【手続補正書】
【提出日】平成28年4月8日(2016.4.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍のＭＳＩ状態を診断する方法であって、腫瘍ＤＮＡの試料中の少なくとも２つのマイクロサテライト領域中のインデルの存在を決定することを含み、ここで少なくとも２つのマイクロサテライト領域が、
−  表１に列挙された遺伝子からの５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ領域に存在する、少なくとも２つのマイクロサテライト領域、または
−  表２に列挙された遺伝子のエクソンに存在するもの、および／または表１に列挙された遺伝子からの５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ領域に存在するものから選択される少なくとも３つのマイクロサテライト領域
であり、ここで少なくとも１つのインデルの存在が、ＭＳＩの指標である、前記方法。
表１．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料について、５’および３’ＵＴＲ領域中の最も一般的な反復インデル（１６例の腫瘍試料の少なくとも４つに存在する）。
【表１−１】
2015516144.tif 000001
【表１−２】
2015516144.tif 000002
【表１−３】
2015516144.tif 000003
【表１−４】
2015516144.tif 000004
【表１−５】
2015516144.tif 000005
【表１−６】
2015516144.tif 000006
【表１−７】
2015516144.tif 000007
【表１−８】
2015516144.tif 000008
【表１−９】
2015516144.tif 000009
【表１−１０】
2015516144.tif 000010
【表１−１１】
2015516144.tif 000011
【表１−１２】
2015516144.tif 000012
【表１−１３】
2015516144.tif 000013
【表１−１４】
2015516144.tif 000014
【表１−１５】
2015516144.tif 000015
【表１−１６】
2015516144.tif 000016
【表１−１７】
2015516144.tif 000017
【表１−１８】
2015516144.tif 000018
【表１−１９】
2015516144.tif 000019
【表１−２０】
2015516144.tif 000020
【表１−２１】
2015516144.tif 000021
【表１−２２】
2015516144.tif 000022
【表１−２３】
2015516144.tif 000023
【表１−２４】
2015516144.tif 000024
【表１−２５】
2015516144.tif 000025
【表１−２６】
2015516144.tif 000026
【表１−２７】
2015516144.tif 000027
【表１−２８】
2015516144.tif 000028
【表１−２９】
2015516144.tif 000029
【表１−３０】
2015516144.tif 000030
【表１−３１】
2015516144.tif 000031
【表１−３２】
2015516144.tif 000032
【表１−３３】
2015516144.tif 000033
【表１−３４】
2015516144.tif 000034
【表１−３５】
2015516144.tif 000035
表２．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料についての、エクソンの最も一般的な反復インデル。
【表２−１】
2015516144.tif 000036
【表２−２】
2015516144.tif 000037
【表２−３】
2015516144.tif 000038
【表２−４】
2015516144.tif 000039
【請求項２】
マイクロサテライト領域がホモポリマー領域である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
腫瘍が、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵巣癌、胃癌、白血病、およびリンチ症候群の腫瘍から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも２つのマイクロサテライト領域が、表１に列挙された遺伝子からの５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ領域に存在するものから選択される少なくとも２つのマイクロサテライト領域、および表２に列挙された遺伝子のエクソンに存在するものから選択される少なくとも２つのマイクロサテライト領域である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも２つのマイクロサテライト領域が、少なくとも８つのマイクロサテライト領域である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも２つのマイクロサテライト領域が、表３に示す５６のマイクロサテライト領域から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
表３．５６マーカーのパネル。
【表３−１】
2015516144.tif 000040
【表３−２】
2015516144.tif 000041
【請求項７】
ＭＳＩが、さらに次のように特徴付けられる、請求項５または６に記載の方法：マイクロサテライト領域の１７％以上がインデルを含む場合、腫瘍はＭＳＩ−Ｈであり、マイクロサテライト領域の２％〜１７％がインデルを含む場合、腫瘍はＭＳＩ−Ｌであり、マイクロサテライト領域の２％未満がインデルを含む場合、腫瘍はマイクロサテライト安定である。
【請求項８】
マイクロサテライト領域がホモポリマー領域であり、ホモポリマーの長さが１５ヌクレオチドを超えない、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
インデルの存在を決定することが、単一塩基対伸長技術、ＤＮＡハイブリダイゼーション技術、または融解曲線分析を介して行われる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍試料中のＭＳＩを決定するためのバイオマーカーパネルであって、表１に列挙された遺伝子からの５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ領域に存在するもの、および表２に列挙された遺伝子のエクソンに存在するものから選択される、少なくとも８つのマイクロサテライト領域を含む、前記バイオマーカーパネル。
表１．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料について、５’および３’ＵＴＲ領域中の最も一般的な反復インデル（１６例の腫瘍試料の少なくとも４つに存在する）。
【表４−１】
2015516144.tif 000042
【表４−２】
2015516144.tif 000043
【表４−３】
2015516144.tif 000044
【表４−４】
2015516144.tif 000045
【表４−５】
2015516144.tif 000046
【表４−６】
2015516144.tif 000047
【表４−７】
2015516144.tif 000048
【表４−８】
2015516144.tif 000049
【表４−９】
2015516144.tif 000050
【表４−１０】
2015516144.tif 000051
【表４−１１】
2015516144.tif 000052
【表４−１２】
2015516144.tif 000053
【表４−１３】
2015516144.tif 000054
【表４−１４】
2015516144.tif 000055
【表４−１５】
2015516144.tif 000056
【表４−１６】
2015516144.tif 000057
【表４−１７】
2015516144.tif 000058
【表４−１８】
2015516144.tif 000059
【表４−１９】
2015516144.tif 000060
【表４−２０】
2015516144.tif 000061
【表４−２１】
2015516144.tif 000062
【表４−２２】
2015516144.tif 000063
【表４−２３】
2015516144.tif 000064
【表４−２４】
2015516144.tif 000065
【表４−２５】
2015516144.tif 000066
【表４−２６】
2015516144.tif 000067
【表４−２７】
2015516144.tif 000068
【表４−２８】
2015516144.tif 000069
【表４−２９】
2015516144.tif 000070
【表４−３０】
2015516144.tif 000071
【表４−３１】
2015516144.tif 000072
【表４−３２】
2015516144.tif 000073
【表４−３３】
2015516144.tif 000074
【表４−３４】
2015516144.tif 000075
【表４−３５】
2015516144.tif 000076
表２．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料についての、エクソンの最も一般的な反復インデル。
【表５−１】
2015516144.tif 000077
【表５−２】
2015516144.tif 000078
【表５−３】
2015516144.tif 000079
【表５−４】
2015516144.tif 000080
【請求項１１】
少なくとも８つのマイクロサテライト領域が、表３に列挙された遺伝子から選択される少なくとも８つの領域である、請求項１０に記載のバイオマーカーパネル。
表３．５６マーカーのパネル。
【表６−１】
2015516144.tif 000081
【表６−２】
2015516144.tif 000082
【請求項１２】
ＭＲＥ１１、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＬＭ、ＢＲＣＡ１、ＣＨＥＫ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＭ、ＲＡＤ５０、およびＲＡＤ５４から選択される少なくとも１つの遺伝子の非コード領域においてホモポリマーをさらに含む、請求項１０または１１に記載のバイオマーカーパネル。
【請求項１３】
診断薬として使用するための、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のバイオマーカーパネル。
【請求項１４】
癌におけるマイクロサテライト不安定性の診断に使用するための、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のバイオマーカーパネル。
【請求項１５】
癌におけるマイクロサテライト不安定性の診断における、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のバイオマーカーパネルの使用。
【請求項１６】
腫瘍試料中のＭＳＩを決定するためのキットであって、表１に列挙された遺伝子からの５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲ領域に存在するもの、および表２に列挙された遺伝子のエクソンに存在するものから選択される、少なくとも８つのマイクロサテライト領域の遺伝子型を決定するツールを含む、前記キット。
表１．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料について、５’および３’ＵＴＲ領域中の最も一般的な反復インデル（１６例の腫瘍試料の少なくとも４つに存在する）。
【表７−１】
2015516144.tif 000083
【表７−２】
2015516144.tif 000084
【表７−３】
2015516144.tif 000085
【表７−４】
2015516144.tif 000086
【表７−５】
2015516144.tif 000087
【表７−６】
2015516144.tif 000088
【表７−７】
2015516144.tif 000089
【表７−８】
2015516144.tif 000090
【表７−９】
2015516144.tif 000091
【表７−１０】
2015516144.tif 000092
【表７−１１】
2015516144.tif 000093
【表７−１２】
2015516144.tif 000094
【表７−１３】
2015516144.tif 000095
【表７−１４】
2015516144.tif 000096
【表７−１５】
2015516144.tif 000097
【表７−１６】
2015516144.tif 000098
【表７−１７】
2015516144.tif 000099
【表７−１８】
2015516144.tif 000100
【表７−１９】
2015516144.tif 000101
【表７−２０】
2015516144.tif 000102
【表７−２１】
2015516144.tif 000103
【表７−２２】
2015516144.tif 000104
【表７−２３】
2015516144.tif 000105
【表７−２４】
2015516144.tif 000106
【表７−２５】
2015516144.tif 000107
【表７−２６】
2015516144.tif 000108
【表７−２７】
2015516144.tif 000109
【表７−２８】
2015516144.tif 000110
【表７−２９】
2015516144.tif 000111
【表７−３０】
2015516144.tif 000112
【表７−３１】
2015516144.tif 000113
【表７−３２】
2015516144.tif 000114
【表７−３３】
2015516144.tif 000115
【表７−３４】
2015516144.tif 000116
【表７−３５】
2015516144.tif 000117
表２．１６例のＭＭＲ欠損腫瘍試料についての、エクソンの最も一般的な反復インデル。
【表８−１】
2015516144.tif 000118
【表８−２】
2015516144.tif 000119
【表８−３】
2015516144.tif 000120
【表８−４】
2015516144.tif 000121
【請求項１７】
癌細胞の、ＤＮＡ塩基除去修復酵素の阻害剤による処置に対する感受性をスクリーニングする方法であって、前記細胞におけるＭＳＩ状態を決定することを含む、前記方法。
【請求項１８】
癌細胞が、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵巣癌、胃癌、白血病、およびリンチ症候群の腫瘍から選択される癌からのものである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＤＮＡ塩基除去修復酵素の阻害剤が、ＰＡＲＰ阻害剤である、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
ＭＳＩの存在が、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法により、および／または請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のバイオマーカーパネルを使用して証明される、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の方法。