【手続補正書】
【提出日】平成17年7月25日(2005.7.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  好熱性生物から単離されたDNAポリメラーゼIIIホロ酵素。
【請求項２】  好熱性生物がThermus属、Thermotoga属およびAquiflex属のメンバーから選択される、請求項１記載のDNAポリメラーゼIIIホロ酵素。
【請求項３】  配列番号196に示される単離されたヌクレオチド配列。
【請求項４】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項３記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項５】  請求項３記載のヌクレオチドの少なくとも一部分を含む組換えDNAベクター。
【請求項６】  請求項５記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項７】  請求項３記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なヌクレオチド配列の少なくとも一部分からなるオリゴヌクレオチドによりコードされる、精製DnaEタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項８】  DnaEタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項７記載の精製タンパク質。
【請求項９】  DnaEタンパク質が配列番号197に示されるアミノ酸配列からなる、請求項７記載の精製タンパク質。
【請求項１０】  請求項７記載のDnaEタンパク質の少なくとも一部分および非dnaEタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項１１】  DnaEタンパク質が配列番号197からなる、請求項１０記載の融合タンパク質。
【請求項１２】  配列番号214に示される単離されたヌクレオチド配列。
【請求項１３】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項１２記載のヌクレオチド配列。
【請求項１４】  請求項１２記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えDNAベクター。
【請求項１５】  請求項１４記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項１６】  請求項１２記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なヌクレオチド配列の少なくとも一部分からなるオリゴヌクレオチドによりコードされる、精製DnaQタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項１７】  DnaQタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項１６記載の精製タンパク質。
【請求項１８】  DnaQタンパク質が配列番号215および配列番号216からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、請求項１６記載の精製タンパク質。
【請求項１９】  請求項１６記載のDnaQタンパク質の少なくとも一部分および非dnaQタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項２０】  DnaQタンパク質が配列番号215および配列番号216からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、請求項１９記載の融合タンパク質。
【請求項２１】  配列番号221に示される単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２２】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項２１記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２３】  請求項２１記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えDNAベクター。
【請求項２４】  請求項２３記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項２５】  請求項２１記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なヌクレオチド配列の少なくとも一部分からなるオリゴヌクレオチドによりコードされる、精製DnaAタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項２６】  DnaAタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項２５記載の精製タンパク質。
【請求項２７】  DnaAタンパク質が配列番号222に示されるアミノ酸配列からなる、請求項２５記載の精製タンパク質。
【請求項２８】  請求項２５記載のDnaAタンパク質の少なくとも一部分および非DnaAタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項２９】  DnaAタンパク質が配列番号222からなる、請求項２８記載の融合タンパク質。
【請求項３０】  配列番号230に示される単離されたヌクレオチド配列。
【請求項３１】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項３０記載のヌクレオチド配列。
【請求項３２】  請求項３０記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えDNAベクター。
【請求項３３】  請求項３２記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項３４】  請求項３０記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なヌクレオチド配列の少なくとも一部分からなるオリゴヌクレオチドによりコードされる、精製DnaNタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項３５】  DnaNタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項３４記載の精製タンパク質。
【請求項３６】  DnaNタンパク質が配列番号231に示されるアミノ酸配列からなる、請求項３４記載の精製タンパク質。
【請求項３７】  請求項３４記載のDnaNタンパク質の少なくとも一部分および非DnaNタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項３８】  DnaNタンパク質が配列番号231からなる、請求項３７記載の融合タンパク質。
【請求項３９】  配列番号７に示される単離されたヌクレオチド配列。
【請求項４０】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項３９記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項４１】  請求項３９記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えDNAベクター。
【請求項４２】  請求項４１記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項４３】  請求項３９記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なヌクレオチド配列の少なくとも一部分からなるオリゴヌクレオチドによりコードされる、精製dnaXタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項４４】  dnaXタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項４３記載の精製タンパク質。
【請求項４５】  dnaXタンパク質が配列番号９に示されるアミノ酸配列からなる、請求項４３記載の精製タンパク質。
【請求項４６】  請求項３５記載のdnaXタンパク質の少なくとも一部分および非dnaXタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項４７】  dnaXタンパク質が配列番号９からなる、請求項４６記載の融合タンパク質。
【請求項４８】  配列番号２に示される単離されたアミノ酸配列。
【請求項４９】  請求項４８記載のアミノ酸配列の少なくとも一部分をコードする単離されたヌクレオチド配列。
【請求項５０】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項４９記載のヌクレオチド配列。
【請求項５１】  請求項４９記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えベクター。
【請求項５２】  請求項５１記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項５３】  請求項４８記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なポリヌクレオチド配列によりコードされる精製τタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項５４】  τタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項５３記載の精製タンパク質。
【請求項５５】  請求項５３記載のτタンパク質の少なくとも一部分および非τタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項５６】  配列番号1 に示される単離されたアミノ酸配列。
【請求項５７】  請求項５６記載のアミノ酸配列の少なくとも一部分をコードする単離されたヌクレオチド配列。
【請求項５８】  請求項５７記載のヌクレオチド配列のコード鎖に対して実質的に相同なポリヌクレオチド配列によりコードされる精製γタンパク質の少なくとも一部分。
【請求項５９】  γタンパク質がThermus thermophilus由来のものである、請求項５８記載の精製タンパク質。
【請求項６０】  前記ヌクレオチド配列が5'および3'フランキング領域をさらに含む、請求項５７記載のヌクレオチド配列。
【請求項６１】  請求項５７記載のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を含む組換えベクター。
【請求項６２】  請求項６１記載の組換えDNAベクターを含有する宿主細胞。
【請求項６３】  請求項５７記載のγタンパク質の少なくとも一部分および非γタンパク質配列を含む融合タンパク質。
【請求項６４】  DNAポリメラーゼIIIホロ酵素を検出する方法であって、
a) 任意の順序で、
i) DNAポリメラーゼIIIホロ酵素の少なくとも一部分を含むと予想されるサ        ンプル、
ii) DNAポリメラーゼIIIホロ酵素の少なくとも一部分と特異的に結合でき          る抗体、
を用意し、
b) 該サンプルと該抗体とを、該抗体がDNAポリメラーゼIIIホロ酵素に結合できる条件下で混合し、そして
c) 該結合を検出する、
ことを含んでなる上記方法。
【請求項６５】  前記サンプルが好熱性生物を含む、請求項６４記載の方法。
【請求項６６】  好熱性生物がThermus属のメンバーである、請求項６５記載の方法。
【請求項６７】  配列番号１、２、８、９、26、31、34、37、59、70、75、82、85、197、198、215、216、222および231からなる群より選択されるアミノ酸配列によりコードされるタンパク質上の少なくとも１つの抗原決定基と特異的に結合する能力がある抗体。
【請求項６８】  前記抗体がポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体からなる群より選択される、請求項６７記載の抗体。
【請求項６９】  ポリメラーゼのサブユニットを同定する方法であって、
a) DNAポリメラーゼIIIサブユニットタンパク質の少なくとも一部分をコードする増幅可能な核酸を含むと予想される被験サンプルを用意し、
b) 該被験サンプルから該増幅可能な核酸を単離し、
c) 該増幅可能な核酸を、増幅試薬および配列番号21、22、86、87、91、97、110、111、112 、113、114、115、116、134、135、136、137、156、157、173、174、176、177、208、209、210、211、212および213に示される核酸配列を有するプライマーからなる群より選択される少なくとも２つのプライマーと混合して反応混合物を形成し、そして
d) 該反応混合物を、該増幅可能な核酸が増幅される条件下で増幅酵素と混合して増幅産物を生成する、
各ステップを含んでなる上記方法。
【請求項７０】  前記増幅産物を検出するステップをさらに含む、請求項６９記載の方法。
【請求項７１】  前記検出が増幅産物とプローブとのハイブリダイゼーションにより達成される、請求項７０記載の方法。
【請求項７２】  前記プライマーがDnaA、DnaN、DnaE、DnaX、DnaQおよびDnaBからなる群より選択される少なくとも１種のポリメラーゼサブユニットをコードする核酸にハイブリダイズすることができる、請求項６９記載の方法。
【請求項７３】  前記被験サンプルが好熱性生物由来の核酸を含む、請求項６９記載の方法。
【請求項７４】  好熱性生物がThermus属のメンバーである、請求項７３記載の方法。
【請求項７５】  増幅方法であって、
a) i)   増幅可能な核酸を含むと予想される被験サンプル、
ii)  増幅試薬、
iii) DNAポリメラーゼ、
iv)  DnaX、DnaE、DnaQ、DnaNおよびDnaAからなる群より選択される耐熱性          ポリメラーゼの少なくともサブユニットを含む付加的成分、および
v)   少なくとも２種のプライマー、
を用意し、
b) 該被験サンプルから増幅可能な核酸を単離し、
c) 該増幅可能な核酸を、該増幅可能な核酸が増幅される条件下で該増幅試薬、該DNAポリメラーゼ、該付加的成分および少なくとも２種のプライマーと混合して増幅産物を生成する、
各ステップを含んでなる方法。
【請求項７６】  前記増幅産物を検出するステップをさらに含んでなる、請求項７５記載の方法。
【請求項７７】  前記検出が増幅産物とプローブとのハイブリダイゼーションにより達成される、請求項７６記載の方法。
【請求項７８】  前記プライマーがDnaA、DnaN、DnaE、DnaX、DnaQおよびDnaBからなる群より選択される少なくとも１種のポリメラーゼのサブユニットをコードする核酸にハイブリダイズすることができる、請求項７５記載の方法。
【請求項７９】  前記DNAポリメラーゼがTaqポリメラーゼ、E. coli DNAポリメラーゼＩ、Klenow、Pfuポリメラーゼ、Tthポリメラーゼ、Truポリメラーゼ、Tflポリメラーゼ、Thermococcus DNAポリメラーゼ、およびThermotoga DNAポリメラーゼからなる群より選択される、請求項７５記載の方法。
【請求項８０】  前記増幅試薬が一本鎖結合タンパク質、ヘリカーゼおよび補助因子からなる群より選択される成分を含む、請求項７５記載の方法。