【手続補正書】
【提出日】平成28年9月1日(2016.9.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
コピー数多型を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．指定の閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｃ．工程（ａ）から得られた配列リードを、リードを除外した後に、参照配列に対してマッピングする工程；
ｄ．該参照配列の予め定義された２つ以上の領域におけるマッピングされたリードを定量するかまたは列挙する工程；および
ｅ．
ｉ．該予め定義された領域におけるリードの数を互いに対しておよび／または該予め定義された領域におけるユニークな配列リードの数を互いに対して正規化する工程；
ｉｉ．工程（ｉ）において得られた正規化された数を、コントロールサンプルから得られた正規化された数と比較する工程
によって、該予め定義された領域の１つ以上におけるコピー数多型を決定する工程
を含む、方法。
【請求項２】
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．領域において多重配列決定を行うか、または富化が行われない場合、全ゲノム配列決定を行う、工程；
ｃ．指定の閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｄ．該配列決定工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程；
ｅ．マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程；
ｆ．マッピング可能な各塩基位置に対して、（ａ）該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と（ｂ）マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程；
ｇ．マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を決定する工程；および
ｈ．潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
【請求項３】
被験体における異常な状態の不均一性を特徴付ける方法であって、該方法は、該被験体における細胞外ポリヌクレオチドの遺伝的プロファイルを生成する工程を含み、該遺伝的プロファイルは、コピー数多型および稀な変異の解析からもたらされる複数のデータを含む、方法。
【請求項４】
前記被験体において同定された稀な各バリアントの保有率／濃度が、同時に報告および定量される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記被験体における稀なバリアントの保有率／濃度に関する信頼スコアが、報告される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞外ポリヌクレオチドが、ＤＮＡを含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項７】
前記身体サンプルから細胞外ポリヌクレオチドを単離する工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項８】
前記身体サンプル中にコピー数多型または稀な変異もしくはバリアントを有する配列のパーセントを決定する工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項９】
前記決定する工程が、所定の閾値より多いまたは少ないポリヌクレオチドの量を有する予め定義された領域のパーセンテージを計算する工程を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記被験体が、異常な状態を有すると疑われる、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１１】
前記被験体が、妊婦である、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１２】
前記コピー数多型または稀な変異または遺伝的バリアントが、胎児の異常を示す、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１３】
配列決定前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに１つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１４】
配列決定前に細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに付着される各バーコードが、ユニークでない、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を選択的に富化する工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１６】
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を非選択的に富化する工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１７】
任意の増幅工程または富化工程の前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに１つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１８】
前記バーコードが、選ばれた領域から配列決定された分子の多様性と組み合わせて、ユニークな分子の同定を可能にする、固定されたまたはセミランダムなセットのオリゴヌクレオチドを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを増幅する工程をさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２０】
ユニークな同一性の配列リードが、該配列リードの始めの（開始）領域および終わりの（終止）領域における配列情報ならびに該配列リードの長さに基づいて検出される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２１】
同じ前記被験体由来の、次の時間間隔におけるサンプルが、解析され、前のサンプルの結果と比較される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２２】
腫瘍、感染または他の組織異常の遺伝的プロファイルが、推論される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２３】
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．指定の品質閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｃ．該配列決定する工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程；
ｄ．マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程；
ｅ．マッピング可能な各塩基位置に対して、（ａ）該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と（ｂ）マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程；
ｆ．マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント（複数可）または他の遺伝子変化（複数可）を決定する工程；および
ｇ．潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
【請求項２４】
被験体から得られた身体サンプルから得られた開始の最初の遺伝物質を提供する工程；
該開始の最初の遺伝物質を、少なくとも１つのセットのユニークにタグ化されない親ポリヌクレオチドに変換する工程であって、あるセット内の各々のポリヌクレオチドが、参照配列にマッピング可能である、工程；および
タグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｉ．該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程；
ｉｉ．該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程；
ｉｉｉ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、折りたたみは、タグからの配列情報ならびに配列リードの始めの（開始）領域における配列情報、該配列リードの終わりの（終止）領域および該配列リードの長さのうちの少なくとも１つを用い、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程；および
該セットのコンセンサス配列を、タグ化された親分子の各セットについて、別々にまたは組み合わせて解析する工程
を含む、方法。
【請求項２５】
前記開始の最初の遺伝物質が、１００ｎｇ以下のポリヌクレオチドを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
変換前に、前記開始の最初の遺伝物質を妨害する工程を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
変換する工程が、平滑末端ライゲーション、粘着末端ライゲーション、分子反転プローブ、ＰＣＲ、ライゲーションベースのＰＣＲ、一本鎖ライゲーションおよび一本鎖環状化のいずれかを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記開始の最初の遺伝物質が、無細胞核酸である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
複数の前記少なくとも１つのセットのユニークにタグ化されない親ポリヌクレオチドの各々が、同じ前記ゲノム由来の参照配列内の異なるマッピング可能な位置にマッピングする、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
配列決定された前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドの前記サブセットが、使用される配列決定プラットフォームの１塩基あたりの配列決定エラー率のパーセンテージと同じパーセンテージで、タグ化された親ポリヌクレオチドの前記セット内に表示される任意のヌクレオチド配列が、コンセンサス配列の前記セットの中に表示される少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．９％または少なくとも９９．９９％の確率を有するのに十分なサイズである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】
（ｉ）タグ化された親ポリヌクレオチドに変換される開始の最初の遺伝物質からの配列の選択的増幅；（ｉｉ）タグ化された親ポリヌクレオチドの選択的増幅；（ｉｉｉ）増幅された子孫ポリヌクレオチドの選択的配列捕捉；または（ｉｖ）開始の最初の遺伝物質の選択的配列捕捉によって、参照配列中の１つ以上の選択されたマッピング可能な位置に位置するポリヌクレオチドについて、前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを富化する工程を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項３２】
ポリヌクレオチドのある特定のサブセットが、前記最初のセットのポリヌクレオチドまたは前記増幅されたポリヌクレオチドから、塩基対を単位とするポリヌクレオチド長について選択されるかまたはそれに基づいて富化される、請求項２４に記載の方法。
【請求項３３】
タグ化された親ポリヌクレオチドの複数のセットを提供する工程を含み、各セットは、参照配列中の異なるマッピング可能な位置にマッピング可能である、請求項２４に記載の方法。
【請求項３４】
前記参照配列中の前記マッピング可能な位置が、腫瘍マーカーの遺伝子座であり、解析する工程が、前記セットのコンセンサス配列内に該腫瘍マーカーを検出する工程を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記腫瘍マーカーが、前記増幅する工程において導入されるエラー率より低い頻度で、前記セットのコンセンサス配列に存在する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１つのセットが、複数のセットであり、前記参照配列の前記マッピング可能な位置が、該参照配列中の複数のマッピング可能な位置を含み、そのマッピング可能な位置の各々は、腫瘍マーカーの遺伝子座である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
解析する工程が、親ポリヌクレオチドの少なくとも２つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
解析する工程が、前記参照配列と比べて配列変異の存在を検出する工程および親ポリヌクレオチドの少なくとも２つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
折りたたむ工程が、
ｉ．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、工程；および
ｉｉ．ファミリー内の配列リードに基づいてコンセンサス配列を決定する工程
を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項４０】
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程
を含む方法であって、各セットは、１つ以上のゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、タグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｉ．第１ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し；
ｉｉ．該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し；
ｉｉｉ．
１．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化することによって、該配列リードを折りたたみ、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、
方法。
【請求項４１】
折りたたむ工程が、
２．各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定すること
をさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ｂ．ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程；ならびに
ｃ．（１）ユニークなファミリーの該定量的尺度および（２）各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
各セット内の前記タグ化された親ポリヌクレオチドの少なくとも１つのサブセットが、ユニークにタグ化されない、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記ポリヌクレオチドが、無細胞ポリヌクレオチド、エキソソームポリヌクレオチド、細菌ポリヌクレオチドまたはウイルスポリヌクレオチドに由来する、請求項４０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７８】
本開示のさらなる態様および利点は、以下の詳細な説明（ここで、本開示の単なる例証的な実施形態が示され、記載される）から、当業者に容易に明らかになるだろう。理解されるように、本開示は、他の実施形態および異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、すべてが本開示から逸脱せずに、様々な明らかな点において改変が可能である。したがって、図面および明細書は、例証的な性質であると見なされるべきであって、限定的と見なされるべきでない。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される。
（項目１）
コピー数多型を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．指定の閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｃ．工程（ａ）から得られた配列リードを、リードを除外した後に、参照配列に対してマッピングする工程；
ｄ．該参照配列の予め定義された２つ以上の領域におけるマッピングされたリードを定量するかまたは列挙する工程；および
ｅ．
ｉ．該予め定義された領域におけるリードの数を互いに対しておよび／または該予め定義された領域におけるユニークな配列リードの数を互いに対して正規化する工程；
ｉｉ．工程（ｉ）において得られた正規化された数を、コントロールサンプルから得られた正規化された数と比較する工程
によって、該予め定義された領域の１つ以上におけるコピー数多型を決定する工程
を含む、方法。
（項目２）
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．領域において多重配列決定を行うか、または富化が行われない場合、全ゲノム配列決定を行う、工程；
ｃ．指定の閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｄ．該配列決定工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程；
ｅ．マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程；
ｆ．マッピング可能な各塩基位置に対して、（ａ）該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と（ｂ）マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程；
ｇ．マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を決定する工程；および
ｈ．潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
（項目３）
被験体における異常な状態の不均一性を特徴付ける方法であって、該方法は、該被験体における細胞外ポリヌクレオチドの遺伝的プロファイルを生成する工程を含み、該遺伝的プロファイルは、コピー数多型および稀な変異の解析からもたらされる複数のデータを含む、方法。
（項目４）
前記被験体において同定された稀な各バリアントの保有率／濃度が、同時に報告および定量される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目５）
前記被験体における稀なバリアントの保有率／濃度に関する信頼スコアが、報告される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６）
前記細胞外ポリヌクレオチドが、ＤＮＡを含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目７）
前記細胞外ポリヌクレオチドが、ＲＮＡを含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目８）
前記身体サンプルから細胞外ポリヌクレオチドを単離する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目９）
前記単離する工程が、循環核酸の単離および抽出のための方法を含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目１０）
単離された前記細胞外ポリヌクレオチドを断片化する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目１１）
前記身体サンプルが、血液、血漿、血清、尿、唾液、粘膜排出物、痰、便および涙からなる群より選択される、項目８に記載の方法。
（項目１２）
前記身体サンプル中にコピー数多型または稀な変異もしくはバリアントを有する配列のパーセントを決定する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目１３）
前記決定する工程が、所定の閾値より多いまたは少ないポリヌクレオチドの量を有する予め定義された領域のパーセンテージを計算する工程を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記被験体が、異常な状態を有すると疑われる、項目１、２または３に記載の方法。
（項目１５）
前記異常な状態が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、ＤＮＡ損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染およびがんからなる群より選択される、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記被験体が、妊婦である、項目１、２または３に記載の方法。
（項目１７）
前記コピー数多型または稀な変異または遺伝的バリアントが、胎児の異常を示す、項目１または２に記載の方法。
（項目１８）
前記胎児の異常が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、ＤＮＡ損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染およびがんからなる群より選択される、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
配列決定前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに１つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目２０）
配列決定前に細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに付着される各バーコードが、ユニークである、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
配列決定前に細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに付着される各バーコードが、ユニークでない、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を選択的に富化する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目２３）
配列決定前に前記被験体のゲノムまたはトランスクリプトームから領域を非選択的に富化する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目２４）
任意の増幅工程または富化工程の前に、前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントに１つ以上のバーコードを付着させる工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目２５）
前記バーコードが、ポリヌクレオチドである、項目１９に記載の方法。
（項目２６）
前記バーコードが、ランダムな配列を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２７）
前記バーコードが、選ばれた領域から配列決定された分子の多様性と組み合わせて、ユニークな分子の同定を可能にする、固定されたまたはセミランダムなセットのオリゴヌクレオチドを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２８）
前記バーコードが、少なくとも３、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ｍｅｒの塩基対の長さであるオリゴヌクレオチドを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２９）
前記細胞外ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを増幅する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目３０）
前記増幅が、グローバル増幅または全ゲノム増幅を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
ユニークな同一性の配列リードが、該配列リードの始めの（開始）領域および終わりの（終止）領域における配列情報ならびに該配列リードの長さに基づいて検出される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目３２）
ユニークな同一性の配列分子が、前記配列リードの始めの（開始）領域および終わりの（終止）領域における配列情報、該配列リードの長さならびにバーコードの付着に基づいて検出される、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記増幅が、選択的増幅を含む、項目３０に記載の方法。
（項目３４）
前記増幅が、非選択的増幅を含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
抑制増幅またはサブトラクションによる富化が、行われる、項目１、２または３に記載の方法。
（項目３６）
前記リードのサブセットを、リードを定量するかまたは列挙する前に、さらなる解析から除去する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目３７）
除去する工程が、閾値未満、例えば、９０％、９９％、９９．９％もしくは９９．９９％未満の精度スコアもしくは品質スコア、および／または閾値未満、例えば、９０％、９９％、９９．９％もしくは９９．９９％未満のマッピングスコアを有するリードを除外する工程を含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
指定の閾値より低い品質スコアを有するリードを選別する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目３９）
前記予め定義された領域が、均一なまたは実質的に均一なサイズである、項目１に記載の方法。
（項目４０）
前記予め定義された領域が、少なくとも約１０ｋｂ、２０ｋｂ、３０ｋｂ、４０ｋｂ、５０ｋｂ、６０ｋｂ、７０ｋｂ、８０ｋｂ、９０ｋｂまたは１００ｋｂのサイズである、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
少なくとも５０、１００、２００、５００、１０００、２０００、５０００、１０，０００、２０，０００または５０，０００個の領域が、解析される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目４２）
前記バリアントが、遺伝子融合、遺伝子重複、遺伝子欠失、遺伝子転座、マイクロサテライト領域、遺伝子フラグメントまたはそれらの組み合わせからなる群より選択されるゲノムの領域に存在する、項目１、２または３に記載の方法。
（項目４３）
前記バリアントが、遺伝子、癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、プロモーター、制御配列エレメントまたはそれらの組み合わせからなる群より選択されるゲノムの領域に存在する、項目１、２または３に記載の方法。
（項目４４）
前記バリアントが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５または２０ヌクレオチド長のヌクレオチドバリアント、一塩基置換、小インデル、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、切断または遺伝子切断である、項目２に記載の方法。
（項目４５）
個々のリードの前記バーコードまたはユニークな特性を用いて、マッピングされたリードの数量を訂正する／正規化する／調整する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目４６）
前記リードを列挙する工程が、前記予め定義された領域の各々におけるユニークなバーコードを列挙し、配列決定された予め定義された領域の少なくとも１つのサブセットにわたってそれらの数を正規化することによって行われる、項目１または２に記載の方法。
（項目４７）
同じ前記被験体由来の、次の時間間隔におけるサンプルが、解析され、前のサンプルの結果と比較される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目４８）
前記方法が、前記バーコードが付着された細胞外ポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに含む、項目４５に記載の方法。
（項目４９）
部分的なコピー数多型の頻度を決定する工程、ヘテロ接合性の喪失を測定する工程、遺伝子発現の解析を行う工程、エピジェネティックな解析を行う工程、および／または過剰メチル化の解析を行う工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目５０）
多重配列決定を用いて、被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプルにおいて、コピー数多型を決定するかまたは稀な変異の解析を行う工程を含む、方法。
（項目５１）
前記多重配列決定が、１０，０００を超える配列決定反応を行うことを含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記多重配列決定が、少なくとも１０，０００個の異なるリードを同時に配列決定することを含む、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
前記多重配列決定が、少なくとも１０，０００個の異なるリードに対するデータ解析を前記ゲノムにわたって行うことを含む、項目５０に記載の方法。
（項目５４）
前記正規化することおよび検出が、隠れマルコフ、動的計画法、サポートベクターマシン、ベイジアンモデリングもしくは確率モデリング、トレリス復号、ビタビ復号、期待値最大化、カルマンフィルタリングまたはニューラルネットワーク法のうちの１つ以上を使用して行われる、項目１または２に記載の方法。
（項目５５）
疾患の進行をモニターする工程、残存する疾患をモニターする工程、治療をモニターする工程、状態を診断する工程、状態を予後診断する工程、または前記被験体に対して発見されたバリアントに基づいて治療を選択する工程をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目５６）
治療が、最新のサンプル解析に基づいて改変される、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
腫瘍、感染または他の組織異常の遺伝的プロファイルが、推論される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目５８）
腫瘍の成長、寛解もしくは進展、感染または他の組織異常が、モニターされる、項目１、２または３に記載の方法。
（項目５９）
前記被験体の免疫系に関係する配列が、単一の場合においてまたは経時的に解析およびモニターされる、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６０）
バリアントの同定が、該同定されたバリアントを引き起こすと疑われる組織異常の位置を特定するためのイメージング検査（例えば、ＣＴ、ＰＥＴ−ＣＴ、ＭＲＩ、Ｘ線、超音波）を通じて追跡される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６１）
前記解析が、同じ患者由来の組織または腫瘍のバイオプシーから得られる遺伝子データの使用をさらに含む、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６２）
腫瘍、感染または他の組織異常の系統発生が、推論される、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６３）
前記方法が、信頼度の低い領域を、集団に基づいてコールしないことおよび同定することを行う工程をさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目６４）
配列カバー率についての測定データを得る工程が、前記ゲノムのすべての位置において配列カバー率の深さを計測する工程を含む、項目１または２に記載の方法。
（項目６５）
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、ウィンドウ平均カバー率を計算する工程を含む、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、ライブラリー構築および配列決定プロセスにおけるＧＣバイアスを説明する調整を行う工程を含む、項目６４に記載の方法。
（項目６７）
前記配列カバー率についての前記測定データのバイアスについて訂正する工程が、バイアスを相殺するために、個々のマッピングに関連するさらなる重み付け因子に基づいて調整を行う工程を含む、項目６４に記載の方法。
（項目６８）
細胞外ポリヌクレオチドが、病的な細胞起源に由来する、項目１、２または３に記載の方法。
（項目６９）
細胞外ポリヌクレオチドが、健常な細胞起源に由来する、項目１、２または３に記載の方法。
（項目７０）
以下の工程：ゲノム内の予め定義された領域を選択する工程；該予め定義された領域内の配列リードの数を列挙する工程；該予め定義された領域にわたる配列リードの該数を正規化する工程；および該予め定義された領域内のコピー数多型のパーセントを決定する工程を行うためのコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目７１）
前記ゲノムの全体または該ゲノムの少なくとも８５％が、解析される、項目７０に記載のシステム。
（項目７２）
前記コンピュータ可読媒体が、血漿または血清中のがんＤＮＡまたはがんＲＮＡのパーセントに関するデータをエンドユーザーに提供する、項目７０に記載のシステム。
（項目７３）
同定された前記コピー数多型が、前記サンプル中の不均一性に起因して、分数（すなわち、非整数レベル）である、項目１に記載の方法。
（項目７４）
選択された領域の富化が、行われる、項目１に記載の方法。
（項目７５）
コピー数多型の情報が、項目１、６４、６５、６６および６７に記載された方法に基づいて同時に抽出される、項目１に記載の方法。
（項目７６）
ポリヌクレオチドを妨げて、前記サンプル中のポリヌクレオチドの開始の最初のコピー数または多様性を制限する最初の工程とともに使用される、項目１または２に記載の方法。
（項目７７）
被験体から得られた無細胞のまたは実質的に無細胞のサンプル中の稀な変異を検出するための方法であって、該方法は、
ａ．被験体の身体サンプル由来の細胞外ポリヌクレオチドを配列決定する工程であって、該細胞外ポリヌクレオチドの各々は、複数の配列決定リードを生成する、工程；
ｂ．指定の品質閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｃ．該配列決定する工程に由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程；
ｄ．マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程；
ｅ．マッピング可能な各塩基位置に対して、（ａ）該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と（ｂ）マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程；
ｆ．マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント（複数可）または他の遺伝子変化（複数可）を決定する工程；および
ｇ．潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、方法。
（項目７８）
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｂ．該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程；
ｃ．該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット（適切なサブセットを含む）を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程；および
ｄ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、方法。
（項目７９）
あるセット内の各ポリヌクレオチドが、参照配列にマッピング可能である、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
タグ化された親ポリヌクレオチドの複数のセットを提供する工程を含み、各セットは、前記参照配列中の異なるマッピング可能な位置にマッピング可能である、項目７８に記載の方法。
（項目８１）
ｅ．前記セットのコンセンサス配列を、タグ化された親分子の各セットについて、別々にまたは組み合わせて解析する工程をさらに含む、項目７８に記載の方法。
（項目８２）
開始の最初の遺伝物質を、前記タグ化された親ポリヌクレオチドに変換する工程をさらに含む、項目７８に記載の方法。
（項目８３）
前記開始の最初の遺伝物質が、１００ｎｇ以下のポリヌクレオチドを含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
変換前に、前記開始の最初の遺伝物質を妨害する工程を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８５）
前記開始の最初の遺伝物質を、タグ化された親ポリヌクレオチドに、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも８０％または少なくとも９０％の変換効率で変換する工程を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８６）
変換する工程が、平滑末端ライゲーション、粘着末端ライゲーション、分子反転プローブ、ＰＣＲ、ライゲーションベースのＰＣＲ、一本鎖ライゲーションおよび一本鎖環状化のいずれかを含む、項目８２に記載の方法。
（項目８７）
前記開始の最初の遺伝物質が、無細胞核酸である、項目８２に記載の方法。
（項目８８）
複数の前記セットが、同じ前記ゲノム由来の参照配列内の異なるマッピング可能な位置にマッピングする、項目７９に記載の方法。
（項目８９）
前記セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの各々が、ユニークにタグ化される、項目７８に記載の方法。
（項目９０）
親ポリヌクレオチドの各セットが、参照配列内の位置にマッピング可能であり、各セット内の該ポリヌクレオチドが、ユニークにタグ化されない、項目７８に記載の方法。
（項目９１）
コンセンサス配列の生成が、前記タグからの情報ならびに／または（ｉ）前記配列リードの始めの（開始）領域における配列情報、（ｉｉ）該配列リードの終わりの（終止）領域および（ｉｉｉ）該配列リードの長さのうちの少なくとも１つに基づく、項目７８に記載の方法。
（項目９２）
前記セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドの少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．９％または少なくとも９９．９９％の各々の少なくとも１つの子孫に対する配列リードを生成するのに十分な、前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセットを配列決定する工程を含む、項目７８に記載の方法。
（項目９３）
前記少なくとも１つの子孫が、複数の子孫、例えば、少なくとも２つ、少なくとも５つまたは少なくとも１０個の子孫である、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
配列リードの前記セット内の配列リードの数が、タグ化された親ポリヌクレオチドの前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数よりも多い、項目７８に記載の方法。
（項目９５）
配列決定された前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドの前記サブセットが、使用される配列決定プラットフォームの１塩基あたりの配列決定エラー率のパーセンテージと同じパーセンテージで、タグ化された親ポリヌクレオチドの前記セット内に表示される任意のヌクレオチド配列が、コンセンサス配列の前記セットの中に表示される少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．９％または少なくとも９９．９９％の確率を有するのに十分なサイズである、項目７８に記載の方法。
（項目９６）
（ｉ）タグ化された親ポリヌクレオチドに変換される開始の最初の遺伝物質からの配列の選択的増幅；（ｉｉ）タグ化された親ポリヌクレオチドの選択的増幅；（ｉｉｉ）増幅された子孫ポリヌクレオチドの選択的配列捕捉；または（ｉｖ）開始の最初の遺伝物質の選択的配列捕捉によって、参照配列中の１つ以上の選択されたマッピング可能な位置に位置するポリヌクレオチドについて、前記セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを富化する工程を含む、項目７８に記載の方法。
（項目９７）
解析する工程が、コンセンサス配列のセットからもたらされた尺度（例えば、数）を、コントロールサンプル由来のコンセンサス配列のセットからもたらされた尺度に対して正規化する工程を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９８）
解析する工程が、変異、稀な変異、インデル、コピー数多型、トランスバージョン、転座、逆位、欠失、異数性、部分異数性、倍数性、染色体不安定性、染色体の構造変化、遺伝子融合、染色体融合、遺伝子切断、遺伝子増幅、遺伝子重複、染色体損傷、ＤＮＡ損傷、核酸化学修飾の異常な変化、エピジェネティックパターンの異常な変化、核酸メチル化の異常な変化、感染またはがんを検出する工程を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９９）
前記ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それら２つの組み合わせまたはＤＮＡ＋ＲＮＡ由来ｃＤＮＡを含む、項目７８に記載の方法。
（項目１００）
ポリヌクレオチドのある特定のサブセットが、前記最初のセットのポリヌクレオチドまたは前記増幅されたポリヌクレオチドから、塩基対を単位とするポリヌクレオチド長について選択されるかまたはそれに基づいて富化される、項目８２に記載の方法。
（項目１０１）
解析が、感染および／またはがんなどの個体内の異常または疾患の検出およびモニタリングをさらに含む、項目８２に記載の方法。
（項目１０２）
免疫レパートリーのプロファイリングと組み合わせて行われる、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記ポリヌクレオチドが、血液、血漿、血清、尿、唾液、粘膜排出物、痰、便および涙からなる群より選択されるサンプルから抽出される、項目７８に記載の方法。
（項目１０４）
折りたたむ工程が、前記タグ化された親ポリヌクレオチドまたは増幅された子孫ポリヌクレオチドのセンス鎖もしくはアンチセンス鎖に存在するエラー、ニックまたは損傷を検出することおよび／または訂正することを含む、項目７８に記載の方法。
（項目１０５）
ユニークにタグ化されない開始の最初の遺伝物質中の遺伝的変異を、少なくとも５％、少なくとも１％、少なくとも０．５％、少なくとも０．１％または少なくとも０．０５％の感度で検出する工程を含む、方法。
（項目１０６）
前記開始の最初の遺伝物質が、１００ｎｇ未満の量の核酸で提供され、前記遺伝的変異が、コピー数多型／ヘテロ接合性変異であり、検出する工程が、染色体より小さい解像度；例えば、少なくとも１００メガベースの解像度、少なくとも１０メガベースの解像度、少なくとも１メガベースの解像度、少なくとも１００キロベースの解像度、少なくとも１０キロベースの解像度または少なくとも１キロベースの解像度で行われる、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
タグ化された親ポリヌクレオチドの複数のセットを提供する工程を含み、各セットは、参照配列中の異なるマッピング可能な位置にマッピング可能である、項目８１に記載の方法。
（項目１０８）
前記参照配列中の前記マッピング可能な位置が、腫瘍マーカーの遺伝子座であり、解析する工程が、前記セットのコンセンサス配列内に該腫瘍マーカーを検出する工程を含む、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記腫瘍マーカーが、前記増幅する工程において導入されるエラー率より低い頻度で、前記セットのコンセンサス配列に存在する、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
前記少なくとも１つのセットが、複数のセットであり、前記参照配列の前記マッピング可能な位置が、該参照配列中の複数のマッピング可能な位置を含み、そのマッピング可能な位置の各々は、腫瘍マーカーの遺伝子座である、項目１０７に記載の方法。
（項目１１１）
解析する工程が、親ポリヌクレオチドの少なくとも２つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、項目１０７に記載の方法。
（項目１１２）
解析する工程が、前記参照配列と比べて配列変異の存在を検出する工程を含む、項目１０７に記載の方法。
（項目１１３）
解析する工程が、前記参照配列と比べて配列変異の存在を検出する工程および親ポリヌクレオチドの少なくとも２つのセットの間にコンセンサス配列のコピー数多型を検出する工程を含む、項目１０７に記載の方法。
（項目１１４）
折りたたむ工程が、
ｉ．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、工程；および
ｉｉ．ファミリー内の配列リードに基づいてコンセンサス配列を決定する工程
を含む、項目７８に記載の方法。
（項目１１５）
以下の工程：
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを受け取る工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｂ．該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程；
ｃ．該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット（適切なサブセットを含む）を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程；
ｄ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程、および必要に応じて
ｅ．コンセンサス配列の該セットを、タグ化された親分子の各セットについて解析する工程
を行うためのコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目１１６）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも１０％が、配列決定される、方法。
（項目１１７）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも２０％が、配列決定される、方法。
（項目１１８）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも３０％が、配列決定される、方法。
（項目１１９）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも４０％が、配列決定される、方法。
（項目１２０）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも５０％が、配列決定される、方法。
（項目１２１）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも６０％が、配列決定される、方法。
（項目１２２）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも７０％が、配列決定される、方法。
（項目１２３）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも８０％が、配列決定される、方法。
（項目１２４）
個体における遺伝子変化の有無または遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも９０％が、配列決定される、方法。
（項目１２５）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも１０％が、配列決定される、方法。
（項目１２６）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも２０％が、配列決定される、方法。
（項目１２７）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも３０％が、配列決定される、方法。
（項目１２８）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも４０％が、配列決定される、方法。
（項目１２９）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも５０％が、配列決定される、方法。
（項目１３０）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも６０％が、配列決定される、方法。
（項目１３１）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも７０％が、配列決定される、方法。
（項目１３２）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも８０％が、配列決定される、方法。
（項目１３３）
個体における遺伝子変化の有無および遺伝的変異の量を検出する工程を含む方法であって、該検出する工程は、無細胞核酸の配列決定の助けを借りて行われ、該個体のゲノムの少なくとも９０％が、配列決定される、方法。
（項目１３４）
前記遺伝子変化が、コピー数多型または１つ以上の稀な変異である、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１３５）
前記遺伝的変異が、１つ以上の原因バリアントおよび１つ以上の多型を含む、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１３６）
前記個体における前記遺伝子変化および／または遺伝的変異の量が、公知の疾患を有する１つ以上の個体における遺伝子変化および／または遺伝的変異の量と比較され得る、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１３７）
前記個体における前記遺伝子変化および／または遺伝的変異の量が、疾患を有しない１つ以上の個体における遺伝子変化および／または遺伝的変異の量と比較され得る、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１３８）
前記無細胞核酸が、ＤＮＡである、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１３９）
前記無細胞核酸が、ＲＮＡである、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１４０）
前記無細胞核酸が、ＤＮＡおよびＲＮＡである、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１４１）
前記疾患が、がんまたは前がん状態である、項目１３６に記載の方法。
（項目１４２）
前記方法が、疾患の診断または処置をさらに含む、項目１１６〜１３３に記載の方法。
（項目１４３）
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｂ．該セット内の該タグ化された親ポリヌクレオチドを増幅することにより、対応するセットの増幅された子孫ポリヌクレオチドを生成する工程；
ｃ．該セットの増幅された子孫ポリヌクレオチドのサブセット（適切なサブセットを含む）を配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成する工程；
ｄ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程；および
ｅ．該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、方法。
（項目１４４）
前記品質閾値が、コンセンサス配列に折りたたまれた増幅された子孫ポリヌクレオチド由来の配列リードの数を考慮する、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記品質閾値が、コンセンサス配列に折りたたまれた増幅された子孫ポリヌクレオチド由来の配列リードの数を考慮する、項目１４３に記載の方法。
（項目１４６）
項目１４３〜１４５のいずれかに記載の方法を行うためのコンピュータ可読媒体を備える、システム。
（項目１４７）
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程
を含む方法であって、各セットは、１つ以上のゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、タグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｉ．第１ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し；
ｉｉ．該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し；
ｉｉｉ．
１．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化することによって、該配列リードを折りたたみ、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、
方法。
（項目１４８）
折りたたむ工程が、
２．各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定すること
をさらに含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
ｂ．ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程；ならびに
ｃ．（１）ユニークなファミリーの該定量的尺度および（２）各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに含む、項目１４８に記載の方法。
（項目１５０）
推論する工程が、統計的モデルまたは確率的モデルを使用して行われる、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
少なくとも１つの前記セットが、複数のセットである、項目１４９に記載の方法。
（項目１５２）
２つの前記セットの間の増幅バイアスまたは表示バイアスについて訂正する工程をさらに含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５３）
コントロールまたはコントロールサンプルのセットを使用することにより、２つの前記セットの間の増幅バイアスまたは表示バイアスについて訂正する工程をさらに含む、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記セット間のコピー数多型を決定する工程をさらに含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５５）
ｄ．前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程；および
ｅ．多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５６）
多型の形態には、置換、挿入、欠失、逆位、マイクロサテライトの変化、トランスバージョン、転座、融合、メチル化、過剰メチル化、ヒドロキシメチル化、アセチル化、エピジェネティックなバリアント、制御関連バリアントまたはタンパク質結合部位が含まれるがこれらに限定されない、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記セットが、共通のサンプルに由来し、前記方法が、
ｄ．参照配列中の複数のマッピング可能な位置の各々に位置する、各セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの推論される数の比較に基づいて、複数の該セットに対してコピー数多型を推論する工程
をさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５８）
各セット内のポリヌクレオチドの元の数が、さらに推論される、項目１５７に記載の方法。
（項目１５９）
各セット内の前記タグ化された親ポリヌクレオチドの少なくとも１つのサブセットが、ユニークにタグ化されない、項目１４７に記載の方法。
（項目１６０）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目１４７〜１５８のいずれか１項に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目１６１）
ポリヌクレオチドを含むサンプル中のコピー数多型を決定する方法であって、該方法は、ａ．少なくとも２つのセットの第１ポリヌクレオチドを提供する工程であって、各セットは、ゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、第１ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｉ．該ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し；
ｉｉ．該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し；
ｉｉｉ．増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、該セット内の同じ第１ポリヌクレオチドから増幅され；
ｉｖ．該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する、
工程；および
ｂ．各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、方法。
（項目１６２）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目１６１に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目１６３）
ポリヌクレオチドのサンプル中の配列コールの頻度を推論する方法であって、該方法は、ａ．少なくとも１つのセットの第１ポリヌクレオチドを提供する工程であって、各セットは、１つ以上のゲノム内の参照配列中の異なるマッピング可能な位置に位置し、第１ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｉ．該第１ポリヌクレオチドを増幅することにより、増幅されたポリヌクレオチドのセットを生成し；
ｉｉ．該セットの増幅されたポリヌクレオチドのサブセットを配列決定することにより、配列決定リードのセットを生成し；
ｉｉｉ．該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第１ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、
工程；
ｂ．第１ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第１ポリヌクレオチドにおける１つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
ｉ．各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程；および
ｉｉ．各ファミリーに割り当てられた１つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、１つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、方法。
（項目１６４）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目１６３に記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目１６５）
少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を通信する方法であって、該方法は、
ａ．少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子を提供する工程；
ｂ．該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子における配列情報を符号化することにより、信号を生成する工程；
ｃ．該信号の少なくとも一部をチャネルに通すことにより、該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関するヌクレオチド配列情報を含む受信信号を生成する工程であって、該受信信号は、ノイズおよび／または歪みを含む、工程；
ｄ．該受信信号を復号することにより、該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含むメッセージを生成する工程であって、復号する工程は、該メッセージ内の個々の各ポリヌクレオチドに関するノイズおよび／または歪みを減少させる、工程；および
ｅ．該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含む該メッセージをレシピエントに提供する工程
を含む、方法。
（項目１６６）
前記ノイズが、誤ったヌクレオチドコールを含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
歪みが、他の個々のポリヌクレオチド分子と比べて、前記個々のポリヌクレオチド分子の不均一な増幅を含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１６８）
歪みが、増幅バイアスまたは配列決定バイアスに起因する、項目１６７に記載の方法。
（項目１６９）
前記少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子が、複数の個々のポリヌクレオチド分子であり、復号する工程が、該複数の中の各分子に関するメッセージを生成する、項目１６５に記載の方法。
（項目１７０）
符号化する工程が、必要に応じてタグ化された前記少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子を増幅する工程を含み、前記信号は、増幅された分子のコレクションを含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１７１）
前記チャネルが、ポリヌクレオチド配列分析装置を構成し、前記受信信号が、前記少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子から増幅された複数のポリヌクレオチドの配列リードを含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１７２）
復号する工程が、前記少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子の各々から増幅された増幅分子の配列リードをグループ化する工程を含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１７３）
前記復号する工程が、生成された配列信号を選別する確率的方法または統計学的方法からなる、項目１６９に記載の方法。
（項目１７４）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、項目１６５〜１７３のいずれかに記載の方法を実行する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を備えるシステム。
（項目１７５）
前記ポリヌクレオチドが、腫瘍ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡに由来する、項目１４３〜１４５、１４７〜１５９および１６１のいずれかに記載の方法。
（項目１７６）
前記ポリヌクレオチドが、無細胞ポリヌクレオチド、エキソソームポリヌクレオチド、細菌ポリヌクレオチドまたはウイルスポリヌクレオチドに由来する、項目１４３〜１７５のいずれかに記載の方法。
（項目１７７）
影響される分子経路の検出および／または関連付けをさらに含む、項目１〜３または１４３〜１７５のいずれかに記載の方法。
（項目１７８）
個体の健康状態または疾患状態の連続モニタリングをさらに含む、項目１〜３または１４３〜１７５のいずれかに記載の方法。
（項目１７９）
個体内の疾患に関連するゲノムの系統発生が、推論される、項目１〜３または１４３〜１７５のいずれかに記載の方法。
（項目１８０）
疾患の診断、モニタリングまたは処置をさらに含む、項目１〜３または１４３〜１７５のいずれかに記載の方法。
（項目１８１）
処置レジメンが、検出された多型の形態またはＣＮＶまたは関連する経路に基づいて選択されるかまたは改変される、項目１８０。
（項目１８２）
前記処置が、併用療法を含む、項目１８０または１８１。
（項目１８３）
前記診断が、放射線撮影法、例えば、ＣＴ−Ｓｃａｎ、ＰＥＴ−ＣＴ、ＭＲＩ、超音波、マイクロバブルを用いる超音波などを使用して、前記疾患の位置を特定する工程をさらに含む、項目１７９。
（項目１８４）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ゲノム内の予め定義された領域を選択する工程；
配列リードにアクセスし、該予め定義された領域における配列リードの数を列挙する工程；
該予め定義された領域にわたって配列リードの該数を正規化する工程；および
該予め定義された領域におけるコピー数多型のパーセントを決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１８５）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程；
ｂ．指定の閾値を満たさないリードを除外する工程；
ｃ．配列決定することに由来する配列リードを参照配列上にマッピングする工程；
ｄ．マッピング可能な各塩基位置において該参照配列のバリアントと整列するマッピングされた配列リードのサブセットを同定する工程；
ｅ．マッピング可能な各塩基位置に対して、（ａ）該参照配列と比べてバリアントを含むマッピングされた配列リードの数と（ｂ）マッピング可能な各塩基位置に対する配列リードの総数との比を計算する工程；
ｆ．マッピング可能な各塩基位置に対して該比または分散の頻度を正規化し、潜在的な稀なバリアント（複数可）または他の遺伝子変化（複数可）を決定する工程；および
ｇ．潜在的な稀なバリアント（複数可）または変異（複数可）を含む領域の各々に対して得られた数を、参照サンプルから同様に得られた数と比較する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１８６）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；および
ｂ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１８７）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；
ｂ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程；および
ｃ．該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１８８）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能なコードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；ならびに
ｉ．
１．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化することであって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、こと、および必要に応じて、
２．各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定すること
によって該配列リードを折りたたむ工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１８９）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
ｂ．ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程；
ｃ．（１）ユニークなファミリーの該定量的尺度および（２）各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに行う、項目１８８に記載のコンピュータ可読媒体。
（項目１９０）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
ｄ．前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程；および
ｅ．多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに行う、項目１８９に記載のコンピュータ可読媒体。
（項目１９１）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、該セット内の同じ第１ポリヌクレオチドから増幅される、工程；
ｂ．該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する工程；
ｃ．各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１９２）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第１ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、工程；
ｂ．第１ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第１ポリヌクレオチドにおける１つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
ｃ．各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程；および
ｄ．各ファミリーに割り当てられた１つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、１つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１９３）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子由来の符号化された配列情報を含む受信信号を含むデータファイルにアクセスする工程であって、該受信信号は、ノイズおよび／または歪みを含む、工程；
ｂ．該受信信号を復号することにより、該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含むメッセージを生成する工程であって、復号する工程は、該メッセージ内の個々の各ポリヌクレオチドに関するノイズおよび／または歪みを減少させる、工程；および
ｃ．該少なくとも１つの個々のポリヌクレオチド分子に関する配列情報を含む該メッセージをコンピュータファイルに書き込む工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１９４）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；
ｂ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程；および
ｃ．該コンセンサス配列の中から、品質閾値を満たさないものを除外する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１９５）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；および
ｂ．
ｉ．増幅された子孫ポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、同じタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅される、工程、および
ｉｉ．必要に応じて、各ファミリー内の配列リードの定量的尺度を決定する工程
によって該配列リードを折りたたむ工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目１９６）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
ｃ．ユニークなファミリーの定量的尺度を決定する工程；
ｄ．（１）ユニークなファミリーの該定量的尺度および（２）各グループ内の配列リードの該定量的尺度に基づいて、前記セット内のタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの尺度を推論する工程
をさらに行う、項目１９５に記載のコンピュータ可読媒体。
（項目１９７）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
ｅ．前記ファミリーの間の多型の形態の定量的尺度を決定する工程；および
ｆ．多型の形態の該決定された定量的尺度に基づいて、推論されるタグ化されたユニークな親ポリヌクレオチドの数における多型の形態の定量的尺度を推論する工程
をさらに行う、項目１９６に記載のコンピュータ可読媒体。
（項目１９８）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、前記実行可能なコードが、
ｅ．複数の参照配列の各々に位置する、各セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの推論される数の比較に基づいて、複数の該セットに対してコピー数多型を推論する工程
をさらに行う、項目１９６に記載のコンピュータ可読媒体。
（項目１９９）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来する、工程；
ｂ．増幅されたポリヌクレオチドから配列決定された配列リードをファミリーにグループ化する工程であって、各ファミリーは、該セット内の同じ第１ポリヌクレオチドから増幅される、工程；
ｃ．該セット内のファミリーの定量的尺度を推論する工程；および
ｄ．各セット内のファミリーの該定量的尺度を比較することによって、コピー数多型を決定する工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目２００）
コンピュータプロセッサによって実行されるとき、ある方法を実行する一時的でない機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体であって、該方法は、
ａ．複数の配列決定リードを含むデータファイルにアクセスする工程であって、該配列リードは、少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドから増幅された子孫ポリヌクレオチドのセットに由来し、該配列リードをファミリーにグループ化し、各ファミリーは、同じ第１ポリヌクレオチドから増幅された増幅ポリヌクレオチドの配列リードを含む、工程；および
ｂ．第１ポリヌクレオチドの各セットに対して、該セットの第１ポリヌクレオチドにおける１つ以上の塩基に対するコール頻度を推論する工程であって、推論する工程は、
ｉ．各ファミリーに対して、複数のコールの各々に対して信頼スコアを割り当てる工程であって、該信頼スコアは、該ファミリーのメンバーの間の該コールの頻度を考慮に入れている、工程；および
ｉｉ．各ファミリーに割り当てられた１つ以上の該コールの該信頼スコアを考慮に入れて、１つ以上の該コールの頻度を推定する工程
を含む、工程
を含む、コンピュータ可読媒体。
（項目２０１）
１００〜１００，０００個のヒト半数体ゲノム等価物のｃｆＤＮＡポリヌクレオチドを含む組成物であって、該ポリヌクレオチドは、２〜１，０００，０００個のユニークな識別子でタグ化される、組成物。
（項目２０２）
１０００〜５０，０００個の半数体ヒトゲノム等価物のｃｆＤＮＡポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、２〜１，０００個のユニークな識別子でタグ化される、項目２０１に記載の組成物。
（項目２０３）
前記ユニークな識別子が、ヌクレオチドバーコードを含む、項目２０１に記載の組成物。
（項目２０４）
ａ．１００〜１００，０００個の半数体ヒトゲノム等価物のｃｆＤＮＡポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；および
ｂ．該ポリヌクレオチドを２〜１，０００，０００個のユニークな識別子でタグ化する工程
を含む、方法。
（項目２０５）
ａ．複数のヒト半数体ゲノム等価物の断片化されたポリヌクレオチドを含むサンプルを提供する工程；
ｂ．ｚを決定する工程であって、ｚは、該ゲノム内の任意の位置から開始する２つ組のポリヌクレオチドの期待数の中心傾向の尺度（例えば、平均値、中央値または最頻値）であり、２つ組のポリヌクレオチドは、同じ開始位置および終止位置を有する、工程；およびｃ．サンプル中のポリヌクレオチドをｎ個のユニークな識別子でタグ化する工程であって、ｎは、２〜１００，０００＊ｚ、２〜１０，０００＊ｚ、２〜１，０００＊ｚまたは２〜１００＊ｚである、工程
を含む、方法。
（項目２０６）
ａ．少なくとも１つのセットのタグ化された親ポリヌクレオチドを提供する工程、およびタグ化された親ポリヌクレオチドの各セットに対して；
ｂ．該セット内のタグ化された親ポリヌクレオチドの各々に対して複数の配列リードを生成することにより、配列決定リードのセットを生成する工程；および
ｃ．該セットの配列決定リードを折りたたむことにより、コンセンサス配列のセットを生成する工程であって、各コンセンサス配列は、該セットのタグ化された親ポリヌクレオチドの中のユニークなポリヌクレオチドに対応する、工程
を含む、方法。
参照による援用