【手続補正書】
【提出日】平成18年2月28日(2006.2.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された核酸分子であって、（ａ）配列番号１に記載のヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号２に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；（ｃ）（ａ）または（ｂ）の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項２】
単離された核酸分子であって、（ａ）配列番号２で記載されるポリペプチドと少なくとも約７０％同一のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１または（ａ）で記載されるヌクレオチド配列の対立遺伝子改変体をコードするヌクレオチド配列；（ｃ）少なくとも約９アミノ酸残基のポリペプチド断片をコードする、配列番号１、（ａ）、または（ｂ）のヌクレオチド配列の領域であって、ここで該ポリペプチド断片は、配列番号２で記載されるコードされたポリペプチドの活性を有するか、または抗原性である、領域；（ｄ）少なくとも約１６ヌクレオチドの断片を含む、配列番号１、または（ａ）〜（ｃ）のいずれかのヌクレオチド配列の領域；（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれかの相補体に、中程度または高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｆ）（ａ）〜（ｄ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項３】
単離された核酸分子であって、（ａ）少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有する、配列番号２で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｂ）少なくとも１つのアミノ酸挿入を有する、配列番号２で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｃ）少なくとも１つのアミノ酸欠失を有する、配列番号２で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｄ）Ｃ−末端短縮および／またはＮ−末端短縮を有する、配列番号２で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｅ）アミノ酸置換、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失、Ｃ−末端短縮、およびＮ−末端短縮からなる群から選択される少なくとも１つの修飾を有する、配列番号２で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｆ）少なくとも約１６ヌクレオチドの断片を含む、（ａ）〜（ｅ）のいずれかのヌクレオチド配列；（ｇ）（ａ）〜（ｆ）のいずれかの相補体に、中程度または高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｈ）（ａ）〜（ｅ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項４】
請求項１、２、または３のいずれかに記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項５】
請求項４に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項６】
配列番号２に記載のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項７】
単離されたポリペプチドであって、（ａ）配列番号２のオルソログのアミノ酸配列；（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｃ）少なくとも約９アミノ酸残基を含む、配列番号２で記載されるアミノ酸配列の断片であって、ここで該断片は、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有するか、または抗原性である、断片；および（ｄ）配列番号２、（ａ）または（ｂ）で記載されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列からなる群から選択アミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項８】
単離されたポリペプチドであって、（ａ）少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有する、配列番号２で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｂ）少なくとも１つのアミノ酸挿入を有する、配列番号２で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｃ）少なくとも１つのアミノ酸欠失を有する、配列番号２で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｄ）Ｃ−末端短縮および／またはＮ−末端短縮を有する、配列番号２で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；および（ｅ）アミノ酸置換、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失、Ｃ−末端短縮、およびＮ−末端短縮からなる群から選択される、少なくとも１つの修飾を有する、配列番号２で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号２で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項９】
請求項１、２、または３のいずれかに核酸分子によってコードされる単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが配列番号２に記載されるポリペプチドの活性有する、単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
請求項６、７または８のいずれかに記載のポリペプチドに特異的に結合する、選択的結合剤またはその断片。
【請求項１１】
請求項１０に記載の選択的結合剤またはその断片であって、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその断片に特異的に結合する、選択的結合剤またはその断片。
【請求項１２】
抗体またはその断片である、請求項１０に記載の選択的結合剤。
【請求項１３】
異種のアミノ酸配列に融合した請求項６、７または８のいずれかに記載のポリペプチドを含む、融合ポリペプチド。
【請求項１４】
単離された核酸分子であって、（ａ）配列番号３に記載のヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号４に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；（ｃ）（ａ）または（ｂ）の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｄ）（ａ）〜（ｃ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項１５】
単離された核酸分子であって、（ａ）配列番号４で記載されるポリペプチドと少なくとも約７０％同一のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号３または（ａ）で記載されるヌクレオチド配列の対立遺伝子改変体をコードするヌクレオチド配列；（ｃ）少なくとも約９アミノ酸残基のポリペプチド断片をコードする、配列番号３、（ａ）、または（ｂ）のヌクレオチド配列の領域であって、ここで該ポリペプチド断片は、配列番号４で記載されるコードされたポリペプチドの活性を有するか、または抗原性である、領域；（ｄ）少なくとも約１６ヌクレオチドの断片を含む、配列番号３、または（ａ）〜（ｃ）のいずれかのヌクレオチド配列の領域；（ｅ）（ａ）〜（ｄ）のいずれかの相補体に、中程度または高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｆ）（ａ）〜（ｄ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項１６】
単離された核酸分子であって、（ａ）少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有する、配列番号４で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｂ）少なくとも１つのアミノ酸挿入を有する、配列番号４で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｃ）少なくとも１つのアミノ酸欠失を有する、配列番号４で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｄ）Ｃ−末端短縮および／またはＮ−末端短縮を有する、配列番号４で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｅ）アミノ酸置換、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失、Ｃ−末端短縮、およびＮ−末端短縮からなる群から選択される少なくとも１つの修飾を有する、配列番号４で記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで該コードされるポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、ヌクレオチド配列；（ｆ）少なくとも約１６ヌクレオチドの断片を含む、（ａ）〜（ｅ）のいずれかのヌクレオチド配列；（ｇ）（ａ）〜（ｆ）のいずれかの相補体に、中程度または高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；および（ｈ）（ａ）〜（ｅ）のいずれかに相補的なヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項１７】
請求項１４、１５、または１６のいずれかに記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１８】
請求項１７に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項１９】
配列番号４に記載のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２０】
単離されたポリペプチドであって、（ａ）配列番号４のオルソログのアミノ酸配列；（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｃ）少なくとも約９アミノ酸残基を含む、配列番号４で記載されるアミノ酸配列の断片であって、ここで該断片は、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有するか、または抗原性である、断片；および（ｄ）配列番号４、（ａ）または（ｂ）で記載されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列からなる群から選択アミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２１】
単離されたポリペプチドであって、（ａ）少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有する、配列番号４で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｂ）少なくとも１つのアミノ酸挿入を有する、配列番号４で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｃ）少なくとも１つのアミノ酸欠失を有する、配列番号４で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；（ｄ）Ｃ−末端短縮および／またはＮ−末端短縮を有する、配列番号４で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列；および（ｅ）アミノ酸置換、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失、Ｃ−末端短縮、およびＮ−末端短縮からなる群から選択される、少なくとも１つの修飾を有する、配列番号４で記載されるアミノ酸配列であって、ここで該ポリペプチドは、配列番号４で記載されるポリペプチドの活性を有する、アミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２２】
請求項１４、１５、または１６のいずれかに核酸分子によってコードされる単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが配列番号４に記載されるポリペプチドの活性有する、単離されたポリペプチド。
【請求項２３】
請求項１９、２０または２１のいずれかに記載のポリペプチドに特異的に結合する、選択的結合剤またはその断片。
【請求項２４】
請求項２３に記載の選択的結合剤またはその断片であって、配列番号４に記載されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはその断片に特異的に結合する、選択的結合剤またはその断片。
【請求項２５】
抗体またはその断片である、請求項２３に記載の選択的結合剤。
【請求項２６】
異種のアミノ酸配列に融合した請求項１９、２０または２１のいずれかに記載のポリペプチドを含む、融合ポリペプチド。
【請求項２７】
ｒｅｓ０２発現が不可能である、細菌細胞。
【請求項２８】
ｉｎｖ１９発現が不可能である、細菌細胞。
【請求項２９】
ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される、特定の莢膜多糖を安定に発現する細菌細胞の集団。
【請求項３０】
前記特定の莢膜多糖がＰＳＡである、請求項２９に記載の細菌細胞の集団。
【請求項３１】
請求項２９または請求項３０に記載の細菌細胞の集団であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓである、細菌細胞の集団。
【請求項３２】
請求項２９または請求項３０に記載の細菌細胞の集団であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＮＣＴＣ９３４３である、細菌細胞の集団。
【請求項３３】
請求項２９または請求項３０に記載の細菌細胞の集団であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ４４である、細菌細胞の集団。
【請求項３４】
請求項２９または請求項３０に記載の細菌細胞の集団であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ２である、細菌細胞の集団。
【請求項３５】
ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される莢膜多糖を発現する細菌細胞であって、該莢膜多糖の発現を制御するプロモーターは、オンに固定されている、細菌細胞。
【請求項３６】
請求項３５に記載の細菌細胞であって、前記莢膜多糖が、ＰＳＡである、細菌細胞。
【請求項３７】
請求項３６に記載の細菌細胞であって、さらに、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される各および全ての莢膜多糖の発現を制御するプロモーターは、オフに固定されている、細菌細胞。
【請求項３８】
請求項３５に記載の細菌細胞であって、さらに、ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される莢膜多糖のいずれか１つまたは組み合せは、発現されない、細菌細胞。
【請求項３９】
請求項３５に記載の細菌細胞であって、さらに、ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される莢膜多糖のいずれか１つまたは組み合せの発現を制御するプロモーターは、オフに固定されている、細菌細胞。
【請求項４０】
請求項３５〜３９のいずれか一項に記載の細菌細胞であって、ｒｅｓ０２発現が、不可能である、細菌細胞。
【請求項４１】
請求項２７、２８または３５〜３９のいずれか一項に記載の細菌細胞であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓである、細菌細胞。
【請求項４２】
請求項２７、２８または３５〜３９のいずれか一項に記載の細菌細胞であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＮＣＴＣ９３４３である、細菌細胞。
【請求項４３】
請求項２７、３５または３６のいずれか一項に記載の細菌細胞であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ４４である、細菌細胞。
【請求項４４】
請求項２７、３５または３６のいずれか一項に記載の細菌細胞であって、該細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ２である、細菌細胞。
【請求項４５】
莢膜多糖生合成遺伝子の、相可変プロモーターをオンに固定する方法であって、以下：
細菌細胞においてｒｅｓ０２を不活性化して、莢膜多糖生合成遺伝子の相可変プロモーターをオンに固定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の方法であって、さらに、以下：
ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される少なくとも１つの莢膜多糖を発現する細菌細胞を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項４７】
請求項４５に記載の方法であって、さらに、以下：ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される１つの莢膜多糖のみを発現する細菌細胞を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法であって、前記１つの莢膜多糖がＰＳＡである、方法。
【請求項４９】
細菌細胞からＰＳＡを精製する方法であって、改良が、以下：
ＰＳＡのプロモーターがオンまたはオフに固定されるように該細菌細胞においてｒｅｓ０２を不活性化する工程；および
ＰＳＡを発現する細菌細胞を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項５０】
請求項４５〜４９のいずれか一項に記載の方法であって、前記細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓである、方法。
【請求項５１】
請求項４５〜４９のいずれか一項に記載の方法であって、前記細菌細胞が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＮＣＴＣ９３４３である、方法。
【請求項５２】
純粋な莢膜多糖を産生する方法であって、以下：
ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される、特定の莢膜多糖、または特定の莢膜多糖を含む、限られたセットの莢膜多糖のみを安定に発現する細菌細胞の集団を増殖させる工程；および
細菌細胞の集団から特定の莢膜多糖を単離して純粋な莢膜多糖を産生する工程、
を包含する、方法。
【請求項５３】
請求項５２に記載の方法であって、特定の莢膜多糖を除く、ＰＳＡ、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される、莢膜多糖のいずれか１つまたは組み合せの発現を制御するプロモーターは、オフに固定されている、方法。
【請求項５４】
請求項５２に記載の方法であって、前記特定莢膜多糖は、ＰＳＡである、方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法であって、ＰＳＢ、ＰＳＤ、ＰＳＥ、ＰＳＦ、ＰＳＧ、およびＰＳＨからなる群から選択される、各およびすべての莢膜多糖の発現を調節するプロモーターは、オフに固定されている、方法。
【請求項５６】
請求項５２〜５５のいずれか一項に記載の方法であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓである、方法。
【請求項５７】
請求項５２〜５５のいずれか一項に記載の方法であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＮＣＴＣ９３４３である、方法。
【請求項５８】
請求項５５に記載の方法であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ４４である、方法。
【請求項５９】
請求項５５に記載の方法であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ２である、方法。
【請求項６０】
炎症性腸疾患を処置または予防するための薬学的組成物であって、以下：
特定の莢膜多糖を安定に発現する、炎症性腸疾患を処置または予防するために有効な量の細菌細胞の集団、
を含有する、薬学的組成物。
【請求項６１】
請求項６０に記載の薬学的組成物であって、前記特定の莢膜多糖が、ＰＳＡである、薬学的組成物。
【請求項６２】
請求項６０に記載の薬学的組成物であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓである、薬学的組成物。
【請求項６３】
請求項６０に記載の薬学的組成物であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＮＣＴＣ９３４３である、薬学的組成物。
【請求項６４】
請求項６０に記載の薬学的組成物であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ４４である、薬学的組成物。
【請求項６５】
請求項６０に記載の薬学的組成物であって、前記細菌細胞の集団が、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ９３４３ｒｅｓ０２ｍｕｔ２である、薬学的組成物。