【手続補正書】
【提出日】平成18年9月21日(2006.9.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
天然に存在するアレルゲンに対して防御免疫応答を誘導することのできる組換えタンパク質変種であって、
i）天然に存在するアレルゲンに構造的に類似した三次元折りたたみ様式を有する足場タンパク質の変種であり、
ii)前記足場タンパク質に比較して、少なくとも一つの非変異アミノ酸残基によって隔てられた２以上の一次変異を含むタンパク質変種であって、前記各一次変異が、天然に存在するアレルゲン中の対応する位置のアミノ酸残基と同一又は相同な少なくとも１つのアミノ酸残基を前記足場タンパク質に導入する変異であり、
iii）前記足場タンパク質に比較して、天然に存在するアレルゲンに特異的なIgE抗体へのアフィニティーおよび／または結合能が増加した、前記タンパク質変種。
【請求項２】
天然に存在するアレルゲンに比べて低下したヒスタミン遊離誘導能を有する、請求項１記載のタンパク質変種。
【請求項３】
ヒスタミン遊離誘導能が２〜10,000分の１に低下している、請求項２に記載のタンパク質変種。
【請求項４】
更に、天然に存在するアレルゲンの対応する位置には存在しないアミノ酸残基を足場タンパク質に導入する１以上の二次変異を含む、請求項１〜３のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項５】
２〜50、好ましくは２〜40、より好ましくは３〜25、更に好ましくは４〜15、最も好ましくは５〜12の一次変異を含む、請求項１〜４のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項６】
足場タンパク質が天然に存在するアレルゲンと20〜60％、好ましくは30〜50％のアミノ酸同一性を有する、請求項１〜５のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項７】
天然に存在するアレルゲンに比較して、前記天然に存在するアレルゲンに対して特異的な抗体に対する結合能が低下している、請求項１〜６のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項８】
結合能が、天然のアレルゲンの抗体結合能に対して少なくとも10％、好ましくは50％、および100％まで増加している、請求項１〜７のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項９】
一次変異の少なくとも一つが置換である、請求項１〜８のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１０】
少なくとも一つの一次変異の導入が欠失および／または付加である、請求項１〜８のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１１】
デコンボリューションしたCD-スペクトルが、天然に存在するアレルゲンのデコンボリューションしたCD-スペクトルに比較して、30％未満、好ましくは20％未満、更に好ましくは10％未満しか偏差のない、請求項１〜１０のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１２】
全ての一次変異が約600-900Å2の面積を有する表面領域内に位置する、請求項１〜１１のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１３】
一次変異が表面露出アミノ酸の変異を含む、請求項１〜１２のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１４】
変異されるアミノ酸残基が20％、好ましくは30％、より好ましくは40％、最も好ましくは50％を超える溶媒接近性を有する、請求項１３記載のタンパク質変種。
【請求項１５】
以下の工程を含む、天然に存在するアレルゲンに対する防御免疫応答を誘導することのできる組換えタンパク質変種を作成する方法：
ｉ）天然に存在するアレルゲンと構造的に類似した三次元折りたたみ様式を有する足場タンパク質を選択する工程、
ii)少なくとも一つの実変異アミノ酸残基によって隔てられた２以上の一次変異を前記足場タンパク質に導入する工程であって、前記各一次変異が、天然に存在するアレルゲン中の対応する位置のアミノ酸残基と同一又は相同な少なくとも１つのアミノ酸残基を前記足場タンパク質に導入する変異である、前記工程、
iii）前記足場タンパク質に比較して、天然に存在するアレルゲンに特異的なIgE抗体へのアフィニティーおよび／または結合能が増加した、タンパク質変種。
【請求項１６】
請求項１５記載の方法によって得ることのできる産物。
【請求項１７】
天然に存在するアレルゲンが吸入アレルゲンである、請求項１〜１６のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項１８】
天然に存在するアレルゲンが花粉アレルゲンである、請求項１７記載のタンパク質変種。
【請求項１９】
天然に存在するアレルゲンが、ブナ目、モクセイ目、マツ目の花粉アレルゲンである、請求項１８記載のタンパク質変種。
【請求項２０】
天然に存在するアレルゲンがBet v 1である、請求項１９記載のタンパク質変種。
【請求項２１】
足場タンパク質がMal d 1である、請求項２０記載のタンパク質変種。
【請求項２２】
少なくとも２つの一次変異が、(E12V, E12I, E12M, E12L), P16A, (H40S, H40T), I43N, L44I, D47N, G65K, K70R, (E76H, E76R, E76K, Q76H), S107T, G108P, +109D, S110G, E129A, K152L, (P154S, P154T), P155S からなる群より選ばれ、場合により１以上の二次変異がN28X, 好ましくはN28T, K32X, 好ましくは K32Q, E45S, E96X, +159Xからなる群より選ばれる、請求項２１記載のタンパク質変種。
【請求項２３】
配列番号２に記載の配列を含み、以下の一次変異を含む、請求項２１記載のタンパク質変種（rMal d 1 (2781)）:I43N、L44I、G65K、K70R、Q76H。
【請求項２４】
配列番号３に記載の配列を含み、以下の一次変異を含む、請求項２１記載のタンパク質変種（rMal d 1 (2762)）:E12V、P16A、K152L、P155S、S107T、G108P、+109D、S110G。
【請求項２５】
(E12V, E12I, E12M, E12L), (H40S, H40T), (E76H, E76R, E76K), E129A, (P154S, P154T)からなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合により、E8X, N28X, K32X, E96X, +159Xからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項２１記載のタンパク質変種。
【請求項２６】
Bet v 1の足場タンパク質がDau c 1である、請求項２０記載のタンパク質変種。
【請求項２７】
少なくとも２つの一次変異が、(S12V, S12L, S12I, S12M), S14P, E16A, P105A, A107P, (A148S, A148T), (I151L, I151V, I151M), (N153H, N153K, N153R), (+154S, +154T), (+155D, +155E), +156A, (+157Y, +157F), (+158N, +158Q), (K39S, K39T), (K44E, K44D), (V52I, V52M, V52L), (I54K, I54R, I54H), (T64K, T64R, T64H), (T65Y, T65F, T65W), (T67K, T67R, T67H), D86E, L91G, (G92D, G92E)からなる群より選ばれ、場合により１以上の二次変異がK32X, E42X, E59X, R69X, E95X, K122X, E8X, T10X, D25X, K32X, D46X, E59X, E95X, D108X, K122Xからなる群より選ばれる、請求項２６記載のタンパク質変種。
【請求項２８】
(S12V, S12L, S12I, S12M), S14P, E16A, P105A, A107P, (A148S, A148T), (I151L, I151V, I151M), (N153H, N153K, N153R), (+154S, +154T), (+155D, +155E), +156A, (+157Y, +157F), (+158N, +158Q)からなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合によりK32X, E42X, E59X, R69X, E95X, K122Xからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項２６記載のタンパク質変種。
【請求項２９】
(K39S, K39T), (K44E, K44D), (V52I, V52M, V52L), (I54K, I54R, I54H), (T64K, T64R, T64H), (T65Y, T65F, T65W), (T67K, T67R, T67H), D86E, L91G, (G92D, G92E)からなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合によりE8X, T10X, D25X, K32X, D46X, E59X, E95X, D108X, K122Xからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項２６記載のタンパク質変種。
【請求項３０】
天然に存在するアレルゲンがイネ目に由来する、請求項１７記載のタンパク質変種。
【請求項３１】
天然に存在するアレルゲンがキク目またはイラクサ目に由来する、請求項１７記載のタンパク質変種。
【請求項３２】
天然に存在するアレルゲンがハウスダストダニアレルゲンである、請求項１７記載のタンパク質変種。
【請求項３３】
天然に存在するアレルゲンがヒョウヒダニアレルゲンである、請求項３２記載のタンパク質変種。
【請求項３４】
天然に存在するアレルゲンがDer p 2である、請求項３３記載のタンパク質変種。
【請求項３５】
足場タンパク質がEur m 1である、請求項３４記載のタンパク質変種。
【請求項３６】
足場タンパク質がLep d 2である、請求項３４記載のタンパク質変種。
【請求項３７】
D17L, D17I, D17V, D17M, S19P, Q32K, Q32R, Q32H, K33P, T35Q, T35N, N88K, N88R, N88H, T92N, T92Q, A95K, A95R, A95Hからなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合により、K6X, S22X, R30X, K76S, K81X, V114Xからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項３６記載のタンパク質変種。
【請求項３８】
D45N, D45Q, N47K, N47R, N47H, K48T, K48S, T50K, T50R, T50H, K52E, K52D, L54K, L54R, L54H, E107K, E107R, E107M, H112D, H112E, T119I, T119L, T119V, T199Mからなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合により、K6X, S22X, K29X, R30X, K76X, K81Xからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項３６記載のタンパク質変種。
【請求項３９】
足場タンパク質がGly d 2である、請求項３４記載のタンパク質変種。
【請求項４０】
K2Q, K2N, K4D, K4E, K10N, K10Q, T14K, T14R, S22H, S22R, S22K, K39V, K39L, K39I, K39M, D45N, D45Q, T60L, T60V, T60I, T60M, Q63D, Q63E, K80V, K80L, K80I, K80M, T91S, H112D, H112E, R122I, R122V, R122L, R122Mからなる群より選ばれる少なくとも２つの一次変異を含み、場合により、K6X、好ましくはK6RまたはK6H、R30X、好ましくはR30K、 R30H, F74X, 好ましくは F74Y, F74W, K81X,好ましくは K81Rまたは K81H, K88X, 好ましくは K88R または K88H, T90X, および V114X, 好ましくは V114L, V114I または V114Mからなる群より選ばれる１以上の二次変異を含む、請求項３９記載のタンパク質変種。
【請求項４１】
天然に存在するアレルゲンがゴキブリアレルゲンである、請求項１７記載のタンパク質変種。
【請求項４２】
天然に存在するアレルゲンが動物アレルゲン、好ましくは哺乳動物アレルゲンである、請求項１６記載のタンパク質変種。
【請求項４３】
天然に存在するアレルゲンがネコ、イヌ、またはウマ由来である、請求項４２記載のタンパク質変種。
【請求項４４】
天然に存在するアレルゲンが毒物アレルゲンである、請求項１〜１６のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項４５】
天然に存在するアレルゲンが膜翅目由来である、請求項４４記載のタンパク質変種。
【請求項４６】
天然に存在するアレルゲンがスズメバチ科、ミツバチ科、またはアリ科に由来する、請求項４５記載のタンパク質変種。
【請求項４７】
天然に存在するアレルゲンがVes v 5である、請求項４６記載のタンパク質変種。
【請求項４８】
天然に存在するアレルゲンが食物アレルゲンである、請求項１〜１６のいずれか１項記載のタンパク質変種。
【請求項４９】
天然に存在するアレルゲンに対して免疫応答を調節する能力を有する組換えタンパク質変種であって、
ｉ）植物、草、食物、及びダニアレルゲンからなる群より選択され、
ii)足場タンパク質の変種であり、前記足場タンパク質は天然に存在するアレルゲンの三次元折りたたみ様式と類似の三次元折りたたみ様式を有し、前記タンパク質変種は、前記足場タンパク質と比較して、前記天然に存在するアレルゲン中の対応する位置に存在する少なくとも１個のアミノ酸残基に同一である又は相同な少なくとも１個のアミノ酸残基を前記足場タンパク質中に導入する少なくとも１つの一次変異を含み、かつ
iii）前記足場タンパク質と比較して、前記天然に存在するアレルゲンに特異的なIgE抗体に対するアフィニティー及び／又は結合能が増加している、前記タンパク質変種。
【請求項５０】
医薬品として使用するための請求項１〜４９のいずれか１項に記載のタンパク質変種。
【請求項５１】
アレルギーの治療又は予防用薬物製造のための請求項１〜４９のいずれか１項に記載の組換えタンパク質変種の使用。
【請求項５２】
請求項１〜４９のいずれか１項に記載の２種以上の組換えタンパク質変種を含んでなる組成物であって、各変種が、他の変種の少なくとも１つに存在しない少なくとも１つの一次変異を有することによって定義される、組成物。
【請求項５３】
２〜１２種、好ましくは３〜１０種、さらに好ましくは４〜８種、最も好ましくは５〜７種の請求項１〜１８に記載の異なるタンパク質変種を含む、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
医薬品として使用するための請求項５２又は５３に記載の組成物。
【請求項５５】
アレルギーを予防及び／又は治療するための医薬品製造のための請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の組成物の使用。
【請求項５６】
請求項１〜４９のいずれか１項に記載の組換えタンパク質変種又は請求項５２又は５３に記載の組成物を含むことを特徴とする医薬組成物。
【請求項５７】
さらに薬学的に許容しうる担体及び／又は賦形剤及び／又はアジュバントを含む、請求項５２又は５３に記載の医薬組成物。
【請求項５８】
アレルギーに苦しむ患者内で天然に存在するアレルゲンによって誘導されるアレルギー反応に対するワクチンの形態である、請求項５２又は５３に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
組換えタンパク質変種が足場タンパク質をコードするDNAおよび天然に存在するアレルゲンをコードするDNAのDNAシャッフリング（分子育種）によって得られるDNA配列から生成される、請求項１〜４９のいずれか１項記載の組換えタンパク質変種を調製する方法。
【請求項６０】
請求項１〜４９のいずれか１項記載の組換えタンパク質変種をコードするDNA配列。
【請求項６１】
配列番号２または３から選ばれる配列の誘導体である、請求項６０記載のDNA配列。
【請求項６２】
請求項６０または６１記載のDNAを含む発現ベクター。
【請求項６３】
請求項６２記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項６４】
請求項６３記載の宿主Ｔ細胞を培養する工程を含む、組換えタンパク質変種を製造する方法。
【請求項６５】
天然に存在するアレルゲンに対して特異的なＴ細胞クローンまたはＴ細胞株を刺激することのできる少なくとも一つのＴ細胞エピトープを含む、請求項１〜４９のいずれか１項記載の組換えタンパク質変種。