【手続補正書】
【提出日】平成25年11月20日(2013.11.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（a）および（b）を含む、IRE-1αに対する基質：
（a）
（i）IRE-1αに対する切断部位からなるRNAループ；および
（ii）4、5、6、7、8、9、または10ヌクレオチド塩基対からなるヌクレオチドステム、
を含むオリゴヌクレオチド分子、ならびに
（b）ドナー部分が励起された場合に検出可能な共鳴エネルギー移動を示す、ドナー部分およびアクセプター部分であって、ドナー部分がオリゴヌクレオチド分子の5'末端または3'末端の一方に結合し、且つアクセプター部分がオリゴヌクレオチド分子の5'末端または3'末端のもう一方に結合している、ドナー部分およびアクセプター部分。
【請求項２】
（i）IRE-1αに対する切断部位を含むRNAループ；および
（ii）4、5、6、7、8、9、または10ヌクレオチド塩基対からなるヌクレオチドステム、
からなるオリゴヌクレオチド分子を含む、IRE-1αに対する基質。
【請求項３】
ヌクレオチド配列からなるRNAループが、以下からなる群より選択される、請求項1または2記載の基質：
5'-CCGAAGC-3', 5'-GCGAAGC-3', 5'-ACGAAGC-3', 5'-UCGAAGC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CGGAAGC-3', 5'-CAGAAGC-3', 5'-CUGAAGC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CCAAAGC-3', 5'-CCUAAGC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CCGGAGC-3', 5'-CCGUAGC-3', 5'-CCGCAGC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CCGAGGC-3', 5'-CCGAUGC-3', 5'-CCGACGC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CCGAAAC-3', 5'-CCGAAGC-3', 5'-CCGAAGA-3', および 5'-CCGAAGU-3'。
【請求項４】
RNAループが、ヌクレオチド配列5'-CCGCAGC-3'からなる、請求項2記載の基質。
【請求項５】
オリゴヌクレオチドがSEQ ID NO: 3からなる、請求項1または2記載の基質。
【請求項６】
ヌクレオチドステムがDNAを含む、請求項1または2記載の基質。
【請求項７】
ヌクレオチドステムがRNAを含む、請求項1または2記載の基質。
【請求項８】
ヌクレオチドステムがヌクレオチドアナログを含む、請求項1または2記載の基質。
【請求項９】
検出可能な標識をさらに含む、請求項2記載の基質。
【請求項１０】
ドナー部分およびアクセプター部分の少なくとも一つが蛍光タンパク質である、請求項1記載の基質。
【請求項１１】
ドナー部分およびアクセプター部分の各々が蛍光タンパク質である、請求項1記載の基質。
【請求項１２】
アクセプター部分が発光性部分である、請求項1記載の基質。
【請求項１３】
発光性部分が発光性タンパク質およびランタニドキレートからなる群より選択される、請求項12記載の基質。
【請求項１４】
アクセプター部分が、蛍光色素、クマリン、キサンテン、フルオレセイン、蛍光タンパク質、サーキュラリーパーミュテッド（circularly permuted）蛍光タンパク質、ロードル（rhodol）、ローダミン、レゾルフィン、シアニン、ジフルオロボラジアザインダセン（difluoroboradiazaindacene）、フタロシアニン、インディゴ、ベンゾキノン、アントラキノン、アゾ化合物、ニトロ化合物、インドアニリン、ジフェニルメタン、トリフェニルメタン、および双性イオンアゾピリジニウム化合物からなる群より選択される、請求項1記載の基質。
【請求項１５】
ドナー部分が、蛍光色素、非蛍光色素、クマリン、キサンテン、ロードル、ローダミン、レゾルフィン、シアニン色素、ビマン(bimane)、アクリジン、イソインドール、ダンシル色素、アミノフタル酸ヒドラジド、アミノフタルイミド、アミノナフタルイミド、アミノベンゾフラン、アミノキノリン、ジシアノヒドロキノン、半導体蛍光ナノ結晶(semiconductor fluorescent nanocrystal)、蛍光タンパク質、サーキュラリーパーミュテッド蛍光タンパク質、および蛍光ランタニドキレートからなる群より選択される、請求項1記載の基質。
【請求項１６】
ドナー部分が、緑色蛍光タンパク質（GFP）、赤色蛍光タンパク質（RFP）、黄色蛍光タンパク質（YFP）、青色蛍光タンパク質（BFP）、およびシアン蛍光タンパク質（CFP）からなる群より選択される蛍光タンパク質である、請求項1記載の基質。
【請求項１７】
アクセプター部分が発光性タンパク質である、請求項1記載の基質。
【請求項１８】
発光性タンパク質が、エクオリン、オベリン、ルクス（lux）タンパク質、ルシフェラーゼタンパク質、フィコビリタンパク質、ホラジン（pholasin）、および緑色蛍光タンパク質からなる群より選択される、請求項17記載の基質。
【請求項１９】
ドナー部分およびアクセプター部分の少なくとも一つが蛍光色素である、請求項1記載の基質。
【請求項２０】
ドナー部分およびアクセプター部分の各々が蛍光色素である、請求項1記載の基質。
【請求項２１】
ドナー部分が、キサンテンである、請求項1記載の基質。
【請求項２２】
キサンテンが、6-カルボキシフルオレセイン（FAM）である、請求項21記載の基質。
【請求項２３】
ドナー部分が、シアニンである、請求項1記載の基質。
【請求項２４】
シアニンが、インドジカルボシアニン5（Cy5）である、請求項23記載の基質。
【請求項２５】
アクセプター部分がダーククエンチャーである、請求項1記載の基質。
【請求項２６】
ダーククエンチャーが、QSY（商標）色素である、請求項25記載の基質。
【請求項２７】
ダーククエンチャーが、BLACK HOLE QUENCHER（商標）（BHQ（商標））である、請求項25記載の基質。
【請求項２８】
以下の工程を含むIRE-1αポリペプチドのRNアーゼ活性を検出する方法：
（1）
（a）
（i）IRE-1αに対する切断部位からなるRNAループ；
（ii）4、5、6、7、8、9、または10リボヌクレオチド塩基対からなるヌクレオチドステム；
を含むオリゴヌクレオチド分子；ならびに
（b）ドナー部分がオリゴヌクレオチド分子の5'末端または3'末端の一方に結合し、且つアクセプター部分がオリゴヌクレオチド分子の5'末端または3'末端のもう一方に結合しており、ドナー部分が励起された場合に検出可能な共鳴エネルギー移動を示す、ドナー部分およびアクセプター部分、
を含む基質とIRE-1αポリペプチドを接触させる工程；ならびに
（2）ドナー部分とアクセプター部分との間の共鳴エネルギー移動を検出する工程であって、それにより共鳴エネルギー移動における変化がIRE-1αポリペプチドのRNアーゼ活性を示す、工程。
【請求項２９】
試験化合物の存在下で共鳴エネルギー移動を検出する工程をさらに含む、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
IRE-1αポリペプチドおよび基質が無細胞系中にある、請求項28記載の方法。
【請求項３１】
共鳴エネルギーにおける変化が、励起波長でのモル吸光係数、量子効率、励起スペクトル、発光スペクトル、最大励起波長、最大発光波長、2つの波長での励起振幅の比、2つの波長での発光振幅の比、励起状態寿命、異方性、放出された光の偏光、共鳴エネルギー移動、およびある波長での発光のクエンチングからなる群より選択される特性を決定することによって検出される、請求項28記載の方法。
【請求項３２】
IRE-1αポリペプチドが完全長IRE-1αタンパク質である、請求項28記載の方法。
【請求項３３】
IRE-1αポリペプチドがキナーゼドメインを含む、請求項28記載の方法。
【請求項３４】
以下の工程を含むIRE-1αポリペプチドのRNアーゼ活性を検出する方法：
（1）
（i）IRE-1αに対する切断部位を含むRNAループ；および
（ii）4、5、6、7、8、9、または10ヌクレオチド塩基対からなるヌクレオチドステム；
からなるオリゴヌクレオチド分子を含むIRE-1αに対する基質とIRE-1αポリペプチドを接触させる工程；ならびに
（2）基質の切断を検出する工程。
【請求項３５】
試験化合物とIRE-1αポリペプチドを接触させる工程をさらに含む、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
IRE-1αポリペプチドおよび基質が無細胞系中にある、請求項34記載の方法。
【請求項３７】
IRE-1αポリペプチドが完全長IRE-1αタンパク質である、請求項34記載の方法。
【請求項３８】
IRE-1αポリペプチドがキナーゼドメインを含む、請求項34記載の方法。
【請求項３９】
１ヌクレオチドステムが4ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４０】
１ヌクレオチドステムが5ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４１】
１ヌクレオチドステムが6ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４２】
１ヌクレオチドステムが7ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４３】
１ヌクレオチドステムが8ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４４】
１ヌクレオチドステムが9ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。
【請求項４５】
１ヌクレオチドステムが10ヌクレオチド塩基対からなる、請求項1記載の基質。