【事件の表示】
　特願２０００−５５０９６５「ＭａｒＡ類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメイン及びその利用方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年１２月　２日国際公開、ＷＯ９９／６１５７９、平成１４年　６月　４日国内公表、特表２００２−５１６４００〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は，平成１１年５月２１日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　平成１０年５月２２日，米国）を国際出願日とする出願であって，以降の手続の経緯は，以下のとおりである。
平成２１年　４月　８日付け　拒絶理由通知書
平成２１年１０月２１日　　　意見書・誤訳訂正書・手続補正書
平成２２年　４月　１日付け　拒絶査定
平成２２年　８月　５日　　　拒絶査定不服審判請求書・手続補正書
平成２２年１０月　５日付け　審尋
平成２３年　４月１２日　　　回答書
　
第２　平成２２年８月５日付け手続補正についての補正却下の決定
[結論]
　平成２２年８月５日付け手続補正（以下，「本件補正」という。）を却下する。
[理由]　
１　補正の内容
　本件補正は，補正前の請求項２の
「【請求項２】
MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドを発現している細胞を，化合物と前記ポリペプチドとの相互作用を可能にするような条件下で前記化合物と接触させることと，前記化合物が微生物の感染力または菌力を低下させる化合物であるか否かの指標として，前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定することと，を含む，微生物の感染力または菌力を低下させる化合物を特定する方法。」
を，
「【請求項２】
MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドを発現している細胞を，
非抗菌
非抗菌
非抗菌
非抗菌
非抗菌
とする補正を含むものである。
　なお，下線は補正箇所を示す。
　
２　補正の目的について
　上記補正は，
（１）補正事項１
　補正前「化合物」とあったのを「非抗菌化合物」と補正するものであって，化合物が「非抗菌」性のものに限定されたから，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前（以下，「平成１８年改正前」という。）の特許法第１７条の２第４項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
（２）補正事項２
　補正前「前記化合物が微生物の感染力または菌力を低下させるか否かの指標として」とあったのを「微生物の菌力を低下させるか否かの指標として」と補正するものであって，選択肢の一つを削除するものであるから平成１８年改正前の特許法第１７条の２第４項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
　以上のことから，本件補正は，平成１８年改正前の特許法第１７条の２第４項に規定する補正の目的を満たすものである。
　
３　独立特許要件について
　そこで，本件補正後の前記請求項２に記載された発明（以下，「補正発明」という。）が特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年改正前の特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条５項の規定に適合するか）について以下に検討する。
　
（１）補正発明
　補正発明は，本願補正により補正された特許請求の範囲の記載からみて，次の事項により特定される発明であると認められる。
「【請求項２】
MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドを発現している細胞を，非抗菌化合物と前記ポリペプチドとの相互作用を可能にするような条件下で前記非抗菌化合物と接触させることと，前記非抗菌化合物が微生物の菌力を低下させるか否かの指標として，前記非抗菌化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定することと，を含む，微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法。」
　
（２）補正発明の解釈について
ア　 「MarA類蛋白質」について
　本願明細書の段落　【００２８】に「本発明で使用される「MarA類蛋白質」という言葉は，多くの自然発生する転写を抑制する蛋白質であり，MarAに類似した配列を有し，XylS／AraCシグネチャーパターンと呼んでもよいMarA類のシグネチャーパターンを含む。」とされているから，XylS／AraCシグネチャーパターンを含むものはMarA類蛋白質に包含されると理解される。
　
イ　「菌力」について
　請求人は平成２１年１０月１３日付け意見書１頁２５〜２９行において，『甲第１号証によれば，「菌力試験（virulence　test）」の項で「菌力とは病原菌が疾病を起こし，これを死に至らせる力を総括的に表している言葉である」と定義しています。また，甲第２号証によれば，「菌力（原語：virulence）」とは，「病原体が身体の防御力を打ち負かす相対的な能力，即ち病原体が感染を引き起こす能力」と定義しています。』と主張する。
　そして，本願請求項１でいう菌力について，審判請求書において『本願請求項１の発明では，構成要素（ｄ）「・・・微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法」とし，この構成から，微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物，即ち病原体が感染を発生させる能力を低下させる化合物をスクリーニングすることができます。』（審判請求書４頁５〜８行）と主張する。
　つまり，請求人は「菌力」を「病原体が感染を発生させる能力」であるとしている。
　また，請求人は，審判請求書において「引用文献１は，感染後の既に発生している感染症において微生物の生存能力を低下させる又はその成長若しくは繁殖を阻害する抗菌剤のスクリーニング方法であり，一方，本願請求項１は，感染時の病原体が感染を発生させる能力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法であって，作用及びスクリーニング対象となる化合物を相違します。」（審判請求書３頁末行〜４頁４行）と主張し，引用文献１に記載されているような「感染症において微生物の生存能力を低下させる又はその成長若しくは繁殖を阻害する」ものは，補正発明の「菌力を低下」させることとは異なる旨を主張する。
　
　したがって，まず，請求人の主張するとおり「菌力」を「病原体が感染を発生させる能力」であるとして，理解することとし，後に菌力の原語であるvirulenceの語義からも検討を加えることとする。
　　
ウ　「誘導」について
　本件明細書の段落【００５４】によれば「
MarA蛋白質類のヘリックス−ターン−ヘリックスドメインは，両方とも，前記蛋白質のカルボキシ末端に位置する。
ドメインの精製を容易にするような配列などの他のポリペプチド配列が存在していてもよい
と記載されているように，MarA蛋白質類のカルボキシル末端に位置するものであって，例えば，そのドメインを有するよう誘導ポリペプチドを作ったものと理解される。
　
エ　「MarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力」について
　本願明細書の段落【００３９】には，『本発明で用いられる「Mar類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性」という言葉は，ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインが，MarA蛋白質類反応プロモータとの結合や，そのようなプロモータからの転写の開始などの，DNAとの相互作用を行う能力を含む。』と記載されており，補正発明の「MarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力」とは，「MarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドがDNAとの相互作用を行う活性に影響を与える能力」と理解される。
　
（３）引用刊行物記載の事項
 　原査定の拒絶理由で引用され，本願優先権主張日前に頒布された刊行物である国際公開第９４／０５８１０号（以下，「刊行物１」という。）及び本願優先権主張日前に頒布された刊行物であるMaria-Trinidad Gallegos Robert Schleif, Amos Bairoch, Kay Hofmann  Juan L. Ramos,  AraC/ XylS family of Transcriptional Regulators, Microbiology and Molecular Biology Reviews,  vol.61, no.4, 1997 Dec., pp.393-410（以下，「刊行物２」という。）には，次の事項が記載されている。
　なお，翻訳は当審によるものであり，下線は当審にて付記したものである。以下，同様である。
ア　刊行物１記載の事項
（刊１−１）「また，本発明は，Marオペロンの転写，又はMarオペロンによってコードされた蛋白質の活性に対する組成物の影響を分析することにより，組成物の抗生物質としての有効性を評価するための方法も提供する。特に，本発明は，組成物がMarリプレッサーの活性を抑制する能力，Marリプレッサーの活性を高める能力，又はMar活性化因子の活性を抑制する能力の有無を評価するための方法を提供する。 Marリプレッサーの活性を高める，又は
Mar活性化因子の活性を抑制する組成物は，単体で
抗生物質と組み合わせて，細菌と戦うために有効に使用できる
　
（刊１−２）「別の態様において，本発明は，実質的に純粋なMarリプレッサー蛋白質，実質的に純粋なMar活性化蛋白質，及び実質的に純粋なMarエンハンサー蛋白質を提供する。特に，本発明は，実質的に純粋な大腸菌Marリプレッサー蛋白質，実質的に純粋な大腸菌Mar活性化蛋白質，及び実質的に純粋な大腸菌Marエンハンサー蛋白質を提供する(実施例5参照)。実質的に純粋な蛋白質は，蛋白質配列解析に適しており，一般的に90重量％純粋，好ましくは，95重量％純粋である。ここで開示する配列，及び他の種において実質的に相同なMarオペロンを同定するために提供される方法を用いれば，当業者は，このような実質的に純粋な蛋白質を作成及び単離することができる(Maniatis,他1982)。」（明細書１３頁１〜１２行）
　
（刊１−３）「別の好適な実施形態においては，Mar活性化遺伝子座をベクターで細胞内に導入する。1つの実施形態では，
Mar活性化遺伝子座を
操作可能なMarリプレッサー遺伝子座を有さないプラスミド上のMar調節領域に操作可能に結合する
　
（刊１−４）「本発明は，また，
Mar表現型の発現を妨げるように働く組成物，又はMarオペロン発現阻害物質として作用することで特定の化合物に対する細胞の感受性を野生型細胞に比べて高める組成物の分析を提供する
　
（刊１−５）「
Mar表現型の発現
marAと名付けられた
　
（刊１−６）「特許請求の範囲
１．
細菌を組成物に曝露させ，そして，
　
遺伝子座の発現に対する前記曝露の影響を分析し，
　前記発現は，前記細菌内の細菌多抗生物質耐性オペロンの調節領域の少なくとも一部によって，少なくとも部分的にまたは少なくとも間接的に制御されるもことを包含する，
前記組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法
　
２．前記分析は，前記遺伝子座の転写生成物の量の測定を包含することを特徴とする請求項１に記載の方法。
　
３．前記分析は，前記遺伝子座の翻訳産物の量の測定を包含する請求項１記載の方法。
　
４．オリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し
　前記配列は，前記標識遺伝子座の発現が前記調節領域の前記部分に実質的に依存するように
標識遺伝子座に操作可能に結合された細菌多抗生物質耐性オペロンの調節領域の少なくとも一部を含み
　
前記遺伝子座は，前記標識遺伝子座であり，前記分析は，前記標識遺伝子座の発現に関する分析をさらに包含することを特徴とする請求項１記載の方法
　
５．前記標識遺伝子座が，酵素をコードする配列である請求項４に記載の方法。
　
６．前記標識遺伝子が，細菌のベーターガラクトシダーゼの少なくとも一部をコードする配列である請求項５に記載の方法。
　
７．前記細菌多抗生物質耐性オペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し
　
ここで，前記リプレッサーの当該部分は，細菌多抗生物質耐性オペロンの発現を実質的に抑制することができ
　
前記分析は，前記遺伝子座の発現の増加に関する分析であることをさらに包含する請求項４記載の方法
　
８．前記曝露に先立って，前記細菌が多抗生物質耐比表現型を効果的に発現し，そして，前記分析は，前記遺伝子座の発現の低下に関する分析である請求項４に記載の方法。」（明細書３５頁１行〜３６頁１８行の請求項１〜８）
　
（刊１−７）「特に関心が高いのは，
多抗生物質耐性表現型(Mar)
　
（刊１−８）「本発明は，また，細菌感染症の治療のための組成物及びその治療での使用方法も提供する。上記で開示した分析を用いることで，当業者は，細菌のMarオペロンの発現を抑制する組成物を同定することができる。これらの組成物は，ヒト又は他の動物に，既知の抗生物質とともに投与できる。これらの組成物は，
Marオペロンの発現を抑制することによって，既知の抗菌剤の有効性を高めたり，そうしなければ効果が生じない抗菌剤を有効にする。
当業者に周知されている抗菌剤と薬学的に有効な量で組み合わせることができる
　
（刊１−９）「実施例８
　Mar表現型を発現していない約108の大腸菌を30℃で成長させ，対数増殖期終了時に収集し，既知のMarオペロン誘導物質であるサリチル酸を含む新しい培養液で30℃で1時間，再懸濁した。これらの細胞からmRNAを抽出し，ゲル電気泳動で分離した。marA遺伝子座を含むMarオペロン内からの1.24kbのBspHI断片をランダムプライミングにより32pで標識し，ノーザンハイブリダイゼーションでプローブとして使用して，
marA遺伝子座の発現の増大を
　
（刊行物１記載の発明）
　（刊１−６）記載の請求項１，４及び７には，それぞれ次のように記載されている。
「１．
細菌を組成物に曝露させ，そして，
　
遺伝子座の発現に対する前記曝露の影響を分析し
　前記発現は，前記細菌内の細菌多抗生物質耐性オペロンの調節領域の少なくとも一部によって，少なくとも部分的にまたは少なくとも間接的に制御されるもことを包含する，
前記組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法
　
「４．
オリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し
　前記配列は，前記標識遺伝子座の発現が前記調節領域の前記部分に実質的に依存するように
標識遺伝子座に操作可能に結合された細菌多抗生物質耐性オペロンの調節領域の少なくとも一部を含み
　
前記遺伝子座は，前記標識遺伝子座であり，前記分析は，前記標識遺伝子座の発現に関する分析をさらに包含することを特徴とする請求項１記載の方法
　
「７．
前記細菌多抗生物質耐性オペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し
　ここで，前記リプレッサーの当該部分は，細菌多抗生物質耐性オペロンの発現を実質的に抑制することができ，かつ，
　
前記分析は，前記遺伝子座の発現の増加に関する分析である
　
　また，「多抗生物質耐性」とは，（刊１−７）によれば「multipule anitibiotic resistance（Mar）」であり，Marと言い換えられることが理解される。
　
　請求項７の引用請求項の関係及び工程の順番を整理すると，刊行物１には，次の発明（以下，「刊行物１発明」という。）が記載されていると認められる。
「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し，
　標識遺伝子座に操作可能に結合された細菌Marオペロンの前記調節領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し，前記標識遺伝子座の発現が調節領域の部分に実質的に依存するように，前記細菌内の細菌Marオペロンの前記調節領域の少なくとも一部によって，少なくとも部分的にまたは少なくとも間接的に制御され，
　細菌を組成物に曝露させ，そして，　
　前記標識遺伝子座の発現の増加に関する分析により，前記標識遺伝子座の前記発現に対する前記曝露の影響を分析し，
　前記組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法。」
　
イ　刊行物２記載の事項
（刊２−１）「
AraC/ XylSファミリーのメンバー
この分析は，2つの可能性のある
へリックス−ターン−へリックス(HTH)DNA結合モチーフ(23，195.197，257)の存在を示唆した
　
（刊２−２）３９５頁　TABLE １
「転写調節因子のAraC/ XylSファミリーのメンバー」というタイトルの表１には，
「MarA  Escherichia coli　SP:P27246 　多剤薬剤耐性（mar）表現形に含まれるsodA,zwf,micF,slp,fpr,fumC及びnfo遺伝子の転写アクチベーター
MarA　Salmonella typhimurium SP:q56070 E.coli MarAに類似」と記載されている。
　
（刊２−３）「AraC(大腸菌中のL-アラビノースオペロンの調節因子)は，生化学的に(95，223−226)同定され，精製され，かつ特徴づけられる，最初のメンバーである。TobinおよびSchleif(243)は，AraC，RhaSおよびRhaRが転写の調節因子のグループを定義することを目論んだ。後で，Ramosら(209)，Henikoffら(112)は，8つの蛋白質(大腸菌からのAraC，RhaR，RhaS，MelRおよびRns; シュードモナス-プチダからのXylS; Erwinia carotovoraからのAraC; そしてYersinia enterocolitica由来のVirF)が初期のファミリーを形成することを示唆した。1993年に，ガレーゴら(84)は，枯草菌からのAdaAの付加物を有する27の蛋白質を含めるためにファミリーを拡張した;Citrobacter freundiiからのAraC;AppY(M5ともいわれる)，CelD，
CfaD
　
（刊２−４）「ファミリーのこの部分群で3つの最も特徴づけられた蛋白質は，AraC，RhaRおよびXylS(84，224，244; より詳細については，以下参照)である。
ある調節蛋白質は
毒性因子(virulence)の生産に関係する
　これらの蛋白質は，線毛(AfrR，AggR，CfaD，CsvR，FapR，PerA，RnsおよびTcpN)，細胞膜(CafR)の成分および
宿主細胞接着因子(ExsA，HrpB，InvF，MxiEおよびVirF)のような上皮組織への付着に役割を果たす蛋白質の合成の刺激に関係する。
　
（４）対比
　補正発明と刊行物１発明を対比する。
ア　刊行物１発明の「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入」したものについて，「細菌Marオペロンのリプレッサー」は，細菌Marオペロンの転写を抑制する蛋白質ということができる。
　他方，補正発明の「MarA類蛋白質」は，本願明細書の段落【０００５】の「 本発明は，MarAの機能の媒介に不可欠なドメインを解明することにより，
薬剤耐性
転写を抑制する
　そうすると，刊行物１発明の「前記細菌Marオペロンのリプレッサー」と補正発明の「MarA類蛋白質」とは，「Marオペロンの転写抑制蛋白質」という点で共通する。
　
イ　上記『第２　３（２）ウ　「誘導」について』で述べたように，補正発明の「MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチド」とは，「MarA類蛋白質のカルボキシル末端に位置するヘリックス−ターン−ヘリックスドメインから誘導されたポリペプチド」と理解することができ，ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインは，DNAの転写制御領域と結合するドメインでもある。
　これに対して，刊行物１発明の「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入」した結果，細菌内ではリプレッサーの少なくとも一部をコードした配列由来するポリペプチドが発現することは自明なことである。そして，そのポリペプチドは，「少なくとも一部をコードする」ものであるから，誘導を包含しているものといえ，このポリペプチドは，リプレッサーとしての機能を有することから，Mar転写制御ドメインポリペプチドが構造に含まれていることは自明なことである。
　そうすると，刊行物１発明の「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入」したものと，補正発明の「MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドを発現している細胞」とは，「Marオペロンの転写抑制蛋白質から誘導されたMar転写制御ドメインポリペプチドを発現している細胞」という点で共通する。
　
ウ　刊行物１発明の「組成物」は，何らかの化合物を含むことは自明であり，補正発明の「化合物」に相当する。　
　また，刊行物１発明の「細菌Marオペロンのリプレッサー」は，Mar，すなわち，多剤薬剤耐性に関与するものである。そして，刊行物１発明は，「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」とあるものの，該「組成物」は，刊行物１の摘記（刊１−２）に「Mar リプレッサーの活性を高める，又は
Mar活性化因子の活性を抑制する組成物は，
抗生物質と組み合わせて，細菌と戦うために有効に使用できる
組成物を抗生物質と組み合わせて使用する細菌感染症治療の方法を提供する
Marオペロンの発現を抑制することによって，既知の抗菌剤の有効性を高めたり，そうしなければ効果が生じない抗菌剤を有効にする。
当業者に周知されている抗菌剤と薬学的に有効な量で組み合わせることができる
　Mar活性化因子の活性を抑制する組成物を用いて，多剤薬剤耐性を細菌から奪ったとしても，抗生物質と組み合わせないと細菌を死滅させることはできず，抗菌剤を有効にするためには，「抗菌剤と薬学的に有効な量で組み合わせる」必要のあるものであるから，刊行物１発明の「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」における，「抗生物質としての有効性」とは，既存の抗生物質と刊行物１発明の「組成物」を組み合わせて使用したときに，多剤薬剤耐性を細菌から奪い，既存の抗生物質の有効に作用させるという意味であると理解される。
　したがって，刊行物１発明の「組成物」それ自体に，細菌を死滅させる等の作用は無く，刊行物１発明の「組成物」は，非抗菌剤であるということができ，補正発明の「非抗菌化合物」に相当する。
　さらに，刊行物１発明は「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し」「細菌を前記組成物に曝露させ」「前記標識遺伝子座の発現に関する分析により，遺伝子座の発現に対する前記曝露の影響を分析」しているから，Marリプレッサーと組成物とは相互作用があるような条件下に置かれているということができる。
　そうすると，刊行物１発明の「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し」「細菌を前記組成物に曝露させること」と，補正発明の「非抗菌化合物と前記ポリペプチドとの相互作用を可能にするような条件下で前記非抗菌化合物と接触させること」とは，上記「イ」で言及したポリペプチドが異なることを除き一致する。
　
エ　本願明細書の段落 【００３９】において『本発明で用いられる「Mar類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性」という言葉は，ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインが，MarA蛋白質類反応プロモータとの結合や，そのようなプロモータからの転写の開始などの，DNAとの相互作用を行う能力を含む。』ものとされている。
　他方，刊行物１発明は，「細菌Marオペロンのリプレッサーの少なくとも一部をコードする操作可能なオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し」た結果発現したポリペプチドの存在する条件下で，かつ，「標識遺伝子座に操作可能に結合された細菌Marオペロンの前記調節領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し，前記標識遺伝子座の発現が調節領域の部分に実質的に依存するように」したものであるから，調節領域のDNAと細菌Marオペロンのリプレッサーの有する転写制御ドメインポリペプチドが，相互作用する条件下に置かれていることは明白である。
　そして，そのような条件下で，「細菌を組成物に曝露させ」「前記標識遺伝子座の発現の増加に関する分析により，前記標識遺伝子座の前記発現に対する前記曝露の影響を分析」しているのであるから，細菌Marオペロンのリプレッサーが有する転写制御ドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定しているということができる。
　
　よって，刊行物１の「細菌を組成物に曝露させ」「前記標識遺伝子座の発現の増加に関する分析により，前記標識遺伝子座の前記発現に対する前記曝露の影響を分析」することと，補正発明の「前記非抗菌化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定すること」とは，「前記非抗菌化合物がMar転写制御ドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定すること」という点で共通する。
　
オ　刊行物１発明は「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」であって，ここでいう組成物は，「
Mar活性化因子の活性を抑制する組成物
　また，刊行物１発明は「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」とは，摘記（刊１−８）によれば，「上記で開示した分析を用いることで，当業者は，細菌のMarオペロンの発現を抑制する組成物を同定することができる。」とされているのであるから，同定方法，すなわち，特定する方法を包含しているといえる。
　
　これに対し，補正発明は「前記非抗菌化合物が微生物の菌力を低下させるか否かの指標」として「微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法」である。ここで，「菌力」とは，上記『第２　３（２）イ　「菌力」について』で述べたように，「病原体が感染を発生させる能力」を意味するから，「前記非抗菌化合物が微生物の感染を発生させる能力を低下させるか否かの指標」と理解することができる。
　
　そうすると，両発明は「微生物に影響を与える」化合物や「微生物に影響を与えるか否かの指標」とするという点で共通しており，刊行物１発明の「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」と，補正発明の「前記非抗菌化合物が微生物の菌力を低下させるか否かの指標」とし「微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法」とは，「前記非抗菌化合物が微生物に影響を与えるか否かを指標」とし「微生物に影響を与える非抗菌化合物を特定する方法」という点で共通する。
　
カ　小括
　以上のことを総合すると，両発明は，次の（一致点）並びに（相違点１）及び（相違点２）を有する。
　
（一致点）
「Marオペロンの転写抑制蛋白質から誘導されたMar転写制御ドメインポリペプチドを発現している細胞を，
非抗菌化合物と前記ポリペプチドとの相互作用を可能にするような条件下で前記非抗菌化合物と接触させることと，
前記非抗菌化合物が微生物に影響を与えるか否かを指標として，前記非抗菌化合物がMarオペロンのMar転写制御ドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定すること，を含む，微生物に影響を与える非抗菌化合物を特定する方法。」
　
（相違点１）「MarA類蛋白質」と「へリックス−ターン−へリックス」に関する相違点について
（相違点１−１）Marオペロンの転写抑制蛋白質が，補正発明では「MarA類蛋白質」であるのに対して，刊行物１発明では「細菌Marオペロンのリプレッサー」である点。
（相違点１−２）Mar転写制御ドメインポリペプチドが，補正発明では「MarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチド」であるのに対して，刊行物１発明では，Mar転写制御ドメインポリペプチドの立体構造のタイプが不明である点。
（相違点１−３）MarオペロンのMar転写制御ドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定が，補正発明では「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」であるのに対して，刊行物１発明では 「前記標識遺伝子座の発現に関する分析により，遺伝子座の発現に対する前記曝露の影響を分析する」ことである点。
　
（相違点２）　「非抗菌化合物」の特性に関する相違点について
（相違点２−１）前記非抗菌化合物が微生物に影響を与えるか否かを指標が，補正発明では「微生物の菌力を低下させるか否かの指標」であるのに対して，刊行物１発明では「抗生物質としての有効性を予測」する指標である点。
（相違点２−２）微生物に影響を与える化合物を特定する方法が，補正発明では「微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法」であるのに対して，刊行物１発明では「抗生物質として有効な組成物を特定する方法」である点。
　
（５）相違点の検討及び判断
　上記相違点につて，順に検討する。
ア　virulencde，すなわち，「菌力」の語義が，請求人の主張するとおりである場合について
（ア）　（相違点１）について
Ａ　（相違点１−１）及び（相違点１−２）について
　Marに関与する遺伝子は，本願優先権主張日前から周知であって，刊行物１においても「
Mar表現型の発現
marAと名付けられた
　そして，上記（刊１−９）に摘記したように，刊行物１においては実施例としてmarA遺伝子が使用されているところである。
　
　ところで，上記『第２　３（２）ア　「MarA類蛋白質」について』で言及したように，補正発明の「MarA類蛋白質」は，XylS／AraCファミリーを包含するものであり，このXylS／AraCファミリーは，刊行物２の３９５〜３９８頁記載の表１（（刊２−２）参照。）に，多数の参照文献と共にまとめられているように，本願優先権主張日前から盛んに研究されていた周知の転写制御因子であるといえる。
　そして，刊行物２から，次の事項が周知の事項として理解される。
Ａ）MarAは，刊行物２の３９５〜３９８頁記載の表１（（刊２−２）参照。）によれば，転写調節因子AraC/ XylSファミリーに属するものとされている。
Ｂ）MarAが多剤薬剤耐性に関与する。（（刊２−２）参照。）
Ｃ）転写調節因子AraC/ XylSファミリーは，へリックス−ターン−へリックス(HTH)DNA結合モチーフを有する。（（刊２−１）参照。）
　
　そうすると，刊行物１記載のmarAの遺伝子産物であるMarA蛋白質は，補正発明の「MarA類蛋白質」であるといえ，そして，へリックス−ターン−へリックス(HTH)DNA結合モチーフを有するとともに，多剤薬剤耐性に関与することが周知の事項となっているということができる。
　したがって，刊行物１発明において，細菌Marオペロンのリプレッサーとして，刊行物１記載のmarAを選べば，へリックス−ターン−へリックスを有するMarA蛋白質が細菌内で発現されることとなり，必然的に相違点（１−１）（相違点１−２）記載の本願発明のごとく構成されることとなるから，当業者が容易に発明できたといえる。
　
Ｂ　（相違点１−３）について
　補正発明の「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」について，上記『第２　３（２）エ　「MarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力」について』で言及したように，ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインが，
MarA蛋白質類反応プロモータとの結合や，そのようなプロモータからの転写の開始などの，DNAとの相互作用を行う能力
　そして，本願明細書の段落【０００９】〜【００１０】には，具体的な測定手段が次のように記載されている。
「【０００９】  
本発明の一実施例においては，MarA反応プロモータが，レポータ遺伝子に結合する。
【００１０】  本発明の一実施例においては，
測定過程が，レポータ遺伝子産生物質の量を測定することを含む
　つまり，「前記非抗菌化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定する」手段として，レポーター遺伝子とMarA反応プロモータを結合し，細胞を非抗菌物質と接触させたときのレポーター遺伝子産物の量を測定するという測定方法が包含されていると理解される。
　
　刊行物１発明において，細菌Marオペロンのリプレッサーとして，刊行物１記載のmarAを選べば，へリックス−ターン−へリックスを有するMarA蛋白質が細菌内で発現されることとなり，発現したMarA蛋白質により制御を受けるのは，刊行物１発明の「細菌Marオペロンの前記調節領域」，すなわち，へリックス−ターン−へリックスを有するMarA蛋白質反応プロモータを含む調節領域となる。そして，その結果，刊行物１発明の「標識遺伝子座に操作可能に結合された細菌Marオペロンの前記調節領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチド配列」は，標識遺伝子座，つまり，「レポーター遺伝子と操作可能に結合されたへリックス−ターン−へリックスを有するMarA蛋白質反応プロモータを含む調節領域」となる。さらに，刊行物１発明の「細菌を組成物に曝露させ，そして，前記標識遺伝子座の発現の増加に関する分析により，前記標識遺伝子座の前記発現に対する前記曝露の影響を分析」することは，「前記レポーター遺伝子の発現増加に関する分析により，前記レポーター遺伝子の発現に対する細菌に暴露した組成物の影響を分析」することとなる。
　これをまとめると，刊行物１発明において，細菌Marオペロンのリプレッサーとして，刊行物１記載のmarAを選べば，レポーター遺伝子と結合されたへリックス−ターン−へリックスを有するMarA蛋白質反応プロモータを含む調節領域を含むオリゴヌクレオチド配列を前記細菌内に導入し，細菌を組成物に曝露させ，そして，前記レポーター遺伝子の発現の増加に関する分析により，前記レポーター遺伝子の前記発現に対する前記曝露の影響を分析することとなり，「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」を測定しているといえるし，その実施例である上記本願明細書の段落【０００９】〜【００１０】記載の「
本発明の一実施例においては，MarA反応プロモータが，レポータ遺伝子に結合する・・・（略）・・・測定過程が，レポータ遺伝子産生物質の量を測定することを含む
　よって，刊行物１発明において，細菌Marオペロンのリプレッサーとして，刊行物１記載のmarAを選べば，相違点（１−３）の「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」を測定することとなるから，当業者が容易に発明できたものといえる。
　
（イ）　相違点２について
　補正発明の「菌力」とは，上記『第２　３（２）イ　「菌力」について』で述べたように，「病原体が感染を発生させる能力」を意味すると請求人は主張する。
　ところで，感染の予防のため手術後に抗生物質が投与されるように，病原体が感染を発生させないように予防的に抗生物質を使用することは，本願優先権主張日前から普通に行われていたことである。刊行物１発明の「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」は，摘記（刊１−８）に，「本発明は，また，細菌感染症の治療のための組成物及びその治療での使用方法も提供する。」とあるように，感染後の既に発生している感染症において微生物の生存能力を低下させる又はその成長若しくは繁殖を阻害する組成物を得るものであるが，感染症が発症している段階において，微生物の生存能力を低下させる又はその成長若しくは繁殖を阻害するのであれば，予防的に抗生物質を使用したとき，つまり，感染症の発症前において，病原体の生存能力を低下させる作用又はその成長若しくは繁殖を阻害する作用を予測できるといえる。つまり，「病原体が感染を発生させる能力」を予測できることとなるから，（相違点２−２）に記した補正発明の特定事項である「微生物の菌力を低下させる非抗菌化合物を特定する方法」にといえるものとなる。
　したがって，刊行物１発明において，「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」を，予防的に抗生物質を使用する本出願前から周知の用法に適用して，（相違点２−２）に記した補正発明の特定事項とすることは，当業者が発明し得たことといえる。　
　
　また，刊行物１発明において，「組成物の抗生物質としての有効性を予測する方法」を，予防的に抗生物質を使用する本出願前から周知の用法に適用すれば，「抗生物質としての有効性を予測」を判断する指標は，必然的に相違点（相違点２−１）記載の補正発明のごとく「微生物の菌力を低下させるか否かの指標」となるのであって，当業者が容易に発明し得たことといえる。
　
イ　virulence，すなわち，「菌力」が有する請求人が主張する以外の語義である場合について
　virulence，すなわち，「菌力」が有する，他の語義についても念のため検討する。
　virulenceの意味を明確にするため，請求人が平成２１年１０月１２日付け意見書に添付して提出した甲第１号証の記載を精査すると，次の様に記載されている。
「
菌力とは病原菌が疾病を起こし，これを死に至らしめる力を総括的に表している言葉である。これはさらに攻撃力aggressivity，侵入力invasiveness，さらに菌体の持つ毒素の毒力toxicityなどに分けて考え，これらは別々に観察することができる
　
　ここで，「攻撃力aggressivity，侵入力invasiveness，さらに菌体の持つ毒素の毒力toxicityなどに分けて考え，これらは別々に観察することができる」とありどれも観察できるが，「普通は感受性のある動物に対する致死病原性で菌力を測っている。」とされ，「動物を殺しうる最小致死量をもって，その菌の菌力の単位とする。」ものとされている。
　したがって，virulenceとは，攻撃力aggressivity，侵入力invasiveness，さらに菌体の持つ毒素の毒力toxicityの３つの複数の語義によっても定義される用語であることが理解される。
　この理解は，下記参考文献１の次の記載とも一致する。
　
参考文献１：浜松医科大学，「感染症学講座（生体制御部門）　教育活動　細菌学感染論」[検索日２０１１．１１．３０]，インターネット＜URL http://www.hama-med.ac.jp/uni_education_igakubu_igaku_seitai_kyouiku_bacteriology.html＞
（参１−１）「毒力（菌力）virulence 量的概念」（２頁１２行）
（参１−２）「Virulence=侵襲性+毒素産生性+感染性 」（２頁１３行）
（参１−３）「1）侵襲性　invasiveness　　病原体が宿主組織に進入，増殖し，病巣を拡大させる。」（２頁１４〜１５行）
（参１−４）「毒素生産性
　外毒素：細胞毒，神経毒，腸管毒
　外毒素と内毒素
・・・（略）・・・」（２頁２７行〜下から５行）
（参１−５）「1)感染　　微生物が生体宿主に侵入し，定着，増殖し，寄生の状態になった場合をいう。
　微生物が単に体表や食物・衣類などに付着した場合は汚染といって感染とは区別される。」（３頁６〜８行）
　
　上記（参１−２）に「Virulence=侵襲性+毒素産生性+感染性 」と記載されており，virulenceとは，侵襲性，毒素生産性及び感染性の３つの側面を併せ持った用語であり，侵襲性とは，（参１−３）の「1）侵襲性　invasiveness　　病原体が宿主組織に進入，増殖し，病巣を拡大させる。」能力を意味し，毒素生産性とは文字通り毒素を生産する能力を意味し，感染性とは，（参１−５）の「1)感染　　微生物が生体宿主に侵入し，定着，増殖し，寄生の状態にな」る能力をいうと説明されてる。
　
　そこで，菌力，すなわち，virulenceの語義として，下記（ア）〜（ウ）の場合について，順に検討する。
　
（ア）「毒力toxicity」または「毒素生産性」について
　まず，相違点１について検討する。
　刊行物２記載の周知の転写調節因子AraC/ XylSファミリーの中には，摘記（刊２−４）に「ファミリーのこの部分群で3つの最も特徴づけられたタンパク質は，AraC，RhaRおよびXylS(84，224，244; より詳細については，以下参照)である。
ある調節蛋白質は
毒性因子(virulence)の生産に関係する
　そして，転写調節因子AraC/ XylSファミリーは，へリックス−ターン−へリックス(HTH)DNA結合モチーフを有する（（刊２−１）参照。）のであるから，毒性因子(virulence)の生産に関係する大腸菌からのAfrR，AggR，CfaD等の周知の転写調節因子は，へリックス−ターン−へリックスを有しているといえる。
　
　そうすると，刊行物１発明において，「細菌Marオペロンのリプレッサー」に代えて，刊行物２記載に記載されているようなAraC/ XylSファミリー，すなわち，MarA類蛋白質に属し，へリックス−ターン−ヘリックスドメインを有する毒性因子に関係する調節蛋白質を選べば，（相違点１−１）及び（相違点１−２）記載の補正発明のごとく構成され，当業者が容易に発明できたといえる。
　
　刊行物２に記載されている周知の前記毒性因子に関係する調節蛋白質は，へリックス−ターン−ヘリックスドメインを有するのであるから，上記「第２　３（５）ア　Ｂ（相違点１−３）について」で述べた理由と同様の理由により，刊行物１発明において，刊行物２記載に記載されているようなAraC/ XylSファミリー，すなわち，MarA類蛋白質に属る毒性因子に関係する調節蛋白質を選べば，相違点（１−３）の補正発明の特定事項のごとく「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」を測定することとなり，相違点（１−３）は，当業者が容易に発明できたものといえる。
　
　次に，相違点２について検討すると，刊行物２に記載されている前記毒性因子に関係する調節蛋白質は，virulence，すなわち，「毒力toxicity」または「毒素生産性」に関与する菌力関連調節蛋白質であるから，刊行物１発明において，刊行物２記載に記載されているようなAraC/ XylSファミリー，すなわち，MarA類蛋白質に属る毒性因子に関係する調節蛋白質を選べば，必然的に（相違点２−１）及び（相違点２−２）に記載の補正発明の特定事項のごとく構成されるものとなり，当業者が容易に発明できたといえる。
　
（イ）「侵入力invasiveness」又は「感染性」について
　刊行物２の（刊２−４）には「これらのタンパク質は，線毛(AfrR，AggR，
CfaD
宿主細胞接着因子(ExsA，HrpB，InvF，MxiEおよびVirF)のような上皮組織への付着に役割を果たすタンパク質の合成の刺激に関係する。
　また，転写調節因子AraC/ XylSファミリーは，へリックス−ターン−へリックス(HTH)DNA結合モチーフを有する（（刊２−１）参照。）のであるから，宿主細胞接着因子(ExsA，HrpB，InvF，MxiEおよびVirF)の生産に関係する周知の転写調節因子は，へリックス−ターン−へリックスを有しているといえる。
　そして，感染を抑えるという課題は，本願優先権主張日前から当然の課題となっていたことである。
　そうすると，刊行物１発明において，「細菌Marオペロンのリプレッサー」に代えて，刊行物２記載に記載されているような周知のAraC/ XylSファミリーに属し，へリックス−ターン−ヘリックスドメインを有する宿主細胞接着因子に関係する調節蛋白質を選べば，（相違点１−１）及び（相違点１−１）及び（相違点１−２）記載の補正発明のごとく構成され，当業者が容易に発明できたといえる。
　
　刊行物２に記載されている周知の宿主細胞接着因子に関係する調節蛋白質は，へリックス−ターン−ヘリックスドメインを有するのであるから，上記「第２　３（５）ア　Ｂ（相違点１−３）について」で述べた理由と同様の理由により，刊行物１発明において，刊行物２記載に記載されているようなAraC/ XylSファミリー，すなわち，MarA類蛋白質に属る宿主細胞接着因子に関係する調節蛋白質を選べば，相違点（１−３）の補正発明の特定事項のごとく「前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインの活性に影響を与える能力」を測定することとなり，相違点（１−３）は，当業者が容易に発明できたものといえる。
　
　次に，相違点２について検討すると，刊行物２に記載されている前記宿主細胞接着因子に関係する調節蛋白質は，virulence，すなわち，「侵入力invasiveness」又は「感染性」に関与する菌力関連調節蛋白質であるから，刊行物１発明において，刊行物２記載に記載されているようなAraC/ XylSファミリー，すなわち，MarA類蛋白質に属る宿主細胞接着因子に関係する調節蛋白質を選べば，必然的に（相違点２−１）及び（相違点２−２）に記載の補正発明の特定事項のごとく構成されるものとなり，当業者が容易に発明できたといえる。
　
（ウ）　「攻撃力aggressivity」又は「侵襲性」について
　摘記（刊１−８）に，「本発明は，また，細菌感染症の治療のための組成物及びその治療での使用方法も提供する。」と記載されているから，感染症の治療とは，感染症をなおすことであり，細菌の「攻撃力aggressivity」や「侵襲性」を奪うものであることは明白である。
　上記「第２　３（５）ア　Ａ　（相違点１−１）及び（相違点１−２）について」及び「第２　３（５）ア　Ｂ（相違点１−３）について」で述べたのと同様の理由により，刊行物１発明において，「細菌Marオペロンのリプレッサー」に代えて，刊行物１記載に記載されているMarAを選べば，（相違点１−１），（相違点１−２）及び（相違点１−３）に記載の補正発明のごとく構成されることとなり，当業者が容易に発明できたものである。
　
　次に，相違点２について検討すると，刊行物１記載に記載されているMarAは，virulence，すなわち，「攻撃力aggressivity」又は「侵襲性」に関与する菌力関連調節蛋白質であるから，刊行物１発明において，刊行物１記載に記載されているMarAを選べば，必然的に（相違点２−１）及び（相違点２−２）に記載の補正発明の特定事項のごとく構成されるものとなり，当業者が容易に発明できたといえる。
　
ウ　効果について
　補正発明の効果は，刊行物１及び本願優先権主張日前から周知の技術的事項から予測し得るものであって格別顕著なものとはいえない。
　
（６）むすび
　したがって，請求人の主張する「菌力」の語義を採用しても，また，「菌力」の有する他の語義を採用しても，いずれにせよ，補正発明は，刊行物１及び周知の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　よって，本件補正は，平成１８年改正前の特許法１７条の２第５項で準用する同法１２６条５項の規定に違反するものであり，同法１５９条１項で準用する同法５３条１項の規定により却下されるべきものである。　
　
第３　本願発明について
　本件補正は上記のとおり却下されたので，本願の請求項１〜２８に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成２１年１０月２１日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜２８に記載された事項により特定されるとおりのものであると認められる。
　そして，その請求項２に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，次の事項により特定される発明である。
「【請求項２】
MarA類蛋白質から誘導されたMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドを発現している細胞を，化合物と前記ポリペプチドとの相互作用を可能にするような条件下で前記化合物と接触させることと，前記化合物が微生物の感染力または菌力を低下させる化合物であるか否かの指標として，前記化合物がMarA類ヘリックス−ターン−ヘリックスドメインポリペプチドの活性に影響を与える能力を測定することと，を含む，微生物の感染力または菌力を低下させる化合物を特定する方法。」
　
１　引用刊行物記載の事項
　原査定で引用され，本願優先権主張日前に頒布された刊行物である上記刊行物１に記載の事項は，上記「第２　３（３）ア　刊行物１記載の事項」に記載のとおりである。そして，刊行物１には，上記「第２　３（３）ア　刊行物１記載の事項　（刊行物１記載の発明）」に記載のとおり，刊行物１発明が記載されている。
　また，本願優先権主張日前の周知の技術的事項を示す上記刊行物２には，上記「第２　３（３）イ　刊行物２記載の事項」に記載したとおりの事項が記載されている。
　
２　対比・判断
　本願発明は，上記補正発明の化合物について「非抗菌化合物」とあったものから，「非抗菌」という特定事項を削除し，上記補正発明の「微生物の感染力または菌力を低下させる」という事項について，「前記化合物が微生物の感染力または菌力を低下させるか否かの指標として」と選択肢を増やしたものである。
　そうすると，本願発明の構成要件をすべて含み，さらに他の構成要件を付加したものに相当する補正発明が，前記「第２　３（４）相違点の検討及び判断」に記載したとおり，刊行物１に記載された発明及び周知の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，本願発明も同様の理由により，刊行物１に記載された発明及び周知の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。　
　
３　むすび
　以上のとおり，本願発明は，刊行物１に記載された発明及び本願優先権主張日前に周知の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。