【手続補正書】
【提出日】平成28年3月3日(2016.3.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｃ−ＲＡＦ活性を有する突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドをコードする単離された核酸分子であって、前記突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドは、配列番号２を含む野生型Ｃ−ＲＡＦポリペプチドと比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、前記少なくとも１つのアミノ酸置換は、突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドを発現する細胞に１種またはそれより多くのＲＡＦ阻害剤に対する耐性を付与し、前記少なくとも１つのアミノ酸置換は１０４Ｅ、２５７Ｓ、２６１Ｐ、３５６Ｇ、３６１Ｇ、４２７Ｓ、４４７Ｄ、４６９Ｍ、４７８Ｅ、および５５４Ｒからなる群より選択される１つまたはそれより多くのアミノ酸位置で起こる、上記核酸分子。
【請求項２】
前記少なくとも１つの置換が、１０４Ｅ＞Ｋ、２５７Ｓ＞Ｐ、２６１Ｐ＞Ｔ、３５６Ｇ＞Ｅ、３６１Ｇ＞Ａ、４２７Ｓ＞Ｔ、４４７Ｄ＞Ｎ、４６９Ｍ＞Ｉ、４７８Ｅ＞Ｋ、および５５４Ｒ＞Ｋからなる群より選択される、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項３】
前記少なくとも１つの置換が、２５７Ｓ、２６１Ｐ、および３６１Ｇからなる群より選択される、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項４】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、ＺＭ３３６３７２、および（Ｓ）−メチル  １−（４−（３−（５−クロロ−２−フルオロ−３−（メチルスルホンアミド）フェニル）−１−イソプロピル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）プロパン−２−イルカルバメートからなる群より選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離された核酸分子。
【請求項５】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＰＬＸ４０３２である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離された核酸分子。
【請求項６】
請求項１に記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項７】
請求項６に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項８】
Ｃ−ＲＡＦ活性を有する単離された突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドであって、前記突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドは、配列番号２を含む野生型Ｃ−ＲＡＦポリペプチドと比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、前記少なくとも１つのアミノ酸置換は、突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドを発現する細胞に、１種またはそれより多くのＲＡＦ阻害剤に対する耐性を付与し、前記少なくとも１つのアミノ酸置換は、１０４Ｅ、２５７Ｓ、２６１Ｐ、３５６Ｇ、３６１Ｇ、４２７Ｓ、４４７Ｄ、４６９Ｍ、４７８Ｅ、および５５４Ｒからなる群より選択される１つまたはそれより多くのアミノ酸位置で起こる、上記ポリペプチド。
【請求項９】
前記少なくとも１つの置換が、１０４Ｅ＞Ｋ、２５７Ｓ＞Ｐ、２６１Ｐ＞Ｔ、３５６Ｇ＞Ｅ、３６１Ｇ＞Ａ、４２７Ｓ＞Ｔ、４４７Ｄ＞Ｎ、４６９Ｍ＞Ｉ、４７８Ｅ＞Ｋ、および５５４Ｒ＞Ｋからなる群より選択される、請求項８に記載の突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチド。
【請求項１０】
前記少なくとも１つの置換が、２５７Ｓ、２６１Ｐ、および３６１Ｇからなる群より選択される、請求項８に記載の突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチド。
【請求項１１】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、ＺＭ３３６３７２、および（Ｓ）−メチル１−（４−（３−（５−クロロ−２−フルオロ−３−（メチルスルホンアミド）フェニル）−１−イソプロピル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）プロパン−２−イルカルバメートからなる群より選択される、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチド。
【請求項１２】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＰＬＸ４０３２である、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチド。
【請求項１３】
請求項８に記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体調製物。
【請求項１４】
ＲＡＦ阻害剤とＭＥＫ阻害剤を含む、癌を有する対象の処置方法に使用するための医薬であって、該方法は：
（ａ）患者から採取された癌細胞から核酸を抽出すること；
（ｂ）１０４Ｅ、２５７Ｓ、２６１Ｐ、３５６Ｇ、３６１Ｇ、４２７Ｓ、４４７Ｄ、４６９Ｍ、４７８Ｅ、および５５４Ｒからなる群より選択される１つまたはそれより多くの位置において、野生型Ｃ−ＲＡＦポリペプチドと比較して、コードされたＣ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くのアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更する、Ｃ−ＲＡＦポリペプチドをコードする核酸分子中の１つまたはそれより多くの突然変異の存在に関して、Ｃ−ＲＡＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部をアッセイすること；および
（ｃ）核酸分子が、野生型Ｃ−ＲＡＦポリペプチドと比較して、コードされたＣ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くのアミノ酸におけるアミノ酸残基を変更するヌクレオチドを包含する場合、対象に、ＲＡＦ阻害剤の有効量とＭＥＫ阻害剤の有効量とを投与すること
を含む、上記方法。
【請求項１５】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、ＺＭ３３６３７２、および（Ｓ）−メチル  １−（４−（３−（５−クロロ−２−フルオロ−３−（メチルスルホンアミド）フェニル）−１−イソプロピル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）プロパン−２−イルカルバメートからなる群より選択される、請求項１４に記載の医薬。
【請求項１６】
前記ＭＥＫ阻害剤が、ＣＩ−１０４０／ＰＤ１８４３５２、ＡＺＤ６２４４、ＰＤ３１８０８８、ＰＤ９８０５９、ＰＤ３３４５８１、ＲＤＥＡ１１９、６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−４−（４−フェノキシ−フェニルアミノ）−キノリン−３−カルボニトリル、および４−［３−クロロ−４−（１−メチル−１Ｈ−イミダゾール−２−イルスルファニル）−フェニルアミノ］−６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−キノリン−３−カルボニトリルからなる群より選択される、請求項１４または１５に記載の医薬。
【請求項１７】
前記癌が、黒色腫、乳癌、結腸直腸癌、神経膠腫、肺癌、卵巣癌、肉腫、および甲状腺癌からなる群より選択される、請求項１４〜１６のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項１８】
前記癌が、ＲＡＦ依存性癌である、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項１９】
前記癌が、黒色腫である、請求項１４〜１８のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項２０】
ＲＡＦ阻害剤と第二の阻害剤との併用療法での処置によって利益を得る可能性が高い癌を有する対象を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）患者から採取された癌細胞から核酸を抽出すること；および
（ｂ）Ｃ−ＲＡＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部をアッセイすること；
を含み、
ここで、１０４Ｅ、２５７Ｓ、２６１Ｐ、３５６Ｇ、３６１Ｇ、４２７Ｓ、４４７Ｄ、４６９Ｍ、４７８Ｅ、および５５４Ｒからなる群より選択される１つまたはそれより多くのアミノ酸位置において、野生型Ｃ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くの位置におけるアミノ酸と比べて、コードされた突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くのアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更する１つまたはそれより多くのヌクレオチドが存在することは、その対象をＲＡＦ阻害剤と第二の阻害剤とで処置する必要性があることを示す指標である、上記方法。
【請求項２１】
コードされた突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くのアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更する１つまたはそれより多くのヌクレオチドの存在は、１０４Ｅ＞Ｋ、２５７Ｓ＞Ｐ、２６１Ｐ＞Ｔ、３５６Ｇ＞Ｅ、３６１Ｇ＞Ａ、４２７Ｓ＞Ｔ、４４７Ｄ＞Ｎ、４６９Ｍ＞Ｉ、４７８Ｅ＞Ｋ、および５５４Ｒ＞Ｋからなる群より選択される１つまたはそれより多くのアミノ酸位置で起こる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
コードされた突然変異体Ｃ−ＲＡＦポリペプチドの１つまたはそれより多くのアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更する１つまたはそれより多くのヌクレオチドの存在は、２５７Ｓ、２６１Ｐ、および３６１Ｇからなる群より選択される１つまたはそれより多くのアミノ酸位置で起こる、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記第二の阻害剤が、ＭＥＫ阻害剤である、請求項２０〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＭＥＫ阻害剤が、ＣＩ−１０４０／ＰＤ１８４３５２、ＡＺＤ６２４４、ＰＤ３１８０８８、ＰＤ９８０５９、ＰＤ３３４５８１、ＲＤＥＡ１１９、６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−４−（４−フェノキシ−フェニルアミノ）−キノリン−３−カルボニトリル、および４−［３−クロロ−４−（１−メチル−１Ｈ−イミダゾール−２−イルスルファニル）−フェニルアミノ］−６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−キノリン−３−カルボニトリルからなる群より選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＡＦ阻害剤が、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、ＺＭ３３６３７２、および（Ｓ）−メチル１−（４−（３−（５−クロロ−２−フルオロ−３−（メチルスルホンアミド）フェニル）−１−イソプロピル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）プロパン−２−イルカルバメートからなる群より選択される、請求項２０〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記癌が、黒色腫、乳癌、結腸直腸癌、神経膠腫、肺癌、卵巣癌、肉腫、および甲状腺癌からなる群より選択される、および／またはＲＡＦ依存性癌である、請求項２０〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌が、黒色腫である、請求項２０〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記対象が、Ｂ−ＲＡＦ中に突然変異を含む癌細胞を有する、請求項２０〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記対象が、Ｂ−ＲＡＦＶ６００Ｅ突然変異を含む癌細胞を有する、請求項２０〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記核酸をアッセイすることは、前記核酸を配列決定することを含む、請求項２０〜２９のいずれか一項に記載の方法。