【手続補正書】
【提出日】平成18年1月19日(2006.1.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  エノイル−ＡＣＰレダクタ−ゼ（ＥＲ）ポリペプチドと相互作用する抗菌物質を同定する方法であって、ある化合物と前記ＥＲポリペプチドとの相互作用が可能な条件下で、前記ＥＲポリペプチドを前記化合物と接触させる段階と、 前記化合物が抗菌化合物であるかどうかを示すものとして、前記化合物と前記ＥＲポリペプチドとの相互作用を検出する段階とを包含する同定方法。
【請求項２】  前記ＥＲポリペプチドが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記接触させる段階の前記化合物が、ＮＳＡＭとして分類されている化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  前記化合物が、イソニアジドと、ディアザボリン（原語ｄｉａｚａｂｏｒｉｎｅ）と、エチオナミドとからなる群から選択されない、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  前記化合物が抗生物質ではない、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記相互作用が、前記ＥＲポリペプチドのＮＡＤ／ＮＡＤＰ結合裂との間に起こる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項８】 前記相互作用が、前記ＥＲポリペプチドのトリクロサン結合部分との間に起こる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項９】 前記相互作用が、酵素活性の有無に基づいて検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  抗菌化合物を同定する方法であって、酵素活性が起こりうる条件下で、エノイルレダクタ−ゼ分子をある化合物と接触させる段階と、 化合物が抗菌化合物であるか否かを示すものとして酵素活性の有無を検出する段階とからなる、同定方法。
【請求項１１】  前記抗菌がバクテリア耐性を備える、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】  前記接触させる段階の前記化合物が、ＮＳＡＭとして分類されている化合物である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】  前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】  前記化合物が、イソニアジドと、ディアザボリン（原語ｄｉａｚａｂｏｒｉｎｅ）と、エチオナミドとからなる群から選択されない、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】  前記化合物が抗生物質ではない、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】  前記ＥＲポリペプチドが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】  抗菌化合物を同定する方法であって、脂肪酸の生合成が起こる条件下で、微生物を化合物に曝す段階と、 前記化合物が抗菌化合物であるか否かを示す指標として、脂肪酸の生合成の抑制を検出する段階と、を包含する同定方法。
【請求項１８】  前記抗菌がバクテリア耐性を備える、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】  前記曝す段階の前記化合物が、ＮＳＡＭとして分類されている化合物である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】  前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】  前記化合物が、イソニアジドと、ディアザボリン（原語ｄｉａｚａｂｏｒｉｎｅ）と、エチオナミドとからなる群から選択されない、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】  前記化合物が抗生物質ではない、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】  前記ＥＲポリペプチドが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】  変異体ＥＲポリペプチドと相互作用を行う抗菌化合物を同定する方法であって、化合物と前記変異体ＥＲポリペプチドとが相互作用を行いうる条件下で、前記変異体ＥＲポリペプチドを前記化合物に接触させる段階と、 前記化合物と前記変異体ＥＲポリペプチドとの相互作用の有無を、前記化合物が抗菌化合物であるか否かの指標として検出する、同定方法。
【請求項２５】  前記変異体ＥＲポリペプチドが、トリクロサンとは相互作用せず、更に、接触される前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】  前記ＥＲが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】  前記接触させる段階の前記化合物が、ＮＳＡＭとして分類されている化合物である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】  前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】  前記結合が、前記変異体ＦａｂＩポリペプチドの還元剤結合裂内部で起こる、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】  前記結合が、前記変異体ＦａｂＩポリペプチドのトリクロサン結合裂内部で起こる、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】  前記結合が、前記変異体ＦａｂＩポリペプチドのＮＡＤ／ＮＡＤＰ結合裂内部で起こる、請求項２４に記載の方法。
【請求項３２】  前記結合が、酵素活性の有無に基づいて検出される、請求項２４に記載の方法。
【請求項３３】  前記変異体ＥＲポリペプチドが、前記ＮＡＤ／ＮＡＤＰ結合裂内部に変化したアミノ酸を持つ、請求項２４に記載の方法。
【請求項３４】  前記ＥＲポリペプチドが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項２４に記載の方法。
【請求項３５】  前記ＥＲポリペプチドが、残基９３において変化したアミノ酸を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３６】  前記ＥＲポリペプチドが、残基１５９又は２０３において変化したアミノ酸を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３７】  前記ＥＲポリペプチドが、ｇｌｙ９３ｖａｌ置換を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３８】  前記ＥＲポリペプチドが、ｍｅｔ１５９ｔｈｒ及びｐｈｅ２０３ｌｅｕからなる群から選択された置換を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３９】  トリクロサン耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する方法であって、トリクロサン耐性微生物細胞が増殖可能又は生存力を維持できる条件下で、トリクロサン耐性微生物細胞を化合物に接触させる段階と、 前記化合物には、前記細胞の増殖又は生存力を抑制する能力があるか否かを特定し、よってトリクロサン耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する段階と、を含む同定方法。
【請求項４０】  前記トリクロサン耐性微生物細胞の溶解を、前記同定する段階で用いて、トリクロサン耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】  前記トリクロサン耐性微生物細胞が、ｇｌｙ９３ｖａｌ置換を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】  前記トリクロサン耐性微生物細胞が、ｍｅｔ１５９ｔｈｒ及びｐｈｅ２０３ｌｅｕ３９からなる群から選択された突然変異を持つ変異体ＦａｂＩポリペプチドである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】  前記トリクロサン耐性微生物細胞が、ａｃｒＡＢ＋である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】  前記細胞がＡＧＴ１１である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４５】  前記細胞がＡＧＴ２３である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４６】  前記細胞がＡＧＴ２５である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４７】  トリクロサン耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する方法であって、化合物とトリクロサンに対する耐性を付与する能力のあるポリペプチドとの相互作用が起こる条件下で、前記ポリペプチドを前記化合物に接触させる段階と、 前記ポリペプチドとの相互作用の有無を、前記化合物がトリクロサン耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物であるか否かを示すものとして、検出する段階とを包含する、同定方法。
【請求項４８】  前記化合物がトリクロサン化合物である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】  ＮＳＡＭ耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する方法であって、ある化合物と、ＮＳＡＭに対する耐性を付与する能力のあるポリペプチドとの相互作用が起こる条件下で、前記ポリペプチドを前記化合物に接触させる段階と、 前記ポリペプチドとの相互作用の有無を、前記化合物がＮＳＡＭ耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物であるか否かを示すものとして検出する段階とを包含する、同定方法。
【請求項５０】  前記化合物が、親ＮＳＡＭ化合物の構造的類似体であるＮＳＡＭ化合物である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】  ＮＳＡＭ耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する方法であって、ＮＳＡＭ耐性微生物細胞が増殖可能又は生存力を維持できる条件下で、ＮＳＡＭ耐性微生物細胞を化合物に接触させる段階と、 前記化合物が、前記細胞の増殖又は生存力を抑制する能力があるか否かを特定し、よってＮＳＡＭ耐性微生物細胞の増殖又は生存力を抑制する能力のある抗菌化合物を同定する段階と、を含む同定方法。
【請求項５２】  請求項１、２４、及び３９の何れかに記載の方法を用いて同定された抗菌化合物。
【請求項５３】  請求項５１に記載された化合物と、組合せ製品を形成する製品とを包含する組合せ製品。
【請求項５４】  洗剤、石鹸、脱臭薬、消毒薬、口内洗剤、及び歯磨きからなる群から選択された、請求項５３に記載の組合せ製品。
【請求項５５】  トリクロサンの構造的類似体と、組合せ製品を形成する製品とを包含する組合せ製品。
【請求項５６】  洗剤、石鹸、脱臭薬、消毒薬、口内洗剤、及び歯磨きからなる群から選択された、請求項５５に記載の組合せ製品。
【請求項５７】  ＮＳＡＭの構造的類似体と、組合せ製品を形成する製品とを包含する組合せ製品。
【請求項５８】  洗剤、石鹸、脱臭薬、消毒薬、口内洗剤、及び歯磨きからなる群から選択された、請求項５７に記載の組合せ製品。
【請求項５９】  前記抗菌物質が、グラム陰性菌、グラム陽性菌、真菌、スピロヘ−タ、及び原生動物からなる群から選択された微生物細胞への抗菌性を備えた、請求項１、２４、及び３９の何れかに記載の方法
【請求項６０】  前記微生物細胞がグラム陰性菌である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】  前記グラム陰性菌が、エシェリキア属、カンピロバクタ−属、サルモネラ属、志賀菌属、クレブシエラ属、ヘリコバクタ−属、エルウイニア属、セラチア属、エルシニア属、及び、プセウドモナス属からなる群から選択された、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】  前記微生物細胞がグラム陽性菌である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】  前記グラム陽性菌が、連鎖球菌属、リステリア属、放線菌属、ミコバクテリウム属、８連球菌属、ブドウ球菌属、及び、エンテロコッカス属からなる群から選択された、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】  前記微生物細胞が真菌である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６５】  前記真菌がカンジダ属である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】  前記真菌が原生動物である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６７】  前記真菌がスピロヘ−タである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６８】  前記スピロヘ−タが、ボレリア属の一種、レプトネマの一種、レプトスピラ属の一種、スピロヘ−タ属の一種、及び、トレポネ−マ属の一種からなる群から選択された、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】  微生物細胞中にＮＳＡＭに対する耐性を付与可能な分離ポリペプチド。
【請求項７０】  微生物細胞中にトリクロサンに対する耐性を付与可能な分離ポリペプチド。
【請求項７１】  前記ポリペプチドが細菌細胞に対する耐性を付与可能である、請求項６９又は７０に記載の分離ポリペプチド。
【請求項７２】  前記耐性とは、突然変異ポリペプチドが存在しない場合に、耐性突然変異が前記微生物細胞の最低抑制性濃度の４倍以上の存在下で、成長できる能力である、請求項６９又は７０に記載の分離ポリペプチド。
【請求項７３】  微生物細胞中にトリクロサンに対する耐性を付与可能な分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７４】  前記ＥＲが、ＦａｂＩポリペプチド及びＩｎｈＡポリペプチドからなる群から選択された、請求項７３に記載の分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７５】  前記ＥＲポリペプチドが、ｇｌｙ９３ｖａｌ置換を持つＦａｂＩポリペプチドである、請求項７４に記載の分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７６】  前記ＥＲが、ｍｅｔ１５９ｔｈｒ及びｐｈｅ２０３ｌｅｕからなる群から選択された置換を含むＦａｂＩポリペプチドである、請求項７４に記載の分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７７】  前記ＥＲが、ＮＡＤ／ＮＡＤＰ結合裂中に、少なくとも一つのアミノ酸の変化を含むＦａｂＩポリペプチドである、請求項７４に記載の分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７８】  前記変異ＦａｂＩポリペプチドが、Ｇ１３、Ｓ１６、Ｓ１９、Ｉ２０、Ａ２１、Ｓ９１、Ｉ９２、Ｇ９３、Ｆ９４、Ａ９５、Ｌ１００、Ｌ１４４、Ｓ１４５、Ｙ１５６、Ｍ１５９、Ｋ１６３、Ｇ１９０、Ｐ１９１、Ｉ１９２、Ｒ１９３、Ｔ１９４、Ｌ１９５、Ａ１９６、Ｉ２００、Ｋ２０１、Ｄ２０２、Ｆ２０３、Ｒ２０４、及び、Ｋ２０５からなる群から選択された突然変異を除いては、配列同定番号３に示したアミノ酸配列を備えたＦａｂＩポリペプチドである、請求項７４に記載の分離変異ＥＲポリペプチド。
【請求項７９】  請求項６９、７０、７３、及び７７の何れかに記載された変異ポリペプチドを符号化する分離核酸。
【請求項８０】  請求項６９、７０、７３、及び７７の何れかに記載された変異ポリペプチドを備えた分離微生物細胞。
【請求項８１】  望ましくない微生物の成長を被った被験者をＮＳＡＭで治療する方法であって、前記被験者が前記の望ましくない微生物に関して治療されるように、効果的な量の前記ＮＳＡＭを前記被験者に投与する段階を包含する、治療方法。
【請求項８２】  望ましくない微生物の成長を被った被験者をトリクロサン化合物で治療する方法であって、前記被験者が前記の望ましくない微生物に関して治療されるように、効果的な量の前記トリクロサン化合物を前記被験者に投与する段階を包含する、治療方法。
【請求項８３】  請求項６９、７０、７３、及び７７の何れかに記載された変異ポリペプチドを特に結合する抗体。
【請求項８４】  前記抗体が、野生型ＥＲポリペプチドに結合しない、請求項８２に記載された抗体。
【請求項８５】  単一クロ−ンの抗体である、請求項８４に記載された抗体。
【請求項８６】  抗菌石鹸又は洗剤を形成する石鹸又は洗剤調剤の１ミリリットル当たりに、約５００マイクログラム未満の濃度のトリクロサンを包含する、抗菌石鹸又は洗剤。
【請求項８７】  トリクロサンの濃度が、１ミリリットル当たりに、約１００マイクログラム未満、請求項８６に記載の抗菌石鹸又は洗剤。
【請求項８８】  トリクロサンの濃度が、１ミリリットル当たりに、約５０マイクログラム未満、請求項８６に記載の抗菌石鹸又は洗剤。
【請求項８９】  トリクロサンの濃度が、１ミリリットル当たりに、約１０マイクログラム未満、請求項８６に記載の抗菌石鹸又は洗剤。
【請求項９０】  トリクロサンの濃度が、１ミリリットル当たりに、約１０マイクログラム未満、請求項８６に記載の抗菌石鹸又は洗剤。
【請求項９１】  抗菌石鹸又は洗剤の調剤を形成する抗菌石鹸又は洗剤調剤中にトリクロサンの構造的類似体を包含する抗菌石鹸又は洗剤調剤であって、前記トリクロサンの構造的類似体がトリクロサン耐性微生物細胞の増殖及び生存力を抑制する能力のある、抗菌石鹸又は洗剤調剤。
【請求項９２】  複数のポリペプチド配列を表面上に示したバクテリオファ−ジのライブラリ−を選別する方法であって、前記ポリペプチド配列のそれぞれが前記バクテリオファ−ジ内部に含まれた核酸によって符合化され、且つ、前記選別が、固定化ＥＲ脂肪酸エノイルレダクタ−ゼ分子に結合する能力に関し、前記エノイルレダクタ−ゼへの親和性を備えたポリペプチドを得るためであって、前記エノイルレダクタ−ゼが異なるポリペプチド配列と相互作用すると共に、エノイルレダクタ−ゼへの親和性を備えたものに結合して、固定化ＥＲエノイルレダクタ−ゼ及び結合バクテリオファ−ジからなる一組の複合体を形成するために、前記固定化ＥＲ脂肪酸エノイルレダクタ−ゼを前記バクテリオファ−ジのライブラリ−と接触させる段階と、前記複合体を形成していない自由バクテリオファ−ジから前記複合体を分離する段階と、 前記エノイルレダクタ−ゼと結合バクテリオファ−ジとの前記複合体を、前記結合バクテリオファ−ジを前記複合体から解離させる作用因子に接触させる段階と、前記解離したバクテリオファ−ジを分離し、且つ、前記の示されたポリペプチドを符号化する核酸の配列を得て、その結果、脂肪酸エノイルレダクタ−ゼへの親和性を備えた示されたポリペプチドのアミノ酸配列を得る、段階を包含する選別方法。
【請求項９３】  前記微生物が、外向きフラックスポンプの抑制物質の存在下で、前記化合物に曝される、請求項１７に記載された方法。
【請求項９４】  前記外向きフラックスポンプがＡｃｒＡＢである、請求項９３に記載された方法。
【請求項９５】  トリクロサン耐性微生物細胞が、外向きフラックスポンプの抑制物質の存在下で、前記化合物に曝される、請求項３９に記載された方法。
【請求項９６】  前記外向きフラックスポンプがＡｃｒＡＢである、請求項９５に記載された方法。
【請求項９７】  前記化合物の前記最低抑制性濃度（ＭＩＣ）が、ＡｃｒＡＢ外向きフラックスポンプの抑制物質の存在下で減少する、請求項５２に記載された方法。
【請求項９８】  前記ＡｃｒＡＢ外向きフラックスポンプの前記抑制物質の存在下での前記ＭＩＣの減少が、少なくとも４倍である、請求項９７に記載された方法。
【請求項９９】  前記ＡｃｒＡＢ外向きフラックスポンプの前記抑制物質の存在下での前記ＭＩＣの減少が、少なくとも１０倍である、請求項９７に記載された方法。
【請求項１００】  前記被験者が、外向きフラックスポンプ抑制物質で付加的に治療される、請求項８１に記載された方法。