【手続補正書】
【提出日】平成17年5月11日(2005.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の標的細胞またはウイルスを検出するための方法であって、該標的は、
a.少なくとも2つの直行する次元において50ミクロン未満を測定し、かつ
b.密度がmm2あたり標的細胞100個未満の検出領域を含む検出ゾーンに無作為に分散しており、
該方法は、
a.該標的細胞に照射して検出可能なシグナルを生成する工程、および
b.該検出領域の区画における該シグナルを同時に検出する工程であって、該区画の最も長い直線寸法は、20倍以下の倍率を使用して1mmより長い、工程、
を含む、方法。
【請求項２】
工程（a）の前に、標的のカテゴリー特異的結合部位にカテゴリー結合分子を特異的に結合させる条件下で、該標的を該カテゴリー結合分子と接触させ、複合体を形成する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
カテゴリー結合分子が、1つまたはそれ以上のシグナリング部分で直接的または間接的のいずれかにより標識される、請求項2記載の方法。
【請求項４】
検出工程が複合体を検出する、請求項3記載の方法。
【請求項５】
標的細胞と直接的または間接的のいずれかにより結合するシグナリング部分に試料を接触させる、請求項1記載の方法。
【請求項６】
複合体が、検出領域mm2あたり10複合体未満の密度で検出ゾーン中に無作為に分散される、請求項2記載の方法。
【請求項７】
標的が、検出領域mm2あたり1複合体未満の密度で検出ゾーン中に無作為に分散される、請求項1記載の方法。
【請求項８】
検出が5倍より大きい倍率を必要としない、請求項1記載の方法。
【請求項９】
検出が2倍より大きい倍率を必要としない、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
検出が1倍より大きい倍率を必要としない、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
検出が0.2倍より大きい倍率を必要としない、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
標的が細菌細胞または真核生物細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
標的がウイルスである、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
カテゴリー複雑性が存在する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
標的が存在する、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
標的細胞が、分類学的群：ウイルス、細菌、真菌、植物、多細胞動物、および原生生物のうちの2つまたはそれ以上に由来する細胞を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
検出工程が、標的に関する非重複カテゴリーの1つより多くを検出および同定する、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
カテゴリー結合分子が、天然または組換えの抗体またはアプタマーに特異的に結合する、請求項2記載の方法。
【請求項１９】
カテゴリー結合分子が、DNA、RNA、またはPNAのプローブに特異的に結合する、請求項2記載の方法。
【請求項２０】
カテゴリー結合分子が、一塩基多型を含む核酸多型に直接隣接する部位に特異的に結合する、請求項2記載の方法。
【請求項２１】
試料が、多細胞生物から得られた液体または組織を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
試料が動物の体液または組織を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
試料がヒト由来である、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
試料が非ヒト脊椎動物由来である、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
試料が、呼吸器、尿生殖器、生殖器、中枢神経系、尿、血液、真皮、血漿、血清、唾液、創傷組織、滲出液、生検、糞便、および固体組織の試料、からなる群のメンバーであるか、またはそれらのメンバーに由来する、請求項22記載の方法。
【請求項２６】
試料が植物に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
試料が環境の大気もしくは水、または、環境に曝されている表面、物体、もしくは生物を採取することによって得られる、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
試料が、ヒトまたは動物における局所または体内での使用のための、医薬、化粧品、血液、または他の製品の製造における生の材料、完成した材料、または製造過程中の材料；食品または飲料の製造における生の材料、製造過程中の材料、または完成した材料；医療装置またはインビトロ診断装置の製造における生の材料、製造過程中の材料、または完成した材料；化学製品；工業的表面；器具類；および機械類からなる群より選択されるか、それらに由来するか、またはそれらから得られる、請求項1記載の方法。
【請求項２９】
方法が、標的細胞に対して1つまたはそれ以上の物質または処理の効果を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項３０】
選択方法が、検出表面上に標的を沈着させるために用いられ、かつ該選択方法が磁気選択、遠心分離、沈殿、および濾過からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３１】
方法が、カテゴリー結合分子に結合体化された磁気粒子と試料とを接触させる工程を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
選択部分を使用することなく選択方法の1つを用いて、標的を検出ゾーンに沈着させる、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
標的を、液体中で、該液体の平均密度よりも大きい平均密度を有する標的特異的選択部分と接触させ、重力、遠心力、または求心力を用いて検出表面上に実質的に沈着させる、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
試料を液化および/または均質化するために該試料を処理する、請求項1記載の方法。
【請求項３５】
接触を液相中で行う、請求項1記載の方法。
【請求項３６】
接触を、液相と固相との間の界面で行う、請求項1記載の方法。
【請求項３７】
標的以外の物質または物体を除去するために試料を処理する、請求項1記載の方法。
【請求項３８】
接触工程の前に、標的が検出表面上に固定化される、請求項2記載の方法。
【請求項３９】
標的が、検出ゾーンのマトリックスまたは部材に結合しているカテゴリー結合分子によって検出ゾーン中に特異的に結合している、請求項1記載の方法。
【請求項４０】
標的が、検出ゾーンのマトリックスまたは部材への化学結合の形成によって検出ゾーン中に特異的に結合している、請求項1記載の方法。
【請求項４１】
標的が、風乾、熱固定、および化学固定からなる群より選択されるプロセスによって検出ゾーン中に固定化される、請求項1記載の方法。
【請求項４２】
標的上のカテゴリー特異的結合部位がカテゴリー結合分子による接触に対して接近可能となるように、試料が処理される、請求項2記載の方法。
【請求項４３】
結合していないシグナリング分子が、検出工程の前に複合体から除去される、請求項3記載の方法。
【請求項４４】
シグナリング部分が光子性シグナリング特性を有し、かつコロイド性または可溶性物質が、検出ゾーンにないシグナリング部分により放射されるシグナルを吸収するために付加される、請求項3記載の方法。
【請求項４５】
試料が、標的に関する異なる非重複カテゴリーの存在について並行して試験するための個々のアリコートに再分割される、請求項1記載の方法。
【請求項４６】
アリコートの各々を、カテゴリー結合分子に関する異なる非重複ファミリーに結合体化された標識粒子の集団と接触させる、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
試料を、標的実体の非重複カテゴリーに特異的に結合するカテゴリー結合分子の別個のファミリーと連続的に接触させる、請求項45記載の方法。
【請求項４８】
検出ゾーンが、固体ガラス、固体プラスチック、マイクロタイタープレートのウェルの表面、吸水性メンブレン、プラスチックストリップ、キャピラリー管の表面、微小流体チャンバーの表面、および微小流体チャネルの表面からなる群より選択される物質を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４９】
方法がラテラルフロークロマトグラフィーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５０】
方法が一連の試料で自動的に反復される、請求項1記載の方法。
【請求項５１】
試料が、検出のための手段を備える機器に自動的にロードされる、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
検出のための手段を備える機器に物理的に結合しておりそして機器へと自動的かつ連続的にロードされる一連の検出ゾーンに、試料を自動的に沈着させる、請求項50記載の方法。
【請求項５３】
方法が、複合体の照射の結果として、放射光、散乱光、反射光、または吸収光を検出する、請求項3記載の方法。
【請求項５４】
検出工程が蛍光を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項５５】
検出工程が非発光性の化学発光を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項５６】
照射のための手段が1つまたはそれ以上のレーザーを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５７】
照射のための手段が1つまたはそれ以上の発光ダイオードを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５８】
照射のための手段が白色光の光源を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５９】
照射のための手段が、複合体の検出に適切な波長の光による試料の照射用に適合させた1つまたはそれ以上の光学フィルターを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６０】
照射のための手段が、シグナリング部分の検出に適切な波長の光による試料の照射用に適合させた1つまたはそれ以上の光学フィルターを含む、請求項3記載の方法。
【請求項６１】
放射光、散乱光、透過光、または吸収光を検出するための手段が、シグナリング部分の照射に由来するシグナルの検出用に適合させた光学フィルターを含む、請求項3記載の方法。
【請求項６２】
検出工程が熱放射を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６３】
検出工程が光吸収を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６４】
光吸収が赤外領域にある、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
検出工程が蛍光を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６６】
検出工程が細胞の自己蛍光を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６７】
検出工程が蛍光偏光を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６８】
検出工程が光の反射を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６９】
検出工程が光散乱を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項７０】
検出工程がラマン散乱を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項７１】
カテゴリー結合分子が直接的または間接的に標識粒子に結合体化される、請求項2記載の方法。
【請求項７２】
標識粒子が20ミクロン未満のサイズである、請求項71記載の方法。
【請求項７３】
標識粒子が10ミクロン未満のサイズである、請求項71記載の方法。
【請求項７４】
標識粒子が5ミクロン未満のサイズである、請求項73記載の方法。
【請求項７５】
標識粒子が1ミクロン未満のサイズである、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
標識粒子が100nm未満のサイズである、請求項75記載の方法。
【請求項７７】
標識粒子が10nm未満のサイズである、請求項76記載の方法。
【請求項７８】
標識粒子が、立方ミクロンの粒子体積あたり酵素シグナリング部分2つ以上の平均密度で酵素シグナリング部分を含む、請求項71記載の方法。
【請求項７９】
蛍光シグナル特性を有し、かつ有機蛍光団、アップレギュレートされた蛍光体、ランタニド、量子ドット、および非蛍光部材から蛍光生成物を生成する酵素、からなる群より選択されるシグナリング部分で着色されたか、または結合体化された粒子であるシグナリング部分を、標識粒子が含む、請求項71記載の方法。
【請求項８０】
標識粒子がラテックス粒子、シリカ粒子、量子ドット、共鳴光散乱粒子、アップコンバートされた蛍光体であるか、または主に金もしくは銀からなる粒子である、請求項71記載の方法。
【請求項８１】
シグナリング部分が酵素的シグナリング部分である、請求項3記載の方法。
【請求項８２】
シグナリング部分がアルカリホスファターゼ酵素または西洋ワサビペルオキシダーゼ酵素である、請求項81記載の方法。
【請求項８３】
シグナリング部分が、有機蛍光団、アップレギュレートされた蛍光体、ランタニド、量子ドット、および非蛍光部材から蛍光生成物を生成する酵素、からなる群より選択される、請求項3記載の方法。
【請求項８４】
シグナリング部分が蛍光シグナリング特性を有する、請求項3記載の方法。
【請求項８５】
シグナリング部分が化学発光シグナリング特性を有する、請求項3記載の方法。
【請求項８６】
分子がアクリジニウムエステルである、請求項85記載の方法。
【請求項８７】
シグナリング部分が色素原性シグナリング特性を有する、請求項3記載の方法。
【請求項８８】
シグナリング部分が光散乱シグナリング特性を有する、請求項3記載の方法。
【請求項８９】
カテゴリー結合分子が抗体を含む、請求項2記載の方法。
【請求項９０】
カテゴリー結合分子がアプタマーを含む、請求項2記載の方法。
【請求項９１】
カテゴリー結合分子が核酸またはペプチド核酸を含む、請求項2記載の方法。
【請求項９２】
カテゴリー結合分子がリガンドを含む、請求項2記載の方法。
【請求項９３】
カテゴリー結合分子が、100kD未満の分子量を有する分子を含む、請求項2記載の方法。
【請求項９４】
カテゴリー結合分子が、10kD未満の分子量を有する分子を含む、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
カテゴリー結合分子が、1kD未満の分子量を有する分子を含む、請求項94記載の方法。
【請求項９６】
試料をカテゴリー結合分子の集合に接触させる方法であって、該集合は、検出される標的実体の各非重複カテゴリーに特異的なカテゴリー結合分子の1つのファミリーを含む、請求項2記載の方法。
【請求項９７】
カテゴリー結合分子のファミリーのすべてが、同じシグナル特性およびシグナルクラスのシグナルを放出するシグナリング部分で標識される、請求項96記載の方法。
【請求項９８】
カテゴリー結合分子のファミリーの各々が、別個のシグナルクラスのシグナルを放出するシグナリング部分で標識される、請求項96記載の方法。
【請求項９９】
カテゴリー結合分子の集合が、ファミリー複雑性1を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１００】
カテゴリー結合分子の集合が、1より大きいファミリー複雑性を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１０１】
集合が、5以上のファミリー複雑性を有する、請求項100記載の方法。
【請求項１０２】
集合が、10以上のファミリー複雑性を有する、請求項101記載の方法。
【請求項１０３】
集合が、20以上のファミリー複雑性を有する、請求項102記載の方法。
【請求項１０４】
集合が、少なくとも10種類の別個のカテゴリー結合分子を含む、請求項96記載の方法。
【請求項１０５】
集合が、少なくとも50種類の別個のカテゴリー結合分子を含む、請求項104記載の方法。
【請求項１０６】
カテゴリー結合分子の各カテゴリー特異的ファミリーが、少なくとも2つの別個のカテゴリー結合分子を含む、請求項96記載の方法。
【請求項１０７】
各カテゴリー特異的ファミリーが、少なくとも10個の別個のカテゴリー結合分子を含む、請求項106記載の方法。
【請求項１０８】
標的細胞の非重複カテゴリーが、検出領域におけるそれらの異なる局在化によって同定される、請求項96記載の方法。
【請求項１０９】
カテゴリー結合分子の各ファミリーが、同じシグナルシグニチャーを有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１０】
シグナリング部分によりカテゴリー結合分子のカテゴリー特異的ファミリーに与えられる別個のシグナルシグニチャーを検出し、それらのシグニチャー間を識別することによって標的細胞の非重複カテゴリーが同定される、請求項96記載の方法。
【請求項１１１】
標識粒子が異なる集団を含み、各集団は、カテゴリー結合分子に関する異なる非重複ファミリーに結合体化されている、請求項1記載の方法。
【請求項１１２】
ファミリーの各々が、検出ゾーンの部分に安定に結合しているカテゴリー結合分子のファミリーにも特異的に結合する標的のカテゴリーに特異的に結合し、ここで、検出ゾーンに結合している該ファミリーの各々は別個の部位に結合しており、該部位は検出工程によって区別され得る、請求項96記載の方法。
【請求項１１３】
ファミリーの各々が、同じシグナリングのクラスおよびシグニチャーを有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１４】
集団の各々が、別個のシグナリングのシグニチャーおよびクラスを有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１５】
方法が、カテゴリー結合分子ファミリーのシグナルシグニチャー間を識別するために適合させた光学フィルターを含む、請求項96記載の方法。
【請求項１１６】
カテゴリー結合分子のファミリーが、1より大きいファミリー複雑性を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１７】
カテゴリー結合分子のファミリーが、5以上のファミリー複雑性を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１８】
カテゴリー結合分子のファミリーが、10以上のファミリー複雑性を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１１９】
カテゴリー結合分子のファミリーが、20以上のファミリー複雑性を有する、請求項96記載の方法。
【請求項１２０】
検出工程が、試料を自動的に追跡するためのバーコードまたはそれに相当する標識がある容器中で行われる、請求項1記載の方法。
【請求項１２１】
検出工程が、同じ表面の複数の画像の整列を容易にするための位置決めマークを有する表面上で行なわれる、請求項1記載の方法。
【請求項１２２】
方法が、検出ゾーンの特定の領域中の対照マークまたは対照細胞を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項１２３】
放射光、散乱光、透過光、または吸収光を検出するための手段が、複合体の発光に由来するシグナルの検出用に適合させた光学フィルターを含む、請求項53記載の方法。
【請求項１２４】
検出工程が光電検出器の使用を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２５】
検出工程が光電アレイ検出器の使用を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２６】
光電検出器がCCD検出器またはCMOS検出器を含む、請求項125記載の方法。
【請求項１２７】
放射光、散乱光、または吸収光を検出するための手段が画像増感装置を含まない、請求項53記載の方法。
【請求項１２８】
検出工程が光電子増倍管検出器の使用を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２９】
検出工程が光ダイオード検出器の使用を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３０】
標的を検出および同定するための手段が感光性フィルムを含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３１】
検出工程が直接視覚的検出を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３２】
検出工程によって得られた画像を分析することによって、該検出工程から標的の数を推測する、請求項1記載の方法。
【請求項１３３】
画像分析ソフトウェアを使用して、検出工程から標的のカテゴリーを推定する、請求項1記載の方法。
【請求項１３４】
画像分析ソフトウェアが、他のシグナルから複合体によって生成されたシグナルを識別するための機能をさらに含む、請求項133記載の方法。
【請求項１３５】
試料中の標的細胞を検出するための方法であって、該標的細胞は、
a.少なくとも2つの直交する次元において50ミクロン未満を測定し、かつ
b.密度がmm2あたり標的細胞100個未満の実質的に平面の検出領域に無作為に分散しており、
c.該方法は、照射されていない検出領域の区画における標的実体を同時に検出するために画像増感装置を含まない光電検出器を使用する工程を含み、該区画の最も長い直線寸法は1mmより長い、
方法。
【請求項１３６】
試料中の標的細胞を検出するための方法であって、該標的細胞は、
a.少なくとも2つの直交する次元において50ミクロン未満を測定し、かつ
b.密度がmm2あたり標的細胞100個未満の検出領域を含む実質的に平面の検出表面に無作為に分散しており、
c.該方法は、該検出領域の区画における該標的細胞を同時に検出し、該区画の最も長い直線寸法は1mmよりも長く、そして該検出は、
i.光検出器を使用する工程、または
ii.該検出領域を照射する工程
iii.細胞もしくはウイルスの培養工程
を含まない、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４７１】
他の実施態様
本願において参照されるすべての特許、特許出願、および刊行物は、本明細書に参照として組み入れられる。本発明の他の実施態様は、本明細書および本明細書中で開示される本発明の実施を考慮することから、当業者には明白である。本明細書および実施例は例示としてのみ見なされることを意図しており、本発明の真の範囲および精神は添付の特許請求の範囲によって示される。本明細書中に記載された方法に対して適用され得る他の実施態様の例は、2002年9月6日に出願された「RAPID AND SENSITIVE DETECTION OF REPLICATING CELLS」という標題の米国特許出願第10/236,107号、および2002年9月6日に出願された「RAPID AND SENSITIVE DETECTION OF MOLECULES」という標題の米国特許出願第10/236,105号において見い出される。これらの各々は、本明細書によって参考として組み入れられる。