【事件の表示】
　特願２００３−２００４１０「薬剤耐性マーカーおよびその利用」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年１１月１１日出願公開、特開２００４−３１３１６７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　経緯・本願発明
  本願は、特許法第４１条に基づく優先権主張を伴う平成１５年７月２３日（優先日：平成１５年２月２４日、出願番号：２００３−０４５８２６号）の出願であって、平成２１年１月１６日に補正された明細書又は図面の記載からみて，その特許請求の範囲の請求項１に係る発明は，請求項１に記載された次のとおりのものと認める。（以下「本願発明」という。） 
　
「ＰＤＺＫ１遺伝子の塩基配列において、連続する少なくとも１５塩基を有するポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドからなる、癌の化学療法に用いられる薬剤に対する薬剤耐性マーカー。」
　
　なお，ここで，「薬剤耐性マーカー」とは，本願明細書の「さらに本明細書において『薬剤耐性マーカー』とは、癌における薬剤耐性の有無、薬剤耐性の程度もしくは改善の有無や改善の程度を診断するために、または薬剤耐性を示す癌の治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接または間接的に利用されるものをいう。これには、癌の薬剤耐性に関連して生体内組織や細胞において、発現が変動する遺伝子またはタンパク質を特異的に認識し、または結合することのできる（ポリ）（オリゴ）ヌクレオチドまたは抗体が包含される。これらの（ポリ）（オリゴ）ヌクレオチドおよび抗体は、上記性質に基づいて、生体組織や細胞で発現した上記遺伝子およびタンパク質を検出するためのプローブとして、また（オリゴ）ヌクレオチドは生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。」（【００３６】）との記載によれば，ＰＤＺＫ１遺伝子の細胞内での発現，すなわち，該遺伝子から転写されたｍＲＮＡを検出するための（ポリ）（オリゴ）ヌクレオチドプローブやプライマーを意味するものと解される。
　
第２　引用例
　
１．引用例の記載事項
　これに対して，原査定の拒絶の理由に引用された，本願の優先日前である平成１２年７月１３日に頒布された国際公開第００／４０２０１号（以下「引用例」という。）には，次の事項が記載されている。
　
（１）「イン−サイチューでの上皮細胞由来の新生物における化学療法薬剤に対する耐性を減少させる方法及び手段」（名称）
（２）「本発明は，上皮細胞由来の固形腫瘤新生物によってイン・サイチューで示される，化学療法薬剤に対する耐性を減少させるための方法及び組成物を提供する。固形新生物を構成する腫瘍細胞は，臨床上，一又は複数の薬剤による治療において，イン・サイチューで薬剤耐性を示し，この耐性腫瘍細胞は，ＰＤＺＫ１蛋白質及びｃＭＯＡＴ蛋白質の双方を細胞内で発現している。この発明は， 細胞内のＰＤＺＫ１蛋白質とｃＭＯＡＴ蛋白質の相互作用を抑制するアンタゴニスト抗体の調製を可能にし，それによって化学薬剤治療用の薬剤が投与される前に，臨床上の耐性を減少させることができる。」（要約）
（３）「化学療法剤に対する耐性のイン・ビボでの明確な進展が，癌治療の一つの大きな問題であること，及び，それによって，ヒトにおいて，非常に大きなパーセントで化学療法が失敗するという結果をしばしば招くことが，認識され想起されるであろう。多くの例において，固形癌腫が示す多薬剤耐性は，ＰＤＺＫ１蛋白質とｃＭＯＡＴ蛋白質の，存在及び発現と，細胞内でのイン−サイチューの相互作用の継続によるものと，信じられている。したがって，本発明のゴール及び目的は，すでに存在する腫瘍細胞を生存させ成長させるために必要な，そのような相互作用を抑制又は防止することである。」（１４頁２８行〜１５頁３行）
（４）「ＰＤＺＫ１蛋白質は，細胞内で発現する物質であって，その存在，特に豊富な量の存在は，進行中の新生物の発達を示すこと，及び，そのような特定の細胞及び組織の癌腫における，薬剤耐性のメカニズムの一部を担っていること，は既に示されている。」（１６頁２０〜２３行）
（５）「臨床上の重要性
　５１９アミノ酸残基を含むＰＤＺＫ１蛋白質の発現及び量的存在が，該蛋白質が見られる上皮細胞由来の新生物細胞及び組織における薬剤耐性の進展及び出現における，大きな臨床上の価値及び有用性を有する。ＰＤＺＫ１蛋白質の細胞内，つまり特定の腫瘍細胞タイプ又は新生物組織における存在及び／又は特に大量又は豊富な量の存在は，該対象の細胞及び組織における，ｃＭＯＡＴ蛋白質との細胞中での相互作用が進行中であること，及び，問題の細胞及び組織が，変異し，効果的でなくなり，機能障害を起こすと共に，一又は複数の化学療法薬剤による治療に対してさらに耐性になっていること，を示す信頼できる標識である。」（２０頁１〜１１頁）
（６）「上皮細胞由来の正常細胞及び組織における分布：
　以降に示すデータによって裏付けられるように，ＰＤＺＫ１蛋白質は選択された正常細胞及び組織においては，いくつかの（全てのタイプのというより）上皮細胞由来の正常細胞および組織でのみ，わずかか，中程度の量発現していた。他の種類の（上皮細胞由来の）細胞は，ＰＤＺＫ１蛋白質を全く発現しなかった。…そのような正常細胞及び組織の代表的リストを以下の表３に示す。」（２０頁１３〜２４行）
（７）「上皮細胞由来の新生物（悪性）細胞及び組織における分布
　上皮細胞由来の新生物（一般的には癌腫）におけるＰＤＺＫ１蛋白質の発現及び生産は，異常な細胞・組織と正常な細胞・組織とで大きく異なる範囲と分布を見せた。新生物細胞及び組織と，そのＰＤＺＫ１蛋白質の発現能の代表的リストを以下の表４に示す。」（２３頁１７行〜末行）
（８）「第４表は，薬剤耐性の増加を示すマーカーとしてのＰＤＺＫ１蛋白質の発現を利用する際の，重要な診断上の基準及び標準を提供する。これらの発見は，以下のことを示す。(a)これらの細胞及び組織が，医学的に正常であれば，ＰＤＺＫ１蛋白質を発現しないが，該細胞及び組織の癌細胞の多くは，ＰＤＺＫ１蛋白質を大量又は過大量発現し生産する。実例は，乳癌，肺癌及び結腸癌である。(b)医学的に正常な状態で，ＰＤＺＫ１蛋白質を発現し，又は発現しないこれらの細胞及び組織において，これらの細胞及び組織の癌腫の有意な数のものが，ＰＤＺＫ１蛋白質を大量又は過大量発現し生産する。これらの例は，腎臓，乳腺，大腸，肺の癌腫である。
　推定的かつ非直接的ではあるが，臨床上のインパクト及び予言的価値を有する，少なくとも一つの追加の結論が導き出せる。医学的に正常な状態で，ＰＤＺＫ１蛋白質を発現しない細胞及び組織では，ＰＤＺＫ１蛋白質の発現及び生産は，わずかな量であっても，該細胞の制御調節のメカニズムが抑制又は失われていることを示す信頼できる指標になるであろう。したがって，腎臓，甲状腺，胸腺などの癌を含む多くの例において，検出できる量のＰＤＺＫ１蛋白質が発現し，生産されていること，及び，そのＰＤＺＫ１蛋白質の発現は，その細胞の化学療法薬剤による臨床治療への耐性を増加させることが，予想される。」（２５頁１〜２１行）
（９）「III　細胞内で発現されるｃＭＯＡＴ蛋白質
ヒト細管多特異性有機イオン輸送体（canalicular multispecific organ anion transporter， ｃＭＯＡＴ）蛋白質は，多剤耐性関連蛋白質２（ＭＲＰ２）としても知られている。すなわち，腫瘍細胞において，細胞内の細胞膜で働き，薬剤耐性を与える，多剤耐性関連蛋白質（ＭＲＰｓ）ファミリーの一員である。ＭＲＰファミリーの蛋白質，特にｃＭＯＡＴは，ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）あるいは，腫瘍細胞からさまざまな化学療法薬剤の除去をし，それによって臨床的に薬剤耐性の獲得を示す輸送蛋白質である，輸送ＡＴＰ分解酵素スーパーファミリーに属する。
　ヒトｃＭＯＡＴは１５３１アミノ酸残基で構成され，１９０ｋＤａの分子であり，１２４アミノ酸残基サイズのカルボキシ末端を持つ。該カルボキシ末端部分は，特に重要である。なぜなら，腫瘍の細胞膜において，ＰＤＺＫ１蛋白質のＰＤＺの部分と，直接相互作用するのは，ｃＭＯＡＴ分子の該末端部位だからである。該カルボキシ末端のアミノ酸配列は，下記表５に詳述した。」（第２５頁第２３行〜第２６頁第６行）
（１０）「以下で実験的に示されるとおり，ＰＤＫ１蛋白質のＰＤＺドメインは，生体内で，細胞膜上あるいは細胞膜近くで局所的に，ｃＭＯＡＴ蛋白質のカルボキシ末端アミノ酸残基と相互作用し結合する。ｃＭＯＡＴ蛋白質とＰＤＺＫ１蛋白質の相互作用は直接的であり，中間体や補助因子はその結合反応に必要とされない。そして，その直接の結合相互作用は，上皮由来の固形癌細胞の細胞膜領域内でのみ発生する。
　生体内での，それらの直接の結合と相互作用によって，ｃＭＯＡＴ蛋白質とＰＤＺＫ１蛋白質は，細胞内で，化学療法の薬剤を固形瘤腫瘍細胞の細胞質内部から吐き出し除去する働きをする活性のある有機イオン輸送系の，不可欠な要素であり媒介者である。ｃＭＯＡＴ／ＰＤＺＫ１蛋白質結合は，臨床的な生体内条件下および試験管内の実験的な環境下のいずれにおける腫瘍に対しても一般的に，化学療法薬剤に対する耐性の上昇を促進すると信じられている。」（第３１頁第１３行〜第２５行）
（１１）「実験１：　正常ヒト組織及び癌腫におけるＰＤＺＫ１蛋白質の分布
　調製された特異的な抗ＰＤＺＫ１抗体を用いて，正常なヒト腎臓，結腸，及び乳腺の組織サンプルと，それらの器官由来の癌腫について，免疫細胞化学的な研究が行われた。結果は，それぞれ図１Ａ−１Ｈに示す。」（４２頁２１〜２６行）
（１２）「実験３：　カルボキシ末端ペプチドを介した，ｃＭＯＡＴとＰＤＺＫ１の相互作用
　ランダムペプチドを使用した探索と同様に，ＰＤＺドメインと相互作用する蛋白質の配列解析は，ＰＤＺドメイン結合サイトに対応する共通配列を明らかにした。すなわち，Ｓｅｒ／Ｔｈｒ−Ｘ−Ｖａｌ−ＣＯＯＨであり，ここで，Xは任意のアミノ酸を意味し，Ｖａｌは他の疎水性アミノ酸残基で置換され得る。ｃＭＯＡＴのカルボキシ末端配列についての再検討は，−２位にスレオニンを，最終位に疎水性アミノ酸（フェニルアラニン）を伴う，潜在的なＰＤＺドメインとの相互作用サイトを明らかにした（図２Ｂに提示）。
　ｃＭＯＡＴのカルボシキ末端に相当する，ビオチン化された３０残基のペプチド（アガロース−アビジンビーズに結合されている）と完全なＰＤＺＫ１配列を含むＧＳＴ融合蛋白質を使用して，この実験はＧＳＴ−ＰＤＺＫ１融合蛋白質とｃＭＯＡＴカルボキシ末端ペプチドとの間に相互作用が生じること，一方でＧＳＴ蛋白質単体ではｃＭＯＡＴペプチドと相互作用しないことを確認した。この結果は，図３という証拠によって，示されている。
　図３は，ＧＳＴ−ＰＤＺＫ１融合蛋白質とｃＭＯＡＴのカルボキシ末端ペプチドとの相互作用を証明する，ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析を示す。ＧＳＴ−ＰＤＺＫ１融合蛋白質は，ビオチル化されたｃＭＯＡＴペプチドで包まれたアガロース−アビジンビーズに結合したが（レーンａ），一方で，ＧＳＴペプチド単体は，結合していない（レーンｂ）。ＧＳＴ−ＰＤＺＫ１融合蛋白質もＧＳＴ蛋白質も，いずれも，ｃＭＯＡＴペプチドで覆われていないアガロース−アビジンビーズには結合できなかった（レーンｃ〜ｄＰＤＺＫ１とＧＳＴ−ＰＤＺＫ１融合蛋白質のサンプルが，これら両蛋白質各々の位置を示すために，ゲルに流された（レーンｅ〜ｆ）。」（第４４頁第５行−第４４頁最終行）
（１３）「実験４　イン−サイチュー・ハイブリダイゼーションによる，ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴとの共局在。
　ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴのｍＲＮＡの細胞での局在を確定するため，イン−サイチュー・ハイブリダイゼーション試験が行われた。ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴのｃＤＮＡクローン由来の，相補配列ＲＮＡプローブを用い，多くのヒト成人組織サンプルが，腎臓，肝臓，結腸，肺，およびこれら組織から生じた悪性腫瘍を含めて，評価された。これらの結果は，各々図４Ａ−４Ｔに示されている。……
　正常腎臓（図４Ａ−４Ｄ）では，両ｃＲＮＡプローブを用いた標識の付着は，細管の近接部に限定され，一方で，糸球体（Ｇ）は標識されていない。比較すると，両ＲＮＡプローブによって標識された肝臓細胞は，同様の強度を示す（図４Ｅ−４Ｈ）。また，両ＲＮＡプローブによって標識された腎臓細胞癌（図４Ｉ−４Ｌ）と結腸腺癌（図４Ｍ−４Ｐ）が，類似の強度を示した一方で，肺の浸潤癌は，ＰＤＺＫ１のプローブで強く標識されつつも（図４Ｑ−４Ｒ），ｃＭＯＡＴのプローブでは極めてわずかにしか標識されない（図４Ｓ−４Ｔ）。
　実験データは，正常腎臓では，細管の近接部の上皮細胞では多く発現しているが，腎臓皮質の残りの部分では，発現していないか，あるいは低レベルでしか発現していない（図４Ａ−４Ｂ）。…正常肝臓細胞では，ＰＤＺＫ１のｍＲＮＡ（図４Ｅ−４Ｆ）とｃＭＯＡＴのｍＲＮＡ（図４Ｇ−４Ｈ）は，中レベルで肝細胞で発現していた。
　ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴのｍＲＮＡの発現は，さらに１２の腎臓癌，大腸癌及び乳癌の細胞について調べられた。広範囲の結果が得られた。ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴのｍＲＮＡは，調べられた腫瘍の１７％で高度に発現していた（図４Ｉ−４Ｐ）が，５８％ではＰＤＺＫ１のｍＲＮＡはかなり発現していたが，ｃＭＯＡＴのｍＲＮＡは低レベルで発現しているか，あまり発現していなかった（図４Ｑ−４Ｔ）。ｃＭＯＡＴのｍＲＮＡは，ＰＤＺＫ１のｍＲＮＡが発現していない腫瘍では，ほとんど発現していなかった。
　試験された全てのケースで，ＰＤＺＫ１とｃＭＯＡＴの発現は，上皮起源の細胞に限定された。すなわち，間葉性および炎症性の細胞は，検出できる程度には標識されない。ｃＲＮＡプローブのセンス配列を用いた，対照のハイブリダイゼーションは，全ての組織で陰性であった。」（第４５頁第１行〜第４６頁第９行）
　
２．引用発明
　引用例に記載されたＰＤＫ１蛋白質はＰＤＺＫ１遺伝子によりコードされるものであることは自明であり，引用例には該蛋白質の発現を特異的抗体により検出することによって得た各種細胞・組織における発現のデータや，薬剤耐性の機構についての説明などと共に，ＰＤＫ１蛋白質の発現が癌の化学療法に用いられる薬剤に対する薬剤耐性の増加を示すことが記載されている。ここで，薬剤耐性の増加を示すＰＤＫ１蛋白質の発現を検出するための抗体は，前述の本願明細書の定義によれば，「薬剤耐性マーカー」に相当するものと認められる。
　したがって，引用例には，「ＰＤＺＫ１遺伝子によりコードされるＰＤＫ１蛋白質からなる癌の化学療法に用いられる薬剤に対する薬剤耐性マーカー。」の発明（以下，「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
第３　対比
　本願発明と引用発明を対比すると，両者は，
「ＰＤＺＫ１遺伝子に係る物質からなる癌の化学療法に用いられる薬剤に対する薬剤耐性マーカー。」である点で一致しているが，以下の点で相違している。
　
相違点：
　薬剤耐性マーカーであるＰＤＺＫ１遺伝子に係る物質が，本願発明では，「ＰＤＺＫ１遺伝子の塩基配列において、連続する少なくとも１５塩基を有するポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド」であるのに対し，引用発明では，「ＰＤＺＫ１遺伝子によりコードされるＰＤＫ１蛋白質に対する抗体」である点。
　
第４　当審の判断
　
１．上記相違点について検討する。
　検出目的の異常細胞と比較対象の細胞とで差示的に発現され，両者を識別するための検出対象には，発現する蛋白質と同様に，遺伝子の発現産物であって，それから蛋白質が翻訳される，ｍＲＮＡ等の核酸もなり得ることは，本願の優先日時点において，バイオテクノロジー分野において周知である（例えば，国際公開第９９／６２９４１号［対応する特表２００２−５１７１８４号公報の段落【００７３】］，国際公開第００／１２７０９号［対応する特表２００２−５２３０９３号公報の段落【００７０】及び【００７１】］，及び国際公開００／０６３４３８号［対応する特表２００３−５２１８７８号公報の段落【０１１５】，【０１１６】，【０１２４】，【０１２５】］）を参照）。
　また，遺伝子の発現の検出のために，遺伝子の塩基配列または連続する１５塩基以上のその部分配列又はその相補的な配列を有するポリヌクレオチドをプローブ又はプライマーとして使用することは，例を挙げるまでもなく，バイオテクノロジー分野における周知・慣用技術である。
　とすると，ＰＤＺＫ１遺伝子によりコードされるＰＤＫ１蛋白質の検出が薬剤耐性の増加を示すという引用例の記載を見た当業者であれば，ＰＤＺＫ１遺伝子が転写されたｍＲＮＡ等の核酸の検出も，蛋白質の場合と同様に，薬剤耐性の増加を示す可能性が十分にあることを理解できるというべきである。そして，その検出のために，ＰＤＺＫ１遺伝子の塩基配列の「連続する少なくとも１５塩基を有するポリヌクレオチド」またはそれに相補的なポリヌクレオチドからなるプローブ又はプライマーを設計し，薬剤耐性マーカーとして使用することは，当業者が容易に想到し得ることである。
　また，本願発明の効果は，引用例に記載された事項から，当業者であれば容易に予測しうる程度のものに過ぎない。
　
２．請求人の主張について
（１）請求人の主張
　請求人は，審判請求の理由において，概略，以下の理由により，たとえ引用例に、ＰＤＺＫ１「蛋白質」の発現状態を、薬剤耐性のマーカーとして用いることが記載されていたとしても、それをもって、ＰＤＺＫ１のＤＮＡのコピー数の変化及びｍＲＮＡの発現の変化を薬剤耐性のマーカーとして用いることが容易に類推されるものとは到底言えないとおり主張する。
　
ア　引用例には、ＰＤＺＫ１「蛋白質」の発現状態を、薬剤耐性のマーカーとして用いることが記載されているが，ＰＤＺＫ１「遺伝子」を、薬剤耐性のマーカーにすることについては教示も示唆もない。
イ　ＤＮＡ→ｍＲＮＡ→蛋白質にいたる経路は単純な１：１の対応ではなく、メチレーションやｍｉＲＮＡの存在等の複数の要因が複雑に絡み合っており，ＰＤＺＫ１蛋白質の発現に基づいて、ｍＲＮＡの発現量や、ＤＮＡのコピー数の変化量を直接見積もることはできない。例えば、蛋白質の発現量が増大する場合を考えてみると、ＤＮＡのコピー数は変化せず、例えばプロモーターが活性化するなどしてｍＲＮＡが増大し、その結果として翻訳される蛋白質の量が増大する場合や、ＤＮＡのコピー数もｍＲＮＡの量も変化せずに、蛋白質の量のみが増大する場合も当然存在する。このような蛋白質の発現量が増大する場合においては、ＤＮＡのコピー数が増幅する場合よりもむしろＤＮＡのコピー数は変化しない場合の方が、一般的であると言える場合が多くあるものと思料する。このように、蛋白質の発現量の増大から、ＤＮＡのコピー数の増幅という結論は直ちに得られるものではない。
　
（２）請求人の主張についての判断
アについて
　前述の通り，検出対象と比較対象との間で差示的に発現する蛋白質も，その遺伝子の転写物であるｍＲＮＡも，同様に細胞の状態を示すマーカーとなりうることは，本技術分野において周知であり，引用例に直接的な記載がないとしても ，当業者であればｍＲＮＡの発現の変化をマーカーとして用いることに容易に想到し得るものである。
　
イについて
　通常の内在性タンパク質の発現は，ＤＮＡ→ｍＲＮＡ→蛋白質という経路をたどるものであり，しばしば例外はあるとはいえ，蛋白質の発現が増大している場合には，その原因としては，そのｍＲＮＡの量が増大しているためというのが，まず第一に考えられることである。すくなくとも当業者がそのような可能性を全く考えないということはできない。
　また，引用例１においても，ＰＤＺＫ１のｃＤＮＡクローン由来の，相補配列ＲＮＡプローブを用いた各種細胞・組織におけるイン−サイチュ−・ハイブリダイゼーション試験の結果は，ＰＤＺＫ１蛋白質の発現とほぼ同様の結果であり，基本的に蛋白質の発現量とｍＲＮＡ量とが相関していることが読み取れる。
　
　したがって，請求人の主張は採用できない。
　
第５　むすび
　したがって，本願発明は，引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。