【手続補正書】
【提出日】平成18年1月12日(2006.1.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
スフィンゴ脂質の代謝を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）ホモ接合性ヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて以下：
（ｉ）少なくとも１つのスフィンゴ脂質中間体、または
（ｉｉ）スフィンゴ脂質経路の少なくとも１つの成分の活性、
のいずれかのレベルに対する該薬剤の影響が観察されるのに十分な条件下および時間にわたって、候補薬剤の非存在下または存在下で、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒを培養する工程であって、
ここで、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、少なくとも１つのスフィンゴ脂質中間体の変更されたレベルおよび少なくとも１つのスフィンゴ脂質経路の成分の変更された活性レベルのうち、少なくとも１つを生じる、スフィンゴ脂質経路の成分をコードする遺伝子中にＰ因子トランスポゾン挿入物を含む、工程；ならびに
（ｂ）（ｉ）該生成されたスフィンゴ脂質中間体または（ｉｉ）該スフィンゴ脂質経路の成分の活性、のいずれかのレベルを、該候補薬剤の非存在下でのレベルに対して、該候補薬剤の存在下で比較する工程、
を包含し、ここで、該変更されたレベルは、該薬剤がスフィンゴ脂質代謝を調節することを示す、
方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、スフィンゴ脂質中間体の前記変更されたレベルが、Ｃ１４／１６長鎖ベースでの増大を含む、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、スフィンゴ脂質中間体の前記変更されたレベルが、Ｃ１４／１６リン酸化長鎖ベースでの増大を含む、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記スフィンゴ脂質経路の成分をコードする遺伝子が、配列番号１５、配列番号２４および配列番号２５のいずれか１つに示されるポリヌクレオチド配列を含む、方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、前記ホモ接合性のヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒが、ｆｌｉｇｈｔｌｅｓｓ表現型を示す、方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、前記ホモ接合性のヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒが、腫瘍を含む、方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記ホモ接合性のヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒが、胸部筋肉の異常な発生パターンを含むＴ２分節を含む、方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下で生成された前記スフィンゴ脂質中間体の変更されたレベルが、スフィンゴシン−１−リン酸の減少を含む、方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下で生成された前記スフィンゴ脂質中間体の変更されたレベルが、スフィンゴシン−１−リン酸の増加を含む、方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下での前記スフィンゴ脂質経路の成分の活性の変更されたレベルが、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ（ＳＰＬ）活性の減少を含む、方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下での前記スフィンゴ脂質経路の成分の活性の変更されたレベルが、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ（ＳＰＬ）活性の増加を含む、方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下での前記スフィンゴ脂質経路の成分の活性の変更されたレベルが、スフィンゴシンキナーゼ（ＳＫ）活性の減少を含む、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記候補薬剤の存在下での前記スフィンゴ脂質経路の成分の活性の変更されたレベルが、スフィンゴシンキナーゼ（ＳＫ）活性の増加を含む、方法。
【請求項１４】
前記薬剤が、ＳＫ活性を阻害する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記薬剤が、ＳＰＬ活性を阻害する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記薬剤が、１−アリール−２−ジメチルアミノプロパン−１，３−ジオール誘導体を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記誘導体が、脂肪酸アミド基の置換を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記置換が、２つのＮ−メチル基を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記薬剤が、セリンパルミトイルトランスフェラーゼの活性を増大させる、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
スフィンゴ脂質代謝を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）ホモ接合性ヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒを、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて、以下：
（ｉ）少なくとも１種のスフィンゴ脂質中間体、または
（ｉｉ）スフィンゴ脂質経路の少なくとも１つの成分の活性、
のいずれかのレベルに対する候補薬剤の影響を観察するのに十分な条件下および時間にわたって、該薬剤の非存在下および存在下で培養する工程であって、
ここで、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、少なくとも１つのスフィンゴ脂質経路成分の活性レベルの変更を生じる、スフィンゴ脂質経路成分をコードする遺伝子におけるＰ因子トランスポゾン挿入物を含み、ここで、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、該挿入物から生じるｆｌｉｇｈｔｌｅｓｓ表現型を示す、工程；ならびに
（ｂ）該候補薬剤の非存在下で培養される該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの飛行能力に対して、該候補薬剤の存在下で培養される該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの飛行能力を比較する工程であって、ここで、該候補薬剤の存在下で培養される該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの飛行能力の増大は、該薬剤がスフィンゴ脂質代謝を調節することを示す、方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法であって、前記変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒが、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ（ＳＰＬ）をコードする遺伝子におけるホモ接合性変異を含む、方法。
【請求項２２】
請求項２０に記載の方法であって、前記ホモ接合性ヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒが、胸部筋肉の異常な発生パターンを含むＴ２分節を含む、方法。
【請求項２３】
請求項２０に記載の方法であって、前記スフィンゴ脂質代謝を調節する薬剤が、スフィンゴシンキナーゼ活性を阻害する、方法。
【請求項２４】
スフィンゴ脂質シグナル伝達を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）ホモ接合性ヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒを、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて、少なくとも１種のスフィンゴ脂質中間体のレベルに対する候補薬剤の影響を観察するのに十分な条件下および時間にわたって、該薬剤の非存在下および存在下で培養する工程であって、
ここで、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、少なくとも１つのスフィンゴ脂質中間体のレベルの変更を生じる、スフィンゴ脂質経路成分をコードする遺伝子におけるＰ因子トランスポゾン挿入物を含む、工程；ならびに
（ｂ）該候補薬剤の非存在下で生成されるスフィンゴ脂質中間体のレベルに対して、該候補薬剤の存在下で生成されるスフィンゴ脂質中間体のレベルを比較する工程であって、ここで、該レベルの変更は、該薬剤がスフィンゴ脂質シグナル伝達を調節することを示す、方法。
【請求項２５】
請求項１、２０および２４に記載の方法のいずれか１つによって同定された、薬剤。
【請求項２６】
生理学的に受容可能な賦形剤と組み合わせて、請求項２５に記載の薬剤を含む、組成物。
【請求項２７】
ホモ接合性ヌル変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて飛行能力を増大させる薬剤を含む組成物であって、ここで、該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むスフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ（ＳＰＬ）ポリペプチドをコードする遺伝子において、Ｐ因子トランスポゾン挿入物を含み、そして該変異体Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒは、該挿入物から生じるｆｌｉｇｈｔｌｅｓｓ表現型を示す、組成物。
【請求項２８】
前記薬剤が、スフィンゴシンキナーゼ活性を示す、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ（ＳＰＬ）ポリペプチドを調製するための方法であって、該方法は、
配列番号１５に示されるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターを含む核酸構築物で形質転換またはトランスフェクトした宿主細胞を培養する工程；および
スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼポリペプチドを回収する工程、
を包含する、方法。
【請求項３０】
スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）候補薬剤を、以下：
（ｉ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列；および
（ｉｉ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドと接触させる工程であって、
ここで、該ポリペプチドは、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を有し、そして該接触させる工程は、該候補薬剤が該ポリペプチドと相互作用することを可能にするのに十分な条件下および時間にわたって、実行される、工程；ならびに
（ｂ）該候補薬剤の存在下での、該ポリペプチドによるスフィンゴシン−１−リン酸またはそのスフィンゴシン−１−リン酸誘導体の分解を、該候補薬剤の非存在下での、該ポリペプチドによるスフィンゴシン−１−リン酸またはそのスフィンゴシン−１−リン酸誘導体の分解に対して決定し、そこから、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を調節する薬剤を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３１】
スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）候補薬剤を、以下：
（ｉｉｉ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列；および
（ｉｖ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを発現する細胞を含む生物学的サンプルと接触させる工程であって、
ここで、該ポリペプチドは、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を有し、そして該接触させる工程は、該候補薬剤が該ポリペプチドと相互作用することを可能にするのに十分な条件下および時間にわたって、実行される、工程；ならびに
（ｂ）該候補薬剤の存在下での、該ポリペプチドによるスフィンゴシン−１−リン酸またはそのスフィンゴシン−１−リン酸誘導体の分解を、該候補薬剤の非存在下での、該ポリペプチドによるスフィンゴシン−１−リン酸またはそのスフィンゴシン−１−リン酸誘導体の分解に対して決定し、そこから、スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を調節する薬剤を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３２】
前記決定する工程が、前記細胞由来の抽出物のインビトロアッセイを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
薬学的に受容可能なキャリアと組み合わせて、ポリペプチドのスフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を調節する薬剤を含む組成物であって、該ポリペプチドは、配列番号１６に示される配列を含む、組成物。
【請求項３４】
前記薬剤が、ポリヌクレオチドを含む、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
請求項３３に記載の組成物であって、前記薬剤が、配列番号１６に示される配列を含むスフィンゴシンリン酸リアーゼ（ＳＰＬ）ポリペプチドに特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、ここで、該抗体が、スフィンゴシン−１−リン酸を分解する該ＳＰＬポリペプチドの能力を増大させる、組成物。
【請求項３６】
癌細胞の増殖を阻害するための方法であって、該方法は、配列番号１６に示される配列を含むポリペプチドのスフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を増大させる薬剤と、該癌細胞とを接触させる工程を包含する、方法。
【請求項３７】
前記薬剤が、内因性スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ遺伝子の発現を増大させる、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記癌細胞が、乳癌細胞である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
哺乳動物における癌の発症、転移、または癌および転移の両方の発症を阻害するための方法であって、該方法は、配列番号１６に示される配列を含むポリペプチドのスフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ活性を増大させる薬剤を、該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【請求項４０】
前記薬剤が内因性スフィンゴシン−１−リン酸リアーゼ遺伝子の発現を増大させる、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記薬剤が、標的化成分に連結されている、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記標的化成分が、抗腫瘍抗体である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記標的化成分が、エストロゲンレセプターに結合する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記哺乳動物が乳癌に罹患している、請求項３９に記載の方法。
【請求項４５】
患者における癌の存在を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）少なくとも１つのポリヌクレオチドを含み、かつ癌を有することが疑われる患者から得られた第一の生物学的サンプルを、配列番号２３に示される核酸配列を含むポリヌクレオチドに特異的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドと接触させる工程；
（ｂ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに
（ｄ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を、癌を有さないことが既知の正常なコントロール被験体から得られた第二の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較する工程であって、
ここで、該第二のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較して、該第一の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量における統計的に有意な減少は、該患者における癌の存在を示す、
方法。
【請求項４６】
変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を診断するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）少なくとも１つのポリヌクレオチドを含み、かつ該変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を有することが疑われる患者から得られた第一の生物学的サンプルを、配列番号２３に示される核酸配列を含むポリヌクレオチドに特異的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドと接触させる工程；
（ｂ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに
（ｄ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を、変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を有さないことが既知の正常なコントロール被験体から得られた第二の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較する工程であって、
ここで、該第二のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較して、該第一の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量における統計的に有意な減少は、該患者における変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患の存在を示す、
方法。
【請求項４７】
患者における癌の存在を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）少なくとも１つのポリヌクレオチドを含み、かつ癌を有することが疑われる患者から得られた第一の生物学的サンプルを、配列番号２２に示される核酸配列を含むポリヌクレオチドに特異的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドと接触させる工程；
（ｂ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに
（ｄ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を、癌を有さないことが既知の正常なコントロール被験体から得られた第二の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較する工程であって、
ここで、該第二のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較して、該第一の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量における統計的に有意な増加は、該患者における癌の存在を示す、
方法。
【請求項４８】
変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を診断するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）少なくとも１つのポリヌクレオチドを含み、かつ該変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を有することが疑われる患者から得られた第一の生物学的サンプルを、配列番号２２に示される核酸配列を含むポリヌクレオチドに特異的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドと接触させる工程；
（ｂ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに
（ｄ）該第一のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量を、変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を有さないことが既知の正常なコントロール被験体から得られた第二の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較する工程であって、
ここで、該第二のサンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量と比較して、該第一の生物学的サンプル中のポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの量における統計的に有意な増加は、該患者における変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患の存在を示す、
方法。
【請求項４９】
患者において、変更されたスフィンゴ脂質代謝に関連する疾患を処置するための方法であって、請求項１、２０、２４および３０のいずれか１項に記載の方法に従って同定された薬剤を該患者に投与する工程を包含する、方法。
【請求項５０】
前記疾患が、結腸癌、乳癌、子宮癌、胃癌、卵巣癌、肺癌、腎臓癌、直腸の腺癌、遺伝性感覚ニューロパシー１型、およびスフィンゴリピドーシス（ｓｐｈｉｎｇｏｌｉｐｉｄｏｓｅｓ）の任意の１つからなる群より選択される、請求項４９に記載の方法。