【手続補正書】
【提出日】平成28年1月19日(2016.1.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一酸化炭素を含む基質の発酵において、１つまたは複数の産物を産生し、ならびに低下した量の２，３ブタンジオールおよび／もしくはその前駆体を産生するように、または２，３ブタンジオールおよび／もしくはその前駆体を実質的に産生しないように適応している組換え一酸化炭素資化性酢酸産生微生物であって、当該微生物は、親微生物と比較して、２，３−ブタンジオール生合成経路を破壊する１つまたは複数の遺伝子改変を含み、ここで前記２，３−ブタンジオール生合成経路を破壊する１つまたは複数の遺伝子改変は、
(a) ピルベートをアセトラクテートへ変換する能力がある１つもしくは複数の酵素の発現および／または活性を破壊する少なくとも１つの遺伝子改変；
(b) アセトラクテートをアセトインへ変換する能力がある１つもしくは複数の酵素の発現および／または活性を破壊する少なくとも１つの遺伝子改変；
(c) アセトインを２，３−ブタンジオールへ変換する能力がある１つもしくは複数の酵素の発現および／または活性を破壊する少なくとも１つの遺伝子改変；ならびに
(d) 前記の組み合わせ
から選択される、前記微生物。
【請求項２】
主要産物としてエタノールを産生するように適応している、請求項１に記載の組換え一酸化炭素資化性酢酸産生微生物。
【請求項３】
ホルメート、ラクテート、ピルベート、スクシネート、バリン、ロイシン、イソロイシン、アセトラクテート、マレート、フマレート、２−オキソグルタレートおよびシトレートのうちの１つまたは複数をさらに産生するように適応している、請求項２に記載の組換え微生物。
【請求項４】
親微生物と比較して、増加した量の、エタノール、ホルメート、ラクテート、ピルベート、スクシネート、バリン、ロイシン、イソロイシン、アセトラクテート、マレート、フマレート、２−オキソグルタレートおよびシトレートのうちの１つまたは複数を産生するように適応している、請求項２または３に記載の組換え微生物。
【請求項５】
エタノール、ホルメート、ラクテート、ピルベート、スクシネート、バリン、ロイシン、イソロイシン、アセトラクテート、マレート、フマレート、２−オキソグルタレートおよびシトレートからなる群から選択される１つまたは複数を産生するように適応している、請求項１に記載の組換え微生物。
【請求項６】
ピルベートをアセトラクテートへ変換する能力がある１つまたは複数の酵素が、アセト乳酸シンターゼ(EC 2.2.1.6)（ａｌｓＳ）である、請求項１または２に記載の組換え微生物。
【請求項７】
アセトラクテートをアセトインへ変換する能力がある１つまたは複数の酵素が、アセト乳酸デカルボキシラーゼ(EC 4.1.1.5)（ｂｕｄＡ）である、請求項１または２に記載の組換え微生物。
【請求項８】
アセトインを２，３−ブタンジオールへ変換する能力がある１つまたは複数の酵素が、２，３−ブタンジオールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.4)（２，３ｂｄｈ）、アセトインレダクターゼ(EC 1.1.1.4)および第一級：第二級アルコールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.2)から選択される酵素である、請求項１または２に記載の組換え微生物。
【請求項９】
１つまたは複数の遺伝子改変が、アセト乳酸シンターゼ(EC 2.2.1.6)（ａｌｓＳ）、アセト乳酸デカルボキシラーゼ(EC 4.1.1.5)（ＢｕｄＡ）、２，３−ブタンジオールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.4)（２，３ｂｄｈ）、アセトインレダクターゼ(EC 1.1.1.4)、および第一級：第二級アルコールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.2)の１つまたは複数の発現および／または活性を破壊する、請求項１から８のいずれか一項または複数に記載の組換え微生物。
【請求項１０】
親微生物が、クロストリジウム・オートエタノゲナム（Clostridium autoethanogenum）、クロストリジウム・リュングダリイ（Clostridium ljungdahlii）、クロストリジウム・ラグスダレイ（Clostridium ragsdalei）、およびクロストリジウム・コスカッティ（Clostridium coskatii）を含む群から選択される、請求項１から９のいずれか一項に記載の組換え微生物。
【請求項１１】
親微生物が、クロストリジウム・オートエタノゲナム（Clostridium autoethanogenum）ＤＳＭ２３６９３である、請求項９に記載の組換え微生物。
【請求項１２】
一酸化炭素を含む基質の発酵において、１つまたは複数の産物を産生する能力があり、ならびに低下した量の２，３ブタンジオールおよび／もしくはその前駆体を産生する能力があり、または２，３ブタンジオールおよび／もしくはその前駆体を実質的に産生する能力がない組換え一酸化炭素資化性酢酸産生微生物の作製方法であって、２，３−ブタンジオール生合成経路を破壊するように一酸化炭素資化性酢酸産生親微生物を遺伝子改変することを含み、前記方法は、
(a) ピルベートをアセトラクテートへ変換する能力がある酵素；
(b) アセトラクテートをアセトインへ変換する能力がある酵素；
(c) アセトインを２，３−ブタンジオールへ変換する能力がある酵素；および
(d) 前記の組み合わせ
をコードする遺伝子を破壊する１つまたは複数の遺伝子改変を親微生物に導入することを含み、好ましくは、前記方法は前記遺伝子の２つまたはそれ以上の組み合わせを破壊する１または複数の遺伝子改変を前記親微生物に導入することを含む、
前記方法。
【請求項１３】
主要産物としてエタノールを産生する能力がある組換え一酸化炭素資化性酢酸産生微生物を作製するための、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ピルベートをアセトラクテートへ変換する能力がある１つまたは複数の酵素が、アセト乳酸シンターゼ(EC 2.2.1.6)（ａｌｓＳ）である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
アセトラクテートをアセトインへ変換する能力がある１つまたは複数の酵素が、アセト乳酸デカルボキシラーゼ(EC 4.1.1.5)（ｂｕｄＡ）である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１６】
アセトインを２，３−ブタンジオールへ変換する能力がある１つもしくは複数の酵素が、２，３−ブタンジオールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.4)（２，３ｂｄｈ）、アセトインレダクターゼ(EC 1.1.1.4)、および第一級：第二級アルコールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.2)から選択される酵素である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１７】
１つまたは複数のアセト乳酸シンターゼ(EC 2.2.1.6)（ａｌｓＳ）、アセト乳酸デカルボキシラーゼ(EC 4.1.1.5)（ＢｕｄＡ）、２，３−ブタンジオールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.4)（２，３ｂｄｈ）、アセトインレダクターゼ(EC 1.1.1.4)、および第一級：第二級アルコールデヒドロゲナーゼ(EC 1.1.1.2)のうちの１つまたは複数をコードする遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊する１つまたは複数の遺伝子改変を親微生物に導入することを含む、請求項１２から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１から１０のいずれか一項に記載の微生物を用いた、ＣＯを含む基質の発酵を含む、１つまたは複数の産物の産生方法であって、前記産物は、好ましくはエタノール、ホルメート、ラクテート、ピルベート、スクシネート、バリン、ロイシン、イソロイシン、アセトラクテート、マレート、フマレート、２−オキソグルタレートおよびシトレートのうちの１つまたは複数である、前記方法。
【請求項１９】
（ａ）請求項１から１０のいずれか一項に記載の１つまたは複数の微生物の培養物を含有するバイオリアクタに、ＣＯを含む基質を供給するステップ；および 
（ｂ）バイオリアクタ内で培養物を嫌気的に発酵して、好ましくはエタノールを含む、１つまたは複数の産物を産生するステップ；または
（ｃ）産業プロセスの結果として生成されるＣＯ含有ガスを、前記ガスが大気中へ放出される前に、捕獲するステップ；
（ｄ）請求項１から１０のいずれか一項に記載の１つまたは複数の微生物を含有する培養物による、好ましくはエタノールを含む１つまたは複数の産物を産生するためのＣＯ含有ガスの嫌気性発酵ステップ：
および、任意に、発酵ブロスから１つまたは複数の産物を回収するステップをさらに含み、好ましくは、基質が、少なくとも約２０体積％〜約１００体積％のＣＯを含む、
請求項１８に記載の方法。