【手続補正書】
【提出日】平成28年6月3日(2016.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の一本鎖アクセプター核酸分子を複数の一本鎖ドナー核酸分子に連結する工程を含む方法であって、前記一本鎖ドナー核酸分子または前記一本鎖アクセプター核酸分子は、５０ヌクレオチド〜２０００ヌクレオチドのサイズを含み、そして前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する効率は、１０％を超える、方法。
【請求項２】
前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する前記効率が、３０％を超える、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する前記効率が、５０％を超える、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する前記効率が、６０％を超える、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、５’ヌクレオチド一リン酸（ＮＭＰ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記５’ヌクレオチド一リン酸が、アデノシン一リン酸（ＡＭＰ）を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、ＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、ＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、ＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、ＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、５０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、２００ヌクレオチド〜６００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、５００ヌクレオチド〜１０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、８００ヌクレオチド〜２０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、５０ヌクレオチド〜２０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、５０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、２００ヌクレオチド〜６００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、５００ヌクレオチド〜１０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、８００ヌクレオチド〜２０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、５０ヌクレオチド〜２０００ヌクレオチドのサイズを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、３’末端ブロック基を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記末端ブロック基が、ジデオキシ−ＮＴＰを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
末端ヌクレオチジルトランスフェラーゼ（ＴｄＴ）を使用して３’末端ブロック基を前記一本鎖ドナー核酸分子に添加する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＮＭＰを前記一本鎖ドナー核酸分子のうちの少なくとも１０％に移動させる工程をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＮＭＰを前記一本鎖ドナー核酸分子のうちの少なくとも５０％に移動させる工程をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記一本鎖ドナー核酸分子の５’末端をリン酸化する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記リン酸化する工程が、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ（ＰＮＫ）の使用を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
一本鎖ＤＮＡライブラリーを形成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、生物学的供給源から単離された核酸分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、アダプター配列を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、アダプター配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、生物学的供給源から単離された核酸分子を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
一本鎖ドナー核酸分子および一本鎖アクセプター核酸分子を連結する方法であって、前記方法は、以下：
ａ．反応混合物中でヌクレオチド一リン酸（ＮＭＰ）を一本鎖ドナー核酸分子に移動させ、それによって前記ＮＭＰを含む一本鎖ドナー核酸分子を生成する工程；
ｂ．工程ａ）の後、アクセプター核酸分子を前記反応混合物に添加する工程；ならびに
ｃ．前記反応混合物中で、前記一本鎖アクセプター核酸分子を前記ＮＭＰを含む前記一本鎖ドナー核酸分子に連結する工程、
を含む、方法。
【請求項３４】
工程ｂ）が、工程ａ）の後、Ｍｎ２＋を前記反応混合物に添加することを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記Ｍｎ２＋を添加した後の、前記反応混合物中のＭｎ２＋の最終濃度が、２．５ｍＭ〜７．５ｍＭである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
工程ｂ）が、工程ａ）の前記反応混合物中のＮＴＰの濃度を高くても１０分の１に低下させることを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、１２０ヌクレオチドを超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、１２０ヌクレオチドを超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、ＤＮＡを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、ＲＮＡを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４１】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、ＤＮＡを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４２】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、ＲＮＡを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４３】
前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する効率が、１０％を超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項４４】
前記一本鎖ドナー核酸分子を連結する効率が、５０％を超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項４５】
前記一本鎖アクセプター核酸分子を連結する効率が、１０％を超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項４６】
前記一本鎖アクセプター核酸分子を連結する効率が、５０％を超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＮＭＰが、アデノシン一リン酸（ＡＭＰ）である、請求項３３に記載の方法。
【請求項４８】
前記移動させる工程が、前記ＮＭＰを前記一本鎖ドナー核酸分子の５’末端に移動させることを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４９】
前記一本鎖ドナー核酸分子および前記一本鎖アクセプター核酸分子が、１２０ヌクレオチドを超える、請求項３３に記載の方法。
【請求項５０】
前記連結する工程が、ＡＴＰ依存性リガーゼの使用を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項５１】
前記移動させる工程が、ＡＴＰ依存性リガーゼの使用を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＡＴＰ依存性リガーゼが、ＲＮＡリガーゼを含む、請求項５０または５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＡＴＰ依存性リガーゼが、好熱性のＲＮＡリガーゼを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＡＴＰ依存性リガーゼが、古細菌のＲＮＡリガーゼを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
前記古細菌のＲＮＡリガーゼが、好熱性の古細菌に由来する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記好熱性の古細菌が、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍを含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＲＮＡリガーゼが、ＭｔｈＲｎｌを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５８】
前記ＲＮＡリガーゼが、Ｔ４  ＲＮＡリガーゼを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５９】
前記ＲＮＡリガーゼが、Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｓｃｉｔｏｄｕｃｔｕｓ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ＴＳ２１２６由来のリガーゼを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項６０】
前記ＲＮＡリガーゼが、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＲＮＡリガーゼが、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＲＮＡリガーゼが、好熱性のＲＮＡリガーゼを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項６３】
前記連結する工程が、前記ＮＭＰを含む前記一本鎖ドナー核酸分子の５’末端を前記一本鎖アクセプター核酸分子の３’末端に連結することを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項６４】
一本鎖ドナー核酸を一本鎖アクセプター核酸に連結する方法であって、前記方法は、以下：
ａ．一本鎖アクセプター核酸分子を含まない反応混合物中で、ヌクレオチド一リン酸（ＮＭＰ）を一本鎖ドナー核酸分子に移動させ、それによって前記ＮＭＰを含む一本鎖ドナー核酸分子を生成する工程；および
ｂ．一本鎖アクセプター核酸分子を前記ＮＭＰを含む前記一本鎖ドナー核酸分子に連結する工程を含み、ここで
前記一本鎖ドナー核酸分子または前記一本鎖アクセプター核酸分子は、１２０ヌクレオチドを超え、前記一本鎖ドナー核酸分子と前記一本鎖アクセプター核酸分子とが異なる、
方法。
【請求項６５】
前記ドナー核酸分子を連結する効率が、１０％を超える、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記ドナー核酸分子を連結する効率が、５０％を超える、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記反応混合物中のリガーゼの量が、前記反応混合物中の一本鎖ドナー核酸分子の量に対して少なくとも等モルである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
前記移動させる工程と前記連結する工程とが、前記反応混合物中で逐次的に行われる、請求項６４に記載の方法。
【請求項６９】
前記連結する工程と前記移動させる工程とが、前記反応混合物中で行われ、そして前記反応混合物から前記一本鎖ドナー核酸分子を分離することなく、前記連結する工程が達成される、請求項６４に記載の方法。
【請求項７０】
前記一本鎖ドナー核酸分子が、１２０ヌクレオチドを超える、請求項６４に記載の方法。
【請求項７１】
前記一本鎖アクセプター核酸分子が、１２０ヌクレオチドを超える、請求項６４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に示される。本発明の特徴および利点の良好な理解は、本発明の原理を利用している、例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明、および添付の図面を参照して得られる。
例えば、本発明は、以下の項目を提供する：
（項目１）
癌を評価する方法であって、以下：
（ａ）被験体中の流体サンプルに由来するサンプル中で遺伝子の各々のサブセットの存在、不在および／または量を決定する工程であって、ここで上記サブセットは、（ｉ）固体組織サンプルが、癌性組織を含むことが公知であるか、または含むと疑われる被験体由来の上記固体組織サンプルでの遺伝子のセットに対して標的化配列決定を行うこと；（ｉｉ）上記標的化配列決定に基づいて遺伝子の上記セットについて遺伝学的異常のプロファイルを決定すること；ならびに（ｉｉｉ）上記セットについての上記プロファイルに基づいて遺伝子の上記セットのうち、２、３、４の、しかし４以下の遺伝子サブセットを選択することによって決定され、ここで上記サブセットは上記被験体に特異的である、工程；ならびに
（ｂ）工程（ａ）の結果から、上記被験体における上記癌の状態を決定する工程；
を包含する、方法。
（項目２）
遺伝子の上記セットが少なくとも１０の遺伝子を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
遺伝子の上記セットが少なくとも１００の遺伝子を含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
遺伝子の上記セットが少なくとも２００の遺伝子を含む、項目２に記載の方法。
（項目５）
項目１に記載の方法であって、遺伝子の上記セットが、ＡＢＣＡ１、ＢＲＡＦ、ＣＨＤ５、ＥＰ３００、ＦＬＴ１、ＩＴＰＡ、ＭＹＣ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＫＰ２、ＴＰ５３、ＡＢＣＡ７、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＥＰＨＡ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ１、ＭＹＣＬ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＰ７３、ＡＢＣＢ１、ＢＲＣＡ２、ＣＨＥＫ２、ＥＰＨＡ５、ＦＬＴ４、ＪＡＫ２、ＭＹＣＮ、ＰＫＨＤ１、ＳＬＣ１Ａ６、ＴＰＭ３、ＡＢＣＣ２、ＢＲＩＰ１、ＣＬＴＣ、ＥＰＨＡ６、ＦＮ１、ＪＡＫ３、ＭＹＨ２、ＰＬＣＢ１、ＳＬＣ２２Ａ２、ＴＰＭＴ、ＡＢＣＣ３、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＰＨＡ７、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＹＨ９、ＰＬＣＧ１、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＴＰＯ、ＡＢＣＣ４、Ｃ１ｏｒｆ１４４、ＣＯＰＳ５、ＥＰＨＡ８、ＦＯＸＯ１、ＫＢＴＢＤ１１、ＮＡＶ３、ＰＬＣＧ２、ＳＭＡＤ２、ＴＰＲ、ＡＢＣＧ２、ＣＡＢＬＥＳ１、ＣＲＥＢ１、ＥＰＨＢ１、ＦＯＸＯ３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＢＮ、ＰＭＬ、ＳＭＡＤ３、ＴＲＩＯ、ＡＢＬ１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ１、ＣＲＥＢＢＰ、ＥＰＨＢ４、ＦＯＸＰ４、ＫＤＲ、ＮＣＯＡ２、ＰＭＳ２、ＳＭＡＤ４、ＴＲＲＡＰ、ＡＢＬ２、ＣＡＭＫＶ、ＣＲＫＬ、ＥＰＨＢ６、ＧＡＢ１、ＫＩＴ、ＮＥＫ１１、ＰＰＡＲＧ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＴＳＣ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＣＲＬＦ２、ＥＰＯ、ＧＡＴＡ１、ＫＬＦ６、ＮＦ１、ＰＰＡＲＧＣ１Ａ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＴＳＣ２、ＡＣＶＲ２Ａ、ＣＡＲＭ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＥＲＢＢ２、ＧＬＩ１、ＫＬＨＤＣ４、ＮＦ２、ＰＰＰ１Ｒ３Ａ、ＳＭＯ、ＴＴＫ、ＡＤＣＹ９、ＣＡＶ１、ＣＳＭＤ３、ＥＲＢＢ３、ＧＬＩ３、ＫＲＡＳ、ＮＫＸ２−１、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＳＯＣＳ１、ＴＹＫ２、ＡＧＡＰ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＣＳＮＫ１Ｇ２、ＥＲＢＢ４、ＧＮＡ１１、ＬＭＯ２、ＮＯＳ２、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＳＯＤ２、ＴＹＭＳ、ＡＫＴ１、ＣＢＬ、ＣＴＮＮＡ１、ＥＲＣＣ１、ＧＮＡＱ、ＬＲＰ１Ｂ、ＮＯＳ３、ＰＲＫＡＡ２、ＳＯＳ１、ＵＧＴ１Ａ１、ＡＫＴ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＡ２、ＥＲＣＣ２、ＧＮＡＳ、ＬＲＰ２、ＮＯＴＣＨ１、ＰＲＫＣＡ、ＳＯＸ１０、ＵＭＰＳ、ＡＫＴ３、ＣＣＮＤ２、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＣＣ３、ＧＰＲ１２４、ＬＲＰ６、ＮＯＴＣＨ２、ＰＲＫＣＺ、ＳＯＸ２、ＵＳＰ９Ｘ、ＡＬＫ、ＣＣＮＤ３、ＣＹＦＩＰ１、ＥＲＣＣ４、ＧＰＲ１３３、ＬＴＫ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＲＫＤＣ、ＳＰ１、ＶＥＧＦ、ＡＮＡＰＣ５、ＣＣＮＥ１、ＣＹＬＤ、ＥＲＣＣ５、ＧＲＢ２、ＭＡＮ１Ｂ１、ＮＰＭ１、ＰＴＣＨ１、ＳＰＲＹ２、ＶＥＧＦＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＹＰ１９Ａ１、ＥＲＣＣ６、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＱＯ１、ＰＴＣＨ２、ＳＲＣ、ＶＨＬ、ＡＰＣ２、ＣＤ４４、ＣＹＰ１Ｂ１、ＥＲＧ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＲ３Ｃ１、ＰＴＥＮ、ＳＴ６ＧＡＬ２、ＷＲＮ、ＡＲ、ＣＤ７９Ａ、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＥＲＮ２、ＧＵＣＹ１Ａ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＮＲＡＳ、ＰＴＧＳ２、ＳＴＡＴ１、ＷＴ１、ＡＲＡＦ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＹＰ２Ｃ８、ＥＳＲ１、ＨＤＡＣ１、ＭＡＰ２Ｋ７、ＮＲＰ２、ＰＴＰＮ１１、ＳＴＡＴ３、ＸＰＡ、ＡＲＦＲＰ１、ＣＤＣ４２、ＣＹＰ２Ｄ６、ＥＳＲ２、ＨＤＡＣ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＮＴＲＫ１、ＰＴＰＲＢ、ＳＴＫ１１、ＸＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＢ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＴＶ４、ＨＧＦ、ＭＡＰＫ１、ＮＴＲＫ２、ＰＴＰＲＤ、ＳＵＦＵ、ＺＦＹ、ＡＴＭ、ＣＤＣ７３、ＣＹＰ３Ａ５、ＥＷＳＲ１、ＨＩＦ１Ａ、ＭＡＰＫ３、ＮＴＲＫ３、ＲＡＤ５０、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＺＮＦ５２１、ＡＴＰ５Ａ１、ＣＤＨ１、ＤＡＣＨ２、ＥＸＴ１、ＨＭ１３、ＭＡＰＫ８、ＯＭＡ１、ＲＡＤ５１、ＳＵＺ１２、ＡＴＲ、ＣＤＨ１０、ＤＣＣ、ＥＺＨ２、ＨＭＧＡ１、ＭＡＲＫ３、ＯＲ１０Ｒ２、ＲＡＦ１、ＴＡＦ１、ＡＵＲＫＡ、ＣＤＨ２、ＤＣＬＫ３、ＦＡＮＣＡ、ＨＮＦ１Ａ、ＭＣＬ１、ＰＡＫ３、ＲＡＲＡ、ＴＢＸ２２、ＡＵＲＫＢ、ＣＤＨ２０、ＤＤＢ２、ＦＡＮＣＤ２、ＨＯＸＡ３、ＭＤＭ２、ＰＡＲＰ１、ＲＢ１、ＴＣＦ１２、ＢＡＩ３、ＣＤＨ５、ＤＤＲ２、ＦＡＮＣＥ、ＨＯＸＡ９、ＭＤＭ４、ＰＡＸ５、ＲＥＭ１、ＴＣＦ３、ＢＡＰ１、ＣＤＫ２、ＤＧＫＢ、ＦＡＮＣＦ、ＨＲＡＳ、ＭＥＣＯＭ、ＰＣＤＨ１５、ＲＥＴ、ＴＣＦ４、ＢＡＲＤ１、ＣＤＫ４、ＤＧＫＺ、ＦＡＳ、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＭＥＮ１、ＰＣＤＨ１８、ＲＩＣＴＯＲ、ＴＥＫ、ＢＡＸ、ＣＤＫ６、ＤＩＲＡＳ３、ＦＢＸＷ７、ＩＤＨ１、ＭＥＴ、ＰＣＮＡ、ＲＩＰＫ１、ＴＥＰ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＣＤＫ７、ＤＬＧ３、ＦＣＧＲ３Ａ、ＩＤＨ２、ＭＩＴＦ、ＰＤＧＦＡ、ＲＯＲ１、ＴＥＲＴ、ＢＣＬ２、ＣＤＫ８、ＤＬＬ１、ＦＥＳ、ＩＦＮＧ、ＭＬＨ１、ＰＤＧＦＢ、ＲＯＲ２、ＴＥＴ２、ＢＣＬ２Ａ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＤＮＭＴ１、ＦＧＦＲ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＬＬ、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＯＳ１、ＴＧＦＢＲ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＦＧＦＲ２、ＩＧＦ２Ｒ、ＭＬＬ３、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＳ６ＫＡ２、ＴＨＢＳ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＩＫＢＫＥ、ＭＰＬ、ＰＤＺＲＮ３、ＲＰＴＯＲ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＣＬ３、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＤＯＴ１Ｌ、ＦＧＦＲ４、ＩＫＺＦ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＨＬＰＰ２、ＲＳＰＯ２、ＴＮＫＳ、ＢＣＬ６、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＤＰＹＤ、ＦＨ、ＩＬ２ＲＧ、ＭＳＨ２、ＰＩＫ３Ｃ３、ＲＳＰＯ３、ＴＮＫＳ２、ＢＣＲ、ＣＤＫＮ２Ｄ、Ｅ２Ｆ１、ＦＨＯＤ３、ＩＮＨＢＡ、ＭＳＨ６、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＵＮＸ１、ＴＮＮＩ３Ｋ、ＢＩＲＣ５、ＣＤＸ２、ＥＥＤ、ＦＩＧＦ、ＩＮＳＲ、ＭＴＨＦＲ、ＰＩＫ３ＣＢ、ＳＤＨＢ、ＴＮＲ、ＢＩＲＣ６、ＣＥＢＰＡ、ＥＧＦ、ＦＬＧ２、ＩＲＳ１、ＭＴＯＲ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＳＦ３Ｂ１、ＴＯＰ１、ＢＬＭ、ＣＥＲＫ、ＥＧＦＲ、ＦＬＮＣ、ＩＲＳ２、ＭＵＴＹＨ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＳＨＣ１、およびＴＯＰ２Ａからなる群より選択される、方法。
（項目６）
上記流体サンプルが、血液、血清、血漿、尿、汗、涙、唾液、または痰からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目７）
工程（ａ）および（ｂ）が、上記癌の状態を時間をわたってモニターするために複数の時点で行われる、項目１に記載の方法。
（項目８）
１つの時点が、癌治療の最初の施行の前であり、その後の時点が上記最初の施行に引き続く、項目７に記載の方法。
（項目９）
遺伝子の上記セットについて遺伝学的異常の上記プロファイルを連絡するレポートを作成する工程と、上記レポートを介護者に連絡する工程とをさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１０）
上記レポートが、上記プロファイルに基づく１つ以上の治療候補のリストを包含する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
上記レポートが、上記固体組織サンプルの収集から１週で作成される、項目９に記載の方法。
（項目１２）
上記レポートが、遺伝子の上記セットのコピー数変更を含む、項目９に記載の方法。
（項目１３）
上記レポートが、（腫瘍に由来する）上記遺伝学的異常の各々を標的にする治療剤の記述を含む、項目９に記載の方法。
（項目１４）
各々の上記複数の時点での遺伝子の上記サブセットの上記プロファイルを連絡するレポートを作成する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１５）
上記決定する工程が、上記サンプルから個別の反応容積へ上記核酸分子を希釈する工程を包含し、ここで上記個別の反応容積は、上記サンプル由来の１〜１０モルの上記核酸分子を含む、項目１に記載の方法。
（項目１６）
上記個別の反応容積は、エマルジョン中の液滴である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
上記個別の反応容積がさらに、遺伝子の上記サブセット中の上記遺伝学的異常の対立遺伝子識別のためのプライマーを含む、項目１５に記載の方法。
（項目１８）
上記状態を決定する工程が、遺伝子の上記サブセット中の上記遺伝学的異常を保有している核酸の数を定量する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目１９）
上記標的化配列決定の工程が、上記固体組織サンプルからＤＮＡライブラリーを調製する工程を包含し、ここで上記調製が、４時間、５時間、６時間および７時間からなる群より選択される時間数未満で完了され得る、項目１に記載の方法。
（項目２０）
上記調製が、上記ライブラリーの配列決定の前に指数関数的ＰＣＲ増幅を必要としない、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
上記調製が、線形増幅工程を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
項目１に記載の方法であって、上記標的化配列決定の工程が、標的化ライブラリー調製工程を包含し、ここで上記標的化ライブラリー調製工程は、以下：
（ａ）上記固体組織サンプル由来の一本鎖ＤＮＡフラグメントと、（ｉ）ある癌関連遺伝子のある領域に特異的な領域、および（ｉｉ）ある配列決定プラットフォームにカップリングするために特異的なアダプター配列を含む標的特異的オリゴヌクレオチドとを接触させる工程と；
（ｂ）上記標的特異的オリゴヌクレオチドに対して相補性の領域を含む一本鎖ＤＮＡフラグメントに対して上記標的特異的オリゴヌクレオチドを連結するためのハイブリダイゼーション反応を行う工程と；
（ｃ）伸長反応を行って、上記領域を含み、かつ上記アダプターを含む伸長生成物を作成する工程と；
（ｄ）上記伸長生成物を配列決定する工程と、
を包含する、方法。
（項目２３）
上記接触させる工程が、配列決定プラットフォームに対して結合された上記標的特異的オリゴヌクレオチドを用いて生じる、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
上記接触させる工程が、溶液中で遊離の上記標的特異的オリゴヌクレオチドを用いて生じる、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
以下：
（ａ）ｓｓＤＮＡライブラリー中の一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）フラグメントに対して標的選択性オリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）をハイブリダイズして、ハイブリダイゼーション生成物を作成する工程と；
（ｂ）上記ハイブリダイゼーション生成物を伸長して、二本鎖伸長生成物を作成する工程であって、ここで上記ＴＳＯが、（ｉ）単一の標的領域に対して相補的な配列と（ｉｉ）上記ＴＳＯの第一の末端に位置するが、上記ＴＳＯの両端には位置しない第一の一本鎖アダプター配列とを含み、ここで上記ｓｓＤＮＡフラグメントが、第二の一本鎖アダプター配列を含むが、上記第一の一本鎖アダプター配列を含まず、かつここで上記ｓｓＤＮＡフラグメントが、１０％、５０％、７０％、または９０％を超えるライゲーション効率を含むライゲーション方法によって第二の一本鎖アダプター配列に連結される、工程と、
を包含する、方法。
（項目２６）
以下：
（ａ）ｓｓＤＮＡライブラリー中の一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）フラグメントに対して標的選択性オリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）をハイブリダイズして、ハイブリダイゼーション生成物を作成する工程と；
（ｂ）上記ハイブリダイゼーション生成物を伸長して、二本鎖伸長生成物を作成する工程であって、ここで上記ＴＳＯが、（ｉ）単一の標的領域に対して相補的な配列と（ｉｉ）上記ＴＳＯの第一の末端に位置するが、上記ＴＳＯの両端には位置しない第一の一本鎖アダプター配列とを含み、ここで上記ｓｓＤＮＡフラグメントが、第二の一本鎖アダプター配列を含むが、上記第一の一本鎖アダプター配列を含まず、かつここで上記ｓｓＤＮＡフラグメントが、一本鎖ライゲーション法によって第二の一本鎖アダプター配列に連結される、工程と、
を包含する、方法。
（項目２７）
上記第二の一本鎖アダプター配列が、上記ｓｓＤＮＡフラグメントの第一の末端に位置するが、上記ｓｓＤＮＡフラグメントの両端には位置しない、項目２５または２６に記載の方法。
（項目２８）
上記ｓｓＤＮＡフラグメントの上記第一の末端が、５’末端である、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
上記第一のアダプター配列または上記第二のアダプター配列が、バーコード配列を含む、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３０）
上記ＴＳＯの上記第一の末端が５’末端である、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３１）
上記第一のアダプター配列または上記第二のアダプター配列が、固体支持体にコンジュゲートされた支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％同一である配列を含む、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３２）
上記固体支持体が、配列決定プラットフォームにカップリングされる、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
上記第一のアダプター配列または上記第二のアダプター配列が、配列決定プライマーに対する結合部位を含む、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３４）
上記支持体結合オリゴヌクレオチドに対して上記伸長生成物をアニーリングする工程をさらに包含する、項目３１に記載の方法。
（項目３５）
アニーリングされた上記伸長生成物を増幅する工程をさらに包含する、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
アニーリングされた上記伸長生成物を配列決定する工程をさらに包含する、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
上記ｓｓＤＮＡライブラリーがゲノムＤＮＡフラグメントを含む、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３８）
上記ｓｓＤＮＡライブラリーが、ｃＤＮＡフラグメントを含む、項目２５または２６に記載の方法。
（項目３９）
ハイブリダイズしていないＴＳＯおよびハイブリダイズしていないｓｓＤＮＡライブラリーのメンバーを取り除く工程をさらに包含する、項目２５または２６に記載の方法。
（項目４０）
工程ａ）およびｂ）が、上記ｓｓＤＮＡライブラリーのメンバーおよび上記ＴＳＯが溶液中で浮遊性である場合に行われる、項目２５または２６に記載の方法。
（項目４１）
上記単一の標的領域が、ゲノム領域に隣接する、項目２５または２６に記載の方法。
（項目４２）
上記ゲノム領域が、癌関連遺伝子由来のエキソン領域の一部を含む、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
項目４２に記載の方法であって、上記癌関連遺伝子が、ＡＢＣＡ１、ＢＲＡＦ、ＣＨＤ５、ＥＰ３００、ＦＬＴ１、ＩＴＰＡ、ＭＹＣ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＫＰ２、ＴＰ５３、ＡＢＣＡ７、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＥＰＨＡ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ１、ＭＹＣＬ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＰ７３、ＡＢＣＢ１、ＢＲＣＡ２、ＣＨＥＫ２、ＥＰＨＡ５、ＦＬＴ４、ＪＡＫ２、ＭＹＣＮ、ＰＫＨＤ１、ＳＬＣ１Ａ６、ＴＰＭ３、ＡＢＣＣ２、ＢＲＩＰ１、ＣＬＴＣ、ＥＰＨＡ６、ＦＮ１、ＪＡＫ３、ＭＹＨ２、ＰＬＣＢ１、ＳＬＣ２２Ａ２、ＴＰＭＴ、ＡＢＣＣ３、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＰＨＡ７、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＹＨ９、ＰＬＣＧ１、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＴＰＯ、ＡＢＣＣ４、Ｃ１ｏｒｆ１４４、ＣＯＰＳ５、ＥＰＨＡ８、ＦＯＸＯ１、ＫＢＴＢＤ１１、ＮＡＶ３、ＰＬＣＧ２、ＳＭＡＤ２、ＴＰＲ、ＡＢＣＧ２、ＣＡＢＬＥＳ１、ＣＲＥＢ１、ＥＰＨＢ１、ＦＯＸＯ３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＢＮ、ＰＭＬ、ＳＭＡＤ３、ＴＲＩＯ、ＡＢＬ１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ１、ＣＲＥＢＢＰ、ＥＰＨＢ４、ＦＯＸＰ４、ＫＤＲ、ＮＣＯＡ２、ＰＭＳ２、ＳＭＡＤ４、ＴＲＲＡＰ、ＡＢＬ２、ＣＡＭＫＶ、ＣＲＫＬ、ＥＰＨＢ６、ＧＡＢ１、ＫＩＴ、ＮＥＫ１１、ＰＰＡＲＧ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＴＳＣ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＣＲＬＦ２、ＥＰＯ、ＧＡＴＡ１、ＫＬＦ６、ＮＦ１、ＰＰＡＲＧＣ１Ａ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＴＳＣ２、ＡＣＶＲ２Ａ、ＣＡＲＭ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＥＲＢＢ２、ＧＬＩ１、ＫＬＨＤＣ４、ＮＦ２、ＰＰＰ１Ｒ３Ａ、ＳＭＯ、ＴＴＫ、ＡＤＣＹ９、ＣＡＶ１、ＣＳＭＤ３、ＥＲＢＢ３、ＧＬＩ３、ＫＲＡＳ、ＮＫＸ２−１、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＳＯＣＳ１、ＴＹＫ２、ＡＧＡＰ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＣＳＮＫ１Ｇ２、ＥＲＢＢ４、ＧＮＡ１１、ＬＭＯ２、ＮＯＳ２、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＳＯＤ２、ＴＹＭＳ、ＡＫＴ１、ＣＢＬ、ＣＴＮＮＡ１、ＥＲＣＣ１、ＧＮＡＱ、ＬＲＰ１Ｂ、ＮＯＳ３、ＰＲＫＡＡ２、ＳＯＳ１、ＵＧＴ１Ａ１、ＡＫＴ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＡ２、ＥＲＣＣ２、ＧＮＡＳ、ＬＲＰ２、ＮＯＴＣＨ１、ＰＲＫＣＡ、ＳＯＸ１０、ＵＭＰＳ、ＡＫＴ３、ＣＣＮＤ２、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＣＣ３、ＧＰＲ１２４、ＬＲＰ６、ＮＯＴＣＨ２、ＰＲＫＣＺ、ＳＯＸ２、ＵＳＰ９Ｘ、ＡＬＫ、ＣＣＮＤ３、ＣＹＦＩＰ１、ＥＲＣＣ４、ＧＰＲ１３３、ＬＴＫ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＲＫＤＣ、ＳＰ１、ＶＥＧＦ、ＡＮＡＰＣ５、ＣＣＮＥ１、ＣＹＬＤ、ＥＲＣＣ５、ＧＲＢ２、ＭＡＮ１Ｂ１、ＮＰＭ１、ＰＴＣＨ１、ＳＰＲＹ２、ＶＥＧＦＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＹＰ１９Ａ１、ＥＲＣＣ６、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＱＯ１、ＰＴＣＨ２、ＳＲＣ、ＶＨＬ、ＡＰＣ２、ＣＤ４４、ＣＹＰ１Ｂ１、ＥＲＧ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＲ３Ｃ１、ＰＴＥＮ、ＳＴ６ＧＡＬ２、ＷＲＮ、ＡＲ、ＣＤ７９Ａ、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＥＲＮ２、ＧＵＣＹ１Ａ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＮＲＡＳ、ＰＴＧＳ２、ＳＴＡＴ１、ＷＴ１、ＡＲＡＦ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＹＰ２Ｃ８、ＥＳＲ１、ＨＤＡＣ１、ＭＡＰ２Ｋ７、ＮＲＰ２、ＰＴＰＮ１１、ＳＴＡＴ３、ＸＰＡ、ＡＲＦＲＰ１、ＣＤＣ４２、ＣＹＰ２Ｄ６、ＥＳＲ２、ＨＤＡＣ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＮＴＲＫ１、ＰＴＰＲＢ、ＳＴＫ１１、ＸＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＢ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＴＶ４、ＨＧＦ、ＭＡＰＫ１、ＮＴＲＫ２、ＰＴＰＲＤ、ＳＵＦＵ、ＺＦＹ、ＡＴＭ、ＣＤＣ７３、ＣＹＰ３Ａ５、ＥＷＳＲ１、ＨＩＦ１Ａ、ＭＡＰＫ３、ＮＴＲＫ３、ＲＡＤ５０、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＺＮＦ５２１、ＡＴＰ５Ａ１、ＣＤＨ１、ＤＡＣＨ２、ＥＸＴ１、ＨＭ１３、ＭＡＰＫ８、ＯＭＡ１、ＲＡＤ５１、ＳＵＺ１２、ＡＴＲ、ＣＤＨ１０、ＤＣＣ、ＥＺＨ２、ＨＭＧＡ１、ＭＡＲＫ３、ＯＲ１０Ｒ２、ＲＡＦ１、ＴＡＦ１、ＡＵＲＫＡ、ＣＤＨ２、ＤＣＬＫ３、ＦＡＮＣＡ、ＨＮＦ１Ａ、ＭＣＬ１、ＰＡＫ３、ＲＡＲＡ、ＴＢＸ２２、ＡＵＲＫＢ、ＣＤＨ２０、ＤＤＢ２、ＦＡＮＣＤ２、ＨＯＸＡ３、ＭＤＭ２、ＰＡＲＰ１、ＲＢ１、ＴＣＦ１２、ＢＡＩ３、ＣＤＨ５、ＤＤＲ２、ＦＡＮＣＥ、ＨＯＸＡ９、ＭＤＭ４、ＰＡＸ５、ＲＥＭ１、ＴＣＦ３、ＢＡＰ１、ＣＤＫ２、ＤＧＫＢ、ＦＡＮＣＦ、ＨＲＡＳ、ＭＥＣＯＭ、ＰＣＤＨ１５、ＲＥＴ、ＴＣＦ４、ＢＡＲＤ１、ＣＤＫ４、ＤＧＫＺ、ＦＡＳ、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＭＥＮ１、ＰＣＤＨ１８、ＲＩＣＴＯＲ、ＴＥＫ、ＢＡＸ、ＣＤＫ６、ＤＩＲＡＳ３、ＦＢＸＷ７、ＩＤＨ１、ＭＥＴ、ＰＣＮＡ、ＲＩＰＫ１、ＴＥＰ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＣＤＫ７、ＤＬＧ３、ＦＣＧＲ３Ａ、ＩＤＨ２、ＭＩＴＦ、ＰＤＧＦＡ、ＲＯＲ１、ＴＥＲＴ、ＢＣＬ２、ＣＤＫ８、ＤＬＬ１、ＦＥＳ、ＩＦＮＧ、ＭＬＨ１、ＰＤＧＦＢ、ＲＯＲ２、ＴＥＴ２、ＢＣＬ２Ａ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＤＮＭＴ１、ＦＧＦＲ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＬＬ、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＯＳ１、ＴＧＦＢＲ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＦＧＦＲ２、ＩＧＦ２Ｒ、ＭＬＬ３、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＳ６ＫＡ２、ＴＨＢＳ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＩＫＢＫＥ、ＭＰＬ、ＰＤＺＲＮ３、ＲＰＴＯＲ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＣＬ３、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＤＯＴ１Ｌ、ＦＧＦＲ４、ＩＫＺＦ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＨＬＰＰ２、ＲＳＰＯ２、ＴＮＫＳ、ＢＣＬ６、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＤＰＹＤ、ＦＨ、ＩＬ２ＲＧ、ＭＳＨ２、ＰＩＫ３Ｃ３、ＲＳＰＯ３、ＴＮＫＳ２、ＢＣＲ、ＣＤＫＮ２Ｄ、Ｅ２Ｆ１、ＦＨＯＤ３、ＩＮＨＢＡ、ＭＳＨ６、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＵＮＸ１、ＴＮＮＩ３Ｋ、ＢＩＲＣ５、ＣＤＸ２、ＥＥＤ、ＦＩＧＦ、ＩＮＳＲ、ＭＴＨＦＲ、ＰＩＫ３ＣＢ、ＳＤＨＢ、ＴＮＲ、ＢＩＲＣ６、ＣＥＢＰＡ、ＥＧＦ、ＦＬＧ２、ＩＲＳ１、ＭＴＯＲ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＳＦ３Ｂ１、ＴＯＰ１、ＢＬＭ、ＣＥＲＫ、ＥＧＦＲ、ＦＬＮＣ、ＩＲＳ２、ＭＵＴＹＨ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＳＨＣ１、およびＴＯＰ２Ａ、からなる群より選択される、方法。
（項目４４）
上記ライゲーション方法が、一本鎖ライゲーション方法である、項目２５に記載の方法。
（項目４５）
上記一本鎖ライゲーション方法が、ＲＮＡリガーゼの使用を含む、項目２６または４４に記載の方法。
（項目４６）
上記ＲＮＡリガーゼが、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
一本鎖ＤＮＡライブラリーを調製する方法であって、上記方法は：
（ａ）二本鎖ＤＮＡフラグメントを一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）フラグメントに変性させる工程と；
（ｂ）上記ｓｓＤＮＡフラグメントから５’側のホスフェートを取り除く工程と；
（ｃ）一本鎖プライマードッキングオリゴヌクレオチド（ｐｄｏ’ｓ）を、上記ｓｓＤＮＡフラグメントの３’末端に連結する工程であって、ここで上記ｐｄｏ’ｓが、固定化された捕獲試薬に結合可能な捕獲部分に対してコンジュゲートされる、工程と；
（ｄ）プライマーを上記ｐｄｏ’ｓにハイブリダイズさせる工程であって、上記プライマーが、アダプターオリゴヌクレオチド配列に対して相補的な配列を含み、かつ配列決定プラットフォームに対してカップリングされた支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％同一である、第一のアダプター配列を含む、工程と；
（ｅ）ハイブリダイズした上記プライマーを伸長して、二重鎖を作成する工程であって、ここで各々の二重鎖が、ｓｓフラグメントおよび伸長したプライマー鎖を含む工程と；
（ｆ）上記固定化された捕獲試薬に対して上記二重鎖を固定化する工程と；
（ｇ）上記二本鎖伸長生成物を変性する工程であって、ここで上記変性が、上記固定化された捕獲試薬からの上記伸長されたプライマー鎖の遊離と、上記固定化された捕獲試薬上の上記ｓｓＤＮＡフラグメントの保持を生じる、工程と；
（ｈ）上記伸長されたプライマー鎖を収集する工程であって、ここで上記伸長されたプライマー鎖が上記ｓｓＤＮＡライブラリーを含む、工程と、
を包含する、方法。
（項目４８）
工程（ｃ）が、上記ｐｄｏ’ｓに対する上記ｓｓＤＮＡフラグメントのうち少なくとも５０％のライゲーションを生じる、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
上記連結する工程が、ＡＴＰ依存性リガーゼを用いて行われる、項目４７に記載の方法。
（項目５０）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＲＮＡリガーゼである、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
上記ＲＮＡリガーゼが、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
上記ｐｄｏ’ｓがアデニル化されている、項目４７に記載の方法。
（項目５３）
上記伸長させる工程が、校正ＤＮＡポリメラーゼを用いて行われる、項目４７に記載の方法。
（項目５４）
一本鎖ＤＮＡライブラリーを調製する方法であって、上記方法は、以下：
（ａ）二本鎖ＤＮＡフラグメントを一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）フラグメントに変性する工程と；
（ｂ）第一の一本鎖アダプター配列を上記ｓｓＤＮＡフラグメントの第一の末端に連結する工程と；
（ｃ）第二の一本鎖アダプター配列を上記ｓｓＤＮＡフラグメントの第二の末端に連結する工程と、
を包含する、方法。
（項目５５）
以下：
（ａ）プライマードッキングオリゴヌクレオチド（ｐｄｏ）であって、上記ｐｄｏが、固定化された捕獲試薬に結合可能な捕獲部分にコンジュゲートされる、プライマードッキングオリゴヌクレオチド（ｐｄｏ）と；
（ｂ）プライマーであって、上記プライマーが、上記ｐｄｏ配列に対して少なくとも７０％相補性である配列を含み、かつ配列決定プラットフォームにカップリングされた第一の支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％同一である、第一のアダプター配列をさらに含む、プライマーと；
（ｃ）使用説明書と、
を含む、キット。
（項目５６）
ＡＴＰ依存性リガーゼをさらに含む、項目５５に記載のキット。
（項目５７）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＲＮＡリガーゼである、項目５６に記載のキット。
（項目５８）
上記ＲＮＡリガーゼがＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目５７に記載のキット。
（項目５９）
校正ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、項目５５に記載のキット。
（項目６０）
上記固定化された捕獲試薬をさらに含む、項目５５に記載のキット。
（項目６１）
上記第一のアダプター配列が、第一の配列決定プライマーに対して少なくとも７０％相補的である配列を含む、項目５５に記載のキット。
（項目６２）
上記第一のアダプター配列が、バーコード配列を含む、項目５５に記載のキット。
（項目６３）
標的選択性オリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）をさらに含む、項目５５に記載のキット。
（項目６４）
上記ＴＳＯが、第一の末端に位置するが、第二の末端には位置しない第二のアダプター配列をさらに含む、項目６３に記載のキット。
（項目６５）
上記ＴＳＯの上記第一の末端が５’末端である、項目６４に記載のキット。
（項目６６）
上記第二のアダプター配列が、配列決定プラットフォームに対してカップリングされた第二の支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％同一である配列を含む、項目６４に記載のキット。
（項目６７）
上記第二のアダプター配列が、配列決定プライマーに対する結合部位を含む、項目６４に記載のキット。
（項目６８）
以下：
（ａ）第一のアダプターオリゴヌクレオチドであって、ここで上記第一のアダプターが、配列決定プラットフォームに対してカップリングされた第一の支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％相補性である配列を含む、第一のアダプターオリゴヌクレオチドと；
（ｂ）第二のアダプターオリゴヌクレオチドであって、ここで上記第二のアダプターが、上記第一のアダプターオリゴヌクレオチドとは別個である配列を含む、第二のアダプターオリゴヌクレオチドと；
（ｃ）ＲＮＡリガーゼと；
（ｄ）使用説明書と、
を含む、キット。
（項目６９）
上記第二のアダプターが、配列決定プライマーに対して少なくとも７０％相補的な配列を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７０）
上記第二のアダプターが、配列決定プラットフォームに対してカップリングされた第二の支持体結合オリゴヌクレオチドに対して少なくとも７０％相補的な配列を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７１）
上記第一のアダプターが、配列決定プライマーに対して少なくとも７０％相補的な配列を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７２）
上記第一のアダプターまたは上記第二のアダプターの１つが、バーコード配列を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７３）
上記第一のアダプターが、３’末端塩基と別のヌクレオチドとの間の共有結合の形成を妨げる３’末端ブロック基を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７４）
上記３’末端ブロック基が、ジデオキシ−ｄＮＴＰ、ビオチン、ｏアルキル、アミノ−アルキル、またはフルオロフォアジゴキシゲニン（ｄｉｇｅｏｘｙｇｅｎｉｎ）である、項目７３に記載のキット。
（項目７５）
上記第一のアダプターが、５’ポリアデニル化配列を含む、項目６８に記載のキット。
（項目７６）
上記ＲＮＡリガーゼが、Ｔ４またはＭｔｈ由来の短縮されたまたは変異されたリガーゼ２である、項目６８に記載のキット。
（項目７７）
第二のＲＮＡリガーゼをさらに含んでいる、項目６８に記載のキット。
（項目７８）
上記第二のＲＮＡリガーゼがＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目７７に記載のキット。
（項目７９）
オリゴヌクレオチドプライマーであって、以下：
（ａ）プローブ結合領域と；
（ｂ）変異を保有すると疑われるテンプレート核酸に対して少なくとも５０％相補的なテンプレート結合領域であって、ここで上記テンプレート結合領域の一部は、上記変異の疑わしい遺伝子座と少なくとも部分的を覆う、テンプレート結合領域と；を包含し、
（ｃ）ここで、上記オリゴヌクレオチドプライマーは、上記テンプレート核酸に対するハイブリダイゼーションの際、上記変異が存在する場合は、ポリメラーゼによって伸長可能であるが、上記変異が存在しない場合は上記ポリメラーゼによって伸長可能ではない、オリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８０）
上記変異が、一塩基多型（ＳＮＰ）である、項目７９に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８１）
上記テンプレート結合領域が、上記ＳＮＰ遺伝子座を覆う３’末端領域を含む、項目８０に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８２）
上記３’末端領域が、上記ＳＮＰ遺伝子座の変異体対立遺伝子に対して相補性である、項目８１に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８３）
上記３’末端領域が、上記ＳＮＰ遺伝子座の野性型対立遺伝子に対して相補性である、項目８１に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８４）
上記プローブ結合領域が、被験体由来のいかなるゲノム配列に対してもハイブリダイズしない、項目７９に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８５）
上記ポリメラーゼが、３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を欠いているＤＮＡポリメラーゼである、項目７９に記載のオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目８６）
以下：
（ａ）オリゴヌクレオチドプライマーであって、上記オリゴヌクレオチドプライマーが、（ｉ）プローブ結合領域、および（ｉｉ）変異を保有すると疑われるテンプレート核酸に対して少なくとも７０％相補的なテンプレート結合領域であって、ここで上記テンプレート結合領域の一部が上記変異の疑わしい遺伝子座を少なくとも部分的に覆い、ここで上記オリゴヌクレオチドプライマーが、上記テンプレート核酸に対するハイブリダイゼーションの際に、上記変異が存在する場合はポリメラーゼによって伸長可能であるが、上記変異が存在しない場合は、上記ポリメラーゼによって伸長可能ではない、テンプレート結合領域を含む、オリゴヌクレオチドプライマーと；
（ｂ）使用説明書と、
を含む、キット。
（項目８７）
上記変異が一塩基多型（ＳＮＰ）である、項目８６に記載のキット。
（項目８８）
上記テンプレート結合領域が、上記ＳＮＰ遺伝子座を覆う３’末端塩基を含む、項目８７に記載のキット。
（項目８９）
上記３’末端塩基が、上記ＳＮＰ遺伝子座の変異体対立遺伝子に対して相補的である、項目８８に記載のキット。
（項目９０）
上記３’末端塩基が、上記ＳＮＰ遺伝子座の野性型対立遺伝子に対して相補的である、項目８８に記載のキット。
（項目９１）
上記プローブ結合領域が、被験体由来のいかなるゲノム配列に対してもハイブリダイズしない、項目８６に記載のキット。
（項目９２）
上記プローブ結合領域に対して少なくとも７０％相補的であるレポータープローブをさらに含む、項目８６に記載のキット。
（項目９３）
上記レポータープローブが、検出可能部分およびクエンチャー部分を含み、ここで上記クエンチャー部分は、上記レポータープローブがインタクトである場合、上記検出可能部分の検出を抑制する、項目９２に記載のキット。
（項目９４）
上記オリゴヌクレオチドプライマーおよび上記レポータープローブからなるハイブリダイゼーション生成物が、上記オリゴヌクレオチドプライマーおよび上記テンプレート核酸からなるハイブリダイゼーション生成物のＴｍよりも少なくとも１０度高いＴｍを有する、項目９２に記載のキット。
（項目９５）
上記遺伝子座の下流の逆相補配列に対して少なくとも７０％相補的なリバースプライマーをさらに含む、項目８６に記載のキット。
（項目９６）
上記ポリメラーゼをさらに含む、項目８６に記載のキット。
（項目９７）
上記ポリメラーゼが、５’→３’エキソヌクレアーゼ活性を有し、かつ３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を有さない熱安定性ポリメラーゼである、項目９６に記載のキット。
（項目９８）
項目８６に記載のキットであって、さらに（ｉ）１つ以上の代替のオリゴヌクレオチドプライマーを含み、ここで上記１つ以上の代替のオリゴヌクレオチドプライマーは各々が、別個のプローブ結合領域および上記テンプレート核酸に対して少なくとも７０％相補的であるテンプレート結合領域を含み、ここで上記テンプレート結合領域の一部が、上記遺伝子座を少なくとも部分的に覆い、ここで上記代替のオリゴヌクレオチドプライマーが、上記テンプレート核酸に対するハイブリダイゼーションの際に、代替の対立遺伝子が存在する場合は、ポリメラーゼによって伸長可能であるが、上記代替の対立遺伝子が存在しない場合は、上記ポリメラーゼによって伸長可能ではない、キット。
（項目９９）
項目９８に記載のキットであって、さらに１つ以上の代替のレポータープローブを含み、ここで上記代替のレポータープローブの各々が、上記別個のプローブ結合領域のうちの１つに対して少なくとも７０％相補的であるが、上記キットのいかなる他のプローブ結合領域に対しても相補的ではない、キット。
（項目１００）
項目９９に記載のキットであって、ここで上記代替のレポータープローブの各々が、代替の検出可能部分およびクエンチャー部分を含み、ここで上記キットの上記検出可能部分の各々が、上記キットの任意の他の検出可能部分とは検出可能に（ｄｅｔｅｓｔａｂｌｙ）異なる、キット。
（項目１０１）
標的ポリヌクレオチド領域中の変異を検出する方法であって、上記方法は、以下：
（ａ）上記標的ポリヌクレオチド領域に対してオリゴヌクレオチドプライマーを選択的にハイブリダイズさせる工程であって、ここで上記オリゴヌクレオチドプライマーが、（ｉ）プローブ結合領域と、（ｉｉ）変異を保有することが疑われるテンプレート核酸に対して少なくとも７０％相補的なテンプレート結合領域とを含み、ここで上記テンプレート結合領域の一部が、上記変異の疑わしい遺伝子座を少なくとも部分的に覆い、かつここで上記オリゴヌクレオチドプライマーが、上記テンプレート核酸に対するハイブリダイゼーションの際に、上記変異が存在する場合は、ポリメラーゼによって伸長可能であるが、上記変異が存在しない場合は、上記ポリメラーゼによって伸長可能ではない、工程と；
（ｂ）ハイブリダイズした上記オリゴヌクレオチドプライマーを伸長して、伸長生成物を形成する工程と；
（ｃ）上記伸長生成物を検出する工程であって、ここで上記検出する工程が、上記変異の存在を示す、工程と；
を包含する、方法。
（項目１０２）
上記伸長させる工程が、３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を含まないＤＮＡポリメラーゼで伸長させる工程を包含する、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
上記検出する工程が、レポータープローブを上記プローブ結合領域に対して選択的にハイブリダイズさせる工程を包含する、項目１０１に記載の方法。
（項目１０４）
上記レポータープローブが、検出可能部分およびクエンチャー部分を含み、ここで上記クエンチャー部分は、上記レポータープローブがインタクトな場合、上記検出可能部分の検出を抑制する、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
上記検出する工程がさらに、ハイブリダイズした上記レポータープローブの上記クエンチャー部分から上記検出可能部分を分離する工程を包含する、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
上記伸長生成物を、上記遺伝子座の下流の上記伸長生成物のある領域に対してハイブリダイズ可能なリバースプライマーを用いて増幅する工程をさらに包含する、項目１０３に記載の方法。
（項目１０７）
上記増幅する工程が、５’→３’エキソヌクレアーゼ活性を含むＤＮＡポリメラーゼで増幅する工程を包含する、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
上記オリゴヌクレオチドプライマーおよびレポータープローブのハイブリダイゼーション生成物が、上記オリゴヌクレオチドプライマーと標的ポリヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション生成物のＴｍよりも少なくとも１０度高いＴｍを有する、項目１０３に記載の方法。
（項目１０９）
上記レポータープローブの濃度が、上記フォワードプライマーの濃度の少なくとも１０×である、項目１０３に記載の方法。
（項目１１０）
項目１０１に記載の方法であって、上記標的ポリヌクレオチド領域に対して１つ以上の代替のオリゴヌクレオチドプライマーを選択的にハイブリダイズさせる工程をさらに包含し、ここで上記１つ以上の代替のオリゴヌクレオチドプライマーが各々、別個のプローブ結合領域および上記テンプレート核酸に対して少なくとも７０％相補的であるテンプレート結合領域を含み、ここで上記テンプレート結合領域の一部が、上記遺伝子座を少なくとも部分的に覆い、ここで上記代替のオリゴヌクレオチドプライマーが、上記テンプレート核酸に対するハイブリダイゼーションの際に、代替の対立遺伝子が存在する場合は、ポリメラーゼによって伸長可能であるが、上記代替の対立遺伝子が存在しない場合は、上記ポリメラーゼによって伸長可能ではない、方法。
（項目１１１）
上記検出する工程がさらに、上記１つ以上の代替のオリゴヌクレオチドプライマーに対して１つ以上の代替のレポータープローブを選択的にハイブリダイズさせる工程を包含し、ここで上記代替のレポータープローブの各々が、上記別個のプローブ結合領域の１つに対して少なくとも７０％相補的であるが、上記プローブ結合領域の他のいずれに対しても相補的ではない、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
上記代替のレポータープローブの各々が、代替の検出可能部分およびクエンチャー部分を含み、ここで上記代替の検出可能部分の各々が、上記検出可能部分の他のいずれとも検出可能に異なる、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
上記変異が、一塩基多型（ＳＮＰ）である、項目１０１に記載の方法。
（項目１１４）
上記テンプレート結合領域が、上記ＳＮＰ遺伝子座を覆う塩基を有する３’末端領域を含む、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
上記塩基が、上記ＳＮＰ遺伝子座の変異体対立遺伝子に対して相補的である、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
上記塩基が、上記ＳＮＰ遺伝子座の野性型対立遺伝子に対して相補的である、項目１１４に記載の方法。
（項目１１７）
上記プローブ結合領域が、上記標的ポリヌクレオチド領域に対してハイブリダイズしない、項目１０１に記載の方法。
（項目１１８）
上記核酸サンプルが、工程ｂ−ｃの前に複数の別個の反応容積に細かく分割される、項目１０１に記載の方法。
（項目１１９）
上記反応容積の各々において上記検出可能な部分の検出をさらに包含する、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
多数の上記反応容積をカウントする工程をさらに包含し、ここで上記検出可能部分が検出される、項目１１９に記載の方法。
（項目１２１）
上記複数の個別の反応容積が平均で１未満のテンプレート核酸分子を含むように、上記核酸サンプルが細かく分割される、項目１１８に記載の方法。
（項目１２２）
結論を提供する工程およびネットワークをわたって上記結論を伝達する工程をさらに包含する、項目１０１に記載の方法。
（項目１２３）
以下：
（ａ）テンプレート核酸に対してハイブリダイズされるオリゴヌクレオチドプライマーであって、ここで上記テンプレート核酸は、ある遺伝子座で野性型対立遺伝子を含み、ここで上記オリゴヌクレオチドプライマーの３’末端領域は、上記遺伝子座を覆い、かつ上記野性型対立遺伝子に相補的ではない、オリゴヌクレオチドプライマーと；
（ｂ）検出可能部分およびクエンチャー部分を含むインタクトなレポータープローブであって、ここで上記インタクトなレポータープローブが、上記オリゴヌクレオチドプライマーにハイブリダイズされる、レポータープローブと、
を含む、組成物。
（項目１２４）
高効率のライゲーション反応を行う方法であって、複数のドナー核酸分子のうち少なくとも１０％の第一の末端に対して複数のアクセプター核酸分子を連結する工程を包含し、ここで上記ドナーまたはアクセプター核酸分子のうちの１つは、１２０ｎｔ長を超える、方法。
（項目１２５）
高効率のライゲーション反応を行う方法であって、複数のアクセプター核酸分子のうち少なくとも１０％の第一の末端に対して複数のドナー核酸分子を連結する工程を包含し、ここで上記ドナーまたはアクセプター核酸分子のうちの１つは、１２０ｎｔ長を超える、方法。
（項目１２６）
上記アクセプター核酸分子が上記ドナー核酸分子である、項目１２４または１２５に記載の方法。
（項目１２７）
項目１２４または１２５に記載の方法であって：
（ａ）ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）担持ドナー核酸分子の蓄積を達成するのに十分な時間、反応混合物中で、ある量のドナー核酸分子にＮＭＰを移動させる工程と；
（ｂ）ＮＭＰ担持ドナー核酸分子とアクセプター核酸分子との間の共有結合の形成を達成する工程と、を包含し、
ここで工程（ａ）および（ｂ）が上記反応混合物中で逐次的に行われる、方法。
（項目１２８）
上記移動させる工程が、上記ドナー核酸分子の少なくとも１０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１２７に記載の方法。
（項目１２９）
上記移動させる工程が、上記ドナー核酸分子の少なくとも５０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
上記移動させる工程が、上記ドナー核酸分子の少なくとも７０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３１）
上記移動させる工程が、上記ドナー核酸分子の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３２）
上記ＮＭＰがＡＭＰである、項目１２７〜１３１のいずれかに記載の方法。
（項目１３３）
上記ＮＭＰがＧＭＰである、項目１２７〜１３１のいずれかに記載の方法。
（項目１３４）
上記ドナー核酸分子の少なくとも１つのメンバーの３’末端領域が、未改変の３’末端領域である、項目１２７に記載の方法。
（項目１３５）
項目１２７に記載の方法であって、上記反応混合物が、以下：
（ａ）ドナー核酸分子の上記量に対して少なくとも等モルである量のヌクレオシド三リン酸（ＮＴＰ）依存性リガーゼと；
（ｂ）上記ＡＴＰ依存性リガーゼのミカエリス定数（Ｋｍ）より少なくとも１０倍高い量で存在するＮＴＰと；
を含む、方法。
（項目１３６）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＲＮＡリガーゼである、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
上記ＲＮＡリガーゼが、好熱性のＲＮＡリガーゼである、項目１３５に記載の方法。
（項目１３８）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目１３５に記載の方法。
（項目１３９）
上記ＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼがＭｔｈＲｎｌ、Ｔ４  ＲＮＡリガーゼ、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ、またはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目１３８に記載の方法。
（項目１４０）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目１３９に記載の方法。
（項目１４１）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目１３５に記載の方法。
（項目１４２）
上記ＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼがＲｔｃＢである、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
ドナー核酸分子の３’末端領域が、３’末端ブロック基で改変されている、項目１３５に記載の方法。
（項目１４４）
上記共有結合の形成を達成する工程が、上記反応混合物に対して、以下：
（ａ）上記アクセプター核酸分子と；
（ｂ）Ｍｎ２＋と、
を添加する工程を包含する、項目１３５に記載の方法。
（項目１４５）
上記Ｍｎ２＋が、少なくとも２．５ｍＭの量で存在する、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
上記反応混合物中の上記ＮＴＰの濃度を低下させる工程をさらに包含する、項目１４４に記載の方法。
（項目１４７）
上記濃度を低下させる工程が、上記ＮＴＰの濃度を高くても１０分の１に低下させる工程を包含する、項目１４６に記載の方法。
（項目１４８）
上記濃度を低下させる工程が、上記ＮＴＰを少なくとも１０倍希釈するのに十分な量の液体を上記反応混合物に添加する工程を包含する、項目１４６に記載の方法。
（項目１４９）
上記ドナー核酸分子が、生物学的供給源から単離された核酸分子を含み、かつここで上記アクセプター核酸分子がアダプター配列を含む、項目１２７〜１４８のいずれかに記載の方法。
（項目１５０）
上記アクセプター核酸分子が、生物学的被験体から単離された核酸を含み、かつここで上記ドナー核酸分子がアダプター配列を含む、項目１２７〜１４９のいずれかに記載の方法。
（項目１５１）
上記アクセプター核酸分子が、生物学的被験体から単離された核酸を含み、かつここで上記ドナー核酸分子がバーコード配列を含む、項目１２７〜１４８のいずれかに記載の方法。
（項目１５２）
上記ドナー核酸分子が生物学的被験体から単離された核酸を含み、かつここで上記アクセプター核酸分子がバーコード配列を含む、項目１２７〜１４８のいずれかに記載の方法。
（項目１５３）
上記アクセプター核酸分子またはドナー核酸分子が、検出可能タグを含む、項目１２７〜１４８のいずれかに記載の方法。
（項目１５４）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも１０％の第一の末端に対してオリゴヌクレオチド配列を連結して、上記核酸ライブラリーを作成する工程を包含し、ここで上記テンプレート核酸分子のうちの１つが１２０ｎｔ長を超える、方法。
（項目１５５）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも５０％の第一の末端に対してオリゴヌクレオチド配列を連結する工程を包含する、項目１５４に記載の方法。
（項目１５６）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも７０％の第一の末端に対してオリゴヌクレオチド配列を連結する工程を包含する、項目１５４に記載の方法。
（項目１５７）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも９０％の第一の末端に対してオリゴヌクレオチド配列を連結する工程を包含する、項目１５４に記載の方法。
（項目１５８）
上記オリゴヌクレオチド配列が、アダプター配列である、項目１５４に記載の方法。
（項目１５９）
上記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに包含する、項目１５８に記載の方法。
（項目１６０）
上記オリゴヌクレオチド配列が検出可能標識を含む、項目１５４に記載の方法。
（項目１６１）
上記核酸ライブラリーをアレイハイブリダイゼーションによって分析する工程をさらに包含する、項目１６０に記載の方法。
（項目１６２）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、以下：
（ａ）複数のテンプレート核酸分子のうちの少なくとも１０％の第一の末端に対してアダプター配列を連結して上記核酸ライブラリーを作成する工程と；
（ｂ）上記核酸ライブラリーを配列決定する工程と；
を包含する、方法。
（項目１６３）
上記配列決定が、上記核酸ライブラリーの予備増幅なしで行われる、項目１５９または１６２に記載の方法。
（項目１６４）
上記複数のテンプレート核酸分子が、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）を含む、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１６５）
上記ｇＤＮＡが、固体組織サンプルから単離される、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
上記ｇＤＮＡが血漿、血清、痰、唾液、尿、または汗から単離される、項目１６４に記載の方法。
（項目１６７）
上記複数のテンプレート核酸分子が、一本鎖核酸フラグメントを含む、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１６８）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも５０％の第一の末端に対してアダプター配列を連結する工程を包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１６９）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも７０％の第一の末端に対してアダプター配列を連結する工程を包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１７０）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも９０％の第一の末端に対してアダプター配列を連結する工程を包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１７１）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも９５％の第一の末端に対してアダプター配列を連結する工程を包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１７２）
項目１５４または１６２に記載の方法であって、上記連結する工程が、以下：
（ａ）ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）担持反応物質１の蓄積を達成するのに十分な時間、第一の反応混合物中である量の核酸の第一の集団（反応物質１）までＮＭＰを移動させる工程と；
（ｂ）上記ＮＭＰ担持反応物質１と核酸の第二の集団（反応物質２）との間の共有結合の形成を達成する工程を包含し、
ここで上記反応物質１が、（ｉ）上記複数のテンプレート核酸または（ｉｉ）上記オリゴヌクレオチドもしくはアダプター配列の一方であり、ここで上記反応物質２が（ｉ）上記複数のテンプレート核酸または（ｉｉ）上記オリゴヌクレオチドもしくはアダプター配列の他方であり、かつここでアデニル化された上記反応物質１が上記共有結合の形成を達成する工程の前に精製されない、方法。
（項目１７３）
上記移動させる工程が、上記反応物質１の少なくとも１０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
上記移動させる工程が、上記反応物質１の少なくとも５０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１７３に記載の方法。
（項目１７５）
上記移動させる工程が、上記反応物質１の少なくとも７０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１７３に記載の方法。
（項目１７６）
上記移動させる工程が、上記反応物質１の少なくとも９０％までＮＭＰの移動を生じる、項目１７３に記載の方法。
（項目１７７）
上記反応物質１の少なくとも１つのメンバーの３’末端領域が、未改変の３’末端領域である、項目１７２に記載の方法。
（項目１７８）
項目１７２に記載の方法であって、上記第一の反応混合物が、以下：
（ａ）上記反応物質１の量に対して少なくとも等モルである量のＮＴＰ依存性リガーゼと；
（ｂ）上記ＮＴＰ依存性リガーゼのミカエリス定数（Ｋｍ）より少なくとも１０倍高い量で存在するＮＴＰと；
を含む、方法。
（項目１７９）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＲＮＡリガーゼである、項目１７８に記載の方法。
（項目１８０）
上記ＲＮＡリガーゼが、好熱性のＲＮＡリガーゼである、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目１７９に記載の方法。
（項目１８２）
上記ＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼがＭｔｈＲｎｌ、Ｔ４  ＲＮＡリガーゼ、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ、またはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目１８１に記載の方法。
（項目１８３）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目１７９に記載の方法。
（項目１８５）
上記ＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼがＲｔｃＢである、項目１８４に記載の方法。
（項目１８６）
反応物質１の少なくとも１つのメンバーの３’末端領域が、３’末端ブロック基で改変されている、項目１７２に記載の方法。
（項目１８７）
上記共有結合の形成を達成する工程が、上記第一の反応混合物に対して、以下：
（ａ）陽イオンと；
（ｂ）上記反応物質２と；
（ｃ）上記ＮＴＰを少なくとも１０倍希釈するのに十分な量の液体と、
を添加する工程を包含する、項目１７８に記載の方法。
（項目１８８）
上記陽イオンがＭｎ２＋である、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも１０％の第二の末端に対して第二のアダプター配列を連結する工程をさらに包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１９０）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも５０％の第二の末端に対して第二のアダプター配列を連結する工程をさらに包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１９１）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも７０％の第二の末端に対して第二のアダプター配列を連結する工程をさらに包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１９２）
上記複数のテンプレート核酸分子のうち少なくとも９０％の第二の末端に対して第二のアダプター配列を連結する工程をさらに包含する、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１９３）
項目１５４または１６２に記載の方法であって、さらに以下：
（ａ）上記ＤＮＡライブラリーのメンバーに対して、標的選択性オリゴヌクレオチド（ｔｓｏ）をハイブリダイズさせる工程であって、上記標的選択性オリゴヌクレオチドが、（ｉ）ｇＤＮＡのある領域に特異的な配列と、（ｉｉ）第二のアダプター配列とを含む、工程と；
（ｂ）ハイブリダイズした上記ｔｓｏを伸長して、上記第一および第二のアダプターを含む二本鎖ライブラリーのメンバーを作成する工程と、
を包含する、方法。
（項目１９４）
上記ｔｓｏが、癌関連遺伝子のある領域に対して少なくとも７０％の同一性または相補性を有する配列を含む、項目１９３に記載の方法。
（項目１９５）
上記配列決定が、大規模並列配列決定を包含する、項目１５９または１６２のいずれかに記載の方法。
（項目１９６）
上記連結する工程が、３時間未満行われ得る、反応プロトコールを用いて行われる、項目１５４または１６２に記載の方法。
（項目１９７）
以下：
（ａ）ＮＴＰ依存性リガーゼと；
（ｂ）陽イオンと；
（ｃ）ＮＴＰと；
（ｄ）項目＿＿＿＿のいずれかに記載の方法を行うための使用説明書と；
を含む、キット。
（項目１９８）
上記ＮＴＰがＡＴＰである、項目１９７に記載のキット。
（項目１９９）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＡＴＰ依存性リガーゼである、項目１９８に記載のキット。
（項目２００）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目１９９に記載のキット。
（項目２０１）
上記ＡＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼが、ＭｔｈＲｎｌ、Ｔ４  ＲＮＡリガーゼ、ＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ、またはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目２００に記載のキット。
（項目２０２）
上記ＡＴＰ依存性リガーゼがＣｉｒｃＬｉｇａｓｅまたはＣｉｒｃＬｉｇａｓｅ  ＩＩである、項目２０１に記載のキット。
（項目２０３）
上記ＮＴＰがＧＴＰである、項目１９７に記載のキット。
（項目２０４）
上記ＮＴＰ依存性リガーゼがＧＴＰ依存性リガーゼである、項目２０３に記載のキット。
（項目２０５）
上記ＧＴＰ依存性リガーゼがＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼである、項目２０４に記載のキット。
（項目２０６）
上記ＧＴＰ依存性ＲＮＡリガーゼがＲｔｃＢである、項目２０５に記載のキット。
（項目２０７）
被験体の腫瘍から単離された腫瘍ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）および上記被験体由来の非腫瘍組織から単離された正常なｇＤＮＡを用いて、腫瘍特異的な変異を追跡する方法であって、上記方法は、以下：
（ａ）予備増幅なしで上記腫瘍ｇＤＮＡから調製されたＤＮＡライブラリーを配列決定して第一のデータセットを作成する工程と；
（ｂ）予備増幅なしで上記正常なｇＤＮＡから調製されたＤＮＡライブラリーを配列決定して第二のデータセットを作成する工程と；
（ｃ）上記第一のデータセットおよび上記第二のデータセットを分析して、上記被験体における１つ以上の腫瘍特異的な変異を同定する工程と；
（ｄ）上記被験体由来の液体サンプルから単離された無細胞ＤＮＡ中で上記腫瘍特異的な変異の存在または不在を検出する工程と、
を包含する、方法。
（項目２０８）
上記液体サンプルが、血漿、血清、痰、唾液、尿、および汗からなる群より選択される、項目２０７に記載の方法。
（項目２０９）
工程（ａ）または（ｂ）の上記ＤＮＡライブラリーが、項目１５４または１６２に記載の方法を用いて調製される、項目２０７に記載の方法。
（項目２１０）
上記配列決定が、少なくとも２００個の癌関連遺伝子を配列決定する工程を包含する、項目２０７に記載の方法。
（項目２１１）
上記癌関連遺伝子が、ＡＢＣＡ１、ＢＲＡＦ、ＣＨＤ５、ＥＰ３００、ＦＬＴ１、ＩＴＰＡ、ＭＹＣ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＫＰ２、ＴＰ５３、ＡＢＣＡ７、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＥＰＨＡ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ１、ＭＹＣＬ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＰ７３、ＡＢＣＢ１、ＢＲＣＡ２、ＣＨＥＫ２、ＥＰＨＡ５、ＦＬＴ４、ＪＡＫ２、ＭＹＣＮ、ＰＫＨＤ１、ＳＬＣ１Ａ６、ＴＰＭ３、ＡＢＣＣ２、ＢＲＩＰ１、ＣＬＴＣ、ＥＰＨＡ６、ＦＮ１、ＪＡＫ３、ＭＹＨ２、ＰＬＣＢ１、ＳＬＣ２２Ａ２、ＴＰＭＴ、ＡＢＣＣ３、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＰＨＡ７、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＹＨ９、ＰＬＣＧ１、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＴＰＯ、ＡＢＣＣ４、Ｃ１ｏｒｆ１４４、ＣＯＰＳ５、ＥＰＨＡ８、ＦＯＸＯ１、ＫＢＴＢＤ１１、ＮＡＶ３、ＰＬＣＧ２、ＳＭＡＤ２、ＴＰＲ、ＡＢＣＧ２、ＣＡＢＬＥＳ１、ＣＲＥＢ１、ＥＰＨＢ１、ＦＯＸＯ３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＢＮ、ＰＭＬ、ＳＭＡＤ３、ＴＲＩＯ、ＡＢＬ１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ１、ＣＲＥＢＢＰ、ＥＰＨＢ４、ＦＯＸＰ４、ＫＤＲ、ＮＣＯＡ２、ＰＭＳ２、ＳＭＡＤ４、ＴＲＲＡＰ、ＡＢＬ２、ＣＡＭＫＶ、ＣＲＫＬ、ＥＰＨＢ６、ＧＡＢ１、ＫＩＴ、ＮＥＫ１１、ＰＰＡＲＧ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＴＳＣ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＣＲＬＦ２、ＥＰＯ、ＧＡＴＡ１、ＫＬＦ６、ＮＦ１、ＰＰＡＲＧＣ１Ａ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＴＳＣ２、ＡＣＶＲ２Ａ、ＣＡＲＭ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＥＲＢＢ２、ＧＬＩ１、ＫＬＨＤＣ４、ＮＦ２、ＰＰＰ１Ｒ３Ａ、ＳＭＯ、ＴＴＫ、ＡＤＣＹ９、ＣＡＶ１、ＣＳＭＤ３、ＥＲＢＢ３、ＧＬＩ３、ＫＲＡＳ、ＮＫＸ２−１、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＳＯＣＳ１、ＴＹＫ２、ＡＧＡＰ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＣＳＮＫ１Ｇ２、ＥＲＢＢ４、ＧＮＡ１１、ＬＭＯ２、ＮＯＳ２、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＳＯＤ２、ＴＹＭＳ、ＡＫＴ１、ＣＢＬ、ＣＴＮＮＡ１、ＥＲＣＣ１、ＧＮＡＱ、ＬＲＰ１Ｂ、ＮＯＳ３、ＰＲＫＡＡ２、ＳＯＳ１、ＵＧＴ１Ａ１、ＡＫＴ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＡ２、ＥＲＣＣ２、ＧＮＡＳ、ＬＲＰ２、ＮＯＴＣＨ１、ＰＲＫＣＡ、ＳＯＸ１０、ＵＭＰＳ、ＡＫＴ３、ＣＣＮＤ２、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＣＣ３、ＧＰＲ１２４、ＬＲＰ６、ＮＯＴＣＨ２、ＰＲＫＣＺ、ＳＯＸ２、ＵＳＰ９Ｘ、ＡＬＫ、ＣＣＮＤ３、ＣＹＦＩＰ１、ＥＲＣＣ４、ＧＰＲ１３３、ＬＴＫ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＲＫＤＣ、ＳＰ１、ＶＥＧＦ、ＡＮＡＰＣ５、ＣＣＮＥ１、ＣＹＬＤ、ＥＲＣＣ５、ＧＲＢ２、ＭＡＮ１Ｂ１、ＮＰＭ１、ＰＴＣＨ１、ＳＰＲＹ２、ＶＥＧＦＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＹＰ１９Ａ１、ＥＲＣＣ６、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＱＯ１、ＰＴＣＨ２、ＳＲＣ、ＶＨＬ、ＡＰＣ２、ＣＤ４４、ＣＹＰ１Ｂ１、ＥＲＧ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＲ３Ｃ１、ＰＴＥＮ、ＳＴ６ＧＡＬ２、ＷＲＮ、ＡＲ、ＣＤ７９Ａ、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＥＲＮ２、ＧＵＣＹ１Ａ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＮＲＡＳ、ＰＴＧＳ２、ＳＴＡＴ１、ＷＴ１、ＡＲＡＦ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＹＰ２Ｃ８、ＥＳＲ１、ＨＤＡＣ１、ＭＡＰ２Ｋ７、ＮＲＰ２、ＰＴＰＮ１１、ＳＴＡＴ３、ＸＰＡ、ＡＲＦＲＰ１、ＣＤＣ４２、ＣＹＰ２Ｄ６、ＥＳＲ２、ＨＤＡＣ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＮＴＲＫ１、ＰＴＰＲＢ、ＳＴＫ１１、ＸＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＢ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＴＶ４、ＨＧＦ、ＭＡＰＫ１、ＮＴＲＫ２、ＰＴＰＲＤ、ＳＵＦＵ、ＺＦＹ、ＡＴＭ、ＣＤＣ７３、ＣＹＰ３Ａ５、ＥＷＳＲ１、ＨＩＦ１Ａ、ＭＡＰＫ３、ＮＴＲＫ３、ＲＡＤ５０、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＺＮＦ５２１、ＡＴＰ５Ａ１、ＣＤＨ１、ＤＡＣＨ２、ＥＸＴ１、ＨＭ１３、ＭＡＰＫ８、ＯＭＡ１、ＲＡＤ５１、ＳＵＺ１２、ＡＴＲ、ＣＤＨ１０、ＤＣＣ、ＥＺＨ２、ＨＭＧＡ１、ＭＡＲＫ３、ＯＲ１０Ｒ２、ＲＡＦ１、ＴＡＦ１、ＡＵＲＫＡ、ＣＤＨ２、ＤＣＬＫ３、ＦＡＮＣＡ、ＨＮＦ１Ａ、ＭＣＬ１、ＰＡＫ３、ＲＡＲＡ、ＴＢＸ２２、ＡＵＲＫＢ、ＣＤＨ２０、ＤＤＢ２、ＦＡＮＣＤ２、ＨＯＸＡ３、ＭＤＭ２、ＰＡＲＰ１、ＲＢ１、ＴＣＦ１２、ＢＡＩ３、ＣＤＨ５、ＤＤＲ２、ＦＡＮＣＥ、ＨＯＸＡ９、ＭＤＭ４、ＰＡＸ５、ＲＥＭ１、ＴＣＦ３、ＢＡＰ１、ＣＤＫ２、ＤＧＫＢ、ＦＡＮＣＦ、ＨＲＡＳ、ＭＥＣＯＭ、ＰＣＤＨ１５、ＲＥＴ、ＴＣＦ４、ＢＡＲＤ１、ＣＤＫ４、ＤＧＫＺ、ＦＡＳ、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＭＥＮ１、ＰＣＤＨ１８、ＲＩＣＴＯＲ、ＴＥＫ、ＢＡＸ、ＣＤＫ６、ＤＩＲＡＳ３、ＦＢＸＷ７、ＩＤＨ１、ＭＥＴ、ＰＣＮＡ、ＲＩＰＫ１、ＴＥＰ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＣＤＫ７、ＤＬＧ３、ＦＣＧＲ３Ａ、ＩＤＨ２、ＭＩＴＦ、ＰＤＧＦＡ、ＲＯＲ１、ＴＥＲＴ、ＢＣＬ２、ＣＤＫ８、ＤＬＬ１、ＦＥＳ、ＩＦＮＧ、ＭＬＨ１、ＰＤＧＦＢ、ＲＯＲ２、ＴＥＴ２、ＢＣＬ２Ａ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＤＮＭＴ１、ＦＧＦＲ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＬＬ、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＯＳ１、ＴＧＦＢＲ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＦＧＦＲ２、ＩＧＦ２Ｒ、ＭＬＬ３、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＳ６ＫＡ２、ＴＨＢＳ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＩＫＢＫＥ、ＭＰＬ、ＰＤＺＲＮ３、ＲＰＴＯＲ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＣＬ３、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＤＯＴ１Ｌ、ＦＧＦＲ４、ＩＫＺＦ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＨＬＰＰ２、ＲＳＰＯ２、ＴＮＫＳ、ＢＣＬ６、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＤＰＹＤ、ＦＨ、ＩＬ２ＲＧ、ＭＳＨ２、ＰＩＫ３Ｃ３、ＲＳＰＯ３、ＴＮＫＳ２、ＢＣＲ、ＣＤＫＮ２Ｄ、Ｅ２Ｆ１、ＦＨＯＤ３、ＩＮＨＢＡ、ＭＳＨ６、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＵＮＸ１、ＴＮＮＩ３Ｋ、ＢＩＲＣ５、ＣＤＸ２、ＥＥＤ、ＦＩＧＦ、ＩＮＳＲ、ＭＴＨＦＲ、ＰＩＫ３ＣＢ、ＳＤＨＢ、ＴＮＲ、ＢＩＲＣ６、ＣＥＢＰＡ、ＥＧＦ、ＦＬＧ２、ＩＲＳ１、ＭＴＯＲ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＳＦ３Ｂ１、ＴＯＰ１、ＢＬＭ、ＣＥＲＫ、ＥＧＦＲ、ＦＬＮＣ、ＩＲＳ２、ＭＵＴＹＨ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＳＨＣ１、およびＴＯＰ２Ａからなる群より選択される、項目２１０に記載の方法。
（項目２１２）
上記腫瘍特異的な変異のプロファイルを連絡するレポートを作成する工程をさらに包含する、項目２０７に記載の方法。
（項目２１３）
工程（ｄ）が、複数の時点で行われる、項目２０７に記載の方法。
（項目２１４）
１つの時点が、癌治療の最初の施行の前であり、かつ第二の時点が上記最初の施行に引き続く、項目２１３に記載の方法。
（項目２１５）
上記複数の時点で腫瘍特異的な変異のプロファイルを連絡するレポートを作成する工程をさらに包含する、項目２１３に記載の方法。
（項目２１６）
上記レポートが、上記腫瘍特異的変異の１つを保有する遺伝子を標的にする１つ以上の治療候補のリストを含む、項目２１２または２１５に記載の方法。
（項目２１７）
上記レポートが上記ｇＤＮＡを単離する工程から１週で作成される、項目２１２に記載の方法。
（項目２１８）
上記変異が、コピー数変動を含む、項目２０７に記載の方法。
（項目２１９）
上記検出する工程が、上記無細胞ＤＮＡを配列決定する工程を包含する、項目２０７に記載の方法。
（項目２２０）
項目２１９に記載の方法であって、上記無細胞ＤＮＡ中に存在する少なくとも１０個の癌関連遺伝子を配列決定する工程を包含し、ここで上記少なくとも１０個の癌関連遺伝子のうちの１つが、項目２０７の工程ｃ）において、腫瘍特異的な変異を保有していると同定される、方法。
（項目２２１）
項目２１９に記載の方法であって、上記無細胞ＤＮＡ中に存在する少なくとも１００個の癌関連遺伝子を配列決定する工程を包含し、ここで上記少なくとも１００個の癌関連遺伝子のうちの１つが、項目２０７の工程ｃ）において、腫瘍特異的な変異を保有していると同定される、方法。
（項目２２２）
上記配列決定する工程が、項目１５９または１６２に記載の方法を包含する、項目２１９に記載の方法。
（項目２２３）
アンプリコンの感度のよい検出のためのオリゴヌクレオチドプローブであって、以下：
（ａ）検出可能部分と；
（ｂ）クエンチャー部分と；
（ｃ）５０℃未満の融点（Ｔｍ）と、
を含む、オリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２４）
上記プローブが、８〜３０の長さのヌクレオチドを有する、項目２２３に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２５）
上記検出可能部分が、５５℃以上の温度でクエンチされる、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２６）
上記プローブが、５５℃を超える周囲温度で相補的なテンプレート核酸に対してハイブリダイズしない、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２７）
上記プローブが、テンプレート鎖に対してハイブリダイズされない場合、上記クエンチャー部分が、上記検出可能部分をクエンチする、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２８）
上記Ｔｍが３０℃〜４５℃の間である、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２２９）
フルオロフォア部分およびクエンチャー部分が、少なくとも７ヌクレオチド離れて隔てられる、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３０）
ＴＭを増強する塩基ヌクレオチドを含む、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３１）
上記ＴＭを増強する塩基ヌクレオチドが、ロックドヌクレオチドかまたは架橋ヌクレオチドである、項目２３０に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３２）
上記検出可能部分がフルオロフォアを含む、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３３）
少なくとも１５ヌクレオチドの長さを有する、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３４）
少なくとも４０％のＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３５）
８０％未満のＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３６）
５０％未満のＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３７）
４０％未満のＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３８）
１５ヌクレオチド未満の長さを有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２３９）
４０％未満のＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２４０）
少なくとも４０％であるＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２４１）
４０％〜８０％の間であるＧＣ含量を有している、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２４２）
４０％未満のＧＣ含量を有しており、かつさらにロックドヌクレオチドまたは架橋されたヌクレオチドを含む、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２４３）
上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブであって、ＡＢＣＡ１、ＢＲＡＦ、ＣＨＤ５、ＥＰ３００、ＦＬＴ１、ＩＴＰＡ、ＭＹＣ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＫＰ２、ＴＰ５３、ＡＢＣＡ７、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＥＰＨＡ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ１、ＭＹＣＬ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＰ７３、ＡＢＣＢ１、ＢＲＣＡ２、ＣＨＥＫ２、ＥＰＨＡ５、ＦＬＴ４、ＪＡＫ２、ＭＹＣＮ、ＰＫＨＤ１、ＳＬＣ１Ａ６、ＴＰＭ３、ＡＢＣＣ２、ＢＲＩＰ１、ＣＬＴＣ、ＥＰＨＡ６、ＦＮ１、ＪＡＫ３、ＭＹＨ２、ＰＬＣＢ１、ＳＬＣ２２Ａ２、ＴＰＭＴ、ＡＢＣＣ３、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＰＨＡ７、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＹＨ９、ＰＬＣＧ１、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＴＰＯ、ＡＢＣＣ４、Ｃ１ｏｒｆ１４４、ＣＯＰＳ５、ＥＰＨＡ８、ＦＯＸＯ１、ＫＢＴＢＤ１１、ＮＡＶ３、ＰＬＣＧ２、ＳＭＡＤ２、ＴＰＲ、ＡＢＣＧ２、ＣＡＢＬＥＳ１、ＣＲＥＢ１、ＥＰＨＢ１、ＦＯＸＯ３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＢＮ、ＰＭＬ、ＳＭＡＤ３、ＴＲＩＯ、ＡＢＬ１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ１、ＣＲＥＢＢＰ、ＥＰＨＢ４、ＦＯＸＰ４、ＫＤＲ、ＮＣＯＡ２、ＰＭＳ２、ＳＭＡＤ４、ＴＲＲＡＰ、ＡＢＬ２、ＣＡＭＫＶ、ＣＲＫＬ、ＥＰＨＢ６、ＧＡＢ１、ＫＩＴ、ＮＥＫ１１、ＰＰＡＲＧ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＴＳＣ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＣＲＬＦ２、ＥＰＯ、ＧＡＴＡ１、ＫＬＦ６、ＮＦ１、ＰＰＡＲＧＣ１Ａ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＴＳＣ２、ＡＣＶＲ２Ａ、ＣＡＲＭ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＥＲＢＢ２、ＧＬＩ１、ＫＬＨＤＣ４、ＮＦ２、ＰＰＰ１Ｒ３Ａ、ＳＭＯ、ＴＴＫ、ＡＤＣＹ９、ＣＡＶ１、ＣＳＭＤ３、ＥＲＢＢ３、ＧＬＩ３、ＫＲＡＳ、ＮＫＸ２−１、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＳＯＣＳ１、ＴＹＫ２、ＡＧＡＰ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＣＳＮＫ１Ｇ２、ＥＲＢＢ４、ＧＮＡ１１、ＬＭＯ２、ＮＯＳ２、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＳＯＤ２、ＴＹＭＳ、ＡＫＴ１、ＣＢＬ、ＣＴＮＮＡ１、ＥＲＣＣ１、ＧＮＡＱ、ＬＲＰ１Ｂ、ＮＯＳ３、ＰＲＫＡＡ２、ＳＯＳ１、ＵＧＴ１Ａ１、ＡＫＴ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＡ２、ＥＲＣＣ２、ＧＮＡＳ、ＬＲＰ２、ＮＯＴＣＨ１、ＰＲＫＣＡ、ＳＯＸ１０、ＵＭＰＳ、ＡＫＴ３、ＣＣＮＤ２、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＣＣ３、ＧＰＲ１２４、ＬＲＰ６、ＮＯＴＣＨ２、ＰＲＫＣＺ、ＳＯＸ２、ＵＳＰ９Ｘ、ＡＬＫ、ＣＣＮＤ３、ＣＹＦＩＰ１、ＥＲＣＣ４、ＧＰＲ１３３、ＬＴＫ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＲＫＤＣ、ＳＰ１、ＶＥＧＦ、ＡＮＡＰＣ５、ＣＣＮＥ１、ＣＹＬＤ、ＥＲＣＣ５、ＧＲＢ２、ＭＡＮ１Ｂ１、ＮＰＭ１、ＰＴＣＨ１、ＳＰＲＹ２、ＶＥＧＦＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＹＰ１９Ａ１、ＥＲＣＣ６、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＱＯ１、ＰＴＣＨ２、ＳＲＣ、ＶＨＬ、ＡＰＣ２、ＣＤ４４、ＣＹＰ１Ｂ１、ＥＲＧ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＲ３Ｃ１、ＰＴＥＮ、ＳＴ６ＧＡＬ２、ＷＲＮ、ＡＲ、ＣＤ７９Ａ、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＥＲＮ２、ＧＵＣＹ１Ａ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＮＲＡＳ、ＰＴＧＳ２、ＳＴＡＴ１、ＷＴ１、ＡＲＡＦ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＹＰ２Ｃ８、ＥＳＲ１、ＨＤＡＣ１、ＭＡＰ２Ｋ７、ＮＲＰ２、ＰＴＰＮ１１、ＳＴＡＴ３、ＸＰＡ、ＡＲＦＲＰ１、ＣＤＣ４２、ＣＹＰ２Ｄ６、ＥＳＲ２、ＨＤＡＣ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＮＴＲＫ１、ＰＴＰＲＢ、ＳＴＫ１１、ＸＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＢ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＴＶ４、ＨＧＦ、ＭＡＰＫ１、ＮＴＲＫ２、ＰＴＰＲＤ、ＳＵＦＵ、ＺＦＹ、ＡＴＭ、ＣＤＣ７３、ＣＹＰ３Ａ５、ＥＷＳＲ１、ＨＩＦ１Ａ、ＭＡＰＫ３、ＮＴＲＫ３、ＲＡＤ５０、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＺＮＦ５２１、ＡＴＰ５Ａ１、ＣＤＨ１、ＤＡＣＨ２、ＥＸＴ１、ＨＭ１３、ＭＡＰＫ８、ＯＭＡ１、ＲＡＤ５１、ＳＵＺ１２、ＡＴＲ、ＣＤＨ１０、ＤＣＣ、ＥＺＨ２、ＨＭＧＡ１、ＭＡＲＫ３、ＯＲ１０Ｒ２、ＲＡＦ１、ＴＡＦ１、ＡＵＲＫＡ、ＣＤＨ２、ＤＣＬＫ３、ＦＡＮＣＡ、ＨＮＦ１Ａ、ＭＣＬ１、ＰＡＫ３、ＲＡＲＡ、ＴＢＸ２２、ＡＵＲＫＢ、ＣＤＨ２０、ＤＤＢ２、ＦＡＮＣＤ２、ＨＯＸＡ３、ＭＤＭ２、ＰＡＲＰ１、ＲＢ１、ＴＣＦ１２、ＢＡＩ３、ＣＤＨ５、ＤＤＲ２、ＦＡＮＣＥ、ＨＯＸＡ９、ＭＤＭ４、ＰＡＸ５、ＲＥＭ１、ＴＣＦ３、ＢＡＰ１、ＣＤＫ２、ＤＧＫＢ、ＦＡＮＣＦ、ＨＲＡＳ、ＭＥＣＯＭ、ＰＣＤＨ１５、ＲＥＴ、ＴＣＦ４、ＢＡＲＤ１、ＣＤＫ４、ＤＧＫＺ、ＦＡＳ、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＭＥＮ１、ＰＣＤＨ１８、ＲＩＣＴＯＲ、ＴＥＫ、ＢＡＸ、ＣＤＫ６、ＤＩＲＡＳ３、ＦＢＸＷ７、ＩＤＨ１、ＭＥＴ、ＰＣＮＡ、ＲＩＰＫ１、ＴＥＰ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＣＤＫ７、ＤＬＧ３、ＦＣＧＲ３Ａ、ＩＤＨ２、ＭＩＴＦ、ＰＤＧＦＡ、ＲＯＲ１、ＴＥＲＴ、ＢＣＬ２、ＣＤＫ８、ＤＬＬ１、ＦＥＳ、ＩＦＮＧ、ＭＬＨ１、ＰＤＧＦＢ、ＲＯＲ２、ＴＥＴ２、ＢＣＬ２Ａ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＤＮＭＴ１、ＦＧＦＲ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＬＬ、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＯＳ１、ＴＧＦＢＲ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＦＧＦＲ２、ＩＧＦ２Ｒ、ＭＬＬ３、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＳ６ＫＡ２、ＴＨＢＳ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＩＫＢＫＥ、ＭＰＬ、ＰＤＺＲＮ３、ＲＰＴＯＲ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＣＬ３、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＤＯＴ１Ｌ、ＦＧＦＲ４、ＩＫＺＦ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＨＬＰＰ２、ＲＳＰＯ２、ＴＮＫＳ、ＢＣＬ６、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＤＰＹＤ、ＦＨ、ＩＬ２ＲＧ、ＭＳＨ２、ＰＩＫ３Ｃ３、ＲＳＰＯ３、ＴＮＫＳ２、ＢＣＲ、ＣＤＫＮ２Ｄ、Ｅ２Ｆ１、ＦＨＯＤ３、ＩＮＨＢＡ、ＭＳＨ６、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＵＮＸ１、ＴＮＮＩ３Ｋ、ＢＩＲＣ５、ＣＤＸ２、ＥＥＤ、ＦＩＧＦ、ＩＮＳＲ、ＭＴＨＦＲ、ＨＡＤＨ、ＲＰＰ３０、ＺＦＰ３、ＰＩＫ３ＣＢ、ＳＤＨＢ、ＴＮＲ、ＢＩＲＣ６、ＣＥＢＰＡ、ＥＧＦ、ＦＬＧ２、ＩＲＳ１、ＭＴＯＲ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＳＦ３Ｂ１、ＴＯＰ１、ＢＬＭ、ＣＥＲＫ、ＥＧＦＲ、ＦＬＮＣ、ＩＲＳ２、ＭＵＴＹＨ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＳＨＣ１、およびＴＯＰ２Ａからなる群より選択される遺伝子中に含まれる少なくとも１０個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の相補性または同一性を有する配列を含む、オリゴヌクレオチドプローブ。
（項目２４４）
少なくとも１つのプライマー／プローブセットを含む反応混合物であって、ここで上記プライマー／プローブセットは、以下：
（ａ）第一の位置でゲノム領域に対してハイブリダイズするように設計されたフォワードプライマーと；
（ｂ）項目１〜２４３のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブと、
を含む、反応混合物。
（項目２４５）
上記ゲノム領域に対して第二の位置でハイブリダイズするように設計されたリバースプライマーをさらに含んでいる、項目２４４に記載の反応混合物。
（項目２４６）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記フォワードプライマーのＴｍよりも少なくとも１５℃低いＴｍを有する、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２４７）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記第一のプライマーのＴｍおよび上記第二のプライマーのＴｍの平均よりも少なくとも１５℃低いＴｍを有する、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２４８）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記第一の位置と上記第二の位置との間に位置する第三の位置で上記ゲノム領域にハイブリダイズするように設計されている、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２４９）
上記リバースプライマーが、上記フォワードプライマーの量よりも少なくとも２倍〜１０倍少ない量で存在する、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５０）
上記リバースプライマーが、上記フォワードプライマーの量とは２倍以下異なる量で存在する、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５１）
生物学的サンプルから単離された核酸サンプルをさらに含んでいる、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５２）
上記生物学的サンプルが、被験体から単離されたサンプルである、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５３）
上記被験体がヒト被験体である、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５４）
上記ヒト被験体が、ある疾患について診断されるか、ある疾患を有すると疑われるか、またはある疾患についてのリスクが増大していると疑われる、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５５）
上記疾患が癌である、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５６）
上記テンプレート核酸がゲノム領域を含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５７）
上記テンプレート核酸がＤＮＡ、ＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５８）
ポリメラーゼをさらに含んでいる、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２５９）
上記ポリメラーゼがＤＮＡポリメラーゼである、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６０）
上記項目のいずれかに記載の反応混合物であって、以下：
（ａ）第一のテンプレート核酸と；
（ｂ）ある量のフォワードプライマーと；
（ｃ）第二の量のリバースプライマーであって、上記リバースプライマーの第二の量は、上記フォワードプライマーの上記量よりも少なくとも２倍〜１０倍少ない、第二の量のリバースプライマーと；
（ｄ）オリゴヌクレオチドプローブと、
を含む、反応混合物。
（項目２６１）
複数のプライマー／プローブセットを含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６２）
上記複数のプライマー／プローブセットの各々が、ゲノムＤＮＡの異なる領域に特異的である、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６３）
上記ゲノム領域が、疾患関連の変異と関連している、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６４）
上記変異が、コピー数変動を含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６５）
上記変異が、一塩基多型（ＳＮＰ）、挿入、欠失、または逆位を含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６６）
上記フォワードプライマーまたは上記リバースプライマーの１つが、上記ＳＮＰ、上記挿入、上記欠失、または上記逆位を覆う、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６７）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記ＳＮＰ、上記挿入、上記欠失、または上記逆位を覆う、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６８）
上記疾患が癌である、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２６９）
上記項目のいずれかに記載の反応混合物であって、上記プライマー／プローブセットが複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ここで各々のオリゴヌクレオチドプローブが、上記ゲノム領域の任意の他の対立遺伝子を含む配列と比較して、上記ゲノム領域の１つの特異的対立遺伝子を含む配列に対して、より大きいアビディティで結合するように設計された対立遺伝子特異的プローブであり、ここで各々の対立遺伝子特異的なプローブが、異なる対立遺伝子に特異的である、反応混合物。
（項目２７０）
上記対立遺伝子特異的なプローブの各々が、スペクトル的に別個のフルオロフォアを各々含む、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２７１）
上記項目のいずれかに記載の反応混合物であって、ここで任意の他の対立遺伝子に対する上記対立遺伝子特異的プローブの結合エネルギーと比較した、上記１つの特異的な対立遺伝子に対する対立遺伝子特異的プローブの結合エネルギーにおける相違は、上記ゲノム領域に対する上記プローブの全体的な結合エネルギーの１％超である、反応混合物。
（項目２７２）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、ビーコンプローブである、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２７３）
上記オリゴヌクレオチドプローブがプレアデス（Ｐｌｅｉａｄｅｓ）プローブである、上記項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目２７４）
以下：
（ａ）上記項目のいずれかに記載の反応混合物を複数の反応容積に分割する工程と；
（ｂ）上記反応容積中の少なくとも１つにおいて、複数回の温度サイクリングを含むＰＣＲ増幅反応を行う工程であって、ここで上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記ＰＣＲ増幅反応の有効性に影響しない工程と、
を包含する、方法。
（項目２７５）
上記項目のいずれかに記載の方法であって、ここで上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記ＰＣＲ増幅反応のアニーリング段階または伸長段階の間にテンプレート核酸にもＰＣＲ反応生成物にもハイブリダイズしない、方法。
（項目２７６）
上記項目のいずれかに記載の方法であって、上記反応容積の少なくとも１つを５０℃未満まで冷却する工程をさらに包含し、ここで上記冷却によって、オリゴヌクレオチドプローブに対して少なくとも７０％の相補性を有する配列を含む核酸に対する、上記オリゴヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションが可能になる、方法。
（項目２７７）
上記項目のいずれかに記載の方法であって、上記反応容積の少なくとも１つを３７℃未満まで冷却する工程をさらに包含し、ここで上記冷却によって、オリゴヌクレオチドプローブに対して少なくとも７０％の相補性を有する配列を含む核酸に対する、上記オリゴヌクレオチドプローブの量のうち少なくとも７０％のハイブリダイゼーションが可能になる、方法。
（項目２７８）
上記分割によって、平均で１分子未満のテンプレート核酸を含む各々の反応容積が生じる、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２７９）
指数関数的ＰＣＲ増幅反応および線形ＰＣＲ増幅反応を、上記反応容積のうちの少なくとも１つの中で行う工程を包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８０）
上記指数関数的ＰＣＲ増幅反応および上記線形ＰＣＲ増幅反応が、上記反応容積中から成分を添加することも除去することもなく逐次的に起こる、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８１）
上記ＰＣＲ増幅反応によって、増幅生成物のうち少なくとも５０％が一本鎖増幅生成物になる、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８２）
上記反応容積が液滴である、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８３）
上記ハイブリダイゼーションによって、上記オリゴヌクレオチドプローブからの蛍光の放出が生じる、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８４）
上記反応容積のうちの少なくとも１つの中で上記蛍光の存在または不在を検出する工程をさらに包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８５）
上記反応容積中の上記蛍光の強度を測定する工程を包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８６）
蛍光陽性の反応容積の数および／または画分を決定する工程をさらに包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８７）
蛍光陽性の反応容積の上記数および／または画分に基づいて上記サンプル中の１つ以上の変異の存在、不在または量を決定する工程を包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８８）
上記１つ以上の変異が、ＳＮＰ、欠失、挿入、または逆位を含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２８９）
上記１つ以上の変異が、遺伝子のコピー数変動を含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９０）
上記１つ以上の変異が、疾患関連の変異を含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９１）
上記疾患が癌である、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９２）
上記項目のいずれかに記載の方法であって、上記１つ以上の変異が、ＡＢＣＡ１、ＢＲＡＦ、ＣＨＤ５、ＥＰ３００、ＦＬＴ１、ＩＴＰＡ、ＭＹＣ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＫＰ２、ＴＰ５３、ＡＢＣＡ７、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＥＰＨＡ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ１、ＭＹＣＬ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＰ７３、ＡＢＣＢ１、ＢＲＣＡ２、ＣＨＥＫ２、ＥＰＨＡ５、ＦＬＴ４、ＪＡＫ２、ＭＹＣＮ、ＰＫＨＤ１、ＳＬＣ１Ａ６、ＴＰＭ３、ＡＢＣＣ２、ＢＲＩＰ１、ＣＬＴＣ、ＥＰＨＡ６、ＦＮ１、ＪＡＫ３、ＭＹＨ２、ＰＬＣＢ１、ＳＬＣ２２Ａ２、ＴＰＭＴ、ＡＢＣＣ３、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＰＨＡ７、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＹＨ９、ＰＬＣＧ１、ＳＬＣＯ１Ｂ３、ＴＰＯ、ＡＢＣＣ４、Ｃ１ｏｒｆ１４４、ＣＯＰＳ５、ＥＰＨＡ８、ＦＯＸＯ１、ＫＢＴＢＤ１１、ＮＡＶ３、ＰＬＣＧ２、ＳＭＡＤ２、ＴＰＲ、ＡＢＣＧ２、ＣＡＢＬＥＳ１、ＣＲＥＢ１、ＥＰＨＢ１、ＦＯＸＯ３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＢＮ、ＰＭＬ、ＳＭＡＤ３、ＴＲＩＯ、ＡＢＬ１、ＣＡＣＮＡ２Ｄ１、ＣＲＥＢＢＰ、ＥＰＨＢ４、ＦＯＸＰ４、ＫＤＲ、ＮＣＯＡ２、ＰＭＳ２、ＳＭＡＤ４、ＴＲＲＡＰ、ＡＢＬ２、ＣＡＭＫＶ、ＣＲＫＬ、ＥＰＨＢ６、ＧＡＢ１、ＫＩＴ、ＮＥＫ１１、ＰＰＡＲＧ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＴＳＣ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＣＲＬＦ２、ＥＰＯ、ＧＡＴＡ１、ＫＬＦ６、ＮＦ１、ＰＰＡＲＧＣ１Ａ、ＳＭＡＲＣＢ１、ＴＳＣ２、ＡＣＶＲ２Ａ、ＣＡＲＭ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＥＲＢＢ２、ＧＬＩ１、ＫＬＨＤＣ４、ＮＦ２、ＰＰＰ１Ｒ３Ａ、ＳＭＯ、ＴＴＫ、ＡＤＣＹ９、ＣＡＶ１、ＣＳＭＤ３、ＥＲＢＢ３、ＧＬＩ３、ＫＲＡＳ、ＮＫＸ２−１、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＳＯＣＳ１、ＴＹＫ２、ＡＧＡＰ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＣＳＮＫ１Ｇ２、ＥＲＢＢ４、ＧＮＡ１１、ＬＭＯ２、ＮＯＳ２、ＰＰＰ２Ｒ１Ｂ、ＳＯＤ２、ＴＹＭＳ、ＡＫＴ１、ＣＢＬ、ＣＴＮＮＡ１、ＥＲＣＣ１、ＧＮＡＱ、ＬＲＰ１Ｂ、ＮＯＳ３、ＰＲＫＡＡ２、ＳＯＳ１、ＵＧＴ１Ａ１、ＡＫＴ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＡ２、ＥＲＣＣ２、ＧＮＡＳ、ＬＲＰ２、ＮＯＴＣＨ１、ＰＲＫＣＡ、ＳＯＸ１０、ＵＭＰＳ、ＡＫＴ３、ＣＣＮＤ２、ＣＴＮＮＢ１、ＥＲＣＣ３、ＧＰＲ１２４、ＬＲＰ６、ＮＯＴＣＨ２、ＰＲＫＣＺ、ＳＯＸ２、ＵＳＰ９Ｘ、ＡＬＫ、ＣＣＮＤ３、ＣＹＦＩＰ１、ＥＲＣＣ４、ＧＰＲ１３３、ＬＴＫ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＲＫＤＣ、ＳＰ１、ＶＥＧＦ、ＡＮＡＰＣ５、ＣＣＮＥ１、ＣＹＬＤ、ＥＲＣＣ５、ＧＲＢ２、ＭＡＮ１Ｂ１、ＮＰＭ１、ＰＴＣＨ１、ＳＰＲＹ２、ＶＥＧＦＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＹＰ１９Ａ１、ＥＲＣＣ６、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＱＯ１、ＰＴＣＨ２、ＳＲＣ、ＶＨＬ、ＡＰＣ２、ＣＤ４４、ＣＹＰ１Ｂ１、ＥＲＧ、ＧＳＴＰ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＮＲ３Ｃ１、ＰＴＥＮ、ＳＴ６ＧＡＬ２、ＷＲＮ、ＡＲ、ＣＤ７９Ａ、ＣＹＰ２Ｃ１９、ＥＲＮ２、ＧＵＣＹ１Ａ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＮＲＡＳ、ＰＴＧＳ２、ＳＴＡＴ１、ＷＴ１、ＡＲＡＦ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＹＰ２Ｃ８、ＥＳＲ１、ＨＤＡＣ１、ＭＡＰ２Ｋ７、ＮＲＰ２、ＰＴＰＮ１１、ＳＴＡＴ３、ＸＰＡ、ＡＲＦＲＰ１、ＣＤＣ４２、ＣＹＰ２Ｄ６、ＥＳＲ２、ＨＤＡＣ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＮＴＲＫ１、ＰＴＰＲＢ、ＳＴＫ１１、ＸＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＢ、ＣＹＰ３Ａ４、ＥＴＶ４、ＨＧＦ、ＭＡＰＫ１、ＮＴＲＫ２、ＰＴＰＲＤ、ＳＵＦＵ、ＺＦＹ、ＡＴＭ、ＣＤＣ７３、ＣＹＰ３Ａ５、ＥＷＳＲ１、ＨＩＦ１Ａ、ＭＡＰＫ３、ＮＴＲＫ３、ＲＡＤ５０、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＺＮＦ５２１、ＡＴＰ５Ａ１、ＣＤＨ１、ＤＡＣＨ２、ＥＸＴ１、ＨＭ１３、ＭＡＰＫ８、ＯＭＡ１、ＲＡＤ５１、ＳＵＺ１２、ＡＴＲ、ＣＤＨ１０、ＤＣＣ、ＥＺＨ２、ＨＭＧＡ１、ＭＡＲＫ３、ＯＲ１０Ｒ２、ＲＡＦ１、ＴＡＦ１、ＡＵＲＫＡ、ＣＤＨ２、ＤＣＬＫ３、ＦＡＮＣＡ、ＨＮＦ１Ａ、ＭＣＬ１、ＰＡＫ３、ＲＡＲＡ、ＴＢＸ２２、ＡＵＲＫＢ、ＣＤＨ２０、ＤＤＢ２、ＦＡＮＣＤ２、ＨＯＸＡ３、ＭＤＭ２、ＰＡＲＰ１、ＲＢ１、ＴＣＦ１２、ＢＡＩ３、ＣＤＨ５、ＤＤＲ２、ＦＡＮＣＥ、ＨＯＸＡ９、ＭＤＭ４、ＰＡＸ５、ＲＥＭ１、ＴＣＦ３、ＢＡＰ１、ＣＤＫ２、ＤＧＫＢ、ＦＡＮＣＦ、ＨＲＡＳ、ＭＥＣＯＭ、ＰＣＤＨ１５、ＲＥＴ、ＴＣＦ４、ＢＡＲＤ１、ＣＤＫ４、ＤＧＫＺ、ＦＡＳ、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＭＥＮ１、ＰＣＤＨ１８、ＲＩＣＴＯＲ、ＴＥＫ、ＢＡＸ、ＣＤＫ６、ＤＩＲＡＳ３、ＦＢＸＷ７、ＩＤＨ１、ＭＥＴ、ＰＣＮＡ、ＲＩＰＫ１、ＴＥＰ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＣＤＫ７、ＤＬＧ３、ＦＣＧＲ３Ａ、ＩＤＨ２、ＭＩＴＦ、ＰＤＧＦＡ、ＲＯＲ１、ＴＥＲＴ、ＢＣＬ２、ＣＤＫ８、ＤＬＬ１、ＦＥＳ、ＩＦＮＧ、ＭＬＨ１、ＰＤＧＦＢ、ＲＯＲ２、ＴＥＴ２、ＢＣＬ２Ａ１、ＣＤＫＮ１Ａ、ＤＮＭＴ１、ＦＧＦＲ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＬＬ、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＯＳ１、ＴＧＦＢＲ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＦＧＦＲ２、ＩＧＦ２Ｒ、ＭＬＬ３、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＰＳ６ＫＡ２、ＴＨＢＳ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＩＫＢＫＥ、ＭＰＬ、ＰＤＺＲＮ３、ＲＰＴＯＲ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＣＬ３、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＤＯＴ１Ｌ、ＦＧＦＲ４、ＩＫＺＦ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＰＨＬＰＰ２、ＲＳＰＯ２、ＴＮＫＳ、ＢＣＬ６、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＤＰＹＤ、ＦＨ、ＩＬ２ＲＧ、ＭＳＨ２、ＰＩＫ３Ｃ３、ＲＳＰＯ３、ＴＮＫＳ２、ＢＣＲ、ＣＤＫＮ２Ｄ、Ｅ２Ｆ１、ＦＨＯＤ３、ＩＮＨＢＡ、ＭＳＨ６、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＵＮＸ１、ＴＮＮＩ３Ｋ、ＢＩＲＣ５、ＣＤＸ２、ＥＥＤ、ＦＩＧＦ、ＩＮＳＲ、ＭＴＨＦＲ、ＨＡＤＨ、ＲＰＰ３０、ＺＦＰ３、ＰＩＫ３ＣＢ、ＳＤＨＢ、ＴＮＲ、ＢＩＲＣ６、ＣＥＢＰＡ、ＥＧＦ、ＦＬＧ２、ＩＲＳ１、ＭＴＯＲ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＳＦ３Ｂ１、ＴＯＰ１、ＢＬＭ、ＣＥＲＫ、ＥＧＦＲ、ＦＬＮＣ、ＩＲＳ２、ＭＵＴＹＨ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＳＨＣ１、およびＴＯＰ２Ａからなる群より選択される１つ以上の遺伝子の変異を含む、方法。
（項目２９３）
上記１つ以上の変異が、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＡＵＲＫＡ、ＶＥＧＦＡ、ＦＧＦＲ１、ＣＤＫ４、ＥＦＢＢ２、ＣＤＫ６、ＪＡＫ２、ＭＥＴ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ３、ＳＲＣ、ＨＡＤＨ、ＲＰＰ３０、およびＺＦＰ３からなる群より選択される１つ以上の遺伝子の変異を含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９４）
上記サンプル中の上記変異の存在、不在および／またはレベルのプロファイルを連絡するレポートを作成する工程を包含する、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９５）
上記変異を標的にする治療剤の説明をさらに含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９６）
癌の処置を必要とする被験体における癌を処置する方法であって、上記方法は、以下：
（ａ）上記被験体から生物学的サンプルを得る工程と；
（ｂ）上記生物学的サンプルから単離された核酸サンプルから、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＬＴ３、ＨＥＲ３、ＥＧＦＲ、ｍＴＯＲ、ＣＤＫ４、ＨＥＲ２、ＲＥＴ、ＨＡＤＨ、ＺＦＰ３、ＤＤＲ２、ＡＵＲＫＡ、ＶＥＧＦＡ、ＣＤＫ６、ＪＡＫ２、ＢＲＡＦ、およびＳＲＣからなる群より選択される少なくとも５つの遺伝子中でのコピー数変動（ＣＮＶ）の存在または不在を決定する工程と；
（ｃ）上記決定する工程に基づいて、被験体特異的なＣＮＶプロファイルを作成する工程と；
（ｄ）上記被験体特異的なＣＮＶプロファイルに基づいて、上記被験体の癌治療を選択する工程と；
を包含する、方法。
（項目２９７）
上記ＣＮＶの存在または不在を決定する工程が、項目２７４〜２８９のいずれかに記載の方法の使用を包含する、項目２９６に記載の方法。
（項目２９８）
デジタルＰＣＲアッセイが、上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブの使用を包含する、項目２９６に記載の方法。
（項目２９９）
上記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号６１、６４、６７、７０、７３、７６、７９、８２、８５、８８、９１、９４、９７、１００、１０３、１０６、１０９、１１２、１１５、または１１８のいずれかに記載のヌクレオチド配列を含む、項目２９８に記載の方法。
（項目３００）
デジタルＰＣＲアッセイが、上記項目のいずれかに記載のプライマーの使用を包含する、項目２９６に記載の方法。
（項目３０１）
上記プライマーが、配列番号５９、６０、６２、６３、６５、６６、６８、６９、７１、７２、７４、７５、７７、７８、８０、８１、８３、８４、８６、８７、８９、９０、９２、９３、９５、９６、９８、９９、１０１、１０２、１０４、１０５、１０７、１０８、１１０、１１１、１１３、１１４、１１６、または１１７のいずれかに記載のヌクレオチド配列を含む、項目３００に記載の方法。
（項目３０２）
少なくとも１０、１２または１８個の遺伝子中のＣＮＶの存在または不在を決定する工程を包含する、項目２９６に記載の方法。
（項目３０３）
上記生物学的サンプルが、上記癌に由来する核酸を保有すると疑われる、項目２９６に記載の方法。
（項目３０４）
上記生物学的サンプルが、固体組織サンプルである、項目２９６に記載の方法。
（項目３０５）
上記固体組織サンプルが、ホルマリン固定され、パラフィン包埋されたサンプルである、項目２９６に記載の方法。
（項目３０６）
上記生物学的サンプルが液体の生物学的サンプルである、項目２９６に記載の方法。
（項目３０７）
上記液体の生物学的サンプルが、血液、血清、血漿、尿、汗、涙、唾液、および痰からなる群より選択される、項目２９６に記載の方法。
（項目３０８）
コンピュータシステムであって、以下：
（ａ）サンプルからデータを受容するように構成されたメモリユニットであって、ここで上記データが上記項目のいずれかに記載の方法によって作成される、メモリユニットと；
（ｂ）上記データの分析のためのコンピュータ実行可能な命令と；
（ｃ）上記分析に基づいて、上記サンプル中の変異の存在、不在または量を決定するためのコンピュータ実行可能な命令と；
を備える、コンピュータシステム。
（項目３０９）
上記項目のいずれかに記載のコンピュータシステムであって、上記サンプル中の変異の上記存在、不在または量のレポートを作成するためのコンピュータ実行可能な命令をさらに備える、コンピュータシステム。
（項目３１０）
上記項目のいずれかに記載のコンピュータシステムであって、上記サンプル中の変異の上記存在、不在または量に基づいて治療の選択肢のレポートを作成するためのコンピュータ実行可能な命令をさらに備える、コンピュータシステム。
（項目３１１）
上記項目のいずれかに記載のコンピュータシステムであって、上記レポートをユーザーに対して連絡または提示するように構成されたユーザーインターフェースをさらに備える、コンピュータシステム。
（項目３１２）
キットであって、以下：
（ａ）少なくとも１つのプライマー／プローブセットであって、ここで上記プライマー／プローブセットが、（ｉ）第一の位置でゲノム領域に対してハイブリダイズするように設計されたフォワードプライマー、（ｉｉ）第二の位置で上記ゲノム領域に対してハイブリダイズするように設計されたリバースプライマー、および（ｉｉｉ）上記項目のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドプローブであって、上記オリゴヌクレオチドプローブが、上記第一の位置と第二の位置との間に位置する第三の位置で上記ゲノム領域に対してハイブリダイズするように設計されているオリゴヌクレオチドプローブを含む、プライマー／プローブセットと；
（ｂ）使用説明書と；
を含む、キット。
（項目３１３）
配列番号４〜２１、２３、２４、６１、６４、６７、７０、７３、７６、７９、８２、８５、８８、９１、９４、９７、１００、１０３、１０６、１０９、１１２、１１５、または１１８のいずれかに示されるオリゴヌクレオチドプローブ。
（項目３１４）
配列番号１９４８〜５５９３のいずれかに示される標的選択性オリゴヌクレオチド。
（項目３１５）
配列番号２５または２６に示される配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー。
（項目３１６）
配列番号１〜３、２２、２７〜５８、５９、６０、６２、６３、６５、６６、６８、６９、７１、７２、７４、７５、７７、７８、８０、８１、８３、８４、８６、８７、８９、９０、９２、９３、９５、９６、９８、９９、１０１、１０２、１０４、１０５、１０７、１０８、１１０、１１１、１１３、１１４、１１６、または１１７のいずれかに示される配列を有するオリゴヌクレオチドプライマー。