【手続補正書】
【提出日】平成28年5月2日(2016.5.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＲＮＡ分子の事象（ｉｎｓｔａｎｃｅ）、該事象の少なくともいくつかは破損している、を含む単一の試料中のＲＮＡの完全性の比尺度上の定量的尺度を決定する方法であって、
（ｉ）該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数の分解関連セグメントの各々の無傷の事象の、相対的または絶対的な数の定量的尺度をアッセイすること、および該セグメントのそれぞれ異なる長さを決定すること；および
（ｉｉ）該ＲＮＡ分子の事象の完全性、決定された定量的尺度およびそれぞれ異なる長さの該セグメントとの間の統計上の関係を用いて、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度を得ること、
を含む、方法。
【請求項２】
さらに、
（ｉｉｉ）興味のあるＲＮＡを定量化すること、および段階（ｉｉ）で計算された完全性の尺度および対応する分解関連セグメント、またはそれらの派生物、の長さを用いることにより、興味のあるＲＮＡの訂正された定量化を得ること、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
さらに、
（ｉｉｉ）標準遺伝子から転写された興味のあるＲＮＡを定量化すること、および段階（ｉｉ）で決定された完全性の尺度および対応する分解関連セグメント、またはそれらの派生物、の長さを用いることにより、興味のあるＲＮＡの訂正された定量化を得ること、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
さらに、標準ＲＮＡ分子と比較して定量化される、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数のセグメントの全事象の、相対的または絶対的な数の定量的尺度を決定することを含み、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の総数Ｎｔｅｓｔの、標準ＲＮＡ分子の総数Ｎｓｔａｎに対する比が：
【化１】
2015519045.tif 000001
によって与えられ、ここで、ＳｔｅｓｔおよびＳｓｔａｎは、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子および標準ＲＮＡ分子の無傷のセグメントの相対的または絶対的な数のそれぞれの定量的な尺度であり、ＬｔｅｓｔおよびＬｓｔａｎは該単一の試料中の該ＲＮＡ分子および標準ＲＮＡ分子の、分解関連セグメント、またはその派生物、のそれぞれの長さであり、ｒｔｅｓｔおよびｒｓｔａｎは、ヌクレオチドあたりの損傷の平均数を含む、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子および標準ＲＮＡ分子の完全性のそれぞれの比尺度上の尺度である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
統計上の関係が、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の数（Ｎ）、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数のセグメントの各々ｉの無傷の事象の相対または絶対数の定量的尺度（Ｎｉ）、該セグメントの対応する長さ（Ｌｉ）、および該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象のヌクレオチドあたりの傷害の平均数（ｒ）の、以下の式で与えられる：
【化２】
2015519045.tif 000002
関係を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
統計上の関係が、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の数（Ｎ）、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数のセグメントの各々ｉの無傷の事象の相対または絶対数の定量的尺度（Ｎｉ）、該セグメントの対応する長さ（Ｌｉ）、および該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象のヌクレオチドあたりの傷害の平均数（ｒ）の、以下の式で与えられる：
【化３】
2015519045.tif 000003
関係を含み、
方法がさらに、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度としてのｒを決定するために、該複数のセグメントｉについてのｌｎ（Ｎｉ）およびＬｉの間の直線関係の傾きを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
一つ以上のＲＮＡ分子の事象、該事象の少なくともいくつかは破損している、を含む単一の試料中の興味のある少なくとも一つのＲＮＡ分子の複数のセグメントの全事象の相対的または絶対的な数の定量的尺度を決定する方法であって：
（ａ）該単一の試料中の各々の該ＲＮＡ分子の従来の定量化を示すＲＮＡ発現プロファイリングデータにアクセスすること；
（ｂ）以下の（ｉ）、（ｉｉ）を含む方法により、該単一の試料中の少なくとも一つの該興味のあるＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度を示すＲＮＡ完全性データを得ること：
（ｉ）該単一の試料中の該少なくとも一つの興味のあるＲＮＡ分子の複数の分解関連セグメントの各々の無傷の事象の相対的または絶対的な数の定量的尺度をアッセイすること；および
（ｉｉ）該少なくとも一つの興味のあるＲＮＡ分子の事象の完全性、決定した定量的尺度および該セグメントのそれぞれ異なる長さの間の統計的関係を用いて、該単一の試料中の該少なくとも一つの興味のあるＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度を得ること；
（ｃ）該単一の試料中の該少なくとも一つのＲＮＡ分子のそれぞれの分解関連セグメント、またはそれらの派生物、の一つ以上の長さを示す長さデータにアクセスすること；および
（ｄ）ＲＮＡ発現プロファイリングデータ、ＲＮＡ完全性データおよび長さデータを処理して、該単一の試料中の該少なくとも一つのＲＮＡ分子の該定量化の訂正された値を示す、訂正済ＲＮＡ発現プロファイリングデータを生成すること、
を含む、方法。
【請求項８】
ＲＮＡ分子の事象、該事象の少なくともいくつかは破損している、を含む単一の試料中のＲＮＡの完全性の比尺度上の定量的尺度を決定するために用いられる方法であって、
（ｉ）該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数の分解関連セグメントの各々の無傷の事象の、相対的または絶対的な数の定量的尺度をアッセイし、および該セグメントのそれぞれ異なる長さを決定して、該定量的尺度および該長さを示すアッセイデータを生成すること；および
（ｉｉ）該アッセイデータを処理して、該ＲＮＡ分子の事象の完全性、決定された定量的尺度およびそれぞれ異なる長さの該セグメントとの間の統計的関係を用いて、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度を示す完全性データを生成すること、
を含む、方法。
【請求項９】
さらに：
（ｉｉｉ）興味のあるＲＮＡを定量化すること；および
（ｉｖ）段階（ｉｉ）で決定された完全性の尺度、および対応する分解関連セグメント、またはそれらの派生物、の長さを用いて、興味のあるＲＮＡの訂正された定量化を得ること、
を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
該ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
各々の決定されたそれぞれの長さが定数成分および可変成分を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
各々の決定されたそれぞれの長さが異なる複数の長さの統計的平均である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
データプロセッシングシステムの少なくとも１つのプロセッサーにより実行されると、少なくとも１つのプロセッサーが、ＲＮＡ分子の事象、該事象の少なくともいくつかは破損している、を含む単一の試料中のＲＮＡの完全性の比尺度上の定量的尺度の決定に用いられる方法を実行するようになる、実行可能な指示を格納されたコンピューター読み取り媒体であって、該方法は、
（ｉ）該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の複数の分解関連セグメントの各々の無傷の事象の相対的または絶対的な数の定量的尺度を示すアッセイデータにアクセスすること、ここで該セグメントは決定されたそれぞれ異なる長さを有し、該アッセイデータは該定量的尺度および該長さを含む；および
（ｉｉ）該アッセイデータを処理して、該ＲＮＡ分子の事象の完全性、決定された定量的尺度およびそれぞれ異なる長さの該セグメントとの間の関係を用いることにより、該単一の試料中の該ＲＮＡ分子の事象の完全性の比尺度上の定量的尺度を示す完全性データを生成すること、
を含む、媒体。