【誤訳訂正書】
【提出日】平成28年10月3日(2016.10.3)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）異種グルコース−６−リン酸脱水素酵素を発現している、又は、グルコース−６−リン酸脱水素酵素を過剰発現している、及び、
（ii）異種リンゴ酸脱水素酵素を発現している、又は、リンゴ酸脱水素酵素を過剰発現している、組換え細菌であって、
天然コハク酸産生細菌である、組換え細菌。
【請求項２】
（ｉ）非天然の又は過剰発現している、グルコース−６−リン酸脱水素酵素をコードしているポリヌクレオチド、及び、
（ii）非天然の又は過剰発現している、リンゴ酸脱水素酵素をコードしているポリヌクレオチド
を含んでいる、組換え細菌。
【請求項３】
アクチノバチルス・サクシノゲネスの１６ＳリボソームＲＮＡの配列と少なくとも９０％の同一性を有する１６ＳリボソームＲＮＡの配列を含んでいる、請求項１又は２に記載の組換え細菌。
【請求項４】
アクチノバチルス・サクシノゲネス、ビスガードタクソン６またはビスガードタクソン１０である、請求項１又は２に記載の組換え細菌。
【請求項５】
前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素がアクチノバチルス・サクシノゲネスの酵素である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項６】
前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素がアクチノバチルス・サクシノゲネスの酵素である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項７】
前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素が大腸菌の酵素である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項８】
前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素が大腸菌の酵素である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項９】
前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素が配列番号２に示すアミノ酸配列と少なくとも約４０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項１０】
前記リンゴ酸脱水素酵素が配列番号４に示すアミノ酸配列と少なくとも約６０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項１１】
前記細菌が、グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素だけを発現している細菌よりも改善された有機酸産生を示す、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項１２】
前記細菌が約５０ｇ／Ｌ〜１５０ｇ／Ｌの濃度でコハク酸を産生することが可能である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の組換え細菌。
【請求項１３】
有機酸を産生するためのプロセスであって、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の組換え細菌を発酵培地中で培養することを含むプロセス。
【請求項１４】
グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素を発現している組換え細菌を炭素源と共に、有機酸を産生するのに好ましい条件で培養する工程を含む有機酸の産生方法であって、
ここで前記酵素が、前記細菌に対して天然のものではないか、又は、改変していない親細菌と比較して過剰発現している、産生方法。
【請求項１５】
請求項１〜１２のいずれか１項に記載の組換え細菌を炭素源と共に、有機酸を産生するのに好ましい条件で培養することを含む、有機酸の産生方法。
【請求項１６】
前記有機酸がコハク酸またはプロピオン酸である、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記有機酸がコハク酸である請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記炭素源がグルコースまたはポリオールである、請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
３．アクチノバチルス・サクシノゲネス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡの配列と少なくとも９０％の同一性を有する１６ＳリボソームＲＮＡ配列を含んでいる１の組換え微生物。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１７】
１０．グルコース−６−リン酸脱水素酵素が配列番号２に示すアミノ酸配列と少なくとも約４０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、１〜５のいずれか１つに記載の組換え微生物。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
１１．リンゴ酸脱水素酵素が配列番号４に示すアミノ酸配列と少なくとも約６０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、１〜５のいずれか１つに記載の組換え微生物。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４６】
代表的なグルコース６−リン酸脱水素酵素のアミノ酸配列を配列番号２として示す。これはアクチノバチルス・サクシノゲネスのＺｗｆのアミノ酸配列である。組換え微生物は、Ｚｗｆ酵素（例えば、配列番号２）のアミノ酸配列と少なくとも約４０％の配列同一性を有する、より好ましくは、Ｚｗｆ酵素のアミノ酸配列（例えば、配列番号２）と少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％の配列同一性を有する変異型ポリペプチドを発現してもよい。様々な態様において変異型ポリペプチドは、基準となる配列に対して１つ以上の保存的な変異を含む。つまり、アミノ酸は機能的に類似のアミノ酸と置換されている。言い換えると、保存的置換は、あるアミノ酸残基を似たような側鎖をもつアミノ酸残基で置き換えることを伴う。アミノ酸残基ファミリーは当該分野において定義されている類似の側鎖を有し、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リシン、アルギニン、およびヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸およびグルタミン酸）、無電荷極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、およびシステイン）、無極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、およびトリプトファン）、ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、およびイソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、およびヒスチジン）がある。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
代表的なリンゴ酸脱水素酵素のアミノ酸配列を配列番号４として示す。これはアクチノバチルス・サクシノゲネスのＭｄｈのアミノ酸配列である。組換え微生物は、Ｍｄｈ酵素のアミノ酸配列（例えば、配列番号４）と少なくとも約５０％または少なくとも約６０％の配列同一性を有する、より好ましくは、Ｍｄｈ酵素のアミノ酸配列（例えば、配列番号４）と少なくとも約７０％または８０％または９０％の配列同一性を有する変異型ポリペプチドを発現してもよい。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
アミノ酸配列の実質的な変異型は、組換え微生物の酵素との関連で許容される。例えば、大腸菌およびアクチノバチルス・サクシノゲネス由来のＺｗｆ酵素のアミノ酸配列の同一性は４４％であるが、本発明に関してはこの両方の酵素が適している。図５を参照のこと。同様に、大腸菌およびアクチノバチルス・サクシノゲネス由来のＭｄｈ酵素のアミノ酸配列の同一性は６９％であり、本発明に関してはこの両方の酵素が適している。図６を参照のこと。Ｍｄｈ酵素は一般的に、種々の生物種中でよく保存されている。糸状菌であるアスペルギルス・フラーブス由来のＭｄｈ酵素のアミノ酸配列は、アクチノバチルス・サクシノゲネスのＭｄｈ酵素の配列とおよそ５０％の同一性を示し、かつ、オキサロ酢酸をリンゴ酸に変換する能力を保持している。図７を参照のこと。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５０】
組換え微生物は細菌細胞や他の原核生物の細胞、および酵母細胞など、好適な微生物であればいずれに由来するものであってよい。一般的には、微生物は商業的な産生に好適なレベルで有機酸を産生することができる。本明細書に記載したように、組換え微生物を調製するのに好適な微生物としては、コハク酸を産生する微生物がある。微生物の例としては、これらには限定されないが、パスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）の生物が挙げられる。パスツレラ科のメンバーとしては、アクチノバチルス・サクシノゲネス、ビスガードタクソン６（エーテボリ大学（スウェーデン）の菌株保存機関（Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｇｏｔｅｂｏｒｇ（ＣＣＵＧ））に受入番号１５５６８として寄託されている）、ビスガードタクソン１０（ＣＣＵＧに受入番号１５５７２として寄託）、マンヘミア・サクシニシプロデュセンス、バスフィア・サクシニシプロデュセンス、大腸菌、アナエロビオスピリルム（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）・サクシニシプロデュセンス、ルミノバクター・アミロフィラス（Ｒｕｍｉｎｏｂａｃｔｅｒ  ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ）、スクシンビブリオ・デキストリンソルベンズ（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｄｅｘｔｒｉｎｏ  ｓｏｌｖｅｎｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、ラルストニア・ユートロファ（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｅｕｔｒｏｐｈａ）、およびコネリ型細菌（例えば、コリネバクテリウム・グルタミクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、コネリバクテリウム・アンモニアゲネス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｍｍｏｎｉａｇｅｎｅｓ）、ブレビバクテリウム・フラバム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｌａｖｕｍ）、ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔｏｆｅｒｍｅｎｔｕｉｎ）、ブレビバクテリウム・デバリカタム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｖａｒｉｃａｔｕｍ））などのアクチノバチルス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属のメンバー；ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属のメンバー；酵母（例えば、出芽酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）などのサッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）属のメンバー）；およびその任意の一部が挙げられる。いくつかの態様では、組換え株は、その微生物の１６Ｓ  ｒＲＮＡがアクチノバチルス・サクシノゲネスの１６Ｓ  ｒＲＮＡと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、少なくとも約９５％の配列同一性）をもつ微生物由来であってよい。例えば、その組換え株は、アクチノバチルス・サクシノゲネス、ビスガードタクソン６、またはビスガードタクソン１０の株に由来するものであってよい。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０９】
他の態様では、アクチノバチルス・サクシノゲネス由来の両方の酵素を発現させる。その上さらに他の態様では、大腸菌由来の両方の酵素を発現させる。一層さらに他の態様では、グルコース−６−リン酸脱水素酵素は大腸菌によってコードされているものであり、かつ、リンゴ酸脱水素酵素はアクチノバチルス・サクシノゲネスによってコードされているものである。遺伝子の組み合わせは逆転していてもよい。他の態様では、ＺｗｆとＭｄｈを発現している微生物としては、パスツレラ科のメンバーが挙げられる。その上さらに他の態様では、この微生物には、アクチノバチルス・サクシノゲネス、ビスガードタクソン６およびビスガードタクソン１０、またはアクチノバチルス・サクシノゲネスのｒＲＮＡの配列と９０％を上回る配列同一性を有するｒＲＮＡ配列をもつ微生物が含まれる。これら遺伝子を発現している宿主細胞はアクチノバチルス・サクシノゲネスであってよい。
その上さらに他の態様では、これら遺伝子は別個の生物中で発現していてもよいが、有機酸を産生するために両方の生物が発酵培地に含まれる。一態様において有機酸はコハク酸またはプロピオン酸である。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１１２】
この出願は、発明の対象になされるあらゆる変更または修正をも包含することを意図するものである。主にｚｗｆとｍｄｈを同時に発現する単一の組換え生物について説明してきたが、例えば、ｚｗｆとｍｄｈのそれぞれを発現する複数の生物を、有機酸を産生させるための単一の発酵プロセスに含めてもよいということが想定できる。本発明の組換え微生物の表現型に関する特徴を維持している本明細書に記載の微生物の変異体または本明細書に記載の微生物の後代も含まれる。実質的に純粋な、本明細書に記載の微生物の単一培養（つまり所望の微生物を少なくとも８０％または少なくとも９０％含んでいる培養）も提供する。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素を発現している組換え微生物。
〔２〕前記組換え生物がコハク酸産生微生物である、前記〔１〕の組換え微生物。
〔３〕アクチノバチルス・サクシノゲネスの１６ＳリボソームＲＮＡの配列と少なくとも９０％の同一性を有する１６ＳリボソームＲＮＡの配列を含んでいる、前記〔１〕の組換え微生物。
〔４〕アクチノバチルス・サクシノゲネス、ビスガードタクソン６またはビスガードタクソン１０である、前記〔１〕の組換え微生物。
〔５〕異種または過剰発現したグルコース−６−リン酸脱水素酵素をコードしているポリヌクレオチドおよび異種または過剰発現したリンゴ酸脱水素酵素をコードしているポリヌクレオチドを含んでいる、前記〔１〕〜〔４〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔６〕前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素がアクチノバチルス・サクシノゲネスの酵素である、前記〔１〕〜〔５〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔７〕前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素がアクチノバチルス・サクシノゲネスの酵素である、前記〔１〕〜〔５〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔８〕前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素が大腸菌の酵素である、前記〔１〕〜〔６〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔９〕前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素が大腸菌の酵素である、前記〔１〕〜〔５〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔１０〕前記グルコース−６−リン酸脱水素酵素が配列番号２に示すアミノ酸配列と少なくとも約４０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、前記〔１〕〜〔５〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔１１〕前記リンゴ酸脱水素酵素が配列番号４に示すアミノ酸配列と少なくとも約６０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、前記〔１〕〜〔５〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔１２〕前記微生物が、グルコース−６−リン酸脱水素酵素またはリンゴ酸脱水素酵素だけを発現している微生物よりも多量の有機酸を産生する、前記〔１〕〜〔１１〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔１３〕前記微生物が約５０ｇ／Ｌ〜１５０ｇ／Ｌの濃度でコハク酸を産生することが可能な、前記〔１〕〜〔１２〕のいずれか１項に記載の組換え微生物。
〔１４〕有機酸を産生するための過程であって、前記〔１〕〜〔１３〕のいずれか１項に記載の組換え微生物を発酵培地中で培養することを含む過程。
〔１５〕組換え微生物を炭素源と共に、有機酸を産生するのに好ましい条件で培養する工程を含む有機酸の産生方法であって、ここで前記組換え微生物がグルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素のうちの少なくとも１つを発現している、産生方法。
〔１６〕前記組換え微生物がグルコース−６−リン酸脱水素酵素およびリンゴ酸脱水素酵素の両方を発現する、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１７〕前記〔１〕〜〔１３〕のいずれか１項に記載の組換え微生物を炭素源と共に、有機酸を産生するのに好ましい条件で培養することを含む、有機酸の産生方法。
〔１８〕前記有機酸がコハク酸またはプロピオン酸である、前記〔１５〕〜〔１７〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１９〕前記有機酸がコハク酸である前記〔１８〕に記載の方法。
〔２０〕前記炭素源がグルコースまたはソルビトールである、前記〔１５〕〜〔１９〕のいずれか１項に記載の方法。