【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３８６７９２６号「核酸の増幅法」の特許無効審判事件についてされた平成２１年　３月１７日付け審決に対し、東京高等裁判所において審決取消の判決（平成２１年（行ケ）第１０１０７号平成２３年１０月１１日判決言渡）があったので、さらに審理のうえ、次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第３８６７９２６号の請求項１ないし２１に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理　由】
第１．手続の経緯
１．本件特許第３８６７９２６号に係る発明（以下、「本件発明」という。）についての特許出願は、平成１５年１０月２９日に出願され、平成１８年１０月２０日にその発明についての特許権の設定登録がされたものである。
２．これに対して、請求人は、平成２０年５月２０日に、請求項１ないし２１に係る発明の特許について、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができないものであること、及び、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであることに基づき特許無効審判を請求し、証拠方法として、甲第１ないし第３号証を提出した。
３．被請求人は、平成２０年８月４日に答弁書を提出するとともに、証拠方法として乙第１及び第２号証を提出し、それとともに訂正請求書を提出して訂正を求めた（以下、「第１次訂正」という。）。これに対して、請求人は、同年１０月１０日に弁駁書を提出した。
４．平成２０年１２月１２日に、請求人及び被請求人が口頭審理陳述要領書（以下、それぞれ、「請求人口頭審理陳述要領書」、「被請求人口頭審理陳述要領書」という。）を提出した。
５．平成２１年１月７日に、口頭審理が行われ、同日、被請求人及び請求人に対して、特許法第１５３条第２項の規定により、本件に係る「第１次訂正」の特許請求の範囲の請求項１ないし２１に係る特許について、無効理由が通知された。
６．請求人は、平成２１年２月６日に、上申書を提出し、被請求人は、同日に、意見書を提出するとともに、証拠方法として乙第３号証を提出し、それとともに訂正請求書を提出して訂正を求めた（以下、「第２次訂正」という。）。
７．特許庁は、平成２１年３月１７日に、訂正を認め、本件審判の請求は、成り立たない旨の審決がされた。
８．これに対し、請求人は、審決の取消訴訟を提起し（平成２１年（行ケ）第１０１０７号）、裁判所は、平成２３年１０月１１日に、「審決を取消す。」との判決（以下、「本件判決」という。）をした。
９．その後、被請求人は、特許法第１３４条の３第１項の規定に基づき、平成２３年１１月１日に訂正の請求の申立てをし、平成２３年１２月１２日に訂正請求書を提出し、平成２３年１２月１９日に上申書を提出した。これに対し、請求人は、平成２４年２月１３日に弁駁書を提出するとともに、証拠方法として甲第４ないし第６号証を提出した。
　
　なお、「第１次訂正」及び「第２次訂正」は、特許法第１３４条の２第４項の規定により取り下げられたものとみなされる。
　
　
第２．訂正の可否に対する判断
１．平成２３年１２月１２日に提出した訂正請求書による訂正請求によって求める訂正の内容 
　被請求人が平成２３年１２月１２日に提出した訂正請求書による訂正請求によって求める訂正（以下、「本件訂正」という。）は、本件特許の願書に添付した明細書（以下、「本件特許明細書」という。）の記載を、同訂正請求書に添付した明細書のとおりに訂正することを求めるものであって、以下の訂正事項ａないしｎからなるものと認められる。
　
（１）訂正事項ａ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項１において
「【請求項１】
鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法であって、
（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）鋳型核酸を用意する工程、
（ｃ）前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程、
（ｄ）工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程、および
（ｅ）工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなる、方法。」
とあるのを、
「【請求項１】
鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法であって、
（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）鋳型核酸を用意する工程、
（ｃ）前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程、
（ｄ）工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程、および
（ｅ）工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、方法。」と訂正する。
　
（２）訂正事項ｂ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項３において、
「【請求項３】
工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、請求項１に記載の方法。」とあるのを、
「【請求項３】
鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用し、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、請求項１に記載の方法。」に訂正する。
　
（３）訂正事項ｃ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項９において、
「【請求項９】
二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程、
（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、
（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、ならびに（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなる、方法。」
とあるのを、
「【請求項９】
二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程、
（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、
（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、ならびに
（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、方法。」と訂正する。
　
（４）訂正事項ｄ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項１２において、
「【請求項１２】
工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、請求項９に記載の方法。」とあるのを、
「【請求項１２】
鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用し、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、請求項９に記載の方法。」に訂正する。
　
（５）訂正事項ｅ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項１８において、
「【請求項１８】
鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマーであって、
　標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあるプライマー。」
とあるのを、
「【請求項１８】
請求項1に記載の方法により鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマーであって、前記プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなり、
プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、プライマー。」に訂正する。
　
（６）訂正事項ｆ
　本件特許公報の特許請求の範囲の請求項２０において、
「【請求項２０】
二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセットであって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にある第一のプライマー、および
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ'としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にある第二のプライマー、
を含んでなる、プライマーセット。」
とあるのを、
「【請求項２０】
請求項９に記載の方法により二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセットであって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第一のプライマー、および
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第二のプライマー、
を含んでなる、プライマーセット。」に訂正する。
　
（７）訂正事項ｇ
　本件特許公報第６頁第３４行目〜第８頁第４０行目を、
「　そして、本発明による核酸合成法は、鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法であって、
（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）鋳型核酸を用意する工程、
（ｃ）前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程、
（ｄ）工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程、および
（ｅ）工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、方法である。
　また、本発明による核酸増幅法は、二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程；
（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、
（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、ならびに
（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、方法である。
　さらに、本発明によるプライマーは、前記本発明の方法により鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマーであって、前記プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーである。
　さらに、本発明によるプライマーセットは、前記本発明の方法により二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセットであって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第一のプライマー、および
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第二のプライマー、
を含んでなるプライマーセットである。」と訂正する。
　
（８）訂正事項ｈ
　本件特許公報第９頁第２８行目〜第４４行目を、
「  本発明による核酸合成の作用機序を、図１に模式的に示す。まず、鋳型となる核酸中の標的核酸配列を決定し、その標的核酸配列の３’末端部分の配列（Ａ）、および配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）を決定する。本発明によるプライマーは、配列（Ａｃ’）を含んでなり、さらにその５’側に配列（Ｂ’）を含んでなる。配列（Ａｃ’）は、配列（Ａ）にハイブリダイズするものである。配列（Ｂ’）は、配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズするものである。このようなプライマーを鋳型核酸にアニーリングさせると、プライマー中の配列（Ａｃ’）が標的核酸配列の配列（Ａ）にハイブリダイズした状態となる（図１（ａ））。この状態でプライマー伸長反応が起こると、標的核酸配列の相補配列を含む核酸が合成される。そして、合成された核酸の５’末端側に存在する配列（Ｂ’）が、同核酸中に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズし、これにより、合成された核酸の５’末端部分においてステム−ループ構造が形成される。その結果、鋳型核酸上の配列（Ａ）が一本鎖となり、この部分に先のプライマーと同一の配列を有する他のプライマーがハイブリダイズする（図１（ｂ））。その後、鎖置換反応により、新たにハイブリダイズしたプライマーからの伸長反応が起こると同時に、先に合成された核酸が鋳型核酸から分離される（図１（ｃ））。」と訂正する。
　
（９）訂正事項ｉ
　本件特許公報第１０頁第１０行目〜第２１行目を、
「　（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程；」と訂正する。
　
（１０）訂正事項ｊ
　本件特許公報第１１頁第１８行目〜第４１行目を、
「　以上のような観点から、プライマーを構成する配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）の間に介在配列が存在せず、本発明によるプライマーは、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００以上、好ましくは０．００以上、さらに好ましくは０．０５以上、さらに好ましくは０．１０以上となり、また、０．７５以下、好ましくは０．５０以下、さらに好ましくは０．２５以下となるように設計される。さらに、（Ｘ＋Ｙ）は、３０以上かつ５０以下とされ、また、好ましくは４８以下、さらに好ましくは４２以下とされる。
　本発明によるプライマーは、デオキシヌクレオチドおよび／またはリボヌクレオチドにより構成されており、与えられた条件下で必要な特異性を維持しながら標的核酸との塩基対結合を行うことができる程度の鎖長を有するものである。本発明によるプライマーの鎖長は、好ましくは１５〜１００ヌクレオチド、より好ましくは３０〜６０ヌクレオチドとする。また、本発明によるプライマーを構成する配列（Ａｃ'）の長さは、１０〜３０ヌクレオチド、配列（Ｂ'）の長さは、好ましくは５〜５０ヌクレオチド、より好ましくは１０〜３０ヌクレオチドである。」と訂正する。
　
（１１）訂正事項ｋ
　本件特許公報第１３頁第４５行目〜第１４頁第２０行目を、
「　（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程；
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程；」と訂正する。
　
（１２）訂正事項ｌ
　本件特許公報第１６頁第１５行目に記載した「またほ」を「または」に訂正する。
　
（１３）訂正事項ｍ
　本件特許公報第１７頁第３８行目に記載した「プライマーセット１」を「プライマーセット１（比較例）」に、同第４３行目に記載した「プライマーセット２」を「プライマーセット２（比較例）」に、同第５０行目に記載した「プライマーセット３」を「プライマーセット３（比較例）」に、第１８頁第７行目に記載した「プライマーセット４」を「プライマーセット４（実施例）」に、同第１４行目に記載した「プライマーセット５」を「プライマーセット５（実施例）」に、同第２１行目に記載した「プライマーセット６」を「プライマーセット６（実施例）」に、同第２８行目に記載した「プライマーセット７」を「プライマーセット７（実施例）」に、同第３５行目に記載した「プライマーセット８」を「プライマーセット８（実施例）」に、同第４２行目に記載した「プライマーセット９」を「プライマーセット９（実施例）」に、同第４９行目に記載した「プライマーセット１０」を「プライマーセット１０（実施例）」に、第１９頁第７行目に記載した「プライマーセット１１」を「プライマーセット１１（実施例）」に、第２２頁第４１行目に記載した「プライマーセット１２」を「プライマーセット１２（実施例）」に、第２３頁第１行目に記載した「プライマーセット１３」を「プライマーセット１３（実施例）」に、第２４頁第２行目に記載した「プライマーセット１４」を「プライマーセット１４（比較例）」に、同第１３行目に記載した「プライマーセット１５」を「プライマーセット１５（比較例）」に、同第２４行目に記載した「プライマーセット１６」を「プライマーセット１６（実施例）」に、同第３５行目に記載した「プライマーセット１７」を「プライマーセット１７（実施例）」に、同第４６行目に記載した「プライマーセット１８」を「プライマーセット１８（実施例）」に、第２５頁第７行目に記載した「プライマーセット１９」を「プライマーセット１９（実施例）」に、同第１８行目に記載した「プライマーセット２０」を「プライマーセット２０（実施例）」に、それぞれ訂正する。
　
（１４）訂正事項ｎ
　本件特許公報第２８頁第１２行目に記載した「下記の表７示す通りである」を「下記の表７に示す通りである」に訂正する。
　
２．訂正の目的の適否、新規事項の有無、及び特許請求の範囲の拡張・変更の存否 
（１）訂正事項ａ について
　訂正事項ａは、プライマー中において配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合と存在する場合の選択肢で記載されていたところを、介在配列が存在する場合を削除し、介在配列を含まないように限定し、また、プライマー中において配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘ、Ｘ＋Ｙの範囲に限定がなかったところを「Ｘが１０〜３０の範囲」および「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」と限定し、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲であったところを「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　
　そして、「Ｘが１０〜３０の範囲」すなわち前記配列（Ａｃ'）の塩基数が１０〜３０ヌクレオチドであることについては、本件特許公報第１１頁第３８〜４０行目に明示的に記載されており、「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」については、本件特許公報第１１頁第１８〜２２行目に、「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」については、本件特許公報第１１頁第２２〜２５行目にそれぞれ明示的に記載されており、かつ、「工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる」すなわち核酸合成方法においてプライマーと鋳型核酸を用意する工程以外の各工程が等温で行われることについては、本件特許公報の請求項３、第８頁第４１〜４３行目、および第１３頁第２７〜３２行目に明示的に記載されているから、訂正事項ａは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（２）訂正事項ｂ について
　訂正事項ｂは、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法において、さらに、「鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用する」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　そして、プライマーの鎖長については、本件特許公報第１１頁第３６〜３７行目に、「本発明によるプライマーの鎖長は、好ましくは１５〜１００ヌクレオチド」と、明示的に記載されているから、訂正事項ｂは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（３）訂正事項ｃ について
　訂正事項ｃは、第一のプライマー中の配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間、又は、第二のプライマー中の配列（Ｃｃ'）と配列（Ｃ'）との間の介在配列について、それぞれ介在配列が存在しない場合と存在する場合の選択肢で記載されていたところを、介在配列が存在する場合を削除し、介在配列を含まないように限定し、また、「Ｘが１０〜３０の範囲」、「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」および「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」と限定し、さらに、核酸増幅方法を「工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　そして、訂正事項ｃに係る各訂正内容については、訂正事項ａについて述べたとおり、本件特許公報に明示的に記載されているから、訂正事項ｃは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（４）訂正事項ｄ について
　訂正事項ｄは、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法において、さらに、「鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用する」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　そして、訂正事項ｄに係る訂正内容については、訂正事項ｂについて述べたとおり、本件特許公報に明示的に記載されているから、訂正事項ｄは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（５）訂正事項ｅ について
　訂正前の請求項１８記載の特許発明は、鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマーの発明であるが、前記核酸を合成する方法については何ら記載がなく特定されていないのに対して、訂正後の請求項１８記載の特許発明は、「請求項１に記載の方法により鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマー」として、鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するに際し、具体的には請求項１に記載の方法を用いると限定し、さらに、「プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり」と限定し、また、プライマー中において配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合と存在する場合の選択肢で記載されていたところを、介在配列が存在する場合を削除し、介在配列を含まないように限定し、「Ｘが１０〜３０の範囲」、「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」および「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　そして、訂正事項ｅに係る各訂正内容については、訂正事項ａについて述べたとおり、本件特許公報に明示的に記載されているから、訂正事項ｅは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（６）訂正事項ｆ について
　訂正前の請求項２０記載の特許発明は、二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセットの発明であるが、前記核酸配列を増幅する方法については何ら記載がなく特定されていないのに対して、訂正後の請求項２０記載の特許発明は、「請求項９に記載の方法により二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセット」として、二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するに際し、具体的には請求項９に記載の方法を用いると限定し、さらに、第一のプライマーおよび第二のプライマーにおいて、「プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり」と限定し、また、第一のプライマー中の配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間、又は、第二のプライマー中の配列（Ｃｃ'）と配列（Ｄ'）との間の介在配列について、それぞれ介在配列が存在しない場合と存在する場合の選択肢で記載されていたところを、介在配列が存在する場合を削除し、介在配列を含まないように限定し、「Ｘが１０〜３０の範囲」、「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」および「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」と限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　そして、訂正事項ｆに係る各訂正内容については、訂正事項ａ及びｃについて述べたとおり、本件特許公報に明示的に記載されているから、訂正事項ｅは特許明細書又は図面に記載した事項の範囲内でなされたものであり、さらに、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（７）訂正事項ｇ〜ｋ及びｍ について
　訂正事項ｇ〜ｋ及びｍは、発明の詳細な説明の記載を訂正後の特許請求の範囲と整合させるものであり、明りょうでない記載の釈明を目的とした明細書の訂正に該当し、当初明細書又は図面に記載した事項の範囲でなされたものであり、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
（８）訂正事項ｌ及びｎ について
　訂正事項ｌ及びｎは、誤記の訂正を目的とした明細書の訂正に該当し、当初明細書又は図面に記載した事項の範囲でなされたものであり、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものでもない。
　
３．通常実施権者の承諾
　平成２３年１２月１２日に提出した承諾書により、請求書に添付した訂正明細書、特許請求の範囲のとおり訂正を請求することについて、通常実施権者の承諾を得られたと認められ、本件訂正は、特許法第１３４条の２第５項において準用する特許法第１２７条の要件を満たしている。
　
４．むすび 
　以上のとおり、本件訂正は、特許法第１３４条の２第１項ただし書各号に掲げる事項を目的とするものであり、同条第５項において読み替えて準用する第１２６条第３項〜第５項並びに第１２７条の規定に適合するので、当該訂正を認める。
　
　
第３．本件発明
　上記第２．のとおり、本件訂正は認められたので、本件発明は、本件訂正により訂正された明細書の特許請求の範囲の請求項１ないし２１に記載された事項を発明特定事項とする、以下のとおりのものである。（以下、「本件発明１」、「本件発明２」等という。）
「【請求項１】
鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法であって、
（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）鋳型核酸を用意する工程、
（ｃ）前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程、
（ｄ）工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程、および
（ｅ）工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、方法。
【請求項２】
工程（ｅ）により得られた二本鎖の核酸を工程（ｄ）で繰り返して使用する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用し、工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼが使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
鋳型核酸がＲＮＡである場合に、逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成する工程をさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が融解温度調整剤の存在下で行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
融解温度調整剤が、ジメチルスルホキシド、ベタイン、ホルムアミドもしくはグリセロール、またはこれらの混合物である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
鋳型核酸中の標的核酸配列が非天然ヌクレオチドを含んでなるものである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程、
（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、
（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、ならびに
（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、方法。
【請求項１０】
工程（ｆ）により得られた二本鎖の核酸を工程（ｅ）で繰り返して使用する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｆ）により一本鎖の核酸として得られた第一および第二の相補核酸を、工程（ｄ）においてそれぞれ第二および第一の鋳型核酸として繰り返して使用する、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用し、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼが使用される、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
鋳型核酸がＲＮＡの場合に、逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成する工程をさらに含んでなる、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が融解温度調整剤の存在下で行われる、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
融解温度調整剤が、ジメチルスルホキシド、ベタイン、ホルムアミドもしくはグリセロール、またはこれらの混合物である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
鋳型核酸中の標的核酸配列が非天然ヌクレオチドを含んでなるものである、請求項９に記載の方法。
【請求項１８】
請求項1に記載の方法により鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマーであって、前記プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、プライマー。
【請求項１９】
請求項１８に記載のプライマーを含んでなる、鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのキット。
【請求項２０】
請求項９に記載の方法により二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセットであって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第一のプライマー、および
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、プライマーの鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであり、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあり、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にある、第二のプライマー、
を含んでなる、プライマーセット。
【請求項２１】
請求項２０に記載のプライマーセットを含んでなる、二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのキット。」
　
　
第４．請求人の主張、及び、特許法第１５３条第２項の規定による通知の内容の概要
１．請求人の主張の概要
　請求人は、「特許第３８６７９２６号の特許請求の範囲の請求項１ないし２１に記載された発明についての特許を無効とする。審判費用は被請求人の負担とする。」との審決を求めており、その主張は、以下の（１）ないし（２）にあるものと認められる。
（１）本件発明は、甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができないものであり、本件特許は第１２３条第１項第２号に該当し、無効にすべきものである。（以下、「無効理由１」という。）
（２）本件発明は、甲第１号証に記載された発明に、甲第２号証及び甲第３号証に記載された発明を適用することにより当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、その特許は第１２３条第１項第２号に該当し、無効にすべきものである。（以下、「無効理由２」という。）
　
　また、請求人が提出した甲第１ないし３号証は次のとおりである。
　甲第１号証：　特開２０００−３７１９４号公報
　甲第２号証：　EMBL/GenBank/DDBJデータベースにあるAccession No. Z72478のHepatitis B virusのＤＮＡ配列（1996年5月15日）
　甲第３号証：　特許第３３１３３５８号公報（2002年8月12日）
　
　また、請求人は、平成２４年２月１３日付の弁駁書において、下記の甲第４〜６号証を提出している。
　甲第４号証：国際公開第０１／７７３１７号
　甲第５号証：特開２００２−１８６４８１号公報
　甲第６号証：国際公開０１／８３８１７号
　
２．特許法第１５３条第２項の規定による通知の内容の概要
　特許法第１５３条第２項の規定による通知（以下、「無効理由通知」という。）は、概略、以下の理由からなるものである。
（１）本件の請求項１ないし２１に係る発明は、審判請求書に提示された甲第１号証に記載された発明及び引用例２ないし６に記載された優先日前の周知技術に基いて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、本件特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、その特許は、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。（以下、「職権無効理由１」という。）
　
（２）本件請求項１ないし２１の記載が、明細書のサポート要件に適合するということはできず、特許法第３６条第６項第１号の規定を満たすとはいえず、当業者が本件特許明細書の開示から本件請求項１ないし２１に係る発明を容易に実施できず、特許法第３６条第４項第１号の規定を満たさないから、本件の請求項１ないし２１に係る特許は、特許法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。（以下、「職権無効理由２」という。）
　
　また、無効理由通知で提示した引用例２ないし６は次のとおりである。
　引用例２：特表平２−５０１５３２号公報
　引用例３：特表２００１−５０３９７３号公報
　引用例４：国際公開０２／０７０７３５号パンフレット
　引用例５：特許第３１５２９２７号公報（2002年8月12日）
　引用例６：特開平１０−２０１４７６号公報
　
　
第５．被請求人の主張
　被請求人は、「本件審判請求は成り立たない。審判費用は審判請求人の負担とする。」との審決を求め、上記無効理由１、２及び職権無効理由１、２は、いずれも理由がない旨主張している。
　特に、無効理由２について、概略以下のように主張する。
１．甲第１号証に記載された発明に対し、甲第３号証に記載された発明を適用することについて、当業者において阻害要因があるものであって、阻害要因Ａとして、アウタープライマーを必須としない核酸合成方式が記載された甲第１号証に対し、アウタープライマーを必須とする甲第３号証を適用することは、当業者において不自然かつ困難であること、及び、阻害要因Ｂとして、一本鎖の状態でステムループ構造を形成する増幅方式である甲第３号証を、二本鎖の状態でステムループ構造を形成することを必須の条件とする甲第１号証に適用することは、当業者において不自然かつ困難である（平成２０年８月４日付答弁書第２１頁〜第２６頁（３）（当審注：（３）は丸付き数字。）引用発明１（甲第１号証）への引用発明３（甲第３号証）の適用の項）。
　
２．甲第３号証において、具体的に示されたプライマーは全て「介在配列あり」のものであり、塩基数XとＹの範囲は示されているものの、塩基数ＸとＹの比については記載されていないから、甲第１号証に甲第３号証を適用したとしても、本件発明は構成されない（平成２３年１２月１９日付上申書(3-2)）。
　
３．本件発明１は、「介在配列なし」のプライマーであって、−１．００≦（Ｘ−Ｙ）／Ｘ≦０．７５、３０≦Ｘ＋Ｙ≦５０の条件のプライマーを使用することにより、アウタープライマーが無くても、特異的かつ効率的な核酸増幅が可能であるのに対し、甲第１号証では、アウタープライマー無しの増幅反応が記載されているものの、増幅効率が悪く、また、甲第３号証の増幅反応では、全てアウタープライマーを使用しているから、本件発明は、甲第１号証及び甲第３号証に対し、優れた効果を奏するものである（平成２３年１２月１９日付上申書(3-3)）。
　
　また、被請求人が提出した乙第１ないし３号証は次のとおりである。
　乙第１号証：Nucleic Acids Research,2000,Vol.28,No.12,e63
　乙第２号証：「ヒトの分子遺伝学」（第１版）ｍ株式会社メディカル・サイエンス・インターナショナル、１９９７年１２月１５日発行
　乙第３号証：実験成績証明書
　
　
第６．請求人が主張する無効理由１について
　請求人は、請求人口頭審理陳述要領書に、
「６．陳述の要領
（１）新規性欠如についての主張
　請求人は、平成２０年１０月１０日付審判事件弁駁書第７項「理由」中（４）記載の、訂正後の本件発明が新規性を欠如する旨の主張を撤回する。なお、請求人は、訂正前の本件発明が新規性を欠如する旨の審判請求書記載の主張を撤回するものではない。」（第２頁２７行〜第３頁２行）と記載し、口頭審理においても、「訂正後の特許発明については、特許法第２９条第１項第３号に基づく無効理由の主張は撤回する。」と陳述した。
　
　ところで、上記第２．のとおり、本件訂正は認められたので、本件発明１ないし２１は、本件訂正により上記第３．のとおりに訂正された。
　本件第２次訂正は、第１次訂正の特許請求の範囲の請求項１ないし２１に記載された発明特定事項を、プライマー中において配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹ、配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合に、該介在配列の塩基数をＹ'としたときにプライマー中において配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合について、Ｘの範囲に限定がなかったところを「Ｘが１０〜３０の範囲」と限定し、Ｘ＋Ｙが３０以上の範囲であったところを「Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲」と限定し、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲であったところを「（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」と限定し、また、プライマー中において配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在する場合について、Ｘの範囲に限定がなかったところを「Ｘが１０〜３０の範囲」と限定し、Ｘ＋Ｙ＋Ｙ'が３０以上の範囲であったところを「Ｘ＋Ｙ＋Ｙ'が３０〜５０の範囲」と限定し、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲であったところを「｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ'）｝／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲」と限定し、さらに、核酸合成方法を「工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる」と限定したものであり、そして、本件訂正は、第２次訂正において、プライマー中において配列（Ａｃ'）と配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合と存在する場合の選択肢で記載されていたところを、介在配列が存在する場合を削除し、介在配列を含まないように限定したものであり、特許請求の範囲はさらに減縮されている。
　
　このように、本件訂正の特許請求の範囲の請求項１ないし２１に記載された発明は、第１次訂正後の特許発明よりもさらに減縮されたのであるから、当然に特許法第２９条第１項第３号に基づく無効理由が新たに生ずるものではない。
　
第７．請求人が主張する無効理由２について
１．請求人が提出した甲第１号証（特開２０００−３７１９４号公報）の記載事項
　甲第１号証には、以下の記載事項が記載されている。
ア．「本発明は、特定の核酸配列を直線的に増幅するためのプロセスを提供する。このプロセスは、以下の工程：該特定の核酸配列、初期プライマーまたは核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列に第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント、および（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的な配列に結合し得、そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成され、そして第１のプライマー伸長を置換するように、均衡（ｉｓｏｓｔａｔｉｃ）または限定サイクリング条件下で、第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、続く該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、セグメントを含む、初期プライマーまたは核酸構築物；ならびに、基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程；ならびに、均衡または限定サイクリング条件下で該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列を直線的に増幅する工程、を包含する。」（【００１４】）
　
イ．「【発明の実施の形態】
　以下の定義は、本発明および本開示の理解に有用である。
定義
　均衡条件は、実質的に定常な温度および／または化学条件をいう。」（【００８１】）
　
ウ．「直線的増幅は、核酸の１つの鎖のみの２つ以上のコピーが生成される場合に行われる。
非直線的増幅は、核酸配列の２つ以上のコピーが、核酸およびその相補体の各鎖から生成される場合に行われる。」（【００８４】及び【００８５】）
　
エ．「この産物は、図１に例示される、連続する一連の以下の工程によって、形成され得る。新規のプライマーまたは核酸構築物のテンプレート依存性伸長は、この新規のプライマーまたは核酸構築物の第２セグメントを含む配列に相補的である伸長部分配列において生成する。これらの自己相補性領域は、テンプレートに結合しままであり得るか、または自己相補性構造を形成し得る。二次構造の形成は、テンプレートからの、伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全てまたは一部の除去を提供し得る。このことは、別の初期プライマーが、テンプレートからの新規の第１伸長プライマーの除去の前に、テンプレート配列に結合することを可能にする。テンプレート上の第２プライマーの伸長は、テンプレートからの第１伸長プライマーの置換を導き得る。このことは、伸長プライマーの分離が、別の結合および伸長反応のためのテンプレートの使用の前に常に起こる先行技術とは対照的である。これらの手段によって、単一のテンプレートは、均衡条件下で、２つ以上の初期事象を提供し得る。さらに、この方法は、全ての温度が伸長産物およびそのテンプレートのＴｍのものを下回る、限定サイクル条件下で使用され得る。連続するプロセスにおいて、新規の第２伸長プライマーにおける二次構造の形成は、新規の第３プライマーの結合および続く伸長を提供し得る。このようにして、変性条件の非存在下において、本発明の新規のプロセスは、核酸テンプレートの単鎖からの多重プライミング、伸長、および遊離事象を提供し得る。さらに、これらの工程の全ては、均衡条件下で、同時および連続的に起こり得る。」（【０１０４】）
　
オ．「複数の同一の第１セグメントおよび第２セグメントを有する新規の核酸構築物はまた、図１に示されている同じプロセスによって直線的増幅を行うために使用され得る。この新規の構築物は、潜在的に、１つの極性を有する線状構築物と比較して、効率の増加に恵まれている。構築物分子の第１セグメントの１つの結合および伸長は、再生されたプライマー結合部位に結合し得る構築物の他の第１セグメントの局在化高濃度を生じる。複数のプライミングおよび伸長反応の後、１本鎖である標的ＤＮＡの複数のコピーを含む構築物が作製され得る。」（【０１０５】）
　
カ．「非直線的増幅産物は、標的核酸の異なる鎖に相補的な２つの新規のプライマーの使用によって、連続する一連の以下の工程によって、均衡または限定サイクル条件下で合成され得る。新規のプライマー（Ａ）は、標的鎖に結合し、そして新規の単一プライマーでの直線的増幅について以前に記載されたのと同様の一連の伸長、二次構造形成、プライマー結合部位の再生、第２結合、第２伸長、伸長プライマーのテンプレートからの分離が存在する。新規の伸長プライマーは、他の新規のプライマーの結合および伸長と置き換えられるので、これらの１本鎖産物は、新規のプライマー（Ｂ）と結合し得、そして伸長させて完全な２本鎖アンプリコンを作製することを可能にする。この潜在的な一連の事象は、図５に示される。以前に記載したように、伸長して置換したプライマーの相補体の形成は、均衡または限定サイクル条件下で、複数の結合、伸長、および置換事象を可能にするべき二次構造を有するテンプレートを作製する。新規の第１プライマーおよびその相補体から寄与される配列に由来する一方の末端での二次構造、および新規の第２プライマーおよびその相補体によって寄与される配列に由来する他方の末端での二次構造を有する産物が形成され得る。この構造は、プライマー結合部位として使用され得る１本鎖セグメントを再生する各鎖において、ループ構造を有するので、新規のプライマーまたは核酸構築物のさらなる結合および伸長が、均衡または限定サイクル条件下で、いずれかの鎖において開始され得る。例示するために、図５に示される一連の事象は、新規のプライマー（Ａ）による一方の末端での最初の開始事象の結果であるが、相補的なテンプレート鎖の利用可能性とともに、一連の事象が、新規のプライマー（Ｂ）による、相補的な標的鎖のプライマー結合部位での最初の開始と、類似の様式で示されている。」（【０１３４】）
　
キ．「【実施例】
　（実施例１　５３℃および６３℃でのＢｓｔポリメラーゼによるＰＣＲ産物の等温増幅）
　（ｉ）ＨＢＶプラスミドＤＮＡのＰＣＲ増幅
　ＨＢＶマイクロタイタープレートアッセイ（ＥＮＺＯ　Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、ＮＹ、ＮＹ）からのＨＢＶポジティブコントロールを、ＰＣＲによる増幅のための標的として使用した。製造業者によると、このＤＮＡは８０ｐｇ／ｕｌ（ｕｌにつき１．２×１０7コピーのＨＢＶと同量）である。１ｕｌのＨＢＶ標的、１×ＰＥ緩衝液（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ、Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ、ＣＡ）、４ｍＭのＭｇＣｌ2、２５０ｕｍのｄＮＴＰ、６単位のアンプリサーム（Ａｍｐｌｉｔｈｅｒｍ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＬａＪｏｌｌａ、ＣＡ）、ならびに１０ピコモルのＨＢＶオリゴプライマーＦＣおよびＲＣからなる５０ｕｌのＰＣＲ反応を実施した。
ＦＣ配列＝５’−ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡ　ＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧ　ＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ　ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴ　ＧＣＧＧＣＧＴＴＴ−３’
ＲＣ配列＝５’−ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴ　ＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ　ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ　ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡ　ＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ−３’。」（【０１７８】）
　
ク．「　（実施例２　ＨＢＶ配列の等温増幅の時間経過／感度）
（ｉ）増幅
　Ｅｃｏ　Ｒ１であらかじめ消化されたＨＢＶプラスミドＤＮＡを、等温増幅のテンプレートとして使用した。ＤＮＡ混合物は、　ＦＣおよびＲＣプライマーがそれぞれ４０ｐＭ、１×ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ緩衝液（Ｎ．Ｅ．Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ　ＭＡ）および４×１０6、４×１０4、または０　ＨＢＶ分子を含む１００ｕｌからなった。これらはＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ（Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ、ＣＡ）製のサーモサイクラーモデル４８０を使用して５分間で９４℃まで熱した。次いで装置を６３℃で４８０分セットした。ブロックを６３℃に調節した後、酵素混合物２５ｕｌを含有する個々のチューブをサーモサイクラーブロックの中に置いた。それぞれの酵素混合物チューブは、４単位のＢｓｔポリメラーゼ（Ｎ．Ｅ．Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ　ＭＡ）、１×ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ緩衝液（Ｎ．Ｅ．Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ　ＭＡ）、および４００ｕＭのｄＮＴＰを含有した。ＤＮＡ混合物、および酵素混合物を６３℃に調節した後、２５ｕｌのサンプルをそれぞれのＤＮＡ混合物から採取し、合計容量がそれぞれ５０ｕｌになるようにそれぞれの酵素混合物チューブに加えた。ＤＮＡ混合物のそれぞれのチューブ用として、３件のサンプルを採取した。それぞれのＤＮＡ濃度用についてひとつのサンプルを、２、４、および８時間後に６３℃のブロックの外に取り出した。」（【０１８４】）
　
ケ．「逆転写酵素または逆転写が可能なＤＮＡポリメラーゼは、開始基質としてＲＮＡ分子を用いて、本発明を実行するために使用され得る。」（【０１７２】９行〜１２行）
　
コ．「補充的なエレメントもまた、適切な二次構造の形成を好むように反応混合物中に含まれ得る。これらのエレメントとしては、１本鎖結合タンパク質、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＲｅｃＡタンパク質、および種々のヘリカーゼのようなタンパク質が挙げられ得るがこれらに限定されない。これらのエレメントとしてはまた、ホルムアミドまたはＤＭＳＯのような化学試薬が挙げられ得るがこれらに限定されない。」（【００９６】６行〜１３行）
　 
サ．「当業者は、第１セグメントまたはプライマー伸長産物、これらのエレメントの両方が、少なくとも１つの改変ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含み得ることを認識する。このような場合において、改変ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログは、その相補物に対する第１セグメントまたはプライマー伸長産物の熱力学安定性を減少させる。このような熱力学安定性を減少させる改変ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログは、例えば、カルボン酸のような負に荷電した化学基を含む。」（【０１０１】）
　
シ．「本発明はさらに、上記の種々のプロセスにおける使用のために組成物およびキットを意図しそして包含する。」（【０１７６】）
　
２．請求人が提出した甲第３号証（特許第３３１３３５８号公報）の記載事項
　　甲第３号証には、以下の記載事項が記載されている。　
ス．「【請求項１】　次の工程を繰り返すことによる１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の増幅方法。
Ａ）3'末端と5'末端において、それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備え、この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型を提供する工程
Ｂ）同一鎖にアニールさせた前記鋳型の3'末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程、
Ｃ）前記ループのうち3'末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を3'末端に含むオリゴヌクレオチドを、ループ部分にアニールさせ、これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って、工程Ｂ）で合成された相補鎖を置換してその3'末端を塩基対結合が可能な状態とする工程、および
Ｄ）工程Ｃ）において3'末端を塩基対結合が可能な状態とした鎖を工程Ａ）における新たな鋳型とする工程」（公報第１頁【特許請求の範囲】）
　
セ．「 本発明の特徴となっている、３’末端に同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を備え、この領域Ｆ１が同一鎖上のＦ１ｃにアニールすることによって、塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸は、様々な方法によって得ることができる。もっとも望ましい態様においては、次の構造を持ったオリゴヌクレオチドを利用した相補鎖合成反応に基づいてその構造を与えることができる。
　すなわち本発明において有用なオリゴヌクレオチドとは、少なくとも以下の２つの領域Ｘ２およびＸ１ｃとで構成され、Ｘ２の５’側にＸ１ｃが連結されたオリゴヌクレオチドからなる。
Ｘ２：特定の塩基配列を持つ核酸の領域Ｘ２ｃに相補的な塩基配列を持つ領域
Ｘ１ｃ：特定の塩基配列を持つ核酸における領域Ｘ２ｃの５’側に位置する領域Ｘ１ｃと実質的に同じ塩基配列を持つ領域
　ここで、本発明のオリゴヌクレオチドの構造を決定する特定の塩基配列を持つ核酸とは、本発明のオリゴヌクレオチドをプライマーとして利用するときに、その鋳型となる核酸を意味する。本発明の合成方法に基づいて核酸の検出を行う場合には、特定の塩基配列を持つ核酸とは、検出対象、あるいは検出対象から誘導された核酸である。特定の塩基配列を持つ核酸は、少なくともその一部の塩基配列が明らかとなっている、あるいは推測が可能な状態にある核酸を意味する。塩基配列を明らかにすべき部分とは、前記領域Ｘ２ｃおよびその５’側に位置する領域Ｘ１ｃである。この２つの領域は、連続する場合、そして離れて存在する場合とを想定することができる。両者の相対的な位置関係により、生成物である核酸が自己アニールしたときに形成されるループ部分の状態が決定される。また、生成物である核酸が分子間のアニールではなく自己アニールを優先的に行うためには、両者の距離が不必要に離れないほうが望ましい。したがって、両者の位置関係は、通常０−５００塩基分の距離を介して連続するようにするのが望ましい。ただし、後に述べる自己アニールによるループの形成において、両者があまりにも接近している場合には望ましい状態のループの形成を行うには不利となるケースも予想される。ループにおいては、新たなオリゴヌクレオチドのアニールと、それを合成起点とする鎖置換を伴う相補鎖合成反応がスムーズに開始できる構造が求められる。したがってより望ましくは、領域Ｘ２ｃおよびその５’側に位置する領域Ｘ１ｃとの距離が、０〜１００塩基、さらに望ましくは１０〜７０塩基となるように設計する。なおこの数値はＸ１ｃとＸ２を含まない長さを示している。ループ部分を構成する塩基数は、更にＸ２に相当する領域を加えた長さとなる。
　なお本発明に基づくオリゴヌクレオチドを構成する塩基配列の特徴付けのために用いられる同一、あるいは相補的という用語は、いずれも完全に同一、あるいは完全に相補的であることを意味しない。すなわち、ある配列と同一とは、ある配列に対してアニールすることができる塩基配列に対して相補的な配列をも含むことができる。他方、相補的とは、ストリンジェントな条件下でアニールすることができ、相補鎖合成の起点となる３’末端を提供することができる配列を意味する。
　上記特定の塩基配列を持つ核酸に対して本発明によるオリゴヌクレオチドを構成する領域Ｘ２およびＸ１ｃは、通常は重複することなく連続して配置される。あるいはもしも両者の塩基配列に共通の部分があるのであれば、部分的に両者を重ねて配置することもできる。Ｘ２はプライマーとして機能する必要があることから、常に３’末端となるようにしなければならない。一方Ｘ１ｃは、後に述べるように、これを鋳型として合成された相補鎖の３’末端にプライマーとしての機能を与える必要があることから、５’末端に配置する。このオリゴヌクレオチドを合成起点として得られる相補鎖は、次のステップにおいては逆向きからの相補鎖合成の鋳型となり、最終的には本発明によるオリゴヌクレオチド部分も鋳型として相補鎖に写し取られる。写し取られることによって生じる３’末端は塩基配列Ｘ１を備えており、同一鎖上のＸ１ｃにアニールするとともに、ループを形成する。
　本発明においてオリゴヌクレオチドとは、相補的な塩基対結合を形成できること、そしてその３’末端において相補鎖合成の起点となる−ＯＨ基を与えること、の２つの条件を満たすものを意味する。したがって、そのバックボーンは必ずしもホスホジエステル結合によるものに限定されない。たとえばＰではなくＳをバックボーンとしたホスホチオエート体やペプチド結合に基づくペプチド核酸からなるものであることもできる。また、塩基は、相補的な塩基対結合を可能とするものであれば良い。天然の状態では、一般にはＡＣＴＧおよびＵの５種類となるが、たとえばブロモデオキシウリジン（ｂｒｏｍｏｄｅｏｘｙｕｒｉｄｉｎｅ）といった類似体であることもできる。本発明に用いるオリゴヌクレオチドは、合成の起点となるのみならず、相補鎖合成の鋳型としても機能するものであることが望ましい。なお、本発明においてはオリゴヌクレオチドを含む用語としてポリヌクレオチドを用いる。用語ポリヌクレオチドは、その鎖長を制限しない場合に用い、オリゴヌクレオチドは比較的短い鎖長のヌクレオチド重合体を意味する用語として用いられる。
　本発明によるオリゴヌクレオチドは、以下に述べる各種の核酸合成反応において、与えられた環境の下で必要な特異性を維持しながら相補鎖との塩基対結合を行うことができる程度の鎖長を持つ。具体的には、５−２００塩基、より望ましくは１０−５０塩基対とする。配列依存的な核酸合成反応を触媒する公知のポリメラーゼが認識するプライマーの鎖長が、最低５塩基前後であることから、アニールする部分の鎖長はそれ以上である必要がある。加えて、塩基配列としての特異性を期待するためには、確率的に１０塩基以上の長さを利用するのが望ましい。一方、あまりにも長い塩基配列は化学合成によって調製することが困難となることから、前記のような鎖長が望ましい範囲として例示される。なお、ここで例示した鎖長はあくまでも相補鎖とアニールする部分の鎖長である。後に述べるように、本発明によるオリゴヌクレオチドは最終的には少なくとも２つの領域に個別にアニールすることができる。したがって、ここに例示する鎖長は、オリゴヌクレオチドを構成する各領域の鎖長と理解するべきである。」（公報第６頁右欄３９行〜第７頁右欄４９行）
　
ソ．「 以下の態様においては、本発明に基づくオリゴヌクレオチドとして２種類を用意する。これを説明のためにＦＡとＲＡと名づける。ＦＡとＲＡを構成する領域は、以下のとおりである。
Ｘ２ Ｘ１ｃ
ＦＡ Ｆ２ Ｆ１ｃ
ＲＡ Ｒ２ Ｒ１ｃ
　ここで、Ｆ２は鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃに相補的な塩基配列である。またＲ２はＦ２をプライマーとして合成される相補鎖に含まれる任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列である。Ｆ１ｃとＲ１ｃはそれぞれ、Ｆ２ｃおよびＲ２ｃのそれぞれ下流に位置する任意の塩基配列である。」（第１０頁左欄３１行〜４３行）
　
タ．「実施例１ Ｍ１３ｍｐ１８内の領域の増幅
Ｍ１３ｍｐ１８を鋳型として、本発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法を試みた。実験に使用したプライマーは、Ｍ１３ＦＡ、Ｍ１３ＲＡ、Ｍ１３Ｆ３、そしてＭ１３Ｒ３の４種類である。Ｍ１３Ｆ３とＭ１３Ｒ３は、それぞれＭ１３ＦＡとＭ１３ＲＡを合成起点として得られた第１の核酸を置換するためのアウタープライマーである。アウタープライマーはＭ１３ＦＡ（あるいはＭ１３ＲＡ）よりも後から相補鎖合成の起点となるべきプライマーなので、Ｍ１３ＦＡ（あるいはＭ１３ＲＡ）と隣接する領域にコンティギュアス スタッキング現象を利用してアニールするように設計した。また、Ｍ１３ＦＡ（あるいはＭ１３ＲＡ）のアニールが優先的に起こるようにこれらのプライマー濃度を高く設定した。
　各プライマーを構成する塩基配列は配列表に示したとおりである。プライマーの構造的な特徴を以下にまとめた。また標的塩基配列（ｔａｒｇｅｔ）に対する各領域の位置関係を図７に示した。
プライマー ５’側の領域 ／ ３’側の領域
Ｍ１３ＦＡ Ｍ１３ＦＡによる合成相補鎖の領域Ｆ１ｃと同じ
／Ｍ１３ｍｐ１８の領域Ｆ２ｃに相補
Ｍ１３ＲＡ Ｍ１３ＲＡによる合成相補鎖の領域Ｒ１ｃと同じ
／Ｍ１３ＦＡによる合成相補鎖の領域Ｒ２ｃに相補
Ｍ１３Ｆ３ Ｍ１３ｍｐ１８の領域Ｆ２ｃの３’側に隣接するＦ３ｃに相補
Ｍ１３Ｒ３ Ｍ１３ＦＡによる合成相補鎖の領域Ｒ２ｃの３’側に隣接するＲ３ｃに相補
　このようなプライマーによって、Ｍ１３ｍｐ１８の領域Ｆ１ｃからＲ１ｃにいたる領域とその相補的な塩基配列とが、Ｆ２ｃを含むループ形成配列を挟んで１本鎖上に交互に連結した核酸が合成される。これらのプライマーによる本発明による核酸の合成方法のための反応液組成を以下に示す。
反応液組成（２５μＬ中）
２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ ｐＨ８．８
１０ｍＭ ＫＣｌ
１０ｍＭ（ＮＨ４）２ＳＯ４
６ｍＭ ＭｇＳＯ４
０．１％ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００
５％ ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）
０．４ｍＭ ｄＮＴＰ
プライマー：
８００ｎＭ Ｍ１３ＦＡ／配列番号：１
８００ｎＭ Ｍ１３ＲＡ／配列番号：２
２００ｎＭ Ｍ１３Ｆ３／配列番号：３
２００ｎＭ Ｍ１３Ｒ３／配列番号：４
ターゲット：Ｍ１３ｍｐ１８ ｄｓＤＮＡ／配列番号：５
反応：上記反応液を９５℃で５分間加熱し、ターゲットを変性させて１本鎖とした。」（第１６頁右欄１７行〜第１７頁左欄１０行）
　
チ．「実施例８ ｍＲＮＡをターゲットとした増幅反応
ターゲットとなる核酸をｍＲＮＡとして、本発明による核酸の合成方法を試みた。ターゲットとなるｍＲＮＡは、前立腺特異抗原（Ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ；ＰＳＡ）を発現した細胞である前立腺癌細胞株ＬＮＣａＰ ｃｅｌｌ（ＡＴＣＣ Ｎｏ．ＣＲＬ−１７４０）と、非発現細胞である慢性骨髄性白血病細胞株Ｋ５６２ｃｅｌｌ（ＡＴＣＣ Ｎｏ．ＣＣＬ−２４３）を、１：１０６〜１００：１０６で混合し、Ｑｉａｇｅｎ社（ドイツ）のＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ ｋｉｔを用いて全ＲＮＡを抽出した。実験に使用したプライマーは、ＰＳＡＦＡ、ＰＳＡＲＡ、ＰＳＡＦ３、そしてＰＳＡＲ３の４種類である。ＰＳＡＦ３とＰＳＡＲ３は、それぞれＰＳＡＦＡとＰＳＡＲＡを合成起点として得られた第一の核酸を置換するためのアウタープライマーである。また、ＰＳＡＦＡ（あるいはＰＳＡＲＡ）のアニールが優先的に起こるようにこれらのプライマー濃度を高く設定した。各プライマーを構成する塩基配列は以下のとおりである。
プライマー：
ＰＳＡＦＡ： ＴＧＴＴＣＣＴＧＡＴＧＣＡＧＴＧＧＧＣＡＧＣＴＴＴＡＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＧＴＧＴＴＣＴＧ（配列番号：２６）
ＰＳＡＲＡ：
ＴＧＣＴＧＧＧＴＣＧＧＣＡＣＡＧＣＣＴＧＡＡＧＣＴＧＡＣＣＴＧＡＡＡＴＡＣＣＴＧＧＣＣＴＧ（配列番号：２７）
ＰＳＡＦ３：ＴＧＣＴＴＧＴＧＧＣＣＴＣＴＣＧＴＧ（配列番号：２８）
ＰＳＡＲ３：ＧＧＧＴＧＴＧＧＧＡＡＧＣＴＧＴＧ（配列番号：２９）
プライマーの構造的な特徴を以下にまとめた。また、標的のｍＲＮＡをコードするＤＮＡ塩基配列に対する各プライマーの位置関係、および制限酵素Ｓａｕ３ＡＩの認識部位を図１７に示した。
プライマー ５’側の領域 ／ ３’側の領域
ＰＳＡＦＡ ＰＳＡＦＡによる合成相補鎖の領域Ｆ１ｃと同じ
／標的塩基配列の領域Ｆ２ｃに相補
ＰＳＡＲＡ ＰＳＡＲＡによる合成相補鎖の領域Ｒ１ｃと同じ
／ＰＳＡＦＡによる合成相補鎖の領域Ｒ２ｃに相補
ＰＳＡＦ３ 標的塩基配列の領域Ｆ２ｃの３’側に隣接するＦ３ｃに相補
ＰＳＡＲ３ ＰＳＡＦＡによる合成相補鎖の領域Ｒ２ｃの３’側に隣接するＲ３ｃに相補
本発明による核酸の合成方法のための反応液組成を以下に示す。
反応液組成（２５μＬ中）
２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ ｐＨ８．８
４ｍＭ ＭｇＳＯ４
０．４ｍＭ ｄＮＴＰｓ
１０ｍＭ ＫＣｌ
１０ｍＭ （ＮＨ４）２ＳＯ４
０．１％ ＴｒｉｔｏｎＸ−１００
０．８Ｍ ｂｅｔａｉｎｅ
５ｍＭ ＤＴＴ
１６００ｎＭ ＰＳＡＦＡ ＆ ＰＳＡＲＡプライマー
２００ｎＭ ＰＳＡＦ３ ＆ ＰＳＡＲ３プライマー
８Ｕ Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ
１００Ｕ ＲｅｖｅｒＴｒａ Ａｃｅ（ＴＯＹＯＢＯ、日本）
５μｇ 全ＲＮＡ
全ての成分は氷上で混合した。」（公報第２０頁右欄３９行〜第２１頁右欄３４行）
　
ツ．図１７には、標的ｍＲＮＡをコードする塩基配列における、オリゴヌクレオチドを構成する各塩基配列の位置関係が示されている。（公報第４０頁）
　
３．本件発明１について
（１）甲第１号証に記載されたＦＣおよびＲＣプライマーについて
　甲第１号証の「（実施例２　ＨＢＶ配列の等温増幅の時間経過／感度）」に記載された、ＦＣおよびＲＣプライマーとは、「Ｅｃｏ　Ｒ１であらかじめ消化されたＨＢＶプラスミドＤＮＡを、等温増幅のテンプレート」すなわちＨＢＶ核酸を標的核酸とするものであって、各プライマーの化学構造は、ＦＣ配列＝５’−ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡ　ＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧ　ＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ　ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴ　ＧＣＧＧＣＧＴＴＴ−３’ＲＣ配列＝５’−ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴ　ＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ　ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ　ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡ　ＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ−３’」（【０１７８】）である。
　そしてＨＢＶ核酸は甲２号証の「ORIGIN」の項の記載を参酌すれば、
「361 tcctggttat cgctggatgt gtctgcggcg ttttatcata ttcctcttca tcctgctgct
　421 atgcctcatc ttcttattgg ttcttctgga ttatcaaggt atgttgcccg tttgtcctct
　481 aattccagga tcaacaacaa ccagtacggg accatgcaaa acctgcacga ctcctgctca」なる配列を有するものであり、この配列と相補な配列もまた当該プライマーの標的となるといえる。
　このうち、ＲＣプライマーの３’末端部分の「ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ」（５’側から数えて31-50位）は、上記ＨＢＶ核酸の「ＴＡＣＧＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＡＡＣＣＴ」（ＨＢＶ核酸の505-524位）」と完全に相補であってハイブリダイズすることが可能であり、ＲＣプライマーの５’末端部分の「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（５’側から数えて1-30位）は、上記ＨＢＶ核酸の「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴ　ＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ　ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（ＨＢＶ核酸の475-504位）と完全に同一であって、上記ＨＢＶ核酸のこの部分に対する相補配列「ＣＴＧＧＴＴＧＴＴＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＡＡＴＴＡＧＡＧＧＡ」にハイブリダイズ可能な配列である。
　してみるとＲＣプライマーの３’末端部分の「ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ」（５’側から数えて31-50位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の３'末端部分の配列「ＴＡＣＧＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＡＡＣＣＴ」（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）に相当し、ＲＣプライマーの５’末端部分の「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（５’側から数えて1-30位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列において前記配列「ＴＡＣＧＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＡＡＣＣＴ」（ＨＢＶ核酸の505-524位）（Ａ）よりも５'側に存在する配列「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴ　ＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ　ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（ＨＢＶ核酸の475-504位）（Ｂ）の相補配列「ＣＴＧＧＴＴＧＴＴＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＡＡＴＴＡＧＡＧＧＡ」（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（Ｂ'）に相当し、当該「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（Ｂ'）は５’側から数えて1-30位であって、５’側から数えて31-50位である「ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ」（Ａｃ'）よりも５'側に含んでなるものである。
　そして、ＲＣプライマーの配列（Ａｃ'）の塩基数Ｘは２０であり、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域は存在しないから、その塩基数Ｙは０であって、（Ｘ−Ｙ）／Ｘは１である。
　
　また、ＦＣプライマーの３’末端部分の「ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ」（５’側から数えて31-49位）は、上記ＨＢＶ核酸の相補配列の「ＡＡＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣ」（ＨＢＶ核酸の375-393位）」と完全に相補であってハイブリダイズすることが可能であり、ＦＣプライマーの５’末端部分の「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（５’側から数えて1-30位）は、上記ＨＢＶ核酸の相補配列「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（ＨＢＶ核酸の394-423位）と完全に同一であって、上記ＨＢＶ核酸のこの部分の相補配列に対する相補配列「ＴＡＴＣＡＴＡＴＴＣＣＴＣＴＴＣＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧ」にハイブリダイズ可能な配列である。
　してみるとＦＣプライマーの３’末端部分の「ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ」（５’側から数えて31-49位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の相補配列の３'末端部分の配列「ＡＡＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣ」（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）に相当し、ＦＣプライマーの５’末端部分の「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（５’側から数えて1-30位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の相補配列において前記配列「ＡＡＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣ」（ＨＢＶ核酸の375-393位）（Ａ）よりも相補配列として５'側に存在する配列「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（ＨＢＶ核酸の394-423位）（Ｂ）の相補配列「ＴＡＴＣＡＴＡＴＴＣＣＴＣＴＴＣＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧ」（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（Ｂ'）に相当し、当該「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＧ」（Ｂ'）は５’側から数えて1-30位であって、５’側から数えて31-49位である「ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ」（Ａｃ'）よりも５'側に含んでなるものである。
　そして、ＦＣプライマーの配列（Ａｃ'）の塩基数Ｘは１９であり、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域は存在しないから、その塩基数Ｙは０であって、（Ｘ−Ｙ）／Ｘは１、Ｘ＋Ｙは１９である。
　
（２）甲第３号証に記載されたＦＡ及びＲＡプライマー、ＰＳＡＦＡ及びＰＳＡＲＡプライマーについて
　上記記載事項ス〜ソの各記載によれば、「ＦＡプライマー」は、「標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｆ２ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｆ２）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ｆ２ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｆ１ｃ）の相補配列（Ｆ１）にハイブリダイズする配列（Ｆ１ｃ）を前記配列（Ｆ２）の５'側に含んでなるプライマー」であり、「ＲＡプライマー」は「標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｒ２ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｒ２）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ｒ２ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｒ１ｃ）の相補配列（Ｒ１）にハイブリダイズする配列（Ｒ１ｃ）を前記配列（Ｒ２）の５'側に含んでなるプライマー」である。
　
　また、「本発明によるオリゴヌクレオチドは、以下に述べる各種の核酸合成反応において、与えられた環境の下で必要な特異性を維持しながら相補鎖との塩基対結合を行うことができる程度の鎖長を持つ。具体的には、５−２００塩基、より望ましくは１０−５０塩基対とする。配列依存的な核酸合成反応を触媒する公知のポリメラーゼが認識するプライマーの鎖長が、最低５塩基前後であることから、アニールする部分の鎖長はそれ以上である必要がある。加えて、塩基配列としての特異性を期待するためには、確率的に１０塩基以上の長さを利用するのが望ましい。」こと、及び、「したがってより望ましくは、領域Ｘ２ｃおよびその５’側に位置する領域Ｘ１ｃとの距離が、０〜１００塩基、さらに望ましくは１０〜７０塩基となるように設計する。なおこの数値はＸ１ｃとＸ２を含まない長さを示している」のであるから（上記記載事項ケ）、すなわち本件発明１におけるプライマーを規定するパラメーターと同様に、前記配列（Ｘ２）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｘ１ｃ）と前記配列（Ｘ２ｃ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときには、「１０≦Ｘ≦５０」、「１０≦Ｙ≦７０」のものが好ましいことが記載されている。
　
　上記記載事項チ、ツによれば、「ＦＡプライマー」として具体的に開示された、第２６番塩基配列からなるＰＳＡＦＡプライマーは、図１７のＰＳＡ Ｆ２の相補配列を標的核酸配列の結合部位として結合し増幅するものであるが、配列（Ｆ１ｃ）の相補配列（Ｆ１）にハイブリダイズする配列（Ｆ１ｃ）に相当する５'末端の２３塩基と、介在塩基の２塩基と、標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｆ２ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｆ２）に相当する３'末端の１９塩基とからなる。よって、Ｘの値は１９、Ｙ'の値は２となる。そして、図１７から分かるように、ＰＳＡ Ｆ２とＰＳＡ Ｆ１ｃとの間には、２３塩基が介在しているため、Ｙの値は２３となる。
　
　そして、第２７番塩基配列からなるＰＳＡＲＡプライマーは、図１７のＰＳＡ Ｒ２配列を標的核酸配列の結合部位として結合し増幅するものであるが、配列（Ｒ１ｃ）の相補配列（Ｒ１）にハイブリダイズする配列（Ｒ１ｃ）に相当する５'末端の２３塩基と、介在塩基の２塩基と、標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｒ２ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｒ２）に相当する３'末端の１９塩基とからなる。よって、Ｘの値は２３、Ｙ'の値は２となる。そして、図１７から分かるように、ＰＳＡ Ｒ２とＰＳＡ Ｒ１ｃとの間には、１６塩基が介在しているため、Ｙの値は１６となる。
　
　このように、具体的に記載されたプライマーの塩基数については、Ｙ＝２３、Ｙ’＝２、Ｘ＝１９及び、Ｙ＝１６、Ｙ’＝２、Ｘ＝２３のものが開示されている。
　
（３）本件発明１と甲第１号証との対比
　甲第１号証に記載された「ＨＢＶ配列」、「ＦＣおよびＲＣプライマー」、「Ｅｃｏ　Ｒ１であらかじめ消化されたＨＢＶプラスミドＤＮＡを、等温増幅のテンプレートとして使用した」こと、「新規のプライマーまたは核酸構築物のテンプレート依存性伸長は、この新規のプライマーまたは核酸構築物の第２セグメントを含む配列に相補的である伸長部分配列において生成する」こと、「自己相補性領域は、テンプレートに結合しままであり得るか、または自己相補性構造を形成し得る。二次構造の形成は、テンプレートからの、伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全てまたは一部の除去を提供し得る」こと、「別の初期プライマーが、テンプレートからの新規の第１伸長プライマーの除去の前に、テンプレート配列に結合することを可能にする。テンプレート上の第２プライマーの伸長は、テンプレートからの第１伸長プライマーの置換を導き得る」こと、「ＤＮＡ混合物、および酵素混合物を６３℃に調節した後、・・・サンプルを、２、４、および８時間後に６３℃のブロックの外に取り出した」ことは、それぞれ、本件発明１における「標的核酸配列」、「標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマー」、「鋳型核酸を用意する工程」、「前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程」、「工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程」、「工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程」、「工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が等温で行われる」に相当する。
　
　そこで、本件発明１と甲第１号証に記載された事項を対比すると、両者は、
「鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成する方法であって、
（ａ）標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなるプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）鋳型核酸を用意する工程、
（ｃ）前記プライマーを前記鋳型核酸にアニーリングさせ、プライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む相補核酸を合成する工程、
（ｄ）工程（ｃ）により合成された相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）を同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）にハイブリダイズさせ、これにより、鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分を一本鎖とする工程、および
（ｅ）工程（ｄ）により一本鎖とされた鋳型核酸上の前記配列（Ａ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｃ）により合成された相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、方法。」である点で一致する。
　
　そして、本件発明１に係るプライマーは、プライマーの配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるものであるのに対して、甲第１号証には、そのような特定が記載されていない点で相違する。
　
　そして、−１．００≦（Ｘ−Ｙ）／Ｘ≦０．７５は、式を変形すると、０．２５Ｘ≦Ｙ≦２Ｘであり、Ｙが最小となるためには、Ｙ＝０．２５Ｘとなる。また、３０≦Ｘ＋Ｙ≦５０は、式を変形すると、３０−Ｘ≦Ｙ≦５０−Ｘであり、Ｙが最小となるためには、Ｙ＝３０−Ｘとなる。Ｙ＝０．２５Ｘ及びＹ＝３０−Ｘの２式の交点は、Ｘ＝２４、Ｙ＝６であって、１０≦Ｘ≦２４においては、０．２５Ｘ≦３０−Ｘであるから、３０−Ｘ≦Ｙを満たす必要があり、２４≦Ｘ≦３０においては、３０−Ｘ≦０．２５Ｘであるから、０．２５Ｘ≦Ｙを満たす必要がある。したがって、１０≦Ｘ≦３０において、これら条件式を満たす最も小さい自然数Ｙは、Ｘ＝２４のときに取る値であるＹ＝６である。
　
　以上のことから、配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数Ｙとは少なくともＹ≧６であることが必要であって、Ｙ＝０、すなわち、アニールする配列（Ａ）と配列（Ｂ）の間に一定の領域を置かないものは、本件発明１に含まれない。
　
（４）甲第１号証に記載のプライマーに甲第３号証を適用することの容易想到性について
　この点について、被請求人は、甲第１号証に記載された発明に対し、甲第３号証に記載された発明を適用することについて、当業者において阻害要因があること（上記第５．１．）及び、甲第３号証において、具体的に示されたプライマーは全て「介在配列あり」のものであり、塩基数XとＹの範囲は示されているものの、塩基数ＸとＹの比については記載されていないから、甲第１号証に甲第３号証を適用したとしても、本件発明１は構成されないことを主張する（上記第５．２．）。
　
　本件判決では、本件訂正前の相違点について以下のように判示する（なお、以下の本件判決の抜粋中、「引用例１」、「引用例３」とは、それぞれ、本審決にいう「甲第１号証」、「甲第３号証」のことである。）。
　
「そこで、引用発明３に開示された上記構成を、引用発明１に適用することが容易であるか否かを検討する。
　(1)引用発明３に開示された核酸の増幅方法は、引用例３の記載（請求項１、第７欄３２行〜第９欄３２行、図５及び図６）によれば、核酸の増幅反応において、鋳型の核酸にアニールし、プライマー伸長反応をすると自己アニールによってループを形成するようなプライマー（オリゴヌクレオチド）を使用する方法と認められる。
　また、引用例３には、次の記載がある。
　「本発明のオリゴヌクレオチドの構造を決定する特定の塩基配列を持つ核酸とは、本発明のオリゴヌクレオチドをプライマーとして利用するときに、その鋳型となる核酸を意味する。本発明の合成方法に基づいて核酸の検出を行う場合には、特定の塩基配列を持つ核酸とは、検出対象、あるいは検出対象から誘導された核酸である。特定の塩基配列を持つ核酸は、少なくともその一部の塩基配列が明らかとなっている、あるいは推測が可能な状態にある核酸を意味する。塩基配列を明らかにすべき部分とは、前記領域Ｘ２ｃおよびその５’側に位置する領域Ｘ１ｃである。この２つの領域は、連続する場合、そして離れて存在する場合とを想定することができる。両者の相対的な位置関係により、生成物である核酸が自己アニールしたときに形成されるループ部分の状態が決定される。また、生成物である核酸が分子間のアニールではなく自己アニールを優先的に行うためには、両者の距離が不必要に離れないほうが望ましい。したがって、両者の位置関係は、通常０−５００塩基分の距離を介して連続するようにするのが望ましい。ただし、後に述べる自己アニールによるループの形成において、両者があまりにも接近している場合には望ましい状態のループの形成を行うには不利となるケースも予想される。ループにおいては、新たなオリゴヌクレオチドのアニールと、それを合成起点とする鎖置換を伴う相補鎖合成反応がスムーズに開始できる構造が求められる。したがってより望ましくは、領域Ｘ２ｃおよびその５’側に位置する領域Ｘ１ｃとの距離が、０〜１００塩基、さらに望ましくは１０〜７０塩基となるように設計する。」（第１３欄６行〜３３行）
　これによれば、同一のプライマー上にある特定の塩基配列を持つ領域と相補的な塩基配列を持つ領域とが、自己アニールを優先的に行うためには、両者の距離が不必要に離れない方が望ましく、また、両者があまりにも接近している場合には望ましいループの形成を行うのが不利になるという技術的知見に基づき、プライマーの領域Ｙの塩基を１０〜７０とすることによって、新たなプライマーのアニールと、それを合成起点とする鎖置換を伴う相補鎖合成反応が円滑に開始できることが開示されている。すなわち、プライマーの領域Ｙに着目し、この塩基を１０〜７０とすると、効率的に核酸を合成できることが開示されており、引用例３の実施例に具体的に記載されるＹ＝１６やＹ＝２３のプライマーは、上記のような効率的な核酸の合成ができるプライマーとして開示されているといえる。
　一方、引用例１に記載された核酸の増幅方法も、鋳型の核酸にアニールし、プライマー伸長反応をすると自己アニールによってループを形成するようなプライマーを使用する方法であり、引用例１の実施例において使用されているプライマーは、特定の配列を有するものであって、配列に含まれる塩基数の観点から見ると、Ｘ＝２０、Ｙ＝０のものである。
　そうすると、引用発明１及び引用発明３は、いずれもループを形成するプライマーを使用する核酸の増幅方法であって、核酸の増幅方法において効率的な反応を行うことは、当業者にとって自明の技術課題であるから、より効率的な反応を行うことを目的として、引用発明１に開示されたプライマーの構成である、Ｘ＝２０、Ｙ＝０のものに替えて、引用発明３に開示された効率的な反応が可能なプライマーの要件、すなわち、「１０≦Ｘ≦５０」、「１０≦Ｙ≦７０」であるプライマーやＹ＝１６（このときＸ＝２３、Ｙ’＝２）、Ｙ＝２３（このときＸ＝１９、Ｙ’＝２）という要件を満足するプライマーの構成を採用することは、当業者が容易になし得ることである。」（第１８頁９行〜第２０頁７行）
　
　上記判示のとおり、甲第１号証に開示されたプライマーの構成である、Ｘ＝２０、Ｙ＝０のものに替えて、甲第３号証に開示された、Ｙ＝１６（このときＸ＝２３、Ｙ’＝２）、Ｙ＝２３（このときＸ＝１９、Ｙ’＝２）という要件を満足するプライマーの構成を採用することは、当業者が容易になし得ることであるところ、甲第３号証には、「本発明によるオリゴヌクレオチドを構成する領域Ｘ２およびＸ１ｃは、通常は重複することなく連続して配置される。」（上記記載事項セ）、すなわち、Ｙ’を０とすることが記載されていることを考慮すれば、甲第３号証の実施例に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’を０と設定することは、当業者が適宜なし得る設計事項にすぎない。
　そして、Ｙ’＝０として算定を行うと、Ｙ＝１６、Ｘ＝２３のとき、Ｘ＋Ｙ＝３９、（Ｘ−Ｙ）／Ｘ＝約０．３０であり、Ｙ＝２３、Ｘ＝１９のとき、Ｘ＋Ｙ＝４２、（Ｘ−Ｙ）／Ｘ＝約−０．２１であるから、甲第３号証の実施例に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’＝０としたものは、本件発明１において特定される数値や数式を満足するものである。
　
　よって、甲第１号証に開示されたプライマーの構成である、Ｘ＝２０、Ｙ＝０のものに替えて、甲第３号証に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’＝０としたものを採用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
（５）本件発明１の効果について
　被請求人は、本件発明は、アウタープライマーが無くても、特異的かつ効率的な核酸増幅が可能であるのに対し、甲第１号証では、アウタープライマー無しの増幅反応が記載されているものの、増幅効率が悪く、また、甲第３号証の増幅反応では、全てアウタープライマーを使用しているから、本件発明は、甲第１号証及び甲第３号証に対し、優れた効果を奏するものであることを主張する（上記第５．３．）。
　
　本件判決では、以下のように判示する。
「確かに、引用例３の図５に開示される方法は、相補鎖の置換をアウタープライマーを用いて行うものであるが、同引用例の図２の（７）には、同引用例に記載された要件を満足するプライマーを使用することによって、ループに新しいプライマーがアニールする反応が効率的に起こることが開示されており、当該プライマーと配列が異なるアウタープライマーがこの反応に関係するものではない。すなわち、引用発明３に開示された核酸の増幅方法では、ループにプライマーがアニールする段階ではアウタープライマーの使用を必須の構成とするものではない。
　一方、引用発明１に開示された核酸の増幅反応においても、図２の（４）（当審注：（４）は丸付き数字。）に示されるように、ループにプライマーがアニールする反応段階があり、当業者であれば、引用発明１の核酸の増幅方法では、この反応段階を経て核酸が増幅されていくものと理解できるから、当該反応段階が効率化されれば、引用発明１の核酸増幅反応全体としても、反応が効率化されると考えるといえる。」（第２１頁７行〜１８行）」
　
　甲第１号証に記載された核酸の増幅反応も、本件発明１と同様、アウタープライマーを使用しないものであるし、また、上記判示のように、甲第１号証に記載された核酸の増幅反応において、甲第３号証に開示されたプライマーを使用すれば、ループにプライマーがアニールする反応段階自体、あるいは、当該反応段階を含む増幅反応全体が効率化されることは、当業者が予測し得ることである。そして、プライマーを用いたこの増幅反応は特異的に核酸を合成するものであるといえる。
　
　よって、本件発明１の奏する効果が、従来技術からは予測できない顕著なものであるということはできない。
　
（６）小括
　以上のとおりであるから、本件発明１は、甲第１号証及び甲第３号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
４．本件発明２について
　本件発明２は、本件発明１の方法において、「工程（ｅ）により得られた二本鎖の核酸を工程（ｄ）で繰り返して使用する」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、連続するプロセスにおいて、新規の第２伸長プライマーにおける二次構造の形成は、新規の第３プライマーの結合および続く伸長を提供できること、すなわち、合成反応により得られた核酸を繰り返し次の反応の鋳型として使用することが記載されているから（上記記載事項エ）、この点において、本件発明２は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明２は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
５．本件発明３について
　本件発明３は、本件発明１において、「鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用」するという限定を加えるものである。
　しかし、上記３．（２）で述べたように、甲第１号証には、プライマーの鎖長が４１や４４である実施例が記載されているから、この点において、本件発明３は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　また、甲第１号証に記載された発明に甲第３号証において、Ｙ’＝０としたプライマーを採用した場合でも、甲第３号証の実施例に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’＝０としたプライマーの鎖長Ｘ＋Ｙは、４２及び３９であるから、本件発明３において限定した事項を満たしているものである。
　したがって、本件発明３は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
６．本件発明４について
　本件発明４は、本件発明１において、「鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼが使用される」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、Ｂｓｔポリメラーゼを使用することが記載されており（上記記載事項ク）、Ｂｓｔポリメラーゼは、鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼであるから（要すれば、例えば、特開２００２−２３３３６７号公報の【００３４】参照）、この点において、本件発明４は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明４は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
７．本件発明５について
　本件発明５は、本件発明１において、「鋳型核酸がＲＮＡである場合に、逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成する工程をさらに含んでなる」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、開始基質としてＲＮＡを用いて、逆転写酵素を作用させて、本発明を実行することが記載されているから（上記記載事項ケ）、この点において、本件発明５は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明５は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
８．本件発明６及び７について
　本件発明６は、本件発明１において、「工程（ｃ）、工程（ｄ）および工程（ｅ）が融解温度調整剤の存在下で行われる」という限定を加えるものであり、本件発明７は、本件発明６において、「融解温度調整剤が、ジメチルスルホキシド、ベタイン、ホルムアミドもしくはグリセロール、またはこれらの混合物である」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、ホルムアミド又はＤＭＳＯすなわち、ジメチルスルホキシドのような化学試薬を反応混合物中に含むことができることが記載されている（上記記載事項コ）。
　そして、核酸の合成における融解温度調整剤として、核酸増幅反応混合物中にホルムアミド、ジメチルスルホキシドを添加することは、技術常識である（要すれば、例えば、特開２００２−２３３３６７号公報の【００２９】参照）。
　よって、この点において、本件発明６又は７は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明６及び７は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
９．本件発明８について
　本件発明８は、本件発明１において、「鋳型核酸中の標的核酸配列が非天然ヌクレオチドを含んでなるものである」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、相補物に対するプライマー伸長産物の熱力学安定性を減少させるために、第１セグメントに、改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを含ませることができることが記載されており、改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの具体例として、ヌクレオチドにカルボン酸のような負に荷電した化学基を含ませることが記載されている（上記記載事項サ）。
　甲第１号証に記載されたカルボン酸のような負に荷電した化学基を含ませた改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログは、本件発明８の「非天然ヌクレオチド」に相当し、本件発明８における限定は、この点において、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明８は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１０．本件発明９について
（１）本件発明９
　本件発明９は、「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」により「二本鎖核酸からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法」に係る発明であって、第一のプライマーは、二本鎖鋳型核酸の第一鎖に対するものであって、本件発明１において特定されたプライマーと同一のものであり、第二のプライマーは、二本鎖鋳型核酸の第二鎖に対するものであって、そのプライマーの配列（Ｃｃ’）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における配列（Ｃ）と配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、ＸとＹが、第一のプライマーと同一条件を満たすものである。
　
（２）甲第１号証に記載されたＦＣおよびＲＣプライマーについて
　上記３．（１）にて述べたとおり、甲第１号証に記載されたＲＣプライマーの３’末端部分の「ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ」（５’側から数えて31-50位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の３'末端部分の配列「ＴＡＣＧＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＡＡＣＣＴ」（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）に相当し、ＲＣプライマーの５’末端部分の「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（５’側から数えて1-30位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列において前記配列「ＴＡＣＧＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＡＡＣＣＴ」（ＨＢＶ核酸の505-524位）（Ａ）よりも５'側に存在する配列「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴ　ＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ　ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（ＨＢＶ核酸の475-504位）（Ｂ）の相補配列「ＣＴＧＧＴＴＧＴＴＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＡＡＴＴＡＧＡＧＧＡ」（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（Ｂ'）に相当し、当該「ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧ」（Ｂ'）は５’側から数えて1-30位であって、５’側から数えて31-50位である「ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ」（Ａｃ'）よりも５'側に含んでなるものである。
　そして、ＲＣプライマーの配列（Ａｃ'）の塩基数Ｘは２０であり、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域は存在しないから、その塩基数Ｙは０であって、（Ｘ−Ｙ）／Ｘは１である。
　
　また、甲第１号証に記載されたＦＣプライマーの３’末端部分の「ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ」（５’側から数えて31-49位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の相補配列の３'末端部分の配列「ＡＡＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣ」（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）に相当し、ＦＣプライマーの５’末端部分の「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（５’側から数えて1-30位）は、標的となるＨＢＶ核酸配列の相補配列において前記配列「ＡＡＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣ」（ＨＢＶ核酸の375-393位）（Ｃ）よりも相補配列として５'側に存在する配列「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（ＨＢＶ核酸の394-423位）（Ｄ）の相補配列「ＴＡＴＣＡＴＡＴＴＣＣＴＣＴＴＣＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧ」（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡ」（Ｄ'）に相当し、当該「ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＧ」（Ｄ'）は５’側から数えて1-30位であって、５’側から数えて31-49位である「ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ」（Ｃｃ'）よりも５'側に含んでなるものである。
　そして、ＦＣプライマーの配列（Ｃｃ'）の塩基数Ｘは１９であり、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域は存在しないから、その塩基数Ｙは０であって、（Ｘ−Ｙ）／Ｘは１、Ｘ＋Ｙは１９である。
　
（３）本件発明９と甲第１号証との対比
　甲第１号証に記載された「ＨＢＶプラスミドＤＮＡ」、「ＲＣプライマー」、「ＦＣプライマー」、「Ｅｃｏ　Ｒ１であらかじめ消化されたＨＢＶプラスミドＤＮＡを、等温増幅のテンプレートとして使用した」こと、「非直線的増幅産物は、標的核酸の異なる鎖に相補的な２つの新規のプライマーの使用によって、連続する一連の以下の工程によって、均衡または限定サイクル条件下で合成され得る。新規のプライマー（Ａ）は、標的鎖に結合し、そして新規の単一プライマーでの直線的増幅について以前に記載されたのと同様の一連の伸長、二次構造形成、プライマー結合部位の再生、第２結合、第２伸長、伸長プライマーのテンプレートからの分離が存在する。新規の伸長プライマーは、他の新規のプライマーの結合および伸長と置き換えられるので、これらの１本鎖産物は、新規のプライマー（Ｂ）と結合し得、そして伸長させて完全な２本鎖アンプリコンを作製することを可能にする。」こと、及び、「ＤＮＡ混合物、および酵素混合物を６３℃に調節した後、・・・サンプルを、２、４、および８時間後に６３℃のブロックの外に取り出した」ことは、それぞれ、本件発明９における「二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列」、「二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマー」、「二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマー」、「（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程」、「（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた���一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程」、及び、「工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる」に相当する。
　
　そこで、本件発明９と甲第１号証に記載された事項を対比すると、両者は、
「二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）二本鎖鋳型核酸の第一鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５'側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ'）を前記配列（Ａｃ'）の５'側に含んでなる第一のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ａｃ'）と前記配列（Ｂ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ａｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｂ）二本鎖鋳型核酸の第二鎖における標的核酸配列の３'末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ'）を３'末端部分に含んでなり、前記標的核酸配列において前記配列（Ｃ）よりも５'側に存在する配列（Ｄ）の相補配列（Ｄｃ）にハイブリダイズする配列（Ｄ'）を前記配列（Ｃｃ'）の５'側に含んでなる第二のプライマーであって、
　プライマー中において前記配列（Ｃｃ'）と前記配列（Ｄ'）との間に介在配列が存在せず、前記配列（Ｃｃ'）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、Ｘが１０〜３０の範囲にあるプライマーを用意する工程、
（ｃ）第一の鋳型核酸および第二の鋳型核酸からなる二本鎖鋳型核酸を用意する工程、
（ｄ）前記第一および第二のプライマーをそれぞれ前記第一および第二の鋳型核酸にアニーリングさせ、それぞれプライマー伸長反応を行なって前記標的核酸配列の相補配列を含む第一および第二の相補核酸を合成する工程、
（ｅ）工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸の５'側に存在する配列（Ｂ'）および配列（Ｄ'）を、同相補核酸上に存在する配列（Ｂｃ）および配列（Ｄｃ）にそれぞれハイブリダイズさせ、これにより、第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分を一本鎖とする工程、ならびに
（ｆ）工程（ｅ）により一本鎖とされた第一および第二の鋳型核酸上の前記配列（Ａ）および配列（Ｃ）の部分に、前記プライマーと同一の配列を有する他のプライマーをアニーリングさせて鎖置換反応を行なうことにより、工程（ｄ）により合成された第一および第二の相補核酸を、前記他のプライマーにより新たに合成される相補核酸で置換する工程、
を含んでなり、工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が等温で行われる、方法。」である点で一致する。
　
　そして、本件発明９に係る「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」は、プライマーの配列（Ａｃ'）又は（Ｃｃ’）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域又は、前記配列（Ｃ）と前記配列（Ｄ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜０．７５の範囲にあり、かつ、Ｘ＋Ｙが３０〜５０の範囲にあるものであるのに対して、甲第１号証には、それに関して特定していない点で相違する。
　
　しかしながら、この点について、上記３．（５）で述べたとおり、甲第１号証に記載された発明において、プライマーとして、甲第３号証に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’＝０としたものを採用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　そして、本件発明９の奏する効果が、従来技術からは予測できない顕著なものであるということはできない。
　
　したがって、本件発明９は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１１．本件発明１０及び１１について
　本件発明１０は、本件発明９において、「工程（ｆ）により得られた二本鎖の核酸を工程（ｅ）で繰り返して使用する」という限定を加えるものであり、本件発明１１は、本件発明９において、「工程（ｆ）により一本鎖の核酸として得られた第一および第二の相補核酸を、工程（ｄ）においてそれぞれ第二および第一の鋳型核酸として繰り返して使用する」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、連続するプロセスにおいて、新規の第２伸長プライマーにおける二次構造の形成は、新規の第３プライマーの結合および続く伸長を提供できること、すなわち、合成反応により得られた核酸を繰り返し次の反応の鋳型として使用することが記載されているから（上記記載事項エ）、この点において、本件発明１０は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明１０及び１１は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１２．本件発明１２について
　本件発明１２は、本件発明９において、「鎖長が１５〜１００ヌクレオチドであるプライマーを使用」するという限定を加えるものである。
　しかし、上記３．（２）で述べたように、甲第１号証には、プライマーの鎖長が４１や４４である実施例が記載されているから、この点において、本件発明１２は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　また、甲第１号証に記載された発明に甲第３号証において、Ｙ’＝０としたプライマーを採用した場合の鎖長についても、甲第３号証の実施例に具体的に記載されたプライマーにおいて、Ｙ’＝０としたプライマーの鎖長Ｘ＋Ｙは、４２及び３９であるから、本件発明３において限定した事項を満たしているものである。
　したがって、本件発明１２は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１３．本件発明１３について
　本件発明１３は、本件発明９において、「鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼが使用される」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、Ｂｓｔポリメラーゼを使用することが記載されており（上記記載事項ク）、Ｂｓｔポリメラーゼは、鎖置換能を有するＤＮＡポリメラーゼであるから（要すれば、例えば、特開２００２−２３３３６７号公報の【００３４】参照）、この点において、本件発明１３は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明１３は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１４．本件発明１４について
　本件発明１４は、本件発明９において、「鋳型核酸がＲＮＡである場合に、逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを合成する工程をさらに含んでなる」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、開始基質としてＲＮＡを用いて、逆転写酵素を作用させて、本発明を実行することが記載されているから（上記記載事項ケ）、この点において、本件発明１４は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明１４は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１５．本件発明１５及び１６について
　本件発明１５は、本件発明９において、「工程（ｄ）、工程（ｅ）および工程（ｆ）が融解温度調整剤の存在下で行われる」という限定を加えるものであり、本件発明１６は、本件発明１５において、「融解温度調整剤が、ジメチルスルホキシド、ベタイン、ホルムアミドもしくはグリセロール、またはこれらの混合物である」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、ホルムアミド又はＤＭＳＯすなわち、ジメチルスルホキシドのような化学試薬を反応混合物中に含むことができることが記載されている。
　そして、核酸の合成における融解温度調整剤として、核酸増幅反応混合物中にホルムアミド、ジメチルスルホキシドを添加することは、技術常識である（要すれば、例えば、特開２００２−２３３３６７号公報の【００２９】参照）。
　よって、この点において、本件発明１５又は１６は、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明１５及び１６は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１６．本件発明１７について
　本件発明１７は、本件発明９において、「鋳型核酸中の標的核酸配列が非天然ヌクレオチドを含んでなるものである」という限定を加えるものである。
　しかし、甲第１号証には、相補物に対するプライマー伸長産物の熱力学安定性を減少させるために、第１セグメントに、改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログを含ませることができることが記載されており、改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの具体例として、ヌクレオチドにカルボン酸のような負に荷電した化学基を含ませることが記載されている（上記記載事項サ）。
　甲第１号証に記載されたカルボン酸のような負に荷電した化学基を含ませた改変ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログは、本件発明８の「非天然ヌクレオチド」に相当し、本件発明１７における限定は、この点において、甲第１号証に記載された発明と相違するということはできない。
　したがって、本件発明１７は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１７．本件発明１８について
　本件発明１８は、「請求項１に記載の方法により鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのプライマー」に係る発明であって、当該プライマーは、本件発明１において特定された構成を有するものであって、さらに、本件発明３における限定と同様に、「鎖長が１５〜１００ヌクレオチド」であることを特定したものである。
　本件発明３のプライマーを使用した核酸を合成する方法は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものであることは、上記３．及び５．で述べたとおりであるから、当該方法において使用するプライマーも同様の理由により、当業者が容易に発明することができたものである。
　したがって、本件発明１８は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１８．本件発明１９について
　本件発明１９は、「 請求項１８に記載のプライマーを含んでなる、鋳型核酸中の標的核酸配列と相補的な核酸を合成するためのキット」に係る発明である。
　そして、甲第１号証には、甲第１号証に記載された方法における使用のためのキットが記載されていることを考慮すれば（上記記載事項シ）、本件発明１８のプライマーを含むキットを作製することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　したがって、本件発明１９は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
１９．本件発明２０について
　本件発明２０は、第一のプライマー及び第二のプライマーを含んでなる「請求項９に記載の方法により二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのプライマーセット」に係る発明であって、「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」は、それぞれ、本件発明９に特定された「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」と同一である。
　本件発明９の「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」を使用した二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものであることは、上記１０．で述べたとおりであるから、当該方法において使用する「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」のセットも同様の理由により、当業者が容易に発明することができたものである。
　したがって、本件発明２０は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
２０．本件発明２１について
　本件発明２１は、「請求項２０に記載のプライマーセットを含んでなる、二本鎖からなる鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅するためのキット」に係る発明である。
　そして、甲第１号証には、甲第１号証に記載された方法における使用のためのキットが記載されていることを考慮すれば（上記記載事項シ）、本件発明２０のプライマーセットを含むキットを作製することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　したがって、本件発明２１は、甲第１号証及び甲第３号証の記載に基づいて、当業者が容易に発明することができたものである。
　
２１．小括
　以上のとおりであるから、本件発明１ないし２１は、甲第１号証及び第３号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
第８．むすび
　以上のとおり、本件発明１ないし２１に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、同法第１２３条第１項第２号の規定に該当し、その他の無効理由について検討するまでもなく、無効にすべきものである。
　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、被請求人が負担すべきものとする。 
　
　よって、結論のとおり審決する。