【手続補正書】
【提出日】平成28年9月12日(2016.9.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一般式：Ｘ−Ｌ−［Ｘ−Ｌ］ｉ−Ｘを含む化合物であって、
式中、ｉは、０〜９の整数であり、その値は、前記化合物中に存在する［Ｘ−Ｌ］ｉの単位数を示し、
各Ｘは、独立して、ゲノム標的配列の一標的領域と相補的な少なくとも７個の連続したヌクレオチドを含む相補性の領域を有する、長さが８〜５０ヌクレオチドのターゲティングオリゴヌクレオチドであり、各Ｌは、少なくとも２個のＸを連結し、各Ｘより哺乳動物の抽出物中で切断されやすいリンカーであり、
少なくとも１個のＬが、エンドペプチダーゼによって切断される配列を含むペプチドを含む、化合物。
【請求項２】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが修飾ヌクレオチドを含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記修飾ヌクレオチドが架橋型ヌクレオチドである、請求項２に記載の化合物。
【請求項４】
前記架橋型ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、またはＥＮＡ修飾ヌクレオチドである、請求項３に記載の化合物。
【請求項５】
前記架橋型ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドである、請求項３に記載の化合物。
【請求項６】
前記修飾ヌクレオチドが、２’修飾ヌクレオチドである、請求項２に記載の化合物。
【請求項７】
前記２’修飾ヌクレオチドが、２’−Ｏ−メチルまたは２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）ヌクレオチドである、請求項６に記載の化合物。
【請求項８】
前記２’修飾ヌクレオチドが、２’−Ｏ−メチルである、請求項６に記載の化合物。
【請求項９】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチドおよび２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを含む、請求項２に記載の化合物。
【請求項１０】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが、交互するデオキシリボヌクレオチドおよび２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項２に記載の化合物。
【請求項１１】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが、交互するデオキシリボヌクレオチドおよび２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを含む、請求項２に記載の化合物。
【請求項１２】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが、交互するデオキシリボヌクレオチドおよびＥＮＡヌクレオチド類似体を含む、請求項２に記載の化合物。
【請求項１３】
少なくとも１つのターゲッティングオリゴヌクレオチドが、交互するＬＮＡヌクレオチドおよび２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを含む、請求項２に記載の化合物。
【請求項１４】
ｉ＝０である、請求項１に記載の化合物。
【請求項１５】
前記エンドペプチダーゼが、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、サーモリシン、ペプシン、またはエンドペプチダーゼＶ８である、請求項１に記載の化合物。
【請求項１６】
前記エンドペプチダーゼが、カテプシンＢ、カテプシンＤ、カテプシンＬ、カテプシンＣ、パパイン、カテプシンＳ、またはエンドソーム酸性インスリナーゼである、請求項１に記載の化合物。
【請求項１７】
前記エンドペプチダーゼによって切断される配列が、ＡＬＡＬ（配列番号１２５）、ＡＰＩＳＦＦＥＬＧ（配列番号１２６）、ＦＬ、ＧＦＮ、Ｒ／ＫＸＸ、ＧＲＷＨＴＶＧＬＲＷＥ（配列番号１２７）、ＧＲＷＰＰＭＧＬＰＷＥ（配列番号１３７）、ＧＲＷＨＰＭＧＡＰＷＥ（配列番号１３８）、ＹＬ、ＧＦ、またはＦＦであり、式中、Ｘは、任意のアミノ酸である、請求項１に記載の化合物。
【請求項１８】
請求項１から１７のいずれか一項に記載の化合物および担体を含む組成物。
【請求項１９】
請求項１から１７のいずれか一項に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項２０】
請求項１８に記載の組成物を収容する容器を含むキット。
【請求項２１】
細胞内の標的遺伝子の発現を増大させるｉｎ  ｖｉｔｒｏの方法であって、前記細胞を請求項１から１７のいずれか一項に記載の化合物と接触させるステップと、前記化合物が前記細胞内に入る条件下で前記細胞を維持するステップとを含み、前記化合物の少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、ｌｎｃＲＮＡ遺伝子のセンス鎖中に存在し、その産物は、前記標的遺伝子の発現を阻害する、方法。
【請求項２２】
被験体内の標的遺伝子のレベルを増大させるための組成物であって、該組成物は、請求項１から１７のいずれか一項に記載の化合物を含み、前記被験体に投与されることと、前記化合物の少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、ｌｎｃＲＮＡ遺伝子のセンス鎖中に存在し、その産物は、前記標的遺伝子の発現を阻害することとを特徴とする、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
先の記述および以下の記述は、例示的で説明的であるだけであり、本文で主張される本発明を限定するものではなく、多量体ターゲティングオリゴヌクレオチド（例えば、ＡＳＯ）は、それぞれの標的名称のみによって呼ばれる場合があり、例えば、「ＡｐｏＣ３−ＡｐｏＣ３二量体」は、「ＡｐｏＣ３−ＡｐｏＣ３  ＡＳＯ二量体」を短縮形として意味する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
一般式：Ｘ−Ｌ−［Ｘ−Ｌ］ｉ−Ｘを含む化合物であって、
式中、ｉは、０〜９の整数であり、その値は、前記化合物中に存在する［Ｘ−Ｌ］ｉの単位数を示し、
各Ｘは、独立して、ゲノム標的配列の一標的領域と相補的な少なくとも７個の連続したヌクレオチドを含む相補性の領域を有する、長さが８〜５０ヌクレオチドのターゲティングオリゴヌクレオチドであり、各Ｌは、少なくとも２個のＸを連結し、各Ｘより哺乳動物の抽出物中で切断されやすいリンカーであり、
ｉ＝０であるとき、かつ一般式が５’Ｘ３’−Ｌ−５’Ｘ３’であるとき、かつ第１のＸおよび第２のＸと相補的な前記標的領域が前記ゲノム標的配列中で重ならないとき、前記第１のＸと相補的な前記標的領域の５’末端および前記第２のＸと相補的な前記標的領域の３’末端は、前記ゲノム標的配列内で０〜４ヌクレオチドの距離内になく、
少なくとも１個のＬは、自己相補性ヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを含まず、少なくとも１個のＬは、２個の直接隣接するＸと相補的な前記標的領域と連続した前記ゲノム標的配列の一領域と相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを含まず、少なくとも１個のＬはオリゴヌクレオチドを含まず、少なくとも１個のＬはジスルフィド結合を含まない、
化合物。
（項目２）
ｉが１〜９の整数である、項目１に記載の化合物。
（項目３）
少なくとも１個のＬについて、前記リンカーが、前記ターゲティングオリゴヌクレオチドより前記哺乳動物の抽出物中でエンドヌクレアーゼによって切断されやすいオリゴヌクレオチドを含む、項目１または２に記載の化合物。
（項目４）
少なくとも１個のＬが、１〜１０個のチミジンまたはウリジンを含むヌクレオチド配列を有するリンカーである、項目１または３に記載の化合物。
（項目５）
少なくとも１個のＬが、ホスホジエステルヌクレオチド間連結によって連結されたデオキシリボヌクレオチドを含むヌクレオチド配列を有するリンカーである、項目１から４のいずれか一項に記載の化合物。
（項目６）
少なくとも１個のＬが、ホスホジエステルヌクレオチド間連結によって連結された１〜１０個のチミジンを含むヌクレオチド配列を有するリンカーである、項目１から５のいずれか一項に記載の化合物。
（項目７）
少なくとも１個のＬが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結によって連結された１〜１０個のウリジンを含むヌクレオチド配列を有するリンカーである、項目１から６のいずれか一項に記載の化合物。
（項目８）
少なくとも１個のＬが、式：
【化３７】
2015529469.tif 000001
を有するリンカーであり、式中、Ｚはオリゴヌクレオチドである、項目１から７のいずれか一項に記載の化合物。
（項目９）
Ｚが、１〜１０個のチミジンまたはウリジンを含むヌクレオチド配列を有する、項目８に記載の化合物。
（項目１０）
少なくとも１個のＬが、自己相補性ヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを含まず、２つの隣接する標的領域と連続した前記ゲノム標的配列の一領域と相補的なヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを含まない、項目１に記載の化合物。
（項目１１）
少なくとも１個のＬが、脱塩基部位を有するオリゴヌクレオチドを含まないリンカーである、項目１に記載の化合物。
（項目１２）
少なくとも１個のＬについて、前記リンカーが、前記ターゲティングオリゴヌクレオチドより前記哺乳動物の抽出物中でエンドペプチダーゼによって切断されやすいポリペプチドを含む、項目１または２に記載の化合物。
（項目１３）
前記エンドペプチダーゼが、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、サーモリシン、ペプシン、またはエンドペプチダーゼＶ８である、項目１２に記載の化合物。
（項目１４）
前記エンドペプチダーゼが、カテプシンＢ、カテプシンＤ、カテプシンＬ、カテプシンＣ、パパイン、カテプシンＳ、またはエンドソーム酸性インスリナーゼである、項目１３に記載の化合物。
（項目１５）
少なくとも１個のＬが、ＡＬＡＬ（配列番号１２５）、ＡＰＩＳＦＦＥＬＧ（配列番号１２６）、ＦＬ、ＧＦＮ、Ｒ／ＫＸＸ、ＧＲＷＨＴＶＧＬＲＷＥ（配列番号１２７）、ＹＬ、ＧＦ、およびＦＦから選択されるアミノ酸配列を有するペプチドを含むリンカーであり、式中、Ｘは、任意のアミノ酸である、項目１４に記載の化合物。
（項目１６）
前記哺乳動物の抽出物中の前記切断が、ヌクレアーゼ、ペプチダーゼ、プロテアーゼ、ホスファターゼ、オキシダーゼ、またはレダクターゼによって媒介される、項目１または２に記載の化合物。
（項目１７）
少なくとも１個のＬが、式−（ＣＨ２）ｎＳ−Ｓ（ＣＨ２）ｍ−を含むリンカーであり、式中、ｎおよびｍは、独立して、０〜１０の整数である、項目１または２に記載の化合物。
（項目１８）
少なくとも１個のＬリンカーが、低ｐＨ不安定結合を含む、項目１または２に記載の化合物。
（項目１９）
前記低ｐＨ不安定結合が、アミン、エステル、安息香酸アミン、アミノエステル、ジオルトエステル、ポリホスホエステル、ポリホスファゼン、アセタール、ビニルエーテル、ヒドラゾン、アジドメチル−メチルマレイン酸無水物、チオプロピオネート、マスク化エンドソーム溶解剤、またはシトラコニル基を含む、項目１８に記載の化合物。
（項目２０）
少なくとも１個のＬが分枝状リンカーである、項目１〜１８のいずれか一項に記載の化合物。
（項目２１）
前記分枝状リンカーがホスホラミダイト連結を含む、項目２０に記載の化合物。
（項目２２）
非対称分枝状三量体である、項目２０または２１に記載の化合物。
（項目２３）
対称分枝状三量体である、項目２０または２１に記載の化合物。
（項目２４）
少なくとも１個のＬが、前記ターゲティングオリゴヌクレオチドより、哺乳動物の抽出物の存在下で切断に少なくとも２倍感受性であるリンカーである、項目１から２３のいずれか一項に記載の化合物。
（項目２５）
以下の一般式：
Ｘ−Ｌ−［Ｘ−Ｌ］ｉ−Ｘ
を有し、式中、ｉは０である、項目１に記載の化合物。
（項目２６）
以下の一般式：
Ｘ−Ｌ−［Ｘ−Ｌ］ｉ−Ｘ
を有し、式中、ｉは１である、項目１に記載の化合物。
（項目２７）
以下の一般式：
【化３８】
2015529469.tif 000002
を有し、式中、ｉは０である、項目１に記載の化合物。
（項目２８）
以下の一般式：
【化３９】
2015529469.tif 000003
を有し、式中、ｊおよびｋは、独立して０または１であり、その値はそれぞれ、前記化合物中に存在するＸｊおよびＸｋの数を示し、ＸｊおよびＸｋのうちの少なくとも１つが前記化合物中に存在する、項目１に記載の化合物。
（項目２９）
以下の一般式：
【化４０】
2015529469.tif 000004
を有し、式中、ｊおよびｋは、独立して０または１であり、その値はそれぞれ、前記化合物中に存在するＸｊおよびＸｋの数を示し、ｌおよびｍは、独立して０〜３の整数であり、その値はそれぞれ、前記化合物中に存在する［Ｘ−Ｌ］ｌおよび［Ｌ−Ｘ］ｍの単位数を示し、［Ｘ−Ｌ］ｌおよび［Ｌ−Ｘ］ｍのうちの少なくとも１つが前記化合物中に存在する、項目１に記載の化合物。
（項目３０）
リンカーによって連結された、長さが８〜５０ヌクレオチドの少なくとも２つのターゲティングオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記リンカーは、前記少なくとも２つのターゲティングオリゴヌクレオチドより、哺乳動物の抽出物の存在下で酵素的切断に少なくとも２倍感受性であり、各ターゲティングオリゴヌクレオチドは、ゲノム標的配列の一標的領域と相補的な少なくとも７個の連続したヌクレオチドを含む相補性の領域を有し、少なくとも１個のＬはオリゴヌクレオチドを含まず、少なくとも１個のＬはジスルフィド結合を含まない、化合物。
（項目３１）
前記リンカーが、２つのターゲティングオリゴヌクレオチドより、哺乳動物の抽出物の存在下で酵素的切断に少なくとも５倍感受性である、項目２２に記載の化合物。
（項目３２）
前記リンカーがオリゴヌクレオチドである、項目３０または３１に記載の化合物。
（項目３３）
前記オリゴヌクレオチドが、前記標的領域に直接隣り合う位置で前記ゲノム標的配列と相補的でない配列を有する、項目３０から３２のいずれか一項に記載の化合物。
（項目３４）
前記哺乳動物の抽出物が、腎臓、肝臓、腸、または腫瘍の組織からの抽出物である、項目１から３３のいずれか一項に記載の化合物。
（項目３５）
前記哺乳動物の抽出物が細胞抽出物である、項目１から３３のいずれか一項に記載の化合物。
（項目３６）
前記哺乳動物の抽出物がエンドソーム抽出物である、項目３５に記載の化合物。
（項目３７）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のリボヌクレオチド、少なくとも１個のデオキシリボヌクレオチド、または少なくとも１個の架橋型ヌクレオチドを含む、項目１から３６のいずれか一項に記載の化合物。
（項目３８）
前記架橋型ヌクレオチドが、ＬＮＡヌクレオチド、ｃＥｔヌクレオチド、またはＥＮＡ修飾ヌクレオチドである、項目３７に記載の化合物。
（項目３９）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、少なくとも１個の２’−フルオロ−デオキシリボヌクレオチドを含む、項目１から３８のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４０）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチドであって、前記デオキシリボヌクレオチドの５’末端および３’末端のそれぞれに、少なくとも１個の架橋型ヌクレオチドが隣接したデオキシリボヌクレオチドを含む、項目１から３９のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４１）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、少なくとも２個のヌクレオチド間にホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項目１から４０のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４２）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが２’Ｏ−メチルを含む、項目１から４１のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４３）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、Ｇ−クランプ、５−プロピニル、または５−オクタジエニル−ピリミジンを含む、項目１から４２のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４４）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、ＲＮａｓｅ  Ｈ動員ヌクレオチドを含むギャップマーである、項目１から６３のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４５）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが一本鎖ｓｉＲＮＡである、項目１から６３のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４６）
親油性部分にコンジュゲートされている、項目１から４５のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４７）
細胞表面受容体に結合するターゲティング部分にコンジュゲートされている、項目１から４６のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４８）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、長さが１２〜１６ヌクレオチドの範囲内である、項目１から４７のいずれか一項に記載の化合物。
（項目４９）
少なくとも２つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、前記リンカーと比べて同じ５’から３’配向にある、項目１から４８のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５０）
少なくとも２つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、前記リンカーと比べて反対の５’から３’配向にある、項目１から４８のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５１）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、末端ヌクレオチドによって前記リンカーに連結されている、項目１から４９のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５２）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、内部ヌクレオチドによって前記リンカーに連結されている、項目１から４９のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５３）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドが、一本鎖オリゴヌクレオチドである、項目１から５２のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５４）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドと相補的な前記標的領域が、遺伝子のセンス鎖中に存在する、項目１から５１のいずれか一項に記載の化合物。
（項目５５）
前記遺伝子が非コードＲＮＡ遺伝子である、項目５４に記載の化合物。
（項目５６）
前記非コードＲＮＡ遺伝子が長鎖非コードＲＮＡ遺伝子である、項目５５に記載の化合物。
（項目５７）
前記非コードＲＮＡ遺伝子がｍｉＲＮＡ遺伝子である、項目５５に記載の化合物。
（項目５８）
前記遺伝子がタンパク質コード遺伝子である、項目５４に記載の化合物。
（項目５９）
少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列が、ＰＲＣ−２関連領域の配列である、項目１から５６に記載の化合物。
（項目６０）
少なくとも２つの標的領域が、異なる遺伝子のセンス鎖中に存在する、項目１から５９のいずれか一項に記載の化合物。
（項目６１）
少なくとも２つの標的領域が、同じ遺伝子のセンス鎖中に存在する、項目１から５９のいずれか一項に記載の化合物。
（項目６２）
少なくとも２つの標的領域が異なる、項目１から６１のいずれか一項に記載の化合物。
（項目６３）
少なくとも２つの標的領域が同一である、項目１から６２のいずれか一項に記載の化合物。
（項目６４）
前記遺伝子の産物が、後成的機構によって遺伝子発現を媒介する、項目５４に記載の化合物。
（項目６５）
項目１から６３のいずれか一項に記載の化合物および担体を含む組成物。
（項目６６）
緩衝液中に項目１から６３のいずれか一項に記載の化合物を含む組成物。
（項目６７）
前記化合物が、前記担体にコンジュゲートされている、項目６５に記載の組成物。
（項目６８）
項目１から６３のいずれか一項に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
（項目６９）
項目６５から６８のいずれか一項に記載の組成物を収容する容器を含むキット。
（項目７０）
細胞内の標的遺伝子の発現を増大させる方法であって、前記細胞を項目１から６４のいずれか一項に記載の化合物と接触させるステップと、前記化合物が前記細胞内に入る条件下で前記細胞を維持するステップとを含み、前記化合物の少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、ｌｎｃＲＮＡ遺伝子のセンス鎖中に存在し、その産物は、前記標的遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目７１）
前記細胞内に前記化合物が存在すると、前記化合物を含有しない対照細胞内の前記標的遺伝子の発現レベルより、少なくとも５０％大きい前記標的遺伝子の発現レベルがもたらされる、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
被験体内の標的遺伝子のレベルを増大させる方法であって、項目１から６４のいずれか一項に記載の化合物を前記被験体に投与するステップを含み、前記化合物の少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、ｌｎｃＲＮＡ遺伝子のセンス鎖中に存在し、その産物は、前記標的遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目７３）
被験体内の標的遺伝子のレベルの減少と関連した状態を処置する方法であって、項目１から６４のいずれか一項に記載の化合物を前記被験体に投与するステップを含み、前記化合物の少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、ｌｎｃＲＮＡ遺伝子のセンス鎖中に存在し、その産物は、前記標的遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目７４）
細胞内の標的遺伝子の活性を調節する方法であって、前記細胞を項目１から６４のいずれか一項に記載の化合物と接触させるステップと、前記化合物が前記細胞内に入る条件下で前記細胞を維持するステップとを含み、少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、前記標的遺伝子のセンス鎖中に存在する、方法。
（項目７５）
前記標的遺伝子がタンパク質コード遺伝子であり、前記細胞内に前記化合物が存在すると、前記細胞内の前記標的遺伝子の発現が低減される、項目７０に記載の方法。
（項目７６）
被験体内の標的遺伝子のレベルを調節する方法であって、項目１から６４のいずれか一項に記載の化合物を前記被験体に投与するステップを含み、少なくとも１つのターゲティングオリゴヌクレオチドの前記ゲノム標的配列は、前記標的遺伝子のセンス鎖中に存在する、方法。
（項目７７）
少なくとも１個のＬが、表２．１中の１種または複数の分子に由来する、前記項目のいずれかに記載の化合物、組成物、キット、または方法。