【手続補正書】
【提出日】平成18年1月13日(2006.1.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
発現パターンが、タンパク質チロシンキナーゼ活性、またはタンパク質チロシンキナーゼ経路の要素をモジュレートする化合物を用いる処置に対する細胞の応答の予測である、複数のポリヌクレオチドを含有するプレディクターセット。
【請求項２】
ポリヌクレオチドは、
ａ）表３中で提供するポリヌクレオチド；
ｂ）表３中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；
ｃ）表３中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド；
ｄ）表４中で提供するポリヌクレオチド；
ｅ）表４中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；
ｆ）表４中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド；
ｇ）表５中で提供するポリヌクレオチド；
ｈ）表５中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；
ｉ）表５中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド；
ｊ）表６中で提供するポリヌクレオチド；
ｋ）表６中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；および
ｌ）表６中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド、
からなる群から選ばれる、請求項１記載のプレディクターセット。
【請求項３】
複数のポリヌクレオチドは、
ａ）少なくとも約５個のポリヌクレオチド；
ｂ）少なくとも約１０個のポリヌクレオチド；
ｃ）少なくとも約１５個のポリヌクレオチド；
ｄ）少なくとも約２０個のポリヌクレオチド；
ｅ）少なくとも約２５個のポリヌクレオチド；および
ｆ）少なくとも約３０個のポリヌクレオチド、
からなる群から選ばれるポリヌクレオチドの数を含む、請求項２記載のプレディクターセット。
【請求項４】
複数のポリヌクレオチドは、
ａ）表１０中で提供するポリヌクレオチド；
ｂ）表１０中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；
ｃ）表１０中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド；
ｄ）表１１中で提供するポリヌクレオチド；
ｅ）表１１中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；
ｆ）表１１中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド；
ｇ）表１２中で提供するポリヌクレオチド；
ｈ）表１２中で提供する感受性プレディクターポリヌクレオチド；および
ｉ）表１２中で提供する耐性プレディクターポリヌクレオチド、
からなる群の要素を含む、請求項３記載のプレディクターセット。
【請求項５】
タンパク質チロシンキナーゼは、Ｓｒｃ、Ｆｇｒ、Ｆｙｎ、Ｙｅｓ、Ｂｌｋ、Ｈｃｋ、Ｌｃｋ、Ｌｙｎ、Ｂｃｒ−ａｂｌ、Ｊａｋ、ＰＤＧＦＲ、ｃ−ｋｉｔおよびＥｐｈｒからなる群から選ばれる、請求項４記載のプレディクターセット。
【請求項６】
化合物は、
ａ）該ポリヌクレオチドに向けられるアンチセンス試薬；
ｂ）該ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに対する抗体；および
ｃ）小分子化合物、
からなる群から選ばれる、請求項５記載のプレディクターセット。
【請求項７】
化合物は、
ａ）ＢＭＳ−Ａ；
ｂ）ＢＭＳ−Ｂ；
ｃ）ＢＭＳ−Ｃ；および
ｄ）ＢＭＳ−Ｄ、
からなる群から選ばれる、請求項５記載のプレディクターセット。
【請求項８】
細胞は大腸癌細胞である、請求項１記載のプレディクターセット。
【請求項９】
発現パターンは、タンパク質チロシンキナーゼ活性、またはタンパク質チロシンキナーゼ経路の要素をモジュレートする化合物を用いる処置に対する細胞の応答の予測である、複数のポリペプチドを含有するプレディクターセット。
【請求項１０】
ポリペプチドは、
ａ）表３中で提供するポリペプチド；
ｂ）表３中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；
ｃ）表３中で提供する耐性プレディクターポリペプチド；
ｄ）表４中で提供するポリペプチド；
ｅ）表４中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；
ｆ）表４中で提供する耐性プレディクターポリペプチド；
ｇ）表５中で提供するポリペプチド；
ｈ）表５中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；
ｉ）表５中で提供する耐性プレディクターポリペプチド；
ｊ）表６中で提供するポリペプチド；
ｋ）表６中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；および
ｌ）表６中で提供する耐性プレディクターポリペプチド、
からなる群から選ばれる、請求項９記載のプレディクターセット。
【請求項１１】
複数のポリペプチドは、
ａ）少なくとも約５個のポリペプチド；
ｂ）少なくとも約１０個のポリペプチド；
ｃ）少なくとも約１５個のポリペプチド；
ｄ）少なくとも約２０個のポリペプチド；
ｅ）少なくとも約２５個のポリペプチド；および
ｆ）少なくとも約３０個のポリペプチド、
からなる群から選ばれるポリペプチドの要素を含む、請求項１０記載のプレディクターセット。
【請求項１２】
複数のポリペプチドは、
ａ）表１０中で提供するポリペプチド；
ｂ）表１０中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；
ｃ）表１０中で提供する耐性プレディクターポリペプチド；
ｄ）表１１中で提供するポリペプチド；
ｅ）表１１中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；
ｆ）表１１中で提供する耐性プレディクターポリペプチド；
ｇ）表１２中で提供するポリペプチド；
ｈ）表１２中で提供する感受性プレディクターポリペプチド；および
ｉ）表１２中で提供する耐性プレディクターポリペプチド、
からなる群の要素を含む、請求項１１記載のプレディクターセット。
【請求項１３】
タンパク質チロシンキナーゼは、Ｓｒｃ、Ｆｇｒ、Ｆｙｎ、Ｙｅｓ、Ｂｌｋ、Ｈｃｋ、Ｌｃｋ、Ｌｙｎ、Ｂｃｒ−ａｂｌ、Ｊａｋ、ＰＤＧＦＲ、ｃ−ｋｉｔおよびＥｐｈｒからなる群から選ばれる、請求項１２記載のプレディクターセット。
【請求項１４】
化合物は、
ａ）該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに向けられるアンチセンス試薬；
ｂ）該ポリペプチドに対する抗体；および
ｃ）小分子化合物、
からなる群から選ばれる、請求項１３記載のプレディクターセット。
【請求項１５】
化合物は、
ａ）ＢＭＳ−Ａ；
ｂ）ＢＭＳ−Ｂ；
ｃ）ＢＭＳ−Ｃ；および
ｄ）ＢＭＳ−Ｄ、
からなる群から選ばれる、請求項１３記載のプレディクターセット。
【請求項１６】
細胞は大腸癌細胞である、請求項９記載のプレディクターセット。
【請求項１７】
化合物が細胞の活性をモジュレートすることができるかどうかを予測する方法であって、
ａ）細胞の標本を得て；
ｂ）該細胞が複数のマーカーを発現するかどうかを測定し；そして、
ｃ）該マーカーの発現を、該細胞の活性をモジュレートする化合物の能力と相関させる、
工程を含む、該方法。
【請求項１８】
複数のマーカーはポリヌクレオチドである、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
ポリヌクレオチドは、
ａ）請求項１記載のポリヌクレオチド；
ｂ）請求項２記載のポリヌクレオチド；
ｃ）請求項３記載のポリヌクレオチド；および
ｄ）請求項４記載のポリヌクレオチド、
からなる群から選ばれる、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
化合物は、
ａ）請求項５記載の化合物；
ｂ）請求項６記載の化合物；および
ｃ）請求項７記載の化合物、
からなる群の要素である、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
細胞は大腸癌細胞である、請求項１８記載の方法。
【請求項２２】
複数のマーカーはポリペプチドである、請求項１７記載の方法。
【請求項２３】
ポリペプチドは、
ａ）請求項９記載のポリペプチド；
ｂ）請求項１０記載のポリペプチド；
ｃ）請求項１１記載のポリペプチド；および
ｄ）請求項１２記載のポリペプチド、
からなる群から選ばれる、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
化合物は、
ｄ）請求項１３記載の化合物；
ｅ）請求項１４記載の化合物；および
ｆ）請求項１５記載の化合物、
からなる群の要素である、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
細胞は大腸癌細胞である、請求項１９記載の方法。
【請求項２６】
発現レベルは疾患状態と関係する細胞の化合物感受性または耐性と相関する、ポリヌクレオチドおよびポリペチドを同定するための、複数のセルライン。
【請求項２７】
セルラインは大腸癌セルラインである、請求項２６記載の複数のセルライン。
【請求項２８】
セルラインは表１中に提供される１つ以上のセルラインを含む、請求項２７記載の複数のセルライン。
【請求項２９】
疾患状態に関係する細胞の化合物感受性および耐性を予測する、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを同定する方法であって、
ａ）請求項２８記載の複数のセルラインを１つ以上の化合物と反応させ；
ｂ）ポリヌクレオチドまたはポリペプチドのマイクロアレイの発現パターンを分析し；そして、
ｃ）該マイクロアレイの発現パターンを用いることによって、疾患状態に関係する細胞の感受性または耐性を予測するポリヌクレオチドまたはポリペプチドを選択する、
工程を含む、該方法。
【請求項３０】
化合物は、
ａ）請求項５記載の化合物；
ｂ）請求項６記載の化合物；
ｃ）請求項７記載の化合物；
ｄ）請求項１３記載の化合物；
ｅ）請求項１４記載の化合物；および
ｆ）請求項１５記載の化合物、
からなる群の要素である、請求項２３記載の方法。
【請求項３１】
疾患は大腸癌である、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
疾患状態に対する処置を必要とする個体が該処置に対して十分に応答するかまたは応答しないかを予測する方法であって、該処置は、
ａ）該個体から細胞の標本を得て；
ｂ）該細胞が複数のマーカーを発現するかどうかを測定し；そして
ｃ）該マーカーの発現を、該処置に対して応答する個体の能力と相関させる、
工程を含む、該方法。
【請求項３３】
複数のマーカーがポリヌクレオチドである、請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
ポリヌクレオチドは、
ａ）請求項１記載のポリヌクレオチド；
ｂ）請求項２記載のポリヌクレオチド；
ｃ）請求項３記載のポリヌクレオチド；および
ｄ）請求項４記載のポリヌクレオチド、
からなる群から選ばれる、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
化合物は、
ａ）請求項５記載の化合物；
ｂ）請求項６記載の化合物；および
ｃ）請求項７記載の化合物、
からなる群の要素である、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
疾患状態は大腸癌である、請求項３３記載の方法。
【請求項３７】
複数のマーカーはポリペプチドである、請求項３４記載の方法。
【請求項３８】
ポリペプチドは、
ａ）請求項９記載のポリペプチド；
ｂ）請求項１０記載のポリペプチド；
ｃ）請求項１１記載のポリペプチド；および
ｄ）請求項１２記載のポリペプチド、
からなる群から選ばれる、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
化合物は、
ａ）請求項５記載の化合物；
ｂ）請求項６記載の化合物；および
ｃ）請求項７記載の化合物、
からなる群の要素である、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
疾患状態は大腸癌である、請求項３７記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
表８は、表１１中に示すプレディクターセットとして１５個のマーカーを用いる、ＢＭＳ−ＡまたはＢＭＳ−Ｄ、ＢＭＳ−ＢおよびＢＭＳ−Ｃについての３１個の大腸セルラインの耐性／感受性の予測を示す。ＩＣ５０の結果に基づいて、真のクラスを表２の通り割り当てる。該予測されたクラスは、プレディクターセットとして最適な１５個のポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いることによって決定されて、該耐性または感受性のクラスを予測する。「Ｓ」は感受性を意味し；「Ｒ」は耐性を意味する。信頼度のスコアは、該プレディクターセットによるセルラインについて行なわれる各予測についての予測の強さを意味する。該信頼度のスコアは０〜１の範囲であり、すなわち、これは、該予測を行なう際の低から高の信頼度に相当する。誤り予測は、星印（＊）によって示す。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６１】
他の態様において、本発明の抗体は、オン速度（ｋｏｎ）が１×１０３Ｍ−１ｓｅｃ−１、５×１０３Ｍ−１ｓｅｃ−１、１×１０４Ｍ−１ｓｅｃ−１または５×１０４Ｍ−１ｓｅｃ−１以上でｓｒｃバイオマーカーポリペプチド、またはそれらのフラグメントもしくは変異体と結合する。より好ましくは、本発明の抗体は、オン速度が１×１０５Ｍ−１ｓｅｃ−１、５×１０５Ｍ−１ｓｅｃ−１、１×１０６Ｍ−１ｓｅｃ−１、５×１０６Ｍ−１ｓｅｃ−１または１×１０７Ｍ−１ｓｅｃ−１以上でｓｒｃバイオマーカーポリペプチド、またはそれらのフラグメントもしくは変異体と結合する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２３】
昆虫システムにおいて、オートグラファ・カリフォルニア・核多角体病ウイルス（Autographa californica nuclear polyhedrosis virus）（ＡｃＮＰＶ）は、外来性ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを発現するためにベクターとして使用される。該ウイルスは、ハスモンヨウ近似種（Spodoptera figuriperda）細胞中で増殖する。該抗体コード配列は、該ウイルスの非本質的な領域（例えば、該ポリへドリン（polyhedrin）遺伝子）中に個別にクローニングし、そしてこのものをＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリへドリンプロモーター）のコントロール下に置いた。