【手続補正書】
【提出日】平成17年7月4日(2005.7.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
３０個以上の独特な標識を含む、標識の多様化集団であって、
ここで、該独特な標識の各々は、分子を含み、該分子は、複数の遺伝子ディジットを含み、
該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、ここで、少なくとも２つの該遺伝子ディジットは、各々が、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合して、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合し、ここで、該集団は、溶液中にある、標識の多様化集団。
【請求項２】
標識の多様化集団であって、ここで、該標識の各々は、分子を含み、
該分子は、以下の（ｉ）複数の遺伝子ディジットならびに（ｉｉ）標的特異的ヌクレオチド配列を含み、ここで、該複数の遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、該遺伝子ディジットのうち少なくとも２つは、各々、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合しており、抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合しており、そして、該標的特異的ヌクレオチド配列は、未標的分子に非共有結合している、
標的の多様化集団。
【請求項３】
３０個以上の独特な標識を含む、標識の多様化集団であって、
ここで、該独特な標識の各々は、分子を含み、該分子は、複数の遺伝子ディジットを含み、
該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、該抗遺伝子ディジットは、少なくとも１つの標識モノマーに結合し、ここで、該分子の各々および該抗遺伝子ディジットの各々は、核酸であり、そして、該分子の各々は、未標識架橋核酸に非共有結合している、標識の多様化集団。
【請求項４】
３０以上の独特の標識を含む、標識の多様化集団であって、ここで、該独特の標識の各々は、合成核酸分子を含み、該合成核酸分子は、（ｉ）複数の遺伝子ディジットおよび（ｉｉ）標的特異的ヌクレオチド配列を含み、
該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であり、ここで、該遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つは、各々が、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合し、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合している、
標識の多様化集団。
【請求項５】
３０以上の独特の標的を含む、標識の多様化集団であって、ここで、該独特の標識の各々は、分子を含み、該分子は、複数の遺伝子ディジットを含み、該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列のＤＮＡであって、ここで、該遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つは、各々が、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合しており、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合する、標識の多様化集団。
【請求項６】
３０以上の独特の標的を含む、標識の多様化集団であって、ここで、該独特の標識の各々は、分子を含み、該分子は、複数の遺伝子ディジットを含み、該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、ここで、該遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つは、各々が、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合しており、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合しており、かつ、ここで、各独特の標識中の標識モノマーからのそれぞれのシグナルおよび位置は、各独特の標識を該集団中の他の独特の標識から区別している、標識の多様化集団。
【請求項７】
３０以上の独特の標的を含む、標識の多様化集団であって、ここで、該独特の標識の各々は、分子を含み、該分子は、複数の遺伝子ディジットを含み、該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、ここで、該遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つは、各々が、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合しており、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合しており、かつ、該標識モノマーが、量子ドットである、標識の多様化集団。
【請求項８】
１００以上の独特の標的を含む、標識の多様化集団であって、ここで、該独特の標識の各々は、核酸分子を含み、該核酸分子は、（ｉ）少なくとも４つの遺伝子ディジット；および（ｉｉ）標的特異的ヌクレオチド配列を含み、該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列であって、ここで、該少なくとも４つの遺伝子ディジットは、各々、それぞれの抗遺伝子ディジットに非共有結合的に、ハイブリダイズしており、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合しており、該標的特異的ヌクレオチド配列は、未標識標的分子に非共有結合的にハイブリダイズする、標識の多様化集団。
【請求項９】
請求項１〜３、および６のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、前記分子は、標的特異的ヌクレオチド配列をさらに含み、該標的特異的ヌクレオチド配列は、未標識標的分子に非共有結合的に結合している、多様化集団。
【請求項１０】
請求項１〜３、および６のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、前記分子は、標的特異的ヌクレオチド配列をさらに含む合成核酸分子である、多様化集団。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、前記分子の各々および前記遺伝子ディジットの各々が、核酸であって、そして、前記分子の各々が、未標識架橋核酸に非共有結合している、多様化集団。
【請求項１２】
前記分子が、核酸である、請求項１、２、４、６および７のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項１３】
前記遺伝子ディジットが、ＤＮＡである、請求項１〜４、６〜８および１２のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項１４】
請求項４または１０に記載の多様化集団であって、ここで、前記分子が、標的分子に非共有結合している、多様化集団。
【請求項１５】
請求項２、９、または１４に記載の多様化集団であって、ここで、前記分子および前記標的分子が、各々、ＤＮＡ分子であって、ここで、前記非共有結合が、ハイブリダイゼーションを介する、多様化集団。
【請求項１６】
前記標的分子が、未標識である、請求項２、１４、または１５に記載の多様化集団。
【請求項１７】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、前記遺伝子ディジットの各々および抗遺伝子ディジットの各々が、ＤＮＡであって、ここで、該遺伝子ディジットおよび該抗遺伝子ディジットは、互いにハイブリダイゼーションによって非共有結合している、多様化集団。
【請求項１８】
請求項１〜７、９、１０、１２および１４〜１６のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、前記複数の遺伝子ディジットは、少なくとも４つの遺伝子ディジットであり、該少なくとも４つの遺伝子ディジットは、各々、それぞれの抗遺伝子ディジットに結合している、多様化集団。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか１項に記載多様化集団であって、ここで、少なくとも１つの標識は、発光性である、多様化集団。
【請求項２０】
前記標識モノマーが、蛍光発光性である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項２１】
少なくとも１つの標識モノマーが量子ドットである、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項２２】
少なくとも１つの抗遺伝子ディジットが、デンドリマーである、請求項１〜２１に記載の多様化集団。
【請求項２３】
前記デンドリマーが、フォーク様デンドリマーまたは櫛様デンドリマーである、請求項２２に記載の多様化集団。
【請求項２４】
独特の標識の各々の中の前記標的特異的ヌクレオチド配列が、異なっている、請求項２、４、８、９または１０に記載の多様化集団。
【請求項２５】
前記標的分子の各々が、チップ、マイクロアレイまたはビーズに結合している、請求項１〜２４のいずれか1項に記載の多様化集団。
【請求項２６】
請求項１〜５、７および８のいずれか１項に記載の多様化集団であって、ここで、独特の標識の各々の中の前記標識モノマーからのそれぞれのシグナルおよびその位置によって、該集団の中にある他の独特の標識から、各独特の標識が区別される、多様化集団。
【請求項２７】
前記分子は、フローストレッチに供して、前記少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分なように、少なくとも２つの標識モノマーを分離する、
請求項６または２６に記載の多様化集団。
【請求項２８】
前記分子が、後退メニスカス技術に供して、前記少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分なように、少なくとも２つの標識モノマーを分離する、
請求項６または２６に記載の多様化集団。
【請求項２９】
前記分子が、エレクトロストレッチ技術に供して、前記少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分なように、少なくとも２つの標識モノマーを分離する、請求項６または２６に記載の多様化集団。
【請求項３０】
前記分子が、振動性電場を併用して、該分子を含む液体の流れのなかで圧縮することに供して、少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分なように、該少なくとも２つの標識モノマーを分離する、請求項６または２６に記載の多様化集団。
【請求項３１】
前記少なくとも２つの標識モノマーが、別個に、標識の各々を同定するように十分に分離されている、請求項６、および２６〜３０に記載の多様化集団。
【請求項３２】
４０以上の独特の標識を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項３３】
１５０以上の独特の標識を含む、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の多様化集団。
【請求項３４】
５００以上の独特の標識を含む、請求項３３に記載の多様化集団。
【請求項３５】
２，０００以上の独特の標識を含む、請求項３４に記載の多様化集団。
【請求項３６】
１×１０４以上の独特の標識を含む、請求項３５に記載の多様化集団。
【請求項３７】
標識キットであって、該キットは、
（ｉ）第１の容器中の、３０以上の独特の分子であって、ここで、該分子の各々が、複数の遺伝子ディジットを含み、該遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列である、独特の分子；および
（ｉｉ）１以上の他の容器中の、複数の他の遺伝子ディジットであって、ここで、該複数の遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合している、遺伝子ディジット
を備る、標識キット。
【請求項３８】
前記遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つの各々が、反復コアエレメントを含む、請求項３７に記載の標識キット。
【請求項３９】
少なくとも１つの標識モノマーが、発光性である、請求項３７に記載の標識キット。
【請求項４０】
前記標識モノマーが、蛍光発光性である、請求項３９に記載の標識キット。
【請求項４１】
少なくとも１つの標識モノマーが、量子ドットである、請求項３７に記載の標識キット。
【請求項４２】
少なくとも１つの抗遺伝子ディジットが、デンドリマーである、請求項３７に記載の標識キット。
【請求項４３】
前記デンドリマーが、フォーク様デンドリマーまたは櫛様デンドリマーである、請求項４２に記載の標識キット。
【請求項４４】
分子の各々および抗遺伝子ディジットの各々が、核酸である、請求項３７〜４２のいずれか１項に記載の標識キット。
【請求項４５】
分子の各々および抗遺伝子ディジットの各々が、ＤＮＡである、請求項４４に記載の標識キット。
【請求項４６】
分子の各々が、標的特異的ヌクレオチド配列をさらに含む、請求項４４に記載の標識キット。
【請求項４７】
分子の各々が、未標識架橋核酸に非共有結合する、請求項４４に記載の標識キット。
【請求項４８】
４０以上の独特の分子を含む、請求項３７〜４７のいずれかに記載の標識キット。
【請求項４９】
１５０以上の独特の分子を含む、請求項４８に記載の標識キット。
【請求項５０】
５００以上の独特の分子を含む、請求項４９に記載の標識キット。
【請求項５１】
２，０００以上の独特の分子を含む、請求項５０に記載の標識キット。
【請求項５２】
１×１０４以上の独特の分子を含む、請求項５１に記載の標識キット。
【請求項５３】
３０以上の独特の標識されたプローブの集団を生成する方法であって、
該方法は、以下：
（ａ）３０以上の分子の集団を合成する工程であって、該分子の各々は、様々な標的特異的配列および複数の遺伝子ディジットを含み、遺伝子ディジットの各々は、予め決定された配列である、工程；および
（ｂ）少なくとも２つ以上の該遺伝子ディジットを、それぞれの抗遺伝子ディジットに接触させる工程であって、該抗遺伝子ディジットの各々は、少なくとも１つの標識モノマーに結合しており、分子の各々を独特に標識して、それによって、３０以上の独特のプローブの集団を生成する工程
を包含する、方法。
【請求項５４】
前記分子の各々および前記抗遺伝子ディジットの各々は、核酸である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記３０以上の特有の分子を、未標識架橋核酸に結合する工程をさらに包含する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記結合が、ハイブリダイゼーションによる、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
工程（ｂ）の前に、抗遺伝子ディジットを合成する工程をさらに包含する、請求項５３〜５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記標識が、発蛍光団である、請求項５３〜５７に記載の方法。
【請求項５９】
少なくとも３０の独特に標識した核酸プローブの標識された集団を生成する方法であって、該方法は、以下：
抗遺伝子ディジットの集団に対して、各々の核酸分子が異なる標的特異的配列および予め決定された配列の遺伝子ディジットを含む少なくとも３０の核酸分子の集団を、該遺伝子ディジットのうちの少なくとも２つがそれぞれの抗遺伝子ディジットにハイブリダイズして分子の各々を標識するような条件下で、ハイブリダイズさせる工程であって、ここで、抗遺伝子ディジットの各々が、標識モノマーに結合している、工程であって、それによって、少なくとも３０の核酸プローブの標識した集団を生成する工程
を包含する、方法。
【請求項６０】
前記３０以上の核酸分子を未標識架橋核酸にハイブリダイズする工程をさらに包含する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
３０以上の独特の標識の集団を生成する方法であって、該方法は、以下：
１０以上の異なる核酸分子の集団を、合成する工程であって、各分子は、該１０以上の核酸分子の各々が、異なる比の２以上の発蛍光団を含むような条件下で、異なる予め決定された比の２以上の調節配列反復を含む、工程
を包含する、方法。
【請求項６２】
３０以上の独特に標識されたプローブの集団を生成する方法であって、該方法は、以下；
請求項６１に記載の方法によって生成された１０以上の独特の標識の各々を、１０以上の独特の分子に結合する工程であって、該分子の各々は、独特の標的特異的配列を含み、それによって、１０以上の独特に標識されたプローブを生成する工程を包含する、方法。
【請求項６３】
前記標識が、前記分子に直接的に結合する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記標識が、前記分子に間接的に結合する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
前記標識が、核酸を架橋することによって前記分子に結合する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
１以上の標的分析物を検出する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２、４、８、９、１０および２４のいずれか１項に記載の標識の多様化集団と、１以上の分析物とを、該標識と該１以上の分析物との間の結合にとって適切な条件下で、接触させる工程；および
（ｂ）標識モノマーからシグナルを検出して、それによって、１以上の分析物を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項６７】
サンプル中の標的分析物を検出する方法であって、該方法は、以下の（ａ）〜（ｃ）：
（ａ）３０以上の指定子の集団とサンプルを接触させる工程であって、ここで、各指定子は、核酸であって、該核酸は、
（ｉ）複数の遺伝子ディジットであって、遺伝子ディジットの各々は予め決定された配列である、複数の遺伝子ディジットおよび
（ｉｉ）標的特異的配列
を含み、ここで、該標的分析物は、核酸であり、該接触する工程は、該標的分析物と該標的特異的配列との間のハイブリダイゼーションにとって適切な条件下であり、それによって、指定子−標的複合体を形成する工程；
（ｂ）少なくとも２つの抗遺伝子ディジットをハイブリダイゼーションによって、指定子−標的複合体中のそれらのそれぞれの遺伝子ディジットに結合させる工程であって、ここで、該抗遺伝子ディジットが、少なくとも１つの標識モノマーに結合している、工程；および
（ｃ）工程（ｂ）における該結合した抗遺伝子ディジット中の該標識モノマーからのシグナルを検出して、それによって、該サンプル中の標的分析物を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項６８】
前記標識モノマーからのシグナルおよび該モノマーの位置によって、前記１以上の分析物が、同定される、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
前記標識モノマーからのそれぞれのシグナル、および該モノマーの位置によって、前記標的分析物が、同定される、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
請求項６６または６７に記載の方法であって、工程（ｂ）の前に、工程（ａ）の生成物を、フローストレッチに供して、少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分に、少なくとも２つの標識モノマーを分離する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項７１】
請求項６６または６７に記載の方法であって、工程（ｂ）の前に、工程（ａ）の生成物を、後退メニスカス技術に供して、少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分に、少なくとも２つの標識モノマーを分離する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項７２】
請求項６６または６７に記載の方法であって、工程（ｂ）の前に、工程（ａ）の生成物を、エレクトロストレッチに供して、少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分に、少なくとも２つの標識モノマーを分離する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項７３】
請求項６６または６７に記載の方法であって、工程（ｂ）の前に、工程（ａ）の生成物を、振動性電場と併用して前記分子を含む液体の流れで圧縮することに供して、少なくとも２つの標識モノマーのそれぞれの位置を区別するのに十分に、少なくとも２つの標識モノマーを分離する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項７４】
前記少なくとも２つの標識モノマーが、別個に、標識の各々を同定するのに十分なほど分離されている、請求項６８〜７３に記載の方法。