【手続補正書】
【提出日】平成28年2月24日(2016.2.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも10,000の特徴を含む特徴のアレイであって、
各特徴が、位置決めされた異なる場所でアレイの表面に付加され、各特徴の位置決めされた場所が、ピラーの位置決めされた場所に対応し、各ピラーの上表面が少なくとも1 μm2のサイズであり、かつ
各特徴が他の特徴と比較して予め決定された異なるペプチド鎖を含み、各特徴が少なくとも500の同一の完全長ペプチド鎖を含み、各同一の完全長ペプチド鎖が、少なくとも7アミノ酸長の予め決定された完全長を有し、かつ
完全長の予め決定されたペプチド鎖の割合に関する各特徴の純度が、予め決定された配列と予め決定された完全長の配列長Nとを有する各特徴の完全長の予め決定されたペプチド鎖の割合Fであり、これらは、予め決定された配列の各アミノ酸のカップリングに対する平均カップリング効率Eが少なくとも98.5％であるF=10(N+1)・log(E/100%)によって特徴付けられ、配列長Nが少なくとも7アミノ酸長であり、完全長未満の予め決定されたペプチド鎖の割合が(1-F)に等しく、かつ
該表面が、
上表面と下表面とを有する平面層、および
該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーであって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、複数のピラー
を含む基板を含む、
特徴のアレイ。
【請求項２】
前記表面が多孔質表面層を含み、かつ多孔質層が複数の遊離カルボン酸基を含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項３】
カルボン酸基が、多方向に向けられている、請求項2記載のアレイ。
【請求項４】
多孔質層が、各々カルボン酸基を介してアレイに付加されている複数のカップリング分子を含む、請求項2記載のアレイ。
【請求項５】
多孔質層が、各々カルボン酸基を介してアレイに付加されている複数のペプチド鎖を含む、請求項2記載のアレイ。
【請求項６】
特徴が、既知の配列を有するソースタンパク質由来の部分配列を含む、特有の、入れ子になった、重複する複数のペプチド鎖を含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項７】
前記表面が基板を含み、該基板が、複数の保護されていないカルボン酸側鎖基を含む第1の層を含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項８】
平面層が金属を含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項９】
特徴のアレイを製造する方法であって、
上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた異なる場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに
一連のカップリング反応を通じて複数のピラーに特徴をカップリングする工程であって、各特徴が、複数のペプチド鎖を含む位置決めされた異なる場所で付加され、各特徴の位置決めされた場所が、ピラーの位置決めされた場所に対応し、各ピラーの上表面が少なくとも1 μm2のサイズである、工程
を含み、かつ
各特徴が他の特徴と比較して予め決定された異なるペプチド鎖を含み、各特徴が少なくとも500の同一の完全長ペプチド鎖を含み、各同一の完全長ペプチド鎖が、少なくとも7アミノ酸長の予め決定された完全長を有し、完全長の予め決定されたペプチド鎖の割合に関する各特徴の純度が、予め決定された配列と予め決定された完全長の配列長Nとを有する各特徴の完全長の予め決定されたペプチド鎖の割合Fであり、これは予め決定された配列の各アミノ酸のカップリングに対する平均カップリング効率Eが少なくとも98.5％であるF=10(N+1)・log(E/100%)によって特徴付けられ、配列長Nが少なくとも7アミノ酸長であり、完全長未満の予め決定されたペプチド鎖の割合が(1-F)に等しく、かつアレイが少なくとも固有の10,000の特徴を含む、方法。
【請求項１０】
特徴が、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いてピラーにカップリングされる、請求項9記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
1つの態様において、本発明は、多孔質表面層の位置決めされた場所に付加された特徴のアレイであって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、アレイ、を含む。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
1つの態様において、本発明は、表面の位置決めされた場所に付加された特徴のアレイであって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、アレイ、を含む。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
1つの態様において、本発明は、特徴のアレイを製造する方法であって、以下の工程を含む方法を含む：表面を得る工程；ならびに表面に特徴を付加する工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
1つの態様において、本発明は、特徴のアレイを製造する方法であって、以下の工程を含む方法を含む：金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに一連のカップリング反応を介して複数のピラーに特徴をカップリングする工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７０】
特定の態様において、この方法は、ある状態を有する対象から得られた複数の試料中に存在するリガンドの、複数の情報価値のあるペプチドに対する特異的結合を示す量的データを含むデータセットを得る工程であって、各々の情報価値のあるペプチドが複数の情報価値のあるペプチド配列を含む、工程；特別にプログラムされたコンピュータを用いて、情報価値のあるペプチドの各々に特異的に結合する試料の割合を決定する工程；および該決定にしたがい、試料の少なくとも50％に特異的に結合することができる情報価値のあるペプチドのサブセットを同定する工程、を含む。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
いくつかの態様において、情報価値のあるペプチドのサブセットは、試料の少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％または少なくとも90％に特異的に結合することができる。
[本発明1001]
多孔質表面層の位置決めされた場所に付加された特徴のアレイであって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する該集団内のペプチド鎖の小集団が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、アレイ。
[本発明1002]
多孔質層が、複数の遊離カルボン酸基を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1003]
カルボン酸基が、多方向に向けられている、本発明1002のアレイ。
[本発明1004]
多孔質層が、各々カルボン酸基を介してアレイに付加されている複数のカップリング分子を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1005]
多孔質層が、各々カルボン酸基を介してアレイに付加されている複数のペプチド鎖を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1006]
各カップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも98.5％である、本発明1001のアレイ。
[本発明1007]
各カップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％または99％である、本発明1001のアレイ。
[本発明1008]
各々の意図された長さが、4〜60アミノ酸長である、本発明1001のアレイ。
[本発明1009]
各々の意図された長さが、少なくとも5アミノ酸長である、本発明1001のアレイ。
[本発明1010]
各々の意図された長さが、少なくとも6、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、または60アミノ酸長である、本発明1001のアレイ。
[本発明1011]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数のLアミノ酸を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1012]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数のDアミノ酸を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1013]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数の天然に存在するアミノ酸を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1014]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数の合成アミノ酸を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1015]
少なくとも1,000個の特徴を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1016]
少なくとも10,000個の特徴を含む、本発明1015のアレイ。
[本発明1017]
位置決めされた場所の各々が、他の位置決めされた場所の各々から物理的に離れている、異なる既知の場所である、本発明1001のアレイ。
[本発明1018]
位置決めされた場所の各々が、複数の同一配列を含む、本発明1017のアレイ。
[本発明1019]
位置決めされた場所の各々が、他の位置決めされた場所とは別の複数の同一配列を含む、本発明1018のアレイ。
[本発明1020]
位置決めされた場所の各々が、位置的に識別可能な場所である、本発明1001のアレイ。
[本発明1021]
各々の決定可能な配列が、既知の配列である、本発明1001のアレイ。
[本発明1022]
各々の決定可能な配列が、特有の配列である、本発明1001のアレイ。
[本発明1023]
特徴が、共有結合により表面に付加されている、本発明1001のアレイ。
[本発明1024]
ペプチド鎖が、リンカー分子またはカップリング分子を介して多孔質表面層に付加されている、本発明1001のアレイ。
[本発明1025]
特徴が、既知の配列を有するソースタンパク質由来の部分配列を含む、特有の、入れ子になった、重複する複数のペプチド鎖を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1026]
前記複数のうちの各ペプチド鎖が、少なくとも4アミノ酸長である、本発明1025のアレイ。
[本発明1027]
前記複数のうちの各ペプチド鎖が、少なくとも5アミノ酸長である、本発明1025のアレイ。
[本発明1028]
前記複数のうちの各ペプチド鎖が、少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、または60アミノ酸長である、本発明1025のアレイ。
[本発明1029]
特徴が、ランダムな、決定可能なアミノ酸配列を各々有する複数のペプチド鎖を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1030]
表面が、本発明1207〜1240のいずれかの基板を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1031]
表面の位置決めされた場所に付加された特徴のアレイであって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する該集団内のペプチド鎖の小集団が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、アレイ。
[本発明1032]
各カップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも98.5％である、本発明1031のアレイ。
[本発明1033]
各カップリング工程の平均カップリング効率が、少なくとも99％である、本発明1031のアレイ。
[本発明1034]
各々の意図された長さが、4〜60アミノ酸長である、本発明1031のアレイ。
[本発明1035]
各々の意図された長さが、少なくとも5アミノ酸長である、本発明1031のアレイ。
[本発明1036]
各々の意図された長さが、少なくとも6、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、または60アミノ酸長である、本発明1031のアレイ。
[本発明1037]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数のLアミノ酸を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1038]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数のDアミノ酸を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1039]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数の天然に存在するアミノ酸を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1040]
各ペプチド鎖が、1つまたは複数の合成アミノ酸を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1041]
少なくとも1,000個の特徴を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1042]
少なくとも10,000個の特徴を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1043]
位置決めされた場所の各々が、他の位置決めされた場所の各々から物理的に離れている、異なる既知の場所である、本発明1031のアレイ。
[本発明1044]
位置決めされた場所の各々が、位置的に識別可能な場所である、本発明1031のアレイ。
[本発明1045]
各々の決定可能な配列が、既知の配列である、本発明1031のアレイ。
[本発明1046]
各々の決定可能な配列が、特有の配列である、本発明1031のアレイ。
[本発明1047]
特徴が、共有結合により表面に付加されている、本発明1031のアレイ。
[本発明1048]
ペプチド鎖が、リンカー分子またはカップリング分子を介して表面に付加されている、本発明1031のアレイ。
[本発明1049]
特徴が、既知の配列を有するソースタンパク質由来の部分配列を含む、特有の、入れ子になった、重複する複数のペプチド鎖を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1050]
前記複数のうちの各ペプチド鎖が、少なくとも5アミノ酸長である、本発明1049のアレイ。
[本発明1051]
前記複数のうちの各ペプチド鎖が、少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、または60アミノ酸長である、本発明1049のアレイ。
[本発明1052]
特徴が、各々ランダムな、決定可能なアミノ酸配列を有する複数のペプチド鎖を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1053]
表面が、本発明1031〜1052のいずれかの基板を含む、本発明1031のアレイ。
[本発明1054]
特徴のアレイを製造する方法であって、以下の工程を含む、方法：
表面を得る工程；ならびに
表面に特徴を付加する工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、該意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の小集団が、各カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。
[本発明1055]
特徴が、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いて表面に付加される、本発明1054の方法。
[本発明1056]
特徴のアレイを製造する方法であって、以下の工程を含む、方法：
金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに
一連のカップリング反応を通じて複数のピラーに特徴をカップリングする工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、該意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の小集団が、全カップリング工程で少なくとも98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。
[本発明1057]
特徴が、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いてピラーにカップリングされる、本発明1056の方法。
[本発明1058]
水溶性光増感剤と、水溶性光活性化合物と、水溶性ポリマーと、溶媒とを含む、光活性配合物。
[本発明1059]
表1に示される光活性配合物から選択される、本発明1058の配合物。
[本発明1060]
水溶性光増感剤が、チオキサンテノンである、本発明1058の配合物。
[本発明1061]
水溶性光増感剤が、総配合物濃度の約0.5〜5重量％である、本発明1058の配合物。
[本発明1062]
水溶性光活性化合物が、光酸発生剤（PAG）、または光塩基発生剤（PBG）を含む、本発明1058の配合物。
[本発明1063]
光酸発生剤が、水溶性ヨードニウム塩、水溶性ポロニウム塩または水溶性スルホニウム塩である、本発明1058の配合物。
[本発明1064]
光酸発生剤が、(4-メトキシフェニル)フェニルヨードニウムまたはトリフルオロメタンスルホネートである、本発明1058の配合物。
[本発明1065]
光酸発生剤が、(2,4-ジヒドロキシフェニル)ジメチルスルホニウムトリフレートまたは(4 メトキシフェニル)ジメチルスルホニウムトリフレートである、本発明1058の配合物。
[本発明1066]
光酸発生剤が、トリフレート、ホスフェート、および／またはアンチモネートのヨードニウムおよびスルホニウム塩である、本発明1058の配合物。
[本発明1067]
光酸発生剤が、総配合物濃度の約0.5〜5重量％である、本発明1058の配合物。
[本発明1068]
水溶性ポリマーが、水溶性非架橋不活性ポリマーである、本発明1058の配合物。
[本発明1069]
水溶性ポリマーが、ビニルピロリドンである、本発明1068の配合物。
[本発明1070]
水溶性ポリマーが、ポリビニルピロリドンである、本発明1068の配合物。
[本発明1071]
水溶性ポリマーが、総配合物濃度の約0.5〜5重量％である、本発明1058の配合物。
[本発明1072]
溶媒が、水、乳酸エチル、またはその組み合わせである、本発明1058の配合物。
[本発明1073]
溶媒が、総配合物濃度の約80〜90重量％である、本発明1058の配合物。
[本発明1074]
溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性リンカー分子と、水溶性カップリング試薬とを含む、リンカー配合物。
[本発明1075]
ポリマーが1重量％のポリビニルアルコールおよび2.5重量％のポリビニルピロリドンであり、リンカー分子が1.25重量％のポリエチレンオキシドであり、カップリング試薬が1重量％の1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドであり、かつ溶媒が脱イオン水を含む、本発明1074の配合物。
[本発明1076]
溶媒が、水、有機溶媒またはその組み合わせである、本発明1074の配合物。
[本発明1077]
有機溶媒が、N メチルピロリドン、ジメチルホルムアミド、ジクロロメタン、ジメチルスルホキシド、またはそれらの組み合わせである、本発明1076の配合物。
[本発明1078]
水溶性ポリマーが、ポリビニルピロリドンまたはポリビニルアルコールである、本発明1074の配合物。
[本発明1079]
カップリング試薬が、水溶性カルボジイミドまたは水溶性トリアゾールである、本発明1074の配合物。
[本発明1080]
カップリング試薬が、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドである、本発明1074の配合物。
[本発明1081]
リンカー分子が、分子の第1の末端にカルボン酸基を、分子の第2の末端に保護基を含む、本発明1074の配合物。
[本発明1082]
保護基が、t-Boc保護基またはF-Moc保護基である、本発明1081の配合物。
[本発明1083]
リンカー分子が、アリールアセチレン、ポリエチレングリコール、新生ポリペプチド、ジアミン、二酸、ペプチド、またはそれらの組み合わせである、本発明1074の配合物。
[本発明1084]
溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含む、カップリング配合物。
[本発明1085]
表2に示されるカップリングフィルム接触配合物から選択される、本発明1084の配合物。
[本発明1086]
溶媒が、水、有機溶媒、またはその組み合わせである、本発明1084の配合物。
[本発明1087]
有機溶媒が、N メチルピロリドン、ジメチルホルムアミド、またはそれらの組み合わせである、本発明1086の配合物。
[本発明1088]
ポリマーが、水溶性ビニルピロリドンまたは水溶性ビニルアルコールである、本発明1084の配合物。
[本発明1089]
ポリマーが、総配合物濃度の2.5〜5重量％である、本発明1084の配合物。
[本発明1090]
中和試薬が、ヒューニッヒ塩基を含む、本発明1084の配合物。
[本発明1091]
中和試薬が、総配合物濃度の1〜2重量％である、本発明1090の配合物。
[本発明1092]
カップリング分子が、天然に存在するかまたは人工の、アミノ酸またはポリペプチドを含む、本発明1084の配合物。
[本発明1093]
人工アミノ酸が、D-アミノ酸である、本発明1092の配合物。
[本発明1094]
カップリング分子が、総配合物濃度の1〜2重量％である、本発明1084の配合物。
[本発明1095]
カップリング分子が、保護された側鎖基を含む、本発明1084の配合物。
[本発明1096]
カップリング試薬が、水溶性カルボジイミドまたは水溶性トリアゾールである、本発明1084の配合物。
[本発明1097]
カップリング試薬が、総配合物濃度の2〜4重量％である、本発明1084の配合物。
[本発明1098]
金属を含み上表面および下表面を有する平面層と；
該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーであって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、ピラーと
を含む基板。
[本発明1099]
各ピラーの表面の表面積が、少なくとも1μm2である、本発明1098の基板。
[本発明1100]
各ピラーの表面の表面積が、10,000μm2未満の総面積を有する、本発明1098の基板。
[本発明1101]
各ピラーの表面と前記層の下表面の間の距離が、2,000〜7,000オングストロームである、本発明1098の基板。
[本発明1102]
前記層が、1,000〜2,000オングストローム厚である、本発明1098の基板。
[本発明1103]
各ピラーの中心が、任意の他のピラーの中心から少なくとも2,000オングストロームである、本発明1098の基板。
[本発明1104]
各ピラーの表面が、前記層の上表面と平行である、本発明1098の基板。
[本発明1105]
各ピラーの表面が、前記層の上表面と実質的に平行である、本発明1098の基板。
[本発明1106]
金属が、クロムである、本発明1098の基板。
[本発明1107]
金属が、クロム、チタン、アルミニウム、タングステン、金、銀、スズ、鉛、タリウム、またはインジウムである、本発明1098の基板。
[本発明1108]
前記層が、少なくとも98.5〜99％金属である、本発明1098の基板。
[本発明1109]
前記層が、金属の均質層である、本発明1098の基板。
[本発明1110]
各ピラーが、二酸化ケイ素または窒化ケイ素を含む、本発明1098の基板。
[本発明1111]
各ピラーが、少なくとも98〜99％二酸化ケイ素である、本発明1098の基板。
[本発明1112]
各ピラーの表面に付加された遊離アミノ末端を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1113]
少なくとも1つのピラーの表面に付加された遊離アミノ末端を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1114]
各ピラーの表面に付加された保護基を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1115]
少なくとも1つのピラーの表面に付加された保護基を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1116]
少なくとも1つのピラーの表面に付加されたカップリング分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1117]
各ピラーの表面に付加されたカップリング分子をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1118]
ピラーの少なくとも1つの表面と接触している水溶性ポリマーをさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1119]
各ピラーの表面と接触している水溶性ポリマーをさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1120]
ピラーの少なくとも1つの表面と接触しているゼラチン形態の水溶性ポリマーをさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1121]
ピラーの少なくとも1つの表面と接触している固体形態の水溶性ポリマーをさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1122]
ピラーの少なくとも1つの表面が、誘導体化されている、本発明1098の基板。
[本発明1123]
ピラーの少なくとも1つの表面に付加されているポリマー鎖をさらに含む、本発明1098の基板。
[本発明1124]
ポリマー鎖が、ペプチド鎖を含む、本発明1098の基板。
[本発明1125]
少なくとも1つのピラーの表面への付加が、共有結合を介するものである、本発明1124の基板。
[本発明1126]
各ピラーの表面が、正方形または長方形の形状である、本発明1098の基板。
[本発明1127]
シリコンウエハにカップリングされている、本発明1098の基板。
[本発明1128]
特徴を付加するための基板を調製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに
1つまたは複数のリンカー分子を複数のピラーに付加する工程。
[本発明1129]
リンカー分子が、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性リンカー分子と、水溶性カップリング試薬とを含むリンカー配合物を用いて付加される、本発明1128の方法。
[本発明1130]
リンカー分子が、保護基を含む、本発明1129の方法。
[本発明1131]
特徴を付加するための表面を調製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
表面を得る工程、ならびに
溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性リンカー分子と、水溶性カップリング試薬とを含むリンカー配合物を用いてリンカー分子を表面に付加する工程。
[本発明1132]
リンカー分子が、保護基を含む、本発明1131の方法。
[本発明1133]
カップリング試薬を基板に付加する方法であって、以下の工程を含む、方法：
金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、リンカー分子が各ピラーの表面に付加されており、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに
カップリング試薬を1つまたは複数のリンカー分子に付加する工程。
[本発明1134]
カップリング試薬が、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いて1つまたは複数のリンカー分子に付加される、本発明1133の方法。
[本発明1135]
少なくとも1つのリンカー分子が、脱保護されたリンカー分子である、本発明1133の方法。
[本発明1136]
カップリング試薬が、アミノ酸である、本発明1133の方法。
[本発明1137]
カップリング試薬が、保護分子を含む、本発明1133の方法。
[本発明1138]
カップリング試薬を表面に付加する方法であって、以下の工程を含む、方法：
リンカー分子が付加された表面を得る工程、ならびに
溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いてカップリング試薬をリンカー分子に付加する工程。
[本発明1139]
リンカー分子が、脱保護されたリンカー分子である、本発明1138の方法。
[本発明1140]
カップリング試薬が、アミノ酸である、本発明1138の方法。
[本発明1141]
カップリング試薬が、保護分子を含む、本発明1138の方法。
[本発明1142]
カップリング試薬を付加するための基板を調製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、リンカー分子が各ピラーの表面に付加されており、基板が光活性配合物と接触しており、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに
紫外線光を基板に適用する工程。
[本発明1143]
光活性配合物が、水溶性光増感剤と、水溶性光活性化合物と、水溶性ポリマーと、溶媒とを含む、本発明1142の方法。
[本発明1144]
リンカー分子が、保護基を含む、本発明1142の方法。
[本発明1145]
基板に対する光の適用により、リンカー分子から保護基が除去される、本発明1142の方法。
[本発明1146]
光が、248nm光である、本発明1142の方法。
[本発明1147]
カップリング試薬を付加するための表面を調製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
リンカー分子が付加されており、かつ水溶性光増感剤と、水溶性光活性化合物と、水溶性ポリマーと、溶媒とを含む光活性配合物と接触している表面を得る工程；ならびに
紫外線光を表面に適用する工程。
[本発明1148]
リンカー分子が、保護基を含む、本発明1147の方法。
[本発明1149]
基板に対する光の適用により、リンカー分子から保護基が除去される、本発明1148の方法。
[本発明1150]
光が、248nm光である、本発明1147の方法。
[本発明1151]
平面層を複数のピラーにカップリングさせる工程を含む、基板を製造する方法であって、平面層が金属を含みかつ上表面および下表面を有し、複数のピラーが該層の位置決めされた場所にカップリングされており、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、各ピラーの表面が該層の上表面と平行であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在する、方法。
[本発明1152]
表面を調製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
二酸化ケイ素を含み、かつ水溶性光増感剤と、水溶性光活性化合物と、水溶性ポリマーと、溶媒とを含む光活性配合物と接触している表面を得る工程；ならびに
表面の上面にありかつ光活性配合物と接触している位置決めされた場所に紫外線光を適用する工程であって、表面上の各々の位置決めされた場所の表面積が10,000/μm2未満の総面積を有する、工程。
[本発明1153]
位置決めされた場所の外側にある光活性配合物を除去する工程をさらに含む、本発明1152の方法。
[本発明1154]
位置決めされた場所の外側の表面の上面の厚みを減少させる工程をさらに含む、本発明1153の方法。
[本発明1155]
厚みを減少させた表面の上面に金属層を堆積させる工程をさらに含む、本発明1153の方法。
[本発明1156]
表面の上面にある位置決めされた場所と接触している光活性配合物を除去する工程をさらに含む、本発明1153の方法。
[本発明1157]
試料中の関心対象のタンパク質の存在または非存在を検出する方法であって、以下の工程を含む、方法：
関心対象のタンパク質を含むことが疑われる試料と接触している本発明1031のアレイを得る工程；および
アレイの1つまたは複数の特徴への結合の存在または非存在を検出することによって、関心対象のタンパク質が試料中に存在するかどうかを判定する工程。
[本発明1158]
候補ワクチンを同定する方法であって、以下の工程を含む、方法：
候補ワクチンを事前に投与された対象由来の試料と接触している本発明1031のアレイを得る工程であって、試料が複数の抗体を含む、工程；および
アレイの1つまたは複数の特徴に対する該複数の抗体の結合特異性を決定する工程。
[本発明1159]
特徴が、既知の配列を有するソースタンパク質由来の部分配列を含む、特有の、入れ子になった、重複する複数のペプチド鎖を含む、本発明1158の方法。
[本発明1160]
支持体にカップリングされた複数のペプチドを含むペプチドアレイであって、複数のペプチドが、既知の配列のソースタンパク質の重複する部分配列を含む、ペプチドアレイ。
[本発明1161]
ソースタンパク質が、アルファグリアジンタンパク質、セカリンタンパク質、ホルデインタンパク質、サビナ（savina）タンパク質、プロラミンタンパク質、またはトランスグルタミナーゼタンパク質からなる群より選択される、本発明1160のペプチドアレイ。
[本発明1162]
ソースタンパク質が、アルファグリアジンタンパク質であり、重複する部分配列が、グルタミン残基からグルタミン酸残基への置換を含む少なくとも1つの変種配列をさらに含む、本発明1160のペプチドアレイ。
[本発明1163]
支持体にカップリングされた複数のペプチドを含むペプチドアレイであって、複数のペプチドが、セリアック病と診断された対象由来の抗体によって認識されるエピトープを含むペプチド配列を含む、ペプチドアレイ。
[本発明1164]
複数のペプチドが、対象由来の抗体によって認識される少なくとも2つのエピトープ配列をさらに含むペプチドを含む、本発明1163のペプチドアレイ。
[本発明1165]
アレイが、基板表面の平方センチメートルあたり少なくとも10,000個のペプチド分子の密度で調製される、本発明1160または1163のペプチドアレイ。
[本発明1166]
支持体が、ペプチドアレイの表面上にピラーを含む、本発明1160または1163のペプチドアレイ。
[本発明1167]
ペプチドアレイが、12アミノ酸長またはそれより短いアミノ酸長の複数のペプチドを含む、本発明1160または1163のペプチドアレイ。
[本発明1168]
障害を有することが疑われる対象において障害を診断する方法であって、以下の工程を含む、方法：
a.  本発明1160〜1167のいずれかのペプチドアレイを得る工程であって、ペプチドアレイが、障害を有すると診断された対象から得られる抗体によって認識されるエピトープを含むペプチド配列を含む、工程；
b.  シグナルを生成するために、障害を有することが疑われる対象から得られた試料をペプチドアレイと接触させる工程；および
c.  シグナルに基づき、対象において障害を診断する工程。
[本発明1169]
障害が、自己免疫障害または感染症である、本発明1168の方法。
[本発明1170]
抗体が、自己免疫抗体である、本発明1168の方法。
[本発明1171]
抗体が、IgG、IgA、IgM、IgDおよびIgEからなる群より選択される、本発明1168の方法。
[本発明1172]
エピトープを含むペプチド配列が、障害を有することが疑われる対象においてまたは障害を有することが疑われる対象から得られるリンパ球を含む試料において免疫応答を刺激することができる、本発明1168の方法。
[本発明1173]
免疫応答が、エピトープを含むペプチドの存在下でのインターフェロンの増量によって測定される、本発明1172の方法。
[本発明1174]
エピトープが、対象由来のB細胞を刺激することができる、本発明1168の方法。
[本発明1175]
ペプチドアレイが、平方センチメートルあたり少なくとも10,000個のペプチド分子という特徴の密度を有する、本発明1168の方法。
[本発明1176]
ペプチドアレイが、本発明1160または1163のアレイである、本発明1168の方法。
[本発明1177]
ペプチドアレイが、複数のエピトープを含むペプチドを含む、本発明1168の方法。
[本発明1178]
エピトープが、配列「QPEQPF」を含む、本発明1168の方法。
[本発明1179]
99％超の感度を有する、本発明1168の方法。
[本発明1180]
99％超の特異性を有する、本発明1168の方法。
[本発明1181]
障害のサブタイプを判定する、本発明1168の方法。
[本発明1182]
障害の重篤度を判定する、本発明1168の方法。
[本発明1183]
障害が、セリアック病である、本発明1168の方法。
[本発明1184]
障害に関連するエピトープ配列を同定する方法であって、以下の工程を含む、方法：
a.  本発明1160〜1167のいずれかの第1のペプチドアレイを提供する工程；
b.  障害を有することが既知の対象から得られる生物学的流体と第1のペプチドアレイを接触させる工程；
c.  第1のペプチドアレイに付加された少なくとも1つのペプチド配列に対する、障害に関連する抗体の結合を検出するために、第1のペプチドアレイを分析する工程；および
d.  第1のペプチドアレイの表面に付加されたエピトープペプチド配列に対する抗体の結合パターンを比較することによって、少なくとも3個の連続するアミノ酸を含むエピトープ配列を同定する工程。
[本発明1185]
障害が、自己免疫障害、感染症、または癌である、本発明1184の方法。
[本発明1186]
生物学的流体が、血液、血清、血漿、胆汁、粘液、膿汁、または尿からなる群より選択される、本発明1184の方法。
[本発明1187]
エピトープを含むペプチドの少なくとも60％が、障害に関連する抗体によって結合される、本発明1184の方法。
[本発明1188]
エピトープを含むペプチドの少なくとも70％が、障害に関連する抗体によって結合される、本発明1184の方法。
[本発明1189]
エピトープを含むペプチドの少なくとも80％が、障害に関連する抗体によって結合される、本発明1184の方法。
[本発明1190]
エピトープを含むペプチドの少なくとも90％が、障害に関連する抗体によって結合される、本発明1184の方法。
[本発明1191]
第1のスクリーニング中、障害に関連する抗体に結合するエピトープを含むペプチドの百分率が、試料が障害に関して陰性である場合よりも試料が障害に関して陽性である場合の方が高い、本発明1184の方法。
[本発明1192]
障害を診断するためのペプチドアレイを作製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
a.  本発明1160〜1167のいずれかの第1のペプチドアレイを提供する工程；
b.  障害を有することが既知の対象から得られる生物学的流体と第1のペプチドアレイを接触させる工程；
c.  第1のペプチドアレイに付加された少なくとも1つのペプチド配列に対する、障害に関連する抗体の結合を検出するために、第1のペプチドアレイを分析する工程；
d.  第1のペプチドアレイに対する抗体の結合パターンから少なくとも3個の連続するアミノ酸を含むエピトープ配列を分析により決定する工程；および
e.  障害を診断するためのペプチドアレイを作製する工程であって、ペプチドアレイがエピトープ配列を含むペプチドを含む、工程。
[本発明1193]
障害が、自己免疫障害、感染症、または癌である、本発明1192の方法。
[本発明1194]
自己免疫障害が、セリアック病である、本発明1193の方法。
[本発明1195]
生物学的流体が、血液、血清、血漿、胆汁、粘液、膿汁または尿からなる群より選択される、本発明1192の方法。
[本発明1196]
本発明1192の方法によって同定されたエピトープを含む、単離されたペプチド。
[本発明1197]
本発明1196の単離されたペプチドに結合する抗体。
[本発明1198]
ペプチドアレイの表面に付加されている、本発明1196の単離されたペプチド。
[本発明1199]
本発明1196のペプチドを含むワクチン。
[本発明1200]
障害を有することが疑われる対象に本発明1196のペプチドを含む組成物を投与する工程を含む、障害を処置する方法。
[本発明1201]
障害が、自己免疫障害、感染症または癌である、本発明1200の方法。
[本発明1202]
自己免疫障害が、セリアック病である、本発明1201の方法。
[本発明1203]
ペプチドが、ワクチンの一部である、本発明1200の方法。
[本発明1204]
ペプチドが、アジュバントと組み合わせて対象に投与される、本発明1200の方法。
[本発明1205]
セリアック病を有することが疑われる対象においてセリアック病を診断するためのペプチドアレイであって、以下を含む、ペプチドアレイ：
a.  セリアック病に関連する抗体に結合するエピトープ配列のセットを含むペプチドのセット；および
b.  セリアック病に関連する炎症応答分子に結合するエピトープ配列を含むペプチド配列のセット。
[本発明1206]
ペプチドアレイが、平方センチメートルあたり10,000個のペプチド分子という特徴の密度を有する、本発明1205のペプチドアレイ。
[本発明1207]
複数の保護されていないカルボン酸側鎖基を含む第1の層を含む基板。
[本発明1208]
第1の層が、多孔質層である、本発明1207の基板。
[本発明1209]
カルボン酸側鎖基が、多孔質層の表面上で多方向に向けられている、本発明1208の基板。
[本発明1210]
第1の層が、支持層にカップリングされている、本発明1207または1208の基板。
[本発明1211]
第1の層が、シリコンウエハにカップリングされている、本発明1207または1208の基板。
[本発明1212]
多孔質層が、デキストランを含む、本発明1208の基板。
[本発明1213]
多孔質層が、多孔質シリカを含む、本発明1208の基板。
[本発明1214]
多孔質層が、孔サイズ約2nm〜100μmの孔を含む、本発明1208の基板。
[本発明1215]
多孔質層が、約10〜80％の多孔性を有する、本発明1208の基板。
[本発明1216]
多孔質層が、約0.01μm〜約10,000μmの厚みを有する、本発明1208の基板。
[本発明1217]
上表面および下表面を有する金属を含む平面層をさらに含む、本発明1207または1208の基板。
[本発明1218]
第1の層が、平面層にカップリングされている、本発明1217の基板。
[本発明1219]
第1の層が、平面層の上面にコートされている、本発明1217の基板。
[本発明1220]
複数のウェルをさらに含む、本発明1217の基板。
[本発明1221]
基板が平面層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーをさらに含み、各ピラーが平面層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が1,000〜5,000オングストロームの間であり、かつ複数のピラーが10,000/cm2超の密度で存在し、そして第1の層がピラーの平面表面に堆積されている、本発明1217の基板。
[本発明1222]
各ピラーの表面の表面積が、少なくとも1μm2である、本発明1221の基板。
[本発明1223]
各ピラーの表面の表面積が、10,000μm2未満の総面積を有する、本発明1221の基板。
[本発明1224]
各ピラーの表面と前記層の下表面の間の距離が、2,000〜7,000オングストロームである、本発明1221の基板。
[本発明1225]
平面層が、1,000〜2,000オングストローム厚である、本発明1221の基板。
[本発明1226]
各ピラーの中心が、任意の他のピラーの中心から少なくとも2,000オングストロームである、本発明1221の基板。
[本発明1227]
各ピラーの表面が、平面層の上表面と平行である、本発明1221の基板。
[本発明1228]
各ピラーの表面が、平面層の上表面と実質的に平行である、本発明1221の基板。
[本発明1229]
金属が、クロムである、本発明1221の基板。
[本発明1230]
金属が、クロム、チタン、アルミニウム、タングステン、金、銀、スズ、鉛、タリウム、またはインジウムである、本発明1221の基板。
[本発明1231]
平面層が、少なくとも98.5〜99重量％金属である、本発明1221の基板。
[本発明1232]
平面層が、金属の均質層である、本発明1221の基板。
[本発明1233]
各ピラーが、二酸化ケイ素または窒化ケイ素を含む、本発明1221の基板。
[本発明1234]
各ピラーが、少なくとも98〜99重量％二酸化ケイ素である、本発明1221の基板。
[本発明1235]
カルボン酸基の少なくとも1つに付加された遊離アミノ末端を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1207または1208の基板。
[本発明1236]
カルボン酸基の少なくとも1つに付加された遊離カルボン酸基を有するリンカー分子をさらに含む、本発明1207または1208の基板。
[本発明1237]
カルボン酸基の少なくとも1つに付加されたカップリング分子をさらに含む、本発明1207または1208の基板。
[本発明1238]
カルボン酸基の少なくとも1つに付加されたポリマー鎖をさらに含む、本発明1207または1208の基板。
[本発明1239]
ポリマー鎖が、ペプチド鎖を含む、本発明1238の基板。
[本発明1240]
ポリマー鎖が、共有結合を介してカルボン酸基の少なくとも1つに付加されている、本発明1238の基板。
[本発明1241]
情報価値のあるペプチド配列のセットを同定する方法であって、以下の工程を含む、方法：
ある状態を有する対象から得られた試料中に存在するリガンドの、複数のペプチド配列に対する特異的結合を示す量的データを含むデータセットを得る工程；
特別にプログラムされたコンピュータを用いて、複数のペプチド配列中に存在する複数の部分配列を決定する工程；
該特別にプログラムされたコンピュータを用いて、複数のペプチド配列中での複数の部分配列の出現率の順位番号を決定する工程；および
決定された複数の部分配列の順位にしたがい情報価値のあるペプチド配列のセットを同定する工程。
[本発明1242]
ある状態を有する対象から得られた複数の試料中に存在するリガンドの、複数の情報価値のあるペプチドに対する特異的結合を示す量的データを含むデータセットを得る工程であって、各々の情報価値のあるペプチドが複数の情報価値のあるペプチド配列を含む、工程；
特別にプログラムされたコンピュータを用いて、情報価値のあるペプチドの各々に特異的に結合する試料の小集団を決定する工程；および
該決定にしたがい、試料の少なくとも50％に特異的に結合することができる情報価値のあるペプチドのサブセットを同定する工程、
をさらに含む、本発明1241の方法。
[本発明1243]
状態が、自己免疫状態、感染症状態および癌からなる群より選択される、本発明1241の方法。
[本発明1244]
状態が、自己免疫状態である、本発明1241の方法。
[本発明1245]
自己免疫状態が、セリアック病、エリテマトーデス、または関節リウマチである、本発明1244の方法。
[本発明1246]
情報価値のあるペプチドのサブセットが、試料の少なくとも60％に特異的に結合することができる、本発明1242の方法。
[本発明1247]
情報価値のあるペプチドのサブセットが、試料の少なくとも70％に特異的に結合することができる、本発明1246の方法。
[本発明1248]
情報価値のあるペプチドのサブセットが、試料の少なくとも80％に特異的に結合することができる、本発明1247の方法。
[本発明1249]
情報価値のあるペプチドのサブセットが、試料の少なくとも90％に特異的に結合することができる、本発明1248の方法。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５６】
アレイ
本明細書には、アレイも開示されている。いくつかの局面において、アレイは、2次元アレイであり得る。いくつかの局面において、2次元アレイは、表面の位置決めされた場所に付加された特徴を含み得、該特徴は各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で約98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる。アレイの例は、図2に示されている。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８０】
いくつかの局面において、特徴の2次元アレイを製造する方法は、以下の工程を含み得る：表面を得る工程；ならびに表面に特徴を付加する工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも約98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。いくつかの局面において、特徴は、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬を含むカップリング配合物を用いて表面に付加される。いくつかの局面において、特徴は、本明細書に開示されるカップリング配合物を用いて表面に付加される。いくつかの局面において、カップリング配合物は、水を用いて剥ぎ取られる。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８１】
いくつかの局面において、特徴の2次元アレイを製造する方法は、以下の工程を含み得る：金属を含み上表面および下表面を有する平面層と、該層の位置決めされた場所に機能的にカップリングされた複数のピラーとを含む基板を得る工程であって、各ピラーが、該層から延びる平面表面を有し、各ピラーの表面と該層の上表面の間の距離が約1,000〜5,000オングストロームの間であり、かつ複数のピラーが約10,000/cm2超の密度で存在する、工程；ならびに一連のカップリング反応を通じて複数のピラーに特徴をカップリングする工程であって、特徴が各々、決定可能な配列および意図された長さのペプチド鎖の集団を含み、個々の特徴において、意図された長さを有する集団内のペプチド鎖の割合が、各カップリング工程で少なくとも約98％の平均カップリング効率によって特徴付けられる、工程。いくつかの態様において、カップリング効率は、各カップリングサイクルで実質的に一定であり、98％を上回る。いくつかの態様において、平均カップリング効率は、4merまたは5merまたは6merまたは7merまたはそれより長いポリペプチドを合成するために使用される各カップリング工程で98％を上回る。いくつかの態様において、カップリング効率は、実質的に一定であり、かつ4merまたは5merまたは6merまたは7merまたはそれより長いポリペプチドを合成するために使用される各カップリング工程で98％を上回る。カップリング工程は、合成のために使用される。いくつかの局面において、特徴は、溶媒と、水溶性ポリマーと、水溶性カップリング分子と、水溶性中和試薬と、水溶性カップリング試薬とを含むカップリング配合物を用いてピラーにカップリングされる。いくつかの局面において、特徴は、本明細書に開示されるカップリング配合物を用いてカップリングされる。いくつかの局面において、カップリング配合物は、水を用いて剥ぎ取られる。いくつかの局面において、各ピラーの表面は、該層の上表面と平行である。いくつかの局面において、各ピラーの表面は、該層の上表面と実質的に平行である。