【手続補正書】
【提出日】平成28年6月2日(2016.6.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１の薬剤が、対象のがん細胞において取り組むことが意図されるシグナル伝達経路において治療的に活性であるか否かを決定するためのシステムであって、前記システムは、
前記対象から得た生存がん細胞の試料を培養するための手段であって、ここで、細胞接着または付着に対する影響によって測定した場合に前記シグナル伝達経路をアップレギュレートまたはダウンレギュレートするために、前記試料が、標的化された治療剤である第１の薬剤、および前記第１の薬剤が取り組むことが意図されるのと同じシグナル伝達経路に選択的に影響を与えることが既知である第２の薬剤と接触させられて、前記第１の薬剤および前記第２の薬剤の両方と接触した試料が生成される、手段と、
前記第１の薬剤または前記第２の薬剤のうちの単独のものと接触させた、前記対象から得た生存がん細胞の試料と比較して、前記第１の薬剤および前記第２の薬剤の両方と接触させた前記試料中の生存がん細胞の細胞接着または付着を連続的に測定するための手段と、
前記第１の薬剤または前記第２の薬剤のうちの単独のものと接触させた前記試料と比較して、細胞接着または付着の変化が、前記第１の薬剤および前記第２の薬剤の両方と接触させた前記試料中で起こったか否かを特徴付ける、パーセンテージとして表された出力値の連続的測定値の数学的分析によって決定するための手段であって、ここで、５０％に等しいかまたはそれを超える細胞接着または付着の変化を特徴付ける前記出力値は、前記第１の薬剤が前記対象のがん細胞の前記シグナル伝達系路において治療的に活性であることを示す、手段と
を備える、システム。
【請求項２】
前記試料が、前記第１の薬剤および前記第２の薬剤と同時に接触させられる、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記試料が、前記第２の薬剤と接触させられた後に前記第１の薬剤と接触させられる、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記試料が、前記第１の薬剤と接触させられた後に前記第２の薬剤と接触させられる、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記シグナル伝達経路が、ＭＡＰＫ、ＲＨＯ、ＡＫＴ、ＦＡＫ１、ＲＡＳ／ＲＡＦ、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ、ＭＡＫ、ＭＫＫおよびＭＥＫからなる群から選択される、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記第２の薬剤が、タンパク質、ペプチド、核酸、代謝物、リガンド、試薬、有機分子、シグナル伝達因子、成長因子、生化学物質またはそれらの組合せである、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記測定するための手段が、インピーダンスバイオセンサーまたは光学バイオセンサーである、請求項１に記載のシステム。
【請求項８】
前記第１の薬剤が、１種または複数種の薬剤である、請求項１に記載のシステム。
【請求項９】
前記細胞接着または付着における変化が、ユークリッド分析を用いて評価される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１０】
前記ユークリッド分析が、複数の時点の差の算術和、時間的最大変化、時間的最小変化、最大または最小に達する時間、傾きの変化、バイオセンサーシグナルの絶対的降下、全ての測定値の総計、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記第１の薬剤が、セツキシマブ、ドセタキセル、エルロチニブ、ゲフィチニブ、イリノテカン、ラパチニブ、パクリタキセル、パゾパニブ、トポテカン、トラスツズマブ、フルベストラント、タモキシフェン、レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン、エベロリムス、アビラテロン、ビカルタミド、ボルテゾミブ、ベムラフェニブ、イピリムマブおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記がんが、乳がん、肺がんおよび結腸がんからなる群から選択される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記試料が、生存初代がん細胞または転移がん細胞から本質的になり、前記試料が、血清を含有しない培地において培養される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１４】
前記試料が、成長因子および／または抗アポトーシス剤を含みかつ血清を含有しない培地において培養される、請求項１３に記載のシステム。
【請求項１５】
前記第１の薬剤が、ＨＥＲ標的化治療剤であり、前記第２の薬剤が、ニューレグリンおよび／または上皮成長因子であり、
ここで、（１）前記試料のうちの第１の部分が、前記ＨＥＲ標的化治療剤およびニューレグリンと、接触させられる、ならびに／または
（２）前記試料の第２の部分が、前記ＨＥＲ標的化治療剤および上皮成長因子と接触させられる、請求項１に記載のシステム。
【請求項１６】
がんと診断されたヒト対象を処置するための組成物であって、前記組成物は、
前記対象のがん細胞のＨＥＲファミリーのシグナル伝達系路に治療的に活性であると決定されたＨＥＲ標的化治療剤を含み、
前記ＨＥＲ標的化治療剤は、細胞接着または付着の変化が（１）前記ＨＥＲ標的化治療剤またはニューレグリンのうちの単独のものと接触させた試料と比較して、前記ＨＥＲ標的化治療剤およびニューレグリンの両方と接触させた試料の第１の部分において、および／または（２）前記ＨＥＲ標的化治療剤または上皮成長因子のうちの単独のものと接触させた試料と比較して、前記ＨＥＲ標的化治療剤および上皮成長因子の両方と接触させた試料の第２の部分において、起きたかを特徴付けるパーセンテージとして表される出力値を作製する、前記対象から得られた生存がん細胞の試料の細胞付着または接着の連続測定の数学的分析によって決定されており、
ここで、細胞接着または付着の前記変化を特徴付ける前記出力値が、５０％に等しいかまたはそれを超えることは、前記ＨＥＲ標的化治療剤が、前記対象のがん細胞の前記ＨＥＲファミリーのシグナル伝達系路において治療的に活性であることを示す、組成物。
【請求項１７】
前記試料が、血清を含有しない培地において前記対象から得られた生存初代がん細胞または転移がん細胞から本質的になる、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記ＨＥＲ標的化治療剤が、セツキシマブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブおよびトラスツズマブからなる群から選択される、請求項１６に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
本開示の別の態様において、キットは、輸送培地を含有する、個々の対象由来の疾患細胞試料のための容器と、輸送培地を含有する、個々の対象由来の対照細胞試料のための容器と、バイオセンサーからのデータを、細胞試料が依然として生存し治療剤に応答している間の規定の期間にわたる個々の対象由来の単離された疾患細胞試料における、ｐＨ、細胞接着、細胞付着パターン、細胞増殖、細胞シグナル伝達、細胞生存、細胞密度、細胞サイズ、細胞形状、細胞極性、Ｏ２、ＣＯ２、グルコースおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される細胞生理応答パラメータの変化を示す出力へと変換し、出力を、応答なし、弱い応答性および応答性として分類し、分類による報告を作成するためのコンピュータ実行可能命令を有する非一過性コンピュータ可読媒体とを含む。実施形態において、キットは、バイオセンサーを含む。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
個々の対象における疾患のための薬剤の治療上の有効性を決定するステップを含む、個々の対象のための処置を選択するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）細胞応答測定系（ＣＲｅＭＳ）において、前記薬剤を前記個々の対象由来の少なくとも１種の単離された無標識生存疾患細胞試料に投与するステップであって、前記疾患細胞試料が、がん細胞試料、自己免疫性疾患の対象由来の細胞試料、外来性病原因子に感染した組織由来の細胞試料およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるステップと、ｂ）治療剤の存在下で、前記細胞が依然として生存している間の変化の検出に十分な規定の期間にわたって、前記治療剤が影響を与えることが意図されている前記細胞試料の少なくとも１種の生理応答パラメータの変化を連続的に測定するステップと、
ｃ）ベースライン測定値と比較して、前記薬剤に対する前記細胞試料の生理応答パラメータの前記変化が生じるか決定するステップであって、生理応答の前記変化が、前記薬剤が、前記個々の対象における前記疾患に対し治療上の有効性を有することを示すステップとを含む方法。
（項目２）
前記治療剤が、１種または複数の薬剤である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記治療剤が、抗がん剤である、項目１または項目２に記載の方法。
（項目４）
前記薬剤が、腫瘍停滞、抗増殖、細胞死滅またはアポトーシスを引き起こす抗がん治療剤である、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記薬剤が、細胞応答もしくはシグナル伝達経路に標的化されるか、または特定の細胞分子に標的化されている、項目３に記載の方法。
（項目６）
前記抗がん治療剤が、トラスツズマブ、ペルツズマブ、ラパチニブ、ドセタキセル、タモキシフェン、シスプラチン、アブラキサン、パクリタキセル注射、ブレンツキシマブベドチン（brentuximab  vedoton）、エベロリムス、ペメトレキセド、エキセメスタン、オファツムマブ、ベバシズマブ、アレムツズマブ、イリノテカン、ビカルタミド、オキサリプラチン、セツキシマブ、ビスモデギブ（visomodegib）、トレミフェンクエン酸塩、フルベストラント、ゲムシタビン、イマチニブ、トポテカン（topeotecan）、アキシチニブ、ロミデプシン、カバジタキセル（cabrazitaxel）、ソラフェニブ、インフリキシマブ、レナリドミド、リツキシマブ、ダサチニブ、スニチニブ、エルロチニブ、ニロチニブ、チロシンキナーゼ阻害剤、パクリタキセル、テモゾロミド、トリオキサイド、パニツムマブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、パゾパニブ、クリゾチニブ、カペシタビン、イピリムマブ、ベムラフェニブ、ゴセレリン酢酸塩、アビラテロン、ＢＨ３模倣物、ナビトクラックス、アナストロゾール、レトロゾール、アロマターゼ阻害剤、シクロホスファミド、ドキソルビシン、メトトレキサート、フルオロウラシル、イクサベピロン、カルボプラチン、アフリベルセプト、テムシロリムス、イブリツモマブ（irbritumomab）、アビラテロン、クスチルセン、ネラチニブおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記治療剤を投与する前または後に、細胞応答測定系において、細胞応答経路を撹乱する少なくとも１種のアクチベーター剤を前記個々の対象由来の前記単離された無標識疾患細胞試料に投与するステップをさらに含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記アクチベーター剤が、ＭＡＰＫ、ＭＡＫ、ＭＫＫ、ＥＲＫ、ＪＮＫ、ＲＨＯ、ＦＡＫ１、ＲＡＳ／ＲＡＦ、ＰＩ３Ｋ、ＡＫＴ、ｍＴＯＲ、ＰＴＥＮ、ＭＥＫ、ＮＯＴＣＨ、ＷＮＴ、Ｊａｋ／ＳＴＡＴ、Ｈ１Ｆ１α、ヘッジホッグ、ＴＧＦβ、細胞接着、細胞周期調節経路、増殖／成長経路、アポトーシス経路およびそれらの組み合わせからなる群から選択される細胞応答経路に標的化されている、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記アクチベーター剤が、細胞表面受容体に標的化されるか、またはＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ−ＴＫ、ＰＩ３Ｋ、ｍＴＯＲ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＨＥＲ２受容体、Ｈｅｒ３受容体、Ｈｅｒ４受容体、ＶＥＧＦＲ、トポイソメラーゼＩ、ＴＵＢＢ１、ＢＣＬ２、ＴＧＦＲ、ＴＮＦＲ、ＦＧＦＲ、ＭＡＰＫ、ＭＡＫ、ＭＫＫ、セリンスレオニンプロテインキナーゼ、チロシンキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、Ｆａｓデスレセプター、ＮＯＴＣＨ、ＷＮＴ、Ｊａｋ／ＳＴＡＴ、Ｈ１Ｆ１α、ヘッジホッグ、神経成長因子受容体、肝細胞成長因子受容体、インターロイキン受容体、サイトカイン受容体、ホルモン受容体、ＤＮＡ、プリン架橋剤、チミジル酸シンターゼ、細胞接着シグナル伝達およびアポトーシス経路ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される特定の細胞分子に標的化されている、項目８に記載の方法。
（項目１０）
少なくとも１種の疾患細胞試料が、がん細胞の細胞試料である、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記がん細胞が、乳房、結腸および肺のがん細胞である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記細胞応答測定系（ＣＲｅＭＳ）が、バイオセンサーを含む、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記バイオセンサーが、細胞接着、細胞付着、細胞形態、細胞表現型、細胞増殖、細胞シグナル伝達、細胞密度、細胞極性、ｐＨ、Ｏ２、ＣＯ２、グルコースおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される細胞パラメータを検出する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
機器が、インピーダンスまたは光学的機器である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ベースラインが、同じ対象由来の健常細胞から作製される、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記ベースラインが、同じ対象由来の罹患細胞から、または前記薬剤に応答するもしくは応答しないことが公知の他の患者の疾患細胞から作製される、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記変化が、非線形変化である、項目１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記非線形変化が、非線形ユークリッド距離変化である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
ベースライン測定値と比較して前記単離された生存疾患細胞試料の生理応答パラメータの変化を提示する前記治療剤を選択するステップをさらに含む、項目１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
カットオフ値と同じかまたはこれより大きな生理応答パラメータの変化を提示する前記治療剤が選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
輸送培地を含有する、個々の対象由来の単離された疾患細胞試料のための容器と、
輸送培地を含有する、前記個々の対象由来の対照細胞試料のための容器と、
バイオセンサーからのデータを、前記細胞試料が依然として生存し治療剤に応答している間の規定の期間にわたる個々の対象由来の前記単離された疾患細胞試料における、ｐＨ、細胞接着、細胞付着パターン、細胞増殖、細胞シグナル伝達、細胞生存、細胞密度、細胞サイズ、細胞形状、細胞極性、Ｏ２、ＣＯ２、グルコースおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される細胞生理応答パラメータの変化を示す出力へと変換し、前記出力を、応答なし、弱い応答性および応答性として分類し、前記分類による報告を作成するためのコンピュータ実行可能命令を有する非一過性コンピュータ可読媒体と
を含むキット。
（項目２２）
容器中に前記治療剤をさらに含む、項目２１に記載のキット。
（項目２３）
前記治療剤が、抗がん剤である、項目２２に記載のキット。
（項目２４）
アクチベーター剤をさらに含む、項目２１または項目２２に記載のキット。
（項目２５）
前記アクチベーター剤が、細胞表面受容体に標的化されるか、またはＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ−ＴＫ、ＰＩ３Ｋ、ｍＴＯＲ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＨＥＲ２受容体、Ｈｅｒ３受容体、Ｈｅｒ４受容体、ＶＥＧＦＲ、トポイソメラーゼＩ、ＴＵＢＢ１、ＢＣＬ２、ＴＧＦＲ、ＴＮＦＲ、ＦＧＦＲ、ＭＡＰＫ、ＭＡＫ、ＭＫＫ、セリンスレオニンプロテインキナーゼ、チロシンキナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ、Ｆａｓデスレセプター、ＮＯＴＣＨ、ＷＮＴ、Ｊａｋ／ＳＴＡＴ、Ｈ１Ｆ１α、ヘッジホッグ、神経成長因子受容体、肝細胞成長因子受容体、インターロイキン受容体、サイトカイン受容体、ホルモン受容体、ＤＮＡ、プリン架橋剤、チミジル酸シンターゼ、細胞接着シグナル伝達およびアポトーシス経路ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される特定の細胞分子に標的化されている、項目２４に記載のキット。
（項目２６）
前記非一過性コンピュータ可読媒体が、非線形変化により出力を決定するためのコンピュータ実行可能命令を有する、項目２１〜２５のいずれか一項に記載のキット。
（項目２７）
バイオセンサーをさらに含む、項目２１〜２６のいずれか一項に記載のキット。
（項目２８）
前記バイオセンサーが、細胞接着、細胞付着、細胞形態、細胞表現型、細胞増殖、細胞シグナル伝達、細胞密度、細胞極性、ｐＨ、Ｏ２、ＣＯ２、グルコースおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される細胞パラメータを検出する、項目２７に記載のキット。
（項目２９）
前記対照試料が、罹患細胞の別の試料、同じ対象由来の健康組織の試料、治療剤に応答することが公知の細胞試料、治療剤に応答しないことが公知の試料およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目２１〜２８のいずれか一項に記載のキット。