【手続補正書】
【提出日】平成17年11月17日(2005.11.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８からなる群から選択されるタンパク質のうち少なくとも１つをコードする核酸を含む、発現ベクター。
【請求項２】
請求項１に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項３】
配列番号１、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２および配列番号１３からなる群から選択される遺伝子のうち少なくとも１つをコードする核酸を含む、発現ベクター。
【請求項４】
請求項３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項５】
配列番号１または配列番号１の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６】
配列番号２のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項７】
配列番号２のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号２のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項８】
配列番号２のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号２のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項９】
Ａａｐに特異的に結合する抗体。
【請求項１０】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項９に記載の抗体。
【請求項１１】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項９に記載の抗体。
【請求項１２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１３】
サンプル中のＡａｐの存在を検出する方法であって、
請求項９に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｐへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｐの存在を示す、方法。
【請求項１４】
前記Ａａｐの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記抗体が標識される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
請求項９に記載の抗体を含む容器、およびタンパク質Ａａｐを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項１９】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、以下：
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項９に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｐとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項２０】
配列番号９または配列番号９の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項２１】
配列番号４のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項２２】
配列番号４のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号４のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項２３】
配列番号４のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号４のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項２４】
ＡａｔＰに特異的に結合する抗体。
【請求項２５】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項２４に記載の抗体。
【請求項２６】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項２４に記載の抗体。
【請求項２７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項２６に記載の抗体。
【請求項２８】
サンプル中のタンパク質ＡａｔＰの存在を検出する方法であって、
請求項２４に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｔＰへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｔＰの存在を示す、方法。
【請求項２９】
前記ＡａｔＰの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記抗体が標識される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
請求項２４に記載の抗体を含む容器、およびタンパク質ＡａｔＰを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項３４】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項２４に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｔＰとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項３５】
配列番号１０または配列番号１０の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項３６】
配列番号５のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号５のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項３７】
配列番号５のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号５のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項３８】
配列番号５のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号５のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項３９】
ＡａｔＡに特異的に結合する抗体。
【請求項４０】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項３９に記載の抗体。
【請求項４１】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項３９に記載の抗体。
【請求項４２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項４１に記載の抗体。
【請求項４３】
サンプル中のＡａｔＡの存在を検出する方法であって、
請求項３９に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｔＡへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｔＡの存在を示す、方法。
【請求項４４】
前記ＡａｔＡの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記抗体が標識される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
請求項３９に記載の抗体を含む容器、およびタンパク質ＡａｔＡを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項４９】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項３９に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｔＡとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書、を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項５０】
配列番号１１または配列番号１１の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項５１】
配列番号６のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号６のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項５２】
配列番号６のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号６のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項５３】
配列番号６のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号６のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項５４】
ＡａｔＢに特異的に結合する抗体。
【請求項５５】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項５４に記載の抗体。
【請求項５６】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項５４に記載の抗体。
【請求項５７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項５６に記載の抗体。
【請求項５８】
サンプル中のタンパク質ＡａｔＢの存在を検出する方法であって、
請求項５４に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｔＢへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｔＢの存在を示す、方法。
【請求項５９】
前記ＡａｔＢの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記抗体が標識される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
請求項５４に記載の抗体を含む容器およびＡａｔＢを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項６４】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項５４に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｔＢとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項６５】
配列番号１２または配列番号１２の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６６】
配列番号７のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号７のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６７】
配列番号７のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号７のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項６８】
配列番号７のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号７のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項６９】
ＡａｔＣに特異的に結合する抗体。
【請求項７０】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項６９に記載の抗体。
【請求項７１】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項６９に記載の抗体。
【請求項７２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項７１に記載の抗体。
【請求項７３】
サンプル中のＡａｔＣの存在を検出する方法であって：
請求項６９に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｔＣへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｔＣの存在を示す、方法。
【請求項７４】
前記ＡａｔＣの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
前記抗体が標識される、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
請求項６９に記載の抗体を含む容器、およびＡａｔＣを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項７９】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項６９に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｔＣとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項８０】
配列番号１３または配列番号１３の縮重改変体のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項８１】
配列番号８のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項８２】
配列番号８のアミノ酸配列、または保存的アミノ酸置換を有する配列番号８のアミノ酸配列を有するタンパク質を調製する方法であって、該方法は、該タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項２に記載の宿主細胞を培養する工程、および該細胞培養物から該タンパク質を回収する工程、を包含する、方法。
【請求項８３】
配列番号８のアミノ酸配列または保存的アミノ酸置換を有する配列番号８のアミノ酸配列を含む、精製されたポリペプチド分子。
【請求項８４】
ＡａｔＤに特異的に結合する抗体。
【請求項８５】
前記抗体が、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖およびＦａｂフラグメントからなる群から選択される、請求項８４に記載の抗体。
【請求項８６】
前記抗体が、検出可能に標識される、請求項８４に記載の抗体。
【請求項８７】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項８６に記載の抗体。
【請求項８８】
サンプル中のＡａｔＤの存在を検出する方法であって、
請求項８４に記載の抗体と該サンプルとを接触させる工程；および
該抗体のＡａｔＤへの結合を検出する工程；
を包含し、ここで、該結合が、該サンプル中のＡａｔＤの存在を示す、方法。
【請求項８９】
前記ＡａｔＤの存在が、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉの存在を示す、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記サンプルが、髪、皮膚、組織、培養細胞、培養細胞培地および生物学的流体である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記抗体が標識される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
前記標識が、放射性同位体、生体発光化合物、化学発光化合物、蛍光化合物、金属キレートおよび酵素からなる群から選択される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
請求項８４に記載の抗体を含む容器、およびＡａｔＤを検出するために該抗体を使用するための指示書を備える、キット。
【請求項９４】
腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するためのキットであって、
容器、該容器上のラベル、該容器内の請求項８４に記載の抗体を含む組成物、該抗体とＡａｔＤとの結合を検出するための視覚化手段；および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために該組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該組成物が腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染を検出するために使用され得ることを示す、キット。
【請求項９５】
動物において腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉに対する免疫応答を刺激し得る免疫原性組成物であって、該免疫原性組成物は、薬学的に受容可能なキャリア、ならびにＡａｔ、ＡａｔＰ、ＡａｔＡ、ＡａｔＢ、ＡａｔＣ、およびＡａｔＤまたはそれらのフラグメントからなる群から選択される、１種以上の単離され精製されたタンパク質を含む、免疫原性組成物。
【請求項９６】
前記免疫原性組成物が、経口投与、経鼻投与、吸入、眼投与、直腸投与および膣投与からなる群から選択される経路によって投与される、請求項９５に記載の免疫原性組成物。
【請求項９７】
動物において腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉに対する免疫応答を刺激し得る免疫原性組成物であって、該免疫原性組成物は、薬学的に受容可能なキャリア、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、および配列番号８、または保存的アミノ酸置換を有するこれらの配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする、１種以上の単離された核酸分子を含む、免疫原性組成物。
【請求項９８】
前記免疫原性組成物が、経口投与、経鼻投与、吸入、眼投与、直腸投与および膣投与からなる群から選択される経路によって投与される、請求項９７に記載の免疫原性組成物。
【請求項９９】
キットであって、以下：
容器、該容器上のラベル、ならびに該容器内に含まれる、請求項９５に記載の免疫原性組成物および腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉに対する免疫応答を誘発するために該免疫原性組成物を使用するための指示書を備え、ここで、該容器上の該ラベルは、該免疫原性組成物が動物において腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉに対する免疫応答を誘発するために使用され得ることを示す、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８０】
原核生物の宿主との使用に適切なプロモーターとしては、例として、β−ラクタマーゼおよびラクトースプロモーター系（Ｃｈａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ  ２７５：６１７（１９７８）；Ｇｏｅｄｄｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ  ２８１：５４４（１９７９））、アルカリホスファターゼ、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系（Ｇｏｅｄｄｅｌ、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．８：４０５７（１９８０））、ｏｍｐＣ、ｎｉｒＢ、およびハイブリッドプロモーター（例えば、ｔａｑプロモーター）（ｄｅ  Ｂｏｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：２１−２５（１９８３））が挙げられる。他の機能的細菌プロモーターもまた、適切であり、そして当業者によって容易に同定可能である。これら機能的細菌プロモーターのヌクレオチド配列はまた、一般的に当該分野に公知であり、それによって熟練者が、任意の必要な制限部位を提供するリンカーまたはアダプターを使用して、目的のペプチドをコードするポリヌクレオチドにこれらのプロモーターを連結することが可能になる（Ｓｉｅｂｅｎｌｉｓｔら、Ｃｅｌｌ  ２０：２６９（１９８０））。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２５】
本組成物の注入可能な処方は、植物油、ジメチルアセトアミド、ジメチルホルムアミド（ｄｉｍｅｔｈｙｌｆｏｒｍａａｍｉｄｅ）、エチルラクテート、エチルカーボネート、イソプロピルミリステート（ｍｙｒｉｓｔａｔｅ）、エタノール、ポリオール（グリセロ−ル、プロピレングリコールおよび液状ポリエチレングリコール）などのような種々のキャリアを含み得る。静脈内注入について、本化合物の水溶性の種類が、点眼注で投与され得、それにより、抗真菌剤を含む薬学的処方物と生理学的に受容可能な賦形剤が注入される。生理学的に受容可能な賦形剤としては、例えば、５％ブドウ糖、０．９％生理食塩水、Ｒｉｎｇｅｒ溶液または他の適切な賦形物が挙げられ得る。筋肉内用調製物（例えば、本組成物の適切な可溶性塩の形態の無菌処方）が注射用水、０．９％生理食塩水または５％グルコース溶液のような薬学的賦形剤に溶解され、投与され得る。本組成物の適切な不溶性の形態は、水溶性基剤または、長鎖脂肪酸のエステル（例えば、オレイン酸エチル）のような薬学的に受容可能な油性基剤中の懸濁剤として調製され、そして投与され得る。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６０】
（分子クローニングおよび配列決定手順）
プラスミドＤＮＡ精製、制限、ライゲーション、形質転換、およびアガロースゲル電気泳動が、標準方法（Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，第３版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１））によって実行される。ｐＡＡ２を除く、プラスミドＤＮＡは、ＱＩＡｐｒｅｐ  Ｓｐｉｎ  Ｍｉｎｉｐｒｅｐ  ＫｉｔまたはＱＩＡＥＸ  ＩＩ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用することで抽出される。アガロースゲルからのＤＮＡフラグメントの抽出は、Ｃｏｎｃｅｒｔ  Ｒａｐｉｄ  ＰＣＲ  ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）を使用することで実行される。プラスミドＤＮＡは、Ｈａｎａｈａｎ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１６６：５５７〜５８０（１９８３）の方法によるコンピテント細胞の熱ショック形質転換によってＥ．ｃｏｌｉＤＨ５α、ＤＨ５αλｐｉｒ、およびＳ１７−１λｐｉｒ内へ、またはＧｅｎｅ  Ｐｕｌｓｅｒ  ＩＩ  ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｉｏ−ｒａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を使用するエレクトロポレーションによって０４２ａａｔＡ、０４２ａａｔＣ、および０４２ａａｔＤ内へ導入される。ＤＮＡ配列分析は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｍａｒｙｌａｎｄ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ＆  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒ  ＦａｃｉｌｉｔｙでＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓモデル３７３Ａシーケンサーで実行される；鋳型ＤＮＡは、Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ−Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）からのミニカラムを使用することによって精製された。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３９】
上記で記載されるような弱毒化赤痢菌株において発現される場合、モルモット（ケタマインＨＣｌ（４０ｍｇ／ｋｇ）およびキシラジン（５ｍｇ／ｋｇ）で皮下麻酔した）に、２回、０日目および１４日目に、鼻腔内投与によって、約２×１０９（０．１ｍｌの４０ＯＤ６００ｎｍ）の赤痢菌ＡａｔＡ株（ＴＳＡ／コンゴーレッド／グアニンを含む平板上で増殖され、そしてＰＢＳ中に回収された）細菌が植え付けられる。血清を、麻酔をかけられた動物の前方大静脈への穿刺によって、０日目、１４日目および３０日目に得た。この免疫された動物を、細菌凝集、免疫ブロット、および血球凝集およびＡａｔを発現する株のＣａｃｏ−２細胞への接着の阻害について試験した。動物は、上述されるようにウエスタンブロットによってＡａｔＡに対する免疫応答に関して試験される。次いで、この群の動物は、１０９ｃｆｕの株０４２で経口的にチャレンジされる；免疫されない対照動物の第２の群もまた、０４２でチャレンジされる。全動物からの便サンプルは、上述されるようにａａｐに関するコロニーハイブリダイゼーションにより、ＥＡＥＣの脱粒（ｓｈｅｄｄｉｎｇ）についてスクリーニングされる。ａａｐを含む細菌の存在は、ＥＡＥＣ感染を示した。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2005536235000001.app
【手続補正７】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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