【手続補正書】
【提出日】平成28年7月15日(2016.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質を含む液体中の前記タンパク質の種類を決定するための方法であって、
（ａ）２種類の所定のタンパク質アミノ酸について選択的である少なくとも２種類のアミノ酸標識により、タンパク質を官能基化すること、
（ｂ）液相中で、前記官能基化タンパク質を、固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシンにより、前記標識アミノ酸の前記標識の関数としてシグナルを検出するように構成された検出器の検出領域に導くこと、
（ｃ）検出されたシグナルから、前記所定のタンパク質アミノ酸の配列を決定すること、
（ｄ）前記所定のタンパク質アミノ酸の前記配列を、タンパク質のデータベースにおけるこのような配列の出現と比較し、前記液体中のタンパク質の種類を決定すること
を含む、前記方法。
【請求項２】
分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰ、ＣｌｐＡＰ、ＣｌｐＣＰ、ＣｌｐＥＰ、ＣｌｐＹＱ、ＣｌｐＢ、Ｌｏｎ、ＦｔｓＨ、古細菌ＰＡＮ、及びプロテアソームベースの分子輸送マシンからなるＡＴＰ依存型プロテアーゼの群から選択される分子輸送マシンであるか、或いは
分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
システイン及びリシンのみが標識され、かつ
分子輸送マシンが、アミノ酸標識をプローブするように構成されたドナーを備える、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
標識が、蛍光アクセプターを備え、前記蛍光アクセプターの１つとドナーアクセプター対を一時的に形成するように構成された蛍光ドナーが、検出領域内で構成され、検出器が、全内部反射蛍光（ＴＩＲＦ）顕微鏡、共焦点蛍光顕微鏡又はゼロモード導波路ベースの蛍光顕微鏡を含む蛍光顕微鏡を備え、前記標識が、シアニンファミリー、Alexaファミリー、Attoファミリー、Dyファミリー及びローダミンファミリーの１つ又は２つ以上から選択される有機フルオロフォアを備える、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
（i）分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンであるか、
（ii）分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンであり、かつ前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、ＣｌｐＰモノマーと少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーとの非対称ＣｌｐＰチャンバーを備え、少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーがＣｌｐＸにドッキングできず、この少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰが蛍光ドナー標識されるか、或いは
（iii)分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンであり、前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、ＣｌｐＰモノマーと少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーとの非対称ＣｌｐＰチャンバーを備え、少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーがＣｌｐＸにドッキングできず、この少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰが蛍光ドナー標識され、かつ前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、未標識ＣｌｐＰタンパク質と複合した蛍光ドナー標識ＣｌｐＸを備える、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
官能基化タンパク質を、分子輸送マシンにより、ナノ輸送体側と反対側とを備えるナノポア含有フィルターを通って導くことを含み、検出器が、前記ナノポア含有フィルターの前記ナノ輸送体側と前記反対側との間の電気パラメータを測定するように構成された検出ユニットを備え、前記電気パラメータが、電位差、電流及び抵抗からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
タンパク質を分子輸送マシンによって認識可能なタグによりタグ化することをさらに含む、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
官能基化タンパク質が、固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシンにより、１秒間に０．１〜６０アミノ酸の範囲から選択される移動速度で検出器の検出領域に移動するか、或いは
官能基化タンパク質が、固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシンにより、１秒間に０．１〜６０アミノ酸の範囲から選択される移動速度で検出器の検出領域に移動し、かつ前記移動速度が、液体中のＡＴＰ濃度を制御することによって制御される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
同定されるべきタンパク質中に、少なくとも１５の所定のタンパク質アミノ酸の存在を検出することを含み、前記タンパク質を、２〜４種類の所定のタンパク質アミノ酸について選択的な２〜４種類のアミノ酸標識で官能基化することを含み、かつ
データベースが、リモートデータベースである、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
（ａ）少なくとも２種類の所定のタンパク質アミノ酸について選択的であるアミノ酸標識によって官能基化されたタンパク質を、検出器の検出領域に導くように構成された固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシン、
（ｂ）標識アミノ酸の前記標識の関数としてシグナルを検出するように構成された前記検出器、
（ｃ）検出シグナルから官能基化タンパク質のアミノ酸の配列を同定するように構成され、同定された前記アミノ酸の配列を、タンパク質のデータベースにおけるこのような配列の出現と比較し、タンパク質の種類を同定するようにさらに構成されている、処理ユニット
を備える、液体中のタンパク質の種類を決定するためのデバイス。
【請求項１１】
分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰ、ＣｌｐＡＰ、ＣｌｐＣＰ、ＣｌｐＥＰ、ＣｌｐＹＱ、ＣｌｐＢ、Ｌｏｎ、ＦｔｓＨ、古細菌ＰＡＮ、及びプロテアソームベースの分子輸送マシンからなるＡＴＰ依存型プロテアーゼの群から選択される分子輸送マシンであるか、或いは
分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンである、請求項１０に記載のデバイス。
【請求項１２】
検出器が、全内部反射蛍光（ＴＩＲＦ）顕微鏡、共焦点蛍光顕微鏡又はゼロモード導波路ベースの蛍光顕微鏡を含む蛍光顕微鏡を備えるか、及び／或いは
固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシンが、それに結合した蛍光ドナーを備える、請求項１０又は１１に記載のデバイス。
【請求項１３】
（i）分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンであり、前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、ＣｌｐＰモノマーと少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーとの非対称ＣｌｐＰチャンバーを備え、前記少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーがＣｌｐＸにドッキングできず、この少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰが蛍光ドナー標識されるか、或いは
（ii）分子輸送マシンが、ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンであり、前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、ＣｌｐＰモノマーと少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーとの非対称ＣｌｐＰチャンバーを備え、前記少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰモノマーがＣｌｐＸにドッキングできず、この少なくとも１つの変異体ＣｌｐＰが蛍光ドナー標識され、かつ前記ＣｌｐＸＰベースの分子輸送マシンが、ＣｌｐＰタンパク質と複合した蛍光ドナー標識ＣｌｐＸを備える、請求項１０〜１２のいずれかに記載のデバイス。
【請求項１４】
デバイスが、ナノ輸送体側と反対側とを有するナノポア含有フィルターをさらに備え、検出器が、前記ナノポア含有フィルターの前記ナノ輸送体側と前記反対側との間の電気パラメータを測定するように構成され、前記電気パラメータが、電位差、電流及び抵抗からなる群から選択され、前記デバイスが、前記デバイスの使用の間、標識によって官能基化されたタンパク質を前記ナノポアを通って導くようにさらに構成されている、請求項１０〜１３のいずれかに記載のデバイス。
【請求項１５】
固定化ＡＴＰ依存型プロテアーゼベースの分子輸送マシンが、２〜４種類の所定のタンパク質アミノ酸について選択的なアミノ酸標識で官能基化されたタンパク質を、検出器の検出領域に導くように構成されており、前記検出器が、タンパク質の所定のタンパク質アミノ酸の配列を、タンパク質のデータベースにおけるこのような配列の出現と比較し、液体中のタンパク質の種類を決定するように構成され、前記タンパク質が、２〜４種類の所定のタンパク質アミノ酸について選択的な２〜４種類のアミノ酸標識のみで官能基化されている、請求項１０〜１４のいずれかに記載のデバイス。