【手続補正書】
【提出日】平成17年11月1日(2005.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的試料中の生体分子の存在量を決定する方法であって、以下の段階を含む方法：
a)複数の生体分子を含有する生物学的試料を提供する段階；
b)該生体分子の複数のイオンを作成する段階；
c)複数のイオンについて質量分析測定を行い、これにより生体分子に関するイオン数を得る段階；
d)イオンを生体分子に帰属させる段階；および
e)生体分子のイオン数を積算し、これにより生物学的試料中の生体分子の存在量を決定する段階。
【請求項２】
生体分子がタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
タンパク質が、単離されたオルガネラ由来である、請求項2記載の方法。
【請求項４】
オルガネラが、ミトコンドリア、葉緑体、ER、ゴルジ、エンドソーム、リソソーム、ファゴソーム、ペルオキシソーム、分泌小胞、輸送小胞、核、および形質膜からなる群より選択される、請求項3記載の方法。
【請求項５】
タンパク質が、細胞質ゾルタンパク質または細胞骨格タンパク質である、請求項2記載の方法。
【請求項６】
生体分子が標識されない、請求項1記載の方法。
【請求項７】
生体分子が誘導体化されない、請求項1記載の方法。
【請求項８】
生体分子が切断された生体分子である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
切断された生体分子が標識されない、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
切断された生体分子が誘導体化されない、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
生体分子が酵素で切断される、請求項8記載の方法。
【請求項１２】
酵素がトリプシンである、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
段階(b)の前に、複数の生体分子を分離する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
分離が、クロマトグラフィー、電気泳動、免疫分離、または遠心分離により実行される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含み、かつイオンの保持時間が、1種または複数の内部標準を用いて補正される、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
第二の生物学的試料をアッセイする段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
段階(c)が、生体分子のイオンの構造情報または配列情報を決定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
構造情報または配列情報が、MS/MSから得られる、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
1種または複数の生体分子のリストが、MS/MS分析のための生体分子のイオンを選択するために提供される、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
リストが包含リストである、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
リストが除外リストである、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
段階(d)において、コンピュータ手法を用い、データベース由来のイオンの構造または配列を含む生体分子を同定する段階をさらに含む、請求項18記載の方法。
【請求項２４】
コンピュータ手法が、Mascot(登録商標)、Protein Lynx Global Server、SEQUEST(登録商標)/TurboSEQUEST、PepSEQ、SpectrumMill、またはSonar MS/MSからなる群より選択される、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
データベースが、Genbank(登録商標)、EMBL、NCBI、MSDB、SWISS-PROT(登録商標)、TrEMBL、dbEST、またはヒトゲノム配列データベースである、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
段階(d)が、データベースから同定された生体分子にイオンを帰属させるコンピュータ手法を用いて実行される、請求項23記載の方法。
【請求項２７】
段階(d)が、そのイオンに関する非荷電質量を計算することによって、生体分子にイオンを帰属させる、コンピュータ手法を用いて実行される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
段階(d)が、ペプチド質量フィンガープリント法を用いて実行される、請求項1記載の方法。
【請求項２９】
段階(e)が、生体分子に対応する少なくとも2種のイオンのイオン数を積算するコンピュータ手法を用いて実行される、請求項1記載の方法。
【請求項３０】
積算が、1種または複数の電荷状態、同位体、走査、生体分子の断片、分離の画分、またはそれらの組合せの全体にわたる、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
対照生物学的試料に対する生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３２】
対照生物学的試料に対する複数の生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３３】
存在量が、疾患または状態の診断に使用される、請求項31記載の方法。
【請求項３４】
存在量が、薬物の標的とする生体分子の決定に使用される、請求項31記載の方法。
【請求項３５】
対照生物学的試料に対する、生物学的試料中の生体分子の存在量の増加もしくは減少、または生体分子の有無が、疾患または状態の指標である、請求項31記載の方法。
【請求項３６】
存在量を使用し、生体分子のアイソフォーム量を決定する、請求項31記載の方法。
【請求項３７】
生物学的試料中の生体分子の存在量を決定するための、コンピュータで実行される方法であって、以下の段階を含む方法：
a)複数の生体分子に関するイオン数を含む質量分析データを、コンピュータへ入力する段階；
b)イオンを生体分子に帰属させる段階；および
c)生体分子のイオン数を積算し、これにより生物学的試料中の生体分子の存在量を決定する段階。
【請求項３８】
生体分子がタンパク質である、請求項26記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項３９】
タンパク質が、単離されたオルガネラ由来である、請求項38記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４０】
オルガネラが、ミトコンドリア、葉緑体、ER、ゴルジ、エンドソーム、リソソーム、ファゴソーム、ペルオキシソーム、分泌小胞、輸送小胞、核、および形質膜からなる群より選択される、請求項39記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４１】
タンパク質が、細胞質ゾルタンパク質または細胞骨格タンパク質である、請求項38記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４２】
生体分子が標識されない、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４３】
生体分子が誘導体化されない、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４４】
生体分子が切断された生体分子である、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４５】
切断された生体分子が標識されない、請求項44記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４６】
切断された生体分子が誘導体化されない、請求項44記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４７】
生体分子が酵素で切断される、請求項44記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４８】
酵素がトリプシンである、請求項47記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項４９】
複数の生体分子が、質量分析データの取得前に分離される、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５０】
分離が、クロマトグラフィー、電気泳動、免疫分離、または遠心分離により実行される、請求項49記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５１】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含み、かつイオンの保持時間が、該1種または複数の内部標準を用いて補正される、請求項49記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５２】
第二の生物学的試料をアッセイする段階をさらに含む、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５３】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含む、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５４】
質量分析データが、生体分子のイオンの構造情報または配列情報をさらに含む、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５５】
構造情報または配列情報が、MS/MSから得られる、請求項54記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項５６】
1種または複数の生体分子のリストが、MS/MS分析のための生体分子のイオンを選択するために提供される、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
リストが包含リストである、請求項55記載の方法。
【請求項５８】
リストが除外リストである、請求項55記載の方法。
【請求項５９】
データベースから生体分子を同定するために構造情報または配列情報を使用する段階をさらに含む、請求項54記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６０】
生体分子が、Mascot(登録商標)、Protein Lynx Global Server、SEQUEST(登録商標)/TurboSEQUEST、PepSEQ、SpectrumMill、またはSonar MS/MSからなる群より選択されるコンピュータ手法を用いて同定される、請求項59記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６１】
データベースが、Genbank(登録商標)、EMBL、NCBI、MSDB、SWISS-PROT(登録商標)、TrEMBL、dbEST、またはヒトゲノム配列データベースである、請求項59記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６２】
段階(b)において、データベースから同定された生体分子にイオンが帰属される、請求項59記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６３】
段階(b)において、イオンに関する非荷電質量を計算することにより、イオンが生体分子に帰属される、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６４】
段階(b)において、ペプチド質量フィンガープリント法により、イオンが生体分子に帰属される、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６５】
段階(c)において、積算が、1種または複数の電荷状態、同位体、走査、生体分子の断片、分離の画分、またはそれらの組合せの全体にわたる、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６６】
対照生物学的試料に対する生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６７】
対照生物学的試料に対する複数の生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項37記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６８】
存在量が、疾患または状態の診断に使用される、請求項66記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項６９】
存在量が、薬物の標的とする生体分子の決定に使用される、請求項66記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項７０】
対照生物学的試料に対する生物学的試料中の生体分子の存在量の増加もしくは減少、または生体分子の有無が、疾患または状態の指標である、請求項66記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項７１】
存在量を使用し、生体分子のアイソフォーム量を決定する、請求項66記載のコンピュータで実行される方法。
【請求項７２】
生物学的試料中の生体分子の存在量を決定するためのプログラムが記憶されたコンピュータ読取り可能なメモリーであって：
a)複数の生体分子に関するイオン数を含む、質量分析データを入力として受け取るコンピュータコード；
b)イオンを生体分子へ帰属させるコンピュータコード；および
c)生体分子のイオン数を積算し、これにより生物学的試料中の生体分子の存在量を決定するコンピュータコード
を含むメモリー。
【請求項７３】
生体分子がタンパク質である、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７４】
タンパク質が、単離されたオルガネラ由来である、請求項73記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７５】
オルガネラが、ミトコンドリア、葉緑体、ER、ゴルジ、エンドソーム、リソソーム、ファゴソーム、ペルオキシソーム、分泌小胞、輸送小胞、核、および形質膜からなる群より選択される、請求項74記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７６】
タンパク質が、細胞質ゾルタンパク質または細胞骨格タンパク質である、請求項73記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７７】
生体分子が標識されない、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７８】
生体分子が誘導体化されない、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項７９】
生体分子が切断された生体分子である、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８０】
切断された生体分子が標識されない、請求項79記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８１】
切断された生体分子が誘導体化されない、請求項79記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８２】
生体分子が酵素で切断される、請求項79記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８３】
酵素がトリプシンである、請求項82記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８４】
複数の生体分子が、質量分析データの取得前に分離される、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８５】
分離が、クロマトグラフィー、電気泳動、免疫分離、または遠心分離により実行される、請求項84記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８６】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含み、かつイオンの保持時間が、該1種または複数の内部標準を用いて補正される、請求項84記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８７】
第二の生物学的試料をアッセイする段階をさらに含む、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８８】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含む、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項８９】
質量分析データが、生体分子のイオンの構造情報または配列情報をさらに含む、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９０】
構造情報または配列情報が、MS/MSから得られる、請求項89記載のメモリー。
【請求項９１】
1種または複数の生体分子のリストが、MS/MS分析のための生体分子のイオンを選択するために提供される、請求項90記載のメモリー。
【請求項９２】
リストが包含リストである、請求項91記載のメモリー。
【請求項９３】
リストが除外リストである、請求項91記載のメモリー。
【請求項９４】
段階(b)において、データベースから生体分子を同定するために構造情報または配列情報が使用される、請求項89記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９５】
生体分子が、Mascot(登録商標)、Protein Lynx Global Server、SEQUEST(登録商標)/TurboSEQUEST、PepSEQ、SpectrumMill、またはSonar MS/MSからなる群より選択されるコンピュータ手法を用いて同定される、請求項94記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９６】
データベースが、Genbank(登録商標)、EMBL、NCBI、MSDB、SWISS-PROT(登録商標)、TrEMBL、dbEST、またはヒトゲノム配列データベースである、請求項94記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９７】
段階(b)において、データベースから同定された生体分子にイオンが帰属される、請求項94記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９８】
段階(b)において、イオンに関する非荷電質量を計算することにより、イオンが生体分子に帰属される、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項９９】
段階(b)において、ペプチド質量フィンガープリント法により、イオンが生体分子に帰属される、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１００】
段階(c)において、積算が、1種または複数の電荷状態、同位体、走査、生体分子の断片、分離の画分、またはそれらの組合せの全体にわたる、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０１】
段階(c)のコンピュータコードが、対照生物学的試料に対する生体分子の存在量をさらに計算する、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０２】
段階(c)のコンピュータコードが、対照生物学的試料に対する複数の生体分子の存在量をさらに計算する、請求項72記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０３】
存在量が疾患または状態の診断に使用される、請求項101記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０４】
存在量が薬物の標的とする生体分子の決定に使用される、請求項101記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０５】
対照生物学的試料に対する生物学的試料中の、生体分子の存在量の増加もしくは減少、または生体分子の有無が、疾患または状態の指標である、請求項101記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０６】
存在量を使用し、生体分子のアイソフォーム量を決定する、請求項101記載のコンピュータ読取り可能なメモリー。
【請求項１０７】
生物学的試料中の生体分子の存在量を決定するシステムであって：
a)複数の生体分子に関するイオン数を含むデータを受け取る、質量分析データ入力モジュール；
b)データ入力モジュールに応答するイオン帰属モジュールであって、イオンを生体分子に帰属させるイオン帰属モジュール；および
c)イオン帰属モジュールに応答するイオン積算モジュールであって、生体分子のイオン数を積算し、これにより生物学的試料中の生体分子の存在量を決定するイオン積算モジュール
を含むシステム。
【請求項１０８】
システムが、プロセッサーおよび該プロセッサーに連結されたメモリーを含み、該メモリーが、データ入力モジュール、イオン帰属モジュール、およびイオン積算モジュールを符号化する、請求項107記載のシステム。
【請求項１０９】
生体分子がタンパク質である、請求項107記載のシステム。
【請求項１１０】
タンパク質が、単離されたオルガネラ由来である、請求項109記載のシステム。
【請求項１１１】
オルガネラが、ミトコンドリア、葉緑体、ER、ゴルジ、エンドソーム、リソソーム、ファゴソーム、ペルオキシソーム、分泌小胞、輸送小胞、核、および形質膜からなる群より選択される、請求項110記載のシステム。
【請求項１１２】
タンパク質が、細胞質ゾルタンパク質または細胞骨格タンパク質である、請求項109記載のシステム。
【請求項１１３】
生体分子が標識されない、請求項107記載のシステム。
【請求項１１４】
生体分子が誘導体化されない、請求項107記載のシステム。
【請求項１１５】
生体分子が切断された生体分子である、請求項107記載のシステム。
【請求項１１６】
切断された生体分子が標識されない、請求項115記載のシステム。
【請求項１１７】
切断された生体分子が誘導体化されない、請求項115記載のシステム。
【請求項１１８】
生体分子が酵素で切断される、請求項115記載のシステム。
【請求項１１９】
酵素がトリプシンである、請求項118記載のシステム。
【請求項１２０】
複数の生体分子が、質量分析データの取得前に分離される、請求項107記載のシステム。
【請求項１２１】
分離が、クロマトグラフィー、電気泳動、免疫分離、または遠心分離により実行される、請求項120記載のシステム。
【請求項１２２】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含み、かつイオンの保持時間が、該1種または複数の内部標準を用いて補正される、請求項120記載のシステム。
【請求項１２３】
第二の生物学的試料をアッセイする段階をさらに含む、請求項107記載のシステム。
【請求項１２４】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含む、請求項107記載のシステム。
【請求項１２５】
質量分析データが、生体分子のイオンの構造情報または配列情報を含む、請求項107記載のシステム。
【請求項１２６】
構造情報または配列情報が、MS/MSから得られる、請求項125記載のシステム。
【請求項１２７】
1種または複数の生体分子のリストが、MS/MS分析のための生体分子のイオンを選択するために提供される、請求項126記載のシステム。
【請求項１２８】
リストが、包含リストである、請求項127記載のシステム。
【請求項１２９】
リストが、除外リストである、請求項127記載のシステム。
【請求項１３０】
構造情報または配列情報を使用し、データベースから生体分子を同定する、請求項125記載のシステム。
【請求項１３１】
生体分子が、Mascot(登録商標)、Protein Lynx Global Server、SEQUEST(登録商標)/TurboSEQUEST、PepSEQ、SpectrumMill、またはSonar MS/MSからなる群より選択されるコンピュータ手法を用いて同定される、請求項130記載のシステム。
【請求項１３２】
データベースが、Genbank(登録商標)、EMBL、NCBI、MSDB、SWISS-PROT(登録商標)、TrEMBL、dbEST、またはヒトゲノム配列データベースである、請求項130記載のシステム。
【請求項１３３】
段階(b)において、データベースから同定された生体分子にイオンが帰属される、請求項130記載のシステム。
【請求項１３４】
段階(b)において、イオンに関する非荷電質量を計算することにより、イオンが生体分子に帰属される、請求項107記載のシステム。
【請求項１３５】
段階(b)において、ペプチド質量フィンガープリント法により、イオンが生体分子に帰属される、請求項107記載のシステム。
【請求項１３６】
積算が、1種または複数の電荷状態、同位体、走査、生体分子の断片、分離の画分、またはそれらの組合せの全体にわたる、請求項107記載のシステム。
【請求項１３７】
生体分子の存在量が、対照生物学的試料に対して計算される、請求項107記載のシステム。
【請求項１３８】
対照生物学的試料に対する複数の生体分子の存在量を計算する、請求項107記載のシステム。
【請求項１３９】
存在量が、疾患または状態の診断に使用される、請求項137記載のシステム。
【請求項１４０】
存在量が、薬物の標的とする生体分子の決定に使用される、請求項137記載のシステム。
【請求項１４１】
対照生物学的試料に対する、生物学的試料中の生体分子の存在量の増加もしくは減少、または生体分子の有無が、疾患または状態の指標である、請求項137記載のシステム。
【請求項１４２】
存在量を使用し、生体分子のアイソフォーム量を決定する、請求項137記載のシステム。
【請求項１４３】
使用者に、生物学的試料中の生体分子の存在量に関する情報を表示するための方法であって、以下の段階を含む方法：
a)複数の生体分子に関するイオン数を含む質量分析データを、コンピュータへ入力する段階；
b)イオンを生体分子に帰属させる段階；
c)生体分子のイオン数を積算し、これにより生物学的試料中の生体分子の存在量を決定する段階；および
d)生体分子の存在量を表示する段階。
【請求項１４４】
段階(d)が、メモリー中に生体分子の存在量を記憶する段階をさらに含む、請求項143記載の方法。
【請求項１４５】
生体分子がタンパク質である、請求項143記載の方法。
【請求項１４６】
タンパク質が、単離されたオルガネラ由来である、請求項145記載の方法。
【請求項１４７】
オルガネラが、ミトコンドリア、葉緑体、ER、ゴルジ、エンドソーム、リソソーム、ファゴソーム、ペルオキシソーム、分泌小胞、輸送小胞、核、および形質膜からなる群より選択される、請求項146記載の方法。
【請求項１４８】
タンパク質が、細胞質ゾルタンパク質または細胞骨格タンパク質である、請求項145記載の方法。
【請求項１４９】
生体分子が標識されない、請求項143記載の方法。
【請求項１５０】
生体分子が誘導体化されない、請求項143記載の方法。
【請求項１５１】
生体分子が切断された生体分子である、請求項143記載の方法。
【請求項１５２】
切断された生体分子が標識されない、請求項151記載の方法。
【請求項１５３】
切断された生体分子が誘導体化されない、請求項151記載の方法。
【請求項１５４】
生体分子が酵素で切断される、請求項151記載の方法。
【請求項１５５】
酵素がトリプシンである、請求項154記載の方法。
【請求項１５６】
複数の生体分子が、質量分析データの取得前に分離される、請求項143記載の方法。
【請求項１５７】
分離が、クロマトグラフィー、電気泳動、免疫分離、または遠心分離により実行される、請求項156記載の方法。
【請求項１５８】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含み、かつイオンの保持時間が、該1種または複数の内部標準を用いて補正される、請求項156記載の方法。
【請求項１５９】
第二の生物学的試料をアッセイする段階をさらに含む、請求項143記載の方法。
【請求項１６０】
生物学的試料が、1種または複数の内部標準を含む、請求項143記載の方法。
【請求項１６１】
質量分析データが、生体分子のイオンの構造情報または配列情報をさらに含む、請求項143記載の方法。
【請求項１６２】
構造情報または配列情報が、MS/MSから得られる、請求項161記載の方法。
【請求項１６３】
1種または複数の生体分子のリストが、MS/MS分析のための生体分子のイオンを選択するために提供される、請求項162記載の方法。
【請求項１６４】
リストが包含リストである、請求項163記載の方法。
【請求項１６５】
リストが除外リストである、請求項163記載の方法。
【請求項１６６】
構造情報または配列情報を使用し、データベースから生体分子を同定する、請求項161記載の方法。
【請求項１６７】
生体分子が、Mascot(登録商標)、Protein Lynx Global Server、SEQUEST(登録商標)/TurboSEQUEST、PepSEQ、SpectrumMill、またはSonar MS/MSからなる群より選択されるコンピュータ手法を用いて同定される、請求項166記載の方法。
【請求項１６８】
データベースが、Genbank(登録商標)、EMBL、NCBI、MSDB、SWISS-PROT(登録商標)、TrEMBL、dbEST、またはヒトゲノム配列データベースである、請求項166記載の方法。
【請求項１６９】
段階(b)において、データベースから同定された生体分子にイオンが帰属される、請求項166記載の方法。
【請求項１７０】
段階(b)において、イオンに関する非荷電質量を計算することにより、イオンが生体分子に帰属される、請求項143記載の方法。
【請求項１７１】
段階(b)において、ペプチド質量フィンガープリント法により、イオンが生体分子に帰属される、請求項143記載の方法。
【請求項１７２】
段階(c)において、積算が、1種または複数の電荷状態、同位体、走査、生体分子の断片、分離の画分、またはそれらの組合せの全体にわたる、請求項143記載の方法。
【請求項１７３】
対照生物学的試料に対する生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項143記載の方法。
【請求項１７４】
対照生物学的試料に対する複数の生体分子の存在量を計算する段階をさらに含む、請求項143記載の方法。
【請求項１７５】
存在量が疾患または状態の診断に使用される、請求項173記載の方法。
【請求項１７６】
存在量が、薬物の標的とする生体分子の決定に使用される、請求項173記載の方法。
【請求項１７７】
対照生物学的試料に対する、生物学的試料中の生体分子の存在量の増加もしくは減少、または生体分子の有無が、疾患または状態の指標である、請求項173記載の方法。
【請求項１７８】
存在量を使用し、生体分子のアイソフォーム量を決定する、請求項173記載の方法。