【手続補正書】
【提出日】平成28年11月8日(2016.11.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
移植後の免疫応答の予測のためのコンピュータ実施方法であって、ここで前記免疫応答がドナーとレシピエントの間でミスマッチであるヒト白血球抗原（HLA）に対するT細胞同種抗原反応性を含むものであって、
ここで前記方法は、以下を含む;
ドナー及び／又はドナー材料及びレシピエントから得られたサンプルのHLA型判定並びに／又はHLAミスマッチを判定するためのドナー及びレシピエントからのHLA型判定データの提供、及び
予測される間接的に認識されるHLAエピトープ（PIRCHES）の数の決定、ここで前記PIRCHESが、ミスマッチのレシピエントHLAアリルからのレシピエント特異的HLA由来ペプチド又はミスマッチのドナーHLAアリルからのドナー特異的HLA由来ペプチドであり、かつHLA分子により提示されることが予測され、
ここで、前記免疫応答の可能性が、PIRCHESの数と正の相関を有する。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、ここでミスマッチのレシピエントHLAアリルからの前記レシピエント特異的又はドナー特異的HLA由来ペプチドが、ヒトプロテアソームの前記ペプチド内の切断部位を同定するためのコンピュータ実施方法により同定される、前記方法。
【請求項３】
請求項１又は２に記載の方法であって、ここでHLA分子によるペプチドの前記提示が、任意のHLA分子への前記ペプチドの結合を予測するコンピュータ実施方法により判定される、前記方法。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記移植が、幹細胞の由来に関係なく、幹細胞の移植を含む、前記方法。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記移植が、造血幹細胞移植（HSCT）及び／又は臍帯血移植若しくは臍帯血細胞移植を含む、前記方法。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記移植が、腎移植を含む、前記方法。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法を含む、許容されるミスマッチを有する同種異系間移植のためのドナー材料の選択及び／若しくはスクリーニングのための、及び／又は移植の治療結果の予測のための、同種異系間移植のための細胞若しくは組織標本若しくは臓器の選択方法。
【請求項８】
前記免疫応答が以下を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法：
（i）抗体媒介性応答；
（ii）望ましくない同種抗原反応性；
（iii）望ましい同種抗原反応性；
（iv）急性の移植片対宿主病（aGVHD）若しくは慢性の移植片対宿主病（cGVHD）；及び／又は
（v）腎移植後のドナー特異的HLA IgG抗体の新規産生。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記PIRCHESが、長さ５〜２０アミノ酸である、前記方法。
【請求項１０】
以下を満たす、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法：
（i）HLAクラスIにより提示されるPIRCHES（PIRCHE I）が、共有される（マッチする）HLAクラスI分子により提示される；又は
（ii）HLAクラスIIにより提示されるPIRCHES（PIRCHE II）が、共有される（マッチする）HLAクラスII分子により提示される；又は
（iii）HLAクラスIIペプチドにより提示されるPIRCHES（PIRCHE II）が、ドナー特異的HLA抗体産生の予測との関連において、レシピエントHLAクラスII分子により提示される。
【請求項１１】
以下を満たす、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法：
PIRCHE-Iペプチドが、１０μM以下の予測IC５０結合値を有する、及び／又は
PIRCHE-IIペプチドが、２０μM以下の予測IC５０結合値を有する。
【請求項１２】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法であって、ここでHLA型判定が、HLAサブタイプのHLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB１、HLA-DQB１、HLA-DPB１、HLA-DQA１、HLA-DPA１、HLA-G、HLA-E、HLA-F、MICA、MICB及び／又はKIRに対して行われる、前記方法。
【請求項１３】
HLA型判定が以下を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法：
（i）血清学的及び／若しくは分子型判定；
（ii）配列に基づく型判定法（sequence-based typing）により高解像度レベルで行われる；
（iii）HLAクラスIアリルのためのエクソン１〜７及びHLAクラスIIアリルのためのエクソン１〜６の配列決定を含む；及び／又は
（iv）HLAクラスIアリルのためにエクソン２及びエクソン３、並びにHLAクラスIIアリルのためにエクソン２の高解像度HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB１、及びHLA-DQB１型判定を含む。
【請求項１４】
同種異系間移植のためのドナー材料が以下に由来する、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法：
（i）少なくとも１のアリルマッチを有するドナー；
（ii）１０／１０マッチ及び１のHLA-DPミスマッチを有するドナー；又は
（iii）９／１０マッチの非血縁ドナー。
【請求項１５】
以下のとき、同種異系間移植のためのドナー材料が望ましくない免疫応答を伴うリスクが低い、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法：
（i）PIRCHE-Iの数が３以下；
（ii）PIRCHE-IIの数が４以下；及び／又は
（iii）PIRCHE-I及びPIRCHE-IIの数の合計が６以下。
【請求項１６】
多重HLAミスマッチのドナーの中から最良のドナーを予測するための請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法、
多重ドナー間の同種抗原反応性の予測を目的とする多重HLAミスマッチのドナーの分析及び比較をさらに含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法、又は、
多重ドナー間の同種抗原反応性の予測を目的とする多重HLAミスマッチのドナーの分析及び比較をさらに含む、多重HLAミスマッチのドナーの中から最良のドナーを予測するための請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
続発性の流産又は妊娠中の抗体産生における望ましくない免疫応答の予測のためのコンピュータ実施方法であって、ここで前記免疫応答が、ドナーとレシピエントの間でミスマッチであるヒト白血球抗原（HLA）に対するT細胞同種抗原反応性を含むものであって、
ここで前記方法は、以下を含む;
ドナー及び／又はドナー材料及びレシピエントから得られたサンプルのHLA型判定並びに／又はHLAミスマッチを判定するためのドナー及びレシピエントからのHLA型判定データの提供、及び
予測される間接的に認識されるHLAエピトープ（PIRCHES）の数の決定、ここで前記PIRCHESが、ミスマッチのレシピエントHLAアリルからのレシピエント特異的HLA由来ペプチド又はミスマッチのドナーHLAアリルからのドナー特異的HLA由来ペプチドであり、かつHLA分子により提示されることが予測され、
ここで、前記免疫応答の可能性が、PIRCHESの数と正の相関を有する。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１００
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１００】
【図１】図１は、臨床結果ごとの提示可能なペプチドの数の箱ひげ図（boxplots）を示す。A-C：急性GVHDのグレードによる提示可能なペプチドの数。D-F：慢性GVHDのグレードによるペプチドの数。G-I：悪性疾患の再発／進行によるペプチドの数。J-L：生存によるペプチドの数。左のグラフは、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計の数を表し、中央のグラフは、HLAクラスIにより提示可能なペプチドの数を表し、右のグラフは、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドの数を表す。水平な線は中央値を表し、白い四角は２５番目から７５番目の１００分位数（percentile）を表し、ひげ（the whiskers）は範囲を表す。ペプチドの数の違いは、マン・ホイットニーのU検定で試験された。提示可能なペプチドの数の有意でない増加は、aGVHDグレードII-IV、全身型cGVHDを発症した患者、および病気を再発／進行しなかった患者について観察された。aGVHDではない、またはaGVHDグレードI、並びにaGVHDグレードII−IVのそれぞれの患者の中央値は、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計については６、並びに８、HLAクラスIにより提示可能なペプチドについては２、並びに３、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドについては４、並びに５である。cGVHDではない、または限局型cGVHD、並びに全身型cGVHDのそれぞれの患者の中央値は、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計については６、並びに１０、HLAクラスIにより提示可能なペプチドについては２．５、並びに４、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドについては４、並びに６である。再発していない患者、並びに再発している患者のそれぞれの中央値は、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計については８、並びに８、HLAクラスIにより提示可能なペプチドについては４．５、並びに２、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドについては４、並びに５である。生存している患者、並びに生存していない患者のそれぞれの中央値は、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計については８、並びに８、HLAクラスIにより提示可能なペプチドについては３、並びに２、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドについては４、並びに５である。
【図２】図２は、臨床結果ごとの提示可能なペプチドの数が多数または少数である患者のカプラン・マイヤー曲線を示す。A-C：急性GVHDグレードII−IVの累積罹患率に対する提示可能なペプチドの数。D-F：全身型慢性GVHDの累積罹患率に対する提示可能なペプチドの数。G-I：悪性疾患の再発／進行の累積罹患率に対する提示可能なペプチドの数。J-L：死亡の累積発生率に対する提示可能なペプチドの数。左のグラフは、HLAクラスIおよびIIにより提示可能なペプチドの合計の数を表し、中央のグラフは、HLAクラスIにより提示可能なペプチドの数を表し、右のグラフは、HLAクラスIIにより提示可能なペプチドの数を表す。各臨床結果について、対照群の中央値は、図１に示されるようなカットオフ値として選択された。点線は、このカットオフ値より上のペプチド数を提示することが予測される患者を表し、実線は、カットオフ値またはカットオフ値より下のペプチド数を提示することが予測される患者を表す。ハザード比（Hazard Ratios）は、前者の群と後者の群を比較して決定した。NSは、有意差なしを意味する
【図３】図３は、８６９の腎移植ペアのコホートから抽出された、本発明者らの包含基準に適合する腎移植の研究対象集団を説明する。
【図４】図４は、免疫原性（黒丸）および非免疫原性（白い四角）HLAクラスIアリルにおけるPIRCHE-IIの数の比較を示す。A）非免疫原性アリルと比較して、免疫原性アリルにおいてより多数のPIRCHE-IIが観察された。B）ミスマッチドナー由来のHLAアリルが、スクランブルされたレシピエントDRB1バックグラウンドに対して分析された場合、差異は観察されなかった。報告されたp値は、マン・ホイットニーのU検定に由来する。
【図５】図５は、免疫原性（黒丸）および非免疫原性（白い四角）HLAクラスIアリルにおけるHLAMatchmaker triplets（A）およびeplets（B）の数の比較を示す。報告されたp値は、マン・ホイットニーのU検定に由来する。
【図６】図６は、２つの別々の実体として、epletsとPIRCHE-IIの同定を説明する。A）epletsの数とPPIRCHE-IIの数の間の相関性。免疫原性アリルは、黒丸で表され、非免疫原性アリルは、白い四角で表される。その結果の回帰曲線は、それぞれ実線と点線で表される。回帰係数は、２つの群の複合解析に基づく。重複するデータは、視覚化目的に限り、０．１ユニット位置を変えた。B）研究対象の腎移植コホートにおいて観察された、HLAクラスI分子上のPIRCHE-IIの局在。色は、免疫原性HLAクラスI抗原におけるアミノ酸の相対的存在を示す（緑は０、黄色は１〜４、オレンジは５〜９、および赤は１０以上）。非多型β-2m分子は、青で表される。C）１００００のシミュレーションされた移植の仮想移植コホートにおいて観察された、HLAクラスI分子中のPIRCHE-II（実線）対eplet関連残基（黒い棒）の局在。eplet関連残基は、3.0オングストロームepletパッチ（４）内に存在する多型残基として定義された。重複（灰色の棒）は、アミノ酸残基がepletとPIRCHE-IIの両方に存在した状況の割合として算出された。
【図７】AはPIRCHE-Iと全生存の相関性、BはPIRCHE-IIと全生存の相関性を示す。低PIRCHE-Iおよび低PIRCHE-II群の両方における患者は、10/10の患者と類似したOS比率を有する。中または高PIRCHE-IおよびPIRCHE-IIを有する患者は、10/10の患者と比較して有意にOSが低下する（表６）。３つのPIRCHE群を相互に比較した場合に、中または高PIRCHE群（PIRCHES中および高群の合計）の患者は、低PIRCHE群と比較して、OSが統計学的に有意に減少した（PIRCHE-I：p=0.029およびPIRCHE-II：p=0.048）。
【図８】Aは全生存に対するPIRCHESの影響、Bは無病生存に対するPIRCHESの影響、Cは移植関連死に対するPIRCHESの影響、Dは急性GVHDに対するPIRCHESの影響、Eは慢性GVHDに対するPIRCHESの影響を示す。対照の10/10マッチドナー（the reference10/10 situation）と比較した異なるPIRCHE群の影響の多変量解析であり、急性GVHDの症例におけるHRまたはORは、95％信頼区間を示す。
【図９】AはPIRCHE-IとTRMの相関性、BはPIRCHE-IIとTRMの相関性を示す。低PIRCHE-IおよびPIRCHE-II群の両方の患者は、10/10と同様のTRM比率を有する。中または高PIRCHE-IおよびPIRCHE-IIの患者は、10/10の患者と比較してTRMのリスクが有意に増加する（表６）。低PIRCHE-IおよびPIRCHE-IIは、中高PIRCHESと比較して、有意に低いTRMに結びついた（それぞれp=0.038およびp=0.039）。
【図１０】図１０は、PIRCHE-IおよびPIRCHE-IIの相互作用分析、OSに対する影響を示す。提示するPIRCHE-IおよびPIRCHE-IIの数が両方低い患者は、10/10の患者に匹敵するOS比率を有する。