【手続補正書】
【提出日】平成28年1月27日(2016.1.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ−ａ）：
【化１】
2014526250.tif 000001
の化合物、またはその塩もしくは互変異性体、またはそれらの組み合わせを、
グルコースおよびグリシンまたはその塩；あるいは
グルコース、および任意に置換されていてもよい式（ｉ）：
【化２】
2014526250.tif 000002
のグルタミン酸またはその塩；あるいは
グルコースおよび式（ｉｖ）：
【化３】
2014526250.tif 000003
のプロリン化合物またはその塩；
から生成することができる酵素の群を含む、１または２以上の細胞ライセートの組み合わせであって、
（１）ここで、酵素の群は：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｄ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼおよびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−酸化多酵素およびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−アラニントランスアミナーゼ；
ｅ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｆ．マロニル−CoAレダクターゼ；
ｇ．スレオニンアルドラーゼ；
ｈ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｉ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｊ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムであり、または
（２）ここで、酵素の群は：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼおよびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−酸化多酵素およびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−アラニントランスアミナーゼ；
ｄ．スレオニンアルドラーゼ；
ｅ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｆ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｇ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムであり、または
（３）ここで、酵素の群は：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｄ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｅ．マロニル−CoAレダクターゼ、
ｆ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｇ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｈ．カルバペネムシンターゼ；またはそれらのアイソザイムであり、または
（４）ここで、酵素の群は：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ、またはベータ−酸化多酵素；
ｄ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｅ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｆ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムであり、または
（５）ここで、酵素の群は：
ａ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｂ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｃ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｄ．マロニル−CoAレダクターゼ、
ｅ．プロリン３−ヒドロキシラーゼ；
ｆ．プロリンオキシダーゼ；
ｇ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｈ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｉ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムであり、または
（６）ここで、酵素の群は：
ａ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｂ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ、またはベータ−酸化多酵素；
ｃ．プロリン３−ヒドロキシラーゼ；
ｄ．プロリンオキシダーゼ；
ｅ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｆ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｇ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムであり、
式中；
破線
【化４】
2014526250.tif 000004
は、二重結合を表わし；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４の各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、および任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択され；
Ｒ５は、水素または−ＯＲ８であり；
Ｒ８の各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリール、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｓ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ８ｂＳＯ２Ｒ８ａ、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｎ（Ｒ８ａ）２、−Ｓｉ（Ｒ８ａ）３、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（ＯＲ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（ＯＲ８ａ）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）２、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｒ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２ＯＲ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｂ（Ｒ８ａ）２、−Ｂ（ＯＲ８ａ）２および−ＢＲ８ａ（ＯＲ８ａ）からなる群より選択され、ここで、Ｒ８ａは、酸素原子に酸素保護基が結合している場合、および硫黄原子に硫黄保護基が結合している場合は、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択されるか、あるいは、２個のＲ８ａ基が、または１個のＲ８ａとＲ８ｂ基が連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成し；Ｒ８ｂの各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリール、および窒素保護基からなる群より選択されるか、あるいは、２個のＲ８ｂは、連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成し；ならびに
Ｒ７ａは水素である、
前記細胞ライセートの組み合わせ。
【請求項２】
式（Ｉ−ａ）：
【化５】
2014526250.tif 000005
の化合物、またはその塩もしくは互変異性体、またはそれらの組み合わせを生成する方法であって；
以下：
（１）以下：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｄ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼおよびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−酸化多酵素およびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−アラニントランスアミナーゼ；
ｅ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｆ．マロニル−CoAレダクターゼ；
ｇ．スレオニンアルドラーゼ；
ｈ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｉ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｊ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよびグリシンまたはその塩と接触させ、または
（２）以下：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼおよびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−酸化多酵素およびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−アラニントランスアミナーゼ；
ｄ．スレオニンアルドラーゼ；
ｅ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｆ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｇ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよびグリシンまたはその塩と接触させ、または
（３）以下：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｄ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｅ．マロニル−CoAレダクターゼ、
ｆ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｇ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｈ．カルバペネムシンターゼ；またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよび任意に置換されていてもよい式（ｉ）：
【化６】
2014526250.tif 000006
のグルタミン酸またはその塩と接触させ、または
（４）以下：
ａ．ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；
ｂ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｃ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ、またはベータ−酸化多酵素；
ｄ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｅ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｆ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよび任意に置換されていてもよい式（ｉ）：
【化７】
2014526250.tif 000007
のグルタミン酸またはその塩と接触させ、または
（５）以下：
ａ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｂ．アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ；
ｃ．アセチル−CoAカルボキシラーゼ；
ｄ．マロニル−CoAレダクターゼ、
ｅ．プロリン３−ヒドロキシラーゼ；
ｆ．プロリンオキシダーゼ；
ｇ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｈ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｉ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよび式（ｉｖ）：
【化８】
2014526250.tif 000008
のプロリン化合物またはその塩と接触させ、または
（６）以下：
ａ．Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；
ｂ．S−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ、またはベータ−酸化多酵素；
ｃ．プロリン３−ヒドロキシラーゼ；
ｄ．プロリンオキシダーゼ；
ｅ．カルボキシメチル−Proシンターゼ；
ｆ．カルバペナムシンセターゼまたはベータ−ラクタムシンセターゼ；および
ｇ．カルバペネムシンターゼ；
またはそれらのアイソザイムを含む、請求項１に記載の１または２以上の細胞ライセートを提供し、ここで、１または２以上の細胞ライセートを、グルコースおよび式（ｉｖ）：
【化９】
2014526250.tif 000009
のプロリン化合物またはその塩と接触させる、
式中；
破線
【化１０】
2014526250.tif 000010
は、二重結合を表わし；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４の各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、および任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択され；ならびに
Ｒ５は、水素または−ＯＲ８であり；
Ｒ８の各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリール、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｓ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ８ｂＳＯ２Ｒ８ａ、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｎ（Ｒ８ａ）２、−Ｓｉ（Ｒ８ａ）３、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（ＯＲ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（ＯＲ８ａ）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）２、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｒ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２ＯＲ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｂ（Ｒ８ａ）２、−Ｂ（ＯＲ８ａ）２、および−ＢＲ８ａ（ＯＲ８ａ）からなる群より選択され、ここでＲ８ａは、酸素原子に酸素保護基が結合している場合、および硫黄原子に硫黄保護基が結合している場合は、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択されるか、あるいは、２個のＲ８ａ基が、または１個のＲ８ａとＲ８ｂ基が連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成し；ならびに、Ｒ８ｂの各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリール、および窒素保護基からなる群より選択されるか、または２個のＲ８ｂは、連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成する；ならびに
Ｒ７ａは水素である、
を含む、前記方法。
【請求項３】
Ｒ１が水素である、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項４】
Ｒ３が水素または−ＣＨ３である、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項５】
Ｒ２が、水素、−ＣＨ３または−ＣＨ２ＣＨ３である、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項６】
Ｒ４が水素である、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項７】
ProA、ProB、γ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体、Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF、アセチル−CoAアセチルトランスフェラーゼ、ベータ−酸化多酵素、S−ヒドラターゼ、３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ、クロトニル−CoAレダクターゼ、アセチル−CoAカルボキシラーゼ、マロニル−CoAレダクターゼ、スレオニンアルドラーゼ、ベータ−アラニントランスアミナーゼ、プロリン３−ヒドロキシラーゼ、プロリンオキシダーゼ、およびそれらのアイソザイムからなる群より選択される１または２以上の酵素が、溶解に先立って細胞の細胞質において存在していた、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項８】
カルボキシメチル−Proシンターゼ、カルバペナムシンセターゼ、ベータ−ラクタムシンセターゼ、カルバペネムシンターゼ、およびそれらのアイソザイムからなる群より選択される１または２以上の酵素が、溶解に先立って細胞の細胞膜周辺腔において隔離されていた、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項９】
細胞ライセートが、酵素の群を過剰発現するように操作されたE.coli生物のライセートである、請求項１または２に記載のライセートまたは方法。
【請求項１０】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は水素または−ＯＨであり、式（ｉｖ）：
【化１１】
2014526250.tif 000011
のプロリン化合物またはその塩、
が、
プロリンオキシダーゼとの接触により、式：
【化１２】
2014526250.tif 000012
の化合物またはその塩に、酵素的に変換される；および、ここで、グルコースまたはその塩が、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）：
【化１３】
2014526250.tif 000013
のCoA化合物またはその塩；式中、−SCoAは、補酵素Ａモノラジカルである、
に酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１１】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、式（ｉｖ）：
【化１４】
2014526250.tif 000014
のプロリン化合物またはその塩；式中、Ｒ５は水素である、
が、プロリン−３−ヒドロキシラーゼとの接触により、式：
【化１５】
2014526250.tif 000015
の３−ヒドロキシル化プロリン化合物またはその塩に、酵素的に変換され；
および、式（ｉｖ−ａ）の３−ヒドロキシル化プロリン化合物またはその塩が、プロリンオキシダーゼとの接触により、式：
【化１６】
2014526250.tif 000016
の３−ヒドロキシル化化合物に酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１２】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は−ＯＨであり、グルコースおよびグリシンまたはその塩は、（ｉ）ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体；（ｉｉ）ベータ−酸化多酵素およびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはS−ヒドラターゼおよび３−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼおよびクロトニル−CoAレダクターゼ、またはベータ−アラニントランスアミナーゼ；（ｉｉｉ）Glk、Pgi、PfkA、Fba、TpiA、GapA、Pgk、GpmA、Eno、PykA、PykF、AceE、およびAceF；（ｉｖ）スレオニンアルドラーゼ；またはそれらのアイソザイムとの接触により、任意に置換されていてもよい式（ｉｉ）：
【化１７】
2014526250.tif 000017
のグルタミン酸セミアルデヒドまたはその塩に、酵素的に変換され；ならびに
ここで、グルコースまたはその塩が、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）：
【化１８】
2014526250.tif 000018
のCoA化合物またはその塩；式中、−SCoAは補酵素Ａモノラジカルである、
に、酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１３】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は水素または−ＯＨであり、任意に置換されていてもよい式（ｉ）のグルタミン酸またはその塩は、ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体との接触により、任意に置換されていてもよい式（ｉｉ）：
【化１９】
2014526250.tif 000019
のグルタミン酸セミアルデヒド化合物またはその塩に酵素的に変換され；ならびに、
ここで、グルコースまたはその塩が、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）：
【化２０】
2014526250.tif 000020
のCoA化合物またはその塩；式中、−SCoAは補酵素Ａモノラジカルである、
に、酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１４】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は水素または−ＯＨであり、任意に置換されていてもよい式（ｉ）：
【化２１】
2014526250.tif 000021
のグルタミン酸またはその塩が、ProAおよびProB、またはγ−グルタミルキナーゼ−GP−レダクターゼ多酵素複合体との接触により、式（ｖ）：
【化２２】
2014526250.tif 000022
の化合物またはその塩に、酵素的に変換され、
およびここで、グルコースまたはその塩が、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）：
【化２３】
2014526250.tif 000023
のCoA化合物またはその塩；式中、−SCoAは補酵素Ａモノラジカルである、
に、酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１５】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は水素または−ＯＨであり、グルコースとグリシンまたはその塩との組合せ、あるいは、グルコースと任意に置換されていてもよい式（ｉ）のグルタミン酸またはその塩との組合せは、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）のCoA化合物またはその塩、および任意に置換されていてもよい式（ｉｉ）のグルタミン酸セミアルデヒドまたはその塩；
【化２４】
2014526250.tif 000024
式中、−SCoAは補酵素Ａモノラジカルである、
に酵素的に変換される；ならびに
ここで、任意に置換されていてもよい式（ｉｉ）のグルタミン酸セミアルデヒドまたはその塩、および任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）のCoA化合物またはその塩は、カルボキシメチル−Proシンターゼまたはそのアイソザイムとの接触により、式（ＩＩ−ａ）：
【化２５】
2014526250.tif 000025
のピロリジニル化合物またはその塩に酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１６】
請求項１または２に記載のライセートまたは方法であって、ここで、Ｒ５は水素または−ＯＨであり、グルコースまたはその塩と、式（ｉｖ）のプロリン化合物またはその塩との組合せは、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）のCoA化合物またはその塩、および式（ｖ）の化合物またはその塩；
【化２６】
2014526250.tif 000026
式中、−SCoAは補酵素Ａモノラジカルである、
に酵素的に変換される；ならびに、
ここで、任意に置換されていてもよい式（ｉｉｉ）のCoA化合物またはその塩、および式（ｖ）の化合物またはその塩は、カルボキシメチル−Proシンターゼまたはそのアイソザイムとの接触により、式（ＩＩ−ａ）：
【化２７】
2014526250.tif 000027
のピロリジニル化合物またはその塩に酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１７】
請求項１５または１６に記載のライセートまたは方法であって、ここで、ピロリジニル化合物（ＩＩ−ａ）またはその塩は、カルバペナムシンセターゼ、ベータ−ラクタムシンセターゼ、またはそれらのアイソザイムとの接触により、式（ＩＩＩ−ａ）：
【化２８】
2014526250.tif 000028
のβ−ラクタム化合物またはその塩に酵素的に変換される、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載のライセートまたは方法であって、ここで、式（ＩＩＩ−ａ）のβ−ラクタム化合物またはその塩は、カルバペネムシンターゼまたはそのアイソザイムとの接触により、式（Ｉ−ａ）：
【化２９】
2014526250.tif 000029
の化合物またはその塩に酵素的に変換され、ここで
【化３０】
2014526250.tif 000030
は、二重結合を表わす、
前記ライセートまたは方法。
【請求項１９】
Ｒ５が水素である、請求項１８に記載のライセートまたは方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載のライセートまたは方法であって、
式（Ｉ−ａ）：
【化３１】
2014526250.tif 000031
式中
【化３２】
2014526250.tif 000032
は、二重結合を表わす
の化合物またはその塩を、
トランスフェラーゼ酵素、および式： 
ＨＳＲ８
の化合物、
式中、Ｒ８は、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、および任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択される；
と接触させて、
式（Ｉ−ｃ）：
【化３３】
2014526250.tif 000033
のチオール含有化合物またはその塩を提供すること
をさらに含む、前記ライセートまたは方法。
【請求項２１】
Ｒ８が、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、または任意に置換されていてもよいヘテロシクリルである、請求項２０に記載のライセートまたは方法。
【請求項２２】
Ｒ８が、以下：
【化３４−１】
2014526250.tif 000034
【化３４−２】
2014526250.tif 000035
ここでＸ−は対イオンである、
からなる群より選択される、請求項２１に記載のライセートまたは方法。
【請求項２３】
Ｒ５が−ＯＨである、請求項１８に記載のライセートまたは方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載のライセートまたは方法であって、ここで、式（Ｉ−ａ）：
【化３５】
2014526250.tif 000036
の化合物、またはその塩もしくは互変異性体、またはそれらの組み合わせ、
式中、
【化３６】
2014526250.tif 000037
は、二重結合を表わす；を、式：
Ｒ８’−Ｘ
の化合物、
式中；
Ｘは脱離基であり；および
Ｒ８’は、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝ＮＲ８ｂ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｓ）Ｒ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＯＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）ＳＲ８ａ、−Ｃ（＝Ｓ）Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ８ｂＳＯ２Ｒ８ａ、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｒ８ａ、−ＳＯ２Ｎ（Ｒ８ａ）２、−Ｓｉ（Ｒ８ａ）３、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（ＯＲ８ａ）２、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（ＯＲ８ａ）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ８ａ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ８ｂ）２）２、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｒ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２ＯＲ８ａ、−Ｐ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ８ｂ）２、−Ｂ（Ｒ８ａ）２、−Ｂ（ＯＲ８ａ）２、および−ＢＲ８ａ（ＯＲ８ａ）からなる群より選択され、ここでＲ８ａは、酸素原子に酸素保護基が結合している場合、および硫黄原子に硫黄保護基が結合している場合は、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択されるか、または２個のＲ８ａ基が、または１個のＲ８ａとＲ８ｂ基が連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成し；およびＲ８ｂの各々の場合は、独立して、水素、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、任意に置換されていてもよいヘテロアリール、および窒素保護基からなる群より選択されるか、または２個のＲ８ｂは、連結されて、任意に置換されていてもよい複素環を形成する；
と接触させて、
式（Ｉ−ｅ）：
【化３７】
2014526250.tif 000038
の化合物またはその塩を提供する、
前記ライセートまたは方法。
【請求項２５】
請求項２４に記載のライセートまたは方法であって、ここで、式（Ｉ−ｅ）の化合物を、式ＨＳ−Ｒ８の化合物、
式中、Ｒ８は、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいアルケニル、任意に置換されていてもよいアルキニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルケニル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキニル、任意に置換されていてもよいカルボシクリル、任意に置換されていてもよいヘテロシクリル、任意に置換されていてもよいアリール、および任意に置換されていてもよいヘテロアリールからなる群より選択される；
と接触させて、式（Ｉ−ｃ）：
【化３８】
2014526250.tif 000039
のチオール含有化合物またはその塩を提供する、
前記ライセートまたは方法。
【請求項２６】
Ｒ２が−ＣＨ２ＣＨ３である、請求項１５または１６に記載のライセートまたは方法。
【請求項２７】
化合物をオキシゲナーゼ酵素と接触させて、Ｒ２が−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３であるヒドロキシル化された化合物を提供することをさらに含む、請求項２６に記載のライセートまたは方法。
【請求項２８】
Ｒ１およびＲ２がいずれも水素である、請求項１５または１６に記載のライセートまたは方法。
【請求項２９】
化合物をメチルトランスフェラーゼ酵素と接触させて、Ｒ１が水素でありＲ２が−ＣＨ３または−ＣＨ２ＣＨ３である化合物を提供することをさらに含む、請求項２８に記載のライセートまたは方法。
【請求項３０】
Ｒ２が−ＣＨ２ＣＨ３である化合物をオキシゲナーゼ酵素と接触させて、Ｒ２が−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３であるヒドロキシル化された化合物を提供することをさらに含む、請求項２９に記載のライセートまたは方法。
【請求項３１】
請求項２〜３０のいずれか一項に記載の方法により調製された化合物またはその塩、および薬学的に受容可能な賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項３２】
請求項２〜３０のいずれか一項に記載の方法により調製された化合物またはその塩、または請求項３１に記載の医薬組成物の細菌感染を処置するためのそれを必要とする対象に対する使用。
【請求項３３】
Ｒ８が、任意に置換されていてもよいアルキル、任意に置換されていてもよいヘテロアルキル、または任意に置換されていてもよいヘテロシクリルである、請求項２５に記載のライセートまたは方法。
【請求項３４】
Ｒ８が、以下：
【化３９−１】
2014526250.tif 000040
【化３９−２】
2014526250.tif 000041
式中、Ｘ−は対イオンである、
からなる群から選択される、請求項３３に記載のライセートまたは方法。