【手続補正書】
【提出日】平成17年9月22日(2005.9.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
異なる核酸塩基配列の２つ以上のペプチド核酸プローブの混合物であって、２つ以上のプローブがサブユニットを含む16〜50核酸塩基長であり、各プローブが配列番号１または配列番号２の画分に少なくとも80パーセント相同である少なくとも10個の連続した核酸塩基を含む、混合物。 
【請求項２】
ａ）ランダム分布反復配列の１つ以上のセグメントを含有するゲノム核酸；ならびに
ｂ）該ゲノム核酸のランダム分布反復配列の１つ以上のセグメントの少なくとも１つの画分にハイブリダイズする異なる核酸塩基配列の２つ以上のペプチド核酸プローブであって、２つ以上のプローブの各々がサブユニットを含む16〜50核酸塩基長であり、各々が配列番号１または配列番号２の画分に少なくとも80パーセント相同である少なくとも10個の連続した核酸塩基を含有する、プローブ
を含有してなる組成物。
【請求項３】
ａ）ランダム分布反復配列の１つ以上のセグメントを含有し、ゲノム核酸に由来する少なくとも100bpの検出可能な核酸プローブ；ならびに
ｂ）該検出可能な核酸プローブのランダム分布反復配列の１つ以上のセグメントの少なくとも１つの画分にハイブリダイズする異なる核酸塩基配列の２つ以上のペプチド核酸プローブであって、２つ以上のプローブの各々がサブユニットを含む16〜50核酸塩基長であり、各々が配列番号１または配列番号２の画分に少なくとも80パーセント相同である少なくとも10個の連続した核酸塩基を含有する、プローブ
を含有してなる組成物。 
【請求項４】
ａ）試料と、請求項１記載のペプチド核酸プローブ混合物とを接触させる工程；
ｂ）該試料と、ゲノム核酸に由来する100bpより大きい１つ以上の検出可能な核酸プローブとを接触させる工程；および
ｃ）該試料の標的ゲノム核酸への１つ以上の検出可能な核酸プローブのハイブリダイゼーションを測定することにより試料の標的ゲノム核酸を測定する工程、ここでプローブの混合物が試料中の１つ以上の所望されない配列への１つ以上の検出可能な核酸プローブの結合を抑制する
を含む方法。 
【請求項５】
ａ）試験対象のゲノム核酸の試料を提供する工程；
ｂ）ゲノム核酸の対照を提供し、ここで対照と試料が区別して標識される工程；
ｃ）ゲノム核酸参照アレイを提供する工程；
ｄ）請求項１記載のペプチド核酸プローブの混合物を提供する工程；
ｅ）試料および対照ゲノム核酸、アレイまたは試料および対照ゲノム核酸の両方ならびにアレイをペプチド核酸プローブの混合物で好適なハイブリダイゼーション条件下で処理する工程；
ｆ）好適なハイブリダイゼーション条件下でアレイを試料および対照ゲノム核酸の処理混合物と接触させる工程；ならびに
ｇ）プローブのゲノム核酸へのハイブリダイゼーションにより引き起こされたアレイの異なる標識由来のシグナル強度を比較して、それにより対照における実質的に同一の配列の相対コピー数と比較した試料における配列のコピー数の１以上の変化を測定する工程
を含む方法。 
【請求項６】
ａ）ランダム分布反復配列についての利用可能な配列データの配列アラインメントを使用して非ヌクレオチドプローブの可能な核酸塩基配列を設計する工程；
ｂ）前記可能な核酸塩基配列を有する標識化非ヌクレオチドプローブを調製する工程；
ｃ）標的ゲノム核酸を含有する試料のゲノム核酸を標識された非ヌクレオチドプローブで好適なハイブリダイゼーション条件下で処理する工程；
ｄ）多くの異なる可能性のある核酸塩基配列のハイブリダイズした標識化プローブの相対シグナルを測定する工程；
ｅ）ゲノム核酸への結合の結果、最も強いシグナルを示すプローブを選択する工程；ならびに
ｆ）選択された非ヌクレオチドプローブを試験し、それにより、100bp長より大きく、かつゲノム核酸由来の検出可能な核酸プローブの１つ以上の非標的配列への所望でない結合を試料の標的ゲノム核酸を測定するアッセイにおいて抑制するのに好適か否かを決定する工程
を含む方法。 
【請求項７】
ａ）異なる核酸塩基配列の２つ以上のペプチド核酸プローブの混合物であって、２つ以上のプローブがサブユニットを含む16〜50核酸塩基長であり、各プローブが配列番号１および配列番号２の画分に少なくとも80パーセント相同である少なくとも16個の連続する核酸塩基を含有する、混合物；ならびに
ｂ）アッセイを実施し、それにより試料のゲノム核酸を測定するのに好適な他の試薬および組成物
を含んでなる試薬キット。 
【請求項８】
ａ）異なる核酸塩基配列の２つ以上のペプチド核酸プローブの混合物であって、２つ以上のプローブがサブユニットを含む16〜50核酸塩基長であり、少なくとも１つのプローブが配列番号３〜１３および１５〜２５からなる群より選ばれる配列に少なくとも80パーセント相同である少なくとも10個の連続する核酸塩基の断片を含有する、混合物；ならびに
ｂ）アッセイを実施し、それにより試料のゲノム核酸を測定するための他の試薬および組成物
を含んでなるキット。
【請求項９】
各々がサブユニットを含む16〜50核酸塩基長の核酸塩基配列を含み、各核酸塩基配列が配列番号３〜１３に少なくとも80パーセント相同である、２つ以上の異なるペプチド核酸プローブを含有してなる組成物。
【請求項１０】
各々がサブユニットを含む16〜50核酸塩基長の核酸塩基配列を含み、各核酸塩基配列が配列番号１５〜２５に少なくとも80パーセント相同である、２つ以上の異なるペプチド核酸プローブを含有してなる組成物。
【請求項１１】
配列番号３〜１３および１５〜２５からなる群より選ばれる核酸塩基配列を含有してなるペプチド核酸プローブ。
【請求項１２】
プローブのPNAサブユニットが式：
【化１】
2005524384.tif 000001
式中：
各Jは、同一であるかまたは異なり、H、R1、OR1、SR1、NHR1、NR12、F、Cl、BrおよびIからなる群より選ばれる；
各Kは、同一であるかまたは異なり、O、S、NHおよびNR1からなる群より選ばれる；
各R1は、同一であるかまたは異なり、ヘテロ原子または置換もしくは非置換のアリール基を任意に含みうる１〜５個の炭素原子を含有するアルキル基である；
各Aは、単結合、式；-(CJ2)s-の基および式；-(CJ2)sC(O)-の基からなる群より選ばれ、ここでＪは前記に規定された通りであり、各ｓは１〜５の整数である；
各tは１または２である；
各uは１または２である；および
各Lは同一であるかまたは異なり、J、dabcyl、フルオレセイン、アデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウリジン、5-メチルシトシン、2-アミノプリン、2-アミノ-6-クロロプリン、2,6-ジアミノプリン、ヒポキサンチン、プソイドイソシトシン、2-チオウラシル、2-チオチミジン、他の天然に存在する核酸塩基アナログ、他の天然には存在しない核酸塩基ならびに置換および非置換の芳香族成分からなる群より選ばれる、
を有する請求項１１記載のペプチド核酸プローブ。
【請求項１３】
プローブのPNAサブユニットが、メチレンカルボニル結合を介してN-[2-(アミノエチル)]グリシン骨格のアザ窒素に結合した天然に存在するかまたは天然には存在しない核酸塩基を含有してなる請求項１２記載のペプチド核酸プローブ。
【請求項１４】
配列番号３〜１３および１５〜２５からなる群より選ばれる配列に少なくとも80パーセント相同な少なくとも10個の連続する核酸塩基を含有してなる、サブユニットを含む16〜50核酸塩基長のペプチド核酸プローブ。
【請求項１５】
プローブのPNAサブユニットが式：
【化２】
2005524384.tif 000002
式中：
各Jは、同一であるかまたは異なり、H、R1、OR1、SR1、NHR1、NR12、F、Cl、BrおよびIからなる群より選ばれる；
各Kは、同一であるかまたは異なり、O、S、NHおよびNR1からなる群より選ばれる；
各R1は、同一であるかまたは異なり、ヘテロ原子または置換もしくは非置換アリール基を任意に含みうる１〜５個の炭素原子を含有するアルキル基である；
各Aは、単結合、式；-(CJ2)s-の基および式；-(CJ2)sC(O)-の基からなる群より選ばれ、ここでJは前記に規定された通りであり、各sは１〜５の整数である；
各tは１または２である；
各uは1または２である；および
各Lは、同一であるかまたは異なり、J、dabcyl、フルオレセイン、アデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウリジン、5-メチルシトシン、2-アミノプリン、2-アミノ-6-クロロプリン、2,6-ジアミノプリン、ヒポキサンチン、プソイドイソシトシン、2-チオウラシル、2-チオチミジン、他の天然に存在する核酸塩基アナログ、他の天然には存在しない核酸塩基ならびに置換および非置換の芳香族成分からなる群より選ばれる、
を有する請求項１４記載のペプチド核酸プローブ。
【請求項１６】
プローブのPNAサブユニットが、メチレンカルボニル結合を介してN-[2-(アミノエチル)]グリシン骨格のアザ窒素に結合した天然に存在するかまたは天然には存在しない核酸塩基からなる請求項１５記載のペプチド核酸プローブ。