【手続補正書】
【提出日】平成18年9月5日(2006.9.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のオリゴヌクレオチドからポリヌクレオチドをアセンブルするための方法において、次の工程：
（ａ）該ポリヌクレオチドの配列を共に含む複数の異なるオリゴヌクレオチドを準備し、ここで、該オリゴヌクレオチドのそれぞれは、次のオリゴヌクレオチドにおける配列領域に相当する重複配列を有し、該複数のオリゴヌクレオチドは、それらの３'末端及び５'末端にフランキング配列領域をさらに含み、しかも該フランキング配列領域は、同一のプライマー対のためのプライマー結合部位と、該プライマー結合部位を除去するための制限酵素認識配列を有する配列セグメントとを含むものとし、
（ｂ）該フランキング配列領域の該プライマー結合部位に相補的な一対のプライマーを使用してそれぞれのオリゴヌクレオチドを増幅させ、
（ｃ）該オリゴヌクレオチド配列を開裂させて該プライマー結合部位を除去し、及び
（ｄ）該開裂オリゴヌクレオチド配列を該重複配列を介してアセンブルして全長ポリヌクレオチドを形成させること
を含む、複数のオリゴヌクレオチドからポリヌクレオチドをアセンブルするための方法。
【請求項２】
工程（ａ）の前に、マイクロアレイ装置又はビード装置であってそれぞれ固体表面又は多孔性表面を有するものの上に複数のオリゴヌクレオチド配列をその場で合成させ又はこれをスポットすることをさらに含み、ここで、該複数のオリゴヌクレオチド配列が該固体表面又は多孔性表面に結合していることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
それぞれのオリゴヌクレオチド配列が、開裂性リンカー部分を有する配列セグメントをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
マイクロアレイ又はビードの固体表面からそれぞれのオリゴヌクレオチド配列を開裂させるように該オリゴヌクレオチド配列を開裂性リンカー部位で開裂させてオリゴヌクレオチドの可溶性混合物を形成させることをさらに含む、請求項２又は３に記載の方法。
【請求項５】
開裂性リンカーが、開裂によって３'ヒドロキシヌクレオチドが生成されるようにスクシネート部分をヌクレオチド部分に結合してなる化学成分である、請求項２〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
開裂性リンカーが、５'−ジメトキシトリチルチミジン−３'−スクシネート、４−Ｎ−ベンゾイル−５'−ジメトキシトリチルデオキシシチジン−３'−スクシネート、１−Ｎ−ベンゾイル−５'−ジメトキシトリチルデオキシアデノシン−３'−スクシネート、２−Ｎ−イソブチリル−５'−ジメトキシトリチルデオキシグアノシン−３'−スクシネート及びそれらの２種以上の組み合わせよりなる群から選択される、請求項２又は５に記載の方法。
【請求項７】
固体表面又は多孔性表面に結合した末端部のフランキング配列が、対応する制限酵素によって開裂できる制限酵素認識配列を有する配列セグメントを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記固体表面又は多孔性表面に結合した末端部のフランキング配列に相補的なオリゴヌクレオチド配列をハイブリダイズさせて前記対応する制限酵素と相互作用できる二重鎖配列を形成させ、そして前記マイクロアレイ装置又はビーズから前記複数のオリゴヌクレオチドを開裂させるように該複数のオリゴヌクレオチドを消化してオリゴヌクレオチドの可溶性混合物を形成させることをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
フランキング配列領域が約７〜約５０塩基の長さである、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
制限酵素認識配列が、対応するII型エンドヌクレアーゼ制限酵素によって開裂できるII型エンドヌクレアーゼ制限部位配列である、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
II型エンドヌクレアーゼ制限部位が、ＭｌｙＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢａｅＩ、ＢｓａＸＩ、ＢｓｒＩ、ＢｍｒＩ、ＢｔｒＩ、ＢｔｓＩ、ＦｏｋＩ及びそれらの２種以上の組み合わせよりなる群から選択されるII型エンドヌクレアーゼ制限酵素に対する制限部位に相当する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
フランキング配列領域が、該フランキング配列領域から開裂オリゴヌクレオチドを精製するために使用される結合部分をさらに含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記増幅工程（ｂ）中に、結合部分で標識されたプライマー配列を使用してフランキング配列領域を標識する工程をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
結合部分が、アビジン若しくはストレプタビジンによって捕獲されるビオチン又は抗フルオレセイン抗体によって捕獲できるフルオレセインのような、捕獲できる小分子である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
それぞれのオリゴヌクレオチドについてのフランキング配列領域が同一である、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
同一のプライマー対を使用してそれぞれのオリゴヌクレオチドを増幅する、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
全長ポリヌクレオチド配列を、その末端に相補的なプライマーを使用して増幅することをさらに含む、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記フランキング配列領域が前記オリゴヌクレオチド配列に対して最小の相同性を有するように設計された、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
アセンブルが、融解、自己アニーリング及びポリメラーゼ伸長の反復サイクルを含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
開裂したオリゴヌクレオチドをフランキング配列領域から寸法に基づいて精製する、請求項１〜１１又は１５〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
ポリヌクレオチド配列を共に含む複数の異なるオリゴヌクレオチドを含むポリヌクレオチド製造用組成物において、それぞれのオリゴヌクレオチドが次のオリゴヌクレオチドにおける配列領域に相当する重複配列領域を有し、しかも該複数のオリゴヌクレオチドが、それらの３'末端及び５'末端にフランキング配列をさらに含み、ここで、フランキング配列領域のそれぞれの対が、一対の相補プライマーによって該複数のオリゴヌクレオチドの増幅を可能にするプライマー結合部位と、該プライマー結合部位の除去を可能にする配列セグメントとを含む、ポリヌクレオチド製造用組成物。
【請求項２２】
オリゴヌクレオチドが、固体表面又は多孔性表面を有するマイクロアレイ装置又はビード装置に結合しており、かつ、それから分離できる、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
それぞれのオリゴヌクレオチド配列が開裂性リンカー部分を有する配列セグメントを含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
架橋性リンカーが、開裂によって３'ヒドロキシヌクレオチドが生成されるようにスクシネート部分をヌクレオチド部分に結合してなる化学成分である、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
開裂性リンカーが、５'−ジメトキシトリチルチミジン−３'−スクシネート、４−Ｎ−ベンゾイル−５'−ジメトキシトリチルデオキシシチジン−３'−スクシネート、１−Ｎ−ベンゾイル−５'−ジメトキシトリチルデオキシアデノシン−３'−スクシネート、２−Ｎ−イソブチリル−５'−ジメトキシトリチルデオキシグアノシン−３'−スクシネート及びそれらの２種以上の組み合わせよりなる群から選択される、請求項２３又は２４に記載の組成物。
【請求項２６】
固体表面又は多孔性表面に結合した末端のフランキング配列領域が、対応する制限酵素によって開裂できる制限酵素認識配列を有する配列セグメントを含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２７】
フランキング配列領域が約７〜約５０塩基の長さである、請求項２１〜２６のいずれかに記載の組成物。
【請求項２８】
前記フランキング配列領域が前記プライマー結合部位の除去を可能にする制限酵素認識配列を含む、請求項２１〜２７のいずれかに記載の組成物。
【請求項２９】
制限酵素認識配列が、対応するII型エンドヌクレアーゼ制限酵素によって開裂できるII型エンドヌクレアーゼ制限部位配列である、請求項２１〜２８のいずれかに記載の組成物。
【請求項３０】
II型エンドヌクレアーゼ制限部位が、ＭｌｙＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢａｅＩ、ＢｓａＸＩ、ＢｓｒＩ、ＢｍｒＩ、ＢｔｒＩ、ＢｔｓＩ、ＦｏｋＩ及びそれらの２種以上の組み合わせよりなる群から選択されるII型エンドヌクレアーゼ制限酵素に対する制限部位に相当する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
フランキング配列領域が、該フランキング配列領域から開裂オリゴヌクレオチドを精製するために使用される結合部位をさらに含む、請求項２１〜３０のいずれかに記載の組成物。
【請求項３２】
結合部分が、アビジン若しくはストレプタビジンによって捕獲されるビオチン又は抗フルオレセイン抗体によって捕獲できるフルオレセインのような、捕獲できる小分子である、請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
それぞれのオリゴヌクレオチドのついてのフランキング配列領域が同一である、請求項２１〜３２のいずれかに記載の組成物。
【請求項３４】
同一のプライマー対を使用してそれぞれのオリゴヌクレオチドを増幅する、請求項２１〜３３のいずれかに記載の組成物。
【請求項３５】
前記フランキング配列が前記オリゴヌクレオチド配列に対して最小の相同性を有するように設計された、請求項２１〜３４のいずれかに記載の組成物。
【請求項３６】
複数のオリゴヌクレオチドからポリヌクレオチドをアセンブルするための方法において、次の工程：
（ａ）固体表面又は多孔性表面を有するマイクロアレイ装置又はビード装置上で複数の異なるオリゴヌクレオチドを合成し又は該装置上に該複数のオリゴヌクレオチドをスポットし、ここで、該複数のオリゴヌクレオチドは、該固体表面又は多孔性表面に結合し、しかもそれぞれのヌクレオチドは、別のオリゴヌクレオチドの配列領域と同一又は実質的に同一である約１０〜約５０塩基の配列領域を含むものとし、
（ｂ）第１オリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチドを第１プライマーの伸長によって形成させ、ここで、該プライマーは、該第１オリゴヌクレオチドの一部分に相補的であるものとし、
（ｃ）該相補オリゴヌクレオチドを該第１オリゴヌクレオチドから解離させ、そして該相補オリゴヌクレオチドを、該第１オリゴヌクレオチドの配列領域と同一又は実質的に同一の配列領域を含む別のオリゴヌクレオチドにアニーリングさせ、
（ｄ）工程（ｃ）のプライマー伸長サイクルを繰り返して全長相補ポリヌクレオチドを生成させ、及び
（ｅ）このアセンブルした全長相補ポリヌクレオチドを増幅して所望量の全長ポリヌクレオチドを生成させること
を含む、複数のオリゴヌクレオチドからポリヌクレオチドをアセンブルするための方法。
【請求項３７】
固体表面又は多孔性表面がマイクロアレイ装置の形である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
マイクロアレイ装置が、ヌクレオチドの塩基をカップリング及びデカップリングさせるための電気化学的手段を使用してオリゴヌクレオチドをその場で合成させるための複数の電極を有する半導体装置である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
工程（ｂ）を、融解、アニーリング及びその後の伸長の連続方法によるプライマー伸長反応によって行う、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
プライマー伸長反応を、複数のオリゴヌクレオチドを結合してなるマイクロアレイを使用して熱循環型ＰＣＲ増幅装置で実施する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
ポリヌクレオチドの配列を共に含む複数の異なるオリゴヌクレオチドを含むポリヌクレオチド製造用組成物において、該複数のオリゴヌクレオチドが固体表面又は多孔性表面に結合し、それぞれのオリゴヌクレオチドが別のオリゴヌクレオチドの配列領域と同一又は実質的に同一である約１０〜約５０塩基の配列領域を含み、しかも該それぞれのオリゴヌクレオチドの相補鎖が、プライマーのために使用されるオリゴヌクレオチドと同一又は実質的に同一の配列領域を有する第２オリゴヌクレオチドの伸長用のプライマーとしての役割を果たすことができる、ポリヌクレオチドの製造用組成物。
【請求項４２】
固体表面又は多孔性表面がマイクロアレイ装置の形である、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
マイクロアレイ装置が、ヌクレオチドの塩基をカップリング及びデカップリングさせるための電気化学的手段を使用してオリゴヌクレオチドをその場で合成させるための複数の電極を有する半導体装置である、請求項４２に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００３】
一般に、オリゴヌクレオチド内容物を有する３つのマイクロアレイ（「バイオチップ」及び「ＤＮＡアレイ」及び「遺伝子チップ」とも呼ばれるが、この記述的名称は商標登録しようとされている。）のカテゴリーが存在する。多くの場合、オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、通常珪素をベースとする固体表面を有する（ガラス製の顕微鏡用スライドであることが多い）。オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、多くの場合、（１）物理的手段によってin situ 合成用の単鎖ヌクレオチド又は完全オリゴヌクレオチドを付着させることによる「スポッティング」（インクジェット印刷など）、（２）in situ オリゴヌクレオチド合成のためのフォトリソグラフィー技術（例えば、Ｆｏｄｏｒの米国特許'９３４号及びこの優先権書類に基づく優先権を主張している追加の特許を参照されたい。）、（３）保護化学官能基のｐＨに基づく除去を主体とする電気化学的 in situ 合成（例えば、Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙの米国特許第６０９２３０２号及びＳｏｕｔｈｅｒｎの米国特許第５６６７６６７号を参照されたい。）及び（４）完全に形成されたオリゴヌクレオチドの電場引力／反発力（例えば、Ｈｏｌｌｉｓ他の米国特許第５６５３９３９号及びその発明者の一人であるＨｅｌｌｅｒの米国特許第５９２９２０８号を参照されたい。）を含め、異なる技術によって作られ得る。この最初の３つの基本的な技術のみがその場でオリゴヌクレオチドを形成できる（例えば、完全に形成されたオリゴヌクレオチドを配置することなく又は引き寄せることなくマイクロアレイ表面上でそれぞれのオリゴヌクレオチドをヌクレオチドごとに構築することができる。）。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
完全に形成されたオリゴヌクレオチドを特定の位置に配置することに関して、コンピューター制御されたプロッター又はさらにインクジェットプリンターを使用する様々なマイクロスポッティング技術がオリゴヌクレオチドを所定の位置にスポットするために開発されてきた。一つの技術は、穴のあいた複数の毛細管を有するガラス繊維に、それぞれの毛細管に充填される異なるオリゴヌクレオチドを装填する。次いで、マイクロアレイチップ（単にガラス製の顕微鏡用スライドであることが多い）をガラススライドの紙の各シート上にゴム印のようにスタンプする。また、「スポッティング」技術を使用してオリゴヌクレオチドをその場で構築することも可能である。本質的には、これは、適切な短鎖ヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの特定の配列が構築されるべきスライド（好ましくはガラススライド）上の正確な位置又は領域に「スポット」することを伴う。従って、完全に形成されたオリゴヌクレオチド又は短鎖ヌクレオチドが in situ 合成のために添加されるかどうかに関わらず、スポッティング技術は、自動化された技術を使用して物質を特定の部位又は領域に正確に配置することを伴う。