【手続補正書】
【提出日】平成17年8月29日(2005.8.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌のcpsD、cpsE、cpsF、cpsG、および/またはcpsI/cpsM遺伝子内の1つまたは複数の領域のヌクレオチド配列を分析する工程を含み、該領域が型によって配列が異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、B群連鎖球菌の分類方法。
【請求項２】
ヌクレオチド配列を、図1に記載の62位、78〜86位、138位、139位、144位、198位、204位、211位、218位、240位、249位、300位、321位、419位、429位、437位、457位、466位、486位、602位、606位、627位、636位、645位、803位、971位、1026位、1044位、1173位、1194位、1251位、1278位、1413位、1495位、1500位、1501位、1512位、1518位、1527位、1595位、1611位、1620位、1627位、1629位、1655位、1832位、1856位、1866位、1871位、1892位、1971位、2026位、2088位、2134位、2187位、および2196位に対応する1つまたは複数の位置について分析する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
細菌のゲノム中におけるrib、alp2、またはalp3遺伝子から選択される1つまたは複数の表面タンパク質遺伝子の有無を決定する工程をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
細菌のゲノム中におけるIS861、IS1548、IS1381、ISSa4、およびGBSi1から選択される1つまたは複数の可動遺伝因子の有無を決定する工程を含む、B群連鎖球菌の分類方法。
【請求項５】
本質的にB群連鎖球菌のcpsD-cpsE-cpsF-cpsG遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の血清型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項６】
B群連鎖球菌の血清型間で異なるヌクレオチドが、図1に記載の62位、78〜86位、138位、139位、144位、198位、204位、211位、218位、240位、249位、300位、321位、419位、429位、437位、457位、466位、486位、602位、606位、627位、636位、645位、803位、971位、1026位、1044位、1173位、1194位、1251位、1278位、1413位、1495位、1500位、1501位、1512位、1518位、1527位、1595位、1611位、1620位、1627位、1629位、1655位、1832位、1856位、1866位、1871位、1892位、1971位、2026位、2088位、2134位、2187位、および2196位の1つまたは複数に対応する、請求項5記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
本質的にB群連鎖球菌のcpsE-cpsF-cspG遺伝子クラスターのcpsEの3’末端の136塩基対およびcpsGの5’末端の218塩基対によって示される配列内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項８】
本質的にB群連鎖球菌のcpsI/cpsM遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、連鎖球菌の血清型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項９】
表2に記載のヌクレオチド配列から選択される、請求項8記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
本質的にB群連鎖球菌のrib、alp2、またはalp3遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の亜型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
詳細には、ヌクレオチド配列を、図1に記載の62位、78〜86位、138位、139位、144位、198位、204位、211位、218位、240位、249位、300位、321位、419位、429位、437位、457位、466位、486位、602位、606位、627位、636位、645位、803位、971位、1026位、1044位、1173位、1194位、1251位、1278位、1413位、1495位、1500位、1501位、1512位、1518位、1527位、1595位、1611位、1620位、1627位、1629位、1655位、1832位、1856位、1866位、1871位、1892位、1971位、2026位、2088位、2134位、2187位、および2196位に対応する1つまたは複数の位置について分析することができる。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
第2の局面では、本発明は、本質的にB群連鎖球菌のcpsD-cpsE-cpsF-cpsG遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の血清型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドを提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
好ましくは、GBS型間で異なるヌクレオチドは、1つまたは複数の図1に記載の62位、78〜86位、138位、139位、144位、198位、204位、211位、218位、240位、249位、300位、321位、419位、429位、437位、457位、466位、486位、602位、606位、627位、636位、645位、803位、971位、1026位、1044位、1173位、1194位、1251位、1278位、1413位、1495位、1500位、1501位、1512位、1518位、1527位、1595位、1611位、1620位、1627位、1629位、1655位、1832位、1856位、1866位、1871位、1892位、1971位、2026位、2088位、2134位、2187位、および2196位に対応する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
本発明はまた、本質的にB群連鎖球菌のcpsI/M遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の血清型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドを提供する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本発明は、さらに、本質的にB群連鎖球菌のrib、alp2、またはalp3遺伝子内の領域に対応する少なくとも10個の連続するヌクレオチドからなるポリヌクレオチドであって、B群連鎖球菌の亜型間で異なる1つまたは複数のヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドを提供する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
別の異種性領域は、cpsDの62位、およびcpsDの78位から86位で見出される反復配列（TTACGGCGA（配列番号：1））であるが、これはいくつかのGBS血清型におけるものであって、全てではない。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４３】
cpsD、cpsE、cpsF、cpsG、cpsI、またはcpsM遺伝子をターゲティングする特異的プライマー/プローブの例には、以下のものが含まれる。
2005502381.tif 000001
プライマーの命名は、表2に記載のものに対応する。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４５】
alp2、alp3、およびrib遺伝子をターゲティングする特異的プライマー/プローブの例には、以下のものが含まれる。
2005502381.tif 000002
プライマーの命名は、表6に記載のものに対応する。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
IS861、IS1548、IS1381、ISSa4、およびGBSi1をターゲティングする特異的プライマー/プローブの例には、以下のものが含まれる。
2005502381.tif 000003
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８１】
（表２）本研究で使用したオリゴヌクレオチドプライマー
2005502381.tif 000004
2005502381.tif 000005
2005502381.tif 000006
2005502381.tif 000007
2005502381.tif 000008
2005502381.tif 000009
注釈
1.プライマーのTm値は、プライマー合成機（Sigma-Aldrich）によって得られる。
2.数字は、プライマー配列が開始および終結する番号付けした塩基の位置を示す（開始点「1」の番号付けは、対応する遺伝子GenBankアクセッション番号の開始点「1」をいう）。
3.下線を引いた配列は、以前に公開されたプライマーを改変するために付加した塩基を示す。
4.「/」の後ろの文字は、異なる血清型における別のヌクレオチドを示す。
5.Keら、2000。
6.Ahmetら、1999。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８５】
（表６）本研究で使用したオリゴヌクレオチドプライマー
2005502381.tif 000010
2005502381.tif 000011
2005502381.tif 000012
注釈
＃配列決定のみでの使用については、rib遺伝子に完全に特異的なわけではない。
1.プライマーのTm値は、プライマー合成機（Sigma-Aldrich）によって得られる。
2.数字は、プライマー配列が開始および終結する番号付けした塩基の位置を示す（開始点「1」の番号付けは、いくつかの配列に対しては2つ存在する、対応するGenBankアクセッション番号の開始点「1」をいう）。
3.下線を引いた配列は、以前に公開されたプライマーを改変するために付加した塩基を示す。
4.本研究での使用のためにデザインしたプライマー。
5.Mawnら、1993。
6.Maelandら、1997。
7.Maelandら、2000。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８９】
（表１０）本研究で使用したオリゴヌクレオチドプライマー
2005502381.tif 000013
2005502381.tif 000014
注釈
1.プライマーのTm値は、プライマー合成機（Sigma-Aldrich）によって得られた。
2.数字は、プライマー配列が開始および終結する番号付けした塩基の位置を示す（開始点「1」の番号付けは、対応する遺伝子GenBankアクセッション番号の開始点「1」をいう）。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９３】
（表１４）GBS遺伝子型と侵襲性疾患年齢との関係
2005502381.tif 000015
注釈
1.「＋」の後の番号は、CSF単離物をさす；その他は全て血液に由来する。
2.5症例は4ヶ月から1歳であり、1症例は3歳であった。
3.他の全ての群と比較した遅発型感染症におけるsst III-2：p＝0.0005、オッズ比（OR）6.8；95％信頼区間（CI）2.4〜19.4。
他の全年齢群と比較した高齢者のMS-V：p＝0.001、OR 0.28、95％CI 0.13〜0.59）。
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110>  Western Sydney Area Health Service
<120>  Molecular Typing of Group B Streptococci 
<130>  FB-A0404
<140>  JP   2003-529988
<141>  2002-09-18
<150>  AU   PR 7749
<151>  2001-09-19
<160>  118   
<170>  PatentIn version 3.1
<210>  1
<211>  9
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Repeat sequence
<400>  1
ttacggcga                                                              9
<210>  2
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  2
gcaaaagaac agatggaaca aagtgg                                          26
<210>  3
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  3
cttttggagt cgtggctatc ttg                                             23
<210>  4
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  4
gdaaaaaagg aaagtcgtgt crttg                                           25
<210>  5
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  5
cttggaytcc tctgaaaagg attg                                            24
<210>  6
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  6
aaamgcttga tcaacagtta agcagg                                          26
<210>  7
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  7
gatggyggac cggctatctt ttctc                                           25
<210>  8
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  8
cttaatttgt tctgcatcta ctcgc                                           25
<210>  9
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  9
gttagatgtt caatatatca atgaatggtc tatttggtca g                         41
<210>  10
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  10
cctttcaaac cttaccttta cttagc                                          26
<210>  11
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  11
catctggtgc cgctgtagca gtaccatt                                        28
<210>  12
<211>  45
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  12
gtcgaaaacc tctatrtaaa yggtcttaca rccaaataac ttacc                     45
<210>  13
<211>  25
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  13
aasagttcat atcatcatat gagag                                           25
<210>  14
<211>  29
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  14
ccgccrtgtg tgataacaat ctcagcttc                                       29
<210>  15
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  15
atgatgatat gaactcttac atgaaagaag ctgagattg                            39
<210>  16
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  16
gaactcttac atgaaagaag ctgagattgt tatcacac                             38
<210>  17
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  17
ctatcaatga atgagtctgt tgtaggacgg attgcacg                             38
<210>  18
<211>  43
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  18
gataatagtg gagaaatttg tgataattta tctcaaaaag acg                       43
<210>  19
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  19
cctgattcat tgcagaagtc tttacgatgc gataggtg                             38
<210>  20
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  20
gggtcaattg tatcgtcgct gtcaacaaaa ccaatcaaat c                         41
<210>  21
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  21
ccccccataa gtataaataa tatccaatct tgcatagtca g                         41
<210>  22
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  22
gaagcaaaga ttctacacag ttctcaatca ctaactccg                            39
<210>  23
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  23
gtataacttc tatcaatgga tgagtctgtt gtagtacgg                            39
<210>  24
<211>  44
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  24
ggtaatctta atatttttga agagtcaata gttgctgcat ctac                      44
<210>  25
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  25
ccagggagtg cagcgacctt aaatacaagc atc                                  33
<210>  26
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  26
gatcctcaaa acctcattgt attaaatcca tcaagctatt c                         41
<210>  27
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  27
ccagttaaga cttcatcacg actcccatca c                                    31
<210>  28
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  28
cagactgtta aagtggatga agatattacc tttacgg                              37
<210>  29
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  29
cttaaagcta agtatgaaaa tgatatcatt ggagctcgtg                           40
<210>  30
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  30
cttccgccag ataaaattaa g                                               21
<210>  31
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  31
ctgttgactt atctggatag gtc                                             23
<210>  32
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  32
cgtgttgttc aacagtccta tgcttagcct ctggtg                               36
<210>  33
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  33
ggtatctggt ttatgaccat ttttccagtt atacg                                35
<210>  34
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  34
gttcttccgc ttaaggatag                                                 20
<210>  35
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  35
gaccgtttgg tccttacctt ttggttcgtt gctatcc                              37
<210>  36
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  36
gaagtaattt caggaagtgc tgttacgtta aacacaaata tg                        42
<210>  37
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  37
gaaggttgtg tgaaataatt gccgccttgc ctaatg                               36
<210>  38
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  38
aatactagct gcaccaacag tagtcaattc agaagg                               36
<210>  39
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  39
gagaaaacaa gagggagacc gagtaaaatg ggacg                                35
<210>  40
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  40
cacgatttcg cagttctaaa taaatccgac gatagcc                              37
<210>  41
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  41
caaactccgt cacatcggta tagcacttct catagg                               36
<210>  42
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  42
ctattgatga ttgcgcagtt gaattggata gtcgtc                               36
<210>  43
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  43
gtttgggaca ggtagcggtt gaggagaaaa gtaatg                               36
<210>  44
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  44
cattactttt ctcctcaacc gctacctgtc ccaaac                               36
<210>  45
<211>  28
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  45
cccaatacca cgtaacttat gccatttg                                        28
<210>  46
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  46
cgtgttacga gtcatcccaa taccacgtaa cttatgcc                             38
<210>  47
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  47
cttatgaaca aattgcggct gattttggca ttcacg                               36
<210>  48
<211>  30
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  48
ggctcaggcg attgtcacaa gccaagggag                                      30
<210>  49
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  49
ctaaaatcct agttcacggt tgatcattcc agc                                  33
<210>  50
<211>  34
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  50
cgtatctgtc acttatttcc ctgcgggtgt ctcc                                 34
<210>  51
<211>  34
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  51
gccgatgtca caacatagtt caggatatag ccag                                 34
<210>  52
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  52
cgtaaaggag tccaaagatg atagcctttt tgaacc                               36
<210>  53
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  53
catctcggaa caatatgctc gaagcttaca agcaagtg                             38
<210>  54
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  54
ggggtcacta tcgagcagat ggatgactat cttcac                               36
<210>  55
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  55
aatggctgtt tcgcaggagc gattgggtct gaacc                                35
<210>  56
<211>  35
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  56
ccagggacat caatctgtct tgcggaacag tatcg                                35
<210>  57
<211>  2226
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Consensus sequence
<400>  57
gcaaaagaac agatggaaca aagtggttca aagttcttag gtattattct taataaagtt     60
aatgaatctg ttgctactta cggcgattac ggcgattatg gaaattacgg aaaaagggat    120
agaaaaagga agtaaggggc tcttgtattg aaagaaaaag aaaatataca aaagattatt    180
atagcgatga ttcaaacagt tgtggtttat ttttctgcaa gtttgacatt aacattaatt    240
actcccaatt ttaaaagcaa taaagattta ttgtttgttc tattgataca ttatattgtc    300
ttttatcttt ctgattttta cagagacttt tggagtcgtg gctatcttga agagtttaaa    360
atggtattga aatacagctt ttactatatt ttcatatcaa gttcattatt ttttattttt    420
aaaaactctt ttacaacgac acgactttcc ttttttactt ttattgctat gaattcgatt    480
ttattatatc tattgaattc atttttaaaa tattatcgaa aatattctta cgctaagttt    540
tcacgagata ccaaagttgt tttgataacg aataaggatt ctttatcaaa aatgaccttt    600
aggaataaat acgaccataa ttatatcgct gtctgtatct tggactcctc tgaaaaggat    660
tgttatgatt tgaaacataa ctcgttaagg ataataaaca aagatgctct tacttcagag    720
ttaacctgct taactgttga tcaagctttt attaacatac ccattgaatt atttggtaaa    780
taccaaatac aagatattat taatgacatt gaagcaatgg gagtgattgt caatgttaat    840
gtagaggcac ttagctttga taatatagga gaaaagcgaa tccaaacttt tgaaggatat    900
agtgttatta catattctat gaaattctat aaatatagtc accttatagc aaaacgattt    960
ttggatatca cgggtgctat tataggtttg ctcatatgtg gcattgtggc aatttttcta   1020
gttccgcaaa tcagaaaaga tggtggaccg gctatctttt ctcaaaatag agtaggtcgt   1080
aatggtagga tttttagatt ctataaattc agatcaatgc gagtagatgc agaacaaatt   1140
aagaaagatt tattagttca caatcaaatg acagggctaa tgtttaagtt agacgatgat   1200
cctagaatta ctaaaatagg aaaatttatt cgaaaaacaa gcatagatga gttgcctcaa   1260
ttctataatg ttttaaaagg tgatatgagt ttagtaggaa cacgccctcc cacagttgat   1320
gaatatgaaa agtataattc aacgcagaag cgacgcctta gttttaagcc aggaatcact   1380
ggtttgtggc aaatatctgg tagaaataat attactgatt ttgatgaaat cgtaaagtta   1440
gatgttcaat atatcaatga atggtctatt tggtcagata ttaagattat tctcctaaca   1500
ctaaaggtag tcttacttgg gacaggagct aagtaaaggt aaggtttgaa aggaatataa   1560
tgaaaatttg tctggttggt tcaagtggtg gtcatctagc acacttgaac cttttgaaac   1620
ccatttggga aaaagaagat aggttttggg taacctttga taaagaagat gctaggagta   1680
ttctaagaga agagattgta tatcattgct tctttccaac aaaccgtaat gtcaaaaact   1740
tggtaaaaaa tactattcta gcttttaagg tccttagaaa agaaagacca gatgttatca   1800
tatcatctgg tgccgctgta gcagtaccat tcttttatat tggtaagtta tttggttgta   1860
agaccgttta tatagaggtt ttcgacagga tagataaacc aactttgaca ggaaaattag   1920
tgtatcctgt aacagataaa tttattgttc agtgggaaga aatgaaaaaa gtttatccta   1980
aggcaattaa tttaggagga attttttaat gatttttgtc acagtgggga cacatgaaca   2040
gcagttcaac cgtcttatta aagaagttga tagattaaaa gggacaggtg ctattgatca   2100
agaagtgttc attcaaacgg gttactcaga ctttgaacct cagaattgtc agtggtcaaa   2160
atttctctca tatgatgata tgaactctta catgaaagaa gctgagattg ttatcacaca   2220
tggcgg                                                              2226
<210>  58
<211>  2722
<212>  DNA
<213>  Streptococcus agalactiae
<400>  58
atgatttttg tcacagtggg gacacatgaa cagcagttca accgtcttat taaagaagtt     60
gatagattaa aagggacagg tgctattgat caagaagtgt tcattcaaac gggttactca    120
gactttgaac ctcagaattg tcagtggtca aaatttctct catatgatga tatgaactct    180
tacatgaaag aagctgagat tgttatcaca catggcggtc cagcgacgtt tatgaatgca    240
gtttctaaag ggaaaaaaac tattgtggtt cctagacaag aacagtttgg agagcatgtg    300
aataatcatc aggtggattt tttgaaagag ttattcttga aaattgaatt agattatatt    360
ttgaatatca gtgaattaga gaatattatt aaggaaaaaa atatatctac tagtaaagta    420
atatcacaaa acaatgattt ttgtttctct ttcaaaaatg aacatttcat aaactatttg    480
aataaatata ttttgttgga gaaaaaaatt gaaattaaca tatcaatcca aagtatttgt    540
taataggagg aattttcgct ttaaccctat tttcaaagcc aatgcaactt ttgttacttt    600
tagcattaat agttttactt atttgtagta gttataagaa aaaaatgaaa tttttatata    660
tggctgaaat ttttttcatt gtattttata tcatttattt aacttcaata ttgctacatt    720
ctttgtttaa aactcctgat tttgatagaa ttttagcagc ttttaactcg ttgattatcg    780
gtatagtatc agtggctttg aaacggtggt ataagaatac aactttggag ttagataaaa    840
tattaaaagc atttttattt aatgggttaa tcctattttt tttaggggga acatattatt    900
attgtttgca taataatatt caaaatatca gtatttttgg tagagatttg attgggtcag    960
actggattaa tggtatgcat actcaaagag caatgggatt ttttgaatat tcaaacctta   1020
taattcctat gacagtggta actaactata tatatatata ttatatgaag ttaagaaact   1080
attcaattat gaccataggt gttgtattat tatttacctt tattttacct attggatcgg   1140
gctccagggc tggaatagta gctatattgg cgcagatgtt tattcttctt ctaaatacag   1200
ttgtcgtaaa gaagaaaact ataaaatttt tattgtacat acttccgttt ctactagtaa   1260
tagtaatgat gttatatttt gataacttac tatctatata ttatcgtata attaatttgc   1320
gatccgggag tagtgaatcc agattttctg tatataaaga tacagtaaac atcgttataa   1380
ataattcttt attatttgga gaaggagtta aagagttatg gttaaatagt gatctacctt   1440
tggggtcgca ttcaacgtat ataggctatt tctacaaaag tggcctgctg ggattaatga   1500
atatagttcc aggtttgctt ttaattttta ctaatattgg taggaaagct aaacaatcag   1560
ctttttatta tgagatagta ggaacactta taactttatt ctcatttttt gcacttgaag   1620
atcttgacgg agctaattgg cttattgttt ttatttttac agtgttagga attttagaaa   1680
ataaggattt ttatagtcaa cttaaaaggt ggaaaagtta atggaaaaac gaatacttgt   1740
ttctatcatt atacctatat acaactcaga agcatacctt aaagaatgtg tgcaatccgt   1800
actacaacag actcatccat tgatagaagt tatactaatt gatgatggat ccactgataa   1860
tagtggagaa atttgtgata atttatctca agaagataat cgcatacttg tatttcataa   1920
aaaaaatgga ggggtctctt cggcaaggaa cctaggtcta gataaatcca caggagaatt   1980
cataacattt gtggatagtg atgattttgt agcaccgaat atgattgaaa taatgttaaa   2040
aaatttaatc actgagaatg ctgatatagc agaagtagat tttgatattt cgaatgagag   2100
agattataga aagaagaaaa gacgaaactt ttataaagtc tttaaaaaca ataactcttt   2160
aaaagaattt ttatcaggca atagagtgga aaatattgtt tgtacaaaat tatataaaaa   2220
aagtataatt ggcaacttga ggtttgatga gaacttaaaa attggtgagg atttactttt   2280
taattgtaaa ctcttatgtc aagagcaccg tatagtcgta gatacgactt cttccttata   2340
tacttatcga attgtaaaaa cttccgcaat gaatcagaaa ttcaacgaaa actcattaga   2400
ttttataaca atttttaatg aagtaagtag tttggttcct gccaaattgg ctaattatgt   2460
tgaagcgaaa tttttaagag aaaagataaa gtgtctccga aaaatgtttg aattaggtag   2520
taatattgac aataaaatca aagtacaacg agagattttt ttcaaagaca ttaaatcata   2580
cccgttctat aaagcggtaa aatacttatc attaaaggga ttattaagct tttatttaat   2640
gaaatgttca cctaaactat atgttatggc atatagaaga ttcaaaacag tagctggaga   2700
aattgggaaa gagaatttat aa                                            2722
<210>  59
<211>  2692
<212>  DNA
<213>  Streptococcus agalactiae
<400>  59
atgatttttg tcacagtagg gacacatgaa cagcagttca accgtcttat taaagaagtt     60
gatagattaa aagggacagg tgctattgat caagaagtgt tcattcaaac gggttactca    120
gactttgaac ctcagaattg tcagtggtca aaatttctct catatgatga tatgaactct    180
tacatgaaag aagctgagat tgttatcaca cacggcggtc cagcaacgtt tatgaatgca    240
gtttctaaag ggaaaaaaac tattgtggtt cctagacaag aacagtttgg agagcatgtg    300
aataatcatc aggtggattt tttgaaagag ttattcttga aatatgagtt agattatatt    360
ttgaatatca gtgaattaga gaatattatt aaggaaaaaa atatatctac tagtaaagta    420
atatcacaaa acaatgattt ttgttcctct ttcaaaaatg aactttctaa actatttgaa    480
taaatatatt ttgttggaga aaaaaattga aattaactat caatccaaag tatttgttaa    540
taggaggaat tttcgcttta accctatttt caaagccaat gcaacttttg ttacttttag    600
cattaatagt tttacttatt tgtagtagtt ataatgaaaa aatgaaattt ttaaatatgg    660
ctgaaatttt tttcattgta ttttatatgg tttatttagt atcaatagta ttaaattcgt    720
tatttagaag tccagaattt catagagtca ttgctgcatt caattcactg gcagtagggg    780
ttgtgtcctt attattttac cattactata agaatactaa tattgaatta acaaaattgc    840
taaaatcatt tttgtttaat gcaattattt tgttttgttt aggatttcta tattattatg    900
ccatatattt tgatgtagag aatgtaagtc tttttggaag aaatttaatt ggatcagatt    960
ggataaatgg gatgcatacg cagagagcaa tggctttctt tgaatattca aatcttataa   1020
tacccttaac tatcataact aatatatata tatatatata tattaagcaa agatatagct   1080
cagggatgat gatactcggt gctcttctct ccactattat actacccatc gggtctggat   1140
ctagagctgg tattatagtt gtgctactac aggttataat tttattgttg aatacaattg   1200
taataaaaag acaaacgata agatttttcc tgtatttagt tccgatacta atattactat   1260
tagtgatatt acgttttgat aatttggtga gcatatataa tagaataatc aatttgcggt   1320
cgggaagtag tgaatctaga ttttctttgt acaaggatac cgtacactca gtaattactg   1380
actcactatt tctgggaaaa ggtgtaaaag aattgtggtt aaatagtgat ttaccactag   1440
gatcgcattc gacctacata ggttatttct ataaaactgg cctatttgga ctaataaatg   1500
tgattttagg tttgtttcta attcttatta gcattatcaa ggaagctaaa aagtcagatt   1560
tctattatga gatagtaggg tctgtcatac tcctattttc attttttgca cttgaagata   1620
ttgatggcgc caattggctc attatttttg tctttacagt gttgggaatt ttagaaaata   1680
aggatttcta tagtcaactt aaaaggtggg aaagttaatg gaaaaacaaa tacttgtttc   1740
tatcgttata cctatataca actcggaagc atatcttaaa gaatgcgtgc aatccgtcct   1800
acaacagact cattcattga tagaagttat actgattaat gatggatcca ctgataatag   1860
tggagaaatt tgtgataatt tatctcaaaa agacgatcgc atacttgtat ttcataaaaa   1920
aaatggaggg gtatcttcgg caaggaacct aggtcttgat aaatccacag gcgaattcat   1980
aacgtttgta gatagtgatg attttgtagc accgaatata attgaaataa tgttaaaaaa   2040
tttaatcact gaggatgctg atatagcaga agtagatttt gatatttcga atgagagaga   2100
ttatagaaag aaaaaaagac gaaactttta taaggtcttt aaaaacaata attctttaaa   2160
agaattttta tcaggtaata gagtggaaaa tattgtttgt acaaaattat ataaaaaaag   2220
tataattggt aacttgaggt ttgatgagaa tttaaaaatt ggtgaggatt tactttttaa   2280
ttgtaaaatt ttatgtcaag agcactgcat agtcgtagat acgacttctt ccttgtacac   2340
ctatcgcatc gtaaagactt ctgcaatgaa tcaggagttc aacgaaaatt cattagattt   2400
tataacaatt tttaatgaaa taagcagtat tgttcctgca aaattagcta attatgttga   2460
agcgaaattt ttaagagaaa aggtaaagtg tctccgaaaa atgtttgaat taggtagtaa   2520
tattgacagt aaaatcaaat tacaacgaga gatttttttc aaagatgtta aattataccc   2580
tttctataaa gcggttaagt acttatcatt aaagggatta ttgagtattt acttaatgaa   2640
atgttcaccc atcttgtata taaaattata tgacaggttt caaaaacagt aa           2692
<210>  60
<211>  2581
<212>  DNA
<213>  Streptococcus agalactiae
<400>  60
atgatttttg tcacagtggg gacacatgaa cagcagttca accgtcttat taaagaagtt     60
gatagattaa aagggacagg tgctattgat caagaagtgt tcattcaaac gggttactca    120
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g                                                                   2581
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<211>  2384
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<213>  Streptococcus agalactiae
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<220>
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<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
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<220>
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<220>
<223>  Oligonucleotide primer
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<220>
<223>  Oligonucleotide primer
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<220>
<223>  Oligonucleotide primer
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<220>
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<210>  78
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  78
gcaaacctgg aactatattc at                                              22
<210>  79
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  79
attgctgcat tcaattcac                                                  19
<210>  80
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  80
gctgcattca attcactggc agtaggggtt gtgtcc                               36
<210>  81
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  81
gatagttaag ggtattataa gatttgaata ttcaaagaaa gc                        42
<210>  82
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  82
tttggtgagc atatataata gaataatcaa tttgcggtcg                           40
<210>  83
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  83
ctggcctatt tggactaata aatgtgattt taggtttgtt tc                        42
<210>  84
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  84
gaaacaaacc taaaatcaca ttta                                            24
<210>  85
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  85
ggcgccatca atatcttcaa gtgcaaaaaa tgaaaatagg                           40
<210>  86
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  86
caagaggata taacgtttca gcgatttatt gctgagc                              37
<210>  87
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  87
gaatactatt ggtctgtatg ttggttttat tagcatcgc                            39
<210>  88
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  88
gttataagaa aaacaagcgg tgataaataa gaaagtcata cc                        42
<210>  89
<211>  42
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  89
ccgtacatac aactgttctt gttagcattt acttttcttt gc                        42
<210>  90
<211>  39
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  90
cccaagtata gttatgaata ttagttggat ggtttttgg                            39
<210>  91
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  91
catctacacc cccacaaaat attttcccaa aaaccatc                             38
<210>  92
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  92
tgtaaatcat ctacaccccc                                                 20
<210>  93
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  93
gggtttaggc gagggaaact cagcttacaa aatagtg                              37
<210>  94
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  94
caatttttat agggatggac aatttattct gagaagtgac                           40
<210>  95
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  95
tctcagaata aattgtccat ccctataaaa attgacatac                           40
<210>  96
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  96
gatgttcttt taacaggtag attacac                                         27
<210>  97
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  97
gttgtaaatg agcatagtgt aatctacctg ttaaaagaac                           40
<210>  98
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  98
cccagtgtgg taatgaatat tagttggcta gtttttgg                             38
<210>  99
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  99
cttttttata ggttcgatac catc                                            24
<210>  100
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  100
cactattcct agttttttgt gcatatttga caggggcaag                           40
<210>  101
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  101
cttgcccctg tcaaatatgc acaaaaaact aggaatagtg                           40
<210>  102
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  102
ccttattggg caaggtataa gagttccctc cagtgtg                              37
<210>  103
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  103
ccacactgga gggaactctt ataccttgcc caataag                              37
<210>  104
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  104
gcgattaaac aacaaactat ttttgatatt gacaatgcaa                           40
<210>  105
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  105
gctaaatttc aaaaaggtct agagacaaat acgccag                              37
<210>  106
<211>  31
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  106
cccatctggt aacttcggtg catctggaag c                                    31
<210>  107
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  107
cagccaactc tttcgtcgtt acttccttga gatgtaac                             38
<210>  108
<211>  36
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  108
gtgaaattgt ataaggctat gagtgagagc ttggag                               36
<210>  109
<211>  33
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  109
acagtcacag ctaaaagtga ttcgaagacg acg                                  33
<210>  110
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  110
ccgttttaga atctttctgc tctggtgttt taggaacttg                           40
<210>  111
<211>  37
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  111
gataaatatg atccaacagg aggggaaaca acagtac                              37
<210>  112
<211>  41
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  112
ctggttttgg tgtcacatga accgttactt ctactgtatc c                         41
<210>  113
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  113
gttttagaac aaggttttac agc                                             23
<210>  114
<211>  38
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  114
cgttctaact tcttcaatct tatccctcaa ggttgttg                             38
<210>  115
<211>  26
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  115
tacagatact gtgtttgcag ctgaag                                          26
<210>  116
<211>  27
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  116
catctatttt atctctcaaa gctgaag                                         27
<210>  117
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  117
gttcttccgc cagataaaat taag                                           14
<210>  118
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<220>
<223>  Oligonucleotide primer
<400>  118
gttcttccgc ttaaggatag ca                                             22
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図面の簡単な説明】
【０１９４】
【図１】cpsD-cpsE-cpsFの3’末端およびcpsGの5’末端の配列異種性に基づいた分子的血清型同定を示す図である（関連プライマーを示す）（配列番号：57として提供されるコンセンサス配列）。
【図２】PCRおよび配列決定によるGBS分子的血清型（MS）同定のアルゴリズムを示す図である。
【図３】血清型Ia（配列番号：58）、Ib（配列番号：59）、III（配列番号：60）、IV（配列番号：61）、V（配列番号：62）、およびVI（配列番号：63）についてのcpsG-cpsH-cpsI/Mの遺伝子配列の多配列アラインメントを示す図である（開始コドンおよび終止コドンを太字で強調する）。
【図４】識別するために使用したalp2（AF208158、上のライン）（配列番号：64）とalp3（AF291065、下のライン）（配列番号：65）との間の配列異種性の2つの部位（＊）を示す図である（関連プライマーを示す）。
【図５】194種の侵襲性オーストラレーシアGBS株（または56種の遺伝子型）の遺伝的関係を示す図である。見出し「GBS遺伝子型の遺伝子マーカー」の列の注釈。タンパク質抗原遺伝子プロフィールコード：  「A」：bca陽性の5’末端、  「a」または「as」：それぞれ多数または単一のバンドのアンプリコンを有するbca反復単位またはbca反復単位様領域陽性、  「B」：bac陽性、  「R」：rib陽性、  「alp2」：alp2陽性、  「alp3」：alp3陽性、  「None」：単離物は上記タンパク質遺伝子を含まない。太字の分子マーカーは、各クラスターで共通の特徴を示す。見出し「株数」の列の注釈。  「＋」の後がCSF単離物数であり、他が血液単離物である。見出し「遺伝子型」の列の注釈。  各遺伝子型を、cps遺伝子、タンパク質遺伝子プロフィール、および可動遺伝因子の個別の組み合わせによって特徴付けた。各血清型中の主な遺伝子型を、その血清型の数字「1」遺伝子型とした。樹状図の注釈。  距離約16で、56種の遺伝子型を8個のクラスター（1〜8）に分離することができ、距離約22.5で、56種の遺伝子型を3個のクラスター群（A、B、C）に分離することができた。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図３−１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図３−１】
2005502381.tif 000016