【手続補正書】
【提出日】平成17年11月1日(2005.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表１】
2005531281.tif 000001
2005531281.tif 000002
2005531281.tif 000003
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされるタンパク質と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項２】
前記化合物が、以下のクラスの化合物：
タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、および低分子
から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記癌が腺癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が扁平上皮癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記化合物が化合物のライブラリーに存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ライブラリーがコンビナトリアル合成法を使用して生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記結合がインビトロアッセイを使用して決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記結合がインビボアッセイを使用して決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記タンパク質がＴｒｋＢによってコードされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記タンパク質がＡｕｒ２によってコードされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
腺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表２】
2005531281.tif 000004
2005531281.tif 000005
2005531281.tif 000006
2005531281.tif 000007
2005531281.tif 000008
2005531281.tif 000009
2005531281.tif 000010
2005531281.tif 000011
2005531281.tif 000012
2005531281.tif 000013
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされるタンパク質と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項１２】
扁平上皮癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表３】
2005531281.tif 000014
2005531281.tif 000015
2005531281.tif 000016
2005531281.tif 000017
2005531281.tif 000018
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされるタンパク質と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項１３】
肺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表１】
2005531281.tif 000019
2005531281.tif 000020
2005531281.tif 000021
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項１４】
前記ライブラリーの前記化合物が、以下：
アンチセンス核酸、低分子、ポリペプチド、タンパク質、ペプチド模倣物、および核酸アナログ
から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌が腺癌である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記癌が扁平上皮癌である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記化合物が化合物のライブラリーに存在する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記ライブラリーがコンビナトリアル合成法を使用して生成される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記結合アッセイがインビトロである、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記結合アッセイがインビボである、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
前記遺伝子がＴｒｋＢである、請求項１３に記載の方法。
【請求項２２】
前記遺伝子がＡｕｒ２である、請求項１３に記載の方法。
【請求項２３】
腺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表２】
2005531281.tif 000022
2005531281.tif 000023
2005531281.tif 000024
2005531281.tif 000025
2005531281.tif 000026
2005531281.tif 000027
2005531281.tif 000028
2005531281.tif 000029
2005531281.tif 000030
2005531281.tif 000031
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項２４】
扁平上皮癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表３】
2005531281.tif 000032
2005531281.tif 000033
2005531281.tif 000034
2005531281.tif 000035
2005531281.tif 000036
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子と接触させる工程を包含し、ここで、結合が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項２５】
肺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、以下：
【表１】
2005531281.tif 000037
2005531281.tif 000038
2005531281.tif 000039
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される、新形成の間に差示的に調節される遺伝子と接触させる工程を包含し、ここで、該遺伝子の発現が正常化される、方法。
【請求項２６】
前記遺伝子が、以下：
【表２】
2005531281.tif 000040
2005531281.tif 000041
2005531281.tif 000042
2005531281.tif 000043
2005531281.tif 000044
2005531281.tif 000045
2005531281.tif 000046
2005531281.tif 000047
2005531281.tif 000048
2005531281.tif 000049
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記遺伝子が、以下：
【表３】
2005531281.tif 000050
2005531281.tif 000051
2005531281.tif 000052
2005531281.tif 000053
2005531281.tif 000054
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記遺伝子がＴｒｋＢである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記遺伝子がＡｕｒ２である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
肺癌に対する候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、化合物を、タンパク質と接触させる工程を包含し、該タンパク質の活性が、以下：
【表１】
2005531281.tif 000055
2005531281.tif 000056
2005531281.tif 000057
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される遺伝子によってコードされる新形成を促進し、ここで、タンパク質の活性を阻害する能力が、候補治療剤を示す、方法。
【請求項３１】
前記遺伝子が、以下：
【表２】
2005531281.tif 000058
2005531281.tif 000059
2005531281.tif 000060
2005531281.tif 000061
2005531281.tif 000062
2005531281.tif 000063
2005531281.tif 000064
2005531281.tif 000065
2005531281.tif 000066
2005531281.tif 000067
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記遺伝子が、以下：
【表３】
2005531281.tif 000068
2005531281.tif 000069
2005531281.tif 000070
2005531281.tif 000071
2005531281.tif 000072
に列挙される遺伝子からなるパネルから選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記遺伝子がＴｒｋＢである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記遺伝子がＡｕｒ２である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
肺癌を処置するための候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は、試験化合物と共にインキュベートされた細胞の発現プロフィールを、疾患肺細胞の正常対照物細胞の発現プロフィールと比較する工程を包含し、ここで、該細胞が、該疾患肺細胞の正常対照物細胞に本質的に同一であり、ここで、該２つの細胞における類似の発現プロフィールが、該化合物が、肺癌に対する治療剤として有効でありそうであることを示す、方法。
【請求項３６】
候補治療剤の肺癌に対する薬物としての効力を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）候補治療剤を被験体の肺腫瘍細胞へ接触させる工程、および
ｂ）該候補治療剤が該細胞の病因を阻害する能力を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項３７】
候補治療剤の肺癌に対する薬物としての効力を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）候補治療剤を被験体の肺腫瘍細胞へ接触させる工程、および
ｂ）該候補治療剤が該細胞の発現プロフィールを正常化する能力を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項３８】
請求項１〜３７に記載のいずれかの方法を使用して同定される、治療量の薬剤、および薬学的に受容可能なキャリア、ビヒクル、賦形剤、または希釈剤
を含有する、薬学的組成物。
【請求項３９】
肺癌を有する被験体を治療するための組成物であって、該組成物は、治療有効量の以下：
【表１】
2005531281.tif 000073
2005531281.tif 000074
2005531281.tif 000075
に列挙される遺伝子から選択される遺伝子または遺伝子の群の発現を正常化する薬学的組成物を含み、ここで該被験体の遺伝子の該発現レベルが、正常な被験体の発現レベルにもどされる、方法。
【請求項４０】
前記遺伝子がＴｒｋＢである、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
前記遺伝子がＡｕｒ２である、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４２】
前記被験体が腺癌を有し、前記遺伝子が以下：
【表２】
2005531281.tif 000076
2005531281.tif 000077
2005531281.tif 000078
2005531281.tif 000079
2005531281.tif 000080
2005531281.tif 000081
2005531281.tif 000082
2005531281.tif 000083
2005531281.tif 000084
2005531281.tif 000085
から選択される、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４３】
前記被験体が扁平上皮癌を有し、前記遺伝子が以下：
【表３】
2005531281.tif 000086
2005531281.tif 000087
2005531281.tif 000088
2005531281.tif 000089
2005531281.tif 000090
から選択される、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４４】
肺癌を有する被験体を治療するための組成物であって、該組成物は、治療有効量の以下：
【表１】
2005531281.tif 000091
2005531281.tif 000092
2005531281.tif 000093
に列挙される遺伝子から選択される遺伝子によってコードされる、タンパク質の活性を阻害する薬学的組成物を含む、組成物。
【請求項４５】
前記タンパク質がＴｒｋＢによってコードされる、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４６】
前記タンパク質がＡｕｒ２によってコードされる、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４７】
前記被験体が腺癌を有し、前記遺伝子が以下：
【表２】
2005531281.tif 000094
2005531281.tif 000095
2005531281.tif 000096
2005531281.tif 000097
2005531281.tif 000098
2005531281.tif 000099
2005531281.tif 000100
2005531281.tif 000101
2005531281.tif 000102
2005531281.tif 000103
から選択される、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４８】
前記被験体が扁平上皮癌を有し、前記遺伝子が以下：
【表３】
2005531281.tif 000104
2005531281.tif 000105
2005531281.tif 000106
2005531281.tif 000107
2005531281.tif 000108
から選択される、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４９】
肺癌を有する被験体を治療するための組成物であって、該方法は、治療有効量の、以下：
【表１】
2005531281.tif 000109
2005531281.tif 000110
2005531281.tif 000111
に列挙される遺伝子から選択される遺伝子によってコードされるタンパク質を含む、組成物。
【請求項５０】
前記タンパク質がＴｒｋＢによってコードされる、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記タンパク質がＡｕｒ２によってコードされる、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５２】
前記遺伝子が以下：
【表２】
2005531281.tif 000112
2005531281.tif 000113
2005531281.tif 000114
2005531281.tif 000115
2005531281.tif 000116
2005531281.tif 000117
2005531281.tif 000118
2005531281.tif 000119
2005531281.tif 000120
2005531281.tif 000121
から選択される、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５３】
前記遺伝子が以下：
【表３】
2005531281.tif 000122
2005531281.tif 000123
2005531281.tif 000124
2005531281.tif 000125
2005531281.tif 000126
から選択される、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５４】
請求項３９〜５３に記載の組成物のいずれかを含む癌化学予防のための組成物であって、ここで、前記被験体は、肺癌を罹患するか、または肺癌に対する危険性があり、そして該組成物が、予防処置において使用される、組成物。
【請求項５５】
肺癌を罹患する患者を処置するためのキットであって、該キットは、請求項１〜５３に記載の方法のいずれかによって同定される治療剤のいずれかを含み、該治療剤は、薬学的に受容可能なキャリア、ビヒクル、賦形剤、または希釈剤中に処方され、そして必要に応じて、該キットは、使用のための指示書を含む、キット。
【請求項５６】
発現が肺癌に特徴的な、複数の遺伝子の検出薬剤を含む組成物であって、該組成物は、該遺伝子の発現または該遺伝子によってコードされるポリペプチドの発現を検出可能である、組成物。
【請求項５７】
前記検出薬剤が、発現が肺癌に特徴的な前記遺伝子に対応する核酸に特異的にハイブリダイズする単離された核酸である、請求項５６に記載の組成物。
【請求項５８】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000127
2005531281.tif 000128
2005531281.tif 000129
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含有する、請求項５７に記載の組成物。
【請求項５９】
以下：
【表２】
2005531281.tif 000130
2005531281.tif 000131
2005531281.tif 000132
2005531281.tif 000133
2005531281.tif 000134
2005531281.tif 000135
2005531281.tif 000136
2005531281.tif 000137
2005531281.tif 000138
2005531281.tif 000139
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含有する、請求項５７に記載の組成物。
【請求項６０】
以下：
【表３】
2005531281.tif 000140
2005531281.tif 000141
2005531281.tif 000142
2005531281.tif 000143
2005531281.tif 000144
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含有する、請求項５７に記載の組成物。
【請求項６１】
少なくとも１０の異なる核酸に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含有し、該核酸が、発現が肺癌に特徴的な遺伝子に対応する、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６２】
少なくとも１００の異なる核酸に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含有し、該核酸が、発現が肺癌に特徴的な遺伝子に対応する、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６３】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000145
2005531281.tif 000146
2005531281.tif 000147
に列挙される全ての遺伝子に本質的にハイブリダイズされる単離された核酸を含有する、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６４】
前記検出薬剤が、発現が肺癌に特徴的である遺伝子によってコードされる前記ポリペプチドを検出する、請求項５６に記載の組成物。
【請求項６５】
前記検出薬剤が、前記ポリペプチドと特異的に反応する抗体である、請求項６４に記載の組成物。
【請求項６６】
複数の遺伝子の検出薬剤が結合される固体表面であって、該遺伝子の発現は、肺癌に特徴的であり、該検出薬剤が、該遺伝子または該遺伝子によってコードされるポリペプチドの発現を検出し得る、固体表面。
【請求項６７】
前記検出薬剤が、発現が肺癌に特徴的である遺伝子に対応する核酸に特異的にハイブリダイズする単離された核酸である、請求項６６に記載の固体表面。
【請求項６８】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000148
2005531281.tif 000149
2005531281.tif 000150
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含む、請求項６７に記載の固体表面。
【請求項６９】
以下：
【表２】
2005531281.tif 000151
2005531281.tif 000152
2005531281.tif 000153
2005531281.tif 000154
2005531281.tif 000155
2005531281.tif 000156
2005531281.tif 000157
2005531281.tif 000158
2005531281.tif 000159
2005531281.tif 000160
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含む、請求項６７に記載の固体表面。
【請求項７０】
以下：
【表３】
2005531281.tif 000161
2005531281.tif 000162
2005531281.tif 000163
2005531281.tif 000164
2005531281.tif 000165
に列挙される遺伝子に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含む、請求項６７に記載の固体表面。
【請求項７１】
発現が、肺癌に特徴的である遺伝子に対応する少なくとも１０個の異なる核酸に特異的にハイブリダイズする核酸を含む、請求項６８に記載の固体表面。
【請求項７２】
発現が、肺癌に特徴的である遺伝子に対応する少なくとも１００個の異なる核酸に特異的にハイブリダイズする単離された核酸を含む、請求項７１に記載の固体表面。
【請求項７３】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000166
2005531281.tif 000167
2005531281.tif 000168
に列挙される本質的に全ての遺伝子にハイブリダイズする単離された核酸を含む、請求項７２に記載の固体表面。
【請求項７４】
前記検出薬剤が、発現が、肺癌に特徴的である前記遺伝子によってコードされる前記ポリペプチドを検出する、請求項６６に記載の固体表面。
【請求項７５】
前記検出薬剤が、前記ポリペプチドと特異的に反応する抗体である、請求項７４に記載の固体表面。
【請求項７６】
前記検出薬剤が、前記固体表面に共有結合される、請求項６６に記載の固体表面。
【請求項７７】
前記固体表面が、マイクロアレイである、請求項７６に記載の固体表面。
【請求項７８】
発現が、肺癌に特徴的である複数の遺伝子のアゴニストおよび／またはアンタゴニストを含む、組成物。
【請求項７９】
前記アゴニストが、前記遺伝子またはその機能的フラグメントもしくは等価物によってコードされるポリペプチドである、請求項７８に記載の組成物。
【請求項８０】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000169
2005531281.tif 000170
2005531281.tif 000171
に列挙される遺伝子によってコードされるポリペプチドからなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはポリペプチドの機能的フラグメントもしくは等価物を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８１】
以下：
【表２】
2005531281.tif 000172
2005531281.tif 000173
2005531281.tif 000174
2005531281.tif 000175
2005531281.tif 000176
2005531281.tif 000177
2005531281.tif 000178
2005531281.tif 000179
2005531281.tif 000180
2005531281.tif 000181
に列挙される遺伝子によってコードされるポリペプチドからなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはポリペプチドの機能的フラグメントもしくは等価物を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８２】
以下：
【表３】
2005531281.tif 000182
2005531281.tif 000183
2005531281.tif 000184
2005531281.tif 000185
2005531281.tif 000186
に列挙される遺伝子によってコードされるポリペプチドからなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはポリペプチドの機能的フラグメントもしくは等価物を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８３】
前記アゴニストが、発現が肺癌に特徴的である遺伝子によってコードされるポリペプチドまたはその機能的フラグメントもしくは等価物をコードする単離された核酸である、請求項７８に記載の組成物。
【請求項８４】
前記アンタゴニストが、アンチセンス核酸またはｓｉＲＮＡである、請求項７８に記載の組成物。
【請求項８５】
発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の被験体における発現のレベルと、参照レベルの発現のセットの少なくとも１つの発現のレベルとを比較するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）被験体の細胞由来の核酸を提供する工程であって、該細胞は、罹患した肺細胞と同じ型である、工程、
ｂ）発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを決定する工程、および
ｃ）該被験体の細胞由来の少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルと、参照レベルの発現のセットの少なくとも１つの発現のレベルとを比較する工程、
を包含し、それにより、発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現の該被験体におけるレベルと、参照レベルの発現のセットの少なくとも１つの発現のレベルとを比較する、方法。
【請求項８６】
前記参照発現レベルのセットが、発現が、肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の肺癌を有する被験体における発現のレベルを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000187
2005531281.tif 000188
2005531281.tif 000189
に列挙された遺伝子からなるパネルから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを決定する工程を包含する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
以下：
【表２】
2005531281.tif 000190
2005531281.tif 000191
2005531281.tif 000192
2005531281.tif 000193
2005531281.tif 000194
2005531281.tif 000195
2005531281.tif 000196
2005531281.tif 000197
2005531281.tif 000198
2005531281.tif 000199
に列挙された遺伝子からなるパネルから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを決定する工程を包含する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
以下：
【表３】
2005531281.tif 000200
2005531281.tif 000201
2005531281.tif 000202
2005531281.tif 000203
2005531281.tif 000204
に列挙された遺伝子からなるパネルから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを決定する工程を包含する、請求項８５に記載の方法。
【請求項９０】
２本の相補鎖核酸が互いにハイブリダイズする条件下で、発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子に対応する核酸を有する前記被験体の細胞のＲＮＡ由来の核酸サンプルをインキュベートする工程を包含する、請求項８５に記載の方法。
【請求項９１】
発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子に対応する少なくとも１つの核酸が、固体表面に結合される、請求項８５に記載の方法。
【請求項９２】
前記固体表面が、マイクロアレイである、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルをコンピューターに入力する工程を包含し、該コンピューターが、参照発現レベルのセット中の少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを表す値を有するメモリーを備える、請求項８５に記載の方法。
【請求項９４】
前記レベルを比較する工程が、コンピューターで実施するための指示を提供する工程を包含する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
参照発現レベルのセットが、発現が肺癌に特徴的である１つ以上の遺伝子の、肺癌を有する被験体における発現のレベルを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項９６】
前記参照発現レベルのセットが、発現が肺癌に特徴的である１つ以上の遺伝子の罹患した肺細胞の正常な対応物細胞における発現のレベルをさらに含む、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記被験体が、肺癌を有するか、または肺癌を発生する可能性があるか否かを決定するための、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
核酸を反復的に提供する工程および核酸のレベルを決定する工程をさらに包含し、それにより、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の被験体における発現のレベルの進展を決定する、請求項８５に記載の方法。
【請求項９９】
前記被験体が、肺癌について処置されており、そして、前記方法が、該処置の有効性の評価を提供する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
被験体が肺癌を有するか、または肺癌を発生する可能性があるか否かを決定するためのデータを分析する方法であって、該方法は、以下：
ａ）発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の該被験体の細胞における発現のレベルを決定する工程、および
ｂ）該少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルと、肺癌を有することが既知の被験体の細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルとを比較する工程、
を包含し、
ここで、該被験体および該肺癌を有することが既知の被験体における遺伝子の発現の類似のレベルが、該被験体が、肺癌を有するか、または肺癌を発生する可能性のあることを示す、方法。
【請求項１０１】
前記細胞が、罹患した肺細胞である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記肺癌を有することが既知の被験体の細胞における少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルが、データベースの形式にある、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記データベースが、コンピューター読み取り可能媒体中に含まれる、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記データベースが、ユーザーインターフェースを提供して、被験体の発現レベルデータを受け取り、かつ該発現レベルデータと該データベースとを比較するための、マイクロプロセッサおよびマイクロプロセッサ指示書と連絡する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
肺癌を診断するためのデータを分析する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）被験体の肺細胞において、以下：
【表１】
2005531281.tif 000205
2005531281.tif 000206
2005531281.tif 000207
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされるタンパク質の活性を決定する工程、ならびに
ｂ）該被験体の細胞中の該タンパク質の活性と、同じ型の正常な肺細胞のタンパク質の活性とを比較する工程、
を包含し、ここで、正常細胞に対して減少または増加したタンパク質活性のレベルが、該被験体が、肺癌を有し得ることを示す、方法。
【請求項１０６】
前記タンパク質が、以下：
【表２】
2005531281.tif 000208
2005531281.tif 000209
2005531281.tif 000210
2005531281.tif 000211
2005531281.tif 000212
2005531281.tif 000213
2005531281.tif 000214
2005531281.tif 000215
2005531281.tif 000216
2005531281.tif 000217
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされ、かつ、正常細胞に対して減少または増加したタンパク質活性のレベルが、該被験体が、腺癌を有し得ることを示す、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記タンパク質が、以下：
【表３】
2005531281.tif 000218
2005531281.tif 000219
2005531281.tif 000220
2005531281.tif 000221
2005531281.tif 000222
に列挙される遺伝子のパネルから選択される遺伝子によってコードされ、かつ、正常細胞に対して減少または増加したタンパク質活性のレベルが、該被験体が、扁平上皮癌を有し得ることを示す、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
肺癌を有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）肺癌を有する患者から、発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルに対応する少なくとも１つの質問値を提供する工程、
ｂ）発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルに対応する複数の参照値のセットを提供する工程であって、各参照値が、治療に関連する、工程、ならびに
ｃ）該質問値に最も類似する該参照値を選択し、それにより、該患者に対する治療を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０９】
選択する工程が、各参照値に関連する重み値を使用して、該参照値について比較値を重み付けする工程をさらに含む、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記治療を前記患者に施与する工程をさらに包含する、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記質問値および前記参照値のセットが、発現プロフィールである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１２】
肺癌を有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）複数の参照発現プロフィールを提供する工程であって、各プロフィールは、治療に関連する、工程、
ｂ）該患者の罹患した肺細胞のＲＮＡから調製された、標識された標的核酸サンプルを提供する工程、
ｃ）該標識された標的核酸サンプルと、発現が肺癌に特徴的である本質的に全ての遺伝子に対応するプローブを含むアレイとを接触させて、該患者の発現プロフィールを得る工程、ならびに
ｄ）該患者の発現プロフィールに最も類似する該参照プロフィールを選択して、それにより、該患者に対する治療を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１３】
患者についての治療を選択するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）患者サンプルを得る工程、
ｂ）発現が肺癌に特徴的である該患者由来の遺伝子の被験体発現プロフィールを同定する工程、
ｃ）該被験体発現プロフィールに最も類似する一致する参照プロフィールを、複数の参照発現プロフィールから選択する工程であって、該参照プロフィールおよび該被験体発現プロフィールは、複数の値を有し、各値は、発現が特定の細胞における肺癌に特徴的である遺伝子の発現レベルを表し、ここで、各参照プロフィールは、治療に関連する、工程、ならびに
ｄ）該一致する参照プロフィールに関連する治療の記述子を伝送し、それにより、該患者に対する治療を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１４】
前記治療が、前記患者に施与された後に、該患者の結果についての情報を受け取る工程をさらに包含する、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
前記記述子が、ネットワークを通して伝送される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
薬物を評価するためのキットであって、該キットは、複数のアドレスを含むアレイを含み、ここで、各アドレスは、少なくとも１つの捕捉プローブをその上に配置し、該プローブは、発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子にハイブリダイズする、キット。
【請求項１１７】
前記アレイが、以下：
【表１】
2005531281.tif 000223
2005531281.tif 000224
2005531281.tif 000225
に列挙される遺伝子のパネルから選択される、発現が肺癌に特徴的である本質的に全ての遺伝子に対する捕捉プローブを含む、請求項１１６に記載のキット。
【請求項１１８】
前記アレイが、以下：
【表２】
2005531281.tif 000226
2005531281.tif 000227
2005531281.tif 000228
2005531281.tif 000229
2005531281.tif 000230
2005531281.tif 000231
2005531281.tif 000232
2005531281.tif 000233
2005531281.tif 000234
2005531281.tif 000235
に列挙される遺伝子のパネルから選択される、発現が腺癌に特徴的である本質的に全ての遺伝子に対する捕捉プローブを含む、請求項１１６に記載のキット。
【請求項１１９】
前記アレイが、以下：
【表３】
2005531281.tif 000236
2005531281.tif 000237
2005531281.tif 000238
2005531281.tif 000239
2005531281.tif 000240
に列挙される遺伝子のパネルから選択される、発現が扁平上皮癌に特徴的である本質的に全ての遺伝子に対する捕捉プローブを含む、請求項１１６に記載のキット。
【請求項１２０】
薬物を評価するためのキットであって、該キットは、複数のデジタル的に暗号化された発現プロフィールを有するコンピューター読み取り可能媒体を含み、ここで、該複数の各々のプロフィールは、複数の値を有し、各値は、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の特定の細胞における発現のレベルを表す、キット。
【請求項１２１】
発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の罹患した細胞における発現のレベルを表す、少なくとも１つのデジタル的に暗号化された値を含む、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２２】
以下：
【表１】
2005531281.tif 000241
2005531281.tif 000242
2005531281.tif 000243
から選択される少なくとも１つの遺伝子の罹患した肺細胞における発現のレベルを表す少なくとも１つの値を含む、請求項１２１に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２３】
以下：
【表２】
2005531281.tif 000244
2005531281.tif 000245
2005531281.tif 000246
2005531281.tif 000247
2005531281.tif 000248
2005531281.tif 000249
2005531281.tif 000250
2005531281.tif 000251
2005531281.tif 000252
2005531281.tif 000253
から選択される少なくとも１つの遺伝子の腺癌に罹患した細胞における発現のレベルを表す少なくとも１つの値を含む、請求項１２１に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２４】
以下：
【表３】
2005531281.tif 000254
2005531281.tif 000255
2005531281.tif 000256
2005531281.tif 000257
2005531281.tif 000258
から選択される少なくとも１つの遺伝子の扁平上皮癌に罹患した細胞における発現のレベルを表す少なくとも１つの値を含む、請求項１２１に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２５】
発現が肺癌に特徴的である遺伝子の罹患した細胞における発現レベルと該罹患した細胞の正常な対応物細胞の遺伝子の発現のレベルとの間の比を表す少なくとも１つの値を含む、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２６】
少なくとも１つのデジタル的に暗号化された発現プロフィールを含む、コンピューター読み取り可能媒体であって、複数の値を含み、各値が、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の罹患した細胞における発現のレベルを表す、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２７】
複数のデジタル的に暗号化された発現プロフィールを含む、コンピューター読み取り可能媒体であって、該媒体は、該複数の各プロフィールが、複数の値を有し、各値は、発現が肺癌に特徴的である１つ以上の遺伝子の特定の細胞における発現のレベルを表す、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２８】
前記複数の各プロフィールが、肺癌の病期に関連する、請求項１２７に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１２９】
前記複数の各プロフィールが、治療的処置に関連する、請求項１２７に記載のコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項１３０】
コンピューターシステムであって、以下：
ａ）発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の罹患した細胞における発現のレベルを表す少なくとも１つの値を有する、データベース、ならびに
ｂ）発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現の少なくとも１つのレベルを表す少なくとも１つの質問値を受け取り、かつ、少なくとも１つの質問値と少なくとも１つのデータベース値とを比較するための指示書を有する、プロセッサー、
を含む、コンピューターシステム。
【請求項１３１】
前記受け取るための指示書が、ユーザーインターフェースを提供するための指示書を含む、請求項１３０に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３２】
前記指示書が、少なくとも１つの比較を表示するための指示書をさらに含む、請求項１３１に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３３】
前記指示書が、前記比較に基づく少なくとも１つの記録を作成するための指示書をさらに含む、請求項１３０に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３４】
少なくとも１つの記録を表示するための指示書をさらに含む、請求項１３３に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３５】
前記データベース値が、以下：
【表１】
2005531281.tif 000259
2005531281.tif 000260
2005531281.tif 000261
【表２】
2005531281.tif 000262
2005531281.tif 000263
2005531281.tif 000264
2005531281.tif 000265
2005531281.tif 000266
2005531281.tif 000267
2005531281.tif 000268
2005531281.tif 000269
2005531281.tif 000270
2005531281.tif 000271
【表３】
2005531281.tif 000272
2005531281.tif 000273
2005531281.tif 000274
2005531281.tif 000275
2005531281.tif 000276
に示される本質的に全ての値を含む、請求項１３０に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３６】
前記データベースが、複数の値を含む少なくとも１つの発現プロフィールを含み、各値は、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の罹患した細胞における発現のレベルを表す、請求項１３０に記載のコンピューターシステム。
【請求項１３７】
発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の被験体における発現のレベルを分析するためのコンピュータープログラムであって、該コンピュータープログラムは、コンピューター読み取り可能媒体上に配置され、かつ、プロセッサーが、以下：
ａ）被験体における発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現のレベルを表示する少なくとも１つの質問値を受け取り、そして
ｂ）該少なくとも１つの質問値と少なくとも１つの発現のレベルの値とを比較する、
ための指示書を含み、該少なくとも１つの発現のレベルの値が、罹患した細胞における発現が肺癌に特徴的である少なくとも１つの遺伝子の発現の少なくとも１つのレベルを表示する、コンピュータープログラム。
【請求項１３８】
少なくとも１つの比較を表示するための指示書をさらに含む、請求項１３７に記載のコンピュータープログラム。
【請求項１３９】
前記比較するための指示書が、コンピューター読み取り可能媒体からの少なくとも１つの発現のレベルの値を受け取るための指示書を含む、請求項１３７に記載のコンピュータープログラム。
【請求項１４０】
前記比較するための指示書が、データベースからの少なくとも１つの発現のレベルの値を受け取るための指示書を含む、請求項１３７に記載のコンピュータープログラム。
【請求項１４１】
前記受け取るための指示書が、ユーザーインターフェースを提供するための指示書を含む、請求項１３７に記載のコンピュータープログラム。
【請求項１４２】
被験体における罹患した肺細胞の発現プロフィールを分析するためのコンピュータープログラムであって、該コンピュータープログラムは、コンピューター読み取り可能媒体上に配置され、かつ、プロセッサーが、以下：
ａ）複数の値を含む少なくとも１つの質問発現プロフィールを受け取り、各値は、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の罹患した細胞における発現のレベルを表し、そして
ｂ）該少なくとも１つの質問発現プロフィールと複数の値を含む少なくとも１つの参照発現プロフィールとを比較し、各値は、発現が肺癌に特徴的である遺伝子の特定の細胞における発現のレベルを表す、
ための指示書を含む、コンピュータープログラム。