(57)【要約】      （修正有）【課題】新たなトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー、半身萎凋病抵抗性トマト植物、及びそれを用いた半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法の提供。【解決手段】第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含み、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、及びｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されるトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー。
【請求項２】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、請求項１記載のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー。
【請求項３】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、請求項１または２記載のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー。
（ａ）  下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｂ）  下記（ｂ１）または（ｂ３）のポリヌクレオチド
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｃ）  下記（ｃ１）または（ｃ３）のポリヌクレオチド
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｄ）  下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｅ）  下記（ｅ１）または（ｅ３）のポリヌクレオチド
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｆ）  下記（ｆ１）または（ｆ３）のポリヌクレオチド
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ３）前記（ｆ１）の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｇ）  下記（ｇ１）または（ｇ３）のポリヌクレオチド
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ３）前記（ｇ１）の５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｈ）  下記（ｈ１）または（ｈ３）のポリヌクレオチド
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ３）前記（ｈ１）の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｉ）  下記（ｉ１）または（ｉ３）のポリヌクレオチド
（ｉ１）配列番号９の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｉ３）前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｉ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｉ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｊ）  下記（ｊ１）または（ｊ３）のポリヌクレオチド
（ｊ１）配列番号１０の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｊ３）前記（ｊ１）の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｊ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｊ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｋ）  下記（ｋ１）または（ｋ３）のポリヌクレオチド
（ｋ１）配列番号１１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｋ３）前記（ｋ１）の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｋ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｋ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
【請求項４】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー。
【請求項５】
第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項６】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、請求項５記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項７】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、請求項５または６記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
（ａ）  下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｂ）  下記（ｂ１）または（ｂ３）のポリヌクレオチド
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｃ）  下記（ｃ１）または（ｃ３）のポリヌクレオチド
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｄ）  下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｅ）  下記（ｅ１）または（ｅ３）のポリヌクレオチド
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｆ）  下記（ｆ１）または（ｆ３）のポリヌクレオチド
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ３）前記（ｆ１）の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｇ）  下記（ｇ１）または（ｇ３）のポリヌクレオチド
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ３）前記（ｇ１）の５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｈ）  下記（ｈ１）または（ｈ３）のポリヌクレオチド
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ３）前記（ｈ１）の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｉ）  下記（ｉ１）または（ｉ３）のポリヌクレオチド
（ｉ１）配列番号９の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｉ３）前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｉ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｉ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｊ）  下記（ｊ１）または（ｊ３）のポリヌクレオチド
（ｊ１）配列番号１０の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｊ３）前記（ｊ１）の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｊ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｊ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｋ）  下記（ｋ１）または（ｋ３）のポリヌクレオチド
（ｋ１）配列番号１１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｋ３）前記（ｋ１）の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｋ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｋ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
【請求項８】
前記抵抗性遺伝子座が、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む、請求項５から７のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項９】
前記半身萎凋病抵抗性トマト植物が、受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で特定されるトマト植物またはその後代系統である、請求項５から８のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項１０】
前記半身萎凋病抵抗性トマト植物が、植物体またはその部分である、請求項５から９のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項１１】
前記半身萎凋病抵抗性トマト植物が、種子である、請求項５から１０のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物。
【請求項１２】
下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする、半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
（ａ）請求項５から１１のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
【請求項１３】
前記（ａ）工程に先立って、下記（ｘ）工程を含む、請求項１２記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
（ｘ）被検トマト植物から、請求項５から１１のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
【請求項１４】
前記（ｘ）工程における前記選抜が、第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含む半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１３記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
【請求項１５】
前記（ｘ）工程における前記選抜が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有する半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１４記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
【請求項１６】
前記（ｘ）工程における前記選抜が、下記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有する半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１４または１５記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
（ａ）  下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｂ）  下記（ｂ１）または（ｂ３）のポリヌクレオチド
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｃ）  下記（ｃ１）または（ｃ３）のポリヌクレオチド
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｄ）  下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｅ）  下記（ｅ１）または（ｅ３）のポリヌクレオチド
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｆ）  下記（ｆ１）または（ｆ３）のポリヌクレオチド
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ３）前記（ｆ１）の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｇ）  下記（ｇ１）または（ｇ３）のポリヌクレオチド
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ３）前記（ｇ１）の５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｈ）  下記（ｈ１）または（ｈ３）のポリヌクレオチド
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ３）前記（ｈ１）の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｉ）  下記（ｉ１）または（ｉ３）のポリヌクレオチド
（ｉ１）配列番号９の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｉ３）前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｉ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｉ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｊ）  下記（ｊ１）または（ｊ３）のポリヌクレオチド
（ｊ１）配列番号１０の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｊ３）前記（ｊ１）の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｊ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｊ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
（ｋ）  下記（ｋ１）または（ｋ３）のポリヌクレオチド
（ｋ１）配列番号１１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｋ３）前記（ｋ１）の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｋ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｋ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
【請求項１７】
前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有する半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１４から１６のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー、半身萎凋病抵抗性トマト植物、およびそれを用いた半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
トマト植物の栽培において、半身萎凋病による病害は、世界的に深刻な問題となっている。半身萎凋病の病原菌に感染した植物体は、下葉の小葉が部分的にしおれ、その部分に黄白色のくさび形の変色部を生じる。その後、ゆっくりと葉全体が黄化して、やがて植物体が褐変枯死する（非特許文献１）。その結果、最大で６７％もの果実の減収が生じる（非特許文献２）。
【０００３】
このため、半身萎凋病に対する抵抗性遺伝子（例えば、Ｖｅ１遺伝子（verticillium wilt disease resistance gene Ve1）、Ｖｅ２遺伝子（verticillium wilt disease resistance gene Ve2））を利用して、半身萎凋病の病原菌に抵抗性を示す品種の育成が試みられている。しかしながら、これらの抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌（レース３）が出現し、問題となっている（非特許文献３および４）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】高知の元気の源  こうち農業ネット、“トマト  半身萎凋病”、[online]、［平成２８年５月１７日検索］、インターネット<http://www.nogyo.tosa.pref.kochi.lg.jp/info/dtl.php?ID=3253>
【非特許文献２】L. J. Ashworth, Jr. et. al., “Verticillium Wilt Disease of Tomato: Influence of Inoculum Density and Root Extension Upon Disease Severity”, Phytopathology, 1979, vol.69, pages 490-492
【非特許文献３】R. G. Grogan et. al., “Verticillium Wilt on Resistant Tomato Cultivars in California: Virulence of Isolates from Plants and Soil and Relationship of Inoculum Density to Disease Incidence”, Phytopathology, vol.69, pages 1176-1180
【非特許文献４】吉野浩平ら、「トマト半身萎凋病の新レース（レース３）について」、日本植物病理学会誌、平成２６年１１月、第８０巻、第４号、２５２頁（６６）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
そこで、本発明は、新たなトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー、半身萎凋病抵抗性トマト植物、およびそれを用いた半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法の提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
前記目的を達成するために、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー（以下、「抵抗性マーカー」ともいう）は、第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座（以下、「抵抗性遺伝子座」ともいう）を含むことを特徴とする。
【０００７】
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物（以下、「抵抗性トマト植物」ともいう）は、第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする。
【０００８】
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法（以下、「製造方法」ともいう）は、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする。
（ａ）前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
【発明の効果】
【０００９】
本発明者らは、鋭意研究の結果、トマト植物について、半身萎凋病抵抗性を示す半身萎凋病抵抗性マーカーとして、新規の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を見出した。また、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、半身萎凋病抵抗性を示す。このため、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、半身萎凋病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を含むため、例えば、半身萎凋病抵抗性を示すことが可能である。さらに、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記先行技術文献の抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌（例えば、レース３）に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、第７染色体におけるＳＮＰ（single  nucleotide  polymorphism）等の相対的な座乗位置を示す模式図である。
【図２】図２は、実施例１におけるトマト植物の発病指数の評価基準を示す写真である。
【図３】図３は、実施例３における第７染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。
【図４】図４は、実施例５における第７染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
１．トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー
本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーは、前述のように、第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする。本発明の抵抗性マーカーは、前記第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。
【００１２】
本発明において、「トマト植物」は、ナス属ＳｏｌａｎｕｍのＳｕｂｇｅｎｕｓ  Ｓｏｌａｎｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏにおけるＳｅｃｔｉｏｎ Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎに分類される植物であり、具体例として、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ、Ｓ．ｐｅｒｕｖｉａｎｕｍ、Ｓ．ａｒｃａｎｕｍ Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｃｈｉｌｅｎｓｅ、Ｓ．ｃｏｒｎｅｌｉｏｍｕｌｌｅｒｉ、Ｓ．ｈｕａｙｌａｓｅｎｓｅ Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ（Ｌ．Ｒｉｌｅｙ）Ｆｏｓｂｅｒｇ、Ｓ．ｃｈｍｉｅｌｅｗｓｋｉｉ、Ｓ．ｇａｌａｐａｇｅｎｓｅ  Ｓ．Ｃ．Ｄａｒｗｉｎ  ＆  Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｈａｂｒｏｃｈａｉｔｅｓ、Ｓ．ｎｅｏｒｉｃｋｉｉ、Ｓ．ｐｅｎｎｅｌｌｉ、Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ等があげられ、好ましくは、交雑が容易なＳ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍである。
【００１３】
本発明において、前記半身萎凋病の病原菌（以下、「半身萎凋病菌」ともいう）は、例えば、糸状菌等があげられる。前記糸状菌は、例えば、バーティシリウム  ダーリエ（Verticillium dahliae）等があげられる。
【００１４】
本発明において、「半身萎凋病抵抗性」は、例えば、「半身萎凋病耐性」ともいう。前記抵抗性は、例えば、半身萎凋病菌の感染による病害の発生および進行に対する阻害能または抑制能を意味し、具体的に、例えば、病害の未発生、発生した病害の進行の停止、および、発生した病害の進行の抑制（「阻害」ともいう）等のいずれでもよい。
【００１５】
本発明の抵抗性マーカーは、前記第７染色体上の抵抗性遺伝子座を含むが、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物は、例えば、第７染色体に代えて、第７染色体以外のどの染色体上に、前記第７染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に、前記第７染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。
【００１６】
本発明の抵抗性マーカーは、例えば、前記第７染色体上の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含んでもよいし、ホモ接合型で含んでもよい。後者の場合、前記抵抗性トマト植物は、少なくとも一方の抵抗性マーカーを第７染色体以外の染色体上に含んでもよく、例えば、１つの抵抗性遺伝子座を第７染色体以外の染色体上に含んでもよいし、２つの抵抗性遺伝子座を第７染色体以外の染色体上に含んでもよい。２つの抵抗性遺伝子座を第７染色体以外の染色体上に含む場合、前記抵抗性トマト植物は、例えば、前記２つの抵抗性遺伝子座を同じ染色体上に含んでもよいし、異なる染色体上に含んでもよい。
【００１７】
半身萎凋病抵抗性遺伝子座とは、半身萎凋病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座（Quantitative  Traits  Loci；QTL）は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。ＱＴＬは、染色体上の特定の座を示す分子マーカーを使用して規定できる。前記分子マーカーを使用してＱＴＬを規定する技術は、当該技術分野において周知である。
【００１８】
本発明において、前記抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、ＳＮＰマーカー、ＡＦＬＰ（分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism）マーカー、ＲＦＬＰ（restriction fragment length polymorphism）マーカー、マイクロサテライトマーカー、ＳＣＡＲ（sequence-characterized amplified region）マーカーおよびＣＡＰＳ（cleaved amplified polymorphic  sequence）マーカー等があげられる。本発明において、前記ＳＮＰマーカーは、例えば、１個のＳＮＰを前記ＳＮＰマーカーとしてもよいし、２個以上のＳＮＰの組合せを前記ＳＮＰマーカーとしてもよい。
【００１９】
本発明において、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、例えば、（１）前記ＳＮＰマーカーによって規定（以下、「特定」ともいう）されてもよいし、（２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、（３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記（１）および前記（２）の組合せ
前記（１）および前記（３）の組合せ
前記（２）および前記（３）の組合せ
前記（１）、前記（２）および前記（３）の組合せ
【００２０】
（１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記（１）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーによって規定されてもよい。前記ＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される。なお、「ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿番号」で表されるＳＮＰマーカーの表記は、当該技術分野における当業者であれば、本願の出願時の技術常識から理解可能であり、ナス科植物ゲノム研究国際コンソーシアムのwebサイト（http://solgenomics.net/）で閲覧できる。なお、これらのＳＮＰ解析は、例えば、下記文献を参照できる。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８以外のＳＮＰマーカー、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７以外のＳＮＰマーカーｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７以外のＳＮＰマーカー、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２以外のＳＮＰマーカーは、本発明者らが新たに同定したＳＮＰマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのＳＮＰマーカーを含む塩基配列に基づき、前記ＳＮＰマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献１：Hamilton JP, Sim SC, Stoffel K, Van Deynze A, Buell CR, et al. （2012） “Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Cultivated Tomato via Sequencing by Synthesis.”, The Plant Genome 5.
参考文献２：Sim S-C, Durstewitz G, Plieske J, Wieseke R, Ganal MW, et al., （2012） “Development of a Large SNP Genotyping Array and Generation of High-Density.”, Genetic Maps in Tomato. PLoS ONE 7（7）
参考文献３：Blanca J, Can izares J, Cordero L, Pascual L, Diez MJ, et al., （2012） “Variation Revealed by SNP Genotyping and Morphology Provides Insight into the Origin of the Tomato.”, PLoS ONE 7（10）
【００２１】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’（以下、「ＳＮＰ（ａ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４およびその近傍の２つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号１の塩基配列における、２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号１の塩基配列における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ａ１）、ＳＮＰ（ａ２）、およびＳＮＰ（ａ３）ともいう。前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、配列番号１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜３番目の塩基が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、およびＧである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ａ）におけるＳＮＰ（ａ１）、ＳＮＰ（ａ２）、およびＳＮＰ（ａ３）が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、およびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ａ、およびＡの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１
5’-CACCACCA[G]TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA[G]CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT[G]CCTCCA-3’
【００２２】
前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１２の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ａ）を除き、ハインツ（品種名、Heinz  1706）の塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ａ）に対応する多型である。また、下記配列番号１２における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ａ１）、ＳＮＰ（ａ２）、およびＳＮＰ（ａ３）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ａ）におけるＳＮＰ（ａ１）、ＳＮＰ（ａ２）、およびＳＮＰ（ａ３）が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、およびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ａ、およびＡの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１２
5’-CACCACCA[G]TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA[G]CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT[G]CCTCCA-3’
【００２３】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’（以下、「ＳＮＰ（ｂ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４およびその近傍の４つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号２の塩基配列における、５番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号２の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号２の塩基配列における、１〜５番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｂ１）〜ＳＮＰ（ｂ４）およびＳＮＰ（ｂ５）ともいう。前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜５番目の塩基が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、Ａ、Ｃ、およびＴである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｂ）におけるＳＮＰ（ｂ１）〜ＳＮＰ（ｂ４）、よびＳＮＰ（ｂ５）が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、Ａ、Ｃ、およびＴの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｔ、Ａ、Ａ、Ｔ、およびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号２の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号２
5’-T[G]AGATC[G]AT[A]ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG[C]TAACGGC[T]GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3’
【００２４】
前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１３の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｂ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｂ）に対応する多型である。また、下記配列番号１３における、１〜５番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｂ１）〜ＳＮＰ（ｂ４）、およびＳＮＰ（ｂ５）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｂ）におけるＳＮＰ（ｂ１）〜ＳＮＰ（ｂ４）およびＳＮＰ（ｂ５）が、それぞれ、Ｇ、Ｇ、Ａ、Ｃ、およびＴの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｔ、Ａ、Ａ、Ｔ、およびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１３
5’-T[G]AGATC[G]AT[A]ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG[C]TAACGGC[T]GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3’
【００２５】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’（以下、「ＳＮＰ（ｃ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１およびその近傍の１つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号３の塩基配列における、２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号３の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号３の塩基配列における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｃ１）およびＳＮＰ（ｃ２）ともいう。前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜２番目の塩基が、それぞれ、ＣおよびＡである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｃ）におけるＳＮＰ（ｃ１）およびＳＮＰ（ｃ２）が、それぞれ、ＣおよびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＴおよびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号３
5’-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC[C][A]CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3’
【００２６】
前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１４の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｃ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｃ）に対応する多型である。また、下記配列番号１４における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｃ１）およびＳＮＰ（ｃ２）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｃ）におけるＳＮＰ（ｃ１）およびＳＮＰ（ｃ２）が、それぞれ、ＣおよびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＴおよびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１４
5’-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC[C][A]CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3’
【００２７】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’（以下、「ＳＮＰ（ｄ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３およびその近傍の３つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号４の塩基配列における、１番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号４の１０１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号４の塩基配列における、１〜４番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ３）およびＳＮＰ（ｄ４）ともいう。前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、配列番号４におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜４番目の塩基が、それぞれ、Ｇ、Ｃ、Ｇ、およびＡである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｄ）におけるＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ３）およびＳＮＰ（ｄ４）が、それぞれ、Ｇ、Ｃ、Ｇ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ａ、Ａ、Ａ、およびＴの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号４の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号４
5’-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT[G]CAATACAATGGAAGG[C]AGCTCTCAA[G]GAGAGAGAGATTATTCTCCC[A]GACAAGTCCATAGCAAATCACATTCAAGAAGAAATGAACCTTGCGTTTGCTTA-3’
【００２８】
前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１５の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｄ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｄ）に対応する多型である。また、下記配列番号１５における、１〜４番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ３）およびＳＮＰ（ｄ４）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｄ）におけるＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ３）およびＳＮＰ（ｄ４）が、それぞれ、Ｇ、Ｃ、Ｇ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ａ、Ａ、Ａ、およびＴの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１５
5’-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT[G]CAATACAATGGAAGG[C]AGCTCTCAA[G]GAGAGAGAGATTATTCTCCC[A]GACAAGTCCATAGCAAATCACATTCAAGAAGAAATGAACCTTGCGTTTGCTTA-3’
【００２９】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’（以下、「ＳＮＰ（ｅ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１およびその近傍の２つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号５の塩基配列における、１番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号５の５０番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号５の塩基配列における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｅ１）、ＳＮＰ（ｅ２）、およびＳＮＰ（ｅ３）ともいう。前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜３番目の塩基が、それぞれ、Ａ、Ｇ、およびＧである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）におけるＳＮＰ（ｅ１）、ＳＮＰ（ｅ２）、およびＳＮＰ（ｅ３）が、それぞれ、Ａ、Ｇ、およびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ｔ、およびＣの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号５
5’-TCTCTCTTTTCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC[A]ATATAGGA[G]TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT[G]-3’
【００３０】
前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１６の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｅ）に対応する多型である。下記配列番号１６の塩基配列では、例えば、前記配列番号５の塩基配列における１０番目の塩基（Ｔ）と１１番目の塩基（Ｃ）との間、または１１番目の塩基（Ｃ）と１２番目の塩基（Ａ）との間に、塩基（Ｃ）の挿入が生じている。また、下記配列番号１６における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｅ１）、ＳＮＰ（ｅ２）、およびＳＮＰ（ｅ３）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）におけるＳＮＰ（ｅ１）、ＳＮＰ（ｅ２）、およびＳＮＰ（ｅ３）が、それぞれ、Ａ、Ｇ、およびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ｔ、およびＣの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１６
5’-TCTCTCTTTTCCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC[A]ATATAGGA[G]TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT[G]-3’
【００３１】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’（以下、「ＳＮＰ（ｆ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０およびその近傍の１つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号６の塩基配列における、１番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号６の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号６の塩基配列における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｆ１）およびＳＮＰ（ｆ２）ともいう。前記ＳＮＰ（ｆ）は、例えば、配列番号６におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜２番目の塩基が、それぞれ、ＧおよびＴである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｆ）におけるＳＮＰ（ｆ１）およびＳＮＰ（ｆ２）が、それぞれ、ＧおよびＴの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＴおよびＣの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号６の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号６
5’-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT[G]CC[T]GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3’
【００３２】
前記ＳＮＰ（ｆ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１７の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｆ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｆ）に対応する多型である。また、下記配列番号１７における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｆ１）およびＳＮＰ（ｆ２）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｆ）におけるＳＮＰ（ｆ１）およびＳＮＰ（ｆ２）が、それぞれ、ＧおよびＴの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＴおよびＣの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｆ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１７
5’-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT[T]CC[C]GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3’
【００３３】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９（以下、「ＳＮＰ（ｇ）」ともいう）は、例えば、配列番号７におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基が、Ｔの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号７の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号７
5’-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA[T]AACCAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3’
【００３４】
前記ＳＮＰ（ｇ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１８の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｇ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｇ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基が、Ｔの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｇ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１８
5’-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA[T]AACCAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3’
【００３５】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’（以下、「ＳＮＰ（ｈ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８およびその近傍の２つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号８の塩基配列における、１番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号８の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号８の塩基配列における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｈ１）、ＳＮＰ（ｈ２）、およびＳＮＰ（ｈ３）ともいう。前記ＳＮＰ（ｈ）は、例えば、配列番号８におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜３番目の塩基が、それぞれ、Ｔ、Ａ、およびＡである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｈ）におけるＳＮＰ（ｈ１）、ＳＮＰ（ｈ２）、およびＳＮＰ（ｈ３）が、それぞれ、Ｔ、Ａ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ｇ、およびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号８の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号８
5’-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA[T]CCAACAAGATATT[A]CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT[A]TGAGGGATG-3’
【００３６】
前記ＳＮＰ（ｈ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１９の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｈ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｈ）に対応する多型である。また、下記配列番号１９における、１〜３番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｈ１）、ＳＮＰ（ｈ２）、およびＳＮＰ（ｈ３）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｈ）におけるＳＮＰ（ｈ１）、ＳＮＰ（ｈ２）、およびＳＮＰ（ｈ３）が、それぞれ、Ｔ、Ａ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｃ、Ｇ、およびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｈ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１９
5’-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA[T]CCAACAAGATATT[A]CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT[A]TGAGGGATG-3’
【００３７】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’（以下、「ＳＮＰ（ｉ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７およびその近傍の１つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号９の塩基配列における、２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号９の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号９の塩基配列における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）ともいう。前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、配列番号９におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜２番目の塩基が、それぞれ、ＴおよびＧである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｉ）におけるＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）が、それぞれ、ＴおよびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＣおよびＡの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号９の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号９
5’-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC[T][G]TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3’
【００３８】
前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号２０の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｉ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｉ）に対応する多型である。また、下記配列番号２０における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｉ）におけるＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）が、それぞれ、ＴおよびＧの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＣおよびＡの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号２０
5’-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC[T][G]TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3’
【００３９】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’（以下、「ＳＮＰ（ｊ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７およびその近傍の３つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号１０の塩基配列における、２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１０の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号１０の塩基配列における、１〜４番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｊ１）〜ＳＮＰ（ｊ３）およびＳＮＰ（ｊ４）ともいう。前記ＳＮＰ（ｊ）は、例えば、配列番号１０におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜４番目の塩基が、それぞれ、Ａ、Ｃ、Ｔ、およびＡである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｊ）におけるＳＮＰ（ｊ１）〜ＳＮＰ（ｊ３）およびＳＮＰ（ｊ４）が、それぞれ、Ａ、Ｃ、Ｔ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｔ、Ａ、Ｃ、およびＴの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１０の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１０
5’-CAATGGACTACAGGAAGCC[A]TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC[C]TGACCAGTTTTGG[T]AC[A]AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3’
【００４０】
前記ＳＮＰ（ｊ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号２１の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｊ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｊ）に対応する多型である。また、下記配列番号２１における、１〜４番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｊ１）〜ＳＮＰ（ｊ３）およびＳＮＰ（ｊ４）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｊ）におけるＳＮＰ（ｊ１）〜ＳＮＰ（ｊ３）およびＳＮＰ（ｊ４）が、それぞれ、Ａ、Ｃ、Ｔ、およびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、Ｔ、Ａ、Ｃ、およびＴの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｊ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号２１
5’-CAATGGACTACAGGAAGCC[A]TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC[C]TGACCAGTTTTGG[T]AC[A]AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3’
【００４１】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’（以下、「ＳＮＰ（ｋ）」ともいう）は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２およびその近傍の１つのＳＮＰを含むＳＮＰマーカーセットである。また、下記配列番号１１の塩基配列における、１番目のかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１１の５１番目の塩基）が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２に対応するＳＮＰである。以下、下記配列番号１１の塩基配列における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、ＳＮＰ（ｋ１）およびＳＮＰ（ｋ２）ともいう。前記ＳＮＰ（ｋ）は、例えば、配列番号１１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、１〜２番目の塩基が、それぞれ、ＣおよびＡである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｋ）におけるＳＮＰ（ｋ１）およびＳＮＰ（ｋ２）が、それぞれ、ＣおよびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＡおよびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１１
5’-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG[C]GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTTGAACTAATGGG[A]GCTCAACTTCATCTT-3’
【００４２】
前記ＳＮＰ（ｋ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号２２の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｋ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｋ）に対応する多型である。また、下記配列番号２２における、１〜２番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、ＳＮＰ（ｋ１）およびＳＮＰ（ｋ２）に対応する塩基である。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｋ）におけるＳＮＰ（ｋ１）およびＳＮＰ（ｋ２）が、それぞれ、ＣおよびＡの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合（例えば、ＡおよびＧの場合）、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｋ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号２２
5’-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG[C]GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTTGAACTAATGGG[A]GCTCAACTTCATCTT-3’
【００４３】
前記染色体における前記ＳＮＰマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記ＳＮＰマーカーは、図１に示すように、例えば、トマト植物の第７染色体上において、上流側（ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０側）から下流側（ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１側）にかけて、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’が、この順序で座乗している。なお、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１は、トマト植物の第７染色体におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’の座乗位置を示すのに使用している。ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１については、後述する。
【００４４】
前記抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記ＳＮＰマーカーのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個または１１個全てであってもよい。なお、これら１１種類の多型（ＳＮＰマーカー）と半身萎凋病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、半身萎凋病抵抗性に関与する新規の多型である。
【００４５】
前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ｇ）およびＳＮＰ（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ
前記組合せのうち、半身萎凋病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）〜ＳＮＰ（ｊ）およびＳＮＰ（ｋ）の組合せ
【００４６】
本発明において、ＳＮＰ（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）は、例えば、各ＳＮＰマーカーセットを構成するＳＮＰのうち、いずれか１つまたは２つ以上のＳＮＰを、ＳＮＰ（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）としてもよいし、いずれか１つまたは２つ以上のＳＮＰを、他のＳＮＰマーカーセットまたはそれを構成するＳＮＰと組合せてもよい。具体例として、前記ＳＮＰ（ｄ）は、前記ＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ４）を含むが、本発明は、これに限定されず、前記ＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ４）のいずれか１つ、２つ、または３つを、前記ＳＮＰ（ｄ）としてもよい。また、この場合、前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、さらに、前述のように、前記ＳＮＰ（ａ）〜ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ）〜ＳＮＰ（ｋ）からなる群から選択された少なくとも一つ、または前記ＳＮＰ（ｇ）およびＳＮＰ（ｉ）の少なくとも一方と組合せてもよい。また、本発明において、前記ＳＮＰ（ｉ）は、前記ＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）を含むが、本発明は、これに限定されず、前記ＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）のいずれか１つを、前記ＳＮＰ（ｉ）としてもよい。また、この場合、前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、さらに、前述のように、前記ＳＮＰ（ａ）〜ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｊ）、およびＳＮＰ（ｋ）からなる群から選択された少なくとも一つ、または前記ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｇ）の少なくとも一方と組合せてもよい。
【００４７】
（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記（２）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
【００４８】
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、後述する（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）のポリヌクレオチド等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、下記（ｄ）、（ｇ）および（ｉ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される。前記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記ＳＮＰ（ａ）〜ＳＮＰ（ｊ）およびＳＮＰ（ｋ）のＳＮＰマーカーを含む塩基配列に相当する。
【００４９】
前記（ａ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ａ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチドである。前記（ａ２）および（ａ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ａ２）または（ａ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ａ）  下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ２）前記（ａ１）の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００５０】
前記（ａ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１におけるかっこで囲んだ下線部の９番目の塩基（Ｇ）、５１番目の塩基（Ｇ）、および９５番目の塩基（Ｇ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ａ）のＳＮＰ（ａ１）、ＳＮＰ（ａ２）、およびＳＮＰ（ａ３）の多型に対応する塩基である。また、前記（ａ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００５１】
前記（ａ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。本発明において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「１〜５個」との記載は、「１、２、３、４、５個」の全ての開示を意味する（以下、同様）。
【００５２】
前記（ａ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。前記同一性は、２つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる（以下、同様）。具体的には、前記同一性は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる（以下、同様）。
【００５３】
前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｂ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｂ２）および（ｂ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｂ２）または（ｂ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｂ）  下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ２）前記（ｂ１）の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００５４】
前記（ｂ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の２番目の塩基（Ｇ）、８番目の塩基（Ｇ）、１１番目の塩基（Ａ）、４３番目の塩基（Ｃ）、および５１番目の塩基（Ｔ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｂ）のＳＮＰ（ｂ１）〜ＳＮＰ（ｂ４）、およびＳＮＰ（ｂ５）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｂ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００５５】
前記（ｂ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００５６】
前記（ｂ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００５７】
前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｃ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｃ２）および（ｃ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｃ２）または（ｃ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｃ）  下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ２）前記（ｃ１）の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００５８】
前記（ｃ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の５０番目の塩基（Ｃ）および５１番目の塩基（Ａ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｃ）のＳＮＰ（ｃ１）およびＳＮＰ（ｃ２）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｃ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００５９】
前記（ｃ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜１５個、１〜７個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００６０】
前記（ｃ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００６１】
前記（ｄ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｄ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｄ２）および（ｄ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｄ２）または（ｄ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｄ）  下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ２）前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００６２】
前記（ｄ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号４におけるかっこで囲んだ下線部の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｄ）のＳＮＰ（ｄ１）〜ＳＮＰ（ｄ３）およびＳＮＰ（ｄ４）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｄ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００６３】
前記（ｄ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜４０個、１〜３０個、１〜２０個、１〜１０個、１〜８個、１〜６個、１〜４個、１個または２個である。
【００６４】
前記（ｄ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００６５】
前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｅ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｅ２）および（ｅ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｅ２）または（ｅ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｅ）  下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ２）前記（ｅ１）の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００６６】
前記（ｅ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の５０番目の塩基（Ａ）、５９番目の塩基（Ｇ）、および１００番目の塩基（Ｇ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｅ）のＳＮＰ（ｅ１）、ＳＮＰ（ｅ２）、およびＳＮＰ（ｅ３）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｅ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００６７】
前記（ｅ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００６８】
前記（ｅ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００６９】
前記（ｆ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｆ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｆ２）および（ｆ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｆ２）または（ｆ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｆ）  下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ２）前記（ｆ１）の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ３）前記（ｆ１）の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００７０】
前記（ｆ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号６におけるかっこで囲んだ下線部の５１番目の塩基（Ｇ）および５４番目の塩基（Ｔ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｆ）のＳＮＰ（ｆ１）およびＳＮＰ（ｆ２）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｆ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００７１】
前記（ｆ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００７２】
前記（ｆ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００７３】
前記（ｇ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｇ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｇ２）および（ｇ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｇ２）または（ｇ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｇ）  下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ２）前記（ｇ１）の５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ３）前記（ｇ１）の５１番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００７４】
前記（ｇ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号７におけるかっこで囲んだ下線部の５１番目の塩基（Ｔ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９の多型に対応する塩基である。また、前記（ｇ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００７５】
前記（ｇ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００７６】
前記（ｇ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００７７】
前記（ｈ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｈ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｈ２）および（ｈ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｈ２）または（ｈ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｈ）  下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ２）前記（ｈ１）の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ３）前記（ｈ１）の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００７８】
前記（ｈ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号８におけるかっこで囲んだ下線部の５１番目の塩基（Ｔ）、６５番目の塩基（Ａ）、および９２番目の塩基（Ａ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｈ）のＳＮＰ（ｈ１）、ＳＮＰ（ｈ２）、およびＳＮＰ（ｈ３）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｈ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００７９】
前記（ｈ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００８０】
前記（ｈ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００８１】
前記（ｉ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｉ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｉ１）、（ｉ２）、または（ｉ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｉ２）および（ｉ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｉ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｉ２）または（ｉ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｉ）  下記（ｉ１）、（ｉ２）、または（ｉ３）のポリヌクレオチド
（ｉ１）配列番号９の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｉ２）前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｉ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｉ３）前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｉ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００８２】
前記（ｉ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号９におけるかっこで囲んだ下線部の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｉ）のＳＮＰ（ｉ１）およびＳＮＰ（ｉ２）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｉ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００８３】
前記（ｉ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００８４】
前記（ｉ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００８５】
前記（ｊ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｊ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｊ１）、（ｊ２）、または（ｊ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｊ２）および（ｊ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｊ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｊ２）または（ｊ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｊ）  下記（ｊ１）、（ｊ２）、または（ｊ３）のポリヌクレオチド
（ｊ１）配列番号１０の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｊ２）前記（ｊ１）の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｊ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｊ３）前記（ｊ１）の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｊ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００８６】
前記（ｊ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１０におけるかっこで囲んだ下線部の２０番目の塩基（Ａ）、５１番目の塩基（Ｃ）、６５番目の塩基（Ｔ）、および６８番目の塩基（Ａ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｊ）のＳＮＰ（ｊ１）〜ＳＮＰ（ｊ３）およびＳＮＰ（ｊ４）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｊ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００８７】
前記（ｊ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００８８】
前記（ｊ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００８９】
前記（ｋ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｋ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｋ１）、（ｋ２）、または（ｋ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｋ２）および（ｋ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記（ｋ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｋ２）または（ｋ３）のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
（ｋ）  下記（ｋ１）、（ｋ２）、または（ｋ３）のポリヌクレオチド
（ｋ１）配列番号１１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｋ２）前記（ｋ１）の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｋ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｋ３）前記（ｋ１）の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｋ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００９０】
前記（ｋ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１１におけるかっこで囲んだ下線部の５１番目の塩基（Ｃ）および８６番目の塩基（Ａ）が、それぞれ、前記ＳＮＰ（ｋ）のＳＮＰ（ｋ１）およびＳＮＰ（ｋ２）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｋ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
【００９１】
前記（ｋ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１〜２０個、１〜１５個、１〜５個、１〜４個、１〜３個、１個または２個である。
【００９２】
前記（ｋ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【００９３】
前記抵抗性遺伝子座が有する、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）のポリヌクレオチドのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個または１１個全てであってもよい。
【００９４】
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ａ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｂ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｄ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｄ）および（ｉ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｄ）および（ｉ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｄ）、（ｇ）、および（ｉ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記組合せのうち、半身萎凋病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ｄ）、（ｇ）、および（ｉ）のポリヌクレオチドの組合せ
前記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）のポリヌクレオチドの組合せ
【００９５】
本発明において、（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）のヌクレオチドにおける（ａ２）〜（ｆ２）および（ｈ２）〜（ｋ２）ならびに（ａ３）〜（ｆ３）および（ｈ３）〜（ｋ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、各ポリヌクレオチドに含まれるＳＮＰマーカーセットが保存されているが、本発明はこれに限定されず、例えば、各ポリヌクレオチドにおいて、ＳＮＰマーカーのうち、いずれか１個または２個以上が保存されてもよい。具体例として、本発明において、前記（ｄ）のポリヌクレオチドにおける（ｄ２）および（ｄ３）のポリヌクレオチドは、前記（ｄ１）の１０１番目の塩基（Ｇ）、１１７番目の塩基（Ｃ）、１２７番目の塩基（Ｇ）、および１４８番目の塩基（Ａ）が保存されているが、本発明はこれに限定されず、前記（ｄ２）および（ｄ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記４個の塩基のうちいずれか１個、２個または３個の塩基が保存されてもよい。また、この場合、前記（ｄ）のポリヌクレオチドは、例えば、さらに、前述のように、前記（ａ）〜（ｃ）および（ｅ）〜（ｋ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つ、または前記（ｇ）および（ｉ）のポリヌクレオチドの少なくとも一方と組合せてもよい。また、前記（ｉ）のポリヌクレオチドにおける（ｉ２）および（ｉ３）のポリヌクレオチドは、前記（ｉ１）の５０番目の塩基（Ｔ）および５１番目の塩基（Ｇ）が保存されているが、本発明はこれに限定されず、前記（ｉ２）および（ｉ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記２個の塩基のうちいずれか１個の塩基が保存されてもよい。また、この場合、前記（ｉ）のポリヌクレオチドは、例えば、さらに、前述のように、前記（ａ）〜（ｈ）、（ｊ）、および（ｋ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つ、または前記（ｄ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの少なくとも一方と組合せてもよい。
【００９６】
（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記（３）に示すように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよい。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む。前記ＳＮＰ（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）により領域の塩基配列を規定する場合、例えば、各ＳＮＰマーカーセットを構成するＳＮＰのうち、いずれか１つをＳＮＰ（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）として用いてもよく、好ましくは、各ＳＮＰマーカーセットにおける「ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿番号」で表されるＳＮＰマーカーをＳＮＰ（ａ）〜（ｆ）および（ｈ）〜（ｋ）として用いる（以下、同様）。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物（以下、「寄託系統」ともいう）における対応する２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示せばよい。前記抵抗性遺伝子座が前記（３）で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。
【００９７】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０（以下、「ＳＮＰ（ｌ）」ともいう）は、例えば、配列番号２３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物において、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０は、Ａである多型を示すが、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０は、例えば、Ａ以外の塩基、すなわち、Ｔ、Ｇ、またはＣでもよい。また、前記配列番号２３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号２３
5’-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC[A]TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3’
【００９８】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号２４の塩基配列は、例えば、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０に対応する多型である。このように、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号２４
5’-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC[A]TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3’
【００９９】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１（以下、「ＳＮＰ（ｍ）」ともいう）は、例えば、配列番号２５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物において、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１は、Ｇである多型を示すが、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号２５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号２５
5’-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC[G]GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTCTAGATGAGAACTT-3’
【０１００】
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号２６の塩基配列は、例えば、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１に対応する多型である。このように、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号２６
5’-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC[G]GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTTTAGATGAGAACTT-3’
【０１０１】
前記領域は、前述のように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間であればよく、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記ＳＮＰマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記ＳＮＰマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。
【０１０２】
前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ＳＮＰ（ｃ）および（ｌ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）および（ｇ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）および（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）および（ｌ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）および（ｍ）の組合せ
ＳＮＰ（ｇ）および（ｉ）の組合せ
ＳＮＰ（ｇ）および（ｌ）の組合せ
ＳＮＰ（ｇ）および（ｍ）の組合せ
ＳＮＰ（ｉ）および（ｌ）の組合せ
ＳＮＰ（ｉ）および（ｍ）の組合せ
ＳＮＰ（ｌ）および（ｍ）の組合せ
【０１０３】
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーを有することが好ましい。具体的には、前記抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカー、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有することが好ましい。
【０１０４】
前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位間に座乗するＳＮＰマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のＳＮＰマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のＳＮＰマーカーともいう。前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域の末端のＳＮＰマーカーおよび前記領域の内部のＳＮＰマーカーの両方であってもよい。
【０１０５】
前記領域の内部のＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記ＳＮＰマーカーの部位と下流側の前記ＳＮＰマーカーの部位との間に座乗しているＳＮＰマーカーがあげられ、例えば、図１に示す前記ＳＮＰマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間における前記ＳＮＰマーカーの個数は、例えば、１個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するＳＮＰマーカーの部位間に座乗する全てのＳＮＰマーカーである。
【０１０６】
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（ｉ）、（ii）、（iii）、または（iv）があげられる。
条件（ｉ）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する
条件（ii）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する
条件（iii）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する
条件（iv）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する
【０１０７】
本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、トマト植物に対して、半身萎凋病抵抗性を付与することができる。本発明において、トマト植物の前記半身萎凋病抵抗性の程度は、例えば、下記参考情報４に記載の方法に準じて、トマト植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例１の説明を援用でき、例えば、発病度２未満を耐病性、発病度２以上を罹病性と設定できる。前記発病度により前記半身萎凋病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、例えば、１株のトマト植物の発病度でもよいし、２株以上のトマト植物の平均の発病度でもよいが、後者が好ましい。後者の場合、前記半身萎凋病抵抗性の判断に使用するトマト植物の数は、特に制限されず、例えば、半身萎凋病罹病性トマト植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、８〜２０株である。
参考情報４：栃木県農業試験場成果報告、“トマト台木品種の萎凋病（レース2）に対する抵抗性検定”、[online]、［平成２８年５月１７日検索］、インターネット<http://www.agrinet.pref.tochigi.lg.jp/nousi/seikasyu/seika21/sep_021_2_06.pdf>
【０１０８】
２．半身萎凋病抵抗性トマト植物
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前述のように、第７染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有することを特徴とする。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、第７染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有することが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含む前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーを有することから、例えば、前記本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーの説明を援用できる。本発明において、前記第７染色体上の前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
【０１０９】
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、半身萎凋病に抵抗性を示す。本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、レース３の半身萎凋病菌の感染による病害に対し抵抗性を示すが、レース１およびレース２等の他のレースの半身萎凋病菌の感染による病害に対し抵抗性を示してもよい。
【０１１０】
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物において、前記半身萎凋病抵抗性は、前述のように、第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座によってもたらされる。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記抵抗性遺伝子座を第７染色体上に有するが、例えば、第７染色体に代えて、第７染色体以外のどの染色体上に、前記第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に前記第７染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有してもよい。
【０１１１】
本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を１つ含んでもよいし、２つ以上含んでもよく、具体例として、１対の染色体において、一方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよく（ヘテロ接合型）、両方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよいが（ホモ接合型）、後者が好ましい。
【０１１２】
本発明の抵抗性トマト植物において、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける半身萎凋病抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。
【０１１３】
本発明の抵抗性トマト植物は、一例として、受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）またはその後代系統があげられる。前記後代系統は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有する。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類：国際寄託
寄託機関名：独立行政法人製品評価技術基盤機構  特許生物寄託センター
あて名：日本国  〒２９２−０８１８  千葉県木更津市かずさ鎌足２−５−８  １２０号室
受託番号：ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８
識別のための表示：Ｔａｋｉｉ９
原寄託日：２０１６年５月１９日
【０１１４】
本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、トマト植物に、前記抵抗性遺伝子座を導入することによっても製造できる。前記トマト植物への前記抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。
【０１１５】
本発明の抵抗性トマト植物について、半身萎凋病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。
【０１１６】
本発明の抵抗性トマト植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。
【０１１７】
本発明において、「植物体」は、植物全体を示す植物個体および前記植物個体の部分のいずれの意味であってもよい。前記植物個体の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記植物体の部分は、例えば、一種類の器官、組織および／または細胞でもよいし、二種類以上の器官、組織および／または細胞でもよい。
【０１１８】
３．半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法
つぎに、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法について説明する。なお、以下の方法は、例示であって、本発明は、これらの方法に制限されない。本発明において、製造方法は、例えば、育成方法ということもできる。また、本発明において、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、前記本発明の抵抗性マーカーと言いかえることができ、その説明を援用できる。
【０１１９】
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法は、前述のように、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする。
（ａ）本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性を備えるトマト植物を選抜する工程
【０１２０】
本発明の製造方法は、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物を親として使用することが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。本発明の製造方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー、抵抗性トマト植物等の説明を援用できる。
【０１２１】
前記（ａ）工程において、第一の親として使用する半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記本発明の抵抗性トマト植物であればよい。前記抵抗性トマト植物は、例えば、前述のような受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託されたトマト植物またはその後代系統が好ましい。前記（ａ）工程において、第一の親として使用する半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、後述する本発明のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記（ａ）工程に先立って、例えば、被検トマト植物（候補トマト植物ともいう）から、下記（ｘ）工程により選抜して準備してもよい。
（ｘ）被検トマト植物から、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
【０１２２】
前記（ｘ）工程において、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜は、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜ということができる。このため、前記（ｘ）工程は、例えば、下記（ｘ１）工程および（ｘ２）工程により行うことができる。
（ｘ１）前記被検トマト植物の染色体上における、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｘ２）前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検トマト植物を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
【０１２３】
前記（ｘ）工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であり、具体的には、前記被検トマト植物について、前記抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記抵抗性トマト植物を選抜できる。前記（ｘ２）工程において、例えば、一対の染色体における一方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合に、前記被検トマト植物を、前記抵抗性トマト植物として選抜してもよいし、一対の染色体における両方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合、前記被検トマト植物を、前記抵抗性トマト植物として選抜してもよいが、後者が好ましい。前記（ｘ１）工程における前記抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおいて説明したように、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を規定する、（１）前記ＳＮＰマーカー、（２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列、（３）前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、およびこれらの組合せを用いて検出できる。
【０１２４】
前記（ｘ）工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本発明は、これらには限定されない。また、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。
【０１２５】
（１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記選択されるＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける「（１）ＳＮＰマーカーによる特定」の説明を援用できる。
【０１２６】
（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ｄ）、（ｇ）および（ｉ）からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記（ａ）〜（ｊ）および（ｋ）のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用でききる。
【０１２７】
（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける「（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定」の説明を援用できる。
【０１２８】
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜があげられる。前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜でもよい。
【０１２９】
また、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記条件（ｉ）、（ii）、（iii）、または（iv）を満たす半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜でもよい。
【０１３０】
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第７染色体である。
【０１３１】
また、前記（ａ）工程において、他方の親として使用するトマト植物は、特に制限されず、例えば、既知の半身萎凋病抵抗性遺伝子を有するまたは有さないトマト植物でもよいし、他の抵抗性を有するまたは有さないトマト植物でもよいし、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物でもよい。
【０１３２】
前記（ａ）工程において、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物と前記他のトマト植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。
【０１３３】
前記（ｂ）工程において、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する対象は、例えば、前記（ａ）工程より得られたトマト植物でもよいし、さらに、そのトマト植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のトマト植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のトマト植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記Ｆ１のトマト植物と他のトマト植物とを交雑することによって得られたトマト植物であってもよい。
【０１３４】
前記（ｂ）工程において、半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜は、例えば、半身萎凋病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。
【０１３５】
前記（ｂ）工程において、前記直接的な確認は、得られた前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統について、例えば、半身萎凋病抵抗性を、前述のような発病度によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統に対して、例えば、半身萎凋病菌を接種して、半身萎凋病抵抗性を、前記発病度によって評価することで確認できる。この場合、例えば、２未満の発病度を示す前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜できる。
【０１３６】
また、前記（ｂ）工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記（ｂ１）および（ｂ２）工程によって行うことができる。
（ｂ１）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統について、染色体上における、半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｂ２）前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の存在により、前記（ａ）工程により得られたトマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
【０１３７】
前記（ｂ）工程における半身萎凋病抵抗性トマト植物の間接的な確認による選抜は、例えば、前記（ｘ）工程において説明した方法と同様であり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。
【０１３８】
本発明の製造方法は、前記（ｂ）工程において選抜された半身萎凋病抵抗性トマト植物を、さらに育成することが好ましい。
【０１３９】
このように、前記半身萎凋病抵抗性が確認された前記トマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜できる。
【０１４０】
本発明の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。
【０１４１】
４．半身萎凋病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法（以下、「スクリーニング方法」ともいう。）は、交雑により半身萎凋病抵抗性トマト植物を生産するための親として、被検トマト植物から、トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーとして第７染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を選抜する工程を含むことを特徴とする。
【０１４２】
本発明のスクリーニング方法は、被検トマト植物から、半身萎凋病抵抗性マーカーとして第７染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有する植物を選抜する工程を含むことが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。本発明のスクリーニング方法によれば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーによって、半身萎凋病抵抗性の親を得ることができる。本発明のスクリーニング方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー、抵抗性トマト植物および製造方法等の説明を援用できる。
【０１４３】
前記親の選抜は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法における前記（ｘ）工程の説明を援用できる。
【実施例】
【０１４４】
以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。
【０１４５】
［実施例１］
新規な半身萎凋病抵抗性トマト植物について、レース３の半身萎凋病菌に対し抵抗性を示すことを確認した。
【０１４６】
半身萎凋病抵抗性を示す新規トマト植物を開発するために、タキイ種苗株式会社農場で継代育種により採取された大量のトマト系統の種子について、育種を行い、半身萎凋病抵抗性の試験を行った。その結果、半身萎凋病抵抗性を示す、新規の半身萎凋病抵抗性トマト系統（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）を得た。この新規半身萎凋病抵抗性トマト植物は、受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８で寄託した。以下、この半身萎凋病抵抗性トマト植物を寄託系統という。
【０１４７】
前記寄託系統に対し、レース２の半身萎凋病に対して抵抗性を示すトマト植物に感染可能な、レース３の半身萎凋病菌を用いて接種試験を行なった。半身萎凋病菌の接種試験は、前記参考情報４に記載の方法に準じて、以下のように行った。
【０１４８】
半身萎凋病菌は、岐阜県内のトマト栽培圃場において、自然発病した半身萎凋病罹病トマトに由来するものを使用した。前記半身萎凋病菌は、下記の接種試験により、レース１の半身萎凋病菌に対して抵抗性を示すトマト植物「グリーンフォース（タキイ種苗株式会社、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）」、ならびにレース１および２の半身萎凋病菌に抵抗性のトマト植物「がんばる根カリス（愛三種苗株式会社、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）」に感染可能な病原菌であること、すなわち、レース３の病原菌であることを確認した。また、トマト植物としては、前記寄託系統、グリーンフォース、およびがんばる根カリスを、それぞれ８個体（株）ずつ用いた。
【０１４９】
まず、前記半身萎凋病菌を、下記組成のショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地で５日間振とう培養し、２重ガーゼでろ過した。回収した分生胞子を１．０×１０５個／ｍＬになるように殺菌水で調整することにより胞子懸濁液を調製し、これを接種に供試した。また、前記接種に供試するトマト植物は、本葉２枚が展開した幼苗を用いた。前記幼苗の根を水道水で洗浄して土壌を除去後、１分間、前記胞子懸濁液に浸根することにより、前記半身萎凋病菌を接種した。前記接種後、滅菌土壌を詰めた５０穴セルトレイに、各株をそれぞれ移植し、２０℃、１２時間日長の条件下で３週間生育させた。
【０１５０】
（ショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地）
ジャガイモ（３００．０ｇ煎汁）            １０００ｍL
Ｃａ（ＮＯ３）２・４Ｈ２Ｏ                  ０．５ｇ
Ｎａ２ＨＰＯ４・１２Ｈ２Ｏ                  ２．０ｇ
ペプトン                                    ５．０ｇ
ショ糖                                    ２０．０ｇ
ｐＨ６．８〜７．０
【０１５１】
発病調査は、前記参考情報４の方法に準じて行い、発病指数を、以下の基準にしたがって評価した。また、発病指数の評価基準として発病指数０〜４の個体の代表例を図２の写真に示す。
発病指数０：健全
発病指数１：子葉の落葉
発病指数２：下葉の黄化および部分的な萎凋と生育減退
発病指数３：植物体全体の萎凋
発病指数４：枯死
【０１５２】
そして、各個体について、それぞれ、前記基準に従って発病指数を調査し、下記式より、各系統の発病度を求めた。
発病度（Ｎ）＝［（０×ｎ０）＋（１×ｎ１）＋（２×ｎ２）＋（３×ｎ３）＋（４×ｎ４）］／調査個体数
前記式において、「０、１、２、３、４」は、それぞれ発病指数を示し、「ｎ０、ｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４」は、それぞれ、発病指数０、発病指数１、発病指数２、発病指数３、発病指数４の個体数を示す。
【０１５３】
これらの結果を、下記表１に示す。下記表１に示すように、前記寄託系統では、発病度が２未満であるのに対し、レース１に抵抗性のグリーンフォースおよびレース１および２に抵抗性のがんばる根カリスでは、発病度が２以上であった。これらの結果から、本発明の抵抗性トマト植物は、既知の半身萎凋病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病菌であるレース３の半身萎凋病菌に対しても有効であることがわかった。
【０１５４】
【表１】
2017212980.tif 000002
【０１５５】
［実施例２］
新規な半身萎凋病抵抗性トマト植物について、半身萎凋病抵抗性遺伝子座の遺伝様式の解析を行った。
【０１５６】
前記寄託系統のトマト植物（受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８）と、グリーンフォースとを交雑することによって、７２個体のＦ２分離集団（以下、「７２系統」ともいう）を得た。
【０１５７】
そして、前記７２系統に対し、前記実施例１と同様にして、半身萎凋病菌の接種試験を行い、各個体の発病指数を評価した。また、８個体の寄託系統および８個体のグリーンフォースについて、同様にして各個体の発病指数を評価した。
【０１５８】
これらの結果を、下記表２に示す。下記表２に示すように、前記７２系統の一部の個体が２未満の発病指数を示した。また、２未満の発病指数の個体数および２以上の発病指数の個体数の比から、前記寄託系統（受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−２２３０８）の半身萎凋病抵抗性は、少数の抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座によって支配されていると推察された。なお、上記推察は、本発明を何ら制限しない。
【０１５９】
【表２】
2017212980.tif 000003
【０１６０】
［実施例３］
前記実施例２におけるＦ２分離集団の前記７２系統について、新規な半身萎凋病抵抗性遺伝子座の特定を行った。
【０１６１】
前記７２系統からそれぞれ抽出したＤＮＡについて、ＳＯＬＣＡＰのＳＮＰアッセイ（前記参考文献１〜３を参照）でジェノタイピングを行い、ソフトウェア（Join  Map）を用いた連鎖地図の作成、およびソフトウェア（QTL cartographer、NC STATE University製）を用いた連鎖解析をおこなった。
【０１６２】
この結果を、図３に示す。図３は、第７染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。図３において、図中の左端の数値は、第７染色体における位置を示し、染色体の左側の矢印の横の数値は、各位置間の距離を示し、下側の矢印は、ロッドスコアを示す。図３に示すように、第７染色体において、ロッドスコアのピーク値として１３．４４を示す、発病指数と相関の高い領域が１箇所特定された。前記領域は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７で特定されるＳＮＰを含む領域である。この結果から、新規な半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、第７染色体に座乗することが明らかとなった。
【０１６３】
［実施例４］
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９を用いて、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜できることを確認した。
【０１６４】
前記寄託系統と、半身萎凋病罹病性トマト植物「桃太郎エイト（タキイ種苗株式会社、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）」とを交雑することによって、８０個体のＦ２分離集団（以下、「８０系統」ともいう）を得た。そして、前記８０系統について、前記実施例３と同様の方法により、ＳＮＰアッセイを行い、ＳＮＰマーカーｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９に対応する多型の塩基を特定した。そして、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９を抵抗性のホモ接合型で含む１５個体（抵抗性系統）と、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９を罹病性のホモ接合型で含む１８個体（罹病性系統）を特定した。そして、前記抵抗性系統および前記罹病性系統について、前記実施例１と同様にして発病指数を評価し、各系統の発病度を算出した。
【０１６５】
これらの結果を下記表３に示す。下記表３に示すように、前記抵抗性系統では、発病度が２未満であるのに対し、前記罹病性系統では、発病度が２以上であった。また、前記抵抗性系統と前記罹病性系統の発病指数について、等分散のｔ検定を行なったところ、ｐ＜０．００１であり、前記抵抗性系統は、前記罹病性系統に対し、有意に発病指数が低下していた。これらの結果から、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９を用いて、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜できることがわかった。
【０１６６】
【表３】
2017212980.tif 000004
【０１６７】
［実施例５］
前記実施例２におけるＦ２分離集団の前記７２系統について、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１を用いて、連鎖解析を行ない、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’が抵抗性遺伝子座と連鎖すること、ならびにこれらのＳＮＰマーカーにより特定される領域に、抵抗性遺伝子座が座乗していることを確認した。
【０１６８】
前記実施例３と同様にして、前記７２系統からそれぞれ抽出したＤＮＡについて、ＳＯＬＣＡＰのＳＮＰアッセイでジェノタイピングを行い、ソフトウェア（Join  Map）を用いた連鎖地図の作成、およびソフトウェア（QTL cartographer、NC STATE University製）を用いた連鎖解析をおこなった。
【０１６９】
この結果を、図４に示す。図４は、第７染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。図４において、図中の左端の数値は、第７染色体における位置を示し、染色体の左側の矢印の横の数値は、各位置間の距離を示し、下側の矢印は、ロッドスコアを示す。図４に示すように、ロッドスコアのピーク値として１４．４４を示した。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２で特定される領域は、ロッドスコアが、３．３以上であり、発病指数と相関の高い領域であることが確認された。この結果から、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２’が、抵抗性遺伝子座に座乗する抵抗性遺伝子と連鎖すること、ならびにこれらのＳＮＰマーカーにより特定される領域、すなわち、第７染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５８４０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１４１７４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０３４、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２４３２１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００２９３、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１００７６１、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５４１０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿５５３９９、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７１１３８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３７０９７、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１４７、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿１２１５２、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿７０７８１からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に、抵抗性遺伝子が座乗していることがわかった。
【０１７０】
この出願は、２０１６年５月３０日に出願された日本出願特願２０１６−１０７２３６を基礎とする優先権を主張し、その開示のすべてをここに取り込む。
【０１７１】
以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
【産業上の利用可能性】
【０１７２】
以上のように、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、半身萎凋病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を含むため、例えば、半身萎凋病抵抗性を示すことが可能である。さらに、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記先行技術文献の抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌（例えば、レース３）に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。このため、本発明は、例えば、育種等の農業分野において極めて有用である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
2017212980.tif 000007
【図４】
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【配列表】
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