【手続補正書】
【提出日】平成28年2月5日(2016.2.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における感染の種類を決定するための方法であって、
ａ．対象由来試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ；および
i．ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値よりも高い場合、前記対象について細菌感染を除外する、
ii．ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値よりも低い場合、前記対象についてウイルス感染を除外する、
iii．ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値よりも低い場合、前記対象について細菌感染を包含させる、または
iv．ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値よりも高い場合、前記対象についてウイルス感染を包含させるステップ
を含む、方法。
【請求項２】
対象における細菌または混合感染と、ウイルス感染とを識別する方法であって、
ａ．対象由来試料中のＴＲＡＩＬおよびＣＲＰのポリペプチド濃度を測定するステップ；
ｂ．ＴＲＡＩＬおよびＣＲＰの濃度に対して所定の数的関数を適用して、スコアを算出するステップ；
ｃ．前記スコアを所定の参照値と比較するステップ
を含む、方法。
【請求項３】
ｉ．ＳＡＡ、ＰＣＴ、Ｂ２Ｍ  Ｍａｃ−２ＢＰ、ＩＬ１ＲＡおよびＩＰ１０からなる群から選択される１つまたは複数のポリペプチドのポリペプチド濃度を測定するステップ；
ｉｉ．前記ポリペプチド濃度尺度の濃度に対して所定の数的関数を適用して、スコアを算出するステップ；
ｉｉｉ．前記スコアを所定の参照値と比較するステップ
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記測定するステップが、下記ｉ〜Ｘｉｉｉのいずれかの測定を含む、請求項３に記載の方法。
ｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＳＡＡ；
ｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＩＰ１０；
ｉｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＰＣＴ；
ｉｖ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＩＬ１ＲＡ；
ｖ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＢ２Ｍ；
ｖｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＭａｃ−２ＢＰ；
ｖｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡおよびＰＣＴ；
ｖｉｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、Ｍａｃ−２ＢＰおよびＳＡＡ；
ｉｘ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡおよびＩＰ１０；
ｘ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡおよびＩＬ１ＲＡ；
ｘｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＰＣＴおよびＩＰ１０；
ｘｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＰＣＴおよびＩＬ１ＲＡ；または
ｘｉｉｉ．ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＩＰ１０およびＩＬ１ＲＡ。
【請求項５】
前記測定するステップが、ＴＲＡＩＬ、ＣＲＰおよびＩＰ１０の測定を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ、ＩＦＩＴＭ３、ＩＦＩＴ３、ＥＩＦ４Ｂ、ＩＦＩＴ１、ＬＯＣ２６０１０、ＭＢＯＡＴ２、ＭＸ１、ＯＡＳ２、ＲＳＡＤ２、ＡＤＩＰＯＲ１、ＣＤ１５、ＣＤ８Ａ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＬ７、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８、ＴＲＥＭ−１、ＩＬ６、年齢、絶対好中球数（ＡＮＣ）、絶対リンパ球数（ＡＬＣ）、好中球％（Ｎｅｕ（％））、リンパ球％（Ｌｙｍ（％））、単球％（Ｍｏｎｏ（％））、最大体温、症状からの時間、クレアチニン（Ｃｒ）、カリウム（Ｋ）、脈拍および尿素からなる群から選択される１つまたは複数の決定因子を測定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ＣＲＰおよびＩＰ１０を測定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ａ．ウイルス感染を有すると同定された対象が抗ウイルス処置レジメンを受けるように選択され、非ウイルス疾患を有すると同定された対象が抗ウイルス処置レジメンを受けるように選択されない；または
ｂ．細菌もしくは混合感染を有すると同定された対象が抗生物質処置レジメンを受けるように選択され、ウイルス感染、非感染症を有するか、もしくは健康と同定された対象が抗生物質処置レジメンを受けるように選択されない、
対象のための処置レジメンを選択するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
ａ．第１の期間にわたって対象に由来する第１の試料中のＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｂ２Ｍ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＭＣＰ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＴＲＡＩＬ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩＬ１１、ＩＬ１ａ、Ｉ−ＴＡＣおよびＴＮＦＲ１からなる群から選択される１つまたは複数のポリペプチドのレベルを検出するステップ；
ｂ．第２の期間にわたって対象に由来する第２の試料中のＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｂ２Ｍ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシンＭＣＰ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＴＲＡＩＬ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩＬ１１、ＩＬ１ａ、Ｉ−ＴＡＣおよびＴＮＦＲ１からなる群から選択される１つまたは複数のポリペプチドのレベルを検出するステップ；および
ｃ．ステップ（ａ）で検出された１つまたは複数のポリペプチドのレベルを、ステップ（ｂ）で検出されたレベル、または参照値と比較し、１つまたは複数のポリペプチドのレベルの変化により処置の有効性をモニタリングするステップ
を含む、感染のための処置の有効性をモニタリングする方法。
【請求項１０】
第１および第２の試料中のＣＲＰ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８およびＩＬ６からなる群から選択される１つまたは複数のポリペプチドを測定するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象が感染について以前に処置されたことがある、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
第１の試料を、感染について処置される前に前記対象から取得する、
請求項９〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ｉ．第２の試料を、感染について処理された後に前記対象から取得する；
ｉｉ．第２の試料を、感染の再発後に前記対象から取得する；または
ｉｉｉ．第２の試料を、感染の再発前に前記対象から取得する、
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記試料が全血またはその画分である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記血液画分試料が、リンパ球、単球および顆粒球からなる群から選択される細胞を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記血液画分試料が、血清または血漿を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ポリペプチドの発現レベルが電気泳動的に、または免疫化学的に決定される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
ＴＲＡＩＬの濃度を、試料が得られた後約２４時間以内に測定する、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ＴＲＡＩＬの濃度を、１２℃以下で保存した試料中で測定し、前記保存が、試料が得られた後２４時間未満で始まる、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ポリペプチド濃度の年齢正規化をさらに含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象を層別化することをさらに含み、閾値が適切な年齢依存的閾値である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＭＣＰ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩＬ１１、ＩＬ１ａ、Ｉ−ＴＡＣおよびＴＮＦＲ１からなる群から選択される２つ以上のポリペプチドのレベルのパターンを含み、場合により、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８およびＩＬ６からなる群から選択される１つまたは複数のポリペプチドのレベルのパターンをさらに含む、感染参照発現プロファイル。
【請求項２３】
ＴＲＡＩＬポリペプチドを特異的に検出する検出試薬およびＣＲＰポリペプチドを特異的に検出する検出試薬を含むキット。
【請求項２４】
前記検出試薬が１つまたは複数の抗体またはその画分を含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２５】
ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、Ｅｏｔａｘｉｎ、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、Ｍａｃ−２ＢＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩＬ１１、Ｉ−ＴＡＣ、ＴＮＦＲ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８およびＩＬ６からなる群より選択される少なくとも１種のポリペプチドを特異的に検出する検出試薬をさらに含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２６】
ＩＰ１０ポリペプチドを特異的に検出する検出試薬をさらに含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２７】
請求項２２に記載の１つまたは複数の感染参照発現プロファイル、ならびに場合により、追加の試験結果および対象情報を含有する機械で読み取り可能な媒体。