【手続補正書】
【提出日】平成28年6月16日(2016.6.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＤ４結合エピトープとＣＤ４結合部位エピトープの両方を同時に露出する立体配座で安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドを含む単離されたポリペプチド。
【請求項２】
前記ＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、層１、層２および層３を含み、ジスルフィド結合によってもたらされる該層１と該層２との間、および／または該層２と該層３との間の１つ以上の層間接触によって安定化されている、請求項１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３】
前記ジスルフィド結合が、配列番号２における１つ以上のアミノ酸対：Ｖ５９ＣとＳ１０９Ｃ、Ｖ９５ＣとＷ４６５Ｃ、Ｖ９５ＣとＲ４６２Ｃ、Ｖ９５ＣとＬ４６９Ｃおよび／またはＨ９９ＣとＲ４６２Ｃと等価な位置のシステイン残基間に形成される、請求項２に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４】
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２に示されるような内側ドメイン配列と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、そして配列番号２のＶ５９とＳ１０９、Ｖ９５とＷ４６５、Ｖ９５とＲ４６２、Ｖ９５とＬ４６９および／またはＨ９９とＲ４６２と等価な位置に１つ以上の天然に存在しないシステイン残基対を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５】
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２に示されるような配列と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、そして配列番号２のＶ５９とＳ１０９、Ｖ９５とＷ４６５、Ｖ９５とＲ４６２、Ｖ９５とＬ４６９および／またはＨ９９とＲ４６２と等価な位置に１つ以上の天然に存在しないシステイン残基対を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項６】
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２におけるＷ９０とＥ２６８、Ｉ１０３とＱ４１３に対応する位置に１つ以上の天然にコードされないシステイン対を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項７】
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドが、配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０または２２に示されるようなアミノ酸配列を含む、請求項４または請求項５に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドの免疫原性フラグメントであって、ここで、該免疫原性フラグメントは、ＨＩＶ  ｇｐ１２０のＣＤ４結合エピトープおよびＣＤ４結合部位エピトープの両方を含み、かつそれらを露出する、免疫原性フラグメント。
【請求項９】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドまたは請求項８に記載の免疫原性フラグメントおよびさらなるポリペプチドを含む融合タンパク質。
【請求項１０】
請求項７に記載の単離されたポリペプチドを含む融合タンパク質。
【請求項１１】
３つのサブユニットを含む三量体であって、ここで、各サブユニットは、独立して、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、請求項８に記載の免疫原性フラグメントおよび請求項９または請求項１０に記載の融合タンパク質からなる群より選択される、三量体。
【請求項１２】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、請求項８に記載の免疫原性フラグメントまたは請求項９もしくは請求項１０に記載の融合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９または２１に示されるような配列と少なくとも９０％の同一性を有する核酸配列を含む、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、請求項８に記載の免疫原性フラグメント、請求項９もしくは請求項１０に記載の融合タンパク質、請求項１１に記載の三量体および／または請求項１２もしくは請求項１３に記載のポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物。
【請求項１５】
アジュバントをさらに含む、請求項１４に記載の免疫原性組成物。
【請求項１６】
ＨＩＶによる感染および／またはＡＩＤＳを処置するためまたは予防するためのワクチンとして使用するための、請求項１４または請求項１５に記載の免疫原性組成物。
【請求項１７】
被験体において免疫応答を発生させるための組成物であって、該組成物は、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、請求項８に記載の免疫原性フラグメント、請求項９もしくは請求項１０に記載の融合タンパク質、請求項１１に記載の三量体、請求項１２もしくは請求項１３に記載のポリヌクレオチドまたは請求項１４もしくは請求項１５に記載の免疫原性組成物を含む、組成物。
【請求項１８】
被験体におけるＨＩＶによる感染および／またはＡＩＤＳを処置するかまたは予防するための組成物であって、該組成物は、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、請求項８に記載の免疫原性フラグメント、請求項９もしくは請求項１０に記載の融合タンパク質、請求項１１に記載の三量体、請求項１２もしくは請求項１３に記載のポリヌクレオチドおよび／または請求項１４もしくは請求項１５に記載の免疫原性組成物を含む、組成物。
【請求項１９】
前記被験体が、ヒトである、請求項１７もしくは１８に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
ポリペプチド配列間の同一性は、好ましくは、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）に実装されているようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって、ギャップオープンペナルティ＝１２およびギャップ伸長ペナルティ＝１というパラメータでアフィンギャップ検索を使用して、決定される。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
ＣＤ４結合エピトープとＣＤ４結合部位エピトープの両方を同時に露出する立体配座で安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドを含む単離されたポリペプチド。
（項目２）
前記ポリペプチドが、内側ドメインの層の間の層間接触によって安定化されている、項目１に記載の単離されたポリペプチド。
（項目３）
前記ポリペプチドが、層１と層２との間の層間接触によって安定化されている、項目１または項目２に記載の単離されたポリペプチド。
（項目４）
前記ポリペプチドが、層２と層３との間の層間接触によって安定化されている、前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチド。
（項目５）
前記層間接触が、ジスルフィド結合によってもたらされる、前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチド。
（項目６）
前記ジスルフィド結合が、配列番号２における１つ以上のアミノ酸対：Ｖ５９ＣとＳ１０９Ｃ、Ｖ９５ＣとＷ４６５Ｃ、Ｖ９５ＣとＲ４６２Ｃ、Ｖ９５ＣとＬ４６９Ｃおよび／またはＨ９９ＣとＲ４６２Ｃと等価な位置のシステイン残基間に形成される、項目５に記載の単離されたポリペプチド。
（項目７）
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２に示されるような内側ドメイン配列と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、そして配列番号２のＶ５９とＳ１０９、Ｖ９５とＷ４６５、Ｖ９５とＲ４６２、Ｖ９５とＬ４６９および／またはＨ９９とＲ４６２と等価な位置に１つ以上の天然に存在しないシステイン残基対を含む、前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチド。
（項目８）
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２に示されるような配列と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、そして配列番号２のＶ５９とＳ１０９、Ｖ９５とＷ４６５、Ｖ９５とＲ４６２、Ｖ９５とＬ４６９および／またはＨ９９とＲ４６２と等価な位置に１つ以上の天然に存在しないシステイン残基対を含む、前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチド。
（項目９）
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドまたは可溶性ｇｐ１４０ポリペプチドが、配列番号２におけるＷ９０とＥ２６８、Ｉ１０３とＱ４１３に対応する位置に１つ以上の天然にコードされないシステイン対を含む、前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１０）
前記安定化されたＨＩＶ  ｇｐ１２０ポリペプチドが、配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０または２２に示されるようなアミノ酸配列を含む、項目７または項目８に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１１）
前述のいずれかの項目に記載の単離されたポリペプチドの免疫原性フラグメントであって、ここで、該免疫原性フラグメントは、ＨＩＶ  ｇｐ１２０のＣＤ４結合エピトープおよびＣＤ４結合部位エピトープの両方を含み、かつそれらを露出する、免疫原性フラグメント。
（項目１２）
項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドまたは項目１１に記載の免疫原性フラグメントおよびさらなるポリペプチドを含む融合タンパク質。
（項目１３）
前記さらなるポリペプチドが、インフルエンザ由来のＨＡポリペプチドである、項目１２に記載の融合タンパク質。
（項目１４）
３つのサブユニットを含む三量体ポリペプチドであって、ここで、各サブユニットは、独立して、項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメントおよび項目１２または項目１３に記載の融合タンパク質からなる群より選択される、三量体ポリペプチド。
（項目１５）
項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメントまたは項目１２もしくは項目１３に記載の融合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチド。
（項目１６）
前記ポリヌクレオチドが、配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９または２１に示されるような配列と少なくとも９０％の同一性を有する核酸配列を含む、項目１５に記載のポリヌクレオチド。
（項目１７）
項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメント、項目１２もしくは項目１３に記載の融合タンパク質、項目１４に記載の三量体および／または項目１５もしくは項目１６に記載のポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物。
（項目１８）
アジュバントをさらに含む、項目１７に記載の免疫原性組成物。
（項目１９）
ＨＩＶによる感染および／またはＡＩＤＳを処置するためまたは予防するためのワクチンとして使用するための、項目１７または項目１８に記載の免疫原性組成物。
（項目２０）
被験体において免疫応答を発生させるための方法であって、該方法は、項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメント、項目１２もしくは項目１３に記載の融合タンパク質、項目１４に記載の三量体、項目１５もしくは項目１６に記載のポリヌクレオチドまたは項目１７もしくは項目１８に記載の免疫原性組成物を該被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目２１）
被験体におけるＨＩＶによる感染および／またはＡＩＤＳの処置または予防において使用するための、項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメント、項目１２もしくは項目１３に記載の融合タンパク質、項目１４に記載の三量体、項目１５もしくは項目１６に記載のポリヌクレオチドおよび／または項目１７もしくは項目１８に免疫原性組成物。
（項目２２）
被験体におけるＨＩＶによる感染および／またはＡＩＤＳを処置するかまたは予防する方法であって、該方法は、項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド、項目１１に記載の免疫原性フラグメント、項目１２もしくは項目１３に記載の融合タンパク質、項目１４に記載の三量体、項目１５もしくは項目１６に記載のポリヌクレオチドおよび／または項目１７もしくは項目１８に記載の免疫原性組成物を該被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目２３）
前記被験体が、ヒトである、項目２１に記載の単離されたポリペプチド、免疫原性フラグメント、融合タンパク質、三量体、ポリヌクレオチドもしくは免疫原性組成物、または項目２０もしくは２２に記載の方法。