【手続補正書】
【提出日】平成17年10月17日(2005.10.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類：
（a）複数の酵母反応物を複数の酵母反応と関係づけるデータ構造であって、該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該酵母反応は、関連した遺伝子を示すために注釈がついている、データ構造；
（b）該関連した遺伝子を特徴づける情報を含む遺伝子データベース；
（c）該複数の酵母反応のための制約セット；ならびに
（d）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定するためのコマンドとを含み、該少なくとも1つのフラックス分布は、酵母生理機能を予測するコマンド。
【請求項２】
請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類であって、該複数の酵母反応物の少なくとも1つの反応物または該複数の酵母反応の少なくとも1つの反応は、サブシステムまたはコンパートメントに割り当てる注釈がついている、媒体または媒体類。
【請求項３】
複数の反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項４】
末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項５】
酵母生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項６】
酵母生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項７】
データ構造が、1組の線形代数方程式を含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項８】
データ構造が、マトリックスを含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項９】
コマンドが、最適化プログラムを含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項１０】
コマンドが、線形プログラムを含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項１１】
請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類であって、複数の酵母反応における第一の基質または産物は、第一のコンパートメントに割り当てられ、かつ該複数の酵母反応における第二の基質または産物は、第二のコンパートメントに割り当てられる、媒体または媒体類。
【請求項１２】
複数の酵母反応が、複数の関連した遺伝子を示すための注釈がついており、かつ該遺伝子データベースが、複数の関連した遺伝子を特徴づける情報を含む、請求項1記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項１３】
以下を含む、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類：
（a）複数の酵母反応物を複数の酵母反応と関係づけるデータ構造であって、該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含むデータ構造；
（b）該複数の酵母反応のための制約セット；および、
（c）該制約セットが、データ構造に適用されるときに目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、ここにおいて該少なくとも1つのフラックス分布は、酵母増殖を決定するコマンド。
【請求項１４】
以下の段階を含む酵母生理機能を予測するための方法：
（a）複数の酵母反応物を複数の反応と関連づけるデータ構造であって、該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該酵母反応は、関連した遺伝子を示すための注釈がついているデータ構造を提供する段階；
（b）該複数の酵母反応のための制約セットを提供する段階；
（c）目的関数を提供する段階；ならびに、
（d）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、該目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより該遺伝子に関連した酵母生理機能を予測する段階。
【請求項１５】
複数の酵母反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
酵母生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項14記載の方法。
【請求項１８】
酵母生理機能が、解糖、TCAサイクル、ペントースリン酸経路、呼吸、アミノ酸の生合成、アミノ酸の分解、プリンの生合成、ピリミジンの生合成、脂質の生合成、脂肪酸の代謝、補助因子の生合成、細胞壁成分の代謝、代謝産物の輸送、および炭素源、窒素源、酸素源、リン酸塩供与源、水素供与源、または硫黄源の代謝からなる群より選択される、請求項14記載の方法。
【請求項１９】
データ構造が、1組の線形代数方程式を含む、請求項14記載の方法。
【請求項２０】
データ構造が、マトリックスを含む、請求項14記載の方法。
【請求項２１】
フラックス分布が、線形プログラミングによって決定される、請求項14記載の方法。
【請求項２２】
請求項14記載の方法であって：
（e）（a）部分のデータ構造と比較して少なくとも1つの付加された反応を含む、改変データ構造を提供する段階、
（f）制約セットが該改変データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより酵母生理機能を予測する段階、
をさらに含む方法。
【請求項２３】
少なくとも1つの添加された反応の少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも1つの関係物を同定することが、該少なくとも1つの反応と酵母タンパク質を関連させる段階を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
タンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定することにより、酵母生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項23記載の方法。
【請求項２７】
以下の段階を含む、請求項14記載の方法：
（e）（a）部分のデータ構造と比較して少なくとも1つを欠いている改変データ構造を提供する段階、および
（f）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより酵母生理機能を予測する段階。
【請求項２８】
少なくとも1つの反応における少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも1つの関係物を同定する段階が、該少なくとも1つの反応と酵母タンパク質を関連させる段階を含む、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも1つの反応を行うタンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定し、これにより、酵母生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項28記載の方法。
【請求項３２】
以下の段階を含む、請求項14記載の方法：
（e）（a）部分のデータ構造の該少なくとも1つの反応のための制約と比較して、少なくとも1つの反応のための変更制約を含む該改変制約セットを提供する段階と、および
（f）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、該目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより酵母生理機能を予測する段階。
【請求項３３】
少なくとも1つの反応の少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
少なくとも1つの関係物を同定することが、少なくとも1つの反応と酵母タンパク質を関連させる段階を含む、請求項33記載の方法。
【請求項３５】
タンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定し、これにより酵母生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項33記載の方法。
【請求項３７】
酵母の1つまたは複数の遺伝子またはタンパク質と、データ構造の1つまたは複数の反応を関連づける遺伝子データベースを提供する段階をさらに含む、請求項14記載の方法。
【請求項３８】
以下の段階を含む、酵母増殖を予測するための方法：
（a）複数の酵母反応物を複数の酵母反応と関連づけるデータ構造であって、該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、データ構造を提供する段階；
（b）該複数の酵母反応のための制約セットを提供する段階；
（c）目的関数を提供する段階；ならびに
（d）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより酵母増殖を予測する段階。
【請求項３９】
以下の段階を含む、複数の酵母反応物を、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類の複数の酵母反応と関連づけるデータ構造を作製するための方法：
（a）複数の酵母反応並びに該酵母反応の基質および産物である複数の酵母反応物を同定する段階；
（b）データ構造における該複数の酵母反応を、該複数の酵母反応物に関連づけ、ここにおいて該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、段階；
（c）該複数の酵母反応のための制約セットを決定する段階；
（d）目的関数を提供する段階；
（e）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する段階；ならびに
（f）該少なくとも1つのフラックス分布が酵母生理機能を予測しない場合は、該データ構造に反応を追加するか、または該データ構造から反応を除去させて、段階（e）を繰り返し、該少なくとも1つのフラックス分布が、酵母生理機能を予測する場合は、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類に該データ構造を格納する段階。
【請求項４０】
データ構造の反応が、注釈がついているゲノムから同定される、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
遺伝子データベースの注釈がついているゲノムから同定される反応を格納する段階をさらに含む、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
データ構造の反応に注釈をつける段階をさらに含む、請求項39記載の方法。
【請求項４３】
注釈が、遺伝子の割当て、タンパク質の割当て、サブシステムの割当て、信頼格付けの割当て、ゲノム注釈情報の参考資料、および出版物の参考資料からなる群より選択される、請求項42記載の方法。
【請求項４４】
工程（b）が、不平衡反応を同定し、該データ構造に反応を付加する段階を含み、これにより該不平衡反応を平衡反応に変更する段階をさらに含む、請求項39記載の方法。
【請求項４５】
反応の付加が、系内の反応、交換反応、末梢の代謝経路に由来する反応、中枢代謝経路に由来する反応、遺伝子関連反応、および非遺伝子関連反応からなる群より選択される反応を付加する段階を含む、請求項39記載の方法。
【請求項４６】
末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
酵母生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、発生、細胞間のシグナル伝達、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項39記載の方法。
【請求項４８】
酵母生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項39記載の方法。
【請求項４９】
データ構造が、1組の線形代数方程式を含む、請求項39記載の方法。
【請求項５０】
データ構造が、マトリックスを含む、請求項39記載の方法。
【請求項５１】
フラックス分布が、線形プログラミングによって決定される、請求項39記載の方法。
【請求項５２】
複数の酵母反応物を、複数の酵母反応と関連づけるデータ構造であって、以下の段階を含むプロセスによって産生されるデータ構造：
（a）複数の酵母反応および該酵母反応の基質および産物である複数の酵母反応物を同定する段階；
（b）データ構造における該複数の酵母反応を、該複数の酵母反応物に関連づけ、該酵母反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、段階；
（c）該複数の酵母反応のための制約セットを決定する段階；
（d）目的関数を提供する段階；
（e）該制約セットが該データ構造に適用されるとき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する段階；ならびに
（f）該少なくとも1つのフラックス分布が酵母生理機能を予測しない場合は、該データ構造に反応を追加するか、または該データ構造から反応を除去させて、段階（e）を繰り返し、該少なくとも1つのフラックス分布が、酵母生理機能を予測する場合は、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類に該データ構造を格納する段階。