【事件の表示】
　上記当事者間の特許第４５１１０３４号発明「自動化診断用分析器および方法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　本件審判の請求は、成り立たない。
　審判費用は、請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯　
　
１　出願手続経緯　
　本件特許第４５１１０３４号に係る出願は，平成１１年４月３０日（パリ条約による優先権主張　１９９８年５月１日　（ＵＳ）アメリカ合衆国）を国際出願日として特許出願されたものであり，本件出願の手続の経緯の概要は，以下のとおりである。
　
　平成１１年４月３０日　本件特許出願（特願２０００−５４７４７６号）
　平成２２年５月１４日　特許権の設定登録　
　
２　審判手続経緯　
　これに対して，請求人より平成２３年３月３１日に本件無効審判の請求がなされたものであり，本件無効審判における手続の経緯の概要は，以下のとおりである。　
　
平成２３年３月３１日　無効審判請求
　　　　　（甲第１〜１３号証，甲第２〜６，１０号証の抄訳）　　　　　
　　　　　８月１０日　訂正請求
　　　　　８月１０日　答弁書
　　　　　（乙第１〜１１，１２の１，１２の２，１３〜１８号証，
　　　　　　乙第１〜１１，１３〜１７号証の抄訳文）
　　　　　１０月２８日　弁駁書
　　　　　（甲第１４〜２０号証，甲第２，３号証の抄訳（追加），
　　　　　　甲第１６，１８，１９号証の抄訳）　
　　　　　１１月１８日　審理事項通知書　　
平成２４年１月５日　口頭審理陳述要領書（請求人）
　　　　　（甲第２１，２２号証，甲第２１号証の抄訳）
　　　　　１月１９日　口頭審理陳述要領書（被請求人）
　　　　　（乙第１９〜２６号証，乙第１９〜２３号証の抄訳文，
　　　　　　乙第２，３，５，１５，１６の追加抄訳文）
　　　　　１月１９日　第１回口頭審理
　　　　　１月１９日　審理終結
　
　なお，甲第１４号証と甲第２１号証とは同じ書証であるので，甲第２１号証は欠番とする。
　
第２　訂正請求について
　
１　本件訂正請求の内容
　
　平成２３年８月１０日付け訂正請求書による訂正（以下「本件訂正請求」という）の内容は，本件特許明細書を，訂正請求書に添付した全文訂正明細書のとおりに訂正しようとするものであり，以下（１）〜（５）のとおりである（下線部は訂正箇所である）。
　
（１）訂正事項１
　訂正事項１は，本件特許の特許請求の範囲について，
「【請求項１】
核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置であって，該装置は，以下：
ハウジング；
複数のステーション；
処理デッキ；１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ；
該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ，
該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され，
該複数のステーションは，
と，
該
とを備え
該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構，および
異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ
を備える，自動化装置。」と訂正するものである。
　
（２）訂正事項２
　訂正事項２は，本件特許請求の範囲について，訂正前の請求項２２を削除するものである。
　
（３）訂正事項３
 訂正事項３は，本件特許の特許請求の範囲について，
「【請求項２
２
請求項１〜２１のいずれか一項
　
（４）訂正事項４
　訂正事項４は，本件特許の特許請求の範囲について，
　「【請求項２
３
２
　
（５）訂正事項５
　訂正事項５は，本件特許の特許請求の範囲について，
　「【請求項２
４
３
　
２　当審の本件訂正請求についての判断
　
（１）訂正事項１について
ア　請求項１の「ハウジング」についての訂正
　「ハウジング」は訂正前の請求項１を引用する請求項２２に記載された事項であり，請求項１に「ハウジング」を追加する訂正は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　そして，本件特許明細書の【００２２】における「・・・（好ましい実施形態の詳細な説明）（分析器概要）  
本発明に従った自動化診断分析器
分析器５０は
ハウジング６０を含む
自動化アッセイを行うことに伴う多様なステーションおよびアッセイ標本は，ハウジング６０内に収容される
多様な溶液，試薬およびその他のアッセイを行うのに使用される材料が，好ましくはハウジング６０内に格納され，アッセイが分析器５０を用いて行われるときに生成する廃物も同様である
　
イ　請求項１の「複数のステーション」および「処理デッキ」についての訂正
　訂正前の請求項１には「複数のステーション」および「処理デッキ」について記載されており，請求項１に「複数のステーション」，「処理デッキ」との記載を追加する訂正は，実質的に特許請求の範囲の内容を変更するものではなく，請求項に記載された構成を明確にするためのものといえるから，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当する。
　
ウ　請求項１の「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」についての訂正
　請求項１に「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」を追加する訂正は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　そして，本件特許明細書の【００５６】における「
試薬冷却ベイ９００
複数のコンテナ受容器
試薬冷却ベイ９００内のコンテナから
増幅試薬を運搬する
使用される増幅試薬は，それに続く増幅手順に依存している
試薬コンテナ用
ベースプレート１９２６上には，英数字のボトル位置ラベル１９４０
ラベル図式は，円で囲んだ文字−数字対（最初の文字Ａ，Ｅ，ＰまたはＳに続いて，番号１，２，３または４を含む）を含む
文字Ａ
増幅試薬
番号１〜４
トレイ１９２２の四分円
４個の２５０回アッセイモジュラー四分円
試薬冷却ベイは，１０００回のアッセイに備えることが可能となり
４個の５００回アッセイモジュラー四分円により，この試薬冷却ベイは，２０００回のアッセイに備えることが可能となる
種々の数の単一アッセイ型または種々の数の複数の異なるアッセイ型に適合するためのコンテナトレイを構成する
　
エ　請求項１の「該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ」についての訂正
　請求項１に「該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ」を追加する訂正は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　そして，本件特許明細書の【００２２】における「・・・（好ましい実施形態の詳細な説明）（分析器概要）  
本発明に従った自動化診断分析器
分析器５０は
ハウジング６０を含む
自動化アッセイを行うことに伴う多様なステーション
ハウジング６０内に収容される
試薬
好ましくはハウジング６０内に格納され
試薬冷却ベイ９００は，温度感受性試薬のボトルを保持するための複数のコンテナ受容器
　
オ　請求項１の「該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」についての訂正
  　訂正前の請求項１における「処理デッキ上に配置された複数のステーションであって」を，「該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」とする訂正は，実質的に特許請求の範囲の内容を変更するものではなく，請求項に記載された構成を明確にするためのものといえるから，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当する。
　
カ　請求項１の「該複数のステーションは，該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーションと」についての訂正
　訂正前の「複数のステーションであって」「該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」を，「
該複数のステーションは，
と
　　
キ　請求項１の「該１つ以上の増幅試薬が提供された・・・増幅ステーションとを備え；」についての訂正
  　訂正前の「１つ以上の増幅試薬が提供された・・・増幅ステーション」を，「
該
とを備え
　
ク　小括
　してみると，訂正事項１は，特許請求の範囲の減縮および明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当し，新規事項を追加するものではなく，実質上特許請求の範囲を拡張または変更するものでもない。
　
（２）訂正事項２〜５について
ア　請求項２２を削除する訂正
　訂正前の請求項２２は「ステーションが，ハウジング内に含まれる」ことを特定するものであって，訂正前の請求項１を引用するものであり，上記訂正事項１の「ア」に伴い削除されるものである。
　
イ　請求項２２の「請求項１〜２１のいずれか一項に記載の」についての訂正
  　上記訂正は，訂正前の請求項２３における「請求項２２に記載の」を「請求項
１〜２１のいずれか一項
　
ウ　請求項２３の「請求項２２に記載の」についての訂正
  　上記訂正は，訂正前の請求項２４における「請求項２３に記載の」を「請求項２
２
　
エ　請求項２４の「請求項１〜２３のいずれか一項に記載の」についての訂正
  　上記訂正は，訂正前の請求項２５における「請求項１〜２４のいずれか一項に記載の」を「請求項１〜２
３
　
オ　小括
　してみると，訂正事項２〜５は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当し，新規事項を追加するものではなく，実質上特許請求の範囲を拡張または変更するものでもない。 
 　
（３）まとめ
　以上のとおり，本件訂正請求は，特許法１３４条の２第５項において準用する同法１２６条３項および４項の規定に適合し，また，上記訂正事項１〜５は，特許法１３４条の２ただし書きに適合するから，当該訂正を認める。  
　
第３　本件発明　
　以上のように，本件訂正請求が認められることから，本件特許の請求項１に係る発明は，上記訂正請求により訂正された特許明細書の記載からみて，その特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される次のとおりのものである（以下「本件発明」という）。　
「【請求項１】
核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置であって，該装置は，以下：
　ハウジング；
　複数のステーション；
　処理デッキ；
１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ；
　該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ，
　該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され，
　該複数のステーションは，該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーションと，
　　該処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含むその頂部端が開放された反応受容器を受容し，そして該１つ以上の増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーションとを備え；
　該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
　該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構，および
　異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ
　を備える，自動化装置。」
　
第４　当事者の主張　
　
１　請求人の主張　
　審判請求書，弁駁書および口頭審理陳述要領書によれば，請求人は，訂正後の本件発明は，特許法２９条２項の規定によって特許を受けることができないものであって，本件発明に付与された本件特許は同法１２３条１項２号の規定により無効とすべきものであると主張して下記甲第１〜２２号証を提出し，また，訂正後の本件発明は，同法３６条４項および同法３６条６項１号の規定によって特許を受けることができないものであって，本件発明に付与された本件特許は同法１２３条１項４号の規定により，無効とすべきものであると主張している。
　
甲第１号証：特許第４５１１０３４号
甲第２号証：Automated Sample Processing Using Robotics for Genetic Typing of Short Tandem Repeat Polymorphisms by Capillary Electrophoresis, by Phillip Belgrader and Michael A.Marino, Laboratory Robotics and Automation, Vol.9, pp3-7,(1997)
甲第３号証：A Magnetic Attraction to High-Throughput Genomics, Trevor L.Hawkins et.al., SCIENCE, Vol.276, 第１８８７頁及び第１８８９頁（第１８８８頁は広告のみのため省略）
甲第４号証：国際公開第９３／２５９１２号
甲第５号証：COBAS AMPLICOR:fully automated RNA and DNA amplification and detection system for routine diagnostic PCR, DiDomenico N et.al.,Clinical Chemistry 42(12), p.1915-23, (1996)
甲第６号証：An Open Software Environment to Optimize the Productivity of Robotized Laboratories,Reto Buhlmann, Jorge Carmona, Alain Donzel, Nader Donzel, and Jose Gil, Journal of Chromatographic Science, Vol.32, pp.243-248,  June 1994 
甲第７号証：特開平５−１８４３９７号公報
甲第８号証：特開平５−２８１２３９号公報
甲第９号証：特開昭６２−１４８８５８号公報
甲第１０号証：Experiment manager software for an automated chemistry workstation, including a scheduler for parallel experimentation, L.Andrew Corkan and Jonathan S.Lindsey,  Original Research Paper, Laboratory Information Management, 17(1992), 47-74
甲第１１号証：特開平８−２１１０７１号公報
甲第１２号証：特開平１０−６２４２６号公報
甲第１３号証：Image of Techne PHC-3 Thermal cycler,download of vendorPegasus Scientific Inc.,http://www.pegasusscientific.com/detail.cfm?autonumber=67881
甲第１４号証：”Evaluation of automated COBAS AMPLICOR PCR system for detection of several infectious agents and its impact on laboratory management”, Donald Jungkind, Sue Direnzo, Kathleen G. Breavis and Neil S.Silverman., Journal of Clinical Microbiology,34(11), pp.2778-2783,(1996)
甲第１５号証：東京化学同人　分子細胞生物学辞典（第１版），７１−７２ページ，５２５−５２６ページ，１９９７年５月１日発行
甲第１６号証：” PCR Cloning Protocols”,  Bruce A.White, Humana Press, pp.3-5,(1997)（乙第５号証）
甲第１７号証：”APPLIED BIOSYSTEMS PRODUCT CATALOGUE 1993-1994”, Applied Biosystems, 1-4 Introduction-1-6 Introduction
甲第１８号証：”Automation of Polymerase Chain Reaction Tests-Reduction of Human Errors Leading to Contamination”,Werner W.Wilke et al., Bacteriology, 21(4):pp.181-185,(1995)
甲第１９号証：”Automation of Polymerase Chain Reaction Tests to Achieve Acceptable Contamination Rates”, Werner W.Wilke et al.,Clinical Chemistry, 41(4), pp.622-623, (1995)
甲第２０号証：米国特許第５６１２２００号公報
（甲第２１号証：”Evaluation of automated COBAS AMPLICOR PCR system for detection of several infectious agents and its impact on laboratory management”, Donald Jungkind et al., Journal of Clinical Microbiology, pp.2778-2783(1996)　甲第２１号証については，上述のとおり欠番とする。）
甲第２２号証：”COBAS AMPLOCORTM Automatisation der AMPLICOR PCR”,　Roche Diggnostic TOP-News,計２頁(1995)
　
２　被請求人の主張　
　これに対して，被請求人は，答弁書および口頭審理陳述要領書において，乙第１〜１１，１２の１，１２の２，１３〜２６号証を提出して，上記無効理由は理由がないと主張している。　
　
乙第１号証：Belgraderら，Laboratory Robotics and Automation, 1997, Vol.9, p.3-7（甲第２号証）の抄訳文
乙第２号証：Hawkinsら，Science 20 June 1997:1887-1889（甲第３号証）の抄訳文
乙第３号証：国際公開第９３／２５９１２号パンフレット（甲第４号証）の抄訳文
乙第４号証：Krieg P.A.　編，A Laboratory Guide to RNA, 1996, Wiley-Liss, p.210
乙第５号証：White B.A.　編，PCR Cloning Protocols, 1997, Humana Press Inc., p.3-5
乙第６号証：Dennis Lo Y.M.　編，Clinical Applications of PCR, 1998, Humana Press Inc.,  p.11-17
乙第７号証：Uckunら，Blood, 1998, Vol.92, No.3, p.810-821
乙第８号証：Farrell, RNA Methods,Second Edition, Academic Press, 1998, chapter 15, pp.296-307
乙第９号証：Riggioら，J.Med.Microbiol., 1999, Vol.48, 317-322
乙第１０号証：Leeら，J.Clin.Microbiol., 1998, Vol.36, No.10, p.2887-2892
乙第１１号証：Leeら編，Nucleic Acid Amplification Technologies:Application to Disease Diagnosis, p.110
乙第１２号証の１：国際公開９７／１６５６１パンフレット（審査段階で引用された引用文献１）
乙第１２号証の２：特表２０００−５００３３１号公報（乙第１２号証の１の対応公表公報）
乙第１３号証：van Gemenら，PCR Methods and Applications,4:S177-S184(Cold Spring Harbor Laboratory 1995)
乙第１４号証：Stoneら，Molecular and Gellular Probes, 1996, 10, p.359-370
乙第１５号証：Findlayら，Clin.Chem.,  1993, Vol.39, No.9, p.1927-1933
乙第１６号証：DiDomenicoら，Clin.Chem.1996 Dec; 42(12): 1915-1923（甲第５号証）の抄訳文
乙第１７号証：Meltzer S.J.編，PCR in Bioanalysis,  Humana Press Inc., p.1-29
乙第１８号証：特許庁のウェブサイト
（http://www.jpo.go.jp/cqi/link.cqi?url=/shiryou/kijun/kijun2/tukujitu_casestudy.htm）平成２３年８月９日ダウンロード
乙第１９号証：ＴＩＧＲＩＳ（登録商標）の宣伝広告用パンフレット
乙第２０号証：Levett P.N.et al., Journal of Clinical Microbiology, June 2008, pages 2109-2111
乙第２１号証：Stevens W.S.et al., Journal of Clinical Microbiology, 2009,　47(8), pages 2465-2469
乙第２２号証：Donald Jungkind, Sue Direnzo, Kathleen G. Breavis and Neil S.Silverman,  Journal of Clinical Microbiology, 34(11),  pp.2778-2783,  (1996) （甲第１４号証と同じ，抄訳文の追加のために提出する。）第２７７９頁第１欄（左欄）第４段落，第２７８０頁〜２７８１頁にかけての段落，第２７８１頁，第１欄〜第２欄（左欄〜右欄）にかかる段落，第２７８１頁右欄第２段落
乙第５号証：第４頁第５段落第５〜６行。抄訳文を追加提出する
乙第２号証：（甲第３号証）　第１８８７頁中欄から右欄にかかる段落の追加抄訳文
乙第３号証：（甲第４号証）　第３頁第４段落，第７頁第６段落，第１２〜１３頁の段落の追加抄訳文
乙第２３号証：（甲第１８号証と同じ，抄訳文の提出のために提出する。）第１８３頁第２欄（右欄）第１段落第１１〜１５行
乙第１５号証：第１９２８頁第１欄（左欄）第４段落第７〜１０行，第１９２９頁第２欄（右欄）第２段落第１〜４行，第１９２９頁第２欄（右欄）第２段落第１６〜１９行，第１９３２頁第２欄（右欄）第２段落第２〜５行，第１９３３頁第１欄（左欄）第１段落第３〜６行の追加抄訳文
乙第１６号証：（甲第５号証）第１９１７頁第２欄（右欄）第３段落第６〜１４行および第１９２２頁第１欄（左欄）第４段落第８〜１４行の追加抄訳文
乙第２４号証：平成１９年６月６日付けで提出した意見書
乙第２５号証：平成２０年６月２７日付で提出された手続補正書（方式）
乙第２６号証：平成２１年１２月２５日に提出した回答書
　
第５　各証拠およびその内容　
　以下，甲第２〜２０，２２号証を甲２〜２０，２２とし，乙第１〜１１，１２の１，１２の２，１３〜２６号証を乙１〜１１，１２の１，１２の２，１３〜２６とする。
　これら書証のうち日本語ではない原語で記載されたものについては，その翻訳について当事者に争いがないので，原文は省略し，その代替として翻訳文を摘記する。
　
１　甲２について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲２には，「血痕カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅を自動化したロボティックシステム」に関して，次の事項が記載されている。なお，下線は当審により付記したものである。
　
（甲２−ア）　３ページ左欄１〜１４行
「我々は，
血痕カード（bloodstain card）からのＤＮＡ精製と，ＰＣＲ増幅とを，自動化され，連続したプロセスにおいて結合させる，ロボティックシステムを作製した
　
（甲２−イ）４ページ左欄４〜２０行
「我々は，処理能力の高い血痕カードの処理システムを開発のためにロボティックスを利用する。血痕カードは，我々の研究所において，ＤＮＡ分類による軍人識別のために保存される参照試料を，収集し保存するために，日常的に用いられている。さらに，ますます多くの法の実施当局が，血痕カードを，有罪判決を受けた重罪犯罪者や性犯罪者のＤＮＡの保管とデータバンクを設立するために用いている。その結果，作製されるカードの数は急速に増えており，サンプル処理と分析のための高い処理能力をもったシステムの開発は不可欠となっている。この論文において，我々は，ＤＮＡ精製と，ＳＴＲlociのＰＣＲを，自動化され，連続した手法において結合させる，ロボティックシステムについて説明する。結果として得られたＰＣＲ生成物は，自動化されたキャピラリー電気泳動法によって特徴付けられた。」
　
（甲２−ウ）４ページ左欄２２〜２８行
「試料
血痕カード（Fitzco，Mineapolis，MN）は，６人の職員から得た血液により滴下され，空気乾燥され，−２０℃にて保存された。パンチ（１／１６インチ）は，カードから手作業で得られ，Cycloplate（Robbins　Scientific，Sunnyvale,CA）と名付けられた，特別な９６ウエル　マイクロプレートに，一つのウエルに一つのパンチが入るように，納められた。
　
（甲２−エ）４ページ左欄２９行〜右欄３０行       　
「ロボティックサンプル処理
ロボティックシステムは，４ｍの直線軌道にあるＴ２６５ロボティックアーム（CRS　Robotics，Burlington，OT，Canada）と，MF-102　マイクロプレート供給ステーション（Eastern　Technical　Sales，Manchester，NH）と，液体処理ピペッティングステーション（Rosys，Wilmington，DE）と，ヒートブロックと，二つのProgene　サーマルサイクラー（Techne，Princeton，NJ）と，マイクロプレートホルダー（Beckman，Columbia，MD）と，からなる。 このシステムは，ヴァージョン４．３のRobocommソフトウエア（CRS　Robotics）と，RAPL−IIプログラム言語（CRS　Robotics）により，プログラム化されていた
　
マイクロプレート供給部は，血痕カードのパンチを納めたマイクロプレートをロボティックアームへ供給した
上記アームは，マイクロプレートをピペッティングステーションへ移送し
上記アームは，マイクロプレートに，ピペットチップが通過するための孔を有した，特別な蓋をかぶせた。これらの孔は，時折吸引の際に上記チップに付着するパンチが，ウエルから取り出されないように，充分小さなものとされた
ピペッティングステーションは，それぞれのウエルに，２００μＬの毒性のないＦＴＡ精製試薬（Fitzco）を添加し，１０分待ち，溶液を吸引した。ＦＴＡ精製試薬による抽出は繰り返された
上記アームは，精製されたパンチを納めたマイクロプレートをヒートブロックに移送した。マイクロプレートは，パンチを乾燥させるために８０℃で１０分間培養され，その後，上記アームはマイクロプレートをピペッティングステーションに戻した
Amplitaq　DNA　ポリメラーゼ（Applied　Biosystems　Division/Perkin　Elmer）が，ＰＣＲ試薬（試薬3mLに対して，ポリメラーゼ25μL）に添加され，溶液はピペットを５回上下動させることで混合された
ＰＣＲ混合物がそれぞれのウエルに添加され，その後，２５μＬの液体ワックス（MJ　Research，Watertown，MA）が添加された。アームは，マイクロプレートをサーマルサイクラーへ配置し，サーマルサイクラーの加熱されたカバーは自動的に閉じられ，そしてサーマルサイクルが行われた・・・。ＰＣＲが完了すると，サーマルサイクラーのカバーは開けられ，アームはマイクロプレートをマイクロプレートホルダーへと移送した
　
（甲２−オ）　５ページ左欄１〜１６行
「結果と考察
　・・・これは，血痕カードのパンチ上のＤＮＡの精製のための新しい手法を実施することによって，達成された。ＰＣＲのインヒビターが，パンチから抽出されたが，ＤＮＡは，パンチに対して強固に固定されたままとなり，その後，
固相ＰＣＲにより増幅された
　
（甲２−カ）５ページ左欄１７行〜右欄４行
「この報告において示すロボティックシステム（Figure.1）は，試料処理における高い処理能力を実現し，我々の従来システムに対して大きな進歩を表すために，実用的なアプローチをするものである。システムは，直線トラック上のロボティックアーム，向上された液体処理によるピペッティングステーション，マイクロプレートに収容された９６００の血痕のパンチを収容可能なマイクロプレート供給部，ロボティックアームが接近可能で接続可能なように特に設計されたサーマルサイクラー，とを一体化させている。
操作手順はRobocommソフトウエアとRAPL IIプログラム言語で記載され，これによりロボティックアームが自動的にパンチを有したマイクロプレートをマイクロプレート供給部から選択し，以下の各位置へ移送するのを指示する。（１）ＤＮＡ精製のためのピペッティングステーション，（２）パンチを乾燥させるためのヒートブロック，（３）ＰＣＲセットアップのためのピペッティングステーション，（４）ＰＣＲを実行するためのサーマルサイクラー，そして最後に（５）保存のためのマイクロプレートホルダー
　
処理の開始のために，６人の血痕カードが準備された。それぞれのカードから１６個のパンチが，９６ウエル　マイクロプレートに収容された
マイクロプレートはマイクロプレート供給部に収容され，適切な溶液，ＰＣＲ試薬，AmplitaqＤＮＡポリメラーゼがピペッティングステーションのプラットフォームのコンテナーに装填された
操作手順は，コンピュータにより開始され
処理の完了時に，ＰＣＲ生成物を有したマイクロプレートは，手動によってマイクロプレートホルダーから取りはずされ，９６個全てのサンプルはＣＥによって解析された
　
（甲２−キ）５ページ右欄５行〜６ページ右欄３行
「ＤＮＡ精製とＰＣＲセットアップには１時間要し，ＰＣＲには２時間要した。ＰＣＲセットアップにおける支障を回避するために，さらに２つのサーマルサイクラーが，システムに追加され得る。４つのサーマルサイクラーによる処理能力により，最初の３時間で９６サンプルが処理され，その後１時間毎にさらに９６サンプルが処理されるであろう。連続的なシステムの稼働によって，１日あたり，２１００のサンプルが処理され，最終的に分類されるであろう。しかしながら，
システム効率を最大化するためのスケジューリングソフトウエアを利用して，いくつかのアプリケーションを調整することによって（すなわち，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送される），処理能力はより向上されるであろう
　今後のシステムへの改善・変更として，血痕カードのパンチングの自動化と，サンプル処理のＣＥ解析への統合化が，挙げられる。これは，自動化された血痕カードパンチャー，ＰＣＲ生成物を扱うための他のピペッティングステーション，そしてロボティックアームがマイクロプレートをサンプル区画へ装填することのできるＣＥシステムの追加によって達成されるであろう。」
　
（甲２−ク）
　Figure.1には，直線軌道上に配置されたロボティックアームと，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーションがその順に上記直線軌道と平行に配置され，上記軌道の反対側にコンピュータが配置された形態が，記載されている。
　
　上記記載事項（甲２−ア）〜（甲２−ク）を総合すると，甲２には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「血痕カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅とを，自動化され連続したプロセスにおいて結合させる，プログラム化されたロボティックシステムであり，
ロボティックシステムは，直線軌道にあるロボティックアームと，マイクロプレート供給ステーションと，ＤＮＡ精製およびＰＣＲセットアップのためのピペッティングステーションと，パンチを乾燥させるためのヒートブロックと，ＰＣＲを実行するためのサーマルサイクラーと，保存のためのマイクロプレートホルダーと，からなり，
ロボティックアームはソフトウエアの指示により，自動的に，マイクロプレートをマイクロプレート供給部から選択し，上記各位置へ移送するよう構成され，
処理の開始のために，血痕カードが準備され，カードから手作業で得られたパンチがマイクロプレートの一つのウエルに一つのパンチが入るように納められ，マイクロプレートはマイクロプレート供給部に収容され，
適切な溶液，ＰＣＲ試薬，AmplitaqDNAポリメラーゼがピペッティングステーションのプラットフォームのコンテナーに装填され，
マイクロプレート供給部は，パンチを納めたマイクロプレートをロボティックアームへ供給し，上記アームは，マイクロプレートをピペッティングステーションへ移送し，
ピペッティングステーションにおいて，
上記アームは，マイクロプレートに，ピペットチップが通過するための孔であり，吸引の際に上記チップに付着するパンチが，ウエルから取り出されないように，充分小さな孔を有した特別な蓋をかぶせ，それぞれのウエルにＦＴＡ精製試薬を添加し，ＦＴＡ精製試薬による抽出を繰り返し，パンチは洗浄され，上記アームは，精製されたパンチを納めたマイクロプレートをヒートブロックに移送し，
ヒートブロックにおいて，
マイクロプレートは，パンチを乾燥させるために８０℃で１０分間培養され，その後，上記アームはマイクロプレートをピペッティングステーションに戻し，
ピペッティングステーションにおいて，
Amplitaq　DNA　ポリメラーゼが，ＰＣＲ試薬に添加して混合され，上記ＰＣＲ混合物がそれぞれのウエルに添加され，上記アームはマイクロプレートをサーマルサイクラーへ配置し，
サーマルサイクラーにおいて，
サーマルサイクラーの加熱されたカバーは自動的に閉じられてサーマルサイクルが行われ，ＰＣＲが完了すると，サーマルサイクラーのカバーは開けられて，上記アームはマイクロプレートをマイクロプレートホルダーへと移送し，
処理の完了時に，ＰＣＲ生成物を有したマイクロプレートは，手動によってマイクロプレートホルダーから取りはずされ解析されるよう構成されたものであり，
さらに，システム効率を最大化するためのスケジューリングソフトウエアを利用して，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されるよう構成された，
ロボティックシステム」（以下「甲２発明」という）
　　
２　甲３について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲３には，「配列決定Sequatronシステム」に関して，次の事項が記載されている。なお，下線は当審により付記したものである。
　
（甲３−ア）１８８７ページ左欄１〜１０行
「ＤＮＡ塩基配列決定法が発明されてから２０年の間，人ゲノムのほんのわずかな部分，全３０００Ｍｂｐの約１％しか解読されていない。それゆえ，ヒトゲノムプロジェクトが残り９９％の配列を２００５年までに完了することを表明していることを考えると，これは幾分困難に感じられる。」
　
（甲３−イ）１８８７ページ左欄２４行〜右欄１行
「これらを念頭に置き，我々は，ヒトゲノムプロジェクトに求められる実験室の処理能力を満足するための，自動化された配列決定システムを設計した。
　我々は，まず，主要な性能要件についての考察から始めた。（i）機械的に，システムはマイクロリットル容積の何千ものサンプルを，異なり変化する生化学工程において扱わなければならない。サンプル処理のために高度に統合されたchip-basedシステムが開発中ではあるが，現在の技術で目的を達成するために最も確実な手法は，実験室で行われる人による操作を模倣することである。
全てがスケジューリングソフトウエアによって調和して動作される，液体操作，サーモサイクリング，混合，保存のためのモデュールのセットの中央に配置された，関節を有したアームを用いて，我々は包括的に自動化されたプラットフォームを作り出すことが可能となった
　これらの考察から，
我々は，Sequatronを設計した。これは，自動化され，高い処理能力のゲノム構造機能解析システムに適用可能なものである。Sequatronという語は，実質的に，関節を有したロボティックアームを有した包括的なプラットフォーム，集中的管理，スケジューリングソフトウエアを意味する
　
（甲３−ウ）  １８８７ページ右欄４〜１６行
「Sequatronシステムは，当初は，ＤＮＡ塩基配列決定のために設計されたが，分子生物学における課題の一般的な解決手法も提供する。
　
基本的なSequatronプラットフォームは，手首部分にカスタマイズされた指を備えたCRS　A465　関節アーム（CRS　Robotics,Burlington,Canada）を備えた１．５×１．５Ｍのテーブルから成る（図を参照）。中央パーソナルコンピュータ（PC）が，シリアル接続を介して，直接アームを制御し，他のデバイスへ（または，それらのコンピューターコントローラへ）動作指示を送る
　
（甲３−エ）１８８７ページ右欄３０〜４７行
「現在，我々は，次の各事項を実行するための，
３つのSequatronシステム
（i）Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの
（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応を実行するもの
（iii）部分的に完了したゲノム配列のギャップを埋めるために行う，特別なＰＣＲ増幅の実行と，選択されたテンプレートの配列決定の実行を含む，フィニッシング（第３のシステムはプロトタイプが作成されたが，まだ開発中である。）を実行するもの
　
（甲３−オ）１８８７ページ右欄４８〜１８８９ページ左欄３５行
「精製Sequatronは，ＤＮＡを，ＳＰＲＩを用いてＭ１３やＰＣＲ生成物から単離する。
その目的は，再現性と効率化を達成することである。磁気ビーズを用いたアプローチは，我々の全ての応用において，非常に安定した，対費用効果の高い（テンプレートあたり１０セント以下）ものであることが，明らかとなり，Sequatronシステムのための，ＤＮＡ単離と操作において，一般的な手法となった。・・・
　
配列決定Sequatronは，先のシステムにより精製されたＭ１３　ＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を実行する
塩基配列決定反応の自動化には，３８４ウエル　プレートにおける液体処理，反応のサーモサイクリング，９６ウエル　プレートへ戻しての保存，の無人操作が必要となる。このSequatronは，配列決定反応のセットアップのために，３つのタイプのモデュールを用いる
一つ目は，Packard　104　XYZ液体処理ロボット
マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注が可能な，高度に柔軟なワークステーションが得られる
二つ目のモデュールのタイプは，液体処理部
三つ目のモデュールのタイプは，特別なサーマルサイクリング装置
加熱された蓋を有した３８４ウエルのペルチェブロックを備えたものである
　３８４ウエル・サーモサイクラーの利点は，９６ウエル−プレートからのDNAテンプレートを，ダイプラーマーのシーケンシングに必要な，４つの異なる配列決定反応（ヌクレオチドＡ，Ｔ，Ｃ，Ｇ）へと都合よく分けることが出来る点にあり，それにより，サンプルトラッキングを簡略化し，コストを低減する。」
　
（甲３−カ）　１８８７ページ中央における図の解説
「
Sequatronシーケンシング　中央に，CRS A465 ロボティックアームがあり，マイクロタイタプレートをカルーセル（左）から，配列決定反応のセットアップを行う二つのPackard 104 XYZロボット（緑）の一つへと移動させている様子が示されている。Tecan XYZ ロボット（オレンジ，カルーセルの右）は，配列決定反応が完了したものを保存するために用いられ，TechneとMJ　Research　サーマルサイクラー（茶色）は配列決定反応を実行するために用いられる。
　
（甲３−キ）
　１８８９ページ中央の図には，
中央に，マイクロタイタプレートを保持したＣＲＳロボティックアームが配置され，その周囲に，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置され，中央パソコンに対して，ＣＲＳロボティックアーム，プレートカルーセル，パソコンを介してTecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，パソコンを介してPackard　XYZ液体処理ステージが接続された形態が記載されている
　
　上記記載事項（甲３−ア）〜（甲３−キ）を総合すると，甲３には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「他のシステムにより精製されたＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を実行する配列決定Sequatronシステムであり，塩基配列決定反応の自動化をするものであって，
配列決定反応のセットアップのための３つのタイプのモデュールとして，
一つ目のモデュールは，Packard　104　XYZ液体処理ロボットであって，マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注が可能なものであり，
二つ目のモデュールは，液体処理部であり，
三つ目のモデュールは，特別なサーマルサイクリング装置であって，シリアル接続を介して制御される，加熱された蓋を有した３８４ウエルのペルチェブロックを備えたものであり，
中央に，マイクロタイタプレートを保持したＣＲＳロボティックアームが配置され，その周囲に，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置され，中央パソコンに対して，ＣＲＳロボティックアーム，プレートカルーセル，Tecan XYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージのそれぞれが接続された構成を有し，
ＣＲＳ　Ａ４６５ロボティックアームは，例えば，マイクロタイタプレートをカルーセルから配列決定反応のセットアップを行う二つのPackard 104 XYZロボットの一つへと移動させる動作を行うものであり，Tecan XYZ ロボットは，配列決定反応が完了したものを保存するために用いられ，TechneとMJ　Research　サーマルサイクラーは配列決定反応を実行するために用いられる，配列決定Sequatronシステム。」（以下「甲３発明」という）
　
３　甲４について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲４には，「自動化された核酸調整に用いられる装置」に関して，次の事項が記載されている。なお，下線は当審により付記したものである。
　
（甲４−ア）１ページ２〜５行
「本願発明の技術分野
　この発明は，自動化された核酸の調整に関するものであり，
自動化された核酸の調整方法とそのために用いられる装置に関する
　
（甲４−イ）２ページ２７行〜３ページ１２行
「発明の概要
　
発明の一つの形態において，本願発明は，複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスの調整のための装置を提供する
　
（甲４−ウ）６ページ５〜１９行
「　
発明の他の形態において，本願発明は，複合サンプルからの関心領域のＤＮＡシーケンスを調整する自動化された方法を提供する
　
（甲４−エ）７ページ１５〜１８行
「図面の詳細な説明
　
図１は，本願発明のＤＮＡ調整方法を実行するのに適した，本願発明に基づき自動化された装置の構造
　
（甲４−オ）７ページ２２行〜８ページ１行
「図示された
装置は，Ｘ−Ｙ−Ｚロボット１０
を備える
　
ロボットは，基板（図示されない）を備え
　
（甲４−カ）８ページ１１〜１９行
「ロボットヘッド３８は，レール３４，３６の下端で移動される。
ロボットヘッド３８は，ブロック２６，２８，３０とレール３４，３６を対応した駆動手段によって適切に可動させるよう機能する，コンピュータ制御手段（図示しない）の制御のもと，基板に対して３次元方向で可動である。
ロボットヘッドは，標準的な９６ウエル　マイクロタイタプレート（図示しない）を，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計されている
　
（甲４−キ）８ページ２３〜２４行
「
ロボットヘッドはまた，ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計されている
　
（甲４−ク）８ページ最終行〜９ページ１３行
「基板は，本願方法を実行するために必要な，多数の異なる構成要素を支持している。特に，
基板は，Techne製の３つのヒートブロックを支持し
それぞれのヒートブロックは，コンピュータ制御手段のもと，異なる所定温度に加熱されるように適合されている
基板は，また，例えばTechne製の二つの磁気分離ステーションを備えてお
　
一つの磁気分離ステーションは，液体が吸引される間，マイクロタイタプレートウエルの底に，磁気ビーズを保持し，これによりビーズを分離するように設計されている
　
（甲４−ケ）９ページ１７〜２０行
「
他方の磁気分離ステーションは，洗浄機能を実行するよう設計され
　
（甲４−コ）　９ページ３１行〜１０ページ１行
「この処理が何度も繰り返されて，磁気ビーズはウエルの中の液体中を左右に移動し，洗浄機能を実行する。」
　
（甲４−サ）　１０ページ２〜２２行
「
基板は，使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部も支持しており
　
基板は，チップの廃棄ステーションも有しており
　
装置は，また，処理を待つタイタプレートや処理を実行されたマイクロタイタプレートを保管する領域も有している
　装置は，また，再生のあと，更なる使用において再利用される，ビーズの一時的な保管のための容器も有している。
　
装置は，さらに，ＰＣ（図示しない）のようなコンピューター制御手段を有し，これにより，ロボットヘッドと対応する機能の動きを，当業者には明らかな形態で，制御し協動させる
　
処理されるサンプルを納めたマイクロタイタプレートは，使用において，ロボットヘッド２８によりつかみ上げられ，所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動される
　
（甲４−シ）１０ページ２３行〜１１ページ１９行
「例
　
以下の例は，自動化されたＤＮＡ調整方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである
　・・・そして，粒子／プローブ　複合物が加えられ，プローブは標的ＤＮＡへのアニールが可能となる。
一度結合されると，粒子／プローブ／鋳型　複合物は，残りの試料から，磁力によって分離可能となり，洗浄される
鋳型は，加熱によって粒子／ブローブ　複合体から遊離されることが可能となる
手順はシンプルで迅速であり，簡単に自動化される
マイクロタイタプレート内部で実行可能
　
（甲４−ス）１３ページ４行〜１４ページ４行
「溶解
　上澄みの添加に先立ち，エッペンドルフ型マルチディスペンシング　ピペットを用いて，１０uｌの１５％ＳＤＳがそれぞれのウエルに添加された。ファージは，マイクロタイタプレートをTechne　PHC-3サイクラーで１０分間７０度に加熱することによって，溶解された。
　
アニーリング
　２０ｕｌのハイブリダイゼーションバッファ（20%　PEG　8000／2.5M　NaCl）が，マルチディスペンシングピペットにより，各ウエルに添加された。・・・また，２０ｕｌの粒子／プローブ　複合体が各ウエルに添加され，ディッシュは４５°で３０分間，インキュベートされた。
　
洗浄ステップ
　マイクロタイタプレートはサイクラーから取りはずされ，Dynal　MPC-96磁気セパレータへセットされた。３０秒後，上澄みは吸引され，１００ｕｌの洗浄バッファ（0.1X　SSC）がそれぞれのウエルに添加され，５秒間隔で３回，プレートを磁気セパレータ上で移動させることにより，粒子は洗浄バッファ内部を移動された。このステップは，全３回繰り返された。最後に，粒子は，１０ｕｌの水の中に溶離された；磁石を用いることで，粒子はこの小さな容積に分散され得る。
　
変性
　プレートを８０度で３分加熱することによって，鋳型は，プローブから，遊離される。加熱の後，粒子は磁石を用いて集められ，上澄みは新たなマイクロタイタプレートへ移された。」
　
（甲４−セ）１４ページ２３行〜１５ページ５行
「シーケンシング結果
　一度，上記のように鋳型が精製されると，配列決定反応の実行が可能となるが，これは予備反応の混合物が生成可能となり，事前に分注可能となるからである。ABI　Taq　ダイプライマーキット試薬が使用された。・・・
全ての試料は，Ｍ１３−２１ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ
　
（甲４−ソ）１８ページ１２〜１３行
「２．
Ｘ，Ｙ，Ｚロボティックヘッドを備えた請求項１に記載された装置
　
　上記記載事項（甲４−ア）〜（甲４−ソ）を総合すると，甲４には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「自動化された核酸の調整に用いられる装置であり，
装置は，Ｘ−Ｙ−Ｚロボット１０を備え，
上記ロボットは基板を備え，
装置は，ロボットヘッド３８を備え，
上記ロボットヘッド３８は，コンピュータ制御手段のもと，基板に対して３次元方向で可動であり，マイクロタイタプレートを，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計され，ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計されており，
上記基板は，３つのヒートブロックを支持し，それぞれのヒートブロックは，コンピュータ制御手段のもと，異なる所定温度に加熱されるように適合され，
上記基板は，二つの磁気分離ステーションを備え，
一つの磁気分離ステーションは，液体が吸引される間，マイクロタイタプレートウエルの底に，磁気ビーズを保持し，これによりビーズを分離するように設計され，
他方の磁気分離ステーションは，洗浄機能を実行するよう設計され，
上記基板は，使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部を支持し，
上記基板は，チップの廃棄ステーションを有し，
上記装置は，処理を待つタイタプレートや処理を実行されたマイクロタイタプレートを保管する領域も有し，
上記装置は，コンピューター制御手段を有し，これにより，ロボットヘッドと対応する機能の動きを制御し協動させるものであり，
処理されるサンプルを納めたマイクロタイタプレートは，使用において，ロボットヘッド２８によりつかみ上げられ，所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動される，装置。」（以下「甲４発明」という）
　
４　甲５について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲５には，「標的核酸の増幅と検出を自動化するCOBAS　AMPLICORシステム」に関して，次の事項が記載されている。なお，下線は当審により付記したものである。
　
（甲５−ア）　１９１５ページ左欄１〜６行
「
COBAS　AMPLICOR
TM
システムは，様々な感染性疾患のための診断ＰＣＲ手順を実行する，標的核酸の増幅と検出を自動化するものである。このシステムは，二つのそれぞれ独立に制御される加熱／冷却ブロックを備えた一つのサーマルサイクラー，インキュベーター，磁気粒子洗浄部，ピペッター，フォトメーターを有している
　
（甲５−イ）　１９１５ページ右欄２８行〜１９１６ページ左欄１３行
「この論文において，我々は，
診断ＰＣＲのルーティンを実行するための，完全に自動化されたシステムについて説明する
システムは，増幅のためのサブシステムと，検出のためのサブシステムとを，備えている
増幅のためのサブシステムは，二つの中央線御されたサーマルサイクラーセグメント（一つの集積回路基板に接続された，二つの加熱／冷却ブロック）を備えている
異なるサイクリングプロファイルを必要とする，二セットのサンプルの同時増幅を，柔軟に行うことができる
ＰＣＲ生成物は，ELISA-likeフォーマットにより検出される。ここでは，オリゴヌクレオチド　プローブでコーティングされた常磁性の微粒子が，生成物へのハイブリダイゼーションによって，ビオチンでラベルされた増幅生成物を捕捉する
検出のためのサブシステムは，４つのモデュール，温度制御されたインキュベーター，磁気粒子の洗浄ステーション，自動化されたピペッティングユニット，基板に組み込まれたフォトメーター，を有している
　
（甲５−ウ）　１９１６頁左欄２６〜最終行
「
システムは，５つの機器（サーマルサイクラー，インキュベーター，洗浄ステーション，ピペッター，フォトメータ）を，一つのユニットに組み合わせたものである
標的核酸は，サーマルサイクラーで増幅される。ハイブリダイゼーションと検出反応は，３７℃インキュベータにおいて実行される。洗浄ステーションは，微粒子を分離し洗浄し再懸濁するための，磁石，再懸濁チップ，吸引チップ，を備えている。ピペッターは，ｘ−ｙ−ｚ移動機構の上に搭載された，自動化されたピペッティングステーションからなる。フォトメータは，発色現象の後，吸光度を測定する
　
（甲５−エ）　１９１６ページＦｉｇ．１の説明
「完全に統合されたCOBAS　AMPLICORシステム
　この上面図は，サーマルサイクラー加熱／冷却ブロック（１），自動化されたピペッター（２），インキュベータ（３），洗浄ステーション（４），フォトメータ（５），の配置を示すものである。A-ringは，加熱／冷却ブロックの下方に配置されている。」
　
（甲５−オ）　１９１６ページ右欄１〜１０行
「システムの特徴
ディスポーザブルである。
　
サーマルサイクラーは，成形されたリング（A-ring）を用いており，これは，ＰＣＲ増幅用の，１２個のキャップを備えたポリプロピレンチューブ（A-tubes；最大の作動容量は３００μＬ）を有している
反応混合物の増幅後の解析は，ディスポーザブルなポリスチレン検出カップ（D-cup；最大の作動容量は３５０μＬ）の中で実行される。このカップは，一般に，システムにより，ハイブリダイゼーション，検出，洗浄，フォトメータによる検出，の全てのステップにおいて用いられる
　
（甲５−カ）　１９１６ページ右欄１１〜３３行
「
サーマルサイクラー
・・・サーマルサイクラーは二つの中央制御されたセグメントと，追加のA-ringを保持するための二つの周囲温度セグメント（ブロック）を有している。・・・
　
二つの稼働モードが実行可能である
第二のモードは，サンプルが２４より多い場合に用いられる。２４サンプルの最初のセットが検出されている間，残りのサンプルの第二のセットが，増幅される（パラレルモード）。システムは，試料の最初のセットの増幅が完了した後，一時停止して，オペレータが，増幅されたA-ringを周囲温度セグメントへと移送し，追加のA-ringをサーマルサイクリングセグメントへ加え，システムを再スタートさせるのを，可能とする
　
（甲５−キ）　１９１６ページ右欄３４〜４６行
「試薬の移送。
　
検出を実行するために必要な全ての試薬は，COBAS　AMPLICORシステムに保持されている
ピペッターは，試薬の一定分量を，カセッテからA-tubeまたはD-cupのいずれかへ移送するのに用いられる
　
（甲５−ク）　１９１７ページ左欄１〜７行
「フォトメータ。
　
フォトメータは，検出反応による吸光度を測定するものであり
　
（甲５−ケ）　１９１７ページ左欄３１行〜右欄５行
「複合的なテスト。
　増幅反応混合物は，プライマーの二つのペアを含有していた。・・・それぞれの増幅反応における生成物は，C.trachomatis，CT　IC，またはN.gonorrboeaeに特異的なプローブでコーティングされた常時性粒子を用いて，三つの個々の反応において検出された。」
　
（甲５−コ）　１９１７ページ右欄６行〜１９１８ページ左欄２行
「
システムオペレーション
　
オペレータは，手作業により，MasterMix（バッファ溶液であり，耐熱・熱安定性のポリメラーゼ，AmpErase
Ｒ
（Roche　Diagnostic　Systems，Branchburg，NJ），プライマー，塩，dNTPsを含有している）を，それぞれのA-tubeに添加する。システム外でのサンプル調整は，COBAS　AMPLICORにおける分析の前に必要となる
サンプルが調整された後，これらは，適切で分析に特有なMasterMixを含有した，A-Tubeに移送される。そして，A-ring，D-cupラック，試薬カセッテはシステムに搭載される
システムの動作が開始する
　
ＰＣＲ増幅プロファイル
ハイブリダイゼーション反応は，D-cupを基板上の保存ラックから３７℃インキュベータに移送し，続いて１００μＬのハイブリダイゼーション溶液と２５μＬの変性された増幅産物をD-cupに添加することによって，開始する。ハイブリダイゼーション溶液は，分析に特有なオリゴヌクレオチドプローブでコーティングされた常磁性微粒子（Dynabeads
Ｒ
；Dynal　A.S.,Oslo，Norway）を含んでいる
ハイブリダイゼーション反応物は，洗浄ステーションへ移送される前，３７℃で１４分インキュベートされる
洗浄ステーション
検出
　
（甲５−サ）　１９２１ページ右欄１〜３３行
「考察
　この，ＰＣＲ増幅と検出のための，完全に自動化されたシステムにおいて，
装置は三つのプロセスを自動化する
サンプルから取得したターゲット核酸のＰＣＲ増幅，増幅された生成物の，標的に特異的なオリゴヌクレオチドプローブへの，ハイブリダイゼーション捕捉，プローブが結合した増幅生成物の検出
装置の動作モードには柔軟性がある
パラレルモードでは，オペレータは最初のサンプルのセットを装置に装填する。増幅が完了した後，適宜のタイミングで，オペレータはしばらく装置へ戻り，増幅されたサンプルを周囲温度保持ブロックへ移送し，第二のサンプルセットを，サーマルサイクラーへ装填する。第二のサンプルセットは，最初のサンプルセットの増幅生成物が検出されている間，増幅される。それぞれのサンプルセットの結果は，オペレータの介在なしに得られる
　システムは，５つの装置（サーマルサイクラー，インキュベータ，洗浄ステーション，ピペッタ，フォトメータ）を一つのユニットへと統合するものである。
サーマルサイクラーモデュールが，二つのセグメントを備え，二つの異なる増幅プロファイルを同時に実行可能であるため，システムは，複数のアッセイを同時に実行可能である。パラレルモードでは，４つまでの異なる増幅プロファイルが実行可能である
　
（甲５−シ）１９１６ページのFig.1は，COBAS　AMPLICORシステムの上面からの図を示すものであり，この図には，サーマルサイクラー，ピペッター，インキュベータ，洗浄ステーション，フォトメータが，枠を備えた単一のケース内に近接して配置された形態が記載されている。
　
　上記記載事項（甲５−ア）〜（甲５−シ）を総合すると，甲５には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「様々な感染性疾患のための診断ＰＣＲ手順を実行する，標的核酸の増幅と検出を自動化するCOBAS　AMPLICORシステムであり，
システムは，増幅のためのサブシステムと，検出のためのサブシステムとを，備え，
増幅のためのサブシステムは，二つの中央線御されたサーマルサイクラーセグメントを備え，二つのセグメントが，二つの異なる増幅プロファイルを同時に実行可能であるため，システムは，複数のアッセイを同時に実行可能となり，
検出のためのサブシステムは，温度制御されたインキュベーター，磁気粒子の洗浄ステーション，自動化されたピペッティングユニット，基板に組み込まれたフォトメーター，を有し，
システムは，サーマルサイクラー，インキュベーター，洗浄ステーション，ピペッター，フォトメータを，一つのユニットに組み合わせたものであり，
システムは，サーマルサイクラーにおいて，ＰＣＲ増幅用のキャップを備えたA-tubesを有するA-ringを用い，ハイブリダイゼーション，検出，洗浄，フォトメータによる検出，の全てのステップにおいてD-cupを用いるものであり，
サーマルサイクラーは，標的核酸を増幅するものであって，二つの稼働モードが実行可能であり，
第二のモードであるパラレルモードでは，オペレータは最初のサンプルのセットを装置に装填し，増幅が完了した後，適宜のタイミングで，オペレータはしばらく装置へ戻り，増幅されたサンプルを周囲温度保持ブロックへ移送し，第二のサンプルセットを，サーマルサイクラーへ装填し，第二のサンプルセットは，最初のサンプルセットの増幅生成物が検出されている間，増幅され，
検出を実行するために必要な全ての試薬が，システムに保持され，
インキュベータは，ハイブリダイゼーションと検出反応を実行するものであり，
洗浄ステーションは，微粒子を分離し洗浄し再懸濁するための，磁石，再懸濁チップ，吸引チップ，を備えたものであり，
ピペッターは，ｘ−ｙ−ｚ移動機構の上に搭載された，自動化されたピペッティングステーションからなり，試薬の一定分量を，カセッテからA-tubeまたはD-cupのいずれかへ移送するのに用いられるものであり，
フォトメータは，検出反応による吸光度を測定するものであり
システムのオペレーションにおいて，
オペレータは，手作業により，MasterMixをA-tubeに添加し，サンプルは調整された後上記のA-Tubeに移送され，A-ring，D-cupラック，試薬カセッテがシステムに搭載された後，オペレータによってシステムの動作が開始され，
適切なＰＣＲ増幅プロファイルが，入力されたワークリストデータに従い，自動的に実行されて，増幅の最後に変性溶液が，それぞれのA-tubeの内容物に自動的に添加され，
ハイブリダイゼーション反応が，分析に特有なオリゴヌクレオチドプローブでコーティングされた常磁性微粒子を含んだハイブリダイゼーション溶液と変性された増幅産物をD-cupに添加することによって，開始され，
ハイブリダイゼーション反応物は，インキュベートされた後，D-cupを移送することにより洗浄ステーションへ移送され，D-cupは，洗浄工程後インキュベータに戻され，インキュベータ期間の後フォトメータに移送される，COBAS　AMPLICORシステム」（以下「甲５発明」という）
　　
５　甲６について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲６には，「試料の並行処理」に関して，次の事項が記載されている。甲６からの下記摘記事項は請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（甲６−ア）　２４３頁左欄１１〜１４行
「当該ソフトウェアは包括的なアプローチとオープン構造という戦略的なコンセプトに基づくものである。これらのコンセプトを応用することで，あらゆるコンピュータ駆動機器の実行が単純化される。」
　
（甲６−イ）　２４３頁右欄３１〜３６行
「このプロジェクトの主な目的は，品質と再現性を同時に改善しつつ，生産性を向上し且つコストを削減することである。この目的達成のために，多段階式の手順は，様々な状態のレベルで試料の並行処理を必要とする。これらの状況は，すべてのタスクの効率的なスケジューリングによって適切に管理される。」
　
（甲６−ウ）　２４４頁左欄４８〜５３行
「ロボットに応用したスケジューリングタスクは，複数の試料が，通常，試料の使用期限及び処理手続と関連する時間的制約に反することなく，試料調整の順序又は分析手順内における複数の状態のレベルにおいて，自動化されたシステム上で同時に処理される一連の処理である。」　
　
（甲６−エ）　２４５頁右欄３１〜３５行
「このプロセスで得られる最大の処理量は１日当たり１５２個の試料である（３日の就業日）。この最適化された状態において，ロボットアームは９０％超の時間使用状態にあり，そして５つの異なる状態のレベルのサンプルを同時に処理する。」
　
６　甲７について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲７には，「ＰＣＲにおいて利用されるサーモサイクラー」に関して，次の事項が記載されている。
　
（甲７−ア）「【０００１】本発明は，試料中の標的核酸の検出，および試料中の標的核酸増幅の間の二重鎖核酸増大の監視のための改良方法，ならびに標的核酸増幅用キットを提供するものである。
【０００２】同時的核酸増幅および検出の新規方法は，従前の検出方法の速度および精度を向上させ，また増幅に引続く試料処理の必要性を除去する。」
　
（甲７−イ）「【００３７】本均質的アッセイは，オリゴヌクレオチドプローブとの組合せにおいて使用するために適している。例えば，一実施態様において特定標的配列の検出に特異的なオリゴヌクレオチドプローブの使用が，本発明のＤＮＡ結合試剤に加えて増幅反応中に含まれる。」
　
（甲７−ウ）「【００６６】ＰＣＲの好適な方法において，増幅反応は自動化工程として実施される。現在利用可能なサーモサイクラーは，４８個の反応チューブを保持し得る加熱ブロックを使用している。従って，４８の増幅反応を同時に実施することができる。本発明は，試料操作，チューブの開放，または周期反応の中断なしに，４８の試料すべてにおいてＰＣＲ生成物の検出を可能にする。」
　
７　甲８について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲８には，「医療上のアナライザに使用されるインキュベータ」に関して，次の事項が記載されている。
　
（甲８−ア）「【０００１】【産業上の利用分野】この発明は医療上のアナライザに使用されるインキュベータに関するものであり，更に詳しくは，この種のインキュベータにおけるスライドエレメントの位置決めを適正に行なう技術に関するものである。」
　
（甲８−イ）「【０００９】図１においてこの発明のインキュベータを使用したアナライザ１０は通常のようにスライドエレメント“Ｅ”を予熱ステーション１４に装填するプッシャブレード１２とこのスライドエレメントをインキュベータ３０に搬送する第２のプッシャブレード１６とを有する。」
　
（甲８−ウ）「【００２２】・・・患者サンプルを担持した試験エレメントＥ・・・」
　
８　甲９について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲９には，「車輪を備えた自動免疫測定装置」に関して，次の事項が記載されている。
　
（甲９−ア）１ページ右欄２〜４行
「本発明は，多数の被検体（試料）を自動的かつ連続的に測定するために用いられる自動免疫測定装置に関するものである。」　
　
（甲９−イ）第１図には，装置底部に車輪の備わった形態が記載されている。　
　
９　甲１０について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１０には，「サンプルの同時処理」に関して，次の事項が記載されている。甲１０からの下記摘記事項は請求人の提出した翻訳文を記載したものである。
　
（甲１０−ア）４７ページ１３〜１４行
「並行性は，主に，半自律のハードウェアモジュールによって，ユーザーインターフェースによって，及び，スケジューラーを利用して，サンプルの同時処理を介してもたらされる。」
　
（甲１０−イ）５０ページ右欄５〜７行
「我々は，可能な限り５つのハードウェアモジュールが同時に機能し得るように，並行して構築することに努めてきた。」
　
１０　甲１１について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１１には，「試料の同時処理」に関して，次の事項が記載されている。
　
（甲１１−ア）「【００３８】図７に示すように，この形態例に係る自動分析装置３０は，当該自動分析装置３０に関する種々の制御を行うＣＰＵ及びメモリ６０と，カートリッジ容器３２の装填の指示，解析結果の表示等の種々の表示を行う表示部６５と，前記カートリッジ容器情報読取手段に相当し，前記回転ステージ３０に装填されたカートリッジ容器３２の回転ステージ３０の中心に近い方の端に付されたバーコードをバーコード読取部５１で読み取って解読するバーコード読取制御部６６と，を有する。」
　
（甲１１−イ）「【００５９】処理パターンの設定は，できるだけ短い時間に沢山の処理を行うこと，即ち，処理効率を上げるように処理パターンの設定が行われる。しかも，その際できればなるべく回転ステージ３０の動作を少なくすることである。」
　
（甲１１−ウ）「【００６１】しかし，当該処理時間の大半は，インキュベーション（恒温反応）のための時間であり，その間は，ピペット装置４７は空いている状態にある。そこで，その時間を利用して他の処理を行わせることによって処理時間を短縮させることができる。」
　
１１　甲１２について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１２には，「自律分散処理システム」に関して，次の事項が記載されている。
　
（甲１２−ア）「【００２０】本発明では，基本的には各モジュールが記憶したソフトウエアに基づいて情報処理機構がその装置の運用を自律的にとり行うため，各モジュールは自律的，分散的，並列的に動作する。本発明の自動化処理システムは，各モジュールを制御するためのコントローラやパソコン，ワークステーションなどの中央制御装置を必要とせず，システム全体として，自律分散処理システムとして機能する。」
　
（甲１２−イ）「【００９４】本実施例では医師の端末と試料容器が一つの場合を説明したが，それぞれ複数あってもよい。この場合，複数の医師の端末からの依頼により，複数の試料容器は，各々の処理動作を並行してそれぞれ自律的に行う。このように本システムは自律的かつ並列分散的な制御方式を有する。」
　
１２　甲１３について　
　甲１３は，TECHNE PHC-3 THERMAL CYCLER-TECHNIに関するものであり，Pegasus　Scientific　Inc.のインターネットサイトである，
http://www.pegasusscientific.com/detail.cfm?autonumber=67881からダウンロードされたイメージの紙出力である。甲１３には，イメージ左上に紙出力の日付と推測される２０１１／０２／１１が記入されることから，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布されたものと推認される。甲１３にはTECHNE PHC-3 THERMAL CYCLERのカラー写真が記載され，写真の下に，「カテゴリー：ＰＣＲ／サーマルサイクラー」と記載されている。なお，甲１３の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　
１３　甲１４について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１４の２７８０ページのＦＩＧ．１には，自動化されたCOBAS AMPLICOR PCRシステムのカラー写真が記載され，この図には，システムが蓋を伴った内蔵型ユニットとして構成された形態が記載されている。
　
１４　甲１５について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１５は分子細胞生物学辞典であり，「遺伝子増幅」，「ＤＮＡ塩基配列決定法」に関する解説が記載されている。
　
１５　甲１６について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１６には，「ＰＣＲのキャリーオーバー問題に対処する処理」に関して，次の事項が記載されている。甲１６からの下記摘記事項は，請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（甲１６−ア）５ページ２〜７行
「全てのＰＣＲサンプルについてｄＴＴＰの代わりにｄＵＴＰを使用することで，ＰＣＲのキャリーオーバー問題に対処する，内在的な生化学的機構を構築することができる。その結果ＰＣＲ産物はｄＵを含むこととなるが通常通りクローン化し，配列決定し，そして解析することができる。各ＰＣＲ反応をウラシルＮ−グリコシダーゼで前処理することで，天然のＴを含む試料を増幅可能な状態にしたまま，以前の反応から持ち越されたあらゆるＰＣＲ産物が破壊される（１０）。」
　
１６　甲１７について　
　甲１７は，その名称および形態からみて頒布された刊行物であるといえるが，頒布日に関してはCopyright1998と記載されるのみであり，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布されたものであるのか否かについては不明である。なお，甲１７の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　甲１７の1-4 Introductionのページには，Figure1-3としてサイクルシーケンシングが図示されている。
　
１７　甲１８について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１８には，「ＰＣＲの自動化によるキャリーオーバーコンタミネーションの減少」に関して，次の事項が記載されている。甲１８からの下記摘記事項は，請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（甲１８−ア）１８１ページ左欄１〜７行
「我々は，２１ヶ月にわたり手作業で実施されたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースのＤＮＡ解析実験と，Ｚｙｍａｒｋロボットシステムにより実施された２５ヶ月の自動ＰＣＲとを性能比較した。ＰＣＲ技術の自動化は，キャリーオーバーコンタミネーションを報告する実験数の６倍の減少をもらたし，そして，全反応間の全コンタミネーション率を６８倍減少させた。」
　
１８　甲１９について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲１９には，「ＰＣＲベースのＤＮＡ解析における自動化」に関して，次の事項が記載されている。甲１９からの下記摘記事項は，請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（甲１９−ア）６２２ページ左欄１２〜１９行
「更に，コンタミネーションを防ぎ，且つ既存のコンタミネーション問題を是正するのに役立つ複数の物理的及び化学的方法が開発されている（６−１１）。自動化はＰＣＲベースのＤＮＡ診断の信頼性を改善するための別の手段であり（１２），そしてＫｏｄａｋ（１３）とＲｏｃｈｅはそれぞれ自動化ＰＣＲ装置を開発している。」
　
（甲１９−イ）６２２ページ右欄３０〜３６行
「増幅が，試料調整とＤＮＡ増幅とに使用される同一の研究スペースという閉鎖領域内で実施された場合でも，観察されたコンタミネーション率は低かった。この信頼性から，ＰＣＲベースのＤＮＡ解析の研究所を設立する場合は，自動化を真剣に検討すべきである。」
　
１９　甲２０について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である甲２０は，本件特許明細書の【００１２】において引用された刊行物であり，不活性化試薬を用いた処理について記載されている。
　
２０　甲２２について　
　甲２２には，ＲｏｃｈｅＤｉａｇｎｏｓｔｉｃＴＯＰ−Ｎｅｗｓとして，蓋を備えたＣＯＢＡＳ　ＡＭＰＬＩＣＯＲの写真が掲載されている。甲２２にはその１ページ目にMarz1995と記載されているが，頒布日は明確ではない。なお，甲２２の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　
２１　乙１〜３について　
　乙１〜３は甲２〜４と同一の書証である。
　
２２　乙４について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である乙４には，「ＰＣＲにおける汚染管理のために，増幅の前後で作業領域および物質の物理的分離を行うこと」に関して，次の事項が記載されている。乙４からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙４−ア）２１０ページ１１〜１７行
「競合的ＲＴ　ＰＣＲのための汚染管理は，良好かつ基本的なＰＣＲに関する実験上の衛生法を課すものであり，これは，指向性のワークフローとともに，増幅前と増幅後の段階について作業領域および物質の物理的な分離を含む。検体の相互汚染の可能性を最小限にするためには，実行可能な場合には，研究室へのアクセスの制限と，操作者の徹底的な訓練もまた，ポジティブディスプレースメント式ピペットおよびエアゾール耐性ピペットチップの使用とともに重要である。」
　
２３　乙５について　
　乙５は甲１６と同一の書証であり，「ＰＣＲ前後における作業領域の分離」に関して，次の事項が記載されている。乙５からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙５−ア）４ページ下から２〜１行
「ＰＣＲ前とＰＣＲ後の作業について，別々の作業領域が設計されるべきである。」
　
２４　乙６について　
　乙６は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。
　乙６は頒布された刊行物であるが，その頒布日については，「1998 Humana Press Inc.」と記載されるのみであり，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布されたものであるのか不明である。なお，乙６の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙６には，「汚染回避のためのＰＣＲ関連操作の物理的分離」に関して，次の事項が記載されている。乙６からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙６−ア）１１ページ３〜７行
「高感度はまた，その主たる弱点，すなわち，その外因的な汚染に起因して偽陽性の結果を生じる傾向もＰＣＲに与える（１，２）。それゆえ，汚染の回避は，ＰＣＲ実験室，特に，診断情報を生成することに関係するものを設置する際の，一つの最も重要な考慮の対象である。」
　
（乙６−イ）１２ページ１〜６行
「３．汚染回避の原理
　多くの問題と同様に，回避は矯正よりも望ましい；そして，ＰＣＲ汚染も例外でない。ＰＣＲにおける汚染回避の主要な原理は以下のとおりである：
　１．個々のＰＣＲ関連操作の厳密な物理的分離：我々は，試料調整段階，ＰＣＲ準備段階およびＰＣＲ後段階について３つの別々の領域を使用することを推奨する。」
　
２５　乙７について　
　乙７は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。
　乙７は，１９９８年８月１日，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物である。なお，乙７の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙７には，「汚染防止のためにＰＣＲ反応と試料調製とを別の部屋で行うこと」に関して，次の事項が記載されている。乙７からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙７−ア）８１１ページ右欄４６〜５１行
「試料の相互汚染を防止するために厳密な予防措置を使用し，そして，ＲＮＡ抽出ならびにＰＣＲ増幅の段階において，ネガディブコントロールを含めた４７。増幅したｃＤＮＡ配列の持ち越しを防ぐために，我々は，ＰＣＲ反応を実施した部屋とは別の専用の部屋において我々の試料を調製した。」
　
２６　乙８について　
　乙８は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。
　乙８は，１９９８年１２月２３日，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物である。なお，乙８の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙８には，「汚染防止のために，鋳型調製，試薬調製，ＰＣＲサイクリングのために専用領域を定めること」に関して，次の事項が記載されている。乙８からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙８−ア）３０６ページ３２〜３８行
「６．サンプル準備領域。明らかに鋳型の調製，試薬の調製およびＰＣＲサイクリングのために別々の部屋を維持するために利用可能な適切な研究室の面積を有することが望ましいが，これは，より小さい研究室において常に可能というわけではない。代わりに，アンプリコン汚染（ＰＣＲ持ち越し）という特有の危険性を最小限にするために，研究室内で，少なくとも，鋳型のみが扱われる領域，ならびに，試薬の調製およびＰＣＲサイクリング専用の領域を定めることが最善である。」
　
２７　乙９について　
　乙９は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。
　乙９は，１９９９年，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物である。なお，乙９の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙９には，「汚染回避のために，試料調製，ＰＣＲ反応準備，ＰＣＲ後分析のために別々の部屋を使用すること」に関して，次の事項が記載されている。乙９からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙９−ア）３１８ページ右欄４２〜４９行
「ＰＣＲ品質管理　汚染を回避するために，ＰＣＲを実施する際，厳重な手順を採用した。試料の調製と，ＰＣＲ反応の準備と，反応生成物のＰＣＲ後分析のために別々の部屋を使用した。反応を準備する際には，全ての段階においてフィルターチップを用い，そして，試料を反応混合物に加えるためにポジティブディスプレースメント式チップを使用した。」
　
２８　乙１０について　
　乙１０は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出したものである。
　乙１０は，１９９８年１０月，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物である。なお，乙１０の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙１０には，「持ち越し汚染を回避するために，試料調製，ＰＣＲ前準備，サーマルサイクリング，ＰＣＲ後処理を別々の部屋で行うこと」に関して，次の事項が記載されている。乙１０からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１０−ア）２８９０ページ左欄１１〜２０行
「敗血症の直接的診断のためのネスト化ＰＣＲプロトコールの応用。確率されたネスト化ＰＣＲプロトコールは，上述のような微調整のいくつかの工程の後に，最終的に臨床症例を診断するために使用した。偽陽性および持ち越しによる汚染を最小限にするために，試料の調製，ＰＣＲ前の準備，サーマルサイクリングおよびＰＣＲ後の処理は，標準的なプロトコール（６）によって推奨されるように，別々の道具を用いて別々の部屋で行った。処理の各工程において，エアゾール耐性チップ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ　Ｍａｎｎｈｅｉｍ）を使用した。偽陽性は，各工程においてネガティブコントロールを用いることにより厳密に排除した。」
　
２９　乙１１について　
　乙１１は，被請求人が技術水準を立証する目的で，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）の前ないし直後に発行された文献の一つとして提出した刊行物である。
　乙１１には，「Copyright 1997 Eaton Publishing」と記載されており，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布されたものと推認される。なお，乙１１の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙１１には，「相互汚染を回避するために，検体調製，アッセイ準備，分析のために別々の部屋を使用すること」に関して，次の事項が記載されている。乙１１からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１１−ア）１１０ページ２８〜３８行
「現在，手動による核酸増幅アッセイもまた，増幅反応の最終生成物による検体の相互汚染の影響を受けやすく，これは，ＰＣＲのユーザを悩ませている問題である。核酸増幅アッセイの申し分のない感度は，１０１４分子もの最終生成物を含み得る増幅反応混合物からの最終生成物の２〜３の分子だけが偽陽性の結果を生じ得るという信頼性であり得る。人件費を削減することに加え，密閉された使い捨ての反応パックを使用する完全な自動化核酸増幅機器は，相互汚染の可能性をほぼ排除するはずである。密閉された反応パックがない場合，増幅アッセイは，専用の設備と，検体の調製，アッセイの準備および分析のための別々の部屋の使用を必要とし得る。」
　
３０　乙１２の１について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である乙１２の１は，出願手続において，平成１８年１２月４日付け拒絶理由通知の中で引用文献１として引用された文献である。
　
３１　乙１２の２について　
　２０００年１月１８日，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物である乙１２の２は，上記乙１２の１の国内公表公報である。
　
３２　乙１３について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である乙１３には，「持ち越し汚染防止のために，ＮＡＳＢＡ活動（核酸単離，増幅設定，および増幅産物の生成）に対し物理的分離を行うこと」に関して，次の事項が記載されている。乙１３からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１３−ア）Ｓ１７７ページ１９〜２２行
「この１チューブ定量式（Ｑ）−ＮＡＳＢＡは，定量ごとに１回の増幅のみを使用し，そして，核酸の実際の単離の前に，溶解バッファー内の臨床試料に，内部標準を加えることを可能にする。」
　
（乙１３−イ）Ｓ１７８ページ３６〜４１行
「われわれの研究室では，ＮＡＳＢＡ活動（核酸単離，増幅設定，および増幅産物の生成）に対する物理的分離を行って，持ち越し汚染を防止してきている。物理的分離は，異なる研究室を利用すること，あるいは換気フードまたはフローキャビネットを使用することによって達成している。各々の指定領域には，自分用のセットの研究用装備（ピペット）が備わり，領域の間の移動を最小限にする。」
　
（乙１３−ウ）Ｓ１８３ページ２６〜２８行
「すべての増幅方法について存在する汚染に関する問題は，単純に，異なるＮＡＳＢＡ活動を物理的に分離することによって対処することができる（材料および方法を参照のこと）。」
　
３３　乙１４について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である乙１４には，「アナライザ−において，密閉された使い捨てパックを使用すること」に関して，次の事項が記載されている。乙１４からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１４−ア）３６０ページ左欄１２〜１５行
「このアナライザ−（ＧａｌｉｌｅｏＴＭ）は，密閉された使い捨てパックにおいてこれらのタスクを実施し，７時間ごとに１０サンプルのスループットを１回行い，最初の結果までは３時間である。」
　
３４　乙１５について　
　本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布された刊行物である乙１５には，「増幅および検出アッセイにおいてパウチを使用すること」に関して，次の事項が記載されている。乙１５からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１５−ア）１９３２ページ左欄１２〜１３行
「この機器は，依然として，一度に８個のパウチを収容する。」
　
（乙１５−イ）１９３２ページ左欄１９〜２６行
「全体的な増幅および検出アッセイの時間は，約１時間まで低減されている。代表的には，４０サイクルのＰＣＲが，９５℃にて１５秒間および６８℃にて３０秒間からなるサーマルプロフィール（傾斜あり，これには，１サイクルにつき約６５秒を要する）で実行される。検出処理は，実施に約１５分を要する。パウチが機器上に装填された後，システムは完全に操作者から独立するように設計され，そして，結果は，紙テープ上に出力される。」
　
３５　乙１６について　
　乙１６は甲５と同一の書証である。
　
３６　乙１７について　
　乙１７は頒布された刊行物であるが，その頒布日については，「1998 Humana Press Inc.」と記載されるのみであり，本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）前に頒布されたものであるのか不明である。なお，乙１７の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙１７には，「相互汚染回避のために，ＰＣＲ前後の作業領域を物理的に分離すること」に関して，次の事項が記載されている。乙１７からの下記摘記事項は，被請求人が提出した翻訳文を記載したものである。
　
（乙１７−ア）６ページ１〜１３行
「２．４．２偽陽性の結果　・・・汚染は，過去にＰＣＲ技術の主要な問題と考えられていたが（３１，３２），この問題は，この技術の特別な要求に応じた職員の厳しい訓練とＰＣＲ実験室を設計（下記の見出し４．１を参照のこと），そして，市販のＰＣＲキットに既に包含されている持ち越し防止システムの適用によって最小限度に抑えられ得る。」
　
（乙１７−イ）９ページ２６〜３３行
「４．１　実験室の設計および職員の訓練・・・相互汚染の回避における必須の要素は，ＰＣＲ前とＰＣＲ後の作業領域を，物理的に分離（理想的には，２つの別々の建物に）することである。」
　
３７　乙１８について　
　乙１８は，特許庁のインターネットサイトにおいて，平成２２年６月３０日付けで発表された「『進歩性』のケーススタディ」の公開についての紙出力である。
　
３８　乙１９について　
　乙１９は，ジェン−プロウブ社の製品ＴＩＧＲＩＳの宣伝広告用パンフレットであり，刊行物であるといえる。また，「2006 Gen-Probe Incorporated」との記載があることから２００６年以降に頒布されたものと推測されるが，その頒布日は不明である。なお，乙１９の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　乙１９には，サンプルスループットについて，「最初の結果について３．５時間，最初の結果に続いて１時間あたり１００サンプルが処理されること」について記載されている。
　
３９　乙２０について　
　乙２０は，２００８年６月，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物であり，「Ｇｅｎ−Ｐｒｏｂｅ社のＴｉｇｒｉｓシステムが，高いスループットを持つこと」について記載されている。なお，乙２０の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　
４０　乙２１について　
　乙２１は，２００９年８月，すなわち本件特許出願の優先権主張日（１９９８年５月１日）後に頒布された刊行物であり，「Ｔｉｇｒｉｓが２４時間以内に１９００個の試料を処理可能であること」について記載されている。なお，乙２１の頒布日について，請求人および被請求人の両者に争いはない。
　
４１　乙２２について　
　乙２２は甲１４と同一の書証である。
　
４２　乙２３について　
　乙２３は甲１８と同一の書証である。
　
４３　乙２４について　
　乙２４は，出願手続において，被請求人が平成１９年６月６日付けで提出した意見書である。
　
４４　乙２５について　
　乙２５は，出願手続において，被請求人が平成２０年６月２７日付けで提出した手続補正書である。
　
４５　乙２６について　
　乙２６は，出願手続において，被請求人が平成２１年１２月２５日付けで提出した回答書である。
　
第６　当審の判断
　
１　本件発明の進歩性について（甲２発明との対比・判断）
　
（１）対比
　本件発明と甲２発明とを対比する。
　
ア　甲２発明の「ロボティックシステム」は，ＰＣＲ増幅反応の実施において使用するための装置であり，そのプロセスは自動化されたものである。そして，上記増幅反応が核酸に基づくものであるのは明らかである。
　よって，甲２発明の「血痕カードからのＤＮＡ精製とＰＣＲ増幅とを，自動化され連続したプロセスにおいて結合させる，プログラム化されたロボティックシステム」は，本件発明の「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置」に相当する。
　
イ　甲２発明の「マイクロプレート供給ステーション」，「ピペッティングステーション」，「ヒートブロック」，「サーマルサイクラー」，「マイクロプレートホルダー」は，それぞれの機能および構成からみて，本件発明の「複数のステーション」に相当する。
　　
ウ　甲２発明において，Amplitaq　DNA　ポリメラーゼおよびＰＣＲ試薬の混合物をウエルに添加した後，ＰＣＲ増幅が実行されるのであるから，甲２発明の「Amplitaq　DNA　ポリメラーゼ」および「ＰＣＲ試薬」はＰＣＲ増幅を行うための試薬として機能するものであるといえる。
　一方，本件発明において，「増幅試薬」の具体的な内容は特定されていない。発明の詳細な説明を参酌すると，「【０２５９】 
試薬コンテナ
英数字のボトル位置ラベル
ラベル
Ａ，Ｅ，ＰまたはＳ
Ａ，Ｅ，ＰおよびＳ
増幅試薬，酵素試薬，プローブ試薬および選択試薬
　そうすると，甲２発明の少なくとも「ＰＣＲ試薬」は本件発明の「増幅試薬」に含まれるものといえるから，甲２発明の「ＰＣＲ試薬，AmplitaqＤＮＡポリメラーゼ」を「装填」した「ピペッティングステーションのプラットフォームのコンテナー」と，本件発明の「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」とは，「１つの増幅試薬を含むコンテナ」である点で一致する。
　
エ　甲２発明の「ピペッティングステーション」は，「ＤＮＡ精製およびＰＣＲセットアップ」を実行するためのステーションであり，「ＤＮＡ精製」の実行にあたり，マイクロプレートのパンチの納められたウエルに対してＦＴＡ精製試薬を添加し，ＦＴＡ精製試薬による抽出を繰り返し，精製されたパンチを得るものであるから，甲２発明において，ＤＮＡ精製を行う対象となる試料はパンチ上に固定された状態にあり，ＤＮＡ精製された試料もパンチ上に固定された状態にあるといえる。
　また，ＦＴＡ精製試薬を用いたＤＮＡ精製とは，その原理からみて，標的核酸を他の材料から分離するものであるということができる。
　そうすると，甲２発明の，「ＦＴＡ精製試薬」を用いた「ＤＮＡ精製」「のための」「ピペッティングステーション」と，本件発明の「該複数のステーション」の「備え」る「処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」とは，「該複数のステーション」の「備え」る「標的核酸を，他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」である点で共通する。
　
オ　甲２発明の「サーマルサイクラー」は「ＰＣＲを実行するため」のものであり，ウエルには，精製されたパンチに対してＰＣＲ増幅を行う試薬として作用するAmplitaq　DNA　ポリメラーゼおよびＰＣＲ試薬が添加されている。ここで，ＰＣＲ増幅を実行するサーマルサイクラーが，標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするものであるのは当然の前提である。
　また，甲２発明の「マイクロプレート」の備える「ウエル」は，本件発明の「反応受容器」に相当するものである。そして，甲２発明は，ピペッティングステーションにおいて，マイクロプレートに孔を有した特別な蓋をかぶせることを特定しているが，サーマルサイクラーにおいて，マイクロプレートのウエルがなんらかの蓋部材で閉鎖されているのか否かについて，特定していない。
　そうすると，甲２発明の「ＰＣＲを実行するため」の「サーマルサイクラー」と，本件発明の「該複数のステーション」の「備え」る「処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含むその頂部端が開放された反応受容器を受容し，そして該１つ以上の増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」とは，
「該複数のステーション」の「備え」る「分離された標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」である点で共通する。
　
カ　甲２発明の「ピペッティングステーション」は，「ウエルにＦＴＡ精製試薬を添加し」「ＰＣＲ混合物」を「それぞれのウエルに添加」するものであるから，本件発明の「該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム」に相当する。
　
キ　甲２発明の「ロボティックアーム」は「マイクロプレート」を「マイクロプレート供給部から選択し」，「ピペッティングステーション」，「ヒートブロック」，「サーマルサイクラー」，「マイクロプレートホルダー」の「各位置へ移送するよう構成され」たものであるから，本件発明の「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構」と，「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構」である点で一致する。
　
ク　甲２発明は，「プログラム化されたロボティックシステム」であり，「ロボティックアーム」によるマイクロプレートの移送は「ソフトウエアの指示により」行われ，「あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されるよう構成」することも「スケジューリングソフトウエアを利用して」行われるものであり，摘記事項（甲２−カ）に「・・・操作手順は，コンピュータにより開始され，ＤＮＡ精製とＰＣＲの全体の処理は，連続的で自動的な形態で実行された。・・・」と記載されることから，これらの操作がコンピュータ制御によるものであるのは明らかである。
　そうすると，甲２発明の「スケジューリングソフトウエアを利用して，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送」するための「構成」と，本件発明の「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ」とは，「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において異なる手順を実施するためのコンピュータコントローラ」である点で共通する。
　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。
　
（一致点）
「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置であって，該装置は，以下：
複数のステーション；
１つの増幅試薬を含むコンテナ；
該複数のステーションは，
標的核酸を，他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーションと，
分離された標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーションとを備え；
該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構，および
異なるステーションに位置する異なる反応受容器において異なる手順を実施するためのコンピュータコントローラを備える，自動化装置。」
　
（相違点１）「自動化装置」が，本件発明では「ハウジング」および「処理デッキ」を備え，「複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ，該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」ることを特定するものであるのに対して，甲２発明では，このような特定が無い点。
　
（相違点２）「自動化装置」の「分離ステーション」が，本件発明では「処理デッキ上の第一位置に配置され」，標的核酸の分離対象を「流体試料中に存在する他の材料」とするものであるのに対して，甲２発明では，このような特定がされていない点。
　
（相違点３）「自動化装置」の「増幅ステーション」について，本件発明では，「処理デッキ上の第二位置に配置され」，「頂部端が開放された反応受容器を受容」するものであるのに対して，甲２発明では，このような特定がされていない点。
　
（相違点４）「自動化装置」の「コンピュータコントローラ」が，本件発明では「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作」するものであるのに対して，甲２発明では，「あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送」することについてしか特定されていない点。
　
（２）相違点１について
　摘記事項（甲２−エ）に「・・・ロボティックシステムは，４ｍの直線軌道にある・・・」と記載されるように，甲２発明のロボティックシステムの軌道となる直線軌道は４ｍの長さを有するものである。
　また，摘記事項（甲２−ク）より，ロボティックアームの上記直線軌道に平行に，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーションが配置され，上記軌道の反対側にコンピュータが配置されている。
　さらに，上記サーマルサイクラーはカバーを有するものであり，このカバーはマイクロプレートの出し入れに応じて開閉されるものであることから，独立した装置として構成されたものといえる。
　ここで，「ハウジング」及び「処理デッキ」について，本件発明は具体的に特定しておらず，本件特許明細書中において具体的に定義されるものでもないが，生化学試料を対象とした自動化装置において，「ハウジング」及び「処理デッキ」として通常想定されるのは，甲１４に記載させるようなデスクトップ型のシステムを内蔵する規模のものといえ，屋内に収容された装置の配置された，部屋の屋根や床のような規模のものを上記「ハウジング」や「処理デッキ」として解釈することはできない。
　そうすると，全長４ｍ程度に及ぶ直線軌道，さらに，プレートホルダー，２つのサーマルサイクラー，プレート供給部，ピペッティングステーション，コンピュータを含んだロボティックシステムを，単一の処理デッキ上に配置してハウジング内に納めることについて，甲２に示唆されているということはできず，当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
（３）相違点２について　
　処理デッキ上の第一位置への配置については上記「（２）」で検討したとおりである。
　
　甲２発明において，試料となるのは血痕カードから得られたパンチである。
　また，摘記事項（甲２−オ）に「・・・これは，血痕カードのパンチ上のＤＮＡの精製のための新しい手法を実施することによって，達成された。ＰＣＲのインヒビターが，パンチから抽出されたが，ＤＮＡは，パンチに対して強固に固定されたままとなり，その後，
固相ＰＣＲにより増幅された
ＤＮＡがパンチから取り去られる従来の手法に比べたこの方法の有利な点は，マイクロプレートのウエル間でのＤＮＡのクロスコンタミネーションが無くなる点である。
　そうすると，生化学分析において標的核酸を分離する際に，試料形態を流体とし，標的核酸の分離対象を流体試料中に存在する他の材料とすることが，例えば，甲５に記載されるように，本件特許出願の優先権主張日前に周知であるとしても，甲２発明において，分離対象を固相から流体とすることについて動機付けは無く，むしろ阻害要因があるといえ，相違点２について，当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　
（４）相違点３について
　処理デッキ上の第二位置への配置については上記「（２）」で検討したとおりである。
　
　生化学分析において用いられるマイクロプレートは，通常，ウエル上端部の開放された形状を有すること，および，甲２発明のウエルはピペッティングステーションにおいて特別な蓋をかぶせられることからみて，甲２発明におけるマイクロプレートは，ウエル上端部が開放された形状を有するものと解するのが自然である。
　また，摘記事項（甲２−エ）における「・・・
ＰＣＲ混合物がそれぞれのウエルに添加され，その後，２５μＬの液体ワックス（MJ　Research，Watertown，MA）が添加された。アームは，マイクロプレートをサーマルサイクラーへ・・・
　そして，甲２には，ピペッティングステーションにおいてウエルに対してかぶせた上記特別な蓋を，その後外すことについて記載されていないこと，増幅を行うサーマルサイクラ−に導入されるウエルに対して，内部コンタミネーションを防止するために蓋部材をかぶせることが，例えば，甲５にＰＣＲ増幅用の容器であるA-tubeに対してキャップを備えることが記載されているように本件特許出願の優先権主張日前における技術常識であること，他甲号証のいずれにも，増幅を行うサーマルサイクラーに導入されるウエルの頂部を開放状態とすることについて記載されておらず，これが本件特許出願の優先権主張日前における周知技術でもないことを勘案すると，甲２発明のサーマルサイクラーに導入されるウエルについて，敢えて上記特別な蓋を外して頂部を開放状態とすることについて，示唆されているということはできず，相違点３について，当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
（５）相違点４について　
  甲２発明は，システム効率を最大化するために，「あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送」する構成を備えるものである。
　また，本件発明はアッセイ手順の内容を具体的に特定するものではないが，本願明細書の次の記載を参酌すると，ピペッティングをアッセイの一つとしていることが理解される。すなわち，本件特許明細書には，「【０１２６】・・・ピペットチップホイール３５０は，このホイール上のホーム位置で位置しているホームフラッグ（図示せず）および５個の等間隔に配置したセクターフラッグ（図示せず）（これらは，５個のボックス３７６の各々の位置に対応している）を含む。これらのホームフラッグおよびセクターフラッグは，ホームセンサおよびセクターセンサと協同して，この
アッセイマネージャプログラム
ピペットユニット４５０によってアクセスするように，ピペットチップホイール３５０を制御する
アッセイマネージャプログラム
ピペットユニット４５６は，一定位置まで移動でき
アッセイプロトコル
ピペットユニット４５６は，同じ試験標本物質を２個またはそれ以上の容器１６２へと分配し
アッセイマネージャプログラムは，ピペットユニット制御ロジックを包含し
これは，ピペットユニット４５６，４８０，４８２の運動を制御し
　そうすると，甲２発明の「ピペッティングステーション」における処理は，本件発明でいうアッセイ手順として想定されている手順の一つであるといえる。
　そして，甲２には，「あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送」された後については記載されていないが，甲２発明はシステム効率を最大化することを意図したものであり，このような効率化は生化学分析技術において当然に課題とされるものである。
　そうすると，甲２発明において，ピペッティングステーションに移送されたマイクロプレートに対して，ピペッティング処理を実行することは当業者であれば，当然に行うことといえる。
　以上より，甲２発明において，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートをマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送して，これに対してピペッティング処理を実行するよう想到すること，つまり，異なるステーションに位置する異なるマイクロプレートにおいて複数の異なるアッセイを同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するよう想到することは，当業者が容易になし得ることといえる。
　
（６）まとめ
　以上のとおり，本件発明は上記相違点１〜３の点で，甲２に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。
　
２　本件発明の進歩性について（甲３発明との対比・判断）
　
（１）対比
　本件発明と甲３発明とを対比する。
　
ア　甲３発明の「配列決定Sequatronシステム」は，摘記事項（甲３−エ）に「現在，我々は，次の各事項を実行するための，３つのSequatronシステムを有している。（i）Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの，（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応を実行するもの，（iii）部分的に完了したゲノム配列のギャップを埋めるために，行う，特別なＰＣＲ増幅の実行と，選択されたテンプレートの配列決定の実行を含む，フィニッシング（第３のシステムはプロトタイプが作成されたが，まだ開発中である。）を実行するもの。」と記載される３つのSequatronシステムのうち，第２のシステムである。そして，上記第２のシステムが実施する「（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応」は，第１のシステムが「Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの」であることからみて，増幅を伴うものではないと理解される。
　さらに，甲３に，上記３つのシステムを統合することや，そのための具体的手段について，記載されているということもできない。
　そうすると，甲３発明の「塩基配列決定反応の自動化をする」「配列決定Sequatronシステム」は，ＤＮＡ精製やＰＣＲ増幅を実行するものではなく，増幅を伴う配列決定反応を実行するものでもないから，本件発明の「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置」とは，「自動化装置」である点で共通する。
　
イ　甲３発明の「プレートカルーセル」，「TecanXYZステージ」，「Techne/MJ　サーマルサイクラー」，「Packard　XYZ液体処理ステージ」は，これらの機能および構成からみて，本件発明の「複数のステーション」に相当する。　　
　
ウ　甲３発明の「Packard　104　XYZ液体処理ロボット」は，「マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注が可能なものであ」るから，甲３発明が処理に必要な「試薬源」を備えることは明らかであり，「試薬」は当然に何らかの容器に収容されているものといえる。
　そうすると，甲３発明の「試薬源」と，本件発明の「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」とは，「試薬を含むコンテナ」である点で共通する。
　
エ　甲３発明の「マイクロタイタプレート」が試料を受容する部分を備えるのは明らかであるから，これは，本件発明の「反応受容器」に相当するものといえる。
　そして，甲３発明の「Packard　104　XYZ液体処理ロボット」は，「マイクロタイタプレートに対する，またマイクロタイタプレートからの迅速な分注や，これと同様に他の試薬源からの迅速な分注が可能なものであ」るから，その機能からみて，本件発明の「反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム」に相当する。
　
オ　甲３発明の「ＣＲＳロボティックアーム」は，システムの中央に配置され，「マイクロタイタプレートを保持」するものである。そして，上記「ＣＲＳロボティックアーム」が，「マイクロタイタプレート」をシステムの各部位へと運搬するためのものであるのは明らかである。
　そうすると，甲３発明の「ＣＲＳロボティックアーム」と，本件発明の「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構」とは，「複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構」である点で一致する。
　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。
　
（一致点）
「自動化装置であって，該装置は，以下：
複数のステーション；
試薬を含むコンテナ；
反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構，を備える自動化装置」
　
（相違点１）「自動化装置」が，本件発明では「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための」ものであるのに対して，甲３発明は，配列決定反応を実施するためのシステムである点。
　
（相違点２）「自動化装置」が，本件発明では「ハウジング」および「処理デッキ」を備え，「該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ，該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」るのに対して，甲３発明では，これらの構成について特定されていない点。
　
（相違点３）「自動化装置」の「コンテナ」が，本件発明では「１つ以上の増幅試薬」を含むものであるのに対して，甲３発明では，このような増幅試薬を備えることについて特定されていない点。
　
（相違点４）「自動化装置」の「複数のステーション」が，本件発明では「処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」と「処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含むその頂部端が開放された反応受容器を受容し，そして該１つ以上の増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」とを備えるものであるのに対して，甲３発明は，このような「分離ステーション」および「増幅ステーション」を備えていない点。
　
（相違点５）「自動化装置」が，本件発明では「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ」を備えるのに対して，甲３発明では，このような制御について不明である点。
　
（２）相違点１について
　上記「（１）ア」において検討したとおり，甲３発明の配列決定Sequatronシステムは，ＰＣＲ増幅の実行を行うものではなく，増幅を伴う配列決定反応を行うものということもできない。
　そうすると，生化学試料の自動化装置においてＰＣＲ増幅の自動化を行うことが，甲２に記載されるように本件特許出願の優先権主張日前に公知であるとしても，甲３発明を，敢えて核酸に基づく増幅反応，すなわちＰＣＲ増幅反応を実施するために使用する動機付けはなく，当業者にとって容易であるということはできない。
　
（３）相違点２について
　甲３発明の配列決定Sequatronシステムは，摘記事項（甲３−キ）に「中央に，マイクロタイタプレートを保持した
ＣＲＳロボティックアーム
プレートカルーセル，TecanXYZステージ，Techne/MJ　サーマルサイクラー，Packard　XYZ液体処理ステージ，中央パソコンが配置さ
パソコン
パソコン
　ここで，「ハウジング」及び「処理デッキ」について，本件発明は具体的に特定しておらず，本件特許明細書中において具体的に定義されるものでもないが，生化学試料を対象とした自動化装置において，「ハウジング」及び「処理デッキ」として通常想定されるのは，甲１４に記載させるようなデスクトップ型のシステムを内蔵する規模のものといえ，屋内に収容された装置の配置された，部屋の屋根や床のような規模のものを上記「ハウジング」や「処理デッキ」として解釈することはできない。
　そうすると，甲３発明のシステムが各処理部に加えて複数のパソコンを備えていること，各処理部の一般的なサイズや図面に記載された配置形態からして，これら全てを単一の処理デッキ上に配置してハウジングに納めることが想定されているとはいえず，当業者であっても容易になし得ることであるとはいえない。
　
（４）相違点３について
　上記「（２）」で検討したとおり，甲３発明は，増幅反応の実施を想定したものではないから，生化学試料の自動化装置において増幅試薬を備えることが甲２に記載されているように，本件特許出願の優先権主張日前に公知であるとしても，甲３発明には増幅試薬を備える動機付けがなく，当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　
（５）相違点４について　
　甲３に記載されたＤＮＡ精製は，標的核酸の分離手法の一つであるといえる。そして，甲３発明は，「他のシステムにより精製されたＤＮＡを用いた，ＤＮＡ塩基配列決定反応を実行する配列決定Sequatronシステム」であり，配列決定の前処理となるＤＮＡ精製については，他のシステムで行うことが前提とされている。これは，摘記事項（甲３−エ）に「現在，我々は，次の各事項を実行するための，
３つのSequatronシステム
（i）Ｍ１３ファージとＰＣＲ生成物，からのＤＮＡ精製を実行するもの
（ii）染色されたプライマーおよび染色されたターミネ−タの化学反応を用いたＤＮＡ塩基配列決定反応を実行するもの
　さらに，上記「（２）」で検討したとおり，甲３発明は，増幅反応の実施を想定したものではない。
　そうすると，生化学試料を対象とした自動化装置において，標的核酸の分離や増幅反応を実施することが，例えば，甲２や甲５に記載されるように，本件特許出願の優先権主張日前に公知であるとしても，甲３発明を標的核酸の分離や増幅反応を実施するために使用する動機付けはなく，当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　
（６）相違点５について
　甲３の記載全体を通じて，相違点５に係る複数同時並行操作についての記載および示唆があるとはいえない。
　また，上記複数同時並行操作に関して請求人が提出した甲６，１０〜１２は，いずれも生化学分析技術における複数同時操作に関して開示するにすぎず，そのための具体的構成や，甲３発明のような自動化システムにおいて，複数同時並行操作を実現するための具体的手段について開示するものではない。
　さらに，上記複数同時並行操作に関して，甲２には「システム効率を最大化するために，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されること」について記載されているが，他のマイクロプレートがピペッティングステーションに移送された後の具体的処理については記載されておらず，甲３発明に甲２に記載された上記事項を適用しても，当業者が相違点５について容易に想到し得るということはできない。
　
（７）まとめ
　以上のとおり，本件発明は上記相違点１〜５の点で，甲３に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。
　
３　本件発明の進歩性について（甲４発明との対比・判断）
　
（１）対比
　本件発明と甲４発明とを対比する。
　
ア　甲４発明の「自動化された核酸の調整に用いられる装置」は，摘記事項（甲４−シ）に「例　
以下の例は，自動化されたＤＮＡ調整方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである
全ての試料は，M13-21　ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ
　
イ　甲４発明の「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」，「マイクロタイタプレートを保管する領域」は，その機能からみて，本件発明の「複数のステーション」に相当する。
　　
ウ　甲４発明の「基板」は「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」を支持するものであり，本件発明の「処理デッキ」に相当する。
　
エ　甲４発明の「装置」は，その使用において，「所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴」うものであり，上記「試薬添加や試薬除去」は，「装置」の備える「ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計され」た「ロボットヘッド３８」が実行するものといえるから，甲４発明の「装置」は，上記処理を実行するために，当然に試薬を備えるものであるといえる。そして，試薬が適宜の容器に収容されているのは明らかである。
　そうすると，甲４発明の「装置」が「試薬」を備える構成と，本件発明の「自動化装置」が「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」を備える構成とは，「自動化装置」が「試薬を含むコンテナ」を備える構成である点で共通する。
　
オ　甲４発明における，「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」が「基板」に支持された構成は，本件発明の「該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」た構成に相当する。
　
カ　摘記事項（甲４−シ）における「例　以下の例は，自動化されたＤＮＡ調整方法に関するものであり，図１の装置において実行の可能なものである。・・・そして，粒子／プローブ　複合物が加えられ，プローブは標的ＤＮＡへのアニールが可能となる。一度結合されると，粒子／プローブ／鋳型　複合物は，残りの試料から，磁力によって分離可能となり，洗浄される。・・・」との記載，（甲４−ス）における「・・・洗浄ステップ　マイクロタイタプレートはサイクラーから取りはずされ，Dynal　MPC-96磁気セパレータへセットされた。３０秒後，上澄みは吸引され，１００μｌの洗浄バッファ（0.1X　SSC）がそれぞれのウエルに添加され，５秒間隔で３回，プレートを磁気セパレータ上で移動させることにより，粒子は洗浄バッファ内部を移動された。このステップは，全３回繰り返された。最後に，粒子は，１０μｌの水の中に溶離された；磁石を用いることで，粒子はこの小さな容積に分散され得る。変性　　プレートを８０度で３分加熱することによって，鋳型は，プローブから，遊離される。加熱の後，粒子は磁石を用いて集められ，上澄みは新たなマイクロタイタプレートへ移された。」との記載から，甲４発明の「基板」に備えられた「磁気分離ステーション」は，標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するためのものであるといえるから，本件発明の「該複数のステーション」が「備え」る「該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」に相当する。
　
キ　上記「ア」で検討したとおり，甲４発明はTechne　PHC-3ドライサイクラーにおいて増幅を伴う配列決定反応を実行するものといえ，上記「ドライサイクラー」へ導入される試料に対して少なくとも１つの増幅試薬が添加されていることは明らかである。また，摘記事項（甲４−セ）の「シーケンシング結果　・・・
全ての試料は，M13-21　ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ
　
　次に，配列決定反応におけるウエル上部の状態に関して，上記摘記事項（甲４−セ）には「・・・全ての試料は，M13-21　ユニバーサル　プライマーとTaqポリメラーゼを用いて，配列決定反応が行われた。反応は，Techne　PHC-3ドライサイクラーにおいて行われ，
それぞれの試料はミネラルオイルで覆われていた
　そうすると，甲４発明の，「磁気分離ステーション」で分離された試料に対して配列決定反応を実施する「基板」に支持された「ヒートブロック」と，本件発明の「処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含むその頂部端が開放された反応受容器を受容し，そして該１つ以上の増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」とは，「処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして該１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」である点で共通する。
　
ク　甲４発明の「マイクロタイタプレート」が試料を収容するウエル部分を備えるものであるのは明らかであり，本件１の「反応受容器」に相当するものである。
　また，甲４発明において実行される「ピペッティング」や「吸引」が「マイクロタイタプレート」の内容物に対して実行されるものであるのは明らかである。
　そうすると，甲４発明の「ピペッティング機能と吸引機能を実行するように設計され」た「ロボットヘッド３８」は，本件発明の「該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム」に相当する。
　
ケ　甲４発明の「ロボットヘッド３８」は「マイクロタイタプレートを，枠組みの範囲中で異なる位置の間で移動させるように設計され」たものであり，「マイクロタイタプレート」を「つかみ上げ」「所望の処理を実行するために，適宜の試薬添加や試薬除去を伴い，適切な位置の間を移動」させるものである。
　そして，上記「位置」が，「ヒートブロック」，「磁気分離ステーション」，「使い捨て可能で殺菌されたピペットチップの供給部」，「チップの廃棄ステーション」，「マイクロタイタプレートを保管する領域」であるのは，その機能からみて明らかである。
　そうすると，甲４発明の「ロボットヘッド３８」と，本件発明の「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構」とは，「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構」である点で一致する。
　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。
　
（一致点）
「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置であって，該装置は，以下：
複数のステーション；
処理デッキ；
試薬を含むコンテナ；
該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され，
該複数のステーションは，該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーションと，
処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして該１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーションとを備え；
該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構，を備える，自動化装置。」
　
（相違点１）「自動化装置」が，本件発明では「ハウジング」を備えるのに対して，甲４発明では，ハウジングの有無について不明である点。
　
（相違点２）「自動化装置」が，本件発明では「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」を備えるものであるのに対して，甲４発明では，試薬を備えることしか特定されていない点。
　
（相違点３）「自動化分析装置」の「該複数のステーションおよび該コンテナ」が，本件発明では「ハウジング内に含まれ」るのに対して，甲４発明では，ハウジングの有無について不明である点。
　
（相違点４）「自動化分析装置」の「増幅ステーション」が，本件発明では，「頂部端が開放された反応受容器を受容」するものであるのに対して，甲４発明では，ヒートブロックに導入されるマイクロタイタプレートの上端部が開放されているのか否か不明である点。 
　
（相違点５）「自動化分析装置」が，本件発明では「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ」を備えるのに対して，甲４発明では，このような制御について不明である点。
　
（２）相違点１および３について
　相違点１および３は関連するものであるので，まとめて検討する。
　甲４発明のような生化学試料を対象とした自動化装置であって単一の基板上に複数の処理部が配置された自動化装置を，様々な目的でハウジングに収容することは，例えば，甲１４に記載されるように本件特許出願の優先権主張日前に周知であり，当業者が容易に想到し得ることであるといえる。
　
（３）相違点２について
　上記「(１)ア」で検討したとおり，甲４発明の「装置」は，核酸に基づく増幅反応を実施するためのものといえるから，試薬として増幅試薬を備えること，更に，これをコンテナに備えること，また必要に応じて１つ以上の増幅試薬を備えることは，当業者であれば適宜なし得ることといえる。
　
（４）相違点４について
　甲４には，ヒートブロックに導入されるマイクロタイタプレート上端部が開放された状態であるのか蓋部材をかぶせられた状態であるのかについて，記載されていない.。
　しかしながら，増幅を行うサーマルサイクラ−に導入されるウエルに対して，内部コンタミネーションを防止するために蓋部材をかぶせることが，例えば，甲５にＰＣＲ増幅用の容器であるA-tubeに対してキャップを備えることが記載されているように本件特許出願の優先権主張日前における技術常識であること，他甲号証のいずれにも，増幅を行うサーマルサイクラーに導入されるウエルの頂部を開放状態とすることについて記載されておらず，これが本件特許出願の優先権主張日前における周知技術でもないことを勘案すると，甲４発明において，ヒートブロックに導入されるマイクロタイタプレート上端部を敢えて開放状態とすることについて動機や示唆が得られるということはできず，当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　
（５）相違点５について
　甲４の記載全体を通じて，相違点５に係る複数同時並行操作について，記載および示唆があるとはいえない。
　また，上記複数同時並行操作に関して請求人が提出した甲６，１０〜１２は，いずれも生化学分析技術における複数同時操作に関して開示するにすぎず，そのための具体的構成や，甲４発明のような自動化装置において，複数同時並行操作を実現するための具体的手段について開示するものではない。
　さらに，上記複数同時並行操作に関して，甲２には「システム効率を最大化するために，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されること」について記載されているが，他のマイクロプレートがピペッティングステーションに移送された後の具体的処理については記載されておらず，甲４発明に甲２に記載された上記事項を適用しても，当業者が相違点５について容易に想到し得るということはできない。
　
（６）まとめ
　以上のとおり，本件発明は上記相違点４，５の点で，甲４に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。
　
４　本件発明の進歩性について（甲５発明との対比・判断）
　請求人は，甲２〜４発明と本件発明との対比及び判断に基づく理由のみを主張しているが，以下に甲５発明と本件発明との対比及び判断に基づく本件発明の進歩性について，当審の判断を述べる。
　
（１）対比
　本件発明と甲５発明とを対比する。
　
ア　甲５発明の「様々な感染性疾患のための診断ＰＣＲ手順を実行する，標的核酸の増幅と検出を自動化するCOBAS　AMPLICORシステム」は，本件発明の「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置」に相当する。
　
イ　甲５発明の「サーマルサイクラー」，「インキュベーター」，「洗浄ステーション」，「フォトメータ」は，それぞれの機能からみて，本件発明の「複数のステーション」に相当する。
　　
ウ　甲５発明の「COBAS　AMPLICORシステム」は「検出を実行するために必要な全ての試薬」を「保持」するものであり，上記「試薬」が何らかの容器に収容されていることは当然であるといえる。
　ここで，摘記事項（甲５−コ）に「システムオペレーション。　
オペレータは，手作業により，MasterMix（バッファ溶液であり，耐熱・熱安定性のポリメラーゼ，AmpErase（Roche　Diagnostic　Systems，Branchburg，NJ），プライマー，塩，dNTPsを含有している）を，それぞれのA-tubeに添加する
MasterMix
システムに搭載される
システムの動作が開始する
　そうすると，甲５発明の「COBAS　AMPLICORシステム」が「検出を実行するために必要な全ての試薬」を「保持」する構成と，本件発明の「１つ以上の増幅試薬を含むコンテナ」を備える構成とは，「試薬を含むコンテナ」を備える構成である点で共通する。
　
エ　甲５発明において，「サーマルサイクラー」で「増幅」された「標的核酸」は，「インキュベータ」で「ハイブリダイゼーション反応」を経た後，「磁気粒子の」「洗浄ステーションへ移送される」。そして，甲５発明において，上記 「ハイブリダイゼーション反応」は「分析に特有なオリゴヌクレオチドプローブでコーティングされた常磁性微粒子を含んだハイブリダイゼーション溶液と変性された増幅産物をD-cupに添加することによって，開始され」るものであり，「洗浄ステーションは，微粒子を分離し洗浄し再懸濁するための，磁石，再懸濁チップ，吸引チップ，を備え」るものであるから，技術常識を加味すると，甲５発明の「磁気粒子の洗浄ステーション」は，増幅された標的核酸を他の材料から分離するものであるといえる。そして，上記分離が流体試料中に存在する他の材料からの分離であるのは明らかである。
　そうすると，甲５発明の「磁気粒子の洗浄ステーション」と，本件発明の「該処理デッキ上の第一位置に配置され，かつ標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」とは，「標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーション」である点で共通する。
　
オ　甲５発明において，「サーマルサイクラー」の備える「ＰＣＲ増幅用の」「A-tube」であって，サンプルや少なくとも１つの増幅試薬が添加される「A-tube」は，本件発明の「標的核酸を含」み「増幅試薬が提供された」「反応受容器」に相当するものである。
　甲５発明の「サーマルサイクラー」は「標的核酸」を「増幅」するものであり，「サーマルサイクラー」において用いられる「A-tube」は「キャップを備え」るものであるが，「サーマルサイクラー」に導入される「A-tube」が「キャップを備え」た状態であるか否かについて，甲５には記載されていない。ここで，ＰＣＲ増幅において，標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートすることは当然の事項である。
　また，本件発明の「該分離された標的核酸」とは「分離ステーション」において「分離された標的核酸」を意味するものと解釈される。
　そうすると，甲５発明の「サーマルサイクラー」と，本件発明の「該処理デッキ上の第二位置に配置され，かつ該分離された標的核酸を含むその頂部端が開放された反応受容器を受容し，そして該１つ以上の増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」とは，「標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーション」である点で共通する。
　
カ　甲５発明の「A-tube」および「D-cup」は，本件発明の「反応受容器」に相当するものである。
　そうすると，甲５発明の「ｘ−ｙ−ｚ移動機構の上に搭載された，自動化されたピペッティングステーションからな」る「ピペッター」は，「試薬の一定分量を，カセッテからA-tubeまたはD-cupのいずれかへ移送するのに用いられ」るものであるから，本件発明の「反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム」に相当する。
　
キ　甲５発明の「COBAS　AMPLICORシステム」は，「システムのオペレーション」において，試料が収容された「D-cup」を，「インキュベータ」，「洗浄ステーション」，「フォトメータ」の間で「移送」するものであるから，「D-cup」を異なるステーション間で運搬する構成を備えるものであるといえる。
　そうすると，甲５発明の備える上記構成と，本件発明の「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つ以上の運搬機構」とは，「該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構」である点で一致する。
　
ク　甲５発明の「サーマルサイクラー」は「パラレルモード」を実行可能であり，このモードでは「オペレータは最初のサンプルのセットを装置に装填し，増幅が完了した後，適宜のタイミングで，オペレータはしばらく装置へ戻り，増幅されたサンプルを周囲温度保持ブロックへ移送し，第二のサンプルセットを，サーマルサイクラーへ装填し，
第二のサンプルセットは，最初のサンプルセットの増幅生成物が検出されている間，増幅
　また，甲５発明において，「サーマルサイクラーセグメント」は「中央線御された」ものであり，摘記事項（甲５−サ）における「・・・装置は，増幅と検出の反応を，シーケンシャルモード，または，パラレルモードで，実行するよう
プログラム
プログラム
　そうすると，甲５発明である「COBAS　AMPLICORシステム」は，システム動作開始後，パラレルモードの実行において，システム動作の一部を，オペレータ作業によるサンプルセットの装填および移送として実行し，システム動作の一部を，コンピュータ制御による自動化により，検出と増幅の同時実行として実現するものであるということができる。
　一方，本件発明の「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ」は，本件発明が「自動化装置」であることや，本件特許明細書における「【００１４】核酸に基づくアッセイを行うための
手作業
多様な処理工程を自動化
核酸に基づくアッセイの工程の自動化
手作業適用に起因する肉体的損傷の原因を実質的に除去する
分析器５０が始動され開始すると，それは，通常，操作者の補助または介入を殆どまたは全く必要としない
手動のピペット取出，インキュベーションタイミング，温度制御，および手動で行われる複数アッセイに関連した他の限界は，回避され，それにより，信頼性，効率および出力が高まる
操作者が試料に触れるのは，一般に試料の装填に限られているので，潜在的な感染の危険性は，大きく低下する
　そうすると，甲５発明の，上記コンピュータ制御のための構成と，本件発明の「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するためのコンピュータコントローラ」とは，「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において異なるアッセイ手順を実施するためのコンピュータコントローラ」である点で共通する。
　
　以上より両者は， 次の点で一致し，下記の点で相違する。
　
（一致点）
「核酸に基づく増幅反応を実施することにおいて使用するための自動化装置であって，該装置は，以下：
複数のステーション；
試薬を含むコンテナ；
　該複数のステーションは，
標的核酸を，流体試料中に存在する他の材料から分離するように構築および構成された，分離ステーションと，
標的核酸を含む反応受容器を受容し，そして１つの増幅試薬が提供された該反応受容器の内容物を，該標的核酸中に含まれる標的配列を増幅させるのに十分な時間かつ条件下でインキュベートするように構築および構成された，増幅ステーションとを備え；
該反応受容器の内容物にアクセスするためのピペットシステム；
該複数のステーションのうちの２つ以上のステーション間で該反応受容器を運搬するように構築および構成された，１つの運搬機構，および
異なるステーションに位置する異なる反応受容器において異なるアッセイ手順を実施するためのコンピュータコントローラを備える，自動化装置。」
　
（相違点１）「自動化装置」が，本件発明においては「ハウジング」および「処理デッキ」を備え，「該複数のステーションおよび該コンテナは該ハウジング内に含まれ」，「該複数のステーションは該処理デッキ上に配置され」，「分離ステーション」が「該処理デッキ上の第一位置に配置され」，「増幅ステーション」が「該処理デッキ上の第二位置に配置され」たものであるのに対して，甲５発明においては，これらの構成について特定されていない点。
　
（相違点２）「自動化装置」の「コンテナ」が，本件発明では「１つ以上の増幅試薬を含む」ものであるのに対して，甲５発明では，「検出を実行するために必要な全ての試薬」を「保持」するものであるが，「増幅試薬」を保持するものではない点。
　
（相違点３）「自動化装置」の「増幅ステーション」における「標的核酸」が，本件発明では，「分離ステーション」において「分離された標的核酸」であるのに対して，甲５発明では，「洗浄ステーション」において「分離された標的核酸」ではない点。
　
（相違点４）「自動化装置」の「増幅ステーション」が，本件発明においては「頂部端が開放された反応受容器を受容」するものであるのに対して，甲５発明では，「サーマルサイクラー」において用いる「A-tubes」が「キャップを備え」ることしか特定されていない点。　
　
（相違点５）「自動化装置」の「コンピュータコントローラ」が，本件発明では，「異なるステーションに位置する異なる反応受容器において複数の異なるアッセイ手順を同時に実施するために，該複数のステーションを並行して操作するため」のものであるのに対して，甲５発明では，このような制御について特定されていない点。
　
（２）相違点１について
　摘記事項（甲５−シ）のとおり，COBAS　AMPLICORシステムにおいて，サーマルサイクラー，ピペッター，インキュベータ，洗浄ステーション，フォトメータは，枠を備えた単一のケース内に近接して配置されるものである。また，技術常識を考慮して推測されるA-tube，D-cup，各ステーションの大きさは，これらを単一のデッキ上に配置することが不可能となるほど大きなものであるということはできない。
　また，甲５発明のような生化学試料を対象とした自動化装置であって単一の処理デッキ上に複数の処理部を配置し得る自動化装置を，様々な目的でハウジングに収容することは，例えば，甲１４に，自動化されたCOBAS AMPLICOR PCRシステムが，蓋を伴った内蔵型ユニットとして構成された形態，すなわちハウジングに収容された形態が記載されているとおり，本件特許出願の優先権主張日前における周知技術である。
　そうすると，甲５発明において，複数のステーションやコンテナを処理デッキ上の異なる位置に配置してハウジングに収容するよう想到することは，当業者が容易になし得ることといえる。
　
（３）相違点２について  　
　上記「（１）ウ」で検討したとおり，甲５発明のシステムは増幅試薬を保持することについては想定していない。
　そうすると，生化学試料の自動分析装置において必要に応じて増幅試薬を保持することが，例えば，甲２に記載されるように本件特許出願の優先権主張日前に公知であるとしても，甲５発明において増幅試薬を備える動機付けがあるということはできず，相違点２について当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　
（４）相違点３について  
　甲５発明は，「サーマルサイクラー」においてＰＣＲ増幅された標的核酸を「洗浄ステーション」において分離するものである。そして，上記手順を敢えて，「洗浄ステーション」で分離された標的核酸を「サーマルサイクラー」でＰＣＲ増幅するよう変更すること，またそのための具体的手順について，甲５に記載または示唆されているということはできない。
　そうすると，甲２に記載されるように，分離された標的核酸に対してＰＣＲ増幅を実施する手順が，本件特許出願の優先権主張日前に周知であるとしても，甲５発明において，敢えて上記手順を用いるよう想到することが示唆されているとはいえず，当業者にとって容易であるとはいえない。
　　
（５）相違点４について　
　ＰＣＲ増幅を行うサーマルサイクラ−に導入されるウエルに対して，内部コンタミネーションを防止するために蓋部材をかぶせることは，本件特許出願の優先権主張日前における技術常識である。そして，他甲号証のいずれにも，増幅を行うサーマルサイクラーに導入されるウエルの頂部を開放状態とすることについて記載されておらず，これが本件特許出願の優先権主張日前における周知技術でもないことを勘案すると，甲５発明において，ＰＣＲ増幅を実施するサーマルサイクラーへ導入される「A-tube」について，その「キャップ」を敢えて外した状態とすることについて動機があるということはできず，相違点４について，当業者が容易に想到し得ることということはできない。
　　
（６）相違点５について
　甲５発明である「COBAS　AMPLICORシステム」は，システム動作の開始前に，オペレータによって，サンプル調整，A-ringとD-cupラックと試薬カセッテのシステムへの搭載が行われ，システム動作開始後，パラレルモードの実行において，システム動作の一部をオペレータによるサンプルセットの装填および移送として実行し，システム動作の一部をコンピュータ制御による検出と増幅として実行するものであるから，システム動作の開始前および開始後のいずれにおいても，オペレータの作業が前提となるものといえる。そして，甲５全体の記載を参酌しても，システム動作の全てを自動化することについて，記載や示唆があるということもできない。
　また，上記複数同時並行操作に関して請求人が提出した甲６，１０〜１２は，いずれも生化学分析技術における複数同時操作について記載するにすぎず，そのための具体的構成や，甲５発明のような自動化装置において，複数同時並行操作を実現するための具体的手段について開示するものではない。
　さらに，上記複数同時並行操作に関して，甲２には「システム効率を最大化するために，あるマイクロプレートがヒートブロックにある時，他のマイクロプレートがマイクロプレート供給部からピペッティングステーションに移送されること」について記載されているが，他のマイクロプレートがピペッティングステーションに移送された後の具体的処理については記載されておらず，甲５発明に甲２に記載された上記事項を適用しても，相違点５について容易に想到し得るということはできない。
　
（６）まとめ
　以上のとおり，本件発明は上記相違点２〜５の点で，甲５に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということができない。
　
５　訂正後の請求項２〜２４に係る発明について 
　訂正後の請求項２〜２４に係る発明は，いずれも本件発明を引用してさらに限定したものであり，甲２〜５発明のそれぞれと対比すると，上で挙げた相違点を少なくとも有している。
　そして，上記相違点については，当業者といえども容易に想到し得るものでないから，新たな相違点については検討するまでもなく，訂正後の請求項２〜２４に係る発明は，甲２〜５に記載された発明，および，他甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。　
　
６　本件特許明細書の記載要件について
　請求人は，本件発明の「頂端部が開放された反応受容器を受容する増幅ステーション」について，発明の詳細な説明には，反応受容器の頂部端が開放されているにもかかわらず，なぜ病原曝露を減少させる効果が得られるのか記載されていないため，本件特許明細書の特許請求の範囲の記載は，発明の詳細な説明に記載したものではなく，本件特許明細書の発明の詳細な説明は，当業者が上記特許発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載したものではない，と主張している。
　
　しかしながら，請求人が主張する「病原曝露を減少させる効果」に関して，本件特許明細書には，【００１３】に「
手作業で行うとき，核酸に基づくアッセイに関する複雑さとかなりの数の処理工程は，医者の間違いの機会，病原への曝露，およびアッセイ中の相互汚染を導びく
核酸に基づくアッセイの多様な処理工程を自動化することによって，かなりの利点が実現され得
病原曝露，汚染，および流出を多いに減少させること
一方でスループット容量のかなりの増加という利点が含まれる
大容量手作業適用に起因する肉体的損傷の原因を実質的に除去する
分析器５０が始動され開始すると，それは，通常，操作者の補助または介入を殆どまたは全く必要としない
効率および出力が高ま
操作者が試料に触れるのは，一般に試料の装填に限られているので，潜在的な感染の危険性は，大きく低下する
　
　よって，本件特許明細書の特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載したものではないとまではいえず，また，本件特許明細書の発明の詳細な説明が，その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に，記載したものではないとまでいうことはできず，請求人の上記主張は採用できない。
　
 第７　むすび　 
　以上のとおり，本件発明および訂正後の請求項２〜２４に係る発明は，甲第２〜５号証に記載された発明，および，各甲号証に記載された事項に基いて当業者が容易に発明をすることができたものではないから，本件発明および訂正後の請求項２〜２４に係る発明についての特許は，特許法２９条２項の規定に違反してなされたものではなく，同法第１２３条１項２号に該当しない。
　また，本件特許明細書の特許請求の範囲および発明の詳細な説明の記載は，同法３６条４項および同法３６条６項１号の規定に適合するものであるから，本件特許出願に対する特許は同法１２３条１項４号に該当しない。
　
　審判に関する費用については，特許法１６９条２項において準用する民事訴訟法６１条の規定により，審判費用は請求人の負担すべきものとする。
　
　よって，結論のとおり審決する。