【手続補正書】
【提出日】平成18年1月27日(2006.1.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アプタマーを選択する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第１のリガンドに結合する第１結合ドメインを含む第１の候補アプタマーおよび第２のリガンドに結合する第２結合ドメインを含む第２の候補アプタマーを同定する工程；
ｂ）候補キメラ混合物を操作する工程であって、ここで、個々の候補オリゴヌクレオチドは、該第１の候補アプタマーおよび第２の候補アプタマーの第１結合ドメインおよび第２結合ドメインを含む、工程；ならびに
ｃ）ＳＥＬＥＸＴＭを用いて該候補キメラ混合物からアプタマーを選択する工程であって、ここで、該第２のリガンドと、該選択されたアプタマーの該第２結合ドメインとの結合は、該第１のリガンドと、該第１結合ドメインとの結合によって活性化される、工程
を包含する、方法。
【請求項２】
アプタマーであって、該アプタマーは、第１のリガンドを認識する第１結合ドメインおよび第２のリガンドを認識する第２の結合ドメインを含み、ここで、該第２のリガンドと、該第２結合ドメインとの結合は、該第１のリガンドと、該第１結合ドメインとの結合によって活性化され、そしてここで、該アプタマーは、請求項１に記載の方法によって得られる、アプタマー。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、ここで、前記同定する工程は、
ＳＥＬＥＸＴＭを用いて第１の核酸混合物を単離する工程であって、該第１の核酸混合物において、個々の候補オリゴヌクレオチドは、前記第１のリガンドに結合する第１結合ドメインを含む、工程
をさらに包含し、そして前記操作する工程は、
該第１の核酸混合物を用いて、前記候補キメラ混合物を操作する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、ここで、前記同定する工程は、
ＳＥＬＥＸＴＭを用いて第２の核酸混合物を単離する工程であって、該第２の核酸混合物において、個々の候補オリゴヌクレオチドは、前記第２のリガンドに結合する第２結合ドメインを含む、工程
をさらに包含し、そして前記操作する工程は、
該第２の核酸混合物を用いて、前記候補キメラ混合物を操作する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、ここで、前記選択する工程は、
負の選択工程において、前記キメラ候補混合物と前記第２のリガンドとを接触させて、結合リガンド混合物および非結合リガンド混合物を生じ、そして該非結合リガンド混合物を分離する工程；
正の選択工程において、該非結合リガンド混合物のみと、前記第１のリガンドおよび第２のリガンドとを接触させ、第２リガンド結合混合物および第２リガンド非結合混合物を生じる工程；ならびに
該第２リガンド結合混合物から、アプタマーを選択する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、ここで、前記選択する工程は、
前記負の選択工程において、前記第２のリガンド結合混合物と前記第２のリガンドとを増幅および接触させ、そして前記アプタマーを選択する工程の前に、該負の選択工程と前記正の選択工程とを反復的に繰り返す工程
をさらに包含する、方法。
【請求項７】
請求項４に記載の方法であって、ここで、前記操作する工程は、
前記第１のリガンド結合ドメインと第２のリガンド結合ドメインとを、介在ランダム配列ドメインで直線状に連結する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項８】
請求項４に記載の方法であって、前記操作する工程は、
前記第１結合ドメインと第２結合ドメインとを、連結ヘリックスで結合する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項９】
アプタマーを選択する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）標的に結合する第１の標的結合ドメインを含む第１の候補アプタマーを同定する工程；
ｂ）ランダム核酸配列ドメインを該標的結合ドメインに直線状に連結して、第２の核酸混合物を生じる工程であって、該第２の核酸混合物において、個々の候補オリゴヌクレオチドは、該標的結合ドメインおよびランダム核酸配列ドメインを含む、工程；ならびに
ｃ）ＳＥＬＥＸＴＭを用いて該第２の核酸混合物からアプタマーを選択する工程であって、該第２の核酸混合物において、該標的と、該アプタマーの標的結合ドメインとの結合は、該アプタマーと別のリガンドとの結合によって活性化される、工程
を包含する、方法。
【請求項１０】
アプタマーであって、該アプタマーは、第１のリガンドを認識する第１結合ドメインおよび第２のリガンドを認識する第２結合ドメインを含み、ここで、該第２のリガンドと該第２結合ドメインとの結合は、該第１のリガンドと該第１結合ドメインとの結合によって活性化され、そしてここで、該アプタマーは、請求項９に記載の方法によって得られる、アプタマー。
【請求項１１】
請求項９に記載の方法であって、ここで、前記同定する工程は、
ＳＥＬＥＸＴＭを用いて標的結合核酸混合物を単離する工程であって、該標的結合核酸混合物において、前記個々の候補オリゴヌクレオチドは、前記標的に結合する標的結合ドメインを含む、工程
をさらに包含し、そして前記連結する工程は、
ランダム核酸配列ドメインと、該標的結合核酸混合物の標的結合ドメインとを、直線状に連結し、前記第２の核酸混合物を生じる工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１２】
請求項９に記載の方法であって、ここで、前記選択する工程は、
負の選択工程において、前記第２の核酸混合物と、前記標的とを接触させて、結合標的混合物および非結合標的混合物を生じ、そして該非結合標的混合物を分離する工程；
正の選択工程において、該非結合標的混合物のみと、前記標的およびリガンドとを接触させ、第２の標的結合混合物および第２の標的非結合混合物を生じる工程；ならびに
該第２の標的結合混合物から、アプタマーを選択する工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、ここで、前記選択する工程は、
前記負の選択工程において、前記第２の標的の結合混合物と前記標的とを、増幅および接触させ、そして前記アプタマーを選択する工程の前に、該負の選択工程と正の選択工程とを反復的に繰り返す工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１４】
請求項９に記載の方法であって、ここで、前記選択する工程は、
標的富化工程において、前記第２の核酸混合物と前記標的とを接触させて、標的結合混合物および標的非結合混合物を生じ、該非結合混合物を分離し、該標的結合混合物を増幅して富化標的結合混合物を生じる工程；
負の選択工程において、該富化標的結合混合物と該標的とを接触させて、結合標的混合物および非結合標的混合物を生じる工程；
正の選択工程において、該非結合標的混合物のみと、該標的およびリガンドとを接触させて、非結合混合物を分離し、そして標的結合混合物を増幅する工程；ならびに
該増幅された標的結合混合物から前記アプタマー混合物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、ここで、前記富化工程は、
前記増幅され、富化された標的結合混合物と、前記標的とを接触させ、そして前記負の選択工程および正の選択工程の前に、該富化工程を繰り返す工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、ここで、前記選択工程は、
前記負の選択工程において、前記増幅された標的結合混合物と、前記標的とを接触させ、そして前記アプタマーを選択する工程の前に、該負の選択工程と前記正の選択工程とを反復的に繰り返す工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、ここで、前記富化された標的結合混合物からの配列は、前記負の選択工程および前記正の選択工程の反復的繰り返しの前に多様化される、方法。
【請求項１８】
請求項２に記載のアプタマーであって、ここで、前記第１のリガンドはアロステリックエフェクターリガンドである、アプタマー。
【請求項１９】
請求項２に記載のアプタマーであって、ここで、前記第１のリガンドは疾患マーカーであり、そして前記第２のリガンドは薬物標的である、アプタマー。
【請求項２０】
請求項１９に記載のアプタマーであって、ここで、前記疾患マーカーはグルコースであり、そして前記薬物標的はインスリンレセプターである、アプタマー。
【請求項２１】
標的およびエフェクターリガンドに結合する調節されたアプタマーを選択するための方法であって、ここで、該アプタマーと該標的との結合は、該アプタマーと該エフェクターリガンドとの結合によって調節されており、該方法は、以下の工程：
ａ）候補核酸混合物と標的とを接触させて、標的結合核酸混合物および標的非結合核酸混合物を生じ、そして該非結合核酸混合物を分離する工程であって、該候補核酸混合物において、個々のオリゴヌクレオチドは、ランダム配列のセグメントを含む、工程；
ｂ）該非結合核酸混合物のみと、該標的およびエフェクターリガンドとを接触させて、標的結合混合物および標的非結合混合物を生じ、そして該標的結合混合物を増幅する工程；
ｃ）該増幅された標的結合混合物と標的とを接触させ、そして工程ａ）および工程ｂ）を反復的に繰り返す工程；ならびに
ｄ）該エフェクターリガンドの存在下で該標的に結合するアプタマーを、選択する工程
を包含する、方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、工程ａ）において、以下の工程：
開始核酸混合物と前記標的とを接触させて、標的結合混合物および標的非結合混合物を生じ、該非結合混合物を分離し、そして該標的結合混合物を増幅する工程であって、該開始核酸混合物において、前記個々のオリゴヌクレオチドは、ランダム配列のセグメントを含む、工程；
該増幅された標的結合混合物と該標的とを接触させ、該非結合混合物を分離し、そして該標的結合混合物を増幅し、次いで、富化された標的結合核酸混合物と該標的とを接触させる工程
をさらに包含する、方法。
【請求項２３】
請求項２１に記載の方法であって、工程ａ）において、以下の工程：
開始核酸混合物と前記エフェクターリガンドを接触させて、エフェクターリガンド結合混合物およびエフェクターリガンド非結合混合物を生じ、該非結合混合物を分離し、そして該エフェクターリガンド結合混合物を増幅する工程であって、該開始核酸混合物において、前記個々のオリゴヌクレオチドは、ランダム配列のセグメントを含む、工程；
該増幅されたエフェクターリガンド結合混合物と該エフェクターリガンドとを接触させて、該非結合混合物を分離し、そして該エフェクターリガンド結合混合物を増幅し、そして次いで、該増幅され、富化されたエフェクターリガンド結合核酸混合物と前記標的とを接触させる工程
をさらに包含する、方法。
【請求項２４】
調節されたアプタマーであって、該アプタマーは、標的およびエフェクターリガンドに結合し、ここで、該アプタマーと該標的との結合は、該アプタマーと該エフェクターリガンドとの結合によって調節されており、ここで、該アプタマーは、請求項２１に記載の方法によって得られる、アプタマー。