【手続補正書】
【提出日】平成28年8月4日(2016.8.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を検出するための組成物であって、該組成物は、カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した検出可能なマーカーを有するプローブを含み、ここで、それぞれ、正常な個体に由来する腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と比較して、患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、該患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と関連する細胞バリア機能不全の指標である、組成物。
【請求項２】
患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の前記上昇したレベルは、
（ａ）患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、前記組成物で染色する工程、および
（ｂ）該染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、それぞれ、正常な個体に由来する同様に染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と比較して上昇したレベルの検出可能なマーカーの存在について試験する工程
により決定される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、生検もしくは吸引によって患者の腸上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者の口腔粘膜スワブから、口腔上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項６】
前記検出可能なマーカーは蛍光性であり、前記試験する工程は、蛍光顕微鏡法、蛍光プレートリーダー、もしくは蛍光フローサイトメトリーによって行われる、請求項２に記載の組成物。
【請求項７】
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを、前記患者の腸内の腸上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を内視鏡で可視化する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項８】
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを前記患者の中咽頭内の中咽頭上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の中咽頭の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項９】
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを、前記患者の口内の口腔上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の口の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、請求項２に記載の組成物。
【請求項１０】
前記プローブは、テトラペプチドＹＶＡＤと蛍光色素との結合体である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記プローブは、構造Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８−ＧＧＧＧ−ＹＶＡＤ−ＦＭＫを有する、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
カスパーゼ−３＆７に対して特異的な第２の検出可能なプローブをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
カスパーゼ−３＆７に対して特異的な第２の検出可能なプローブをさらに含み、前記腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞が、カスパーゼ−３＆７に対して特異的な第２の検出可能なプローブで染色されること、ならびにカスパーゼ−１と関連するマーカー  対  カスパーゼ−３＆７と関連するマーカーの比が決定されることを特徴とする、請求項２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記第２のプローブは、カスパーゼ３／７インヒビターＩと蛍光色素との結合体である、請求項１２または１３に記載の組成物。
【請求項１５】
カスパーゼ−１マーカー  対  カスパーゼ−３＆７マーカーの比は、ＩＢＳもしくはＩＢＤを有する被験体においてよりも健康な被験体において有意に低い、請求項１２または１３に記載の組成物。
【請求項１６】
カスパーゼ−１マーカー  対  カスパーゼ−３＆７マーカーの比は、ＩＢＳもしくはＩＢＤを有する被験体においてよりも健康な被験体において少なくとも約４０％低い、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
カスパーゼ−１の上昇したレベルは、カスパーゼ−１インヒビターもしくは抗炎症剤による患者処置の指標として使用される、請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
患者における腸細胞バリア機能不全の検出を補助する方法であって、該方法は、
プローブベースの共焦点レーザー内視鏡検査（ｐＣＬＥ）によって得られた患者のＩＥＣのインサイチュ画像中のＩＥＣを計数して、該画像化したＩＥＣにおけるギャップ数を決定する工程であって、ここで細胞１００個あたり２より大きいギャップ数は、細胞バリア機能不全を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
細胞１００個あたり３より大きなギャップ数は、細胞バリア機能不全を示す、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
１００個あたり約２より大きいＩＥＣのレベルは、プロバイオティクス因子による患者処置の指標として使用される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
腸細胞バリア機能不全を検出することにおいて使用するためのプローブ組成物であって、該プローブ組成物は、
（ａ）カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した第１の検出可能なマーカーを含む第１のプローブ、および
（ｂ）カスパーゼ−３＆７インヒビターに結合体化した、該第１のマーカーとは異なる第２の検出可能なマーカーを含む、第２のプローブ、
を含む、プローブ組成物。
【請求項２２】
前記第１のプローブは、テトラペプチドＹＶＡＤと蛍光色素との結合体である、請求項２１に記載のプローブ組成物。
【請求項２３】
前記第１のプローブは、構造Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８−ＧＧＧＧ−ＹＶＡＤ−ＦＭＫを有する、請求項２２に記載のプローブ組成物。
【請求項２４】
前記第２のプローブは、カスパーゼ−３／７インヒビターＩと前記第１のプローブ蛍光色素のものとは異なる蛍光色素との結合体である、請求項２１に記載のプローブ組成物。
【請求項２５】
患者におけるクローン病を検出するための組成物であって、該組成物は、カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した検出可能なマーカーを有するプローブを含み、ここで、それぞれ、正常な個体に由来する中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞と比較して該患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、クローン病の指標である、組成物。
【請求項２６】
前記患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の前記上昇したレベルは、
（ａ）患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞を、前記組成物で染色する工程、および
（ｂ）該染色された中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞を、それぞれ、正常な個体に由来する同様に染色した中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞と比較して上昇したレベルの検出可能なマーカーの存在について試験する工程、
により決定される、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を検出するための組成物であって、該組成物は、検出可能なカスパーゼ−１特異的抗体を含み、ここで、それぞれ、正常な個体に由来する腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と比較して、患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、該患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と関連する細胞バリア機能不全の指標である、組成物。
【請求項２９】
前記患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、
（ａ）患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、前記組成物で染色する工程、および
（ｂ）該染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、それぞれ正常な個体に由来する同様に染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と比較して上昇したレベルの結合した検出可能な抗体の存在について試験する工程
により決定される、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、生検もしくは吸引によって患者の腸上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３２】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者の口腔粘膜スワブから、口腔上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３３】
前記検出可能な抗体は蛍光性であり、前記試験する工程は、蛍光顕微鏡法、蛍光プレートリーダー、もしくは蛍光フローサイトメトリーによって行われる、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３４】
前記染色する工程は、前記検出可能な抗体を、前記患者の腸内の腸上皮細胞に適用する工程を包含し、および前記試験する工程は、前記染色した細胞を内視鏡で可視化する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３５】
前記染色する工程は、前記検出可能な抗体を前記患者の中咽頭内の中咽頭上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の中咽頭の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３６】
前記染色する工程は、前記検出可能な抗体を、前記患者の口内の口腔上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の口の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３７】
カスパーゼ−１の上昇したレベルは、カスパーゼ−１インヒビターもしくは抗炎症剤による患者処置の指標として使用される、請求項２８もしくは２９に記載の組成物。
【請求項３８】
患者におけるクローン病を検出するための組成物であって、該組成物は、検出可能なカスパーゼ−１特異的抗体を含み、ここで、それぞれ、正常な個体に由来する中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞と比較して、該患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、クローン病の指標である、組成物。
【請求項３９】
前記患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、
（ａ）患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞を、前記組成物で染色する工程、および
（ｂ）該染色された中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞を、それぞれ、正常な個体に由来する同様に染色した中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞と比較して上昇したレベルの結合した検出可能な抗体の存在について試験する工程、
により決定される、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４０】
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、請求項３９に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
本発明のこれらおよび他の目的および特徴は、以下の発明の詳細な説明を添付の図面とともに読めばより完全に明らかになる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を検出するための方法であって、該方法は、
（ａ）患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した検出可能なマーカーを有するプローブで染色する工程、および
（ｂ）該染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、該患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と関連したカスパーゼ−１の正常以上のレベルの証拠として、それぞれ正常な個体に由来する同様に染色された腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞と比較して上昇したレベルの検出可能なマーカーの存在について試験する工程
を包含し、
（ｃ）ここで該患者の腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、該患者における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）もしくは炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と関連する細胞バリア機能不全の指標である、
方法。
（項目２）
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、生検もしくは吸引によって患者の腸上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者の口腔粘膜スワブから、口腔上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記検出可能なマーカーは蛍光性であり、前記試験する工程は、蛍光顕微鏡法、蛍光プレートリーダー、もしくは蛍光フローサイトメトリーによって行われる、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを、前記患者の腸内の腸上皮細胞に適用する工程を包含し、および前記試験する工程は、前記染色した細胞を内視鏡で可視化する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを前記患者の中咽頭内の中咽頭上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の中咽頭の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記染色する工程は、前記検出可能なマーカーを、前記患者の口内の口腔上皮細胞に適用する工程を包含し、前記試験する工程は、前記染色した細胞を、該患者の口の蛍光検出によって可視化する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記プローブは、テトラペプチドＹＶＡＤと蛍光色素との結合体の口である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記プローブは、構造Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８−ＧＧＧＧ−ＹＶＡＤ−ＦＭＫを有する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記腸上皮細胞、中咽頭上皮細胞、もしくは口腔上皮細胞を、カスパーゼ−３＆７に対して特異的な第２の検出可能なプローブで染色する工程、ならびにカスパーゼ−１と関連するマーカー  対  カスパーゼ−３＆７と関連するマーカーの比を決定する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記第２のプローブは、カスパーゼ３／７インヒビターＩと蛍光色素との結合体である、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
カスパーゼ−１マーカー  対  カスパーゼ−３＆７マーカーの比は、ＩＢＳもしくはＩＢＤを有する被験体においてよりも健康な被験体において有意に低い、項目１１に記載の方法。
（項目１４）
カスパーゼ−１マーカー  対  カスパーゼ−３＆７マーカーの比は、ＩＢＳもしくはＩＢＤを有する被験体においてよりも健康な被験体において少なくとも約４０％低い、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
カスパーゼ−１の上昇したレベルは、カスパーゼ−１インヒビターもしくは抗炎症剤による患者処置の指標として使用される、項目１に記載の方法。
（項目１６）
患者における腸細胞バリア機能不全を検出する方法であって、該方法は、
プローブベースの共焦点レーザー内視鏡検査（ｐＣＬＥ）によって患者のＩＥＣのインサイチュ画像を得る工程、
該画像中のＩＥＣを計数して、該画像化したＩＥＣにおけるギャップ数を決定する工程であって、ここで細胞１００個あたり２より大きいギャップ数は、細胞バリア機能不全を示す、工程
を包含する、方法。
（項目１７）
細胞１００個あたり３より大きなギャップ数は、細胞バリア機能不全を示す、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
１００個あたり約２より大きいＩＥＣのレベルは、プロバイオティクス因子による患者処置の指標として使用される、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
腸細胞バリア機能不全を検出することにおいて使用するためのプローブ組成物であって、該プローブ組成物は、
（ａ）カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した第１の検出可能なマーカーを含む第１のプローブ、および
（ｂ）カスパーゼ−３＆７インヒビターに結合体化した、該第１のマーカーとは異なる第２の検出可能なマーカーを含む、第２のプローブ、
を含む、プローブ組成物。
（項目２０）
前記第１のプローブは、前記テトラペプチドＹＶＡＤと蛍光色素との結合体である、項目１９に記載のプローブ組成物。
（項目２１）
前記第１のプローブは、構造Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８−ＧＧＧＧ−ＹＶＡＤ−ＦＭＫを有する、項目２０に記載のプローブ組成物。
（項目２２）
前記第２のプローブは、カスパーゼ−３／７インヒビターＩと前記第１のプローブ蛍光色素のものとは異なる蛍光色素との結合体である、項目１９に記載のプローブ組成物。
（項目２３）
患者におけるクローン病を検出するための方法であって、該方法は、
（ａ）患者の中咽頭上皮細胞もしくは口腔上皮細胞を、カスパーゼ−１インヒビターに結合体化した検出可能なマーカーを有するプローブで染色する工程、および
（ｂ）該染色された中咽頭上皮細胞を、該患者の中咽頭上皮細胞と関連したカスパーゼ−１の正常以上のレベルの証拠として、正常な個体に由来する同様に染色した中咽頭上皮細胞と比較して上昇したレベルの検出可能なマーカーの存在について試験する工程、
を包含し、
（ｃ）ここで該患者の中咽頭上皮細胞におけるカスパーゼ−１の上昇したレベルは、クローン病の指標である、
方法。
（項目２４）
前記染色する工程は、（ｉ）前記患者から、歯科生検によって中咽頭上皮細胞を得る工程、および（ｉｉ）該細胞をインビトロで染色する工程を包含する、項目２３に記載の方法。