【手続補正書】
【提出日】平成28年6月3日(2016.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腸内細菌叢集団を改善する組成物であって、該組成物は、対象内の第１腸内細菌叢集団を選択的に増加させ、それと同時に第２腸内細菌叢集団を減少させることができ、該第１腸内細菌叢集団が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌を含んでおり、前記第２腸内細菌叢集団がエンドトキシン生成細菌を含んでいる、組成物。
【請求項２】
前記組成物が、生薬、天然物、薬草、または薬草抽出物を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記組成物が、ベルベリン、ベルベリン誘導体または他のそれらのイソキノリンアルカロイドを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、セイヨウメギ（Berberis vulgaris）、オウレン（Coptis chinensis）、コガネバナ（Scutellaria baicalensis）、オウバク（Phellodendri Chinensis）、ツルレイシ（Momordica charantia）、クチョウ（Ilex kudingcha）、クララ（Sophora flavescens）、リンドウ（Gentiana scabra）、ハナスゲ（Anemarrhena asphodeloides）、クチナシ（Gardenia jasminoides）、ダイオウ（Rheum palmatum）、タンポポ（Herba Taraxaci）またはそれらの任意の組み合わせを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ属（Berberis）、オウレン属（Coptis）、タツナミソウ属（Scutellaria）、キハダ属（Phellodendron）、ツルレイシ属（Momordica）、モチノキ属（Ilex）、エンジュ属（Sophora）、リンドウ属（Gentiana）、ハナスゲ属（Anemarrhena）、クチナシ属（Gardenia）、ダイオウ属（Rheum）またはタンポポ属（Taraxacum）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ科（Berberidaceae）、キンポウゲ科（Ranunculaceae）、シソ科（Lamiaceae）、ミカン科（Rutaceae）、ウリ科（Cucurbitacea）、モチノキ科（Aquifoliaceae）、マメ科（Leguminosae）、リンドウ科（Gentianaceae）、リュウゼツラン科（Agavaceae）、アカネ科（Rubiaceae）、タデ科（Polygonaceae）、キク科（Asteraceae）、ツヅラフジ科（Menispermaceae）またはウリ科（Cucurbitaceae）である、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記組成物が、食物、飲料、サプリメントまたは医薬製剤である、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記組成物が、体重１ｋｇあたり約５０ｍｇ〜体重１ｋｇあたり約４００ｍｇの投与量で、少なくとも２週間にわたって１日１回投与することで、対象内の第１腸内細菌叢集団を選択的に増加させ、それと同時に第２腸内細菌叢集団を減少させることが可能であり、該第１腸内細菌叢集団が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌を含んでおり、該第２腸内細菌叢集団がエンドトキシン生成細菌を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記第１腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アロバキュラム（Allobaculum）、バクテロイデス（Bacteroides）、バーンシエラ（Barnesiella）、ブラウシア（Blautia）、ブチリシコッカス（Butyricicoccus）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ドレア（Dorea）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、ホールデマニア（Holdemania）、ローソニア（Lawsonia）、オシリバクター（Oscillibacter）、パラバクテロイデス（Parabacteroides）、ファスコラークトバクテリウム（Phascolarctobacterium）、プレボテラ（Prevotella）、セディメンティバクター（Sedimentibacter）またはそれらの組み合わせを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌が、ブラウシア（Blautia）、アロバキュラム（Allobacum）、プレボテラ（Prevotella）、バクテロイデス(Bacterioides)、ブチリシモナス（Butyricimonas）またはそれらの組み合わせを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記第１腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が、配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約９５％の相同性を有している細菌を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記第１腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が、配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約８０％の相同性を有している細菌を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記第２腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アナエロプラズマ（Anaeroplasma）、バーンシエラ（Barnesiella）、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ブチリビブリオ（Butyrivibrio）、コプロコッカス（Coprococcus）、ファステディオシピラ（Fastidiosipila）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、マービンブリアンシア（Marvinbryantia）、オリバクテリウム（Oribacterium）、オシリバクター（Oscillibacter）、プレボテラ（Prevotella）、ロゼブリア（Roseburia）、ルミノコッカス（Ruminococcus）、ＴＭ７＿インケルタエ＿セディス属（TM7_genera_incertae_sedis）またはそれらの組み合わせを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記エンドトキシン生成細菌が、プロテオバクテリア門（Proteobacteria）を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも９５％の相同性を有している細菌を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１６】
前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも８０％の相同性を有している細菌を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６１】
当業者によって理解されるように、いずれかの目的、およびすべての目的（説明を記載するため等）について、本明細書に開示された全ての範囲は、いずれの、およびすべての可能性を有する部分範囲、およびその組み合わせも含んでいる。列挙されたいずれの範囲も、少なくとも半分、１／３、１／４、１／５、１／１０等に分割することが可能な、同一の範囲を十分記載し、および当該同一の範囲を可能としていることが容易に理解される。限定を加えない例として、本明細書に記載されている各範囲は、容易に３分割（下部１／３、中部１／３、上部１／３）等することができる。また、当業者によって理解されるように、「〜まで」、「少なくとも〜」等のあらゆる言葉は、記載されている数を含み、上述したように、さらに部分範囲に分割され得る範囲を意味する。最後に、当業者によって理解されるように、範囲には個々の要素が含まれている。つまり、例えば、１〜３の単位を有する群は、１、２または３を有する群を意味する。同様に、１〜５の単位を有する群は、１、２、３、４または５を有する群等を意味する。
腸内細菌叢集団を改善する方法であって、該方法は、対象に組成物を投与して、該対象内の第１腸内細菌叢集団を増加させ、それと同時に第２腸内細菌叢集団を減少させる工程を含んでおり、該第１腸内細菌叢集団が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌を含み、該第２腸内細菌叢集団がエンドトキシン生成細菌を含んでいる、方法。
一実施形態によれば、前記組成物が、生薬、天然物、薬草または薬草抽出物を含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、ベルベリン、ベルベリン誘導体またはイソキノリンアルカロイドを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、セイヨウメギ（Berberis vulgaris）、オウレン（Coptis chinensis）、コガネバナ（Scutellaria baicalensis）、オウバク（Phellodendri Chinensis）、ツルレイシ（Momordica charantia）、クチョウ（Ilex kudingcha）、クララ（Sophora flavescens）、リンドウ（Gentiana scabra）、ハナスゲ（Anemarrhena asphodeloides）、クチナシ（Gardenia jasminoides）、ダイオウ（Rheum palmatum）、タンポポ（Herba Taraxaci）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ属（Berberis）、オウレン属（Coptis）、タツナミソウ属（Scutellaria）、キハダ属（Phellodendron）、ツルレイシ属（Momordica）、モチノキ属（Ilex）、エンジュ属（Sophora）、リンドウ属（Gentiana）、ハナスゲ属（Anemarrhena）、クチナシ属（Gardenia）、ダイオウ属（Rheum）またはタンポポ属（Taraxacum）である。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ科（Berberidaceae）、キンポウゲ科（Ranunculaceae）、シソ科（Lamiaceae）、ミカン科（Rutaceae）、ウリ科（Cucurbitacea）、モチノキ科（Aquifoliaceae）、マメ科（Leguminosae）、リンドウ科（Gentianaceae）、リュウゼツラン科（Agavaceae）、アカネ科（Rubiaceae）、タデ科（Polygonaceae）、キク科（Asteraceae）、ツヅラフジ科（Menispermaceae）またはウリ科（Cucurbitaceae）である。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アロバキュラム（Allobaculum）、バクテロイデス（Bacteroides）、バーンシエラ（Barnesiella）、ブラウシア（Blautia）、ブチリシコッカス（Butyricicoccus）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ドレア（Dorea）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、ホールデマニア（Holdemania）、ローソニア（Lawsonia）、オシリバクター（Oscillibacter）、パラバクテロイデス（Parabacteroides）、ファスコラークトバクテリウム（Phascolarctobacterium）、プレボテラ（Prevotella）、セディメンティバクター（Sedimentibacter）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、バクテロイデス科（Bacteroidaceae）、コリオバクテリア科（Coriobacteriaceae）、デスルフォビブリオ科（Desulfovibrionaceae）、エリシペロトリクス科（Erysipelotrichaceae）、フラボバクテリア科（Flavobacteriaceae）、ヘリコバクター科（Helicobacteracea）、インケルタエセディスＸＩ（Incertae Sedis XI）、インケルタエセディスＸＩＶ（Incertae Sedis XIV）、ラクノスピラ科（Lachnospiraceae）、ポルフィロモナス科（Porphyromonadaceae）、プレボテラ科（Prevotellaceae）、リケネラ科（Rikenellaceae）、ルミノコッカス科（Ruminococcaceae）、ベイヨネラ科（Veillonellaceae）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、カンピロバクター目（Campylobacterales）、デスルフォビブリオ目（Desulfovibrionales）、バクテロイデス目（Bacteroidales）、コリオバクター目（Coriobacteriales）、フラボバクテリア目（Flavobacteriales）、クロストリジウム目（Clostridiales）、エリシペロトリクス目（Erysipelotrichales）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、イプシロンプロテオバクテリア網（Epsilonproteobacteria）、デルタプロテオバクテリア網（Deltaproteobacteria）、バクテロイデス網（Bacteroidia）、コリオバクター亜網（Coriobacteridae）、フラボバクテリア網（Flavobacteria）、クロストリジウム網、（Clostridia）、エリシペロトリクス網（Erysipelotrichi）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、プロテオバクテリア門（Proteobacteria）、バクテロイデス門（Bacteroidetes）、アクチノバクテリア門（Actinobacteria）、フィルミクテス門（Firmicutes）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌が、ブラウシア（Blautia）、アロバキュラム（Allobaculum）、プレボテラ（Prevotella）、バクテロイデス(Bacterioides)、ブチリシモナス（Butyricimonas）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、1６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約９５％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約８０％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アナエロプラズマ（Anaeroplasma）、バーンシエラ（Barnesiella）、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ブチリビブリオ（Butyrivibrio）、コプロコッカス（Coprococcus）、ファステディオシピラ（Fastidiosipila）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、マービンブリアンシア（Marvinbryantia）、オリバクテリウム（Oribacterium）、オシリバクター（Oscillibacter）、プレボテラ（Prevotella）、ロゼブリア（Roseburia）、ルミノコッカス（Ruminococcus）、ＴＭ７＿インケルタエ＿セディス属（TM7_genera_incertae_sedis）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、ヘリコバクター科（Helicobacteraceae）、ラクノスピラ科（Lachnospiraceae）、ポルフィロモナス科（Porphyromonadaceae）、プレボテラ科（Prevotellaceae）、リケネラ科（Rikenellaceae）、ルミノコッカス科（Ruminococcaceae）、アナエロプラズマ科（Anaeroplasmataceae）、ビフィドバクテリウム科（Bifidobacteriaceae）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、カンピロバクター目（Campylobacterales）、バクテロイデス目（Bacteroidales）、クロストリジウム目（Clostridiales）、アナエロプラズマ目（Anaeroplasmatales）、ビフィドバクテリウム目（Bifidobacteriales）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、イプシロンプロテオバクテリア網（Epsilonproteobacteria）、アルファプロテオバクテリア網（Alphaaproteobacteria）、バクテロイデス網（Bacteroidia）、クロストリジウム網（Clostridia）、アクチノバクテリア網（Actinobacteridae）、モリクテス網（Mollicutes）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、プロテオバクテリア門（Proteobacteria）、バクテロイデス門（Bacteroidetes）、アクチノバクテリア門（Actinobacteria）、フィルミクテス門（Firmicutes）、テネリクテス門（Tenericutes）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記エンドトキシン生成細菌が、プロテオバクテリア門（Proteobacteria）を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約９５％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約８０％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、経口製剤または非経口製剤である。
一実施形態によれば、前記組成物が、座薬、錠剤、丸薬、顆粒、粉末、フィルム、マイクロカプセル、エアゾール、酒精剤、チンキ剤、強壮剤、液体懸濁液またはシロップの形態である。
一実施形態によれば、前記組成物が、第１サイトカインの血清濃度を下げ、第２サイトカインの血清濃度を上げ得て、該第１サイトカインが、リポ多糖結合タンパク質、単球走化性タンパク質−１、レプチンまたはそれらの組み合わせを含んでおり、該第２サイトカインが、アディポネクチンを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、便中の短鎖脂肪酸濃度を上げ得る。
腸内細菌叢集団を改善するのに有効な試験化合物をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
コントロール対象に有効量のコントロール組成物を投与して、前記コントロール対象内の第１腸内細菌叢集団を増加させ、それと同時に第２腸内細菌叢集団を減少させる工程を含んでおり、前記第１腸内細菌叢集団が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌を含み、前記第２腸内細菌叢集団がエンドトキシン生成細菌を含んでおり、前記方法はさらに、
試験対象に一定量の試験化合物を投与する工程と、
前記コントロール対象の腸内細菌叢集団と、前記試験対象の腸内細菌叢集団とを比較する工程とを含んでおり、少なくとも約８０％の相同性が、前記試験化合物が腸内細菌叢集団を改善するのに有効であることを示している、方法。
一実施形態によれば、少なくとも約９５％の相同性が、前記試験化合物が腸内細菌叢集団を改善するのに有効であることを示している。
一実施形態によれば、少なくとも約７５％の相同性が、前記試験化合物が腸内細菌叢集団を改善するのに有効であることを示している。
一実施形態によれば、前記組成物が、生薬、天然物、薬草または薬草抽出物を含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、ベルベリン、ベルベリン誘導体またはイソキノリンアルカロイドを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、セイヨウメギ（Berberis vulgaris）、オウレン（Coptis chinensis）、コガネバナ（Scutellaria baicalensis）、オウバク（Phellodendri Chinensis）、ツルレイシ（Momordica charantia）、クチョウ（Ilex kudingcha）、クララ（Sophora flavescens）、リンドウ（Gentiana scabra）、ハナスゲ（Anemarrhena asphodeloides）、クチナシ（Gardenia jasminoides）、ダイオウ（Rheum palmatum）、タンポポ（Herba Taraxaci）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ属（Berberis）、オウレン属（Coptis）、タツナミソウ属（Scutellaria）、キハダ属（Phellodendron）、ツルレイシ属（Momordica）、モチノキ属（Ilex）、エンジュ属（Sophora）、リンドウ属（Gentiana）、ハナスゲ属（Anemarrhena）、クチナシ属（Gardenia）、ダイオウ属（Rheum）またはタンポポ属（Taraxacum）である。
一実施形態によれば、前記組成物が、植物またはその抽出物を含んでおり、該植物が、メギ科（Berberidaceae）、キンポウゲ科（Ranunculaceae）、シソ科（Lamiaceae）、ミカン科（Rutaceae）、ウリ科（Cucurbitacea）、モチノキ科（Aquifoliaceae）、マメ科（Leguminosae）、リンドウ科（Gentianaceae）、リュウゼツラン科（Agavaceae）、アカネ科（Rubiaceae）、タデ科（Polygonaceae）、キク科（Asteraceae）、ツヅラフジ科（Menispermaceae）またはウリ科（Cucurbitaceae）である。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アロバキュラム（Allobaculum）、バクテロイデス（Bacteroides）、バーンシエラ（Barnesiella）、ブラウシア（Blautia）、ブチリシコッカス（Butyricicoccus）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ドレア（Dorea）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、ホールデマニア（Holdemania）、ローソニア（Lawsonia）、オシリバクター（Oscillibacter）、パラバクテロイデス（Parabacteroides）、ファスコラークトバクテリウム（Phascolarctobacterium）、プレボテラ（Prevotella）、セディメンティバクター（Sedimentibacter）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）生成細菌が、ブラウシア（Blautia）、アロバキュラム（Allobacu）、プレボテラ（Prevotella）、バクテロイデス(Bacterioides)、ブチリシモナス（Butyricimonas）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約９５％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第１腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号１〜９３から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約８０％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、アリスティペス（Alistipes）、アナエロプラズマ（Anaeroplasma）、バーンシエラ（Barnesiella）、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）、ブチリシモナス（Butyricimonas）、ブチリビブリオ（Butyrivibrio）、コプロコッカス（Coprococcus）、ファステディオシピラ（Fastidiosipila）、ヘリコバクター（Helicobacter）、ヘスペリア（Hespellia）、マービンブリアンシア（Marvinbryantia）、オリバクテリウム（Oribacterium）、オシリバクター（Oscillibacter）、プレボテラ（Prevotella）、ロゼブリア（Roseburia）、ルミノコッカス（Ruminococcus）、ＴＭ７＿インケルタエ＿セディス属（TM7_genera_incertae_sedis）またはそれらの組み合わせを含んでいる。
一実施形態によれば、前記エンドトキシン生成細菌が、プロテオバクテリア門（Proteobacteria）を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約９５％の相同性を有している細菌を含んでいる。
一実施形態によれば、前記第２腸内細菌叢集団が、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３領域の配列が配列番号９４〜２６８から成る群から選択された核酸配列と少なくとも約８０％の相同性を有している細菌を含んでいる、請求項２７に記載の方法。
一実施形態によれば、前記組成物が、第１サイトカインの血清濃度を下げ、第２サイトカインの血清濃度を上げ得て、前記第１サイトカインが、リポ多糖結合タンパク質、単球走化性タンパク質、レプチンまたはそれらの組み合わせを含んでおり、前記第２サイトカインが、アディポネクチンを含んでいる。
一実施形態によれば、前記組成物が、腸内短鎖脂肪酸濃度を上げ得る。