【手続補正書】
【提出日】平成17年9月27日(2005.9.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒストン脱アセチル化酵素活性を有する単離ポリペプチドであって、
(a)     配列番号2（図2）に示されたアミノ酸配列を有する全長ポリペプチドと少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号2（図2）のポリペプチドのアミノ酸1009と1069の間に示すアミノ酸配列のすべてまたは一部を含み、
(b)     配列番号2（図2）に示された全長配列から由来する200より多いアミノ酸を含み、ストリンジェントな条件下で配列番号１（図2）のヌクレオチド配列またはその相補配列とハイブリダイズすることができる核酸配列によってコードされ、核酸配列が、ストリンジェントな条件下で配列番号2（図2）のポリペプチドのアミノ酸1009から1069をコードする核酸配列またはその相補配列とハイブリダイズすることができる部分を含む単離ポリペプチド。
【請求項２】
配列番号2（図2）のポリペプチドのアミノ酸配列を有する請求項１に記載の単離ポリペプチド。
【請求項３】
配列番号2（図2）のポリペプチドと少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号2（図2）のポリペプチドのアミノ酸1009と1069の間に示すアミノ酸配列のすべてまたは一部を含む請求項２に記載の単離ポリペプチド。
【請求項４】
請求項１から３のいずれか一項に記載のポリペプチドの変異体、断片または活性部分である単離ポリペプチドであって、前記変異体、断片または活性部分がヒストン脱アセチル化酵素活性を有し、配列番号2（図2）に示された全長配列から由来する200より多いアミノ酸と、配列番号2（図2）のポリペプチドのアミノ酸1009と1069の間に示すアミノ酸配列のすべてまたは一部を含む単離ポリペプチド。
【請求項５】
図2に示すエキソンのうちの1つまたは複数が欠失した変異体である請求項４に記載の単離ポリペプチド。
【請求項６】
エキソン7、エキソン12および/またはエキソン15が欠失した請求項５に記載の単離ポリペプチドの変異体。
【請求項７】
結合パートナーに結合した請求項１から６のいずれか一項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項８】
結合パートナーが、エフェクター分子、標識、薬剤、毒素、または担体もしくは輸送分子である請求項７に記載の単離ポリペプチド。
【請求項９】
請求項１から８のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードする単離核酸分子。
【請求項１０】
配列番号1（図2）に示す配列を有し、ヒストン脱アセチル化酵素活性を有するポリペプチドをコードする単離核酸分子。
【請求項１１】
機能できる形で制御配列に結合して、その発現を導く請求項９または１０に記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項１２】
請求項１１に記載の発現ベクターで形質転換した宿主細胞。
【請求項１３】
請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素ポリペプチドを生成する方法であって、請求項１２に記載の宿主細胞を培養すること、および生成されたポリペプチドを単離することを含む方法。
【請求項１４】
請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9ポリペプチドを含む組成物。
【請求項１５】
請求項９または１０に記載の核酸分子を含む組成物。
【請求項１６】
(a)ヒストン脱アセチル化酵素9生物活性を有する、または
(b)ヒストン脱アセチル化酵素9ポリペプチドに結合する、または
(c)ヒストン脱アセチル化酵素9ポリペプチドの生物活性を阻害する候補化合物をスクリーニングするための、請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9(HDAC9)ポリペプチドまたは前記ポリペプチドをコードする核酸分子の使用。
【請求項１７】
HDAC9ポリペプチドの生物活性がヒストン脱アセチル化酵素としての活性である請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9ポリペプチド(HDAC9)の活性を調節することができる化合物を同定する方法であって、
(a)少なくとも1つの候補化合物を、HDAC9ポリペプチドと、候補化合物とHDAC9ポリペプチドとが相互作用できる条件下で接触させること、
(b)HDAC9活性のアッセイにおいて、候補化合物が活性を調節するかどうかを決定すること、および
(c)HDAC9ポリペプチドの活性を調節する候補化合物を選択することを含む方法。
【請求項１９】
調節することが、候補化合物がHDAC9ポリペプチドに結合することである請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
調節することが、候補化合物がHDAC9ポリペプチドの活性を阻害することである請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
活性がヒストン脱アセチル化酵素活性である請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
候補化合物の存在下または不在下で、HDAC9ポリペプチドをヒストン基質と接触させること、およびHDAC9ポリペプチドとの反応後に存在するアセチル化ヒストン基質および脱アセチル化ヒストン基質の量を決定することを含む請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ヒストン基質が、ヒストン3またはヒストン4である請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
アセチル化ヒストン基質および脱アセチル化ヒストン基質の量を、アセチル化ヒストン基質または脱アセチル化ヒストン基質に特異的に結合することができる抗体を使用して決定する請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
ヒストン基質がHDAC9によって基質から放出されうる標識を有しており、HDAC9ポリペプチドの作用により基質から放出される標識の量を測定することによって、アセチル化ヒストン基質および脱アセチル化ヒストン基質の量を決定する請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２６】
標識が、放射性標識または蛍光標識である請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9(HDAC9)ポリペプチドを阻害することができる化合物を同定する方法であって、
(a)少なくとも1つの候補化合物を、HDAC9ポリペプチドと、HDAC9の基質の存在下、候補化合物とHDAC9ポリペプチドとHDAC9基質とが相互作用できる条件下で接触させること、
(b)候補化合物が、基質との反応において、HDAC9ポリペプチドの活性を阻害するかどうかを決定すること、および
(c)基質に対するHDAC9ポリペプチドの活性を阻害する候補化合物を選択することを含む方法。
【請求項２８】
(a)核酸結合ドメインに融合したHDAC9ポリペプチドを生成することができる細胞、および
(b)(i)核酸結合ドメインにより結合してプロモーターを活性化することができる核酸配列を有するプロモーターと、
(ii)プロモーターの転写制御下にあるレポーターとを含むレポーター構築体を含む細胞ベースのレポーターアッセイを使用する請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
活性なHDAC9ポリペプチドが存在すると、レポーターの核酸結合ドメインに結合した核ヒストンの脱アセチル化およびプロモーター活性のダウンレギュレーションが引き起こされる請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
HDAC9活性を阻害し、プロモーターのダウンレギュレーションに対抗する候補化合物を同定するために使用される請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
核酸結合ドメインがGAL4ドメインであり、HDAC9-GAL4タンパク質は、プロモーターのGAL4核酸結合部位と相互作用して、HDAC9ポリペプチド活性によって、DNAの周囲のGAL4結合部位と結合した核ヒストンの脱アセチル化が生じることにより、プロモーター活性のダウンレギュレーションを引き起こすことができる請求項２８から３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
請求項１８から３１のいずれか一項に記載の方法によって候補化合物を同定した後、化合物を製造および/または組成物に配合するステップを含む方法。
【請求項３３】
請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9(HDAC9)ポリペプチドに特異的に結合することできる抗体であって、図2に示すアミノ酸配列のアミノ酸1009と1069の間に位置するまたは部分的に位置するエピトープに結合する抗体。
【請求項３４】
HDAC9ポリペプチドまたはそのアイソフォームの存在を検出および定量するためのアッセイにおける請求項３３に記載の抗体の使用。
【請求項３５】
HDAC9ポリペプチドを精製するための請求項３３に記載の抗体の使用。
【請求項３６】
HDAC9ポリペプチド阻害剤としての請求項３４に記載の抗体の使用。
【請求項３７】
癌の診断または予後診断の方法であって、試料中の、請求項１から８のいずれか一項に記載のヒストン脱アセチル化酵素9(HDAC9)ポリペプチドもしくはそのアイソフォーム、またはHDAC9ポリペプチドをコードする核酸の存在または量を決定することを含む方法。
【請求項３８】
癌が白血病である請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
白血病が、TEL-AML1陽性および陰性の前B細胞型急性リンパ芽球性白血病またはB細胞リンパ腫である請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
(a)結合アッセイでHDAC9ポリペプチドの活性または存在を測定することによって、試料中のHDAC9ポリペプチドの存在または量を決定すること、または
(b)HDAC9核酸とハイブリダイズすることができるプローブを使用して、HDAC9核酸の存在を決定すること、
(c)HDAC9核酸に基づく1つまたは複数のプライマーを含むPCRを使用して、試料中にHDAC9転写産物が存在するかどうかを決定することを含む請求項３７から３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
(a)患者から得られた試料を、HDAC9ポリペプチドまたはHDAC9核酸に特異的な結合部位を有する結合剤を固定した固体支持体と接触させるステップ、
(b)固体支持体を、非占領結合部位、結合HDAC9ポリペプチドもしくは核酸または占領結合部位に結合することができる標識した展開剤と接触させるステップ、および
(c)ステップ(b)において特異的に結合する展開剤の標識を検出して、試料中のHDAC9ポリペプチドまたは核酸の存在または量を表す値を得るステップを含む請求項３７から４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
TEL-AML1陽性および陰性の前B細胞型急性リンパ芽球性白血病またはB細胞リンパ腫の治療のための薬剤を調製するためのヒストン脱アセチル化酵素9(HDAC9)の阻害剤の使用。