【手続補正書】
【提出日】平成18年5月17日(2006.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、細胞、組織または生物体のメチル化プロファイルを測定するための方法：
a. 細胞、組織もしくは生物体由来のランダムに切断または剪断されたDNA断片の集団を提供する段階であって、DNAが第一部分および第二部分を含み、かつ各部分がメチル化および非メチル化断片を含む、段階；
b. 第二部分からメチル化または非メチル化DNAを削除する段階；ならびに
c. 以下の少なくとも2つから少なくとも1つの配列の相対的量を定量化する段階：
第一部分、
第二部分におけるメチル化DNA、および
第二部分における非メチル化DNA。
【請求項２】
定量化する段階が定量的増幅を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
DNA断片の平均サイズが0.1 kb〜10 kbの間である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
削除する段階が以下を含む、請求項1記載の方法：
第二部分をメチル化感受性制限酵素またはメチル化依存性制限酵素で断片化し、消化DNAおよび未消化DNAを生じる段階；ならびに
未消化DNAから消化DNAを分離する段階。
【請求項５】
以下をさらに含む、請求項4記載の方法：
第一部分を標識で標識する段階；
第二部分由来の消化または未消化DNAを標識で標識する段階；
第一および第二部分由来の標識DNAを核酸にハイブリダイズさせる段階；
核酸にハイブリダイズしている第一および第二標識を検出することにより核酸の相対的メチル化を測定し、それにより、細胞、組織または生物体由来の少なくとも1つの核酸配列のメチル化プロファイルを測定する段階。
【請求項６】
メチル化DNAがランダムに切断または剪断されたDNAから削除されている、請求項1記載の方法。
【請求項７】
非メチル化DNAがランダムに切断または剪断されたDNAから削除されている、請求項1記載の方法。
【請求項８】
定量化段階が、メチル化または非メチル化されたDNAが減少したDNAを、固体支持体に連結された核酸にハイブリダイズさせる段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項９】
固体支持体がマイクロアレイ、ビーズおよびマトリックスからなる群より選択される、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
生物体が植物、動物、真菌および原核生物から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
核酸のメチル化プロファイルを核酸の転写プロファイルと比較し、それにより、核酸のメチル化プロファイルと転写プロファイルとの間の関係を測定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
核酸の転写プロファイルがマイクロアレイで検出される、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
核酸のメチル化プロファイルを核酸のクロマチンパッケージング状態プロファイルと比較し、それにより、核酸のメチル化プロファイルとクロマチンパッケージング状態プロファイルとの間の関係を測定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
細菌病原体の検体のメチル化プロファイルを病原体の参照菌株と比較する段階であって、メチル化パターンの類似性が検体および参照菌株の共通の起源を示している、段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
核酸のメチル化プロファイルを核酸のコピー数と比較し、それにより、核酸のメチル化および核酸のコピー数の組み合わせの表現型への寄与を測定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
核酸のコピー数がマイクロアレイで検出される、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも第一および第二DNA試料のメチル化プロファイルが比較され、
段階aが、DNA試料からランダムに切断または剪断されたDNA断片の集団を提供する段階を含み；
段階bが以下の：
(i)第一DNA試料のランダムに切断もしくは剪断されたDNAからメチル化または非メチル化DNAを削除する段階、および
(ii)任意で、第二DNA試料の切断もしくは剪断されたDNAからメチル化または非メチル化DNAを削除する段階；を含む、請求項1記載の方法であって、かつ、
以下をさらに含む方法：
c. 削除されている第一DNA試料由来の少なくとも1つの配列の量を切断もしくは剪断された第二DNA試料または削除されている第二DNA試料におけるその配列の量と比較する段階。
【請求項１８】
試料それぞれが第一部分および第二部分を含み、かつ各試料由来の第二部分がメチル化または非メチル化DNA断片について削除されている；ならびに
第一試料由来の第一部分、第一試料由来の第二部分、第二試料由来の第一部分および第二試料由来の第二部分がそれぞれ、標識されかつ核酸にハイブリダイズしており、第一部分のハイブリダイゼーションの比率がCGHプロファイルを提供し、かつ各試料についての第一および第二部分のハイブリダイゼーションの比率が各試料についてのメチル化プロファイルを提供している、
請求項17記載の方法。
【請求項１９】
試料それぞれが第一部分および第二部分を含み、かつ各試料由来の第二部分がメチル化または非メチル化DNA断片について削除されている；ならびに
2つの部分が標識されかつ核酸にハイブリダイズし、2つの部分が以下のいずれかである、請求項17記載の方法：
第一試料由来の第一部分および第一試料由来の第二部分；
第一試料由来の第二部分および第二試料由来の第一部分；
第二試料由来の第一部分および第二試料由来の第二部分；または
第二試料の第二部分および第一試料の第一部分。
【請求項２０】
削除する段階が以下を含む、請求項17記載の方法：
ランダムに切断または剪断されたDNAをメチル化感受性またはメチル化依存性制限酵素で消化し、制限酵素により消化されたDNAおよび制限酵素により消化されないDNAを生じる段階；ならびに
未消化DNAから消化DNAを分離する段階。
【請求項２１】
以下をさらに含む、請求項20記載の方法：
消化または未消化DNAを標識で標識する段階；
標識DNAを核酸にハイブリダイズさせる段階；および
核酸にハイブリダイズしている標識DNAを検出することにより少なくとも1つの核酸配列のメチル化状態を測定する段階。
【請求項２２】
ポリヌクレオチドを示している固体支持体であって、ポリヌクレオチドが標識DNA部分にハイブリダイズしており、その部分が細胞、組織もしくは生物体由来のランダムに切断または剪断されたDNA断片の集団由来であり；
その部分が、対象となる非メチル化断片のパーセントにおいて集団における最初のパーセントの40%以下まで低下している、または対象となるメチル化断片のパーセントにおいて集団における最初のパーセントの40%以下まで低下している、固体支持体。
【請求項２３】
DNA部分が、集団における最初のパーセントと比較して非メチル化断片の40%以下しか有していない、請求項22記載の固体支持体。
【請求項２４】
DNA部分が、集団における最初のパーセントと比較してメチル化断片の40%以下しか有していない、請求項22記載の固体支持体。
【請求項２５】
DNA部分が以下の段階によりメチル化または非メチル化断片について削除されている、請求項22記載の固体支持体：
ランダムに切断または剪断されたDNAをメチル化感受性またはメチル化依存性制限酵素で処理する段階；および
以下のいずれかの段階：
制限酵素により断片化されないDNAを選択する段階；または
制限酵素により断片化されたDNAを選択する段階。