【手続補正書】
【提出日】平成28年4月18日(2016.4.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞傷害性処置、場合により増殖性障害に対する処置、場合により癌処置、場合により標的化療法、化学療法、補助療法または放射線療法に場合により応答した細胞ＲＮＡに対してＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を行うための方法であって、
Ａ）
ｉ）場合により処置前、処置中または処置後の時点の、細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得ること、
ｉｉ）１８Ｓおよび２８Ｓピークの潜在的シフトを合わせるような２つの識別範囲を使用し、１８Ｓおよび２８Ｓピークを検出し、位置決定された１８Ｓおよび２８Ｓピークに少なくとも部分的に基づいて導かれた特徴を計算することにより、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから特徴に関する値を決定すること、ならびに
ｉｉｉ）場合により、特徴の値の組合せに基づいてＲＤＡスコアを決定すること、または
Ｂ）
ｉ）試験サンプルおよび対照サンプルに対応する２つのエレクトロフェログラムデータセットを得ること、該試験サンプルは、分析を必要とする、場合により処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルであり、該対照サンプルは、別のユニークな生体サンプルまたは完全なＲＮＡもしくはほぼ完全なＲＮＡの陽性対照サンプルである、
ｉｉ）試験サンプルのエレクトロフェログラムを調整群とし、対照サンプルのエレクトロフェログラムを標準群とすること、
ｉｉｉ）標準群からの正常サンプルに代表的な正常な特徴を識別すること、
ｉｖ）調整群のエレクトロフェログラムに関してピークの位置を決定し、それらのピークの位置を正常な特徴に基づいて調整すること、ならびに
ｖ）調整されたエレクトロフェログラム、および場合により、対照サンプルが分析を必要とする別のユニークな生体サンプルである場合には、標準群からのエレクトロフェログラムから、特徴に関する値を決定すること、または
Ｃ）
ｉ）場合により処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する複数のエレクトロフェログラムデータセットを得ること、
ｉｉ）複数のエレクトロフェログラムを調整群と標準群に分類すること、
ｉｉｉ）標準群の複数のエレクトロフェログラムから正常サンプルに代表的な正常な特徴を識別すること、
ｉｖ）調整群のエレクトロフェログラムに関してピークの位置を決定し、それらのピークの位置を正常な特徴に基づいて調整すること、ならびに
ｖ）調整されたエレクトロフェログラムおよび標準群からのエレクトロフェログラムから特徴に関する値を決定すること
を含んでなる、方法。
【請求項２】
デフォルト範囲を２つの識別範囲と定義して１８Ｓおよび２８Ｓピークを検索すること、およびマーカー領域がその予測位置になければ、デフォルト範囲を調整することを含んでなり、場合によりデフォルト範囲が、１８Ｓピークでは約３９．５秒〜約４４．９５秒、２８Ｓピークでは約４５．０５秒〜５３．５秒である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
マーカー領域の開始時間が約２２．５秒になければ、デフォルト範囲が、ｒｎｇｓｈｆｔ＝マーカー時間−２２．５に従って調整され、場合により、
マーカー領域がその予測位置になければ、１８Ｓピークのデフォルト範囲が［３９．５＋ｒｎｇｓｈｆｔ×１．５、４４．９５＋ｒｎｇｓｈｆｔ×１．５］に従ってシフトされ、および／または
２８Ｓピークのデフォルト範囲が［４５．０５＋ｒｎｇｓｈｆｔ×２．５、５３．５＋ｒｎｇｓｈｆ×２．５］に従ってシフトされる、
請求項２に記載の方法。
【請求項４】
まず、潜在的ピーク候補を２つの識別範囲内で位置決定し、各潜在的ピーク候補の高さ差を計算し、１８Ｓおよび２８Ｓピークを２つの最大ピーク候補と定義することにより、ピークが位置決定され、場合により、所与のピーク候補の高さ差が、その所与のピーク候補の最高ピーク値と最低ピーク値平均との差と定義され、ここで平均が採られる低ピーク値は最高ピーク値に関する始点と終点である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
１８Ｓおよび２８Ｓピーク位置に基づき、１８Ｓピーク幅、１８Ｓピーク高さ、１８Ｓピーク面積、２８Ｓピーク幅、２８Ｓピーク高さ、１８Ｓピーク幅、中間面積、および低Ｃバンド領域面積のうち少なくとも１つを含んでなる特徴に関する値が計算できる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ｉ）分類作業が、複数のエレクトロフェログラムデータセットに対して標準サンプルを決定することを含んでなり、ここで、該標準サンプルは、１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積の和に対する、中間面積と低Ｂバンド領域面積と低Ｃバンド領域面積との和の比により定義される最小標準スコアを有し、場合により、分類作業が、所与のサンプルの１８Ｓおよび２８Ｓピークのうち少なくとも１つの保持時間が、対応する標準サンプルの１８Ｓおよび２８Ｓピークのうち少なくとも１つの保持時間と、特定の時間閾値を超えて異なれば、その所与のエレクトロフェログラムデータセットを調整群に割り付けることをさらに含んでなり、
ｉｉ）識別作業が、標準保持時間を正常な特徴と定義することを含んでなり、該標準保持時間は、標準群におけるエレクトロフェログラムに関する対応する保持時間の統計的尺度により定義され、ここで統計的尺度が中央値および平均値のうち１つを含んでなり、
ｉｉｉ）調整群におけるエレクトロフェログラムに関するピークの位置決定の作業が、対応する標準保持時間の前後でピークを位置決定することにより、調整群におけるエレクトロフェログラムの１８Ｓおよび２８Ｓピークに関する保持時間を決定することを含んでなり、
ｉｖ）複数のエレクトロフェログラムデータセットが、ＲＮＡチップ上のユニークな生体サンプルに由来し、および／または
ｖ）ＲＤＡスコアが少なくとも２つのＲＤＡゾーンを含んでなる、またはＲＤＡスコアがＲＤＩスコアを含んでなる、
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ｉ）特徴が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和に対する、低Ｃバンド領域面積の比を定義するために使用され、ここで、該低Ｃバンド領域は１８Ｓピーク領域の下の中間領域の部分であり、
ｉｉ）特徴が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和に対する、低Ｃバンド領域面積と中間面積の和との比を定義するために使用され、
ｉｉｉ）特徴が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和に対する、低Ｃバンド領域面積と中間面積の和との比を定義するために使用され、
ｉｖ）特徴が少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大比を定義するために使用され、ここで、該比は中間面積を１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和で割った商と定義され、
ｖ）特徴が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和に対する、低Ｃバンド領域面積の比を定義するために使用され、および／または
ｖｉ）特徴が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和に対する、中間面積の比を定義するために使用される、
請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
Ａ）ＲＤＡスコアを決定するために三次元特徴セットが使用され、該三次元特徴セットはそれぞれ少なくとも１つの特徴を含んでなり、各特徴セットは直交変数に割り付けられ、ＲＤＡスコアが分析のためにＲＤＡ面と比較され、場合により、
ｉ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第３の変数が低Ｃバンド面積を含んでなる、
ｉｉ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第３の変数が１８Ｓピーク幅と２８Ｓピーク幅の和を含んでなる、
ｉｉｉ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第３の変数が中間面積を含んでなる、または
ｉｖ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク幅と２８Ｓピーク幅の和を含んでなり、第３の変数が低Ｃバンド面積を含んでなる、
または
Ｂ）ＲＤＡスコアを決定するために二次元特徴セットが使用され、該二次元特徴セットは各特徴セットに少なくとも１つの特徴を含んでなり、各特徴セットは直交変数に割り付けられ、ＲＤＡスコアが分析のためにＲＤＡラインまたはＲＤＡゾーンと比較され、場合により、
ｉ）第１の変数が１８Ｓピーク高さを含んでなり、第２の変数が２８Ｓピーク高さを含んでなる、
ｉｉ）第１の変数が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が低Ｃバンド領域面積を含んでなる、
ｉｉｉ）第１の変数が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が低Ｂバンド領域面積を含んでなる、
ｉｖ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク幅と２８Ｓピーク幅の和を含んでなる、
ｖ）第１の変数が２８Ｓピーク高さと１８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第２の変数が２８Ｓピーク面積と１８Ｓピーク面積との和を含んでなる、
ｖｉ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が中間面積を含んでなる、
ｖｉｉ）第１の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなり、第２の変数が対応するサンプルのＲＮＡ濃度を含んでなる、
ｖｉｉｉ）第１の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第２の変数が対応するサンプルのＲＮＡ濃度を含んでなる、
ｉｘ）第１の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第２の変数が中間面積を含んでなる、
ｘ）第１の変数が１８Ｓピーク高さと２８Ｓピーク高さの和を含んでなり、第２の変数が低Ｃバンド領域面積を含んでなる、または
ｘｉ）第１の変数が１８Ｓピーク幅と２８Ｓピーク幅の和を含んでなり、第２の変数が１８Ｓピーク面積と２８Ｓピーク面積との和を含んでなる、
または
Ｃ）ＲＤＡスコアを決定するために単一の特徴が使用され、該単一の特徴が分析のためにＲＤＡ閾値または対照と比較され、場合により、
ｉ）単一の特徴が１８Ｓピーク面積を含んでなる、
ｉｉ）単一の特徴が２８Ｓピーク面積を含んでなる、
ｉｉｉ）単一の特徴が１８Ｓピーク高さを含んでなる、
ｉｖ）単一の特徴が２８Ｓピーク高さを含んでなる、
ｖ）単一の特徴が１８Ｓ領域と２８Ｓ領域の間の中間面積を含んでなる、
ｖｉ）単一の特徴が低Ｃバンド領域面積を含んでなる、または
ｖｉｉ）単一の特徴が低Ｂバンド領域面積を含んでなる、
請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
１８Ｓおよび２８Ｓピークの潜在的シフトに合わせることが、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットの少なくとも２つのシフト領域を定義すること、およびその少なくとも２つのシフト領域から特徴に関する値を決定することを含んでなり、場合によりシフト領域が、シフトした１８Ｓ領域、シフトした２８Ｓ領域、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピークとシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピークとの間の中間バンド領域、およびマーカー領域を除く１８Ｓピークの下の低バンド領域のうち少なくとも１つを含んでなり、場合により
ｉ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積に対する、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積の比を含んでなる、
ｉｉ）特徴の組合せが、総面積に対する、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積の比を含んでなり、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、
ｉｉｉ）特徴の組合せが、総面積に対する、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積の比を含んでなり、該総面積は１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、
ｉｖ）特徴の組合せが、総面積に対する、中間バンド領域面積の比を含んでなり、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、
ｖ）特徴の組合せが、総面積に対する、低バンド領域面積の比を含んでなり、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、
ｖｉ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積とシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積との和に対する、中間バンド領域面積の比を含んでなる、
ｖｉｉ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積とシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積との和に対する、低バンド領域面積の比を含んでなる、
ｖｉｉｉ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積に対する、中間バンド領域面積の比を含んでなる、
ｉｘ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積に対する、低バンド領域面積の比を含んでなる、
ｘ）特徴の組合せが、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積に対する、中間バンド領域面積の比を含んでなる、
ｘｉ）特徴の組合せが、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積に対する、低バンド領域面積の比を含んでなる、
ｘｉｉ）特徴の組合せが、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積とシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積との和に対する、低バンド領域面積と中間バンド領域面積との和の比を含んでなる、
ｘｉｉｉ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大比を含んでなり、該比は中間バンド領域面積をシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積とシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積の和で割った商と定義される、
ｘｉｖ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最小比を含んでなり、該比は中間バンド領域面積をシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積とシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積の和で割った商と定義される、
ｘｖ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大比を含んでなり、該比は中間バンド領域面積を総面積で割った商と定義され、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｖｉ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最小比を含んでなり、該比は低バンド領域面積を総面積で割った商であり、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｖｉｉ）特徴の組合せが、低バンド領域面積を総面積で割った比および少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大第２比を含んでなり、該最大第２比は中間バンド面積を総面積で割った商と定義され、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｖｉｉｉ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大比を含んでなり、該比は２８Ｓピーク面積を総面積で割った商と定義され、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｉｘ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最小比を含んでなり、該比は２８Ｓピーク面積を総面積で割った商と定義され、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｘ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最大比を含んでなり、該比は１８Ｓピーク面積を総面積で割った商と定義され、総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、
ｘｘｉ）特徴の組合せが、少なくとも２つのエレクトロフェログラムデータセットから決定された最小比を含んでなり、該比は１８Ｓピーク面積を総面積で割った商と定義され、該総面積はシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積の和である、または
ｘｘｉｉ）特徴の組合せが、１８Ｓピーク幅と２８Ｓピーク幅の組合せを含んでなる、
請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットの時間軸が０〜１００単位の尺度に変換された場合に、シフトした領域が、４０．９〜５０．４単位の範囲のシフトした１８Ｓ領域と５８．１〜６９．５単位の範囲のシフトした２８Ｓ領域を含んでなり、場合により
シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積を総面積で割った商に１００を掛けたものが、シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積を総面積で割った商に１００を掛けたものの約８倍より小さければ、シフトした１８Ｓ領域は４２．８〜５１．４単位の範囲であると定義され、総面積は１８Ｓピーク面積、２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、および／または
シフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピーク面積を総面積で割った商に１００を掛けたものがシフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピーク面積を総面積で割った商に１００を掛けたものの約８倍より小さければ、シフトした２８Ｓ領域は５２．３〜６９．５単位の範囲であると定義され、総面積は１８Ｓピーク面積、２８Ｓピーク面積、中間バンド領域面積および低バンド領域面積を含んでなる、
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
１８Ｓピーク幅が０．６〜７．６単位の間であり、および／または２８Ｓピーク幅が０．８〜１０．５単位の間であり、場合により
１８Ｓピーク面積が閾値より小さければ、１８Ｓピークは２つ以上の最大値を含んでなるように定義され、２８Ｓピーク面積が閾値より小さければ、２８Ｓピークは２つ以上の最大値を含んでなるように定義され、ここで閾値が０．２ＦＵ秒である、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットのシフトした１８Ｓ領域とシフトした２８Ｓ領域の境界を画定すること、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピークおよびシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピークのピーク面積を決定すること、１８Ｓピーク面積および２８Ｓピーク面積に応じて１８Ｓピークおよび２８Ｓピークが２つ以上の最大値を持つべきか否かを決定すること、ならびにシフトした１８Ｓ領域とシフトした２８Ｓ領域の境界が、互いに対して１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの面積に応じた調整を必要とするか否かを決定することをさらに含んでなる、および／または
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの幅をある一定の幅範囲になるように調整すること、ならびに１８Ｓピークと２８Ｓピークの間の距離がある距離閾値よりも大きければ、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方の位置を調整することをさらに含んでなる、
請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
１８Ｓピークの終点と２８Ｓピークの始点の距離が１７．１単位未満である、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
所与のピークのピーク面積が、その所与のピークの両側の２つの極小値の間の面積により定義され、ここで
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得る工程が、被験体から得られた細胞ＲＮＡ、場合により癌性腫瘍細胞ＲＮＡを電気泳動により分離すること、分離した細胞ＲＮＡ、場合により癌性腫瘍細胞ＲＮＡの量を検出すること、分離した細胞ＲＮＡの量を相応にプロットしてエレクトロフェログラムを得ること、およびエレクトロフェログラムからエレクトロフェログラムデータセットを得ることを含んでなり、場合により、
ゲル電気泳動がマイクロキャピラリーゲル電気泳動を含んでなる、または
電気泳動が、所与のサンプルのＲＮＡを電気泳動により分離するためのマイクロチャネルを含んでなるＲＮＡチップの使用を含んでなる、
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
特徴の値の組合せに基づいてＲＤＡスコアを計算すること、該ＲＤＡスコアを閾値と比較して、場合によりその処置の有効性を評価することをさらに含んでなる、場合により、
ＲＤＡスコアを複数の閾値と比較することをさらに含んでなり、各閾値はその処置の有効性を決定するためにＲＤＡゾーン境界に対応するように設定され、場合により、該閾値のあるものが選択された陰性的中率（ＮＰＶ）に相当して、ＲＤＡゾーン２とＲＤＡゾーン３の間の境界を画定し、該閾値の別のものが選択された陽性的中率（ＰＰＶ）に相当して、ＲＤＡゾーン１とＲＤＡゾーン２の間の境界を画定し、場合によりＮＰＶが少なくとも０．９８であり、および／またはＰＰＶが少なくとも０．１８、０．１９または０．２０である、
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
細胞ＲＮＡが癌性腫瘍細胞ＲＮＡである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
細胞ＲＮＡに対するＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を行うための請求項１に記載の方法であって、以下を含んでなる、方法：
Ａ）
ある時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得ること、
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから１８Ｓピークおよび２８Ｓピークを定義すること、
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの両方に対して少なくとも１つのパラメーター値を決定すること、場合により少なくとも１つのパラメーター値がピーク面積、ピーク幅およびピーク位置のうち少なくとも１つを含んでなり、
少なくとも１つのパラメーター値に適用される１以上の規則によって必要とされる場合には、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方を再定義すること、場合により、１以上の規則が、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方がピーク面積に基づいて２つ以上の最大値を有するか否かを決定すること、１８Ｓピークと２８Ｓピークが位置決定される境界が２８Ｓピークおよび１８Ｓピークの面積の相互比較に応じた調整を必要とするか否かを決定すること、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの幅をある一定の幅範囲になるように調整すること、ならびに１８Ｓピークと２８Ｓピークの間の距離がある距離閾値よりも大きければ、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方の位置を調整することのうち少なくとも１つを含んでなる、
１８Ｓピーク面積および２８Ｓピーク面積を決定すること、ならびに
１８Ｓピーク面積および２８Ｓピーク面積の少なくとも一方に基づいてＲＤＡスコアを決定すること、
または
Ｂ）
ある時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレトロフェログラムデータセットを得ること、
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから１８Ｓピークおよび２８Ｓピークを定義すること、
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの両方に対して少なくとも１つのパラメーター値を決定すること、ならびに
少なくとも１つのパラメーター値に適用される１以上の規則によって必要とされる場合には、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方を再定義すること、場合により、
少なくとも１つのパラメーター値がピーク面積、ピーク幅およびピーク位置のうち少なくとも１つを含んでなる、および／または
１以上の規則が、
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方がピーク面積に基づいて２つ以上の最大値を有するか否かを決定すること、
１８Ｓピークと２８Ｓピークが位置決定される境界が２８Ｓピークおよび１８Ｓピークの面積の相互比較に応じた調整を必要とするか否かを決定すること、
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの幅をある一定の幅範囲になるように調整すること、ならびに
１８Ｓピークと２８Ｓピークの間の距離がある距離閾値よりも大きければ、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方の位置を調整すること
のうち少なくとも１つを含んでなる。
【請求項１８】
ＲＤＡが、細胞傷害性処置、場合により増殖性障害に対する処置、場合により癌処置、場合により化学療法、補助療法または放射線療法に応答して場合により行われ、
処置中または処置後の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得ること、
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットの少なくとも２つのシフト領域から特徴に関する値を決定すること、シフトは処置によるものである、ならびに
特徴の値の組合せに基づいてＲＤＡスコアを決定すること
を含んでなり、場合によりシフト領域が、シフトした１８Ｓ領域、シフトした２８Ｓ領域、シフトした１８Ｓ領域内の１８Ｓピークとシフトした２８Ｓ領域内の２８Ｓピークとの間の中間バンド領域、およびマーカー領域を除く１８Ｓピークの下の低バンド領域のうち少なくとも１つを含んでなる、請求項１７のＢ）に記載の方法。
【請求項１９】
細胞傷害性処置、場合により癌処置、場合により化学療法、補助療法および／または放射線療法前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなる生体サンプルにおけるＲＮＡ破壊の量を、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法に従って行われるＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を用いて定量すること、ならびに
細胞ＲＮＡのＲＮＡ破壊の量が増加しているか否かを決定すること、場合により決定工程が、定量された生体サンプルにおけるＲＮＡ破壊の量と、閾値または参照値とを比較することを含んでなる決定工程を含んでなり、場合により細胞ＲＮＡが癌性腫瘍細胞ＲＮＡである、アッセイ。
【請求項２０】
ＲＮＡ破壊の量が閾値または参照値に比べて増加していれば、その腫瘍を化学療法に応答性と識別することをさらに含んでなり、場合により生体サンプルがｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで処置された癌性腫瘍細胞に相当する、請求項１９に記載のアッセイ。
【請求項２１】
細胞傷害性処置、場合により化学療法、補助療法および／または放射線療法に対する細胞の感受性を決定するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイであって、
処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなる生体サンプルにおけるＲＮＡ破壊の量を、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法に従って行われるＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を用いて定量すること、および
定量されたＲＮＡ破壊の量を閾値もしくは参照値または閾値もしくは参照二次元もしくは三次元領域と比較し、ＲＮＡ破壊の量が参照値に比べて増加していれば、その細胞を感受性と識別し、増加していなければ、その細胞をその処置に対して耐性と識別することを含んでなる、請求項１９に記載のアッセイ。
【請求項２２】
被験体が細胞傷害性療法、場合により癌療法、場合により化学療法薬および／または放射線処置に応答しているか否かを決定／予測するためのアッセイであって、該被験体が処置を受ける前、受けている間および／または受けた後にその被験体から得られた生体サンプルをＲＮＡ破壊の量に関して、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法に従って行われるＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を用いてアッセイすることを含んでなり、ＲＮＡ破壊の量が閾値または参照値に比べて増加していれば、その被験体はその処置に応答していると識別される、請求項１９または２０に記載のアッセイ。
【請求項２３】
応答が治療結果の指標となり、閾値または参照値、場合により処置前値に比べての非自己分解性ＲＮＡ破壊の量の増加は正の治療結果の指標となり、閾値または参照値に比べての非自己分解性ＲＮＡ破壊の欠如は負の処置応答の指標となり、場合により正の治療結果が、処置後の病理学的完全応答、部分または完全応答、疾病進行のリスク軽減、安定疾患、または無病もしくは全生存期間の延長である、請求項２２に記載のアッセイ。
【請求項２４】
生体サンプルが、被験体が１サイクル目の化学療法、補助療法および／または放射線療法を受けた後に得られ、生体サンプルが、被験体が２サイクル、３サイクル、４サイクルまたはそれを超えるサイクルの化学療法、補助療法および／または放射線療法を受けた後に得られ、または生体サンプルが化学療法、補助療法および／または放射線療法計画の完了後に得られる、請求項２２または２３に記載のアッセイ。
【請求項２５】
応答性および／または正の治療結果の指標となるＲＮＡ破壊スコアが、ＲＮＡ完全性の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％または少なくとも９０％の低下と相関し、場合により参照値が処置前値である、請求項１〜２４のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項２６】
癌処置を受ける被験体を評価するための、請求項２２〜２５のいずれか一項に記載のアッセイであって、ここで被験体が細胞傷害性処置、場合により標的化療法、化学療法薬処置、補助療法または放射線療法を受けた後に、アッセイが行われ、
被験体が応答していれば細胞傷害性処置の投与を継続し、ならびに／または被験体が応答していなければ処置を中断および／もしくは変更することから利益を受ける被験体を同定すること
を含んでなる、方法。
【請求項２７】
癌処置が、微小管安定化剤、場合によりドセタキセルおよびパクリタキセル、ＤＮＡ合成阻害剤、場合によりエピルビシン、Ｈｅｒ２受容体阻害剤、場合によりトラスツズマブ、ＤＮＡ架橋剤、場合によりマフォスファミド、カルボプラチンおよびシスプラチン、ＶＥＧＦＡ阻害剤、場合によりベバシズマブ、受容体チロシンキナーゼ阻害剤、場合によりスニチニブおよびトセラニブ、ビスホスホネート、場合によりゾレンドロン酸、チミジル酸シンターゼ阻害剤、場合により５−フルオロウラシル、タキサン、アントラサイクリン、およびビンカアルカロイド、場合によりビンブラスチン、ならびにヌクレオシド類似体、場合により５−ＦＵから選択される化学療法であり、ここで細胞傷害性処置が、ドセタキセル、パクリタキセル、エピルビシン、ドキソルビシン、ビンブラスチン、シスプラチンおよびそれらの組合せから選択される、
請求項２６に記載のアッセイ。
【請求項２８】
癌が乳癌（場合によりＨＥＲ２＋陽性乳癌であり）、前立腺癌、肺癌、肉腫、結腸癌、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫または卵巣癌から選択され、および／または、癌処置が、タキサン、ビンカアルカロイド、場合によりビンブラスチン、アルキル化剤、場合によりシスプラチン、およびヌクレオシド類似体、場合により５−ＦＵ、ならびにそれらの組合せから選択され、
アントラサイクリンが、場合によりパクリタキセル、ドセタキセル、エピルビシンおよびそれらの組み合わせから選択され、
場合によりタキサンがパクリタキセルおよびドセタキセルから選択され、および／または、
アントラサイクリンがドキソルビシンおよびエピルビシンから選択され、
場合によりタキサンがパクリタキセル、ドセタキセル、およびそれらの組み合わせから選択され、および／または
アントラサイクリンがドキソルビシン、エピルビシン、およびそれらの組み合わせから選択される、
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法、または請求項１９〜２７のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項２９】
細胞ＲＮＡに対するＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を行うための方法、場合により増殖性障害に対する処置、場合により癌処置、場合により化学療法、補助療法または放射線療法、該方法は、
Ａ）
場合により、処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットにアクセスすること、
１８Ｓおよび２８Ｓピークの潜在的シフトを合わせるような２つの識別範囲を使用し、１８Ｓおよび２８Ｓピークを検出し、位置決定された１８Ｓおよび２８Ｓピークに少なくとも部分的に基づいて導かれた特徴を計算することにより、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから特徴に関する値を決定すること、ならびに
場合により、特徴の値の組合せに基づいてＲＤＡスコアを決定すること
を含んでなり、該方法を実施するために装置を適合させるための、装置のマイクロプロセッサ上で実行可能な複数の命令を含んでなる、非一時的コンピューター可読媒体
を含んでなり、または
Ｂ）
細胞ＲＮＡに対するＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）を行うための方法であって、該方法は、
ある時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得ること、
少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから１８Ｓピークおよび２８Ｓピークを定義すること、
１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの両方に関して少なくとも１つのパラメーター値を決定すること、ならびに
少なくとも１つのパラメーター値に適用される１以上の規則によって必要とされる場合には、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方を再定義すること
を含んでなり、該方法を実施するために装置を適合させるための、装置のマイクロプロセッサ上で実行可能な複数の命令を含んでなる、非一時的コンピューター可読媒体
を含んでなり、
場合により該方法は請求項１〜１８のいずれか一項によってさらに定義される。
【請求項３０】
細胞ＲＮＡに対するＲＮＡ破壊アッセイ（ＲＤＡ）、場合により増殖性障害に対する処置、場合により癌処置、場合により化学療法、補助療法または放射線療法を行うための装置であって、以下を含んでなる、装置：
Ａ）
場合により処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを受容するためのデータインプット、
該データインプットに連結されたプロセッシングユニット、該プロセッシングユニットは、１８Ｓおよび２８Ｓピークの潜在的シフトを合わせるような２つの識別範囲を使用し、該１８Ｓおよび２８Ｓピークを検出し、位置決定された１８Ｓおよび２８Ｓピークに少なくとも部分的に基づいて導かれた特徴を計算することにより、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから特徴に関する値を決定するように構成され、ならびに
ＲＤＡスコアの指示を伝達するようにプロセッシングユニットに連結されたデータアウトプット、または
Ｂ）
場合により処置前、処置中または処置後の時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを得るための手段、
１８Ｓおよび２８Ｓピークの潜在的シフトを合わせるような２つの識別範囲を使用し、該１８Ｓおよび２８Ｓピークを検出し、位置決定された１８Ｓおよび２８Ｓピークに少なくとも部分的に基づいて導かれた特徴を計算することにより、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから特徴に関する値を決定するための手段、ならびに
該特徴の値の組合せに基づいてＲＤＡスコアを決定するための手段、
または
ある時点の細胞ＲＮＡを含んでなるユニークな生体サンプルに対応する少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを受容するためのデータインプット、
該データインプットに連結されたプロセッシングユニット、該プロセッシングユニットは、少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットから１８Ｓピークおよび２８Ｓピークを定義し、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの両方に対して少なくとも１つのパラメーター値を決定し、少なくとも１つのパラメーター値に適用される１以上の規則によって必要とされる場合には、１８Ｓピークおよび２８Ｓピークの少なくとも一方を再定義するように構成されている、ならびに
ＲＤＡの指示を伝達するようにプロセッシングユニットに連結されたデータアウトプット、
場合によりプロセッシングユニットが請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法を行うように構成され、
ここで該装置が、データインプットに連結された電気泳動デバイスをさらに含んでなり、該電気泳動デバイスが少なくとも１つのエレクトロフェログラムデータセットを作成するように構成され、
および／または
ここでＲＤＡスコアを決定するための手段が、請求項６〜９、１５および２９のいずれか一項で定義される方法を行うように構成されている。