【手続補正書】
【提出日】平成16年11月26日(2004.11.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象が前立腺癌に罹患しているかどうかを評価する方法であって、
ａ）対象からのサンプル中のマーカーの発現レベルを得ること、ここでマーカーは１またはそれ以上のＳＭＡＲＣマーカーから成る群から選択される；
ｂ）対照サンプル中のマーカーの発現の正常レベルを得ること；
ｃ）（ａ）と（ｂ）を比較すること、
を含み、対象からのサンプル中のマーカーの発現のレベルと正常レベルの間の有意な差が、対象が前立腺癌に罹患していることを示すものであるところの方法。
【請求項２】
マーカーが転写されたポリヌクレオチドまたはその部分に対応する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
サンプルが対象から得られる細胞を含むものである、請求項１記載の方法。
【請求項４】
細胞が前立腺から採取されるものである、請求項３記載の方法
【請求項５】
細胞が血液から採取されるものである、請求項３記載の方法。
【請求項６】
サンプル中のマーカーの発現のレベルが、対象におけるマーカーの発現の正常レベルから、少なくとも係数２だけ差がある、請求項１記載の方法。
【請求項７】
サンプル中のマーカーの発現のレベルが、対象におけるマーカーの発現の正常レベルから、少なくとも係数３だけ差がある、請求項１記載の方法。
【請求項８】
サンプルにおけるマーカーの発現のレベルを、マーカーに対応するタンパク質のサンプル中での存在を検出することにより評価する、請求項１記載の方法。
【請求項９】
タンパク質の存在を、タンパク質に特異的に結合する試薬を用いて検出する、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
試薬が、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントから成る群から選択される、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
サンプル中のマーカーの発現のレベルを、転写されたポリヌクレオチドまたはその部分のサンプル中での存在を検出することにより評価する、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
転写されたポリヌクレオチドまたはその部分のサンプル中での存在を検出することが、転写されたポリヌクレオチドまたはその部分を増幅することをさらに含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１５】
サンプル中のマーカーの発現のレベルを、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でマーカーまたはその部分とアニールする転写されたポリヌクレオチドまたはその部分のサンプル中での存在を検出することにより評価する、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
さらに、
ａ）少なくとも２つのＳＭＡＲＣマーカーのサンプル中での発現のレベルを独立に得ること；
ｂ）前立腺癌に罹患していない対照の対象から得た同じタイプのサンプル中の、少なくとも２つのＳＭＡＲＣマーカーのそれぞれの発現の正常レベルを得ること；
ｃ）（ａ）と（ｂ）を比較すること、
を含み、１以上のマーカーの発現のレベルが、マーカーの発現の対応する正常レベルに対して有意に変化していることが、対象が前立腺癌に罹患していることを示すものであるところの、請求項１記載の方法。
【請求項１７】
対象における前立腺癌の進行をモニターする方法であって、
ａ）第１の適当な時点で対象サンプルにおいてマーカーの発現を検出すること、ここでマーカーは、１またはそれ以上のＳＭＡＲＣマーカーまたはその組合せから成る群から選択される；
ｂ）その後の適当な時点でステップ（ａ）を反復すること；および、
ｃ）ステップ（ａ）と（ｂ）において検出された発現のレベルを比較し、それより、対象における前立腺癌の進行をモニターすること、
を含む方法。
【請求項１８】
マーカーが転写されたポリヌクレオチドまたはその部分に対応する、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
サンプルが対象から得られる細胞を含むものである、請求項１７記載の方法。
【請求項２０】
細胞が、前立腺から採取されるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
細胞が、血液から採取されるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２２】
対象において前立腺癌を阻害する治療の有効性を評価する方法であって、
ａ）治療の少なくとも一部を対象に提供する前に対象から得た第１サンプルにおけるＳＭＡＲＣＤ３の発現を得ること；
ｂ）治療後に対象から得た第２サンプルにおけるＳＭＡＲＣＤ３の発現を得ること；
ｃ）（ａ）と（ｂ）を比較すること、
を含み、第２サンプルにおけるマーカーの発現の、第１サンプルに対して有意に高まったレベルが、治療が対象において前立腺癌を阻害するのに有効であることを示すところの方法。
【請求項２３】
試験化合物が細胞において前立腺癌を誘発する潜在的能力を評価する方法であって、
ａ）試験化合物の存在および不在下に細胞の別個の部分標本を維持すること；および、
ｂ）部分標本のそれぞれにおけるＳＭＡＲＣＤ３の発現を比較すること、
を含み、試験化合物の存在下に維持した部分標本におけるマーカーの発現の、試験化合物の不在下に維持した部分標本に対して有意に低下したレベルが、試験化合物が細胞において前立腺癌を誘発する潜在的能力を有することを示すところの方法。
【請求項２４】
前立腺癌を進行させる危険のある対象において前立腺癌を阻害する方法であって、対象の細胞におけるＳＭＡＲＣＤ３マーカーの発現を阻害することを含む方法。
【請求項２５】
前立腺癌を治療するのに有用な化合物を同定する方法であって、
ａ）試験化合物の存在下における細胞中のＳＭＡＲＣＤ３マーカーの発現レベルを測定すること；および、
ｂ）ステップ（ａ）において測定された発現を、試験化合物の不在下での細胞におけるＳＭＡＲＣＤ３マーカーの発現と比較すること、
を含み、試験化合物の存在下でのマーカーの発現レベルが、試験化合物の不在下でのその発現レベルよりも高い場合に、試験化合物が前立腺癌を治療するのに有用であるところの方法。
【請求項２６】
発現レベルを、マーカーのｍＲＮＡのレベルを測定することにより決定する、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
発現レベルを、マーカーのタンパク質のレベルを測定することにより決定する、請求項２５記載の方法。
【請求項２８】
前立腺癌を治療するのに有用な化合物を同定するための方法であって、
ａ）ＳＭＡＲＣＤ３マーカーの活性を測定すること；および、
ｂ）ステップ（ａ）で測定された活性を、試験化合物の不在下でのマーカーの活性のレベルと比較すること
を含み、試験化合物の存在下でのＳＭＡＲＣＤ３マーカーの活性が試験化合物の不在下でのその活性よりも高い場合に、化合物が前立腺癌を治療するのに有用であるところの方法。
【請求項２９】
細胞が前立腺癌細胞である、請求項２８記載の方法。
【請求項３０】
前立腺癌を治療する必要のある患者に、ＳＭＡＲＣＤ３マーカーの発現を増す化合物を投与することを含む、患者において前立腺癌を治療する方法。
【請求項３１】
化合物がＳＭＡＲＣＤ３ｍＲＮＡの発現を増すものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
前立腺癌に罹患している対象におけるアンドロゲン除去治療の有効性を決定する方法であって、
ａ）適当な第１時点で、ＳＭＡＲＣＤ３マーカーの発現レベルを対象において検出すること；
ｂ）対象がアンドロゲン除去治療を開始した後のその後の適当な時点で、ステップ（ａ）を反復すること；および、
ｃ）ステップ（ａ）と（ｂ）において検出されたマーカーの発現のレベルを比較すること、
を含み、発現レベルの増加が、アンドロゲン除去治療が低下効力を有するものであることを示すところの方法。
【請求項３３】
マーカーがＳＭＡＲＣＤ３マーカーである、請求項１記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
本発明は、アンドロゲン依存性前立腺癌細胞（例えば、ＬＮＣａＰ細胞系統）におけるアンドロゲン誘導性の多くの遺伝子の発見に部分的に基くものである。これらの遺伝子は、前立腺疾患の検出、診断、および予測に適したマーカーとして役立つ。本発明により、前立腺癌の検出および診断のための方法およびスクリーニングアッセイが提供される。第１のスクリーニングアッセイは、前立腺癌に関係する遺伝子の発現レベルの変化を検出するものである。特に、本発明により、前立腺疾患の検出、診断および予測のための遺伝子マーカーとしての、クロマチン（ＳＭＡＲＣ）例えば、ＳＭＡＲＣＤ３およびＳＭＲＣＤ１などのＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックス関連アクチン依存性レギュレーターの使用が提供される。クロマチンは、発生中に活発に再構成される。クロマチンの再構成により、遺伝子の転写活性が進行すると考えられる。ＳＷＩ/ＳＮＦ複合体がクロマチンと相互作用し、そして、転写活性因子の機能を促進する(Peterson et al., (1995) Trends Biochem. Sci. 20: 143-146を参照されたい）。哺乳動物のＳＷＩ／ＳＮＦ−様複合体は、ＢＲＧ１結合因子（ＢＡＦ）と呼ばれる９−１２個までのタンパク質サブユニットから成る複合形態で存在する。本発明により、アンドロゲンの存在下でアップ−レギュレートされる（増加したｍＲＮＡおよびタンパク質発現/活性化/アゴナイズ）、またはダウンレギュレートされる（低下したｍＲＮＡおよびタンパク質発現/抑制化/アンタゴナイズ）ＳＭＡＲＣマーカーの使用が提供される。特に、本発明により、アンドロゲンの存在下でダウンレギュレートされることが見出されたＳＭＡＲＣＤ３が提供される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
（発明の詳細な記載）
本発明は、対象における、選択されたマーカーの発現と前立腺癌の存在との間の新たに発見された関連に関するものである。単独および組み合わせにおけるこれらのマーカーの発現の相対レベルは、対象における前立腺癌に関する素因を示すものであり、および／または対象における前立腺癌の存在および存在の可能性を診断するものであることが見出された。本発明により、サンプルまたは対象における前立腺癌の存在または不在を検出するための方法に用いられるＳＭＡＲＣポリヌクレオチド配列を含むマーカー、およびサンプルまたは対象における前立腺癌の発症を予測する方法が提供される。種々のＳＭＡＲＣ遺伝子、例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｕ６６６１５〜Ｕ６６６１９が解明されており、および本発明に適用できる。(例えば、本明細書中に出典明示によりその全教示を組み込む、Ring, HZ, et al., Genomics, 51(1): 140-143, 1998; Muchardt, C and M. Yaniv, Semin Cell Dev Biol. (Review), 10(2): 189-195, 1999;およびWallberg, AE, et al., Mol. Cell. Biol., 20(6): 2004-2013を参照されたい。）本発明のマーカーは、ＳＭＡＲＣ特異的ポリヌクレオチド配列が、完全にマーカーポリヌクレオチドの一部であるポリヌクレオチド配列を含む。それゆえ、本発明は、ＳＭＡＲＣヌクレオチド配列に関するのみならず、その中にＳＭＡＲＣヌクレオチド配列、例えばＳＭＡＲＣＤ３を有する他のポリヌクレオチドを包含する。本発明により、本発明のマーカーを用いて前立腺癌を治療し得る方法も提供される。