【手続補正書】
【提出日】平成18年8月16日(2006.8.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基質配列を切断するプロテアーゼを同定する方法であって、該方法が、プロテアーゼ配列のライブラリーを生成する工程であって、該ライブラリーの各メンバーが、野生型骨格配列に対してＮ個の変異を有するプロテアーゼ骨格を有する、工程；該基質配列を切断する際における該ライブラリーの各メンバーの活性を測定する工程；および各メンバーの該活性を該ライブラリーの平均活性に対して比較する工程であって、それによりどのプロテアーゼが最も高い切断活性を有するかを同定する、工程を包含し、ここでＮは正の整数である、方法。
【請求項２】
前記プロテアーゼが、セリンまたはシステインプロテアーゼである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｎが１である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
Ｎが１〜５である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
Ｎが５〜１０である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
Ｎが１０〜２０である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記プロテアーゼ骨格が、トリプシン、キモトリプシン、サブチリシン、トロンビン、プラスミン、第Ｘａ因子、ｕＰＡ、ｔＰＡ、ＭＴＳＰ−１、グランザイムＡ、グランザイムＢ、グランザイムＭ、エラスターゼ、カイメース、パパイン、好中球エラスターゼ、血漿カリクレイン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子、補体因子セリンプロテアーゼ、ＡＤＡＭＴＳ１３、神経性エンドペプチダーゼ／ネプリライシン、フューリン、およびクルザインからなる群のメンバーの１つのアミノ酸配列を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
標的タンパク質が病状と関係している、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記病状が、慢性関節リウマチ、敗血症、癌、後天性免疫不全症候群、気道感染症、インフルエンザ、心血管疾患、および喘息からなる群のメンバーである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記標的タンパク質が、前記病状を引き起こすように関与している、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
標的タンパク質がアポトーシスに関与している、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記標的タンパク質がカスパーゼ−３である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記検出されたプロテアーゼの活性が前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１０倍増大されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記検出されたプロテアーゼの活性が前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１００倍増大されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記検出されたプロテアーゼの活性が前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１０００倍増大されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
以下の工程：
増大された切断活性を有すると同定された、前記プロテアーゼライブラリーの２つ以上のメンバーを提供する工程；第一の骨格における変異と第二の骨格における変異とを組み合わせて、第三の骨格を生成する工程；および該組み合わせが、前記基質配列に関して増大された切断活性を有する組み合わせ特異性プロテアーゼを生じるか否かを同定する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
プロテアーゼにより特異的に切断される基質配列を同定する方法であって、該方法が、基質配列のライブラリーを生成する工程であって、該ライブラリーの各メンバーが、ランダム化されたアミノ酸配列を有する、工程；該プロテアーゼにより該ライブラリーの各メンバーが切断される度合いを測定する工程であって、それにより該プロテアーゼによって、どの基質配列が、該ライブラリーの他のメンバーの平均切断に比較して最も効率的に切断されるかを検出する、工程を包含する、方法。
【請求項１８】
前記プロテアーゼがセリンプロテアーゼである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記基質配列ライブラリーの各メンバーが４アミノ酸長である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記基質配列ライブラリーの各メンバーが５〜１０アミノ酸長である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記基質配列ライブラリーの各メンバーが１５アミノ酸長である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記基質配列ライブラリーの各メンバーが２０アミノ酸長である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
標的タンパク質が前記基質配列を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記標的タンパク質が、病状に関与している、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記病状が、慢性関節リウマチ、敗血症、癌、後天性免疫不全症候群、気道感染症、インフルエンザ、心血管疾患、炎症、および喘息からなる群のメンバーである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記標的タンパク質が、前記病状を引き起こすように関与している、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記検出された基質配列の切断の効率が、前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１０倍増大されている、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
前記検出された基質配列の切断の効率が、前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１００倍増大されている、請求項１７に記載の方法。
【請求項２９】
前記検出された基質配列の切断の効率が、前記ライブラリーの平均活性に比較して少なくとも１０００倍増大されている、請求項１７に記載の方法。
【請求項３０】
病状を有する患者を処置するための組成物であって、該組成物が、Ｎ個の変異を有する野生型プロテアーゼを含み、ここで該プロテアーゼが、該病状と関係している標的タンパク質を切断するのに十分な量であり、ここで該タンパク質の切断が、該病状の処置をもたらし、そしてここでＮは、正の整数である、組成物。
【請求項３１】
Ｎが１である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
Ｎが１〜５である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３３】
Ｎが５〜１０である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３４】
Ｎが１０〜２０である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３５】
前記病状が、慢性関節リウマチ、敗血症、癌、後天性免疫不全症候群、気道感染症、インフルエンザ、心血管疾患、炎症、および喘息からなる群のメンバーである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３６】
前記プロテアーゼがセリンプロテアーゼである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３７】
前記標的タンパク質が、前記病状を引き起こす、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３８】
前記患者が哺乳動物である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３９】
前記患者がヒトである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項４０】
前記標的タンパク質が、腫瘍壊死因子レセプター、インターロイキン−１、インターロイキン−１レセプター、インターロイキン−２、インターロイキン−２レセプター、インターロイキン−４、インターロイキン−４レセプター、インターロイキン−５、インターロイキン−５レセプター、インターロイキン−１２、インターロイキン−１２レセプター、インターロイキン−１３、インターロイキン−１３レセプター、ｐ−セレクチン、ｐ−セレクチン糖タンパク質リガンド、サブスタンスＰ、ブラジキニン、第ＩＸ因子、免疫グロブリンＥ、免疫グロブリンＥレセプター、ＣＣＲ５、ＣＸＣＲ４、糖タンパク質１２０、糖タンパク質４１、ＣＤ４、ヘマグルチニン、ＲＳウイルス融合タンパク質、Ｂ７、ＣＤ２８、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ４０、血管内皮増殖因子、ＶＥＧＦレセプター、線維芽細胞増殖因子、ＦＧＦレセプター、内皮増殖因子、ＥＧＦレセプター、トランスフォーミング増殖因子、ＴＧＦレセプター、ＣＣＲ１、ＣＸＣＲ３、ＣＣＲ２、Ｓｒｃ、Ａｋｔ、Ｂｃｌ−２、ＢＣＲ−Ａｂｌ、グルカゴンシンターゼキナーゼ−３、ｃｄｋ−２、およびｃｄｋ−４からなる群のメンバーである、請求項３０に記載の組成物。
【請求項４１】
グランザイムＢのアミノ酸配列に９５％同一のポリペプチドを含む組成物であって、ここで該ポリペプチドが、１７１位、１７４位、１８０位、２１５位、１９２位、２１８位、９９位、５７位、１８９位、１９０位、または２２６位の少なくとも１つに変異を有する、組成物。
【請求項４２】
前記変異が、９９位でイソロイシンがアラニンで置換されている、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記変異が、２１８位でアスパラギンがアラニンで置換されている、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４４】
前記変異が、９９位でイソロイシンがアラニンで置換され、かつ２１８位でアスパラギンがアラニンで置換されている、請求項４１に記載の組成物。