【手続補正書】
【提出日】平成18年7月19日(2006.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞、組織、または生物のプロテオームの全てまたは一部の複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定するインビトロでの方法であって、該方法が、以下の工程：
ａ）質量分析によって、該細胞、組織、または生物から得られた該プロテオームまたは該プロテオームの一部の個々のタンパク質を表すイオンの複数の質量アイソトポマーエンベロープを同定する工程であって、一種以上の同位体標識タンパク質前駆体が、該細胞、組織または生物に、一種以上の同位体標識が、該細胞、組織または生物のプロテオームまたはその一部の複数のタンパク質内に組み込まれるのに十分な期間の間、投与されていた、工程
ｂ）質量分析によって各同定されたタンパク質に対応する質量アイソトポマーエンベロープ内のイオンの相対的および絶対的質量アイソトポマー存在比を定量する、工程；および
ｃ）該複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定するために、各同定されたタンパク質の該分子フラックス速度を計算する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識タンパク質前駆体が、連続的に投与されていた、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識タンパク質前駆体が、規則的な測定間隔で投与されていた、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上のタンパク質前駆体が、経口的に投与されていた、方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、前記同定工程の前に、前記細胞組織または生物の、プロテオームまたはその一部の前記複数のタンパク質が、改変されていた、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、前記複数のタンパク質が、該タンパク質を化学的に変化させることによって改変されていた、方法。
【請求項７】
請求項５に記載の方法であって、前記複数のタンパク質が、該複数のタンパク質をペプチドまたは個々のアミノ酸に生化学的に分解することによって改変されていた、方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前記同定工程が、クロマトグラフィーによって前記プロテオームまたはプロテオームの一部の個々のタンパク質を同定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、前記複数のタンパク質が、前記細胞、組織、または生物のプロテオームを含む、方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記複数のタンパク質の合成速度および分解速度を示す工程をさらに包含する、方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上のタンパク質前駆体が、Ｈ２Ｏ、ＣＯ２、ＮＨ３、ＨＣＯ３およびアミノ酸からなる群より選択される一種以上の化合物を含む、方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記同位体標識が、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、３３Ｓおよび３４Ｓからなる群より選択される、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、前記同位体が、２Ｈである、方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識タンパク質前駆体が、２Ｈ２Ｏ、Ｈ２１８Ｏ、１３ＣＯ２、Ｃ１８Ｏ１７Ｏ、Ｈ１６ＣＯ３、１５ＮＨ３、２Ｈ標識アミノ酸、１３Ｃ標識アミノ酸、１５Ｎ標識アミノ酸、１８Ｏ標識アミノ酸、３４Ｓ標識アミノ酸、および３３Ｓ標識アミノ酸からなる群より選択される、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、前記同位体標識タンパク質前駆体が、２Ｈ２Ｏである、方法。
【請求項１６】
請求項１に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物が、ヒト細胞、ヒト組織、またはヒト生物である、方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識タンパク質前駆体が、不連続的に投与されていた、方法。
【請求項１８】
請求項１に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物が、診断剤または治療剤を事前に投与されていた、方法。
【請求項１９】
細胞、組織、または生物に対する、診断剤または治療剤の効果を決定するインビトロでの方法であって、以下の工程：
ａ）請求項１に記載の方法に従って、該細胞、組織、または生物中の複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定する、工程；
ｂ）請求項１に記載の方法に従って、該細胞、組織、または生物中の複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定する工程であって、該細胞、組織、または生物が、該診断剤または該治療剤を事前に投与されていた、工程；
ｃ）該細胞、組織、または生物に対する該診断治療剤の効果を決定するために、工程ａ）で決定された該分子フラックス速度と、工程ｂ）で決定された該分子フラックス速度とを比較する工程；
を包含する、方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物中の複数のタンパク質の分子フラックス速度に対する、診断剤または治療剤の効果が、薬物または他の治療剤の発見、開発または認可のために使用される、方法。
【請求項２１】
細胞、組織、または生物中の複数のタンパク質の分子フラックス速度に対する、一種以上の遺伝子の効果を決定するインビトロでの方法であって、以下の工程：
ａ）請求項１に記載の方法に従って、一種以上の細胞、組織、または生物の第１の集団中の複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定する工程であって、該第１の集団の細胞、組織、または生物が、該一種以上の遺伝子を含む、工程；
ｂ）請求項１に記載の方法に従って、一種以上の細胞、組織、または生物の第２の集団中の複数のタンパク質の分子フラックス速度を決定する工程であって、該第２の集団が、該一種以上の遺伝子を含まない、工程；
ｃ）複数のタンパク質の分子フラックス速度に対する、該一種以上の遺伝子の効果を決定するために、該第１の集団における分子フラックス速度と該第２の集団における分子フラックス速度とを比較する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
細胞、組織または生物のオルガネオームの全てまたは一部における複数の有機代謝物の合成速度および除去速度を決定するインビトロでの方法であって、該方法が、以下の工程：
ａ）質量分析によって、該細胞、組織、または生物から得られた該オルガネオームまたは該オルガネオームの一部の個々の有機代謝物を表すイオンの複数の質量アイソトポマーエンベロープを同定する工程であって、一種以上の同位体標識有機代謝物または有機代謝物前駆体が、該細胞、組織または生物に、該一種以上の同位体標識有機代謝物または有機代謝物前駆体からの一種以上の同位体標識が、該細胞、組織または生物のオルガネオームまたはその一部の複数の有機代謝物内に組み込まれるのに十分な期間の間、投与されていた、工程
ｂ）質量分析によって各同定された有機代謝物に対応する質量アイソトポマーエンベロープ内のイオンの相対的および絶対的質量アイソトポマー存在比を定量する、工程；および
ｃ）該複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を決定するために、各同定された有機代謝物の該合成速度または除去速度を計算する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法であって、前記一種以上の有機代謝物または有機代謝物前駆体が、Ｈ２Ｏ、ＣＯ２、ＮＨ３、ＨＣＯ３、アミノ酸、単糖類、炭水化物、脂質、脂肪酸、核酸、解糖中間体、酢酸、およびトリカルボン酸サイクル中間体からなる群より選択される、方法。
【請求項２４】
請求項２２に記載の方法であって、前記同位体標識が、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、３３Ｓまたは３４Ｓからなる群より選択される、方法。
【請求項２５】
請求項２４に記載の方法であって、前記同位体が、２Ｈである、方法。
【請求項２６】
請求項２２に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識有機代謝物または有機代謝物前駆体が、連続的に投与されていた、方法。
【請求項２７】
請求項２２に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識有機代謝物または有機代謝物前駆体が、規則的な測定間隔で投与されていた、方法。
【請求項２８】
請求項２２に記載の方法であって、前記一種以上の同位体標識有機代謝物または有機代謝物前駆体が、経口的に投与されていた、方法。
【請求項２９】
請求項２２に記載の方法であって、前記一種以上の同位体有機代謝物または有機代謝物前駆体が、不連続的に投与されていた、方法。
【請求項３０】
請求項２２に記載の方法であって、前記同定工程の前に、前記細胞、組織または生物のオルガネオームまたはその一部の前記複数の有機代謝物が、改変されていた、方法。
【請求項３１】
請求項２２に記載の方法であって、前記同定工程が、クロマトグラフィーによって前記オルガネオームまたはオルガネオームの一部の個々の有機代謝物を同定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３２】
請求項２２に記載の方法であって、前記複数の有機代謝物が、前記細胞、組織、または生物のオルガネオームを含む、方法。
【請求項３３】
請求項２２に記載の方法であって、前記複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を示す工程をさらに包含する、方法。
【請求項３４】
請求項２２に記載の方法であって、前記有機代謝物前駆体が、Ｈ２Ｏ、ＣＯ２、ＮＨ３、およびＨＣＯ３からなる群より選択される、方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法であって、前記有機代謝物前駆体が、Ｈ２Ｏである、方法。
【請求項３６】
請求項２２に記載の方法であって、前記同位体標識有機代謝物前駆体が、２Ｈ２Ｏ、３Ｈ２Ｏ、およびＨ２１８Ｏからなる群より選択される、方法。
【請求項３７】
請求項３６に記載の方法であって、前記同位体標識有機代謝物前駆体が、２Ｈ２Ｏである、方法。
【請求項３８】
請求項２２に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物が、ヒト細胞、ヒト組織、またはヒト生物である、方法。
【請求項３９】
請求項２２に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物が、診断剤または治療剤を事前に投与されていた、方法。
【請求項４０】
細胞、組織、または生物に対する、診断剤または治療剤の効果を決定するインビトロでの方法であって、以下の工程：
ａ）請求項２２に記載の方法に従って、該細胞、組織、または生物中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を決定する、工程；
ｂ）請求項２２に記載の方法に従って、該細胞、組織、または生物中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を決定する工程であって、該細胞、組織、または生物が、該診断剤または該治療剤を事前に投与されていた、工程；
ｃ）該細胞、組織、または生物に対する該診断治療剤の効果を決定するために、工程ａ）で決定された該複数の有機代謝物の合成速度または除去速度と、工程ｂ）で決定された該複数の有機代謝物の合成速度または除去速度とを比較する工程；
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法であって、前記細胞、組織、または生物中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度に対する、診断剤または治療剤の効果が、薬物または他の治療剤の発見、開発または認可のために使用される、方法。
【請求項４２】
細胞、組織、または生物中の複数の有機代謝物の分子フラックス速度に対する、一種以上の遺伝子の効果を決定するインビボでの方法であって、以下の工程：
ａ）請求項２２に記載の方法に従って、一種以上の細胞、組織、または生物の第１の集団中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を決定する工程であって、該第１の集団の細胞、組織、または生物が、該一種以上の遺伝子を含む、工程；
ｂ）請求項２２に記載の方法に従って、一種以上の細胞、組織、または生物の第２の集団中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を決定する工程であって、該第２の集団が、該一種以上の遺伝子を含まない、工程；
ｃ）該細胞、組織、または生物中の複数の有機代謝物の合成速度または除去速度に対する、該一種以上の遺伝子の効果を決定するために、該第１の集団および該第２の集団のおける複数の有機代謝物の合成速度または除去速度を比較する、工程、
を包含する、方法。
【請求項４３】
請求項２０に記載の方法によって発見されたかまたは開発された、診断剤または治療剤。
【請求項４４】
請求項４１に記載の方法によって発見されたかまたは開発された、診断剤または治療剤。