【手続補正書】
【提出日】平成28年3月14日(2016.3.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
装置であって、
複数の生体試料を保持するための物品であって、前記物品が、
第１の表面及び反対側の第２の表面を備える基板と、
前記基板内の複数の反応サイトであって、前記反応サイトの各々が前記第１の表面の開口部から前記第２の表面の開口部まで延在し、かつ対応する生体試料を保持するのに十分な毛管現象による表面張力を提供するように構成される、複数の反応サイトと、を備え、
表面のうちの一方の少なくとも一部分の上の反応サイトの密度が、少なくとも１７０穴毎平方ミリメートルである、物品と、
担体であって、
下面を備える第１のカバーと、
上面を備える第２のカバーと、を備える、担体と、を備え、
前記物品が、前記上面と前記下面との間に配設され、
前記基板の前記第１の表面と前記上面との間に間隙があり、
前記基板の前記第２の表面と前記下面との間に間隙がある、装置。
【請求項２】
前記間隙内に配設されるゲル材料を更に含む、請求項１に記載の装置。
【請求項３】
前記間隙内に配設されるＰＤＭＳ材料を更に含む、請求項１に記載の装置。
【請求項４】
前記カバーのうちの少なくとも１つが、前記反応サイトへの光アクセスを提供するように構成されるウインドウを備える、請求項１に記載の装置。
【請求項５】
前記担体が、前記表面に対して垂直に配設され、かつ前記基板の通過を可能にするようにサイズ決めされた孔を備え、前記孔が、前記基板が前記担体内に移動されたときに破壊される貫通可能な（piercable）膜を備える、請求項１に記載の装置。
【請求項６】
システムであって、
請求項１に記載の装置と、
励起ビームを提供するように構成される光源と、
前記励起ビームが、前記反応サイトのうちの２つ以上に収容された生体溶液と相互作用すると、前記反応サイトのうちの前記２つ以上からの放出光を受容するように構成される光検波器と、
前記反応サイトのうちの前記２つ以上に前記励起ビームの少なくとも一部分を送達するように構成される励起光学システムと、前記反応サイトのうちの前記２つ以上から前記検波器に前記放出光の少なくとも一部を送達する放出光学システムと、を備える、光学システムと、
前記基板又は前記基板内の温度を制御するための熱制御ユニットと、
を備える、システム。
【請求項７】
前記光源の制御、
前記光検波器の制御、
前記光学システムの光学素子の制御、若しくは
前記装置のうちの１つ以上、又は前記反応サイトのうちの少なくとも１つの内部に収容される溶液の温度の制御、又は
前記光検波器により獲得されるデータの処理、のうちの１つ以上を提供するように構成されるマイクロプロセッサを更に備える、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記光検波器が、ＣＣＤアレイ又はＣＭＯＳアレイを備える、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
光検波器が、少なくとも１０，０００，０００ピクセルを含む、請求項８に記載のシステム。
【請求項１０】
解析のために生体試料を保持するための物品を製作するための方法であって、
ガラスを含み、第１の表面及び反対側の第２の表面を有する基板を提供することと、
パターンを含むマスクで前記ガラスを被覆することと、
前記マスクを通り、前記基板の少なくとも部分の上へ紫外線ビームを通過させることと、
前記基板の少なくとも部分を腐食剤へ曝露することと、
前記基板の前記表面のうちの一方から前記表面の他方に延在する複数の反応サイトを提供するように材料を除去することと、
続いて、前記ガラスの特徴を変化させるように前記基板を紫外線ビームに曝露することと、を含む、方法。
【請求項１１】
前記ガラスが、光構造化可能な材料である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記特徴が、前記ガラスの不透明性であり、前記変化が、前記複数の反応サイトのうちの１つの反応サイトに放出される光が、前記ガラスを通して前記複数の反応サイトのうちの隣接する反応サイト内に伝導されることを防止するのに十分な量による、前記ガラスの前記不透明性の増加である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記基板の前記表面の間の厚さを減少させるように十分な量だけ、前記基板から材料を除去することを更に含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記表面の間の初期の厚さに対して、前記基板の前記表面の間の厚さを少なくとも３０％減少させるのに十分な量だけ、前記基板から材料を除去することを更に含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記マスクが、クロムパターンの水晶板を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
解析のために生体試料を保持するための物品を製作するための方法であって、
シリコンを含み、第１の表面及び反対側の第２の表面を有する基板を提供することと、
前記表面のうちの一方へパターンを適用することと、
前記第１の表面に複数のウェルをエッチングすることと、
前記複数のウェルの対応するウェルから少なくとも１つの貫通穴を形成するように前記第２の表面から材料を除去することと、
前記表面のうちの少なくとも一方上へ表面粗さを形成することと、を含み、前記表面粗さが、５ナノメートル以下である算術平均粗さ（Ｒａ）、１５ナノメートル以下である最大谷深さの粗さ（Ｒｖ）、９ナノメートル以下である最大山高さの粗さ（Ｒｐ）、又は２４ナノメートル以下である最大断面高さの粗さ（Ｒｔ）、のうちの１つ以上を特徴とする、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
本発明の実施形態には、概して、複数の反応領域又は反応サイトに位置する多数の試料又は溶液のための生物学的反応を監視又は測定するためのデバイス、器具、システム、及び方法が示される。実施形態は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロセス、アッセイ、及びプロトコルの使用を含む。概して多数の試料が処理されるｄＰＣＲ（デジタルＰＣＲ）又はｑＰＣＲ（リアルタイム又は定量的ＰＣＲ）に適用できる一方で、任意の好適なＰＣＲ方法が、本明細書に記載の様々な実施形態に従って使用され得ることが認識されるべきである。好適なＰＣＲ方法として、アレル特異的ＰＣＲ、非対称ＰＣＲ、結紮によるＰＣＲ、多重ＰＣＲ、ネステッドＰＣＲ、定量的又はリアルタイムＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、キャストＰＣＲ、ゲノムウォーキング、ブリッジＰＣＲ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）などが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明は、例えば、以下を提供する：
（項目１）
複数の生体試料を保持するための物品であって、前記物品が、
第１の表面及び反対側の第２の表面を備える基板と、
第１の表面及び反対側の第２の表面を備える基板と、
前記基板内の複数の反応サイトであって、前記反応サイトの各々が前記第１の表面の開口部から前記第２の表面の開口部まで延在し、かつ対応する生体試料を保持するのに十分な毛管現象による表面張力を提供するように構成される、複数の反応サイトと、を備え、
表面のうちの一方の少なくとも一部分の上の反応サイトの密度が、少なくとも１７０穴毎平方ミリメートルである、物品。
（項目２）
前記表面のうちの少なくとも一方が、５ナノメートル以下である算術平均粗さ（Ｒａ）、１５ナノメートル以下である最大谷深さ粗さ（Ｒｖ）、９ナノメートル以下である最大山高さの粗さ（Ｒｐ）、又は２４ナノメートル以下である最大断面高さの粗さ（Ｒｔ）、のうちの１つ以上を特徴とする表面粗さを有する、項目１に記載の物品。
（項目３）
前記反応サイトのうちの２つ以上が、前記表面のうちの一方又は前記表面の各々で非円形の形状を備える、項目１に記載の物品。
（項目４）
前記反応サイトのうちの２つ以上が、前記表面のうちの一方又は前記表面の各々で六角形の形状を備える、項目１に記載の物品。
（項目５）
前記反応サイトが、貫通穴、ウェル、前記表面のうちの一方におけるくぼみ、前記表面のうちの一方の上の化学的に改質したスポット、そうでなければ疎水性表面上の親水性スポットである、項目１に記載の物品。
（項目６）
前記基板が、フラットプレートを含む、項目１に記載の物品。
（項目７）
前記対向する表面の各々が、疎水性材料を含み、前記反応サイトのうちの２つ以上が、親水性材料を含む壁を備える、項目１に記載の物品。
（項目８）
前記各表面の開口部が、最密充填六方マトリックスに配置される、項目１に記載の物品。
（項目９）
前記基板が、３００マイクロメートル以下である厚さを有する、項目１に記載の物品。
（項目１０）
前記複数の反応サイトの各々が、６０マイクロメートル以下である直径を特徴とする、項目１に記載の物品。
（項目１１）
第１の複数の前記反応サイトでの反応サイト直径が、第２の複数の前記反応サイトでの反応サイト直径とは異なる、項目１に記載の装置。
（項目１２）
前記反応サイトのうちの前記２つ以上の前記壁の各々が、前記表面間でテーパ状である、項目１に記載の物品。
（項目１３）
前記テーパが、３度を超える、項目１２に記載の物品。
（項目１４）
前記反応サイトのうちの前記２つ以上の前記壁の各々が、前記表面のうちの一方又は前記表面の各々に位置する面取り部を含む、項目１に記載の物品。
（項目１５）
前記反応サイトのうちの少なくともいくつかが、前記対向する表面の間に１０ナノリットル以下である体積を有する、項目１に記載の物品。
（項目１６）
前記反応サイトのうちの少なくともいくつかが、前記対向する表面の間に１ナノリットル以下である体積を有する、項目１に記載の物品。
（項目１７）
前記反応サイトのうちの少なくともいくつかが、前記対向する表面の間に１００ピコリットル以下である体積を有する、項目１に記載の物品。
（項目１８）
前記反応サイトのうちの少なくともいくつかが、前記対向する表面の間に３０ピコリットル以下である体積を有する、項目１に記載の物品。
（項目１９）
第１の複数の前記反応サイトでの反応サイト体積が、第２の複数の前記反応サイトでの反応サイト体積とは異なる、項目１に記載の装置。
（項目２０）
前記反応サイトの密度が、少なくとも１７０穴毎平方ミリメートルである、項目１に記載の物品。
（項目２１）
前記反応サイトの密度が、少なくとも２００穴毎平方ミリメートルである、項目１に記載の物品。
（項目２２）
前記複数の反応サイトの隣接する反応サイトの間の最小間隔が、８５マイクロメートル以下である、項目１に記載の物品。
（項目２３）
前記基板の表面が、少なくとも１４ミリメートル×１４ミリメートルでの寸法を有し、前記表面が、前記複数の反応サイトを収容する作用区域を画定し、前記作用区域が、少なくとも１３ミリメートル×１３ミリメートルでの範囲を有する、項目１に記載の物品。
（項目２４）
前記基板が、少なくとも２０，０００個の反応サイトを収容する、項目１に記載の物品。
（項目２５）
前記基板が、少なくとも３０，０００個の反応サイトを収容する、項目１に記載の物品。
（項目２６）
前記基板が、少なくとも１００，０００個の反応サイトを収容する、項目１に記載の物品。
（項目２７）
前記基板が、少なくとも１，０００，０００個の反応サイトを収容する、項目１に記載の物品。
（項目２８）
前記基板が、光構造化ガラスセラミック材料を含む、項目１に記載の物品。
（項目２９）
前記基板が、シリコン材料を含む、項目１に記載の物品。
（項目３０）
前記表面のうちの少なくとも一方の上に配設される基準を更に含む、項目１に記載の装置。
（項目３１）
解析のために生体試料を保持するための物品であって、
１対の対向する表面を有する基板と、
前記基板内の複数の反応サイトであって、前記反応サイトの各々が前記基板の前記対向する表面のうちの一方の開口部から前記対向する表面のうちの他方の開口部まで延在し、かつ対応する生体試料を保持するのに十分な毛管現象による表面張力を提供するように構成される、複数の反応サイトと、を備え、
前記反応サイトのうちの少なくともいくつかが、前記対向する表面の間に１ナノリットル以下である体積を有する、物品。
（項目３２）
装置であって、
項目１に記載の物品と、
担体であって、
下面を備える第１のカバーと、
上面を備える第２のカバーと、を備える、担体と、を備え、
前記物品が、前記上面と前記下面との間に配設され、
前記基板の前記第１の表面と前記上面との間に間隙があり、
前記基板の前記第２の表面と前記下面との間に間隙がある、装置。
（項目３３）
前記間隙内に配設されるゲル材料を更に含む、項目３２に記載の装置。
（項目３４）
前記間隙内に配設されるＰＤＭＳ材料を更に含む、項目３２に記載の装置。
（項目３５）
前記カバーのうちの少なくとも１つが、前記反応サイトへの光アクセスを提供するように構成されるウインドウを備える、項目３２に記載の物品。
（項目３６）
前記担体が、前記表面に対して垂直に配設され、かつ前記基板の通過を可能にするようにサイズ決めされた孔を備える、項目３２に記載の物品。
（項目３７）
前記孔が、前記基板が前記担体内に移動されたときに破壊される貫通可能な（piercable）膜を備える、項目３６に記載の物品。
（項目３８）
挿入具であって、
前記担体内に装着するために前記物品を保持するように構成されるＵ字型本体と、
前記担体をスライド可能に係合するように構成される１対のアームと、を備える、挿入具、を更に備え、
前記挿入具が、前記物品を前記担体内に移設するように構成される、項目３２に記載の装置。
（項目３９）
前記担体が、前記物品の前記担体への装着中、前記物品の前記表面のうちの少なくとも一方に接触するように構成されるワイパブレードを備える、項目３８に記載の装置。
（項目４０）
システムであって、
項目３２に記載の装置と、
励起ビームを提供するように構成される光源と、
前記励起ビームが、前記反応サイトのうちの２つ以上に収容された生体溶液と相互作用すると、前記反応サイトのうちの前記２つ以上からの放出光を受容するように構成される光検波器と、
前記反応サイトのうちの前記２つ以上に前記励起ビームの少なくとも一部分を送達するように構成される励起光学システムと、前記反応サイトのうちの前記２つ以上から前記検波器に前記放出光の少なくとも一部を送達する放出光学システムと、を備える、光学システムと、を備える、システム。
（項目４１）
前記基板又は前記基板内の温度を制御するための熱制御ユニットを更に備える、項目４０に記載のシステム。
（項目４２）
前記光源の制御、
前記光検波器の制御、
前記光学システムの光学素子の制御、若しくは
前記装置のうちの１つ以上、又は前記反応サイトのうちの少なくとも１つの内部に収容される溶液の温度の制御、又は
前記光検波器により獲得されるデータの処理、のうちの１つ以上を提供するように構成されるマイクロプロセッサを更に備える、項目４０に記載の物品。
（項目４３）
前記光検波器が、ＣＣＤアレイ又はＣＭＯＳアレイを備える、項目４０に記載の物品。
（項目４４）
光検波器が、少なくとも４，０００，０００ピクセルを含む、項目４３に記載の物品。
（項目４５）
光検波器が、少なくとも１０，０００，０００ピクセルを含む、項目４３に記載の物品。
（項目４６）
解析のために生体試料を保持するための物品を製作するための方法であって、
ガラスを含み、第１の表面及び反対側の第２の表面を有する基板を提供することと、
パターンを含むマスクで前記ガラスを被覆することと、
前記マスクを通り、前記基板の少なくとも部分の上へ紫外線ビームを通過させることと、
前記基板の少なくとも部分を腐食剤へ曝露することと、
前記基板の前記表面のうちの一方から前記表面の他方に延在する複数の反応サイトを提供するように材料を除去することと、
続いて、前記ガラスの特徴を変化させるように前記基板を紫外線ビームに曝露することと、を含む、方法。
（項目４７）
前記ガラスが、光構造化可能な材料である、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記特徴が、前記ガラスの不透明性であり、前記変化が、前記複数の反応サイトのうちの１つの反応サイトに放出される光が、前記ガラスを通して前記複数の反応サイトのうちの隣接する反応サイト内に伝導されることを防止するのに十分な量による、前記ガラスの前記不透明性の増加である、項目４６に記載の方法。
（項目４９）
前記基板の前記表面の間の厚さを減少させるように十分な量だけ、前記基板から材料を除去することを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目５０）
反応サイトを有する前記基板を、少なくとも摂氏５００度の温度まで加熱することを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目５１）
前記表面の間の初期の厚さに対して、前記基板の前記表面の間の厚さを少なくとも３０％減少させるのに十分な量だけ、前記基板から材料を除去することを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目５２）
前記マスクが、クロムパターンの水晶板を含む、項目４６に記載の方法。
（項目５３）
前記腐食材料が、フッ化水素酸である、項目４６に記載の方法。
（項目５４）
前記基板の少なくとも部分を前記腐食剤へ曝露することに先立って、前記マスクを除去することを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目５５）
解析のために生体試料を保持するための物品を製作するための方法であって、
シリコンを含み、第１の表面及び反対側の第２の表面を有する基板を提供することと、
前記表面のうちの一方へパターンを適用することと、
前記第１の表面に複数のウェルをエッチングすることと、
前記複数のウェルの対応するウェルから少なくとも１つの貫通穴を形成するように前記第２の表面から材料を除去することと、
前記表面のうちの少なくとも一方上へ表面粗さを形成することと、を含み、前記表面粗さが、５ナノメートル以下である算術平均粗さ（Ｒａ）、１５ナノメートル以下である最大谷深さの粗さ（Ｒｖ）、９ナノメートル以下である最大山高さの粗さ（Ｒｐ）、又は２４ナノメートル以下である最大断面高さの粗さ（Ｒｔ）、のうちの１つ以上を特徴とする、方法。
（項目５６）
少なくとも１つの貫通穴のうちの少なくとも１つを、ヌクレオチド配列及び蛍光染料を含有する液体溶液で少なくとも部分的に充填することを更に含む、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
複数の生体試料を調製する方法であって、
項目１に記載の物品を提供することと、
担体であって、
下面を備える第１のカバーと、
上面を備える第２のカバーと、
前記物品を受容するようにサイズ決めされた孔と、を備える、担体を提供することと、
挿入具であって、
Ｕ字型本体と、
前記担体をスライド可能に係合するように構成される１対のアームと、を備える、挿入具を提供することと、
前記Ｕ字型本体内に前記物品を取り付けることと、
前記カバーの間に前記物品を配設するのに十分な量だけ前記挿入具をスライドさせることと、を含む、方法。
（項目５８）
前記物品の前記表面のうちの少なくとも一方に接触するように構成されるワイパブレードを提供することと、
前記物品の前記表面のうちの一方上へある量の液体を設置することであって、前記液体が、前記物品の前記反応サイト内に堆積される生体試料を含有する、設置することと、
前記表面のうちの少なくとも一方にわたってワイパブレードをワイピングすることによって前記挿入具をスライドさせながら、前記複数の反応サイトの少なくともいくつかの中へ前記液体を堆積させることと、を更に含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記物品及び前記担体から、前記挿入具を除去することを更に含む、項目５７に記載の方法。
（項目６０）
前記担体上に前記挿入具を取り付け、続いて、前記Ｕ字型本体内に前記物品を取り付けることを更に含む、項目５７に記載の方法。
（項目６１）
前記担体上に前記挿入具と前記物品とを一緒に取り付けることを更に含む、項目５７に記載の方法。
（項目６２）
前記液体試料の少なくとも９９パーセントが、反応サイトのうちの少なくともいくつかにより受容される、項目５７に記載の方法。
（項目６３）
前記液体試料の少なくとも９９パーセントが、前記反応サイトの９５パーセント未満により受容される、項目５７に記載の方法。