【手続補正書】
【提出日】平成18年6月22日(2006.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害を有する被検者の反応性を予測する方法であって、ハイブリダイゼーション特性において、その５'−位置で非メチル化されるシトシン塩基をシトシンと異なって検出され得る塩基に変換する１つまたはそれ以上の薬剤に、治療前あるいは治療中に被検者から得た生体試料中の前記標的核酸の少なくとも１つを接触させることによって、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, TP53, PTGS2, FGFR1, SYK, PITX2, GRIN2D, PSA, CGA, CYP2D6, MSMB, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGA および PCAFからなる群から選択される遺伝子、および／またはそれらの制御領域を含む１つまたはそれ以上の標的核酸のメチル化パターンを分析することを含む方法。
【請求項２】
前記遺伝子は、TP53, PTGS2, FGFR1, PSA, CGA, CYP2D6およびMSMBからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子は、STMN1, PITX2, PSAおよびCGAからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子は、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよびPRKCDからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子は、ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGAおよびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子は、TP53, PTGS2, PITX2, CYP2D6, MSMB, WBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子は、TP53, PTGS2, CYP2D6および MSMBからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記遺伝子は、PITX2からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記遺伝子は、WBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記遺伝子は、STMN1, SFN, TGFBR2, FGFR1, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1および CGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記遺伝子は、FGFR1, PSAおよび CGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記遺伝子は、STMN1, PSAおよびCGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記遺伝子は、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよび PRKCDからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝子は、ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1およびCGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記標的核酸は、本質的に配列番号: 68, 50, 74, 90, 91, 92および99、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 83, 90および91、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115 および121、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記標的核酸は、本質的に配列番号: 126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
乳房組織の前記細胞増殖障害は、インサイチュ管癌腫、小葉癌腫、膠質癌腫、尿細管癌腫、髄様癌、異形成癌腫、インサイチュ管内癌腫、インサイチュ小葉癌腫およびインサイチュ乳頭癌腫からなる群から選択される、請求項１〜１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記被検者は、エストロゲンおよび／またはプロゲステロン受容体陽性である、請求項１〜２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記治療は、乳房組織の再発性または転移性細胞増殖障害の処置のための治療である、請求項１〜５および１０〜１４に記載の方法。
【請求項２３】
前記治療は補助的治療である、請求項１〜９に記載の方法。
【請求項２４】
前記被検者は化学治療を受けなかった、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
本質的に、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
【請求項２６】
本質的に、配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
【請求項２７】
本質的に、配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および702、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
【請求項２８】
本質的に、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
【請求項２９】
本質的に、配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
【請求項３０】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794に記載の核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
【請求項３１】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
【請求項３２】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および 702 に記載の核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
【請求項３３】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および 762 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
【請求項３４】
オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
【請求項３５】
塩基配列は少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドを含む、請求項３０〜３４のいずれか１つに記載されるオリゴマー。
【請求項３６】
請求項３０〜３５のいずれかに記載される少なくとも２つのオリゴマーを含むオリゴマーのセット。
【請求項３７】
少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが固体相に結合していることを特徴とする請求項３０〜３６の１つに記載されるオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３８】
配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793, および794、およびこれらに相補的な配列のうちの１つを含む核酸配列の増幅のためのプライマーオリゴヌクレオチドとして使用される、請求項３０〜３６のうちの１つに記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３９】
配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択された配列内のシトシンメチル化状態および／または単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）を検出するための請求項３０〜３８のいずれかに記載のオリゴマーの少なくとも２つを含むオリゴヌクレオチドのセットの使用。
【請求項４０】
配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のＣｐＧジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、またはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害をもつ被検者の反応性を予測するための担体物質に固定化された異なったオリゴマー（アレー）の配列を製造する方法であって、請求項３０〜３５のいずれかに記載の少なくとも１つのオリゴマーが固体相に結合されている方法。
【請求項４１】
請求項４０において得られうる異なったオリゴマー（アレー）の配列。
【請求項４２】
前記オリゴヌクレオチドが四角形または六角形格子形態の平面固体相上に配列されることを特徴とする、請求項４１に記載される異なったオリゴヌクレオチド−および／またはＰＮＡ−オリゴマー配列のアレー。
【請求項４３】
固体相表面は、シリコーン、ガラス、ポリスチレン、アルミニウム、鉄鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金から構成されることを特徴とする、請求項４１または４２のいずれかに記載のアレー。
【請求項４４】
請求項３０〜３５のいずれかに記載される少なくとも１つの核酸を含む配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のＣｐＧジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房細胞増殖障害の反応を予測するためのＤＮＡ−および／またはＰＮＡ−アレー。
【請求項４５】
下記工程；
ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的試料を得て、
ｂ）ゲノムＤＮＡを抽出し、
ｃ）５−位で非メチル化されているゲノムＤＮＡ試料中のシトシン塩基をウラシルまたは塩基対挙動においてシトシンに類似していない他の塩基に変換し、
ｄ）前処理されたゲノムＤＮＡの少なくとも１つの断片を増幅し、ここで前記断片は、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含み、そして
ｅ）増幅核酸の分析によって、１つまたはそれ以上のゲノムＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定する、
を含む請求項１〜２４のいずれか１つに記載される方法。
【請求項４６】
工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および702、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５０】
工程ｅ）は、配列番号: 1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954 および 1965〜2142に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
工程ｅ）は、配列番号: 2011, 2012, 2017〜2024, 2031〜2035, 2035, 2036, 2036, 2037, 2037, 2038および 2038〜2044に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５２】
工程ｅ）は、配列番号: 2003〜2030に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】
工程ｅ）は、配列番号: 2003〜2020および2045〜2112に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５４】
工程ｅ）は、配列番号: 1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954, 1965〜2002, 2011〜2025, 2045〜2052, 2069〜2078および2127〜2134に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５５】
工程ｅ）は、請求項１７〜２１に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５６】
工程ｅ）は、請求項１７〜２１に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび少なくとも１つのヌクレオチド塩基による前記ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドの伸長によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５７】
工程ｅ）は、配列決定によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５８】
工程ｄ）は、特定プライマーのメチル化を使用して実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項５９】
さらに、工程ｄ）において、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列に相補的であるか、あるいは中程度に厳密なまたは厳密な条件下でハイブリダイズする長さが少なくとも９ヌクレオチドである近接した配列を各ケースにおいて含む、少なくとも１つの核酸分子またはペプチド核酸分子の使用を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項６０】
工程ｅ）は、請求項３８〜４２に記載される方法のうち、少なくとも２つを組み合わせて実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項６１】
治療は、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、または二亜硫酸塩の溶液によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
【請求項６２】
下記工程；
ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的試料を得て、
ｂ）ゲノムＤＮＡを抽出し、
ｃ）１つまたはそれ以上のメチル化感受性制限酵素でもって、配列番号： 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むゲノムＤＮＡを消化し、そして
ｄ）工程ｃ）の消化において生成したＤＮＡ断片を決定する、
を含む、請求項１〜２４のいずれか１つに記載される方法。
【請求項６３】
標的配列または工程ｃ）において消化された配列は、配列番号：68, 50, 74, 90, 91, 92および99からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：27, 83, 90および91からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115および121からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
【請求項６６】
標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
【請求項６７】
ＤＮＡ消化物は工程ｄ）の前に増幅される、請求項６２〜６６のいずれか１つに記載される方法。
【請求項６８】
１００〜２００塩基対の長さを有する６以上の異なった断片が増幅されることを特徴とする、請求項４５〜５４および６７の１つに記載される方法。
【請求項６９】
いくつかのＤＮＡセグメントの増幅は１つの反応容器中で実施することを特徴とする、請求項４５〜５４および６８の１つに記載される方法。
【請求項７０】
ポリメラーゼは耐熱性ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする、請求項４５〜５４および６８の１つに記載される方法。
【請求項７１】
増幅は、ポリメラーゼチェインリアクション（ＰＣＲ）によって実施することを特徴とする、請求項４５〜５４および７０の１つに記載される方法。
【請求項７２】
増幅産物は、検出可能な標識を担持することを特徴とする、請求項４５〜５４および６９〜７０の１つに記載される方法。
【請求項７３】
前記標識は、蛍光標識、放射性ヌクレオチドおよび／または質量分析計で検出できる典型的な質量を有する検出可能な分子断片である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
増幅産物または増幅産物の断片は、質量分析計で検出することを特徴とする、請求項４５〜５４および６９〜７３の１つに記載される方法。
【請求項７５】
産生した断片は、質量分析計でより良い検出性のための単一正および負総電荷を有することを特徴とする、請求項７４および／または７３の１つに記載される方法。
【請求項７６】
検出は、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析法（ＭＡＬＤＩ）により、またはエレクトロンスプレー質量分析法（ＥＳＩ）を使用して実施し、かつ可視化することを特徴とする、請求項７３〜７５の１つに記載される方法。
【請求項７７】
ゲノムＤＮＡは、ＤＮＡまたは例えば、セルライン、組織学的スライド、生検、組織包埋パラフィン、乳房組織、血液、血漿、リンパ液、リンパ組織、管細胞、管洗浄液、乳頭吸引液、骨髄およびこれらの組合せを含むＤＮＡ源を含む細胞または細胞性成分から得られることを特徴とする、請求項４５〜７６の１つに記載される方法。
【請求項７８】
重亜硫酸塩（＝二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩）試薬ならびに請求項３０〜３８の１つに記載されるオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡ−オリゴマーを含むキット。
【請求項７９】
さらに、ＭＳ−ＳＮｕＰＥ、ＭＳＰ、Ｍｅｔｈｙｌ  ｌｉｇｈｔ、Ｈｅａｖｙ  Ｍｅｔｈｙｌ、核酸配列決定およびこれらの組合せからなる群から得られるメチル化分析を実施するための標準的試薬を含む、請求項７８に記載のキット。
【請求項８０】
乳房細胞増殖障害の治療、特性化、分類および／または差別化のための請求項１〜２４、４５〜７７の１つに記載される方法の使用、請求項２５〜２９に記載の核酸の使用、請求項３０〜３５の１つに記載されるオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡ−オリゴマーの使用、請求項７８または７９に記載されるキットの使用、請求項４０〜４４の１つに記載のアレーの使用、請求項３９に記載のアレーを製造する方法の使用、または請求項３６〜３８の１つに記載されるオリゴヌクレオチドのセットの使用。