【手続補正書】
【提出日】平成18年3月29日(2006.3.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を具備するコンピュータに援助された生物活性化合物の構造ベースの薬物デザイン方法；
ａ）Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）蛋白質のモデルを提供すること；
ここで、前記モデルは、以下からなる群より選択される原子座標に対して一致する三次元構造を表す：
i)表１、表２、表３、表４および表５からなる群より選択される表において表される原子座標；および
ii)三次元構造で定義される原子座標、ここで、前記構造の少なくとも１ドメインの少なくとも５０％が、(i)の前記原子座標により表される三次元構造の少なくとも１ドメインにおいて二次構造要素における主鎖原子から、約１．５オングストローム未満の平均二乗平均平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有する；
ｂ）前記モデルを使用して化合物をデザインすること；並びに
ｃ）前記化合物を合成すること。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、ここで、前記方法は更に以下を具備する方法；
ｄ）工程（ｃ）において合成された前記化合物が、次のことからなる群より選択される生物学的活性を有しているか否かを検出すること；前記ＦｃＲ蛋白質が免疫グロブリン蛋白質に対する結合を阻害すること；前記ＦｃＲ蛋白質に結合することによって、前記ＦｃＲ蛋白質の生物学的活性が阻害されること；前記ＦｃＲ蛋白質に結合することによって、前記ＦｃＲ蛋白質の生物学的活性が刺激されること；前記ＦｃＲ蛋白質に対して結合可能な免疫グロブリンに対して結合することによって、前記ＦｃＲ蛋白質の生物学的活性が阻害されること；前記ＦｃＲ蛋白質に対して結合可能な免疫グロブリンに対する結合によって、前記ＦｃＲ蛋白質の生物学的活性が刺激されること；前記免疫グロブリン蛋白質の貪食作用を阻害すること；前記ＦｃＲ蛋白質の二量体化を阻害すること；前記ＦｃＲ蛋白質を通じて細胞シグナル変換を刺激すること；サイトカイン、ケモカインまたはそのメディエーターの放出を阻害すること；サイトカイン、ケモカインまたはそのメディエーターの放出を刺激すること；および肥満細胞によるヒスタミンおよびセロトニンの放出を刺激すること、並びに、肥満細胞によるヒスタミンおよびセロトニンの放出を阻害すること
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記ＦｃＲ蛋白質が、ＦｃγＲＩＩａまたはＦｃγＲＩＩＩｂであり、ここで、工程（ｄ）が、工程（ｃ）において合成された前記化合物が、以下からなる群より選択される生物学的活性を有しているか否かを検出することを具備する方法；
ＦｃγＲＩＩａまたはＦｃγＲＩＩＩｂ蛋白質のＩｇＧへの結合を阻害すること；ＩｇＧの貪食作用を阻害すること；ＦｃγＲＩＩａまたはＦｃγＲＩＩＩｂ蛋白質の二量化を阻害すること；ＦｃγＲＩＩａまたはＦｃγＲＩＩＩｂ蛋白質を通じて細胞シグナル変換を刺激すること；およびＩＬ−６およびＩＬ−１２からなる群より選択されるサイトカインの放出を刺激すること。
【請求項４】
請求項２に記載の方法であって、前記ＦｃＲ蛋白質がＦｃεＲＩであって、ここで、工程（ｄ）が、工程（ｃ）において合成された前記化合物が以下からなる群より選択される生物学的活性を有するか否かを検出することを具備する方法；
ＦｃεＲＩ蛋白質のＩｇＥに対する結合を阻害すること、ＩｇＥの貪食作用を阻害すること、ＦｃεＲＩ蛋白質の二量体化を阻害すること、ＦｃεＲＩ蛋白質を通じて細胞シグナル変換を刺激すること、肥満細胞によるヒスタミンおよびセロトニンの放出を刺激すること、並びに肥満細胞によるヒスタミンおよびセロトニンの放出を阻害すること。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、(a)(ii)の原子座標が三次元構造を定義し、ここで、前記構造の少なくとも１ドメインが、
(i)の前記原子座標により表される三次元構造少なくとも１のドメインにおける二次元構造要素において主鎖原子から約１．０オングストローム未満の平均二乗平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有する方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、(a)の前記三次元構造が、ＦｃγＲＩＩａ蛋白質（配列番号３）三次元構造の鋳型として使用されて構築され、ここで、前記、ＦｃγＲＩＩａ蛋白質の三次元構造が、空間群Ｐ２１２１２において配置されたＦｃγＲＩＩａ蛋白質（配列番号３）分子の斜方晶のＸ線回折により決定される原子座標から、ａ＝７８.８０オングストローム、ｂ＝１００．５５オングストローム、ｃ＝２７．８５オングストロームのディメンジョンのユニット細胞を形成するように構築される方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記三次元構造が二量体である方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前期Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）蛋白質がＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＲｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩ、ＦｃεＥＩおよびＦｃαＲＩからなる群より選択される方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、前記モデルが、表１、表２、表３、表４または表５に列挙される原子座標が、前記イメージの電子ファイルを作成するためのグラフィックディスプレイソフトウェアプログラムを使用するコンピュータにおいて分析され、前記電子ファイルを三次元イメージとして表すことが可能なコンピュータ上で電子ファイルを可視化されるときにコンピュータイメージが発生することを具備する方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記デザインする工程が、化合物の１以上のデータベースをコンピュータースクリーニングすることを具備し、ここにおいて、前記化合物の三次元構造が既知である方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前記デザインする工程が、指向性薬物デザイン、ランダム薬物デザイン、グリッドベースの薬物デザインを含み、前記ＦｃＲ蛋白質の前記三次元構造を模倣することが予測される化合物を選択すること、または前記ＦｃＲ蛋白質の前記三次元構造に対して結合することが予測される化合物を選択することを含む方法。
【請求項１２】
ＩｇＧ介在の組織障害またはＩｇＧ介在の応答の増強を減少する治療学的組成物を製造する方法であって、前記治療学的組成物が、Ｆｃγ受容体（ＦｃγＲ）蛋白質の活性を夫々阻害または刺激する阻害剤または刺激剤を含み、ここで、前記方法は以下を具備する方法；
a)以下を具備する方法により前記化合物を同定すること；
i)FｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃおよびＦｃγＲＩＩＩｂからなる群より選択されたＦｃγR蛋白質の三次元構造を提供することであり、ここで、前記ＦｃγＲ蛋白質の三次元構造が、以下からなる群より選択された原子座標に対して一致すること；
(1)表１または表２により表される原子座標；および
(2)三次元構造であって、前記構造が、表１または表２の前記原子座標によって表される三次元構造における二次構造要素における主鎖原子から１．５オングストローム未満の平均二乗平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有することで定義される原子座標；および
ii)前記ＦｃγＲ蛋白質の前記三次元構造を使用して、ＦｃγＲ蛋白質のＩｇＧに対する結合を阻害または刺激する化合物、ＦｃγＲ蛋白質の当該三次元構造を模倣する化合物、およびＦｃγＲ蛋白質を介して細胞シグナル変換を刺激する分子とのＦｃγＲ蛋白質の結合を阻害または増強する化合物からなる群より選択される化合物をデザインすること；
b)(a)において同定された前記化合物を合成すること；
c)前記合成された化合物が、ＩｇＧ媒介組織障害を減少する、またはＩｇＧ媒介応答を増強する能力を評価すること；および
d)前記合成された化合物を適切な、薬学的に許容される担体と共に配合し、前記治療学的化合物を製造すること。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、前記ＩｇＧ媒介組織障害が、ＩｇＧ媒介過敏症、炎症細胞のＩｇＧ媒介漸増、および炎症モジュレーターのＩｇＧ媒介放出からなる群より選択される生物学的応答に由来する方法。
【請求項１４】
請求項１２に記載の方法であって、前記化合物が前記ＦｃγＲ蛋白質のアナログ、前記ＦｃγＲ蛋白質の基質アナログおよび前記Ｆｃγ蛋白質のペプチドミメティック化合物からなる群より選択される方法。
【請求項１５】
ＩｇＥ媒介応答を減少または増強する治療学的組成物の製造方法であって、前記治療学的組成物がＦｃε受容体Ｉ（ＥｃεＲＩ）蛋白質の活性を阻害または刺激する阻害性化合物または刺激性化合物を含み、前期方法が以下を具備する方法；
a)以下を具備する方法により前記化合物が同定されること：
i)ＦｃεＲＩ蛋白質の三次元構造であって、前記ＦｃεＲＩ蛋白質の前記三次元構造が以下からなる群より選択される原子座標と一致する三次元構造を提供すること：
(1)表１により表される原子座標、表２により表される原子座標、表３により表される原子座標、表４により表される原子座標、表５により表される原子座標；および
(2)三次元構造で定義される原子座標であって、前記構造が、(1)の前記原子座標により表される三次元構造における二次構造要素における主鎖原子から１．５オングストローム未満の平均二乗平均平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有する原子座標；および
ii)前記ＦｃεＲＩ蛋白質の前記三次元構造を使用して、以下の化合物からなる群より選択される化合物をデザインすること；ＦｃεＲＩ蛋白質のＩｇＥに対する結合を阻害または刺激する化合物、ＦｃεＲＩ蛋白質の三次元構造を模倣する化合物およびＦｃεＲＩ蛋白質と、ＦｃεＲＩ蛋白質を介する細胞シグナル変換を刺激する分子との結合を阻害または刺激する化合物；
b)前記化合物を合成すること；
c)前記合成された化合物にＩｇＥ媒介応答を減少または増強する能力を評価すること；および
d)前記合成された化合物を適切な、薬学的に許容される担体と共に配合し、前記治療学的化合物を製造すること。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、前記ＩｇＥ媒介応答が、ＩｇＥ媒介過敏症、炎症細胞のＩｇＥ媒介漸増および炎症モジュレーターのＩｇＥ媒介放出からなる群より選択される生物学的応答に由来する方法。
【請求項１７】
請求項１５に記載の方法であって、前記化合物が、前記ＦｃεＲ蛋白質のアナログ、前記ＦｃεＲＩ蛋白質の基質アナログおよび前記ＦｃεＲＩ蛋白質のペプチドミメティック化合物からなる群より選択される方法。
【請求項１８】
請求項１２から１７の何れか1項に記載の方法であって、前記化合物が無機化合物および有機化合物からなる群より選択される方法。
【請求項１９】
請求項１２から１７の何れか１項に記載の方法であって、前記化合物が、オリゴヌクレオチド、ペプチド、ペプチドミメティック化合物および小有機分子からなる群より選択される方法。
【請求項２０】
請求項１２から１７の何れか1項に記載の方法であって、前記組成物が更に、賦形剤およびアジュバントからなる群より選択された成分を具備する方法。
【請求項２１】
ＦｃＲ蛋白質の三次元構造を決定するための方法であって、前記方法が以下を具備する方法：
a)ＦｃγＲＩ蛋白質、ＦｃγＲＩＩｂ蛋白質、ＦｃγＲＩＩｃ蛋白質、ＦｃγＲＩＩＩｂ蛋白質、ＦｃεＲＩ蛋白質およびＲｃαＲＩ蛋白質からなる群より選択されるＦｃＲ蛋白質のアミノ酸配列を提供すること、ここで、前記ＦｃＲ蛋白質の三次元構造は既知ではない；
b)三次元構造における前記アミノ酸配列の折り畳みのパターンを折り畳み認識によって分析すること；および
c)前記ＦｃＲ蛋白質アミノ酸配列の折り畳みのパターンと、ＦｃγＲＩＩａ蛋白質の三次塩構造とを比較して、前記ＦｃＲ蛋白質の三次元構造を決定すること、ここで、前記ＦｃγＲＩＩａ蛋白質の三次元構造は、以下からなる群より選択される原子座標に一致する：
i)表１において表される原子座標；および
ii)三次元構造で定義する原子座標、ここで、前記構造は、表１の前記原子座標により表される三次元構造における二次構造要素における主鎖原子から１．５オングストローム未満の平均二乗平均平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有する原子座標である。
【請求項２２】
ＦｃＲ蛋白質の三次元構造のモデルを誘導する方法であって、前記の方法が以下の工程を具備する方法；
a)ＦＣγＲＩＩａ蛋白質のアミノ酸配列およびＦｃＲ蛋白質のアミノ酸配列を提供すること；
b)前記ＦｃγＲＩＩａアミノ酸配列と前記ＦｃＲ蛋白質アミノ酸配列との間で共有される構造的に保存された領域を同定すること；
c)前記ＦｃＲ蛋白質の構造的に保存された領域領域を、表１に表された当該原子座標および三次元構造を定義する当該原子座標からなる群より選択された当該原子座標に一致する原子座標をベースにしたＦｃγＲＩＩａ蛋白質の三次構造を使用して三次元構造に割り当てることによって、前記標的構造のための原子座標を決定すること、ここで、前記構造は、表1の前記原子座標により表される三次元構造における二次元構造要素における主鎖原子から１．５オングストローム未満の平均二乗平均平方根偏差（ＲＭＳＤ）を有し、前記ＦｃＲ蛋白質アミノ酸配列の三次元構造のモデルを得る。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法であって、更に、回転異性体のライブラリーを使用して立体的に許容される位置を決定することによって、前記ＦｃＲ蛋白質の側鎖について原子座標を割り当てることを具備する方法。
【請求項２４】
結晶化ＦｃＲ蛋白質の三次元構造を誘導する方法であって,前記方法が以下の工程を具備する方法：
a)結晶化ＦｃＲ蛋白質のパターソン関数と、結晶性ＦｃγＲＩＩａ蛋白質のパターソン関数とを比較し、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の電子密度マップを生じること；および
b)前記電子密度マップを分析し、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の前記三次元構造を生じること。
【請求項２５】
請求項２４に記載の方法であって、更に、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の前記三次元構造コンピュータイメージを誘導するために、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の前記三次元構造電子シミュレーションの工程を具備する方法。
【請求項２６】
請求項２４に記載の方法であって、更に、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の初期相を同定するために、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の結晶において、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の適切な配向を決定するために、前記結晶性ＦｃγＲＩＩａ蛋白質の前記パターソン関数における、前記結晶化ＦｃＲ蛋白質の前記パターソン関数を回転させる工程を具備する方法。