(57)【要約】【課題】本発明の目的は、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測、及びＣ型肝炎患者における薬剤の治療効果の予測を含む、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法を提供することである。【解決手段】前記課題は、Ｃ型肝炎患者の経過を予測する方法であって、（１）Ｃ型肝炎患者由来の核酸試料の（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７及び（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１を分析する行程、並びに（２）（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する工程、を含むことを特徴とする、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法によって解決することができる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｃ型肝炎患者の経過を予測する方法であって、
（１）Ｃ型肝炎患者由来の核酸試料の（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７又は前記遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７遺と連鎖不平衡にある遺伝子多型、及び（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１又は前記遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型を分析する行程、並びに
（２）（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する工程、
を含むことを特徴とする、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法。
【請求項２】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、
（Ａ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の組み合わせである場合に、自然治癒の可能性が高いと予測し、
（Ｂ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［［ｎ≦１２／ｎ≦１２］］の組み合わせである場合に、持続感染の可能性が高いと予測し、
（Ｃ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、持続感染の可能性が高いと予測する、
請求項１に記載のＣ型肝炎患者の経過予測方法。
【請求項３】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、
（Ａ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測し、
（Ｂ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測し、
（Ｃ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測する、
請求項１に記載のＣ型肝炎患者の経過予測方法。
【請求項４】
前記遺伝子多型の分析が、ダイレクトシークエンス法、ＰＣＲ−ＲＥＬＰ法、ＴａｑＭａｎ法、ＤｉｇｉＴａｇ法、ＤｉｇｉＴａｇ２法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法，ＰＣＲ−ＳＳＯ法、ＰＣＲ−ＳＳＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ）法、ＤＮＡチップ若しくはＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、インベーダー法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、モレキュラー・ビーコン法、ＲＣＡ法、ＵＣＡＮ法、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ミニシーケンシング、パイロシーケンシング、ＡＲＭＳ法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）分析、又は変性／温度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ）及びマイクロサテライト多型解析法からなる群から選択される少なくとも１つである、請求項１〜３のいずれか一項に記載のＣ型肝炎患者の経過予測方法。
【請求項５】
前記薬剤が、インターフェロン−α、ＰＥＧ化インターフェロン−α、インターフェロン−β、インターフェロン−λ、リバビリン、プロテアーゼ阻害剤、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤、ＮＳ５Ａ阻害剤、Ｄｅｂｉｏ０２５、ＮＩＭ８１１、ＳＣＹ−６３５、ニタゾキサニド、セルゴシビル、及びそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載のＣ型肝炎患者の経過予測方法。
【請求項６】
（１）配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のＴ又はＧを含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット、並びに
（２）配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１におけるＴＡ繰り返し配列を含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット、
を含むＣ型肝炎患者の経過予測用キット。
【請求項７】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７及び遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を分析し、そしてそのアレルの組み合わせを分類することが記載された説明書を更に含む、請求項６に記載のＣ型肝炎患者の経過予測用キット。
【請求項８】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルであるＴ又はＧを含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルであるＴＡの繰り返し配列を含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡ
からなり、
（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する、
Ｃ型肝炎患者の経過予測用マーカー。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法に関する。本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法によれば、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測をすることができる。また、本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法によれば、ＰＥＧ化インターフェロン−α及びリバビリンに代表される薬剤の治療効果の予測を行うことができる。特には、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせが［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］の薬剤の治療効果が低い患者群において、高い治療効果が得られるＣ型肝炎患者を高率に予測することができる。
【背景技術】
【０００２】
Ｃ型肝炎ウイルス（以下、ＨＣＶと称することがある）は、血液伝搬性のウイルスであり、ＨＣＶ感染が起こると急性の経過で治癒するものが２０〜３０％であり、７０〜８０％は持続感染へ移行する。ＨＣＶによる持続感染の多くは慢性肝炎となり、治療を行わない場合、その大部分が肝硬変、そして肝癌へと進行する（非特許文献１）。
このＣ型慢性肝炎の治療法として、１９９２年にインターフェロン（以下、ＩＦＮと称することがある）による治療が開始された。しかしながら、ＩＦＮの効果はＨＣＶの遺伝子型により異なり、遺伝子型１ｂ、且つ高ウイルス量の難治性Ｃ型慢性肝炎では、著効（SVR sustained virological response）率は、非常に低かった。その後、ＩＦＮ及びリバビリンの併用投与が認可され、更に２００４年から遺伝子型１ｂ且つ高ウイルス量の難治性Ｃ型慢性肝炎にＰＥＧ化ＩＦＮ及びリバビリンの併用投与が保険適用になり、著効率は大きく向上していった。
【０００３】
最近、田中らによりＩＬ−２８Ｂ（ＩＦＮ−λ３）の近傍に複数のＳＮＰが存在し、そのアリルの違いによって、ＰＥＧ化ＩＦＮ及びリバビリンの併用投与の治療効果が異なることが報告されている（非特許文献２）。特に、ＩＬ−２８Ｂの８ｋｂ下流のＳＮＰ（ｒｓ８０９９９１７）のメジャーアリルであるＴＴ（日本人で８０％程度）では、８０％著効率を示すが、マイナーアリルであるＧＧ及びヘテロのＴＧ（日本人で２０％程度）では、２０％程度の著効率しか示さなかった。すなわち、ｒｓ８０９９９１７のアリルを決定することによって、８０％の精度でＰＥＧ化ＩＦＮ及びリバビリンの併用投与の治療効果を予測することが可能であった。しかしながら、ｒｓ８０９９９１７がＴＴの患者であっても２０％の患者では効果が得られず、逆にｒｓ８０９９９１７のアリルがＧＧ又はＴＧであっても２０％の患者では効果が得られるため、治療効果の予測は十分なものではなかった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】「ヘパトロジー・リサーチ（Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｃｈ）」（日本）２０１０年、第４０巻、ｐ．４４９−４６０
【非特許文献２】「ネイチャー・ジェネティクス（ｎａｔｕｒｅ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ）」（英国）２００９年、第４１巻、ｐ．１１０５−１１０９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
例えば、Ｃ型肝炎患者のＩＦＮによる治療は、多額の治療費が必要である。また、ＩＦＮによる治療は、発熱及び頭痛などの軽度なものから、間質性肺炎及び神経症状などの重度な副作用が見られることがある。従って、治療効果の予測が可能であれば、治療効果が得られにくいグループについては、副作用が見られた時点で、早期に中止を判断することが可能であり、無用な副作用への対応や高額な治療費を抑えることが可能である。
従って、本発明の目的は、Ｃ型肝炎患者における薬剤の治療効果を、従来の予測方法と比較して、より精確に予測することのできる薬剤の治療効果予測方法を提供することである。
更に、Ｃ型肝炎の感染では、前記のように２０〜３０％が急性の経過で自然治癒するが、現在まで、Ｃ型肝炎患者の自然治癒を予測することはできなかった。
従って、本発明の目的は、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測方法を提供することである。
以上のように、本発明の目的は、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測、及びＣ型肝炎患者における薬剤の治療効果の予測を含む、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明者は、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法について、鋭意研究した結果、驚くべきことに、ｒｓ８０９９９１７のアリルがＧＧ又はＴＧである薬剤の治療効果が低いと考えられている患者においても、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルであるＴＡの繰り返し配列を、１３以上有する患者はウイルス学的著効（virological response；以下、ＶＲと称することがある）の可能性が高いことを見出した。
更に、ｒｓ８０９９９１７のアリルがＴＴであるＣ型肝炎患者において、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルであるＴＡの繰り返し配列を、１３以上有する患者は自然治癒の可能性が高いことを見出した。
本発明は、こうした知見に基づくものである。
【０００７】
従って、本発明は、Ｃ型肝炎患者の経過を予測する方法であって、（１）Ｃ型肝炎患者由来の核酸試料の（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７又は前記遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７遺と連鎖不平衡にある遺伝子多型、及び（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１又は前記遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型を分析する行程、並びに（２）（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する工程、を含むことを特徴とする、Ｃ型肝炎患者の経過予測方法に関する。
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法の好ましい態様においては、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、（Ａ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の組み合わせである場合に、自然治癒の可能性が高いと予測し、（Ｂ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［［ｎ≦１２／ｎ≦１２］］の組み合わせである場合に、持続感染の可能性が高いと予測し、（Ｃ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、持続感染の可能性が高いと予測する。
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法の別の好ましい態様においては、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、（Ａ）［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測し、（Ｂ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測し、（Ｃ）［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測する。
また、本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法の好ましい態様においては、前記遺伝子多型の分析が、ダイレクトシークエンス法、ＰＣＲ−ＲＥＬＰ法、ＴａｑＭａｎ法、ＤｉｇｉＴａｇ法、ＤｉｇｉＴａｇ２法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法，ＰＣＲ−ＳＳＯ法、ＰＣＲ−ＳＳＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ）法、ＤＮＡチップ若しくはＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、インベーダー法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、モレキュラー・ビーコン法、ＲＣＡ法、ＵＣＡＮ法、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ミニシーケンシング、パイロシーケンシング、ＡＲＭＳ法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）分析、又は変性／温度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ）及びマイクロサテライト多型解析法からなる群から選択される少なくとも１つである。
また、本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法の好ましい態様においては、前記薬剤が、インターフェロン−α、ＰＥＧ化インターフェロン−α、インターフェロン−β、インターフェロン−λ、リバビリン、プロテアーゼ阻害剤、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤、ＮＳ５Ａ阻害剤、Ｄｅｂｉｏ０２５、ＮＩＭ８１１、ＳＣＹ−６３５、ニタゾキサニド、セルゴシビル、及びそれらの２つ以上の組み合わせからなる群から選択される。
また、本発明は、（１）配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のＴ又はＧを含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット、並びに（２）配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１におけるＴＡ繰り返し配列を含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット、を含むＣ型肝炎患者の経過予測用キットに関する。
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測用キットの好ましい態様においては、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７及び遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を分析し、そしてそのアレルの組み合わせを分類することが記載された説明書を更に含む。
更に、本発明は、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルであるＴ又はＧを含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルであるＴＡの繰り返し配列を含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡからなり、（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する、Ｃ型肝炎患者の経過予測用マーカーに関する。
【発明の効果】
【０００８】
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法、Ｃ型肝炎患者の経過予測用キット、及びＣ型肝炎患者の経過予測用マーカーによれば、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測をすることができる。また、本発明によれば、ＰＥＧ化インターフェロン−α及びリバビリンに代表される薬剤の治療効果の予測を行うことができる。特には、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせが［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］の薬剤の治療効果が低い患者群において、高い治療効果が得られるＣ型肝炎患者を高率に予測することができる。
また、本発明によれば、治療効果が得られにくいＣ型肝炎患者のグループについては、副作用が見られた時点で、早期に中止を判断することが可能であり、無用な副作用への対応や高額な治療費を抑えることが可能である。更に、自然治癒することが予測されるＣ型肝炎患者のグループにおいては、副作用のある治療を行わずに経過を観察する、又はそれらのグループは薬剤の治療効果も高いため、早期に治療を開始することも可能である。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
１．Ｃ型肝炎患者の経過予測方法
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法は、（１）（ａ）Ｃ型肝炎患者由来の核酸試料の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７又は前記遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７遺と連鎖不平衡にある遺伝子多型、及び（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１又は前記遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型を分析する行程；（２）（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、及び（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測する工程；を含む。
すなわち、本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法は、Ｃ型肝炎患者の自然経過の予測方法及びＣ型肝炎患者に対する薬剤の治療効果を予測する方法を含む。
【００１０】
（遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７）
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７は、ヒトの遺伝子の第１９番染色体のＩＬ−２８Ｂ（ＩＦＮ−λ３）の５’上流７ｋｂ付近に存在している。日本人におけるｒｓ８０９９９１７のマイナーアリルであるＧの頻度は約９．３％である。従って、マイナーアリルのホモ接合である［Ｇ／Ｇ］の頻度は約０．９％、メジャーアリルのホモ接合である［Ｔ／Ｔ］の頻度は約８２．２％、マイナーアリル及びメジャーアリルのヘテロ接合である［Ｔ／Ｇ］の頻度は約１６．９％である。
Ｃ型肝炎患者において、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］の場合、ＰＥＧ化ＩＦＮ及びリバビリンの併用投与に対して、８０％の著効率を示す。一方、マイナーアリルを含む［Ｔ／Ｇ］及び［Ｇ／Ｇ］の場合、２０％程度の著効率であった。
【００１１】
（遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型）
本発明の薬剤の治療効果予測方法において用いることのできる遺伝子多型は、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７に限らず、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型を用いることができる。本明細書において、「連鎖不平衡にある」とは、例えば遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７に対してＲ２が０．８以上の遺伝子多型を意味し、０．８５以上の遺伝子多型が好ましく、０．９以上の遺伝子多型がより好ましい。又は、「連鎖不平衡にある」とは、例えば遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７に対してＤ’が０．８以上の遺伝子多型を意味し、０．８５以上の遺伝子多型が好ましく、０．９以上の遺伝子多型がより好ましい。
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型は、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と同じように、治療効果予測方法に用いることができ、例えばＨａｐｌｏｖｉｅｗソフトウエアを用いて、公知の方法により探索することできる。
【００１２】
（遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１）
遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１は、ヒトの遺伝子の第１９番染色体のＩＬ−２８Ｂ（ＩＦＮ−λ３）の５’上流０．５ｋｂ付近に存在している。遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１は、ＴＡの反復配列の数の多寡であり、現在確認されている反復配列の数は１０〜１８である。すなわち、遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を（ＴＡ）ｎ（ここで、ｎは自然数である）で表した場合、ｎは１０〜１８である。日本人においては、ｎ＝１２がメジャーアリルであり、その頻度は約７０％である。一方、ｎ≦１１の頻度は約５％であり、ｎ≧１３の頻度は約２５％である。
【００１３】
（遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型）
本発明の薬剤の治療効果予測方法において用いることのできる遺伝子多型は、遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１に限らず、遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型を用いることができる。本明細書において、「連鎖不平衡にある」とは、例えば遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１に対してＲ２が０．８以上の遺伝子多型を意味し、０．８５以上の遺伝子多型が好ましく、０．９以上の遺伝子多型がより好ましい。
遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型は、遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と同じように、治療効果予測方法に用いることができ、例えばＨａｐｌｏｖｉｅｗソフトウエアを用いて、公知の方法により探索することできる。
【００１４】
（Ｃ型肝炎患者の自然経過の予測方法）
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法は、Ｃ型肝炎患者の自然経過の予測方法として用いることができる。すなわち、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］である場合に、自然治癒の可能性が高いと予測することができる。また、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≦１２／ｎ≦１２］である場合に、持続感染の可能性が高いと予測することができる。更に、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］である場合に、持続感染の可能性が高いと予測することができる。表１に自然経過の予測についてまとめる。
【００１５】
【表１】
2013070660.tif 000002
【００１６】
なお、本明細書において「自然治癒」とは、ＨＣＶ感染の後に急性の経過で治癒し、ウイルスが排除されることを意味する。また、本明細書において「持続感染」とは、自然経過においてウイルスが排除されず、治療を行わない場合、その大部分が肝硬変、そして肝癌へと進行することを意味する。
【００１７】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせと、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせにおいて、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１の（ＴＡ）ｎのｎがより大きいアレルを持つＣ型肝炎患者の方が、自然治癒の可能性が高いと予測することができる。
【００１８】
（Ｃ型肝炎患者に対する薬剤の治療効果を予測する方法）
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法は、Ｃ型肝炎患者に対する薬剤治療効果の予測方法として用いることができる。すなわち、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、又は［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測することができる。
また、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測することができる。
更に、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測することができる。表２に治療効果の予測についてまとめる。
【００１９】
【表２】
2013070660.tif 000003
【００２０】
更に、遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルにｎ≦１１を含むか否かによって、経過予測をすることもできる。
すなわち、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≧１２／ｎ≧１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測することができる。
すなわち、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｔ］、並びに［ｎ≦１１／ｎ≧１２］又は［ｎ≦１１／ｎ≦１１］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測することができる。
また、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≧１２／ｎ≧１２］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測することができる。
更に、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせが、それぞれ［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、並びに［ｎ≦１１／ｎ≧１２］又は［ｎ≦１１／ｎ≦１１］の組み合わせである場合に、薬剤の感受性（有効性）が低いと予測することができる。表３に治療効果の予測についてまとめる。
【００２１】
【表３】
2013070660.tif 000004
【００２２】
遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせと、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせにおいて、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１の（ＴＡ）ｎのｎがより大きいアレルを持つＣ型肝炎患者の方が、薬剤の感受性（有効性）が高いと予測することができる。
【００２３】
（被検試料）
本発明の経過予測方法において、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１の分析に用いる被検試料は、ＨＣＶ感染患者由来の核酸を含む試料であれば、特に限定されるものではない。被検試料に含まれる核酸の種類も、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１が含まれるものであれば特に限定されるものではなく、ＤＮＡでもＲＮＡでもよい。具体的な試料としては、尿、血液、血清、血漿、リンパ液、組織液、髄液、唾液、尿、汗、細胞、又は組織を挙げることができるが、ＨＣＶ感染患者からの採取が容易であり、侵襲性が低い点で血液（リンパ球）が好ましい。
【００２４】
本発明の経過予測方法により、治療効果の判定が可能な薬剤は、ＨＣＶの治療に用いられる薬剤であれば、特に限定されることはなく、例えばインターフェロン（例えば、インターフェロン−α、ＰＥＧ化インターフェロン−α、インターフェロン−β、又はインターフェロン−λ）、リバビリン、プロテアーゼ阻害剤（例えば、テラプレビル（Telaprevir）、シルプレビル（Ciluprevir）、ボセプレビル（Boceprevir）、ＴＭＣ４３５３５０、Ｒ７２２７/ＩＴＭＮ−１９１、ＭＫ−７００９、ＢＩ２０１３３５、ナルラプレビル（Narlaprevir）、ＢＭＳ−６５００３２、ＰＨＸ１７６６、又はＡＣＨ−１６２５）、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤（例えば、バロピシタビン（Valopicitabine）、Ｒ７１２８、Ｒ１６２６、ＰＳＩ−７８５１、ＩＤＸ１８４、ＢＩＬＢ  １９４１、ＢＩ２０７１２７、ＭＫ−３２８１、フィリブビル（Filibuvir）、ＶＣＨ７５９、ＶＣＨ９１６、ＶＣＨ２２２、ＡＮＡ５９８、ＨＣＶ−７９６、ＧＳ−９１９０、ＧＳ−９１９０、又はＡＢＴ−３３３、）、ＮＳ５Ａ阻害剤（例えば、ＢＭＳ−７９００５２）、Ｄｅｂｉｏ０２５、ＮＩＭ８１１、ＳＣＹ−６３５、ニタゾキサニド（Nitazoxanide）、セルゴシビル（Celgosivir）又はそれらの２つ以上の組み合わせの薬剤を挙げることができる。特に好ましい薬剤の組み合わせとしては、インターフェロンの単独投与（例えば、インターフェロン−α単独投与、インターフェロン−β単独投与、ＰＥＧ化インターフェロン−α単独投与又はインターフェロン−λ単独投与）、インターフェロンと他の薬剤の２剤投与（例えば、ＰＥＧ化インターフェロン−α及びリバビリンの２剤投与）、又はインターフェロン、リバビリン、及び他の薬剤の３剤投与若しくは４剤投与（例えば、ＰＥＧ化インターフェロン−α、リバビリン及びプロテアーゼ阻害剤の３剤投与、ＰＥＧ化インターフェロン−α、リバビリン、プロテアーゼ阻害剤、及びＲＮＡポリメラーゼ阻害剤の４剤投与）を挙げることができる。
【００２５】
（遺伝子多型の分析方法）
遺伝子多型の分析方法としては、遺伝子多型を分析可能な方法であれば、特に限定されるものではないが、例えば遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７の分析には一塩基の変異（ＳＮＰ）を分析することのできる方法が好ましい。一塩基の変異（ＳＮＰ）を分析することのできる方法としては、ダイレクトシークエンス法、ＰＣＲ−ＲＥＬＰ法、ＴａｑＭａｎ法、ＤｉｇｉＴａｇ法、ＤｉｇｉＴａｇ２法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法，ＰＣＲ−ＳＳＯ法、ＰＣＲ−ＳＳＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ）法、ＤＮＡチップ若しくはＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、インベーダー法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、モレキュラー・ビーコン法、ＲＣＡ法、ＵＣＡＮ法、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ミニシーケンシング、パイロシーケンシング、ＡＲＭＳ法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）分析、又は変性／温度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ）を挙げることができる。
また、遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のＴＡの反復配列の分析には、２塩基の長さの違いを分析することのできる方法が好ましい。２塩基の長さの違いを分析することのできる方法としては、例えば、ＳＴＲ（Short Tandem Repeat）法、ＳＬＰ（Single Locus Probe）法、又はマイクロサテライト多型解析法を用いることができる。
【００２６】
前記遺伝子多型の分析方法としてＤｉｇｉＴａｇ２法、ＭＧＢプローブを用いたＴａｑＭａｎ法、インベーダー法及びマイクロサテライト多型解析法について記載する。
ＤｉｇｉＴａｇ２法は、解析対象となるＳＮＰ毎にＳＮＰ特異的なｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅと、アリル特異的なｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅを用いて、一度に複数か所のＳＮＰについて遺伝子型を決定することのできるマルチプレックスＳＮＰタイピング法である。ＳＮＰ特異的なｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅは、ＳＮＰの位置に隣接して下流に存在する３’側プローブであり、アリル特異的なｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅは、ＳＮＰを３’末端に含む上流に存在する５’側プローブである。
ｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅは、ＳＮＰ毎にアリルに対応した２種類を用意する。ｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅ  の３’末端に対応するＳＮＰの遺伝子型に応じて、それと相補的な塩基を持つｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅだけが、３’側に隣接して存在するｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅと結合することができる。更に、検出のために各ｑｕｅｒｙ  ｐｒｏｂｅの５’末端にはアリルに対応して２種類のｑｕｅｒｙ  ｔａｇが連結されており、またｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅの３’末端にはＳＮＰごとに異なるｃｏｍｍｏｎ  ｔａｇが連結されている。検出は、ｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅに連結されたｃｏｍｍｏｎ  ｔａｇと相補的な塩基配列を持つオリゴＤＮＡを固定したＤＮＡチップを用いて検出を行う。
【００２７】
ＭＧＢプローブを用いたＴａｑＭａｎ法は、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるプライマーセットと、５’末端をレポーター色素（ＦＡＭ）及びＭＧＢ（MGB；Minor Groove Binder）でラベルし、３’末端をクエンチャー色素（Eclipse Dark Quencher）で修飾したＭＧＢプローブとをＰＣＲの反応系に加えることにより行うことができる。このようなＭＧＢプローブを用いたＴａｑＭａｎ自体は周知であり、そのためのキット及び装置も市販されているので、ＳＮＰの領域にＭＧＢプローブを設定することにより、市販のキット及び装置を用いて実施することができる。
【００２８】
前記フォワードプライマー及びリバースプライマー、並びにＭＧＢプローブは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のそれぞれのアリルの塩基配列に基づいて作成することができる。具体的には、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のフォワードプライマー及びリバースプライマー、並びにプローブは、配列番号１で表される遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含むＤＮＡの塩基配列から、作製することができる。具体的にはプライマーは、ｒｓ８０９９９１７のアレルである「Ｔ」又は「Ｇ」を挟むように、任意の位置に設定することが可能であり、また、プローブはｒｓ８０９９９１７のアレルである「Ｔ」又は「Ｇ」を含む領域に設定することができる。例えばＭＧＢプローブは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のメジャーアレルＴ又はマイナーアレルＧを含むＤＮＡの塩基配列領域に設定することが可能である。
【００２９】
インベーダー法は、３’側には標的ＤＮＡに特異的な塩基配列を有し変異部位の塩基の５’側に標的ＤＮＡと相補性のない配列（フラップ）を有するアレルプローブ；標的ＤＮＡの変異部位の３’側に特異的な相補配列を有するプローブ（インベーダープローブ）；及び５’側がヘアピン構造をとり得る配列を有し、ヘアピン構造を形成した際に５’末端の塩基と対をなす塩基から３’側に連続する配列がアレルプローブのフラップと相補的な配列であるＦＲＥＴプローブとを用いる方法である。
具体的には、標的ＤＮＡ、アレルプローブ及びインベーダープローブを反応させると、それらの相補結合した変異部位にインベーダープローブの３’末端が侵入する。この変異部位の構造を認識する酵素（ｃｌｅａｖａｓｅ）を用いてアレルプローブの一本鎖部分（すなわち、フラップ部分）が切り出される。切り出されたフラップはＦＲＥＴプローブと相補的に結合し、フラップの変異部位がＦＲＥＴプローブのヘアピン構造に侵入する。この構造を、更にｃｌｅａｖａｓｅが認識して切断することにより、ＦＲＥＴプローブの末端標識された蛍光色素が遊離し、クエンチャーの影響を受けなくなるために、蛍光が検出される。なお、通常、標的ＤＮＡはＳＮＰを含む領域をフォワードプライマーとリバースプライマーを用いたＰＣＲにより増幅しておくことが好ましい。
【００３０】
例えば、ｒｓ８０９９９１７のＳＮＰタイピングにおいて、前記アレルプローブ、及びインベーダープローブは、ｒｓ８０９９９１７のアレルである「Ｔ」又は「Ｇ」を含む配列に基づいて、設定することができる。また、ＰＣＲのためのフォワードプライマー及びリバースプライマーは、ｒｓ８０９９９１７のアレルである「Ｔ」又は「Ｇ」を挟むように、任意の位置に設定することが可能である。具体的には、アレルプローブとして、メジャーアレル「Ｔ」を検出するＰｒｏｂｅ１：５’−ａｔｇａｃｇｔｇｇｃａｇａｃＡＡＴＴＧＣＴＣＡＣＡＧＡＡＡＧＧＡＡ−３’（配列番号３）、又はマイナーアレル「Ｇ」を検出するＰｒｏｂｅ２：５’−ｃｇｃｇｃｃｇａｇｇＣＡＴＴＧＣＴＣＡＣＡＧＡＡＡＧＧＡ−３’（配列番号４）を挙げることができ、インベーダープローブとして、Ｉｎｖａｄｅｒ：５’−ＧＣＴＡＣＣＡＡＡＣＴＧＴＡＴＡＣＡＧＣＡＴＧＧＴＴＣＣＡＡＴＴＴＧＧＧＴＧＡｔ−３’（配列番号５）を挙げることができる。更に、ＰＣＲのためのフォワードプライマー及びリバースプライマーとして、ＩｎｖａｄｅｒＦ：５’−ＴＣＡＴＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＡＣＴＴＣＴＧＧＡＡＣＡ−３’（配列番号６）及びＩｎｖａｄｅｒＲ：５’−ＣＧＧＧＣＣＡＴＣＴＧＴＴＴＣＣＴＧＣＴＧ−３’（配列番号７）を挙げることができる。
【００３１】
マイクロサテライト多型解析法は、遺伝子中の反復配列の数の異なるＳＮＰを解析するのに適した方法である。例えば、前記ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングは、マイクロサテライト多型解析法の手法を用いて行うことができる。蛍光標識したプライマーを用いて、ＳＮＰを含む領域をＰＣＲによって増幅する。得られたＰＣＲ産物をシークエンサー（例えば、キャピラリーＤＮＡシークエンサー）によって、電気泳動し、反復配列の長さを同定することができる。
ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングにおいては、配列番号２に記載の塩基配列に基づいて設定することができる。例えば、フォワードプライマー５’−ｔｇａａｃｃｃａｇｇａｇｇｃｇｇａｇｇｔｔｇｃａｇｔｔａｇｃ−３’（配列番号８）、及びリバースプライマー５’−ｇｔｇｃｔｇａｇａｔｔａｃａｇｇｃｃｔｇａｇｃｃａｃｃａｃ−３’（配列番号９）を作成することができる。
【００３２】
２．Ｃ型肝炎患者の経過予測用キット
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測用キットは、（１）配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のＴ又はＧを含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット；並びに（２）配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１におけるＴＡ繰り返し配列を含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる、Ｃ型肝炎患者の経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセット；を含む。
なお、配列番号１で表される塩基配列においては、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のメジャーアレルＴ及びマイナーアレルＧは、Ｔ又はＧを意味する「Ｋ」で表されている。また、配列番号２で表される遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む配列は、メジャーアリルである１２のＴＡの反復配列を含む塩基配列を示している。従って、配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降のＴＡの反復配列は、１０〜１８のＴＡの反復配列を有するマイナーアリルのことがある。
従って、本明細書において、「第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１」とは配列番号２で表される塩基配列の第５５２番以降のＴＡの反復配列を意味し、その反復の数は特に限定されるものではない。なお、現在の確認されているＴＡの反復数は、１０〜１８である。
【００３３】
（経過予測用オリゴヌクレオチドプローブ）
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測用キットに含まれる経過予測用オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のＴ又はＧを含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる少なくとも１０のヌクレオチドを含む、プローブである。又は、配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１におけるＴＡ繰り返し配列を含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる少なくとも３０、より好ましくは４０以上、更に好ましくは５０以上のヌクレオチドを含むプローブである。
前記プローブは、前記遺伝子多型の分析方法において、プローブとして用いることができる。例えば、ＴａｑＭａｎ法、ＤｉｇｉＴａｇ法、ＤｉｇｉＴａｇ２法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＤＮＡチップ若しくはＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、モレキュラー・ビーコン法、ＲＣＡ法、ＵＣＡＮ法、又はインベーダー法において用いることのできるプローブを含む。プローブの長さは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のＧ又はＣを含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができるか、又は遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１におけるＴＡ繰り返し配列を含むオリゴヌクレオチド又はその相補鎖に結合することができる限り、特に限定されるものではないが、好ましくは、５ｍｅｒ〜１０００ｍｅｒであり、より好ましくは、５ｍｅｒ〜５００ｍｅｒであり、最も好ましくは、１０ｍｅｒ〜５０ｍｅｒである。
【００３４】
前記経過予測用オリゴヌクレオチドプローブは、用いる分析方法に応じて標識されてもよい。例えば、ＴａｑＭａｎ法に用いるＭＧＢプローブは、５’末端をレポーター色素（ＦＡＭ）及びＭＧＢ（ＭＧＢ（Ｍｉｎｏｒ  Ｇｒｏｏｖｅ  Ｂｉｎｄｅｒ）でラベルし、３’末端をクエンチャー色素（Ｅｃｌｉｐｓｅ  Ｄａｒｋ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒ）で標識されているものを用いる。また、ＤｉｇｉＴａｇ２法に用いるｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅの３’末端に結合しているｃｏｍｍｏｎ  ｔａｇを標識と考えることもできるように、標識に用いる化合物は、特に限定されるものではなく、プローブを標識する場合に用いられている、化合物を制限なく用いることができる。
また、前記経過予測用オリゴヌクレオチドプローブは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７又は遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１に結合する部分以外に、オリゴヌクレオチド配列を含むことができる。例えば、前記ＤｉｇｉＴａｇ２法に用いるｃｏｍｍｏｎ  ｐｒｏｂｅの３’末端に結合しているｃｏｍｍｏｎ  ｔａｇ、又は制限酵素サイトの配列を含むオリゴヌクレオチドなどを含むことができる。
【００３５】
経過予測用オリゴヌクレオチドプローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡとＲＮＡとのハイブリッドでもよい。
【００３６】
（経過予測用プライマーセット）
前記経過予測用プライマーセットは、配列番号１で表されるオリゴヌクレオチドの第５５１番の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるプライマーセットである。又は、前記経過予測用プライマーセットは、配列番号２で表されるオリゴヌクレオチドの第第５５２番以降の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む二本鎖ＤＮＡ断片を増幅することのできる、フォワードプライマー及びリバースプライマーからなるＣ型肝炎患者の経過予測用プライマーセットである。
【００３７】
前記経過予測用プライマーセットは、前記遺伝子多型の分析方法において、ＰＣＲ増幅用のプライマーとして用いることができる。例えば、ＰＣＲ−ＲＥＬＰ法、ＴａｑＭａｎ法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法，ＰＣＲ−ＳＳＯ法、ＰＣＲ−ＳＳＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ）法、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ＡＲＭＳ法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）分析、変性／温度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ）、ＳＴＲ（Short Tandem Repeat）法、ＳＬＰ（Single Locus Probe）法、又はマイクロサテライト多型解析法におけるＰＣＲ用プライマーとして用いることができる。プライマーの長さは、特に限定されないが、好ましくは、１５ｍｅｒ〜５０ｍｅｒであり、より好ましくは、１８ｍｅｒ〜３５ｍｅｒであり、最も好ましくは、２０ｍｅｒ〜３０ｍｅｒである。
【００３８】
前記経過予測用プライマーセットに用いるフォワードプライマー及びリバースプライマーは、用いる分析方法に応じて標識されてもよい。標識に用いる化合物は、特に限定されるものではなく、プライマーを標識する場合に通常用いられている化合物を用いることができる。
また、フォワードプライマー及びリバースプライマーは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７、又は遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を増幅するために遺伝子に結合する部分以外のオリゴヌクレオチド配列を含むことができる。例えば、制限酵素サイトの配列を含むオリゴヌクレオチドなどを含むことができる。
【００３９】
更に、前記フォワードプライマー又はリバースプライマーは、ＰＣＲ以外にダイレクトシークエンス法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＲＣＡ法、ミニシーケンシング、又はパイロシーケンシングにおけるプライマーとして用いることも可能であり、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡとＲＮＡとのハイブリッドでもよい。
【００４０】
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測用キットは、前記遺伝子多型の分析に用いるものことができるものである。すなわち、本発明の治療効果予測用キットは、例えば、ダイレクトシークエンス法、ＰＣＲ−ＲＥＬＰ法、ＴａｑＭａｎ法、ＤｉｇｉＴａｇ法、ＤｉｇｉＴａｇ２法、シングルヌクレオチドプライマー伸長法、ＳｎａＰｓｈｏｔ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法，ＰＣＲ−ＳＳＯ法、ＰＣＲ−ＳＳＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ）法、ＤＮＡチップ若しくはＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、インベーダー法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、モレキュラー・ビーコン法、ＲＣＡ法、ＵＣＡＮ法、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ミニシーケンシング、パイロシーケンシング、ＡＲＭＳ法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）分析、変性／温度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ）用、ＳＴＲ（Short Tandem Repeat）法、ＳＬＰ（Single Locus Probe）法、又はマイクロサテライト多型解析法のキットである。
【００４１】
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測用キットに含むことのできる説明書は、前記の遺伝子多型の分析方法の説明が記載されている。また、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７、又は遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を分析し、それぞれの遺伝子多型と、Ｃ型肝炎患者の経過（すなわち、自然治癒の経過、及び／又はＣ型肝炎患者に対する薬剤の治療効果）とが関連することが記載されていてもよい。
【００４２】
３．Ｃ型肝炎患者の経過予測用マーカー
本発明の治療効果予測用マーカーは、遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルであるＴ又はＧを含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡ、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルであるＴＡの繰り返し配列を含む２つの対立遺伝子の二本鎖ＤＮＡからなるものである。そして、（ａ）遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７のアレルの組み合わせである［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］、若しくは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型の前記［Ｔ／Ｔ］、［Ｔ／Ｇ］、及び［Ｇ／Ｇ］に対応するアレルの組み合わせ、並びに（ｂ）遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のアレルの組み合わせである［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］（ここで、ｎはｒｓ７２２５８８８１の遺伝子多型を（ＴＡ）ｎで表した場合のＴＡの繰り返し数である）、若しくは遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型の［ｎ≧１３／ｎ≧１３］、［ｎ≦１２／ｎ≧１３］、及び［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に対応するアレルの組み合わせ、を分類し自然経過又は薬剤の治療効果を予測するＣ型肝炎患者の経過予測用マーカーである。
具体的な自然経過の予測は、表１に記載に従って行うことが可能であり、また薬剤の治療効果の予測は、表２又は表３の記載に従って行うことができる。
換言するならば、Ｃ型肝炎患者の経過予測用マーカーは、Ｃ型肝炎患者の遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７を含む核酸、又は核酸断片、或いは遺伝子多型ｒｓ８０９９９１７と連鎖不平衡にある遺伝子多型のアレルの組み合わせを含む核酸、又は核酸断片；及びＣ型肝炎患者の遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１を含む核酸、又は核酸断片、或いは遺伝子多型ｒｓ７２２５８８８１と連鎖不平衡にある遺伝子多型のアレルの組み合わせを含む核酸、又は核酸断片である。
【実施例】
【００４３】
以下、実施例によって本発明を具体的に説明するが、これらは本発明の範囲を限定するものではない。
【００４４】
《実施例１》
本実施例では、ＰＥＧインターフェロン−α及びバビリンの併用投与の治療を行った４８名のＣ型肝炎患者について、治療効果の判定、ｒｓ８０９９９１７のＳＮＰタイピング、及び遺伝子型多型ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングを行った。
ｒｓ８０９９９１７のＳＮＰタイピングは、インベーダー法によって行った。フォワードプライマーＩｎｖａｄｅｒＦ：５’−ＴＣＡＴＣＣＣＴＣＡＴＣＣＣＡＣＴＴＣＴＧＧＡＡＣＡ−３’（配列番号６）、及びＩｎｖａｄｅｒＲ：５’−ＣＧＧＧＣＣＡＴＣＴＧＴＴＴＣＣＴＧＣＴＧ−３’（配列番号７）を用いてＰＣＲを行った。メジャーアレル「Ｔ」を検出するＰｒｏｂｅ１：５’−ａｔｇａｃｇｔｇｇｃａｇａｃＡＡＴＴＧＣＴＣＡＣＡＧＡＡＡＧＧＡＡ−３’（配列番号３）、又はマイナーアレル「Ｇ」を検出するＰｒｏｂｅ２：５’−ｃｇｃｇｃｃｇａｇｇＣＡＴＴＧＣＴＣＡＣＡＧＡＡＡＧＧＡ−３’（配列番号４）を挙げることができ、インベーダープローブとして、Ｉｎｖａｄｅｒ：５’−ＧＣＴＡＣＣＡＡＡＣＴＧＴＡＴＡＣＡＧＣＡＴＧＧＴＴＣＣＡＡＴＴＴＧＧＧＴＧＡｔ−３’（配列番号５）を用い、メーカーのプロトコールに従ってインベーダー法によりＳＮＰを解析した。
ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングは、マイクロサテライト多型解析法の手法を用いた。蛍光標識したフォワードプライマー５’−ｔｇａａｃｃｃａｇｇａｇｇｃｇｇａｇｇｔｔｇｃａｇｔｔａｇｃ−３’（配列番号８）、及びリバースプライマー５’−ｇｔｇｃｔｇａｇａｔｔａｃａｇｇｃｃｔｇａｇｃｃａｃｃａｃ−３’（配列番号９）を用い、ＰＣＲによって、ｒｓ７２２５８８８１のＴＡ反復配列を含む領域を増幅した。得られたＤＮＡ断片を、キャピラリーＤＮＡシークエンサーで解析し、ＴＡ反復配列の数を解析した。
ｒｓ８０９９９１７を、［Ｔ／Ｔ］、並びに［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］に分類し、ｒｓ７２２５８８８１を、［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］並びに［ｎ≦１２／ｎ≦１２］に分類した場合の、４つの群におけるＶＲとＮＶＲの頻度を表した結果を表４に示す。
【００４５】
【表４】
2013070660.tif 000005
【００４６】
表４に示すように、調べたＣ型肝炎患者において、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］はいなかった。このようなアレルの組み合わせを示すＣ型肝炎患者は、自然治癒する可能性が高いからであると考えられる。
ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の患者群では、２２／２６（８４．６％）がＶＲであり、４／２６（１５．３％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が高いと予測することができる。
また、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≧１３／ｎ≧１３］又は［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の患者群では、３／３（１００％）がＶＲであり、０／３（０％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が高いと予測することができる。
一方、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≦１２］の患者群では、３／１９（１５．７％）がＶＲであり、１６／１９（８４．２％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が低いと予測することができる。
【００４７】
また、ｒｓ８０９９９１７を、［Ｔ／Ｔ］、並びに［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］に分類し、ｒｓ７２２５８８８１を、［ｎ≧１２／ｎ≧１２］並びに［ｎ≦１１／ｎ≧１２］又は［ｎ≦１１／ｎ≦１１］に分類した場合の、４つの群におけるＶＲとＮＶＲの頻度を表した結果を表５に示す。
【００４８】
【表５】
2013070660.tif 000006
【００４９】
ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≧１２／ｎ≧１２］の患者群では、２１／２５（８４．０％）がＶＲであり、４／２５（１６．０％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が高いと予測することができる。
ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１１／ｎ≧１２］又は［ｎ≦１１／ｎ≦１１］の患者群では、０／０（０％）がＶＲであり、１／１（１００％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が低いと予測することができる。
また、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≧１２／ｎ≧１２］の患者群では、６／１８（３３．３％）がＶＲであり、１２／１８（６６．６％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が低いと予測することができる。
ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］又は［Ｇ／Ｇ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１１／ｎ≧１２］又は［ｎ≦１１／ｎ≦１１］の患者群では、０／４（０％）がＶＲであり、４／４（１００％）がＮＶＲであった。すなわちこの群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が低いと予測することができる。
【００５０】
《実施例２》
本実施例では、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］且つｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≧１３］のＣ型肝炎患者の薬剤の治療効果について検討した。ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］のＣ型肝炎患者３４例について、ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングを行った。実施例１と同様に、ｒｓ８０９９９１７のＳＮＰタイピングはＭＧＢプローブを用いたＴａｑＭａｎ法を用い、そしてｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングはマイクロサテライト多型解析法を用いて行った。
【００５１】
【表６】
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【００５２】
表６に示したように、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｇ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≧１３］の患者群では、８／９（８８．９％）がＶＲであり、この群では、薬剤の治療に対して感受性（有効性）が高いと予測することができる。
【００５３】
《実施例３》
本実施例では、自然治癒したＣ型肝炎患者のｒｓ８０９９９１７及びｒｓ７２２５８８８１のアレルを検討した。自然治癒の経過をたどった１００例のＣ型肝炎患者について、ｒｓ８０９９９１７のＳＮＰタイピングを、ＭＧＢプローブを用いたＴａｑＭａｎ法により行い、ｒｓ７２２５８８８１のＳＮＰタイピングをマイクロサテライト多型解析法により行った。結果を表７に示す。
【００５４】
【表７】
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【００５５】
ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≧１３］又は［ｎ≧１３／ｎ≧１３］の患者群では、３４名が自然治癒している。Ｃ型肝炎が持続感染している患者群に、これらのアレルの組み合わせを示す患者がほとんどないことを考慮すると、ｒｓ８０９９９１７が［Ｔ／Ｔ］、及びｒｓ７２２５８８８１が［ｎ≦１２／ｎ≧１３］又は［ｎ≧１３／ｎ≧１３］の患者は、ほとんどが自然治癒するものと考えられる。
【産業上の利用可能性】
【００５６】
本発明のＣ型肝炎患者の経過予測方法、Ｃ型肝炎患者の経過予測用キット、及びＣ型肝炎患者の経過予測用マーカーによれば、Ｃ型肝炎患者の自然治癒の予測をすることができる。また、本発明によれば、ＰＥＧ化インターフェロン−α及びリバビリンに代表される薬剤の治療効果の予測を行うことができる。Ｃ型肝炎患者の薬剤に対する治療効果を予測することによって、治療費の抑制が可能である。
【配列表】
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