【手続補正書】
【提出日】平成26年10月28日(2014.10.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
CRCの進行を判定するための予後サインであって、下記ａ又はｂ：
ａ．
WD反復ドメイン44（WDR44）、
一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
pdz-結合キナーゼ（PBK）、
ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
COMMドメイン含有2（COMMD2）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
gnas複合遺伝子座（GNAS）、
タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；
ｂ．
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
tousled様キナーゼ1（TLK1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
炭酸脱水酵素II（CA2）、
グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
KITリガンド（KITLG）、
インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
からなる、予後サイン。
【請求項２】
ステージII又はステージIIIのCRCの再発の可能性を判定するための予後サインであって、下記ａ又はｂ：
ａ．
WD反復ドメイン44（WDR44）、
一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
pdz-結合キナーゼ（PBK）、
ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
COMMドメイン含有2（COMMD2）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
gnas複合遺伝子座（GNAS）、
タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；
ｂ．
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
tousled様キナーゼ1（TLK1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
炭酸脱水酵素II（CA2）、
グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
KITリガンド（KITLG）、
インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
からなる、予後サイン。
【請求項３】
CRCの予後を判定するための装置であって、その上に1以上の位置を有する基板からなり、各位置はその上にオリゴヌクレオチドを有し、各オリゴヌクレオチドは、下記ａ又はｂの遺伝子群：
ａ．
WD反復ドメイン44（WDR44）、
一本鎖相互作用タンパク質1,アイソフォームd（RBMS1）、
Ras-GTPアーゼ活性化タンパク質SH3ドメイン-結合タンパク質2（SACM1L）、
ステロールo-アシルトランスフェラーゼアシル-補酵素a:コレステロールアシルトランスフェラーゼ1（SOAT1）、
pdz-結合キナーゼ（PBK）、
ras-gtpase活性化タンパク質sh3ドメイン-結合タンパク質2（G3BP2）、
亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有20（ZBTB20）、
亜鉛フィンガータンパク質410（ZNF410）、
COMMドメイン含有2（COMMD2）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,ATPアーゼ,1（PSMC1）、
シトクロムcオキシダーゼアセンブリータンパク質,ヘムA:ファルネシルトランスフェラーゼ(酵母)（COX10）、
基本転写因子iiic,ポリペプチド5(63kd)（GTF3C5）、
ヒアルロン酸媒介運動性受容体(rhamm)（HMMR）、
ユビキチン複合酵素e2l3（UBE2L3）、
gnas複合遺伝子座（GNAS）、
タンパク質ホスファターゼ2(以前は2a),調節サブユニットb(pr52),αアイソフォーム（PPP2R2A）、
リボヌクレアーゼ,rnase aファミリー,2(肝臓,エオシン好性誘発神経毒)（RNASE2）、
short coiled-coilタンパク質（SCOC）、
プロテアソーム(プロサム,マクロペイン)26sサブユニット,non-ATPアーゼ,9（PSMD9）、
真核生物翻訳開始因子3,サブユニット7(ζ,66/67kd)（EIF3S7）、
ATPアーゼ,Ca++輸送,細胞膜4（ATP2B4）、及び
ATP結合カセット,サブファミリーc,メンバー9,アイソフォームsur2a-δ-14（ABCC9）；
ｂ．
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド10（CXCL10）、
TNF受容体スーパーファミリー,メンバー6（FAS）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド9（CXCL9）、
tousled様キナーゼ1（TLK1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド11（CXCL11）、
T-LAK細胞起源のプロテインキナーゼ（PBK）、
ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ1（PSAT1）、
MAD2 mitotic arrest deficient-like 1(酵母)（MAD2L1）、
炭酸脱水酵素II（CA2）、
グランザイムB(グランザイム2,細胞毒性T-リンパ球-関連セリンエステラーゼ1)（GZMB）、
溶質キャリアーファミリー4,炭酸水素ナトリウムコトランスポーター,メンバー4（SLC4A4）、
discs,largeホモログ7(ショウジョウバエ)（DLG7）、
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー,メンバー11a,NFKBの活性化剤（TNFRSF11A）
KITリガンド（KITLG）、
インドールアミン-ピロール2,3ジオキシゲナーゼ（INDO）、
グアニレート結合タンパク質1,インターフェロン誘発性,67kDa（GBP1）、
ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド13(B-細胞化学誘引物質)（CXCL13）、
クロリドチャンネル,カルシウム活性化,ファミリーメンバー4（CLCA4）、及び
Purkinje細胞タンパク質4（PCP4）
から選択される、装置。
【請求項４】
CRCの予後を判定するための遺伝子マーカーとしての、請求項１に記載のサインの使用。
【請求項５】
ステージII又はステージIIIのCRCの再発の可能性を判定するための遺伝子マーカーとしての、請求項１に記載のサインの使用。
【請求項６】
各遺伝子のmRNAの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４又は５に記載の使用。
【請求項７】
各遺伝子のcDNAの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４又は５に記載の使用。
【請求項８】
cDNAの発現量を、前記cDNAの少なくとも一部に相補的なヌクレオチドを用いて決定する、請求項７記載の使用。
【請求項９】
mRNAの発現量を、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを用いるqPCR法を用いて決定する、請求項６記載の使用。
【請求項１０】
cDNAの発現量を、順方向プライマーおよび逆方向プライマーを用いるqPCR法を用いて決定する、請求項７記載の使用。
【請求項１１】
mRNAの発現量を、請求項3記載の装置を用いて決定する、請求項６記載の使用。
【請求項１２】
各遺伝子によりコードされるタンパク質の発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４〜５のいずれか1つに記載の使用。
【請求項１３】
各遺伝子によりコードされるペプチドの発現量を遺伝子マーカーとして使用する、請求項４〜５のいずれか1つに記載の使用。
【請求項１４】
タンパク質又はペプチドの発現量を、該タンパク質又はペプチドに対する抗体を用いて検出する、請求項１２または請求項１３記載の使用。
【請求項１５】
前記抗体がモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗体フラグメント又は抗体様分子である、請求項１２〜１４のいずれか1つに記載の使用。
【請求項１６】
前記抗体がポリクローナル抗血清である、請求項１２〜１５のいずれか1つに記載の使用。
【請求項１７】
タンパク質又はペプチドの発現量を、サンドイッチイムノアッセイ法を用いて検出する、請求項１２〜１５のいずれか1つに記載の使用。