【手続補正書】
【提出日】平成17年8月31日(2005.8.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】  
【請求項１】  サンプル中の目的のオリゴヌクレオチドを検出するための方法であって、
（ａ）（ｉ）目的のオリゴヌクレオチドにおける第１の核酸配列に相補的な第１の核酸配列、および（ｉｉ）プローブが１本鎖のハイブリダイズしていない形態である場合、該プローブが相補的な核酸鎖にハイブリダイズするときに、実質的にクエンチされる検出可能な発光放射を提供する標識、を含む第１のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）該第１のプローブ−該目的のオリゴヌクレオチドのハイブリッド複合体を形成するようにハイブリダイズする条件下で、該第１のオリゴヌクレオチドプローブからの発光された放射をモニターしながら、該目的のオリゴヌクレオチドを含むと疑われるサンプルと該第１のオリゴヌクレオチドプローブとを合わせる工程；ならびに
（ｃ）工程（ｂ）全体を通して生じる発光された放射における任意の変化を該目的のオリゴヌクレオチドの存在または量と相関させる工程、
を包含する、方法。
【請求項２】  前記標識が蛍光色素を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記色素がジピロメテンボロンジフルオリド化合物である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項３に記載の方法であって：
【化１】
2001514859.tif 000001
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項５】  前記色素が以下：
【化２】
2001514859.tif 000002
である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】  前記色素化合物が前記標識プローブに直接的にカップリングされる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記色素化合物が前記標識プローブに間接的にカップリングされる、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  前記色素化合物が、前記目的のオリゴヌクレオチドにおける核酸配列と実質的に特異的にハイブリダイズし得ないリンカーを介して、前記標識プローブにカップリングされる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】  前記リンカーが核酸配列である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】  溶液相において、サンプル中の核酸分析物を検出するためのサンドイッチハイブリダイゼーションアッセイであって、（ａ）該分析物を固体支持体に間接的に結合する工程、（ｂ）該分析物を標識化する工程、および（ｃ）該支持体における標識の存在を検出する工程を包含し、
（ｉ）該分析物中の核酸配列とハイブリダイズし得る第１のセグメントＬ−１および第２のセグメントＬ−２を有する標識伸長剤（ｅｘｔｅｎｄｅｒ）分子、（ｉｉ）核酸配列Ｌ−２とハイブリダイズし得る核酸配列Ｍ−１を含む増幅マルチマーおよび標識プローブとハイブリダイズし得る核酸配列Ｍ−２を含む複数の同一のオリゴヌクレオチドサブユニット、（ｉｉｉ）Ｍ−２とハイブリダイズし得る核酸配列Ｌ−３を含む標識プローブ、ならびに該分析物、該標識伸長剤、該増幅マルチマーまたは標的ヌクレオチド配列における核酸配列と特異的にハイブリダイズし得ないリンカーを介して、該プローブとカップリングされたクエンチ可能な色素、を含むプローブシステムを取り込む工程、を含む改善を包含する、アッセイ。
【請求項１１】  前記クエンチ可能な色素が蛍光色素を含む、請求項１０に記載のアッセイ。
【請求項１２】  前記色素がジピロメテンボロンジフルオリド色素である、請求項１１に記載のアッセイ。
【請求項１３】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項１２に記載のアッセイであって：
【化３】
2001514859.tif 000003
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
アッセイ。
【請求項１４】  前記色素が以下：
【化４】
2001514859.tif 000004
である、請求項１３に記載のアッセイ。
【請求項１５】  前記リンカーが核酸配列である、請求項１０に記載のアッセイ。
【請求項１６】  （ｉ）目的のオリゴヌクレオチドにおける核酸配列に相補的な核酸配列、および（ｉｉ）プローブが１本鎖のハイブリダイズしていない形態である場合、該プローブが相補的な核酸鎖にハイブリダイズするときに、実質的にクエンチされる検出可能な蛍光シグナルを提供する標識を含む、オリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１７】  前記標識が蛍光色素を含む、請求項１６に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１８】  前記色素化合物がジピロメテンボロンジフルオリド色素である、請求項１７に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１９】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項１８に記載のオリゴヌクレオチドプローブであって：
【化５】
2001514859.tif 000005
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
オリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２０】  前記色素が以下：
【化６】
2001514859.tif 000006
である、請求項１９に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２１】  前記色素化合物が前記標識プローブと直接的にカップリングされている、請求項１６に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２２】  前記色素化合物が前記標識プローブと間接的にカップリングされている、請求項１６に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２３】  前記色素化合物が、前記目的のオリゴヌクレオチドにおける核酸配列と実質的に特異的にハイブリダイズし得ないリンカーを介して、前記標識プローブにカップリングされる、請求項２２に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２４】  前記リンカーが核酸配列である、請求項２３に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２５】  請求項１に記載の方法であって、ここで
前記目的のオリゴヌクレオチドは野生型遺伝子であり、そして前記第１のオリゴヌクレオチドプローブにおける第１の核酸配列は、該野生型遺伝子における標的配列と相補的であって、ここで、該方法は、
（ｉ）該野生型遺伝子における該第１のオリゴヌクレオチドプローブと該標的配列との間のハイブリッド二重鎖の形成が特異的制限酵素によって切断可能な部位を作製し；そして
（ｉｉ）該第１のオリゴヌクレオチドプローブと該野生型遺伝子の改変体における、点変異を含む標的配列との間のハイブリッド二重鎖の形成が、該制限酵素によって切断可能な部位を作製せず；
（ｉｉｉ）  工程（ｂ）は、
該標識化された第１のオリゴヌクレオチドプローブと、改変体プローブハイブリッドを形成するように該野生型遺伝子の改変体を含むと疑われるサンプルとを、インキュベートさせる工程；
該サンプルに、該標識化された第１のオリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズし得るオリゴマーを添加して、制限酵素切断部位を含まないハイブリッド複合体を形成する工程；および
該オリゴマーの添加後に、該サンプルに該制限酵素を添加する工程、
を包含する、方法。
【請求項２６】  前記色素がジピロメテンボロンジフルオリド化合物である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項２６に記載の方法であって：
【化７】
2001514859.tif 000007
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項２８】  前記色素が以下：
【化８】
2001514859.tif 000008
である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】  請求項１に記載の方法であって、ここで、
工程（ａ）において提供される前記第１のオリゴヌクレオチドプローブが、５’末端ヌクレオチドにおいて単一に標識されている；
工程（ａ’）が、オリゴヌクレオチドプライマーを提供する工程を包含し、ここで、該プライマーは、前記目的のオリゴヌクレオチドにおける前記第２の配列に相補的であり、そしてさらに該目的のオリゴヌクレオチドにおける該第１の核酸配列が、該目的のオリゴヌクレオチドにおける該第２の核酸配列から下流にある；
工程（ｂ）は、該第１のオリゴヌクレオチドプローブおよび該プライマーが、該目的のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする条件下で、該第１のオリゴヌクレオチドプローブおよび該プライマーを、該目的のオリゴヌクレオチドを含むサンプルとともにインキュベートする工程、をさらに包含し；
工程（ｂ’）は、酵素が３’ポリメラーゼ活性および５’ヌクレアーゼ活性を有する条件下で、該サンプルに該酵素を添加する工程を包含し、
ここで、工程（ｂ’）で生じる発光された放射の変化は、発光された放射の増加である、
方法。
【請求項３０】  前記色素がジピロメテニルボロンジフルオリド化合物である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項３０に記載の方法であって：
【化９】
2001514859.tif 000009
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項３２】  前記色素が以下の構造：
【化１０】
2001514859.tif 000010
である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】  （ｉ）第１および第２の相補的ヌクレオチド配列が互いにハイブリダイズする場合、ループ構造を形成する第３のオリゴヌクレオチド配列と隣接する該第１および該第２の相補的オリゴヌクレオチド配列を含む１本鎖核酸分子であって、ここで、該ループ構造における該第３のヌクレオチド配列が標的オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む、核酸分子、および（ｉｉ）該第１および該第２のヌクレオチド配列が互いにハイブリダイズされる場合、実質的にクエンチされ、そして該第３のオリゴヌクレオチド配列が目的のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズして、該第１および該第２のヌクレオチド配列がハイブリダイズされない形態にある場合、検出可能な蛍光シグナルを提供する標識を含む、単一の標識化されたオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３４】  前記標識が蛍光色素を含む、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３５】  前記色素化合物がジピロメテンボロンジフルオリド色素である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３６】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項３５に記載のオリゴヌクレオチドプローブであって、
【化１１】
2001514859.tif 000011
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
オリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３７】  前記色素が以下：
【化１２】
2001514859.tif 000012
である、請求項３６に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３８】  請求項１に記載の方法であって、さらに、ここで、
工程（ａ’）は、前記目的のオリゴヌクレオチドにおいて前記第１の核酸配列に相補的な第２の核酸配列を含む、第２のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程を包含し：
工程（ｂ’）は、前記第１のオリゴヌクレオチドプローブから発光された放射をモニターしながら、該第１のオリゴヌクレオチドプローブが第１のプローブ−目的のオリゴヌクレオチド複合体から置換される条件下で、工程（ｂ）で形成される第１のプローブ−目的のオリゴヌクレオチドハイブリッド複合体を、第２のオリゴヌクレオチドプローブと合わせる工程を包含する、
方法。
【請求項３９】  前記色素がジピロメテンボロンジフルオリド化合物である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項３９に記載の方法であって、
【化１３】
2001514859.tif 000013
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項４１】  前記色素が以下の構造：
【化１４】
2001514859.tif 000014
である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】  請求項１に記載の方法であって、前記第１のオリゴヌクレオチドプローブは単一に標識され、かつ第１および第２の相補的な核酸配列が、ステム構造として形成させるために、互いにハイブリダイズする場合、ループ構造を形成する第３の核酸配列に隣接する該第１および第２の相補的な核酸配列を含む１本鎖核酸分子を含み、ここで、該ループ構造における該第３の核酸は、前記目的のオリゴヌクレオチドにおける第１の核酸配列に相補的な核酸配列を含み、そしてここで該標識は、
該第１および第２の核酸配列が該ステム構造を形成するためにハイブリダイズされる場合、発光された放射が実質的にクエンチされるような標識であり、かつ
該第３のオリゴヌクレオチド配列が目的のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされ、そして該第１および第２の核酸配列がハイブリダイズされていない形態である場合、検出可能な発光放射を提供する標識である、
方法。
【請求項４３】  前記標識が蛍光色素を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】  前記色素化合物が、ジピロメテンボロンジフルオリド色素である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項４４に記載の方法であって、
【化１５】
2001514859.tif 000015
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項４６】  前記色素が以下の構造：
【化１６】
2001514859.tif 000016
である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】  請求項１に記載の方法であって、ここで前記第１のオリゴヌクレオチドプローブが、第２のプローブにおける第３の核酸配列に相補的な第２の核酸配列をさらに含み、
ここで、前記目的のオリゴヌクレオチドにおける第１の核酸配列が、該目的のオリゴヌクレオチドにおける第２の核酸配列に隣接し、ここで、該目的のオリゴヌクレオチドにおける第２の核酸配列が野生型核酸配列または点変異を含む核酸配列のいずれかであり、そしてここで、該方法は、
（ａ’）第３および第４の核酸配列を有する第２のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、ここで、該第３の核酸配列は、該目的のオリゴヌクレオチドにおける野生型または第２の変異体核酸配列のいずれかに相補的であり、そして該第４の核酸配列が該第１のオリゴヌクレオチドプローブにおける第２の核酸配列に相補的である、工程；
ここで、工程（ｂ）は、該第２のオリゴヌクレオチドプローブと、該第１のプローブ−目的のオリゴヌクレオチド複合体とともにインキュベートする工程をさらに包含し；そして
ここで、工程（ｃ）は、工程（ｂ）全体を通して生じる発光された放射における任意の変化と、該野生型配列または該変異配列の存在とを相関させる工程を包含する、
方法。
【請求項４８】  前記標識が蛍光色素を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】  前記色素化合物がジピロメテンボロンジフルオリド色素である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】  前記色素が以下の化学構造を有する、請求項４９に記載の方法であって、
【化１７】
2001514859.tif 000017
ここで、Ｒ1〜Ｒ7は、独立して、水素；ハロゲン；アルキル；カルボキシアルキル；アシル；アリール；アリールアルキル；スルホニル；ホルミル；式−ＣＸ＝ＣＹ−Ｚを有する置換型エテニル（ここで、Ｘ、ＹおよびＺは、独立して、ハロゲン、Ｃ1−Ｃ10アルキル、シアノ、エステル、アミド、エテニル、ポリエテニル、アリールまたはヘテロアリールである）；および−Ｌ−Ｇ（ここで、Ｌは、連結部分であり、そしてＧは、アミノ酸またはカルボン酸部分に対して色素を結合し得る反応性基である）からなる群より選択されるか；
またはここで、（ａ）Ｒ1およびＲ2、またはＲ2およびＲ3のいずれか、および／または（ｂ）Ｒ4およびＲ5、またはＲ5およびＲ6のいずれかが、ともに、水素、ハロゲン、シアノ、スルホニル、スルホネート、カルボキシル、カルボキシレート、アルキル、過フルオロアルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ニトロ、アミノ、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルアミド、アリール、アリールオキシ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、アリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、またはアリールアミドからなる群より選択される０〜４の置換基で置換されたベンゼン環を形成するか、またはここで、２つのオルト置換基がさらなるこのような芳香族環を形成するように結合され、
ただし、Ｒ1〜Ｒ7の群内で少なくとも１つの置換基がヘテロアリールであり、かつＲ1〜Ｒ7の群内で少なくとも第２の置換基が−Ｌ−Ｇである、
方法。
【請求項５１】  前記色素が以下：
【化１８】
2001514859.tif 000018
である、請求項５０に記載の方法。