【手続補正書】
【提出日】平成17年12月19日(2005.12.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（i）から（iii）のいずれかのポリペプチド：
（i）配列番号：34又は配列番号：32に記載のアミノ酸配列を含むポリペプチド（好ましくは、配列番号：34に記載のアミノ酸配列からなる）；
（ii）膜貫通型タンパク質機能、特にネトリン受容体活性、または（i）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有する(i)のポリペプチドのフラグメント；または
（iii）（i）もしくは（ii）の機能的等価物。
【請求項２】
膜貫通型タンパク質分子、さらにネトリン受容体ファミリーの膜貫通型タンパク質分子として機能する請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
配列番号：32又は配列番号34に記載のアミノ酸配列からなる請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
請求項１（iii）の機能的等価物であり、配列番号：34に記載のアミノ酸配列と相同であるポリペプチド。
【請求項５】
配列番号：34に記載のアミノ酸配列と98％、98.5％、99％又は99.5％を超える配列同一性を有する請求項１〜４のいずれか１項記載の機能的等価物。
【請求項６】
配列番号：34に記載のアミノ酸配列と98.5％を超える配列同一性を有する請求項１〜５のいずれか１項記載の機能的等価物。
【請求項７】
請求項１（i）のポリペプチドと共通の抗原決定基を有し、配列番号：32又は配列番号：34の配列に由来する７つまたはそれより多い（例えば８、10、12、14、16、18、20またはそれより多い）アミノ酸残基から成る請求項１記載のフラグメント。
【請求項８】
請求項１〜６のいずれか１項記載のポリペプチドをコードする精製核酸分子。
【請求項９】
配列番号：31又は配列番号：33に記載の核酸配列を有するか、または余剰部分を含むその等価物もしくはそのフラグメントである請求項２に記載の精製核酸分子。
【請求項１０】
高いストリンジェンシーの条件下で請求項８または９記載の核酸分子とハイブリダイズする精製核酸分子。
【請求項１１】
請求項８から１０のいずれか１項記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１２】
請求項11に記載のベクターで形質転換されたホスト細胞。
【請求項１３】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドと特異的に結合し、好ましくはその活性を刺激するリガンド。
【請求項１４】
抗体である請求項13記載のリガンド。
【請求項１５】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドの発現レベルもしくは活性レベルを増加または低下させる化合物。
【請求項１６】
前記ポリペプチドの生物学的作用のいずれをも誘発することなく、請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドと結合する請求項15記載の化合物。
【請求項１７】
前記が天然もしくは改変基質、リガンド、酵素、レセプターまたは構造的もしくは機能的摸倣物である請求項16記載の化合物。
【請求項１８】
疾患の治療または診断に使用するための、請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチド、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子、請求項11記載のベクター、請求項12記載のホスト細胞、請求項13または14記載のリガンド、または請求項15から17のいずれか１項記載の化合物。
【請求項１９】
患者に由来する組織で、請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドをコードする天然の遺伝子の発現レベルを判定するか、または請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドの活性を判定し、さらに前記発現レベルまたは活性レベルをコントロールレベルと比較することを含み、前記コントロールレベルと異なるレベルは疾患を示唆する、患者の疾患をインビトロで診断する方法。
【請求項２０】
（ａ）請求項13または14記載のリガンドを生物学的サンプルと、リガンド-ポリペプチド複合体の形成に適した条件下で接触させる工程；および（ｂ）前記複合体を検出する工程を含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
（ａ）患者由来の組織サンプルを核酸プローブと、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子と前記プローブとの間でハイブリッド複合体の形成を許容するストリンジェントな条件下で接触させる工程；
（ｂ）コントロールサンプルを前記プローブと工程（ａ）で用いた条件と同じ条件下で接触させる工程；さらに、
（ｃ）前記サンプルにおけるハイブリッド複合体の存在を検出する工程を含み、
コントロールサンプルのハイブリッド複合体のレベルと異なる患者サンプルのハイブリッド複合体レベルの検出が疾患を示唆する、請求項19記載の方法。
【請求項２２】
（ａ）患者の組織由来の核酸サンプルを核酸プライマーと、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子と前記プライマーとの間でハイブリッド複合体の形成を許容するストリンジェントな条件下で接触させる工程；
（ｂ）コントロールサンプルを前記プライマーと工程（ａ）で用いた条件と同じ条件下で接触させる工程；
（ｃ）前記サンプルの核酸を増幅させる工程；および、
（ｄ）患者サンプルおよびコントロールサンプルの両サンプルの増幅核酸レベルを検出する工程、を含み、
コントロールサンプルの増幅核酸レベルと顕著に異なる患者サンプルの増幅核酸レベルの検出は疾患を示唆する、請求項19記載の方法。
【請求項２３】
以下の（ａ）−（ｃ）の工程を含む請求項19に記載の方法：
（ａ）前記患者から得られる組織サンプルから請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子を単離する工程；および、
（ｂ）疾患に附随する変異の存在を前記疾患の指標として前記核酸分子中で検出することによって疾患について患者を診断する工程。
【請求項２４】
さらに核酸分子を増幅させて増幅生成物を形成し、前記増幅生成物で変異の有無を検出することを含む請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
前記核酸分子を前記核酸分子とハイブリダイズする核酸プローブとストリンジェントな条件下で接触させて、疾患に附随する変異に対応する任意の部分に前記核酸プローブ鎖の非ハイブリダイズ部分を含むハイブリッド二本鎖分子を形成させること、および、
疾患に附随する変異の有無の指標として前記プローブ鎖の非ハイブリダイズ部分の有無を検出すること、
によって、前記患者における変異の有無を検出する請求項23または24記載の方法。
【請求項２６】
前記疾患が、細胞増殖性疾患、特に脳腫瘍、神経系腫瘍、新生物、骨腫瘍及び骨髄増殖性疾患、特に顆粒球性白血病、自己免疫／炎症性疾患、心脈管系疾患、神経疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、多発性硬化症、神経障害、例えばうつ病、精神分裂症、脳損傷、脊髄損傷、神経損傷、発達障害、例えば神経系発達の傷害、神経系炎症、例えば運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症及び炎症性神経障害、骨疾患、アテローム性硬化症、糸球体腎炎、悪疫質、エイズ、HIV感染、代謝異常、例えば糖尿病、感染症、生殖異常、不妊症、胎児着床不全、妊娠障害及び分娩合併症並びに他の病理学的状態、特にネトリン受容体が関係するものから選択される請求項19から25のいずれか１項記載の方法。
【請求項２７】
膜貫通型タンパク質として、好ましくはネトリン受容体としての請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドの使用。
【請求項２８】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチド、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子、請求項11記載のベクター、請求項12記載のホスト細胞、請求項13または14記載のリガンド、または請求項15から17のいずれか１項記載の化合物を含む医薬組成物。
【請求項２９】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドまたは請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子を含むワクチン組成物。
【請求項３０】
以下の疾患の治療用医薬の製造で使用される、請求項１から７のいずれか1項記載のポリペプチド、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子、請求項11記載のベクター、請求項12記載のホスト細胞、請求項13または14に記載のリガンド、請求項15から17のいずれか１項記載の化合物、または請求項28に記載の医薬組成物：細胞増殖性疾患、特に脳腫瘍、神経系腫瘍、新生物、骨腫瘍及び骨髄増殖性疾患、特に顆粒球性白血病、自己免疫／炎症性疾患、心脈管系疾患、神経疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、多発性硬化症、神経障害、例えばうつ病、精神分裂症、脳損傷、脊髄損傷、神経損傷、発達障害、例えば神経系発達の傷害、神経系炎症、例えば運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症及び炎症性神経障害、骨疾患、アテローム性硬化症、糸球体腎炎、悪疫質、エイズ、HIV感染、代謝異常、例えば糖尿病、感染症、生殖異常、不妊症、胎児着床不全、妊娠障害及び分娩合併症並びに他の病理学的状態、特にネトリン受容体が関係するもの。
【請求項３１】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチド、請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子、請求項11記載のベクター、請求項12記載のホスト細胞、請求項13または14記載のリガンド、または請求項15から17のいずれか１項記載の化合物の、患者の疾患を治療するための薬剤を製造する他の使用。
【請求項３２】
天然の遺伝子の発現またはポリペプチドの活性が健常な対象者での発現または活性レベルと比較したとき疾患を有する患者で低い疾患に対して、ポリペプチド、核酸分子、ベクター、リガンド、または化合物がアゴニストである請求項31に記載の使用。
【請求項３３】
天然の遺伝子の発現またはポリペプチドの活性が健常な対象者での発現または活性レベルと比較したとき疾患を有する患者で高い疾患に対して、ポリペプチド、核酸分子、ベクター、リガンド、または化合物がアンタゴニストである請求項31に記載の使用。
【請求項３４】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドの発現レベルもしくは活性レベル、または請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子の発現レベルを前記患者由来の組織においてある期間モニターすることを含む、患者で疾患の治療をモニターする方法であって、コントロールのレベルに対して前記期間の間の発現レベルまたは活性レベルの変化が前記疾患の退縮の指標である前記疾患の治療をインビトロでモニターする方法。
【請求項３５】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドまたは請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子を、前記ポリペプチドまたは核酸分子に対し結合親和性を有すると思われる1つまたは2つ以上の化合物と接触させ、さらに前記核酸分子またはポリペプチドと特異的に結合する化合物を選別することを含む、疾患の治療および／または診断で有効な化合物の同定方法。
【請求項３６】
請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブを含む第一の容器；前記核酸分子の増幅に有用なプライマーを含む第二の容器；および疾患の診断を促進するために前記プローブおよびプライマーを使用するための指示を含む疾患の診断に有用なキット。
【請求項３７】
さらにハイブリダイズしないRNAを消化するための物質を収納する第三の容器を含む請求項36のキット。
【請求項３８】
核酸分子のアレイを含むキットであって、前記核酸分子の少なくとも１つが請求項８から10のいずれか１項記載の核酸分子である、前記キット。
【請求項３９】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドと結合する１つまたは２つ以上の抗体、および前記抗体と前記ポリペプチドとの間の結合反応を検出するために有用な試薬を含むキット。
【請求項４０】
請求項１から７のいずれか１項記載のポリペプチドをより高いレベルで又はより低いレベルで発現する、または発現しない、形質転換された非ヒトトランスジェニック動物またはノックアウト動物。
【請求項４１】
請求項40記載の非ヒトトランスジェニック動物を候補化合物と接触させ、さらに前記動物の疾患に対する前記化合物の作用を決定することによって、疾患の治療に有効な化合物をスクリーニングする方法。