【手続補正書】
【提出日】平成28年4月4日(2016.4.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
グリピカン−３（ＧＰＣ３）を結合する単離されたモノクローナル抗体であって、
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号３８、配列番号３９、および配列番号４０を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号４４、配列番号１４のアミノ酸残基５６〜５８、および配列番号４５を含むか；または
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号４１、配列番号４２、および配列番号４３を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号４６、配列番号４７、および配列番号４５を含む、
単離されたモノクローナル抗体。
【請求項２】
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１２のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１４のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号８のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１０のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１６のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１８のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が、配列番号２０のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号２２のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３、配列番号２４のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３、もしくは配列番号２６のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含む、
請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項３】
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１２のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１４のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含み；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号８のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１０のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１６のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１８のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が、配列番号２０のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号２２のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３、配列番号２４のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３、もしくは配列番号２６のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含む、
請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項４】
（ｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号１２と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１４と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるか；
（ｉｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号８と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１０と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるか；
（ｉｉｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号１６と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１８と少なくとも９０％も
しくは少なくとも９５％同一であるか；または
（ｉｖ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号２０と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号２２、２４、もしくは２６と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一である、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項５】
（ｉ）前記抗体の重鎖が配列番号１２を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１４を含むか；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が配列番号８を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１０を含むか；（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が配列番号１６もしくは配列番号３７を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１８を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が配列番号２０を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号２２、２４、もしくは２６を含む、
請求項１〜４のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項６】
ＧＰＣ３を結合する単離されたモノクローナル抗体であって、前記抗体が、
（ｉ）配列番号１２、配列番号８、配列番号１６、配列番号３７、もしくは配列番号２０のアミノ酸配列を含む可変重鎖（ＶＨ）ドメイン；または
（ｉｉ）配列番号１４、配列番号１０、配列番号１８、配列番号２２、配列番号２４、もしくは配列番号２６のアミノ酸配列を含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン；または
（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方
を含む、単離されたモノクローナル抗体。
【請求項７】
前記抗体がＶＨ単一ドメイン抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ）’２フラグメント、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、またはジスルフィド安定化可変フラグメント（ｄｓＦｖ）である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項８】
前記抗体がＩｇＧである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項９】
前記抗体が標識されている、請求項１〜８のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項１０】
前記標識が蛍光標識、酵素標識、または放射性標識である、請求項９に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項１１】
前記モノクローナル抗体がヒト化モノクローナル抗体である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
【請求項１２】
薬学的に許容され得るキャリア中に、治療的有効量の、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の抗体を含む、組成物。
【請求項１３】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体およびエフェクター分子または治療薬を含む、単離された免疫結合体。
【請求項１４】
前記エフェクター分子が毒素である、請求項１３に記載の単離された免疫結合体。
【請求項１５】
前記毒素がＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素またはそのバリアントである、請求項１４に記載の単離された免疫結合体。
【請求項１６】
前記毒素が、配列番号１のアミノ酸配列を含むＰＥ３８である、請求項１５に記載の単離された免疫結合体。
【請求項１７】
配列番号３５の残基２〜５９７、配列番号２８の残基２〜５９７、配列番号３１の残基２〜５９７、または配列番号３３の残基２〜５９７のアミノ酸配列を含む、請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の単離された免疫結合体。
【請求項１８】
前記エフェクター分子が検出可能な標識である、請求項１３に記載の単離された免疫結合体。
【請求項１９】
薬学的に許容され得るキャリア中に、治療的有効量の、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の単離された免疫結合体を含む、組成物。
【請求項２０】
がんを有する被験体を処置するための請求項１２または請求項１９に記載の組成物であって、ＧＰＣ３を発現するがんを有する前記被験体が選択され、および治療的有効量の前記組成物が前記被験体に投与され、それにより前記被験体における前記がんが処置されることを特徴とする、組成物。
【請求項２１】
腫瘍成長または転移を阻害するための請求項１２または請求項１９に記載の組成物であって、ＧＰＣ３を発現するがんを有する前記被験体が選択され、および治療的有効量の前記組成物が前記被験体に投与され、それにより腫瘍成長または転移が阻害されることを特徴とする、組成物。
【請求項２２】
被験体ががんを有するかどうかを決定する方法、または被験体におけるがんの診断を確認する方法、のための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を含み、前記方法は、
前記被験体由来の試料を前記組成物に接触させる工程；および
前記抗体の前記試料への結合を検出する工程
を含み、前記抗体の対照試料への結合と比較しての前記抗体の前記試料への結合の増加により、前記被験体ががんを有すると同定されるか、または前記被験体におけるがんの診断が確認されることを特徴とする、組成物。
【請求項２３】
前記モノクローナル抗体が直接標識されている、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記方法が、前記モノクローナル抗体を特異的に結合する二次抗体を前記試料に接触させる工程、および
前記二次抗体の結合を検出する工程
をさらに含み、前記二次抗体の対照試料への結合と比較しての前記二次抗体の前記試料への結合の増加により、前記被験体におけるがんが検出されるか、または前記被験体におけるがんの診断が確認されることを特徴とする、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２５】
前記がんが、肝細胞がん腫（ＨＣＣ）、メラノーマ、肺の扁平上皮がん腫、または卵巣明細胞がん腫である、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体をコードする、単離された核酸分子。
【請求項２７】
（ｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１１を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１３を含むか；
（ｉｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号７を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号９を含むか；
（ｉｉｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１５もしくは配列番号３６を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１７を含むか；または
（ｉｖ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１９を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号２１、配列番号２３、もしくは配列番号２５を含む、
請求項２６に記載の単離された核酸分子。
【請求項２８】
請求項２６または請求項２７に記載の単離された核酸分子を含む、発現ベクター。
【請求項２９】
請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の核酸分子または発現ベクターで形質転換された、単離された宿主細胞。
【請求項３０】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を含む、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）。
【請求項３１】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を含む、二重特異性抗体。
【請求項３２】
前記治療薬が薬物を含む、請求項１３に記載の単離された免疫結合体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明の前述の、および他の目的、特徴、および利点は、添付の図を参照して進める、以下の詳細な説明からより明らかになるだろう。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
グリピカン−３（ＧＰＣ３）を結合する単離されたモノクローナル抗体であって、
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号３８、配列番号３９、および配列番号４０を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号４４、配列番号１４のアミノ酸残基５６〜５８、および配列番号４５を含むか；または
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号４１、配列番号４２、および配列番号４３を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号４６、配列番号４７、および配列番号４５を含む、
単離されたモノクローナル抗体。
（項目２）
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１２のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１４のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号８のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１０のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１６のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１８のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が、配列番号２０のアミノ酸残基２６〜３３、５１〜６０、および９９〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号２２のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３、配列番号２４のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３、もしくは配列番号２６のアミノ酸残基２７〜３８、５６〜５８、および９５〜１０３を含む、
項目１に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目３）
（ｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１２のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１４のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含み；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号８のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１０のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含むか；
（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が、配列番号１６のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号１８のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が、配列番号２０のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６８、および１０１〜１０６を含み、前記抗体の軽鎖が、配列番号２２のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３、配列番号２４のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３、もしくは配列番号２６のアミノ酸残基２４〜４０、５６〜６２、および９５〜１０３を含む、
項目１に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目４）
（ｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号１２と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１４と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるか；
（ｉｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号８と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１０と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるか；
（ｉｉｉ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号１６と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号１８と少なくとも９０％も
しくは少なくとも９５％同一であるか；または
（ｉｖ）前記重鎖のアミノ酸配列が、配列番号２０と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であり、前記軽鎖のアミノ酸配列が、配列番号２２、２４、もしくは２６と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一である、
項目１〜３のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目５）
（ｉ）前記抗体の重鎖が配列番号１２を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１４を含むか；
（ｉｉ）前記抗体の重鎖が配列番号８を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１０を含むか；（ｉｉｉ）前記抗体の重鎖が配列番号１６もしくは配列番号３７を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号１８を含むか；または
（ｉｖ）前記抗体の重鎖が配列番号２０を含み、前記抗体の軽鎖が配列番号２２、２４、もしくは２６を含む、
項目１〜４のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目６）
ＧＰＣ３を結合する単離されたモノクローナル抗体であって、前記抗体が、
（ｉ）配列番号１２、配列番号８、配列番号１６、配列番号３７、もしくは配列番号２０のアミノ酸配列を含む可変重鎖（ＶＨ）ドメイン；または
（ｉｉ）配列番号１４、配列番号１０、配列番号１８、配列番号２２、配列番号２４、もしくは配列番号２６のアミノ酸配列を含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン；または
（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方
を含む、単離されたモノクローナル抗体。
（項目７）
前記抗体がＶＨ単一ドメイン抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ）’２フラグメント、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、またはジスルフィド安定化可変フラグメント（ｄｓＦｖ）である、項目１〜６のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目８）
前記抗体がＩｇＧである、項目１〜６のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目９）
前記抗体が標識されている、項目１〜８のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目１０）
前記標識が蛍光標識、酵素標識、または放射性標識である、項目９に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目１１）
前記モノクローナル抗体がヒト化モノクローナル抗体である、項目１〜１０のいずれか一項に記載の単離されたモノクローナル抗体。
（項目１２）
薬学的に許容され得るキャリア中に、治療的有効量の、項目１〜１１のいずれか一項に記載の抗体を含む、組成物。
（項目１３）
項目１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体およびエフェクター分子を含む、単離された免疫結合体。
（項目１４）
前記エフェクター分子が毒素である、項目１３に記載の単離された免疫結合体。
（項目１５）
前記毒素がＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素またはそのバリアントである、項目１４に記載の単離された免疫結合体。
（項目１６）
前記毒素が、配列番号１のアミノ酸配列を含むＰＥ３８である、項目１５に記載の単離された免疫結合体。
（項目１７）
配列番号３５の残基２〜５９７、配列番号２８の残基２〜５９７、配列番号３１の残基２〜５９７、または配列番号３３の残基２〜５９７のアミノ酸配列を含む、項目１３〜１６のいずれか一項に記載の単離された免疫結合体。
（項目１８）
前記エフェクター分子が検出可能な標識である、項目１３に記載の単離された免疫結合体。
（項目１９）
薬学的に許容され得るキャリア中に、治療的有効量の、項目１３〜１８のいずれか一項に記載の単離された免疫結合体を含む、組成物。
（項目２０）
がんを有する被験体を処置する方法であって、ＧＰＣ３を発現するがんを有する被験体を選択する工程、および治療的有効量の、項目１２または項目１９に記載の組成物を前記被験体に投与し、それにより前記被験体における前記がんを処置する工程を含む、方法。
（項目２１）
腫瘍成長または転移を阻害する方法であって、ＧＰＣ３を発現するがんを有する被験体を選択する工程、および治療的有効量の、項目１２または項目１９に記載の組成物を前記被験体に投与し、それにより腫瘍成長または転移を阻害する工程を含む、方法。
（項目２２）
被験体ががんを有するかどうかを決定する方法、または被験体におけるがんの診断を確認する方法であって、
前記被験体由来の試料を項目１〜１１のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体に接触させる工程；および
前記抗体の前記試料への結合を検出する工程
を含み、前記抗体の対照試料への結合と比較しての前記抗体の前記試料への結合の増加により、前記被験体ががんを有すると同定されるか、または前記被験体におけるがんの診断が確認される、方法。
（項目２３）
前記モノクローナル抗体が直接標識されている、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記モノクローナル抗体を特異的に結合する二次抗体を前記試料に接触させる工程、および
二次抗体の結合を検出する工程
をさらに含み、前記二次抗体の対照試料への結合と比較しての前記二次抗体の前記試料への結合の増加により、前記被験体におけるがんが検出されるか、または前記被験体におけるがんの診断が確認される、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
前記がんが、肝細胞がん腫（ＨＣＣ）、メラノーマ、肺の扁平上皮がん腫、または卵巣明細胞がん腫である、項目２２〜２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
項目１〜６のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体をコードする、単離された核酸分子。
（項目２７）
（ｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１１を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１３を含むか；
（ｉｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号７を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号９を含むか；
（ｉｉｉ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１５もしくは配列番号３６を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１７を含むか；または
（ｉｖ）前記モノクローナル抗体の重鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号１９を含み、前記モノクローナル抗体の軽鎖をコードするヌクレオチド配列が配列番号２１、配列番号２３、もしくは配列番号２５を含む、
項目２６に記載の単離された核酸分子。
（項目２８）
項目２６または項目２７に記載の単離された核酸分子を含む、発現ベクター。
（項目２９）
項目２６〜２８のいずれか一項に記載の核酸分子または発現ベクターで形質転換された、単離された宿主細胞。