【手続補正書】
【提出日】平成18年8月16日(2006.8.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルをベースライン値とすること、但し、この遺伝子はＣＲを発症しないことが知られている移植対象の特異的同種移植組織生検試料に由来する；
ｂ）移植後１年以内の患者から採取したａ）と同じ組織型の同種移植組織生検試料内のａ）で同定された遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルを検出すること；および
ｃ）第一の値を第二の値と比較すること；
を含む移植対象における慢性拒絶反応（ＣＲ）を早期に診断する方法；
但し、ここに第二の値よりも低いか高い第一の値はその移植対象がＣＲを発症するおそれのあることを予測するものである。
【請求項２】
ベースライン値ａ）が移植の日にドナーから採取した同種組織生検試料内の遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルを検出することによって得られたものである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ａ）ＣＲ阻止剤投与前に移植対象から投与前サンプルを採取すること；
ｂ）投与前サンプル中の遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルを検出すること；
ｃ）その移植患者から投与後サンプルを１個またはそれ以上採取すること；
ｄ）投与後サンプル１個またはそれ以上中の遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルを検出すること；
ｅ）投与前サンプル中の遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルと投与後サンプル１個またはそれ以上の中にある遺伝子少なくとも１種に対応するｍＲＮＡ発現またはそれがコードするプロテインのレベルとを比較すること；および
ｆ）その結果にしたがって薬剤を調整すること；
を含む、ＣＲを発症するおそれのある移植対象のＣＲを監視する方法。
【請求項４】
請求項１または２に記載の遺伝子または遺伝子産物の１種またはそれ以上のｍＲＮＡ発現のレベルを監視することを含む、ＣＲの予防、阻止、軽減または処置に使用する薬剤を同定する方法。
【請求項５】
移植対象が腎移植対象である、請求項１または３に記載の方法。
【請求項６】
遺伝子が表１および／または表２および／または表３に記載の遺伝子の群から選択される、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
遺伝子発現のレベルを遺伝子発現産物に対応するプロテインの存在を検出することによって評価する、請求項１、３または４に記載の方法。
【請求項８】
プロテインの存在をそのプロテインに特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
遺伝子１種またはそれ以上のｍＲＮＡ発現のレベルをノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲおよび実時間定量的ＰＣＲから構成される群から選択される技術によって検出する、請求項１、３または４に記載の方法。
【請求項１０】
遺伝子セットのｍＲＮＡ発現のレベルを検出する、請求項１、３または４に記載の方法。
【請求項１１】
ＣＲの症状少なくとも一つを改善することを目的として請求項１または２に記載の遺伝子または遺伝子産物の１種またはそれ以上の合成、発現または活性を変調する化合物を活性成分として含む、処置が必要とする移植対象のＣＲを予防、阻止、軽減または処置するための薬剤。
【請求項１２】
移植対象が腎移植対象である、請求項１１に記載の薬剤。
【請求項１３】
遺伝子が表１および／または表２および／または表３に記載の遺伝子の群から選択される、請求項１１に記載の薬剤。
【請求項１４】
遺伝子発現のレベルを遺伝子発現産物に対応するプロテインの存在を検出することによって評価する、請求項１１に記載の薬剤。
【請求項１５】
プロテインの存在をそのプロテインに特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項１４に記載の薬剤。
【請求項１６】
遺伝子１種またはそれ以上のｍＲＮＡ発現のレベルをノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲおよび実時間定量的ＰＣＲから構成される群から選択される技術によって検出する、請求項１１に記載の薬剤。
【請求項１７】
遺伝子セットのｍＲＮＡ発現のレベルを検出する、請求項１１に記載の薬剤。
【請求項１８】
表１、表２または表３に記載の遺伝子またはその発現産物の、慢性移植片拒絶反応の早期バイオマーカーとしての使用。
【請求項１９】
エクソン４欠失ＦＡＳ遺伝子、網膜芽腫結合プロテイン７、プロヒビチンおよび結合組織成長因子を除く表１、表２または表３に記載された遺伝子またはその発現産物の、慢性移植片拒絶反応バイオマーカーとしての使用。
【請求項２０】
表１、表２または表３に記載する遺伝子またはその発現産物１種またはそれ以上の合成、発現または活性を変調する化合物の、移植対象におけるＣＲを予防または処置するための薬剤を製造するための使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
特に、臨床的または組織学的症状発現が顕示される前、たとえば移植後１年以内のＣＲの予後経過を早期予測し、追跡調査するために信頼できる手段を持つことが必要である；たとえば新規ＣＲ阻害剤を用いるものを含む実施中の治療処置の最適化および臨床試験の設計のためにそのような手段は価値があろう。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
したがって、本発明はたとえば明白な臨床的または組織学的発現などが現れる前、たとえば移植後１年以内などでのＣＲに対するバイオマーカーとして、慢性移植片拒絶反応の早期バイオマーカーとしての表１、表２または表３に示す遺伝子の使用を提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
好適な態様では、分析用ソフトウェアは実際には相互に作用する個別なソフトウェアを含む。分析用ソフトウェアはこのシステムの操作に必要な全てのデータを含むデータベースを代表する。そのようなデータは一般的にはこれに限定するものではないが、以前の実験結果、ゲノムデータ、実験の操作および費用、その他の情報を含むが、これは当技術分野の熟練者には明らかである。分析用ソフトウェアは本発明の分析方法を行うプログラム１種またはそれ以上を包含するデータ圧縮および演算装置を含む。分析用ソフトウェアはコンピュータシステムのユーザにテストネットワークモデルおよび、場合によっては実験データの制御および入力を提供する、ユーザーインターフェースも含んでいてもよい。このユーザーインターフェースはこのシステムに仮説を特定するためのドラッグアンドドロップインターフェースを含んでいてもよい。このユーザーインターフェースは実験データを大容量ストレージから、取外し可能なメディアから、または異なるコンピュータシステムからこのシステムにネットワークを経て通信してロードする手段を有していてもよい。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
GeneSpringTMでは、そのデータセットにある遺伝子の全ての値の平均であるその遺伝子の正の合成対照を作製し、その遺伝子の全測定値をこの正の対照で割り算し、最低０.０１と仮定して各遺伝子をそれ自体に標準化する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７８】
TaqManプローブの要件はプローブＴＭがＰＣＲプライマーＴＭよりも少なくとも０℃大きいことであり、そのプローブがＧ（ＧＴＰ）残基で始まっていないことである。標的配列が前記判断基準を満足するTaqMan検定の一致を確認するには短すぎるなら、その配列を遺伝子の全配列に整列させ（たとえばGCG, Wisconsin Package, Accelrys, San Diego, CAのような標準的ソフトウェアを用いて）、標的配列を包含するもっと長いＤＮＡの伸長を選択する。それぞれの遺伝子について正方向プライマー、逆方向プライマーおよびTaqManプローブの配列を表４に記載する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
ツリーを作製するためにGeneSpringは各遺伝子とセット中の他の各遺伝子との関連性を算出する。次に、最高の相関を取り、遺伝子２個を対にして発現プロファイルを平均する。次にGeneSpringはこの新複合遺伝子を他の非対遺伝子全てと比較する。これを遺伝子全てが対を形成するまで反復する。この点で最短距離と分離比率が登場する。これら双方はツリーの分枝性向に影響を与える。最短距離はツリーの分離した枝がどこまで記載されるかに関する。最短距離ボックスに記載される数字は遺伝子間に明らかに考えられる最低の分離を決定する。ツリーの基部における無意味な構造を減少させる。最小距離の減少はツリーの分枝度を増加させる。初期設定最低距離は０.００１である。殆どの遺伝子はそれよりも密接には関連しないので、０.００１以下の値は殆ど効果がない。より高い数値は多数の遺伝子を一群に塊らせる傾向があり、その群の特異性が低下する。