【手続補正書】
【提出日】平成28年7月6日(2016.7.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物の生物試料を解析する方法であって、
前記生物試料は正常細胞に由来する核酸分子と、がんに関連した細胞に由来する可能性のある核酸分子とを含み、前記核酸分子の少なくともいくらかは前記生物試料において無細胞であるものであり、
前記生物試料から複数のＤＮＡ分子を解析するステップであって、
前記生物のゲノムにおける前記ＤＮＡ分子の位置を決定することと；
前記ＤＮＡ分子が一つまたは複数の部位でメチル化されているか否かを決定することと、を含む、ＤＮＡ分子を解析するステップと；
複数の部位のそれぞれについて、
前記部位でメチル化されているそれぞれのＤＮＡ分子数を決定するステップと；
前記複数の部位でメチル化されている前記それぞれのＤＮＡ分子数に基づいて第一のメチル化レベルを計算するステップと；
前記第一のメチル化レベルを第一のカットオフ値と比較するステップと；
前記比較に基づいてがんのレベルの第一の分類を決定するステップと、
を含む、生物の生物試料を解析する方法。
【請求項２】
前記ＤＮＡ分子が一つまたは複数の部位でメチル化されているか否かを決定することは、メチル化認識配列決定を実行することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
メチル化認識配列決定を実行することは、
前記ＤＮＡ分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理することと；
前記処理したＤＮＡ分子の配列決定を実行することと、
を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記無細胞ＤＮＡ分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理することは、５−ヒドロキシメチルシトシンの検出をするためのＴｅｔ補助亜硫酸水素塩変換または酸化的亜硫酸水素塩配列決定の一部である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
各領域の前記それぞれのＤＮＡ分子数を、前記メチル化認識配列決定から得られる配列リードを整列させることによって決定する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
一つまたは複数の部位でＤＮＡ分子がメチル化されているか否かを決定することは、メチル化感受性制限酵素消化、メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化依存的ＤＮＡ沈降、メチル化ＤＮＡ結合タンパク質／ペプチド、または、亜硫酸水素ナトリウム処理なしの単一分子配列決定、を用いることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ゲノムの第一の複数の領域のそれぞれについて、
前記領域に由来するそれぞれのＤＮＡ分子数を決定し；
前記それぞれの数からそれぞれの正規化数を計算し；
前記それぞれの正規化数を参照値と比較して、前記それぞれの領域が欠失または増幅を示すか否かを決定するステップと；
欠失または増幅を示すと決定される第一の量の領域を決定するステップと；
前記第一の量を第一の閾値と比較してがんのレベルの第二の分類を決定するステップと；
前記第一の分類と前記第二の分類とを用いてがんのレベルの第三の分類を決定するステップと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第一の閾値は、欠失または増幅を示すと決定される前記第一の複数の領域のパーセンテージである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第三の分類は、前記第一の分類と前記第二の分類の両方ががんを示す場合にのみ、がん陽性である、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記第三の分類は、前記第一の分類と前記第二の分類のいずれかががんを示す場合に、がん陽性である、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記第一の分類は前記生物にがんが存在することを示すものであり、
前記第一のメチル化レベルを、他の生物から決定される対応する値と比較することによって、前記生物に関連するがんの型を特定するステップであって、前記他の生物の少なくとも２つが異なる型のがんを有していると特定されるステップ、をさらに含む、請求項１または７に記載の方法。
【請求項１２】
前記第三の分類は前記生物にがんが存在することを示すものであり、
前記第一の量の領域を、前記他の生物から決定される対応する値と比較することによって、前記生物に関連する前記型のがんを特定するステップをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記第一のメチル化レベルを計算するステップは、
前記ゲノムの第二の複数の領域を特定することと；
前記領域のそれぞれの中の一つまたは複数の部位を特定することと；
各領域について領域メチル化レベルを計算することと、を含み、前記第一のメチル化レベルは第一の領域についてのものであり、
前記領域メチル化レベルのそれぞれをそれぞれの領域カットオフ値と比較するステップであって、前記第一のメチル化レベルを前記第一のカットオフ値と比較することを含むステップと；
前記それぞれの領域カットオフ値を超える領域メチル化レベルを有すると決定される第二の量の領域を決定するステップと；
前記第二の量の領域を第二の閾値と比較して、前記第一の分類を決定するステップと、
をさらに含む、請求項１または７に記載の方法。
【請求項１４】
前記それぞれの領域カットオフ値を超える領域メチル化レベルを有すると決定される領域は第一の一連の領域に対応するものであり、
前記第一の一連の領域の領域メチル化レベルを、他の生物の、前記第一の一連の領域に対応する領域メチル化レベルと比較するステップであって、前記他の生物は、第一の型のがん、がん不存在、および第二の型のがんの少なくとも２つを有する、ステップと；
前記比較に基づいて、前記生物が前記第一の型のがん、がん不存在、または前記第二の型のがんを有するか否かを決定するステップと、
をさらに含む、請求項１３の方法。
【請求項１５】
前記第一の一連の領域の領域メチル化レベルに基づいて前記他の生物をクラスタリングするステップであって、クラスターの２つは、前記第一の型のがん、がん不存在、および前記第二の型のがんのいずれか２つに対応するステップをさらに含み、
前記領域メチル化レベルの比較は前記生物がどちらのクラスターに属するかを決定する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記他の生物のクラスタリングは前記生物の領域メチル化レベルを用いる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記クラスターは、前記第一の型のがんに対応する第一のクラスターと、前記第二の型のがんに対応する第二のクラスターと、がん不存在に対応する第三のクラスターとを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記他の生物のクラスタリングは前記他の生物の第二の一連の領域のそれぞれの正規化数にさらに基づき、前記第二の一連の領域は、欠失または増幅を示すと決定される領域に対応し、領域に対する前記それぞれの正規化数は前記領域に由来するそれぞれのＤＮＡ分子数から決定されるものであり、
前記第二の一連の領域のそれぞれについて、
前記領域に由来するそれぞれのＤＮＡ分子数を決定し；
前記それぞれの数からそれぞれの正規化数を計算するステップと；
前記生物がどのクラスターに属するかを決定することの一部として、前記生物についての前記第二の一連の領域の前記それぞれの正規化数を、前記他の生物の前記それぞれの正規化数と比較するステップと、
をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記他の生物のクラスタリングは、高度メチル化ＣｐＧ島のそれぞれのメチル化密度にさらに基づくものであり、
前記高度メチル化ＣｐＧ島のそれぞれについて、
それぞれのメチル化密度を決定するステップと、
前記生物がどのクラスターに属するかを決定することの一部として、前記生物について前記高度メチル化ＣｐＧ島のそれぞれのメチル化密度を、前記他の生物のメチル化密度と比較するステップと、
をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記第二の複数の領域のそれぞれについて、
前記領域メチル化レベルと前記それぞれの領域カットオフ値との間のそれぞれの差異を算出するステップと、
前記それぞれの差異に対応するそれぞれの確率を計算するステップと、をさらに含み、
前記第二の量の領域を決定することは、前記それぞれの確率を含む累積スコアを計算することを含む、請求項１３の方法。
【請求項２１】
前記累積スコアを計算することは、
前記それぞれの確率の対数を取ってそれぞれの対数の結果を得るステップと；
前記それぞれの対数の結果を含む合計を計算するステップと、
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記累積スコアは前記それぞれの対数の結果の合計の負値である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
各差異は前記それぞれの領域カットオフ値に関連する標準偏差で正規化される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記それぞれの確率は、統計分布に従って前記それぞれの差異についての確率に対応する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記第二の閾値は、参照群に由来する最も高い累積スコアに対応する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
前記第一の複数の領域のそれぞれについて、
前記それぞれの正規化数と前記参照数との間のそれぞれの差異を算出するステップと；
前記それぞれの差異に対応するそれぞれの確率を計算するステップと、をさらに含み；
前記第一の量の領域を決定することは、前記それぞれの確率を含む第一の合計を計算することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２７】
前記それぞれの領域カットオフ値は参照メチル化レベルに由来する特定量である、請求項１３に記載の方法。
【請求項２８】
前記第二の閾値はパーセンテージであり、前記第二の量の領域を第二の閾値と比較することは、
前記第二の閾値と比較する前に前記第二の量の領域を前記第二の複数の領域の第二の数で割ることを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２９】
前記第二の数は前記第二の複数の領域の全てに対応する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記第一の複数の領域は前記第二の複数の領域と同じであり、前記それぞれの領域カットオフ値は、前記それぞれの領域が欠失または増幅を示すか否かに依存する、請求項１３に記載の方法。
【請求項３１】
それぞれの領域カットオフ値は、前記それぞれの領域が増幅を示さない場合より増幅を示す場合のほうがより大きい値を有し、それぞれの領域カットオフ値は、前記それぞれの領域が欠失を示さない場合より欠失を示す場合のほうがより小さい値を有する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
それぞれの領域カットオフ値は前記第二の複数の領域の低メチル化について試験され、それぞれの領域カットオフ値は、前記それぞれの領域が増幅を示さない場合より増幅を示す場合のほうがより大きい負値を有し、それぞれの領域カットオフ値は、前記それぞれの領域が欠失を示さない場合より欠失を示す場合のほうがより小さい負値を有する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記生物試料は処理の前に取られるものであり、
処理の後に取られる別の生物試料に対して請求項１３の方法を繰り返して、
欠失または増幅を示すと決定される後続の第一の量の領域と、
前記それぞれの領域カットオフ値を超える領域メチル化レベルを有すると決定される後続の第二の量の領域と、を得るステップと；
前記第一の量を前記後続の第一の量と、前記第二の量を前記後続の第二の量と比較して前記生物の予後を決定するステップと、
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項３４】
前記第一の量を前記後続の第一の量と、前記第二の量を前記後続の第二の量と比較して前記生物の予後を決定することは、
前記第一の量と前記後続の第一の量との間の第一の差異を決定するステップと；
前記第一の差異を一つまたは複数の第一の差異閾値と比較するステップと；
前記第二の量と前記後続の第二の量との間の第二の差異を決定するステップと；
前記第二の差異を一つまたは複数の第二の差異閾値と比較するステップと、
を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記第一の差異が１つの第一の差異閾値を下回る場合のほうが、前記第一の差異が前記１つの第一の差異閾値を上回る場合よりも、前記予後は悪化すると予測され、前記第二の差異が１つの第二の差異閾値を下回る場合のほうが、前記第二の差異が前記１つの第二の差異閾値を上回る場合よりも、前記予後は悪化すると予測される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記１つの第一の差異閾値および前記１つの第二の差異閾値はゼロである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記処理は免疫療法、外科手術、放射線療法、化学療法、抗体に基づく治療、エピジェネティック治療法、または標的療法である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記第一のカットオフ値は、健常生物から得られる生物試料により確定される参照メチル化レベルから特定の隔たりがある、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記特定の隔たりは、前記参照メチル化レベルからの標準偏差の特定の数である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記第一のカットオフ値は、前記生物試料が試験される前に得られる前記生物の試験前生物試料から決定される参照メチル化レベルより確定される、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
前記第一のメチル化レベルを前記第一のカットオフ値と比較することは、
前記第一のメチル化レベルと参照メチル化レベルとの間の差異を決定するステップと；
前記差異を、前記第一のカットオフ値に対応する閾値と比較するステップと、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
前記生物試料における腫瘍ＤＮＡの濃度分率を決定するステップと；
前記濃度分率に基づいて前記第一のカットオフ値を計算するステップと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記生物試料における腫瘍ＤＮＡの濃度分率が最小値より大きいか否かを決定するステップと；
前記濃度分率が前記最小値より大きくない場合に前記生物試料にフラグを付けるステップと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
腫瘍について参照メチル化レベルと比較したメチル化レベルの所期の差異に基づいて前記最小値を決定する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記複数の部位でＤＮＡ分子のサイズを測定するステップと；
前記第一のメチル化レベルを前記第一のカットオフ値と比較する前に、前記ＤＮＡ分子の前記測定されたサイズに基づいて前記第一のメチル化レベルを正規化するステップと、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４６】
前記測定されたサイズに基づいて前記第一のメチル化レベルを正規化することは、
第一のサイズを有するＤＮＡ分子を選択するステップと；
前記選択されたＤＮＡ分子を用いて前記第一のメチル化レベルを計算するステップであって、前記第一のカットオフ値は前記第一のサイズに対応するステップと、
を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記第一のサイズは或る範囲の長さである、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＤＮＡ分子は、サイズに依存する物理的分離に基づいて選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
第一のサイズを有するＤＮＡ分子を選択することは、
前記複数のＤＮＡ分子のペアエンド大規模並列配列決定（ｐａｉｒｅｄ−ｅｎｄ  ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を実行して、前記ＤＮＡ分子のそれぞれについて配列の対を得るステップと；
前記配列の対を参照ゲノムと比較することによってＤＮＡ分子のサイズを決定するステップと；
前記第一のサイズを有するＤＮＡ分子を選択するステップと、
を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
前記測定されたサイズに基づいて前記第一のメチル化レベルを正規化することは、
サイズとメチル化レベルとの間の関数関係を得るステップと；
前記関数関係を用いて前記第一のメチル化レベルを正規化するステップと、
を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
前記関数関係は、それぞれのサイズに対応するスケーリング値を提供する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＤＮＡ分子に対応する平均サイズを算出して、これを用いて前記第一のメチル化レベルを計算するステップと；
前記第一のメチル化レベルに、前記対応するスケーリング値を掛けるステップと、
をさらに含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記複数の部位のそれぞれについて、
前記部位に位置する前記ＤＮＡ分子のそれぞれについて、
前記部位における前記ＤＮＡ分子のそれぞれのサイズを得るステップと；
前記それぞれのサイズに対応する前記スケーリング値を用いて、前記部位でメチル化される前記それぞれのＤＮＡ分子数への前記ＤＮＡ分子の寄与を正規化するステップと、
をさらに含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記複数の部位はＣｐＧ部位を含み、前記ＣｐＧ部位は複数のＣｐＧ島に組織化され、各ＣｐＧ島は一つまたは複数のＣｐＧ部位を含み、前記第一のメチル化レベルは第一のＣｐＧ島に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＣｐＧ島は参照群に第一のパーセンテージより低い平均メチル化密度を有し、前記参照群における前記メチル化密度に対する変動係数は第二のパーセンテージよりも低い、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記ＣｐＧ島のそれぞれについて、
前記ＣｐＧ島のメチル化レベルをそれぞれのカットオフ値と比較することによって、前記ＣｐＧ島が他の生物の試料の参照群と比較して高度メチル化されているか否かを決定するステップと；
前記高度メチル化ＣｐＧ島のそれぞれについて、
それぞれのメチル化密度を決定するステップと；
前記それぞれのメチル化密度から累積スコアを計算するステップと；
前記累積スコアを累積カットオフ値と比較して前記第一の分類を決定するステップと、
をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記それぞれのメチル化密度から前記累積スコアを計算することは、
前記高度メチル化ＣｐＧ島のそれぞれについて、
前記それぞれのメチル化密度と参照密度との間のそれぞれの差異を計算し；
前記それぞれの差異に対応するそれぞれの確率を計算するステップと；
前記それぞれの確率を用いて前記累積スコアを決定するステップと、
を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記累積スコアを、
前記それぞれの確率の対数を取ってそれぞれの対数の結果を得るステップと；
前記それぞれの対数の結果を含む合計を計算するステップと、
によって決定し、前記累積スコアは前記合計の負値である、
請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
各差異それぞれは、前記参照密度に関連する標準偏差で正規化される、請求項５６に記載の方法。
【請求項６０】
前記累積カットオフ値は、前記参照群からの最も高い累積スコアに対応する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６１】
前記第一のＣｐＧ島が高度メチル化されているか否かを決定することは、
前記第一のメチル化レベルを前記第一のカットオフ値および第三のカットオフ値と比較するステップを含み、
前記第一のカットオフ値は、前記参照群についてのメチル化密度の平均に特定のパーセンテージを足したものに対応し、前記第三のカットオフ値は、特定の標準偏差数に前記参照群についてのメチル化密度の前記平均を足したものに対応する、
請求項５６に記載の方法。
【請求項６２】
前記特定のパーセンテージは２％である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記特定の標準偏差数は３である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記ゲノムの第一の複数の領域のそれぞれについて、
前記領域に由来するそれぞれのＤＮＡ分子数を決定し；
前記それぞれの数からそれぞれの正規化数を計算し；
前記それぞれの正規化数を参照値と比較して、前記それぞれの領域が欠失又は増幅を示すか否かを決定するステップと；
全て、欠失、増幅、または正常な表現の１つを示すと決定される第一の一連の領域を決定するステップであって、前記第一のメチル化レベルは前記第一の一連の領域に対応するステップと；
全て、欠失、増幅、または正常な表現のいずれか２つ目を示すと決定される第二の一連の領域を決定するステップと；
前記第二の一連の領域の部位においてメチル化される前記それぞれのＤＮＡ分子数に基づいて第二のメチル化レベルを計算するステップと、をさらに含み、
前記第一のメチル化レベルを前記第一のカットオフ値と比較することは、
前記第一のメチル化レベルと前記第二のメチル化との間のパラメーターを算出することと；
前記パラメーターを前記第一のカットオフ値と比較することと、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６５】
前記第一のメチル化レベルは前記第一の一連の領域のそれぞれの領域について計算される領域メチル化レベルの統計値であり、前記第二のメチル化レベルは前記第二の一連の領域のそれぞれの領域について計算される領域メチル化レベルの統計値である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記統計値を、スチューデントｔ検定、分散分析（ＡＮＯＶＡ）検定、またはクラスカル・ワリス検定を用いて決定する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記パラメーターは比率または差異を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
前記パラメーターを算出することは確率分布を前記比率または前記差異に適用することを含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
生物の生物試料から第一のメチル化特性を決定する方法であって、前記生物試料は、第一の組織および第二の組織に由来する無細胞ＤＮＡ分子の混合物を含む無細胞ＤＮＡを含み、
前記第二の組織のＤＮＡ分子に対応する第二のメチル化特性を得るステップであって、前記第二のメチル化特性は、前記生物のゲノムの複数の遺伝子座のそれぞれにおけるメチル化密度を提供し、特定の遺伝子座における前記メチル化密度は、メチル化されている前記第二の組織のＤＮＡ分子の割合に対応する、ステップと；
前記混合物の前記無細胞ＤＮＡ分子から無細胞メチル化特性を決定するステップであって、前記無細胞メチル化特性は前記複数の遺伝子座のそれぞれにおけるメチル化密度を提供するステップと；
前記第一の組織に由来する前記混合物における前記無細胞ＤＮＡ分子のパーセンテージを決定するステップと；
前記組織の前記第一のメチル化特性を決定するステップと；
前記複数の遺伝子座のそれぞれについて、
前記第二のメチル化特性のメチル化密度と前記無細胞メチル化特性のメチル化密度との間のパーセンテージ単位で決められる差異を含む示差パラメーターを計算することによって、前記第一の組織の前記第一のメチル化特性を決定するステップと、
を含む、方法。
【請求項７０】
前記第一のメチル化特性から第一のメチル化レベルを決定するステップと；
前記第一のメチル化レベルを第一のカットオフ値と比較して、前記比較に基づいてがんのレベルの分類を決定するステップと、
をさらに含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記第一のメチル化特性を変換して、補正された第一のメチル化特性を得るステップをさらに含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
前記変換は線形の変換である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
遺伝子座についての前記示差パラメーターＤは、
【数１】
2015536639.tif 000001
（式中、ｍｂｃは前記遺伝子座における前記第二のメチル化特性の前記メチル化密度を表し、ｍｐは前記遺伝子座における前記無細胞メチル化特性の前記メチル化密度を表し、ｆは前記生物試料における前記第一の組織に由来する無細胞ＤＮＡ分子のパーセンテージであり、ＣＮは前記遺伝子座におけるコピー数を表す）
と定義される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
ＣＮは、前記遺伝子座において二染色体である前記第一の組織のコピー数についてのものである、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
Ｄが閾値を超える領域を特定することをさらに含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
次の基準：
５０％より大きいＧＣ含量；
第一の閾値より小さいか第二の閾値より大きい、前記第二のメチル化特性のメチル化密度；
前記遺伝子座によって定義される、領域内の最低５つのＣｐＧ部位；
のいずれか一つまたは複数を有する遺伝子座を選択することによって前記複数の遺伝子座を特定するステップ、
をさらに含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７７】
前記生物試料は胎児を妊娠している女性対象に由来し、前記第一の組織は前記胎児または胎盤に由来し、前記第二の組織は前記女性対象に由来する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７８】
前記第一のメチル化特性から第一のメチル化レベルを決定するステップと；
前記第一のメチル化レベルを第一のカットオフ値と比較して病状の分類を決定するステップと、
をさらに含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記病状は子癇前症、または前記第一の組織における染色体異常である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記第一の組織は前記生物内の腫瘍に由来し、前記第二の組織は前記生物の非悪性組織に由来する、請求項６９に記載の方法。
【請求項８１】
前記生物試料はまた、前記第二の組織に由来するＤＮＡ分子を含み、
前記第二のメチル化特性を得ることは、
前記第二の組織に由来する前記ＤＮＡ分子を解析して前記第二のメチル化特性を決定することを含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項８２】
前記得られた第二のメチル化特性は、対照試料の群より得られる平均メチル化特性に対応する、請求項６９に記載の方法。
【請求項８３】
前記複数の遺伝子座の第一の遺伝子座について前記無細胞メチル化特性のメチル化密度を決定することは、
前記第一の遺伝子座に由来する前記無細胞ＤＮＡ分子の第一の数を決定するステップと；
前記第一の数の各ＤＮＡ分子が一つまたは複数の部位でメチル化されるか否かを決定して、メチル化ＤＮＡ分子の第二の数を得るステップと；
前記第一の数および前記第二の数から前記メチル化密度を計算するステップと、
を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項８４】
前記一つまたは複数の部位はＣｐＧ部位である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記無細胞メチル化特性を決定することは、
前記無細胞ＤＮＡ分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理するステップと；
前記処理されたＤＮＡ分子の配列決定を実行するステップと、
を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項８６】
前記無細胞ＤＮＡ分子の処理は、Ｔｅｔ支援（Ｔｅｔ−ａｓｓｉｓｔｅｄ）亜硫酸水素塩変換の一部であるか、または、前記無細胞ＤＮＡ分子を過ルテニウム酸カリウム（ＫＲｕＯ４）で処理することを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記無細胞メチル化特性を決定することは、
前記ＤＮＡの単一分子配列決定を実行するステップであって、前記単一分子配列決定は、ＤＮＡ分子の少なくとも１つの部位がメチル化されているか否かを決定することを含むステップを含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項８８】
生物の生物試料から第一のメチル化特性を決定する方法であって、前記生物試料は第一の組織および第二の組織に由来する無細胞ＤＮＡの混合物を含み、
前記生物試料から複数のＤＮＡ分子を解析するステップであって、ＤＮＡ分子を解析することは：
前記生物のゲノムにおける前記ＤＮＡ分子の位置を決定することと；
前記ＤＮＡ分子の遺伝子型を決定することと；
前記ＤＮＡ分子が一つまたは複数の部位でメチル化されているか否かを決定することと、を含む、ステップと；
それぞれの第一の対立遺伝子およびそれぞれの第二の対立遺伝子について前記第一の組織の第一のゲノムがヘテロ接合性であり、前記それぞれの第一の対立遺伝子について前記第二の組織の第二のゲノムがホモ接合性である、複数の第一の遺伝子座を特定するステップと；
前記第一の遺伝子座のそれぞれについて：
前記遺伝子座に関連する一つまたは複数の部位のそれぞれについて：
前記部位においてメチル化され、前記遺伝子座の前記それぞれの第二の対立遺伝子に対応するＤＮＡ分子の数を決定し、
前記遺伝子座の前記一つまたは複数の部位でメチル化され、前記遺伝子座の前記それぞれの第二の対立遺伝子に対応するＤＮＡ分子の数に基づいてメチル化密度を計算するステップと；
前記第一の遺伝子座についてのメチル化密度から、前記第一の組織の前記第一のメチル化特性を作成するステップと、
を含む、方法。
【請求項８９】
前記生物試料は胎児を妊娠している女性対象に由来し、前記第一の組織は前記胎児または胎盤に由来し、前記第二の組織は女性対象に対応する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記部位はＣｐＧ部位に対応する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
各遺伝子座は少なくとも１つのＣｐＧ部位を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
各遺伝子座は少なくとも１つのＣｐＧ部位に隣接する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
生物の生物試料から染色体異常を検出する方法であって、前記生物試料は、第一の組織と第二の組織とに由来する無細胞ＤＮＡの混合物を含む無細胞ＤＮＡを含み、
複数のＤＮＡ分子を前記生物試料から解析するステップであって、ＤＮＡ分子を解析することは、
参照ゲノムにおける前記ＤＮＡ分子の位置を決定することと；
前記ＤＮＡ分子が一つまたは複数の部位においてメチル化されているか否かを決定することと、を含む、ステップと；
複数の部位のそれぞれについて：
前記部位においてメチル化されているそれぞれのＤＮＡ分子数を決定するステップと；
前記第一の染色体領域内の部位においてメチル化される前記それぞれのＤＮＡ分子数に基づいて第一の染色体領域の第一のメチル化レベルを計算するステップと；
前記第一のメチル化レベルをカットオフ値と比較するステップと；
前記比較に基づいて前記第一の染色体領域について前記第一の組織における異常の分類を決定するステップと、
を含む、方法。
【請求項９４】
前記第一のメチル化レベルをカットオフ値と比較することは、
前記第一のメチル化レベルを正規化することと、前記正規化された第一のメチル化レベルを前記カットオフ値と比較することと、を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記正規化は第二の染色体領域の第二のメチル化レベルを用いる、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記正規化は前記第一の組織に由来する無細胞ＤＮＡの濃度分率を用いる、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
第一のメチル化レベルを計算することは、
前記生物のゲノムの複数の領域を特定するステップと；
前記領域のそれぞれの中の一つまたは複数の部位を特定するステップと；
各領域について領域メチル化レベルを計算するステップと、を含み、
前記第一のメチル化レベルは第一の領域についてのものであり、
前記第一のメチル化レベルを第一のカットオフ値と比較することは、
前記領域メチル化レベルのそれぞれをそれぞれの領域カットオフ値と比較するステップと；
領域メチル化レベルが前記それぞれの領域カットオフ値を超える領域の第一の数を決定するステップと；
前記第一の数を閾値と比較して前記分類を決定するステップと、
を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９８】
前記閾値はパーセンテージであり、
前記第一の数を閾値と比較することは、前記閾値と比較する前に前記第一の領域数を第二の領域数で割ることを含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記第二の領域数は前記特定された複数の領域の全てである、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記それぞれの領域カットオフ値は、参照メチル化レベルに由来する特定の量である、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０１】
前記生物試料は胎児を妊娠している女性対象に由来し、前記第一の組織は前記胎児または胎盤に由来し、前記第二の組織は前記女性対象に由来し、前記染色体異常は胎児の染色体異常である、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０２】
前記カットオフ値は、前記女性対象に由来する前記第二の組織のＤＮＡに関連するバックグラウンドメチル化レベルに基づく、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０３】
前記カットオフ値は、前記第一の染色体領域について染色体異常のない胎児を懐妊している他の女性妊娠対象から決定される、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記染色体異常は、２１番染色体トリソミーまたは１８番染色体トリソミーまたは１３番染色体トリソミーまたはターナー症候群またはクラインフェルター症候群である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０５】
前記第一の組織は前記生物内の腫瘍に由来し、前記第二の組織は前記生物の非悪性組織に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０６】
前記カットオフ値は、がんを有さない他の生物から決定される、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０７】
カットオフ値は、前記生物試料における前記第一の組織に由来する無細胞ＤＮＡの濃度に基づく、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０８】
前記カットオフ値は、異常のタイプに対応するスケーリング因子に基づき、前記異常のタイプは欠失または重複である、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
参照ゲノムにおける前記ＤＮＡ分子の位置を決定することは、前記位置が前記第一の染色体領域内にあるか否かを決定することを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項１１０】
前記参照ゲノムにおける前記ＤＮＡ分子の位置を決定することは、前記ＤＮＡ分子が前記第一の染色体領域に位置するか否かを決定することによって成される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記染色体異常は、染色体内欠失、または染色体内重複、またはディジョージ症候群である、請求項９３に記載の方法。
【請求項１１２】
請求項１〜１１１のいずれか１項に記載の方法をコンピュータに実行させるためのプログラム。
【請求項１１３】
１又はそれ以上のプロセッサ、及び請求項１１２に記載のプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な媒体を含むシステム。