【手続補正書】
【提出日】平成28年7月4日(2016.7.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）第一ポリペプチドがＶＨ−ＨＶＲ１、ＶＨ−ＨＶＲ２及びＶＨ−ＨＶＲ３を含む可変重鎖（ＶＨ）ドメインを含み、第二ポリペプチドがＶＬ−ＨＶＲ１、ＶＬ−ＨＶＲ２及びＶＬ−ＨＶＲ３を含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを含み、かつシグナル配列が原核細胞及び真核細胞の両方で機能的であり、第一ポリペプチドをコードする核酸配列及び／又は第二ポリペプチドをコードする核酸配列に作動可能に連結された核酸配列によってコードされ、第一ポリペプチド及び第二ポリペプチドが全長抗体を形成する、第一ポリペプチド、第二ポリペプチド、及びシグナル配列、
（ｂ）第一ポリペプチドがＶＨドメインを含み、かつ第二ポリペプチドがＶＬドメインを含み、原核生物のプロモーター及び真核生物のプロモーターがＶＨドメイン及び／又はＶＬドメインに作動可能に連結され、原核細胞及び真核細胞でＶＨドメイン又はＶＬドメインの発現を可能にし、ＶＨドメイン又はＶＬドメインが真核細胞により発現される場合、ユーティリティペプチドに連結され、かつシグナル配列は、原核細胞及び真核細胞の両方で機能的である、第一ポリペプチド、第二ポリペプチド、ユーティリティペプチド、及びシグナル配列、
（ｃ）配列番号３のアミノ酸配列を含むｍＢＩＰポリペプチド、又は原核細胞及び真核細胞で機能するそれらの変異体、又は
（ｄ）配列番号３のアミノ酸配列に対し少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド、
をコードする核酸分子。
【請求項２】
（ａ）ＶＬドメイン及びＶＨドメインがユーティリティペプチドに連結される、
（ｂ）第一及び／又は第二ポリペプチドが、コートタンパク質又はアダプタータンパク質に融合される、
（ｃ）シグナル配列が、真核細胞において、細胞の小胞体又は外部へのタンパク質の分泌を指示する、又は
（ｄ）シグナル配列が、原核細胞において、細胞のペリプラズム又は外部へのタンパク質の分泌を指示する、
請求項１の（ａ）に記載の核酸分子。
【請求項３】
（ａ）原核生物のプロモーターがｐｈｏＡ、Ｔａｃ、Ｔｐｈａｃ、又はＬａｃプロモーターである、
（ｂ）真核生物のプロモーターがＣＭＶ、又はＳＶ４０である、
（ｃ）原核細胞のプロモーターによる発現が細菌細胞内で起きる、又は
（ｄ）真核生物のプロモーターによる発現が哺乳動物細胞内で起きる、
請求項１の（ｂ）に記載の核酸分子。
【請求項４】
ＶＨドメインはＣＨ１ドメインに更に連結され、ＶＬドメインはＣＬドメインに連結される、請求項２の（ａ）に記載の核酸分子。
【請求項５】
ユーティリティペプチドは、Ｆｃ、タグ、標識及びコントロールタンパク質からなる群から選択される、請求項４に記載の核酸分子。
【請求項６】
ＶＬドメインはコントロールタンパク質に連結され、ＶＨドメインはＦｃに連結される、請求項５に記載の核酸分子。
【請求項７】
コントロールタンパク質は、ｇＤタンパク質又はその断片である、請求項６に記載の核酸分子。
【請求項８】
（ａ）コートタンパク質又はアダプタータンパク質をコードする核酸は合成イントロン内に含まれる、
（ｂ）アダプタータンパク質がロイシンジッパーである、
（ｃ）アダプタータンパク質が、酸配列番号８、９、１２、１３、１４、又は１５のアミノ酸配列を含む、
（ｄ）アダプタータンパク質が、配列番号８、９、１２、１３、１４、又は１５の少なくとも１残基の改変を有するアミノ酸配列を含む、
（ｅ）コートタンパク質が、バクテリオファージＭ１３のｐＩ、ｐＩＩ、ｐＩＩＩ、ｐＩＶ、ｐＶ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＶＩＩＩ、ｐＩＸ、及びｐＸ、ｆ１、又はｆｄからなる群から選択される、又は
（ｆ）アダプタータンパク質が配列番号６（ＡＳＩＡＲＬＲＥＲＶＫＴＬＲＡＲＮＹＥＬＲＳＲＡＮＭＬＲＥＲＶＡＱＬＧＧＣ）又は配列番号７（ＡＳＬＤＥＬＥＡＥＩＥＱＬＥＥＥＮＹＡＬＥＫＥＩＥＤＬＥＫＥＬＥＫＬＧＧＣ）のアミノ酸配列を含む、
請求項２の（ｂ）に記載の核酸分子。
【請求項９】
合成イントロンは、ＶＨドメインをコードする核酸及びＦｃ又はヒンジをコードする核酸との間に位置する、請求項８の（ａ）に記載の核酸分子。
【請求項１０】
合成イントロンは、ＩｇＧ１からの天然に存在するイントロンをコードする核酸を含む、請求項９に記載の核酸分子。
【請求項１１】
天然に存在するＩｇＧ１からのイントロンが、イントロン１、イントロン２又はイントロン３を含む群から選択される、請求項１０に記載の核酸分子。
【請求項１２】
コートタンパク質は、ｐＩＩＩ又はその断片である、請求項８の（ｅ）に記載の核酸分子。
【請求項１３】
原核細胞においては第一融合タンパク質が発現され、真核細胞においては第二融合タンパク質が発現される、請求項８の（ｅ）に記載の核酸分子。
【請求項１４】
（ａ）第一融合タンパク質と第二融合タンパク質は同一である、又は
（ｂ）第一融合タンパク質及び第二融合タンパク質は異なる、
請求項１３に記載の核酸分子。
【請求項１５】
第一融合タンパク質は、Ｆａｂ−ファージ融合タンパク質である、請求項１４の（ｂ）に記載の核酸分子。
【請求項１６】
Ｆａｂ−ファージ融合タンパク質はｐＩＩＩに融合したＶＨ／ＣＨ１ドメインを含む、請求項１５に記載の核酸分子。
【請求項１７】
第二融合タンパク質は、Ｆａｂ−Ｆｃ又はＦａｂ−ヒンジ−Ｆｃ融合タンパク質である、請求項１６に記載の核酸分子。
【請求項１８】
Ｆａｂ−Ｆｃ又はＦａｂ−ヒンジ−Ｆｃ融合タンパク質はＦｃに融合したＶＨ／ＣＨ１を含む、請求項１７に記載の核酸分子。
【請求項１９】
（ａ）ＣＨ１ドメインをコードする核酸が、天然スプライスドナー配列又は改変したスプライスドナー配列の一部を含む、又は
（ｂ）Ｆｃをコードする核酸が、天然スプライスアクセプター配列の一部を含む、
請求項２の（ｄ）に記載の核酸分子。
【請求項２０】
改変されたスプライスドナー配列は少なくとも一の核酸残基の改変を含み、その改変はスプライシングを増加させる、請求項１９の（ａ）に記載の核酸分子。
【請求項２１】
シグナル配列は、
（ａ）配列番号１０（ＸＭＫＦＴＶＶＡＡＡＬＬＬＬＧＡＶＲＡ、ここでＸ＝０、１又は２アミノ酸、例えば、Ｘは存在しない、Ｘ＝Ｍ、又はＸ＝ＭＴ）のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする核酸配列、
（ｂ）ｍＢＩＰ又はそれらの変異体をコードする核酸配列、
（ｃ）配列番号３のアミノ酸配列（ｍＢＩＰアミノ酸配列）に対し、少なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列、ここで、シグナル配列が原核細胞及び真核細胞の両方で機能的である、又は
（ｄ）配列番号１１の核酸配列（コンセンサスｍＢＩＰ配列、Ｘ  ＡＴＧ  ＡＡＮ  ＴＴＮ  ＡＣＮ  ＧＴＮ  ＧＴＮ  ＧＣＮ  ＧＣＮ  ＧＣＮ  ＣＴＮ  ＣＴＮ  ＣＴＮ  ＣＴＮ  ＧＧＮ  ＧＣＮ  ＧＴＮ  ＣＧＮ  ＧＣＮ、ここで、Ｎ＝Ａ、Ｔ、Ｃ、又はＧ、かつ、Ｘ＝ＡＴＧ、Ｘ＝ＡＴＧ  ＡＣＣ、又はＸは存在しない）、
によりコードされる、請求項２の（ｃ）又は（ｄ）に記載の核酸分子。
【請求項２２】
シグナル配列は、配列番号１６（Ｏｐｔ１）、配列番号１７（Ｏｐｔ２）及び配列番号１８（Ｏｐｔ３）の群から選択される核酸配列によってコードされる、請求項２の（ｃ）に記載の核酸分子。
【請求項２３】
細菌細胞は大腸菌細胞である、請求項３の（ｃ）に記載の核酸分子。
【請求項２４】
哺乳動物細胞は、酵母細胞、ＣＨＯ細胞、２９３細胞又はＮＳＯ細胞である、請求項３（ｄ）に記載の核酸分子。
【請求項２５】
請求項１から２４の何れか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項２６】
請求項２５に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項２７】
宿主細胞は細菌細胞又は真核細胞である、請求項２６に記載の宿主細胞。
【請求項２８】
細菌細胞は大腸菌細胞である、請求項２７に記載の宿主細胞。
【請求項２９】
真核細胞は、酵母細胞、ＣＨＯ細胞、２９３細胞又はＮＳＯ細胞である、請求項２７に記載の宿主細胞。
【請求項３０】
請求項２６又は２７に記載の宿主細胞を培養することを含む抗体を生成するための方法であって、抗体が発現される、方法。
【請求項３１】
配列番号８、９、１２、１３、１４又は１５のアミノ酸配列の少なくとも一残基の改変を含むアダプタータンパク質。
【請求項３２】
アダプタータンパク質は、配列番号６（ＡＳＩＡＲＬＲＥＲＶＫＴＬＲＡＲＮＹＥＬＲＳＲＡＮＭＬＲＥＲＶＡＱＬＧＧＣ）又は配列番号７（ＡＳＬＤＥＬＥＡＥＩＥＱＬＥＥＥＮＹＡＬＥＫＥＩＥＤＬＥＫＥＬＥＫＬＧＧＣ）のアミノ酸配列を含む、請求項３１に記載のアダプタータンパク質。
【請求項３３】
請求項３１又は３２に記載のアダプタータンパク質をコードする核酸分子。
【請求項３４】
配列番号３のアミノ酸配列を含むｍＢＩＰポリペプチド又はその変異体を発現する細菌細胞。
【請求項３５】
原核細胞及び真核細胞の両方において、配列番号３のアミノ酸配列を含むｍＢＩＰポリペプチド又はその変異体を発現する方法。
【請求項３６】
合成イントロンは、
（ａ）抗体のＣＨ２ドメイン及びＣＨ３ドメイン、又は
（ｂ）抗体のヒンジ領域及びＣＨ２ドメイン
をコードする核酸の間に位置する、請求項８の（ａ）に記載の核酸分子。
【請求項３７】
配列番号３のアミノ酸配列を含むシグナル配列、又はその変異体、及び以下の一以上を含むポリペプチド：
（ａ）ＶＨドメインがＶＬドメインのＮ末端又はＣ末端に連結された可変重鎖ドメイン（ＶＨ）及び可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）、
（ｂ）可変重鎖ドメイン（ＶＨ）のＶＨ−ＨＶＲ１、ＶＨ−ＨＶＲ２、及びＶＨ−ＨＶＲ３、又は
（ｃ）可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）のＶＬ−ＨＶＲ１、ＶＬ−ＨＶＲ２、及びＶＬ−ＨＶＲ３。
【請求項３８】
配列番号３のアミノ酸配列を含むシグナル配列、又はその変異体、ＶＨドメインのＶＨ−ＨＶＲ１、ＶＨ−ＨＶＲ２及びＶＨ−ＨＶＲ３、及びＶＬドメインのＶＬ−ＨＶＲ１、ＶＬ−ＨＶＲ２及びＶＬ−ＨＶＲ３を含むポリペプチド。
【請求項３９】
ポリペプチドが抗体又は抗体断片である、請求項３７又は３８に記載のポリペプチド。
【請求項４０】
抗体が、Ｆ（ａｂ’）２断片及びＦｖ断片、ダイアボディー、及び一本鎖抗体からなる群から選択される、請求項３９に記載の抗体又は抗体断片。
【請求項４１】
ヘルパーファージをコードする核酸分子であって、ヘルパーファージが、
（ａ）ｐＩＩＩにアンバー変異を含み、かつ
（ｂ）ｐＩＩＩに融合したタンパク質のディスプレイを増強する、核酸分子。
【請求項４２】
アンバー変異は、Ｍ１３ＫＯ７の核酸のヌクレオチド２６１３、２６１４及び２６１６における変異である、請求項４１に記載の核酸分子。
【請求項４３】
Ｍ１３ＫＯ７の核酸のヌクレオチド２６１３、２６１４及び２６１６における変異は、アンバー終止コドンを導入する、請求項４２に記載の核酸分子。