【手続補正書】
【提出日】平成18年8月2日(2006.8.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの１つまたは両方がε４アレルを含有する、痴呆患者における認知機能の悪化を予防するためのＣhＥＩ(コリンエステラーゼ阻害剤)薬物を含む薬剤。
【請求項２】
ＣhＥＩがリバスチグミン(EXELON（登録商標）またはENA 713)、タクリン(COGNEX（登録商標）)、ドネペジル(ARICEPT（登録商標）)、ヒューペルジン-A、メトリホネイト、ガランタミン(REMINYL（登録商標）)、フィゾスチグミン、エプタスチグミン、イベデノン、ジフロシロンおよびキロスチグミンから成る群から選択される、請求項１記載の薬剤。
【請求項３】
ＣhＥＩがリバスチグミンである、請求項２記載の薬剤。
【請求項４】
患者が６mg/日またはそれ以上のリバスチグミンで処置される、請求項３記載の薬剤。
【請求項５】
認知機能悪化の決定がＡＤＡＳ−ｃｏｇスコアの使用による、請求項１記載の薬剤。
【請求項６】
痴呆がアルツハイマー型の痴呆(ＤＡＴ)である、請求項１記載の薬剤。
【請求項７】
患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの１つまたは両方がε４アレルを含有する、痴呆患者における行動問題の悪化を予防するためのＣhＥＩ薬物を含む薬剤。
【請求項８】
痴呆がＤＡＴである、請求項７記載の薬剤。
【請求項９】
ＣhＥＩがリバスチグミン(EXELON（登録商標）またはENA 713)、タクリン(COGNEX（登録商標）)、ドネペジル(ARICEPT（登録商標）)、ヒューペルジン-A、メトリホネイト、ガランタミン(REMINYL（登録商標）)、フィゾスチグミン、エプタスチグミン、イベデノン、ジフロシロンおよびキロスチグミンから成る群から選択される、請求項７記載の薬剤。
【請求項１０】
ＣhＥＩがリバスチグミンである、請求項７記載の薬剤。
【請求項１１】
患者が６mg/日またはそれ以上のリバスチグミンで処置される、請求項７記載の薬剤。
【請求項１２】
患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの１つまたは両方がε４アレルを含有する、痴呆患者における認知機能障害を改善するためのＣhＥＩ薬物を含む薬剤。
【請求項１３】
痴呆がＤＡＴである、請求項１２記載の薬剤。
【請求項１４】
ＣhＥＩがリバスチグミン(EXELON（登録商標）またはENA 713)、タクリン(COGNEX（登録商標）)、ドネペジル(ARICEPT（登録商標）)、ヒューペルジン-A、メトリホネイト、ガランタミン(REMINYL（登録商標）)、フィゾスチグミン、エプタスチグミン、イベデノン、ジフロシロンおよびキロスチグミンから成る群から選択される、請求項１２記載の薬剤。
【請求項１５】
ＣhＥＩがリバスチグミンである、請求項１２記載の薬剤。
【請求項１６】
患者が６mg/日またはそれ以上のリバスチグミンで処置される、請求項１５記載の薬剤。
【請求項１７】
認知機能障害がＡＤＡＳ−ｃｏｇの使用によって測定される、請求項１２記載の薬剤。
【請求項１８】
改善がＡＤＡＳ−ｃｏｇスケールで４ポイント以上である、請求項１７記載の薬剤。
【請求項１９】
患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの１つまたは両方がε４アレルを含有する、痴呆患者における行動問題を改善するためのＣhＥＩ薬物を含む薬剤。
【請求項２０】
ＣhＥＩがリバスチグミン(EXELON（登録商標）またはENA 713)、タクリン(COGNEX（登録商標）)、ドネペジル(ARICEPT（登録商標）)、ヒューペルジン-A、メトリホネイト、ガランタミン(REMINYL（登録商標）)、フィゾスチグミン、エプタスチグミン、イベデノン、ジフロシロンおよびキロスチグミンから成る群から選択される、請求項１９記載の薬剤。
【請求項２１】
ＣhＥＩがリバスチグミンである、請求項２０記載の薬剤。
【請求項２２】
リバスチグミンの用量が６mg/日またはそれ以上の用量である、請求項２１記載の薬剤。
【請求項２３】
行動問題が、鬱病、精神病、妄想、睡眠障害、徘徊、怒りの爆発、攻撃性、動揺、無気力、不安、疑い深さ、恐怖心および妄想症からなる群から選択される、請求項１９記載の薬剤。
【請求項２４】
痴呆がＤＡＴである、請求項１９記載の薬剤。
【請求項２５】
痴呆に罹った個体のＣhＥＩ薬物による処置への応答性を決定する方法であって、
ａ）該個体に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの各々について、ＡpoＥ遺伝子型の性質を決定すること、そこで
ｂ）該個体に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの１つまたは両方が、ε４アレルを含有するなら、該患者を良好なレスポンダー群と位置づけること、または
ｃ）該患者のＡpoＥ遺伝子の２つのコピーどちらもε４アレルを含有しないなら、該患者を低いレスポンダー群と位置づけること、を含む方法。
【請求項２６】
痴呆が、ＤＡＴ、血管性痴呆、レビ小体（Lewy body）型痴呆、パーキンソン病型痴呆、ダウン症痴呆および軽度の認知障害からなる群から選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
痴呆がＤＡＴである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
近い将来、痴呆患者に必要とされるであろうケアのレベルを予測するための方法であって、
ａ）該患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーの各々について、ＡpoＥ遺伝子型の性質を決定すること、そこで
ｉ）該患者に存在するＡpoＥ遺伝子の１つまたは両方の２つのコピーが、ε４アレルを含有するなら、該患者が、「安定状態でいるか、改善する」近い将来の処置群に分類される、
ｉｉ）ＣhＥＩ薬物による処置が、該患者の症候を安定させるか、または改善すると考えられ、該患者が近い将来に必要とされるケアのレベルにおける増加を必要としないと考えられる、そして
ｉｉｉ）該患者に存在するＡpoＥ遺伝子の２つのコピーどちらもε４アレルを含有しないなら、該患者が、「継続的に悪化する」近い将来の処置群に分類され、該患者の症候は悪化を示すと予測され、該患者が近い将来に必要なケアのレベルを増加させる必要があろうと予測されること、を含む方法。
【請求項２９】
ＣhＥＩがリバスチグミン(EXELON（登録商標）またはENA 713)、タクリン(COGNEX（登録商標）)、ドネペジル(ARICEPT（登録商標）)、ヒューペルジン-A、メトリホネイト、ガランタミン(REMINYL（登録商標）)、フィゾスチグミン、エプタスチグミン、イベデノン、ジフロシロンおよびキロスチグミンから成る群から選択される、請求項２４記載の方法。
【請求項３０】
ＣhＥＩがリバスチグミンである、請求項２５記載の方法。
【請求項３１】
リバスチグミンが６mg/日またはそれ以上の用量で処置される、請求項２６記載の方法。
【請求項３２】
痴呆がＤＡＴである、請求項２４記載の方法。
【請求項３３】
患者におけるＡpoＥ４アレルの存在の有無を決定するためのキットであって、
ａ）ＡpoＥ４アレルの存在の有無を検出するための少なくとも１つの特異的な試薬、および
ｂ）ＡpoＥ４の状態を基にした推奨される処置選択のための指示書、を含むキット。
【請求項３４】
試薬が患者におけるＡpoＥ４アレルの検出のための核酸を含む、請求項３３記載のキット。
【請求項３５】
試薬が少なくとも１つの遺伝子特異的遺伝子型判定用オリゴヌクレオチドを含む、請求項３３記載のキット。
【請求項３６】
試薬が２つの遺伝子特異的遺伝子型判定用オリゴヌクレオチドを含む、請求項３３〜３５のいずれかに記載のキット。
【請求項３７】
試薬が少なくとも１つの遺伝子特異的遺伝子型判定用オリゴヌクレオチドを含有する少なくとも１つの遺伝子特異的遺伝子型判定用プライマー組成物を含む、請求項３３〜３６のいずれかに記載のキット。
【請求項３８】
遺伝子特異的遺伝子型判定用プライマー組成物が少なくとも２対のアレル特異的なプライマー対を含む、請求項３７記載のキット。
【請求項３９】
２つのアレル特異的遺伝子型判定用オリゴヌクレオチドが、別々の容器に梱包されている、請求項３８記載のキット。
【請求項４０】
痴呆患者のための処置ストラテジーを決定する際に使用するためのキットであって、
（ａ）ＡpoＥ４遺伝子のポリペプチド発現産物を認識し、かつ結合し得る抗体、
（ｂ）該抗体と該個体からの体液サンプルを含有するための適当な容器、その中で、該抗体は、ＡpoＥ４ポリペプチドと、もしそれが存在するなら接触し得る、
（ｃ）該抗体とＡpoＥ４ポリペプチドとの組合せ物を検出するための手段、および
（ｄ）キットを使用するための指示書、を含むキット。
【請求項４１】
痴呆患者のための処置ストラテジーを決定する際に使用するためのキットであって、
（ａ）ＡpoＥ４遺伝子のｍＲＮＡ発現産物を認識し、結合し得るポリヌクレオチド、
（ｂ）該ポリヌクレオチドと該個体からの体液サンプルを含有するのに適当な容器、その中で、該ポリヌクレオチドはＡpoＥ４ｍＲＮＡと、もしそれが存在するなら接触し得る、
（ｃ）該ポリヌクレオチドとＡpoＥ４ｍＲＮＡとの組合せ物を検出するための手段、および
（ｄ）キットを使用するための指示書、を含むキット。
【請求項４２】
痴呆患者のための処置ストラテジーを決定する際に使用するためのキットであって、
（ａ）ＡpoＥ４遺伝子のＤＮＡ配列のある部分を認識し、結合し得るポリヌクレオチド、
（ｂ）該ポリヌクレオチドと該個体からの体液サンプルを含有するのに適当な容器、その中で、該ポリヌクレオチドは、ＡpoＥ４ＤＮＡ配列と、もしそれが存在するなら接触し得る、
（ｃ）ポリヌクレオチドとＡpoＥ４ＤＮＡ配列との組合せ物を検出するための手段、および
（ｄ）キットを使用するための指示書、を含むキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
記憶は、個人に情報を、記憶し、保持し、思い出し、認識するように求めることによって、形式的に試験され得る。新しい情報を学習する能力は、個体に単語のリストを学習するよう求めることで評価され得る。個体は、その単語を反復し(記憶)、数分後にその情報を思い出し(保持、思い出す）、そして複数のリストからその単語を認識する（認識)ことが要求される。新しい情報を学習することが困難な個体は、最初にこのマテリアルを学習していないため、手がかりや助言、例えば多肢選択質問によっては助けられない。これに対して、主に再生障害の個体は、彼らの障害が彼らの記憶を呼び出す能力にあるため、手がかりや助言によって助けられ得る。遠い記憶は、個体情報を思い出すか、または個体が興味を持った過去のマテリアル、例えば、政治、スポーツ、エンターテイメントを思い出すために、個体に質問することによって試験され得る。また、個体の機能、例えば、仕事、買物、調理、支払、迷子にならずに帰宅する能力に対する記憶障害の影響を(個体および情報提供者から）決定することは有用である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
遅発発症−開始が６５歳以後の場合：
２９０．３    譫妄状態を有する：譫妄状態が痴呆と重なる場合。
２９０．２０  妄想を有する：妄想が目立った特徴である場合。
２９０．２１  憂鬱を有する：憂鬱（大鬱病エピソードに対する正規の症候基準と一致する所見を包含する）が優勢な特徴である場合。一般的な健康状態による気分障害の別の診断は示されない。
２９０．０    併発症を伴わない：現行の臨床的表示において上記の目立った点がない場合。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８１】
実施例１
患者ＡpoＥε４遺伝子型のＣhＥＩ、リバスチグミンに対する応答への効果に関する薬理遺伝学試験を行った。リバスチグミン酒石酸塩は、ＡＣｈＥおよびＢｕＣｈＥの両方の阻害剤であり、Novartis Pharmaceuticals Corporation, East Hanover, NJ.の商品名EXELON（登録商標）として購入できる。治験中の個体を、彼らが摂取する用量、すなわち、＜６mg/日のリバスチグミン、６-１２mg/日のリバスチグミンおよびプラセボによって各処置群に分けた。各処置群を別々に分析した。各処置群における個体を、遺伝子型データを基にＡpoＥε４担持または非担持として分類した。ＡpoＥε４担持者と４ポイント以上の改善度の間の有意な関連性(Ｐ＝０.００７１)を６−１２mg群に見出した。対照的に、試験において、ＡpoＥε４アレルと非悪化との関連性は、同じ群では有意でなかった(Ｐ＝０.１１７２)。６mgよりも多いか、同量のリバスチグミンの用量で処置された場合、非ＡpoＥε４担持者の４８.７％と比較して、ＡpoＥε４担持者の６５％で処置に対する応答を観察した(表７)。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８８】
試験群を、彼らが受けた処置に基づいて３つの群に分けた。この３つの群は、プラセボ、リバスチグミン＜６mg/日およびリバスチグミン＞６mg/日である。全ての分析を、各群別々に行った。ＡpoＥに対する遺伝子型データを、ε４アレルの存在の有無について記録した。この記録された遺伝子型データを、カテゴリー変数として用いた。この記録した値を表５に示した。
表５．ＡpoＥ遺伝子型の再分類

ＡpoＥ遺伝子型          記録された遺伝子型      
ε２／ε３                非ε４担持者
ε３／ε３                                      
ε２／ε４
ε３／ε４                ε４担持者
ε４／ε４                                      
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９４】
表８．処置応答の比較(ＡpoＥε４の担持者および非担持者の間で、様々な処置群間でＡＤＡＳ−ｃｏｇにおける４ポイント改善基準を測定した場合)
【表３】
2005534710.tif 000001
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９５】
非悪化基準によって測定した場合にＡpoＥε４担持者の間での処置に対する応答の差違は、表９に示したように非常に有意であることがわかった(Ｐ＝０.０００００１５１)。
表９．処置応答の比較(ＡpoＥε４担持者および非担持者の間で、様々な処置群間でＡＤＡＳ−ｃｏｇスコアにおける非悪化によって測定した場合)
【表４】
2005534710.tif 000002
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
表１２．様々な遺伝子型群における人口統計学的情報

ＡpoＥ                  人種              性別                  ＡＰＯＥε４
アジア人/                    平均年齢(ＳＤ)    の分類
白人  黒人  東洋人  その他    男性  女性                              
ε2/ε3    15      1      0      0      12      4    76.4(10.8） ε4なし(121)*
ε3/ε3    102     2      0      1      52     53    73.9(9.0)
ε2/ε4    13      1      0      0       6      8    74.4(7.6) 
ε3/ε4    169     2      2      2      79     96    74.4(6.9)   ε4(246)*
ε4/ε4    53      2      0      2      20     37    72.5(5.4)                 
*（）内の数は、そのカテゴリー内の個体数を示す。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２９】
反応性メルカプト基を特異的に結合するあらゆる固体支持体を、本発明の実施の際に用いうる。具体的には、固体支持体は、競合基、例えば、アミノ、ヒドロキシルおよびカルボキシレートの存在下で、メルカプト基群を共有結合することを意味する。これらの固体支持体には、次のものが包含されるが、これらに限定するものではない；tresyl-Chemistryを用いる固体支持体(Nilsson, Method Enzymol., Vol. 63, p. 56 (1984)を参照されたい);ピリジルジスルフィドを有する活性化ゲル(Egoroy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 72, p. 171 (1975)を参照されたい)；またはジスルフィド結合を生成するジチオ-５-ニトロ安息香酸成分およびＴＮＢ−チオール(５-チオ-２-ニトロ安息香酸)アガロースゲル(例えば、Pierce-Chemical Co., PO Box 117, Rockford, IL 61105から購入し得るPierce製品番号20409G)。好ましい固体支持体は、一般式、Ｒ−ＣＯＣＨ2Ｘ（式中、Ｒは固体基質、例えばゲルであり、Ｘはハロゲン、例えばＣｌ、Ｂｒ、Ｉ、好ましくはＩである。）によって示されるものである。特に好ましいものは、Pierce, PO Box 117, Rockford, IL  61105から製品番号44895G、20405G、20401G、20402Gおよび20403Gとして購入できるSULFOLINK.RTM（登録商標）カップリングゲルである。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４９】
ハプロタイプ決定法のある実施態様は、個体からＡpoＥ遺伝子の２つのコピーのうち１つのみ、あるいはそのフラグメントを含有する核酸分子を単離し、そこで、そのコピーの１以上の多型部位でのヌクレオチドの同一性を決定し、そのコピーの個体のハプロタイプを割り当てることを含む。核酸は、ＡpoＥ同質遺伝子を製造するための上記方法のうちの１つに限定しないが、それを含む２つのコピーのＡpoＥ遺伝子またはフラグメントを分離し得るあらゆる方法を用いて単離し得、標的イン・ビボ・クローニングが好ましい方法である。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５１】
好ましい実施態様において、ＡpoＥハプロタイプの対は、該個体に存在するＡpoＥ遺伝子の各コピーにおいて１以上の多型部位でのヌクレオチドの段階的な配列同定によって個体について決定した。特に好ましい実施態様において、ハプロタイプ決定法は、ＡpoＥ遺伝子の各コピーにおいて各多型部位でのヌクレオチドの段階的な配列同定を含む。両方の遺伝子複製物のハプロタイプを決定する場合、同一工程を、別々の容器にある遺伝子の各コピーで行うのが好ましい。しかし、２つのコピーが異なるタグで標識されるか、あるいは別々に区別または同定し得る場合、ある場合には、同じ容器内で実施することも起こりうることも想像される。例えば、第一番目および第二番目のコピーの遺伝子が、各々異なる一次および二次蛍光染色で標識される場合、そして別の第３番目の異なる蛍光染色で標識したアレル-特異的なオリゴヌクレオチドは、多型部位(群)をアッセイするために使用され、次に第一番目と第三番目の染色物の組合せを検出することにより、第一遺伝子コピーにおいて多型性が同定され、これら第二番目および第三番目の染色物の組合せを検出しながら、これらの第二番目の遺伝子コピーにおいて多型性を同定する。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５７】
アレル-特異的なオリゴヌクレオチドと標的ポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションは、溶液中の両方の構成要素を用いて行うか、あるいはこのようなハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチドまたは標的ポリヌクレオチドのいずれかが固体支持体に共有または非共有結合される場合に実施され得る。結合は、例えば、抗体−抗原相互作用、ポリ-Ｌ−Ｌｙｓ、ストレプトアビジンまたはアビジン−ビオチン、塩架橋、疎水相互作用-化学結合、ＵＶ交差結合焼成などにより媒介し得る。アレル-特異的なオリゴヌクレオチドは、固体支持体上で直接合成し得るか、または固体支持体に結合した後に合成し得る。本発明の検出方法において使用するための適当な固体支持体は、シリコン、ガラス、プラスチック、紙などから成る基質を含み、それらは例えば、ウェル(９６-ウェルプレートにおいて)、スライド、シート、膜、ファイバー、チップ、ディシュおよびビーズに形成される。固体支持体を、アレル-特異的なオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の固定化を可能にするように、処理、被覆または誘導され得る。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６２】
ＡpoＥハプロタイプの対を予測するための方法の一実施態様において、割り当てステップは、次の分析を行うことを包含する。第一に、可能性のあるハプロタイプの各対を、参照集団においてハプロタイプの対と比較する。一般的に、参照集団におけるハプロタイプの対のうちの１つのみが、可能性のあるハプロタイプの対に一致し、その対は、各個体に割り当てる。ときには、参照ハプロタイプの対において示される１つのハプロタイプのみが、個体について可能性のあるハプロタイプの対と一致し、このような場合には、個体は、可能性のあるハプロタイプの対からこの既知のハプロタイプおよび新規ハプロタイプを含有するハプロタイプの対を割り当てる。まれな場合において、参照集団においてハプロタイプが可能性のあるハプロタイプの対と一致しないか、あるいは複数の参照ハプロタイプの対が可能性のあるハプロタイプの対と一致する。このような場合には、個体は、直接的な分子ハプロタイプ決定法（a direct molecular haplotyping）、例えば、CLASPER SYSTEM（登録商標）技術(U.S. Patent No. 5,866,404)、ＳＭＤまたはアレル特異的なlong-rangeＰＣＲを用いて、ハプロタイプ決定するのが好ましい。Michalotos-Beloin et al., 上掲, を参照されたい。)。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６３】
用語解説
明細書中で使用する「抗体」なる用語は、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、さらにＦａｂまたは他のイムノグロブリン発現ライブラリーの産物を包含するＦａｂフラグメントを包含する。
「ポリヌクレオチド」は、一般的に、あらゆるポリリボヌクレオチド（ＲＮＡ)またはポリデオキシリボヌクレオチド(ＤＮＡ)を示し、これは、修飾されないか、または修飾されたＲＮＡまたはＤＮＡであり得る。「ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖部分の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡならびに一本鎖および二本鎖部分の混合物であるＲＮＡ、一本鎖またはより一般的には二本鎖もしくは一本鎖および二本鎖部分の混合物であるＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、これに限定しない。さらに、「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖部分を示す。また、用語「ポリヌクレオチド」は、１以上の修飾された塩基を有するＤＮＡまたはＲＮＡおよび安定性あるいは他の理由のために修飾されたバックボーンを有するＤＮＡまたはＲＮＡを含有する、ＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。