【手続補正書】
【提出日】平成27年12月2日(2015.12.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
保存残基における1〜5個のアミノ酸置換以外は野生型のブドウ球菌ロイコシジンサブユニットを含む、単離された変異型ブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチドであって、該置換が、変異型ロイコシジンサブユニットの毒性を、対応する野生型ロイコシジンサブユニットと比べて低下させ、該野生型ロイコシジンサブユニットが、アミノ末端からカルボキシ末端へと並んだA-B-Cと称する3つの連続した領域を含み、かつ領域BがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含む、単離された変異型ブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２】
野生型ロイコシジンサブユニットの領域AがSEQ ID NO:1のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３】
野生型ロイコシジンサブユニットの領域CがSEQ ID NO:3のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項４】
SEQ ID NO:2の位置K24におけるアミノ酸置換を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項５】
K24がアラニンで置換されている、請求項4に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項６】
SEQ ID NO:3の位置S18におけるアミノ酸置換を含む、請求項3〜5のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項７】
S18がアラニンで置換されている、請求項6に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項８】
SEQ ID NO:2の位置Y58におけるアミノ酸置換を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項９】
Y58がアラニンで置換されている、請求項8に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１０】
SEQ ID NO:1の位置T11におけるアミノ酸置換を含む、請求項2〜9のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１１】
T11がフェニルアラニンで置換されている、請求項10に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１２】
SEQ ID NO:3の位置T11におけるアミノ酸置換をさらに含む、請求項6または請求項7に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１３】
T11がフェニルアラニンで置換されている、請求項12に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１４】
SEQ ID NO:2の位置D28におけるアミノ酸置換を含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１５】
D28がアラニンで置換されている、請求項14に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１６】
野生型ロイコシジンサブユニットがパントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukS-PVである、請求項1〜15のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１７】
野生型ロイコシジンサブユニットが、パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukS-PVであり、かつ、野生型ロイコシジンサブユニットが、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、およびSEQ ID NO:15からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項16に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１８】
変異型のLukS-PVサブユニットが、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、およびSEQ ID NO:14からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項16または請求項17に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項１９】
SEQ ID NO:14のアミノ酸を含む、請求項18に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２０】
保存残基における1〜5個のアミノ酸置換以外は野生型のブドウ球菌ロイコシジンサブユニットを含む、単離された変異型ブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチドであって、該置換が、変異型ロイコシジンサブユニットの毒性を、対応する野生型ロイコシジンサブユニットと比べて低下させ、該野生型ロイコシジンサブユニットがSEQ ID NO:4のアミノ酸配列を含む、単離された変異型ブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２１】
位置K8におけるアミノ酸置換を含む、請求項20に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２２】
K8がアラニンで置換されている、請求項21に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２３】
位置D28におけるアミノ酸置換を含む、請求項20〜22のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２４】
D28がアラニンで置換されている、請求項23に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２５】
位置E53におけるアミノ酸置換を含む、請求項20〜24のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２６】
E53がアラニンで置換されている、請求項25に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２７】
野生型ロイコシジンサブユニットがパントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukF-PVである、請求項20〜26のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２８】
野生型ロイコシジンサブユニットが、パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukF-PVであり、かつ、野生型ロイコシジンサブユニットが、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、およびSEQ ID NO:27からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項27に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項２９】
変異型のLukF-PVサブユニットが、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、およびSEQ ID NO:136からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項27または請求項28に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３０】
SEQ ID NO:18のアミノ酸を含む、請求項29に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３１】
好中球毒性アッセイにおいて、対応する野生型ロイコシジンサブユニットと比較して毒性が低い、請求項16〜19または27〜30のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３２】
野生型パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukF-PVサブユニットと複合体化した状態で600kcal/mol〜7500kcal/molの分子エネルギー計算値を含む、請求項16〜19のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３３】
野生型パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukF-PVと複合体化した状態で900kcal/mol〜3900kcal/molの分子エネルギー計算値を含む、請求項32に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３４】
野生型パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukF-PVと複合体化した状態で2000kcal/mol〜3650kcal/molの分子エネルギー計算値を含む、請求項33に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３５】
野生型パントンバレンタインロイコシジン(PVL)LukS-PVと複合体化した状態で900kcal/mol〜1500kcal/molの分子エネルギー計算値を含む、請求項27〜30のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３６】
請求項16〜19のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチドもしくは請求項27〜30のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド、またはそれらの組み合わせ、およびさらなるブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチドを含む、ポリペプチド複合体。
【請求項３７】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項1〜35のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３８】
異種アミノ酸配列が、Hisタグ、ユビキチンタグ、NusAタグ、キチン結合ドメイン、Bタグ、HSBタグ、緑色蛍光タンパク質(GFP)、カルモジュリン結合タンパク質(CBP)、ガラクトース結合タンパク質、マルトース結合タンパク質(MBP)、セルロース結合ドメイン(CBD)、アビジン/ストレプトアビジン/Strepタグ、trpE、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、lacZ(βガラクトシダーゼ)、FLAG(商標)ペプチド、Sタグ、T7タグ、該異種ペプチドのいずれかの断片、および該異種ペプチドの2種以上の組み合わせからなる群より選択されるペプチドをコードする、請求項37に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項３９】
異種アミノ酸配列が、免疫原、T細胞エピトープ、B細胞エピトープ、該異種ペプチドのいずれかの断片、および該異種ペプチドの2種以上の組み合わせをコードする、請求項37に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項４０】
野生型ロイコシジン成分とオリゴマー化しない、請求項1〜35または37〜39のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項４１】
野生型ロイコシジン成分が、LukS-PVサブユニット、LukF-PVサブユニット、LukEサブユニット、LukDサブユニット、γヘモリシンA、γヘモリシンB、γヘモリシンC、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項40に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド。
【請求項４２】
請求項1〜35または37〜41のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチドをコードする核酸を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４３】
異種核酸をさらに含む、請求項42に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４４】
異種核酸が、前記ポリペプチドをコードする核酸と機能的に結合したプロモーターを含む、請求項43に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４５】
請求項42〜44のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項４６】
プラスミドである、請求項45に記載のベクター。
【請求項４７】
請求項45または請求項46に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項４８】
細菌、昆虫細胞、哺乳動物細胞、酵母、または植物細胞である、請求項47に記載の宿主細胞。
【請求項４９】
細菌が大腸菌(Escherichia coli)である、請求項48に記載の宿主細胞。
【請求項５０】
請求項47〜49のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養する工程およびポリペプチドを回収する工程を含む、変異型ブドウ球菌ロイコシジンサブユニットポリペプチドを産生する方法。
【請求項５１】
請求項1〜35のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド、請求項37〜41のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド、または請求項36に記載のポリペプチド複合体、および担体を含む、薬学的組成物。
【請求項５２】
アジュバントをさらに含む、請求項51に記載の薬学的組成物。
【請求項５３】
さらなるブドウ球菌抗原をさらに含む、請求項51または52に記載の薬学的組成物。
【請求項５４】
さらなるブドウ球菌抗原がαヘモリシンサブユニットポリペプチドである、請求項53に記載の薬学的組成物。
【請求項５５】
黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)株に対する宿主免疫応答を誘導するための、請求項51〜54のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
【請求項５６】
免疫応答が抗体応答である、請求項55に記載の薬学的組成物。
【請求項５７】
免疫応答が、自然応答、体液性応答、抗体応答、T細胞応答、および該免疫応答の2種以上の組み合わせからなる群より選択される、請求項56に記載の薬学的組成物。
【請求項５８】
免疫応答が、野生型ブドウ球菌ロイコシジン毒素の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、または少なくとも80％の中和をもたらす、請求項55〜57のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
【請求項５９】
対象におけるブドウ球菌疾患またはブドウ球菌感染症を予防または処置するための、請求項51〜54のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
【請求項６０】
対象におけるブドウ球菌疾患またはブドウ球菌感染症を予防または処置するための、抗ロイコシジンサブユニット抗体および抗αヘモリシンサブユニット抗体を含む薬学的組成物。
【請求項６１】
感染症が、皮膚、軟部組織、血液、もしくは臓器の限局性感染症もしくは全身感染症であるか、または自己免疫性の性質である、請求項59または60に記載の薬学的組成物。
【請求項６２】
疾患が呼吸器疾患である、請求項61に記載の薬学的組成物。
【請求項６３】
呼吸器疾患が肺炎である、請求項62に記載の薬学的組成物。
【請求項６４】
感染症が血液の全身感染症である、請求項63に記載の薬学的組成物。
【請求項６５】
対象が脊椎動物である、請求項58〜64のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
【請求項６６】
脊椎動物が哺乳動物である、請求項65に記載の薬学的組成物。
【請求項６７】
哺乳動物がヒトである、請求項66に記載の薬学的組成物。
【請求項６８】
筋肉内注射、皮内注射、腹腔内注射、皮下注射、静脈内注射、経口投与、粘膜投与、鼻腔内投与、または肺投与によって投与される、請求項55〜67のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
【請求項６９】
以下の工程を含む、黄色ブドウ球菌感染症に対するワクチンを作製する方法:
(a)請求項1〜35のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド、請求項37〜41のいずれか一項に記載の変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチド、または請求項36に記載のポリペプチド複合体を単離する工程;および
(b)変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチドまたはポリペプチド複合体をアジュバントと組み合わせる工程。
【請求項７０】
変異型ロイコシジンサブユニットポリペプチドまたはポリペプチド複合体をさらなるブドウ球菌抗原と組み合わせる工程をさらに含む、請求項69に記載の方法。
【請求項７１】
さらなるブドウ球菌抗原がαヘモリシンサブユニットポリペプチドである、請求項70に記載の方法。