【手続補正書】
【提出日】平成18年8月11日(2006.8.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29と、少なくとも100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の全長にわたって少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれ以上、または100％の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、アルドラーゼ活性を有する少なくとも一つのポリペプチドをコードしており、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムまたは目視精査によって決定される、前記核酸。
【請求項２】
配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28または配列番号30に記載の配列を有するポリペプチドをコードする、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成を触媒する活性、アルドール縮合を触媒する活性、2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒活性、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒活性、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒活性、キラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性、[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性、酸化段階により3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性、熱安定性アルドラーゼ活性、または、熱耐性アルドラーゼ活性を有する、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む前記単離または組換え核酸。
【請求項５】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29を含む配列の少なくとも10、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションによってアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸核酸を特定する、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、前記ハイブリダイゼーションの条件が0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、前記核酸プローブ。
【請求項６】
請求項１または４記載の配列を含む核酸またはその部分配列を増幅するこのとできる、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対。
【請求項７】
増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29の最初（5'側）の12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5'側）の12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む前記増幅プライマー対。
【請求項８】
請求項７記載の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅によって生成される、アルドラーゼをコードする核酸。
【請求項９】
請求項８記載のアルドラーゼをコードする核酸によってコードされる、単離または組換えアルドラーゼ。
【請求項１０】
鋳型核酸を請求項１記載の核酸配列またはその部分配列を増幅することのできる増幅配列対で増幅することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項１１】
請求項７記載の増幅プライマー対で核酸を増幅すること、および、前記増幅された核酸を発現させることを含む、アルドラーゼの製造方法。
【請求項１２】
請求項１記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項１３】
請求項１記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項１４】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項１または請求項４記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項１５】
請求項１記載の配列を含む核酸または請求項１２記載の発現カセットを含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項１６】
請求項１記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項１７】
請求項１記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項１８】
請求項１記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項１９】
請求項１記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項２０】
請求項１記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に導入するまたは細胞中で発現させることを含む、細胞中のアルドラーゼメッセンジャーの翻訳を阻害する方法。
【請求項２１】
請求項１記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項２２】
請求項１記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子を細胞に投与するまたは細胞内で発現させることを含む、細胞におけるアルドラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項２３】
（i）配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20または配列番号22に示される配列と少なくとも100、150、200、250、300、350、400、450、500残基、またはそれより長い残基領域にわたって少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性を有する単離または組換えポリペプチド（前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19または配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29に示される配列と少なくとも100、150、200、250、300、350、400、450、500、またはそれより長い残基領域にわたって少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性を有する核酸によってコードされるか（前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）、または配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27または配列番号29に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離または組換えポリペプチド。
【請求項２４】
アルドラーゼ活性を有する、請求項２３記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２５】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成の触媒活性、アルドール縮合を触媒する活性、2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒活性、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒活性、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒活性、キラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性、[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性、酸化段階により3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性、熱安定性アルドラーゼ活性、または、熱耐性アルドラーゼ活性を有する、請求項２４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２６】
請求項２３記載のポリペプチドを含みシグナル配列を欠く、または、請求項２３記載のポリペプチドを含み異種シグナル配列を含む、単離または組換えポリペプチド。
【請求項２７】
液体、固体、またはゲルを含む、請求項２３記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項２８】
請求項２３記載のポリペプチドおよび第２のドメインを含むヘテロ二量体。
【請求項２９】
請求項２３記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項３０】
請求項２３記載のポリペプチドまたはその部分配列を含む、固定化ポリペプチド。
【請求項３１】
固定化された請求項２３記載のポリペプチド、または固定化された請求項１記載の核酸を含むアレイ。
【請求項３２】
請求項２３記載のポリペプチドに特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項３３】
請求項２３記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項３４】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：
（ａ）請求項３２記載の抗体を提供する工程；
（ｂ）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）のサンプルを工程（ａ）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドへ特異的に結合することのできる条件下で接触させ、それによりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項３５】
請求項１記載の核酸またはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項３６】
請求項２３記載のポリペプチドまたはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項３７】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項３８】
（ａ）請求項２４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）アルドラーゼ基質を提供する工程；および
（ｃ）前記ポリペプチドを工程（ｂ）の基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、基質の量の減少または反応生成物の増加によりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを検出することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法。
【請求項３９】
（ａ）請求項２４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験基質を提供する工程；および
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、前記基質の量が減少または前記反応生成物が増加すれば前記試験基質をアルドラーゼ基質として同定することを含む、アルドラーゼ基質を同定する方法。
【請求項４０】
（ａ）請求項１記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを、前記核酸がポリペプチドに翻訳され得る条件下で発現させる工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項４１】
（ａ）請求項２３記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項４２】
（ａ）請求項２４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験化合物に接触させ、アルドラーゼ活性を測定する工程、
を含み、前記試験化合物の非存在下で測定されるアルドラーゼ活性に比較した前記試験化合物の存在下で測定されるアルドラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がアルドラーゼ活性を調節すると決定する、アルドラーゼ活性の調節因子を同定する方法。
【請求項４３】
プロセッサおよびデータ保存装置またはコンピュータ読み取り可能媒体を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置コンピュータ読み取り可能媒体にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項２３記載の配列または請求項１記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピューターシステム。
【請求項４４】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（ａ）配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読む工程であって、前記配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項２３記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の１以上の特徴を同定する工程。
【請求項４５】
以下の工程を含む、第１の配列と第２の配列とを比較する方法；
（ａ）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第１の配列及び第２の配列を読む工程であって、前記第１の配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項２３記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記第１の配列と前記第２の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項４６】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項７記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対へハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対と一緒にし、前記環境サンプルからの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項４７】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項１記載の配列、またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または、環境サンプルを前記サンプル中の核酸が工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブにハイブリダイゼーションのために接近可能であるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項４８】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（ａ）請求項１記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項４９】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項５０】
以下の工程を含む、複数の改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位が第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来する前記方法：
（ａ）第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列が配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27若しくは配列番号29またはその部分配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がアルドラーゼ活性部位またはアルドラーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程；
（ｂ）前記第１の核酸中の複数の標的コドンにおいて天然のアミノ酸変種をコードする、変異性オリゴヌクレオチドの組を提供する工程；および、
（ｃ）前記変異性オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異させる各アミノ酸コドンにおいて一群のアミノ酸変種をコードする、一組の活性部位コード変種核酸または結合部位コード変種核酸を生成する工程。
【請求項５１】
以下の工程を含む、小分子を作製する方法：
（ａ）小分子を合成または改変できる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の一つが請求項１記載の配列を含む核酸によってコードされるアルドラーゼ酵素を含む、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の酵素の少なくとも一つに対する基質を提供する工程；および
（ｃ）複数の生体触媒反応を容易にする条件下で工程（ｂ）の基質を前記酵素と反応させ、一連の生体触媒反応によって小分子を生成させる工程。
【請求項５２】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項２４記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）小分子を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）の酵素を、前記アルドラーゼ酵素によって触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程（ｂ）の小分子と反応させる工程。
【請求項５３】
以下の工程を含む、アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項２４記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残存する部分配列についてアルドラーゼ活性を試験し、それによってアルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する工程。
【請求項５４】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を用いた、新規な、または、改変された表現型について細胞を操作する方法：
（ａ）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が細胞に請求項１記載の配列を含む核酸を導入することによって改変される、前記工程；
（ｂ）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成させる工程；
（ｃ）リアルタイムで工程（ｂ）の細胞培養物を監視することにより、前記細胞の少なくとも一つの代謝パラメーターを測定する工程；および、
（ｄ）工程（ｃ）のデータを解析して、測定されたパラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるかどうかを決定し、それによってリアルタイム代謝フラックスを用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項５５】
配列番号６，配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28または配列番号30の残基番号１〜16、１〜17、１〜18、１〜19、１〜20、１〜21、１〜22、１〜23、１〜24、１〜25、１〜26、１〜27、１〜28、１〜29、１〜30、１〜31、１〜32、または１〜33、または、配列番号18の残基番号１〜22からなる単離または組換えシグナル配列。
【請求項５６】
請求項５５記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、キメラポリペプチド。
【請求項５７】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドは請求項５５記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、前記単離または組換え核酸。
【請求項５８】
アルドラーゼのグリコシル化を含む、アルドラーゼポリペプチドの熱耐性または熱安定性を増大させる方法であって、前記ポリペプチドが請求項２３記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含むポリペプチドである、前記方法。
【請求項５９】
請求項１記載の核酸を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換えアルドラーゼを過剰発現させる方法であって、過剰発現が高活性プロモーター、二シストロン性ベクター、またはベクターの遺伝子増幅によって行われる、前記方法。
【請求項６０】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の作製方法：
（ａ）請求項１記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それにより形質転換植物細胞を生成する工程；
（ｂ）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項６１】
以下の工程を含む、植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に結合した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項１記載の配列を含む、前記工程；
（ｂ）前記植物細胞中で前記異種核酸配列が発現する条件下で植物を生育させる工程。
【請求項６２】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載された式を有する化合物を調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合を触媒し得る条件下で混合する工程。
【請求項６３】
図14に記載された方法を含む、アトルバスタチン(LIPITORTM)を製造する方法。
【請求項６４】
図１４または図１７記載の方法を含む、ロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造する方法。
【請求項６５】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載した式を有する化合物を流加法を用いて調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、および工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが前記工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合反応を触媒し得る条件下で混合する工程であって、少なくとも約30分間〜12時間にわたって、前記基質が添加されると速やかに消費されるような速度で前記基質が反応混合物へ供給される、前記工程。
【請求項６６】
クロロラクトールを次亜塩素酸ナトリウムでクロロラクトンに酸化することを含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクロンを製造する方法。
【請求項６７】
ハロラクトールを酸化する工程を含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンを製造する方法。
【請求項６８】
NaCN、DMFおよび５％H2Oを使用することを含む、エポキシド(-(3R,5S-3-ヒドロキシ-4-オキシラニル酪酸)の製造方法。
【請求項６９】
ラクトン3R, 5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンに水の存在下で水酸化物を作用させて前記ラクトンを(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸に転換する工程を含む、(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸の製造方法。
【請求項７０】
ラクトン3R, 5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンに水の存在下でNaCNおよびDMF（ジメチホルムアミド）を作用させて前記ラクトンを(3R,5R)-6-シアノ-ジヒドロキシヘキサン酸に転換する工程を含む、(3R,5R)-6-シアノ-ジヒドロキシヘキサン酸の製造方法。