(57)【要約】【課題】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を、迅速かつ簡便に検出できる、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドを含むプライマーセットの提供、ならびに、これらを利用するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法を提供する。【解決手段】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）に特異的な塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを設計した。これらを用い、ＰＣＲ法、定量的ＰＣＲ法などを行うことにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出し、また、定量する方法を提供した。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列表配列番号１〜１０のいずれかに示される塩基配列を含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
請求項１記載のいずれかのオリゴヌクレオチドを含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用キット。
【請求項３】
配列表配列番号１〜５のいずれかに示される塩基配列を含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドと、配列表配列番号６〜１０のいずれかに示される塩基配列含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、これらを組み合わせて得られるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセット。
【請求項４】
請求項３に記載のプライマーセットを含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用キット。
【請求項５】
請求項１に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、または、請求項３に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法。
【請求項６】
ＰＣＲ法によりラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出する、請求項５に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法。
【請求項７】
請求項１に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、または請求項３に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を定量するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法。
【請求項８】
定量的ＰＣＲ法によりラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を定量する、請求項７に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、プロバイオティクスとして整腸作用や内臓脂肪蓄積抑制作用など様々な効果を有するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出するためのラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドを含むプライマーセットに関するものである。また、これらを用いたラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法、定量方法に関するものである。
【背景技術】
【０００２】
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）は、ヒト腸管細胞に高い親和性を有し、経口で投与した時、生存して腸管内に到達し、長期間腸管内に常在することが可能である。また、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）は、腸管に長く留まって腸内環境を整え、便通を改善することが知られている。さらに、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）は血中コレステロール低下作用や、内臓脂肪蓄積抑制作用など、様々な健康効果を有するプロバイオティクス乳酸菌である。
【０００３】
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含む発酵乳やチーズなどの食品において、プロバイオティクスとしてこれら菌株の菌数を確保することが重要である。また、ヒトやマウスなどの実験動物の腸内において、摂取したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を正確に識別し、菌数を把握することも、菌の有効性を評価する上で重要である。したがってラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を迅速かつ簡便に測定することが求められる。
【０００４】
特にヒトの腸内には、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）と同属同種の乳酸菌ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）が高頻度で検出されることが報告されており、これらの菌株と摂取したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）とを区別して検出、定量することが求められる。
【０００５】
従来、生物試料中や環境中の菌の同定には、菌を培養し、菌形やグラム染色などの形態観察、糖の発酵性や酵素活性などの生化学検査などにより行われてきた。しかし、これらの手法では、培養に時間がかかることや熟練の技術が要求されるなど、多くの問題があった。また近年、検出対象とする菌によって様々な選択培地が開発・販売されているが、同属同種の似た性質をもつ菌が混在する試料中で特定の菌株だけを特異的に検出できる培地を作ることは困難であった。
【０００６】
一方で、近年、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって特定の微生物を検出する方法が報告されている。これまでに実施されているＰＣＲ法による菌の識別法は、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子や２３ＳリボソームＲＮＡ遺伝子などに由来する特定遺伝子領域を用いるものが多い。特に１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子は原核生物に普遍的に存在し、属および菌種間に共通な塩基配列があるため、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の塩基配列を基準株と比較して種を決定することができるなど、菌種の同定には有効である。しかしながら、この識別法についても同属同種の異株間の識別は困難であった。
【０００７】
近年、定量的ＰＣＲ法によって、ある特定の菌を簡便に定量する方法も報告されている（特許文献１、２）。
【０００８】
また、菌株の識別方法として、制限酵素によって切断した染色体ＤＮＡの電気泳動パターンの違いを識別するＲｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（ＲＦＬＰ）法（非特許文献１）や、ランダムに設定した１０塩基程度のオリゴヌクレオチドを用いてＰＣＲ法を行い、増幅されたＰＣＲ産物の電気泳動パターンを比較するＲａｎｄｏｍ  Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ  ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）法（非特許文献２）などが報告されている。
【０００９】
なお、ＲＡＰＤ法によって得られた、ある特定の菌株に特異的なバンドの塩基配列を用いて該菌株を特異的に検出するプライマー（非特許文献３、４）や、ある菌株に多く含まれるＩＳ配列を利用した特異的検出プライマー（特許文献３）などが報告されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】特開２００６−１４９４００号公報
【特許文献２】特開２００７−２０４２３号公報
【特許文献３】特開２００８−８６２８５号公報
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】腸内細菌学雑誌、  １９，  １９３−１９８
【非特許文献２】Ｌｅｔｔｅｒｓ  ｉｎ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，  ３５，  ３７０−３７４
【非特許文献３】Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｎａｌ  ｏｆ  Ｆｏｏｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，  １２６，  ２１０−２１５
【非特許文献４】Ｊｏｕｎａｌ  ｏｆ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，  １１０，  ２０９−２１７
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
特許文献１、２には、定量的ＰＣＲ法によって、ある特定の菌を簡便に定量する方法が開示されているが、これらの方法も属や種レベルで菌数を定量するものであり、菌株レベルで菌数を定量する簡便な方法は開示されていない。
また、非特許文献１、２に開示されているＲＦＬＰ法やＲＡＰＤ法は、いずれも定量性がなく、ＲＦＬＰ法は、精度は高いが工程が複雑で時間がかかること、ＲＡＰＤ法は迅速な検出が可能であるが、使用する機器によって結果が異なることや再現性が劣るなどの問題がある。
さらに、非特許文献３、４および特許文献３の方法は、対象とする各菌株を特異的に検出するものであるが、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）に関する方法は開示されていない。
本発明は、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に迅速かつ簡便に検出できるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドを含むプライマーセットを提供することを目的とするものである。さらに、本発明は、これらを利用したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法を提供することを目的とするものである。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
上記目的を達成するため、本発明者らは鋭意検討した結果、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）に特異的な塩基配列を見出し、これを含むオリゴヌクレオチドを設計した。そして、このオリゴヌクレオチドまたはこれらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして組合せたプライマーセットを用いることでラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出でき、また、定量できることを見出し、本発明を完成するに至った。
【００１４】
すなわち本発明は、以下の（１）〜（８）に示される、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドを含むプライマーセット、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法、または定量方法に関する。
（１）配列表配列番号１〜１０のいずれかに示される塩基配列を含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド。
（２）上記（１）に記載のいずれかのオリゴヌクレオチドを含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用キット。
（３）配列表配列番号１〜５のいずれかに示される塩基配列を含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドと、配列表配列番号６〜１０のいずれかに示される塩基配列を含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、これらを組み合わせて得られるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセット。
（４）上記（３）に記載のプライマーセットを含む、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用キット。
（５）上記（１）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、または、上記（３）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法。
（６）ＰＣＲ法によりラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出する、上記（５）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法。
（７）上記（１）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド、または上記（３）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を定量するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法。
（８）定量的ＰＣＲ法によりラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を定量する、上記（７）に記載のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法。
【発明の効果】
【００１５】
本発明により、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を迅速かつ簡便に検出することが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の特異的検出における、ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を示した図である（実施例２）。
【図２】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットの検討における、ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を示した図である（実施例３）。
【図３】ヒトの腸内におけるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の特異的検出における、ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を示した図である（実施例４）。
【図４】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量（定量的ＰＣＲ法）における、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の増幅曲線を示した図である（実施例６）。
【図５】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量（定量的ＰＣＲ法）における、検量線を示した図である（実施例６）。
【図６】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量（定量的ＰＣＲ法）における、増幅産物の解離曲線を示した図である（実施例６）
【図７】ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量（定量的ＰＣＲ法）により測定したマウス腸内のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を示した図である（実施例６）。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、これらのラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）に近縁の菌株を認識することなく、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に認識し、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出し、定量できるオリゴヌクレオチドとなる。
【００１８】
上記のオリゴヌクレオチドは、以下の方法で設計した。
まずラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）とガセリ菌の基準株の全ゲノム配列（ＡＣＣＥＳＩＯＮ  Ｎｏ．ＣＰ０００４１３）を比較し、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の有するＤＮＡのうちガセリ菌の基準株にはない配列部分を抽出した。これらの配列と、これらの配列に隣接するガセリ菌の基準株に存在する配列部分との間でいくつかオリゴヌクレオチドを作成した。通常のＰＣＲ条件で増幅可能であること、他の領域では増幅断片が生じない配列であることに加え、定量的ＰＣＲにも適用可能な１００〜３００ｂｐの長さの増幅領域でかつＴｍ値が５５〜６５℃の範囲内になるよう設計を行った。
【００１９】
得られた配列をＤＤＢＪ（ＤＮＡ  Ｄａｔｅ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ）でＢＬＡＳＴ検索し、リバース側がガセリ菌の他の株と相同性の高い配列であるオリゴヌクレオチドは除いた。また同属同種の近縁株１０株を用いてＰＣＲを行い、これらのオリゴヌクレオチドからなるプライマーの組合せがラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）でのみ特異的に検出されることを確認した。なお、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）に近縁のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）菌として、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）に属する乳酸菌のうち、独立行政法人理化学研究所の公開菌株であるラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）ＪＣＭ１１３１、ＪＣＭ１０２５、ＪＣＭ１０３１、ＪＣＭ１１３０、ＪＣＭ５３４４、ＪＣＭ５８１３、ＪＣＭ８７８７、ＪＣＭ８７８８、ＪＣＭ８７８９、ＪＣＭ８７９０などをあげることができる。
【００２０】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに特異的な塩基配列を含み、試料などに含まれるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出および／または定量できるオリゴヌクレオチドのことをいう。
ここでラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに特異的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとは、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡを特異的に認識し得る塩基配列からなるオリゴヌクレオチドのことをいう。
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡを特異的に認識し得る塩基配列からなるオリゴヌクレオチドであれば良く、このようなオリゴヌクレオチドとして、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに特異的に含まれる塩基配列からなるオリゴヌクレオチドがあげられるが、このようなラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに特異的に含まれる塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと実質的に相同な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドであってもよい。
【００２１】
例えば、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに含まれる特異的な塩基配列と８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、８５％以上の同一性を有する塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなるオリゴヌクレオチドであって、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡを特異的に認識し得る塩基配列からなるオリゴヌクレオチドなどがあげられる。
これらのオリゴヌクレオチドが、試料中のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に認識し得る程度の相同性を有していればよく、共存する菌株によっては、オリゴヌクレオチドの配列が数塩基程度異なっていてもＰＣＲ条件などを変えることによって特異性を示せれば、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドとして構わない。
【００２２】
このような、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡに特異的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとして、配列表配列番号１〜１０のいずれかに示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドがあげられる。また、これらの塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドなども含まれる。
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、このような配列表配列番号１〜１０のいずれかに示される塩基配列を一つ以上含むオリゴヌクレオチドであればよく、これらの塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上の複数含むものであってもよい。
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、独自に設計し合成したものであってもよく、ＤＮＡ合成業者に合成を委託したものであってもよい。
【００２３】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、試料などに含まれるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出、定量のためのいずれの方法にも使用できるオリゴヌクレオチドであることが好ましい。
例えば、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）由来のＤＮＡを鋳型としたＰＣＲ法や、定量的ＰＣＲ法に使用することができ、また、ＦＩＳＨ法やサザンハイブリダイゼーション、ドットハイブリダイゼーションにおいてプローブなどとして使用できるオリゴヌクレオチドであることが好ましい。
【００２４】
ここで、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出、定量に用いる試料としては、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）が存在し得る試料であればいずれのものであってもよく、例えば乳酸菌の混合培養物やヨーグルトやチーズなどの微生物を含む食品、マウスやラットなどの実験動物やヒトの糞便などを試料とすることができる。
【００２５】
これらの試料から核酸を抽出する方法は、例えば、Ｌｙｓｏｚｙｍｅなどの酵素やビーズなどで物理的に細胞を破壊して抽出する方法、また極東製薬工業株式会社のＭＯＲＡ−ＥＸＴＲＡＣＴなどの市販の抽出キットを使用することもでき、特に限定されるものではない。
【００２６】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用キットとは、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを１つ以上含み、試料などに含まれるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出するためのキット、定量するためのキット、または検出および定量するためのキットのことをいう。
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチド以外に、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出、定量に必要な試薬などを含んでいても良い。
【００２７】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットとは、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドをプライマーとして２つ以上組合せた、試料などに含まれるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を検出するためのプライマーセット、定量するためのプライマーセット、または検出および定量するためのプライマーセットのことをいう。
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、２つ以上組合せたプライマーセットであればよいが、例えば、配列表配列番号１〜５のいずれかに示される塩基配列を含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドから１つ以上をフォワードプライマーとして選択し、配列表配列番号６〜１０のいずれかに示される塩基配列を含むラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）用オリゴヌクレオチドから１つ以上をリバースプライマーとして選択し、これらを組合せてプライマーセットとしたものなどが好ましい。
【００２８】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法は、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いて行う検出方法、またはラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いて行う検出方法であれば、従来知られるいずれの検出方法を用いても良い。
このような検出方法として、ＰＣＲ法、ＦＩＳＨ法、サザンハイブリダイゼーションやドットハイブリダイゼーションなどをあげることができる。
このうち、ＰＣＲ法によるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出方法では、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いる以外は、通常用いられるいずれのＰＣＲ試薬および機器を使用することも可能であり、特に限定されるものではない。
ＰＣＲ反応条件については、使用する試薬や装置などに応じて、適宜設定すればよいが、例えば、９４℃５分変性後、９４℃２０秒、５５℃または６０℃２０秒、７２℃５０秒で３０サイクル、最後に７２℃７分反応させるなどがあげられる。このＰＣＲ反応条件は、ＰＣＲ法に関する基本的な知識を有していれば、試料などに応じて調整することは容易に行えるため、特に限定されるものではない。
【００２９】
また、ＰＣＲ法によって得られた増幅産物は、通常用いられるＰＣＲ産物の確認方法で確認することができる。例えば、アガロースゲルなどにＰＣＲ反応サンプルおよび所定のサイズマーカーをアプライして一定時間ゲル電気泳動を行い、電気泳動後のゲルをエチジウムブロマイドなどの染色液で染色した後、ＵＶ照射などでＰＣＲ法での増幅産物の有無および断片サイズを確認することができる。
【００３０】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法は、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いて行う定量方法、またはラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーセットを用いて行う定量方法であれば、従来知られるいずれの方法を用いても良い。
このような定量方法として、定量的ＰＣＲ法などをあげることができる。
定量的ＰＣＲ法によるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量方法では、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いる以外は、通常用いられる定量的ＰＣＲ用の試薬および機器を使用することも可能であり、特に限定されるものではない。
例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ  ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社のＰｏｗｅｒ  ＳＹＢＲ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘなど市販の試薬を用いることができる。またあらかじめ菌数を測定してから抽出を行ったラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡを段階希釈して検量線を作成することにより、サンプル中の未知のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を求めることもできる。
【００３１】
本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用プライマーにより、例えば、ＰＣＲ法によって増幅産物が確認された場合、単一の菌のみであればその菌株がラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）であることが同定できる。またヨーグルトやチーズなどの食品や糞便など、複数の菌株が共存する試料中であれば、試料中にラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）が存在していることが判別できる。さらに定量的ＰＣＲ法を行うことにより、試料中のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数も定量可能である。
【００３２】
したがって本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を容易に判別することができる。また、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌体または同菌体を含む飲食品などを工業的に製造するに際し、菌数の測定や発酵状態の管理を容易に行うことができる。さらに、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることにより、実験動物やヒトの腸内における当該菌数を把握することができる。
本発明は、通常のＰＣＲ法によって、検出、定量が可能であるため、特殊な技術を必要とせず、精度および再現性がよい。また、ある特定の塩基配列をターゲットして検出を行うため、生菌だけでなく、死菌も含めたラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出、定量が可能となる。
【００３３】
以下に、本発明の実施例などをあげて本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
【実施例】
【００３４】
［実施例１］
１．ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドの設計
以下の方法により、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを設計した。
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のゲノム配列とラクトバチルス・ガセリの基準株（ＡＣＣＥＳＩＯＮ  Ｎｏ．ＣＰ０００４１３）のゲノム配列を比較し、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の有するゲノム配列のうちラクトバチルス・ガセリの基準株にはないゲノム配列部分の塩基配列を抽出した。これらの塩基配列と、これらの塩基配列に隣接するラクトバチルス・ガセリの基準株に存在する部分の塩基配列との間でいくつかオリゴヌクレオチドを設計した。
これらのオリゴヌクレオチドは、通常のＰＣＲ条件で増幅可能であること、他のゲノム配列の領域では増幅断片が生じない塩基配列であることに加え、定量的ＰＣＲ法にも適用可能な１００〜３００ｂｐの長さの領域を増幅でき、かつ、Ｔｍ値が５５〜６５℃の範囲内になるように設計した。
設計した各オリゴヌクレオチドの塩基配列をＤＤＢＪ（ＤＮＡ  Ｄａｔｅ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ）でＢＬＡＳＴ検索し、ラクトバチルス・ガセリの基準株にはないゲノム配列の塩基配列に設計したオリゴヌクレオチドのうち、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）以外の菌株と相同性の高い塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを除いた。
【００３５】
また、これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして組み合わせ、同属同種の近縁株１０株を用いてＰＣＲ法を行い、これらのオリゴヌクレオチドが、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）が有する塩基配列のみを特異的に増幅することを、次の実施例２〜実施例５により確認した。
このように設計された本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドは、表１に示される、配列表配列番号１〜１０のいずれか一種以上の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドであった。また、これらの塩基配列と実質的に相同な塩基配列を含むオリゴヌクレオチドも、本発明のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドとなる。
【００３６】
【表１】
2013226077.tif 000002
【００３７】
［実施例２］
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出
１．供試菌株および培養条件
１）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）をＭＲＳ液体培地で３７℃、１６時間培養し、培養菌体を得た。
２）近縁株
ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）に属するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の近縁株である、次の（１）〜（１０）の１０菌株について、それぞれＭＲＳ液体培地で３７℃、１６時間培養し、培養菌体を得た。
これらの菌株は、菌株の分譲機関である独立行政法人理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室より入手した。菌株名の最後に「Ｔ」とつくものは、Ｔｙｐｅ  Ｓｔｒａｉｎ（基準株）であることを示している。
（１）ＪＣＭ１１３１Ｔ、（２）ＪＣＭ１０２５、（３）ＪＣＭ１０３１、（４）ＪＣＭ１１３０、（５）ＪＣＭ５３４４、（６）ＪＣＭ５８１３、（７）ＪＣＭ８７８７、（８）ＪＣＭ８７８８、（９）ＪＣＭ８７８９、（１０）ＪＣＭ８７９０
【００３８】
２．ＤＮＡ抽出およびＰＣＲ法による検出
上記１．の各菌株の培養菌体からＬｙｓｏｚｙｍｅ−ＳＤＳ法によりＤＮＡを抽出し、それぞれ鋳型ＤＮＡとした。配列表配列番号１に記載のオリゴヌクレオチドをフォワードプライマー、配列番号６に記載のオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとしてＰＣＲ法を行った。
ＰＣＲ反応液は、０．５μＭ  プライマー（フォワードプライマー／リバースプライマー）、鋳型ＤＮＡ１μｌと、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ｂｕｆｆｅｒ（ｐＨ８．５）、Ｔａｑ  ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、４００ｕＭ  ｄＮＴＰ、４ｍＭ  ＭｇＣｌ2、を入れ、滅菌水で全量を２０μｌにした。
ＰＣＲ反応は、９４℃５分変性後、９４℃２０秒、５５℃または６０℃２０秒、７２℃５０秒で３０サイクル、最後に７２℃７分反応を行った。ＰＣＲ反応後、２％のアガロースゲルを用いて電気泳動を行い、エチジウムブロマイド染色によりＰＣＲ法で増幅した特異的なバンドを検出した。
【００３９】
ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を図１に示した。その結果、図１の、１に示したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）由来の試料についてのみバンドが検出され、図１の２〜１１に示したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）以外のラクトバチルス・ガセリ１０株についてはバンドが検出されないことが確認できた。
したがって、この結果から、本発明の配列表配列番号１に記載のオリゴヌクレオチドおよび、配列番号６に記載のオリゴヌクレオチドを用いることにより、同属同種のラクトバチルス・ガセリに対し、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のみを特異的に検出できることが示された。
【００４０】
［実施例３］
マウスの腸内におけるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出
８週齢雄性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウス１０匹に、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含むＡＩＮ−７６組成に準じた飼料を２週間自由摂取させた後、それぞれのマウスの盲腸内容物よりＤＮＡを抽出した（Ｃ１−Ｃ１０）。また、比較として、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含まない飼料を２週間自由摂取させたマウス（１０匹）の盲腸内容物よりＤＮＡを抽出した（Ｂ１−Ｂ１０）。
これらを鋳型ＤＮＡとして、配列表配列番号１に記載のオリゴヌクレオチドをフォワードプライマー、配列番号６に記載のオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとして、実施例２と同様にＰＣＲ法を行った。
【００４１】
ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を図２に示した。
その結果、図２に示されるように、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を投与した各マウス（Ｃ１−Ｃ１０）においてはバンドが検出され、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を投与していない各マウス（Ｂ１−Ｂ１０）においてはバンドが検出されなかった。
したがって、マウスにラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含む試料を投与することにより、マウスの腸内にラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を到達させることができ、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることにより、マウスの腸内に存在するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出できることが確認できた。
【００４２】
［実施例４］
ヒトの腸内におけるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の検出
健康な成人（被験者Ａ、被験者Ｂ）にラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト１００ｇを３日間摂取させた。その摂取前後の糞便からＤＮＡをそれぞれ抽出し、鋳型ＤＮＡとした。なお、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含むヨーグルトを摂取前に、少なくとも３週間以上ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含む食品を摂取していない人を被験者とした。また、配列表配列番号１に記載のオリゴヌクレオチドをフォワードプライマー、配列番号６に記載のオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとして、実施例２と同様にＰＣＲ法を行った。
【００４３】
ＰＣＲ法による増幅産物の確認結果を図３に示した。
その結果、図３に示されるように、いずれの被験者においても、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含むヨーグルトを摂取した後でのみバンドが検出され、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含むヨーグルトを摂取する前ではバンドが検出されなかった。
したがって、この結果より、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含む飲食品を摂取することにより、ヒトの腸内にラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を到達させることができ、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることにより、ヒトの腸内に存在するラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出できることが確認できた。
【００４４】
［実施例５］
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）株検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを含むプライマーセットの検討
実施例１にて設計したラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、それぞれ表２に示した組み合わせでプライマーセットＡ〜Ｈとし、以下の１）〜６）のＤＮＡを鋳型として、実施例２と同様の方法により、ＰＣＲ法を行った。その結果を表３に示した。
【００４５】
鋳型ＤＮＡ
１）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）
実施例２と同様の方法により、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）から抽出したＤＮＡを鋳型ＤＮＡとした。
２）ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）に属する乳酸菌のＤＮＡ混合物
実施例２と同様の方法により、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の近縁株（１０菌株）からそれぞれ抽出したＤＮＡを混合して鋳型ＤＮＡとした。
【００４６】
３）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）非投与群のマウスの盲腸内容物のＤＮＡ混合物
実施例３と同様の方法により、８週齢雄性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウス１０匹に、ＡＩＮ−７６組成に準じた飼料を２週間自由摂取させた後、それぞれのマウスの盲腸内容物よりＤＮＡを抽出し、これらを混合して鋳型ＤＮＡとした。
４）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）投与群マウスの盲腸内容物のＤＮＡ混合物
実施例３と同様の方法により、８週齢雄性Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウス１０匹に、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を含むＡＩＮ−７６組成に準じた飼料を２週間自由摂取させた後、それぞれのマウスの盲腸内容物よりＤＮＡを抽出し、これらを混合して鋳型ＤＮＡとした。
【００４７】
５）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト摂取前のヒト由来のＤＮＡ混合物
実施例４と同様の方法により、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト１００ｇを３日間摂取する前のヒト（ｎ＝２）の糞便から抽出したＤＮＡを混合し、鋳型ＤＮＡとした。
６）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト摂取後のヒト由来のＤＮＡ混合物
実施例４と同様の方法により、上記５）にて糞便を採取した後、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト１００ｇを３日間摂取したヒト（ｎ＝２）から糞便を採取し、これから抽出したＤＮＡを混合し、鋳型ＤＮＡとした。
【００４８】
【表２】
2013226077.tif 000003
【００４９】
その結果、表３に示したように、１）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）、４）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）投与群マウスのＤＮＡ混合物、６）ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）含有ヨーグルト摂取後のヒト由来のＤＮＡ混合物、を鋳型ＤＮＡとしてＰＣＲ法を行ったサンプルのみ、バンドが検出された。
したがって、この結果および、上記実施例１などの結果より、表１に示した配列表配列番号１〜５のいずれか１つの塩基配列を含むオリゴヌクレオチドをフォワードプライマーとし、配列表配列番号６〜１０のいずれか１つの塩基配列を含むオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとして組合せたプライマーセットであれば、どのような組合せであってもラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を特異的に検出できることが確認できた。
【００５０】
【表３】
2013226077.tif 000004
【００５１】
［実施例６］
ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の定量（定量的ＰＣＲ法）
実施例４と同様の方法により、マウスにラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を投与した後、マウスの盲腸内容物より抽出したＤＮＡを鋳型として定量的ＰＣＲ法により、マウス腸内のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を定量した。配列表配列番号１に記載のオリゴヌクレオチドをフォワードプライマー、配列番号６に記載のオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとした。
【００５２】
定量的ＰＣＲ法は、Ａｐｐｌｉｅｄ  ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＶｉｉＡ  ＴＭ７  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いた。ＰＣＲ反応液は、Ｐｏｗｅｒ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用い、プライマー（フォワードプライマー／リバースプライマー）各０．２５μｌ、鋳型ＤＮＡ  １μｌを入れ、滅菌水で全量を２０μｌにした。
ＰＣＲ反応は、９４℃５分で変性後、９４℃２０秒，  ６０℃２０秒，  ７２℃５０秒で４０サイクル行った。
検量線は、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）のＤＮＡをＰＣＲ反応液あたり１０1〜１０6個の菌数になるよう段階希釈したものを用いて作成した。またＰＣＲ反応後、０．２℃／ｓの温度勾配で６０℃〜９５℃まで解離曲線解析を行い、反応の特異性を確認した。
【００５３】
定量的ＰＣＲ法により得られたラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の増幅曲線、検量線、増幅産物の解離曲線を図４、図５、図６に示した。図４より、ＰＣＲ反応液あたりラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数が１０1〜１０6個の範囲で増幅曲線が得られた。図５より、検量線もＲ2＝０．９９８で直線性が得られた。図６より、増幅産物の解離曲線も７６℃付近に単一のピークが得られ、非特異的な増幅産物はみられなかった。したがって、これらの結果より、本発明のオリゴヌクレオチドからなるプライマーセットを用いることによって、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数が定量可能であることが確認できた。
【００５４】
定量的ＰＣＲ法により測定したマウス腸内のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の菌数を図７に示す。図７において、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を投与しなかったマウスの腸内（図７、ガセリ菌ＳＢＴ２０５５非投与群）には、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）が存在していなかったが、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を投与したマウスの腸内（図７、ガセリ菌ＳＢＴ２０５５投与群）には、盲腸内容物１ｇあたり１．２±０．２×１０10個程度のラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）が存在することが確認できた。
【産業上の利用可能性】
【００５５】
本発明の、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）検出および／または定量用オリゴヌクレオチドを用いることにより、プロバイオティクス飲食品などに含まれるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）を迅速かつ簡便に検出し、定量することが可能となる。
また、この飲食品を摂取したヒトなどの体内におけるラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）の有無や菌体数を調べることにより、ラクトバチルス・ガセリＳＢＴ２０５５（ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３）による効果を予測することが可能となる。
【符号の説明】
【００５６】
［図１］１：鋳型ＤＮＡがＳＢＴ２０５５由来、２：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ１１３１Ｔ由来、３：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ１０２５由来、４：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ１０３１由来、５：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ１１３０由来、６：  鋳型ＤＮＡがＪＣＭ５３４４由来、７：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ５８１３由来、８：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ８７８７由来、９：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ８７８８由来、１０：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ８７８９由来、１１：鋳型ＤＮＡがＪＣＭ８７９０由来、１２：ＮＣ（ネガティブコントロール）、Ｍ：マーカー（１００ｂｐ  ｌａｄｄｅｒ）
［図３］１：ガセリ菌ＳＢＴ２０５５を含むヨーグルト摂取前（被験者Ａ）、２：ガセリ菌ＳＢＴ２０５５を含むヨーグルト摂取前（被験者Ｂ）、３：ガセリ菌ＳＢＴ２０５５を含むヨーグルト摂取後（被験者Ａ）、４：ガセリ菌ＳＢＴ２０５５を含むヨーグルト摂取後（被験者Ｂ）、Ｍ：マーカー（１００ｂｐ  ｌａｄｄｅｒ）
【受託番号】
【００５７】
［寄託生物材料への言及］
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ  ＳＢＴ２０５５
イ  当該生物材料を寄託した寄託機関の名称及び住所
独立行政法人  産業技術総合研究所  特許生物寄託センター
日本国茨城県つくば市東１丁目１番１中央第６（郵便番号３０５−８５６６）
ロ  イの寄託機関に生物材料を寄託した日付
平成８年３月２７日
ハ  イの寄託機関が寄託について付した受託番号
ＦＥＲＭ  ＢＰ−１０９５３
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図７】
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【配列表】
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