【手続補正書】
【提出日】平成27年12月4日(2015.12.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a)  標的核酸を含む生物学的試料を、約19℃〜約25℃の範囲の温度で、プロテアーゼを含む溶液により前処理する工程；
b)  該試料を変性させる工程；
c)  少なくとも1つのプローブを、該試料中の標的核酸にハイブリダイズさせる工程、ここで、該プローブは、標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む；
d)  該試料を洗浄して、標的核酸にハイブリダイズしなかったプローブを除去する工程；ならびに
e)  標的核酸へのハイブリダイゼーション後、オリゴヌクレオチドプローブ上の少なくとも1つの検出可能な標識を検出して、それにより該試料中の標的核酸を検出する工程、
を含む、生物学的試料中の標的核酸を検出するための方法。
【請求項２】
a)における溶液が、約0.1〜約0.3%のペプシンを含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
a)における溶液が、酸性のpHを有する、請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
a)における溶液が、0.01NのHClを含む、請求項３記載の方法。
【請求項５】
該試料が、a)における溶液と、約5〜約20分間接触される、請求項１、２または３記載の方法。
【請求項６】
該試料が、a)における溶液と、約15分間接触される、請求項５記載の方法。
【請求項７】
工程b)〜d)の1つ以上が、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、請求項１〜６いずれか記載の方法。
【請求項８】
a)  少なくとも1つのプローブを、約19℃〜約25℃の範囲の温度で生物学的試料中の標的核酸にハイブリダイズさせる工程、ここで該プローブは、
1)  約1〜10mMの塩基を含み、約10〜約13の範囲のpHを有するハイブリダイゼーションバッファ中に存在し、
2)  標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む；
b)  該試料を洗浄して、標的核酸にハイブリダイズしなかったプローブを除去する工程；ならびに
c)  該試料中の標的核酸へのハイブリダイゼーション後に、プローブ上の少なくとも1つの検出可能な標識を検出し、それにより該試料中の標的核酸を検出する工程、
を含む、生物学的試料中の標的核酸を検出するための方法。
【請求項９】
ハイブリダイゼーションバッファが、約11〜約12の範囲のpHを有する、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
ハイブリダイゼーションバッファが、約1〜5mMの塩基、約20〜60%のホルムアミドおよび約5〜40%の硫酸デキストランを含む、請求項８または９記載の方法。
【請求項１１】
該塩基がNaOHである、請求項８、９または１０記載の方法。
【請求項１２】
ハイブリダイゼーションバッファが、約1.0〜3.0mMのNaOH、約30〜50%のホルムアミドおよび約10%の硫酸デキストランを含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
ハイブリダイゼーションバッファが、約4.2mMのNaOH、約42%のホルムアミドおよび約28%の硫酸デキストランを含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
工程a)の変性が、約5分〜約15分である、請求項８〜１３いずれか記載の方法。
【請求項１５】
工程b)が、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、請求項８〜１４いずれか記載の方法。
【請求項１６】
a)  標的核酸を含む生物学的試料を変性させる工程；
b)  少なくとも1つのプローブを、試料中の標的核酸にハイブリダイズさせる工程、ここで、該プローブは、標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む；
c)  約10〜約13の範囲のpHを有し、約1〜10mMの塩基を含む洗浄バッファ中、約19℃〜約25℃の範囲の温度で試料を洗浄する工程；ならびに
d)  該試料中の標的核酸にハイブリダイズしたプローブ上の少なくとも1つの検出可能な標識を検出し、それにより該試料中の標的核酸を検出する工程、
を含む、生物学的試料中の標的核酸を検出するための方法。
【請求項１７】
洗浄バッファが、約11のpHを有する、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
洗浄バッファが、約1〜3mMの塩基および約2xSSCを含む、請求項１６または１７記載の方法。
【請求項１９】
該塩基がNaOHである、請求項１６、１７または１８記載の方法。
【請求項２０】
洗浄バッファが、約1.75〜2mMのNaOHおよび約2xSSCを含む、請求項１６〜１９いずれか記載の方法。
【請求項２１】
工程c)が、1回以上の洗浄を含み、それぞれの洗浄が、約2分〜約5分の持続時間である、請求項１６〜２０いずれか記載の方法。
【請求項２２】
工程a)およびb)の1つ以上が、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、請求項１６〜２１いずれか記載の方法。
【請求項２３】
該プローブが、約20〜約50のヌクレオチドを含む一本鎖オリゴヌクレオチドプローブである、請求項１〜２２いずれか記載の方法。
【請求項２４】
該プローブがゲノム断片から調製される、請求項１〜２２いずれか記載の方法。
【請求項２５】
生物学的試料が、上皮細胞、皮膚細胞、骨髄細胞、割球、精子細胞、卵母細胞もしくは極体、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１〜２４いずれか記載の方法。
【請求項２６】
a)  生物学的試料と、塩基および約50%〜約80%のアルコールを含む溶液とを接触させることにより、標的核酸を含む生物学的試料を変性させる工程；
b)  少なくとも1つのプローブを、該試料中の標的核酸にハイブリダイズさせる工程、ここで、該プローブは、
1)  約1〜10mMの塩基を含み、約10〜約13の範囲のpHを有するハイブリダイゼーションバッファ中に存在し、
2)  標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む；
c)  約10〜約13の範囲のpHを有し、約1〜10mMを含む洗浄バッファ中で該試料を洗浄する工程；ならびに
d)  該試料中の標的核酸にハイブリダイズしたプローブ上の少なくとも1つの検出可能な標識を検出して、それにより該試料中の標的核酸を検出する工程、
を含む、生物学的試料中の標的核酸を検出するための方法であって、
工程a)、b)およびc)のそれぞれが、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、方法。
【請求項２７】
a)  標的核酸を含む生物学的試料を変性させる工程；
b)  少なくとも1つのプローブを、該試料と共にインキュベートする工程、ここで、該プローブは、標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む；
c)  洗浄バッファ中で該試料を洗浄する工程；ならびに
d)  標的核酸が該試料中に存在するかどうかを、該試料中の標的核酸にハイブリダイズした1つ以上のプローブを検出することにより決定する工程
を含む、標的核酸が生物学的試料中に存在するかどうかを決定するための方法であって、
工程a)、b)およびc)の少なくとも1つが、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、方法。
【請求項２８】
工程a)、b)およびc)がそれぞれ、約19℃〜約25℃の範囲の温度で実施される、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
a)  約0.03M〜約0.17Mの塩基および約50%〜約80%のアルコールを含む変性バッファ；
b)  約1〜10mMの塩基を含み、約10〜約13の範囲のpHを有するハイブリダイゼーションバッファ；ならびに
c)  約1〜10mMの塩基を含む洗浄バッファ、ここで、該洗浄バッファは、約10〜約13の範囲のpHを有する、
を含む、生物学的試料中の標的核酸を検出するためのキット。
【請求項３０】
該試料を前処理するための1つ以上のプロテアーゼをさらに含む、請求項２９記載のキット。
【請求項３１】
1つ以上のプロテアーゼがペプシンを含む、請求項３０記載のキット。
【請求項３２】
標的核酸中のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列および少なくとも1つの検出可能な標識を含む少なくとも1つのプローブをさらに含む、請求項２９、３０または３１記載のキット。
【請求項３３】
変性バッファが、約0.07Mの水酸化ナトリウムおよび約70%のエタノールを含む、請求項２９〜３２いずれか記載のキット。
【請求項３４】
ハイブリダイゼーションバッファが、約1〜5mMの塩基、約20〜60%のホルムアミドおよび約5〜40%の硫酸デキストランを含む、請求項２９〜３３いずれか記載のキット。
【請求項３５】
洗浄バッファが、約1.75〜2mMのNaOHを含む、請求項２９〜３４いずれか記載のキット。
【請求項３６】
洗浄バッファが、約2xSSCをさらに含む、請求項３５記載のキット。