【手続補正書】
【提出日】平成28年2月16日(2016.2.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（ＸＩＩｂ）：
(XIIb)N1-N2-…-Nn-1-Nn-(I’b)y-(M1-…-Mm-1-Mm)p-(I’b)y’
または式（ＸＩＩＩｂ）：
(XIIIb)(Ic’)-(I’b)y-1-N1-N2-…-Nn-1-Nn-(I’b)y’-(M1-M2-…-Mm-1-Mm)p-(I’b)y”
［式中、
Ｎ１、…、Ｎｎは互いに独立して、ヌクレオチドを表し、
Ｍ１、…、Ｍｍは互いに独立して、ヌクレオチドを表し、
（Ｉ’ｂ）は、式：
【化１】
2015514402.tif 000001
の化合物を表し、
（Ｉｃ’）は、式：
【化２】
2015514402.tif 000002
の化合物を表し、
ｎは、４から１００の範囲の整数であり、
ｍは、４から１００の範囲の整数であり、
ｙは、２から１２の範囲の整数であり、
ｐは、０または１を表し、
ｙ’は、ｐが値１を有する場合、０から１２の範囲の整数であり、ｐが値０を有する場合、ｙ’は０に等しく、
ｙ”は、ｐが値１を有する場合、０から１２の範囲の整数であり、ｐが値０を有する場合、その際は、ｙ”は０の値を有し、
整数（ｙ＋ｙ’）または（ｙ＋ｙ’＋ｙ”）の合計は、１２を超えることがなく
Ｘは、直鎖または分岐鎖のＣ１−Ｃ１２アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基から選択され、
Ｙは、直鎖または分岐鎖のＣ１−Ｃ１２アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基から選択され、
Ｚは、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２ＮＣＯ−アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２ＣＯＮ−アルキル基から選択され、
Ｗは、Ｃ１−Ｃ１２アルカントリイル基、Ｃ６−Ｃ１８アリールトリイル基およびＣ６−Ｃ１８アラルカン（ａｒａｌｋａｎｅ）トリイル基から選択され、
Ｒは、Ｈであるか、またはＣ１−Ｃ１２アシル、Ｃ１−Ｃ１２Ｓ−アルキル、Ｃ６−Ｃ１２Ｓ−アリール、Ｓ−２−ピリジン、酸素含有または窒素含有Ｃ１−Ｃ１２Ｓ−ヘテロアルキル、Ｃ３−Ｃ１２Ｓ−シクロアルキル、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２Ｓ−シクロヘテロアルキル基から選択され、ならびに、
Ｒ１は、２−シアノエチルまたはＲ’１Ｒ’２Ｒ’３ＳｉＣＨ２ＣＨ２基（式中Ｒ’１、Ｒ’２およびＲ’３は、同一であっても、または異なっていてもよく、１から１２の炭素原子を含む直鎖もしくは分岐鎖のアルキルおよびＣ６−Ｃ１２アリールから選択される基を表す）から選択される］
に対応する修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
式：
【化３】
2015514402.tif 000003
（式中、ｎ、ｙ、Ｎ１、…、Ｎｎ−１、Ｘ、Ｙ、Ｚ、ＷおよびＲは、請求項１と同じ定義を有し、
Ｂｎは、ｎ番目のヌクレオチドの塩基を表す）
に対応する、請求項１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項３】
式：
【化４】
2015514402.tif 000004
（式中、ｎ、ｙ、Ｎ２、…、Ｎｎ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、ＷおよびＲは、請求項１と同じ定義を有し、
Ｂ１は、第１番目のヌクレオチドの塩基を表す。）
に対応する、請求項１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項４】
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合により、ヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）が、疾患の原因である、または疾患に関与する、ウイルス、細菌または遺伝子に対して特異的である、請求項１から３のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項５】
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合によりヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）が、
−Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）に特異的な配列番号１、配列番号４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３５もしくは配列番号３６の配列、
−フラビウイルスに特異的な配列番号１６、配列番号１７もしくは配列番号４０の配列、
−デングウイルスに特異的な配列番号１８もしくは配列番号４１の配列、または
−西ナイルウイルス（ＷＮＶ）に特異的な配列番号１９の配列、
から選択される、請求項４に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項６】
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合によりヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）は、アルファアノマー、ベータアノマー、直鎖もしくはスネイルタイプの構造を有する、請求項１から５のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項７】
前記修飾オリゴヌクレオチドのグラフティングに耐える物質によりコーティングされた少なくとも１つのレシービングゾーンを含む、少なくとも１つの請求項１から６のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチドによるグラフト化基材。
【請求項８】
−前記レシービングゾーンが金またはプラチナのフィルムによりコーティングされ、前記基材が金属である、または
−前記レシービングゾーンがその表面に、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合または炭素−炭素三重結合またはハロアセトアミド官能基を含み、および前記基材がプラスチックである、
請求項７に記載のグラフト化基材。
【請求項９】
前記基材が非平面である、請求項７または８に記載のグラフト化基材。
【請求項１０】
生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出する方法であって、
−前記標的核酸を、請求項１から６のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチドにより形成される少なくとも１つの検出プローブにより検出するステップを含む方法。
【請求項１１】
−前記生体試料から少なくとも１つ供給源核酸を得るステップ、
−供給源核酸から前記標的核酸の増幅によりアンプリコンを作製するステップ、および
−前記アンプリコンと、請求項１から６のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチドにより形成される少なくとも１つの検出プローブとのハイブリダイゼーションを検出するステップ、
を含む、請求項１０に記載の検出方法。
【請求項１２】
−アンプリコンが、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に関する情報を保有するウイルスのゲノム領域に対応する標的ヌクレオチド配列の増幅により作製され、ならびに
−検出が、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に特異的なプローブにより実施される、
生体試料中に存在するウイルスの遺伝子型および／または亜型を決定するための、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
アンプリコンを作製するステップが、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に関する情報を保有するウイルスのゲノム領域に対応する標的ヌクレオチド配列の増幅により、ヌクレオチドプライマーの混合物を用いて実施される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
−少なくとも１つの請求項１から６のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレチド、および前記修飾オリゴヌクレオチドのグラフティングに耐える物質によりコーティングされた少なくとも１つのレシービングゾーンを含む少なくとも１つの基材、または
−請求項７から９のいずれか一項に記載の少なくとも１つのグラフト化基材、
を含む、生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出するためのキット。
【請求項１５】
配列番号１、配列番号４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３６、配列番号４０および配列番号４１の配列から選択されるヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１から６のいずれか一項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチドまたは請求項７から９のいずれか一項に記載のグラフト化基材の、生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出するための使用。
【請求項１７】
ウイルス株の、診断、遺伝子型決定またはシーケンシングのための、請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
ＨＣＶ、ＨＢＶ、デングウイルスまたは西ナイルウイルスの、診断、遺伝子型決定またはシーケンシングのための、請求項１７に記載の使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４０５】
図２１、２２および２３に提示した結果は、フラビウイルス包括的プローブ、デング特異的プローブ４および西ナイルウイルス包括的プローブが、問題となるウイルスに対応するアンプリコンとだけ有意にハイブリダイズすることを示している。
なお、本発明は、実施の態様として以下の内容を含む。
〔態様１〕
式（ＸＩＩｂ）：
(XIIb)N1-N2-…-Nn-1-Nn-(I’b)y-(M1-…-Mm-1-Mm)p-(I’b)y’
または式（ＸＩＩＩｂ）：
(XIIIb)(Ic’)-(I’b)y-1-N1-N2-…-Nn-1-Nn-(I’b)y’-(M1-M2-…-Mm-1-Mm)p-(I’b)y”
［式中、
Ｎ１、…、Ｎｎは互いに独立して、ヌクレオチドを表し、
Ｍ１、…、Ｍｍは互いに独立して、ヌクレオチドを表し、
（Ｉ’ｂ）は、式：
【化４７】
2015514402.tif 000005
の化合物を表し、
（Ｉｃ’）は、式：
【化４８】
2015514402.tif 000006
の化合物を表し、
ｎは、４から１００の範囲の整数であり、
ｍは、４から１００の範囲の整数であり、
ｙは、２から１２の範囲の整数であり、
ｐは、０または１を表し、
ｙ’は、ｐが値１を有する場合、０から１２の範囲の整数であり、ｐが値０を有する場合、ｙ’は０に等しく、
ｙ”は、ｐが値１を有する場合、０から１２の範囲の整数であり、ｐが値０を有する場合、その際は、ｙ”は０の値を有し、
整数（ｙ＋ｙ’）または（ｙ＋ｙ’＋ｙ”）の合計は、１２を超えることがなく
Ｘは、直鎖または分岐鎖のＣ１−Ｃ１２アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基から選択され、
Ｙは、直鎖または分岐鎖のＣ１−Ｃ１２アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基から選択され、
Ｚは、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ基、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２シクロヘテロアルキル基、Ｃ１−Ｃ１２ＮＣＯ−アルキル基、Ｃ１−Ｃ１２ＣＯＮ−アルキル基から選択され、
Ｗは、Ｃ１−Ｃ１２アルカントリイル基、Ｃ６−Ｃ１８アリールトリイル基およびＣ６−Ｃ１８アラルカン（ａｒａｌｋａｎｅ）トリイル基から選択され、
Ｒは、Ｈであるか、またはＣ１−Ｃ１２アシル、Ｃ１−Ｃ１２Ｓ−アルキル、Ｃ６−Ｃ１２Ｓ−アリール、Ｓ−２−ピリジン、酸素含有または窒素含有Ｃ１−Ｃ１２Ｓ−ヘテロアルキル、Ｃ３−Ｃ１２Ｓ−シクロアルキル、酸素含有または窒素含有Ｃ３−Ｃ１２Ｓ−シクロヘテロアルキル基から選択され、ならびに、
Ｒ１は、２−シアノエチルまたはＲ’１Ｒ’２Ｒ’３ＳｉＣＨ２ＣＨ２基（式中Ｒ’１、Ｒ’２およびＲ’３は、同一であっても、または異なっていてもよく、１から１２の炭素原子を含む直鎖もしくは分岐鎖のアルキルおよびＣ６−Ｃ１２アリールから選択される基を表す）から選択される］
に対応する修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様２〕
式：
【化４９】
2015514402.tif 000007
（式中、ｎ、ｙ、Ｎ１、…、Ｎｎ−１、Ｘ、Ｙ、Ｚ、ＷおよびＲは、態様１と同じ定義を有し、
Ｂｎは、ｎ番目のヌクレオチドの塩基を表す）
に対応する、態様１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様３〕
式：
【化５０】
2015514402.tif 000008
（式中、ｎ、ｙ、Ｎ２、…、Ｎｎ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、ＷおよびＲは、態様１と同じ定義を有し、
Ｂ１は、第１番目のヌクレオチドの塩基を表す。）
に対応する、態様１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様４〕
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合により、ヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）が、疾患の原因である、または疾患に関与する、ウイルス、細菌または遺伝子に対して特異的である、態様１から３のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様５〕
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合によりヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）が、
−Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）に特異的な配列番号１、配列番号４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３５もしくは配列番号３６の配列、
−フラビウイルスに特異的な配列番号１６、配列番号１７もしくは配列番号４０の配列、
−デングウイルスに特異的な配列番号１８もしくは配列番号４１の配列、または
−西ナイルウイルス（ＷＮＶ）に特異的な配列番号１９の配列、
から選択される、態様４に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様６〕
ヌクレオチド配列（Ｎ１−Ｎ２−…−Ｎｎ−１−Ｎｎ）および場合によりヌクレオチド配列（Ｍ１−Ｍ２−…−Ｍｍ−１−Ｍｍ）は、アルファアノマー、ベータアノマー、直鎖もしくはスネイルタイプの構造を有する、態様１から５のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
〔態様７〕
前記修飾オリゴヌクレオチドのグラフティングに耐える物質によりコーティングされた少なくとも１つのレシービングゾーンを含む、少なくとも１つの態様１から６のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチドによるグラフト化基材。
〔態様８〕
−前記レシービングゾーンが金またはプラチナのフィルムによりコーティングされ、前記基材が金属、好ましくは銅もしくはチタン製である、または
−前記レシービングゾーンがその表面に、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合または炭素−炭素三重結合またはハロアセトアミド官能基、好ましくはマレイミドもしくはアクリルアミド官能基を含み、および前記基材がプラスチック、好ましくはポリスチレン製である、
態様７に記載のグラフト化基材。
〔態様９〕
前記基材が非平面であり、好ましくはマイクロ粒子またはナノ粒子である、態様７または８に記載のグラフト化基材。
〔態様１０〕
生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出する方法であって、
−前記標的核酸を、態様１から６のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチドにより形成される少なくとも１つの検出プローブにより検出するステップを含む方法。
〔態様１１〕
−前記生体試料から少なくとも１つ供給源核酸を得るステップ、
−供給源核酸から前記標的核酸の増幅によりアンプリコンを作製するステップ、および
−前記アンプリコンと、態様１から６のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチドにより形成される少なくとも１つの検出プローブとのハイブリダイゼーションを検出するステップ、
を含む、態様１０に記載の検出方法。
〔態様１２〕
−アンプリコンが、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に関する情報を保有するウイルスのゲノム領域に対応する標的ヌクレオチド配列の増幅により作製され、ならびに
−検出が、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に特異的なプローブにより実施される、
生体試料中に存在するウイルスの遺伝子型および／または亜型を決定するための、態様１１に記載の方法。
〔態様１３〕
アンプリコンを作製するステップが、ウイルスの遺伝子型および／または亜型に関する情報を保有するウイルスのゲノム領域に対応する標的ヌクレオチド配列の増幅により、好ましくはプライマーペア：
−配列番号８および配列番号９、アンプリコンがＨＣＶの任意の遺伝子型から出発して作製される場合；
−配列番号１０および配列番号９、アンプリコンが遺伝子型１ａ／１ｂのＨＣＶから出発して作製される場合；
−配列番号２９および配列番号９、アンプリコンが遺伝子型２のＨＣＶから出発して作製される場合；
−配列番号８および配列番号１１、アンプリコンが遺伝子型３ａのＨＣＶから出発して作製される場合；
−配列番号８および配列番号３０、アンプリコンが遺伝子型４ａ／４ｄのＨＣＶから出発して作製される場合；
−配列番号２０および配列番号２１、または配列番号２２および配列番号２１、アンプリコンがフラビウイルスから作製される場合、
から選択されるヌクレオチドプライマーの混合物を用いて実施される、態様１２に記載の方法。
〔態様１４〕
−少なくとも１つの態様１から６のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレチド、および前記修飾オリゴヌクレオチドのグラフティングに耐える物質によりコーティングされた少なくとも１つのレシービングゾーンを含み、前記レシービングゾーンが、好ましくは金、プラチナによりコーティングされるか、または少なくとも１つの炭素−炭素二重結合もしくは炭素−炭素三重結合またはハロアセトアミド官能基、好ましくはマレイミドもしくはアクリルアミド官能基をその表面に含む少なくとも１つの基材、または
−態様７から９のいずれか一態様に記載の少なくとも１つのグラフト化基材、
を含む、生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出するためのキット。
〔態様１５〕
配列番号１、配列番号４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３６、配列番号４０および配列番号４１の配列から選択されるヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチド。
〔態様１６〕
態様１から６のいずれか一態様に記載の修飾オリゴヌクレオチド、態様１５に記載のオリゴヌクレオチドまたは態様７から９のいずれか一態様に記載のグラフト化基材の、生体試料中の少なくとも１つの標的核酸を検出するための使用。
〔態様１７〕
ウイルス株、好ましくは肝炎ウイルス、アルボウイルス、好ましくはフラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）またはブニヤウイルス科（Ｂｕｎｈｙａｖｉｒｉｄａｅ）の、診断、遺伝子型決定またはシーケンシングのための、態様１６に記載の使用。
〔態様１８〕
ＨＣＶ、ＨＢＶ、デングウイルスまたは西ナイルウイルスの、診断、遺伝子型決定またはシーケンシングのための、態様１７に記載の使用。