は、甲第８号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件特許発明１〜１３は、甲第８号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件特許発明１〜１３は、甲第８号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
５　理由５：甲第９号証を主引用例とした新規性欠如及び進歩性欠如（特許法第２９条第１項第３号及び特許法第２９条第２項）
　甲第９号証には、Ｗｎｔシグナリングが腫瘍形成において重要であること、ＲＮＦ４３遺伝子が、推定Ｗｎｔ標的遺伝子であり、その発現を結腸直腸腺腫などで解析したこと、Ｗｎｔ標的遺伝子の組み合わせた発現レベルの予後予測力は、補助化学療法を受けるためのハイリスク患者のサブグループを同定することを可能にし得ることが記載されている（上記記載事項（甲９−１）〜（甲９−８））。
　しかしながら、甲第９号証には、「７つの遺伝子すべてが、正常結腸の陰窩の基部で高レベルの発現を示し、これは異常なβ−カテニン発現を示す細胞と一致する。正常結腸上皮と比較して、これらの遺伝子の発現は、大部分の腺腫において有意に高かった。」と記載されている（上記記載事項（甲９−４））ものの、「我々の結果は、ｗｎｔシグナル伝達の活性化及びこれら７つのｗｎｔ標的遺伝子の誘導が腺腫期の初期に起こることを示唆するが、攻撃的な腫瘍性質と相関する浸潤性がんにおいてこれらの遺伝子は進行的にダウンレギュレーションする傾向がある。」とも記載されており（上記記載事項（甲９−７））、７つのＷｎｔ標的遺伝子の発現は、正常結腸と比較して結腸腺腫において有意に高かったことが記載されている一方で、浸潤性がんにおいては進行的にダウンレギュレーションすることが記載されているから、甲第９号証の記載からでは、腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することはできない。また、甲第９号証には、「これらのｗｎｔ標的遺伝子の組み合わせた発現レベルの強力な予後予測力は、補助化学療法を受けるためのハイリスク患者のサブグループを同定することを可能にし得る。」と記載されている（上記記載事項（甲９−８））ように、甲第９号証は、Ｗｎｔ標的遺伝子の組み合わせを用いることが示されているだけで、７つの遺伝子のうちの、ＲＮＦ４３遺伝子のみを用いることは何ら示されていない。
　よって、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することが、甲第９号証に記載されているとはいえず、また、甲第９号証に記載された発明において、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　したがって、本件特許発明１は、甲第９号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件特許発明１は、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件特許発明２は、本件特許発明１と同様に、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件特許発明１と同様に、本件特許発明２も、甲第９号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件特許発明３〜１３は、本件特許発明１、２に更なる限定を加えた発明であるから、上述の如く、本件特許発明１、２が、甲第９号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件特許発明３〜１３も、甲第９号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
　甲第４〜６号証は、ＲＮＦ４３が特定のがんにおいて変異していることが記載されているだけであり、また、甲第２、３号証は、公知のＷｎｔ阻害剤について記載されているだけであるから、甲第２〜６号証には、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを示唆する記載があるとはいえない。
　したがって、本件特許発明１は、甲第９号証に記載された発明及び甲第５又は６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件特許発明１は、甲第９号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件特許発明２は、本件特許発明１と同様に、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件特許発明１と同様に、本件特許発明２も、甲第９号証に記載された発明及び甲第５又は６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件特許発明３〜１３は、本件特許発明１、２に更なる限定を加えた発明であるから、上述の如く、本件特許発明１、２が、甲第９号証に記載された発明及び甲第５又は６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件特許発明３〜１３も、甲第９号証に記載された発明及び甲第５又は６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第９号証に記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない
　
６　理由６：甲第１０、３、１１〜１３号証を主引用例とした進歩性欠如（特許法第２９条第２項）
　甲第１０号証には、Ｗｎｔシグナル伝達の異常は、ヒトの変性疾患及びがんを引き起こすことが記載されている（上記記載事項（甲１０−１））。
　甲第３号証には、Ｗｎｔシグナル伝達の調節異常は、乳がん及び結腸がんに関係していることが記載されている（上記記載事項（甲３−１））。
　甲第１１号証には、Ｗｎｔ経路における活性化変異によって、結腸直腸がんが開始されることが記載されている（上記記載事項（甲１１−１））。
　甲第１２号証には、細胞外Ｗｎｔ阻害剤であるＤＩＣＫＫＯＦＦ−１（ＤＫＫ−１）遺伝子が、結腸がん細胞株においてＣｐＧアイランドプロモーターの過剰メチル化によって転写的にサイレンシングされることが記載されている（上記記載事項（甲１２−１））。
　甲第１３号証には、Ｗｎｔシグナル伝達の制御不全は、様々なヒト疾患に関係しており、Ｆｚのアップレギュレーションがヒトがんにおいて報告されていることが記載されている（上記記載事項（甲１３−１））。
　甲第１０、３、１１〜１３号証は、Ｗｎｔシグナル経路の過剰活性化と特定のがんとの関連性が記載されているが、甲第１０、３、１１〜１３号証には、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを示唆する記載はない。
　また、甲第４〜６号証は、ＲＮＦ４３が特定のがんにおいて変異していることが記載されているだけであり、また、甲第２、３号証は、公知のＷｎｔ阻害剤について記載されているだけであるから、甲第２〜６号証には、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを示唆する記載があるとはいえない。
　また、甲第９号証には、Ｗｎｔシグナリングが腫瘍形成において重要であること、ＲＮＦ４３遺伝子が、推定Ｗｎｔ標的遺伝子であり、その発現を結腸直腸腺腫などで解析したこと、Ｗｎｔ標的遺伝子の組み合わせた発現レベルの予後予測力は、補助化学療法を受けるためのハイリスク患者のサブグループを同定することを可能にし得ることが記載されており（上記記載事項（甲９−１）〜（甲９−８））、また、甲第１１号証には、結腸直腸がん細胞株においてダウンレギュレートされる標的遺伝子として、ＺＮＲＦ３が記載されている（上記記載事項（甲１１−２））ものの、ＲＮＦ４３遺伝子及びＺＮＲＦ３遺伝子の発現とＷｎｔ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性に関連性があることを示す記載であるとはいえず、甲第９、１１号証に、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを示唆する記載があるとはいえない。
　したがって、本件特許発明１〜１３は、甲第１０、３、１１〜１３号証のいずれかに記載された発明及び甲第２〜６号証に記載された事項並びに甲第９、１１号証に記載されている周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
７　理由７：実施可能要件違反及びサポート要件違反（特許法第３６条第４項第１号及び特許法第３６条第６項第１号）
（１）腫瘍細胞増殖の高い感受性は予測できないことについて
　本件明細書の実施例２には、「表２に示すように、ＲＮＦ４３遺伝子は複数の膵臓がん細胞株における変異である。・・・・・・
ＲＮＦ４３不活性化変異を有する３つの特有な細胞株が同定された：ＨＰＡＦＩＩ（ナンセンス変異）、Ｐａｎｃ　１０．０５（フレームシフト変異、ＰＬ４５細胞と関連）、ＰａＴｕ−８９８８Ｓ（有害突然変異、ＰａＴｕ−８９８８Ｔ細胞と関連）
　本件明細書の実施例３には、「膵臓細胞のＬＧＫ９７４処理に対する感受性を試験管内における細胞増殖アッセイで試験した。・・・・・・表３に示されるように、
ＬＧＫ９７４は、Ｃａｐａｎ−２、ＰＡ−ＴＵ−８９８８ＳおよびＨＰＡＦＩＩを含む膵臓がん細胞株のサブセットにおいて、ｎＭ　ＩＣ
５０
’ｓでの細胞増殖を阻害した
４つの細胞株すべてはＲＮＦ４３の機能喪失（ＬＯＦ）変異を保有している
　本件明細書の実施例４には、「著しいことに、すべてのポーキュパイン阻害剤に感受性な株は、ＲＮＦ４３の不活性化変異を保持している。・・・・・・本発明者らのデータは、膵臓がんにおけるＲＮＦ４３の変異は、Ｗｎｔシグナル依存性を付与し、ＲＮＦ４３変異は、Ｗｎｔ阻害剤の開発のための患者の選択のためのバイオマーカーとして使用すべきであることを示している。・・・・・・３つのＷｎｔ依存性の膵臓がん細胞株は、ポーキュパイン阻害剤ＬＧＫ９７４を使用して同定され、著しいことに、これらすべての細胞株は、ＲＮＦ４３の機能喪失変異を保有する。これらのＲＮＦ４３変異細胞株の増殖は、β−カテニンの枯渇またはＲＮＦ４３の再発現により阻害され、そしてそれらの増殖はＬＧＫ９７４によって阻害される。本発明者らのデータは、膵臓がんにおいて腫瘍抑制因子としてのＲＮＦ４３を確立し、ＲＮＦ４３変異は、Ｗｎｔシグナル伝達経路を標的とする薬剤の有効性を予測するためのバイオマーカーとして使用できることを示している。　本発明者らは、ＬＧＫ９７４、現在診療所で検査されているポーキュパイン阻害剤を用いたＷｎｔ依存性のための３９の膵臓がん細胞株のパネルを試験した。著しいことに、すべてのＬＧＫ９７４感受性株がＲＮＦ４３の不活性化変異を有している。Ｗｎｔ分泌の阻害、β−カテニンの枯渇、または野生型ＲＮＦ４３の発現は、ＲＮＦ４３変異体の増殖を遮断したが、ＲＮＦ４３野生型膵臓がん細胞は遮断しなかった。ＬＧＫ９７４は、マウス異種移植モデルにおけるＲＮＦ４３変異した膵腫瘍の増殖を阻害した。」と記載されている（【０１３６】〜【０１４１】）。
　本件明細書の実施例２〜４の上記記載には、ＲＮＦ４３遺伝子に不活性化変異を有するがん細胞株（ＨＰＡＦＩＩ、ＰＡ−ＴＵ−８９８８Ｓ、Ｃａｐａｎ−２）が、Ｗｎｔ阻害剤であるＬＧＫ９７４に感受性である一方で、野生型ＲＮＦ４３遺伝子を有する細胞株（ＹＡＰＣ、ＰＫ１）は、Ｗｎｔ阻害剤であるＬＧＫ９７４に感受性でないことが記載されており、腫瘍細胞がＲＮＦ４３遺伝子に不活性化変異を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である実験結果が少なくとも３つの腫瘍細胞について示されているといえる。
　さらに、本件明細書の実施例４には、ＲＮＦ４３が、Ｗｎｔ／βカテニンシグナル伝達を阻害すること（【０１４８】）、ＲＮＦ４３が、Ｆｒｉｚｚｌｅｄの膜発現を減少させることによりＷｎｔシグナル伝達を負に調節していること（【０１５８】）が実験データに基づき示されており、そして、「本実施例において、本発明者らは、ＲＮＦ４３がＦｒｉｚｚｌｅｄの膜発現を抑制することにより、膵臓細胞におけるＷｎｔ経路の負のフィードバック調節因子として機能することを実証した。本発明者らは、Ｗｎｔ／β−カテニンシグナル伝達が、おそらくＲＮＦ４３の誘導を介して、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ膜発現を強力に阻害することを示した。この知見は、膵臓がん細胞が、ＲＮＦ４３を変異させて、この強力な負のフィードバック調節から逃れ、高いレベルのＷｎｔ／β−カテニンシグナル伝達を達成することを選択する理由の説明を提供する。本発明者らのデータは、膵臓がんにおける腫瘍抑制因子としてのＲＮＦ４３を確立し、ＲＮＦ４３変異が、Ｗｎｔシグナル伝達経路を標的とする薬剤の有効性を予測するためのバイオマーカーとして使用できることを示している。」（【０１９１】）、「本発明者らの研究は、膵臓がんにおける上流Ｗｎｔシグナル伝達を阻害する腫瘍抑制因子としてのＲＮＦ４３を確立した。試験管内においてＷｎｔ阻害剤に対して感受性なすべてのＷｎｔ阻害剤膵臓がん細胞株がＲＮＦ４３変異を保持するという本発明者らの知見は、ＲＮＦ４３変異はＷｎｔ阻害剤の有効性を試験する臨床試験のために膵腫瘍を選択するための断定的なバイオマーカーとして使用することができることを示している。」（【０１９５】）と結論づけている。
　そして、上記のような実験結果に基づいて、本件特許発明について、ＲＮＦ４３遺伝子変異を有するがん細胞はＷｎｔ経路の阻害に対してより感受性であり、がん細胞におけるＲＮＦ４３の阻害は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄタンパク質の細胞表面レベルの増加をもたらすので、上昇したＷｎｔシグナル伝達および変異ＲＮＦ４３を有するがん細胞は、Ｗｎｔ阻害剤に対してより感受性であることから、ＲＮＦ４３変異が、Ｗｎｔ阻害剤の治療的投与のためのがん患者の選択に用いることができることの作用機序が説明されている（【００１１】）。
　よって、実施例２〜４で得られた実験結果や作用機序に関する発明の詳細な説明の記載に基づけば、当業者は、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３の不活性化変異を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを理解することができるものといえる。また、「ヘテロ接合性の消失」については、ＲＮＦ４３のコピー数の減少を有するがん細胞株（ＨＰＡＦＩＩ、ＰＡ−ＴＵ−８９８８Ｓ）が、Ｗｎｔ阻害剤であるＬＧＫ９７４に感受性であることが示されているから、この実験結果を含む実施例２〜４で得られた実験結果や作用機序に関する発明の詳細な説明の記載に基づけば、当業者は、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを理解することができるものといえる。また、ＲＮＦ４３またはＺＮＲＦ３のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の減少については、ＺＮＲＦ３に対するｓｉＲＮＡを用いてＲＮＦ４３を枯渇させた実験（【０１４４】〜【０１５９】及び図３）を含む、実施例２〜４で得られた実験結果や作用機序に関する発明の詳細な説明の記載に基づけば、腫瘍細胞がＲＮＦ４３またはＺＮＲＦ３のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと予測することを理解することができるものと認められる。
　よって、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（２）患者にとっての有益の予測について
　本件発明の詳細な説明には、「したがって、ヘテロ接合性の消失の対照またはベースラインレベルと比較して、患者試料がＷｎｔ阻害剤療法への感受性または耐性である可能性が高いかどうか、（例えば、良好な応答者または応答者（治療が有益である患者）であるか、あるいは、貧弱な応答者または非応答者（療法が有益でない患者かまたはあまり有益でない患者）であるか）を決定することができる。」と記載されている（【００５４】）ように、どのような場合に患者にとって「有益」であるかについて具体的に記載されているから、どのような場合に「Ｗｎｔ阻害剤の治療的投与が有益である」かを当業者が容易に理解することができる程度に記載されているといえるので、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（３）「対照」について
　本件発明の詳細な説明には、「「対照レベル」は、Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性と相関するレベルまたはＷｎｔ阻害剤に対する耐性と相関するレベルを含むことができる、ヘテロ接合の対照レベルである。・・・・・・」と記載されている（【００５４】）ように、「対照レベル」についての定義が記載されており、また、「対照群　対照レベルは、アッセイが行われるたびに、各アッセイのために設定される必要はない。・・・・・・」と記載されている（【００９１】〜【００９５】）ように、「対照レベル」についての更なる説明が記載されているので、「対照レベル」がどのようなレベルを意味しているのか当業者が容易に理解することができる程度に記載されているといえる。
　また、本件発明の詳細な説明には、「ＲＮＦ４３野生型ＰＫ１細胞は、１０日間のアッセイの間、ＬＧＫ９７４への感受性を示さなかった。」と記載されており（【００２０】）、ＰＫ１細胞は、「耐性と相関している対照」として記載されていることは明らかであるから、ＰＫ１細胞を「感受性と相関している対照」として当業者が理解するとは考えにくく、また、本件発明の詳細な説明の記載から、当業者であればＰＫ１細胞のような「ＬＧＫ９７４への感受性を示さなかった」細胞を「耐性と相関している対照」として使用していることを理解することができる。
　よって、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（４）バイオマーカーとしてＺＮＲＦ３を使用できないことについて
　本件発明の詳細な説明には、「本発明者らは、Ｗｎｔシグナル伝達の２つの負の調節因子、Ｚｉｎｃ／ＲＩＮＧフィンガータンパク質３（ＺＮＲＦ３、スイスプロットＱ９ＵＬＴ６、配列番号４）およびリングフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３、スイスプロットＱ６８ＤＶ７、配列番号３）、の機能を発見した。Ｈａｏ　ＨＸら（２０１２）　Ｎａｔｕｒｅ　４８５（７３９７）：１９５−２００。ＲＮＦ４３、がん関連ＲＩＮＧフィンガータンパク質は、核タンパク質、ＨＡＰ９５と相互作用するユビキチンリガーゼである。Ｓｕｇｉｕｒａ　Ｔら　（２００８）　Ｅｘｐ．　Ｃｅｌｌ　Ｒｅｓ．　３１４（７）：１５１９−２８。ＺＮＲＦ３およびＲＮＦ４３はどちらもＷｎｔ受容体Ｆｒｉｚｚｌｅｄのための相同細胞表面膜貫通Ｅ３ユビキチンリガーゼである。両者のタンパク質はＦｒｉｚｚｌｅｄおよびＬＲＰ６を含むＷｎｔ受容体複合体の細胞表面レベルを阻害する。」（【００２１】）、「より最近では、Ｚｎｒｆ３およびＲｎｆ４３の両者の腸特異的欠失は、腸陰窩の過剰増殖と腸腺腫形成を誘導することがマウスにおいて示された。Ｋｏｏ　ＢＫら　（２０１２）　Ｎａｔｕｒｅ　４８８（７４１３）：６６５−９。また、ＲＮＦ４３の変異は、嚢胞性膵腫瘍など、様々な腫瘍で同定されている。これらの研究は、ＲＮＦ４３はＺＮＲＦ３のようにＷｎｔ／β−カテニンシグナル伝達の負の調節因子として作用することを示している。」（【００２８】）と記載されており、また、本件の図２には、ＺＮＲＦ３タンパク質はＲＮＦ４３タンパク質と相同性が高いことが示されているから、ＺＮＲＦ３は、構造的にも、また、機能的にもＲＮＦ４３のホモログであり、両者は構造的にも機能的にも類似していることを当業者が容易に理解することができる程度に本件発明の詳細な説明に記載されているといえる。
　また、本件発明の詳細な説明には、「ＲＮＦ４３の枯渇は、Ｗｎｔ誘導性のＳＴＦを向上させる。・・・・・・別個のｓｉＲＮＡを用いて、ＲＮＦ４３を枯渇させると、外因性Ｗｎｔ３ａならし培地の非存在下または存在下のいずれかで、スーパーＴＯＰＦｌａｓｈ（ＳＴＦ）Ｗｎｔレポーター活性が、著しく増加した。図３（ａ）を参照のこと。」と記載されており（【０１４４】）、甲第７号証に示されているＺＮＲＦ３についての実験結果と同様の結果が示されているから、ＺＮＲＦ３とＲＮＦ４３のレギュレーションが異なる結果になっているとはいえない。
　よって、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（５）すべてのＷｎｔ阻害剤について、阻害に対する増殖感受性は予測できないことについて
　本件発明の詳細な説明には、「本発明はまた、ＲＮＦ４３遺伝子変異を有するがん細胞はＷｎｔ経路の阻害に対してより感受性であることを示す。がん細胞におけるＲＮＦ４３の阻害は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄタンパク質の細胞表面レベルの増加をもたらす。したがって、上昇したＷｎｔシグナル伝達および変異ＲＮＦ４３を有するがん細胞、特に膵臓がん細胞は、Ｗｎｔ拮抗薬に対してより感受性である。したがって、本発明は、ＲＮＦ４３変異ステータスは、Ｗｎｔシグナル伝達阻害剤の治療的投与のためのがん患者選択戦略として用いることができることを提供する。」と記載されている（【００１１】）ように、がん細胞におけるＲＮＦ４３の阻害は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄタンパク質の細胞表面レベルの増加をもたらすことから、ＬＧＫ９７４以外のＷｎｔ阻害剤であっても、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ受容体より下流のＷｎｔシグナル伝達を標的とするＷｎｔ阻害剤であれば、阻害に対する増殖感受性は予測できることを当業者が容易に理解することができるので、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（６）「ＲＮＦ４３及び／又はＺＮＲＦ３」の両方は使用できないことについて
　本件特許発明１のうち、「ＲＮＦ４３遺伝子および／またはＺＮＲＦ３遺伝子」の不活性化変異を検出する場合については、「ＲＮＦ４３遺伝子またはＺＮＲＦ３遺伝子」の場合は、「ＲＮＦ４３遺伝子」の不活性化変異を検出するか、または、「ＺＮＲＦ３遺伝子」の不活性化変異を検出することを意味し、「ＲＮＦ４３遺伝子およびＺＮＲＦ３遺伝子」の場合は、「ＲＮＦ４３遺伝子」と「ＺＮＲＦ３遺伝子」の両方の遺伝子の不活性化変異を検出することを意味することは、当業者であれば容易に理解することができ、また、本件特許発明１の「ＲＮＦ４３染色体領域および／またはＺＮＲＦ３染色体領域におけるＤＮＡコピー数」、「ＲＮＦ４３　ｍＲＮＡ発現および／またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡ発現」、「ＲＮＦ４３タンパク質発現および／またはＺＮＲＦ３タンパク質発現」も同様に当業者であれば容易に理解することができるから、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（７）請求項２の「腫瘍細胞に接触させる段階」について
　本件発明の詳細な説明には、「ＬＧＫ９７４処理によるコロニー形成アッセイを示す写真である。図１（ａ）は、２つの濃度（３００ｎＭおよび１μＭ）のＬＧＫ９７４の存在下における、ＨＰＡＦＩＩ細胞コロニー形成アッセイを示す図である。・・・・・・図１（ｂ）は１μＭのＬＧＫ９７４単独の存在下または１０％のＷｎｔ３ａならし培地（ＣＭ）をともに毎日添加した条件での（機能性ＲＮＦ４３タンパク質を有する）ＰＫ１および（非機能性ＲＮＦ４３タンパク質を有する）ＨＰＡＦＩＩ細胞コロニー形成アッセイを示す図である。」と記載されており（【００２０】）、また、「膵臓細胞のＬＧＫ９７４処理に対する感受性を試験管内における細胞増殖アッセイで試験した。２４例のヒト膵臓がん細胞株をＬＧＫ９７４にて処理または未処理とした。・・・・・・細胞を採取し、１．５Ｘ１０４細胞／ｍＬの密度でその適切な増殖培地中に再懸濁させた。その後、細胞は３８４ウェル組織培養プレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ−ＢｉｏＯｎｅ　７８９１６３）に、最終容量１ウェルあたり５０μＬにてプレーティングし、バイオテックマイクロフィル（ＢｉｏＴｅｋ　μＦｉｌｌ）ディスペンサー（シリアル番号０００−３５８６）を使用して、ウェルあたりの密度を７５０細胞／ウェルとした。・・・・・・プレーティングの約１８時間後、Ｌａｂｃｙｔｅ　ＥＣＨＯ５５５を用い、５０ｎＬのＬＧＫ９７４を細胞に投与した。」と記載されている（【０１３０】〜【０１３１】）から、「腫瘍細胞を少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤に接触させる段階」をどのように実施するのか具体的に記載されているので、本件特許発明２〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明２〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（８）本件特許の方法は、すべての腫瘍細胞について使用することができないことについて
　本件発明の詳細な説明には、「本発明は、腺管がん、腺がんまたはメラノーマ（表１参照）などの腫瘍または膵臓がん、結腸がん、食道または皮膚がんを有する患者からの腫瘍（表１、表２、表３、表４および表５を参照）を評価するために特に有用である。」と記載され（【００８８】）、実際、本件明細書の実施例１には、膵臓がん以外にも大腸がん、食道がん及び皮膚がんにおいて、ＲＮＦ４３遺伝子が変異していることが具体的に記載されており、また、本件発明の詳細な説明には、「より最近では、Ｚｎｒｆ３およびＲｎｆ４３の両者の腸特異的欠失は、腸陰窩の過剰増殖と腸腺腫形成を誘導することがマウスにおいて示された。Ｋｏｏ　ＢＫら　（２０１２）　Ｎａｔｕｒｅ　４８８（７４１３）：６６５−９。また、ＲＮＦ４３の変異は、嚢胞性膵腫瘍など、様々な腫瘍で同定されている。これらの研究は、ＲＮＦ４３はＺＮＲＦ３のようにＷｎｔ／β−カテニンシグナル伝達の負の調節因子として作用することを示している。」（【００２８】）と記載されているから、膵臓がん以外の様々ながんにおいても、ＲＮＦ４３、ＺＮＲＦ３が変異しており、そのようながんの腫瘍細胞について本件特許の方法を使用することができることを当業者が容易に理解することができる程度に記載されているといえるので、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（９）不活性化変異の存在の測定は過度の試行錯誤を要することについて
　本件明細書の実施例４には、「すべての３つのＬＧＫ９７４感受性細胞株は、ＲＮＦ４３のホモ接合変異を有している（ＨＰＡＦＩＩ、Ｅ１７４Ｘ；ＰａＴｕ−８９８８Ｓ、Ｆ６９Ｃ；Ｃａｐａｎ−２、Ｒ３３０ｆｓ）。・・・・・・Ｆ６９Ｃ変異の機能を定義するために、Ｃ末端ＨＡタグ化野生型ＲＮＦ４３、ＲＮＦ４３ΔＲＩＮＧ、およびＲＮＦ４３　Ｆ６９ＣをＹＡＰＣ細胞中で安定的に発現させた。・・・・・・Ｆｒｉｚｚｌｅｄターンオーバーの調節におけるＲＮＦ４３の機能と一致していることに、ＲＮＦ４３ΔＲＩＮＧの過剰発現はドミナントネガティブ活性を示し、Ｆｒｉｚｚｌｅｄの膜レベルを増加させる一方で、野生型ＲＮＦ４３の過剰発現は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄの膜レベルを低下させた。ＲＮＦ４３　Ｆ６９Ｃの過剰発現は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄの膜レベルを中程度に増加させたので、Ｆ６９Ｃは機能喪失変異体であり、過剰発現の際に部分的なドミナントネガティブ活性を有する。・・・・・・さらに、ＲＮＦ４３ΔＲＩＮＧの過剰発現は、ＤＶＬ２リン酸化を増加させ、Ｗｎｔ３ａ誘導性ＳＴＦレポーター活性を増強するが、ＲＮＦ４３　Ｆ６９Ｃについてはより少ない程度であった。これらのデータは、Ｆ６９ＣはＲＮＦ４３についての不活性化ミスセンス変異であることを示している。」と記載されており（【０１６７】〜【０１７４】）、Ｆ６９Ｃ変異が不活性変異であることを実験的に確認している。また、本件発明の詳細な説明には、「興味深いことに、ＲＮＦ４３変異を有するすべての細胞株が、ＬＧＫ９７４に対して感受性であるわけではない。本発明者らは、ＲＮＦ４３、Ｐａｔｕ−８９８８Ｔ（Ｆ６９Ｃ）、Ｐａｎｃ１０．０５（Ｍ１８ｆｓ）、およびＰＬ４５（Ｍ１８ｆｓ）のホモ接合変異を持つ３つの膵臓がん株を発見したが、これらの細胞株の増殖はＬＧＫ９７４に対して感受性ではない。Ｐａｔｕ−８９８８ＳとＰａｔｕ−８９８８Ｔは、同じ患者に由来し、・・・」と記載されている（【０１９３】）ものの、「これらの結果は、他のメカニズムがＲＮＦ４３変異した腫瘍をＷｎｔシグナル伝達に無関係とすることができることを示している。」と考察しており（【０１９３】）、Ｐａｔｕ−８９８８ＳとＰａｔｕ−８９８８Ｔの実験結果の差異から、Ｆ６９Ｃ変異が不活性変異であることを当業者が理解することができないとはいえない。
　よって、本件特許発明１〜１３について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件特許発明１〜１３は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできないし、また、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
８　理由８：新規事項の追加（特許法第１７条の２第３項）
　願書に最初に添付した特許請求の範囲の請求項１に係る発明は、「Ｗｎｔ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法」に係る発明であるが、その請求項１の工程（ａ）、（ｂ）は、補正後の請求項２の工程（ａ）、（ｂ）と実質上同じ工程であり、また、その請求項１の（ｃ）には、「（ｃ）患者の腫瘍が不活性化ＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３変異を有するか、患者の腫瘍がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または患者の腫瘍がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有し、それにより患者の腫瘍がＷｎｔ阻害剤に対して感受性である可能性が高いことが示される」と記載されており、該工程が、腫瘍細胞におけるバイオマーカーレベルと対照レベルの差に基づいて、Ｗｎｔ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を決定する段階に相当することは明らかであるから、請求項２の「（ｃ）腫瘍細胞における前記バイオマーカーレベルと対照レベルの差に基づいて、Ｗｎｔ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を決定する段階」を、「（ｃ）腫瘍細胞が不活性化ＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３変異を有するか、腫瘍細胞がＲＮＦ４３もしくはＺＮＲＦ３のコピー数の減少を有するか、または腫瘍細胞がＲＮＦ４３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少またはＺＮＲＦ３　ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現の減少を有する場合に、Ｗｎｔ阻害剤に対して腫瘍細胞が感受性である可能性が高いと決定する段階 」とする補正は、願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の補正であり、新規事項を追加するものではない。
　したがって、上記補正は、特許法第１７条の２第３項の規定に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
第６　むすび
　以上のとおりであるから、特許異議申立の理由によっては、本件特許発明１〜１３に係る特許を取り消すことはできない。また、他に本件特許発明１〜１３に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和１年９月３０日（２０１９．９．３０）