【手続補正書】
【提出日】平成18年4月20日(2006.4.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトではＨＴＬＶ、サルではＳＴＬＶとも呼ばれ、呼称、ＰＴＬＶのもとにまとめられる霊長類におけるＴリンパ腫／白血病のウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域、すなわち、ＰＴＬＶの異なった株又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によりＮ末端側で、そして２３０〜２４５位に位置するアミノ酸によりＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片に相当する領域をコードするヌクレオチド配列を起源とする５’方向及び３’方向における縮重オリゴヌクレオチド対の、
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＰＴＬＶに属する任意の株と同様にＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、すなわち、ＳＵのアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列から推論するそのアミノ酸配列がＰＴＬＶにおいて相当するヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列と少なくともおよそ３０％程度の相同性を有する任意の株を検出するための、特に、ＰＴＬＶの新規変異体又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスを検出するための方法の実施のための縮重ヌクレオチド対の使用であって、前記方法が、ＰＴＬＶを含有することが可能な生体試料から出発し、前述の縮重５’及び３’オリゴヌクレオチドをプライマーとして使用し、５’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより５’位で、かつ３’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより３’位で範囲決定されるヌクレオチド断片の多数のコピーを増幅する段階、及び前述の増幅されたヌクレオチド断片から生体試料において含有されるＰＴＬＶの株を同定する段階を含む、縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項２】
縮重オリゴヌクレオチド対の使用であって、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含むものから、前記オリゴヌクレオチドが選択されることを特徴とし、前記縮重オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のおよそ５〜１０アミノ酸の決定された領域をコードする配列を起源とするオリゴヌクレオチドと、各オリゴヌクレオチドが、上述のＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又はＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又はＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源として上述の決定された領域をコードすることが可能であるように、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるオリゴヌクレオチドとの混合物を含む、請求項１に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項３】
配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８０〜２４５位、さらに特に８３〜２４１位に位置するアミノ酸により範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０アミノ酸のポリペプチド断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む、請求項１又は２に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項４】
ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片８３〜８８、１４０〜１４５、２２２〜２２８及び２３７〜２４１、すなわち、以下の断片
【表１】
2005538696.tif 000001
をコードするヌクレオチド配列を起源とする、請求項１〜３の１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項５】
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（Ｉ）
【表２】
2005538696.tif 000002
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表３】
2005538696.tif 000003
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、以下の式（ＩＩ）
【表４】
2005538696.tif 000004
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表５】
2005538696.tif 000005
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６】
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、以下の式（ＩＩＩ）
【表６】
2005538696.tif 000006
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表７】
2005538696.tif 000007
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（ＩＶ）
【表８】
2005538696.tif 000008
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表９】
2005538696.tif 000009
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（Ｖ）
【表１０】
2005538696.tif 000010
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１１】
2005538696.tif 000011
（式中、Ｒ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項７】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（＋）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする５’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする５’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記５’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
縮重３’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（−）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする３’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質１２５〜１４５位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の１４０位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、２４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする３’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記３’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
前記前述の５’プライマー及び３’プライマーが互いに相補的ではありえないことが理解されるような方法で選択される縮重オリゴヌクレオチド対の、請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項８】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、請求項５に記載の式（Ｉ）及び（ＩＩ）の５’オリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが請求項６に記載の式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする請求項１〜７のいずれか１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項９】
ＰＴＬＶのＤＮＡを含有することが可能な生体試料から出発し、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列を含む、あるいは、たとえば、配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質の８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列のようなＨＴＬＶ−１以外のＰＴＬＶの株のエンベロープタンパク質に含まれる類似配列を含むタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列の増幅をオリゴヌクレオチドが可能とするように前記オリゴヌクレオチドが選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１０】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、請求項５に記載の式（Ｉ）の５’オリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが請求項６に記載の式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする請求項９に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１１】
縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表１２】
2005538696.tif 000012
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）
のものであり、縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【表１３】
2005538696.tif 000013
（式中、Ｙ及びＮは請求項６に記載の通りである）
のものであることを特徴とする請求項９又は１０に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１２】
請求項１〜６のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｉ）
【表１４】
2005538696.tif 000014
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１５】
2005538696.tif 000015
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩ）
【表１６】
2005538696.tif 000016
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１７】
2005538696.tif 000017
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩＩ）
【表１８】
2005538696.tif 000018
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１９】
2005538696.tif 000019
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＶ）
【表２０】
2005538696.tif 000020
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表２１】
2005538696.tif 000021
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｖ）
【表２２】
2005538696.tif 000022
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表２３】
2005538696.tif 000023
（式中、Ｒ及びＮは上記に記載の通りである）から選択される
請求項１２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、ならびに請求項１に記載のＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの任意の株を検出する方法であって、
−請求項１〜１３のいずれか１項に記載の縮重５’及び３’のオリゴヌクレオチド対を、上記に記載のＰＴＬＶを含有することが可能である生体試料（たとえば、血液細胞、骨髄、生検、特に、皮膚又はその他の臓器の生検、又は塗抹標本）の内容物のゲノムＤＮＡ又はＲＮＡ抽出物に由来する相補的ＤＮＡに接触させること；
−請求項１又は９に記載のＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の断片をコードするＤＮＡ断片の増幅；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が前記生体試料において上記に記載のＰＴＬＶの検出と相関し、適宜、その同定と相関することができることを特徴とする方法。
【請求項１５】
増幅段階が２つの増幅反応の実施を含み、第２の反応が、第１の反応の範囲内にて得られた産物の試料上で、第１の反応の場合と同じ５’オリゴヌクレオチドと第１の反応で用いたものと異なる３’オリゴヌクレオチド、すなわち、ＳＵをコードする配列の、第１の反応で用いた３’プライマーよりさらに上流に位置する領域とハイブリッド形成する、いわゆる「ネスト化」３’プライマーとを用いて行われることを特徴とする、請求項１４に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１６】
−式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド又は
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド
又は式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
−及び、それぞれ、式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド又は
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ又はＩＶ）のオリゴヌクレオチド
又は式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いた前の段階で得られるＤＮＡ断片の多数コピーの第２の増幅段階；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が生体試料におけるＰＴＬＶの検出に相関することができ、適宜、その同定に相関することができることを特徴とする請求項１４又は１５に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１７】
＊縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表２４】
2005538696.tif 000024
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｖ）
【表２５】
2005538696.tif 000025
（式中、Ｒ及びＮは請求項６に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
＊縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表２６】
2005538696.tif 000026
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【表２７】
2005538696.tif 000027
（式中、Ｙ及びＮは請求項６に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第２の遺伝子増幅反応を含むことを特徴とする請求項１４〜１６のいずれか１項に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１８】
請求項１〜１３のいずれか１項に記載のプライマー対を含み、ＰＣＲによる増幅反応の実施及び増幅された断片の検出に必要な試薬を適宜含むことを特徴とする請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の検出方法の実施のためのキット。
【請求項１９】
たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、変性疾患のような、ヒト又は動物におけるＰＴＬＶ又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスによる感染に連関する病態の診断への；
ヒト又は動物における新規の感染性物質、さらに詳しくは、ＰＴＬＶに分類されうるウイルス又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの新規の株又は変異体のスクリーニング及び同定への；
たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、変性疾患のような、ＰＴＬＶ又はその関連配列の存在もしくはＰＴＬＶによる感染に連関するヒト又は動物における病態の素因又は耐性を持つ遺伝子のスクリーニングへの；
こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全配列又は部分配列を含む新規の治療剤のスクリーニング又は設計への；
こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全配列又は部分配列の親和性特性を用いた新規の細胞治療用ベクターのスクリーニング又は設計への
請求項１４〜１７の１項に記載の検出方法の応用。
【請求項２０】
−以下の配列番号３１のペプチド配列、
【表２８】
2005538696.tif 000028
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３０の配列
【表２９】
2005538696.tif 000029
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３３のペプチド配列、
【表３０】
2005538696.tif 000030
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３２の配列
【表３１】
2005538696.tif 000031
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＧ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにされるエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３５のペプチド配列、
【表３２】
2005538696.tif 000032
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｓ）残基が太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３４の配列
【表３３】
2005538696.tif 000033
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＴ、Ａ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３７のペプチド配列、
【表３４】
2005538696.tif 000034
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３６の配列
【表３５】
2005538696.tif 000035
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示されるＣに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３９のペプチド配列、
【表３６】
2005538696.tif 000036
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３８の配列
【表３７】
2005538696.tif 000037
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当する
請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−１型の変異体。
【請求項２１】
エンベロープタンパク質が、配列番号４１の以下のペプチド配列、
【表３８】
2005538696.tif 000038
すなわち、ＨＴＬＶ−２の原型ＮＲＡ株（Lee et al., Virology 196:57-69, 1993に記載、ジェンバンク受入番号Ｎｏ．Ｌ２０７３４．１）のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、以下の残基８６位におけるリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示す以下の残基：アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）で置換される配列を含むようにし、
エンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列が、以下の配列番号４０の配列、
【表３９】
2005538696.tif 000039
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列を含むようにすることを特徴とする請求項１４に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−２型の変異体。
【請求項２２】
配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３、又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質のようなＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド、あるいはＰＴＬＶの異なった株の前記エンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド。
【請求項２３】
−配列番号４３によって表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３又は８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９又は１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４５によって表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の７９又は８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５又は１４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４７によって表されるＳＴＬＶ−３株のエンベロープタンパク質の８２又は８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３８又は１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
から選択される請求項２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
変異体が、以下の配列：
−ポリペプチド１（配列番号３１）
【表４０】
2005538696.tif 000040
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド２（配列番号３３）
【表４１】
2005538696.tif 000041
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド３（配列番号３５）
【表４２】
2005538696.tif 000042
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド４（配列番号３７）
【表４３】
2005538696.tif 000043
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド５（配列番号３９）
【表４４】
2005538696.tif 000044
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド６（配列番号４１）
【表４５】
2005538696.tif 000045
すなわち、ＨＴＬＶ−２の原型ＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８６位のリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示されるアルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）残基に置換される配列；
を含むことを特徴とする、請求項１７〜２１のいずれか１項に記載の、ＨＴＬＶ−１型〜ＨＴＬＶ−２型の変異体の、請求項１４に記載の検出方法の背景の範囲内で増幅されるＤＮＡ断片によってコードされるポリペプチド。
【請求項２５】
請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードすることを特徴とする核酸。
【請求項２６】
以下のヌクレオチド配列：
−核酸１ａ（配列番号３０）
【表４６】
2005538696.tif 000046
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド１をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸２ａ（配列番号３２）
【表４７】
2005538696.tif 000047
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＧ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド２をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸３ａ（配列番号３４）
【表４８】
2005538696.tif 000048
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＴ、Ａ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド３をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸４ａ（配列番号３６）
【表４９】
2005538696.tif 000049
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示すＣに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド４をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸５ａ（配列番号３８）
【表５０】
2005538696.tif 000050
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド５をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸６ａ（配列番号４０）
【表５１】
2005538696.tif 000051
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド６をコードする任意のヌクレオチド配列；
を含む請求項２５に記載の核酸。
【請求項２７】
当該ポリペプチドで適当な動物を免疫することによって得られるような、請求項２０又は２１に記載の変異体に対する、又は請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチドに対するポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体。
【請求項２８】
適宜、薬学上許容可能なビヒクルと組み合わせて、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチド、請求項２５又は２６に記載の核酸、又は請求項２７に記載の抗体を含んでなる、医薬組成物、特に、治療用のワクチン又はベクター。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
本発明の主題は、呼称ＰＴＬＶのもとでまとめられ、これらのウイルスはヒトではＨＴＬＶ、サルではＳＴＬＶとも呼ばれる、Ｔリンパ腫／白血病のウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域、すなわち、ＰＴＬＶの異なった株又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によりＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片に相当する領域をコードするヌクレオチド配列を起源とする５’方向及び３’方向における縮重オリゴヌクレオチド対の、
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、ならびにＰＴＬＶに属するウイルスの任意の株、すなわち、ＳＵのアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列から推論されるアミノ酸配列がＰＴＬＶにおける相当するヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と少なくともおよそ３０％程度の相同性を有する任意の株を検出するための、特に、ＰＴＬＶの新規の変異体、適宜新しい病理学的背景において、ＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含む新規又は非新規のウイルスを検出するための方法の実施のための縮重ヌクレオチド対の使用であって、前記方法は、ＰＴＬＶを含有することが可能な生体試料から出発し、前述の縮重５’及び３’オリゴヌクレオチドをプライマーとして使用し、５’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより５’位で、かつ３’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより３’位で範囲決定されるヌクレオチド断片の多数のコピーを増幅する段階、及び前述の増幅されたヌクレオチド断片から生体試料において含有されるＰＴＬＶの株を同定する段階を含む。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
本発明のさらに詳しい主題は、配列番号４３によって表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質（Gray et al., 1990, Virology, 177:391-395；Genbank受入番号Ｎｏ．Ｍ３７７４７）の８０〜２４５位、さらに特には８３〜２４１位に位置するアミノ酸によって範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のペプチド断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含んでなる、上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用でもある。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される、前述の使用にも関する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
又は、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｖ）
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
本発明のさらに詳しい主題は、
縮重５’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（＋）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする５’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする５’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記５’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質、たとえば、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は上述のＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
縮重３’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（−）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする３’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質１２５〜１４５位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の１４０位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、２４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする３’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記３’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質、たとえば、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は上述のＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
前記前述の５’プライマー及び３’プライマーが互いに相補的ではありえないことが理解されるような方法で選択されるプライマー対の前述の使用である。