【手続補正書】
【提出日】平成18年1月6日(2006.1.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖ポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する条件下で接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドへの特異的結合のない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程、
を含む、塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する方法。
【請求項２】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖オリゴヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する条件下で接触させる工程； 
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合していない二本鎖オリゴヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖オリゴヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖オリゴヌクレオチドを精製する工程；および、
（ｅ）前記精製した塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖オリゴヌクレオチドを互いに連結し、それによって、塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを生成する工程、
を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドをアッセンブルして塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを作製する方法。
【請求項３】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖オリゴヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチドを互いに連結して二本鎖ポリヌクレオチドを生成する工程；
（ｄ）工程（ｃ）の二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｃ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合し得る条件下で接触させる工程；
（ｅ）工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合しない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程、
を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドをアッセンブルして塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを作製する方法。
【請求項４】
（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）融合タンパク質をコードする複数の二本鎖ポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程であって、前記融合タンパク質をコードする配列が対象配列をマーカーポリペプチドまたは選抜ポリペプチドをコードする配列の上流にインフレームで含んでいる、前記工程；
（ｃ）工程（ｂ）のポリヌクレオチドを、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ、および／または、ヌクレオチドギャップに特異的に結合し得る条件下で、工程（ａ）のポリペプチドと接触させる工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合しない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖オリゴヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程；
（ｅ）前記精製されたポリヌクレオチドを発現させ、前記選抜マーカーポリペプチドを発現するポリヌクレオチドを選抜し、それによって、塩基対ミスマッチ無し、挿入／欠失ループ無し、および／または、ヌクレオチドギャップ無しの二本鎖ポリペプチドコード配列を生成する工程、
を含む、塩基対ミスマッチ無し、挿入／欠失ループ無し、および／または、ヌクレオチドギャップ無しの二本鎖ポリペプチドコード配列を作製する方法。
【請求項５】
ジコドンビルディングブロックを含むオリゴヌクレオチドのライブラリーであって、複数の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを含み、夫々のオリゴヌクレオチドメンバーがタンデムの二つのコドン（ジコドン）及びジコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含むことを特徴とする前記ライブラリー。
【請求項６】
（ａ）請求項１記載のコドンビルディングブロックオリゴヌクレオチドのライブラリーを提供する工程；
（ｂ）基体表面を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のライブラリーの第１のオリゴヌクレオチドメンバーを工程（ｂ）の基体表面に固定化し、IIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させる、または、工程（ａ）のライブラリーの第１のオリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させ、コドンと反対側のオリゴヌクレオチド端で工程（ｂ）の基体表面に固定化する工程；
（ｄ）工程（ａ）のライブラリーの第２のオリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させる工程；および、
（ｅ）工程（ｄ）の消化された第２のオリゴヌクレオチドメンバーと工程（ｃ）の固定化された第１のオリゴヌクレオチドメンバーと、前記第１及び第２のオリゴヌクレオチドの相補的な一本鎖塩基オーバーハングが対を形成し得る条件下で接触させ、前記第２のオリゴヌクレオチドを前記第１のオリゴヌクレオチドに連結させる工程、
を含む、ジコドンビルディングブロックの反復アッセンブルによってコドンを含むポリヌクレオチドを構築する方法。
【請求項７】
下記の成分：
(a)請求項１記載のオリゴヌクレオチドメンバーを含むライブラリー、及び
(b)基質表面に固定化された工程(a)の複数のオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーを含む基質表面、
を含む、コドンビルディングブロックの反復アッセンブルによるコドンを含むポリヌクレオチドを構築するための多重系。
【請求項８】
複数の抗原結合ポリペプチドをコードするキメラ核酸のライブラリーであって、以下の工程を含む方法によって作製される前記ライブラリー：
（ａ）ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン（Vλ）またはカッパ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン（Vκ）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｂ）J領域ポリペプチドドメイン（VJ）をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン（Cλ）またはカッパ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン（Cκ）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）の核酸、工程（ｃ）の核酸および工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドを、前記工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドが前記工程（ａ）の核酸および前記工程（ｃ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸を生成する工程、および前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
【請求項９】
複数のキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするキメラ核酸のライブラリーであって、以下の工程を含む方法によって作製される前記ライブラリー：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程、および、前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
【請求項１０】
(a)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする核酸を提供する工程、
(b)Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供する工程、
(c)ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする核酸を提供する工程、
(d)工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(b)のオリゴヌクレオチドを、工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれるように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成する工程、
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドの作製方法。
【請求項１１】
(a)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする複数の核酸を用意する工程、
(b)Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを用意する工程、
(c)ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする複数の核酸を用意する工程、
(d)工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(b)のオリゴヌクレオチドを、工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれるように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成し、この結合工程を繰り返してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コーディング配列のライブラリーを生成する工程
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーの製造方法。
【請求項１２】
以下の工程を含む、キメラ抗原結合ポリペプチドの作製方法：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン（VH）を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン（CH）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程。
【請求項１３】
以下の工程を含むキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーを作製する方法：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン（VH）を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン（CH）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程、および、前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
【請求項１４】
以下の工程を含むキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーを作製する方法：
（ａ）請求項２記載の方法によってキメラ抗原結合ポリペプチドをコードする複数のV-J-Cキメラ核酸を提供する工程；
（ｂ）複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程であって、前記各オリゴヌクレオチドは工程（ａ）のキメラ核酸に相同な配列を含み、それによって前記キメラ核酸の特異的配列をターゲティングし、および、前記キメラ核酸の変種である配列を含み；
（ｃ）工程（ａ）のキメラ核酸を工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドで複製することによって非確率論的変種を含む数ｎ（ｎは整数）の子孫ポリヌクレオチドを生成し、それによってキメラ抗原結合ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する工程。
【請求項１５】
(a)(i)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする核酸を提供し、Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする核酸を提供し、工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(d)のオリゴヌクレオチドを一緒に連結して（工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれる）キメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成することを含む方法によりつくられるキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするｘ個のV-J-Cキメラ核酸、又は(ii)抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)をコードする核酸を提供し、Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、(d)重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)をコードする核酸を提供し、工程(a)の核酸、工程(d)の核酸並びに工程(b)及び工程(c)のオリゴヌクレオチドを一緒に連結して（工程(b)及び工程(c)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(d)の核酸の間に置かれる）キメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成することを含む方法によりつくられるキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするｘ個のV-D-J-Cキメラ核酸を提供する工程、
(b)ｙ個のビルディングブロックポリヌクレオチドを用意する工程（ｙは整数であり、ビルディングブロックポリヌクレオチドは前もって決められた配列で工程(a)のキメラ核酸とクロスオーバー再アッセンブルするように設計され、かつキメラ核酸の変種である配列及びその変種配列に隣接するキメラ核酸に相同な配列を含む）、及び
(c)少なくとも一つのビルディングブロックポリヌクレオチドを少なくとも一つのキメラ核酸と組み合わせ、その結果、ビルディングブロックポリヌクレオチドがキメラ核酸とクロスオーバー再アッセンブルして非確率的子孫キメラポリヌクレオチドを生成し、それによりキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのライブラリーを生成する工程、
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーの製造方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９４】
遺伝子ワクチン投与に使用されるベクターはウイルス又は非ウイルスであってもよい。ウイルスベクターは通常ウイルスの成分として患者に導入される。例示のベクターとして、例えば、アデノウイルスをベースとするベクター（Cantwell (1996) Blood 88:4676-4683; Ohashi (1997) Proc. Natl. Acad. Sci USA 94:1287-1292）、エプスタイン・バールウイルスをベースとするベクター（Mazda (1997) J. Immunol. Methods 204:143-151）、アデノウイルス関連ウイルスベクター、シンドビスウイルスベクター（Strong (1997) Gene Ther. 4:624-627）、単純ヘルペスウイルスベクター（Kennedy (1997) Brain 120:1245-1259）及びレトロウイルスベクター（Schubert (1997) Curr. Eye Res. 16:656-662）が挙げられる。非ウイルスベクター、典型的にはdsDNAは裸のDNAとして導入でき、又は導入増進ビヒクル、例えば、受容体認識タンパク質、リポソーム、リポアミン、もしくは陽イオン脂質と混在して導入し得る。このDNAは当業界で公知の種々の技術を使用して細胞に導入し得る。例えば、裸のDNAは細胞膜と融合し、又はエンドサイトーシスされるリポソームの使用により、即ち、エンドサイトーシスをもたらす細胞の表面膜タンパク質受容体に結合する、リポソームに結合され、又はDNAに直接結合されたリガンドを使用することにより送出し得る。また、細胞は透過可能にされて、宿主細胞を損傷しないで、細胞へのDNAの輸送を増進し得る。DNAを細胞に輸送することが知られているDNA結合タンパク質、例えば、HBGF-1を使用することができる。更に、DNAは機械的手段、例えば、圧力により送出されるDNAで被覆された金又はその他の粒子による皮膚の衝撃により送出し得る。裸のDNAを細胞に送出するためのこれらの操作がin vivoで有益である。例えば、特にリポソーム表面が標的細胞に特異的なリガンドを有し、又はそれ以外の点で特定の器官に優先的に誘導される場合に、リポソームを使用することにより、in vivoの標的細胞／器官へのDNAの導入を提供し得る。
本発明の具体的な実施態様のいくつかの例は以下のとおりである。
（１）（ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖ポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する条件下で接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドへの特異的結合のない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程、
を含む、塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する方法。
（２）二本鎖ポリヌクレオチドが二本鎖オリゴヌクレオチドを含む、（１）記載の方法。
（３）二本鎖ポリヌクレオチドが３〜約300塩基対の長さである、（１）記載の方法。
（４）二本鎖ポリヌクレオチドが10〜約200塩基対の長さである、（３）記載の方法。
（５）二本鎖ポリヌクレオチドが50〜約150塩基対の長さである、（４）記載の方法。
（６）塩基対ミスマッチがC:Tミスマッチを含む、（１）記載の方法。
（７）塩基対ミスマッチがG:Aミスマッチを含む、（１）記載の方法。
（８）塩基対ミスマッチがC:Aミスマッチを含む、（１）記載の方法。
（９）塩基対ミスマッチがG:U/Tミスマッチを含む、（１）記載の方法。
（１０）二本鎖ポリヌクレオチド内の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又はヌクレオチドギャップに特異的に結合するポリペプチドがDNA修復酵素を含む、（１）記載の方法。
（１１）DNA修復酵素がバクテリアのDNA修復酵素である、（１０）記載の方法。
（１２）バクテリアのDNA修復酵素がMutS DNA修復酵素を含む、（１１）記載の方法。
（１３）MutS DNA修復酵素がTaq MutS DNA修復酵素を含む、（１２）記載の方法。
（１４）バクテリアのDNA修復酵素がFpg DNA修復酵素を含む、（１１）記載の方法。
（１５）バクテリアのDNA修復酵素がMutY DNA修復酵素を含む、（１１）記載の方法。
（１６）バクテリアのDNA修復酵素がhexA DNAミスマッチ修復酵素を含む、（１１）記載の方法。
（１７）バクテリアのDNA修復酵素がVsrミスマッチ修復酵素を含む、（１１）記載の方法。
（１８）DNA修復酵素が哺乳動物DNA修復酵素である、（１０）記載の方法。
（１９）DNA修復酵素がG:U/Tミスマッチの塩基切除修復を開始するDNAグリコシラーゼである、（１０）記載の方法。
（２０）DNAグリコシラーゼがバクテリアのミスマッチ特異的ウラシル-DNAグリコシラーゼ(MUG)DNA修復酵素を含む、（１９）記載の方法。
（２１）  DNAグリコシラーゼが真核生物のチミン-DNAグリコシラーゼ(TDG)酵素を含む、（１９）記載の方法。
（２２）塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ又はヌクレオチドギャップに特異的に結合するポリペプチドが更にビオチン分子を含む、（１）記載の方法。
（２３)  塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ又はヌクレオチドギャップに特異的に結合するポリペプチドが更に抗体により特異的に結合され得るエピトープを含む分子を含む、（１）記載の方法。
（２４)  挿入／欠失ループがステム-ループ構造を含む、（１）記載の方法。
（２５)  挿入／欠失ループが単一塩基対ミスマッチを含む、（１）記載の方法。
（２６)  挿入／欠失ループが二つの連続の塩基対ミスマッチを含む、（２５）記載の方法。
（２７)  挿入／欠失ループが三つの連続の塩基対ミスマッチを含む、（２６）記載の方法。
（２８)  工程（ｄ）において工程（ａ）のポリペプチドへの特異的結合のない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合する二本鎖ポリヌクレオチドから分離することが抗体の使用を含み、前記抗体は、前記特異的に結合したポリペプチドに特異的に結合するまたは前記特異的に結合したポリペプチドに特異的に結合したエピトープに特異的に結合することができ、前記特異的に結合したポリペプチドに前記抗体が特異的に結合する条件の下、または、前記特異的に結合したポリペプチドに結合したエピトープに前記抗体が特異的に結合する条件の下で、前記抗体が前記特異的に結合したポリペプチドと接触する、（１）記載の方法。
（２９)  抗体が固定化抗体である、（２８）記載の方法。
（３０)  抗体がビーズ又は磁化粒子に固定される、（２９）記載の方法。
（３１)  抗体が磁化ビーズに固定される、（３０）記載の方法。
（３２)  抗体がイムノアッセイカラム中で固定され、かつ固定化抗体が特異的に結合したポリペプチド又は特異的に結合したポリペプチドに結合されたエピトープに特異的に結合することができる条件下で、サンプルがイムノアフィニティーカラムに通される、（２９）記載の方法。
（３３)  工程（ｄ）において工程（ａ）のポリペプチドへの特異的結合のない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドから分離することがアフィニティーカラムの使用を含み、前記カラムは前記特異的に結合したポリペプチドに連結されたタグに特異的に結合し得る固定化された結合分子を含み、前記固定化抗体が前記特異的に結合したポリペプチドに連結したタグに特異的に結合し得る条件下でサンプルが前記アフィニティーカラムを通過する、（１）記載の方法。
（３４)  固定化結合分子がアビジンを含み、かつ特異的に結合されたポリペプチドに結合されたタグがビオチンを含む、（３３）記載の方法。
（３５)  工程(d)の工程(a)のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドからの工程(a)の特異的に結合されたポリペプチドを欠いている二本鎖ポリヌクレオチドの分離がサイズ排除カラムの使用を含む、（１）記載の方法。
（３６)  サイズ排除カラムがスピンカラムを含む、（３５）記載の方法。
（３７)  工程(d)の工程(a)のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドからの工程(a)の特異的に結合されたポリペプチドを欠いている二本鎖ポリヌクレオチドの分離がサイズ排除ゲルの使用を含む、（１）記載の方法。
（３８)  サイズ排除ゲルがアガロースゲルを含む、（３７）記載の方法。
（３９)  二本鎖ポリヌクレオチドがポリペプチドコーディング配列を含む、（１）記載の方法。
（４０)  ポリペプチドコーディング配列が融合タンパク質コーディング配列を含む、（３９）記載の方法。
（４１)  融合タンパク質がインテインの上流に目的ポリペプチドを含み、インテインがポリペプチドをコードする、（４０）記載の方法。
（４２)  インテインポリペプチドが抗体又はリガンドを含む、（４１）記載の方法。
（４３)  インテインポリペプチドが酵素を含む、（４１）記載の方法。
（４４)  酵素がLac Zを含む、（４３）記載の方法。
（４５)  インテインポリペプチドがポリペプチド選抜可能マーカーを含む、（４３）記載の方法。
（４６)  ポリペプチド選抜可能マーカーが抗生物質を含む、（４５）記載の方法。
（４７)  抗生物質がカナマイシン、ペニシリン又はハイグロマイシンを含む、（４６）記載の方法。
（４８)    （ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖オリゴヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する条件下で接触させる工程； 
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合していない二本鎖オリゴヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖オリゴヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖オリゴヌクレオチドを精製する工程；および、
（ｅ）前記精製した塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖オリゴヌクレオチドを互いに連結し、それによって、塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを生成する工程、
を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドをアッセンブルして塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを作製する方法。
（４９)  オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチドのライブラリーを含む、（４８）記載の方法。
（５０)  オリゴヌクレオチドが二本鎖オリゴヌクレオチドのライブラリーを含む、（４９）記載の方法。
（５１）  オリゴヌクレオチドマルチコドンビルディングブロックのライブラリーが複数の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを含み、夫々のオリゴヌクレオチドメンバーがタンデムに少なくとも二つのコドン及びマルチコドンの5’末端および3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含む、（４９）記載の方法。
（５２)    （ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）複数の二本鎖オリゴヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の二本鎖オリゴヌクレオチドを互いに連結して二本鎖ポリヌクレオチドを生成する工程；
（ｄ）工程（ｃ）の二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドと、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｃ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合し得る条件下で接触させる工程；
（ｅ）  工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合しない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖ポリヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程、
を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドをアッセンブルして塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを作製する方法。
（５３）  二本鎖オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチドマルチコドンビルディングブロックのライブラリーを含み、そのライブラリーが複数の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを含み、夫々のオリゴヌクレオチドメンバーがタンデムの少なくとも二つのコドン及びマルチコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含む、（５２）記載の方法。
（５４)  61固定化スターターオリゴヌクレオチド、夫々の可能なアミノ酸コーディングトリプレットのための一つのオリゴヌクレオチドの組を用意し、オリゴヌクレオチドが基質に固定され、かつIIS型制限エンドヌクレアーゼにより生成された一本鎖オーバーハングに相当する一本鎖オーバーハングを有し、又は、オリゴヌクレオチドが基質に遠位のIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含み、一本鎖オーバーハングがIIS型制限エンドヌクレアーゼによる消化により生成され；工程(a)のライブラリーからの第二オリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングを生成し、第一オリゴヌクレオチド及び第二オリゴヌクレオチドの相補一本鎖塩基オーバーハングが対合し得る条件下でその消化された第二オリゴヌクレオチドメンバーを固定化第一オリゴヌクレオチドメンバーに接触させ、第二オリゴヌクレオチドを第一オリゴヌクレオチドにつなぎ、それにより二本鎖ポリヌクレオチドを生成することを更に含む、（５３）記載の方法。
（５５)    （ａ）二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップに特異的に結合する複数のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）融合タンパク質をコードする複数の二本鎖ポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程であって、前記融合タンパク質をコードする配列が対象配列をマーカーポリペプチドまたは選抜ポリペプチドをコードする配列の上流にインフレームで含んでいる、前記工程；
（ｃ）工程（ｂ）のポリヌクレオチドを、工程（ａ）のポリペプチドが工程（ｂ）の二本鎖ポリヌクレオチド中の塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ、および／または、ヌクレオチドギャップに特異的に結合し得る条件下で、工程（ａ）のポリペプチドと接触させる工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合しない二本鎖ポリヌクレオチドを工程（ａ）のポリペプチドが特異的に結合した二本鎖オリゴヌクレオチドから分離し、それによって塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループおよび／またはヌクレオチドギャップを欠く二本鎖ポリヌクレオチドを精製する工程；
（ｅ）前記精製されたポリヌクレオチドを発現させ、前記選抜マーカーポリペプチドを発現するポリヌクレオチドを選抜し、それによって、塩基対ミスマッチ無し、挿入／欠失ループ無し、および／または、ヌクレオチドギャップ無しの二本鎖ポリペプチドコード配列を生成する工程、
を含む、塩基対ミスマッチ無し、挿入／欠失ループ無し、および／または、ヌクレオチドギャップ無しの二本鎖ポリペプチドコード配列を作製する方法。
（５６)  マーカー又は選抜ポリペプチドが自己スプライシングインテインを含み、かつ目的ポリペプチドの上流からのマーカー又は選抜ポリペプチドの自己スプライシング切り出しを更に含む、（５５）記載の方法。
（５７)  マーカー又は選抜ポリペプチドが酵素を含む、（５５）記載の方法。
（５８)  酵素がLac Zを含む、（５７）記載の方法。
（５９)  マーカー又は選抜ポリペプチドが抗生物質を含む、（５８）記載の方法。
（６０)  抗生物質がカナマイシン、ペニシリン又はハイグロマイシンを含む、（５９）記載の方法。
（６１)  精製二本鎖ポリヌクレオチドが塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又はヌクレオチドギャップを95％含まない、（１）記載の方法。
（６２)  精製二本鎖ポリヌクレオチドが塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又はヌクレオチドギャップを98％含まない、（６１）記載の方法。
（６３)  精製二本鎖ポリヌクレオチドが塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又はヌクレオチドギャップを99％含まない、（６２）記載の方法。
（６４)  精製二本鎖ポリヌクレオチドが塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又はヌクレオチドギャップを完全に含まない、（６３）記載の方法。
（６５)  遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)を含む方法により操作されたポリヌクレオチドを精製することを含む、（１）記載の方法。
（６６)  合成連結反応再アッセンブル(SLR)を含む方法により操作されたポリヌクレオチドを精製することを含む、（１）記載の方法。
（６７)  遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、段階的核酸再アッセンブル、エラー-プローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド誘導突然変異誘発、アッセンブルPCR、セクシュアルPCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、リカーシブ・アンサンブル突然変異誘発、指数的アンサンブル突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再アッセンブル、合成連結反応再アッセンブル(SLR)及びこれらの組み合わせからなる群から選ばれた方法により操作されたポリヌクレオチドを精製することを含む、（１）記載の方法。
（６８)  組換え、リカーシブ配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二重らせん突然変異誘発、点ミスマッチ修復突然変異誘発、修復不全宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性遺伝子突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限-選抜突然変異誘発、制限-精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー生成及びこれらの組み合わせからなる群から選ばれた方法により操作されたポリヌクレオチドを精製することを含む、（１）記載の方法。
（６９)  合成ポリヌクレオチドを含む二本鎖核酸を精製することを含む、（１）記載の方法。
（７０)  合成ポリヌクレオチドが親配列又は天然配列と同じである、（６９）記載の方法。
（７１)  その方法が合成ポリヌクレオチド、組換え生成された核酸又は単離された核酸を含む二本鎖核酸を精製することを含む、（１）記載の方法。
（７２)  ポリヌクレオチドが遺伝子を含む、（７１）記載の方法。
（７３)  ポリヌクレオチドが染色体を含む、（７２）記載の方法。
（７４)  遺伝子が更に経路を含む、（７２）記載の方法。
（７５)  遺伝子が調節配列を含む、（７２）記載の方法。
（７６)  調節配列がプロモーター又はエンハンサーを含む、（７５）記載の方法。
（７７)  ポリヌクレオチドがポリペプチドコーディング配列を含む、（７１）記載の方法。
（７８)  ポリペプチドが酵素、抗体、受容体、ニューロペプチド、ケモキン、ホルモン、シグナル配列、又は構造遺伝子である、（７７）記載の方法。
（７９)  ポリヌクレオチドが非コーディング配列を含む、（７１）記載の方法。
（８０)  ポリヌクレオチドがDNA、RNA又はこれらの組み合わせを含む、（１）記載の方法。
（８１)  塩基対ミスマッチ、挿入／欠失ループ及び／又は一つ以上のヌクレオチドギャップを90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％又は100％即ち完全に含まない二本鎖DNA又はRNAのサンプル又は“バッチ”が生成される、（８０）記載の方法。
（８２)  二本鎖ポリヌクレオチドがiRNAを含む、（１）記載の方法。
（８３)  二本鎖ポリヌクレオチドがDNAを含む、（１）記載の方法。
（８４)  DNAが遺伝子を含む、（８３）記載の方法。
（８５）  DNAが染色体を含む、（８４）記載の方法。
（８６）  ジコドンビルディングブロックを含むオリゴヌクレオチドのライブラリーであって、複数の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを含み、夫々のオリゴヌクレオチドメンバーがタンデムの二つのコドン（ジコドン）及びジコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含むことを特徴とする前記ライブラリー。
（８７)  ライブラリーが全ての可能なコドンダイマー（ジコドン）組み合わせを含むオリゴヌクレオチドメンバーを含む、（８６）記載のライブラリー。
（８８)  オリゴヌクレオチドメンバーが4096の可能なコドンダイマー（ジコドン）組み合わせを含む、（８６）記載のライブラリー。
（８９)  コドンがプロモーター、エンハンサー、調節モチーフ非コーディング配列、テロメア又は構造非コーディング配列をコードする、（８６）記載のライブラリー。
（９０）  ジコドンの5’末端のIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列がジコドンの3’末端のIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列とは異なる、（８６）記載のライブラリー。
（９１)  IIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列が、オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に３塩基一本鎖オーバーハングを生成する制限エンドヌクレアーゼに特異的である、（８６）記載のライブラリー。
（９２)  制限エンドヌクレアーゼがSapI制限エンドヌクレアーゼ又はそのイソ制限酵素を含む、（９１）記載のライブラリー。
（９３)  制限エンドヌクレアーゼがEarI制限エンドヌクレアーゼ又はそのイソ制限酵素を含む、（９１）記載のライブラリー。
（９４)  IIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列が、オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に２塩基一本鎖オーバーハングを生成する制限エンドヌクレアーゼに特異的である、（８６）記載のライブラリー。
（９５)  制限エンドヌクレアーゼがBseRI、BsgI及びBpmIからなる群から選ばれる、（９４）記載のライブラリー。
（９６)  IIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列が、オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に１塩基一本鎖オーバーハングを生成する制限エンドヌクレアーゼに特異的である、（８６）記載のライブラリー。
（９７)  制限エンドヌクレアーゼがN.AlwI及びN.BstNBIからなる群から選ばれる、（96）記載のライブラリー。
（９８)  IIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列が、オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時にIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列の両側で切断する制限エンドヌクレアーゼに特異的である、（８６）記載のライブラリー。
（９９)  制限エンドヌクレアーゼがBcgI、BsaXI及びBspCNIからなる群から選ばれる、（９８）記載のライブラリー。
（１００）  夫々のオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが実質的にタンデムの二つのコドン（ジコドン）及びジコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列からなる、（８６）記載のライブラリー。
（１０１)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが約20〜400塩基対の長さである、（８６）記載のライブラリー。
（１０２)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが約40〜200塩基対の長さである、（１０１）記載のライブラリー。
（１０３)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが約100〜150塩基対の長さである、（１０２）記載のライブラリー。
（１０４)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) AGAAGAGC （配列番号１）
(NNN)(NNN) TCTTCTCG （配列番号２）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（８６）記載のライブラリー。
（１０５)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) TGAAGAGAG （配列番号３）
(NNN)(NNN) ACTTCTCTC （配列番号４）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（８６）記載のライブラリー。
（１０６)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) TGAAGAGAG CT GCTACTAACT GCA （配列番号５）
(NNN)(NNN) ACTTCTCTC GA CGATGATTG        （配列番号６）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（８６）記載のライブラリー。
（１０７)  オリゴヌクレオチドライブラリーが配列
CTCTCTTCA NNN NNN AGAAGAGC （配列番号７）
GAGAGAAGT NNN NNN TCTTCTCG （配列番号８）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（８６）記載のライブラリー。
（１０８)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
CTCTCTTCA NNN NNN AGAAGAGC GGGTCTTCCAACTAGAGAATTCGATATCTGCA （配列番号９）
GAGAGAAGT NNN NNN TCTTCTCG CCCAGAAGGTTGATCTCTTAAGCTATAG （配列番号10）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（８６）記載のライブラリー。
（１０９)    （ａ）（１）記載のコドンビルディングブロックオリゴヌクレオチドのライブラリーを提供する工程；
（ｂ）基体表面を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のライブラリーの第１のオリゴヌクレオチドメンバーを工程（ｂ）の基体表面に固定化し、IIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させる、または、工程（ａ）のライブラリーの第１のオリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させ、コドンと反対側のオリゴヌクレオチド端で工程（ｂ）の基体表面に固定化する工程；
（ｄ）工程（ａ）のライブラリーの第２のオリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化して一本鎖オーバーハングをコドン中に生成させる工程；および、
（ｅ）工程（ｄ）の消化された第２のオリゴヌクレオチドメンバーと工程（ｃ）の固定化された第１のオリゴヌクレオチドメンバーと、前記第１及び第２のオリゴヌクレオチドの相補的な一本鎖塩基オーバーハングが対を形成し得る条件下で接触させ、前記第２のオリゴヌクレオチドを前記第１のオリゴヌクレオチドに連結させる工程、
を含む、ジコドンビルディングブロックの反復アッセンブルによってコドンを含むポリヌクレオチドを構築する方法。
（１１０)  工程(e)の固定化されたオリゴヌクレオチドをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化してコドン中に一本鎖オーバーハングを生成することを更に含み、前記IIS型制限エンドヌクレアーゼが基質表面に遠位のオリゴヌクレオチド中の制限エンドヌクレアーゼ認識配列を認識する、（１０９）記載の方法。
（１１１)  工程(a)のライブラリーの別のオリゴヌクレオチドメンバーをIIS型制限エンドヌクレアーゼで消化してコドン中に一本鎖オーバーハングを生成することを更に含む、（１１０）記載の方法。
（１１２)  オリゴヌクレオチドの相補一本鎖塩基オーバーハングが対合することができる条件下で消化されたオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーを消化され、固定化された第一オリゴヌクレオチドメンバーに接触させ、オリゴヌクレオチドをつなぎ、それによりジコドンビルディングブロックの反復アッセンブルによりコドンを含むポリヌクレオチドを構築することを更に含む、（１１０）記載の方法。
（１１３)  反復して繰り返され、それによりコドンを含むポリヌクレオチドを構築する、（１０９）記載の方法。
（１１４)  ｎ回反復して繰り返され、ｎが２〜106の整数である、（１１３）記載の方法。
（１１５)  ｎ回反復して繰り返され、ｎが102〜105の整数である、（１１４）記載の方法。
（１１６)  ライブラリーのメンバーが反復アッセンブルにランダムに選ばれる、（１０９）記載の方法。
（１１７)  ライブラリーの全てのメンバーがランダムに選ばれる、（１１６）記載の方法。
（１１８)  ライブラリーのメンバーが反復アッセンブルに非確率的に選ばれる、（１０９）記載の方法。
（１１９)  ライブラリーの全てのメンバーが非確率的に選ばれる、（１１８）記載の方法。
（１２０)  オリゴヌクレオチドのライブラリーが全ての可能なコドンダイマー（ジコドン）組み合わせを含む、（１０９）記載の方法。
（１２１)  オリゴヌクレオチドのライブラリーが4096のコドンダイマー（ジコドン）組み合わせからなる、（１０９）記載の方法。
（１２２)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが約100〜150塩基対の長さである、（１０９）記載のライブラリー。
（１２３)  コドンが停止コドンではない、（１２２）記載の方法。
（１２４)  基質表面が固体表面を含む、（１０９）記載の方法。
（１２５)  基質表面がビーズを含む、（１０９）記載の方法。
（１２６)  基質表面がポリスチレンを含む、（１０９）記載の方法。
（１２７)  基質表面がガラスを含む、（１０９）記載の方法。
（１２８)  基質表面が二重オリフィス容器を含む、（１０９）記載の方法。
（１２９)  二重オリフィス容器が二重オリフィスキャピラリーアレイを含む、（１２８）記載の方法。
（１３０)  二重オリフィスキャピラリーアレイがGIGAMATRIXTMキャピラリーアレイである、（１２９）記載の方法。
（１３１)  工程(b)の基質表面が固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドを更に含む、（１０９）記載の方法。
（１３２）  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドがコドンビルディングブロックオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーを更に含み、オリゴヌクレオチドのライブラリーがジコドンビルディングブロックを含み、ライブラリーが複数の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを含み、夫々のオリゴヌクレオチドメンバーがタンデムに二つのコドン（ジコドン）及びジコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含む、（１３１）記載の方法。
（１３３)  コドンビルディングブロックオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが平滑末端連結反応により固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドに固定される、（１３２）記載の方法。
（１３４)  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチドの固定されていない末端に一本鎖塩基オーバーハングを含む、（１３１）記載の方法。
（１３５)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが一本鎖塩基オーバーハングの塩基対合、続いて連結反応により固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドに固定される、（１３２）記載の方法。
（１３６）  ジコドンの5’末端のIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列がジコドンの3’末端のIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列とは異なる、（１３２）記載の方法。
（１３７)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に３塩基一本鎖オーバーハングを生成する、（１３２）記載の方法。
（１３８)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがSapI制限エンドヌクレアーゼ又はそのイソ制限酵素を含む、（１３７）記載の方法。
（１３９)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがEarI制限エンドヌクレアーゼ又はそのイソ制限酵素を含む、（１３７）記載の方法。
（１４０)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に、２塩基一本鎖オーバーハングを生成する、（１３２）記載の方法。
（１４１)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがBseRI、BsgI及びBpmIからなる群から選ばれる、（１４０）記載の方法。
（１４２)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時に１塩基一本鎖オーバーハングを生成する、（１３２）記載の方法。
（１４３)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがN.AlwI及びN.BstNBIからなる群から選ばれる、（１４２）記載の方法。
（１４４)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーの消化時にIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列の両側で切断する、（１３２）記載の方法。
（１４５)  IIS型制限エンドヌクレアーゼがBcgI、BsaXI及びBspCNIからなる群から選ばれる、（１４４）記載の方法。
（１４６）  夫々のライブラリーメンバーが実質的にタンデムの二つのコドン（ジコドン）及びジコドンの5’末端及び3’末端に隣接するIIS型制限エンドヌクレアーゼ認識配列からなる、（１３２）記載の方法。
（１４７)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが約20〜400塩基対の長さである、（１３２）記載の方法。
（１４８)  ライブラリーメンバーが約40〜200塩基対の長さである、（１４７）記載の方法。
（１４９)  ライブラリーメンバーが約100〜150塩基対の長さである、（１４８）記載の方法。
（１５０)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) AGAAGAGC （配列番号１）
(NNN)(NNN) TCTTCTCG （配列番号２）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５１)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) TGAAGAGAG （配列番号３）
(NNN)(NNN) ACTTCTCTC （配列番号４）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５２)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
(NNN)(NNN) TGAAGAGAG CT GCTACTAACT GCA （配列番号５）
(NNN)(NNN) ACTTCTCTC GA CGATGATTG        （配列番号６）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５３)  オリゴヌクレオチドライブラリーが配列
CTCTCTTCA NNN NNN AGAAGAGC （配列番号７）
GAGAGAAGT NNN NNN TCTTCTCG （配列番号８）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５４)  オリゴヌクレオチドライブラリーメンバーが配列
CTCTCTTCA NNN NNN AGAAGAGC GGGTCTTCCAACTAGAGAATTCGATATCTGCA （配列番号９）
GAGAGAAGT NNN NNN TCTTCTCG CCCAGAAGGTTGATCTCTTAAGCTATAG （配列番号10）
（式中、(NNN)はコドンであり、かつＮはＡ、Ｃ、ＴもしくはＧ又はこれらの均等物である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５５)  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドが一般式
(Y)n（プロモーター）（制限部位）（一本鎖オーバーハング）
（式中、Ｙはあらゆるヌクレオチド塩基であり、かつｎは２〜50の整数である）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５６)  プロモーターがT6プロモーター、T3プロモーター及びSP6プロモーターからなる群から選ばれる、（１５５）記載の方法。
（１５７)  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドが配列
(NNN)(NNN) CGCGCG(Y)nCGAATTGGAGCTC （配列番号11）
(NNN)(NNN) GCGCGC(Y)nGCTTAACCTCGAGCCCC （配列番号12）
（式中、ｎは１以上の整数であり、Ｙはあらゆるヌクレオチドであり、かつ(NNN)はコドンである）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５８)  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドが配列
(NNN)(NNN) CGCGCGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGAGCTC （配列番号13）
(NNN)(NNN) GCGCGCATTATGCTGAGTGATATCCCGCTTAACCTCGAGCCCC （配列番号14）
を含む、（１３２）記載の方法。
（１５９)  固定化された二本鎖オリゴヌクレオチドがプロモーターを含む、（１３１）記載の方法。
（１６０)  プロモーターがバクテリオファージプロモーターを含む、（１５９）記載の方法。
（１６１)  バクテリオファージプロモーターがT7プロモーターである、（１６０）記載の方法。
（１６２)  バクテリオファージプロモーターがT6プロモーター及びSP6プロモーターからなる群から選ばれる、（１６０）記載の方法。
（１６３)  オリゴヌクレオチドの連結反応がリガーゼの使用を含む、（１３５）記載の方法。
（１６４)  リガーゼがT4リガーゼ及び大腸菌リガーゼからなる群から選ばれる、（１６３）記載の方法。
（１６５)  構築されたポリヌクレオチドを配列決定することを更に含む、（１０９）記載の方法。
（１６６)  ポリヌクレオチド配列の全部又は一部がペプチド又はポリペプチドをコードするか否かを測定することを更に含む、（１６５）記載の方法。
（１６７)  ポリヌクレオチドを単離することを更に含む、（１６５）記載の方法。
（１６８)  構築されたポリヌクレオチドのポリメラーゼをベースとする増幅を更に含む、（１０９）記載の方法。
（１６９)  ポリメラーゼをベースとする増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)である、（１６８）記載の方法。
（１７０)  構築されたポリヌクレオチドの転写を更に含む、（１０９）記載の方法。
（１７１)  基質が二重オリフィス容器を含む、（１０９）記載の方法。
（１７２)  二重オリフィス容器が二重オリフィスキャピラリーアレイを含む、（１７１）記載の方法。
（１７３)  二重オリフィスキャピラリーアレイがGIGAMATRIXTMキャピラリーアレイである、（１７２）記載の方法。
（１７４)  下記の成分：
(a)（１）記載のオリゴヌクレオチドメンバーを含むライブラリー、及び
(b)基質表面に固定化された工程(a)の複数のオリゴヌクレオチドライブラリーメンバーを含む基質表面、
を含む、コドンビルディングブロックの反復アッセンブルによるコドンを含むポリヌクレオチドを構築するための多重系。
（１７５)  基質表面が二重オリフィスキャピラリーアレイを更に含む、（１７４）記載の多重系。
（１７６)  二重オリフィスキャピラリーアレイがGIGAMATRIXTMキャピラリーアレイを含む、（１７４）記載の多重系。
（１７７)  （１０９）記載の方法を含む指示を更に含む、（１７４）記載の多重系。
（１７８)  複数の抗原結合ポリペプチドをコードするキメラ核酸のライブラリーであって、以下の工程を含む方法によって作製される前記ライブラリー：
（ａ）ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン（Vλ）またはカッパ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン（Vκ）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｂ）J領域ポリペプチドドメイン（VJ）をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン（Cλ）またはカッパ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン（Cκ）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）の核酸、工程（ｃ）の核酸および工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドを、前記工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドが前記工程（ａ）の核酸および前記工程（ｃ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸を生成する工程、および前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
（１７９)  抗原結合ポリペプチドが一本鎖抗体を含む、（１７８）記載のライブラリー。
（１８０)  抗原結合ポリペプチドがFabフラグメント、Fdフラグメント又は抗原結合相補性決定領域(CDR)を含む、（１７８）記載のライブラリー。
（１８１)  工程(a)のラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)核酸コーディング配列又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)核酸コーディング配列が増幅反応により生成される、（１７８）記載のライブラリー。
（１８２)  工程(c)のラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)核酸コーディング配列又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)核酸コーディング配列が増幅反応により生成される、（１７８）記載のライブラリー。
（１８３）  増幅反応が一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅反応を含む、（１８１）又は（１８２）記載のライブラリー。
（１８４)  オリゴヌクレオチドプライマーが制限酵素部位を更に含む、（１８３）記載のライブラリー。
（１８５)  ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)核酸コーディング配列、カッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)核酸コーディング配列、ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)核酸コーディング配列又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)核酸コーディング配列が約99〜約600塩基対残基の長さである、（１７８）記載のライブラリー。
（１８６)  核酸コーディング配列が約198〜約402塩基対残基の長さである、（１８５）記載のライブラリー。
（１８７)  核酸コーディング配列が約300〜約320塩基対残基の長さである、（１８６）記載のライブラリー。
（１８８）  増幅される核酸が哺乳動物の核酸である、（１８１）又は（１８２）記載のライブラリー。
（１８９）  増幅される哺乳動物の核酸がヒト核酸である、（１８８）記載のライブラリー。
（１９０）  増幅される核酸がゲノムDNA、cDNA又はRNAである、（１８１）又は（１８２）記載のライブラリー。
（１９１)  工程(b)のＪ領域ポリペプチドドメインをコードするオリゴヌクレオチドが約９〜約99塩基対残基の長さである、（１７８）記載のライブラリー。
（１９２)  工程(b)のＪ領域ポリペプチドドメインをコードするオリゴヌクレオチドが約18〜約81塩基対残基の長さである、（１９１）記載のライブラリー。
（１９３)  工程(b)のＪ領域ポリペプチドドメインをコードするオリゴヌクレオチドが約36〜約63塩基対残基の長さである、（１９２）記載のライブラリー。
（１９４)  キメラ核酸を生成するための工程(d)の結合がDNAリガーゼ、転写又は増幅反応を含む、（１７８）記載のライブラリー。
（１９５)  増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅反応を含む、（１９４）記載のライブラリー。
（１９６)  増幅反応がオリゴヌクレオチドプライマーの使用を含む、（１９５）記載のライブラリー。
（１９７)  オリゴヌクレオチドプライマーが制限酵素部位を更に含む、（１９６）記載のライブラリー。
（１９８)  転写がDNAポリメラーゼ転写反応を含む、（１９４）記載のライブラリー。
（１９９)  複数のキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするキメラ核酸のライブラリーであって、以下の工程を含む方法によって作製される前記ライブラリー：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程、および、前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
（２００)  抗原結合ポリペプチドが一本鎖抗体を含む、（１９９）記載のライブラリー。
（２０１)  抗原結合ポリペプチドがFabフラグメント、Fdフラグメント又は抗原結合相補性決定領域(CDR)を含む、（１９９）記載のライブラリー。
（２０２）  抗原結合ポリペプチドがμ、γ、γ２、γ３、γ４、δ、ε、α１又はα２定常領域を含む、（２００）又は（２０１）記載のライブラリー。
（２０３)  重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)が増幅反応により生成される、（１９９）記載の方法。
（２０４)  重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)核酸コーディング配列が増幅反応により生成される、（１９９）記載のライブラリー。
（２０５）  増幅反応が一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅反応を含む、（２０３）又は（２０４）記載のライブラリー。
（２０６)  オリゴヌクレオチドプライマーが制限酵素部位を更に含む、（２０５）記載のライブラリー。
（２０７)  重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)核酸コーディング配列又は重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)核酸コーディング配列が約99〜約600塩基対残基の長さである、（１９９）記載のライブラリー。
（２０８)  核酸コーディング配列が約198〜約402塩基対残基の長さである、（２０７）記載のライブラリー。
（２０９)  核酸コーディング配列が約300〜約320塩基対残基の長さである、（２０８）記載のライブラリー。
（２１０）  増幅される核酸が哺乳動物の核酸である、（２０３）又は（２０４）記載のライブラリー。
（２１１）  増幅される哺乳動物の核酸がヒト核酸である、（２１０）記載のライブラリー。
（２１２）  増幅される核酸がゲノムDNA、cDNA又はRNAである、（２０３）又は（２０４）記載のライブラリー。
（２１３)  工程(b)のＤ領域ポリペプチドドメイン又は工程(c)のＪ領域ポリペプチドドメインをコードするオリゴヌクレオチドが約９〜約99塩基対残基の長さである、（１９９）記載のライブラリー。
（２１４)  オリゴヌクレオチドが約18〜約81塩基対残基の長さである、（２１３）記載のライブラリー。
（２１５)  オリゴヌクレオチドが約36〜約63塩基対残基の長さである、（２１４）記載のライブラリー。
（２１６)  キメラ核酸を生成するための工程(e)の結合がDNAリガーゼ、転写又は増幅反応を含む、（１９９）記載のライブラリー。
（２１７)  増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅反応を含む、（２１６）記載のライブラリー。
（２１８)  増幅反応がオリゴヌクレオチドプライマーの使用を含む、（２１６）記載のライブラリー。
（２１９)  オリゴヌクレオチドプライマーが制限酵素部位を更に含む、（２１８）記載のライブラリー。
（２２０）  転写がDNAポリメラーゼ転写反応を含む、（２１６）記載のライブラリー。
（２２１）  （７８）又は（１９９）記載のライブラリーから選ばれるキメラ核酸を含む発現ベクター。
（２２２）  （７８）又は（１９９）記載のライブラリーから選ばれるキメラ核酸を含む形質転換細胞。
（２２３）  （２２１）記載の発現ベクターを含む形質転換細胞。
（２２４）  （７８）又は（９９）記載のライブラリーから選ばれたキメラ核酸を含む非ヒトトランスジェニック動物。
（２２５)  (a)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする核酸を提供する工程、
(b)Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供する工程、
(c)ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする核酸を提供する工程、
(d)工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(b)のオリゴヌクレオチドを、工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれるように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成する工程、
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドの作製方法。
（２２６)  (a)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする複数の核酸を用意する工程、
(b)Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを用意する工程、
(c)ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする複数の核酸を用意する工程、
(d)工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(b)のオリゴヌクレオチドを、工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれるように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成し、この結合工程を繰り返してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コーディング配列のライブラリーを生成する工程
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーの製造方法。
（２２７)  以下の工程を含む、キメラ抗原結合ポリペプチドの作製方法：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン（VH）を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン（CH）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程。
（２２８)  以下の工程を含むキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーを作製する方法：
（ａ）抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン（VH）を提供する工程；
（ｂ）Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードする複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｄ）重鎖定常領域ポリペプチドドメイン（CH）をコードする複数の核酸を提供する工程；
（ｅ）工程（ａ）の核酸、工程（ｄ）の核酸、並びに工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドを、工程（ｂ）および工程（ｃ）のオリゴヌクレオチドが工程（ａ）の核酸と工程（ｄ）の核酸の間に位置するように連結してキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コード配列を生成する工程、および、前記連結工程を反復してキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーをコードするキメラ核酸コード配列のライブラリーを作製する工程。
（２２９）  発現されたキメラ抗原結合タンパク質を抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを更に含む、（２２５）、（２２６）、（２２７）又は（２２８）記載の方法。
（２３０）  キメラ抗原結合ポリペプチドをコードする核酸コーディング配列を突然変異誘発することを更に含む、（２２５）、（２２６）、（２２７）又は（２２８）記載の方法。
（２３１)  核酸が最適化された誘導進化系もしくは合成連結反応再アッセンブル、又はこれらの組み合わせを含む方法により突然変異誘発される、（２３０）記載の方法。
（２３２)  核酸が遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、段階的核酸再アッセンブル、エラー-プローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド誘導突然変異誘発、アッセンブルPCR、セクシュアルPCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、リカーシブ・アンサンブル突然変異誘発、指数的アンサンブル突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再アッセンブル、合成連結反応再アッセンブル(SLR)又はこれらの組み合わせを含む方法により突然変異誘発される、（２３０）記載の方法。
（２３３)  核酸が組換え、リカーシブ配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二重らせん突然変異誘発、点ミスマッチ修復突然変異誘発、修復不全宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性遺伝子突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限-選抜突然変異誘発、制限-精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、アンサンブル突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー生成又はこれらの組み合わせを含む方法により突然変異誘発される、（２３０）記載の方法。
（２３４)  突然変異誘発されたキメラ抗原結合ポリペプチドを、抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを更に含む、（２３０）記載の方法。
（２３５）  抗原結合部位変種を、突然変異誘発の前のキメラ抗原結合ポリペプチドのアフィニティー又は特異性と較べて増大された抗原結合アフィニティー又は抗原結合特異性により同定することを含む、（２２９）又は（２３４）記載の方法。
（２３６）  抗原結合ポリペプチドを、抗原結合部位ポリペプチドのファージディスプレイを含む方法により、抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを含む、（２２９）又は（２３４）記載の方法。
（２３７）  抗原結合ポリペプチドを、液相中の発現される抗原結合部位ポリペプチドの発現を含む方法により、抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを含む、（２２９）又は（２３４）記載の方法。
（２３８）  抗原結合ポリペプチドを、抗原結合部位ポリペプチドのリボソームディスプレイを含む方法により、抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを含む、（２２９）又は（２３４）記載の方法。
（２３９）  キメラ抗原結合ポリペプチドを、固相中でポリペプチドを固定することを含む方法により抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを更に含む、（２２５）、（２２６）、（２２７）又は（２２８）記載の方法。
（２４０)  キメラ抗原結合ポリペプチドを、キャピラリーアレイを含む方法により、抗原を特異的に結合する能力についてスクリーニングすることを含む、（２３９）記載の方法。
（２４１)  キメラ抗原結合ポリペプチドを、二重オリフィス容器を含む方法により、抗原を特異的に結合する能力をスクリーニングすることを含む、（２４０）記載の方法。
（２４２)  二重オリフィス容器が二重オリフィスキャピラリーアレイを含む、（２４１）記載の方法。
（２４３)  二重オリフィスキャピラリーアレイがGIGAMATRIXTMキャピラリーアレイである、（２４２）記載の方法。
（２４４)    以下の工程を含むキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーを作製する方法：
（ａ）（４８）記載の方法によってキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸を提供する、または、（５０）記載の方法によってキメラ抗原結合ポリペプチドをコードする複数のV-D-J-Cキメラ核酸を提供する工程；
（ｂ）複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程であって、前記各オリゴヌクレオチドは工程（ａ）のキメラ核酸に相同な配列を含み、それによって前記キメラ核酸の特異的配列をターゲティングし、および、前記キメラ核酸の変種である配列を含み；
（ｃ）工程（ａ）のキメラ核酸を工程（ｂ）のオリゴヌクレオチドで複製することによって非確率論的変種を含む数ｎ（ｎは整数）の子孫ポリヌクレオチドを生成し、それによってキメラ抗原結合ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する工程。
（２４５)  キメラ核酸に相同な配列がｘ塩基の長さであり、ｘが３〜100の整数である、（２４４）記載の方法。
（２４６)  キメラ核酸に相同な配列がｘ塩基の長さであり、ｘが５〜50の整数である、（２４５）記載の方法。
（２４７)  キメラ核酸に相同な配列がｘ塩基の長さであり、ｘが10〜30の整数である、（２４６）記載の方法。
（２４８)  キメラ核酸の変種である配列がｘ塩基の長さであり、ｘが１〜50の整数である、（２４４）記載の方法。
（２４９)  キメラ核酸の変種である配列がｘ塩基の長さであり、ｘが２〜20の整数である、（２４８）記載の方法。
（２５０)  工程(b)のオリゴヌクレオチドがキメラ核酸に相同の第二配列を含み、変種配列がキメラ核酸に相同な配列により隣接される、（２４４）記載の方法。
（２５１)  キメラ核酸の変種である第二配列がｘ塩基の長さであり、ｘが１〜50の整数である、（２５０）記載の方法。
（２５２)  第二配列がｘ塩基の長さであり、ｘが３、６、９又は12である、（２５０）記載の方法。
（２５３)  オリゴヌクレオチドがキメラ核酸コドンをターゲッティングする変種配列を含み、それにより複数の変種コドンを含む複数の子孫キメラポリヌクレオチドを生成する、（２４４）記載の方法。
（２５４)  変種配列が、ターゲッティングされるコドンについての全ての19の天然アミノ酸変種をコードする変種コドンを生成し、それにより前記ターゲッティングされるコドンによりコードされる残基において全ての19の可能な天然アミノ酸変化を生じる、（２４４）記載の方法。
（２５５)  オリゴヌクレオチドが複数のキメラ核酸コドンをターゲッティングする変種配列を含む、（２４４）記載の方法。
（２５６)  変種配列を含むオリゴヌクレオチドがキメラ核酸中のコドンの全てを標的とし、それにより複数の子孫ポリペプチド（全てのアミノ酸がキメラ核酸によりコードされたポリペプチドの非確率的変種である）を生成する、（２４４）記載の方法。
（２５７)  変種配列がキメラ核酸コドンの全てについての全ての19の天然アミノ酸変種をコードする変種コドンを生成し、それにより複数の子孫ポリペプチド（全てのアミノ酸がキメラ核酸によりコードされたポリペプチドの非確率的変種及びコドンの全てで全ての19の可能な天然アミノ酸の変種である）を生成する、（２４４）記載の方法。
（２５８)  ｎが１〜約1030の整数である、（２４４）記載の方法。
（２５９)  ｎが約102〜約1020の整数である、（２５８）記載の方法。
（２６０)  ｎが約102〜約1010の整数である、（２５９）記載の方法。
（２６１)  工程(c)の複製が酵素をベースとする複製を含む、（２４４）記載の方法。
（２６２)  酵素をベースとする複製がポリメラーゼをベースとする増幅反応を含む、（２６１）記載の方法。
（２６３)  増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を含む、（２６２）記載の方法。
（２６４)  酵素をベースとする複製が無エラーポリメラーゼ反応を含む、（２６３）記載の方法。
（２６５)  工程(b)のオリゴヌクレオチドが一つ以上のヌクレオチド残基を鋳型ポリヌクレオチドに導入し得る核酸配列を更に含む、（２４４）記載の方法。
（２６６)  工程(b)のオリゴヌクレオチドが一つ以上の残基を鋳型ポリヌクレオチドから欠失し得る核酸配列を更に含む、（２６５）記載の方法。
（２６７)  工程(b)のオリゴヌクレオチドが鋳型ポリヌクレオチドへの一つ以上の停止コドンの付加を更に含む、（２６６）記載の方法。
（２６８)  (a)(i)ラムダ軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vλ)又はカッパー軽鎖可変領域ポリペプチドドメイン(Vκ)をコードする核酸を提供し、Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、ラムダ軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cλ)又はカッパー軽鎖定常領域ポリペプチドドメイン(Cκ)をコードする核酸を提供し、工程(a)の核酸、工程(c)の核酸及び工程(d)のオリゴヌクレオチドを一緒に連結して（工程(b)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(c)の核酸の間に置かれる）キメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成することを含む方法によりつくられるキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするｘ個のV-J-Cキメラ核酸、又は(ii)抗体重鎖可変領域ポリペプチドドメイン(VH)をコードする核酸を提供し、Ｄ領域ポリペプチドドメイン(VD)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、Ｊ領域ポリペプチドドメイン(VJ)をコードするオリゴヌクレオチドを提供し、(d)重鎖定常領域ポリペプチドドメイン(CH)をコードする核酸を提供し、工程(a)の核酸、工程(d)の核酸並びに工程(b)及び工程(c)のオリゴヌクレオチドを一緒に連結して（工程(b)及び工程(c)のオリゴヌクレオチドが工程(a)及び工程(d)の核酸の間に置かれる）キメラ抗原結合ポリペプチドをコードするV-D-J-Cキメラ核酸コーディング配列を生成することを含む方法によりつくられるキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするｘ個のV-D-J-Cキメラ核酸を提供する工程、
(b)ｙ個のビルディングブロックポリヌクレオチドを用意する工程（ｙは整数であり、ビルディングブロックポリヌクレオチドは前もって決められた配列で工程(a)のキメラ核酸とクロスオーバー再アッセンブルするように設計され、かつキメラ核酸の変種である配列及びその変種配列に隣接するキメラ核酸に相同な配列を含む）、及び
(c)少なくとも一つのビルディングブロックポリヌクレオチドを少なくとも一つのキメラ核酸と組み合わせ、その結果、ビルディングブロックポリヌクレオチドがキメラ核酸とクロスオーバー再アッセンブルして非確率的子孫キメラポリヌクレオチドを生成し、それによりキメラ抗原結合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのライブラリーを生成する工程、
を含むことを特徴とするキメラ抗原結合ポリペプチドのライブラリーの製造方法。
（２６９)  ｘが１〜約1010の整数である、（２６８）記載の方法。
（２７０)  ｘが約10〜約102の整数である、（２６９）記載の方法。
（２７１)  ｘが１、２、３、４、５、６、７、８、９及び10からなる群から選ばれた整数である、（２６８）記載の方法。
（２７２)  複数のビルディングブロックポリヌクレオチドを使用し、かつ変種配列がキメラ核酸コドンを標的として標的コドンの変種である複数の子孫ポリヌクレオチドを生成し、それによりキメラ核酸によりコードされたポリペプチド中の残基において複数の天然アミノ酸変化を生じる、（２６８）記載の方法。
（２７３)  変種配列が標的コドンについての全ての19の天然アミノ酸変種をコードする変種コドンを生成し、それによりキメラ核酸によりコードされたポリペプチド中の標的コドンによりコードされた残基において全ての19の可能な天然アミノ酸変化を生じる、（２７２）記載の方法。
（２７４)  複数のビルディングブロックポリヌクレオチドが使用され、かつ変種配列が複数のキメラ核酸コドンを標的とし、それにより標的コドンの変種である複数のコドン及びキメラ核酸によりコードされたポリペプチド中の標的コドンによりコードされた複数の残基において複数の天然アミノ酸変化を生じる、（２６８）記載の方法。
（２７５)  変種配列がキメラ核酸中のコドンの全て中で変種コドンを生成し、それにより複数の子孫ポリペプチド（全てのアミノ酸がキメラ核酸によりコードされたポリペプチドの非確率的変種である）を生成する、（２７４）記載の方法。
（２７６)  変種配列がキメラ核酸コドンの全てについて19の全ての天然アミノ酸変種をコードする変種コドンを生成し、それにより複数の子孫ポリペプチド（全てのアミノ酸がキメラ核酸によりコードされたポリペプチドの非確率的変種及びコドンの全てで全ての19の可能な天然アミノ酸の変種である）を生成する、（２７５）記載の方法。
（２７７)  抗原結合部位のコドンの全てが標的とされる、（２７４）記載の方法。
（２７８)  ライブラリーが１〜約1030のメンバーを含む、（２６８）記載の方法。
（２７９)  ライブラリーが約102〜約1020のメンバーを含む、（２７８）記載の方法。
（２８０)  ライブラリーが約103〜約1010のメンバーを含む、（２７９）記載の方法。
（２８１)  ビルディングブロックポリヌクレオチドの末端がキメラ核酸に相同な少なくとも約６のヌクレオチドを含む、（２６８）記載の方法。
（２８２)  ビルディングブロックポリヌクレオチドの末端がキメラ核酸に相同な少なくとも約15のヌクレオチドを含む、（２８１）記載の方法。
（２８３)  ビルディングブロックポリヌクレオチドの末端がキメラ核酸に相同な少なくとも約21のヌクレオチドを含む、（２８２）記載の方法。
（２８４)  一つ以上のビルディングブロックポリヌクレオチドをキメラ核酸と組み合わせることがビルディングブロックポリヌクレオチドとキメラ核酸の間のｚ回のクロスオーバーイベントを含み、ｙが１〜約1020の整数である、（２６８）記載の方法。
（２８５)  ｚが約10〜約1010の整数である、（２８４）記載の方法。
（２８６)  ｚが約102〜約105の整数である、（２８４）記載の方法。
（２８７)  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個の残基中でキメラ核酸とは異なり、ｚが１〜約104である、（２６８）記載の方法。
（２８８)  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個の残基中で鋳型ポリヌクレオチドとは異なり、ｚが10〜約103である、（２８７）記載の方法。
（２８９)  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個の残基中で鋳型ポリヌクレオチドとは異なり、ｚが１、２、３、４、５、６、７、８、９及び10からなる群から選ばれる、（２６８）記載の方法。
（２９０)  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個のコドン中でキメラ核酸とは異なり、ｚが１〜約104である、（２６８）記載の方法。
（２９１)  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個のコドン中でキメラ核酸とは異なり、ｚが10〜約103である、（２９０）記載の方法。
（２９２）  非確率的子孫キメラポリヌクレオチドがｚ個のコドン中でキメラ核酸とは異なり、ｚが１、２、３、４、５、６、７、８、９及び10からなる群から選ばれる、（２６８）記載の方法。