【手続補正書】
【提出日】平成18年10月3日(2006.10.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254と、少なくとも50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基の領域にわたって少なくとも約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高い、または100％の配列同一性を有する配列を含み、プロテアーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに場合により前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定され、更に場合により、前記配列比較アルゴリズムがBLAST Ver 2.2.2でありフィルタリング設定がblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のオプションが規定値に設定されている、単離若しくは合成された核酸または組換え核酸；
（ｂ）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:147、配列番号:151、配列番号:159、配列番号:165、配列番号:172、配列番号:180、配列番号:188、配列番号:194、配列番号:200、配列番号:205、配列番号:211、配列番号:219、配列番号:223、配列番号:230、配列番号:235、配列番号:242、配列番号:249または配列番号:255記載の配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離若しくは合成された核酸または組換え核酸：
（ｃ）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、単離若しくは合成された核酸または組換え核酸であって、前記ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含み、場合により、少なくとも長さ約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の完全長である、前記核酸：または、
（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）に相補的な配列を有する、単離または合成された核酸または組換え核酸；
のいずれかであって、
場合により、前記プロテアーゼ活性が、ペプチド結合の加水分解を触媒する活性、エンドプロテアーゼ活性若しくはエキソプロテアーゼ活性、プロテイナーゼ活性若しくはペプチダーゼ活性、カルボキシペプチダーゼ活性、アミノペプチダーゼ活性、セリンプロテアーゼ活性、メタロプロテイナーゼ活性、マトリックスプロテイナーゼ活性若しくはコラゲナーゼ活性、システインプロテアーゼ活性、アスパラギンプロテアーゼ活性、キモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレイン若しくはスブチリシン活性、またはジペプチジルペプチダーゼ活性を含み、
場合により前記プロテアーゼ活性が熱安定性または熱耐性である、
前記核酸。
【請求項２】
以下の配列の少なくとも10、または約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含み、ストリンジェントな条件下で結合またはハイブリダイゼーションによってプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、前記ストリンジェントな条件が0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、前記核酸プローブ：
（ａ）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む配列；または、
（ｂ）請求項１の（ａ）〜（ｄ）に示された配列。
【請求項３】
以下の（ａ）または（ｂ）の配列の最初（5’側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および、前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5’側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む増幅プライマー対：
（ａ）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254記載の配列；または
（ｂ）請求項１に示した配列。
【請求項４】
請求項１記載の配列を含む核酸を含む発現カセット、またはベクター、またはクローニングビヒクルであって、
場合により、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含み、
場合により、前記ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含み、
場合により、前記クローニングビヒクルが細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-誘導体ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、
前記発現カセット、またはベクター、またはクローニングビヒクル。
【請求項５】
請求項１記載に示した配列を含む核酸、または請求項４記載の発現カセット、 またはベクター、またはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、
場合により、バクテリア細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞である、
前記形質転換細胞。
【請求項６】
請求項１に示した配列を含む核酸または請求項４記載の発現カセット、 またはベクター、またはクローニングビヒクルを含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物またはトランスジェニック植物またはトランスジェニック種子であって、
場合により、前記動物がマウスであり、
場合により、前記植物が、トウモロコシ、ソルガム、ポテト、トマト、小麦、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、コメ、オオムギ、草本、ワタ、ヤシ、ゴマ、ラッカセイ、ヒマワリまたはタバコであり,
場合により、前記種子が、トウモロコシ種子、小麦核、脂肪種子、ナタネ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイ、ワタ種子、タバコ種子である、
前記非ヒトトランスジェニック哺乳動物またはトランスジェニック植物またはトランスジェニック種子。
【請求項７】
請求項１記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子であって、
場合により、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオチド長またはそれより長い二本鎖ヌクレオチドである、前記RNAi分子。
【請求項８】
（i）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドと少なくとも約50、75、100、150、200、250、300またはそれより多い残基の領域にわたって少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性を有する単離若しくは合成されたポリペプチドまたは組換えポリペプチド（場合により前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）請求項１に示した配列を有する核酸によってコードされる単離若しくは合成されたポリペプチドまたは組換えポリペプチド
であって、
場合により、プロテアーゼ活性を有し、
場合により前記プロテアーゼ活性はペプチド結合の加水分解を触媒する活性を含み；
場合により記プロテアーゼ活性はプロテアーゼ活性がエンドプロテアーゼ活性またはエキソプロテアーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はプロテイナーゼ活性またはペプチダーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はカルボキシペプチダーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はアミノペプチダーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はセリンプロテアーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はメタロプロテイナーゼ活性、マトリックスプロテイナーゼ活性またはコラゲナーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はシステインプロテアーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はアスパラギンプロテアーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はキモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレインまたはスブチリシン活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性はジペプチジルペプチダーゼ活性を含み；
場合により前記プロテアーゼ活性は熱安定性または熱耐性であり；
場合によりN-結合グリコシル化部位であってもよい少なくとも一つのグリコシル化部位を有し、
場合により、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持し、
場合により、約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、
前記単離若しくは合成されたポリペプチドまたは組換えポリペプチド。
【請求項９】
固定化された請求項８記載のポリペプチドまたは固定化された請求項１記載核酸を含むアレイであって、
場合により、細胞上、金属上、樹脂上、ポリマー上、セラミック上、ガラス上、微小電極上、グラファイト粒子上、ビーズ上、ゲル上、プレート上、アレイ上、またはキャピラリー管上に固定化されている、
前記固定化られたポリペプチドまたは核酸。
【請求項１０】
請求項８記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸にコードされたポリペプチドに特異的に結合する、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であってもよい、単離若しくは合成された抗体または組換え抗体。
【請求項１１】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項１２】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステム、またはコンピュータ読み取り可能媒体であって、前記データ保存装置またはコンピュータ読み取り可能媒体にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項８に示した配列または請求項１記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含み、
前記システムが場合により、更に配列比較アルゴリズムを含み、更に前記配列比較アルゴリズムは場合により多型性を表示するコンピュータプログラムを含み、かつ、
前記システムが場合により、前記配列の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを更に含む、
前記コンピュータシステム、またはコンピュータ読み取り可能媒体。
【請求項１３】
（ａ）請求項３記載の増幅プライマー配列対、または請求項２に示した配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対または前記プローブへハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対またはプローブと合わせ、前記環境サンプルからの核酸を増幅または同定し、それによって前記環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程、
を含み、
場合により前記環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプルまたは生物学的サンプルを含み、
場合により前記生物学的サンプルは細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する、
環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法。
【請求項１４】
（ａ）請求項１記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程、
を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法であって、
場合により変種核酸を発現させて変種プロテアーゼポリペプチドを生成させることを更に含み；
場合により、前記改変、付加または欠失は、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結アッセンブリ(SLR)およびそれらの組合せを含む方法により導入され；
場合により、前記改変、付加、欠失は、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、およびそれらの組合せによって導入され；
場合により、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性に対して変異した若しくは異なる活性を有する、または、変異した若しくは異なる安定性を有するプロテアーゼが生成されるまで反復され；
場合により、前記変異した若しくは異なる活性を有するプロテアーゼが耐熱性であって、上昇した温度に曝露した後にある程度の活性を維持し；
場合により、鋳型核酸のコドン使用頻度とは異なるコドン使用頻度を有するプロテアーゼコード配列が生成されるまで反復され；
場合により、鋳型核酸のメッセンジャー発現または安定性よりも高いまたは低いメッセンジャー発現レベルまたは安定性を有するプロテアーゼ遺伝子が生成されるまで反復される、
前記方法。
【請求項１５】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１記載の配列を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程、
または、
工程（ａ）の核酸中のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同一のアミノ酸をコードする異なるコドンに置換し、それによってプロテアーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程、または、
工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞中の発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１６】
（a）請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程、
を含む、タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する方法であって、
場合により、前記組成物が植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または動物細胞を含む、
前記方法。
【請求項１７】
以下の工程を含む、組成物からタンパク質を液化または除去する方法：
（a）請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質を除去または液化する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１８】
プロテアーゼ活性を有する、請求項８記載のポリペプチドを含む洗剤組成物であって、
場合により、前記プロテアーゼは非界面活性プロテアーゼまたは界面活性プロテアーゼであり、
場合により、前記プロテアーゼは非水性液状組成物、鋳造固形物、顆粒形態、粒状形態、打錠剤、ゲル状形態、ペーストまたはスラリー状形態として製剤される、
前記洗剤組成物。
【請求項１９】
請求項８記載のポリペプチドを含む布地または繊維製品であって、場合により、セルロース含有繊維を含む、前記布地または繊維製品。
【請求項２０】
請求項８記載のポリペプチドを含む飼料または食物。
【請求項２１】
請求項８に示した配列を有するプロテアーゼを含む乳製品。
【請求項２２】
請求項８記載のプロテアーゼを含む紙もしくは紙製品または紙パルプ。
【請求項２３】
プロテアーゼ活性を有する、請求項８記載のポリペプチドを含む医薬組成物であって、
場合により、消化補助剤、局所皮膚保護剤、抗菌剤、抗ウイルス剤、消毒剤または抗がん剤として機能し、
場合により、前記プロテアーゼ活性を有するポリペプチドが特定の標的タンパク質を切断または破壊するための治療的効果量で存在し、場合により前記標的タンパク質が毒素タンパク質、ウイルスまたは癌細胞タンパク質であり、場合により、前記即粗タンパク質がアントラックス毒素、クロストリジウム・ボツリナム毒素またはリシン毒素である、
前記医薬組成物。
【請求項２４】
請求項８記載のポリペプチドを含む口腔ケア製品であって、
場合により、練り歯磨き、歯磨きクリーム、ゲルもしくは歯磨き粉、オドンティック、口腔洗浄液、歯磨き前後のリンス剤、チューインガム、ロゼンジまたはキャンディーを含む、
前記口腔ケア製品。
【請求項２５】
請求項８記載のポリペプチドを含むコンタクトレンズ洗浄組成物。
【請求項２６】
以下の工程を含む、動物の固体廃棄物または液体廃棄物を処理する方法：
（a）請求項８記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）動物の固体廃棄物または液体廃棄物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記廃棄物を処理できる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の固体廃棄物または液体廃棄物を接触させる工程。
【請求項２７】
プロテアーゼ活性を有する、請求項８に示した配列を有するポリペプチドを含む廃棄物の加工生成物。
【請求項２８】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤であって、前記ポリペプチドが請求項８に示した配列を含み、
場合により、前記プロテアーゼがタンパク質を加水分解する活性を含む抗菌活性または抗ウイルス活性を有し、場合により前記タンパク質がアントラックス毒素またはアントラックス毒素、クロストリジウム・ボツリナム毒素またはリシン毒素である、
前記抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤。
【請求項２９】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む消毒剤であって、前記ポリペプチドが請求項８に示した配列を含む、前記消毒剤。
【請求項３０】
以下を含む、組織を解離させるための医薬の製造のためのプロテアーゼ活性を有するポリペプチドの使用であって、場合により、前記医薬が圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、瘢痕、IV固定、手術創または小さな傷の治療のための創傷洗浄、創傷床調製用である、前記使用：
（a）請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチを含む組成物を提供すること；
（b）工程（a）の組成物を医薬製造のために適切な賦形剤と接触させること。
【請求項３１】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む医療用包帯であって、前記ポリペプチドが請求項８記載の配列を含む、前記医療用包帯。
【請求項３２】
毒素を加水分解する能力を含むプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む抗毒薬であって、前記ポリペプチドは請求項８に示した配列を含み、場合により、前記毒素がアントラックス毒素、クロストリジウム・ボツリナム毒素またはリシン毒素である、前記抗毒薬。
【請求項３３】
請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む汚染除去剤または抗生物学的兵器剤であって、場合により前記プロテアーゼ活性を有するポリペプチドが毒素またはウイルス若しくは生物学的兵器生物を加水分解する能力を有する活性を有する、前記汚染除去剤または抗生物学的兵器剤。
【請求項３４】
請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む、組織解離、創傷洗浄、創傷床調製、圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、または瘢痕、IV固定、手術創若しくは小さな傷の治療用の医薬もしくは医薬組成物であって、場合により前記組織が創傷である、前記医薬もしくは医薬組成物。
【請求項３５】
請求項８記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物の、組織解離、創傷洗浄、創傷床調製、圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、または瘢痕、IV固定、手術創若しくは小さな傷の治療用の医薬もしくは医薬組成物のための使用であって、場合により前記組織が創傷であり、場合により前記医薬または医薬組成物が創傷洗浄、創傷床調製、圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、または瘢痕、IV固定、手術創若しくは小さな傷の治療用に製剤化される、前記使用。