【手続補正書】
【提出日】平成28年7月6日(2016.7.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CXCL10、STAT1、CD8A、CD3E、IL15、GZMB、GZMK、CD3D、IRF1、CD3G、GZMA、GZMM、PRF1、CXCL11、CXCR3、ICOS、TBX21、STAT4、CCL2、CCR2およびCD69からなる群より選択された少なくとも７個の遺伝子の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、固形癌を患う患者の生存期間を予測するためのデータを提供する方法。
【請求項２】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、固形癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、GZMB、GZMK、STAT1、ICOS、STAT4およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、乳癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、CD69、ICOS、CXCR3およびSTAT4の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合に中度の予後を与える工程を含む、乳癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値が予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、子宮頸癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD8A、CXCL10、GZMA、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、CXCR3およびSTAT4の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、肝細胞癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、STAT4およびCCL2の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、肺癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IRF1、PRF1、CD69、ICOS、CXCR3およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、黒色腫を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、IRF1、PRF1、STAT1、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、卵巣癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CD3E、CD3G、CXCL10、CXCL11、GZMB、GZMK、IRF1、PRF1、STAT1、ICOS、CXCR3、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合には中度の予後を与える工程を含む、卵巣癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法；又は
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CD3G、CD8A、CXCL11、GZMA、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、ICOS、CXCR3、STAT4およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高い場合には良好な予後を与える工程、または、工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも低い場合には悪い予後を与える工程、または決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも高く、そして決定された少なくとも１つの発現レベル値がその予め決定された値よりも低い場合に中度の予後を与える工程を含む、膵臓癌を患う患者の生存期間を予測するための、請求項１記載の方法。
【請求項３】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CXCL10、STAT1、CD8A、CD3E、IL15、GZMB、GZMK、CD3D、IRF1、CD3G、GZMA、GZMM、PRF1、CXCL11、CXCR3、ICOS、TBX21、STAT4、CCL2、CCR2およびCD69からなる群より選択された少なくとも７個の遺伝子の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高いまたは低い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程を含む、固形癌を患う患者が処置に応答するかどうかを決定するためのデータを提供する方法。
【請求項４】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルが、その予め決定された参照値よりも高いまたは低い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程を含む、固形癌を患う患者が処置に応答するかどうかを決定するための請求項３記載の方法。
【請求項５】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも高い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程、または工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも低い場合には患者は処置に有意に応答しないであろうと結論する工程を含む、非転移性結腸直腸癌を患う患者が処置に応答するかどうかを決定するための請求項４記載の方法。
【請求項６】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも低い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程、または工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも高い場合には患者は処置に有意に応答しないであろうと結論する工程を含む、転移性結腸直腸癌を有する患者が処置に応答するかどうかを決定するための請求項４記載の方法。
【請求項７】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも低い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程、または工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも高い場合には患者は処置に有意に応答しないであろうと結論する工程を含む、非転移性肺癌を有する患者が処置に応答するかどうかを決定するための請求項４記載の方法。
【請求項８】
ｉ）患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の遺伝子発現レベルを決定する工程、ｉｉ）工程ｉ）で決定されたあらゆる発現レベルを、その予め決定された参照値と比較する工程、およびｉｉｉ）工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも高い場合には患者は処置に有意に応答するであろうと結論する工程、または工程ｉ）で決定された全ての発現レベルがその予め決定された参照値よりも低い場合には患者は処置に有意に応答しないであろうと結論する工程を含む、転移性卵巣癌を有する患者が処置に応答するかどうかを決定するための請求項４記載の方法。
【請求項９】
処置が、放射線療法、化学療法および免疫療法からなる群より選択される、請求項３〜８のいずれか記載の方法。
【請求項１０】
処置がアジュバント療法またはネオアジュバント療法である、請求項３〜８のいずれか記載の方法。
【請求項１１】
処置が、サイトカイン、インターロイキン、免疫細胞、癌ワクチン、モノクローナル抗体および非サイトカインアジュバントからなる群より選択される免疫療法剤を用いた免疫療法である、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
免疫療法剤がモノクローナル抗体である、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
抗CTLA4抗体、抗PD1抗体、抗PDL1抗体、抗TIMP3抗体、抗LAG3抗体、抗B7H3抗体、抗B7H4抗体、抗TREM抗体、抗BTLA抗体、および抗B7H6抗体である、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
CXCL10、STAT1、CD8A、CD3E、IL15、GZMB、GZMK、CD3D、IRF1、CD3G、GZMA、GZMM、PRF1、CXCL11、CXCR3、ICOS、TBX21、STAT4、CCL2、CCR2およびCD69からなる群より選択された少なくとも７個の遺伝子の発現レベルを決定するための手段を含むキット。
【請求項１５】
CCR2、CD3D、CD3E、CD3G、CD8A、CXCL10、CXCL11、GZMA、GZMB、GZMK、GZMM、IL15、IRF1、PRF1、STAT1、CD69、ICOS、CXCR3、STAT4、CCL2およびTBX21の発現レベルを特異的に決定するための手段を含むキット。
【請求項１６】
請求項１〜１３のいずれか一項記載の方法を実施するための、請求項１４または１５記載のキットの使用。