【手続補正書】
【提出日】平成17年11月28日(2005.11.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から生体サンプルを採取すること、
（ｂ）当該サンプル中の遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出すること、
（ｃ）該遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２が当該生体サンプル中に有意のレベルで発現されているかを判定し、その場合に、当該遺伝子の有意なレベルでの発現がなければＩ型サルコイドーシスであると同定し、当該遺伝子の有意なレベルでの発現があればＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスであると同定する、
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から生体サンプルを採取すること、
（ｂ）当該サンプル中の遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２に対応するポリペプチド産物の発現レベルを検出すること、
（ｃ）該遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２に対応するポリペプチド産物が当該生体サンプル中に有意のレベルで発現されているかを判定し、その場合に、当該遺伝子の有意なレベルでの発現がなければＩ型サルコイドーシスであると同定し、当該遺伝子の有意なレベルでの発現があればＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスであると同定する、
ことを特徴とする方法。
【請求項３】
生体サンプルが、組織生検、血液、血清、血漿、リンパ液、腹水、のう胞液、尿、ＣＳＦ、喀痰、または気管支吸引物からなる群より選択される請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
生体サンプルが、組織生検細胞サンプルまたはその培養細胞である請求項３記載の方法。
【請求項５】
サンプルが当該細胞サンプルの溶解液である請求項４記載の方法。
【請求項６】
ポリペプチドの存在を該ポリペプチドと特異的に結合する試薬により検出する請求項２記載の方法。
【請求項７】
試薬が、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントからなる群より選択される請求項６記載の方法。
【請求項８】
患者のサルコイドーシスがＩ型であるかまたはＩＩ＆ＩＩＩ型であるかの判定に使用するテストキットであって、該生体サンプルとの接触に適した容器中に請求項６または７記載の試薬を含んでなるテストキット。
【請求項９】
試薬が抗体を含んでなり、その場合に該抗体が請求項２記載の遺伝子発現産物に対応するポリペプチドと特異的に結合するものである請求項８記載のテストキット。
【請求項１０】
遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２がコードするポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項２記載の方法。
【請求項１１】
標識化プローブが抗体である請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
抗体がモノクローナル抗体である請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
ｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、実時間定量ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護およびミクロアレイからなる群より選択される技法により検出する請求項１記載の方法。
【請求項１４】
サルコイドーシスを有する対象またはサルコイドーシスの発症する危険のある対象の作用物質による処置の有効性をモニターする方法であって、
（ａ）該作用物質の投与前に対象から投与前サンプルを採取すること、
（ｂ）表２、３、４または５に記載した遺伝子からなる群より選択される遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出すること、
（ｃ）対象から１種以上の投与後サンプルを採取すること、
（ｄ）投与後サンプル中の少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出すること、
（ｅ）投与前サンプル中の少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルと投与後サンプル中の少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルとを比較すること、および
（ｆ）それに応じて作用物質の投与を調節すること、
を特徴とする方法。
【請求項１５】
サルコイドーシスを有する対象またはサルコイドーシスの発症する危険のある対象の作用物質による処置の有効性をモニターする方法であって、
（ａ）該作用物質の投与前に対象から投与前サンプルを採取すること、
（ｂ）表２または４に記載した遺伝子からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出すること、
（ｃ）対象から１種以上の投与後サンプルを採取すること、
（ｄ）投与後サンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出すること、
（ｅ）投与前サンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルと投与後サンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルとを比較すること、および
（ｆ）それに応じて作用物質の投与を調節すること、
を特徴とする方法。
【請求項１６】
サルコイドーシスの処置に使用する作用物質の同定方法であって、
（ａ）サルコイドーシスの疑いのある対象から採取した生体サンプルを候補作用物質と接触させること、
（ｂ）該サンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出すること、その場合の遺伝子が表２、３、４または５に記載した遺伝子からなる群より選択される遺伝子であること、
（ｃ）候補作用物質存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルと、候補作用物質不存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルとを比較し、その場合に、候補作用物質不存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルに比較して、候補作用物質存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルが変化し、それがサルコイドーシスの処置に有用な作用物質を示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項１７】
少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
標識化プローブが抗体である請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
抗体がモノクローナル抗体である請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
作用物質が小型分子からなる群から選択される請求項１６記載の方法。
【請求項２１】
サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項２２】
生体サンプルが、組織生検、血液、血清、血漿、リンパ液、腹水、のう胞液、尿、ＣＳＦ、喀痰、または気管支吸引物からなる群より選択される請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
工程（ａ）および（ｂ）におけるｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、実時間定量ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護およびミクロアレイからなる群より選択される技法により検出する請求項２１記載の方法。
【請求項２４】
サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項２５】
生体サンプルが、組織生検、血液、血清、血漿、リンパ液、腹水、のう胞液、尿、ＣＳＦ、喀痰、または気管支吸引物からなる群より選択される請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
工程（ａ）および（ｂ）におけるポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項２４記載の方法。
【請求項２７】
プローブが抗体である請求項２４記載の方法。
【請求項２８】
抗体がモノクローナル抗体である請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項３０】
工程（ａ）および（ｂ）におけるｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、および実時間定量ＰＣＲからなる群より選択される技法により検出する請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項３２】
工程（ａ）および（ｂ）におけるポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
プローブが抗体である請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
抗体がモノクローナル抗体である請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項３６】
工程（ａ）および（ｂ）におけるｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、および実時間定量ＰＣＲからなる群より選択される技法により検出する請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項３８】
工程（ａ）および（ｂ）におけるポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
プローブが抗体である請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
抗体がモノクローナル抗体である請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項４２】
工程（ａ）および（ｂ）におけるｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、および実時間定量ＰＣＲからなる群より選択される技法により検出する請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
サルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、
（ａ）該対象から採取した生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、
（ｂ）未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および
（ｃ）第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであること、
を特徴とする方法。
【請求項４４】
工程（ａ）および（ｂ）におけるポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項４３記載の方法。
【請求項４５】
プローブが抗体である請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
抗体がモノクローナル抗体である請求項４５記載の方法。
【請求項４７】
サルコイドーシスの処置方法であって、かかる処置の必要な対象に、表１、２、３または４に示した遺伝子の１種以上の遺伝子または遺伝子産物の合成、発現または活性を調節する化合物を投与し、サルコイドーシスの少なくとも１つの症候を改善することを特徴とする方法。
【請求項４８】
化合物が、アンチセンス分子、二本鎖ＲＮＡ、リボザイム、小型分子化合物、抗体または抗体フラグメントからなる群より選択される請求項２０記載の方法。
【請求項４９】
サルコイドーシスに罹患しているかまたは罹患する危険のある対象のサルコイドーシスの進行状況をモニターする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表２または４に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを経時的に測定することからなり、その場合に、少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルが経時的に上昇しているならば、該対象のサルコイドーシスが進行していることを示唆するものであるとすることを特徴とする方法。
【請求項５０】
サルコイドーシスに罹患しているかまたは罹患する危険のある対象のサルコイドーシスの進行状況をモニターする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表２または４に示した遺伝子からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを経時的に測定することからなり、その場合に、少なくとも１つの遺伝子のｍＲＮＡの発現レベルが経時的に上昇しているならば、該対象のサルコイドーシスが進行していることを示唆するものであるとすることを特徴とする方法。
【請求項５１】
ｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、実時間定量ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護アッセイおよびミクロアレイからなる群より選択される技法により検出する請求項５０記載の方法。
【請求項５２】
少なくとも一つの遺伝子が、ヒトＮＦ−カッパ−Ｂ転写因子ｐ６５サブユニット（ＮＦＫＢ）、ヒトサイクリックＡＭＰ−応答要素モジュレーターｍＲＮＡ（ＣＲＥＭ）、ヒトサイクリックＡＭＰ−応答要素モジュレーター・ベータイソタイプＳ６８１３４（ＣＲＥＭ、ベータイソタイプ）、ヒトＣＤ６９遺伝子（ＣＤ６９）からなる群より選択される請求項５０記載の方法。
【請求項５３】
少なくとも一つの遺伝子が、ヒトＴ−細胞レセプター・アルファ鎖Ｃ領域およびヒトインターロイキン−１０レセプターｍＲＮＡからなる群より選択される請求項５０記載の方法。
【請求項５４】
サルコイドーシスに罹患しているかまたは罹患した疑いのある患者の処置方法であって：１）該患者から採取した生体サンプル中の表２または表３に示した遺伝子から選択される１種以上の遺伝子の遺伝子発現に対応するｍＲＮＡの発現レベルまたは該遺伝子がコードするポリペプチドもしくはタンパク質のレベルを定量すること；２）このレベルまたはレベルのパターンと、正常対照者または既知タイプの疾患患者のレベルとを比較すること；および３）その結果、該患者のレベルまたはレベルのパターンがＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスであるとされた患者を免疫抑制療法により処置すること；を特徴とする方法。
【請求項５５】
遺伝子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２（ヒトＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡ−ＤＲ２−Ｄｗ１２ｍＲＮＡ ＤＱｗ１−ベータ；ジェンバンク寄託番号Ｍ１６２７６）である請求項５４記載の方法。
【請求項５６】
免疫抑制療法が、コルチコステロイド、シクロスポリン、メトトレキセート、アザチオプリン、クロランブシル、またはシクロホスファミドからなる群より選択される請求項５５記載の方法。
【請求項５７】
免疫抑制療法が、シクロスポリンにより、１〜１００ｍｇ／ｋｇ／日の範囲の投与量で処置することからなる請求項５６記載の方法。
【請求項５８】
免疫抑制療法が、シクロスポリンにより、２〜５０ｍｇ／ｋｇ／日の範囲の投与量で処置することからなる請求項５６記載の方法。
【請求項５９】
免疫抑制療法が、シクロスポリンにより、３〜２０ｍｇ／ｋｇ／日の範囲の投与量で処置することからなる請求項５６記載の方法。
【請求項６０】
遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出するための手段を含有してなるサルコイドーシス患者同定用キット。
【請求項６１】
表２、３、４または５に示された少なくとも一つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出するための手段を含有してなるサルコイドーシス患者同定用キット。
【請求項６２】
サルコイドーシス患者がＩ型であるかまたはＩＩ＆ＩＩＩ型であるかを同定するためのキットであって、表２または３に示された少なくとも一つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出するための手段を含有してなるキット。
【請求項６３】
ｍＲＮＡの発現レベルを、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、実時間定量ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護およびミクロアレイからなる群より選択される技法により検出する請求項６０ないし６２記載の方法。
【請求項６４】
遺伝子ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２がコードするポリペプチドの発現レベルを検出するための手段を含有してなるサルコイドーシス患者同定用キット。
【請求項６５】
表２、３、４または５に示された少なくとも一つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出するための手段を含有してなるサルコイドーシス患者同定用キット。
【請求項６６】
サルコイドーシス患者がＩ型であるかまたはＩＩ＆ＩＩＩ型であるかを同定するためのキットであって、表２または３に示された少なくとも一つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出するための手段を含有してなるキット。
【請求項６７】
ポリペプチドの発現レベルを、該ポリペプチドに特異的な標識化プローブの利用により、ウエスタンブロッティングを介して検出する請求項６４または６６記載のキット。
【請求項６８】
標識化プローブが抗体である請求項６７記載のキット。
【請求項６９】
抗体がモノクローナル抗体である請求項６８記載のキット。
【請求項７０】
さらに対象から生体サンプルを採取する手段を含有してなる請求項６０ないし６９記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
自己制限疾患における炎症と進行性疾患における慢性化と線維化の封じ込めに導く因子は未だ説明されていない。参照：Cecil Textbook of Medicine, 21st Edition, Goldman L., Bennett, J.C. Editors, W.B. Saunders Company, Philadelphia, 2000 (esp. pages 433-436) 。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
さらに、本発明はサルコイドーシスの処置に使用する作用物質の同定方法であって、サルコイドーシスの疑いのある対象から採取した生体サンプルを候補作用物質と接触させること、該サンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出すること、その場合の遺伝子が表２、３、４または５に記載した遺伝子からなる群より選択される遺伝子であること、候補作用物質存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルと、候補作用物質不存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルとを比較し、その場合に、候補作用物質不存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルに比較して、候補作用物質存在下のサンプル中の少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルが変化し、それがサルコイドーシスの処置に有用な作用物質を示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
さらに、本発明はサルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
本発明のもう一つの側面は、サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表４に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであることを特徴とする方法にある。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３２】
さらに、本発明はサルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
本発明のもう一つの側面は、サルコイドーシスの対象またはサルコイドーシスの発症の危険のある対象をスクリーニングする方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表５に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がサルコイドーシスに罹患しているか、サルコイドーシスを発症する危険のあることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
さらに、本発明はサルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
さらなる態様において、本発明はサルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表２に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が大きい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
さらに、本発明はサルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
さらに、本発明はサルコイドーシスを有する対象の疾患タイプを判定するスクリーニング方法であって、該対象から採取した生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第一値を得ること、未罹患対象から採取した同様の生体サンプル中の表３に示した少なくとも１つの遺伝子がコードするポリペプチドの発現レベルを検出して、第二値を得ること、および第一値と第二値とを比較し、その場合に第二値に比較して第一値が小さい場合、該対象がＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスに罹患していることを示唆するものであることを特徴とする方法を提供する。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
さらなる側面において、本発明はサルコイドーシスに罹患しているかまたは罹患した疑いのある患者の処置方法であって、該患者から採取した生体サンプル中の表２または表３に示した遺伝子から選択される１種以上の遺伝子の遺伝子発現に対応するｍＲＮＡの発現レベルまたは該遺伝子がコードするポリペプチドもしくはタンパク質のレベルを定量すること；このレベルまたはレベルのパターンと、正常対照者または既知タイプの疾患患者のレベルとを比較すること；およびその結果、該患者のレベルまたはレベルのパターンがＩＩ＆ＩＩＩ型サルコイドーシスであるとされた患者を免疫抑制療法により処置することを特徴とする方法を提供する。これは、シクロスポリンを１−１００ｍｇ／ｋｇ／日または２−５０ｍｇ／ｋｇ／日または３−２０ｍｇ／ｋｇ／日の範囲の投与量で処置することからなりうる。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４９】
ポリペプチドまたはｍＲＮＡ発現の異常に低下または上昇したレベルの検出は、本発明疾患対象の罹病性の診断または判定にも使用することが可能である。ｍＲＮＡの発現レベルを検出する方法は技術上周知である。発現の低下または上昇は、ポリヌクレオチド定量の技術的に既知の方法のいずれか、例えば、核酸増幅法、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、実時間定量ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロット法および他のハイブリッド形成法などによりＲＮＡレベルで測定し得る。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６６】
【表５】
2005510251.tif 000001
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
細胞の転写状態を測定する他の技法では、電気泳動分析のために限度はあるが複雑な制限フラグメントのプールを生じる；例えば、二重制限酵素消化とフェージングプライマーとを組み合わせる方法（参照：例えば、欧州特許第０ ５３４８５８Ａ１公報；１９９２年９月２４日出願；Zabeau et al.）、または限定されたｍＲＮＡ末端に最も近接する部位をもつ制限フラグメントを選択する方法（参照：例えば、Prashar et al., 1996, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:659-663）などである。他の方法では統計的にｃＤＮＡプールを試験する；例えば、それぞれのｃＤＮＡを同定するために、多数のｃＤＮＡのそれぞれの十分な塩基（例えば、２０〜５０塩基）の配列を決定するか、または限定されたｍＲＮＡ末端（参照：例えば、Velculescu, 1995, Science 270:484-487）経路パターンに比較して既知位置に生成する短いタグ（例えば、９〜１０塩基）の配列を決定する。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０８】
抗体フラグメントは特定のエピトープを認識するものであり、既知技法により生成させることができる。例えば、かかるフラグメントは限定されるものではないが、抗体分子のペプシン消化により製造し得るＦ(ａｂ')２フラグメント、Ｆ(ａｂ')２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することにより生成させ得るＦａｂフラグメントなどである。あるいは、Ｆａｂ発現ライブラリーを構築し（Huse et al., Science, 246:1275-1281 (1989)）、所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントを迅速かつ容易に同定し得るようにしてもよい。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
マーカーとしての核酸およびタンパク質の検出
特定の態様において、マーカーに対応するｍＲＮＡのレベルは、技術上既知の方法を用い生体サンプル中にインシトゥ形式およびインビトロ形式の両方により決定し得る。“生体サンプル”という用語は、対象から採取した組織、細胞、生体液およびその単離物、ならびに対象内に存在する組織、細胞および体液を含むものとする。多くの発現検出法で単離したＲＮＡを使用する。インビトロ法では、ＲＮＡ単離技法としてｍＲＮＡの単離に反しない方法を選択し、細胞からのＲＮＡ精製に使用することができる（参照：例えば、Ausubel, et al., Ed., Current Protocol in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York (1987-1999)。さらに、大量の組織サンプルは当業者周知の技法、例えば、チョムチンスキーの一工程ＲＮＡ単離方法（Chomczynski, 米国特許第４,８４３,１５５号公報（１９８９））により容易に処理加工し得る。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３３】
細胞への抗体導入
抗体はいろいろな様式で、例えば、抗体のマイクロインジェクション（Morgan et al., 1988, Immunology Today 9:84-86）または所望の抗体をコードするｍＲＮＡによるハイブリドーマの形質転換（Burke et al., 1984, Cell 36:847-858）などにより、細胞中に導入することができる。さらなる技法において、組換え抗体を設計し、広範な非リンパ球細胞型中で異所性に発現させて、標的タンパク質に結合させること、また標的タンパク質の活性を遮断することができる（Biocca et al., 1995, Trends in Cell Biology 5:248-252）。該抗体の発現は、好ましくは、Ｔｅｔプロモーターなどの制御可能プロモーター、または構成的に活性なプロモーター（摂動を飽和させる産生用）の制御下にある。第一工程では標的タンパク質に適切な特異性をもつ特定のモノクローナル抗体を選択する（下記参照）。選択した抗体の可変領域をコードする配列は、様々に設計した抗体方式、例えば、全抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆｖフラグメント、一本鎖Ｆｖフラグメント（ペプチドリンカーにより結合させたＶＨとＶＬ領域）（“ＳｃＦｖ”フラグメント）、ジアボディ（diabodies）(異なる特異性をもつ２つ会合したＳｃＦｖフラグメント)などにクローン化することができる（Hayden et al., 1997, Current Opinion in Immunology 9:210-212）。細胞内に発現される様々な方式の抗体は種々の既知細胞内リーダー配列との融合体として発現し、細胞性区画（例えば、細胞質、核、ミトコンドリアなど）を標的とすることができる（Bradbury et al., 1995, Antibody Engineering (vol.2)(Borrebaeck ed.), pp.295-361, IRL Press）。特に、ＳcＦv方式が細胞質標的化にとりわけ適していると思われる。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５４】
“類似性”：類似性は２つのポリペプチド間の関係性のさらにより複雑な基準である。一般に、“類似性”とは２つのポリペプチド鎖の残基ごとのアミノ酸間の比較を意味するが、（同一性に関して）比較すべき配列のそれぞれ１つについての残基間の対の間の正確な対応のみならず、正確な対応がない場合には、進化に基づき、１つの残基を可能性のある他のものに置換えてみることも考慮すべきである。可能性は関連のある“スコア”を有し、そのスコアから２つの配列の“％類似性”を決定し得る。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６２】
異なるヌクレオチドまたはアミノ酸の数と同一性指標との間の関係は以下の等式にて表すことができる：
ｎa≦Ｘa−（Ｘa・Ｉ）
ただし、式中、
ｎaは異なるヌクレオチドまたはアミノ酸の数である；
Ｘaは配列番号１または配列番号３または配列番号２または配列番号４それぞれのヌクレオチドまたはアミノ酸の総数である；
Ｉは同一性指標である；
・は掛け算の記号であり、ＸaとＩの積が非整数であれば、Ｘaから引き算する前に最も近い整数に切り下げる。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６５】
方法
１９９９年８月から２０００年８月までの間に発病した急性サルコイドーシスを示す１２名の継続性ステロイド未投与の症候患者を本潜在研究に含めた。患者と１２名の健常対照者は年齢と性別を合わせ、非喫煙者、非アトピー性とし、悪性腫瘍、慢性炎症性疾患またはコルチコステロイドによる処置の前歴のない者とした。参加した対象はすべてアイルランド西部出身ケルト族起源のコーカサス白人種とした。非アトピー状態はその病歴と、ハウスダストダニ、草花粉、ネコとイヌの鱗屑などに対する皮膚プリック誘発に陰性であることにより確認した。無機ダストとの接触、カビおよびミコバクテリア感染を排除した後に、サルコイドーシスの診断は、９名の患者では気管支経由肺生検により、また結節性紅斑と両側肺門リンパ節症を示す３名の患者では気管支肺胞洗浄ＣＤ４／ＣＤ８比＞３.５により組織学的に確認した。Costabel, U. 1992、サルコイドーシスにおけるＢＡＬ知見の感受性と特異性、Sarcoidosis 9 (Suppl.1): 211-214; Winterbauer, R., et al. 1993, サルコイドーシスの診断における気管支肺胞洗浄細胞集団、Chest 104:352-361。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８２】
確認検査実験ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）
前向きコントロール比較クラスＩＩ ＨＬＡ−ＤＲアレルの関連性研究（データは下記表８に示す）：患者１０３名の内の４６名（４５％）、および対照１０５名の内の２８名（２７％）はＨＬＡ ＤＲ２（ＨＬＡ ＤＲＢ１＊１５／１６）陽性であった。ＨＬＡ ＤＲ２（ＨＬＡ ＤＲＢ１＊１５／１６）は予後不良と関連があった。診断の２年以内に疾患の退行のあった６名の患者（２１％）のみ、診断後２年以上疾患が活性の患者２２名（４７％）に比較して、ＨＬＡ ＤＲ２（ＨＬＡ ＤＲＢ１＊１５／１６）陽性であった。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８６】
さらに、これらの結果は自己制限疾患型の患者に比較して、進行性のサルコイドーシス患者間に特別の差があることを証明している。とりわけ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２陽性は、慢性かつより重症の疾患、免疫抑制療法の必要性、および予後不良と関連があった。逆に、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２を発現しない患者はすべて６〜１２ヶ月以内に完全な自発的疾患退行を示したが、このことは抗原提示の差が免疫応答を変え得ること、いずれも急性期に発赤を生じさせ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０２の存在しない場合には自発的に応答が鎮まるか、または存在する場合には免疫応答がより低く慢性型となることを示唆している。１０３名のサルコイドーシス患者による前向き関連コホート試験において、疾患の罹病性における、また予後不良の予測因子としてのＨＬＡ−ＤＲ２（ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５／１６）の重要性が確認された。