【手続補正書】
【提出日】平成17年7月15日(2005.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生型プロテイナーゼインヒビターのアミノ酸配列中の少なくとも１つのエピトープに少なくとも１つの突然変異を有するようなアミノ酸配列を含む変異型プロテイナーゼインヒビターであって、前記突然変異により、前記変異型プロテイナーゼインヒビターと抗プロテイナーゼインヒビター抗体との結合が、前記野生型プロテイナーゼインヒビターと前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体との結合と比べた場合変化している、前記変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項２】
前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体が野生型プロテイナーゼインヒビターに対して有する結合親和性と比較して、前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体が有する前記変異型プロテイナーゼインヒビターの変異したエピトープに対する結合親和性の方が低い、請求項１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項３】
前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体が、前記野生型プロテイナーゼインヒビターの測定可能な活性に影響を及ぼす、請求項１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項４】
前記測定可能な活性が、標的プロテイナーゼに対する前記野生型プロテイナーゼインヒビターの阻害活性である、請求項３に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項５】
前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体が、前記変異型プロテイナーゼインヒビターの変異したエピトープに結合しない、請求項１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項６】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターが、野生型プラスミノゲンアクチベーターインヒビター(PAI)の変異体である、請求項１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項７】
前記変異型PAIが、野生型PAI-1の変異体である、請求項６に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項８】
前記野生型PAI-1のアミノ酸配列が、図１に示すものである、請求項７に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項９】
前記抗プロテイナーゼインヒビター抗体が、抗PAIモノクローナル抗体である、請求項８に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１０】
前記抗PAIモノクローナル抗体が、MA-33B8または31C9である、請求項９に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１１】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターのアミノ酸配列が、1、2、13、82、87、88、89、92、95、110、115、127、151、174、196、202、212、218、223、230、232、241、283、300、305、308、329、331、339、351および354番目のアミノ酸残基からなる群より選択される１つ以上のアミノ酸残基において置換を含む、請求項８に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１２】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターが、87、88、89、174、230、232、329および331番目のアミノ酸残基からなる群より選択される１つ以上のアミノ酸残基において置換を含む、請求項１１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１３】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターが、87、88、89、174、230、232、329および331番目のアミノ酸残基からなる群より選択される複数のアミノ酸残基において置換を含む、請求項１１に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１４】
前記変異体が、87番目のアミノ酸において少なくとも１つのアミノ酸置換を含む、請求項１２に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１５】
前記87番目のアミノ酸におけるアミノ酸置換が、アスパラギンをアスパラギン酸へと変化させることである、請求項１４に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１６】
前記変異体が、230番目のアミノ酸における少なくとも１つのアミノ酸置換を含む、請求項１２に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１７】
前記230番目のアミノ酸におけるアミノ酸置換が、グリシンをバリンへと変化させることである、請求項１６に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１８】
前記変異体が、331番目のアミノ酸における少なくとも１つのアミノ酸置換を含む、請求項１２に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項１９】
前記331番目のアミノ酸におけるアミノ酸置換が、セリンをアルギニンへと変化させることである、請求項１８に記載の変異型プロテイナーゼインヒビター。
【請求項２０】
アミノ酸配列の少なくとも１つのエピトープにおいて少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の変異型プロテイナーゼインヒビターの断片。
【請求項２１】
請求項１〜１９のいずれか１項に記載の変異型プロテイナーゼインヒビターまたは該変異型プロテイナーゼインヒビターの断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸配列であって、前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたは前記断片が、前記アミノ酸配列の少なくとも１つのエピトープに少なくとも１つの突然変異を含む、前記核酸配列。
【請求項２２】
請求項２１に記載の核酸配列を発現させる調節制御配列に作用可能に連結した前記核酸配列を含む、核酸構築物。
【請求項２３】
請求項２２に記載の核酸構築物を含む、ベクター。
【請求項２４】
請求項２２に記載の核酸構築物で形質転換またはトランスフェクトされた宿主。
【請求項２５】
前記核酸配列が発現される条件下で、請求項２４に記載の宿主を培養することを含む、変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片を製造する方法。
【請求項２６】
(a)  化合物を：
(i)  アミノ酸配列の少なくとも１つのエピトープに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とインキュベートし；
そしてそれとは別に前記化合物を：
(ii)  野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とインキュベートすること；
(b)  前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片、および前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片と、前記化合物との結合を測定すること；ならびに
(c)  前記化合物と前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合を、前記化合物と前記野性型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合と比較すること、
を含む、プロテイナーゼインヒビターの活性に影響を及ぼす少なくとも１つの化合物をスクリーニングする方法。
【請求項２７】
(d)  前記化合物と前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合と比較して、前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とより弱く結合する化合物を選択すること、
をさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記化合物の前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合が、該化合物と前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合の約95％以下である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記化合物の前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合が、該化合物と前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合の約75％以下である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記化合物の前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合が、該化合物と前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合の約50％以下である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記化合物の前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合が、該化合物と前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片との結合の約24％以下である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３２】
前記化合物が、前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とは結合しないが、前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とは結合する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３３】
(a)  化合物を：
(i)  アミノ酸配列の少なくとも１つのエピトープに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とインキュベートし；
そしてそれとは別に前記化合物を：
(ii)  野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片とインキュベートすること；
(b)  前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の標的プロテイナーゼに対する阻害活性および前記野生型プロテイナーゼインヒビターの標的プロテイナーゼに対する阻害活性に対する(a)における前記化合物の影響を測定すること；ならびに
(c)  (b)における前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の阻害活性に対する前記化合物の影響を、野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の阻害活性に対する前記化合物の影響と比較すること、
を含む、プロテイナーゼインヒビターの阻害活性に影響を及ぼす少なくとも１つの化合物をスクリーニングする方法。
【請求項３４】
(d)前記化合物が前記野生型プロテイナーゼインヒビターの阻害活性に影響を及ぼす場合に、前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の阻害活性に対する影響よりも、(b)における前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の阻害活性に対する影響が小さい化合物を選択すること、
をさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片が、前記化合物の不在下で測定した場合の標的プロテイナーゼに対する阻害活性の約5〜100％を保持する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片が、前記化合物の不在下で測定した場合の標的プロテイナーゼに対する阻害活性の少なくとも約25％を保持する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片が、前記化合物の不在下で測定した場合の標的プロテイナーゼに対する阻害活性の少なくとも約50％を保持する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片が、前記化合物の不在下で測定した場合の標的プロテイナーゼに対する阻害活性の少なくとも約75％を保持する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
前記化合物が、前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片の阻害活性に対して実質的に全く影響を及ぼさない、請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
前記ステップ(b)の測定が、標的プロテイナーゼを、(a)の前記変異型プロテイナーゼインヒビターおよび前記化合物に添加して第１の混合物を作製し、(a)の前記野生型プロテイナーゼインヒビターに添加して第２の混合物を作製し、前記第１および第２の混合物をインキュベートすることを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】
前記(b)の測定が、前記標的プロテイナーゼ活性を測定することを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４２】
前記標的プロテイナーゼ活性の測定が、前記標的プロテイナーゼの基質を添加し、前記基質の酵素的変換を測定することを含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記スクリーニングが：
(e)  ステップ(a)〜(d)の平行セットを行い、ただしステップ(a)において化合物を添加しないこと、
を含む対照試験をさらに含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】
前記(a)における前記変異型プロテイナーゼインヒビターもしくはその断片および前記野生型プロテイナーゼインヒビターもしくはその断片を添加せずに、前記標的プロテイナーゼ活性を測定する対照インキュベーションを行うことをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４５】
前記(a)において前記変異型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片、前記野生型プロテイナーゼインヒビターまたはその断片、および前記化合物を添加せずに、前記標的プロテイナーゼ活性を測定する対照インキュベーションを行うことをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
(a)  化合物を：
(i)  変異型準安定タンパク質またはその断片とインキュベートし；
そしてそれとは別に前記化合物を：
(ii)  野生型準安定タンパク質またはその断片とインキュベートすること；
(b)  該変異型準安定タンパク質またはその断片および前記野生型準安定タンパク質またはその断片の測定可能な活性に対する(a)における前記化合物の影響を測定すること；ならびに
(c)  前記変異型準安定タンパク質またはその断片の測定可能な活性に対する(b)における前記化合物の影響を、前記野生型準安定タンパク質またはその断片の測定可能な活性に対する前記化合物の影響と比較すること、
を含む、準安定タンパク質における少なくとも１つの化合物結合部位をマッピングする方法。
【請求項４７】
(d)  前記化合物が前記野生型準安定タンパク質の測定可能な活性に影響を及ぼす場合に、前記野生型準安定タンパク質またはその断片の活性に対する影響よりも、前記(b)における前記変異型準安定タンパク質またはその断片の活性に対する影響が少ない化合物を選択すること、
をさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記変異型準安定タンパク質またはその断片が、前記化合物の存在下でその測定可能な活性の約5〜100％を保持する、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記変異型準安定タンパク質またはその断片が、前記化合物の存在下でその測定可能な活性の少なくとも約25％を保持する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記変異型準安定タンパク質またはその断片が、前記化合物の存在下でその測定可能な活性の少なくとも約50％を保持する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
前記変異型準安定タンパク質またはその断片が、前記化合物の存在下でその測定可能な活性の少なくとも約75％を保持する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
前記化合物が、前記変異型準安定タンパク質またはその断片の阻害活性に対して実質的に全く影響がない、請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
前記スクリーニングが：
(e)  ステップ(a)〜(d)の平行セットを行い、ただし前記ステップ(a)において化合物を添加しないこと、
を含む対照試験をさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
前記(a)において前記変異型準安定タンパク質またはその断片および前記野生型準安定タンパク質またはその断片を添加せずに前記測定可能な活性を測定する、対照インキュベーションを行うことをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５５】
前記(a)において前記変異型準安定タンパク質またはその断片、前記野生型準安定タンパク質またはその断片、および前記化合物を添加せずに前記測定可能な活性を測定する、対照インキュベーションを行うことをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５６】
前記野生型準安定タンパク質またはその断片のアミノ酸配列の少なくとも１つのエピトープにおいて少なくとも１つの突然変異を導入することにより、前記変異型準安定タンパク質またはその断片を調製し、ここで前記突然変異が、前記変異型準安定タンパク質またはその断片と、前記野生型準安定タンパク質またはその断片に結合する抗体との結合を変化させるものである、請求項４７に記載の方法。