【手続補正書】
【提出日】平成28年5月23日(2016.5.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
泌尿生殖路の感染または炎症に関する哺乳動物のスクリーニング方法であって、ゲノムコピー数の指標に関して前記哺乳動物の泌尿生殖路から得たサンプルをアッセイする工程を含み、コントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高いゲノムコピー数のレベルは泌尿生殖路の感染または炎症の存在を示す、方法。
【請求項２】
ゲノムコピー数の複数の指標に関して前記サンプルをアッセイする工程を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
ゲノムコピー数の前記指標は、1コピーまたは2コピーで前記哺乳動物のゲノム中に存在すると思われる核酸配列を含む、請求項1または2に記載の方法。
【請求項４】
ゲノムコピー数の前記指標は、ヒドロキシメチルビランシンターゼ(HMBS)核酸配列、グリセルアルデヒド3-リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)核酸配列、ベータ-アクチン核酸配列およびベータ-グロビン核酸配列から成る群から選択される核酸配列を含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS核酸配列を含む、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
前記アッセイする工程は核酸増幅を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸増幅はリアルタイムPCRを含む、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS配列を含み、前記HBMS配列は、配列番号113を含むプライマーおよび配列番号114を含むプライマーを使用して増幅される、請求項6または7に記載の方法。
【請求項９】
前記プライマーにより増幅されるアンプリコンを、プローブを使用して検出する、請求項6から8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS核酸配列を含み、前記プローブは配列番号115を含む、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
前記アッセイする工程は、サンプルの核酸に少なくとも1種のプローブを厳密な条件下でハイブリダイズさせる工程を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記プローブは基質上に固定されている、請求項11に記載の方法。
【請求項１３】
前記アッセイする工程は核酸配列決定を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記哺乳動物はヒト雄である、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記哺乳動物はヒト雌である、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記哺乳動物は、泌尿生殖器の感染または炎症の少なくとも1種の臨床症状を有すると同定されている、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記哺乳動物は、過去に性行為感染症を有していたものである、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記哺乳動物は、前立腺癌の指標として前立腺特異的抗原(PSA)に関して検査されており、生検の候補であるように十分に上昇したPSAレベルを有することが分かっているヒト雄である、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高い場合、上昇したPSAが癌ではなく感染に起因する可能性があるものとして前記哺乳動物を同定する工程を更に含む、請求項18に記載の方法。
【請求項２０】
感染が除外または消散される後まで生検を延期する工程を更に含む、請求項19に記載の方法。
【請求項２１】
病原体に関して前記哺乳動物からの同じもしくは異なるサンプルの1種もしくは複数の更なるアッセイを実施する工程または1種もしくは複数の更なるアッセイを実施させる工程を更に含む、請求項19または20に記載の方法。
【請求項２２】
ゲノムコピー数の指標に関して前記哺乳動物の泌尿生殖路から得たサンプルの第2のアッセイを実施する工程または前記第2のアッセイを実施させる工程を更に含む、請求項19から21のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
感染に関して前記哺乳動物を治療する工程を更に含む、請求項19から22のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
最初のアッセイにおいて、前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高かった場合、および前記第2のアッセイにおいて、前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベル以下である場合、第2のPSA検査を実施する工程を更に含む、請求項22に記載の方法。
【請求項２５】
前記サンプルは、尿サンプル、尿道スワブサンプル、膣スワブサンプルおよび子宮頸管スワブサンプルから成る群から選択されるサンプルを含む、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
病原体を示す核酸配列の存在に関して前記哺乳動物からのサンプルをアッセイする工程を更に含む、請求項1から25のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記病原体は、クラミジア・トラコマチス(CT)およびナイセリア・ゴノレア(NG)から成る群から選択される病原体を含む、請求項26に記載の方法。
【請求項２８】
炎症に関連するマイクロRNA(miRNA)の存在および/またはレベルに関して前記哺乳動物からのサンプルをアッセイする工程を更に含む、請求項1から27のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高い場合、泌尿生殖路の感染または炎症を有する可能性があるものとして前記哺乳動物を同定する工程を更に含む、請求項1から28のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記サンプルがクラミジア・トラコマチス(CT)および/またはナイセリア・ゴノレア(NG)に関して陽性である場合ならびに前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高い場合、前記哺乳動物をCTまたはNGそれぞれに感染しているものとして同定する、請求項27に記載の方法。
【請求項３１】
前記サンプルがクラミジア・トラコマチス(CT)およびナイセリア・ゴノレア(NG)に関して陰性である場合ならびに前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルがコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高い場合、前記哺乳動物を、異なる病原体が感染している可能性があるまたは感染に起因しない泌尿生殖路の炎症を有する可能性があるものとして同定する、請求項27に記載の方法。
【請求項３２】
1種もしくは複数の更なるアッセイもしくは検査を実施する工程または1種もしくは複数の更なるアッセイもしくは検査を実施させる工程を更に含む、請求項1から20及び25から31のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルはコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高く、前記更なるアッセイは病原体に関する前記哺乳動物からの同じまたは異なるサンプルのアッセイを含む、請求項32に記載の方法。
【請求項３４】
前記更なるアッセイは、クラミジア・トラコマチス(CT)、ナイセリア・ゴノレア(NG)、マイコプラズマ、ウレアプラズマおよびトリコモナスから成る群から選択される1種または複数の病原体に関するアッセイを含む、請求項33に記載の方法。
【請求項３５】
前記サンプル中のゲノムコピー数のレベルはコントロールのゲノムコピー数のレベルよりも高く、前記更なるアッセイは、自己免疫性尿道炎、前立腺炎、膀胱癌、前立腺癌、腎臓癌から成る群から選択される状態に関する前記哺乳動物からの同じもしくは異なるサンプルのアッセイ、または前記状態に関する前記哺乳動物の検査を含む、請求項32に記載の方法。
【請求項３６】
少なくとも2種の更なるアッセイを実施し、ゲノムコピー数のレベルの経時的な任意の変化をモニタリングする、請求項32に記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも2種の更なるアッセイを実施し、1種または複数の臨床症状の出現または経時的な任意の変化をモニタリングする、請求項32に記載の方法。
【請求項３８】
(a)請求項1から37のいずれか一項に記載の方法からの結果を受け取る工程、ならびに
(b)泌尿生殖路の感染もしくは炎症に関する療法を開始および/もしくは変更する工程、または療法を開始および/もしくは変更させる工程
を含む、泌尿生殖路の感染または炎症に関する哺乳動物の治療方法。
【請求項３９】
ゲノムコピー数の指標を検出または配列決定するためのプライマーおよび/またはプローブであって、ゲノムコピー数の前記指標は、1コピーまたは2コピーで前記哺乳動物のゲノム中に存在すると思われる核酸配列を含む、プライマーおよび/またはプローブ、ならびに
泌尿生殖路に感染する病原体を示す核酸配列または炎症に関連するmiRNAを検出または配列決定するためのプライマーおよび/またはプローブ
を含むキット。
【請求項４０】
ゲノムコピー数の複数の指標の各々を検出または配列決定するためのプライマーおよび/またはプローブを含む、請求項39に記載のキット。
【請求項４１】
ゲノムコピー数の前記指標は、ヒドロキシメチルビランシンターゼ(HMBS)核酸配列、グリセルアルデヒド3-リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)核酸配列、ベータ-アクチン核酸配列およびベータ-グロビン核酸配列から成る群から選択される核酸配列を含む、請求項39または40に記載のキット。
【請求項４２】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS核酸配列を含む、請求項39から41のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４３】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS配列を含み、前記キットは、配列番号113を含むプライマーおよび配列番号114を含むプライマーを含む、請求項39から42のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４４】
ゲノムコピー数の前記指標はHBMS配列を含み、前記キットは、配列番号115を含むプローブを含む、請求項39から43のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４５】
基質上に固定されている複数のプローブを含む、請求項39から42のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４６】
泌尿生殖路に感染する病原体を示す核酸配列を検出または配列決定するためのプライマーおよび/またはプローブを含む、請求項39から45のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４７】
前記病原体は、クラミジア・トラコマチス(CT)およびナイセリア・ゴノレア(NG)から成る群から選択される、請求項46に記載のキット。
【請求項４８】
炎症に関連するmiRNAを検出または配列決定するためのプライマーおよび/またはプローブを含む、請求項39から47のいずれか一項に記載のキット。
【請求項４９】
尿サンプル用の容器、または尿道スワブサンプル、膣スワブサンプルもしくは子宮頸管スワブサンプルを採取するためのスワブを含む、請求項39から46のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５０】
対象からのサンプル中におけるクラミジア・トラコマチス(CT)およびナイセリア・ゴノレア(NG)の検出方法であって、前記サンプル中における、配列番号2の配列を含む第1の遺伝子の存在を検出する工程、配列番号4の配列を含む第2の遺伝子の存在を検出する工程、ならびに配列番号7の配列を含む遺伝子および配列番号8の配列を含む遺伝子から選択される第3の遺伝子の存在を検出する工程を含み、前記第1の遺伝子および前記第2の遺伝子の存在は前記サンプルがNGを含有することを示し、前記第3の遺伝子の存在は前記サンプルがCTを含有することを示す、方法。
【請求項５１】
プライマー対のセットを含む組成物であって、プライマー対の前記セットは、配列番号2の配列を含む第1の遺伝子を検出するための第1のプライマー対、配列番号4の配列を含む第2の遺伝子を検出するための第2のプライマー対、ならびに配列番号7の配列を含む遺伝子および配列番号8の配列を含む遺伝子から選択される第3の遺伝子を検出するための第3のプライマー対を含む、組成物。