【手続補正書】
【提出日】平成18年3月29日(2006.3.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試験されるべきサンプル中における標的細菌の存在又は非存在を決定するための方法において、前記方法は、
（ａ）バクテリオファージにさらされたサンプルを作製するために前記標的細菌を感染することが可能な一定量の親バクテリオファージを前記サンプルに混合させる工程と、前記親バクテリオファージの量は、前記バクテリオファージにさらされたサンプル中において検出可能なバクテリオファージの限界量未満であることと、
（ｂ）前記バクテリオファージが前記標的細菌を感染するのに十分な条件を前記バクテリオファージにさらされたサンプルに与え、該バクテリオファージにさらされたサンプル中において前記バクテリオファージ又は前記バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの検出可能な量を作製するために該標的細菌を増殖させる工程と、
（ｃ）前記標的細菌の存在又は非存在を決定するために、前記バクテリオファージ又は該バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの存在又は非存在を検出するために前記バクテリオファージにさらされたサンプルを検定する工程と、
からなる方法。
【請求項２】
試験されるべきサンプル中における標的細菌の存在又は非存在を決定するための方法において、前記方法は、
（ａ）バクテリオファージにさらされたサンプルを作製するために前記標的細菌を感染することが可能なバクテリオファージを前記サンプルに混合させる工程と、
（ｂ）前記バクテリオファージが前記標的細菌を感染するのに十分な条件を、前記バクテリオファージにさらされたサンプルにおける細胞外バクテリオファージを破壊、除去、中和又は不活性化することなく、該バクテリオファージにさらされたサンプルに与え、該バクテリオファージにさらされたサンプル中において前記バクテリオファージ又は前記バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの検出可能な量を作製するために該標的細菌を増殖させる工程と、
（ｃ）前記標的細菌の存在又は非存在を決定するために、前記バクテリオファージ又は該バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの存在又は非存在を検出するために前記バクテリオファージにさらされたサンプルを検定する工程と、
からなる方法。
【請求項３】
前記検定工程は、質量分析計を使用する工程を含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記使用工程は、ＭＡＬＤＩ質量分析計を使用する工程を含む請求項３に記載の方法。
【請求項５】
試験されるべきサンプル中における標的細菌の存在又は非存在を決定するための方法において、前記方法は、
（ａ）バクテリオファージにさらされたサンプルを作製するために前記標的細菌を感染することが可能な親バクテリオファージを前記サンプルに混合させる工程と、
（ｂ）前記バクテリオファージが前記標的細菌を感染するのに十分な条件を前記バクテリオファージにさらされたサンプルに与え、該バクテリオファージにさらされたサンプル中において前記バクテリオファージ又は前記バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの検出可能な量を作製するために該標的細菌を増殖させる工程と、
（ｃ）マトリクス支援レーザ脱離イオン化／飛行時間形質量分析（ＭＡＬＤＩ／ＴＯＦ−ＭＳ）を用いて前記サンプルのマススペクトルを得る工程と、
（ｄ）前記標的細菌の存在又は非存在の指標として、前記バクテリオファージ又は該バクテリオファージに関連した生物学的物質のいずれかの存在又は非存在を決定するために前記マススペクトルを使用する工程と、
からなる方法。
【請求項６】
前記検定工程は、磁気ビーズを用いてサンプルを調製する工程を含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
前記条件をバクテリオファージにさらされたサンプルに与える工程は前記検定工程の前に前記細菌を溶解させる工程を含む請求項１、２又は５に記載の方法。
【請求項８】
試験されるべきサンプル中における標的細菌の存在又は非存在を検出するための方法において、前記方法は、
（ａ）バクテリオファージにさらされたサンプルを作製するために前記標的細菌を感染することが可能な親バクテリオファージを前記サンプルに混合させる工程と、
（ｂ）前記バクテリオファージが前記標的細菌を感染するのに十分な条件を前記バクテリオファージにさらされたサンプルに与え、該バクテリオファージにさらされたサンプル中において前記バクテリオファージに関連したキャプシド蛋白質の検出可能な量を作製するために前記標的細菌を増殖させる工程と、
（ｃ）前記標的細菌の存在又は非存在の指標として、該バクテリオファージに関連した前記キャプシド蛋白質の存在又は非存在を決定するために前記バクテリオファージにさらされたサンプルを検定する工程と、
からなる方法。
【請求項９】
前記親バクテリオファージの濃度は前記キャプシド蛋白質の検出限界未満である請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記親バクテリオファージは、該親バクテリオファージを子孫バクテリオファージから識別するために標識化されている請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記親バクテリオファージは前記検定工程の前に前記バクテリオファージにさらされたサンプルから分離される請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記分離工程は、前記標識化された親バクテリオファージを前記バクテリオファージにさらされたサンプルから除去する工程を含む請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記除去工程は、磁気ビーズを用いて前記バクテリオファージを除去する工程を含む請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記除去工程は、前記バクテリオファージをビオチン化し、前記ビオチン化バクテリオファージをストレプタビジンでコーティングされた磁気ビーズに吸引させ、かつ磁石を用いて前記ビーズを前記バクテリオファージにさらされたサンプルから除去する工程を含む請求項１３に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ法は、全ての細胞性微生物を識別するための証明された技術である（Ｈｏｌｌａｎｄら、１９９６年；ｖａｎ  Ｂａｒｒ、２０００年；Ｍａｄｏｎｎａら、２０００年）。特に、ＭＡＬＤＩは、蛋白質シグナルの分配を変更するマススペクトルの特徴が生成される「フィンガープリント」技術である。微生物のプロテオームにおける生来の差異により、生成されるシグネチャプロファイル（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ）は、菌株のレベルまで下がって個体を識別することを可能にする（Ａｒｎｏｌｄ及びＲｅｉｌｌｙ，１９９８年）。一実施形態において、ＩＭＳと組み合わせられたＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ技術は、標的細菌を含み得る液体混合物を該標的細菌に特異的な免疫磁気ビーズと短い培養時間（例えば、約２０分）にて混合する工程を含む。ビーズに捕捉された任意の標的細菌は脱イオン水にて２回洗浄して再懸濁させ、かつＭＡＬＤＩサンプル用プローブ上に直接適用される。次いで、標的細菌−ビーズ複合体は、ごく微量のマトリクス溶液で重ねられ、室温にて乾燥される。得られた結晶塊を高強度レーザにて照射することにより、無傷細胞蛋白質の担体分離及びイオン化が促進され、該蛋白質は引き続いて、ＴＯＦ質量分析計により検出される。次いで、得られたマススペクトルにおいて、標的細菌の存在を示す決定的な質量ピークをデータベースにて検索する（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｅ）。
【特許文献１】米国特許出願公開第２００４／０１３７４３０号明細書
【特許文献２】米国特許第５９８５５９６号明細書
【特許文献３】欧州特許出願公開第０４３９３５４号明細書
【特許文献４】国際公開第９４／０６９３１号パンフレット
【特許文献５】欧州特許出願公開第１３０００８２号明細書
【特許文献６】国際公開第０３／０８７７７２号パンフレット
【特許文献７】国際公開第０２／０６１１１７号パンフレット
【特許文献８】国際公開第９８／１８９６２号パンフレット
【特許文献９】国際公開第９３／１７１２９号パンフレット
【特許文献１０】国際公開第９５／０５４８３号パンフレット
【特許文献１１】米国特許第４１０４１２６号明細書
【特許文献１２】米国特許第４７９７３６３号明細書
【特許文献１３】米国特許第４８６１７０９号明細書
【特許文献１４】米国特許第５０８５９８２号明細書
【特許文献１５】米国特許第５１６８０３７号明細書
【特許文献１６】米国特許第５６５６４２４号明細書
【特許文献１７】米国特許第５６７９５１０号明細書
【特許文献１８】米国特許第５７２３３３０号明細書
【特許文献１９】米国特許第５８２４４６８号明細書
【特許文献２０】米国特許第５８８８７２５号明細書
【特許文献２１】米国特許第５９１４２４０号明細書
【特許文献２２】米国特許第５９５８６７５号明細書
【特許文献２３】米国特許第５９８５５９６号明細書
【特許文献２４】米国特許第６０９０５４１号明細書
【特許文献２５】米国特許第６２６５１６９号明細書
【特許文献２６】米国特許第６３０００６１号明細書
【特許文献２７】米国特許第６３５５４４５号明細書
【特許文献２８】米国特許第６４２８９７６号明細書
【特許文献２９】米国特許第６４３６６５２号明細書
【特許文献３０】米国特許第６４３６６６１号明細書
【特許文献３１】米国特許第６４６１８３３号明細書
【特許文献３２】米国特許第６５２４８０９号明細書
【特許文献３３】米国特許第６５４４７２９号明細書
【特許文献３４】米国特許第６５５５３１２号明細書
【特許文献３５】米国特許第６６６０４３７号明細書
【特許文献３６】米国特許第６６６０４７０号明細書
【特許文献３７】米国特許出願公開第２００２／００４５１９５号明細書
【特許文献３８】米国特許出願公開第２００２／０１２７５４７号明細書
【特許文献３９】米国特許出願公開第２００３／００２７２４１号明細書
【非特許文献１】トーマス（Ｔｈｏｍａｓ）他、「キャプシド蛋白質の直接的分析によるウィルス特性（Ｖｉｒａｌ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｄｉｒｅｃｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃａｐｓｉｄ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」、アナリティカル・ケミストリー（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）、１９９８年９月、第９０巻、第１８号、ｐ．３８６３−３８６７
【非特許文献２】エス．ダブリュ．エル．タン（Ｓ．Ｗ．Ｌ．  ＴＡＮ）外２名、「ＬＣ及び／又はＭＡＬＤＩマススペクトロメトリを使用した二つのランウィルスの迅速な同時検出法（Ｒａｐｉｄ  Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｗｏ  Ｏｒｃｈｉｄ  Ｖｉｒｕｓｅｓ  Ｕｓｉｎｇ  ＬＣ−ａｎｄ／ｏｒ  ＭＡＬＤＩ−ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）」、ジャーナル・オブ・ヴィロロジカル・メソッズ（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ）、エルスビア・サイエンス・ビー．ブイ．（Ｅｌｓｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｂ．Ｖ．）、２０００年、第８５巻、ｐ．９３−９９
【非特許文献３】ダブリュ．サン（Ｗ．ＳＵＮ）外２名、「（構築されたファージベースの生物学的吸着剤の効果を評価するための生物発光サルモネラ菌の使用（Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｆｏｒ  Ａｓｓｅｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｏｆ  Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ  Ｐｈａｇｅ−Ｂａｓｅｄ  Ｂｉｏｓｏｒｂｅｎｔ）」、ジャーナル・オブ・インダストリアル・マイクロバイオロジー・アンド・バイオテクノロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ＆  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ネイチャー・パブリッシング・グループ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ）、２０００年、第２５巻、ｐ．２７３−２７５
【非特許文献４】ジー．シウズダク（Ｇ．ＳＩＵＺＤＡＫ）、「マススペクトロメトリを用いたウィルスのプロービング（Ｐｒｏｂｉｎｇ  Ｖｉｒｕｓｅｓ  Ｗｉｔｈ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）」、ジャーナル・オブ・マス・スペクトロメトリ（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ）社、１９９８年、第３３巻、ｐ．２０３−２１１
【非特許文献５】アール．ジェニソン（Ｒ．ＪＥＮＩＳＯＮ）外４名、「蛋白質又は核酸標的の迅速な検出のためのシリコンベースのバイオセンサ（Ｓｉｌｉｃｏｎ−Ｂａｓｅｄ  Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ  ｆｏｒ  Ｒａｐｉｄ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｏｒ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｔａｒｇｅｔｓ）」、クリニカル・ケミストリー（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）、アメリカン・アソシエーション・フォー・クリニカル・ケミストリー（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）社、２００１年１０月、第４７巻、第１０号、ｐ．１８９４−１９００
【非特許文献６】アール．ジェニソン（Ｒ．ＪＥＮＩＳＯＮ）外４名、「メチシリン耐性黄色ブドウ球菌からのｍｅｃＡの迅速な検出のための薄膜バイオセンサ（Ｔｈｉｎ  Ｆｉｌｍ  Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ  ｆｏｒ  Ｒａｐｉｄ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｅｃＡ  ｆｒｏｍ  Ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）」、クリニカル・ケミストリー（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）、アメリカン・アソシエーション・フォー・クリニカル・ケミストリー（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）社、２０００年９月、第４６巻、第９号、ｐ．１５０１−１５０４
【非特許文献７】エイ．ジェイ．マドンナ（Ａ．Ｊ．ＭＡＤＯＮＮＡ）外２名、「マトリクス支援レーザ脱離イオン化／飛行時間形質量分析と結合された免疫磁気分離及びバクテリオファージの増殖を用いた大腸菌の検出（Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｕｓｉｎｇ  Ｉｍｍｕｎｏｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｃｏｕｐｌｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｍａｔｒｉｘ−ａｓｓｉｓｔｅｄ  ｌａｓｅｒ  Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｔｉｍｅ−ｏｆ−Ｆｌｉｇｈｔ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）」、ラピッド・コミュニケーションズ・イン・マス・スペクトロメトリ（Ｒａｐｉｄ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ）社、２００２年１２月２４日オンライン出版、第１７巻、ｐ．２５７−２６３