【手続補正書】
【提出日】平成17年6月30日(2005.6.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  液体媒体中の少なくとも１つの一本鎖または二本鎖ヌクレオチド配列を検出する方法であって、
前記少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む前記液体媒体を用意し；
前記液体媒体に少なくとも１つのアンチセンスプローブを加えて、前記少なくとも１つのヌクレオチド配列を有する少なくとも１つのハイブリダイゼーション複合体を形成し、ここで前記少なくとも１つのプローブは少なくとも１つのマーカーを含み；そして
前記液体媒体中の前記少なくとも１つのハイブリダイゼーション複合体の量に反比例し、前記液体媒体のハイブリダイズしていない前記少なくとも１つのプローブの量に比例する少なくとも１つのシグナルを検出することにより、前記少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する
の各工程を含み、前記方法は、前記シグナル検出の前に前記少なくとも１つのハイブリダイゼーション複合体からハイブリダイズしていないプローブを分離することなく、異方性または極性の変化を検出することなく、かつ前記少なくとも１つのプローブまたは前記少なくとも１つのヌクレオチド配列にシグナル消光剤を提供することなく実施されることを特徴とする方法。
【請求項２】  前記少なくとも１つのプローブが非荷電主鎖を有する、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項３】  前記少なくとも１つのプローブがＰＮＡ配列を含む、請求項２記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項４】  前記少なくとも１つのマーカーが蛍光染料を含み、前記少なくとも１つのシグナルが前記少なくとも１つのマーカーを光源で照射することにより生成する少なくとも１つの蛍光放出である、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項５】  前記光源が前記少なくとも１つのマーカーに約２００から約１０００ｎｍの波長を有する光を照射するアルゴンイオンレーザーである、請求項４記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項６】  前記少なくとも１つの蛍光放出が２００から１０００ｎｍの範囲で検出される、請求項５記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項７】  前記少なくとも１つのシグナルが前記少なくとも１つのハイブリダイゼーション複合体をレーザーで照射することにより生成する少なくとも１つの蛍光放出強度である、請求項６記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項８】  前記液体媒体のレーザー誘起性極大蛍光強度を標準試料のレーザー誘起性極大蛍光強度と比較して、前記少なくとも１つのヌクレオチド配列が前記液体媒体中に存在するか否かを検出する、請求項７記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項９】  プローブのヌクレオチド配列へのハイブリダイゼーション効率と相関する蛍光強度消光効果を分析して前記少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する、請求項８記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１０】  第１の前記少なくとも１つのプローブが第１のヌクレオチド配列の第１のセグメントに相補的であり、第２の前記少なくとも１つのプローブが第２のヌクレオチド配列の第２のセグメントに相補的であり、前記第１のセグメントおよび第２のセグメントは互いに異なる、請求項９記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１１】  前記第１のプローブおよび第２のプローブがそれぞれ前記第１のセグメントおよび第２のセグメントに完全に相補的である、請求項１０記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１２】  前記第１のヌクレオチド配列が前記第２のヌクレオチド配列に相補的である、請求項１１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１３】  前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が二本鎖ＤＮＡの向かい合う鎖中にある、請求項１２記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１４】  前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が異なる遺伝子中にある、請求項１１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１５】  前記第１のプローブが第１の波長で第１の蛍光放出強度を有する第１のマーカーを有し、前記第２のプローブが第２の波長で第２の蛍光放出強度を有する第２のマーカーを有し、前記第１の波長および第２の波長は異なり、前記第１のヌクレオチド配列は前記第１の波長で蛍光放出強度をモニターすることにより検出され、前記第２のヌクレオチド配列は前記第２の波長で蛍光放出強度をモニターすることにより検出される、請求項１４記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１６】  前記第１のプローブが第１の波長で第１の蛍光放出強度を有する第１のマーカーを有し、前記第２のプローブが第２の波長で第２の蛍光放出強度を有する第２のマーカーを有し、前記第１の波長および第２の波長は異なり、前記第１のヌクレオチド配列は、前記第１の波長で蛍光放出強度をモニターすることにより検出され、前記第２のヌクレオチド配列は前記第２の波長で蛍光放出強度をモニターすることにより検出される、請求項１１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１７】  前記第１のヌクレオチド配列が分析される前記液体媒体中に存在すると予測される陽性対照であり、前記第２のヌクレオチド配列が前記第１の強度と前記第２の強度とを比較することにより検出される、請求項１６記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１８】  第２のヌクレオチド配列が変異体ゲノムＤＮＡ中にのみ見いだされ、第１のヌクレオチド配列が前記変異体ゲノムＤＮＡおよび対応する野生型ゲノムＤＮＡ中に見いだされる、請求項１７記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項１９】  第１のマーカーおよび第２のマーカーが、フルオレセインおよびローダミンからなる群より選択される、請求項１８記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２０】  第１の波長および第２の波長と異なる第３の波長で第３の蛍光放出強度を有する第３のマーカーを有する第３のプローブが、いずれのヌクレオチド配列ともハイブリダイズしないと予測される陰性対照として前記液体媒体に加えられ、前記第２のヌクレオチド配列が第１の強度、第２の強度および第３の強度を比較することにより検出される、請求項１７記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２１】  前記液体媒体をハイブリダイゼーション条件に供する前に、前記液体媒体を各部分が異なるプローブを有するように複数の等しい部分に分割し、前記部分のレーザー誘起性蛍光強度を比較して、いずれのプローブが前記少なくとも１つのヌクレオチド配列に最も相補的であるかを決定する、請求項９記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２２】  少なくとも１つの塩基が異なる少なくとも２つの異なるタイプのプローブが、前記液体媒体を加える容器の異なる内表面に固定され、液体媒体をハイブリダイゼーション条件にし、蛍光誘起性照射を行った後に、容器の異なる表面から放出される蛍光強度を比較して、試料が、表面に固定された前記プローブのいずれかのタイプまたは両方のタイプに完全に相補的なヌクレオチド配列を含有するか否かを検出する、請求項９記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２３】  前記少なくとも１つのヌクレオチド配列に対する前記少なくとも１つのプローブのハイブリダイゼーション効率を決定することをさらに含む、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２４】  前記少なくとも１つのヌクレオチド配列がｍＲＮＡであり、複数の異なるプローブの蛍光強度を前記ｍＲＮＡの複数の異なるセグメントについて比較することにより前記ｍＲＮＡのセグメントにアクセス可能なアンチセンス薬剤を同定する、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２５】  前記少なくとも１つのヌクレオチド配列の１つのセグメントに対する複数の異なるプローブの蛍光強度を比較して、前記プローブの各々と前記セグメントとの間の塩基ミスマッチの数を決定することをさらに含む、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２６】  ゲノム中の複数のヌクレオチド配列の位置を検出して前記ゲノムをマッピングすることをさらに含む、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２７】  前記少なくとも１つのマーカーが１つの発蛍光団であり、前記１つの発蛍光団が前記少なくとも１つのプローブ上の唯一の発蛍光団である、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。
【請求項２８】  前記方法が酵素を用いて前記プローブを消化することなく実施される、請求項１記載の少なくとも１つのヌクレオチド配列を検出する方法。