【手続補正書】
【提出日】平成28年9月29日(2016.9.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の結腸直腸腺腫の予後を判定するためのデータを収集する方法であって、
ハイブリダイゼーション条件下で、前記患者から得た結腸直腸腺腫の試料をＥＧＦＲ（上皮成長因子受容体）の遺伝子座特異的プローブ、ＤＣＣ（結腸直腸癌欠失）の遺伝子座特異的プローブ、ＣＥＰ１８（１８番染色体の染色体計数プローブ）、１３ｑ１４（１３番染色体のｑアーム上のバンド１４）の遺伝子座特異的プローブおよびＭＹＣ（ｃ−ｍｙｃ癌遺伝子）の遺伝子座特異的プローブを含む検出可能に標識されたプローブと接触させるステップと、
染色体異常の存在または非存在を決定するステップと
を含み、
染色体異常がないことは、結腸直腸腺腫の再発のリスクが低いことおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが低いことを示し、
ＥＧＦＲのコピー数増加は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが増加していることおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが増加していることを示し、
ＣＥＰ１８に対するＤＣＣのコピー数減少は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが増加していることおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが増加していることを示し、
ＣＥＰ１８に対するＤＣＣのコピー数減少、１３ｑ１４のコピー数増加およびＭＹＣのコピー数増加とさらに組み合わせたＥＧＦＲのコピー数増加は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが高いことおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが高いことを示し、
もって患者の結腸直腸腺腫の予後が判定される、方法。
【請求項２】
結腸直腸腺腫の試料が、患者からの新鮮試料である、患者から得る時に凍結される、または患者から得たときにホルマリン固定され、パラフィン包埋される（ＦＦＰＥ）、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
結腸直腸腺腫の試料が患者から得た結腸直腸腺腫の試料から単離した上皮細胞の試料である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
上皮細胞の試料が、
（ａ）結腸直腸腺腫の新鮮な試料または解凍した新鮮凍結試料を室温で、ハンクス緩衝液中ですすぐステップと、
（ｂ）前記すすいだ試料を、２０ｍＭ  ＤＴＴおよび５ｍＭ  ＥＤＴＡを含む予熱したハンクス緩衝液に３７℃で約５分間浸漬するステップと、
（ｃ）前記すすいで浸漬した試料を、２０ｍＭ  ＤＴＴ（ジチオトレイトール）、５ｍＭ  ＣａＣｌ２および１０％ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）を含むハンクス緩衝液に移し、約５秒から約１０秒間混合するステップと、
（ｄ）約１０００×ｇで約１０分間の遠心分離によって細胞をペレット化するステップと、
（ｅ）（ｄ）からの上清を捨てて、前記ペレット化細胞を残留上清に再懸濁するステップと、
（ｆ）（ｅ）からの再懸濁細胞を、約３０重量％から約６０重量％のメタノール、約４０重量％から約７０重量％の水、緩衝液および保存剤を含む溶液に入れ、この溶液を一晩室温に保つステップと
を含む方法により得られる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
（ｇ）（ｆ）からの細胞を細胞診スライドに移すステップと、
（ｈ）前記スライドを９５％エタノールに室温で約１５分間浸漬するステップと、
（ｉ）前記スライドをカーノイズ溶液（３：１メタノール：酢酸固定液）に室温で３０分間浸漬するステップと、
（ｊ）前記スライドを室温で乾燥させるステップと
をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
結腸直腸腺腫の試料が、検出可能に標識されたプローブのセットと接触させる前に、細胞診スライドに固定される、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
結腸直腸腺腫の試料中の上皮細胞の存在が、前記細胞を標識抗ＣＡＭ５．２抗体と接触させることによって確認される、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
検出可能に標識されたプローブが、ＳＴＡＴ１（シグナル伝達性転写因子１）の遺伝子座特異的プローブおよび／またはＡＵＲＫＡ（オーロラキナーゼＡ）の遺伝子座特異的プローブをさらに含む、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ＥＧＦＲの遺伝子座特異的プローブ、ＤＣＣの遺伝子座特異的プローブ、１８番染色体の染色体計数プローブ（ＣＥＰ１８）、１３ｑ１４の遺伝子座特異的プローブおよびＭＹＣの遺伝子座特異的プローブを含むプローブのセット。
【請求項１０】
ＳＴＡＴ１の遺伝子座特異的プローブおよび／またはＡＵＲＫＡの遺伝子座特異的プローブをさらに含む、請求項９に記載のプローブのセット。
【請求項１１】
（ａ）患者の結腸直腸腺腫の予後を可能にするプローブのセットであって、ＥＧＦＲの遺伝子座特異的プローブ、ＤＣＣの遺伝子座特異的プローブ、ＣＥＰ１８（１８番染色体の染色体計数プローブ）、１３ｑ１４の遺伝子座特異的プローブおよびＭＹＣの遺伝子座特異的プローブを含むプローブのセットと、
（ｂ）患者の結腸直腸腺腫の予後を判定するための指示であって、前記患者から得た結腸直腸腺腫の試料で染色体異常の存在または非存在を決定することを含む指示と
を含むキットにおいて、
染色体異常がないことは、結腸直腸腺腫の再発のリスクが低いことおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが低いことを示し、
ＥＧＦＲのコピー数増加は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが増加していることおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが増加していることを示し、
ＣＥＰ１８に対するＤＣＣのコピー数減少は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが増加していることおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが増加していることを示し、
ＣＥＰ１８に対するＤＣＣのコピー数減少、１３ｑ１４のコピー数増加およびＭＹＣのコピー数増加とさらに組み合わせたＥＧＦＲのコピー数増加は、結腸直腸腺腫の再発のリスクが高いことおよび／または結腸直腸腺腫から結腸直腸腺癌への進行のリスクが高いことを示す、キット。
【請求項１２】
プローブのセットがＳＴＡＴ１の遺伝子座特異的プローブおよび／またはＡＵＲＫＡの遺伝子座特異的プローブをさらに含む、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
腺腫の試料から上皮細胞を単離する方法であって、
（ａ）腺腫の新鮮な試料または解凍した新鮮凍結試料を室温で、ハンクス緩衝液中ですすぐステップと、
（ｂ）前記すすいだ試料を、２０ｍＭ  ＤＴＴおよび５ｍＭ  ＥＤＴＡを含む予熱したハンクス緩衝液に３７℃で約５分間浸漬するステップと、
（ｃ）前記すすいで浸漬した試料を、２０ｍＭ  ＤＴＴ（ジチオトレイトール）、５ｍＭ  ＣａＣｌ２および１０％ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）を含むハンクス緩衝液に移し、約５秒から約１０秒間混合するステップと、
（ｄ）約１０００×ｇで約１０分間の遠心分離によって細胞をペレット化するステップと、
（ｅ）（ｄ）からの上清を捨てて、前記ペレット化細胞を残留上清に再懸濁するステップと、
（ｆ）（ｅ）からの再懸濁細胞を、約３０重量％から約６０重量％のメタノール、約４０重量％から約７０重量％の水、緩衝液および保存剤を含む溶液に入れ、この溶液を一晩室温に保つステップと
を含む方法。
【請求項１４】
（ｇ）（ｆ）からの細胞を細胞診スライドに移すステップと、
（ｈ）前記スライドを９５％エタノールに室温で約１５分間浸漬するステップと、
（ｉ）前記スライドをカーノイズ溶液（３：１メタノール：酢酸固定液）に室温で３０分間浸漬するステップと、
（ｊ）前記スライドを室温で乾燥させるステップと
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
使用するまで−２０℃で保存することができる、請求項１３または１４に記載の方法により腺腫の試料から単離した上皮細胞を含む細胞診スライド。