【手続補正書】
【提出日】平成18年6月1日(2006.6.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】配列SEQ ID NO:１に相当するか、又はenv-型ドメインの190より多いヌクレオチドについて80％以上若しくは600より多いヌクレオチドについて70％以上の配列SEQ ID NO:１とのホモロジーレベルを示す配列に相当するenv-型レトロウイルスモチーフを少なくとも有する、ヒト内因性レトロウイルス配列をエンコードする配列の全て又は一部を含むことを特徴とする精製された核酸フラグメント。
【請求項２】envドメインに相当し、かつ配列SEQ ID NO:１に相当するレトロウイルスモチーフ、及びgagドメインに相当し、かつ配列 SEQ ID NO:２又はenv-型ドメインの190より多いヌクレオチドについて80％以上もしくは600より多いヌクレオチドについて70％以上のホモロジーレベルとgag-型ドメインの700より多いヌクレオチドについて90％以上もしくは1200より多いヌクレオチドについて70％以上のホモロジーレベルを示す配列に相当するレトロウイルスモチーフを有し、該モチーフが200より多いヌクレオチドの挿入や欠失を有しないことを特徴とする請求項１に記載の核酸フラグメント。
【請求項３】請求項１又は２に記載する配列のセグメント、特に配列SEQ ID NO:３〜22、28及び61、前記配列に相補的な核酸配列及び相補的な逆配列ならびに14ヌクレオチド以上シフトしているフレームに相当する前記配列のコーディング領域に由来するフラグメントもしくはその相補配列からなることを特徴とする核酸フラグメント。
【請求項４】請求項１〜３のいずれか１つに記載の配列から生じることを特徴とする転写物。
【請求項５】配列SEQ ID NO:１〜22、28、 37〜57、59〜61及び121〜122、これらの配列の相補的な核酸配列及び相補的な逆配列、配列SEQ ID NO:１及び/又はSEQ ID NO:２を定義又は同定し得るヌクレオチドフラグメント及びそれらのフランキング配列又はそれらにオーバーラップしている配列、ならびに14ヌクレオチド以上シフトしているフレームに相当する配列 SEQ ID NO:１〜22及び61のコーディング領域から誘導されるフラグメント、又はその相補配列からなる群から選択され、任意に適当なラベルで標識されることを特徴とする、配列SEQ ID NO:１及び/又はSEQ ID NO:２から選択されるレトロウイルスモチーフを有する完全又は部分的なヒト内因性核酸配列を区別して検出するための診断試薬。
【請求項６】SEQ ID NO:３のヌクレオチド3065〜4390間、ヌクレオチド6965〜9550間又はヌクレオチド2502〜2865間に位置する領域から選択されることを特徴とする請求項５に記載の試薬。
【請求項７】配列SEQ ID NO:37〜57、59〜60及び121〜122から選択され、プライマーとして使用できることを特徴とする請求項５に記載の試薬。
【請求項８】以下の配列：
−  プライマー対SEQ ID NO：37とSEQ ID NO：38（プライマーG1FとG1R）で増幅された1505ntのフラグメント、
−  プライマー対SEQ ID NO：45とSEQ ID NO：46（プライマーE1FとE1R）で増幅された2529ntのフラグメント、
−  gagドメインの上流で2502〜2611位/2613〜2865位に位置する、二度反復している182ヌクレオチドのフラグメント
から選択され、プローブとして使用できることを特徴とする請求項５に記載の試薬。
【請求項９】エンベリンの全てまたは一部のコードフラグメント又は非コードフラグメント、特に少なくとも14ヌクレオチドからなるフラグメント、より詳しくは最初のメチオニンをエンコードするコドンを始点としてアミノ酸291またはアミノ酸321のいずれかからのエンベリンのＣ末端部分をエンコードするフラグメントからなる群から選択されることを特徴とする請求項５に記載の試薬。
【請求項１０】ａ） 分析すべき生物学的試料を請求項５、請求項６又は請求項８に記載する少なくとも１つのプローブと接触させる工程、及び
ｂ）ヌクレオチド配列-プローブ相互作用から生ずる生成物をいずれかの適当な手段で検出する工程
からなることを特徴とする、生物学的試料を用いて行われたハイブリダイゼーション及び/又は遺伝子増幅による、env型またはenvおよびgag型の内因性レトロウイルス核酸配列、その正常な又は病理学上の変異体を迅速かつ区別して検出する方法。
【請求項１１】工程(a)の前に:
・  該当する生物組織又は液体を調製する工程、
・  検出すべき核酸を抽出する工程、及び
・  請求項５〜７のいずれか１つに記載の少なくとも１つの試薬を用いて行われる少なくとも１つの遺伝子増幅サイクル
を含み、
工程(b)に続いて：
・  適当な手段、特に配列決定、サザンブロッティング、制限開裂、SSCP又は比較される各種配列間の挿入若しくは欠失若しくは単一突然変異を同定できる他の方法によって、生物学的試料から得られた核酸配列と請求項１〜３のいずれか１つに記載のヒト内因性レトロウイルス配列とを比較する工程
を含むことを特徴とする請求項１０に記載の検出方法。
【請求項１２】−  対照の生物学的試料及び患者から集めた同様の試料から得られたメッセンジャーRNAを採取し、かつ
−  そのmRNAを、請求項５〜９のいずれか１つに記載の診断試薬を用いて、インサイトゥハイブリダイゼーション、ドット-ブロット、ノーザンブロッティング、RNAアーゼマッピング又はRT-PCRによって定性及び/又は定量分析すること
からなることを特徴とする、請求項４に記載の転写物を検出する方法。
【請求項１３】機能、調節/脱調節又は変更がHERV-7qファミリーに属するモチーフの正常もしくは病理学的な発現又は調節/脱調節に関連する因子の全て又は一部をエンコードし、HERV-7qファミリーのレトロウイルス配列の上流及び/又は下流に位置しその一方の末端が120kbを越えない距離にあるフランキング領域に位置する遺伝子をエンコードするヌクレオチド配列に相当するゲノム配列の転写物及びcDNAからなる群から選択されるフランキング配列の17〜40ヌクレオチドのフラグメントからなり、請求項１〜４に記載される17〜40ヌクレオチドからなるHERV-7q型の内因性レトロウイルスモチーフに結合していることを特徴とするキメラ配列。
【請求項１４】−  適当な支持体に、クローンから得られたcDNA、ゲノムDNAから得られたPCR産物、転写物または特異的なオリゴヌクレオチド配列から得られたRT-PCR産物(前記DNA配列は、内因性レトロウイルス配列又はHERV-7q型の配列のフラグメント及び/又は、機能、調節/脱調節又は変更がHERV-7qファミリーに属するモチーフの正常または病理学的な発現又は調節/脱調節に関連する因子の全てまたは一部をエンコードし、HERV-7qファミリーのレトロウイルス配列の上流及び/又は下流に位置し一方の末端が120kbを超えない距離にあるフランキング領域に位置する遺伝子をエンコードするヌクレオチド配列に相当するゲノム配列の転写物とcDNAからなるそれらのフランキング配列である)及び/又は請求項１３に記載のキメラ配列を付着させ、
−  その支持体を、例えば正常とみなされる対照、各種民族のヒト、腫瘍過程又は自己免疫疾患のようなレトロウイルスの発現をしばしば伴う病理学的状態の患者から得た生物学的細胞、組織または液体から得られるRNA混合物のレトロ転位によって得られた少なくとも１つの適当な標識プローブとハイブリッド形成をさせ、
−  形成したハイブリッドを検出すること
からなることを特徴とする、請求項１〜９のいずれか１つに記載の内因性レトロウイルス配列又はHERV-7q型の配列のフラグメント及び/又はその関連フランキング配列の少なくとも１つの過剰発現/発現不足又は修飾を検出及び/又は評価する方法。
【請求項１５】転写物またはcDNAが、配列SEQ ID NO：62〜67と119、および14ヌクレオチド以上シフトしているフレームに相当するそれらのフラグメントまたはそれらの相補配列からなる群から選択されることを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】支持体が、さらにいずれかの内因性又は外因性レトロウイルス配列を含むことを特徴とする請求項１４又は請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】請求項１４〜１６のいずれか１つに記載の方法の実施に必要な緩衝液に加えて、
−  請求項５〜９のいずれか１つに記載の診断試薬Ａ、及び
−  機能、調節/脱調節又は変更が、HERV-7qファミリーに属するモチーフの正常もしくは病理学的な発現又は調節/脱調節に関連する因子の全部又は一部をエンコードし、HERV-7qファミリーのレトロウイルス配列の上流及び/又は下流に位置し一方の末端が120kbを超えない距離にあるフランキング領域に位置する遺伝子をエンコードするヌクレオチド配列に相当するゲノム配列の転写物とcDNAからなる試薬Ｂ
からなり、これらの試薬は好ましくは適当な支持体に結合していることを特徴とする、自己免疫疾患、特に自己免疫病因を有する神経病理学的状態の検出及び/又は評価用のキット。
【請求項１８】試薬Ｂが、配列SEQ ID NO：62〜67と119及び14ヌクレオチド以上シフトしているフレームに相当するそれらのフラグメント又はそれらの相補配列からなる群から選択されることを特徴とする請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】請求項１〜４のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列でエンコードされることを特徴とする翻訳産物。
【請求項２０】請求項１〜４のいずれか１つに記載の配列SEQ ID NO：１〜22、28及び61からなる群から選択されたヌクレオチド配列を用いて発現させ得ることを特徴とするペプチド。
【請求項２１】５〜540アミノ酸からなる誘導ペプチド、特に配列SEQ ID NO：26（エンベリン）の最初のメチオニンを始点として538アミノ酸のフラグメントを含むことを特徴とする請求項２０に記載のペプチド。
【請求項２２】・  配列SEQ ID NO:23〜36；
・  配列SEQ ID NO:58；
・  配列SEQ ID NO:26の最初のメチオニンを始点としてアミノ酸291又はアミノ酸321のいずれかからの配列SEQ ID NO:26のＣ-末端フラグメント；
・  HLA系のクラスＩ又はクラスIIのハプロタイプの１つと親和性を有するペプチド、特にエンベリンの399〜471、244〜271フラグメント、ならびに表１に記載する配列SEQ ID NO:68〜118を有するペプチド
からなる群から選択されることを特徴とする請求項２０又は請求項２１に記載のペプチド。
【請求項２３】少なくとも１つのナンセンスコドンが、次のアミノ酸：Phe (F)、Leu (L)、Ser (S)、Tyr (Y)、Cys (C)、Trp (W)、Gln (Q)、Arg (R)、Lys (K)、Glu (E)又はGly (G)の１つをエンコードするコドンで置換されてもよい、請求項１〜４のいずれか１つに記載の核酸配列から得られることを特徴とする請求項２０〜２２のいずれか１つに記載のペプチド。
【請求項２４】少なくとも１つのCKS型モチーフからなる少なくとも１つのペプチド及び/又はHLA系のクラスＩもしくはクラスIIのハプロタイプの１つと親和性を有するペプチドからなる群から選択される少なくとも１つのモチーフ及び少なくとも１つの医薬的に受容可能な賦形剤とからなることを特徴とする、自己免疫疾患、特に選択されたモチーフが危険な被験者を保護するための免疫原性又はワクチン組成物。
【請求項２５】HLA系のクラスＩもしくはクラスIIのハプロタイプの１つと親和性を有するペプチドが、表１に定義するペプチドからなる群から選択されることを特徴とする請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】ペプチドが配列SEQ ID NO:120を有することを特徴とする請求項２４又は請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】請求項２０〜２３のいずれか１つに記載の１以上のペプチドに対するものであることを特徴とする抗体。
【請求項２８】表１のペプチド(配列SEQ ID NO:68〜118)及びその同族体から産生される中和抗体からなることを特徴とする医薬組成物。
【請求項２９】生物学的試料を請求項２７に記載の抗体と接触させ、その結果の測定値を適当な手段、特にEIA、ELISA、RIA、蛍光で目視化することからなることを特徴とする、HERV-7qファミリーの正常又は病理学的なヒト内因性レトロウイルス配列の示差免疫スクリーニング法。
【請求項３０】生物学的試料から抽出された配列と請求項１９〜２３のいずれか１つに記載の配列との比較分析からなることを特徴とする、癌関連の病理学的状態又は神経病理学的状態、特に多発性硬化症をはじめとする自己免疫神経病理学的状態に関連して異常に発現される内因性レトロウイルスモチーフの同定及び検出方法。
【請求項３１】請求項１〜５のいずれか１つに記載する配列の全て又は一部及び関連する内因性又は外因性形態が関与する誘発性、先天性又は後天性のヒト疾患、特に癌性、自己免疫及び/又は神経学的要素を伴う疾患、例えば多発性硬化症、関連症候群及び神経変性疾患の診断、予知、遺伝的罹患性を評価するための請求項１〜９、１３、１４又は１９〜２３のいずれか１つに記載する配列の適用。
【請求項３２】内因性起源又は外因性起源又は外的に誘導される配列もしくはモチーフと組合わされた請求項１〜９のいずれか１つに記載の配列又はモチーフからなることを特徴とするハイブリッド核酸配列。
【請求項３３】請求項１〜４のいずれか１つに記載の核酸配列を含むことを特徴とする組換のクローニング又は発現ベクター。
【請求項３４】CKS-17型のモチーフをエンコードする配列と任意に組合わされていてもよい、表１に定義するペプチドをエンコードする少なくとも１つの核酸配列を含むベクターからなることを特徴とする免疫原性又はワクチン組成物。
【請求項３５】請求項１〜４のいずれか１つに記載のHERV-7q型の内因性レトロウイルス核酸配列の全て又は一部を含むことを特徴とする遺伝子治療ベクター。
【請求項３６】配列が配列SEQ ID NO:２、20及び21からなる群から選択されることを特徴とする請求項３５に記載のベクター。
【請求項３７】HERV-7q型配列(SEQ ID NO:１〜22、28及び61)の全て又は一部を含むことを特徴とするトランスジェニック動物。