【手続補正書】
【提出日】平成28年7月22日(2016.7.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生型Ｔ細胞受容体に由来するＶαおよびＶβを含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖα、前記Ｖβ、またはその両方が前記野生型Ｔ細胞受容体と比較して１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）に変異を含み、前記改変型Ｔ細胞受容体が、前記野生型Ｔ細胞受容体が結合しない非コグネイトペプチド−ＭＨＣに結合する、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２】
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列および配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項３】
配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖαおよび配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖβを含み、前記改変型Ｔ細胞受容体は、前記野生型Ｔ細胞受容体が結合するコグネイトペプチド−ＭＨＣに結合しない、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項４】
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号３に記載のアミノ酸配列のＶα領域および配列番号３に記載のアミノ酸配列のＶβ領域を含む、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項５】
配列番号３に記載のアミノ酸配列のＶα領域に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変Ｖα、および配列番号３に記載のアミノ酸配列のＶβ領域に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変Ｖβを含み、前記改変型Ｔ細胞受容体は、前記野生型Ｔ細胞受容体が結合するコグネイトペプチド−ＭＨＣに結合しない、請求項４に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項６】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ３１、ＣＤＲ３α  ９８、ＣＤＲ３β  ９９、ＣＤＲ３α  ９７、ＣＤＲ３β  １０２、ＣＤＲ３α  ９９、ＣＤＲ３β  １００、ＣＤＲ３β  １０１、ＣＤＲ１α  ３２、ＣＤＲ１β  ３０、ＣＤＲ３β  ９８のうちの１つまたは複数にアミノ酸置換を含む、請求項２または４に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項７】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ３１、ＣＤＲ３α  ９７、ＣＤＲ３α  ９８、ＣＤＲ３β  ９９およびＣＤＲ３β  １０２からなる群から選択される１つまたは複数の位置にアミノ酸置換を含む、請求項２または４に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項８】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ２α  ５１位に野生型アミノ酸を含む、請求項２または４に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項９】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ３１位に野生型アミノ酸をさらに含む、請求項２または４に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１０】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ２８位およびＣＤＲ２α  ５２位に野生型アミノ酸をさらに含む、請求項８に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１１】
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む単鎖Ｔ細胞受容体Ａ６−Ｘ１５である、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１２】
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣが、Ｍａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２、ＳＬ９  ＨＩＶ：ＨＬＡ．Ａ２、ＷＴ−１：ＨＬＡ．Ａ２、またはＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２を含む、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１３】
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣが、Ｍａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２である、請求項１２に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１４】
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣが、ＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２である、請求項１２に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１５】
１）配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列のＶα領域に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖα領域、および２）配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列のＶβ領域に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖβ領域を含む、請求項１３に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１６】
配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１５に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１７】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、変異体Ｔ細胞受容体の酵母ディスプレイライブラリーのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける選択によって作製される、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１８】
前記野生型Ｔ細胞受容体がヒト野生型Ｔ細胞受容体である、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項１９】
前記改変型Ｔ細胞受容体が単鎖Ｔ細胞受容体である、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２０】
前記野生型Ｔ細胞受容体がＨＬＡ−Ａ２に結合する、請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２１】
請求項１に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチド。
【請求項２２】
ＶαおよびＶβを含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖαが、配列番号３４に記載のアミノ酸配列のＶα領域に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβが、配列番号３４に記載のアミノ酸配列のＶβ領域に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記改変されたＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片が、ＭＡＲＴ１／ＨＬＡ−Ａ２に結合する、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２３】
前記改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片が、少なくとも２８ｎＭのＫｄでＭＡＲＴ１／ＨＬＡ−Ａ２に結合する、請求項２２に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２４】
Ｖα領域およびＶβ領域を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖα領域が配列番号３４に記載のアミノ酸配列のＶα領域を含み、前記Ｖβ領域が配列番号３４に記載のアミノ酸配列のＶβ領域を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２５】
ＶαおよびＶβを含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖαが、配列番号４３に記載のアミノ酸配列のＶα領域に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記Ｖβが、配列番号４３に記載のアミノ酸配列のＶβ領域に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記改変されたＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片が、ＭＡＲＴ１／ＨＬＡ−Ａ２に結合する、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２６】
Ｖα領域およびＶβ領域を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖα領域が配列番号４３に記載のアミノ酸配列のＶα領域を含み、前記Ｖβ領域が配列番号４３に記載のアミノ酸配列のＶβ領域を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２７】
前記Ｔ細胞受容体が、免疫グロブリン定常領域と連結されている、請求項２５または２６に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２８】
前記改変型Ｔ細胞受容体が、エフェクター分子と結合している、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項２９】
前記エフェクター分子が、抗体または単鎖抗体断片である、請求項２８に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項３０】
前記エフェクター分子が、抗ＣＤ３抗体または抗ＣＤ３  ｓｃＦｖである、請求項２８に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項３１】
前記エフェクター分子が、サイトカイン、毒素、放射性同位元素、化学療法剤または抗体−薬物コンジュゲートからなる群から選択される、請求項２８に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項３２】
ＶαおよびＶβを含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖαが、配列番号４３に記載のアミノ酸配列に記載のＣＤＲを含み、前記Ｖβが、配列番号４３に記載のアミノ酸配列に記載のＣＤＲを含み、ここで、前記改変されたＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片は、ＭＡＲＴ１／ＨＬＡ−Ａ２に結合する、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
【請求項３３】
ＭＡＲＴ１抗原に関連するがんに罹患したヒトを治療するための、請求項３２に記載のＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片を含む組成物であって、有効量の前記Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片が、前記ヒトに投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項３４】
請求項３２に記載の改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片を含み、かつＣＤ３に連結されている、キメラ抗原受容体。
【請求項３５】
所望の特異性を有するＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片を操作するための方法であって、
ａ）野生型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドを単離するステップと、
ｂ）変異体Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片のライブラリーを作製するステップであって、前記変異体Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片は前記野生型Ｔ細胞受容体と比較して１つまたは複数の相補性決定領域に変異を含む、ステップと、
ｃ）前記変異体Ｔ細胞受容体を表面ディスプレイ系で発現させるステップと、
ｄ）非コグネイトペプチド−ＭＨＣに結合する変異体Ｔ細胞受容体を選択するステップと
を含む方法。
【請求項３６】
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列および配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む単鎖Ｔ細胞受容体Ａ６−Ｘ１５である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記表面ディスプレイ系が酵母ディスプレイ系である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣがＭａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２、ＳＬ９  ＨＩＶ：ＨＬＡ．Ａ２、ＷＴ−１：ＨＬＡ．Ａ２、またはＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
親和性成熟のステップをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
一実施形態では、野生型Ｔ細胞受容体は、配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列および配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、野生型Ｔ細胞受容体は、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む単鎖Ｔ細胞受容体Ａ６−Ｘ１５である。一実施形態では、表面ディスプレイ系は、酵母ディスプレイ系である。別の実施形態では、非コグネイトペプチド−ＭＨＣは、Ｍａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２、ＳＬ９  ＨＩＶ：ＨＬＡ．Ａ２、ＷＴ−１：ＨＬＡ．Ａ２、またはＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２である。一実施形態では、方法は、親和性成熟のステップをさらに含む。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
野生型Ｔ細胞受容体に由来するＶαおよびＶβを含む改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖα、前記Ｖβ、またはその両方が前記野生型Ｔ細胞受容体と比較して１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）に変異を含み、前記改変型Ｔ細胞受容体が、前記野生型Ｔ細胞受容体が結合しない非コグネイトペプチド−ＭＨＣに結合する、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
（項目２）
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列および配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列を含む、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目３）
配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖαおよび配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖβを含み、前記野生型Ｔ細胞受容体が結合するコグネイトペプチド−ＭＨＣに結合しない、項目２に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目４）
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ３１、ＣＤＲ３α  ９８、ＣＤＲ３β  ９９、ＣＤＲ３α  ９７、ＣＤＲ３β  １０２、ＣＤＲ３α  ９９、ＣＤＲ３β  １００、ＣＤＲ３β  １０１、ＣＤＲ１α  ３２、ＣＤＲ１β  ３０、ＣＤＲ３β  ９８のうちの１つまたは複数にアミノ酸置換を含む、項目２に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目５）
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ２α  ５１位に野生型アミノ酸を含む、項目２に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目６）
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤＲ１α  ３１位に野生型アミノ酸をさらに含む、項目５に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目７）
前記改変型Ｔ細胞受容体が、ＣＤ１α  ２８位およびＣＤ１α  ５２位に野生型アミノ酸をさらに含む、項目６に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目８）
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む単鎖Ｔ細胞受容体Ａ６−Ｘ１５である、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目９）
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣが、Ｍａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２、ＳＬ９  ＨＩＶ：ＨＬＡ．Ａ２、ＷＴ−１：ＨＬＡ．Ａ２、またはＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２を含む、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１０）
１）配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列のＶα領域に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖα領域、および２）配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列のＶβ領域に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む改変型Ｖβ領域を含む、項目９に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１１）
配列番号３３、４１、または４２のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目１０に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１２）
前記改変型Ｔ細胞受容体が、変異体Ｔ細胞受容体の酵母ディスプレイライブラリーのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける選択によって作製される、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１３）
前記野生型Ｔ細胞受容体がヒト野生型Ｔ細胞受容体である、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１４）
前記改変型Ｔ細胞受容体が単鎖Ｔ細胞受容体である、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１５）
前記野生型Ｔ細胞受容体がＨＬＡ−Ａ２に結合する、項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体。
（項目１６）
項目１に記載の改変型Ｔ細胞受容体をコードするポリペプチド。
（項目１７）
項目１６に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
（項目１８）
野生型Ｔ細胞受容体に由来するＶαおよびＶβを含む改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖαが配列番号３４のアミノ酸残基１４０〜２５６を含み、前記Ｖβが配列番号３４のアミノ酸残基１〜１２２を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
（項目１９）
野生型Ｔ細胞受容体に由来するＶαおよびＶβを含む改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片であって、前記Ｖαが配列番号４３のアミノ酸残基１４０〜２５５を含み、前記Ｖβが配列番号４３のアミノ酸残基１〜１２２を含む、改変型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片。
（項目２０）
所望の特異性を有するＴ細胞受容体またはその抗原結合性断片を操作するための方法であって、
ａ）野生型Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドを単離するステップと、
ｂ）変異体Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片のライブラリーを作製するステップであって、前記変異体Ｔ細胞受容体またはその抗原結合性断片のライブラリーは前記野生型Ｔ細胞受容体と比較して１つまたは複数の相補性決定領域に変異を含む、ステップと、
ｃ）前記変異体Ｔ細胞受容体を表面ディスプレイ系で発現させるステップと、
ｄ）非コグネイトペプチド−ＭＨＣに結合する変異体Ｔ細胞受容体を選択するステップと
を含む方法。
（項目２１）
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号１に記載のＶαアミノ酸配列および配列番号２に記載のＶβアミノ酸配列を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記野生型Ｔ細胞受容体が、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含む単鎖Ｔ細胞受容体Ａ６−Ｘ１５である、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記表面ディスプレイ系が酵母ディスプレイ系である、項目２０に記載の方法。
（項目２４）
前記非コグネイトペプチド−ＭＨＣがＭａｒｔ１：ＨＬＡ．Ａ２、ＳＬ９  ＨＩＶ：ＨＬＡ．Ａ２、ＷＴ−１：ＨＬＡ．Ａ２、またはＳＵＲＶ：ＨＬＡ．Ａ２である、項目２０に記載の方法。
（項目２５）
親和性成熟のステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。