【事件の表示】
　特許第６１１７１９４号発明「アレル不均衡を評価するための方法および材料」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　令和１年６月５日付け訂正請求において、特許第６１１７１９４号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１〜６〕、〔７〜１２〕、〔１３〜１８〕、〔１９〜２４〕について訂正することを認める。
　特許第６１１７１９４号の請求項１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４に係る特許を維持する。
　特許第６１１７１９４号の請求項２、８、１４、２０に係る特許についての特許異議の申立てを却下する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６１１７１９４号の請求項１〜２４に係る特許についての出願は、平成２４年６月１５日（パリ条約による優先権主張　平成２３年６月１７日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成２９年３月３１日にその特許権の設定登録がされ、同年４月１９日に特許掲載公報が発行された。その後、その請求項１〜２４に係る特許について、同年１０月１９日に特許異議申立人　古藤弘一郎により特許異議の申立てがされ、当審において平成３０年３月７日付けで取消理由が通知され、その指定期間内である同年６月８日に意見書の提出及び訂正の請求があり、同年８月２８日付けで特許法第１２０条の５第５項に規定された通知書を特許異議申立人に送付したところ、同年１０月１日に特許異議申立人から意見書が提出され、平成３１年３月６日付けで取消理由が通知され、その指定期間内である令和１年６月５日に意見書の提出及び訂正の請求があったものである。
　
第２　訂正の適否
１．訂正の内容
　令和１年６月５日付け訂正請求（以下、「本件訂正請求」という。）による訂正の内容は、次のとおりである。
　なお、平成３０年６月８日付け訂正請求は、特許法第１２０条の５第７項の規定により取り下げられたものとみなす。 
（１）訂正事項１
　特許請求の範囲の請求項１に、
「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程。」
と記載されているのを、
「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。」に訂正する。
　
（２）訂正事項２
　特許請求の範囲の請求項２を削除する。
　
（３）訂正事項３
　特許請求の範囲の請求項３に、「請求項１または２記載の方法。」と記載されているのを「請求項１記載の方法。」に訂正する。
　
（４）訂正事項４
　特許請求の範囲の請求項４に、「請求項１乃至３のいずれか一項記載の方法：」と記載されているのを、「請求項１または３記載の方法：」に訂正する。
　
（５）訂正事項５
　特許請求の範囲の請求項４に、「該ゲノムスペーシングは、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセントである。」と記載されているのを、「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。」に訂正する。
　
（６）訂正事項６
　特許請求の範囲の請求項５に、「請求項１乃至４のいずれか一項記載の方法。」と記載されているのを、「請求項１、３または４記載の方法。」に訂正する。
　
（７）訂正事項７
　特許請求の範囲の請求項７に、
「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程。」
と記載されているのを、
「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。」に訂正する。
　
（８）訂正事項８
　特許請求の範囲の請求項８を削除する。
　
（９）訂正事項９
　特許請求の範囲の請求項９に、「請求項７または８記載の方法。」と記載されているのを「請求項７記載の方法。」に訂正する。
　
（１０）訂正事項１０
　特許請求の範囲の請求項１０に、「請求項７乃至９のいずれか一項記載の方法：」と記載されているのを、「請求項７または９記載の方法：」に訂正する。
　
（１１）訂正事項１１
　特許請求の範囲の請求項１０に、「該ゲノムスペーシングは、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセントである。」と記載されているのを、「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。」に訂正する。
　
（１２）訂正事項１２
　特許請求の範囲の請求項１１に、「請求項７乃至１０のいずれか一項記載の方法。」と記載されているのを、「請求項７、９または１０記載の方法。」に訂正する。
　
（１３）訂正事項１３
　特許請求の範囲の請求項１３に、
「ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム。」
と記載されているのを、
「ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。」に訂正する。
　
（１４）訂正事項１４
　特許請求の範囲の請求項１４を削除する。
　
（１５）訂正事項１５
　特許請求の範囲の請求項１５に、「請求項１３または１４記載のシステム。」と記載されているのを「請求項１３記載のシステム。」に訂正する。
　
（１６）訂正事項１６
　特許請求の範囲の請求項１６に、「請求項１３乃至１５のいずれか一項記載のシステム：」と記載されているのを、「請求項１３または１５記載のシステム：」に訂正する。
　
（１７）訂正事項１７
　特許請求の範囲の請求項１６に、「該ゲノムスペーシングは、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセントである。」と記載されているのを、「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。」に訂正する。
　
（１８）訂正事項１８
　特許請求の範囲の請求項１８に、「請求項１５または１６記載のシステム。」と記載されているのを、「請求項１７記載のシステム。」に訂正する。
　
（１９）訂正事項１９
　特許請求の範囲の請求項１９に、
「ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータ。」
と記載されているのを、
「ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。」に訂正する。
　
（２０）訂正事項２０
　特許請求の範囲の請求項２０を削除する。
　
（２１）訂正事項２１
　特許請求の範囲の請求項２１に、「請求項１９または２０記載のシステム。」と記載されているのを「請求項１９記載のシステム。」に訂正する。
　
（２２）訂正事項２２
　特許請求の範囲の請求項２２に、「請求項１９乃至２１のいずれか一項記載のシステム：」と記載されているのを、「請求項１９または２１記載のシステム：」に訂正する。
　
（２３）訂正事項２３
　特許請求の範囲の請求項２２に、「該ゲノムスペーシングは、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセントである。」と記載されているのを、「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。」に訂正する。
　
（２４）訂正事項２４
　特許請求の範囲の請求項２３に、「請求項１９乃至２２のいずれか一項記載のシステム。」と記載されているのを、「請求項１９、２１または２２記載のシステム。」に訂正する。
　
２．訂正の目的の適否、特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否、新規事項追加の有無、独立特許要件及び一群の請求項の適否
（１）訂正事項１について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１は、訂正前の請求項１に、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１は、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正前の請求項２に、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が少なくとも１０、５０、１００、１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項１記載の方法。」と記載されており、また、特許明細書の段落【００２２】には、「いくつかのケースでは、基準（ａ）から（ｅ）までを満たす１００，０００、１５０，０００または２００，０００よりも多いヒト遺伝子座が選択されることができる。（ａ）から（ｅ）の基準を満たすヒト遺伝子座の内、遺伝子座の群（例えば、上位２，５００、５，０００、７，５００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００または２００，０００の遺伝子座）は、遺伝子座が関心対象の集団において高いアレル頻度を持ち、ある程度均等に間隔を空けた状態（例えば、約５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に少なくとも一つの関心対象の遺伝子座）でヒトゲノムをカバーし、解析に用いられる任意の集団においてもう一つの選択された遺伝子座と連鎖不均衡でないように選択されることができる。」と記載されているから、訂正事項１は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２）訂正事項２について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２は、訂正前の請求項２を削除するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２は、請求項の削除であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項２は、請求項の削除であるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（３）訂正事項３について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項３は、訂正前の請求項３が、訂正前の「請求項１または２」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項３は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項３は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項３に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（４）訂正事項４について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項４は、訂正前の請求項４が、訂正前の「請求項１乃至３のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１または３」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項４は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項４は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項４に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（５）訂正事項５について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項５は、訂正前の請求項４に、ゲノムスペーシングとして「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」と記載されているのを、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項５は、「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」を、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　特許明細書の段落【００２６】には、「いくつかの態様において、これらの遺伝子座はゲノムに沿って均等な間隔で配置されている。本明細書で用いられる通り、遺伝子座は、任意の２つの遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つの遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント（即ち、１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢまたは１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＣＤ）が５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％よりも小さいまたは等しい場合、遺伝子座は「ゲノムに沿って均等な間隔で配置されている」。このような差のパーセントは本明細書では遺伝子座の「ゲノムスペーシング」と呼ばれる。いくつかの態様において、試料はＦＦＰＥ組織試料である。いくつかの態様において、試料は患者からの腫瘍試料である。」と記載されているから、訂正事項５は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項５に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（６）訂正事項６について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項６は、訂正前の請求項５が、訂正前の「請求項１乃至４のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１、３または４」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項６は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項６は、訂正前の請求項２の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項６に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（７）訂正事項７について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項７は、訂正前の請求項７に、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項７は、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正前の請求項８に、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が少なくとも１０、５０、１００、１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項７記載の方法。」と記載されており、また、特許明細書の段落【００２２】には、「いくつかのケースでは、基準（ａ）から（ｅ）までを満たす１００，０００、１５０，０００または２００，０００よりも多いヒト遺伝子座が選択されることができる。（ａ）から（ｅ）の基準を満たすヒト遺伝子座の内、遺伝子座の群（例えば、上位２，５００、５，０００、７，５００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００または２００，０００の遺伝子座）は、遺伝子座が関心対象の集団において高いアレル頻度を持ち、ある程度均等に間隔を空けた状態（例えば、約５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に少なくとも一つの関心対象の遺伝子座）でヒトゲノムをカバーし、解析に用いられる任意の集団においてもう一つの選択された遺伝子座と連鎖不均衡でないように選択されることができる。」と記載されているから、訂正事項７は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項７に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（８）訂正事項８について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項８は、訂正前の請求項８を削除するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項８は、請求項の削除であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項８は、請求項の削除であるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項８に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（９）訂正事項９について
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項９は、訂正前の請求項９が、訂正前の「請求項７または８」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項７」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項９は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項９は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項９に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１０）訂正事項１０
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１０は、訂正前の請求項１０が、訂正前の「請求項７乃至９のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項７または９」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１０は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１０は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１０に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１１）訂正事項１１
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１１は、訂正前の請求項１０に、ゲノムスペーシングとして「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」と記載されているのを、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１１は、「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」を、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　特許明細書の段落【００２６】には、「いくつかの態様において、これらの遺伝子座はゲノムに沿って均等な間隔で配置されている。本明細書で用いられる通り、遺伝子座は、任意の２つの遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つの遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント（即ち、１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢまたは１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＣＤ）が５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％よりも小さいまたは等しい場合、遺伝子座は「ゲノムに沿って均等な間隔で配置されている」。このような差のパーセントは本明細書では遺伝子座の「ゲノムスペーシング」と呼ばれる。いくつかの態様において、試料はＦＦＰＥ組織試料である。いくつかの態様において、試料は患者からの腫瘍試料である。」と記載されているから、訂正事項１１は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１１に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１２）訂正事項１２
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１２は、訂正前の請求項１１が、訂正前の「請求項７乃至１０のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項７、９または１０」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１２は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１２は、訂正前の請求項８の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１２に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１３）訂正事項１３
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１３は、訂正前の請求項１３に、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１３は、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正前の請求項１４に、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が少なくとも１０、５０、１００、１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項１３記載のシステム。」と記載されており、また、特許明細書の段落【００２２】には、「いくつかのケースでは、基準（ａ）から（ｅ）までを満たす１００，０００、１５０，０００または２００，０００よりも多いヒト遺伝子座が選択されることができる。（ａ）から（ｅ）の基準を満たすヒト遺伝子座の内、遺伝子座の群（例えば、上位２，５００、５，０００、７，５００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００または２００，０００の遺伝子座）は、遺伝子座が関心対象の集団において高いアレル頻度を持ち、ある程度均等に間隔を空けた状態（例えば、約５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に少なくとも一つの関心対象の遺伝子座）でヒトゲノムをカバーし、解析に用いられる任意の集団においてもう一つの選択された遺伝子座と連鎖不均衡でないように選択されることができる。」と記載されているから、訂正事項１３は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１３に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１４）訂正事項１４
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１４は、訂正前の請求項１４を削除するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１４は、請求項の削除であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１４は、請求項の削除であるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１４に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１５）訂正事項１５
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１５は、訂正前の請求項１５が、訂正前の「請求項１３または１４」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１３」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１５は、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１５は、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１５に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１６）訂正事項１６
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１６は、訂正前の請求項１６が、訂正前の「請求項１３乃至１５のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１３または１５」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１６は、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１６は、訂正前の請求項１４の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１６に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１７）訂正事項１７
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１７は、訂正前の請求項１６に、ゲノムスペーシングとして「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」と記載されているのを、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１７は、「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」を、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　特許明細書の段落【００２６】には、「いくつかの態様において、これらの遺伝子座はゲノムに沿って均等な間隔で配置されている。本明細書で用いられる通り、遺伝子座は、任意の２つの遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つの遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント（即ち、１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢまたは１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＣＤ）が５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％よりも小さいまたは等しい場合、遺伝子座は「ゲノムに沿って均等な間隔で配置されている」。このような差のパーセントは本明細書では遺伝子座の「ゲノムスペーシング」と呼ばれる。いくつかの態様において、試料はＦＦＰＥ組織試料である。いくつかの態様において、試料は患者からの腫瘍試料である。」と記載されているから、訂正事項１７は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１７に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１８）訂正事項１８
ア．訂正の目的の適否
　訂正前の請求項１８には、「前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項１５または１６記載のシステム。」と記載され、訂正前の請求項１５または１６を引用する記載になっているが、訂正前の請求項１５または１６には「腫瘍試料」という記載はないので不明瞭な記載になっていた。一方、訂正前の請求項１７には、「前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１６記載のシステム。」と記載され、「腫瘍試料」という記載があるので、訂正前の請求項１８を、請求項１７を引用するように訂正すれば、訂正前の請求項１８における明瞭でない記載が明瞭になる。
　よって、訂正事項１８は、訂正前の請求項１８が、訂正前の「請求項１５または１６」を引用する記載であったものを、明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１７」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１８は、訂正前の請求項１８における明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項１８は、訂正前の請求項１８における明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１８に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（１９）訂正事項１９
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項１９は、訂正前の請求項１９に、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項１９は、「多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座」と記載されているのを、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正前の請求項２０に、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が少なくとも１０、５０、１００、１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む、請求項１９記載のシステム。」と記載されており、また、特許明細書の段落【００２２】には、「いくつかのケースでは、基準（ａ）から（ｅ）までを満たす１００，０００、１５０，０００または２００，０００よりも多いヒト遺伝子座が選択されることができる。（ａ）から（ｅ）の基準を満たすヒト遺伝子座の内、遺伝子座の群（例えば、上位２，５００、５，０００、７，５００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００または２００，０００の遺伝子座）は、遺伝子座が関心対象の集団において高いアレル頻度を持ち、ある程度均等に間隔を空けた状態（例えば、約５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に少なくとも一つの関心対象の遺伝子座）でヒトゲノムをカバーし、解析に用いられる任意の集団においてもう一つの選択された遺伝子座と連鎖不均衡でないように選択されることができる。」と記載されているから、訂正事項１９は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項１９に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２０）訂正事項２０
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２０は、訂正前の請求項２０を削除するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２０は、請求項の削除であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項２０は、請求項の削除であるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２０に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２１）訂正事項２１
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２１は、訂正前の請求項２１が、訂正前の「請求項１９または２０」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１９」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２１は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項２１は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２１に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２２）訂正事項２２
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２２は、訂正前の請求項２２が、訂正前の「請求項１９乃至２１のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１９または２１」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２２は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項２２は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２２に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２３）訂正事項２３
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２３は、訂正前の請求項２２に、ゲノムスペーシングとして「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」と記載されているのを、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２３は、「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」を、「式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント」に限定するものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではなく、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　特許明細書の段落【００２６】には、「いくつかの態様において、これらの遺伝子座はゲノムに沿って均等な間隔で配置されている。本明細書で用いられる通り、遺伝子座は、任意の２つの遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つの遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセント（即ち、１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢまたは１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＣＤ）が５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％よりも小さいまたは等しい場合、遺伝子座は「ゲノムに沿って均等な間隔で配置されている」。このような差のパーセントは本明細書では遺伝子座の「ゲノムスペーシング」と呼ばれる。いくつかの態様において、試料はＦＦＰＥ組織試料である。いくつかの態様において、試料は患者からの腫瘍試料である。」と記載されているから、訂正事項２３は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２３に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２４）訂正事項２４
ア．訂正の目的の適否
　訂正事項２４は、訂正前の請求項２３が、訂正前の「請求項１９乃至２２のいずれか一項」を引用する記載であったものを、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするために訂正後の「請求項１９、２１または２２」を引用する記載に訂正するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　
イ．特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
　訂正事項２４は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　
ウ．新規事項追加の有無
　訂正事項２４は、訂正前の請求項２０の削除に伴い生じる明瞭でない記載を明瞭にするものであるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。
　
エ．独立特許要件
　本件においては、すべての請求項について特許異議申立てがされているので、訂正事項２４に関して、特許法第１２０条の５第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（２５）一群の請求項の適否
　訂正事項１は、訂正前の請求項１を対象とするものであるが、請求項２〜６はすべて直接的又は間接的に請求項１を引用しているものであって、訂正事項１によって記載が訂正される請求項１に連動して訂正されるものであるから、訂正前の請求項１〜６に対応する訂正後の請求項１〜６は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項であり、訂正事項１〜６による訂正は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項ごとに請求されたものである。
　訂正事項７は、訂正前の請求項７を対象とするものであるが、請求項８〜１２はすべて直接的又は間接的に請求項７を引用しているものであって、訂正事項７によって記載が訂正される請求項７に連動して訂正されるものであるから、訂正前の請求項７〜１２に対応する訂正後の請求項７〜１２は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項であり、訂正事項７〜１２による訂正は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項ごとに請求されたものである。
　訂正事項１３は、訂正前の請求項１３を対象とするものであるが、請求項１４〜１８はすべて直接的又は間接的に請求項１３を引用しているものであって、訂正事項１３によって記載が訂正される請求項１３に連動して訂正されるものであるから、訂正前の請求項１３〜１８に対応する訂正後の請求項１３〜１８は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項であり、訂正事項１３〜１８による訂正は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項ごとに請求されたものである。
　訂正事項１９は、訂正前の請求項１９を対象とするものであるが、請求項２０〜２４はすべて直接的又は間接的に請求項１９を引用しているものであって、訂正事項１９によって記載が訂正される請求項１９に連動して訂正されるものであるから、訂正前の請求項１９〜２４に対応する訂正後の請求項１９〜２４は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項であり、訂正事項１９〜２４による訂正は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項ごとに請求されたものである。
　
３．まとめ
　以上のとおりであるから、本件訂正請求による訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号及び第３号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第４項、及び、同条第９項において準用する同法第１２６条第４項から第６項までの規定に適合するので、訂正後の請求項〔１〜６〕、〔７〜１２〕、〔１３〜１８〕、〔１９〜２４〕について訂正することを認める。
　
第３　本件発明
　本件訂正請求により訂正された請求項１〜２４に係る発明（以下、「本件発明１〜２４」という。）は、その特許請求の範囲の請求項１〜２４に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。
　
「【請求項１】患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。
【請求項２】（削除）
【請求項３】ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項１記載の方法。
【請求項４】前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１または３記載の方法：
　ここで、該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。
【請求項５】前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１、３または４記載の方法。
【請求項６】前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項５記載の方法。
【請求項７】患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。
【請求項８】（削除）
【請求項９】ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にＬＯＨに起因するホモ接合性を持つと決定される、請求項７記載の方法。
【請求項１０】前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項７または９項記載の方法：
　ここで、該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。
【請求項１１】前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項７、９または１０記載の方法。
【請求項１２】前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。
【請求項１４】（削除）
【請求項１５】ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項１３記載のシステム。
【請求項１６】前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１３または１５記載のシステム：
　ここで、該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。
【請求項１７】前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１６記載のシステム。
【請求項１８】前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項１７記載のシステム。
【請求項１９】ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータ、
　ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している。
【請求項２０】（削除）
【請求項２１】ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にＬＯＨに起因するホモ接合性を持つと決定される、請求項１９記載のシステム。
【請求項２２】前記ＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１９または２１記載のシステム：
　ここで、該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである。
【請求項２３】前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１９、２１または２２記載のシステム。
【請求項２４】前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項２３記載のシステム。」
　
第４　取消理由及び特許異議申立理由の概要
１．取消理由の概要
　訂正前の請求項１〜２４に係る特許に対して、平成３０年３月７日付けで特許権者に通知した取消理由の要旨（下記（１）〜（６））、及び、平成３０年６月８日付け訂正請求により訂正された請求項１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４に係る特許に対して、平成３１年３月６日付けで特許権者に通知した取消理由の要旨（下記（７））は、次のとおりである。
　
（１）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第１号証を主引用例とした）
　本件特許発明１〜３、５〜６、１３〜１５、１７〜１８は、甲第１号証に記載されたものであるか、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、本件特許発明４、１６は、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明７〜１２、１９〜２４は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜３、５〜６、１３〜１５、１７〜１８は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜２４は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
（２）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第３号証を主引用例とした）
　本件特許発明１〜２、５、１３〜１４、１７は、甲第３号証に記載されたものであるか、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、本件特許発明４、６、１６、１８は、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明３、７〜１２、１５、１９〜２４は、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜２、５、１３〜１４、１７は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜２４は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
（３）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第１１号証を主引用例とした）
　本件特許発明１〜３、５〜９、１１〜１５、１７〜２１、２３〜２４は、甲第１１号証に記載されたものであるか、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであり、また、本件特許発明４、１０、１６、２２は、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜３、５〜９、１１〜１５、１７〜２１、２３〜２４は、特許法第２９条第１項第３号の規定に違反して特許されたものであり、また、本件特許発明１〜２４は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
（４）特許法第２９条第２項（甲第９号証を主引用例とした）
　本件特許発明１〜２４は、甲第９号証に記載された発明及び甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許発明１〜２４は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
　
（５）特許法第２９条の２
　本件特許発明１〜２、５〜８、１１〜１４、１９〜２０、２３〜２４は、甲第１３号証に記載されたものであるから、特許法第２９条の２の規定に違反して特許されたものである。
　
（６）特許法第３６条第６項第２号
　請求項４、１０、１６、２２の「任意の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離と任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座の間の距離の差のパーセント」という記載は多義的に解されるから不明確であり、また、請求項１８は、「腫瘍試料」という記載がない請求項１５または１６を引用しているから不明確であるので、本件特許発明４、１０、１６、２２及び本件特許発明１８は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものである。
　
（７）平成３０年６月８日付け訂正請求により訂正された請求項１、７、１３、１９は、「約」という表現を用いているが、明細書中に定義が記載されておらず、また、「約」がどのような数値範囲を意味しているのか出願時の技術常識から明らかであるともいえないから、明細書の記載及び出願時の技術常識を考慮しても「約」がどのような数値範囲を意味しているのか理解できないので、請求項１、７、１３、１９に係る発明が不明確となるから、請求項１、７、１３、１９に係る特許は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものである。
　
２．取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由の概要
（１）特許法第３６条第４項第１号
　請求項１３〜１８に記載のシステムには、試料分析装置と所定の目的のためのプログラムとを含むことしか規定されていないが、プログラムは単なる情報であり、通常それだけでは所定の目的を達成することができず、また、本件発明の詳細な説明にも、プログラムのみで所定の目的を達成することは記載されていないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１３〜１８の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものではない。
　
（２）特許法第３６条第６項第１号
　請求項１３〜１８に記載のシステムには、試料分析装置と所定の目的のためのプログラムとを含むことしか規定されていないが、プログラムは単なる情報であり、通常それだけでは所定の目的を達成することができず、また、本件発明の詳細な説明にも、プログラムのみで所定の目的を達成することは記載されていないから、本件特許発明１３〜１８は発明の詳細な説明に記載したものではない。
　
（３）特許法第３６条第６項第２号
ア．請求項１、７、１３、１９の「多数のＳＮＰ遺伝子座」という記載について
　請求項１、７、１３、１９には「多数のＳＮＰ遺伝子座」という記載があるが、「多数」という限定のみでは上限および下限が不明であり、どの程度の数のＳＮＰ遺伝子座が「多数のＳＮＰ遺伝子座」に該当するのかが不明確であるから、本件特許発明１、７、１３、１９は不明確である。
　
イ．請求項２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４の上限値または下限値について
　上記請求項には、複数の上限値または下限値が択一的に記載されており、どの値を選択するかで請求項の記載事項が多義的に解されるので、発明の範囲が明確ではないから、本件特許発明１、７、１３、１９は不明確である。
　
第５　甲号証の記載
　甲第１号証〜甲第１３号証には、以下の事項が記載されている（英語で記載されている証拠は、日本語訳で摘記する。）。
　
（１）甲第１号証：Ｓｃｈｗｅｉｇｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，　ＰＬｏＳ　Ｏｎｅ．　２００９：４（５）：ｅ５５４８
　
（甲１−１）「病理部における組織試料は、ルーチン的にホルマリン固定・パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料として保存されており、これらの使用は様々な臨床試験の機会を拡大するだろう。」（要約第２行〜第３行）
　
（甲１−２）「最後に、我々は、ＦＦＰＥ組織試料におけるゲノムレベルのコピー数異常の位置の特定と、置換ならびに点欠失および／または挿入などの遺伝子変化の検出を同時に行うため、合成シーケンシング技法（Ｉｌｌｕｍｉｎａ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ａｎａｌｙｚｅｒ，Ｓｏｌｅｘａ）を用いて正常および腫瘍乳房組織を分析した。」（要約、第１０行〜第１２行）
　
（甲１−３）「結論／意義：少量のＦＦＰＥ材料への第二世代シーケンシング技法の適用は、ルーチンの臨床業務中ならびに臨床試験において採取した組織試料を分析する可能性を開く。このことは、ＦＦＰＥ試料が、外科的腫瘍切除および病理組織学的診断から大量に入手可能であり、前駆病変、原発腫瘍、リンパ行性および／または血行性転移を含んでいることから、特に重要である。この組織材料を用いた大規模研究は、がん患者の予後のより良好な予測、および、治療に応答する患者の早期の同定をもらたす。」（要約、第１３行〜第１８行）
　
（甲１−４）「これらの実験のために、乳房腫瘍組織を、マクロダイセクションにより腫瘍細胞含量が少なくとも７０％となるように濃縮した。」（第３頁左欄下から第８行〜第７行）
　
（甲１−５）「ＣＮＡに加え、我々はすべての試料についてヌクレオチド交換（ＮＥ）率も計算した。概して、我々はアラインメントした配列リードに対して０．１〜０．５％のＮＥ確率を見出した（表２）。見つかったＮＥの約１２％〜３３％はｄｂＳＮＰに位置しており、したがって、既知ＳＮＰ［１４］と分類することができる。」（第３頁右欄下から第８行〜第４行）
　
（甲１−６）「我々は１．５μｇのゲノムＤＮＡを８００ｂｐ未満の断片にランダムに剪断した。」（第６頁右欄下から第４行〜第３行）
　
（甲１−７）「ライゲーション産物は、アガロースゲル電気泳動により精製し、いずれかの末端にシーケンシングプライマーを用いた１８サイクルのＰＣＲにより、ライゲーションが成功した断片について濃縮した。ライゲーション産物は、次いで、Ｉｌｌｕｍｉｎａ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｓｏｌｅｘａ）を用いたクラスター生成および合成シーケンシングに使用した。」（第７頁左欄第４行〜第８行）
　
（甲１−８）「全ヌクレオチド交換はＭａｑ０．７．１ソフトウェアを用い、ｃｎｓ２ｓｎｐおよびＳＮＰフィルターのステップ［１８］のデフォルトパラメーターで計算した。」（第７頁左欄下から第７行〜第５行）
　
（甲１−９）「
」（表２）
　
（２）甲第２号証：Ｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，　ＢＭＣ　Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．　２００８；９：２０４
　
（甲２−１）「しかしながら、腫瘍細胞では、欠失および増幅イベントにより一部の染色体領域でコピー数は２とは異なることがある。選択された染色体領域における片親の寄与の消失は、ヘミ接合欠失または有糸分裂遺伝子変換によっても生じ得る（ヘテロ接合性の消失またはＬＯＨと称する）。かかる変化が腫瘍抑制遺伝子（ＴＳＧ）またはがん遺伝子に影響を与え、細胞に増殖のための利点を付与すると、それらの変化は子孫細胞において選択され、腫瘍の形成に寄与する［１］。このような異常なコピー数およびＬＯＨ領域を腫瘍細胞において同定することは、したがって、がん関連遺伝子の同定を補助し、がんの発症または増殖に関する手掛かりを提供する可能性がある［２、３］。」（第１頁左欄下から第２行〜第２頁左欄第４行）
　
（甲２−２）「ＳＮＰのメジャーコピー割合（ＭＣＰ）はＣ２／（Ｃ１＋Ｃ２）、式中Ｃ１およびＣ２は試料中のこのＳＮＰにおける親のコピー数であり、Ｃ１≦Ｃ２である、と定義される。ＭＣＰの値はその定義から０．５〜１であり、種々の値は親のコピー数の異なる相対的割合に対応する。ＭＣＰは、正常遺伝子座または均衡したコピー数変化については０．５、ＬＯＨについては１、そして、アレル不均衡を有するコピー数変化については０．５〜１の間の値である。したがって、ＭＣＰはアレル不均衡を定量し、ＬＯＨ分析の自然な拡張である。」（第２頁左欄下から第６行〜右欄第４行）
　
（甲２−３）「前記方法を実行し、分析結果を視覚化するためにｄＣｈｉｐソフトウェア［３０、３１］を使用した。図２は、１０ＫのＳＮＰデータセットの第７染色体を用いた、ｄＣｈｉｐにおける観察されたＬＯＨの表示と、新たなＭＣＰ表示を比較したものである。」（第４頁右欄下から第８行〜第５行）
　
（甲２−４）「
」（図３）
　
（３）甲第３号証：Ｒｏｓｓ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．　２０１１　Ｍａｙ；２９（１５）ｓｕｐｐｌ：１０５６４
　
（甲３−１）「１７６のがん遺伝子、腫瘍抑制遺伝子および薬物代謝酵素遺伝子の配列を、ＦＦＰＥがん生検試料から分析した。」（第１頁下から第５行〜第２行）
　
（甲３−２）「抽出したＤＮＡをハイブリッド捕捉および１７６遺伝子を包含する２５７４エクソンのペアエンドシーケンシングに供した。」（第２頁第２行〜第５行）
　
（甲３−３）「我々の、平均カバレッジ中央値３０１（２４〜４６１の範囲）の１７６プレックスアッセイは、先に報告した１０個の変異のうち９個を自動的に検出した。１０番目の変異は手動による見直しにより観察できた。」（第２頁第９行〜第１４行）
　
（甲３−４）「ＴＰ５３、ＳＴＫ１１、ＡＰＣ、ＭＬＨ１、ＢＲＣＡ２およびＳＭＡＤ４などの周知のがん遺伝子における変異に加え、我々は、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳおよびＢＲＡＦにおける周知の予測される変異以外に、臨床的に利用可能と考えられる多数の変異を検出した。それらは、ＰＩ３キナーゼサブユニット遺伝子ＰＩＫ３ＣＡにおける活性化変異とともに、ＭＥＴ、ＫＩＴ、ＥＲＢＢ２およびＣＤＫＮ２Ａにおける変異を含む。」（第２頁第２１行〜第３０行）
　
（甲３−５）「結論：我々の結果は、数百の遺伝子の完全な高品質のシーケンシングがルーチンで採取しているＦＦＰＥ組織から可能であること、および、この手法により利用可能と考えられる変異が発見されることを示している。」（第２頁第３０行〜第３５行）
　
（４）甲第４号証：Ｃａｍｐｂｅｌｌ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．　２００６：１０３（４５）：１６８３４−１６８３９
　
（甲４−１）「自閉症におけるバリアントに関するＭＥＴ遺伝子のスクリーニング。ＭＥＴ遺伝子におけるバリアントを同定するため、我々は自閉症を有する８６名における遺伝子の２１のエクソンおよび重要な調節領域を、温度勾配キャピラリー電気泳動およびダイレクトリシーケンシングによりスクリーニングした。」（第１６８３５頁左欄第２行〜第６行）
　
（甲４−２）「同義ＳＮＰがエクソン２（ｒｓ１１７６２２１３）、エクソン７（ｒｓ１３２２３７５６）、エクソン２０（ｒｓ４１７３６）、およびエクソン２１（ｒｓ２０２３７４８およびｒｓ４１７３７）で同定された。」（第１６８３５頁左欄第２３行〜第２５行）
　
（５）甲第５号証：Ｔｏｍｍａｓｉ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｃｅｌｌ．Ｏｎｃｏｌ．　２００７：２９（３）：２４１−２４８
　
（甲５−１）「ＥＲＲＢＢ２コード領域における２つのＳＮＰ：ＮＣＢＩデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ）からのｒｓ＃１８０１２００（Ｉｌｅ６５５Ｖａｌ）およびｒｓ＃１０５８８０８（Ａｌａ１１７０Ｐｒｏ）の遺伝子型を決定した。」（第２４３頁左欄第５行〜第８行）
　
（６）甲第６号証：Ｚｕｃｈｎｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，　Ａｎｎ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．　２００８；７２（Ｐｔ．６）：７２５−７３１
　
（甲６−１）「
」（表２）
　
（７）甲第７号証：Ｃｈｏｉ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．　２００９：１０６（４５）：１９０９６−１９１０１
　
（甲７−１）「ＳＡＭｔｏｏｌｓを用いて標的とする塩基をコールし、参照塩基から逸脱している全ての塩基コールを可能なバリエーションとみなした。ＳＩ　ｔｅｘｔに記載された追加のフィルターを適用した。」（第１９１０１頁右欄第３行〜第５行）
　
（甲７−２）「バリアントフィルタリングおよびアノテーション。バリアントを次のルールに従い再評価した：（ｉ）Ｐｈｒｅｄ様品質スコアが４５未満のコールを除外する、（ｉｉ）ヘテロ接合塩基について、メジャーおよびマイナーアレルの両方を支持するリードは異なる開始点および終止点を有しなけれなならない、（ｉｉｉ）バリアント塩基における合計リード数は１０以上でなければならない、（ｉｖ）ヘテロ接合塩基について、観察されたメジャーおよびマイナーアレルの頻度の二項分布からの逸脱の確率は少なくとも１０−７でなけれぱならない。」（補足情報第１頁左欄第２行〜第１０行）
　
（８）甲第８号証：Ｖａｒｌｅｙ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｒｅｓ．　２００８：１８（１１）：１８４４−１８５０
　
（甲８−１）「これは試料特異的ＤＮＡバーコードを有するマルチプレックスＰＣＲと次世代シーケンシングとを組み合わせ、候補遺伝子における高度に多重化された変異の探索を、多数の試料について並列で行うことを可能にする最初の方法である。」（要約、第４行〜第６行）
　
（甲８−２）「参照配列からの相違の大半はホモポリマーに隣接するインデルであり、これは４５４シーケンシングにおける既知のエラープローン特性である（Ｒｏｎａｇｈｉら、１９９８）。これらを除外するために、我々は参照配列にマッチしないが、リードの３０％を超えるすべての位置を検討した。」（第１８４９頁左欄下から第１２行〜第７行）
　
（９）甲第９号証：Ｚｈａｏ　ｅｔ　ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ　Ｂｉｏｌ．　２０１０；１１（１１）：Ｒ１１４
　
（甲９−１）「分析は、乳がん細胞系ＨＣＣ１９５４および同じ個体からのリンパ芽球細胞系ＨＣＣ１９５４ＢＬについて行った。」（要約、第２行〜第４行）
　
（甲９−２）「ＬＯＨおよびＡＳＥの共通の特徴は一方のアレルからの発現の消失であり、これは腫瘍抑制遺伝子で頻繁に観察されている。ＡＳＥでは、優性遺伝子産物が選択されたアレルから発現される。一部の遺伝子において、発現レベルおよびアレル間のバランスのわずかな変化が生理的に重要となり得る。多くの腫瘍抑制遺伝子のハプロ不全は、腫瘍発生および転移を促進する［１０］。」（第１頁右欄第５行〜第１２行）
　
（甲９−３）「ＨＣＣ１９５４およびＨＣＣ１９５４ＢＬの両方について、エクソーム捕捉をＮｉｍｂｌｅＧｅｎ２．１Ｍアレイで行い、次いで、各細胞系から捕捉したＤＮＡを４５４Ｔｉｔａｎｉｕｍによりシーケンシングした。４５４からのリードを、ＧＳ　Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ　Ｍａｐｐｅｒ（ｇｓＭａｐｐｅｒ）を用いてヒト参照ゲノム（ｈｇ１８）にユニークにマッピングした。バリアントおよびバリアントアレル頻度は、ｇｓＭａｐｐｅｒで検出した高信頼性一塩基バリアント（ＳＮＶ）からコールし（材料と方法、追加ファイル１の表Ｓ１およびＳ２参照）、その後の分析に使用した。」（第２頁左欄下から第２２行〜第１３行）
　
（甲９−４）「こうして、６０９のＳＮＶ（このうち５４４は既知のＳＮＰ）により解明された、４０３の遺伝子におけるＬＯＨイベントを検出した（追加ファイル１の表Ｓ１、Ｓ２およびＳ３参照）。」（第２頁右欄下から第１４行〜第１２行）
　
（甲９−５）「我々の研究は、次世代シーケンシングの高まり続けるパワーに基づくかかるアプローチの実施可能性を証明するものである。」（第１１頁左欄第６行〜第８行）
　
（甲９−６）「一塩基バリアントコール
エクソームシーケンシングにおいて、バリアントアレルに関するＳＮＶは、ｇｓＭａｐｐｅｒによるデフォルトの高信頼性ＳＮＶコール（４５４ＨＣＤｉｆｆｓ．ｔｘｔファイル）から選び出した。これは、少なくとも３つの非重複高品質リードによりサポートされ、少なくとも１０％のバリアントアレル頻度を有するバリアントアレルとして定義されている。」（第１１頁右欄下から第２０行〜第１４行）
　
（甲９−７）「
」（表１）
　
（甲９−８）「
」（図２）
　
（１０）甲第１０号証：Ｋｉｉａｌａｉｎｅｎ　ｅｔ　ａｌ．，　ＰＬｏＳ　Ｏｎｅ．　２０１１　Ｆｅｂ；６（２）：ｅ１６４８６
　
（甲１０−１）「この研究で、我々は超並列シーケンシングおよび一塩基多型（ＳＮＰ）の発見のための標的濃縮用の２つのハイブリダイゼーション法、すなわちＮｉｍｂｌｅｇｅｎ配列捕捉アレイおよびＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ液体ベースハイブリッド捕捉システムを比較した。」（要約、第２行〜第４行）
　
（甲１０−２）「アレイベースのハイブリダイゼーション捕捉方法では、関心対象の領域に相補的な数十万ものオリゴヌクレオチドが高密度ＤＮＡマイクロアレイ上に合成される［３２、３３、３４、３５］。溶液ベースのハイブリダイゼーション捕捉方法では、アレイから放出されたオリゴライブラリーがビオチン化インビトロ転写ＲＮＡプローブに転換され、それを関心対象の領域を捕捉するのに使用する［３６、３７］。これらの方法は、全エクソームを含む広いゲノム領域の濃縮に適している。」（第２頁左欄第４行〜第１２行）
　
（１１）甲第１１号証：Ｊｏｈａｎｓｓｏｎ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．　２０１１　Ｊａｎ；３９（２）：ｅ８
　
（甲１１−１）「我々は本書で、セレクター技法に基づく、標的領域のマルチプレックス増幅のための簡単で拡張可能なプロトコルを提示する。」（要約、第３行〜第６行）
　
（甲１１−２）「本技法の性能を証明するために、細胞系および腫瘍生検試料に由来する試料において、がんに頻繁に関与している９５遺伝子からの全５０１エクソンを濃縮し、シーケンシングした。新鮮凍結生検試料およびホルマリン固定パラフィン包埋生検試料の両方からのＤＮＡを分析し、標的領域の９４％の特異性および９８％のカバレッジを達成した。反復実験間の再現性は高く（Ｒ２＝０．９８）、コピー数バリエーションの検出が容易であった。」（要約、第９行〜第１９行）
　
（甲１１−３）「組織試料は病理学者が見直し、腫瘍細胞画分か５０％を超えているもののみを対象とした。ＤＮＡはＦＦＰＥおよび凍結組織切片から、ＱＩＡａｍｐ　ＤＮＡ　Ｍｉｎｉ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈａｍｂｕｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて抽出した。」（第２頁右欄第３行〜第７行）
　
（甲１１−４）「参照アレル頻度分析はＭｏｓａｉｋＡｌｉｇｎｅｒを用いて行い、ＲＯＩと重複するＨａｐＭａｐデータベース中の標的配列における１６４の利用可能なＳＮＰと結果を比較した（図２および表４）。」（第６頁左欄第３行〜第７行）
　
（甲１１−５）「腫瘍細胞系と正常細胞系とのアレル比の違いは、ＨＣＣ１１４３の１４のＲＯＩ位置およびＨＣＣ１５９９のにおける７つのＲＯＩ位置において＞０．３であった。ＨＣＣ１１４３における違いは、アレル増幅（ＣＣＮＤｌ）、欠失（ＭＥＴ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＭＲＥ１１Ａ、ＡＴＭ、ＮＦ１およびＥＲＢＢ２（ＨＥＲ２））、およびコピー数中立ＬＯＨ（片親ダイソミー、ＡＰＣ）を原因とする、８つの遺伝子におけるヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）によるものであった。」（第６頁右欄第７行〜第１４行）
　
（甲１１−６）「この実験では細胞系での実験より逸脱は小さく、これはこの試料における腫瘍細胞含量が約５０％であることと整合している。」（第６頁右欄下から第１８行〜第１６行）
　
（甲１１−７）「患者の腫瘍試料の大部分は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）標本として調製され、保存されている。それで、体細胞突然変異の分析技術の潜在的有用性は、ひどく分解されることがあるＦＦＰＥ組織試料からのＤＮＡと適合すれば、大いに高まる。この潜在性を評価するために、同じ肺癌患者からのＦＦＰＥ試料のＤＮＡを用いて、２８遺伝子を増幅してシーケンシングした。」（第６頁右欄下から第１１行〜第３行）
　
（甲１１−８）「我々は、この方法がルーチンで採取されるＦＦＰＥ試料に適用できることから、それが臨床診断に有用たり得ると考えている。」（第８頁右欄第９行〜第１１行）
　
（甲１１−９）「
」（図２）
　
（甲１１−１０）「
」（表４）
　
（甲１１−１１）「
」（表５）
　
（１２）甲第１２号証：Ｄｕｎｃａｖａｇｅ　ｅｔ　ａｌ．，　Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．　２０１１　Ｍａｙ；１３（３）：３２５−３３３
　
（甲１２−１）「我々は、ホルマリン固定・パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織から抽出したＤＮＡに対する標的化ＮＧＳの使用を記載し、ＮＧＳの短いリード長がＦＦＰＥ組織から得た断片化ＤＮＡに理想的に適していることを示す。我々はさらに、ＰＣＲ生成捕捉プローブを用いたハイブリッド捕捉標的濃縮を行う新たな方法を記載する。」（要約、第７行〜第１３行）
　
（甲１２−２）「この研究で、我々は、ＦＦＰＥ組織から抽出したＤＮＡおよびＩｌｌｕｍｉｎａ　ＧＡｌｌｘゲノムアナライザー（Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）のために最適化された、簡単で安価な、実験室で作成したハイブリッド捕捉濃縮方法を報告する（図１に概要を示す）。」（第３２６頁左欄第５行〜第９行）
　
（甲１２−３）「我々は、ワシントン大学メディカルセンターのＬａｕｒｅｎ　Ｖ．Ａｃｋｅｒｍａｎ研究室のファイルから、適切なＦＦＰＥ試料が試験に利用可能な、ＭＣＰｙＶ陽性の外科的に切除したＭＣＣを４例選択した。」（第３２６頁右欄第１８行〜第２２行）
　
（甲１２−４）「要約すると、我々は、標的領域の１００，０００倍までの濃縮と３８，０００倍のカバレッジを達成することができる、ＦＦＰＥ組織から抽出したＤＮＡのハイブリッド捕捉濃縮およびＮＧＳのための安価なシステムの有用性を証明した。この方法は、一塩基対変化およびインデルを同定するために使用することができる。」（第３３２頁左欄第３０行〜第３５行）
　
（甲１２−５）「我々が記載した方法は、したがって、ＦＦＰＥ組織の保管庫をＮＧＳによる分析に開放するだけでなく、新鮮組織が利用できない臨床条件でＮＧＳを適用する手法も提供する。」（第３３２頁左欄下から第９行〜第６行）
　
（１３）甲第１３号証：特願２０１３−５４７６５９号（特表２０１４−５０７１３３号）
　
（甲１３−１）「【請求項２０】
　腫瘍試料を分析する方法であって、
　複数の腫瘍メンバーを含むライブラリを腫瘍試料から取得することとであって、選択されたメンバーは、それによって、ライブラリ捕獲物を提供することと、
　サブゲノム間隔についての読み取りを次世代配列決定方法を用いて前記ライブラリまたはライブラリ捕獲物からの腫瘍メンバーから取得することと、
　前記読み取りをアライメントすることと、
　事前選択されたヌクレオチド位置に対する前記読み取りからのヌクレオチド値を複数のサブゲノム間隔のそれぞれにおいて割り当てることと、を含み、
　それによって、前記腫瘍試料を分析し、
　前記方法は、
　ａ）第１のサブゲノム間隔を配列決定して約５００倍以上の配列決定深度を提供し、それによって、前記試料由来の５％を超えない細胞に存在する変異を検出すること、
　ｂ）第２のサブゲノム間隔を配列決定して約２００倍〜約５００倍の配列決定深度を提供し、それによって、前記試料由来の１０％を超えない細胞中に存在する変異を検出すること、
　ｃ）第３のサブゲノム間隔を配列決定して約１０〜１００倍の配列決定深度を提供すること（この場合において、前記サブゲノム間隔は、ａ）異なる薬物を代謝する患者の能力を見分ける薬理ゲノム（ＰＧｘ）単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、またはｂ）患者を一意に特定するゲノムＳＮＰのうちの１つ以上から選択される）、
　ｄ）第４のサブゲノム間隔を配列決定して約５〜５０倍の配列決定深度を提供し、構造ブレークポイントを検出すること、あるいは
　ｅ）第５のサブゲノム間隔を配列決定して約１００〜３００倍の配列決定深度を提供し、コピー数の変化を検出する、例えば、ゲノムＤＮＡのコピー数の獲得／喪失またはヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）を評価するために使用されるゲノムＳＮＰ／遺伝子座を検出すること
　のうちの１つ、もしくは２、３、４、もしくは５つを含む、方法。」（請求項２０）
　
（甲１３−２）「【請求項２１】
　腫瘍試料を分析する方法であって、
　（ａ）複数の腫瘍メンバーを含むライブラリを腫瘍試料から取得することと、
　（ｂ）前記ライブラリをベイトセットと接触させて選択されたメンバーを提供し、それによって、ライブラリ捕獲物を提供することと、
　（ｃ）サブゲノム間隔についての読み取りを次世代配列決定方法を用いて前記ライブラリまたはライブラリ捕獲物からの腫瘍メンバーから取得することと、
　（ｄ）前記読み取りをアライメント方法を用いてアライメントすることと、
　（ｅ）前記事前選択されたヌクレオチド位置に対する前記読み取りからのヌクレオチド値を割り当てることと、を含み、
　それによって、前記腫瘍試料を分析し、
　前記方法は、前記ライブラリを少なくとも２つ、３つ、４つ、または５つのベイトセットと接触させることを含み、前記複数のベイトセットはそれぞれ、（前記複数の他のベイトセットではなく）一意の事前選択されたその標的選択効率を有する、
　方法。」（請求項２１）
　
（甲１３−３）「【請求項２４】
　以下のうちの１つもしくは複数のベイトセットを前記ライブラリと接触させることを含む、請求項２１に記載の方法：
　ａ）細胞のゲノムにおける前記試料由来のある変化を持つ前記細胞の約５％以下の頻度で出現する前記変化を有するサブゲノム間隔を含む、１つ以上の腫瘍メンバーから選択される高レベルの標的を選択する第１のベイトセット、
　ｂ）細胞のゲノムにおける前記試料由来のある変化を持つ前記細胞の約１０％という、より高い頻度で出現する前記変化を有するサブゲノム間隔を含む、１つ以上の腫瘍メンバーから選択される中間レベルの標的を選択する第２のベイトセット、
　ｃ）ａ）異なる薬物を代謝する患者の能力を見分ける薬理ゲノム（ＰＧｘ）単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、ｂ）患者を一意に特定するゲノムＳＮＰ、ｃ）ゲノムＤＮＡのコピー数の獲得／喪失およびヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）を評価するために使用されるゲノムＳＮＰ／遺伝子座のうちの１つ以上から選択されるサブゲノム間隔を含む１つ以上のＰＧｘメンバーから選択される低レベルの標的を選択する第３のベイトセット、
　ｄ）構造ブレークポイントを検出するイントロン配列を含むメンバーを選択する第４のベイトセット、または
　ｅ）いくつかの末端エクソンの１コピー欠失を選択する第５のベイトセット。」（請求項２４）
　
（甲１３−４）「【請求項３８】
　前記腫瘍試料は、ＦＦＰＥ試料である、請求項３７に記載の方法。」（請求項３８）
　
（甲１３−５）「【０００４】
　したがって、一態様において、本発明は、腫瘍試料を分析する方法を特色とする。方法は、
　（ａ）複数の標的メンバー、例えば、腫瘍メンバーを含むライブラリを、試料、例えば、腫瘍試料から取得することと、
　（ｂ）任意で、ライブラリをベイトセット（または複数のベイトセット）と接触させて選択されたメンバーを提供することと（本明細書で「ライブラリ捕獲物」と称される場合もある）、
　（ｃ）サブゲノム間隔についての読み取りを、例えば、配列決定によって、例えば、次世代配列決定方法を用いて、該ライブラリまたはライブラリ捕獲物からの腫瘍メンバーから取得することと、
　（ｄ）該読み取りをアライメントすることと、
　（ｅ）事前選択されたヌクレオチド位置、例えば、複数のサブゲノム間隔のそれぞれ、例えば、複数の遺伝子のそれぞれにおいて事前選択されたヌクレオチド位置に対する該読み取りからのヌクレオチド値を割り当てる（例えば、ベイズ方法を用いて、例えば、変異を呼び出す）ことと、を含み、
それによって、該試料を分析し、
該分析において、
　（ｉ）Ｘ個のヌクレオチド位置がそれぞれ、ステップ（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、もしくは（ｅ）のうちの１つまたはそれらの組み合わせについて一意の組の条件下で分析される（一意とは、他のＸ−１個の組の条件とは異なることを意味し、Ｘは、少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、もしくは５００である）。例えば、第１の組の条件、例えば、本明細書に記載の組の条件が、例えば、第１のサブゲノム間隔または遺伝子における第１のヌクレオチド位置のために使用され、第２の組の条件、例えば、本明細書に記載の第２の組の条件が、例えば、第２のサブゲノム間隔または遺伝子における第２のヌクレオチド位置のために使用される。
　（ｉｉ）Ｘ個のヌクレオチド位置のそれぞれについて、ヌクレオチド位置で生じ得る事前選択された変化、例えば、変異の特性、例えば、本明細書に記載の特性に応答して、ヌクレオチド位置は、一意の組の条件下で分析され（一意とは、他のＸ−１個の組の条件とは異なることを意味し、Ｘは、少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、もしくは５００である）。例えば、第１のサブゲノム間隔におけるヌクレオチド位置で生じ得る事前選択された変化、例えば、変異の特性、例えば、本明細書に記載の特性に応答して、ヌクレオチド位置は、第１の組の条件下で分析され、第２のサブゲノム間隔におけるヌクレオチド位置で生じ得る事前選択された変化、例えば、変異の特性、例えば、本明細書に記載の特性に応答して、ヌクレオチド位置は、第２の組の条件下で分析され、そこで（ｉｉｉ）該方法は、試料、例えば、保存された腫瘍試料上で、少なくとも２、５、１０、２０、５０、もしくは１００個のサブゲノム間隔、例えば、遺伝子におけるヌクレオチド位置に対して９５、９８、もしくは９９％の感度または特異性を可能にする条件下で行われる。あるいは
　（ｉｖ）方法は、以下のうちの１つ以上もしくはすべてを含む：
　ａ）第１のサブゲノム間隔を配列決定して約５００倍以上の配列決定深度を提供する、例えば、試料由来の５％を超えない細胞に存在する変異を配列決定すること、
　ｂ）第２のサブゲノム間隔を配列決定して約２００倍以上、例えば、約２００倍〜約５００倍の配列決定深度を提供する、例えば、試料由来の１０％を超えない細胞に存在する変異を配列決定すること、
　ｃ）第３のサブゲノム間隔を配列決定して約１０〜１００倍の配列決定深度を提供する、例えば、ａ）異なる薬物を代謝する患者の能力を説明し得る薬理ゲノム（ＰＧｘ）単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、またはｂ）患者を一意に特定する（例えば、フィンガープリントする）ために使用され得るゲノムＳＮＰから選択される１つ以上のサブゲノム間隔（例えば、エクソン）を配列決定すること、
　ｄ）第４のサブゲノム間隔を配列決定して約５〜５０倍の配列決定深度を提供し、例えば、ゲノム転座またはインデル等の構造ブレークポイントを検出すること。例えば、イントロンブレークポイントの検出は、高い検出信頼性を確保するために、５〜５０倍の配列対スパン深度を必要とする。そのようなベイトセットを用いて、例えば、転座／インデルの傾向のある癌遺伝子を検出することができる、または
　ｅ）第５のサブゲノム間隔を配列決定して約０．１〜３００倍の配列決定深度を提供し、例えば、コピー数の変化を検出すること。一実施形態において、コピー数の変化を検出するための配列決定深度は、約０．１〜１０倍の配列決定深度の範囲である。他の実施形態では、ゲノムＤＮＡのコピー数獲得／喪失またはヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）を評価するために使用されるゲノムＳＮＰ／遺伝子座を検出するための配列決定深度は、約１００〜３００倍の範囲である。」（段落【０００４】）
　
（甲１３−６）「【０１３６】
　「ライブラリ捕獲物」は、ライブラリのサブセット、例えば、事前選択されたサブゲノム間隔に対して濃縮されたサブセット、例えば、事前選択されたベイトとのハイブリダイゼーションによって捕捉された産物を指す。」（段落【０１３６】）
　
（甲１３−７）「【０２８２】
　ベイトが参照配列の標的選択に最適であるように、ベイトセットを参照配列から設計することができる。いくつかの実施形態では、ベイト配列は、混合塩基（例えば、縮重）を用いて設計される。例えば、混合塩基（複数を含む）を共通のＳＮＰまたは変異の位置（複数を含む）でベイト配列に含み、ベイト配列を最適化して、両方の対立遺伝子（例えば、ＳＮＰおよび非ＳＮＰ、変異体および非変異体）を捕獲することができる。いくつかの実施形態では、すべての既知の配列バリエーション（またはそのサブセット）を、混合縮重オリゴヌクレオチドを用いるのではなく、複数のオリゴヌクレオチドベイトで標的化することができる。」（段落【０２８２】）
　
（甲１３−８）「【０３３２】
　さらに他の実施形態では、方法は、ライブラリ捕獲物を遺伝子型判定に供し、それによって、選択された核酸の遺伝子型を特定するステップをさらに含む。」（段落【０３３２】）
　
（甲１３−９）「【０３３３】
　より具体的には、数千個のベイト配列の混合物が、核酸基のうちの相補的な核酸に効果的にハイブリダイズすることができ、そのようなハイブリダイズした核酸（核酸のサブグループ）を効果的に分離し、回収することができる。一実施形態において、本明細書に記載の方法は、約１，０００個を超えるベイト配列、約２，０００個を超えるベイト配列、約３，０００個を超えるベイト配列、約４，０００個を超えるベイト配列、約５，０００個を超えるベイト配列、約６，０００個を超えるベイト配列、約７，０００個を超えるベイト配列、約８，０００個を超えるベイト配列、約９，０００個を超えるベイト配列、約１０，０００個を超えるベイト配列、約１５，０００個を超えるベイト配列、約２０，０００個を超えるベイト配列、約３０，０００個を超えるベイト配列、約４０，０００個を超えるベイト配列、または約５０，０００個を超えるベイト配列を含有する一組のベイト配列を使用する。」（段落【０３３３】）
　
（甲１３−１０）「【０７８２】
　別の実施形態では、重複読み取りは、同定も除去もされない。重複読み取りの非除去は、重複読み取りの画分が対照試料と試験試料との間で著しく異なるとき、腫瘍ＤＮＡにおけるコピー数異常の同定および対立遺伝子バランスの評価に特に有用であり得る。例えば、高い重複率を有する試料における高い対象範囲深度を有するゲノム領域は、低い重複率を有する試料における比較可能な深度を有する同一の領域よりも多くの読み取りを喪失し得るが、低対象範囲の領域は、この作用を起こす傾向が低いと思われる。したがって、重複読み取りの画分が対照試料と試験試料との間で著しく異なる場合、その２つの間の比較はよりノイズを有する場合があり、したがって、コピー数変化の呼び出しの感度および／または特異性を低下させる。」（段落【０７８２】）
　
（甲１３−１１）「【０７９５】
　ある実施形態において、方法は、該腫瘍試料に存在する腫瘍組織の量の値を取得すること、該取得された値を参照基準と比較すること、および該参照基準が満たされる場合、該腫瘍試料を受容すること、例えば、該腫瘍試料が３０、４０、または５０％を超える腫瘍細胞を含有する場合、該腫瘍試料を受容することをさらに含む。」（段落【０７９５】）
　
（甲１３−１２）「【０７９９】
　ある実施形態において、方法は、例えば、一次対照を伴わない腫瘍試料中の該ＮＡＴ由来の非腫瘍組織をマクロ解剖することによって、非腫瘍細胞のために濃縮されたサブ試料を取得することをさらに含む。」（段落【０７９９】）
　
（甲１３−１３）「【０８６０】
　本明細書に開示のベイズ手法のこれらの利点をさらに実証するために、１０００人ゲノム計画のうちの１０名の参加者由来のＤＮＡを均等に混合することによって人工的な低純度の多クローン性「腫瘍」試料を構築し、それによって、（非公式のヘテロ接合体ＳＮＰから生じた）全ＤＮＡの約５％または１０％に存在する多数の配列バリアントを含有するＤＮＡプールを作成した。その混合物を１８２個の癌関連遺伝子のエクソンのハイブリッド選択に供し、ｌｌｕｍｉｎａ　ＨｉＳｅｑ２０００プラットフォーム上で配列決定して、遺伝子パネルにわたって約３５０倍の平均対象範囲をもたらした。それぞれの成分試料も同様に個別に処理し、すべてのＳＮＰ部位における遺伝子型を決定した。プールに存在する約２６０個の約５％「変異」のうち、８９％が１ｅ−６先行を用いて高信頼度で検出された一方で、９４％および９５％が、それぞれ、１％および１０％先行を用いて検出可能であり（見逃された部位の平均対象範囲約１２５倍）、上記の理論的結論を支援する。プールに存在する１０２個の１０％「変異」のうち、９８％が１ｅ−６先行を用いて高信頼度で検出されたが、９９％および９９％が、１％および１０％先行を用いて検出可能であった（見逃された部位の対象範囲１３倍）。」（段落【０８６０】）
　
第６　当審の判断
１．取消理由通知に記載した取消理由について
（１）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第１号証を主引用例とした）
ア．本件発明１、１３について
　上記記載事項（甲１−１）〜（甲１−９）から、甲第１号証には、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；ＳＮＰ遺伝子座について、ヌクレオチド交換率を決定する工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、１２，７３４の遺伝子座を含む。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明１の「アレル不均衡の状態」は、遺伝子の変化の状態の一態様といえる（本件明細書【００１９】）から、本件発明１と甲第１号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件発明１は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第１号証に記載された発明は、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化を検出するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、ヌクレオチド交換率を決定する工程を含む点。
（相違点２）本件発明１は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　本件明細書の段落【００１２】には、「本明細書で用いられる通り、「アレル不均衡」は、ゲノムの遺伝子座または領域において体細胞のコピー数が生殖系列のコピー数と異なるあらゆる場合を意味する。いくつかの態様において、アレル不均衡はメジャーコピー割合（「ＭＣＰ」）に換算して表される。」と記載されており、本件発明１における「アレル不均衡」とは、ゲノムの遺伝子座におけるコピー数の異常を意味しているものと認められるが、甲第１号証に記載されている「ヌクレオチド交換率」は、ヌクレオチドの置換などの変異（遺伝子変化）の割合を計算したものであり（上記記載事項（甲１−２）、（甲１−５）、（甲１−８）〜（甲１−９））、また、各ＳＮＰ遺伝子座について決定されているとは認められない。
　また、甲第１号証には、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料中の遺伝子におけるコピー数についての記載がある（上記記載事項（甲１−２））が、該記載は、「ＦＦＰＥ組織試料におけるゲノムレベルのコピー数異常の位置の特定」に関する記載であって、ＦＦＰＥ組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものであるものの、ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定することによって特定されたものではない。
　ゆえに、甲第１号証には、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが記載されているとはいえず、また、上記記載事項（甲１−２）、（甲１−５）、（甲１−８）〜（甲１−９）は、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。また、上記記載事項（甲１−１）、（甲１−３）〜（甲１−４）、（甲１−６）〜（甲１−７）にも、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することを示唆する記載はない。
　よって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが、甲第１号証に記載されているとはいえず、また、甲第１号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　甲第１号証には、１２，７３４個のＳＮＰ遺伝子座が記載されており、１万個以上の多数のＳＮＰ遺伝子座の中には、「５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」ＳＮＰ遺伝子座が含まれている蓋然性が高いといえるから、甲第１号証に記載されているＳＮＰ遺伝子座は、「ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」ものと認められるから、相違点２は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明１は、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１は、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明１３は、本件発明１と同様に、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明１と同様に、本件発明１３も、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
イ．本件発明３〜６、１５〜１８について
　本件発明３、５〜６、１５、１７〜１８は、それぞれ本件発明１、１３に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、１３が、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明３、５〜６、１５、１７〜１８も、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明４、１６も、それぞれ本件発明１、１３に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、１３が、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明４、６も、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
ウ．本件発明７、１９について
　上記記載事項（甲１−１）〜（甲１−９）から、甲第１号証には、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、１２，７３４の遺伝子座を含む。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明７の「ＬＯＨの状態」は、遺伝子の変化の状態の一態様といえる（本件明細書【００１９】）から、本件発明７と甲第１号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件発明７は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点２）本件発明７は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　甲第２号証に、異常なコピー数およびＬＯＨ領域を腫瘍細胞において同定することは、がん関連遺伝子の同定を補助し、がんの発症または増殖に関する手掛かりを提供する可能性があること（上記記載事項（甲２−１））、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定すること（上記記載事項（甲２−４））が記載されていたとしても、甲第１号証には、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングして、遺伝子変化を検出したところまでが記載されているだけで、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することの記載も示唆もないから、甲第２号証の記載が、甲第１号証に記載された発明において、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。
　よって、甲第２号証の記載事項を参照しても、甲第１号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　上記ア．で述べたように、相違点２は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明７は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明１９は、本件発明７と同様に、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明７と同様に、本件発明１９も、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
エ．本件発明９〜１２、２１〜２４について
　本件発明９〜１２、２１〜２４は、それぞれ本件発明７、１９に更なる限定を加えた発明であるから、上記ウ．で述べたように、本件発明７、１９が、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件発明９〜１２、２１〜２４も、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
オ．まとめ
　したがって、本件発明１、３、５〜６、１３、１５、１７〜１８は、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１、３〜６、１３、１５〜１８は、甲第１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件発明７、９〜１２、１９、２１〜２４は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
（２）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第３号証を主引用例とした）
ア．本件発明１、１３について
　上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−５）から、甲第３号証には、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における変異を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明１の「アレル不均衡の状態」は、遺伝子の変化の状態の一態様といえる（本件明細書【００１９】）から、本件発明１と甲第３号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件発明１は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点２）多数のＳＮＰ遺伝子座が、本件発明１は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含むのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点３）本件発明１は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−５）には、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの記載も示唆もなく、また、甲第７号証〜甲第９号証に示されるように、シーケンシングエラーなどを除外するために、アレル頻度を計算することが行われていたとしても、ＤＮＡをシーケンシングしたら必ずアレル頻度を計算することが技術常識であったとは認められないから、甲第３号証に記載された発明において、シーケンシングエラーなどを除外するために、アレル頻度が当然に計算されているといえず、甲第３号証には、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが記載されているとはいえず、また、そのことが記載されているに等しい事項であるとも認められない。また、上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−５）は、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。
　よって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが、甲第３号証に記載されているとはいえず、また、甲第３号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　甲第３号証には、１７６個の遺伝子を濃縮、シーケンシングしたことが記載されている（上記記載事項（甲３−１）、（甲３−２））が、甲第１１号証には、２８遺伝子をシーケンシングし、３８３個のＳＮＰ遺伝子座を検出したことが記載されており（上記記載事項（甲１１−２）、（甲１１−７）、（甲１１−１０））、また、ＳＮＰは、ゲノム内に３００〜１５００塩基に１個程度存在することは技術常識である（平成３０年１０月１日付け意見書の甲第１５号証参照）から、シーケンシングした遺伝子の数からすると、甲第３号証に記載された発明において、多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００のＳＮＰ遺伝子座を含むものと認められるので、相違点２は実質的な相違点ではない。
　
　次に、相違点３について検討する。
　甲第３号証には、ＭＥＴをシーケンシングしたことが記載されている（上記記載事項（甲３−４））が、そのＳＮＰ遺伝子座の座標の間隔からすると（甲第４号証の上記記載事項（甲４−２）参照）、「ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」ものと認められるから、相違点３は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明１は、甲第３号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１は、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明１３は、本件発明１と同様に、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明１と同様に、本件発明１３も、甲第３号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
イ．本件発明４〜６、１６〜１８について
　本件発明５、１７は、それぞれ本件発明１、１３に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、１３が、甲第３号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明５、１７も、甲第３号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１、１３が、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明５、１７も、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明４、６、１６、１８は、それぞれ本件発明１、１３に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、１３が、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明４、６、１６、１８も、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
ウ．本件発明７、１９について
　上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−５）から、甲第３号証には、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における変異を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明７の「ＬＯＨの状態」は、遺伝子の変化の状態の一態様といえる（本件明細書【００１９】）から、本件発明７と甲第３号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件発明７は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点２）多数のＳＮＰ遺伝子座が、本件発明７は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含むのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点３）本件発明７は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第３号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　甲第２号証に、異常なコピー数およびＬＯＨ領域を腫瘍細胞において同定することは、がん関連遺伝子の同定を補助し、がんの発症または増殖に関する手掛かりを提供する可能性があること（上記記載事項（甲２−１））、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定すること（上記記載事項（甲２−４））が記載されていたとしても、甲第３号証には、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングして、変異を検出したところまでが記載されているだけで、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することの記載も示唆もないから、甲第２号証の記載が、甲第３号証に記載された発明において、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。
　よって、甲第２号証の記載事項を参照しても、甲第３号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　上記ア．で述べたように、相違点２は実質的な相違点ではない。
　
　次に、相違点３について検討する。
　上記ア．で述べたように、相違点３は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明７は、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明１９は、本件発明７と同様に、各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明７と同様に、本件発明１９も、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
エ．本件発明３、９〜１２、１５、２１〜２４について
　本件発明３、９〜１２、１５、２１〜２４は、それぞれ本件発明１、７、１３、１９に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．及びウ．で述べたように、本件発明１、７、１３、１９が、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件発明３、９〜１２、１５、２１〜２４も、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
オ．まとめ
　したがって、本件発明１、５、１３、１７は、甲第３号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１、４〜６、１３、１６〜１８は、甲第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件発明３、７、９〜１２、１５、１９、２１〜２４は、甲第３号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
（３）特許法第２９条第１項第３号及び第２９条第２項（甲第１１号証を主引用例とした）
ア．本件発明１、７、１３、１９について
　上記記載事項（甲１１−１）〜（甲１１−１１）から、甲第１１号証には、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における変異を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明１の「アレル不均衡の状態」は、遺伝子の変化の状態の一態様といえる（本件明細書【００１９】）から、本件発明１と甲第１１号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座における遺伝子変化の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件発明１は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第１１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点２）多数のＳＮＰ遺伝子座が、本件発明１は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含むのに対し、甲第１１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
（相違点３）本件発明１は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第１１号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　甲第１１号証には、ＳＮＰの遺伝子型を決定し、アレル頻度を計算したことが記載されている（上記記載事項（甲１１−４）、（甲１１−９））が、該記載は、ＮＡ１８５０６、ＮＡ１８５０７、ＮＡ１８５０８のＤＮＡ試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものであって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものではないので、甲第１１号証には、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが記載されているとはいえず、また、上記記載事項（甲１１−４）、（甲１１−９）は、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。また、上記記載事項（甲１１−１）〜（甲１１−３）、（甲１１−５）〜（甲１１−８）、（甲１１−１０）〜（甲１１−１１）にも、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することを示唆する記載はない。
　よって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが、甲第１１号証に記載されているとはいえず、また、甲第１１号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　甲第１１号証には、３８３個のＳＮＰ遺伝子座を濃縮、シーケンシングしたことが記載されている（上記記載事項（甲１１−２）、（甲１１−１０））が、該記載は、ＮＡ１８５０８のＤＮＡ試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものであって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものではないものの、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡは、ＮＡ１８５０８のＤＮＡ試料と同じ２８遺伝子を解析している（上記記載事項（甲１１−２）、（甲１１−７））ので、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡについても、同程度の個数のＳＮＰ遺伝子座が含まれているものと認められる。しかしながら、甲第１１号証には、２８遺伝子を解析することが記載されているだけで、それ以外の遺伝子を解析することは記載されておらず、また、「我々は本書で、セレクター技法に基づく、標的領域のマルチプレックス増幅のための簡単で拡張可能なプロトコルを提示する。」と記載されている（上記記載事項（甲１１−１））ものの、該記載が、３８３個のＳＮＰ遺伝子座よりも多くの、少なくとも１，０００のＳＮＰ遺伝子座を解析することの動機付けになるものとはいえない。また、上記記載事項（甲１１−２）〜（甲１１−１１）にも、少なくとも１，０００のＳＮＰ遺伝子座を解析することを示唆する記載はない。
　よって、多数のＳＮＰ遺伝子座が、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含むことが、甲第１１号証に記載されているとはいえず、また、甲第１１号証に記載された発明において、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を解析することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点３について検討する。
　甲第１１号証の表５には、ＳＮＰ遺伝子座の座標が記載されている（上記記載事項（甲１１−１１））が、該記載は、ＨＣＣ１１４３、ＨＣＣ１５９９のＤＮＡ試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものであって、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づくものではないものの、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡは、ＨＣＣ１１４３、ＨＣＣ１５９９のＤＮＡ試料と同じ２８遺伝子を解析している（上記記載事項（甲１１−２）、（甲１１−７））ので、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡについても、同じＳＮＰ遺伝子座の座標を有するものも含まれているものと認められる。そして、甲第１１号証の表５に記載されているＳＮＰ遺伝子座の座標の間隔からすると、「ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」ものと認められるから、相違点３は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明１は、甲第１１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、本件発明１は、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明７、１３、１９は、本件発明１と同様に、多数のＳＮＰ遺伝子座が、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含むことが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明１と同様に、本件発明７、１３、１９も、甲第１１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
イ．本件発明３〜６、９〜１２、１５〜１８、２１〜２４について
　本件発明３、５〜６、９、１１〜１２、１５、１７〜１８、２１、２３〜２４は、それぞれ本件発明１、７、１３、１９に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、７、１３、１９が、甲第１１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明３、５〜６、９、１１〜１２、１５、１７〜１８、２１、２３〜２４も、甲第１１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明４、１０、１６、２２は、それぞれ本件発明１、７、１３、１９に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、７、１３、１９が、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない以上、本件発明４、１０、１６、２２も、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
ウ．まとめ
　したがって、本件発明１、３、５〜７、９、１１〜１３、１５、１７〜１９、２１、２３〜２４は、甲第１１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、ということはできず、また、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできないし、また、本件発明４、１０、１６、２２は、甲第１１号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
（４）特許法第２９条第２項（甲第９号証を主引用例とした）
ア．本件発明１、７、１３、１９について
　上記記載事項（甲９−１）〜（甲９−８）から、甲第９号証には、「乳がん細胞系の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル頻度を決定するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；各ＳＮＰ遺伝子座について、アレル頻度を決定する工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、１３，１０２の遺伝子座を含む。」の発明が記載されていると認められる。
　本件発明１と甲第９号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレルの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；各ＳＮＰ遺伝子座について、アレルの状態を決定する工程、ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含む。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）試料として、本件発明１は、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料を使用するのに対し、甲第９号証に記載された発明は、乳がん細胞系を使用する点。
（相違点２）本件発明１は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程を含むのに対し、甲第９号証に記載された発明は、多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル頻度を決定するインビトロ方法であって、各ＳＮＰ遺伝子座について、アレル頻度を決定する工程を含む点。
（相違点３）本件発明１は、ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置しているのに対し、甲第９号証に記載された発明は、そのような特定がされていない点。
　
　相違点１について検討する。
　上記記載事項（甲９−１）〜（甲９−８）には、試料として、乳がん細胞系の代わりに、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料を使用することを示唆する記載はない。
　甲第１号証には、ＦＦＰＥ組織試料におけるゲノムレベルのコピー数異常の位置の特定と、置換ならびに点欠失および／または挿入などの遺伝子変化の検出を同時に行うため、合成シーケンシング技法を用いて正常および腫瘍乳房組織を分析したこと（上記記載事項（甲１−２））が、甲第２号証には、メジャーコピ一割合が０．５〜１の間の値である場合にアレル不均衡を持つこと（上記記載事項（甲２−２））が、甲第３号証には、ハイブリッド捕捉およびシーケンシングを含む方法により、がん遺伝子等の配列を、ＦＦＰＥがん生検試料から分析したこと（上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−２））が、甲第１１号証には、エクソンの濃縮およびシーケンシングを含む方法により、ＦＦＰＥ生検試料からのＤＮＡを分析したこと（上記記載事項（甲１１−２））が、甲第１２号証には、ハイブリッド捕捉濃縮およびＮＧＳにより、ＦＦＰＥ組織から抽出したＤＮＡを分析したこと（上記記載事項（甲１２−１））が、それぞれ記載されているが、これらの記載が、ＦＦＰＥ組織試料を使用することの記載も示唆も全くない甲第９号証に記載された発明において、試料として、乳がん細胞系に代えて、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料を使用することの動機付けになるものとはいえない。
　よって、甲第１、２、３、１１及び１２号証の記載事項及び周知事項を参照しても、甲第９号証に記載された発明において、試料として、乳がん細胞系に代えて、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料を使用することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　本件明細書の段落【００１２】には、「本明細書で用いられる通り、「アレル不均衡」は、ゲノムの遺伝子座または領域において体細胞のコピー数が生殖系列のコピー数と異なるあらゆる場合を意味する。いくつかの態様において、アレル不均衡はメジャーコピー割合（「ＭＣＰ」）に換算して表される。」と記載されており、本件発明１における「アレル不均衡」とは、ゲノムの遺伝子座におけるコピー数の異常を意味しているものと認められるが、上記記載事項（甲９−１）〜（甲９−８）には、試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することが記載されているとはいえない。
　甲第１号証には、ＦＦＰＥ組織試料におけるゲノムレベルのコピー数異常の位置の特定と、置換ならびに点欠失および／または挿入などの遺伝子変化の検出を同時に行うため、合成シーケンシング技法を用いて正常および腫瘍乳房組織を分析したこと（上記記載事項（甲１−２））が、甲第２号証には、メジャーコピ一割合が０．５〜１の間の値である場合にアレル不均衡を持つこと（上記記載事項（甲２−２））が、甲第３号証には、ハイブリッド捕捉およびシーケンシングを含む方法により、がん遺伝子等の配列を、ＦＦＰＥがん生検試料から分析したこと（上記記載事項（甲３−１）〜（甲３−２））が、甲第１１号証には、エクソンの濃縮およびシーケンシングを含む方法により、ＦＦＰＥ生検試料からのＤＮＡを分析したこと（上記記載事項（甲１１−２））が、甲第１２号証には、ハイブリッド捕捉濃縮およびＮＧＳにより、ＦＦＰＥ組織から抽出したＤＮＡを分析したこと（上記記載事項（甲１２−１））が、それぞれ記載されているが、これらの記載が、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの記載も示唆も全くない甲第９号証に記載された発明において、試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することの動機付けになるものとはいえない。
　よって、甲第１、２、３、１１及び１２号証の記載事項を参照しても、甲第９号証に記載された発明において、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のＤＮＡをシーケンシングした結果に基づき、各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定することにより、多数のＳＮＰ遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点３について検討する。
　上記記載事項（甲９−４）中の「追加ファイル１の表Ｓ１」に記載されている各ＳＮＰ遺伝子座の間隔からすると（平成３０年１０月１日付け意見書の甲第２１号証参照）、「ゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」ものと認められるから、相違点３は実質的な相違点ではない。
　
　したがって、本件発明１は、甲第９号証に記載された発明、甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項及び周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　また、本件発明７、１３、１９は、本件発明１と同様に、患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料を使用することが発明特定事項に含まれる発明であるから、本件発明１と同様に、本件発明７、１３、１９も、甲第９号証に記載された発明、甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項及び周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
イ．本件発明３〜６、９〜１２、１５〜１８、２１〜２４について
　本件発明３〜６、９〜１２、１５〜１８、２１〜２４は、それぞれ本件発明１、７、１３、１９に更なる限定を加えた発明であるから、上記ア．で述べたように、本件発明１、７、１３、１９が、甲第９号証に記載された発明、甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項及び周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件発明３〜６、９〜１２、１５〜１８、２１〜２４も、甲第９号証に記載された発明、甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項及び周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
ウ．まとめ
　したがって、本件発明１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４は、甲第９号証に記載された発明、甲第１、２、３、１１及び１２号証に記載された事項及び周知事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、ということはできない。
　
（５）特許法第２９条の２
　甲第１３号証には、「プールに存在する約２６０個の約５％「変異」」と記載されている（上記記載事項（甲１３−１３））が、甲第１３号証には、「多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含」むことを記載も示唆もしていない。
　したがって、本件発明１、５〜７、１１〜１３、１９、２３〜２４は、甲第１３号証に記載されたものであるから、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない、ということはできない。
　
（６）特許法第３６条第６項第２号
　本件訂正請求により、請求項４、１０、１６、２２は、「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである」に訂正され、分母を距離ＡＢにする記載にしたので、本件発明４、１０、１６、２２は、明確に記載されているといえる。
　また、本件訂正請求により、請求項１８は、「請求項１５または１６記載のシステム。」から「請求項１７記載のシステム。」に訂正され、「腫瘍試料」という記載がある請求項１７を引用するように訂正されたので、本件発明１８は、明確に記載されているといえる。
　したがって、本件発明４、１０、１６、２２及び本件発明１８は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（７）特許法第３６条第６項第２号
　本件訂正請求により、請求項１、７、１３、１９は、「約」という表現を削除しているので、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえ、また、複数の数値が択一的に記載されているからといって、それだけで請求項の記載が不明確になるとはいえない。
　したがって、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
２．取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由について
（１）特許法第３６条第４項第１号
　請求項１３に「該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム」、「各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム」と記載されているように、コンピュータプログラムが、どのような目的を達成するためのものであるのか明確に記載されており、また、本件明細書の段落【００２１】〜【００５２】には、そのようなコンピュータプログラムをコンピュータ上でどのように実行するのか当業者が容易に理解することができる程度に記載されているといえるので、本件発明１３及び１５〜１８について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件発明１３及び１５〜１８の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえるから、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（２）特許法第３６条第６項第１号
　請求項１３に「該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム」、「各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム」と記載されているように、コンピュータプログラムが、どのような目的を達成するためのものであるのか明確に記載されており、また、本件明細書の段落【００２１】〜【００５２】には、そのようなコンピュータプログラムをコンピュータ上でどのように実行するのか当業者が容易に理解することができる程度に記載されているといえるので、本件発明１３及び１５〜１８は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明１３及び１５〜１８は、発明の詳細な説明に記載されたものといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（３）特許法第３６条第６項第２号
ア．請求項１、７、１３、１９の「多数のＳＮＰ遺伝子座」という記載について
　訂正後の請求項１、７、１３、１９は、「多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、」と記載されており、「多数のＳＮＰ遺伝子座」が、どの程度の数を含むものであるのか特定して記載されているので、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえる。
　したがって、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
イ．請求項１、４、６、７、１０、１２、１３、１６、１８、１９、２２、２４の上限値または下限値について
　訂正後の請求項１、７、１３、１９は、「該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している」と記載され、訂正後の請求項４、１０、１６、２２は、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している」と記載され、訂正後の請求項６、１２、１８、２４は、「前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する」と記載されており、複数の上限値または下限値が択一的に記載されているが、複数の選択肢が択一的に記載されているという理由だけでは不明確とはいえないから、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえる。
　したがって、本件発明１、７、１３、１９は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
３．特許異議申立人が平成３０年１０月１日付け意見書で示した記載不備の理由について
（１）特許異議申立人は、特許権者は「本件特許発明の課題は、・・・・・・ＦＦＰＥ試料において、ゲノムワイド（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ）という大規模で、アレル不均衡の状態、ヘテロ−接合性の消失（ＬＯＨ）、コピー数を高品質で決定する方法（アッセイ技術）等を提供すること」と述べているが、３つの遺伝子座以外の任意のＳＮＰ遺伝子座の位置関係が特定されていないから、上記課題を解決できないので、サポート要件を満たさない旨主張しているが、３つの遺伝子座以外の任意のＳＮＰ遺伝子座の位置関係が特定されていないからといって、本件特許発明の課題を解決することができないとはいえないから、本件発明１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４は、発明の詳細な説明に記載されたものといえる。
　したがって、本件発明１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４は、発明の詳細な説明に記載されたものといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
（２）特許異議申立人は、訂正後の請求項４、１０、１６、２２の「該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである」という記載において、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄの位置の取り方によって結果が変わるから、不明瞭である旨主張しているが、訂正後の請求項４、１０、１６、２２は、「前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、・・・・・・ここで、該ゲノムスペーシングは、式：１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、任意の２つのＳＮＰ遺伝子座ＡおよびＢの間の距離ＡＢと任意のその他の２つのＳＮＰ遺伝子座ＣおよびＤの間の距離ＣＤの差のパーセントである」と記載されており、「ゲノムスペーシング」は、「５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しい」ものとして特定されているから、それ以外の範囲のものは含まれないと解することができ、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄの位置の取り方によって、それ以外の範囲のものが含まれるようになると解することはできないので、本件発明４、１０、１６、２２は、明確に記載されているといえる。
　したがって、本件発明４、１０、１６、２２は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
第７　むすび
　以上のとおりであるから、取消理由通知に記載した取消理由及び特許異議申立の理由によっては、本件発明１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４に係る特許を取り消すことはできない。さらに、他に本件発明１、３〜７、９〜１３、１５〜１９、２１〜２４に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　また、請求項２、８、１４、２０に係る特許は、上記第２のとおり、訂正により削除されたので、請求項２、８、１４、２０に係る申立ては、その対象が存在しないものとなったため、特許法第１２０条の８第１項で準用する同法第１３５条の規定により却下する。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和１年６月２７日（２０１９．６．２７）
【訂正の要旨】
審決（決定）の【理由】欄参照。
（５７）【特許請求の範囲】
　【請求項１】
　患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定する工程
、
　
ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している
　【請求項２】　
（削除）
　【請求項３】
　ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項１
記
　【請求項４】
　前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１
または
記
　ここで、該ゲノムスペーシングは、
式：　１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、
ＡおよびＢ
ＡＢ
ＣおよびＤ
ＣＤ
　【請求項５】
　前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１
、３または４
　【請求項６】
　前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項５記載の方法。
　【請求項７】
　患者からのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を検出するインビトロ方法であって、以下の工程を含む方法：
それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮する工程；
このような各ＳＮＰ遺伝子座における遺伝子型を決定するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングする工程；
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定する工程
、
　
ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多くの遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している
　【請求項８】　
（削除）
　【請求項９】
　ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にＬＯＨに起因するホモ接合性を持つと決定される、請求項７
記
　【請求項１０】
　前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項７
または
記
　ここで、該ゲノムスペーシングは、
式：　１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、
ＡおよびＢ
ＡＢ
ＣおよびＤ
ＣＤ
　【請求項１１】
　前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項７
、９または
記
　【請求項１２】
　前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項１１記載の方法。
　【請求項１３】
　ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるアレル不均衡の状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ＳＮＰ遺伝子座について、それがアレル不均衡を持つかどうかを決定するためのコンピュータプログラム
、
　
ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多い遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している
　【請求項１４】　
（削除）
　【請求項１５】
　ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にアレル不均衡を持つと決定される、請求項１３
記
　【請求項１６】
　前記多数のＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１３
または
記
　ここで、該ゲノムスペーシングは、
式：　１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、
ＡおよびＢ
ＡＢ
ＣおよびＤ
ＣＤ
　【請求項１７】
　前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１６記載のシステム。
　【請求項１８】
　前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項
１７
　【請求項１９】
　ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中の多数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座におけるＬＯＨの状態を決定するためのシステムであって、以下を含むシステム：
（１）それぞれが関心対象のＳＮＰ遺伝子座を含むＤＮＡ分子についてゲノムＤＮＡ試料を濃縮するための、および（２）このような各ＳＮＰ遺伝子座に関する多数の定量的シグナルを産生するために該ＤＮＡ分子をシーケンシングするための試料分析装置；
該試料中のこのような各ＳＮＰ遺伝子座の遺伝子型を決定するために該多数の定量的シグナルを解析するためのコンピュータプログラム；ならびに
各ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座について、それがＬＯＨに起因するホモ接合性であるかどうかを決定するためのコンピュータ
、
　
ここで、該多数のＳＮＰ遺伝子座は、少なくとも１，０００、１０，０００、５０，０００、５５，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００もしくは２，０００，０００またはそれよりも多い遺伝子座を含み、且つゲノム中に、少なくとも一つのＳＮＰ遺伝子座が、５ｋｂ、１０ｋｂ、２５ｋｂ、５０ｋｂ、７５ｋｂ、１００ｋｂ、１５０ｋｂ、２００ｋｂ、３００ｋｂ、４００ｋｂ、５００ｋｂまたはそれよりも多い間隔毎に位置している
　【請求項２０】　
（削除）
　【請求項２１】
　ＳＮＰ遺伝子座が、該遺伝子座におけるメジャーコピー割合が０．５１またはそれよりも大きい場合にＬＯＨに起因するホモ接合性を持つと決定される、請求項１９
記
　【請求項２２】
　前記ＳＮＰ遺伝子座が、ゲノム中に、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、もしくは１％よりも小さいかまたは等しいゲノムスペーシングで位置している、請求項１９
または
記
　ここで、該ゲノムスペーシングは、
式：　１００＊（距離ＡＢ−距離ＣＤ）／距離ＡＢで示される、
ＡおよびＢ
ＡＢ
ＣおよびＤ
ＣＤ
　【請求項２３】
　前記試料が患者から摘出された腫瘍試料である、請求項１９
、２１または
記
　【請求項２４】
　前記腫瘍試料が少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％またはそれよりも多い非腫瘍細胞の混入を含有する、請求項２３記載のシステム。