【手続補正書】
【提出日】平成17年12月6日(2005.12.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＭＤＲ１、ＡＰＯＣ２、ＣＡＣＮＡ１Ｇ、ＥＧＲ４、ＡＲ、ＲＢ１、ＧＰＩｂベータ、ＭＹＯＤ１、ＷＴ１、ＨＬＡ−Ｆ、ＥＬＫ１、ＡＰＣ、ＢＣＬ２、ＣＡＬＣＡ、ＣＤＨ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ１Ｂ（ｐ２７ Ｋｉｐ１）、ＣＤＫＮ２ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＤ４４、ＣＳＰＧ２、ＤＡＰＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＹＡ４、ＧＳＴＰ１、ＧＴＢＰ／ＭＳＨ６、ＨＩＣ−１、ＨＲＡＳ、ＩＧＦ２、ＬＫＢ１、ＭＧＭＴ、ＭＬＨ１、ＭＮＣＡ９、ＭＳＨ３、ＭＹＣ、Ｎ３３、ＰＡＸ６、ＰＧＲ、ＰＴＥＮ、ＲＡＲＢ、ＳＦＮ、Ｓ１００Ａ２、ＴＧＦＢＲ２、ＴＩＭＰ３、ＴＰ５３、ＴＰ７３、ＶＨＬ、ＣＤＫＮ１Ｃ、ＣＡＶ１、ＣＤＨ１３、ＤＲＧ１、ＰＴＧＳ２、ＴＨＢＳ１、ＴＰＥＦ（＝ＴＭＥＦＦ２；＝ＨＰＰ１）、ＤＮＭＴ１、ＣＥＡ、ＭＢ、ＰＣＮＡ、ＣＤＣ２、ＥＳＲ１、ＣＡＳＰ８、ＲＡＳＳＦ１、ＭＳＨ４、ＭＳＨ５を含む遺伝子および／またはそれらの制御領域の群のうち、少なくとも１つの標的核酸を含む、結腸細胞増殖疾患の改良された検出及び区別のための遺伝子パネル。
【請求項２】
標的核酸は、ＡＰＣ、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＶ１、ＣＤ４４、ＣＤＨ１、ＣＤＨ１３、ＣＤＫＮ２ａ、ＣＳＰＧ２、ＤＡＰＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＲ４、ＥＳＲ１、ＧＳＴＰ１、ＧＴＢＰ／ＭＳＨ６、ＨＬＡ−Ｆ、ＩＧＦ２、ＬＫＢ１、ＭＬＨ１、ＭＹＯＤ１、Ｎ３３、ＰＴＥＮ、ＰＴＧＳ２、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ７３、ＴＰＥＦ（＝ＴＭＥＦＦ２；＝ＨＰＰ１）、ＷＴ１およびＥＹＡ４を含む遺伝子および／またはそれらの制御領域の群から選択される、請求項１に記載の遺伝子パネル。
【請求項３】
標的核酸は、ＡＰＣ、ＡＲ、ＢＣＬ２、ＣＡＬＣＡ、ＣＡＶ１、ＣＤ４４、ＣＤＨ１、ＣＤＨ１３、ＣＤＫＮ２ａ、ＣＥＡ、ＣＳＰＧ２、ＤＡＰＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＲ４、ＥＳＲ１、ＧＰＩｂベータ、ＧＳＴＰ１、ＧＴＢＰ／ＭＳＨ６、ＨＩＣ−１、ＨＬＡ−Ｆ、ＩＧＦ２、ＬＫＢ１、ＭＧＭＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ３、ＭＹＣ、ＭＹＯＤ１、Ｎ３３、ＰＣＮＡ、ＰＧＲ、ＰＴＥＮ、ＰＴＧＳ２、ＲＡＲＢ、ＲＡＳＳＦ１、Ｓ１００Ａ２、ＴＧＦＢＲ２、ＴＰ７３、ＴＰＥＦ（＝ＴＭＥＦＦ２；＝ＨＰＰ１）、ＷＴ１およびＥＹＡ４を含む遺伝子および／またはそれらの制御領域の群から選択される、請求項１に記載の遺伝子パネル。
【請求項４】
標的核酸は、ＡＰＣ、ＣＡＶ１、ＣＤ４４、ＣＤＨ１３、ＣＳＰＧ２、ＥＧＦＲ、ＧＳＴＰ１、ＨＬＡ−Ｆ、ＩＧＦ２、Ｎ３３、ＰＴＥＮ、ＰＴＧＳ２、ＴＰ７３、ＴＰＥＦ（＝ＴＭＥＦＦ２；＝ＨＰＰ１）およびＥＹＡ４を含む遺伝子および／またはそれらの制御領域の群から選択される、請求項１に記載の遺伝子パネル。
【請求項５】
前記標的核酸は、ＧＰＩｂベータおよびＣＤＫＮ２ａからなる遺伝子および／または制御領域の群から選択される、請求項１に記載の遺伝子パネル。
【請求項６】
前記標的核酸は、配列番号１３３〜配列番号３８８およびそれらの相補的配列からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか１に記載の遺伝子パネル。
【請求項７】
前記パネルは前記標的核酸のメチル化状態に関連した結腸細胞増殖疾患の分析のための核酸またはペプチド核酸アレイの形態で存在する、請求項１〜６のいずれか１に記載の遺伝子パネル。
【請求項８】
前記アレイの固相表面はシリコーン、ガラス、ポリスチレン、アルミニウム、鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金から構成されることを特徴とする、請求項７に記載のアレイ。
【請求項９】
アレイは、少なくとも１つのオリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマーを含み、該オリゴマーは、配列番号１３３〜配列番号３８８の１つに記載される前処理されたゲノムＤＮＡにハイブリダイズするか同一である少なくとも１０ヌクレオチドの少なくとも１つの塩基配列を含むことを特徴とするオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１０】
オリゴヌクレオチドの塩基配列は、少なくとも１つのＣｐＧまたはＴｐＧジヌクレオチド配列を含む、請求項９に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのＣｐＧまたはＴｐＧジヌクレオチドのシトシンは、オリゴマーの中３分の１に位置する、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１２】
オリゴヌクレオチドの塩基配列は、配列番号５１９〜配列番号１０３０の群から選択される、請求項９〜１１のいずれか１に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１３】
配列番号９８６〜８９５に記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、配列番号８９５〜９０６、９０９〜９１８、９２１〜９２４、９３１、９３２、９４１、９４２、９７１、９７２および９８７〜９９０に記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、配列番号８９５〜９５４、９５７〜９６２、９６５〜９７０、９７５〜９７８、９８１〜９８６および９９１〜１０２８に記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、ならびに配列番号１００５、１００６、１０２９および１０３０に記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチドの群から選択されたオリゴヌクレオチドのセットを含む、請求項９〜１２のいずれか１に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。 
【請求項１４】
下記工程を含む、結腸細胞増殖疾患を検出および区別するための方法；
ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的サンプルを用意し、
ｂ）前記ゲノムＤＮＡを抽出し、
ｃ）処理によって、５位でメチル化されていないゲノムＤＮＡサンプル中のシトシン塩基を、ウラシルまたは塩基対形成挙動の点からシトシンに類似していない他の塩基に変換し、
ｄ）請求項１〜１３のいずれか１に記載のパネルまたはアレイを用意し、そして、
ｅ）該アレイ上で１つまたはそれ以上のシトシン位置のメチル化状態を確認する。
【請求項１５】
試薬は重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩または二亜硫酸塩の溶液であることを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記前処理されたゲノムＤＮＡの断片は、工程（ｄ）の前に、ポリメラーゼチェインリアクション（ＰＣＲ）によって増幅されることを特徴とする、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
長さ１００〜２０００塩基対を有する１０より多い異なった断片が増幅されることを特徴とする、請求項１４〜１６のいずれか１に記載の方法。
【請求項１８】
増幅工程は、配列番号３８９〜配列番号５１８を含むプライマーオリゴヌクレオチドのセットを使用して実施されることを特徴とする、請求項１４〜１７のいずれか１に記載の方法。
【請求項１９】
増幅工程は、バックグランドＤＮＡに対し、結腸組織の特定ゲノムメチル化状態に基づき、健康および／または病的結腸組織において特に問題となるＤＮＡを優先的に増幅することを特徴とする、請求項１４〜１８のいずれか１に記載の方法。
【請求項２０】
前記アレイ上で１つまたはそれ以上のシトシン位置のメチル化状態を確認することは、オリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマーへの各増幅産物のハイブリダイゼーションを含むことを特徴とする、請求項１４〜１９のいずれか１に記載の方法。
【請求項２１】
増幅産物は標識化されていることを特徴とする、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
さらに、増幅産物または増幅産物断片を質量分析法により検出することを含む請求項２１に記載される方法。
【請求項２３】
下記工程を含む結腸細胞増殖疾患を検出および区別するための方法；
ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的サンプルを用意し、
ｂ）該ゲノムＤＮＡを抽出し、
ｃ）請求項１〜６のいずれか１に記載の遺伝子パネルを用意し、
ｄ）該遺伝子パネルのゲノムＤＮＡを１つまたはそれ以上のメチル化感受性制限酵素で分解し、そして
ｅ）工程ｄ）の分解において生じたＤＮＡ断片を検出する。
【請求項２４】
ＤＮＡ分解物は工程ｅ）の前に増幅される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
増幅はポリメラーゼチェインリアクション（ＰＣＲ）によって実施される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
１つより多いＤＮＡ断片の増幅は１つの反応容器中で実施される、請求項２４または２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記方法は、正常結腸組織と結腸細胞増殖疾患組織を区別し、結腸腺腫組織と正常結腸組織を区別し、結腸癌腫組織と正常結腸組織を区別し、または結腸腺腫組織と結腸癌腫組織を区別する、請求項１４〜２６のいずれか１に記載の方法。
【請求項２８】
重亜硫酸塩（＝二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩）試薬ならびに配列番号１３３〜配列番号３８８の１つに記載される前処理されたゲノムＤＮＡにハイブリダイズするか、あるいは同一である少なくとも１０ヌクレオチドの少なくとも１つの塩基配列を含むオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡオリゴマーを含むキット。
【請求項２９】
結腸細胞増殖疾患の素因の検出、サブクラスの区別、診断、予測、治療および／またはモニタリングのための、請求項１〜７のいずれか１に記載される遺伝子パネルまたは請求項８〜１３のいずれか１に記載されるアレイの使用。