【手続補正書】
【提出日】平成17年7月8日(2005.7.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号：１１〜２９および３１〜３９の配列、その逆行配列および相補配列に記載されるような配列を含むことを特徴とする、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の細菌のｒｐｏＢ遺伝子または遺伝子断片。
【請求項２】
配列番号：３〜６の配列に記載の配列の１つに相当する、請求項１に記載のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｒａｅおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓのうちの１つの細菌のｒｐｏＢ遺伝子。
【請求項３】
配列番号：１１〜３９の配列およびその逆行配列および相補配列のいずれか１つで構成されることを特徴とする、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の細菌のｒｐｏＢ遺伝子の断片。
【請求項４】
配列番号：７〜１０の配列のいずれか１つに含まれる、少なくとも１２の連続ヌクレオチドパターンの配列を含み、前記配列番号の配列中、Ｎは、イノシンと、Ａ，Ｔ，ＣまたはＧのなかから選ばれる４つの異なるヌクレオチドの等モル混合物とのなかから選ばれるヌクレオチドを示すことを特徴とするオリゴヌクレオチド、ならびにその逆行配列および相補配列のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
前記連続ヌクレオチドパターンの配列が１２〜３５の連続ヌクレオチドパターンの配列である、請求項４に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
配列番号：７〜１０の配列およびその逆行配列および相補配列であり、Ｎはイノシンを表すことを特徴とする請求項５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の種のうちの１つに属する細菌の分子識別による検出方法であって、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の前記細菌のｒｐｏＢ遺伝子、もしくは前記遺伝子
の断片、または
請求項４〜６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド
を使用することを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項３に記載の前記細菌のｒｐｏＢ遺伝子の断片、または
請求項６に記載のオリゴヌクレオチド
を使用することを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項９】
請求項４〜６のいずれか一項に記載の前記オリゴヌクレオチドを含む少なくとも１つの属プローブを、少なくとも１つの前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の細菌の核酸を含むもしくは含む可能性のある試料と接触させる第１の工程と、
前記属プローブと試料の核酸との間でハイブリダイゼーション複合体が形成されるか否かを判定し、ハイブリダイゼーション複合体が形成されていれば試料中に前記細菌が存在すると判定する第２の工程と
からなる請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
請求項４〜６のいずれか一項に記載の前記オリゴヌクレオチドを含む増幅プライマーを、少なくとも１つの前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の細菌の核酸を含むもしくは含む可能性のある試料と接触させる第１の工程であって、
５’プライマーとして、配列番号：７もしくは９の配列、または相補配列のうちの１つに含まれる配列を含むオリゴヌクレオチドのなかから選ばれたオリゴヌクレオチド、および
３’プライマーとして、配列番号：１０もしくは８の配列、または相補配列のうちの１つにそれぞれ含まれる配列を含むオリゴヌクレオチド
を用いる工程と
酵素的重合反応によって核酸の増幅を行い、増幅産物の有無を判定し、これにより、増幅産物が生じていれば該試料中に前記細菌が存在すると判定する第２の工程と
からなる請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
５’プライマーとして、配列番号：７もしくは９の配列、または相補配列のうちの１つの完全長の配列を含むオリゴヌクレオチドのなかから選ばれたオリゴヌクレオチド、および
３’プライマーとして、配列番号：１０もしくは８の配列、または相補配列のうちの１つの完全長の配列を含むオリゴヌクレオチド
のうち少なくともいずれか一方が用いられる請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
５’プライマーとして、配列番号：７または９の配列、または相補配列のうちの１つを使用し、３’プライマーとして、配列番号：１０の配列、または相補配列をそれぞれ使用することを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｕｌａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｈｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｖｅｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｓｃａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｅｎｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｋｌｏｏｓｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔ
ａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｌｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｏｒｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｎｏｓｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓのａｕｒｅｕｓ亜種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓのａｎａｅｒｏｂｉｕｓ亜種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｒｌｅｔｔａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｒａｅの種のなかから選ばれるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓグループの細菌の特定の種を特異的に検出することを目的とした請求項６に記載の方法であって、
少なくとも１つの前記細菌の核酸を含むか含む可能性のある試料を、請求項１または３に記載の遺伝子断片で構成される少なくとも１つの種プローブと接触させる第１の工程と、
前記プローブと試料の核酸との間でハイブリダイゼーション複合体が形成されているか否かを判定し、ハイブリダイゼーション複合体が形成されていれば該試料中に前記細菌が存在すると判定する第２の工程と
を特徴とする方法。
【請求項１４】
前記第１の工程において、前記試料を、配列番号：１１〜３９の前記配列、逆行配列および相補配列のうちの１つでそれぞれ構成されるオリゴヌクレオチドと接触させる請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｕｌａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｈｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｖｅｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｓｃａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｅｎｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｋｌｏｏｓｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｌｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｏｒｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｎｏｓｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓのａｕｒｅｕｓ亜種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓのａｎａｅｒｏｂｉｕｓ亜種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｒｌｅｔｔａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｒａｅの種のなかから選ばれるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の細菌の特定の種を検出することを目的とした請求項６または７のいずれかに記載の方法であって、
５’プライマーとしての配列番号：７または９の配列および３’プライマーとしての配列番号：１０の配列に含まれる配列を含むオリゴヌクレオチド、ならびにその相補配列、で構成されるヌクレオチドプライマーを用いて、前記特定の細菌の増幅ｒｐｏＢ遺伝子断片のシーケンシング反応を実施する工程ａ）と、
前記得られた断片の配列を、それぞれ配列番号：１１〜３９の前記配列および相補配列を含む、前記細菌の完全長ｒｐｏＢ遺伝子の配列または前記細菌のｒｐｏＢ遺伝子断片の配列と比較することにより、前記細菌の特定の種の有無を判定する工程であって、得られた断片の配列が前記細菌のｒｐｏＢ遺伝子または遺伝子断片の既知の配列と同じであれば
、該試料中に前記細菌が存在すると判定する工程ｂ）と
を実施することを特徴とする方法。
【請求項１６】
５’プライマーとして前記配列番号：７または９およびその相補配列で構成されるオリゴヌクレオチド、３’プライマーとして前記配列番号：１０の配列およびその相補配列で構成されるオリゴヌクレオチド、で構成されるヌクレオチドプライマーが用いられる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１５または１６に記載の方法であって、
工程ａ）において、
配列番号：７の配列およびそれぞれ配列番号：１０の配列をそれぞれ含むオリゴヌクレオチド、または相補配列のなかから選ばれる５’および３’プライマー対によって、前記試料の核酸を最初に増幅し、増幅産物が生じたか否かを判定する第１工程と、
配列番号：９およびそれぞれ配列番号：１０の配列を含むオリゴヌクレオチド、または相補配列で構成されるオリゴヌクレオチド、で構成される５’および３’プライマーを用いて、工程１で判定されたアンプリコンのシーケンシング反応を行う第２工程とを実施し、
工程ｂ）において、得られた配列をそれぞれ配列番号１１〜３９の配列またはそれらの相補配列のうちの１つと比較することを特徴とする方法。
【請求項１８】
第１工程において、５’および３’プライマー対が、前記配列番号：７および１０の配列で構成されるオリゴヌクレオチド、またはその相補配列のなかから選ばれるか、または
第２工程において、５’および３’プライマー対が、前記配列番号：９および１０の配列またはそれらの相補配列で構成されるオリゴヌクレオチドから構成されるか
のうち少なくともいずれかであることを特徴とする請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項３〜６のいずれか一項に記載の前記オリゴヌクレオチドまたは遺伝子断片を少なくとも１つ含むことを特徴とする、請求項７の方法において用いることのできる診断キット。