【手続補正書】
【提出日】平成27年11月9日(2015.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する癌を有する対象に投与されるように用いられることを特徴とする、該ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子を含む癌治療剤。
【請求項２】
該対象が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたは  ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子の投与前に、該癌の細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有することが決定された対象である、請求項１記載の癌治療剤。
【請求項３】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも３コピー含む、請求項１または２に記載の癌治療剤。
【請求項４】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも４コピー含む、請求項３に記載の癌治療剤。
【請求項５】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも５コピー含む、請求項４に記載の癌治療剤。
【請求項６】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも６コピー含む、請求項５に記載の癌治療剤。
【請求項７】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも８コピー含む、請求項６に記載の癌治療剤。
【請求項８】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部は、第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも１．５である、請求項１または２に記載の癌治療剤。
【請求項９】
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２である、請求項８に記載の癌治療剤。
【請求項１０】
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２．５である、請求項９に記載の癌治療剤。
【請求項１１】
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも３である、請求項１０に記載の癌治療剤。
【請求項１２】
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも３．５である、請求項１１に記載の癌治療剤。
【請求項１３】
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも４である、請求項１２に記載の癌治療剤。
【請求項１４】
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、または配列決定から選択される方法によって決定される、請求項２に記載の癌治療剤。
【請求項１５】
前記癌が、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、およびＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、または少なくとも５種のマーカーを過剰発現している、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項１６】
前記癌が、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、およびＦＧＦ１８から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、または少なくとも４種のマーカーを過剰発現している、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項１７】
前記癌が、ＥＴＶ４を過剰発現している、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項１８】
前記癌が、ＦＧＦ２を過剰発現している、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項１９】
前記癌が、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、およびＥＴＶ４から選択される少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、または少なくとも５種のマーカーを過剰発現している、請求項１５に記載の癌治療剤。
【請求項２０】
ＦＧＦＲ１がＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである、請求項１５、１６、および１９のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項２１】
前記過剰発現がタンパク質の過剰発現である、請求項１５〜２０のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項２２】
タンパク質の過剰発現が免疫組織化学を用いて決定される、請求項２１に記載の癌治療剤。
【請求項２３】
前記過剰発現がｍＲＮＡの過剰発現である、請求項１５〜２０のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項２４】
ｍＲＮＡの過剰発現が定量ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定される、請求項２３に記載の癌治療剤。
【請求項２５】
少なくとも１種のさらなる治療剤と組み合わせて用いられることを特徴とする、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項２６】
少なくとも１種のさらなる治療剤が、ドセタキセル、パクリタキセル、ビンクリスチン、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ドキソルビシン、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、ペメトレキセド、エトポシド、トポテカン、ソラフェニブ、ＶＥＧＦアンタゴニスト、ＶＥＧＦトラップ、抗ＶＥＧＦ抗体、およびベバシズマブからなる群から選択される、請求項２５に記載の癌治療剤。
【請求項２７】
ＦＧＦＲ１  ＥＣＤを含む、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項２８】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤが、配列番号１〜４から選択されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなる、請求項２７に記載の癌治療剤。
【請求項２９】
ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子を含む、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項３０】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤおよび融合パートナーを含み、該融合パートナーがＦｃである、請求項２９に記載の癌治療剤。
【請求項３１】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子が、配列番号５および配列番号６から選択されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなる、請求項３０に記載の癌治療剤。
【請求項３２】
前記癌が、肺癌、腎癌、結腸癌、肝癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、食道癌、頭頸部癌、神経膠芽腫、および前立腺癌からなる群から選択される、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の癌治療剤。
【請求項３３】
前記癌が、肺癌、乳癌、頭頸部癌、腎癌、または食道癌である、請求項３２に記載の癌治療剤。
【請求項３４】
前記癌が、肺癌である、請求項３３に記載の癌治療剤。
【請求項３５】
前記肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項３４に記載の癌治療剤。
【請求項３６】
前記肺癌が、小細胞肺癌である、請求項３５に記載の癌治療剤。
【請求項３７】
ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ１遺伝子のコピー数を決定する工程を含み、細胞におけるＦＧＦＲ１遺伝子が２コピーより多いことが、該細胞がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
【請求項３８】
ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率を決定する工程を含み、細胞における比率が１より大きいことが、該細胞がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
【請求項３９】
ＦＧＦＲ１遺伝子のコピー数、または第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、または配列決定から選択される方法によって決定される、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、およびＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、または少なくとも５種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程をさらに含み、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、およびＥＴＶ４から選択される少なくとも１種のタンパク質またはｍＲＮＡの過剰発現が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子に対する前記癌の治療反応性の指標である、請求項３７〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、およびＦＧＦ１８から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、または少なくとも４種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程をさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ＥＴＶ４のレベルを決定する工程を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
ＦＧＦ２のレベルを決定する工程を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
ＦＧＦＲ１がＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである、請求項４０または４１に記載の方法。
【請求項４５】
１種または複数種のタンパク質のレベルが決定される、請求項４０〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
タンパク質のレベルが免疫組織化学を用いて決定される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
１種または複数種のｍＲＮＡのレベルが決定される、請求項４０〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
ｍＲＮＡのレベルが定量ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤが、配列番号１〜４から選択されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなる、請求項３７〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ１  ＥＣＤおよび融合パートナーを含み、該融合パートナーがＦｃである、請求項３７〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＦＧＦＲ１  ＥＣＤ融合分子が、配列番号５および配列番号６から選択されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列からなる、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記癌が、肺癌、腎癌、結腸癌、肝癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、食道癌、頭頸部癌、神経膠芽腫、および前立腺癌からなる群から選択される、請求項３７〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記癌が、肺癌、乳癌、腎癌、頭頸部癌、または食道癌である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記癌が、肺癌である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記肺癌が、小細胞肺癌である、請求項５４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
本明細書に記載されるいずれの実施形態またはそれらのいずれの組み合わせも、本明細書に記載される本発明のあらゆる方法に適用される。
[本発明1001]
対象における、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する癌を治療する方法であって、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する癌の治療反応性の指標であり、
該方法が、治療有効量のＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含む、方法。
[本発明1002]
対象における癌を治療する方法であって、
治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含み、
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたは  ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与前に、該癌の細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有することが決定され、かつ
癌におけるＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1003]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも3コピー含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも4コピー含む、本発明1003の方法。
[本発明1005]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも5コピー含む、本発明1003の方法。
[本発明1006]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも6コピー含む、本発明1003の方法。
[本発明1007]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも8コピー含む、本発明1003の方法。
[本発明1008]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の前記細胞の少なくとも一部は、第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも1．5である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1009]
第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも2である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも2．5である、本発明1008の方法。
[本発明1011]
第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも3である、本発明1008の方法。
[本発明1012]
第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも3．5である、本発明1008の方法。
[本発明1013]
第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が少なくとも4である、本発明1008の方法。
[本発明1014]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、または配列決定から選択される方法によって決定される、本発明1002の方法。
[本発明1015]
前記癌が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のマーカーを過剰発現している、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1016]
前記癌が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、およびＦＧＦ18から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、または少なくとも4種のマーカーを過剰発現している、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1017]
前記癌がＥＴＶ4を過剰発現している、本発明1001〜1015のいずれかの方法。
[本発明1018]
前記癌が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のマーカーを過剰発現している、本発明1015の方法。
[本発明1019]
ＦＧＦＲ1がＦＧＦＲ1ＩＩＩｃである、本発明1015、1016、および1018のいずれかの方法。
[本発明1020]
対象における、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のマーカーを過剰発現している癌を治療する方法であって、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種のマーカーの過剰発現が、線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標であり、
該方法が、治療有効量のＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含む、方法。
[本発明1021]
対象における癌を治療する方法であって、
治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含み、
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたは  ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与前に、該癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のマーカーを過剰発現していることが決定され、かつ
癌におけるＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種のマーカーの過剰発現が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1022]
前記癌が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のマーカーを過剰発現している、本発明1020または本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記癌がＥＴＶ4を過剰発現している、本発明1020〜1022のいずれかの方法。
[本発明1024]
前記癌が、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、およびＦＧＦ18から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、または少なくとも4種のマーカーを過剰発現している、本発明1020または本発明1021の方法。
[本発明1025]
ＦＧＦ2を過剰発現している癌を治療する方法であって、ＦＧＦ2の過剰発現が、線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標であり、
該方法が、治療有効量のＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含む、方法。
[本発明1026]
対象における癌を治療する方法であって、
治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体1（ＦＧＦＲ1）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を該対象に投与する工程を含み、
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたは  ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与前に、該癌の細胞の少なくとも一部がＦＧＦ2を過剰発現していることが決定され、かつ
ＦＧＦ2の過剰発現が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1027]
前記癌がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有しない、本発明1025または本発明1026の方法。
[本発明1028]
前記過剰発現がタンパク質の過剰発現である、本発明1020〜1027のいずれかの方法。
[本発明1029]
タンパク質の過剰発現が免疫組織化学を用いて決定される、本発明1028の方法。
[本発明1030]
前記過剰発現がｍＲＮＡの過剰発現である、本発明1020〜1027のいずれかの方法。
[本発明1031]
ｍＲＮＡの過剰発現が定量ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定される、本発明1030の方法。
[本発明1032]
前記癌がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する、本発明1020〜1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
ＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有する前記癌の細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ1遺伝子を少なくとも3コピー、少なくとも4コピー、少なくとも5コピー、少なくとも6コピー、少なくとも7コピー、または少なくとも8コピー含む、本発明1032の方法。
[本発明1034]
少なくとも1種のさらなる治療剤を投与する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1035]
少なくとも1種のさらなる治療剤が、ドセタキセル、パクリタキセル、ビンクリスチン、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ドキソルビシン、5−フルオロウラシル（5−ＦＵ）、ロイコボリン、ペメトレキセド、エトポシド、トポテカン、ソラフェニブ、ＶＥＧＦアンタゴニスト、ＶＥＧＦトラップ、抗ＶＥＧＦ抗体、およびベバシズマブから選択される、本発明1034の方法。
[本発明1036]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤを投与する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1037]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤが、配列番号1〜4から選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1036の方法。
[本発明1038]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子を投与する工程を含む、本発明1001〜1035のいずれかの方法。
[本発明1039]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤおよび融合パートナーを含み、該融合パートナーがＦｃである、本発明1038の方法。
[本発明1040]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子が、配列番号5および配列番号6から選択される配列を含む、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記癌が、肺癌、腎癌、結腸癌、肝癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、食道癌、頭頸部癌、神経膠芽腫、および前立腺癌から選択される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1042]
前記癌が、肺癌、乳癌、頭頸部癌、腎癌、または食道癌である、本発明1041の方法。
[本発明1043]
前記癌が肺癌である、本発明1042の方法。
[本発明1044]
前記肺癌が非小細胞肺癌である、本発明1043の方法。
[本発明1045]
前記肺癌が小細胞肺癌である、本発明1044の方法。
[本発明1046]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ1遺伝子のコピー数を決定する工程を含み、細胞におけるＦＧＦＲ1遺伝子が2コピーより多いことが、該細胞がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1047]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率を決定する工程を含み、細胞における比率が1より大きいことが、該細胞がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1048]
ＦＧＦＲ1遺伝子のコピー数、または第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、または配列決定から選択される方法によって決定される、本発明1046または本発明1047の方法。
[本発明1049]
前記対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程をさらに含み、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種のタンパク質またはｍＲＮＡの過剰発現が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する前記癌の治療反応性の指標である、本発明1046〜1048のいずれかの方法。
[本発明1050]
ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、およびＦＧＦ18から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、または少なくとも4種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程をさらに含む、本発明1049の方法。
[本発明1051]
ＥＴＶ4のレベルを決定する工程をさらに含む、本発明1049の方法。
[本発明1052]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、または少なくとも5種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、ＦＧＦ18、およびＥＴＶ4から選択される少なくとも1種のタンパク質またはｍＲＮＡの過剰発現が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1053]
ＦＧＦＲ1、ＦＧＦＲ3ＩＩＩｃ、ＦＧＦ2、ＤＫＫ3、およびＦＧＦ18から選択される少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、または少なくとも4種のタンパク質またはｍＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、本発明1052の方法。
[本発明1054]
ＥＴＶ4のレベルを決定する工程を含む、本発明1052の方法。
[本発明1055]
ＦＧＦＲ1がＦＧＦＲ1ＩＩＩｃである、本発明1052または本発明1053の方法。
[本発明1056]
ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受け得る、癌を有する対象を特定する方法であって、該対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦ2のレベルを決定する工程を含み、ＦＧＦ2の過剰発現が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する該癌の治療反応性の指標である、方法。
[本発明1057]
前記癌がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有しないことを決定する工程をさらに含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
1種または複数種のタンパク質のレベルが決定される、本発明1049〜1057のいずれかの方法。
[本発明1059]
タンパク質のレベルが免疫組織化学を用いて決定される、本発明1058の方法。
[本発明1060]
1種または複数種のｍＲＮＡのレベルが決定される、本発明1049〜1057のいずれかの方法。
[本発明1061]
ｍＲＮＡのレベルが定量ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定される、本発明1060の方法。
[本発明1062]
前記対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ1遺伝子のコピー数を決定する工程をさらに含み、細胞におけるＦＧＦＲ1遺伝子が2コピーより多いことが、該細胞がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する前記癌の治療反応性の指標である、本発明1049〜1056のいずれかの方法。
[本発明1063]
前記対象から採取された試料中の癌細胞の少なくとも一部における第8染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ1遺伝子の比率を決定する工程をさらに含み、細胞における比率が1より大きいことが、該細胞がＦＧＦＲ1遺伝子増幅を有することを示し、かつ、ＦＧＦＲ1遺伝子増幅が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤまたはＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子に対する前記癌の治療反応性の指標である、本発明1049〜1056のいずれかの方法。
[本発明1064]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤが、配列番号1〜4から選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1046〜1063のいずれかの方法。
[本発明1065]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ1  ＥＣＤおよび融合パートナーを含み、該融合パートナーがＦｃである、本発明1046〜1063のいずれかの方法。
[本発明1066]
前記ＦＧＦＲ1  ＥＣＤ融合分子が、配列番号5および配列番号6から選択される配列を含む、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記癌が、肺癌、腎癌、結腸癌、肝癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、食道癌、頭頸部癌、神経膠芽腫、および前立腺癌から選択される、本発明1046〜1066のいずれかの方法。
[本発明1068]
前記癌が、肺癌、乳癌、腎癌、頭頸部癌、または食道癌である、本発明1067の方法。
[本発明1069]
前記癌が肺癌である、本発明1068の方法。
[本発明1070]
前記肺癌が非小細胞肺癌である、本発明1069の方法。
[本発明1071]
前記肺癌が小細胞肺癌である、本発明1069の方法。