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　特願２００２−５７８４６８「慢性関節リウマチに関与するゲノムＤＮＡ、その診断方法、その発症可能性の判定方法およびそれらの検出用の診断キット」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年１０月１０日国際公開、ＷＯ０２／７９４６６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　
　本願は, 特許法第４１条に基づく優先権主張を伴う平成１４年３月２９日（優先日　平成１３年３月３０日, 特願２００１−１０２００６号）を国際出願日とする国際出願であって, その請求項１に係る発明（以下, 「本願発明１」という。）は, 平成２０年２月４日付手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて, 以下のとおりのものと認める。
　
「【請求項１】
配列番号1の塩基配列からなるゲノムDNAにおいて, 下記の変異：
(1)位置1987の塩基がシトシン(c)からチミン(t)へ置換；
(2)位置3664の塩基がチミン(t)からグアニン(g)への置換；および
(3)位置3769の塩基がアデニン(a)からシトシン(c)への置換
の1以上を有することを特徴とする慢性関節リウマチに関与するゲノムDNA。」
　
２．引用例
　
　これに対して, 原査定の拒絶の理由に刊行物３として引用された本願優先日前の２００１年２月に頒布された刊行物である分子細胞治療, 第２巻第２号, 第１８１−１８９頁（以下, 「引用例１」という。）には, 「ゲノム解析　ＶＩＩＩ　慢性関節リウマチと疾患遺伝子」と題して以下の事項が記載されている。
　
(１)「自己免疫疾患の一つ慢性関節リウマチ（RA）の遺伝素因について, マイクロサテライトマーカーをもちいた家系解析によって, 疾患感受性遺伝子座を第１染色体D１S２１４/D１S２５３, 第８染色体D８S５５６, X染色体DXS１２３２/DXS９８４の３カ所に同定した。」（第１８１ページPOINT欄第１〜５行）
　
(２)「３）RAの疾患遺伝子：Dblプロトオンコジーン・・・X染色体にある疾患遺伝子RA3として, DXS１２３２から０．１ｃＭ近傍のDXS９８４に位置するDblプロトオンコジーンに変異を見出した。RAではDbl遺伝子の３’端近くの塩基番号２６９７〜２９１９番目までの２２３塩基が欠失しており, この欠失は第２３と第２４のエクソンスキッピングの結果であり, このため転写の読み枠にフレームシフトが生じて, もとのDblより６５アミノ酸短い異常ポリペプチド鎖が生成される（図（８））。」（第１８８頁右欄下から第５行〜第１８９ページ左欄第５行）（なお, 引用例１原文においては「（８）」は丸付き数字の８で記載されている。）
　
(３)「DblプロトオンコジーンはGEF（GTP exchange factor)活性を有し, rho蛋白を細胞膜から細胞内の標的蛋白へ移送するシャトル機能をになうほか, RAc, cdc42およびrhoの上流に位置してこれらの活性化を司る。RAc, cdc42およびrhoは生理的に好中球など食細胞の膜の動き, 貪食, 移動などを支配し, また, RAcは活性酸素生成にかかわるNADPHオキシダーゼの構成成分である。このことから, Dblは食細胞の動きや貪食に関係し, 活性酸素生成の鍵を握ると推定される。またDblのC端は・・・この部分でrhoなどG蛋白の脂質基を抱きこみこれを膜から解離させて標的蛋白へと移送すると考えられる。したがってC端を欠くRA3遺伝子は, rhoなどG蛋白の移送およびRAcやcdc42の活性化を阻害して, 好中球機能や食細胞の抗原提示能を障害して, 炎症を遷延化させる可能性が考えられる。事実Dbl変異のある患者のほぼ全例において活性酸素生成能が有意に低下していることが・・・見出された。このように特定の部位にエクソンスキッピングの起きる原因として, 一つには近傍のイントロンにSNPなどの塩基置換のあることが知られている。そこでこれを検索してみると, 第２２と第２３エクソンにはさまれたイントロンに５’-TTACAGT-３’から５’-TTATAGT-３’の一塩基置換のある例が見出された。この変異のために実際にエクソンスキッピングの生じることは, 実験的にエクソントラッピング法により確認された。」（第１８９頁左欄第６行〜下から第１行）
　
　これらのことから, 引用例１には, 慢性関節リウマチに関与する遺伝子であるDblプロトオンコジーンが同定されたこと, RAではDbl遺伝子の３’端近くの塩基番号２６９７〜２９１９番目までの２２３塩基が欠失していること, この欠失は第２３と第２４のエクソンスキッピングの結果であること, 特定の部位にエクソンスキッピングの起きる原因として, 一つには近傍のイントロンにSNPなどの塩基置換のあることが知られていることから, 近傍のイントロンを検索したところ, 第２２と第２３エクソンにはさまれたイントロンに一塩基置換が見出され, この変異のために実際にエクソンスキッピングが生じることが確認されたこと, が記載されているものと認める。
　
３．対比・判断
　
（１）対比
　
　本願明細書には, 「配列番号１は, Dbl遺伝子のゲノムDNAを含むＸ染色体ｑ２５−２６．３領域のヒトゲノムとしてジーンバンクに登録されている配列（ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＡＬ０３３４０３）の位置５５，８２３〜５９，６９６の配列に相当する。なお, このジーンバンクに登録されている配列は, その相補鎖が＋ストランドであり, 位置１１５，８３７から５’方向に翻訳され, ＧｅｎＢａｎｋ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．Ｘ１２５５６のｍＲＮＡを転写する。」と記載されているので（本願に対応する国際公開第２００２／０７９４６６号の第４ページ第６〜１０行）, 配列番号１の塩基配列からなるゲノムDNAはDbl遺伝子のゲノムDNAの一部分であると認める。
　ここで, 本願発明１と引用例１に記載された事項を比較すると, 両者は, 慢性関節リウマチに関与するDNAである点で共通し, 以下の点で相違する。
　
(ア)DNAについて, 本願発明１のDNAは, 配列番号１の塩基配列, すなわち, イントロン２４−エクソン２４−イントロン２３の塩基配列をもとに特定したゲノムDNAであるのに対し, 引用例１には配列番号１のゲノム配列の記載はない点。
　
(イ)DNAが有する塩基の変異について, 本願発明１のDNAは, (1)から(3)の変異の１以上を有するのに対し, 引用例１には上記変異は具体的に記載されていない点。
　
（２）当審の判断
　
　上記相違点について検討する。
　
　(ア)について, 配列番号１からなるDNAについては, 本願明細書においても特にそのようなDNAを製造したことは記載されておらず, 配列番号１は, 単に変異の位置を特定するための基準となる配列に過ぎないので, その配列番号１自体には特段の意味はない。
　したがって, このような配列番号１を用いた特定をしたからといって, ゲノムDNAとして実質的な相違が生じるということはできない。
　また, 仮に実質的相違が生じるとした場合であっても, 本願明細書において引用している国際公開第００／５６８８８号やGenBank accession No.AL033403, GenBank accession No.X12556に記載されたように, 本願優先日前にDblのゲノムDNA配列, エクソン, イントロンの構造は公知であったから, 引用例１の記載をもとに, スキッピングの起きるエクソン近傍のイントロンにおいて塩基置換を検索する目的で, 該当部分のイントロン, すなわち, 第２３及び第２４イントロンを含むゲノムDNAを調製することは当業者が容易に想到し得たことであり, 配列番号１に記載された3874塩基からなるイントロン２４−エクソン２４−イントロン２３に相当する特定の部位を切り出し, 発見した変異をそれを含む領域である配列番号１を基準として特定し, 配列番号１において該変異を有するゲノムDNAとして特定することは当業者であれば容易に行い得たことである。
　
　(イ)について, RAの原因となるDbl遺伝子の変異を探索することは周知の課題であった（引用例１の他に, 例えば, 細胞,1999, 第31巻第10号, 第384-389頁, 及び, Rev. Immunogenet.,2000,Vol.2, No.1, p.133-139など参照。）。
　また, 一般に, イントロン部分も含め一塩基置換が疾患の原因となる場合があることも周知であり, 健常者と患者の遺伝子の配列を比較して変異を検出し, 変異と疾患との関係を調べる手法も周知技術である。
　よって, 上記のようにRAの原因となることが知られているDbl遺伝子において, 健常者と患者の遺伝子の配列を比較して一塩基置換の存在を調査することは当業者が容易に想到し得たことである。
　しかも, 引用例１の「エクソンスキッピングの起きる一因として近傍のイントロンにSNPなどの塩基置換のあることが知られている」との記載から, 本願において対象としているDbl遺伝子のイントロン２４, ２３を対象として変異の有無を調査することは当業者が容易に想到し得たことであり, 本願発明１に係る変異は, このように当業者が容易に想到し得る探索の結果得られたものに過ぎない。
　
　そして, 本願発明１の効果は, (1)から(3)の変異のうちの１個の変異の有無を調べた場合にもRAの診断や発症可能性を判定できることにあると考えられるので, 本願発明１の効果が顕著であるというためには，これらの変異のいずれを用いた場合であっても，従来技術からは予期できない顕著な効果が奏される必要があるが, 本願明細書には, (1)から(3)の変異のうちの１個の変異の有無を調べることのみで, 実際にRAであることの診断や発症可能性を判定できたことは示されていない。
　よって, 本願発明１が周知技術から予測できない有利な効果を有するとは認められない。
　
４．審判請求人の主張について
　
　請求人は平成２０年９月２５日付の審判請求書の手続補正書において, 以下の主張をしている。
　
(１)「Dbl遺伝子は, 本出願時点においてRAに関連する遺伝子変異の実体が既に知られていたのであります。このような状況において, さらに別の変異（SNP）がRAとの関係において存在するか否かを解析することまでが周知慣用の手段であったと断言することはできないのであります。むしろ, RAに関連するDbl遺伝子の変異を解析することは引用文献３−５によって解決された課題でありました。極論すれば, 引用文献３−５の記載は, 本願発明を着想するうえでの阻害要因となりこそすれ, 決して本願発明の動機となるようなものではありません。」
　
(２)「明細書には各SNPの出現頻度について健常者とRA患者の間でχ2検定を行ったところ, 請求項１（２）に記載した３つのSNPの出現頻度が統計的に有意であることが明記されております。またこの試験は「RA患者２名, 健常者１名を１家系とした３０家系９０名を対象」として実施されたものであり, まさに広範囲でRAの診断を行ったに等しいものであります。そしてこのような広範囲な試験によって統計的な有意差が示されている以上, 当該３つのSNPの検出によってRAの発症可能性が判定可能であることは明らかであります。」
　
　(１)について検討すると, そもそも,ヒトのSNPのデータベースも作成されており, 当業者であれば新たなSNPを探索しようと思うものであるから, 新たなSNPを見出すことに阻害要因はない。また, 疾患の原因となる変異が１種類に限られているという技術常識は存在しないから, 各引用文献の記載が本願発明１を着想する上での阻害要因となるとはいえない。そして, ３．（２）（イ）に記載したように, Dbl遺伝子の変異を解析することは周知の課題であるから, 請求人の主張は採用できない。
　
　(２)について検討すると, 本願明細書の実施例１には「統計処理として百分率によるχ2検定により有意差検定を行った。・・・χ2検定を行ったところ, ・・・３カ所についてRA患者と健常者との間で頻度に有意差を認めた（ｐ＜０．０５）。」と記載されている。
　
　ここで, 本願の出願後に頒布された文献ではあるが以下の記載がある。
　
（ア）「しかし，複数の遺伝子座や複数のSNPなどを検定する場合には，多重検定の問題が生じる。多重検定の問題とは，検定を繰り返すことで，偽陽性（第１種の過誤）が起こる確率が高まることをいう。例えば，有意水準０．０２５で片側検定を４０回行えば（各２個の対立遺伝子をもつ２０個の遺伝子座を検定すれば），そのうち１回ぐらいは偽陽性が起こってしまう。このような事態を防ぐためには，有意水準ａを０．０５よりも厳しく設定する必要がある。独立なｘ回の両側検定を行う研究であれば（各２個の対立遺伝子を持つｘ個の遺伝子座を検定すれば），ａ＝０．０５／２ｘを有意水準として採用し，偽陽性が起こる確率を０．０５以内におさえるのが一般的である。」（鎌谷直之「ポストゲノム時代の遺伝統計学」羊土社，２００２．３．１０，第２２８頁第３〜１２行）
　
（イ）「また有意水準ｐ＜０．０５では２０個調べたら1個はエラーであるので, 関連があるといってもエラーを検出しているだけのことが多い。・・・かりに全遺伝子３０，０００個調べても５%エラーにおさえるために, 有意水準をｐ＜１０−６（５％／３０，０００）くらいとするのが近年の傾向である（Bonferroniの補正）。」（実験医学Ｖｏｌ．２４ Ｎｏ．１０（増刊）２００６　ｐ．１８５左欄第９行〜右欄第５行）　
　
（ウ）「SNPごとに疾患との関連性を検定するというように, 検定を何回も繰り返す場合, 有意水準を厳しく設定しないと偽陽性が出現する確率が高まることが問題とされている。・・・したがって, 仮にゲノム全域で２０万SNPを検索すると, １万個もの偽陽性SNPが生じうる。この場合, 一般に, 有意水準を０．０５／２００，０００＝２．５×１０−７に設定することにより, 偽陽性SNPが出現する確率を０．０５以内に抑える手法がとられる。」（実験医学 Ｖｏｌ．２３ Ｎｏ．４（増刊）２００５ ｐ．６１右欄下から第１行〜ｐ．６２左欄第１２行）
　
　（ア）〜（ウ）の記載からも明らかなように，個別の変異と疾患との関係が有意（例えばｐ＜０．０５）であるとしても，多数の変異について, その疾患との関係が有意であるとはいえず，１５か所の変異とRAとの関係を解析している本願明細書の記載によれば, 有意水準を少なくとも０．０５／１５＝０．００３３とするなど, 有意水準をさらに小さい数値に補正する必要があると認められる。
　
　さらに, RAは有病率が約１％であることが本願優先日前に知られていたが（必要ならば国際公開第００／５６８８８号参照）, Bayesの定理によれば, 陽性予測値は有病率（事前確率）に大きく影響されるものであり, 有病率が低い疾患では陽性予測値は高くなく, たとえ陽性だからといって疾患とは言い切れないことになるが,本願において, 表１のRA患者と健常者における変異保有者数と非保有者数（ｎ−変異保有者数）の数から計算すると, たとえば本願発明１の(1)の変異の陽性予測値は｛１＋（１−０．０１）／０．０１×（１−１８／２４）／２０／５４｝−１＝０．０１５であり（必要ならば出願後に頒布された文献ではあるがTenri Medical Bulletin,2003,Vol.6,No.1,
p.1-26のうち特にp.4-6参照。）, 該変異が存在するからといってRAである確率は低く, RAの発症可能性が判定可能とはいえない。
　
　そして, 請求人は, RA患者２名, 健常者１名を１家系とした３０家系９０名を対象として実施された試験が広範囲でRAの診断を行ったに等しいものであり, このような広範囲な試験によって統計的な有意差が示されている以上, 当該３つのSNPの検出によってRAの発症可能性が判定可能であることは明らかであると主張しているが, RA患者６０名, 健常者３０名の合計９０名程度の母集団が十分なサンプル数であるという具体的な根拠はない。
　また, 調査しているのは, 多発家系RA患者のみであり, 孤発RA患者についてのデータはないので, この点からもサンプル数が十分であるとはいえない。
　
　これらのことから, 本願発明１の(1)から(3)の変異は，いずれも単にRAに関連する変異の候補であるに過ぎず，真にRAに関与する変異であるか否かを決定するためにはさらなる大規模症例・対照比較研究が必要であるというべきである。
　
　以上の通りであるから, 請求人の(１)及び(２)の主張はいずれも採用することができない。
　
５．結論
　
　したがって, 本願発明１は, 当業者が引用例１の記載及び周知技術に基づいて容易に発明をすることができたものである。 
　
６．むすび
　
　したがって, 本願の請求項１に係る発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本願は拒絶をすべきものである。
　
　よって, 結論の通り審決する。