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　特願２００３−５３０８３８「コナジラミエクジソン受容体核酸、ポリペプチド、およびそれらの使用」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年　４月　３日国際公開、ＷＯ０３／２７２６６、平成１７年　３月１７日国内公表、特表２００５−５０７２４７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１４年２月２０日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００１年９月２６日　米国）とする国際出願であって、その請求項１に係る発明は、平成２０年６月２７日付手続補正書により補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１に記載された以下のとおりのものである。
　
「配列番号：１、配列番号：１のヌクレオチド１０２〜１３４９、配列番号：１のヌクレオチド１０２〜２５８、配列番号：１のヌクレオチド２５９〜４５７、配列番号：１のヌクレオチド４５８〜６７７、配列番号：１のヌクレオチド６７８〜１３４９、配列番号：１のヌクレオチド２５９〜１３４９、配列番号：１のヌクレオチド４５８〜１３４９、および配列番号：１のヌクレオチド６４８〜１３４９からなる群から選択された核酸配列を含む単離ポリヌクレオチド。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．引用例
（１）引用例１
　これに対して、原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された本願優先日前の１９９７年に頒布された刊行物であるEur. J. Biochem. (1997) Vol. 248, p. 856-863（以下、「引用例１」という。）には、次の事項が記載されている。
　
(i) 「昆虫の変態は主に２種類のホルモンにより調節されている。そのうち、２０−ヒドロキシエクジソン等のエクジステロイドは脱皮過程を誘導し、これに対して幼虫ホルモンは変態を抑制し、このようにして脱皮の性質を決定している。ステロイド類、チロイドホルモン類、レイノイド類、ビタミンＤ３を含む、発生に関わる多くの調節因子と同様に、エクジステロイド類は、リガンド誘導性の因子として働く核受容体に結合することによって、直接的に遺伝子の転写を制御する。核受容体類は、高度に保存されたＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）とリガンド結合ドメイン（ＬＢＤ）を有する共通のモジュール構造を擁する転写因子のファミリーに属している。
　昆虫においては、そのエクジステロイド受容体は、しばしばエクジソン受容体（ＥｃＲ）とも呼ばれ、高等双翅目であるDrosophila melanogaster（キイロショウジョウバエ）で、最初にクローニングおよび機能解析をされた。しかしながら、より最近の研究は、活性な受容体がＥｃＲタンパク質と、別の受容体ファミリーメンバーであるUltraspiracle（ＵＳＰ）からなるヘテロダイマーであることを示した。さらに複数のＥｃＲホモログが、他の２種の双翅目すなわちChironomus tentans（ユスリカ）とAedes aegypti（ネッタイシマカ）、および３種の鱗翅目、すなわちBombyx mori（カイコガ）、Manduca sexta（タバコスズメガ）、Choristoneura fumiferana（トウヒノシントメハマキ）から同定された。全ては、強いアミノ酸の相同性を、特にＤＢＤとＬＢＤ領域内において共有する。」（第８５６頁左欄第１行〜右欄第８行）
　
(ii)「T. molitor（チャイロコメノゴミダマシムシ）ＥｃＲのゲノムDNAの分離。ＤＢＤは核内受容体スーパーファミリーの全てのメンバーにおいて、特に異なる種の相同なタンパク質の間で顕著に、最も保存された特徴を持つ。それゆえ、ショウジョウバエのＥｃＲのcDNAの、ＤＢＤとその周辺のアミノ酸をコードする配列を含む、EcoRI-KpnIの６３７塩基の断片をTenebrio(ゴミダマシムシ)のゲノムライブラリの探索に使用した。約３ゲノム等量に対する低ストリンジェンシーでの探索で３つの陽性クローンを得た。　…（途中省略）…　最終的に０．８ｋ塩基のハイブリダイズするバンドが分離および再クローニングされた。　…（途中省略）…　この０．８ｋ塩基のゴミダマシムシのゲノム断片は、ゴミダマシムシのｃDNAライブラリの探索に使用された。
　ゴミダマシムシのＥｃＲのｃDNAの分離。６つの強くハイブリダイズするクローンが、４０００００プラーク単位の探索から分離された。これらクローンの配列解析により、その５′端が異なる２つのタイプからなることが示された。」（第８５７頁右欄第４０行〜第８５９頁左欄第４行）
　
(iii)「ゴミダマシムシのEcRの推定アミノ酸配列と他の昆虫のＥｃＲの比較は、ＤＢＤとＬＢＤの両方における高度な同一性を示した（図２）。　…（途中省略）…　そのＤＢＤとＬＢＤはキイロショウジョウバエＥｃＲの各々のドメインに対し、８９％と６１％のアミノ酸同一性を示し、その他の昆虫ＥｃＲの相当するドメインに対しても類似の同一性を示した。」（第８５９頁右欄第８行〜第８６０頁左欄第１行）
　
　そして、第８５８頁の図１Aには、ゴミダマシムシＥｃＲの核酸配列と該核酸にコードされるアミノ酸配列が並記され、ＤＢＤとＬＢＤには下線が付記されている。また、第８５９頁の図２には、ゴミダマシムシと、他の５つの昆虫種（キイロショウジョウバエ、ネッタイシマカ、タバコスズメガ、カイコガ、トウヒノシントメハマキ）のＥｃＲのアミノ酸配列が並記して比較されており、ＤＢＤとＬＢＤには下線が付記されている。
　
（２）引用例２
　また、原査定の拒絶の理由で引用文献２として引用された本願優先日前の２００１年１月１１日に頒布された刊行物である国際公開第０１／０２４３６号（以下、「引用例２」という。）には、次の事項が記載されている。
　
(iv)「実施例６
L. cuprina（ヒツジキンバエ）エクジソン受容体のＥｃＲポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子のクローニングおよびキャラクタリゼーション
増幅プライマーデザインについての論理的説明
　
(v)「実施例２３
B. tabaci （タバココナジラミ）エクジソン受容体のＥｃＲポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子のクローニングおよび特徴付け
ハイブリダイゼーションプローブ調製
　
３．対比・判断
（１）本願発明
　本願明細書の段落【０２７９】には、配列番号：１（１５８６塩基）について、コナジラミの全長エクジソン受容体（以下、コナジラミエクジソン受容体を「ＢａＥｃＲ」という。）をコードする単離ｃＤＮＡクローンのポリヌクレオチド配列であると記載されている。また、段落【０１１４】の表１及び段落【０００７】の記載からみて、その他の核酸配列がコードする領域は以下のとおりである。
配列番号：１のヌクレオチド１０２〜１３４９　　ＢａＥｃＲの全長
配列番号：１のヌクレオチド１０２〜２５８　　　トランス活性化ドメイン
配列番号：１のヌクレオチド２５９〜４５７　　　ＤＮＡ結合ドメイン（以下、「ＤＢＤ」という。）
配列番号：１のヌクレオチド４５８〜６７７　　　ヒンジ領域
配列番号：１のヌクレオチド６７８〜１３４９　　リガンド結合ドメイン（以下、「ＬＢＤ」という。）
配列番号：１のヌクレオチド２５９〜１３４９　　ＤＢＤ＋ヒンジ＋ＬＢＤ
配列番号：１のヌクレオチド４５８〜１３４９　　ヒンジ＋ＬＢＤ
配列番号：１のヌクレオチド６４８〜１３４９　　ヘリックス１〜１２
　
　そして、本願発明は、これら核酸配列からなる群から選択された核酸配列を含む単離ポリヌクレオチドであるから、これら本願発明に係る核酸配列のうち、配列番号：１のヌクレオチド１０２〜１３４９の核酸配列を含むポリヌクレオチド（以下、「ＢａＥｃＲの全長ＤＮＡ」という。）、及び配列番号：１のヌクレオチド２５９〜４５７の核酸配列を含むポリヌクレオチド（以下、「ＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡ」という。）の２つの態様のものについて、その進歩性の有無を検討する。
　
（２）引用例の記載
　上記引用例１記載事項(i)には、種々の昆虫のエクジソン受容体（以下、「ＥｃＲ」という。）がクローニングされ、それらＥｃＲの間でのＤＢＤ及びＬＢＤ、特にＤＢＤ間の配列相同性が高いことが、引用例１記載事項(ii)には、ショウジョウバエのＤＢＤＤＮＡとその周辺の６３７塩基からなるｃＤＮＡ断片をプローブとして、ゴミダマシムシのゲノムライブラリからゴミダマシムシＥｃＲをコードするゲノム断片を取得し、さらに該ゲノム断片をプローブとしてゴミダマシムシのcDNAライブラリから全長のＥｃＲｃＤＮＡをクローニングしたことが、それぞれ記載されている。そして、得られたゴミダマシムシＥｃＲのＤＢＤは、プローブとして用いたショウジョウバエＥｃＲのＤＢＤと、アミノ酸レベルで８９％の同一性を有することが、引用例１記載事項(iii)に記載されている、
　また、上記引用例２記載事項(iv)には、ＤＢＤ間でのアミノ酸保存性の高いアミノ酸配列から作製した１対の縮重プライマーを用いて、ＰＣＲによりヒツジキンバエのゲノムＤＮＡを増幅してヒツジキンバエＥｃＲのＤＢＤ領域のｃＤＮＡ断片を得て、この１０５塩基のｃＤＮＡ断片をハイブリダイゼーションプローブとして、ｃＤＮＡライブラリからヒツジキンバエＥｃＲの全長ｃＤＮＡを取得したことが記載され、引用例２記載事項(v)には、同じ縮重プライマーを用いて、タバココナジラミのゲノムＤＮＡを増幅して、タバココナジラミＥｃＲのＤＢＤ領域の１０１塩基のハイブリダイゼーションプローブ（配列番号：４１）を取得したことが記載されている。
　
（３）対比
　そこでまず、ＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡ又は全長ＤＮＡである態様の本願発明と引用例１又は２に記載された事項を比較すると、両者は、昆虫由来のＥｃＲのＤＢＤ又は全長をコードするポリヌクレオチドである点で共通するが、前者では、昆虫がコナジラミであり、ポリヌクレオチドがＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡ又は全長ＤＮＡであるのに対して、昆虫が、引用例１ではゴミダマシムシ、引用例２ではヒツジキンバエであり、ポリヌクレオチドがＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡ又は全長ＤＮＡとは異なる点で、相違する。
　
（４）当審の判断
　ＥｃＲは、エクジステロイドと結合して昆虫の成長、脱皮に関わる遺伝子の転写を制御する機能を有することから、ＥｃＲのアゴニスト活性を有するリガンドが害虫に対する殺虫剤となることを期待して、このアゴニストをスクリーニングするために、各害虫のＥｃＲ遺伝子をクローニングしようとすることは、本願優先日前既に自明の技術的課題である。そしてその手段も、昆虫間のＥｃＲのＤＢＤ配列の配列相同性の高さに基づき、公知のＤＢＤのｃＤＮＡ断片をそのままハイブリダイゼーションプローブに用いるか、あるいは、各昆虫間のＤＢＤ中でも特に保存されているアミノ酸配列から設計した縮重プローブを用いてＰＣＲにより増幅した標的昆虫のＥｃＲのＤＢＤ領域のｃＤＮＡ断片を、ハイブリダイゼーションプローブに用いて、標的昆虫のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングしてＥｃＲ遺伝子をクローニングすることは、引用例１及び２にも記載のように本願優先日前既に周知であった。
　このような技術水準の下、農業害虫として周知のコナジラミのＥｃＲ遺伝子をクローニングするために、引用例１の図１Ａに記載のゴミダマシムシＥｃＲの１７４塩基のＤＢＤのｃＤＮＡ配列、あるいは、引用例２に記載の縮重プライマーによる増幅により得られた、コナジラミ科のタバココナジラミＥｃＲのＤＢＤ領域の１０１塩基（配列番号：４１）ｃＤＮＡ断片をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、コナジラミのｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることは、当業者であれば容易に想到し得たことであり、そのようにして、ＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡ及び全長ＤＮＡは、当業者であれば困難なく取得できるものである。このことは、本願発明のＢａＥｃＲのＤＢＤＤＮＡである配列番号：１のヌクレオチド２５９〜４５７からなる核酸配列と、引用例１の図１Ａに記載のゴミダマシムシＥｃＲのＤＢＤＤＢＡである１７４塩基とは７７．６％、引用例２のタバココナジラミのＥｃＲのＤＢＤ領域の１０１塩基（配列番号：４１）とは９９％一致していることからもうかがえる。
　そして、本願明細書には、本願発明のＢａＥｃＲの全長ＤＮＡ及びＤＢＤＤＮＡ自体の奏する効果について、新規な害虫ＥｃＲの全長ＤＮＡ及びＤＢＤＤＮＡを取得した効果以上の格別な効果があることは記載されておらず、本願発明において奏される効果が、引用例１、２の記載及び上記周知事項から予測できない程の格別なものとはいえない。
　したがって、本願発明は、引用例１、２の記載及び周知事項から当業者が容易になし得るものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
４．審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２１年２月２０日付審判請求書の手続補正書において、(i)「しかし、引用文献１は昆虫種間でＥｃＲドメインの配列の相同性及び配列長に有意な差異があり、ＥｃＲのドメインによって昆虫種間の相同性が異なることを記載しています（８５９頁右欄８行〜８６０頁左欄２８行）。また、本願明細書には、ＣＦＥｃＲ（ハマキガ科のガの幼虫ＥｃＲ）及びＤｍＥｃＲ（ショウジョウバエＥｃＲ）がＬ５７細胞において良好なトランス活性化を示すのに対し、同翅目コナジラミからのエクジソン受容体（ＢａＥｃＲ）はＬ５７細胞においてトランス活性化が不良であると記載しており（段落０００６、段落０２８５）、昆虫種間のＥｃＲでトランス活性化に差異があることを示しています。上記のように、エクジソン受容体は、昆虫種間で配列上完全に保存されたドメインを有していても、配列上大きく異なる他のドメインを含むものであり、また、遺伝子発現の効果においても昆虫種間で有意な差異が認められるものであります。」（第２頁第２７行〜第３６行）、及び(ii)「しかも、本願明細書は、ＢａＥｃＲを用いた遺伝子発現カセットにより、昆虫細胞ばかりでなく、哺乳動物細胞においても遺伝子発現変調系で機能的であることを示しており（実施例２、図１及び図２）、特にＭｍＲＸＲαとＬｍＵＳＰとのキメラＲＸＲ／ＵＳＰを用いた例では、哺乳動物細胞においても高い誘導倍率を示しています（図２）。本願発明のこのような効果は引用文献１からは予測し得ません。したがって、単にチャイロコメノゴミムシダマシに由来するエクジソン受容体（ＴｍＥｃＲ−Ｂ１）をコードする核酸配列を示すにすぎない引用文献１に基づいて本願発明を想起するのは、当業者であっても到底容易ではありません。」（第２頁第３７行〜第４４行）と主張している。
　まず、(i)の主張については、ＥｃＲは、昆虫種間で配列上極めて保存されたドメインと配列上さほど保存されていないドメインを含むこと、及び、遺伝子転写活性の効果においても昆虫種間で異なることは、本願優先日前既に周知の技術的事項であり、本願発明のポリヌクレオチドが、他の昆虫由来のものと配列上異なるドメインを含むことは当然予測できることであり、そのような保存されていない領域ではなく、上記３．（４）で記載したとおり、配列保存性の高いＤＢＤに基づいたプローブ又は縮重プライマーを用いることにより、本願発明のポリヌクレオチドは当業者が容易に取得できるものである。
　また、ＥｃＲは核内でＵＳＰとヘテロ二量体を形成して遺伝子転写を活性化することは、本願優先日前既に周知の事項であり、双翅目のショウジョウバエ由来のＬ５７細胞において、ショウジョウバエＥｃＲが内在性のショウジョウバエＵＳＰとヘテロ二量体を形成してトランス活性化できるのに対して、同翅目であるコナジラミのＥｃＲがＬ５７細胞の内在性ショウジョウバエＵＳＰとヘテロ二量体を形成しトランス活性化できないことは、当業者であれば予測できないこととはいえない。しかも、遺伝子転写のトランス活性化は、ＥｃＲだけでなくＵＳＰとヘテロ二量体を形成することが必須であり、トランス活性化が不良であることはＢａＥｃＲ自体による効果ではないから、本願発明において奏される効果とはいえず、審判請求人の上記(i)の主張は採用できない。
　また、上記(ii)の主張についても同様に、哺乳動物細胞における遺伝子発現変調系でＢａＥｃＲドメインが機能することについても、それはＥｃＲのみにより奏される効果ではなく、特定の哺乳動物のＲＸＲあるいは昆虫のＵＳＰとのヘテロ二量体が奏する効果であるから、本願発明のＢａＥｃＲドメインによって奏される効果であるか不明であり、審判請求人の上記(ii)の主張も採用できない。
　
５．むすび 
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。