【手続補正書】
【提出日】平成17年7月19日(2005.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸配列を検出するための少なくとも1つのプローブの完全性を試験する方法であって、
（a）標的核酸にハイブリダイズすることのできる少なくとも1つのプローブを含む混合物を提供する段階；
（b）プローブが標的核酸にハイブリダイズしていない1つまたは複数の時点でプローブのシグナルを測定する段階；および
（c）1つまたは複数の時点におけるプローブのシグナルを、少なくとも1つの閾値と比較することによって、プローブの完全性を決定する段階
を含む方法。
【請求項２】
シグナルが蛍光である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
プローブは標的核酸とハイブリダイズすることができ、プローブは蛍光体および消光剤を含み、ここでプローブを加熱する段階により、プローブは第1の構造から第2の構造へと構造を変化させ、それによって蛍光体の蛍光が、第2の構造における蛍光体の蛍光と比較して、第1の構造において消光または変化するように、蛍光体と消光剤との間の距離が変化する、請求項2記載の方法。
【請求項４】
プローブの蛍光は、プローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度で測定される、請求項3記載の方法。
【請求項５】
プローブの蛍光は、プローブの自己アニーリング温度を超える温度で測定される、請求項3記載の方法。
【請求項６】
測定する段階は、第1、第2および第3の時点からなる群より選択される、2つまたはそれ以上の時点でプローブの蛍光を測定する段階を含み、ここで第1の時点では、混合物の温度はプローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満であり、第2の時点では、混合物の温度はプローブの自己アニーリング温度を超えており、かつ第3の時点では、混合物の温度はプローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満である、請求項3記載の方法であって；
混合物の温度を、プローブの自己アニーリング温度またはそれ未満の温度から、プローブの自己アニーリング温度を超える温度へ上昇させる段階、および混合物の温度を、プローブの自己アニーリング温度を超える温度から、プローブの自己アニーリング温度またはそれ未満へ低下させる段階をさらに含む方法。
【請求項７】
決定する段階は、第1および第3の時点におけるプローブの蛍光を少なくとも1つの閾値と比較する段階を含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
決定する段階は、第2および第3の時点におけるプローブの蛍光を少なくとも1つの閾値と比較する段階を含む、請求項6記載の方法。
【請求項９】
決定する段階は、第1および第2の時点におけるプローブの蛍光の差を閾値と比較する段階を含む、請求項6記載の方法。
【請求項１０】
決定する段階は、第2および第3の時点におけるプローブの蛍光の差を閾値と比較する段階を含む、請求項6記載記載の方法。
【請求項１１】
混合物の温度を、プローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度から、プローブの自己アニーリング温度を超える温度へ上昇させる段階、および混合物の温度を、プローブの自己アニーリング温度を超える温度からプローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度へ低下させる段階を含み；かつ
測定する段階は、プローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度へ低下させる段階の後に、プローブの蛍光を測定する段階を含む、請求項3記載の方法。
【請求項１２】
混合物の温度を、プローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度から、プローブの自己アニーリング温度を超える温度へ上昇させる段階を含み；かつ
測定する段階は、プローブの自己アニーリング温度を超える温度へ上昇させる段階の後に、プローブの蛍光を測定する段階を含む、請求項3記載の方法。
【請求項１３】
測定する段階は、温度を上昇させる段階の前に、プローブの自己アニーリング温度に等しいかまたはそれ未満の温度でプローブの蛍光を測定する段階をさらに含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
プローブのシグナルは2つまたはそれ以上の時点で測定され、決定する段階は、2つまたはそれ以上の時点におけるシグナルを2つまたはそれ以上の閾値と比較する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
プローブは、増幅された核酸にプローブがハイブリダイズし、それにより蛍光を発するときに、DNAポリメラーゼの5'-エキソヌクレアーゼ活性によってプローブが切断されるように、蛍光体および消光剤で標識されたオリゴヌクレオチドを含む、請求項2記載の方法。
【請求項１６】
閾値は無傷プローブのシグナルに基づく、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
プローブは分子ビーコンである、請求項3記載の方法。
【請求項１８】
方法の少なくとも一部は増幅反応中に実施され、増幅反応は、
（a）水性混合物中において、
（i）標的プローブ、第1の対照プローブ、および第2の対照プローブ；
（ii）第1の5'プライマー、第1の3'プライマー、ならびに第1の5'プライマー、第1の3'プライマーおよび標的プローブに対するハイブリダイゼーション部位を含む標的テンプレート；
（iii）第1の5'プライマー、第1の3'プライマー、および第1の対照プローブに対するハイブリダイゼーション部位を含む第1の対照テンプレート；ならびに
（iv）第2の5'プライマー、第2の3'プライマー、ならびに第2の5'プライマー、第2の3'プライマー、標的プローブ、および第2の対照プローブに対するハイブリダイゼーション部位を含む第2の対照テンプレート
を混合する段階；
（b）増幅産物を作製するために増幅反応を実施する段階；ならびに
（c）標的プローブ、第1の対照プローブ、および第2の対照プローブの、増幅産物への結合を定量する段階
を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
混合物中の少なくとも2つの異なるプローブに対して実施され、ここでプローブは異なる核酸配列へハイブリダイズするように設計される、請求項1記載の方法。
【請求項２０】
混合物が色素をさらに含む、請求項1記載の方法であって、色素からのシグナルを測定する段階、およびプローブからのシグナルを色素からのシグナルへ標準化する段階をさらに含む方法。
【請求項２１】
核酸配列を検出するための少なくとも1つのプローブのシグナルを1つまたは複数の時点で測定するための、少なくとも1つの検出機構、および核酸にハイブリダイズすることができるプローブを含む混合物の温度を変化させるための、温度制御システムを含む機械によって読み取り可能な、コンピュータプログラム製品であって：
以下を含む段階を実施するために機械によって実行可能な命令プログラムを具現化する、コンピュータプログラム製品：
（a）プローブが標的にハイブリダイズしていない1つまたは複数の時点でプローブのシグナルを測定する段階；および
（b）1つまたは複数の時点におけるプローブのシグナルを、少なくとも1つの閾値と比較することによって、プローブの完全性を決定する段階。
【請求項２２】
核酸配列を検出するための少なくとも1つのプローブの完全性を試験する方法であって、
（a）核酸にハイブリダイズすることのできる少なくとも1つのプローブを含む混合物を提供する段階；
（b）混合物中のテンプレート核酸を増幅する前の1つまたは複数の時点でプローブのシグナルを測定する段階；および
（c）1つまたは複数の時点におけるプローブのシグナルを、少なくとも1つの閾値と比較することによって、プローブの完全性を決定する段階
を含む方法。
【請求項２３】
プローブが標的に結合していない時にプローブのシグナルを測定する、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
核酸配列を検出するための少なくとも1つのプローブのシグナルを1つまたは複数の時点で測定するための、少なくとも1つの検出機構、および核酸にハイブリダイズすることができるプローブを含む混合物の温度を変化させるための、温度制御システムを含む機械によって読み取り可能な、コンピュータプログラム製品であって：
以下を含む段階を実施するために機械によって実行可能な命令プログラムを具現化する、コンピュータプログラム製品：
（a）混合物中のテンプレート核酸を増幅する前の1つまたは複数の時点でプローブのシグナルを測定する段階；および
（b）1つまたは複数の時点におけるプローブのシグナルを、少なくとも1つの閾値と比較することによって、プローブの完全性を決定する段階。
【請求項２５】
閾値が、許容可能なPCR性能を示すシグナル上限およびシグナル下限を含む範囲である、請求項24記載のコンピュータプログラム製品。