【手続補正書】
【提出日】平成17年3月17日(2005.3.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１）細胞内細菌によって宿主細胞を感染させるステップと、
２）感染細胞中に存在する細胞内細菌を標識するステップと、
３）ａ）感染細胞の全細胞溶解物、及び
ｂ）感染細胞から得られる精製・溶解細菌
を調製するステップと、
４）ｉ）ステップ３ａ）で得た全細胞溶解物と、ｉｉ）ステップ３ｂ）で得た精製・溶解細菌との、二次元ゲル電気泳動によるタンパク質プロファイルを比較するステップと、
５）全細胞溶解物中に存在するが、該精製細菌中には存在しないか、若しくは有意に低下した量で存在する、ステップ４）で得たタンパク質スポットを検出するステップと、
６）ステップ５）で選択したスポット中のタンパク質を同定するステップ
とを含む、細胞内細菌から分泌されるタンパク質を同定するための方法によって同定可能なタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項２】
免疫原性組成物中に含めることに、及び／又は診断目的に適用可能である、請求項１に記載のタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項３】
免疫原性組成物中に含めることに適した、ＭＨＣクラスＩ又はＩＩ拘束性抗原として提示するための候補であるＴ細胞エピトープを含む、請求項２に記載のタンパク質。
【請求項４】
免疫原性組成物中に含めることに適した、ＭＨＣクラスＩ制限抗原として提示するための候補であるＴ細胞エピトープを含む、請求項３に記載のタンパク質。
【請求項５】
＋／−１０％の平均誤差で決定される、表Ｉに示したタンパク質ＤＴ１〜ＤＴ７７の１つの等電点（ｐＩ）及び分子量（Ｍｗ）特性を有する、請求項１に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項６】
表ＩＩＩＡに示した、ＣＴ０１７（遺伝子名ＣＴ０１７（配列番号２２１））、ＣＴ０４４（遺伝子名ｓｓｐ（配列番号２２７））、ＣＴ２４３（遺伝子名ｌｐｘＤ（配列番号２２３））、ＣＴ２６３（遺伝子名ＣＴ２６３（配列番号２３５））、ＣＴ２６５（遺伝子名ａｃｃＡ（配列番号２１９））、ＣＴ２８６（遺伝子名ｃｌｐＣ（配列番号２２９））、ＣＴ２９２（遺伝子名ｄｕｔ（配列番号２１５））、ＣＴ４０７（遺伝子名ｄｋｓＡ（配列番号２１１））、ＣＴ４４６（遺伝子名ｅｕｏ（配列番号２０７））、ＣＴ４６０（遺伝子名ＳＷＩＢ（配列番号２０３））、ＣＴ５４１（遺伝子名ｍｉｐ（配列番号２０９））、ＣＴ６１０（遺伝子名ＣＴ６１０（配列番号２０１））、ＣＴ６５０（遺伝子名ｒｅｃＡ（配列番号２２５））、ＣＴ６５５（遺伝子名ｋｄｓＡ（配列番号２１７））、ＣＴ６６８（遺伝子名ＣＴ６６８（配列番号１９５））、ＣＴ６９１（遺伝子名ＣＴ６９１（配列番号２３３））、ＣＴ７３４（遺伝子名ＣＴ７３４（配列番号２１３））、ＣＴ７８３（遺伝子名ＣＴ７８３（配列番号１９７））、ＣＴ８５８（遺伝子名ＣＴ８５８（配列番号１９９））、ＣＴ８７５（遺伝子名ＣＴ８７５（配列番号２３１））、又はＯＲＦ５（遺伝子名ＯＲＦ５（配列番号２０５））として対応する遺伝子番号によって、あるいは遺伝子名ＤＴ８によって同定される、請求項１に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項７】
＋／−１０％の平均誤差で決定される、表ＩＶに示したタンパク質ＤＴ１、ＤＴ２、ＤＴ３、ＤＴ５、ＤＴ９、ＤＴ１０、ＤＴ１１、ＤＴ１３、ＤＴ１４、ＤＴ１７、ＤＴ４７、ＤＴ５９、ＤＴ６０、ＤＴ６１又はＤＴ６２の１つの等電点（ｐＩ）及び分子量（Ｍｗ）特性を有する、請求項１に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項８】
タンパク質ＤＴ４（遺伝子名ＣＴ８５８（配列番号１９９））、ＤＴ２３（遺伝子名ｍｉｐ（配列番号２０９））、ＤＴ４７、ＤＴ４８（遺伝子名ＣＴ８５８（配列番号１９９））、ＤＴ７５、ＤＴ７６（遺伝子名ＣＴ６９１（配列番号２３３））、及びＤＴ７７（遺伝子名ＣＴ２６３（配列番号２３５））から選択される、請求項５に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項９】
＋／−１０％の平均誤差で決定される、表ＩＩに示したタンパク質ＣＰ１〜ＣＰ９１の１つの等電点（ｐＩ）及び分子量（Ｍｗ）特性を有する、請求項１に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１０】
表ＩＩＩＢに示した、ＣＰＮ０１５２（遺伝子名ＣＰＮ０１５２（配列番号２４９））、ＣＰＮ０７０２、ＣＰＮ０７０５（遺伝子名ＣＰＮ０７０５（配列番号２４５））、ＣＰＮ０７１１（遺伝子名ＣＰＮ０７１１（配列番号２６３））、ＣＰＮ０７９６（遺伝子名ＣＰＮ０７９６（配列番号２４３））、ＣＰＮ０９９８（遺伝子名ｆｔｓＨ（配列番号２３９））、ＣＰＮ０１０４（遺伝子名ＣＰＮ０１０４（配列番号２４１））、ＣＰＮ０４９５（遺伝子名ａｓｐＣ（配列番号２４７））、ＣＰＮ０６８４（遺伝子名ｐａｒＢ（配列番号２５１））、ＣＰＮ０４１４（遺伝子名ａｃｃＡ（配列番号２５３））、ＣＰＮ１０１６（遺伝子名ＣＰＮ１０１６（配列番号２３７））、ＣＰＮ１０４０（遺伝子名ＣＰＮ１０４０（配列番号２５５））、ＣＰＮ００７９（遺伝子名ｒｌ１０（配列番号２５７））、ＣＰＮ０５３４（遺伝子名ｄｋｓＡ（配列番号２５９））、ＣＰＮ０６１９（遺伝子名ｎｄｋ（配列番号２６１））、ＣＰＮ０７１１（遺伝子名ＣＰＮ０７１１（配列番号２６３））、ＣＰＮ０６２８（遺伝子名ｒｓ１３（配列番号２６５））、ＣＰＮ０９２６（遺伝子名ＣＰＮ０９２６（配列番号２６７））、ＣＰＮ１０１６（遺伝子名ＣＰＮ１０１６（配列番号２３７））、ＣＰＮ１０６３（遺伝子名ｔｐｉＳ（配列番号２６９））、又はＣＰＮ３０２（遺伝子名ｌｐｘＤ（配列番号２７１））として対応する遺伝子番号によって同定される、請求項１から請求項４のいずれかに記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１１】
タンパク質ＣＰ３４（配列番号２３８）（遺伝子名ＣＰＮ１０１６（配列番号２３７））、ＣＰ３７（配列番号２４０）（遺伝子名ＣＰＮ０９９８（配列番号２３９））、ＣＰ４６（配列番号２４４）（遺伝子名ＣＰＮ０７９６（配列番号２４３））、ＣＰ４７（配列番号２４６）（遺伝子名ＣＰＮ０７０５（配列番号２４５））、ＣＰ５２（配列番号２５０）（遺伝子名ＣＰＮ０１５２（配列番号２４９））、ＣＰ６３（配列番号２３８）（遺伝子名ＣＰＮ１０１６（配列番号２３７））、及びＣＰ７５（配列番号２６２）（遺伝子名ｎｄｋ（配列番号２６１））から選択される、請求項９に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１２】
ＤＴ８であり、以下の配列（配列番号１）：
ＭＱＨＴＩＭＬＳＬＥＮＤＮＤＫＬＡＳＭＭＤＲＶＶＡＡＳＳＳＩＬＳＡＳＫＤＳＥＳＮＲＱＦＴＩＳＫＡＰＤＫＥＡＰＣＲＶＳＹＶＡＡＳＡＬＳＥ
を含むことを特徴とする、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのポリペプチド、又はその免疫原性断片。
【請求項１３】
請求項１に記載のタンパク質と、少なくとも４０％の配列同一性、好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、さらに好ましくは少なくとも８０％、さらに好ましくは９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の配列同一性を有するタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１４】
請求項１に記載のタンパク質の少なくとも７個の連続したアミノ酸を含む、タンパク質又はその免疫原性断片。
【請求項１５】
配列番号３〜配列番号４５の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１６】
配列番号１２２〜配列番号１４８の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１５に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓタンパク質のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの相同体、又はその免疫原性断片。
【請求項１７】
配列番号４６〜配列番号１２１の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質、又はその免疫原性断片。
【請求項１８】
配列番号１４９〜配列番号１９４の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１７に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ相同体、又はその免疫原性断片。
【請求項１９】
請求項１に記載の、タンパク質、又はその免疫原性断片をコードする配列を含む核酸化合物。
【請求項２０】
請求項１２に記載のポリペプチドをコードする配列を含む核酸化合物。
【請求項２１】
以下の配列（配列番号２）：
2004534526.tif 000001
又はその断片あるいは縮重配列を含む、請求項２０に記載の核酸化合物。
【請求項２２】
請求項１９に記載の核酸化合物を含むベクター。
【請求項２３】
請求項２２に記載のベクターで、形質転換又はトランスフェクトした宿主細胞。
【請求項２４】
請求項１に記載の、タンパク質又はその免疫原性断片に対する抗体を産生させるための、該タンパク質又はその断片の使用。
【請求項２５】
細胞内細菌に対する抗体を産生させるための方法であって、請求項１に記載の、タンパク質又はその免疫原性断片を産生動物に投与し、抗体をそれから精製する方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法によって得ることができる抗体。
【請求項２７】
請求項１に記載のタンパク質又はその断片を含む、薬剤組成物又は診断組成物。
【請求項２８】
診断試薬の調製における、請求項１から請求項１８までのいずれか１項に記載のタンパク質又はその断片の使用。
【請求項２９】
細胞内細菌からの分泌タンパク質上のＴ細胞エピトープを同定するための方法であって、請求項１に記載のタンパク質又はその免疫原性断片に対する、コンピュータによる予測、ＭＨＣクラス分子の結合アッセイ及び／又はＥＬＩＳＰＯＴアッセイなどのステップを含む方法。
【請求項３０】
宿主細胞の表面に存在している可能性があり、請求項２９に記載の方法によって得ることができる、ペプチドエピトープ。
【請求項３１】
請求項１に記載のタンパク質の４〜２５個の連続したアミノ酸を含む、ペプチドエピトープ。
【請求項３２】
配列番号１の配列を含むポリペプチドの４〜２５個の連続したアミノ酸、好ましくは６〜１５個のアミノ酸、最も好ましくは７〜１０個のアミノ酸を含む、ペプチドエピトープ。
【請求項３３】
配列番号３〜配列番号４５の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３０に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのペプチドエピトープ。
【請求項３４】
配列番号１２２〜配列番号１４８の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３３に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのペプチドエピトープの、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのペプチドエピトープ。
【請求項３５】
配列番号４６〜配列番号１２１の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３０に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのペプチドエピトープ。
【請求項３６】
配列番号１４９〜配列番号１９４の配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３５に記載のＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのペプチドエピトープの、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのペプチド。
【請求項３７】
融合タンパク質の一部である、請求項３０に記載のペプチドエピトープ。
【請求項３８】
担体成分に結合している、請求項３０に記載のペプチドエピトープ。
【請求項３９】
請求項３０に記載のペプチドエピトープをコードする配列を含む、核酸化合物。
【請求項４０】
請求項３９に記載の核酸化合物を含むベクター。
【請求項４１】
請求項４０に記載のベクターで、形質転換又はトランスフェクトした宿主細胞。
【請求項４２】
免疫原性組成物を調製するための、請求項３０に記載のペプチドエピトープの使用。
【請求項４３】
任意に、薬剤として許容される賦形剤を含む、請求項３０に記載のペプチドエピトープを含む免疫原性組成物。
【請求項４４】
細胞内細菌による感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項１に記載のタンパク質の使用。
【請求項４５】
クラミジアによる感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項５に記載のタンパク質の使用。
【請求項４６】
細胞内細菌又は細胞内細菌に対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項１に記載のタンパク質の使用。
【請求項４７】
クラミジア又はクラミジアに対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項５に記載のタンパク質の使用。
【請求項４８】
ヒトの免疫応答を誘導する方法であって、免疫学的に有効な量の請求項１から請求項１８までのいずれかに記載のタンパク質を該ヒトに投与することを含む方法。
【請求項４９】
細胞内細菌によるヒト又は動物の感染を治療又は予防するための、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記細胞内細菌がクラミジア属からのものである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記細胞内細菌が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記細胞内細菌が、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
請求項１に記載のタンパク質又はその断片を生成する方法であって、請求項２２に記載のベクターを用いて宿主細胞を形質転換、トランスフェクト、又は感染させ、該宿主細胞による該タンパク質又は断片の発現を可能にする条件下で該宿主細胞を培養することを含む方法。
【請求項５４】
請求項３０に記載のペプチドエピトープを生成する方法であって、請求項４０に記載のベクターを用いて宿主細胞を形質転換、トランスフェクト、又は感染させ、該宿主細胞による該ペプチドエピトープの発現を可能にする条件下で該宿主細胞を培養することを含む方法。
【請求項５５】
６〜１５個のアミノ酸を含む、請求項３１に記載のペプチドエピトープ。
【請求項５６】
７〜１０個のアミノ酸を含む、請求項３１に記載のペプチドエピトープ。
【請求項５７】
細胞内細菌による感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項１９に記載の核酸化合物の使用。
【請求項５８】
細胞内細菌による感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項２６に記載の抗体の使用。
【請求項５９】
細胞内細菌による感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項３０に記載のペプチドエピトープの使用。
【請求項６０】
クラミジアによる感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項１９に記載の核酸化合物の使用。
【請求項６１】
クラミジアによる感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項２６に記載の抗体の使用。
【請求項６２】
クラミジアによる感染を治療又は予防するための薬剤組成物の調製における、請求項３０に記載のペプチドエピトープの使用。
【請求項６３】
細胞内細菌又は細胞内細菌に対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項１９に記載の核酸化合物の使用。
【請求項６４】
細胞内細菌又は細胞内細菌に対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項２６に記載の抗体の使用。
【請求項６５】
細胞内細菌又は細胞内細菌に対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項３０に記載のペプチドエピトープの使用。
【請求項６６】
クラミジア又はクラミジアに対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項１９に記載の核酸化合物の使用。
【請求項６７】
クラミジア又はクラミジアに対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項２６に記載の抗体の使用。
【請求項６８】
クラミジア又はクラミジアに対して産生された抗体の存在を検出するための診断試薬の調製における、請求項３０に記載のペプチドエピトープの使用。
【請求項６９】
ヒトの免疫応答を誘導する方法であって、免疫学的に有効な量の請求項１９に記載の核酸化合物を該ヒトに投与することを含む方法。
【請求項７０】
ヒトの免疫応答を誘導する方法であって、免疫学的に有効な量の請求項２６に記載の抗体を該ヒトに投与することを含む方法。
【請求項７１】
ヒトの免疫応答を誘導する方法であって、免疫学的に有効な量の請求項３０に記載のペプチドエピトープを該ヒトに投与することを含む方法。