【手続補正書】
【提出日】平成28年3月11日(2016.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の脳損傷を診断するための方法であって：
ａ．前記患者から入手したサンプルにおける１つまたはそれ以上の脳損傷バイオマーカータンパク質の１つまたはそれ以上のアルギニン残基におけるシトルリン化アルギニン残基の非修飾アルギニン残基に対する比率を判定すること；および
ｂ．前記比率を脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含む前記方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、
i) 前記サンプルが血液、末梢血、血清、血漿、脳脊髄液、尿、唾液、糞便および滑液からなる群から選択されること；
ii) 前記サンプルが血液、血漿血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）または尿であること；
iii) 前記サンプルがＣＳＦであること；
iv) 前記サンプルが血液であること；
v) 前記サンプルが血清であること；
vi)前記の判定する段階が多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ−ＭＳ）を用いて遂行されること;
vii) 前記の判定する段階がイムノアッセイを用いて遂行されること;
viii) 前記の１つまたはそれ以上の脳損傷バイオマーカータンパク質がニューログラニン（ＮＲＧＮ）、ミエリン塩基性タンパク質、（ＭＢＰ）、グリア細胞線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、ペプチジルアルギニンデイミナーゼ（ＰＡＤ）、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせであること;
ix) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＮＲＧＮ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
x) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＭＢＰ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
xi) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＧＦＡＰ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること； 
xii) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＰＡＤ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること、又は
xiii) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２；ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、アストロタクチン１（ＡＳＴＮ１）、脳血管新生阻害物質３（ＢＡＩ３）、カルノシンジペプチダーゼ１（ＣＮＤＰ１）、ＥＲＭＩＮ、グリア細胞線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、代謝型グルタミン酸受容体３型（ＧＲＭ３）、ケルヒ様タンパク質３２（ＫＬＨ３２）、メラノーマ抗原ファミリーＥ，２（ＭＡＧＥ２）、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）、ニューレグリン３（ＮＲＧ３）、ニューログラニン（ＮＲＧＮ）、オリゴデンドロサイトミエリン糖タンパク質（ＯＭＧ）、溶質輸送体ファミリー３９（亜鉛輸送体）、レティキュロン（ＲＴＮ１）、およびペプチジルアルギニンデイミナーゼ（１〜４および６型）（ＰＡＤ）、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つまたはそれ以上のタンパク質であること、
を特徴とする前記方法。
【請求項３】
患者の脳損傷を診断するための方法であって：
i) 前記方法が、
ａ．前記患者より採取したサンプル中の１つまたはそれ以上のシトルリン化ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率を質量分析法を用いて判定すること；および
ｂ．前記比率を脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含む；又は
ii) 前記方法が、
ａ．前記患者より採取したサンプル中の１つまたはそれ以上のシトルリン化ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率を質量分析法を用いて判定すること；および
ｂ．事前に定義する比率の１つとの相関が前記診断をもたらすことを特徴とする、前記比率を脳損傷を有する患者と相関する同じペプチドの前記事前に定義する比率および脳損傷のない患者と相関する同じペプチドの前記事前に定義する比率と比較することという段階を含む、前記方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、
i) 前記の１つまたはそれ以上のペプチドがＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤまたはその組み合わせであること；
ii) 前記の１つまたはそれ以上のペプチドがＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせであること；又は
iii)前記の１つまたはそれ以上のペプチドがチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＦＡＰ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＭＢＰ、ＮＲＧ３、ＮＲＧＮ、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択されること、
を特徴とする前記方法。
【請求項５】
患者の脳損傷を診断するための方法であって：
i) 前記方法が、
ａ．前記患者より採取したサンプル中の１つまたはそれ以上の翻訳後修飾ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率をＭＲＭ−ＭＳを用いて判定すること；および
ｂ．前記比率を脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含む；又は
ii) 前記方法が、
ａ．前記患者より採取したサンプル中の１つまたはそれ以上の翻訳後修飾ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率をＭＲＭ−ＭＳを用いて判定すること；および
ｂ．事前に定義する比率の１つとの相関が前記診断をもたらすことを特徴とする、前記１つまたはそれ以上の比率を脳損傷を有する患者と相関する同じ翻訳後修飾／非修飾ペプチドの前記事前に定義する比率および脳損傷のない患者と相関する同じ翻訳後修飾／非修飾ペプチドの前記事前に定義する比率と比較することという段階を含む、前記方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、
i) 前記の１つまたはそれ以上のペプチドがＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせであること；
ii)前記翻訳後修飾がシトルリン化、酸化、メチル化、リン酸化、システイン化ｓ−ニトロソ化、ｓ−グルタチオレーションまたはその組み合わせであること；又は
iii) 前記の１つまたはそれ以上のペプチドがチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、チューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＦＡＰ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＭＢＰ、ＮＲＧ３、ＮＲＧＮ、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択されること、
を特徴とする前記方法。
【請求項７】
患者の脳損傷を診断するための方法であって：
i) 前記方法が、
ａ．前記患者より採取したサンプル中の１つまたはそれ以上のシトルリン化ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率を質量分析法を用いて判定すること；
ｂ．前記患者より採取した同じサンプル中の１つまたはそれ以上の翻訳後修飾ペプチドの対応する非修飾ペプチドに対する比率をＭＲＭ−ＭＳを用いて判定すること；
ｃ．前記１つまたはそれ以上のシトルリン化：非修飾ペプチド比率を１つまたはそれ以上の翻訳後修飾：非修飾ペプチド比率と比較すること；および
ｄ．前記の比較された比率を脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含む；又は
ii) 前記方法が、
ａ．ＮＲＧＮ、ＰＡＤ、ＭＢＰ  ＧＦＡＰ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせのうち１つまたはそれ以上のアルギニン部位のうち１つまたはそれ以上のシトルリン化の度合いを判定すること；および
ｂ．前記シトルリン化の度合いを脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含む、前記方法。
【請求項８】
請求項１、請求項２のi)〜vii）、請求項３、請求項６のii)、及び請求項７のi)のいずれか１つに記載の方法であって、前記ペプチドが、
i)表５〜９、１１〜１２、および１４〜１７に示す１つまたはそれ以上のペプチドであること；
ii)ＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、およびＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせの約８から約４５アミノ酸残基のアミノ酸配列を含むこと；又は
iii) チューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＦＡＰ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＭＢＰ、ＮＲＧ３、ＮＲＧＮ、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせの約８から約４５アミノ酸残基のアミノ酸配列を含むこと、
を特徴とする前記方法。
【請求項９】
患者の脳損傷を診断するための方法であって：
ａ．前記患者から採取したサンプル中の１つまたはそれ以上のシトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質のレベルを測定すること；および
ｂ．事前に定義するレベルの１つとの相関が前記診断をもたらすことを特徴とする、前記１つまたはそれ以上のバイオマーカーの前記レベルを脳損傷を有する患者と相関する同じバイオマーカーの前記事前に定義するレベルおよび脳損傷のない患者と相関する同じバイオマーカーの前記事前に定義するレベルと比較することという段階を含む前記方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、
i) 前記１つまたはそれ以上の脳損傷バイオマーカータンパク質がＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせであること;
ii) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＮＲＧＮ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
iii) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＭＢＰ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
iv) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＧＦＡＰ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
v) 前記脳損傷バイオマーカータンパク質がＰＡＤ、そのアイソフォーム、またはその翻訳後修飾型であること;
vi) 前記１つまたはそれ以上の脳損傷バイオマーカータンパク質がチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＦＡＰ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＭＢＰ、ＮＲＧ３、ＮＲＧＮ、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせであること;
vii) 前記サンプルが血液、末梢血、血清、血漿、脳脊髄液、尿、唾液、糞便および滑液からなる群から選択されること;
viii) 前記サンプルが血液、血漿血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）または尿であること;
ix) 前記サンプルがＣＳＦであること;
x) 前記サンプルが血液であること;
xi) 前記サンプルが血清であること;
xii) 前記の判定する段階が質量分析法を用いて遂行されること;
xiii) 前記の判定する段階が質量分析法．多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ−ＭＳ）を用いて遂行されること;又は
xiv) 前記の判定する段階がイムノアッセイを用いて遂行されること、
を特徴とする前記方法。
【請求項１１】
i)患者の脳損傷を診断するための方法であって：
a．シトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質のパネルがＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせを含むことを特徴とする、前記患者から採取した前記サンプル中の前記バイオマーカーのパネルのレベルを質量分析法を用いて測定すること；及び
ｂ．事前に定義するレベルの１つとの相関が前記診断をもたらすことを特徴とする、前記のバイオマーカーのパネルの前記レベルを脳損傷を有する患者と相関する同じバイオマーカーのパネルの前記事前に定義するレベルおよび脳損傷のない患者と相関する同じバイオマーカーのパネルの前記事前に定義するレベルと比較することという段階を含み、
適宜、前記バイオマーカーのパネルがチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＮＲＧ３、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つまたはそれ以上のシトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質をさらに含むことを特徴とする前記方法；又は
ii)  患者の脳損傷状態を判定するための方法であって：
ａ．シトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質のパネルがＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせを含むことを特徴とする、前記患者から採取した前記サンプル中の前記バイオマーカーのパネルのレベルをＳＲＭ−ＭＳを用いて測定すること；および
ｂ．事前に定義するレベルのうちの１つとの相関が前記患者の前記脳損傷状態を判定することを特徴とする、前記バイオマーカーのパネルの前記レベルを脳損傷を有すること、脳損傷がないこと、脳損傷が進行すること、および脳損傷が後退することからなる群から選択される１つまたはそれ以上の脳損傷状態と相関する同じバイオマーカーのパネルの前記の事前に定義するレベルと比較することという段階を含み、
適宜、前記バイオマーカーのパネルがチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＮＲＧ３、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つまたはそれ以上のシトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質をさらに含むことを特徴とする前記方法。
【請求項１２】
患者の脳損傷を診断するための診断キットであって：
ａ．前記患者から生体サンプルを採取するための基材；および
ｂ．ＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つまたはそれ以上のヒトシトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質のレベルを測定するための手段を含み、
適宜、前記１つまたはそれ以上のヒトシトルリン化脳損傷バイオマーカータンパク質がチューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、ＮＤＲＧ２アイソフォーム２、ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＮＲＧ３、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、そのアイソフォーム、その翻訳後修飾型、または前述のいずれかの組み合わせをさらに含むことを特徴とする前記キット。
【請求項１３】
対象の脳損傷を診断するための方法であって：
ａ．前記対象から採取した前記サンプル中のシトルリン化脳損傷バイオマーカーペプチドに対する自己抗体の存在を検出すること；および
ｂ．シトルリン化脳損傷バイオマーカーペプチドに対する自己抗体の量を脳損傷を有する患者または脳損傷のない患者と相関させ、これにより前記診断を提供することという段階を含み、
適宜、前記の検出する段階が：
i)対象から採取した生体サンプルをシトルリン化脳損傷バイオマーカーペプチドと接触させること；および
ii)結合の検出が前記対象における前記のシトルリン化脳損傷バイオマーカーペプチド自己抗体の存在を示すことを特徴とする、前記ペプチドの前記ペプチドに対して特異的な自己抗体との結合を検出することを含み、
好ましくは、前記結合が固相酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降測定法または免疫ブロット法によって検出されることを特徴とする、前記方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記シトルリン化脳損傷バイオマーカーペプチドが、
i)ＮＲＧＮ、ＭＢＰ、ＧＦＡＰ、ＰＡＤ−２、チューブリンβ−４Ｂ鎖、チューブリンα−１Ｂ鎖、ＣＮＰアーゼ、ＰＰＩＡ、セプチン−７、伸長因子１−α２、ＴＰＰＰ、ＴＰＰＰ３、エルミンアイソフォーム２、およびＮＤＲＧ２アイソフォーム２のうち１つまたはそれ以上、又は
i i)ＡＳＴＮ１、ＢＡＩ３、ＣＮＤＰ１、ＥＲＭＩＮ、ＧＦＡＰ、ＧＲＭ３、ＫＬＨ３２、ＭＡＧＥ２、ＭＢＰ、ＮＲＧ３、ＮＲＧＮ、ＯＭＧ、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＲＴＮ１、ＭＴ３、ＰＡＤのうち１つまたはそれ以上、である前記方法。
【請求項１５】
i)対象における脳損傷治療法の有効性を評価するための方法であって：
ａ．脳損傷治療法に先立ち対象におけるｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびｃｉｔ−ＧＦＡＰに対する自己抗体の初期レベルを確立すること；
ｂ．前記脳損傷治療法の開始後の少なくとも１つの時点においてｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびｃｉｔ−ＧＦＡＰペプチドを用いてｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびｃｉｔ−ＧＦＡＰに対する自己抗体のレベルをモニタリングすること；および
ｃ．前記自己抗体のレベルの減少が前記脳損傷治療法の前記有効性を示すことを特徴とする、前記のｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびｃｉｔ−ＧＦＡＰに対する自己抗体の実測レベルを前記のｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびｃｉｔ−ＧＦＡＰに対する自己抗体の初期レベルと比較することという段階を含み、
適宜、前記のｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびＧＦＡＰに対する自己抗体のレベルがＥＬＩＳＡ、免疫沈降測定法、または免疫ブロット法によって測定されることを特徴とする前記方法；又は
ii)  対象の脳損傷状態を認定するための方法であって：
ａ．前記対象に由来する生体サンプル中のｃｉｔ−ＮＲＧＮ、ｃｉｔ−ＭＢＰ、およびＧＦＡＰに対する自己抗体のレベルを、適宜、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降測定法、または免疫ブロット法によって測定すること；および
ｂ．前記測定値を脳損傷状態と相関させることという段階を含み、
脳損傷状態が好ましくは、脳損傷のリスク、脳損傷の発症、脳損傷の有無、脳損傷の病期、脳損傷のサブタイプ、前記対象の予後、および脳損傷の治療の有効性からなる群から選択されることを特徴とする前記方法。