【手続補正書】
【提出日】平成18年3月31日(2006.3.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、以下：
ａ）図２のタンパク質の、８個、９個、１０個、もしくは１１個の連続するアミノ酸のペプチド；
ｂ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｃ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；または
ｄ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド、
を含有するか、これらから本質的になるか、あるいはこれらからなる、組成物。
【請求項２】
図２のタンパク質に関連するタンパク質を含有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
図２に示されるアミノ酸配列全体に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％相同である、請求項２に記載のタンパク質。
【請求項４】
図２のタンパク質のアミノ酸配列由来のＣＴＬポリペプチドまたはそのアナログを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記タンパク質が、図２のアミノ酸配列全体ではない、請求項３に記載の組成物。
【請求項６】
前記ポリペプチドが、図２のタンパク質のアミノ酸配列全体ではない、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
図２のアミノ酸配列由来の抗体ポリペプチドエピトープを含有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
エピトープが、図２のアミノ酸配列全体ではない、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
抗体エピトープが、少なくとも５つの、図２のアミノ酸のペプチドの末端までの任意の整数の増分での、該ペプチドの領域を含み、該エピトープが、以下：
ａ）親水性プロフィールにおいて、０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｂ）ヒドロパシープロフィールにおいて、０．５未満の値を有するアミノ酸位置；
ｃ）％接触可能残基プロフィールにおいて、０．５より大きい値を有するアミノ酸位置；
ｄ）平均可撓性プロフィールにおいて、０．５より大きい値を有するアミノ酸位置；
ｅ）βターンプロフィールにおいて、０．５より大きい値を有するアミノ酸位置；
ｆ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも４つの組み合わせ；または
ｉ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも５つの組み合わせ；
から選択されるアミノ酸位置を含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項１０】
請求項１に記載のタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１１】
図２に記載される核酸分子を含む、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
コードされるタンパク質が図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、請求項１０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
図２の核酸配列のコード配列を含むポリヌクレオチドを含有する、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１４】
請求項１に記載のさらなるペプチドをコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
請求項１０に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的なポリヌクレオチドを含有する、組成物。
【請求項１６】
図２のタンパク質に対する哺乳動物の免疫応答を生じさせる組成物であって、該組成物は、以下：
ａ）９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質、および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列、
の一部を含み、これによって、該組成物への哺乳動物の免疫系の細胞の曝露の際に、該タンパク質に対して免疫応答が生じる、組成物。
【請求項１７】
前記組成物が、以下：
少なくとも１つのＴ細胞または少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質；および
哺乳動物免疫系のＴ細胞またはＢ細胞
を含み、
これによって、該エピトープとの接触の際に該Ｔ細胞またはＢ細胞が活性化される、請求項１６に記載の、免疫応答を生じさせるための組成物。
【請求項１８】
前記免疫系細胞がＢ細胞であり、これによって、誘導されるＢ細胞が、前記９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質に特異的に結合する抗体を生じる、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記免疫系細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、これによって、活性化されたＣＴＬが、前記９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する
、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２０】
前記免疫系細胞が、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、これによって、活性化されたＨＴＬが、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞障害活性またはＢ細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌する、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２１】
サンプル中で、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質または９８Ｐ４Ｂ６関連ポリヌクレオチドの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
該サンプルを、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質または９８Ｐ４Ｂ６関連ポリヌクレオチドにそれぞれ特異的に結合する物質と接触させる工程；および
該物質と、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質または９８Ｐ４Ｂ６関連ポリヌクレオチドとのそれぞれの複合体が存在することを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
前記サンプルを、前記９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質にいずれかが特異的に結合する抗体またはフラグメントと接触させる工程；および
該抗体またはそのフラグメントの、該９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質との複合体が存在することを決定する工程、
を包含する、サンプル中の９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質の存在を検出するための、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記サンプルが、癌を有するか、または癌を有すると疑われる患者から得られた、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも１つのプライマーを使用する逆転写によって、前記サンプルからｃＤＮＡを産生する工程；
このように産生されたｃＤＮＡを、センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして９８Ｐ４Ｂ６ポリヌクレオチドを使用して増幅する工程であって、該センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用される該９８Ｐ４Ｂ６ポリヌクレオチドが、９８Ｐ４Ｂ６  ｃＤＮＡを増幅するように働く、工程；ならびに
増幅された９８Ｐ４Ｂ６  ｃＤＮＡの存在を検出する工程、
を包含する、サンプル中の、図２のｍＲＮＡのタンパク質の存在を検出するための、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記方法が、以下：
個体由来の組織サンプル中の細胞によって発現される、１つ以上の９８Ｐ４Ｂ６遺伝子産物の状態を決定する工程；
このように決定された該状態を、対応する正常サンプル中の１つ以上の９８Ｐ４Ｂ６遺伝子サンプルの状態と比較する工程；および
該正常サンプルに対する、該サンプル中の９８Ｐ４Ｂ６の１つ以上の異常な遺伝子産物の存在を同定する工程、
を包含する、癌を有するかまたは癌を有すると疑われる患者由来の生物学的サンプル中の１つ以上の９８Ｐ４Ｂ６遺伝子産物をモニタリングするための、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
９８Ｐ４Ｂ６  ｍＲＮＡまたは９８Ｐ４Ｂ６タンパク質の１つ以上の上昇した遺伝子産物が存在するか否かを決定する工程をさらに包含し、ここで、前記正常組織サンプルに対する試験サンプル中の１つ以上の上昇した遺伝子産物の存在が、癌の存在または状態を示す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌が、表１に記載される組織において存在する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
組成物であって、以下：
ａ）図２のタンパク質の状態を調節する物質、または
ｂ）図２のタンパク質によって調節される分子、
を含有し、これによって、図２のタンパク質を発現する細胞の状態が調節される、組成物。
【請求項２９】
生理学的に受容可能なキャリアをさらに含有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
ヒト単位投薬形態の、請求項２８に記載の組成物を含有する薬学的組成物。
【請求項３１】
前記物質が、図２のタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３２】
モノクローナルである、請求項３１に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項３３】
ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体である、請求項３１に記載の抗体。
【請求項３４】
請求項３１に記載の抗体を産生する、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項３５】
請求項３２に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項３６】
図２のタンパク質を発現する細胞に、細胞傷害性薬剤または診断薬剤を送達するための組成物であって、該組成物は、請求項３１に記載の抗体またはそのフラグメントに結合体化した、該細胞傷害性薬剤または診断薬剤を含む、組成物。
【請求項３７】
図２のタンパク質を発現する細胞に、細胞傷害性薬剤または診断薬剤を送達するための組成物であって、該組成物は、請求項２８に記載の物質に結合体化した、該細胞傷害性薬剤または診断薬剤を含む、組成物。
【請求項３８】
前記物質が、図２のタンパク質にいずれかが免疫特異的に結合する抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３９】
前記物質が、ａ）９８Ｐ４Ｂ６コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、またはｂ）該リボザイムをコードする核酸分子、および生理学的に受容可能なキャリアを含有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項４０】
前記物質が、ヒトＴ細胞を含み、該Ｔ細胞が、特定のＨＬＡ分子の関連において、９８Ｐ４Ｂ６ペプチド部分配列を特異的に認識する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項４１】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための組成物であって、該組成物は、請求項２８または３１に記載の組成物をである、組成物。
【請求項４２】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための、請求項４１に記載の組成物であって、該組成物は、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質にいずれかが特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含む、組成物。
【請求項４３】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための、請求項４１に記載の組成物であって、該組成物は、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質を含む、組成物。
【請求項４４】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための、請求項４１に記載の組成物であって、該組成物は、９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または
９８Ｐ４Ｂ６関連タンパク質のコード配列に相補的なポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項４５】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための、請求項４１に記載の組成物であって、該組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含む、組成物。
【請求項４６】
図２のタンパク質および特定のＨＬＡ分子を発現する癌細胞の増殖を阻害するための、請求項４１に記載の組成物であって、該組成物は、ヒトＴ細胞を含み、該Ｔ細胞は、図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、一方で、該部分配列は、該特定のＨＬＡ分子に関連する、組成物。
【請求項４７】
前記組成物が、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含み、これによって、該コードされる単鎖抗体が、図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、請求項４１に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
本発明の別の実施形態は、以下の特徴の１つ、２つ、３つ、４つ、あるいは５つを有するペプチド領域を含む抗体エピトープ、あるいはペプチド領域をコードするオリゴヌクレオチドである：
ｉ）図３の特定のペプチドの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域（図３におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における）（図５の親水性プロフィールにおいて、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９以上の値を有するかまたは１．０に等しい値を有するアミノ酸位置を含む）；
ｉｉ）図３の特定のペプチドの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域（図３におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における）（図６のハイドロパシープロフィールにおいて、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１以下の値を有するかまたは０．０に等しい値を有するアミノ酸位置を含む）；
ｉｉｉ）図３の特定のペプチドの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域（図３におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における）（図７の接近可能残基の％（Ｐｅｒｃｅｎｔ  Ａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ  Ｒｅｓｉｄｕｅｓ）プロフィールにおいて、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９以上の値を有するかまたは１．０に等しい値を有するアミノ酸位置を含む）；
ｉｖ）図３の特定のペプチドの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域（図３におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における）（図８の平均可橈性（Ａｖｅｒａｇｅ  Ｆｌｅｘｉｂｉｌｉｔｙ）プロフィールにおいて、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９以上の値を有するかまたは１．０に等しい値を有するアミノ酸位置を含む）；または、
ｖ）図３の特定のペプチドの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域（図３におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における）（図９のβターンプロフィールにおいて、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９以上の値を有するかまたは１．０に等しい値を有するアミノ酸位置を含む）。
図５：ＥｘＰａｓｙ分子生物学サーバを介してＰｒｏｔｓｃａｌｅウェブサイト（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ．ｐｌ）に存在する）上でアクセスしたＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓの方法（Ｈｏｐｐ  Ｔ．Ｐ．、Ｗｏｏｄｓ  Ｋ．Ｒ．、１９８１．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７８：３８２４−３８２８）を使用して、コンピューターアルゴリズム配列分析によって決定した、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１、ｖ．２、ｖ．５、ｖ．６およびｖ．７の親水性アミノ酸プロファイル。
図６：ＥｘＰａｓｙ分子生物学サーバを介してＰｒｏｔＳｃａｌｅウェブサイト（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ．ｐｌ）に存在する）上でアクセスしたＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅの方法（Ｋｙｔｅ  Ｊ．、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ  Ｒ．Ｆ．、１９８２．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１３２）を使用してコンピューターアルゴリズム配列分析によって決定した、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１、ｖ．２、ｖ．５、ｖ．６およびｖ．７のハイドロパシーアミノ酸プロファイル。
図７：ＥｘＰａｓｙ分子生物学サーバを介してＰｒｏｔＳｃａｌｅウェブサイト（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ．ｐｌ）に存在する）上でアクセスしたＪａｎｉｎの方法（Ｊａｎｉｎ  Ｊ．、１９７９  Ｎａｔｕｒｅ  ２７７：４９１−４９２）を使用してコンピューターアルゴリズム配列分析によって決定した、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１、ｖ．２、ｖ．５、ｖ．６およびｖ．７の接触可能残基の％のアミノ酸プロファイル。
図８：ＥｘＰａｓｙ分子生物学サーバを介してＰｒｏｔＳｃａｌｅウェブサイト（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ．ｐｌ）に存在する）上でアクセスしたＢｈａｓｋａｒａｎおよびＰｏｎｎｕｓｗａｍｙの方法（Ｂｈａｓｋａｒａｎ  Ｒ．、およびＰｏｎｎｕｓｗａｍｙ  Ｐ．Ｋ．、１９８８．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．３２：２４２−２５５）を使用してコンピューターアルゴリズム配列分析によって決定した、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１、ｖ．２、ｖ．５、ｖ．６およびｖ．７の平均可撓性アミノ酸プロファイル。
図９：ＥｘＰａｓｙ分子生物学サーバを介してＰｒｏｔＳｃａｌｅウェブサイト（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ．ｐｌ）に存在する）上でアクセスしたＤｅｌｅａｇｅおよびＲｏｕｘの方法（Ｄｅｌｅａｇｅ，Ｇ．、Ｒｏｕｘ  Ｂ．１９８７  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  １：２８９−２９４）を使用してコンピューターアルゴリズム配列分析によって決定した、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１、ｖ．２、ｖ．５、ｖ．６およびｖ．７のβ−ターンのアミノ酸プロファイル。
図１０：図１０（ａ）：ＳＮＰ改変体９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１の標識的整列。改変体９８Ｐ４Ｂ６ｖ．９〜ｖ．１９は、ｖ．１と異なる単一のヌクレオチド差を有する改変体であった。これらのＳＮＰ改変体を別々に示したが、図１２に示すように、それらはまた、その塩基を含む任意の組み合わせおよび任意の転写改変体において生じ得る。ｖ．１と共通でない他の転写改変体の領域におけるＳＮＰ（例えば、ｖ．２、ｖ．６およびｖ．８）は、本明細書に示さない。数字は９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１の改変体に対応する。黒四角は、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１と同じ配列を示す。ＳＮＰは、四角で上に示される。図１０（ｂ）：ＳＮＰ改変体９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．７の標識的整列。改変体９８Ｐ４Ｂ６ｖ．２０〜ｖ．２４は、ｖ．７と異なる単一のヌクレオチド差を有する改変体であった。これらのＳＮＰ改変体を別々に示したが、図１２に示すように、それらはまた、その塩基を含む任意の組み合わせおよび任意の転写改変体において生じ得る。ｖ．１を有する共通の領域におけるこれらのＳＮＰは、本明細書に示さない。数字は９８Ｐ４Ｂ６ｖ．７の改変体に対応する。黒四角は、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．７と同じ配列を示す。ＳＮＰは、四角で上に示される。図１０（ｃ）：ＳＮＰ改変体９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．８の標識的整列。改変体９８Ｐ４Ｂ６ｖ．２５〜ｖ．３８は、ｖ．８と異なる単一のヌクレオチド差を有する改変体であった。これらのＳＮＰ改変体を別々に示したが、図１２に示すように、それらはまた、その塩基を含む任意の組み合わせおよび任意の転写改変体において生じ得る。ｖ．１と共通の領域におけるこれらのＳＮＰは、本明細書に示さない。数字は９８Ｐ４Ｂ６ｖ．８の改変体に対応する。黒四角は、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．８と同じ配列を示す。ＳＮＰは、四角で上に示される。
図１１：９８Ｐ４Ｂ６のタンパク質改変体の標識的整列。タンパク質改変体は、ヌクレオチド改変体に対応した。ヌクレオチド改変体９８Ｐ４Ｂ（ｖ．１２を介したｖ．３、ｖ．４、ｖ．９〜ｖ．１２、およびｖ．１５〜ｖ．１９を介したｖ．１５）は、ｖ．１と同じタンパク質をコードした。ヌクレオチド改変体９８Ｐ４Ｂ６ｖ．６およびｖ．８は、４７５における単一アミノ酸以外の同じタンパク質をコードした（ｖ．８の「Ｍ」）。改変体ｖ．２５は、５６５における１つのアミノ酸の相違点を有するｖ．２５（ｖ．８のＳＮＰ改変体）から翻訳した。同様に、ｖ．２１は、５６５における１つのアミノ酸によって、ｖ．７とは異なった。単一アミノ酸差は、四角で上に示した。黒四角は、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１と同じ配列を示す。四角の下の数字は、９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１に対応する。
図１２：９８Ｐ４Ｂ６の転写改変体の構造。改変体９８Ｐ４Ｂ６ｖ．２〜ｖ．８は、ｖ．１の転写改変体であった。改変体ｖ．２は、３’部分がｖ．１の最後のエキソンと同じである、単一のエキソン転写物であった。ｖ．３の最初の２つのエキソンは、ｖ．１のイントロン１にあった。改変体ｖ．４、ｖ．５およびｖ．６は、ｖ．１の最初のエキソンの中の２２４〜３３４でスプライシングした。さらに、ｖ．５は、エキソン５でスプライシングされ、一方、ｖ．１のエキソン５は伸長したが、ｖ．６はエキソン６でスプライシングされた。改変体ｖ．７は、代替の転写開始および異なる３’エキソンを使用した。改変体ｖ．８は、５’末端を伸長し、ｖ．１の全体のイントロン５を保った。ｖ．１の最初の３５の塩基は、ヒトゲノムの現在のアセンブリに関して、ｖ．１の５’近接領域に存在しない。転写物のエキソンの末端を、四角の上に示した。この遺伝子の潜在的エキソンを、ヒトゲノムのように順に示す。ポリＡテールおよび単一ヌクレオチド差は、図に示していない。四角の下の括弧中の数は、９８Ｐ４Ｂ６ｖ．１の改変体に対応する。イントロンおよびエキソンの長さは比例していない。
図１３：９８Ｐ４Ｂ６タンパク質改変体についての二次構造および膜貫通予測。１３（Ａ）、１３（Ｂ）、１３（Ｃ）、１３（Ｄ）、１３（Ｅ）：９８Ｐ４Ｂ６タンパク質改変体１（配列番号：１９３）、改変体２（配列番号：１９４）、改変体５（配列番号：１９５）、改変体６（配列番号：１９６）および改変体７（配列番号：１９７）の二次構造を、ＨＮＮ−Ｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌ  Ｎｅｕｒａｌ  Ｎｅｔｗｏｒｋ法（Ｇｕｅｒｍｅｕｒ，１９９７，Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂの．ｐｂｉｌ．ｉｂｃｐ．ｆｒ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｎｐｓａ＿ａｕｔｏｍａｔ．ｐｌ？ｐａｇｅ＝ｎｐｓａ＿ｎｎ．ｈｔｍｌに存在する）を使用して推定し、この方法は、ＥｘＰａｓｙ分子生物学的サーバ（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂの．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｔｏｏｌｓに存在する）からアクセスされる。この方法は、タンパク質一次配列からαヘリックス、伸長したストランド、およびランダムコイルの存在および位置を示す。所定の二次構造のタンパク質のパーセントもまた示す。１３（Ｆ）、１３（Ｈ）、１３（Ｊ）、１３（Ｌ）および１３（Ｎ）；ＴＭＢＡＳＥ（Ｋ．Ｈｏｆｍａｎｎ，Ｗ．Ｓｔｏｆｆｅｌ．ＴＭＢＡＳＥ−Ａ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｏｆ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｓｐａｎｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｅｇｍｅｎｔｓ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．Ｈｏｐｐｅ−Ｓｅｙｌｅｒ  ３７４：１６６，１９９３）を使用するＨｏｆｍａｎｎおよびＳｔｏｆｆｅｌのＴＭｐｒｅｄアルゴリズムに基づく、９８Ｐ４Ｂ６改変体１、２、５〜７の各々の膜貫通領域および方向の存在の可能性の概略図。１３（Ｇ）、１３（Ｉ）、１３（Ｋ）、１３（Ｍ）および１３（Ｏ）：Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒ，ｖｏｎ  Ｈｅｉｊｎｅ，およびＫｒｏｇｈのＴＭＨＭＭアルゴリズム（Ｅｒｉｋ  Ｌ．Ｌ．Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒ，Ｇｕｎｎａｒ  ｖｏｎ  ＨｅｉｊｎｅおよびＡｎｄｅｒｓ  Ｋｒｏｇｈ：Ａ  ｈｉｄｄｅｎ  Ｍａｒｋｏｖ  ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ  ｈｅｌｉｃｅｓ  ｉｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．  Ｉｎ  Ｐｒｏｃ．ｏｆ  Ｓｉｘｔｈ  Ｉｎｔ．Ｃｏｎｆ．ｏｎ  Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  ｆｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１７５−１８２頁  Ｊ．Ｇｌａｓｇｏｗ，Ｔ．Ｌｉｔｔｌｅｊｏｈｎ，Ｆ．Ｍａｊｏｒ，Ｒ．Ｌａｔｈｒｏｐ，Ｄ．ＳａｎｋｏｆｆおよびＣ．Ｓｅｎｓｅｎ編、Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，ＣＡ：ＡＡＡＩ  Ｐｒｅｓｓ，１９９８）に基づく、９８Ｐ４Ｂ６改変体１、２、５〜７の各々の膜貫通領域ならびに細胞外方向および細胞内方向の存在の可能性の概略図。ＴＭｐｒｅｄアルゴリズムおよびＴＭＨＭＭアルゴリズムは、ＥｘＰａｓｙ分子生物学的サーバ（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂの．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｔｏｏｌｓに存在する）からアクセスされる。
図１４：ヒト正常組織および患者癌組織における９８Ｐ４Ｂ６の発現。第一鎖ｃＤＮＡを、正常な胃、正常な脳、正常な心臓、正常な肝臓、正常な骨格筋、正常な精巣、正常な前立腺、正常な膀胱、正常な腎臓、正常な結腸、正常な肺、正常な膵臓、および前立腺癌患者、膀胱癌患者、腎臓癌患者、結腸癌患者、肺癌患者、膵臓癌患者からの癌種のプール、および２人の患者のリンパ節への前立腺癌転移物のプールから作製した。標準化をアクチンに対するプライマーを用いるＰＣＲによって実施した。９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１，ｖ．１３およびｖ．１４（Ａ）またはスプライシング改変体９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．６およびｖ．８（Ｂ）に直接対応するプライマーを用いる半定量的ＰＣＲを、２６および３０の増幅サイクルで実施した。サンプルをアガロースゲル上で分離し、ＰＣＲ産物をＡｌｐｈａＩｍａｇｅｒソフトウェアを用いて定量した。結果は、正常前立腺および前立腺癌における９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１，ｖ．１３およびｖ．１４ならびにそのスプライシング改変体ｖ．６およびｖ．８の強い発現を示す。発現は、試験した全ての正常な組織と比較して、膀胱癌、腎臓癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、乳癌、癌転移物ならびにリンパ節への前立腺癌転移物試料において検出した。
図１５：肺、卵巣、前立腺痛、膀胱、頚部、子宮および膵臓の患者癌試料中の９８Ｐ４Ｂ６発現。患者癌試料のパネルから第１鎖ｃＤＮＡを調製した。標準化をアクチンに対するプライマーを用いるＰＣＲによって実施した。９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１，ｖ．１３およびｖ．１４に対応するプライマーを用いる半定量的ＰＣＲを、２６および３０の増幅サイクルで実施した。サンプルをアガロースゲル上で電気泳動し、そしてＰＣＲ産物を、ＡｌｐｈａＩｍａｇｅｒソフトウェアを使用して定量化した。発現を、非存在、低、中程度、または強いとして記録した。結果は、試験した全ての患者の癌試料の大部分において、９８Ｐ４Ｂ６の発現を示す。
図１６：胃癌患者試料における９８Ｐ４Ｂ６の発現。（Ａ）ＲＮＡを正常な胃（Ｎ）および１０人の異なる胃癌患者試料（Ｔ）から抽出した。１０μｇの総ＲＮＡ／レーンを有するノーザンプロットを、９８Ｐ４Ｂ６配列でプローブした。結果は、胃癌組織において９８Ｐ４Ｂ６の強い発現、および正常な胃において弱い発現を示す。下のパネルは、ＲＮＡサンプルの質を示すブロットのエチジウムブロマイド染色を表す。（Ｂ）ＲＮＡドットブロットについて、９８Ｐ４Ｂ６の発現を、ヒト胃癌（Ｔ）およびそれらのそれぞれに一致する正常組織（Ｎ）のパネルでアッセイした。９８Ｐ４Ｂ６を、８つの胃癌のうち７つ検出したが、正常組織では検出されなかった。
図１７：ポリクローナル抗体を用いた９８Ｐ４Ｂ６の発現の検出。２９３Ｔ細胞を、９８Ｐ４Ｂ６．ＧＦＰ．ｐｃＤＮＡ  ３．１／ｍｙｃｈｉｓ構築物クローンＡ１２またはクローンＢ１２でトランスフェクトした。ＳＴＥＡＰ１．ＧＦＰベクターをポジティブコントロールとして使用した。そして、ネガティブコントロールとして、空のベクターを使用した。４０時間後、細胞溶解物を収集した。サンプルを、ＳＤＳ−ＰＡＧＥアクリルアミドゲル上で分離し、ブロットし、そして抗ＧＦＰ抗体（（Ａ）アミノ酸１９８〜３８９に対して作製した抗９８Ｐ４Ｂ６抗体または（Ｂ）アミノ酸１５３〜１６５に対して作製した抗９８Ｐ４Ｂ６抗体のいずれか）で染色した。このブロットを、ＥＣＬ化学発光キットを用いて発光させ、オートラジオグラフィーによって可視化した。結果は、抗ＧＦＰ抗体によって検出したので、期待した９８Ｐ４Ｂ６．ＧＦＰ融合タンパク質の発現を示す。また、本発明者らは、ＢおよびＣに示すように、９８Ｐ４Ｂ６．ＧＦＰを認識した２つの異なるポリクローナル抗体を作製し得た。
図１８：ポリクローナル抗体を用いた９８Ｐ４Ｂ６の発現の検出。２９３Ｔ細胞を、９８Ｐ４Ｂ６．ＧＦＰ．ｐｃＤＮＡ  ３．１／ｍｙｃｈｉｓ構築物クローンＡ１２またはクローンＢ１２でトランスフェクトした。９８Ｐ４Ｂ６．ＧＦＰ融合タンパク質の発現を、（Ａ）フローサイトメトリーおよび（Ｂ）蛍光顕微鏡によって検出した。結果は、この細胞の大部分において、強い緑色の蛍光を示した。この融合タンパク質は、核周囲領域および細胞膜に位置した。
図１９：ＳＴＥＡＰ−２の特徴。正常組織におけるＳＴＥＡＰ−２の発現は、大部分は前立腺に限定される。ＳＴＥＡＰ−２は、いくつかの癌組織に発現する。前立腺癌、結腸癌および肺癌を誘導された患者における試料；および前立腺、結腸、Ｅｗｉｎｇ’ｓ肉腫、肺、腎臓、膵臓および睾丸を含む複数の癌細胞株。ＩＳＨにより、ＳＴＥＡＰ−２の発現は、主に管上皮細胞に限定されるように見える。
図２０：ＳＴＥＡＰ−２は、ＰＣ３細胞におけるチロシンリン酸化反応を誘導する。ＳＴＥＡＰ−２は、１４０〜１５０ｋＤａ、１２０ｋＤａ、７５〜８０ｋＤａ、６２ｋＤａおよび４０ｋＤａのタンパク質のチロシンリン酸化反応を誘導する。
図２１：ＳＴＥＡＰ−２は、ＮＩＨ  ３Ｔ３細胞におけるチロシンリン酸化反応を増強する。ＳＴＥＡＰ−２は、ＮＩＨ３Ｔ３細胞のＳＴＥＡＰ−２によって、ｐ１３５〜１４０、ｐ７８〜７５のリン酸化反応を増強する。ＳＴＥＡＰ−２  Ｃ−Ｆｌａｇは、ｐ１８０のリン酸化反応を増強し、そして、ｐ１３２、ｐ８２およびｐ７５の脱リン酸化反応を誘導する。
図２２：ＳＴＥＡＰ−２は、ＥＲＫリン酸化反応を誘導する。ＳＴＥＡＰ−２は、０．５％ＦＢＳおよび１０％ＦＢＳ中のＰＣ３細胞および３Ｔ３細胞のＥＲＫリン酸化反応を誘導する。３Ｔ３−ＳＴＥＡＰ−２−ｃｆｌａｇ細胞におけるリン酸化反応の欠乏またはＥＲＫリン酸化反応。ドミナントネガティブなとしての潜在的な役割。
図２３：ＳＴＥＡＰは、ＰＣ３細胞におけるカルシウムの流動を増強する。ＰＣ−ＳＴＥＡＰ−１およびＰＣ３−ＳＴＥＡＰ−２は、ＬＰＡに応答して、増強されたカルシウムの流動を示す。ＰＣ３−ＳＴＥＡＰ−１は、Ｌ型カルシウムチャンネルインヒビター（コノトキシン）への感受性を示す。ＰＣ３−ＳＴＥＡＰ−２は、ＰＱ型カルシウムチャンネルインヒビター（アガトキシン）への感受性を示す。ＮＤＧＡおよびＴＥＡは、ＰＣ３−ＳＴＥＡＰ−２細胞の増殖において、効果がなかった。
図２４：ＳＴＥＡＰ−２は、ＰＣ３細胞のパクリタキセルの効果を変える。ＳＴＥＡＰ−発現細胞およびコントロール細胞との間に、異なる反応を生じさせないで試験した他の化学療法剤は、フルタミド、ゲニステイン、ラパマイシンである。ＳＴＥＡＰ−２は、パクリタキセルに対する部分的な耐性をＰＣ３細胞に与える。ＰＣ３−Ｎｅｏ細胞と相対的に、ＰＣ３−ＳＴＥＡＰ−２の生存パーセントは、８倍以上増加する。
図２５：ＳＴＥＡＰ−２によるアポトーシスの阻害。ＰＣ３細胞を、６０時間、パクリタキセルを用いて処置し、アネキシンＶ−ＰＩ染色によって、アポトーシスを分析した。ＳＴＥＡＰ−２の発現は、パクリタキセルによって、部分的にアポトーシスを阻害する。
図２６：ＳＴＥＡＰ−２は、パクリタキセル媒介性アポトーシスを減衰させる。ＰＣ３細胞を、６８時間、パクリタキセルを用いて処置し、アポトーシスを分析した。ＳＴＥＡＰ−２ＣＦｌａｇではなく、ＳＴＥＡＰ−２の発現は、パクリタキセルによって、部分的にアポトーシスを阻害する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０８２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０８２１】
【図１】図１は、１８３ヌクレオチドの９８Ｐ４Ｂ６  ＳＳＨ配列である。
【図２−１】図２Ａは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１」または「９８Ｐ４Ｂ６改変体１」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ａに示す。開始メチオニンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｂは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｂに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸４から１３８に及ぶ。図２Ｃは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｃに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸１８８から１５５２に及ぶ。図２Ｄは、９８Ｐ４Ｂ６改変体４（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．４」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｄに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３１８から１６８２に及ぶ。図２Ｅは、９８Ｐ４Ｂ６改変体５（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．５」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｅに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３１８から１５７７に及ぶ。図２Ｆは、９８Ｐ４Ｂ６改変体６（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．６」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｆに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３１８から１７９０に及ぶ。図２Ｇは、９８Ｐ４Ｂ６改変体７（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．７」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｇに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０２５に及ぶ。図２Ｈは、９８Ｐ４Ｂ６改変体８（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．８」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｈに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２Ｉは、９８Ｐ４Ｂ６改変体９（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．９」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｉに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｊは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１０（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１０」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｊに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｋは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１１（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１１」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｋに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。��２Ｌは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１２（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１２」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｌに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｍは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１３（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１３」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｍに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｎは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１４（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１４」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｎに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｏは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１５（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１５」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｏに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｐは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１６（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１６」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｐに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｑは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１７（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１７」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｑに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｒは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１８（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１８」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｒに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｓは、９８Ｐ４Ｂ６改変体１９（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１９」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｓに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３５５から１７１９に及ぶ。図２Ｔは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２０（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２０」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｔに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０２５に及ぶ。図２Ｕは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２１（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２１」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｕに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０２５に及ぶ。図２Ｖは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２２（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２２」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｖに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０���５に及ぶ。図２Ｗは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２３（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２３」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｗに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０２５に及ぶ。図２Ｘは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２４（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２４」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｘに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸２９５から２０２５に及ぶ。図２Ｙは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２５（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２５」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｙに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２Ｚは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２６（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２６」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２Ｚに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＡは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２７（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２７」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＡに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＢは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２８（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２８」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＢに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＣは、９８Ｐ４Ｂ６改変体２９（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２９」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＣに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＤは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３０（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３０」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＤに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＥは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３１（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３１」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＥに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＦは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３２（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３２」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＦに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＧは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３３（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３３」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＧに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＨは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３４（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３４」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＨに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＩは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３５（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３５」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＩに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＪは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３６（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３６」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＪに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＫは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３７（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３７」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＫに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。図２ＡＬは、９８Ｐ４Ｂ６改変体３８（「９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．３８」とも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列およびアミノ酸配列を図２ＡＬに示す。開始メチオニンに対するコドンは、下線が引かれる。オープンリーディングフレームは、終止コドンを含め、核酸３９４から１８６６に及ぶ。
【図２−２】図２の続き。
【図２−３】図２の続き。
【図２−４】図２の続き。
【図２−５】図２の続き。
【図２−６】図２の続き。
【図２−７】図２の続き。
【図２−８】図２の続き。
【図２−９】図２の続き。
【図２−１０】図２の続き。
【図２−１１】図２の続き。
【図２−１２】図２の続き。
【図２−１３】図２の続き。
【図２−１４】図２の続き。
【図２−１５】図２の続き。
【図２−１６】図２の続き。
【図２−１７】図２の続き。
【図２−１８】図２の続き。
【図２−１９】図２の続き。
【図２−２０】図２の続き。
【図２−２１】図２の続き。
【図２−２２】図２の続き。
【図２−２３】図２の続き。
【図２−２４】図２の続き。
【図２−２５】図２の続き。
【図２−２６】図２の続き。
【図２−２７】図２の続き。
【図２−２８】図２の続き。
【図２−２９】図２の続き。
【図２−３０】図２の続き。
【図２−３１】図２の続き。
【図２−３２】図２の続き。
【図２−３３】図２の続き。
【図２−３４】図２の続き。
【図２−３５】図２の続き。
【図２−３６】図２の続き。
【図２−３７】図２の続き。
【図２−３８】図２の続き。
【図２−３９】図２の続き。
【図２−４０】図２の続き。
【図２−４１】図２の続き。
【図２−４２】図２の続き。
【図２−４３】図２の続き。
【図２−４４】図２の続き。
【図２−４５】図２の続き。
【図２−４６】図２の続き。
【図２−４７】図２の続き。
【図２−４８】図２の続き。
【図２−４９】図２の続き。
【図２−５０】図２の続き。
【図２−５１】図２の続き。
【図２−５２】図２の続き。
【図２−５３】図２の続き。
【図２−５４】図２の続き。
【図２−５５】図２の続き。
【図２−５６】図２の続き。
【図２−５７】図２の続き。
【図２−５８】図２の続き。
【図２−５９】図２の続き。
【図２−６０】図２の続き。
【図２−６１】図２の続き。
【図２−６２】図２の続き。
【図２−６３】図２の続き。
【図２−６４】図２の続き。
【図２−６５】図２の続き。
【図２−６６】図２の続き。
【図２−６７】図２の続き。
【図２−６８】図２の続き。
【図２−６９】図２の続き。
【図２−７０】図２の続き。
【図２−７１】図２の続き。
【図２−７２】図２の続き。
【図２−７３】図２の続き。
【図２−７４】図２の続き。
【図２−７５】図２の続き。
【図２−７６】図２の続き。
【図２−７７】図２の続き。
【図２−７８】図２の続き。
【図２−７９】図２の続き。
【図２−８０】図２の続き。
【図２−８１】図２の続き。
【図２−８２】図２の続き。
【図２−８３】図２の続き。
【図２−８４】図２の続き。
【図２−８５】図２の続き。
【図２−８６】図２の続き。
【図２−８７】図２の続き。
【図２−８８】図２の続き。
【図３Ａ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１のアミノ酸配列を図３Ａに示す；それは、４５４アミノ酸を有する。
【図３Ｂ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２のアミノ酸配列を図３Ｂに示す；それは、４５アミノ酸を有する。
【図３Ｃ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．５のアミノ酸配列を図３Ｃに示す；それは、４１９アミノ酸を有する。
【図３Ｄ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．６のアミノ酸配列を図３Ｄに示す；それは、４９０アミノ酸を有する。
【図３Ｅ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．７のアミノ酸配列を図３Ｅに示す；それは、５７６アミノ酸を有する。
【図３Ｆ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．８のアミノ酸配列を図３Ｆに示す；それは、４９０アミノ酸を有する。
【図３Ｇ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１３のアミノ酸配列を図３Ｇに示す；それは、４５４アミノ酸を有する。
【図３Ｈ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．１４のアミノ酸配列を図３Ｈに示す；それは、４５４アミノ酸を有する。
【図３Ｉ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２１のアミノ酸配列を図３Ｉに示す；それは、５７６アミノ酸を有する。
【図３Ｊ】９８Ｐ４Ｂ６  ｖ．２５のアミノ酸配列を図３Ｊに示す；それは、４９０アミノ酸を有する。本明細書で使用される場合、９８Ｐ４Ｂ６に対する参照は、文脈が明確にそうでないことを示さない場合、その全ての改変体（図２、３、１０および１１に示される改変体を含む）を含む。
【図４Ａ】９８Ｐ４Ｂ６と公知の遺伝子：ヒトＳＴＡＭＰ１、ヒトの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２およびマウスの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２との比較。ヒトＳＴＡＭＰ１（ｇｉ  １５４１８７３２）に対する９８Ｐ４Ｂ６改変体１の整列。
【図４Ｂ】９８Ｐ４Ｂ６と公知の遺伝子：ヒトＳＴＡＭＰ１、ヒトの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２およびマウスの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２との比較。ヒトＳＴＥＡＰ２（ｇｉ  ２３３０８５９３）との９８Ｐ４Ｂ６改変体１の整列。
【図４Ｃ】９８Ｐ４Ｂ６と公知の遺伝子：ヒトＳＴＡＭＰ１、ヒトの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２およびマウスの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２との比較。マウスＳＴＥＡＰ２（ｇｉ  ２８５０１１３６）との９８Ｐ４Ｂ６改変体１の整列。
【図４Ｄ】９８Ｐ４Ｂ６と公知の遺伝子：ヒトＳＴＡＭＰ１、ヒトの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２およびマウスの前立腺６回膜貫通型上皮抗原２との比較。９８Ｐ４Ｂ６  Ｖ１Ｂが、Ｖ１と比較してそのＮ末端にさらなる６２ａａを有し、９８Ｐ４Ｂ６  Ｖ２が、Ｖ１と比較してａａ２２５にて、ＩからＴへの点変異を有することを示す、三つの９８Ｐ４Ｂ６改変体のクラスター整列。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０８２２
【補正方法】削除
【補正の内容】
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０８２３
【補正方法】削除
【補正の内容】