(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系及び第２の系の複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、第１の系及び第２の系のダイマープローブを形成させた後、各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項２】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系及び第２の系の複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、第１の系及び第２の系のダイマープローブを形成させた後、各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項３】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第３の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項４】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第４の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項５】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１番目の系から第ｎ番目の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項６】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第３の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項７】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第４の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項８】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１番目の系から第ｎ番目の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする自己集合体の作製方法。
【請求項９】
前記ダイマー形成用プローブの３つの領域の端部全てに、少なくとも１つのＧ（グアニン）またはＣ（シトシン）を配置させ、ダイマー形成用プローブがハイブリダイズした際に少なくとも１つのＧ−Ｃ結合を領域の端部に形成させることにより、安定した２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする請求項１〜８のいずれか１項記載の方法。
【請求項１０】
前記ダイマー形成用プローブが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはＬＮＡのいずれかから選ばれる核酸から構成されることを特徴とする請求項１〜９のいずれか１項記載の方法。
【請求項１１】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系及び第２の系の一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１及び第２の系のダイマープローブのセット。
【請求項１２】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系及び第２の系の一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１及び第２の系のダイマープローブのセット。
【請求項１３】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第３の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第３の系のダイマープローブのセット。
【請求項１４】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第４の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第４の系のダイマープローブのセット。
【請求項１５】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１番目の系から第ｎ番目の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１番目の系から第ｎ番目の系のダイマープローブのセット。
【請求項１６】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第３の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第３の系のダイマープローブのセット。
【請求項１７】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第４の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第４の系のダイマープローブのセット。
【請求項１８】
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１番目の系から第ｎ番目の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１番目の系から第ｎ番目の系のダイマープローブのセット。
【請求項１９】
前記ダイマー形成用プローブの３つの領域の端部全てに、少なくとも１つのＧ（グアニン）またはＣ（シトシン）を配置させることを特徴とする請求項１１〜１８のいずれか１項記載のダイマープローブのセット。
【請求項２０】
前記ダイマー形成用プローブが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはＬＮＡのいずれかから選ばれる核酸から構成されることを特徴とする請求項１１〜１９のいずれか１項記載のダイマープローブのセット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一対のオリゴヌクレオチドからなる複数のダイマー形成用プローブを用いて形成されるダイマープローブ、そのダイマープローブによる自己集合体の作製方法、形成された自己集合体、及び形成させた自己集合体の検出方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
互いに相補的な部分がｎ（ｎ≧３）カ所の数から構成される一対のプローブ（以下、HoneyComb Probe：ＨＣＰと称することがある。）の複数対を用いて、互い違いに交差するようにハイブリダイゼーションさせることにより、２本鎖の自己集合体を形成させるプローブ自己集合体の作製方法（特許文献１〜３、以下、ＰＡＬＳＡＲ（Probe alternation link self-assembly reaction）法と称する。）では、一対のオリゴヌクレオチド・プローブだけで互い違いに交差するようにハイブリダイゼーションさせて、２本鎖の自己集合体形成によりターゲット遺伝子を検出したが、使用するオリゴヌクレオチド・プローブが２本しかないために、ターゲット遺伝子を検出するために利用するオリゴヌクレオチド・プローブの領域、及び蛍光色素や酵素、又は抗体を標識する領域に限界があった。
また、２本のオリゴヌクレオチド・プローブが互い違いに反応することから、それぞれの領域が競合することになり、自己集合体の形成に多少の反応時間が必要であった。
ＰＡＬＳＡＲ法で使用する一対のオリゴヌクレオチド・プローブでは、一対のオリゴヌクレオチド・プローブだけで互い違いに交差するようにハイブリダイゼーションさせ、２本鎖の自己集合体を形成させていた。
【特許文献１】USP6,261,846
【特許文献２】特開2000-201687号
【特許文献３】特願2000-98797号
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
本発明では、一対のオリゴヌクレオチド・プローブだけでなく、それぞれのオリゴヌクレオチド・プローブをあらかじめ複数のダイマープローブとして作製しておき、その種類を増やすことにより、今までよりもさらに自己集合体形成の反応時間を短縮することを可能にし、且つ、ターゲット遺伝子を検出するために利用できるオリゴヌクレオチド・プローブの領域を増やし、蛍光色素や酵素、又は抗体を標識する領域の増加を可能にした新しいプローブ自己集合体作製方法及びその自己集合体作製方法によって形成された自己集合体の検出方法を提供することを目的とする。
近年の遺伝子診断技術では、目的の遺伝子を検出するためにＥＩＡと呼ばれるエンザイム・イムノ・アッセイや蛍光標識法に代表される様々な手法が用いられているが、いずれの方法においても高価な酵素や抗体、及び蛍光標識物質と煩雑な操作を必要としていた。
【課題を解決するための手段】
【０００４】
上記課題を解決するために、本発明の自己集合体の作製方法の第一の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系及び第２の系の複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、第１の系及び第２の系のダイマープローブを形成させた後、各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【０００５】
本発明の自己集合体の作製方法の第二の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系及び第２の系の複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、第１の系及び第２の系のダイマープローブを形成させた後、各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【０００６】
本発明の自己集合体の作製方法の第三の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第３の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【０００７】
本発明の自己集合体の作製方法の第四の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第４の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【０００８】
本発明の自己集合体の第五の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１番目の系から第ｎ番目の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【０００９】
本発明の自己集合体の作製方法の第六の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第３の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【００１０】
本発明の自己集合体の第七の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１の系から第４の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【００１１】
本発明の自己集合体の第八の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
あらかじめ前記第１番目の系から第ｎ番目の系までの複数対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせて、各系のダイマープローブを形成させた後、前記各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、２本鎖の自己集合体を形成させることを特徴とする。
【００１２】
上記ダイマー形成用プローブの３つの領域の端部全てに、少なくとも１つのＧ（グアニン）またはＣ（シトシン）を配置させ、ダイマー形成用プローブがハイブリダイズした際に少なくとも１つのＧ−Ｃ結合を領域の端部に形成させることにより、安定した２本鎖の自己集合体を形成させることが可能となる。
【００１３】
上記ダイマー形成用プローブを構成する核酸は、通常ＤＮＡ又はＲＮＡで構成されるが、核酸類似体でも構わない。核酸類似体として、たとえば、ペプチド核酸（ＰＮＡ、WO 92/20702）やLocked Nucleic Acid（ＬＮＡ、Koshkin AA et al. Tetrahedron 1998.54,3607-3630., Koshkin AA et al. J. Am. Chem. Soc. 1998.120,13252-13253., Wahlestedt C et al. PNAS. 2000.97,5633-5638.）が挙げられる。また、一対のダイマー形成用プローブは、通常、同じ種類の核酸で構成されるが、たとえばＤＮＡプローブとＲＮＡプローブが一対になっても差し支えない。即ち、プローブの核酸の種類はＤＮＡ、ＲＮＡまたは核酸類似体（たとえばＰＮＡやＬＮＡ等）から選択することができる。又、一つのプローブ内での核酸組成は一種類、たとえばＤＮＡのみから構成される必要はなく、必要に応じて、たとえば、ＤＮＡとＲＮＡから構成されるプローブ（キメラプローブ）を使用することも可能であり、本発明に含まれる。
【００１４】
本発明の自己集合体は、上記自己集合体の作製方法によって形成されるものである。本発明の自己集合体作製方法で形成される自己集合体は、その塩基の積み重ねが規則的な高次構造をとることから、２６０ｎｍにおける紫外部の吸収帯の強度が減じる「ハイポクロミズム」という淡色効果を発現させて自己集合体の状態を確認することが可能である。さらには、自己集合体の塩基の積み重ねの間に安価な蛍光物質を挿入させて、その蛍光強度の変化から自己集合体の状態を確認できるために、今までになく低コストでしかも簡便に遺伝子を検出することができる経済効果に優れた技術である。
【００１５】
本発明の自己集合体の検出方法の第一の態様は、上記自己集合体の作製方法で形成した自己集合体の紫外線に対する光化学的な吸収の変化を利用して上記自己集合体の存在を検出することを特徴とする。
【００１６】
本発明の自己集合体の検出方法の第二の態様は、上記自己集合体の作製方法で形成した自己集合体の塩基対に対して、核酸と結合する性質を持った蛍光物質を加え、その蛍光物質の光化学的な変化により前記自己集合体の存在を検出することを特徴とする。
【００１７】
本発明のダイマープローブの第一の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系及び第２の系の一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１及び第２の系のダイマープローブのセットである。
【００１８】
本発明のダイマープローブの第二の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む第１の系及び第２の系を形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系及び第２の系の一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１及び第２の系のダイマープローブのセットである。
【００１９】
本発明のダイマープローブの第三の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第３の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第３の系のダイマープローブのセットである。
【００２０】
本発明のダイマープローブの第四の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第４の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第４の系のダイマープローブのセットである。
【００２１】
本発明のダイマープローブの第五の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１番目の系から第ｎ番目の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１番目の系から第ｎ番目の系のダイマープローブのセットである。
【００２２】
本発明のダイマープローブの第六の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第３の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第３の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第３の系のダイマープローブのセットである。
【００２３】
本発明のダイマープローブの第七の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１の系から第４の系まで形成し、
（ａ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｂ）第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｃ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｄ）第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｅ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｆ）第３の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第４の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
（ｇ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域、
（ｈ）第４の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
をそれぞれ互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１の系から第４の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１の系から第４の系のダイマープローブのセットである。
【００２４】
本発明のダイマープローブの第八の態様は、Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各一対のオリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、各一対のオリゴヌクレオチドのそれぞれの３’側領域及び５’側領域を全て互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは４以上の整数）の系まで順番に複数個形成し、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第２の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第２の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第３の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
以下同様に順次作成し、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域を互いに相補的な塩基配列とし、
最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域を互いに相補的な塩基配列とした構造を有する第１番目の系から第ｎ番目の系まで形成される一対のダイマー形成用プローブをそれぞれハイブリダイゼーションさせることにより形成される第１番目の系から第ｎ番目の系のダイマープローブのセットである。
【００２５】
上記ダイマー形成用プローブの３つの領域の端部全てに、少なくとも１つのＧ（グアニン）またはＣ（シトシン）を配置させることが好ましい。
上記ダイマー形成用プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはＬＮＡのいずれかから選ばれる核酸から構成されるものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２６】
以下に本発明の実施の形態を添付図面に基づいて説明するが、これらの実施の形態は例示的に示されるもので、本発明の技術の技術思想から逸脱しない限り種種の変形が可能なことはいうまでもない。
【００２７】
本発明は、一対のダイマー形成用プローブを複数組使用し、両者を等温で酵素不在の条件下で反応させることにより自己集合体を形成させるものである。使用するダイマー形成用プローブの本数は、特に限定されないが、１０2〜１０15本の範囲で用いられる。反応緩衝液の組成、濃度は特に限定されず、核酸増幅に常用される通常の緩衝液が好適に使用できる。ｐＨも常用の範囲で好適であり、好ましくはｐＨ７．０〜ｐＨ９．０の範囲のものが使用できる。反応温度は４０〜９０℃、好ましくは５５〜６５℃である。これら条件は特に限定されない。
【００２８】
本発明の構成をさらに具体的な例でいえば、一本のダイマー形成用プローブの各領域の長さ（塩基の数）は、同一であっても異なってもよい。
また、ダイマー形成用プローブの各領域の長さは、塩基数にして、少なくとも５塩基であり、好ましくは少なくとも８塩基、さらに好ましくは１０塩基〜１００塩基、さらに好ましくは１５〜３０塩基である。
【００２９】
以下に本発明に係るダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の例を述べる。
１．２組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第一の例。
図１（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）も上記のように構成される（図１（ｂ））。
【００３０】
第１のダイマープローブ（α）と第２のダイマープローブ（β）は、図１及び図２（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図２（ｂ））。
【００３１】
２．２組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第二の例。
２組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第二の例として、図３（ｂ）に示したように、第２の系のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドとＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおいて、３’側領域もしくは５’側領域の入れ替えが可能である。
【００３２】
第１の系のダイマープローブ（α）と第２の系のダイマープローブ（β’）は、図４（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、β’のＮｏ．３−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、β’のＮｏ．３−オリゴヌクレオチドの５’側領域、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、β’のＮｏ．４−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、β’のＮｏ．４−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図４（ｂ））。
【００３３】
３．ｎ組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第１の例。
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各オリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、３’側領域、及び５’側領域を互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは２以上の整数）の系まで順番に複数個形成する。
【００３４】
ダイマー形成用プローブは、
（ａ）第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
（ｂ）第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、第ｎ番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
（ｄ）最後の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は第１の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する。
上記におけるｎ＝３の場合の例を、図５及び図６に示し、ｎ＝４の例を、図７及び図８に示す。
【００３５】
４．３組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第１の例。
図５（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）と第３の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（γ）も上記のように構成される（図５（ｂ）及び（ｃ））。
【００３６】
第１の系のダイマープローブ（α）と第２の系のダイマープローブ（β）と第３の系のダイマープローブ（γ）は、図５及び図６（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図６（ｂ））。
【００３７】
５．４組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第１の例。
図７（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）、第３の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（γ）及び第４の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（δ）も上記のように構成される（図７（ｂ）〜（ｄ））。
【００３８】
第１の系のダイマープローブ（α）、第２の系のダイマープローブ（β）、第３の系のダイマープローブ（γ）及び第４の系のダイマープローブ（δ）は、図７及び図８（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図８（ｂ））。
【００３９】
６．ｎ組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第２の例。
Ｎｏ．１及びＮｏ．２の一対のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドを３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分け、各オリゴヌクレオチドの中央領域を互いに相補的な塩基配列とし、３’側領域、及び５’側領域を互いに非相補的な塩基配列とした一対のダイマー形成用プローブを含む系を第１番目の系から第ｎ番目（ｎは２以上の整数）の系まで順番に複数個形成する。
【００４０】
ダイマー形成用プローブは、
（ａ）第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
（ｂ）第（ｎ−１）番目の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、第ｎ番目の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
（ｃ）最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
（ｄ）最後の系のＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、第１の系のＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する。
上記におけるｎ＝３の場合の例を図９に、ｎ＝４の例を図１０及び図１１に、ｎ＝５の場合の例を図１２及び図１３にそれぞれ示す。
【００４１】
７．３組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第２の例。
図９（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）と第３の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（γ）も上記のように構成される。
【００４２】
第１のダイマープローブ（α）、第２のダイマープローブ（β）、及び第３のダイマープローブ（γ）は、図９（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．２オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図９（ｂ））。
【００４３】
８．４組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第２の例。
図１０（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）、第３の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（γ）、及び第４の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（δ）も上記のように構成される（図１０（ｂ）〜（ｄ））。
【００４４】
第１のダイマープローブ（α）、第２のダイマープローブ（β）、第３のダイマープローブ（γ）及び第４のダイマープローブ（δ）は、図１０及び図１１（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．２オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図１１（ｂ））。
【００４５】
９．５組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の第２の例。
図１２（ａ）に示したように、第１の系は、一対のダイマー形成用プローブのＮｏ．１−オリゴヌクレオチド、及びＮｏ．２−オリゴヌクレオチドにおける各オリゴヌクレオチドが、３’側領域、中央領域、及び５’側領域の３つの領域に分けられ、各オリゴヌクレオチドの中央領域が互いに相補的な塩基配列であることから、３’側領域、及び５’側領域が互いに非相補的な塩基配列である第１の系のダイマープローブ（α）を形成するオリゴヌクレオチドから構成される。同様にして第２の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（β）、第３の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（γ）、第４の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（δ）及び第５の系の一対のダイマー形成用プローブとそのダイマープローブ（θ）も上記のように構成される（図１２（ｂ）〜（ｅ））。
【００４６】
第１のダイマープローブ（α）、第２のダイマープローブ（β）、第３のダイマープローブ（γ）、第４のダイマープローブ（δ）、及び第５のダイマープローブ（θ）は、図１２及び図１３（ａ）に示したように、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、βのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
αのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、βのＮｏ．２オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
βのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、γのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
γのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、δのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、θのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
δのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、θのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
θのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの３’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの３’側領域と、
θのＮｏ．１−オリゴヌクレオチドの５’側領域は、αのＮｏ．２−オリゴヌクレオチドの５’側領域と、
それぞれが相補的な塩基配列であることから、それぞれがハイブリダイゼーションすることにより、オリゴヌクレオチドが自己集合し、二本鎖の自己集合体を形成する（図１３（ｂ））。
【００４７】
また、上記において、ｎ個の系からなるｎ組のダイマー形成用プローブによる自己集合体の形成の例としては、ｎ組のダイマープローブのハイブリダイゼーションは、図１３（ｃ）に示した如くの組み合わせにより、自己集合体を形成する。
【００４８】
ダイマー形成用プローブをハイブリダイゼーションさせる好適な方法として、あらかじめダイマー形成用プローブをハイブリダイゼーションさせてダイマープローブを形成させた後、各系の形成されたダイマープローブをハイブリダイゼーションさせることにより、自己集合体を形成させる方法を上述したが、本発明に係る自己集合体の形成方法は、上記方法に限定されるものではなく、例えば、各系のダイマー形成用プローブを同時に反応させ、ハイブリダイゼーションさせることにより、自己集合体を形成させる方法等も含まれるものである。
【００４９】
さらに本発明は、ダイマー形成用プローブの３つの領域の端部全てに、少なくとも１つのＧ（グアニン）またはＣ（シトシン）を配置させ、ダイマー形成用プローブがハイブリダイズした際に、少なくとも１つのＧとＣの結合を領域の端部に形成させて、塩基の積み重ね（stacking of base）により塩基のπ電子の特殊な相互作用を生じさせ、安定した二本鎖の自己集合体を形成させる方法である。
自己集合体の形成方法では、各領域における分岐点の結合力が弱いとその分岐点にはさまれている領域のハイブリダイゼーションが不安定になることから、領域全体の塩基のπ電子による特殊な相互作用から生じる塩基の積み重ね（stacking of base）効果の強さを増すことにより、各領域のハイブリダイゼーション反応をより強固にさせることを考案したものである。
上記の領域端部に配置されるＣまたはＧの数は少なくとも１塩基であり、複数個であっても差し支えない。各領域の塩基配列を考慮し適宜選択することができる。複数個のＣまたはＧを配置させる場合、Ｃ、Ｇの順序は特に限定されず自由に組み合わせることができる。
【００５０】
本発明は、本発明において形成される自己集合体の塩基の積み重ねが規則的な高次構造をとることから、２６０ｎｍにおける紫外部の吸収帯の強度が減じる「ハイポクロミズム」という淡色効果を発現させて自己集合体の状態を確認する方法を可能にするものである。
さらには、本発明は、核酸と結合する性質を持った蛍光物質を加え、その蛍光強度の変化から自己集合体の状態を確認する方法を可能にするものである。例えば、自己集合体は、オリゴヌクレオチドの二本鎖に挿入して蛍光を発する色素を添加し、セフェイド社のＩ−ＣＯＲＥTM（Smart CyclerTM）等を用いて蛍光の発光状態を観察することにより検出可能である。
また、一般的なアガロースゲル電気泳動法等によっても、形成された自己集合体を簡単に確認することができる。
【実施例】
【００５１】
以下に、本発明の実施例を挙げて説明するが、本発明がこれらの実施例に限定されるものではないことは勿論である。
【００５２】
実施例において用いたオリゴヌクレオチド・プローブ
１）Ｎｏ．１−プローブ（配列番号１）
5'-GTGCTGACTT AACCGGATAC GAACAGGATC CTAGACCTAG CATAGTACAG TCCGATGGTG―3'
２）Ｎｏ．２−プローブ（配列番号２）
5'―CCTCAAGACG CATGTCTTTC CTAGGTCTAG GATCCTGTTC CTAGAACGGA CTGTACTTCG-3'
３）Ｎｏ．３−プローブ（配列番号３）
5'―GAAAGACATG CGTCTTGAGG CTATCCGTTC GACTTGCATG CGAAGTACAG TCCGTTCTAG-3'
４）Ｎｏ．４−プローブ（配列番号４）
5'―GTATCCGGTT AAGTCAGCAC CATGCAAGTC GAACGGATAG CACCATCGGA CTGTACTATG-3'
５）Ｘ１−プローブ（配列番号５）
5'―GTGCTGACTT AACCGGATAC GAACAGGATC CTAGACCTAG CATAGTACAG TCCGATGGTG―3'
６）Ｘ２−プローブ（配列番号６）
5'―CCTCAAGACG CATGTCTTTC CTAGGTCTAG GATCCTGTTC CTAGAACGGA CTGTACTTCG―3'
７）Ｙ１−プローブ（配列番号７）
5'―GAAAGACATG CGTCTTGAGG CTATCCGTTC GACTTGCATG CTAGACGCTT CTTGCGTAAG―3'
８）Ｙ２−プローブ（配列番号８）
5'-GTGTCGAATT GACACTCAGC CATGCAAGTC GAACGGATAG CACCATCGGA CTGTACTATG―3'
９）Ｚ１−プローブ（配列番号９）
5'―GCTGAGTGTC AATTCGACAC GCACCCTATC AGGCAGTATC CGAAGTACAG TCCGTTCTAG―3'
１０）Ｚ２−プローブ（配列番号１０）
5'―GTATCCGGTT AAGTCAGCAC GATACTGCCT GATAGGGTGC CTTACGCAAG AAGCGTCTAG―3'
【００５３】
（実験例１〜６）
１．目的
第１及び第２の系からなる二組の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成を確認した。
【００５４】
２．材料
（１）第１の系の一対のダイマー形成用プローブとして、Ｎｏ．１−プローブ及びＮｏ．２−プローブを、第２の系の一対のダイマー形成用プローブとして、Ｎｏ．３−プローブ及びＮｏ．４−プローブを作製した。各オリゴヌクレオチド・プローブは、それぞれ１００ｐｍｏｌに調製したものを用いた。
（２）緩衝液として２０×ＳＳＣ（３Ｍ−ＮａＣｌ，０．３Ｍ−Ｃ6Ｈ5Ｏ7Ｎａ3・２Ｈ2Ｏ，ｐＨ７．０）を用いた。
【００５５】
３．方法
（実験例１〜４）ダイマー形成用プローブの調製
０．２ｍＬのマイクロチューブにそれぞれ、オリゴヌクレオチド・プローブを１μＬ、２０×ＳＳＣを１２μＬ、Ｈ2Ｏを７μＬ加えて、計２０μＬの反応溶液を調製した。オリゴヌクレオチド・プローブは、実験例１では、Ｎｏ．１−プローブを、実験例２では、Ｎｏ．２−プローブを、実験例３では、Ｎｏ．３−プローブを、実験例４では、Ｎｏ．４−プローブをそれぞれ用いた。
上記の各反応溶液を、９４℃３０秒間加熱させた。
反応終了後、氷上で急冷した後、０．５％のアガロースゲルを用いて１００Ｖ、３０分間電気泳動を行った。アガロースゲル電気泳動後、ゲルを臭化エチジウムで染色した。
【００５６】
（実験例５及び６）ダイマープローブの調製
実験例５では、０．２ｍＬのマイクロチューブにＮｏ．１−プローブを０．５μＬ、Ｎｏ．２−プローブを０．５μ、２０×ＳＳＣを１２μＬ、及びＨ2Ｏを７μＬ加えて、計２０μＬの反応溶液を調製した。
実験例６では、０．２ｍＬのマイクロチューブにＮｏ．３−プローブを０．５μＬ、Ｎｏ．４−プローブを０．５μＬ、２０×ＳＳＣを１２μＬ、及びＨ2Ｏを７μＬ加えて、計２０μＬの反応溶液を調製した。
上記各反応溶液を、９４℃３０秒加熱後、６４℃で３０分間反応させた。
反応終了後、氷上で急冷した後、０．５％のアガロースゲルを用いて１００Ｖ、３０分間電気泳動を行った。アガロースゲル電気泳動後、ゲルを臭化エチジウムで染色した。
【００５７】
４．結果
結果を図１７に示す。図１７のアガロースゲル電気泳動の写真に示したように、実験例１〜４では、各ダイマー形成用プローブが、モノマーの状態であることが確認された（レーン１、２、４及び５）。実験例５では、図１７のアガロースゲル電気泳動の写真に示したように、本発明による第１の系の一対のダイマー形成用プローブは、ＰＡＬＳＡＲ法のオリゴヌクレオチド・プローブとは異なり自己集合体は形成せず、ダイマーのみを形成するオリゴヌクレオチド・プローブであった（レーン３）。同様に、実験例６では、第２の系の一対のダイマー形成用プローブは、ＰＡＬＳＡＲ法のオリゴヌクレオチド・プローブとは異なり自己集合体は形成せず、ダイマーのみを形成した（レーン６）。
【００５８】
（実施例１）
１．目的
あらかじめ二組のダイマープローブを形成させて自己集合体の形成を確認した。
【００５９】
２．材料
（１）第１の系のダイマープローブ（α）として、実験例５にて形成させた第１の系のダイマーを、第２の系のダイマープローブ（β）として、実験例６にて形成させた第２の系のダイマーを、それぞれ用いた。
（２）緩衝液として２０×ＳＳＣ（３Ｍ−ＮａＣｌ，０．３Ｍ−Ｃ6Ｈ5Ｏ7Ｎａ3・２Ｈ2Ｏ，ｐＨ７．０）を用いた。
【００６０】
３．方法
０．２μＬのマイクロチューブに第１の系のダイマープローブ（α）と第２の系のダイマープローブ（β）を０．５μＬずつ加え、２０×ＳＳＣを１２μＬ、Ｈ2Ｏを７μＬ加えて、計２０μＬの反応溶液を調製した。
上記反応溶液を、各々５２℃、５４℃、５６℃、５８℃、６０℃、６２℃、６４℃、６６℃、６８℃及び７０℃にてそれぞれ３０分反応させた。
反応終了後、氷上で急冷した後、０．５％のアガロースゲルを用いて１００Ｖ、３０分間電気泳動を行った。アガロースゲル電気泳動後、ゲルを臭化エチジウムで染色した。
【００６１】
４．結果
図１４の写真に示したように、ＰＡＬＳＡＲ法に比べ、同じ反応時間であるにもかかわらず、広い範囲の温度領域において自己集合体の形成が確認された。このことは、反応時間の短縮も意味するものである。
【００６２】
（比較実験例１）
１．目的
４種のダイマー形成用プローブを同時に反応させて、自己集合体の形成を確認した。
【００６３】
２．材料
（１）第１の系のダイマー形成用プローブとして、Ｎｏ．１−プローブ及びＮｏ．２−プローブを、第２の系のダイマー形成用プローブとして、Ｎｏ．３−プローブ及びＮｏ．４−プローブを用いた。各オリゴヌクレオチド・プローブは、実験例１〜４にて調製したものを用いた。
（２）緩衝液として２０×ＳＳＣ（３Ｍ−ＮａＣｌ，０．３Ｍ−Ｃ6Ｈ5Ｏ7Ｎａ3・２Ｈ2Ｏ，ｐＨ７．０）を用いた。
【００６４】
３．方法
０．２μＬのマイクロチューブにＮｏ．１−プローブ、Ｎｏ．２−プローブ、Ｎｏ．３−プローブ及びＮｏ．４−プローブを同時に０．５μＬずつ加え、２０×ＳＳＣを１２μＬ、Ｈ2Ｏを６μＬ加えて、計２０μＬの反応溶液を調製した。
上記反応溶液を、各々５２℃、５４℃、５６℃、５８℃、６０℃、６２℃、６４℃、６６℃、６８℃及び７０℃にてそれぞれ３０分反応させた。
反応終了後、氷上で急冷した後、０．５％のアガロースゲルを用いて１００Ｖ、３０分間電気泳動を行った。アガロースゲル電気泳動後、ゲルを臭化エチジウムで染色した。
【００６５】
４．結果
図１５の写真に示したように、自己集合体の形成が観察されたが、実施例１に比べ、５２℃〜６２℃の反応温度において、非特異的な反応が確認された。
【００６６】
（比較実験例２）
１．目的
第１、第２及び第３の系からなる３組の一対のダイマー形成用プローブを用いて、自己集合体の形成を確認した。実施例１及び比較実験例１において、プローブをあらかじめダイマーとしておいた場合においても、同時に添加した場合においても同じ反応温度での自己集合体の形成が確認されたため、本比較実験例においては、プローブのダイマーの種類を３組に増やして、同時に添加し同じ反応温度における自己集合体の形成を調べた。
【００６７】
２．材料
（１）第１の系のダイマー形成用プローブとして、Ｘ１−プローブ及びＸ２−プローブを、第２の系のダイマー形成用プローブとして、Ｙ１−プローブ及びＹ２−プローブを、第３の系のダイマー形成用プローブとして、Ｚ１−プローブ及びＺ２−プローブを作製した。各オリゴヌクレオチド・プローブは、それぞれ１００ｐｍｏｌに調製したものを用いた。
（２）緩衝液として２０×ＳＳＣ（３Ｍ−ＮａＣｌ，０．３Ｍ−Ｃ6Ｈ5Ｏ7Ｎａ3・２Ｈ2Ｏ，ｐＨ７．０）を用いた。
【００６８】
３．方法
０．２μＬのマイクロチューブにＸ１−プローブ、Ｘ２−プローブ、Ｙ１−プローブ、Ｙ２−プローブ、Ｚ１−プローブ及びＺ２−プローブを同時に０．５μＬずつ加え、２０×ＳＳＣを１８μＬ、Ｈ2Ｏを９μＬ加えて、計３０μＬの反応溶液を調製した。
上記の各反応溶液を、９４℃３０秒間加熱させた。
加熱後、上記反応溶液を、各々５２℃、５４℃、５６℃、５８℃、６０℃、６２℃、６４℃、６６℃、６８℃、７０℃、７２℃及び７４℃にてそれぞれ３０分反応させた。
反応終了後、氷上で急冷した後、０．５％のアガロースゲルを用いて１００Ｖ、３０分間電気泳動を行った。アガロースゲル電気泳動後、ゲルを臭化エチジウムで染色した。
【００６９】
４．結果
図１６の写真に示したように、３組のダイマープローブを形成する、６種のダイマー形成用プローブを用いた場合においても、２組のダイマープローブを用いた実施例１及び比較実験例１の場合と同様、自己集合体の形成が観察された。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
以上述べたごとく、本発明の自己集合体の作製方法によれば、従来の方法よりもさらに自己集合体形成の反応時間を短縮することができる。また、本発明の自己集合体の検出方法によれば、上記自己集合体の作製方法によって形成された自己集合体を容易に検出することが可能である。
【図面の簡単な説明】
【００７１】
【図１】本発明の自己集合体の作製方法における二組のダイマープローブの作製の１例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図２】図１に示した二組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は二組のダイマープローブ、及び（ｂ）は形成された自己集合体をそれぞれ示す。
【図３】本発明の自己集合体の作製方法における二組のダイマープローブの作製の別の例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図４】図３に示した二組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は二組のダイマープローブ、及び（ｂ）は形成された自己集合体をそれぞれ示す。
【図５】本発明の自己集合体の作製方法における三組のダイマープローブの作製の１例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｃ）は第３の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図６】図５に示した三組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は三組のダイマープローブ、及び（ｂ）は形成された自己集合体をそれぞれ示す。
【図７】本発明の自己集合体の作製方法における四組のダイマープローブの作製の１例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｃ）は第３の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｄ）は第４の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図８】図７に示した四組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は四組のダイマープローブ、及び（ｂ）は形成された自己集合体をそれぞれ示す。
【図９】本発明の自己集合体の作製方法における三組のダイマープローブによる自己集合体の形成の別の例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系から第３の系まで形成された一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｂ）は３組のダイマープローブにより形成される自己集合体をそれぞれ示す。
【図１０】本発明の自己集合体の作製方法における四組のダイマープローブの作製の別の例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｃ）は第３の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｄ）は第４の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図１１】図１０に示した四組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は四組のダイマープローブ、及び（ｂ）は形成された自己集合体をそれぞれ示す。
【図１２】本発明の自己集合体の作製方法における五組のダイマープローブの作製の１例を示す模式図であり、（ａ）は第１の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｂ）は第２の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｃ）は第３の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、（ｄ）は第４の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成、及び（ｅ）は第５の系の一対のダイマー形成用プローブによるダイマープローブの形成をそれぞれ示す。
【図１３】図１２に示した五組のダイマープローブによる自己集合体の形成の１例を示す模式図であり、（ａ）は五組のダイマープローブ、（ｂ）は形成された自己集合体、及び（ｃ）はｎ個の系からなるｎ組のダイマープローブのハイブリダイゼーションの組み合わせの例をそれぞれ示す。
【図１４】実施例１の結果を示す写真である。
【図１５】比較実験例１の結果を示す写真である。
【図１６】比較実験例２の結果を示す写真である。
【図１７】実験例１〜４（レーン１、２、４及び５）及び実験例５及び６（レーン３及び６）の結果を示す写真である。
【配列表】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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