【手続補正書】
【提出日】平成28年4月22日(2016.4.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の異なるポリペプチドを含むポリペプチドライブラリーであって、
前記ポリペプチドは、
ｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載のＩＧＬＶ３−２３の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む重鎖抗体可変領域（ＶH）及び、
ｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８に記載のＩＧＬＶ１−４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１に記載のＩＧＬＶ１−４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４に記載のＩＧＬＶ１−４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に記載のＩＧＬＶ３−１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に記載のＩＧＬＶ６−５７、のいずれか１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む軽鎖抗体可変領域（ＶL）、を含み、
前記ＶH及び前記ＶLは、抗体結合を形成することができ、
前記ポリペプチドの２以上は、前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域中の１以上の相補性決定領域に存在するアミノ酸配列が互いに異なる、ポリペプチドライブラリー。
【請求項２】
前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域中の１以上の相補性決定領域のアミノ酸配列は、ランダム又はセミランダムであるか、又はヒト抗体に由来する、請求項１のライブラリー。
【請求項３】
ポリペプチドライブラリーを構成する方法であって、
前記方法は、複数の異なるポリペプチドを準備する工程を含み、
前記複数の異なるポリペプチドは、
ｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載のＩＧＬＶ３−２３の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む重鎖抗体可変領域（ＶH）、及び、
ｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８に記載のＩＧＬＶ１−４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１に記載のＩＧＬＶ１−４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４に記載のＩＧＬＶ１−４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に記載のＩＧＬＶ３−１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に記載のＩＧＬＶ６−５７、のいずれか１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む軽鎖抗体可変領域（ＶL）、を含み、
前記ＶH及び前記ＶLは、抗体結合を形成することができ、
前記ポリペプチドの２以上は、前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域中の１以上の相補性決定領域に存在するアミノ酸配列が互いに異なる、ポリペプチドライブラリーを構成する方法。
【請求項４】
複数の異なるポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、
各ポリヌクレオチドは、
ｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載のＩＧＬＶ３−２３の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む重鎖抗体可変領域（ＶH）、及び、
ｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８に記載のＩＧＬＶ１−４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１に記載のＩＧＬＶ１−４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４に記載のＩＧＬＶ１−４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に記載のＩＧＬＶ３−１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に記載のＩＧＬＶ６−５７、のいずれか１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む軽鎖抗体可変領域（ＶL）、を含むポリペプチドをコード化するものであり、
前記ポリヌクレオチドの２以上は、前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域中の１以上の異なる相補性決定領域を含むポリペプチドをコード化することによって互いに異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドは、前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域の１以上の相補性決定領域のアミノ酸配列をコード化し、
前記アミノ酸配列は、ランダム又はセミランダムであるか、又はヒト抗体に由来する、請求項４のライブラリー。
【請求項６】
ポリヌクレオチドライブラリーを構成する方法であって、
前記方法は、ポリペプチドをコード化する複数の異なるポリヌクレオチドを準備する工程を含み、
前記ポリペプチドは、
ｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載のＩＧＬＶ３−２３の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む重鎖抗体可変領域（ＶH）、及び、
ｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８に記載のＩＧＬＶ１−４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１に記載のＩＧＬＶ１−４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４に記載のＩＧＬＶ１−４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に記載のＩＧＬＶ３−１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に記載のＩＧＬＶ６−５７、のいずれか１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む軽鎖抗体可変領域（ＶL）、を含み、
前記ＶH及び前記ＶLは、抗体結合を形成することができ、
前記ポリヌクレオチドの２以上は、前記ＶH可変領域及び／又は前記ＶL可変領域中の１以上の異なる相補性決定領域を含むポリペプチドをコード化することによって互いに異なる、ポリペプチドライブラリーを構成する方法。
【請求項７】
ｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載のＩＧＬＶ３−２３の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む重鎖抗体可変領域（ＶH）、及び、
ｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８に記載のＩＧＬＶ１−４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１に記載のＩＧＬＶ１−４４、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４に記載のＩＧＬＶ１−４７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に記載のＩＧＬＶ３−１９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に記載のＩＧＬＶ６−５７、のいずれか１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む軽鎖抗体可変領域（ＶL）、を含み、
前記ＶH及び前記ＶLは、抗体結合を形成することができる、単離及び／又は組換ポリペプチド。
【請求項８】
前記ＶLは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に記載のＩＧＬＶ３−１の骨格領域に９０％以上一致する骨格領域を含む、請求項７のポリペプチド。
【請求項９】
可変のフラグメント（Ｆｖ）である、請求項７又は８のポリペプチド。
【請求項１０】
Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ｓｃＦｖ、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、又はより高次のポリペプチド複合体である、請求項７〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
前記ポリペプチドは、ｓｃＦｖであり、前記ＶH及び前記ＶLは、リンカーペプチドを通じて互いに結合している、請求項１０のポリペプチド。
【請求項１２】
前記ＶH可変領域及び前記ＶL可変領域の骨格領域は、与えられたいずれかの配列の骨格領域に９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上一致する、請求項７〜１１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
還元条件下で溶解性である、請求項７〜１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
還元条件下で作製されたときに、溶解性であり、かつ抗体結合部を安定して形成することができる、請求項７〜１３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
化合物に接合している、請求項７〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
前記化合物は、放射性同位体、検出可能な標識、治療化合物、コロイド、毒素、核酸、ペプチド、タンパク質、対象物中のポリペプチドの半減期を増加させる化合物、及びそれらの混合物からなる群より選択される、請求項１５のポリペプチド。
【請求項１７】
請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドをコード化する単離及び／又は外因性ポリヌクレオチド、又は、それらの重鎖可変領域又は軽鎖可変領域。
【請求項１８】
請求項１７のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１９】
請求項７〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１７のポリヌクレオチド、又は請求項１８のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２０】
標的分子に結合するポリペプチドをスクリーニングする方法であって、
前記方法は、請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチド又は請求項１、２、４及び５のいずれか一項のライブラリーを標的分子に接触させる工程と、
請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドが、標的分子に結合するかどうかを決定する工程と、を含む、標的分子に結合するポリペプチドをスクリーニングする方法。
【請求項２１】
請求項７〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、宿主細胞中で発現されるか、又は、請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドを作製するための無細胞発現系中で発現される、請求項２０の方法。
【請求項２２】
前記ポリペプチドは、宿主細胞の細胞質及び／又はペリプラズム中で発現される、請求項２１の方法。
【請求項２３】
前記宿主細胞は、細菌細胞、酵母細胞、又は哺乳類細胞である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記宿主細胞は、細菌細胞であり、
前記方法は、
ａ）ポリペプチドが作製されるように、請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを含む細菌細胞を培養する工程と、
ｂ）細菌細胞を透過化する工程であって、前記ポリヌクレオチド及び前記ポリペプチドが、透過化した細菌細胞内に保持される工程と、
ｃ）標的分子が透過化した細菌細胞内で拡散するように、透過化した細菌細胞を標的分子に接触させる工程と、
ｄ）請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドが標的分子に結合するかどうかを決定する工程と、を含む請求項２３の方法。
【請求項２５】
前記無細胞発現系は、リボソームディスプレイシステム、ｍＲＮＡディスプレイシステム、又はシスディスプレイシステムを含む、請求項２１の方法。
【請求項２６】
複数の宿主細胞を含む宿主細胞ライブラリーであって、
前記複数の宿主細胞は、請求項７〜１６のいずれか一項記載のポリペプチドを含み、
１以上の宿主細胞は、ＶH可変領域及び／又はＶL可変領域中の１以上の相補性決定領域に存在するアミノ酸配列のライブラリーにおいて、別の宿主細胞に存在するポリペプチドと異なるポリペプチドを含む、複数の宿主細胞を含む宿主細胞ライブラリー。
【請求項２７】
請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチド、請求項１７のポリヌクレオチド、及び／又は請求項１８のベクター、並びに、薬学的に許容されるキャリア。
【請求項２８】
請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチド、請求項１７のポリヌクレオチド、及び／又は、請求項１８のベクター、並びに、細菌細胞を透過処理することができる薬剤を含むキット。
【請求項２９】
治療器具又は診断器具における、請求項７〜１６のいずれか一項のポリペプチドの使用。