【事件の表示】
　特許第６３４８０６４号発明「効率の高いトランスジーン送達のためのウイルスベクター」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６３４８０６４号の請求項１ないし５５に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６３４８０６４号の請求項１〜５５に係る特許（以下、「本件特許」という。）についての出願は、平成２４年１１月２１日（優先権主張外国庁受理　２０１１年１１月２２日、２０１２年４月２６日、２０１２年８月１０日、ともに米国（ＵＳ））を国際出願日とする国際出願であって、平成３０年６月８日にその特許権の設定登録がなされ、同年６月２７日に特許掲載公報が発行され、その後、その特許について、同年１２月２７日に特許異議申立人　杉本里佳（以下、「申立人」という。）により特許異議の申立てがされたものである。
　
第２　本件発明
　本件特許に係る発明は、その特許請求の範囲の請求項１〜５５に記載された事項により特定される次のとおりものである（以下、特許第６３４８０６４号の請求項１〜５５に係る発明を、その請求項に付された番号順に、「本件発明１」等という。また、これらをまとめて「本件発明」ということがある。）。 
　
「【請求項１】
　ＡＡＶベクターと、ＡＡＶ空キャプシドとを含む、被験体へ投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物であって、前記ＡＡＶベクターが血液凝固因子をコードするトランスジーンを含み、かつ前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、ＡＡＶベクター処方物。
【請求項２】
　ＡＡＶベクターと、ＡＡＶ空キャプシドとを含む、前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的処方物であって、前記ＡＡＶベクターが血液凝固因子をコードするトランスジーンを含み、かつ前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、薬学的処方物。
【請求項３】
　前記トランスジーンが第ＩＸ因子をコードする、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項４】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、細胞取り込みを低下させるか、または抑制するように化学的に改変される、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項５】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、架橋剤で処理されるか、または細胞上に発現するＡＡＶ受容体への結合の低下もしくは減少を示す変異型キャプシドを含む、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項６】
　前記変異型キャプシドが、非荷電または疎水性残基と置換されている、ヘパラン硫酸プロテオグリカンの結合に寄与する１または複数のアルギニン残基を含む、請求項５に記載の処方物。
【請求項７】
　前記変異型キャプシドが、１つ以上のアルギニン残基が位置４５１、４４８、５３０、５８５、または５８８のいずれかで置換されているＡＡＶ２を含む、請求項６に記載の処方物。
【請求項８】
　前記変異型キャプシドが、１つ以上のアルギニン残基が位置４５１でシステインと、位置４４８でシステインと、位置５３０でアラニンと、位置５８５でアラニンと、または位置５８８でアラニンとのいずれかで置換されているＡＡＶ２を含む、請求項６に記載の処方物。
【請求項９】
　前記トランスジーンが第ＶＩＩＩ因子をコードする、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１０】
　前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、およびＡＡＶ−２ｉ８からなる群から選択される血清型を有するか、またはＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、またはＡＡＶ−２ｉ８  ｖｐ１、ｖｐ２、および／もしくはｖｐ３キャプシド配列に少なくとも９５％同一のキャプシド配列を含む、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１１】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、ＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、およびＡＡＶ−２ｉ８からなる群から選択される血清型であるか、またはＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、またはＡＡＶ−２ｉ８  ｖｐ１、ｖｐ２、および／もしくはｖｐ３キャプシド配列に少なくとも９５％同一のキャプシド配列を含む、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１２】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、前記ＡＡＶベクターと比較して、インビボもしくはインビトロで細胞を形質導入する能力が低下しているか、または前記ＡＡＶベクターが、前記ＡＡＶ空キャプシドと比較して、インビボまたはインビトロで細胞を形質導入する能力がより高い、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１３】
　前記細胞が、肝臓、膵臓、肺、中枢神経系もしくは末梢神経系の細胞、脳もしくは脊椎（ｓｐｉｎｅ）細胞、腎臓、眼、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心臓（心臓の）、筋肉もしくは腰筋、または腸細胞、脂肪組織、筋肉、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、または唾液腺細胞、内耳神経細胞、または造血系細胞；または肝臓細胞、膵臓、肺、中枢神経系もしくは末梢神経系の細胞、脳もしくは脊椎細胞、腎臓、眼、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心臓（心臓の）、筋肉もしくは腰筋、もしくは腸細胞、脂肪組織、筋肉、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、もしくは唾液腺細胞、内耳神経細胞、もしくは造血系細胞へ発生もしくは分化する多能性前駆細胞もしくは複能性前駆細胞などの幹細胞を含む、請求項１２に記載の処方物。
【請求項１４】
　前記細胞が、肝臓の肝実質細胞もしくは類洞内皮細胞、β島細胞、神経細胞、グリア細胞、もしくは上衣細胞、網膜細胞、内分泌細胞、白色、褐色、もしくはベージュ脂肪組織細胞、線維芽細胞、血球もしくはリンパ球；または肝実質細胞もしくは類洞内皮細胞、β島細胞、神経細胞、グリア細胞、もしくは上衣細胞、網膜細胞、内分泌細胞、白色、褐色、もしくはベージュ脂肪組織細胞、線維芽細胞、血球もしくはリンパ球へ発生もしくは分化する幹細胞、多能性前駆細胞もしくは複能性前駆細胞を含む、請求項１２に記載の処方物。
【請求項１５】
　前記ＡＡＶベクターとＡＡＶ空キャプシド（ＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシド）が、約１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、または１：１０のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１６】
　前記ＡＡＶベクターとＡＡＶ空キャプシド（ＡＡＶウイルスベクター：ＡＡＶ空キャプシド）が、約１：１〜１：９のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、請求項１または２に記載の処方物。
【請求項１７】
　薬学的に許容され得る担体中に請求項１に記載の処方物を含む、ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的組成物。
【請求項１８】
　架橋されたＡＡＶ空キャプシドを含む、ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための組成物。
【請求項１９】
　架橋されたＡＡＶ空キャプシドを含む、ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的組成物。
【請求項２０】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、ＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、およびＡＡＶ−２ｉ８からなる群から選択される血清型を含むか、またはＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、またはＡＡＶ−２ｉ８  ｖｐ１、ｖｐ２、および／もしくはｖｐ３キャプシド配列に少なくとも９５％同一のキャプシド配列を含む、請求項１８または１９に記載の組成物。
【請求項２１】
　血液凝固因子をコードするトランスジーンの細胞への形質導入を増大させるか、または改善するための組み合わせ物であって、前記トランスジーンがＡＡＶ遺伝子治療の目的で送達され、前記組み合わせ物が、以下：
　ａ）前記トランスジーンを含むＡＡＶベクターであって、細胞に投与されることを特徴とするＡＡＶベクター；および
　ｂ）ＡＡＶ空キャプシドであって、被験体に、前記トランスジーンの前記細胞への形質導入を増大させるか、または改善するのに有効な量で、投与されることを特徴とする、ＡＡＶ空キャプシド、
を含み、そして
　ｃ）前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、組み合わせ物。
【請求項２２】
　血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するための組み合わせ物であって、以下：
　ａ）前記トランスジーンを含むＡＡＶベクターであって、被験体に投与されることを特徴とするＡＡＶベクター；および
　ｂ）ＡＡＶ空キャプシドであって、前記被験体に、前記トランスジーンを含む前記ＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するのに有効な量で、投与されることを特徴とする、ＡＡＶ空キャプシド、
を含み、そして
　ｃ）前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、組み合わせ物。
【請求項２３】
　前記細胞が被験体内にある、請求項２１に記載の組み合わせ物。
【請求項２４】
　トランスジーンの被験体の細胞への送達を増大または改善するための組み合わせ物であって、有効量の請求項１または２に記載の処方物を含む、組み合わせ物。
【請求項２５】
　前記被験体が、前記ＡＡＶベクターに対する先在する免疫応答を有するか、または前記ＡＡＶベクターに対する免疫応答を発生する可能性が高い、請求項２２、２３、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項２６】
　前記被験体が、凝固障害を有する、請求項２２、２３、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項２７】
　前記血液凝固因子が、第ＩＸ因子、またはその活性化形態である、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項２８】
　前記血液凝固因子が、第ＶＩＩＩ因子、またはその活性化形態である、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項２９】
　前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、およびＡＡＶ−２ｉ８からなる群から選択される血清型を有するか、またはＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、もしくはＡＡＶ−２ｉ８  ｖｐ１、ｖｐ２、および／もしくはｖｐ３キャプシド配列に少なくとも９５％同一のキャプシド配列を含む、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３０】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、ＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、およびＡＡＶ−２ｉ８からなる群から選択されるＡＡＶ血清型由来であるか、またはＡＡＶ−１、−２、−３、−４、−５、−６、−７、−８、−９、−１０、−１１、−ｒｈ７４、−ｒｈ１０、もしくはＡＡＶ−２ｉ８  ｖｐ１、ｖｐ２、および／もしくはｖｐ３キャプシド配列に少なくとも９５％同一のキャプシド配列を含む、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３１】
　前記細胞がインビトロまたはインビボにあるものである、請求項２１または２３に記載の組み合わせ物。
【請求項３２】
　前記被験体がヒトである、請求項２２、２３、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３３】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、前記ＡＡＶベクターの前に、またはそれと実質的に同時に、前記被験体に投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３４】
　前記ＡＡＶ空キャプシドが、前記ＡＡＶベクターと混合される、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３５】
　投与される前記ＡＡＶベクター  対  前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：９の間のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、請求項２１、２２、または
２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３６】
　前記被験体が、約５×１０１０のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約４．５×１０１１のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約５×１０１１  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３７】
　前記被験体が、約５×１０１０のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約５×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約５．０５×１０１２  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３８】
　前記被験体が、約１×１０１１のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約９×１０１１のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１０×１０１１  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項３９】
　前記被験体が、約１×１０１１のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約１×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１．０１×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４０】
　前記被験体が、約５×１０１１のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約２×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約２．５×１０１２  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４１】
　前記被験体が、約５×１０１１のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約４．５×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約５×１０１２  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４２】
　前記被験体が、約５×１０１１のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約１×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１．０５×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４３】
　前記被験体が、約１×１０１２のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約４×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約５×１０１２  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４４】
　前記被験体が、約１×１０１２のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約９×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４５】
　前記被験体が、約２×１０１２のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約８×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４６】
　前記被験体が、約５×１０１２のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約５×１０１２のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４７】
　前記被験体が、約１×１０１３のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約１×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約２×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４８】
　前記被験体が、約１×１０１３のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約４×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約５×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項４９】
　前記被験体が、約２×１０１３のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約４×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約６×１０１３  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５０】
　前記被験体が、約５×１０１３のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約５×１０１３のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約１×１０１４  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５１】
　前記被験体が、約１×１０１４のＡＡＶベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）および約１×１０１４のＡＡＶ空キャプシド／キログラム（ｃｐ／ｋｇ）、合計として、約２×１０１４  ｖｇ＋ｃｐ／ｋｇのＡＡＶベクター／キャプシド用量を投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５２】
　前記ＡＡＶベクター、または前記ＡＡＶ空キャプシドが、全身性に、領域性に、もしくは局所性に、および／または注射を介して、注入を介して、もしくはカテーテルを介して投与されることを特徴とする、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５３】
　前記ＡＡＶベクター、または前記ＡＡＶ空キャプシドが、静脈内に、動脈内に、眼内に、脳室内に、くも膜下腔内に、槽内に、腹腔内に、関節内に、筋肉内に、皮下に、頭蓋内に、局所的に、経皮的に、皮内に、光学的に、非経口的に（例えば、経粘膜）、経口的に（例えば、経口摂取または鼻腔内または吸入）、投与されることを特徴とする請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５４】
　前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：９のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、請求項１または２に記載の処方物、あるいは、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。
【請求項５５】
　前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：２〜１：６のＡＡＶベクター  対  ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、請求項１または２に記載の処方物、あるいは、請求項２１、２２、または２４に記載の組み合わせ物。」
　
第３　申立理由の概要及び提出した証拠
１．申立理由の概要
　申立人は、甲第１〜３号証を提出し、本件特許は、以下の申立理由１〜３により、取り消されるべきものである旨主張している。なお、以下では、各甲号証を指して、それぞれ、単に「甲１」〜「甲３」という。
　
（１）申立理由１（新規性）
　本件発明１〜３、１５、１６、２２、２７、３５、５４及び５５は、甲１に記載された発明であり、特許法第２９条第１項第３号に該当するから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消すべきものである。
（２）申立理由２（進歩性）
ア　申立理由２−１
　本件発明１〜５５は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、本件特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消すべきものである。
　
イ　申立理由２−２
　本件発明１〜５５は、甲３に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、本件特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消すべきものである。
　
（３）申立理由３（明確性）
　本件発明１〜２０、２２、２４〜３０及び３２〜５５は、特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第４号に該当し、取り消すべきものである。
　
２．証拠方法
（１）甲第１号証：Molecular Therapy,2006,Vol.13,No.4,p.823-828
（２）甲第２号証：特願２０１４−５４２５９４号（特許第６３４８０６４号）の拒絶理由通知書
（３）甲第３号証：Virology,2010,Vol.397,p.167-175
　
第４　甲号証の記載事項
　甲１〜３には、それぞれ以下の記載がある（下線は当合議体による。以下同様）。甲１及び甲３は外国語であるため、日本語訳文を記載する。
　
１．甲１
（１−１）（要約１行〜４行）
「組換えアデノ随伴ウィルス（ｒＡＡＶ）の産生は、ベクターゲノムを含まない、相当量の空キャプシド又はウィルス様粒子（ＶＬＰ）、ウィルスタンパク質シェルをもたらす。混入しているＶＬＰは、細胞表面受容体について競合することによって形質導入を妨害し、そしてインビボで投与された場合、抗原負荷に寄与し、それはより強い免疫応答を引き出し得る。」
　
（１−２）（８２３頁左欄１０行〜８２４頁左欄１１行）
「Ｂ型血友病患者において、凝固因子ＩＸを発現するｒＡＡＶ（最大１０１３粒子／ｋｇ）を用いたヒト臨床試験が実施され、部分的ではあるが一過性の症状の改善をもたらした。したがって、これらの初期の研究から推定すると、出血傾向を完全に修復するには、１０１５粒子以上のｒＡＡＶ２が必要とされるであろう。より高い生物学的活性を有するセロタイプを使用することで用量は減らせ得るが、それでも、ｒＡＡＶ１と他のセロタイプの効率を比較した大型動物実験では、依然として大量のｒＡＡＶ１がヒトへの適用に必要であることが示された。
　
ｒＡＡＶは通常、ＨＥＫ２９３細胞に２つ又は３つのプラスミド
治療遺伝子を含むＡＡＶベクタープラスミド
を用いて、プラスミドトランスフェクションすることによって作製される
トランスフェクションしたＨＲＫ２９３細胞において、３つの構造的タンパク質の発現により、ベクターＤＮＡの複製及びパッケージングとは無関係に、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）又は空キャプシドが形成される
空粒子と充填された粒子の比率は、１０：１から４：１の範囲にわたることがある
ｒＡＡＶベクターストックから空キャプシドを除去することが望ましい
　
（１−３）（８２４頁右欄２８行〜３０行）
「我々の最終目標は、空の粒子を含まない大量の１型ｒＡＡＶ粒子を精製するためのクロマトグラフィー法を開発することである。」
　
（１−４）（８２８頁左欄５行〜１２行）
「要約すると、我々は１型ＡＡＶベクターから空キャプシドを選択的に除去する方法を報告する。クロマトグラフィー分離により、５％未満の空キャプシドが混入した純粋なｒＡＡＶ１ストックを得た。この方法は、ｒＡＡＶ１の有効性を失うことなく空キャプシドを除去することができ、そして容易に大容量に拡張することができる。それは、大型動物又はヒトへの応用のための大量のｒＡＡＶ１の精製に有用であろう。」
　
２．甲２
（２−１）（２頁７行〜１１行）
「引用文献１には、ＦＩＸを導入するためのＡＡＶ２と、該ＡＡＶ２に対して約１１倍量の空ＡＡＶ２キャプシドの混合組成物が、ＡＡＶ２単独に比して、中和抗体による標的細胞における遺伝子導入効率の低下を顕著に改善すること、及び、空ＡＡＶキャプシドが抗ＡＡＶ中和抗体の低減作用を有することが記載されている（第１８１６頁左欄２段落、Ｆｉｇｕｒｅ　６等）。」
　
３．甲３
（３−１）（要約）
「セロタイプ２のアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ−２）ベクターによる治療的遺伝子導入は、既存の免疫を有する患者では妨げられる。最近、ウイルスキャプシドの重要な免疫原性アミノ酸残基を同定するために分子工学が用いられ、抗体認識が低下した変異体が作製された。本報では、ベクターの表現型を最適化するための、免疫原性部位におけるアミノ酸の同一性を精密に調整することの重要性を調査した。置換が抗体を回避する表現型を生じることが示された５つの位置でのコドンランダム化により、キャプシドライブラリーを作製した。このライブラリーをスクリーニングし、免疫を回避する変異体を単離することで、各位置での２０個の天然アミノ酸の組み合わせの徹底的なスキャンが可能になり、完全にＡＡＶ−２を中和する血清又はＩＶＩＧ濃度でインキュベートした場合において感染性を維持する変異体が得られた。同じ位置を異なる残基で置換して得られたクローンは、著しく異なる表現型を示し、アミノ酸置換の正確な選択が、免疫の回避、パッケージング能力、感染性及び指向性を最適化するための基本であることが実証された。」
　
（３−２）（１７０頁左欄３行〜１６行）
「キャプシド力価（１．６×１０８〜８．２×１０９の範囲）、ゲノム力価（２．２×１０６〜５．２×１０８の範囲）及びそれらの比率（３〜２３）は、ＡＡＶ−２に匹敵したが、このことは、選択手順が、パッケージング工程を妨げる置換を有するクローンを排除することを示唆する。したがって、４回目の選択ラウンドで単離された８個のクローンは、２回目のラウンド後に選択されたものより平均して高いゲノム力価を生じ、同様に、非選択プールの中から選ばれたものよりも高い力価を有した（表２）。キャプシド力価は選択前後で同じままであったため、完全粒子の割合は選択中に増加した。注目すべきことに、最も低い力価をもたらした変異体は、置換残基のうち、２つのシステイン、１つのメチオニン及びアスパラギン酸を含んでいたが、これらはかさ高い（Ｃｙｓ及びＭｅｔ）、あるいは酸性（Ａｓｐ）であり、前のセクションで報告された観察結果に従い、キャプシドの適合性を妨げると予想される。」
　
（３−３）（１７２頁左欄１行〜２１行）
「選択したキャプシド変異体のデコイ効果
　２つの変異体Ａ１１（Ｓ２で最良）及びＨ６（Ｓ１及びＩＶＩＧで最良）は最良のＮ５０値を示したので、それらの感染性、パッケージング効率及び導入遺伝子発現効率とは無関係な、ヒト抗体に結合するそれらの能力についてさらに調べた。抗ＡＡＶ−２抗体へのそれらの結合を定量するために、同量のＧＦＰ発現ＡＡＶ−２ベクターを、異なる量のＡＡＶ−２、Ａ１１又はＨ６の空粒子と混合し、漸増量のＳ２と共にインキュベートした。形質導入率をフローサイトメトリーにより定量した（図４）。この設定では、空のビリオンは血清中に含まれる中和抗体に対するデコイとして働き、キャプシドに対するそれらの親和性に比例して血清の中和力を減少させる。得られたＮ５０値をこのデータセットから推定した（表４）。ＡＡＶ−２の空キャプシドの添加は、用量依存的な様式で、比例的にＮ５０値を増加させたが（最高用量の空キャプシド添加後に１１．５１倍）、空のＨ６キャプシドの添加によって得られた増加はより弱く（８．５３倍）、Ａ１１キャプシドの添加は有意な増加をもたらさなかった（１．６３倍）。これらのデータから、ｗｔは抗ＡＡＶ−２抗体に効率的に結合するが、Ｈ６キャプシドは低い効率で結合し、Ａ１１キャプシドは認識を免れ、そして非常に非効率的なデコイであることが実証された。」
　
（３−４）（図４）
「
図４　ＡＡＶ−２、Ａ１１及びＨ６変異体についてのデコイアッセイ。同量のＡＡＶ−２ベクターを、ＡＡＶ−２（上）、Ｈ６（中央）又はＡ１１（下）の５倍、１０倍及び２０倍の空粒子と混合した。Ｓ２の段階希釈物と共にインキュベートした後、Ｈｅｌａ細胞を感染させ、４８時間後に形質導入率を測定した。」
　
（３−５）（表４）
「表４  ＡＡＶ２、Ｈ６及びＡ１１空粒子のデコイ効率の分析
　空粒子を添加しないで得られたＮ５０と比較して、５倍、１０倍又は２０倍の空キャプシドを添加した後のＮ５０値を図４及びｘ倍増加から推定した。
「Type of empty capsids」の訳：空キャプシドの型
「N50 increase(x-fold)」の訳：Ｎ５０増加（ｘ倍）」
　
（３−６）（１７４頁右欄下から２５行〜下から１１行）
「形質導入アッセイ
　４８ウェルプレートに、２×１０４ヒーラ細胞を播種し、２４時間後にヒト中和血清又はＩＶＩＧの連続希釈液と室温で２時間インキュベートした後、同じゲノム粒子、総キャプシド及びイオジキサノール、ＧＦＰ発現ＡＡＶベクターの量を感染させた。４８時間後、細胞を回収し、少なくとも５０００個の細胞を分析して、ＧＦＰ発現をフローサイトメトリーにより測定した。ＡＡＶ２及び変異キャプシドのデコイ活性を測定するために、感染の２４時間前に２×１０４個のＡＡＶ２ゲノム粒子に、１０５個、２×１０５個又は４×１０５個のＡＡＶ２又は突然変異体空粒子（Ａ１１及びＨ６）を加えた。形質導入率は、フローサイトメトリーによって４８時間後に測定し、上記のように実施した。Ｎ５０値は、Ｈｉｌｌシグモイド曲線当てはめを使用してＯｒｉｇｉｎ８ソフトウェアによって計算した。」
　
第５　当審の判断
１．申立理由１（新規性）について
（１）本件発明１について 
ア　甲１に記載された発明
　上記記載事項（１−２）の第２段落には、治療遺伝子を含むＡＡＶベクタープラスミドを含む２つ又は３つのプラスミドを用いてＨＥＫ２９３細胞をトランスフェクトすることにより作製された組成物には、ｒＡＡＶすなわちＡＡＶベクター、及び空粒子すなわちＡＡＶ空キャプシドが含まれることが記載されている。そして、ＡＡＶベクター対ＡＡＶ空キャプシドの比率が１：１０から１：４であることが記載されている。そうすると、甲１には、次の発明が記載されていると認められる。
「ＡＡＶベクターとＡＡＶ空キャプシドとを含むＡＡＶベクター組成物であって、前記ＡＡＶベクターが治療遺伝子を含み、かつ前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、１：４〜１：１０のＡＡＶベクター対ＡＡＶ空キャプシドの比率にあるＡＡＶベクター組成物。」（以下、「甲１発明」という。）
　
　この点、申立人は、甲１には、Ｂ型血友病患者において、凝固因子ＩＸを発現するｒＡＡＶ２を用いたヒト臨床試験が実施され、部分的ではあるが一過性の症状の改善をもたらしたことや、上記ｒＡＡＶベクターには、ＡＡＶ空キャプシド：治療遺伝子を有するＡＡＶベクターが１０：１〜４：１の割合で存在することが記載されているから、総合的にみて、甲１は、本件発明１の構成要件を全て開示している旨主張する。
　しかしながら、甲１の上記記載事項（１−２）をみると、まず第１段落で、凝固因子ＩＸを発現するｒＡＡＶ２ベクターを用いたＢ型血友病患者に対する臨床試験が一過性の症状の改善をもたらした旨記載されており、次に段落を変えて、ＡＡＶベクタープラスミドを含むプラスミドを用いてＨＥＫ２９３細胞をトランスフェクトすることにより、ＡＡＶベクターを作製すると、空キャプシドも形成され、その比率が１：１０から１：４にわたる旨が記載されており、さらに、空キャプシドは、強い免疫応答を引き起こす可能性があるため、除去することが望ましいことが記載されている。
　このように、Ｂ型血友病患者に対する臨床試験の記載と、ＡＡＶベクターを作製したときのＡＡＶベクターと空キャプシドの比率に関する記載は別段落で記載されていること、及び後段の段落では、空キャプシドは除去することが望ましい旨が記載されていることからすると、Ｂ型血友病患者に対する臨床試験において用いたＡＡＶベクターが、上記の比率で空キャプシドを含むものであることまでは一つの引用発明として認定することができない。
　したがって、申立人の当該主張は採用できない。
　
イ　対比及び判断 
　本件発明１と甲１発明を対比する。
　甲１発明におけるＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシドの比率の範囲である「１：４〜１：１０」は、本件発明１の「約１：１〜１：１０」に包含される。
　そうすると、両者は「ＡＡＶベクターと、ＡＡＶ空キャプシドとを含む、ＡＡＶベクター組成物であって、前記ＡＡＶベクターが遺伝子を含み、かつ、前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター　対　ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、ＡＡＶベクター組成物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−１
　本件発明１は、「被験体に投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物」であるのに対し、甲１発明は単なる組成物である点。
相違点１−２
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明１では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
　
　本件発明１と甲１発明は、上記の相違点で相違するものであるから、本件発明１は甲１に記載された発明ということはできない。
　
（２）本件発明２について
　本件発明２と甲１発明を対比する。
　甲１発明におけるＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシドの比率の範囲である「１：４〜１：１０」は、本件発明２の「約１：１〜１：１０」に包含される。
　そうすると、両者は「ＡＡＶベクターと、ＡＡＶ空キャプシドとを含む、ＡＡＶベクター組成物であって、前記ＡＡＶベクターが遺伝子を含み、かつ、前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター　対　ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、ＡＡＶベクター組成物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−３
　本件発明２は、「前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター薬学的処方物」であるのに対し、甲１発明は単なる組成物である点。
相違点１−４
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明２では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
　
　本件発明２と甲１発明は、上記の相違点で相違するものであるから、本件発明２は甲１に記載された発明ということはできない。
　
（３）本件発明２２について
　本件発明２２と甲１発明を対比する。
　甲１発明におけるＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシドの比率の範囲である「１：４〜１：１０」は、本件発明１の「約１：１〜１：１０」に包含される。
　また、甲１発明におけるＡＡＶベクター組成物は、ＡＡＶベクターとＡＡＶ空キャプシドを含むものであるから、両物質の「組み合わせ物」であるといえる。
　そうすると、両者は、「遺伝子を含むＡＡＶベクター及びＡＡＶ空キャプシドを含み、前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター　対　ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、組み合わせ物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−５
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明２２では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
相違点１−６
　組み合わせ物が、本件発明２２では、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するための」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−７
　ＡＡＶベクターが、本件発明２２では、「被験体に投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−８
　ＡＡＶ空キャプシドが、本件発明２２では、「前記被験体に、前記トランスジーンを含む前記ＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するのに有効な量で、投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
　
　本件発明２２と甲１発明は、上記の相違点で相違するものであるから、本件発明２２は甲１に記載された発明ということはできない。
（４）本件発明３、１５、１６、２７、３５、５４及び５５について
　本件発明３、１５、１６、５４及び５５は、本件発明１又は２をさらに限定した発明であるから、本件発明３、１５、１６、５４及び５５に対する申立理由１に理由がないことは明らかである。
　本件発明２７、３５、５４及び５５は、本件発明２２をさらに限定した発明であるから、本件発明２７、３５、５４及び５５に対する申立理由１に理由がないことは明らかである。
　本件発明２１を引用する部分に係る本件発明２７、３５、５４及び５５については、後記２．（６）で述べるとおり、本件発明２１と甲１発明は相違点を有するものであるから、これらの発明は甲１に記載された発明ということはできず、申立理由１には理由がない。
　
（５）小括
　以上のとおりであるから、本件発明１〜３、１５、１６、２２、２７、３５、５４及び５５は、甲１に記載された発明ではなく、特許法第２９条第１項第３号に該当しないので、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２項に該当せず、取り消すべきものではない。
　
２．申立理由２−１（進歩性）について
（１）本件発明１について
ア　対比
　本件発明１と甲１発明は、上記１．（１）で述べたとおり、以下の相違点１−１及び相違点１−２で相違する。
相違点１−１
　本件発明１は、「被験体に投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物」であるのに対し、甲１発明は単なる組成物である点。
相違点１−２
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明１では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では、治療遺伝子である点。
　
イ　判断
（ア）相違点１−１について
　甲１には、ＡＡＶベクターの産生に伴い混入する空キャプシドはＡＡＶベクターによる形質導入を妨害し、強い免疫応答を引き出すものであることが記載されている（上記記載事項（１−１））。そのため、ＡＡＶベクターストックから空キャプシドを除去することが望ましいことが記載されており（上記記載事項（１−２））、甲１は、ＡＡＶベクターから空キャプシドを除去する精製方法を開発することを目的としている（上記記載事項（１−３）及び（１−４））。このような甲１の記載に接した当業者は、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物をそのまま被験体に投与する処方物として使用すると、形質導入を妨害し、強い免疫応答を引き出すものである点で不利であることを認識する。そうすると、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「被験体に投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物」とすることについて、阻害要因が存在するといえる。
　よって、相違点１−１に係る構成を当業者が容易に想到し得たとはいえない。
　
　申立人は、甲２及び甲３の記載を鑑みると、ＡＡＶ空キャプシドを患者の体内の中和抗体に関するデコイ効果を期待してＡＡＶベクターと混合することは、当業者が容易に想到し得たことである旨主張する。
　しかしながら、甲２は、本件特許の審査経緯において通知された拒絶理由通知書であり、起案日は平成２９年５月１７日であり、発送日は同年５月２４日であることから、甲２に記載された事項は、本件優先日である平成２４年４月２６日より前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められない。
　よって、本件発明１の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−１に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−２について検討するまでもなく、本件発明１は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（２）本件発明２について
ア　対比
　本件発明２と甲１発明は、上記１．（２）で述べたとおり、以下の相違点１−３及び相違点１−４で相違する。
相違点１−３
　本件発明２は、「前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター薬学的処方物」であるのに対し、甲１発明は単なる組成物である点。
　
相違点１−４
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明２では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
　
イ　判断
（ア）相違点１−３について
　上記（１）イ（ア）で述べたのと同様の理由により、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター薬学的処方物」とすることについて、阻害要因が存在するから、本件発明２は、甲１発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　そして、上記（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明２の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−３に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−４について検討するまでもなく、本件発明２は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（３）本件発明１７について
　本件発明１７は、本件発明１に記載の処方物を含む「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的組成物」に係る発明であり、上記（１）イ（ア）で述べたのと同様の理由により、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（４）本件発明１８について
ア　対比
　本件発明１８と甲１発明を対比すると、両者は、「ＡＡＶ空キャプシドを含む組成物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−９
　組成物が、本件発明１８では、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような用途が特定されていない点。
相違点１−１０
　本件発明１８では、ＡＡＶ空キャプシドが架橋されているのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
　
イ　判断
（ア）相違点１−９について
　上記（１）イ（ア）で述べたのと同様の理由により、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するため」に使用することについて、阻害要因が存在するから、本件発明１８は、甲１発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　そして、上記（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明１８の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−９に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−１０について検討するまでもなく、本件発明１８は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（５）本件発明１９について
ア　対比
　本件発明１９と甲１発明を対比すると、両者は、「ＡＡＶ空キャプシドを含む組成物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−１１
　本件発明１９は、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的組成物」であるのに対し、甲１発明は単なる組成物である点。
相違点１−１２
　本件発明１９では、ＡＡＶ空キャプシドが架橋されているのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
　
イ　判断
（ア）相違点１−１１について
　上記（１）イ（ア）で述べたのと同様の理由により、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的処方物」とすることについて、阻害要因が存在するから、本件発明１９は、甲１発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　そして、上記（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明１９の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−１１に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−１２について検討するまでもなく、本件発明１９は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（６）本件発明２１について
ア　対比
　本件発明２１と甲１発明を対比する。
　甲１発明におけるＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシドの比率の範囲である「１：４〜１：１０」は、本件発明２１の「約１：１〜１：１０」に包含される。
　また、甲１発明におけるＡＡＶベクター組成物は、ＡＡＶベクターとＡＡＶ空キャプシドを含むものであるから、両物質の「組み合わせ物」であるといえる。
　そうすると、両者は、「遺伝子を含むＡＡＶベクター及びＡＡＶ空キャプシドを含み、前記ＡＡＶベクター：前記ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター　対　ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、組み合わせ物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点１−１３
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明２１では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
相違点１−１４
　組み合わせ物が、本件発明２１では、「血液凝固因子をコードするトランスジーンの細胞への形質導入を増大させるか、または改善するための」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−１５
　ＡＡＶベクターが、本件発明２１では、「細胞に投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−１６
　ＡＡＶ空キャプシドが、本件発明２１では、「被験体に、前記トランスジーンの前記細胞への形質導入を増大させるか、または改善するのに有効な量で、投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
　
イ　判断
（ア）相違点１−１４及び１−１６について
　甲１には、ＡＡＶベクターの産生に伴い混入する空キャプシドはＡＡＶベクターによる形質導入を妨害し、強い免疫応答を引き出すものであることが記載されている（上記記載事項（１−１））。そのため、ＡＡＶベクターストックから空キャプシドを除去することが望ましいことが記載されており（上記記載事項（１−２））、甲１は、ＡＡＶベクターから空キャプシドを除去する精製方法を開発することを目的としている（上記記載事項（１−３）及び（１−４））。このような甲１記載に接した当業者は、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物をそのまま被験体に投与すると、形質導入を妨害し、強い免疫応答を引き出すものである点で不利であることを認識する。そうすると、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「血液凝固因子をコードするトランスジーンの細胞への形質導入を増大させるか、または改善するため」に使用することについて、阻害要因が存在するといえる。
　そして、上記（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明２１の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−１４及び１−１６に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　よって、相違点１−１４及び１−１６に係る構成を当業者が容易に想到し得たとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−１３及び１−１５について検討するまでもなく、本件発明２１は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（７）本件発明２２について
ア　対比
　本件発明２２と甲１発明は、上記１．（３）で述べたとおり、以下の相違点１−５〜相違点１−８で相違する。
相違点１−５
　ＡＡＶベクターに含まれる遺伝子が、本件発明２２では、血液凝固因子をコードするトランスジーンであるのに対し、甲１発明では治療遺伝子である点。
相違点１−６
　組み合わせ物が、本件発明２２では、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するための」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−７
　ＡＡＶベクターが、本件発明２２では、「被験体に投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
相違点１−８
　ＡＡＶ空キャプシドが、本件発明２２では、「前記被験体に、前記トランスジーンを含む前記ＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するのに有効な量で、投与されることを特徴とする」ものであるのに対し、甲１発明ではそのような特定がない点。
イ　判断
（ア）相違点１−６及び１−８について
　上記（６）イ（ア）で述べたのと同様の理由により、ＡＡＶ空キャプシドを含む甲１発明のＡＡＶベクター組成物を、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するため」に使用することについて、阻害要因が存在するから、本件発明２２は、甲１発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　そして、上記（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明２２の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　また、甲３には、ＡＡＶ２ベクターと空キャプシドを含む組成物において、空キャプシドが中和抗体に対するデコイとして働くことが記載されているものの（上記記載事項（３−３））、当該組成物は、形質導入アッセイにおいて用いた試薬に過ぎず、医薬として使用することは記載も示唆もされていないから、相違点１−６及び１−８に係る構成は甲３の記載から当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　
ウ　小括
　以上のとおりであるから、相違点１−５及び１−７について検討するまでもなく、本件発明２２は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（８）本件発明３〜１６、２０及び２３〜５５について
　本件発明３〜１６、２４、５４及び５５は、本件発明１又は２をさらに限定した発明であるから、本件発明３〜１６、２４、５４及び５５に対する申立理由２−１に理由がないことは明らかである。
　本件発明２０は、本件発明１８又は１９をさらに限定した発明であるから、本件発明２０に対する申立理由２−１に理由がないことは明らかである。
　本件発明２３及び２５〜５５は、本件発明２１又は２２をさらに限定した発明であるから、本件発明２３及び２５〜５５に対する申立理由２−１に理由がないことは明らかである。
　
（９）小括
　以上のとおりであるから、本件発明１〜５５は、甲１に記載された発明及び甲２に記載された事項に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものではなく、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものではないから、それらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２項に該当せず、取り消すべきものではない。
　
３．申立理由２−２（進歩性）について
（１）本件発明１について 
ア　甲３に記載された発明
　上記記載事項（３−５）には、ＡＡＶ２ベクターを用いたヒーラ細胞へのインビトロでの形質導入アッセイにおいて、ＡＡＶ２ゲノム粒子：ＡＡＶ２空粒子の比を、１０４：１０５、２×１０５又は４×１０５、すなわち、１：１０、２０又は４０としたことが記載されている。ここで、「ＡＡＶ２ゲノム粒子」とは、ＧＦＰ発現ＡＡＶ２ベクター、すなわち、ＧＦＰをコードするトランスジーンを含むＡＡＶ２ベクターを意味するものである。また、「ＡＡＶ２空粒子」とは、ＡＡＶ２空キャプシドを意味する。
　そうすると、甲３には、次の発明が記載されていると認められる。
「ＡＡＶ２ベクターとＡＡＶ２空キャプシドとを含む、ＡＡＶ２ベクター組成物であって、前記ＡＡＶ２ベクターが、ＧＦＰをコードするトランスジーンを含み、かつ前記ＡＡＶ２ベクター：前記ＡＡＶ２空キャプシドが、１：１０のＡＡＶベクター対ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、ＡＡＶベクター組成物。」（以下、「甲３発明」という。）
　
イ　対比 
　本件発明１と甲３発明を対比する。
　甲３発明における「ＡＡＶ２ベクター」及び「ＡＡＶ２空キャプシド」は、それぞれ本件発明１の「ＡＡＶベクター」及び「ＡＡＶ空キャプシド」に相当する。また、甲３発明におけるＡＡＶ２ベクター：ＡＡＶ２空キャプシドの比率である「１：１０」は、本件発明１の「約１：１〜１：１０」に包含される。
　そうすると、両者は、「ＡＡＶベクターと、ＡＡＶ空キャプシドとを含む、ＡＡＶベクター組成物であって、前記ＡＡＶベクターがトランスジーンを含み、かつ前記ＡＡＶベクター：ＡＡＶ空キャプシドが、約１：１〜１：１０のＡＡＶベクター　対　ＡＡＶ空キャプシドの比率にある、ＡＡＶベクター組成物。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点２−１
　本件発明１は、「被験体に投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物」であるのに対し、甲３発明は単なる組成物である点。
相違点２−２
　ＡＡＶベクターに含まれるトランスジーンが、本件発明１では、血液凝固因子をコードするものであるのに対し、甲３発明は、ＧＦＰをコードするものである点。
　
ウ　判断
（ア）相違点２−１について
　甲３には、ＡＡＶ２ベクターとＡＡＶ２空キャプシドの種々の比率を有するＡＡＶベクター組成物を用いて、インビトロでヒーラ細胞へ形質導入し、ＧＦＰの発現を測定することにより、空キャプシドのデコイとしての効率を分析したことが記載されている（上記記載事項（３−４）〜（３−６））。甲３発明に係るＡＡＶベクター組成物は、そのような形質導入アッセイにおいて用いた、特定の当該比率を有する試薬の一つにすぎず、これをそのまま被験体に投与する処方物とすることは意図されていないものである。そうすると、甲３の記載からは、甲３発明の組成物を、処方物として被験体に投与することは動機付けられるものではない。
　したがって、甲３発明に係る形質導入アッセイにおける試薬であるＡＡＶベクター組成物が、「被験体へ投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するためのＡＡＶベクター処方物」として使用できることに想到することは、当業者といえども困難である。
　そして、上記２．（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明１の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　
エ　小括
　以上のとおりであるから、相違点２−２について検討するまでもなく、本件発明１は、甲３に記載された発明及び甲２に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（２）本件発明２、１７〜１９、２１及び２２について
　本件発明２は、「薬学的処方物」であることを発明特定事項とするものであり、本件発明１７及び１９は「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための薬学的組成物」であることを発明特定事項とするものであり、本件発明１８は、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制するための組成物」であることを発明特定事項とするものであり、本件発明２１は、「被験体に、前記トランスジーンの前記細胞への形質導入を増大させるか、または改善するのに有効な量で、投与されること」を発明特定事項とするものであり、本件発明２２は、「被験体に投与されること」及び「被験体に、前記トランスジーンを含む前記ＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制するのに有効な量で投与されること」を発明特定事項とするものであって、いずれの発明も用途が医薬の発明である。
　そして、上記（１）ウ（ア）で述べたのと同様の理由により、甲３発明の組成物を医薬とすることは、当業者にとって動機付けられるものではない。
　そして、上記２．（１）イ（ア）で述べたとおり、甲２に記載された事項は、本件優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるとも、本件優先日前に電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明であるとも認められないから、本件発明２、１７〜１９、２１及び２２の進歩性の有無を判断するにあたり、甲２は根拠となる証拠として採用できない。
　
（３）本件発明３〜１６、２０、２３〜５５について
　本件発明３〜１６、２４、５４及び５５は、本件発明１又は２をさらに限定した発明であるから、本件発明３〜１６、２４、５４及び５５に対する申立理由２に理由がないことは明らかである。
　本件発明２０は、本件発明１８又は１９をさらに限定した発明であるから、本件発明２０に対する申立理由２に理由がないことは明らかである。
　本件発明２３及び２５〜５５は、本件発明２１又は２２をさらに限定した発明であるから、本件発明２３及び２５〜５５に対する申立理由２−２に理由がないことは明らかである。
　
（４）小括
　以上のとおりであるから、本件発明１〜５５は、甲３に記載された発明及び甲２に記載された事項に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものではなく、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものではないから、それらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２項に該当せず、取り消すべきものではない。
　
３．申立理由３（明確性）について
（１）「望まれない免疫応答を抑制」という記載について
　申立人は、本件発明１、２及び１７〜１９における「望まれない免疫応答を抑制」について、抑制の対象である「望まれない免疫応答」の定義が不明確である旨主張する。
　しかしながら、本件明細書の段落【００７１】には、「用語『免疫応答』は、脊椎動物被験体の免疫系による、抗原または抗原決定基に対する任意の応答を指すことを意図される。」と記載されている。そして、本件発明１には、「被験体へ投与して、前記被験体における前記ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制する」と記載されていることからすると、本件発明１における「望まれない免疫応答」とは、ＡＡＶベクターを被験体に投与したことにより、ＡＡＶベクターに対して生じる、脊椎動物被験体の免疫系による、抗原又は抗原決定基に対する任意の望まれない応答を意味するものであり、不明確なところはない。
　また、本件発明２及び１７〜１９には、「ＡＡＶベクターに対する望まれない免疫応答を抑制する」と記載されているところ、本件明細書の段落【００７１】における用語「免疫応答」の定義及び、本件発明２及び１７〜１９の記載自体からみて、「望まれない免疫応答」とは、ＡＡＶベクターに対して生じる、脊椎動物被験体の免疫系による、抗原又は抗原決定基に対する任意の望まれない応答を意味するものであり、不明確なところはない。
　
（２）「抑制」という記載について
　申立人は、本件発明２２の「免疫応答を・・・抑制する」について、「抑制」の定義が不明確である旨主張する。
　しかしながら、「抑制」とは、「精神的・生理的な機能が、他の機能をおさえて、その実現をさまたげること。」を意味するものである（広辞苑第５版）。そして、本件発明２２には、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答を低下させるか、または抑制する」と記載されているところ、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答」を「抑制する」という記載は、「血液凝固因子をコードするトランスジーンを含むＡＡＶベクターに対する免疫応答」をおさえて、その実現をさまたげることを意味するものとして、その文言上、当業者にとって明確であると認められる。
　
（３）小括
　よって、本件発明１、２、１７〜１９、２２及びこれらを引用する３〜１６、２０、２４〜３０及び３２〜５５が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないものであるとする申立理由３には理由がない。
　
第６　むすび
　以上のとおりであるから、申立人が主張する申立理由によっては、本件請求項１〜５５に係る特許を取り消すことはできない。
　また、他に請求項１〜５５に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　
　よって、特許法第１１４条第４項の規定により、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
平成３１年４月１８日（２０１９．４．１８）