【誤訳訂正書】
【提出日】平成28年10月4日(2016.10.4)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象又は患者から得られた生体試料におけるヒトパピローマウイルス（HPV）DNAのゲノム内の再編成を検出する方法であって：
前記試料からポリヌクレオチドを分離すること、又は抽出することと、
前記HPV DNAを分子コーミングして、伸長したポリヌクレオチドを形成することと、
前記伸長したポリヌクレオチドを、HPV配列を認識する、HPV DNAに特異的な1組の標識化プローブに接触させることと、
コーミングされたHPV DNAに対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することによって、HPV DNAのゲノム内の再編成を検出することと、
を含む、
前記方法。
【請求項２】
前記生体試料が、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥類から得られた、組織試料、細胞、血清、血液、CSF、又は滑液試料である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記HPV DNAが、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥類の組織、細胞、血清、血液、CSF、又は滑液試料から抽出された、感染性又は非感染性ウイルスDNAである、請求項１又は２記載の方法。
【請求項４】
前記HPV DNAが、ヒト若しくはヒト以外の対象のDNAに組み込まれるか、又はエピソームの形態である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記プローブが、組み込まれたHPV DNAに隣接するゲノム領域に結合するプローブをさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記1組のプローブが、少なくとも1kbのウイルスのゲノムDNAに結合する、請求項１〜5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記1組のプローブが、ウイルスゲノムの種々の部分若しくはセグメント、又は再編成された断片の識別を可能にするために選択された、種々の標識によって標識される、少なくとも2つのプローブのサブセットを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記試料が、ウイルスに感染した対象から得られた、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記HPV DNAが0.1% SDSを含む低融点アガロースプラグにおいてウイルス粒子を溶解することにより抽出される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記HPV DNAが、HPVの完全な感染性ゲノムである、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記1組のプローブが、HPVゲノムの5〜100%を含む配列上にハイブリダイズする、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記1組のプローブが、検出されるウイルスに特異的な2〜20の異なるプローブからなるプローブの混合物からなり、病原性又は感染性のウイルスポリヌクレオチド配列に結合することができ、該プローブが、前記ウイルスゲノムの少なくとも20%を含む配列上にハイブリダイズする、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１５】
HSVは、約150nmから200nmの径を有する、大きなウイルスである。HSVは、糖タンパク質スパイクを含む、ゆったりとしたエンベロープで包囲される（Wildy, Russellらの文献1960）。他のエンベロープウイルスのように、ヘルペスウイルスは、有機溶媒又は洗浄剤によって失活する傾向があり、宿主の身体の外部で不安定である。20面体のカプシドは、一部のウイルスのタンパク質紡錘体の周辺で曲がる、二本鎖DNAのコアを収容する。1988年に最初に発表されたHSV-1 17株のゲノム配列は、各鎖において152,261の残基を含む（Genbank登録番号：NC_001806.1；2011年4月7日最終アクセス）（McGeoch, Dalrympleらの文献1988）。HSVゲノムは、2つの共有結合で連結したセグメントである、長い(L)領域と短い(S)領域からなると考えられる（Roizmanの文献1979）。L領域は、一対の逆方向の反復エレメント（RLと命名し、末端コピー及び内部コピーを特に、TRL及びIRLという）と隣接している特有の配列(UL)からなる（Wadsworth, Jacobらの文献1975）。同様に、S領域は、IRS、US及びTRSからなる。RLエレメント及びRSエレメントの配列は、400の塩基対(bp)直接反復がゲノム末端にある以外は、明確であり、このコピーの少なくとも1つは、末端コピーの反対方向の、L領域及びS領域の連結部でみられる（Roizmanの文献1979；DavisonとWilkieの文献1981）。それぞれの末端は、3'-ヒドロキシル基のない、1つの突出する残基を有する（MocarskiとRoizmanの文献1982）。HSV DNAの調製物は、等モル量の4つの配列配向異性体を含み、UL及びUSはそれぞれ、L配列とS配列の間の連結に関して2つの可能性のある配向のうちの1つで独立している（Hayward, Jacobらの文献1975； BatailleとEpsteinの文献1997）。1つの異性体は、プロトタイプと特定される（Roizmanの文献1979）。HSV-1 DNAは、68.3%のG+Cの塩基組成を有する（McGeoch, Dalrympleらの文献1988）。G+C含量は、ゲノム全体で一定ではない。すなわち、6.6-kbp RSエレメントは、平均から最も顕著に離れ、79.5%のG+C含量である（McGeoch, Dolanらの文献1986）。HSV-2のゲノムは、完全にシークエンスされていないが、わずかに高いG+C含量にもかかわらず、HSV-1のゲノムに非常に類似する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１５３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１５３】
2006年3月のヒトアセンブリ(NCBI Build 36.1)及びHIV-1プローブによって、HIV-1の挿入部位に隣接する2つのフォスミドG248P87988G9とG248P86255A8、又はACH-2細胞（Ishida, Hamanoらの文献2006）におけるHIV-1プロウイルス挿入部位を包含する1つのフォスミドG248P84833H9を、従来のランダムプライミングプロトコールを用いて標識した。ビオチン-11-dCTP標識については、標識化反応を一晩進行させた以外は、BioPrime（登録商標）DNAキット（Invitrogen社製, コード：18094-011, CA, USA）を、メーカーの説明書に従って使用した。ジゴキシゲニン-11-dUTPについては、キットのdNTP混合物を、表Cに明示する混合物と交換した。200ngの各プラスミド/フォスミドを別々の反応で標識した。すべてのHIV-1検出では、HIV-1をジゴキシゲニン-11-dUTPによって標識し、フォスミドをビオチン-11-dCTPによって標識した。反応生成物をアガロースゲル上で視覚化して、DNAの合成を確認した。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１５７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１５７】
HIV-1の挿入部位に隣接する2つのフォスミドG248P87988G9及びG248P86255A8を使用して、2 kb/μmの拡張因子（SchurraとBensimonの文献2009）を使用し、次に示すパターンのうちの1つに対応するFISHシグナルを、考慮し、測定した。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１５９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１５９】
2つのギャップ、及びフォスミド配列に対応したアレキサ488蛍光の2つの連続的なシグナルと隣接しているHIV-1のテキサスレッド/アレキサ594蛍光のシグナル鎖からなる、FISHシグナルアレイ。このシグナルに隣接するすべてのテキサスレッド/アレキサ594蛍光シグナル及びギャップの長さを測定し、7p15（Ishida, Hamanoらの文献2006）において染色体7に組み込まれたHIV-1プロウイルスDNAに対応した。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１６３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１６３】
フォスミド配列に対応したアレキサ488蛍光の2つのシグナルと隣接しているHIV-1のテキサスレッド/アレキサ594蛍光の連続的なシグナル鎖からなる、FISHシグナルアレイ。すべてのテキサスレッド/アレキサ594蛍光シグナルを測定し、7p15（Ishida, Hamanoらの文献2006）において染色体7に組み込まれたHIV-1プロウイルスDNAに対応した。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１６５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１６５】
（ACH-2細胞培養物におけるHIV-1の検出）
本発明者らは、分子コーミングを適用して、ACH-2細胞株（Clouse, Powell et al. 1989）において完全なHIV-1組込みプロウイルスを検出し、これは、7p14.3（Ishida, Hamanoらの文献2006）におけるNT5C3（サイトゾル5'-ヌクレオチダーゼIII）遺伝子中のそのゲノムにHIV-1の特有の組込み形態を含む。挿入部位に隣接する標識フォスミド（G248P87988G9及びG248P86255A8）を、標識HIV-1プローブより同時に、コーミングされたACH-2 DNAでハイブリダイズした。10.2kb+/-0.8kbの平均サイズを、1又は両方のフォスミドに隣接する124のHIV-1 FISHシグナルの測定から得、これは、HIV-1の予想サイズ(9.7 kb)に相当した（図８Ａ、HIVプローブ：赤 テキサスレッド/アレキサ594蛍光、フォスミド：緑 アレキサ488蛍光）。2006年3月のヒトアセンブリ(NCBI Build 36.1)によって、NT5C3遺伝子の正常な対立遺伝子を検出し、フォスミドG248P87988G9及びG248P86255A8のFISHシグナル間のギャップの長さの測定によって、32.8±1.8kbの平均サイズとなり、31kbの予想サイズを軽く上回った。この結果は、分解によって、分子コーミングが、この遺伝子座に関する情報を更に有し得ることを示す（図８Ｂ）。さらに、133の単離されたHIV-1 FISHシグナルを、このコーミングされたACH-2 DNA調製物で測定し、10.05kbの+/-0.79kbの平均サイズであった（図８Ｃ）。これは、以前に記載された（Ishida, Hamanoらの文献2006）、予想された特有のHIV-1挿入部位と異なり、他のACH-2ゲノム若しくはHIV-1の他の挿入部位に存在し、又は非組込み形態のHIV-1が、ACH-2核において持続性を有することを示唆する。挿入部位(G248P84833H9)を包含する標識フォスミドが、標識HIV-1プローブより同時に、コーミングされたACH-2 DNAでハイブリダイズする場合、同様の観察を行う（図８Ｄ）。10.4kb+/-0.5kbの平均サイズを、フォスミドのシグナル内の57のHIV-1 FISHシグナルの測定から得、これは、HIV-1プロウイルスの予想サイズ(9.7 kb)に相当した（HIVプローブ：レッドテキサスレッド/アレキサ594蛍光、フォスミド：グリーンアレキサ488蛍光）。さらに、35の単離されたHIV-1 FISHシグナルも、このコーミングされたACH-2 DNA調製物で検出及び測定し、10.03kb+/- 0.82 kbの平均サイズであった（図示せず）。