【手続補正書】
【提出日】平成18年6月21日(2006.6.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の段階を含む、抗原特異的免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片をコードするポリヌクレオチドを選択する方法：
(a)該免疫グロブリン分子の発現が可能な真核宿主細胞の集団に、転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの第一のライブラリーを導入する段階であって、各第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドは：
(i)重鎖定常領域及び軽鎖定常領域からなる群より選択される第一の免疫グロブリンの定常領域、
(ii)該第一の定常領域に対応する免疫グロブリン可変領域、及び
(iii)該第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの細胞表面発現又は分泌を指示することが可能なシグナルペプチドを含む段階；
(b)該宿主細胞に、転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの第二のライブラリーを導入する段階であって、各第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドは：
(i)重鎖定常領域及び軽鎖定常領域からなる群より選択される、該第一の免疫グロブリン定常領域と同一でない第二の免疫グロブリンの定常領域、
(ii)該第二の定常領域に対応する免疫グロブリン可変領域、及び
(iii)該第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの細胞表面発現又は分泌を指示することが可能なシグナルペプチドを含み；
ここで該第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドは、該第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドと結合して、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を形成することが可能である段階；
(c)該宿主細胞から免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(d)該免疫グロブリン分子を抗原と接触させる段階；並びに
(e)該抗原に特異的な免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現している該第一のライブラリーのこれらのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項２】  以下の段階を更に含む、請求項1記載の方法：
(f)回収されたポリヌクレオチドを、免疫グロブリン分子を発現することが可能な宿主細胞集団に導入する段階；
(g)該宿主細胞へ該ポリヌクレオチドの第二のライブラリーを導入する段階；
(h)該宿主細胞から免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(i)該宿主細胞を該抗原と接触させる段階；並びに
(j)該抗原に特異的な免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現している該第一のライブラリーのこれらのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項３】  段階(f)〜(j)を1回又は複数回繰り返し、それにより免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片の一部として、該抗原に特異的に結合する第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードする該第一のライブラリーのポリヌクレオチドを濃縮することを更に含む、請求項２記載の方法。
【請求項４】  第一のライブラリーから回収されたそれらのポリヌクレオチドを単離する段階を更に含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】  以下の段階を更に含む、請求項４記載の方法：
(k)免疫グロブリン分子を発現することが可能な真核宿主細胞集団へ、ポリヌクレオチドの第二のライブラリーを導入する段階；
(l)該宿主細胞へ、該第一のライブラリーから単離されたこれらのポリヌクレオチドを導入する段階；
(m)該宿主細胞から、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(n)該宿主細胞を該特異的抗原と接触させる段階；並びに
(o)該抗原に特異的な免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現している該第二のライブラリーのこれらのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項６】  以下の段階を更に含む、請求項５記載の方法：
(p)回収されたポリヌクレオチドを、免疫グロブリン分子を発現することが可能な宿主細胞集団へ導入する段階；
(q)該宿主細胞へ、該第一のライブラリーから単離されたこれらのポリヌクレオチドを導入する段階；
(r)該宿主細胞から、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(s)該宿主細胞を該抗原と接触させる段階；並びに
(t)該抗原に特異的な免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現する該第二のライブラリーのこれらのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項７】  段階(p)〜(t)を1回又は複数回繰り返し、それにより免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片の一部として、該抗原に特異的に結合する第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードする該第二のライブラリーのポリヌクレオチドを濃縮することを更に含む、請求項６記載の方法。
【請求項８】  第二のライブラリーから回収されたこれらのポリヌクレオチドを単離する段階を更に含む、請求項７記載の方法。
【請求項９】  免疫グロブリン分子がヒト免疫グロブリン分子である、請求項１記載の方法。
【請求項10】  第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドが、免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片である、請求項１記載の方法。
【請求項11】  免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片が、免疫グロブリン重鎖の膜結合型である、請求項10記載の方法。
【請求項12】  免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片が、天然の免疫グロブリン膜貫通ドメインを含む、請求項11記載の方法。
【請求項13】  免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片が、融合タンパク質の一部として宿主細胞に付着している、請求項11記載の方法。
【請求項14】  融合タンパク質が異種膜貫通ドメインを含む、請求項13記載の方法。
【請求項15】  融合タンパク質がFasデスドメインを含む、請求項13記載の方法。
【請求項16】  免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片が、IgM重鎖、IgD重鎖、IgG重鎖、IgA重鎖、IgE重鎖、及び該重鎖のいずれかの抗原特異的断片からなる群より選択される、請求項10記載の方法。
【請求項17】  免疫グロブリン重鎖定常領域配列が、変更された免疫エフェクター機能を支持する修飾を含む、請求項10記載の方法。
【請求項18】  免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片が、IgM重鎖又はそれらの抗原特異的断片を含む、請求項16記載の方法。
【請求項19】  第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドが、免疫グロブリン軽鎖又はそれらの抗原特異的断片である、請求項１記載の方法。
【請求項20】  免疫グロブリン軽鎖又はそれらの抗原特異的断片が、該免疫グロブリン重鎖又はそれらの抗原特異的断片に結合し、それにより免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片が生産される、請求項19記載の方法。
【請求項21】  免疫グロブリン軽鎖が、κ軽鎖及びλ軽鎖からなる群より選択される、請求項19記載の方法。
【請求項22】  ポリヌクレオチドの第一のライブラリーが真核ウイルスベクターにおいて構築されている、請求項１記載の方法。
【請求項23】  ポリヌクレオチドの第二のライブラリーが真核ウイルスベクターにおいて構築されている、請求項１記載の方法。
【請求項24】  第一のライブラリーから単離されたポリヌクレオチドが、真核ウイルスベクターにより導入される、請求項５記載の方法。
【請求項25】  ポリヌクレオチドの第二のライブラリーが、プラスミドベクターにおいて構築されている、請求項１記載の方法。
【請求項26】  宿主細胞が、第一のライブラリーに約1〜約10の範囲のMOIで感染し、該第二のライブラリーの最大20個のポリヌクレオチドが各感染宿主細胞により取込まれることが可能な条件下で第二のライブラリーが導入される、請求項22記載の方法。
【請求項27】  第一のライブラリーから単離されたポリヌクレオチドが、プラスミドベクター内の宿主細胞へ導入される、請求項５記載の方法。
【請求項28】  真核ウイルスベクターが動物のウイルスベクターである、請求項22記載の方法。
【請求項29】  真核ウイルスベクターが動物のウイルスベクターである、請求項23記載の方法。
【請求項30】  ウイルスベクターが、哺乳類細胞における感染性ウイルス粒子を生産することができる、請求項28記載の方法。
【請求項31】  ウイルスベクターの天然のゲノムがDNAである、請求項30記載の方法。
【請求項32】  ウイルスベクターの天然のゲノムがRNAである、請求項30記載の方法。
【請求項33】  ウイルスベクターの天然のゲノムが、直鎖状の二本鎖DNAである、請求項31記載の方法。
【請求項34】  ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、及びポックスウイルスベクターからなる群より選択される、請求項33記載の方法。
【請求項35】  ウイルスベクターがポックスウイルスベクターである、請求項34記載の方法。
【請求項36】  ポックスウイルスベクターが、オルトポックスウイルスベクター、アビポックスウイルスベクター、カプリポックスウイルスベクター、レポリポックスウイルスベクター、エントモポックスウイルスベクター、及びスイポックスウイルスベクターからなる群より選択される、請求項35記載の方法。
【請求項37】  ポックスウイルスベクターが、ワクシニアウイルスベクター及びアライグマポックスウイルスベクターからなる群より選択されるオルトポックスウイルスベクターである、請求項36記載の方法。
【請求項38】  動物ウイルスベクターがワクシニアウイルスベクターである、請求項37記載の方法。
【請求項39】  宿主細胞が、ウイルスの感染性ウイルス粒子の産生を許容する、請求項38記載の方法。
【請求項40】  ワクシニアウイルスが弱毒化されている、請求項38記載の方法。
【請求項41】  ワクシニアウイルスベクターがD4R合成において欠損している、請求項40記載の方法。
【請求項42】  ポリヌクレオチドの第一のライブラリーの転写調節領域が、ポックスウイルスに感染した細胞の細胞質において機能する、請求項35記載の方法。
【請求項43】  プラスミドベクターが、転写調節領域との操作可能な結合を介して、ポックスウイルスに感染した細胞の細胞質における第二の免疫グロブリンサブユニットの合成を指示する、請求項25記載の方法。
【請求項44】  転写調節領域がプロモーターを含む、請求項42記載の方法。
【請求項45】  プロモーターが構成的である、請求項44記載の方法。
【請求項46】  プロモーターがワクシニアウイルスp7.5プロモーターである、請求項45記載の方法。
【請求項47】  プロモーターが合成の初期／後期プロモーターである、請求項45記載の方法。
【請求項48】  プロモーターが、T7 RNAポリメラーゼが発現されている細胞において活性なT7ファージプロモーターである、請求項44記載の方法。
【請求項49】  転写調節領域が転写終結領域を含む、請求項42記載の方法。
【請求項50】  以下の段階を含む方法により、ポリヌクレオチドの第一のライブラリーが真核ウイルスベクターにおいて構築される、請求項22記載の方法：
(a)単離された直鎖状DNAウイルスゲノムを切断し、第一のウイルス断片及び第二のウイルス断片を製造する段階であって、該第一の断片が、該第二の断片と相同でない段階；
(b)5'フランキング領域及び3'フランキング領域が隣接した転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の免疫グロブリン重鎖をコードするポリヌクレオチドを含む伝達性プラスミドの集団を提供する段階であって、該5'フランキング領域は該第一のウイルス断片と相同であり、かつ該3'フランキング領域は該第二のウイルス断片と相同であり；かつ、該伝達性プラスミドは、該第一及び第二のウイルス断片との相同的組換えが可能であり、その結果生存可能なウイルスゲノムが形成される段階；
(c)該伝達性プラスミド並びに該第一及び第二のウイルス断片を、伝達性プラスミド及び該ウイルス断片がインビボでの相同的組換えを受ける条件下で、宿主細胞へ導入する段階であって、それにより免疫グロブリン重鎖をコードするポリヌクレオチドを含む生存可能な修飾されたウイルスゲノムが製造される段階；並びに
(d)該修飾されたウイルスゲノムを回収する段階。
【請求項51】  以下の段階を含む方法により、ポリヌクレオチドの第二のライブラリーが真核ウイルスベクターにおいて構築される、請求項23記載の方法：
(a)単離された直鎖状DNAウイルスゲノムを切断して第一のウイルス断片及び第二のウイルス断片を製造する段階であって、該第一の断片が、該第二の断片と相同でない段階；
(b)5'フランキング領域及び3'フランキング領域が隣接した転写調節領域との操作可能な結合を介して、該複数の免疫グロブリン軽鎖をコードする該ポリヌクレオチドを含む伝達性プラスミドの集団を提供する段階であって、該5'フランキング領域は該第一のウイルス断片と相同であり、かつ該3'フランキング領域は該第二のウイルス断片と相同であり；かつ、該伝達性プラスミドは、該第一及び第二のウイルス断片との相同的組換えが可能であり、その結果生存可能なウイルスゲノムが形成される段階；
(c)該伝達性プラスミド並びに該第一及び第二のウイルス断片を、伝達性プラスミド及び該ウイルス断片がインビボでの相同的組換えを受ける条件下で、宿主細胞へ導入する段階であり、それにより免疫グロブリン軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む生存可能な修飾されたウイルスゲノムが製造される段階、並びに
(d)該修飾されたウイルスゲノムを回収する段階。
【請求項52】  抗原特異的免疫グロブリン分子をコードするポリヌクレオチドが：
(a)抗原誘導型細胞死；
(b)抗原誘導型シグナル伝達；及び
(c)抗原特異的結合からなる群より選択される作用の検出により同定される、請求項１記載の方法。
【請求項53】  抗原特異的免疫グロブリン分子をコードするポリヌクレオチドが：
(a)抗原誘導型細胞死；
(b)抗原誘導型シグナル伝達；及び
(c)抗原特異的結合からなる群より選択される作用の検出により同定される、請求項５記載の方法。
【請求項54】  作用が抗原誘導型細胞死である、請求項52記載の方法。
【請求項55】  作用が抗原誘導型細胞死である、請求項53記載の方法。
【請求項56】  宿主細胞が、それらの表面に免疫グロブリン分子を発現し、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している該宿主細胞が、アポトーシスの誘導により抗原特異的免疫グロブリン受容体の架橋結合に直接反応する、請求項54記載の方法。
【請求項57】  宿主細胞が、それらの表面に免疫グロブリン分子を発現し、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している該宿主細胞が、アポトーシスの誘導により抗原特異的免疫グロブリン受容体の架橋結合に直接反応する、請求項55記載の方法。
【請求項58】  作用が抗原誘導型シグナル伝達である、請求項52記載の方法。
【請求項59】  作用が抗原誘導型シグナル伝達である、請求項53記載の方法。
【請求項60】  宿主細胞が、それらの表面に免疫グロブリン分子を発現し、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している該宿主細胞が、検出可能なレポーター分子の発現により抗原特異的免疫グロブリン受容体の架橋結合に反応する、請求項58記載の方法。
【請求項61】  宿主細胞が、それらの表面に免疫グロブリン分子を発現し、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している該宿主細胞が、検出可能なレポーター分子の発現により抗原特異的免疫グロブリン受容体の架橋結合に反応する、請求項59記載の方法。
【請求項62】  レポーター分子が、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質、及びβ-ガラクトシダーゼからなる群より選択される、請求項60記載の方法。
【請求項63】  レポーター分子が、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質、及びβ-ガラクトシダーゼからなる群より選択される、請求項61記載の方法。
【請求項64】  作用が抗原特異的結合である、請求項52記載の方法。
【請求項65】  以下の段階を含む、請求項64記載の方法：
(a)、宿主細胞により発現された抗原特異的免疫グロブリン分子が抗原に結合する条件下で、該宿主細胞を該抗原と接触させる段階；及び
(b)該抗原が結合した免疫グロブリン分子を発現している、これらの宿主細胞プールから又は先に取り分けたポリヌクレオチドの複製プールから該第一のライブラリーのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項66】  以下の段階を更に含む、請求項65記載の方法：
(c)回収されたポリヌクレオチドを複数のサブプールに分割し、かつ該サブプールを該免疫グロブリン分子を発現することが可能な宿主細胞の集団に導入する段階；
(d)該宿主細胞から、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(e)該宿主細胞により発現された抗原特異的免疫グロブリン分子が該抗原に結合する条件下で、該プールを該抗原と接触させる段階；及び
(f)該抗原が結合した免疫グロブリン分子を発現している、これらの宿主細胞プールから又は先に取り分けたポリヌクレオチドの複製プールから、該第一のライブラリーのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項67】  段階(c)〜(f)を1回又は複数回繰り返し、それにより免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片の一部として、抗原に特異的に結合する第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードする第一のライブラリーのポリヌクレオチドを濃縮することを更に含む、請求項66記載の方法。
【請求項68】  抗原が、合成粒子、ポリマー、磁気ビーズ、及びタンパク質で被覆した組織培養プレートからなる群より選択される基質に付着している、請求項64記載の方法。
【請求項69】  抗原が、抗原発現性の提示細胞の表面上に発現され、該抗原発現性の提示細胞は、該抗原を操作可能にコードするポリヌクレオチドによる抗原フリー提示細胞のトランスフェクションにより構築される、請求項64記載の方法。
【請求項70】  抗原発現性の提示細胞が、L細胞、Cos7細胞、293細胞、HeLa細胞、及びNIH 3T3細胞からなる群より選択される抗原フリー提示細胞において構築される、請求項69記載の方法。
【請求項71】  抗原が蛍光タグに結合され、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している宿主細胞プールが、蛍光活性化された細胞選別により同定される、請求項65記載の方法。
【請求項72】  作用が抗原特異的結合である、請求項53記載の方法。
【請求項73】  以下の段階を含む、請求項72記載の方法：
(a)宿主細胞により発現された抗原特異的免疫グロブリン分子が抗原に結合する条件下で該宿主細胞のプールを該抗原と接触させる段階；及び
(b)該抗原が結合した免疫グロブリン分子を発現している、これらの宿主細胞プールから又は先に取り分けたポリヌクレオチドの複製プールから、第二のライブラリーのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項74】  以下の段階を更に含む、請求項73記載の方法：
(c)回収されたポリヌクレオチドを複数のサブプールに分割し、かつ該サブプールを該免疫グロブリン分子を発現することが可能な宿主細胞の集団に導入する段階；
(d)該宿主細胞から、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(e)該宿主細胞により発現された抗原特異的免疫グロブリン分子が該抗原に結合する条件下で、該プールを該抗原と接触させる段階；及び
(f)該抗原が結合した免疫グロブリン分子を発現している、これらの宿主細胞プールから又は先に取り分けたポリヌクレオチドの複製プールから、該第二のライブラリーのポリヌクレオチドを回収する段階。
【請求項75】  段階(c)〜(f)を1回又は複数回繰り返し、それにより免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片の一部として、該抗原に特異的に結合する第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードしている該第一のライブラリーのポリヌクレオチドを濃縮することを更に含む、請求項74記載の方法。
【請求項76】  抗原が、合成粒子、ポリマー、磁気ビーズ、及びタンパク質で被覆した組織培養プレートからなる群より選択される基質に付着している、請求項72記載の方法。
【請求項77】  抗原が抗原発現性の提示細胞の表面上に発現され、該抗原発現性の提示細胞が、該抗原を操作可能的にコードするポリヌクレオチドによる抗原フリー提示細胞のトランスフェクションにより構築される、請求項72記載の方法。
【請求項78】  抗原発現性の提示細胞が、L細胞、Cos7細胞、293細胞、HeLa細胞、及びNIH 3T3細胞からなる群より選択される抗原フリー提示細胞において構築される、請求項77記載の方法。
【請求項79】  抗原が蛍光タグに結合され、抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現している宿主細胞プールが、蛍光活性化された細胞選別により同定される、請求項73記載の方法。
【請求項80】  (a)転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの第一のライブラリーであって、各第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドが：
(i)重鎖定常領域及び軽鎖定常領域からなる群より選択される第一の免疫グロブリン定常領域、
(ii)該第一の定常領域に対応する免疫グロブリン可変領域、及び
(iii)該第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの細胞表面発現又は分泌を指示することが可能なシグナルペプチドを含む、
真核ウイルスベクターにおいて構築される第一のライブラリー；
(b)転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドの第二のライブラリーであって、各々が：
(i)重鎖定常領域及び軽鎖定常領域からなる群より選択される、該第一の免疫グロブリン定常領域と同一でない第二の免疫グロブリン定常領域、
(ii)該第二の定常領域に対応する免疫グロブリン可変領域、及び
(iii)該第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの細胞表面発現又は分泌を指示することが可能なシグナルペプチドを含み、
ここで、該第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドは、該第一の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドと結合して、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を形成することができ、かつ真核ウイルスベクターにおいて構築される第二のライブラリー；及び
(c)該免疫グロブリン分子を発現することが可能な宿主細胞の集団
を含む、真核宿主細胞において発現された抗原特異的組換え免疫グロブリンを選択するためのキットであって；
該第一及び第二のライブラリーが、感染性ウイルス粒子及び失活されたウイルス粒子の両方として提供され、該失活されたウイルス粒子は、該宿主細胞に感染し、該第一及び第二の免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの発現を可能にするが、ウイルス複製は受けない；かつ
該宿主細胞により発現された抗原特異的免疫グロブリン分子は、抗原との相互作用を介して選択される、キット。
【請求項81】  請求項１記載の方法により製造された抗体又はそれらの抗原特異的断片。
【請求項82】  請求項81記載の抗体及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項83】  以下の段階を含む、単一ドメイン抗原特異的免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片をコードしているポリヌクレオチドを選択する方法：
(a)転写調節領域との操作可能な結合を介して、複数の単一ドメイン免疫グロブリンポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドのライブラリーを、該免疫グロブリン分子を発現することが可能な真核宿主細胞の集団に導入する段階であって、各免疫グロブリンポリペプチドが：
(i)免疫グロブリン重鎖定常領域、
(ii)ラクダ化された免疫グロブリン重鎖可変領域、及び
(iii)該免疫グロブリンサブユニットポリペプチドの細胞表面発現又は分泌を指示することが可能なシグナルペプチドを含む段階；
(b)該宿主細胞から、免疫グロブリン分子又はそれらの抗原特異的断片を発現させる段階；
(c)該免疫グロブリン分子を抗原と接触させる段階；及び
(d)該抗原に結合する免疫グロブリン分子を発現しているこれらの宿主細胞から該ライブラリーのポリヌクレオチドを回収する段階。