【事件の表示】
　特願２００３−２９１０３１「タンパク質の改良方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年　３月１０日出願公開、特開２００５−　５８０５９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１５年８月１１日を出願日とする出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２０年１０月１０日付手続補正書により補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１に記載された以下のとおりのものである。
　
「タンパク質の複数の特性が同時に改良されたタンパク質変異体を効率良く製造する方法であり、少なくとも以下の工程を含む方法。
(1)タンパク質のアミノ酸配列中の複数箇所において、アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に変異し、一群の一アミノ酸変異体を作製する工程。
(2)各一アミノ酸変異体の特性変化を測定し、タンパク質のアミノ酸配列中の変異箇所毎に変異アミノ酸残基と複数の特性を対応させた１次データベースを作製する工程。
(3)該一次データベースにおいて、複数の特性が同時に改良された変異箇所毎に変異アミノ酸残基を少なくとも２つ選抜し、選抜した変異アミノ酸残基の組み合わせを有する一群の２重変異体を作製する工程。
(4)各２重変異体の特性変化を測定し、複数の特性が同時に改良された２重変異体を選抜する工程。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．引用例
（１）引用例１
　原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された本願出願日前の２００２年１月２２日に頒布された刊行物である特開２００２−１７３６７号公報（以下、「引用例１」という。）には、
(i)「【発明が解決しようとする課題】本発明は、酵素の特性を改良するための方法を提供することを目的とする。本発明の方法は、酵素タンパク質中のアミノ酸置換の効果における曖昧な相加性に基づき、変異、選択を繰り返して特性を改良することを含む、ことを特徴とする。」（段落【００１６】）、
(ii)「限定されるわけではないが、好ましくは本発明の方法は、以下の工程ｉ）−ｉｖ）を含む。
ｉ） 酵素タンパク質中の任意の３又はそれ以上の箇所のアミノ酸残基について各アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に変異させた、一群の変異体を作成してその基質特異性を測定し、変異アミノ酸残基と基質特異性の関係に関するデータベースを作成し；
ｉｉ） 前記ｉ）の変異体を作成した３又はそれ以上の箇所のアミノ酸残基のうち任意の２箇所のアミノ酸残基の各々について、ｉ）のデータベースより基質特異性に関与する少なくとも２つの変異体を選択し；
ｉｉｉ） 前記２箇所のアミノ酸残基を同時に、前記各々選択した基質特異性に関与する少なくとも２つのアミノ酸残基に変異させた、一群の２重変異体を作成してその基質特異性を測定し、前記２重変異体と基質特異性の関係に関するデータベースを作成し；
ｉｖ） 前記ｉｉｉ）のデータベースより２重変異体について基質特異性に関与する少なくとも２つの２重変異体を選択し、さらに、ｉ）のデータベースより、ｉｉ）で考慮しなかった箇所のうち１箇所のアミノ酸残基について基質特異性に関与する少なくとも２つの変異体を選択し；そして
ｖ）ｉｖ）で選択された少なくとも２つの２重変異体において、さらに、前記別の１箇所のアミノ酸残基についてｉｖ）で選択された少なくとも２つのアミノ酸残基に変異させた、一群の３重変異体を作成してその基質特異性を測定し、前記３重変異体と基質特異性の関係に関するデータベースを作成して基質特異性が改良された３重変異体を選択する
ｖｉ） 所望により、前記ｖ）のデータベースより３重変異体について基質特異性に関与する少なくとも２つの３重変異体を選択し、さらに、ｉ）のデータベースより、ｉｉ）およびｖｉ）で考慮しなかった箇所のうち１箇所のアミノ酸残基について基質特異性に関与する少なくとも２つの変異体を選択し、上記ｉｖ）−ｖ）の工程を繰り返す。」（段落【００２３】）、
(iii)「工程ｉｖ）において、工程ｉｉｉ）のデータベースより２重変異体について基質特異性に関与する少なくとも２つの２重変異体を選択する。工程ｉｉ）の場合と同様に、当業者は目的により所望の少なくとも２つの２重変異体を選択する。即ち、酵素の基質特異性を高めることを目的とする場合、工程ｉｉｉ）のデータベースより基質特異性の高い方より少なくとも２つの２重変異体を選択する。逆に、酵素の基質特異性を低めることを目的とする場合、一般に基質特異性の低い方より少なくとも２つの２重変異体を選択する。」（段落【００３６】）、
（iv）「本発明の方法によって改良しうる「特性」の例としては、酵素活性の強弱、（熱、溶液、ｐＨ、有機溶剤を含む化学変性剤等に対する）酵素の安定性、（作用、ｐＨ、温度等に対する）反応の平衡、比活性の改良、反応特異性などが含まれる。」（段落【００４４】第５行〜第９行）、と記載されている。
　
（２）引用例３
　また、原査定の拒絶の理由で引用文献３として引用された本願出願日前の２００２年９月２５日に頒布された刊行物である日本生物工学会大会講演要旨集 (2002) p.76(513)（以下、「引用例３」という。）の目的欄には、
（v）「望む機能を持つ蛋白質を効率的に得る技術の開発のため」と記載され、「本実験ではパラヒドロキシ安息香酸水酸化酵素のシステイン残基及びメチオニン残基の多重置換を行い野生型よりも副反応が抑制されただけでなく、その他の特性も改良された変異体を得ることに成功したので、その結果を報告する」、と記載され、方法及び結果欄には、
（vi）「【方法】本酵素のシステイン残基（４個）およびメチオニン残基（８個）の一アミノ酸変異体を網羅的に作製し，４つの特性を測定した（Uphb：パラヒドロキシ安息香酸を基質としたときの酵素単位量活性，Rpro：副反応の割合（＝Upro/Uphb），Ts：50度で30分処理した後の残存活性）。適当な特性を指標として一アミノ酸変異体を選び，組み合わせて２重変異体群を作り，更に選んだ２重変異体を組み合わせるといった段階的組み合わせを４重変異体群が得られるまで行った。
　【結果】Uphb及びUproを選択指標にした時は，置換アミノ酸残基数の増加に伴うUphbの向上及びUproの減少，それに基づくRproの減少のみが観察された。Uphb及びTsを選択指標にした時は，Uphbの向上，Rproの減少及びTsの向上のみが観察された。」、と記載されている。
　
３．対比・判断
（１）対比
　そこでまず、本願発明と引用例１に記載された事項を比較すると、引用例１記載事項(i)における「酵素の特性を改良するための方法」とは、本願発明における「タンパク質の特性が改良されたタンパク質変異体を製造する方法」に相当し、引用例１記載事項(ii)における「ｉ） 酵素タンパク質中の任意の３又はそれ以上の箇所のアミノ酸残基について各アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に変異させた、一群の変異体を作成してその基質特異性を測定し、変異アミノ酸残基と基質特異性の関係に関するデータベースを作成」する工程は、本願発明における「(1)タンパク質のアミノ酸配列中の複数箇所において、アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に変異し、一群の一アミノ酸変異体を作製する工程。(2)各一アミノ酸変異体の特性変化を測定し、タンパク質のアミノ酸配列中の変異箇所毎に変異アミノ酸残基と特性を対応させた１次データベースを作製する工程。」に相当し、引用例１記載事項(iii)を読み込んだ引用例１記載事項(ii)における「ｉｉ） 前記ｉ）の変異体を作成した３又はそれ以上の箇所のアミノ酸残基のうち任意の２箇所のアミノ酸残基の各々について、ｉ）のデータベースより基質特異性の高い少なくとも２つの変異体を選択し；ｉｉｉ） 前記２箇所のアミノ酸残基を同時に、前記各々選択した基質特異性の高い少なくとも２つのアミノ酸残基に変異させた、一群の２重変異体を作成してその基質特異性を測定し、前記２重変異体と基質特異性の関係に関するデータベースを作成し；ｉｖ） 前記ｉｉｉ）のデータベースより２重変異体について基質特異性の高い少なくとも２つの２重変異体を選択」する工程は、本願発明における「(3)該一次データベースにおいて、特性が改良された変異箇所毎に変異アミノ酸残基を少なくとも２つ選抜し、選抜した変異アミノ酸残基の組み合わせを有する一群の２重変異体を作製する工程。(4)各２重変異体の特性変化を測定し、特性が改良された２重変異体を選抜する工程。」に相当する。
　そうすると、本願発明と引用例１に記載された事項は、「タンパク質の特性が改良されたタンパク質変異体を製造する方法であり、少なくとも以下の工程を含む方法。
(1)タンパク質のアミノ酸配列中の複数箇所において、アミノ酸残基を他のアミノ酸残基に変異し、一群の一アミノ酸変異体を作製する工程。
(2)各一アミノ酸変異体の特性変化を測定し、タンパク質のアミノ酸配列中の変異箇所毎に変異アミノ酸残基と特性を対応させた１次データベースを作製する工程。
(3)該一次データベースにおいて、特性が改良された変異箇所毎に変異アミノ酸残基を少なくとも２つ選抜し、選抜した変異アミノ酸残基の組み合わせを有する一群の２重変異体を作製する工程。
(4)各２重変異体の特性変化を測定し、特性が改良された２重変異体を選抜する工程。」である点で一致する。
　しかしながら、前者では、タンパク質の改良しようとする特性が複数で、「タンパク質の複数の特性が同時に改良されたタンパク質変異体を効率良く製造する」ために、(2)において「複数の特性を対応させた１次データベースを作製」し、（３)において「複数の特性が同時に改良された変異箇所毎に変異アミノ酸残基を少なくとも２つ選抜」し、(4)において「複数の特性が同時に改良された２重変異体を選抜する」のに対して、後者では、複数の特性が同時に改良されたタンパク質変異体を効率よく製造するために、上記(2)〜(4)の工程で複数の特性を測定することは記載されていない点で、両者は相違する。
　
（２）当審の判断
　タンパク質の特性改良のための変異体の作製という本願発明と同じ技術分野に属する上記引用例３記載事項(v)の目的欄にも記載のように、アミノ酸置換変異体を作製して複数の特性を同時に改良しようとすることは、本願出願前既に周知の技術的課題であった。また、上記引用例３記載事項(vi)には、「本酵素のシステイン残基（４個）およびメチオニン残基（８個）の一アミノ酸変異体を網羅的に作製し，４つの特性を測定した」、「適当な特性を指標として一アミノ酸変異体を選び，組み合わせて２重変異体群を作り，更に選んだ２重変異体を組み合わせるといった段階的組み合わせを４重変異体群が得られるまで行った。Uphb及びUproを選択指標にした時は，置換アミノ酸残基数の増加に伴うUphbの向上及びUproの減少，それに基づくRproの減少のみが観察された。」とあり、４つの特性、すなわち複数の特性を対応させた１次データベースを作製し、適当な特性を指標として一アミノ酸変異体を選んで組合わせて２重変異体群を作り、複数の特性が同時に改良された２重変異体を選抜することが記載され、さらに目的欄には、望む機能を持つ蛋白質を効率的に得る技術の開発のためであることも記載されている。
　そうすると、引用例１に記載のタンパク質の特性改良方法において、複数の特性を同時に改良しようとすること、そしてその際、複数の特性を選択指標にして一アミノ酸変異体を選択し、それらを組み合わせて２重変異体群を作製し、複数の特性が同時に改良された２重変異体を選抜することは、上記周知の課題及び上記引用例３の記載から当業者であれば容易に想到し得たことである。
　そして、本願発明において奏される効果についても、上記引用例３に、「望む機能を持つ蛋白質を効率的に得る技術の開発のため」と記載されており、引用例１、３の記載から予測できない程の顕著なものとはいえない。
　したがって、本願発明は、引用例1及び３の記載及び周知事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
４．審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２１年４月８日付審判請求書の手続補正書において、
(i)「原査定においては、変異体の作成において、所望の性質および維持する他の性質を解析するものである旨指摘していますが、この解析が２重変異体の作成における一アミノ酸変異体の選別においてなされているのか明らかにしておりません。請求人として、従来、２重変異体の作成する際の一アミノ酸変異体における変異の選別においてそのような解析がなされていたことは、請求人は知りませんし、そのようなことはないと思います。上記本願発明における工程は、本願発明を特徴付ける工程であり、当然これを否定する引用文献は提示されてしかるべきであり、原査定はこの点で違法性の疑いがあると思料します。」、
(ii)「原査定における後者の指摘については、上記したとおり、引用文献２，３においては、PHBHの複数の特性を指標にして、複数の特性が改良された多重変異体を得た旨の記載はありますが、多重変異体を得るための、組み合わせる変異体の選抜手段についは具体的に記載されてはいないものであります。すなわち、引用文献２，３においては、上記工程中、特に、複数の特性が同時に改良された該変異箇所毎に変異アミノ酸残基を少なくとも２つ選抜する工程については記載がないものであります。」、と主張している。
　しかしながら、上記３．（２）で述べたとおり上記引用例３には、複数の特性を選択の指標として用いた場合に、当該複数の特性が向上したアミノ酸置換変異体が得られたことが記載されている。さらに、上記周知の複数の特性を同時に改良しようという技術的課題に基づいて、上記引用例１に記載の方法において、改良する特性を複数とした場合に、選択に使用する特性も複数にすることは、当業者であれば容易に想到し得たことともいえ、審判請求人の上記(i)及び(ii)の主張は採用できない。
　
５．むすび 
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。