【手続補正書】
【提出日】平成17年11月7日(2005.11.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アルコール依存症に関連する遺伝子の存在を検出するための装置であって、
基体と、
基体に結合した１つまたは複数のアルコール依存症に関連すると同定された核酸とを含む装置。
【請求項２】
基体は、分子を共有結合または非共有結合により結合することができる微細加工した固表面を含む請求項１に記載の装置。
【請求項３】
基体は、平面または球面に導入されたアミノ、カルボキシル、チオールまたはヒドロキシル官能基を含むラングミュア・ボジェット膜、ガラス、機能ガラス、ゲルマニウム、シリコン、ＰＴＦＥ、ポリスチレン、砒化ガリウム、金、銀、または任意の材料をさらに含む請求項２に記載の装置。
【請求項４】
１つまたは複数のアルコール依存症特異的核酸は、異なる決定可能配列を有する１つまたは複数のペプチド核酸のヒト核酸標的要素を含む請求項１に記載の装置。
【請求項５】
ヒト核酸標的要素は、それぞれ１平方センチメートル当たり１００から１００００個の標的要素の密度で基体上の異なる位置で１つまたは複数のペプチドを含む請求項４に記載の装置。
【請求項６】
ヒト核酸標的要素は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ、それらの一本鎖二本鎖またはそれらの任意の化学的修飾体を含む請求項４に記載の装置。
【請求項７】
ヒト核酸標的要素は、Ｍ６神経糖タンパク質、ミエリン関連糖タンパク質、ミエリン関連乏突起膠細胞塩基性タンパク質、ミエリン塩基性タンパク質、ミエリンプロテオリピドタンパク質、ミエリン乏突起膠細胞糖タンパク質、ミエリンタンパク質Ｐｏ、乏突起膠細胞ミエリン糖タンパク質、ＰＭＰ２、ＰＭＰ２２、ＭＡＬ遺伝子、ＡｐｏＤ、ＡｐｏＥ、炭酸脱水酵素ＩＩ、２’，３’−環状ヌクレオチド  ３’−ホスホジエステラーゼ、ガラクトセレブロシダーゼ、トランスアルドラーゼ、ＵＤＰ−ガラクトースセラミドガラクトシルトランスフェラーゼ、ＭｙＴ１、プラルファ（Ｐｕｒａｌｐｈａ）、Ｅｄｇ−２、神経膠線維酸性タンパク質、ケラチン６Ｂ、ベータＩＩＩスペクトリン、プロテアーゼ、セリン、９（ニューロシン）、プロプロテインコンバターゼサブチリシン／ケキシン４型、カルパイン、大ポリペプチドＬ３、プロテアーゼ、セリン、１１（ＩＧＦ結合）、膜貫通プロテアーゼ、セリン２、エンドセリン受容体タイプＢ様（ＧＰＣＲ３７）、アクアポリン１（チャネル形成膜内在タンパク質）、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーＪ、メンバー１０、グルタメート受容体、ＡＭＰＡ１、Ｎ−エチルマレイミド感受性因子、ＥＧＦ含有フィブリン様細胞外マトリックスタンパク質１、ＣＤ４４抗原、カドヘリン１８、テトラスパンＮＥＴ−６、インターフェロン、ガンマ誘導性タンパク質１６、主要組織適合性複合体、クラスＩＩ、ＤＲベータ１、小誘導性サイトカインサブファミリーＣ、メンバー１、エポキシドヒドロラーゼ１、ミクロソーム（生体異物）、プロリンデヒドロゲナーゼ（プロリンオキシダーゼ）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＭ５、ユビキノール−シトクロムｃレダクターゼコアタンパク質ＩＩ、セリン／スレオニンキナーゼ、ＴＵ３Ａタンパク質（優性ラパマイシン耐性１、ＤＲＲ１としても知られる）、分泌収縮関連（ｓｅｃｒｅｔｅｄ  ｆｒｉｚｚｌｅｄ−ｒｅｌａｔｅｄ）タンパク質１、ＧＴＰ結合タンパク質、ホスホリパーゼＡ２（１４−３−３タンパク質）、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ、イソ型Ｉｂ、アルファサブユニット、Ｇタンパク質シグナリング制御因子４（ＲＧＳ−４）、シヌクレイン、アルファ、リボフォリンＩＩ、１３０ｋＤ  Ｇｏｌｇｉ局在型リンタンパク質、自己免疫制御因子（自己免疫多腺性内分泌障害カンジダ症外胚葉性異栄養症）、ＳＲＹ−ボックス９転写因子、スプライセオソーム関連タンパク質（Ｕ２ｓｎＲＮＰ）、レチノイドＸ受容体、ガンマ、核転写因子、Ｘボックス結合１、ＴＡＴＡボックス結合タンパク質関連因子、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ、Ｆ、基本転写因子３、マクロファージ刺激１（肝細胞成長因子様）、ＬＩＭ領域限定２（ロンボチン様１）、骨形態形成タンパク質７（骨形成タンパク質１）、レクイエム、アポトーシス反応亜鉛フィンガー遺伝子、ジスコイジン領域受容体ファミリー、メンバー１、ＣＤＣ様キナーゼ２、ＣＤＣ様キナーゼ１、腫瘍タンパク質ｐ５３結合タンパク質、２、ヒト成長／分化因子１、ＲＡＣＨ１（補体ラッド１−１細胞周期チェックポイント突然変異体）、ＲＡＮ（メンバーＲＡＳオンコ遺伝子ファミリー）、ｎｅｌ様２、サルコリピン、ＫＩＡＡ００４３遺伝子生産物、ＥＳＴ、高システインおよび高グリシンタンパク質１、骨肉腫で増幅する保存遺伝子、ＫＩＡＡ００２７遺伝子生産物、ホモ・サピエンス・クローン２３９１６、ＫＩＡＡ０２０２遺伝子生産物、セレンタンパク質Ｐ、血漿、１、１，２５−ジヒドロキシビタミンＤ−３によってアップレギュレートされた染色体１６ＢＡＣクローンＣＩＴ９８７ＳＫ−Ａ−６９Ｇ１２、タイトジャンクションタンパク質２、ＨＲＥＶ１０７様タンパク質、クローン２３５５５ｍＲＮＡ配列、クローン２５０３０ｍＲＮＡ配列、ＫＩＡＡ０２３７遺伝子生産物、ＫＩＡＡ０７２５遺伝子生産物、ＫＩＡＡ０２９３遺伝子生産物、神経芽細胞腫（神経組織）タンパク質、レチキュロン１、ｃＡＭＰ調節グアニンヌクレオチド交換因子ＩＩにわずかに類似したＥＳＴ、遺伝子ｐｐ２１タンパク質にわずかに類似したＥＳＴ、またはＫＩＡＡ０１９５に極めて類似したＥＳＴ、ユビキチンＣ、微小管関連タンパク質４、カルシウム依存性プロテアーゼ（小サブユニット、プロテアソームサブユニットｚ、ガンマ−アミノブチル酸（ＧＡＢＡ）Ａ受容体ベータ２サブユニット、グルタメート／アスパルテート輸送体ＩＩ、リソソーム膜糖タンパク質−１（ＬＡＭＰ１）、心臓ギャップ結合タンパク質、オートタキシン−ｔ（ａｔｘ−ｔ）、Ｉｇスーパーファミリー細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質（ＣＴＬＡ−４）、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）のＨＬＡ−ＤＲアルファ重鎖ａクラスＩＩ抗原、ヒトアシル−ＣｏＡチオエステルヒドロラーゼ、シトクロムｃオキシダーゼサブユニットＶｉｃ、液胞Ｈ＋ＡＴＰａｓｅ  Ｅサブユニット、ＡＴＰシンターゼ、リゾチームｍＲＮＡ、プロスタグランジンＤ２シンターゼ、グリセルアルデヒド−３−ホスフェートデヒドロゲナーゼの肝臓ｍＲＮＡ、ＳＵＲＦ−１、カルモジュリン、カルシニュリンＡ２、ＧＤＩ解離阻害剤ＲｈｏＧＤＩガンマ、１４．３．３タンパク質（タンパク質キナーゼ調節因子）、ｈＰＴＰＡ、タンパク質キナーゼＣゼータ、小ＧＴＰ結合タンパク質、Ｓ１０、タンパク質チロシンホスファターゼ、睾丸特異的ｃＡＭＰ依存タンパク質キナーゼ触媒サブユニット（Ｃベータ・イソ型）、ＡＤＰリボシル化因子３、９０ｋＤ熱ショックタンパク質遺伝子、熱ショックタンパク質ＨＳＰＡ２遺伝子、ミトコンドリアマトリックスタンパク質Ｐ１（核コード）、ヒストンＨ２Ａ．２、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ伸長因子ＳＩＩＩ  ｐ１５サブユニット、酸性リボソームリンタンパク質Ｐ０、グリシル−ｔＲＮＡシンセターゼ、リボソームタンパク質Ｌ２７ａ、色素上皮由来因子、ＴＲＰＭ−２タンパク質、アンギオテンシノゲン、トランスフェリン、メラノーマ遍在性突然変異タンパク質（ＭＵＭ−１）、ＫＩＡＡ００８０遺伝子生産物、ＫＩＡＡ００８４遺伝子タンパク質またはＫＩＡＡ０１７４遺伝子生産物を含む、アルコール依存者またはアルコール中毒者が発現する、細胞信号伝達、免疫反応および／または細胞間相互作用に対する構造遺伝子、代謝遺伝子、転写遺伝子または他の遺伝子に特異的な配列を有するアルコール依存症特異的遺伝子の部分である請求項４に記載の装置。
【請求項８】
アルコール依存症特異的核酸が試料に接触する請求項１に記載の装置。
【請求項９】
試料は、全体的または部分的に、血漿、尿、精液、唾液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液および脳脊髄液、細胞または任意の他の体液、細胞あるいは体組織調製物を含む高分子を含む請求項８に記載の装置。
【請求項１０】
アルコール依存症もしくはアルコール中毒またはアルコール関連疾病と考えられるヒトから試料を採取する請求項８に記載の装置。
【請求項１１】
光学顕微鏡法、Ｘ線撮影法、化学発光法、蛍光顕微鏡法、共焦点顕微鏡法、干渉分光法、表面プラズマ共鳴、質量分析法、原子間力顕微鏡法および走査トンネル顕微鏡法を含む、光源、コンデンサ、イオンまたはプラズマ・ビームで結合を検出する請求項８に記載の装置。
【請求項１２】
アルコール依存症特異的核酸と試料が、選択的結合条件下で接触する請求項８に記載の装置。
【請求項１３】
コンピュータにより、情報を記録し、情報をデータベースに記憶し、かつ／または情報を表示する請求項１２に記載の装置。
【請求項１４】
アルコール依存症特異的遺伝子を同定するための方法であって、
アルコール依存症、アルコール中毒またはアルコール関連疾病と疑われるヒトから採取された試料と、アルコール依存症に関連する１つまたは複数の遺伝子を含む基体とを接触させるステップと、
試料の発現のレベルと非アルコール依存症の対照試料の発現のレベルとを比較するステップであって、発現レベルの変化はアルコール依存症に相関するステップとを含む方法。
【請求項１５】
試料は、全体的または部分的に、血漿、尿、精液、唾液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液および脳脊髄液、細胞または任意の他の体液、細胞あるいは身体組織調製物を含む高分子を含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
基体は、分子を共有結合または非共有結合により結合することができる微細加工した固表面を含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
基体は、平面または球面に導入されたアミノ、カルボキシル、チオールまたはヒドロキシル官能基を含むラングミュア・ボジェット膜、ガラス、機能ガラス、ゲルマニウム、シリコン、ＰＴＦＥ、ポリスチレン、砒化ガリウム、金、銀、または任意の物質をさらに含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
ヒト核酸試料は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ、それらの一本鎖もしくは二本鎖、または任意の化学的修飾体を含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
基体はマイクロアレイである請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
結合は、選択的結合条件で行われる請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
光学顕微鏡法、Ｘ線撮影法、化学発光法、蛍光顕微鏡法、共焦点顕微鏡法、干渉分光法、表面プラズマ共鳴、質量分析法、原子間力顕微鏡法および走査トンネル顕微鏡法を含む、光源、コンデンサ、イオンまたはプラズマ・ビームで結合を検出する請求項１４に記載の方法。
【請求項２２】
選択的結合は、信号強度の検出可能な変化として収集できる情報を提供する請求項１４に記載の方法。
【請求項２３】
情報はコンピュータにより記録される請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
試料情報と対照情報の情報比を求める請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
情報は、該ヒトに関する遺伝子発現情報、ならびに診断および／または予後の医学的情報を生成する請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
血液試料からアルコール依存症に関連する遺伝子の存在を検出するための装置であって、１つまたは複数のアルコール依存症特異的核酸と１つまたは複数の対照核酸とを含む基体を含み、血液の試料から採取された核酸から１つまたは複数のアルコール依存症特異的核酸の発現を検出する装置。
【請求項２７】
ヒト核酸標的要素は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ、それらの一本鎖もしくは二本鎖、または任意の化学的修飾体質を含む請求項２６に記載の装置。
【請求項２８】
血液試料の核酸は、アポリポタンパク質；アクアポリン；ＣＤ４４抗原；ドーパミン受容体Ｄ２；ヒスタミン受容体Ｈ１；ホモ・サピエンス・ベータ−１アドレナリン受容体ｍＲＮＡ、３’ＵＴＲ；ミエリン関連糖タンパク質；ミエリン塩基性タンパク質；ミエリン遺伝子発現因子２；ミエリン乏突起膠細胞糖タンパク質；ミエリンタンパク質ゼロ様１；ミエリン転写因子１様；ミエリン関連乏突起神経膠芽細胞塩基性タンパク質；神経ペントラキシンＩ；神経ペントラキシンＩｉ；神経ペントラキシン受容体；神経カリウムチャネル・アルファサブユニット；神経タンパク質；神経タンパク質１７．３；神経Ｓｈｃ；神経Ｓｈｃアダプター同族体；神経特異的転写因子ＤＡＴ１；ニューロナチン；神経特異的タンパク質；神経ペントラキシン受容体；神経ペプチドＹ受容体Ｙ１；ニューロテンシン受容体２；神経向性チロシンキナーゼ、受容体、２型；末梢ミエリンタンパク質２；末梢ミエリンタンパク質２２；ホスホリパーゼＡ２受容体；プロテオリピドタンパク質２；ナトリウムチャネル、電圧ゲート型、ＶＩＩＩ型、アルファポリペプチド；ナトリウムチャネル、電圧ゲート型、ＩＩ型、ベータポリペプチド；シンタキシン、およびそれらの組合せよりなる群から選択されるアルコール依存症特異的遺伝子の部分を含む請求項２６に記載の装置。
【請求項２９】
１つまたは複数のアルコール依存症特異的遺伝子に対してスクリーンニングを行うための方法であって、
血液試料から得られた核酸と、１つまたは複数のアルコール依存症に関連する遺伝子を含む基体とを接触させるステップと、
試料の発現のレベルと非アルコール依存症の対照試料の発現のレベルとを比較するステップであって、発現レベルの変化はアルコール依存症と相関するステップとを含む方法。
【請求項３０】
ヒト核酸標的要素は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ、一本鎖または二本鎖、あるいはそれらの任意の化学的修飾体質を含む請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
血液試料の核酸は、アポリポタンパク質；アクアポリン；ＣＤ４４抗原；ドーパミン受容体Ｄ２；ヒスタミン受容体Ｈ１；ホモ・サピエンス・ベータ−１アドレナリン受容体ｍＲＮＡ、３’ＵＴＲ；ミエリン関連糖タンパク質；ミエリン塩基性タンパク質；ミエリン遺伝子発現因子２；ミエリン乏突起膠細胞糖タンパク質；ミエリンタンパク質ゼロ様１；ミエリン転写因子１様；ミエリン関連乏突起神経膠芽細胞塩基性タンパク質；神経ペントラキシンＩ；神経ペントラキシンＩｉ；神経ペントラキシン受容体；神経カリウムチャネル・アルファサブユニット；神経タンパク質；神経タンパク質１７．３；神経Ｓｈｃ；神経Ｓｈｃアダプター同族体；神経特異的転写因子ＤＡＴ１；ニューロナチン；神経特異的タンパク質；神経ペントラキシン受容体；神経ペプチドＹ受容体Ｙ１；ニューロテンシン受容体２；神経向性チロシンキナーゼ、受容体、２型；末梢ミエリンタンパク質２；末梢ミエリンタンパク質２２；ホスホリパーゼＡ２受容体；プロテオリピドタンパク質２；ナトリウムチャネル、電圧ゲート型、ＶＩＩＩ型、アルファポリペプチド；ナトリウムチャネル、電圧ゲート型、ＩＩ型、ベータポリペプチド；シンタキシン、およびそれらの組合せよりなる群から選択されるアルコール依存症特異的遺伝子の部分を含む請求項２９に記載の装置。