【手続補正書】
【提出日】平成17年9月9日(2005.9.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a) アトラスチン遺伝子を含む核酸を被験者から提供する段階；および
b) アトラスチン遺伝子中の1つまたは複数の差異の有無を検出する段階
を含む、HSPを有する被験者およびHSPの発症リスクを有する被験者を同定する方法。
【請求項２】
c) 1つまたは複数の差異の有無に基づいて、被験者がHSPの発症リスクを有するかどうかを決定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
差異が単一ヌクレオチド多型性である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
差異がアトラスチンのフレームシフト変異を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項５】
差異がアトラスチンにおいてスプライス変異を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項６】
差異がアトラスチンにおいて非保存的なアミノ酸置換、挿入、および欠失を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項７】
差異が表1に示される変異からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項８】
段階b)における検出がハイブリダイゼーション解析によって行われる、請求項1記載の方法。
【請求項９】
段階b)における検出が、核酸配列を野生型アトラスチンの核酸配列と比較する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
a) アトラスチンプロテアーゼを含む血液試料を患者から提供する段階；および
b) アトラスチンプロテアーゼの1つまたは複数の変種の存在の有無を検出する段階
を含む、HSPを有する被験者およびHSPの発症リスクを有する被験者を同定する方法。
【請求項１１】
段階b)における検出が、抗体アッセイ法によって行われる、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
変種アトラスチンアリルを特異的に検出する能力のある検出アッセイ法を含む、被験者がHSPまたはHSP発症リスクを有するかどうかを決定するためのキット。
【請求項１３】
検出アッセイ法が、表1に示される変異からなる群より選択される少なくとも1つの変異を含む核酸配列に対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブを含む、請求項12記載のキット。
【請求項１４】
変種アトラスチンGTPアーゼを特異的に検出する能力のある検出アッセイ法を含む、被験者がHSPまたはHSP発症リスクを有するかどうかを決定するためのキット。
【請求項１５】
野生型アトラスチンおよび少なくとも1つのアミノ酸変異を含むアトラスチンからなる群より選択されるアトラスチンに対して結合する能力のある抗体が、検出アッセイ法に含まれる、請求項14記載のキット。
【請求項１６】
配列番号：1、3、4、および5からなる群より選択されるポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸。
【請求項１７】
異種プロモーターに機能的に連結された、請求項16記載の核酸配列。
【請求項１８】
ベクター中に含まれている、請求項17記載の核酸配列。
【請求項１９】
請求項18記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２０】
動物および植物細胞からなる群より選択される、請求項19記載の宿主細胞。
【請求項２１】
生物体中に存在する、請求項20記載の宿主細胞。
【請求項２２】
配列番号：1、3、4、および5からなる群より選択される配列を含む、単離された核酸配列。
【請求項２３】
表示された請求項22記載の核酸配列をコードする、コンピュータで読み込める媒体。
【請求項２４】
配列番号：2を含むアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２５】
表示された請求項24記載のポリペプチドをコードする、コンピュータで読み込める媒体。
【請求項２６】
a) アトラスチン遺伝子を含む核酸を被験者から提供する段階；および
b) アトラスチン遺伝子中の1つまたは複数の差異の有無を検出する段階
を含むHSPのアリルを有するリスクのある被験者を同定する方法。
【請求項２７】
c) 1つまたは複数の差異の有無に基づいて、被験者がHSPを有するリスクがあるかどうかを決定する段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
治療有効量のアトラスチンを投与して疾患の症状を軽減させる段階を含む、HSP患者の治療方法であって、アトラスチンは、組換えアトラスチン；合成アトラスチン；組換えアトラスチンの変異体、変種、断片、および融合体；ならびに合成アトラスチンの変異体、変種、断片、および融合体からなる群より選択される、方法。
【請求項２９】
a) アトラスチン遺伝子を含む核酸を被験者から提供する段階；および
b) アトラスチン遺伝子中の1つまたは複数の差異の有無を検出する段階
を含む、HSPを有する被験者およびHSPの発症リスクを有する被験者を同定する方法であって、該配列の差異は、アトラスチン遺伝子の883位のヌクレオチドにおけるシトシンからチミンへの変化、アトラスチン遺伝子の941位のヌクレオチドにおけるアデニンからグアニンへの変化、およびアトラスチン遺伝子の944位のヌクレオチドにおけるシトシンからアデニンへの変化からなる群より選択される、方法。
【請求項３０】
c) 1つまたは複数の配列の差異の有無に基づいて、被験者がHSPの発症リスクを有するかどうかを決定する段階をさらに含む、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
検出がハイブリダイゼーション解析によって行われる、請求項29記載の方法。
【請求項３２】
検出が、核酸配列を野生型アトラスチンの核酸配列と比較する段階を含む、請求項29記載の方法。
【請求項３３】
差異が、239位におけるRからCへのアミノ酸変化を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項３４】
差異が、258位におけるHからRへのアミノ酸変化を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項３５】
差異が、259位におけるSからYへのアミノ酸変化を引き起こす、請求項1記載の方法。
【請求項３６】
a) アトラスチン遺伝子を含む核酸を被験者から提供する段階；および
b) アトラスチン遺伝子中の1つまたは複数の差異の有無を検出する段階
を含む、HSPを有する被験者およびHSPの発症リスクを有する被験者を同定する方法であって、該差異は、239位におけるRからCへのアミノ酸変化、258位におけるHからRへのアミノ酸変化、および259位におけるSからYへのアミノ酸変化からなる群より選択される、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２０】
この分析により、LOC51062（Genbankアクセッション番号:NM_015915）、I.M.A.G.E.コンソーシアムcDNAクローン25221（Genbankアクセッション番号AF131801）の一部と同等である仮説cDNAが示されたが、これは5'末端でさらに14bp、およびさらに3'非翻訳配列の60bpを含有する。ADHSP-P対象のLOC51062/25221エクソン配列の分析により、各罹患対象（n＝13）のcDNA 25221（全長cDNAのヌクレオチド944位に相当、図2）のヌクレオチド541位で異型接合性（CおよびAの双方）が示され；一方各非罹患対象（n＝6）および各対照対象（n＝111）はこの位置でCのみを有し、これはコンティグNT_010035のgDNA配列ならびにLOC51062および25221のcDNA配列と合致する。別のSPG3連鎖ADHSP家系（ADHSP-T）からの試料のこの領域のシークエンシングにより、各罹患対象（n＝16）におけるcDNA 25221ヌクレオチド538位（全長cDNAのヌクレオチド941位に相当、図2）での異型接合性（AおよびＧ、図2）が示され；この家系における各非罹患対象（n＝22）および各対照対象（n＝111）はAのみを有し、これはコンティグNT_010035のgDNA配列ならびにLOC51062および25221のcDNA配列と同一である。ADHSP-PおよびADHSP-T家系の3人の罹患および1人の非罹患対象の各々の残りのLOC51062/25221エクソンのシークエンシングにより、その他の疾患特異的変異は何ら示されなかった。しかしながら、第3のSPG3連鎖ADHSP家系（ADHSP-S）からの試料の各LOC51062/25221エクソンのシークエンシングにより、各々の罹患対象（n＝8）の（以下で論じる全長cDNAの）ヌクレオチド883位で異型接合性（CおよびT）が示されたが、この家系の各非罹患対象（n＝2）および各対照対象（n＝111）はこの位置でCのみを有した。この家系の罹患および非罹患対象の各々の残りのエクソンのシークエンシングにより、その他の疾患特異的変異は何ら示されなかった。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２５】
この新規遺伝子（「アトラスチン」と称する）の全長cDNAおよびアミノ酸配列（Genbank AY032844）を示す（図2）。アトラスチンの2.2kb cDNA配列の翻訳により、開始メチオニン、続いて558アミノ酸の単一のオープンリーディグフレームおよび停止コドンが示された。gDNAおよびcDNA配列を比較することにより、アトラスチンのコード化配列が〜69kbにわたる14個のエクソンに分かれていることが示された。コンセンサス・スプライシング・ドナーおよびスプライシング・アクセプターを各エクソンに関して同定した（データは示していない）。ADHSP-PおよびADHSP-T家系における疾患特異的アトラスチン変異（各々アトラスチンcDNAヌクレオチド944および941位；図2）がアトラスチンのエクソン8に生じ、そして隣接するアミノ酸S259YおよびH258Rの変化が予測される。ADHSP-S家系の疾患特異的ミスセンス変異（R239C）はエクソン7に生じる（アトラスチンcDNAヌクレオチド883位；図2）。