【手続補正書】
【提出日】平成28年3月11日(2016.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリペプチドのアレイであって、前記アレイが固体支持体および複数の接着セットを含み、それぞれの接着セットが、細胞外マトリックスまたはその機能性フラグメントと関連するポリペプチド配列を含む２つ以上の異なるポリペプチドを含み、前記接着セットが、前記アレイの位置指定可能な位置で前記固体支持体に結合しており、前記アレイが、動物由来ＥＣＭ材料、胚線維芽細胞、またはＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ（ＥＨＳ）マウス肉腫細胞から蓄積された材料を含まない、前記ポリペプチドのアレイ。
【請求項２】
少なくとも１個の接着セットが、固体支持体に結合している２つの異なるポリペプチドを含む、請求項１に記載のアレイ。
【請求項３】
前記２つ以上の異なるポリペプチドが、コラーゲンＩ、コラーゲンＩＩ、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、コラーゲンＶ、コラーゲンＶＩ、フィブロネクチン、ラミニン、メロシン、テネイシン−Ｒ、コンドロイチン硫酸塩、アグレッカン、エラスチン、ケラチン、ムチン、スーパーフィブロネクチン、Ｆ−スポンジン、ナイドジェン−２、ヘパリン硫酸塩、ビグリカン、デコリン、ガレクチン１、ガレクチン３、ガレクチン３ｃ、ガレクチン４、ガレクチン８、トロンボスポンジン−４、オステオポンチン、オステオネクチン、テスチカン１、テスチカン２、フィブリン、テネイシン−Ｃ、ナイドジェン−１、ビトロネクチン、ラットアグリン、ヒアルロナン、およびブレビカンから選択される、少なくとも１０個の連続するアミノ酸を含む、請求項１または２に記載のアレイ。
【請求項４】
前記少なくとも１個の接着セットが、オステオポンチン、トロンボスポンジン−４、フィブロネクチン、ラミニン、ガレクチン３、およびガレクチン８から選択される２つの異なるポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を含む、請求項３に記載のアレイ。
【請求項５】
前記アレイが、少なくとも約７００個の接着セットを含む、請求項１〜４のいずれかに記載のアレイ。
【請求項６】
１個または複数の哺乳類細胞を更に含む、請求項１〜５のいずれかに記載のアレイ。
【請求項７】
前記１個または複数の哺乳類細胞が、癌細胞、幹細胞および肺細胞から選択される少なくとも１個の細胞を含む、請求項６に記載のアレイ。
【請求項８】
前記癌細胞が、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、脊椎、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、胃、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、または子宮の癌に由来する、請求項７に記載のアレイ。
【請求項９】
前記２つ以上の異なるポリペプチドが、受動的静電気非共有結合を介して前記固体支持体に結合している、請求項１〜８のいずれかに記載のアレイ。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれかに記載のアレイを含み、細胞培地、ある量の蛍光染色または色素、細胞試料、および使用説明書のセットのうちの少なくとも１つを更に含む、キット。
【請求項１１】
細胞試料の接着シグネチャーを同定する方法であって、細胞試料を請求項１〜９のいずれかに記載のアレイと接触させることと、１個または複数の接着セットに結合している細胞の量を決定することと、を含む、前記方法。
【請求項１２】
前記細胞試料が、生検材料からの少なくとも１個の細胞を含有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
細胞の分化を誘導する方法であって、細胞試料を請求項１〜９のいずれかに記載のアレイと接触させることを含む、前記方法。
【請求項１４】
前記細胞が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞から選択される幹細胞である、請求項７〜９のいずれか一項に記載のアレイまたは請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記接触させるステップが、前記細胞試料を、細胞の肝臓または膵臓の系譜への分化に十分な時間、請求項１〜９のいずれかに記載のアレイに曝露することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
細胞を培養する方法であって、細胞試料を細胞培地の存在下で請求項１〜１０のいずれかに記載のアレイと接触させることを含む、前記方法。
【請求項１７】
前記細胞試料が、癌細胞または幹細胞の初代系譜に由来する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞試料が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞から選択される１個または複数の幹細胞を含み、多能性幹細胞または胚幹細胞である、請求項１６または１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞が、少なくとも約３０回継代している、請求項１６〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
請求項１〜９のいずれかに記載のアレイが、コラーゲン１およびアグレッカンの少なくとも１０個の連続するアミノ酸、またはコラーゲンＩＶおよびナイドジェン−１の少なくとも１０個の連続するアミノ酸を含む少なくとも１個の接着セットを含む、請求項１６〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
過剰増殖性疾患を診断する方法において使用するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜９のいずれかに記載のアレイを含み、前記方法は、
（ａ）細胞試料を請求項１〜９のいずれかに記載のアレイと接触させることと、
（ｂ）１つ以上の接着値を定量化することと、
（ｃ）前記接着値に基づいて前記細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーを決定することと、
（ｄ）前記細胞試料の前記接着シグネチャーを対照細胞試料の接着シグネチャーと比較することと、
を含む、前記組成物。
【請求項２２】
細胞を単離する方法であって、細胞試料を、請求項１〜９のいずれかに記載のアレイと接触させることを含む、前記方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６１】
幾つかの実施形態において、細胞外マトリックス成分のコレクションは、アグリンおよびコラーゲンＩＩ、アグリンおよびラミニン、ビグリカンおよびコラーゲンＩＩ、ブレビカンおよびフィブロネクチン、コラーゲンＩおよびテスチカン２、コラーゲンＩＩおよびコラーゲンＩＶ、コラーゲンＩＩおよびラミニン、コラーゲンＩＩおよびナイドジェン−１、コラーゲンＩＩおよびテスチカン２、コラーゲンＩＩＩおよびガレクチン８、コラーゲンＩＩＩおよびスーパーフィブロネクチン、コラーゲンＶおよびフィブロネクチン、コラーゲンＶおよびガレクチン１、コラーゲンＶＩおよびフィブロネクチン、コラーゲンＶＩおよびナイドジェン−１、コラーゲンＶＩおよびテネイシン−Ｃ、デコリンおよびフィブロネクチン、デコリンおよびガレクチン８、デコリンおよびラミニン、エラスチンおよびガレクチン４、フィブリンおよびガレクチン３、フィブロネクチンおよびガレクチン１
、フィブロネクチンおよびガレクチン３、フィブロネクチンおよびガレクチン４、フィブロネクチンおよびムチン、フィブロネクチンおよびＳＰＡＲＣ、フィブロネクチンおよびテスチカン２、ガレクチン１およびガレクチン３、ガレクチン１およびケラチン、ガレクチン３およびヘパラン硫酸塩、ガレクチン３およびスーパーフィブロネクチン、ガレクチン４およびナイドジェン−１、ガレクチン８およびテネイシン−Ｃ、ケラチンおよびラミニン、ラミニンおよびメロシン、ラミニンおよびトロンボスポンジン−４、ＳＰＡＲＣおよびスーパーフィブロネクチン、ならびに／またはスーパーフィブロネクチンおよびテスチカン１から選択される少なくとも２つのＥＣＭ成分を含む。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ポリペプチドのアレイであって、前記アレイが固体支持体および複数の接着セットを含み、それぞれの接着セットが、細胞外マトリックスまたはその機能性フラグメントと関連するポリペプチド配列を含む２つ以上の異なるポリペプチドを含み、前記接着セットが、前記アレイの位置指定可能な位置で前記固体支持体に結合している、前記ポリペプチドのアレイ。
（項目２）
前記固体支持体が、任意にポリマーで被覆されているスライドである、項目１に記載のアレイ。
（項目３）
前記ポリマーがポリアクリルアミドである、項目１に記載のアレイ。
（項目４）
少なくとも１個の接着セットが、固体支持体に結合している２つの異なるポリペプチドを含む、項目１に記載のアレイ。
（項目５）
前記２つ以上の異なるポリペプチドが、コラーゲンＩ、コラーゲンＩＩ、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、コラーゲンＶ、コラーゲンＶＩ、フィブロネクチン、ラミニン、メロシン、テネイシン−Ｒ、コンドロイチン硫酸塩、アグレッカン、エラスチン、ケラチン、ムチン、スーパーフィブロネクチン、Ｆ−スポンジン、ナイドジェン−２、ヘパリン硫酸塩、ビグリカン、デコリン、ガレクチン１、ガレクチン３、ガレクチン３ｃ、ガレクチン４、ガレクチン８、トロンボスポンジン−４、オステオポンチン、オステオネクチン、テスチカン１、テスチカン２、フィブリン、テネイシン−Ｃ、ナイドジェン−１、ビトロネクチン、ラットアグリン、ヒアルロナン、およびブレビカンから選択される、少なくとも１０個の連続するアミノ酸を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目６）
前記少なくとも１個の接着セットが、オステオポンチン、トロンボスポンジン−４、フィブロネクチン、ラミニン、ガレクチン３、およびガレクチン８から選択される２つの異なるポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目４に記載のアレイ。
（項目７）
前記少なくとも１個の接着セットが、フィブロネクチンおよびラミニンと少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目６に記載のアレイ。
（項目８）
前記少なくとも１個の接着セットが、フィブロネクチンおよびガレクチン３と少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目６に記載のアレイ。
（項目９）
前記少なくとも１個の接着セットが、フィブロネクチンおよびガレクチン８と少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目６に記載のアレイ。
（項目１０）
前記少なくとも１個の接着セットが、トロンボスポンジン−４およびガレクチン８と少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目６に記載のアレイ。
（項目１１）
前記少なくとも１個の接着セットが、オステオポンチンと少なくとも９０％の配列同一性を含む、項目４に記載のアレイ。
（項目１２）
それぞれの接着セットが、前記細胞外マトリックスと関連する一対の異なるポリペプチドからなる、項目１に記載のアレイ。
（項目１３）
前記アレイが、動物由来ＥＣＭ材料、胚線維芽細胞、またはＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ（ＥＨＳ）マウス肉腫細胞から蓄積された材料を含まない、項目１
に記載のアレイ。
（項目１４）
前記アレイが、少なくとも約７００個の接着セットを含む、項目１に記載のアレイ。
（項目１５）
１個または複数の哺乳類細胞を更に含む、項目１に記載のアレイ。
（項目１６）
前記１個または複数の哺乳類細胞が、少なくとも１個の肺細胞を含む、項目１５に記載のアレイ。
（項目１７）
前記細胞試料が、少なくとも１個の癌細胞または１個の幹細胞を含有する、項目１５に記載のアレイ。
（項目１８）
前記癌細胞が、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、脊椎、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、胃、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、または子宮の癌に由来する、項目１７に記載のアレイ。
（項目１９）
前記幹細胞が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞である、項目１７に記載のアレイ。
（項目２０）
前記２つ以上の異なるポリペプチドが、受動的静電気非共有結合を介して前記固体支持体に結合している、項目１に記載のアレイ。
（項目２１）
項目１に記載のアレイと細胞培養容器とを含む、系。
（項目２２）
少なくとも１個または複数の細胞を更に含む、項目２１に記載の系。
（項目２３）
前記少なくとも１個または複数の細胞が、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、脊椎、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、胃、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、または子宮の癌に由来する、項目２２に記載の系。
（項目２４）
血清、動物由来ＥＣＭ材料、胚線維芽細胞、またはＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ（ＥＨＳ）マウス肉腫細胞から蓄積された材料の少なくとも１つまたは組み合わせを含まない細胞培地を更に含む、項目２２に記載の系。
（項目２５）
前記少なくとも１個または複数の細胞が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞から選択される幹細胞である、項目２２に記載の系。
（項目２６）
項目１に記載のアレイを含む、キット。
（項目２７）
細胞培地、ある量の蛍光染色または色素、細胞試料、および任意に電子媒体を介して遠隔的に利用可能な使用説明書のセットのうちの少なくとも１つを更に含む、項目２６に記載のキット。
（項目２８）
細胞試料の接着シグネチャーを同定する方法であって、細胞試料を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることと、１個または複数の接着セットに結合している細胞の量を決定することと、を含む、前記方法。
（項目２９）
前記細胞試料が、生検材料からの少なくとも１個の細胞を含有する、項目２８に記載
の方法。
（項目３０）
細胞の分化を誘導する方法であって、細胞試料を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることを含む、前記方法。
（項目３１）
前記細胞が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞から選択される幹細胞である、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記接触させるステップが、前記細胞試料を、細胞の肝臓または膵臓の系譜への分化に十分な時間、項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系に曝露することを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３３）
細胞を培養する方法であって、細胞試料を細胞培地の存在下で項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることを含む、前記方法。
（項目３４）
前記細胞試料が、癌細胞または幹細胞の初代系譜に由来する、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記細胞試料が、胚幹細胞、脂肪由来幹細胞、間葉幹細胞、臍帯幹細胞、または多能性幹細胞から選択される１個または複数の幹細胞を含み、多能性幹細胞または胚幹細胞である、項目３３に記載の方法。
（項目３６）
前記細胞が、少なくとも約３０回継代している、項目３３に記載の方法。
（項目３７）
前記細胞培地が、血清、動物由来ＥＣＭ材料、胚線維芽細胞、またはＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ（ＥＨＳ）マウス肉腫細胞から蓄積された材料の少なくとも１つまたは組み合わせを含まない、項目３３に記載の方法。
（項目３８）
前記細胞試料が、１個または複数の初代肝細胞を含む、項目３３に記載の方法。
（項目３９）
項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系が、コラーゲン１およびアグレッカンの少なくとも１０個の連続するアミノ酸、またはコラーゲンＩＶおよびナイドジェン−１の少なくとも１０個の連続するアミノ酸を含む少なくとも１個の接着セットを含む、項目３３に記載の方法。
（項目４０）
過剰増殖性疾患を診断する方法であって、
（ａ）細胞試料を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることと、
（ｂ）１つ以上の接着値を定量化することと、
（ｃ）前記接着値に基づいて前記細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーを決定することと、
（ｄ）前記細胞試料の前記接着シグネチャーを対照細胞試料の接着シグネチャーと比較することと、
を含む、前記方法。
（項目４１）
前記過剰増殖性疾患が転移性肺癌である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
対象の臨床結果を予測する方法であって、
（ａ）細胞試料を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることと、
（ｂ）１つ以上の接着値を定量化することと、
（ｃ）前記接着値に基づいて前記細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーを決定することと、
（ｄ）前記接着シグネチャーを、臨床結果と関連する細胞試料の接着シグネチャーと相関させることと、
を含む、前記方法。
（項目４３）
治療に対する患者の応答性を決定する方法であって、
（ａ）細胞試料を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることと、
（ｂ）１つ以上の接着値を定量化することと、
（ｃ）前記接着値に基づいて前記細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーを決定することと、任意に
（ｄ）前記１つ以上の接着シグネチャーを対照細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーと比較することと、
を含む、前記方法。
（項目４４）
細胞を単離する方法であって、細胞試料を、項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることを含む、前記方法。
（項目４５）
ヒトの肝臓細胞の初代系譜に由来する肝細胞を接着させる方法であって、前記肝細胞を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることを含む、前記方法。
（項目４６）
細胞型の混合物を選別する方法であって、前記方法が、細胞型の混合物を項目１に記載のアレイまたは項目２１に記載の系と接触させることを含む、前記方法。
（項目４７）
前記方法が、前記接着値に基づいて前記細胞試料の１つ以上の接着シグネチャーを決定する前記ステップを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記方法が、前記１つ以上の接着シグネチャーを対照細胞型の１つ以上の接着シグネチャーと比較する前記ステップを更に含む、項目４６に記載の方法。