【手続補正書】
【提出日】平成27年12月11日(2015.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における癌を治療する際に使用するための組成物であって、前記癌が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記組成物が、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤を含む、前記組成物。
【請求項２】
前記阻害剤が、前記冗長な相同体の発現または活性を阻害する核酸であるか、前記冗長な相同体に特異的に結合する抗体であるか、または前記冗長な相同体の小分子阻害剤である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
化学療法薬をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記化学療法薬が、ＤＮＡホメオスタシスに干渉する、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
ａ）前記ハウスキーピング遺伝子が、エノラーゼ１（ＥＮＯ１）であり、前記冗長な相同体が、エンドラーゼ２（ＥＮＯ２）であるか、
ｂ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ヘキソース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｈ６ＰＤ）であり、前記冗長な相同体が、グルコース−６デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）であるか、
ｃ）前記ハウスキーピング遺伝子が、キネシンファミリーメンバー１Ｂ（ＫＩＦ１Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、キネシンファミリーメンバー１Ａ（ＫＩＦ１Ａ）またはキネシンファミリーメンバー１Ｃ（ＫＩＦ１Ｃ）であるか、
ｄ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ニコチンアミドヌクレオチドアデニルリルトランスフェラーゼ１（ＮＭＮＡＴ１）であり、前記冗長な相同体が、ニコチンアミドヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ２（ＮＭＮＡＴ２）またはニコチンアミドヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ３（ＮＭＮＡＴ３）であるか、
ｅ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ユビキチン化因子Ｅ４Ｂ（ＵＢＥ４Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、ユビキチン化因子４Ａ（ＵＢＥ４Ａ）であるか、
ｆ）前記ハウスキーピング遺伝子が、アコニターゼ１（ＡＣＯ１）であり、前記冗長な相同体が、アコニターゼ２（ＡＣＯ２）またはアコニターゼ３（ＡＣＯ３）であるか、
ｇ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ｋｅｌｃｈ様９（ＫＬＨＬ９）であり、前記冗長な相同体が、ｋｅｌｃｈ様１３（ＫＬＨＬ１３）であるか、
ｈ）前記ハウスキーピング遺伝子が、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）であり、前記冗長な相同体が、パントテン酸キナーゼ３（ＰＡＮＫ３）であるか、または
ｉ）前記ハウスキーピング遺伝子が、キナーゼファミリーメンバー２０Ｂ（ＫＩＦ２０Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、キナーゼファミリーメンバー２０Ａ（ＫＩＦ２０Ａ）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
部分（ａ）の阻害剤が、ホスホノアセトヒドロキサム酸塩、またはその誘導体である、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
部分（ｂ）の阻害剤が、デヒドロエピアンドロステロン、またはその誘導体である、請求項５に記載の組成物。
【請求項８】
部分（ｄ）の阻害剤が、Ｎｐ２ＡＤ、Ｎｐ４ＡＤ、もしくはＮａｐ４ＡＤ、またはそれらの誘導体である、請求項５に記載の組成物。
【請求項９】
部分（ｆ）の阻害剤が、フルオロクエン酸塩、またはその誘導体である、請求項５に記載の組成物。
【請求項１０】
部分（ｈ）の阻害剤が、ホパンテン酸塩、またはその誘導体である、請求項５に記載の組成物。
【請求項１１】
細胞増殖を障害する、および／または細胞の細胞死を誘導する生体外方法であって、前記細胞が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記細胞を、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤と接触させることを含む、前記生体外方法。
【請求項１２】
細胞増殖を障害する、および／または細胞の細胞死を誘導するための組成物であって、前記細胞が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記組成物が、前記冗長な相同体の阻害剤を含む、前記組成物。
【請求項１３】
対象由来の試料中の前記ハウスキーピング遺伝子の代謝経路の１つ以上の代謝産物のレベルを、請求項１に記載の組成物によって治療された対象における治療計画の有効性の指標とする生体外方法であって、前記対象由来の試料中の前記ハウスキーピング遺伝子の代謝経路の１つ以上の代謝産物のレベルを測定することを含み、前記代謝産物の蓄積が、前記治療が有効であることを示す、前記生体外方法。
【請求項１４】
前記ハウスキーピング遺伝子が、エノラーゼであり、前記代謝産物が、グリセリン酸塩である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
癌を有する対象を治療する際に使用するための組成物であって、前記癌の細胞が前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定され、前記組成物が、有効量の解糖阻害剤を含む、前記組成物。
【請求項１６】
前記ヘテロ接合性変異が、前記ＥＮＯ１遺伝子の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ヘテロ接合性変異が、前記ＥＮＯ１の１つのコピーを不活性化する置換または挿入である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１８】
前記欠失が、染色体１ｐ３６におけるヘテロ接合性の喪失を含む、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１９】
前記解糖阻害剤が、小分子解糖阻害剤、またはそのプロドラッグを含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２０】
前記解糖阻害剤が、エノラーゼ阻害剤である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２１】
前記エノラーゼ阻害剤が、小分子エノラーゼ阻害剤である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記小分子エノラーゼ阻害剤が、Ｄ−タルトロン酸セミアルデヒドリン酸塩；３−アミノエノールピルビン酸−２−リン酸塩；ホスホノアセトヒドロキサム酸塩（ＰｈＡＨ）；２−フルオロ−２−ホスホノアセトヒドロキサム酸塩；（３−ヒドロキシ−２−ニトロプロピル）ホスホン酸塩；（ニトロエチル）ホスホン酸塩；ｄ−（ホスホノエチル）ニトロール酸塩；またはそれらのプロドラッグを含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記小分子エノラーゼ阻害剤が、ＰｈＡＨまたはＰｈＡＨプロドラッグである、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記解糖阻害剤が、ピルビン酸キナーゼ、エノラーゼ、ホスホグリセリン酸ムターゼ、ホスホグリセリン酸キナーゼ、グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、フルクトース二リン酸アルドラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、またはヘキソキナーゼ阻害剤である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２５】
前記解糖阻害剤が、２−デオキシグルコース、６−アミノニコチンアミド、テトロース二リン酸、コニンギン酸、またはＭＪＥ３である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２６】
前記解糖阻害剤が、ＥＮＯ１遺伝子の全てまたは一部に相補的な阻害性ポリヌクレオチドである、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２７】
前記阻害性ポリヌクレオチドが、ｓｉＲＮＡである、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記解糖阻害剤が、少なくとも第２の治療との併用投与を目的とする、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２９】
第２の治療薬をさらに含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記第２の治療薬が、ホルモン治療薬、癌細胞標的治療薬、または化学療法薬を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
前記第２の治療薬が、ミトコンドリア電子伝達鎖の阻害剤を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３２】
前記第２の治療薬が、ムブリチニブ、アンチマイシンＡ、ロテノン、またはオリゴマイシンを含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３３】
前記第２の治療薬が、Ｈｉｆ１α転写因子の阻害剤を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３４】
前記治療薬が、ＰＸ−４７８を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３５】
前記第２の治療薬が、さらなる解糖経路阻害剤を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３６】
前記さらなる解糖経路阻害剤が、２−デオキシグルコース、６−アミノニコチンアミド、テトロース二リン酸、コニンギン酸、またはＭＪＥ３である、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
前記癌が、口腔癌、口腔咽頭癌、鼻咽頭癌、呼吸器癌、泌尿生殖器癌、胃腸癌、中枢または末梢神経系組織癌、内分泌もしくは神経内分泌癌または造血細胞癌、神経膠腫、肉腫、癌腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳癌、口腔咽頭癌、鼻咽頭癌、腎癌、胆道癌、褐色細胞腫、膵島細胞癌、リ−フラウメニ腫瘍、甲状腺癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨原性肉種、多発性神経内分泌Ｉ型およびＩＩ型腫瘍、乳癌、肺癌、頭頸部癌、前立腺癌、食道癌、気道癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、膵癌、卵巣癌、子宮癌、子宮頸癌、精巣癌、大腸癌、直腸癌、または皮膚癌である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項３８】
前記癌が、膠芽細胞腫、希突起神経膠腫、または大細胞神経内分泌肺腫瘍である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項３９】
前記癌が、転移性癌である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項４０】
前記癌が、少なくとも第１の化学療法に抵抗性である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項４１】
対象の癌細胞におけるエノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異の有無を、解糖阻害剤治療に癌を有する対象の指標とする生体外方法であって、前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象が、解糖阻害剤治療を必要とする、前記生体外方法。
【請求項４２】
対象の癌細胞におけるエノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異の有無を、癌を有する対象における解糖阻害剤治療に対する応答の指標とする生体外方法であって、前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含むことは、前記対象が解糖阻害剤治療に対する好ましい応答を有するであろうことを示す、前記生体外方法。
【請求項４３】
前記解糖阻害剤治療が、エノラーゼ阻害剤治療である、請求項４１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
前記ヘテロ接合性変異が、ＥＮＯ１の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、請求項４１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを報告することをさらに含む、請求項４１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
前記報告が、書面による報告書または電子報告書を提供することを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記対象が、解糖阻害剤治療に対して好ましい応答を有することが予測される対象または予測されない対象として特定されたかを報告することをさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記報告が、書面による報告書または電子報告書を提供することを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含むかを決定することが、ＤＮＡ配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸ハイブリダイゼーション、またはＤＮＡ制限分析を含む、請求項４１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含むかを決定することが、エノラーゼ発現または活性を測定することを含む、請求項４１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
解糖阻害剤治療に対する好ましい応答が、腫瘍サイズまたは負荷の低減、腫瘍成長の阻止、腫瘍関連疼痛の低減、癌関連病変の低減、癌関連症状の低減、癌の非進行、無病期間の増加、無増悪期間の増加、寛解の誘導、転移の低減、患者生存率の増加、または抗癌治療に対する腫瘍の感受性の増加を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項５２】
解糖阻害剤と、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異について細胞を試験するための試薬と、を含む、キット。
【請求項５３】
前記解糖阻害剤が、エノラーゼ阻害剤である、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
前記エノラーゼ阻害剤が、小分子エノラーゼ阻害剤である、請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
前記エノラーゼ阻害剤が、Ｄ−タルトロン酸セミアルデヒドリン酸塩；３−アミノエノールピルビン酸−２−リン酸塩；ホスホノアセトヒドロキサム酸塩（ＰｈＡＨ）；２−フルオロ−２−ホスホノアセトヒドロキサム酸塩；（３−ヒドロキシ−２−ニトロプロピル）ホスホン酸塩；（ニトロエチル）ホスホン酸塩；ｄ−（ホスホノエチル）ニトロール酸塩、またはそのプロドラッグを含む、請求項５４に記載のキット。
【請求項５６】
エノラーゼ阻害剤で治療された対象由来の試料中のグリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルを、エノラーゼ阻害剤治療の有効性の指標とする生体外方法であって、エノラーゼ阻害剤で治療される対象由来の試料中のグリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルを測定することを含み、グリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇していない場合、前記対象がさらなるエノラーゼ阻害剤治療を必要とし、グリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇している場合、前記対象が追加のエノラーゼ阻害剤治療を必要としない、前記生体外方法。
【請求項５７】
さらなるエノラーゼ阻害剤治療が、エノラーゼ阻害剤治療のさらなる投与、またはより高い用量のエノラーゼ阻害剤治療の投与である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
癌を有する対象を治療するための組成物であって、前記癌の細胞がｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＲＳ）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定されており、前記組成物が、有効量のＡＲＳ阻害剤、またはそのプロドラッグを含む、前記組成物。
【請求項５９】
前記ヘテロ接合性変異が、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６０】
前記欠失が、５ｑ１３、１ｑ４１、６ｐ２１、９ｑ２４、１１ｐ１５、１ｐ１３、１ｐ３５、１６ｑ１３、１６ｑ２４、５ｑ３１、５ｑ３２、または５ｑ３５からなる群から選択される領域におけるヘテロ接合性の喪失である、請求項５９に記載の組成物。
【請求項６１】
前記ヘテロ接合性変異が、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化する置換または挿入である、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６２】
前記ＡＲＳ遺伝子が、ＥＰＡＲＳ、ＶＡＲＳ、ＩＡＲＳ、ＣＡＲＳ、ＳＡＲＳ、ＹＡＲＳ、ＡＡＲＳ、ＫＡＲＳ、ＬＡＲＳ、ＨＡＲＳ、またはＲＡＲＳのうちの１つである、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６３】
前記ＡＲＳ遺伝子が、ＴＡＲＳである、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６４】
前記ＡＲＳ阻害剤が、小分子阻害剤である、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６５】
前記小分子阻害剤が、ボレリジン、またはそのプロドラッグを含む、請求項６４に記載の組成物。
【請求項６６】
タンパク質合成阻害剤をさらに含む、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６７】
癌を有する対象を治療するための組成物であって、前記癌の細胞がｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＲＳ）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定されており、前記組成物が、ＡＲＳ阻害剤、またはそのプロドラッグを含む、前記組成物。
【請求項６８】
対象の癌細胞におけるＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異の有無を、ＡＲＳ阻害剤治療のために癌を有する対象を選択することの指標とする生体外方法であって、前記対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、ＡＲＳ阻害剤治療のために対象が選択されることを特徴とする、前記生体外方法。
【請求項６９】
対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異の有無を、癌を有する対象におけるＡＲＳ阻害剤治療に対する応答の指標とする生体外方法であって、前記対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象が、ＡＲＳ阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測される、前記生体外方法。
【請求項７０】
ＡＲＳ阻害剤と、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異について細胞を試験するための試薬と、を含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４９】
本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明白となるであろう。しかしながら、本発明の趣旨および範囲内の様々な変化および修正は、この詳細な説明から当業者に明白となるため、詳細な説明および特定の実施例は、本発明の好適な実施形態を示すが、単なる例証として提供されることを理解されたい。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
対象における癌を治療する際に使用するための組成物であって、前記癌が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記組成物が、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤を含む、前記組成物。
（項目２）
前記阻害剤が、前記冗長な相同体の発現または活性を阻害する核酸であるか、前記冗長な相同体に特異的に結合する抗体であるか、または前記冗長な相同体の小分子阻害剤である、項目１に記載の組成物。
（項目３）
化学療法薬をさらに含む、項目１に記載の組成物。
（項目４）
前記化学療法薬が、ＤＮＡホメオスタシスに干渉する、項目３に記載の組成物。
（項目５）
ａ）前記ハウスキーピング遺伝子が、エノラーゼ１（ＥＮＯ１）であり、前記冗長な相同体が、エンドラーゼ２（ＥＮＯ２）であるか、
ｂ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ヘキソース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｈ６ＰＤ）であり、前記冗長な相同体が、グルコース−６デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）であるか、
ｃ）前記ハウスキーピング遺伝子が、キネシンファミリーメンバー１Ｂ（ＫＩＦ１Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、キネシンファミリーメンバー１Ａ（ＫＩＦ１Ａ）またはキネシンファミリーメンバー１Ｃ（ＫＩＦ１Ｃ）であるか、
ｄ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ニコチンアミドヌクレオチドアデニルリルトランスフェラーゼ１（ＮＭＮＡＴ１）であり、前記冗長な相同体が、ニコチンアミドヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ２（ＮＭＮＡＴ２）またはニコチンアミドヌクレオチドアデニリルトランスフェラーゼ３（ＮＭＮＡＴ３）であるか、
ｅ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ユビキチン化因子Ｅ４Ｂ（ＵＢＥ４Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、ユビキチン化因子４Ａ（ＵＢＥ４Ａ）であるか、
ｆ）前記ハウスキーピング遺伝子が、アコニターゼ１（ＡＣＯ１）であり、前記冗長な相同体が、アコニターゼ２（ＡＣＯ２）またはアコニターゼ３（ＡＣＯ３）であるか、
ｇ）前記ハウスキーピング遺伝子が、ｋｅｌｃｈ様９（ＫＬＨＬ９）であり、前記冗長な相同体が、ｋｅｌｃｈ様１３（ＫＬＨＬ１３）であるか、
ｈ）前記ハウスキーピング遺伝子が、パントテン酸キナーゼ１（ＰＡＮＫ１）であり、前記冗長な相同体が、パントテン酸キナーゼ３（ＰＡＮＫ３）であるか、または
ｉ）前記ハウスキーピング遺伝子が、キナーゼファミリーメンバー２０Ｂ（ＫＩＦ２０Ｂ）であり、前記冗長な相同体が、キナーゼファミリーメンバー２０Ａ（ＫＩＦ２０Ａ）である、項目１に記載の組成物。
（項目６）
部分（ａ）の阻害剤が、ホスホノアセトヒドロキサム酸塩、またはその誘導体である、項目５に記載の組成物。
（項目７）
部分（ｂ）の阻害剤が、デヒドロエピアンドロステロン、またはその誘導体である、項目５に記載の組成物。
（項目８）
部分（ｄ）の阻害剤が、Ｎｐ２ＡＤ、Ｎｐ４ＡＤ、もしくはＮａｐ４ＡＤ、またはそれらの誘導体である、項目５に記載の組成物。
（項目９）
部分（ｆ）の阻害剤が、フルオロクエン酸塩、またはその誘導体である、項目５に記載の組成物。
（項目１０）
部分（ｈ）の阻害剤が、ホパンテン酸塩、またはその誘導体である、項目５に記載の組成物。
（項目１１）
細胞増殖を障害する、および／または細胞の細胞死を誘導する生体外方法であって、前記細胞が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記細胞を、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤と接触させることを含む、前記生体外方法。
（項目１２）
対象における癌を治療する方法であって、前記癌が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤を、前記対象に投与することを含む、前記方法。
（項目１３）
細胞増殖を障害する、および／または細胞の細胞死を誘導する方法であって、前記細胞が、ハウスキーピング遺伝子中にホモ接合性欠失を有し、前記ハウスキーピング遺伝子が、機能的に冗長な相同体を有し、前記細胞を、前記冗長な相同体の活性を阻害するのに十分な量の前記冗長な相同体の阻害剤と接触させることを含む、前記方法。
（項目１４）
項目１に記載の方法によって治療された対象における治療計画の有効性を評価する生体外方法であって、前記対象由来の試料中の前記ハウスキーピング遺伝子の代謝経路の１つ以上の代謝産物のレベルを測定することを含み、前記代謝産物の蓄積が、前記治療が有効であることを示す、前記生体外方法。
（項目１５）
前記ハウスキーピング遺伝子が、エノラーゼであり、前記代謝産物が、グリセリン酸塩である、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
癌を有する対象を治療する際に使用するための組成物であって、前記癌の細胞が前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定され、前記組成物が、有効量の解糖阻害剤を含む、前記組成物。
（項目１７）
前記ヘテロ接合性変異が、前記ＥＮＯ１遺伝子の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、項目１６に記載の組成物。
（項目１８）
前記ヘテロ接合性変異が、前記ＥＮＯ１の１つのコピーを不活性化する置換または挿入である、項目１６に記載の組成物。
（項目１９）
前記欠失が、染色体１ｐ３６におけるヘテロ接合性の喪失を含む、項目１７に記載の組成物。
（項目２０）
前記解糖阻害剤が、小分子解糖阻害剤、またはそのプロドラッグを含む、項目１６に記載の組成物。
（項目２１）
前記解糖阻害剤が、エノラーゼ阻害剤である、項目１６に記載の組成物。
（項目２２）
前記エノラーゼ阻害剤が、小分子エノラーゼ阻害剤である、項目２１に記載の組成物。
（項目２３）
前記小分子エノラーゼ阻害剤が、Ｄ−タルトロン酸セミアルデヒドリン酸塩；３−アミノエノールピルビン酸−２−リン酸塩；ホスホノアセトヒドロキサム酸塩（ＰｈＡＨ）；２−フルオロ−２−ホスホノアセトヒドロキサム酸塩；（３−ヒドロキシ−２−ニトロプロピル）ホスホン酸塩；（ニトロエチル）ホスホン酸塩；ｄ−（ホスホノエチル）ニトロール酸塩；またはそれらのプロドラッグを含む、項目１７に記載の組成物。
（項目２４）
前記小分子エノラーゼ阻害剤が、ＰｈＡＨまたはＰｈＡＨプロドラッグである、項目２３に記載の組成物。
（項目２５）
前記解糖阻害剤が、ピルビン酸キナーゼ、エノラーゼ、ホスホグリセリン酸ムターゼ、ホスホグリセリン酸キナーゼ、グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、フルクトース二リン酸アルドラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、またはヘキソキナーゼ阻害剤である、項目１６に記載の組成物。
（項目２６）
前記解糖阻害剤が、２−デオキシグルコース、６−アミノニコチンアミド、テトロース二リン酸、コニンギン酸、またはＭＪＥ３である、項目１６に記載の組成物。
（項目２７）
前記解糖阻害剤が、ＥＮＯ１遺伝子の全てまたは一部に相補的な阻害性ポリヌクレオチドである、項目２５に記載の組成物。
（項目２８）
前記阻害性ポリヌクレオチドが、ｓｉＲＮＡである、項目２５に記載の組成物。
（項目２９）
前記解糖阻害剤が、少なくとも第２の治療との併用投与を目的とする、項目１６に記載の組成物。
（項目３０）
第２の治療薬をさらに含む、項目２９に記載の組成物。
（項目３１）
前記第２の治療薬が、ホルモン治療薬、癌細胞標的治療薬、または化学療法薬を含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３２）
前記第２の治療薬が、ミトコンドリア電子伝達鎖の阻害剤を含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３３）
前記第２の治療薬が、ムブリチニブ、アンチマイシンＡ、ロテノン、またはオリゴマイシンを含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３４）
前記第２の治療薬が、Ｈｉｆ１α転写因子の阻害剤を含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３５）
前記治療薬が、ＰＸ−４７８を含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３６）
前記第２の治療薬が、さらなる解糖経路阻害剤を含む、項目３０に記載の組成物。
（項目３７）
前記さらなる解糖経路阻害剤が、２−デオキシグルコース、６−アミノニコチンアミド、テトロース二リン酸、コニンギン酸、またはＭＪＥ３である、項目３６に記載の組成物。
（項目３８）
前記癌が、口腔癌、口腔咽頭癌、鼻咽頭癌、呼吸器癌、泌尿生殖器癌、胃腸癌、中枢または末梢神経系組織癌、内分泌もしくは神経内分泌癌または造血細胞癌、神経膠腫、肉腫、癌腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳癌、口腔咽頭癌、鼻咽頭癌、腎癌、胆道癌、褐色細胞腫、膵島細胞癌、リ−フラウメニ腫瘍、甲状腺癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨原性肉種、多発性神経内分泌Ｉ型およびＩＩ型腫瘍、乳癌、肺癌、頭頸部癌、前立腺癌、食道癌、気道癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、膵癌、卵巣癌、子宮癌、子宮頸癌、精巣癌、大腸癌、直腸癌、または皮膚癌である、項目１６に記載の組成物。
（項目３９）
前記癌が、膠芽細胞腫、希突起神経膠腫、または大細胞神経内分泌肺腫瘍である、項目１６に記載の組成物。
（項目４０）
前記癌が、転移性癌である、項目１６に記載の組成物。
（項目４１）
前記癌が、少なくとも第１の化学療法に抵抗性である、項目１６に記載の組成物。
（項目４２）
癌を有する対象を治療するための方法であって、前記癌の細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定され、前記方法が、解糖阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
（項目４３）
解糖阻害剤治療に癌を有する対象を選択する生体外方法であって、前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象が、解糖阻害剤治療に選択される、前記生体外方法。
（項目４４）
解糖阻害剤治療に癌を有する対象を選択する生体外方法であって、
（ａ）前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することと、
（ｂ）前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、解糖阻害剤治療のために対象を選択することと、を含む、前記生体外方法。
（項目４５）
癌を有する対象における解糖阻害剤治療に対する応答を予測する生体外方法であって、前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象が解糖阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測される、前記生体外方法。
（項目４６）
癌を有する対象における解糖阻害剤治療に対する応答を予測する生体外方法であって、（ａ）前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することと、
（ｂ）前記対象由来の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象を、解糖阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測される対象として特定するか、または前記対象由来の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含まない場合、前記対象を、解糖阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測されない対象として特定することと、を含む、前記生体外方法。
（項目４７）
前記解糖阻害剤治療が、エノラーゼ阻害剤治療である、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目４８）
前記ヘテロ接合性変異が、ＥＮＯ１の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目４９）
前記対象の癌細胞が、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを報告することをさらに含む、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目５０）
前記報告が、書面による報告書または電子報告書を提供することを含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記対象が、解糖阻害剤治療に対して好ましい応答を有することが予測される対象または予測されない対象として特定されたかを報告することをさらに含む、項目４６に記載の方法。
（項目５２）
前記報告が、書面による報告書または電子報告書を提供することを含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含むかを決定することが、ＤＮＡ配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸ハイブリダイゼーション、またはＤＮＡ制限分析を含む、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目５４）
前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含むかを決定することが、エノラーゼ発現または活性を測定することを含む、項目４３〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目５５）
解糖阻害剤治療に対する好ましい応答が、腫瘍サイズまたは負荷の低減、腫瘍成長の阻止、腫瘍関連疼痛の低減、癌関連病変の低減、癌関連症状の低減、癌の非進行、無病期間の増加、無増悪期間の増加、寛解の誘導、転移の低減、患者生存率の増加、または抗癌治療に対する腫瘍の感受性の増加を含む、項目４５または４６に記載の方法。
（項目５６）
解糖阻害剤と、前記エノラーゼ１（ＥＮＯ１）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異について細胞を試験するための試薬と、を含む、キット。
（項目５７）
前記解糖阻害剤が、エノラーゼ阻害剤である、項目５６に記載のキット。
（項目５８）
前記エノラーゼ阻害剤が、小分子エノラーゼ阻害剤である、項目５７に記載のキット。
（項目５９）
前記エノラーゼ阻害剤が、Ｄ−タルトロン酸セミアルデヒドリン酸塩；３−アミノエノールピルビン酸−２−リン酸塩；ホスホノアセトヒドロキサム酸塩（ＰｈＡＨ）；２−フルオロ−２−ホスホノアセトヒドロキサム酸塩；（３−ヒドロキシ−２−ニトロプロピル）ホスホン酸塩；（ニトロエチル）ホスホン酸塩；ｄ−（ホスホノエチル）ニトロール酸塩、またはそのプロドラッグを含む、項目５８に記載のキット。
（項目６０）
エノラーゼ阻害剤治療の有効性を監視するための生体外方法であって、エノラーゼ阻害剤で治療される対象由来の試料中のグリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルを測定することを含み、グリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇していない場合、前記対象がさらなるエノラーゼ阻害剤治療を必要とし、グリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇している場合、前記対象が追加のエノラーゼ阻害剤治療を必要としない、前記生体外方法。
（項目６１）
エノラーゼ阻害剤治療の有効性を監視するための生体外方法であって、
（ａ）エノラーゼ阻害剤で治療された対象由来の試料中のグリセリン酸塩または１，３ジヒドロキシアセトンのレベルを測定することと、
（ｂ）グリセリン酸塩もしくは１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇していない場合、前記対象を、追加のエノラーゼ阻害剤治療が必要である対象として特定するか、またはグリセリン酸塩もしくは１，３ジヒドロキシアセトンのレベルが基準レベルと比較して上昇している場合、前記対象を、追加のエノラーゼ阻害剤治療が必要でない対象として特定することと、を含む、前記生体外方法。
（項目６２）
さらなるエノラーゼ阻害剤治療が、エノラーゼ阻害剤治療のさらなる投与、またはより高い用量のエノラーゼ阻害剤治療の投与である、項目６０または６２に記載の方法。
（項目６３）
癌を有する対象を治療するための組成物であって、前記癌の細胞がｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＲＳ）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定されており、前記組成物が、有効量のＡＲＳ阻害剤、またはそのプロドラッグを含む、前記組成物。
（項目６４）
前記ヘテロ接合性変異が、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーの全てまたは一部の欠失である、項目６３に記載の組成物。
（項目６５）
前記欠失が、５ｑ１３、１ｑ４１、６ｐ２１、９ｑ２４、１１ｐ１５、１ｐ１３、１ｐ３５、１６ｑ１３、１６ｑ２４、５ｑ３１、５ｑ３２、または５ｑ３５からなる群から選択される領域におけるヘテロ接合性の喪失である、項目６４に記載の組成物。
（項目６６）
前記ヘテロ接合性変異が、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化する置換または挿入である、項目６３に記載の組成物。
（項目６７）
前記ＡＲＳ遺伝子が、ＥＰＡＲＳ、ＶＡＲＳ、ＩＡＲＳ、ＣＡＲＳ、ＳＡＲＳ、ＹＡＲＳ、ＡＡＲＳ、ＫＡＲＳ、ＬＡＲＳ、ＨＡＲＳ、またはＲＡＲＳのうちの１つである、項目６３に記載の組成物。
（項目６８）
前記ＡＲＳ遺伝子が、ＴＡＲＳである、項目６３に記載の組成物。
（項目６９）
前記ＡＲＳ阻害剤が、小分子阻害剤である、項目６３に記載の組成物。
（項目７０）
前記小分子阻害剤が、ボレリジン、またはそのプロドラッグを含む、項目６４に記載の組成物。
（項目７１）
タンパク質合成阻害剤をさらに含む、項目６３に記載の組成物。
（項目７２）
癌を有する対象を治療するための方法であって、前記癌の細胞がｔＲＮＡシンテターゼ（ＡＲＳ）遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むことが決定されており、前記方法が、ＡＲＳ阻害剤、またはそのプロドラッグを前記対象に投与することを含む、前記方法。
（項目７３）
ＡＲＳ阻害剤治療のために癌を有する対象を選択する生体外方法であって、
（ａ）前記対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することと、
（ｂ）前記対象の癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、ＡＲＳ阻害剤治療のために対象を選択することと、を含む、前記生体外方法。
（項目７４）
癌を有する対象におけるＡＲＳ阻害剤治療に対する応答を予測する生体外方法であって、前記対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することを含み、前記癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象が、ＡＲＳ阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測される、前記生体外方法。
（項目７５）
癌を有する対象における解糖阻害剤治療に対する応答を予測する生体外方法であって、（ａ）前記対象の癌細胞がＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異を含むかを決定することと、
（ｂ）前記対象に由来する癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含む場合、前記対象を、ＡＲＳ治療に対する好ましい応答を有することが予測される対象として特定するか、または前記対象に由来する癌細胞が前記ヘテロ接合性変異を含まない場合、前記対象を、ＡＲＳ阻害剤治療に対する好ましい応答を有することが予測されない対象として特定すること、を含む、前記生体外方法。
（項目７６）
ＡＲＳ阻害剤と、ＡＲＳ遺伝子の１つのコピーを不活性化するヘテロ接合性変異について細胞を試験するための試薬と、を含む、前記キット。