【手続補正書】
【提出日】平成18年9月26日(2006.9.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】    化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含む、検出プローブ、および
前記改変から前記標識を保護する、保護プローブ、
但し、前記検出プローブおよび前記保護プローブの間に形成されるハイブリダイゼーション複合体は、前記検出プローブおよび完全に相補的な標的核酸の間に形成されるハイブリダイゼーション複合体より低いＴｍを有する、
を含む、組成物。
【請求項２】    水性溶液をさらに含む、請求項１の組成物であって、前記標識は前記溶液中で前記改変に影響を受けやすく、そして前記改変は前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こす、前記組成物。
【請求項３】    前記検出プローブおよび前記保護プローブの間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、０．０５  Ｍ  コハク酸リチウム、ｐＨ  ５．０、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ｗ／ｖ  ＬＬＳ、１０  ｍＭ  ＥＤＴＡ、および１０  ｍＭ  ＥＧＴＡを含む溶液中で、前記検出プローブおよび前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも約４℃低いＴｍを有する、請求項２の組成物。
【請求項４】    前記検出プローブおよび前記保護プローブの間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、前記溶液中で、前記検出プローブおよび前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも５℃低いＴｍを有する、請求項３の組成物。
【請求項５】    水性溶液、
前記水性溶液中で化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含む、検出プローブ、および
前記改変から前記標識を保護する、保護プローブ、ここで、前記改変は前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こす、
但し、前記検出プローブおよび前記保護プローブは、前記水性溶液中で、少なくとも１日間、保管される、
を含む、組成物。
【請求項６】    前記標識が、０．０５  Ｍ  コハク酸リチウム、ｐＨ  ５．０、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ｗ／ｖ  ＬＬＳ、１０  ｍＭ  ＥＤＴＡ、および１０  ｍＭ  ＥＧＴＡからなる溶液中で、３７℃で加水分解されることが可能であり、そして前記保護プローブが、加水分解から前記標識を保護する、請求項２ないし５のいずれか１つの組成物。
【請求項７】    前記標識が発光標識である、請求項１−６のいずれか１つの組成物。
【請求項８】    前記標識が化学発光標識である、請求項７の組成物。
【請求項９】    前記標識由来の化学発光が、電子的に励起された、所望により置換されたＮ−アルキルアクリドンを介して生じる、請求項８の組成物。
【請求項１０】    前記標識が、所望により置換されたアクリジニウムエステルを含む、請求項８の組成物。
【請求項１１】    前記標識が、不安定エステル結合または不安定チオエステル結合を含む、請求項１−１０のいずれか１つの組成物。
【請求項１２】    前記検出プローブが、所望により修飾された検出オリゴヌクレオチドであり、各修飾が：
２’−修飾リボース、
修飾ヌクレオチド間結合、
修飾窒素性塩基、
ペプチド核酸、および
３’ブロッキング基
からなる群より独立に選択される、請求項１−１１のいずれか１つの組成物。
【請求項１３】    前記の所望により修飾された検出オリゴヌクレオチドに対する各修飾が：２’−メトキシリボ−ス、２’−ハロリボース、メチルホスホン酸結合、ホスホロチオ酸結合、アルキルブロッキング基、３’−３’逆転ヌクレオチド、および３’デオキシヌクレオシドからなる群より独立に選択される、請求項１２の組成物。
【請求項１４】    前記保護プローブが、所望により修飾された保護オリゴヌクレオチドであり、各修飾が：
２’−修飾リボース、
修飾ヌクレオチド間結合、
修飾窒素性塩基、
ペプチド核酸、および
３’ブロッキング基
からなる群より独立に選択される、請求項１−１３のいずれか１つの組成物。
【請求項１５】    前記の所望により修飾された保護オリゴヌクレオチドに対する各修飾が：２’−メトキシリボ−ス、２’−ハロリボース、メチルホスホン酸結合、ホスホロチオ酸結合、アルキルブロッキング基、３’−３’逆転ヌクレオチド、および３’デオキシヌクレオシドからなる群より独立に選択される、請求項１４の組成物。
【請求項１６】    前記保護プローブが前記検出プローブより短い、請求項１５の組成物。
【請求項１７】    前記保護プローブが、前記検出プローブに完全には相補的でない、請求項１５の組成物。
【請求項１８】    前記組成物が、前記保護プローブ、前記検出プローブ、および前記水性溶液から本質的になる、請求項２−１７のいずれか１つの組成物。
【請求項１９】    前記組成物が、前記保護プローブ、前記検出プローブ、および前記水性溶液からなる、請求項１８の組成物。
【請求項２０】    前記保護プローブが、前記検出プローブに対し、少なくとも約２倍過剰で存在する、請求項１−１９のいずれか１つの組成物。
【請求項２１】    前記保護プローブが、前記検出プローブに対し、少なくとも４倍過剰で存在する、請求項２０の組成物。
【請求項２２】    前記保護プローブが、前記標識との加水分解保護付加物を形成しない、請求項１−２１のいずれか１つの組成物。
【請求項２３】    水性溶液、
核酸配列の存在を検出するための検出手段、ここで前記検出手段は、前記水性溶液中で化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含む、
前記標識の改変を阻害するための標識保護手段、
但し、前記検出手段および前記標識保護手段の間に形成されるハイブリダイゼーション複合体は、前記溶液中で、前記検出手段および前記検出手段の完全に相補的な標的核酸の間に形成されるハイブリダイゼーション複合体より低いＴｍを有する、
を含む、組成物。
【請求項２４】    前記検出手段および前記保護手段の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、０．０５  Ｍ  コハク酸リチウム、ｐＨ  ５．０、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ｗ／ｖ  ＬＬＳ、１０  ｍＭ  ＥＤＴＡ、および１０  ｍＭ  ＥＧＴＡを含む溶液中で、前記検出手段および前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも約４℃低いＴｍを有する、請求項２３の組成物。
【請求項２５】    前記検出手段および前記保護手段の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、前記溶液中で、前記検出手段および前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも５℃低いＴｍを有する、請求項２４の組成物。
【請求項２６】    水性溶液、
核酸配列の存在を検出するための検出手段、ここで前記検出手段は、前記水性溶液中で化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含む、
前記標識の前記改変を阻害するための標識保護手段、
但し、前記検出手段および前記標識保護手段は、少なくとも１日間、共に保管される、
を含む、組成物。
【請求項２７】    前記標識が、前記水性溶液中で加水分解されることが可能であり、そして前記保護手段が、加水分解から前記標識を保護する、請求項２３−２６のいずれか１つの組成物。
【請求項２８】    前記標識が発光標識であり、そして前記改変が前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こす、請求項２３−２７のいずれか１つの組成物。
【請求項２９】    前記標識が化学発光標識である、請求項２８の組成物。
【請求項３０】    前記標識由来の化学発光が、電子的に励起された、所望により置換されたＮ−アルキルアクリドンを介して生じる、請求項２９の組成物。
【請求項３１】    前記標識が、所望により置換されたアクリジニウムエステルを含む、請求項２８の組成物。
【請求項３２】    前記標識が、不安定エステル結合または不安定チオエステル結合いずれかを含む、請求項２３−３１のいずれか１つの組成物。
【請求項３３】    前記組成物が、前記保護手段、前記検出手段、および前記水性溶液から本質的になる、請求項２３−３２のいずれか１つの組成物。
【請求項３４】    前記組成物が、前記保護手段、前記検出手段、および前記水性溶液からなる、請求項３３の組成物。
【請求項３５】    前記保護手段が、前記検出手段に対し、少なくとも約２倍過剰で存在する、請求項２３−３４のいずれか１つの組成物。
【請求項３６】    前記保護手段が、前記検出手段に対し、少なくとも約４倍過剰で存在する、請求項３５の組成物。
【請求項３７】    前記保護手段が、前記標識との加水分解保護付加物を形成しない、請求項２３−３６のいずれか１つの組成物。
【請求項３８】    標的核酸配列の存在を検出するための検出手段、
前記検出手段が、等温増幅反応中、前記標的配列にハイブリダイズする能力を阻害するための阻害手段、および
所望により存在する水性溶液、
但し、前記検出手段および前記阻害手段の間に形成されるハイブリダイゼーション複合体は、前記検出手段および前記検出手段の完全に相補的な標的核酸の間に形成されるハイブリダイゼーション複合体より低いＴｍを有する、
から本質的になる、組成物。
【請求項３９】    前記阻害手段が、前記検出手段からのシグナル生成を減少させる、前記検出手段との加水分解保護付加物を形成しない、請求項３８の組成物。
【請求項４０】    前記水性溶液が存在し、そして前記検出手段および前記阻害手段の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、前記水性溶液中で、前記検出手段および前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも約４℃低いＴｍを有する、請求項３９の組成物。
【請求項４１】    前記検出手段および前記阻害手段の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体が、前記溶液中で、前記検出手段および前記の完全に相補的な標的核酸の間に形成される前記ハイブリダイゼーション複合体より、少なくとも５℃低いＴｍを有する、請求項４０の組成物。
【請求項４２】    標的核酸配列が、試料に存在するか決定する方法であって：
ａ）前記試料、および保護プローブにハイブリダイズした検出プローブを含む組成物を含む、反応混合物を製造し；
ｂ）前記標的配列が存在する場合、該配列を用い、増幅核酸を製造するような増幅条件に、前記反応混合物を曝露し、ここで、前記増幅条件下で、前記検出プローブは前記保護プローブにハイブリダイズしている；そして
ｃ）前記標的配列が前記試料に存在する指標として、前記検出プローブが、検出条件下で、前記増幅核酸にハイブリダイズするか検出する、ここで、前記検出条件下で、前記検出プローブは、前記保護プローブに安定してハイブリダイズしておらず、そして前記検出プローブは、前記増幅核酸が存在する場合それにハイブリダイズする、
工程を含む、前記方法。
【請求項４３】    前記増幅条件が、転写に基づく増幅条件である、請求項４２の方法。
【請求項４４】    前記検出条件下で、検出プローブ：標的核酸Ｔｍが、検出プローブ：保護プローブＴｍより、少なくとも約５℃低い、請求項４２または４３の方法。
【請求項４５】    前記検出条件の温度が、前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍより、少なくとも約３℃低い、但し、前記検出プローブ：保護プローブＴｍは、前記検出条件の前記温度より、少なくとも約２℃低い、請求項４４の方法。
【請求項４６】    前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍが、前記検出プローブ：保護プローブＴｍより、少なくとも８℃高い、請求項４５の方法。
【請求項４７】    前記検出条件の温度が、前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍより、少なくとも５℃低い、請求項４６の方法。
【請求項４８】    前記検出プローブが、化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含み、前記改変が前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こし、そして前記保護プローブが、前記工程（ａ）および（ｂ）において、前記改変から前記標識を保護し、そして前記保護プローブが、前記標識との加水分解保護付加物を形成しない、請求項４２−２７のいずれか１つの方法。
【請求項４９】    前記検出プローブが、加水分解に影響を受けやすい標識を含み、前記加水分解が前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こし、そして前記保護プローブが、前記工程（ａ）および（ｂ）において、前記加水分解から前記標識を保護し、そして前記保護プローブが、前記標識との加水分解保護付加物を形成しない、請求項４２−４７のいずれか１つの方法。
【請求項５０】    前記標識が化学発光分子である、請求項４８または４９の方法。
【請求項５１】    前記標識が不安定エステル結合を含む、請求項５０の方法。
【請求項５２】    前記分子由来の化学発光が、電子的に励起された、所望により置換されたＮ−アルキルアクリドンを介して生じる、請求項５１の組成物。
【請求項５３】    前記標識が、所望により置換されたアクリジニウムエステルを含む、請求項５１の組成物。
【請求項５４】    標的核酸配列が試料に存在するか決定する方法であって：
ａ）保護プローブにハイブリダイズしている検出プローブを含む反応混合物を製造し、但し、前記検出プローブは、前記水性溶液中で、化学的または酵素的改変に影響を受けやすい標識を含み、そして前記保護プローブは、前記改変から前記標識を保護する；そして
ｂ）前記反応混合物を前記試料に提供し、そして前記標的配列が前記試料に存在する指標として、前記検出プローブが、検出条件下で、前記標的配列にハイブリダイズしているか検出する、
工程を含む、前記方法。
【請求項５５】    前記保護プローブが、工程ｂ）前に、前記反応混合物中で、加水分解から前記標識を保護する、請求項５４の方法。
【請求項５６】    検出プローブ：標的核酸Ｔｍが、検出プローブ：保護プローブＴｍより、少なくとも約５℃高い、請求項５４または５５の方法。
【請求項５７】    前記検出条件の温度が、前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍより、少なくとも約３℃低い、但し、前記検出プローブ：保護プローブＴｍは、前記検出条件の前記温度より、少なくとも約２℃低い、請求項５６の方法。
【請求項５８】    前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍが、前記検出プローブ：保護プローブＴｍより、少なくとも８℃高い、請求項５７の方法。
【請求項５９】    前記検出条件の温度が、前記検出プローブ：標的核酸Ｔｍより、少なくとも５℃低い、請求項５８の方法。
【請求項６０】    前記標識が、化学発光分子であり、そして前記改変が、前記標識からシグナル検出可能性の損失を引き起こす、請求項５４−５９のいずれか１つの方法。
【請求項６１】    前記標識が、不安定エステル結合を含む、請求項６０の方法。
【請求項６２】    前記標識由来の化学発光が、電子的に励起された、所望により置換されたＮ−アルキルアクリドンを介して生じる、請求項６１の方法。
【請求項６３】    前記標識が、所望により置換されたアクリジニウムエステルを含む、請求項６１の方法。
【請求項６４】    前記保護プローブが、前記標識との加水分解保護付加物を形成しない、請求項５４−６３のいずれか１つの方法。