【手続補正書】
【提出日】平成18年7月19日(2006.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  HPV-11からのE1タンパク質のアミノ酸配列に従ってナンバリングしてアミノ酸353-438から実質的になるアミノ酸配列、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項２】  自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるＮ末端切断型E1タンパク質。
【請求項３】  前記E1タンパク質がほぼその最初の70Ｎ末端アミノ酸を欠失されている請求の範囲第２項記載のE1タンパク質。
【請求項４】  前記タンパク質がHPV-11からのE1タンパク質のアミノ酸配列に従ってナンバリングしてアミノ酸72-649により境界を定められる請求の範囲第３項記載のE1タンパク質、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項５】  配列番号２により特定されるアミノ酸配列、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項６】  配列番号３により特定されるアミノ酸配列、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項７】  配列番号４により特定されるアミノ酸配列、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項８】  配列番号78により特定されるアミノ酸配列、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるそのあらゆる変異体、誘導体又はフラグメント。
【請求項９】  前記配列がワタオウサギパピローマウイルス(CRPV)、ウシパピローマウイルス(BPV)、又はヒトパピローマウイルス(HPV)からのものである請求の範囲第１項記載のアミノ酸配列。
【請求項１０】  前記HPV E1タンパク質が型６、11、及び13からなる群から選ばれた前記低リスクHPV型からのものである請求の範囲第９項記載の配列。
【請求項１１】  前記HPV E1タンパク質が型16、18、31、33、35、42、52、又は58からなる群から選ばれた前記高リスクHPV型からのものである請求の範囲第９項記載の配列。
【請求項１２】
a.配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号78、及び、自己会合することができ、かつ完全長E1タンパク質と会合することができるこれらのあらゆる誘導体、変異体又はフラグメントからなる群から選ばれるE1タンパク質をDNAフラグメントと合わせ、所定の時間の期間にわたってインキュベートしてE1タンパク質及びDNAに複合体を形成させる工程、
b.前記E1タンパク質/DNA複合体を複合体形成しなかったDNAから単離する工程、
c.前記DNAを検出する工程（DNAの存在はE1タンパク質のPV起点への結合を示し、従ってE1オリゴマー化と相関関係がある）
を含むことを特徴とするオリゴマー化アッセイ。
【請求項１３】  E1オリゴマー化を抑制することができる薬剤のスクリーニング用のアッセイであって、このアッセイが請求の範囲第１２項記載の工程を含み、更に
a.薬剤を請求の範囲第１２項において特定される前記E1と接触させ、その後にDNAフラグメントと合わせ、所定の時間の期間にわたってインキュベートしてE1タンパク質/DNAに複合体を形成させる工程、及び
b.これらの結果を対照サンプルと比較する工程（対照サンプルは同様に処理されるが、前記薬剤が添加されない）
を含むことを特徴とするアッセイ。
【請求項１４】  前記DNAがE1結合の特異性を増進する複製起点を含む請求の範囲第１２項記載のアッセイ。
【請求項１５】  前記E1を２種のDNAフラグメントの混合物と合わせる請求の範囲第１４項記載のアッセイであって、前記DNAフラグメントの一種は複製起点を含み、また第二のフラグメントは異なる長さのDNAからなるため前記起点を含むDNAから区別でき、かつ前記起点を含むDNAに結合されたE1の量が非特異的結合の量と比較し得るアッセイ。
【請求項１６】  前記E1-DNA複合体が、カラムクロマトグラフィー、遠心分離、抽出、濾過、免疫沈澱により、又はE1タンパク質に対して誘導された抗体を使用して固体担体に固定することにより遊離DNAから単離される請求の範囲第１２項記載のアッセイ。
【請求項１７】  前記抗体を前記固体担体に固定して遊離DNAが培養培地と共に除去されるようにすることにより前記E1-DNAが単離される請求の範囲第１６項記載のアッセイ。
【請求項１８】  前記抗体がポリクローナル抗体である請求の範囲第１６項記載のアッセイ。
【請求項１９】  前記複合体形成したDNAを前記E1/DNA複合体から放出し、その後に前記DNAを検出する請求の範囲第１２項記載のアッセイ。
【請求項２０】  前記DNAを放射性同位元素で標識し、ゲル電気泳動、続いて放射性像形成により検出する請求の範囲第１９項記載のアッセイ。
【請求項２１】  前記DNAを比色色素で標識し、分光光度で検出する請求の範囲第１９項記載のアッセイ。
【請求項２２】  前記アッセイをATP/Mgの存在下又は不在下で低温で行う請求の範囲第１２項又は第１３項記載のアッセイ。
【請求項２３】  前記アッセイをATP/Mgの存在下で高温で行う請求の範囲第１２項又は第１３項記載のアッセイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
“ドメイン”又は“領域”という用語はタンパク質内の特定の機能又は構造を特定する特定のアミノ酸配列を表す。本明細書の例として、パピローマウイルスE1タンパク質内に含まれる本発明のオリゴマー化ドメインがある。
本明細書に使用される“表される”という用語は表しているアミノ酸を除くと称されるアミノ酸の間に含まれるタンパク質又はペプチドセグメントを意味する。例えば、アミノ酸30-100により表されるタンパク質はアミノ酸30（除かれる）とアミノ酸100（除かれる）の間に位置されるあらゆる長さのあらゆるタンパク質もしくはペプチドセグメント又はそのあらゆる変異体、誘導体もしくはフラグメントを表す。
本明細書に使用される“境界を定められた”という用語は境界を定めるアミノ酸を入れると称されるアミノ酸からなるタンパク質又はペプチドセグメントを意味する。例えば、アミノ酸31-99により境界を定められたタンパク質はアミノ酸31-99を含むタンパク質もしくはペプチドフラグメント又はそのあらゆる変異体もしくは誘導体を表す。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
この第二の実施態様の特別な局面によれば、E1タンパク質と同時免疫沈殿されたDNAの減少を測定することによりE1オリゴマー化を抑制することができる薬剤をスクリーニングするためのアッセイが提供される。
更に特別には、この第二の実施態様は
a.E1タンパク質をDNAフラグメントと合わせ、所定の時間の期間にわたってインキュベートしてE1タンパク質及びDNAに複合体を形成させる工程、
b.E1タンパク質/DNA複合体を複合体形成しなかったDNAから単離する工程、
c.DNAを検出する工程（DNAの存在はE1タンパク質のDNAへの結合を示し、従ってE1オリゴマー化と相関関係がある）
を含むことを特徴とするオリゴマー化アッセイを提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３２】
このアッセイに使用されるE1は本発明のアミノ酸配列、完全長E1タンパク質、Ｎ末端切断型E1タンパク質（e1*）及びこれらのあらゆる誘導体、変異体又はフラグメントから選ばれてもよい。
この特別な実施態様に使用されるDNAフラグメントはE1結合の特異性を増進するために複製起点を含むことが好ましい。E1は２種のDNAフラグメントの混合物と合わされることが更に好ましく、その一種は複製起点を含み、また第二のフラグメントは異なる長さのDNAからなり、その結果、それがoriを含むDNAから区別でき、またoriを含むDNAに結合されたE1の量が非特異的結合の量と比較し得る。
特に、E1-DNA複合体はカラムクロマトグラフィー、遠心分離、抽出、濾過、又は免疫沈澱により遊離DNAから単離される。E1-DNAは抗体をSPAビードの如き固体担体又は試験プレートからのウェルの下部に固定することにより単離されることが更に好ましく、その結果、培養培地が除去される時、遊離DNAも共に除去される。
特に、E1はポリクローナル抗体を使用して免疫沈澱又は固定される。更に特別には、ポリクローナル抗体がK71又はK72である。
複合体形成されたDNAが検出される前に、DNAがE1/DNA複合体から放出されることが好ましい。このような放出は、例えば、有機抽出により行なわれてもよい。