【事件の表示】
　特願２００４−５０７５１２「硫黄含有ファインケミカルの発酵による製造方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年１２月　４日国際公開、ＷＯ０３／１０００７２、平成１７年１１月１０日国内公表、特表２００５−５３３４９０〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯
　
　本願は，２００３（平成１５）年５月２３日（パリ条約による優先権主張２００２年５月２３日　独国）を国際出願日とするものであって，平成１９年１０月２日付で拒絶理由が通知され，平成２０年４月９日に特許請求の範囲について手続補正書が提出されたが，平成２１年４月１３日付で拒絶査定がなされ，これに対し，同年８月２１日に拒絶査定に対する審判請求がなされ，同日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　　
第２．平成２１年８月２１日付の手続補正について補正却下の決定
　
［補正却下の決定の結論］
　
　平成２１年８月２１日付の手続補正を却下する。
　
［理由］
　
１．本件補正前の特許請求の範囲の請求項１及び３
「【請求項１】
　ａ）Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程，ここにおいて，該コリネ型細菌は，改変されたＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものであり，ｍｅｔＫコード配列が，野生型タンパク質の少なくとも１つのシステイン残基が置換されている減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列であること，
　ｂ）該培地内および／または該細菌細胞内の硫黄含有ファインケミカルを濃縮する工程，
　ｃ）硫黄含有ファインケミカルを単離する工程，
を含んでなる，Ｌ−メチオニンの発酵による製造方法。」
「【請求項３】
　ｍｅｔＫコード配列が，ｍｅｔＫ活性を有するタンパク質をコードし，該タンパク質が，配列番号２２に示すＶａｌ１からＡｌａ４０７までのアミノ酸配列，またはそれに相同でありかつ機能的に等価なタンパク質を表すアミノ酸配列を含む，請求項１または２記載の製造方法。」
　
２．本件補正後の特許請求の範囲の請求項１　　　
「【請求項１】
　ａ）Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程，ここにおいて，該コリネ型細菌は，減少したＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものであり，前記ｍｅｔＫが，配列番号２２に記載のアミノ酸配列又はその少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からなり，
　ｂ）該培地内および／または該細菌細胞内のＬ−メチオニンを濃縮する工程，
　ｃ）Ｌ−メチオニンを単離する工程，
を含んでなる，Ｌ−メチオニンの発酵による製造方法。」
　
３．補正の適否　
　本件補正により，補正前の請求項１及びそれを引用する請求項３においては，ｍｅｔＫコード配列が，野生型タンパク質の少なくとも１つのシステイン残基が置換されていることが必須の要件であったのに対し，補正後の請求項１においては，「ｍｅｔＫが，配列番号２２に記載のアミノ酸配列又はその少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からな」ると記載されており，配列番号２２に記載のアミノ酸配列の少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からなるタンパク質についてはシステイン残基の置換を含まないものも包含している。
　このような補正は，特許請求の範囲を実質的に拡張するものであり，特許法第１７条の２第４項各号に掲げられた請求項の削除，特許請求の範囲の減縮，誤記の訂正，明りょうでない記載の釈明のいずれを目的とするものでもない。
　
　なお，本件補正において，補正前の請求項３が引用する請求項１に記載の「硫黄含有ファインケミカル」を補正後の請求項１において「Ｌ−メチオニン」に限定し，補正前の「それに相同でありかつ機能的に等価なタンパク質を表すアミノ酸配列」を補正後の請求項１において「その少なくとも９０％相同なアミノ酸配列」に限定しており，その部分についてのみみれば平成１８年改正前特許法１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当するものである。
　そこで，念のため，仮に，本件補正が特許法１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的としているとした場合について，本件補正後の請求項１に係る発明（以下「本件補正発明」という。）が特許出願の際，独立して特許を受けることができるものであるかについて，以下に検討することとする。
　
４．独立特許要件（特許法第２９条第２項，特許法第３６条第４項第１号，特許法第３６条第６項第１号）について
（１）特許法第２９条第２項
ア．引用例
　原査定の拒絶の理由で刊行物１として引用された本願優先日前の２０００年５月２３日に頒布された刊行物である特開２０００−１３９４７１号公報（以下，「引用例１」という。）には，「発酵法によるＬ−メチオニンの製造法」について以下の事項が記載されている。
　　
（ア）「【請求項１】Ｌ−メチオニン生合成系のリプレッサーを欠損し，かつ，Ｌ−メチオニン生産能を有する微生物。」（特許請求の範囲）
　
（イ）「【請求項２】細胞内のホモセリントランスサクシニラーゼ活性が増強され，かつ，Ｌ−メチオニン生産能を有する微生物。」（特許請求の範囲）
　
（ウ）「【請求項４】さらに細胞内のＳ−アデノシルメチオニンシンテテース活性が弱化した請求項１〜３のいずれか一項に記載の微生物。」（特許請求の範囲）
　
（エ）「【請求項１０】請求項１〜９のいずれか一項に記載の微生物を培地に培養し，培地中にＬ−メチオニンを生成蓄積せしめ，これを該培地から採取することを特徴とするＬ−メチオニンの製造法。」（特許請求の範囲）
　
（オ）「Ｌ−メチオニンからＳ−アデノシルメチオニンへの代謝反応を触媒するＳ−アデノシルメチオニン合成酵素をコードするｍｅｔＫは，必須遺伝子であることが示唆されている（略）。また，ｍｅｔＫの変異株は，ＤＬ−ノルロイシンやエチオニンなどのメチオニンアナログ耐性により得られることが知られているとともに（略），Ｌ−メチオニンへの固有生合成経路の酵素の発現を上昇させることがと報告されている（略）。」（【０００７】）
　
（カ）「本発明の微生物は，Ｌ−メチオニン生合成系のリプレッサーを欠損し，かつ，Ｌ−メチオニン生産能を有する微生物，又は，細胞内のホモセリントランスサクシニラーゼ活性が増強され，かつ，Ｌ−メチオニン生産能を有する微生物である。本発明の微生物は，Ｌ−メチオニン生合成系のリプレッサーを欠損し，かつ，細胞内のホモセリントランスサクシニラーゼ活性が増強されていることが好ましい。さらに，本発明の微生物は，細胞中のＳＡＭ合成酵素活性が弱化していることが好ましい。・・・そのような微生物としては，エシェリヒア属細菌，コリネ型細菌，バチルス属細菌等の細菌が挙げられるが，エシェリヒア属細菌，例えばＥ．ｃｏｌｉが好ましい。」（【００１７】〜【００１８】）
　
（キ）「微生物としてエシェリヒア属細菌を用いる場合，導入するＨＴＳ遺伝子は，エシェリヒア属細菌由来の遺伝子を用いることが好ましいが，ホモセリントランスアセチラーゼを有するコリネ型細菌等の他の微生物由来の遺伝子を使用することもできる。」（【００３４】）
　
（ク）「細胞内のＳＡＭ合成酵素活性を弱化させることにより，微生物のＬ−メチオニン生産能を上昇させることができる。ＳＡＭ合成酵素活性を欠損させることによっても，微生物のＬ−メチオニン生産能を上昇させることができるが，その場合は微生物を培養する培地にＳＡＭを含有させる必要があるので，ＳＡＭ合成酵素活性を弱化させることが好ましい。ここで，「ＳＡＭ合成酵素活性を弱化させる」とは，微生物細胞タンパク質当たりのＳＡＭ合成酵素の比活性が，野生型ＳＡＭ合成酵素を保持する株よりも低いことをいう。具体的には，弱化の程度は，野生株のＳＡＭ合成酵素に比べて８０〜５０％，好ましくは５０〜３０％，より好ましくは３０〜１０％程度が挙げられる。・・・ＳＡＭ合成酵素活性が弱化した微生物は，酵素タンパク質当たりの比活性が低下したＳＡＭ合成酵素（弱化型ＳＡＭ合成酵素）を産生するものであってもよいし，ＳＡＭ合成酵素遺伝子の転写効率又は翻訳効率が低下したことにより，酵素の発現効率が低下したものであってもよい。ＳＡＭ合成酵素活性が弱化した変異株は，親株をＤＬ−ノルロイシン（ＮＬ）存在下で，例えば０．１ｇ／ｌのＮＬを含む培地で培養し，生育する株を選択することにより，取得することができる。」（【００４２】〜【００４４】）
　
（ケ）「【実施例１】エシェリヒア・コリＷ３１１０株からのＬ−スレオニン要求株及びｍｅｔＪ欠損株の取得
＜１＞欠失を有するｔｈｒＢＣ構造遺伝子を含む組換え用プラスミドの調製
ゲノムＤＮＡ精製キット（略）を用い，その指示に従ってＥ．ｃｏｌｉの野生型Ｋ−１２株の誘導体であるＷ３１１０株から染色体ＤＮＡを調製した。・・・ＰＣＲ反応を行い，ｔｈｒＢ遺伝子の上流部分を含む約１ｋｂの断片の増幅を行った。・・・ＰＣＲ反応を行い，ｔｈｒＣ遺伝子の下流部分を含む約１ｋｂの断片の増幅を行った。・・・上記２つの増幅断片と，ＥｃｏＲＩ及びＨｉｎｄＩＩＩで切断したｐＨＳＧ３９８（略）とを，ライゲーションキット（略）を用いて連結し，Ｅ．ｃｏｌｉ　ＪＭ１０９コンピテントセル（略）を形質転換した。形質転換体からプラスミドを・・・調製した。・・・このプラスミドは，ｔｈｒＢＣの構造遺伝子の上流と下流を含んでおり，ｔｈｒＢＣの構造遺伝子のほぼ全長が欠失した遺伝子断片を含んでいる。
＜２＞遺伝子組換えによるｔｈｒＢＣ構造遺伝子欠損株の作製
上記プラスミドと，特願平９−１９４６０３号に記載の温度感受性複製起点を有するプラスミドｐＭＡＮ９９７を，ＥｃｏＲＩ及びＨｉｎｄＩＩＩで切断した後，これらを連結し，得られた組換えプラスミドでＥ．ｃｏｌｉ　ＪＭ１０９株を形質転換した。形質転換体からプラスミドを抽出し，ｐＭＡＮ９９７にｔｈｒＢＣ欠失遺伝子断片が挿入された構造を有するものを選択し，ｐＭＡＮΔＢＣとした。このプラスミドを用いてＷ３１１０株を形質転換し，常法に従って遺伝子組換えを行った。すなわち，組換え株の選択は，Ｍ９培地（略）におけるＬ−スレオニン要求性によって行い，得られたＬ−スレオニン要求株をＷΔＢＣ株とした。
＜３＞Ｗ３１１０株及びＷΔＢＣ株からのｍｅｔＪ欠損株の作製
次に，Ｗ３１１０株染色体ＤＮＡを鋳型とし，・・・ＰＣＲ反応を行い，ｍｅｔＢ遺伝子を含む約１ｋｂの断片の増幅を行った。・・・ＰＣＲ反応を行い，ｍｅｔＪ遺伝子の下流部分を含む約１ｋｂの断片の増幅を行った。・・・スレオニンプロモーター断片と，ＥｃｏＲＩで切断したｐＨＳＧ２９８（略）と，前記２つのＰＣＲ増幅断片とを混合した後，連結反応を行った。この連結反応液で，ＪＭ１０９株を形質転換し，形質転換体からプラスミドを抽出した。得られた組換えプラスミドから，４者が連結されたプラスミドを選択した。このプラスミドは，ｍｅｔＪの構造遺伝子が欠失し，ｍｅｔＢＬオペロンのプロモーターがスレオニンプロモーターに置き換わった構造を有している。上記で得られたプラスミド，及び特願平９−１９４６０３号に記載の温度感受性複製起点を有するプラスミドｐＭＡＮ９９７をＥｃｏＲＩで切断し，ライゲーションを行い，ｐＭＡＮ９９７にｍｅｔＪ欠失断片が挿入された構造を有するものを選択し，ｐＭＡＮΔＪとした。このプラスミドを用いてＷ３１１０株及びＷΔＢＣ株を形質転換し，常法に従って遺伝子組換えを行った。・・・Ｗ３１１０株及びＷΔＢＣ株から得られたｍｅｔＪ欠失株を，それぞれＷΔＪ株及びＷΔＢＣΔＪ株とした。」（【００５７】〜【００６３】）
　
（コ）「【実施例２】Ｗ３１１０株からのｍｅｔＫ変異株の取得
Ｗ３１１０株をＬＢ培地（略）にて３７℃で一晩培養した。・・・得られた菌体を１００μｌの０．９％食塩水に懸濁し，そのうちの１０μｌを５ｍｌの０．１ｇ／ｌのＤＬ−ノルロイシン（ＮＬ）を含むデイビス−ミンジオリ最少培地に植菌した。これを３７℃で５日間培養した。生育してきたコロニーの幾つかをＬＢ寒天培地上でコロニー分離し，再度０．１ｇ／ｌのＮＬを含むデイビス−ミンジオリ最小培地での生育を確認し，１２株のＮＬ耐性株を選抜した。これらの耐性株から染色体ＤＮＡを調製した。これを鋳型として・・・ＰＣＲ反応を行いｍｅｔＫ遺伝子の増幅を行った。この増幅断片の塩基配列を・・・決定した。・・・この配列を配列番号１７に示した。また，この配列がコードし得るＳＡＭ合成酵素のアミノ酸配列を配列番号１８に示した。ＮＬ耐性株のうち，ｍｅｔＫの構造遺伝子中に変異点が見いだされたものは１２株の内３株あり，これらをＷＮＬ２，ＷＮＬ２４，及びＷＮＬ３２と名付けた。これらの変異株のｍｅｔＫ塩基配列は，配列番号１７に示す野生型の塩基配列上で，ＷＮＬ２株では９０７番目のアデニンがシトシンに，ＷＮＬ２４株では５５４番目のチミンがアデニンに，ＷＮＬ３２株では１１３２番目のシトシン塩基の欠失が認められた。この結果，配列番号１８に示したＳＡＭ合成酵素のアミノ酸配列において，ＷＮＬ２株のＳＡＭ合成酵素は３０３番目のイソロイシンがロイシンに，ＷＮＬ２４株では１８５番目のバリンがグルタミン酸に，ＷＮＬ３２株では１塩基欠失によって３７８番目のアルギニン以降がアラニン−メチオニン−ロイシン−プロリン−バリンからなる配列に変化していることが明らかとなった。これらの株はＳＡＭ合成酵素活性が弱化していることが推定された。」（【００６９】〜【００７１】）
　
（サ）「【実施例３】ｍｅｔＫ変異の導入と野生型ｍｅｔＡ遺伝子の増幅によるＬ−メチオニン生産
（１）ＷΔＢＣΔＪ株へのｍｅｔＫ変異の導入
ｍｅｔＫ遺伝子変異株であるＷＮＬ２株，ＷＮＬ２４株，及びＷＮＬ３２株の染色体ＤＮＡを鋳型とし，・・・ＰＣＲ反応を行い，ｍｅｔＫ遺伝子を含む約２．５ｋｂの断片の増幅を行った。・・・ＨｉｎｄＩＩＩで切断したｐＳＴＶ２８（略）及びＰＣＲ増幅断片を混合後連結反応を行い，ＪＭ１０９株を形質転換した。形質転換体からプラスミドを抽出した。得られた組換えプラスミドからＰＣＲ増幅断片が挿入されたプラスミドを選択した。これらのプラスミドはｍｅｔＫの構造遺伝子に変異を有していることを塩基配列を決定し確認した。これらのプラスミドのＨｉｎｄＩＩＩ切断断片を，ＨｉｎｄＩＩＩで切断したｐＭＡＮ９９７にクローニングし，それぞれｐＭＡＮＫ−２，ｐＭＡＮＫ−２４，ｐＭＡＮＫ−３２と名付けた。これらのプラスミドを用いてＷΔＢＣΔＪ株を形質転換し，常法に従って遺伝子組換えを行った。・・・得られたＷΔＢＣΔＪ株由来のｍｅｔＫ変異株をそれぞれＷΔＢＣΔＪＫ−２株，ＷΔＢＣΔＪＫ−２４株，及びＷΔＢＣΔＪＫ−３２株とした。
（２）ｍｅｔＡ遺伝子の増幅
Ｗ３１１０株染色体ＤＮＡを鋳型とし，・・・ＰＣＲ反応を行い，ｍｅｔＡ遺伝子を含む約１ｋｂの断片の増幅を行った。・・・得られた増幅断片を・・・ｐＨＳＧ３９８にクローニングした。・・・このプラスミドのＳｐｈＩ及びＳａｌＩによる切断物，実施例１に記載のスレオニンプロモーターのＨｉｎｄＩＩＩ及びＳｐｈＩによる切断物，及びＨｉｎｄＩＩＩ及びＳａｌＩで切断したｐＭＷ１１８（略）を混合後，連結反応を行った。この反応液でＪＭ１０９株を形質転換し，形質転換体からプラスミドを抽出した。得られた組換えプラスミドから３者が連結されたプラスミドを選択した。このプラスミドはスレオニンプロモーターの下流にｍｅｔＡ遺伝子が配置されており，スレオニンプロモーターによりｍｅｔＡが発現する構造をとっている。このプラスミドをｐＭＷＰｔｈｍｅｔＡ−Ｗと名付けた。このプラスミドを用いてＷ３１１０株，ＷΔＢＣ株，ＷΔＢＣΔＪ株，ＷΔＢＣΔＪＫ−２株，ＷΔＢＣΔＪＫ−２４株，及びＷΔＢＣΔＪＫ−３２株を形質転換し，形質転換体を得た。各形質転換体を５０ｍｇ／ｌのアンピシリンを含むＬＢプレート上，３７℃で一晩培養した。菌体を・・・培地２０ｍｌに植菌し，３７℃で４８時間培養した。培養物から菌体を除き，アミノ酸分析計（略）にてＬ−メチオニン量を測定した。この結果を表３に示した。Ｗ３１１０株では認められなかったＬ−メチオニンが，ＷΔＢＣ株，ＷΔＢＣΔＪ株において増加した。ｍｅｔＫの変異は，ＷΔＢＣΔＪＫ−２株ではＬ−メチオニン量は低下したものの，ＷΔＢＣΔＪＫ−３２株においては同等，ＷΔＢＣΔＪＫ−２４株では上昇が認められ，Ｌ−メチオニン生産に効果が認められた。」（【００７２】〜【００７７】）（注：表３は表２の誤記と認める）
　
（シ）「【表２】
」（【００７８】）
　
　同じく原査定の拒絶の理由で刊行物２として引用された本願優先日前の１９９５年に頒布された刊行物であるJ.Biol.Chem.,1995,Vol.270, No.31,p.18484-18490（以下，「引用例２」という。）には，以下の記載がある。
　
（ス）「大腸菌Ｓ−アデノシルメチオニン（ＡｄｏＭｅｔ）シンターゼ構成遺伝子において，以前に化学修飾の研究により触媒的に及び／又は構造的に重要であるとされた残基である９０位及び２４０位のシステインにおける部位特異的変異が行われた。ＡｄｏＭｅｔシンターゼ変異体（例えばＭｅｔＫ／Ｃ９０Ａ，ＭｅｔＫ／Ｃ９０Ｓ及びＭｅｔＫ／Ｃ２４０Ａ）は野生型の１０％までの活性を保持しており，このことはどちらのスルフヒドリルも触媒活性には必要でないことを示す。」（第１８４８４頁要約）
　
　同じく原査定の拒絶の理由で刊行物４として引用された本願優先日前の２００１年９月１３日に頒布された刊行物である国際公開第０１／６６５７３号（以下，「引用例４」という。）には，「コリネバクテリウム　グルタミクムの代謝系タンパク質をコードする遺伝子」について，以下の事項が記載されている。
　
（セ）「表４　アライメントの結果
・・・
・・・Ｅ０９８５５　Ｓ−アデノシルメチオニンシンターゼをコードするｇＤＮＡ　コリネバクテリウム　グルタミクム・・・１９９７年１０月７日」（第１０５〜１２８頁）
　
イ．対比・判断
　
　引用例１に記載の方法と本件補正発明は微生物を用いてＬ−メチオニンを製造する方法である点で課題が同じであり，記載事項（カ）にあるように，引用例１にはコリネ型細菌培養物を用いることが記載されている。また，記載事項（キ）にあるように，微生物としてエシェリヒア属細菌を用いる場合であっても導入するＨＴＳ遺伝子としてコリネ型細菌等の他の微生物由来の遺伝子を使用することができると記載されていることから，微生物としてコリネ型細菌を用いる場合には，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫ遺伝子を用いることは当然に想定されているということができる。さらには，記載事項（ク）及び（コ）にあるように変異ｍｅｔＫ遺伝子を調製する際に親株由来の変異遺伝子を取得していることから，Ｌ−メチオニンの製造にコリネ型細菌を用いる場合には，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫ遺伝子を用いることが実質的に記載されているものと認める。
　よって，両者は，Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程，ここにおいて，該コリネ型細菌は，減少したＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものである，を含んでなるＬ−メチオニンの発酵による製造方法に関する発明である点で一致し，以下の点で相違する。
　
ａ．減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質が，本件補正発明では，配列番号２２に記載のアミノ酸配列又はその少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からなるのに対し，引用例１には該配列が記載されていない点。
　
ｂ．Ｌ−メチオニンの製造方法について，本件補正発明は，該培地内および／または該細菌細胞内のＬ−メチオニンを濃縮する工程，及びＬ−メチオニンを単離する工程を含むのに対し，引用例１にはそのような記載はない点。
　
　上記相違点について検討する。
　
　相違点ａについて，引用例１の記載事項（オ）にあるように，ｍｅｔＫは必須遺伝子であることが示唆されていることから，引用例１において用いる減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質とは記載事項（ク）にあるように，野生型よりも活性が低下したものである。
　また，引用例２には大腸菌のｍｅｔＫにおいて重要な機能を有することが示唆されていたシステイン残基を他のアミノ酸で置換したところ，野生型と比較して活性が低下したことが記載されている（記載事項（ス））。
　ここで，必須遺伝子であるｍｅｔＫにおいて重要な機能を有するシステイン残基が大腸菌と同様にコリネ型細菌由来のｍｅｔＫにおいても重要であると考えることは自然な発想であるから，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫであって野生型より活性の低下したものを取得するにあたり，引用例２の記載をもとに，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫのシステイン残基を置換すること，その際に引用例４に記載のコリネ型細菌由来のｍｅｔＫ遺伝子を用いることは当業者が容易に想到し得たことである。（なお，種々のコリネ型細菌やM.tuberculosisのｍｅｔＫにおいてシステインが保存されていることは，引用例４や特開平７−２２７２８７号公報，及びNature,1998,Vol.6685,p.537-544に記載されたｍｅｔＫのアミノ酸配列を比較することで認識できるから本願優先日前に周知の技術的事項であったともいえる。）
　さらに，もとのタンパク質の活性を維持した相同なアミノ酸配列からなるタンパク質を用いることも周知技術に基づき適宜行うことである。
　
　相違点ｂについて，微生物を用いたアミノ酸の製造方法において，最終産物であるアミノ酸を濃縮，単離することは通常行うことであり，困難性はない。
　
　そして，本件補正発明の効果について，配列番号２２に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質，すなわち，ｍｅｔＫＣ９４Ａをコードする遺伝子をコリネ型細菌に発現させた場合にｍｅｔＫ活性が低下したことは示されたものの，野生型のｍｅｔＫを発現させた場合と比較してＬ−メチオニンの産生が増加したことは確認されていないから，顕著な効果を奏するとはいえない。
　さらに，配列番号２２に記載のアミノ酸配列の少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からなるタンパク質を用いた場合にＬ−メチオニンの産生量が増加することは示されておらず，効果が不明であるから，本件補正発明の構成全体にわたって，当業者が予測できない顕著な効果が奏せられているとはいえない。
　
ウ．小括
　したがって，本件補正発明は引用例１，２及び４の記載ならびに上記周知技術に基づいて当業者が容易に発明することができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
（２）特許法第３６条第４項第１号，特許法第３６条第６項第１号
　本件補正発明は，Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程を含み，該コリネ型細菌は，減少したＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものであり，前記ｍｅｔＫが，配列番号２２に記載のアミノ酸配列又はその少なくとも９０％相同なアミノ酸配列からなるが，減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質として，本願明細書において開示されているのは，配列番号２２に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質，すなわち，野生型タンパク質の９４番目のシステインをアラニンに変異させたタンパク質（以下，「ｍｅｔＫＣ９４Ａ」と記載する。）のみである。
　ここで，配列番号２２に記載のアミノ酸配列の少なくとも９０％相同なアミノ酸配列について，そもそも，アミノ酸配列における「相同」とは，「同一」あるいは「類似」のどちらを意味するか不明であり，「類似」である場合にはどのアミノ酸までを類似とみなすかの定義が必要であるが，そのような記載が明細書中にはない。また，実際にｍｅｔＫ活性を減少させることができた変異位置として９４番目のシステインが記載され，減少させる可能性が示唆された変異位置として２４位のシステインが記載されているのみであり，上記位置以外にｍｅｔＫ活性を減少させることができる変異位置の手がかりは記載されていない。
　また，例え，活性の減少したタンパク質が得られたとしても，複数の酵素が関与する生産系において，一つの酵素の活性の変異が最終的な生産物の生産量にどのような影響を及ぼすかは不明であり，ｍｅｔＫ活性が減少したからといって必ずしもＬ−メチオニンの産生量が増加するとはいえないことは第６（１）で後述するように，請求人も認めている通りである。
　よって，多くのアミノ酸の組み合わせの配列が包含され，９４番目以外にも変異を含む「少なくとも９０％相同なアミノ酸配列」の中からｍｅｔＫＣ９４Ａ以外の減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質を選択し，さらに該変異タンパク質をコードする遺伝子をコリネ型細菌に導入して，Ｌ−メチオニン産生量が増加するか否かを確認するためには，通常当業者に期待しうる程度を超える試行錯誤や複雑高度な実験等を行なう必要があるので，当業者がそのものを作ることができるように発明の詳細な説明が記載されていない。
　したがって，本願は，特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
　また，ｍｅｔＫＣ９４Ａ以外の減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質のアミノ酸配列は開示されておらず，変異させる位置の手がかりもないことから，配列番号２２に記載のアミノ酸配列の少なくとも９０％相同なアミノ酸配列が本願発明の解決しようとする課題が解決できるかどうか不明であるので，配列番号２２に記載のアミノ酸配列以外の配列を有するタンパク質を包含する本件補正発明は，本願の発明の詳細な説明に記載されておらず，本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。　
　
５．むすび
　以上の通りであるから，本件補正は，平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項で規定される目的外の補正であるので，特許法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものであり，また，仮に，本件補正が平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項第２号の「特許請求の範囲の減縮」に該当するとした場合であっても，平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するものであり，特許法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する特許法第５３条第１項の規定により却下されるべきものである。　
　　
第３．本願発明について
　
　平成２１年８月２１日付の手続補正は，上記のとおり却下されたので，本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明１」という。）は，平成２０年４月９日付手続補正書の特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される，以下のとおりのものである。
　
「【請求項１】
　ａ）Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程，ここにおいて，該コリネ型細菌は，改変されたＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものであり，ｍｅｔＫコード配列が，野生型タンパク質の少なくとも１つのシステイン残基が置換されている減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列であること，
　ｂ）該培地内および／または該細菌細胞内の硫黄含有ファインケミカルを濃縮する工程，
　ｃ）硫黄含有ファインケミカルを単離する工程，
を含んでなる，Ｌ−メチオニンの発酵による製造方法。」
　
第４．原査定の理由
　
　一方，原査定の理由２は，本願は，その出願前に日本国内又は外国において，頒布された刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて，その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないというものであり，理由３は，本願は，特許請求の範囲の記載が，特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないというものである。
　
第５．当審の判断
（１）理由２（特許法第２９条第２項）について
ア．引用例
　引用例の記載については，第２の４（１）アの欄に記載したとおりである。
　
イ．対比・判断
　
　引用例１に記載の方法と本願発明１は微生物を用いてＬ−メチオニンを製造する方法である点で課題が同じであり，Ｌ−メチオニンの製造にコリネ型細菌を用いる場合には，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫ遺伝子を用いることが実質的に記載されているものと認められることは第２の４（１）イの欄に記載したとおりである。
　よって，両者は，Ｌ−メチオニンを産生するコリネ型細菌培養物を発酵させる工程，ここにおいて，該コリネ型細菌は，改変されたＳ−アデノシルメチオニンシンターゼ（ｍｅｔＫ）活性を有するタンパク質をコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を発現するものであり，ｍｅｔＫコード配列が減少したｍｅｔＫ活性を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列であること，を含んでなる，Ｌ−メチオニンの発酵による製造方法に関する発明である点で一致し，以下の点で相違する。
　
ａ．ｍｅｔＫコード配列が，本願発明１では，野生型タンパク質の少なくとも１つのシステイン残基が置換されているタンパク質をコードするヌクレオチド配列であるのに対し，引用例１には該記載はない点。
　
ｂ．Ｌ−メチオニンの製造方法について，本願発明１は，該培地内および／または該細菌細胞内の硫黄含有ファインケミカルを濃縮する工程，硫黄含有ファインケミカルを単離する工程を含むのに対し，引用例１にはそのような記載はない点。
　
　上記相違点について検討する。
　
　相違点ａについて，引用例２には大腸菌のｍｅｔＫにおいて重要な機能を有することが示唆されていたシステイン残基を他のアミノ酸で置換したところ，野生型と比較して活性が低下したことが記載されている（記載事項（ス））。
　ここで，必須遺伝子であるｍｅｔＫにおいて重要な機能を有するシステイン残基が大腸菌と同様にコリネ型細菌由来のｍｅｔＫにおいても重要であると考えることは自然な発想であるから，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫであって野生型より活性の低下したものを取得するにあたり，引用例２の記載をもとに，コリネ型細菌由来のｍｅｔＫのシステイン残基を置換すること，その際に引用例４に記載のコリネ型細菌由来のｍｅｔＫ遺伝子を用いることは当業者が容易に想到し得たことである。（なお，種々のコリネ型細菌やM.tuberculosisのｍｅｔＫにおいてシステインが保存されていることは，引用例４や特開平７−２２７２８７号公報，及びNature,1998,Vol.6685,p.537-544に記載されたｍｅｔＫのアミノ酸配列を比較することで認識できるから本願優先日前に周知の技術的事項であったともいえる。）
　
　相違点ｂについて，微生物を用いたアミノ酸の製造方法において，最終産物であるアミノ酸を濃縮，単離することは通常行うことであり，困難性はない。
　
　そして，本願発明１の効果について，ｍｅｔＫＣ９４Ａをコードする遺伝子をコリネ型細菌に発現させた場合にｍｅｔＫ活性が低下したことは示されたものの，野生型のｍｅｔＫを発現させた場合と比較してＬ−メチオニンの産生が増加したことは確認されていないから，顕著な効果を奏するとはいえない。
　さらに，９４番目以外のシステインを他のアミノ酸に置換した場合，さらには他のアミノ酸も置換した場合にｍｅｔＫの活性が低下することやＬ−メチオニンの産生量が増加することは示されておらず，効果が不明であるから，本願発明１の構成全体にわたって，当業者が予測できない顕著な効果が奏せられているとはいえない。
　
ウ．小括
　したがって，本願発明１は引用例１，２及び４の記載ならびに上記周知技術に基づいて当業者が容易に発明することができたものであり，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　　
（２）理由３（特許法第３６条第６項第１号）について
　本願明細書には，ｍｅｔＫＣ９４Ａをコードする遺伝子をプラスミドで野生型コリネバクテリウム・グルタミカムに導入したところ，野生型のｍｅｔＫ遺伝子をプラスミドを導入した場合と比較してｍｅｔＫ活性が減少していることが確認されているだけである。そして，９４位のシステインの変異以外のアミノ酸の変異でどのように活性が変化するかは示されておらず，活性が減少するものを取得できるか不明である。
　また，例え，活性の減少したタンパク質が得られたとしても，複数の酵素が関与する生産系において，一つの酵素の活性の変異が最終的な生産物の生産量にどのような影響を及ぼすかは不明であり，ｍｅｔＫ活性が減少したからといって必ずしもＬ−メチオニンの産生量が増加するとはいえないことは第６（１）で後述するように，請求人も認めている通りである。
　よって，本願発明１は，本願発明の解決しようとする課題が解決できるかどうか不明であるから，本願の発明の詳細な説明に記載されているとはいえない。
　したがって，本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
第６．審判請求人の主張について
（１）理由２について
　平成２０年４月９日付意見書において，審判請求人は，引用文献１は，Ｓ−アデノシルメチオニンシンダーゼ（ｍｅｔＫ）について，野生型の少なくとも１つのシステイン残基が置換されてｍｅｔＫ活性が減少することは，何ら開示も示唆もしていないこと，引用文献２はＬ−メチオニンの製造方法に関する文献ではなく，単にｍｅｔＫの機能などの基本的な事項を述べているのみであること，引用文献２は，大腸菌由来の酵素に焦点を当てたものであるが，本願発明は，コリネ型細菌のＬ−メチオニンの生産に関するものであること，引用文献４は，ｍｅｔＫのシステイン残基が他のアミノ酸に置換されてｍｅｔＫ活性が減少することを用いてＬ−メチオニンを製造することなどについて何ら開示も示唆もしていないことから，本願の請求項１に係る発明は，引用文献１〜４を組合せたとしても，進歩性を有すると主張している。
　また，平成２１年１０月７日付審判請求書の手続補正書において，「確かに，ｍｅｔＫの弱化及びｍｅｔＡの増強がメチオニンの生産性の向上に寄与するようであることは理解できますが，問題はそのような条件を満たす微生物が必ずしも高生産を達成しえないということを引用文献１が示していることです。・・・これらの結果をみた当業者は，ｍｅｔＫの変異はメチオニンの生産性を高める可能性があるが，その効果はどのような変異を導入するかに大きく左右される，一方，ｍｅｔＡの変異は実験したいずれの変異型であっても生産量が顕著に高まるようであると判断し，ｍｅｔＡの変異の有効性に大いに注目するはずであると，そのように見て取ることができます。本願発明では，ｍｅｔＫが，引用文献１の大腸菌由来のもの（例えば配列番号１８，２６参照）と異なり，C.glutamicum由来のｍｅｔＫ（配列番号１６）に変異（Ｃ９４Ａ）を有する変異型ｍｅｔＫ（配列番号２２）からなります。・・・この変異によってｍｅｔＫ活性は減少しますが，そうだからといって常にメチオニンの生産量が高まるという保証がないことは引用文献１が示しています。そして，どのような変異をｍｅｔＫに導入すれば生産性が高まるのかについて，引用文献１が示しているのは大腸菌ｍｅｔＫのＶ１８５Ｅの変異のみです（段落［００７１］のＷＮＬ２４株参照）。・・・審査官殿は，引用文献２を引用し，その記載から，システイン残基の変異が活性の減少をもたらす可能性があることを理解することができる，と認定しています。・・・しかしながら，システイン残基の変異が仮に活性の低下を引き起こすとしても，引用文献１に示されるように，ｍｅｔＫ活性の減少とメチオニン生産量との間には相関性がないことは明らかです。」と主張している。そして，平成２３年１２月１３日付回答書においても同様の主張をしている。
　
　ここで，引用例１には，記載事項（ク）にあるように，Ｌ−メチオニンの産生量を上昇させる目的でｍｅｔＫの活性を弱化させることが明記されているので，引用例１に接した当業者であればｍｅｔＡの変異に着目するかどうかにかかわらず，Ｌ−メチオニンの産生量を上昇させるためにｍｅｔＫの活性を弱化することは自然な発想である。そして，請求人は，ｍｅｔＫの活性を弱化させたところで必ずしもメチオニンの産生量が増加するとは限らない旨主張するが，その点については，本願明細書においてもｍｅｔＫ活性が減少したことが示されたのみであって，Ｌ−メチオニンの産生量が増加したことは示されていないので，本願発明１のうちｍｅｔＫＣ９４Ａを発現させる場合においてさえ，必ずしもＬ−メチオニンの産生量が増加するとはいえないといえる。
　また，引用例２は，Ｌ−メチオニンの産生についての記載はないが，ｍｅｔＫの活性について記載されている点で引用例１と共通している。そして，５（１）において述べたようにコリネ型細菌由来の酵素においてもシステインが存在し保存されていることは周知の技術的事項である上，記載事項（オ）にあるようにｍｅｔＫが必須遺伝子であることが示唆されており，このような遺伝子は様々な細菌において保存されていることも技術常識であるから，大腸菌由来の酵素についての引用例２の記載をコリネ型細菌由来の酵素に適用することに困難性はない。
　さらに，引用例４は，野生型ｍｅｔＫ遺伝子の配列について記載された引用例であるのでＬ−メチオニンの製造について記載されていないという主張は採用できない。
　
　よって，審判請求人の主張はいずれも採用できない。
　
（２）理由３について
　同意見書において，審判請求人は，本願明細書には，ｍｅｔＫＣ９４Ａを有するプラスミドで形質転換されたコリネバクテリウム・グルタミカムは，表１にあるとおり，明らかに力価が低下していることを主張している。また，コリネバクテリウム・グルタミカム２株（野生型ｍｅｔＫを発現する株，および該株を親株とする，９４位のシステインがアラニンに置換されたｍｅｔＫタンパク質を発現する株）のＬ−メチオニン生産を比較したデータについて，親株（野生型）のメチオニン生産量は０．７ｇ／Ｌであったのに対し，アミノ酸置換されたｍｅｔＫを発現する株のメチオニン生産量は１．０ｇ／Ｌであるとして，このデータは，本願発明がＬ−メチオニン生産に有用であり，Ｌ−メチオニン生産量を高めることができることを示すものであると主張している。また，同審判請求書の手続補正書及び同回答書において特段の主張は行っていない。
　ここで，上記データは，単にＬ−メチオニン生産量のみの数値であり具体的にどのような実験に基づいたデータであるか不明であって，当初明細書に記載されていた範囲のものであることが確認できないから参酌できない。
　また，表１の結果も上記メチオニン生産量のデータもｍｅｔＫＣ９４Ａについての結果であり，それ以外のシステインを変異させた結果は依然として示されていない。
　さらに，明細書に示されたｍｅｔＫＣ９４Ａについても，表１にあるように力価が低下したことは示されたものの，明細書においてはＬ−メチオニンの生産量が増加したことは確認されておらず，上記（１）の欄に記載したように，ｍｅｔＫ活性が低下した変異体であっても必ずしもＬ−メチオニンの産生量が増加するとはいえないことは請求人も認めていることである。
　よって，審判請求人の主張は採用できない。
　
第７．むすび
　
　以上のとおりであるから，本願請求項１に係る発明は，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができないものであり，また，この出願は請求項１の記載が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしてないので，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本願は拒絶すべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。