【手続補正書】
【提出日】平成17年11月11日(2005.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）核酸又はタンパク質配列を含むデータベースを提供するステップであって、前記配列が、前記配列の潜在的疾患関連性についてアノテートされる、ステップと、
（ｂ）前記配列のいずれか１つに潜在的に関連する疾患の疾患特徴を測定する検定を提供するステップと、
（ｃ）前記データベース内に提供された核酸又はタンパク質配列の少なくとも１つの発現又は活性を減少又は増加させるステップと、
（ｄ）発現又は活性の減少又は増加の結果、前記検定の変化が起きるかどうかを判定するステップであって、前記検定の変化が、前記核酸又はタンパク質配列が、前記関連疾患の潜在的薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、潜在的薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項２】
（ａ）核酸又はタンパク質配列を含むデータベースを提供するステップであって、前記配列が、前記配列の潜在的疾患関連性についてアノテートされる、ステップと、
（ｂ）潜在的関連疾患の疾患特徴を示す細胞と、対応する正常細胞とにおける前記核酸又はタンパク質配列の示差的発現又は活性を判定するステップと、
（ｃ）前記核酸又はタンパク質配列の発現又は活性を減少又は増加させるステップと、
（ｄ）前記発現又は活性の減少又は増加が、前記関連疾患の疾患特徴を示す前記細胞に及ぼす効果を判定するステップであって、前記疾患特徴の変化が、前記核酸又はタンパク質配列が、前記関連疾患の潜在的薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、潜在的薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項３】
（ａ）構造−機能解析を行って、疾患関連性に関与するドメイン情報及び／又は構造情報を判定するステップと、
（ｂ）核酸又はタンパク質配列を含むデータベースを提供するステップと、
（ｃ）疾患関連性に関係するドメイン及び／又は構造情報を含有する配列を選択するステップと、
（ｄ）前記疾患特徴を測定するための検定を提供するステップと
（ｅ）ステップ（ｃ）で選択された核酸又はタンパク質配列の発現又は活性を減少又は増加させるステップと、
（ｆ）前記発現又は活性の減少又は増加の結果、前記検定に変化が起きるかどうかを判定するステップであって、前記疾患特徴の変化が、潜在的薬物ターゲットの指標である、ステップと
を含む、関連疾患のための潜在的薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項４】
前記核酸配列の発現を、RNAiコンストラクトを用いて減少させる、請求項１乃至３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記タンパク質及び核酸配列がE3配列である、請求項１乃至３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記タンパク質及び核酸配列が、HECT、RING、Ubox、Fbox、及びPHDから成る群より選択される一つ以上のドメインを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
（ａ）候補標的タンパク質を選択するステップと、
（ｂ）罹患細胞を、罹患細胞中の前記候補標的タンパク質の発現又は活性を減少させるRNAiコンストラクトに接触させるステップと、
（ｃ）前記候補標的タンパク質の発現又は活性が減少した結果、前記疾患の疾患特徴に変化があるかどうかを判定するステップであって、前記疾患の疾患特徴の変化は、前記候補標的タンパク質が前記疾患を治療するための薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、候補標的タンパク質をスクリーニングして薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項８】
前記候補標的タンパク質がE3である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
（ａ）E3薬物ターゲットを提供するステップと、
（ｂ）RNAiコンストラクトを投与して、罹患細胞中の前記E3の発現又は活性を減少させるステップと、
（ｃ）前記E3の発現が減少した結果、前記疾患の疾患特徴に変化があるかどうかを判定するステップであって、前記疾患の疾患特徴の変化は、前記RNAiコンストラクトが前記疾患を治療するための治療的RNAiコンストラクトであることの指標である、ステップと
を含む、疾患を治療するための治療的RNAiコンストラクトを同定する方法。
【請求項１０】
前記E3がヒトE3である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）E3タンパク質を選択するステップと、
（ｂ）罹患細胞における前記E3タンパク質の発現又は活性を減少させるステップと、
（ｃ）前記E3の発現又は活性を減少させた結果、前記疾患の疾患特徴に変化があるかどうかを判定するステップであって、前記疾患の疾患特徴の変化は、前記E3タンパク質が前記疾患を治療するための薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、E3タンパク質をスクリーニングして薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項１２】
前記疾患が、ウィルス性疾患、増殖性異常、及びユビキチン媒介性異常から成る群より選択される、請求項１、２、３、７、９及び１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記疾患特徴が、：（ｉ）前記E3が相互作用性タンパク質と相互作用するかどうかを判定するステップであって、この場合、前記相互作用性タンパク質が、前記疾患特徴では異常な分解を起こす、ステップか、（ｉｉ）前記E3タンパク質の細胞内局在化を判定するステップか、（ｉｉｉ）前記E3タンパク質の対生物活性、好ましくは前記E3タンパク質のリガーゼ活性、を判定するステップか、（ｉｖ）前記E3が、前記疾患特徴でユビキチン化される基質と相互作用するかどうかを判定するステップか、により評価される、請求項９乃至１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
（ａ）E3薬物ターゲットを提供するステップと、
（ｂ）RNAiコンストラクトを投与して、感染細胞における前記E3の発現を減少させるステップと、（ｃ）前記感染細胞からのウィルス様粒子の放出を判定するステップであって、ウィルス様粒子の放出の減少は、前記RNAiコンストラクトが、前記ウィルス感染を治療するための治療的RNAiコンストラクトであることの指標である、ステップと
を含む、ウィルス感染を治療するための治療的RNAiコンストラクトを同定する方法。
【請求項１５】
前記感染がHIV感染である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）E3薬物ターゲットを提供するステップと、
（ｂ）RNAiコンストラクトを投与して、腫瘍細胞における前記E3の発現を減少させるステップと、
（ｃ）前記腫瘍細胞の増殖速度を判定するステップであって、増殖速度の減少は、前記RNAiコンストラクトが、前記癌を治療するための治療的RNAiコンストラクトであることの指標である、ステップと
を含む、癌を治療するための治療的RNAiコンストラクトを同定する方法。
【請求項１７】
（ａ）E3薬物ターゲットを提供するステップと、
（ｂ）罹患細胞における前記E3タンパク質の発現又は活性を減少させるステップと、
（ｃ）前記E3の発現又は活性を減少させたことのユビキチン媒介性異常に対する効果を判定するステップであって、前記ユビキチン媒介性異常の疾患特徴における変化は、前記RNAiコンストラクトが、ユビキチン媒介性異常を治療するための治療的RNAiコンストラクトであることの指標である、ステップと
を含む、ユビキチン媒介性異常を治療するための治療的RNAiコンストラクトを同定する方法。
【請求項１８】
（ａ）E3タンパク質を選択するステップと、
（ｂ）ウィルス感染細胞における前記E3タンパク質の発現又は活性を減少させるステップと、（ｃ）前記E3の発現又は活性を減少させた場合の、ウィルス様粒子の放出を判定するステップであって、ウィルス様粒子の放出の減少は、前記E3タンパク質が薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、E3タンパク質をスクリーニングして薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項１９】
（ａ）E3タンパク質を選択するステップと、
（ｂ）腫瘍細胞における前記E3タンパク質の発現又は活性を減少させるステップと、
（ｃ）前記E3の発現又は活性を減少させた場合の前記腫瘍細胞の増殖速度を判定するステップであって、増殖速度の減少は、前記E3タンパク質が薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、E3タンパク質をスクリーニングして薬物ターゲットを同定する方法。
【請求項２０】
（ａ）E3タンパク質を選択するステップと、
（ｂ）罹患細胞における前記E3タンパク質の発現又は活性を減少させるステップと、
（ｃ）前記E3タンパク質の発現又は活性の減少が、ユビキチン媒介性異常に及ぼす効果を判定するステップであって、前記ユビキチン媒介性異常の疾患特徴の変化は、前記E3タンパク質が薬物ターゲットであることの指標である、ステップと
を含む、E3タンパク質をスクリーニングして薬物ターゲットを同定する方法。