【手続補正書】
【提出日】平成17年12月8日(2005.12.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００３】
ＣＮＴＦ遺伝子は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）および他の同様の関連疾患の処置の希望でもある。ホモ接合性ｐｍｎ／ｐｍｎマウスでは、生後３週齢の終わりに明らかとなる、後肢の進行性ニューロパチーである疾患を生じる。全マウスが、生後６から７週で呼吸麻痺で死亡する。Sendtnerらは、ＣＮＴＦで該マウスを処置し、運動機能を十分に改善し、変性変化が既に存在する場合でさえ、神経変性の形態学的症状を軽減した。Sendtner et al., Nature 358 : 502-504, 1992を参照。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
ＣＮＴＦ遺伝子の多型
ＣＮＴＦ遺伝子の多型が同定された。ＣＮＴＦ遺伝子は１１ｑ１２．２に位置し、多型は、ＧＥＮＢＡＮＫ配列Ｘ５５８９０（バージョン１）の１０３Ｇ＞Ａである（ＰｕｂＭｅｄ：９２８５９６５参照）。スプライス受容部位の変異がｍＲＮＡの不正確なスプライスを引き起こし、これによりＣＮＴＦタンパク質の発現が消滅する。ヌクレオチドの変更はスプライス受容部位の位置−６でのＧからＡへの転位であり、アミノ酸３９からのフレームシフトを導き、２４アミノ酸下流に停止コドンを生じる。イレギュラーなｍＲＮＡは、６２アミノ酸長の切断タンパク質をコードすると予測された（ＦＳ６３  ＴＥＲ）。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本発明の別の態様は、ＣＮＴＦ遺伝子のポリペプチド発現産物を認識して結合可能な抗体、該抗体および該個体由来の体液試料を入れるのに適当な容器（ここで、もし存在すればＣＮＴＦポリペプチドと抗体が結合することができる）、ＣＮＴＦポリペプチドと該抗体の結合体を検出する手段、およびキットの使用説明書を含む、精神病性障害の患者の処置方針を決定する際に使用するキットである。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
本発明のさらなる態様は、ＣＮＴＦ遺伝子のｍＲＮＡ発現産物を認識して結合可能な抗体、該ポリヌクレオチドおよび該個体由来の体液試料を入れる容器（ここで、もし存在すればＣＮＴＦｍＲＮＡと該ポリヌクレオチドが結合することができる）、ＣＮＴＦｍＲＮＡと該ポリヌクレオチドの結合体を検出する手段、およびキットの使用説明書を含む、精神病性障害の患者の治療方針を決定する際に使用するキットである。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
別の態様において、本発明は、ＣＮＴＦ遺伝子のＤＮＡ配列のある部分を認識して結合できるポリヌクレオチド、該ポリヌクレオチドおよび該個体由来の体液試料を入れる容器（ここで、もし存在すればＣＮＴＦ  ＤＮＡ配列とポリヌクレオチドが結合することができる）、ＣＮＴＦ  ＤＮＡ配列と該ポリヌクレオチドの結合体を検出する手段、およびキットの使用説明書を含む、抗精神病性障害の患者の処置方針を決定する際に使用するキットを提供する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４５】
本発明のさらなる実施態様は、手段がＣＮＴＦポリペプチドを認識する抗体を含む、上記段落に記載のキットである。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５０】
図面の簡単な説明
図１は、実施例１で記載のＧＧ  ＴＯＴＰＡＮＳＳおよび非ＧＧ  ＴＯＴＰＡＮＳＳの平均パーセンテージの変化を示す。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５８】
当該技術分野の技術者は、本明細書で記載の特定の多型に加えて、該多型と連鎖不均衡である多型のいずれかが、同一の薬物または治療に対する応答性を示す代わりのマーカーとして働くこと、連鎖不均衡である一塩基多型も同様であることを容易に理解する。従って、本明細書に記載のＳＮＰと連鎖不均衡のＳＮＰのいずれかが用いられ、これが本発明に含まれることが意図される。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６１】
特に好ましい実施態様において、多型の検出は、いわゆるＩＮＶＡＤＥＲ［登録商標］技術（Third Wave Technologies Inc. Madison, WIS.から市販）により成し遂げられる。該アッセイでは、特異的な上流の「インベーダー（invader）」オリゴヌクレオチドおよび部分的に重なる下流プローブは、相補的なＤＮＡ鋳型に結合すると、特異的な構造物を形成する。該構造物は制限酵素に認識され、特異部位で切断され、そしてこれがプローブオリゴヌクレオチドの５’フラップの放出を引き起こす。該フラグメントは、反応混合物に含まれる２次標的および２次蛍光標識シグナルプローブの「インベーダー」オリゴヌクレオチドとして働く。これは、制限酵素による２次シグナルプローブの特異的切断を引き起こす。蛍光共鳴エネルギー転移が可能な色素分子で標識された該２次プローブが切断されると、蛍光シグナルが生じる。該切断は、重複するＤＮＡ配列またはフラップにより形成された構造物に関して、ストリンジェントさが要求されるため、下流ＤＮＡ鎖切断部位のすぐ上流の１塩基対ミスマッチを特異的に検出するために用いられる。Ryan D et al. Molecular Diagnosis Vol. 4 No 2 1999 : 135-144およびLyamichev et al. Nature Biotechnology Vol. 17 1999 : 292- 296、米国特許番号第５，８４６，７１７および６，００１，５６７号を参照されたい（この記載は、全体として引用により本明細書に取り込まれる）。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６７】
上記のオリゴヌクレオチド組成物およびキットは、個体のＣＮＴＦ遺伝子の遺伝子型同定および／またはハプロタイプ決定法で有用である。本明細書で用いる用語「ＣＮＴＦ遺伝子型」および「ＣＮＴＦハプロタイプ」は、本明細書で記載の１以上の新規多型部位に存在するヌクレオチド対あるいはヌクレオチドをそれぞれ含み、そして必要に応じてＣＮＴＦ遺伝子の１以上の追加多型部位に存在するヌクレオチド対またはヌクレオチドを含むこともできる、遺伝子型またはハプロタイプを意味する。該追加多型部位は現在、知られている多型部位または、後に発見される部位であり得る。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
さらに、本明細書に記載の新規多型部位のいずれかに存在する対立遺伝子の同一性が、興味ある多型部位と連鎖不均衡である、本明細書に記載されていない多型部位を遺伝子型同定することで、間接的に決定されてもよい。２つの部位は、一方の部位の特定の変異体の存在が、もう一方の部位の別の変異体の予測可能性を増す場合、連鎖不均衡であるとされる（Stevens, JC 1999, Mol Diag 4 : 309-317を参照）。現在明らかな多型部位と連鎖不均衡の多型部位は、本明細書で調べられていない遺伝子の領域、または別の遺伝子領域に位置している。本明細書に記載の新規多型部位と連鎖不均衡の多型部位の遺伝子型同定は、多型部位の対立遺伝子の同一性を検出する上記の方法のいずれか（これに限らない）で行われる。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８７】
好ましい実施態様において、統計解析は、遺伝子型フェノタイプ相関を何度もシュミレートして有意な値を計算する、ボンフェロニーの補正をしたバリエーションの標準的解析（ＡＮＯＶＡ）法および／またはブーストラッピング法を用いて行われる。多くの多型が解析される際に、因子の補正を行い、偶然に見つけられた有意な関連性について補正する。本発明の方法で使用する統計方法については、Statistical Methods in Biology, 3rd edition, Bailey NTJ, Cambridge Univ. Press (1997)；Introduction to Computational Biology, Waterman MS, CRC Press (2000)、およびBioinformatics, Baxevanis AD and Ouellette BFF editors (2001) John WILEY &AMP； Sons, Inc.を参照されたい。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０２】
コンピューターは、本発明の方法を行う際に関与する分析および数学的操作のいずれかまたは全てを実行する。さらに、該コンピューターは、ディスプレイ装置に表示される画面（またはスクリーン）を作るプログラムを実行し、そしてユーザーがこれを用いて、ＣＮＴＦ遺伝子、および染色体位置、遺伝子構造、および遺伝子ファミリーを含む遺伝子バリエーション、遺伝子発現データ、多型データ、遺伝子配列データ、集団データの臨床データ（例えば、１以上の集団についての民族起源、臨床上の応答、遺伝子型、およびハプロタイプ）と関連する大量の情報を解析する。本明細書に記載のＣＮＴＦ多型データは、関連するデータベース（例えば、オラクルのデータベース、または一連のＡＳＣＩＩフラットファイル）の一部として保存される。該多型データは、コンピューターのハード装置に保存されるか、または例えば、ＣＤ−ＲＯＭ、またはコンピューターでアクセス可能な１以上の別の記憶装置に保存される。例えば、データは、ネットワークを通じてコンピューターと通信する１以上のデータベースに保存されてもよい。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２１】
従って、該薬学的に許容される塩の例は、硫酸塩、ピロ硫酸塩、重硫酸塩、亜硫酸塩、重亜硫酸塩、リン酸塩、リン酸一水素塩、リン酸二水素塩、メタリン酸塩、ピロリン酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、酢酸塩、プロピオン酸塩、デカン酸塩、カプリル酸塩、アクリル酸塩、ギ酸塩、イソ酪酸塩、カプロン酸塩、ヘプタン酸塩、プロピオル酸塩、シュウ酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、スペリン酸塩、セバシン酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、ブチン−１，４−ジオエート、ヘキサン−１，６−ジオエート、安息香酸塩、クロロ安息香酸塩、メチル安息香酸塩、ジニトロ安息香酸塩、ヒドロキシ安息香酸塩、メトキシ安息香酸塩、フタル酸塩、スルフォン酸塩、キシレンスルフォン酸塩、フェニル酢酸塩、フェニルプロピオン酸塩、フェニル酪酸塩、クエン酸塩、乳酸塩、β−ヒドロキシ酪酸塩、グリコール酸塩、酒石酸塩、メタンスルホン酸塩、プロパンスルフォン酸塩、ナフタレン−１−スルフォン酸塩、ナフタレン−２−スルフォン酸塩、マンデル酸塩などである。好ましくは、薬学的に許容される塩は、塩酸、シュウ酸、またはフマル酸とで形成されたものである。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８９】
本発明ではまた生体試料（例えば、限定はされないが、血清、血漿、リンパ液、のう胞液、尿、糞便、脳脊髄液、腹水、または血液を含むいずれかの体液および生体組織の剖検サンプルを含む）中の本発明マーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の存在を検出するキットも包含する。例えば、該キットは生体試料中本発明のマーカーに対応するポリペプチドまたはポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出し得る標識化合物または作用物質、および該試料中のポリペプチドまたはｍＲＮＡの量を決定する手段（例えば、該ポリペプチドに結合する抗体または該ポリペプチドをコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）を含んでなる。キットはまたキットを使用して得られる結果の解釈についての指示書を含む。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９０】
抗体に基づくキットの場合、該キットは、例えば、１）本発明マーカーに対応するポリペプチドに結合する１次抗体（例えば、固体支持体に接着）；および選択肢として２）該ポリペプチドまたは１次抗体のいずれかに結合し、検出可能な標識に結合されている別の２次抗体；を含有してなる。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９２】
細胞への抗体導入
細胞へのタンパク質の特徴付けは様々な方法でなされる。抗体はいろいろな様式で、例えば、抗体のマイクロインジェクション（Morgan et al., 1988, Immunology Today 9:84-86）または所望の抗体をコードするｍＲＮＡによるハイブリドーマの形質転換（Burke et al., 1984, Cell 36:847-858）などにより、細胞中に導入することができる。さらなる技法において、組換え抗体を設計し、広範な非リンパ球細胞型中で異所性に発現させて、標的タンパク質に結合させること、また標的タンパク質の活性を遮断することができる（Biocca et al., 1995, Trends in Cell Biology 5:248-252）。該抗体の発現は、好ましくは、Ｔｅｔプロモーターなどの制御可能プロモーター、または構成的に活性なプロモーター（摂動を飽和させる産生用）の制御下にある。第一工程では標的タンパク質に適切な特異性をもつ特定のモノクローナル抗体を選択する（下記参照）。選択した抗体の可変領域をコードする配列は、様々に設計した抗体方式、例えば、全抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆｖフラグメント、１本鎖Ｆｖフラグメント（ペプチドリンカーにより結合させたＶＨとＶＬ領域）（「ＳｃＦｖ」フラグメント）、ジアボディ（diabodies）(異なる特異性をもつ２つ会合したＳｃＦｖフラグメント)などにクローン化することができる（Hayden et al., 1997, Current Opinion in Immunology 9:210-212）。細胞内に発現される様々な方式の抗体は種々の既知細胞内リーダー配列との融合体として発現し、細胞性区画（例えば、細胞質、核、ミトコンドリアなど）を標的とすることができる（Bradbury et al., 1995, Antibody Engineering (vol.2)(Borrebaeck ed.), pp.295-361, IRL Press）。特に、ＳcＦv方式が細胞質標的化にとりわけ適していると思われる。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１９】
本明細書で用いられる用語「抗精神病薬」は、精神病性障害の人の精神病の症状を減少または改善するために用いられる任意の薬物を意味し、以下の化合物を含むが、これらに限らない：アセトフェナジンマレイン酸塩；アレンテモール（Alentemol）臭化水素酸塩；アルペルチン（Alpertine）；アザペロン；バテラプシン（Batelapine）マレイン酸塩；ベンペリドール；ベンゾインドピリン（Benzindopyrine）塩酸塩；ブロフォキシン（Brofoxine）；ブロムペリドール；ブロムペリドールデカン酸塩；ブタクロモール塩酸塩；ブタペラジン（Butaperazine）；ブタペラジンマレイン酸塩；カルフェナジン（Carphenazine）マレイン酸塩；カルボトロリン（Carvotroline）塩酸塩；クロルプロマジン；クロルプロマジン塩酸塩；クロルプロチキセン；チンペレン（Chinperen）；チントリアミド（Chintriamide）；クロマクラン（Clomacran）リン酸塩；クロペンチキソール（Clopenthixol）；クロピモザイド（Clopimozide）；クロピパザン（Clopipazan）メシル酸塩；クロロペロン（Cloroperone）塩酸塩；クロチアピン；クロチキスアミド（Clothixamide）マレイン酸塩；クロザピン；シクロフェナジン（Cyclophenazine）塩酸塩；ドリペリドール；エタゾラート（Etazolate）塩酸塩；フェンイミド（Fenimide）；フルチンドール（Flucindole）；フルメザピン（Flumezapine）；フルフェナジンデカン酸塩；フルフェナジンエナント酸塩；フルフェナジン塩酸塩；フルスピペロン；フルスピリレン（Fluspirilene）；フルトロリン（Flutroline）；ゲボトロリン（Gevotroline）塩酸塩；ハリペミド（Halopemide）；ハロペリドール；ハロペリドールデカン酸塩；イロペリドン；イミドリン（Imidoline）塩酸塩；レンペロン（Lenperome）；マザペルチン（Mazapertine）コハク酸塩；メソリダジン；メソリダジンベシレート；メチアピン（Metiapine）；ミレンペロン（Milenperone）；ミルペルチン（Milipertine）；モリンドン塩酸塩；ナラノール（Naranol）塩酸塩；ネフルモジド（Neflumozide）塩酸塩；オカペリドン（Ocaperidon）；オランザピン；オキシペロミド（Oxiperomide）；ペンフリドール；ペンチアピン（Pentiapine）マレイン酸塩；ペルフェナジン；ピオジド；ピノキセピン（Pinoxepin）塩酸塩；ピパンペロン；ピペルアセタジン（Piperacetazine）；ピポチアジン（Pipotiazine）パルミチン酸塩；ピキンドン（Piquindone）塩酸塩；プロクロルペラジンエディシレート；プロクロルペラジンマレイン酸塩；プロマジン塩酸塩；クエチアピン；レモキシプリド；レモキシプリド塩酸塩；リスペリドン；リムカゾール塩酸塩；セペリドール（Seperidol）塩酸塩；セルチンドール；セトペロン（Setoperone）；スピペロン；チオリダジン；チオリダジン塩酸塩；チオチキセン；チオチキセン塩酸塩；チオペリドン塩酸塩；チオスプリオン（Tiosprione）塩酸塩；トリフロペラジン塩酸塩；トリフルペリドール；トリフルプロマジン；トリフルプロマジン塩酸塩；およびジプラシドン塩酸塩。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２０】
さらに、本明細書で用いる用語「抗精神病薬」は、これらに限られないが以下を含む、いわゆる「非定型抗精神病」薬を含む。
オランザピン、２−メチル−４−（４−メチル−１−ピペラジニル）１０Ｈ−チエノ［２，３ｂ］［１，５］ベンソジアエピンは既知の化合物であり、統合失調症、統合失調症様障害、急性躁病、軽い不安神経症、および精神病の処置で有用であるとして米国特許番号第５，２２９，３８２号で記載されている。米国特許番号第５，２２９，３８２号は全体として、引用により本明細書に取り込まれる。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３８】
「多型データ」−次の特定遺伝子についての１以上に関する情報：多型部位の位置；該部位の配列バリエーション；１以上の集団の多型頻度；遺伝子について測定された異なる遺伝子型および／またはハプロタイプ；形質と遺伝子の遺伝子型またはハプロタイプとのいずれかの既知の関連。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５８】
「位相」−遺伝子座の２以上の多型部位についてのヌクレオチド対の配列に適用された場合、位相は、１コピーの遺伝子座の多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが既知であることを意味する。
「逆位相」−遺伝子座の２以上の多型部位についてのヌクレオチド対の配列に適用され、逆位相は、１コピーの遺伝子座の多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが既知でないことを意味する。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６４】
【図１】図１は、実施例１で記載のＧＧ  ＴＯＴＰＡＮＳＳおよび非ＧＧ  ＴＯＴＰＡＮＳＳの平均パーセンテージの変化を示す。