【手続補正書】
【提出日】平成18年7月5日(2006.7.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも一つのターゲットヌクレオチド配列（Ａ）についての挿入／欠失及び逆位のために好適な遺伝子構築物（１０）であって、以下のものを含む遺伝子構築物（１０）：
−  二つの異なる毒性分子をコードする第一及び第二のヌクレオチド配列（１，２）の上流に配置されたプロモーター／アクチベーター配列（１１）、及び／又は
−  毒性分子をコードする第一のヌクレオチド配列（１）の上流に配置された第一のプロモーター／アクチベーター配列（１１）、及び前記第一の毒性分子とは異なる第二の毒性分子に対する解毒剤をコードする第二のヌクレオチド配列（２′）の上流に、前記第一のプロモーター／アクチベーター配列とは反対の方向に配置された第二のプロモーター／アクチベーター配列（１２）、及び／又は
−  第一の毒性分子をコードする第一のヌクレオチド配列（１）、及び前記第一の毒性分子とは異なる第二の毒性分子に対する解毒剤をコードする第二のヌクレオチド配列（２′）の上流に配置されたプロモーター／アクチベーター配列（１１）。
【請求項２】
少なくとも一つのターゲットヌクレオチド配列（Ａ）の逆位のために好適な請求項１記載の遺伝子構築物（１０）であって、以下のものを含む遺伝子構築物（１０）：
−  毒性分子をコードする第一のヌクレオチド配列（１）及び前記第一の毒性分子とは異なる第二の毒性分子に対する解毒剤をコードする第二のヌクレオチド配列（２′）の上流に配置された第一のプロモーター／アクチベーター配列（１１）、及び
−  第一のプロモーター／アクチベーター配列（１１）の読み取り方向とは反対の方向に配列された前記第一の毒性分子に対する解毒剤をコードする第三のヌクレオチド配列（１′）。
【請求項３】
第三のヌクレオチド配列（１′）が第二のプロモーター／アクチベーター配列（１２）の制御下にある前記第一の毒性分子に対する解毒剤をコードする請求項２記載の遺伝子構築物。
【請求項４】
毒性分子又は毒性分子に対する解毒剤をコードする各ヌクレオチド配列（１，２，１′，２′）が毒性分子としての又は前記毒性分子に対する解毒剤としての活性を有する融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列であり、前記融合タンパク質がいくつかの特異的クローニング部位及び細胞に対する毒性分子又は毒性分子に対する解毒剤をコードするヌクレオチド配列を含むコーディングヌクレオチド配列からなる請求項１〜３のいずれか一項記載の核酸構築物。
【請求項５】
毒性分子をコードするヌクレオチド配列（１，２）及び／又は毒性分子に対する解毒剤をコードするヌクレオチド配列（１′，２′）の上流及び下流に配置された組換え部位をさらに含む請求項１〜４のいずれか一項記載の遺伝子構築物（１０）。
【請求項６】
毒性分子及び毒性分子に対する解毒剤をコードする配列（１，２，１′，２′）が毒物／解毒剤配列である請求項１〜５のいずれか一項記載の遺伝子構築物（１０）。
【請求項７】
毒物／解毒剤配列が以下の毒物／解毒剤系からなる群から選択される請求項６記載の遺伝子構築物：ＣｃｄＢ／ＣｃｄＡ，Ｋｉｄ／Ｋｉｓ，Ｈｏｋ／Ｓｏｋ，Ｄｏｃ／Ｐｈｄ，ＲｅｌＥ／ＲｅｌＢ，ＰａｓＡ／ＰａｓＢ／ＰａｓＣ，ＭａｚＥ／ＭａｚＦ，ＰａｒＥ／ＰａｒＤ。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項記載の遺伝子構築物（１０）の少なくとも一つを含むクローニングベクター。
【請求項９】
複製起点及び選択マーカー、好ましくは抗生物質耐性選択マーカーをさらに含む請求項８記載のベクター。
【請求項１０】
請求項１〜７のいずれか一項記載の遺伝子構築物によってもしくは請求項８〜９のいずれか一項記載のベクターによって形質転換されたか、又は請求項１〜７のいずれか一項記載の遺伝子構築物の少なくとも一つを染色体ゲノム中に組込まれた細胞。
【請求項１１】
原核細胞、植物細胞、動物細胞（ヒト細胞を含む）及び真菌細胞（酵母細胞を含む）からなる群から選択される請求項１０記載の細胞。
【請求項１２】
請求項１〜７のいずれか一項記載の一以上の核酸構築物、請求項８又は９記載の一以上のベクター、及び前記構築物又はベクターによって形質転換されるべき細胞を含むクローニング及び選択キットであって、前記細胞が前記毒性分子の一つ以上に対して耐性又は感受性を有し、前記毒性分子の一つ以上又は前記毒性分子に対する解毒剤の一つ以上を発現するキット。
【請求項１３】
核酸構築物中へのターゲットヌクレオチド配列（Ａ）の挿入及び所望により欠失及び／又は逆位のための方法であって、好ましくは自動装置によって行われる以下の工程を含む方法：
−  所望により請求項８又は９のベクター中に組込まれた又は請求項１０又は１１に記載の細胞中に組込まれた請求項１〜７のいずれか一項記載の核酸構築物を与え、そして毒性分子をコードするヌクレオチド配列の不活性化によって核酸構築物中への前記ターゲットヌクレオチド配列の挿入を得、そして
−  前記毒性分子に対して感受性の細胞中に前記ターゲットヌクレオチド配列が組込まれた核酸構築物を選択する。
【請求項１４】
以下の工程をさらに含む請求項１２記載の方法：
−  所望により、エキソン−イントロン構造の同定及び発現遺伝子データベースとの比較によって前記ゲノム配列の分析を通してゲノムデータベースから前記ターゲットヌクレオチド配列を選択し、
−  所望により、前記ターゲット遺伝子配列の遺伝子増幅及びクローニングのために好適なプライマー配列を与え、
−  所望により、データベースに示されている前記核酸構築物の要素並びに前記核酸構築物によって形質転換されるべき細胞を選択し、そして
−  所望により、前記ターゲットヌクレオチド配列の組込みのために好適な核酸構築物の設計を与え、そして所望により、得られた仮想核酸構築物の設計をターゲットメモリーデーターベースに戻す。
【請求項１５】
前記ターゲット配列の挿入後に欠失された要素によって、又は逆転された読取り方向を有するターゲット配列の組込みによってターゲット配列の置換を行う工程をさらに含む請求項１３又は１４記載の方法。
【請求項１６】
ターゲット配列の組込み、ターゲット配列の置換又は逆位が、古典的な制限／ライゲーション、部位特異的組換え、ＴＯＰＯクローニング及び相同組換えによって得られる請求項１３〜１５のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
多数の核酸構築物中へのいくつかのターゲットヌクレオチド配列（Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ）の挿入／欠失及び／又は逆位の工程、及び前記ターゲット配列が正確に組込まれた、欠失された又は逆位された構築物を同時に選択する工程を含む請求項１３〜１６のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
前記ターゲット配列が正確に組込まれた、欠失された又は逆位された構築物を同時に選択する工程が単一の細胞又は単一の反応管中で行われる請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
請求項１３〜１８のいずれか一項記載の工程を行うためのプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム。
【請求項２０】
プログラムがコンピュータで実行されたときに請求項１３〜１８のいずれか一項記載の方法の工程を行うための、コンピュータ読取り可能な媒体上のプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム製品。
【請求項２１】
請求項１３〜１８のいずれか一項記載の方法を行うための、コンピュータのデータベースに接続されかつ請求項１〜７のいずれか一項記載の核酸構築物又は請求項８〜９のいずれか一項記載のベクター又は請求項１０〜１１のいずれか一項記載の細胞又は請求項１２に記載のキットの要素及び所望により請求項１９又は２０のコンピュータプログラムを含む自動装置。