【手続補正書】
【提出日】平成27年12月16日(2015.12.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ピメロイル-CoA（PCoA）またはピメロイル［acp］（PACP）を、PCoAまたはPACPのピメリン酸（PA）へのチオエステル加水分解を触媒する酵素と接触させる段階を含み、ここでPAが生成される、化合物を変換する方法であって、
該酵素が、チオエステラーゼ、酸-チオールリガーゼ、またはCoAトランスフェラーゼであり、
チオエステラーゼが、
tesBまたはacot13の遺伝子産物、および
EC 3.1.2.21におけるチオエステラーゼ
のうちの1つまたは複数であり、
酸-チオールリガーゼが、
EC 6.2.1.5からのCoAエステルに作用するCoAシンテターゼ、および
EC 6.2.1.14（BioWなど）またはEC 6.2.1.20からのアシル[acp]-シンテターゼ
のうちの1つまたは複数であり、かつ、
CoAトランスフェラーゼが、
EC 2.8.3.14におけるCoAトランスフェラーゼ、および
thnHの遺伝子産物
のうちの1つまたは複数である、前記方法。
【請求項２】
（i）PCoAまたはPACPが、
（a）図10Aまたは図10Bに示される経路、
（b）ビオチン生合成経路I（図6参照）、
（c）ビオチン生合成経路II（図5参照）、
（d）ベンゾエートもしくはシクロヘキサンカルボキシレート分解経路（図7参照）、
（e）シクロヘキサンカルボキシレート経路（図9参照）、および
（f）3つのマロニル-CoA分子の縮合（図4参照）
のうちの1つまたは複数の工程を含む過程によって生成され、
ここでPCoAまたはPACPが生成される、方法；
（ii）PAを、PAのピメリン酸セミアルデヒド（PAS）へのカルボン酸還元を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここでPASが生成される、請求項1または2（i）に記載の方法；
（iii）PAのPASへのカルボン酸還元を触媒する酵素が、
カルボン酸レダクターゼ、
EC 1.2.99におけるカルボン酸レダクターゼ、
EC 1.2.99.6におけるカルボン酸レダクターゼ、
NAD依存性非アシル化アルデヒドデヒドロゲナーゼ、
スフィンゴモナス（Shingomonas）属のthnGの遺伝子産物、および
カプリアビダス（Cupriavidus）属種の遺伝子産物
のうちの1つまたは複数である、請求項2（ii）に記載の方法；
（iv）前記酵素、あるいは前記1つまたは複数の酵素が、単離されているか、細胞溶解物または部分精製された細胞溶解物中に存在するか、またはそれもしくはそれらを組換え発現する宿主細胞中に存在する、請求項1または請求項2（i）〜（iii）のいずれかに記載の方法；
のいずれかに記載された方法である、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
PCoAまたはPACPを、PCoAまたはPACPのPASへの還元を触媒する酵素と接触させる段階を含み、ここでPASが生成される、化合物を変換する方法であって、PCoAまたはPACPのPASへの還元を触媒する酵素が、EC 1.2.1.3、EC 1.2.1.20、EC 1.2.1.22、EC 1.2.1.57、またはEC 1.2.1.76における脂肪-アシル-[acp]レダクターゼである、前記方法。
【請求項４】
（i）PCoAまたはPACPが、
（a）図10Aまたは図10Bに示される経路、
（b）ビオチン生合成経路I（図6参照）、
（c）ビオチン生合成経路II（図5参照）、
（d）ベンゾエートもしくはシクロヘキサンカルボキシレート分解経路（図7参照）、
（e）シクロヘキサンカルボキシレート経路（図9参照）、および
（f）3つのマロニル-CoA分子の縮合（図4参照）
のうちの1つまたは複数の工程を含む過程によって生成され、
ここでPCoAまたはPACPが生成される、方法；
（ii）前記酵素、あるいは前記1つまたは複数の酵素が、単離されているか、細胞溶解物、部分精製された細胞溶解物、複数の細胞溶解物、もしくは部分精製された複数の細胞溶解物中に存在するか、またはそれもしくはそれらを組換え発現する1つまたは複数の宿主細胞株中に存在する、請求項3または請求項4（i）に記載の方法；
のいずれかに記載された方法である、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
α-ケトスベレート（AKS）を、AKSのPASへのα-ケト酸脱カルボキシル化を触媒する酵素と接触させる段階を含み、ここでPASが生成される、化合物を変換する方法であって、該酵素がアセト乳酸シンターゼである、前記方法。
【請求項６】
（i）AKSが、
（a）図10に示される経路、または
（b）メタン生成古細菌の補酵素B経路（図3参照）
のうちの1つまたは複数の工程を含む過程によって生成される、方法；
（ii）前記酵素、あるいは前記1つまたは複数の酵素が、単離されているか、細胞溶解物または部分精製された細胞溶解物中に存在するか、またはそれもしくはそれらを組換え発現する宿主細胞中に存在する、請求項5または請求項6（i）に記載の方法；
のいずれかに記載された方法である、請求項5に記載の方法。
【請求項７】
AKSを、α-アミノスベレート（AAS）を生成するためのAKSへのアミノ基の転移を触媒する酵素と接触させる段階を含み、ここでAASが生成される、化合物を変換する方法であって、該酵素がEC 2.6.1.21におけるアミノトランスフェラーゼである、前記方法。
【請求項８】
（i）AKSが、
（a）図10に示される経路、または
（b）メタン生成古細菌の補酵素B経路（図3参照）
のうちの1つまたは複数の工程を含む過程によって生成される、方法；
（ii）AASを、AASの7-アミノヘプタン酸（7 AHA）へのα-アミノ酸脱カルボキシル化を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここで7 AHAが生成される、請求項7または8（i）に記載の方法；
（iii）AASの7-アミノヘプタン酸（7 AHA）へのα-アミノ酸脱カルボキシル化を触媒する酵素が、
α-ケトデカルボキシラーゼもしくはアセト乳酸シンターゼ、または
EC 4.1.1.-における酵素
のうちの1つまたは複数である、請求項8（ii）に記載の方法；
（iv）7 AHAを、7 AHAのエナントラクタム（ENTL）へのアミド加水分解を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここでENTLが生成される、請求項8（ii）または（iii）に記載の方法；
（v）7 AHAを、7 AHAの7-アミノヘプタナール（7 AHT）へのアルデヒド脱水素化を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここで7 AHTが生成される、請求項8（ii）または（iii）に記載の方法；
（vi）7 AHTを、1,7-ジアミノヘプタン（1,7 DAH）を生成するための7 AHTへのアミノ基の転移を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここで1,7 DAHが生成される、請求項8（v）に記載の方法；
（vii）前記酵素、あるいは前記1つまたは複数の酵素が、単離されているか、細胞溶解物もしくは部分精製された細胞溶解物中に存在するか、またはそれもしくはそれらを組換え発現する宿主細胞中に存在する、請求項7または請求項8（i）〜（vi）のいずれかに記載の方法；
のいずれかに記載された方法である、請求項7に記載の方法。
【請求項９】
7 AHTを、1,7-ジアミノヘプタン（1,7 DAH）を生成するための7 AHTへのアミノ基の転移を触媒する酵素と接触させる段階をさらに含み、ここで1,7 DAHが生成される、化合物を変換する方法であって、1,7-ジアミノヘプタン（1,7 DAH）を生成するための7 AHTへのアミノ基の転移を触媒する酵素が、
EC 2.6.1.21におけるアミノ酸アミノトランスフェラーゼ、
脱アミノ基デヒドロゲナーゼ、および
EC 2.6.1.11、EC 2.6.1.13、EC 2.6.1.48、またはEC 2.6.1.62におけるω-トランスアミナーゼ
のうちの1つまたは複数である、前記方法。
【請求項１０】
（i）図10に示す経路の1つまたは複数の工程によって生成される7 AHAのアルデヒド脱水素化によって7 AHTが生成される、方法；
（ii）前記酵素、あるいは1つまたは複数の酵素が、単離されているか、細胞溶解物もしくは部分精製された細胞溶解物中に存在するか、またはそれもしくはそれらを組換え発現する宿主細胞中に存在する、請求項9または請求項10（i）のいずれかに記載の方法；
のいずれかに記載された方法である、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
（a）（i）チオエステラーゼ、酸-チオールリガーゼ、もしくはCoAトランスフェラーゼ、および（ii）NAD依存性非アシル化アルデヒドデヒドロゲナーゼ、
（b）（i）脂肪-アシル-[acp]レダクターゼ、および（ii）反応生成物がPCoAまたはPACPであって、図10、図6、図7、図9、または図4に示す反応である反応を触媒する酵素、
（c）（i）アセト乳酸シンターゼ、および（ii）反応生成物がAKSであって、図10または図3に示す反応である反応を触媒する酵素、
（d）（i）アミノトランスフェラーゼ、および（ii）アセト乳酸シンターゼ、または
（e）（i）脱アミノ基デヒドロゲナーゼ、および（ii）7 AHAの7 AHTへの脱水素を触媒する酵素
をコードする1つまたは複数の外因性核酸配列を含む細胞。
【請求項１２】
単離された形態にある、請求項11に記載の細胞。
【請求項１３】
原核細胞である、請求項11または請求項12に記載の細胞。
【請求項１４】
真核細胞である、請求項11または請求項12に記載の細胞。