【手続補正書】
【提出日】平成18年10月13日(2006.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち複数に関して、生体サンプルにおけるＲＮＡ発現レベルを判定すること；
ｂ）患者の遺伝子発現プロフィールと表３に示されている平均非浮腫発現プロフィールとを比較すること；
ｃ）（ｂ）における比較から得られた２つの遺伝子発現プロフィール間の類似性を判定すること；
ｄ）（ｃ）において判定された類似性の程度の手段により、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症する見込みを判定する
ことを含む方法。
【請求項２】
（ｃ）において判定される前記類似性が前記の２つの遺伝子発現プロフィールを比較することにより得られる数学的相関係数である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｃ）において判定される前記相関係数がピアソンの相関係数（ＰＣＣ）である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ステップ（ｄ）が、ＰＣＣが０.３７未満であれば、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症しないよりも発症する見込みが高いと判定し、ＰＣＣが０.３７以上であれば、患者が浮腫を発症するよりも発症しない見込みが高いと判定することにより判定される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを、１５％の浮腫症例だけしか浮腫を持たないとして誤分類されないような高感度で予測する方法であって、
ａ）表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち複数に関して、生体サンプル中のＲＮＡ発現レベルを判定すること；
ｂ）患者の遺伝子発現プロフィールと表３に示されている平均非浮腫発現プロフィールとを比較すること；
ｃ）（ｂ）における比較から得られた２つの遺伝子発現プロフィールの間のＰＣＣを判定すること；
ｄ）ＰＣＣが負または０.７８未満であれば、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症しないよりも発症する見込みが高いと判定すること；および
ｅ）負のＰＣＣが０.７８以上であれば、患者が浮腫を発症するよりも発症しない見込みが高いと判定する
ことを含む方法。
【請求項６】
生体サンプルが血液サンプルを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
表２の１３のプレディクター遺伝子の全てが用いられる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
薬物がチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ＴＫＩがイマチニブまたはＧＬＥＥＶＥＣ（商標）／ＧＬＩＶＥＣ（登録商標）である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
薬物で処置された際にどの女性患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）患者に存在する２コピーのＩＬ−１β遺伝子に関して、転写開始部位から−５１１塩基対上流の位置（配列Ｘ０４５００の１４２３番）にある多型部位におけるヌクレオチド対の同一性を判定すること；および
ｂ）この部位のヌクレオチド対が双方ともＧＣであれば、患者が浮腫を発症する見込みがあると判定し、この部位のヌクレオチド対の少なくとも一方がＡＴであれば、患者が浮腫を発症する見込みがないと判定すること
を含む方法。
【請求項１１】
薬物がＴＫＩである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ＴＫＩがイマチニブまたはＧＬＥＥＶＥＣ（商標）／ＧＬＩＶＥＣ（登録商標）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
薬物で処置された際にどの女性患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）患者に存在する２コピーのＩＬ−１β遺伝子に関して、転写開始部位から−３１塩基対上流の位置（配列Ｘ０４５００の１９０３番）にある多型部位におけるヌクレオチド対の同一性を判定すること；および
ｂ）この部位のヌクレオチド対が双方ともＡＴであれば、患者が浮腫を発症する見込みがあると判定し、この部位のヌクレオチド対の少なくとも一方がＧＣであれば、患者が浮腫を発症する見込みがないと判定すること
を含む方法。
【請求項１４】
薬物がＴＫＩである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＴＫＩがイマチニブまたはＧＬＥＥＶＥＣ（商標）／ＧＬＩＶＥＣ（登録商標）である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
薬物で処置された際にどの女性患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）生体サンプルにおいてＩＬ−１β遺伝子の転写レベルを判定すること；および
ｂ）そのレベルが閾値レベルを超えていれば、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症する見込みがあると判定する
ことを含む方法。
【請求項１７】
薬物で処置された際にどの女性患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）生体サンプルにおいてＩＬ−１β遺伝子により発現されるタンパク質のレベルを判定すること；および
ｂ）そのレベルが閾値レベルを超えていれば、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症する見込みがあると判定する
ことを含む方法。
【請求項１８】
薬物がＴＫＩである、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＴＫＩがイマチニブまたはＧＬＥＥＶＥＣ（商標）／ＧＬＩＶＥＣ（登録商標）である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測する方法であって、
ａ）表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のタンパク質産物のうち２以上に関して、生体サンプルにおけるタンパク質発現パターンを判定すること；
ｂ）このタンパク質発現パターンと表３に示されている浮腫および非浮腫発現プロフィールに関して予想されるパターンとを比較すること；
ｃ）そのパターンが、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症する見込みがない非浮腫パターンと類似性が高いかどうかを判定すること；および
ｄ）そのパターンが、薬物で処置された際に患者が浮腫を発症する見込みがある浮腫パターンと類似性が高いかどうかを判定すること
を含む方法。
【請求項２１】
表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち複数のタンパク質発現を判定する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
表２に示されている１３のプレディクター遺伝子の全てのタンパク質発現を判定する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
薬物がＴＫＩである、請求項２０〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
ＴＫＩがイマチニブまたはＧＬＥＥＶＥＣ（商標）／ＧＬＩＶＥＣ（登録商標）である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
患者を薬物で処置する方法であって、
ａ）請求項１６〜２４のいずれか一項に記載の方法の使用により、意図した薬物に曝された際に特定の患者が浮腫を発症する見込みを判定すること；および
ｂ）（ａ）における判定の結果に基づく安全かつ適当な方法で、その患者に対して意図した薬物療法を改良すること
を含む方法。
【請求項２６】
薬物試験のために臨床試験を計画する方法であって、
ａ）前記発現プロファイリング法またはジェノタイピング法のいずれかを用いることにより、試験薬に曝された際に特定の患者が浮腫を発症する見込みを判定すること；および
ｂ）（ａ）における判定の結果に基づき、臨床試験においてその患者を適当な分類に割り付けること
を含む方法。
【請求項２７】
浮腫を有する、または有するリスクのある被験者を処置する方法であって、ＩＬ−１β遺伝子の転写／翻訳を変更する能力を有する、ＩＬ−１β遺伝子由来のアンチセンスヌクレオチド配列を含む単離核酸分子の治療上有効な量を被験者に投与することを含む方法。
【請求項２８】
浮腫を有する、または有するリスクのある被験者を処置する方法であって、ＩＬ−１β遺伝子によりコードされるタンパク質を阻害／活性化するアンタゴニストの治療上有効な量を被験者に投与することを含む方法。
【請求項２９】
前記アンタゴニストが前記タンパク質に特異的な抗体である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記モノクローナル抗体が有毒試薬と共役されている、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
浮腫を有する、または有するリスクのある被験者を処置する方法であって、ＩＬ−１β遺伝子の転写／翻訳を低下／増強させる能力を有するリボザイムをコードするヌクレオチド配列の治療上有効な量を被験者に投与することを含む方法。
【請求項３３】
浮腫を有する、または有するリスクのある被験者を処置する方法であって、ＩＬ−１β遺伝子の転写／翻訳を低下させる能力を有する、ＩＬ−１β遺伝子に対応する二本鎖ＲＮＡの治療上有効な量を被験者に投与することを含む方法。
【請求項３４】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち２以上に対応するタンパク質発現パターンを判定するための手段を含むキット。
【請求項３５】
前記手段が１３のプレディクター遺伝子のうち複数に対応するタンパク質発現パターンを判定することができる、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
前記手段が１３のプレディクター遺伝子の全てに対応するタンパク質発現パターンを判定することができる、請求項３４または３５に記載のキット。
【請求項３７】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、ＩＬ−１β遺伝子により発現されるタンパク質のレベルを判定するための手段を含むキット。
【請求項３８】
前記タンパク質発現を判定するための手段が抗体、抗体誘導体、または抗体フラグメントである、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３９】
前記タンパク質発現が標識抗体を用いたウエスタンブロッティングにより判定される、請求項３４〜３８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４０】
患者の生体サンプルを得るための手段をさらに含む、請求項３４〜３９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４１】
タンパク質を検出するための手段および患者の生体サンプルを収容するのに好適な容器をさらに含む、請求項３４〜４０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４２】
キット結果の使用および解釈に関する説明書をさらに含む、請求項３４〜４１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４３】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、
（ａ）表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち２以上に対応するタンパク質発現パターンを判定するための手段；
（ｂ）前記手段、および前記タンパク質を含む患者の生体サンプルを収容するのに好適であり、その中で前記手段が前記タンパク質と複合体を形成することができる容器；
（ｃ）（ｂ）の複合体を検出するための手段；および所望により、
（ｄ）キット結果の使用および解釈に関する説明書
を含むキット。
【請求項４４】
表２に示されている１３のプレディクター遺伝子に関するタンパク質発現パターンを判定するためのキットであって、
ａ）タンパク質発現パターンの判定に必要な全ての試薬を含む容器；および
ｂ）どのようにしてこの分析を実施および解釈するかを記載した表示
を含むキット。
【請求項４５】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、
（ａ）ＩＬ−１β遺伝子により発現されるタンパク質のレベルを判定するための手段；
（ｂ）前記手段、およびタンパク質を含む患者の生体サンプルを収容するのに好適であり、その中で前記手段が前記タンパク質と複合体を形成することができる容器；
（ｃ）（ｂ）の複合体を検出するための手段；および所望により、
（ｄ）キット結果の使用および解釈に関する説明書
を含むキット。
【請求項４６】
前記判定ステップ（ａ）が請求項３７〜４２、または４５のいずれか一項に記載のキットの使用をさらに含む、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記判定ステップ（ａ）が請求項３４〜３６、または３８〜４４のいずれか一項に記載のキットの使用
をさらに含む、請求項２０〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち２以上の転写レベルを判定するための手段を含むキット。
【請求項４９】
前記手段が１３のプレディクター遺伝子のうち複数の転写レベルを判定することができる、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
前記手段が１３のプレディクター遺伝子の全ての転写レベルを判定することができる、請求項４８または４９に記載のキット。
【請求項５１】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、ＩＬ−１β遺伝子の転写レベルを判定する手段を含むキット。
【請求項５２】
転写レベルを判定するための前記手段が前記遺伝子の転写産物と結合することができるオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを含む、請求項４８〜５１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５３】
前記オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが前記遺伝子に対応するｍＲＮＡまたはｃＤＮＡと結合することができる、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
前記転写レベルがノーザンブロット分析、逆転写酵素ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＲＮアーゼプロテクション、およびマイクロアレイの群から選択される技術により判定される、請求項４８〜５３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５５】
患者の生体サンプルを得るための手段をさらに含む、請求項４８〜５４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５６】
転写レベルを測定するための手段および患者の生体サンプルを収容するのに好適な容器をさらに含む、請求項４８〜５５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５７】
キット結果の使用および解釈に関する説明書をさらに含む、請求項４８〜５６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５８】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを予測するためのキットであって、
（ａ）表２に示されている１３のプレディクター遺伝子のうち２以上の転写産物と結合することができるいくつかのオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド；
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドおよび転写産物を含む患者の生体サンプルを収容するのに好適であり、その中で前記オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが前記転写産物と結合することができる容器；
（ｃ）（ｂ）の結合を検出するための手段；および所望により、
（ｄ）キット結果の使用および解釈に関する説明書
を含むキット。
【請求項５９】
表２に示されている１３のプレディクター遺伝子の発現パターンを判定するためのキットであって、
ａ）必要な遺伝子チップを、その展開に必要な試薬とともに含む容器；および
ｂ）得られる遺伝子発現パターンの作成、読み取りおよび解釈に関する説明書
を含むキット。
【請求項６０】
薬物で処置された際にどの患者が浮腫を発症する見込みが高いかを推定するためのキットであって、
（ａ）ＩＬ−１β遺伝子の転写産物と結合することができるオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド；
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、および転写産物を含む患者の生体サンプルを収容するのに好適であり、その中で前記オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが前記転写産物と結合することができる容器；
（ｃ）（ｂ）の結合を検出するための手段；および所望により、
（ｄ）キット結果の使用および解釈に関する説明書
を含むキット。
【請求項６１】
判定ステップ（ａ）が請求項４８〜５０、または５２〜５９のいずれか一項に記載のキットの使用をさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
判定ステップ（ａ）が請求項５１〜５７、または６０のいずれか一項に記載のキットの使用をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項６３】
患者のＩＬ−１β遺伝子における多型パターンを同定するためのキットであって、配列Ｘ０４５００の１４２３番のＩＬ−１β遺伝子における遺伝的多型パターンを判定するための手段を含むキット。
【請求項６４】
患者のＩＬ−１β遺伝子における多型パターンを同定するためのキットであって、配列Ｘ０４５００の１９０３番のＩＬ−１β遺伝子における遺伝的多型パターンを判定するための手段を含むキット。
【請求項６５】
患者の生体サンプルを得るための手段をさらに含む、請求項６３または６４に記載のキット。
【請求項６６】
前記手段がＤＮＡサンプル回収手段をさらに含む、請求項６５に記載のキット。
【請求項６７】
特定の多型部位における遺伝的多型パターンを判定するための前記手段が少なくとも１種の遺伝子特異的ジェノタイピングオリゴヌクレオチドを含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項６８】
特定の多型部位の１つにおける遺伝的多型パターンを判定するための前記手段が２種の遺伝子特異的ジェノタイピングオリゴヌクレオチドを含む、請求項６３〜６７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項６９】
特定の多型部位の１つにおける遺伝的多型パターンを判定するための前記手段が、少なくとも１種の遺伝子特異的ジェノタイピングオリゴヌクレオチドを含む、少なくとも１種の遺伝子特異的ジェノタイピングプライマー組成物を含む、請求項６３〜６８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項７０】
前記遺伝子特異的ジェノタイピングプライマー組成物が少なくとも２セットの対立遺伝子特異的プライマー対を含む、請求項６９に記載のキット。
【請求項７１】
前記２種の対立遺伝子特異的ジェノタイピングオリゴヌクレオチドが個別の容器にパッケージングされている、請求項７０に記載のキット。
【請求項７２】
患者に存在する２コピーのＩＬ−１β遺伝子に関して、ＩＬ−１β遺伝子の、転写開始部位から−５１１の位置（配列Ｘ０４５００の１４２３番）にあるヌクレオチド対の同一性を判定するためのキットであって、
ａ）患者に存在する２コピーのＩＬ−１β遺伝子に関して、ＩＬ−１β遺伝子の、転写開始部位から−５１１の位置（配列Ｘ０４５００の１４２３番）にあるヌクレオチド対の性質を検出するのに特異的な少なくとも１種の試薬を含む容器；および
ｂ）前記ヌクレオチド対の性質に基づきこれらの結果を解釈するための説明書
を含むキット。
【請求項７３】
転写開始部位から−３１塩基対上流の位置（配列Ｘ０４５００の１９０３番）にある多型部位におけるヌクレオチド対の同一性を判定するためのキットであって、
ａ）転写開始部位から−３１塩基対上流の位置（配列Ｘ０４５００の１９０３番）にある多型部位におけるヌクレオチド対の性質を検出するのに特異的な少なくとも１種の試薬を含む容器；および
ｂ）前記ヌクレオチド対の性質に基づきこれらの結果を解釈するための説明書
を含むキット。
【請求項７４】
判定ステップ（ａ）が請求項６３、または６５〜７２のいずれか一項に記載のキットの使用をさらに含む、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
判定ステップ（ａ）が請求項６４〜７１、または７３のいずれか一項に記載のキットの使用をさらに含む、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
この８４の可能性のあるプレディクター遺伝子のリストから、「リーブワンアウト(（leave-one-out)）」法を用いて、最終予後セットとして用いるための最適遺伝子数を求めた。van’t Veer，et al．， Nature， Vol．415， pp．530-536 （2002）参照。遺伝子は発現値と予後カテゴリー（０＝非浮腫；1＝浮腫）との相関（ＰＣＣの絶対値）により順に並べた。５つの最も相関の高い遺伝子で出発し、１サンプルを分析から除外し、残り８７のサンプルから各群（浮腫および非浮腫）の平均遺伝子発現プロフィールを算出した。除外したサンプルの予測結果は、除外したサンプルの発現プロフィールのＰＣＣと、８７のサンプルを用いて算出した平均浮腫および非浮腫プロフィールとを比較することにより判定した。この分析を残りのサンプルを用い、８８全てのサンプルが除外されるまで繰り返した。正確な予測と誤った予測の例の数を、偽陰性（非浮腫として誤分類される浮腫）と偽陽性（浮腫として誤分類される非浮腫）の数を算出することにより求めた。リストの上のものからさらなるプレディクター遺伝子を加えた後、８４全ての遺伝子が用いられるまで、この「リーブワンアウト」法全体を繰り返した。最少の偽陰性および偽陽性をもたらす遺伝子数を最適なプレディクター遺伝子セットとして選択した（ｎ＝１３）。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９３】
表２に示されているように、これら１３のプレディクター遺伝子には幅広い機能が存在する。これらの遺伝子のうち２つは現在のところ機能が未知のものであり（ＣＬ２４７１１およびＦＬＪ０００３６）、残りの１１の遺伝子は、細胞周期の調節（ＣＤＫＮ１ＢおよびＣＵＬ１）、シグナル伝達（ＰＴＰＮ１２、Ｐ２Ｙ１０およびＡＲＨＧＤＩＢ）、ＲＮＡプロセシング（ＳＦＲＳ２ＩＰおよびＳＴＡＵ）、免疫応答（ＭＣＰおよびＦＣＥＲ１Ｇ）、転写物因子（ＨＩＶＥＰ２）および代謝（ＰＧＣ）を含む機能を有する。これらの遺伝子の示差的発現はイマチニブ誘発性浮腫に関して予測性がある。
【表１】
2006502722.tif 000001
HLT = MedDRA高位語
PT = MedDRA基本語
NEC = 分類不能
NOS = 特定不能
【表２】
2006502722.tif 000002
注：遺伝子は８８の患者サンプル（３７が浮腫、５１が非浮腫）の「プレディクター」セットを用いた８４の可能性ある候補遺伝子の「リーブワンアウト」分析から判定した。遺伝子は浮腫の状態との絶対相関により最高から最低へ順に並べた。
倍率＝差の倍率（浮腫対非浮腫群）
【表３】
2006502722.tif 000003
【表４】
2006502722.tif 000004
*１３のプレディクター遺伝子に対する平均非浮腫発現プロフィールと比較した。
ｐ値はフィッシャーの正確確率検定を用いて算出した。
プレディクターセット＝プレディクター遺伝子リストの決定のために用いた８８の患者サンプル
テストセット＝プレディクター遺伝子をバリデートするために用いた１７の患者サンプル
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９６】
「Ｇｌｅｅｖｅｃで処置した患者における浮腫および体液貯留に関する病因論および提案される研究戦略に関する要旨集」は、ＧＬＥＥＶＥＣ（商標）イマチニブ臨床試験で特定の患者群における高頻度の浮腫の傾向を要約したものである。これらの群には高齢患者（６５歳以上）、曲線下面積（ＡＵＣ）値の高い患者、および進行した段階のＣＭＬを有する患者が含まれる。この同じレポートで、年齢（６５歳を超える）、心血管疾患の病歴、女性、進行段階のＣＭＬおよび安定状態においてイマチニブの平均濃度の値が２倍である患者という５つのカテゴリーがグレード３〜４の浮腫と有意に関連することが報告されている。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０４】
遺伝子型と浮腫状態との関連
フィッシャーの正確確率検定を用いて各患者の遺伝子型と浮腫状態の臨床表現型とを比較した。浮腫状態は最低１２ヶ月の処置後にデータをコンパイルした臨床データベースから判定した。イマチニブで処置された患者の浮腫のメカニズムは知られていない。また、より重篤な体液貯留事象がより一般的な眼窩周囲浮腫および末梢浮腫事象と同じ病態生理学を有するのかどうかは分かっていない。研究した患者では、１名の患者がグレード３の重篤な眼窩周囲浮腫事象を被った。大多数は軽度の事象を１つ被っただけか、または体液貯留を全く示さなかった。結局のところ、出された浮腫の病態生理学に関する仮説は本発明者らの統計学的関連分析で実行できた程度に少なかった。遺伝子型と浮腫の間の関連について３つの分析を行った。１つ目は、浮腫を持たない他の全ての被験者と比べていずれかの形態の浮腫を有する患者（分析した例の５５％）からなった。２つ目および３つ目の分析は浮腫の発症率が最も高いサブグループを用いて行った。例えば、第１群（眼窩周囲浮腫および顔面浮腫）は浮腫有りと分類され、他の全ての患者は浮腫無しと分類された。同様に、３つ目の分析では、第２群の個体（末梢浮腫、浮腫ＮＯＳおよび圧痕浮腫）を浮腫有りとして、他の全てを浮腫無しとしてコードした。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１５】
複数試験の補正
浮腫の予測マーカーを同定するために用いられるアプローチの性質上、複数の試験に関して補正を行わなければならない。行った試験が多いほど、ｐ＜０．０５の確率で関連を発見する機会が増える。ボンフェローニ補正因子を用いて複数の試験を補正するには、所望のｐ値を行った試験の数で割る。得られた値は「有意」とみなされる値である。従って、この分析で試験した７０の多型については、ｐ値０．０００７が有意とみなすに必要である。これは極めて小さな数であり、この慎重なカットオフでは、有用な可能性のある予測マーカーを見逃がしてしまうかもしれない。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
ジェノタイピングされた集団の典型的な性質
本研究において薬理遺伝学的研究に用いられた患者のサブセットが試験集団の典型的なものであるかどうかを調べるため、浮腫に関連するいくつかの人口統計を検討した。ジェノタイピングされた集団は米国からの患者のみからなった。よって、このジェノタイピングされた集団を臨床試験の全米患者集団とも比較した。この研究のジェノタイピングされた集団は米国からの試験集団と、性別、人種、年齢および浮腫の発生に関しては類似している。それらは人種に関してのみ異なる。米国集団は４．７８％に対して１１．９２％と黒色人種が多く、９０．０６％に対して８０．１３％と白色人種が少なく、３．５０％に対して６．６２％と他のカテゴリーの個体がやや多い。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２０】
この遺伝子型の分布はこの多型に関して、４つの人種間で有意な差がある。観測されたＩＬ−１βと血管浮腫との間の関連が人種特異的なものであったかどうかを調べるため、人種により分析を階層化した。イマチニブで処置された男性および女性において、黒色人種における−５１１  ＩＬ−１βＣＣ：ＣＴ：ＴＴ分布は１：６：４であり、白色人種では２９：３１：１３、東洋人では０：２：０、その他のでは３：０：２であり、全ての群を合わせると３３：３９：１９である。このデータを性別と人種により階層化すると、白色人種は研究した女性の７７％となる。白色人種においては、−５１１  ＩＬ−１β多型のＣＣ遺伝子型はイマチニブで処置された場合、女性を浮腫に罹りやすくするという明らかな傾向がある。さらなる研究で、−５１１  ＩＬ−１β多型と浮腫との関連が人種特異的であるかどうかを決定するためには、異なる人種的バックグラウンドからの適当数の個体を含めなければならない。特徴づけられた、この４つの異なる人種間で見られたＩＬ−１β多型の対立遺伝子分布における違いは、人種間での浮腫の罹患率の違いをもたらす可能性がある。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２３】
ブーツストラップ法
ブーツストラップ分析では、イマチニブで処置された女性における浮腫と−５１１  ＩＬ−１β多型との間の関連に関する補正ｐ値は０．０５８となった。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４５】
マイクロアレイの作製
マイクロアレイは当技術分野で公知であり、遺伝子産物（例えば、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ポリペプチドおよびその断片）と、配列において対応するプローブが、既知の位置で特異的にハイブリダイズまたは結合できる表面からなる。一実施形態では、マイクロアレイは、各位置がある遺伝子によりコードされる産物（例えば、タンパク質またはＲＮＡ）の独立した結合部位を表し、その生物のゲノム中の大部分またはほとんど全ての産物に対する結合部位が存在するアレイ（すなわち、マトリックス）である。好ましい一実施形態では、この部位は特定の同族ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡが特異的にハイブリダイズできる核酸または核酸類似体である。この結合部位の核酸または類似体は例えば合成オリゴマー、全長ｃＤＮＡ、全長より短いｃＤＮＡ、または遺伝子断片であってよい。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４６】
好ましい一実施形態では、このマイクロアレイは標的生物のゲノムの全てまたはほとんど全ての遺伝子の産物に対する結合部位を含むが、このような包括性は必ずしも必要ではない。このマイクロアレイは標的生物の遺伝子の一部分のみの結合部位を含んでもよい。しかし、一般に、このマイクロアレイはゲノム中の遺伝子の少なくとも約５０％、多くの場合には少なくとも約７５％、より多くの場合には少なくとも約８５％、よりいっそう多くの場合には約９０％を超える、最も多くの場合には少なくとも約９９％に対応する結合部位を有する。好ましくは、このマイクロアレイは対象とする生物ネットワークモデルを試験および確認するために適切な遺伝子に対する結合部位を有する。「遺伝子」は、生物内で（例えば、単細胞の場合）、または多細胞生物ではいくつかの細胞で、それからｍＲＮＡが転写される好ましくは少なくとも５０、７５または９９のアミノ酸からなるオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）と特定される。ゲノム中の遺伝子の数はその生物によって発現されるｍＲＮＡの数から、またはそのゲノムの十分同定されている部分から推定することにより見積もることができる。対象とする生物のゲノムが配列決定されている場合は、ＯＲＦの数を求めることができ、ｍＲＮＡコード領域はＤＮＡ配列解析により同定することができる。例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）ゲノムは完全に配列決定されており、９９アミノ酸よりも長い約６，２７５のＯＲＦを有することが報告されている。これらのＯＲＦの分析から、タンパク質産物を特定すると思われる５，８８５のＯＲＦがあることが示されている。出典明示によりあらゆる目的でその全開示内容が本明細書の一部とされる、Goffeau et al．， ‘Life with 6000 Genes’， Science， Vol．274， pp． 546-567 （1996）参照。これに対し、ヒトゲノムは約２５，０００〜３５，０００の遺伝子を含むと見積もられている。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５４】
標識ｃＤＮＡはｍＲＮＡから、あるいはまた、オリゴｄＴプライミングまたはランダムプライミング逆転写により直接ＲＮＡから調製され、双方とも当技術分野では周知のものである。例えば、Klug et al．， Methods Enzymol．， Vol．152， pp．316-325 （1987）参照。逆転写は検出可能な標識に共役されたｄＮＴＰ、最も好ましくは、蛍光標識ｄＮＴＰの存在下で行えばよい。あるいは、単離されたｍＲＮＡを、標識ｄＮＴＰの存在下で二本鎖ｃＤＮＡのin vitro転写により合成される標識アンチセンスＲＮＡへと変換することもできる。出典明示によりあらゆる目的でその全開示内容が本明細書の一部とされる、Lockhart et al．， ‘Expression Monitoring by Hybridization to High-Density Oligonucleotide Arrays’， Nature Biotech．， Vol．14， p．1675 （1996）参照。別の実施形態では、ｃＤＮＡまたはＲＮＡプローブを検出可能な標識の不在下で合成することができ、その後、例えばビオチニル化したｄＮＴＰまたはｒＮＴＰを組み込むか、または同様のいくつかの手段（例えば、ビオチンのプソラレン誘導体をＲＮＡにリン架橋するなど）によって標識した後、標識ストレプトアビジン（例えば、フィコエリトリン共役ストレプトアビジン）またはその同等物を添加してもよい。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５９】
最適なハイブリダイゼーション条件は、標的プローブと固定化されるポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの長さ（例えば、オリゴマーと、２００塩基を超えるポリヌクレオチド）およびタイプ（例えば、ＲＮＡ、ＤＮＡおよびＰＮＡ）によって異なる。核酸の特異的（すなわち、ストリンジェント）ハイブリダイゼーション条件のための一般的なパラメーターは、出典明示によりあらゆる目的でその全開示内が本明細書の一部とされる、Sambrook et al．， 前掲;およびAusubel et al．， Current Protocols in Molecular Biology， Greene Publishing and Wiley-Interscience， NY （1987）に記載されている。Schena et al．のｃＤＮＡマイクロアレイを用いる場合、典型的なハイブリダイゼーション条件は５×ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ中、６５℃で４時間のハイブリダイゼーション、その後、２５℃で低ストリンジェンシー洗浄バッファー（１×ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ）中、２５℃で高ストリンジェンシー洗浄バッファー（０．１×ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ）中で１０分の洗浄というものである。Shena et al．， Proc．Natl．Acad．Sci．USA， Vol．93， p．10614 （1996）参照。有用なハイブリダイゼーション条件はまた、例えばTijessen， Hybridization with Nucleic Acid Probes， Elsevier Science， Publishers B．V．and Kricka （1993）;および‘Nonisotopic DNA Probe Techniques’， Academic Press， San Diego， CA （1992）により提供される。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６２】
Agilent Technologies GENEARRAY（商標）スキャナーはベンチトップ型の４８８ｎＭアルゴン−イオンレーザに基づく分析装置である。このレーザーは４ミクロン未満のスポットサイズに焦点を合わせることができる。この精度により、２０ミクロンといった小さなプローブ細胞を含むプローブアレイのスキャンが可能となる。このレーザー光をプローブアレイに集め、蛍光標識ヌクレオチドを励起させる。次に、これを、そのアッセイに用いる色素に対して選択されたフィルターを用いてスキャンする。プローブアレイを移動させることで直行座標におけるスキャンを行う。レーザー照射光はハイブリダイズサンプルに組み込まれている色素分子によって吸収され、それらに蛍光を生じさせる。この蛍光をレンズによって平行化にし、波長分光のためにフィルターに通す。次に、この光を２つ目のレンズにより深度識別のための開口部に集め、その後、高感度光電子増倍管（ＰＭＴ）により検出する。ＰＭＴの出力電流をアナログ／デジタル変換器により電圧読み取り値に変換し、処理されたデータを、その時スキャンしているサンプル点の蛍光強度レベルまたは画素（ピクセル）としてコンピューターに再び送る。スキャンの進行とともに、コンピューターはデータを画像として表示する。さらに、サンプルの発現プロフィールを表す全てのサンプルの蛍光強度レベルをコンピューターで読み取り可能な形式で記録する。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８８】
よって、ＳＮＰと臨床表現型との間の関連は、１）そのＳＮＰがその表現型の機能的一因であること、または２）その表現型を生じるゲノム上のＳＮＰの位置の近くに他の突然変異が存在することを示唆する。２つ目の可能性は遺伝の生物学に基づいている。大きなＤＮＡ片が遺伝し、互いに近接したマーカーは多くの世代について無関連の個体では組み換えられていない可能性があり、すなわち、これらのマーカーはＬＤの状態にある。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９７】
もう１つの実施形態では、本発明は個別の容器にパッケージングされた少なくとも２つのジェノタイピングオリゴヌクレオチドを含むキットを提供する。このキットはまた、個別の容器にパッケージングされたハイブリダイゼーションバッファー（ここで、これらのオリゴヌクレオチドはプローブとして使用される）などの他の成分を含んでもよい。あるいは、オリゴヌクレオチドが標的領域の増幅のために使用される場合、このキットは個別の容器にパッケージングされたポリメラーゼ、およびＰＣＲなど、ポリメラーゼによって媒介されるプライマー伸張のために最適化された反応バッファーを含み得る。上記のオリゴヌクレオチド組成物およびキットは個体においてＩＬ−１β遺伝子をジェノタイピングおよび／またはハプロタイピングするための方法に有用である。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１３】
ＩＬ−１βハプロタイプ対を予測するための本方法の一実施形態では、割り付けステップは以下の分析を行うことを含む。まず、可能性のある各ハプロタイプ対を、参照集団のハプロタイプ対と比較する。一般に、参照集団のハプロタイプ対の１つが可能性のあるハプロタイプ対と適合し、その対が個体に割り付けられる。場合によっては、参照ハプロタイプ対に表されているただ１つのハプロタイプが、ある個体の可能性のあるハプロタイプ対と一致することがあり、このような場合、その個体はこの既知のハプロタイプと、可能性のあるハプロタイプ対から既知のハプロタイプを差し引くことによって得られる新規ハプロタイプを含むハプロタイプに割り付けられる。まれな場合、参照集団に可能性のあるハプロタイプ対と一致するハプロタイプがないか、あるいはまた、複数の参照ハプロタイプ対が可能性のあるハプロタイプ対と一致する。このような場合、例えば、ＣＬＡＳＰＥＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）技術（米国特許第５，８６６，４０４号）、ＳＭＤまたは対立遺伝子特異的広領域ＰＣＲ（Michalotos-Beloin et al．， 前掲参照）などの直接分子を用いて個体をハプロタイピングするのが好ましい。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２６】
これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾塩基部分を含み、限定されるものではないが、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、シュードウラシル、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗおよび２，６−ジアミノプリンからなる群から選択される。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９１】
参照文献
限定されるものではないが、刊行物、特許、特許出願、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号、Ｕｎｉｇｅｎｅ  Ｃｌｕｓｔｅｒ番号およびタンパク質受託番号をはじめ、本明細書に挙げられている全ての刊行物および参照文献は、各々個々の刊行物または参照文献が完全に示されている場合に出典明示により本明細書の一部とされることが具体的かつ個々に示されているかのように、出典明示によりその全開示内容が本明細書の一部とされる。また、本願が優先権を主張する特許出願はいずれも、刊行物および参照文献に関して上記したように、出典明示によりその全開示内容が本明細書の一部とされる。