【手続補正書】
【提出日】平成28年11月11日(2016.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
カップリング分子に連結するための複数のカルボン酸基を含む、アレイの支持体を得る工程；
該支持体をカルボン酸活性化化合物製剤と接触させる工程；
該カルボン酸活性化された支持体を光活性カップリング製剤と接触させる工程；
該光活性カップリング製剤を選択的に放射線に暴露する工程；および
該選択的に暴露された部分において、該カップリング分子を該複数のカルボン酸基の少なくとも１つとカップリングする工程
を含む、アレイの表面上にカップリング分子を取り付けるために光塩基発生剤を使用する方法であって、
該光活性カップリング製剤は、
（ａ）式（ＩＩ）の化合物を含む、光塩基発生剤：
2016503447.tif 000001
（式中、
2016503447.tif 000002
は、
2016503447.tif 000003
を含む、窒素含有カチオンであり、
Ｘは、ＮＨまたはＣＨ２であり、
ｎは、０〜３であり、
Ｒ５は、アリールまたはヘテロアリールであり、
2016503447.tif 000004
は、
2016503447.tif 000005
またはテトラフェニルボラートであり、
Ｒ６は、水素または−ＮＯ２である）；および
（ｂ）保護基にカップリングされたアミノ基を含むカップリング分子を含み；
該光活性カップリング製剤を放射線に暴露すると、該カップリング分子から該保護基が除去され、該脱保護されたカップリング分子が、該カルボン酸活性化された支持体に取り付けられた複数のカルボン酸基の少なくとも１つに結合する、方法。
【請求項２】
アニオン
2016503447.tif 000006
が、テトラフェニルボラートである、請求項１記載の方法。
【請求項３】
アニオン
2016503447.tif 000007
が、フェニルグリオキシラートである、請求項１記載の方法。
【請求項４】
式（ＩＩ）の化合物が、下記式の化合物：
2016503447.tif 000008
からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項５】
光活性カップリング製剤がポリマーを含み、かつカップリング分子がアミノ酸である、請求項１〜４のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
アミノ酸が保護基を含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
保護基が塩基に不安定である、請求項６記載の方法。
【請求項８】
保護基がＦｍｏｃである、請求項６記載の方法。
【請求項９】
アミノ酸が光塩基組成物中に０．１Ｍで存在する、請求項５記載の方法。
【請求項１０】
ポリマーが光塩基組成物中に０．５〜３％で存在する、請求項５記載の方法。
【請求項１１】
ポリマーがポリメチルメタクリレートである、請求項５記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも１つのカルボン酸基において所望のポリマーを生成するために前記方法を繰り返す工程をさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
支持体上の異なる選択的に暴露された部分において、カップリング工程が複数回行われる、請求項１〜１２のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
カップリング工程のカップリング効率が、少なくとも９８．５％である、請求項１〜１３のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
支持体が、金属を含み上面および下面を有する平面層と；該層の、位置が定められた場所に機能的に連結された複数のピラーとを備え、それぞれのピラーが、該層から延びた平らな表面を有し、それぞれのピラーの表面と該層の上面との間の距離が１，０００〜５，０００オングストロームであり、それぞれのピラーの表面が該層の上面と平行であり、複数のピラーが１０，０００／ｃｍ２を超える密度で存在し、取り付け部位がピラーの上面にカップリングされている、請求項１〜１４のいずれか一項記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
一部の態様において、前記方法は、平面層に取り付けられたペプチド鎖を含む支持体と比較して生体分子検出の感度が40倍を超えて増加している。
[本発明1001]
式(II)の化合物を含む、光塩基発生剤。
[本発明1002]
アニオンがボラートである、本発明1001の光塩基。
[本発明1003]
アニオンがフェニルグリオキシラートである、本発明1001の光塩基。
[本発明1004]
表3より選択される、光塩基発生剤組成物。
[本発明1005]
ポリマー、アミノ酸、および本発明1001〜1004のいずれかの光塩基発生剤を含む、光塩基発生剤組成物。
[本発明1006]
アミノ酸が保護基を含む、本発明1005の光塩基発生剤組成物。
[本発明1007]
保護基が塩基に不安定である、本発明1006の光塩基発生剤組成物。
[本発明1008]
保護基がFmocである、本発明1006の光塩基発生剤組成物。
[本発明1009]
アミノ酸が光塩基組成物中に0.1Mで存在する、本発明1005の光塩基発生剤組成物。
[本発明1010]
ポリマーが光塩基組成物中に0.5〜3％で存在する、本発明1005の光塩基発生剤組成物。
[本発明1011]
ポリマーがポリメチルメタクリレートである、本発明1005の光塩基発生剤組成物。
[本発明1012]
カップリング分子、ポリマー、および溶媒を含む、光活性カップリング製剤。
[本発明1013]
光活性化合物をさらに含む、本発明1012の製剤。
[本発明1014]
表5に示した光活性カップリング製剤より選択される、本発明1012の製剤。
[本発明1015]
光活性化合物が光塩基発生剤を含む、本発明1013の製剤。
[本発明1016]
光塩基発生剤が、本発明1001〜1004のいずれかの光塩基発生剤である、本発明1015の製剤。
[本発明1017]
光塩基発生剤が5〜25重量％の濃度で製剤中に存在する、本発明1015の製剤。
[本発明1018]
光塩基発生剤が、カルバメート、O-アシルオキシム、アンモニウム塩、アミンイミド、α-アミノケトン、アミジン前駆体、および芳香族尿素からなる群より選択される、本発明1015の製剤。
[本発明1019]
光塩基発生剤が、1,3-Bis[(2-ニトロベンジル)オキシカルボニル-4-ピペリジル]プロパンおよび1,3-Bis[1-(9-フルオレニルメトキシカルボニル)-4-ピペリジル]プロパンからなる群より選択される、本発明1015の製剤。
[本発明1020]
光活性化合物が製剤全体の約0.5〜5重量％である、本発明1013の製剤。
[本発明1021]
光活性化合物が光酸を含む、本発明1013の製剤。
[本発明1022]
光活性化合物が、保護基に取り付けられた塩基を含み、該保護基が光酸によって該塩基から除去される、本発明1021の製剤。
[本発明1023]
放射線に曝露されると光酸が放出され、塩基からの保護基の除去がもたらされ、それによって、塩基が溶液に放出される、本発明1022の製剤。
[本発明1024]
カップリング分子が天然または人工のアミノ酸またはポリペプチドを含む、本発明1012の製剤。
[本発明1025]
人工アミノ酸がD-アミノ酸である、本発明1024の製剤。
[本発明1026]
カップリング分子が製剤全体の1〜2重量％である、本発明1012の製剤。
[本発明1027]
カップリング分子が、保護されたアミン基を含む、本発明1012の製剤。
[本発明1028]
アミン基がFmocによって保護されている、本発明1027の製剤。
[本発明1029]
ポリマーがポリメチルメタクリレートである、本発明1012の製剤。
[本発明1030]
水と混和することができる、本発明1012の製剤。
[本発明1031]
溶媒が、水、有機溶媒、またはその組み合わせである、本発明1012の製剤。
[本発明1032]
有機溶媒が乳酸エチルまたはメチルピロリドンを含む、本発明1031の製剤。
[本発明1033]
溶媒が製剤全体の約80〜90重量％である、本発明1012の製剤。
[本発明1034]
カルボン酸活性化化合物および溶媒を含む、カルボン酸活性化製剤。
[本発明1035]
カルボン酸活性化化合物がカルボジイミドである、本発明1034の製剤。
[本発明1036]
カルボジイミドが1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドである、本発明1035の製剤。
[本発明1037]
カルボン酸活性化化合物がカルボジイミド前駆体である、本発明1034の製剤。
[本発明1038]
カルボジイミド前駆体が、規定された波長の電磁放射線に曝露されるとカルボジイミドに変換される、本発明1037の製剤。
[本発明1039]
規定された波長が248nmまたは193nmである、本発明1038の製剤。
[本発明1040]
カルボジイミド前駆体がチオンである、本発明1037の製剤。
[本発明1041]
チオンが、4,5-ジヒドロ-4-(ヒドロキシメチル)-1-フェニル-1H-テトラゾール-5-チオン、1-(3-(ジメチルアミノ)プロピル)-4-エチル-1,4-ジヒドロ-5H-テトラゾール-5-チオン、1,4-Bis(2,2-ジメチル-1,3-ジオキソラン-4-イルメチル)-1,4-ジヒドロ-5H-テトラゾール-5-チオン、4-シクロヘキシル-1H-テトラゾール-5(4H)-チオン、および1-フェニル-4-(ピペリジノメチル)-テトラゾール-5(4H)-チオンからなる群より選択される、本発明1040の製剤。
[本発明1042]
カルボン酸活性化化合物がスクシンイミドである、本発明1034の製剤。
[本発明1043]
スクシンイミドがN-ヒドロキシスクシンイミド(NHS)である、本発明1042の製剤。
[本発明1044]
カルボン酸活性化化合物がジイソプロピルカルボジイミドまたはN-ヒドロキシ-5-ノルボルネン-2,3-ジカルボキシイミドである、本発明1034の製剤。
[本発明1045]
カルボン酸活性化化合物が、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド[EDC]、N-ヒドロキシスクシンイミド[NHS]、1,3-ジイソプロピルカルボジイミド[DIC]、ヒドロキシベンゾトリアゾール(HOBt)、(O-(7-アザベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N',N'-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート)[HATU]、ベンゾトリアゾール-1-イル-オキシトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート[PyBOP]、およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン[DIEA]からなる群より選択される、本発明1034の製剤。
[本発明1046]
ポリマーをさらに含む、本発明1034の製剤。
[本発明1047]
ポリマーがポリビニルピロリドンまたはポリビニルアルコールである、本発明1046の製剤。
[本発明1048]
カルボン酸をカルボニルに変換する、本発明1034の製剤。
[本発明1049]
複数の保護されていないカルボン酸基を含む第1の層を備える支持体。
[本発明1050]
第1の層が多孔層である、本発明1049の支持体。
[本発明1051]
カルボン酸基が多孔層表面上で多様な方向に向けられている、本発明1050の支持体。
[本発明1052]
第1の層が支持層にカップリングされている、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1053]
第1の層がシリコンウェーハにカップリングされている、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1054]
多孔層がデキストランを含む、本発明1050の支持体。
[本発明1055]
多孔層がカルボキシメチルデキストランを含む、本発明1050の支持体。
[本発明1056]
多孔層がポリエチレングリコールを含む、本発明1050の支持体。
[本発明1057]
多孔層が多孔性シリカを含む、本発明1050の支持体。
[本発明1058]
多孔層が約2nm〜100μmの孔径の孔を含む、本発明1050の支持体。
[本発明1059]
多孔層が約10〜80％の多孔度を含む、本発明1050の支持体。
[本発明1060]
多孔層が約0.01μm〜約10,000μmの厚さを含む、本発明1050の支持体。
[本発明1061]
上面および下面を有する、金属を含む平面層をさらに備える、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1062]
第1の層が平面層にカップリングされている、本発明1061の支持体。
[本発明1063]
第1の層が平面層の上部にコーティングされている、本発明1061の支持体。
[本発明1064]
複数のウェルをさらに含む、本発明1061の支持体。
[本発明1065]
支持体が、平面層の、位置が定められた場所に機能的に連結された複数のピラーをさらに備え、それぞれのピラーが、平面層から延びた平らな表面を有し、それぞれのピラーの表面と該層の上面との間の距離が1,000〜5,000オングストロームであり、複数のピラーが10,000/cm2を超える密度で存在し、前記第1の層が該ピラーの該平らな表面に付着している、本発明1061の支持体。
[本発明1066]
それぞれのピラー表面の表面積が少なくとも1μm2である、本発明1065の支持体。
[本発明1067]
それぞれのピラー表面の表面積が10,000μm2未満の総面積を有する、本発明1065の支持体。
[本発明1068]
それぞれのピラーの表面と層の下面との間の距離が2,000〜7,000オングストロームである、本発明1065の支持体。
[本発明1069]
平面層が厚さ1,000〜2,000オングストロームである、本発明1065の支持体。
[本発明1070]
それぞれのピラーの中心が他の任意のピラーの中心から少なくとも2,000オングストローム離れている、本発明1065の支持体。
[本発明1071]
それぞれのピラーの表面が平面層の上面と平行である、本発明1065の支持体。
[本発明1072]
それぞれのピラーの表面が平面層の上面と実質的に平行である、本発明1065の支持体。
[本発明1073]
金属がクロムである、本発明1065の支持体。
[本発明1074]
金属が、クロム、チタン、アルミニウム、タングステン、金、銀、スズ、鉛、タリウム、またはインジウムである、本発明1065の支持体。
[本発明1075]
平面層が少なくとも98.5〜99重量％の金属である、本発明1065の支持体。
[本発明1076]
平面層が均一な金属層である、本発明1065の支持体。
[本発明1077]
それぞれのピラーが二酸化ケイ素または窒化ケイ素を含む、本発明1065の支持体。
[本発明1078]
それぞれのピラーが少なくとも98〜99重量％の二酸化ケイ素である、本発明1065の支持体。
[本発明1079]
カルボン酸基の少なくとも1つに取り付けられた、遊離アミノ末端を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1080]
カルボン酸基の少なくとも1つに取り付けられた、遊離カルボン酸基を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1081]
カルボン酸基の少なくとも1つに取り付けられたカップリング分子をさらに含む、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1082]
カルボン酸基の少なくとも1つに取り付けられたポリマー鎖をさらに含む、本発明1049または1050の支持体。
[本発明1083]
ポリマー鎖がペプチド鎖を含む、本発明1082の支持体。
[本発明1084]
ポリマー鎖が、共有結合を介してカルボン酸基の少なくとも1つに取り付けられている、本発明1082の支持体。
[本発明1085]
第1の層がシラン-PEG-COOHを含む、本発明1049の支持体。
[本発明1086]
第1の層が無水コハク酸を含む、本発明1049の支持体。
[本発明1087]
第1の層がポリエチレングリコール二酸を含む、本発明1049の支持体。
[本発明1088]
第1の層がベンゼン-1,3,5-トリカルボン酸を含む、本発明1049の支持体。
[本発明1089]
第1の層がベンゼンヘキサカルボン酸を含む、本発明1049の支持体。
[本発明1090]
第1の層がカルボキシメチルデキストランおよび4-アミノベンゾフェノンを含む、本発明1049の支持体。
[本発明1091]
第1の層がカルボキシメチルデキストランを含む、本発明1049の支持体。
[本発明1092]
支持体上のカルボン酸基の表面密度が100 COOH/cm2、1,000 COOH/cm2、10,000 COOH/cm2、100,000/cm2、または1,000,000 COOH/cm2より大きい、本発明1049の支持体。
[本発明1093]
表面の、位置が定められた場所に取り付けられた特徴の三次元アレイであって、該特徴がそれぞれ、決定可能な配列でありかつ意図された長さのペプチド鎖のコレクションを含み、個別の特徴の中で、該コレクション中の意図された長さを有するペプチド鎖の画分が、少なくとも90％の、それぞれのカップリング工程の平均カップリング効率によって特徴づけられる、三次元アレイ。
[本発明1094]
多孔層を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1095]
多孔層が複数の遊離カルボン酸基を含む、本発明1094のアレイ。
[本発明1096]
カルボン酸基が多様な方向に向けられている、本発明1095のアレイ。
[本発明1097]
多孔層が複数のカップリング分子を含み、それぞれのカップリング分子がカルボン酸基を介してアレイに取り付けられている、本発明1094のアレイ。
[本発明1098]
多孔層が複数のペプチド鎖を含み、それぞれのペプチド鎖がカルボン酸基を介してアレイに取り付けられている、本発明1094のアレイ。
[本発明1099]
それぞれのカップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも98.5％である、本発明1093のアレイ。
[本発明1100]
それぞれのカップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％である、本発明1093のアレイ。
[本発明1101]
それぞれのペプチド鎖が6〜60アミノ酸長である、本発明1093のアレイ。
[本発明1102]
それぞれのペプチド鎖が少なくとも6アミノ酸長である、本発明1093のアレイ。
[本発明1103]
それぞれのペプチド鎖が、少なくとも6アミノ酸長、10アミノ酸長、15アミノ酸長、20アミノ酸長、25アミノ酸長、30アミノ酸長、35アミノ酸長、40アミノ酸長、45アミノ酸長、50アミノ酸長、55アミノ酸長、または60アミノ酸長である、本発明1093のアレイ。
[本発明1104]
それぞれのペプチド鎖が1つまたは複数のLアミノ酸を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1105]
それぞれのペプチド鎖が1つまたは複数のDアミノ酸を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1106]
それぞれのペプチド鎖が1つまたは複数の天然アミノ酸を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1107]
それぞれのペプチド鎖が1つまたは複数の合成アミノ酸を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1108]
表面に取り付けられた少なくとも1,000個の異なるペプチド鎖を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1109]
表面に取り付けられた少なくとも10,000個の異なるペプチド鎖を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1110]
位置が定められた場所がそれぞれ、他の、位置が定められた場所のそれぞれとは物理的に分離された異なる既知の場所にある、本発明1093のアレイ。
[本発明1111]
位置が定められた場所がそれぞれ、複数の同一の配列を含む、本発明1110のアレイ。
[本発明1112]
それぞれの位置が定められた場所が、他の、位置が定められた場所とは異なる複数の同一の配列を含む、本発明1111のアレイ。
[本発明1113]
位置が定められた場所がそれぞれ、位置が区別できる場所である、本発明1093のアレイ。
[本発明1114]
それぞれの決定可能な配列が既知配列である、本発明1093のアレイ。
[本発明1115]
それぞれの決定可能な配列が別個の配列である、本発明1093のアレイ。
[本発明1116]
特徴が表面に共有結合的に取り付けられている、本発明1093のアレイ。
[本発明1117]
ペプチド鎖がリンカー分子またはカップリング分子を介して表面に取り付けられている、本発明1093のアレイ。
[本発明1118]
特徴が、既知配列を有する供給源タンパク質に由来する部分配列を含む複数の別個の入れ子状の重複ペプチド鎖を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1119]
前記複数の重複ペプチド鎖のうちそれぞれのペプチド鎖が、少なくとも5アミノ酸長である、本発明1118のアレイ。
[本発明1120]
前記複数の重複ペプチド鎖のうちそれぞれのペプチド鎖が、少なくとも5アミノ酸長、10アミノ酸長、15アミノ酸長、20アミノ酸長、25アミノ酸長、30アミノ酸長、35アミノ酸長、40アミノ酸長、45アミノ酸長、50アミノ酸長、55アミノ酸長、または60アミノ酸長である、本発明1118のアレイ。
[本発明1121]
特徴が複数のペプチド鎖を含み、それぞれのペプチド鎖がランダムな決定可能なアミノ酸の配列を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1122]
表面が本発明1049〜1092のいずれかの支持体を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1123]
カップリング分子を支持体に取り付ける方法であって、以下の工程を含む、方法:
カップリング分子に連結するための複数のカルボン酸基を含む支持体を得る工程;
該支持体を本発明1034〜1036および1042〜1048のいずれかのカルボン酸活性化化合物と接触させる工程;
該支持体を、本発明1012〜1033のいずれかの光活性カップリング製剤と接触させる工程;
該光活性カップリング製剤を選択的に露光する工程であって、それによって、選択的に露光された部分において該カップリング分子を脱保護する、工程;
該選択的に露光された部分において、保護されていないカップリング分子を該複数のカルボン酸基の少なくとも1つとカップリングする工程;ならびに
任意で、少なくとも1つのカルボン酸基において所望のポリマーを生成するために該方法を繰り返す工程。
[本発明1124]
支持体上の異なる選択的に露光された部分において、カップリング工程が複数回行われる、本発明1123の方法。
[本発明1125]
カップリング工程のカップリング効率が、少なくとも98.5％である、本発明1123の方法。
[本発明1126]
カップリング工程のカップリング効率が、少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％である、本発明1123の方法。
[本発明1127]
カップリング分子がアミノ酸である、本発明1123の方法。
[本発明1128]
アミノ酸が、アミン基に取り付けられた保護基を有する、本発明1127の方法。
[本発明1129]
保護基が感光基である、本発明1128の方法。
[本発明1130]
保護基がDDZまたはFmocである、本発明1128の方法。
[本発明1131]
ポリマーがポリペプチドである、本発明1123の方法。
[本発明1132]
支持体が多孔層を含む、本発明1123の方法。
[本発明1133]
支持体が、多孔層の表面から該多孔層内部および該多孔層周辺に多様な寸法で延びた複数の取り付け部位を備える、本発明1132の方法。
[本発明1134]
支持体が、金属を含み上面および下面を有する平面層と;該層の、位置が定められた場所に機能的に連結された複数のピラーをと備え、それぞれのピラーが、該層から延びた平らな表面を有し、それぞれのピラーの表面と該層の上面との間の距離が1,000〜5,000オングストロームであり、それぞれのピラーの表面が該層の上面と平行であり、複数のピラーが10,000/cm2を超える密度で存在し、取り付け部位がピラーの上面にカップリングされている、本発明1123の方法。
[本発明1135]
カップリング分子を支持体に取り付ける方法であって、以下の工程を含む、方法:
カップリング分子に連結するための複数のカルボン酸基を含む支持体を得る工程;
該支持体を、本発明1037〜1041のいずれかのカルボン酸活性化化合物と接触させる工程;
該カルボン酸活性化化合物製剤を選択的に露光する工程であって、それによって、選択的に露光された部分においてカルボジイミドを発生させ、該支持体上でカルボン酸基を活性化する、工程;
活性化されたカルボン酸基を含む該支持体を、本発明1012、1024〜1033のいずれかの光活性カップリング製剤と接触させる工程;
該選択的に露光された部分において、保護されていないカップリング分子を該複数のカルボン酸基の少なくとも1つとカップリングする工程;および
任意で、少なくとも1つのカルボン酸基において所望のポリマーを生成するために該方法を繰り返す工程。
[本発明1136]
カップリング工程のカップリング効率が、少なくとも98.5％である、本発明1135の方法。
[本発明1137]
カップリング工程のカップリング効率が、少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％である、本発明1135の方法。
[本発明1138]
カップリング分子がアミノ酸である、本発明1135の方法。
[本発明1139]
カップリング分子がタンパク質である、本発明1135の方法。
[本発明1140]
カップリング分子がポリペプチドである、本発明1135の方法。
[本発明1141]
支持体が多孔層を含む、本発明1135の方法。
[本発明1142]
支持体が、多孔層の表面から該多孔層内部および該多孔層周辺に多様な寸法で延びた複数の取り付け部位を備える、本発明1141の方法。
[本発明1143]
支持体が、金属を含み上面および下面を有する平面層と;該層の、位置が定められた場所に機能的に連結された複数のピラーとを備え、それぞれのピラーが、該層から延びた平らな表面を有し、それぞれのピラーの表面と該層の上面との間の距離が1,000〜5,000オングストロームであり、それぞれのピラーの表面が該層の上面と平行であり、複数のピラーが10,000/cm2を超える密度で存在し、取り付け部位がピラーの上面にカップリングされている、本発明1135の方法。
[本発明1144]
特徴の三次元アレイを生成する方法であって、以下の工程を含む、方法:
複数の保護されていないカルボン酸基を含む多孔層を得る工程;および
特徴を該保護されていないカルボン酸基に取り付ける工程であって、該特徴がそれぞれ、決定可能な配列でありかつ意図された長さのペプチド鎖のコレクションを含む、工程。
[本発明1145]
保護されていないカルボン酸基が多様な方向に向けられている、本発明1144の方法。
[本発明1146]
個別の特徴の中で、該コレクション中の意図された長さを有するペプチド鎖の画分が、少なくとも98％の、それぞれのカップリング工程の平均カップリング効率によって特徴づけられる、本発明1144の方法。
[本発明1147]
特徴が、溶媒、ポリマー、カップリング分子、中和試薬、およびカップリング試薬を含むカップリング製剤を用いて表面に取り付けられる、本発明1144の方法。
[本発明1148]
試料中の生体分子を検出する方法であって、以下の工程を含む、方法:
少なくとも1つの多孔層を備える支持体を準備する工程であって、該層が、カルボン酸基に取り付けられた複数のペプチド鎖を含み、該ペプチド鎖が、位置が定められた場所に従って既知配列を有する、工程;
該支持体を該試料と接触させる工程;および
該試料中の生体分子と該ペプチド鎖との結合事象を検出する工程。
[本発明1149]
カルボン酸基が多様な方向に向けられている、本発明1148の方法。
[本発明1150]
試料が生物学的試料である、本発明1148の方法。
[本発明1151]
生物学的試料が体液である、本発明1149の方法。
[本発明1152]
体液が、羊水、房水、硝子体液、胆汁、血清、母乳、脳脊髄液、耳垢、乳び、内リンパ、外リンパ、糞便、女性の膣液、胃酸、胃液、リンパ、粘液、腹水、胸膜液、膿、唾液、皮脂、精液、汗、滑液、涙、腟分泌物、嘔吐物、および尿からなる群より選択される、本発明1151の方法。
[本発明1153]
生体分子がタンパク質である、本発明1148の方法。
[本発明1154]
生体分子が抗体である、本発明1148の方法。
[本発明1155]
平面層に取り付けられたペプチド鎖を含む支持体と比較して、生体分子検出の感度が40倍を超えて増加している、本発明1148の方法。
[本発明1156]
カルボン酸表面を含むアレイを生成する方法であって、以下の工程を含む、方法:
シリカウェーハを得る工程;
該シリカウェーハに結合させるために、カルボン酸含有化合物を添加する工程。
[本発明1157]
シリカウェーハがアミン基によって官能化されている、本発明1156の方法。
[本発明1158]
カルボン酸含有化合物が、無水コハク酸、ポリエチレングリコール二酸、ベンゼン-1,3,5-トリカルボン酸、ベンゼン、およびベンゼンヘキサカルボン酸からなる群より選択される、本発明1157の方法。
[本発明1159]
カルボン酸含有化合物がカルボキシメチルデキストランである、本発明1156の方法。
[本発明1160]
シリカウェーハがベンゾフェノンを含み、カルボキシメチルデキストランがアミノベンゾフェノンを含む、本発明1159の方法。
[本発明1161]
カルボン酸含有化合物がシラン-PEG-COOHである、本発明1156の方法。
[本発明1162]
アレイの表面上にあるカルボン酸を活性化する方法であって、カルボン酸活性化溶液を該アレイの表面に添加する工程を含む、方法。
[本発明1163]
カルボン酸活性化溶液が添加された後にカルボン酸がカルボニル基に変換される、本発明1162の方法。
[本発明1164]
カルボン酸基が、3時間、4時間、5時間、または6時間を超えて活性化される、本発明1162の方法。
[本発明1165]
カルボン酸活性化溶液がカルボジイミドまたはスクシンイミドを含む、本発明1162の方法。
[本発明1166]
カルボン酸活性化溶液が、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド[EDC]、N-ヒドロキシスクシンイミド[NHS]、1,3-ジイソプロピルカルボジイミド[DIC]、ヒドロキシベンゾトリアゾール(HOBt)、(O-(7-アザベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N',N'-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート)[HATU]、ベンゾトリアゾール-1-イル-オキシトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート[PyBOP]、およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン[DIEA]からなる群より選択される化合物を含む、本発明1162の方法。
[本発明1167]
特徴の総数が少なくとも約500,000個である、本発明1093のアレイ。
[本発明1168]
特徴の総数が少なくとも約1,000,000個である、本発明1093のアレイ。
[本発明1169]
特徴の総数が少なくとも約2,000,000個である、本発明1093のアレイ。
[本発明1170]
特徴の総数が少なくとも約18,000,000個である、本発明1093のアレイ。
[本発明1171]
0.2平方ミリメートルより小さいか、またはこれに等しい面積を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1172]
1平方ミリメートルより小さいか、またはこれに等しい面積を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1173]
10平方ミリメートルより小さいか、またはこれに等しい面積を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1174]
100平方ミリメートルより小さいか、またはこれに等しい面積を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1175]
150平方ミリメートルより小さいか、またはこれに等しい面積を有する、本発明1093のアレイ。
[本発明1176]
試料が100μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1177]
試料が50μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1178]
試料が25μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1179]
試料が10μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1180]
試料が5μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1181]
試料が1.5μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1182]
試料が1μLより少ないか、またはこれに等しい体積を有する、本発明1148の方法。
[本発明1183]
試料接触から検出終了までの所要時間が20分未満である、本発明1148の方法。
[本発明1184]
試料接触から検出終了までの所要時間が5分未満である、本発明1148の方法。
[本発明1185]
試料接触から検出終了までの所要時間が1分に等しいか、またはこれより短い、本発明1148の方法。
[本発明1186]
検出のための所要時間が20秒に等しいか、またはこれより短い、本発明1148の方法。
[本発明1187]
検出のための所要時間が10秒に等しいか、またはこれより短い、本発明1148の方法。
[本発明1188]
検出のための所要時間が1秒に等しいか、またはこれより短い、本発明1148の方法。
[本発明1189]
結合事象を検出する工程から得られたデータの変動係数が5パーセントを超えない、本発明1148の方法。
[本発明1190]
結合事象を検出する工程から得られたデータの変動係数が2パーセントを超えない、本発明1148の方法。
[本発明1191]
結合事象を検出する工程から得られたデータの変動係数が1パーセントを超えない、本発明1148の方法。
[本発明1192]
1平方センチメートルあたり少なくとも1,000,000個の特徴を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1193]
1平方センチメートルあたり少なくとも10,000,000個の特徴を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1194]
1平方センチメートルあたり少なくとも15,000,000個の特徴を含む、本発明1093のアレイ。
[本発明1195]
接触させる工程が、試料中、1,000μg/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1196]
接触させる工程が、試料中、10μg/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1197]
接触させる工程が、試料中、1μg/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1198]
接触させる工程が、試料中、0.1μg/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1199]
接触させる工程が、試料中、10ng/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1200]
接触させる工程が、試料中、1ng/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1201]
接触させる工程が、試料中、5pg/mlより少ないか、またはこれに等しい生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1202]
接触させる工程が、試料中、約1pg/ml〜約1,000μg/mlの範囲内の生体分子の濃度で行われる、本発明1148の方法。
[本発明1203]
検出する工程が、少なくとも1,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1204]
検出する工程が、少なくとも100,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1205]
検出する工程が、少なくとも1,000,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1206]
検出する工程が、少なくとも10,000,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1207]
検出する工程が、少なくとも15,000,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1208]
検出する工程が、少なくとも100,000,000個の生体分子とペプチド鎖との結合を特定することを含む、本発明1148の方法。
[本発明1209]
特徴が、タンパク質、DNA結合配列、抗体、ペプチド、オリゴヌクレオチド、核酸、ペプチド核酸、デオキシリボ核酸、リボ核酸、ペプチド模倣体、ヌクレオチド模倣体、キレート、およびバイオマーカーからなる群より選択される、本発明1093のアレイ。
[本発明1210]
カップリング分子を連結するための複数のカルボン酸基を含む支持体;
本発明1034〜1036および1042〜1048のいずれかのカルボン酸活性化化合物;および
本発明1013〜1033のいずれかの光活性カップリング製剤
を含む、カップリング分子を支持体に取り付けるためのキット。
[本発明1211]
カップリング分子に連結するための複数のカルボン酸基を含む支持体;
本発明1037〜1041のいずれかのカルボン酸活性化化合物;および
本発明1012、1024〜1033のいずれかの光活性カップリング製剤
を含む、カップリング分子を支持体に取り付けるためのキット。