【事件の表示】
　特願２００１−５４２５３１「分泌及び膜貫通ポリペプチドとそれをコードしている核酸」拒絶査定不服審判事件〔平成１３年　６月　７日国際公開、ＷＯ０１／４０４６６、平成１６年　７月２９日国内公表、特表２００４−５２２４０４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明　 
　本願は、２０００年（平成１２年）１２月１日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９９年１２月１日　米国、１９９９年１２月２日　米国、他３７件）とする国際出願であって、その請求項２に記載された発明は、平成２０年４月１７日付手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、以下のとおりのものである。
　
「【請求項２】以下の（a）又は（b）のヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸：
（a）配列番号：２７に示されるヌクレオチド配列、及び
（b）配列番号：２７に示されるヌクレオチド配列の核酸に対し相補的なヌクレオチド配列からなる核酸と高度の緊縮性条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列であって、かつ前記ヌクレオチド配列からなる核酸が大腸癌に過剰発現するヌクレオチド配列。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．原査定の理由
　原査定における拒絶の理由の概要は、
（イ）本願の発明の詳細な説明には、本願請求項１〜３に記載の発明について、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されておらず、本願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない、
（ロ）本願請求項１〜３に記載の発明は、本願の発明の詳細な説明に記載されておらず、本願は、特許法第３６条第６項１号に規定する要件を満たしていない、
というものである。
　
３．当審の判断
（１）実施可能要件
　本願発明は、核酸という化学物質に係る発明であり、化学物質に係る発明を当業者が実施することができるとは、当該発明に係る物質を作ることができ、かつ、使用することができることである。
　すわなち、化学物質としての核酸にどのような有用性（機能）があるかが明細書に記載され、あるいは明細書の記載から類推できなければ、その化学物質をどのような産業上の利用ができるか、使用できるかについて記載されていないことになり、該発明について当業者がその実施ができる程度に明確かつ十分に、発明の詳細な説明に記載されていないことになる。
　
（２）本願明細書の記載  
　本願明細書の段落【０１６１】の実施例４には、「上記の実施例１から３に記載されている技術を用いて、ここに開示されているように、多くの全長ｃＤＮＡクローンがＰＲＯポリペプチドをコードしているものと同定された。」と記載され、また、図２７には、「天然配列ＰＲＯ１８７９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７）」と記載されていることから、本願発明の「配列番号：２７に示されるヌクレオチド配列」とは、実施例１から３に記載の方法でクローニングされ、分泌あるいは膜貫通タンパク質であると推定されるＰＲＯ１８７９と名付けられたポリペプチドのｃＤＮＡであると解される。
　そして、このＰＲＯ１８７９の機能、有用性に関する記載としては、本願明細書の実施例３０に、「本実施例では、癌性腫瘍で過剰発現しているポリペプチドを同定するための試みとして、非癌性ヒト組織に関連するＰＲＯポリペプチドコード化遺伝子発現のために、種々のヒト組織から誘導された癌性腫瘍が研究された。２セットの実験データーが作成された。　…（途中省略）…　二番目のセットのデーターでは、任意の種々の異なるヒト腫瘍を得て、肝臓、腎臓、及び肺を含む上皮由来の非癌牲ヒト組織をプールすることによって調製される「普遍的」上皮コントロール試料と比較した。プールされた組織から単離されたｍＲＮＡは、これら異なる組織での発現遺伝子産物の混合物を示す。プールされたコントロール試料を用いたマイクロアレイハイブリダイゼーション実験は、二色分析において直線的なプロットを生じた。次いで、二色分析において生じたこの線の傾斜を、各実験の（試験：コントロール検出）の比率を標準化するために用いた。次いで、種々の実験の標準化された比率を比較し、そして遺伝子発現の集積牲を同定するために用いた。従って、プール化された「普遍的なコントロール」試料は、単純な二つの試料の比較における有効で相対的遺伝子発現の判定を可能にするだけではなく、幾つかの実験に渡る複数の試料の比較をも可能にする。
本実験では、ここに記載のＰＲＯポリペプチドコード化核酸配列から誘導された核酸プローブをマイクロアレイの作製に用い、上記に列挙した腫瘍組織のＲＮＡをさらにハイブリダイゼーションに用いた。標準化比：実験比に基づく値は、「カットオフ」と命名された。このカットオフを上回る値のみを重要であると判定した。下記の表８は、これらの実験の結果を示しており、本発明の種々のＰＲＯポリペプチドが非癌牲ヒト組織コントロールと比べて種々のヒト腫瘍組織において著しく過剰発現していることを示している。上記にて記載のように、これらのデーターは、本発明のＰＲＯポリペプチドが一つ以上の癌牲腫瘍の存在を示す診断マーカーとしてだけではなく、これら腫瘍の治療のための治療上の標的としての機能も果たすことを示している。」（段落【０２１４】）と記載されている。
　しかしながら、該表８にはＰＲＯ１８７９について
「分子　　　　過剰発現している箇所　　　　　　　比較の対象
PRO1879　　　　乳房腫瘍　　　　　　　　　普遍的で正常なコントロール
PRO1879　　　　肺腫瘍　　　　　　　　　　普遍的で正常なコントロール
PRO1879　　　　結腸腫瘍　　　　　　　　　普遍的で正常なコントロール」と記載され、過剰発現している３つの箇所が列挙されているだけであって、その箇所でそれぞれどの程度過剰に発現しているか、あるいは試験サンプル数、各腫瘍組織での発現量の分布、コントロールでの発現量の分布、実際に使用されたカットオフ値等の客観的な実験データは、本願明細書に記載されていない。
　
（３）当審における判断
　上記（２）に記載のように、本願明細書には、分泌あるいは膜貫通タンパク質であると推定されるＰＲＯ１８７９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる核酸を単離したこと、及びＤＮＡマイクロアレイ分析によって、ＰＲＯ１８７９ｍＲＮＡが、乳房腫瘍、肺腫瘍および結腸腫瘍組織において、普遍的で正常なコントロールに比べて過剰に発現していることから、癌性腫瘍のマーカーとして機能すると記載されている。
　しかしながら、ＰＲＯ１８７９のｍＲＮＡの過剰な発現の検出が、癌の診断マーカーとして機能できるというためには、癌性組織と普遍的で正常なコントロールという正常組織とでのｍＲＮＡの発現量に差が見られるだけでは不十分である。癌性組織及び正常組織においても、特定遺伝子の発現量には多少の個体差あるいは生理的変動は当然に存在するから、これら発現量の有意差について統計的な検討がなされていなければ、癌の診断マーカーとして使用できるか分からないというのが、本願出願時の技術常識であり、本願明細書に、本願発明のＰＲＯ１８７９のｍＲＮＡの発現量と乳房腫瘍等の間の大規模症例に基づく有意な関係が示されてない以上、ＰＲＯ１８７９が癌性腫瘍のマーカーとして使用できるとはいえない。
　また、普遍的で正常なコントロールについては、上記（２）に記載のように、「任意の種々の異なるヒト腫瘍を得て、肝臓、腎臓、及び肺を含む上皮由来の非癌牲ヒト組織をプールすることによって調製される「普遍的」上皮コントロール試料と比較した。プールされた組織から単離されたｍＲＮＡは、これら異なる組織での発現遺伝子産物の混合物を示す。」と説明されているが、該コントロールは、混合比率不明のヒト組織の混合物であり、癌性腫瘍のそれぞれに対応する正常組織における発現量の平均値を表していない。遺伝子は正常組織であっても組織特異的に大きな発現量の差が存在し得るものであり、腫瘍組織における遺伝子の発現量をさまざまな正常組織の混合物における発現量と比較しても、各腫瘍組織での発現量の増加を定量的に示すものではない。
　このように、癌のマーカーとして使用可能といえるためには、正常組織に比較して腫瘍組織でそのｍＲＮＡの発現が過剰であるだけでは足りず、さらに、大規模データを解析して統計的手法により検定する必要があることが、本願出願時の技術常識であるから、本願発明に係るＰＲＯ１８７９が癌のマーカーとして使用できることは、本願明細書に記載されておらず、かつ本願明細書の記載から類推できるものでもない。
　また、癌のマーカー以外にどのような有用性（機能）があるかが本願明細書に記載されていないので、このようなＰＲＯ１８７９ポリペプチドの機能についての具体的記載を欠く本願明細書には、そのＰＲＯ１８７９ポリペプチドをコードするヌクレオチドを使用できるように記載されているとはいえず、本願の発明の詳細な説明には、本願発明を当業者が実施できる程度に明確かつ十分に記載されているとは認められず、本願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。
　
（４）審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２０年７月２３日付で意見書及び参考資料１、２を添付した手続補足書を提出し、該意見書中で「上記実施例３０の表８に集約された実験結果は、本願発明に関する膨大な実験結果のダイジェスト（要約）としてまとめられたものであることにご注意下さい。
　先ず、正常サンプルと比較して試験生物学的サンプルにおいて配列番号：５０のポリペプチドをコードするＰＲＯ１８７９核酸の上昇したレベルを示す実験データとして、本書と同日に提出致しました手続補足書に添付した参考資料１をご参照下さい。このデータは、本願出願時に本出願人が実際に入手していた生データであり、コントロールと比較した大腸ガンサンプルにおけるＰＲＯ１８７９の遺伝子発現分析の実験結果を詳細に記録したものでございます。
　更にここで用いたｃＤＮＡマイクロアレイにおけるデータの標準化と分析のためのストラテジーの進め方を要約した文献を、本書と同日に提出致しました手続補足書に添付致しました参考資料２として提出致します。この文献は、本願の優先日以後に出版されたものですが、上記参考資料１のデータを解読するために最も適した資料であると考慮しましたので添付致しました。
　当業者であれば、添付の参考資料１及び２から、ＰＲＯ１８７９核酸が大腸ガンに特異的に検出される物質であることを容易に理解できるものと思料致します。」と主張し、提出された参考資料１には、コントロールと比較した、各種癌を含む各組織におけるＰＲＯ１８７９の発現量の分析リストが記載されている。
　しかしながら、上記（３）に記載したとおり、そもそも本願明細書には、ＰＲＯ１８７９が過剰に発現している箇所として３つの箇所が記載されているだけであり、その根拠となる具体的データ、例えば、何サンプル中何サンプルがカットオフ値を超えたのか、さらにカットオフ値の設定、すなわち正常組織の発現量といえる範囲がどの程度であるのか等、どのような過剰発現であったかの具体的な記載は存在していなかったから、参考資料１に記載の分析リストと本願明細書の記載の関連が不明であり、本願明細書又は図面の記載から当業者が推論できないデータである。そのような後から提出されたデータにより、本願の出願当初の明細書にPRO1879が大腸癌のマーカーとして使用できることが記載されていたということはできないから、審判請求人の上記主張は採用できない。
　また、念のため、参考資料１を参酌した場合であっても、本願発明のＰＲＯ１８７９が、結腸腫瘍の診断マーカーとして使用できるといえないのは、以下の理由による。
　参考資料１には、結腸腫瘍、乳房腫瘍、および肺腫瘍を含む、複数の組織サンプルのマイクロアレイの測定結果が記載されている一方、各々の正常組織について、数字が読み取れるものは１つ記載されているか、あるいは記載されていないかである。したがって、正常組織における個体差あるいは生理的変動の範囲を見積もることができず、カットオフ値が妥当であった、あるいは腫瘍におけるＰＲＯ１８７９の過剰発現が有意であったとは、認められない。さらに、例えば結腸腫瘍について見ると、数字の読み取れる正常結腸組織のサンプルは１つであるが、該正常結腸サンプルより発現量の多い結腸腫瘍が１３サンプルある一方、該正常結腸サンプルより発現量が少ない結腸腫瘍も５サンプル記載されている。該１３サンプルのうち、１２サンプルは、数倍（３．２倍）の範囲内であって、正常な結腸組織における発現量の中央値および範囲が明確でない状況では、正常組織と比較して有意に過剰発現しているとまではいえない。また、極端にＰＲＯ１８７９の発現量が増加している結腸腫瘍も１つ存在するものの、その割合は、少なくとも１８サンプル読み取れる結腸腫瘍組織の中で、わずかに１サンプルであるから、これを結腸腫瘍全体の特徴と捉えることもできないから、ＰＲＯ１８７９が腫瘍マーカーとして使用できるとはいえない。
　
（５）サポート要件について
　上記（３）に記載した理由と同様の理由により、本願明細書には、本願発明のＰＲＯ１８７９が大腸癌の診断用マーカーとして使用できることを、当業者が理解できるよう記載されているとは認められないから、本願発明は発明の詳細な説明に記載されたものではなく、本願は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
４．むすび 
　以上のとおり、本願は、特許法第３６条第４項及び同法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明については言及するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。