【手続補正書】
【提出日】平成17年6月23日(2005.6.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】 （i）鋳型核酸分子の所定の領域と安定な複合体を形成できる捕捉残基；
（ii）スペーサー領域；および
（iii）該スペーサー領域に結合しており、該鋳型核酸分子上の相補的な配列にハイブリダイズしうる、長さが４〜８塩基の配列特異的なハイブリダイズ領域
を含むことを特徴とするシークエンシング試薬。
【請求項２】  固相表面への プライマーの付着を可能にする付着残基をさらに含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項３】  該付着残基が該プライマーの５'末端かまたはその近傍にてある、請求項２に記載のシークエンシング試薬。
【請求項４】  該付着残基が、アミノ、チオール、ジスルフィド、アビジン、ストレプトアビジン、イミノビオチン、ビオチン、抗体およびハプテンよりなる群から選ばれたものである、請求項２に記載のシークエンシング試薬。
【請求項５】  該捕捉残基が、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびタンパク質核酸（ＰＮＡ）よりなるヌクレオチドアナログの群から選ばれた核酸配列か、またはビオチン、イミノビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、抗体、ハプテン、レセプター、リガンドおよび荷電塩基およびそのアナログよりなる非ヌクレオチド捕捉残基の群から選ばれたものを含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項６】  該捕捉残基の核酸配列が８〜２４Ｃ塩基の配列を含む、請求項５に記載のシークエンシング試薬。
【請求項７】  該捕捉残基がＰＣＲプライマーに相補的な特異的配列またはその一部を含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項８】  該捕捉残基が、ビオチン、イミノビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、抗体、ハプテン、レセプター、リガンドおよび荷電塩基よりなる群から選ばれたものである、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項９】  該スペーサー領域が少なくとも１０オングストロームの長さである、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１０】  該スペーサー領域が、ランダムな塩基、偽ランダムな塩基または非ランダムな塩基またはそのアナログを含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１１】  該スペーサー領域がポリエチレングリコールを含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１２】  該スペーサー領域が鋳型非依存性のノイズを最小にするようにデザインされている、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１３】  該配列特異的領域が、該鋳型核酸分子上の相補的配列にハイブリダイズすることのできる４〜６塩基を含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１４】  該配列特異的領域が、該鋳型核酸分子上の相補的配列にハイブリダイズすることのできる６塩基を含む、請求項１に記載のシークエンシング試薬。
【請求項１５】  固相表面に固定化した複数のシークエンシングアレイ試薬の秩序立った配置を含むシークエンシングアレイ試薬のアレイであって、各シークエンシングアレイ試薬が、
（i）鋳型核酸分子の所定の領域と安定な複合体を形成できる捕捉残基；
（ii）スペーサー領域；および
（iii）該鋳型核酸分子上の相補的な配列にハイブリダイズしうる４〜８塩基を含む、配列特異的なハイブリダイズ領域
を含むことを特徴とする、シークエンシングアレイ試薬のアレイ。
【請求項１６】  ４４〜４８の異なるシークエンシング試薬のセット、サブセットまたは組み合わせを含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１７】  ４４の異なるシークエンシング試薬を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１８】  ４５の異なるシークエンシング試薬を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１９】  ４６の異なるシークエンシング試薬を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項２０】  ４７の異なるシークエンシング試薬を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項２１】  ４８の異なるシークエンシング試薬を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項２２】  入れ子状のシークエンシング試薬のアレイを含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項２３】  コンビナトリアルアレイ上で鋳型核酸分子をシークエンシングする方法であって、下記工程：
（Ａ）シークエンシング試薬を固相表面に固定化し、その際、該シークエンシング試薬は、
（i）鋳型核酸分子の捕捉領域と安定な複合体を形成できる捕捉残基；
（ii）スペーサー領域；および
（iii）該スペーサー領域に結合しており、該鋳型核酸分子上の相補的な領域にハイブリダイズしうる、４〜８塩基を含む 配列特異的なハイブリダイズ領域
を含み；
（Ｂ）該鋳型核酸分子の該捕捉領域を該シークエンシング試薬の該捕捉残基にハイブリダイズさせ；
（Ｃ）該配列特異的なハイブリダイズ領域を鋳型核酸分子上の該相補的領域にハイブリダイズさせることによりハイブリダイズした配列特異的領域を生成させ；
（Ｄ）ハイブリダイズした該配列特異的領域を、連鎖停止ヌクレオチドを用いてポリメラーゼにより伸長することにより伸長した配列を生成させ；ついで
（Ｅ）該伸長した配列の同定を決定する
ことを含む方法。
【請求項２４】  該シークエンシング試薬が該固相表面への該シークエンシング試薬の付着を可能にする付着残基をさらに含む、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項２５】  該捕捉残基が第一の試薬上に存在し、該配列特異的なハイブリダイズ領域が第二の試薬上に存在する、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項２６】  該第一の試薬が固相表面に一緒に付着されており、該第二の試薬の配列特異的なハイブリダイズ部分の近傍に該鋳型核酸分子を有効に接近させる、請求項２５に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項２７】  該付着残基が該シークエンシング試薬の５'末端かまたはその近傍にてある、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項２８】  該付着残基が、アミノ、チオール、ジスルフィドまたはビオチン基である、請求項２７に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項２９】  該捕捉残基が８〜２４Ｃ塩基の配列を含む、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３０】  該捕捉残基がＰＣＲプライマーに相補的な特異的配列またはその一部を含む、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３１】  該スペーサー領域が少なくとも１０オングストロームの長さである、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３２】  該スペーサー領域が、ランダムな塩基、偽ランダムな塩基または非ランダムな塩基またはそのアナログの領域である、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３３】  該スペーサー領域が鋳型非依存性のノイズを最小にするようにデザインされている、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３４】  該固相表面がガラスおよびプラスチックよりなる群から選ばれたものである、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３５】  該固相表面が９６ウエルまたは３８４ウエルのプレートの形態である、請求項３４に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３６】  該プラスチックがポリスチレンプラスチックである、請求項３４に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３７】  該固相表面が、ガラスプレート、水晶ウェーハー、ナイロン膜、ニトロセルロース膜およびシリコンウェーハーよりなる群から選ばれたものである、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３８】  該連鎖停止ヌクレオチドが検出可能に標識された連鎖停止ヌクレオチドである、請求項２３に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項３９】  該検出可能に標識された連鎖停止ヌクレオチドが蛍光標識されている、請求項３８に記載の鋳型核酸分子のシークエンシング法。
【請求項４０】  （i）鋳型核酸分子；および
（ii）シークエンシング試薬
を含むシークエンシング試薬−鋳型複合体であって、該シークエンシング試薬が、
（ａ）該鋳型核酸分子の所定の領域と安定な複合体を形成できる捕捉残基；
（ｂ）ヌクレオチド塩基を含むスペーサー領域；および
（ｃ）該スペーサー領域に結合しており、該鋳型核酸分子上の相補的な配列にハイブリダイズしうる、長さが４〜８ヌクレオチド塩基の配列特異的なハイブリダイズ領域
を含み、その際、該スペーサー領域は、該配列特異的なハイブリダイズ領域にハイブリダイズしうる該鋳型核酸分子の配列の直ぐ隣に隣接する該鋳型核酸分子上の領域には相補的ではない、ことを特徴とするシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４１】  該試薬が付着残基をさらに含む、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４２】  該付着残基が該捕捉残基に結合している、請求項４１に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４３】  該付着残基が、アミノ、チオール、ジスルフィド、アビジン、ストレプトアビジン、イミノビオチン、ビオチン、抗体およびハプテンよりなる群から選ばれる、請求項４１に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４４】  該捕捉残基が、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびタンパク質核酸（ＰＮＡ）よりなるヌクレオチドアナログの群から選ばれた核酸配列を含む、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４５】  該捕捉残基が、ビオチン、イミノビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、抗体、ハプテン、レセプター、リガンドおよび荷電塩基およびそのアナログよりなる群から選ばれた非ヌクレオチド捕捉残基を含む、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４６】  該捕捉残基が８〜２４塩基の核酸配列を含む、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４７】  該捕捉残基が該スペーサー領域に結合している、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４８】  該スペーサー領域が少なくとも１０オングストロームの長さである、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項４９】  該スペーサー領域が本質的に７または８のヌクレオチド塩基からなる、請求項４０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５０】  （i）鋳型核酸分子；および
（ii）シークエンシング試薬
を含むシークエンシング試薬−鋳型複合体であって、該シークエンシング試薬が、
（ａ）該鋳型核酸分子の所定の領域と安定な複合体を形成できる捕捉残基；
（ｂ）非ヌクレオチド残基を含むスペーサー領域；および
（ｃ）該スペーサー領域に結合しており、該鋳型核酸分子上の相補的な配列にハイブリダイズしうる、長さが４〜８ヌクレオチド塩基の配列特異的なハイブリダイズ領域
を含むことを特徴とする、シークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５１】  該試薬が付着残基をさらに含む、請求項５０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５２】  該付着残基が該捕捉残基に結合している、請求項５１に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５３】  該付着残基が、アミノ、チオール、ジスルフィド、アビジン、ストレプトアビジン、イミノビオチン、ビオチン、抗体およびハプテンよりなる群から選ばれる、請求項５１に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５４】  該捕捉残基が、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびタンパク質核酸（ＰＮＡ）よりなるヌクレオチドアナログの群から選ばれた核酸配列を含む、請求項５０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５５】  該捕捉残基が、ビオチン、イミノビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、抗体、ハプテン、レセプター、リガンドおよび荷電塩基およびそのアナログよりなる群から選ばれた非ヌクレオチド捕捉残基を含む、請求項５０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５６】  該捕捉残基が８〜２４塩基の核酸配列を含む、請求項５０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【請求項５７】  該捕捉残基が該スペーサー領域に結合している、請求項５０に記載のシークエンシング試薬−鋳型複合体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８９】
【表１】
2001524319.tif 000001
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９０】
【表２】
2001524319.tif 000002
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９３】
【表３】
2001524319.tif 000003