【手続補正書】
【提出日】平成18年10月30日(2006.10.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を促進する可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体をコードする、単離核酸配列。
【請求項２】
配列番号１、３、５、７または９の少なくとも３０個の連続したヌクレトチドに対して５０％の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項１に記載の単離核酸配列。
【請求項３】
配列番号１、３、５、７または９の核酸配列を含む、請求項１に記載の単離核酸配列。
【請求項４】
請求項１、２または３のいずれかに記載の単離核酸配列と第２ポリペプチドをコードする第２核酸配列とを含む融合ポリペプチドをコードする、核酸配列。
【請求項５】
請求項１、２、３または４のいずれかに記載の核酸配列を含むベクター。
【請求項６】
請求項５に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項７】
請求項１、２、３または４のいずれかに記載の核酸配列によりコードされる、単離アミノ酸配列。
【請求項８】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を促進する、単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体。
【請求項９】
配列番号２、４、６、８または１０を含む、請求項８に記載の単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のアミノ酸配列および、第２ポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項１１】
有効量の請求項８または９に記載の単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体、および薬学的に許容し得る担体を含む、医薬組成物。
【請求項１２】
請求項８または９に記載の単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体で被覆された、医療用デバイス。
【請求項１３】
請求項８または９に記載の単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体を浸透させた、創傷治療用デバイス。
【請求項１４】
請求項８または９に記載の単離された可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼタンパク質またはその活性断片もしくは変異体を含む、消毒液。
【請求項１５】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を抑制するための方法であって、細菌細胞のｄｓｐＢ遺伝子を突然変異させて、生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を抑制することを含む、前記方法。
【請求項１６】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を抑制するための方法であって、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼの発現もしくはレベルを低下させること、または、細菌細胞内での可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼの活性を抑制することにより、生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を低減させることを含む、前記方法。
【請求項１７】
Actinobacillus actinomycetemcomitansの単離された突然変異体であって、表面に強く付着するが、細胞を媒体中に放出できないかまたは表面上に分散できない生物膜のコロニーを形成する、前記突然変異体。
【請求項１８】
ｄｓｐＢ遺伝子が突然変異している、請求項１７に記載の突然変異体。
【請求項１９】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を調節する剤を同定するための方法であって、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼの活性または発現またはレベルを調節する該剤の能力を評価することを含む、前記方法。
【請求項２０】
生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を促進するための方法であって、細菌細胞を、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体と、または、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体をコードする核酸配列と接触させることにより、生物膜からの細菌細胞または真菌細胞の剥離を促進することを含む、前記方法。
【請求項２１】
医療用デバイスまたは外科用器具上の細菌または真菌による、生物の感染のリスクを低下させるための方法であって、生物が該医療用デバイスまたは外科用器具と接触する前に、該医療用デバイスまたは外科用器具を可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体と接触させることを含む、前記方法。
【請求項２２】
医療用デバイスが、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体により被覆されている、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体による被覆が、医療用デバイス上で乾燥される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
医療用デバイスがカテーテルであり、可溶性のβ−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼまたはその活性断片もしくは変異体が、該カテーテル内のカテーテルロック溶液中に存在する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
ｄｓｐＢホモログを有する細菌を同定する、プライマー対。
【請求項２６】
配列番号１２および配列番号１３を含む、請求項２５に記載のプライマー対。
【請求項２７】
ｄｓｐＢホモログを有する細菌を同定するためのキットであって、請求項２５または２６に記載のプライマー対、およびｄｓｐＢホモログを有する細菌を同定するための該プライマー対の使用についての説明書を含む、前記キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
同様に、系統発生的に多様な細菌種からのオーソログタンパク質は通常、機能的に同等かまたは活性な変異体であり、これは、興味ある遺伝子をプラスミドにクローニングする通常の方法は、プラスミドライブラリをスクリーニングして、異なる細菌種において遺伝的突然変異を相補するプラスミドを見出すことであるという事実によって証拠付けられる（Kaplan et al. J. Mol. Biol. 1985 183: 327-340）。これは、細菌酵素について特にあてはまる。異なる細菌種のオーソログ酵素は、５０％またはそれ以上の相違を示すことができ、しかも同一の基質を利用し、同じ化学反応を触媒し、そして同じ産物を生成する。この配列の相違は、遺伝的浮動と、個体群における選択された遺伝的変化の定着とが組み合わさって生じる。選択され定着された遺伝的変化は、基質、反応、および産物以外の酵素の特徴を変化させるものであり、例えば、反応速度、最適ｐＨ、最適温度、発現レベル、および他の酵素との相互反応などであり、これらの遺伝的変化は、細菌細胞に対しその環境における選択的有利性を与える。A. pleuropneumoniaeは遺伝的にA. actinomycetemcomitansに近く関連しており（Dewhirst et al., J. Bacteriol. 1992 174: 2002-2013）、A. actinomycetemcomitansが生成するものに類似した生物膜（これは本明細書に示されるように、A. actinomycetemcomitansジスペルシンＢと接触して剥離するものである）を生成するため、配列番号１０と同定されるA. pleuropneumoniaeのｄｓｐＢホモログは、配列番号２と機能的に同等かまたは活性な変異体であることが予想され、これは本発明の範囲に包含される。同様に、Actinobacillus ligniersiiはActinobacillus pleuropneumoniaeに遺伝的に近く関連しており（Dewhirst et al., J. Bacteriol. 1992 174: 2002-2013）、またHaemophilus aphrophilusはA. actinomycetemcomitansに遺伝的に近く関連しているため（Dewhirst et al., J. Bacteriol. 1992 174: 2002-2013; Kaplan et al. J. Clin. Microbiol. 2002 40: 1181-1187）、そしてA. ligniersiiとHaemophilus aphrophilusの両者はA. actinomycetemcomitansが作成するものと類似の生物膜を作成するために、それぞれ配列番号４および配列番号８と同定されるActinobacillus ligniersiiおよびHaemophilus aphrophilusのジスペルシンホモログは、配列番号２と機能的に同等かまたは活性な変異体であることが予想され、これらも本発明の範囲に包含される。