【手続補正書】
【提出日】平成17年9月28日(2005.9.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象由来の組織試料のメチル化比（ここでメチル化比とは、参照遺伝子内のある領域のメチル化のレベルに対するグルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GSTP1）のプロモーター領域のメチル化のレベルである）を決定することを含む、前立腺新形成を検出するための方法であって、正常対象由来の組織におけるメチル化比より高いメチル化比が対象における前立腺癌の指標となる、方法。
【請求項２】
試料が生物学的液体である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
試料が血清、血漿、精液、又は尿である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
試料が前立腺組織試料である、請求項1記載の方法。
【請求項５】
メチル化のレベルがリアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を使用することにより決定される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
メチル化のレベルがリアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を使用することにより決定され、かつPCRにおいて使用される少なくとも1個のプライマーが非メチル化核酸とメチル化核酸とを区別することができる；又は
PCRにおいて使用される両方のプライマーが非メチル化核酸とメチル化核酸とを区別することができる；又は
PCRにおいて使用されるプローブが非メチル化核酸とメチル化核酸とを区別することができる；又は
PCRにおいて使用される両方のプライマー及びプローブが非メチル化核酸とメチル化核酸とを区別することができる、請求項1記載の方法。
【請求項７】
参照遺伝子がMYOD又はACTBである、請求項1記載の方法。
【請求項８】
参照遺伝子内の領域のレベルがリアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を使用することにより決定される、請求項1記載の方法。
【請求項９】
参照遺伝子内の領域のレベルがリアルタイム・ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を使用することにより決定され、その領域が第一及び第二のプライマー結合部位並びにプローブ結合部位を含有しており、かつ第一及び第二のプライマー結合部位並びにプローブ結合部位がCpGジヌクレオチドを欠いている、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
参照遺伝子内の領域がCpGジヌクレオチドを欠いている、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
3より大きいメチル化比×1000が対象における前立腺癌の指標となる；又は
5より大きいメチル化比×1000が対象における前立腺癌の指標となる；又は
10より大きいメチル化比×1000が対象における前立腺癌の指標となる、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
試料の組織学的解析を実施することをさらに含む請求項1記載の方法において、試料が前立腺組織試料である方法。
【請求項１３】
組織学的解析により示される陰性の診断及び5より大きいメチル化比が対象における前立腺癌の指標となる；又は
組織学的解析により示される陰性の診断及び10より大きいメチル化比が対象における前立腺癌の指標となる、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
試料が前立腺組織試料であり、かつ対象が試料の組織学的解析により示されるような前立腺癌の陰性の診断を有する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
5より大きいメチル化比が対象における前立腺癌の指標となる；又は
10より大きいメチル化比が対象における前立腺癌の指標となる、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
対象のPSAレベルを測定することをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
対象が正常PSAレベルを有する、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
対象が正常PSAレベルより高いPSAレベルを有する、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
対象由来の体液の試料におけるグルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GSTP1）のプロモーター領域のメチル化レベルを決定することを含む、前立腺癌を検出するための方法であって、メチル化レベルが通常のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）又はリアルタイムPCRを使用して決定され、正常対象におけるメチル化レベルより高いメチル化レベルが対象における前立腺癌の指標となる方法。
【請求項２０】
グルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GSTP1）のプロモーター領域の増幅のためのプライマー対を含有している第一の容器と、
参照遺伝子内のある領域の増幅のためのプライマー対を含有している第二の容器と、
第一及び第二のオリゴヌクレオチド・プローブを含有している第三の容器とを含む、前立腺癌の検出に有用なキットであって、
該第一のオリゴヌクレオチド・プローブはGSTP1のプロモーター領域の増幅に特異的であり、該第二のオリゴヌクレオチド・プローブは参照遺伝子内の領域の増幅に特異的であり、
GSTP1のプロモーター領域の増幅のための少なくとも1個のプライマー又は1個のオリゴヌクレオチド・プローブはメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができるキット。
【請求項２１】
変換された核酸を作製するための非メチル化シトシンを修飾する修飾剤を含有している第四の容器をさらに含む、請求項20記載のキット。
【請求項２２】
前立腺癌の指標となるメチル化比を開示している説明書をさらに含む、請求項20記載のキット。
【請求項２３】
5より大きいメチル化比が前立腺癌の指標となることを開示している説明書をさらに含む、請求項22記載のキット。
【請求項２４】
10より大きいメチル化比が前立腺癌の指標となることを開示している説明書をさらに含む、請求項22記載のキット。
【請求項２５】
50より大きいメチル化比が前立腺癌の指標となることを開示している説明書をさらに含む、請求項22記載のキット。
【請求項２６】
参照遺伝子がMYOD又はACTBである、請求項20記載のキット。
【請求項２７】
参照遺伝子の領域がCpGジヌクレオチドを欠いている、請求項20記載のキット。
【請求項２８】
参照遺伝子の領域が第一及び第二のプライマー結合部位並びにオリゴヌクレオチド結合部位を含有しており、かつ第一及び第二のプライマー結合部位並びにオリゴヌクレオチド結合部位がCpGジヌクレオチドを欠いている、請求項20記載のキット。
【請求項２９】
GSTP1のプロモーター領域の増幅のためのプライマーがメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができる、請求項20記載のキット。
【請求項３０】
第一のオリゴヌクレオチド・プローブがメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができる、請求項20記載のキット。
【請求項３１】
キットが対象由来の前立腺組織試料における前立腺癌の検出に有用であることを開示している説明書をさらに含む、請求項20記載のキット。
【請求項３２】
PSAのためのプローブをさらに含む、請求項20記載のキット。
【請求項３３】
前立腺癌の検出に有用なキットであって、
グルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GSTP1）のプロモーター領域の増幅のためのプライマー対（ここでプライマーはメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができる）を含有している第一の容器と、
キットが対象由来の体液試料における前立腺癌の検出に有用であること、及び正常対象におけるGSTP1のプロモーター領域のメチル化レベルより高い、第一の容器内のプライマーを使用した通常のポリメラーゼ連鎖反応により決定されるようなGSTP1のプロモーター領域のメチル化レベルが、40％以上の感受性で、対象における前立腺癌の指標となることを開示している説明書とを含む、キット。
【請求項３４】
感受性が50％以上である、請求項33記載のキット。
【請求項３５】
体液が血清、血漿、精液、又は尿である、請求項33記載のキット。
【請求項３６】
少なくとも1個の特異的オリゴヌクレオチド・プローブの存在下でオリゴヌクレオチド・プライマーにより対象由来の生物学的試料の中のグルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GSTP1）のプロモーター領域を増幅することと（ここでプロモーター領域は、変換された核酸を作製するための非メチル化シトシンを修飾する薬剤により修飾されており、かつ少なくとも1個のオリゴヌクレオチド・プライマー又は特異的オリゴヌクレオチド・プローブは非メチル化核酸とメチル化核酸とを区別することができる）、
増幅により媒介された特異的オリゴヌクレオチド・プローブの置換に基づき、プロモーター領域の増幅レベルを決定することにより、プロモーター領域のメチル化レベルを決定することとを含む、前立腺癌を検出するための方法であって、
正常対象におけるメチル化レベルより高いメチル化レベルが対象における前立腺癌の指標となる方法。
【請求項３７】
生物学的試料が前立腺組織試料、血清、血漿、精液、又は尿である、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
増幅段階がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）である、請求項36記載の方法。
【請求項３９】
薬剤が亜硫酸水素塩である、請求項36記載の方法。
【請求項４０】
少なくとも2個のオリゴヌクレオチド・プライマーがメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができる、請求項36記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも1個の特異的オリゴヌクレオチド・プローブがメチル化核酸と非メチル化核酸とを区別することができる、請求項36記載の方法。
【請求項４２】
特異的オリゴヌクレオチド・プローブが少なくとも1個の蛍光標識部分をさらに含む、請求項36記載の方法。