【手続補正書】
【提出日】平成18年3月2日(2006.3.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基準ペプチド配列上の複数の潜在的交叉点の適応度を決定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該基準ペプチド配列上の該複数の潜在的交叉点の各々について、検討中の潜在的交叉点を有する複数のキメラの適応度パラメータの複数の個別の値から該適応度パラメータの全体的な値を計算する工程；および
（ｂ）該潜在的交叉点についての該適応度パラメータのそれぞれの該全体的な値に基づき、該基準ペプチド配列の部分的な配列を含むキメラ・ペプチドのための実際の交叉点を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記交叉点が前記基準ペプチド配列の中間点であり、かつ、前記キメラ・ペプチドは、前記交叉点で終了する前記基準配列の部分的な配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記キメラ・ペプチドをコードする、少なくとも１つのキメラ核酸を産生する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つのキメラ核酸の産生が、前記選択された交叉点をコードする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを組換える工程を包含する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記選択された交叉点をコードする前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが２つの部分的な配列を含み、１つの部分的な配列が１つの親ペプチドの部分的な配列をコードし、かつ別の部分的な配列が別の親ペプチドの部分的な配列をコードし、該２つの部分的な配列が該選択された交叉に対応する該オリゴヌクレオチド中のある位置で合同する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記親ペプチドの１つが、前記基準ペプチド配列を含む配列を有する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
他方の親ペプチドが、前記基準ペプチド配列をコードする遺伝子を含む遺伝子ファミリー由来の核酸によってコードされる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記適応度パラメータが、ペプチドの結合特性を増強するか、または低減させるキメラ対立遺伝子の能力の尺度を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記適応度パラメータが、ポリペプチドの折り畳みを保存するかまたは改善する、キメラ対立遺伝子の能力の尺度を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記検討中の潜在的交叉点を有するキメラ配列について、前記適応度パラメータの個別の値を計算する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記適応度パラメータの前記個別の値を計算する、請求項１０に記載の方法であって、該方法は、以下：
（ｉ）前記キメラ配列を前記基準ペプチド配列に整列させる工程；
（ｉｉ）接触マップから前記キメラの接触残基を同定する工程；および
（ｉｉｉ）前記キメラの接触残基について、残基間ポテンシャルを合計する工程、
を包含する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記接触マップが、前記基準ペプチド中の残基の立体配置である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記基準ペプチド配列が、天然に存在するペプチドの配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記基準ペプチド配列が、組換えまたは突然変異誘発手順により同定された非天然ペプチドの配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
（ｂ）が、前記基準ペプチド配列の部分的な配列を含む複数のキメラ・ペプチドのための複数の交叉点を選択する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数のキメラ・ペプチドを含むペプチドのライブラリーを産生する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ライブラリーの１つ以上のペプチドが、１つ以上のペプチドを発現する工程を包含する方法によって産生される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１５に記載の方法であって、該方法は、以下：
（ｉ）前記ペプチドのライブラリーの選択されたメンバーを発現し得る発現系を提供する工程；
（ｉｉ）該発現系に、該ペプチドのライブラリーの選択されたメンバーをコードするポリヌクレオチドをクローニングする工程；および
（ｉｉｉ）該ペプチドのライブラリーの選択されたメンバーを発現する工程、
をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記選択された実際の交叉点と、前記交叉点で終了する、前記基準配列の少なくとも１つの部分的な配列とを各々有する複数のキメラ・ペプチドを同定する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
基準ペプチド配列上の複数の潜在的交叉点の適応度を決定するためのプログラム命令を提供する機械可読媒体を含むコンピューター・プログラム製品であって、
該プログラム命令は、以下：
（ａ）該基準ペプチド配列上の該複数の潜在的交叉点の各々について、検討中の潜在的交叉点を有する該複数のキメラの適応度パラメータの複数の個別の値から適応度パラメータの全体的な値を計算するためのコード；および
（ｂ）該潜在的交叉点についての該適応度パラメータのそれぞれの該全体的な値に基づき、該基準ペプチド配列の部分的な配列を含むキメラ・ペプチドのための実際の交叉点を選択するためのコード、
を含む、製品。
【請求項２１】
前記交叉点が前記基準ペプチド配列の中間点であり、かつ、前記キメラ・ペプチドは、前記交叉点で終了する前記基準配列の部分的な配列を含む、請求項２０に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２２】
前記適応度パラメータが、ペプチドの結合特性を増強するか、または低減させるキメラ対立遺伝子の能力の尺度を含む、請求項２０に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２３】
前記適応度パラメータが、ポリペプチドの折り畳みを保存するか、または改善するキメラ対立遺伝子の能力の尺度を含む、請求項２０に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２４】
前記検討中の潜在的交叉点を有するキメラ配列に関して、前記適応度パラメータの個別の値を計算するためのコードをさらに含む、請求項２０に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２５】
請求項２４に記載のコンピューター・プログラム製品であって、前記適応度パラメータの前記個別の値を計算するための前記コードが、以下：
（ｉ）前記キメラ配列を前記基準ペプチド配列に整列させるためのコード；
（ｉｉ）接触マップから前記キメラの接触残基を同定するためのコード；および
（ｉｉｉ）前記キメラの接触残基に関する、残基間ポテンシャルを合計するためのコードを含むことを特徴とする請求項２４に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２６】
前記接触マップが前記基準ペプチド中の残基の立体配置であることを特徴とする請求項２５に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２７】
（ｂ）が、前記基準ペプチド配列の部分的な配列を含む複数のキメラ・ペプチドのための複数の交叉点を選択するためのコードを含むことを特徴とする、請求項２０に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２８】
前記複数のキメラ・ペプチドを含むペプチドのライブラリーを同定するためのコードをさらに含む、請求項２７に記載のコンピューター・プログラム製品。
【請求項２９】
前記選択された実際の交叉点と、前記交叉点で終了する、前記基準配列の少なくとも１つの部分的な配列とを各々有する複数のキメラ・ペプチドを同定するためのコードをさらに含む、請求項２０のコンピューター・プログラム製品。
【請求項３０】
コンピューターで実行する、２つ以上の潜在的交叉点の適応度を決定する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）基準ペプチド配列中に第１の潜在的交叉点を同定する工程；
（ｂ）前記基準ペプチド配列からの１つの部分的な配列と、異なった配列からの別の部分的な配列とを含み、かつそれらによる前記潜在的交叉点を有する第１のキメラ配列を生成する工程；
（ｃ）前記基準ペプチド配列に関する接触マップに、第１のキメラ配列を適用する工程；（ｄ）前記接触マップを用いて選択された、第１のキメラ配列中の残基間相互作用から適応度パラメータの値を計算する工程；
（ｅ）１つ以上の追加キメラ配列に関し（ｂ）〜（ｄ）を反復する工程；
（ｆ）（ｂ）〜（ｅ）で検討したキメラ配列の各々に関して、前記適応度パラメータの値から全体的な適応度の値を計算する工程；
（ｇ）前記基準ペプチド配列中に第２の潜在的交叉を同定する工程；および
（ｈ）前記第２の潜在的交叉点に関して、（ｂ）〜（ｆ）をおこなう工程を包含する方法。
【請求項３１】
複数の追加潜在的交叉点に関して、（ａ）〜（ｆ）を反復する工程をさらに包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
１つ以上のペプチドの生産における使用のために、複数の潜在的交叉点から１つ以上の交叉点を、全体的な適応度の値に基づいて、複数の潜在的適応度の値に関して選択する工程をさらに包含する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
２個以上の生体分子の間の交叉点を選択する方法であって、該方法が、以下：ｉ）基準生体分子の基準配列を提供する工程；
ｉｉ）前記基準配列に関して、接触マップを作成する工程；
ｉｉｉ）第１の生体分子の第１の配列と、第２の生体分子の第２の配列を提供し、それらの間で１つ以上の交叉点が決定される工程；
ｉｖ）第１の配列および第２の配列を基準配列と整列する工程；
ｖ）第１の配列からの部分配列を、第２の配列からの部分配列と交換し、前記部分配列が選択された交叉点で終了するようなキメラ生体分子配列を作製する工程；
ｖｉ）前記接触マップと前記キメラ生体分子配列を比較し、前記キメラ生体分子配列中に、前記基準生体分子の前記接触マップ中の近位要素に対応する２つ以上の要素を選択する工程；ならびに
ｖｉｉ）選択された要素を得点する工程
を包含し、得点が、前記キメラ生体分子配列が前記基準生体分子と同一、または類似の特性を有する可能性の尺度を提供することを特徴とする、方法。
【請求項３４】
前記生体分子がポリペプチドまたはタンパク質を含み、かつ前記要素がアミノ酸残基を含むことを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記生体分子が核酸を含み、かつ前記要素がヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記基準配列が前記第１の配列であることを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記接触マップを作成する工程が、前記生体分子中の要素の１つ以上の間隔を決定し、相互の有意な距離内に２つ以上の近位要素を同定する工程を包含することを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記有意な距離の範囲が約２オングストロームから約６．５オングストロームであることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記有意な距離が約４．５オングストローム未満であることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記第１の配列および前記第２の配列を提供する工程が、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムおよび初期パラメータを用いて決定されるような、アミノ酸配列、または核酸配列を提供し、約６０％以下のアミノ酸配列同一性を有する２つのタンパク質を得る工程を包含することを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項４１】
前記基準生体分子と同一、または類似の特性が、酵素活性、またはタンパク質安定性を含むことを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項４２】
スコアリングが、前記キメラ生体分子配列中の前記２つ以上の選択された要素の前記接触エネルギーを計算する工程を包含することを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項４３】
前記接触エネルギーがＭｉｙａｚａｗａ−Ｊｅｒｎｉｇａｎエネルギー・マトリックスを用いて計算されることを特徴とする、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
スコアリングが三角形輪郭プロットにおけるスコアの提示が含まれることを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項４５】
１つ以上のキメラ生体分子を合成する工程をさらに包含する、請求項３３に記載の方法。
【請求項４６】
前記１個以上のキメラ生体分子を合成する工程が、１つ以上の組換え構築物を提供する工程を包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記１個以上のキメラ生体分子を合成する工程が、２つ以上の親配列に１つ以上の組換え操作を行い、それによって、前記キメラ生体分子をコードする１つ以上の組換え構築物を作製する工程を包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
１つ以上のキメラ生体分子をアッセイする工程をさらに包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
コンピューター・コードを含むコンピューター読み込み可能な媒体であって、前記コンピューター・コードが、
ｉ）基準生体分子の基準配列を入力し；
ｉｉ）前記基準配列に関する接触マップを作成し；
ｉｉｉ）第１の配列および第２の配列を基準配列と整列させ；
ｉｖ）第１の配列上の第１の交叉部位および第２の交叉部位を含む部分配列を、第２の配列に由来する対応する部分配列で交換してキメラ配列を作製し；
ｖ）前記接触マップと前記キメラ配列とを比較して、前記接触マップの近位要素に対応する２つ以上の要素を、前記キメラ・アミノ酸配列の中で選択し；そして
ｖｉ）選択された要素を得点する
ことを特徴とするコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５０】
前記コンピューター・コードがまた、少なくとも１つの追加交叉部位に関してｉｖ）〜ｖｉ）を反復することを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５１】
（ｉ）が、既知の生体分子のアミノ酸配列を提供する工程、または前記既知の生体分子をコードする核酸配列を提供する工程を包含する請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５２】
核酸データベースまたは、生体分子データベースに尋ねる工程が入力に包含されることを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５３】
接触マップを作成する工程が、前記基準生体分子の結晶モデルまたはＮＭＲモデルからアミノ酸間隔を決定し、相互に有意な距離内にある残基を同定する工程を包含する工程を特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５４】
前記接触マップを作成する工程が、前記基準生体分子のタンパク質折り畳み分析からアミノ酸間隔を決定し、相互に有意な距離内にある残基を同定する工程を包含することを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５５】
前記有意な距離がアミノ酸間相互作用の特性によって変化することを特徴とする、請求項５４に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５６】
前記有意な距離が約４．５オングストローム未満であることを特徴とする、請求項５４に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５７】
前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列を整列する工程が、核酸データベースまたはタンパク質データベースに尋ねる工程を包含することを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５８】
前記スコアリングに、キメラ・アミノ酸配列中の１対のアミノ酸の接触エネルギーを計算する工程を包含し、その対の残基が、前記接触マップで接触している残基に対応することを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項５９】
スコアリングが、前記接触マップで接触している残基に対応する、前記キメラ・アミノ酸配列中の全残基の接触エネルギーを合計する工程を包含することを特徴とする請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項６０】
スコアリングが、Ｍｉｙａｚａｗａエネルギー・マトリックスを用いて、相互作用する残基の接触エネルギーを計算する工程を包含することを特徴とする、請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項６１】
スコアリングが、グラフィカル・ユーザー・インターフェースでユーザーに得点を提示する工程を包含することを特徴とする、請求項４９に記載の任意の１つのコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項６２】
スコアリングが、三角プロットで得点を提示する工程を包含することを特徴とする、請求項４９の任意の１つのコンピューター読み込み可能な媒体。
【請求項６３】
交叉部位を査定するための融合システムであって、該融合システムが、以下：
請求項４９に記載のコンピューター読み込み可能な媒体；および
グラフィック・インターフェース
を含む、融合システム。