【手続補正書】
【提出日】平成18年7月6日(2006.7.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  被験個体の１以上の疾患状態のレベルをin vitroで判定する方法であって、内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せを決定することを含んでなり、その際、前記決定された内挿応答プロフィールの１つまたはその組合せと診断プロフィールとの間の類似性が最大となり、前記診断プロフィールは、前記被験個体から得られた１以上の細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を含み、それぞれの前記内挿応答プロフィールは、前記疾患状態の１つのレベルの関数として、前記測定の内挿応答曲線から抽出された、前記複数の細胞構成要素から得られる測定値を含み、ここで、それぞれの前記疾患状態の内挿応答曲線は、
(i)前記疾患状態の１以上の類似した被験個体由来の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、ここで、それぞれの前記応答プロフィールは、前記疾患状態の複数のレベルのうちの１つにある前記１以上の類似した被験個体から得られた前記細胞に含まれる前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、及び
(ii)前記疾患状態のある範囲のレベルにわたってどのレベルでも、前記複数の細胞構成要素の測定値を含む内挿応答プロフィールを抽出し得るよう、前記疾患状態の複数のレベルにわたって前記応答プロフィールを内挿して、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含んでなる方法の結果であり、
決定された各内挿応答プロフィールの1つ又はその組合せにおける各内挿応答プロフィールと相関する疾患状態のレベルが前記疾患状態のレベルを示すものである、前記方法。
【請求項２】  単一の疾患状態のレベルを判定する、請求項１記載の方法。
【請求項３】  １以上の臨床効果に対して内挿応答曲線をキャリブレートすることにより、前記内挿応答曲線をそれぞれの前記疾患状態のレベルと相関させる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】  １以上の前記疾患状態が遺伝子突然変異と関連している、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】  前記遺伝子突然変異がコード領域にある、請求項４記載の方法。
【請求項６】  前記遺伝子突然変異がヘテロ接合性突然変異である、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】 前記疾患が、癌、高血圧、神経変性病又は精神神経疾患である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】  前記１以上の疾患状態の前記判定レベルが、前記診断プロフィールと、前記１以上の疾患状態の各判定レベルに対する前記内挿応答曲線から抽出される応答プロフィールとの差の目的関数の値を最小にするレベルである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】  被験個体に対する１以上の治療の効果のレベルをin vitroで判定する方法であって、内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せを決定することを含んでなり、その際、決定された前記内挿応答プロフィールの１つまたはその組合せと診断プロフィールとの間の類似性が最大となり、前記診断プロフィールは、前記被験個体から得られた１以上の細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を含み、それぞれの前記内挿応答プロフィールは、前記治療のうちの１つの効果のレベルの関数として、前記測定の内挿応答曲線から抽出される前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、ここで、それぞれの前記治療の内挿応答曲線は、
(i)前記治療に対して、１以上の類似した被験個体の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、ここで、それぞれの前記応答プロフィールは、前記治療の効果の複数のレベルの１つにある前記１以上の類似した被験個体から得られた前記細胞に含まれる前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、
(ii)前記治療のある範囲のレベルにわたってどのレベルでも、前記複数の細胞構成要素の測定値を含む内挿応答プロフィールを抽出し得るよう、前記治療の効果の複数のレベルにわたって前記応答プロフィールを内挿して、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含んでなる方法の結果であり、
決定された内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せにおいて、対応する内挿応答プロフィールと相関する各治療の効果のレベルが前記治療の効果のレベルを示すものである、前記方法。
【請求項１０】  単一の治療の効果のレベルを判定する、請求項９記載の方法。
【請求項１１】  前記内挿応答曲線を１以上の臨床効果に対してキャリブレートすることにより、前記内挿応答曲線をそれぞれの前記治療の効果のレベルと相関させる、請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】  前記診断プロフィールが１以上の臨床効果の所望のレベルにおいて前記キャリブレートした内挿応答曲線から抽出された内挿応答プロフィールと一致するまで、前記治療を調整する、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】  前記１以上の治療が前記被験個体に薬物を投与することを含む、請求項９〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】  前記薬物がタンパク質の活性を向上させるものである、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】  前記薬物がタンパク質の活性を低下させるものである、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】 前記被験個体が疾患状態にあり、前記１以上の治療の少なくとも１つの効果が前記被験個体の疾患状態の症状を軽減又は除去するものである、請求項９〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】  前記１以上の治療の少なくとも１つの効果が有害な効果である、請求項９〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】  前記有害な効果が毒性効果である、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】  前記１以上の治療の効果の前記判定レベルが、前記診断プロフィールと、前記１以上の治療の各判定レベルに対する前記内挿応答曲線から抽出される応答プロフィールとの差の目的関数の値を最小にするレベルである、請求項９〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】  前記目的関数が、前記摂動応答曲線から抽出される内挿応答プロフィールにおいて対応する細胞構成要素の測定値と、前記診断プロフィールにおける前記複数の細胞構成要素の測定値の差の２乗の和からなる、請求項８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】  前記複数の細胞構成要素の測定値が、前記細胞に存在する複数のRNA種の量からなる、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】  前記量が、遺伝子転写物アレイに前記細胞由来のRNAを接触させるか、またはこのRNAから誘導したcDNAを接触させることを含んでなる方法によって測定され、ここで、前記遺伝子転写物アレイは、表面及び該表面に結合させた複数の核酸または核酸擬似体を含み、前記核酸または核酸擬似体は前記複数のRNA種またはこれより誘導したcDNAとハイブリダイズ可能なものである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】  前記複数のRNA種の量の測定が、１以上の遺伝子転写物アレイに、(i)前記被験個体の細胞に由来するRNAまたはこれより誘導したcDNA、および(ii)前記疾患状態にない第２の被験個体の第２の細胞に由来するRNAまたはこれより誘導したcDNAを接触させることを含んでなる方法によって行なわれる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】  前記複数のRNA種の量が、前記疾患状態と相関する摂動に応答して細胞中で増加または減少することが知られているRNA種の大部分の量を構成するものである、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２５】  前記複数の細胞構成要素の測定が複数のタンパク質種の量からなる、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】  前記複数のタンパク質種の量が抗体アレイに前記細胞由来のタンパク質を接触させることを含んでなる方法によって測定され、ここで、前記抗体アレイは、表面と該表面に結合させた複数の抗体を含み、前記抗体は前記複数のタンパク質種と結合可能なものである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】  前記複数のタンパク質種の量が、前記細胞由来のタンパク質を２次元電気泳動することを含んでなる方法によって測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】  前記細胞構成要素が前記細胞に存在する複数のタンパク質種の活性からなる、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】  前記内挿がスプライン関数の和によりそれぞれの前記内挿応答曲線を近似させることを含む、請求項1〜２８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項３０】  前記内挿がヒル関数によりそれぞれの前記内挿応答曲線を近似させることを含む、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】  決定された内挿応答プロフィールの前記組合せが、決定された前記内挿応答プロフィールの和である、請求項１〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】  前記被験個体が哺乳動物である、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】  前記被験個体がヒトである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】 前記方法が、前記被験個体の１以上の細胞に存在する複数の細胞構成要素の測定値を得ることを含む、請求項１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】 請求項１〜８、又は請求項１〜８のいずれかに従属する場合の請求項２０〜３４、のいずれか１項に記載の方法であって、
(i)前記疾患状態の１以上の類似した被験個体の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、ここで、それぞれの前記応答プロフィールは、前記疾患状態の複数のレベルのうちの１つにある前記１以上の類似した被験個体の前記細胞に含まれる前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、及び
(ii)前記疾患状態のある範囲のレベルにわたって、あるレベルで、前記複数の細胞構成要素の測定値を含む内挿応答プロフィールを抽出できるよう、前記疾患状態の複数のレベルにわたって前記応答プロフィールを内挿して、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含む方法により、それぞれの前記疾患状態について前記内挿応答曲線を作成することを含む、方法。
【請求項３６】 請求項１〜８、又は請求項１〜８のいずれかに従属する場合の請求項２０〜３５、のいずれか１項に記載の方法であって、それぞれの前記疾患状態における複数のレベルにある、前記１以上の類似した被験個体の細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を得ることを含む、方法。
【請求項３７】 請求項９〜１９、又は請求項９〜１９のいずれかに従属する場合の請求項２０〜３４、のいずれか１項に記載の方法であって、
(i)前記治療における１以上の類似した被験個体の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、それぞれの前記応答プロフィールが前記治療の効果の複数のレベルの１つにある前記１以上の類似した被験個体の細胞に含まれる前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、及び
(ii)前記治療におけるある範囲のレベルにわたってあるレベルで、前記複数の細胞構成要素の測定値を含む内挿応答プロフィールを抽出できるよう、前記治療効果の複数のレベルにわたって前記応答プロフィールを内挿して、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含む方法により、それぞれの前記治療における前記内挿応答曲線を作成することを含む、方法。
【請求項３８】 請求項９〜１９、又は請求項９〜１９のいずれかに従属する場合の請求項２０〜３４及び３７、のいずれか１項に記載の方法であって、それぞれの前記治療における複数のレベルで前記１以上の類似した被験個体の細胞に含まれる前記複数の細胞構成要素の測定値を得ることを含む、方法。
【請求項３９】  プロセッサと、前記プロセッサに接続したメモリを含んでなる、被験個体の１以上の疾患状態のレベルを判定するためのコンピュータシステムであって、前記メモリは１以上のプログラムをコードしており、前記１以上のプログラムは、前記プロセッサに、内挿応答プロフィールの１つまたはその組合せを決定することを含んでなる方法を実行させるものであり、その際、決定された前記内挿応答プロフィールの１つまたはその組合せと診断プロフィールとの間の類似性が最大となり、前記診断プロフィールは、前記被験個体から得られた１以上の細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を含み、それぞれの前記内挿応答プロフィールは、前記疾患状態の１つのレベルの関数として、前記測定値の内挿応答曲線から抽出された前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、ここで、それぞれの前記疾患状態の内挿応答曲線は、
(i)前記疾患状態における１以上の類似した被験個体の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、ここで、それぞれの前記応答プロフィールは、前記疾患状態の複数のレベルの１つにある前記１以上の類似した被験個体から得られた前記細胞に含まれる複数の前記細胞構成要素の測定値を含み、及び
(ii)前記疾患状態の各々のある範囲のレベルにわたってどのレベルでも、内挿応答プロフィールを抽出し得るよう、前記応答プロフィールを前記疾患状態の複数のレベルにわたって内挿し、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含んでなる方法の結果であり、
決定された内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せにおいて各内挿応答プロフィールと相関する各疾患状態のレベルが前記疾患状態のレベルを示すものである、前記コンピュータシステム。
【請求項４０】  プロセッサと、前記プロセッサに接続したメモリを含んでなる、被験個体に対する１以上の治療の効果のレベルを判定するためのコンピュータシステムであって、前記メモリは１以上のプログラムをコードしており、前記１以上のプログラムは、前記プロセッサに、内挿応答プロフィールの１つまたはその組み合わせを決定することを含む方法を実行させるものであり、その際、決定された前記内挿応答プロフィールの１つまたはその組合せと診断プロフィールとの間の類似性が最大となり、前記診断プロフィールは、前記被験個体から得られた１以上の細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を含み、それぞれの前記内挿応答プロフィールは、前記治療の１つの効果のレベルの関数として前記測定値の内挿応答曲線から抽出された前記複数の細胞構成要素の測定値を含み、それぞれの前記疾患治療における前記内挿応答曲線は、
(i)前記治療に対して、１以上の類似した被験個体由来の１以上の細胞の応答プロフィールを用意し、ここで、前記応答プロフィールの各々は、前記治療の効果の複数のレベルのうちの１つにある前記１以上の類似した被験個体から得られた前記細胞に含まれる複数の細胞構成要素の測定値を含み、
(ii)前記治療のある範囲のレベルにわたってどのレベルでも、内挿応答プロフィールを抽出し得るよう、前記治療の効果の複数のレベルにわたって前記応答プロフィールを内挿し、前記複数の細胞構成要素の内挿応答曲線を得る、
ことを含んでなる方法の結果であり、
決定された内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せにおける対応する内挿応答プロフィールに相関する各治療の効果のレベルが前記治療の効果のレベルを示すものである、前記コンピュータシステム。
【請求項４１】  前記内挿応答プロフィールの決定が、
(a)前記診断プロフィールと、前記内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せとの差の目的関数の値を求め、
(b)求めた前記目的関数の値を最小にする、
ことを含んでなる方法によって達成される、請求項３９または４０記載のコンピュータシステム。
【請求項４２】  前記診断プロフィールと前記応答プロフィールが、前記メモリ中で使用可能となる、請求項３９〜４１のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項４３】  前記プログラムは、前記プロセッサに、前記応答プロフィールを内挿するステップを実行させるものである、請求項３９〜４２のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項４４】  前記目的関数が、前記診断プロフィールの測定値と前記内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せにおける測定値との差の２乗の和からなる、請求項４１〜４３のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項４５】  前記目的関数が、前記診断プロフィールと、前記内挿応答曲線から抽出された内挿応答プロフィールの１つ又はその組合せとの負の相関からなる、請求項４１〜４３のいずれか1項に記載の記載のコンピュータシステム。
【請求項４６】  前記最小化がLevenberg-Marquandt法を実行することを含む、請求項４１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】 プログラムを実行するときに、請求項１〜３３のいずれか１項に記載の方法を実行する、又は請求項３９〜４６のいずれか１項に記載のシステムによって行われるステップを実行する、コンピュータープログラム製品。
【請求項４８】  被験個体の１以上の疾患状態のレベルを判定するためのキットであって、 
(a)異なる既知配列の複数の核酸をそれぞれ表面上の既知の位置に含有する固相であって、各核酸は、RNA種またはこれより誘導したcDNA種にハイブリダイズ可能なものであり、前記RNA種は、前記疾患状態の様々なレベルで増加または減少することが知られているものである、前記固相、および
(b)前記の各疾患状態のレベルと相関する、電子形式または書面形式の応答プロフィールであって、前記の各疾患状態の複数のレベルのうちの１つにある１以上の被験個体の又は複数の細胞に含まれる前記複数の核酸の量の測定値を含む、前記応答プロフィール、
を含んでなる前記キット。
【請求項４９】  被験個体における１以上の治療の効果のレベルを判定するためのキットであって、
(a)異なる既知配列の複数の核酸をそれぞれ表面上の既知の位置に含有する固相であって、各核酸は、RNA種またはこれより誘導したcDNA種にハイブリダイズ可能なものであり、前記RNA種は、前記治療の効果の様々なレベルで増加または減少することが知られているものである、前記固相、および
(b)前記の各治療の効果のレベルと相関する、電子形式または書面形式の応答プロフィールであって、各治療の効果の複数のレベルのうちの１つにある１以上の被験個体の又は複数の細胞に含まれる複数の核酸の量の測定値を含む、前記応答プロフィール、
を含んでなる前記キット。
【請求項５０】  前記応答プロフィールが内挿されたものである、請求項４８又は４９に記載のキット。
【請求項５１】  前記応答プロフィールが電子形式であり、発現プロフィール分析のソフトウエアをコンピュータで読取り可能な媒体上にさらに含んでなる、請求項４８に記載のキットであって、前記ソフトウエアは、プロセッサを有するコンピュータのメモリにコード可能なものであり、コードされた前記ソフトウエアによって、前記プロセッサに、
(a)前記被験個体の細胞由来のRNA種またはこれより誘導したcDNAの測定量を含む前記被験個体の細胞の診断プロフィールを受信し、
(b)前記応答プロフィールを受信し、
(c)前記疾患状態の各々に対して、前記診断プロフィールと決定された前記内挿応答プロフィールの組合せとの間の類似性が最大となる内挿応答プロフィールを決定する、
ことを含んでなる方法を実行させ、
決定された各応答プロフィールと相関するレベルが前記疾患状態のレベルを示すものである、前記キット。
【請求項５２】  前記応答プロフィールが電子形式であり、発現プロフィール分析のソフトウエアをコンピュータで読取り可能な媒体上にさらに含んでなる、請求項４９に記載のキットであって、前記ソフトウエアは、プロセッサを有するコンピュータのメモリにコード可能なものであり、コードされた前記ソフトウエアによって、前記プロセッサに、
(a)前記被験個体の細胞由来のRNA種またはこれより誘導したcDNAの測定量を含む前記被験個体の細胞の診断プロフィールを受信し、
(b)前記応答プロフィールを受信し、
(c)前記治療の各々に対して、前記診断プロフィールと決定された前記内挿応答プロフィールの組合せとの間の類似性が最大となる内挿応答プロフィールを決定する、
ことを含んでなる方法を実行させ、
決定された各応答プロフィールと相関するレベルが前記治療の効果のレベルを示すものである、前記キット。