【手続補正書】
【提出日】平成17年12月20日(2005.12.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
シスチンノットフォールドサイトカインスーパーファミリーのメンバーである分泌タンパク質の機能を有する、以下の(i)〜(iii)のいずれかのポリペプチド：
（i）配列番号６、配列番号８もしくは配列番号１４に記載のアミノ酸配列を含むか、または前記アミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
（ii）(i)のポリペプチドのフラグメントである、ポリペプチド；または
（iii）（i）もしくは（ii）のポリペプチドと70％を超える配列同一性を有する、ポリペプチド。
【請求項２】
配列番号６、配列番号８または配列番号１４に記載のアミノ酸配列に由来する７つまたはそれ以上のアミノ酸残基からなる、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
請求項１または２に記載のポリペプチドをコードする、精製核酸分子。
【請求項４】
配列番号５、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３もしくは配列番号１５に記載の核酸配列を含むか、または前記核酸配列からなる、請求項３に記載の精製核酸分子。
【請求項５】
高いストリンジェンシー条件下で請求項３または４に記載の核酸分子とハイブリダイズする、精製核酸分子。
【請求項６】
請求項３〜５のいずれか１項に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項７】
請求項６に記載のベクターで形質転換されている宿主細胞。
【請求項８】
請求項１または２に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体。
【請求項９】
疾患の治療または診断に使用するための、請求項１もしくは２に記載のポリペプチド、請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子、請求項６記載のベクターまたは請求項８記載の抗体。
【請求項１０】
患者由来の組織において、請求項１もしくは２に記載のポリペプチドをコードする天然遺伝子の発現レベルをin vitroで評価するか、または請求項１もしくは２に記載のポリペプチドの活性を評価すること；および
前記発現レベルまたは活性をコントロールレベルと比較すること；
を含み、このとき前記コントロールレベルと異なるレベルは疾患を示唆している、患者の疾患を診断する方法。
【請求項１１】
（ａ）請求項８記載の抗体を、リガンド-ポリペプチド複合体の形成に適する条件下で生物学的サンプルと接触させる工程；および
（ｂ）前記複合体を検出する工程；
を含む請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
（ａ）患者由来の組織サンプルを核酸プローブと、請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子と前記プローブとの間でハイブリッド複合体の形成を可能にするストリンジェントな条件下で接触させる工程；
（ｂ）コントロールサンプルを、工程（ａ）で用いられるのと同じ条件下で前記プローブと接触させる工程；および
（ｃ）前記サンプルにおけるハイブリッド複合体の存在を検出する工程；を含み、このときコントロールサンプルのハイブリッド複合体のレベルと異なる患者サンプルのハイブリッド複合体レベルの検出は疾患を示唆している、請求項１０記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）患者の組織由来の核酸サンプルを核酸プライマーと、請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子と前記プライマーとの間でハイブリッド複合体の形成を可能にするストリンジェントな条件下で接触させる工程；
（ｂ）コントロールサンプルを、工程（ａ）で用いられるのと同じ条件下で前記プライマーと接触させる工程；
（ｃ）前記サンプルの核酸を増幅させる工程；および、
（ｄ）患者サンプルおよびコントロールサンプルの両サンプルから、増幅核酸レベルを検出する工程、
を含み、このときコントロールサンプルの増幅核酸レベルと顕著に異なる患者サンプルの増幅核酸レベルの検出は疾患を示唆している、請求項１０記載の方法。
【請求項１４】
疾患が、細胞増殖性疾患、自己免疫／炎症性疾患、心脈管系疾患、神経障害、発育異常、代謝異常、感染および他の病的状態である、請求項１０〜１３のいずれか１項記載の方法。
【請求項１５】
シスチンノットフォールドサイトカインとしての、請求項１または２記載のポリペプチドの使用。
【請求項１６】
請求項１もしくは２記載のポリペプチド、請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子、請求項６記載のベクターまたは請求項８記載の抗体を含む、医薬組成物。
【請求項１７】
請求項１もしくは２に記載のポリペプチドまたは請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子を含む、ワクチン組成物。
【請求項１８】
細胞増殖性疾患、自己免疫／炎症性疾患、心脈管系疾患、神経障害、発育異常、代謝異常、感染および他の病的状態の治療用医薬品の製造での、請求項１もしくは２記載のポリペプチド、請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子、請求項６記載のベクター、請求項８記載の抗体または請求項１６記載の医薬組成物の使用。
【請求項１９】
請求項１もしくは２記載のポリペプチドの発現もしくは活性レベルまたは請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子の発現レベルを、前記患者由来の組織において、ある期間にわたってモニターすることを含む、患者において疾患の治療をex vivoでモニターする方法であって、
前記期間にわたる発現または活性のレベルがコントロールレベルに向かって変化することは前記疾患の緩解の指標である、前記方法。
【請求項２０】
請求項１もしくは２記載のポリペプチドまたは請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子を、前記ポリペプチドまたは核酸分子に対し結合親和性を有すると疑われる1つまたは2つ以上の化合物と接触させること；および、前記核酸分子またはポリペプチドと特異的に結合する化合物を選択すること；を含む、疾患の治療および／または診断で有効な化合物を同定する方法。
【請求項２１】
請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブを含む第一の容器；前記核酸分子の増幅に有用なプライマーを含む第二の容器；および疾患の診断を容易にするために前記プローブおよびプライマーを使用するための指示を含む、疾患の診断に有用なキット。
【請求項２２】
ハイブリダイズしないRNAを消化するための薬剤を保有する第三の容器をさらに含む、請求項２１のキット。
【請求項２３】
核酸分子のアレイを含むキットであって、前記核酸分子の少なくとも１つが請求項３〜５のいずれか１項記載の核酸分子である前記キット。
【請求項２４】
請求項１または２に記載のポリペプチドと結合する１つまたは２つ以上の抗体、および前記抗体と前記ポリペプチドとの間の結合反応の検出に有用な試薬を含む、キット。
【請求項２５】
形質転換されており、請求項１もしくは２に記載のポリペプチドをより高いレベルでもしくはより低いレベルで発現する、または発現しない、非ヒトトランスジェニック動物または非ヒトノックアウト動物。
【請求項２６】
請求項２５記載の非ヒトトランスジェニック動物を候補化合物と接触させること、および前記動物の疾患に対する前記化合物の作用を決定することによって、疾患の治療に有効な化合物をスクリーニングする方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本発明は、INSP002タンパク質が、分泌タンパク質として機能し、さらにシスチンノットフォールドサイトカインスーパーファミリーのDANサブファミリーの分泌タンパク質として機能するという発見を基にしている。
本発明の第一の特徴では、本発明はポリペプチドを提供し、前記ポリペプチドは、
（i）配列番号：2、配列番号：4、または配列番号：7に記載のアミノ酸配列を含む；
（ii）分泌タンパク質機能、好ましくはシスチンノットフォールドサイトカインスーパーファミリーのメンバー、好ましくはDANサブファミリーのメンバーの機能を有する(i)のポリペプチドフラグメントであるか、または（i）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有する(i)のポリペプチドフラグメントである；または
（iii）（i）または（ii）の機能的等価物である。
好ましくは、本発明の第一の特徴のポリペプチドは、
（i）配列番号：6または配列番号：8に記載のアミノ酸配列を含む；
（ii）分泌タンパク質機能、好ましくはシスチンノットフォールドサイトカインスーパーファミリーのメンバー、好ましくはDANサブファミリーのメンバーの機能を有する(i)のポリペプチドフラグメントであるか、または（i）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有する(i)のポリペプチドフラグメントである；または
（iii）（i）または（ii）の機能的等価物である。
本発明の前記第一の特徴の更なる態様によると、ポリペプチドが提供され、前記ポリペプチドは、
（i）配列番号：2、配列番号：4、配列番号：6、配列番号：7または配列番号：8に記載のアミノ酸配列から成る；
（ii）分泌タンパク質機能、好ましくはシスチンノットフォールドサイトカインスーパーファミリーのメンバー、好ましくはDANサブファミリーのメンバーの機能を有する(i)のポリペプチドフラグメントであるか、または（i）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有する(i)のポリペプチドフラグメントである；または
（iii）（i）または（ii）の機能的等価物である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
本発明はまた、以下の工程を含む、本発明の核酸分子を検出する方法を提供する：（ａ）二重鎖を形成するハイブリダイゼーション条件下で、本発明の核酸プローブを生物学的サンプルと接触させる工程；および（ｂ）形成された前記の二重鎖を全て検出する工程。
本発明に従って利用し得るアッセイに関連して下記でさらに考察するように、上述の核酸分子をRNA、cDNAまたはゲノムDNAに対するハイブリダイゼーションプローブとして用いて、INSP002ポリペプチドをコードする完全長cDNAおよびゲノムクローンを単離し、さらにINSP002ポリペプチドをコードする遺伝子と高い配列類似性を有する相同遺伝子またはオーソログ遺伝子のcDNAまたはゲノムクローンを単離することができる。
これに関しては、当技術分野で既知の他の技術のうち、特に以下の技術を利用することができる。これらの技術は、例示として下記で考察される。DNAのシークエンシングおよび解析の方法は周知であって、当技術分野では一般的に利用可能であり、本明細書で考察される本発明の態様の多くを実施するために実際に用いることができる。そのような方法では、DNAポリメラーゼＩのクレノウフラグメント、シークエナーゼ（US Biochemical Corp., Cleaveland, OH）、Taqポリメラーゼ（Perkin Elmer）、耐熱性T7ポリメラーゼ（Amersham, Chicago, IL）、またはポリメラーゼと校正エキソヌクレアーゼの組合せ（例えば市販（Gibco/BRL, Gaithersburg, MD）のELONGASE増幅システムで見出されるようなもの）のような酵素を利用することができる。好ましくは、シークエンシング過程は、例えばハミルトンマイクロラブ（Hamilton Micro Lab）2200（Hamilton, Reno, NV）、ペルティエサーマルサイクラー（Peltier Thermal Cycler）PTC200（MJ Research, Watertown, MA）、ABIカタリスト並びに373および377DNAシークエンサー（Perkin Elmer）のような機器を用いて自動化することができる。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
そのようなキットは、疾患または疾患に対する感受性、特に細胞増殖性疾患、自己免疫／炎症性疾患、心脈管系疾患、神経障害、発育異常、代謝異常、感染および他の病的状態に対する感受性を診断する場合に有用であろう。前記の疾患または異常は、好ましくはシスチンノットフォールドサイトカインの異常なレベル、好ましくはDANサブファミリーのメンバーの異常なレベルが関与している異常または疾患である。前記疾患または異常は、シスチンノットフォールドサイトカインのリガンドの異常なレベル、好ましくはDANサブファミリーのメンバーのリガンドの異常なレベルが関与しているものであってもよい。例えば、前記疾患または異常が、TGFβスーパーファミリーメンバーの異常なレベルが関与しているものであり得る。特に、前記疾患または異常は、BMPが関与しているもの、例えば神経障害、糖尿病性腎障害のような腎障害、癌、創傷治癒、線維症、骨減少症、骨粗しょう症、骨折およびスクレロステオーシスであり得る。
本発明の種々の特徴および態様は、特にINSP002ポリペプチドに関連する実施例を介して、これからより詳細に説明されるであろう。
本発明の範囲を逸脱することなく細部の改変がなされ得ることは、理解されるであろう。