【手続補正書】
【提出日】平成17年8月1日(2005.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
次の式IaまたはIb
【化１】
2005514005.tif 000001
[式中、Xは酸素、硫黄および炭素であり、Bは修飾塩基であり、式IaにおけるR1、R2、式IbにおけるR2'、R3またはR3'のいずれか、R5およびR5'は水素、メチル、エチル、プロピル、プロピニル、アミノアルキル、メトキシ、プロポキシ、メトキシ-エトキシ、フルオロまたはクロロであり、Pは後続するモノマーへのヌクレオシド間連結部のラジカル位置または5'末端基を表し、R3またはR3'は先行するモノマーへのヌクレオシド間連結部または3'末端基であり、式IaにおいてR4'およびR2'は、一緒になって-CH2-O-、-CH2-S-、-CH2-NH-、-CH2-NMe-、-CH2-CH2-O-、-CH2-CH2-S-、-CH2-CH2-NH-または-CH2-CH2-NMe-を表し、前式中、酸素、硫黄または窒素がそれぞれ2'位に結合している(R2立体配置)]
によって表されるLNAユニットを含む核酸分子。
【請求項２】
Bが、任意に置換されたピレニル、任意に置換されたビリジルオキサゾール、任意に置換されたピレニルメチルグリセロール、任意に置換されたピロール、任意に置換されたジアゾール、または任意に置換されたトリアゾールから選択される部分を含む請求項1に記載の核酸分子。
【請求項３】
Bが5-ニトロインドールまたはヒポキサンチンから選択される部分である請求項1に記載の核酸分子。
【請求項４】
Bが任意に置換されたピレニルである請求項2に記載の核酸分子。
【請求項５】
LNAユニットが二環性基の2'位における修飾を含む請求項1から4のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項６】
2'-デオキシ-2'-フルオロリボヌクレオチド、2'-O-メチルリボヌクレオチド、2'-O-メトキシエチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸、5-プロピニルピリミジンリボヌクレオチド、7-デアザプリンリボヌクレオチド、2,6-ジアミノプリンリボヌクレオチドおよび2-チオ-ピリミジンリボヌクレオチドからなる群から選択される部分を含む請求項5に記載の核酸分子。
【請求項７】
次の式IIa
【化２】
2005514005.tif 000002
[式中、Xは酸素、硫黄、窒素、置換された窒素、炭素、または置換された炭素であり、Bは修飾塩基であり、R1*、R2、R3、R5およびR5*は水素であり、Pは後続するモノマーへのヌクレオシド間連結部のラジカル位置または5'末端基を表し、R3*は先行するモノマーへのヌクレオシド間連結部または3'末端基であり、R2*およびR4*は、一緒になって-O-CH2-または-O-CH2-CH2-を表し、酸素が2'位または-(CH2)n-(nが2,3または4である)または-S-CH2-または-NH-CH2-に結合している]
によって表されるLNAユニットを含む請求項1に記載の核酸分子。
【請求項８】
単一の核酸ユニット(モノマー)を含む請求項1から7のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項９】
(a)天然のヌクレオ塩基を有する一つ以上のLNAユニットを、1〜6の塩基の修飾塩基を有するLNAユニットからある距離でオリゴヌクレオチドに取り込んでいる；または
(b)天然のヌクレオ塩基を有する一つ以上のLNAユニットを、1〜4の塩基の修飾塩基を有するLNAユニットからある距離でオリゴヌクレオチドに取り込んでいる
請求項1から8のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１０】
天然ヌクレオ塩基を有する少なくとも二つのLNAユニットが、修飾塩基を有するLNAユニットとその両側で隣接している請求項9に記載の核酸分子。
【請求項１１】
(a)少なくとも二つのLNAユニットが独立に、1〜6の塩基の修飾塩基を有するLNAユニットからある距離で位置している；または
(a)少なくとも二つのLNAユニットが独立に、1〜4の塩基の修飾塩基を有するLNAユニットからある距離で位置している
請求項10に記載の核酸分子。
【請求項１２】
PCRプライマーとしての使用に適している請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項１３】
請求項1から12のいずれか一項に記載の核酸分子をPCRプライマーとして使用することを含む核酸の増幅方法。
【請求項１４】
プライマーが標的分子に結合する請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
プライマーが未知の配列の標的分子に結合する請求項13または14に記載の方法。
【請求項１６】
(a)相補性標的分子に対する前記核酸分子の会合定数(Ka)が、2本鎖標的分子の相補鎖の会合定数より大きい；または
(b)前記核酸と相補性標的分子との間の二重鎖の融解温度が、2本鎖標的分子の相補鎖の融解温度より高い
請求項13から15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
捕捉プローブとしての使用のための、請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子を含む反応基質。
【請求項１８】
捕捉プローブが、問題の核酸の野生型配列とその1つまたは複数の対立遺伝子の間の少なくとも1塩基対の差を検出することができる請求項17に記載の反応基質。
【請求項１９】
捕捉プローブが1本鎖DNA標的に結合する請求項17または18に記載の反応基質。
【請求項２０】
全ユニットの50%超がLNAユニット以外である請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子を含むオリゴヌクレオチド。
【請求項２１】
LNAユニットがリボースにおける2'位の修飾を含む請求項20に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２２】
2'-O,4'-C-メチレン-β-D-リボフラノシル、2'-デオキシ-2'-フルオロリボヌクレオチド、2'-O-メチルリボヌクレオチド、2'-O-メトキシエチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸、5-プロピニルピリミジンリボヌクレオチド、7-デアザプリンリボヌクレオチド、2,6-ジアミノプリンリボヌクレオチドおよび2-チオ-ピリミジンリボヌクレオチドからなる群から選択される1つまたは複数のユニットを含む請求項19から21のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２３】
非修飾ユニットがデオキシリボヌクレオチドを含む請求項19から22のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２４】
ヌクレオチドからの蛍光シグナルの変化により、オリゴヌクレオチドのハイブリッド形成状態をオリゴヌクレオチドの非結合状態と区別することができるように、位置決めされた蛍光団部分と消光団部分を含む請求項19から23のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２５】
TaqmanプローブまたはMolecular Beaconとしての使用に適している請求項19から24のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２６】
(i)第1の標的ヌクレオチドと、第1の標的ヌクレオチドと比較して単一塩基変異を有する第2の標的ヌクレオチドとを区別しないプローブの設計、または
(ii)1つまたは複数の単一塩基変異以外は、同じヌクレオチド配列を有する一群の標的核酸を検出するプローブの調製
のための請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子の使用。
【請求項２７】
治療または診断における使用のための請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子。
【請求項２８】
アンチセンス技術により治療可能な疾患を治療する医薬の調製のための請求項1から10のいずれか一項に記載の核酸分子の使用。
【請求項２９】
(a)請求項1から12のいずれか一項に記載の第1の核酸分子を標的分子をとともに、第1の核酸の前記標的分子への結合を可能にする条件下でインキュベートする段階と、
(b)前記標的分子を鋳型として前記第1の核酸を伸長させる段階と
を含む標的核酸分子を増幅する方法。
【請求項３０】
段階(a)がさらに、前記第1の核酸分子が結合する前記標的分子の領域とは異なる領域に結合する第2の核酸分子と、前記標的分子とを接触させることを含む請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
前記標的分子の配列が既知または未知である請求項29または30に記載の方法。
【請求項３２】
(a)相補性標的分子に対する第1の核酸分子の会合定数(Ka)が、2本鎖標的分子の相補鎖の会合定数より大きい；または
(b)第1の核酸分子と相補性標的分子との間の二重鎖の融解温度が、2本鎖標的分子の相補鎖の融解温度より高い
請求項29から31のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
(a)請求項1から11のいずれか一項に記載の第1の核酸分子を標的分子とともに、第1の核酸分子を標的分子とハイブリッド形成させる条件下でインキュベートする段階と、
(b)前記ハイブリッド形成を検出する段階と
を含む標的核酸分子を検出する方法。
【請求項３４】
段階(a)がさらに、前記第1の核酸分子が結合する前記標的分子の領域とは異なる領域に結合する第2の核酸と、前記標的分子とを接触させることを含む請求項33に記載の方法。
【請求項３５】
前記第1の核酸分子が、1つまたは複数のヌクレオチドが異なるポリヌクレオチド配列を有する2つ以上の標的分子と結合する請求項33に記載の方法。
【請求項３６】
前記第1の核酸分子が、2つ以上の標的分子の間の異なるヌクレオチドに対応する位置に修飾塩基を有する請求項35に記載の方法。
【請求項３７】
請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子を、酵素が前記核酸に結合するか、または化学的に修飾することを可能にする条件下で、前記酵素とインキュベートすることを含む核酸を操作する方法。
【請求項３８】
前記酵素がDNAまたはRNAポリメラーゼまたは制限酵素である請求項37に記載の方法。
【請求項３９】
標的核酸の発現を特異的に減少させるのに十分な量の請求項1から11のいずれか一項にに記載の核酸分子を細胞に導入することを含み、前記の導入核酸分子が前記標的核酸の少なくとも20ヌクレオチドの領域と本質的に相補的なヌクレオチド配列を含む、細胞中の標的核酸の発現を阻害する方法。
【請求項４０】
哺乳動物における標的核酸に関連する疾患、障害または状態を予防、安定化または治療する医薬の調製のための請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子の使用であって、前記の導入核酸分子が前記標的核酸の少なくとも20ヌクレオチドの領域と本質的に相補的なヌクレオチド配列を含み、前記標的核酸の発現を特異的に減少させる使用。
【請求項４１】
前記標的核酸が病原体の核酸である請求項40に記載の使用。
【請求項４２】
前記哺乳動物がヒトである請求項40または41に記載の方法。
【請求項４３】
前記導入核酸が1本鎖であるか、または前記導入核酸の相補性の前記領域が2本鎖である請求項40から42のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
(a)5〜10個の連続するチミンを含む請求項1から12のいずれか一項に記載の核酸分子と標的RNAをインキュベートする段階と、
(b)前記標的RNAを鋳型として前記核酸を伸長させる段階と
を含む標的RNAを増幅する方法。
【請求項４５】
核酸がピレン-LNAヌクレオチドを含む請求項44に記載の方法。
【請求項４６】
1つまたは複数の前記チミンがLNA Tヌクレオチドの一部である請求項44または45に記載の方法。
【請求項４７】
前記核酸が蛍光標識されている請求項44から46のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
(a)前記標的RNAが全RNA細胞抽出物に含まれている；または
(b)前記標的RNAが真核生物のポリアデニル化mRNAである
請求項44から47のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
(a)前記インキュベーションを逆転写酵素および安定化量のトレハロース溶液の存在下で行う；または
(b)前記インキュベーションを耐熱性逆転写酵素の存在下で行う
請求項44から48のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
(a)標的分子を、2つ以上の核酸の保存領域と実質的に相補性を有する領域を含む請求項1から12のいずれか一項に記載の核酸分子とともに、前記核酸分子が前記標的分子に結合することを可能にする条件下でインキュベートする段階と、
(b)前記標的分子を鋳型として前記核酸を伸長させる段階と
を含む標的核酸分子を増幅する方法。
【請求項５１】
(a)標的分子を、2つ以上の核酸分子の保存領域と実質的に相補性を有する領域を含む請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子とともに、前記核酸分子が前記標的分子にハイブリダイズすることを可能にする条件下でインキュベートする段階と、
(b)前記ハイブリッド形成を検出する段階と
を含む標的核酸分子を検出する方法。
【請求項５２】
(a)核酸がピレン-LNAヌクレオチドを含む；または
(b)核酸が少なくとも5個のLNAヌクレオチドを含む
請求項50または51に記載の方法。
【請求項５３】
前記保存領域が、触媒作用、基質結合またはDNA結合に関与するタンパク質中の領域をコードする請求項50から52のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
細胞または生物試料由来の全RNA抽出物から直接得た、真核生物ポリ(A)+RNAを逆転写するための第1鎖cDNA合成における、オリゴ(T)オリゴヌクレオチドプライマー中での請求項1から12のいずれか一項に記載の核酸分子の使用。
【請求項５５】
前記核酸がオリゴ(T)のアンカー配列の一部である請求項54に記載の使用。
【請求項５６】
原核生物、古細菌または真核生物内で、関連するタンパク質、酵素またはプロテインキナーゼドメインを同定および/または選択するための、縮重オリゴヌクレオチドプローブにおける請求項1から11のいずれか一項に記載の核酸分子の使用。
【請求項５７】
前記タンパク質、酵素またはプロテインキナーゼドメインが、レトロウイルスアスパルチルプロテアーゼ(受入れ番号PF00077)、ラットmapキナーゼerk2(受入れ番号PF00069)を含む真核生物プロテインキナーゼ、C型肝炎ウイルス非構造タンパク質E2/NS1(受入れ番号PF01560)、古細菌ATPアーゼ(受入れ番号PF01637)、ホメオボックス関連ロイシンジッパー(PF02183)、アポトーシス予防タンパク質(PF02331)、DNA修復タンパク質rad10(PF03834)、グリコヒドロラーゼファミリー11(PF00457)およびグリコヒドロラーゼファミリー12(PF01670)からなる群から選択される請求項56に記載の使用。
【請求項５８】
請求項1から12のいずれか一項に記載の核酸を10個以上含む核酸の集団。