【手続補正書】
【提出日】平成28年6月9日(2016.6.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質のＢドメインをコードするヌクレオチド配列の一部は、９０から１１１ヌクレオチドの間の長さであって、６つのアスパラギン残基を含み、配列番号４と少なくとも８５％の同一性を有する配列を含むアミノ酸配列をコードする、核酸分子。
【請求項２】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、６つのアスパラギン残基を含み、配列番号４と少なくとも９０％の同一性を有する配列を含むアミノ酸配列をコードする、請求項１の核酸分子。
【請求項３】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、アスパラギンではないアミノ酸残基における２つまでのアミノ酸置換を有する、配列番号４の配列を含むアミノ酸配列をコードする、請求項１または２の核酸分子。
【請求項４】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、配列番号４の配列を含むアミノ酸配列をコードする、請求項１〜３のいずれか１つの核酸分子。
【請求項５】
配列番号４の配列またはこれに対する同一性もしくは置換を有する配列は、４から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の第１の一部である第１のフランキング配列により片方に、および４から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の第２の一部である第２のフランキング配列によりもう片方に隣接され、前記第１および第２のフランキング配列は、ともに、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の全体を含む、請求項１〜４のいずれか１つの核酸分子。
【請求項６】
配列番号４の配列またはこれに対する同一性もしくは置換を有する配列は、４から６アミノ酸の間の長さであって、配列番号７の配列の第１の一部である第１のフランキング配列により片方に、および８から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７の配列の第２の一部である第２のフランキング配列によりもう片方に隣接され、前記第１および第２のフランキング配列は、ともに、配列番号７の配列の全体を含む、請求項１〜５のいずれか１つの核酸分子。
【請求項７】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、６つのアスパラギン残基をコードし、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも８５％の同一性を有する第１の配列を含む、請求項１〜６のいずれか１つの核酸分子。
【請求項８】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、９０から１１１塩基対の間の長さであって、６つのアスパラギン残基をコードし、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９５％の同一性を有する第１の配列を含む、機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１の核酸分子。
【請求項９】
前記第１配列が、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９９％の同一性を有する、請求項８の核酸分子。
【請求項１０】
前記第１配列は、配列番号１の配列を有する、請求項８の核酸分子。
【請求項１１】
前記第１配列は、４８から６０塩基対の間の長さである、請求項８〜１０のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１２】
前記第１配列は、５１塩基対の長さである、請求項８〜１１のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１３】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、９３塩基対の長さである、請求項１〜１２のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１４】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質のＡ１、Ａ２、Ａ３、Ｃ１、およびＣ２ドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、野生型配列のコドンの最適化された配列である、請求項１〜１３のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１５】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号２の前記ヌクレオチド配列と少なくとも８５％の同一性を有する配列を有する、請求項１〜１４のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１６】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号２の前記ヌクレオチド配列を含む、請求項１〜１５のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１７】
前記核酸分子が、配列番号３の前記ヌクレオチド配列を含む、請求項１〜１６のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１８】
前記第１配列は、配列番号４の配列を有するアミノ酸配列をコードする、請求項８〜１２のいずれか１つの核酸分子。
【請求項１９】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードする、請求項１〜１８のいずれか１つの核酸分子。
【請求項２０】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号５の配列を有するアミノ酸配列をコードする、請求項１〜１９のいずれか１つの核酸分子。
【請求項２１】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号６の配列を含むタンパク質をコードする、請求項１〜２０のいずれか１つの核酸分子。
【請求項２２】
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインが３０から３７アミノ酸の間の長さであり、配列番号４の配列を含む、機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
【請求項２３】
前記Ｂドメインが配列番号５の配列を有する、請求項２２の第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
【請求項２４】
配列番号６の配列を有する、請求項２２の第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
【請求項２５】
請求項１〜２１のいずれか１つの核酸分子を含む、ベクター。
【請求項２６】
請求項１〜２１のいずれか１つの前記核酸分子または請求項２５の前記ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項２７】
請求項２６の宿主細胞により発現される第ＶＩＩＩ因子タンパク質または糖タンパク質。
【請求項２８】
請求項１〜２１のいずれか１つの前記核酸分子または請求項２５の前記ベクターを含む細胞を含むトランスジェニック動物。
【請求項２９】
請求項２５のベクターまたは請求項２２のタンパク質を含む、血友病を治療するための組成物。
【請求項３０】
治療における使用のための組成物であって、請求項１〜２１のいずれか１つの核酸分子、請求項２２のタンパク質、または請求項２５のベクターを含む、組成物。
【請求項３１】
血友病の治療における使用のための組成物であって、請求項１〜２１のいずれか１つの核酸分子、請求項２２のタンパク質、または請求項２５のベクターを含む、組成物。
【請求項３２】
対象への機能的第ＶＩＩＩ因子をコードするヌクレオチド配列の送達のための組成物であって、請求項１〜２１のいずれか１つの核酸分子または請求項２５のベクターを含む、組成物。
【請求項３３】
パルボウイルス遺伝子送達ベクターの調製の方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのパルボウイルスの逆位末端反復ヌクレオチド配列により隣接される、請求項１〜２１のいずれか１つの核酸分子；
（ｉｉ）昆虫細胞におけるＲｅｐタンパク質の発現を駆動することが可能であるプロモーターに操作可能に連結される、１つまたはそれ以上のパルボウイルスのＲｅｐタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現カセット；
（ｉｉｉ）前記昆虫細胞におけるカプシドタンパク質の発現を駆動することが可能であるプロモーターに操作可能に連結される、１つまたはそれ以上のパルボウイルスの前記カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現カセット；
を含む、１つまたはそれ以上の核酸構築物を含む前記昆虫細胞を提供し、
（ｂ）Ｒｅｐおよびカプシドタンパク質の発現に対して助けになる条件下で、（ａ）において定義される前記昆虫細胞を培養し、
任意に、（ｃ）前記パルボウイルス遺伝子送達ベクターを回収する工程を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３９】
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質のＢドメインをコードするヌクレオチド配列の一部は、９０から１１１ヌクレオチドの間の長さであって、６つのアスパラギン残基を含み、配列番号４と少なくとも８５％の同一性を有する配列を含むアミノ酸配列をコードする、核酸分子。
（項目２）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、６つのアスパラギン残基を含み、配列番号４と少なくとも９０％の同一性を有する配列を含むアミノ酸配列をコードする、項目１の核酸分子。
（項目３）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、アスパラギンではないアミノ酸残基における２つまでのアミノ酸置換を有する、配列番号４の配列を含むアミノ酸配列をコードする、項目１または２の核酸分子。
（項目４）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、配列番号４の配列を含むアミノ酸配列をコードする、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目５）
配列番号４の配列またはこれに対する同一性もしくは置換を有する配列は、４から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の第１の一部である第１のフランキング配列により片方に、および４から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の第２の一部である第２のフランキング配列によりもう片方に隣接され、前記第１および第２のフランキング配列は、ともに、配列番号７と少なくとも７０％の同一性を有する配列の全体を含む、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目６）
配列番号４の配列またはこれに対する同一性もしくは置換を有する配列は、４から６アミノ酸の間の長さであって、配列番号７の配列の第１の一部である第１のフランキング配列により片方に、および８から１０アミノ酸の間の長さであって、配列番号７の配列の第２の一部である第２のフランキング配列によりもう片方に隣接され、前記第１および第２のフランキング配列は、ともに、配列番号７の配列の全体を含む、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目７）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の一部は、６つのアスパラギン残基をコードし、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも８５％の同一性を有する第１の配列を含む、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目８）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、９０から１１１塩基対の間の長さであって、６つのアスパラギン残基をコードし、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９５％の同一性を有する第１の配列を含む、機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、項目１の核酸分子。
（項目９）
前記第１配列が、配列番号１の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９９％の同一性を有する、項目８の核酸分子。
（項目１０）
前記第１配列は、配列番号１の配列を有する、項目８の核酸分子。
（項目１１）
前記第１配列は、４８から６０塩基対の間の長さである、項目８〜１０のいずれか１つの核酸分子。
（項目１２）
前記第１配列は、５１塩基対の長さである、項目８〜１１のいずれか１つの核酸分子。
（項目１３）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、９３塩基対の長さである、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目１４）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質のＡ１、Ａ２、Ａ３、Ｃ１、およびＣ２ドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、野生型配列のコドンの最適化された配列である、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目１５）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号２の前記ヌクレオチド配列と少なくとも８５％の同一性を有する配列を有する、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目１６）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号２の前記ヌクレオチド配列を含む、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目１７）
前記核酸分子が、配列番号３の前記ヌクレオチド配列を含む、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目１８）
前記第１配列は、配列番号４の配列を有するアミノ酸配列をコードする、項目８〜１２のいずれか１つの核酸分子。
（項目１９）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードする、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目２０）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインをコードする前記ヌクレオチド配列の前記一部は、配列番号５の配列を有するアミノ酸配列をコードする、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目２１）
前記ヌクレオチド配列が、配列番号６の配列を含むタンパク質をコードする、上記のいずれかの項目の核酸分子。
（項目２２）
前記第ＶＩＩＩ因子タンパク質の前記Ｂドメインが３０から３７アミノ酸の間の長さであり、配列番号４の配列を含む、機能的第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
（項目２３）
前記Ｂドメインが配列番号５の配列を有する、項目２２の第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
（項目２４）
配列番号６の配列を有する、項目２２の第ＶＩＩＩ因子タンパク質。
（項目２５）
項目１〜２１のいずれか１つの核酸分子を含む、ベクター。
（項目２６）
項目１〜２１のいずれか１つの前記核酸分子または項目２５の前記ベクターを含む、宿主細胞。
（項目２７）
項目２６の宿主細胞により発現される第ＶＩＩＩ因子タンパク質または糖タンパク質。
（項目２８）
項目１〜２１のいずれか１つの前記核酸分子または項目２５の前記ベクターを含む細胞を含むトランスジェニック動物。
（項目２９）
項目２５のベクターまたは項目２２のタンパク質を、血友病に罹っている患者に投与することを含む血友病を治療する方法。
（項目３０）
治療における使用のための、項目１〜２１のいずれか１つの核酸分子、項目２２のタンパク質、または項目２５のベクター。
（項目３１）
血友病の治療における使用のための、項目１〜２１のいずれか１つの核酸分子、項目２２のタンパク質、または項目２５のベクター。
（項目３２）
対象への機能的第ＶＩＩＩ因子をコードするヌクレオチド配列の送達の方法であって、項目１〜２１のいずれか１つの核酸分子または項目２５のベクターを、前記対象に投与することを含む方法。
（項目３３）
パルボウイルス遺伝子送達ベクターの調製の方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのパルボウイルスの逆位末端反復ヌクレオチド配列により隣接される、項目１〜２１のいずれか１つの核酸分子；
（ｉｉ）昆虫細胞におけるＲｅｐタンパク質の発現を駆動することが可能であるプロモーターに操作可能に連結される、１つまたはそれ以上のパルボウイルスのＲｅｐタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現カセット；
（ｉｉｉ）前記昆虫細胞におけるカプシドタンパク質の発現を駆動することが可能であるプロモーターに操作可能に連結される、１つまたはそれ以上のパルボウイルスの前記カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現カセット；
を含む、１つまたはそれ以上の核酸構築物を含む前記昆虫細胞を提供し、
（ｂ）Ｒｅｐおよびカプシドタンパク質の発現に対して助けになる条件下で、（ａ）において定義される前記昆虫細胞を培養し、
任意に、（ｃ）前記パルボウイルス遺伝子送達ベクターを回収する工程を含む、方法。
本明細書で挙げられる全ての特許および参照文献は、これらの全体において、参照により本明細書に組み込まれる。