【手続補正書】
【提出日】平成17年4月13日(2005.4.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の構造式（ＩＩ）または（ＩＩＩ）：
【化１】
2004535382.tif 000001
に従う、配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーに連結された移動度改変ポリマーを含む、移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーまたはその塩であって、ここで：
Ｒ２は、少なくとも２つの炭素原子を含むアルキル、アリール、（Ｒ８）３Ｓｉ−、塩基安定性保護基、およびＲ５−Ｘ−［（ＣＨ２）ａ−Ｏ］ｂ−（ＣＨ２）ａ−からなる群より選択され、ここで、各Ｒ８は、直鎖および分枝鎖のアルキルおよびアリールからなる群より独立して選択され；
各Ｒ１０は、水素およびＲ２からなる群より独立して選択され；
Ｒ５は、水素、保護基、レポーター分子、およびリガンドからなる群より選択され；
Ｒ３は、
【化２】
2004535382.tif 000002
であり；
各Ｒ４は、水素およびＲ２からなる群より独立して選択され；
各Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、およびＮＨ−Ｃ（Ｏ）からなる群より独立して選択され；
各ａは、独立して、１〜６の整数であり；
各ｂは、独立して、０〜４０の整数であり；
各ｄは、独立して、１〜２００の整数であり；そして
ＯＬＩＧＯは、配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーであるが、
ただし、少なくとも１つのＲ１０または少なくとも１つのＲ４は、水素ではない、移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーまたはその塩。
【請求項２】
各ＸがＯである、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項３】
各ａが２である、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項４】
各ｂが４である、請求項３に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項５】
ＯＬＩＧＯが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡアナログ、またはＲＮＡアナログオリゴヌクレオチドである、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項６】
ＯＬＩＧＯが、ＤＮＡまたはＲＮＡオリゴヌクレオチドのアナログである、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項７】
ＯＬＩＧＯが、少なくとも１つの非負荷電内部ヌクレオチド連結を含む請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項８】
前記内部ヌクレオチド連結が、モノアルキルリン酸トリエステルである、請求項７に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項９】
Ｒ５がレポーター分子である、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１０】
前記レポーター分子が、フルオロフォア、化学発光部分、またはリガンドである、請求項９に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１１】
ＯＬＩＧＯが検出可能な標識を含む、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１２】
前記検出可能な標識がフルオロフォアである、請求項９に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１３】
ＯＬＩＧＯがポリエチレンオキシドポリマーを含む、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１４】
前記移動度改変ポリマーが、前記配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの５’末端に結合される、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１５】
前記配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの３’末端に結合されたポリエチレンオキシドポリマーをさらに含む、請求項１４に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１６】
前記移動度改変ポリマーが、前記配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの３’末端に結合される、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１７】
前記配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの５’末端に結合されたポリエチレンオキシドポリマーをさらに含む、請求項１６に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１８】
Ｒ２が、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、およびネオペンチルから選択される、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項１９】
Ｒ１０が、独立して、水素、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、およびネオペンチルから選択される、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項２０】
Ｒ４が、独立して、水素、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、およびネオペンチルから選択される、請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項２１】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、モノメチルポリエチレンオキシドポリマーである、請求項１３、１５および１６に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項２２】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、少なくとも２０００ダルトンの分子量を有する、請求項１３、１５および１６に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項２３】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、少なくとも５０００ダルトンの分子量を有する、請求項１３、１５および１６に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項２４】
複数の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーを含む組成物であって、該ヌクレオ塩基ポリマーの各々が請求項１に従う化合物であり、そして該ヌクレオ塩基ポリマーの各々が、異なる電荷  対  並進摩擦抵抗の比を有する、組成物。
【請求項２５】
前記複数の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの各々が、ＯＬＩＧＯを含み、そして各ＯＬＩＧＯが、同数のヌクレオ塩基単位を有する、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
１つ以上の標的核酸中の複数の選択されたヌクレオチド配列を検出する方法であって：
少なくとも１つ以上の標的核酸と、複数の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーとを、該標的核酸にハイブリダイズするこれらのヌクレオ塩基ポリマーを識別する条件下で接触させる工程であって、該ヌクレオ塩基ポリマーの各々が請求項１に従う化合物であり、そして該ヌクレオ塩基ポリマーの各々が、異なる電荷  対  並進摩擦抵抗の比を有する、工程；および
該標的核酸にハイブリダイズしたこれらのヌクレオ塩基ポリマーを検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記ヌクレオ塩基ポリマーのＯＬＩＧＯ部分が、同数のヌクレオ塩基単位で構成される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記１つ以上の標的核酸が、固体支持体に固定されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
ヌクレオ塩基ポリマーの各々が検出可能な標識を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記検出可能な標識が、放射性同位元素、化学発光部分、フルオロフォア、またはリガンドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記検出工程が：
前記標的核酸にハイブリダイズしたこれらのヌクレオ塩基ポリマーを回収する工程；および
該回収したヌクレオ塩基ポリマーを電気泳動により分離する工程、
を包含する、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
前記電気泳動が、非ふるい媒体におけるキャピラリー電気泳動により実行される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
１つ以上の標的核酸中の複数の選択されたヌクレオチド配列を検出する方法であって：
該標的核酸と、第１の複数の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマープローブおよび第２の複数の配列特異的ヌクレオ塩基ポリマープローブとを、該標的核酸にハイブリダイズするこれらのプローブ間を識別する条件下で接触させる工程であって、該移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの各々が請求項１に従う化合物であり、そして該ヌクレオ塩基ポリマーの各々が、異なる電荷  対  並進摩擦抵抗の比を有する、工程；
同一の標的核酸分子に隣接してハイブリダイズする第１のプローブおよび第２のプローブを共有結合して、連結産物を形成する工程であって、該連結産物の各々が、異なる電荷
対  並進摩擦抵抗の比を有する、工程；ならびに
該連結産物を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３４】
連結産物の各々が同数のヌクレオ塩基を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記１つ以上の標的核酸が、固体支持体に固定されている、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１のプローブおよび前記第２のプローブのうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記検出可能な標識が、放射性同位元素、化学発光部分、生物発光部分、フルオロフォア、またはリガンドである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記検出工程が：
前記連結産物を回収する工程；および
該回収した連結産物を電気泳動により分離する工程、
を包含する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記電気泳動が、非ふるい媒体におけるキャピラリー電気泳動により実行される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記共有結合がリガーゼによって達成される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記リガーゼが熱安定性リガーゼである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記接触工程、ハイブリダイズ工程、連結工程、および放出工程が、複数回繰り返される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
複数の標的核酸分子を分離する方法であって：
請求項１に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーを、該複数の標的核酸の各々に結合し、それによって、複数の移動度改変標的核酸を形成する工程であって、同数のヌクレオチド残基を有する標的核酸の各々は、異なる電荷  対  並進摩擦抵抗の比を有する、工程；および
該複数の移動度改変標的核酸を分画する工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】
前記複数の標的核酸が、連鎖終結配列決定法および化学切断配列決定法からなる群より選択される配列決定法により生成される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
１つ以上の標的核酸中の複数の選択されたヌクレオチド配列を検出する方法であって：
ａ）該標的核酸と、複数のヌクレオ塩基ポリマープライマーとを接触させる工程であって、それによって第１のヌクレオ塩基ポリマープライマーおよび第２のヌクレオ塩基ポリマープライマーの各々が、複数の選択されたヌクレオチド配列の各々の反対端で相補鎖にハイブリダイズし、該第１のヌクレオ塩基ポリマープライマーおよび該第２のヌクレオ塩基ポリマープライマーの各々の少なくとも１つは、請求項３に記載される移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーである、工程；
ｂ）該第１のヌクレオ塩基ポリマープライマーの各々および該第２のヌクレオ塩基ポリマープライマーの各々を、デオキシヌクレオシド三リン酸基質の存在下で、ＤＮＡ重合活性により伸長する工程；
ｃ）伸長した各第１のヌクレオ塩基ポリマープライマーと該標的核酸との間および伸長した各第２のヌクレオ塩基ポリマープライマーと該標的核酸との間の塩基対形成相互作用により形成される複数の塩基対構造を変性する工程；
ｄ）工程（ａ）〜（ｃ）を複数回繰り返して複数のポリメラーゼ連鎖反応産物を形成する工程であって、該ポリメラーゼ連鎖反応産物の各々は、異なる電荷  対  並進摩擦抵抗の比を有する、工程；ならびに
ｅ）該ポリメラーゼ連鎖反応産物を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
前記ポリメラーゼ連鎖反応産物の各々が、同数のヌクレオ塩基を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記１つ以上の標的核酸が、固体支持体に固定されている、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
前記第１のヌクレオ塩基ポリマープライマー、前記第２のヌクレオ塩基ポリマーポリマー、または基質デオキシヌクレオシド三リン酸のうちの少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
前記検出工程が、非ふるい媒体におけるキャピラリー電気泳動による前記複数のポリメラーゼ連鎖反応産物の分画を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５０】
以下の構造：
【化３】
2004535382.tif 000003
を有する移動度改変ホスホルアミダイト試薬であって、ここで：
Ｒ２は、少なくとも２つの炭素原子を含むアルキル、アリール、（Ｒ８）３Ｓｉ−、塩基安定性保護基、およびＲ５−Ｘ−［（ＣＨ２）ａ−Ｏ］ｂ−（ＣＨ２）ａ−からなる群より選択され、ここで、各Ｒ８は、直鎖および分枝鎖のアルキルおよびアリールからなる群より独立して選択され；
Ｒ５は、水素、保護基、レポーター分子、およびリガンドからなる群より選択され；
Ｒ６およびＲ７は、各々独立して、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ３〜Ｃ１０シクロアルキル、Ｃ６〜Ｃ２０アリール、およびＣ２０〜Ｃ２７アリールアルキルからなる群より選択され；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、およびＮＨ−Ｃ（Ｏ）からなる群より独立して選択され；
各ａは、独立して、１〜６の整数であり；そして
ｂは、０〜４０の整数である、移動度改変ホスホルアミダイト試薬。
【請求項５１】
少なくとも１つの移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーを備えるキットであって、該移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーが、以下の構造式（ＩＩ）または（ＩＩＩ）：
【化４】
2004535382.tif 000004
に従う、配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーに連結された移動度改変ポリマーまたはその塩を含み、ここで：
Ｒ２は、少なくとも２つの炭素原子を含むアルキル、アリール、（Ｒ８）３Ｓｉ−、塩基安定性保護基、およびＲ５−Ｘ−［（ＣＨ２）ａ−Ｏ］ｂ−（ＣＨ２）ａ−からなる群より選択され、ここで、各Ｒ８は、直鎖および分枝鎖のアルキルおよびアリールからなる群より独立して選択され；
Ｒ５は、水素、保護基、レポーター分子、およびリガンドからなる群より選択され；
Ｒ３は、
【化５】
2004535382.tif 000005
であり；
各Ｒ１０は、水素およびＲ２からなる群より独立して選択され；
各Ｒ４は、水素およびＲ２からなる群より独立して選択され；
各Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、およびＮＨ−Ｃ（Ｏ）からなる群より独立して選択され；
各ａは、独立して、１〜６の整数であり；
各ｂは、独立して、０〜４０の整数であり；
各ｄは、独立して、１〜２００の整数であり；そして
ＯＬＩＧＯは、配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーであるが、
ただし、少なくとも１つのＲ１０または少なくとも１つのＲ４は、水素ではない、キット。
【請求項５２】
少なくとも１つの移動度改変ホスホルアミダイト試薬を含むキットであって、該試薬が、以下の構造：
【化６】
2004535382.tif 000006
を有し、ここで：
Ｒ５は、水素、保護基、レポーター分子、およびリガンドからなる群より選択され；
Ｒ６およびＲ７は、各々独立して、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ３〜Ｃ１０シクロアルキル、Ｃ６〜Ｃ２０アリール、およびＣ２０〜Ｃ２７アリールアルキルからなる群より選択され；
Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、およびＮＨ−Ｃ（Ｏ）からなる群より選択され；
ａは、１〜６の整数であり；
Ｒ２は、少なくとも２つの炭素原子を含むアルキル、アリール、（Ｒ８）３Ｓｉ−、塩基安定性保護基、およびＲ５−Ｘ−［（ＣＨ２）ａ−Ｏ］ｂ−（ＣＨ２）ａ−からなる群より選択され、ここで、各Ｒ８は、直鎖および分枝鎖のアルキルおよびアリールからなる群より独立して選択され；そして
ｂは、０〜４０の整数である、キット。
【請求項５３】
移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーまたはその塩であって、以下の構造式（ＩＶ）：
【化７】
2004535382.tif 000007
に従う、第１の配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの３’末端および第２の配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーの５’末端に連結された移動度改変ポリマーを含み、ここで：
Ｒ１１は、水素、少なくとも２つの炭素原子を含むアルキル、アリール、（Ｒ８）３Ｓｉ−、塩基安定性保護基、Ｒ５−Ｘ−［（ＣＨ２）ａ−Ｏ］ｂ−（ＣＨ２）ａ−、保護基、レポーター分子、およびリガンドからなる群より選択され、ここで、各Ｒ８は、直鎖および分枝鎖のアルキルおよびアリールからなる群より独立して独立して選択されるが、ただし、少なくとも１つのＲ１１は水素ではなく；
各Ｘは、Ｏ、Ｓ、ＮＨ、およびＮＨ−Ｃ（Ｏ）からなる群より独立して選択され；
各ａは、独立して、１〜６の整数であり；
各ｂは、独立して、０〜４０の整数であり；
ｄは、１〜２００の整数であり；
ＯＬＩＧＯ１は、第１の配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーであり；そして
ＯＬＩＧＯ２は、第２の配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーである、移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマーまたはその塩。
【請求項５４】
ＯＬＩＧＯ１およびＯＬＩＧＯ２のうちの少なくとも１つが、ポリエチレンオキシドポリマーを含む、請求項５３に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項５５】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、モノメチルポリエチレンオキシドポリマーである、請求項５４に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項５６】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、少なくとも２０００ダルトンの分子量を有する、請求項５４に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【請求項５７】
前記ポリエチレンオキシドポリマーが、少なくとも５０００ダルトンの分子量を有する、請求項５４に記載の移動度改変配列特異的ヌクレオ塩基ポリマー。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
【化１１】
2004535382.tif 000008
に従う化合物またはその塩である。ここで：
Ｒ３は、
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
【化１２】
2004535382.tif 000009
であり；
Ｒ２、Ｒ５、ａ、ｂ、Ｘ、およびＯＬＩＧＯは、式（Ｉ）および（ＩＩ）において先に定義された通りであり；
各ｄは、独立して、１〜２００の整数であり；そして
各Ｒ４および各Ｒ１０は、水素およびＲ２からなる群より独立して選択されるが、ただし、少なくとも１つのＲ１０または少なくとも１つのＲ４は、水素ではない。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１０】
【化１７】
2004535382.tif 000010
またはこれらの塩を有し、ここで、Ｒ３は：
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１１】
【化１８】
2004535382.tif 000011
である；
Ｒ２，Ｒ５，Ｘ，ａおよびｂは、構造式（Ｉ）のとおりである；
各々のＲ１０は水素およびＲ２からなる群から独立して、選択される；
各々のＲ４は水素およびＲ２からなる群から独立して、選択される；
各々のｂは、独立して、０〜４０の整数である；
各々のｄは、独立して、１〜２００の整数である；そして
ＯＬＩＧＯは、少なくとも１つのＲ１０または少なくとも１つのＲ４が水素以外である場合、少なくとも５つのヌクレオ塩基を代表的に含む配列特異的なヌクレオ塩基ポリマーである。