【手続補正書】
【提出日】平成18年4月4日(2006.4.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】（ａ）Ｆｉｇ１（配列番号：２）のアミノ酸１〜約１２０３の配列を含むｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の相補鎖に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、ｐａｔｃｈｅｄ-２の生物学的活性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸。
【請求項２】  （ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９７７８（記号：ｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５）のｃＤＮＡによってコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸。
【請求項３】  ＡＴＣＣ寄託番号２０９７７８（記号：ｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５）のｃＤＮＡの配列をコードするヒトｐａｔｃｈｅｄ-２を含んでなる請求項２に記載の単離された核酸。
【請求項４】  請求項１に記載の核酸を含むベクター。
【請求項５】  当該ベクターで形質転換された宿主細胞に認識されるコントロール配列に作用可能に結合した請求項４に記載のベクター。
【請求項６】  請求項４に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項７】  哺乳動物である請求項６に記載の宿主細胞。
【請求項８】  前記細胞がＣＨＯ細胞である請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項９】  原核生物である請求項６に記載の宿主細胞。
【請求項１０】  前記細胞が大腸菌細胞である請求項９に記載の宿主細胞。
【請求項１１】  前記細胞が酵母菌細胞である請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項１２】  サッカロミセスセレヴィシアエである請求項１１に記載の宿主細胞。
【請求項１３】  請求項９に記載の宿主細胞を、脊椎動物ｐａｔｃｈｅｄ-２の発現に適した条件下で培養し、細胞培養物からｐａｔｃｈｅｄ-２を回収することを含んでなるｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドの製造方法。
【請求項１４】  Ｆｉｇ１（配列番号：２）のアミノ酸残基１〜１２０３を含んでなる単離された天然配列ヒトｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチド。
【請求項１５】  ＡＴＣＣ登録番号２０９７７８（記号：ｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５）の下で寄託されたｐａｔｃｈｅｄ-２生物学的活性を有するヌクレオチドにコードされる単離された天然配列ヒトｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチド。
【請求項１６】  異種アミノ酸配列に融合した脊椎動物ｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドＰａｔｃｈｅｄ-２を含んでなるキメラ分子。
【請求項１７】  前記異種アミノ酸配列がエピトープタグ配列である請求項１６に記載のキメラ分子。
【請求項１８】  前記異種アミノ酸配列が免疫グロブリンの定常領域である請求項１７に記載のキメラ分子。
【請求項１９】  Ｄｈｈシグナル伝達経路におけるＤｈｈの機能を阻止、防止、阻害及び／又は中和するｐａｔｃｈｅｄ-２のアンタゴニスト。
【請求項２０】  生物有機化学的小分子である請求項１９に記載のアンタゴニスト。
【請求項２１】  アンチセンスヌクレオチドである請求項１９に記載のアンタゴニスト。
【請求項２２】  Ｄｈｈシグナル伝達経路においてｐａｔｃｈｅｄ-２の正常な機能発現を刺激又は促進するｐａｔｃｈｅｄ-２のアゴニスト。
【請求項２３】  Ｐｔｃｈ-２（配列番号：２）のＳｍｏ（配列番号：１７）活性化を防止する請求項２２に記載のアゴニスト。
【請求項２４】  生物有機化学的小分子である請求項２２に記載のアゴニスト。
【請求項２５】  生物有機化学的小分子である請求項２４に記載のアゴニスト。
【請求項２６】  ｐａｔｃｈｅｄ-２生物学的活性のアンタゴニスト又はアゴニストのためのスクリーニング方法において、
（ａ）培地中でｐａｔｃｈｅｄ-２発現標的細胞を候補化合物及びＤｈｈに暴露し、そして
（ｂ）細胞をＤｈｈのｐａｔｃｈｅｄ-２への結合について分析するか、又は
（ｃ）処理した細胞のフェノタイプ又は機能変化を評点化し、
そして、当該結果を候補化合物に暴露していない対照細胞と比較することを含んでなる方法。
【請求項２７】  ｐａｔｃｈｅｄ-２生物学的活性のアンタゴニスト又はアゴニスト分子のためのスクリーニング方法において、
（ａ）ｐａｔｃｈｅｄ-２リガンド及びｐａｔｃｈｅｄ-２生物学的活性を有する化合物を候補アンタゴニスト又はアゴニストに暴露し、そして
（ｂ）基質をリガンドの化合物への結合について分析し、そして、
当該結果を候補分子に暴露していない対照反応と比較することを含んでなる方法。
【請求項２８】  特定の疾患がＤｈｈシグナル伝達によって変調されるか否かを決定する診断方法において、
（ａ）試験細胞又は組織を培養し、
（ｂ）ｐａｔｃｈｅｄ-２変調Ｄｈｈシグナル伝達を阻害できる化合物を投与し、そして、
（ｃ）試験細胞におけるｐａｔｃｈｅｄ-２へのＤｈｈ結合又はＤｈｈ変調フェノタイプ効果のレベルを分析することを含んでなる方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
（発明の概要）
一実施態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１のアミノ酸１〜１２０３の配列を含むｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖に対して少なくとも約８０％の配列同一性を有し；ｐａｔｃｈｅｄ-２の生物学的活性を有するポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。配列同一性は、好ましくは＞９１％、より好ましくは約９２％、最も好ましくは約９５％である。一態様において、単離された核酸は、Ｆｉｇ１のアミノ酸残基１〜約１２０３の配列を有するポリペプチドに対して少なくとも＞９１％、より好ましくは少なくとも約９２％、さらに好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する。さらなる態様において、単離された核酸分子は、Ｆｉｇ１のアミノ酸残基１〜約１２０３を有するヒトｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。さらに他の態様では、本発明は、（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９７７８のｃＤＮＡ（記号：ｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、あるいは、ＡＴＣＣ２０９７７８の登録番号で寄託されたクローンｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５のコード化配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸を提供する。またさらなる態様では、本発明はＡＴＣＣ寄託番号２０９７７８のｃＤＮＡ（記号：ｐＲＫ７.ｈｐｔｃ２.Ｆｌａｇ-１４０５）のｃＤＮＡの配列、又はそれに緊縮条件下でハイブリッド形成する配列をコードするヒトｐａｔｃｈｅｄ-２を含んでなる核酸を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
（好適な実施態様の詳細な説明）
Ｉ．定義
ここで使用される際の「ｐａｔｃｈｅｄ-２」及び「ｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチド」という用語は、天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２及びｐａｔｃｈｅｄ-２の生物学的活性を有するｐａｔｃｈｅｄ-２変異体（ここで更に詳細に定義する）を含む。ｐａｔｃｈｅｄ-２は、ヒト組織型又は他の供給源といった種々の供給源から単離してもよく、あるいは組換え又は合成方法によって調製してもよい。
「天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２」は、天然由来のヒトｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含んでいる。このような天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２は、自然から単離することもできるし、組換え及び／又は合成手段により生産することもできる。「天然配列脊椎動物ｐａｔｃｈｅｄ-２」という用語には、特に、ヒトｐａｔｃｈｅｄ-２の自然に生じる切断形態、自然に生じる変異形態(例えば、選択的にスプライシングされた形態)及びヒトｐａｔｃｈｅｄ-２の自然に生じる対立遺伝子変異体が含まれる。よって、本発明の一実施態様において、天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２は、Ｆｉｇ１（配列番号：２）のアミノ酸１〜１２０３を含む成熟又は全長天然ヒトＰｔｃｈ-２であり、位置１に開始メチオニンを有しても有さなくてもよい。
「ｐａｔｃｈｅｄ-２変異体」とは、以下に定義されるように、（ａ）ｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補鎖と少なくとも約＞９１％のアミノ酸配列同一性を有する活性なヒトｐａｔｃｈｅｄ-２を意味する。特別な実施態様において、ｐａｔｃｈｅｄ-２変異体は、全長天然配列ヒトｐａｔｃｈｅｄ-２についてＦｉｇ１に示した推定アミノ酸配列を有するヒトＰｔｃｈ-２（配列番号：２）と少なくとも＞９１％のアミノ酸配列相同性を有する。このようなｐａｔｃｈｅｄ-２変異体は、これらに限られないが、Ｆｉｇ１(配列番号：２)の配列のＮ-又はＣ-末端において一又は複数のアミノ酸残基が付加、もしくは欠失されたｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドを含む。好ましくは、核酸又はアミノ酸配列同一性は、少なくとも約９２％、より好ましくは少なくとも約９３％、さらにより好ましくは少なくとも約９５％である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
（２）ｐａｔｃｈｅｄ-２の一般的用途
ｐａｔｃｈｅｄ-２をコードする核酸配列（又はそれらの相補鎖）は、ハイブリッド形成プローブとしての使用を含む分子生物学の分野において、染色体及び遺伝子マッピングにおいて、及びアンチセンスＲＮＡ及びＤＮＡの生成において種々の用途を有している。また、ｐａｔｃｈｅｄ-２核酸は、ここに記載される組み換え技術によるｐａｔｃｈｅｄ-２ポリペプチドの調製にも有用であろう。
全長天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２遺伝子、又はその一部は、全長遺伝子の単離又はＦｉｇ１（配列番号：１）に開示されたｐａｔｃｈｅｄ-２配列に対して所望の配列同一性を持つ更に他の遺伝子（例えば、ｐａｔｃｈｅｄ-２の天然発生変異体をコードするもの）の単離のためのｃＤＮＡライブラリ用のハイブリッド形成プローブとして使用できる。場合によっては、プローブの長さは約２０〜約５０塩基である。ハイブリッド形成プローブは、Ｆｉｇ１（配列番号：１）の核酸配列から、又は天然配列ｐａｔｃｈｅｄ-２のプロモーター、エンハンサー成分及びイントロンを含むゲノム配列から誘導され得る。例えば、スクリーニング法は、ｐａｔｃｈｅｄ-２遺伝子のコード化領域を周知のＤＮＡ配列を用いて単離して約４０塩基の選択されたプローブを合成することを含む。ハイブリッド形成プローブは、３２Ｐ又は３５Ｓ等の放射性ヌクレオチド、又はアビジン／ビオチン結合系を介してプローブに結合したアルカリホスファターゼ等の酵素標識を含む種々の標識で標識されうる。本発明のｐａｔｃｈｅｄ-２遺伝子に相補的な配列を有する標識されたプローブは、ヒトｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ又はｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、それらのライブラリーの何れのメンバーがプローブにハイブッド形成するかを決定するのに使用できる。ハイブリッド形成技術は、以下の実施例において更に詳細に記載する。
また、プローブは、ＰＣＲ技術に用いて、密接に関連したｐａｔｃｈｅｄ-２配列の同定のための配列のプールを作成するのに用いることができる。