【手続補正書】
【提出日】平成28年8月1日(2016.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
提供された配列情報にしたがって機能的なＤＮＡまたはＲＮＡ分子を合成するための自動化されたシステムであって、
提供された配列情報にしたがって機能的なＤＮＡ分子を構築するための、および任意で、該ＤＮＡ分子をＲＮＡ分子に転写するための、アセンブリーユニットを含み、
該アセンブリーユニットは、オリゴヌクレオチドを含むおよび構成要素を含む容器を含んでいるか、またはそれらに接続されており、該構成要素は、前記システム内で試薬を輸送するための、および前記機能的ＤＮＡ分子を構築する自動化された方法における工程を実行するための、および任意で、前記ＤＮＡ分子を転写する自動化された方法における工程を実行するためのものであり、
該アセンブリーユニットは更に、前記オリゴヌクレオチオドを大きいＤＮＡ分子に構築するための、および任意で、該ＤＮＡ分子を転写するための、ソフトウェアプログラミング命令を含み、
前記オリゴヌクレオチオドは、前記機能的ＤＮＡ分子またはその変異体の断片であり、
かつ更に、前記アセンブリーユニットは、前記オリゴヌクレオチオドを連結することによって１００ｂＰより大きいＤＮＡ分子を合成することを含む自動化された方法で構築を実施する、
前記自動化システム。
【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドを、前記オリゴヌクレオチドの増幅のため前記アセンブリーユニットのサブユニットに提供する、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項３】
前記増幅がＰＣＲ工程を含む、請求項２に記載の自動化システム。
【請求項４】
前記アセンブリーユニットが更に、試薬と、システム内で試薬を輸送するための、および少なくとも一つのエラー修正反応のためソフトウェアプログラミング命令からの自動化方法での工程を実行するための、構成要素とを含む、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドを、単一の等温反応においてＧＩＢＳＯＮ  ＡＳＳＥＭＢＬＹ（登録商標）を用いて、前記大きいＤＮＡ分子に構築する、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドが４０〜１００ヌクレオチド長である、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項７】
前記機能的ＤＮＡオリゴヌクレオチドの断片またはその変異体が、ＤＮＡ構築のため配列の重複を含む、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項８】
前記オリゴヌクレオチドが５０〜９０ヌクレオチド長である、請求項７に記載の自動化システム。
【請求項９】
前記構築システムが更に、自動化方法で前記オリゴヌクレオチドを合成するため核酸合成機サブユニットを用いる別のレベルの構築を含む、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項１０】
前記機能的ＤＮＡ分子の配列を、構築用の前記核酸合成機サブユニットに伝達させる重複オリゴヌクレオチド配列に分割するためのソフトウェアを更に含む、請求項９に記載の自動化システム。
【請求項１１】
前記アセンブリーユニットが更に、自動化方法で前記オリゴヌクレオチドを合成するために使用されるヌクレオシドホスホラミダイトもしくはヌクレオチドを含む容器を含んでいるか、またはそれらに接続されている、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項１２】
前記機能的ＤＮＡ分子が、事前に作成された配列により合成される一つもしくは複数のさらなるＤＮＡ配列、または事前に作成された配列としてシステムに提供される一つもしくは複数のさらなるＤＮＡ配列で構築され、該一つもしくは複数のさらなるＤＮＡ配列が、プラスミド、ベクター、制御配列、プロモーター配列、トランス作用因子のための結合エレメント、シグナル配列、およびその二つまたはそれ以上の組合せのいずれかから成る群から選択される、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項１３】
前記さらなるＤＮＡ配列が、宿主細胞で使用するためのベクターであり、かつ、前記自動化システムが更に、該宿主細胞と、試薬と、該システム内で試薬を輸送するための、ならびに、前記機能的ＤＮＡ分子および前記ベクターで前記宿主細胞を形質転換させるかまたはトランスフェクトするソフトウェアプログラミング命令から自動化方法において工程を実施するための、構成要素とを含む、請求項１２に記載の自動化システム。
【請求項１４】
前記形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞が、一つまたは複数のタンパク質またはタンパク質サブユニットを作製し、かつ任意で、該タンパク質を生物学的産物に構築する、請求項１３に記載の自動化システム。
【請求項１５】
前記生物学的産物がファージまたはその一部のウイルス粒子である、請求項１４に記載の自動化システム。
【請求項１６】
前記機能的ＤＮＡまたはＲＮＡ分子がファージまたはウイルスゲノムである、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項１７】
前記ファージまたはウイルスゲノムが、宿主細胞をトランスフェクトするために使用され、前記自動化システムが更に、該宿主細胞と、試薬と、該システム内で試薬を輸送するための、および、前記ファージまたはウイルスゲノムで前記宿主細胞を感染またはトランスフェクトするソフトウェアプログラミング命令から自動化方法で工程を実行するための、構成要素とを含む、請求項１６に記載の自動化システム。
【請求項１８】
前記宿主細胞で複製されたファージまたはウイルス粒子を回収するための構成要素を更に含む、請求項１７に記載の自動化システム。
【請求項１９】
複数の機能的ＤＮＡ分子を構築する、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項２０】
宿主細胞と、試薬と、システム内で試薬を輸送するための、および、前記宿主細胞を複数の機能的ＤＮＡ分子で形質転換またはトランスフェクトするソフトウェアプログラミング命令から自動化方法における工程を実行するための、構成要素とを更に含む、請求項１９に記載の自動化システム。
【請求項２１】
前記機能的ＤＮＡ分子が直接的にＤＮＡワクチンまたはその構成要素である、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項２２】
前記アセンブリーユニットが更に、試薬と、システム内で試薬を輸送するための、および、ＲＮＡ分子を翻訳することによるタンパク質またはペプチド分子の合成を含む生物学的構築の別のレベルを実施するソフトウェアプログラミング命令から自動化方法で工程を実行するための、構成要素とを含む、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項２３】
二つまたはそれ以上のタンパク質を、四次構造を有するタンパク質に構築することを含む、生物学的構築の別のレベルを、前記アセンブリーユニットが実施する、請求項１２に記載の自動化システム。
【請求項２４】
前記タンパク質またはペプチド分子が、タンパク質ドメイン、結合サブユニット、酵素、酵素活性を有する酵素サブユニット、抗原活性を有するタンパク質またはペプチド、ウイルスタンパク質またはそのサブユニット、ウイルスコートタンパク質から成る群から選択される産物である、請求項２２に記載の自動化システム。
【請求項２５】
前記タンパク質またはペプチド分子が抗原活性を有し、かつ、前記自動化システムが更に、ワクチンまたはその構成要素として使用するために前記タンパク質またはペプチド分子を回収するための構成要素を含む、請求項２４に記載の自動化システム。
【請求項２６】
複数のタンパク質またはペプチド分子を提供する、請求項２２に記載の自動化システム。
【請求項２７】
前記複数のタンパク質またはペプチド分子を組み合わせる、請求項２６に記載の自動化システム。
【請求項２８】
送信ユニットから伝達される生物学的配列情報をコードするシグナルを受信するための受信ユニットを更に含む、請求項１に記載の自動化システム。
【請求項２９】
前記送信ユニットが前記受信ユニットから離れた位置に存在する、請求項２８に記載の自動化システム。
【請求項３０】
前記送信ユニットおよび前記受信ユニットが、コンピュータネットワークの一部であるコンピュータである、請求項２８に記載の自動化システム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
[本発明1001]
生物学的配列情報を受け取り、機能的生物学的実体の合成を活性化するためのシステムであって：
受信ユニットから離れた位置に存在する送信ユニットから伝達された、生物学的配列情報をコードするシグナルを受け取るための受信ユニット；
生物学的配列情報に従って生物学的実体を構築するための、受信ユニットに接続されたアセンブリーユニットであって、生物学的ビルディングブロック分子を含有する容器を含むか、またはそれに接続され、かつ、システム中の試薬を輸送するための、および機能的生物学的実体を合成するために自動化された方法における工程を実行するための構成要素を含有する、アセンブリーユニット；
を含み、受信ユニットが、生物学的配列情報を受け取り、アセンブリーユニットにそれを提供する、システム。
[本発明1002]
送信ユニットおよび受信ユニットが、コンピュータネットワークの一部であるコンピュータである、本発明1001のシステム。
[本発明1003]
生物学的ビルディングブロックが、ｄＮＴＰまたはヌクレオシドホスホラミダイトである、本発明1001のシステム。
[本発明1004]
生物学的配列情報に従ってｄＮＴＰまたはヌクレオシドホスホラミダイトをオリゴヌクレオチドのセットに構築するためのプログラミング命令をさらに含む、本発明1003のシステム。
[本発明1005]
オリゴヌクレオチドのセットをＤＮＡ分子に構築するためのプログラミング命令をさらに含む、本発明1003のシステム。
[本発明1006]
機能的生物学的実体がＤＮＡ分子である、本発明1003のシステム。
[本発明1007]
生物学的産物への機能的ＤＮＡ分子の転写および／または翻訳のための試薬を含有する1つまたは複数の容器をさらに含む、本発明1005のシステム。
[本発明1008]
生物学的配列情報が、ウイルス粒子またはバクテリオファージの少なくとも一部をコードする核酸をコードする、本発明1003のシステム。
[本発明1009]
アセンブリーユニットが、生物学的実体を生物学的産物にさらに変換する、本発明1006のシステム。
[本発明1010]
生物学的産物が、ウイルス粒子またはウイルス粒子の一部である、本発明1009のシステム。
[本発明1011]
ウイルス粒子またはウイルス粒子の一部がタンパク質抗原を含む、本発明1010のシステム。
[本発明1012]
アセンブリーユニットがさらに、宿主細胞を含む容器を含むか、またはそれに接続されている、本発明1009のシステム。
[本発明1013]
反応容器の異なる区画において自動化された方法の工程を行うためのプログラミング命令をさらに含む、本発明1001のシステム。
[本発明1014]
以下の段階を含む、機能的生物学的実体を合成する方法：
機能的生物学的実体を合成するためのシステムにおいて送信ユニットから生物学的配列情報を受け取る段階であって、システムが、
送信ユニットから伝達された生物学的配列情報をコードするシグナルを受け取るための、送信ユニットから離れた位置に存在する受信ユニット；
生物学的配列情報に従って機能的生物学的実体を構築するための、受信ユニットに接続されたアセンブリーユニットであって、生物学的ビルディングブロック分子、および、生物学的ビルディングブロック分子から機能的生物学的実体を合成する反応を行うための試薬を含有する容器を含むか、またはそれに接続された、アセンブリーユニット；
を含み、アセンブリーユニットが、生物学的配列情報に従って生物学的実体を構築するように構成されている、段階；ならびに、
自動化された方法において機能的生物学的実体を合成する段階。
[本発明1015]
送信ユニットおよび受信ユニットが、コンピュータネットワークの一部であるコンピュータである、本発明1014の方法。
[本発明1016]
アセンブリーユニットが、生物学的配列情報を受け取る前に、機能的生物学的実体の構築のために調製されている、本発明1014の方法。
[本発明1017]
生物学的ビルディングブロックが、ｄＮＴＰまたはヌクレオシドホスホラミダイトである、本発明1014の方法。
[本発明1018]
システムが、生物学的配列情報に従ってｄＮＴＰまたはヌクレオシドホスホラミダイトをオリゴヌクレオチドのセットに構築するためのプログラミング命令をさらに含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
システムが、オリゴヌクレオチドのセットをＤＮＡ分子に構築するためのプログラミング命令をさらに含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
機能的生物学的実体がＤＮＡ分子である、本発明1014の方法。
[本発明1021]
システムが、ＲＮＡ分子へのＤＮＡ分子の転写のための1つまたは複数の容器および試薬を含む、本発明1019の方法。
[本発明1022]
システムが、機能的なタンパク質またはペプチドへのＲＮＡ分子のインビトロ翻訳のための1つまたは複数の容器および試薬をさらに含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
生物学的配列情報が、ウイルス粒子の少なくとも一部をコードする核酸分子をコードする、本発明1014の方法。
[本発明1024]
機能的なタンパク質またはペプチドがウイルスのタンパク質またはペプチドである、本発明1022の方法。
[本発明1025]
ＤＮＡ分子が5ｋｂより大きい、本発明1020の方法。
[本発明1026]
ビルディングブロック分子が、ビルディングブロック重合体を形成するようにインビトロ反応で連結される、本発明1014の方法。
[本発明1027]
ビルディングブロック分子がヌクレオチドまたはヌクレオシドホスホラミダイトであり、ビルディングブロック重合体がオリゴヌクレオチドである、本発明1026の方法。
[本発明1028]
反応容器の第1の区画から反応容器の第2の区画までオリゴヌクレオチドを輸送することをさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1029]
反応容器の第1の区画において方法の1つの工程を、および反応容器の第2の区画において方法の第2の工程を行うことをさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1030]
生物学的実体を合成する段階がＤＮＡ構築工程を含む、本発明1027の方法。
[本発明1031]
方法の工程が、複数のレベルの生物学的構築を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
ＤＮＡ構築工程およびＲＮＡ転写工程を含む、本発明1031の方法。
[本発明1033]
ＤＮＡ構築工程が反応容器の第1の反応区画において行われ、かつＲＮＡ転写工程が反応容器の第2の反応区画において行われる、本発明1032の方法。
[本発明1034]
反応容器の第3の反応区画におけるインビボでのウイルス粒子の産生を含む工程をさらに含む、本発明1032の方法。
[本発明1035]
以下を含む、提供された生物学的配列情報に従った機能的生物学的実体の合成のための自動化されたシステム：
提供された生物学的配列情報に従って生物学的実体を構築するためのアセンブリーユニットであって、生物学的ビルディングブロック分子を含有する容器を含むか、またはそれに接続され、かつ、システム中の試薬を輸送するための、および機能的生物学的実体を合成するために自動化された方法における工程を実行するための構成要素を含有する、アセンブリーユニット。
上で記述した本発明の概要は限定的でなく、本発明のその他の特徴および利点は、以下の発明の詳細な説明および請求項から明らかだろう。