【手続補正書】
【提出日】平成18年1月16日(2006.1.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
栽培品種化（家畜化）生物のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列であって、野生祖先と比較した当該栽培品種化（家畜化）生物における収量の増加と関連するまたは関連するのではないかと思われる前記ポリペプチド、を同定するための方法であって、
ａ）当該栽培品種化（家畜化）生物のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を、当該野生祖先のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に比較する工程；そして
ｂ）当該野生祖先における対応する配列と比較した場合、進化的に有意なヌクレオチド変化を含む当該栽培品種化（家畜化）生物におけるポリヌクレオチド配列を選択し、当該栽培品種化（家畜化）生物のポリヌクレオチド配列を同定する工程：
を含む、前記方法。
【請求項２】
ａ）植物細胞を、当該細胞に天然には存在しないＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドに由来し、ポリペプチドをコードし、且つトランスジェニックタンパク質の発現に効果的に使用可能なプロモーターに機能可能に連結された異種ＤＮＡセグメントを含むようにトランスフェクトする工程；
ｂ）場合により、当該細胞をそこからトランスジェニック植物が再生される条件下で成育させ、そして維持する工程；および
ｃ）場合により、当該ＤＮＡが発現される条件下で前記トランスジェニック植物を成育させて、当該植物中のＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドの総量を増加させる工程：
を含む、トランスフェクト植物細胞またはトランスジェニック植物の製造方法。
【請求項３】
ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドをコードする異種ＤＮＡを含む、植物細胞。
【請求項４】
請求項３のトランスジェニック植物細胞を含むトランスジェニック植物の増殖用の材料。
【請求項５】
植物組織中で発現するＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドをコードする異種ＤＮＡを含む、トランスジェニック植物。
【請求項６】
植物組織中でＥＧ３０７またはＥＧ１１１７遺伝子をコードするポリヌクレオチドに機能可能に連結されているプロモーターを含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
トランスフェクトされた細胞の製造方法であって、
ａ）栽培化植物の祖先中の進化的に有意なＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドまたは栽培化植物中の相当するポリヌクレオチドを同定する工程；
ｂ）当該ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドを使って、転写または翻訳調節エレメント、エンハンサー、イントロンまたは他の５’または３’フランキング配列であってもよい非ポリペプチドコード配列を同定する工程；
ｃ）リポータータンパク質をコードするポリヌクレオチドに機能可能に連結されている当該非ポリペプチドコード配列を含む構築体を組み立てる工程；そして
ｄ）宿主細胞中へ当該構築体をトランスフェクトする工程：
を含む、前記方法。
【請求項８】
宿主細胞が植物細胞であり、当該細胞をそこからトランスジェニック植物が再生される条件下で増殖させ、そして維持する工程をさらに含む、請求項７の方法を含む、トランスジェニック植物の製造方法。
【請求項９】
進化的に有意なＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドの非ポリペプチドコード領域の機能を調整する作用物質を同定する方法であって、請求項７の方法によって製造されたトランスフェクト宿主細胞を少なくとも１つの候補作用物質と接触させ、リポーターポリヌクレオチドの転写または翻訳を調整する能力により作用物質を同定する、ことを含む前記方法。
【請求項１０】
進化的に有意なＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドの非ポリペプチドコード領域の機能を調整する作用物質を同定する方法であって、請求項８の方法によって製造されたトランスジェニック植物を少なくとも１つの候補作用物質と接触させ、リポーターポリヌクレオチドの転写または翻訳を調整するその能力により作用物質を同定する、ことを含む前記方法。
【請求項１１】
収量を調整することが可能な作用物質を同定する方法であって、少なくとも１つの候補作用物質を、ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７遺伝子を含む植物または細胞に接触させ、収量を調整するその能力により作用物質を同定することを含む、前記方法。
【請求項１２】
請求項９ないし１１のいずれかの方法により同定された作用物質。
【請求項１３】
リポータータンパク質をコードするポリヌクレオチドに機能可能に連結された、進化的に有意なＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリヌクレオチドからのプロモーター、エンハンサーもしくはイントロンのポリヌクレオチド、またはそれらの任意の組み合わせを含む構築体でトランスフェクトされた宿主細胞を含む、トランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１４】
植物における収量増加をもたらす方法であって、
ａ）ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７が植物細胞中で発現される、ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドをコードする異種ＤＮＡをもつトランスフェクト植物細胞を製造する工程；そして
ｂ）ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７トランスジーンが当該トランスジェニック植物中で発現される、トランスフェクト植物細胞からトランスジェニック植物を成育させる工程：
を含む、前記方法。
【請求項１５】
ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドの製造方法であって、
ａ）発現のために細胞中に配置された、ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされた前記細胞を提供する工程；
ｂ）当該ポリヌクレオチドを発現するための条件下で当該トランスフェクト細胞を培養する工程；そして
ｃ）当該ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７ポリペプチドを単離する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１６】
収量関連遺伝子またはその断片を植物細胞から単離する方法であって、
ａ）植物細胞ポリヌクレオチドの試料を提供する工程；
ｂ）ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７遺伝子の保存領域に配列相同性をもつオリゴヌクレオチドのペアを提供する工程；
ｃ）オリゴヌクレオチドの当該ペアを、ポリメラーゼ連鎖反応仲介ポリヌクレオチド増幅に適した条件下で当該植物細胞ポリヌクレオチド試料に結合させる工程；そして
ｄ）増幅された収量関連ポリヌクレオチドまたはその断片を単離する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１７】
収量関連ポリヌクレオチドを単離する方法であって、
ａ）ゲノム植物細胞ＤＮＡおよび組み替え体植物細胞ライブラリーポリヌクレオチドより成る群から選択されたポリヌクレオチドの調製物を提供する工程；
ｂ）当該調製物を、５０％またはそれより大きい配列同一性をもつポリヌクレオチドの検出をもたらすハイブリッド形成条件下で、ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７オリゴヌクレオチドと接触させる工程；そして
ｃ）当該ＥＧ３０７またはＥＧ１１１７オリゴヌクレオチドとの会合により収量関連ポリヌクレオチドを単離する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１８】
植物の収量関連遺伝子を同定する方法であって、
ａ）植物組織試料を提供する工程；
ｂ）当該植物組織試料中へ候補植物収量関連遺伝子を導入する工程；
ｃ）当該植物組織試料内で当該候補植物収量関連遺伝子を発現させる工程；そして
ｄ）応答の変化が植物収量関連遺伝子を同定する、収量応答の変化を当該植物組織試料が示すかどうかを決定する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１９】
請求項１６または１８のいずれかの方法により単離された、植物収量関連ポリヌクレオチド。
【請求項２０】
ａ）配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３３、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号９０、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７７、配列番号５９、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８４、配列番号８５、配列番号１、配列番号９１、配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１５、および配列番号１７、および配列番号１８より成る群から選択されたポリヌクレオチド；および
ｂ）ａ）のポリヌクレオチドに少なくとも８５％の相同性をもち、そしてそれが実質的にａ）のポリヌクレオチドと同じ収量を与えるポリヌクレオチド：
より成る群から選択された単離ポリヌクレオチド。
【請求項２１】
ａ）配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３３、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１、配列番号９１、配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１７、および配列番号１８より成る群から選択されたポリヌクレオチドによりコードされたポリペプチド；および
ｂ）ａ）のポリヌクレオチドに少なくとも８５％の相同性をもち、そしてそれが実質的にａ）のポリヌクレオチドと同じ収量を与えるポリヌクレオチドによりコードされたポリペプチド：
より成る群から選択された単離ポリペプチド。
【請求項２２】
野生祖先または栽培化生物において、当該野生祖先または栽培化生物の経済的生産性亢進と関連する、または関連するのではないかと思われるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を同定するための方法であって、
ａ）当該野生祖先および当該栽培化生物のポリペプチドコードヌクレオチド配列を比較する工程；そして
ｂ）それぞれ、当該野生祖先または栽培化生物における対応する配列と比較した場合、進化的に中立のまたは正の進化的に有意なヌクレオチド変化を含む当該栽培化生物または野生祖先のいずれかにおけるポリヌクレオチド配列を選択し、それにより経済的生産性亢進と関連するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを同定する工程：
を含む、前記方法。
【請求項２３】
栽培化生物の野生祖先のポリペプチドであって、当該栽培化生物に比べて当該野生祖先において独特で亢進または変更されたストレス抵抗性形質と関連する前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を同定するための方法であって、
ａ）当該野生祖先のポリペプチドコードヌクレオチド配列に、当該栽培化生物のポリペプチドコードヌクレオチド配列を比較すること；そして
ｂ）当該栽培化生物における対応する配列と比較した場合、進化的に中立なヌクレオチド変化を含む当該野生祖先におけるポリヌクレオチド配列を選択することにより、当該野生祖先のポリヌクレオチド配列を同定する：
工程を含む、前記方法。
【請求項２４】
栽培化生物の野生祖先におけるストレス抵抗性形質を調整することが可能な作用物質を同定する方法であって、少なくとも１つの候補作用物質を、請求項２３の方法によって同定されたポリヌクレオチド配列を発現する野生祖先もしくは栽培化生物、または、細胞もしくはトランスジェニック生物と接触させ、そして当該ポリヌクレオチドの機能または同定されたポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドの機能を調整する能力により作用物質を同定することを含む前記方法。
【請求項２５】
請求項２４の方法によって同定された作用物質を投与することによって、栽培化生物の野生祖先におけるストレス抵抗性を調整する方法。
【請求項２６】
請求項２３の方法によって同定された野生祖先ストレス抵抗性ポリヌクレオチド配列に相当する、栽培化生物におけるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド配列に対する作用物質を同定する方法であって、少なくとも１つの候補作用物質を、当該ポリヌクレオチド配列を発現する栽培化生物もしくは祖先生物、または、細胞もしくはトランスジェニック生物と接触させ、そして、当該ポリペプチドの機能を調整する能力により作用物質が同定されることを含む前記方法。
【請求項２７】
請求項２６の方法によって同定された作用物質を投与することによって、栽培化生物におけるストレス抵抗性を調整する方法。
【請求項２８】
栽培化生物の野生祖先のポリペプチドコードポリヌクレオチド配列における進化的に中立な変化を同定するための方法であって、
ａ）野生祖先のポリペプチドコードポリヌクレオチド配列を栽培化生物の対応配列と比較する工程；そして
ｂ）当該野生祖先の対応配列に比べて、進化的に中立なヌクレオチド変化を含む当該栽培化生物におけるポリヌクレオチド配列を選択し、そして当該ポリヌクレオチドが栽培化生物の野生祖先におけるストレス抵抗性形質と関連しており、それにより当該ポリヌクレオチド中の進化的中立変化が同定される工程：
を含む、前記方法。
【請求項２９】
栽培化生物の野生祖先のポリペプチドコードヌクレオチド配列と当該栽培化生物からのポリペプチドコード配列との間の大規模配列比較のための方法であって、ここで当該野生祖先生物ポリペプチドは、栽培化生物に比べて野生祖先において独特で、亢進または変更されているストレス抵抗性形質を付与する、または付与するのではないかと思われ、
ａ）野生祖先配列を、栽培化生物からの対応配列と、配列相同性に従って整列させる工程；そして
ｂ）それぞれ、野生祖先または栽培化生物からの相同配列に比較して、栽培化生物配列または野生祖先配列内に何らかのヌクレオチド変化を同定する工程：
を含む、前記方法。
【請求項３０】
進化的に中立のヌクレオチド変化を、栽培化生物の野生祖先において独特で、亢進または変更されているストレス抵抗性形質に相関させるための方法であって、
ａ）請求項２３の方法に従ってヌクレオチド配列を同定する工程：そして
ｂ）当該栽培化生物または祖先生物で同定された配列の存否の機能効果を分析する工程：
を含む、前記方法。
【請求項３１】
トランスフェクト植物細胞またはトランスジェニック植物を製造するための方法であって、
ａ）請求項２３の方法によって同定された野生祖先のストレス抵抗性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、トランスジェニックタンパク質の発現に有効に使うことができるプロモーターに機能可能に連結されて含むように植物細胞を形質転換する工程；
ｂ）場合により、当該細胞をそこからトランスジェニック植物が再生される条件下で増殖させ、そして維持する工程：
を含む、前記方法。
【請求項３２】
請求項７または３１のいずれかの方法により製造されたトランスフェクト細胞。
【請求項３３】
請求項８または３１のいずれかの方法により製造されたトランスジェニック植物。