【手続補正書】
【提出日】平成28年3月30日(2016.3.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記工程：
ａ）試験されるサンプルを準備する工程；ならびに
ｂ）ＳＰＯＮ１、ＡＰＣＳ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｇ１、ＲＰＳ２７Ｌ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＲＰ４４、ＲＡＰＧＥＦ１、ＡＣＬＹ、ＣＭＡ１、ＭＣＭ３、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＥＢＰ１、ＵＢＥ２Ｖ２、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＣＬＣＦ１、ＡＢＡＴ、ＳＬＣ２５Ａ５、ＳＴＩＰ１、ＯＬＦＭＬ３、ＣＤ３Ｇ、ＭＣＭ７、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＮＯＰ５６、ＲＲＰ８、ＳＬＴＭ、ＴＳＮ、ＥＣＨ１、ＰＲＥＬＰ、ＳＡＲＳ、ＲＰＳ２５、ＥＳＹＴ１、ＰＯＤＮ、ＲＰＲＤ１Ｂ、ＲＰＬＰ０Ｐ６、ＣＤ３００ＬＧ、ＳＵＧＴ１、ＰＯＴＥＦ、ＫＡＲＳ、ＮＤＵＦＳ２、ＨＮＲＮＰＨ２、ＣＡＬＵ、ＥＩＦ３Ｂ、ＳＬＣ４Ａ１ＡＰ、ＲＰＳ５、ＰＬＸＤＣ２、ＫＩＡＡ１３２４、ＭＲＣ１、ＲＰＲＤ１Ａ、ＳＨＭＴ２、ＣＣＴ４、ＴＳＳＣ１、ＩＫＺＦ３、ＵＢＥ２Ｑ１、ＰＳＭＤ９、ＳＮＲＮＰ７０、ＲＡＬＢ、ＡＣＯ２、ＭＹＯ１８Ａ、ＱＡＲＳおよびＫＥＲＡからなる群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカーの試験サンプルにおける存在および／または量を測定することによって、試験サンプルのバイオマーカーシグネチャーを決定する工程、
を含み；
ここで、工程（ｂ）で規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカーの試験サンプルにおける存在および／または量が、乳癌関連の疾患状態を示す、
乳癌関連の疾患状態を決定する方法。
【請求項２】
乳癌関連の疾患状態が、乳癌細胞の組織学的グレードであり、そして下記工程：
ｃ）組織学的グレード１の乳癌細胞、組織学的グレード２の乳癌細胞および／もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞を含む、または組織学的グレード１の乳癌細胞、組織学的グレード２の乳癌細胞および／もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞からなる、１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備する工程；ならびに
ｄ）工程（ｂ）において測定された、２つもしくはそれ以上のバイオマーカーの対照サンプルにおける存在および／もしくは量を測定することによって、対照サンプルのバイオマーカーシグネチャーを決定する工程、
をさらに含み；
工程（ｂ）において、２つもしくはそれ以上のバイオマーカーの試験サンプルにおける
存在および／もしくは量が測定される下記事象：
ｉ）第１の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）を含む、もしくは第１の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）からなる対照サンプルにおける存在および／もしくは量に相当する事象；
ｉｉ）第２の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）を含む、もしくは第２の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）からなる対照サンプルにおける存在および／もしくは量とは異なる事象；ならびに／または
ｉｉｉ）第３の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）を含む、もしくは第３の組織学的グレードの乳癌細胞（存在する場合）からなる対照サンプルにおける存在および／もしくは量とは異なる事象、
において、乳癌細胞の存在が同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（ｃ）が：
ｉ）組織学的グレード１の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード１の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；組織学的グレード２の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード２の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；および組織学的グレード３の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；
ｉｉ）組織学的グレード１の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード１の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；および組織学的グレード２の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード２の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；
ｉｉｉ）組織学的グレード１の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード１の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；および組織学的グレード３の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；
ｉｖ）組織学的グレード２の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード２の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；および組織学的グレード３の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；
ｖ）組織学的グレード１の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード１の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；
ｖｉ）組織学的グレード２の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード２の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること；または
ｖｉｉ）組織学的グレード３の乳癌細胞を含む、もしくは組織学的グレード３の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の対照サンプルを準備すること、
を含む、またはこれらからなる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
乳癌関連の疾患状態が、個体の無転移生存時間であり、そして下記工程：
ｃ）１０年未満の無転移生存期間を有する個体由来の乳癌細胞を含む、もしくは１０年未満の無転移生存期間を有する個体由来の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の第１の対照サンプル；ならびに／または１０年以上の無転移生存期間を有する個体由来の乳癌細胞を含む、もしくは１０年以上の無転移生存期間を有する個体由来の乳癌細胞からなる１つもしくはそれ以上の第２の対照サンプルを準備する工程；ならびに
ｄ）工程（ｂ）において測定された２つもしくはそれ以上のバイオマーカーの対照サンプル（複数可）における存在および／もしくは量を測定することによって、対照サンプル（複数可）のバイオマーカーシグネチャーを決定する工程、
をさらに含み；
個体の無転移生存時間が、工程（ｂ）において測定された２つもしくはそれ以上のバイ
オマーカーの存在および／もしくは量が、第１の対照サンプル（存在する場合）の存在および／もしくは量に相当する事象、ならびに／または第２の対照サンプル（存在する場合）の存在および／もしくは量とは異なる事象、において、１０年未満と同定され；
そして個体の無転移生存時間が、工程（ｂ）において測定された２つもしくはそれ以上のバイオマーカーの存在および／もしくは量が、第１の対照サンプル（存在する場合）の存在および／もしくは量とは異なる事象、ならびに／または第２の対照サンプル（存在する場合）の存在および／もしくは量に相当する事象、において、１０年より長いと同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）が：
表１Ａ中に規定される群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーのような、表１Ａ中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカー；
表１Ｂ中に規定される群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または少なくとも３０のバイオマーカーのような、表１Ｂ中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカー；
表１Ｃ中に規定される群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７または少なくとも２８のバイオマーカーのような、表１Ｃ中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカー；
表１Ｄ中に規定される群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または少なくとも１０のバイオマーカーのような、表１Ｄ中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカー；
表１Ｅ中に規定される群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８または少なくとも９のバイオマーカーのような、表１Ｅ中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカー；
の試験サンプルにおける存在および／または量を測定することを含む、または測定することからなる、請求項２または３に記載の方法。
【請求項６】
工程（ｂ）が、２つまたはそれ以上のバイオマーカーをコードする核酸分子の発現を測定することを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｂ）において２つまたはそれ以上のバイオマーカーの発現を測定することが、各々が表１中に同定されるバイオマーカーのうち１つをコードする核酸分子に対して選択的に結合することが可能な２つまたはそれ以上の結合性部分を使用して実行される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｂ）が、１つまたはそれ以上のバイオマーカーのタンパク質またはポリペプチドの発現を測定することを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
２つまたはそれ以上の結合性部分が、検出可能な部分を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＲＯＣ  ＡＵＣ値によって決定される方法の断定精度（ｐｒｅｄｉｃａｔｉｖｅ  ａｃｃｕｒａｃｙ）が、少なくとも０．５５、０．６０、０．６５、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８または少なくとも０．９９のような、少なくとも０．５０である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
ＲＯＣ  ＡＵＣ値によって決定される方法の断定精度が、少なくとも０．８０である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）が、アレイを使用して実行される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
請求項７または９に規定される５つまたはそれ以上の第１の結合剤を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法における使用のための、アレイ。
【請求項１４】
乳癌関連の疾患状態を決定するための、工程（ｂ）中に規定される群から選択される２つまたはそれ以上のバイオマーカーの使用。
【請求項１５】
Ａ）請求項１３に記載のアレイ；および
Ｂ）請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法を実行するための指示書（場合による）
を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法における使用のための、分析キット。