(57)【要約】【課題】二本鎖ＲＮＡが標的とする特定の遺伝子の発現に対する影響の度合いを、予測することができる影響度算出装置、影響度算出方法及び影響度算出プログラムを提供する。【解決手段】二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報と、二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報と、第１のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報と、第２のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、第１のＲＮＡ鎖と第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出部とを備える影響度算出装置。【選択図】図１
2016224952.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得部と、
前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得部と、
第１のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得部と、
第２のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得部と、
前記第１塩基情報取得部が取得する前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得部が取得する前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得部が取得する前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得部が取得する前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出部と
を備える影響度算出装置。
【請求項２】
前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、
前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する
請求項１に記載の影響度算出装置。
【請求項３】
前記影響度算出部は、前記第１のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉への効果と、前記第２のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、前記影響度に関する値として算出する
請求項１又は請求項２に記載の影響度算出装置。
【請求項４】
前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの２つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、
前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの２つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する
請求項３に記載の影響度算出装置。
【請求項５】
前記影響度算出部は、前記第１のＲＮＡ鎖及び前記第２のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度との関係を示す値を、前記影響度に関する値として算出する
請求項１又は請求項２に記載の影響度算出装置。
【請求項６】
前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの３つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する前記第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、
前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの３つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する前記第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する
請求項５に記載の影響度算出装置。
【請求項７】
前記第１の安定性情報は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’端の修飾情報に更に基づいて算出され、
前記第２の安定性情報は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’端の修飾情報に更に基づいて算出される
請求項１から請求項６のいずれか一項に記載の影響度算出装置。
【請求項８】
二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得ステップと、
前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得ステップと、
第１のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得ステップと、
第２のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得ステップと、
前記第１塩基情報取得ステップから取得される前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得ステップから取得される前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得ステップから取得される前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得ステップから取得される前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出ステップと
を有する影響度算出方法。
【請求項９】
コンピュータに、
二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得ステップと、
前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得ステップと、
第１のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得ステップと、
第２のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得ステップと、
前記第１塩基情報取得ステップから取得される前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得ステップから取得される前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得ステップから取得される前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得ステップから取得される前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出ステップと
を実行させるための影響度算出プログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、影響度算出装置、影響度算出方法及び影響度算出プログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
従来、特定の遺伝子の発現の抑制に関与する二本鎖ＲＮＡ（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ；リボ核酸）が知られ、該ＲＮＡが関与する現象は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ；アールエヌエーアイ）と呼ばれている（例えば、特許文献１）。マイクロＲＮＡでは、起点となる２本鎖ＲＮＡの１本鎖ＲＮＡのうち、一方の１本鎖ＲＮＡのみがマイクロＲＮＡとして機能することが知られている。このように、ＲＮＡ干渉の起点となる２本鎖ＲＮＡのうちの各一本鎖ＲＮＡ間で、ＲＮＡ干渉の標的抑制効果に偏りが生じることが知られている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００３】
【特許文献１】特開２０１４−１９６３４４号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
ＲＮＡ干渉に関与する二本鎖ＲＮＡのうちの各一本鎖ＲＮＡについて、標的とする特定の核酸に対する影響の度合いを、予測することができないという課題があった。
本発明の課題は、ＲＮＡ干渉に関与する二本鎖ＲＮＡのうちの各一本鎖ＲＮＡの標的とする特定の核酸に対する影響の度合いを、予測することができる影響度算出装置、影響度算出方法及び影響度算出プログラムを提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明の一態様は、二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得部と、前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得部と、第１のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得部と、第２のＲＮＡ鎖の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得部と、前記第１塩基情報取得部が取得する前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得部が取得する前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得部が取得する前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得部が取得する前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出部とを備える影響度算出装置である。
【０００６】
また、本発明の他の態様は、前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する影響度算出装置である。
【０００７】
また、本発明の他の態様は、前記影響度算出部は、前記第１のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉への効果と、前記第２のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、前記影響度に関する値として算出する影響度算出装置である。
【０００８】
また、本発明の他の態様は、前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの２つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの２つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する影響度算出装置である。
【０００９】
また、本発明の他の態様は、前記第１安定性情報取得部は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’末端からの３つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第１の安定性情報を算出する前記第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得し、前記第２安定性情報取得部は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’末端からの３つの塩基のそれぞれの種類に基づいて前記第２の安定性情報を算出する前記第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する影響度算出装置である。
【００１０】
また、本発明の他の態様は、前記第１の安定性情報は、前記第１のＲＮＡ鎖の５’端の修飾情報に更に基づいて算出され、前記第２の安定性情報は、前記第２のＲＮＡ鎖の５’端の修飾情報に更に基づいて算出される影響度算出装置である。
【００１１】
また、本発明の一態様は、二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得ステップと、前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得ステップと、第１のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得ステップと、第２のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得ステップと、前記第１塩基情報取得ステップから取得される前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得ステップから取得される前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得ステップから取得される前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得ステップから取得される前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出ステップとを有する影響度算出方法である。
【００１２】
また、本発明の一態様は、コンピュータに、二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報を取得する第１塩基情報取得ステップと、前記二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報を取得する第２塩基情報取得ステップと、第１のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報を算出する第１安定性情報算出部から、算出された前記第１の安定性情報を取得する第１安定性情報取得ステップと、第２のＲＮＡ鎖の５’端からの少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報を算出する第２安定性情報算出部から、算出された前記第２の安定性情報を取得する第２安定性情報取得ステップと、前記第１塩基情報取得ステップから取得される前記第１の塩基情報と、前記第２塩基情報取得ステップから取得される前記第２の塩基情報と、前記第１安定性情報取得ステップから取得される前記第１の安定性情報と、前記第２安定性情報取得ステップから取得される前記第２の安定性情報とをパラメータにする算出式に基づいて、前記第１のＲＮＡ鎖と前記第２のＲＮＡ鎖とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する影響度算出ステップとを実行させるための影響度算出プログラムである。
【発明の効果】
【００１３】
本発明によれば、ＲＮＡ干渉に関与する二本鎖ＲＮＡのうちの各一本鎖ＲＮＡの標的とする特定の核酸に対する影響の度合いを、予測することができる影響度算出装置、影響度算出方法及び影響度算出プログラムを提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】本実施形態に係る影響度算出装置の構成の一例を示す概略図である。
【図２】二本鎖ＲＮＡの種類及び構成の一例を示す図である。
【図３】第１のＲＮＡ鎖及び第２のＲＮＡ鎖の塩基の一例を示す図である。
【図４】第１のＲＮＡ鎖と、第２のＲＮＡ鎖とに含まれる塩基の配列の一例を示す図である。
【図５】算出部の機能構成の一例を示す図である。
【図６】影響度算出装置の動作の一例を示す流れ図である。
【図７】横軸に算出値、縦軸に実測値をもつ第１のＲＮＡ鎖の濃度と第２のＲＮＡ鎖の濃度との関係を示す図である。
【図８】横軸に算出値、縦軸に実測値をもつ第１のＲＮＡ鎖及び第２のＲＮＡ鎖のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度の関係を示す図である。
【図９】蛋白質Ａｇｏが第１のＲＮＡ鎖が有するリン酸基と結合し、第１のＲＮＡ鎖と第２のＲＮＡ鎖との結合がほどける過程の一例を示した図である。
【図１０】リン酸基を有する第１のＲＮＡ鎖及び第２のＲＮＡ鎖のタイプの違いについて示した図である。
【図１１】タイプ毎の標的抑制効果の違いを示した図である。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
［実施形態］
以下、図面を参照して、本発明に係る影響度算出装置１の実施形態について説明する。
図１は、本実施形態に係る影響度算出装置１の構成の一例を示す概略図である。なお、この実施形態に記載されている構成部品の個数、その相対的な配置等は、特定的な記載が無い限り本発明の範囲をこれに限定する趣旨でなく、単なる説明例にすぎない。
【００１６】
［影響度算出装置１の構成の一例］
影響度算出装置１は、表示部２と、読込装置３と、算出部１０と、安定性情報算出部２０と、塩基情報選択部３０とを備える。
算出部１０は、二本鎖ＲＮＡの塩基情報に基づいて、二本鎖ＲＮＡがＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を算出する。算出部１０は、表示部２に算出した影響度に関する値を表示させる。
表示部２は、算出部１０が算出した影響度に関する値を表示する。
読込装置３には、外部記憶装置１００が接続される。外部記憶装置１００には、二本鎖ＲＮＡの塩基配列の情報を示す二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩが記憶されている。二本鎖ＲＮＡは、複数の塩基から構成されている。影響度算出装置１は、読込装置３を介して外部記憶装置１００から二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩを取得する。なお、影響度算出装置１が二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩを読込装置３を介して外部記憶装置１００から取得することは一例である。二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩは、影響度算出装置１にネットワークを介して接続される他の装置（不図示）から取得してもよい。また、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩは、影響度算出装置１を操作するユーザによって入力されてもよい。
安定性情報算出部２０は、取得した二本鎖ＲＮＡの塩基配列の情報に基づいて、二本鎖ＲＮＡに含まれる第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の熱力学的安定性を算出する。安定性情報算出部２０は、算出した第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の熱力学的安定性をそれぞれ出力する。熱力学的安定性とは、二本鎖ＲＮＡに含まれる第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２との両端のほどけやすさを示す情報である。安定性情報算出部２０とは、例えば、ｍｆｏｌｄ（エムフォールド）である。ｍｆｏｌｄとは、核酸に含まれる塩基間の相互作用によって結合を維持する際の熱力学的安定性に基づいて、核酸の構造を予測するアプリケーションである。
塩基情報選択部３０は、取得した二本鎖ＲＮＡの塩基配列の情報に基づいて、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端の塩基の種類を示す情報を、それぞれ選択する。塩基情報選択部３０は、選択した第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端の塩基の種類を示す情報を、それぞれ出力する。
【００１７】
［二本鎖ＲＮＡ］
次に、図２を参照して、二本鎖ＲＮＡについて説明する。
図２は、二本鎖ＲＮＡの種類及び構成の一例を示す図である。
【００１８】
ここで、二本鎖ＲＮＡとは、ＲＮＡ干渉に関与する二本鎖ＲＮＡである。二本鎖ＲＮＡには、複数種類のＲＮＡが含まれ、ＲＮＡ干渉の作用を有する１本鎖ＲＮＡの前駆体を含む。例えば、複数種類のＲＮＡとは、図２の（ａ）に示すようなＰｒｉ−ｍｉＲＮＡ（プリマイクロアールエヌエー；マイクロＲＮＡ前駆体）や、図２の（ｂ）に示すようなスモールインターフィアリングＲＮＡ（以下、ｓｉＲＮＡと記載することがある）や、図２の（ｃ）に示すようなスモールヘアピンＲＮＡまたはショートヘアピンＲＮＡ（以下、ｓｈＲＮＡと記載することがある）などが挙げられる。なお、以下、マイクロＲＮＡ前駆体も含め、単にｍｉＲＮＡ（マイクロアールエヌエー）と記載することがある。
複数種類のＲＮＡは、それぞれ第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とを備える。具体的には、ｍｉＲＮＡは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１ａと、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２ａとを備える。ｓｉＲＮＡは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１ｂと、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２ｂとからなる。ｓｈＲＮＡは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１ｃと、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２ｃとを備える。
【００１９】
第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１には、第１の５’端塩基（以下、５’−ｎｔ５ｐと記載することがある）と、第１の３’端塩基（以下、３’−ｎｔ５ｐと記載することがある）とが含まれる。
５’−ｎｔ５ｐとは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１を構成する複数の塩基を５’側と３’側を半分から２つに分けたときの５’側の半分の塩基のことであり、５’側の末端から数えて１〜６塩基であってもよく、１〜５塩基であってもよく、１〜４塩基であってもよく、１〜３塩基であってもよく、１〜２塩基であってもよく、１塩基であってもよい。
３’−ｎｔ５ｐとは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１を構成する複数の塩基のうち、５’−ｎｔ５ｐを除く複数の塩基のことであり、５’側と３’側を半分から２つに分けたときの３’側の半分の塩基のことであり、３’側の末端の塩基から数えて１〜６塩基であってもよく、１〜５塩基であってもよく、１〜４塩基であってもよく、１〜３塩基であってもよく、１〜２塩基であってもよく、１塩基であってもよい。
第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２には、第２の５’端塩基（以下、５’−ｎｔ３ｐと記載することがある）と、第２の３’端塩基（以下、３’−ｎｔ３ｐと記載することがある）とが含まれる。
５’−ｎｔ３ｐとは、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２を構成する複数の塩基を５’側と３’側を半分から２つに分けたときの５’側の半分の塩基のことであり、５’側の末端から数えて１〜６塩基であってもよく、１〜５塩基であってもよく、１〜４塩基であってもよく、１〜３塩基であってもよく、１〜２塩基であってもよく、１塩基であってもよい。
３’−ｎｔ３ｐとは、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２を構成する複数の塩基のうち、５’−ｎｔ３ｐを除く複数の塩基のことであり、５’側と３’側を半分から２つに分けたときの３’側の半分の塩基のことであり、３’側の末端の塩基から数えて１〜６塩基であってもよく、１〜５塩基であってもよく、１〜４塩基であってもよく、１〜３塩基であってもよく、１〜２塩基であってもよく、１塩基であってもよい。
【００２０】
［第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２］
次に、図３を参照して、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の一例について説明する。
図３は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の塩基の一例を示す図である。なお、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２を構成する塩基の数はこれに限られない。より具体的には、多くのｓｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡは、２１個から２４個の塩基対によって構成される。
【００２１】
第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１は、複数の塩基から構成されている。具体的には、図３に示すように、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１には、塩基Ｂ５＿１から塩基Ｂ５＿２２までが含まれる。５’−ｎｔ５ｐには、塩基Ｂ５＿１から塩基Ｂ５＿１１（不図示）までが含まれる。３’−ｎｔ５ｐには、塩基Ｂ５＿１２（不図示）から塩基Ｂ５＿２２までが含まれる。第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’末端の塩基とは、塩基Ｂ５＿１である。
第１の安定性情報ＴＳ１は、５’−ｎｔ５ｐに基づいて安定性情報算出部２０から算出される。この一例では、第１の安定性情報ＴＳ１は、５’−ｎｔ５ｐに含まれる塩基に基づいて安定性情報算出部２０から算出される。具体的には、安定性情報算出部２０は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて第１の安定性情報ＴＳ１を算出する。より具体的には、安定性情報算出部２０は、塩基Ｂ５＿１と塩基Ｂ５＿２とに基づいて第１の安定性情報ＴＳ１を算出する。また、安定性情報算出部２０は、塩基Ｂ５＿１と塩基Ｂ５＿２と塩基Ｂ５＿３とに基づいて、第１の安定性情報ＴＳ１を算出してもよい。
【００２２】
第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２は、複数の塩基から構成されている。具体的には、図３に示すように、塩基Ｂ３＿１から塩基Ｂ３＿２２までが含まれる。５’−ｎｔ３ｐには、塩基Ｂ３＿１から塩基Ｂ３＿１１（不図示）までが含まれる。３’−ｎｔ３ｐには、塩基Ｂ３＿１２（不図示）から塩基Ｂ３＿２２までが含まれる。第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’末端の塩基とは、塩基Ｂ３＿１である。
第２の安定性情報ＴＳ２は、５’−ｎｔ３ｐに基づいて安定性情報算出部２０から算出される。この一例では、第２の安定性情報ＴＳ２は、５’−ｎｔ３ｐに含まれる塩基に基づいて安定性情報算出部２０から算出される。具体的には、安定性情報算出部２０は、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’末端からの２又は３の塩基のそれぞれの種類に基づいて第１の安定性情報ＴＳ１を算出する。より具体的には、安定性情報算出部２０は、塩基Ｂ３＿１と塩基Ｂ３＿２とに基づいて第２の安定性情報ＴＳ２を算出する。また、安定性情報算出部２０は、塩基Ｂ３＿１と塩基Ｂ３＿２と塩基Ｂ３＿３とに基づいて、第２の安定性情報ＴＳ２を算出してもよい。
【００２３】
［塩基］
次に、図４を参照して、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とに含まれる塩基について、より具体的に説明する。
図４は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とに含まれる塩基の配列の一例を示す図である。
【００２４】
二本鎖ＲＮＡは、複数の種類の塩基から構成される。具体的には、ＲＮＡを構成する複数の種類の塩基とは、アデニン（以下単に、Ａと記載する）と、ウラシル（以下単に、Ｕと記載する）と、グアニン（以下単に、Ｇと記載する）と、シトシン（以下単に、Ｃと記載する）とである。より具体的には、図４に示すように、二本鎖ＲＮＡＤＳ１及び二本鎖ＲＮＡＤＳ２は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とを備える。二本鎖ＲＮＡＤＳ１の第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１は、塩基配列「ＵＣＧＡ…ＣＧＵＵ」からなる。二本鎖ＲＮＡＤＳ１の第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２は、塩基配列「ＵＵＡＧ…ＡＵＧＣ」からなる。また、二本鎖ＲＮＡＤＳ２の第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１は、塩基配列「ＵＵＡＧ…ＡＵＧＣ」からなる。二本鎖ＲＮＡＤＳ２の第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２は、塩基配列「ＵＵＡＧ…ＡＵＡＣ」からなる。図１に示す外部記憶装置１００には、上述した塩基配列の情報が記憶されている。
【００２５】
［算出部１０の構成の一例］
次に、影響度算出装置１が備える算出部１０の構成の一例について説明する。
図５は、算出部１０の機能構成の一例を示す図である。
【００２６】
影響度算出装置１は、読込装置３を介して外部記憶装置１００から、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩを取得する。なお、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩは、外部記憶装置１００以外の記憶装置（例えば、記憶部１６）に記憶されてもよい。その場合は、安定性情報算出部２０及び塩基情報選択部３０は、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩが記憶されている記憶装置から二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩを取得すればよい。より具体的には、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩは、影響度算出装置１が接続するネットワーク上の別の装置（不図示）に記憶されていてもよい。
算出部１０は、第１安定性情報取得部１１と、第２安定性情報取得部１２と、第１塩基情報取得部１３と、第２塩基情報取得部１４と、影響度算出部１５と、記憶部１６とを備える。また、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩは、ユーザが影響度算出装置１に備えられる入力装置（不図示）を操作することにより入力されてもよい。ｓｉＲＮＡ又はｓｉＲＮＡ発現ベクターが導入される場合のように、二本鎖ＲＮＡの元となる核酸が用いられる場合であっても、二本鎖ＲＮＡの元となる核酸から、対応する二本鎖ＲＮＡ情報であるＤＳ１，ＤＳ２が取得されてもよい。
【００２７】
第１安定性情報取得部１１は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第１の安定性情報ＴＳ１を算出する安定性情報算出部２０（第１安定性情報算出部の一例）から、算出された第１の安定性情報ＴＳ１を取得する。
第２安定性情報取得部１２は、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端から少なくとも１つの塩基の種類に基づいて熱力学的安定性を示す第２の安定性情報ＴＳ２を算出する安定性情報算出部２０（第２安定性情報算出部の一例）から、算出された第２の安定性情報ＴＳ２
を取得する。
安定性情報ＴＳ１は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’端及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の３’端から、少なくとも１つの塩基の種類に基づいて算出してもよい。
安定性情報ＴＳ２は、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端及び第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の３’端から、少なくとも１つの塩基の種類に基づいて算出してもよい。
【００２８】
第１塩基情報取得部１３は、二本鎖ＲＮＡのうちの第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’端の塩基の種類を示す第１の塩基情報Ｂ５iを取得する。第１の塩基情報Ｂ５iは、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩに基づいて塩基情報選択部３０が選択する。第１の塩基情報Ｂ５iとは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’−ｎｔ５ｐ末端の塩基の種類を示す情報である。
第２塩基情報取得部１４は、二本鎖ＲＮＡのうちの第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端の塩基の種類を示す第２の塩基情報Ｂ３ｉを取得する。第２の塩基情報Ｂ３ｉは、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩに基づいて塩基情報選択部３０が選択する。第２の塩基情報Ｂ３ｉとは、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’−ｎｔ３ｐ末端の塩基の種類を示す情報である。
【００２９】
影響度算出部１５は、第１塩基情報取得部１３が取得する第１の塩基情報Ｂ５iと、第２塩基情報取得部１４が取得する第２の塩基情報Ｂ３ｉと、第１安定性情報取得部１１が取得する第１の安定性情報ＴＳ１と、第２安定性情報取得部１２が取得する第２の安定性情報ＴＳ２とをパラメータにする算出式Ｐに基づいて、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値Ｒを算出する。算出式Ｐは、記憶部１６に記憶される。算出式Ｐには、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する式と、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する式とが含まれる。影響度算出部１５は、表示部２に算出した影響度に関する値Ｒを表示させる。なお、影響度算出部１５は、算出した影響度に関する値Ｒを、記憶部１６又は外部記憶装置１００などの記憶装置に記憶させてもよい。
【００３０】
［影響度算出装置１の動作の一例］
次に、図６を参照して、影響度算出装置１の動作の一例について説明する。
図６は、影響度算出装置１の動作の一例を示す流れ図である。
【００３１】
第１塩基情報取得部１３は、塩基情報選択部３０から第１の塩基情報Ｂ５iを取得する（ステップＳ１１０）。第２塩基情報取得部１４は、塩基情報選択部３０から第２の塩基情報Ｂ３ｉを取得する（ステップＳ１２０）。第１安定性情報取得部１１は、安定性情報算出部２０から第１の安定性情報ＴＳ１を取得する（ステップＳ１３０）。第２安定性情報取得部１２は、安定性情報算出部２０から第２の安定性情報ＴＳ２を取得する（ステップＳ１４０）。算出部１０は、第１塩基情報取得部１３から第１の塩基情報Ｂ５iを取得する。算出部１０は、第２塩基情報取得部１４から第２の塩基情報Ｂ３ｉを取得する。算出部１０は、第１安定性情報取得部１１から第１の安定性情報ＴＳ１を取得する。算出部１０は、第２安定性情報取得部１２から第２の安定性情報ＴＳ２を取得する。算出部１０は、記憶部１６から算出式Ｐを取得する。また、算出部１０は、算出する影響度と対応するパラメータを記憶部１６から取得する（ステップＳ１５０）。算出部１０は、取得した算出式Ｐと、パラメータとに基づいて、影響度に関する値Ｒを算出する（ステップＳ１６０）。算出部１０は、算出した影響度に関する値Ｒを表示部２に対して出力する。表示部２は、影響度に関する値Ｒを表示する（ステップＳ１７０）。なお、ステップＳ１１０からステップＳ１５０までの処理の順番はこれに限られず、入れ替わってもよい。
【００３２】
［ＲＮＡ干渉への効果の関係を示す値を算出する具体例］
次に、影響度算出部１５が第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する場合の算出式である式（１）について説明する。影響度算出部１５は、式（１）と、パラメータとを記憶部１６から取得する。ここでパラメータとは、式（１）に含まれる第１の塩基情報Ｂ５ｉと対応するＮ１ｉの値、第２の塩基情報Ｂ３ｉと対応するＮ１ｉｉ及びｋである。影響度算出部１５は、式（１）を演算することにより、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する。ここで、式（１）によって算出される値が大きいほど、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の方が、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２よりも、ＲＮＡ干渉の標的に対する影響度が強いことを示している。
【００３３】
【数１】
2016224952.tif 000003
【００３４】
式（１）に含まれるＥ５とは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の生体内で機能する濃度である。式（１）に含まれるＥ３とは、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の生体内で機能する濃度である。式（１）によって算出される値は、Ｅ５をＥ３によって除算し、除算した値の自然対数値である。
式（１）に含まれるΔＧｉとは、第１安定性情報取得部１１が取得する第１の安定性情報ＴＳ１のことである。式（１）に含まれるΔＧｉｉとは、第２安定性情報取得部１２が取得する第２の安定性情報ＴＳ２のことである。ここで、ΔＧｉは、５’−ｎｔ５ｐ末端から２つの塩基の塩基情報に基づいて算出された第１の安定性情報ＴＳ１の方が、５’−ｎｔ５ｐ末端から１又は３以上の塩基情報に基づいて算出された第１の安定性情報ＴＳ１よりも、精度のよい影響度に関する値Ｒを算出できる。また、ΔＧｉｉは、５’−ｎｔ３ｐ末端から２つの塩基の塩基情報に基づいて算出された第２の安定性情報ＴＳ２の方が、５’−ｎｔ３ｐ末端から１又は３以上の塩基情報に基づいて算出された第２の安定性情報ＴＳ２よりも、精度のよい影響度に関する値Ｒを算出できる。
【００３５】
式（１）に含まれるＮ１ｉとは、第１の塩基情報Ｂ５ｉに応じた値である。式（１）に含まれるＮ１ｉｉとは、第２の塩基情報Ｂ３ｉに応じた値である。具体的には、第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ａ”の場合、Ｎ１ｉ又はＮ１ｉｉは”１．０５６７４”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｕ”の場合、Ｎ１ｉ又はＮ１ｉｉは”２．６３９６３”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｇ”の場合、Ｎ１ｉ又はＮ１ｉｉは”０．３７８２５”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｃ”の場合、Ｎ１ｉ又はＮ１ｉｉは”０”である。
式（１）に含まれるｋは”０．６６００５”である。
なお、上述した式（１）に含まれる各パラメータの値はこれに限られない。上述した各パラメータ間の数値の相対的な大きさが同様であればよい。式（１）において、Ｎ１ｉ又はＮ１ｉｉの数値の相対的な大きさの一例としては、塩基が”Ｕ”の場合のＮ１ｉ又はＮ１ｉｉをＮ（Ｕ）と表し、塩基が”Ａ”の場合のＮ１ｉ又はＮ１ｉｉをＮ（Ａ）と表し、塩基が”Ｇ”の場合のＮ１ｉ又はＮ１ｉｉをＮ（Ｇ）と表し、塩基が”Ｃ”の場合のＮ１ｉ又はＮ１ｉｉをＮ（Ｃ）と表したとき、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ａ）、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ｇ）及びＮ（Ｕ）＞Ｎ（Ｃ）を満たす関係や、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ａ）＞Ｎ（Ｇ）＞Ｎ（Ｃ）を満たす関係が挙げられる。
【００３６】
次に、図７を参照して、式（１）が算出した影響度に関する値Ｒと、実験によって測定された実測値である第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の濃度と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の濃度との関係を示す値について説明する。
図７は、横軸に算出値、縦軸に実測値をもつ第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す図である。
図７の線Ｌ１に示すように算出値と、実測値とに関係性があることがわかる。なお、図７に示す実測値は、生体内に存在するｍｉＲＮＡの、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の存在量と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の存在量との関係を示している。具体的には、マウスの細胞及び組織のデータによって実測値を測定した。第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係は、ヒトの細胞及び組織のデータと、マウスの細胞及び組織のデータとでは、差がほぼ無いことが知られている。
【００３７】
［標的抑制効果を算出する具体例］
次に、影響度算出部１５が第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する場合の算出式である式（２）について説明する。
【００３８】
【数２】
2016224952.tif 000004
【００３９】
式（２）に含まれるＺは、式（３）によって示される。
【００４０】
【数３】
2016224952.tif 000005
【００４１】
式（３）に含まれるＸｉは、式（４）によって示される。
【００４２】
【数４】
2016224952.tif 000006
【００４３】
また、式（３）に含まれるＸｉｉは、式（５）によって示される。
【００４４】
【数５】
2016224952.tif 000007
【００４５】
影響度算出部１５は、式（２）と、パラメータとを記憶部１６から取得する。ここでパラメータとは、式（２）に含まれるα及びβと、式（３）及び後述する式（６）に含まれるＷと、式（４）に含まれる第１の塩基情報Ｂ５ｉと対応するＮ２ｉの値、式（５）に含まれる第２の塩基情報Ｂ３ｉと対応するＮ２ｉｉ及びｈである。影響度算出部１５は、式（２）を演算することにより、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出する。ここで、式（３）によって算出される値Ｚは、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の生体内で機能する相対的な濃度である。また、式（２）からは第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１による標的抑制効果を算出できる。式（２）から算出される標的抑制効果が５から１０以上の値の場合、より標的に対する遺伝子の抑制効果が高いことを示している。例えば、標的抑制効果が”１”の二本鎖ＲＮＡの場合、標的は０％の抑制を示し、標的抑制効果が”１０”の二本鎖ＲＮＡの場合、標的は９０％の抑制を示し、標的抑制効果が”１”の場合と比較して、標的抑制効果が”１０”の二本鎖ＲＮＡの方が１０倍の抑制効果を示すことになる。
【００４６】
また、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２を入れ替えることにより、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度を示す値が算出できる。具体的には、影響度算出部１５は、算出式Ｐとして式（６）から値Ｚ’を算出し、式（２）に含まれる値Ｚに、式（６）から算出されるＺ’を代入すればよい。
【００４７】
【数６】
2016224952.tif 000008
【００４８】
式（６）に含まれるＸｉは、式（４）によって示される。また、式（６）に含まれるＸｉｉは、式（５）によって示される。
式（６）によって算出される値Ｚ’は、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の生体内で機能する相対的な濃度である。また、この場合、式（２）からは第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２による標的抑制効果が算出される。算出部１０は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１による標的抑制効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２による標的抑制効果とを比較することにより、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果とを比較し、ＲＮＡ干渉における二本鎖ＲＮＡの特異性を評価することができる。
【００４９】
式（４）に含まれるΔＧｉとは、第１安定性情報取得部１１が取得する第１の安定性情報ＴＳ１のことである。式（５）に含まれるΔＧｉｉとは、第２安定性情報取得部１２が取得する第２の安定性情報ＴＳ２のことである。ここで、ΔＧｉは、５’−ｎｔ５ｐ末端から３つの塩基の塩基情報に基づいて算出された第１の安定性情報ＴＳ１の方が、５’−ｎｔ５ｐ末端から１、２及び４以上の塩基情報に基づいて算出された第１の安定性情報ＴＳ１よりも、精度のよい影響度に関する値Ｒを算出できる。また、ΔＧｉｉは、５’−ｎｔ３ｐ末端から３つの塩基の塩基情報に基づいて算出された第２の安定性情報ＴＳ２の方が、５’−ｎｔ３ｐ末端から１、２及び４以上の塩基情報に基づいて算出された第２の安定性情報ＴＳ２よりも、精度のよい影響度に関する値Ｒを算出できる。
【００５０】
式（４）に含まれるＮ２ｉとは、第１の塩基情報Ｂ５ｉに応じた値である。式（５）に含まれるＮ２ｉｉとは、第２の塩基情報Ｂ３ｉに応じた値である。具体的には、第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ａ”の場合、Ｎ２ｉ又はＮ２ｉｉは”２．５６６７”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｕ”の場合、Ｎ２ｉ又はＮ２ｉｉは”５．６０５５”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｇ”の場合、Ｎ２ｉ又はＮ２ｉｉは”２．４５６７”である。第１の塩基情報Ｂ５ｉ又は第２の塩基情報Ｂ３ｉが示す塩基が”Ｃ”の場合、Ｎ２ｉ又はＮ２ｉｉは”２．３６７１”である。
式（４）及び式（５）に含まれるｈは”０．７６３５”である。式（３）及び式（６）に含まれるＷは”２．５８９２”である。式（２）に含まれるαは”０．１１３”である。式（２）に含まれるβは”１３．２１９５”である。
なお、上述した式（２）から式（５）までに含まれる各パラメータの値はこれに限られない。上述した各パラメータ間の数値の相対的な大きさが同様であればよい。式（２）から式（５）までにおいて、Ｎ２ｉ又はＮ２ｉｉ数値の相対的な大きさの一例としては、塩基が”Ｕ”の場合のＮ２ｉ又はＮ２ｉｉをＮ（Ｕ）と表し、塩基が”Ａ”の場合のＮ２ｉ又はＮ２ｉｉをＮ（Ａ）と表し、塩基が”Ｇ”の場合のＮ２ｉ又はＮ２ｉｉをＮ（Ｇ）と表し、塩基が”Ｃ”の場合のＮ２ｉ又はＮ２ｉｉをＮ（Ｃ）と表したとき、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ａ）、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ｇ）及びＮ（Ｕ）＞Ｎ（Ｃ）を満たす関係や、Ｎ（Ｕ）＞Ｎ（Ａ）＞Ｎ（Ｇ）＞Ｎ（Ｃ）を満たす関係が挙げられる。
【００５１】
次に、図８を参照して、式（２）が算出した影響度に関する値Ｒと、実験によって測定された実測値である第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度との関係を示す値とについて説明する。
図８は、横軸に算出値、縦軸に実測値をもつ第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度の関係を示す図である。
図８の線Ｌ２に示すように算出値と、実測値とに関係性があることがわかる。なお、図８に示す実測値は、ヒト細胞株での図２の（ａ）に示すｍｉＲＮＡ発現ベクター、又はｍｉＲＮＡタイプのｓｈＲＮＡベクターを用い、標的として各ＲＮＡ鎖と完全相補の標的サイトを、ルシフェラーゼ遺伝子の３’ＵＴＲ（３’ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ  ｒｅｇｉｏｎ；３’非翻訳領域）に１コピーを含むルシフェラーゼベクターを用いることにより測定した。ここで、完全相補の標的サイトを１コピーだけ使用しているため、ｓｉＲＮＡタイプの標的抑制効果を検出している。
【００５２】
［熱力学的安定性の検出］
次に、図９から図１１を参照して、熱力学的安定性が生体内においてどのように検出されているかについて説明する。
図９は、蛋白質Ａｇｏ（Ａｒｇｏｎａｕｔｅ；以下、単にＡＧＯと記載する）が第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１（以下、単にＡＣと記載する）が有するリン酸基Ｐと結合し、Ａと第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２（以下、単にＢＣと記載する）との結合がほどける過程の一例を示した図である。
図９の（ａ）に示すように、ＡＣとＢＣとは、塩基間の相互作用によって結合している。塩基間の相互作用は、二本鎖ＲＮＡの内側（塩基側）で起きている。また、ＡＣはリン酸基Ｐを有している。リン酸基Ｐは、ＡＣ及びＢＣの５’端に付けられる。また、リン酸基Ｐは、二本鎖ＲＮＡの外側に付けられる。この一例では、リン酸基Ｐは、ＡＣの５’端かつ二本鎖ＲＮＡの外側に付けられている。図９の（ｂ）に示すようにＡＧＯは、ＡＣが有するリン酸基Ｐと結合する。図９の（ｃ）に示すように、ＡＧＯと結合したリン酸基Ｐを有するＡＣはＢＣとの結合が解かれ、ＡＧＯに取り込まれる。ＡＧＯに取り込まれたＡＣは、ＲＮＡ干渉の標的に対して影響及ぼす。
【００５３】
次に、図１０及び図１１を参照して、リン酸基Ｐの有無による影響度の違いについて説明する。図１０及び図１１に示す二本鎖ＲＮＡは、同一の塩基構造を持つＲＮＡであって、ＡＣ及びＢＣの５’端にリン酸基Ｐを持つか持たないかの違いしかない。
図１０は、リン酸基Ｐを有する第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のタイプの違いについて示した図である。
図１１は、タイプ毎の標的抑制効果の違いを示した図である。
【００５４】
図１０の（タイプ１）に示す二本鎖ＲＮＡは、ＡＣ、ＢＣ共にリン酸基Ｐを有している。図１０の（タイプ２）に示す二本鎖ＲＮＡは、ＡＣのみがリン酸基Ｐを有している。図１０の（タイプ３）に示す二本鎖ＲＮＡは、ＢＣのみがリン酸基Ｐを有している。
図１１に示すように、ＡＣ及びＢＣ共にリン酸基Ｐを有しているタイプ１の場合は、当該二本鎖ＲＮＡはＡＣの方がＢＣと比較して高い標的抑制効果を示している。これは、元々ＡＣの方が、ＢＣと比較して高い標的抑制効果を示すことを表している。
次に、ＡＣのみがリン酸基Ｐを有し、ＢＣはリン酸基Ｐを有していないタイプ２の場合について説明する。タイプ２の場合は、タイプ１の場合と比較して、ＡＣの標的抑制効果がより高く、ＢＣの標的抑制効果がより低くなっている。
次に、ＢＣのみがリン酸基Ｐを有し、ＡＣはリン酸基Ｐを有していないタイプ３の場合について説明する。タイプ３の場合は、タイプ１の場合と比較して、ＡＣの標的抑制効果がかなり抑えられ、ＢＣの標的抑制効果はより高い抑制効果を示している。
【００５５】
以上の事から、ＡＧＯは、二本鎖ＲＮＡの結合を維持する塩基間の相互作用を検出することによりＡＣ又はＢＣを取り込むわけではないことがわかる。言い換えると、ＡＧＯとリン酸基Ｐ間の力と、塩基間の力の相対的な強さによって、二本鎖ＲＮＡの二重らせんが解けるか解けないかが決まる。つまり、ＡＣ及びＢＣの５’端の修飾を不均衡化することによって、５’−ｎｔ５ｐと、５’−ｎｔ３ｐとの熱力学的安定性の差を調節することができる。熱力学的安定性の差を調節することにより、ＡＣ又はＢＣが標的に対する抑制効果の程度を調節することができる。
【００５６】
第１の安定性情報ＴＳａ１は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１の５’端の修飾情報に更に基づいて算出され、第２の安定性情報ＴＳａ２は、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２の５’端の修飾情報に更に基づいて算出される。修飾情報とは、リン酸基Ｐなどの、二本鎖ＲＮＡの熱力学的安定性を変化させる情報のことである。影響度算出部１５は、第１塩基情報取得部１３が取得する第１の塩基情報Ｂ５ｉと、第２塩基情報取得部１４が取得する第２の塩基情報Ｂ３ｉと、第１安定性情報取得部１１が取得する第１の安定性情報ＴＳａ１と、第２安定性情報取得部１２が取得する第２の安定性情報ＴＳａ２とをパラメータにする算出式Ｐに基づいて、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値Ｒを算出してもよい。
【００５７】
以上説明したように、影響度算出装置１は、算出部１０と、安定性情報算出部２０と、塩基情報選択部３０とを備える。算出部１０は、第１安定性情報取得部１１と、第２安定性情報取得部１２と、第１塩基情報取得部１３と、第２塩基情報取得部１４と、影響度算出部１５と、記憶部１６とを備える。第１安定性情報取得部１１は、安定性情報算出部２０から第１の安定性情報ＴＳ１を取得する。第２安定性情報取得部１２は、安定性情報算出部２０から第２の安定性情報ＴＳ２を取得する。第１塩基情報取得部１３は、塩基情報選択部３０から第１の塩基情報Ｂ５ｉを取得する。第２塩基情報取得部１４は、第２の塩基情報Ｂ３ｉを取得する。影響度算出部１５は、記憶部１６から算出式Ｐを取得する。影響度算出部１５は、算出式Ｐ、第１の塩基情報Ｂ５ｉ及び第２の塩基情報Ｂ３ｉに対応するパラメータを取得する。これにより、影響度算出部１５は、第１塩基情報取得部１３が取得する第１の塩基情報Ｂ５ｉと、第２塩基情報取得部１４が取得する第２の塩基情報Ｂ３ｉと、第１安定性情報取得部１１が取得する第１の安定性情報ＴＳ１と、第２安定性情報取得部１２が取得する第２の安定性情報ＴＳ２とをパラメータにする算出式Ｐに基づいて、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値Ｒを算出することができる。つまり、影響度算出部１５は二本鎖ＲＮＡが標的とする特定の遺伝子の発現に対する影響の度合いを予測することができる。
【００５８】
影響度算出装置１は、算出式Ｐのうち式（１）から、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と、第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出することができる。これにより、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１のＲＮＡ干渉への効果と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉への効果とを比較することができる。なお、式（１）に適用する第１の安定性情報ＴＳ１及び第２の安定性情報ＴＳ２は、共に５’塩基末端から２つの塩基のそれぞれの種類に基づいて算出された値の方が、その他の個数の塩基のそれぞれの種類に基づいて算出された値よりも、より実測値に近い算出値を示す。
【００５９】
影響度算出装置１は、算出式Ｐのうち式（２）から、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１及び第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２のＲＮＡ干渉の標的に対する影響度との関係を示す値を、影響度に関する値Ｒとして算出することができる。これにより、二本鎖ＲＮＡがＲＮＡ干渉の標的に対する影響度である標的抑制効果を定量的に算出することができる。なお、式（２）から算出される標的抑制効果は、特に、ｓｉＲＮＡや、ｓｈＲＮＡなどの完全相補の標的に対して、より精度のよい値を示す。また、式（２）から式（５）までに適用する第１の安定性情報ＴＳ１及び第２の安定性情報ＴＳ２は、共に５’塩基末端から３つの塩基のそれぞれの種類に基づいて算出された値の方が、その他の個数の塩基のそれぞれの種類に基づいて算出された値よりも、より実測値に近い算出値を示す。つまり、影響度算出部１５は、二本鎖ＲＮＡの種類及び予測したい内容に応じたパラメータを用いて影響度に関する値Ｒを算出できる。これにより、影響度算出部１５は、第１のＲＮＡ鎖ＡＲＭ１と第２のＲＮＡ鎖ＡＲＭ２とのＲＮＡ干渉の標的に対する影響度に関する値を、精度よく算出できる。
【００６０】
また、影響度算出装置１は、第１の安定性情報ＴＳ１と、第２の安定性情報ＴＳ２とがＲＮＡ干渉に与える標的抑制効果を算出することができるため、実際に実験を行うことなくＲＮＡ干渉の効果を予測することができる。
【００６１】
なお、安定性情報算出部２０は、影響度算出装置１が備える必要は無い。この場合、別の装置（不図示）が備える安定性情報算出部２０が算出する第１の安定性情報ＴＳ１及び第２の安定性情報ＴＳ２を、第１安定性情報取得部１１及び第２安定性情報取得部１２が取得すればよい。また、第１の安定性情報ＴＳ１及び第２の安定性情報ＴＳ２は、影響度算出装置１を操作するユーザによって入力されてもよい。第１の安定性情報ＴＳ１及び第２の安定性情報ＴＳ２は、二本鎖ＲＮＡ情報ＤＳＩと共に外部記憶装置１００などに記憶されていてもよい。
【００６２】
以上、本発明の実施形態を、図面を参照して詳述してきたが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲で適宜変更を加えることができる。
【００６３】
なお、以上に説明した影響度算出装置１における任意の構成部の機能を実現するためのプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体（記憶媒体）に記録（記憶）し、そのプログラムをコンピュータシステムに読み込ませて実行するようにしてもよい。なお、ここでいう「コンピュータシステム」とは、オペレーティングシステム（ＯＳ：Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）あるいは周辺機器等のハードウェアを含むものとする。また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ  Ｏｎｌｙ  Ｍｅｍｏｒｙ）、ＣＤ（Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｄｉｓｃ）−ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークあるいは電話回線等の通信回線を介してプログラムが送信された場合のサーバーやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発性メモリー（ＲＡＭ：Ｒａｎｄｏｍ  Ａｃｃｅｓｓ  Ｍｅｍｏｒｙ）のように、一定時間プログラムを保持しているものも含むものとする。
【００６４】
また、上記のプログラムは、このプログラムを記憶装置等に格納したコンピュータシステムから、伝送媒体を介して、あるいは、伝送媒体中の伝送波により他のコンピュータシステムに伝送されてもよい。ここで、プログラムを伝送する「伝送媒体」は、インターネット等のネットワーク（通信網）あるいは電話回線等の通信回線（通信線）のように情報を伝送する機能を有する媒体のことをいう。
また、上記のプログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであってもよい。さらに、上記のプログラムは、前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル（差分プログラム）であってもよい。
【符号の説明】
【００６５】
１…影響度算出装置、２…表示部、３…読込装置、１０…算出部、１１…第１安定性情報取得部、１２…第２安定性情報取得部、１３…第１塩基情報取得部、１４…第２塩基情報取得部、１５…影響度算出部、１６…記憶部、２０…安定性情報算出部（第１安定性情報算出部、第２安定性情報算出部の一例）、３０…塩基情報選択部、１００…外部記憶装置、ＡＲＭ１…第１のＲＮＡ鎖、ＡＲＭ２…第２のＲＮＡ鎖、ＴＳ１，ＴＳａ１…第１の安定性情報、ＴＳ２，ＴＳａ２…第２の安定性情報、Ｂ５ｉ…第１の塩基情報、Ｂ３ｉ…第２の塩基情報、Ｐ…算出式
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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