【手続補正書】
【提出日】平成17年11月30日(2005.11.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１以上の敗血症誘導因子または炎症誘導因子により調節され、かつペプチドにより改変されるポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドパターンを同定する方法であって、
１または複数の前記ポリヌクレオチドを１以上の敗血症誘導因子または炎症誘導因子と接触させるステップ、
それと同時にまたはその直後に、１または複数の前記ポリヌクレオチドをペプチドと接触させるステップ、
発現の変化を測定するステップ
を含み、該変化が、敗血症誘導因子または炎症誘導因子によって調節され、かつペプチドによって低減されるポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドパターンを示すものである、上記方法。
【請求項２】
前記敗血症誘導因子または炎症誘導因子が、ＬＰＳ、ＬＴＡもしくはＣｐＧ  ＤＮＡ、細菌の成分もしくは全細胞、または関連する因子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
発現の変化を測定するステップが、前記敗血症誘導因子または炎症誘導因子との接触の前後に、ポリヌクレオチドの発現レベルを測定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法によって同定されるポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドパターン。
【請求項５】
炎症または敗血症の応答に関与しているポリペプチドをコードする、請求項４に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドパターン。
【請求項６】
敗血症または炎症を阻止する薬剤を同定する方法であって、請求項５に記載のポリヌクレオチドを含む細胞と薬剤とを接触させるステップを含み、薬剤の存在下におけるポリヌクレオチドの発現が、薬剤の不在下における発現と比較してモジュレートされ、かつ発現のモジュレーションが炎症または敗血症の応答に影響を及ぼすものである、上記方法。
【請求項７】
前記炎症または敗血症の応答に対する影響が炎症または敗血症の応答の抑制である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
請求項６に記載の方法によって同定される薬剤。
【請求項９】
ペプチド、ペプチド擬似体、化学化合物、核酸分子またはポリペプチドである、請求項８に記載の薬剤。
【請求項１０】
前記ペプチドが配列番号４〜５４から選択されるものである、請求項９に記載の薬剤。
【請求項１１】
炎症または敗血症の応答の抑制に関するポリヌクレオチド発現パターンを同定する方法であって、
細胞と、ＬＰＳ、ＬＴＡ、ＣｐＧ  ＤＮＡおよび／または細菌全体もしくは細菌成分とをペプチドの存在下または不在下で接触させるステップ、および
前記ペプチドの存在下および不在下における細胞のポリヌクレオチド発現パターンを検出するステップ
を含み、前記ペプチドの存在下におけるパターンが炎症または敗血症の応答の抑制を示すものである、上記方法。
【請求項１２】
炎症または敗血症の応答を抑制する化合物を同定する方法であって、
細胞と、炎症または敗血症の応答を抑制すると考えられる１種または複数の化合物とを接触させるステップ、
炎症または敗血症の応答を抑制するペプチドを用いて請求項１１に記載の方法で得られたパターンと類似するポリヌクレオチド発現パターンを提供する化合物を同定するステップ
を含む、上記方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法により同定される化合物。
【請求項１４】
先天性免疫を増強する薬剤を同定する方法であって、
先天性免疫に関与するポリペプチドをコードする１または複数のポリヌクレオチドと対象の薬剤とを接触させるステップ
を含み、前記薬剤の存在下におけるポリヌクレオチドの発現が、薬剤の不在下におけるポリヌクレオチドの発現と比較してモジュレートされ、かつ発現がモジュレートされると先天性免疫の増強が起こるものである、上記方法。
【請求項１５】
前記薬剤が敗血症の反応を刺激するものではない、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記薬剤が炎症または敗血症の応答を低減するものである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記薬剤が炎症または敗血症の応答を遮断するものである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記薬剤が抗炎症遺伝子をコードするポリヌクレオチドの発現を増大させるものである、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
抗炎症遺伝子が、ＩＬ−１Ｒアンタゴニストホモログ１（ＡＩ１６７８８７）、ＩＬ−１０Ｒβ（ＡＡ４８６３９３）、ＩＬ−１０Ｒα（Ｕ００６７２）、ＴＮＦ受容体メンバー１Ｂ（ＡＡ１５０４１６）、ＴＮＦ受容体メンバー５（Ｈ９８６３６）、ＴＮＦ受容体メンバー１１ｂ（ＡＡ１９４９８３）、ＨＬＡ  ＩＩのＩＫサイトカインダウンレギュレーター（Ｒ３９２２７）、ＴＧＦＢ誘導性初期増殖応答２（ＡＩ４７３９３８）、ＣＤ２（ＡＡ９２７７１０）、グルココルチコイド関連ポリヌクレオチド（ＡＫ０００８９２）、またはＩＬ−１０（Ｍ５７６２７２０）を含むサブセットから選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記薬剤がＴＮＦ−αの発現を抑制するものである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記薬剤がインターロイキンの発現を抑制するものである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記インターロイキンがＩＬ−８である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記薬剤がペプチドである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２４】
前記ペプチドが配列番号４〜５４から選択されるものである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
請求項１４に記載の方法により同定される薬剤。
【請求項２６】
ペプチド、ペプチド擬似体、化学化合物または核酸分子である、請求項２５に記載の薬剤。
【請求項２７】
先天性免疫を選択的に増強する化合物を同定するためのポリヌクレオチド発現パターンを同定する方法であって、
ペプチドの存在下および不在下において接触させた細胞のポリヌクレオチド発現パターンを検出するステップであって、ペプチドの存在下におけるパターンが先天性免疫の刺激を表わすものである上記ステップ、
試験化合物の存在下において接触させた細胞のポリヌクレオチド発現パターンを検出するステップであって、ペプチドの存在下において確認されるパターンに類似している試験化合物を用いたパターンが先天性免疫を増強する化合物を示すものである上記ステップ
を含む、上記方法。
【請求項２８】
請求項２７に記載の方法により同定される化合物。
【請求項２９】
前記化合物が敗血症の反応を刺激するものではない、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記ポリヌクレオチド発現パターンが炎症性ポリヌクレオチドの発現を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
炎症性ポリヌクレオチドが、リングフィンガータンパク質１０（Ｄ８７４５１）、セリン／スレオニンプロテインキナーゼＭＡＳＫ（ＡＢ０４００５７）、ＫＩＡＡ０９１２タンパク質（ＡＢ０２０７１９）、ＫＩＡＡ０２３９タンパク質（Ｄ８７０７６）、ＲＡＰ１、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質１（Ｍ６４７８８）、ＦＥＭ−１様デスレセプター結合タンパク質（ＡＢ００７８５６）、カテプシンＳ（Ｍ９０６９６）、推定タンパク質ＦＬＪ２０３０８（ＡＫ０００３１５）、ｐｉｍ−１癌遺伝子（Ｍ５４９１５）、プロテアソームサブユニットβ型５（Ｄ２９０１１）、ＫＩＡＡ０２３９タンパク質（Ｄ８７０７６）、気道ムチン５サブタイプＢ（ＡＪ００１４０３）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質ＣＲＥＢＰａ、インテグリンαＭ（Ｊ０３９２５）、Ｒｈｏ関連キナーゼ２（ＮＭ＿００４８５０）、ＰＴＤ０１７タンパク質（ＡＬ０５０３６１）、未知遺伝子（ＡＫ００１１４３、ＡＫ０３４３４８、ＡＬ０４９２５０、ＡＬ１６１９９１、ＡＬ０３１９８３）、レチノイン酸受容体（Ｘ０６６１４）、Ｇタンパク質共役型受容体（Ｚ９４１５５、Ｘ８１８９２、Ｕ５２２１９、Ｕ２２４９１、ＡＦ０１５２５７、Ｕ６６５７９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体７（Ｌ３１５８４）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（Ｚ２９５７５）、インターフェロンγ受容体２（Ｕ０５８７５）、サイトカイン受容体様因子１（ＡＦ０５９２９３）、クラスＩサイトカイン受容体（ＡＦ０５３００４）、凝固因子ＩＩ（トロンビン）受容体様２（Ｕ９２９７１）、白血病抑制因子受容体（ＮＭ＿００２３１０）、インターフェロンγ受容体１（ＡＬ０５０３３７）、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記発現パターンがケモカインをコードするポリヌクレオチドの発現を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３３】
前記発現パターンが細胞分化因子の発現を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３４】
前記ポリヌクレオチド発現パターンが細胞表面受容体の発現を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞表面受容体がケモカイン受容体またはインテグリン受容体を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
先天性免疫を選択的に増強することが可能な薬剤を同定する方法であって、
先天性免疫に関与するポリペプチドをコードする１または複数のポリヌクレオチドを含有する細胞を対象の薬剤と接触させるステップ
を含み、薬剤の存在下における１または複数のポリヌクレオチドの発現が、薬剤の不在下における発現と比較してモジュレートされ、かつ発現がモジュレートされると先天性免疫の増強が起こる、上記方法。
【請求項３７】
前記発現パターンが先天性免疫を増強する化合物のスクリーニングに利用される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ケモカインまたはケモカイン受容体の発現を刺激する、請求項２８に記載の化合物。
【請求項３９】
ケモカインまたはケモカイン受容体が、ＣＸＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ２、ＣＣＲ６、ＭＩＰ−１α、ＩＬ−８、ＭＣＰ−１、ＭＣＰ−２、ＭＣＰ−３、ＭＣＰ−４またはＭＣＰ−５である、請求項３８に記載の化合物。
【請求項４０】
前記化合物が、ペプチド、ペプチド擬似体、化学化合物または核酸分子である、請求項２８に記載の化合物。
【請求項４１】
敗血症または炎症の応答を抑制または遮断し、かつ先天性免疫を増強することが可能な薬剤を同定する方法であって、
ｉ）炎症または敗血症の応答を抑制することが可能なポリペプチドをコードする１または複数のポリヌクレオチド、およびｉｉ）先天性免疫に関与するポリペプチドをコードする１または複数のポリヌクレオチドを含有する細胞と、対象の薬剤とを接触させるステップ
を含み、前記薬剤の存在下における１または複数のポリヌクレオチドの発現が、薬剤の不在下における１または複数のポリヌクレオチドの発現と比較してモジュレートされ、かつ発現がモジュレートされると、炎症または敗血症の応答の抑制、および先天性免疫の増強が起こる、上記方法。
【請求項４２】
哺乳動物被験体の感染の状態を被験体の核酸サンプルから推測する方法であって、前記核酸サンプル中で、非感染の被験体と比較した場合の、表５５に示す少なくとも２個のポリヌクレオチドのポリヌクレオチド発現の上昇により例示されるポリヌクレオチド発現パターンを同定するステップを含む、上記方法。
【請求項４３】
哺乳動物被験体の感染の状態を被験体の核酸サンプルから推測する方法であって、前記核酸サンプル中で、非感染の被験体と比較した場合の、表５６に示す少なくとも２個のポリヌクレオチドのポリヌクレオチド発現の低下により例示されるポリヌクレオチド発現パターンを同定するステップを含む、上記方法。
【請求項４４】
哺乳動物被験体の感染の状態を被験体の核酸サンプルから推測する方法であって、前記核酸サンプル中で、非感染の被験体と比較した場合の、表５７に示す少なくとも２個のポリヌクレオチドのポリヌクレオチド発現により例示されるポリヌクレオチド発現パターンを同定するステップを含む、上記方法。
【請求項４５】
感染状態が、細菌、ウィルス、真菌、または寄生生物の因子によるものである、請求項４２、４３、４４または８１に記載の方法。
【請求項４６】
感染状態がグラム陽性菌またはグラム陰性菌によるものである、請求項４２、４３、４４または８１に記載の方法。
【請求項４７】
請求項４２、４３、４４または８１に記載の方法により同定された感染状態を有する被験体のポリヌクレオチド発現パターン。
【請求項４８】
ＣＸＣＲ−４のアンタゴニストであるペプチド。
【請求項４９】
ＣＸＣＲ−４のアンタゴニストであるペプチドを同定する方法であって、
ペプチドの存在下または不在下においてＴ細胞とＳＤＦ−１とを接触させるステップ、
走化性を測定するステップ
を含み、該ペプチドの存在下における走化性の低下が、ＣＸＣＲ−４のアンタゴニストであるペプチドを示すものである、上記方法。
【請求項５０】
一般式：Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＸ４ＰＸ４ＩＰＸ５Ｘ２Ｘ１（配列番号４）（式中、Ｘ１は１個または２個のＲ、ＬまたはＫであり、Ｘ２は１個のＣ、ＳまたはＡであり、Ｘ３は１個のＲまたはＰであり、Ｘ４は１個のＡまたはＶであり、Ｘ５は１個のＶまたはＷである）を含む、単離されたペプチド。
【請求項５１】
ＬＬＣＲＩＶＰＶＩＰＷＣＫ（配列番号５）、ＬＲＣＰＩＡＰＶＩＰＶＣＫＫ（配列番号６）、ＫＳＲＩＶＰＡＩＰＶＳＬＬ（配列番号７）、ＫＫＳＰＩＡＰＡＩＰＷＳＲ（配列番号８）、ＲＲＡＲＩＶＰＡＩＰＶＡＲＲ（配列番号９）およびＬＳＲＩＡＰＡＩＰＷＡＫＬ（配列番号１０）からなる群から選択される、請求項５０に記載のペプチド。
【請求項５２】
抗炎症活性を有するものである、請求項５０に記載のペプチド。
【請求項５３】
抗敗血症活性を有するものである、請求項５０に記載のペプチド。
【請求項５４】
一般式：Ｘ１ＬＸ２Ｘ３ＫＸ４Ｘ２Ｘ５Ｘ３ＰＸ３Ｘ１（配列番号１１）（式中、Ｘ１は１個または２個のＤ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＮであり、Ｘ２は１個または２個のＰ、ＧまたはＤであり、Ｘ３は１個のＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＹであり、Ｘ４は１個のＲ、ＫまたはＨであり、Ｘ５は１個のＳ、Ｔ、Ｃ、ＭまたはＲである）を含む、単離されたペプチド。
【請求項５５】
ＤＬＰＡＫＲＧＳＡＰＧＳＴ（配列番号１２）、ＳＥＬＰＧＬＫＨＰＣＶＰＧＳ（配列番号１３）、ＴＴＬＧＰＶＫＲＤＳＩＰＧＥ（配列番号１４）、ＳＬＰＩＫＨＤＲＬＰＡＴＳ（配列番号１５）、ＥＬＰＬＫＲＧＲＶＰＶＥ（配列番号１６）およびＮＬＰＤＬＫＫＰＲＶＰＡＴＳ（配列番号１７）からなる群から選択される、請求項５４に記載のペプチド。
【請求項５６】
抗炎症活性を有するものである、請求項５４に記載のペプチド。
【請求項５７】
抗敗血症活性を有するものである、請求項５４に記載のペプチド。
【請求項５８】
一般式：Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４ＷＸ４ＷＸ４Ｘ５Ｋ（配列番号１８）（式中、Ｘ１はＡ、ＰまたはＲから選択される１〜４個であり、Ｘ２は１個または２個の芳香族アミノ酸（Ｆ、ＹおよびＷ）であり、Ｘ３は１個のＰまたはＫであり、Ｘ４はＡ、Ｐ、ＹまたはＷから選択される１個もしくは２個、または０個であり、Ｘ５はＲまたはＰから選択される１〜３個である）を含む、単離されたペプチド。
【請求項５９】
ＲＰＲＹＰＷＷＰＷＷＰＹＲＰＲＫ（配列番号１９）、ＲＲＡＷＷＫＡＷＷＡＲＲＫ（配列番号２０）、ＲＡＰＹＷＰＷＡＷＡＲＰＲＫ（配列番号２１）、ＲＰＡＷＫＹＷＷＰＷＰＷＰＲＲＫ（配列番号２２）、ＲＡＡＦＫＷＡＷＡＷＷＲＲＫ（配列番号２３）およびＲＲＲＷＫＷＡＷＰＲＲＫ（配列番号２４）からなる群から選択される、請求項５８に記載のペプチド。
【請求項６０】
抗炎症活性を有するものである、請求項５８に記載のペプチド。
【請求項６１】
抗敗血症活性を有するものである、請求項５８に記載のペプチド。
【請求項６２】
一般式：Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ１ＶＸ３Ｘ４ＲＧＸ４Ｘ３Ｘ４Ｘ１Ｘ３Ｘ１（配列番号２５）（式中、Ｘ１は１個または２個のＲまたはＫであり、Ｘ２は極性アミノ酸または荷電アミノ酸（Ｓ、Ｔ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、ＲおよびＨ）であり、Ｘ３はＣ、Ｓ、Ｍ、ＤまたはＡであり、Ｘ４はＦ、Ｉ、Ｖ、ＭまたはＲである）を含む、単離されたペプチド。
【請求項６３】
ＲＲＭＣＩＫＶＣＶＲＧＶＣＲＲＫＣＲＫ（配列番号２６）、ＫＲＳＣＦＫＶＳＭＲＧＶＳＲＲＲＣＫ（配列番号２７）、ＫＫＤＡＩＫＫＶＤＩＲＧＭＤＭＲＲＡＲ（配列番号２８）、ＲＫＭＶＫＶＤＶＲＧＩＭＩＲＫＤＲＲ（配列番号２９）、ＫＱＣＶＫＶＡＭＲＧＭＡＬＲＲＣＫ（配列番号３０）およびＲＲＥＡＩＲＲＶＡＭＲＧＲＤＭＫＲＭＲＲ（配列番号３１）からなる群から選択される、請求項６２に記載のペプチド。
【請求項６４】
抗炎症活性を有するものである、請求項６２に記載のペプチド。
【請求項６５】
抗敗血症活性を有するものである、請求項６２に記載のペプチド。
【請求項６６】
一般式：Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ１ＶＸ５Ｘ４ＲＧＸ４Ｘ５Ｘ４Ｘ１Ｘ３Ｘ１（配列番号３２）（式中、Ｘ１が１個または２個のＲまたはＫであり、Ｘ２は極性アミノ酸または荷電アミノ酸（Ｓ、Ｔ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、ＲおよびＨ）であり、Ｘ３は１個のＣ、Ｓ、Ｍ、ＤまたはＡであり、Ｘ４は１個のＦ、Ｉ、Ｖ、ＭまたはＲであり、Ｘ５は１個のＡ、Ｉ、Ｓ、Ｍ、ＤまたはＲである）を含む、単離されたペプチド。
【請求項６７】
ＲＴＣＶＫＲＶＡＭＲＧＩＩＲＫＲＣＲ（配列番号３３）、ＫＫＱＭＭＫＲＶＤＶＲＧＩＳＶＫＲＫＲ（配列番号３４）、ＫＥＳＩＫＶＩＩＲＧＭＭＶＲＭＫＫ（配列番号３５）、ＲＲＤＣＲＲＶＭＶＲＧＩＤＩＫＡＫ（配列番号３６）、ＫＲＴＡＩＫＫＶＳＲＲＧＭＳＶＫＡＲＲ（配列番号３７）およびＲＨＣＩＲＲＶＳＭＲＧＩＩＭＲＲＣＫ（配列番号３８）からなる群から選択される、請求項６６に記載のペプチド。
【請求項６８】
抗炎症活性を有するものである、請求項６６に記載のペプチド。
【請求項６９】
抗敗血症活性を有するものである、請求項６６に記載のペプチド。
【請求項７０】
一般式：ＫＸ１ＫＸ２ＦＸ２ＫＭＬＭＸ２ＡＬＫＫＸ３（配列番号３９）（式中、Ｘ１は極性アミノ酸（Ｃ、Ｓ、Ｔ、Ｍ、ＮおよびＱ）であり、Ｘ２は１個のＡ、Ｌ、ＳまたはＫであり、Ｘ３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ、Ｆ、Ｓ、Ｔ、ＫおよびＨから選択される１〜１７個のアミノ酸である）を含む、単離されたペプチド。
【請求項７１】
ＫＣＫＬＦＫＫＭＬＭＬＡＬＫＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＫＬＴＫ（配列番号４０）、ＫＳＫＳＦＬＫＭＬＭＫＡＬＫＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＩＳ（配列番号４１）、ＫＴＫＫＦＡＫＭＬＭＭＡＬＫＫＶＶＳＴＡＫＰＬＡＩＬＳ（配列番号４２）、ＫＭＫＳＦＡＫＭＬＭＬＡＬＫＫＶＬＫＶＬＴＴＡＬＴＬＫＡＧＬＰＳ（配列番号４３）、ＫＮＫＡＦＡＫＭＬＭＫＡＬＫＫＶＴＴＡＡＫＰＬＴＧ（配列番号４４）およびＫＱＫＬＦＡＫＭＬＭＳＡＬＫＫＫＴＬＶＴＴＰＬＡＧＫ（配列番号４５）からなる群から選択される、請求項７０に記載のペプチド。
【請求項７２】
抗炎症活性を有するものである、請求項７０に記載のペプチド。
【請求項７３】
抗敗血症活性を有するものである、請求項７０に記載のペプチド。
【請求項７４】
一般式：ＫＷＫＸ２Ｘ１Ｘ１Ｘ２Ｘ２Ｘ１Ｘ２Ｘ２Ｘ１Ｘ１Ｘ２Ｘ２ＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号４６）（式中、Ｘ１は疎水性アミノ酸であり、Ｘ２は親水性アミノ酸である）を含む、単離されたペプチド。
【請求項７５】
ＫＷＫＳＦＬＲＴＦＫＳＰＶＲＴＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号４７）、ＫＷＫＳＹＡＨＴＩＭＳＰＶＲＬＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号４８）、ＫＷＫＲＧＡＨＲＦＭＫＦＬＳＴＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号４９）、ＫＷＫＫＷＡＨＳＰＲＫＶＬＴＲＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号５０）、ＫＷＫＳＬＶＭＭＦＫＫＰＡＲＲＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号５１）およびＫＷＫＨＡＬＭＫＡＨＭＬＷＨＭＩＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号５２）からなる群から選択される、請求項７４に記載のペプチド。
【請求項７６】
抗炎症活性を有するものである、請求項７４に記載のペプチド。
【請求項７７】
抗敗血症活性を有するものである、請求項７４に記載のペプチド。
【請求項７８】
ＫＷＫＳＦＬＲＴＦＫＳＰＶＲＴＶＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号５３）の配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項７９】
ＫＷＫＳＹＡＨＴＩＭＳＰＶＲＬＶＦＨＴＡＬＫＰＩＳＳ（配列番号５４）の配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項８０】
前記薬剤が、ジンクフィンガータンパク質（ＡＦ０６１２６１）；細胞周期遺伝子（Ｓ７０６２２）；ＩＬ−１０受容体（Ｕ００６７２）；トランスフェラーゼ（ＡＦ０３８６６４）；ホメオボックスタンパク質（ＡＣ００４７７４）；フォークヘッドタンパク質（ＡＦ０４２８３２）；未知（ＡＬ０９６８０３）；ＫＩＡＡ０２８４タンパク質（ＡＢ００６６２２）；推定タンパク質（ＡＬ０２２３９３）；受容体（ＡＦ１１２４６１）；推定タンパク質（ＡＫ００２１０４）；タンパク質（ＡＬ０５０２６１）；ポリペプチド（ＡＦ１０５４２４）；ＳＰＲ１タンパク質（ＡＢ０３１４８０）；デヒドロゲナーゼ（Ｄ１７７９３）；トランスフェラーゼ（Ｍ６３５０９）；およびペルオキシソーム因子（ＡＢ０１３８１８）である、請求項１４に記載の方法。
【請求項８１】
哺乳動物被験体の感染の状態を被験体の核酸サンプルから推測する方法であって、前記核酸サンプル中で、登録番号Ｄ８７４５１（リングフィンガータンパク質１０）；登録番号ＡＬ０４９９７５（未知）；登録番号Ｕ３９０６７（真核生物の翻訳開始因子３サブユニット２）；登録番号ＡＫ０００９４２（未知）；登録番号ＡＢ０４００５７（セリン／スレオニンプロテインキナーゼＭＡＳＫ）；登録番号ＡＢ０２０７１９（ＫＩＡＡ０９１２タンパク質）；登録番号ＡＢ００７８５６（ＦＥＭ−１様デスレセプター結合タンパク質）；登録番号ＡＬ１３７３７６（未知）；登録番号ＡＬ１３７７３０（未知）；登録番号Ｍ９０６９６（カテプシンＳ）；登録番号ＡＫ００１１４３（未知）；登録番号ＡＦ０３８４０６（ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ）；登録番号ＡＫ０００３１５（推定タンパク質ＦＬＪ２０３０８）；登録番号Ｍ５４９１５（ｐｉｍ−１癌遺伝子）；登録番号Ｄ２９０１１（プロテアソームサブユニットβ型５）；登録番号ＡＬ０３４３４８（未知）；登録番号Ｄ８７０７６（ＫＩＡＡ０２３９タンパク質）；登録番号ＡＪ００１４０３（気道ムチン５サブタイプＢ）；登録番号Ｊ０３９２５（インテグリンαＭ）；Ｒｈｏ関連キナーゼ２（ＮＭ＿００４８５０）；ＰＴＤ０１７タンパク質（ＡＬ０５０３６１）；未知遺伝子（ＡＫ００１１４３、ＡＫ０３４３４８、ＡＬ０４９２５０、ＡＬ１６１９９１、ＡＬ０３１９８３）；レチノイン酸受容体（Ｘ０６６１４）；Ｇタンパク質共役型受容体（Ｚ９４１５５、Ｘ８１８９２、Ｕ５２２１９、Ｕ２２４９１、ＡＦ０１５２５７、Ｕ６６５７９）；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体７（Ｌ３１５８４）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（Ｚ２９５７５）；インターフェロンγ受容体２（Ｕ０５８７５）；サイトカイン受容体様因子１（ＡＦ０５９２９３）；クラスＩサイトカイン受容体（ＡＦ０５３００４）；凝固因子ＩＩ（トロンビン）受容体様２（Ｕ９２９７１）；白血病抑制因子受容体（ＮＭ＿００２３１０）；インターフェロンγ受容体１（ＡＬ０５０３３７）；またはこれらの任意の組合せから選択される少なくとも２個のポリヌクレオチドのポリヌクレオチド発現の変化を含むポリヌクレオチド発現パターンを同定するステップを含む、上記方法。
【請求項８２】
前記ケモカインが、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＣＲ２、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＭＩＰ−１α、ＭＤＣ、ＭＩＰ−３α、ＭＣＰ−１、ＭＣＰ−２、ＭＣＰ−３、ＭＣＰ−４、ＭＣＰ−５およびＲＡＮＴＥＳを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項８３】
前記細胞分化因子が、ＴＧＦβ誘導性初期増殖応答２（ＡＩ４７３９３８）、ジンクフィンガータンパク質（ＡＦ０６１２６１、Ｕ００１１５、Ｘ７８９２４）、および転写因子（Ｕ３１５５６、ＡＬ１３７６８１、Ｘ６８５６０）を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項８４】
キナーゼ活性を変化させる、請求項２８に記載の化合物。
【請求項８５】
前記キナーゼが、ＭＡＰキナーゼキナーゼ３（Ｄ８７１１６）、ＭＡＰキナーゼキナーゼ６（Ｈ０７９２０）、ＭＡＰキナーゼキナーゼ５（Ｗ６９６４９）、ＭＡＰキナーゼ７（Ｈ３９１９２）、ＭＡＰキナーゼ１２（ＡＩ９３６９０９）、ＭＡＰキナーゼ活性化プロテインキナーゼ３（Ｗ６８２８１）、またはＭＡＰキナーゼキナーゼ１（Ｌ１１２８４）から選択されるものである、請求項８４に記載の化合物。
【請求項８６】
前記薬剤がプロテアソームサブユニット発現を低下させる、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項８７】
前記プロテアソームサブユニットが、登録番号Ｄ１１０９４、Ｌ０２４２６、Ｄ００７６３、ＡＢ００９３９８、ＡＦ０５４１８５、Ｍ３４０７９、Ｍ３４０７９またはＡＬ０３１１７７のポリヌクレオチドを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
ＳＤＦ−１受容体のポリヌクレオチド発現を低下させる、単離されたペプチド。
【請求項８９】
前記ペプチドが配列番号４〜５４から選択されるものである、請求項４０に記載の化合物。
【請求項９０】
少なくとも１個のＤ−エナンチオマーのアミノ酸を含む、請求項５０〜７９のいずれかに記載のペプチド。
【請求項９１】
環状ペプチドである、請求項５０〜７９のいずれかに記載のペプチド。
【請求項９２】
カチオン性ペプチドである、請求項４８、５０〜７９、８８、９０および９１のいずれかに記載のペプチド。
【請求項９３】
環状ペプチドである、請求項９０または９２に記載のペプチド。
【請求項９４】
被験体において先天性免疫を刺激する方法であって、配列番号１〜４、１１、１８、２５、３２、３９、４６、５３または５４に示されるペプチドの治療上有効な量を該被験体に投与し、それにより免疫応答を刺激するステップを含む、上記方法。
【請求項９５】
前記先天性免疫が、宿主免疫細胞の活性化、増殖、分化、細胞表面抗原の発現、細胞骨格の再形成、またはＭＡＰキナーゼ経路の活性化により認められる、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記ＭＡＰキナーゼがＭＥＫおよび／またはＥＲＫである、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記ペプチドが抗炎症活性を有する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記ペプチドが抗敗血症活性を有する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記ペプチドが少なくとも１個のＤ−エナンチオマーのアミノ酸を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記ペプチドが環状ペプチドである、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
前記ペプチドがカチオン性ペプチドである、請求項１〜３、１１、１２、２３、２４、２７、２９〜３５、４９、８３および９４〜１００のいずれかに記載の方法。
【請求項１０２】
前記ペプチドが逆配列である、請求項１〜３、１１、１２、２３、２４、２７、２９〜３５、４９、８３および９４〜１０１のいずれかに記載の方法。
【請求項１０３】
前記ペプチドが逆配列である、請求項４８、５０〜７９、８８および９０〜９３のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
本明細書では、「カチオン性ペプチド」という用語は、アミノ酸長が約５個から約５０個のアミノ酸配列を意味する。一態様では、本発明のカチオン性ペプチドは、約１０個から約３５個のアミノ酸長である。また、［ｐＫａ］ｐＩ値が約９．０を越える十分に正に荷電したアミノ酸を含んでいる場合には、ペプチドは「カチオン性」である（ここでｐＩ（等電点）は、ペプチドの正味荷電が中性の場合にはｐＨに等しい）。典型的には、カチオン性ペプチドの少なくとも２個のアミノ酸残基は正電荷を帯びており、その例としてはリジンまたはアルギニンが挙げられる。「正に荷電した」とは、ｐＨ７．０の正味の正電荷を有しているアミノ酸残基の側鎖を意味する。本発明により組換え産生させうる天然のカチオン性抗菌性ペプチドの例としては、ディフェンシン、カテリシジン、マガイニン、メリチンおよびセクロピン、バクテネシン、インドリシジン、ポリフェムシン、タキプレシン、ならびにこれらの類似体が挙げられる。種々の生物はカチオン性ペプチド（微生物に対する非特異性の防御機構の一部として用いられる分子）を作る。単離された場合、これらのペプチドは、細菌、真菌およびある種の外膜ウィルスをはじめとする種々の微生物にとって有毒である。カチオン性ペプチドは多くの病原体に対して作用するが、注意すべき例外と毒性の様々な程度がある。しかし、本特許では、微生物に対する毒性はないが、先天性免疫の刺激を介して感染を防御する能力を有するさらに別のカチオン性ペプチドを明らかにする。また、本発明は、抗菌活性を有するカチオン性ペプチドに限定されるものではない。実際、本発明で有用な多数のペプチドは抗菌活性を有していない。