【手続補正書】
【提出日】平成17年6月7日(2005.6.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＲＣＡ２ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードする単離された核酸分子であって、該核酸が配列番号２のヌクレオチド１７１に対応するエキソン１５中の部位にチミジンを含有する核酸分子。
【請求項２】
該核酸が配列番号２のヌクレオチド１７３に対応する部位にチミジンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項３】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド１０９３に対応する部位にシトシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項４】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド１３４２に対応する部位にシトシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項５】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド１５９３に対応する部位にグアノシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項６】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド２４５７に対応する部位にシトシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項７】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド２９０８に対応する部位にアデニンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項８】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド３１９９に対応する部位にグアノシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項９】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド３６２４に対応する部位にグアノシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項１０】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド４０３５に対応する部位にシトシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項１１】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド７４７０に対応する部位にグアノシンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項１２】
該核酸が配列番号４のヌクレオチド９０７９に対応する部位にアデニンをさらに含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項１３】
正常ＢＲＣＡ２タンパク質をコードする単離された核酸分子であって、該正常ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸２８９に対応する部位にヒスチジンを含有する核酸分子。
【請求項１４】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸３７２に対応する部位にヒスチジンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項１５】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸４５５に対応する部位にセリンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項１６】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸７４３に対応する部位にヒスチジンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項１７】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸８９４に対応する部位にイソロイシンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項１８】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸９９１に対応する部位にアスパラギン酸をさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項１９】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸１１３２に対応する部位にリシンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項２０】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸１２６９に対応する部位にバリンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項２１】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸２４１４に対応する部位にセリンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項２２】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸２９５１に対応する部位にトレオニンをさらに含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項２３】
ＢＲＣＡ２タンパク質が配列番号５のアミノ酸３７２に対応する部位にアスパラギンを含有する、請求項１３の単離された核酸分子。
【請求項２４】
正常ＢＲＣＡ２遺伝子のヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子であって、ヌクレオチド配列が下記：
（ａ）配列番号２に規定されるヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号３に規定されるヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号６に規定されるヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号７に規定されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号８に規定されるヌクレオチド配列、
（ｆ）配列番号９に規定されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、
（ｇ）配列番号１０に規定されるヌクレオチド配列、
（ｈ）配列番号１１に規定されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、
（ｉ）配列番号１２に規定されるヌクレオチド配列、および
（ｊ）配列番号１３に規定されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
よりなる群から選ばれる核酸分子
【請求項２５】
請求項１−２４のいずれか１の核酸分子とハイブリドするオリゴヌクレオチドであって、請求項１−１２の１以上のヌクレオチド部位を検出し得るオリゴヌクレオチド。
【請求項２６】
オリゴヌクレオチドが表２から選択される、請求項２５のオリゴヌクレオチド。
【請求項２７】
請求項２５の１以上のオリゴヌクレオチドを含むチップ配置。
【請求項２８】
下記を含むベクター：
（ａ）請求項１−２４のいずれかで規定された核酸分子、および
（ｂ）宿主において核酸の発現および／または統合を誘発する１以上の適切な調節配列。
【請求項２９】
請求項２８のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項３０】
正常ＢＲＣＡ２遺伝子を有する個体を、乳癌に関連しないコード配列で同定する方法であって、下記：
（ａ）個体のＢＲＣＡ２遺伝子の全部または部分のヌクレオチド配列を決定し、
（ｂ）決定されたヌクレオチド配列を、請求項１−２４の１以上の核酸の１以上のヌクレオチド配列と比較する、
ことを含む方法。
【請求項３１】
請求項１−２４のいずれかの核酸を含む、乳癌の処置のための医薬。
【請求項３２】
請求項１−２４のいずれかの核酸を含む、乳癌の診断のための医薬。
【請求項３３】
請求項１−２４のいずれかの核酸によりコードされるポリペプチド。
【請求項３４】
請求項３３のポリペプチドを含む、乳癌の処置のための医薬。
【請求項３５】
請求項３３のポリペプチドを含む、乳癌の診断のための医薬。
【請求項３６】
該核酸が配列番号４の少なくとも４０の連続するヌクレオチドを含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項３７】
該核酸が配列番号４の少なくとも５０の連続するヌクレオチドを含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【請求項３８】
該核酸が配列番号４の少なくとも６０の連続するヌクレオチドを含有する、請求項１の単離された核酸分子。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８６】
１．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅
ゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）を規定の５正常個体の白血球細胞から抽出した。５個のサンプルの各々を端から端まで配列決定した。各サンプルを、１μｌ（１００ｎｇ）ゲノムＤＮＡ、２.５μｌ １０×ＰＣＲ緩衝液（１００ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８.３、５００ｍＭＫＣｌ、１.２ｍＭＭｇＣｌ2）、２.５μｌ １０×ｄＮＴＰ混合（２ｍＭ各ヌクレオチド）、２.５μｌ正のプライマー、２.５μｌ負のプライマー、および１μｌＴａｑポリメラーゼ（５単位）、および１３μｌ水を含む最終容量２５μｌで増幅した。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０９】
実施例２
ＢＲＣＡ２(omi 1-5)および参考としての１０の多形性を用いた正常個体の決定
遺伝子感受性試験の当業者は、本発明が以下事項に有用であることがわかるであろう：
ａ）正常のＢＲＣＡ２遺伝子を有する個体の同定；
ｂ）正常人群にみられる正常の多形性を読み誤ることの回避；
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１０】
配列決定は、問題となっている患者の血液を用いて実施例１のように行う。しかしながら、ＢＲＣＡ２(omi 1-5)配列を参考のために使用し、患者にみられる多形性部位を、各多形性部位の正常コドンについて上記した核酸配列と比較する。正常サンプルは、ＢＲＣＡ２(omi 1-5)配列に匹敵するものであり、ただ小多形性部位でおこる小さい変化の１つを含む。各多形性部位であらわれる対立変化は、参考のために対にする。
・１０９３位のＡＡＴ(Ａｓｎ)およびＣＡＴ(Ｈｉｓ)、(コドン ２８９)
・１３４２位のＣＡＴ(Ｈｉｓ)およびＡＡＴ(Ａｓｎ)、(コドン ３７２)
・１５９３位のＴＣＡ(Ｓｅｒ)およびＴＣＧ(Ｓｅｒ)、(コドン ４５５)
・２４５７位のＣＡＴ(Ｈｉｓ)およびＣＡＣ(Ｈｉｓ)、(コドン ７４３)
・２９０８位のＧＴＡ(Ｖａｌ)およびＡＴＡ(ｌｌｅ)、(コドン ８９４)
・３１９９位のＡＡＣ(Ａｓｎ)およびＧＡＣ(Ａｓｐ)、(コドン ９９１)
・３６２４位のＡＡＡ(Ｌｙｓ)およびＡＡＧ(Ｌｙｓ)、(コドン １１３２)
・４０３５位のＧＴＴ(Ｖａｌ)およびＧＴＣ(Ｖａｌ)、(コドン １２６９)
・７４７０位のＴＣＡ(Ｓｅｒ)およびＴＣＧ(Ｓｅｒ)、(コドン ２４１４)
・９０７９位のＧＣＣ(Ａｌａ)およびＡＣＣ(Ｔｈｒ)、(コドン ２９５１)
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２２】
２．ジデオキシ配列解析
Taq Dye Terminator Kit（Perkin-ELmer（登録商標）、商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素をＰＣＲ産物に結合させる。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）Foster City、CA.、自動シークエンサー（モデル３７７）の正および逆の両方向で行う。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した“シークエンスナビゲーター（登録商標）”である。ＢＲＣＡ２(omi 1-5)配列を比較の標準物としてシークエンスナビゲーターソフトウェアに入れる。シークエンスナビゲーターソフトウェアは、１塩基ごとにサンプル配列をＢＲＣＡ２(omi)標準物と比較する。シークエンスナビゲーターソフトウェアは、ＢＲＣＡ２(omi)正常ＤＮＡ配列と患者のサンプルの配列との間の全ての相違を明らかにする。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２４】
３．結果
上記のＰＣＲ増幅および標準蛍光配列決定法を用いて、６１７４ｄｅｌＴ変異を発見し得る。変異は非対の配列変化の鎖長で示される。このような長い誤対合の形態は欠失および挿入で生じる。この変異は、変異の命名に提案されている命名法、Baudet、A et al.、Ｈuman Mutation 2:245-248、(1993)に従って命名される。ＢＲＣＡ２遺伝子のコドン１９８２の６１７４ｄｅｌＴ変異は、エキソン１１のセグメント“Ｑ”でおこる。このＤＮＡ配列決定の結果により、ＢＲＣＡ２(omi 1-5)配列の６１７４ヌクレオチドでＴの１つの塩基対が欠失していることが実証される。この変異はＢＲＣＡ２転写産物の正常なリーディングフレームを阻害し、その結果コドン２００３位でインフレームターミネーター（ＴＡＧ）が現れる。それ故、この変異は、切断されて、おそらく機能しないであろうタンパク質をもたらすと予測される。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２９】
実施例７
ＢＲＣＡ２(omi１-５)遺伝子治療の使用
ＢＲＣＡ２遺伝子の発現を増加することにより、卵巣癌、乳癌または前立腺癌の成長を抑制し得る。この遺伝子の不十分な発現は遺伝性の卵巣癌、乳癌および前立腺癌をもたらす。腫瘍サイズを減少させるために患者に遺伝子治療を行う。ＬＸＳＮベクターを配列番号４、６、８、１０、１２のＢＲＣＡ２(omi1-5)コード配列で形質転換し得る。