【手続補正書】
【提出日】平成28年1月21日(2016.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
所望の生物学的活性を有する生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  ポリペプチドの発現を許容する条件下で前記核酸分子をインキュベートするステップであって、ポリペプチド分子の集団が前記核酸集団の前記核酸分子から発現され、各ポリペプチド分子がそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、インキュベートするステップと、
（ｃ）  前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験するステップと、
（ｄ）  前記細胞において生物学的応答を呈するポリペプチドに会合した核酸分子を単離して、前記生物学的に活性なポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
【請求項２】
前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験することが、約５〜１００個または約１，０００〜５，０００個の細胞上の前記メンバーポリペプチドを個別に試験することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験することが、前記メンバーポリペプチドをエマルジョンのマイクロカプセル中で単離された生細胞と接触させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
各ポリペプチド分子が、ゲル、マイクロタイタープレートのウェル、またはエマルジョンのマイクロカプセル中でそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
生物学的応答について細胞を試験することが、前記細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、前記細胞による蛍光染料の取り込みまたは排除を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、標識試薬の前記細胞への結合を検出することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記標識試薬が抗体である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
生物学的応答を呈するポリペプチドと会合した核酸分子を単離することが、親和性精製または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記細胞が前記ポリペプチドに対する生物学的応答を呈する場合にのみ、前記ポリペプチドをコードする前記核酸分子が前記細胞の成分に結合される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記生物学的応答が細胞溶解であり、前記試験細胞の前記成分が細胞内タンパク質である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、前記成分に結合する結合部分を用いて前記試験細胞の前記成分を精製することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記細胞を試験することが、前記核酸分子が前記試験細胞の前記成分に結合されるかを決定することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記核酸分子が検出可能なタグに結合される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記核酸分子が担体上に固定化される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
生物学的応答について細胞を試験することが、前記担体に結合したタグの蛍光、発光、または吸収特性の変化を検出することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記担体に結合した前記タグの前記特性の前記変化が、前記所望の生物学的活性を呈する前記試験細胞において遺伝子導入的に発現されるレポーター酵素によって媒介される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ビーズまたは前記核酸分子が検出可能な標識を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記担体が磁気ビーズである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記核酸集団の前記核酸分子がそれぞれ、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答が、細胞死、分化、増殖、または増強された多分化能である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答がアポトーシスである、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記細胞に結合するアネキシンＶを検出すること、または前記細胞におけるカスパーゼ活性化を検出することを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記細胞が、癌細胞、神経細胞、免疫細胞、幹細胞、または人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記細胞が、レポーター分子の発現のための導入遺伝子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記試験が、１ｍＬの試験体積当たり少なくとも１０，０００個のはっきりと異なるメンバーポリペプチドの濃度で行われ、前記はっきりと異なるメンバーポリペプチドが、ゲル中の別個の区画またはエマルジョンのマイクロカプセルに含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
複数の個々の細胞複合体を含むライブラリであって、前記ライブラリの各複合体が１個以上のビーズと会合した細胞を含み、前記細胞が組換えポリペプチドを含み、前記１個または複数のビーズが前記組換えポリペプチドをコードする核酸分子に結合し、前記ライブラリの個々の細胞複合体が異なる組換えポリペプチドを含む、ライブラリ。
【請求項２９】
所望の活性を有する活性ポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  ポリペプチドの発現を許容する条件下で前記核酸分子をインキュベートするステップであって、ポリペプチド分子の集団が前記核酸集団の前記核酸分子から発現され、各ポリペプチド分子がそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、インキュベートするステップと、
（ｃ）  前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する応答について標的分子を試験するステップと、
（ｄ）  前記標的分子に対する応答を提供するポリペプチドと会合した核酸分子を単離して、前記活性ポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
所望の生物学的活性を有する生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の核酸集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  ポリペプチドの発現を許容する条件下で前記核酸分子をインキュベートするステップであって、ポリペプチド分子の集団が前記核酸集団の前記核酸分子から発現され、各ポリペプチド分子がそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、インキュベートするステップと、
（ｃ）  前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験するステップと、
（ｄ）  前記細胞において生物学的応答を呈するポリペプチドに会合した核酸分子を単離して、前記生物学的に活性なポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
（項目２）
前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験することが、単一細胞上の前記メンバーポリペプチドを個別に試験することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験することが、約５〜１００個または約１，０００〜５，０００個の細胞上の前記メンバーポリペプチドを個別に試験することを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する生物学的応答について細胞を試験することが、前記メンバーポリペプチドをエマルジョンのマイクロカプセル中で単離された生細胞と接触させることを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
各マイクロカプセルが、平均１個の前記メンバーポリペプチドを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
各ポリペプチド分子が、ゲル、マイクロタイタープレートのウェル、またはエマルジョンのマイクロカプセル中でそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞である、項目１に記載の方法。
（項目８）
生物学的応答について細胞を試験することが、前記細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することを含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、前記細胞による蛍光染料の取り込みまたは排除を検出することを含む、項目２に記載の方法。
（項目１０）
前記細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、標識試薬の前記細胞への結合を検出することを含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記標識試薬が抗体である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
生物学的応答を呈するポリペプチドと会合した核酸分子を単離することが、親和性精製または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記細胞が前記ポリペプチドに対する生物学的応答を呈する場合にのみ、前記ポリペプチドをコードする前記核酸分子が前記細胞の成分に結合される、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記生物学的応答が細胞溶解であり、前記試験細胞の前記成分が細胞内タンパク質である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、前記成分に結合する結合部分を用いて前記試験細胞の前記成分を精製することを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記細胞を試験することが、前記核酸分子が前記試験細胞の前記成分に結合されるかを決定することを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
前記核酸分子が検出可能なタグに結合される、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記核酸分子が担体上に固定化される、項目１に記載の方法。
（項目１９）
生物学的応答について細胞を試験することが、前記担体に結合したタグの蛍光、発光、または吸収特性の変化を検出することを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記担体に結合した前記タグの前記特性の前記変化が、前記所望の生物学的活性を呈する前記試験細胞において遺伝子導入的に発現されるレポーター酵素によって媒介される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ビーズまたは前記核酸分子が検出可能な標識を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
前記担体が磁気ビーズである、項目１８に記載の方法。
（項目２３）
前記核酸集団の前記核酸分子がそれぞれ、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答が、細胞死、分化、増殖、または増強された多分化能である、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答がアポトーシスである、項目１に記載の方法。
（項目２６）
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記細胞に結合するアネキシンＶを検出すること、または前記細胞におけるカスパーゼ活性化を検出することを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記細胞が、癌細胞、神経細胞、免疫細胞、幹細胞、または人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞である、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記細胞が、レポーター分子の発現のための導入遺伝子を含む、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記試験が、１ｍＬの試験体積当たり少なくとも１０，０００個のはっきりと異なるメンバーポリペプチドの濃度で行われ、前記はっきりと異なるメンバーポリペプチドが、ゲル中の別個の区画またはエマルジョンのマイクロカプセルに含まれる、項目１に記載の方法。
（項目３０）
所望の生物学的活性を有する生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  少なくとも５０，０００個の異なる分子を含むポリペプチド分子のライブラリを得るステップと、
（ｂ）  前記ポリペプチド分子に対する生物学的応答について生試験細胞上の前記異なるポリペプチド分子を個別に試験するステップと、
（ｃ）  生物学的に活性なポリペプチド分子のサブセットをコードする核酸分子の配列を特定するステップと、を含む、方法。
（項目３１）
生試験細胞上の前記異なるポリペプチド分子を個別に試験することが、単一細胞上の前記異なるポリペプチド分子を個別に試験することを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
生試験細胞上の前記異なるポリペプチド分子を個別に試験することが、約５〜１００個の細胞または約１，０００〜５，０００個の細胞上の前記異なるポリペプチド分子を個別に試験することを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３３）
生試験細胞上の前記異なる分子を個別に試験することが、前記ポリペプチド分子をゲル、ウェル、またはエマルジョンのマイクロカプセル中で単離された生細胞と接触させることを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３４）
前記異なる分子を個別に試験することが、前記ポリペプチド分子をエマルジョンのマイクロカプセル中で単離された生細胞と接触させることを含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
各マイクロカプセルが、平均１個の前記異なるポリペプチド分子を含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記試験が、１ｍＬの試験体積当たり少なくとも１０，０００個のはっきりと異なるポリペプチドライブラリメンバーの濃度で行われ、前記はっきりと異なるポリペプチドが、エマルジョンの別個のマイクロカプセルに含まれる、項目３０に記載の方法。
（項目３７）
前記試験細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞である、項目３０に記載の方法。
（項目３８）
複数の担体粒子を含むポリペプチドライブラリであって、各粒子が、
ａ）  第１の結合部分によって前記粒子と会合したはっきりと異なる核酸分子の１個以上のコピーと、
ｂ）  前記はっきりと異なる核酸分子によってコードされた複数のポリペプチド分子と、を含み、前記複数のポリペプチドがそれぞれ、第２の結合部分によって前記粒子と会合する、ライブラリ。
（項目３９）
各粒子が、前記はっきりと異なる核酸分子の２個以上のコピーを含む、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４０）
各粒子が、前記はっきりと異なる核酸分子の約１００万〜２０００万個のコピーを含む、項目３９に記載のライブラリ。
（項目４１）
前記複数のポリペプチド分子が、約１億〜１００億個の分子を含む、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４２）
少なくとも５０，０００個のはっきりと異なる核酸分子を含む、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４３）
前記担体粒子が検出可能な標識を含む、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４４）
前記担体粒子がビーズである、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４５）
各粒子がマイクロカプセルに含まれる、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４６）
前記マイクロカプセルが逆ミセルであり、前記ライブラリがエマルジョンに含まれる、項目４５に記載のライブラリ。
（項目４７）
前記はっきりと異なる核酸分子が、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、項目３８に記載のライブラリ。
（項目４８）
所望の生物学的活性を有する生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の核酸集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  マイクロカプセルの第１の集団を調製するステップであって、前記マイクロカプセルの第１の集団が、
ｉ）  前記核酸集団の核酸分子と、
ｉｉ）  前記ポリペプチドの発現のための成分と、
ｉｉｉ）  前記核酸分子および担体と会合した第１の結合部分と、
ｉｖ）  前記核酸分子と会合した第２の結合部分と、を含み、
前記マイクロカプセル集団の個々のメンバーが前記核酸集団のはっきりと異なるメンバーを組み込む、調製するステップと、
（ｃ）  マイクロカプセルの前記第１の集団をインキュベートしてポリペプチドの発現を許容するステップであって、発現したポリペプチドが前記第２の結合部分によって結合されてポリペプチド−核酸複合体を形成する、許容するステップと、
（ｄ）  マイクロカプセルの第２の集団を得るステップであって、前記マイクロカプセルの第２の集団が、
ｉ）  試験細胞と、
ｉｉ）  前記ポリペプチド−核酸複合体と、を含む、得るステップと、
（ｅ）  前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記試験細胞を試験するステップと、
（ｇ）  前記応答を呈するポリペプチドをコードする核酸分子を単離して、前記生物学的に活性なポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
（項目４９）
ステップ（ｄ）の前に前記ポリペプチド−核酸複合体を精製することをさらに含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
ステップ（ｄ）が、ｉｉｉ）前記ポリペプチドを前記第２の結合部分から解離する第１の解離剤をさらに含む、項目４８に記載の方法。
（項目５１）
ステップ（ｂ）が、ｖ）前記核酸分子と会合したさらなる結合部分をさらに含み、ステップ（ｄ）が、ｉｉｉ）前記核酸を前記ビーズから解離する第２の解離剤をさらに含み、前記さらなる結合部分が前記核酸を前記細胞に結合させる、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
ステップ（ｄ）が、ｉｉｉ）前記核酸を前記ビーズから解離する第２の解離剤をさらに含み、前記核酸が前記細胞に非特異的に結合する、項目４８に記載の方法。
（項目５３）
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５４）
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、前記細胞による蛍光染料の取り込みまたは排除を検出することを含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、標識試薬の前記試験細胞への結合を検出することを含む、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
前記標識試薬が抗体である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、親和性精製または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５８）
マイクロカプセルの前記第２の集団を得ることが、マイクロカプセルの前記第１の集団を試験細胞を含むマイクロカプセルの集団と融合させることを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５９）
マイクロカプセルの前記第１の集団と第２の集団を融合させることが、電気合体または親和性支援電気合体の使用を含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記試験細胞が前記ポリペプチドに対する生物学的応答を呈する場合にのみ、前記ポリペプチドをコードする前記核酸分子が前記結合部分により前記試験細胞の前記成分に結合される、項目４８に記載の方法。
（項目６１）
前記生物学的応答が細胞溶解であり、前記試験細胞の前記成分が細胞内タンパク質である、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、前記成分に結合する結合部分を用いて前記試験細胞の前記成分を精製することを含む、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記核酸分子が前記試験細胞の前記成分に結合されるかを決定することを含む、項目６０に記載の方法。
（項目６４）
前記核酸分子が検出可能なタグに結合される、項目６０に記載の方法。
（項目６５）
前記ポリペプチドに対する生物学的応答についての前記試験細胞を試験する前に、核酸分子に結合した前記試験細胞を前記マイクロカプセルから除去することをさらに含む、項目４８に記載の方法。
（項目６６）
核酸分子に結合した前記試験細胞を前記マイクロカプセルから除去することが、エマルジョンを破壊することを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記核酸集団の前記核酸分子がＤＮＡ分子である、項目４８に記載の方法。
（項目６８）
前記ポリペプチドの発現のための前記成分が、転写および翻訳のための成分を含む、項目４８に記載の方法。
（項目６９）
前記核酸集団の前記核酸分子が前記第１の結合部分によって担体粒子と会合する、項目４８に記載の方法。
（項目７０）
前記担体粒子がビーズである、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記担体粒子または前記核酸分子が検出可能な標識を含む、項目６９に記載の方法。
（項目７２）
前記ビーズが磁性である、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記マイクロカプセルがエマルジョン中のミセルである、項目４８に記載の方法。
（項目７４）
前記核酸集団の前記核酸分子がそれぞれ、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、項目４８に記載の方法。
（項目７５）
前記試験細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答が、細胞死、分化、増殖、または増強された多分化能である、項目４８に記載の方法。
（項目７６）
前記試験細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答がアポトーシスである、項目４８に記載の方法。
（項目７７）
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記試験細胞に結合するアネキシンＶを検出することを含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記試験細胞が、癌細胞、免疫細胞、幹細胞、または人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞である、項目４８に記載の方法。
（項目７９）
前記試験細胞が、レポーター分子の発現のための導入遺伝子を含む、項目４８に記載の方法。
（項目８０）
発現したポリペプチド、前記発現したポリペプチドをコードする組換え核酸分子、および細胞を含むエマルジョンマイクロカプセルであって、前記ポリペプチドをコードする前記組換え核酸分子が、前記組換え核酸分子と会合した結合部分により前記試験細胞の成分に結合される、エマルジョンマイクロカプセル。
（項目８１）
前記結合部分および前記組換え核酸分子がビーズに結合される、項目８０に記載のエマルジョンマイクロカプセル。
（項目８２）
前記組換え核酸分子が、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、項目８０に記載のエマルジョンマイクロカプセル。
（項目８３）
単離された細胞であって、前記組換え核酸分子と会合した結合部分により前記細胞の表面に結合した組換え核酸分子を含む、単離された細胞。
（項目８４）
複数の個々の細胞複合体を含むライブラリであって、前記ライブラリの各複合体が１個以上のビーズと会合した細胞を含み、前記細胞が組換えポリペプチドを含み、前記１個または複数のビーズが前記組換えポリペプチドをコードする核酸分子に結合し、前記ライブラリの個々の細胞複合体が異なる組換えポリペプチドを含む、ライブラリ。
（項目８５）
前記組換えポリペプチド分子または前記１個または複数のビーズが前記細胞の表面に結合される、項目８４に記載のライブラリ。
（項目８６）
前記組換えポリペプチド分子が、前記細胞の細胞膜、サイトゾル、または核に含まれる、項目８４に記載のライブラリ。
（項目８７）
１ｍＬの体積当たり少なくとも１０，０００個のはっきりと異なるポリペプチドライブラリメンバーの濃度を有する、項目８４に記載のライブラリ。
（項目８８）
前記細胞複合体が標識をさらに含む、項目８４に記載のライブラリ。
（項目８９）
前記標識が、前記ビーズ、前記核酸、または前記細胞に結合される、項目８８に記載のライブラリ。
（項目９０）
異なる組換えポリペプチドを含む細胞複合体が互いに単離される、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９１）
異なる組換えポリペプチドを含む細胞複合体が、ゲル、マイクロタイタープレートのウェル、またはエマルジョンのマイクロカプセルに含まれる、項目９０に記載のライブラリ。
（項目９２）
前記１個または複数のビーズが、前記核酸分子の結合のための第１の結合部分と、前記組換えポリペプチド分子の結合のための第２の結合部分と、を含む、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９３）
前記細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞である、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９４）
前記細胞が生存細胞である、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９５）
異なる組換えポリペプチドを含む少なくとも１０，０００個のはっきりと異なる複合体を含む、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９６）
各複合体が、前記組換えポリペプチドの少なくとも約１億個のコピーを含む、項目８４に記載のライブラリ。
（項目９７）
所望の生物学的活性を有する生物学的に活性なポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の核酸集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  マイクロカプセルの第１の集団を調製するステップであって、前記マイクロカプセルの第１の集団が、
ｉ）  前記核酸集団の核酸分子と、
ｉｉ）  前記ポリペプチドの発現のための成分と、
ｉｉｉ）  前記核酸と会合した結合部分と、を含み、
前記マイクロカプセル集団の個々のメンバーが前記核酸集団のはっきりと異なるメンバーを組み込む、調製するステップと、
（ｃ）  マイクロカプセルの前記第１の集団をインキュベートして、ポリペプチドの発現を許容するステップと、
（ｄ）  試験細胞を含むマイクロカプセルの第２の集団を得るステップと、
（ｅ）  マイクロカプセルの前記第１の集団と第２の集団を融合させて、マイクロカプセルの第３の集団を提供するステップであって、前記第３の集団の個々のメンバーが、発現したポリペプチド、前記発現したポリペプチドをコードする核酸分子、および前記試験細胞を含み、前記ポリペプチドをコードする前記核酸分子が、前記結合部分により前記試験細胞の成分に結合される、提供するステップと、
（ｆ）  前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記試験細胞を試験するステップと、
（ｇ）  前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離して、前記生物学的に活性なポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
（項目９８）
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することを含む、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、前記細胞による蛍光染料の取り込みまたは排除を検出することを含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記試験細胞の光学または蛍光特性の変化を検出することが、標識試薬の前記試験細胞への結合を検出することを含む、項目９８に記載の方法。
（項目１０１）
前記標識試薬が抗体である、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、親和性精製または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を含む、項目９７に記載の方法。
（項目１０３）
マイクロカプセルの前記第１の集団またはマイクロカプセルの前記第２の集団が、それらの外面上に親和性タグを含む、項目９７に記載の方法。
（項目１０４）
マイクロカプセルの前記第１の集団と第２の集団を融合させることが、電気合体の使用を含む、項目９７に記載の方法。
（項目１０５）
マイクロカプセルの前記第１の集団と第２の集団を融合させることが、親和性支援電気合体の使用を含む、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記試験細胞が前記ポリペプチドに対する生物学的応答を呈する場合にのみ、前記ポリペプチドをコードする前記核酸分子が前記結合部分により前記試験細胞の前記成分に結合される、項目９７に記載の方法。
（項目１０７）
前記生物学的応答が細胞溶解であり、前記試験細胞の前記成分が細胞内タンパク質である、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
前記応答を呈する前記試験細胞の前記成分に結合した核酸分子を単離することが、前記成分に結合する結合部分を用いて前記試験細胞の前記成分を精製することを含む、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記ポリペプチドに対する生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記核酸分子が前記試験細胞の前記成分に結合されるかを決定することを含む、項目１０６に記載の方法。
（項目１１０）
前記核酸分子が検出可能なタグに結合される、項目１０６に記載の方法。
（項目１１１）
前記ポリペプチドに対する生物学的応答についての前記試験細胞を試験する前に、核酸分子に結合した前記試験細胞を前記マイクロカプセルから除去することをさらに含む、項目９７に記載の方法。
（項目１１２）
核酸分子に結合した前記試験細胞を前記マイクロカプセルから除去することが、エマルジョンを破壊することを含む、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記核酸集団の前記核酸分子がＤＮＡ分子である、項目９７に記載の方法。
（項目１１４）
前記ポリペプチドの発現のための前記成分が、転写および翻訳のための成分を含む、項目９７に記載の方法。
（項目１１５）
前記核酸集団の前記核酸分子がビーズ上に固定化される、項目９７に記載の方法。
（項目１１６）
前記ビーズまたは前記核酸分子が検出可能な標識を含む、項目１１５に記載の方法。
（項目１１７）
前記ビーズが磁性である、項目１１５に記載の方法。
（項目１１８）
前記マイクロカプセルがエマルジョン中のミセルである、項目９７に記載の方法。
（項目１１９）
前記核酸集団の前記核酸分子がそれぞれ、膜輸送ドメインをコードする配列のセグメントを含む、項目９７に記載の方法。
（項目１２０）
前記試験細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答が、細胞死、分化、増殖、または増強された多分化能である、項目９７に記載の方法。
（項目１２１）
前記試験細胞における前記ポリペプチドに対する前記生物学的応答がアポトーシスである、項目９７に記載の方法。
（項目１２２）
生物学的応答について前記試験細胞を試験することが、前記試験細胞に結合するアネキシンＶを検出することを含む、項目１２１に記載の方法。
（項目１２３）
前記試験細胞が、癌細胞、免疫細胞、幹細胞、または人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞である、項目９７に記載の方法。
（項目１２４）
前記試験細胞が、レポーター分子の発現のための導入遺伝子を含む、項目９７に記載の方法。
（項目１２５）
所望の活性を有する活性ポリペプチドをコードする核酸分子を単離する方法であって、
（ａ）  ポリペプチドをコードする配列を含む核酸分子の集団を得るステップであって、前記集団の個々のメンバーが異なるポリペプチドをコードする、得るステップと、
（ｂ）  ポリペプチドの発現を許容する条件下で前記核酸分子をインキュベートするステップであって、ポリペプチド分子の集団が前記核酸集団の前記核酸分子から発現され、各ポリペプチド分子がそれをコードする前記核酸分子の少なくとも１個のコピーと会合する、インキュベートするステップと、
（ｃ）  前記集団の個々のメンバーポリペプチドに対する応答について標的分子を試験するステップと、
（ｄ）  前記標的分子に対する応答を提供するポリペプチドと会合した核酸分子を単離して、前記活性ポリペプチドをコードする前記核酸分子を提供するステップと、を含む、方法。
（項目１２６）
前記標的分子が、酵素、受容体、または抗原である、項目１２５に記載の方法。
（項目１２７）
前記応答が、前記標的分子のメンバーポリペプチドへの結合、前記標的分子のリガンドへの結合の阻害、前記標的分子の酵素活性の阻害、または前記標的分子の酵素活性の活性化である、項目１２５に記載の方法。
（項目１２８）
個々のメンバーポリペプチドに対する応答について標的分子を試験することが、ゲル、マイクロタイタープレートのウェル、またはエマルジョンのマイクロカプセル中の前記個々のメンバーポリペプチドを試験することを含む、項目１２５に記載の方法。
（項目１２９）
１００万〜１，０００万個の核酸分子および１０億〜２００億個のポリペプチド分子に結合した官能化表面を含む、担体ビーズ。
（項目１３０）
前記核酸分子がビオチン−アビジン相互作用によって前記ビーズに結合される、項目１２９に記載のビーズ。
（項目１３１）
前記ポリペプチド分子が、前記ポリペプチド分子のＨｉｓタグ配列による前記ビーズ上での荷電Ｎｉ基の結合によって前記ビーズに結合される、項目１２９に記載のビーズ。
（項目１３２）
前記ビーズが、架橋アガロースビーズ、ポリスチレンビーズ、またはシリカビーズである、項目１２９に記載のビーズ。
（項目１３３）
少なくとも５０億、１００億、もしくは１５０億個のポリペプチド分子、または少なくとも５００万、１，０００万、もしくは１，５００万個の核酸分子を含む、項目１２９に記載のビーズ。
（項目１３４）
前記核酸分子または前記ポリペプチド分子がすべて本質的に同一の配列を含む、項目１２９に記載のビーズ。
（項目１３５）
前記ポリペプチド分子が前記核酸分子によってコードされる、項目１３４に記載のビーズ。
（項目１３６）
少なくとも約５０，０００個の項目１３５に記載のビーズを含むライブラリであって、各ビーズが前記ライブラリの他のビーズと比較してユニークな配列を含む核酸分子に結合される、ライブラリ。
本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、詳細な説明および具体的な例が本発明の好ましい実施形態を示すが、これらは、本発明の精神および範囲内の様々な変更および修正がこの詳細な説明から当業者に明らかになるため、例としてのみ提供されていることを理解されたい。