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　特願２００３−５２１８０５「ＣＮＮについての亜鉛フィンガー結合ドメイン」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年　２月２７日国際公開、ＷＯ０３／１６４９６、平成１７年　１月　６日国内公表、特表２００５−５０００６１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯・本願発明
　
　本願は，２００２（平成１４）年８月２０日を国際出願日（パリ条約による優先権主張２００１年８月２０日　米国，２００１年８月２１日　米国）とするものであって，本願発明は，平成２０年３月２１日付手続補正書により補正された明細書の記載からみて，その特許請求の範囲の請求項１〜５２に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ，そのうちの請求項１に係る発明（以下，「本願発明１」という。）は以下のとおりである。
　
「【請求項１】
　少なくとも３個の亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を含む，単離および精製された合成ポリペプチドであって，少なくとも１個の領域が５’−ＣＮＮ−３’に特異的であり，かつ，ＱＳ／ＲＧ／ＨＨ／Ｎ／Ｄ／ＳＬＴ／ＡＥ，Ｎ／ＨＬ／ＴＧ／Ｑ／ＫＨＬＬ／Ｇ／ＡＥまたはＲＡ／Ｓ／ＮＤＨ／Ｔ／Ａ／Ｋ／ＮＬＴＥを含む，ポリペプチド。」
　
第２．引用例
１．引用例１　
　これに対して，原査定の拒絶の理由に刊行物１として引用された本願優先日前の２００１年８月３日に頒布された刊行物であるＪ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，Ｖｏｌ．２７６，Ｎｏ．３１，ｐ．２９４６６−２９４７８（以下，「引用例１」という。）は，「ＤＮＡ配列の５’−ＡＮＮ−３’ファミリーの認識のための亜鉛フィンガードメインの開発と人工転写因子の構築におけるそれらの使用」という表題の論文であり，以下の事項が記載されている。
　
（１）「いかなるＤＮＡ配列にも結合する亜鉛フィンガーを基礎とした転写因子の迅速な構築をするためには，全ての６４個のＤＮＡトリプレットの認識が可能であるモジュラー亜鉛フィンガードメインの存在するセットを拡大することが重要である。ファージディスプレイ選択及び／または合理的な設計がこの目的を達成するために用いられる手段である。」（第２９４６６頁右欄下から１３行〜下から８行）
　
（２）「Ｚｉｆ２６８において，アスパラギン酸はそれぞれのαヘリックスの２位に見出され，２箇所において，塩基特異性を決定している。・・・例えばフィンガー３において，２位のＡｓｐのカルボン酸は，フィンガー-２サブサイトの５’のグアニンあるいはチミンにそれぞれ相補塩基であるシトシンのＮ４あるいはアデニンのＮ６と水素結合をする（略）。それにより，Ｚｉｆ２６８はフィンガー-２サブサイトにおける５’−ＧＧＧ−３’と５’−ＴＧＧ−３’を区別できず，５’−ＡＧＧ−３’及び５’−ＣＧＧ−３’の認識が排除される。」（第２９４６７頁左欄下から２８行〜下から１３行）
　
（３）「ここで，我々はＤＮＡ配列の５’−ＡＮＮ−３’ファミリーを認識する亜鉛フィンガードメインを選択するための，この新しい手段の活用について述べる。これらのドメインの特異的なＤＮＡ結合特性は，全部で１６の５’−ＡＮＮ−３’トリプレットに対する多重標的結合アッセイにより評価される。・・・これらのドメインは，様々な数の５’−ＡＮＮ−３’ドメインを含むポリダクチルタンパク質へ容易に組込まれ得，これらのタンパク質は拡張された１８ｂｐ配列を特異的に認識することを我々は示す。さらに，これらのタンパク質は，内在性のヒト遺伝子ＥＲＢＢ−２及びＥＲＢＢ−３と同様に，レポーター遺伝子を制御する機能を有することを調査した。これらの結果は，予め特定されたビルディングブロックからポリダクチルタンパク質を構築する可能性を強調する。」（第２９４６７頁右欄第２１〜３５行）
　
（４）「グアニンまたはチミン以外の５’ヌクレオチドを含む３ｂｐＤＮＡサイトに結合するモジュラー亜鉛フィンガードメインのために，我々が以前に報告したファージディスプレイライブラリーを用いた選択は，成功しなかった（データは示さない）。このファージディスプレイライブラリーは（略），マウスの転写因子Ｚｉｆ２６８の高結合性変異体であって，これもファージディスプレイにより選択されたＣ７に基づいていた（略）（図１Ａ）。フィンガー‐３認識ヘリックスＲＳＤ−Ｅ−ＬＫＲ（略）の２位のＡｓｐからの交差-サブサイト相互作用のために，これらの特異性のモジュラー認識ドメインをこのライブラリーから選択することは成功しなかったと考えられる。標的部位オーバーラップにより強いられた新しいフィンガー-２ドメインの選択の制限を克服するために，フィンガー-３の枠を超えた相互作用を排除しようと考えた。まず，サブサイト５’−ＧＣＧ−３’に結合するＣ７のフィンガー３（ＲＳＤ−Ｅ−ＲＫＲ）を，２位にアスパラギン酸を含まないドメインと交換した（図１Ａ）。ヘリックスＴＳＧ−Ｎ−ＬＶＲは，以前にフィンガー-２の位置で高い特異性でトリプレット５’−ＧＡＴ−３’に結合する特性が確認されており，２位のＧｌｙが，Ａｓｐにおいて観察された相互作用を可能とする側鎖を持っていないので有望な候補であると思われた（略）。Ｃ７のフィンガー１および２およびフィンガー‐３位に５’−ＧＡＴ−３’認識ヘリックスを含む，この３−フィンガータンパク質（Ｃ７．ＧＡＴ；図１Ａ）における異なるフィンガー‐２サブサイトの標的ＤＮＡに対するＤＮＡ結合特異性について，多重標的ＥＬＩＳＡにより分析し，元のＣ７タンパク質の活性と比較した（略）。」（第２９４６８頁左欄下から９行〜第２９４６９頁左欄第５行）
　
（５）「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
「図１　亜鉛フィンガーファージディスプレイライブラリーの構築　Ａ，ＤＮＡサブサイト５’−ＧＣＧ−３’を認識するＣ-７タンパク質のフィンガー３を，以前に５’−ＧＡＴ−３’に結合することが示されたドメインに交換した。この新しいタンパク質骨格（Ｃ７．ＧＡＴ）がフィンガー２のランダム化に使用された。・・・」（第２９４６８頁）
　
（６）「３−フィンガータンパク質Ｃ７．ＧＡＴに基き，ライブラリーがファージディスプレイベクターｐＣｏｍｂ３Ｈを用いて構築された（略）。遺伝子のランダム化は，ＶＮＳコドンドーピング戦略（Ｖ＝アデニン，シトシンまたはグアニン，Ｎ＝アデニン，シトシン，グアニンまたはチミン，Ｓ＝シトシンまたはグアニン）を用いることによりフィンガー２のαヘリックスの−１，１，２，３，５および６位において行われた。これにより各ランダム化位置において２４のアミノ酸の可能性が生じ得たが，Ｃｙｓ同様芳香族アミノ酸であるＴｒｐ，ＰｈｅおよびＴｙｒ，並びに全ての停止コドンはこの戦略から排除された。ＬｅｕはＣｙｓ２−Ｈｉｓ２型の亜鉛フィンガードメインの認識ヘリックスの４位に主に見出されるため，この位置はランダム化されなかった。・・・非ビオチニル化競合体ＤＮＡの存在下，１６の５’−ＧＡＴ−ＡＮＮ−ＧＣＧ−３’ビオチニル化ヘアピン標的オリゴヌクレオチドの各々にそれぞれ結合する亜鉛フィンガー‐ディスプレイファージの６ラウンドの選択を行った（略）。ビオチニル化標的オリゴヌクレオチドの量を減らし，競合体オリゴヌクレオチド混合物の量を増やすことにより，各ラウンドでの選択のストリンジェンシーを増加させた。・・・ストレプトアビジン‐被覆磁気ビーズへの捕獲により，ビオチニル化標的オリゴヌクレオチドに結合するファージを回収した。典型的には第６ラウンドの選択後にクローンを分析した。選択されたフィンガー‐２ヘリックスのアミノ酸配列を決定したところ，総じて−１位及び３位で良好な保存性を示し（略），これらの位置で以前にみられたアミノ酸残基と一致していた（略）。」（第２９４６９頁左欄第２０行〜右欄第４行）
　
（７）「ＤＮＡ配列の５’−ＡＮＮ−３’ファミリーを認識するとここで記載されたドメインがそのような人工転写因子の構成に適しているかを検討するために，種々の個数の５’−ＡＮＮ−３’ドメインを含む４種類の６−フィンガータンパク質が構築された。」（第２９４７１頁左欄第２４〜２９行）
　
　以上の記載から，引用例１には，３−フィンガータンパク質Ｃ７．ＧＡＴに基づき，フィンガー２のアミノ酸配列をランダム化したファージディスプレイライブラリーを用いることで，ＤＮＡ配列の５’−ＡＮＮ−３’を認識する亜鉛フィンガードメインを取得したこと，得られたドメインを含む６−フィンガータンパク質を構築したことが記載されているものと認められる。
　
第３．対比・判断
１．対比
　本願発明１と引用例１に記載された事項を比較すると，引用例１に記載の「亜鉛フィンガードメイン」は，本願発明１の「亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域」に相当し，引用例１に記載の「得られたドメインを含む６−フィンガータンパク質」は，本願発明１の「少なくとも３個の亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を含む，単離および精製された合成ポリペプチド」に相当する。
　そうすると，本願発明１と引用例１に記載された事項は，「少なくとも３個の亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を含む，単離および精製された合成ポリペプチド」である点で共通するが，両者は，ポリペプチドに含まれる少なくとも１個の亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域が，本願発明１においては，５’−ＣＮＮ−３’に特異的であり，かつ，ＱＳ／ＲＧ／ＨＨ／Ｎ／Ｄ／ＳＬＴ／ＡＥ，Ｎ／ＨＬ／ＴＧ／Ｑ／ＫＨＬＬ／Ｇ／ＡＥまたはＲＡ／Ｓ／ＮＤＨ／Ｔ／Ａ／Ｋ／ＮＬＴＥを含むのに対し，引用例１には，５’−ＡＮＮ−３’に特異的である特定のアミノ酸配列を含む亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域は記載されているものの，５’−ＣＮＮ−３’に特異的である特定のアミノ酸配列を含む亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域は記載されていない点で相違する。
　
２．相違点についての判断
　上記相違点について検討する。　　
　引用例１の記載事項（１）にもあるように，いかなるＤＮＡ配列にも結合する亜鉛フィンガーを基礎とした転写因子を設計するために，ＤＮＡトリプレットの６４個全ての認識が可能である亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域のセットを構築することが必要であることは，本願優先日前に既に公知の技術的課題であった。
　そして，引用例１の記載事項（２）（４）によると，グアニンまたはチミン以外の５’ヌクレオチドに結合する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域の選択については，マウスの転写因子Ｚｉｆ２６８の変異体であるＣ７をもとに作製したファージディスプレイライブラリーを用いても成功していなかったことから，５’ヌクレオチドがアデニン，シトシンであるトリプレットＤＮＡに結合する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を取得することが残された課題であったことが伺え，該課題を解決するために，記載事項（５）の図１Ａに記載された３−フィンガータンパク質Ｃ７．ＧＡＴに基きファージディスプレイライブラリーを構築し，記載事項（６）の選択方法を用いて５’−ＡＮＮ−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を選択したことが記載されている。
　ここで，上記の技術的課題を解決するために，引用例１においても取得されていない５’−ＣＮＮ−３’を認識する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を取得しようとすることは，引用例１に接した当業者にとって自然な発想である。
　また，その際に，記載事項（２）に記載された問題点，すなわち，フィンガー３がフィンガー２サブサイトの５’のグアニンあるいはチミンにそれぞれ相補塩基であるシトシンあるいはアデニンと相互作用をしてしまうために，フィンガー２サブサイトの５’がアデニンあるいはシトシンであるものをＺｉｆ２６８が認識できないという問題点を解決するために記載事項（４）のようにして構築された３−フィンガータンパク質Ｃ７．ＧＡＴに基づくライブラリーを用いることにより，従来得ることが困難であった５’−ＡＮＮ−３’に結合する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域が得られたとの記載を見た当業者であれば，引用例１に，５’−ＡＮＮ−３’と同様にフィンガー３がフィンガー２サブサイトの５’の相補塩基であるシトシンあるいはアデニンと相互作用をしてしまうためにその取得が困難であったことが記載されている５’−ＣＮＮ−３’に結合する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域についても，同様のライブラリーを用いることにより同様に取得し得ることは当業者であれば容易に想到し得ることである。そして，このような方法を用いれば，本願発明１の特定のアミノ酸により特定されるポリペプチドは，当業者であれば，格別の困難性なく，取得できるものである。
　また，本願優先日前に，５’−ＡＮＮ−３’を認識する結合領域を選択することと比較して，５’−ＣＮＮ−３’を認識する結合領域を選択することが困難であったという技術常識が存在したものでもなく，本願明細書を見ても，５’−ＣＮＮ−３’を認識する結合領域を選択するにあたり，引用例１に記載された方法と異なる特別な手段を用いたことも確認できないから，取得にあたり格別の工夫を行ったものではないし，困難性もない。
　
３．本願発明の効果についての判断
　
　本願発明１のポリペプチドの効果は，本願明細書の記載によれば，それに含まれる少なくとも１個の領域が５’−ＣＮＮ−３’以外は認識せず５’−ＣＮＮ−３’を特異的に認識することであると認められる。
　ここで，引用例１記載の手法を５’−ＣＮＮ−３’に適用することにより，このようなポリペプチドが得られること自体は，引用例１の記載から当業者が容易に予測できることである。
　一方，本願明細書には，実施例において記載された選択方法により取得された亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域のアミノ酸配列が表１に示されているが，これらのアミノ酸配列を有する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域が５’−ＣＮＮ−３’以外を認識せず５’−ＣＮＮ−３’を特異的に認識することを示すデータはないから，本願発明１のポリペプチドの効果が確認できないので，本願発明１のポリペプチドが顕著な効果を示すかどうかは不明である。
　また，本願明細書の実施例１０〜１２において，本願発明１のポリペプチドが遺伝子の発現を制御できたことが文言上記載されているが，実験データは示されておらず，顕著な効果を示すことが確認できない。
　
　仮に，表１記載のものが顕著な効果を奏すると仮定した場合であっても，本願発明１は表１に具体的に記載されたアミノ酸配列以外の多数のアミノ酸配列からなる亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を包含するものであるから，それら全体が顕著な効果を奏するとはいえない。
　
　しかも，例えば，本願発明１に含まれ，請求項５において具体的に列挙されている配列番号１４あるいは１５のアミノ酸配列を有する亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域は，平成２１年３月１２日付の審判請求書の手続補正書に添付された参考資料１（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，Ｖｏｌ．２８０，Ｎｏ．４２，Ｏｃｔｏｂｅｒ　２１，２００５，ｐ．３５５８８−３５５９７）におけるＦＩＧＵＲＥ２のｇ）あるいはｔ）に記載されたポリペプチドとそれぞれ一致しているが，ＦＩＧＵＲＥ２において，５’がシチジンである特定のトリプレットに結合することは示されているものの（黒バー），白いバーで示された５’−ＡＮＮ−３’，５’−ＣＮＮ−３’，５’−ＧＮＮ−３’，５’−ＴＮＮ−３’との結合実験の結果をみると，５’−ＣＮＮ−３’よりむしろ５’−ＡＮＮ−３あるいは５’−ＧＮＮ−３と結合することが記載されているので，これらのポリペプチドが５’−ＣＮＮ−３を特異的に認識するとは認められない。
　よって，本願発明１のポリペプチドに含まれる亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域が５’−ＣＮＮ−３’以外を認識せず５’−ＣＮＮ−３’を特異的に認識するとはいえないものを包含しているから，本願発明１の構成全体にわたって，当業者が予測できない顕著な効果が奏せられているとはいえない。
　
４．小括
　
　したがって，本願発明１は引用例１の記載に基づいて当業者が容易に発明することができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
第４．審判請求人の主張について
　
　請求人は，平成２０年３月２１日付の意見書及び平成２１年３月１２日付の審判請求書の手続補正書において，それぞれ以下のように主張している。
　
（１）「本願発明は，ヌクレオチド配列５’−ＣＮＮ−３’に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合領域を含むポリペプチドに係るものであり，その最大の特徴は，ヌクレオチド配列５’−ＣＮＮ−３’と結合するアミノ酸残基配列を初めて明らかにしたことにある（略）。例えば，コンセンサスアミノ酸配列ＱＳ／ＲＧ／ＨＨ／Ｎ／Ｄ／ＳＬＴ／ＡＥが，ヌクレオチド配列５’−ＣＮＡ−３’に結合するとき，６番目のＥがＣに，１番目のＱがＡに結合し，Ｎ／ＨＬ／ＴＧ／Ｑ／ＫＨＬＬ／Ｇ／ＡＥが，５’−ＣＮＣ−３’に結合するとき，６番目のＥがＣに，１番目のＮまたはＨが３’のＣに結合し，さらには，ＲＡ／Ｓ／ＮＤＨ／Ｔ／Ａ／Ｋ／ＮＬＴＥが５’−ＣＮＧ−３’に結合するとき，６番目のＥがＣに，１番目のＲがＧに結合する（略）。・・・また，引用文献１に記載された内容からは，５’−ＣＮＮ−３’のＣがどのアミノ酸残基と特異的に結合するのか特定できず，さらに，本願発明の開示以前は，５’−ＣＮＮ−３’と亜鉛フィンガーヌクレオチド結合領域を含むポリペプチドの相互作用に関する構造情報も示されていなかったことから，本願発明が，引用文献１から容易に想到できたものとは言えない。」
　　
（２）「引用文献１において，配列５’−ＣＮＮ−３’を認識するポリペプチドについて何ら開示されておらず，本願優先日前において，配列５’−ＣＮＮ−３’に関する亜鉛フィンガー／ＤＮＡ相互作用の構造データも全く知られていなかった。その結果，本願優先日前においては，配列５’−ＣＮＮ−３’に特異的なドメインの選択または設計は，達成されていなかった（引用文献１，２９４７２頁，右欄下から７行〜１２行）。また，添付した参考資料１（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，Ｖｏｌ．２８０，Ｎｏ．４２，Ｏｃｔｏｂｅｒ　２１，２００５，ｐ．３５５８８−３５５９７）には，選択したヘリックスのＤＮＡ結合特異性の解析の結果，シトシンの認識はより複雑であり（参考資料１，３５５９５頁，左欄下から１行〜４行目および右欄１行目），シトシンが認識へリックスの側鎖に接近できず，水素結合を形成する機会がほとんどないことから，５’シトシンを含む標的部位を選択することはより難しい旨，記載されている（参考資料１，３５５９４頁，右欄上から３１行〜３５行目）。したがって，上記より，本願優先日前において，配列５’−ＣＮＮ−３’に結合する人工的な合成ポリペプチドの構築が困難なことは明白であり，本願発明を容易に想到できたとは到底考えられない。」
　
　（１）について，５’−ＣＮＮ−３’に結合するポリペプチドが全く知られていなかったわけではなく（例えば，引用例１の第２９４７３頁右欄第１４行には「ＹＹ１のフィンガー４（ＱＳＴ−Ｎ−ＬＫＳ）は５’−ＣＡＡ−３’を認識する」と記載されている。），また，（１）において主張されたコンセンサスアミノ酸配列についての各アミノ酸と各塩基との相互作用は，ファージディスプレイライブラリーを用いた選択により取得された亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域のコンセンサス配列からの予測であって，亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域を取得する際にこれらの相互作用に関する構造情報を用いたわけではないし，該構造情報を用いて新たなポリペプチドを設計したわけでもないから，５’−ＣＮＮ−３’と亜鉛フィンガーヌクレオチド結合領域を含むポリペプチドの相互作用に関する構造情報が知られていなかったことが本願発明１を容易に想到できないことの根拠とはならない。
　さらに，上記相互作用に関する構造情報は，あくまで予測に過ぎず，実際にＸ線構造解析などでこれらの相互作用を確かめたことが明細書において示されたわけでもないから，具体的根拠のない主張である。
　
　（２）のうち，本願優先日前において，配列５’−ＣＮＮ−３’に関する亜鉛フィンガー／ＤＮＡ相互作用の構造データが全く知られていなかった結果，本願優先日前においては，配列５’−ＣＮＮ−３’に特異的なドメインの選択または設計は，達成されていなかったという主張については（１）についての欄で述べた通りである。
　また，参考資料１の，シトシンの認識はより複雑であり，５’シトシンを含む標的部位を選択することはより難しい旨の記載を根拠とする，配列５’−ＣＮＮ−３’に結合する人工的な合成ポリペプチドの構築が困難であったという主張については，参考資料１は本願優先日後の２００５年に公知となった文献であり，しかも，記載されている事項は参考資料１において取得された亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域の各アミノ酸と各塩基との相互作用を解析した結果に基づいて著者が予想したものに過ぎず，本願優先日前にこのような見解が技術常識であったことを示すものではないから参酌できない。
　　
　以上の通りであるから，請求人の（１）及び（２）の主張はいずれも採用することができない。
　
第５．むすび
　
　以上のとおりであるから，本願請求項１に係る発明は，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができないものであるから，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本願は拒絶すべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。
　
第６．付記
　なお，原審では拒絶理由として指摘されていないので，審理の結論に関係する事項ではないが，平成２０年３月２１日付手続補正書における本願の請求項１についての補正について検討する。
　
　上記手続補正書における請求項１についての補正は，亜鉛フィンガーヌクレオド結合領域のアミノ酸配列を特定のコンセンサス配列に限定するものであるが，該補正に関し同日付意見書には，本願明細書段落【００４６】，【００８３】および【００９１】の記載に基づいて補正を行ったことが記載されている。
　ここで，上記該当箇所を見ても，補正後の請求項１に記載されたコンセンサス配列は示されておらず，明細書全体を見ても該配列の記載はない。また，具体的な配列が記載されているのは，段落【００８３】の表１，２および【００９１】の表３であるが，５’−ＣＮＮ−３’に結合するポリペプチドが羅列されているにすぎない。そして，例えば，請求項１のアミノ酸配列ＱＳ／ＲＧ／ＨＨ／Ｎ／Ｄ／ＳＬＴ／ＡＥのうち，５位がＡであるものは記載されていないし，コンセンサス配列に含まれないポリペプチドも複数存在している。また，コンセンサス配列の選択肢で表されたポリペプチドの全ての組み合わせが表１乃至３に記載されているわけでもない。
　したがって，上記コンセンサス配列は，誤訳訂正書による補正後の明細書，特許請求の範囲若しくは図面に明示的に記載された事項ではなく，誤訳訂正書による補正後の明細書，特許請求の範囲若しくは図面に記載した事項から自明な事項であるともいえないため，この補正は誤訳訂正書による補正後の明細書，特許請求の範囲若しくは図面に記載した事項の範囲内においてするものではないことを付言する。