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　特願２００４−　５４２０５「ストレプトミセス属細菌用組換え体プラスミド」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年　９月　８日出願公開、特開２００５−２３７３３５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１６年２月２７日を出願日とする出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２１年１０月５日付手続補正書の特許請求の範囲請求項１に記載された、以下のとおりのものである。
　「ストレプトミセス属細菌で機能しうるストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株が保持する内因性プラスミドｐＮＯ３３由来の自律複製領域、及びストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有する組換え体プラスミドであって、前記自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡ、又は配列番号１に示す塩基配列を有するポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつストレプトミセス属細菌内で複製可能なＤＮＡである組換え体プラスミド。」（以下、「本願発明」という。）
　　　
２．引用例
　原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された、本願出願日前の２００２年（平成１４年）８月２０日に頒布された刊行物である特開２００２−２３３３８０号公報（以下、「引用例１」という。）には、下記の事項が記載されている。
１）「【請求項１】  （ａ） SEQ ID NO:１で表される塩基配列、または（ｂ） 塩基配列（ａ）において一部の塩基が欠失、置換または付加された塩基配列からなる、放線菌プラスミド由来のＤＮＡ分子。
【請求項２】  請求項１に記載のＤＮＡ分子または
その断片
【請求項３】  前記ベクターが放線菌を宿主とするベクターである、請求項２記載のベクター。
【請求項４】  前記ベクターが大腸菌を宿主とするためのベクターである、請求項２または３に記載のベクター。
【請求項５】  前記ベクターがプラスミドまたはウィルスである、請求項２〜４のいずれか１項に記載のベクター。」(特許請求の範囲)（下線は、当審が付与した。）、
２）「一方、ε−ポリリジン生産性放線菌の菌株は共通して環状プラスミドを有していることが知られており、その野生株であるストレプトマイセス  アルブラスＩＦＯ１４１４７株においても環状プラスミドの存在が確認され、ｐＮＯ３３と命名された（特開２０００−２２８９８１号公報）。」（１欄３４〜３９行）、
３）「近年の遺伝子工学の進展により、有用物質を生産する菌株にある特定の遺伝子を菌株の染色体上やその菌株を宿主とするプラスミドに導入して、より高い生産能を有する菌株を取得することが可能となっている。このため当該プラスミドｐＮＯ３３をベクターとして利用し、ε−ポリリジンの生産能を高めるような遺伝子を導入することにより、さらに高い生産能を有する菌株を取得することが可能となりうる。」（段落【０００４】）、
４）「しかし、ｐＮＯ３３は全長が約３７kbとプラスミドベクターとしては比較的大きいため、遺伝子操作を行ううえで物理的切断を受けやすく、また細胞に遺伝子導入する際の導入効率が低い等の問題点がある。そのため、ｐＮＯ３３のプラスミドを放線菌におけるベクターとして利用するためには、ｐＮＯ３３をプラスミドとしての機能を有する部分だけを残して再構築し、プラスミドを小型化することが所望される。」（２欄８〜１５行）、
５）「本発明は、前記ＤＮＡ分子またはその断片を含有するベクターに関する。ベクターはプラスミドまたはウィルスとすることができ、例えばプラスミドベクターには公知のプラスミド、または当該技術を参照して公知のプラスミドから容易に構築されるプラスミドベクターが包含される。プラスミドベクターは、遺伝子工学において使用される細菌（例えば、大腸菌、放線菌、枯草菌、乳酸菌など）を宿主とするベクターをすることができるが、放線菌、大腸菌をまたはその両方を宿主とするベクターが好ましい。」（段落【０００９】）、及び、
６）「こうしてプラスミドｐＮＯ３３の全塩基配列（SEQ ID NO:１）を決定した。」（４欄４５〜４６行）
　　
　原査定の拒絶の理由で引用文献２として引用された、本願出願日前の昭和６０年１０月３１日に頒布された刊行物である特開昭６０−２１７８９５号公報（以下、「引用例２」という。）には、下記の事項が記載されている。
１）「プラスミドｐＳＧ２、ｐＳＧ５またはｐＳＶＨ１に由来するストレプトミセス科レプリコン、および大腸菌（E.coli)レプリコンを含有するハイブリッドプラスミド。」（特許請求の範囲請求項１）、
２）「本発明はハイブリッドプラスミド特に大腸菌（E.coli）プラスミドとストレプトミセス科（Streptomycete)プラスミドpSG2（ヨーロッパ特許出願公開番号第６６７０１号）、pSVH1(ヨーロッパ特許出願公開番号第７０５２２号）ならびにpSG5（「ストレプトミセス科プラスミドpSG5、その取得法およびその使用」なる名称を有する同日出願の西ドイツ特許出願P34120920号の目的物でありそして第１図により特徴づけられる）との融合により生成しそしてそれゆえ大腸菌中のみならずストレプトミセス科中においても自律的に複製するいわゆるシャトルベクターに関する。さらに本発明によるシャトルベクターはマーカー、好ましくはストレプトミセス科および／または大腸菌における選択を可能にする抵抗性遺伝子を包含している。」（２頁右下欄６行〜３頁左上欄４行）、
３）「例えば必須でない領域を離脱させることにより本発明によるベクターのストレプトミセス科−プラスミド部分を修飾することももちろん可能である。従ってプラスミドpSG5において複製領域が最大BamHI断片（４．４５ｋｂ）中に存在する、すなわち第１図に相当する１〜３ｋｂの範囲中に存在することが見出された。従ってストレプトミセス科中で複製するベクターの構成にはこの「必須領域」で充分である。」（５頁左下欄９〜１７行）、
４）「ストレプトマイシス種中において充分に試験されたベクター（特にｐＳＷ３４４Ｅ、ｐＳＷ１およびｐＳＷ２４４ＢＧ）は調査された菌株（なかんずくストレプトマイシスリビダンス、ストレプトマイシスゲイシレンシス(S.geysirensis)、ストレプトマイシスガーナエンシス（S.ghanaensis)およびストレプトマイシスベネズエラ（S.venezuelae))中において安定でありそしてストレプトミセス科抵抗性遺伝子を発現する。」（６頁右上欄最終行〜左下欄９行）、
５）「プラスミドｐＳＬＥ４１の調製（ｐＡＣ系列の修飾されたプラスミドの例として）
ｐＳＬＥ４１の構成
　プラスミドを担持する細胞から知られた・・・・。チオストレプトン抵抗性を担持するＤＮＡ断片を得るにはｐＩＪ６−ＤＮＡをＢｃｌＩで切断する（操作は前出）。・・・・アガロースゲル中で寸法５．４ｋｂのプラスミド（ｐＡＣＹＣ　１８４　４．３ｋｂ＋チオ抵抗性　１．１ｋｂ）をさがす。」（実施例３）、及び、
６）「実施例４に従い操作するが、しかし下記のＢａｍＨＩを用いて直線状としたｐＳＧ５の「ミニマルレプリコン」をＢａｍＨＩで切断したｐＳＬＥ４１と連結させるとシャトルベクターｐＧＭ１０１が得られる。
　ｐＳＧ５からのミニマルレプリコンの構成
　前記のようにしてストレプトマイシスガーナエンシスＤＳＭ２９３２からプラスミドｐＳＧ５を単離する。プラスミドｐＳＬＥ４０およびｐＳＬＥ４１は知られた方法（マニアテイス氏他）により大腸菌から得られうる。
　ｐＳＬＥ４０またはｐＳＬＥ４１中にｐＳＧ５の断片がクローニングされる。すなわちＳｐｈＩ、ＢａｍＨＩおよびＢｇｌＩＩの断片がｐＳＬＥ４１のＳｐｈＩ、ＢａｍＨＩおよびＢｇｌＩＩ切断点に連結されそしてＰｓｔＩ断片がｐＳＬＥ４０のＰｓｔＩ切断点に連結される。クローニングするには２種類のプラスミド（ｐＳＬＥプラスミドおよびｐＳＧ５）を上記した酵素を用いて平行して線状となす。・・・・。
　これらプラスミドを慣用の方法に従いストレプトマイシスリビダンスＴＫ２３に形質転換させ・・・・そしてチオストレプトン抵抗性について選択する。・・・チオストレプトン抵抗性のコロニーから得られるすべてのプラスミドは複製に必要なｐＳＧ５プラスミドの遺伝子を担持している。従って総合した結果から合目的々な「ミニマルレプリコン」（ここでは４．４５ｋｂのＢａｍＨＩ断片）が確認され、このものは他のクローニング実験および比較によるオーバーラッピングクローニングによりさらにミニマム化されうる。」（実施例５）
　　　
　原査定の拒絶の理由で引用文献３として引用された、本願出願日前の昭和６１年３月７日に頒布された刊行物である特開昭６１−０４７１９２号公報（以下、引用例３という。）には、下記の事項が記載されている。
１）「ａ）プラスミドｐＪＬ１９２の〜２．５ｋｂＫｐｎＩ複製起源含有制限フラグメントと、ｂ）感受性を有する非制限宿主細胞に導入した時、少くとも１個の抗生物質に対する耐性を付与し得る１またはそれ以上のＤＮＡセグメントとを含む、適度に高いコピー数を有する組換えＤＮＡクローニングベクター。」（特許請求の範囲の請求項１）、
２）「更に、ｃ）大腸菌の複製起源を含有する制限フラグメントをも含む、第１項記載のベクター。」（特許請求の範囲の請求項３）、
３）「本発明のベクターは、１またはそれ以上の抗生物質耐性付与ＤＮＡフラグメントを、プラスミドｐＪＬ１９２の〜２．５ｋｂ複製起源含有制限フラグメントとライゲート（結合）することにより組立てられる。次いで、得られたベクターを、大腸菌プラスミドの、複製起源を含有し、抗生物質耐性を付与し得る機能的な制限フラグメントにライゲートすることにより、大腸菌およびストレプトマイセスの両者で選択可能であって、自己複製可能な二機能性ベクターを得ることができる。」（３頁左下欄１〜１０行）、及び、
４）「多くの異なった、プラスミドｐＪＬ１９２のストレプトマイセス複製起源含有フラグメントを組立てることができるが、本発明を例示するために本明細書中に記載したフラグメントは、全て〜２．５ｋｂ　ＫｐｎＩ制限フラグメントを含有していることを特徴とするものである。この〜２．５ｋｂＫｐｎＩ制限フラグメントは、プラスミドｐＪＬ１９２のＫｐｎＩ酵素による完全消化によって生成するフラグメントであり、適度に高いコピー数（細胞当り４０〜５０コピー）の誘導体プラスミドを生産することが見出された。プラスミドｐＪＬ１９２は、細胞当り１〜５という低いコピー数を有するプラスミドとして知られているストレプトマイシスプラスミドＳＣＰ２＊からの〜５．９ｋｂＥｃｏＲＩ−ＳａｌＩレプリコンフラグメントを含有している。」（３頁右下欄４〜１８行）
　　
　原査定の拒絶の理由で引用文献４として引用された、本願出願日前の平成４年１２月１７日に頒布された刊行物である特開平４−３６５４８６号公報（以下、「引用例４」という。）には、下記の事項が記載されている。
１）「抗酸菌　Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　（以下、Ｍ．　ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ　とする）のプラスミド遺伝子および大腸菌のプラスミドとを含み、該抗酸菌遺伝子がプラスミドの複製を担う遺伝子領域を含み、該大腸菌遺伝子が大腸菌プラスミドｐＡＣＹＣ１７７に由来し、形質転換大腸菌および形質転換抗酸菌の選択マーカーとなる遺伝子を含むことを特徴とする抗酸菌−大腸菌シャトルベクター。」（特許請求の範囲の請求項１）、及び、
２）「（２）ｐＹＴ９２１の構築
　ｐＹＴ９２は抗酸菌プラスミドｐＭＳＣ２６２由来の１２．２ｋｂの比較的大きいＤＮＡ断片を保持しているので実用的ではない。そこで、抗酸菌−大腸菌シャトルベクターとして必要にして十分な領域へ最適化することを行なった。欠失変異株を作製するために制限酵素地図を作成したところ、ｐＭＳＣ２６２側の１２．２ｋｂ断片上にＰｓｔＩサイトが２カ所存在した。一方、ｐＡＣＹＣ１７７側ではアンピシリン耐性遺伝子領域にＰｓｔＩサイトが１カ所存在するので、ｐＹＴ９２をＰｓｔＩで切断して欠失変異株を分離、ＢＣＧへの形質転換能を目印にスクリーニングを行なった。その結果ＰｓｔＩ断片のひとつ４．３ｋｂにＢＣＧでの複製に必要な機能が存在することが明かとなった。この部分を有する組換えプラスミドをｐＹＴ９２１（７．３ｋｂ）とした。
（３）ｐＹＴ９３７
さらに最適化を進めるためにｐＹＴ９２１の抗酸菌プラスミド由来ＤＮＡ部分について制限酵素地図を作成し、これをもとに種々の欠失変異株を作製した。ＢＣＧに対する形質転換能をよりどころにスクリーニングしたところ、ＰｓｔＩとＨｉｎｃＩＩ間の２．５ｋｂを含む組換え体プラスミドに形質転換能があった。また、この領域のほぼ中央に存在するＰｖｕＩＩサイトの左右どちらかが欠損したものでは、いずれも転換能がなかった（図１）。
これらのことからＢＣＧでの複製にはＰｖｕＩＩ近傍が必要である。この２．５ｋｂＤＮＡ断片（配列表配列番号１）をアンピシリン耐性・カナマイシン耐性両遺伝子を生かした形でプラスミドｐＡＣＹＣ１７７に組み込んだ組換えプラスミドをｐＹＴ９３７として最終的なシャトルベクターとした（図２）。」（段落【００１７】〜【００１８】）
　　
　原査定の拒絶の理由で引用文献５として引用された、本願出願日前の平成９年８月１２日に頒布された刊行物である特開平９−２０６０７７号公報（以下、「引用例５」という。）には、下記の事項が記載されている。
１）「【請求項１】 下記式化１で示される制限酵素認識部位を有し、約１１．５ｋｂ長であるプラスミドｐＣＰ５３。
【請求項２】  請求項１記載のプラスミドｐＣＰ５３の複製開始領域、細菌由来の複製開始領域、及びマーカー遺伝子を含むプラスミドベクター。」（特許請求の範囲）、
２）「本発明者は、ラクトバチルス・ヘルベティカス等に属する菌株のプラスミドの有無及びその分子量を検討した結果、ラクトバチルス・ヘルベティカスＣＰ５３株から、安定に保持され高コピー数である新規なプラスミドを見い出し、さらにこの新規なプラスミドを改変することにより、効率的に形質転換を行うことができる有用なプラスミドベクターを得、本発明を完成した。
　即ち、本発明によれば、下記式化３で示される制限酵素認識部位を有し、約１１．５ｋｂ長であるプラスミドｐＣＰ５３が提供される。」（段落【０００５】〜【０００６】）、及び、
３）「２）ｐＣＰ５３プラスミド複製開始領域のクローニング
前述のグラム陽性菌複製開始点検索用ベクターｐＨＹＤ  １μｇをＨｉｎｄＩＩＩで切断したものと、ｐＣＰ５３  １μｇをＨｉｎｄＩＩＩで切断したものとを混合し、Ｔ４ＤＮＡリガーゼにより連結した。このＤＮＡを大腸菌ＨＢ１０１に形質転換し、２０μｇ／ｍｌのテトラサイクリンを含むＬＢ寒天培地で生育株を選択した。得られた形質転換体から得られたＤＮＡを１％アガロースゲル電気泳動で分析した結果、ｐＣＰ５３由来と思われる様々の大きさのＨｉｎｄＩＩＩ断片がｐＨＹＤベクターに挿入されていることを確認した。
　次に、これら各種のプラスミドをラクトバチルス・パラカゼイに導入し、４μｇ／ｍｌのテトラサイクリンを含むＧＡＭ培地で生育株をスクリーニングした。・・・。得られた形質転換体についてプラスミドを１％アガロースゲル電気泳動により分析したところｐＣＰ５３の約２ｋｂの断片を含む４．７ｋｂのプラスミドの存在が確認された。従って、ｐＣＰ５３の約２．０ｋｂＤＮＡ断片にｐＣＰ５３の複製開始領域（Ori-pCP53）が含まれることが明らかとなった。このベクターは大腸菌あるいはラクトバチルス属での複製可能なシャトルベクターとしての利用が可能であり、ｐＣＰ５３Ｄと命名した。一方、この２．０ｋｂＤＮＡ断片を含まないｐＨＹＤ（２．７ｋｂ）ベクターのみではテトラサイクリン形質転換体は得られなかった。」（段落【００２６】〜【００２８】）
　　
 ３．対比・判断
（１）本願発明について
　本願明細書の段落【０００５】には、「ε-ポリ-L-リジン生産菌であるストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株及び該菌株に由来する変異株は、環状のプラスミドＤＮＡｐＮＯ３３を保有することが知られており（特許文献６参照）、該プラスミドの全塩基配列についても明らかにされている（特許文献７参照）。」と、段落【０００７】には、「本発明者らは、鋭意研究の結果、まず既に、特開２０００−２２８９８１号公報によって明らかにされているストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株由来プラスミドｐＮＯ３３の自律複製領域を特定し、この領域と薬剤耐性遺伝子を連結した組換え体プラスミドｐＢＢＨ４を、該薬剤感受性のストレプトミセス・リヴィダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ）を用いて構築した。」と、段落【００１２】には、「ｐＮＯ３３に由来する自律複製領域は、ｐＮＯ３３の全長であってもよいが、遺伝子操作を容易にするために、ｐＮＯ３３の一部であることが好ましい。
　ｐＮＯ３３の一部としては、配列番号１に示す塩基配列を有する領域を挙げることができる。この領域は、ｐＮＯ３３を制限酵素ＢｃｌＩとＢａｍＨＩで切断して得られる約４．１ｋｂｐの領域である。」と記載されている。
　よって、本願発明に係る組換え体プラスミドは、ストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株が保持し、その全配列が公知であるプラスミドｐＮＯ３３について、制限酵素ＢｃｌＩとＢａｍＨＩで切断して得られる約４．１ｋｂｐの領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するという知見に基づくものである。
　ここで、本願明細書段落【００１２】の記載より、「配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡ」とは、ｐＮＯ３３をＢｃｌＩとＢａｍＨＩで切断して得られる約４．１ｋｂｐのＤＮＡを意味するものである。
　よって、本願発明の「前記自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡ」であることにより特定される発明は、「ストレプトミセス属細菌で機能しうるストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株が保持する内因性プラスミドｐＮＯ３３由来の自律複製領域、及びストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを含むDNAセグメントを有する組換え体プラスミドであって、前記自律複製領域が、ｐＮＯ３３をＢｃｌＩとＢａｍＨＩで切断して得られる約４．１ｋｂｐのＤＮＡである組換え体プラスミド」と読みかえられる。
　
　そして、本願発明は、「自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡ、
又は
　
「ストレプトミセス属細菌で機能しうるストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株が保持する内因性プラスミドｐＮＯ３３由来の自律複製領域、及びストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有する組換え体プラスミドであって、前記自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡである組換え体プラスミド。」（以下、「本願特定発明」という。）
　
（２）対比・判断（その１）
（２−１）対比
　引用例１の記載事項１）、２）及び６）より、引用例１には、全塩基配列がSEQ ID NO:1の塩基配列からなるストレプトマイセス　アルブラスIFO14147株由来の環状プラスミドpNO33の、
断片
　本願特定発明と引用発明１とを対比すると、両者は、「ストレプトミセス・アルブラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｌｂｕｌｕｓ）ＩＦＯ１４１４７株が保持する内因性プラスミドｐＮＯ３３由来の断片を有する組換え体プラミド」という点で共通し、本願特定発明は、当該断片が、ストレプトミセス属細菌で機能しうる自律複製領域であるのに対し、引用発明１においては、そのような領域であることの記載はない点（相違点１）、本願特定発明は、組換え体プラスミドがストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有するものであるのに対し、引用発明１においては、そのような薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有するものであることの記載はない点（相違点２）、及び、本願特定発明は、自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡであることが特定されているのに対し、引用発明１では、自律複製領域の塩基配列が明らかにされていない点（相違点３）で両者は相違する。
　　
（２−２）当審の判断
（イ）相違点１〜３について
　引用例１の記載事項４）には、「ｐＮＯ３３のプラスミドを放線菌におけるベクターとして利用するためには、ｐＮＯ３３をプラスミドとしての機能を有する部分だけを残して再構築し、プラスミドを小型化することが所望される」と記載されている。ここで、当該技術分野の技術常識を参酌すると、「プラスミドとしての機能を有する部分」として、複製機能を担う領域である、自律複製領域を当業者は想起するといえる。
　また、放線菌及び大腸菌の両方を宿主とするプラスミドベクターとは、両方の自律複製領域を含むものであることは、引用例２〜５に示されるように、当業者の技術常識である。
　そうすると、引用例１記載事項４）の、ｐＮＯ３３をプラスミドとしての機能を有する部分だけを残して再構築し、プラスミドを小型化することが所望されるとの記載、及び、記載事項５）の、DNA分子の断片を含有するプラスミドベクターに関し、特に、放線菌及び大腸菌の両方を宿主とするものが好ましいとの記載に触れた当業者であれば、新たな組換えプラスミドを構築するために、引用例1に記載されるpNO33の自律複製領域を特定することは、容易に想到する事項である。
　そして、引用例２の記載事項３）、６）、引用例３の記載事項４）、引用例４の記載事項３）、及び、引用例５の記載事項３）にあるように、ストレプトミセス属細菌等の細菌と大腸菌とのシャトルベクターを調製するに際し、当該細菌で複製可能な領域を特定するために、シャトルベクターのもととなるプラスミドを制限酵素を用いて断片化し、宿主に形質転換することで複製能を有する制限酵素断片を選択する手法は周知であった。
　また、引用例２の記載事項５）及び６）には、ストレプトマイシスガーナエンシスからのプラスミドpSG5の自律複製領域を特定するために、制限酵素により当該プラスミドを断片化し、チオストレプトン抵抗性を付与する遺伝子とともにストレプトマイシスリビダンスに形質転換し、チオストレプトン抵抗性を指標に自律複製能を有する断片を選択することも記載されている。
　してみれば、引用例1に記載のストレプトミセス属細菌からのプラスミドであるｐＮＯ３３について、引用例２〜５に記載される技術を適用し、その全長を適当な制限酵素により断片化し、ストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーであるチオストレプトン抵抗性を付与する遺伝子と連結し、ストレプトミセスリビダンス等の適当な細菌を宿主として用いて、チオストレプトン抵抗性を指標に自律複製能を有する断片を選択し、自律複製を可能とする領域を特定することで、ｐＮＯ３３を制限酵素ＢｃｌＩとＢａｍＨＩで切断して得られる領域である本願の配列番号１に示す塩基配列を有する自律複製領域を特定することは、当業者が容易になし得たことである。
　そして、本願特定発明が、引用例１〜５より、予測し得ない顕著な効果を奏するとも認められない。
　　
　よって、本願特定発明は、引用例１〜５に記載された発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　
（３）対比・判断（その２）
（３−１）対比
　引用例１の記載事項１）、２）、５）及び６）より、引用例１には、ｐＮＯ３３の全塩基配列であるSEQ ID NO:1の塩基配列からなる、ストレプトマイセス　アルブラスIFO14147株由来の環状プラスミド（ｐＮＯ３３）由来のDNA分子、を含む組換えプラスミドベクター（以下、「引用発明２」という。）が記載されている。
　ここで、ｐＮＯ３３の全長が、ストレプトミセス属細菌で機能しうる自律複製領域を有していることは明らかであり、そして、引用例１には、当該領域の塩基配列の記載はないが、事実として、本願明細書においてｐＮＯ３３の自律複製領域の塩基配列として特定されている配列番号１の配列を有するものである。
　本願特定発明と引用発明２とを対比すると、両者は、「ストレプトミセス属細菌で機能しうるストレプトミセス・アルブラスＩＦＯ１４１４７株が保持する内因性プラスミドｐＮＯ３３由来の自律複製領域を有する組換え体プラスミドであって、前記自律複製領域が、配列番号１に示す塩基配列を有するＤＮＡである組換え体プラスミド」という点で共通し、本願特定発明は、組換え体プラスミドがストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有するものであるのに対し、引用発明２においては、そのような薬剤マーカーを含むＤＮＡセグメントを有するものであることの記載はない点（相違点４）で両者は相違する。
　　
（３−２）当審の判断
（ロ）相違点４について
　遺伝子工学に用いる宿主に形質転換可能なプラスミドの導入がなされた株を簡便に選択するために、当該プラスミドに対して宿主に薬剤耐性を与えるマーカーを導入する手法は当業者の慣用技術であったから、引用例１の記載事項２）及び３）にあるように、ストレプトミセス属細菌に形質転換することが想定された引用発明２に対して、ストレプトミセス属細菌に耐性を与える薬剤マーカーを導入することは、当業者が容易になし得たことである。
　そして、本願特定発明が、予測し得ない顕著な効果を奏するとも認められない。
　よって、本願特定発明は、引用例１に記載された発明及び慣用技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　　　　
４．請求人の主張
　審判請求人は、平成２２年２月１７日付審判請求書の請求の理由において、以下の主張をしている。
　「前記４．１ｋｂｐの領域の塩基配列（配列番号１）は、引用文献１に記載される通り本発明者らが解読したものであるが、本願出願時においてその機能は明らかでなかった。そして、この領域が前記プラスミドの自律複製に必要な領域であることは、既知の塩基配列から類推できるものではなかった。さらに、前記４．１ｋｂｐの領域の塩基配列（配列番号１）と相同性のある塩基配列が前記プラスミドの自律複製機能を有するという報告例も本願出願時には一切存在せず、引用文献１の記載から該配列とその機能を類推することもできなかった。そのため、本発明者らは、プラスミド複製の安定性、コピー数、ベクターとしての操作性等を指標として一つずつ検討しながら該自律複製領域を特定し、その結果、宿主ベクターの小型化を達成し組換え体プラスミドｐＢＢＨ４を構築した。 
 　ここで、参考資料１（Practical Streptomyces Genetics (2000) p.230）に記載されているようにストレプトマイセス属細菌には、形質転換効率を劇的に低下させる特有の強い制限系が存在するという問題や、種毎に特異的な形質転換条件が要求され、他の微生物のように同属菌間の共通の遺伝子操作系が確立されていないという問題がある。すなわち、ストレプトマイセス属細菌においては、自律複製領域を特定するための遺伝子操作自体に多大な困難が伴うため、個々の菌株ごとに多大な工夫を要することとなる。このような状況下で、本発明者らが試行錯誤の末に自律複製領域を特定し、宿主ベクターの小型化を実現したことは、当業者であっても容易になし得たものではない。」
　　
　しかしながら、本願明細書の記載（特に、段落【００２５】）をみても、ｐNO33の自律複製領域を特定するにあたり、pNO33プラスミドを制限酵素で消化した断片とマーカー遺伝子として周知であるチオストレプトン遺伝子を含むDNA断片とを連結したものを、宿主として汎用されるストレプトミセス・リヴィダンス（必要であれば、引用例３の１７頁左下欄９〜１９行参照。）に形質転換し、チオストレプトン耐性を指標に形質転換株を取得するという、通常の範囲内の手法を採用しているにすぎず、当該手法は、特に、引用例２に記載されている手法と同等のものにすぎない。
　さらに、参考資料１の、審判請求人が下線を付し、かつ参考資料２にその抄訳を示した記載をみるに、ストレプトマイセス菌株にエレクトロポーション法によりDNAを導入する場合に、異なる株により特異的な条件が必要とされるかもしれないこと、また、多くの放線菌が形質転換効率を劇的に減じるシステムを有していることは理解されるものの、そうであっても、本願発明に至るために、宿主及び形質転換条件等の選択が困難であったとは認められないことは、上記した通りである。
　
　したがって、請求人の主張は採用できない。
　　　　
５．むすび
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、引用例１〜５に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであり、また、引用例１に記載された発明及び慣用技術に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　よって、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。