【手続補正書】
【提出日】平成28年6月30日(2016.6.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列をインビトロ検出するための方法であって、
(a)変異又は再編成が探索される、対象となる1以上のゲノム領域を含む標的ゲノムポリヌクレオチドを、対象となる各領域と結合する短プローブセットと、該短プローブセットが結合する該標的配列の部分の間の長いギャップ無しにハイブリッド形成させる工程であって、ここで、
(i)前記短プローブセットは、短プローブが共に使用された時に、対象領域の内側又は外側に長い連続的なストレッチを形成するように選択された前記短プローブを含み;或いは
(ii)該プローブセットが対象領域(1又は複数)の外側の近接配列と結合する1以上の長プローブをさらに含み、ここでは、該長プローブ(1又は複数)の配列(1又は複数)は、該短プローブの配列とオーバーラップしない、前記工程;及び
(b)対象ゲノム領域(1又は複数)に対してハイブリッド形成したプローブの部位を検出する工程を含み、ここで；
該短プローブのサイズは、500bpから10kbの範囲であり、該長プローブは、14kb超かつ150kb以下であり、長いギャップが15kb超であり、かつ
長い連続的ストレッチは14kb超かつ150kb未満である、前記方法。
【請求項２】
(c)標的ゲノムポリヌクレオチド配列に対してハイブリッド形成したプローブの部位を、対照のゲノムポリヌクレオチド配列、正常なゲノムポリヌクレオチド配列、非変異のゲノムポリヌクレオチド配列、及び非再編成のゲノムポリヌクレオチド配列からなる群から選択される基準に対する該プローブのハイブリダイゼーションに基づいて1以上のモチーフと比較する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
変異した又は再編成されたポリヌクレオチドの存在を、特定の表現型、疾患、障害、又は状態と関連付けることをさらに含む、請求項1又は2記載の方法。
【請求項４】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、結腸直腸癌に罹患している、又は結腸直腸癌に罹患している疑いがある、又は結腸直腸癌に対する遺伝的素因を有する可能性がある対象から得られ；かつ、前記短及び長プローブによって、結腸直腸癌と関連する変異又はゲノム再編成が特定され、かつ、前記対照の、非変異の、又は正常なゲノムポリヌクレオチド配列は、結腸直腸癌のリスクがない対象から得られ;及び前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が検出される場合、結腸直腸癌の存在又は結腸直腸癌を発症するリスクを評価することをさらに含む、請求項2又は3記載の方法。
【請求項５】
前記プローブが、MSH2遺伝子に対して若しくはMSH2遺伝子の領域内で、又はMLH1遺伝子に対して若しくはMLH1遺伝子の領域内で特異的にハイブリッド形成する、請求項1から4のいずれか1項記載の方法。
【請求項６】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、癌に罹患している、又は癌に罹患している疑いがある、或いは癌、又は循環器疾患、障害若しくは状態、又は糖尿病に対する遺伝的素因を有する可能性がある対象から得られる、請求項1から5のいずれか1項記載の方法。
【請求項７】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、卵巣癌、乳癌、又は肺癌に罹患している、又は卵巣癌、乳癌、又は肺癌に罹患している疑いがある、又は卵巣癌、乳癌、又は肺癌に対する遺伝的素因を有する可能性がある対象から得られる、請求項6記載の方法。
【請求項８】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、神経筋障害に罹患している、又は神経筋障害に罹患している疑いがある対象から得られる、請求項1から5のいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、遺伝子又は遺伝性疾患、障害、又は状態、複遺伝子性の遺伝子又は遺伝性疾患、障害、又は状態、或いはゲノムDNAの再編成と関連する遺伝子又は遺伝性疾患、障害、又は状態に罹患している、又は罹患している疑いがある、又は保因者である可能性がある対象から得られる、請求項1から8のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０】
前記変異した又は再編成されたゲノムポリヌクレオチド配列が、遺伝性の又は後天性のゲノム再編成と関連する疾患、障害、又は状態の治療を受けている対象から得られ、かつ、得られた結果が、治療前、治療中、又は治療の停止後の、他の時点で得られた結果と比較される、請求項1から9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】
前記プローブ(1又は複数)が、
前記変異した又は再編成されたポリヌクレオチド配列に対して連続的にハイブリッド形成する、
少なくとも1つの10kb未満の短配列と少なくとも1つの14kb超のオーバーラップしていない長配列；又は
少なくとも2つの短配列(それぞれ10kb未満)の少なくとも1つの群(群全体の長さは、12kb超かつ150kb未満である)
を含む、請求項1から10のいずれか1項記載の方法。
【請求項１２】
前記短プローブが、少なくとも14kbである対象領域の内側又は外側のゲノムポリヌクレオチド配列のストレッチにまたがる連続的なプローブのセットを含む、請求項1から11のいずれか1項記載の方法。
【請求項１３】
前記長プローブ(1又は複数)が、14kb超かつ40kb未満の1以上のプローブを含む、請求項1から12のいずれか1項記載の方法。
【請求項１４】
反復AluファミリーDNA配列のほとんどが、前記短プローブから、又は前記長プローブから、又は該短プローブと該長プローブの両方から排除されている、請求項1から13のいずれか1項記載の方法。
【請求項１５】
あらゆるプローブ配列の代わりに、モチーフ又は容易に特定可能なプローブのサブセットが、検出及び比較される、請求項1から14のいずれか1項記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも3個の短プローブが用いられる、請求項1から15のいずれか1項記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも10個の短プローブが用いられる、請求項1から16のいずれか1項記載の方法。
【請求項１８】
10kb未満の短プローブセット;及び任意に、前記プローブをポリヌクレオチドに結合させるための、分子コーミングを実施するための、及び/又はハイブリダイゼーションが起こったかどうかを検出するための1以上の成分;を含むキットであって、
(i)該短プローブが、14kb超の対象ゲノム領域の長い連続的ストレッチに共に結合するプローブのセットを含む;又は
(ii)該キットが、対象ゲノム領域の外側の配列と結合し、かつ該短プローブ配列とオーバーラップしない長プローブをさらに含む、前記キット。
【請求項１９】
結腸直腸癌、又は結腸直腸癌、乳癌、卵巣癌、若しくは肺癌に対する遺伝的素因と関連するゲノム再編成の検出のための、請求項18記載のキット。
【請求項２０】
反復配列が、前記短プローブ、前記長プローブ、又は該短プローブと該長プローブの両方から除去されている、請求項18又は19記載のキット。
【請求項２１】
請求項1に記載した短プローブ(1又は複数)、又は短及び長プローブ(1又は複数)を含有する組成物であって、前記プローブ配列のうちの少なくとも2つが、分子コーミングを使用することによって、遺伝子再編成を検出し、かつ該組成物が、
少なくとも1つの10kb未満の短配列及び少なくとも1つの14kb超のオーバーラップしていない長配列、又は
少なくとも2つの短配列(それぞれ10kb未満)の少なくとも1つの群(全長は、14kb超かつ150kb未満である)
を含み、遺伝子標的に対して連続的にハイブリッド形成する、前記組成物。
【請求項２２】
前記短プローブ(1又は複数)が、0.5kbから9kbの範囲である、請求項21記載の組成物。
【請求項２３】
前記長プローブ(1又は複数)が、14kbから40kbの範囲である、請求項21又は22記載の組成物。
【請求項２４】
高頻度の反復配列が、前記短配列から除去されている、請求項21から23のいずれか1項記載の組成物。
【請求項２５】
前記プローブが、MSH2遺伝子に対して若しくはMSH2遺伝子の領域内で、又はMLH1遺伝子に対して若しくはMLH1遺伝子の領域内で特異的にハイブリッド形成する、請求項21から24のいずれか1項記載の組成物。
【請求項２６】
前記短プローブ配列(1又は複数)が、配列番号:21〜60、配列番号:95〜122;配列番号:163〜172;配列番号:185〜202、及び配列番号:227〜248として開示されるプライマー対を使用する増幅によって得られる短プローブの群からなる群から選択される、又は、前記長プローブ配列(1又は複数)が、配列番号:61〜76及び配列番号:123〜138として開示されるプライマー対を使用する増幅によって得られる長プローブの群からなる群から選択される、請求項25記載の組成物。