【手続補正書】
【提出日】平成18年6月28日(2006.6.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項２】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からアルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）、補体成分４（Ｃ４）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項４】
工程（ｂ）および（ｃ）においてＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項１または３に記載の方法。
【請求項６】
細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項７】
細胞毒性薬剤がシクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法であって、５.３０Ｅ＋０８未満でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７以上でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８未満でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８以上でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９以上でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６未満でポドシンの、工程（ｂ）の個体の身体の試料の中におけるｍＲＮＡの発現レベルは、そのような個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示すが、そこではｍＲＮＡの発現は絶対値で測定される、方法。
【請求項１０】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法であって、ＥＧＦについて少なくとも４倍の、ＶＥＧＦについて少なくとも２倍の、ＯＡＴ−Ｋ１について少なくとも２倍の、アルドラーゼＡについて少なくとも２０倍のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて少なくとも２倍の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について少なくとも２０倍の、ＯＰＮについて少なくとも３倍の、クラステリンについて少なくとも７倍の、アルファ−２ｕについて少なくとも５０倍のおよび／もしくはＣ４について少なくとも３倍の誘発はそのような個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項１１】
遺伝子発現のレベルが遺伝子発現の生成物に対応するタンパク質の存在を検出することにより評価される、請求項１〜１０にいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
個体における腎毒性が腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体から得られる身体の試料について請求項１〜１１の１項に示される工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する、工程を含む療法に応答するかどうかを決定し、そして薬物療法に対する個体の応答性を決定するのに使用する試験法。
【請求項１３】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよび／もしくはクラステリンのグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項１４】
請求項１３に記載の処置剤であって、調整化合物での処置後に個体の腎毒性を請求項１、２、もしくは５〜８にしたがって測定し、ならびに５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、および／もしくは１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンの、個体の身体の試料の中におけるｍＲＮＡ遺伝子発現は、候補薬剤が腎毒性を改善していることを示すが、そこでは、ｍＲＮＡ遺伝子発現は絶対値で示されることを特徴とする、処置剤。
【請求項１５】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項１６】
請求項１３もしくは１５に記載の処置剤であって、調整化合物の処置後に個体の腎毒性を請求項１〜１１のいずれか１項にしたがって測定し、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されることを示すことを特徴とする、処置剤。
【請求項１７】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、細胞毒性薬剤の処置下にある個体の腎毒性処置剤。
【請求項１８】
細胞毒性薬剤がシクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で選択される、請求項１７に記載の処置剤。
【請求項１９】
腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるがそこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチン、および／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法。
【請求項２０】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法。
【請求項２２】
工程（ｂ）および（ｃ）においてＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項１９もしくは２１に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１９、２０もしくは２３に記載の方法であって、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けている腎臓の組織の中におけるｍＲＮＡの発現レベルは、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であるが、そこではｍＲＮＡの発現は絶対値で示される、方法。
【請求項２５】
請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の方法であって、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法。
【請求項２６】
遺伝子発現のレベルが遺伝子発現の生成物に対応するタンパク質の存在を検出することにより評価される、請求項１９〜２５に記載の方法。
【請求項２７】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、
ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項２８】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項３０】
工程（ｂ）および（ｃ）においてＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
工程（ｂ）および（ｃ）においてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子が使用される、請求項２７もしくは２９に記載の方法。
【請求項３２】
請求項２７、２８もしくは３１に記載の方法であって、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けていない腎臓の組織の中で測定されたｍＲＮＡの発現レベルは、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であるが、そこではｍＲＮＡの発現は絶対値で示される、方法。
【請求項３３】
請求項２７〜３１のいずれか１項に記載の方法であって、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項３４】
遺伝子発現のレベルが遺伝子発現の生成物に対応するタンパク質の存在を検出することにより評価される、請求項２７〜３３項に記載の方法。
【請求項３５】
方法がインビトロで実施され、そして毒性を受けている腎臓組織は細胞毒性条件下で細胞毒性薬剤と接触された培養された腎臓組織から得られる請求項２７〜３４項に記載の方法。
【請求項３６】
請求項２７〜３５に記載の方法であって、毒性を受けている腎臓組織は腎毒性を受けている個体の腎臓の試料であり、当該試料は無機質化、繊維症、尿細管湿潤、壊死損傷もしくは腎不全をもたらす任意の他の種類の損傷を有する、方法。
【請求項３７】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること:の工程を含んでなるがそこではもし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現（複数を含む）について第二値よりさらに低いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である方法。
【請求項３８】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではもし第一値がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法。
【請求項３９】
請求項１〜３８に記載の方法であって、ｍＭＲＮＡの発現のレベルがノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、分岐したＤＮＡ、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写仲介の増幅、リボヌクレアーゼ保護アッセイもしくは現在利用固能であるかもしくはそうなる遺伝子発現分析のための任意の他の方法からなる群から選択される技法により検出される、方法。
【請求項４０】
遺伝子がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンから選択される、腎毒性の診断のために遺伝子中の或る多形性の利用。
【請求項４１】
遺伝子がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４から選択される、腎毒性の診断のために遺伝子の中の多形性の利用。
【請求項４２】
遺伝子がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４から選択される、腎毒性の診断のために遺伝子の中の多形性の利用。
【請求項４３】
カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上のマーカー遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定する手段を含む、個体において腎毒性を診断するためのキット。
【請求項４４】
個体が細胞毒性薬剤での処置下にある、請求項４３に記載のキット。
【請求項４５】
カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個のマーカー遺伝子の発現を測定することができる、請求項４３もしくは４４に記載のキット。
【請求項４６】
遺伝子発現のレベルを測定するための手段がマーカー遺伝子に特異的な一つもしくはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、請求項４３〜４５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４７】
請求項４３〜４５のいずれか１項に記載のキットであって、遺伝子発現のレベルを測定するための手段がノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、分岐したＤＮＡ、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写仲介の増幅、リボヌクレアーゼ保護アッセイおよびマイクロアレイから選択されるキット。
【請求項４８】
請求項４３〜４５のいずれか１項に記載のキットであって、遺伝子発現のレベルを測定するための手段がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択されるマーカー遺伝子によりコード化されたタンパク質に特異的な少なくとも一つの抗体を含む、キット。
【請求項４９】
抗体がポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化もしくはキメラ抗体、および抗体フラグメントのマーカーへの結合のために十分な生物学的に機能性の抗体フラグメントの中で選択される、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
遺伝子発現のレベルを測定するための手段が免疫アッセイ方法を含む、請求項４８もしくは４９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５１】
個体の身体の試料を得るための手段をさらに含む、請求項４３〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５２】
遺伝子発現のレベルを測定するための手段および個体の身体の試料を含有するために適当な容器をさらに含む、請求項４３〜５１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５３】
使用およびキットの結果の解釈のための取扱い説明書をさらに含む、請求項４３〜５２のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５４】
腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、
（ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力としてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに
（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較すること：を含んでなる、方法。
【請求項５５】
工程（ｂ）で得られた数値Ｉが予め定められた関係において数値ＩＩと相関する場合、候補遺伝子が生物学的プロセスと関連する、工程（ｃ）をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
予め定められた関係が１もしくはそれより大である、請求項５４もしくは５５に記載の方法。
【請求項５７】
予め定められた関係が１もしくはそれより小である、請求項５４もしくは５５に記載の方法。
【請求項５８】
請求項５４〜５７のいずれか１項に記載の方法であって、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルが腎臓組織、血液もしくは尿のような個体の異なる身体の試料からまたは腎臓の細胞系のような細胞系から得られる、方法。
【請求項５９】
身体の試料もしくは細胞系が、細胞毒性薬剤と接触してきている、請求項５４〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
方法がコンピュータで実施可能な方法である、請求項５４〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
上のマーカーの幾らかは腎障害と関連すると仮想されるが、これらのマーカーは投薬の選択のためのもしくは薬物の選択のためのまたは腎障害を決定するための診断として単独でもしくは組合せて実際には使用されてきていないで、発現のそれらのレベルは、種々の腎障害の状態に決して相関されてきていない。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
さらなる態様において、本発明は、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値（複数を含む）を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法をカバーする。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
本発明の最後の態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法をカバーする。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
（図面の簡単な説明）
（図１）図１は、腎臓病理学的状態に連結した遺伝子マーカーの発現変化の進展を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
（図２）図２は、腎臓遺伝子の発現変化の発生対古典的生化学終点（クレアチニンレベル）を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
（図３）図３は、二つの試験化合物（ＴＣ１およびＴＣ２）ならびにシクロスポリンＡ（ＣｓＡ）で処置したラットの腎臓中のマーカー遺伝子の相対的倍率発現の変化を表す。Ａ.Ｕ.：任意の単位
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
それぞれのマーカーを異なる腎臓病理学的所見に連結することができるので、特に腎臓病理学に連結するようなマーカーの遺伝子発現プロフィールを同定することが可能である。たとえば、カルビンジンＤ−２８ｋのｍＲＮＡレベルは、無機質化についてのカルシウム撹乱予測変数のための初期マーカーとして使用される。ＫＩＭ−１のｍＲＮＡレベルは、一般の腎臓傷害のためのマーカーである。ＯＰＮのｍＲＮＡレベルは、腎毒性にしばしば関連するマクロファージの浸潤のための初期マーカーでありかつ腎臓損傷の際の組織リモデリングのためのマーカーである。ＥＧＦのｍＲＮＡレベルは、一般の腎毒性のための初期マーカーである。クラステリンのｍＲＮＡレベルは、免疫仲介の腎毒性のための初期マーカーである。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５２】
本発明のもう一つの特別な態様において、一つもしくは複数のこれらのマーカーの発現プロフィールは、腎毒性における薬物の応答性の分子的根拠を検査するためのおよび腎毒性を処置する薬物の有効性もしくは腎臓上のそれらの副作用を評価するための貴重な分子的道具を提供することができた。細胞が薬物もしくは他の活性分子との接触のような、種々の修飾状態に暴露される間にベースラインプロフィールからの発現プロフィールの変化は、そのような効果の指標として使用されることができる。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６１】
本発明のもう一つの特別な態様において、マーカーの示差発現のお蔭で、これらのマーカーを利用して、患者における特定の薬物処置が腎臓に有毒でないであろうかどうかの予測の確実性を増強することが可能である。それ故に、本発明は、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された、遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法を提供する。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法が提供される。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６６】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
本発明のもう一つの好ましい実施態様にしたがって、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である。これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種についてまた変わり得る。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７１】
上の方法、即ち、（i）候補薬剤を同定するための、（ii）二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するためのおよび（iii）腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための、方法の一つの特別な利点は、それらをインビトロで実施できることである。使用される腎臓組織は、細胞毒性薬剤と接触されてきている培養された腎臓組織もしくは細胞から好ましく得られる。腎臓組織は、腎毒性を受けている個体の腎臓の試料であり得るが、これは、そのような方法の広範なインビトロ適用を制限し得る。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
正常のおよび疾患の両方の細胞により分泌されるところのマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）のタンパク質発現はまた分析され得て、本発明の方法において価値がある。上澄み液を単離することができて、そしてＭＷＴ−ＣＯフィルターを用いて、タンパク質の混合物を簡単にすることができる。次いで、タンパク質をトリプシンで消化することができる。次いで、トリプチックペプチドをミクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上に負荷し得るが、そこではそれらが分離されて、特注の電子スプレーイオン化源を通して、直接にイオントラップ質量分析計の中に溶出される。傾斜の全体を通して、配列データを、既に断片化されてきているものを動的に排除する一方で、カラムから溶出する四つの最強度のイオン（ペプチド）の断片化を通して獲得することができる。この方法で、試料中のおよそ５０〜２００の異なるタンパク質に対応して、多重スキャンからの配列データを得ることができる。これらのデータを、Ms-Tagのような相関分析ツールを用いてデータベースに対して検索して、上澄み液中のマーカーのタンパク質発現を同定する。
マーカーによりコード化されたタンパク質の発現をまた、検出可能なように標識化されているか、もしくは引き続いて標識化され得るところのプローブにより検出することができる。一般的には、プローブは、発現されたタンパク質を認識する抗体である。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８８】
転写体アレー
本発明の好ましい実施態様において、“オリゴヌクレオチドアレイ”（本明細書ではまた“マイクロアレイ”と呼ばれる）を使用する。マイクロアレイを、細胞における転写状態を分析するために、そして特に腎臓の細胞の転写状態を測定するために使用することができる。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９１】
データベース
本発明はまた、本発明（表１）で示されるマーカーのセットの少なくとも一つについての遺伝子発現プロフィールを含むデータベースを作成する方法を提供する。たとえば、それぞれのマーカーについての遺伝子発現プロフィールを、単独でもしくは組合せて、特定の腎臓の疾患もしくは毒性を同定するマーカープロフィールの標準化表示のためのデータ処理システムが集約されるように、デジタル保存媒体の中に保存することができる。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９３】
本発明の一つの態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連した候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法を提供する。好ましくは、方法は、もし工程（ｂ）で得られた数値Ｉが予め定められた関係において数値ＩＩと相関するならば、候補遺伝子が生物学的プロセスと関連する、工程（ｃ）をさらに含む。本発明の特別な実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより大である。本発明のもう一つの実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより小である。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０８】
通常の投与量は、０.１〜１００,０００マイクログラムから、約１ｇの全投与量まで、投与経路に依存して変動し得る。特定の投与量および送達方法に関するガイダンスは、文献中に提供され、当分野の開業医に一般的に利用可能である。当業者は、ヌクレオチドについてはアンタゴニストについてよりは異なる処方を使用するであろう。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１２】
引用文献
本明細書中で引用される全ての文献は、出典明示により、あたかもそれぞれの文献または特許もしくは特許出願が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とするのと同じ程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。加えて、本明細書で引用される全てのGenBankアクセス番号は、出典明示により、あたかもそれぞれのそのような番号が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とすると同程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１９】
ゲノミックスのデータの採掘後にかつそれぞれの群で用いられた実験条件下で、幾つかの遺伝子がそれぞれのプローブアレイ上で、＞２倍で示差的に発現されていることが見い出され、リアルタイムＰＣＲでの確認のために選択された。GeneSpring［登録商標］ソフトウェアーを用いて、処置群における発現レベルを比較し、クラスタ化アルゴリズムを用いて遺伝子を選別した。これらの計算は、それらの発現変動にしたがって遺伝子を分離して、類似の変動パターンを共有する遺伝子をグループ化する（階層型クラスタリング、K-平均クラスタリング）。それはまた、特定の群における発現レベルの分布を全体的な分布と比較して、与えられた群が全体的な分布に属すべき確率を計算する。それについての発現変化が病理学的格付けと相関するところの遺伝子が選択された。五個の遺伝子マーカー、カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン、が本薬剤での処置後に、ＤＮＡ−アレイ上に観察された特異的なプロフィールの部分を構成する。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２１】
クラステリンは、この遺伝子の産物が分泌タンパク質であるので、マーカーとして特に興味が持たれ得る。クラステリンのタンパク質レベルは、非腎毒性化合物（Ａ）および三つの腎毒性化合物（Ｂ、Ｃ、Ｄ；表３）での処置後にこれらの動物の血清検体のウエスタンブロット分析によって確認されるように、実際に増加された。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２２】
【表６】
2005531321.tif 000001
＊＝平均的被処置検体バンド容積／平均的対照バンド容積×１００ 
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３５】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって上向き調節される遺伝子
腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された一つの遺伝子は、腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）（プローブセットＡＦ０３５９６３＿ａｔ）であった。表６で示されるように、ＫＩＭ−１の発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して２６−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＫＩＭ−１の誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＫＩＭ−１発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【手続補正２４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３６】
オステオポンチン（ＯＰＮ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第二番目の遺伝子は、オステオポンチン（ＯＰＮ）（プローブセットＭ１４６５６＿ａｔ）であった。表６で示されるように、オステオポンチンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.９−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、オステオポンチンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるオステオポンチン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【手続補正２５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３７】
クラステリン／テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第三番目の遺伝子は、テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）としてまた知られる、クラステリン（プローブセットＭ６４７３３ｍＲＮＡ＿ｓ＿ａｔあった。クラステリンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して７.６−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、クラステリンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるクラステリン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【手続補正２６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３８】
アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第四番目の遺伝子は、ヒトにおけるリポカリン２（ＬＣＮ２）もしくは好中球ゼラチナーゼ関連のリポカリン（ＮＧＡＬ）としてまた知られる、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ９４６５０３＿ａｔ）であった。アルファ‐２ｕの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して６０−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルファ‐２ｕの誘発はなにも検出されなかった。対照およびＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルファ‐２ｕ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【手続補正２７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３９】
補体成分４（Ｃ４）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第五番目の遺伝子は、補体成分４（Ｃ４）（プローブセットＵ４２１７９＿ａｔ）であった。Ｃ４は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.３−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、Ｃ４の有意な誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるＣ４発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【手続補正２８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４０】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって下方調御される遺伝子
表皮成長因子（ＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された一つの遺伝子は、表皮成長因子（ＥＧＦ）（プローブセットＸ１２７４８ｃｄｓ＿ｓ＿ａｔ）であった。ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットは、対照ラットと比較して４.５−倍少ないＥＧＦ発現を示した（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＥＧＦ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【手続補正２９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４１】
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第二番目の遺伝子は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ８５０７３４＿ａｔ）であった。ＶＥＧＦは、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＶＥＧＦ抑圧の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＶＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【手続補正３０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４３】
アルドラーゼＡ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第四番目の遺伝子は、アルドラーゼＡ（プローブセットＵ２０６４３＿ａｔ）であった。アルドラーゼＡの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルドラーゼＡ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＡ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.０４２）。
【手続補正３１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４４】
アルドラーゼＢ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第五番目の遺伝子は、アルドラーゼＢ（プローブセットＸ０２２８４＿ａｔ）であった。アルドラーゼＢの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.１−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＯＡＴ‐Ｋ１発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＢ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.００１）。
【手続補正３２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４５】
【図１】図１は、腎臓病理学的状態に連結した遺伝子マーカーの発現変化の進展を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図２】図２は、腎臓遺伝子の発現変化の発生対古典的生化学終点（クレアチニンレベル）を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図３】図３は、二つの試験化合物（ＴＣ１およびＴＣ２）ならびにシクロスポリンＡ（ＣｓＡ）で処置したラットの腎臓中のマーカー遺伝子の相対的倍率発現の変化を表す。Ａ.Ｕ.：任意の単位
【手続補正３３】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
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