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　特願２００６−３３８５２０「組み換え三重足場ベースポリペプチド」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　７月１９日出願公開、特開２００７−１８１４５８〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明　 
　本願は、平成１８年１２月１５日を出願日（パリ条約の例による優先権主張２００５年１２月１５日　米国）とする出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２４年２月２７日付で補正された特許請求の範囲並びに発明の詳細な説明及び図面の記載からみて、その請求項１に記載された以下のとおりのものと認める。
　
「３つのポリペプチドを含む三量体タンパク質複合体であって、
　各ポリペプチドは、
（ａ）
（ｉ）５つ以上の三重らせんリピート（各リピートが、以下の式の配列であり、
（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３）
式中、Ｘ１はグリシン残基であり、Ｘ２およびＸ３はアミノ酸残基のいずれかである）　
（ｉｉ）配列番号７、若しくは配列番号７をコードするタンパク質において１個又は数個のアミノ酸が変異、挿入、欠失、または切断されたタンパク質をコードする配列、または
（ｉｉｉ）配列番号９、若しくは配列番号９をコードするタンパク質において１個又は数個のアミノ酸が変異、挿入、欠失、または切断されたタンパク質をコードする配列
からなる三重らせんコイル足場ドメイン、
（ｂ）前記足場ドメインの１つの末端にインフレームで融合している第１の異種ドメイン（第１の異種ドメインが抗体ドメイン、リガンド結合ドメイン、リガンド、レセプター、プロテオグリカンからなる群から選ばれる結合ドメインであるか、または、蛍光タンパク質または酵素ドメインである）、および
（ｃ）前記足場ドメインの別の末端にインフレームで融合している所望による第２の異種ドメイン（第２の異種ドメインが抗体ドメイン、リガンド結合ドメイン、リガンド、レセプター、プロテオグリカンからなる群から選ばれる結合ドメインであるか、または、蛍光タンパク質または酵素ドメインである）
からなり、
　前記３つのポリペプチドの三重らせんコイル足場ドメインが三量体タンパク質複合体を形成するように互いに作用する、三量体タンパク質複合体。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．当審における拒絶の理由
　当審において平成２３年１１月２４日付で通知した拒絶の理由の１つは、本願発明は、本願の発明の詳細な説明に記載されたものでなく、この出願は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないというものであり、さらに、本願の発明の詳細な説明には、本願発明を当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されておらず、この出願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていないというものである。
　
３．当審の判断
（１）特許法第３６条第６項第１号について
（１−１）本願発明について
　本願請求項１に記載された発明は、(ａ）の三重らせんコイル足場ドメインが（ｉ）から（ｉｉｉ）の選択肢により択一的に記載されたものであり、そのうち（ｉ）を選択した場合の態様は、以下のとおりである。
　
「３つのポリペプチドを含む三量体タンパク質複合体であって、
　各ポリペプチドは、
（ａ）
（ｉ）５つ以上の三重らせんリピート（各リピートが、以下の式の配列であり、
（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３）
式中、Ｘ１はグリシン残基であり、Ｘ２およびＸ３はアミノ酸残基のいずれかである）
からなる三重らせんコイル足場ドメイン、
（ｂ）前記足場ドメインの１つの末端にインフレームで融合している第１の異種ドメイン（第１の異種ドメインが抗体ドメイン、リガンド結合ドメイン、リガンド、レセプター、プロテオグリカンからなる群から選ばれる結合ドメインであるか、または、蛍光タンパク質または酵素ドメインである）、および
（ｃ）前記足場ドメインの別の末端にインフレームで融合している所望による第２の異種ドメイン（第２の異種ドメインが抗体ドメイン、リガンド結合ドメイン、リガンド、レセプター、プロテオグリカンからなる群から選ばれる結合ドメインであるか、または、蛍光タンパク質または酵素ドメインである）
からなり、
　前記３つのポリペプチドの三重らせんコイル足場ドメインが三量体タンパク質複合体を形成するように互いに作用する、三量体タンパク質複合体。」（以下「本願発明’」という。）
　
（１−２）本願明細書の記載
　本願明細書には、以下の事項が記載されている（下線は合議体による。）。
ア．「【００６１】
  上述の抗ＥＧＦＲ ｓｃＦｖ０３、ＯＫＴ３ＶH−ＶL、および抗ＥＧＦＲ ５２８ＶH−ＶLをコードするｃＤＮＡを、
５’末端の短いヒンジ配列、および３’末端のヒスチジンタグ配列を含むＸＸＩ型ヒトミニコラーゲンのｃＤＮＡ
【００６２】
配列番号７
GlyGlyArgGluProLysSerCysAspLysThrHisThrCysProProCysProArgSerIleProGlyProProGlyProIleGlyProGluGlyProArgGlyLeuProGlyLeuProGlyArgAspGlyValProGlyLeuValGlyValProGlyArgProGlyValArgGlyLeuLysGlyLeuProGlyArgAsnGlyGluLysGlySerGlnGlyPheGlyTyrProGlyGluGlnGlyProProGlyProProGlyProGluGlyProProGlyIleSerLysGluGlyProProGlyAspProGlyLeuProGlyLysAspGlyAspHisGlyLysProGlyIleGlnGlyGlnProGlyProProGlyIleCysAspProSerLeuCysPheSerValIleAlaArgArgAspProPheArgLysGlyProAsnTyrSerLeuAspAspSerSerHisHisHisHisHisHisSerSerGly
（注：Proはプロリンまたはヒドロキシプロリンである）
【００６３】
配列番号８
GGCGGCCGCGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAAGATCTATTCCTGGGCCACCTGGTCCGATAGGCCCAGAGGGTCCCAGAGGATTACCTGGTTTGCCAGGAAGAGATGGTGTTCCTGGATTAGTGGGTGTCCCTGGACGTCCAGGTGTCAGAGGATTAAAAGGCCTACCAGGAAGAAATGGGGAAAAAGGGAGCCAAGGGTTTGGGTATCCTGGAGAACAAGGTCCTCCTGGTCCCCCAGGTCCAGAGGGCCCTCCTGGAATAAGCAAAGAAGGTCCTCCAGGAGACCCAGGTCTCCCTGGCAAAGATGGAGACCATGGAAAACCTGGAATCCAAGGGCAACCAGGCCCCCCAGGCATCTGCGACCCATCACTATGTTTTAGTGTAATTGCCAGAAGAGATCCGTTCAGAAAAGGACCAAACTATAGTCTAGACGACAGCAGCCATCATCACCATCACCATAGCAGCGGC
【００６４】
  得られた３つの発現ベクターを、ショウジョウバエS2細胞に同時トランスフェクト（co-transfect）した。その細胞をブラストサイジン存在下で培養し、ブラストサイジンに耐性を持つ細胞を選別した。細胞培養上清を回収してから、ＥＧＦＲおよびＣＤ３に対する抗体活性に対して、ウェスタンブロットとＥＬＩＳＡでスクリーニングした。一部のクローンの細胞が
三重らせん状の複合体（triple helix complex）を安定に発現していることが発見された
　
イ．「【００６８】
  ｓｃＦｖ-Ｃｏｌを生成するよう、ｓｃＦｖ-Ｃｏｌのコーディング領域には、Ｎ末端のｓｃＦｖヌクレオチド配列と、
ヒトＩｇＧのヒンジ領域、コラーゲン様ドメイン（下線部）およびＸＸＩ型コラーゲンのＮＣ１ドメインを含む、ＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＲＳＩＰ（ＧＰＰ）10ＧＩＣＤＰＳＬＣＦＳＶＩＡ-ＲＲＤＰＦＲＫＧＰＮＹのペプチド配列をコードするＣ末端合成コラーゲン足場遺伝子
【００６９】
配列番号９
SEQ ID NO: 9:
GluProLysSerCysAspLysThrHisThrCysProProCysProArgSerIleProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyProProGlyIleCysAspProSerLeuCysPheSerValIleAlaArgArgAspProPheArgLysGlyProAsnTyr
【００７０】
配列番号１０
GAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAAGATCTATTCCTGGGCCACCTGGTCCCCCAGGTCCTCCAGGACCCCCAGGGCCCCCAGGCCCCCCCGGGCCGCCTGGACCCCCAGGGCCACCAGGCCCCCCAGGCATCTGCGACCCATCACTATGTTTTAGTGTAATTGCCAGAAGAGATCCGTTCAGAAAAGGACCAAACTAT
【００７１】
  この合成配列（配列番号１０）をオーバーラップＰＣＲにより作製し、ＮｏｔＩおよびＸｈｏＩ部位の隣に位置する（flanking）ＰＣＲ産物を、同部位の発現ベクターｐＳｅｃＴａｇ２／Ｈｙｇｒｏ(インビトロジェン)にクローニングした。続いて、ｅｒｂおよびＯＫＴ３のｓｃＦｖを、ＡｓｃＩおよびＮｏｔＩ部位で上述したＣ末端コラーゲン足場含有構成体にインフレームでクローニングして、ｅｒｂ_ｓｃＦｖ−ＣｏｌおよびＯＫＴ３_ｓｃＦｖ−Ｃｏｌの発現構成体をそれぞれ作った。」（【００６８】〜【００７１】）
　
ウ．「 
三重らせん
鎖間ジスルフィド結合
　
エ．「【図４】それぞれ異なる形式の抗体を説明するものである。（Ａ）コラーゲン足場抗体：アミノ末端ｓｃＦｖ、ヒトＩｇＧのヒンジ領域、コラーゲン様ドメイン(ＧＰＰ)10、およびＸＸＩ型コラーゲンのカルボキシル末端ＮＣ１ドメインを含むｓｃＦｖ−Ｃｏｌ（左パネル）・・・
点線：鎖間ジスルフィド結合
　
オ．「【図４】
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（図４Ａ．）
　
（１−３）判断
　本願発明が、本願の発明の詳細な説明に記載されている、又は裏付けられているといえるためには、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみからなるポリペプチドが、Ｘ２およびＸ３がどのようなアミノ酸であっても、三重らせんコイル足場ドメインを形成することが本願明細書に記載されているか、あるいは記載されていなくても、本願出願時の技術常識を参酌すれば、当該リピートが三重らせんコイル足場ドメインを形成することを、当業者であれば認識できるように本願明細書に記載されていなければならない。
　
　しかしながら、上記（１−２）に記載したように、本願明細書の実施例において、三重らせんコイルを形成する足場ドメインとして具体的に開示されたのは、配列番号７（Ｎ末端の短いヒンジ配列「GlyGlyArgGluProLysSerCysAspLysThrHisThrCysProProCysProArgSerIlePro」及びＣ末端のヒスチジンタグ配列を含むＸＸＩ型ヒトミニコラーゲン）、及び、配列番号９（Ｎ末端のヒトＩｇＧのヒンジ領域「GluProLysSerCysAspLysThrHisThrCysProProCysProArgSerIlePro」及びＣ末端のＸＸＩ型コラーゲンのＮＣ１ドメインを含む合成コラーゲン足場ポリペプチド）からなるポリペプチドのみであるが、これらの三重らせんコイル足場ドメインは、いずれも３つのポリペプチド鎖をジスルフィド結合により結束する機能を有するヒンジ領域を含むものであって、本願の発明の詳細な説明において、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみからなるポリペプチドが三重らせんコイルを形成することは具体的に確認されていない。
　そして、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートにおいて、Ｘ２及びＸ３はどのようなアミノ酸であっても、三重らせんが安定して形成されるものではないことは、本願出願日における技術常識であった（要すれば、例えば、J Biol Chem. ,2005 May,Vol.280,No.19,p.19343-19349の表Ｉ及びConnect Tissue, 2003,Vol.35,No.4,p.207-217の特にp.211「安定性はXaa及びYaaの位置の残基に依存する」の項参照。）。
　このような技術常識に照らしても、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみからなるポリペプチドが、Ｘ２およびＸ３がどのようなアミノ酸であっても、三重らせんコイルを形成するとは、当業者は理解できない。
　してみると、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピート（Ｘ２およびＸ３はアミノ酸残基のいずれかである）が三重らせんコイル足場ドメインを形成することを発明特定事項とする本願発明’が、本願明細書の記載に裏付けられている、または開示されているとはいえない。
　したがって、本願発明に選択肢として含まれる本願発明’は、本願の発明の詳細な説明に記載されていないから、本願発明についても同様であり、本願は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
（２）特許法第３６条第４項第１号について
　上記（１−３）で述べたように、本願出願時の技術常識を考慮しても、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみからなるポリペプチドが、Ｘ２およびＸ３がどのようなアミノ酸であっても、三重らせんコイル足場ドメインを形成することができるかは不明であるから、本願明細書には本願発明’を当業者がその実施をできる程度に明確かつ十分に記載されているとは認めらない。
　
　したがって、本願の発明の詳細な説明は、本願発明に選択肢として含まれる本願発明’について、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものであるとはいえないから、本願発明についても同様であり、本願は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
（３）審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２４年２月２７日付意見書において、以下のように主張する。
「審判官殿は、（Ｇ−Ｘ−Ｙ）リピートがそれ自体で三量体化する能力について疑問視しているものですが、このことは、配列番号７及び９の「ヒンジ領域」が三量体化において一定の役割を有していると示唆しているものと思料します。
　しかし、上記の「ヒンジ領域」の配列は、ヒト抗体ＩｇＧ配列から取得したものであります。このような抗体は天然で三量体を形成しておらず、したがって、本願発明においてヒンジ領域の配列がそのような役割を有すると考える理由は全くありません。
　さらに、審判官殿もご指摘の通り、（Ｇ−Ｘ−Ｙ）リピートが三量体化できることは周知であり、審判官殿もご指摘のとおり、いくつかの例でそのような配列が三量体を形成することが公知であります。したがって、本願の請求項１の（ｉ）のポリペプチドが機能するかどうか疑問視する審判官殿のご指摘の根拠は全くありません。」（「３．拒絶理由２及び３に対する反論」の項）
　
　しかしながら、（Ｇｌｙ−Ｘ１−Ｘ２）ｎのＮ末又はＣ末に鎖間ジスルフィド結合を形成する領域を導入すると、三重らせん形成が安定化することは技術常識であるところ（要すれば、例えば、J.Biol.Chem.,2003,Vol.278,p.7747-7750、J.Mol.Biol.,2002,Vol.317,p.459-470、当審による拒絶理由における引用例３、４参照）、本願明細書に記載の配列番号７及び９における「ヒンジ領域」も、３つのポリペプチドの鎖間で、ジスルフィド結合を形成するものであって（上記記載事項ウ〜オ参照）、これにより３つのポリペプチド鎖は共有結合により結束しているのであるから、「ヒンジ領域」によるジスルフィド結合は三量体形成に寄与しているといえる。
　そして、本願明細書において、配列番号７又は９について、「ヒンジ領域」を欠失した（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみからなるポリペプチドが三重らせんコイルを形成することは何ら確認されていないのであるから、配列番号７及び９における「ヒンジ領域」が三量体を形成する役割を有すると考える理由はないという請求人の主張は採用できない。
　
　また、当審における拒絶理由において、（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートが三量体化できることは周知であるとは指摘しておらず、むしろ、反対に、５つ以上の（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートにおいて、Ｘ２及びＸ３はどのようなアミノ酸であっても、三重らせんが安定して形成されるものではないことが本願出願日における技術常識であったことを具体的な文献名を挙げて示している。なお、この点について、請求人自身も意見書において、「本願発明が成される前は、当業界では、三量体が集合するためには別個三量体ドメインが必要であると理解されておりました。」と主張するように、（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみでは、三量体を形成できないことが技術常識であったことを認めている（（３）１．参照）。
　そして、（Ｐｒｏ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ）10や（Ｐｒｏ−Ｈｙｐ−Ｇｌｙ）10など、特定の配列からなるポリペプチドは、（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）リピートのみで、三重らせんを形成することは確認されているが（例えば、当審による拒絶理由における引用例２）、これは、Ｘ２又はＸ３がプロリンやヒドロキシプロリンである特定の配列からなる場合であり、しかもリピートが１０の場合であって、このような例が、（Ｇｌｙ−Ｘ２−Ｘ３）において、Ｘ２およびＸ３がいかなるアミノ酸であっても、また、リピートが５つの場合であっても、三重らせんを形成する根拠になるものではない。
　よって、審判請求人の主張は採用することができない。
　
４．結論
　以上のとおり、本願請求項１に記載の発明について、本願は、特許法第３６条第６項第１号及び同法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものであるから、本願は拒絶をすべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。