【手続補正書】
【提出日】平成18年1月24日(2006.1.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試験化合物の少なくとも１つの毒作用を予測する方法であって、
（ａ）当該試験化合物に曝された肝組織又は肝細胞試料からの少なくとも１０個の遺伝子の遺伝子発現プロファイルを作成すること、及び
（ｂ）前記遺伝子発現プロファイルからの前記少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを、少なくとも１つの毒に曝された肝組織又は肝細胞試料からの定量的な遺伝子発現情報を含むデータベースと比較し、ここで前記少なくとも１０個の遺伝子が表１〜５のいずれか１つの遺伝子から選択され、それにより当該試験化合物の少なくとも１つの毒作用を予測すること、
を含む方法。
【請求項２】
前記肝組織又は肝細胞試料から作成された前記遺伝子発現プロファイルが少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子発現プロファイルからの前記少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルが表１〜５を含むデータベースの毒性平均及び／又は非毒性平均の値と比較される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
各遺伝子についての前記発現レベルが比較の前に規格化される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記データベースが表１〜５のいずれか１つのすべてのデータを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
試験化合物の少なくとも１つの毒作用を予測する方法であって、
（ａ）当該試験化合物に曝された肝組織又は肝細胞試料において、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも１つの毒作用を示唆している、方法。
【請求項７】
試験化合物の毒作用の進行を予測する方法であって、
（ａ）当該試験化合物に曝された肝組織又は肝細胞試料において、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の遺伝子の差次的発現が毒性の進行を示唆している、方法。
【請求項８】
試験化合物の肝毒性を予測する方法であって、
（ａ）当該試験化合物に曝された肝組織又は肝細胞試料において、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の遺伝子の差次的発現が肝毒性を示唆している、方法。
【請求項９】
毒性反応の発症又は進行を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）細胞を当該薬剤及び既知の毒に曝すこと、及び
（ｂ）表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の遺伝子の差次的発現が毒性を示唆している、方法。
【請求項１０】
細胞中で試験化合物が調節する細胞経路を予測する方法であって、
（ａ）当該試験化合物に曝された肝組織又は肝細胞において、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも1つの細胞経路の調節と関連している、方法。
【請求項１１】
少なくとも２０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも２５個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも３０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも５０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも６０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも７０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも７５個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記作用が、発癌、胆汁鬱帯、肝炎、肝肥大、炎症、肝壊死、脂肪肝及びペルオキシソーム増殖からなる群から選択される、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項２０】
前記肝毒性が、発癌、胆汁鬱帯、肝炎、肝肥大、炎症、肝壊死、脂肪肝及びペルオキシソーム増殖からなる群から選択される少なくとも１つの肝臓疾患の病理と関連している、請求項８に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞経路が、アセトアミノフェン、２−アセチルアミノフルオレン（２−ＡＡＦ）、アシクロビル、ＡＮＩＴ、ＡＹ−２５３２９、ＢＩ肝毒素、クロロホルム、ビカルタミド、四塩化炭素、クロロホルム、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、コルヒチン、ＣＰＡ、ジクロフェナク、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、ダイオキシン、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル、ヒドラジン、インドメタシン、ＬＰＳ、メナジオン、フェノバルビタール、タクリン、チオアセタミド、バルプロ酸、Ｗｙ−１４６４３及びジロートンからなる群から選択される毒によって調節される、請求項１０に記載の方法。
【請求項２２】
各プローブが表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブのセット。
【請求項２３】
前記セットが少なくとも１０個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項２２に記載のプローブのセット。
【請求項２４】
前記セットが少なくとも２０個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項２２に記載のプローブのセット。
【請求項２５】
前記セットが少なくとも５０個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項２２に記載のプローブのセット。
【請求項２６】
前記セットが少なくとも１００個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項２２に記載のプローブのセット。
【請求項２７】
前記プローブが固体支持体に取り付けられている、請求項２２〜２６のいずれか１項に記載のプローブのセット。
【請求項２８】
前記固体支持体が、膜、ガラス支持体及びシリコン支持体からなる群から選択される、請求項２７に記載のプローブのセット。
【請求項２９】
各プローブが表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブを含む固体支持体。
【請求項３０】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも１０個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項２９記載の固体支持体。
【請求項３１】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３０記載の固体支持体。
【請求項３２】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３０記載の固体支持体。
【請求項３３】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１０，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３０記載の固体支持体。
【請求項３４】
（ａ）肝臓毒に曝された肝組織又は肝細胞試料において、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子を含む遺伝子セットの発現レベルを同定する情報を含むデータベース、及び
（ｂ）前記情報を見るためのユーザーインターフェース
を含むコンピューターシステム。
【請求項３５】
前記データベースが前記遺伝子の配列情報をさらに含む、請求項３４に記載のコンピューターシステム。
【請求項３６】
前記データベースが肝臓毒に曝される前の肝組織又は肝細胞試料における前記少なくとも１０個の遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項３４に記載のコンピューターシステム。
【請求項３７】
前記データベースが少なくとも第二の肝臓毒に曝された肝組織又は肝細胞試料における前記少なくとも１０個の遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項３４に記載のコンピューターシステム。
【請求項３８】
請求項３４〜３７のいずれか１項に記載のコンピューターシステムであって、外部データベースからの記述的な情報を含む記録をさらに含み、当該情報は前記遺伝子を当該外部データベースの記録に関連する、コンピューターシステム。
【請求項３９】
前記外部データベースがＧｅｎＢａｎｋである、請求項３８に記載のコンピューターシステム。
【請求項４０】
組織又は細胞試料における表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを同定する情報を提示するために、請求項３４〜３７のいずれか１項に記載のコンピューターシステムを用いる方法であって、
（ａ）試験薬剤に曝された肝組織又は肝細胞試料における、表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷのいずれか１つの中の少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを、データベース中の遺伝子の発現レベルと比較すること
を含む方法。
【請求項４１】
少なくとも２０個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
少なくとも５０個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
肝組織又は肝細胞試料における少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを、毒に曝されたときの発現レベルと比較して表示するステップを更に含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記既知の毒が肝臓毒である、請求項９に記載の方法。
【請求項４６】
前記肝臓毒が、アセトアミノフェン、２−アセチルアミノフルオレン（２−ＡＡＦ）、アシクロビル、ＡＮＩＴ、ＡＹ−２５３２９、ＢＩ肝毒素、クロロホルム、ビカルタミド、四塩化炭素、クロロホルム、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、コルヒチン、ＣＰＡ、ジクロフェナク、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、ダイオキシン、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル、ヒドラジン、インドメタシン、ＬＰＳ、メナジオン、フェノバルビタール、タクリン、チオアセタミド、バルプロ酸、Ｗｙ−１４６４３及びジロートンからなる群から選択される、請求項４２に記載の方法。
【請求項４７】
表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の遺伝子のほぼすべてが検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの少なくとも１つの表の中のすべての遺伝子が検出される、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
前記遺伝子の遺伝子発現情報と共にパッケージされた、請求項２９〜３３のいずれか１項に記載の少なくとも１個の固体支持体を含むキット。
【請求項５０】
前記遺伝子発現情報が、肝臓毒に曝された肝組織又は肝細胞試料における遺伝子発現情報を含む、請求項４９に記載のキット。
【請求項５１】
前記遺伝子発現情報が電子フォーマットである、請求項５０のキット。
【請求項５２】
化合物への曝露がインビボ又はインビトロである、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記発現レベルが増幅アッセイ又はハイブリダイゼーションアッセイによって検出される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記増幅アッセイが定量的又は半定量的ＰＣＲである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが、ノーザンブロット、ドットブロット、スロットブロット、ヌクレアーゼ保護及びマイクロアレイアッセイからなる群から選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
表５Ｂ、５Ｈ、５Ｊ、５Ｐ、５Ｒ、５Ｙ、５ＡＡ、５ＣＣ、５ＥＥ、５ＫＫ、５ＯＯ、５ＱＱ、５ＹＹ、５ＡＡＡ、５ＣＣＣ、５ＪＪＪ、５ＱＱＱ及び５ＷＷＷの中の遺伝子によってコードされるタンパク質の少なくとも１つの活性を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）当該タンパク質を当該薬剤に曝すこと、及び
（ｂ）当該タンパク質の少なくとも１つの活性をアッセイすること
を含む方法。
【請求項５７】
前記薬剤が前記タンパク質を発現している細胞に曝される、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記細胞が既知の毒に曝される、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記毒が前記タンパク質の発現を調節する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記遺伝子の発現レベルが表５Ａ〜５ＷＷＷの毒性平均及び／又は非毒性平均の値と比較される、請求項１に記載の方法。
【請求項６１】
前記発現レベルが比較の前に規格化される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記組織又は細胞試料が肝臓組織又は肝臓細胞試料である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
（ａ）肝臓毒に曝された肝組織又は肝細胞試料において、表５Ａ、５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｉ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｑ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｚ、５ＢＢ、５ＤＤ、５ＦＦ、５ＧＧ、５ＨＨ、５ＩＩ、５ＪＪ、５ＬＬ、５ＭＭ、５ＮＮ、５ＰＰ、５ＲＲ、５ＳＳ、５ＴＴ、５ＵＵ、５ＶＶ、５ＷＷ、５ＸＸ、５ＺＺ、５ＢＢＢ、５ＤＤＤ、５ＥＥＥ、５ＦＦＦ、５ＧＧＧ、５ＨＨＨ、５ＩＩＩ、５ＫＫＫ、５ＬＬＬ、５ＭＭＭ、５ＮＮＮ、５ＯＯＯ、５ＰＰＰ、５ＲＲＲ、５ＳＳＳ、５ＴＴＴ、５ＵＵＵ及び５ＶＶＶのいずれか１つの中の実質的にすべての遺伝子を含む少なくとも１０個の遺伝子セットの発現レベルを同定する情報を含むデータベース、及び
（ｂ）前記情報を見るためのユーザーインターフェース
を含むコンピューターシステム。
【請求項６４】
表５Ａ、５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｉ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｑ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｚ、５ＢＢ、５ＤＤ、５ＦＦ、５ＧＧ、５ＨＨ、５ＩＩ、５ＪＪ、５ＬＬ、５ＭＭ、５ＮＮ、５ＰＰ、５ＲＲ、５ＳＳ、５ＴＴ、５ＵＵ、５ＶＶ、５ＷＷ、５ＸＸ、５ＺＺ、５ＢＢＢ、５ＤＤＤ、５ＥＥＥ、５ＦＦＦ、５ＧＧＧ、５ＨＨＨ、５ＩＩＩ、５ＫＫＫ、５ＬＬＬ、５ＭＭＭ、５ＮＮＮ、５ＯＯＯ、５ＰＰＰ、５ＲＲＲ、５ＳＳＳ、５ＴＴＴ、５ＵＵＵ及び５ＶＶＶのいずれか１つの中の実質的にすべての遺伝子に、個々に特異的にハイブリダイズするプローブを含むアレイ。