【手続補正書】
【提出日】平成18年3月7日(2006.3.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
染色体の再構成を検出する際に有用なサブテロメア・プローブであって、
長さ２５ｋｂ未満で、隣接の単一コピーの哺乳類ゲノム配列は、染色体中でそれらの位置と対応する公的に知られている染色体座標と接し、この配列が、単一の染色体の腕の末端ＧバンドまたはＲバンドにハイブリダイズしうるものである
サブテロメア・プローブ。
【請求項２】
上記末端バンドが、Ｇバンド分染後に明色である請求項１記載のプローブ。
【請求項３】
上記末端バンドが、Ｒバンド分染後に暗色である請求項１記載のプローブ。
【請求項４】
上記の単一染色体の腕が、１ｐ、１ｑ、２ｐ、２ｑ、３ｐ、３ｑ、４ｐ、４ｑ、５ｐ、５ｑ、６ｐ、６ｑ、７ｐ、７ｑ、８ｐ、８ｑ、９ｐ、９ｑ、１０ｐ、１０ｑ、１１ｐ、１１ｑ、１２ｐ、１２ｑ、１３ｑ、１４ｑ、１５ｑ、１６ｐ、１６ｑ、１７ｐ、１７ｑ、１８ｐ、１８ｑ、１９ｐ、１９ｑ、２０ｐ、２０ｑ、２１ｑ、２２ｑ、Ｘｐ、Ｘｑ、およびＹｐよりなる群から選ばれるものである請求項１記載のプローブ。
【請求項５】
上記プローブが、配列番号１〜３、５〜２３、２６〜３６、３８〜５７、５９〜６１、６３〜６７、６９〜８２、および２４５〜２５１よりなる群から選ばれるものである請求項１記載のプローブ。
【請求項６】
上記プローブの長さが１０ｋｂ未満である請求項１記載のプローブ。
【請求項７】
上記プローブが、上記染色体のテロメアから８０００ｋｂ以内に位置している請求項１記載のプローブ。
【請求項８】
上記プローブが、配列番号１〜３、５〜２３、２６〜３６、３８〜５７、５９〜６１、６３〜６７、６９〜８２、および２４５〜２５１よりなる群から選ばれるものである請求項７記載のプローブ。
【請求項９】
上記プローブが、上記染色体のテロメアから３００ｋｂ以内に位置している請求項１記載のプローブ。
【請求項１０】
上記プローブが、配列番号３６、８０、４６、４７、４９、５１、５６、２４８、５７、７８、５９、７５、７６、７４、６３、２５０、２５１、６６、６５、６７、４、３、１、９、６、１１、１０、１７、２０、１９、１８、２１、８１、２６、２９、２８、３１、３２、４３、４２、４１、４０、４４、４５、および７０よりなる群から選ばれるものである請求項９記載のプローブ。
【請求項１１】
上記プローブが、標識されているか、または表面に結合するよう修飾されている請求項１記載のプローブ。
【請求項１２】
染色体のサブテロメア領域から単一コピーのＤＮＡ配列のプローブを作製する方法であって、上記プローブが、ゲノムの単一の位置にハイブリダイズすることができ、この方法が、
a)上記染色体のＤＮＡ配列で、その末端ヌクレオチドから、８０００ｋｂ以内に位置するインターバル内で、長さが少なくとも５００塩基対の単一コピーのインターバルをヌクレオチドごとに検索し、
b)上記の単一コピーのインターバルを特定し、
c)上記の単一コピーのインターバルを合成し、そして
d)上記の単一コピーのインターバルを上記プローブとして使用する
過程を含むものである方法。
【請求項１３】
上記特定過程が、特定された単一コピーのインターバルが、ゲノムの単一の位置で表示されるか、パラロガスな配列が密接に関連していて単一の信号のみが検出されるものであることを、計算または実験によって検証する作業を含むものである請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
上記特定過程が、計算および実験によって検証を行う作業を含むものである請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
上記の計算による検証が、ソフトウェアを使用して、プローブ配列が、ゲノム中の単一の位置に位置していることを判定するものである請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
上記の方法が、上記の合成された単一コピーの配列を標識する過程をさらに含むものである請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
上記の実験による検証が、上記の単一コピーのプローブを、上記染色体と再度ハイブリダイズさせて、上記のプローブを、上記染色体の末端バンドかつ正しい腕で可視化させる過程を含むものである請求項１３記載の方法。
【請求項１８】
上記の単一コピーのインターバルが、配列番号１〜３、５〜２３、２６〜３６、３８〜５７、５９〜６１、６３〜６７、６９〜８２、および２４５〜２５１からなる群より選ばれるものである請求項１２記載の方法。
【請求項１９】
上記方法が、上記の単一コピーのプローブを、高度反復性のＤＮＡと予備的にアニーリングする過程をさらに含むものである請求項１２記載の方法。
【請求項２０】
染色体の再構成を特定するための合成された単一コピーの哺乳類のポリヌクレオチドであって、上記ポリヌクレオチドが、染色体の末端ヌクレオチドから８，０００ｋｂ以内に位置しており、染色体の再構成が生じていない場合には、特定の染色体の単一の位置にハイブリダイズするものであり、上記ポリヌクレオチドの長さが２５ｋｂ未満で、隣接の単一コピーの哺乳類のゲノム配列は、染色体中でそれらの位置と対応する公的に知られている染色体座標と接するポリヌクレオチド。
【請求項２１】
上記ポリヌクレオチドが、上記の特異的な染色体の末端ＧバンドまたはＲバンドに位置している請求項２０記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
上記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜３、５〜２３、２６〜３６、３８〜５７、５９〜６１、６３〜６７、６９〜８２、および２４５〜２５１よりなる群から選ばれるものである請求項２０記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
上記ポリヌクレオチドが、上記の特異的な染色体の末端ヌクレオチドから約３００ｋｂ以内に位置している請求項２０記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
上記ポリヌクレオチドが、配列番号３６、８０、４６、４７、４９、５１、５６、２４８、５７、７８、５９、７５、７６、７４、６３、２５０、２５１、６６、６５、６７、４、３、１、９、６、１１、１０、１７、２０、１９、１８、２１、８１、２６、２９、２８、３１、３２、４３、４２、４１、４０、４４、４５、および７０よりなる群から選ばれるものである請求項２３記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
上記ポリヌクレオチドが、標識されているか、表面に結合するよう化学的に修飾されている請求項２０記載のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
染色体の再構成を検出しうる単一コピーのプローブを誘導するためのオリゴヌクレオチド・プライマー・ペアであって、配列番号８３〜２４４よりなる群から選ばれる配列を含んでいるプライマー。
【請求項２７】
染色体の再構成を検出する際に機能しうる優れた合成ＤＮＡプローブであって、単一の染色体腕上の正確な位置にハイブリダイズするよう機能しうる哺乳類のＤＮＡ配列を含んでおり、プローブの長さが２５ｋｂ未満で、染色体中でそれらの位置に対応する公的に知られている染色体座標と接する隣接の単一コピーの哺乳類のゲノム配列を含む点が改善されているプローブ。
【請求項２８】
上記部分が、プローブ全体を含むものである請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項２９】
上記プローブの少なくとも一部が、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ、Ｐ１、およびハーフＹＡＣ由来のＰＡＣクローンよりなる群から選ばれたクローンより、染色体腕上でテロメアの末端に近い位置に位置しており、上記染色体腕が、２ｐ、３ｐ、５ｐ、７ｐ、８ｐ、１０ｐ、１１ｐ、１２ｐ、１６ｐ、１７ｐ、１８ｐ、Ｘｐ、Ｙｐ、１ｑ、３ｑ、４ｑ、６ｑ、７ｑ、８ｑ、９ｑ、１０ｑ、１１ｑ、１２ｑ、１３ｑ、１４ｑ、１５ｑ、１６ｑ、１７ｑ、１８ｑ、１９ｑ、２０ｑ、２１ｑ、および２２ｑよりなる群から選ばれたものである請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項３０】
上記プローブが、上記染色体のテロメアの末端ヌクレオチドから８，０００ｋｂ以内に位置している請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項３１】
上記プローブが、上記染色体のテロメアの末端ヌクレオチドから３００ｋｂ以内に位置している請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項３２】
上記プローブが、上記染色体の末端ＧバンドまたはＲバンドに位置している請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項３３】
上記プローブが、配列番号４６、４７、４９、５６、７８、５９、６４、２４９、２、４、３、５、９、１１、２０、１９、２１、８１、２４６、７０、７２、７３、３６、８０、２４７、５０、５７、７５、７６、７４、６３、２５０、６６、６５、６７、１、６、１０、１２、１６、１５、１３、１４、１７、１８、８１、２４５、２６、３１、３２、４３、４２、４１、４０、４４、および４５よりなる群から選ばれるものである請求項２７記載の改善されたプローブ。
【請求項３４】
個人の細胞遺伝学的異常をスクリーニングする方法であって、この個人が、特発性精神遅滞または精神遅滞および１以上の他の臨床上の異常または癌を有しており、上記方法が、
上記個人のゲノムを、複数のハイブリダイゼーション・プローブを使用することによってスクリーニングし、
ここで、各プローブは、長さが約２５ｋｂ未満であり、個人の細胞遺伝学的な異常をもたない末端ヌクレオチドの８０００ｋｂ以内の単一ゲノムの位置でハイブリダイズし、
各プローブは、染色体中でそれらの位置に対応する公的に知られている染色体座標と接する隣接の単一コピーの哺乳類ゲノム配列であり、
上記プローブのハイブリダイゼーション・パターンを検出し、ここで、このハイブリダイゼーション・パターンは、上記ゲノム内の細胞遺伝学異常を示唆するものである
過程を含むものである方法。
【請求項３５】
上記方法が、上記のハイブリダイゼーション・パターンを、特定の臨床上の異常と関連づける過程をさらに含むものである請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
上記プローブが、ゲノム上の単一の位置、またはパラロガスな配列が密接に関連していて、単一のハイブリダイゼーション信号のみが検出されるような位置に表示される請求項３４記載の方法。
【請求項３７】
染色体の不均衡の程度を描写する方法であって、
長さ約２５ｋｂ未満で、隣接の単一コピーの哺乳類ゲノム配列は、染色体中でそれらの位置に対応する公的に知られている染色体座標と接する少なくとも１種のハイブリダイゼーション・プローブを使用して染色体腕を調べ、
上記プローブの上記アームに対するハイブリダイゼーション・パターンを検出し、
上記ハイブリダイゼーション・パターンを、上記腕の標準ゲノム・マップと比較して、染色体の不均衡の程度を描写する
過程を含む方法。
【請求項３８】
上記方法が、上記腕の不均衡を、特発性精神遅滞または癌よりなる群から選ばれる医学的状態と相関させる
過程をさらに含む請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
上記方法が、複数のプローブを使用するものである請求項３７記載の方法。
【請求項４０】
上記プローブが、特異的な染色体腕にハイブリダイズするものである請求項３７記載の方法。
【請求項４１】
先に特定されたプローブの末端ヌクレオチドの検索ステップa)ではじまるステップa−ｄの繰り返しにより２番目のプローブを特定するステップをさらに含む請求項１２に記載の方法。
【請求項４２】
前記各複数のプローブが前記ゲノムの染色体の末端ヌクレオチドに追伸的にさらに近接である請求項３４に記載の方法。
【請求項４３】
前記検索が、前記染色体の末端ヌクレオチドではじまる請求項１２に記載の方法。
【請求項４４】
前記スクリーニングが、前記染色体の末端ヌクレオチドではじまる請求項３４に記載の方法。