【手続補正書】
【提出日】平成17年8月30日(2005.8.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトのハプログループのサンプル中の存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）ミトコンドリア核酸を含むサンプルを提供する工程；および
ｂ）該ハプログループに特異的な少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子の存在または非存在を、該サンプル中で同定する工程であって、該少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子は、表３に列挙される対立遺伝子からなる群より選択される、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記ハプログループは、以下：
ａ）ハプログループＡであって、前記方法の工程ｂ）は、６６３Ｇ、１６２９０Ｔ、および１６３１９Ａからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を前記サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＡ；
ｂ）ハプログループＣであって、該方法の工程ｂ）は、３５５２Ｃ、４７１５Ｇ、７１９６Ａ、８５８４Ａ、９５４５Ｇ、１３２６３Ｇ、１４３１８Ｃ、および１６３２７Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＣ；
ｃ）ハプログループＤであって、該方法の工程ｂ）は、４８８３Ｔ、５１７８Ａ、８４１４Ｔ、１４６６８Ｔ、および１５４８７Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＤ；
ｄ）ハプログループＥであって、該方法の工程ｂ）は、ヌクレオチド対立遺伝子１６２２７Ｇを該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＥ；
ｅ）ハプログループＦであって、該方法の工程ｂ）は、１２４０６Ａおよび１６３０４Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＦ；
ｆ）ハプログループＧであって、該方法の工程ｂ）は、４８３３Ｇ、８２００Ｃおよび１６０１７Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＧ；
ｇ）ハプログループＨであって、該方法の工程ｂ）は、２７０６Ａおよび７０２８Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＨ；
ｈ）ハプログループＩであって、該方法の工程ｂ）は、４５２９Ｔ、１００３４Ｃ、および１６３９１Ａからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＩ；ならびに
ｉ）ハプログループＪであって、該方法の工程ｂ）は、２９５Ｔ、１２６１２Ｇ、１３７０８Ａ、および１６０６９Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＪ
からなる群より選択される、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、前記ハプログループは、ハプログループＢであり、前記方法の工程ｂ）は、以下：
１）ヌクレオチド対立遺伝子１６１８９Ｃを前記サンプル中で同定する工程；
２）１７１９Ａ、３５１６Ｇ、６２２１Ｃ、１４４７０Ｃ、および１６２７８Ｔからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子の非存在を前記サンプル中で同定する工程；ならびに
３）１８８８Ａ、４２１６Ｃ、４９１７Ｇ、８６９７Ａ、１０４６３Ｃ、１１２５１Ｇ、１１４６７Ｇ、１２３０８Ｇ、１２３７２Ａ、１２６３３Ｔ、１３１０４Ｇ、１３３６８Ａ、１４０７０Ｇ、１４９０５Ａ、１５４５２Ａ、１５６０７Ｇ、１５９２８Ａ、１６１２６Ｃ、１６１６３Ｃ、１６１８６Ｔ、１６２４９Ｃ、および１６２９４Ｔからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子の非存在を前記サンプル中で同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記ハプログループは、以下：
ａ）ハプログループＴであって、前記方法の工程ｂ）は、１１８１２Ｇ、１２６３３Ｔ、１４２３３Ｇ、１６１６３Ｃ、１６１８６Ｔ、１８８８Ａ、４９１７Ｇ、８６９７Ａ、１０４６３Ｃ、１３３６８Ａ、１４９０５Ａ、１５６０７Ｇ、１５９２８Ａ、および１６２９４Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を前記サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＴ；
ｂ）ハプログループＵであって、該方法の工程ｂ）は、３１９７Ｃ、４６４６Ｃ、７７６８Ｇ、９０５５Ａ、１１３３２Ｔ、１３１０４Ｇ、１４０７０Ｇ、１５９０７Ｇ、１６０５１Ｇ、１６１２９Ｃ、１６１７２Ｃ、１６２１９Ｇ、１６２４９Ｃ、１６２７０Ｔ、１６３１１Ｔ、１６３１８Ｔ、１６３４３Ｇ、および１６３５６Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＵ
ｃ）ハプログループＶであって、該方法の工程ｂ）は、７２Ｃ、４５８０Ａ、および１５９０４Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＶ；
ｄ）ハプログループＷであって、該方法の工程ｂ）は、２０４Ｃ、２０７Ａ、１２４３Ｃ、５０４６Ａ、５４６０Ａ、８９９４Ａ、１１９４７Ｇ、１５８８４Ｃ、および１６２９２Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＷ；
ｅ）ハプログループＸであって、該方法の工程ｂ）は、１７１９Ａ、３５１６Ｇ、６２２１Ｃ、および１４４７０Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＸ；
ｆ）ハプログループＹであって、該方法の工程ｂ）は、７９３３Ｇ、８３９２Ａ、１６２３１Ｃ、および１６２６６Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＹ；ならびに
ｇ）ハプログループＺであって、該方法の工程ｂ）は、１１０７８Ｇ、１６１８５Ｔ、および１６２６０Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＺ
からなる群より選択される、方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、前記ハプログループは、以下：
ａ）ハプログループＬ０であって、前記方法の工程ｂ）は、４５８６Ｃ、９８１８Ｔ、および８１１３Ａからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を前記サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＬ０；
ｂ）ハプログループＬ１であって、該方法の工程ｂ）は、８２５Ａ、２７５８Ａ、２８８５Ｃ、７１４６Ｇ、８４６８Ｔ、８６５５Ｔ、１０６８８Ａ、１０８１０Ｃ、および１３１０５Ｇからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＬ１
ｃ）ハプログループＬ２であって、該方法の工程ｂ）は、２４１６Ｃ、２７５８Ｇ、８２０６Ａ、９２２１Ｇ、１１９４４Ｃ、および１６３９０Ｇからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＬ２；ならびに
ｄ）ハプログループＬ３であり、該方法の工程ｂ）は、１０８１９Ｇ、１４２１２Ｃ、８６１８Ｃ、１００８６Ｃ、１６３６２Ｃ、１０３９８Ａ、および１６１２４Ｃからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を該サンプル中で同定する工程を包含する、ハプログループＬ３
からなる群より選択される、方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、前記同定する工程は、既知の位置にて基材に付着された、２つ以上の単離された核酸分子を含むアレイを使用して行われ、各分子は、約７〜約３０ヌクレオチドの長さを有し、各分子は、表３の第１列に列挙されるものからなる座の群より選択される座にて少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を含む、配列番号１の一部と同一な配列を含む、方法。
【請求項７】
進化的に重要な遺伝子を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）ミトコンドリアゲノムに位置する少なくとも１つの対立遺伝子の核酸配列またはその一部分を含むヌクレオチド配列の第１のセットを、第１の集団から提供する工程；
ｂ）ミトコンドリアゲノムに位置する対応する少なくとも１つの対立遺伝子の核酸配列またはその一部分を含むヌクレオチド配列の第２のセットを、第２の集団から提供する工程；
ｃ）該第１のセットと該第２のセットとを比較して、データセットを生成する工程を包含する、中立分析（ｎｅｕｔｒａｌｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ）を行う工程；および
ｄ）該データセットを分析して、進化的に重要な遺伝子を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項８】
請求項７に記載の方法であって、前記第１の集団および／または前記第２の集団は、少なくとも１つの亜集団を含み、該亜集団は、マクロハプログループ、ハプログループ、サブハプログループ、および個体からなる群より選択される、方法。
【請求項９】
請求項７に記載の方法であって、前記第２のセットのヌクレオチド配列は、配列番号２の一部に同一な少なくとも１００ヌクレオチドを含む、方法。
【請求項１０】
請求項７に記載の方法であって、前記進化的に重要な遺伝子は、ＮＤ１、ＮＤ２、ＮＤ３、ＮＤ４、ＮＤ５、ＮＤ６、Ｃｙｔｂ、ＣＯＩ、ＣＯＩＩ、ＣＯＩＩＩ、ＡＴＰ６、およびＡＴＰ８からなる群より選択されるミトコンドリア遺伝子である、方法。
【請求項１１】
請求項７に記載の方法であって、該方法はまた、前記第１のヌクレオチド配列と前記第２のヌクレオチド配列との間の配列差異を同定することによって、少なくとも１つの進化的に重要なヌクレオチド対立遺伝子を同定する工程を包含する、方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法であって、該方法はまた、前記進化的に重要なヌクレオチド対立遺伝子を含むコドンによってコードされる進化的に重要なアミノ酸対立遺伝子を決定することによって、該進化的に重要なアミノ酸対立遺伝子を同定する工程を包含する、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、該方法はまた、生理学的状態を有する個体を前記第１の集団として使用し、該生理学的状態を有さない個体を前記第２の集団として使用することによって、該生理学的状態に対する素因を示すアミノ酸対立遺伝子を同定する工程を包含する、方法。
【請求項１４】
選択された生理学的状態に対する個体の素因を決定するためのシステムであって、該システムは、以下の手段：
該個体が居住している地理的地域を同定するための情報を提供するための手段；
該地理的地域に発生しているハプログループのセットを同定する情報を提供するための手段；
該サンプルから、該個体のハプログループを決定するための手段；
該個体の該ハプログループと、該地理的地域に発生しているハプログループの該セットとを比較するための手段；および
該個体の該ハプログループが、該地理的地域に発生しているハプログループの該セット内に存在しない場合、該選択された生理学的状態に対する素因の手段、
を含む、システム。
【請求項１５】
請求項１４に記載のシステムであって、前記生理学的状態は、エネルギー的不均衡、代謝疾患、異常なエネルギー代謝、異常な温度調節、異常な酸化的リン酸化、異常な電子伝達系、肥満、体脂肪の量、糖尿病、高血圧症、および心臓血管疾患からなる群より選択される、システム。
【請求項１６】
請求項１４に記載の方法であって、該システムはまた、アミノ酸対立遺伝子と、前記生理学的状態とを関連づけるための手段を含み、該システムは、前記個体の前記ハプログループを診断するために有用なアミノ酸対立遺伝子を選択するための手段を含み、該アミノ酸対立遺伝子の存在は、該個体が居住している前記地理的地域に発生しているハプログループの前記セットにおいて、１を超えるハプログループを診断するために有用でない、システム。
【請求項１７】
請求項１６に記載のシステムであって、前記ハプログループは、以下；
ａ）ハプログループＣであって、前記アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ８５８４  Ｔおよびｎｔｌ  １４３１８  Ｓからなる群より選択される、ハプログループＣ；
ｂ）ハプログループＤであって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ５１７８  Ｍおよびｎｔｌ  ８４１４  Ｆからなる群より選択される、ハプログループＤ；
ｃ）ハプログループＧであって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ４８３３  Ａ、ｎｔｌ  ８７０１  Ｔ、ｎｔｌ  １３７０８  Ｔ、およびｎｔｌ  １５４５２  Ｉからなる群より選択される、ハプログループＧ；
ｄ）ハプログループＬ０であって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ５４４２  Ｌ、ｎｔｌ  ７１４６  Ａ、ｎｔｌ  ９４０２  Ｐ、ｎｔｌ  １３１０５  Ｖ、およびｎｔｌ  １３２７６  Ｖからなる群より選択される、ハプログループＬ０；
ｅ）ハプログループＬ１であって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ７１４６  Ａ、ｎｔｌ  ７３８９  Ｈ、ｎｔｌ  １３１０５Ｖ、ｎｔｌ  １３７８９  Ｈ、およびｎｔｌ  １４１７８  Ｖからなる群より選択される、ハプログループＬ１
ｆ）ハプログループＴであって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ４９１７  Ｄ、ｎｔｌ  ８７０１  Ｔ、およびｎｔｌ  １５４５２  Ｉからなる群より選択される、ハプログループＴ；
ｇ）ハプログループＷであって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ５０４６  Ｉ、ｎｔｌ  ５４６０  Ｔ、ｎｔｌ  ８７０１  Ｔ、およびｎｔｌ  １５８８４  Ｐからなる群より選択される、ハプログループＷ；ならびに
ｈ）ハプログループＶおよびＨであって、該アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ８７０１  Ｔおよびｎｔｌ  １４７６６  Ｔからなる群より選択される、ハプログループＶおよびＨ、
からなる群より選択される、システム。
【請求項１８】
請求項１６に記載のシステムであって、前記ハプログループは、ハプログループＡ、Ｉ、Ｘ、Ｂ、Ｆ、Ｙ、およびＵからなる群より選択され、前記アミノ酸対立遺伝子は、ｎｔｌ  ８７０１  Ｔである、システム。
【請求項１９】
請求項１４に記載の工程が、機械読み取り可能形態にてコードされるプログラム記憶装置であって、該装置はまた、前記個体が居住している地理的地域を同定するための前記情報および該機械読み取り可能な形態にて前記地理的地域に発生しているハプログループのセットをコードする記憶媒体を含む、装置。
【請求項２０】
進化的に重要なヒトミトコンドリアヌクレオチド対立遺伝子からなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を含む機械読み取り可能な形態にてコードされるデータセットを含む記憶装置であって、各該対立遺伝子は、該記憶装置中にて、ヒトにおける生理学的状態を同定するコードされた情報と関連づけられる、装置。
【請求項２１】
請求項２０に記載の記憶装置であって、前記生理学的状態は、エネルギー的不均衡、代謝疾患、異常なエネルギー代謝、異常な温度調節、異常な酸化的リン酸化、異常な電子伝達系、肥満、体脂肪の量、糖尿病、高血圧症、および心臓血管疾患からなる群より選択される、装置。
【請求項２２】
請求項２０に記載の記憶装置であって、該装置はまた、前記各ヌクレオチド対立遺伝子と、出身地理的地域とを関連づける情報をコードする工程を包含する、装置。
【請求項２３】
請求項２０に記載の記憶媒体を含み、個体のハプログループおよび該個体の地理的地域を入力するための入力手段もまた含む、プログラム記憶装置であって、該装置は、該個体を、生理的状態に対する素因を有すると診断するためのプログラム工程をさらに含む、媒体。
【請求項２４】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのキットであって、該キットは、以下：
該サンプル中で、ヌクレオチド対立遺伝子１０６６３Ｃを同定するための手段；
該サンプル中で、遺伝子ＮＤ５のアミノ酸４５８位のスレオニンをコードするヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段；ならびに
該ヌクレオチド対立遺伝子の存在を、ＬＨＯＮに対する素因と関連付けるための指示書、
を含む、キット。
【請求項２５】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのキットであって、該キットは、以下：
該サンプル中で、ヌクレオチド対立遺伝子１０６６３Ｃを同定するための手段；
該サンプル中で、２９５Ｔ、１２６１２Ｇ、１３７０８Ａ、および１６０６９Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段；ならびに
該ヌクレオチド対立遺伝子の存在を、ＬＨＯＮに対する素因と関連付けるための指示書、
を含む、キット。
【請求項２６】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのキットであって、該キットは、以下：
該サンプル中で、３６３５Ａおよび４６４０Ｃからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段、ならびに
該ヌクレオチド対立遺伝子の存在を、ＬＨＯＮに対する素因と関連付けるための指示書、
を含む、キット。
【請求項２７】
ヒトにおいて失明する可能性の増大を診断するためのキットであって、該キットは、以下：
該サンプル中で、１１７７８Ａ、１４４８４Ｃおよび１０６６３Ｃからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段；
該サンプル中で、遺伝子ＮＤ５のアミノ酸４５８位のスレオニンをコードするヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段；ならびに
該ヌクレオチド対立遺伝子の存在を、失明する素因と関連付けるための指示書、
を含む、キット。
【請求項２８】
２つ以上のスポットを含む核酸アレイであって、各スポットは、所定の位置にて基板に付着される複数の実質的に同一な単離された核酸分子を含み、各分子は、約７〜約３０ヌクレオチドの長さを有し、各分子は、表３の第１列に列挙されるものからなる座の群より選択される座に少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を含む、配列番号１の一部分と同一な配列を含む、核酸アレイ。
【請求項２９】
請求項２８に記載のアレイであって、少なくとも１つの分子は、表３の非ＣａｍｂｒｉｄｇｅヒトｍｔＤＮＡヌクレオチド対立遺伝子からなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を含む配列を有する、アレイ。
【請求項３０】
請求項２８に記載のアレイであって、少なくとも１つの分子は、表４の非ＣａｍｂｒｉｄｇｅヒトｍｔＤＮＡヌクレオチド対立遺伝子からなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を含む配列を有する、アレイ。
【請求項３１】
請求項２８に記載のアレイであって、少なくとも１つの分子は、ヒトハプログループおよびマクロハプログループ（表１１）を診断するために有用なヌクレオチド対立遺伝子からなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を含む配列を有する、アレイ。
【請求項３２】
請求項２８に記載のアレイであって、約２５を超えるスポットを含む、アレイ。
【請求項３３】
請求項２８に記載のアレイであって、前記単離された核酸分子は、長さが約２０ヌクレオチドである、アレイ。
【請求項３４】
サンプル中のヌクレオチド対立遺伝子の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）調製したヒトサンプルを提供する工程；
ｂ）請求項２８に記載のアレイを提供する工程；
ｃ）定量的ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、該アレイと、該サンプルとを接触させる工程；
ｄ）該アレイに対する該サンプルのハイブリダイゼーションパターンを測定する工程；ならびに
ｅ）該ハイブリダイゼーションを分析する工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】
プログラム記憶装置であって、以下：
ａ）機械読み取り可能な形態にてコードされるデータセットを含む機械読み取り可能な記憶装置であって、該データセットは、複数のヌクレオチド対立遺伝子および各対立遺伝子と関連するハプログループ名称を含む、装置；ならびに
ｂ）１以上のヌクレオチド対立遺伝子を含むデータセットを入力するための入力手段であって、該プログラム記憶装置はまた、該入力ヌクレオチド対立遺伝子と、関連するハプログループとを関連づけ、結果を表示することにより、ハプログループを診断するためのプログラム工程を包含する、入力手段
を備える、装置。
【請求項３６】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのシステムであって、該システムは、以下：
該サンプル中で、ヌクレオチド対立遺伝子１０６６３Ｃを同定するための手段；および
該サンプル中で、遺伝子ＮＤ５のアミノ酸４５８位のスレオニンをコードするヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段、
を含み、該ヌクレオチド対立遺伝子の存在が、ＬＨＯＮに対する素因を示す、システム。
【請求項３７】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのシステムであって、該システムは、以下：
該サンプル中で、ヌクレオチド対立遺伝子１０６６３Ｃを同定するための手段；および
該サンプル中で、２９５Ｔ、１２６１２Ｇ、１３７０８Ａ、および１６０６９Ｔからなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段、
を含み、該ヌクレオチド対立遺伝子の存在が、ＬＨＯＮに対する素因を示す、システム。
【請求項３８】
ヒトにおけるＬＨＯＮに対する素因を診断するためのシステムであって、該システムは、以下：
該サンプル中で、３６３５Ａおよび４６４０Ｃからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段、
を含み、該ヌクレオチド対立遺伝子の存在が、ＬＨＯＮに対する素因を示す、システム。
【請求項３９】
ヒトにおいて失明する可能性の増大を診断するためのシステムであって、該システムは、以下：
該サンプル中で、１１７７８Ａ、１４４８４Ｃおよび１０６６３Ｃからなる群より選択されるヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段；ならびに
該サンプル中で、遺伝子ＮＤ５のアミノ酸４５８位のスレオニンをコードするヌクレオチド対立遺伝子を同定するための手段、
を含み、該ヌクレオチド対立遺伝子の存在は、失明する素因を示す、システム。