【手続補正書】
【提出日】平成18年3月22日(2006.3.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌の鑑別方法であって、
患者から血液または非肺組織を単離すること、
シンデカン１、コラーゲン１α２、７０１３および７０１８からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーの存在を判別すること、を含む方法。
【請求項２】
マーカーであるサイトケラチン−１９の存在を判別することをさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
少なくとも２つのマーカーを判別する、請求項１記載の方法。
【請求項４】
３つ以上のマーカーが判別される、請求項２記載の方法。
【請求項５】
前記判別が、ＲＴ−ＰＣＲによる、請求項１記載の方法。
【請求項６】
前記判別が、抗体結合による、請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記患者が、哺乳動物である、請求項１記載の方法。
【請求項８】
前記哺乳動物が、ヒト、イヌまたはネコである、請求項７記載の方法。
【請求項９】
転移性癌細胞を単離または除去する方法であって、
癌細胞を含む細胞または非肺組織をシンデカン１、コラーゲン１α２、７０１３および７０１８からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーに特異的な抗体で処理すること、を含む方法。
【請求項１０】
マーカーサイトケラチン−１８に特異的な抗体をさらに含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体が、金属粒子、蛍光粒子、クロマトグラフィービーズ、クロマトグラフィーゲルおよび固体支持体からなる群から選択される部分に結合される、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
２つのマーカーを用いる、請求項９記載の方法。
【請求項１３】
３つ以上のマーカーを用いる、請求項９記載の方法。
【請求項１４】
配列番号１６（ｐ７０１３）の少なくとも１７個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
【請求項１５】
配列番号１７（ｐ７０１８）の少なくとも１７個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
【請求項１６】
患者における固形腫瘍の転移の鑑別方法であって、
前記患者から血液または骨髄を単離すること、および
シンデカン１、コラーゲン１α２、７０１３および７０１８からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーの存在を判別すること、を含む方法。
【請求項１７】
前記固形腫瘍が、胆管、結腸、乳房、子宮、食道および喉頭からなる群から選択される、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
癌腫の鑑別方法であって、
癌細胞を得ること、および
７０１３、７０１８およびその両方からなる群から選択されるマーカーの存在を判別すること、を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
さらなる実施形態は、マーカー７０１３として本明細書中でも同定される配列番号１６の少なくとも１７個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
さらなる実施形態は、マーカー７０１８として本明細書中でも同定される配列番号１７の少なくとも１７個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドである。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
実施例２
候補遺伝子
候補マーカーを表１に示す。見出された第１の候補マーカーをシンデカン１遺伝子（ヌクレオチド配列ＰｕｂＭｅｄアクセッション番号ＢＣ００８７６５、タンパク質配列アクセッション番号ＡＡＨ０８７６５）と同定した。図６は、ｓ−ＡＦＬＰによりもたらされた断片の配列を提示する（配列番号１８）。この配列のｂｌａｓｔ検索は、シンデカン１遺伝子（ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｚ４８１９９）のエキソン２〜６に相当した。シンデカン１は、細胞外マトリックスおよび成長因子と結合するプロテオグリカンのファミリーからの細胞表面膜貫通ヘパラン硫酸プロテオグリカンである。いくつかの癌において、この遺伝子の調節の不全が明らかにされた。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
次の候補は、コラーゲン１α２と同定した（ヌクレオチド配列ＰｕｂＭｅｄアクセッション番号Ｊ００１１４、タンパク質配列アクセッション番号ＡＡＡ５１９９６）。図７は、ｓ−ＡＦＬＰにより提供された旧断片（配列番号２０）ならびに新規断片（配列番号１９）の配列を提供する。この配列のｂｌａｓｔ検索は、コラーゲンプロ−α２（１）遺伝子（ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｊ０３４６４）のエキソン１に相当した。これは、特に肺における広範発現遺伝子である。当該遺伝子が脂肪芽細胞腫におけるＰＬＡＧ１（多形腺腫遺伝子１）との融合タンパク質として関わることは興味深い。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
第３の候補は、７０１３（配列番号１６）と呼ばれ、ＥＳＴデータベースに対して検索した場合、新規遺伝子と同定された。図８は、ｓ−ＡＦＬＰから得られる断片の配列（配列番号２１）を示す。この断片を用いて、プライマー伸長法により大型断片を同定した（配列番号１６）。この大型断片をｐＣＲＩＩ中にクローニングし、その結果生じたプラスミドｐ７０１３は、ブダペスト条約下で、８２２０８０４３７７７８のラベルを付したＦＥＤＥＸ発送により２００１年６月２１日にＡＴＣＣ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍａｒｙｌａｎｄ， ＵＳＡ）に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号を割り当てられた。ｃＤＮＡライブラリーから大型クローンを単離し、プラスミドｐ７０１３／１２は、ブダペスト条約下で、８２２０８０４３７７７８のラベルを付したＦＥＤＥＸ発送により２００１年６月２１日にＡＴＣＣ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍａｒｙｌａｎｄ， ＵＳＡ）に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号 を割り当てられた。プラスミドは、ｐＣＭＶ６−ＸＬ４中に約２２００塩基の挿入物を有する。ＢＬＡＳＴ検索の実行に際して、最高の相同性を示すＥＳＴ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＫ００２２０８）、およびゲノムクローン（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３５４０８）を同定した。配列は任意の既知の遺伝子とのいかなる相同性も示さないが、いくつかの上皮癌において増幅を受けると報告されている領域である染色体１のｑ３２領域に局在した。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
次の候補は７０１８（配列番号１７）と呼ばれ、これも新規の遺伝子である。図９は、ｓ−ＡＦＬＰから得られる断片の配列を提示する（配列番号２２）。この配列を用いて、ｃＤＮＡにプライマー伸長して、大型断片を得た（配列番号１７）。この大型断片をプラスミドｐＣＲＩＩ中でクローニングし、その結果生じたプラスミドｐ７０１８は、ブダペスト条約下で、８２２０８０４３７７７８のラベルを付したＦＥＤＥＸ発送により２００１年６月２１日にＡＴＣＣ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍａｒｙｌａｎｄ， ＵＳＡ）に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号を割り当てられた。ＢＬＡＳＴ検索の実行に際して、最高の相同性を示したが、既知の遺伝子とのいかなる相同性も示さない２つのＥＳＴ（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＷ９５６７２７およびＡＷ４５２７９５）を同定した。さらにそれは、今までのところいかなる染色体領域にも局在化されていない。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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