【手続補正書】
【提出日】平成18年3月15日(2006.3.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  ２セットの試薬、すなわちラベリングセット及びキャプチャーセットを用いる標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、そしてここで光平面導波路を用い、該方法が
１）ａ）ラベル部分及び標的ポリヌクレオチドの同一又は異なる配列と相補的である、同一又は異なる配列Ｌ１（好ましくは約５〜１００ヌクレオチド（nt）長、より好ましくは約８〜１００nt長）を有する核酸領域（好ましくは１本鎖である）、及び場合により、標的ポリヌクレオチド又はキャプチャーエクステンダー若しくはキャプチャープローブの配列のいずれにも相補的でない約５００nt長未満であるラベル部分と配列Ｌ１との間の第２配列であって、ラベル部分は、エバネッセント性励起発光を包含する発光によって検出することができるシグナルを提供するラベルを含む第２配列、を各々に含む複数のラベルプローブ、又は
ｂ）ラベル結合性核酸配列Ｌ２及び核酸配列Ｌ１、ここで、配列Ｌ１は、標的ポリヌクレオチドの核酸配列と相補的であり、そして配列Ｌ２は、ラベルプローブの核酸配列Ｌ３と相補的である、を各々に含む複数のラベルエクステンダープローブ（ｂ１）、及び場合により、Ｌ２の配列と相補的である核酸配列Ｌ３を含むラベルプローブ及びエバネッセント性励起発光を包含する発光によって検出可能であるシグナルを提供するラベルを含むラベル部分（ｂ２）、
を含むラベリングセットの試薬を提供する工程、並びに
２）ｃ）標的ポリヌクレオチドの核酸配列と相補的である同一又は異なる核酸配列Ｄ１を含む複数のキャプチャープローブ、ここで、核酸配列Ｄ１（好ましくは約１０〜１００nt長）は、ラベルプローブ及びラベルエクステンダープローブに含まれる配列Ｌ１、Ｌ２及びＬ３と相補的でなく、そしてキャプチャープローブは直接的にか又は結合基を介して、導波路の導波層表面に結合しているか又は特異的に結合することができる、又は
ｄ）標的ポリヌクレオチドの配列と相補的である配列Ｃ１（好ましくは約１０〜１００nt長）を有する核酸領域（好ましくは１本鎖）、及び場合により、標的ポリヌクレオチドの配列と相補的ではなく、そして好ましくは約５００nt長未満である第２の領域を各々に含み、そしてさらにキャプチャープローブ認識核酸配列Ｃ２を含む複数のキャプチャーエクステンダープローブ（ｄ１）、及び配列Ｃ２と相補的である核酸配列Ｄ２を含むキャプチャープローブ（ｄ２）、ここで、配列Ｌ１及びＣ１は同一でなく、非相補的配列である、
を含む、キャプチャーリングセットの試薬を提供する工程、
３）相補的配列の結合性条件下での水性媒質中で、標的ポリヌクレオチドの存在を測定すべきサンプル（標的ポリヌクレオチドが一本鎖形態で存在するために処理されていることができる）と、
（ａ）組成物１ａ）及び２ｃ）、若しくは、１ａ）及び２ｄ）、又は（ｂ）組成物１ｂ）及び２ｃ）、若しくは、１ｂ）及び２ｄ）、又は（ｃ）組成物１ａ）、１ｂ）及び２ｃ）、若しくは、１ａ）、１ｂ）及び２ｄ）、又は（ｃ）組成物１ｂ）、２ｃ）及び２ｄ）若しくは１ｂ）、２ｃ）及び２ｄ）、又は（ｄ）組成物１ａ）、１ｂ）、２ｃ）及び２ｄ）とを結合させて複合物を形成する工程、
４）工程３の複合物を、キャプチャープローブ（キャプチャープローブは、工程３の複合物に結合する前に導波路に結合することができるか、又は工程３の複合物に結合した後に導波路に結合することができる）の複数のコピーによって導波路に結合する工程、
５）もし組成物１ｂ）が、ラベルプローブを含まず、そしてラベルが、工程３に含まれず該複合物をラベルするときには、工程４の結合している複合物と該ラベルとを結合する工程、並びに
６）導波路のエバネッセント場で励起する発光を測定することによってか、又は導波路の場近辺で生成する発光を測定することによって標的ポリヌクレオチドに結合しているラベルを検出する工程
を含む方法。
【請求項２】  １）表面に付着し、そして表面から伸長する複数のキャプチャープローブを有する表面を提供する工程、
２）i）標的ポリヌクレオチドの特異的領域に結合するように適合されている標的部分及び ii）該キャプチャープローブに結合するように適合されているキャプチャー部分の各々を有する複数のキャプチャーエクテンダープローブを提供する工程、
３）キャプチャーエクテンダープローブをサンプルに暴露し、もしサンプル中に存在すれば、標的ポリヌクレオチドを、キャプチャーエクステンダープローブに結合させる工程、
４）こうして結合した標的ポリヌクレオチドを、表面に付着している該キャプチャープローブに暴露し、キャプチャーエクステンダープローブをキャプチャープローブに結合させる工程、
５）該標的ポリヌクレオチドを、i）標的ポリヌクレオチドの領域を特異的に結合させるように適合されている標的部分及び ii）光学的に検出可能なラベルで構成されるか、又はそれと結合するように適合されているラベル部分を各々有する複数のラベルエクステンダープローブに暴露させる工程であって、該ラベルエクステンダープローブは、本アッセイの条件下では、キャプチャープローブを結合することができない、及び
６）ラベルを検出する工程
を含む、サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出するための方法であって、
表面が光平面導波路の導波層であり、そしてラベルをラベル発光団の励起によって検出することを特徴とする方法。
【請求項３】  工程４より前に工程３及び５を実施する、請求項２記載の方法。
【請求項４】  固形の支持体が光平面導波路であり、そしてラベルを導波路のエバネッセント場内で励起する発光、又は導波路の場近辺で発生する発光を測定することによって検出する、溶液相核酸サンドイッチアッセイを用いる、請求項１〜３記載の標的ポリヌクレオチドを検出する方法。
【請求項５】  標的ポリヌクレオチドを２クラスの結合性相互作用（第１のクラスの結合性相互作用は、少なくとも１個のキャプチャーエクステンダープローブであり、そして第２のクラスの結合性相互作用は、平面導波路の導波層の表面に結合しているか又は結合することができ、そして実質的に結合している、少なくとも１個の該キャプチャーエクステンダープローブと少なくとも１個の複合性キャプチャープローブとの間である）によって導波路上に固定化する、請求項１〜４に記載の光平面導波路を用いる標的ポリヌクレオチドを検出する方法。
【請求項６】  結合したラベルの測定前に、結合したラベルを結合していないラベルと分離しない、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。
【請求項７】  サンプル中で、１を越えるタイプの標的ポリヌクレオチドを検出する、請求項１〜６のいずれか１項記載の方法。
【請求項８】  標的ポリヌクレオチドが病原性生物からの配列であるか又は疾患若しくは生体の他の応答に関連する配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１〜７のいずれか１項記載の方法。
【請求項９】  標的ポリヌクレオチドに関連する疾患の研究又は診断のための、請求項１〜８のいずれか１項記載の方法の使用。
【請求項１０】  ａ）上記２ｃ）によって定義されるような複数のキャプチャープローブ、又は上記請求項１の２ｄ）によって定義されるような複数のキャプチャーエクステンダープローブ及びキャプチャープローブ；
ｂ）キャプチャープローブ又はキャプチャーエクステンダープローブに結合している標的ポリヌクレオチド；及び
ｃ）標的ポリヌクレオチドに結合している上記請求項１の１ａ）によって定義されるような複数のラベルプローブ、又は標的ポリヌクレオチドと結合している上記請求項１の１ｂ）によって定義されるような複数のラベルプローブエクステンダー及び該ラベルプローブエクステンダーに結合している上記請求項１の１ｂ）によって定義されるようなラベルプローブ
を平面導波路の導波層の表面に結合している光平面導波路。