【手続補正書】
【提出日】平成28年7月21日(2016.7.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、前記組成物は所定のレベルの１つ以上の個別のオリゴヌクレオチド型を含み、オリゴヌクレオチド型が、
１）塩基配列；
２）骨格結合パターン；
３）骨格キラル中心パターン；および
４）骨格リン修飾のパターン
により定義される組成物。
【請求項２】
請求項１記載の組成物であって、少なくとも１つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドが、独立して、式Ｉ：
【化１】
2015528002.tif 000001
（Ｉ）
の構造を有する１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含み、
式中：
の構造を有する１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドであって、
式中：
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐであり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺの各々は、独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合または置換されていてもよい直鎖もしくは分岐鎖Ｃ１〜Ｃ５０アルキレンであり、Ｌの１つ以上のメチレン単位は、任意および独立して、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により置換されており；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１〜Ｃ１０脂肪族であって、１つ以上のメチレン単位は、任意および独立して、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により置換されており；
各Ｒ’は、独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価環であり；
各Ｒは、独立して、水素、またはＣ１〜Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、もしくはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および
各
【化２】
2015528002.tif 000002
は、独立して、ヌクレオシドへの結合を表す、
組成物。
【請求項３】
少なくとも１つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドが、固体支持体から切断されている、
請求項１記載の組成物。
【請求項４】
前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチド型が、独立して、式Ｉ−ｃの構造を有する１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、請求項１記載の組成物。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドが、１つ以上のリン酸ジエステル結合を含む、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
前記組成物が、所定のレベルの少なくとも２つのオリゴヌクレオチド型を含む、請求項４記載の組成物。
【請求項７】
独立して、式Ｉ：
【化３】
2015528002.tif 000003
（Ｉ）
の構造を有する１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチドであって、
式中：
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐであり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺの各々は、独立して、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（−Ｌ−Ｒ１）−、またはＬであり；
Ｌは、共有結合または置換されていてもよい直鎖もしくは分岐鎖Ｃ１〜Ｃ５０アルキレンであり、Ｌの１つ以上のメチレン単位は、任意および独立して、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により置換されており；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１〜Ｃ１０脂肪族であって、１つ以上のメチレン単位は、任意および独立して、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ’）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により置換されており；
各Ｒ’は、独立して、−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、置換されていてもよい複素環もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ’は、それらの介在する原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環、複素環、もしくはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい二価環であり；
各Ｒは、独立して、水素、またはＣ１〜Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、もしくはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および
各
【化４】
2015528002.tif 000004
は、独立して、ヌクレオシドへの結合を表す、
オリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記少なくとも１つのオリゴヌクレオチド型が、１つ以上のリン酸ジエステル結合をさらに含む、請求項７のいずれかに記載のキラル制御されたオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
少なくとも５つ、少なくとも６つ、または少なくとも７つの連続した修飾ヌクレオチド間結合を含み、前記連続した修飾ヌクレオチド間結合の少なくとも１つがホスホロチオエートジエステル結合でない、請求項７〜８のいずれかに記載のキラル制御されたオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
（１）カップリング；
（２）キャッピング；
（３）修飾；
（４）脱ブロック化；および
（５）所望の長さを達成するまでステップ（１）〜（４）を繰り返す、
ステップを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを製造する方法。
【請求項１１】
前記カップリングステップが、ＣＭＰＴおよび
【化５】
2015528002.tif 000005
（式中、ＢＰＲＯは、保護された核酸塩基である）
の使用を含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
前記キャッピングステップが、キラル補充剤中のアミノ基のキャッピングステップおよび未反応５’ＯＨのキャッピングステップを含む、請求項１０または１１記載の方法。
【請求項１３】
前記硫化ステップを含む前記サイクルが、式Ｉ−ｃの構造を有するヌクレオチド間結合を生成する方法であって、
【化６】
2015528002.tif 000006
（Ｉ−ｃ）
式中：
Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｌは、共有結合または任意に置換され、直鎖または分岐のＣ１〜Ｃ１０アルキレンであり、ここでＬの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ´）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ´）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ´）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により任意におよび独立して置換され；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１〜Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１〜Ｃ６アルキレン、Ｃ１〜Ｃ６アルケニレン、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（Ｒ´）２−、−Ｃｙ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｎ（Ｒ´）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（ＮＲ´）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）−、−Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２−、−ＳＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｓ−、−ＯＣ（Ｏ）−、または−Ｃ（Ｏ）Ｏ−により任意におよび独立して置換され；
各Ｒ´は、独立して−Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−ＣＯ２Ｒ、もしくは−ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成し；
−Ｃｙ−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい２価の環であり；
各Ｒは、独立して水素であるか、または、Ｃ１〜Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および
各
【化６】
2015528002.tif 000007
は、独立してヌクレオシドとの結合を表し；
Ｒ１は、Ｌが共有結合のとき、−Ｈ以外である、
請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
所定量の１つ以上のオリゴヌクレオチド型を提供することを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を製造する方法。
【請求項１５】
少なくとも１つの修飾ステップが、酸化ステップにより置き換えられる、請求項１０〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
（１）キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供するステップ；
（２）修飾試薬を提供するステップ；および
（３）前記キラル制御されたオリゴヌクレオチドを、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチドの前記結合リンの修飾を達成するのに適切な条件下で、前記修飾試薬と反応させるステップ
を含むオリゴヌクレオチドを修飾する方法。
【請求項１７】
式Ｓ−Ｉ又は式Ｓ−ＩＩを有するか、又は表５から選択される硫化試薬。
【化７】
2015528002.tif 000008
（Ｓ−Ｉ）
【化８】
2015528002.tif 000009
（Ｓ−ＩＩ）
表５
【表１】
2015528002.tif 000010
2015528002.tif 000011
【請求項１８】
治療有効量の請求項１に記載の組成物、および薬剤的に許容可能な賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項１９】
１つ以上の症状または癌の特徴を、部分的または完全に、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度低減、および／または発病率低減するために十分な、請求項１〜６および１８のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド組成物のある量を、癌に患っているまたはかかり易い対象に投与するステップを含む方法。
【請求項２０】
ａ）オリゴヌクレオチドの複数の異なる型を含む１番目の組成物の１番目の分析を実施するステップ；および
ｂ）前記１番目の分析を、前記１番目の分析と同等な条件下で実施した、前記オリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物である２番目の組成物の２番目の分析と比較するステップを含む方法であって、前記１番目と２番目の分析間の差が、前記２番目の組成物と比較した前記１番目の少なくとも１つの型の前記オリゴヌクレオチドの存在またはレベルの差に反映する方法。