【手続補正書】
【提出日】平成27年11月27日(2015.11.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するためのシステムであって、
１つ以上の化合物を試料混合物から分離する分離デバイスと、
質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、複数の時間間隔の各時間間隔において、前記分離する試料混合物に１回以上の質量分析走査を行い、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する、前記質量範囲全体に対する１つ以上の質量スペクトルと、前記複数の時間間隔に対する質量スペクトル集合とを生成する質量分析計と、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
（ａ）既知の化合物の断片イオンを選択することと、
（ｂ）前記質量スペクトル集合に対して、前記断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算することであって、前記ＸＩＣは、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する前記断片イオンの強度を含む、ことと、
（ｃ）前記断片イオンに対応する２つ以上のＸＩＣピークが２つ以上の異なる時間間隔において前記ＸＩＣ内に見出される場合、前記２つ以上の異なる時間間隔のそれぞれに対して、前記質量スペクトル集合から前記質量範囲全体の質量スペクトルを取得して２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルを生成し、前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすることと
を行う、システム。
【請求項２】
前記１つ以上のイオン特性は、電荷状態を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記１つ以上のイオン特性は、等方性状態を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記１つ以上のイオン特性は、質量精度を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記１つ以上のイオン特性は、前記既知の化合物の既知の断片化プロファイルと関連付けられる１つ以上の質量差を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記プロセッサはさらに、前記２つ以上のＸＩＣピークのスコアに基づいて、前記既知の化合物の分離時間間隔を同定する、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記分離時間間隔は、滞留時間を含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記プロセッサは、最高スコアを伴う前記２つ以上のＸＩＣピークのうちのあるＸＩＣピークの時間間隔として、前記既知の化合物の分離時間間隔を同定する、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
前記プロセッサはさらに、
前記既知の化合物の１つ以上の付加的断片イオンに対して、ステップ（ａ）〜（ｃ）を行い、前記既知の化合物の２つ以上の断片イオンのＸＩＣピークに対するスコアを生成することと、
前記複数の時間間隔の２つ以上の異なる時間間隔を同定することであって、前記２つ以上の断片イオンの各断片イオンは、ＸＩＣピークを有する、ことと、
前記２つ以上の異なる時間間隔のそれぞれにおける前記２つ以上の断片イオンからのＸＩＣピークのスコアを組み合わせ、前記２つ以上の間隔のそれぞれに対する組み合わせられたスコアを生成ことと、
前記既知の化合物に対する分離時間間隔として、最高スコアを伴う前記２つ以上の異なる時間間隔の間隔を同定することと
を行う、請求項１に記載のシステム。
【請求項１０】
前記分離時間間隔における前記質量スペクトル集合からの前記質量範囲全体の質量スペクトルは、前記既知の化合物の定量化のために使用される、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記分離時間間隔における前記質量スペクトル集合からの前記質量範囲全体の質量スペクトルは、前記既知の化合物の修飾形態を特定するために使用される、請求項９に記載のシステム。
【請求項１２】
質量スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するための方法であって、
複数の時間間隔に対する質量スペクトル集合を取得することであって、１つ以上の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、１回以上の質量分析走査は、質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、前記複数の時間間隔の各時間間隔において、前記分離する試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する、前記質量範囲全体に対する１つ以上の質量スペクトルを生成する、ことと、
既知の化合物の断片イオンを選択することと、
前記質量スペクトル集合に対して、前記断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算することであって、前記ＸＩＣは、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する前記断片イオンの強度を含む、ことと、
前記断片イオンに対応する２つ以上のＸＩＣピークが２つ以上の異なる時間間隔において前記ＸＩＣ内に見出される場合、前記２つ以上の異なる時間間隔のそれぞれに対して、前記質量スペクトル集合から前記質量範囲全体の質量スペクトルを取得して２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルを生成し、前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすることと
を含む、方法。
【請求項１３】
非一過性および有形コンピュータ可読記憶媒体を備えるコンピュータプログラム製品であって、前記非一過性および有形コンピュータ可読記憶媒体のコンテンツは、スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するための方法を行うように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび分析モジュールを備える、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の時間間隔に対する質量スペクトル集合を取得することであって、１つ以上の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、１回以上の質量分析走査は、質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、前記複数の時間間隔の各時間間隔において、前記分離する試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する、前記質量範囲全体に対する１つ以上の質量スペクトルを生成する、ことと、
前記分析モジュールを使用して、既知の化合物の断片イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記質量スペクトル集合に対して、前記断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算することであって、前記ＸＩＣは、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する前記断片イオンの強度を含む、ことと、
前記断片イオンに対応する２つ以上のＸＩＣピークが２つ以上の異なる時間間隔において前記ＸＩＣ内に見出される場合、前記２つ以上の異なる時間間隔のそれぞれに対して、前記質量スペクトル集合から前記質量範囲全体の質量スペクトルを取得して２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルを生成し、前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすることと
を含む、コンピュータプログラム製品。
【請求項１４】
前記１つ以上のイオン特性は、電荷状態を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上のイオン特性は、等方性状態を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つ以上のイオン特性は、質量精度を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上のイオン特性は、前記既知の化合物の既知の断片化プロファイルと関連付けられる１つ以上の質量差を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
前記２つ以上のＸＩＣピークのスコアに基づいて、前記既知の化合物の分離時間間隔を同定することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記分離時間間隔は、滞留時間を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記既知の化合物の分離時間間隔は、最高スコアを伴う前記２つ以上のＸＩＣピークのうちのあるＸＩＣピークの時間間隔として同定される、請求項１８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
種々の実施形態では、窓処理取得方法を使用して収集された質量範囲全体に対するスペクトル情報は、複合混合物中の滞留時間の曖昧性を解決するために使用される。言い換えると、断片イオンが、分離における２つ以上の異なる時間間隔において、スペクトル集合内に２つ以上のピークを有することが見出されると、異なる時間間隔のそれぞれにおける質量範囲全体の質量スペクトルは、実際の滞留時間を判定するために分析されることができる。種々の基準が、質量範囲全体の質量スペクトルを分析するために使用されることができる。これらの基準に基づいて、各ピークおよび／または時間間隔が、スコア化される。既知の化合物に対する滞留時間は、最高スコアまたは組み合わせられたスコアを伴う、ピークまたは複数のピークから同定される。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するためのシステムであって、
１つ以上の化合物を試料混合物から分離する分離デバイスと、
質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、複数の間隔の各間隔において、分離試料混合物に１回以上の質量分析走査を行い、前記複数の間隔の間の質量範囲全体に対するスペクトル集合を生成する質量分析計と、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
（ａ）既知の化合物の断片イオンを選択することと、
（ｂ）前記スペクトル集合内の複数の間隔の１つ以上の異なる間隔において、前記断片イオンに対して、１つ以上のピークを同定することと、
（ｃ）前記スペクトル集合から、各ピークの各間隔に対する前記質量範囲全体の質量スペクトルを取得し、前記各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記各ピークのスコアの基礎とすることによって、前記１つ以上のピークの各ピークをスコア化することと
を行う、システム。
（項目２）
前記複数の間隔は、複数の間隔を含む、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記複数の間隔は、複数のイオン移動度を含む、項目１に記載のシステム。
（項目４）
前記１つ以上のイオン特性は、電荷状態を含む、項目１に記載のシステム。
（項目５）
前記１つ以上のイオン特性は、等方性状態を含む、項目１に記載のシステム。
（項目６）
前記１つ以上のイオン特性は、質量精度を含む、項目１に記載のシステム。
（項目７）
前記１つ以上のイオン特性は、前記既知の化合物の既知の断片化プロファイルと関連付けられる１つ以上の質量差を含む、項目１に記載のシステム。
（項目８）
前記プロセッサはさらに、前記１つ以上のピークのスコアに基づいて、前記既知の化合物の分離間隔を同定する、項目１に記載のシステム。
（項目９）
前記分離間隔は、滞留時間を含む、項目８に記載のシステム。
（項目１０）
前記分離間隔は、イオン移動度を含む、項目８に記載のシステム。
（項目１１）
前記プロセッサは、最高スコアを伴う前記１つ以上のピークのピークの間隔として、前記既知の化合物の分離間隔を同定する、項目８に記載のシステム。
（項目１２）
前記プロセッサはさらに、
前記既知の化合物の１つ以上の付加的断片イオンに対して、ステップ（ａ）〜（ｃ）を行い、前記既知の化合物の２つ以上の断片イオンのピークに対するスコアを生成することと、
前記複数の間隔の２つ以上の異なる間隔を同定することであって、前記２つ以上の断片イオンの各断片イオンは、前記スペクトル集合内にピークを有する、ことと、
前記２つ以上の異なる間隔のそれぞれにおける前記２つ以上の断片イオンからのピークのスコアを組み合わせ、前記２つ以上の間隔のそれぞれの間の組み合わせられたスコアを生成ことと、
前記既知の化合物に対する分離間隔として、最高スコアを伴う前記２つ以上の異なる間隔の間隔を同定することと
を行う、項目１に記載のシステム。
（項目１３）
前記分離間隔における前記スペクトル集合からの質量範囲全体の質量スペクトルは、前記既知の化合物の定量化のために使用される、項目１２に記載のシステム。
（項目１４）
前記分離間隔における前記スペクトル集合からの質量範囲全体の質量スペクトルは、前記既知の化合物の修飾形態を特定するために使用される、項目１２に記載のシステム。
（項目１５）
スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するための方法であって、
質量範囲全体に対するスペクトル集合を取得することであって、１つ以上の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、１回以上の質量分析走査が、質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、複数の間隔の各間隔において、分離試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の間隔の間、前記質量範囲全体に対するスペクトル集合を生成する、ことと、
既知の化合物の断片イオンを選択することと、
前記スペクトル集合内の複数の間隔の１つ以上の異なる間隔において、前記断片イオンに対して、１つ以上のピークを同定することと、
前記スペクトル集合から、各ピークの各間隔に対する質量範囲全体の質量スペクトルを取得し、前記各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記各ピークのスコアの基礎とすることによって、前記１つ以上のピークの各ピークをスコア化することと
を含む、方法。
（項目１６）
非一過性および有形コンピュータ可読記憶媒体を備えるコンピュータプログラム製品であって、前記非一過性および有形コンピュータ可読記憶媒体のコンテンツが、スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するための方法を行うように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび分析モジュールを備える、ことと、
前記測定モジュールを使用して、質量範囲全体に対するスペクトル集合を取得することであって、１つ以上の化合物は、分離デバイスを使用して、試料混合物から分離され、１回以上の質量分析走査が、質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、複数の間隔の各間隔において、前記分離試料混合物に行われ、質量分析計を使用して、前記複数の間隔の間、前記質量範囲全体に対するスペクトル集合を生成する、ことと、
前記分析モジュールを使用して、既知の化合物の断片イオンを選択することと、
前記分析モジュールを使用して、前記スペクトル集合内の複数の間隔の１つ以上の異なる間隔において、前記断片イオンに対して、１つ以上のピークを同定することと、
前記スペクトル集合から、各ピークの各間隔に対する質量範囲全体の質量スペクトルを取得し、前記各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、前記断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し、前記比較の結果を前記各ピークのスコアの基礎とすることによって、前記分析モジュールを使用して、前記１つ以上のピークの各ピークをスコア化することと
を含む、コンピュータプログラム製品。