【手続補正書】
【提出日】平成28年10月27日(2016.10.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える組成物であって、
前記遺伝子編集タンパク質が、
（ａ）所定のヌクレオチド配列を認識する第１の領域と、
（ｂ）エンドヌクレアーゼ活性を有する第２の領域と、
を備え、
前記第１の領域が、複数の反復配列を備え、
前記反復配列の少なくとも１つが、アミノ酸配列：ＬＴＰｖＱＶＶＡＩＡｗｘｙｚＧＨＧＧを備え、
「ｖ」が、Ｑ、Ｄ又はＥであり、
「ｗ」が、Ｓ又はＮであり、
「ｘ」が、任意のアミノ酸であり、
「ｙ」が、任意のアミノ酸又はアミノ酸の不在であり、
「ｚ」が、ＧＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＤ、ＧＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＡ、ＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＤ、又はＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＡである、
組成物。
【請求項２】
「ｘ」が、Ｎ、Ｈ又はＩである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
「ｘ」が、Ｎ、Ｈ又はＩ以外の任意のアミノ酸である、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
「ｘ」が、Ｓ、Ｔ又はＱである、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
「ｙ」が、Ｄ、Ａ、Ｉ、Ｎ、Ｈ、Ｋ、Ｓ及びＧから選択される、請求項２に記載の組成物。
【請求項６】
「ｙ」が、Ｄ、Ａ、Ｉ、Ｎ、Ｈ、Ｋ、Ｓ及びＧから選択される、請求項４に記載の組成物。
【請求項７】
「ｘ」がＩであり、「ｙ」がＧ以外の任意のアミノ酸である、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
「ｘ」がＩであり、「ｙ」がＡである、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記エンドヌクレアーゼ活性を有する領域が、エンドヌクレアーゼ活性を有するその他の領域と二量体を形成することができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
標的ＤＮＡ分子にニック又は二本鎖切断を生み出すことができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
１つ以上のタンパク質の発現を低減することができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
非機能性タンパク質をコードする遺伝子を生成することができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
ドミナントネガティブ型タンパク質をコードする遺伝子を生成することができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記核酸が、合成ＲＮＡ分子である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
前記合成ＲＮＡ分子が、１つ以上の非標準ヌクレオチドを備える、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記非標準ヌクレオチドが、プソイドウリジン、５−メチルプソイドウリジン、５−メチルウリジン、５−メチルシチジン、５−ヒドロキシメチルシチジン、Ｎ４−メチルシチジン、Ｎ４−アセチルシチジン、及び７−デアザグアノシンからなる群から選択される、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記エンドヌクレアーゼ活性を有する領域が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を備えるタンパク質の触媒ドメインを備える、請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
生細胞中の標的ＤＮＡ配列を変更するための生体外の方法であって、請求項１に記載の組成物を、生細胞に接触させることを含む、方法。
【請求項１９】
遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える組成物であって、
前記遺伝子編集タンパク質が、
（ａ）ＤＮＡ結合ドメインと、
（ｂ）ヌクレアーゼドメインと、
を備え、
（ａ）前記ＤＮＡ結合ドメインが、複数の反復配列を備え、前記反復配列の少なくとも１つが、アミノ酸配列：ＬＴＰｖＱＶＶＡＩＡｗｘｙｚＧＨＧＧ（配列番号７５）を備え、
「ｖ」が、Ｑ、Ｄ又はＥであり、
「ｗ」が、Ｓ又はＮであり、
「ｘ」が、Ｎ、Ｈ又はＩであり、
「ｙ」が、Ｄ、Ａ、Ｉ、Ｎ、Ｈ、Ｓ又はＧであり、
「ｚ」が、ＧＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＤ、ＧＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＡ、ＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＤ、又はＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＡであり、
（ｂ）前記ヌクレアーゼドメインが、ヌクレアーゼの触媒ドメインを備える、
組成物。
【請求項２０】
前記核酸が、合成ＲＮＡ分子である、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記合成ＲＮＡ分子が、１つ以上の非標準ヌクレオチドを備える、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記非標準ヌクレオチドが、５−メチルウリジン又は５−メチルシチジンである、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記ヌクレアーゼドメインが、配列番号５３のアミノ酸配列を備えるタンパク質の触媒ドメインを備える、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２４】
前記ヌクレアーゼが、ＦｏｋＩ又はＳｔｓＩである、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ヌクレアーゼドメインが、その他のヌクレアーゼドメインと二量体を形成することができる、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２６】
前記遺伝子編集タンパク質が、標的ＤＮＡ分子にニック又は二本鎖切断を生み出すことができる、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２７】
前記反復配列の少なくとも１つが、標的ＤＮＡ分子内の結合部位に結合することができる領域を備え、前記結合部位が、１から５塩基長の定義された配列を備える、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２８】
生細胞中の標的ＤＮＡ配列を変更するための生体外の方法であって、請求項１９に記載の組成物を、生細胞に接触させることを含む、方法。
【請求項２９】
生細胞のＤＮＡ配列を変更するための組成物であって、
遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備え、
前記遺伝子編集タンパク質が、
（ａ）ＤＮＡ結合ドメインと、
（ｂ）ヌクレアーゼドメインと、
を備え、
前記ＤＮＡ結合ドメインが、複数の反復配列を備え、
前記反復配列の少なくとも２つが、互いに対して少なくとも５０％の相同性を有し、
前記反復配列の少なくとも１つが、標的ＤＮＡ分子内の結合部位に結合することができる１つ以上の領域を備え、
前記結合部位が、１から５塩基長の定義された配列を備え、
前記ヌクレアーゼドメインが、ＳｔｓＩエンドヌクレアーゼ（配列番号１）、ＳｔｓＩ−ＨＡ（配列番号２）、ＳｔｓＩ−ＨＡ２（配列番号３）、ＳｔｓＩ−ＵＨＡ（配列番号４）、ＳｔｓＩ−ＵＨＡ２（配列番号５）、ＳｔｓＩ−ＨＦ（配列番号６）、及びＳｔｓＩ−ＵＨＦ（配列番号７）、並びにこれらの生物活性断片からなる群から選択されるタンパク質の触媒ドメインを備える、
組成物。
【請求項３０】
神経変性疾患を治療するための方法であって、
患者に、遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える、治療有効量の組成物を投与することを含み、
前記遺伝子編集タンパク質が、疾患に関連するプラークを形成するタンパク質をコードするヌクレオチド配列に結合することができ、
結果として、前記患者において、前記疾患の進行の遅延又は停止、及び／又は疾患に関連するプラークの低減をもたらす、
方法。
【請求項３１】
前記ヌクレオチド配列が、ＳＮＣＡ遺伝子を備える、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記ヌクレオチド配列が、α−シヌクレインをコードする、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記神経変性疾患が、パーキンソン病、アルツハイマー病、及び認知症からなる群から選択される少なくとも１つである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記１つ以上の遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える組成物が、請求項１に記載の組成物である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）を治療するための方法であって、
患者に、１つ以上の遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える組成物を投与することを含み、
前記１つ以上の遺伝子編集タンパク質が、ＤＭＤ遺伝子内の配列を標的にする、
方法。
【請求項３６】
当該治療が、ＤＭＤタンパク質の短縮形態の生成をもたらす、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記標的配列が、約１キロ塩基（ｋｂ）のスプライス受容部位内にある、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記１つ以上の遺伝子編集タンパク質をコードする核酸を備える組成物が、請求項１に記載の組成物である、請求項３５に記載の方法。