【手続補正書】
【提出日】平成28年6月14日(2016.6.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
胎児における疾患もしくは状態の診断を援助するか、または疾患もしくは状態を発症する危険性を評価するのを援助するか、または疾患もしくは状態の予後診断を援助する方法であって、
ａ）前記胎児を保有する母体対象から単離された組合せ試料を用いて、前記疾患または状態の１または複数のマーカーのプロファイルを決定するステップであって、前記試料は、前記母体対象から単離された無細胞体液、ならびに前記母体対象から単離された食細胞および前記母体対象から単離された循環罹病細胞のうちの少なくとも１つを含むがただし、全血を含まず、前記食細胞のうちの少なくとも１つが、胎児ＤＮＡを含み、前記循環罹病細胞のうちの少なくとも１つは胎児細胞である、ステップと、
ｂ）ステップａ）における前記組合せ試料から決定されたプロファイルを用いて、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの対照母体プロファイルを決定するステップと、
ｃ）ａ）のプロファイルとｂ）のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、それぞれ、前記胎児における前記疾患もしくは状態の存在、または前記疾患もしくは状態を発症する危険性、または前記疾患もしくは状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項２】
胎児における疾患もしくは状態の診断を援助するか、または疾患もしくは状態を発症する危険性を評価するのを援助するか、または疾患もしくは状態の予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記胎児を保有する母体対象から単離された組合せ試料を用いて、前記疾患または状態の１または複数のマーカーのプロファイルを決定するステップであって、前記試料は、前記母体対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、ならびに前記母体対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物および前記母体対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物のうちの少なくとも１つを含むがただし、全血を含まず、前記食細胞のうちの少なくとも１つが、胎児ＤＮＡを含み、前記循環罹病細胞のうちの少なくとも１つは胎児細胞であるステップと、
ｂ）ステップａ）における前記組合せ試料から決定されたプロファイルを用いて、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの対照母体プロファイルを決定するステップと、
ｃ）ａ）のプロファイルとｂ）のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、それぞれ、前記胎児における前記疾患もしくは状態の存在、または前記疾患もしくは状態を発症する危険性、または前記疾患もしくは状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項３】
前記食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、角化細胞、またはこれらの混合物である、請求項１から２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
前記無細胞体液が、体液から分離される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記体液が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記無細胞体液が、血漿または血清である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記１または複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの組合せである、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ａ）のプロファイルおよび前記ｂ）のプロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せから選択される、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ａ）のプロファイルおよび前記ｂ）のプロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記定量的アッセイが、シークエンシング、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、エキソンシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを使用する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記核酸プロファイルが、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せからなる群から選択されるシークエンシング技法により決定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
前記疾患または状態の少なくとも１つの診断パラメータが決定される、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記診断パラメータが、身体検査、目視検査、生検、走査、組織検査、放射線医学、画像化、超音波、市販キットの使用、遺伝子検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングにより決定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
胎児における疾患もしくは状態を診断するか、または疾患もしくは状態の診断を援助するか、あるいは疾患もしくは状態を発症する危険性を評価するか、あるいは疾患もしくは状態を予後診断するか、または疾患もしくは状態の予後診断を援助するためのキットであって、前記キットは、複数のマーカー検出剤を含み、前記キットは、
ａ）前記胎児を保有する母体対象から単離された組合せ試料を用いて、前記疾患または状態の１または複数のマーカーのプロファイルを決定するステップであって、前記試料は、前記母体対象から単離された無細胞体液、ならびに前記母体対象から単離された食細胞および前記母体対象から単離された循環罹病細胞のうちの少なくとも１つを含むがただし、全血を含まず、前記食細胞のうちの少なくとも１つが、胎児ＤＮＡを含み、前記循環罹病細胞のうちの少なくとも１つは胎児細胞である、ステップと、
ｂ）ステップａ）における前記組合せ試料から決定されたプロファイルを用いて、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの対照母体プロファイルを決定するステップと、
のために使用されることを特徴とし、
ａ）のプロファイルとｂ）のプロファイルとの差異が同定され、前記差異は、それぞれ、前記胎児における前記疾患もしくは状態の存在、または前記疾患もしくは状態を発症する危険性、または前記疾患もしくは状態の予後を示すことを特徴とする、キット。
【請求項２０】
胎児における疾患もしくは状態を診断するか、または疾患もしくは状態の診断を援助するか、あるいは疾患または状態を発症する危険性を評価するか、あるいは疾患もしくは状態を予後診断するか、または疾患もしくは状態の予後診断を援助するためのキットであって、前記キットは、複数のマーカー検出剤を含み、前記キットは、
ａ）前記胎児を保有する母体対象から単離された組合せ試料を用いて、前記疾患または状態の１または複数のマーカーのプロファイルを決定するステップであって、前記試料は、前記母体対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、ならびに前記母体対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物および前記母体対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物のうちの少なくとも１つを含むがただし、全血を含まず、前記食細胞のうちの少なくとも１つが、胎児ＤＮＡを含み、前記循環罹病細胞のうちの少なくとも１つは胎児細胞であるステップと、
ｂ）ステップａ）における前記組合せ試料から決定されたプロファイルを用いて、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの対照母体プロファイルを決定するステップと、
のために使用されることを特徴とし、
ａ）のプロファイルとｂ）のプロファイルとの差異が同定され、前記差異は、それぞれ、前記胎児における前記疾患もしくは状態の存在、または前記疾患もしくは状態を発症する危険性、または前記疾患もしくは状態の予後を示すことを特徴とする、キット。