【手続補正書】
【提出日】平成18年2月22日(2006.2.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中における目的の核酸配列の存在を検出する方法であって、
（ａ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする条件下において、サンプルを下記（ｉ）および（ｉｉ）に接触させる工程と、
（ｉ）目的の核酸配列の増幅開始に適したＤＮＡプライマー
（ｉｉ）触媒性核酸分子をコードするが、その触媒性核酸分子のアンチセンス配列である、ＤＮＡチモーゲンであって、前記プライマーおよび前記チモーゲンが、前記目的の核酸配列が存在する場合に、前記目的の核酸配列および前記触媒性核酸分子の両方の配列を含む１回増幅された核酸分子が得られるように、互いに対して位置する、ＤＮＡチモーゲン
（ｂ）前記触媒性核酸活性の存在を決定し、これにより前記サンプル中における前記目的の核酸配列の存在を決定する工程と、を含む、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、
前記工程（ａ）から生じた前記サンプル中における前記触媒性核酸活性の量を定量的に決定し、このように決定した活性の量を既知の標準値と比較し、これにより前記目的の核酸配列の量を定量的に決定する工程をさらに含む、方法。
【請求項３】
請求項１または２に記載の方法であって、
前記プライマーおよび前記チモーゲンが別々のＤＮＡ分子上に存在していて、前記プライマー開始型核酸増幅がローリング・サークル型増幅である、方法。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれかに記載の方法であって、
前記サンプルが２つのＤＮＡ分子に接触し、これらの各分子がプライマーを含み、少なくとも一方の前記分子がチモーゲンを含み、前記プライマーが前記チモーゲンの３’に位置している、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、
前記工程（ａ）の（ｉｉ）で得られる１回増幅された核酸分子が、この増幅された核酸分子上に共存する前記チモーゲンによってコードされる触媒性核酸分子により認識されてシス型に切断されるヌクレオチド配列をさらに含む、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、
前記チモーゲンによってコードされる触媒性核酸分子が１０−２３ＤＮＡｚｙｍｅであり、前記工程（ａ）の（ｉ）のＤＮＡプライマーが、前記１０−２３ＤＮＡｚｙｍｅにより認識されてシス型に切断される部位の５’側として作用する少なくとも１個のプリン・リボヌクレオチド残基を含む、方法。
【請求項７】
請求項４に記載の方法であって、
前記ＤＮＡ分子の少なくとも２つが前記プライマーと前記チモーゲンの両方を含む、方法。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれかに記載の方法であって、
前記目的の核酸配列がＤＮＡ分子である、方法。
【請求項９】
請求項１〜７のいずれかに記載の方法であって、
前記目的の核酸配列がＲＮＡ分子であり、前記の工程（ａ）が、前記サンプルを前記プライマーおよび前記チモーゲンに接触させる前に、前記目的の核酸配列が存在する場合は、これをＤＮＡに逆転写する工程をさらに含む、方法。
【請求項１０】
請求項１、２、４、５、７〜９のいずれかに記載の方法であって、
前記触媒性核酸分子がリボザイムである、方法。
【請求項１１】
請求項１〜９のいずれかに記載の方法であって、
前記触媒性核酸分子がＤＮＡｚｙｍｅである、方法。
【請求項１２】
請求項１〜１１のいずれかに記載の方法であって、
前記触媒性核酸分子活性が検出可能な化学基質の修飾を含み、この修飾が、ホスホジエステル結合の形成および切断、核酸の連結および切断、ポルフィリンの金属化、および炭素−炭素結合、エステル結合およびアミド結合の形成から成る群から選択される、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、
前記検出可能な化学基質の修飾が蛍光標識した核酸分子の切断である、方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、
前記蛍光標識した核酸分子がＤＮＡ／ＲＮＡキメラである、方法。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれかに記載の方法であって、
前記目的の核酸配列が、ヒト、細菌、マイコプラズマ、およびウイルスから成る群から選択される生物に由来する、方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、
前記目的の核酸配列がヒトに由来する、方法。
【請求項１７】
請求項１５または１６に記載の方法であって、
前記サンプル中における前記目的の核酸配列の存在が遺伝子障害を示唆する、方法。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれかに記載の方法であって、
前記サンプルが法医学的サンプルである、方法。
【請求項１９】
サンプル中における複数の目的の核酸配列の存在を同時に検出する方法であって、
（ａ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする条件下においてサンプルを下記（ｉ）および（ｉｉ）に接触させる工程と、
（ｉ）検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、これらの目的の核酸配列の増幅開始に適した少なくとも１つのプライマーが存在する複数のプライマー
（ｉｉ）検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、明瞭に測定可能な活性を有する触媒性核酸分子をコードするがその触媒性核酸分子のアンチセンス配列である少なくとも１つのチモーゲンが存在する複数のチモーゲンであって、前記プライマーおよび前記チモーゲンが、対応する目的の核酸配列が存在する場合に、その目的の核酸配列および対応する触媒性核酸分子の両方の配列を含む１回増幅された核酸分子が得られるように、互いに対して位置する、複数のチモーゲン
（ｂ）それぞれの触媒性核酸活性の存在を同時に決定し、これによりサンプル中における対応するそれぞれの目的の核酸配列の存在を決定する工程と、を含む、方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法であって、
前記工程（ａ）から生じたサンプルにおける各触媒性核酸活性の量を定量的に決定し、このように決定した各活性の量を既知の標準値と比較し、これによりそれぞれの目的の核酸配列の量を定量的に決定する工程をさらに含む、方法。
【請求項２１】
請求項１、２、４〜２０のいずれかに記載の方法であって、
前記核酸増幅を、ＰＣＲ、ＳＤＡ、およびＴＭＡから成る群から選択される方法に従って実施する、方法。
【請求項２２】
サンプル中における目的の核酸配列の存在の決定に使用するためのキットであって、
（ａ）目的の核酸配列の増幅開始に適したプライマーと、
（ｂ）触媒性核酸配列をコードするが、その触媒性核酸配列のアンチセンス配列であるチモーゲンであって、前記プライマーおよび前記チモーゲンが、前記目的の核酸配列が存在する場合に、前記目的の核酸配列および前記触媒性核酸分子の両方の配列を含む１回増幅された核酸分子が得られるように、互いに対して位置する、前記チモーゲンと、
（ｃ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする試薬と、を含む、キット。
【請求項２３】
サンプル中における複数の目的の核酸配列の存在の決定に使用するためのキットであって、
（ａ）検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、これらの目的の核酸配列の増幅開始に適した少なくとも１つのプライマーが存在する複数のプライマーと、
（ｂ）検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、明瞭に測定可能な活性を有する触媒性核酸配列をコードするがその触媒性核酸配列のアンチセンス配列である少なくとも１つのチモーゲンが存在する複数のチモーゲンであって、前記プライマーおよび前記チモーゲンが、対応する目的の核酸配列が存在する場合に、その目的の核酸配列および対応する触媒性核酸分子の両方の配列を含む１回増幅された核酸分子が得られるように、互いに対して位置する、前記複数のチモーゲンと、
（ｃ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする試薬と、を含む、キット。
【請求項２４】
請求項２２または２３に記載のキットであって、
前記核酸増幅を、ＰＣＲ、ＳＤＡ、およびＴＭＡから成る群から選択される方法に従って実施する、キット。
【請求項２５】
プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含むＤＮＡ分子であって、
前記プライマーが前記チモーゲンの３’に位置する、ＤＮＡ分子。
【請求項２６】
目的の核酸分子を増幅するための組成物であって、
（ａ）プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含む第１のＤＮＡ分子であって、
（ｉ）前記ＤＮＡｚｙｍｅが１０‐２３ＤＮＡｚｙｍｅであり、
（ｉｉ）前記プライマーが前記チモーゲンの３’に位置する、前記第１のＤＮＡ分子と、
（ｂ）プライマーを含む第２のＤＮＡ分子であって、前記プライマーが、前記ＤＮＡｚｙｍｅによって認識されシス型に切断される部位の５’側として作用する少なくとも１つのプリン・リボヌクレオチド残基を有する、前記第２のＤＮＡ分子と、を含み、
前記第１のＤＮＡ分子の前記プライマーが、前記第２のＤＮＡ分子の前記プラマーによって増幅される鎖に相補的な核酸分子の鎖の増幅を開始する、組成物。
【請求項２７】
請求項２６に記載のＤＮＡ分子であって、
前記第２のＤＮＡ分子の前記プライマーが、前記ＤＮＡｚｙｍｅによって認識されシス型に切断される部位の３’側として作用するリボヌクレオチド残基をさらに含む、ＤＮＡ分子。
【請求項２８】
目的の核酸分子を増幅するための組成物であって、
（ａ）プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含む第１のＤＮＡ分子であって、
（ｉ）前記ＤＮＡｚｙｍｅが１０‐２３ＤＮＡｚｙｍｅであり、
（ｉｉ）前記プライマーが前記チモーゲンの３’に位置する、前記第１のＤＮＡ分子と、
（ｂ）プライマーを含む第２のＤＮＡ分子と、を含み、
前記第１のＤＮＡ分子の前記プライマーが、前記第２のＤＮＡ分子の前記プラマーによって増幅される鎖に相補的な核酸分子の鎖の増幅を開始する、組成物。
【請求項２９】
プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含むＤＮＡ分子であって、
前記プライマーが、前記チモーゲンの３’に位置すると共に、水、食物、または土壌のサンプル中に含まれている生物に由来する核酸配列に相補的である、ＤＮＡ分子。
【請求項３０】
プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含むＤＮＡ分子であって、
前記プライマーが、前記チモーゲンの３’に位置すると共に、動物、植物、細菌、ウイルス、およびマイコプラズマから成る群から選択される生物に由来する核酸配列に相補的である、ＤＮＡ分子。
【請求項３１】
請求項３０に記載のＤＮＡ分子であって、
前記動物が、マウス、ラット、イヌ、モルモット、シロイタチ、ウサギ、および霊長類から成る群から選択される、ＤＮＡ分子。
【請求項３２】
請求項３１に記載のＤＮＡ分子であって、
前記霊長類がヒトである、ＤＮＡ分子。
【請求項３３】
プライマーおよびＤＮＡｚｙｍｅをコードするチモーゲンを含むＤＮＡ分子であって、
（ｉ）前記プライマーが前記チモーゲンの３’に位置し、
（ｉｉ）前記ＤＮＡ分子が、癌、嚢胞性線維症、異常血色素症、ＡＩＤＳ、Ｃ型肝炎、および結核から成る群から選択される疾患に対する被検動物の診断に有用である、ＤＮＡ分子。
【請求項３４】
請求項３３に記載のＤＮＡ分子であって、
前記被検動物がヒトである、ＤＮＡ分子。
【請求項３５】
請求項３４に記載のＤＮＡ分子であって、
前記プライマーがＫ‐ｒａｓ遺伝子に相補的であり、
前記ＤＮＡｚｙｍｅが１０‐２３ＤＮＡｚｙｍｅである、ＤＮＡ分子。
【請求項３６】
請求項３５に記載のＤＮＡ分子であって、
（ａ）5’GAGAACTGCAATTCGTTGTAGCTAGCCTTTCAGGACCCACGTCCACAAAATGATTCTGA3’（配列番号２）
（ｂ）5’CCACTCTCGTTGTAGCTAGCCTATTAGCTGTATCGTCAAGCCACTCTTGC3’（配列番号８）、および
（ｃ）5’ACTTGTGGTAGTTGGATCGTTGTAGCTAGCCCTGGTGGCAGCTGTATCGTCAAGGCACTC3’（配列番号１０）から成る群から選択される、ＤＮＡ分子。
【請求項３７】
請求項１９または２０に記載の方法であって、
前記プライマーおよび前記チモーゲンが別々のＤＮＡ分子に存在し、
前記プライマー開始型核酸増幅がローリング・サークル型増幅である、方法。
【請求項３８】
サンプル中における目的の核酸配列の存在を検出する方法であって、
（ａ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする条件下において、サンプルを請求項２５に記載のＤＮＡ分子に接触させる工程と、
（ｂ）前記触媒性核酸活性の存在を決定し、これにより前記サンプル中における前記目的の核酸配列の存在を決定する工程と、を含む、方法。
【請求項３９】
サンプル中における複数の目的の核酸配列の存在を同時に検出する方法であって、
（ａ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする条件下において、サンプルを、請求項２５に記載の複数のＤＮＡ分子に接触させる工程であって、検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、これらの目的の核酸配列の増幅開始に適した少なくとも１つのプライマーと、明瞭に測定可能な活性を有する触媒性核酸分子をコードするがその触媒性核酸分子のアンチセンス配列である少なくとも１つのチモーゲンとが存在する、前記工程と、
（ｂ）それぞれの触媒性核酸活性の存在を同時に決定し、これによりサンプル中における対応するそれぞれの目的の核酸配列の存在を決定する工程と、を含む、方法。
【請求項４０】
請求項３８または３９に記載の方法であって、
前記核酸増幅を、ＰＣＲ、ＳＤＡ、およびＴＭＡから成る群から選択される方法に従って実施する、方法。
【請求項４１】
請求項２２または２３に記載のキットであって、
前記プライマーおよび前記チモーゲンが別々のＤＮＡ分子に存在し、
前記プライマー開始型核酸増幅がローリング・サークル型増幅である、キット。
【請求項４２】
サンプル中における目的の核酸配列の存在の決定に使用するためのキットであって、
（ａ）請求項２５に記載のＤＮＡ分子と、
（ｂ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする試薬と、を含む、キット。
【請求項４３】
サンプル中における複数の目的の核酸配列の存在の決定に使用するためのキットであって、
（ａ）検出すべき目的の核酸配列のそれぞれに対して、これらの目的の核酸配列の増幅開始に適した少なくとも１つのプライマーと、明瞭に測定可能な活性を有する触媒性核酸分子をコードするがその触媒性核酸分子のアンチセンス配列である少なくとも１つのチモーゲンとが存在する、請求項２５に記載の複数のＤＮＡ分子と、
（ｂ）プライマー開始型核酸増幅および触媒性核酸活性を可能にする試薬と、を含む、キット。
【請求項４４】
請求項４２または４３に記載のキットであって、
前記核酸増幅を、ＰＣＲ、ＳＤＡ、およびＴＭＡから成る群から選択される方法に従って実施する、キット。