【手続補正書】
【提出日】平成28年8月3日(2016.8.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
高さおよび幅が１００ｎｍ未満であるナノチャネルと、
高感度アッセイ領域を通過するポリ核酸の少なくとも一つの個々の塩基から生じる摂動によりナノ構造センサーが特異的シグナルを発生させるように、前記ナノチャネル内に前記高感度アッセイ領域を有するナノ構造センサーと
を含む、ポリ核酸分子をシークエンシングするためのデバイス。
【請求項２】
前記ナノチャネルが、Ａｌ２Ｏ３、ＳｉＮ、Ｓｉ、グラフェン、ポリマー材料、フォトレジスト、およびＳｉＯ２のうちの少なくとも１つを含む壁面を境界とする、請求項１に記載のデバイス。
【請求項３】
前記ナノチャネルが、キャッピング層を含む、請求項１または２のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４】
前記ナノ構造センサーが、ナノワイヤーセンサー、カーボンナノチューブセンサー、グラフェンセンサー、およびＦＥＴセンサーデバイスからなる群から選択される１または複数を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項５】
前記ナノ構造センサーが、電荷、緩衝溶液の電位、蛍光、緩衝液の変移、および熱からなる群から選択される１または複数を検出する、請求項１から４のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項６】
前記ナノ構造センサーが、高電荷部分を検出する、請求項１から５のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項７】
前記ナノ構造センサーが、前記センサーを通過するポリヌクレオチド分子の個々の塩基の摂動を検出するように配置される、請求項１から６のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項８】
前記ナノチャネルが、溶液を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項９】
前記溶液が、ポリ核酸を前記ナノチャネル内へと引き込む電流、またはポリ核酸を前記ナノチャネルを通して引き出す電流を通す、請求項８に記載のデバイス。
【請求項１０】
前記デバイスが、携帯型となるようなサイズであり、そのように構成されている、請求項１から９のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項１１】
ポリ核酸分子のシークエンシング方法であって、
前記ポリ核酸分子を含む溶液を、ナノワイヤーセンサー、カーボンナノチューブセンサー、グラフェンセンサー、電界効果トランジスター（ＦＥＴ）センサーデバイス、またはナノ小孔センサーを備えるナノ構造センサーの高感度領域を通過させて引き出す工程と、
前記高感度アッセイ領域内の摂動を測定する工程と
を含み、
前記摂動が、前記単離ポリ核酸分子の少なくとも一つの個々の塩基に対応する、シークエンシング方法。
【請求項１２】
前記摂動が、前記高感度アッセイ領域内の電荷、前記高感度アッセイ領域内の容量の変移、前記高感度アッセイ領域内の蛍光からなる群から選択される１または複数を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記単離ポリ核酸を、前記ナノ構造センサーの前記高感度アッセイ領域を通過させて引き出す工程が、前記溶液に電流を流すことを含む、請求項１１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記単離ポリ核酸を、前記ナノ構造センサーの前記高感度アッセイ領域を通過させて引き出す前記工程が、前記高感度アッセイ領域を通過する前記溶液の流動を確立することを含む、請求項１１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
標識されたプローブを、前記ポリ核酸分子とアニールさせる工程を含み、前記標識されたプローブはＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ、ロックト核酸（ＬＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、または合成ヌクレオチドポリマーを含み、前記標識されたプローブは六量体、五量体、または四量体である、請求項１１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記標識されたプローブは末端標識されている、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
標的ポリヌクレオチドのシークエンシング方法であって、
アッセイ領域内のアレイを通過して流動する解析物の特性と関連するシグナルを発生させる高感度検出ナノ構造センサーのアレイをアッセイ領域内に提供する工程であって、アッセイ領域はナノ流体チャネルまたはナノ小孔を含む、工程と、
標的ポリヌクレオチドが少なくとも１つの高感度ナノ構造センサーの作動可能なフィールド内を通過するように、ナノ流体チャネルまたはナノ小孔を通して前記標的ポリヌクレオチドを伸長させる工程と、
アッセイ領域内で、前記標的ポリヌクレオチド内の少なくとも１つのヌクレオチドに特徴的なシグナルの変化を検出する工程と
を含む方法。
【請求項１８】
第１のシグナルおよび第２のシグナルが検出され、最初の塩基から最後の塩基までの長さが決定されうるように標的ポリ核酸の流速が既知である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
特性が、電荷、蛍光、熱からなる群から選択される１または複数を含む、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ナノ流体チャネルが、高感度ナノ構造アレイに、タンパク質、及び／または代謝物、及び／またはガス、及び／または金属イオンを通過させる、請求項１７から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ナノ流体チャネルまたはナノ小孔が解析物をアッセイ領域に能動的に通過させる、請求項１７から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
反応実体が、ＤＮＡまたはＲＮＡポリマーをアッセイ領域に受動的に通過させる、請求項１７から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
標的ポリヌクレオチドを含む生物学的試料を、カセットへと導入するための試料受容エレメントと、
生物学的試料を破壊して、核酸および他の分子を含む可溶性画分を放出させるための溶解チャンバーと、
核酸を可溶性画分中の他の分子から分離するための核酸分離チャンバーと、
標的ポリヌクレオチドを増幅するための増幅チャンバーと、
ナノ構造の特性に応答してシグナルを発生させる１または複数の高感度検出ナノ構造のアレイを含み、標的ポリヌクレオチドとナノ構造との間の相互作用を可能とするように構成されるアッセイ領域と、
シグナルを検出器へと流すための導電性エレメントと
を含むマイクロ流体カセットを備える、標的ポリヌクレオチドをシークエンシングするためのデバイス。
【請求項２４】
前記生物学的試料が、任意の体液、細胞およびそれらの抽出物、組織およびそれらの抽出物、ならびに標的ポリヌクレオチドを含む他の任意の生物学的試料を含む、請求項２３に記載のデバイス。
【請求項２５】
前記デバイスが、携帯型となるようなサイズであり、そのように構成されている、かつ／または、モバイルフォン、スマートフォン、ｉＰａｄ（登録商標）、ｉＰｏｄ（登録商標）、ラップトップコンピューター、または他のポータブルデバイスに適合するようなサイズであり、そのように構成されている、請求項２３から２４のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項２６】
前記デバイスが、少なくとも１０のアッセイ領域、または少なくとも１００のアッセイ領域、または少なくとも１０００のアッセイ領域、または少なくとも１００００のアッセイ領域、または少なくとも１０００００のアッセイ領域、または少なくとも１００００００のアッセイ領域を備える、請求項２３から２５のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項２７】
集束イオンビーム、フォトリソグラフィー法の組み合わせ、ナノインプリンティング法、ナノエンボシング法の組み合わせ、電子ビーム、ナノインクもしくはディップペンナノリソグラフィーツール、湿潤化学的エッチング、乾燥ガス性エッチング、またはイオン衝撃からなる群から選択された１または複数を用いてチャネルが取り込まれる、または作製される、請求項２３から２６のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項２８】
多層平面が実現され、層は、選択的ミリング、昇華化学の包含、および更なる層堆積により発生させられる、請求項２３から２７のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項２９】
前記高感度検出ナノ構造は、流入する流体の流動に対して平行である、請求項２３から２８のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項３０】
前記高感度検出ナノ構造は、流入する流体の流動に対して垂直である、請求項２３から２８のいずれか一項に記載のデバイス。