【手続補正書】
【提出日】平成18年9月26日(2006.9.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号８４−１２１からなる群から選択される配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
（ａ）配列番号８４−１２１の相補体と、
（ｂ）配列番号８４−１２１の逆相補体と、
（ｃ）配列番号８４−１２１の逆配列とからなる群から選択される配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項３】
（ａ）配列番号８４−１２１の配列との同一性が少なくとも７５％ある配列と、
（ｂ）配列番号８４−１２１の配列との同一性が少なくとも９０％ある配列と、
（ｃ）配列番号８４−１２１の配列との同一性が少なくとも９５％ある配列とからなる群から選択される配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項４】
（ａ）配列番号８４−１２１に列挙される配列の２００量体であるヌクレオチド配列と、
（ｂ）配列番号８４−１２１に列挙される配列の１００量体であるヌクレオチド配列と、
（ｃ）配列番号８４−１２１に列挙される配列の４０量体であるヌクレオチド配列と、
（ｄ）配列番号８４−１２１に列挙される配列の２０量体であるヌクレオチド配列とからなる群から選択される配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項５】
請求項１−３のいずれかに列挙されたヌクレオチド配列の１０個の連続する残基に対して相補的な少なくとも１０個の連続する残基を含む、単離オリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマー。
【請求項６】
請求項５に記載のオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを複数含むキット。
【請求項７】
請求項１−３のいずれかに記載のポリヌクレオチドを含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項８】
請求項７に記載の遺伝子コンストラクトを含む、トランスジェニック宿主細胞。
【請求項９】
合計が全配列長の１０％未満の欠失および／または挿入の結果として配列番号８４−１２１に列挙されたヌクレオチド配列と異なるヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項１０】
合計が全配列長の１５％未満の置換、挿入、および／または欠失の結果として配列番号８４−１２１に列挙されたヌクレオチド配列と異なるヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド 。
【請求項１１】
５’から３’の方向に、
（ａ）遺伝子プロモーター配列と、
（ｂ）（１）（ｉ）配列番号１２２−２５３と、（ｉｉ）配列番号１２２−２５３の配列との同一性が少なくとも７５％ある配列とからなる群から選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドと、（２）請求項１−３のいずれか１つのポリヌクレオチドのノンコーディング領域を含むポリヌクレオチドとのうち少なくともいずれかを含むポリヌクレオチド配列とを含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項１２】
前記ポリヌクレオチドはセンス方向に配向される、請求項１１に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチドはアンチセンス方向に配向される、請求項１１に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項１４】
前記遺伝子プロモーター配列は原核生物または真核生物で機能する、請求項１１に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項１５】
請求項１１に記載のコンストラクトを含む、トランスジェニック宿主細胞。
【請求項１６】
請求項１５に記載のトランスジェニック宿主細胞またはその子孫を含む、トランスジェニック生物。
【請求項１７】
前記生物体は乳酸桿菌種からなる群から選択される、請求項１６に記載のトランスジェニック生物。
【請求項１８】
生物におけるポリペプチド活性のモジュレーションをする方法であって、該生物のゲノムに請求項１−３のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドを安定的に取り込むことを含む、方法。
【請求項１９】
前記生物は微生物である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
配列番号１２２−２５３に列挙される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項２１】
（ａ）配列番号１２２−２５３の配列との同一性が少なくとも７５％ある配列と、
（ｂ）配列番号１２２−２５３の配列との同一性が少なくとも９０％ある配列と、
（ｃ）配列番号１２２−２５の配列との同一性が少なくとも９５％ある配列とからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項２２】
請求項２０および２１のいずれかに記載のポリペプチドをエンコードする、単離ポリヌクレオチド。
【請求項２３】
請求項２０および２１のいずれかに記載のポリペプチドを少なくとも１つ含む、融合蛋白。
【請求項２４】
請求項１−３のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドにエンコードされた、単離ポリペプチド。
【請求項２５】
請求項２０および２１のいずれかに記載のポリペプチドと、生理学的に許容される担体と免疫促進剤とからなる群から選択される少なくとも１つの成分とを含む、組成物。
【請求項２６】
請求項１−３のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドと、生理学的に許容される担体と免疫促進剤とからなる群から選択される少なくとも１つの成分とを含む、組成物。
【請求項２７】
生物か、該生物に由来する生殖材料または抽出物かを特定の起源に由来するものとして同定する方法であって、前記生物、材料または抽出物の遺伝子相補体の中に前記起源を表すポリヌクレオチド同定子の有無を検出することを含み、該ポリヌクレオチド同定子は配列番号８４−１２１に列挙される配列を含む、方法。
【請求項２８】
乳製品、食品、食品添加物、栄養サプリメント、生理活性物質またはプロバイオティックなサプリメントの製造に用いられる微生物の性質を改良する方法であって、請求項１−４のいずれか１つに記載のポリヌクレオチドを用いて前記微生物の形質転換を行うことにより、前記微生物のポリヌクレオチド含量または組成のモジュレーションをすることを含む、微生物の性質を改良する方法。
【請求項２９】
乳製品、食品、食品添加物、栄養サプリメント、生理活性またはプロバイオティックな サプリメント製品の、風味、香り、食感および／または栄養と、免疫系のモジュレーションを起こす有益性と、健康上の有益性とを改変する方法であって、請求項２０および２１のいずれかに記載のポリペプチドの１つまたは２つ以上を、前記製品が由来する乳その他の材料に添加することを含む、方法。
【請求項３０】
哺乳類生物に対して非病原性の、１または２以上の種のプロバイオティックな微生物か、その抽出物かを含む組成物であって、該微生物は請求項１−４のいずれかに記載の単離ポリヌクレオチドを少なくとも１つ含む、組成物。
【請求項３１】
前記微生物は、桿菌属、乳酸桿菌属、スポロラクトバチルス属およびビフィドバクテリウム属の種からなる群から選択される、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
チーズの熟成、風味の発現および生理活性ペプチドの産生に用いられるトランスジェニックな微生物集団であって、配列番号８４−９２、９５、９７、１００、１０１、１０５、１１４、１１７、１１９または１２０のポリヌクレオチドを含む、トランスジェニックな微生物群集。
【請求項３３】
製造工程か、製品形態での保存中か、腸管内または他の環境での保存中かにおける生存率が改変されたトランスジェニックな微生物集団であって、配列番号８４−９２、９５、９７、１００、１０１、１０５、１１４、１１７、１１９および１２０からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、トランスジェニックな微生物群集。
【請求項３４】
配列番号８４−１２１からなる群から選択されるポリヌクレオチドの挿入型突然変異および／または遺伝子破壊につながる遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニックなラムノスス乳酸桿菌ＨＮ００１株であって、風味、香り、食感、栄養、免疫系のモジュレーション、生理活性物質の産生、プロバイオティックまたは健康上の有益性、接着、あるいは、加工工程、保存中または環境内における生存率が改変された特性を有する、トランスジェニックなラムノスス乳酸桿菌ＨＮ００１株。
【請求項３５】
配列番号８４−１２１のポリヌクレオチドに関連する形質を有する微生物を同定する方法であって、前記微生物の遺伝子相補体中における配列番号１−８４のポリヌクレオチドの有無を検出することを含む、微生物を同定する方法。