【事件の表示】
　上記当事者間の特許第４３６２８３７号発明「病原性プリオン蛋白質の検出方法」の特許無効審判事件について，次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第４３６２８３７号の請求項１ないし４に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は，被請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯の概要
　本件特許第４３６２８３７号についての出願は，平成９年７月１８日に出願した特願平９−１９３８０１号の一部を平成１６年８月９日に新たな出願である特願２００４−２３１８１９号とし，さらにその一部を平成１９年９月１４日に新たな出願である特願２００７−２３９２６５号としたものであって，
　平成２１年　８月２８日　：特許権の設定登録
　平成２２年１０月　７日　：審判請求書及び
　　　　　　　　　　　　　　甲第１ないし１０号証，参考資料１提出
　平成２２年１２月２４日　：答弁書及び乙第１ないし３号証提出
　　　　　　　　　　同日　：訂正請求書提出
　平成２３年　２月１４日　：弁駁書及び甲第１１ないし２０号証提出
　　　　　　　　　　　　　　上申書と共に平成２２年（ワ）第３０７７７　　　　　　　　　　　　　　号において提出された書面の写し提出
　平成２３年　３月　４日　：口頭審理審理事項通知
　平成２３年　４月２８日　：請求人口頭審理陳述要領書提出
　　　　　　　　　　　　　　上申書と共に平成２２年（ワ）第３０７７７　　　　　　　　　　　　　　号において提出された書面の写し提出
　平成２３年　４月２８日　：被請求人口頭審理陳述要領書及び
　　　　　　　　　　　　　　乙第４ないし１０号証提出
　平成２３年　５月３１日　：上申書（請求人）提出
　
第２　訂正の適否
１　訂正事項
　平成２２年１２月２４日付け訂正請求は，本件特許明細書を訂正請求書に添付した訂正明細書のとおりに訂正しようとするものであって，その訂正の内容は次のとおりである。
　
　本件特許明細書の特許請求の範囲の請求項１
「【請求項１】
  動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化することと，
  前記可溶化された非特異的物質をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を酵素免疫吸着測定法により検出することと
  を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法。」を
　
「【請求項１】
  動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化することと，
  前記可溶化された非特異的物質をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を
洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく
  を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法。」
と訂正する。（下線は訂正箇所を示す。）
　
２　訂正の目的の適否，新規事項追加の有無，及び特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更の存否
（１）訂正の目的
　ア　訂正事項の，濃縮物を「洗浄することなく」について，本件明細書には「【００５０】次に，前記第３の工程として，前記第２の工程で分解された前記均一化物から前記病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得る分離工程を有しているので，上記の第１の工程及び第２の工程で十分に均一化及び分解された前記病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する物質を効率的に分離することができる。」，及び「【００５５】また，前記濃縮工程中に，前記第３の工程で得られた前記病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を界面活性剤で洗浄する洗浄工程を更に有することが望ましい。【００５６】 即ち，前記濃縮物（例えばペレット状）の付加的な洗浄工程として，界面活性剤を用いて前記濃縮物を洗浄することによって，前記濃縮物中の不所望の物質（非特異性物質）をさらに多く除去することができる。」と記載され，第３の工程である分離工程で病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する物質を分離することができるが，分離した濃縮物を洗浄する洗浄工程を有することが望ましいことが記載され，さらに，【図２】には【方法４】として，【図３】には【方法７】として，洗浄工程を有さない方法が記載されていることから，この洗浄工程は省くことができるといえ，濃縮物に対する処理について「洗浄することなく」と減縮した補正といえる。
　
　イ　訂正事項の「溶解液」について，「溶解液」という用語は明細書で使われていないが，本件明細書の「【００６０】まず，前記第４の工程として，前記病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を溶剤に溶解して前記濃縮物の溶解物を得る工程（溶解工程）を有しているので，次段の吸着工程で吸着面に吸着され易い病原性プリオン蛋白質由来蛋白質の濃縮物を作製することができる。【００６１】ここで，前記溶剤としてグアニジンチオシアネート（ＧｄｎＳＣＮ）を使用することが望ましい。」との記載から，第４の工程（溶解工程）で，濃縮物をＧｄｎＳＣＮ−ＰＢＳ等の溶剤に溶解して得られた溶解物が「溶解液」とするのが相当といえる。
　
　ウ　訂正事項の「溶解液とし，再沈殿させることなく」は，時系列で記載されているといえ，「溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出する」は，溶解液とした後，再沈殿させないで溶解液をそのまま酵素免疫吸着測定法に用いることを規定したといえる。
　そして，一般に，酵素免疫吸着測定法は，抗原（又は抗体）を溶液としてマイクロプレート等に適用し，溶液中の抗原（又は抗体）をマイクロプレート等に吸着させて分析する方法であることは，本件出願前の技術常識であるところ，本件明細書に「【００６４】次に，前記第５の工程として，前記溶解物中の前記病原性プリオン蛋白質を吸着面に結合させる工程（結合工程）を有しており，前段で溶解された溶解物中の前記病原性プリオン蛋白質由来蛋白質由来蛋白質を，例えばマイクロタイタープレート（microtiter plate）などに吸着させることができる。従って，抗原−抗体複合体の形成のための強く特異的な反応をこの方法にて検出することができる。」と記載され，第５の工程（結合工程）で，溶解物つまり溶解液中の病原性プリオン蛋白質由来蛋白質をマイクロプレートに吸着させることが記載され，さらに本件明細書段落【０１２２】〜【０１３４】に記載されたＥＬＩＳＡ法において，
「【０１２２】４．ＥＬＩＳＡ法
  図４に示すように，マイクロタイタープレートへの適切な吸着条件を調べるために，まず，脳組織及び脾臓組織抽出物を，５％ＳＤＳ：ドデシル硫酸ナトリウム中で１０分間加熱沸騰させ（１），これを１０倍容量以上の氷冷メタノール中で沈殿させた（２）。この組織抽出物は，通常，１０〜４０mgの原組織を含有していた。但し，前記（数値）は，図４中の（数値）と対応するものである（以下，同様）。
【０１２３】
  次いで，遠心分離処理（３）後，得られたペレット状沈殿物を１００μlの異なる濃度（１〜５Ｍ）のグアニジンチオシアネート（グアニジンチオシアン酸エステル：ＧｄｎＳＣＮ），ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水：最終ｐＨ≦５)中で超音波溶解させた（４）。ここまでの工程（１）〜（４）は上述した第４の工程に相当するものである。
【０１２４】
  また，図５に示すように，溶剤としてＳＤＳを用いた場合の測定を行うために，ＧｄｎＳＣＮの使用に変えて，ペレットを１００μlの異なる濃度（０．１〜４％(vol/vol)）のＳＤＳ，ＰＢＳ（最終ｐＨ≦５）中に溶解させた。
【０１２５】
  次いで，それぞれの溶液を，９６穴丸底マキシソープ免疫プレート（商品名：Maxisorp immuno plate：Nunc）上に分布させ，室温で一晩，振揺下で培養した（５）（なお，例えばコーニング社製ＥＬＩＳＡプレート高結合型４３０４５２を用いてもよい）。」
と記載され，沈殿物をＧｄｎＳＣＮ−ＰＢＳで溶解させた溶液を免疫プレート上に分布させ振揺培養したことが記載され（特に段落【０１２４】【０１２５】），再沈殿といえる工程を有していないことからも，上記解釈は支持されるといえる。
　
　エ　まとめ
　上記ア〜ウから，本件訂正は，訂正前は，濃縮物に対する洗浄工程を付加する場合及び付加しない場合を含んでいたところを，洗浄工程を付加しない場合に限定するものであり，さらに，訂正前の「前記濃縮物を酵素免疫吸着測定法により検出すること」を，濃縮物をそのまま酵素免疫吸着測定法に用いることは通常ないことから，「溶解液とし，再沈殿させることなく」用いることを明りょうにするものであるから，特許請求の範囲の減縮及び明りょうでない記載の釈明を目的としたものといえる。
　
（２）新規事項追加の有無，及び特許請求の範囲の実質上の拡張又は変更
　ア　訂正後の請求項１に，５％ＳＤＳに加熱溶解し，メタノール中で沈殿させる操作が包含されるか否かについて
　本件明細書段落【０１２２】〜【０１２３】，【図４】の記載からみて，５％ＳＤＳに加熱溶解し，メタノール中で沈殿させる操作は，濃縮物を溶解液とするより前に行われるものである。そして，濃縮物を５％ＳＤＳに加熱溶解し，メタノール中で沈殿させる操作は，通常変性操作と考えられるところ，甲第１４号証にスクレーピープリオンを１〜２％ＳＤＳ中で沸騰させることにより変性を起こさせることが記載されていることからみて，プリオン蛋白質においても変性操作であるといえる。そして，付随的にメタノールに可溶な不純物が除去されたとしても，この操作を濃縮物に対する「洗浄」操作であるとすることはできない。
　そうすると，「前記濃縮物を洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出することと」という訂正後の構成においても，濃縮物を５％ＳＤＳに加熱溶解し，メタノール中で沈殿させる操作を排除することはないといえ，訂正前後で５％ＳＤＳに加熱溶解し，メタノール中で沈殿させる操作の有無について変わることはない。
　したがって，本件訂正は，新規事項を追加するものではない。
　
　イ　まとめ
　上記「（１）ア」ないし「（１）ウ」，及び「（２）ア」に記載したように，本件明細書段落【００５０】，【００５５】〜【００５６】，【００６０】〜【００６１】，【００６４】，【０１２２】〜【０１３４】，【図２】，【図３】及び【図４】の記載事項からみて，本件訂正は，願書に添付した明細書に記載した事項の範囲内においてなされたものであり，実質上特許請求の範囲を拡張し，又は変更するものでもない。
　
３　訂正請求に対する結論
　以上のとおり，本件訂正は特許法第１３４条の２第１項ただし書，及び同条第５項において準用する特許法第１２６条第３項及び第４項の規定に適合するので，当該訂正を認める。
　
第３　請求人の主張の概要
　請求人は，本件の請求項１ないし４に係る発明について特許を無効とする，審判費用は被請求人の負担とするとの審決を求め，審判請求書と共に甲第１号証ないし甲第１０号証及び参考資料１を提出し，弁駁書と共に甲第１１ないし２０号証提出し，さらに口頭審理陳述要領書を提出し，本件請求項１ないし４に係る特許発明は，甲第２号証に記載された発明と同一であり，特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（無効理由１，４）。また，甲第１号証と甲第３号証に記載された発明，又は甲第２号証と甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである（無効理由２，４）。さらに，本件特許明細書は，特許法第３６条第４項，第６項第１号及び第２号に規定する要件を満たしていない（無効理由３，５）。
　したがって，本件特許は同法第１２３条第１項第２号及び第４号に該当し，無効とすべきものであると主張している。
　また，弁駁書及び口頭審理陳述要領書において，訂正は新規事項を追加するものであり認められるべきでないと主張している。
　請求人が提出した証拠方法は以下のとおりである。
　
（甲第１号証）
Ｋａｉ−Ｕｗｅ　Ｄ．Ｇｒａｔｈｗｏｈｌ，Ｍｏｔｏｈｉｒｏ　Ｈｏｒｉｕｃｈｉ，Ｎａｏｔａｋａ　Ｉｓｈｉｇｕｒｏ，Ｍｏｒｉｋａｚｕ　Ｓｈｉｎａｇａｗａ，“Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ　ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ　ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ　ａｓｓａｙ　ｆｏｒ　ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ＰｒＰＳｃ　ｉｎ　ｃｒｕｄｅ　ｔｉｓｓｕｅ　ｅｘｔｒａｃｔｓ　ｆｒｏｍ　ｓｃｒａｐｉｅ−ａｆｆｅｃｔｅｄ　ｍｉｃｅ”，Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｖｉｒｏｌｏｂｉｃａｌ　Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｖｏｌ．６４，Ｍａｒｃｈ　１９９７，ｐ．２０５−２１６
　
（甲第２号証）
Ｇｒａｔｈｗｏｈｌ．Ｋａｉ−Ｕｗｅ　Ｄ．，堀内基広，石黒直隆，品川森一，”ＰｒＰＳｃ高感度検出法の開発：ＥＬＩＳＡの検討”，第４４回日本ウイルス学会総会　１９９６年１０月２３日（水）−２５日（金）　静岡市民文化会館　アブストラクト，第９９頁１Ｅ１１
　
（甲第３号証）：
品川森一，“総説　動物のプリオン病”，山口獣医学雑誌，第２３号，１９９６，ｐ．１−１６
　
（甲第４号証）
ベックマン・コールター株式会社ウェブサイトにおける「ＴＬＡ　１００．３」ローターの説明，http://www.beckmancoulter.co.jp/product/product01/tla100 3.html
　
（甲第５号証）
化学大辞典（縮刷版），１９８９年８月１５日発行，共立出版株式会社，第９４４頁右欄下から８行〜第９４５頁左欄９行，「超遠心分離」の項
　
（甲第６号証）
科学大辞典，昭和６０年３月５日発行，丸善株式会社，第８９５頁右欄５〜１０行，「超遠心分離」の項
　
（甲第７号証）
最新医学大辞典　第２版，１９９６年３月３１日発行，医歯薬出版株式会社，第１１２９頁左欄下から３行〜中欄５行，「超遠心[分離]」の項
　
（甲第８号証）
遺伝子工学ワーキングブック，初版，１９９６年４月２５日発行，羊土社，第２４８頁左欄，「超遠心」の項
　
（甲第９号証）
日経バイオ最新用語辞典，第４版，１９９５年６月３０日発行，日経ＢＰ社，第４２９頁右欄［超遠心法］の項
　
（甲第１０号証）
ＪＩＳ　生体工学用語（生体化学部門）　ＪＩＳ　Ｋ３６１０−１９９２  （２００２確認），平成６年２月２０日，第２刷発行
　
（甲第１１号証）
平成６・８・１０・１１年改正　工業所有権法の解説，平成１７年３月１日発行，社団法人発明協会，第９７−９９頁
　
（甲第１２号証）
科学大辞典，昭和６０年３月５日発行，丸善株式会社，第７７２頁左欄，「せんじょう（洗浄）」の項
　
（甲第１３号証）
化学大辞典　５，１９８９年８月１５日発行，共立出版株式会社，第４５４頁右欄「せんじょうこうか（洗浄効果）」の項
　
（甲第１４号証）
Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｓｃｒａｐｉｅ　ｐｒｉｏｎｓ　ａｇｇｒｅｇａｔｅ　ｔｏ　ｆｏｒｍ　ａｍｙｌｏｉｄ−ｌｉｋｅ　ｂｉｒｅｆｒｉｎｇｅｎｔ　ｒｏｄｓ”，Ｃｅｌｌ，Ｖｏｌ．３５，Ｎｏ．２，１９８３，ｐ．３４９−３５８
　
（甲第１５号証）
Ｍｏｔｏｈｉｒｏ　Ｈｏｒｉｕｃｈｉ，Ｎｏｒｉｋｏ　Ｙａｍａｚａｋｉ，Ｔｅｔｓｕｙａ　Ｉｋｅｄａ，Ｎａｏｔａｋａ　Ｉｓｈｉｇｕｒｏ，Ｍｏｒｉｋａｚｕ　Ｓｈｉｎａｇａｗａ，“Ａ　ｃｅｌｌｕｌａｒ　ｆｒｏｍ　ｏｆ　ｐｒｉｏｎ　ｐｒｏｔｅｉｎ（ＰｒＰｃ）ｅｘｉｓｔｓ　ｉｎ　ｍａｎｙ　ｎｏｎ−ｎｅｕｒｏｎａｌ　ｔｉｓｓｕｅｓ　ｏｆ　ｓｈｅｅｐ”，Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｇｅｎｅｒａｌ　Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７６，１９９５，ｐ．２５８３−２５８７
　
（甲第１６号証）
Ｒｉｃｈａｒｄ　Ｊ．Ｋａｓｃｓａｋ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｍｏｕｓｅ　Ｐｏｌｙｃｌｏｎａｌ　ａｎｄ　Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ　Ａｎｔｉｂｏｄｙ　ｔｏ　Ｓｃｒａｐｉｅ−Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　Ｆｉｂｒｉｌ　Ｐｒｏｔｅｉｎｓ”，Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．６１，Ｎｏ．１２，１９８７
　
（甲第１７号証）
知財高判平成２０年９月１７日平成１９（行ヶ）第１０３６１号審決取消事件　判決
　
（甲第１８号証）
知財高判平成１４年３月１４日平成９（行ヶ）第２４９号審決取消事件　判決
　
（甲第１９号証）
知財高判平成２０年９月８日平成１９（行ヶ）第１０３０７号審決取消事件　判決
　
（甲第２０号証）
Ｄａｖｉｄ　Ｃ．Ｂｏｌｔｏｎ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ　Ｓｔｕｄｉｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｉｎｔａｃｔ　Ｓｃｒａｐｉｅ　Ａｇｅｎｔ　Ｐｒｏｔｅｉｎ”，Ａｒｃｈｉｖｅｓ　ｏｆ　Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ　ａｎｄ　Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃｓ，Ｖｏｌ．２５８，Ｎｏ．２，１９８７，ｐ．５７９−５９０
　
第４　被請求人の主張の概要
　被請求人は，本件審判請求は成り立たない，審判の費用は請求人の負担とするとの審決を求め，答弁書と共に乙第１ないし３号証を提出すると共に，訂正請求書を提出し，さらに，口頭審理陳述要領書と共に乙第４ないし１０号証を提出し，本件訂正は認められるべきであり，請求人の主張する理由及び証拠によっては本件訂正発明を無効とすることはできないと主張している。
　被請求人の提出した証拠方法は以下のとおりである。
　
（乙第１号証）
大木道則他編　化学辞典，第１版第２刷，１９９５年５月１０日発行，第２１３頁，第８５８頁
　
（乙第２号証）
阿南功一他編，基礎　生化学実験法２　抽出・分離・精製，昭和５９年３月３０日第７刷発行，丸善株式会社，第１５８−１６２頁
　
（乙第３号証）Ｂｙｒｏｎ　Ｗ．Ｃａｕｇｈｅｙ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ　Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｓｃｒａｐｉｅ−Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　ＰｒＰ２７−３０　ｉｎ　Ｗａｔｅｒ　ｂｙ　Ｉｎｆｒａｒｅｄ　Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ”，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｖｏｌ．３０，Ｎｏ．３１，１９９１
　
（乙第４号証）
特許法等改正に関する上申書，特許管理，Ｖｏｌ．２４，Ｎｏ．１２，１９７４，ｐ．１３４１−１３４３
　
（乙第５号証）
小野寺節，牛海綿状脳症，スローウイルス感染とプリオン，１９９５年２月１５日初版発行，第２６８−２８２頁
　
（乙第６号証）
蛋白質　核酸　酵素，１９９４年８月号増刊　バイオ高性能機器導入・共同利用マニュアル，共立出版株式会社，第１７３４−１７５３頁
　
（乙第７号証）
Ｋａｎａｍｅ　Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍｏｒｉｋａｚｕ　Ｓｈｉｎａｇａｗａ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｃｒａｐｉｅ　Ａｇｅｎｔ　ｆｒｏｍ　Ｉｎｆｅｃｔｅｄ　Ａｎｉｍａｌ　Ｂｒａｉｎｓ　ａｎｄ　Ｒａｉｓｉｎｇ　ｏｆ　Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ　ｔｏ　ｔｈｅ　Ｐｕｒｉｆｉｅｄ　Ｆｒａｃｔｉｏｎ”，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，Ｖｏｌ．３０，Ｎｏ．２，１９８６，ｐ．１２３−１３１
　
（乙第８号証）
Ｇｅｒｄ　Ｍｕｌｔｈａｕｐ，ｅｔ．ａｌ．，Ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ　ｏｆ　ｓｃｒａｐｉｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　ｆｉｂｒｉｌｓ　ｉｓ　ａ　ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ　ｌｏｗ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｗｅｉｇｈｔ　ｐｒｏｔｅｉｎ”，Ｔｈｅ　ＥＭＢＯ　Ｊｏｕｒｎａｌ，Ｖｏｌ．４，Ｎｏ．６，１９８５，ｐ．１４９５−１５０１
　
（乙第９号証）
Ｈｏｒｓｔ　Ｈｉｌｍｅｒｔ，ｅｔ．ａｌ．，“Ａ　ｒａｐｉｄ　ａｎｄ　ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｍｅｔｈｏｄ　ｔｏ　ｅｎｒｉｃｈ　ＳＡＦ−ｐｒｏｔｅｉｎ　ｆｒｏｍ　ｓｃｒａｐｉｅ　ｂｒａｉｎｓ　ｏｆ　ｈａｍｓｔｅｒｓ”，Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ　Ｒｅｐｏｒｔｓ，Ｖｏｌ．４，１９８４，ｐ．１６５−１７０
　
（乙第１０号証）
Ｐｌａｔａｎｕｓ，ｖｏｌ．８，総合分析実験センターニュース，２００５年９月１日発行，山梨大学　総合分析実験センター，ｐ．１−８
　
第５　証拠の記載事項
　甲第１７ないし１９号証は判決であるため記載事項は省略する。
　
（甲第１号証の記載事項の甲第１号証−１による訳文）
　甲第１号証は本件出願前の１９９７年５月に頒布されたものであって，
　「スクレピー感染マウス由来粗組織抽出物におけるＰｒＰＳｃの検出のための高感度酵素結合免疫吸着アッセイ」と題し
（１ａ）「脳組織を８％ズィッタージェント３−１２及び０．５％サーコシル中でホモジナイズした。このホモジネートを，コラーゲナーゼ及びＤＮアーゼＩで処理し，次にプロテイナーゼＫ消化に供した。ＰｒＰＳｃを含む沈殿物を，超遠心処理によって得た。」（第２０５頁　Ａｂｓｔｒａｃｔ欄２〜４行）
（１ｂ）「２．２．　脳及び脾臓組織からのＰｒＰＳｃの抽出
　４つの異なる抽出方法によって試料を調整した（図１）。これらはすべて，他に最初に記載された方法である（Ｇｒａｔｈｗｏｈｌ　ｅｔ　ａｌ．，１９９６），本研究の方法２の改変版である。４つの全ての方法は，組織試料を，まず鋏で細切れにした後，コラゲナーゼ，ＤＮアーゼＩ及びプロティナーゼＫで消化すること，及び試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去する目的で，均質化を非イオン性界面活性剤の存在下で行うことにおいて共通する。具体的には，方法１，２及び３においては，均質化緩衝液に４％（ｗｔ．／ｖｏｌ）トリトンＸ−１００を添加し，方法４においては均質化の間のトリトンＸ−１００の代わりに８％（ｗｔ．／ｖｏｌ）ズィッタージェント３−１２を用いた。ズィッタージェント３−１２は，方法３においても，望ましくない物質の更なる除去の目的のために，４０，０００ｒ．ｐ．ｍ．（ＴＬＡ　１００．３ローター及びオプティマＴＬＸ　デスクトップ型超遠心機，ベックマン）での遠心分離によって得られたペレットの付加的な洗浄工程として，使用された。方法２においては，ＰｒＰＳｃは，６．２５％（ｗｔ．／ｖｏｌ）サーコシルを用いて，ｐＨ９．２で抽出した。このｐＨ値は以前記載されたよりも高いｐＨであり，ここではＰｒＰＳｃの溶解性を高めるために用いられた。サーコシルの抽出後，再びＰｒＰＳｃの溶解性を低減するために，１０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）塩酸を用いてｐＨを中性に戻し，その後，１２％（ｗｔ．／ｖｏｌ）塩化ナトリウムでＰｒＰＳｃの塩析を行い，最終の５５，０００ｒ．ｐ．ｍ．での遠心分離工程によって，ＰｒＰＳｃをより濃縮された形態で含むペレットを生じた。サーコシル抽出及び塩化ナトリウムでのＰｒＰＳｃの塩析は，調製手順を簡略化するために方法１，３及び４においては試験的に省略した。」（第２０６頁右欄下から８行〜第２０８頁左欄４行）
（１ｃ）
「
」第２０７頁Ｆｉｇ．１
（１ｄ）「２．４．　ＥＬＩＳＡ法
　マイクロタイタープレートへの適切な吸着条件を調べるため，脳組織及び脾臓組織抽出物（５％ＳＤＳ中で煮沸したもの）を，１０倍容量以上の氷冷メタノール中で沈殿させた。この組織抽出物は，典型的には，１０〜４０ｍｇの原組織に相当した。遠心分離処理の後，ペレットを１００μｌの異なる濃度（１〜５Ｍ）のグアニジンチオシアネート（ＧｄｎＳＣＮ）のＰＢＳ（最終ｐＨ≦５）溶液中で超音波処理によって溶解させた。もう一つの方法として，ペレットは１００μｌの異なる濃度（０．１〜４％（ｖｏｌ／ｖｏｌ））のＳＤＳのＰＢＳ溶液（最終ｐＨ≦５）中で溶解させた。それぞれの調製物を，９６穴丸底Ｍａｘｉｓｏｒｐ　ｉｍｍｕｎｏｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）上に分注し，室温（ｒ．ｔ．）で一晩，振揺下でインキュベートした。プレートをＰＢＳで３回洗浄した後，ＰＢＳ−５％脱脂乳中で１時間，３７℃でブロッキングした。その後，プレートを０．０５％トゥイーン２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）で３回洗浄した。ウサギ抗血清Ｂ−１０３（ホリウチ他，１９９５）を，３３％硫酸アンモニウムでの沈殿処理後に，ＰＢＳでもとの容量に戻し，ＰＢＳＴ−０．５％脱脂乳で１：２０００に希釈し，１００μｌずつウエルに分注した；プレートを室温で１時間，振揺下でインキュベートした。プレートをＰＢＳＴで３回洗浄した後，抗原抗体複合体を，次に述べるようにして，アビジン−ビオチン−複合体（ＡＢＣ）法（Ｖｅｃｔａｓｔａｉｎ　Ｅｌｉｔｅ　ＡＢＣ　Ｋｉｔ，ベクターラボラトリーズ社）により可視化した：ビオチン化した抗ウサギＩｇＧをＰＢＳＴ−０．５％脱脂乳で１：１５００に希釈し，１００μｌを加えて，ウエルを室温で１時間，振揺機上でインキュベートした。ＰＢＳＴで４回洗浄し，ＰＢＳで１回洗浄した後，キットの成分Ａ及びＢをそれぞれ１：２００の希釈率でＰＢＳに加え，ウエル中に分注した。インキュベーションと洗浄を，ビオチン化された抗体に関して行った。１００μｌの基質溶液（１００μｇ／ｍｌの２，２’−アジノ−ビス（３−エチル−ベンズチアゾリン−６−スルホネート；ＡＢＴＳ）及び０．０５Ｍクエン酸−リン酸緩衝液中の０．０４％過酸化水素，ｐＨ４．０）とともに，室温で１時間，暗中でインキュベーションを行った後，マイクロプレートリーダー（モデル２２５０，バイオ−ラッド　ラボラトリーズ社）により波長４０５ナノメートルでの発色を確認した。
　ＡＢＣ法に基づく方法に代えて，ホースラディッシュペルオキシダーゼ複合ロバ抗ウサギＩｇＧ（アマシャム社）１００μｌをＰＢＳＴ−０．５％脱脂乳中で１：８００の希釈で用いてウエルをインキュベートした。インキュベーションと洗浄は，ビオチン化された抗体についての条件にしたがって行った。カットオフ値は，非感染マウスの組織抽出物でコーティングした４〜８個の陰性のコントロールのウエルの平均光学密度（ＯＤ）に標準偏差の３倍を加算した値として定義した。」（第２０８頁左欄８行〜右欄１９行）
　
（甲第２号証の記載事項）
　甲第２号証は，１９９６年１０月２３日〜２５日に静岡市民文化会館で開催された第４４回日本ウイルス学会総会のアブストラクトであり，平成２３年５月３１日付けで請求人が提出した上申書に添付された，同アブストラクトの第３頁に「事前登録　・・・９月２０日（金）までにお申込下さい。１０月上旬に参加章のネームカードを送付致します。」と記載されていることから，上記開催期間の前に頒布されたものであることは明らかであり，本件出願前に頒布された刊行物であって
（２ａ）「ＰｒＰＳｃ高感度検出法の開発：ＥＬＩＳＡ法の検討
　○Ｇｒａｔｈｗｏｈｌ，Ｋａｉ−Ｕｗｅ　Ｄ．，堀内基広，石黒直隆，品川森一（帯広畜産大，獣医公衆衛生）
目的と意義
材料と方法
結果と考察
　
（甲第３号証の記載事項）
　甲第３号証は，本件出願前の１９９６年に頒布されたものであって
（３ａ）「この蛋白は当初はスクレイピー病原体の構成蛋白として発見されたためプリオン蛋白（ｐｒｉｏｎ　ｐｒｏｔｅｉｎ，ＰｒＰ）と名付けられたが，正常な細胞の構成蛋白としても存在するため，病原体を構成するものをｓｃｒａｐｉｅ　ＰｒＰ（ＰｒＰＳｃ），正常なものをｃｅｌｌｕｌａｒＰｒＰ（ＰｒＰｃ）と区別している。プリオンはＰｒＰｃが構造変化してＰｒＰＳｃとなり，物理化学的抵抗性の高いアミロイドとして凝集したものである。」（第２頁左欄下から８〜１行）
（３ｂ）「ＰｒＰｃとＰｒＰＳｃは一次構造は同じであり，何らかの修飾など検出されていない。しかし高次構造の違いとして，前者はβシート構造が３％程度であるが，後者は４０％以上と高いことが判っている。」（第６頁左欄下から１０〜６行）
（３ｃ）「我々の研究室で実施しているウエスタンブロットあるいはＥＬＩＳＡ用の試料調製法（Ｆｉｇ．８）（３２）では，界面活性剤抽出及び蛋白分解酵素処理の段階にＰｒＰｃが除去される。発症した動物の脳であれば，数μｇ相当の組織からＰｒＰＳｃが検出される。」（第８頁右欄下から１行〜第９頁左欄４行）
（３ｄ）「
１．被検脳組織→細寸，秤量
　　　　　　　　　　↓
２．８％Zwittergent3-12＆0.5％Sarkosyl，ＰＢＳ
　　コラゲナーゼ（0.5mg/100mg組織重量）
　　DNase（40μg/100mg組織重量）
　　一様に分散するまで３７℃放置
　　　　　↓
３．ProteinaseK（50μg/100mg組織重量）
　　37℃，１時間
　　　　　↓
４．15,000回転
　　　　　↓
５．沈殿に５％SDSを加え100℃５分加熱
　　　　　↓
６．８倍量のメタノールで沈殿
　　　　　↓
７．SDSサンプルバッファーに溶解（ウエスタンブロット用）
　　３Mチオシアン酸グアニジンに溶解（ELISA用）
　
Ｆｉｇ．８．　ウエスタンブロット及びＥＬＩＳＡ用試料調製法。脾臓，リンパ節等は“ステップ４”の遠心を４０，０００回転とし，沈殿を６．２５％Ｓａｒｋｏｓｙｌに溶解，１５，０００回転の上清に固形ＮａＣｌを１０％に加え４℃で放置，５５，０００回転の沈殿から“ステップ５”に戻る。」（第９頁左欄Ｆｉｇ．８．）
　
（甲第４号証の記載事項）
　甲第４号証は，本件出願後にインターネットで利用可能となったものであって，遠心分離処理の遠心力を回転数から換算するツールが提供されている。
　
（甲第５号証の記載事項）
　甲第５号証は，本件出願前の１９８９年８月１５日に頒布されたものであって
（５ａ）「ちょうえんしんぶんり　超遠心分離・・・更に遠心分離機の回転数を特に高くし毎分数万回とすると，遠心力の加速度は重力加速度の数十万倍に達し，タンパク質分子のような比較的小さいコロイド粒子も容易に沈降を起こし分離することができる。このような方法を超遠心分離という。」（第９４４頁右欄下から８行〜第９４５頁左欄５行）
　
（甲第６号証の記載事項）
　甲第６号証は，本件出願前の昭和６０年３月５日の頒布されたものであって
（６ａ）「ちょうえんしんぶんり　超遠心分離・・・高速で回転する超遠心機（毎分数万回転，遠心加速度は重力加速度の数十万倍）」（第８９５頁右欄５〜７行）
　
（甲第７号証の記載事項）
　甲第７号証は，本件出願前の１９９６年３月３１日の頒布されたものであって
（７ａ）「超遠心[分離]・・・極めて大きな遠心力場で高分子種を分離する方法で，超高速で回転する遠心機を用いて行われる。回転数は毎分数万回転以上で，遠心加速度は重力加速度（ｇ）の数十万倍にも達する。」（第１１２９頁左欄下から３行〜中欄３行  ）
　
（甲第８号証の記載事項）
　甲第８号証は，本件出願前の１９９６年４月２５日に頒布されたものであって
（８ａ）「超遠心・・・ローター（回転子）を６５，０００〜１００，０００回転／分もの高速で回転させ，重力加速度の４２０，０００倍にも及ぶ力をつくり出すことのできる遠心法。ローターの摩擦抵抗を減らすため，ローター室を減圧するなど設計に工夫を加え，力学的に可能な最大の遠心力の加速度（６００，０００×ｇ）が得られる。」（第２４８頁左欄９〜１６行）
　
（甲第９号証の記載事項）
　甲第９号証は，本件出願前の１９９５年６月３０日に頒布されたものであって
（９ａ）「超遠心法・・・高い遠心力により巨大分子混合物の分離方法」（第４２９頁右欄１３〜１６行）
　
（甲第１０号証の記載事項）
　甲第１０号証は，本件出願前の平成６年２月２０日に頒布されたものであって
（１０ａ）「超遠心法　高い遠心力による巨大分子混合物の分離方法」（第３３頁番号２６０５欄）
　
（甲第１１号証の記載事項）
　本件出願後の平成１７年３月１日発行のものであって，新規性喪失の例外規定の適用対象を拡大した法律改正の必要性について記載されている。
　
（甲第１２号証の記載事項）
　甲第１２号証は，本件出願前の昭和６０年３月５日に頒布されたものであって
（１２ａ）「せんじょう　洗浄・・・固体の表面に付着したよごれや好ましくない物質を，液体により取り除くこと。」（第７７２頁左欄３２〜３３行）
　
（甲第１３号証の記載事項）
　甲第１３号証は，本件出願前の１９８９年８月１５日に頒布されたものであって
（１３ａ）「せんじょうこうか　洗浄効果・・・限られた量の洗液で沈殿を洗うとき，沈殿がどれほど清浄なったかを示す尺度。」（第４５４頁右欄３〜６行）
　
（甲第１４号証の記載事項の甲第１４号証−１による訳文）
　甲第１４号証は，本件出願前の１９９５年に頒布されたものであって
（１４ａ）「精製画分を１％〜２％ＳＤＳの存在下で２分間沸騰させることにより，感染性が消失し，ロッドも消えた（表２）。」（第３５２頁左欄１〜３行）
（１４ｂ）「表２　十分精製された画分における未変性及び変性プリオン，ＰｒＰ，ロッド」（第３５５頁左欄表２のタイトル）
（１４ｃ）「変性はサンプルを１％〜１％ＳＤＳ中で２分間沸騰させることによって起こさせた。」（第３５５頁左欄表２下の注）
　
（甲第１５号証の記載事項の甲第１５号証−１による訳文）
　甲第１５号証は，本件出願前の１９９５年に頒布されたものであって
（１５ａ）「図１　モノクローナル抗体（ＭＡｂｓ）及び抗血清の反応性。ヘパリンアフィニティクロマトグラフィによって調製したＰｒＰｃ富化した画分（ウシ，ヒツジ及びマウス）をＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供し，ニトロセルロース膜に転写した。免疫染色に用いたモノクローナル抗体又は抗血清を各パネルの下に示す。」（第２５８４頁Ｆｉｇ．１）
（１５ｂ）「免疫源として用いられた４つの合成ペプチドは以下のものである。：Ｂ−１０３，子牛ＰｒＰコドン１０３−１２１に対応する，　ＮＨ２ＱＧＧＴＨＧＯＷＮＫＰＳＫＰＫＹＴＮＭＫ−ＣＯＯＨ」（第２５８３頁右欄下から１１〜８行、当審による訳文）
　
（甲第１６号証の記載事項の甲第１６号証−１による訳文）
　甲第１６号証は，本件出願前の１９８７年に頒布されたものであって
（１６ａ）「ＥＬＩＳＡ。　ＥＬＩＳＡ用の抗原は異なる３通りの方法で調整した。上記のとおりに得た精製されたＳＡＦを１μｇ／ｍｌの濃度で未処理で使用した。抗原は，また，１％ＳＤＳ中で３７℃で可溶化し，リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で１μｇ／ｍｌに希釈した後で使用した（０．００１％ＳＤＳ）。抗原は，さらに，上記のとおりにギ酸で抽出し，ＰＢＳで１μｇ／ｍｌに希釈した後に使用した。」（第３６８９頁左欄４１〜４８行）
（１６ｂ）「ＥＬＩＳＡにおいて，ギ酸処理されたＰｒＰｓは，ＳＤＳ処理された抗原よりも３〜４倍反応性が高く，処理されていないＳＡＦよりも１０倍反応性が高かった。これらの処理は，蛋白質を抗体と反応しやすくするようであり，これはおそらく，効率的に蛋白質を巻き戻して抗原性部位を露呈させることによるものである。」（第３６９１頁右欄下から９〜４行）
　
（甲第２０号証の記載事項の甲第２０号証−１による訳文）
　甲第２０号証は，本件出願前の１９８７年に頒布されたものであって
　乙第３号証で引用された文献であり
（２０ａ）「ハムスタースクレピー蛋白質（ＨａＳｐ３３−３７）及びスクレーピー因子の精製
・・・ＲＮアーゼＡ・・・及びＤＮアーゼＩ・・・中で１２〜１５時間，４℃でインキュベートした。・・・」（第５８０頁右欄下から１５行〜第５８１頁左欄１７行）
（２０ｂ）「図３　ＨａＳｐ３３−３７のプロテアーゼ分解」（第５８３頁右欄下から１４行）
　
（乙第１号証の記載事項）
　乙第１号証は，本件出願前の１９９５年５月１０日に頒布されたものであって
（１ａ）「超遠心・・・高速回転（毎分３万回転程度以上），つまり大きな遠心加速度の下での遠心。・・・
超遠心機・・・毎分３万回転程度以上で回転する遠心機。・・・
超遠心分離・・・超遠心で溶液の成分を分離すること」（第８５８頁左欄２６〜５６行）
　
（乙第２号証の記載事項）
　乙第２号証は，本件出願前の昭和５９年３月３０日に頒布されたものであって
（２ａ）「遠心分離法の最もっとも簡単なものは，固体試料と液体試料の分離である。この目的に使うのが低速遠心器で・・・普通は，最高２００００ｒｐｍまでで」（第１５８頁下から１２〜１０行
（２ｂ）「密度勾配を利用した分離法など，高度な技術のために用いられるのが高速用遠心器であり，６００００ｒｐｍ（チタニウム製ローターを使う新型では８００００ｒｐｍまで可能）までの回転数が得られる。」（第１５９頁１５〜１７行）
　
（乙第３号証の記載事項の翻訳）
　甲第３号証は，本件出願前の１９９１年に頒布されたものであって
（３ａ）「Ｐｒｐ−ｒｅｓ２７−３０の精製・・・Ｐｒｐ−ｒｅｓ２７−３０は，・・・全ての溶液中の硫化ベタイン３−１４（Ｚｗｉｔｅｒｇｅｎｔ３−１４，カルビオケム）をサーコシル（Ｎラウロイルサルコシン）に代えて使用した点を除いては，Ｂｏｌｔｏｎ　ｅｔ　ａｌの手法（１９８７）によって精製された。・・・プロテアーゼＫを・・・加え・・・」（第７６７３頁３９〜６１行）
（３ｂ）リファレンスの欄
「Ｂｏｌｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，Ｂｅｎｄｈｅｉｍ，Ｐ．Ｅ．，Ｍａｒｍｏｓｔｅｉｎ，Ａ．Ｄ．，＆Ｐｏｔｅｍｐｓｋａ，Ａ．（１９８７）Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２５８，５７９−５９０」（第７６７８頁下から７〜６行）
　
（乙第４号証の記載事項）
　乙第４号証は，本件出願前の１９７４年に頒布されたものであって
　特許法等改正に関する上申書であり，同一発明に該当するケースしか保護が与えられないのでは制度が十分にいかされないので，特許法第３０条第１項の改正が望ましいことが記載されている。
　
（乙第５号証の記載事項）
　乙第５号証は，本件出願前の１９９５年２月１５日に頒布されたものであって
（５ａ）「２）実験室安全対策
　ＢＳＥ病原体の実験室や解剖室での取り扱いはスクレイピーの場合と同様に行う。以下，実験室安全対策での主な留意点を列挙する。
　(1)患蓄や剖検後の動物は術後速やかに焼却する。
　(2)血液，体液，骨粉，悪露などの飛散に注意する。
・・・」（第２７６頁３〜２０行）
（５ｂ）「ＢＳＥ病原体の人への伝達の可能性についての調査が必要とされている。」（第２８０頁下から１３行）
　
（乙第６号証の記載事項）
　乙第６号証は，本件出願前の１９９４年８月に頒布されたものであって
（６ａ）「超遠心機は，生化学用機器の中では事故が起こるとたいへんな破壊力を示す可能性があるので十分注意して用いなくてはならない。」（第４６頁右欄１５〜１７行）
　
（乙第７号証の記載事項の当審による訳文）
　乙第７号証は，本件出願前の１９８６年に頒布されたものであって
（７ａ）「抗原の精製。　抗原の精製は，Ｄｉｒｉｎｇｅｒとその仲間の方法に従って，小さな改変で行われた(6,9)。実験的にスクレーピーに感染させたマウスまたは自然に感染したヒツジのプールされた脳（５ｇ）は，１０％サーコシル緩衝液（１０ｍＭＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ７．４）中の１０％サーコシル（Ｎ−ラウロイルサルコシン酸ナトリウム））４５ｍｌ中で，Ｄｏｕｎｃｅ型ホモジナイザーで均質化された。以下の工程は，特に言及しない限り，室温で行われた。ｎ−オクタノールを数滴滴下し３０分間インキュベートした後，均質化物は，３０分間２２，０００×ｇで遠心分離された。上清は同じ条件で再度遠心分離された。得られた上清（Ｓ１）は，２時間２１５，０００×ｇで遠心分離された。上清（Ｓ２）は除去され，ペレット（Ｐ１）は，５０ｍｌの１％サーコシル緩衝液（１％サーコシル，１０ｍＭＮａＨ２ＰＯ４，１０％ＮａＣｌ）に懸濁され，２時間２１５，０００×ｇで遠心分離された。上清（Ｓ３）は除去され，ペレット（Ｐ２）は，１ｍｌの１％サーコシル緩衝液に超音波で懸濁された。Ｐ２の懸濁液は，３０５，０００×ｇで１時間遠心分離された。上清（Ｓ４）は除去された。ペレット（Ｐ３）は，２５μｇのプロテナーゼＫを含有した１ｍｌの１％サーコシル緩衝液に，超音波なしで懸濁され，Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆプラスチック容器に移され，１時間３７℃で撹拌された１５分間１６，０００ｒｐｍで遠心分離した後，ペレットは１％サーコシル緩衝液で，遠心分離で洗浄され，１％サーコシル緩衝液（出発物質としての脳５ｇに対して１ｍｌ）中に懸濁され，精製画分（Ｐ４）として使用された。」（第１２４頁２５行〜第１２５頁２行）
（７ｂ）リファレンスの欄に，乙第９号証である，
「９）Ｈｉｌｍｅｒｔ，Ｈ．，ａｎｄ　Ｄｉｒｉｎｇｅｒ，Ｈ．１９８４，・・・Ｂｉｏｓｃｉ．Ｒｅｐ．４：１６５−１７０」と記載されている。
　
（乙第８号証の記載事項）
　乙第８号証は，本件出願前の１９８５年に頒布されたものであって
（８ａ）「スキーム１．１０匹のスクレーピーハムスターの脳からＰＥ（感染物質）の調製スキーム。このテキストで得られるＨＣＯＯＨの最終抽出物は，感染性ＳＡＦ−タンパク質を産出する。」と記載され，スキーム中で，Ｐ２２，Ｐ２１５，Ｐ１２５Ｓ，Ｐ１を得る工程では界面活性剤を用い，Ｐ１に対してプロテナーゼＫを用いてＰ２を得ることが示されている。（第１４９５頁Ｓｃｈｅｍｅ１．）
（８ａ）「スクレーピー−関連線維状蛋白質（ＳＡＦ−タンパク質）」（第１４９５頁左欄９行）
　
（乙第９号証の記載事項）
　乙第６号証は，本件出願前の１９８４年に頒布されたものであって
　乙第７号証で引用された文献９であり
（９ａ）「ペレットＰ２１５とＰ１２５Ｓを得るために酵素は全く使用しない。」（第１６６頁９〜１０行）
（９ｂ）「ペレットは，最後に，５μｇのプロテナーゼＫを含有した緩衝液を用いて２時間３７℃で更に撹拌される。遠心分離と上清の除去後，ペレットＰ（Ｅ）は，精製されたＳＡＦ−タンパク質を含有する。」（第１６６頁１９〜２２行）
（９ｃ）「スクレーピー−関連線維（ＳＡＦ）」（第１６５頁８行）
　
（乙第１０号証の記載事項）
　本件出願後の２００５年９月１日の頒布されたものであって
（１０ａ）「高真空を利用して稼働する装置に，超遠心機があります。超遠心機は，生体分子の分離精製の目的に用いられますが，超遠心とはどれくらいからの回転数を指すのでしょうか？だいたい３０，０００ｒｐｍと，本には記載されています。高速遠心機と超遠心機の違いの一つに，真空機構が備わっているか否か，があります。高速遠心では回転数が上昇すると，空気の摩擦で大きな熱と音が発生します（高速遠心機の回転数上限はおよそ２０，０００ｒｐｍ）。一方，回転数が段違いに大きいにも関わらず，超遠心機の回転はとても静かです。これはチャンバーが真空のためです。超遠心機では，ローターと呼ばれる主にチタン製やアルミ製の金属塊が超高速度でチャンバー内を回転します。超遠心と呼ばれる回転を行うには周囲の空気が抵抗となりますので，真空状態を作る必要があります。」（第７頁左欄９〜２５行）
　
第６　当審の判断
１　無効理由３及び５（明細書の記載要件）について
（１）請求項１に記載された「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」について
　ア　実施可能要件
　本件特許発明は，「超遠心分離処理を除く遠心分離」により「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物」が得られることから，この蛋白質が沈降する遠心力であれば足りる。そして，本件明細書に「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」の具体的な回転数として，１５，０００ｒｐｍが記載されているから，この回転数を参考として，上記蛋白質が沈降する遠心分離処理条件を実験で調べることに通常想定される以上の過度の試行錯誤が必要とすることはできないから，当業者が実施しうる程度に本件明細書は記載されているといえ，本件明細書の発明の詳細な説明の記載は，特許法第３６条第４項に規定した要件を満たしている。
　
　イ　サポート要件
　「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物」が得られる遠心力として，具体的な回転数１５，０００ｒｐｍが記載されているから，この回転数を参考として，上記濃縮物が得られる遠心力を決定することに，通常想定される以上の過度の試行錯誤が必要とすることはできないから，「超遠心分離処理を除く遠心分離」を含む本件特許発明は，本件明細書に記載されたものといえ，本件特許明細書の特許請求の範囲の記載は，特許法第３６条第６項第１号に規定した要件を満たしている。
　
　ウ　明確性
　甲第５〜１０号証，乙第１，２号証に記載されるように「超遠心分離」という技術概念は本件出願前に広く知られたものである。また，「遠心分離」という技術概念も遠心機を使って試料に対して遠心力をかけて試料を構成する成分を分離する方法として，本件出願前に広く知られていたことであり，「超遠心分離処理を除く遠心分離」は，技術概念として明確でないとすることはできないから，本件特許明細書の特許請求の範囲の記載は，特許法第３６条第６項第２号に規定した要件を満たしている。
　
（２）請求項１に記載された「プロテアーゼを用いて分解処理すること」についてのサポート要件
　本件明細書【０１０７】に，酵素として，ブロメリンを用いると使用すると酵素が１種類となることが記載され，【０１５５】〜【０１１７】，【図３】に方法６〜方法８として，ブロメリンを用いて濃縮物を得ることが記載されており，「ブロメリン」（「ブロメライン」と同義である。）はプロテアーゼの一種である。
　そして，ブロメリン以外の公知のプロテアーゼについても１種類で分解処理ができるか調べることに，通常想定される以上の過度の試行錯誤が必要とすることはできないから，「プロテアーゼを用いて分解処理すること」を含む本件特許発明は，本件明細書に記載されたものといえ，本件特許明細書の特許請求の範囲の記載は，特許法第３６条第６項第１号に規定した要件を満たしている。
　
（３）請求項２ないし４について
　請求項２は，請求項１の中枢神経系組織を「脳組織」と限定するものであり，請求項３は，分解処理が「さらにコラーゲン分解酵素及びＤＮＡ分解酵素による分解処理を含む」ことを限定するものであり，請求項４は，プロテアーゼが「プロテイナーゼＫ」であることを限定するものであるから，上記（１）及び（２）に記載したとおり，請求項１が特許法第３６条第４項，第６項第１号，及び２号規定した要件を満たしていることから，同様の理由で，いずれの規定も満たしている。
　
２　無効理由１，２及び４（新規性，進歩性）について
（１）本件特許発明
　上記「第２」の項において述べたように，本件の平成２２年１２月２４日付け訂正請求が認められることとなるので，本件明細書の請求項１ないし４に係る発明（以下，それぞれ「本件特許発明１」ないし「本件特許発明４」という。）は，以下のとおりのものと認める。
　
「【請求項１】
  動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化することと，
  前記可溶化された非特異的物質をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出することと
  を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法。
【請求項２】
  前記中枢神経系組織を脳組織とする，請求項１に記載の病原性プリオン蛋白質の検出方法。
【請求項３】
  前記分解処理が，さらにコラーゲン分解酵素及びＤＮＡ分解酵素による分解処理を含む，請求項１又は２に記載の病原性プリオン蛋白質の検出方法。
【請求項４】
  前記プロテアーゼが，プロテイナーゼＫである，請求項１から３のいずれか１項に記載の病原性プリオン蛋白質の検出方法。」
　
（２）甲第１号証について，特許法第３０条第１項の規定の適用が認められるか否かについて
　ア　平成１１年改正前の特許法第３０条第１項の解釈
　本件出願に適用される平成１１年改正前の特許法第３０条第１項は，特許を受ける権利を有するものが刊行物に発表して同第２９条第１項第３号に該当するに至った発明は，同第２９条第１項第３号に該当するに至らなかったものとみなすことが規定されているが，同第２９条第２項の規定の適用については何ら規定されていない。
　そして，本来先願主義である特許制度においては，刊行物等に発表する前に出願すべきであるところを，同条の新規性喪失の例外規定は，発表された発明について，全て新規性を失うとすると酷であるという趣旨から例外を設けたものであり（甲第１１号証参照。），現行法に比べて厳しすぎるという心情は理解できるが，同第２９条第１項第３号についてのみ例外とした平成１１年改正前の規定を，同第２９条第２項についてまで広げて解釈する理由はない。
　したがって，この適用を受けるためには，この法律で定めた特許法第２９条第１項第３号に該当する，つまり，発表した発明と特許出願をした発明は同一である場合に限られるとするのが相当である。
　また，平成１１年改正前特許法第３０条第１項に「その者が特許出願をしたときは，その発明」とある「発明」は，出願当初の請求項に記載された発明に対して補正が行われれば，補正された請求項に記載された発明となるから，これと同一であることが求められる。
　
　イ　本件特許発明と特許法第３０条の適用を申請した刊行物である甲第１号証に記載された発明の同一性について
　本件特許発明は，「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」を行うものであるところ，特許法第３０条の適用を申請した甲第１号証に記載された遠心分離処理は，４０，０００ｒｐｍである。そして，４０，０００ｒｐｍの遠心分離処理は，甲第５〜８号証，乙第１，２号証に記載される，超遠心分離処理が毎分数万回転程度の回転数であるという技術常識からみて，「超遠心分離処理を除く遠心分離」に相当するとはいえないから，本件特許発明１ないし４と甲第１号証が同一であるとすることはできない。
　
　ウ　まとめ
　したがって，本件特許発明に，特許法第３０条第１項の適用がなされるべきであるとすることはできない。
　
（３）甲第1号証ないし甲第３号証に記載された発明
　上記「第５」に記載した甲第１ないし３号証の記載事項からみて，甲第１ないし３号証には，それぞれ以下の発明が記載されていると認められる。
　
（甲第１号証に記載された発明）
「脳及び脾臓組織試料を鋏で細切れにした後，均質化緩衝液に４％トリトンＸ−１００と０．５％サーコシルを添加して均質化し，コラゲナーゼ，ＤＮアーゼＩ及びプロテイナーゼＫで消化し，試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去するために４０，０００ｒｐｍ（ＴＬＡ　１００．３ローター及びオプティマＴＬＸ　デスクトップ型超遠心機，ベックマン）での遠心分離処理し，得られたペレットを５％ＳＤＳ中で煮沸し，１０倍容量以上の氷冷メタノール中で沈殿させ遠心分離処理の後，得られたペレットをグアニジンチオシアネートのＰＢＳ溶液中で超音波処理によって溶解させるか，またはＳＤＳのＰＢＳ溶液中で溶解させ，それぞれの調製物を，９６穴丸底マイクロタイタープレート上に分注し，室温で一晩振揺下でインキュベートし，プレートを３回洗浄した後，ＰＢＳ−５％脱脂乳中で１時間３７℃でブロッキングし，その後，プレートを０．０５％トゥイーン２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）で３回洗浄し，ウサギ抗血清Ｂ−１０３をウエルに分注し，プレートを室温で１時間振揺下でインキュベートし，プレートをＰＢＳＴで３回洗浄した後，抗原抗体複合体をアビジン−ビオチン−複合体法で調べるＥＬＩＳＡ法によるＰｒＰＳｃの高感度検出方法」（以下，「甲１発明」という。）
　
（甲第２号証に記載された発明）
「スクレイピー感染マウスの脳または脾臓をＴｒｉｔｏｎＸ−１００あるいはＺｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２と，０．５％Ｓａｒｃｏｓｙｌ存在下でホモゲナイズし，ｃｏｌｌａｇｅｎａｓｅ処理およびプロテイナーゼＫ処理を行った後，６９，０００ｘｇで２０ｍｉｎ遠心し，生じた沈殿物を５％ＳＤＳにより溶解し，１０倍量のメタノールにより沈殿させ，沈殿物をチオシアン酸グアニジンあるいはＳＤＳで溶解し，マイクロプレートへ吸着させ，一次抗体としてＢ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清を用い，Ａｖｉｄｉｎ−ｂｉｏｔｉｎ−ｃｏｍｐｌｅｘ法により抗原抗体複合物を検出する，ＥＬＩＳＡ法によるＰｒＰＳｃの高感度検出方法」（以下，「甲２発明」という。）
　
（甲第３号証に記載された発明）
「脳組織を，Ｚｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２とサーコシル，ＰＢＳ，コラゲナーゼ，ＤＮアーゼ中で一様に分散させ，プロテイナーゼＫで処理し，１５，０００回転で遠心分離し，沈殿に５％ＳＤＳを加え沸騰させ，メタノールで沈殿させ，チオシアン酸グアニジンに溶解し，ＥＬＩＳＡ法でＰｒＰｓｃを検出する方法」（以下，「甲３発明」という。）
　
（４）本件特許発明１ないし４と，甲２発明の対比と判断
　ア　本件特許発明１について
　本件特許発明１と甲２発明とを比較する。
　（ア）甲２発明の「スクレイピー感染マウスの脳」，「ＥＬＩＳＡ法」は，本件出願前の技術常識からみて，本件特許発明１の「動物の中枢神経系組織」，「酵素免疫吸着測定法」にそれぞれ相当する。
　（イ）甲２発明の「ＰｒＰＳｃ」は，甲第３号証の「病原体を構成するものをｓｃｒａｐｉｅ　ＰｒＰ（ＰｒＰＳｃ），正常なものをｃｅｌｌｕｌａｒＰｒＰ（ＰｒＰｃ）」（上記(3a)）との記載を参酌すると，本件特許発明１の「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質」及び「病原性プリオン蛋白質」に相当する。
　（ウ）甲２発明の「ＴｒｉｔｏｎＸ−１００」および「Ｓａｒｃｏｓｙｌ」は，それぞれ本件特許発明１の「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）」及び「サーコシル（商標）」に相当し，甲２発明は，脳を「ＴｒｉｔｏｎＸ−１００」と「Ｓａｒｃｏｓｙｌ」の「存在下でホモゲナイズ」しているから，両者を同時に用いているといえる。そして，甲２発明の「ホモゲナイズ」は均質化を意味し，一方，本件明細書段落【００４０】には，界面活性剤を用いる第１の工程を「均一化工程」と記載していることから，本件特許発明１では，非特異的物質の可溶化に際して，中枢神経系組織は均質化さているといえる。
　そうすると，甲２発明の「スクレイピー感染マウスの脳または脾臓をＴｒｉｔｏｎＸ−１００あるいはＺｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２と，０．５％Ｓａｒｃｏｓｙｌ存在下でホモゲナイズ」することと，本件特許発明１の「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化すること」とは，ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織を均質化する点で共通する。そして，均質化により得られたものは，均質化物といえる。
　（エ）甲２発明の「プロテイナーゼＫ処理」は，「プロテイナーゼＫ」は，プロテアーゼの一種であり蛋白質を分解する酵素であるから，本件特許発明１の「プロテアーゼを用いて分解処理すること」に相当する。
　（オ）甲２発明の「６９，０００ｘｇで２０ｍｉｎ遠心」することと，本件特許発明１の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うこ」とは，遠心分離処理を行う点で共通する。
　そして，甲２発明の遠心により「生じた沈殿物」は，沈殿の溶解液に対して「Ｂ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清」を用いて「ＰｒＰＳｃの高感度検出」ができることから，ＰｒＰＳｃの沈殿といえ，本件特許発明１の「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物」に相当する。
　（カ）甲２発明の「生じた沈殿物を５％ＳＤＳにより溶解し，１０倍量のメタノールにより沈殿させ」ることは，上記訂正の可否「第２　２　（２）ア」に記載したように，本件出願前の技術常識からみて，沈殿物を変性処理しそれに伴いＳＤＳを除くためにメタノール沈殿で沈殿物とするものであり，この操作を「洗浄」ということはできないから，生じた沈殿物を洗浄することがないといえ，甲２発明の「生じた沈殿物を５％ＳＤＳにより溶解し，１０倍量のメタノールにより沈殿させ，沈殿物をチオシアン酸グアニジンあるいはＳＤＳで溶解」することは，本件特許発明１の「濃縮物を洗浄することなく溶解液」とすることに相当する。
　（キ）甲２発明の，沈殿物をＧｄｎＳＣＮまたはＳＤＳに溶解したものを「マイクロプレートへ吸着させ，一次抗体としてＢ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清を用い，Ａｖｉｄｉｎ−ｂｉｏｔｉｎ−ｃｏｍｐｌｅｘ法により抗原抗体複合物を検出する」ことは，ＥＬＩＳＡ法，つまり酵素吸着免疫測定法により検出する方法を具体的に記載したものであり，沈殿物を溶解したものを再沈殿させることがなくマイクロプレートへ吸着させることは，ＥＬＩＳＡ法の技術常識からみても明らかであることから，本件特許発明１の，溶解液を「再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出すること」に相当する。
　
　そうすると，両者の間には，以下の一致点及び相違点がある。
（一致点）
　動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織を均質化することと，
  前記均質化物をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出することと
　を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法である点。
　
（相違点１）
　トリトンＸ−１００及びサーコシルによる均質化及びその後のプロテアーゼ分解処理により分解される中枢神経系組織中の物質が，本件特許発明１では，「非特異的物質」であるのに対して，甲２発明では，非特異的物質であることを規定していない点。
　
（相違点２）
　遠心分離処理が，本件特許発明１では，「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」であるのに対して，甲２発明では，「６９，０００ｘｇで２０ｍｉｎ遠心」処理である点。
　
　そこで，上記各相違点について検討する。
（相違点１について）
　正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質は，アミノ酸の一次構造は同じである（上記甲第３号証の(3b)）。そして，甲２発明でＥＬＩＳＡ法に用いている「Ｂ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清」は，甲第１５号証（上記(15b)）に記載されるように，プリオン蛋白質の１０３−１２１のアミノ酸の一次構造を有するものを抗原として作成された抗体であるから，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質の両方に反応しうるものであり，正常プリオン蛋白質は，病原性プリオン蛋白質の検出においては非特異的物質になるといえる。そして，甲２発明の方法で，病原性プリオンの高感度検出ができることからみて，正常プリオン蛋白質は，トリトンＸ−１００及びサーコシルにより可溶化され，プロテイナーゼＫにより分解されて遠心分離により除去されていることは明らかといえる。
　さらに，甲２発明で用いる界面活性剤の種類は本件特許発明１で用いるものと同じであるから，甲２発明においても正常プリオン蛋白質は可溶化されているといえ，甲２発明で用いる，プロテイナーゼＫは，本件明細書で具体的に用いられているものであることから，甲２発明においても正常プリオン蛋白質は可溶化され分解されているといえる。
　そうすると，相違点１は実質的な相違点ではない。
　
（相違点２について）
　甲２発明の遠心分離条件は「６９，０００ｘｇ」と遠心力で示されているが，用いた遠心分離機が不明なため，これを直ちに回転数に換算することはできない。そこで，甲第２号証と同じ研究者による論文である甲第１号証で使用した遠心分離機「ＴＬＡ　１００．３ローター及びオプティマＴＬＸ　デスクトップ型超遠心機，ベックマン」を用いたとして換算すると，甲第４号証−２，甲第４号証−３によると，回転数は，３５，７１４〜４０，３１８ｒｐｍとなる。一方，本件特許発明１の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」がどの程度の回転数であるか明細書及び図面の記載（【図２】，【図３】等）を参酌すると，「第３の工程：分離工程」では，「１５，０００ｒｐｍ」となっているから，甲２発明の遠心分離の回転数を，１５，０００ｒｐｍ程度の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」とすることの容易想到性について検討する。
　甲２発明は，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質の両方と結合できる抗体であるＢ−１０３抗体を用い，高感度で病原性プリオン蛋白質を検出できることからみて，甲２発明の遠心分離は，界面活性剤及びプロテナーゼＫ処理により分解された正常プリオン蛋白質を除去するために行っているということができる。そして，通常，遠心分離の回転数等の条件として，目的とする物質の分離が達成できる範囲で，できるだけ簡便な条件を選択することは当業者が当然行うことといえる。
　そして，甲第３号証には，界面活性剤がZwittergent3-12及びサーコシルであるが，ＥＬＩＳＡ法に用いる試料調製法として，脳組織については，１５，０００回転で遠心分離処理して沈殿を得ることが記載され，さらに，脾臓，リンパ節等では，遠心を４０，０００回転とすることが記載されている（上記甲第３号証の(3d)）ことから，試料の種類に応じて，４０，０００回転，及び１５，０００回転という「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」を行うことも知られていたといえる。
　さらに，甲第２号証には，界面活性剤として，トリトンＸ−１００及びサーコシルの組合せだけでなく，甲第３号証に記載されたZwittergent3-12及びサーコシルの組合せ用い，甲２発明と同様に４０，０００ｒｐｍで分離することが記載されている。
　そうすると，甲２発明の脳組織について，トリトンＸ−１００及びサーコシルを用いる場合の遠心処理の条件であり，かつ甲第２号証にZwittergent3-12及びサーコシルを用いる場合の回転数でもあることが記載された４０，０００ｒｐｍを，甲第３号証の脳組織についてのZwittergent3-12及びサーコシルを用いた場合の回転数を参考にして，より簡便な１５，０００ｒｐｍ程度の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」とすることは当業者が容易になし得たものといえる。
　そして，本件特許発明１の効果は，甲第２，３号証の記載事項及び技術常識から予測し得たものであり，格別顕著なものとはいえいない。
　
　以上のとおり，本件特許発明１と甲２発明との間には，実質的な相違点２が存在するから，両者を同一とすることはできず，本件特許発明１は，甲第２号証に記載された発明であるから，特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないとすることはできない。
　また，本件特許発明１は，甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　イ　本件特許発明２について
　本件特許発明２は，本件特許発明１の中枢神経組織を「脳組織」と限定するものであるが，甲２発明は，脳または脾臓を試料として用いるものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明２と甲２発明との間には，実質的な相違点２が存在し，両者を同一とすることはできず，本件特許発明２は，甲第２号証に記載された発明であるから，特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないとすることはできない。
　また，本件特許発明２は，甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　ウ　本件特許発明３について
　本件特許発明３は，本件特許発明１または２について，分解処理が，さらに「コラーゲン分解酵素及びＤＮＡ分解酵素による分解処理を含む」と限定を付加するものである。
　上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明３と甲２発明との間には，実質的な相違点２が存在し，両者を同一とすることはできず，本件特許発明２は，甲第２号証に記載された発明であるから，特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないとすることはできない。
　上記付加された上記限定事項について検討すると，コラゲナーゼ及びＤＮＡ分解酵素処理を行うことについては，甲第３号証に記載されていることから，甲２発明においてコラゲナーゼ処理にＤＮＡ分解酵素処理も併用することに何ら困難性はない。そして，上記相違点２については，上記アで記載したとおりであり，本件特許発明３は，甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　エ　本件特許発明４について
　本件特許発明４は，本件特許発明１ないし３のについて，プロテアーゼが「プロテイナーゼＫ」であることを限定をするものであるが，甲２発明は，プロテイナーゼＫを用いるものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明４と甲２発明との間には，実質的な相違点２が存在し，両者を同一とすることはできず，本件特許発明２は，甲第２号証に記載された発明であるから，特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないとすることはできない。
　また，本件特許発明４は，甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　オ　まとめ
　したがって，本件特許発明１ないし４は，甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
（５）本件特許発明１ないし４と，甲１発明との対比と判断
　ア　本件特許発明１について
　本件発明１と甲１発明とを比較する。
　（ア）甲１発明の「スクレイピー感染マウスの脳」，「ＥＬＩＳＡ法」は，本件出願前の技術常識からみて，本件特許発明１の「動物の中枢神経系組織」，「酵素免疫吸着測定法」にそれぞれ相当する。
　（イ）甲１発明の「ＰｒＰＳｃ」は，甲第３号証の「病原体を構成するものをｓｃｒａｐｉｅ　ＰｒＰ（ＰｒＰＳｃ），正常なものをｃｅｌｌｕｌａｒＰｒＰ（ＰｒＰｃ）」（上記(3a)）との記載を参酌すると，本件特許発明１の「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質」及び「病原性プリオン蛋白質」に相当する。
　（ウ）甲１発明の「均質化緩衝液に４％トリトンＸ−１００と０．５％サーコシルを添加して均質化」することと，本件特許発明１の「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化すること」とは，本件明細書段落【００４０】には，界面活性剤を用いる第１の工程を「均一化工程」と記載していることから，本件特許発明１では，非特異的物質の可溶化に際して，中枢神経系組織は均質化さているといえ，ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織を均質化する点で共通する。そして，均質化により得られたものは，均質化物といえる。
　（エ）甲１発明の「プロテイナーゼＫで消化」することは，「プロテイナーゼＫ」はプロテアーゼの一種であり，「消化」は分解することであるから，本件特許発明１の「プロテアーゼを用いて分解処理すること」に相当する。
　（オ）甲１発明の「試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去するために４０，０００ｒｐｍ（ＴＬＡ　１００．３ローター及びオプティマＴＬＸ　デスクトップ型超遠心機，ベックマン）での遠心分離処理」することと，本件特許発明１の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うこ」とは，遠心分離処理を行う点で共通する。
　そして，甲１発明の遠心分離処理して「得られたペレット」は，ペレット溶解液に対して「ウサギ抗血清Ｂ−１０３」を用いてＥＬＩＳＡ法により「ＰｒＰＳｃの高感度検出」ができることから，ＰｒＰＳｃのペレットといえ，本件特許発明１の「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物」とは，病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物である点で共通する。
　（カ）甲１発明の「得られたペレットを５％ＳＤＳ中で煮沸し，１０倍容量以上の氷冷メタノール中で沈殿させ遠心分離処理」することは，ペレットをＳＤＳで変性処理しそれに伴いＳＤＳを除くためにメタノール沈殿でペレットとするものであり，上記訂正の可否「第２　２　（２）ア」に記載したように，本件出願前の技術常識からみて，ペレットを「洗浄」しているということはできないから，甲１発明の「得られたペレットを５％ＳＤＳ中で煮沸し，１０倍容量以上の氷冷メタノール中で沈殿させ遠心分離処理の後，得られたペレットをグアニジンチオシアネートのＰＢＳ溶液中で超音波処理によって溶解させるか，またはＳＤＳのＰＢＳ溶液中で溶解させ」ることは，本件特許発明１の「濃縮物を洗浄することなく溶解液」とすることに相当する。
　（キ）甲１発明の，「調製物を，９６穴丸底マイクロタイタープレート上に分注し，室温で一晩振揺下でインキュベートし，プレートを３回洗浄した後，ＰＢＳ−５％脱脂乳中で１時間３７℃でブロッキングし，その後，プレートを０．０５％トゥイーン２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）で３回洗浄し，ウサギ抗血清Ｂ−１０３をウエルに分注し，プレートを室温で１時間振揺下でインキュベートし，プレートをＰＢＳＴで３回洗浄した後，抗原抗体複合体をアビジン−ビオチン−複合体法で調べるＥＬＩＳＡ法」は，ＥＬＩＳＡ法，つまり酵素吸着免疫測定法により検出する方法を具体的に記載したものであり，ペレット溶解させたものをプレートに適用する際に再沈殿させることがないことは，ＥＬＩＳＡ法技の技術常識から明らかであることから，本件特許発明１の，溶解液を「再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出すること」に相当する。
　
　そうすると，両者の間には，以下の一致点及び相違点がある。
（一致点）
　動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織を均質化することと，
  前記均質化物をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出することと
　を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法である点。
　
（相違点１）
　トリトンＸ−１００及びサーコシルによる均質化及びその後のプロテアーゼ分解処理により分解される中枢神経系組織中の物質が，本件特許発明１では，「非特異的物質」であるのに対して，甲２発明では，非特異的物質であることを規定していない点。
　
（相違点２）
　遠心分離処理が，本件特許発明１では，「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」であるのに対して，甲１発明では，「試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去するために４０，０００ｒｐｍ（ＴＬＡ　１００．３ローター及びオプティマＴＬＸ　デスクトップ型超遠心機，ベックマン）での遠心分離処理」である点。
　
　そこで，上記各相違点について検討する。
（相違点１について）
　甲１発明は，遠心分離処理について，試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去するとされていることから，可溶性の非特異的物質は，トリトンＸ−１００とサーコシルを用いた均質化，及びコラゲナーゼ，ＤＮアーゼＩ及びプロテイナーゼＫによる消化により生じたものといえる。
　そして，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質は，アミノ酸の一次構造は同じであり（上記甲第３号証の(3b)），甲１発明でＥＬＩＳＡ法に用いている「Ｂ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清」は，甲第１５号証（上記(15b)）に記載されるように，プリオン蛋白質の１０３−１２１のアミノ酸の一次構造を有するものを抗原として作成された抗体であるから，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質の両方に反応しうるものであり，正常プリオン蛋白質は，病原性プリオン蛋白質の検出においては非特異的物質になるといえる。そして，甲１発明の方法で，病原性プリオンの高感度検出ができることからみて，正常プリオン蛋白質は，トリトンＸ−１００及びサーコシルにより可溶化され，プロテイナーゼＫにより分解されて，遠心分離により除去されているといえる。
　さらに，甲１発明で用いる界面活性剤の種類は本件特許発明１で用いるものと同じであるから，甲１発明においても正常プリオン蛋白質は可溶化されるとえ，甲１発明で用いるプロテイナーゼＫは，本件明細書で具体的に用いられているものであることから，甲１発明においても正常プリオン蛋白質は可溶化され分解されているといえる。
　そうすると，相違点１は実質的な相違点ではない。
　
（相違点２について）
　本件特許発明１の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」がどの程度の回転数であるか明細書及び図面の記載（【図２】，【図３】等）を参酌すると，「第３の工程：分離工程」では，「１５，０００ｒｐｍ」となっている。
　一方，甲１発明は，試料から可溶性の非特異的物質を遠心分離によって除去するとされている。そして，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質の両方と結合できる抗体であるＢ−１０３抗体を用い，高感度で病原性プリオン蛋白質を検出できることからみて，甲１発明の遠心分離は，界面活性剤及びプロテイナーゼＫ処理により分解された正常プリオン蛋白質を除去するために遠心分離を行っているといえる。そして，通常，遠心分離の回転数等の条件として，目的とする物質の分離が達成できる範囲で，できるだけ簡便な条件を選択することは当業者が当然行うことといえる。
　そして，甲第３号証には，界面活性剤がZwittergent3-12及びサーコシルであるが，ＥＬＩＳＡ法に用いる試料調製法として，脳組織については，１５，０００回転で遠心分離処理して沈殿を得ることが記載され，さらに，脾臓，リンパ節等では，遠心を４０，０００回転とすることが記載されている（上記（(3d)）ことから，試料の種類に応じて，４０，０００回転，及び１５，０００回転という「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」を行うことも知られていたといえる。
　さらに，甲第１号証には，界面活性剤として，トリトンＸ−１００及びサーコシルの組合せだけでなく，甲第３号証に記載されたZwittergent3-12及びサーコシルの組合せを用い，甲１発明と同様に４０，０００ｒｐｍで分離することが記載されている。
　そうすると，甲１発明の脳組織について，トリトンＸ−１００及びサーコシルを用いる場合の遠心処理の条件であり，かつ甲第１号証にZwittergent3-12及びサーコシルを用いる場合の回転数でもあることが記載された４０，０００ｒｐｍを，甲第３号証の脳組織についてのZwittergent3-12及びサーコシルを用いた場合の回転数を参考にして，より簡便な１５，０００ｒｐｍ程度の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」とすることは当業者が容易になし得たものといえる。
　そして，本件特許発明１の効果は，甲第１，３号証の記載事項及び技術常識から予測し得たものであり，格別顕著なものとはいえいない。
　
　以上のとおり，本件特許発明１は，甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　イ　本件特許発明２について
　本件特許発明２は，本件特許発明１の中枢神経組織を「脳組織」と限定するものであるが，甲１発明は，脳または脾臓を試料として用いるものであるり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明２は，甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　ウ　本件特許発明３について
　本件特許発明３は，本件特許発明１または２について，分解処理が，さらに「コラーゲン分解酵素及びＤＮＡ分解酵素による分解処理を含む」と限定を付加するものであるから，付加された限定事項について検討すると，甲１発明は，「コラゲナーゼ，ＤＮアーゼＩ及びプロテイナーゼＫで消化」するものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明３は，甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　エ　本件特許発明４について
　本件特許発明４は，本件特許発明１ないし３のについて，プロテアーゼが「プロテイナーゼＫ」であることを限定をするものであるが，甲１発明は，プロテイナーゼＫを用いるものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明４は，甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　オ　まとめ
　したがって，本件特許発明１ないし４は，上記甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
（７）本件特許発明１ないし４と，甲３発明との対比と判断
　ア　本件特許発明１について
　そこで，本件特許発明１と甲３発明とを比較する。
　（ア）甲３発明の「脳組織」，「ＥＬＩＳＡ法」，及び「ＰｒＰｓｃ」は，本件出願前の技術常識からみて，本件特許発明１の「動物の中枢神経系組織」，「酵素免疫吸着測定法」，及び「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質」と「病原性プリオン蛋白質」にそれぞれ相当する。
　（イ）甲３発明の「Ｚｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２とサーコシル」と，本件特許発明１の「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）」とは，サーコシル及び他の界面活性剤である点で共通する。
　（ウ）甲３発明の「一様に分散させる」ことは均質化といえ，本件明細書段落【００４０】には，界面活性剤を用いる第１の工程を「均一化工程」と記載していることから，本件特許発明１では，非特異的物質の可溶化に際して，中枢神経系組織は均質化さているといえる。そうすると，甲３発明の「脳組織をＺｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２とサーコシル，ＰＢＳ，コラゲナーゼ，ＤＮアーゼ中で一様に分散させ」ることと，本件特許発明１の「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）及びサーコシル（商標）を同時に用いて前記中枢神経系組織中の非特異的物質を可溶化すること」とは，サーコシル及び他の界面活性剤を同時に用いて前記中枢神経系組織を均質化する点で共通する。そして，均質化により得られたものは，均質化物といえる。
　（エ）甲３発明の「プロテイナーゼＫ」は，蛋白質分解酵素「プロテアーゼ」の一種であり，「プロテイナーゼＫで処理」することにより，一様に分散された脳組織中の蛋白質が分解されているといえる。
　（オ）甲３発明の「１５，０００回転で遠心分離」は，本件明細書及び図面（【図２】，【図３】等）を参酌すると，「第３の工程：分離工程」では，「１５，０００ｒｐｍ」となっていることから，本件特許発明１の「超遠心分離処理を除く遠心分離処理」に相当する。
　（カ）甲３発明の１５，０００回転で遠心分離して得られた「沈殿」は，甲第３号証に「界面活性剤抽出及び蛋白分解酵素処理の段階にＰｒＰｃが除去される。」と記載され，除去されるＰｒＰｃは正常プリオン蛋白質を意味する(上記3a)）ことから，病原性プリオン蛋白質「ＰｒＰｓｃ」の沈殿といえ，本件特許発明１の「病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物」に相当する。
　（キ）甲３発明の「沈殿に５％ＳＤＳを加え沸騰させ，メタノールで沈殿させ」ることは，沈殿を変性処理しそれに伴いＳＤＳを除くためにメタノール沈殿を行っているといえ，上記訂正の可否「第２　２　（２）ア」に記載したように，技術常識からみて，沈殿を「洗浄」しているということはできないから，甲３発明の「沈殿に５％ＳＤＳを加え沸騰させ，メタノールで沈殿させ，チオシアン酸グアニジンに溶解」することは，本件特許発明１の「前記濃縮物を洗浄することなく溶解液」とすることに相当する。
　
　そうすると，両者の間には以下の一致点及び相違点がある。
（一致点）
　動物の中枢神経系組織から病原性プリオン蛋白質を酵素免疫吸着測定法により検出する方法であって，
  サーコシル（商標）及びその他の界面活性剤を同時に用いて前記中枢神経系組織を可均質化することと，
  均質化物をプロテアーゼを用いて分解処理することと，
  超遠心分離処理を除く遠心分離処理を行うことにより前記分解処理により得られたものから病原性プリオン蛋白質由来蛋白質を含有する濃縮物を得ることと，
  前記濃縮物を洗浄することなく溶解液とし，再沈殿させることなく酵素免疫吸着測定法により検出することと
  を含む病原性プリオン蛋白質の検出方法である点。
　
（相違点１）
　サーコシルと併用するその他の界面活性剤が，本件特許発明１では「ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（トリトン（商標）Ｘ−１００）」であるのに対して，甲３発明では，「Ｚｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２」である点。
　
（相違点２）
　界面活性剤による均質化及びその後のプロテアーゼ分解処理により分解される中枢神経系組織中の物質が，本件特許発明１では，「非特異的物質」であるのに対して，甲３発明では，非特異的物質であることを規定していない点。
　
　そこで，上記各相違点について検討する。
（相違点１について）
　甲第１号証には，プロテイナーゼＫによる分解後の遠心分離の回転数は，いずれも４０，０００ｒｐｍであるが，脳組織を均一化するのに用いる界面活性剤の組合せとして，トリトンＸ−１００とサーコシル，及びＺｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２とサーコシルが記載されているから，甲３発明のＺｗｉｔｔｅｒｇｅｎｔ３−１２とサーコシルの組合せに代えて，甲第１号証に，この組合せと合わせて記載されたトリトンＸ−１００とサーコシルを適用することは当業者が容易になし得たものといえる。
　そして，本件発明１の効果は，甲第３号証及び甲第１号証の記載事項から予測し得たものであり，格別顕著なものとはいえない。
　
（相違点２について）
　甲第３号証には，「界面活性剤抽出及び蛋白分解酵素処理の段階にＰｒＰｃが除去される。」（ＰｒＰｃは正常プリオン蛋白質を意味する。）と記載されている。そして，ＰｒＰｃが除去されるためには，蛋白質分解酵素で分解される必要があり，分解に先立ち界面活性剤により，ＰｒＰｃが可溶化されているといえる。
　そして，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質は，アミノ酸の一次構造は同じであり（甲第３号証），甲１発明でＥＬＩＳＡ法に用いている「Ｂ−１０３抗ＰｒＰ合成ペプチドウサギ血清」は，甲第１５号証に記載されるように，プリオン蛋白質の１０３−１２１のアミノ酸の一次構造を有するものを抗原として作成された抗体であるから，正常プリオン蛋白質及び病原性プリオン蛋白質の両方に反応しうるものであり，正常プリオン蛋白質は，病原性プリオン蛋白質の検出においては非特異的物質になるといえる。
そうすると，甲３発明の方法で，正常プリオン蛋白質は，トリトンＸ−１００及びサーコシルにより可溶化され，プロテイナーゼＫにより分解されて，遠心分離により除去されているといえる。
　そうすると，相違点１は実質的な相違点ではない。
　
　以上のとおり，本件特許発明１は，甲第３号証及び甲第１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　イ　本件特許発明２について
　本件特許発明２は，本件特許発明１の中枢神経組織を「脳組織」と限定するものであるが，甲１発明は，脳または脾臓を試料として用いるものであるから，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で本件特許発明２は，甲第３号証及び甲第１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　ウ　本件特許発明３について
　本件特許発明３は，本件特許発明１または２について，分解処理が，さらに「コラーゲン分解酵素及びＤＮＡ分解酵素による分解処理を含む」と限定を付加するものであるから，付加された限定事項について検討すると，甲３発明は，コラゲナーゼ，ＤＮａｓｅ及びプロテイナーゼＫで処理するものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明３は，甲第３号証及び甲第１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　エ　本件特許発明４について
　本件特許発明４は，本件特許発明１ないし３について，プロテアーゼが「プロテイナーゼＫ」であることを限定をするものであるが，甲３発明は，プロテアーゼＫを用いるものであり，上記アで記載した相違点以外に新たな相違点は生じないから，上記アに記載したと同じ理由で，本件特許発明４は，甲第３号証及び甲第１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　オ　まとめ
　したがって，本件特許発明１ないし４は，上記甲第３号証及び甲第１号証に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
第７　むすび
　以上のとおり，本件請求項１ないし４に係る発明についての特許は，特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから，特許法第１２３条第１項第２号に該当し無効とすべきものである。
　また，審判に関する費用については，特許法第１６９条第２項で準用する民事訴訟法第６１条の規定により，被請求人が負担すべきものとする。
　よって，結論のとおり審決する。