【手続補正書】
【提出日】平成28年2月3日(2016.2.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
正常および異常細胞を含む癌性腫瘍サンプルを得ること；
フローソーティングに好適な脱凝集した細胞核の懸濁液を作製すること；
少なくとも核中の遺伝物質の定量化に基づいて、複数の画分に核をソートすること；
ソートされた核の少なくとも一部から遺伝物質を抽出すること；
抽出された遺伝物質と参照サンプルとを差次的に標識すること；
特徴比較用のゲノムハイブリダイゼーションアレイで、標識され抽出された遺伝物質と参照サンプルとをハイブリダイズすること；および
標識され抽出された遺伝物質と標識された参照サンプルとを比較して、標識され抽出された遺伝物質に独特な異常を推測すること
を含む、多様な癌細胞のゲノムサンプルにおける異常を同定する方法。
【請求項２】
癌性腫瘍サンプルが、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）癌性腫瘍サンプルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
異常が、単一の患者の診断の過程で、異常検出アルゴリズムを使用して検出されるか；または遺伝物質が抽出されるソートされた核の一部が、少なくとも２つの画分を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
複数の画分からの遺伝物質における異常の間の比較および患者の処置歴に基づき、ゲノムレベルの腫瘍進展を推測することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項５】
抽出された遺伝物質を、
抽出された遺伝物質からの全ゲノムライブラリーおよび／またはエキソームライブラリーを含む断片化ライブラリーを調製すること；
断片化ライブラリーから、複数のフラグメント由来の複数のペアエンドクラスターを作製することによって、断片化ライブラリーを増幅すること；および
並列配列決定により複数のフラグメントの配列を決定すること
によって配列決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記癌性腫瘍が、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液の癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚黒色腫または眼内黒色腫、子宮肉腫、卵巣癌、直腸または結腸直腸癌、肛門癌、結腸癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜癌、子宮頚癌、外陰癌、膣の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道癌、小腸癌、内分泌癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、慢性または急性白血病、軟部組織腫瘍、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌腫、腎臓癌、尿管癌、腎臓の癌腫、腎盂の癌腫、中枢神経腫瘍、中枢神経系原発リンパ腫、骨髄腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、睾丸癌、口腔癌、咽頭癌、およびブドウ膜黒色腫からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記癌性腫瘍が、前立腺腺癌、膵臓腺癌、乳房の癌腫、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、卵巣の癌腫、および黒色腫からなる群より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
核をソートすることが、フローサイトメーターの使用をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
フローサイトメーターの使用が、約５０〜約１５００イベント／秒；約１００〜約１０００イベント／秒；または約３００〜約７００イベント／秒の流速の使用を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
フローサイトメーターの使用が、約０．１〜約１．０；約０．４〜約１．０；または約０．６〜約１．０のフローストリームの差次的な圧力（シース／サンプル）の使用を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも約６０％；少なくとも約７０％；または少なくとも約８０％の許容できるソート効率を達成することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
サンプルからパラフィンを取り除くこと；
サンプルを再水和すること；
サンプルを処理して、フローソーティングに好適な脱凝集した核の懸濁液を得ること；および
少なくとも核中の遺伝物質の定量化に基づいて、複数の画分に核をソートすること
を含む、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定する方法。
【請求項１３】
核の倍数体画分と細胞周期画分とをプロファイリングすること；
ソートされた核の少なくとも一部から遺伝物質を抽出すること；
単一プライマー等温増幅により遺伝物質を増幅すること；および
エンドヌクレアーゼで実質的に均一になるように遺伝物質を消化すること
をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
消化された遺伝物質と参照サンプルとを差次的に標識すること；
特徴比較用のゲノムハイブリダイゼーションアレイ上で、標識された消化された遺伝物質と参照サンプルとをハイブリダイズすること；および
異常検出アルゴリズムを用いて、標識された消化された遺伝物質と標識された参照サンプルとを比較して、標識された消化された遺伝物質に独特な異常を推測すること
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
消化された遺伝物質から、抽出された遺伝物質からの全ゲノムライブラリーまたはエキソームライブラリーを含む断片化ライブラリーを調製すること；
断片化ライブラリーから、複数のフラグメント由来の複数のペアエンドクラスターを作製することによって、断片化ライブラリーを増幅すること；および
並列配列決定により複数のフラグメントの配列を決定すること
をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
サンプルを処理することが、ＥＤＴＡ、コラゲナーゼ、およびヒアルロニダーゼでサンプルを加工処理することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
ソートされた核の数が、約５０，０００個よりも大きいか；少なくとも１０，０００個であるか；少なくとも２５，０００個であるか；または少なくとも５０，０００個である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
核をソートする前に、４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドールで核を染色することをさらに含み、および／または前記エンドヌクレアーゼが、ＤＮアーゼ１である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記癌性腫瘍が、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液の癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚黒色腫または眼内黒色腫、子宮肉腫、卵巣癌、直腸または結腸直腸癌、肛門癌、結腸癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜癌、子宮頚癌、外陰癌、膣の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道癌、小腸癌、内分泌癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、慢性または急性白血病、軟部組織腫瘍、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌腫、腎臓癌、尿管癌、腎臓の癌腫、腎盂の癌腫、中枢神経腫瘍、中枢神経系原発リンパ腫、骨髄腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、睾丸癌、口腔癌、咽頭癌、およびブドウ膜黒色腫からなる群より選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌性腫瘍が、前立腺腺癌、膵臓腺癌、乳房の癌腫、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、卵巣の癌腫、および黒色腫からなる群より選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
参照サンプルが、プールされた４６，ＸＸ参照サンプルである、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
アレイが、少なくとも４００マイクロリットルのハイブリダイゼーション体積を必要とする、請求項１５に記載の方法。
【請求項２３】
抽出された遺伝物質における異常区間は、オーバーラップが約０．５を超える場合、標識された参照サンプルにおける異常区間と類似しているとみなされ、ここで２つの異常区間のオーバーラップは、それらが重なる部分のゲノムの長さを、それら全体のゲノムの長さで割った値である、請求項１５に記載の方法。