【手続補正書】
【提出日】平成17年10月20日(2005.10.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２における残基12〜471に相当し、野生型における220位または222位をプロリン置換することで修飾された、野生型配列の残基31〜490を含み、
場合によっては最大で30個の他の位置が変更され、31位よりN末端側の領域が図10の野生型以外である
P450 2C9タンパク質変異体。
【請求項２】
221位がプロリンではない、請求項1に記載のタンパク質。
【請求項３】
配列番号（2x＋2）（式中、xは1〜52の整数である）からなる群から選択される、請求項1に記載のタンパク質。
【請求項４】
結晶状の請求項１〜３のいずれか１項に記載のタンパク質。
【請求項５】
表1、2、3および8のいずれか１つの座標、または前記表の骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する座標によって規定される構造を有するP450 2C9タンパク質の結晶。
【請求項６】
分子構造とP450構造との相互作用を分析するためのコンピュータ・ベースの方法であって、
(a)  表1、2、3および8のいずれか１つの2C9 P450構造または前記表の骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する座標；またはその選択座標を準備するステップと、
(b)  前記P450構造またはその選択座標に一致させる分子構造を準備するステップと、
(c)  前記分子構造を前記P450構造に一致させるステップ、
とを含む、前記方法。
【請求項７】
前記一致させるステップが、分子構造と、表4もしくは6の2C9結合ポケット領域のアミノ酸に由来する少なくとも１つの原子との間の、電荷もしくは立体的要件によってもたらされる相互作用を計算することを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記分子構造を有する化合物を入手または合成するステップと、
前記化合物をP450タンパク質と接触させて前記P450と相互作用する前記化合物の能力を決定するステップとをさらに含む、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記分子構造を有する化合物を入手または合成するステップと、
2C9 P450タンパク質と前記化合物の複合体を形成するステップと、
X線結晶学によって前記複合体を解析して、前記P450と相互作用する前記化合物の能力を決定するステップとをさらに含む、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１０】
前記分子構造を有する化合物を入手または合成するステップと、
前記化合物が前記P450構造体によってどのように代謝されるかを決定または予測するステップと、
前記化合物構造と前記P450との相互作用を変えるように前記化合物構造を改変するステップとをさらに含む、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１１】
未知構造のP450ホモログまたはアナログの3次元構造を予測する方法であって、
未知3次元構造の標的P450タンパク質のアミノ酸配列の表示を表1、2、3または8のP450のアミノ酸配列と整列させて前記各アミノ酸配列の相同領域を一致させるステップと、
未知構造の前記標的P450における一致した相同領域の構造を、表1、2、3および8のいずれか１つの骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する2C9 P450構造の対応する領域を基にしてモデリングするステップと、
前記一致した相同領域の構造を実質的に保存している未知構造を有する前記標的P450のコンホメーションを決定するステップとを含む方法。
【請求項１２】
タンパク質の構造を決定する方法であって、
表1、2、3および8のいずれか１つの骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する2C9 P450構造の座標、またはその選択座標を準備するステップと、
（a）前記タンパク質の構造をもたらすように、前記タンパク質の結晶単位格子中に前記座標を配置するステップ、または（b）前記座標を操作することによって前記タンパク質のNMRスペクトル・ピークを割り当てるステップのどちらかとを含む方法。
【請求項１３】
P450タンパク質に結合する化合物の構造を決定する方法であって、
P450タンパク質の結晶を準備するステップと、
前記結晶に前記化合物をソーキングして複合体を形成するステップと、
表1、2、3および8のいずれか１つの骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する2C9 P450構造のデータ、またはその一部を使用することによって前記複合体の構造を決定するステップとを含む方法。
【請求項１４】
P450タンパク質に結合する化合物の構造を決定する方法であって、
P450タンパク質を前記化合物と混合するステップと、
P450タンパク質-化合物複合体を結晶化させるステップと、
表1、2、3および8のいずれか１つの骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する2C9 P450構造のデータ、またはその一部を使用することによって複合体の構造を決定するステップとを含む方法。
【請求項１５】
P450 2C9タンパク質と相互作用する化合物の能力を評価する方法であって、
前記化合物を入手または合成するステップと、
P450 2C9タンパク質と前記化合物の結晶化複合体を形成させ、前記複合体がX線を回折して3.1Åよりも優れた分解能で前記複合体の原子座標を決定するステップと、
前記複合体をX線結晶学によって解析して、前記P450 2C9タンパク質と相互作用する前記化合物の能力を決定するステップとを含む方法。
【請求項１６】
請求項１〜５のいずれか１項に記載の2C9タンパク質をコードする配列を含む核酸。
【請求項１７】
プロモーターに作動可能に結合された請求項１６に記載の核酸を含むベクター。
【請求項１８】
請求項１７に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１９】
タンパク質を発現する条件下で請求項１８の宿主細胞を培養するステップと、前記タンパク質を回収するステップとを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のタンパク質を調製する方法。
【請求項２０】
前記タンパク質を結晶化するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
P450、P450ホモログもしくはアナログ、P450と化合物の複合体、またはP450ホモログもしくはアナログと化合物の複合体に対して相互作用する化合物の構造を生成しおよび/または最適化を実施するためのデータを提供する方法であって、
（i）（a）表1、2、3および8のいずれか１つの骨格原子から2.0Å未満の二乗平均平方根偏差（rmsd）を有する2C9 P450の3次元構造、またはそれらの複数の原子の座標、を規定する原子座標データと、（b）表1、2、3もしくは8の原子座標データから導出可能なP450の構造因子データと、（c）表1、2、3または8のデータに基づく標的P450ホモログまたはアナログの相同モデリングによって作成される前記標的P450ホモログまたはアナログの原子座標データと、（d）表1、2、3または8のデータを参照してX線結晶学的データまたはNMRデータを解釈することによって作成されるタンパク質の原子座標データと、（e）（c）または（d）の原子座標データから導出可能である構造因子データ、のうちの少なくとも１つを含むコンピュータ読取り可能なデータを含む遠隔装置との通信を確立するステップと、
（ii）前記コンピュータ読取り可能なデータを前記遠隔装置から受信するステップとを含む方法。
【請求項２２】
請求項６〜１０のいずれか１項により規定されるコンピュータ・ベースの方法において、前記データを用いることをさらに含む、請求項２１に記載の方法。