【手続補正書】
【提出日】平成18年11月1日(2006.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ナトリウムを生育のための必須要件とする単離された海洋放線菌であって、該海洋放線菌はＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属の菌株であり、配列番号４および５に記載の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を包含する海洋放線菌。
【請求項２】
生体分子の生成方法であって：
ナトリウムを生育のための必須要件とする請求項１に記載の海洋放線菌の菌株を増殖させる、Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株によって生体分子が製造される工程、
生体分子を含むＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株又はナトリウム含有生育培地を回収する工程、及び
生体分子をＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株又は生育培地を含む培地から抽出し、それによって生体分子が製造される工程
を含む生成方法。
【請求項３】
生体分子が、抗生剤、抗真菌剤、及び抗癌剤を含む群から選択される薬剤である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
生体分子が異種生物（heterologous organism）に由来する遺伝子の産物である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
薬物発見の方法であって：
ナトリウムを生育のための必須要件とする請求項１に記載の海洋放線菌の菌株を増殖させる工程、
生体分子を含む、Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株またはナトリウムを含む生育培地を回収する工程、
生体分子をＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株または生育培地を含む培地から抽出する工程、及び
生体分子またはナトリウム含有生育培地の薬理活性を分析する工程
を含む方法。
【請求項６】
生体分子の分析が抗菌作用についてのアッセイを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
生体分子の分析が抗ウイルス作用についてのアッセイを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
生体分子の分析が抗癌作用についてのアッセイを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
生体分子の分析が抗真菌作用についてのアッセイを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
下記の構造を持つ化合物（ここで立体記述子は相対立体化学を表す）。
【化１】
2004535766.tif 000001
【請求項１１】
有効量の医薬上許容される担体と、下記の構造を持つ化合物を含む、医薬組成物。
【化２】
2004535766.tif 000002
【請求項１２】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株から単離可能なサリノスポラミドＡ化合物であって、該菌株がナトリウムを生育のための必須要素とする請求項１に記載の海洋放線菌である、サリノスポラミドＡ化合物。
【請求項１３】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属が配列番号４および５に記載の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を包含し、かつ配列番号４および５が他のＭｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａ科のｒＲＮＡには見られないサインヌクレオチド（signature nucleotides）を持つものである、請求項１２に記載のサリノスポラミドＡ化合物。
【請求項１４】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株が、ＣＮＨ８９８およびＣＮＨ６４６からなる群から選択される、請求項１２または１３のいずれかに記載のサリノスポラミドＡ化合物。
【請求項１５】
サインヌクレオチドが、大腸菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に従って番号づけられかつ単離されて、ここで２０７位のウラシルまたはシトシンがアデニンであり；３６６位のアデニンまたはグアニンがシトシンであり；４６７位のアデニンまたはグアニンがウラシルであり; ４６８位のアデニンがウラシルであり；そして１４５６位のアデニンがグアニンである、請求項１２〜１４のいずれかに記載のサリノスポラミドＡ化合物。
【請求項１６】
４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン。
【請求項１７】
請求項１に記載のナトリウムを生育のための必須要件とする海洋放射菌から単離された、４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン。
【請求項１８】
海洋放射菌が配列番号４および５に記載された１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を包含するＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌である、請求項１７に記載の４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン。
【請求項１９】
配列番号４および５の、他のＭｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａ科のｒＲＮＡに見られないサインヌクレオチドを持ち、ここで２０７位のウラシルまたはシトシンがアデニンであり；３６６位のアデニンまたはグアニンがシトシンであり；４６７位のアデニンまたはグアニンがウラシルであり；４６８位のアデニンがウラシルであり；そして１４５６位のアデニンがグアニンである、請求項１７または１８のいずれかに記載の、４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン。
【請求項２０】
下記を含む処理によって得られる４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン：
（ａ）生育のためにナトリウムを必須要件とする海洋放射菌を育成する工程であって、該海洋放射菌がＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株である工程；及び
（ｂ）４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオンをＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株から抽出する工程。
【請求項２１】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株がＣＮＨ８９８とＣＮＨ６４６から成る群から選択される、請求項１８〜２０のいずれかに記載の、４−クロロエチル−５−メチル−１−（（シクロエキシ−２−エニル）（ヒドロキシ）メチル）−６−オキサ−２−アザビシクロ（３．２．０）ヘプタン−３，７−ジオン。
【請求項２２】
請求項１、１２、１４、１８、および２０のいずれかの請求項に記載のＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株であって、堆積物から得られたＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属菌株。
【請求項２３】
請求項２および５のいずれかの請求項に記載のナトリウム含有生育培地であって、ナトリウム濃度が４５０ｍＭである生育培地。
【請求項２４】
下記の構造を持つ化合物。
【化３】
2004535766.tif 000003
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明は、添付の図面（図中において同じ参照番号は同じ部分を示す）を参照しながら、以下の発明の例示的な実施形態の詳細な説明を読むことにより、より深く理解できるであろう。
出願者は、特許手続きのための微生物寄託の国際認識に関するブダペスト条約の条項の下に、アメリカン・タイプ・カルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（１０８０１  ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＢｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ヴァージニア州  ２０１１０−２２０９  米国）、および国際寄託当局（ＩＤＡ）に、下記の生体寄託を行った：
定義：  Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅ  Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ，系統  ＣＮＨ６４６
ＡＴＣＣ番号：  ＰＴＡ−２５０１
寄託日：  ２０００年９月２７日
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ群は、はじめは、バハマへの遠征中に単離した堆積物から得た放線菌を系統発生論的に特徴付けた後に認められた。形態学的に異なる８つの株から得た部分的な１６Ｓ  ｒＤＮＡ遺伝子配列は、配列番号３，４および５の１９８位〜１４２４位、またはヌクレオチド配列部位２０７位〜４６８位の間に４つのサインヌクレオチドが存在することを示した（当業者に公知の大腸菌１６Ｓ  ｒＲＮＡの付番方式に基づく；大腸菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ付番方式を、本願発明のＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ属放線菌とＭｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ科の他の属と比較して用いている表３も参照のこと）。その後、これらのサインは、部分的に配列決定された４５株のＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ全てにおいて発見された。最も高い系統発生的多様性を示す２株（ＣＮＨ６４３及びＣＮＨ６４６）のほぼ全部を配列決定したところ（それぞれＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ０４０６１９（配列番号３）及びＡＹ０４０６２０（配列番号４））、これもまたこのグループに特徴的である１つの更なるサインヌクレオチド（１４５６位）を有することが分かった（表３）。これらの株から得た配列を整列させて系統発生論的分析を行うと、これらがＭｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ科の中で独特かつ一貫した分岐群を形成することが分かる（図２）。サインヌクレオチドはこの分岐群を１つにまとめ、及び高いブートストラップ値は、この科の中の現在記載されている９つの属とは明らかな別のものである、ということを支持する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
【表３】
2004535766.tif 000004
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａ群の定常度を決定するために、バハマで追従研究を行った。４つのトランセクト（０〜３０ｍ）から収集した２０個のサンプルから、３５５種類の放線菌が観察され、これらのうち９０％以上が特徴的なＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａの組織形態を示した。このことは、この群が、海洋堆積物中において優勢な数で存在する放線菌である可能性を示唆している。観察されたもののうち、１００株を単離してさらに研究した。Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａコロニー形成単位（ｃｆｕ）の平均数は、１．２〜２．３×１０３ｃｆｕ'ｓ／ｍｌ堆積物であった。５０％を超えるＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ単離株が低栄養培地（Ｍ４）上で現れ、このことは、適当な単離技法を用いることの重要性を示している。８つの異なるコロニー形態型のうち代表的なもの１３個を一部配列決定し、系統発生学上最も離れた単離株（ＣＮＨ８９８）のほぼ全体を配列決定した（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ０４０６２２）（配列番号５）。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
１９８９年にバハマで単離されたＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａの形態学的特徴を有する３０種の放線菌を調べたところ（Ｊｅｎｓｅｎら，１９９１）、これらの株のうち２株を除く全てが、海水（Ｎａ＋）を生育のために必須要件とすることが分かった。６つの異なる形態型を示す海水を必要とする１０株を一部配列決定したところ、２０７〜４６８位の間に５つのＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａサインヌクレオチドを有することが分かった（表３）。これらのうち２株（ＣＮＢ４４０及びＣＮＢ５３６、それぞれＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ０４０６１７（配列番号６）及びＡＹ０４０６１８（配列番号７））のほぼ完全な１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列は、これらがＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａ分岐群の異なるメンバーであることを示している（図２）。このように、１１年間の間に３回の別々の機会にバハマ沿岸の堆積物からこの新しい分類群に属する株が単離された。このことは、これらが堆積物中の細菌集落の定常メンバーであることを示している。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａのメンバーがより広い範囲に分布しているか否かを決定するために、紅海及びコルテス海から堆積物を回収した。４２個の紅海堆積物サンプルから、Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａの組織形態を有し、かつ海水を生育のための必須要件とする２２個の単離株を得た。４つの主な形態型を示す６つの単離株を一部配列決定し、１株（ＣＮＨ７２５、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ０４０６２１）（配列番号８）のほぼ完全な１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を図２に表す。コルテス海から回収した３６の堆積物から、海水と必要とする放線菌２０株が単離され、これら全てはＳａｌｉｎｏｓｐｏｒａの形態学的特徴を有していた。５つの異なる形態型を示す８つの株を一部配列決定し、系統発生的に異なる単離株ＣＮＨ９６４（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ０４０６２３）（配列番号９）のほぼ全体を配列決定した（図２）。これらの結果は、Ｓａｌｉｎｏｓｐｏｒａのメンバーが海洋堆積物中に広く分布していることを明らかに示している。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2004535766000001.app