(57)【要約】【課題】薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する副作用マーカーを用いた薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する方法およびキットを提供する。【解決手段】本発明は薬剤性間質性肺炎易発症性を判定する方法は、以下の（i）から（iii）の工程を含む。（i）癌疾病に罹患した患者から取得された検体について、ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料を調製する工程；（ii）ＤＮＡ試料についてＤＮＡ配列解析を行うことによって、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であるか否かを決定する工程；および（iii）当該遺伝子型が存在すると決定された場合に、前記癌疾病に対する抗癌剤によって薬剤性間質性肺炎を発症する可能性が高いと判定する工程。【選択図】図１
2017023090.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（i）から（iii）の工程を含む、薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法；
（i）癌疾病に罹患した患者から取得された検体について、ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料を調製する工程、
（ii）前記ＤＮＡ試料についてＤＮＡ配列解析を行うことによって、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であるか否かを決定する工程、および
（iii）前記遺伝子型であると決定された場合に、前記癌疾病に対する坑癌剤によって薬物性間質性肺炎を発症する可能性が高いと判定する工程。
【請求項２】
ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される機能的遺伝子多型の部位）、および前記塩基と連鎖不均衡の関係にある機能的遺伝子多型からなる群から選ばれる、請求項１に記載の薬物性間質性肺炎の易発症性を判定する方法。
【請求項３】
前記遺伝子型が以下の（ａ）から（ｅ）からなる群から選ばれる、請求項１または２に記載の薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法；
（ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型、
（ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＴ／Ｔ遺伝子型、
（ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＡ／Ａ遺伝子型、
（ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型、および
（ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型。
【請求項４】
抗癌剤が、ラパマイシン標的タンパク質阻害剤、上皮成長因子受容体阻害剤、多標的キナーゼ阻害剤、からなる群から選ばれる分子標的治療薬、および／または、プログラム細胞死受容体−１抗体、プログラム細胞死リガンド−１抗体、および細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４抗体からなる群から選ばれる免疫チェックポイント阻害剤である、請求項１から３のいずれか１項に記載の薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法。
【請求項５】
前記機能的遺伝子多型の検出が、以下の（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドを用いて行われる、請求項１から４のいずれか１項に記載の薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法；
（Ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）における遺伝子型がＴ／Ｔである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）における遺伝子型がＡ／Ａである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｆ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｇ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｈ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｉ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｊ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｋ）前記（Ａ）から（Ｊ）のオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、および
（Ｌ）前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドにおいて前記部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
前記機能的遺伝子多型の検出が、ダイレクトシーケンス法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法、ＰＣＲ−一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析（ＳＳＣＰ）法、制限酵素切断断片長多型（ＲＦＬＰ）法、定量的リアルタイムＰＣＲ検出法、インベーダ法、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡ分解酵素（ＲＮａｓｅＡ）切断法、化学切断法、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法、および質量分析を用いた遺伝子多型検出法からなる群から選ばれる方法により行われる、請求項１から５のいずれか１項に記載の薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法。
【請求項７】
以下の（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドを含む、薬剤性間質性肺炎の易発症性判定用キット；
（Ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）における遺伝子型がＴ／Ｔである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）における遺伝子型がＡ／Ａである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｆ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｇ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｈ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｉ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｊ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｋ）上記（Ａ）から（Ｊ）のオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、および
（Ｌ）前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドにおいて前記部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドが支持体に固定されている、請求項７に記載の薬剤性間質性肺炎の易発症性判定用キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、抗癌剤によって副作用として発症する間質性肺炎のリスク管理に関する。より具体的には、本発明は、薬剤性間質性肺炎の易発症性判定用マーカーを用いた、薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法およびキットに関する。
【背景技術】
【０００２】
癌化学療法は、分子標的治療薬の登場により飛躍的に進歩した。分子標的治療薬の適応疾患は、大腸癌、血液腫瘍、腎細胞癌、肝細胞癌などに広がり、今後も更なる発展が期待されている。しかしながら、当初副作用が少ないと考えられていた分子標的治療薬においても、臨床上、治療に影響を及ぼす重大な副作用が認められてきた。
【０００３】
そのような副作用のうち特に肺障害については、ゲフィチニブによる薬剤性肺障害の報告により社会的にも問題視されて１０年以上が経過している。未だに多くの分子標的治療薬において薬剤性肺障害が共通して発症し、治療の中断の要因となるのみならず、その症状が致命的となる場合もある。さらに近年では、あらたな分子標的治療薬の開発に伴い、薬剤性肺障害は経年的に増加している。特に日本人は薬剤性肺障害を発症しやすい人種として独自の安全性監視体制がとられている。薬剤性肺障害のうち最も多くみられる病変は、肺胞−間質領域の病変であり、薬剤性間質性肺炎と呼ばれている。
【０００４】
一方、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ３）遺伝子は、たとえば、Wendt MK et al. JAKSTAT. 3(1):e28975（非特許文献１）のように、癌細胞において上皮間葉転換（ＥＭＴ）を正に制御する遺伝子として多くの報告がされている。このため、ＳＴＡＴ３タンパク質が癌の増殖を正に制御し、その活性化により転移性および線維化が亢進されることがin  vitroで多数報告されている。
【０００５】
ＳＴＡＴ３遺伝子には複数の一塩基多型（ＳＮＰ）が知られている。そのうち、リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される遺伝子多型については、Ito N, et al. J Clin Oncol. 25(19):2785-91, 2007（非特許文献２）に報告されているように、その遺伝子型によってＳＴＡＴ３のｍＲＮＡの発現量が異なり、中でも遺伝子型がＣ／Ｃであるものが最も発現量が少ない傾向にある。さらに、国際公開第２００６／０４６５０５号（特許文献１）には、当該ｒｓ４７９６７９３で示される遺伝子多型のＣ／Ｃ遺伝子型を含め、ＳＴＡＴ３の特定の遺伝子多型の特定の遺伝子型が、腎細胞癌のインターフェロン治療によって腫瘍が縮小する可能性が高いことを予測するマーカーとして利用されることが記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
【特許文献１】国際公開第２００６／０４６５０５号
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Wendt MK et al. JAKSTAT. 3(1):e28975
【非特許文献２】Ito N, et al. J Clin Oncol. 25(19):2785-91, 2007
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
薬剤性間質性肺炎発症の詳細なメカニズムは知られていない。薬剤性間質性肺炎は、発症頻度が高く且つその発症が致命的ともなりうる臨床上重要な副作用として警戒されているにも関わらず、臨床所見および画像所見など症状に応じた事後的な処置がなされるにとどまっている。このように、分子標的治療薬による間質性肺炎はその発症リスクを予測することができないため、予防法の徹底および投与量の減量などの投与前に講じる手段を考慮すべき対象を、前もって判断することができない。
【０００９】
また、ＳＴＡＴ３遺伝子多型と薬剤性間質性肺炎の発症リスクとの関連について報告された例はない。
【００１０】
本発明の目的は、薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する副作用マーカーを用いた、薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する方法およびキットを提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
ＳＴＡＴ３タンパク質がその活性化により転移性および線維化が亢進されることがin vitroで多数報告されているにも関わらず、本発明者は、肺組織においてはＳＴＡＴ３タンパク質の活性を阻害すると線維化が亢進されるという逆転現象をin vitroで発見した。さらに本発明者は、遺伝子多型解析による薬剤性間質性肺炎発症のレトロスペクティブ調査によっても、この現象を裏付ける知見を得た。具体的には、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性抑制に関連する遺伝子多型の保有者群で薬剤性間質性肺炎発症率が有意に高くなることを確認した。これによって、本発明者は、当該遺伝子多型が薬剤性間質性肺炎のリスク予測を可能にすることを見出した。本発明は、このような知見に基づいて完成されたものである。
本発明は、以下の発明を包含する。
【００１２】
（１）
本発明は薬剤性間質性肺炎の易発症性を判定する方法であり、以下の（i）から（iii）の工程を含む。
（i）癌疾病に罹患した患者から取得された検体について、ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料を調製する工程、
（ii）前記ＤＮＡ試料についてＤＮＡ配列解析を行うことによって、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であるか否かを決定する工程、および
（iii）前記遺伝子型であると決定された場合に、前記癌疾病に対する坑癌剤によって薬物性間質性肺炎を発症する可能性が高いと判定する工程。
【００１３】
（２）
本発明の方法においては、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される機能的遺伝子多型の部位）、および前記塩基と連鎖不均衡の関係にある機能的遺伝子多型からなる群から選ばれてよい。
【００１４】
（３）
本発明の方法においては、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型が以下の（ａ）から（ｅ）からなる群から選ばれてよい。
（ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型、
（ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＴ／Ｔ遺伝子型、
（ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＡ／Ａ遺伝子型、
（ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型、および
（ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される機能的遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型。
【００１５】
（４）
本発明の方法においては、抗癌剤が、分子標的治療薬が、ラパマイシン標的タンパク質阻害剤（ｍＴＯＲ阻害剤）、上皮成長因子受容体阻害剤（ＥＧＦＲ阻害剤）、および多標的キナーゼ阻害剤（ＭＫ阻害剤）からなる群から選ばれる分子標的治療薬、および／または、プログラム細胞死受容体−１（ＰＤ−１）抗体、プログラム細胞死リガンド−１（ＰＤＬ−１）抗体、および細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ−４）抗体からなる群から選ばれる免疫チェックポイント阻害剤であってよい。
【００１６】
（５）
本発明の方法においては、機能的遺伝子多型の検出が、以下の（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドを用いて行われてよい。
（Ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）における遺伝子型がＴ／Ｔである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）における遺伝子型がＡ／Ａである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｆ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｇ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｈ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｉ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｊ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｋ）前記（Ａ）から（Ｊ）のオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、および
（Ｌ）前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドにおいて前記部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド。
【００１７】
（６）
本発明の方法においては、機能的遺伝子多型の検出が、ダイレクトシーケンス法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法、ＰＣＲ−一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析（ＳＳＣＰ）法、制限酵素切断断片長多型（ＲＦＬＰ）法、定量的リアルタイムＰＣＲ検出法、インベーダ法、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡ分解酵素（ＲＮａｓｅＡ）切断法、化学切断法、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法、および質量分析を用いた遺伝子多型検出法からなる群から選ばれる方法により行われてよい。
【００１８】
（７）
本発明の薬剤性間質性肺炎の易発症性判定用キットは、以下の（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドを含む。
（Ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）における遺伝子型がＴ／Ｔである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）における遺伝子型がＡ／Ａである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである機能的遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｆ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｇ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｈ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｉ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｊ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される部位）一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｋ）上記（Ａ）から（Ｊ）のオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド、および
（Ｌ）前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドにおいて前記部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ前記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド。
【００１９】
（８）
本発明のキットにおいては、（Ａ）から（Ｌ）からなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドが支持体に固定されていてよい。
【発明の効果】
【００２０】
本発明によると、薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する副作用マーカーを用いた、薬剤性間質性肺炎の発症リスクを判定する方法およびキットが提供される。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１】テムシロリムスを使用した経験を有する患者の間質性肺炎発症についてのレトロスペクティブ統計解析結果を示す。
【図２】ヒト肺胞上皮基底細胞（A549細胞）におけるSTAT3阻害剤処置のシグナル因子の変動およびEMTマーカーの発現変動をWestern blot法により解析した結果を示す。
【図３】A549細胞のSTAT3過剰発現系におけるEMTマーカーの発現変動をWestern blot法により解析した結果を示す。
【図４】A549細胞およびエベロリムス継続曝露A549細胞（A549/EV細胞）を上皮系マーカー（E-cadherin）および間葉系マーカー（F-Actin）にて蛍光免疫染色した蛍光顕微鏡画像である。
【図５】エベロリムス継続曝露A549細胞（A549/EV細胞）におけるEMTマーカーをwestern blot法にて比較した結果である。
【図６】ラパマイシン継続曝露A549細胞（A549/Rap細胞）におけるEMTマーカーをwestern blot法にて比較した結果である。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
［１．薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカー］
本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカーは、薬剤性間質性肺炎の易発症性に関する遺伝的素因の目印である。薬剤性間質性肺炎の発症とは、肺線維症（結合組織による肺組織の置換）による低酸素血症および画像所見で線維化を認めることの少なくともいずれかによって定義づけられる。
【００２３】
本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカーは、薬剤性の間質性肺炎を有意に発症し易いか否かを判定するものである。本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカーは、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型であって、薬剤性間質性肺炎の発症性を高める特定の遺伝子型である。
【００２４】
「ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型」とは、ＳＴＡＴ３タンパク質を質的または量的に影響する遺伝子多型を意味する。この遺伝子多型は、ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する一塩基多型（single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）である。
【００２５】
本明細書においては、「遺伝子」には２本鎖ＤＮＡおよびそれを構成する各１本鎖ＤＮＡ（センス鎖およびアンチセンス鎖）も包含される。したがって、ＳＴＡＴ３遺伝子は、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（センス鎖）、当該センス鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ、およびそれらの断片を含む。またＳＴＡＴ３遺伝子は、調節領域、コード領域、エクソンおよびイントロンを含むことができる。
【００２６】
一塩基多型（single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）とは、一般的には、遺伝子の塩基配列が１カ所だけ異なる状態およびその部位をいう。また、多型とは、一般的には、母集団中１％以上の頻度で存在する２以上の対立遺伝子（アレル）をいう。本発明において、ＳＮＰは、好ましくは、当業者が自由に利用可能な公開されたデータベースに登録されたＳＮＰであって、そのリファレンス番号から特定できるＳＮＰである。このようなデータベースとしては、例えば、米国国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）のＳＮＰデータバンクが挙げられる。本発明におけるＳＮＰは、上記ＮＣＰＩのＳＮＰデータベースのリファレンス番号であるｒｓ番号により特定できる。以下、本明細書においては、特定のＳＮＰを、このＮＣＰＩのＳＮＰデータベースのｒｓ番号で表示する。
【００２７】
薬剤性間質性肺炎の発症性を高める特定の遺伝子型は、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型である。「遺伝子型」とは、特定の遺伝子多型部位における遺伝子座の対立遺伝子の状態を示す。
このような特定の遺伝子型としては、たとえば、以下のホモ接合遺伝子型（ａ）が挙げられる。
【００２８】
（ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型
【００２９】
さらに、特定の遺伝子型の他の例としては、上記（ａ）における遺伝子多型と連鎖不均衡の関係にある他の任意の遺伝子多型の遺伝子型が挙げられる。「連鎖不均衡」とは、２つの対立遺伝子が同時に遺伝する頻度が、各対立遺伝子の個別の頻度の積により予測される頻度より高いことをいう。具体的には、連鎖不均衡の関係にある他の遺伝子多型としては、連鎖不平衡係数Ｄ'が０．９以上の連鎖不平衡状態にある遺伝子多型である。連鎖不平衡係数Ｄ'は、２つのＳＮＰについて第一のＳＮＰの各アリールを（Ａ，ａ）、第二のＳＮＰの各アリールを（Ｂ，ｂ）とし、４つのハプロタイプ（ＡＢ，Ａｂ，ａＢ，ａｂ）の各頻度をＰＡＢ，ＰＡｂ，ＰａＢ，Ｐａｂとすると、下記式により得られる。
Ｄ'＝（ＰＡＢＰａｂ−ＰＡｂＰａＢ）／Ｍｉｎ［（ＰＡＢ＋ＰａＢ）（ＰａＢ＋Ｐａｂ），（ＰＡＢ＋ＰＡｂ）（ＰＡｂ＋Ｐａｂ）］
［式中、Ｍｉｎ［（ＰＡＢ＋ＰａＢ）（ＰａＢ＋Ｐａｂ），（ＰＡＢ＋ＰＡｂ）（ＰＡｂ＋Ｐａｂ）］は、（ＰＡＢ＋ＰａＢ）（ＰａＢ＋Ｐａｂ）と（ＰＡＢ＋ＰＡｂ）（ＰＡｂ＋Ｐａｂ）とのうち、値の小さい方をとることを意味する。］
好ましくは、Ｄ'が０．９５以上、より好ましくは０．９９以上、最も好ましくは１．００である遺伝子多型が挙げられる。
【００３０】
このような他の遺伝子多型の遺伝子型として、以下のホモ接合遺伝子型（ｂ）、（ｃ）（ｄ）、および（ｅ）などが挙げられる。
【００３１】
（ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される遺伝子多型の部位）におけるＴ／Ｔ遺伝子型
（ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される遺伝子多型の部位）におけるＡ／Ａ遺伝子型
（ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型
（ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される遺伝子多型の部位）におけるＣ／Ｃ遺伝子型
【００３２】
本発明の薬剤性間質性肺炎易発性判定用マーカーによってリスクが判断される間質性肺炎は、分子標的治療薬および／または免疫チェックポイント阻害剤に起因するものである。
分子標的治療薬は一般的にＳＴＡＴ３の活性を変化させる。具体的には、ＳＴＡＴ３シグナル経路においてＳＴＡＴ３の上流に存在する因子を制御する。このような分子標的治療薬の例として、ｍＴＯＲ、ＥＧＦＲ、ならびに、ＥＲＫおよびＪＮＫといった因子を制御するｍＴＯＲ阻害剤、ＥＧＦＲ阻害剤、およびＭＫ阻害剤が挙げられる。
免疫チェックポイント阻害剤は、癌細胞に過剰に発現している抗原またはそれを認識するＴ細胞側の抗原に対する抗体製剤であって、ＳＴＡＴ３はこれら抗原の発現制御因子の１つである。このような免疫チェックポイント阻害剤の例として、ＰＤ−１抗体、ＰＤＬ−１抗体、およびＣＴＬＡ−４抗体が挙げられる。
【００３３】
［２．薬剤性間質性肺炎易発症性を判定する方法］
本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性を判定する方法においては、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であることを、薬剤性間質性肺炎の易発症性の指標とする。具体的には、（i）から（iii）の工程を含む。
【００３４】
（i）ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料の調製工程
本工程では、癌疾病に罹患した患者から取得された検体について、ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料を調製する。
当該患者は、罹患している癌疾病に対する抗癌剤治療の実施を検討している者であってよい。抗癌剤治療の実施経験の有無は問わないが、好ましくは、当該患者は、罹患している癌疾病に対する抗癌剤治療を一度も実施されたことがない者である。
【００３５】
患者が罹患している癌疾病の種類は問わない。たとえば、腎細胞癌、乳癌、膵癌、肺癌、大腸癌、胃癌、肝臓癌などが挙げられる。
【００３６】
ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料は、癌疾病に罹患した患者に由来する生体材料から調製される。生体材料としては、各種細胞（たとえば、血液、末梢血白血球、皮膚細胞、粘膜細胞など）、組織（肺、肝臓、腎臓、副腎、脳、子宮など）、およびこれらに由来する培養細胞が挙げられる。
【００３７】
ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料は、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型を含む。
ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料の具体的態様としては、ゲノムＤＮＡであってよい。生体材料からのゲノムＤＮＡ抽出法および精製法は特に限定されず、当業者が適宜公知の方法から選択することができる。
【００３８】
（ii）ＤＮＡ配列解析工程
本工程では、ＳＴＡＴ３遺伝子を含むＤＮＡ試料についてのＤＮＡ配列解析によって、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型のＳＮＰタイピングを行う。ＳＮＰタイピングにおいては、ゲノム上の位置が明らかとなっているＳＮＰの部位がどの塩基であるかを同定して、ＳＴＡＴ３タンパク質に関連する機能的遺伝子多型が、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であるか否かを決定する。
【００３９】
本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカーは、既にＳＮＰの部位およびその周辺の配列が決定されているので、当業者であれば、例えば、データベースの配列に基づき、適宜、ＳＮＰのタイピングを行うことができる。
【００４０】
本発明においては、ＳＮＰのタイピングは、目的のＳＮＰに関するデータベースに記載の塩基配列、その部分配列、およびそれらの相補配列からなるオリゴヌクレオチド、ならびに、当該オリゴヌクレオチドにおいて当該ＳＮＰの部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ当該オリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチドからなる群より選択されるオリゴヌクレオチドを、プローブやプライマーとして用いて行われる。
【００４１】
本発明において、「オリゴヌクレオチド」とは、特に限定されず、ＤＮＡ、ＲＮＡ、または、従来公知のこれらの誘導体および類縁体などをいう。オリゴヌクレオチドは、一本鎖であってもよく、二本鎖であってもよい。このようなオリゴヌクレオチドにおいて、欠失、置換および／または付加が可能な塩基数としては、例えば、１個以上１０個以下、好ましくは、１個以上５個以下、より好ましくは、１個または２個である。「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド」とは、一般に当該分野において理解される意味であって、ＤＮＡプローブを用いて、サザンブロットハイブリダイゼーション法、コロニーハイブリダイゼーション法、プラークハイブリダイゼーション法等のハイブリダイゼーション法を用いることにより得られるオリゴヌクレオチドを意味し、具体的には、フィルターに固定化したＤＮＡを用いて、０．７Ｍ以上１．０Ｍ以下のＮａＣｌ存在下、６５℃でハイブリダイゼーションを行った後、０．１倍以上２倍以下の濃度のＳＳＣ（１×ＳＳＣ；１５０ｍＭ 塩化ナトリウム、１５ｍＭ クエン酸ナトリウム）溶液を用い、６５℃でフィルターを洗浄することにより同定できるオリゴヌクレオチドを意味する。ハイブリダイゼーション法は、Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition（Plainview, New York:Cold Spring Harbar Laboratory Press(1989).）などに記載されている方法に準じて行うことができる。具体的には、目的のＳＮＰに関するデータベースに記載の塩基配列、その部分配列、またはそれらの相補配列からなるオリゴヌクレオチドにおいて１から数個の塩基が欠失、置換及び／又は付加した塩基配列であって、少なくとも６５％以上、好ましくは８０％以上、より好ましくは９０％以上の相同性を有する塩基配列のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
【００４２】
オリゴヌクレオチドの製造方法は特に制限されず、例えば、天然の遺伝子から制限酵素などにより酵素的に直接切り出す方法、天然の遺伝子を鋳型としてＰＣＲで増幅させる方法、遺伝子クローニングによる方法、化学合成による方法などが挙げられる。
【００４３】
オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じて、適当な標識剤、例えば、ラジオアイソトープ素（たとえば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３Ｈ、１４Ｃなど）、酵素（たとえば、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素など）、蛍光物質（たとえば、フルオレスカミン、フルオレッセンイソチオシアネートなど）、発光物質（たとえば、ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニンなど）、クエンチャー、ビオチンなどで標識されていてもよい。
【００４４】
このようなオリゴヌクレオチドの塩基配列は、ＳＮＰのタイピングにおけるプローブまたはプライマーとしての使用を考慮し、当業者によって容易に設計できる。プローブは、検出すべき機能性遺伝子多型部位の含む領域でゲノムＤＮＡとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであり、標的部位に対して特異的である核酸であればよい。プライマーは、検出すべき機能性遺伝子多型部位を含むゲノムＤＮＡの領域を特異的に増幅し得るように設計されたオリゴヌクレオチドであればよい。
【００４５】
オリゴヌクレオチドの長さとしては、特に制限されず、例えば、１５ｍｅｒ以上５００ｍｅｒ以下、または１５ｍｅｒ以上２５０ｍｅｒ以下、または１５ｍｅｒ以上１００ｍｅｒ以下、１５ｍｅｒ以上５０ｍｅｒ以下、または１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下であってよい。また、オリゴヌクレオチドの長さの下限は２０ｍｅｒであってもよい。
【００４６】
オリゴヌクレオチドの配列の設計には、配列表に記載の配列の他、各種データベースで特定されるＳＴＡＴ３遺伝子の配列も利用できる。
オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じて、ＳＮＰの部位を含むものとして構成されてもよいし、ＳＮＰの部位を含まずその周辺配列を含むものとして構成されてもよい。また、オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じて、検出に適した付加的配列（ゲノムＤＮＡと相補的でない配列）を含んでいてもよい。
【００４７】
プライマーまたはプローブとして用いることができるオリゴヌクレオチドは、たとえば以下の（Ａ）から（Ｌ）のものが挙げられる。
（Ａ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される遺伝子多型の部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｂ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される遺伝子多型の部位）における遺伝子型がＴ／Ｔである遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｃ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される遺伝子多型の部位）における遺伝子型がＡ／Ａである遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｄ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される遺伝子多型の部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｅ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される遺伝子多型の部位）における遺伝子型がＣ／Ｃである遺伝子多型を含む１５ｍｅｒ以上の連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｆ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号１で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ４７９６７９３で示される遺伝子多型の部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｇ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号２で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ７４４１６６で示される遺伝子多型の部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｈ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号３で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ９８９１１１９で示される遺伝子多型の部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｉ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号４で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ１９０５３４１で示される遺伝子多型の部位）の一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド
（Ｊ）ＳＴＡＴ３遺伝子中に存在する配列番号５で示されるヌクレオチド配列の２６番目の塩基（リファレンスＳＮＰ  ＩＤ番号：ｒｓ２３０６５８１で示される遺伝子多型の部位）一塩基上流の塩基から上流側へ１５以上連続する配列のオリゴヌクレオチド、
（Ｋ）上記（Ａ）から（Ｊ）のオリゴヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチド
（Ｌ）上記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドにおいて当該遺伝子多型の部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ上記（Ａ）から（Ｋ）のオリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチド
【００４８】
ＳＮＰタイピングの具体的手法としては特に限定されず、たとえば、ダイレクトシーケンス法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法、ＰＣＲ−一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析（ＳＳＣＰ）法、制限酵素切断断片長多型（ＲＦＬＰ）法、定量的リアルタイムＰＣＲ検出法、インベーダ法、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡ分解酵素（ＲＮａｓｅＡ）切断法、化学切断法、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法、および質量分析を用いた遺伝子多型検出法などが挙げられる。
【００４９】
・ダイレクトシーケンス法：
ダイレクトシーケンス法では、ダイデオキシ法(Sanger, et al., Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A., 74, 5463-5467 (1977))、およびマキサム-ギルバート法〔Methods in Enzymology, 65, 499 (1980)〕などにより、ＤＮＡ試料の塩基配列を決定することで、機能的遺伝子多型を検出する。
ダイレクトシーケンス法では、機能的遺伝子多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲ法により増幅後、増幅されたＤＮＡに対してシーケンスを行ってよい。この方法で用いられるＰＣＲプライマーは、機能的遺伝子多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上４ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。また、シーケンスプライマーとしては、機能的遺伝子多型部位から５０ヌクレオチド以上３００ヌクレオチド以下程度５’末端側の位置に相当する１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドを用いてよい。
【００５０】
・対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法：
ＡＳＯハイブリダイゼーション法では、機能的遺伝子多型部位を含むＰＣＲ産物をナイロンフィルターなどの支持体にドットブロットし、機能的遺伝子多型の野生型アレルと変異型アレル各々に対応したヌクレオチド配列を有する通常１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上２５ｍｅｒ以下程度）の合成オリゴヌクレオチドプローブ（シグナルを得るにはラジオアイソトープ、ビオチンまたは蛍光色素による標識が必要）とのハイブリダイゼーション後、当該プローブのＴｍ値に準じた洗浄操作により、１ヌクレオチドのミスマッチの検出（ミスマッチがあればハイブリッドが外れる）を行う［Clin.Chim. Acta, 189, 153-157 (1990)］。この方法で用いられるＰＣＲプライマーは、機能性遺伝子多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上４ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５１】
・ＰＣＲ−（一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析）ＳＳＣＰ法：
ＰＣＲ−ＳＳＣＰ法では、機能的遺伝子多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲで増幅後、熱変性し、電気泳動により、高次構造の異なる１本鎖ＤＮＡを分離する［Biotechniques, 16, 296-297 (1994)； Biotechniques), 21, 510-514 (1996)］。機能的遺伝子多型の有無により、１本鎖ＤＮＡの泳動距離が異なるため、そのパターンを解析することにより、多型のタイピングが可能である。この方法に用いられるＰＣＲ増幅用プライマーは、５’末端を蛍光色素で標識した機能性遺伝子多型部位を含む約５０ｂｐ以上５００ｂｐ以下のＤＮＡ断片を増幅するための１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５２】
・制限酵素切断断片長多型（ＲＦＬＰ）法：
機能的遺伝子多型部位を含む核酸配列が制限酵素認識部位を含む場合、その制限酵素で消化されることにより生じるＤＮＡ断片の長さの違いにより、当該機能的遺伝子多型の判定が可能である。制限酵素としては、機能的遺伝子多型の箇所の前後の配列を認識し得る制限酵素が用いられる。
ＲＦＬＰ法には、ゲノムＤＮＡを制限酵素で分解後、サザンブロットを行なう方法と、多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲ増幅後、制限酵素で切断し、電気泳動により切断されたＤＮＡ断片の大きさを解析する方法とが挙げられる。前者の方法において用いられるプローブとしては、目的の機能性遺伝子多型部位を含んで、かつその多型部位から５’末端側および３’末端側それぞれの約０．０５ｋｂ以上２ｋｂ以下までにわたる配列に相当するＤＮＡ断片（アイソトープ、ビオチンあるいは蛍光色素等で標識されたもの）であってよい。また、後者の方法に用いられるＰＣＲプライマーは、多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上４ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５３】
・定量的リアルタイムＰＣＲ検出法：
定量的リアルタイムＰＣＲ検出法では、蛍光標識したアレル特異的オリゴヌクレオチド（ＴａｑＭａｎ(R)プローブ）とＴａｑＤＮＡポリメラーゼによるＰＣＲを利用する［Genet. Anal., 14, 143-149 (1999)； J. Clin. Microbiol., 34, 2933-2936 (1996)］。この方法で用いられるＰＣＲプライマーは、機能的遺伝子多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上２ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、機能的遺伝子多型部位に対応する部位を含まない１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。また、ＴａｑＭａｎプローブは、機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列を含み、ＰＣＲプライマーのフォワード側がハイブリダイズする領域と重複する領域をハイブリダイズしないように構成された１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上５０ｍｅｒ以下程度）の長さであってよく、５’末端は蛍光レポーター色素によって標識されているとともに３’末端がクエンチャー（消光物質）によって標識されている。このようなＴａｑＭａｎプローブは、野生型アレルと変異型アレルに各々特異的にアニーリングする２種類が設計され、それぞれ異なる波長を有する蛍光レポーター色素で標識されている。このようなプローブを用いて、検出すべき機能的遺伝子多型を含む領域をＰＣＲによって増幅させて、ＰＣＲ反応液からの蛍光をリアルタイムに測定することで、機能的遺伝子多型をタイピングすることができる。
【００５４】
・インベーダー法：
インベーダー法では、定量的リアルタイムＰＣＲ検出法と同様にアレル特異的オリゴヌクレオチドと鋳型とをハイブリダイゼーションさせることによりタイピングする［Science, 5109, 778-783 (1993)； J. Biol. Chem., 30, 21387-21394 (1999)； Nat. Biotechnol.,17,292-296 (1999)］。
インベーダー法では、増幅処理しないゲノムＤＮＡを鋳型とし、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上５０ｍｅｒ以下）の、鋳型にハイブリダイズしない５'フラップ部（付加的配列）と、当該５'フラップ部の３'端に配された、機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列とを含み、当該ヌクレオチド配列の３'側は鋳型にハイブリダイズするよう設計された３０ｍｅｒ以上数百ｍｅｒ以下のオリゴヌクレオチド部からなる第一のプローブと；３'端に配された、機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列と、当該ヌクレオチド配列の５'側に配された、鋳型にハイブリダイズするよう設計された１５ｍｅｒ以上（たとえば、１５ｍｅｒ以上数十ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチド部とからなる第二のプローブとを用いる。これらのプローブと、ゲノムＤＮＡとを、第一のプローブを切断する酵素（フラップエンドヌクレアーゼ）とともに反応液中で反応させる。
【００５５】
フラップエンドヌクレアーゼはＤＮＡの高次構造を認識するため、第一のプローブと鋳型のゲノムＤＮＡと第二のプローブとがいずれも機能性遺伝子の部位に相補結合して三重鎖構造を形成した場合に第一のプローブを切断し、５'フラップ部と、当該５'フラップ部の３'端に配された、機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列とからなるフラップ鎖を遊離する。遊離したフラップ鎖は、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）プローブに相補的に結合する。ＦＲＥＴプローブは、遊離したフラップ鎖の５'フラップ部と当該５'フラップ部の３'端に配された、機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列と相補結合する３'領域と、レポーター蛍光色素とクエンチャー蛍光色素とを含む分子内ハイブリダイズした５'側のへアピン領域とを有する。遊離したフラップ鎖の３'端つまり機能的遺伝子多型に対応したヌクレオチド配列がＦＲＥＴプローブのヘアピン領域に侵入（ｉｎｖａｓｉｏｎ）して相補結合することでＤＮＡの高次構造を形成し、再びフラップエンドヌクレアーゼの認識によりクエンチングされていた蛍光色素が遊離する。
第１のプローブ、第２のプローブ、ＦＲＥＴプローブおよびレポーター蛍光色素は、野生型アレルと変異型アレルそれぞれに特異的に構成されるため、インベーダー反応液からの蛍光を測定することで、機能的遺伝子多型をタイピングすることができる。
【００５６】
・ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法：
ＴＤＩ法では、目的の機能的遺伝子多型の直前の塩基または数塩基前の塩基に対応するように設定したプライマー（機能的多型部位の一塩基上流までの配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ）を、ＤＮＡ鋳型にアニーリングさせ、プライマー伸張反応により、それぞれのアレルに対応する異なる蛍光色素で標識されたダイデオキシヌクレオチドを機能性多型部位に取りこませる［Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 10756-10761 (1997)］。プライマー伸張産物は、ＤＮＡシークエンサー（ＡＢＩプリズム３７７、アプライドバイオシステムズ社製）などを用いて解析する。このときに用いられるＰＣＲプライマーは、多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上１ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５７】
・ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法：
ＰＣＲでは、鋳型ＤＮＡにプライマーがアニールした後、ＤＮＡポリメラーゼにより５’末端側から３’末端側に相補鎖ＤＮＡが合成される。プライマーの３’末端ヌクレオチドにミスマッチがあると、ＰＣＲの効率が低下し、電気泳動的に検出不可能になる。ＡＲＭＳ法では、３’末端ヌクレオチドが検出しようとする変異ヌクレオチドに相補的になるようなプライマーを用いてＰＣＲを行い、増幅産物の有無を判定することにより遺伝子多型を検出する［Nuc. Acids. Res., 19, 3561-3567 (1991)； Nuc. Acids. Res., 20, 4831-4837 (1992)］。ＡＲＭＳ法におけるＰＣＲに用いられるプライマーは、１つは３’末端に多型部位が位置するように設計された、好ましくは１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであり、もう１つは、好ましくは、多型部位から０．０５ｋｂ以上２ｋｂ以下程度離れた部分の１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５８】
・変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法：
ＤＧＧＥ法では、ＰＣＲ産物中の、ミスマッチを有するヘテロデュプレックスが、ホモデュプレックスよりも解離が容易であることを利用して遺伝子多型を検出する［Biotechniqus, 27, 1016-1018 (1999)］。ヘテロデュプレックスは、解離が進むにつれ、ゲル電気泳動における移動度が低下するので、使用するポリアクリルアミドゲル中に尿素およびホルムアミドの密度勾配を設定しておくと、ホモデュプレックスとの移動度の差がさらに強調され、ミスマッチを含む２本鎖ＤＮＡの存在、すなわち変異の存在が検出される。この方法で用いられるＰＣＲプライマーは、多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上０．５ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００５９】
・ＲＮＡ分解酵素（ＲＮａｓｅＡ）切断法：
ＲＮａｓｅＡ（ＲＮＡ分解酵素）では、２本鎖のＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡコンプレックスを分解せず、１本鎖のＲＮＡのみを分解する。したがって、多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲにより増幅後、アイソトープにより標識したＲＮＡプローブを、変性し１本鎖にしたＰＣＲ産物とハイブリダイズさせ、ＲＮａｓｅＡ処理後、電気泳動により分離すれば、変異型とハイブリダイズしたＲＮＡプローブはミスマッチ部位で切断されるので、２本のバンドとして検出できる［DNA Cell. Biol., 14, 87-94 (1995)］。この方法で用いられるＲＮＡプローブとしては、多型部位を含む通常１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のものであってよい。
【００６０】
・化学切断法：
機能的多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲにより増幅後、２本鎖ＤＮＡのミスマッチ部位の「Ｃ（シトシン）」に対してはヒドロキシルアミン、「Ｔ（チミン）」に対してはオスミウムテトラオキシドで別個に修飾し、ピペリジン処理により糖を切断する。標識プローブを用いて２本鎖を形成させ、上記処理を行った後、電気泳動し、プローブのサイズが短くなっていれば多型が検出されたことになる［Biotechniques, 21, 216-218 (1996)］。この方法で用いられるＰＣＲプライマーは通常、機能的多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上４ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００６１】
・ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法：
ＤＯＬ法では、機能的遺伝子多型を含むＤＮＡ断片をＰＣＲで増幅させた後、蛍光標識された機能的多型部位の直前の塩基まで含むダイプライマー（機能的多型部位の一塩基上流までの配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ）と、それぞれのアレルに特異的な蛍光色素で標識されたダイターミネーターとを耐熱性ＤＮＡリガーゼで連結させる［Genome Res., 8, 549-556 (1998)］。このときに用いられるＰＣＲプライマーは、機能的多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上２ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００６２】
・質量分析法：
質量分析法では、機能的遺伝子多型のアレルに対応して異なるヌクレオチドを含む１本鎖オリゴヌクレオチドを合成してその質量を測定し、その差異をＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ（Matrix Assisted Laser Desorption-time of Flight/Mass Spectrometry）法により検出することによりタイピングする［Genome Res., 7, 378-388 (1997)； Eur.J. Clin. Chem. Clin. Biochem., 35, 545-548 (1997)］。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法では、はじめに機能的遺伝子多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲ法により増幅し、その後、機能的遺伝子多型部位に隣接するプライマーを用いた伸張反応により、それぞれのアレルに特異的なＤＮＡ伸張反応物をマススペクトルにより解析する。このときに用いられるＰＣＲプライマーは、機能的遺伝子多型部位を含む約０．０５ｋｂ以上０．５ｋｂ以下のＤＮＡ断片を増幅するための、１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。また、機能的遺伝子多型を検出するためのプライマーは、機能的遺伝子多型部位に隣接した１５ｍｅｒ以上（たとえば１５ｍｅｒ以上３９ｍｅｒ以下）のオリゴヌクレオチドであってよい。
【００６３】
（iii）薬剤性間質性肺炎の易発症性の判定工程
上記（ii）のＤＮＡ配列解析工程によって、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型であると決定された場合、薬剤性間質性肺炎を発症する可能性が高い（易発症性）と判定することができる。反対に、ＳＴＡＴ３タンパク質の活性化抑制または発現量減少を誘発する遺伝子型でないと決定された場合、薬剤性間質性肺炎を発症する可能性は高くない（難発症性）と判定することができる。
【００６４】
上記（ii）のＤＮＡ配列解析工程によって得られた機能性遺伝子多型の情報は、ＤＮＡ配列解析結果を入力するための入力手段によって、コンピュータなどに手動または自動で入力されてよい。入力された結果は、薬剤性間質性肺炎の易発症性および難発症性に関する遺伝子型を設定する手段により予め設定された易発症性または難発症性のアレルと比較および／または照合する判定手段によって、易発症性か難発症性かを判定されてよい。これらの手段は、例えば、コンピュータ、またはコンピュータで作動するソフトウエアプログラムであってよい。
【００６５】
なお、機能的遺伝子多型の決定および遺伝子型からの易発症性の判定は、機能的遺伝子多型１箇所のみについて行ってもよいが、判定の精度の向上を考慮し、２箇所以上の機能的遺伝子多型について行ってもよい。２箇所以上の機能的遺伝子多型における遺伝子型で易発症性と判定されると、薬剤性間質性肺炎発症のリスクはより高いと推定することができる。
【００６６】
このように、薬剤性間質性肺炎発症リスクが高いと判定された患者に対しては、薬剤性間質性肺炎の予防法の徹底、抗癌剤の投与量の減量、抗癌剤以外の治療法の選択など、事前に対策を講じることができる。
【００６７】
［３．薬剤性間質性肺炎易発症性判定用キット］
上述の薬剤性間質性肺炎易発症性を判定する方法は、機能的遺伝子多型の検出のためのアイテムが含まれたキット（薬剤性間質性肺炎易発症性判定用キット）を利用することによって、より簡便に実施することができる。
【００６８】
本発明のキットは、本発明の薬剤性間質性肺炎易発症性判定用マーカーである機能的遺伝子多型を検出可能なプローブおよび／またはプライマーを含むことができる。プローブおよびプライマーとして用いることができるオリゴヌクレオチドは、上述の間質性肺炎易発症性を判定する方法で述べた通りである。したがって、本発明のキットは、目的のＳＮＰに関するデータベースに記載の塩基配列、その部分配列、およびそれらの相補配列からなるオリゴヌクレオチド、ならびに、当該オリゴヌクレオチドにおいて当該ＳＮＰの部位以外の１個以上の塩基が、欠失、置換および／または付加され、かつ当該オリゴヌクレオチドの相補配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする活性を有するオリゴヌクレオチドからなる群より選択されるオリゴヌクレオチドを、適宜、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じた態様で含んでよい。より具体的には、上述の（Ａ）から（Ｌ）の少なくともいずれかのオリゴヌクレオチドを、適宜、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じた態様で含んでよい。
【００６９】
このオリゴヌクレオチドは、支持体上に固定されていてもよい。支持体上にオリゴヌクレオチドを固定する方法としては、支持体表面上で直接オリゴヌクレオチドを合成する方法と、予め調製したオリゴヌクレオチドを支持体表面上に固定する方法などが挙げられる。支持体上にオリゴヌクレオチドを固定する方法では、たとえば、光照射で選択的に除去される保護基の使用と、半導体製造に利用されるフォトリソグラフィー技術および固相合成技術とを組合せて、微小なマトリックスの所定の領域で選択的合成を行うことができる。また、予め調製したオリゴヌクレオチドを支持体表面上に固定する方法においては、たとえば、オリゴヌクレオチド溶液をインクジェット法などの分注手段を用いて支持体上に微量滴下して、化学的または物理的に固定することができる。支持体の素材としては特に限定されず、たとえば、ガラス、金属、プラスチックなどが挙げられる。支持体の形状としても特に限定されず、板状（基板）、粒子状（担体）などが挙げられる。
【００７０】
本発明のキットには、ＳＮＰタイピングの具体的手法に応じ、各種基質（たとえば、デオキシヌクレオチド、ダイデオキシヌクレオチドなど）、各種酵素（たとえば、制限酵素、TaqDNAポリメラーゼ、フラップエンドヌクレアーゼなど）などの試薬を含んでよい。さらに、反応希釈液、標準抗体、緩衝液、洗浄剤、反応停止液などが含まれていてもよい。
【実施例】
【００７１】
以下に実施例を示し、本発明を具体的に説明するが、本発明は下記の実施例に制限されるものではない。
【００７２】
＜実施例１＞
１．研究方法
神戸大学医学部付属病院泌尿器科に入院中あるいは通院中の同意取得患者６４名について、STAT3の遺伝子多型のタイピングを実施した。タイピングには、Taqman Probe法によるSNPタイピング（Taqman Genotyping Assay kit）を用い、機能的変異として報告されているrs4796793の部位を評価した。同意取得患者のうち、エベロリムスまたはテムシロリムスの治療経験を有する患者を対象とし、カルテ情報より間質性肺炎の発症の有無および患者の背景因子をレトロスペクティブに調査し、STAT3遺伝子多型と間質性肺炎との関連性について検討した。以下の研究は神戸大学医学倫理委員会において承認を得ており、実施時には患者に対する十分な説明および倫理的配慮のもと同意を取得した上で行った。
【００７３】
２．解析計画
間質性肺炎について、有害事象共通用語規準（CTCAE）ver4.0に基づき評価された症例を収集し、肺線維症がGrade 1以上となる場合を発症と定義した。観察期間は治療開始後4ヶ月とし、期間内に間質性肺炎を発症した患者を発症患者とした。治療開始後4ヶ月以内に間質性肺炎以外の理由で中断した症例は除外した。
【００７４】
３．結果
同意取得患者の内、テムシロリムスを使用した経験を有する患者１８名のうち、血圧低下のため早期中断した１名を除く１７名を解析対象とした。
解析対象の患者背景および間質性肺炎発症の有無を表１に示し、統計解析結果を表２および図１に示す。
【００７５】
【表１】
2017023090.tif 000003
【００７６】
【表２】
2017023090.tif 000004
【００７７】
表２および図１に示すように、mTOR阻害薬に起因する間質性肺炎の発症患者において、STAT3遺伝子のSNP（rs4796793）の遺伝子型がC/Cである患者が有意に高い割合を占めた。したがって、STAT3遺伝子変異がmTOR阻害薬による間質性肺炎のリスク因子となる可能性が示された。STAT3遺伝子のSNP（rs4796793）は遺伝子型によりmRNAの発現量が異なることが報告されており、C/Cタイプは最もSTAT3のmRNA発現量が低い遺伝子型である。STAT3のmRNA発現量が低いことで、薬剤による活性阻害を受けやすいことがリスクとなる要因である可能性が考えられる。
一方、同意取得患者（N=64）全体においては、G/Gタイプは17.2％（N=11）、G/Cタイプは43.8％（N=28）、C/Cタイプは39.1％（N=25）であった。
【００７８】
なお、上記の患者群において、rs744166の部位におけるＳＮＰの遺伝子型がＴ／Ｔであること（Ｄ’＝１．００）、rs9891119の部位におけるＳＮＰの遺伝子型がＡ／Ａであること（Ｄ’＝１．００）、rs1905341の部位におけるＳＮＰの遺伝子型がＣ／Ｃであること（Ｄ’＝１．００）、およびrs2306581の部位におけるＳＮＰの遺伝子型がＣ／Ｃであること（Ｄ’＝１．００）を確認した。
【００７９】
＜参考例１：A549細胞におけるSTAT3阻害剤処置の影響＞
ヒト肺胞上皮基底細胞（A549細胞）におけるSTAT3阻害剤処置のシグナル因子の変動およびEMTマーカーの発現変動をWestern blot法により解析した。解析結果を図２に示す。図２に示すように、A549細胞にSTAT3の選択的阻害剤であるStatticを20μMで48時間処置することにより、対照系（Cont）に比べてEMTマーカーであるVimentin（Vim）の発現上昇およびE-cadherine（E-cad）の発現減少が認められた。EMTの補助因子については、SnailがStattic処置により発現上昇し、ZEB1はわずかな発現上昇を認めた。
【００８０】
＜参考例２：A549細胞のSTAT3過剰発現系におけるEMT補助因子への影響＞
A549細胞にSTAT3の発現ベクターをリポフェクション法により遺伝子導入し、過剰発現系を作製した。この過剰発現系におけるEMTマーカーの発現変動をWestern blot法により解析した。解析結果を図３に示す。空ベクターの導入細胞（Emp）とSTAT3過剰発現系（STAT3）とを比較し、ZEB1の発現量は減少傾向を示した。
【００８１】
＜参考例３：エベロリムス継続曝露A549/EV細胞およびSTAT3阻害薬におけるEMT誘導作用＞
A549細胞に10 nMのエベロリムスを1ヶ月間処置したA549/EV細胞を樹立した。A549細胞およびA549/EV細胞を上皮系マーカーであるE-cadherinおよび間葉系マーカーであるF-Actinにて蛍光免疫染色し、蛍光顕微鏡にて画像撮影した。得られた蛍光顕微鏡像を図４に示す。上皮系のコントロールとしてはA549細胞を、間葉系のコントロールとしてA549細胞に20 ng/mLのTGF-βを48時間処置したものを用いた（A549 cells + TGFβ）。A549/EV細胞は、E-cadherinが消失しF-Actinが発現しているため、間葉系細胞の特性を示していることがわかる。また、STAT3阻害薬であるStattic 20μMを48時間処置した細胞（A549 cells + Stattic）については、E-cadherinの消失は顕著ではないものの、F-Actinの発現が亢進していることから、間葉系細胞への移行が確認できた。
【００８２】
なお、このような顕著なEMT誘導作用は、10nMのエベロリムスの曝露期間が２週間以上である場合から確認され、曝露期間が長くなるほど当該作用はより顕著となった。曝露期間を１ヶ月超えると、当該作用は頭打ちとなった。
【００８３】
＜参考例４：エベロリムス継続曝露A549/EV細胞でのEMT関連因子に及ぼす影響＞
A549細胞、および1nMまたは10 nMのエベロリムスを継続曝露したA549/EV細胞におけるEMTマーカーを、western blot法にて比較した。その結果を図５に示す。図５に示すように、上皮系マーカーであるE-cadherinはA549/EV細胞において減少しており、間葉系の予備因子であるZEB1の発現は亢進していた。STAT3のリン酸化は顕著に減少した。
【００８４】
＜参考例５：ラパマイシン継続曝露A549細胞でのEMT関連因子に及ぼす影響＞
mTOR阻害薬であるラパマイシンの継続曝露細胞において同様にEMTを評価した。その結果を図６に示す。A549/EV細胞と同様、ラパマイシンの継続曝露（A549/Rap）細胞においても、STAT3のリン酸化の減少、E-cadherinの発現低下およびVimentinの発現上昇を認めた。A549細胞へのEMT誘導作用がmTOR阻害薬に共通の作用である可能性を示している。
【００８５】
これらの結果を統合すると、A549細胞におけるSTAT3の阻害はEMTの誘導を惹起する可能性があり、mTOR阻害薬の継続曝露細胞においてもSTAT3の活性低下が認められたことから、エベロリムスによるA549細胞でのEMTの亢進はSTAT3の活性低下を介している可能性が高い。
【００８６】
本発明の好ましい実施形態は上記の通りであるが、本発明は、上述の実施形態に限定されるものではなく、本発明の趣旨から逸脱することのない様々な変形がなされる。
【図１】
2017023090.tif 000005
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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