【手続補正書】
【提出日】平成28年4月26日(2016.4.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)シクロアルカン酸化プロセスからの混合有機性廃棄流と生体触媒とを組み合わせる工程であって、該生体触媒が、エステラーゼ（EC 3.1.1.1）、クチナーゼ（EC 3.1.1.74）、ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）、1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）、もしくはグルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）、またはそれらの組み合わせである、工程；および
(b)該混合有機性廃棄流のラクトン、ダイマー成分および／またはオリゴマー成分をモノマー成分に酵素的に変換する工程
を含む、シクロアルカン酸化プロセスの混合有機性廃棄流中のモノマー含有量を富化するための方法。
【請求項２】
a.オリゴマーエステルをモノマーに加水分解し、かつ
b.モノマー成分の量を増大させる、
少なくとも1種のヒドロラーゼ酵素、天然のまたは非天然の宿主細胞
を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
a.オリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーに加水分解するか；
b.ラクトンの少なくとも一部をヒドロキシ酸に加水分解するか；または
c.直鎖状C4-C6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸の少なくとも一部を対応する二酸に酸化する
天然のまたは非天然の宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理して、二酸の量を増大させる工程
をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
a．オリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーへ加水分解するか；
b．ε-カプロラクトンの少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸へ加水分解するか；
c．カプロン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、および6-オキソカプロン酸の少なくとも一部をアジピン酸へ酸化するか；
d．環状C6成分の少なくとも一部をアジピン酸へ変換するか；
e．C3、C4、およびC5成分の少なくとも一部を異化するか；または
f．C3、C4、およびC5成分よりも低い割合でC6成分を異化する
非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理して、アジピン酸の濃度を増大させ、かつ一酸およびヒドロキシ酸の量を低下させる工程
をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
a．オリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーへ加水分解するか；
b．カプロン酸の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸へ酸化するか；
c．環状C6成分の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸もしくは6-オキソカプロン酸へ変換するか；
d． C3、C4、およびC5成分の少なくとも一部を異化するか；または
e．C3、C4、およびC5成分よりも低い割合でC6成分を異化する
非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理して、アジピン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、もしくは6-オキソヘキサン酸を1,6-ヘキサンジオール、6-アミノカプロン酸、ε-カプロラクタム、もしくはヘキサメチレンジアミンに変換する少なくとも1種の生合成経路酵素を発現する工程、および
該流中に存在しているC6成分および前駆体をα,ω-二官能性C6アルカンに変換する工程
をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
シクロアルカン酸化プロセスからの前記混合有機性廃棄流が、非揮発性残留物(NVR)、洗浄水、濃縮された水抽出物(COP酸)、苛性洗浄液流、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
単離されたもしくは固定化されたヒドロラーゼ、または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって発酵および生物変換の間に分泌される内在性もしくは異種性ヒドロラーゼによってオリゴマーエステルをモノマーに加水分解する工程をさらに含む、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
酸性pH、生理的pH、またはアルカリ性pHで活性を有するヒドロラーゼによってオリゴマーエステルのモノマーへの加水分解を触媒する工程をさらに含む、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
前記ヒドロラーゼを用いた処理によって前記混合有機性廃棄流の粘性を低下させて、該流を燃焼させる効率を改善し、かつ／またはさらなる化学的もしくは生物学的処理のために該流を調製する、請求項2記載の方法。
【請求項１０】
前記処理された混合有機性廃棄流を燃料価値のためにまたは合成ガスを産生するために燃焼させる工程をさらに含む、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
混合エステルもしくはポリオールを産生するためのエステル化、ジオールを産生するための水素化、二酸を産生するための酸化、還元的アミノ化、スルホン化、またはNH4OHもしくはポリアミンを用いた処理を実施する工程をさらに含む、請求項9記載の方法。
【請求項１２】
前記オリゴマーエステルのモノマーへの加水分解が、さらなる分離、化学的変換、または生体触媒による酵素的変換と同時に実施される、請求項2記載の方法。
【請求項１３】
オキソ酸を介してC4-C6またはC6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸を二酸に変換する天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性のω酸化経路を有する、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法：
a．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換；
b．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸の4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸への変換；
c．4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸の4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸への変換；または
d．4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換。
【請求項１４】
内在性または異種性のω酸化経路が、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換し、かつ該天然のまたは非天然の宿主細胞が、n-アルカンを利用する酵母または細菌である、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
前記n-アルカンを利用する酵母が、ヤロウイア・リポリティカ（Yarrowia lipolytica）、カンジダ・トロピカリス（Candida tropicalis）、C.アルビカンス（C. albicans）、C.クロアカエ（C. cloacae）、C.ギリエルモンジイ（C. guillermondii）、C.インターメディア（C. intermedia）、C.マルトサ（C. maltosa）、C.パラプシローシス（C. parapsilosis）、C.ゼイラノイデス（C. zeylenoides）、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ（Rhodotorula）属、リゾプス（Rhizopus）属、トリコスポロン（Trichosporon）属、デバリオマイセス（Debaryomyces）属、およびリポマイセス（Lipomyces）属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；かつ前記n-アルカンを利用する細菌が、シュードモナス・フルオレッセンス（Pseudomonas fluorescens）、P.プチダ（P. putida）、P.エルギノーサ（P. aeroginosa）、P.オレオボランス（P. oleoverans）、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス（Marinobacter hydrocarbonoclasticus）、アシネトバクター・ベネチアヌス（Acinetobacter venetianus）、オレイフィラス・メシネンシス（Oleiphilus messinensis）、アルスロバクター・ビスコサス（Arthrobacter viscosus）、カプリアビダス・メタリデュランス（Cupriavidus metallidurans）、ロドコッカス・エリスロポリス（Rhodococcus erythropolis）、スフィンゴモナス・パウシモビリス（Sphingomona spaucimobilis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、デルフチア・アシドボランス（Delftia acidovorans）、アルカニボラクス・ディエソレイ（Alcanivorax diesolei）、またはそれらの組み合わせである、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
前記廃棄流の環状C6成分の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、またはアジピン酸に変換する、前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性の経路を有する、請求項4または5記載の方法：
I．シクロヘキサノールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサノールのシクロヘキサノンへの変換；
b．シクロヘキサノンのε-カプロラクトンへの変換；
c．ε-カプロラクトンの6-ヒドロキシヘキサン酸への変換；もしくは
d．6-ヒドロキシヘキサン酸の6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；
II．1,2-シクロヘキサンジオールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサン-1,2-ジオールのシクロヘキサン-1,2-ジオンへの変換；もしくは
b．シクロヘキサン-1,2-ジオンの6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；および
III．6-オキソヘキサン酸のアジピン酸への変換。
【請求項１７】
前記天然のまたは非天然の宿主細胞が非揮発性残留物(NVR)に対して耐性を有する、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
前記天然のまたは非天然の宿主細胞がシクロアルカン酸化プロセスからの混合有機性廃棄流の少なくとも1容量％に対して耐性を有する、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
シクロアルカン酸化プロセスからの前記混合有機性廃棄流中の阻害性化合物の量を低下させることによって、該混合有機性廃棄流に対する前記宿主細胞の耐性を向上させる工程をさらに含む、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
前記阻害性化合物がラクトンを含み、かつ方法が、前記天然のまたは非天然の宿主細胞を用いた前記混合有機性廃棄流の処理の前または最中に、ラクトンを対応するヒドロキシ酸に加水分解する1種または複数種の生体触媒を用いて処理することによって、シクロアルカン酸化プロセスからの混合有機性廃棄流中のラクトンの量を低下させる工程をさらに含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
ラクトンを加水分解する前記生体触媒が、前記天然のまたは非天然の宿主細胞によって発現され、かつ発酵の間に分泌される酵素である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
前記非天然宿主細胞によるC6化合物のより低い割合の異化が、シクロアルカン酸化プロセスからの前記混合有機性廃棄流からより高収率のC6成分をもたらす、請求項4または5記載の方法。
【請求項２３】
前記非天然宿主細胞によるβ酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸のアセチル-CoAへの分解を低下させる工程をさらに含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
カプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸を基質として用いてCoAエステルを生成する1種または複数種の酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
CoAエステルを酸化する1種または複数種の酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる工程を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記酵素が、CoAリガーゼ、CoAトランスフェラーゼ、アシル-CoAオキシダーゼ、およびアシル-CoAデヒドロゲナーゼから選択される、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
C4、C5、またはC6二酸への分離の前に二酸をエステル化する工程をさらに含む、請求項3記載の方法。
【請求項２８】
アジピン酸を結晶化させる工程をさらに含む、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
オリゴマーエステル、カプロン酸、および環状C6化合物を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、およびアジピン酸に変換する前記非天然宿主細胞が、1,6-ヘキサンジオールも産生する、請求項5記載の方法。
【請求項３０】
1,6-ヘキサンジオールを産生する前記非天然宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸の6-ヒドロキシカプロン酸への変換を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-ヒドロキシカプロン酸の1,6-ヘキサンジオールへの変換を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼを発現する、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
オリゴマーエステル、カプロン酸、および環状C6化合物を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、およびアジピン酸に変換する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸も産生する、請求項5記載の方法。
【請求項３２】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸を6-アミノカプロン酸に変換するアミノトランスフェラーゼを発現する、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸をε-カプロラクタムに変換するアミドヒドロラーゼも発現する、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸を6-アミノヘキサナールに変換するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-アミノヘキサナールをヘキサメチレンジアミンに変換する1-アミノトランスフェラーゼによって、ヘキサメチレンジアミンも産生する、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素を添加する工程をさらに含み、かつ該酵素が、P450シトクロムオキシダーゼ、ω-ヒドロキシラーゼ、ω-オキシゲナーゼ酵素、もしくはクラスEC 1.14.15.3由来のアルカン-1-モノオキシゲナーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；クラスEC 1.1.1.-由来のアルコールデヒドロゲナーゼ；バイヤー・ビリガーモノオキシゲナーゼ；カプロラクトンラクトノヒドロラーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；アルコールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはα,β-ヒドロラーゼ折り畳みファミリー由来のカルボキシルエステラーゼ（EC 3.1.1.-）である、請求項1記載の方法。
【請求項３６】
単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素を添加する工程をさらに含み、該酵素が、クラスEC 1.1.1.245由来のシクロヘキサノールデヒドロゲナーゼ／ChnA；クラスEC 1.14.13.22由来のシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ／ChnB；クラスEC 3.1.1.17由来のグルコノラクトナーゼ／ChnC；クラスEC 1.1.1.2由来のChnD；EC 1.1.1.174由来のシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；EC 3.7.1.10もしくはEC 3.7.1.11由来のシクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはそれらの組み合わせである、請求項1記載の方法。
【請求項３７】
前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、pH5.0〜8.0で炭素供給源を利用する、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
前記モノマー成分、二酸、アジピン酸、またはα,ω-二官能性C6アルカンを回収するまたは分離する工程をさらに含む、請求項1、2、3、4、5、6、35、または36記載の方法。