【手続補正書】
【提出日】平成16年11月29日(2004.11.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a）生体活性分子をコードする核酸配列を増幅する段階と、
b）段階(a)で得られた核酸配列にコードされる生体活性分子をセルフリー系において発現する段階であって、発現する生体活性分子が検出可能な表現型をもっている、段階と、
c）段階(b)で得られた生体活性分子を一つの化合物と接触させる段階と、
d）段階(c)で導入された化合物の存在下または非存在下において生体活性分子の表現型を検出する段階と
を含む、生体活性分子を生成し評価する方法。
【請求項２】
生体活性分子をコードする核酸が、ポリメラーゼ連鎖反応、リガーゼ連鎖反応、転写仲介増幅反応、核酸配列に基づいた増幅反応、及び鎖置換増幅反応からなる群より選択される反応によって増幅される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
増幅段階が、一つまたは複数のネスト化プライマーセットを用いたポリメラーゼ連鎖反応により行われる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
増幅段階において、配列番号：1、配列番号：2、配列番号：3、配列番号：4の配列を含むオリゴヌクレオチドプライマーが使用される、請求項1または請求項3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
生体活性分子が、ウイルス分子、細菌分子、真菌分子、原生動物分子、ヒトの分子、及び動物の分子からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
生体活性分子が、レトロウイルスタンパク質、ヘルペスウイルスタンパク質、ハンタウイルスタンパク質、肝炎ウイルスタンパク質、インフルエンザタンパク質、ミクソウイルスタンパク質、ピコルナタンパク質、アデノウイルスタンパク質、ポックスウイルスタンパク質、フラビウイルスタンパク質、またはコロナウイルスタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
生体活性分子が、連鎖球菌タンパク質、ブドウ球菌タンパク質、腸球菌タンパク質、ナイセリアタンパク質、サルモネラタンパク質、ミコバクテリアタンパク質、バシラスタンパク質、ミコプラズマタンパク質、クラミジアタンパク質、フランシセラタンパク質、パスツレラタンパク質、ブルセラタンパク質、シュードモナスタンパク質、リステリアタンパク質、クロストリジウムタンパク質、エルシニアタンパク質、ビブリオタンパク質、赤痢菌タンパク質、または腸内細菌タンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
生体活性分子が、プラズモジウムタンパク質、トリパノソーマタンパク質、またはクリトスポリジウムタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
生体活性分子が、カンジダタンパク質、クリプトコッカスタンパク質、マラセジアタンパク質、ヒストプラズマタンパク質、コクシジオイデスタンパク質、ヒフォミセスタンパク質、ブラストミセスタンパク質、アスペルギルスタンパク質、青カビタンパク質、シュードアレシェリアタンパク質、フザリウムタンパク質、ペシロミセスタンパク質、ケカビ／クモノスカビタンパク質、ニューモシスティスタンパク質、リノスポリジウムタンパク質、スポロトリクスタンパク質、白癬菌タンパク質、小胞子菌タンパク質、表皮菌タンパク質、バシディオボールスタンパク質、コニディオボールスタンパク質、クモノスカビタンパク質、カニンガメリアタンパク質、パラコクシジオイデスタンパク質、シュードアレシェリアタンパク質、またはリノスポリジウムタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
生体分子をコードする核酸配列が、デオキシリボ核酸またはリボ核酸である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
生体活性分子をコードする核酸配列が、メッセンジャーRNAまたはポリA＋RNAである、請求項1または請求項10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
生体活性分子がタンパク質または糖タンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
核酸にコードされる生体活性分子が、セルフリーな真核細胞溶解物の翻訳系において発現する、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
核酸にコードされる生体活性分子が、セルフリーな原核細胞溶解物の翻訳系において発現する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
増幅された核酸配列にコードされる生体活性分子が、セルフリーな網状赤血球溶解物の翻訳系において発現する、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
増幅された核酸配列にコードされる生体活性分子が、セルフリーな網状赤血球溶解物の転写／翻訳共役系において発現する、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
生体活性分子が、デオキシリボ核酸、リボ核酸、ポリA＋RNA、及びrRNAからなる群より選択される核酸配列にコードされる、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
生体活性分子をコードする核酸配列が、第二の核酸配列に機能的に結合している、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
第二の核酸配列が調節エレメントを含む、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
第二の核酸配列が精製モチーフを含む、請求項18記載の方法。
【請求項２１】
第二の核酸配列が、精製モチーフを含む遺伝子産物またはその断片をコードする、請求項18記載の方法。
【請求項２２】
生体活性分子を、抗ウイルス化合物、抗細菌化合物、抗真菌化合物、抗癌化合物、抗免疫抑制化合物、ホルモン、サイトカイン、リンフォカイン、ケモカイン、酵素、ポリペブチド、ポリヌクレオチド、及びヌクレオシド類似体からなる群より選択される化合物と接触させる、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の酵素活性をアッセイする段階を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
生体活性分子の酵素活性をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型に関して生体活性分子をアッセイする段階を更に含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の化合物への親和性をアッセイする段階を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項２６】
生体活性分子の化合物への親和性をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型に関して生体活性分子をアッセイする段階を更に含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の構造をアッセイする段階を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
生体活性分子の構造をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型を予測する段階を含む、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
a）生体活性分子をコードする核酸配列を増幅する試薬と、
b）段階(a)で得られた核酸配列にコードされる生体活性分子をセルフリー系において発現する試薬であって、発現する生体活性分子が検出可能な表現型をもっている、試薬と、
c）段階(b)で得られた生体活性分子を一つの化合物と接触させる試薬と、
d）段階(c)で導入された化合物の存在下または非存在下において生体活性分子の表現型を検出する試薬と、
e）段階(a)から段階(d)で指定された試薬を含む第一のパッケージ材料セット、及び第一のパッケージ材料セットと利用者説明書とを含む第二のパッケージ材料セットと
を含む、生体活性分子を生成し評価するキット。
【請求項３０】
生体活性分子をコードする核酸を増幅する試薬が、ポリメラーゼ連鎖反応用試薬、リガーゼ連鎖反応用試薬、転写仲介増幅反応用試薬、核酸配列に基づいた増幅反応用試薬、及び鎖置換増幅反応用試薬を含む、請求項29記載のキット。
【請求項３１】
生体活性分子をコードする核酸を増幅する試薬が、一つまたは複数のネスト化プライマーセットを更に含む試薬を含む、請求項29記載のキット。
【請求項３２】
生体活性分子をコードする核酸を増幅する試薬が、配列番号：1、配列番号：2、配列番号：3、配列番号：4の配列を更に含む試薬を含む、請求項29または請求項31のいずれか一項記載のキット。
【請求項３３】
生体活性分子が、ウイルス分子、細菌分子、真菌分子、原生動物分子、ヒトの分子、及び動物の分子からなる群より選択される、請求項29記載のキット。
【請求項３４】
生体活性分子が、レトロウイルスタンパク質、ヘルペスウイルスタンパク質、ハンタウイルスタンパク質、肝炎ウイルスタンパク質、インフルエンザタンパク質、ミクソウイルスタンパク質、ピコルナタンパク質、アデノウイルスタンパク質、ポックスウイルスタンパク質、フラビウイルスタンパク質、またはコロナウイルスタンパク質である、請求項29記載のキット。
【請求項３５】
生体活性分子が、連鎖球菌タンパク質、ブドウ球菌タンパク質、腸球菌タンパク質、ナイセリアタンパク質、サルモネラタンパク質、ミコバクテリアタンパク質、バシラスタンパク質、ミコプラズマタンパク質、クラミジアタンパク質、フランシセラタンパク質、パスツレラタンパク質、ブルセラタンパク質、シュードモナスタンパク質、リステリアタンパク質、クロストリジウムタンパク質、エルシニアタンパク質、ビブリオタンパク質、赤痢菌タンパク質、腸内細菌タンパク質、プラズモジウムタンパク質、トリパノソーマタンパク質、クリトスポリジウムタンパク質、カンジダタンパク質、クリプトコッカスタンパク質、マラセジアタンパク質、ヒストプラズマタンパク質、コクシジオイデスタンパク質、ヒフォミセスタンパク質、ブラストミセスタンパク質、アスペルギルスタンパク質、青カビタンパク質、シュードアレシェリアタンパク質、フザリウムタンパク質、ペシロミセスタンパク質、ケカビ／クモノスカビタンパク質、ニューモシスティスタンパク質、リノスポリジウムタンパク質、スポロトリクスタンパク質、白癬菌タンパク質、小胞子菌タンパク質、表皮菌タンパク質、バシディオボールスタンパク質、コニディオボールスタンパク質、クモノスカビタンパク質、カニンガメリアタンパク質、パラコクシジオイデスタンパク質、シュードアレシェリアタンパク質、またはリノスポリジウムタンパク質である、請求項29記載のキット。
【請求項３６】
生体分子をコードする核酸配列がデオキシリボ核酸またはリボ核酸である、請求項29記載のキット。
【請求項３７】
生体活性分子をコードする核酸配列が、メッセンジャーRNAまたはポリA＋RNAである、請求項29または請求項36のいずれか一項記載のキット。
【請求項３８】
生体活性分子がタンパク質または糖タンパク質である、請求項29記載のキット。
【請求項３９】
核酸にコードされる生体活性分子が、セルフリーな真核細胞溶解物の翻訳系において発現する、請求項29記載のキット。
【請求項４０】
核酸にコードされる生体活性分子が、セルフリーな原核細胞溶解物の翻訳系において発現する、請求項29記載のキット。
【請求項４１】
増幅された核酸配列にコードされる生体活性分子が、セルフリーな網状赤血球溶解物の翻訳系において発現する、請求項39記載のキット。
【請求項４２】
増幅された核酸配列にコードされる生体活性分子が、セルフリーな網状赤血球溶解物の転写／翻訳共役系において発現する、請求項41記載のキット。
【請求項４３】
生体活性分子が、デオキシリボ核酸、リボ核酸、ポリA＋RNA、tRNA、及びrRNAからなる群より選択される核酸配列にコードされる、請求項42記載のキット。
【請求項４４】
生体活性分子をコードする核酸配列が、第二の核酸配列に機能的に結合している、請求項29記載のキット。
【請求項４５】
第二の核酸配列が調節エレメントを含む、請求項44記載のキット。
【請求項４６】
第二の核酸配列が精製モチーフを含む、請求項44記載のキット。
【請求項４７】
第二の核酸配列が、精製モチーフを含む遺伝子産物またはその断片をコードする、請求項44記載のキット。
【請求項４８】
生体活性分子を、抗ウイルス化合物、抗細菌化合物、抗真菌化合物、抗癌化合物、抗免疫抑制化合物、ホルモン、サイトカイン、リンフォカイン、ケモカイン、酵素、ポリペブチド、ポリヌクレオチド、及びヌクレオシド類似体からなる群より選択される化合物と接触させる、請求項29記載のキット。
【請求項４９】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の酵素活性をアッセイする段階を更に含む、請求項29記載のキット。
【請求項５０】
生体活性分子の酵素活性をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型に関して生体活性分子をアッセイする段階を更に含む、請求項49記載のキット。
【請求項５１】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の化合物への親和性をアッセイする段階を更に含む、請求項29記載のキット。
【請求項５２】
生体活性分子の化合物への親和性をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型に関して生体活性分子をアッセイする段階を更に含む、請求項51記載のキット。
【請求項５３】
生体活性分子の表現型を検出する段階が、生体活性分子の構造をアッセイする段階を更に含む、請求項29記載のキット。
【請求項５４】
生体活性分子の構造をアッセイする段階が、化合物への耐性の表現型を予測する段階を含む、請求項53記載のキット。
【請求項５５】
核酸配列が、疾患状態に関連する生体活性分子を含む単離した生物体または組織から得られる、請求項1記載の方法。
【請求項５６】
生体活性分子をコードする配列を含む核酸のセルフリーなインビトロ転写・翻訳系によって、検出可能な表現型をもつ生体活性分子を生成する段階と、
生体活性分子を一つの化合物と接触させる段階と、
化合物の存在下または非存在下において生体活性分子の機能活性を検出する段階と
を含む、化合物の存在下または非存在下において生体活性分子の表現型を評価する方法であって、化合物の存在下または非存在下における生体活性分子の機能活性が生体活性分子の表現型を示す、方法。
【請求項５７】
生体活性分子が微生物の生体活性分子である、請求項56記載の方法。
【請求項５８】
微生物の生体活性分子をコードする配列を含む核酸を増幅する段階を、生成段階の前にさらに含む、請求項56記載の方法。
【請求項５９】
微生物の生体活性分子をコードする核酸を一つまたは複数のネスト化プライマーセットを用いて増幅する段階を、生成段階の前にさらに含む、請求項56記載の方法。