【手続補正書】
【提出日】平成17年9月13日(2005.9.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エンドグルカナーゼ活性を有する酵素をエンコードするヌクレオチド配列を含む、真菌源由来の単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
以下からなる群より選択される単離ポリヌクレオチド：
（ａ）図２（配列番号２）で表すアミノ酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｂ）図２（配列番号２）で表すアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｃ）図２で表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｄ）図２で表すアミノ酸配列を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｅ）配列番号２として表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｆ）配列番号２として表すアミノ酸配列を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードする核酸配列または相補的な核酸配列；
（ｇ）配列番号４として表す核酸配列またはその相補的配列；及び
（ｈ）高ストリンジェンシーな条件下で配列番号４として表す配列にハイブリダイズする核酸配列またはその相補的または断片配列であり、前記単離ポリヌクレオチドがエンドグルカナーゼの生物学的活性を有するポリペプチドをエンコードするもの。
【請求項３】
１０．０のオープンギャップペナルティ、０．１の延長ギャップペナルティ及びＢＬＯＳＵＭ３０類似マトリックスの初期値パラメーターを用いて操作するＭａｃＶｅｃｔｏｒバージョン６．５のＣＬＵＳＴＡＬ−Ｗプログラムを使用して同一性％を計算する、請求項２の単離ポリヌクレオチド。
【請求項４】
５０％ホルムアミド、６Ｘ ＳＳＣ、５Ｘ Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ溶液、０．５％ ＳＤＳ及び１００μｇ／ｍｌ変性キャリアＤＮＡ中、約４２℃でハイブリダイゼーションを行い、続いて室温で２Ｘ ＳＳＰＥ及び０．５％ ＳＤＳ中で２回洗浄し及び４２℃で０．１Ｘ ＳＳＰＥ及び０．５％ＳＤＳ中でさらに２回洗浄した、請求項２の単離ポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドがＲＮＡ分子である、請求項２の単離ポリヌクレオチド。
【請求項６】
エンドグルカナーゼ活性を有する酵素をエンコードし、該酵素がトリコデルマ源由来である単離ポリヌクレオチド。
【請求項７】
酵素がトリコデルマｒｅｅｓｅｉ由来である、請求項６の単離ポリヌクレオチド。
【請求項８】
以下のいずれかのポリヌクレオチド配列を含む発現構築体；（ｉ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する配列、または（ｉｉ）図２に記載のヌクレオチド配列由来のプローブに中から高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズできる配列、または（ｉｉｉ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列に相補的な配列。
【請求項９】
請求項８の発現構築体を含むベクター。
【請求項１０】
請求項２の単離ポリヌクレオチドを含むベクターであって、該ベクターで形質転換した宿主細胞により認識される制御配列に作動可能に連結するベクター。
【請求項１１】
請求項９のベクターにより形質転換された宿主細胞。
【請求項１２】
請求項１０のベクターにより形質転換された宿主細胞。
【請求項１３】
宿主細胞が原核細胞である、請求項１２の宿主細胞。
【請求項１４】
宿主細胞が真核細胞である、請求項１２の宿主細胞。
【請求項１５】
請求項２のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞。
【請求項１６】
組換え宿主細胞が原核細胞である、請求項１５の組換え宿主細胞。
【請求項１７】
組換え宿主細胞が真核細胞である、請求項１５の組換え宿主細胞。
【請求項１８】
以下からなる群より選択される配列を含む、エンドグルカナーゼの生物学的活性を有する精製ＥＧＶＩＩポリペプチド：
（ａ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｂ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｃ）図２に表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｄ）図２に表すアミノ酸配列；
（ｅ）配列番号２として表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｆ）配列番号２として表すアミノ酸配列；
（ｇ）配列番号２として表すアミノ酸配列の精製された生物学的活性断片。
【請求項１９】
エンドグルカナーゼ活性を有する酵素を生成する方法であって、以下を含む：
（ａ）請求項２で定義するポリヌクレオチドを含む発現ベクターを用いて宿主細胞を安定に形質転換する工程；
（ｂ）前記形質転換宿主細胞を該宿主細胞に適切な条件下で培養し、前記エンドグルカナーゼを生成する工程；及び
（ｃ）前記エンドグルカナーゼを再生する工程。
【請求項２０】
宿主細胞が糸状菌または酵母菌細胞である、請求項１９の方法。
【請求項２１】
請求項１９の方法により調製されるエンドグルカナーゼ活性を有する精製酵素。
【請求項２２】
遺伝子を不活化させ、ＥＧＶＩＩポリペプチド生成を防ぐ欠失または挿入またはその他の変異をｅｇｌ７遺伝子内に含む組換え宿主細胞。
【請求項２３】
配列番号２として表す配列を有するＥＧＶＩＩポリペプチドをエンコードするメッセンジャーＲＮＡに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、エンドグルカナーゼ生成宿主細胞にさらすと、前記宿主細胞によるエンドグルカナーゼ生成を減少または抑制する前記オリゴヌクレオチド。
【請求項２４】
宿主細胞が糸状菌である、請求項２３のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項２５】
以下からなる群より選択されるポリペプチドを含む洗剤組成物：
（ａ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｂ）図２（配列番号２）に表すアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｃ）図２に表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｄ）図２に表すアミノ酸配列；
（ｅ）配列番号２として表すアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｆ）配列番号２として表すアミノ酸配列；
（ｇ）配列番号２として表すアミノ酸配列の精製された生物学的活性断片。
【請求項２６】
アルペルギルス種内でβ−グルコシダーゼ活性を有する異種ポリペプチドを発現する方法であって、以下を含む：
（ａ）異種β−グルコシダーゼをエンコードするポリヌクレオチドに結合し、それによりキメラポリペプチドをエンコードする、シグナル配列をエンコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを有する宿主アスペルギルスを提供する工程；
（ｂ）前記キメラポリペプチドが生成される前記アスペルギルスに適切な条件下で、宿主アスペルギルスを培養し、前記キメラポリペプチドを生成する工程。
【請求項２７】
エタノールを生成する方法であって、前記方法は以下の工程を含む：
（ａ）バイオマス組成物をβ−グルコシダーゼ４を含む酵素組成物と接触させ、砂糖水を得る工程；
（ｂ）砂糖水に発酵生物を加える工程；及び
（ｃ）エタノールを生成するのに十分な条件下で発酵生物を培養する工程、及びバイオマス組成物は任意で前処理する。
【請求項２８】
さらに、工程（ａ）が少なくとも１のエンドグルカナーゼを追加する工程を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
工程（ａ）がさらに少なくとも１のセロビオヒドロラーゼ（ｃｅｌｌｂｉｏｈｙｄｒｏｌａｓｅ）を追加する工程を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
工程（ａ）がさらに少なくとも１のセロビオヒドロラーゼを追加する工程を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
エタノールを生成する方法であって、前記方法は以下の工程を含む：
（ａ）バイオマス組成物をβ−グルコシダーゼ４を含む酵素組成物及び発酵生物と接触させる工程；及び
（ｂ）エタノールを生成するのに十分な条件下で発酵生物を培養する工程、及びバイオマス組成物は任意で前処理する。
【請求項３２】
さらに、工程（ａ）が少なくとも１のエンドグルカナーゼを追加する工程を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
工程（ａ）がさらに少なくとも１のセロビオヒドロラーゼを追加する工程を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
工程（ａ）がさらに少なくとも１のセロビオヒドロラーゼを追加する工程を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前処理は希酸を用いる、請求項２７または３１に記載の方法。