【手続補正書】
【提出日】平成17年10月26日(2005.10.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在決定における使用のためのハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、該プローブは、第１標的結合領域を有する第１オリゴヌクレオチドを含み、該第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、および配列番号４からなる群から選択される塩基配列からなるかまたはこの塩基配列内に含まれ、
ここで、該第１標的結合領域は、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成する能力があり、
ここで、該プローブは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成する能力がなく、そして
ここで、該プローブは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第１標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第１標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、
ハイブリダイゼーションアッセイプローブ。
【請求項２】
請求項１に記載のプローブであって、前記第１標的結合領域の前記塩基配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の塩基配列からなる、プローブ。
【請求項３】
請求項１に記載のプローブであって、前記第１標的結合領域の前記塩基配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の塩基配列の少なくとも２９の隣接する塩基を含む、プローブ。
【請求項４】
請求項１に記載のプローブであって、該プローブの塩基配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の塩基配列からなるかまたはその塩基配列内に含まれる、プローブ。
【請求項５】
請求項４に記載のプローブであって、該プローブの塩基配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の塩基配列からなる、プローブ。
【請求項６】
請求項４に記載のプローブであって、該プローブの塩基配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の塩基配列の少なくとも２９の隣接する塩基を含む、プローブ。
【請求項７】
請求項１に記載のプローブであって、該プローブは、前記第１標的結合領域に加えて少なくとも１つの塩基配列領域を含む、プローブ。
【請求項８】
請求項７に記載のプローブであって、該プローブは、該プローブが前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸にハイブリダイズしない場合、互いにハイブリダイズする一対の塩基配列領域を含む、プローブ。
【請求項９】
請求項１に記載のプローブであって、前記第１標的結合領域は、リボフラノシル部分に対する２’−Ｏ−メチル置換を含むように改変された少なくとも１つのリボヌクレオチドを含む、プローブ。
【請求項１０】
請求項１に記載のプローブであって、偽ペプチド骨格は、前記第１標的結合領域の塩基の少なくとも１部分で連結する、プローブ。
【請求項１１】
請求項１に記載のプローブであって、検出可能な標識をさらに含む、プローブ。
【請求項１２】
請求項１に記載のプローブであって、前記条件が、５０ｍＭ  コハク酸、１％（ｗ／ｖ）ＬＬＳ、７．５ｍＭ  アルドリチオール（ａｌｄｒｉｔｈｉｏｌ）−２、０．６Ｍ  ＬｉＣｌ、５０ｍＭ  ＬｉＯＨ、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ、１．５％（ｖ／ｖ）エチルアルコール（無水）、５．０と６．０との間のｐＨ、および約６０℃の温度を含む、プローブ。
【請求項１３】
前記条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸にハイブリダイズされる請求項１に記載のプローブを含む、組成物。
【請求項１４】
増幅条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ由来の核酸に存在する標的配列を増幅するのに用いるオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドは、４０塩基長までであり、かつ、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５および配列番号３６からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第１標的結合領域を含み、ここで、該オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
請求項１４に記載のオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドは、前記条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、前記第１標的結合領域と重複する塩基配列領域も、該第１標的結合領域に加えて塩基配列領域も含まない、オリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１７】
前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して完全に相同である、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１８】
前記５’配列を含む、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１９】
前記５’配列が、Ｔ７プロモーター配列である、請求項１８に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２０】
増幅条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ由来の核酸に存在する標的配列を増幅するのに用いるオリゴヌクレオチドのセットであって、該一対は、以下：
４０塩基長までの第１オリゴヌクレオチドであって、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第１標的結合領域を含む、第１オリゴヌクレオチド；ならびに
４０塩基長までの第２オリゴヌクレオチドであって、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第２標的結合領域を含むオリゴヌクレオチド、を含み、ここで、該第１オリゴヌクレオチドおよび該第２オリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２１】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２２】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２３】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２４】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２５】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２６】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも８０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して少なくとも８０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２７】
請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１オリゴヌクレオチドおよび第２オリゴヌクレオチドのどちらも、前記条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第１または第２標的結合領域と重複する塩基配列も、該第１または第２標的結合領域に加えて塩基配列領域も含まない、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２８】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２９】
請求項２８に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３０】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３１】
請求項３０に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３２】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３３】
請求項３２に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３または配列番号２４の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３４】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３５】
請求項３４に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１または配列番号３２の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３６】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３７】
請求項３６に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５または配列番号３６の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３８】
請求項２７に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して少なくとも９０％相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項３９】
請求項３８に記載のオリゴヌクレオチドのセットであって、前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７または配列番号２８の塩基配列に対して完全に相同であり、かつ
前記第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９または配列番号４０の塩基配列に対して完全に相同である、オリゴヌクレオチドのセット。
【請求項４０】
前記第２オリゴヌクレオチドが、前記５’配列を含む、請求項２０に記載のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項４１】
前記５’配列が、Ｔ７プロモーター配列を含む、請求項４０に記載のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項４２】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ生物の存在を決定するために用いるオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドは、第１標的結合領域を含み、ここで、該第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８５％相同であり、該第１標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下でＭｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力があり、そして、該オリゴヌクレオチドは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある該第１標的結合領域と重複する別の塩基配列も、該第１標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、オリゴヌクレオチド。
【請求項４３】
前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０の塩基配列に対して少なくとも９０％相同である、請求項４２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４４】
前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０の塩基配列に対して少なくとも９５％相同である、請求項４２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４５】
前記第１標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９または配列番号２０の塩基配列に対して完全に相同である、請求項４２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４６】
アッセイ条件下で、前記試験サンプル中において、固体支持体に直接的にかまたは間接的に結合された固定化プローブと安定なハイブリッドを形成する能力がある固定化プローブ結合領域をさらに含む、請求項４２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４７】
前記固定化プローブ結合領域が、前記オリゴヌクレオチドの３’末端に位置するホモポリマー領域を含む、請求項４６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４８】
試験サンプル中にＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが存在するか否かを決定する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）該試験サンプルと請求項１に記載の前記プローブをストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で接触させ、その結果、該プローブが、該試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成し、そしてＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸とは検出可能なハイブリッドを形成しない工程：ならびに
ｂ）該試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在または非存在の指標として、該試験サンプル中に該ハイブリッドが存在するか否かを決定する工程を包含する、方法。
【請求項４９】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸に存在する標的配列を増幅する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸の含有が疑われる試験サンプルと請求項１４に記載のオリゴヌクレオチドを接触させる工程：および
ｂ）該試験サンプルを該標的配列を増幅するのに十分な条件に暴露する工程を包含する、方法。
【請求項５０】
請求項４９に記載の方法であって、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、前記試験サンプルにハイブリダイゼーションアッセイプローブを提供し、ここで、該プローブが、該ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ
ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出のために安定なハイブリッドを形成し、そしてＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出のために安定なハイブリッドを形成しない工程をさらに含む、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記ハイブリダイゼーションアッセイプローブが、第２標的結合領域を有するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、該第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号４からなる群から選択される塩基配列からなるかまたはこの塩基配列内に含まれ、ここで、該プローブは、前記ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第２標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第２標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、方法。
【請求項５２】
請求項５１に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに含む、方法。
【請求項５３】
請求項５２に記載の方法であって、前記捕捉プローブは、第３標的結合領域を含み、ここで、該第３標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８５％相同であって、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、方法。
【請求項５４】
Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸に存在する標的配列を増幅する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸を含むことが疑われる試験サンプルと請求項２０に記載の第１オリゴヌクレオチドおよび第２オリゴヌクレオチドを接触させる工程：ならびに
ｂ）該試験サンプルを該標的配列を増幅するのに十分な条件に暴露する工程を包含する、方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法であって、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、前記試験サンプルにハイブリダイゼーションアッセイプローブを提供し、ここで、該プローブは、該ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ
ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と検出のために安定なハイブリッドを形成し、そして、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍに由来する核酸と検出のために安定なハイブリッドを形成しない工程をさらに含む、方法。
【請求項５６】
請求項５５に記載の方法であって、前記ハイブリダイゼーションアッセイプローブは、第３標的結合領域を有するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、該第３標的結合領域の塩基配列が、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号４からなる群から選択される塩基配列からなるかまたはこの塩基配列内に含まれ、ここで、該プローブは、前記ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、方法。
【請求項５７】
請求項５６に記載の方法であって、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある捕捉プローブを前記試験サンプルに提供する工程をさらに含む、方法。
【請求項５８】
請求項５７に記載の方法であって、前記捕捉プローブは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に少なくとも８５％相同であって、ここで、該捕捉プローブは、前記ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、方法。
【請求項５９】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在の決定において使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載のプローブ；ならびに
４０塩基長までの第２オリゴヌクレオチドであって、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第２標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージ化された組み合わせ中に含む、キット。
【請求項６０】
第３オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項５９に記載のキットであって、該第３オリゴヌクレオチドは、第３標的結合領域を含み、ここで、該第３標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に少なくとも８５％相同であって、該第３標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力があり、そして該第３オリゴヌクレオチドは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第３標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第３標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、キット。
【請求項６１】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在の決定において使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載の前記プローブ；
４０塩基長までの第２オリゴヌクレオチドであって、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第２標的結合領域を含む、第２オリゴヌクレオチド；ならびに
４０塩基長までの第３オリゴヌクレオチドであって、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、第３オリゴヌクレオチド、
をパッケージ化された組み合わせ中に含む、キット。
【請求項６２】
第４オリゴヌクレオチドをさらに含む請求項６１に記載のキットであって、該第４オリゴヌクレオチドは、第４標的結合領域を含み、ここで、該第４標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に少なくとも８５％相同であって、該第４標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力があり、そして該第４オリゴヌクレオチドは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第４標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第４標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、キット。
【請求項６３】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在の決定において使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項１に記載の前記プローブ；ならびに
第２オリゴヌクレオチドであって、該第２オリゴヌクレオチドは、第２標的結合領域を含み、ここで、該第２標的結合領域の塩基配列が、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８５％相同であり、ここで、該第２標的結合領域は、ハイブリダイゼーション条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力があり、そして、該第２オリゴヌクレオチドは、該条件下で、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する核酸と安定なハイブリッドを形成する能力がある、該第２標的結合領域と重複する別の塩基配列領域も、該第２標的結合領域に加えて別の塩基配列領域も含まない、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージ化された組み合わせ中に含む、キット。
【請求項６４】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸の存在の決定において使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項４２に記載のオリゴヌクレオチドからなる第１オリゴヌクレオチド；ならびに
４０塩基長までの第２オリゴヌクレオチドであって、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第２標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、第２オリゴヌクレオチド、
をパッケージ化された組み合わせ中に含む、キット。
【請求項６５】
試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａに由来する核酸の存在の決定において使用するためのキットであって、該キットは、以下：
請求項４２に記載のオリゴヌクレオチドからなる第１オリゴヌクレオチド；
４０塩基長までの第２オリゴヌクレオチドであって、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第２標的結合領域を含む、第２オリゴヌクレオチド；ならびに
４０塩基長までの第３オリゴヌクレオチドであって、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９および配列番号４０からなる群から選択される塩基配列に対して少なくとも８０％相同な塩基配列を有する第３標的結合領域を含み、ここで、該第２オリゴヌクレオチドおよび第３オリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるか、またはＲＮＡポリメラーゼによる開始もしくは伸長を亢進する５’配列を必要に応じて含む、第３オリゴヌクレオチド、
をパッケージ化された組み合わせ中に含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の名称
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】試験サンプル中のＭｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を決定するための組成物、方法およびキット