【手続補正書】
【提出日】平成17年6月15日(2005.6.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の官能基を含む鋳型化された分子の合成方法であって、以下の工程：
（ｉ）ｎ個のコード因子の配列を含む少なくとも一個の鋳型を準備し、
ここで各コード因子は所定の相補因子を認識する能力を有する少なくとも一個の認識基を含み、かつｎは１より大きい整数であり；
（ｉｉ）複数のビルディングブロックを準備し、
ここでビルディングブロックは、各々、
ａ）所定のコード因子を認識する能力を有する少なくとも一個の認識基を含む少なくとも一個の相補因子と、
ｂ）少なくとも一個の官能基および少なくとも一個の反応基を含む少なくとも一個の機能的部分と、
ｃ）少なくとも一個の機能的部分を少なくとも一個の相補因子から分離する少なくとも一個のリンカーとを、含み；
（ｉｉｉ）各コード因子をそのコード因子の認識能を有する相補因子と接触させ；
（ｉｖ）相補鋳型を得てもよく；
（ｖ）反応基の関与する反応によって、少なくとも一個の機能的部分の官能基を別の機能的部分の官能基に連結させることで、共有結合した官能基を含む鋳型化された分子を得、
ここでその鋳型化された分子は、一のリンカーにより、その相補鋳型との、または鋳型化された分子の合成をテンプレートした鋳型との結合能を有する；
ことを含む、鋳型化された分子の合成方法。
【請求項２】
鋳型された分子が単一のリンカーで相補鋳型にあるいは鋳型された分子の合成をテンプレートした鋳型に連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項３】
工程ｉｉｉ）ないしｖ）を繰り返す、請求項１記載の方法。
【請求項４】
ｎ個のコード因子を含む鋳型が線状のコード因子の配列である、請求項１記載の方法。
【請求項５】
ｎ個のコード因子を含む鋳型が分岐されている、請求項１記載の方法。
【請求項６】
ｎが、好ましくは、２ないし２００の、例えば２ないし１００の、２ないし８０などの、例えば２ないし６０の、２ないし４０などの、例えば２ないし３０の、２ないし２０などの、例えば２ないし１５の、２ないし１０などの、２ないし８などの、例えば２ないし６の、２ないし４などの、例えば２の、３ないし１００などの、例えば３ないし８０の、３ないし６０などの、３ないし４０などの、例えば３ないし３０の、３ないし２０などの、３ないし１５などの、例えば３ないし１５の、３ないし１０などの、３ないし８などの、例えば３ないし６の、３ないし４などの、例えば３の、４ないし１００などの、例えば４ないし８０の、４ないし６０などの、４ないし４０などの、例えば４ないし３０の、４ないし２０などの、４ないし１５などの、例えば４ないし１０の、４ないし８などの、４ないし６などの、例えば４の、例えば５ないし１００の、５ないし８０などの、例えば５ないし６０の、５ないし４０などの、例えば５ないし３０の、５ないし２０などの、例えば５ないし１５の、５ないし１０などの、５ないし８などの、例えば５ないし６の、例えば５の、６ないし１００などの、例えば６ないし８０の、６ないし６０などの、６ないし４０などの、例えば６ないし３０の、６ないし２０などの、６ないし１５などの、例えば６ないし１０の、６ないし８などの、６などの、例えば７ないし１００の、７ないし８０などの、例えば７ないし６０の、７ないし４０などの、例えば７ないし３０の、７ないし２０などの、例えば７ないし１５の、７ないし１０などの、７ないし８などの、例えば７の、例えば８ないし１００の、８ないし８０などの、例えば８ないし６０の、８ないし４０などの、例えば８ないし３０の、８ないし２０などの、例えば８ないし１５の、８ないし１０などの、８などの、例えば９の、例えば１０ないし１００の、１０ないし８０などの、例えば１０ないし６０の、１０ないし４０などの、例えば１０ないし３０の、１０ないし２０などの、例えば１０ないし１５の、１０ないし１２などの、１０などの、例えば１２ないし１００の、１２ないし８０などの、例えば１２ないし６０の、１２ないし４０などの、例えば１２ないし３０の、１２ないし２０などの、例えば１２ないし１５の、１４ないし１００などの、１４ないし８０などの、例えば１４ないし６０の、１４ないし４０などの、例えば１４ないし３０の、１４ないし２０などの、例えば１４ないし１６の、１６ないし１００などの、１６ないし８０などの、例えば１６ないし６０の、１６ないし４０などの、例えば１６ないし３０の、１６ないし２０などの、１８ないし１００などの、１８ないし８０などの、例えば１８ないし６０の、１８ないし４０などの、例えば１８ないし３０の、１８ないし２０などの、例えば２０ないし１００の、２０ないし８０などの、例えば２０ないし６０の、２０ないし４０などの、例えば２０ないし３０の、２０ないし２５などの、例えば２２ないし１００の、２２ないし８０どの、例えば２２ないし６０の、２２ないし４０などの、例えば２２ないし３０の、２２ないし２５などの、例えば２５ないし１００の、２５ないし８０などの、例えば２５ないし６０の、２５ないし４０などの、例えば２５ないし３０の、３０ないし１００などの、例えば３０ないし８０の、３０ないし６０などの、例えば３０ないし４０の、３０ないし３５などの、例えば３５ないし１００の、３５ないし８０などの、例えば３５ないし６０の、３５ないし４０などの、例えば４０ないし１００の、４０ないし８０などの、例えば４０ないし６０の、４０ないし５０などの、例えば４５ないし４５の、４５ないし１００などの、例えば４５ないし８０の、４５ないし６０などの、例えば４５ないし５０の、５０ないし１００などの、例えば５０ないし８０の、５０ないし６０などの、例えば５０ないし５５の、６０ないし１００などの、例えば６０ないし８０の、６０ないし７０などの、例えば７０ないし１００の、７０ないし９０などの、例えば７０ないし８０の、８０ないし１００などの、例えば８０ないし９０の、９０ないし１００などの数値を有する、請求項１記載の方法。
【請求項７】
鋳型が固体または半固体支持体に結合されている、請求項１記載の方法。
【請求項８】
鋳型が、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）およびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体も含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項１記載の方法。
【請求項９】
鋳型がＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体も含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなり、相補因子がＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体も含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
鋳型が増幅可能である、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
鋳型が一本鎖のコード因子を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
一本鎖のコード因子が一本鎖の相補因子を含む相補鋳型とハイブリッド形成することで二重螺旋を形成することのできる、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
鋳型がプライミング部位を含む、請求項１ないし１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
プライミング部位がコード因子の上流にあり、ビルディングブロックの組み込みを開始し、および／または鋳型のコード因子を増幅するためのプライマーとの結合能を有する、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
プライミング部位がコード因子の下流にあり、オリゴヌクレオチドとの結合能を有する、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
オリゴヌクレオチドが一の固定点を含み、それが鋳型化された分子と結合しうる、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
オリゴヌクレオチドがビルディングブロックのさらなる組み込みを停止する能力を有する、請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
プライミング部位が可逆プライマーと結合する能力を有する、請求項１５記載の方法。
【請求項１９】
コード因子が、各々、化学的共有結合により隣接する一のコード因子に連結される、請求項１記載の方法。
【請求項２０】
コード因子が、各々、化学的共有結合により隣接する各コード因子に連結される、請求項１記載の方法。
【請求項２１】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる共有結合の群より選択される、請求項１９または２０記載の方法。
【請求項２２】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合およびホスホロチオエート結合からなる共有結合の群より選択される、請求項１９または２０記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも一個のコード因子が固体または半固体支持体に結合されている、請求項１記載の方法。
【請求項２４】
コード因子がヌクレオチド（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）、アミノ酸、抗体および抗原からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項２５】
コード因子がヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる、そのいずれの組み合せをも含む、群より選択される、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
コード因子がヌクレオチドからなる群より選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むデオキシリボ核酸である、請求項２５記載の方法。
【請求項２８】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むリボ核酸である、請求項２５記載の方法。
【請求項２９】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する一のヌクレオチドに連結されている、請求項２５記載の方法。
【請求項３０】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する各ヌクレオチドに連結されている、請求項２５記載の方法。
【請求項３１】
共有結合がリン酸ジエステル結合またはホスホロチオエート結合である、請求項２９または３０記載の方法。
【請求項３２】
コード因子がデオキシリボ核酸からなる群より選択される天然または天然に存在しないヌクレオチドである、請求項２５記載の方法。
【請求項３３】
コード因子がリボ核酸からなる群より選択される天然または天然に存在しないヌクレオチドである、請求項２５記載の方法。
【請求項３４】
コード因子がヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる群より選択され、そのうちの１個またはそれ以上の塩基部分および／またはリン酸部分および／またはリボースまたはデオキシリボース部分が別の分子部分により置換されている、請求項１記載の方法。
【請求項３５】
コード因子との相互作用能を有する相補因子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項１記載の方法。
【請求項３６】
ヌクレオチドが、各々、化学的共有結合により隣接する一のヌクレオチドに連結されている、請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
ヌクレオチドが、各々、化学的共有結合により隣接する各ヌクレオチドに連結されている、請求項３５または３６記載の方法。
【請求項３８】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合およびペプチド結合からなる共有結合の群から選択される、請求項３５ないし３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
コード因子が、好ましくは、１ないし１００個のサブユニットの、１ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１ないし６０個のサブユニットの、１ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１ないし２０個のサブユニットの、１ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１ないし１６個のサブユニットの、１ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１ないし１２個のサブユニットの、１ないし１０個のサブユニットなどの、例えば１ないし９個のサブユニットの、１ないし８個のサブユニットなどの、例えば１ないし７個のサブユニットの、１ないし６個のサブユニットなどの、例えば１ないし５個のサブユニットの、１ないし４個のサブユニットなどの、例えば１ないし３個のサブユニットの、１ないし２個のサブユニットなどの、例えば１個のサブユニットの、２ないし１００個のサブユニットの、２ないし８０個のサブユニットなどの、例えば２ないし６０個のサブユニットの、２ないし４０個のサブユニットなどの、例えば２ないし２０個のサブユニットの、２ないし１８個のサブユニットなどの、例えば２ないし１６個のサブユニットの、２ないし１４個のサブユニットなどの、例えば２ないし１２個のサブユニットの、２ないし１０個のサブユニットなどの、例えば２ないし９個のサブユニットの、２ないし８個のサブユニットなどの、例えば２ないし７個のサブユニットの、２ないし６個のサブユニットなどの、例えば２ないし５個のサブユニットの、２ないし４個のサブユニットなどの、例えば２ないし３個のサブユニットの、２個のサブユニットなどの、３ないし１００個のサブユニットの、３ないし８０個のサブユニットなどの、例えば３ないし６０個のサブユニットの、３ないし４０個のサブユニットなどの、例えば３ないし２０個のサブユニットの、３ないし１８個のサブユニットなどの、例えば３ないし１６個のサブユニットの、３ないし１４個のサブユニットなどの、例えば３ないし１２個のサブユニットの、３ないし１０個のサブユニットなどの、例えば３ないし９個のサブユニットの、３ないし８個のサブユニットなどの、例えば３ないし７個のサブユニットの、３ないし６個のサブユニットなどの、例えば３ないし５個のサブユニットの、３ないし４個のサブユニットなどの、例えば３個のサブユニットの、例えば４ないし１００個のサブユニットの、４ないし８０個のサブユニットなどの、例えば４ないし６０個のサブユニットの、４ないし４０個のサブユニットなどの、例えば４ないし２０個のサブユニットの、４ないし１８個のサブユニットなどの、例えば４ないし１６個のサブユニットの、４ないし１４個のサブユニットなどの、例えば４ないし１２個のサブユニットの、４ないし１０個のサブユニットなどの、例えば４ないし９個のサブユニットの、４ないし８個のサブユニットなどの、例えば４ないし７個のサブユニットの、４ないし６個のサブユニットなどの、例えば４ないし５個のサブユニットの、例えば４個のサブユニットの、５ないし１００個のサブユニットの、５ないし８０個のサブユニットなどの、例えば５ないし６０個のサブユニットの、５ないし４０個のサブユニットなどの、例えば５ないし２０個のサブユニットの、５ないし１８個のサブユニットなどの、例えば５ないし１６個のサブユニットの、５ないし１４個のサブユニットなどの、例えば５ないし１２個のサブユニットの、５ないし１０個のサブユニットなどの、例えば５ないし９個のサブユニットの、５ないし８個のサブユニットなどの、例えば５ないし７個のサブユニットの、５ないし６個のサブユニットなどの、例えば５個のサブユニットの、６ないし１００個のサブユニットの、６ないし８０個のサブユニットなどの、例えば６ないし６０個のサブユニットの、６ないし４０個のサブユニットなどの、例えば６ないし２０個のサブユニットの、６ないし１８個のサブユニットなどの、例えば６ないし１６個のサブユニットの、６ないし１４個のサブユニットなどの、例えば６ないし１２個のサブユニットの、６ないし１０個のサブユニットなどの、例えば６ないし７個のサブユニットの、６個のサブユニットなどの、７ないし１００個のサブユニットの、７ないし８０個のサブユニットなどの、例えば７ないし６０個のサブユニットの、７ないし４０個のサブユニットなどの、例えば７ないし２０個のサブユニットの、７ないし１８個のサブユニットなどの、例えば７ないし１６個のサブユニットの、７ないし１４個のサブユニットなどの、例えば７ないし１２個のサブユニットの、７ないし１０個のサブユニットなどの、例えば７ないし９個のサブユニットの、７ないし８個のサブユニットなどの、例えば７個のサブユニットの、８ないし１００個のサブユニットの、８ないし８０個のサブユニットなどの、例えば８ないし６０個のサブユニットの、８ないし４０個のサブユニットなどの、例えば８ないし２０個のサブユニットの、８ないし１８個のサブユニットなどの、例えば８ないし１６個のサブユニットの、８ないし１４個のサブユニットなどの、例えば８ないし１２個のサブユニットの、８ないし１０個のサブユニットなどの、例えば８ないし９個のサブユニットの、例えば８個のサブユニットの、９ないし１００個のサブユニットの、９ないし８０個のサブユニットなどの、例えば９ないし６０個のサブユニットの、９ないし４０個のサブユニットなどの、例えば９ないし２０個のサブユニットの、９ないし１８個のサブユニットなどの、例えば９ないし１６個のサブユニットの、９ないし１４個のサブユニットなどの、例えば９ないし１２個のサブユニットの、９ないし１０個のサブユニットなどの、９個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１００個のサブユニットの、１０ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１０ないし６０個のサブユニットの、１０ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１０ないし２０個のサブユニットの、１０ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１６個のサブユニットの、１０ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１２個のサブユニットの、１０個のサブユニットなどの、１１ないし１００個のサブユニットなどの、１１ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１１ないし６０個のサブユニットの、１１ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１１ないし２０個のサブユニットの、１１ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１１ないし１６個のサブユニットの、１１ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１１ないし１２個のサブユニットの、１２ないし１００個のサブユニットなどの、１２ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１２ないし６０個のサブユニットの、１２ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１２ないし２０個のサブユニットの、１２ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１２ないし１６個のサブユニットの、１２ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１３ないし１００個のサブユニットの、１３ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１３ないし６０個のサブユニットの、１３ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１３ないし２０個のサブユニットの、１３ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１３ないし１６個のサブユニットの、１３ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１４ないし１００個のサブユニットの、１４ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１４ないし６０個のサブユニットの、１４ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１４ないし２０個のサブユニットの、１４ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１４ないし１６個のサブユニットの、１５ないし１００個のサブユニットなどの、１５ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１５ないし６０個のサブユニットの、１５ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１５ないし２０個のサブユニットの、１５ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１５ないし１６個のサブユニットの、１６ないし１００個のサブユニットなどの、１６ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１６ないし６０個のサブユニットの、１６ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１６ないし２０個のサブユニットの、１６ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１７ないし１００個のサブユニットの、１７ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１７ないし６０個のサブユニットの、１７ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１７ないし２０個のサブユニットの、１７ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１８ないし１００個のサブユニットの、１８ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１８ないし６０個のサブユニットの、１８ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１８ないし２０個のサブユニットの、１９ないし１００個のサブユニットなどの、１９ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１９ないし６０個のサブユニットの、１９ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１９ないし３０個のサブユニットの、１９ないし２５個のサブユニットなどの、例えば２０ないし１００個のサブユニットの、２０ないし８０個のサブユニットなどの、例えば２０ないし６０個のサブユニットの、２０ないし４０個のサブユニットなどの、例えば２０ないし３０個のサブユニットの、２０ないし２５個のサブユニットなどを含む、または本質的にそれらのサブユニットからなる、請求項１記載の方法。
【請求項４０】
サブユニットが、各々、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含むあるいは本質的に該ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログからなる、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
サブユニットが、各々、ヌクレオチドを含むまたは本質的に該ヌクレオチドからなる、請求項４０記載の方法。
【請求項４２】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むデオキシリボ核酸である、請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むリボ核酸である、請求項４１記載の方法。
【請求項４４】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項４１記載の方法。
【請求項４５】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項４１記載の方法。
【請求項４６】
共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる群より選択される、請求項４４または４５記載の方法。
【請求項４７】
少なくとも数個のヌクレオチドがヌクレオチド誘導体からなる群より選択される、請求項４０記載の方法。
【請求項４８】
ヌクレオチド誘導体がデオキシリボ核酸誘導体およびリボ核酸誘導体からなる群より選択される、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
コード因子サブユニットがヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる群より選択され、そのうちの１個またはそれ以上の塩基部分および／またはリン酸部分および／またはリボース部分および／またはデオキシリボース部分が別の分子部分により置換されている、請求項３９記載の方法。
【請求項５０】
コード因子サブユニットとの相互作用能を有する相補因子サブユニットが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項４９記載の方法。
【請求項５１】
ヌクレオチド誘導体が、各々、化学的共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項５０記載の方法。
【請求項５２】
ヌクレオチド誘導体が、各々、化学的共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項５０記載の方法。
【請求項５３】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる共有結合の群から選択される、請求項５１または５２記載の方法。
【請求項５４】
相補鋳型が、複数の所定の各コード因子をそのコード因子の認識能を有する一の相補因子と接触させることでそのコード因子を相補させることにより、得られる、請求項１記載の方法。
【請求項５５】
ｎ個の相補因子を含む相補鋳型がコード因子の線状配列である、請求項１記載の方法。
【請求項５６】
ｎ個の相補因子を含む相補鋳型が分岐している、請求項１記載の方法。
【請求項５７】
ｎが、好ましくは、２ないし２００の、例えば２ないし１００の、２ないし８０などの、例えば２ないし６０の、２ないし４０などの、例えば２ないし３０の、２ないし２０などの、例えば２ないし１５の、２ないし１０などの、２ないし８などの、例えば２ないし６の、２ないし４などの、２などの、３ないし１００などの、例えば３ないし８０の、３ないし６０などの、３ないし４０などの、例えば３ないし３０の、３ないし２０などの、３ないし１５などの、例えば３ないし１５の、３ないし１０などの、３ないし８などの、例えば３ないし６の、３ないし４などの、例えば３の、４ないし１００などの、例えば４ないし８０の、４ないし６０などの、４ないし４０などの、例えば４ないし３０の、４ないし２０などの、４ないし１５などの、例えば４ないし１０の、４ないし８などの、４ないし６などの、４などの、例えば５ないし１００の、５ないし８０などの、例えば５ないし６０の、５ないし４０などの、例えば５ないし３０の、５ないし２０などの、例えば５ないし１５の、５ないし１０などの、５ないし８などの、例えば５ないし６の、例えば５の、６ないし１００などの、例えば６ないし８０の、６ないし６０などの、６ないし４０などの、例えば６ないし３０の、６ないし２０などの、６ないし１５などの、例えば６ないし１０の、６ないし８などの、６などの、例えば７ないし１００の、７ないし８０などの、例えば７ないし６０の、７ないし４０などの、例えば７ないし３０の、７ないし２０などの、例えば７ないし１５の、７ないし１０などの、７ないし８などの、７などの、例えば８ないし１００の、８ないし８０などの、例えば８ないし６０の、８ないし４０などの、例えば８ないし３０の、８ないし２０などの、例えば８ないし１５の、８ないし１０などの、例えば８の、９などの、例えば１０ないし１００の、１０ないし８０などの、例えば１０ないし６０の、１０ないし４０などの、例えば１０ないし３０の、１０ないし２０などの、例えば１０ないし１５の、１０ないし１２などの、１０などの、例えば１２ないし１００の、１２ないし８０などの、例えば１２ないし６０の、１２ないし４０などの、例えば１２ないし３０の、１２ないし２０などの、例えば１２ないし１５の、１４ないし１００などの、１４ないし８０などの、例えば１４ないし６０の、１４ないし４０などの、例えば１４ないし３０の、１４ないし２０などの、例えば１４ないし１６の、１６ないし１００などの、１６ないし８０などの、例えば１６ないし６０の、１６ないし４０などの、例えば１６ないし３０の、１６ないし２０などの、１８ないし１００などの、１８ないし８０などの、例えば１８ないし６０の、１８ないし４０などの、例えば１８ないし３０の、１８ないし２０などの、例えば２０ないし１００の、２０ないし８０などの、例えば２０ないし６０の、２０ないし４０などの、例えば２０ないし３０の、２０ないし２５などの、例えば２２ないし１００の、２２ないし８０などの、例えば２２ないし６０の、２２ないし４０などの、例えば２２ないし３０の、２２ないし２５などの、例えば２５ないし１００の、２５ないし８０などの、例えば２５ないし６０の、２５ないし４０などの、例えば２５ないし３０の、３０ないし１００などの、例えば３０ないし８０の、３０ないし６０などの、例えば３０ないし４０の、３０ないし３５などの、例えば３５ないし１００の、３５ないし８０などの、例えば３５ないし６０の、３５ないし４０などの、例えば４０ないし１００の、４０ないし８０などの、例えば４０ないし６０の、４０ないし５０などの、例えば４５ないし４５の、４５ないし１００などの、例えば４５ないし８０の、４５ないし６０などの、例えば４５ないし５０の、５０ないし１００などの、例えば５０ないし８０の、５０ないし６０などの、例えば５０ないし５５の、６０ないし１００などの、例えば６０ないし８０の、６０ないし７０などの、例えば７０ないし１００の、７０ないし９０などの、例えば７０ないし８０の、８０ないし１００などの、例えば８０ないし９０の、９０ないし１００などの数値を有する、請求項５５または５６記載の方法。
【請求項５８】
相補鋳型が固体または半固体支持体に結合されている、請求項１記載の方法。
【請求項５９】
相補鋳型が、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）およびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項１記載の方法。
【請求項６０】
相補鋳型がＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなり、その鋳型の対応するコード因子がＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項１記載の方法。
【請求項６１】
相補鋳型が増幅可能である、請求項１記載の方法。
【請求項６２】
相補鋳型が一本鎖の相補因子を含む、請求項１記載の方法。
【請求項６３】
一本鎖の相補因子が一本鎖のコード因子を含む鋳型とハイブリッド形成することで二重螺旋を形成することのできる、請求項６２記載の方法。
【請求項６４】
相補鋳型がプライミング部位を含む、請求項１ないし６３のいずれかに記載の方法。
【請求項６５】
相補因子が、各々、化学的共有結合により隣接する一の相補因子に連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項６６】
相補因子が、各々、化学的共有結合により隣接する各相補因子に連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項６７】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる共有結合の群より選択される、請求項６５または６６記載の方法。
【請求項６８】
リン酸ジエステル結合がＩ型反応基（Ｉ型反応基の一方がヒドロキシル基であり、他方がホスホルイミダゾール基である）の間の反応により形成される、請求項６５ないし６７のいずれかに記載の方法。
【請求項６９】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合およびホスホロチオエート結合からなる共有結合の群より選択される、請求項６７または６８記載の方法。
【請求項７０】
少なくとも一個の相補因子が固体または半固体支持体に結合されている、請求項１記載の方法。
【請求項７１】
相補因子がヌクレオチド（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）、アミノ酸、抗体および抗原からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項７２】
相補因子がヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる、そのいずれの組み合せをも含む、群より選択される、請求項６４ないし７１のいずれかに記載の方法。
【請求項７３】
多様性を向上させるのに、ヌクレオチド誘導体が天然ならびに天然に存在しない誘導体を含む、請求項７２記載の方法。
【請求項７４】
相補因子がヌクレオチドからなる群より選択される、請求項７２記載の方法。
【請求項７５】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、７−デアザ−グアニン、７−デアザ−アデニンから選択される塩基を含むデオキシリボ核酸である、請求項７４記載の方法。
【請求項７６】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むリボ核酸である、請求項７４記載の方法。
【請求項７７】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項７４記載の方法。
【請求項７８】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項７４記載の方法。
【請求項７９】
共有結合がリン酸ジエステル結合またはホスホロチオエート結合である、請求項７７または７８記載の方法。
【請求項８０】
相補因子がデオキシリボ核酸からなる群より選択される天然または天然に存在しないヌクレオチドである、請求項７２記載の方法。
【請求項８１】
相補因子がリボ核酸からなる群より選択される天然または天然に存在しないヌクレオチドである、請求項７２記載の方法。
【請求項８２】
相補因子がヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる群より選択され、そのうちの１個またはそれ以上の塩基部分および／またはリン酸部分および／またはリボースまたはデオキシリボース部分が実質的に別の分子部分により置換されている、請求項７２記載の方法。
【請求項８３】
相補因子との相互作用能を有するコード因子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項８２記載の方法。
【請求項８４】
ヌクレオチドが、各々、化学的共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項８２ないし８３のいずれかに記載の方法。
【請求項８５】
ヌクレオチドが、各々、化学的共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項８２ないし８３のいずれかに記載の方法。
【請求項８６】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる共有結合の群から選択される、請求項８４または８５のいずれかに記載の方法。
【請求項８７】
コード因子が他のコード因子に共有結合以外の結合で連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項８８】
共有結合以外の結合が水素結合を包含する、請求項８７記載の方法。
【請求項８９】
相補因子が、好ましくは、１ないし１００個のサブユニットの、１ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１ないし６０個のサブユニットの、１ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１ないし２０個のサブユニットの、１ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１ないし１６個のサブユニットの、１ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１ないし１２個のサブユニットの、１ないし１０個のサブユニットなどの、例えば１ないし９個のサブユニットの、１ないし８個のサブユニットなどの、例えば１ないし７個のサブユニットの、１ないし６個のサブユニットなどの、例えば１ないし５個のサブユニットの、１ないし４個のサブユニットなどの、例えば１ないし３個のサブユニットの、１ないし２個のサブユニットなどの、例えば１個のサブユニットの、２ないし１００個のサブユニットの、２ないし８０個のサブユニットなどの、例えば２ないし６０個のサブユニットの、２ないし４０個のサブユニットなどの、例えば２ないし２０個のサブユニットの、２ないし１８個のサブユニットなどの、例えば２ないし１６個のサブユニットの、２ないし１４個のサブユニットなどの、例えば２ないし１２個のサブユニットの、２ないし１０個のサブユニットなどの、例えば２ないし９個のサブユニットの、２ないし８個のサブユニットなどの、例えば２ないし７個のサブユニットの、２ないし６個のサブユニットなどの、例えば２ないし５個のサブユニットの、２ないし４個のサブユニットなどの、例えば２ないし３個のサブユニットの、２個のサブユニットなどの、３ないし１００個のサブユニットの、３ないし８０個のサブユニットなどの、例えば３ないし６０個のサブユニットの、３ないし４０個のサブユニットなどの、例えば３ないし２０個のサブユニットの、３ないし１８個のサブユニットなどの、例えば３ないし１６個のサブユニットの、３ないし１４個のサブユニットなどの、例えば３ないし１２個のサブユニットの、３ないし１０個のサブユニットなどの、例えば３ないし９個のサブユニットの、３ないし８個のサブユニットなどの、例えば３ないし７個のサブユニットの、３ないし６個のサブユニットなどの、例えば３ないし５個のサブユニットの、３ないし４個のサブユニットなどの、例えば３個のサブユニットの、例えば４ないし１００個のサブユニットの、４ないし８０個のサブユニットなどの、例えば４ないし６０個のサブユニットの、４ないし４０個のサブユニットなどの、例えば４ないし２０個のサブユニットの、４ないし１８個のサブユニットなどの、例えば４ないし１６個のサブユニットの、４ないし１４個のサブユニットなどの、例えば４ないし１２個のサブユニットの、４ないし１０個のサブユニットなどの、例えば４ないし９個のサブユニットの、４ないし８個のサブユニットなどの、例えば４ないし７個のサブユニットの、４ないし６個のサブユニットなどの、例えば４ないし５個のサブユニットの、例えば４個のサブユニットの、５ないし１００個のサブユニットの、５ないし８０個のサブユニットなどの、例えば５ないし６０個のサブユニットの、５ないし４０個のサブユニットなどの、例えば５ないし２０個のサブユニットの、５ないし１８個のサブユニットなどの、例えば５ないし１６個のサブユニットの、５ないし１４個のサブユニットなどの、例えば５ないし１２個のサブユニットの、５ないし１０個のサブユニットなどの、例えば５ないし９個のサブユニットの、５ないし８個のサブユニットなどの、例えば５ないし７個のサブユニットの、５ないし６個のサブユニットなどの、例えば５個のサブユニットの、６ないし１００個のサブユニットの、６ないし８０個のサブユニットなどの、例えば６ないし６０個のサブユニットの、６ないし４０個のサブユニットなどの、例えば６ないし２０個のサブユニットの、６ないし１８個のサブユニットなどの、例えば６ないし１６個のサブユニットの、６ないし１４個のサブユニットなどの、例えば６ないし１２個のサブユニットの、６ないし１０個のサブユニットなどの、例えば６ないし７個のサブユニットの、６個のサブユニットなどの、７ないし１００個のサブユニットの、７ないし８０個のサブユニットなどの、例えば７ないし６０個のサブユニットの、７ないし４０個のサブユニットなどの、例えば７ないし２０個のサブユニットの、７ないし１８個のサブユニットなどの、例えば７ないし１６個のサブユニットの、７ないし１４個のサブユニットなどの、例えば７ないし１２個のサブユニットの、７ないし１０個のサブユニットなどの、例えば７ないし９個のサブユニットの、７ないし８個のサブユニットなどの、例えば７個のサブユニットの、８ないし１００個のサブユニットの、８ないし８０個のサブユニットなどの、例えば８ないし６０個のサブユニットの、８ないし４０個のサブユニットなどの、例えば８ないし２０個のサブユニットの、８ないし１８個のサブユニットなどの、例えば８ないし１６個のサブユニットの、８ないし１４個のサブユニットなどの、例えば８ないし１２個のサブユニットの、８ないし１０個のサブユニットなどの、例えば８ないし９個のサブユニットの、例えば８個のサブユニットの、９ないし１００個のサブユニットの、９ないし８０個のサブユニットなどの、例えば９ないし６０個のサブユニットの、９ないし４０個のサブユニットなどの、例えば９ないし２０個のサブユニットの、９ないし１８個のサブユニットなどの、例えば９ないし１６個のサブユニットの、９ないし１４個のサブユニットなどの、例えば９ないし１２個のサブユニットの、９ないし１０個のサブユニットなどの、９個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１００個のサブユニットの、１０ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１０ないし６０個のサブユニットの、１０ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１０ないし２０個のサブユニットの、１０ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１６個のサブユニットの、１０ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１０ないし１２個のサブユニットの、１０個のサブユニットなどの、１１ないし１００個のサブユニットなどの、１１ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１１ないし６０個のサブユニットの、１１ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１１ないし２０個のサブユニットの、１１ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１１ないし１６個のサブユニットの、１１ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１１ないし１２個のサブユニットの、１２ないし１００個のサブユニットなどの、１２ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１２ないし６０個のサブユニットの、１２ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１２ないし２０個のサブユニットの、１２ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１２ないし１６個のサブユニットの、１２ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１３ないし１００個のサブユニットの、１３ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１３ないし６０個のサブユニットの、１３ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１３ないし２０個のサブユニットの、１３ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１３ないし１６個のサブユニットの、１３ないし１４個のサブユニットなどの、例えば１４ないし１００個のサブユニットの、１４ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１４ないし６０個のサブユニットの、１４ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１４ないし２０個のサブユニットの、１４ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１４ないし１６個のサブユニットの、１５ないし１００個のサブユニットなどの、１５ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１５ないし６０個のサブユニットの、１５ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１５ないし２０個のサブユニットの、１５ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１５ないし１６個のサブユニットの、１６ないし１００個のサブユニットなどの、１６ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１６ないし６０個のサブユニットの、１６ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１６ないし２０個のサブユニットの、１６ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１７ないし１００個のサブユニットの、１７ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１７ないし６０個のサブユニットの、１７ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１７ないし２０個のサブユニットの、１７ないし１８個のサブユニットなどの、例えば１８ないし１００個のサブユニットの、１８ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１８ないし６０個のサブユニットの、１８ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１８ないし２０個のサブユニットの、１９ないし１００個のサブユニットなどの、１９ないし８０個のサブユニットなどの、例えば１９ないし６０個のサブユニットの、１９ないし４０個のサブユニットなどの、例えば１９ないし３０個のサブユニットの、１９ないし２５個のサブユニットなどの、例えば２０ないし１００個のサブユニットの、２０ないし８０個のサブユニットなどの、例えば２０ないし６０個のサブユニットの、２０ないし４０個のサブユニットなどの、例えば２０ないし３０個のサブユニットの、２０ないし２５個のサブユニットなどを含む、または本質的にそれらのサブユニットからなる、請求項１記載の方法。
【請求項９０】
サブユニットが、各々、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含むか、または本質的にそのヌクレオチドからなる、請求項８９記載の方法。
【請求項９１】
サブユニットが、各々、ヌクレオチドを含むか、または本質的にそのヌクレオチドからなる、請求項９０記載の方法。
【請求項９２】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むデオキシリボ核酸である、請求項９１記載の方法。
【請求項９３】
ヌクレオチドが、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）から選択される塩基を含むリボ核酸である、請求項９１記載の方法。
【請求項９４】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項９１記載の方法。
【請求項９５】
ヌクレオチドが、各々、共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項９１記載の方法。
【請求項９６】
共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる群より選択される、請求項９４記載の方法。
【請求項９７】
少なくとも数個のヌクレオチドがヌクレオチド誘導体からなる群より選択される、請求項９０記載の方法。
【請求項９８】
ヌクレオチド誘導体がデオキシリボ核酸誘導体およびリボ核酸誘導体からなる群より選択される、請求項９７記載の方法。
【請求項９９】
相補因子サブユニットがヌクレオチド、ヌクレオチド誘導体およびヌクレオチドアナログからなる群より選択され、そのうちの１個またはそれ以上の塩基部分および／またはリン酸部分および／またはリボース部分および／またはデオキシリボース部分が別の分子部分により置換されている、請求項８９または９０記載の方法。
【請求項１００】
相補因子サブユニットとの相互作用能を有するコード因子サブユニットが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡおよびモルホリノ配列（そのいずれのアナログまたは誘導体をも含む）からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、または本質的にかかるヌクレオチドからなる、請求項９９記載の方法。
【請求項１０１】
ヌクレオチド誘導体が、各々、化学的共有結合により隣接する一のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項９０ないし１００のいずれかに記載の方法。
【請求項１０２】
ヌクレオチド誘導体が、各々、化学的共有結合により隣接する各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログに連結されている、請求項９０記載の方法。
【請求項１０３】
化学的共有結合がリン酸ジエステル結合、ホスホロチオエート結合およびペプチド結合からなる共有結合の群から選択される、請求項１０１または１０２記載の方法。
【請求項１０４】
相補因子がヌクレオチドから選択され、相補因子が酵素的に連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項１０５】
酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＡＭＶ逆転写酵素、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ＲＮＡ変異体Ｙ６３９Ｆ、シークエナーゼ、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ、クレノーフラグメント（ＤＮＡポリメラーゼＩのラージフラグメント）、ＤＮＡ−リガーゼ、Ｔ７ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ、イー・コリＲＮＡポリメラーゼ、ｒＴｈＤＮＡポリメラーゼ、ＶｅｎｔＤＮＡポリメラーゼ、ＰｆｕＤＮＡポリメラーゼ、ＴｔｅＤＮＡポリメラーゼ、修復ポリメラーゼおよびリガーゼまたはレプリカーゼ活性を有するリボザイムを含む、鋳型依存的ＤＮＡ−およびＲＮＡ−ポリメラーゼ（逆転写酵素、ＤＮＡ−リガーゼおよびＲＮＡ−リガーゼ、リボザイムおよびデオキシリボザイムを含む）からなる群より選択される、請求項１０４記載の方法。
【請求項１０６】
酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＡＭＶ逆転写酵素、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ＲＮＡ変異体Ｙ６３９Ｆ、シークエナーゼ、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ、クレノーフラグメント（ＤＮＡポリメラーゼＩのラージフラグメント）、ＤＮＡ−リガーゼ、Ｔ７ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡリガーゼからなる群より選択される、請求項１０５記載の方法。
【請求項１０７】
組み込みの際にヌクレオチドが相補鋳型を形成する、請求項１０４ないし１０６のいずれかに記載の方法。
【請求項１０８】
プライマーが鋳型上のプライミング部位にアニールされ、ビルディングブロックの組み込みにより適当なポリメラーゼまたは転写酵素が該プライマーを伸長させ、相補鋳型を得る、請求項１０４ないし１０７のいずれかに記載の方法。
【請求項１０９】
ビルディングブロックがモノ−、ジ−またはオリゴヌクレオチド誘導体である、請求項１０８記載の方法。
【請求項１１０】
ビルディングブロックがモノヌクレオチド誘導体である、請求項１０９記載の方法。
【請求項１１１】
機能的部分がリンカーを介してヌクレオ塩基部分に結合されている、請求項１０９ないし１１０記載の方法。
【請求項１１２】
リンカーが三重結合を含む、請求項１１１記載の方法。
【請求項１１３】
相補鋳型に組み込まれると、機能的部分が核酸螺旋の主溝中に突き出るように、ビルディングブロックを設計する、請求項１０８ないし１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１４】
相補因子がオリゴヌクレオチドから選択され、相補因子がリガーゼを用いて酵素的に連結されている、請求項１０４ないし１０６のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
相補因子のオリゴヌクレオチドが、各々、三個またはそれ以上の核酸モノマーを含む、請求項１１４記載の方法。
【請求項１１６】
相補因子が４ないし１００個の核酸モノマーを含むオリゴヌクレオチドである、請求項１１５記載の方法。
【請求項１１７】
相補因子が、他の相補因子とカップリングすることなく、コード因子にアニールする、請求項１記載の方法。
【請求項１１８】
相補因子が６ないし１００個のヌクレオチドモノマーのオリゴヌクレオチドを含む、請求項１１７記載の方法。
【請求項１１９】
オリゴヌクレオチドが１０ないし５０個のヌクレオチドモノマーを含む、請求項１１８記載の方法。
【請求項１２０】
その長さが相補因子の長さの少なくとも半分である、請求項１１４ないし１１９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２１】
リンカーがオリゴヌクレオチドを含む、請求項１１４ないし１２０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２２】
オリゴヌクレオチド相補因子およびオリゴヌクレオチドリンカーが連続するオリゴヌクレオチドである、請求項１１８ないし１２１のいずれかに記載の方法。
【請求項１２３】
別個のビルディングブロックの２個のリンカーが、各々、一部の分子対を含み、その対が可逆的相互作用能を有する、請求項１２１ないし１２２記載の方法。
【請求項１２４】
分子対が、リンカー上に二量化ドメインを形成する、核酸の二本鎖配列を含む、請求項１２３記載の方法。
【請求項１２５】
一のリンカーの二量化ドメイン部が機能的部分の近くにある、請求項１２３または１２４記載の方法。
【請求項１２６】
分子対の一部を形成する核酸モノマーの配列が２、１または０個の核酸モノマーで機能的部分から分離されている、請求項１２４または１２５記載の方法。
【請求項１２７】
機能的部分が二量化ドメインに直接結合されている、請求項１２６記載の方法。
【請求項１２８】
核酸モノマーの配列が３ないし２０個のモノ核酸を含む、請求項１２３ないし１２７のいずれかに記載の方法。
【請求項１２９】
配列が３ないし１５個の核酸モノマーを含む、請求項１２８記載の方法。
【請求項１３０】
配列が４ないし１２個の核酸モノマーを含む、請求項１２９記載の方法。
【請求項１３１】
機能的部分がオリゴヌクレオチドリンカーのヌクレオ塩基に結合されている、請求項１１４ないし１３０のいずれかに記載の方法。
【請求項１３２】
機能的部分がリンカーの末端ヌクレオチドに結合されている、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３３】
相補因子がヌクレオチドから選択され、相補因子が化学物質、ｐＨ変化、光、触媒、放射線照射、例えば、電磁気照射を用いることで、あるいは相互に接触させて反応性として自発的にカップリングさせることで連結される、請求項１記載の方法。
【請求項１３４】
化学物質がホスホイミダゾリド基を含む、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３５】
ホスホイミダゾリド基がビルディングブロックの５’末端に結合され、該ビルディングブロックがその３’ヒドロキシル基で発生期にある相補鋳型に連結されている、請求項１３３または１３４記載の方法。
【請求項１３６】
これら複数のビルディングブロックの少なくともサブセットが、好ましくは、一の相補因子および／または一の機能的部分および／または一のリンカーを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３７】
複数のビルディングブロックのサブセットが機能的部分を相補因子から分離する一の選択的に切断可能なリンカーを含み、その選択的に切断可能なリンカーが、一の選択的に切断可能なリンカーを含むビルディングブロックのサブセットに属しないビルディングブロックの機能的部分を相補因子から分離している複数の切断可能なリンカーの切断をもたらす条件下で切断されない、請求項１記載の方法。
【請求項１３８】
機能的部分に全くリンカーの痕跡が残らないように、その切断可能なリンカーを切断することにより、機能的部分を切り離す、請求項１３７記載の方法。
【請求項１３９】
複数の切断可能なリンカーは切断されるが、少なくとも一つの選択的に切断可能なリンカーは切断させておらず、鋳型化された分子が少なくとも一つの選択的に切断可能なリンカーにより鋳型および／または相補因子に連結されている、請求項１３７または１３８記載の方法。
【請求項１４０】
リンカーが酸、塩基、化学物質、光、電磁気照射、酵素または触媒により切断される、請求項１３８または１３９記載の方法。
【請求項１４１】
光切断されるリンカーがニトロフェニル基を含む、請求項１４０記載の方法。
【請求項１４２】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約０．８Åないし約７０Åの範囲、０．８Åないし約６０Åの範囲など、例えば０．８Åないし約５０Åの範囲、０．８Åないし約４０Åの範囲など、例えば０．８Åないし約３０Åの範囲、０．８Åないし約２５Åの範囲など、例えば０．８Åないし約２０Åの範囲、０．８Åないし約１８Åの範囲など、例えば０．８Åないし約１６Åの範囲、０．８Åないし約１４Åの範囲など、例えば０．８Åないし約１２Åの範囲、０．８Åないし約１０Åの範囲など、例えば０．８Åないし約８Åの範囲、０．８Åないし約７Åの範囲など、例えば０．８Åないし約６Åの範囲、０．８Åないし約５Åの範囲など、例えば０．８Åないし約４Åの範囲、０．８Åないし約３．５Åの範囲など、例えば０．８Åないし約３．０Åの範囲、０．８Åないし約２．５Åの範囲など、例えば０．８Åないし約２．０Åの範囲、０．８Åないし約１．５Åの範囲など、例えば０．８Åないし約１．０Åの範囲にある、請求項１記載の方法。
【請求項１４３】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約１Åないし約６０Åの範囲、１Åないし約４０Åの範囲など、例えば１Åないし約３０Åの範囲、１Åないし約２５Åの範囲など、例えば１Åないし約２０Åの範囲、１Åないし約１８Åの範囲など、例えば１Åないし約１６Åの範囲、１Åないし約１４Åの範囲など、例えば１Åないし約１２Åの範囲、１Åないし約１０Åの範囲など、例えば１Åないし約８Åの範囲、１Åないし約７Åの範囲など、例えば１Åないし約６Åの範囲、１Åないし約５Åの範囲など、例えば１Åないし約４Åの範囲、１．０Åないし約３．５Åの範囲など、例えば１．０Åないし約３．０Åの範囲、１．０Åないし約２．５Åの範囲など、例えば１．０Åないし約２．０Åの範囲、１．０Åないし約１．５Åの範囲など、例えば１．０Åないし約１．２Åの範囲にある、請求項１記載の方法。
【請求項１４４】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約２Åないし約４０Åの範囲、２Åないし約３０Åの範囲など、２Åないし約２５Åの範囲など、例えば２Åないし約２０Åの範囲、２Åないし約１８Åの範囲など、例えば２Åないし約１６Åの範囲、２Åないし約１４Åの範囲など、例えば２Åないし約１２Åの範囲、２Åないし約１０Åの範囲など、例えば２Åないし約８Åの範囲、２Åないし約７Åの範囲など、例えば２Åないし約６Åの範囲、２Åないし約５Åの範囲など、例えば２Åないし約４Åの範囲、２．０Åないし約３．５Åの範囲など、例えば２．０Åないし約３．０Åの範囲、２．０Åないし約２．５Åの範囲など、例えば２．０Åないし約２．２Åの範囲にある、請求項１記載の方法。
【請求項１４５】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約４Åないし約４０Åの範囲、４Åないし約３０Åの範囲など、４Åないし約２５Åの範囲など、例えば４Åないし約２０Åの範囲、４Åないし約１８Åの範囲など、例えば４Åないし約１６Åの範囲、４Åないし約１４Åの範囲など、例えば４Åないし約１２Åの範囲、４Åないし約１０Åの範囲など、例えば４Åないし約８Åの範囲、４Åないし約７Åの範囲など、例えば４Åないし約６Åの範囲、４Åないし約５Åの範囲などにある、請求項１記載の方法。
【請求項１４６】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約６Åないし約４０Åの範囲、６Åないし約３０Åの範囲など、６Åないし約２５Åの範囲など、例えば６Åないし約２０Åの範囲、６Åないし約１８Åの範囲など、例えば６Åないし約１６Åの範囲、６Åないし約１４Åの範囲など、例えば６Åないし約１２Åの範囲、６Åないし約１０Åの範囲など、例えば６Åないし約８Åの範囲、６Åないし約７Åの範囲などにある、請求項１記載の方法。
【請求項１４７】
リンカーまたは選択的に切断可能なリンカーの長さが、約８Åないし約４０Åの範囲、８Åないし約３０Åの範囲など、８Åないし約２５Åの範囲など、例えば８Åないし約２０Åの範囲、８Åないし約１８Åの範囲など、例えば８Åないし約１６Åの範囲、８Åないし約１４Åの範囲など、例えば８Åないし約１２Åの範囲、８Åないし約１０Åの範囲などにある、請求項１記載の方法。
【請求項１４８】
得られた鋳型化された分子が、少なくとも一つの機能的部分の反応基、官能基と、隣接する機能的部分の官能基との反応により、共有結合した一連の官能基を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１４９】
鋳型化された分子が官能基の線状に配列したものである、請求項１ないし１４８のいずれかに記載の方法。
【請求項１５０】
鋳型化された分子が官能基の分岐状に配列したものである、請求項１ないし１４８のいずれかに記載の方法。
【請求項１５１】
鋳型化された分子が官能基の環状に配列したものである、請求項１ないし１４８のいずれかに記載の方法。
【請求項１５２】
鋳型化された分子が官能基の少なくとも一つの繰返し配列を含む、オリゴマーまたはポリマーである、請求項１記載の方法。
【請求項１５３】
少なくとも三個の官能基の配列が鋳型化された分子中で少なくとも二回繰り返されている、請求項１５２記載の方法。
【請求項１５４】
鋳型化された分子中に少なくとも三個の官能基の配列が一回だけ発生している、請求項１５２記載の方法。
【請求項１５５】
鋳型化された分子がα−アミノ酸、β−アミノ酸、γ−アミノ酸、ω−アミノ酸からなる群より選択されるアミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１５６】
鋳型化された分子が天然アミノ酸残基を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１５７】
鋳型化された分子がα−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１５８】
鋳型化された分子がモノ置換されたα−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１５９】
鋳型化された分子がジ置換されたα−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６０】
鋳型化された分子がモノ置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６１】
鋳型化された分子がジ置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６２】
鋳型化された分子がトリ置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６３】
鋳型化された分子がテトラ置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６４】
β−アミノ酸の骨格構造が、シクロヘキサン−骨格および／またはシクロペンタン−骨格を含むか、または本質的にそれら骨格からなる、請求項１６０ないし１６３のいずれかに記載の方法。
【請求項１６５】
鋳型化された分子がγ−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６６】
鋳型化された分子がω−アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６７】
鋳型化された分子がビニル性アミノ酸を含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、請求項１記載の方法。
【請求項１６８】
鋳型化された分子がＮ−置換グリシンを含むか、または本質的にそのアミノ酸からなる、
請求項１記載の方法。
【請求項１６９】
鋳型化された分子が、α−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、モノ−、ジ−およびトリ−置換されたα−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、アミノ酸残基がＬ−形態またはＤ−形態のペプチド、ビニル性ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリアミド、ビニル性スルホンアミドペプチド、ポリスルホンアミド、例えば補欠分子基を含むコンジュゲートペプチド、ポリエステル、多糖類、ポリカルバメート、ポリカルボネート、ポリウレア、ポリペプチジルホスホネート、ポリウレタン、アザチド、オリゴＮ−置換グリシン、ポリエーテル、エトキシホルムアセタールオリゴマー、ポリ−チオエーテル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリエチレン、ポリジスルフィド、ポリアリレンスルフィド、ポリヌクレオチド、ＰＮＡ、ＬＮＡ、モルホリノ、オリゴピロリノン、ポリオキシム、ポリイミン、ポリエチレンイミン、ポリイミド、ポリアセタール、ポリアセテート、ポリスチレン、ポリビニル、脂質、リン脂質、糖脂質、例えば脂肪族または芳香族サイクルを含む多環式化合物（ヘテロ多環式化合物を含む）、プロテオグリカン、およびポリシロキサン、ならびにそれらの組み合わせを含む、からなる群より選択される分子または分子部分を含むか、または本質的にそれらからなる、請求項１記載の方法。
【請求項１７０】
鋳型化された分子の隣接する残基が、ペプチド結合、スルホンアミド結合、エステル結合、糖鎖結合、カルバメート結合、カルボネート結合、ウレア結合、リン酸結合、ウレタン結合、アザチド結合、ペプトイド結合、エーテル結合、エトキシ結合、チオエーテル結合、炭素単結合、炭素二重結合、炭素三重結合、ジスルフィド結合、スルフィド結合、ホスホジエステル結合、オキシム結合、イミン結合、イミド結合、およびそれらの組み合わせを含む、からなる化学結合の群より選択される化学結合により連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項１７１】
二またはそれ以上のビルディングブロックの機能的部分を連結する化学結合が、第一機能的部分の求核基と、別の機能的部分のエステルまたはチオエステルとの反応によって形成される、請求項１７０記載の方法。
【請求項１７２】
チオエステル基を有するビルディングブロックのリンカーが、官能基を求核性ビルディングブロックに移動させる結合と同時に切断される、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７３】
求核基が−ＮＨ２、Ｈ２ＮＨＮ−、ＨＯＨＮ−、Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−から選択される、請求項１７１または１７２記載の方法。
【請求項１７４】
鋳型化された分子の骨格構造が、−ＮＨＮ（Ｒ）ＣＯ−；−ＮＨＢ（Ｒ）ＣＯ−；−ＮＨＣ（ＲＲ’）ＣＯ−；−ＮＨＣ（＝ＣＨＲ）ＣＯ−；−ＮＨＣ６Ｈ４ＣＯ−；−ＮＨＣＨ２ＣＨＲＣＯ−；−ＮＨＣＨＲＣＨ２ＣＯ−；−ＣＯＣＨ２−；−ＣＯＳ−；−ＣＯＮＲ−；−ＣＯＯ−；−ＣＳＮＨ−；−ＣＨ２ＮＨ−；−ＣＨ２ＣＨ２−；−ＣＨ２Ｓ−；−ＣＨ２ＳＯ−；−ＣＨ２ＳＯ２−；−ＣＨ（ＣＨ３）Ｓ−；−ＣＨ＝ＣＨ−；−ＮＨＣＯ−；−ＮＨＣＯＮＨ−；−ＣＯＮＨＯ−；−Ｃ（＝ＣＨ２）ＣＨ２−；−ＰＯ２ＮＨ−；ＰＯ２ＣＨ２−；−ＰＯ２ＣＨ２Ｎ＋−；−ＳＯ２ＮＨ−；およびラクタムから選択される分子を含むか、または本質的にそれらからなる、請求項１記載の方法。
【請求項１７５】
機能的部分が、α−アミノ酸先駆体、β−アミノ酸先駆体、γ−アミノ酸先駆体、およびω−アミノ酸先駆体から選択される先駆体の群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項１７６】
β−アミノ酸先駆体がＮ−カルボキシ無水物の環構造の誘導体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項１７７】
β−アミノ酸先駆体チオカルボキシ無水物（ＮＴＡ）環構造の誘導体である、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７８】
少なくとも一つの機能的部分の官能基が架橋分子により別の機能的部分に連結されている、請求項１記載の方法。
【請求項１７９】
機能的部分が隣接している、請求項１７８記載の方法。
【請求項１８０】
鋳型化された分子が、少なくとも２個の異なる官能基、少なくとも３個の異なる官能基など、例えば少なくとも４個の異なる官能基、少なくとも５個の異なる官能基など、例えば少なくとも６個の異なる官能基、少なくとも７個の異なる官能基など、例えば少なくとも８個の異なる官能基、少なくとも９個の異なる官能基など、例えば少なくとも１０個の異なる官能基、少なくとも１０個の異なる官能基などを含むか、または本質的にそれらからなる、請求項１記載の方法。
【請求項１８１】
官能基が同じである、請求項１８０記載の方法。
【請求項１８２】
ビルディングブロックが、各々、少なくとも一つのＩ型反応基を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１８３】
ビルディングブロックが、各々、少なくとも一つのＩＩ型反応基を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１８４】
ビルディングブロックが、各々、少なくとも二つのＩ型反応基を含む、請求項１８２記載の方法。
【請求項１８５】
ビルディングブロックが、各々、少なくとも二つのＩＩ型反応基を含む、請求項１８３記載の方法。
【請求項１８６】
少なくとも一つのビルディングブロックが、３個またはそれ以上の、例えば４個またはそれ以上のＩＩ型反応基を含む、請求項１８５記載の方法。
【請求項１８７】
ＩＩ型反応基が類似している、請求項１８５または１８６記載の方法。
【請求項１８８】
ＩＩ型反応基が反応パートナである、請求項１８５または１８６記載の方法。
【請求項１８９】
ＩＩ型反応基が架橋分子を介して官能基の間を連結する形成能を有する、請求項１８７または１８８記載の方法。
【請求項１９０】
架橋分子が機能的部分のＩＩ型反応基に対する反応パートナである反応基を有する二官能性化合物である、請求項１８９記載の方法。
【請求項１９１】
ＩＩ型反応基が非類似である、請求項１８５記載の方法。
【請求項１９２】
非類似のＩＩ型反応基が反応パートナである、請求項１９１記載の方法。
【請求項１９３】
ＩＩ型反応基が架橋分子を介して官能基の間を連結する形成能を有する、請求項１９１または１９２記載の方法。
【請求項１９４】
架橋分子が機能的部分のＩＩ型反応基に対する反応パートナである反応基を有する二官能性化合物である、請求項１９１記載の方法。
【請求項１９５】
機能的部分の少なくとも一つのＩＩ型反応基が、Ｎ−カルボキシ無水物（ＮＣＡ）、Ｎ−チオカルボキシ無水物（ＮＴＡ）、クマリン、アミン、カルボン酸、ケトン、アルデヒド、ヒドロキシル、チオール、エステル、チオエステル、アルケニル、二重結合のコンジュゲートシステム、ヒドラジン、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、およびエポキシドからなる群より選択される、請求項１８２ないし１９４のいずれかに記載の方法。
【請求項１９６】
ＩＩ型反応基が求電子物質である、請求項１７８ないし１９０のいずれかに記載の方法。
【請求項１９７】
ＩＩ型反応基が、−Ｘ−Ｃ（Ｏ）−Ｒ、−Ｘ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ−Ｃ（Ｏ）−Ｒ、−Ｘ−Ｃ（Ｏ）−ＣＲ＝ＣＨ−Ｒおよび−Ｘ−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ−ＮＨＲ（ここでＸはＳまたはＯであり、Ｒは独立して官能基である）からなる群より選択される求電子物質である、請求項１９１記載の方法。
【請求項１９８】
ＩＩ型反応基が求核物質である、請求項１８３ないし１９５のいずれかに記載の方法。
【請求項１９９】
ＩＩ型反応基が、−ＮＨ２、Ｈ２ＮＨＮ−、ＨＯＨＮ−およびＨ２Ｎ−Ｃ（Ｏ，Ｓ）−ＮＨ−からなる群より選択される求核物質である、請求項１９８記載の方法。
【請求項２００】
ＩＩ型反応基がラジカルである、請求項１８３ないし１９５のいずれかに記載の方法。
【請求項２０１】
機能的部分がリンカーに連結されるＩＩ型反応基を含む、上記した請求項いずれかに記載の方法。
【請求項２０２】
機能的部分がさらに少なくとも一つのさらなるＩＩ型反応基を含む、請求項２０１記載の方法。
【請求項２０３】
少なくとも一つのさらなるＩＩ型反応基を含む機能的部分が、第２の機能的部分にあるＩＩ型反応基との反応によって、その別の機能的部分とリンカーの間にあるＩＩ型反応基を有する機能的部分との連結の形成能を有する、請求項２０２記載の方法。
【請求項２０４】
第２の機能的部分とリンカーの間にある連結が切断され、その第２の機能的部分の官能基が第１の機能的部分に転位される、請求項２０３記載の方法。
【請求項２０５】
第１と第２の機能的部分の間の連結がそのＩＩ型反応基の各々が直接反応することで形成される、請求項２０１ないし２０４のいずれかに記載の方法。
【請求項２０６】
第１と第２の機能的部分の間の連結が架橋分子を介して形成される、請求項２０１ないし２０４のいずれかに記載の方法。
【請求項２０７】
複数の官能基が複数のビルディングブロックの関与する反応カスケードによって連結される、上記した請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項２０８】
複数の官能基が複数のビルディングブロックの関与する反応カスケードによって連結され、そのビルディングブロックが、各々、リンカーに連結される第１のＩＩ型反応基を含む機能的部分を含み、その機能的部分が少なくとも一つのさらなるＩＩ型反応基を含む、請求項２０１ないし２０７のいずれかに記載の方法。
【請求項２０９】
機能的部分が、他の機能的部分への連結を形成する間の好ましい配向を得るために回転が制限されている、上記した請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項２１０】
機能的部分を相補因子に連結する一またはそれ以上の結合が回転について固定されている、請求項２０９記載の方法。
【請求項２１１】
好ましい配向が機能的部分をヌクレオチドビルディングブロックの塩基ならびに（デオキシ）リボース部分にカップリングさせることで得られる、請求項２０９または２１０記載の方法。
【請求項２１２】
機能的部分がジヌクレオチドの二つの塩基にカップリングされている、請求項２０９ないし２１１のいずれかに記載の方法。
【請求項２１３】
鋳型化された分子の形成に、アニオン、カチオンまたはラジカル重合を介してポリマーを形成する能力を有するＩＩ型反応基が関与している、上記した請求項いずれかに記載の方法。
【請求項２１４】
一またはそれ以上のＩＩ型反応基を含む足場機能的部分を含み、その足場機能的部分が複数のビルディングブロックから由来の官能基を付加することによって鋳型化された分子を形成するための化学構造基体である、上記した請求項いずれかに記載の方法。
【請求項２１５】
足場機能的部分が二またはそれ以上のＩＩ型反応基を含む、請求項２１４記載の方法。
【請求項２１６】
足場機能的部分が鋳型に共有結合されている、請求項２１４または２１５記載の方法。
【請求項２１７】
足場機能的部分が鋳型のコード因子の認識能を有する相補因子に連結されている、請求項２１４または２１５記載の方法。
【請求項２１８】
鋳型に結合されたビルディングブロックが足場機能的部分との連結を形成する能力を有するＩＩ型反応基を有する機能的部分を含む、請求項２１４ないし２１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２１９】
官能基の足場機能的部分へのスクランブル化した連結が、足場機能的部分にあるＩＩ型反応基の数を、複数のビルディングブロックの機能的部分にあるＩＩ型反応基の数と比べて異なるようにすることでなされる、請求項２１４ないし２１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２２０】
足場にあるＩＩ型反応基とビルディングブロックにある対応するＩＩ型反応基とを反応させることで、官能基の足場機能的部分への連結と、機能的部分を相補因子と連結しているリンカーの切断が同時になされる、請求項２１４ないし２１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２１】
異なるコード因子および／または異なる次数のコード因子を有する複数の鋳型を用いる、上記した請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項２２２】
二またはそれ以上の異なる鋳型を用いる、請求項２２１記載の方法。
【請求項２２３】
四またはそれ以上の異なる鋳型、例えば１０３、１０５、１０７、１０９、１０１１、１０１３、１０１５、１０１７種より多くの異なる鋳型を用いる、請求項２２１または２２２記載の方法。
【請求項２２４】
複数の異なる鋳型が異なる鋳型化された分子のライブラリを形成し、その鋳型化された分子が、各々、その分子をテンプレートした特定の鋳型または相補鋳型に連結される、請求項２２１記載の方法。
【請求項２２５】
鋳型または相補鋳型を鋳型化された分子から切り離し、鋳型化された分子の合成をテンプレートした相補鋳型または鋳型に連結されない鋳型化された分子を得る、さらなる工程を含む、上記した請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項２２６】
複数の共有結合した官能基が、各々、一の残基を含み、ここでその共有結合した残基が、単独で、または付加部分との組み合わせにおいて、α−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、モノ−、ジ−およびトリ−置換されたα−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、アミノ酸残基がＬ−形態またはＤ−形態のペプチド、ビニル性ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリアミド、ビニル性スルホンアミドペプチド、ポリスルホンアミド、例えば補欠分子基を含むコンジュゲートペプチド、ポリエステル、多糖類、ポリカルバメート、ポリカルボネート、ポリウレア、ポリペプチジルホスホネート、ポリウレタン、アザチド、オリゴＮ−置換グリシン、ポリエーテル、エトキシホルムアセタールオリゴマー、ポリ−チオエーテル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリエチレン、ポリジスルフィド、ポリアリレンスルフィド、ポリヌクレオチド、ＰＮＡ、ＬＮＡ、モルホリノ、オリゴピロリノン、ポリオキシム、ポリイミン、ポリエチレンイミン、ポリイミド、ポリアセタール、ポリアセテート、ポリスチレン、ポリビニル、脂質、リン脂質、糖脂質、例えば脂肪族または芳香族サイクルを含む多環式化合物（ヘテロ多環式化合物を含む）、プロテオグリカン、およびポリシロキサンからなるポリマー部分の群から選択される少なくとも一つの部分を含むポリマーを形成する能力を有し、その複数の残基が、好ましくは、２ないし２００の、例えば２ないし１００の、２ないし８０などの、例えば２ないし６０の、２ないし４０などの、例えば２ないし３０の、２ないし２０などの、例えば２ないし１５の、２ないし１０などの、２ないし８などの、例えば２ないし６の、２ないし４などの、例えば２の、３ないし１００などの、例えば３ないし８０の、３ないし６０などの、３ないし４０などの、例えば３ないし３０の、３ないし２０などの、３ないし１５などの、例えば３ないし１５の、３ないし１０などの、３ないし８などの、例えば３ないし６の、３ないし４などの、例えば３の、４ないし１００などの、例えば４ないし８０の、４ないし６０などの、４ないし４０などの、例えば４ないし３０の、４ないし２０などの、４ないし１５などの、例えば４ないし１０の、４ないし８などの、４ないし６などの、例えば４の、例えば５ないし１００の、５ないし８０などの、例えば５ないし６０の、５ないし４０などの、例えば５ないし３０の、５ないし２０などの、例えば５ないし１５の、５ないし１０などの、５ないし８などの、例えば５ないし６の、例えば５の、６ないし１００などの、例えば６ないし８０の、６ないし６０などの、６ないし４０などの、例えば６ないし３０の、６ないし２０などの、６ないし１５などの、例えば６ないし１０の、６ないし８などの、６などの、例えば７ないし１００の、７ないし８０などの、例えば７ないし６０の、７ないし４０などの、例えば７ないし３０の、７ないし２０などの、例えば７ないし１５の、７ないし１０などの、７ないし８などの、例えば７の、例えば８ないし１００の、８ないし８０などの、例えば８ないし６０の、８ないし４０などの、例えば８ないし３０の、８ないし２０などの、例えば８ないし１５の、８ないし１０など��、８などの、例えば９の、例えば１０ないし１００の、１０ないし８０などの、例えば１０ないし６０の、１０ないし４０などの、例えば１０ないし３０の、１０ないし２０などの、例えば１０ないし１５の、１０ないし１２などの、１０などの、例えば１２ないし１００の、１２ないし８０などの、例えば１２ないし６０の、１２ないし４０などの、例えば１２ないし３０の、１２ないし２０などの、例えば１２ないし１５の、１４ないし１００などの、１４ないし８０などの、例えば１４ないし６０の、１４ないし４０などの、例えば１４ないし３０の、１４ないし２０などの、例えば１４ないし１６の、１６ないし１００などの、１６ないし８０などの、例えば１６ないし６０の、１６ないし４０などの、例えば１６ないし３０の、１６ないし２０などの、１８ないし１００などの、１８ないし８０などの、例えば１８ないし６０の、１８ないし４０などの、例えば１８ないし３０の、１８ないし２０などの、例えば２０ないし１００の、２０ないし８０などの、例えば２０ないし６０の、２０ないし４０などの、例えば２０ないし３０の、２０ないし２５などの、例えば２２ないし１００の、２２ないし８０などの、例えば２２ないし６０の、２２ないし４０などの、例えば２２ないし３０の、２２ないし２５などの、例えば２５ないし１００の、２５ないし８０などの、例えば２５ないし６０の、２５ないし４０などの、例えば２５ないし３０の、３０ないし１００などの、例えば３０ないし８０の、３０ないし６０などの、例えば３０ないし４０の、３０ないし３５などの、例えば３５ないし１００の、３５ないし８０などの、例えば３５ないし６０の、３５ないし４０などの、例えば４０ないし１００の、４０ないし８０などの、例えば４０ないし６０の、４０ないし５０などの、例えば４５ないし４５の、４５ないし１００などの、例えば４５ないし８０の、４５ないし６０などの、例えば４５ないし５０の、５０ないし１００などの、例えば５０ないし８０の、５０ないし６０などの、例えば５０ないし５５の、６０ないし１００などの、例えば６０ないし８０の、６０ないし７０などの、例えば７０ないし１００の、７０ないし９０などの、例えば７０ないし８０の、８０ないし１００などの、例えば８０ないし９０の、９０ないし１００などの数で存在する、請求項１ないし２２５のいずれかに記載の方法で得られる、鋳型化された分子。
【請求項２２７】
鋳型化された分子がポリマーである、請求項２２６記載の鋳型化された分子。
【請求項２２８】
ポリマーが線状である、請求項２２７記載の鋳型化された分子。
【請求項２２９】
ポリマーが分岐状である、請求項２２７記載の鋳型化された分子。
【請求項２３０】
共有結合した残基が、単独で、または以下の郡から選択される付加部分との組み合わせにおいて、α−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、モノ−、ジ−およびトリ−置換されたα−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、アミノ酸残基がＬ−形態またはＤ−形態のペプチド、ビニル性ポリペプチドからなるポリマー部分の群から選択される少なくとも一つの部分を含むポリマーを形成する能力を有する、請求項２２６ないし２２９のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３１】
共有結合した残基が多糖類を形成する能力を有する、請求項２２６ないし２３０のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３２】
一連の官能基を含む鋳型化された分子であって、隣接する官能基がその官能基と本来結合していない分子部分により連結されている、請求項２２６ないし２３１のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３３】
一連の共有結合した官能基を含む鋳型化された分子であって、α−ペプチドまたはヌクレオチドを含まない、またはそれらで構成されない、請求項２２６ないし２３２のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３４】
一連の共有結合した官能基を含む鋳型化された分子であって、モノ置換されたα−ペプチドまたはヌクレオチドを含まない、またはそれらで構成されない、請求項２２６ないし２３２のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３５】
一連の共有結合した官能基を含む鋳型化された分子であって、ペプチドまたはヌクレオチドを含まない、またはそれらで構成されない、請求項２２６ないし２３２のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２３６】
請求項２２１ないし２２４のいずれかに記載の方法に従って調製される鋳型化された分子の組成物であって、複数の約１０３種以上の鋳型化された分子、約１０４種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０５種以上の鋳型化された分子、約１０６種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０７種以上の鋳型化された分子、約１０８種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０９種以上の鋳型化された分子、約１０１０種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０１１種以上の鋳型化された分子、約１０１２種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０１３種以上の鋳型化された分子、約１０１４種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０１５種以上の鋳型化された分子、約１０１６種以上の鋳型化された分子など、例えば約１０１７種以上の鋳型化された分子、約１０１８種以上の鋳型化された分子などを含む、組成物。
【請求項２３７】
さらに、各鋳型化された分子またはその一部をテンプレートする能力を有する鋳型を含む、請求項２３６記載の組成物。
【請求項２３８】
鋳型化された分子がその鋳型化された分子をテンプレートする能力を有する鋳型に連結されている、請求項２３７記載の組成物。
【請求項２３９】
鋳型化された分子が鋳型に共有結合で連結されている、請求項２３８記載の組成物。
【請求項２４０】
鋳型化された分子が鋳型に共有結合以外の結合で連結されている、請求項２３８記載の組成物。
【請求項２４１】
共有結合以外の結合が、水素結合、ファンデアワールス結合およびイオン結合からなる群より選択される一またはそれ以上の結合を含む、請求項２４０記載の組成物。
【請求項２４２】
鋳型化された分子がα−ペプチドである場合、その鋳型が天然に存在しないヌクレオチドである、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４３】
鋳型化された分子が天然に存在するα−ペプチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４４】
鋳型化された分子がα−ペプチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４５】
鋳型化された分子が独占的に一置換されたα−アミノ酸からなるペプチドである場合、鋳型は天然のヌクレオチドのみからなるものではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４６】
鋳型化された分子が天然のα−ペプチドである場合、鋳型は天然のヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４７】
鋳型化された分子が天然のα−ペプチドである場合、鋳型はヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４８】
鋳型化された分子が一置換されたα−ペプチドである場合、鋳型はヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４９】
鋳型化された分子がα−ペプチドである場合、鋳型はヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２５０】
鋳型化された分子がペプチドである場合、鋳型は天然のヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２５１】
鋳型化された分子がペプチドである場合、鋳型はヌクレオチドではない、請求項２３６ないし２４１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２５２】
鋳型化された分子が、少なくとも一つの官能基の反復配列を含むオリゴマーまたはポリマーである、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５３】
少なくとも三個の官能基の配列が鋳型化された分子中で少なくとも２回反復されている、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５４】
鋳型化された分子中に少なくとも三個の官能基の配列が一回だけ生じる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５５】
鋳型化された分子が、α−アミノ酸、β−アミノ酸、γ−アミノ酸、ω−アミノ酸からなる群より選択されるアミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５６】
鋳型化された分子が天然のアミノ酸残基を含むか、または本質的にかかるアミノ酸残基からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５７】
鋳型化された分子がα−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５８】
鋳型化された分子が一置換されたα−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２５９】
鋳型化された分子が二置換されたα−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６０】
鋳型化された分子が一置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６１】
鋳型化された分子が二置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６２】
鋳型化された分子が三置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６３】
鋳型化された分子が四置換されたβ−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６４】
β−アミノ酸の骨格構造がシクロヘキサン骨格および／またはシクロペンタン骨格を含むか、または本質的にかかる骨格からなる、請求項２６０ないし２６２のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６５】
鋳型化された分子がγ−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６６】
鋳型化された分子がω−アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６７】
鋳型化された分子がビニル性アミノ酸を含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６８】
鋳型化された分子がＮ−置換グリシンを含むか、または本質的にかかるアミノ酸からなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２６９】
鋳型化された分子が、α−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、モノ−、ジ−およびトリ−置換されたα−ペプチド、β−ペプチド、γ−ペプチド、ω−ペプチド、アミノ酸残基がＬ−形態またはＤ−形態のペプチド、ビニル性ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリアミド、ビニル性スルホンアミドペプチド、ポリスルホンアミド、例えば補欠分子基を含むコンジュゲートペプチド、ポリエステル、多糖類、ポリカルバメート、ポリカルボネート、ポリウレア、ポリペプチジルホスホネート、ポリウレタン、アザチド、オリゴＮ−置換グリシン、ポリエーテル、エトキシホルムアセタールオリゴマー、ポリ−チオエーテル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリエチレン、ポリジスルフィド、ポリアリレンスルフィド、ポリヌクレオチド、ＰＮＡ、ＬＮＡ、モルホリノ、オリゴピロリノン、ポリオキシム、ポリイミン、ポリエチレンイミン、ポリイミド、ポリアセタール、ポリアセテート、ポリスチレン、ポリビニル、脂質、リン脂質、糖脂質、例えば脂肪族または芳香族サイクルを含む多環式化合物（ヘテロ多環式化合物を含む）、プロテオグリカン、およびポリシロキサン、ならびにそれらの組み合わせを含む、からなる群より選択される分子または分子部分を含むか、または本質的にそれらで構成される、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７０】
鋳型化された分子の隣接する残基が、ペプチド結合、スルホンアミド結合、エステル結合、糖鎖結合、カルバメート結合、カルボネート結合、ウレア結合、リン酸結合、ウレタン結合、アザチド結合、ペプトイド結合、エーテル結合、エトキシ結合、チオエーテル結合、炭素単結合、炭素二重結合、炭素三重結合、ジスルフィド結合、スルフィド結合、ホスホジエステル結合、オキシム結合、イミン結合、イミド結合、アミン結合、アミド結合およびそれらの組み合わせを含む、からなる化学結合の群より選択される化学結合により連結されている、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７１】
α−ペプチドではない請求項２７０記載の鋳型化された分子。
【請求項２７２】
鋳型化された分子の骨格構造が、−ＮＨＮ（Ｒ）ＣＯ−；−ＮＨＢ（Ｒ）ＣＯ−；−ＮＨＣ（ＲＲ’）ＣＯ−；−ＮＨＣ（＝ＣＨＲ）ＣＯ−；−ＮＨＣ６Ｈ４ＣＯ−；−ＮＨＣＨ２ＣＨＲＣＯ−；−ＮＨＣＨＲＣＨ２ＣＯ−；−ＣＯＣＨ２−；−ＣＯＳ−；−ＣＯＮＲ−；−ＣＯＯ−；−ＣＳＮＨ−；−ＣＨ２ＮＨ−；−ＣＨ２ＣＨ２−；−ＣＨ２Ｓ−；−ＣＨ２ＳＯ−；−ＣＨ２ＳＯ２−；−ＣＨ（ＣＨ３）Ｓ−；−ＣＨ＝ＣＨ−；−ＮＨＣＯ−；−ＮＨＣＯＮＨ−；−ＣＯＮＨＯ−；−Ｃ（＝ＣＨ２）ＣＨ２−；−ＰＯ２ＮＨ−；ＰＯ２ＣＨ２−；−ＰＯ２ＣＨ２Ｎ＋−；−ＳＯ２ＮＨ−；およびラクタムから選択される分子（その組み合わせを含む）を含むか、または本質的にそれらからなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７３】
先駆体がα−アミノ酸先駆体、β−アミノ酸先駆体、γ−アミノ酸先駆体、およびω−アミノ酸先駆体から選択される先駆体の群より選択される、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７４】
鋳型化された分子が、少なくとも２個の異なる官能基、少なくとも３個の異なる官能基など、例えば少なくとも４個の異なる官能基、少なくとも５個の異なる官能基など、例えば少なくとも６個の異なる官能基、少なくとも７個の異なる官能基など、例えば少なくとも８個の異なる官能基、少なくとも９個の異なる官能基など、例えば少なくとも１０個の異なる官能基、少なくとも１０個の異なる官能基などを含むか、または本質的にそれらからなる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７５】
官能基が同じである、請求項２７４記載の鋳型化された分子。
【請求項２７６】
請求項１ないし２２５のいずれかに記載の方法により得ることができる、請求項２２６ないし２３５のいずれかに記載の鋳型化された分子。
【請求項２７７】
鋳型化された分子が請求項１ないし２２５に記載の方法により調製され、ここでこの鋳型化された分子がＤＮＡ、ＲＮＡ、抗体、ペプチドまたは蛋白あるいはその誘導体からなる群より選択される別の分子に結合されている、請求項２３６ないし２５１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２７８】
所定の活性を有する分子の組成物をスクリーニングする方法であって、
ｉ）鋳型化された分子の第１の組成物を確立し、ここで該分子は請求項２３６ないし２５１のいずれか請求項にて特定されているか、または請求項１ないし２２５のいずれかの請求項に定義されるように産生され、
ｉｉ）その第１の組成物を該第１の組成物が所定の活性を有する鋳型化された分子に富む条件に曝し、
ｉｉｉ）第２の組成物を含有して富む組成物の鋳型化された分子を増幅してもよく、
ｉｖ）さらに、工程ｉｉ）ないしｉｉｉ）を繰り返してもよく、
ｖ）特異的に所定の活性を有する鋳型化された分子を高い割合で有するさらなる組成物を得る、
ことを含む、方法。
【請求項２７９】
さらに、鋳型化された分子を変異させる工程を含み、ここでこの変異誘発が工程ｉｉｉ）を行う前、工程ｉｉｉ）を行うと同時に、あるいは工程ｉｉｉ）を行った後に起こり得る、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８０】
変異誘発がランダム変異誘発または部位特異的変異誘発として行われる、請求項２７９記載の方法。
【請求項２８１】
工程ｉｉｉ）が１０１ないし１０１５倍に増幅することを含む、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８２】
工程ｉｉ）および工程ｉｉｉ）を少なくとも２回、３回または５回、少なくとも１０回など、少なくとも１５回など繰り返す、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８３】
さらに、所定の活性を有する鋳型化された分子を同定する工程を含む、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８４】
同定が、鋳型および／または相補鋳型を物理的に解析することにより、またはその分子と関連する別の手段により行われる、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８５】
組成物を富ませる条件が所定の活性を有する鋳型化された分子の結合パートナを準備し、その結合パートナが支持体に直接的または間接的に固定されることを含む、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８６】
組成物を富ませる条件が、一またはそれ以上の電気泳動的な分離、ゲル濾過、免疫沈降、等電点電気泳動、遠心分離および固定化を含む、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８７】
所定の活性が酵素活性または触媒活性である、請求項２７８記載の方法。
【請求項２８８】
組成物を富ませる条件が鋳型化された分子を取り込むことのできる細胞を準備し、所定の活性を有する鋳型化された分子と相互作用させることを含む、請求項２７８記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５４】
実施例６４：異なるヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込み
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、異なるエクステンションプライマーを３２Ｐで５’−標識した。エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中それぞれ０．１および３ピコモルを用い、８０℃に２分間加熱し、次いでゆっくりと約２０℃に冷却することにより、これらのエクステンションプライマーを鋳型プライマーにアニールした。野生型ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。野生型ヌクレオチドと比較したヌクレオチド誘導体についての異なる移動度シフトにより組み込みを確認できる。図４９は、様々なヌクレオチド誘導体の組み込みを示す。レーン１〜５において、エクステンションプライマー５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１）を鋳型プライマー５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＴＡＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号２）と共に使用し、レーン６〜１１において、エクステンションプライマー５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号３）を鋳型プライマー５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＴＧＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号４）と共に使用し、レーン１２〜１５において、エクステンションプライマー５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号５）を鋳型プライマー５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＣＧＴ  ＡＡＣ  ＣＧＡ  ＴＧＣ  ＣＡＧ  ＴＡＧ  Ｃ−３’（配列番号６）と共に使用した。 レーン１、ｄＡＴＰ；レーン２、化合物ＸＩ；レーン３、化合物ＩＸ；レーン４、化合物Ｉ；レーン５、化合物ＩＩ；レーン６、ヌクレオチドなし；レーン７、ｄＣＴＰ；レーン８、化合物ＶＩＩ；レーン９、化合物Ｘ；レーン１０、化合物ＩＶ；レーン１１、化合物ＩＩＩ；レーン１２、ヌクレオチドなし；レーン１３，ｄＴＴＰ；レーン１４、ｄＴＴＰおよびｄＡＴＰ；レーン１５、ｄＴＴＰおよび化合物Ｘ。これらの結果は、異なるリンカーおよび機能的部分を用いてｄＡＴＰ、ｄＴＴＰおよびｄＣＴＰの様々なヌクレオチド誘導体を取り込む可能性を示す。他のポリメラーゼ、例えば、Ｔａｑ、Ｍ−ＭＬＶおよびＨＩＶも試験すると陽性の結果が得られた。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５５】
実施例６５：ポリメラーゼ組み込みおよび切断可能なエステルリンカーを含有するヌクレオチド誘導体の加水分解
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１））を３２Ｐで５’−標識した。エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中それぞれ０．１および３ピコモルを用い、８０℃に２分間加熱し、次いでゆっくりと約２０℃に冷却することにより、これらのエクステンションプライマーを鋳型プライマー（５’−ＴＡＡ  ＧＡＣ  ＣＧＡ  ＴＧＣ  ＣＡＧ  ＴＡＧ  Ｃ−３’（配列番号７））にアニールした。野生型ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。加水分解されたサンプルを０．１Ｍ  ＮａＯＨで５０℃で約１５分間処理し、次いで等モルのＨＣｌおよびＮａＯＡｃ（ｐＨ６．５）で滴定し、ミクロスピンゲル濾過（Ｂｉｏｒａｄ）により精製した。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。野生型ヌクレオチドと比較したヌクレオチド誘導体についての異なる移動度シフトにより組み込みを確認できる。図５０は、様々なヌクレオチド誘導体の組み込みを示す。レーン１、化合物ＩＩＩおよび化合物ＩＩ；レーン２、化合物ＩＩＩおよび２つの化合物ＩＩ；レーン３、化合物ＩＩＩおよび化合物ＩＩの加水分解；レーン４、化合物ＩＩＩおよび２つの化合物ＩＩの加水分解。結果は、これらのヌクレオチド誘導体がポリメラーゼによりこの順序で取り込まれることができることを示す。また、エステルリンカーを有する組み込まれた化合物ＩＩヌクレオチド誘導体の一方または両方は、ＤＮＡ鋳型上で特異的に分解されることができ、エステルリンカーを有さない組み込まれた化合物ＩＩＩヌクレオチド誘導体はそのままであることを示す。これは、１つのヌクレオチド誘導体が結合点（非切断可能なリンカー）として機能でき、同時にＤＮＡ鋳型から他の組み込まれたヌクレオチド誘導体を放出し（切断可能なリンカー）、表示分子（ｄｉｓｐｌａｙｉｎｇ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）を形成することが可能であることを示す。加えて、この実験データは、切断可能なエステルを含有するリンカーを有するヌクレオチド誘導体は、ポリメラーゼの活性部位におけるアミンとの反応無しにポリメラーゼにより挿入できるか、または組み込みプロセス中に加水分解されるようになることを示す。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５６】
実施例６６：ポリメラーゼ組み込みおよびヌクレオチド誘導体の架橋
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１））を３２Ｐで５’−標識した。エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中それぞれ０．１および３ピコモルを用い、８０℃に２分間加熱することにより、これらのエクステンションプライマーを鋳型プライマー（５’−ＴＡＧ  ＡＣＣ  ＧＡＴ  ＧＣＣ  ＡＧＴ  ＡＧＣ（配列番号８））にアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。ヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。ミクロスピンゲル濾過（Ｂｉｏｒａｄ）を用いてオリゴヌクレオチドを次いで精製した。１０ｍＭＢＳ３［ビス（スルホニルスクシンイミド）スベラート］（Ｐｉｅｒｃｅ、ｃａｔ＃２１５８０）を用いて３０℃で約１時間架橋を行った。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。図５１Ａおよび５１Ｂは様々なヌクレオチド誘導体の組み込みおよび架橋（ＣＬ）を示す。図５１Ａ：レーン１、化合物ＩＩＩおよび化合物Ｉ；レーン２、架橋化合物ＩＩＩおよび化合物ＩＩ。図５１Ｂ：レーン１、化合物ＩＩＩおよび化合物Ｉ；レーン２、架橋化合物ＩＩＩおよび化合物Ｉ．結果から、これらのヌクレオチド誘導体はこの順序でポリメラーゼにより取り込まれ得ることが示される。また、化合物ＩＩＩ、化合物ＩＩおよび化合物Ｉは架橋試薬ＢＳ３により修飾され（移動度シフト）、これにより、ＤＮＡ鋳型によるヌクレオチド誘導体化合物ＩＩＩ−化合物ＩＩおよび化合物ＩＩＩ−化合物Ｉ上の反応基間の架橋（ＣＬ）が可能になることがわかる。重要なことには、主溝（ｍａｊｏｒ  ｇｒｏｏｖｅ）中のヌクレオチド誘導体のアミド基は、ＤＮＡ鋳型上の異なる組み込まれたヌクレオチド誘導体間の架橋を促進する修飾について選択的に影響をうけやすい。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５７】
実施例６７：様々なヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込み
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＴＣＣ  ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号９））を３２Ｐで５’−標識した。エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中それぞれ０．１および３ピコモルを用い、８０℃に２分間加熱することにより、これらのエクステンションプライマーを鋳型プライマー（５’−ＴＧＡ  ＡＣＣ  ＧＡＴ  ＧＣＣ  ＡＧＴ  ＡＧＣ−５’（配列番号１０））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。伸張を防止するために、この鋳型プライマーを３’ビオチンＣ６−標識した。ヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。図５２は様々なヌクレオチド誘導体の取り込を示す。レーン１、野生型ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＡＴＰ；レーン２、化合物ＸＩ；レーン３；化合物ＸＩおよび化合物ＩＩＩ；レーン４、化合物ＸＩ、化合物ＩＩＩおよびｄＡＴＰ；レーン５、化合物ＸＩ、化合物ＩＩＩおよび化合物ＸＩＩＩ。結果は、ポリメラーゼを用いてそれぞれの後に少なくとも３つの異なるヌクレオチド誘導体を取り込むことができることを示す。従って、ポリメラーゼは様々なヌクレオチド誘導体が著しく触媒活性が減少することなく同時に活性部位にあることを許容する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５８】
実施例６８：様々なヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込み
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＴＣＣ  ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号９））を３２Ｐで５’−標識した。エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中それぞれ０．１および３ピコモルを用い、８０℃に２分間加熱することにより、これらのエクステンションプライマーを鋳型プライマー（５’−ＴＧＡ  ＡＣＣ  ＧＡＴ  ＧＣＣ  ＡＧＴ  ＡＧＣ−３’（配列番号１０））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。伸張を防止するために、この鋳型プライマーを３’ビオチンＣ６−標識した。ヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。図５３は野生型ヌクレオチド誘導体と比較した様々なヌクレオチド誘導体の取り込を示す。レーン１、野生型ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰおよびｄＡＴＰ；レーン２、化合物ＩＩ、化合物ＩＩＩおよび化合物ＸＩＩＩ。結果は、ポリメラーゼを用いて互いの後に少なくとも３つの異なるヌクレオチド誘導体を取り込むことが可能であることを示す。従って、ポリメラーゼは様々なヌクレオチド誘導体が著しく触媒活性が減少することなく同時に活性部位にあることを許容する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５５９】
実施例６９〜７４：ポリメラーゼにより鋳型化された分子の調製
実施例６９：尿素結合形成によるエンコードされたアミノ酸基の架橋
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、プライマー（５’−ＴＣＣ  ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＴ  ＡＴＣ  ＧＧＸ−３’（配列番号１１））（ここにおいて、Ｘはデオキシ−チミジン−Ｃ６−ＮＨ２を表す）（Ｇｌｅｎ  ｒｅｓｅａｒｃｈ、ｃａｔ＃１０−１０３９−９０）を３２Ｐで５’−標識し、ミクロスピンゲル濾過により精製した。このプライマー（０．１ピコモル）および２ピコモルの第二のプライマー（５’ＸＣＡ  ＣＴＴ  ＧＣＡ  ＧＡＣ  ＡＧＣ−  ３´（配列番号１２））を、８０℃で２分間加熱することによりハイブリダイゼーション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、２００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．５）中、１ピコモルの鋳型プライマー（５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号１３））と同時アニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。その後、１０ｍＭのＮ’，Ｎ’−カルボニルジイミダゾール（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を添加し、サンプルを３０℃で２時間インキュベートした。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【化８４】
2004535193.tif 000001
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５６１】
実施例７０：ジアミノリンカーを使用した「フィルイン（ｆｉｌｌ−ｉｎ）」反応によるアミド結合の形成
この実験において、ＤＮＡ−エンコードされたカルボン酸は、１，４−ジアミノブタンにより架橋される。Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、プライマー（５’−ＴＣＣ  ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＴ  ＡＴＣ  ＧＧＹ−３’（配列番号１４））（ここにおいて、Ｙはデオキシ−チミジン−Ｃ２−ＣＯＯＨを表す）（Ｇｌｅｎ  ｒｅｓｅａｒｃｈ、ｃａｔ＃１０−１０３５−９０）を３２Ｐで５’−標識し、ミクロスピンゲル濾過により精製した。このプライマー（０．１ピコモル）および２ピコモルの第二のプライマー（５’ＹＣＡ  ＣＴＴ  ＧＣＡ  ＧＡＣ  ＡＧＣ−  ３´（配列番号１５））を、８０℃で２分間加熱することによりハイブリダイゼーション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、２００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．５）中、１ピコモルの鋳型プライマー（５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号１３））と同時アニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。その後、１００ｍＭのＥＤＣ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）、１０ｍＭのＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）および１０ｍＭの１，４ジアミノブタン（Ｍｅｒｃｋ）を添加し、サンプルを３０℃で２時間インキュベートした。サンプルをホルムアミド染料と混合し、１０％尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【化８５】
2004535193.tif 000002
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５６３】
実施例７１：ヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込みおよび鋳型された固定点との架橋
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１））を３２Ｐで５’−標識した。このエクステンションプライマーを、８０℃で２分間加熱することにより、エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中、それぞれ０．１ピコモルおよび３ピコモル用いて鋳型プライマー（５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＴＡＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号３））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。ヌクレオチド誘導体を次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を３０℃で１時間用いて取り込んだ。オリゴヌクレオチド複合体を次いでミクロスピンゲル濾過（ＢｉｏＲａｄ）を用いて精製した。第二のプライマー（５−ＹＣＡ  ＣＴＴ  ＧＣＡ  ＧＡＣ  ＡＧＣ−３’（配列番号１５））（ここにおいて、Ｙは固定点反応基デオキシチミジン−Ｃ２−ＣＯＯＨを表す）をエクステンション複合体とアニールした。緩衝液組成を２０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、２００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ＝７．５に調節した。１００ｍＭ  ＥＤＣおよび１０ｍＭ  Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドを用いて約２時間３０℃で架橋を行った。関連するサンプルをアルカリ加水分解に供した（０．１Ｍ  ＮａＯＨ、５０℃で１５分）。サンプルをホルムアミド染料と混合し、変性１０％尿素ポリアクリルアミドゲル上にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５６６】
実施例７２：ヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込みおよび「フィルイン」反応による鋳型された固定点との架橋
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１））を３２Ｐで５’−標識した。このエクステンションプライマーを、８０℃で２分間加熱することにより、エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中、それぞれ０．１ピコモルおよび３ピコモル用いて鋳型プライマー（５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＴＡＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号３））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。化合物ＩＩ（ヌクレオチド誘導体）を次いで添加し（約１００μＭ）、３０℃で１時間、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて取り込んだ。オリゴヌクレオチド複合体を次いでミクロスピンゲル濾過（ＢｉｏＲａｄ）を用いて精製した。第二のプライマー（５−ＸＣＡ  ＣＴＴ  ＧＣＡ  ＧＡＣ  ＡＧＣ−３’（配列番号１２））（ここにおいて、Ｘは固定点反応基デオキシチミジン−Ｃ６−ＮＨ２を表す）をエクステンション複合体とアニールした。１０ｍＭ  ＢＳ３［ビス（スルホニルスクシンイミド）スベラート］（Ｐｉｅｒｃｅ、ｃａｔ＃２１５８０）を用いて約２時間３０℃で架橋を行った。関連するサンプルをアルカリ加水分解に供した（０．１Ｍ  ＮａＯＨ、５０℃で１５分）。サンプルをホルムアミド染料と混合し、変性１０％尿素ポリアクリルアミドゲル上にかけた。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５６９】
実施例７３：２つのヌクレオチド誘導体のポリメラーゼ組み込みおよび３つのエンコードされた機能的部分間の架橋
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１６））を３２Ｐで５’−標識した。このエクステンションプライマーを、８０℃で２分間加熱することにより、エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中、それぞれ０．１ピコモルおよび３ピコモル用いて鋳型プライマー（５’−ＧＣＴ  ＧＴＣ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＴＧＡ  ＧＴＡ  ＣＣＧ  ＡＴＧ  ＣＣＡ  ＧＴＡ  ＧＣ−３’（配列番号１７））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。ヌクレオチド誘導体ＶおよびＸを次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を３０℃で１時間用いて取り込んだ。オリゴヌクレオチド複合体を次いでミクロスピンゲル濾過（ＢｉｏＲａｄ）を用いて精製した。第二のプライマー（５−ＹＣＡ  ＣＴＴ  ＧＣＡ  ＧＡＣ  ＡＧＣ−３’（配列番号１５））（ここにおいて、Ｙは固定点反応基デオキシチミジン−Ｃ２−ＣＯＯＨを表す）をエクステンション複合体とアニールした。１００ｍＭ  ＥＤＣおよび１０ｍＭ  Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドを添加する前に、緩衝液組成を２０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、２００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ＝７．５に調節した。この結果、ＭＧ９１のＮＨ２基およびＶのＣＯＯＨ基および第二のプライマーＣＯＯＨの架橋が起こる。適当なサンプルをアルカリ加水分解に供した（０．１Ｍ  ＮａＯＨ  ５０℃、１５分）。１０％尿素ポリアクリルアミドゲルにかける前に、ホルムアミド染料をサンプルに添加した。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５７２】
実施例７４：ポリメラーゼ組み込みおよびβ−アミノ酸転移（ジッピング（ｚｉｐｐｉｎｇ））
Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、標準的プロトコルを用いて（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｃａｔ＃４１０３）、エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１６）)を３２Ｐで５’−標識した。このエクステンションプライマーを、８０℃で２分間加熱することにより、エクステンション緩衝液（２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ、４０ｍＭ  ＫＣｌ、８ｍＭ  ＭｇＣｌ２、ｐＨ７．４、１０ｍＭ  ＤＴＴ）中、それぞれ０．１ピコモルおよび３ピコモル用いて鋳型プライマー（５’−ＴＡＧ  ＡＣＣ  ＧＡＴ  ＧＣＣ  ＡＧＴ  ＡＧＣ（配列番号８））とアニールし、次いでゆっくりと約２０℃に冷却した。ヌクレオチド誘導体ＩＩおよびＩＩＩを次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を３０℃で１時間用いて取り込んだ。ヌクレオチド誘導体ＩＩおよびＩＩＩを次いで添加し（約１００μＭ）、５単位のＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ、ｐａｒｔ＃９ＰＩＭ５１０）を用いて３０℃で１時間取り込んだ。オリゴヌクレオチドを次いでミクロスピンゲル濾過（ＢｉｏＲａｄ）を用いて精製し、続いて凍結乾燥した。オリゴヌクレオチド複合体をピリジン中に溶解させ、ピリジン中スカンジウムトリフルオロメタンスルホネート（触媒）を添加して、最終濃度１０ｍＭにし、反応混合物を５０℃で１時間インキュベートした。０．１Ｍ  ＮａＯＨを用いて、５０℃で１５分間、関連するサンプルをアルカリ加水分解に供した。１０％尿素ポリアクリルアミドゲルにかける前に、ホルムアミド染料をサンプルに添加した。オートラジオグラフィー（Ｋｏｄａｋ、ＢｉｏＭａｘ  ｆｉｌｍ）を用いてゲルを展開した。この実験の概略図を以下に示す：
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６２０】
エクステンションプライマー（５’−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１６））は鋳型プライマー（５’−ＧＴＡ  ＡＴＴ  ＧＧＡ  ＧＴＧ  ＡＧＣ  ＣＤＤ  ＤＡＣ  ＣＧＡ  ＴＧＣ  ＣＡＧ  ＴＡＧ  Ｃ−３’（配列番号１８））と共に用いられる。ここにおいて、Ｄ（下線部、国際生化学連合からの曖昧な定義を使用）はＡ、ＧまたはＴのいずれかである。エクステンションプライマーは以下に示すように鋳型プライマーと相補性である。エクステンション中、プライマーはＤＤＤ配列を越えて伸び、個々の鋳型の配列に従って、３つの位置でＴ−、Ｃ−、またはＡ−ヌクレオチド誘導体が挿入される。α−アミノ酸およびヌクレオチドに結合した前駆体の重合、およびアミノ酸およびヌクレオチドに結合したリンカーの切断により、少なくとも３３＝２７の異なるペプチドの理論的多様性を有するライブラリーが生じる。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６２７】
溶出（選択）された鋳型は、２つの増幅プライマー（順、５’−ビオチン−ＧＣＴ  ＡＣＴ  ＧＧＣ  ＡＴＣ  ＧＧＴ−３’（配列番号１６）；  ｒｅｖｅｒｓｅ，  ５’−ＧＴＡ  ＡＴＴ  ＧＧＡ  ＧＴＧ  ＡＧＣ−３’（配列番号１９））を用いて標準的ＰＣＲプロトコル（例えば、５ピコモルの各プライマー、０．２ｍＭのｄＮＴＰ、２ｍＭのＭｇＣｌ２、および２．５Ｕの熱安定性Ｔａｑポリメラーゼ）で増幅される。ＰＣＲは、９４℃で５分間初期変性し、９４℃で３０秒間の変性、５０℃で３０秒間のアニーリング、７２℃で３０秒間のエクステンション、および７２℃で１０分間の最終エクステンションを３５サイクル行う。順プライマーにおける５’ビオチンはセンス鎖を除去するために用いられる。これは、ＰＣＲ生成物をストレプトアビジンコートされた磁気ビーズ（Dynabeads; Dynal Biotech, Norway）と共にインキュベートすることにより行われ、一本鎖鋳型を製造業者により記載されたようにして精製する。精製されたアンチセンス鎖を最終的に前記のようなエクステンションプライマーと共に鋳型プライマーとして使用して、さらにもう１ラウンドの選択のための鋳型化された分子の濃縮されたライブラリーが生じる。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６５７】
オリゴヌクレオチドビルディングブロック
2004535193.tif 000003
ジッパーボックス配列に下線を施す。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６７３】
修飾された核塩基とカルボン酸部分を含む次のオリゴを慣例のホスホルアミダイト法を用いて合成した。
2004535193.tif 000004
Ｘを商業的に入手可能なカルボキシ−ｄＴホスホルアミダイト（Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈから得られる１０−１０３５−９０）を用いて組み込んだ。下線の核塩基は、ジッパー領域を表す。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６７６】
実施例１０２：カルボン酸含有オリゴヌクレオチドをトリスアミンスカフォード（ｓｃａｆｆｏｌｄ）ビルディングブロックに変換する方法
修飾された核塩基と、カルボン酸部分を含有する次のオリゴを、慣例のホスホルアミダイト法を用いて合成した：
2004535193.tif 000005
Ｘを商業的に入手可能なカルボキシ−ｄＴホスホルアミダイト（Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈから得られる１０−１０３５−９０）を用いて組み込んだ。下線の核塩基は、ジッパー領域を表す。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６７９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６７９】
実施例１０３：機能的部分をチオオリゴと結合させるための一般的手順
修飾された核塩基と、Ｓ−トリフェニルメチル保護チオ部分を含有する次のオリゴを、慣例のホスホルアミダイト法を用いて合成した：
2004535193.tif 000006
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６８２】
実施例１０４：アミノまたはアミノメチル末端オリゴに機能的部分を結合させるための一般的方法
2004535193.tif 000007
修飾された核塩基とアミノ基を含有する次のオリゴを慣例のホスホルアミダイト法を用いて合成した：
Ｚは、商業的に入手可能なアミノ修飾剤Ｃ６ｄＴホスホルアミダイト（Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈから得られる１０−１０３９−９０）を用いて組み込まれたアミノ基を有する修飾された核塩基を含む。
さらに、すでに記載したようにしてオリゴＣ−Ｅを対応するアミノメチル末端オリゴに変換した。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６８７】
図６２は、機能的部分の、修飾された核塩基とアミノ基を含有するオリゴへの移動を示す。
Ａ）上のクロマトグラムは、参考アミノオリゴO: 5'-GAC CTG TCG AGC ATC CAG CTT CAT GGC TGA GTC CAC AAT GZ（配列番号４１）を示す。Ｚは、商業的に入手可能なアミノ修飾剤Ｃ６ｄＴホスホルアミダイト（Ｇｌｅｎ  ｒｅｓｅａｒｃｈから得られる１０−１０３９−９０）を用いて組み込まれた修飾された核塩基とアミノ基を含む。
Ｂ）真ん中のクロマトグラムは、機能的部分（ＸＸＩＩＩ）の部分的移動後のストレプトアビジン精製アミノオリゴＯを示す。
Ｃ）下のクロマトグラムは、さらに親油性の機能的部分（ＸＶＩＩ）が完全に移動した後のストレプトアビジン精製アミノオリゴＯを示す。次の勾配を使用した：０〜３分１００％Ａ、次いで３〜１０分１５％Ａおよび８５％Ｂ
鋳型オリゴが省略された実験では、非鋳型生成物の形成は示されなかった。この結果から、テンプレートされた合成の有効性は８０〜１００％であることがわかる。効率が１００％よりも少ない理由は、おそらくは、機能的部分の加水分解切断による。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７０２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７０２】
ビルディングブロックオリゴの配列を以下に示す。太字のヌクレオチドは相補因子を構成し、下線は５−ｍｅｒジッパーボックスを構成する。ＦＥ１−４は結合した機能的部分（４の異なるＮ−Ｎｖｏｃ保護されたβ−アミノ酸）であり、Ｂは内部ビオチンである。
【表６】
2004535193.tif 000008
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７０３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７０３】
３のコーディング領域からなる６４鋳型オリゴ（それぞれ２ピコモル）を４の異なるビルディングブロックオリゴ（１〜４、それぞれ２００ピコモル）およびｈｅｐｅｓ緩衝液（２０ｕＬ、１００ｍＭ  ｈｅｐｅｓ緩衝液と１Ｍ  ＮａＣｌ、ｐＨ＝７．５）と混合する。水を最終体積１０００ｕＬにまで添加する。５０℃に加熱することによりオリゴを鋳型にアニールし、２０℃に冷却する（−２℃／３０秒）。Ａｒで完全に脱気することによりＮｖｏｃ保護基を除去し、続いて水銀ランプ（４５０Ｗ  ＨＰＬＣ水銀ランプ、パイレックスフィルター、カットオフ＜３００ｎｍ）に１〜２時間露光する。混合物を、一夜温度を変動させて放置する（１０℃で１秒、次いで３５℃で１秒）。
ライブラリー産生におけるエンコードされた分子の形成は、２の異なる実験により取り扱われ、ここにおいて各実験においては１つの鋳型のみを使用する。第一の鋳型（３’−ＣＧＴ  ＡＴＧ  ＴＴＧ  ＡＴＡ  ＣＡＴ  ＡＡＴ  ＡＡＣ  ＧＴＡ  ＴＧＴ  ＴＧＡ  ＴＡＣ  ＡＴＡ  ＡＴＡ  ＡＣＧ  ＴＡＴ  ＧＴＴ  ＧＡＴ  ＡＣＡ  Ｔ（配列番号５０））は、β−アラニンの３−ｍｅｒβ−ペプチドの形成をエンコードし、他の鋳型（３−ＣＧＴ  ＡＴＧ  ＣＣＧ  ＡＴＡ  ＣＡＴ  ＡＡＴ  ＡＡＣ  ＧＴＡ  ＴＧＣ  ＣＧＡ  ＴＡＣ  ＡＴＡ  ＡＴＡ  ＡＣＧ  ＴＡＴ  ＧＣＣ  ＧＡＴ  ＡＣＡ  Ｔ（配列番号５１））は３−アミノ−４，４，４−トリフルオロ酪酸の３−ｍｅｒβ−ペプチドの形成をエンコードする。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７２９】
ＤＮＡ鋳型上のジヌクレオチドの組み込み：
それぞれ１ピコモルのエクステンションプライマーＡ（５’−ＧＣＴＡＣＴＧＧＣＡＴＣＧＸＧ−３’−ホスホチオエート（配列番号５２）、ここにおいてＸはデオキシチミジン−Ｃ６−ＮＨ２を表す、Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃａｔ＃：１０−１０３５−９０）およびＢ（５’−ヨード−ＧＣＡＣＴＴＧＣＡＧＡＣＡＧＣ−３’（配列番号５３））を結合緩衝液：５０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、ｐＨ＝７．５、５ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１００ｍＭ  ＫＣｌ中鋳型オリゴ（５’ＧＣＴＧＴＣＴＧＣＡＡＧＴＧＣＮＡＮＡＣＡＣＧＡＴＧＣＣＡＧＴＡＧＣ−３’（配列番号５４））にアニールし、８０℃で２分間インキュベートした後、ゆっくりと２０℃まで冷却する。プライマーＡおよびＢの鋳型との結合は、以下に示すように中心に４ヌクレオチド一本鎖を有する二本鎖ＤＮＡ複合体を形成する。１０ピコモルのジヌクレオチドを添加し、反応混合物を４℃で３０分間インキュベートし、続いて３０秒間２５℃に短時間加熱する。反応混合物を２４時間、連続した温度振幅サイクルに供する。この工程は正しくアニールされたジヌクレオチドとプライマーＡおよびＢの間の化学結紮を促進する。
鋳型の補完および化学結紮後、ジヌクレオチドおよび緩衝液をミクロスピンゲル濾過（Ｂｉｏｒａｄ）により除去する。
【手続補正２４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７３８】
【化１５３】
2004535193.tif 000009
Ｘ＝アミノ−修飾剤Ｃ６ｄＴ
【表７】
2004535193.tif 000010