(57)【要約】  本発明は、概して、共役ｓｉＲＮＡの薬理学的活性を調節する薬剤に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｓｉＲＮＡの活性を阻害する方法であって、ｓｉＲＮＡを受けた対象を特定し、そして、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項２】
前記対象が哺乳動物である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象がヒトである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
細胞のｓｉＲＮＡの活性を阻害する方法であって、前記細胞を、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させることを含む方法。
【請求項５】
前記細胞がｉｎ  ｖｉｖｏである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞が哺乳動物におけるものである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記哺乳動物がヒトである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記接触がｉｎ  ｖｉｖｏにおけるものである、請求項４に記載の方法。
【請求項９】
細胞をｓｉＲＮＡと接触させ；
ｓｉＲＮＡ活性を検出し；そして
前記細胞をＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させる
ことを含む方法。
【請求項１０】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ｓｉＲＮＡ活性の検出が、存在する標的ｍＲＮＡの量、存在する標的タンパク質の量、及び標的タンパク質の活性からなる群から選択されるパラメータを測定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ｓｉＲＮＡ治療の副作用を阻害する方法であって、
細胞をｓｉＲＮＡと接触させ；
副作用を検出し；
前記細胞をＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させ；そして
それにより前記ｓｉＲＮＡの前記副作用を阻害する
ことを含む方法。
【請求項１３】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
対象を治療する方法であって、
ｓｉＲＮＡを前記対象に投与し；
ｓｉＲＮＡ活性について前記対象をモニターし；
前記ｓｉＲＮＡ活性が所望より高いならば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を前記対象に投与する
ことを含む方法。
【請求項１５】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｓｉＲＮＡ活性のモニターが、存在する標的ｍＲＮＡの量、存在する標的タンパク質の量、及び標的タンパク質の活性からなる群から選択されるパラメータを測定することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の投与後にＲＥＶＥＲＳＩＲ活性を検出することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記対象が哺乳動物である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記対象がヒトである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
対象を治療する方法であって、
ｓｉＲＮＡを前記対象に投与し；
１つ又は複数の副作用について前記対象をモニターし；
１つ又は複数の副作用が望ましくないレベルに達するならば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を前記対象に投与する
ことを含む方法。
【請求項２１】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つ前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記対象が哺乳動物である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記対象がヒトである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が脂質製剤に封入される、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が静脈内投与(ＩＶ)又は皮下投与(ＳＣ)により投与される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物がリガンドと共役される、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ｓｉＲＮＡがリガンドと共役される、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
６〜２５個の連結ヌクレオチドから構成され、且つｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項２９】
前記修飾オリゴヌクレオチドが８〜１５個の連結ヌクレオチドから構成される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３０】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記アンチセンス鎖と少なくとも９０％の相補性を有する一本鎖オリゴヌクレオチドである、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３１】
前記修飾オリゴヌクレオチドが前記アンチセンス鎖のヌクレオチド２〜１６と実質的に相補的である、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３２】
前記修飾オリゴヌクレオチドが前記アンチセンス鎖と完全に相補的である、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３３】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合を含む、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３４】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオチド間結合と、少なくとも１つの非修飾ヌクレオチド間結合とを含む、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３５】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、３’末端ヌクレオチドと、最後から２番目のヌクレオシドとの間に非修飾ヌクレオチド間結合を含む、請求項３４に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３６】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３７】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾糖を含む、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３８】
前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、請求３７に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項３９】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つのヌクレオチドを含み、フルナオシルの２’位が、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｏ−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｎ(Ｒ１)−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｎ(Ｒ１)−Ｏ−、−[Ｃ(Ｒ１Ｒ２)]ｎ−Ｏ−Ｎ(Ｒ１)−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｃ(Ｒ２)−Ｏ−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｎ−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｎ−Ｏ−、−Ｃ(＝ＮＲ１)−、−Ｃ(＝ＮＲ１)−Ｏ−、−Ｃ(＝Ｏ)−、−Ｃ(＝Ｏ)Ｏ−、−Ｃ(＝Ｓ)−、−Ｃ(＝Ｓ)Ｏ−、−Ｃ(＝Ｓ)Ｓ−、−Ｏ−、−Ｓｉ(Ｒ１)２−、−Ｓ(＝Ｏ)Ｘ−及び−Ｎ(Ｒ１)−から独立に選択されるリンカーによって４’位に連結され、
式中、
ｘは、０、１、又は２であり；
ｎは、０、１、２、３、又は４であり；
各Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、複素環式ラジカル、置換された複素環式ラジカル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、置換されたＣ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル(Ｃ(＝Ｏ)−Ｈ)、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル(Ｓ(＝Ｏ)２−Ｊ１)、又はスルホキシル(Ｓ(＝Ｏ)−Ｊ１)であり；及び
各Ｊ１及びＪ２は、独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、アシル(Ｃ(＝Ｏ)−Ｈ)、置換されたアシル、複素環式ラジカル、置換された複素環式ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アミノアルキル又は保護基である、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４０】
前記修飾オリゴヌクレオチドがリガンドと共役される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４１】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、構造：
【化１】
2018504380.tif 000132
のリガンドと共役される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４２】
前記修飾オリゴヌクレオチドがリガンドと共役され、及び前記リガンドが前記修飾オリゴヌクレオチドの３’−末端に共役される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４３】
前記修飾オリゴヌクレオチドがリガンドと共役され、及び前記リガンドが、前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物中のデオキシ糖を有するヌクレオシドに共役される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４４】
前記デオキシ糖が２’−デオキシリボースである、請求項４３に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４５】
前記ｓｉＲＮＡがｍＲＮＡ、ｐｒｅ−ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｐｒｅ−マイクロＲＮＡにターゲティングされる、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４６】
前記ｓｉＲＮＡがリガンドと共役される、請求項２８に記載のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物。
【請求項４７】
ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を含むキット。
【請求項４８】
ｓｉＲＮＡとＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物とを含むキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本願は、３５  Ｕ.Ｓ.Ｃ.§１１９(ｅ)に基づき、２０１４年１２月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／０９３,９０６号明細書及び２０１５年１０月７日に出願された米国仮特許出願第６２／２３８,４６７号明細書の利益を主張するものであり、これら両方の内容は、全体として参照により本明細書に組み込むものとする。
【０００２】
本発明は、概して、ｓｉＲＮＡ(例えば、共役又は非共役ｓｉＲＮＡ)をｉｎ  ｖｉｖｏでターゲティングするオリゴマー化合物(オリゴマー)であって、それにより、ＲＮＡｉ薬効薬理と、従ってｉｎ  ｖｉｖｏでのｓｉＲＮＡベースの治療薬の治療活性及び／又は副作用との個別化された制御の方法を提供する、オリゴマー化合物(オリゴマー)に関する。
【背景技術】
【０００３】
共役及び非共役ｓｉＲＮＡ化合物は、標的核酸を調節するために使用されている。様々な修飾及びモチーフを含む共役及び非共役ｓｉＲＮＡが報告されている。いくつかの事例では、こうした化合物は、研究ツール及び治療薬として有用である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
ある態様では、本発明において、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物(ＲＥＶＥＲＳＩＲは、Alnylam Pharmaceuticals, Inc.の商標である)が提供される。上記化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物、例えば、共役ｓｉＲＮＡ又は非共役ｓｉＲＮＡのＲＮＡｉ活性を低減する。一般に、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、配列依存的にｓｉＲＮＡ分子を調節し、これにハイブリダイズ又は結合して、その活性を調節(例えば、阻害若しくは逆転)する。
【０００５】
ある態様では、本発明は、ｓｉＲＮＡ化合物(例えば、共役又は非共役ｓｉＲＮＡ)の少なくとも１つの鎖と相補的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を提供する。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物のアンチセンス鎖と相補的である。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物のセンス鎖と相補的である。
【０００６】
ある態様では、本発明は、６〜３０個の連結ヌクレオシドから構成される修飾オリゴヌクレオチドを含み、且つｓｉＲＮＡ化合物(例えば、共役又は非共役ｓｉＲＮＡ)の少なくとも１つの鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を提供する。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜３０個の連結ヌクレオシドから構成される修飾オリゴヌクレオチドを含み、且つｓｉＲＮＡ化合物のアンチセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜３０個の連結ヌクレオシドから構成される修飾オリゴヌクレオチドを含み、且つｓｉＲＮＡ化合物のセンス鎖と実質的に相補的な核酸塩基配列を有する。
【０００７】
ある態様では、修飾オリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドであり、且つ／又はｓｉＲＮＡの少なくとも１つの鎖と少なくとも９０％相補的である。ある態様では、修飾オリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドであり、且つ／又はｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と少なくとも９０％相補的である。ある態様では、修飾オリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドであり、且つ／又はｓｉＲＮＡのセンス鎖と少なくとも９０％相補的である。
【０００８】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、共役又は非共役ｓｉＲＮＡの少なくとも１つの鎖と完全に相補的である。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と完全に相補的である。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡのセンス鎖と完全に相補的である。
【０００９】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間又は糖間結合を含む。あるこのような態様では、少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る、並びに全てが最大かつ包含される)のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【００１０】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、修飾糖を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。特定の態様では、修飾糖は、２’−Ｏ−メチル又は２’−Ｏ−メトキシエチルを含む二環式糖又は糖である。
【００１１】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、１つ又は複数(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る、並びに全てが最大かつ包含される)のロックド核酸(ＬＮＡ)モノマーを含む。
【００１２】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、２’−Ｏ−メチル基を含まない少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを上回る)のヌクレオチドを含む。すなわち、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、完全な２’−Ｏ−メチルではない。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物中の各ヌクレオシドは、少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを上回る)のＧ−クランプ核酸塩基を含む。
【００１３】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、修飾核酸塩基を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。あるこのような態様では、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。
【００１４】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つの修飾を含む。あるこのような態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、１つ又は複数のヌクレオシド修飾及び／又は１つ又は複数の結合修飾を含む。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、糖修飾、結合修飾、核酸塩基修飾、コンジュゲート(例えば、リガンド)及びこれらの任意の組合せから選択される１つ又は複数の修飾を含む。
【００１５】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、連結デオキシヌクレオシドから構成されるギャップセグメント；連結ヌクレオシドから構成される５’ウィングセグメント；連結ヌクレオシドから構成される３’ウィングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ここで、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、また各ウィングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含む。
【００１６】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、１０個の連結デオキシヌクレオシドから構成されるギャップセグメント；５個の連結ヌクレオシドから構成される５’ウィングセグメント；５個の連結ヌクレオシドから構成される３’ウィングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ここで、ギャップセグメントは、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドは、２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み；また、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
【００１７】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜１７、７〜１６、８〜１５又は６〜２５個の連結ヌクレオシドから構成される修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は２０個の連結ヌクレオシドから構成される修飾オリゴヌクレオチドを含む。
【００１８】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、各ヌクレオシドが修飾されている修飾オリゴヌクレオチドを含む。
【００１９】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、９個の連結ヌクレオシドを含むか、又はそれらから構成される。
【００２０】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、低ＰＳ含量を有する。低ＰＳ含量とは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の９ヌクレオシド当たり１、２、３、４又は５つのホスホロチオエート結合を有することを意味する。
【００２１】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、９個の連結ヌクレオシドを含むか、又はそれらから構成され、且つ低ＰＳ含量を有する。
【００２２】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、９個の連結ヌクレオシドから構成され、且つ５つのホスホロチオエート結合を有する。
【００２３】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、９個の連結ヌクレオシドから構成され、５つのホスホロチオエート結合を有し、且つリガンドに連結している。
【００２４】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、共役又は非共役ｓｉＲＮＡのアンチセンス又はセンス鎖と相補的であり、ここで、ｓｉＲＮＡは、ｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、血液因子をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、代謝に関与するタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、糖尿病に関与するタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、心臓病に関与するタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、神経細胞に発現されるタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、中枢神経系に発現されるタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、末梢神経に発現されるｍＲＮＡにターゲティングされる。
【００２５】
ある態様では、共役又は非共役ｓｉＲＮＡは、肝臓に発現されるタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、腎臓に発現されるタンパク質をコードするｍＲＮＡにターゲティングされる。
【００２６】
ある態様では、共役又は非共役ｓｉＲＮＡは、ｐｒｅ−ｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、共役又は非共役ｓｉＲＮＡは、マイクロｍＲＮＡにターゲティングされる。ある態様では、共役又は非共役ｓｉＲＮＡは、ＲＩＳＣ経路を活性化する。ある態様では、共役又は非共役ｓｉＲＮＡは、標的核酸の発現を阻害する。
【００２７】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＲＩＳＣ経路を調節する。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＲＩＳＣ経路を阻害する。
【００２８】
ある態様では、本発明は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物又はその薬学的に許容される塩及び薬学的に許容される担体又は希釈剤を含む組成物を提供する。
【００２９】
ある態様では、本発明は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物又はそれを含む組成物を対象(例えば、動物)に投与することを含む方法を提供する。ある態様では、対象はヒトである。ある態様では、投与は、経口、局所、又は非経口である。
【００３０】
ある態様では、本発明は、細胞における共役又は非共役ｓｉＲＮＡのＲＮＡｉ活性を阻害する方法を提供する。この方法は、概して、細胞を本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させることにより、細胞におけるＲＮＡｉ活性を阻害することを含む。あるこのような態様において、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏにおけるものである。ある態様では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏである。ある態様では、細胞は、ｅｘ  ｖｉｖｏである。ある態様では、細胞は対象内にある。このさらに別のある態様では、細胞は動物由来である。ある態様では、動物はヒトである。
【００３１】
ある態様では、本発明は、細胞を共役又は非共役ｓｉＲＮＡと接触させ；ＲＮＡｉ活性を検出し；そして細胞をＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させることを含む方法を提供する。ある態様では、ＲＮＡｉ活性を検出する方法は、存在する標的ｍＲＮＡの量、存在する標的タンパク質の量、及び／又は標的タンパク質の活性を測定することを含む。ある態様では、こうした方法は、細胞をＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させた後、ＲＮＡｉ活性を測定することにより、ＲＥＶＥＲＳＩＲ活性を検出することを含む。あるこのような態様では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏである。ある態様では、細胞は、動物におけるものである。ある態様では、動物はヒトである。
【００３２】
ある態様では、本発明は、ｓｉＲＮＡ治療の副作用を改善する方法を提供し、これは、細胞を共役又は非共役ｓｉＲＮＡと接触させ；副作用を検出すし；細胞をＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と接触させ；そしてそれによりｓｉＲＮＡの副作用を改善することを含む。
【００３３】
ある態様では、本発明は、患者を治療する方法を提供し、これは、共役又は非共役ｓｉＲＮＡを患者に投与し；ｓｉＲＮＡ活性について患者をモニターし；そしてｓｉＲＮＡ活性が所望より高くなる場合、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む。あるこのような態様では、ｓｉＲＮＡ活性のモニターは、存在する標的ｍＲＮＡの量を測定し、存在する標的タンパク質の量を測定し、及び／又は標的タンパク質の活性を測定することを含む。ある態様では、こうした方法は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の投与後、ｓｉＲＮＡ活性を測定することにより、ＲＥＶＥＲＳＩＲ活性を検出することを含む。ある態様では、患者は哺乳動物である。ある態様では、患者はヒトである。
【００３４】
ある態様では、本発明は、患者を治療する方法を提供し、これは、共役又は非共役ｓｉＲＮＡを患者に投与し；１つ又は複数の副作用について患者をモニターし；そして１つ又は複数の副作用が望ましくないレベルに達するならば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む。ある態様では、患者は哺乳動物である。ある態様では、患者はヒトである。
【００３５】
ある態様では、本発明は、共役若しくは非共役ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物；ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及び非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲ：又は共役若しくは非共役ｓｉＲＮＡ、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物、及び非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲを含むキットを提供する。あるこのような態様では、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲは、標的タンパク質である。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１】抗トロンビン(ＡＴ)ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性を示す。
【図２】ｉｎ  ｖｉｖｏでのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物によるｓｉＲＮＡの活性の逆転が急速であり、且つ用量依存的であることを示す。完全な逆転を投与から４日以内に認めることができる。
【図３】例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の長さの作用を示す。図からわかるように、短いＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の方が長いＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物より優れたｉｎ  ｖｉｖｏ活性を示した。
【図４】ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対する例示的な核酸修飾の作用を示す。
【図５】ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対するホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数の作用を示す。
【図６−７】ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、長さが短くなるほどｉｎ  ｖｉｖｏ効力が増すことを示す。
【図８−９】ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の活性に対するホスホロチオエート結合の数の作用を示す。
【図１０】例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の効力のさらなる増加を示す。
【図１１】一次マウス肝細胞において抗トロンビンｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の自由取り込みによるｓｉＲＮＡ活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏ逆転を示す。
【図１２】様々な濃度で、一次マウス肝細胞において抗トロンビンｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の自由取り込みによるｓｉＲＮＡ活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏ逆転を示す。
【図１３−１４】様々な濃度で、一次マウス肝細胞において第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の自由取り込みによるｓｉＲＮＡ活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏ逆転を示す。
【図１５】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対する高親和性化学の作用を示す。
【図１６−１７】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物長さの作用を示す。ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、３ｍｇ／ｋｇ(図１６)及び１ｍｇ／ｋｇ(図１７)で投与した。
【図１８】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対する、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に共役したリガンドとの間のリンカーの作用を示す。
【図１９】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ活性に対するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のホスホロチオエート結合の作用を示す。
【図２０】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性に対する、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に共役したリガンドとの間のリンカーの作用を示す。
【図２１】ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖の特定の部分とマッチする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物によるｓｉＲＮＡの活性に対する作用を示す。
【図２２】第ＩＸ因子ｓｉＲＮＡをターゲティングする例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物のｉｎ  ｖｉｖｏ用量依存的作用を示す。
【図２３】ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物がｉｎ  ｖｉｖｏで認容されることを示す。
【図２４Ａ−２４Ｂ】非ヒト霊長類における一部の例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物によるｓｉＲＮＡ活性のｉｎ  ｖｉｖｏ逆転を示す。
【発明を実施するための形態】
【００３７】
上の概要及び下の詳細な説明のいずれも、例示及び説明を意図するものであり、請求する本発明を限定するものではないことは理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、特に別の記載がない限り、複数形を含む。本明細書で使用される、「又は」の使用は、別に記載のない限り、「及び／又は」を意味する。さらに、用語「含んでいる」並びに「含む」及び「含まれる」などの他の形態の使用も限定的ではない。また、「要素」又は「成分」などの用語は、特に別の記載がない限り、１単位を含む要素及び成分と、２サブユニット以上を含む要素及び成分との両方を包含する。
【００３８】
本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成を目的とするに過ぎず、記載される主題を限定するものとして解釈すべきではない。本願に引用される全ての文献、又は文献の一部、例えば、限定はしないが、特許、特許出願、論文、書籍、及び専門書は、あらゆる目的のために全体として参照により本明細書に組み込まれるものとする。
【００３９】
定義
具体的な定義が記載されていない限り、本明細書に記載の分析化学、合成有機化学、並びに医学及び薬化学に関連して使用される名称、並びにそれらの手順及び技術は、当技術分野でよく知られ、且つ一般に使用されているものである。化学合成、及び化学分析のために標準的技術を使用することができる。いくつかのこうした技術及び手順は、例えば、“Carbohydrate Modifications in Antisense Research” Edited by Sangvi and Cook,American Chemical Society, Washington D.C.,1994;“Remington's Pharmaceutical Sciences,” Mack Publishing Co., Easton, Pa., 18th edition, 1990;及び“Antisense Drug Technology, Principles, Strategies, and Applications” Edited by Stanley T. Crooke, CRC Press, Boca Raton, Fla.;並びにSambrook et al., “Molecular Cloning, A laboratory Manual,” 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989に見出すことができ、これらは、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。認められる限り、本開示で言及される全ての特許、出願、公開出願、並びに他の刊行物及び他のデータは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００４０】
別に指示されていない限り、下記の用語は下記の意味を有する。
本明細書で使用される、用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖を含むグリコシルアミンを意味する。ヌクレオシドとして、限定はしないが、天然に存在するヌクレオシド、無塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、並びに模擬塩基及び／又は糖基を有するヌクレオシドが挙げられる。
【００４１】
本明細書で使用される、用語「ヌクレオチド」は、核酸塩基と、リン酸基が共有結合した糖とを含むグリコソミン(glycosomine)を指す。ヌクレオチドは、様々な置換基のいずれかで修飾されていてもよい。
【００４２】
本明細書で使用される、用語「核酸塩基」は、ヌクレオシド又はヌクレオチドの塩基部分を指す。核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる任意の原子又は原子団を含んでもよい。
【００４３】
本明細書で使用される、用語「ヘテロ環塩基部分」は、ヘテロ環を含む核酸塩基を指す。
【００４４】
本明細書で使用される、用語「オリゴマー化合物」は、２つ以上のサブ構造を含み、核酸分子の１領域とハイブリダイズすることができるポリマー構造を指す。ある態様では、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオシドである。ある態様では、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドである。ある態様では、オリゴマー化合物は、アンチセンス化合物である。ある態様では、オリゴマー化合物は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物である。ある態様では、オリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含む。
【００４５】
本明細書で使用される、「オリゴヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合が、リン原子を含有しないオリゴヌクレオチドを指す。
【００４６】
本明細書で使用される、用語「オリゴヌクレオチド」は、複数の連結ヌクレオシドを含むオリゴマー化合物を指す。ある態様では、オリゴヌクレオチドの１つ又は複数のヌクレオチドは、修飾されている。ある態様では、オリゴヌクレオチドは、リボ核酸(ＲＮＡ)又はデオキシリボ核酸(ＤＮＡ)を含む。ある態様では、オリゴヌクレオチドは、天然及び／若しくは非天然核酸塩基、糖及び共有結合ヌクレオシド間結合から構成され、さらに非核酸コンジュゲートを含み得る。
【００４７】
本明細書で使用される、用語「ヌクレオシド間結合」は、隣接するヌクレオシド同士の共有結合を指す。
【００４８】
本明細書で使用される、用語「天然に存在するヌクレオシド間結合」は、３’−５’リン酸ジエステル結合を指す。
【００４９】
本明細書で使用される、用語「ｓｉＲＮＡ活性を検出する」又は「ｓｉＲＮＡ活性を測定する」は、ｓｉＲＮＡ活性を検出又は測定するための試験が、特定のサンプルについて実施され、対照サンプルの試験と比較されることを意味する。このような検出及び／又は測定は、ゼロの値を含み得る。従って、ｓｉＲＮＡ活性の検出のための試験の結果、ｓｉＲＮＡ活性がないこと(ゼロのｓｉＲＮＡ活性)が判明する場合でも、「ｓｉＲＮＡ活性の検出」はやはり実施されている。
【００５０】
本明細書で使用される、用語「対照サンプル」は、リポータオリゴマー化合物と接触させていないサンプルを指す。
【００５１】
本明細書で使用される、用語「モチーフ」は、オリゴマー化合物中の非修飾及び修飾ヌクレオチドのパターンを指す。
【００５２】
本明細書で使用される、用語「ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物」は、共役又は非共役ｓｉＲＮＡの少なくとも一方の鎖と相補的で、それとハイブリダイズすることができるオリゴマー化合物を指す。限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、意図しない標的ＰＤ作用をブロックするだけではなく、共役又は非共役ｓｉＲＮＡで起こり得るあらゆる潜在的オフターゲット活性もブロックすることができる。
【００５３】
本明細書で使用される、用語「非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲ」は、ｓｉＲＮＡの鎖とハイブリダイズせず、ｓｉＲＮＡ活性の量又は持続時間を低減する化合物を指す。ある態様では、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲは、標的タンパク質である。
【００５４】
本明細書で使用される、用語「ＲＥＶＥＲＳＩＲ活性」は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物とｓｉＲＮＡの鎖の１つとのハイブリダイゼーションに起因すると考えられる任意のｓｉＲＮＡ活性の強度又は持続時間のいずれかの低減を指す。
【００５５】
本明細書で使用される、用語「キメラオリゴマー」は、同じオリゴマー化合物内の少なくとも１つの他の糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合と比較して、異なる修飾が為されている少なくとも１つの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合を有するオリゴマー化合物を指す。糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合の残りは、独立に修飾されていても、又は非修飾であってもよく、同じでも異なっていてもよい。
【００５６】
本明細書で使用される、用語「キメラオリゴヌクレオチド」は、同じオリゴヌクレオチド内の少なくとも１つの他の糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合と比較して、異なる様式で修飾されている少なくとも１つの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドを指す。糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合の残りは、独立に修飾されていても、又は非修飾であってもよく、同じでも異なっていてもよい。
【００５７】
本明細書で使用される、用語「混合骨格オリゴマー化合物」は、オリゴマー化合物の少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、オリゴマー化合物の少なくとも１つの他のヌクレオシド間結合と異なるオリゴマー化合物を指す。
【００５８】
本明細書で使用される、用語「標的タンパク質」は、調節が望まれるタンパク質を指す。
【００５９】
本明細書で使用される、用語「標的遺伝子」は、標的タンパク質をコードする遺伝子を指す。
【００６０】
本明細書で使用される、用語「標的核酸」は、発現又は活性が、共役若しくは非共役ｓｉＲＮＡ化合物により調節され得る、任意の核酸分子を指す。標的核酸として、限定はしないが、標的タンパク質をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ(限定はしないが、ｐｒｅ−ｍＲＮＡ及びｍＲＮＡ又はその部分)、並びにそのようなＲＮＡから得られるｃＤＮＡ、及びｍｉＲＮＡが挙げられる。例えば、標的核酸は、その発現が特定の障害若しくは病態、又は感染因子由来の核酸分子と関連する細胞遺伝子(又は遺伝子から転写されるｍＲＮＡ)であってよい。
【００６１】
本明細書で使用される、用語「標的ｓｉＲＮＡ」は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物によってターゲティングされるｓｉＲＮＡ化合物を指す。
【００６２】
本明細書で使用される、用語「ターゲティングする」又は「ターゲティングされる」は、特定の標的核酸分子又は標的核酸分子内のヌクレオチドの特定の領域に対するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖の会合を指す。
【００６３】
本明細書で使用される、用語「核酸塩基相補性」は、別の核酸塩基と塩基対合することができる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡでは、アデニン(Ａ)は、チミン(Ｔ)と相補的である。例えば、ＲＮＡでは、アデニン(Ａ)は、ウラシル(Ｕ)と相補的である。ある態様では、相補的核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置の核酸塩基が、標的核酸の特定の位置の核酸塩基と、水素結合することができれば、オリゴヌクレオチドと標的核酸同士の水素結合の位置は、その核酸塩基対で相補的であるとみなされる。
【００６４】
本明細書で使用される、用語「非相補的核酸塩基」は、互いに水素結合を形成しないか、或いはそうでなければ、ハイブリダイゼーションを支持しない核酸塩基の対を指す。
【００６５】
本明細書で使用される、用語「相補的」は、別のオリゴマー化合物又は核酸と核酸塩基相補性によってハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。ある態様では、オリゴマー化合物とその標的は、各分子内で十分な数の対応する位置が、互いに結合することができる核酸塩基によって占められて、アンチセンス化合物と標的との安定した会合を可能にするとき、互いに相補的である。当業者であれば、会合を維持するオリゴマー化合物の能力を排除することなく、ミスマッチの含有が可能であることは認識される。従って、ミスマッチである(すなわち、標的の対応ヌクレオチドに対して相補的な核酸塩基ではない)最大約２０％のヌクレオチドを含み得るオリゴマー化合物(例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物、ｓｉＲＮＡなど)が本明細書に記載される。好ましくは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、約１５％以下、より好ましくは約１０％以下、最も好ましくは５％以下のミスマッチを含有するか、又はミスマッチを一切含有しない。残りのヌクレオチドは、相補的核酸塩基であるか、そうでなければ、ハイブリダイゼーションを破壊しない(例えば、ユニバーサル塩基)。当業者であれば、本発明で提供される化合物は、標的核酸に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％相補的であることは認識されるであろう。
【００６６】
本明細書で使用される、「ハイブリダイゼーション」は、相補的オリゴマー化合物(例えば、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖とその標的核酸、又は標的ｓｉＲＮＡに対するＲＥＶＥＲＳＩＲ)の対合を意味する。特定の機構に限定されないが、対合の最も一般的機構は、相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基(核酸塩基)同士の水素結合を含み、これは、ワトソン−クリック型、フーグスティーン型若しくは逆フーグスティーン型水素結合であってよい。例えば、天然の塩基アデニンは、水素結合の形成を介して対合する天然の核酸塩基チミジン及びウラシルと相補的な核酸塩基である。天然の塩基グアニンは、天然の塩基シトシン及び５−メチルシトシンと相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは、様々な状況下で起こり得る。
【００６７】
本明細書で使用される、用語「特異的にハイブリダイズする」は、あるオリゴマー化合物が、１つの核酸部位に、他の核酸部位とハイブリダイズするよりも高い親和性でハイブリダイズする能力を指す。ある態様では、ｓｉＲＮＡのアンチセンスは、２つ以上の標的部位に特異的にハイブリダイズする。
【００６８】
本明細書で使用される、「設計する」又は「設計される」は、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計するプロセスを指す。
【００６９】
本明細書で使用される、用語「調節」は、調節前の機能又は活性のレベルと比較した、機能又は活性の摂動を指す。例えば、調節は、遺伝子発現の変化、すなわち、増大(刺激若しくは誘導)又は低減(阻害若しくは抑制)のいずれかを含む。別の例として、発現の調節は、ｐｒｅ−ｍＲＮＡプロセシングのスプライス部位選択の摂動を含み得る。
【００７０】
本明細書で使用される、用語「発現」は、遺伝子のコードされた情報が、細胞内に存在し、且つ作動する構造へと変換されるあらゆる機能及びステップを指す。こうした構造として、限定はしないが、転写及び翻訳の産物が挙げられる。
【００７１】
本明細書で使用される、「変異体」は、ＤＮＡの同じゲノム領域から生成され得る別のＲＮＡ転写物を指す。変異体として、限定はしないが、「ｐｒｅ−ｍＲＮＡ変異体」があり、これは、同じゲノムＤＮＡから生成される転写物であり、同じゲノムＤＮＡから生成される他の転写物とは、その開始位置又は終止位置のいずれかが異なり、イントロン及びエキソン配列の両方を含む。さらに変異体には、限定はしないが、別のスプライス部位、又は別の開始及び終止コドンを有するものもある。
【００７２】
本明細書で使用される、「高親和性修飾モノマー」は、天然に存在するモノマーと比較して、少なくとも１つの修飾核酸塩基、ヌクレオシド間結合、又は糖部分を有し、この修飾が、その標的核酸に対する高親和性修飾モノマーを含むアンチセンス化合物の親和性を高めるようなモノマーを指す。高親和性修飾として、限定はしないが、２’−修飾糖を含むモノマー(例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド)がある。
【００７３】
本明細書で使用される、用語「２’−修飾」又は「２’−置換」は、Ｈ又はＯＨ以外の２’位に置換基を含む糖を意味する。２’−修飾モノマーとして、限定はしないが、２’−置換基、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−(ＣＨ２)２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ(ＣＨ２)２ＳＣＨ３、Ｏ−(ＣＨ２)２−Ｏ−Ｎ(Ｒｍ)(Ｒｎ)、又はＯ−ＣＨ２−Ｃ(＝Ｏ)−Ｎ(Ｒｍ)(Ｒｎ)を有するＢＮＡ及びモノマー(例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド)が挙げられ、ここで、各Ｒｍ及びＲｎは、独立に、Ｈ又は置換若しくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。ある態様では、オリゴマー化合物は、式２’−Ｏ(ＣＨ２)ｎＨ(ここで、ｎは、１〜６である)がない２’修飾モノマーを含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、式２’−ＯＣＨ３を有しない２’修飾モノマーを含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、式、又は代替的に、２’−Ｏ(ＣＨ２)２ＯＣＨ３を有しない２’修飾モノマーを含む。
【００７４】
本明細書で使用される、「ロックド核酸」又は「ＬＮＡ」又は「ロックドヌクレオシド」又は「ロックドヌクレオチド」は、ヌクレオシドのフラノース部分が、フラノース環上の２つの炭素原子をつなげる架橋を含み、それにより二環式系を形成するヌクレオシド又はヌクレオチドを指す。ロックド核酸は、二環式核酸(ＢＮＡ)とも呼ばれる。
【００７５】
本明細書で使用される、別に指示されない限り、用語「メチレンオキシＬＮＡ」は、単独で、β−Ｄ−メチレンオキシＬＮＡを指す。
【００７６】
本明細書で使用される、用語「ＭＯＥ」は、２’−Ｏ−メトキシエチル置換基を指す。
【００７７】
本明細書で使用される、用語「ギャップマー」は、中央領域(「ギャップ」)と、中央領域のいずれかの側の領域(「ウィング」)を含むキメラオリゴマー化合物を指し、ここで、ギャップは、各ウィングと異なる少なくとも１つの修飾を含む。このような修飾としては、核酸塩基、モノマー結合、及び糖修飾、並びに修飾の非存在(非修飾)がある。従って、ある態様では、ウィングの各々におけるヌクレオチド結合は、ギャップ内のヌクレオチド結合と異なる。ある態様では、各ウィングは、高親和性修飾を有するヌクレオチドを含み、ギャップは、その修飾を含まないヌクレオチドを含む。ある態様では、ギャップ内のヌクレオチド及びウィング内のヌクレオチドは全て、高親和性修飾を含むが、ギャップ内の高親和性修飾は、ウィング内の高親和性修飾と異なる。ある態様では、ウィング内の修飾は、互いに同じである。ある態様では、ウィング内の修飾は、互いに異なる。ある態様では、ギャップ内のヌクレオチドは、非修飾であり、ウィング内のヌクレオチドは、修飾されている。ある態様では、各ウィング内の修飾は、同じである。ある態様では、一方のウィング内の修飾は、他方のウィング内の修飾と異なる。ある態様では、オリゴマー化合物は、ギャップ内に２’−デオキシヌクレオチドを有し、且つウィング内に高親和性修飾を含むヌクレオチドを有するギャップマーである。
【００７８】
本明細書で使用される、用語「プロドラッグ」は、内在性酵素又はその他の化学薬品及び／若しくは条件の作用により、身体又はその細胞内で活性形態(すなわち、薬剤)へと変換される不活性形態で調製される治療薬を指す。
【００７９】
本明細書で使用される、用語「薬学的に許容される塩」は、活性化合物の所望の生物活性を保持し、望ましくない毒物学的作用を付与しない活性化合物の塩を指す。
【００８０】
本明細書で使用される、用語「キャップ構造」又は「末端キャップ部分」は、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれた化学修飾を指す。
【００８１】
本明細書で使用される、用語「予防」は、数時間から数日、好ましくは数週間から数ヵ月にわたって、状態若しくは疾患の発症又は発生を遅延させるか、又は未然に防ぐことを指す。
【００８２】
本明細書で使用される、用語「改善」は、状態若しくは疾患の少なくとも１つの活性又は１つの重症度の指標の軽減を指す。指標の重症度は、当業者には周知の主観的又は客観的測度により決定することができる。
【００８３】
本明細書で使用される、用語「治療」は、疾患若しくは状態の変化又は改善をもたらすために、本発明の組成物を投与することを指す。予防、改善、及び／又は治療は、疾患若しくは状態の経過を変化させるために、定期的間隔で、又は状態若しくは疾患の発症前に、複数回用量の投与を必要とし得る。さらに、状態若しくは疾患の予防、改善、及び治療のためにそれぞれ１個体に単剤を逐次、又は同時に用いてもよい。
【００８４】
本明細書で使用される、用語「医薬品」は、対象に投与されるとき、治療利益をもたらす物質を指す。ある態様では、医薬品は、活性医薬品である。ある態様では、医薬品は、プロドラッグである。
【００８５】
本明細書で使用される、用語「治療有効量」は、動物に治療利益をもたらす医薬品の量を指す。
【００８６】
本明細書で使用される、用語「投与する」は、動物に医薬品を提供することを意味し、限定はしないが、医療専門家による投与及び自己投与を含む。
【００８７】
本明細書で使用される、用語「共投与する」は、２種以上の医薬品を動物に提供することを意味する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、一緒に投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、個別に投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、同時に投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、異なる時点で投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、同じ投与経路により投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、異なる投与経路により投与する。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、同じ医薬製剤に含有されている。ある態様では、こうした２種以上の医薬品は、個別の医薬製剤の形態をしている。
【００８８】
本明細書で使用される、用語「医薬組成物」は、個体に投与するのに好適な物質の混合物を指す。例えば、医薬組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び滅菌水溶液を含み得る。ある態様では、医薬組成物は、医薬品と希釈剤及び／又は担体を含む。
【００８９】
本明細書で使用される、用語「ｉｎ  ｖｉｔｒｏ」は、生物(例えば、動物又は植物)内ではなく、人工的環境、例えば、試験管又は反応容器内、細胞培養で起こる事象を指す。本明細書で使用される、用語「ｅｘ  ｖｉｖｏ」は、生きた生物から取り出され、生物外部(例えば、試験管内)で培養される細胞を指す。本明細書で使用される、用語「ｉｎ  ｖｉｖｏ」は、生物(例えば、動物、植物及び／又は微生物)内で起こる事象を指す。
【００９０】
本明細書で使用される、用語「対象」又は「患者」は、例えば、実験、診断、及び／又は治療を目的として、本明細書に開示の組成物を投与することができる、任意の生物を指す。典型的な対象として、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物)並びに／又は植物が挙げられる。通常、動物は、霊長類、げっ歯類、家畜又は競技用動物などの脊椎動物である。霊長類としては、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、及びマカク、例えば、アカゲザルが挙げられる。げっ歯類としては、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギ及びハムスターが挙げられる。家畜及び競技用動物としては、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、スイギュウ、ネコ科種、例えば、家ネコ、イヌ科種、例えば、イヌ、キツネ、オオカミ、鳥類種、例えば、ニワトリ、エミュー、ダチョウ、並びに魚類、例えば、マス、ナマズ及びサケが挙げられる。患者又は対象は、上に挙げた任意のサブセット、例えば、前述の全てを含むが、ヒト、霊長類又はげっ歯類などの１つ又は複数の群若しくは種を除外する。本明細書に記載する面のある態様では、対象は、哺乳動物、例えば、霊長類、例えば、ヒトである。「対象」又は「患者」という用語は、本明細書では置き換え可能に使用される。対象は、男性(雄)又は女性(雌)のいずれでもよい。
【００９１】
好ましくは、対象は、哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、又はウシであってよいが、これらの例に限定されるわけではない。ヒト以外の哺乳動物は、ヒトの疾患及び障害の動物モデルとなる対象として有利に使用することができる。さらに、本明細書に記載する化合物、組成物及び方法は、家畜及び／又はペットに用いることもできる。
【００９２】
ある態様では、対象は、ヒトである。別の態様では、対象は、疾患モデルとしての実験動物又は代用動物である。この用語は、特定の年齢又は性別を意味するわけではない。従って、男性(雄)又は女性(雌)にかかわらず、成体及び新生の対象、並びに胎児が包含されることが意図される。対象の例として、ヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、及びマウスが挙げられる。対象という用語は、さらにトランスジェニック種を含むことも意図される。ある態様では、対象は、欧州系であってよい。ある態様では、対象は、アフリカ系アメリカ人系であってよい。ある態様では、対象は、アジア系であってよい。
【００９３】
ヒト身体に対して実施される方法の特許付与を禁止する管轄区域では、ヒト対象への組成物の「投与」の意味は、ヒト対象が、いずれかの方法(例えば、経口、吸入、局所適用、注射、挿入など)により自己投与する、規制物質の処方に限定される。特許を受けることができる主題を定義する法律又は規制に適う最も広範且つ合理的な解釈が意図される。ヒト身体に対して実施される方法の特許付与を禁止しない管轄区域では、組成物の「投与」は、ヒト身体に対して実施される方法と、前述した行動との両方を包含する。
【００９４】
本明細書で使用される、用語「非経口投与」は、注射又は注入による投与を指す。非経口投与として、限定はしないが、皮下投与、静脈内投与、又は筋肉内投与が挙げられる。
【００９５】
本明細書で使用される、用語「皮下投与」は、皮膚の直下への投与を指す。「皮下投与」は、静脈への投与を意味する。
【００９６】
本明細書で使用される、用語「用量」は、１回の投与で供給される医薬品の指定量を指す。ある態様では、１用量は、２回以上のボーラス、錠剤、又は注射で投与してもよい。例えば、皮下投与が望まれるある態様では、所望の用量は、１回の注射によって容易に供給できない量を必要とする。こうした態様では、２回以上の注射を用いて、所望の用量を達成してもよい。ある態様では、１用量は、個体の注射部位反応を最小限にするために、２回以上の注射で投与してもよい。
【００９７】
本明細書で使用される、用語「単位投与剤形」は、医薬品が提供される形態を指す。ある態様では、単位投与剤形は、凍結乾燥したアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。ある態様では、単位投与剤形は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。
【００９８】
本明細書で使用される、用語「活性医薬成分」は、所望の効果を付与する医薬組成物中の物質を指す。
【００９９】
本明細書で使用される、用語「副作用」は、所望の効果以外の治療に起因すると考えられる生理反答を指す。ある態様では、副作用として、限定はしないが、注射部位反応、肝機能試験異常、腎機能異常、肝毒性、中枢神経系異常、及び筋障害が挙げられる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベル上昇は、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増加は、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。
【０１００】
本明細書で使用される、用語「アルキル」は、ここで使用される通り、最大２４個の炭素原子を含む飽和直鎖又は分岐状炭化水素ラジカルを指す。アルキル基の例として、限定はしないが、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルなどが挙げられる。アルキル基は、一般に、１〜約２４個の炭素原子、より典型的には１〜約１２個の炭素原子(Ｃ１〜Ｃ１２アルキル)を含み、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。本明細書で使用される用語「低級アルキル」は、１〜約６個の炭素原子を含む。本明細書で使用されるアルキル基は、所望により、１個又は複数個の別の置換基を含んでもよい。
【０１０１】
本明細書で使用される、用語「アルケニル」は、ここで使用される通り、最大２４個の炭素原子を含み、且つ少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する直鎖又は分岐状炭化水素ラジカルを指す。アルケニル基の例として、限定はしないが、エテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、１,３−ブタジエンなどのジエンなどが挙げられる。アルケニル基は、一般に、２〜約２４個の炭素原子、より典型的には２〜約１２個の炭素原子を含み、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。本明細書で使用されるアルケニル基は、所望により、１個又は複数個の別の置換基を含んでもよい。
【０１０２】
本明細書で使用される、用語「アルキニル」は、ここで使用される通り、最大２４個の炭素原子を含み、且つ少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する直鎖又は分岐状炭化水素ラジカルを指す。アルキニル基の例として、限定はしないが、エチニル、１−プロピニル、１−ブチニルなどが挙げられる。アルキニル基は、一般に、２〜約２４個の炭素原子、より典型的には２〜約１２個の炭素原子を含み、２〜約６個の炭素原子がより好ましい。本明細書で使用されるアルキニル基は、所望により、１個又は複数個の別の置換基を含んでもよい。
【０１０３】
本明細書で使用される、用語「アミノアルキル」は、ここで使用される通り、アミノ置換アルキルラジカルを指す。この用語は、任意の位置にアミノ置換基を有するＣ１〜Ｃ１２アルキル基を含むことを意味し、ここで、アルキル基は、アミノアルキル基を親分子に会合させる。アミノアルキル基のアルキル及び／又はアミノ部分は、置換基でさらに置換することができる。
【０１０４】
本明細書で使用される、用語「脂肪族」は、ここで使用される通り、最大２４個の炭素原子を含み、いずれか２個の炭素の間の飽和が単結合、二重結合若しくは三重結合である、直鎖又は分岐状炭化水素ラジカルを指す。脂肪族基は、好ましくは、１〜約２４個の炭素原子、より典型的には１〜約１２個の炭素原子を含み、１〜約６個の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖又は分岐鎖は、窒素、酸素、硫黄及びリンを含む１個又は複数個のヘテロ原子で分断されていてもよい。ヘテロ原子で分断されたこのような脂肪族基として、限定はしないが、ポリアルコキシ、例えば、ポリアルキレングリコール、ポリアミン、及びポリイミンが挙げられる。本明細書で使用される脂肪族基は、所望により、別の置換基を含んでもよい。
【０１０５】
本明細書で使用される、用語「脂環式」又は「アリシクリル」は、環が脂肪族の環系を指す。この環系は、少なくとも１つが脂肪族である１つ又は複数の環を含み得る。好ましい脂環式化合物は、環内に約５〜約９個の炭素原子を有する環を含む。本明細書で使用される脂環式は、所望により、別の置換基を含んでもよい。本明細書で使用される、用語「アルコキシ」は、ここで使用される通り、アルキル基と酸素原子との間に形成されるラジカルを指し、ここで、酸素原子は、アルコキシ基を親分子に結合させるために用いられる。アルコキシ基の例として、限定はしないが、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシなどが挙げられる。本明細書で使用されるアルコキシ基は、所望により、別の置換基を含んでもよい。本明細書で使用される、用語「ハロ」及び「ハロゲン」は、ここで使用される通り、フッ素、臭素及びヨウ素から選択される原子を指す。
【０１０６】
本明細書で使用される、用語「アリール」及び「芳香族」は、ここで使用される通り、１つ又は複数の芳香環を有する、単環若しくは多環式炭素環系ラジカルを指す。アリール基の例として、限定はしないが、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、イデニルなどが挙げられる。好ましいアリール環系は、１つ又は複数の環内に約５〜約２０個の炭素原子を有する。本明細書で使用されるアリール基は、所望により、別の置換基を含んでもよい。
【０１０７】
本明細書で使用される、用語「アラルキル」及び「アリールアルキル」は、ここで使用される通り、アルキル基とアリール基との間に形成されるラジカルを指し、ここで、アルキル基は、アラルキル基を親分子に結合させるために用いられる。例として、限定はしないが、ベンジル、フェネチルなどが挙げられる。本明細書で使用されるアラルキル基は、所望により、ラジカル基を形成するアルキル、アリール又はその両方の基に結合した別の置換基を含んでもよい。
【０１０８】
本明細書で使用される、用語「複素環式ラジカル」は、ここで使用される通り、少なくとも１個のヘテロ原子を含み、不飽和、一部飽和若しくは完全飽和であり、従って、ヘテロアリール基を含む、ラジカル単環式若しくは多環式環系を指す。複素環式は、融合環系を含むことも意味し、ここで、融合環の１つ又は複数は、少なくとも１個のヘテロ原子を含み、他の環は、１個又は複数個のヘテロ原子を含有し得るか、或いは所望によりヘテロ原子を含まない。複素環式基は、典型的に、硫黄、窒素又は酸素から選択される少なくとも１個の原子を含む。複素環式基の例として、[１,３]ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが挙げられる。本明細書で使用される複素環式基は、所望により、別の置換基を含んでもよい。本明細書で使用される、用語「ヘテロアリール」、及び「ヘテロ芳香族」は、ここで使用される通り、環の少なくとも１つが芳香族であり、１個又は複数個のヘテロ原子を含む、単環式若しくは多環式芳香環、環系又は融合環系を含むラジカルを指す。ヘテロアリールはまた、融合環系を含むことも意味し、これには、１つ又は複数の融合環がヘテロ原子を含まない系も含まれる。ヘテロアリール基は、典型的に、硫黄、窒素又は酸素から選択される１個の環原子を含む。ヘテロアリール基の例として、限定はしないが、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニルなどが挙げられる。ヘテロアリールラジカルは、直接、又は脂肪族基若しくはヘテロ原子などの連結部分を介して、親分子に結合することができる。本明細書で使用されるヘテロアリール基は、所望により、別の置換基を含んでもよい。
【０１０９】
本明細書で使用される、用語「ヘテロアリールアルキル」は、ここで使用されるように、ヘテロアリールアルキル基を親分子に結合することができるアルキルラジカルを有する、既に定義した通りのヘテロアリール基を指す。例として、限定はしないが、ピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピルなどが挙げられる。本明細書で使用されるヘテロアリールアルキル基は、所望により、ヘテロアリール又はアルキル部分の一方又は両方に別の置換基を含んでもよい。
【０１１０】
本明細書で使用される、用語「単環又は多環式構造」は、本発明で使用される通り、単環又は融合若しくは連結された環を有する多環式である、全ての環系を包含し、脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、ヘテロ芳香族、ヘテロアリールアルキルから選択される単環又は混合環系を含むものとする。このような単環及び多環式構造は、均質であるか、又は完全飽和、部分的飽和若しくは完全不飽和などの様々な飽和度を有する環を含むことができる。各環は、Ｃ、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される環原子を含み、それにより複素環、並びに混合モチーフに存在し得る唯一のＣ環原子のみを含む環、例えば、１つの環が炭素原子のみを含み、融合環が２つの窒素原子を有するベンズイミダゾールを形成することができる。単環又は多環式構造は、例えば、環の１つに結合した２つの＝Ｏ基を有するフタルイミドなどの置換基でさらに置換することができる。別の面では、単環又は多環式構造は、環原子を介して直接、置換基又は二官能価連結分子を介して親分子に結合することができる。
【０１１１】
本明細書で使用される、用語「アシル」は、ここで使用される通り、有機酸からのヒドロキシル基の除去により形成されるラジカルを指し、これは、一般式−Ｃ(Ｏ)−Ｘを有し、ここで、Ｘは、典型的には脂肪族、脂環式又は芳香族である。例として、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族リン酸エステル、脂肪族リン酸エステルなどが挙げられる。本明細書で使用されるアシル基は、所望により別の置換基を含んでもよい。
【０１１２】
本明細書で使用される、用語「ヒドロカルビル」は、Ｃ、Ｏ及びＨを含む基を含む。任意の飽和度を有する直鎖、分岐状及び環状基が含まれる。こうしたヒドロカルビル基は、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１つ又は複数のヘテロ原子を含んでもよく、また、１つ又は複数の置換基で一若しくは多置換されていてもよい。
【０１１３】
本明細書で使用される、用語「置換基(substituent)」及び「置換基(substituent group)は、ここで使用される通り、所望の特性を増強する、又は所望の効果を付与するために、他の基若しくは親化合物に一般的に付加される基を含む。置換基は、保護若しくは非保護のいずれでもよく、親化合物内の１つの利用可能な部位、又は多数の利用可能な部位に付加することができる。置換基も他の置換基でさらに置換されていてよく、直接又はアルキル若しくはヒドロカルビル基などの結合基を介して親化合物に結合させてもよい。このような基として、限定はしないが、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル(−Ｃ(Ｏ)Ｒａａ)、カルボキシル(−Ｃ(Ｏ)Ｏ−Ｒａａ)、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換オキソ(−Ｏ−Ｒａａ)、アリール、アラルキル、複素環式、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ(−ＮＲｂｂＲｃｃ)、イミノ(＝ＮＲｂｂ)、アミド(−Ｃ(Ｏ)Ｎ−ＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(Ｏ)Ｒａａ)、アジド(−Ｎ３)、ニトロ(−ＮＯ２)、シアノ(−ＣＮ)、カルバミド(−ＯＣ(Ｏ)ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(Ｏ)ＯＲａａ)、ウレイド(−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(Ｏ)ＮＲｂｂＲｃｃ)、チオウレイド(−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(Ｓ)ＮＲｂｂＲｃｃ)、グアニジニル(−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(＝ＮＲｂｂ)ＮＲｂｂＲｃｃ)、アミジニル(−Ｃ(＝ＮＲｂｂ)−ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｃ(ＮＲｂｂ)Ｒａａ)、チオール(−ＳＲｂｂ)、スルフィニル(−Ｓ(Ｏ)Ｒｂｂ)、スルホニル(−Ｓ(Ｏ)２Ｒｂｂ)、スルホンアミジル(−Ｓ(Ｏ)２ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ(Ｒｂｂ)Ｓ(Ｏ)２Ｒｂｂ)及びコンジュゲート基が挙げられる。各Ｒａａ、Ｒｂｂ及びＲｃｃは、独立に、Ｈ、所望により連結された化学官能基又は別の置換基であり、好ましいリストは、限定はしないが、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式、複素環式及びヘテロアリールアルキルを含む。
【０１１４】
本明細書に開示するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡの活性を低減する上で特に有効である。例えば、本明細書に開示するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡの活性を少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％、又は少なくとも約９７％、又は少なくとも約９９％、又は最大１００％(すなわち、基準サンプルと比較して存在しないレベル)低減することができ、或いは基準レベルと比較して、５０〜１００％の範囲のいずれかの低減をもたらすことができる。基準レベルは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の非存在下のｓｉＲＮＡ活性であってよい。
【０１１５】
ある態様では、本明細書に記載するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の投与又は使用から７日未満以内(例えば、６日、５日、４日、３日、２日又は１日以内)に、ｓｉＲＮＡの活性を少なくとも約７５％、例えば、８０％、８５％、９０％、９５％以上低減することができ、ｓｉＲＮＡ活性のより完全な低減若しくは阻害を含む。
【０１１６】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の投与又は使用から４日以内にｓｉＲＮＡの活性を完全に低減することができる。ｓｉＲＮＡの活性の完全な低減は、基準レベルに対して少なくとも８０％のｓｉＲＮＡの活性の低減を意味する。
【０１１７】
オリゴマー化合物
ある態様では、ｓｉＲＮＡ及び／又はＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、オリゴマー化合物である。ある態様では、ＤＮＡ又はＲＮＡなどの天然に存在するオリゴマーと比較して、ｓｉＲＮＡ及び／又はＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物などのオリゴマー化合物を化学修飾することが望ましい。いくつかのこうした修飾は、オリゴマー化合物の活性を改変する。いくつかのこうした化学修飾は、例えば、標的核酸に対するｓｉＲＮＡの親和性、又は標的ｓｉＲＮＡに対するＲＥＶＥＲＳＩＲの親和性を増大する、１つ又は複数のヌクレアーゼに対するその耐性を増大する、及び／又はオリゴマー化合物の薬物動態若しくは組織分布を改変することにより、活性を改変することができる。いくつかの事例では、標的に対するオリゴマー化合物の親和性を増大する化学の使用は、より短いオリゴマー化合物使用を可能にし得る。
【０１１８】
モノマー
ある態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数の修飾モノマーを含む。あるこのような態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含む。ある態様では、このような高親和性モノマーは、２’−修飾糖を含むモノマー(例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド)から選択され、このようなものとして、限定はしないが、ＢＮＡ及び２’−置換基を有するモノマー(例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド)、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３−、Ｏ−(ＣＨ２)２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ(ＣＨ２)２ＳＣＨ３、Ｏ−(ＣＨ２)２−Ｏ−Ｎ(Ｒｍ)(Ｒｎ)、又はＯ−ＣＨ２−Ｃ(＝Ｏ)−Ｎ(Ｒｍ)(Ｒｎ)が挙げられ、ここで、各Ｒｍ及びＲｎは、独立に、Ｈ又は置換若しくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。
【０１１９】
ある態様では、限定はしないが、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含む。
【０１２０】
ある態様では、限定はしないが、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数のβ−Ｄ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡモノマーを含む。
【０１２１】
ある態様では、限定はしないが、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数のα−Ｄ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡモノマーを含む。
【０１２２】
ある態様では、限定はしないが、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の(Ｓ)−ｃＥｔモノマーを含む。
【０１２３】
ある態様では、限定はしないが、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含み、但し、オリゴマー化合物は、２’−Ｏ(ＣＨ２)ｎＨ(ｎは１〜６である)を含むヌクレオチドを含まない。
【０１２４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含み、但し、オリゴマー化合物は、２’−ＯＣＨ３又は２’−Ｏ(ＣＨ２)２ＯＣＨ３を含むヌクレオチドを含まない。
【０１２５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る)の高親和性モノマーを含み、但し、オリゴマー化合物は、α−Ｌ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡを含まない。
【０１２６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含み、但し、オリゴマー化合物は、β−Ｄ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡを含まない。
【０１２７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどのオリゴマー化合物は、１つ又は複数の高親和性モノマーを含み、但し、オリゴマー化合物は、α−Ｌ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ又はβ−Ｄ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡを含まない。
【０１２８】
ある核酸塩基
ヌクレオシドの天然に存在する塩基部分は、典型的に、複素環式塩基である。このような複素環式塩基の２つの最も一般的なクラスは、プリン及びピリミジンである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合、リン酸基を、糖の２’、３’又は５’ヒドロキシル部分に連結することができる。オリゴヌクレオチドを形成する際、これらのリン酸基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合させて、直鎖ポリマー化合物を形成する。オリゴヌクレオチド内で、リン酸基は、一般にオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間骨格を形成するものを指す。ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在する結合又は骨格は、３’−５’リン酸ジエステル結合である。
【０１２９】
プリン核酸塩基アデニン(Ａ)及びグアニン(Ｇ)、並びにピリミジン核酸塩基チミン(Ｔ)、シトシン(Ｃ)及びウラシル(Ｕ)などの「非修飾」又は「天然」核酸塩基以外にも、当業者には周知の多くの修飾核酸塩基又は核酸塩基模倣物が、本明細書に記載する化合物で使用可能である。非修飾又は天然核酸塩基は、改善された特性を有するオリゴヌクレオチドを提供するために、修飾又は置換することができる。例えば、ヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチドは、これらの塩基又は合成及び天然核酸塩基(例えば、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、イソグアニシン、若しくはツベルシジン)並びに本明細書に記載のオリゴマー修飾のいずれか１つを用いて、調製することができる。或いは、上記塩基及び「ユニバーサル塩基」のいずれかの置換若しくは修飾類似体を使用することができる。天然塩基を非天然及び／又はユニバーサル塩基により置換する場合、本明細書において、このヌクレオチドは、修飾核酸塩基及び／又は核酸塩基修飾を含むと言われる。修飾核酸塩基及び／又は核酸塩基修飾はまた、共役部分、例えば、本明細書に記載のリガンドを含む天然、非天然及びユニバーサル塩基も含む。核酸塩基との共役のための好ましいコンジュゲート部分は、カチオン性アミノ基を含み、これらは、適切なアルキル、アルケニル、又はアミド結合を有するリンカーを介して、核酸塩基と共役され得る。
【０１３０】
本明細書に記載するオリゴマー化合物は、核酸塩基(当技術分野では単純に「塩基」と呼ばれることが多い)修飾又は置換も含むことができる。本明細書で使用される、「非修飾」又は「天然」核酸塩基は、プリン塩基アデニン(Ａ)及びグアニン(Ｇ)、並びにピリミジン塩基チミン(Ｔ)、シトシン(Ｃ)及びウラシル(Ｕ)を含む。例示的な修飾核酸塩基として、限定はしないが、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、イソグアニシン、ツベルシジン、２−(ハロ)アデニン、２(アルキル)アデニン、２−(プロピル)アデニン、２−(アミノ)アデニン、２−(アミノ)アデニン、２−(アミノアルキル)アデニン、２−(アミノプロピル)アデニン、２−(メチルチオ)−Ｎ６−(イソペンテニル)アデニン、６−(アルキル)アデニン、６−(メチル)アデニン、７−(デアザ)アデニン、８−(アルケニル)アデニン、８−(アルキル)アデニン、８−(アルキニル)アデニン、８−(アミノ)アデニン、８−(ハロ)アデニン、８−(ヒドロキシル)アデニン、８−(チオアルキル)アデニン、８−(チオール)アデニン、Ｎ６−(イソペンチル)アデニン、Ｎ６−(メチル)アデニン、Ｎ６,Ｎ６−(ジメチル)アデニン、２−(アルキル)グアニン、２−(プロピル)グアニン、６−(アルキル)グアニン、６−(メチル)グアニン、７−(アルキル)グアニン、７−(メチル)グアニン、７−(デアザ)グアニン、８−(アルキル)グアニン、８−(アルケニル)グアニン、８−(アルキニル)グアニン、８−(アミノ)グアニン、８−(ハロ)グアニン、８−(ヒドロキシル)グアニン、８−(チオアルキル)グアニン、８−(チオール)グアニン、Ｎ−(メチル)グアニン、２−(チオ)シトシン、３−(デアザ)−５−(アザ)シトシン、３−(アルキル)シトシン、３−(メチル)シトシン、５−(アルキル)シトシン、５−(アルキニル)シトシン、５−(ハロ)シトシン、５−(メチル)シトシン、５−(プロピニル)シトシン、５−(プロピニル)シトシン、５−(トリフルオロメチル)シトシン、６−(アゾ)シトシン、Ｎ４−(アセチル)シトシン、３−(３−アミノ−３−カルボキシプロピル)ウラシル、２−(チオ)ウラシル、５−(メチル)−２−(チオ)ウラシル、５−(メチルアミノメチル)−２−(チオ)ウラシル、４−(チオ)ウラシル、５−(メチル)−４−(チオ)ウラシル、５−(メチルアミノメチル)−４−(チオ)ウラシル、５−(メチル)−２,４−(ジチオ)ウラシル、５−(メチルアミノメチルエチル)−２,４−(ジチオ)ウラシル、５−(２−アミノプロピル)ウラシル、５−(アルキル)ウラシル、５−(アルキニル)ウラシル、５−(アリルアミノ)ウラシル、５−(アミノアリル)ウラシル、５−(アミノアルキル)ウラシル、５−(グアニジニウムアルキル)ウラシル、５−(１,３−ジアゾール−１−アルキル)ウラシル、５−(シアノアルキル)ウラシル、５−(ジアルキルアミノアルキル)ウラシル、５−(ジメチルアミノアルキル)ウラシル、５−(ハロ)ウラシル、５−(メトキシ)ウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸、５−(メトキシカルボニルメチル)−２−(チオ)ウラシル、５−(メトキシカルボニル−メチル)ウラシル、５−(プロピニル)ウラシル、５−(プロピニル)ウラシル、５−(トリフルオロメチル)ウラシル、６−(アゾ)ウラシル、ジヒドロウラシル、Ｎ３−(メチル)ウラシル、５−ウラシル(すなわち、プソイドウラシル)、２−(チオ)プソイドウラシル、４−(チオ)プ���イドウラシル、２,４−(ジチオ)プソイドウラシル、５−(アルキル)プソイドウラシル、５−(メチル)プソイドウラシル、５−(アルキル)−２−(チオ)プソイドウラシル、５−(メチル)−２−(チオ)プソイドウラシル、５−(アルキル)−４−(チオ)プソイドウラシル、５−(メチル)−４−(チオ)プソイドウラシル、５−(アルキル)−２,４−(ジチオ)プソイドウラシル、５−(メチル)−２,４−(ジチオ)プソイドウラシル、１−置換プソイドウラシル、１−置換２(チオ)−プソイドウラシル、１置換４−(チオ)−プソイドウラシル、１−置換２,４−(ジチオ)プソイドウラシル、１−(アミノカルボニルエチレニル)−プソイドウラシル、１−(アミノカルボニルエチレニル)−２(チオ)−プソイドウラシル、１−(アミノカルボニルエチレニル)−４−(チオ)−プソイドウラシル、１−(アミノカルボニルエチレニル)−２,４−(ジチオ)−プソイドウラシル、１−(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)−プソイドウラシル、１−(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)−２(チオ)−プソイドウラシル、１−(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)−４−(チオ)−プソイドウラシル、１−(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)−２,４−(ジチオ)−プソイドウラシル、１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェノキサジン−１−イル、１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェノキサジン、１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェンチアジン−１−イル、１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェンチアジン−１−イル、７−置換１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェノキサジン−１−イル、７−置換１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェノキサジン−１−イル、７−置換１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェンチアジン−１−イル、７−置換１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェンチアジン−１−イル、７−(アミノアルキルヒドロキシ)−１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェノキサジン−１−イル、７−(アミノアルキルヒドロキシ)−１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェノキサジン−１−イル、７−(アミノアルキルヒドロキシ)−１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェンチアジン−１−イル、７−(アミノアルキルヒドロキシ)−１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェンチアジン−１−イル、７−(グアニジニウムアルキルヒドロキシ)−１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェノキサジン−１−イル、７−(グアニジニウムアルキルヒドロキシ)−１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェノキサジン−１−イル、７−(グアニジニウムアルキルヒドロキシ)−１,３−(ジアザ)−２−(オキソ)−フェンチアジン−１−イル、７−(グアニジニウムアルキルヒドロキシ)−１−(アザ)−２−(チオ)−３−(アザ)−フェンチアジン−１−イル、１,３,５−(トリアザ)−２,６−(ジオキサ)−ナフタレン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、ツベルシジン、イソグアニシン、イノシニル、２−アザ−イノシニル、７−デアザ−イノシニル、ニトロイミダゾリル、ニトロピラゾリル、ニトロベンズイミダゾリル、ニトロインダゾリル、アミノインドリル、ピロロピリミジニル、３−(メチル)イソカルボスチリリル、５−(メチル)イソカルボスチリリル、３−(メチル)−７−(プロピニル)イソカルボスチリリル、７−(アザ)インドリル、６−(メチ���)−７−(アザ)インドリル、イミジゾピリジニル、９−(メチル)−イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７−(プロピニル)イソカルボスチリリル、プロピニル−７−(アザ)インドリル、２,４,５−(トリメチル)フェニル、４−(メチル)インドリル、４,６−(ジメチル)インドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチベニル、テトラセニル、ペンタセニル、ジフルオロトリル、４−(フルオロ)−６−(メチル)ベンズイミダゾール、４−(メチル)ベンズイミダゾール、６−(アゾ)チミン、２−ピリジノン、５−ニトロインドール、３−ニトロピロール、６−(アザ)ピリミジン、２−(アミノ)プリン、２,６−(ジアミノ)プリン、５−置換ピリミジン、Ｎ２−置換プリン、Ｎ６−置換プリン、Ｏ６−置換プリン、置換１,２,４−トリアゾール、ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、パラ−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、オルト−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ビス−オルト−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、パラ−(アミノアルキルヒドロキシ)−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、オルト−(アミノアルキルヒドロキシ)−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ビス−オルト−(アミノアルキルヒドロキシ)−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ピリドピリミジン−３−イル、２−オキソ−７−アミノ−ピリドピリミジン−３−イル、２−オキソ−ピリドピリミジン−３−イルなどの他の合成若しくは天然核酸塩基、又はこれらの任意のＯ−アルキル化若しくはＮ−アルキル化誘導体が挙げられる。或いは、上に挙げた塩基及び「ユニバーサル塩基」のいずれかの置換又は修飾類似体を使用することもできる。
【０１３１】
本明細書で使用される、ユニバーサル核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識又はオリゴヌクレオシド二重螺旋の活性に実質的に影響することなく、４つの天然に存在する核酸塩基の全てと塩基対合することができる。一部の例示的なユニバーサル核酸として、限定はしないが、２,４−ジフルオロトルエン、ニトロピロリル、ニトロインドリル、８−アザ−７−デアザアデニン、４−フルオロ−６−メチルベンズイミダズル、４−メチルベンズイミダズル、３−メチルイソカルボスチリリル、５−メチルイソカルボスチリリル、３−メチル−７−プロピニルイソカルボスチリリル、７−アザインドリル、６−メチル−７−アザインドリル、イミジゾピリジニル、９−メチル−イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７−プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル−７−アザインドリル、２,４,５−トリメチルフェニル、４−メチルインドリル、４,６−ジメチルインドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナトラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、及びこれらの構造的誘導体(例えば、Loakes, 2001,Nucleic Acids Research, 29, 2437-2447を参照)が挙げられる。
【０１３２】
さらなる核酸塩基として、米国特許第３,６８７,８０８号明細書に開示されているもの；２００９年３月２６日に出願された国際出願ＰＣＴ／米国特許出願第０９／０３８４２５号明細書に開示されているもの；Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, pages 858-859, Kroschwitz, J.I., ed. John Wiley&Sons, 1990に開示されているもの;English et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613により開示されているもの;Modified Nucleosides in Biochemistry, Biotechnology and Medicine, Herdewijin, P. Ed. Wiley-VCH, 2008に開示されているもの;並びにSanghvi, Y. S., Chapter 15, dsRNA Research and Applications, pages 289-302, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press,1993により開示されているものが挙げられる。これら文献全ての内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１３３】
ある態様では、修飾核酸塩基は、例えば、７−デアザプリン、５−メチルシトシン、又はＧ−クランプなどの親核酸塩基と構造がかなり類似する核酸塩基である。ある態様では、核酸塩基模擬物は、例えば、三環式フェノキサジン核酸塩基模擬物などのように、より複雑な構造を含む。前述した修飾核酸塩基の調製方法は、当業者には周知である。
【０１３４】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、
【化１】
2018504380.tif 000002
(式中、ｎは、０、１、２、３、４、５又は６である)
から選択される少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る)のＧクランプ核酸塩基を含む。
【０１３５】
特定の糖
本発明において提供されるオリゴマー化合物は、修飾糖部分を有する、ヌクレオシド又はヌクレオチドなどの１つ又は複数のモノマーを含み得る。例えば、ヌクレオシドのフラノシル糖環は、いくつかの方法で修飾することができ、こうした方法として、限定はしないが、置換基の付加、２つの非ジェミナル環原子の架橋によるロックド核酸又は二環式核酸の形成などがある。ある態様では、オリゴマー化合物は、ＬＮＡである１つ又は複数のモノマーを含む。
【０１３６】
ロックド核酸のある態様では、フルナオシル(furnaosyl)の２’位は、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｏ−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｎ(Ｒ１)−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｎ(Ｒ１)−Ｏ−、−[Ｃ(Ｒ１Ｒ２)]ｎ−Ｏ−Ｎ(Ｒ１)−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｃ(Ｒ２)−Ｏ−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｎ−、−Ｃ(Ｒ１)＝Ｎ−Ｏ−、−Ｃ(＝ＮＲ１)−、−Ｃ(＝ＮＲ１)−Ｏ−、−Ｃ(＝Ｏ)−、−Ｃ(＝Ｏ)Ｏ−、−Ｃ(＝Ｓ)−、−Ｃ(＝Ｓ)Ｏ−、−Ｃ(＝Ｓ)Ｓ−、−Ｏ−、−Ｓｉ(Ｒ１)２−、−Ｓ(＝Ｏ)Ｘ−及び−Ｎ(Ｒ１)−から独立に選択されるリンカーによって４’位に連結され、
式中、
ｘは、０、１、又は２であり；
ｎは、１、２、３、又は４であり；
各Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、複素環式ラジカル、置換された複素環式ラジカル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、置換されたＣ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル(Ｃ(＝Ｏ)−Ｈ)、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル(Ｓ(＝Ｏ)２−Ｊ１)、又はスルホキシル(Ｓ(＝Ｏ)−Ｊ１)であり；及び
各Ｊ１及びＪ２は、独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換されたＣ５〜Ｃ２０アリール、アシル(Ｃ(＝Ｏ)−Ｈ)、置換されたアシル、複素環式ラジカル、置換された複素環式ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１〜Ｃ１２アミノアルキル又は保護基である。
【０１３７】
ある態様では、ＬＮＡ化合物のリンカーの各々は、独立に、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−、−[Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)]ｎ−Ｏ−、−Ｃ(Ｒ１Ｒ２)−Ｎ(Ｒ１)−Ｏ−又は−Ｃ(Ｒ１Ｒ２)−Ｏ−Ｎ(Ｒ１)−である。別の態様では、前記リンカーの各々は、独立に、４’−ＣＨ２−２’、４’−(ＣＨ２)２−２’、４’−(ＣＨ２)３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−(ＣＨ２)２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ(Ｒ１)−２’及び４’−ＣＨ２−Ｎ(Ｒ１)−Ｏ−２’−であり、ここで、各Ｒ１は、独立に、Ｈ、保護基又はＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
【０１３８】
いくつかのＬＮＡは、特許文献並びに科学文献で調製及び開示記載されている(Singh et al., Chem.Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222；国際公開第９４／１４２２６号パンフレット；同第２００５／０２１５７０号パンフレット；Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039；ＬＮＡを開示する公開米国特許及び公開出願の例として、例えば、米国特許第７,０５３,２０７号明細書；同第６,２６８,４９０号明細書；同第６,７７０,７４８号明細書；同第６,７９４,４９９号明細書；同第７,０３４,１３３号明細書；及び同第６,５２５,１９１号明細書；並びに米国特許出願公開第２００４−０１７１５７０号明細書；同第２００４−０２１９５６５号明細書；同第２００４−００１４９５９号明細書；同第２００３−０２０７８４１号明細書；同第２００４−０１４３１１４号明細書；及び同第２００３００８２８０７号明細書が挙げられる。
【０１３９】
さらに、リボシル糖環の２’−ヒドロキシル基が、糖環の４’炭素原子に連結され、これにより、メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)結合を形成して、二環式糖部分を形成するＬＮＡも記載されている(Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8 1-7;及びOrum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243にレビュー；また、米国特許第６,２６８,４９０号明細書及び同第６,６７０,４６１号明細書も参照のこと)。連結は、２’酸素原子と４’炭素原子とを架橋するメチレン(−ＣＨ２−)基であってよく、その場合、この二環式部分には用語メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡが用いられ；この位置にエチレン基がある場合、用語エチレンオキシ(４’−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡが用いられる(Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Morita et al., Bioorganic Medicinal Chemistry, 2003, 11, 2211-2226)。メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ及び他の二環式糖類似体は、相補的ＤＮＡ及びＲＮＡとの非常に高い二重螺旋熱安定性(Ｔｍ＝＋３〜＋１０℃)、３’−エキソヌクレアーゼ分解に対する安定性及び良好な溶解性を示す。ＢＮＡを含む強力且つ非毒性アンチセンスオリゴヌクレオチドが記載されている(Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 5633-5638)。
【０１４０】
同じく取り上げられているメチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡの異性体は、α−Ｌ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡであり、これは、３’−エキソヌクレアーゼに対する優れた安定性を有することが証明されている。α−Ｌ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡは、アンチセンスギャップマー及びキメラに組み込まれて、これらは、強力なアンチセンス活性を示した(Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372)。
【０１４１】
メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡモノマーアデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミン及びウラシルの合成及び調製は、それらのオリゴマー化、及び核酸認識特性と共に記載されている(Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630)。また、ＢＮＡ及びその調製も国際公開第９８／３９３５２号パンフレット及び同第９９／１４２２６号パンフレットに記載されている。
【０１４２】
さらに、メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡの類似体、ホスホロチオエート−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ及び２’−チオ−ＬＮＡも調製されている(Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222)。また、核酸ポリメラーゼの基質としてオリゴデオキシヌクレオチド二重螺旋を含むロックドヌクレオシド類似体の調製も記載されている(Wengelらの国際公開第９９／１４２２６号パンフレット)。さらにまた、新規の配座固定された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である、２’−アミノ−ＬＮＡの合成も当技術分野で記載されている(Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039)。さらには、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＬＮＡが調製され、相補的ＲＮＡ及びＤＮＡ鎖とのそれらの二重螺旋の熱安定性が既に報告されている。
【０１４３】
修飾糖部分は、よく知られており、その標的に対するアンチセンス化合物の親和性を改変する、典型的には、増大する、及び／又はヌクレアーゼ耐性を増大するために使用することができる。好ましい修飾糖の代表的なリストには、限定はしないが、メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ及びエチレンオキシ(４’−(ＣＨ２)２−Ｏ−２’架橋)ＥＮＡなどの二環式修飾糖；置換された糖、特に、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３又は２’−Ｏ(ＣＨ２)２−ＯＣＨ３置換基を有する２’置換糖；並びに４’−チオ修飾糖が含まれる。また、糖は、中でも糖模擬基で置換することもできる。修飾糖の調製方法は、当業者には周知である。こうした修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的な特許及び刊行物として、限定はしないが、米国特許第４,９８１,９５７号明細書；同第５,１１８,８００号明細書；同第５,３１９,０８０号明細書；同第５,３５９,０４４号明細書；同第５,３９３,８７８号明細書；同第５,４４６,１３７号明細書；同第５,４６６,７８６号明細書；同第５,５１４,７８５号明細書；同第５,５１９,１３４号明細書；同第５,５６７,８１１号明細書；同第５,５７６,４２７号明細書；同第５,５９１,７２２号明細書；同第５,５９７,９０９号明細書；同第５,６１０,３００号明細書；同第５,６２７,０５３号明細書；同第５,６３９,８７３号明細書；同第５,６４６,２６５号明細書；同第５,６５８,８７３号明細書；同第５,６７０,６３３号明細書；同第５,７９２,７４７号明細書；同第５,７００,９２０号明細書；同第６,５３１,５８４号明細書；及び同第６,６００,０３２号明細書；並びに国際公開第２００５／１２１３７１号パンフレットが挙げられる。
【０１４４】
「オキシ」−２’ヒドロキシル基修飾の例として、アルコキシ又はアリールオキシ(ＯＲ、例えば、Ｒ＝Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール若しくは糖)；ポリエチレングリコール(ＰＥＧ)、Ｏ(ＣＨ２ＣＨ２Ｏ)ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ、ｎ＝１〜５０；ヌクレオシドのフラノース部分が、フラノース環上の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含み、それにより二環式環系を形成する「ロックド」核酸(ＬＮＡ)；Ｏ−ＡＭＩＮＥ又はＯ−(ＣＨ２)ｎＡＭＩＮＥ(ｎ＝１〜１０、ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン又はポリアミノ)；並びにＯ−ＣＨ２ＣＨ２(ＮＣＨ２ＣＨ２ＮＭｅ２)２が挙げられる。
【０１４５】
「デオキシ」修飾として、水素(すなわち、突出一本鎖と特に関連するデオキシリボース糖)；ハロ(例えば、フルオロ)；アミノ(例えば、ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸)；ＮＨ(ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ)ｎＣＨ２ＣＨ２−ＡＭＩＮＥ(ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジアリールアミノ)；−ＮＨＣ(Ｏ)Ｒ(Ｒ＝アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖)；シアノ；メルカプト；アルキル−チオ−アルキル；チオアルコキシ；チオアルキル；アルキル；シクロアルキル；アリール；アルケニル及びアルキニルが挙げられ、これらは、所望により、例えば、アミノ官能基で置換することができる。
【０１４６】
他の好適な２’−修飾、例えば、修飾ＭＯＥが、米国特許出願公開第２０１３０１３０３７８号明細書(その内容は、参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。
【０１４７】
２’位の修飾は、アラビノース立体配置に存在し得る。用語「アラビノース立体配置」は、アラビノースにおける２’−ＯＨと同じ立体配置のリボースのＣ２’上の置換基の配置を指す。
【０１４８】
糖は、糖の同じ炭素に２つの異なる修飾、例えば、ｇｅｍ修飾を含むことができる。糖基は、リボースにおいて対応するものとは反対の立体化学配置を有する１個又は複数個の炭素を含有することもできる。従って、オリゴマー化合物は、糖として、例えばアラビノースを含有する１つ又は複数のモノマーを含み得る。モノマーは、糖の１位にα−結合、例えば、α−ヌクレオチドを有してもよい。モノマーはまた、４’位に反対の立体配置を有してもよく、例えば、Ｃ５’とＨ４’又はこれらを置換する置換基同士が交換される。Ｃ５’及びＨ４’又はこれらを置換する置換基同士が交換されている場合、この糖は、４’で修飾されていると言う。
【０１４９】
さらに、オリゴマー化合物は、脱塩基糖、すなわち、Ｃ−１’に核酸塩基が欠落しているか、又はＣ１’の核酸塩基の代わりに別の化学基を有する糖も含み得る。例えば、米国特許第５,９９８,２０３号明細書(その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。これらの脱塩基糖はまた、１個又は複数個の構成糖原子に修飾を含むこともできる。オリゴマー化合物は、Ｌ異性体、例えば、Ｌ−ヌクレオシドである１つ又は複数の糖を含有することもできる。さらに、糖基に対する修飾は、硫黄、所望により置換された窒素若しくはＣＨ２基による４’−Ｏの置換も含み得る。ある態様では、Ｃ１’と核酸塩基との連結は、α立体配置である。
【０１５０】
糖修飾はまた、リボース炭素同士のＣ−Ｃ結合(例えば、Ｃ１’−Ｃ２’、Ｃ２’−Ｃ３’、Ｃ３’−Ｃ４’、Ｃ４’−Ｏ４’、Ｃ１’−Ｏ４’)が存在しない、且つ／又はリボース炭素又は酸素(例えば、Ｃ１’、Ｃ２’、Ｃ３’、Ｃ４’又はＯ４’)の少なくとも１つが、独立に若しくは組合せで、ヌクレオチドに存在しない、非環状ヌクレオチド含んでもよい。ある態様では、非環状ヌクレオチドは、
【化２】
2018504380.tif 000003
であり、ここで、Ｂは、修飾若しくは非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、ハロゲン、ＯＲ３、若しくはアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール若しくは糖である)。
【０１５１】
ある態様では、糖修飾は、２’−Ｈ、２’−Ｏ−Ｍｅ(２’−Ｏ−メチル)、２’−Ｏ−ＭＯＥ(２−Ｏ−メトキシエチル)、２’−Ｆ、２’−Ｏ−[２−(メチルアミノ)−２−オキソエチル](２’−Ｏ−ＮＭＡ)、２’−Ｓ−メチル、２’−Ｏ−ＣＨ２−(４’−Ｃ)(ＬＮＡ)、２’−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２−(４’−Ｃ)(ＥＮＡ)、２’−Ｏ−アミノプロピル(２’−Ｏ−ＡＰ)、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチル(２’−Ｏ−ＤＭＡＯＥ)、２’−Ｏ−ジメチルアミノプロピル(２’−Ｏ−ＤＭＡＰ)、２’−Ｏ−ジメチルアミノエチルオキシエチル(２’−Ｏ−ＤＭＡＥＯＥ)及びアラビノース立体配置に２’−Ｏ−Ｍｅを有するｇｅｍ２’−ＯＭｅ／２’Ｆからなる群から選択される。
【０１５２】
特定のヌクレオチドが、その２’位を介して次のヌクレオチドと連結している場合、本明細書に記載の糖修飾は、その特定のヌクレオチド、例えば、その２’位を介して次のヌクレオチドと連結しているヌクレオチドについて、糖の３’位に配置することができる。３’位の修飾は、キシロース立体配置で存在し得る。用語「キシロース立体配置」は、キシロース糖の３’−ＯＨと同じ立体配置でのリボースのＣ３’上の置換基の配置を指す。
【０１５３】
Ｃ４’及び／又はＣ１’に結合した水素は、直鎖又は分岐状の、所望により置換されたアルキル、所望により置換されたアルケニル、所望により置換されたアルキニルにより置換することができ、アルキル、アルケニル及びアルキニルの骨格は、Ｏ、Ｓ、Ｓ(Ｏ)、ＳＯ２、Ｎ(Ｒ’)、Ｃ(Ｏ)、Ｎ(Ｒ’)Ｃ(Ｏ)Ｏ、ＯＣ(Ｏ)Ｎ(Ｒ’)、ＣＨ(Ｚ’)、リン含有結合、所望により置換されたアリール、所望により置換されたヘテロアリール、所望により置換された複素環式若しくは所望により置換されたシクロアルキルのうちの１つ又は複数を含有することができ、ここで、Ｒ’は、水素、アシル又は所望により置換された脂肪族であり、Ｚ’は、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、ＣＯ２Ｒ１１、
【化３】
2018504380.tif 000004
ＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮ(Ｈ)ＮＲ２１Ｒ３１、ＯＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮ(Ｈ)Ｎ＝ＣＲ４１Ｒ５１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(＝ＮＲ３１)ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(Ｏ)ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(Ｓ)ＮＲ２１Ｒ３１、ＯＣ(Ｏ)ＮＲ２１Ｒ３１、ＳＣ(Ｏ)ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(Ｓ)ＯＲ１１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(Ｏ)ＯＲ１１、Ｎ(Ｒ２１)Ｃ(Ｏ)ＳＲ１１、Ｎ(Ｒ２１)Ｎ＝ＣＲ４１Ｒ５１、ＯＮ＝ＣＲ４１Ｒ５１、ＳＯ２Ｒ１１、ＳＯＲ１１、ＳＲ１１、及び置換若しくは非置換複素環式からなる群から選択され；Ｒ２１及びＲ３１は、それぞれの存在について、独立に、水素、アシル、非置換若しくは置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、ＣＯ２Ｒ１１、又はＮＲ１１Ｒ１１’であるか；或いはＲ２１及びＲ３１は、それらが結合する原子と一緒に、複素環を形成し；Ｒ４１及びＲ５１は、それぞれの存在について、独立に、水素、アシル、非置換若しくは置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式化合物、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、若しくはＣＯ２Ｒ１１、又はＮＲ１１Ｒ１１’であり；Ｒ１１及びＲ１１’は、独立に、水素、脂肪族、置換された脂肪族、アリール、ヘテロアリール、又は複素環式である。ある態様では、５’末端ヌクレオチドのＣ４’に結合した水素は、置換されている。
【０１５４】
ある態様では、Ｃ４’及びＣ５’は、一緒に、所望により置換された複素環式を形成し、これは、少なくとも１つの−ＰＸ(Ｙ)−を含み、ここで、Ｘは、Ｈ、ＯＨ、ＯＭ、ＳＨ、所望により置換されたアルキル、所望により置換されたアルコキシ、所望により置換されたアルキルチオ、所望により置換されたアルキルアミノ又は所望により置換されたジアルキルアミノであり、ここで、Ｍは、それぞれの存在について、独立に、総電荷が＋１のアルキル金属又は遷移金属であり；Ｙは、Ｏ、Ｓ、又はＮＲ’であり；ここで、Ｒ’は、水素、所望により置換された脂肪族である。この修飾は、オリゴヌクレオチドの５末端にあるのが好ましい。
【０１５５】
ある態様では、ＬＮＡは、式：
【化４】
2018504380.tif 000005
を有する二環式ヌクレオシドを含み、
式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ１は、Ｈ又はヒドロキシル保護基であり；
Ｔ２は、Ｈ、ヒドロキシル保護基又は反応性リン基であり；
Ｚは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、又は置換アミドである。
【０１５６】
ある態様では、置換された基の各々は、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２及びＣＮ(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である)から独立に選択される、所望により保護された置換基で一又は多置換されている。
【０１５７】
あるこのような態様では、置換された基の各々は、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、及びＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、若しくは置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ若しくはＮＪ１である)から独立に選択される置換基で一又は多置換されている。
【０１５８】
ある態様では、Ｚ基は、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮ(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である)である。別の態様では、Ｚ基は、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３−)、置換アルコキシ又はアジドである。
【０１５９】
ある態様では、Ｚ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、Ｘｘは、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮ(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である)から選択される。別の態様では、Ｚ基は、Ｘｘが、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３−)又はアジドである、−ＣＨ２Ｘｘである。
【０１６０】
ある態様では、Ｚ基は、(Ｒ)−配置：
【化５】
2018504380.tif 000006
である。
【０１６１】
ある態様では、Ｚ基は、(Ｓ)−配置：
【化６】
2018504380.tif 000007
である。
【０１６２】
ある態様では、各Ｔ１及びＴ２は、ヒドロキシル保護基である。ヒドロキシル保護基の好ましいリストは、ベンジル、ベンゾイル、２,６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチル(ＤＭＴ)、９−フェニルキサンチン−９−イル(Ｐｉｘｙｌ)及び９−(ｐ−メトキシフェニル)キサンチン−９−イル(ＭＯＸ)を含む。ある態様では、Ｔ１は、アセチル、ベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル及びジメトキシトリチルから選択されるヒドロキシル保護基であり、より好ましいヒドロキシル保護基は、４,４’−ジメトキシトリチルであるＴ１である。
【０１６３】
ある態様では、Ｔ２は、反応性リン基であり、好ましい反応性リン基として、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト及びＨ−リン酸塩が挙げられる。ある態様では、Ｔ１は、４,４’−ジメトキシトリチルで、Ｔ２は、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイトである。
【０１６４】
ある態様では、オリゴマー化合物は、式：
【化７】
2018504380.tif 000008
又は式：
【化８】
2018504380.tif 000009
又は式：
【化９】
2018504380.tif 000010
の少なくとも１つのモノマーを有し、
式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ３は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結したコンジュゲート基、又はヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット若しくはオリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間結合基であり；
Ｔ４は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結したコンジュゲート基、又はヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット若しくはオリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間結合基であり；
ここで、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つは、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット若しくはオリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間結合基であり；
Ｚは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、又は置換アミドである。
【０１６５】
ある態様では、置換された基の各々は、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２及びＣＮ(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である)から独立に選択される、所望により保護された置換基で、一又は多置換されている。
【０１６６】
ある態様では、置換された基の各々は、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、及びＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２(各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ若しくはＮＪ１である)から独立に選択される置換基で、一又は多置換されている。
【０１６７】
ある態様では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル又は置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、各Ｚは、独立に、Ｃ１〜Ｃ６アルキル又は置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、各Ｚは、独立に、Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、メチルである。ある態様では、各Ｚは、メチルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、エチルである。ある態様では、各Ｚは、エチルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、各Ｚは、独立に、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、置換メチルである。ある態様では、各Ｚは、置換メチルである。ある態様では、少なくとも１つのＺは、置換エチルである。ある態様では、各Ｚは、置換エチルである。
【０１６８】
ある態様では、少なくとも１つの置換基は、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシである(例えば、少なくとも１つのＺは、１つ又は複数のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。別の態様では、各置換基は、独立に、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシである(例えば、各Ｚは、独立に、１つ又は複数のＣ１〜Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。
【０１６９】
ある態様では、少なくとも１つのＣ１〜Ｃ６アルコキシ置換基は、ＣＨ３Ｏ−である(例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３ＯＣＨ２−である)。別の態様では、各Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ置換基は、ＣＨ３Ｏ−である(例えば、各Ｚは、ＣＨ３ＯＣＨ２−である)。
【０１７０】
ある態様では、少なくとも１つの置換基は、ハロゲンである(例えば、少なくとも１つのＺは、１つ又は複数のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。ある態様では、各置換基は、独立に、ハロゲンである(例えば、各Ｚは、独立に、１つ又は複数のハロゲンで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。ある態様では、少なくとも１つの置換基は、フルオロである(例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−又はＣＦ３ＣＨ２−である)。ある態様では、各ハロ置換基は、フルオロである(例えば、各Ｚは、ＣＨ２ＦＣＨ２−、ＣＨＦ２ＣＨ２−又はＣＦ３ＣＨ２−である)。
【０１７１】
ある態様では、少なくとも１つの置換基は、ヒドロキシルである(例えば、少なくとも１つのＺは、１つ又は複数のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。ある態様では、各置換基は、独立に、ヒドロキシルである(例えば、各Ｚは、独立に、１つ又は複数のヒドロキシルで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルである)。ある態様では、少なくとも１つのＺは、ＨＯＣＨ２−である。別の態様では、各Ｚは、ＨＯＣＨ２−である。
【０１７２】
ある態様では、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−又はＨＯＣＨ２−である。ある態様では、各Ｚは、ＣＨ３−、ＣＨ３ＣＨ２−、ＣＨ２ＯＣＨ３−、ＣＨ２Ｆ−又はＨＯＣＨ２−である。
【０１７３】
ある態様では、少なくとも１つのＺ基は、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である。別の態様では、少なくとも１つのＺ基は、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３Ｏ−)又はアジドである。
【０１７４】
ある態様では、各Ｚ基は、独立に、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である。別の態様では、各Ｚ基は、独立に、１つ又は複数のＸｘで置換されたＣ１〜Ｃ６アルキルであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３Ｏ−)又はアジドである。
【０１７５】
ある態様では、少なくとも１つのＺ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である。ある態様では、少なくとも１つのＺ基は、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３Ｏ−)又はアジドである。
【０１７６】
ある態様では、各Ｚ基は、独立に、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ(＝Ｘ)Ｊ１、ＯＣ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ(＝Ｘ)ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ若しくはＣ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ若しくはＮＪ１である。別の態様では、各Ｚ基は、独立に、−ＣＨ２Ｘｘであり、ここで、各Ｘｘは、ハロ(例えば、フルオロ)、ヒドロキシル、アルコキシ(例えば、ＣＨ３Ｏ−)又はアジドである。
【０１７７】
ある態様では、少なくとも１つのＺ基は、ＣＨ３−である。別の態様では、各Ｚ基は、ＣＨ３−である。
【０１７８】
ある態様では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
【化１０】
2018504380.tif 000011
又は式：
【化１１】
2018504380.tif 000012
又は式：
【化１２】
2018504380.tif 000013
により表される(Ｒ)−配置である。
【０１７９】
ある態様では、上記式の各モノマーのＺ基は、(Ｒ)−配置である。
【０１８０】
ある態様では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
【化１３】
2018504380.tif 000014
又は式：
【化１４】
2018504380.tif 000015
又は式：
【化１５】
2018504380.tif 000016
により表される(Ｓ)−配置である。
【０１８１】
ある態様では、上記式の各モノマーのＺ基は、(Ｓ)−配置である。
【０１８２】
ある態様では、Ｔ３は、Ｈ又はヒドロキシル保護基である。ある態様では、Ｔ４は、Ｈ又はヒドロキシル保護基である。別の態様では、Ｔ３は、ヌクレオシド、ヌクレオチド又はモノマーサブユニットに結合したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ４は、ヌクレオシド、ヌクレオチド又はモノマーサブユニットに結合したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ３は、オリゴヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに連結したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ４は、オリゴヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに連結したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ３は、オリゴマー化合物に連結したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ４は、オリゴマー化合物に連結したヌクレオシド間結合基である。ある態様では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも１つは、リン酸ジエステル又はホスホロチオエートから選択されるヌクレオシド間結合基である。
【０１８３】
ある態様では、オリゴマー化合物は、
式：
【化１６】
2018504380.tif 000017
又は式：
【化１７】
2018504380.tif 000018
又は式：
【化１８】
2018504380.tif 000019
の少なくとも２つの連続したモノマーの少なくとも１つの領域を有する。
【０１８４】
あるこのような態様では、ＬＮＡとして、限定はしないが、
【化１９】
2018504380.tif 000020
に示すように、(Ａ)α−Ｌ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ、(Ｂ)β−Ｄ−メチレンオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−２’)ＬＮＡ、(Ｃ)エチレンオキシ(４’−(ＣＨ２)２−Ｏ−２’)ＬＮＡ、(Ｄ)アミノオキシ(４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ(Ｒ)−２’)ＬＮＡ及び(Ｅ)オキシアミノ(４’−ＣＨ２−Ｎ(Ｒ)−Ｏ−２’)ＬＮＡが挙げられる。
【０１８５】
ある態様では、オリゴマー化合物は、上の式の少なくとも２つの連続したモノマーの少なくとも２つの領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、ギャップオリゴマー化合物を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、約８〜約１４個の連続したβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、約９〜約１２個の連続したβ−Ｄ−２’−デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。
【０１８６】
ある態様では、オリゴマー化合物は、式：
【化２０】
2018504380.tif 000021
(式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分である)
の少なくとも１つ(例えば、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る)のＳ−ｃＥｔモノマーを含む。
【０１８７】
ある態様では、オリゴマー化合物、例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、
【化２１】
2018504380.tif 000022
(式中、Ｂは、Ａ−００１〜Ａ−０２６であり、ｎは、０〜６(例えば、１、２、３、４、５、又は６)である)
から選択される少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る)のヌクレオシドを含む。
【０１８８】
ある態様では、モノマーは、糖模倣物を含む。あるこのような態様では、糖又は糖−ヌクレオシド間結合組合せの代わりに、模倣物を使用し、核酸塩基は、選択される標的とのハイブリダイゼーションのために維持する。糖模倣物の代表的な例として、限定はしないが、シクロヘキセニル又はモルホリノが挙げられる。糖−ヌクレオシド間結合組合せの模倣物の代表的な例として、限定はしないが、非荷電アキラル結合により連結されたペプチド核酸(ＰＮＡ)及びモルホリノ基が挙げられる。一部の事例では、核酸塩基の代わりに模倣物を用いる。代表的な核酸塩基模倣物は当技術分野でよく知られており、限定はしないが、三環式フェノキサジン類似体及びユニバーサル塩基(Berger et al., Nuc Acid Res. 2000, 28:2911-14、参照により本明細書に組み込まれる)が挙げられる。糖、ヌクレオシド及び核酸塩基模倣物の合成方法は、当業者には周知である。
【０１８９】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＬＮＡである少なくとも１つのモノマーと、少なくとも１つのＧクランプ核酸塩基を含む。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＬＮＡである１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るモノマーと、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＧクランプ核酸塩基とを含む。
【０１９０】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る)のペプチド核酸モノマーを含む。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＬＮＡである少なくとも１つのモノマーと、ＰＮＡである少なくとも１つのモノマーを含む。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ＬＮＡである１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るモノマーと、ＰＮＡである１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るモノマーを含む。
【０１９１】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つのＰＮＡと、少なくとも１つのＧクランプ核酸塩基を含む。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＰＮＡと、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＧクランプ核酸塩基を含む。
【０１９２】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つのＬＮＡ、少なくとも１つのＰＮＡ、及び少なくとも１つのＧクランプ核酸塩基を含む。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＬＮＡモノマー；１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＰＮＡ、及び１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るＧクランプ核酸塩基を含む。
【０１９３】
モノマー連結
本明細書には、モノマー(限定はしないが、修飾及び非修飾ヌクレオシド及びヌクレオチド)を互いに連結し、それによってオリゴマー化合物を形成する結合基を記載する。こうした結合基は、糖間結合とも呼ばれる。２つの主要なクラスの結合基は、リン原子の存在又は非存在によって区別される。代表的なリン含有結合として、限定はしないが、リン酸ジエステル(Ｐ＝Ｏ)、ホスホロトリエステル、ホンスホン酸メチル、ホスホロアミデート、及びホスホロチオエート(Ｐ＝Ｓ)が挙げられる。代表的なリン含有結合として、限定はしないが、メチレンメチルイミノ(−ＣＨ２−Ｎ(ＣＨ３)−Ｏ−ＣＨ２−)、チオジエステル(−Ｏ−Ｃ(Ｏ)−Ｓ−)、チオカルバメート(−Ｏ−Ｃ(Ｏ)(ＮＨ)−Ｓ−)；シロキサン(−Ｏ−Ｓｉ(Ｈ)２−Ｏ−)；並びにＮ,Ｎ’−ジメチルヒドラジン(−ＣＨ２−Ｎ(ＣＨ３)−Ｎ(ＣＨ３)−)が挙げられる。非リン結合基を有するオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオシドと呼ばれる。天然のリン酸ジエステル結合と比較して、修飾された結合は、オリゴマー化合物のヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増大するために、使用することができる。ある態様では、キラル原子を有する結合は、個別の鏡像体として、ラセミ混合物で調製することができる。代表的なキラル結合として、限定はしないが、リン酸アルキル及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は、当業者には周知である。
【０１９４】
結合基中のリン酸基は、酸素の１つを異なる置換基で置換することにより修飾することができる。この修飾による結果の１つは、核酸分解に対するオリゴヌクレオチドの耐性増大であり得る。修飾リン酸基の例として、ホスホロチオエート、ホスホロセレネート、ボラノリン酸塩、ボラノリン酸エステル、リン酸水素、ホスホロアミデート、リン酸アルキル又はアリール、及びリン酸トリエステルが挙げられる。ある態様では、連結における非架橋リン酸酸素原子の１つは、Ｓ、Ｓｅ、ＢＲ３(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)、Ｃ(すなわち、アルキル基、アリール基など)、Ｈ、ＮＲ２(Ｒは、水素、所望により置換されたアルキル、アリールである)、又はＯＲ(Ｒは、所望により置換されたアルキル若しくはアリールである)のいずれかにより置換することができる。非修飾リン酸基中のリン原子は、アキラルである。しかし、上記原子又は原子団の１つによる非架橋酸素原子の１つの置換は、リン原子をキラルにする。換言すれば、このように修飾されたリン酸基中のリン原子は、立体中心である。立体形成性リン原子は、「Ｒ」配置(本明細書では、Ｒｐ)又は「Ｓ」配置(本明細書では、Ｓｐ)のいずれかを有し得る。
【０１９５】
ホスホロチオエートは、硫黄により置換された両方の非架橋酸素原子を有する。ホスホロチオエート中のリン中心は、オリゴヌクレオチドジアステレオマーの形成を排除するアキラルである。従って、特定の理論に拘束されることは意図しないが、両方の非架橋酸素原子に対する修飾は、キラル中心、例えば、ホスホロチオエート形成を排除し、それらがジアステレオマー混合物を生成することができないことから、望ましい場合がある。従って、非架橋酸素原子は、独立に、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｂ、Ｃ、Ｈ、Ｎ、又はＯＲ(Ｒは、アルキル又はアリールである)のいずれかであり得る。
【０１９６】
リン酸リンカーはまた、窒素(架橋ホスホロアミデート)、硫黄(架橋ホスホロチオエート)及び炭素(架橋ホスホン酸メチレン)による、架橋酸素(すなわち、リン酸塩をモノマーの糖に連結する酸素)の置換によって修飾することもできる。この置換は、連結酸素のいずれか一方又は両方の連結酸素で実施することができる。架橋酸素が、ヌクレオシドの３’−酸素であるとき、炭素による置換が好ましい。架橋酸素が、ヌクレオシドの５’−酸素であるとき、窒素による置換が好ましい。
【０１９７】
リン酸塩に連結した酸素の少なくとも１つが置換されているか、又はリン酸基が非リン基によって置換されている修飾リン酸結合は、「非リン酸ジエステル糖間結合」又は「非リン酸ジエステルリンカー」とも呼ばれる。
【０１９８】
ある態様では、リン酸基は、非リン含有コネクター、例えば、デホスホリンカーにより置換することができる。デホスホリンカーは、本明細書において、非リン酸ジエステルリンカーとも呼ばれる。特定の理論に拘束されることを意図しないが、荷電リン酸ジエステル基は、核酸分解の反応中心であるため、中性構造模倣物によるその置換は、増強されたヌクレアーゼ安定性を付与すると考えられる。やはり、特定の理論に拘束されることは意図しないが、ある態様では、荷電リン酸基を中性部分で置換する改変を導入することが望ましい場合もある。
【０１９９】
リン酸基を置換することができる部分の例として、限定はしないが、以下のものが挙げられる：アミド(例えば、アミド−３(３’−ＣＨ２−Ｃ(＝Ｏ)−Ｎ(Ｈ)−５’)及びアミド−(３’−ＣＨ２−Ｎ(Ｈ)−Ｃ(＝Ｏ)−５’))、ヒドロキシルアミノ、シロキサン(ジアルキルシロキサン)、カルボキサミド、炭酸塩、カルボキシメチル、カルバメート、カルボン酸エステル、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、硫化物、スルホン酸塩、スルホンアミド、スルホン酸エステル、チオホルムアセタール(３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’)、ホルムアセタール(３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’)、オキシム、メチレンイミノ、メチケンカルボニルアミノ、メチレンメチルイミノ(ＭＭＩ、３’−ＣＨ２−Ｎ(ＣＨ３)−Ｏ−５’)、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメチルイミノ、エーテル(Ｃ３’−Ｏ−Ｃ５’)、チオエーテル(Ｃ３’−Ｓ−Ｃ５’)、チオアセトアミド(Ｃ３’−Ｎ(Ｈ)−Ｃ(＝Ｏ)−ＣＨ２−Ｓ−５’、Ｃ３’−Ｏ−Ｐ(Ｏ)−Ｏ−ＳＳ−Ｃ５’、Ｃ３’−ＣＨ２−ＮＨ−ＮＨ−Ｃ５’、３’−ＮＨＰ(Ｏ)(ＯＣＨ３)−Ｏ−５’及び３’−ＮＨＰ(Ｏ)(ＯＣＨ３)−Ｏ−５’及び混合Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２構成部分を含むノニオン結合。例えば、Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y. S. Sanghvi and P. D. Cook Eds. ACS Symposium Series 580; Chapters 3 and 4, (pp. 40-65)を参照されたい。好ましい態様として、メチレンメチルイミノ(ＭＭＩ)、メチレンカルボニルアミノ、アミド、カルバメート及びエチレンオキシドリンカーが挙げられる。
【０２００】
当業者であれば、いくつかの事例において、非架橋酸素原子の置換が、隣接する２’−ＯＨによる糖間結合の切断増強をもたらし得るため、多くの事例で、非架橋酸素原子の修飾が、２’−ＯＨの修飾、例えば、隣接する糖間結合、例えば、アラビノース糖、２’−Ｏ−アルキル、２’−Ｆ、ＬＮＡ及びＥＮＡの切断に参加しない修飾を必要とし得ることを十分に認識している。
【０２０１】
好ましい非リン酸ジエステル糖間結合は、ホスホロチオエート、少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又はそれを上回る鏡像体過剰率のＳｐ異性体を含むホスホロチオエート、少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又はそれを上回る鏡像体過剰率のＲｐ異性体を含むホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリオエステル、アルキル−ホスホネート(例えば、メチル−ホスホネート)、セレノホスフェート、ホスホロアミデート(例えば、Ｎ−アルキルホスホロアミデート)、並びにボラノホスホネートを含む。
【０２０２】
ある態様では、オリゴマー化合物、例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物又はｓｉＲＮＡは、少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る、並びに全てが最大かつ包含される)の修飾若しくは非リン酸ジエステル結合を含む。ある態様では、オリゴマー化合物、例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物又はｓｉＲＮＡは、少なくとも１つ(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回る、並びに全てが最大かつ包含される)のホスホロチオエート結合を含む。
【０２０３】
ある態様では、リバーサー化合物中の全てのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(ＰＳ)ヌクレオシド間結合である。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つのホスホロチオエート(ＰＳ)ヌクレオシド間結合を含むが、前記ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物中の全てのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であるわけではない。換言すれば、ある態様では、１００％未満(例えば、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％又はそれを下回る)のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である。
【０２０４】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、ホスホロチオエートではない少なくとも１つのヌクレオシド間結合を含む。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、少なくとも１つのリン酸ジエステルヌクレオシド間結合を含む。ある態様では、非ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、末端と、最後から２番目のヌクレオシドとの間にある。
【０２０５】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の３’末端の核酸塩基と、残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物との間のヌクレオシド間結合は、リン酸ジエステル結合である。ある態様では、リバーサー化合物中の全てのヌクレオシド間結合は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の３’末端のヌクレオシドと、残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物との間のヌクレオシド間結合を除いて、ホスホロチオエートである。
【０２０６】
リン酸リンカー及び糖が、ヌクレアーゼ耐性ヌクレオシド又はヌクレオチドサロゲートにより置換されている、オリゴマー化合物を構築することもできる。特定の理論に拘束されることは意図しないが、繰り返し荷電された骨格は、ポリアニオンを認識するタンパク質(例えば、ヌクレアーゼ)に対する結合を弱めると考えられる。やはり、特定の理論に拘束されることは意図しないが、ある態様では、塩基が中性サロゲート骨格により係留される改変を導入するのが望ましい場合もある。例として、モルホリノ、シクロブチル、ピロリジン、ペプチド核酸(ＰＮＡ)、アミノエチルグリシル(ａｅｇＰＮＡ)及び骨格伸張ピロリジンＰＮＡ(ｂｅｐＰＮＡ)ヌクレオシドサロゲートが挙げられる。好ましいサロゲートは、ＰＮＡサロゲートである。
【０２０７】
本明細書に記載するオリゴマー化合物は、１つ又は複数の非対称中心を含み、従って、鏡像体、ジアステレオマー、及びその他の立体配置を生成するが、これらは、絶対立体化学に関して、糖アノマーなどの場合、(Ｒ)若しくは(Ｓ)として、又はアミノ酸などの場合(Ｄ)若しくは(Ｌ)として定義され得る。本明細書に記載するアンチセンス化合物には、このような、考えられるあらゆる異性体、並びにそれらのラセミ形態及び所望により純粋形態が含まれる。
【０２０８】
末端修飾
オリゴマー化合物の末端を修飾することができる。このような修飾は、一方又は両方の末端で可能である。例えば、オリゴヌクレオチドの３’及び／又は５’末端を標識部分、例えば、発蛍光団(例えば、ピレン、ＴＡＭＲＡ、フルオレセイン、Ｃｙ３若しくはＣｙ５色素)又は保護基(例えば、硫黄、ケイ素、ホウ素若しくはエステル系)などの他の機能性分子実体と共役させることができる。機能性分子実体は、リン酸基及び／又はリンカーを介して糖に結合することができる。リンカーの末端原子は、リン酸基の結合原子、又は糖のＣ−３’若しくはＣ−５’Ｏ、Ｎ、Ｓ若しくはＣ基に連結するか、又はそれを置換することができる。或いは、リンカーは、ヌクレオチドサロゲート(例えば、ＰＮＡ)の末端原子に連結するか、又はそれを置換することができる。
【０２０９】
リンカー／リン酸−機能分子実体−リンカー／リン酸アレイが、二本鎖オリゴマー化合物の２つの鎖の間に配置されているとき、このアレイは、ヘアピンタイプのオリゴマー化合物中のヘアピンループを置換し得る。
【０２１０】
活性を調節する上で有用な末端修飾には、リン酸塩又はリン酸塩類似体によるオリゴマー化合物の５’末端の修飾がある。ある態様では、オリゴマー化合物の５’末端は、リン酸化されているか、又はホスホリル類似体を含む。例示的な５’リン酸修飾として、ＲＩＳＣ媒介性遺伝子サイレンシングと適合性であるものが挙げられる。５’末端の修飾は、対象の免疫系を刺激又は阻害する上でも有用となり得る。ある態様では、オリゴマー化合物の５’末端は、修飾
【化２２】
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を含み、ここで、Ｗ、Ｘ及びＹは、各々独立に、Ｏ、ＯＲ(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)、Ｓ、Ｓｅ、ＢＲ３(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)、ＢＨ３−、Ｃ(すなわち、アルキル基、アリール基など)、Ｈ、ＮＲ２(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)、又はＯＲ(Ｒは、水素、アルキル又はアリールである)から選択され；Ａ及びＺは、それぞれの存在について各々独立に、非存在、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、ＮＲ(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)、又は所望により置換されたアルキレンであり、ここで、アルキレンの骨格は、内部及び／又は末端に、Ｏ、Ｓ、ＳＳ及びＮＲ(Ｒは、水素、アルキル、アリールである)を含むことができ；ｎは、０〜２である。ある態様では、ｎは、１又は２である。Ａは、糖の５’炭素に連結した酸素を置換することは理解される。ｎが０であるとき、Ｗ及びＹは、それらが結合されるＰと一緒に、所望により置換された５〜８員複素環式化合物を形成することができ、ここで、Ｗ及びＹは、各々独立に、Ｏ、Ｓ、ＮＲ’又はアルキレンである。複素環式は、アリール又はヘテロアリールで置換されているのが好ましい。ある態様では、５’末端ヌクレオチドのＣ５’上の一方又は両方の水素が、ハロゲン、例えば、Ｆで置換されている。
【０２１１】
例示的な５’−修飾として、限定はしないが、５’−一リン酸塩((ＨＯ)２(Ｏ)ｐ−Ｏ−５’)；５’−二リン酸塩((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−三リン酸塩((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｏ−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−モノチオリン酸塩(ホスホロチオエート；(ＨＯ)２(Ｓ)Ｐ−Ｏ−５’)；５’−モノジチオリン酸塩(ホスホロジチオエート；(ＨＯ)(ＨＳ)(Ｓ)Ｐ−Ｏ−５’)、５’−ホスホロチオレート((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｓ−５’)；５’−α−チオ三リン酸塩；５’−β−チオ三リン酸塩；５’−γ−チオ三リン酸塩；５’−ホスホロアミデート((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−ＮＨ−５’、(ＨＯ)(ＮＨ２)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−５’)が挙げられる。他の５’−修飾としては、５’−アルキルリン酸塩(Ｒ(ＯＨ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−５’、Ｒ＝アルキル、例えば、メチル、エチル、イソプロピル、プロピルなど)、５’−アルキルエーテルホスホン酸塩(Ｒ(ＯＨ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−５’、Ｒ＝アルキルエーテル、例えば、メトキシメチル(ＣＨ２ＯＭｅ)、エトキシメチルなど)が挙げられる。他の例示的な５’−修飾としては、Ｚが、所望により少なくとも１回置換されたアルキルであるもの、例えば、((ＨＯ)２(Ｘ)Ｐ−Ｏ[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、((ＨＯ)２(Ｘ)Ｐ−Ｏ[−(ＣＨ２)ａ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、((ＨＯ)２(Ｘ)Ｐ−[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’；ジアルキル末端リン酸塩及びリン酸塩模倣物；ＨＯ[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｈ２Ｎ[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｈ[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｍｅ２Ｎ[−(ＣＨ２)ａ−Ｏ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、ＨＯ[−(ＣＨ２)ａ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｈ２Ｎ[−(ＣＨ２)ａ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｈ[−(ＣＨ２)ａ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’、Ｍｅ２Ｎ[−(ＣＨ２)ａ−Ｐ(Ｘ)(ＯＨ)−Ｏ]ｂ−５’が挙げられ、ここで、ａ及びｂは、各々独立に、１〜１０である。他の態様は、ＢＨ３、ＢＨ３−及び／又はＳｅによる酸素及び／又は硫黄の置換を含む。
【０２１２】
末端修飾は、分布をモニターする上でも有用となり得、このような場合、付加するのに好ましい基には、発蛍光団、例えば、フルオレセイン又はＡｌｅｘａ色素、例えば、Ａｌｅｘａ  ４８８がある。末端修飾はまた、取込みを増強するのにも有用となり得、このための有用な修飾としては、ターゲティングリガンドがある。さらに末端修飾は、別の部分にオリゴヌクレオチドを架橋する上でも有用となり得、このための有用な修飾として、マイトマイシンＣ、プソラレン、及びそれらの誘導体が挙げられる。
【０２１３】
オリゴマー化合物
ある態様では、例えば、リン酸ジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合などの結合を形成する上で有用な反応性リン基を有するオリゴマー化合物がここに提供される。前駆体又はオリゴマー化合物の調製及び／又は精製方法は、本明細書に記載する組成物又は方法を限定するものではない。ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、及びアンチセンス化合物などのオリゴマー化合物の合成及び精製方法は、当業者には周知である。
【０２１４】
一般に、オリゴマー化合物は、結合基により互いに連結された複数のモノマーサブユニットを含む。オリゴマー化合物の非限定的例として、プライマー、プローブ、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列(ＥＧＳ)オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー、及びｓｉＲＮＡが挙げられる。このように、これらの化合物は、一本鎖、二本鎖、環状、分岐状又はヘアピンの形態で導入することができ、これらは、内部若しくは末端バルジ又はループなどの構造的要素を含むことができる。オリゴマー二本鎖化合物は、ハイブリダイズして二本鎖化合物を形成する２本鎖、又はハイブリダイゼーション並びに完全若しくは部分的な二本鎖化合物の形成を可能にするのに十分な自己相補性を備えた一本鎖のいずれであってもよい。
【０２１５】
ある態様では、本発明は、キメラオリゴマー化合物を提供する。あるこのような態様では、キメラオリゴマー化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。あるこのような態様では、キメラオリゴヌクレオチドは、様々な修飾ヌクレオチドを含む。ある態様では、キメラオリゴヌクレオチドは、混合型骨格アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
【０２１６】
一般に、キメラオリゴマー化合物は、孤立した位置にあっても、又は特定のモチーフを画定する領域に一緒に群を形成してもよい、修飾ヌクレオシドを有する。修飾及び／又は模倣群の任意の組合せが、本明細書に記載するキメラオリゴマー化合物を含んでもよい。
【０２１７】
ある態様では、キメラオリゴマー化合物は、典型的に、ヌクレアーゼ分解に対する耐性増強、細胞取込みの増強、及び／又は標的核酸に対する結合親和性増大を付与するように、修飾された少なくとも１つの領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物の別の領域は、ＲＮＡ：ＤＮＡ又はＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドを切断することができる酵素の基質として役立ち得る。
【０２１８】
ある態様では、キメラオリゴマー化合物は、ギャップマーである。ある態様では、混合型骨格オリゴマー化合物は、一方又は両方のウィングに１タイプのヌクレオチド間結合を有し、ギャップ内には別のタイプのヌクレオシド間結合を有する。あるこのような態様では、混合型骨格オリゴヌクレオチドは、ウィング内にリン酸ジエステル結合を、またギャップ内にホスホロチオエート結合を有する。ウィング内のヌクレオシド間結合が、ギャップ内のヌクレオシド間結合と異なるある態様では、そのウィングとギャップを架橋するヌクレオシド間結合は、ウィング内のヌクレオシド間結合と同じである。ウィング内のヌクレオシド間結合が、ギャップ内のヌクレオシド間結合と異なるある態様では、そのウィングとギャップを架橋するヌクレオシド間結合は、ギャップ内のヌクレオシド間結合と同じである。
【０２１９】
ある態様では、本発明は、様々な長さ範囲のいずれかの長さのｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を含む、オリゴマー化合物を提供する。ある態様では、本発明は、Ｘ−Ｙ連結オリゴヌクレオシドから構成されるオリゴマー化合物を提供し、ここで、Ｘ及びＹは、各々独立に、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から選択され；但し、Ｘ＜Ｙである。例えば、ある態様では、本願は、８〜９、８〜１０、８〜１１、８〜１２、８〜１３、８〜１４、８〜１５、８〜１６、８〜１７、８〜１８、８〜１９、８〜２０、８〜２１、８〜２２、８〜２３、８〜２４、８〜２５、８〜２６、８〜２７、８〜２８、８〜２９、８〜３０、９〜１０、９〜１１、９〜１２、９〜１３、９〜１４、９〜１５、９〜１６、９〜１７、９〜１８、９〜１９、９〜２０、９〜２１、９〜２２、９〜２３、９〜２４、９〜２５、９〜２６、９〜２７、９〜２８、９〜２９、９〜３０、１０〜１１、１０〜１２、１０〜１３、１０〜１４、１０〜１５、１０〜１６、１０〜１７、１０〜１８、１０〜１９、１０〜２０、１０〜２１、１０〜２２、１０〜２３、１０〜２４、１０〜２５、１０〜２６、１０〜２７、１０〜２８、１０〜２９、１０〜３０、１１〜１２、１１〜１３、１１〜１４、１１〜１５、１１〜１６、１１〜１７、１１〜１８、１１〜１９、１１〜２０、１１〜２１、１１〜２２、１１〜２３、１１〜２４、１１〜２５、１１〜２６、１１〜２７、１１〜２８、１１〜２９、１１〜３０、１２〜１３、１２〜１４、１２〜１５、１２〜１６、１２〜１７、１２〜１８、１２〜１９、１２〜２０、１２〜２１、１２〜２２、１２〜２３、１２〜２４、１２〜２５、１２〜２６、１２〜２７、１２〜２８、１２〜２９、１２〜３０、１３〜１４、１３〜１５、１３〜１６、１３〜１７、１３〜１８、１３〜１９、１３〜２０、１３〜２１、１３〜２２、１３〜２３、１３〜２４、１３〜２５、１３〜２６、１３〜２７、１３〜２８、１３〜２９、１３〜３０、１４〜１５、１４〜１６、１４〜１７、１４〜１８、１４〜１９、１４〜２０、１４〜２１、１４〜２２、１４〜２３、１４〜２４、１４〜２５、１４〜２６、１４〜２７、１４〜２８、１４〜２９、１４〜３０、１５〜１６、１５〜１７、１５〜１８、１５〜１９、１５〜２０、１５〜２１、１５〜２２、１５〜２３、１５〜２４、１５〜２５、１５〜２６、１５〜２７、１５〜２８、１５〜２９、１５〜３０、１６〜１７、１６〜１８、１６〜１９、１６〜２５、１６〜２１、１６〜２２、１６〜２３、１６〜２４、１６〜２５、１６〜２６、１６〜２７、１６〜２８、１６〜２９、１６〜３０、１７〜１８、１７〜１９、１７〜２０、１７〜２１、１７〜２２、１７〜２３、１７〜２４、１７〜２５、１７〜２６、１７〜２７、１７〜２８、１７〜２９、１７〜３０、１８〜１９、１８〜２０、１８〜２１、１８〜２２、１８〜２３、１８〜２４、１８〜２５、１８〜２６、１８〜２７、１８〜２８、１８〜２９、１８〜３０、１９〜２０、１９〜２１、１９〜２２、１９〜２３、１９〜２４、１９〜２５、１９〜２６、１９〜２９、１９〜２８、１９〜２９、１９〜３０、２０〜２１、２０〜２２、２０〜２３、２０〜２４、２０〜２５、２０〜２６、２０〜２７、２０〜２８、２０〜２９、２０〜３０、２１〜２２、２１〜２３、２１〜２４、２１〜２５、２１〜２６、２１〜２７、２１〜２８、２１〜２９、２１〜３０、２２〜２３、２２〜２４、２２〜２５、２２〜２６、２２〜２７、２２〜２８、２２〜２９、２２〜３０、２３〜２４、２３〜２５、２３〜２６、２３〜２７、２３〜２８、２３〜２９、２３〜３０、２４〜２５、２４〜２６、２４〜２７、２４〜２８、２４〜２９、２４〜３０、２５〜２６、２５〜２７、２５〜２８、２５〜２９、２５〜３０、２６〜２７、２６〜２８、２６〜２９、２６〜３０、２７〜２８、２７〜２９、２７〜３０、２８〜２９、２８〜３０、又は２９〜３０個の連結ヌクレオシドを含む、オリゴマー化合物を提供する。
【０２２０】
前述したように、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、任意の長さであってよい。例えば、ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜３０ヌクレオチドから構成される修飾オリゴヌクレオチドである。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０個の連結核酸塩基から構成され得る。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜１７、７〜１６又は８〜１５個の連結核酸塩基から構成される。
【０２２１】
本発明者らは、中でも、１５以下のヌクレオシドから構成されるＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物、すなわち修飾オリゴヌクレオチドが、ｓｉＲＮＡ活性を逆転する上で特に有効であることを見出した。従って、ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、８〜１５(例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５)の連結核酸塩基から構成される修飾オリゴヌクレオチドである。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、６〜１２、７〜１１又は８〜１０個の連結核酸塩基から構成される修飾オリゴヌクレオチドである。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、８〜９個の連結核酸塩基から構成される修飾オリゴヌクレオチドである。
【０２２２】
本明細書で述べるように、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡの少なくとも１つの鎖と実質的に相補的な修飾オリゴヌクレオチドである。特定の理論に拘束されることは意図しないが、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖のシード領域(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)と実質的に相補的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡ活性を低減する上で特に有効である。従って、多くの態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖のヌクレオシド２〜８、２〜９、２〜１０、２〜１１、２〜１２、２〜１３、２〜１４、２〜１５又は２〜１６と実質的に相補的である。これに関連して、実質的に相補的とは、少なくとも９０％、好ましくは少なくとも９５％の相補性、より好ましくは完全な相補性を意味する。
【０２２３】
リガンド
ある態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数のコンジュゲート基の共有結合により修飾される。一般に、コンジュゲート基は、結合されたオリゴマー化合物の１つ又は複数の特性を修飾し、こうした特性として、例えば、限定はしないが、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取込み、電荷及びクリアランスが挙げられる。コンジュゲート基は、化学分野で常用的に使用されており、オリゴマー化合物などの親化合物に、直接又は任意選択の連結部分若しくは結合基を介して連結される。コンジュゲート基の好ましいリストは、限定はしないが、インターカレータ、リポータ分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クーマリン及び染料を含む。
【０２２４】
本発明に適した好ましいコンジュゲート基としては、以下のものが挙げられる：コレステロール部分などの脂質部分(Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553)；コール酸(Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053)；チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール(Manoharan et al., Ann. N. Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Let., 1993, 3, 2765)；チオコレステロール(Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533)；脂肪族鎖、例えば、ドデカジオール又はウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 111; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49)；リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ラク−グリセロール又はトリエチルアンモニウム−１,２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ラク−グリセロ−３−Ｈ−ホスホン酸塩(Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651; Shea et al., Nucl.Acids Res., 1990, 18, 3777)；ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖(Manoharan et al., Nucleosides&Nucleotides, 1995, 14, 969)；アダマンタン酢酸(Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651)；パルミチル部分(Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229)；又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分(Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923)。
【０２２５】
一般に、非常に多様な実体、例えば、リガンドを本明細書に記載のオリゴマー化合物に結合させることができる。リガンドは、天然に存在する分子、又は組換え若しくは合成分子を含み得る。例示的なリガンドとして、限定はしないが、以下のものが挙げられる：ポリリシン(ＰＬＬ)、ポリＬ−アスパラギン酸、ポリＬ−グルタミン酸、スチレン−無水マレイン酸コポリマー、ポリ(Ｌ−ラクチド−コ−グリコライド)コポリマー、ジビニルエーテル−無水マレイン酸コポリマー、Ｎ−(２−ヒドロキシプロピル)メタクリルアミドコポリマー(ＨＭＰＡ)、ポリエチレングリコール(ＰＥＧ、例えば、ＰＥＧ−２Ｋ、ＰＥＧ−５Ｋ、ＰＥＧ−１０Ｋ、ＰＥＧ−１２Ｋ、ＰＥＧ−１５Ｋ、ＰＥＧ−２０Ｋ、ＰＥＧ−４０Ｋ)、ＭＰＥＧ、[ＭＰＥＧ]２、ポリビニルアルコール(ＰＶＡ)、ポリウレタン、ポリ(２−エチルアクリル酸)、Ｎ−イソプロピルアクリルアミドポリマー、ポリホスファジン、ポリエチレンイミン、カチオン基、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、プソイドペプチド−ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デントリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの第４級塩、チロトロピン、メラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、サーファクタントタンパク質Ａ、ムチン、グリコシル化ポリアミノ酸、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸塩、ポリアスパラギン酸塩、アプタマー、アシアロフェチュイン、ヒアルロナン、プロコラーゲン、イムノグロブリン(例えば、抗体)、インスリン、トランスフェリン、アルブミン、糖−アルブミンコンジュゲート、挿入剤(例えば、アクリジン)、架橋剤(例えば、プソラレン、マイトマイシンＣ)、ポルフィリン(例えば、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン)、多環式芳香族炭化水素(例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ(例えば、ＥＤＴＡ)、親油性分子(例えば、ステロイド、胆汁酸、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１−ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１,３−ビス−Ｏ(ヘキサデシル)グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１,３−プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３−(オレオイル)リトコール酸、Ｏ３−(オレオイル)コレン酸、ジメトキシトリチル、若しくはフェノキサジン)、ペプチド(例えば、α螺旋ペプチド、両親媒性ペプチド、ＲＧＤペプチド、細胞透過ペプチド、エンドソーム溶解／融合ペプチド)、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカ、酵素、ハプテン(例えば、ビオチン)、輸送／吸収促進剤(例えば、ナプロキセン、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸)、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン−イミダゾールコンジュゲート、テトラアザマクロ環のＥｕ３＋複合体)、ジニトロフェニル、ＨＲＰ、ＡＰ、抗体、ホルモン及びホルモン受容体、レクチン、炭水化物、多価炭水化物、ビタミン(例えば、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＫ、ビタミンＢ、例えば、葉酸、Ｂ１２、��ボフラビン、ビオチン及びピリドキサール)、ビタミン補因子、リポ多糖、ｐ３８ＭＡＰキナーゼの活性化剤、ＮＦ−κＢの活性化剤、タキソン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャプラキノリド、ラトルンクリンＡ、ファロイジン、スウィンホリドＡ、インダノシン、ミオセルビン、腫瘍壊死因子α(ＴＮＦα)、インターロイキン−１β、γインターフェロン、天然若しくは組換え低密度リポタンパク質(ＬＤＬ)、天然若しくは組換え高密度リポタンパク質(ＨＤＬ)、並びに細胞透過剤(例えば、螺旋状細胞透過剤)。
【０２２６】
ペプチド及びペプチド模倣リガンドとしては、天然又は修飾ペプチド、例えば、Ｄ若しくはＬペプチド；α、β若しくはγペプチド；Ｎ−メチルペプチド；アザペプチド；１つ又は複数のアミドを有するペプチド、すなわち、ペプチド、１つ又は複数の尿素、チオ尿素、カルバメート、若しくはスルホニル尿素結合で置換された結合；又は環状ペプチドを有するものがある。ペプチド模倣物(本明細書では、オリゴペプチド模倣物とも呼ばれる)は、天然のペプチドに類似した明確な３次元構造にフォールディングすることができる分子である。ペプチド又はペプチド模倣リガンドは、約５〜５０アミノ酸長、例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、又は５０アミノ酸長であってよい。
【０２２７】
例示的な両親媒性ペプチドとして、限定はしないが、セクロピン、リコトキシン(lycotoxin)、パラダキシン(paradaxin)、ブホリン、ＣＰＦ、ボンビニン様ペプチド(ＢＬＰ)、カテリシジン、セラトトキシン(ceratotoxin)、Ｓ.クラバ(S. clava)ペプチド、メクラウナギ(hagfish)腸抗菌ペプチド(ＨＦＩＡＰ)、マガイニン(magainine)、ブレビニン−２、デルマセプチン、メリチン、プレウロシジン、Ｈ２Ａペプチド、アフリカツメガエル(Xenopus)ペプチド、エスクレンチニス−１(esculentinis-1)、及びカエリンが挙げられる。
【０２２８】
本明細書で使用される、「エンドソーム性リガンド」は、エンドソーム特性を有する分子を指す。エンドソーム性リガンドは、本発明の組成物若しくはその成分の溶解、及び／又は本発明の組成物若しくはその成分の、エンドソーム、リソソーム、小胞体(ＥＲ)、ゴルジ装置、微小管、ペロキシソーム、又は細胞内の他の小胞体から細胞の細胞質への輸送を促進する。いくつかの例示的なエンドソーム性リガンドとして、限定はしないが、イミダゾール、ポリ若しくはオリゴイミダゾール、直鎖若しくは分岐状ポリエチレンイミン(ＰＥＩ)、直鎖及び分岐状ポリアミン、例えば、スペルミン、カチオン性直鎖若しくは分岐状ポリアミン、ポリカルボキシレート、ポリカチオン、マスクオリゴ若しくはポリカチオン又はアニオン、アセタール、ポリアセタール、ケタール／ポリケタール、オルトエステル、マスク若しくは非マスクカチオン又はアニオン電荷を有する直鎖若しくは分岐状ポリマー、マスク若しくは非マスクカチオン又はアニオン電荷を有するデンドリマー、ポリアニオン性ペプチド、ペプチド模倣物、ｐＨ感受性ペプチド、天然及び合成融合性脂質、天然及び合成カチオン性脂質が挙げられる。
【０２２９】
例示的なエンドソーム性／融合性ペプチドとして、限定はしないが、以下のものが挙げられる：
ＡＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡＡＡＡＧＧＣ(ＧＡＬＡ)；ＡＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＡＡＡＧＧＣ(ＥＡＬＡ)；ＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡ；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＷＤＹＧ(ＩＮＦ−７)；ＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＷＹＧ(Ｉｎｆ  ＨＡ−２)；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＷＹＧＣＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤ  ＧＷＹＧＣ(ｄｉＩＮＦ−７)；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＧＣＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＧＣ(ｄｉＩＮＦ−３)；ＧＬＦＧＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＨＬＡＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＡＧＧＳＣ(ＧＬＦ)；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＬＡＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＡＧＧＳＣ(ＧＡＬＡ−ＩＮＦ３)；ＧＬＦ  ＥＡＩ  ＥＧＦＩ  ＥＮＧＷ  ＥＧｎＩ  ＤＧ  Ｋ  ＧＬＦ  ＥＡＩ  ＥＧＦＩ  ＥＮＧＷ  ＥＧｎＩ  ＤＧ(ＩＮＦ−５、ｎはノルロイシンである)；ＬＦＥＡＬＬＥＬＬＥＳＬＷＥＬＬＬＥＡ(ＪＴＳ−１)；ＧＬＦＫＡＬＬＫＬＬＫＳＬＷＫＬＬＬＫＡ(ｐｐＴＧ１)；ＧＬＦＲＡＬＬＲＬＬＲＳＬＷＲＬＬＬＲＡ(ｐｐＴＧ２０)；ＷＥＡＫＬＡＫＡＬＡＫＡＬＡＫＨＬＡＫＡＬＡＫＡＬＫＡＣＥＡ(ＫＡＬＡ)；ＧＬＦＦＥＡＩＡＥＦＩＥＧＧＷＥＧＬＩＥＧＣ(ＨＡ)；ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＩＳＷＩＫＲＫＲＱＱ(Ｍｅｌｉｔｔｉｎ)；Ｈ５ＷＹＧ；及びＣＨＫ６ＨＣ。
【０２３０】
特定の理論に拘束されることは意図しないが、融合性脂質は、膜と融合し、その結果、膜を不安定化する。融合性脂質は、通常、小さい頭部基及び不飽和アシル鎖を有する。例示的な融合性脂質として、限定はしないが、１,２−ジレオイル−ｓｎ−３−ホスホエタノールアミン(ＤＯＰＥ)、ホスファチジルエタノールアミン(ＰＯＰＥ)、パルミトイルホスファチジルコリン(ＰＯＰＣ)、(６Ｚ,９Ｚ,２８Ｚ,３１Ｚ)−ヘプタトリアコンタ−６,９,２８,３１−テトラエン−１９−オール(Ｄｉ−Ｌｉｎ)、Ｎ−メチル(２,２−ジ(９Ｚ,１２Ｚ)−オクタデカ−９,１２−ジエニル)−１,３−ジオキソラン−４−イル)メタンアミン(ＤＬｉｎ−ｋ−ＤＭＡ)及びＮ−メチル−２−(２,２−ジ((９Ｚ,１２Ｚ)−オクタデカ−９,１２−ジエニル)−１,３−ジオキソラン−４−イル)エタンアミン(本明細書では、ＸＴＣとも呼ばれる)が挙げられる。
【０２３１】
本発明に適したエンドソーム溶解活性を有する合成ポリマーは、米国特許出願公開第２００９／００４８４１０号明細書；同第２００９／００２３８９０号明細書；同第２００８／０２８７６３０号明細書；同第２００８／０２８７６２８号明細書；同第２００８／０２８１０４４号明細書；同第２００８／０２８１０４１号明細書；同第２００８／０２６９４５０号明細書；同第２００７／０１０５８０４号明細書；同第２００７００３６８６５号明細書；及び同第２００４／０１９８６８７号明細書に記載されており、これらの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２３２】
例示的な細胞透過性ペプチドとして、限定はしないが、以下のものが挙げられる：
ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ(ペネトラチン)；ＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＰＰＱＣ(Ｔａｔ断片４８〜６０)；ＧＡＬＦＬＧＷＬＧＡＡＧＳＴＭＧＡＷＳＱＰＫＫＫＲＫＶ(シグナル配列ベースのペプチド)；ＬＬＩＩＬＲＲＲＩＲＫＱＡＨＡＨＳＫ(ＰＶＥＣ)；ＧＷＴＬＮＳＡＧＹＬＬＫＩＮＬＫＡＬＡＡＬＡＫＫＩＬ(トランスポルタン)；ＫＬＡＬＫＬＡＬＫＡＬＫＡＡＬＫＬＡ(両親媒性モデルペプチド)；ＲＲＲＲＲＲＲＲＲ(Ａｒｇ９)；ＫＦＦＫＦＦＫＦＦＫ(細菌細胞透過性ペプチド)；ＬＬＧＤＦＦＲＫＳＫＥＫＩＧＫＥＦＫＲＩＶＱＲＩＫＤＦＬＲＮＬＶＰＲＴＥＳ(ＬＬ−３７)；ＳＷＬＳＫＴＡＫＫＬＥＮＳＡＫＫＲＩＳＥＧＩＡＩＡＩＱＧＧＰＲ(セクロピンＰ１)；ＡＣＹＣＲＩＰＡＣＩＡＧＥＲＲＹＧＴＣＩＹＱＧＲＬＷＡＦＣＣ(α−デフェンシン)；ＤＨＹＮＣＶＳＳＧＧＱＣＬＹＳＡＣＰＩＦＴＫＩＱＧＴＣＹＲＧＫＡＫＣＣＫ(β−デフェンシン)；ＲＲＲＰＲＰＰＹＬＰＲＰＲＰＰＰＦＦＰＰＲＬＰＰＲＩＰＰＧＦＰＰＲＦＰＰＲＦＰＧＫＲ−ＮＨ２(ＰＲ−３９)；ＩＬＰＷＫＷＰＷＷＰＷＲＲ−ＮＨ２(インドリシジン)；ＡＡＶＡＬＬＰＡＶＬＬＡＬＬＡＰ(ＲＦＧＦ)；ＡＡＬＬＰＶＬＬＡＡＰ(ＲＦＧＦ類似体)；及びＲＫＣＲＩＶＶＩＲＶＣＲ(バクテネシン)。
【０２３３】
例示的なカチオン性基として、限定はしないが、例えば、Ｏ−ＡＭＩＮＥ(ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノ)；アミノアルコキシ、例えば、Ｏ(ＣＨ２)ｎＡＭＩＮＥ(例えば、ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノ)；アミノ(例えば、ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸)；並びにＮＨ(ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ)ｎＣＨ２ＣＨ２−ＡＭＩＮＥ(ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ)から得られる、プロトン化アミノ基が挙げられる。
【０２３４】
本明細書で使用される、用語「ターゲティングリガンド」は、選択される標的、例えば、細胞、細胞型、組織、臓器、身体の領域、又はコンパートメント、例えば、細胞、組織若しくは臓器コンパートメントに対し、増大した親和性を付与する任意の分子を指す。いくつかの例示的なターゲティングリガンドとして、限定はしないが、抗体、抗原、葉酸塩、受容体リガンド、炭水化物、アプタマー、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、ＰＳＭＡ、エンドテリン、ＧＣＰＩＩ、ソマトスタチン、ＬＤＬ及びＨＤＬリガンドが挙げられる。
【０２３５】
炭水化物ベースのターゲティングリガンドとして、限定はしないが、Ｄ−ガラクトース、多価ガラクトース、Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトース(ＧａｌＮＡｃ)、多価ＧａｌＮＡｃ、例えば、ＧａｌＮＡｃ２及びＧａｌＮＡｃ３；Ｄ−マンノース、多価マンノース、多価ラクトース、Ｎ−アセチル−ガラクトサミン、Ｎ−アセチル−グルコサミン、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸及びレクチンが挙げられる。多価という用語は、２つ以上の単糖単位が存在することを示す。このような単糖サブユニットは、グリコシド結合を介して互いに連結するか、又はスカフォールド分子に連結することができる。
【０２３６】
リガンドとして、本発明に適したいくつかの葉酸塩及び葉酸塩類似体が米国特許第２,８１６,１１０号明細書；同第５１４１０,１０４号明細書；同第５,５５２,５４５号明細書；同第６,３３５,４３４号明細書及び同第７,１２８,８９３号明細書に記載されており、これらの内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０２３７】
本明細書で使用される、用語「ＰＫ調節リガンド」及び「ＰＫモジュレータ」は、本発明の組成物の薬剤動態を調節することができる分子を指す。いくつかの例示的なＰＫモジュレータとして、限定はしないが、親油性分子、胆汁酸、ステロール、リン脂質類似体、ペプチド、タンパク質結合剤、ビタミン、脂肪酸、フェノキサジン、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、スプロフェン、ケトプロフェン、(Ｓ)−(＋)−プラノプロフェン、カルプロフェン、ＰＥＧ、ビオチン、及びトランスサイレチア−結合リガンド(例えば、テトライイドチロ酢酸、２,４,６−トリイドフェノール及びフルフェナム酸)が挙げられる。いくつかのホスホロチオエート糖間結合を含むオリゴマー化合物は、血清タンパク質と結合することも知られており、従って、短いオリゴマー化合物、例えば、約５〜３０ヌクレオチド(例えば、５〜２５ヌクレオチド、好ましくは５〜２０ヌクレオチド、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０ヌクレオチド)を含み、骨格に複数のホスホロチオエート結合を含むオリゴヌクレオチドも、リガンド(例えば、ＰＫ調節リガンド)として本発明に適している。ＰＫ調節オリゴヌクレオチドは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれを上回るホスホロチオエート及び／又はホスホロジチオエート結合を含む。ある態様では、ＰＫ調節オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート及び／又はホスホロジチオエート結合である。さらに、血清成分に結合するアプタマー(例えば、血清タンパク質)も、ＰＫ調節リガンドとして、本発明に適している。血清成分(例えば、血清タンパク質)との結合は、Oravcova, et al., Journal of Chromatography B (1996), 677:1-27に記載されているものなどのアルブミン結合アッセイから予測することができる。
【０２３８】
２つ以上のリガンドが存在する場合、リガンドは、全て同じ特性を有してもよく、全てが異なる特性を有するか、又は一部のリガンドが同じ特性を有し、残りは異なる特性を有してもよい。例えば、リガンドは、ターゲティング特性を有する、エンドソーム溶解活性を有する、又はＰＫ調節特性を有することができる。好ましい態様では、リガンドは全て、異なる特性を有する。
【０２３９】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物の一方の鎖のリガンドは、第２の鎖のリガンドに対して親和性を有する。ある態様では、リガンドは、二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖に共有結合される。本明細書で使用される通り、リガンド、オリゴマー鎖より多くに連結されているとき、オリゴマー化合物の結合点は、リガンド自体の原子又はリガンド自体が結合されている担体分子の原子であってもよい。
【０２４０】
リガンドは、様々な箇所、例えば、３’−末端、５’−末端、及び／又は内部位置で、オリゴマー化合物に結合することができる。２つ以上のリガンドが存在する場合、リガンドは、オリゴマー化合物の両側の末端にあってもよい。好ましい態様では、リガンドは、介在テザー／リンカーを介してオリゴマー化合物に結合している。リガンド又は係留されたリガンドは、モノマーが成長鎖に組み込まれている場合、このモノマー上に存在してもよい。ある態様では、リガンドは、「前駆体」モノマーを成長鎖に組み込んだ後、カップリングによってこの「前駆体」モノマーに組み込むこともできる。例えば、アミノ末端テザー(すなわち、リガンドが結合していない)モノマー、例えば、モノマー−リンカー−ＮＨ２は、成長オリゴマー化合物鎖に組み込むことができる。次の操作で、すなわち、鎖への前駆体モノマーの組み込み後、求電子基を有するリガンド、例えば、ペンタフルオロフェニルエステル又はアルデヒド基を有するリガンドを、リガンドの求電子基と前駆体モノマーの末端求電子基とのカップリングにより、前駆体モノマーのテザーに結合することができる。
【０２４１】
別の態様では、クリックケミストリー反応に参加するのに好適な化学基を有するリガンド、例えば、アジ化物又はアルキン末端テザー／リンカーを組み込むことができる。次の操作で、すなわち、鎖への前駆体モノマーの組み込み後、相補的化学基を有するリガンド、例えば、アルキン又はアジ化物を、アルキン及びアジ化物とのカップリングにより、前駆体モノマーに結合することができる。
【０２４２】
二本鎖オリゴマー化合物の場合、リガンドを一方又は両方の鎖に結合することができる。ある態様では、ｓｉＲＮＡは、センス鎖に共役したリガンドを含む。別の態様では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に共役したリガンドを含む。
【０２４３】
ある態様では、リガンドは、オリゴマー化合物の核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合に共役することができる。プリン核酸塩基又はその誘導体への共役は、環内及び環外原子などの任意の位置で実施してよい。ある態様では、プリン核酸塩基の２−、６−、７−、又は８位をコンジュゲート部分に結合する。ピリミジン核酸塩基又はその誘導体への共役も任意の位置で実施してよい。ある態様では、ピリミジン核酸塩基の２−、５−、及び６位をコンジュゲート部分で置換することができる。リガンドを核酸塩基に共役させる場合、好ましい位置は、ハイブリダイゼーションを妨害しない、すなわち、塩基対合に必要な水素結合相互作用を妨害しない位置である。
【０２４４】
ヌクレオシドの糖部分への共役は、任意の炭素原子で実施してよい。コンジュゲート部分に結合することができる糖部分の例示的な炭素原子として、２’、３’、及び５’炭素原子がある。また、１’位も、コンジュゲート部分、例えば、脱塩基残基に結合することができる。ヌクレオシド間結合は、コンジュゲート部分を担持することもできる。リン含有結合(例えば、リン酸ジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロアミダイトなど)の場合、コンジュゲート部分を、リン原子に直接、又はリン原子に結合したＯ、Ｎ、若しくはＳ原子に結合することができる。アミン−又はアミド含有ヌクレオシド間結合(例えば、ＰＮＡ)の場合、コンジュゲート部分を、アミン若しくはアミドの窒素原子又は隣接する炭素原子に結合することができる。
【０２４５】
本発明者らは、中でも、リガンドと共役したＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が、ｓｉＲＮＡの活性を低減する上で特に有効であることを見出した。特定の理論に拘束されることは意図しないが、リガンドは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を所望の作用位置に送達することにより、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力を増加若しくは増強することができる。従って、ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物をリガンドと共役させる。
【０２４６】
ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と共役したリガンドは、所望の作用位置へのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の送達には有用であるが、ｓｉＲＮＡ活性を低減するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力にマイナスの影響を及ぼし得る。従って、ある態様では、リガンドとＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物との連結は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が所望の作用位置に到達した後、切断を受けるように設計することができる。これは、いくつかの方法で達成することができる。例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物をリガンドに連結するリンカーは、切断可能なリンカーであってよい。
【０２４７】
本発明者らはさらに、リガンドと連結したＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物中のヌクレオシドが、ｓｉＲＮＡの活性を低減するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力に影響を及ぼし得ることも見出した。本発明者らは、デオキシ糖(例えば、２’−デオキシリボース)を含む、リガンド共役ヌクレオシドが、ｓｉＲＮＡ活性を低減するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力を増強する上で特に有効であることを見出した。従って、ある態様では、リガンドと共役したヌクレオシドは、デオキシ糖、例えば、２’−デオキシ糖を含む。
【０２４８】
本明細書に開示する様々な面のある態様では、リガンドは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の３’末端のヌクレオシドに結合させる。本発明者らは、中でも、リガンド共役ヌクレオチドと残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物とのヌクレオチド間結合も、ｓｉＲＮＡ活性を低減するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力に影響を及ぼし得ることを見出した。特定の理論に拘束されることは意図しないが、容易に切断可能なヌクレオチド間結合は、ｓｉＲＮＡ活性を低減するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の能力を増強する上で特に有効であることが判明している。従って、ある態様では、リガンド共役ヌクレオチドを、切断可能なヌクレオチド間結合を介して、残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に結合させる。ある態様では、切断可能なヌクレオチド間結合は、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合である。
【０２４９】
ある態様では、リガンド共役ヌクレオチドは、デオキシ糖を含み、これを、切断可能なヌクレオチド間結合を介して残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に連結させる。これの、一部の別の態様では、この切断可能なヌクレオチド間結合は、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合である。
【０２５０】
ある態様では、リガンド共役ヌクレオチドは、デオキシ糖を含み、これを、リン酸ジエステル結合ではないヌクレオチド間結合を介して残りのＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に連結させる。
【０２５１】
ある態様では、リガンドは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の３’末端のヌクレオチドに共役させる。
【０２５２】
ある態様では、リガンドは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の５’末端に共役させる。ある態様では、第１リガンドをＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の５’末端に共役させ、第２リガンドを第１リガンドに共役させる。
【０２５３】
オリゴマー化合物のコンジュゲートを調製する多く方法がある。一般に、オリゴマー化合物の反応性基(例えば、ＯＨ、ＳＨ、アミン、カルボキシル、アルデヒドなど)をコンジュゲート部分の反応性基と接触させることにより、オリゴマー化合物をコンジュゲート部分に結合する。ある態様では、一方の反応性基は求電子性で、他方は求核性である。
【０２５４】
例えば、求電子基は、カルボニル含有官能基であってよく、求核基は、アミン又はチオールであってよい。結合基を用いる、又は用いない核酸及び関連オリゴマー化合物の共役方法は、例えば、Manoharan in Antisense Research and Applications, Crooke and LeBleu, eds., CRC Press,Boca Raton,Fla., 1993, Chapter 17(これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)などの文献に十分に記載されている。
【０２５５】
オリゴマー化合物、例えば、オリゴヌクレオチドのコンジュゲートの調製を教示する代表的な米国特許として、限定はしないが、米国特許第４,８２８,９７９号明細書；同第４,９４８,８８２号明細書；同第５,２１８,１０５号明細書；同第５,５２５,４６５号明細書；同第５,５４１,３１３号明細書；同第５,５４５,７３０号明細書；同第５,５５２,５３８号明細書；同第５,５７８,７１７号明細書、同第５,５８０,７３１号明細書；同第５,５８０,７３１号明細書；同第５,５９１,５８４号明細書；同第５,１０９,１２４号明細書；同第５,１１８,８０２号明細書；同第５,１３８,０４５号明細書；同第５,４１４,０７７号明細書；同第５,４８６,６０３号明細書；同第５,５１２,４３９号明細書；同第５,５７８,７１８号明細書；同第５,６０８,０４６号明細書；同第４,５８７,０４４号明細書；同第４,６０５,７３５号明細書；同第４,６６７,０２５号明細書；同第４,７６２,７７９号明細書；同第４,７８９,７３７号明細書；同第４,８２４,９４１号明細書；同第４,８３５,２６３号明細書；同第４,８７６,３３５号明細書；同第４,９０４,５８２号明細書；同第４,９５８,０１３号明細書；同第５,０８２,８３０号明細書；同第５,１１２,９６３号明細書；同第５,２１４,１３６号明細書；同第５,０８２,８３０号明細書；同第５,１１２,９６３号明細書；同第５,１４９,７８２号明細書；同第５,２１４,１３６号明細書；同第５,２４５,０２２号明細書；同第５,２５４,４６９号明細書；同第５,２５８,５０６号明細書；同第５,２６２,５３６号明細書；同第５,２７２,２５０号明細書；同第５,２９２,８７３号明細書；同第５,３１７,０９８号明細書；同第５,３７１,２４１号明細書、同第５,３９１,７２３号明細書；同第５,４１６,２０３号明細書、同第５,４５１,４６３号明細書；同第５,５１０,４７５号明細書；同第５,５１２,６６７号明細書；同第５,５１４,７８５号明細書；同第５,５６５,５５２号明細書；同第５,５６７,８１０号明細書；同第５,５７４,１４２号明細書；同第５,５８５,４８１号明細書；同第５,５８７,３７１号明細書；同第５,５９５,７２６号明細書；同第５,５９７,６９６号明細書；同第５,５９９,９２３号明細書；同第５,５９９,９２８号明細書；同第５,６７２,６６２号明細書；同第５,６８８,９４１号明細書；同第５,７１４,１６６号明細書；同第６,１５３,７３７号明細書；同第６,１７２,２０８号明細書；同第６,３００,３１９号明細書；同第６,３３５,４３４号明細書；同第６,３３５,４３７号明細書；同第６,３９５,４３７号明細書；同第６,４４４,８０６号明細書；同第６,４８６,３０８号明細書；同第６,５２５,０３１号明細書；同第６,５２８,６３１号明細書；同第６,５５９,２７９号明細書が挙げられ、これらの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２５６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、
【化２３】
2018504380.tif 000024
に示す構造を有するリガンドを含み、
ここで、
ＬＧは、それぞれの存在について独立に、リガンド、例えば、炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、多糖であり；
Ｚ’、Ｚ’’、Ｚ’’’及びＺ’’’’は、それぞれの存在について各々独立に、Ｏ又はＳである。
【０２５７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、式(ＩＩ)、(ＩＩＩ)、(ＩＶ)又は(Ｖ)：
【化２４】
2018504380.tif 000025
に示す構造を有するリガンドを含み、
ここで、
ｑ２Ａ、ｑ２Ｂ、ｑ３Ａ、ｑ３Ｂ、ｑ４Ａ、ｑ４Ｂ、ｑ５Ａ、ｑ５Ｂ及びｑ５Ｃは、それぞれの存在について独立に、０〜２０であり、反復単位は、同じか又は異なっていてもよく；
Ｑ及びＱ’は、それぞれの存在について独立に、非存在、−(ｐ７−Ｑ７−Ｒ７)ｐ−Ｔ７−又は−Ｔ７−Ｑ７−Ｔ７’−Ｂ−Ｔ８’−Ｑ８−Ｔ８であり；
Ｐ２Ａ、Ｐ２Ｂ、Ｐ３Ａ、Ｐ３Ｂ、Ｐ４Ａ、Ｐ４Ｂ、Ｐ５Ａ、Ｐ５Ｂ、Ｐ５Ｃ、Ｐ７、Ｔ２Ａ、Ｔ２Ｂ、Ｔ３Ａ、Ｔ３Ｂ、Ｔ４Ａ、Ｔ４Ｂ、Ｔ４Ａ、Ｔ５Ｂ、Ｔ５Ｃ、Ｔ７、Ｔ７’、Ｔ８及びＴ８’は、それぞれの存在について各々独立に、ＣＯ、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＯＣ(Ｏ)、ＮＨＣ(Ｏ)、ＣＨ２、ＣＨ２ＮＨ又はＣＨ２Ｏであり；
Ｂは、−ＣＨ２−Ｎ(ＢＬ)−ＣＨ２−であり；
ＢＬは、−ＴＢ−ＱＢ−ＴＢ’−Ｒｘであり；
Ｑ２Ａ、Ｑ２Ｂ、Ｑ３Ａ、Ｑ３Ｂ、Ｑ４Ａ、Ｑ４Ｂ、Ｑ５Ａ、Ｑ５Ｂ、Ｑ５Ｃ、Ｑ７、Ｑ８及びＱＢは、それぞれの存在について独立に、非存在、アルキレン、置換されたアルキレンであり、１つ又は複数のメチレンは、Ｏ、Ｓ、Ｓ(Ｏ)、ＳＯ２、Ｎ(ＲＮ)、Ｃ(Ｒ’)＝Ｃ(Ｒ’)、Ｃ≡Ｃ又はＣ(Ｏ)の１つ又は複数によって分断若しくは終結することができ；
ＴＢ及びＴＢ’は、それぞれの存在について各々独立に、非存在、ＣＯ、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＯＣ(Ｏ)、ＯＣ(Ｏ)Ｏ、ＮＨＣ(Ｏ)、ＮＨＣ(Ｏ)、ＮＨＣ(Ｏ)ＮＨ、ＮＨＣ(Ｏ)Ｏ、ＣＨ２、ＣＨ２ＮＨ又はＣＨ２Ｏであり；
ＲＸは、親油性物質(例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１−ピレン酪酸、ジヒドロテストロン、１,３−ビス−Ｏ(ヘキサデシル)グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１,３−プロパノールジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３−(オレオイル)リトコール酸、Ｏ３−(オレオイル)コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジン)、ビタミン(例えば、葉酸塩、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビオチン、ピリドキサール)、ペプチド、炭水化物(例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖)、エンドソーム性成分、ステロイド(例えば、ウバオール、ヘシゲニン、ジオスゲニン)、テルペン(例えば、トリテルペン、例えば、サルササポゲニン、フリーデリン、エピフリーデラノール誘導体化リトコール酸)、又はカチオン性脂質であり；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ２Ａ、Ｒ２Ｂ、Ｒ３Ａ、Ｒ３Ｂ、Ｒ４Ａ、Ｒ４Ｂ、Ｒ５Ａ、Ｒ５Ｂ、Ｒ５Ｃ、Ｒ７は、それぞれの存在について各々独立に、非存在、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｃ(Ｏ)Ｏ、Ｃ(Ｏ)ＮＨ、ＮＨＣＨ(Ｒａ)Ｃ(Ｏ)、−Ｃ(Ｏ)−ＣＨ(Ｒａ)−、ＮＨ−、ＣＯ、ＣＨ＝Ｎ−Ｏ、
【化２５】
2018504380.tif 000026
又はヘテロシクリルであり；
Ｌ１、Ｌ２Ａ、Ｌ２Ｂ、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ、Ｌ４Ａ、Ｌ４Ｂ、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃは、それぞれの存在について各々独立に、炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖及び多糖であり；
Ｒ’及びＲ’’は、各々独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ＯＨ、ＳＨ、又はＮ(ＲＮ)２であり；
ＲＮは、各々独立に、Ｈ、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル又はベンジルであり；
Ｒａは、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり；
Ｚ’、Ｚ’’、Ｚ’’’及びＺ’’’’は、それぞれの存在について各々独立に、Ｏ又はＳであり；
ｐは、それぞれの存在について各々独立に、０〜２０である。
【０２５８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化２６】
2018504380.tif 000027
のリガンドを含む。
【０２５９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化２７】
2018504380.tif 000028
のリガンドを含む。
【０２６０】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化２８】
2018504380.tif 000029
のリガンドを含む。
【０２６１】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化２９】
2018504380.tif 000030
のリガンドを含む。
【０２６２】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３０】
2018504380.tif 000031
のリガンドを含む。
【０２６３】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３１】
2018504380.tif 000032
のリガンドを含む。
【０２６４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３２】
2018504380.tif 000033
のリガンドを含む。
【０２６５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３３】
2018504380.tif 000034
のリガンドを含む。
【０２６６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３４】
2018504380.tif 000035
のリガンドを含む。
【０２６７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３５】
2018504380.tif 000036
のリガンドを含む。
【０２６８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３６】
2018504380.tif 000037
のリガンドを含む。
【０２６９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３７】
2018504380.tif 000038
のモノマーを含む。
【０２７０】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３８】
2018504380.tif 000039
のリガンドを含む。
【０２７１】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化３９】
2018504380.tif 000040
のモノマーを含む。
【０２７２】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４０】
2018504380.tif 000041
のモノマーを含む。
【０２７３】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４１】
2018504380.tif 000042
のモノマーを含む。
【０２７４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４２】
2018504380.tif 000043
のモノマーを含む。
【０２７５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４３】
2018504380.tif 000044
のモノマーを含む。
【０２７６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４４】
2018504380.tif 000045
のモノマーを含む。
【０２７７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４５】
2018504380.tif 000046
のリガンドを含む。
【０２７８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４６】
2018504380.tif 000047
のリガンドを含む。
【０２７９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４７】
2018504380.tif 000048
のリガンドを含む。
【０２８０】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４８】
2018504380.tif 000049
のリガンドを含む。
【０２８１】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化４９】
2018504380.tif 000050
のリガンドを含む。
【０２８２】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５０】
2018504380.tif 000051
のリガンドを含む。
【０２８３】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５１】
2018504380.tif 000052
のリガンドを含む。
【０２８４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５２】
2018504380.tif 000053
のリガンドを含む。
【０２８５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５３】
2018504380.tif 000054
のリガンドを含む。
【０２８６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５４】
2018504380.tif 000055
のモノマーを含む。
【０２８７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５５】
2018504380.tif 000056
のモノマーを含む。
【０２８８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５６】
2018504380.tif 000057
のモノマーを含む。
【０２８９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５７】
2018504380.tif 000058
のモノマーを含む。
【０２９０】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５８】
2018504380.tif 000059
のモノマーを含む。
【０２９１】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化５９】
2018504380.tif 000060
のモノマーを含む。
【０２９２】
ある態様では、Ｌ２Ａ及びＬ２Ｂはいずれも異なる。
【０２９３】
一部の好ましい態様では、Ｌ３Ａ及びＬ３Ｂはいずれも同じである。
【０２９４】
ある態様では、Ｌ３Ａ及びＬ３Ｂはいずれも異なる。
【０２９５】
一部の好ましい態様では、Ｌ４Ａ及びＬ４Ｂはいずれも同じである。
【０２９６】
ある態様では、Ｌ４Ａ及びＬ４Ｂはいずれも異なる。
【０２９７】
一部の好ましい態様では、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃは全て同じである。
【０２９８】
ある態様では、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃのうちの２つが同じである。
【０２９９】
ある態様では、Ｌ５Ａ及びＬ５Ｂは同じである。
【０３００】
ある態様では、Ｌ５Ａ及びＬ５Ｃは同じである。
【０３０１】
ある態様では、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃは同じである。
【０３０２】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６０】
2018504380.tif 000061
のモノマーを含む。
【０３０３】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６１】
2018504380.tif 000062
のモノマーを含む。
【０３０４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６２】
2018504380.tif 000063
のモノマーを含む。
【０３０５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６３】
2018504380.tif 000064
のモノマーを含み、ここで、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、３〜６である。
【０３０６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６４】
2018504380.tif 000065
のモノマーを含み、ここで、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、３〜６である。
【０３０７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６５】
2018504380.tif 000066
のモノマーを含む。
【０３０８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６６】
2018504380.tif 000067
のモノマーを含み、ここで、Ｘは、Ｏ又はＳである。
【０３０９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、
【化６７】
2018504380.tif 000068
【化６８】
2018504380.tif 000069
からなる群から選択されるモノマーを含む。
【０３１０】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化６９】
2018504380.tif 000070
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１１】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７０】
2018504380.tif 000071
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１２】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７１】
2018504380.tif 000072
式(ＶＩＩ)のモノマーを含み、ここで、Ｒは、Ｏ又はＳである。
【０３１３】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７２】
2018504380.tif 000073
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１４】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７３】
2018504380.tif 000074
のモノマーを含む。
【０３１５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７４】
2018504380.tif 000075
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７５】
2018504380.tif 000076
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１７】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７６】
2018504380.tif 000077
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１８】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７７】
2018504380.tif 000078
のモノマーを含み、ここで、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＯＨである。
【０３１９】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化７８】
2018504380.tif 000079
のモノマーを含む。
【０３２０】
前述したモノマーにおいて、Ｘ及びＹは、それぞれの存在について各々独立に、Ｈ、保護基、リン酸基、リン酸ジエステル基、活性化リン酸基、活性化亜リン酸基、ホスホロアミダイト、固定支持体、−Ｐ(Ｚ’)(Ｚ’’)Ｏ−ヌクレオシド、−Ｐ(Ｚ’)(Ｚ’’)Ｏ−ヌクレオチド、脂質、ＰＥＧ、ステロイド、ポリマー、ヌクレオチド、ヌクレオシド、又はオリゴヌクレオチド；Ｚ’及びＺ’’は、それぞれの存在について各々独立に、Ｏ又はＳである。
【０３２１】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、構造：
【化７９】
2018504380.tif 000080
のリガンドと共役される。
【０３２２】
ある態様では、共役ｓｉＲＮＡは、構造：
【化８０】
2018504380.tif 000081
のリガンドを有する。
【０３２３】
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、構造：
【化８１】
2018504380.tif 000082
のモノマーを含む。
【０３２４】
前述したリガンド及びモノマーの合成は、例えば、米国特許第８,１０６,０２２号明細書(その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。
【０３２５】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、構造：
【化８２】
2018504380.tif 000083
のリガンドを含む。
【０３２６】
ある態様では、限定はしないが、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物及びｓｉＲＮＡなどの本明細書に記載するオリゴマー化合物は、Prakashらの米国特許第９,１８１,５４９号明細書(その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているものからのリガンドを含む。
【０３２７】
当技術分野で公知のものなどの結合基又は二官能価結合部分は、本発明で提供する化合物に適している。結合基は、例えばオリゴマー化合物などの親化合物中の選択性部位に対する、化学官能基、コンジュゲート基、リポータ基及びその他の基の結合に有用である。一般に、二官能価結合部分は、２つの官能基を有するヒドロカルボニル部分である。官能基の一方は、親分子又は目的の化合物に結合するように選択され、他方は、化学官能基又はコンジュゲート基などの選択された任意の基に、本質的に結合するように選択される。ある態様では、リンカーは、エチレングリコール若しくはアミノ酸単位などの反復単位の鎖構造又はオリゴマーを含む。二官能価結合部分に常用的に用いられる官能基の例として、限定はしないが、求核基と反応させるための求電子基、及び求電子基と反応させるための求核基が挙げられる。ある態様では、二官能価結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和(例えば、二重又は三重結合)などを含む。二官能価結合部分のいくつかの非限定的な例として、８−アミノ−３,６−ジオキサオクタン酸(ＡＤＯ)、スクシニミジル４−(Ｎ−マレイミドメチル)シクロヘキサン−１−カルボキシレート(ＳＭＣＣ)及び６−アミノヘキサン酸(ＡＨＥＸ又はＡＨＡ)が挙げられる。他の結合基として、限定はしないが、置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、置換若しくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルケニル、又は置換若しくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的リストは、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルを含む。
【０３２８】
ある態様では、リガンドは、リンカーを介してオリゴマー化合物と共役される。
【０３２９】
本明細書で使用される、用語「リンカー」は、化合物の２つの部分をつなげる有機部分を意味する。リンカーは、典型的には、直接結合又は酸素若しくは硫黄などの原子、ＮＲ１、Ｃ(Ｏ)、Ｃ(Ｏ)ＮＨ、ＳＯ、ＳＯ２、ＳＯ２ＮＨなどの単位、又は置換若しくは非置換アルキル、置換若しくは非置換アルケニル、置換若しくは非置換アルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、へテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘテロシクリルアルキニル、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、アルキニルヘレロアリールなどの原子鎖を含み、ここで、１つ又は複数のメチレンは、Ｏ、Ｓ、Ｓ(Ｏ)、ＳＯ２、Ｎ(Ｒ１)２、Ｃ(Ｏ)、切断可能な結合部分、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換へテロアリール、置換若しくは非置換ヘテロ環式で分断又は終結されていてもよく、ここで、Ｒ１は、水素、アシル、脂肪族、は置換脂肪族である。
【０３３０】
ある態様では、リンカーは、−[(Ｐ−Ｑ’’−Ｒ)ｑ−Ｘ−(Ｐ’−Ｑ’’’−Ｒ’)ｑ’]ｑ’’−Ｔ−であり、式中、Ｐ、Ｒ、Ｔ、Ｐ’、Ｒ’及びＴは、それぞれの存在について各々独立に、非存在、ＣＯ、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＯＣ(Ｏ)、ＮＨＣ(Ｏ)、ＣＨ２、ＣＨ２ＮＨ、ＣＨ２Ｏ；ＮＨＣＨ(Ｒａ)Ｃ(Ｏ)、−Ｃ(Ｏ)−ＣＨ(Ｒａ)−ＮＨ−、ＣＨ＝Ｎ−Ｏ、
【化８３】
2018504380.tif 000084
又はヘテロシクリルであり；
Ｑ’’及びＱ’’’は、それぞれの存在について各々独立に、非存在、−(ＣＨ２)ｎ−、−Ｃ(Ｒ１)(Ｒ２)(ＣＨ２)ｎ−、−(ＣＨ２)ｎＣ(Ｒ１)(Ｒ２)−、−(ＣＨ２ＣＨ２Ｏ)ｍＣＨ２ＣＨ２−、又は−(ＣＨ２ＣＨ２Ｏ)ｍＣＨ２ＣＨ２ＮＨ−であり、Ｘは、非存在であるか又は切断可能な結合基であり；
Ｒａは、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり；
Ｒ１及びＲ２は、それぞれの存在について各々独立に、Ｈ、ＣＨ３、ＯＨ、ＳＨ又はＮ(ＲＮ)２であり；
ＲＮは、それぞれの存在について各々独立に、Ｈ、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル又はベンジルであり；
ｑ、ｑ’、及びｑ’’は、それぞれの存在について各々独立に、０〜２０であり、ここで、反復単位は、同じでも異なっていてもよく；
ｎは、それぞれの存在について各々独立に、１〜２０であり；
ｍは、それぞれの存在について各々独立に、０〜５０である。
【０３３１】
ある態様では、リンカーは、少なくとも１つの切断可能な結合基を含む。
【０３３２】
ある態様では、リンカーは、分岐状リンカーである。分岐状リンカーの分岐点は、少なくとも三価であってもよいが、四価、五価若しくは六価の原子、又はそのような多価を示す基であってもよい。ある態様では、分岐点は、−Ｎ、−Ｎ(Ｑ)−Ｃ、−Ｏ−Ｃ、−Ｓ−Ｃ、−ＳＳ−Ｃ、−Ｃ(Ｏ)Ｎ(Ｑ)−Ｃ、−ＯＣ(Ｏ)Ｎ(Ｑ)−Ｃ、−Ｎ(Ｑ)Ｃ(Ｏ)−Ｃ、又は−Ｎ(Ｑ)Ｃ(Ｏ)Ｏ−Ｃであり；式中、Ｑは、それぞれの存在について各々独立に、Ｈ又は所望により置換されたアルキルである。ある態様では、分岐点は、グリセロール又はグリセロール誘導体である。
【０３３３】
切断可能な結合基は、細胞外部では十分に安定しているが、標的細胞に進入すると、切断されて、リンカーが一緒に保持する２つの部分を放出するものである。好ましい態様では、切断可能な結合基は、対象の血液若しくは血清中、又は第２の基準条件下(例えば、血液若しくは血清中に見出される条件を模倣又は表すために選択することができる)より、標的細胞内又は第１の基準条件下(例えば、細胞内の条件を模倣又は表すために選択することができる)で、少なくとも１０倍以上、好ましくは少なくとも１００倍以上速く切断される。
【０３３４】
切断可能な結合基は、切断作用剤、例えば、ｐＨ、酸化還元電位、又は分解分子の存在に対して感受性である。一般に、切断作用剤は、血清又は血液中よりも細胞内部で、より行き渡っているか、又はより高いレベル若しくは活性で見出される。そのような分解作用剤の例として、以下のものが挙げられる：特定の基質のために選択される酸化還元剤又は基質特異性のない酸化還元剤、例えば、酸化若しくは還元酵素、又は還元によって酸化還元的に切断可能な結合基を分解することができる、細胞に存在するメルカプタンなどの還元剤；エステラーゼ；アミダーゼ；エンドソーム又は酸性環境を作り出すことができる作用剤、例えば５以下のｐＨをもたらすもの；一般酸、ペプチダーゼ(基質特異的であってよい)及びプロテアーゼ、並びにホスファターゼとして作用することにより、酸で切断可能な結合基を加水分解又は分解することができる酵素。
【０３３５】
リンカーは、特定の酵素により切断可能である切断可能な結合基を含むことができる。リンカーに組み込まれる切断可能な結合基のタイプは、ターゲティングしようとする細胞に応じて変わり得る。例えば、肝臓ターゲティングリガンドは、エステル基を含むリンカーを介してカチオン性脂質に連結することができる。肝細胞は、エステラーゼに富んでおり、従って、リンカーは、エステラーゼが豊富でない細胞型よりも肝細胞中で効率的に切断されるであろう。エステラーゼが豊富な他の細胞型としては、肺、腎皮質、及び精巣の細胞がある。
【０３３６】
肝細胞及び滑膜細胞などのペプチダーゼが豊富な細胞型をターゲティングする場合、ペプチド結合を含有するリンカーを使用することができる。
【０３３７】
ある態様では、切断可能な結合基は、血液若しくは血清(又は細胞外条件を模倣するように選択されたｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下)と比較して、細胞内(又は細胞内条件を模倣するように選択されたｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下)で少なくとも１.２５、１.５、１.７５、２、３、４、５、１０、２５、５０、又は１００倍速く切断される。  ある態様では、切断可能な結合基は、細胞内(又は細胞内条件を模倣するように選択されたｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下)と比較して、血液中(又は細胞外条件を模倣するように選択されたｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下)で、９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、又は１％未満切断される。
【０３３８】
例示的な切断可能な結合基として、限定はしないが、以下のものが挙げられる：酸化還元的に切断可能な結合基(例えば、−Ｓ−Ｓ及び−Ｃ(Ｒ)２−Ｓ−Ｓ−、ここで、Ｒは、Ｈ又はＣ１〜Ｃ６アルキルであり、少なくとも１つのＲは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、例えば、ＣＨ３若しくはＣＨ２ＣＨ３である)；ホスフェートベースの切断可能な結合基(例えば、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(ＯＲ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＯＲ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＳＲ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(ＯＲ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(ＯＲ)−Ｓ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(ＯＲ)−Ｓ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＯＲｋ)−Ｓ−、−Ｓ−Ｐ(Ｓ)(ＯＲ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(Ｒ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(Ｒ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(Ｒ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｓ)(Ｒ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(Ｒ)−Ｓ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(Ｒ)−Ｓ−、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(ＯＨ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＯＨ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＳＨ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(ＯＨ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(ＯＨ)−Ｓ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(ＯＨ)−Ｓ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(ＯＨ)−Ｓ−、−Ｓ−Ｐ(Ｓ)(ＯＨ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｏ)(Ｈ)−Ｏ−、−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(Ｈ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(Ｈ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｓ)(Ｈ)−Ｏ−、−Ｓ−Ｐ(Ｏ)(Ｈ)−Ｓ−、及び−Ｏ−Ｐ(Ｓ)(Ｈ)−Ｓ−、ここで、Ｒは、所望により置換された直鎖若しくは分岐状Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである)；酸で切断可能な結合基(例えば、ヒドラゾン、エステル、並びにアミノ酸のエステル、−Ｃ＝ＮＮ−及び−ＯＣ(Ｏ)−)；エステルベースの切断可能な結合基(例えば、−Ｃ(Ｏ)Ｏ−)；ペプチドベースの切断可能な結合基(例えば、細胞内のペプチダーゼ及びプロテアーゼなどの酵素により切断される結合基、例えば、−ＮＨＣＨＲＡＣ(Ｏ)ＮＨＣＨＲＢＣ(Ｏ)−、ここで、ＲＡ及びＲＢは、２つの隣接アミノ酸から構成されるＲ基である)。ペプチドベースの切断可能な結合基は、２つ以上のアミノ酸を含む。ある態様では、ペプチドベースの切断可能な結合基は、細胞に見出されるペプチダーゼ又はプロテアーゼの基質であるアミノ酸配列を含む。
【０３３９】
ある態様では、酸で切断可能な結合基は、約６.５以下(例えば、約６.−、５.５、５.０、又はそれを下回る)のｐＨを有する酸性環境中で、又は一般酸として作用し得る酵素などの作用剤により切断される。
【０３４０】
ある態様では、リンカーは、オリゴヌクレオチドリンカーであり、限定はしないが、(Ｎ)ｎ(Ｎは、独立に、修飾又は非修飾ヌクレオチドであり、ｎは、１〜２３である)を含む。ある態様では、ｎは、１〜１０、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である。ある態様では、オリゴヌクレオチドリンカーは、ＧＮＲＡ、(Ｇ)４、(Ｕ)４、及び(ｄＴ)４からなる群から選択され、ここで、Ｎは、修飾又は非修飾ヌクレオチドであり、Ｒは、修飾又は非修飾プリンヌクレオチドである。リンカー中の一部のヌクレオチドは、リンカー中の他のヌクレオチドとの塩基対合相互作用に関与し得る。当業者であれば、本明細書に記載する任意のオリゴヌクレオチド化学修飾又は変更をオリゴヌクレオチドリンカーに使用することができる。ある態様では、リンカーは、ｄＡである。
【０３４１】
モチーフ
本発明はさらに、キメラオリゴマー化合物であるオリゴマー化合物も含む。本発明に関連して、「キメラ」オリゴマー化合物又は「キメラ」は、２つ以上の化学的に異なる領域を含むオリゴマー化合物であり、各領域は、少なくとも１つのモノマー単位、すなわち、オリゴヌクレオチドの場合、修飾又は非修飾ヌクレオチドから構成される。キメラオリゴマー化合物は、特定のモチーフを有するものとして記載することができる。ある態様では、モチーフとして、限定はしないが、交互モチーフ、ギャップモチーフ、ヘミマーモチーフ、均質に完全に修飾されたモチーフ、及び位置修飾モチーフが挙げられる。本明細書で使用される、「化学的に異なる領域」という語句は、オリゴマー化合物の他所には存在しない修飾を有する点で、又はオリゴマー化合物の他所に存在する修飾がない点で、他の領域と異なるオリゴマー領域を指す。オリゴマー化合物は、２つ以上の化学的に異なる領域を含み得る。本明細書で使用される、修飾を含まない領域も化学的に異なるとみなされる。
【０３４２】
化学的に異なる領域は、オリゴマー化合物内で反復することができる。従って、オリゴマー化合物内の化学的に異なる領域のパターンは、第１の化学的に異なる領域に、１つ又は複数の第２の化学的に異なる領域が続くように実現することができる。化学的に異なる領域のこうした配列は、１回又は複数回反復することができる。好ましくは、２回以上配列を反復する。二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖がこれらの配列を含むことができる。化学的に異なる領域の各々は、実際に、わずかに単一モノマー、例えば、ヌクレオチドを含むこともある。ある態様では、化学的に異なる領域の各々は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７又は１８個のモノマー、例えば、ヌクレオチドを含む。
【０３４３】
ある態様では、交互ヌクレオチドは、同じ修飾を有し、例えば、鎖内の全ての奇数ヌクレオチドは、同じ修飾を有する、及び／又は鎖内の全ての偶数ヌクレオチドは、第１鎖と類似の修飾を有する。ある態様では、オリゴマー化合物中の全ての奇数ヌクレオチドは、同じ修飾を有し、全ての偶数ヌクレオチドは、奇数ヌクレオチドには存在しない修飾を有し、その逆も同じである。
【０３４４】
二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖が交互修飾パターンを含む場合、一方の鎖のヌクレオチドは、類似修飾された第２の鎖のヌクレオチドに対して相補的位置であってよい。別の態様では、第２鎖の類似修飾のパターンに対して、それぞれ第１鎖の修飾のパターンの間に位相シフトが存在する。このシフトは、第１鎖及び第２鎖の類似修飾ヌクレオチドが、互いに相補的位置ではないようにするのが好ましい。
【０３４５】
ある態様では、第１鎖は、交互ヌクレオチドが、２’−修飾、例えば、２’−Ｏ−メチル修飾を含む、交互修飾パターンを有する。ある態様では、第１鎖が、交互２’−Ｏ−メチル修飾を含み、第２鎖が、交互２’−フルオロ修飾を含む。他の態様では、二本鎖オリゴヌクレオチドの両方の鎖が、交互２’−Ｏ−メチル修飾を含む。
【０３４６】
二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖が交互２’−Ｏ−メチル修飾を含む場合、このような２’−修飾ヌクレオチドは、二重螺旋領域において相補的位置であってよい。或いは、このような２’−修飾ヌクレオチドは、二重螺旋領域において相補的位置ではない。
【０３４７】
ある態様では、オリゴヌクレオチドは、２つの化学的に異なる領域を含み、ここで、各領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０ヌクレオチド長である。
【０３４８】
別の態様では、オリゴマー化合物は、３つの化学的に異なる領域を含む。中央の領域は、約５〜１５(例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５)ヌクレオチド長であり、各フランキング又はウィング領域は、独立に、１〜１０(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０)ヌクレオチド長である。３つの領域の全てが、異なる修飾を含んでもよく、又はウィング領域が、互いに類似の修飾を有してもよい。ある態様では、ウィング領域は、同じ長さ、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０ヌクレオチド長である。
【０３４９】
本明細書で使用される、用語「交互モチーフ」は、モノマーサブユニットが、オリゴマー化合物のほぼ全配列にわたって交互に繰り返す２つの異なるタイプの糖基を有する、連結モノマーサブユニットから構成される連続配列を含むオリゴマー化合物を指す。交互モチーフを有するオリゴマー化合物は、式：５’−Ａ(−Ｌ−Ｂ−Ｌ−Ａ)ｎ(−Ｌ−Ｂ)ｎｎ−３’により表すことができ、式中、Ａ及びＢは、異なる糖基を有するモノマーサブユニットであり、各Ｌは、ヌクレオシド間結合基であり、ｎは、約４〜約１２であり、ｎｎは、０又は１である。これにより、長さが約９〜約２６モノマーサブユニットの交互オリゴマー化合物が可能になる。これより長い及び短いオリゴマー化合物も本発明に適していることから、この長さ範囲が限定的であるわけではない。ある態様では、Ａ及びＢの一方は、本明細書に記載する通りの２’−修飾ヌクレオシドである。
【０３５０】
本明細書で使用される、ある「タイプ」のヌクレオシド又はヌクレオチドに関して「修飾のタイプ」という用語は、ヌクレオシドの修飾を指し、修飾及び非修飾ヌクレオシドを含む。従って、別に指定されない限り、「第１タイプの修飾を有するヌクレオシド」は、非修飾ヌクレオシドであってもよい。
【０３５１】
本明細書で使用される、「タイプ領域」は、オリゴマー化合物の１部分を指し、ここで、上記領域内のヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は、同じタイプの修飾を含み；任意の隣接部分のヌクレオシド及び／又はヌクレオシド間結合は、少なくとも１つの異なるタイプの修飾を含む。本明細書で使用される、用語「均質な完全修飾モチーフ」は、各々同じタイプの糖基を有する連結モノマーサブユニットの連続的配列を含むオリゴヌクレオチドを指す。ある態様では、均質な完全修飾モチーフは、本発明のヌクレオシドの連続的配列を含む。ある態様では、本明細書に記載するヌクレオシドの連続的配列の３’及び５’末端の一方又は両方は、１個又は複数個の非修飾ヌクレオシドなどの末端基を含む。
【０３５２】
本明細書で使用される、用語「ヘミマーモチーフ」は、５’又は３’末端に位置する１タイプの糖基を有するモノマーサブユニットの短い連続的配列を有するオリゴマー化合物を指し、ここで、残りのモノマーサブユニットは、異なるタイプの糖基を有する。一般に、ヘミマーは、均質ではあるが、異なる糖基を有し、オリゴマー化合物の３’又は５’末端のいずれかに位置する短い領域(１、２、３、４若しくは約５個のモノマーサブユニット)をさらに含む、均質糖基のオリゴマー化合物である。ある態様では、ヘミマーモチーフは、１タイプの約１０〜約２８個のモノマーサブユニットから構成される連続した配列と、一方の末端に位置する第２タイプの１〜５又は２〜５個のモノマーサブユニットとを含む。ある態様では、ヘミマーは、一方の末端に位置する本発明の１〜１２個の連続したヌクレオシドを有する、約８〜約２０個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される連続した配列である。ある態様では、ヘミマーは、一方の末端に位置する本発明の１〜５個の連続したヌクレオシドを有する、約８〜約２０個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される連続的配列である。ある態様では、ヘミマーは、一方の末端に位置する本発明の１〜３個の連続したヌクレオシドを有する、約１２〜約１８個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボ−ヌクレオシドから構成される連続した配列である。ある態様では、ヘミマーは、一方の末端に位置する本発明の１〜３個の連続したヌクレオシドを有する、約１０〜約１４個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される連続した配列である。
【０３５３】
本明細書で使用される、用語「ブロックマーモチーフ」は、異なるタイプの糖基を有する連続したモノマーサブユニットの分断内部ブロック以外は、各モノマーサブユニットの糖基が同じである、モノマーサブユニットの連続的配列を含むオリゴヌクレオチドを指す。ブロックマーは、ギャップマーと定義が幾分重複するが、典型的に、ブロックマーの場合、ブロック内のモノマーサブユニットのみが非天然糖基であり、ギャップマーでは、外部領域内のモノマーサブユニットのみが非天然糖基であり、ブロックマー又はギャップマー内の残りのモノマーサブユニットは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシド又はβ−Ｄ−リボヌクレオシドである。ある態様では、モノマーサブユニットの全てが非天然糖基を含むブロックマーオリゴヌクレオチドが本明細書に提供される。
【０３５４】
本明細書で使用される、用語「位置的に修飾されたモチーフ」は、別のタイプの糖基を有する１〜約５個の連続したモノマーサブユニットから構成される２つ以上の領域で分断された１タイプの糖基を有するモノマーサブユニットの連続的配列を含むことを意味する。１〜約５個の連続したモノマーサブユニットから構成される２つ以上の領域の各々は、独立に、糖基のタイプに関して均質に修飾されている。ある態様では、２つ以上の領域の各々は、同じタイプの糖基を有する。ある態様では、２つ以上の領域の各々は、異なるタイプの糖基を有する。ある態様では、本発明の２〜約５個の連続したヌクレオシドから構成される２若しくは３つの領域をさらに含む８〜２０個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される配列を含む、位置的に修飾されたオリゴヌクレオチドが提供される。位置的に修飾されたオリゴヌクレオチドは、いずれかの位置モチーフによって特徴付けられる領域の置換のパターンが、これらの他のモチーフの１つについて本明細書に記載する定義と合致しないことから、ギャップモチーフ、ヘミマーモチーフ、ブロックマーモチーフ、及び交互モチーフとは区別される。位置的に修飾されたオリゴマー化合物という用語は、多くの異なる特定の置換パターンを含む。
【０３５５】
本明細書で使用される、用語「ギャップマー」又は「ギャップオリゴマー化合物」は、２つの外部領域若しくはウィングと１つの内部領域若しくはギャップを有するオリゴマー化合物を指す。３つの領域は、内部領域の糖基と異なる外部領域の糖基を有するモノマーサブユニットの連続的配列を形成し、ここで、特定の領域内の各モノマーサブユニットの糖基は同じである。外部領域の糖基が同じであるとき、ギャップマーは、対称ギャップマーであり、５’−外部領域に使用される糖基が、３’−外部領域で使用される糖基と異なるとき、ギャップマーは、非対称ギャップマーである。ある態様では、外部領域は、小さく(各々独立に、１、２、３、４若しくは約５個のモノマーサブユニット)、モノマーサブユニットは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドを含む内部領域を有する非天然糖基を含む。ある態様では、外部領域は、各々独立に、１〜約５個のモノマーサブユニットを含み、内部領域は、６〜１８個の非修飾ヌクレオシドを含む。内部領域又はギャップは、一般に、β−Ｄ−２’−デオキシリボ−ヌクレオシドを含むが、非天然の糖基を含み得る。
【０３５６】
ある態様では、ギャップオリゴマー化合物は、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、その際、外部領域の一方が、本発明のヌクレオシドを含む。ある態様では、ギャップオリゴヌクレオチドは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、その際、外部領域の両方が、本発明のヌクレオシドを含む。ある態様では、ギャップオリゴヌクレオチドは、β−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、その際、外部領域の両方が、本発明のヌクレオシドを含む。ある態様では、全てのモノマーサブユニットが非天然糖基を含む、ギャップオリゴヌクレオチドが本明細書に提供される。ある態様では、５’末端の１又は２個の本発明のヌクレオシドと、３’末端の２又は３個の本発明のヌクレオシドと、１０〜１６個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される内部領域とを含む、ギャップオリゴヌクレオチドが提供される。ある態様では、５’末端の１個の本発明のヌクレオシドと、３’末端の２個の本発明のヌクレオシドと、１０〜１６個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される内部領域とを含む、ギャップオリゴヌクレオチドが提供される。ある態様では、５’末端の２個の本発明のヌクレオシドと、３’末端の２個の本発明のヌクレオシドと、１０〜１４個のβ−Ｄ−２’−デオキシリボヌクレオシドから構成される内部領域とを含む、ギャップオリゴヌクレオチドが提供される。ある態様では、長さ約１０〜約２１モノマーサブユニットのギャップオリゴヌクレオチドが提供される。ある態様では、長さ約１２〜約１６モノマーサブユニットのギャップオリゴヌクレオチドが提供される。ある態様では、長さ約１２〜約１４モノマーサブユニットのギャップオリゴヌクレオチドが提供される。
【０３５７】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物の５’末端モノマーは、５’末端にリン含有部分を含む。ある態様では、５’末端モノマーは、２’−修飾を含む。あるこのような態様では、５’末端モノマーの２’−修飾は、カチオン性修飾である。ある態様では、５’末端モノマーは、５’−修飾を含む。ある態様では、５’末端モノマーは、２’−修飾と５’−修飾を含む。ある態様では、５’末端モノマーは、５’−安定化ヌクレオシドを含む。ある態様では、５’末端モノマーの修飾は、５’−リン酸塩を安定化する。ある態様では、５’末端モノマーの修飾を含むオリゴマー化合物は、エキソヌクレアーゼに対して耐性である。ある態様では、５’末端モノマーの修飾を含むオリゴマー化合物は、改善されたＲＥＶＥＲＳＩＲ特性を有する。ある態様では、５’末端モノマーの修飾を含むオリゴマー化合物は、ｓｉＲＮＡの鎖との改善された会合を有する。
【０３５８】
ある態様では、５’末端モノマーは、改変された結合により、残りのオリゴマー化合物に結合される。あるこのような態様では、５’末端モノマーは、ホスホロチオエート結合により、残りのオリゴマー化合物に結合される。
【０３５９】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物は、１つ又は複数の交互修飾の領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数の交互ヌクレオシド修飾の領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数の交互結合修飾の領域を含む。ある態様では、オリゴマー化合物は、１つ又は複数の交互ヌクレオシド及び結合修飾の領域を含む。
【０３６０】
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物は、１つ又は複数の交互２’−Ｆ修飾ヌクレオシド及び２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドの領域を含む。あるこのような態様では、交互２’−Ｆ修飾ヌクレオシド及び２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドのこのような領域も、交互結合を含む。あるこのような態様では、２’−Ｆ修飾ヌクレオシドの３’末端での結合は、ホスホロチオエート結合である。あるこのような態様では、２’−ＯＭｅヌクレオシドの３’末端での結合は、リン酸ジエステル結合である。
【０３６１】
ある態様では、このような交互領域は：
(２’−Ｆ)−(ＰＳ)−(２’−ＯＭｅ)−(ＰＯ)
である。
【０３６２】
ある態様では、オリゴマー化合物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１個のこうした交互領域を含む。こうした領域は、連続的であってもよく、又は異なる修飾ヌクレオシド若しくは結合によって分断されていてもよい。
【０３６３】
ある態様では、交互モチーフ中の１つ又は複数の交互領域は、複数のあるタイプの単一ヌクレオシドを含む。例えば、本発明のオリゴマー化合物は、以下のヌクレオシドモチーフ：
ＡＢＡ；
ＡＢＢＡ；
ＡＡＢＡ；
ＡＡＢＢＡＡ；
ＡＢＢＡＢＢ；
ＡＡＢＡＡＢ；
ＡＢＢＡＢＡＡＢＢ；
ＡＢＡＢＡＡ；
ＡＡＢＡＢＡＢ；
ＡＢＡＢＡＡ；
ＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ；
ＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ；又は
ＡＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ
のいずれかの１つ又は複数の領域を含んでもよく、ここで、Ａは、第１タイプのヌクレオシドであり、Ｂは、第２タイプのヌクレオシドである。ある態様では、Ａ及びＢは、各々、２’−Ｆ、２’−ＯＭｅ、ＬＮＡ、ＤＮＡ及びＭＯＥから選択される。
【０３６４】
ある態様では、Ａは、ＤＮＡである。ある態様では、Ｂは、ＤＮＡである。ある態様では、Ａは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡである。ある態様では、Ｂは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡである。ある態様では、Ａは、ＤＮＡで、Ｂは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡである。ある態様では、Ａは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡで、Ｂは、ＤＮＡである。
【０３６５】
ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅである。ある態様では、Ｂは、２’−ＯＭｅである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅで、Ｂは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡである。ある態様では、Ａは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡで、Ｂは、２’−ＯＭｅである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅで、Ｂは、ＤＮＡである。ある態様では、Ａは、ＤＮＡで、Ｂは、２’−ＯＭｅである。
【０３６６】
ある態様では、Ａは、(Ｓ)−ｃＥｔである。ある態様では、Ｂは、(Ｓ)−ｃＥｔである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅで、Ｂは、(Ｓ)−ｃＥｔである。ある態様では、Ａは、(Ｓ)−ｃＥｔで、Ｂは、２’−ＯＭｅである。ある態様では、Ａは、ＤＮＡで、Ｂは、(Ｓ)−ｃＥｔである。ある態様では、Ａは、(Ｓ)−ｃＥｔで、Ｂは、ＤＮＡである。
【０３６７】
ある態様では、Ａは、２’−Ｆである。ある態様では、Ｂは、２’−Ｆである。ある態様では、Ａは、２’−Ｆで、Ｂは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡである。ある態様では、Ａは、４’−ＣＨ２Ｏ−２’−ＬＮＡで、Ｂは、２’−Ｆである。ある態様では、Ａは、２’−Ｆで、Ｂは、(Ｓ)−ｃＥｔである。ある態様では、Ａは、(Ｓ)−ｃＥｔで、Ｂは、２’−Ｆである。ある態様では、Ａは、２’−Ｆで、Ｂは、ＤＮＡである。ある態様では、Ａは、ＤＮＡで、Ｂは、２’−Ｆである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅで、Ｂは、２’−Ｆである。ある態様では、Ａは、ＤＮＡで、Ｂは、２’−ＯＭｅである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅで、Ｂは、ＤＮＡである。
【０３６８】
ある態様では、このような交互モチーフを有するオリゴマー化合物は、リン酸塩安定化修飾を含む５’末端ヌクレオシドも含む。ある態様では、上記の交互モチーフを有するオリゴマー化合物は、２’カチオン性修飾を含む５’末端ヌクレオシドも含む。ある態様では、上記の交互モチーフを有するオリゴマー化合物は５’末端修飾も含む。
【０３６９】
２−２−３モチーフ
ある態様では、本発明のオリゴマー化合物は、２−２−３モチーフを有する領域を含む。このような領域は、下記のモチーフ：
５’−(Ｅ)ｗ−(Ａ)２−(Ｂ)Ｘ−(Ａ)２−(Ｃ)ｙ−(Ａ)３−(Ｄ)Ｚ
を含み、
ここで、Ａは、第１タイプの修飾ヌクレオシドであり；
Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥは、Ａと異なる修飾がなされたヌクレオシドであるが、Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥは、互いに同じ又は異なる修飾を有していてもよく；
ｗ及びｚは、０〜１５であり；
ｘ及びｙは、１〜１５である。
【０３７０】
ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドである。ある態様では、Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥは全て、２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。ある態様では、Ａは、２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドで、Ｂ、Ｃ、Ｄ、及びＥは全て、２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。
【０３７１】
ある態様では、２−２−３モチーフの結合は全て、修飾結合である。ある態様では、結合は全て、ホスホロチオエート結合である。ある態様では、第１タイプの各修飾の３’末端の結合は、リン酸ジエステルである。
【０３７２】
ある態様では、Ｚは、０である。こうした態様において、第１タイプの３ヌクレオシドの領域は、オリゴヌクレオチドの３’末端にある。ある態様では、このような領域は、オリゴマー化合物の３’末端にあり、第１タイプの３ヌクレオシドの領域の３’末端に他の基は結合していない。ある態様では、Ｚが０であるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物は、３’末端ヌクレオシドに結合された末端基を含んでもよい。このような末端基は、別のヌクレオシドを含んでもよい。このような別のヌクレオシドは、典型的に、非ハイブリダイズヌクレオシドである。
【０３７３】
ある態様では、Ｚは、１〜３である。ある態様では、Ｚは、２である。ある態様では、Ｚのヌクレオシドは、２’−ＭＯＥヌクレオシドである。ある態様では、Ｚは、非ハイブリダイズヌクレオシドを表す。混乱を避けるために、このような非ハイブリダイズヌクレオシドが、Ｚ＝０の３’末端基としても記載され得ることに留意する。
【０３７４】
組合せモチーフ
前述したモチーフ及び修飾のいくつかを組み合わせてもよいことは理解すべきである。モチーフは、少数のヌクレオシドのみを含み得ることから、特定のオリゴマー化合物は、２つ以上のモチーフを含むことができる。非限定的な例として、ある態様では、オリゴマー化合物は、ＬＮＡ、ホスホロチオエート結合、２’−ＯＭｅ、共役リガンドから選択される２つ以上のヌクレオシドモチーフを有し得る。
【０３７５】
本明細書に記載する様々なヌクレオシドモチーフのいずれかを有するオリゴマー化合物はまた、任意の結合モチーフを有すこともできる。例えば、オリゴマー化合物において、５’末端の最初の１、２、３、４又は５は、修飾された糖間結合であり、また３’末端の最初の４、５、６、７又は８糖間結合は、修飾された糖間結合であってよい。こうした修飾オリゴマー化合物の中央領域は、本明細書に記載する他のモチーフのいずれかに基づく糖間結合、例えば、均質、交互、ヘミマー、ギャップマーなどを有し得る。ある態様では、オリゴマー化合物は、５’末端の第１及び第２モノマーの間のホスホロチオエート結合、中央領域におけるホスホロチオエート／リン酸ジエステル交互結合、並びに３’末端の６、７又は８ホスホロチオエート結合を含む。
【０３７６】
ヌクレオシドモチーフにより画定される領域の長さ及び結合モチーフの長さは、同じである必要はないことに留意すべきである。
【０３７７】
ある態様では、一本鎖オリゴマー化合物又は二本鎖オリゴマー化合物の少なくとも１つの鎖は、以下のモチーフの少なくとも１つを含む：
(ａ)５’−ホスホロチオエート又は５’−ホスホロジチオエート；
(ｂ)５’末端のヌクレオチド１及び２のカチオン性修飾、ここで、カチオン性修飾は、ピリジミンのＣ５位、及びプリンのＣ２、Ｃ６、Ｃ８、環外Ｎ２若しくは環外Ｎ６に位置する；
(ｃ)５’末端の最初の２つの末端ヌクレオチドにおける少なくとも１つのＧクランプヌクレオチド及びカチオン性修飾を有する他のヌクレオチド、ここで、カチオン性修飾は、ピリジミンのＣ５位、又はプリンのＣ２、Ｃ６、Ｃ８、環外Ｎ２若しくは環外Ｎ６位に位置する；
(ｄ)核酸塩基修飾を含む少なくとも１つの２’−Ｆ修飾ヌクレオチド；
(ｅ)核酸塩基修飾を含む少なくとも１つのｇｅｍ−２’−Ｏ−メチル／２’−Ｆ修飾ヌクレオチド；好ましくは、メチル置換基は、上方配置、例えば、アラビノース配置にある；
(ｆ)３’末端の５’−ＰｕＰｕ−３’ジヌクレオチド、ここで、いずれのヌクレオチドも、米国特許出願公開第２０１３０１３０３７８号明細書(その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載のように、２’位に修飾ＭＯＥを含む；
(ｇ)５’末端の５’−ＰｕＰｕ−３’ジヌクレオチド、ここで、いずれのヌクレオチドも、米国特許出願公開第２０１３０１３０３７８号明細書に記載のように、２’位に修飾ＭＯＥを含む；
(ｈ)米国特許出願公開第２０１３０１３０３７８号明細書に記載のように、２’位に修飾ＭＯＥを含む、５’末端のヌクレオチド；
(ｉ)３’−Ｆ修飾を有する５’末端のヌクレオチド：
(ｊ)４’−置換基を含む５’末端ヌクレオチド；
(ｋ)Ｏ４’修飾を含む５’末端ヌクレオチド；
(ｌ)４’−置換基を含む３’末端ヌクレオチド；並びに
(ｍ)これらの組合せ。
【０３７８】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖は、独立に、前述したモチーフの少なくとも１つを含む。一部の他の態様では、二本鎖オリゴマー化合物の両方の鎖は、前述したモチーフの少なくとも１つを含み、これらのモチーフは、同じでも異なっていてもよく、又は同じ若しくは異なるもののいくつかの組合せであってよい。
【０３７９】
前述の例は、記載されるモチーフをどのように組み合わせて使用できるかを示すために提供されるものであり、特定の組合せ又は組合せの例示に用いた特定の修飾に本発明を限定することは意図しない。さらに、限定はしないが、上の表に示すものなどの特定の例は、より一般的な態様を包含することを意図する。例えば、上の表の列Ａは、交互に繰り返す２’−ＯＭｅ及び２’−Ｆヌクレオシドの領域を例示する。従って、この同じ開示は、交互に繰り返す別の２’−Ｆ修飾の領域も例示する。これはまた、交互に繰り返す２’−Ｏ−アルキル及び２’−ハロゲンヌクレオシドの領域も例示する。これはまた、交互に繰り返す異なる修飾ヌクレオシドの領域も例示する。本明細書全体の実施例の全てが、こうした包括的解釈を考慮する。
【０３８０】
上の表に例示したものなどのオリゴマー化合物の長さは、モチーフを破断することなく、記載の領域の１つ又は複数を伸長又は短縮することによって容易に操作し得ることに留意する。
【０３８１】
ある態様では、オリゴマー化合物は、化学的に異なる２つ以上の領域を含み、２００９年３月２６日に出願された国際出願ＰＣＴ／米国特許出願第０９／０３８４３３号明細書(その内容は、全体として本明細書に組み込まれる)に記載の構造を有する。
【０３８２】
合成、精製及び分析
修飾及び非修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドのオリゴマー化は、ＤＮＡ(Protocols for Oligonucleotides and Analogs, Ed. Agrawal (1993), Humana Press)及び／又はＲＮＡ(Scaringe, Methods (2001), 23, 206-217. Gait et al., Applications of Chemically synthesized RNA in RNA: Protein Interactions, Ed. Smith (1998), 1-36. Gallo et al., Tetrahedron (2001), 57, 5707-5713)についての文献に記載の手順に従って、常用的に実施することができる。
【０３８３】
本発明で提供するオリゴマー化合物は、固相合成の公知の技術によって一般的且つ常用的に製造することができる。こうした合成の装置は、例えば、Applied Biosystems(Foster City, Calif.)を含む複数の供給業者により販売されている。当技術分野で公知であるこうした合成のための任意の他の手段を追加的又は代替的に使用してもよい。類似の技術を用いて、ホスホロチオエート及びアルキル化誘導体などのオリゴヌクレオチドを調製することはよく知られている。本発明は、アンチセンス化合物合成の方法により限定されない。
【０３８４】
オリゴマー化合物の精製及び分析の方法は、当業者には周知である。分析方法としては、キャピラリー電気泳動(ＣＥ)及びエレクトロスプレー質量分析が挙げられる。こうした合成及び分析方法は、マルチウェルプレートで実施することができる。本発明の方法は、オリゴマー精製方法により限定されない。
【０３８５】
本発明のオリゴマー化合物は、液相若しくは固相有機合成を用いて、又は当技術分野で公知の方法により酵素を用いて、調製することができる。有機合成は、非天然又は修飾ヌクレオチドを含むオリゴマー鎖を容易に調製することができるという利点を提供する。当技術分野で公知のこうした合成のための任意の他の手段を追加的又は代替的に使用してもよい。類似の技術を用いて、糖間結合のホスホロチオエート、ホスホロジチオエート及びアルキル化誘導体を含むものなど、他のオリゴマー化合物を調製することもよく知られている。本発明の二本鎖オリゴマー化合物は、２ステップ法を用いて調製することができる。最初に、二本鎖分子の個々の鎖を別々に調製する。次に、構成鎖をアニーリングする。
【０３８６】
合成の方法とは関係なく、オリゴマー化合物は、製剤化に適切な溶液(例えば、水及び／又は有機溶液)中で調製することができる。例えば、オリゴマー調製物を沈殿させてから、純粋再蒸留水中に再溶解させた後、凍結乾燥させることができる。次に、乾燥させたオリゴマー化合物を、意図する製剤化方法に適した溶液に再懸濁させることができる。
【０３８７】
特定の修飾オリゴマー化合物の合成に関する教示は、以下に見出すことができる：ポリアミン共役オリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,１３８,０４５号明細書及び同第５,２１８,１０５号明細書；キラルリン結合を有するオリゴヌクレオチドの調製のためのモノマーに関する、米国特許第５,２１２,２９５号明細書；修飾骨格を有するオリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,３７８,８２５号明細書及び同第５,５４１,３０７号明細書；骨格修飾オリゴヌクレオチド及び還元性カップリングによるその調製に関する、米国特許第５,３８６,０２３号明細書；３−デアザプリン環系に基づく修飾核酸塩基及びその合成方法に関する、米国特許第５,４５７,１９１号明細書；Ｎ−２置換プリンに基づく修飾核酸塩基に関する、米国特許第５,４５９,２５５号明細書；キラルリン結合を有するオリゴヌクレオチドを調製するための方法に関する、米国特許第５,５２１,３０２号明細書；ペプチド核酸に関する、米国特許第５,５３９,０８２号明細書；βラクタム骨格を有するオリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,５５４,７４６号明細書；オリゴヌクレオチドの合成のための方法及び材料に関する、米国特許第５,５７１,９０２号明細書；アルキルチオ基を有するヌクレオシド(このような基は、ヌクレオシドの様々な位置のいずれかに結合した他の部分に対するリンカーとして使用することができる)に関する、米国特許第５,５７８,７１８号明細書；高キラル純度のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,５８７,３６１号明細書及び同第５,５９９,７９７号明細書；２’−Ｏ−アルキルグアノシン及び関連化合物(２,６−ジアミノプリン化合物など)の調製方法に関する、米国特許第５,５０６,３５１号明細書；Ｎ−２置換プリンを有するオリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,５８７,４６９号明細書；３−デアザプリンを有するオリゴヌクレオチドに関する、米国特許第５,５８７,４７０号明細書；いずれも、共役４’−デスメチルヌクレオシド類似体に関する、米国特許第５,２２３,１６８号明細書及び同第５,６０８,０４６号明細書；骨格修飾オリゴヌクレオチド類似体に関する、米国特許第５,６０２,２４０号明細書及び同第５,６１０,２８９号明細書；並びに中でも、２’−フルオロ−オリゴヌクレオチドの合成方法に関する、米国特許第６,２６２,２４１号明細書及び同第５,４５９,２５５号明細書。
【０３８８】
医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法
オリゴマー化合物は、医薬組成物又は製剤の調製のために、薬学的に許容される活性及び／又は不活性物質と混合することができる。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、限定はしないが、投与経路、疾患の程度、又は投与しようとする用量などのいくつかの基準に左右される。
【０３８９】
ｓｉＲＮＡ及び／又はＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物などのオリゴマー化合物は、このようなオリゴマー化合物を好適な薬学的に許容される希釈剤若しくは担体と組み合わせることにより、医薬組成物として使用することができる。薬学的に許容される希釈剤としては、リン酸緩衝食塩水(ＰＢＳ)がある。ＰＢＳは、非経口で送達しようとする組成物に使用するのに好適な希釈剤である。従って、ある態様では、アンチセンス化合物及び／又は解毒剤化合物並びに薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に記載する方法に使用される。ある態様では、薬学的に許容される希釈剤は、ＰＢＳである。
【０３９０】
オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、任意の薬学的に許容される塩、エステル、又はこうしたエステルの塩を含む。ある態様では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトなどの動物に投与されると、生物学的に活性の代謝物又はその残基を(直接若しくは間接的に)付与することができる１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含む。従って、例えば、本開示は、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、こうしたプロドラッグの薬学的に許容される塩、並びに他の生物学的均等物にも関する。好適な薬学的に許容される塩として、限定はしないが、ナトリウム及びカリウム塩がある。
【０３９１】
プロドラッグは、活性オリゴマー化合物を形成するために、身体内で内在性ヌクレアーゼにより切断されるオリゴマー化合物の一方又は両方の末端に別のヌクレオシドの組み込みを含むことができる。
【０３９２】
本発明の医薬組成物は、局所又は全身治療のいずれが要望されるか、並びに治療しようとする部位に応じて様々な方法で投与することができる。投与は、局所(例えば、経皮パッチにより)、肺、例えば、ネブライザーなどを用いて、粉末若しくはエアゾールの吸入又は通気により；気管内、鼻内、表皮及び経皮、経口若しくは非経口であってよい。非経口投与としては、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内若しくは筋肉内注射又は注入；皮下、例えば、埋込型デバイス；又は頭蓋内、例えば、実質内、髄腔内若しくは脳室内投与が挙げられる。
【０３９３】
オリゴマー化合物は、肝臓(例えば、肝臓の肝細胞)などの特定の組織をターゲティングするように送達することができる。
【０３９４】
局所投与用の医薬組成物及び製剤としては、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、点滴薬、坐薬、スプレー、液体及び粉末を挙げることができる。従来の医薬担体、水性、粉末又は油性基剤、増粘剤などが必要となるか、又は望ましい場合がある。また、コーティングされたコンドーム、手袋なども有用となり得る。好適な局所製剤として、本発明の主題であるｉＲＮＡが、脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート剤及び界面活性剤などの局所送達剤と混合されているものが挙げられる。好適な脂質及びリポソームとして、中性(例えば、ジオレイオイルホスファチジルＤＯＰＥエタノールアミン、ジミリストイルホスファチジルコリンＤＭＰＣ、ジステロイルホスファチジルコリン)陰性(例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールＤＭＰＧ)及びカチオン性(例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルＤＯＴＡＰ及びジオレオイルホスファチジルエタノールアミンＤＯＴＭＡ)が挙げられる。本発明の主題であるｉＲＮＡは、リポソーム中に封入するか、又はそれと、特にカチオン性リポソームと複合体を形成してもよい。或いは、ｉＲＮＡを脂質、特にカチオン性脂質と複合体化してもよい。好適な脂肪酸及びエステルとして、限定はしないが、アラキドン酸、オレイン酸、エイコサン酸、ラウリン酸、カプリル酸、カプリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、ジカプリン酸エステル、トリカプリン酸エステル、モノオレイン、ジラウリン、グレセリル１−モノカプリン酸エステル、１−ドデシルアザシクロヘプタン−２−オン、アシルカルニチン、アシルコリン、又はＣ１〜２０アルキルエステル(例えば、イソプロピルミリスチン酸エステルＩＰＭ)、モノグリセリド、ジグリセリド、又はこれらの薬学的に許容される塩が挙げられる。局所製剤は、米国特許第６,７４７,０１４号明細書に詳細に記載されており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０３９５】
研究され、薬剤の製剤化のために使用されているマイクロエマルション以外にも多くの組織化された界面活性構造がある。これらは、単層、ミセル、二層及び小胞を含む。リポソームなどの小胞は、薬剤送達の観点からそれらが提供するその特異性及び作用の持続性のために、大きい関心を集めている。本明細書で使用される、用語「リポソーム」は、球状二層又は二層内に配置される両親媒性脂質から構成される小胞を意味する。
【０３９６】
リポソームは、親油性物質と水性の内部から形成される膜を有する単層又は多層小胞である。水性部分は、送達しようとする組成物を含有する。カチオン性リポソームは、細胞壁に融合することができるという利点を有する。非カチオン性リポソームは、細胞壁に効率的に融合することはできないが、ｉｎ  ｖｉｖｏでマクロファージにより取り込まれる。
【０３９７】
リポソームのさらなる利点は、以下の通りである：天然リン脂質から得られるリポソームは、生体適合性及び生分解性であること；リポソームは、多様な水及び脂溶性薬剤を取り込み得ること；リポソームは、その内部コンパートメント内に封入された薬剤を代謝及び分解から保護し得ること(Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.245)。リポソーム製剤の調製で重要な考慮事項は、脂質表面電荷、小胞サイズ及びリポソームの含水量である。
【０３９８】
リポソームは、作用部位への活性成分の輸送及び送達に有用である。リポソーム膜は、構造的に生物膜と類似していることから、リポソームを組織に適用すると、リポソームは、細胞膜と融合し始め、リポソームと細胞の融合が進行するにつれ、リポソームの内容物は、細胞中に移され、そこで活性剤が作用し得る。
【０３９９】
リポソーム製剤は、多くの薬剤の送達方法として広範囲にわたる研究の対象であった。局所投与の場合、リポソームは、他の製剤に対していくつかの利点を提供するというエビデンスが増えている。このような利点には、投与された薬剤の高度全身吸収に関連する副作用の低減、要望される標的部位での投与薬剤の蓄積増大、並びに親水性及び疎水性両方の多様な薬剤を皮膚中に投与する能力が含まれる。
【０４００】
複数の報告が、高分子量ＤＮＡを含む薬剤を皮膚中に送達するリポソームの能力について詳述している。鎮痛剤、抗体、ホルモン及び高分子量ＤＮＡを含む化合物が皮膚に送達されている。ほとんどの場合、適用によって上面表皮のターゲティングが達成された。
【０４０１】
リポソームは、２つの大きいクラスに分けられる。カチオン性リポソームは、陽荷電リポソームであり、陰荷電ＤＮＡ分子と相互作用して、安定した複合体を形成する。陽荷電ＤＮＡ／リポソーム複合体は、陰荷電細胞表面に結合し、エンドソーム内に内在化される。エンドソーム内は酸性ｐＨであるため、リポソームは破壊され、その内容物を細胞質中に放出する(Wang et al., Biochem. Biophys. Res. Commun., 1987, 147, 980-985)。
【０４０２】
ｐＨ感受性又は陰荷電であるリポソームは、ＤＮＡと複合体化するのではなく、ＤＮＡを捕捉する。ＤＮＡと脂質はいずれも同様に荷電していることから、複合体形成ではなく、反発が起こる。それでも、一部のＤＮＡは、これらのリポソームの水性内部に捕捉される。ｐＨ感受性リポソームは、チミジンキナーゼ遺伝子をコードするＤＮＡを培養中の細胞単層に送達するために用いられている。外性遺伝子の発現が標的細胞内で指令された(Zhou et al., Journal of Controlled Release, 1992, 19, 269-274)。
【０４０３】
一主要タイプのリポソーム組成物は、天然由来のホスファチジルコリン以外のリン脂質を含む。中性リポソーム組成物は、例えば、ジミリストイルホスファチジルコリン(ＤＭＰＣ)又はジパルミトイルホスファチジルコリン(ＤＰＰＣ)から形成することができる。アニオン性リポソーム組成物は、一般に、ジミリストイルホスファチジルグリセロールから形成されるが、アニオン性融合性リポソームは、主に、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(ＤＯＰＥ)から形成される。別のタイプのリポソーム組成物は、例えば、ダイズＰＣ、及び卵ＰＣなどのホスファチジルコリン(ＰＣ)から形成される。別のタイプは、リン脂質及び／又はホスファチジルコリン及び／又はコレステロールの混合物から形成される。
【０４０４】
いくつかの研究では、皮膚へのリポソーム薬製剤の局所送達を評価している。インターフェロンを含有するリポソームをモルモットの皮膚に適用したところ、皮膚ヘルペスの軽減が達成されたのに対し、他の手段(例えば、溶液又はエマルションとして)によるインターフェロンの送達は有効ではなかった(Weiner et al., Journal of Drug Targeting, 1992, 2, 405-410)。さらに、別の研究では、水性系を用いたインターフェロンの投与に対して、リポソーム製剤の一部として投与されるインターフェロンの効力を試験し、リポソーム製剤は、水性投与より優れているという結論が出された(du Plessis et al., Antiviral Research, 1992, 18, 259-265)。
【０４０５】
ノニオン性リポソーム系も、特にノニオン性界面活性剤及びコレステロールを含む系が、皮膚への薬剤送達における有用性を決定するために試験されている。Ｎｏｖａｓｏｍｅ(商標)Ｉ(ジラウリン酸グリセリル／コレステロール／ポリオキシエチレン−１０−ステアリルエーテル)及びＮｏｖａｓｏｍｅ(商標)ＩＩ(ジステアリン酸グリセリル／コレステロール／ポリオキシエチレン−１０−ステアリルエーテル)を含むノニオン性リポソーム製剤が、マウス皮膚の真皮にシクロスポリン−Ａを送達するために使用された。結果から、こうしたノニオン性リポソーム系が、皮膚の様々な層へのシクロスポリン−Ａの沈着を促進する上で有効であることがわかった(Hu et al. S.T.P. Pharma. Sci., 1994, 4, 6, 466)。
【０４０６】
リポソームはまた、「立体安定化」リポソームも含み、この用語は、本明細書で使用される、１種又は複数種の特殊化脂質を含むリポソームを指し、これらの脂質は、リポソームに組み込まれると、このような特殊化脂質のないリポソームと比較して循環寿命の増加をもたらす。立体安定化リポソームの例として、リポソーム(Ａ)の小胞体形成脂質部分の一部が、モノシアロガングリオシドＧＭ１などの１種又は複数種の糖脂質を含むもの、又は(Ｂ)が、ポリエチレングリコール(ＰＥＧ)部分などの１種又は複数種の親水性ポリマーと誘導体化したものがある。特定の理論に拘束されることは意図しないが、当技術分野では、少なくともガングリオシド、スフィンゴミエリン、又はＰＥＧ−誘導体化脂質を含有する、立体安定化リポソームについては、これらの立体安定化リポソームの循環寿命の増加は、細網内皮系(ＲＥＳ)の細胞への取り込み低減によるものと考えられている(Allen et al., FEBS Letters, 1987, 223, 42; Wu et al., Cancer Research, 1993, 53, 3765)。
【０４０７】
１種又は複数種の糖脂質を含む様々なリポソームが当技術分野において公知である。Papahadjopoulosら(Ann. N.Y. Acad. Sci., 1987, 507, 64)は、リポソームの血中半減期を向上させるモノシアロガングリオシドＧＭ１、ガラクトセレブロシド硫酸及びホスファチジルイノシトールの能力を報告している。これらの知見は、Gabizonら(Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 1988, 85, 6949)により詳細に説明されている。米国特許第４,８３７,０２８号明細書及び国際公開第８８／０４９２４号パンフレット(いずれも、Allenらによる)は、(１)スフィンゴミエリン及び(２)ガングリオシドＧＭ１又はガラクトセレブロシド硫酸エステルを含むリポソームを開示する。米国特許第５,５４３,１５２号明細書(Webbら)は、スフィンゴミエリンを含むリポソームを開示する。１,２−ｓｎ−ジミリストイルホスファチジルコリンを含むリポソームが、国際公開第９７／１３４９９号パンフレット(Limら)に開示されている。
【０４０８】
１種又は複数種の親水性ポリマーで誘導体化された脂質を含む多くのリポソーム、及びその調製方法が当技術分野で公知である。Sunamotoら(Bull. Chem. Soc. Jpn., 1980, 53, 2778)は、ＰＥＧ部分を含有するノニオン性洗剤、２Ｃ１２１５Ｇを含むリポソームを記載している。Illumら(FEBS Lett., 1984, 167, 79)は、ポリマーグリコールによるポリスチレン粒子の親水性コーティングにより、血中半減期が有意に増加したことを記載している。ポリアルキレングリコール(例えば、ＰＥＧ)のカルボン酸基の結合により修飾された合成リン脂質が、Sears(米国特許第４,４２６,３３０号明細書及び同第４,５３４,８９９号明細書)により記載されている。Klibanovら(FEBS Lett., 1990, 268, 235)は、ＰＥＧで誘導体化されたホスファチジルエタノールアミン(ＰＥ)又はステアリン酸ＰＥＧを含むリポソームが、血中循環半減期の有意な増加を有することを立証する実験を記載している。Blumeら(Biochimica et Biophysica Acta, 1990, 1029, 91)は、こうした観察を、他のＰＥＧ−誘導体化リン脂質、例えば、ジステアロイルホスファチジルエタノールアミン(ＤＳＰＥ)とＰＥＧの組合せから形成されるＤＳＰＥ−ＰＥＧにまで拡大した。外側表面に共有結合したＰＥＧ部分を有するリポソームが、Fisherの欧州特許第０４４５１３１Ｂ１号明細書及び国際公開第９０／０４３８４号パンフレットに記載されている。ＰＥＧで誘導体化されたＰＥを１〜２０モル％含有するリポソーム、及びその使用方法が、Woodleら(米国特許第５,０１３,５５６号明細書及び同第５,３５６,６３３号明細書)並びにMartinら(米国特許第５,２１３,８０４号明細書及び欧州特許第０４９６８１３Ｂ１号明細書)に記載されている。いくつかの他の脂質−ポリマーコンジュゲートを含むリポソームが、国際公開第９１／０５５４５号パンフレット及び米国特許第５,２２５,２１２号明細書(いずれも、Martinら)及び国際公開第９４／２００７３号パンフレット(Zalipskyら)に開示されている。ＰＥＧ修飾セラミド脂質を含むリポソームが、国際公開第９６／１０３９１号パンフレット(Choiら)に記載されている。米国特許第５,５４０,９３５号明細書(Miyazakiら)及び米国特許第５,５５６,９４８号明細書(Tagawaら)は、その表面で機能性部分とさらに誘導体化することができるＰＥＧ含有リポソームを記載している。
【０４０９】
核酸を含むいくつかのリポソームが、当技術分野で知られている。Thierryらの国際公開第９６／４００６２号パンフレットは、高分子量核酸をリポソームに封入するための方法を開示している。Tagawaらの米国特許第５,２６４,２２１号明細書は、タンパク質結合リポソームを開示し、こうしたリポソームの内容物が、ｄｓＲＮＡを含み得ることを主張する。Rahmanらの米国特許第５,６６５,７１０号明細書は、オリゴデオキシリボヌクレオチドをリポソームに封入する特定の方法を記載する。Loveらの国際公開第９７／０４７８７号パンフレットは、ｒａｆ遺伝子にターゲティングされたｄｓＲＮＡを含むリポソームを開示する。
【０４１０】
トランスファーソーム(Transfersome)はまた別のタイプのリポソームで、高度に変形可能な脂質凝集体であり、薬剤送達ビヒクルの魅力的な候補である。トランスファーソームは、脂肪滴と表現することができ、これは、高度に変形可能であるため、この脂肪滴より小さい孔を容易に透過することができる。トランスファーソームは、それらが使用される環境に適応することができ、例えば、自己最適化し(皮膚の孔の形状に適応性)、自己修復し、往々にして断片化せずにその標的に到達するとともに、往々にして自己充填する。トランスファーソームを製造するためには、表面端活性剤、通常界面活性剤を標準的リポソーム組成物に添加することができる。トランスファーソームは、皮膚に血清アルブミンを送達するために使用されている。トランスファーソーム媒介による血清アルブミンの送達は、血清アルブミンを含有する溶液の皮下注射と同程度に有効であることが判明している。
【０４１１】
リポソーム組成物は、当技術分野で公知の様々な方法により調製することができる。例えば、以下の文献を参照されたい：米国特許第４,２３５,８７１号明細書；同第４,７３７,３２３号明細書；同第４,８９７,３５５号明細書及び同第５,１７１,６７８号明細書；国際公開第９６／１４０５７号明細書及び同第９６／３７１９４号パンフレット；Felgner, P.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA (1987) 8:7413-7417, Bangham, et al. M. Mol. Biol. (1965) 23:238, Olson, et al. Biochim. Biophys. Acta (1979) 557:9, Szoka, et al. Proc. Natl. Acad. Sci. (1978) 75:4194, Mayhew, et al. Biochim. Biophys. Acta (1984) 775:169, Kim, et al. Biochim. Biophys. Acta (1983) 728:339及びFukunaga, et al. Endocrinol. (1984) 115:757。
【０４１２】
界面活性剤は、エマルション(マイクロエマルションを含む)及びリポソームなどの製剤において広範な適用が見出される。天然及び合成両方の多種多様な界面活性剤の特性を分類及び等級化する最も一般的な方法は、親水性／親油性バランス(ＨＬＢ)の使用によるものである。親水基の性質(「頭部」としても知られる)は、製剤に使用される様々な界面活性剤を分類する最も有用な手段を提供する(Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, p.285)。
【０４１３】
界面活性剤分子がイオン化されていなければ、これは、ノニオン性界面活性剤として分類される。ノニオン性界面活性剤は、医薬品及び化粧品に広範な適用が見出され、広範囲のｐＨ値で使用可能である。一般に、それらのＨＬＢ値は、その構造に応じて２〜約１８の範囲である。ノニオン性界面活性剤は、エチレングリコールエステル、プロピレングリコールエステル、グリセリルエステル、ポリグリセリルエステル、ソルビタンエステル、スクロースエステル、及びエトキシル化エステルなどのノニオン性エステルを含む。脂肪アルコールエトキシレート、プロポキシル化アルコール、及びエトキシル化／プロポキシル化ブロックポリマーなどのノニオン性アルカノールアミド及びエーテルもこのクラスに含まれる。ポリオキシエチレン界面活性剤は、ノニオン性界面活性剤クラスの最も一般的なメンバーである。
【０４１４】
水に溶解若しくは分散させたとき、界面活性剤分子が陰電荷を帯びる場合、この界面活性剤は、アニオン性として分類される。アニオン性界面活性剤としては、石鹸などのカルボン酸塩、アシルラクチレート、アミノ酸のアシルアミド、硫酸アルキル及びエトキシル化硫酸アルキルなどの硫酸のエステル、アルキルベンゼンスルホン酸塩などのスルホン酸塩、イセチオン酸アシル、アシルタウリン(acyl taurate)及びスルホコハク酸塩、及びリン酸塩が挙げられる。アニオン性界面活性剤クラスの最も重要なメンバーは、硫酸アルキル及び石鹸である。
【０４１５】
水に溶解若しくは分散させたとき、界面活性剤分子が陽電荷を帯びる場合、この界面活性剤は、カチオン性として分類される。カチオン性界面活性剤としては、第４級アンモニウム塩及びエトキシル化アミンが挙げられる。第４級アンモニウム塩は、このクラスの最も使用されているメンバーである。
【０４１６】
界面活性剤分子が、陽電荷又は陰電荷のいずれかを帯びる能力を有する場合、この界面活性剤は、両性として分類される。両性界面活性剤としては、アクリル酸誘導体、置換アルキルアミド、Ｎ−アルキルベタイン及びホスファチドが挙げられる。
【０４１７】
製薬品、製剤及びエマルションでの界面活性剤の使用について論じられている(Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, p.285)。
【０４１８】
脂質粒子
ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲを脂質製剤、例えば、ＬＮＰ、又は他の核酸−脂質粒子中に完全に封入することができる。脂質製剤に封入されたＲＥＶＥＲＳＩＲは、リガンドと共役させなくても、共役させてもよい(すなわち、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ)。
【０４１９】
本明細書で使用される、用語「ＬＮＰ」は、安定した核酸−脂質粒子を指す。ＬＮＰは、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、及び粒子の凝集を防ぐ脂質(例えば、ＰＥＧ−脂質コンジュゲート)を含む。ＬＮＰは、静脈内(ｉ.ｖ.)注射後に長期の循環寿命を呈示し、離れた部位(例えば、投与部位から物理的に離れた部位)に蓄積することから、全身適用に極めて有用である。ＬＮＰは、「ｐＳＰＬＰ」を含み、これは、ＰＣＴ公開国際公開第００／０３６８３号パンフレットに記載されている通り、封入された縮合剤−核酸複合体を含む。本発明の粒子は、典型的には約５０ｎｍ〜約１５０ｎｍ、より典型的には約６０ｎｍ〜約１３０ｎｍ、より典型的には約７０ｎｍ〜約１１０ｎｍ、最も典型的には約７０ｎｍ〜約９０ｎｍの平均粒径を有し、実質的に無毒性である。さらに、核酸は、本発明の核酸−脂質粒子に存在する場合、水溶液中でヌクレアーゼによる分解に対して耐性である。核酸−脂質粒子及びそれらの調製方法は、例えば、米国特許第５,９７６,５６７号明細書；同第５,９８１,５０１号明細書；同第６,５３４,４８４号明細書；同第６,５８６,４１０号明細書；同第６,８１５,４３２号明細書；米国特許出願公開第２０１０／０３２４１２０号明細書及びＰＣＴ公開国際公開第９６／４０９６４号パンフレットに開示されている。
【０４２０】
ある態様では、脂質及び薬剤比(質量／質量比)(例えば、脂質対ＲＥＶＥＲＳＩＲ比)は、約１：１〜約５０：１、約１：１〜約２５：１、約３：１〜約１５：１、約４：１〜約１０：１、約５：１〜約９：１、又は約６：１〜約９：１の範囲である。上に挙げた範囲の中間の範囲も本発明の一部であると考慮される。
【０４２１】
カチオン性脂質は、例えば、Ｎ,Ｎ−ジオレイル−Ｎ,Ｎ−ジメチルアンモニウム塩化物(ＤＯＤＡＣ)、Ｎ,Ｎ−ジステアリル−Ｎ,Ｎ−ジメチルアンモニウム臭化物(ＤＤＡＢ)、Ｎ−(Ｉ−(２,３−ジオレオイルオキシ)プロピル)−Ｎ,Ｎ,Ｎ−トリメチルアンモニウム塩化物(ＤＯＴＡＰ)、Ｎ−(Ｉ−(２,３−ジオレオイルオキシ)プロピル)−Ｎ,Ｎ,Ｎ−トリメチルアンモニウム塩化物(ＤＯＴＭＡ)、Ｎ,Ｎ−ジメチル−２,３−ジオレオイルオキシ)プロピルアミン(ＤＯＤＭＡ)、１,２−ジリノレイルオキシ−Ｎ,Ｎ−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎＤＭＡ)、１,２−ジリノレニルオキシ−Ｎ,Ｎ−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｅｎＤＭＡ)、１,２−ジリノレイルカルバモイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎ−Ｃ−ＤＡＰ)、１,２−ジリノレイオキシ−３−(ジメチルアミノ)アセトキシプロパン(ＤＬｉｎ−ＤＡＣ)、１,２−ジリノレイオキシ−３−モルホリノプロパン(ＤＬｉｎ−ＭＡ)、１,２−ジリノレイル−３−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎＤＡＰ)、１,２−ジリノレイルチオ−３−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎ−Ｓ−ＤＭＡ)、１−リノレイル−２−リノレイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎ−２−ＤＭＡＰ)、１,２−ジリノレイルオキシ−３−トリメチルアミノプロパン塩化物塩(ＤＬｉｎ−ＴＭＡ.Ｃｌ)、１,２−ジリノレイル−３−トリメチルアミノプロパン塩化物塩(ＤＬｉｎ−ＴＡＰ.Ｃｌ)、１,２−ジリノレイルオキシ−３−(Ｎ−メチルピペラジノ)プロパン(ＤＬｉｎ−ＭＰＺ)、又は３−(Ｎ,Ｎ−ジリノレイルアミノ)−１,２−プロパンジオール(ＤＬｉｎＡＰ)、３−(Ｎ,Ｎ−ジオレイルアミノ)−１,２−プロパンジオ(ＤＯＡＰ)、１,２−ジリノレニルオキソ−３−(２−Ｎ,Ｎ−ジメチルアミノ)エトキシプロパン(ＤＬｉｎ−ＥＧ−ＤＭＡ)、１,２−ジリノレニルオキシ−Ｎ,Ｎ−ジメチルアミノプロパン(ＤＬｉｎＤＭＡ)、２,２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノメチル−[１,３]−ジオキソラン(ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ)又はそれらの類似体、(３ａＲ,５ｓ,６ａＳ)−Ｎ,Ｎ−ジメチル−２,２−ジ((９Ｚ,１２Ｚ)−オクダデカ−９,１２−ジエニル)テトラヒドロ−３ａＨ−シクロペンタ[ｄ][１,３]ジオキソ−５−アミン(ＡＬＮ１００)、(６Ｚ,９Ｚ,２８Ｚ,３１Ｚ)−ヘプタトリアコンタ−６,９,２８,３１−テトラエン−１９−イル４−(ジメチルアミノ)ブタン酸塩(ＭＣ３)、１,１’−(２−(４−(２−((２−(ビス(２−ヒドロキシドデシル)アミノ)エチル)(２−ヒドロキシドデシル)アミノ)エチル)ピペラジン−１−イル)エチルアザネジル)ジドデカン−２−オール、又はこれらの混合物であってよい。カチオン性脂質は、粒子中に存在する総脂質の約２０モル％〜約５０モル％又は約４０モル％を占めることができる。
【０４２２】
ある態様では、化合物２,２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−[１,３]−ジオキソランを用いて、脂質−ＲＥＶＥＲＳＩＲナノ粒子を調製することができる。２,２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−[１,３]−ジオキソランの合成は、国際公開第２０１０／０４８５３６号パンフレットとして公開された国際出願ＰＣＴ／米国特許出願公開第２００９／０６１８９７号明細書に記載されており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４２３】
ある態様では、脂質−ＲＥＶＥＲＳＩＲ粒子は、４０％の２,２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−[１,３]−ジオキソラン：１０％ＤＳＰＣ：４０％コレステロール：１０％ＰＥＧ−Ｃ−ＤＯＭＧ(モル％)を含み、６３.０±２０ｎｍの粒度及び０.０２７ＲＥＶＥＲＳＩＲ／脂質比を有する。
【０４２４】
イオン化／非カチオン性脂質は、アニオン性脂質又は中性脂質であってよく、限定はしないが、ジステアロイルホスファチジルコリン(ＤＳＰＣ)、ジオレオイルホスファチジルコリン(ＤＯＰＣ)、ジパルミトイルホスファチジルコリン(ＤＰＰＣ)、ジオレオイルホスファチジルグリセロール(ＤＯＰＧ)、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール(ＤＰＰＧ)、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(ＤＯＰＥ)、パルミトイルオレイルホスファチジルコリン(ＰＯＰＣ)、パルミトイルオレイルホスファチジルエタノールアミン(ＰＯＰＥ)、ジオレオイル−ホスファチジルエタノールアミン４−(Ｎ−マレイミドメチル)−シクロヘキサン−１−カルボン酸塩(ＤＯＰＥ−ｍａｌ)、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン(ＤＰＰＥ)、ジミリストイルホスホエタノールアミン(ＤＭＰＥ)、ジステアロイル−ホスファチジルエタノールアミン(ＤＳＰＥ)、１６−Ｏ−モノメチルＰＥ、１６−Ｏ−ジメチルＰＥ、１８−１−トランスＰＥ、１−ステアロイル−２−オレオイル−ホスファチジエタノールアミン(ＳＯＰＥ)、コレステロール、又はこれらの混合物が挙げられる。非カチオン性脂質は、粒子中に存在する総脂質の約５モル％〜約９０モル％、約１０モル％、又はコレステロールが含まれる場合には約５８モル％を占めることができる。
【０４２５】
粒子の凝集を阻害する共役脂質は、例えば、ポリエチレングリコール(ＰＥＧ)−脂質であってよく、限定はしないが、ＰＥＧ−ジアシルグリセロール(ＤＡＧ)、ＰＥＧ−ジアルキルオキシプロピル(ＤＡＡ)、ＰＥＧ−リン脂質、ＰＥＧ−セラミド(Ｃｅｒ)、又はこれらの混合物を含む。ＰＥＧ−ＤＡＡコンジュゲートは、例えば、ＰＥＧ−ジラウリルオキシプロピル(Ｃ１２)、ＰＥＧ−ジミリスチルオキシプロピル(Ｃ１４)、ＰＥＧ−ジパルミチルオキシプロピル(Ｃ１６)、又はＰＥＧ−ジステアロイルオキシプロピル(Ｃ１８)であってよい。粒子の凝集を阻害する共役脂質は、粒子中に存在する総脂質の０モル％〜約２０モル％又は約２モル％を占めることができる。
【０４２６】
ある態様では、核酸−脂質粒子は、例えば、粒子中に存在する総脂質の約１０モル％〜約６０モル％又は約４８モル％のコレステロールをさらに含む。
【０４２７】
その他の例示的な脂質−ＲＥＶＥＲＳＩＲ製剤を以下の表１に記載する。
【表１】
2018504380.tif 000085
【表２】
2018504380.tif 000086
【表３】
2018504380.tif 000087
【０４２８】
表１内の略語は、下記のものを含む：ＤＳＰＣ：ジステアロイルホスファチジルコリン；ＤＰＰＣ：ジパルミトイルホスファチジルコリン；ＰＥＧ−ＤＭＧ：ＰＥＧ−ジジミリストイルグリセロール(Ｃ１４−ＰＥＧ、又はＰＥＧ−Ｃ１４)(平均分子量２０００のＰＥＧ)；ＰＥＧ−ＤＳＧ：ＰＥＧ−ジスチリルグリセロール(Ｃ１８−ＰＥＧ、又はＰＥＧ−Ｃ１８)(平均分子量２０００のＰＥＧ)；ＰＥＧ−ｃＤＭＡ：ＰＥＧ−カルバモイル−１,２−ジミリスチルオキシプロピルアミン(平均分子量２０００のＰＥＧ)。
【０４２９】
ＤＬｉｎＤＭＡ(１,２−ジリノレニルオキシ−Ｎ,Ｎ−ジメチルアミノプロパン)含有の製剤は、２００９年４月１５日出願の国際公開第２００９／１２７０６０号パンフレットに記載されており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４３０】
ＸＴＣ含有の製剤は、例えば、２００９年１月２９日出願の米国仮特許出願第６１／１４８,３６６号明細書；２００９年３月２日出願の米国仮特許出願第６１／１５６,８５１号明細書；２００９年６月１０日出願の米国仮特許出願；２００９年７月２４日出願の米国仮特許出願第６１／２２８,３７３号明細書；２００９年９月３日出願の米国仮特許出願第６１／２３９,６８６号明細書；並びに２０１０年１月２９日出願の国際出願番号ＰＣＴ／米国特許出願公開第２０１０／０２２６１４号明細書に記載されており、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４３１】
ＭＣ３含有の製剤は、例えば、２０１０年６月１０日出願の米国特許出願公開第２０１０／０３２４１２０号明細書に記載されており、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４３２】
生分解性脂質含有の製剤は、例えば、２０１１年６月３日出願のＰＣＴ公開国際公開第２０１１／１５３４９３号パンフレット、及び２０１２年１２月７日出願のＰＣＴ公開国際公開第２０１３／０８６３５４号パンフレットに記載されており、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４３３】
(１３Ｚ,１６Ｚ)−Ｎ,Ｎ−ジメチル−３−ノニルドコサ−１３,１６−ジエン−１−アミン含有の製剤は、例えば、２０１１年９月２０日出願の国際公開第２０１２／０４０１８４号パンフレットに記載されており、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０４３４】
本発明のオリゴマー化合物は、ミセルとして調製及び製剤化することができる。本明細書で使用される、「ミセル」は、分子上の疎水性部分が全て、内部へ向かい、親水性部分が周囲の水層と接触したまま残るように、両親媒性分子が球状構造内に配置される特定のタイプの分子集合体である。環境が疎水性である場合、逆の配置が存在する。
【０４３５】
ある態様では、製剤は、本発明のオリゴヌクレオチドと少なくとも１種の両親媒性担体から形成されるミセルを含み、ここで、ミセルは、好ましくは約１００ｎｍ未満の平均直径を有する。より好ましい態様は、約５０ｎｍ未満の平均直径を有するミセルを提供し、さらに好ましい態様は、約３０ｎｍ未満、或いはさらに約２０ｎｍ未満の平均直径を有するミセルを提供する。
【０４３６】
ミセル製剤は、オリゴヌクレオチド組成物の水溶液、アルカリ金属Ｃ８〜Ｃ２２アルキル硫酸塩、及び両親媒性担体を混合することによって調製することができる。両親媒性担体は、アルカリ金属アルキル硫酸塩の添加と同時か、又は添加後に添加することができる。ミセルは、より微小な粒度のミセルを提供するために、激しい混合以外の実質的にあらゆる種類の成分の混合によって形成される。
【０４３７】
本発明のオリゴマー化合物は、エマルションとして調製及び製剤化することができる。本明細書で使用される、「エマルション」は、液滴の形態で別の液体に分散された１液体の不均質系である。
【０４３８】
エマルションは、多くの場合、互いに入念に混合し、分散させた２つの非混和性液相を含む二相系である。一般に、エマルションは、油中水型(ｗ／ｏ)又は水中油型(ｏ／ｗ)の種類のいずれかであってよい。水相が、バルク油相中で微細に分割され、微小液滴として分散された場合、得られる組成物は、油中水型(ｗ／ｏ)エマルションと呼ばれる。或いは、油相がバルク水相中で微細に分割され、微小液滴として分散された場合、得られる組成物は、水中油型(ｏ／ｗ)エマルションと呼ばれる。エマルションは、分散相及び活性薬物に加えて追加の成分を含んでもよく、この追加成分は、水相、油相中の溶液として、又はそれ自体が別個の相として存在してもよい。必要に応じてエマルション中に、乳化剤、安定剤、色素、及び抗酸化剤などの製剤用賦形剤も存在してもよい。医薬エマルションは、例えば、油中水中油型(ｏ／ｗ／ｏ)及び水中油中水型(ｗ／ｏ／ｗ)エマルションの場合など、３つ以上の相から構成される多重エマルションであってもよい。このような複合製剤は、多くの場合、単純な２成分エマルションが提供しないいくつかの利点を提供する。ｏ／ｗエマルションの個々の油滴が、微小な水滴を取り囲む多重エマルションは、ｗ／ｏ／ｗエマルションを構成する。同様に、油性連続相中に安定化された水の小滴に取り囲まれた油滴の系は、ｏ／ｗ／ｏエマルションを構成する。
【０４３９】
エマルションは、熱力学的安定性がほとんど又は全くないことを特徴とする。多くの場合、エマルションの分散又は不連続相は、外側又は連続相中に良好に分散され、乳化剤を用いて、又は製剤の粘度によってこの形態で維持される。エマルションの相のいずれかは、エマルションタイプの軟膏基剤及びクリームがそうであるように、半固体又は固体であってもよい。エマルションを安定化する他の手段は、エマルションのいずれかの相に組み込まれ得る乳化剤の使用を含む。乳化剤は、大きく４つのカテゴリー：合成界面活性剤、天然に存在する乳化剤、吸収性基剤、及び微細に分散した固体に分類され得る(Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.199)。
【０４４０】
表面活性剤としても知られる合成界面活性剤は、エマルションの製剤化に広範な適用性があり、文献でも概説されている(Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker(Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.285; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, volume 1, p.199)。界面活性剤は、典型的には両親媒性であり、親水性及び疎水性部分を含む。界面活性剤の親水性対疎水性の比は、親水性／親油性バランス(ＨＬＢ)と称されており、製剤の調製に際して界面活性剤を分類し、選択する上で価値のあるツールである。界面活性剤は、親水基：ノニオン性、アニオン性、カチオン性及び両性の性質に基づいて様々なクラスに分類することができる(Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.285)。
【０４４１】
エマルション製剤に用いられる天然に存在する乳化剤としては、ラノリン、蜜蝋、ホスファチド、レシチン及びアカシアが挙げられる。吸収性基剤は、無水ラノリン及び親水性ワセリンなどのように、水を吸収して、ｗ／ｏ型エマルションを形成するが、尚その半固体稠度を維持するような親水性特性を有する。また、微粉砕された固体も、特に界面活性剤と組み合わせて、及び粘性調製物中で、優れた乳化剤として使用されている。こうしたものとして、重金属水酸化物などの極性無機固体、ベントナイト、アタパルガイト、ヘクトライト、カオリン、モンモリロナイト、コロイド状ケイ酸アルミニウム及びコロイド状ケイ酸アルミニウムマグネシウムなどの非膨潤性粘土、顔料並びに炭素などの非極性固体又はトリステアリン酸グリセリルが挙げられる。
【０４４２】
非常に多様な非乳化材料もエマルション製剤に含有され、エマルションの特性に寄与する。こうしたものとして、脂肪、油、蝋、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪酸エステル、湿潤剤、親水性コロイド、保存料及び抗酸化剤が挙げられる(Block, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.335; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.199)。
【０４４３】
親水性コロイド又は親水コロイドとしては、多糖(例えば、アカシア、寒天、アルギン酸、カラギーナン、グアーガム、カラヤガム、及びトラガカンス)、セルロース誘導体(例えば、カルボキシメチルセルロース及びカルボキシプロピルセルロース)、並びに合成ポリマー(例えば、カルボマー、セルロースエーテル、及びカルボキシビニルポリマー)などの天然ゴム及び合成ポリマーが挙げられる。これらは水中に分散するか、又は膨潤して、分散相小滴の周囲に強力な界面膜を形成することにより、及び外部相の粘度を高めることにより、エマルションを安定化するコロイド溶液を形成する。
【０４４４】
エマルションは、多くの場合、細菌の増殖を容易に支持し得る炭水化物、タンパク質、ステロール及びホスファチドなどのいくつかの成分を往々にして含有することから、これらの製剤は、保存料を含むことが多い。エマルション製剤中に含まれる、常用の保存料としては、メチルパラベン、プロピルパラベン、第４級アンモニウム塩、塩化ベンザルコニウム、ｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステル、及びホウ酸が挙げられる。また、製剤の分解を防止するために、抗酸化剤もエマルション製剤に一般に添加される。使用される抗酸化剤は、トコフェロール、没食子酸アルキル、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエンなどの遊離ラジカルスカベンジャー、又はアスコルビン酸及びメタ重亜硫酸ナトリウムなどの還元剤、並びにクエン酸、酒石酸、及びレシチンなどの抗酸化剤共力剤であってよい。
【０４４５】
ある態様では、組成物は、マイクロエマルションとして製剤化される。本明細書で使用される、「マイクロエマルション」は、単一の光学的に等方性で、且つ熱力学的に安定した溶液である、水、油及び両親媒質の系を指す。マイクロエマルションはまた、表面活性分子の界面膜により安定化された２種の非混和性液体の熱力学的に安定し、等方的に透明な分散体も含む。
【０４４６】
マイクロエマルションは、単一の光学的に等方性で、且つ熱力学的に安定した溶液である、水、油及び両親媒質の系として定義することができる(Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.245)。典型的には、マイクロエマルションは、最初に水性界面活性剤溶液中に油を分散させ、次に、十分な量の第４成分(一般に、中間の鎖長アルコール)を添加して、透明な系を形成することによって調製される系である。従って、マイクロエマルションは、表面活性分子の界面膜により安定化されている２つの非混和性液体から構成される、熱力学的に安定し、等方的に透明な分散体として記載されている(Leung and Shah, in: Controlled Release of Drugs: Polymers and Aggregate Systems, Rosoff, M., Ed., 1989, VCH Publishers, New York, pages 185-215)。マイクロエマルションは、一般に、油、水、界面活性剤、補助界面活性剤及び電解質を含む３〜５つの成分の組合せを用いて調製される。マイクロエマルションが、油中水型(ｗ／ｏ)又は水中油型(ｏ／ｗ)タイプのいずれであるかは、使用される油及び界面活性剤の特性、並びに界面活性剤分子の極性頭部及び炭化水素尾部の構造及び幾何学的充填に左右される(Schott, in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton,Pa., 1985, p.271)。
【０４４７】
相図を使用する現象学的手法が広範に研究されており、当業者は、マイクロエマルションを製剤化する方法についての包括的知識を得ている(Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker(Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.245; Block, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.335)。従来のエマルションと比較して、マイクロエマルションは、自発的に形成される熱力学的に安定した液滴の製剤中に水不溶性薬剤を可溶化するという利点を提供する。
【０４４８】
マイクロエマルションの調製に使用される界面活性剤として、限定はしないが、単独又は補助界面活性剤との組合せで、イオン性界面活性剤、ノニオン性界面活性剤、Ｂｒｉｊ９６、ポリエチレンオレイルエーテル、ポリグリセロール脂肪酸エステル、モノラウリン酸テトラグリセロール(ＭＬ３１０)、モノオレイン酸テトラグリセロール(ＭＯ３１０)、モノオレイン酸ヘキサグリセロール(ＰＯ３１０)、ペンタオレイン酸ヘキサグリセロール(ＰＯ５００)、モノカプリン酸デカグリセロール(ＭＣＡ７５０)、モノオレイン酸デカグリセロール(ＭＯ７５０)、セキオレイン酸(sequioleate)デカグリセロール(ＳＯ７５０)、デカオレイン酸デカグリセロール(ＤＡＯ７５０)が挙げられる。通常、エタノール、１−プロパノール、及び１−ブタノールなどの短鎖アルコールである補助界面活性剤は、界面活性剤薄膜中に浸透し、その結果、界面活性剤分子間に生成された空隙空間によって不規則な薄膜を形成することにより、界面流動性を増大させる役割を果たす。しかしながら、マイクロエマルションは、補助界面活性剤を使用することなく調製することができ、アルコールフリー自己乳化型マイクロエマルション系は、当技術分野において公知である。水性相は、典型的に、限定はしないが、水、薬剤の水溶液、グリセロール、ＰＥＧ３００、ＰＥＧ４００、ポリグリセロール、プロピレングリコール、及びエチレングリコールの誘導体であってもよい。油相は、限定はしないが、Ｃａｐｔｅｘ  ３００、Ｃａｐｔｅｘ  ３５５、Ｃａｐｍｕｌ  ＭＣＭ、脂肪酸エステル、中鎖(Ｃ８〜Ｃ１２)モノ、ジ、及びトリ−グリセリド、ポリオキシエチル化グリセリル脂肪酸エステル、脂肪アルコール、ポリグリコール化グリセリド、飽和ポリグリコール化Ｃ８〜Ｃ１０グリセリド、植物油及びシリコーン油などの材料を含んでもよい。
【０４４９】
マイクロエマルションは、薬剤可溶化及び薬剤吸収向上の観点から特に興味深い。脂質ベースのマイクロエマルション(ｏ／ｗ及びｗ／ｏの両方)は、ペプチドを含む薬剤の経口バイオアベイラビリティを向上させるために提案されている(Constantinides et al., Pharmaceutical Research, 1994, 11, 1385-1390; Ritschel, Meth. Find. Exp. Clin. Pharmacol., 1993, 13, 205)。マイクロエマルションは、薬剤可溶化の改善、酵素加水分解からの薬剤の保護、界面活性剤誘導による膜流動性及び透過性の改変に起因する薬剤吸収の考えられる向上、調製の容易さ、固体剤形と比べた経口投与の容易さ、臨床的効力の改善、及び毒性の低減という利点を提供する(Constantinides et al., Pharmaceutical Research, 1994, 11, 1385; Ho et al., J. Pharm. Sci., 1996, 85, 138-143)。多くの場合、マイクロエマルションは、その成分が周囲温度で一緒にされると自発的に形成され得る。このことは、易熱性薬剤、ペプチド又はｄｓＲＮＡを製剤化する際に特に有利となり得る。マイクロエマルションはまた、化粧及び医薬用途の両方において活性構成成分の経皮送達に有効である。本発明のマイクロエマルション組成物及び製剤が、胃腸管からのｄｓＲＮＡ及び核酸の全身吸収の増大、並びにｄｓＲＮＡ及び核酸の局部細胞取り込みの改善を促進することが期待される。
【０４５０】
さらに、本発明のマイクロエマルションは、製剤の特性を改善し、且つ本発明のｄｓＲＮＡ及び核酸の吸収を向上させるために、モノステアリン酸ソルビタン(Grill3)、ラブラソール(Labrasol)、及び透過促進剤などの追加の成分及び添加剤を含有してもよい。本発明のマイクロエマルションに使用される透過促進剤は、５つの大きいカテゴリー：界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート化剤、及び非キレート化非界面活性剤の１つに属するものとして分類することができる(Lee et al., Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems, 1991, p.92)。これらのクラスの各々は、上に論じている。
【０４５１】
皮膚科学、経口及び非経口経路によるエマルション製剤の適用並びにその製造方法は、文献、例えば、Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.199; Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.245;及びBlock, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p.335にレビューされており、これらの内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０４５２】
本発明のオリゴマー化合物は、脂質粒子、例えば、(ａ)本発明のオリゴヌクレオチド(前記オリゴヌクレオチドは、親油性物質に共役されている)と、(ｂ)共役オリゴヌクレオチドが凝集、混合又は結合される、少なくとも１つの脂質成分、例えば、エマルション、リポソーム、単離リポタンパク質、再構成リポタンパク質若しくはリン脂質とを含む製剤化脂質粒子(ＦＬｉＰ)として調製及び製剤化することができる。オリゴヌクレオチドと脂質成分の化学量論は、１：１であってよい。或いは、この化学量論は、１：多、多：１又は多：多であってもよく、ここで、多は２以上である。
【０４５３】
ＦＬｉＰは、トリアシルグリセロール、リン脂質、グリセロール、並びに親油性リンカー分子を介してオリゴヌクレオチドと凝集、混合若しくは結合した１種又は数種の脂質結合タンパク質を含み得る。驚くべきことに、前述した脂質と組み合わせた前記１種又は数種の脂質結合タンパク質により、ＦＬｉＰは、肝臓、腸、腎臓、ステロイド産生臓器、心臓、肺及び／又は筋肉組織に対する親和性を示すことが判明している。従って、これらのＦＬｉＰは、これらの組織に対するオリゴヌクレオチドの担体として役立ち得る。例えば、脂質共役オリゴヌクレオチド、例えば、コレステロール共役オリゴヌクレオチドは、ＨＤＬ及びＬＤＬリポタンパク質粒子に結合し、それぞれの受容体との結合時に細胞の取り込みを媒介し、それにより肝臓、腸、腎臓及びステロイド産生臓器へのオリゴヌクレオチド送達を指令する。Wolfrum et al. Nature Biotech. (2007), 25:1145-1157を参照されたい。
【０４５４】
ＦＬｉＰは、１５〜２５％のトリアシルグリセロール、約０.５〜２％のリン脂質、及び１〜３％のグリセロール、並びに１種又は数種の脂質結合タンパク質を含む脂質粒子であってよい。ＦＬｉＰは、約１５〜２５％のトリアシルグリセロール、約１〜２％のリン脂質、約２〜３％のグリセロール、及び１種又は数種の脂質結合タンパク質を含む脂質粒子であってよい。ある態様では、脂質粒子は、約２０％のトリアシルグリセロール、約１.２％のリン脂質及び約２.２５％のグリセロール、並びに１種又は数種の脂質結合タンパク質を含む。
【０４５５】
ＦＬｉＰに好適な別の脂質成分は、リポタンパク質、例えば、単離リポタンパク質、又はより好ましくは再構成リポタンパク質である。例示的なリポタンパク質として、カイロミクロン、ＶＬＤＬ(超低密度リポタンパク質)、ＩＤＬ(中間密度リポタンパク質)、ＬＤＬ(低密度リポタンパク質)及びＨＤＬ(高密度リポタンパク質)が挙げられる。再構成リポタンパク質を製造する方法は、当技術分野で公知であり、例えば、A. Jones, Experimental Lung Res. 6, 255-270 (1984)、米国特許第４,６４３,９８８号明細書及び同第５１２８３１８号明細書、国際公開第８７／０２０６２号パンフレット、カナダ国特許第２,１３８,９２５号明細書を参照されたい。再構成リポタンパク質、特にアポリポタンパク質Ａ−Ｉ、Ａ−ＩＩ、Ａ−ＩＶ、ａｐｏＣ及びａｐｏＥを製造する他の方法は、A. Jonas, Methods in Enzymology 128, 553-582 (1986)及びG. Franceschini et al. J. Biol. Chem., 260 (30), 16321-25 (1985)に記載されている。
【０４５６】
ＦＬｉＰに好ましい１つの脂質成分は、Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄである。Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄ(登録商標)は、ヒトでの使用のための最初の安全な脂肪エマルションの商標である。Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄ(登録商標)２０％(２０％静脈内脂肪エマルション)は、２０％ダイズ油、１.２％卵黄リン脂質、２.２５％グリセリン、及び注射用水から構成されている。さらに、ＦＬｉＰの脂質成分を製造するために、サフラワー油などの他の好適な油を使用できることも本発明に含まれる。
【０４５７】
ＦＬｉＰは、約２０〜５０ｎｍ又は約３０〜５０ｎｍ、例えば、約３５〜４０ｎｍの範囲の粒度であってよい。ある態様では、ＦＬｉＰは、少なくとも約１００ｎｍの粒度を有する。或いは、ＦＬｉＰは、リポソーム又はエマルションベースのいずれを特徴とするかにかかわらず、約１００〜１５０ｎｍ、例えば、約１１０ｎｍ、約１２０ｎｍ、約１３０ｎｍ、又は約１４０ｎｍであってもよい。また、複数のＦＬｉＰを凝集させ、一緒に送達することも可能であり、そのため、粒度は、１００ｎｍを超えてもよい。
【０４５８】
脂質粒子を製造する方法は、(ａ)化学的に修飾することができる１種又は複数種の親油性物質(例えば、コレステロール)共役オリゴヌクレオチドと脂質成分を混合し；そして(ｂ)この混合物を分別するステップを含む。ある態様では、この方法は、３０〜５０ｎｍ、好ましくは約４０ｎｍの粒度を有する画分を選択する付加的ステップを含む。
【０４５９】
本発明に適したいくつかの例示的な脂質粒子製剤は、２００９年３月２６日に出願された米国特許出願第１２／４１２,２０６号明細書に記載されており、その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０４６０】
ある態様では、オリゴマー化合物は、酵母細胞壁粒子(「ＹＣＷＰ」)に製剤化することができる。酵母細胞壁粒子は、抽出された酵母細胞壁外部及びコアを含み、コアは、ペイロード(例えば、オリゴヌクレオチド)を含む。粒子の外部は、酵母グルカン(例えば、βグルカン、β−１,３−グルカン、β−１,６−グルカン)、酵母マンナン、又はこれらの組合せを含む。酵母細胞壁粒子は、典型的に、直径約１〜４μｍの球状粒子である。
【０４６１】
酵母細胞壁粒子の調製は、当技術分野で公知であり、例えば、米国特許第４,９９２,５４０号明細書；同第５,０８２,９３６号明細書；同第５,０２８,７０３号明細書；同第５,０３２,４０１号明細書；同第５,３２２,８４１号明細書；同第５,４０１,７２７号明細書；同第５,５０４,０７９号明細書；同第５,６０７,６７７号明細書；同第５,７４１,４９５号明細書；同第５,８３０,４６３号明細書；同第５,９６８,８１１号明細書；同第６,４４４,４４８号明細書；及び同第６,４７６,００３号明細書、米国特許出願公開第２００３／０２１６３４６号明細書及び同第２００４／００１４７１５号明細書、並びに国際公開第２００２／１２３４８号パンフレットに記載されており、これらの内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。薬剤送達のための酵母細胞様粒子の適用は、例えば、米国特許第５,０３２,４０１号明細書；同第５,６０７,６７７号明細書；同第５,７４１,４９５号明細書；及び同第５,８３０,４６３号明細書、並びに米国特許出願公開第２００５／０２８１７８１号明細書及び同第２００８／００４４４３８号明細書に記載されており、これらの内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。米国特許出願公開第２００９／０２２６５２８号明細書(その内容は、参照により本明細書に組み込まれる)は、細胞へのオリゴヌクレオチドの送達のための、酵母細胞壁粒子を用いた核酸の製剤化を記載している。
【０４６２】
オリゴマー化合物の例示的な製剤化は、米国特許第４,８９７,３５５号明細書；同第４,３９４,４４８号明細書；同第４,２３５,８７１号明細書；同第４,２３１,８７７号明細書；同第４,２２４,１７９号明細書；同第４,７５３,７８８号明細書；同第４,６７３,５６７号明細書；同第４,２４７,４１１号明細書；同第４,８１４,２７０号明細書；同第５,５６７,４３４号明細書；同第５,５５２,１５７号明細書；同第５,５６５,２１３号明細書；同第５,７３８,８６８号明細書；同第５,７９５,５８７号明細書；同第５,９２２,８５９号明細書；同第６,０７７,６６３号明細書；同第７,９０６,４８４号明細書；及び同第８,６４２,０７６；ＰＣＴ公開国際公開第２００９／１３２１３１号明細書パンフレット、並びに米国特許出願公開第２００６／０２４００９３号明細書、同第２００７／０１３５３７２号明細書、同第２０１１／０１１７１２５号明細書、同第２００９／０２９１１３１号明細書、同第２０１２／０３１６２２０号明細書、同第２００９／０１６３７０５号明細書及び同第２０１３／０１２９７８５号明細書に記載されており、これらの内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。Behr (1994) Bioconjugate Chem. 5:382-389及びLewis et al. (1996) PNAS 93:3176-3181も本発明に適したオリゴヌクレオチドの製剤化を記載しており、その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０４６３】
ｓｉＲＮＡ
本明細書で使用される、用語「ｓｉＲＮＡ」は、ＲＮＡ転写物の標的切断を媒介する物質を指す。これらの物質は、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体(ＲＩＳＣ)として知られる細胞質多タンパク質複合体と結合する。ＲＮＡ干渉を誘導する上で有効な物質は、本明細書において、ｓｉＲＮＡ、ＲＮＡｉ剤、又はｉＲＮＡ剤とも呼ばれる。本明細書で使用される、ｓｉＲＮＡという用語は、マイクロＲＮＡ及びｐｒｅ−マイクロＲＮＡを含む。
【０４６４】
本明細書で使用される、用語「ｓｉＲＮＡ」は、ＲＮＡ転写物の標的切断を媒介する物質を指す。これらの物質は、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体(ＲＩＳＣ)として知られる細胞質多タンパク質複合体と結合する。ＲＮＡ干渉を誘導する上で有効な物質は、本明細書において、ｓｉＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ＲＮＡｉ剤、又はｉＲＮＡ剤とも呼ばれる。
【０４６５】
本明細書で使用される、用語「ｓｉＲＮＡ活性」及び「ＲＮＡｉ活性」は、ｓｉＲＮＡによる遺伝子サイレンシングを指す。
【０４６６】
本明細書で使用される、ＲＮＡ干渉分子による「遺伝子サイレンシング」は、標的遺伝子について、ｍｉＲＮＡ又はＲＮＡ干渉分子が存在しない細胞に見出されるｍＲＮＡレベルの少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、１００％までを含む少なくとも約９９％、及びこれらの間のあらゆる整数％の、細胞中のｍＲＮＡレベルの減少を指す。１つの好ましい態様では、ｍＲＮＡレベルは、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、１００％までを含む少なくとも約９９％、及び５％〜１００％のあらゆる整数％の減少を示す。
【０４６７】
本明細書で使用される、用語「遺伝子発現を調節する」は、１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベルを上方制御又は下方制御して、発現、レベル、若しくは活性が、モジュレータの非存在下で観察されるものより高く、又は低くなるようにすることを意味する。例えば、用語「調節する」は、「阻害する」を意味し得るが、用語「調節する」の使用は、この定義に限定されない。
【０４６８】
本明細書で使用される、遺伝子発現調節は、１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はそれらをコードするＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベルが、ｓｉＲＮＡ、例えば、ＲＮＡｉ剤の非存在下で観察されるものと少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍以上異なる場合に起こる。％及び／又は倍率差は、例えば、対照又は非対照に対して、以下のように計算することができる。
【数１】
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【０４６９】
本明細書で使用される、遺伝子発現に関して、「阻害する」、「下方制御する」、又は「低減する」という用語は、１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベル、又は１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、モジュレータの非存在下で観察されるものより低く低減されることを意味する。１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベル、又は１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、対応する非調節対照に比べ、少なくとも１０％低く、好ましくは少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％又は最も好ましくは１００％(すなわち、遺伝子発現がない)だけ低く低減される場合に、遺伝子発現は下方制御される。
【０４７０】
本明細書で使用される、遺伝子発現に関して、「増加する」、「上方制御する」という用語は、１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベル、又は１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、モジュレータの非存在下で観察されるものより高く増加されることを意味する。１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードする遺伝子の発現、又はＲＮＡ分子若しくは均等なＲＮＡ分子のレベル、又は１種又は複数種のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、対応する非調節対照に比べ、少なくとも１０％、好ましくは少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、１００％、１.１倍、１.２５倍、１.５倍、１.７５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、５０倍、１００倍以上増加される場合に、遺伝子発現は上方制御される。
【０４７１】
本明細書で使用される、用語「増加した」又は「増加する」は、概して、統計的に有意な量の増加を意味し；誤解を避けるために、「増加した」は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、基準レベルと比較して少なくとも約２０％、又は少なくとも約３０％、又は少なくとも約４０％、又は少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％又は１００％以下の増加又は１０〜１００％の間のあらゆる増加、或いは基準レベルと比較して少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍又は少なくとも１０倍の増加、又は２倍〜１０倍以上の間のあらゆる増加を意味する。
【０４７２】
本明細書で使用される、用語「低減した」又は「低減する」は、概して、統計的に有意な量の減少を意味する。しかしながら、誤解を避けるために、「低減した」は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の減少、例えば、基準レベルと比較して少なくとも約２０％、又は少なくとも約３０％、又は少なくとも約４０％、又は少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％又は１００％(すなわち、基準サンプルと比較してゼロレベル)以下の減少、或いは基準レベルと比較して１０〜１００％の間のあらゆる減少を意味する。
【０４７３】
当業者であれば、２０〜２３、特に２１塩基対の二重螺旋構造を含む二本鎖オリゴヌクレオチドが、ＲＮＡ干渉を誘導するのに特に有効であるとして認められていることは十分認識している(Elbashir et al., EMBO 2001, 20:6877-6888)。しかしながら、他に、これより短い又は長い二本鎖オリゴヌクレオチドも有効となり得ることが見出されている。
【０４７４】
二本鎖オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズして、二重螺旋構造を形成するのに十分に相補的である２つのオリゴヌクレオチド鎖を含む。一般に、二重螺旋構造は、１５〜３０、より一般的には１８〜２５、さらに一般的には１９〜２４、最も一般的には１９〜２１塩基対の長さである。ある態様では、長さが２５〜３０塩基対と、より長い二本鎖オリゴヌクレオチドが好ましい。ある態様では、長さが１０〜１５塩基対と、より短い二本鎖オリゴヌクレオチドが好ましい。別の態様では、二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１ヌクレオチド長である。
【０４７５】
ある態様では、二本鎖オリゴヌクレオチドは、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、ここで、アンチセンスＲＮＡ鎖は、標的配列の少なくとも一部と相補的である相補性の領域を有し、二重螺旋領域は、１４〜３０ヌクレオチド長である。同様に、標的配列に対する相補性の領域は、１４〜３０、より一般的には１８〜２５、さらに一般的には１９〜２４、最も一般的には１９〜２１ヌクレオチド長である。
【０４７６】
本明細書で使用される、語句「アンチセンス鎖」は、目的とする標的配列に対して実質的に相補的、又は１００％相補的であるオリゴマー化合物を指す。「アンチセンス鎖」という語句は、２つの個別の鎖から形成される両オリゴマー化合物のアンチセンス領域、並びにヘアピン又はダンベル型構造を形成することができる単分子化合物を含む。用語「アンチセンス鎖」及び「ガイド鎖」は、本明細書では置き換え可能に使用される。
【０４７７】
語句「センス鎖」は、メッセンジャーＲＮＡ又はＤＮＡの配列などの標的配列と、全部又は一部が同じヌクレオシド配列を有するオリゴマー化合物を指す。「センス鎖」及び「パッセンジャー鎖」という用語は、本明細書では置き換え可能に使用される。
【０４７８】
「特異的にハイブリダイズ可能な」及び「相補的な」は、核酸が、伝統的なワトソン−クリック又は他の非伝統的タイプのいずれかにより、別の核酸配列と水素結合を形成し得ることを意味する。本発明の核酸分子に関連して、核酸分子とその相補的配列との結合自由エネルギーは、核酸の関連機能、例えば、ＲＮＡｉ活性を進行させるのに十分である。核酸分子の結合自由エネルギーの決定は、当技術分野においてよく知られている(例えば、Turner et al, 1987, CSH Symp. Quant. Biol. LII pp.123-133; Frier et al., 1986, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 83:9373-9377; Turner et al., 1987, J. Am. Chem. Soc. 109:3783-3785を参照)。相補性パーセントは、第２核酸配列と、水素結合(例えば、ワトソン−クリック塩基対合)を形成することができる核酸分子中の連続した残基のパーセンテージ(例えば、１０のうちの５、６、７、８、９、１０は、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、及び１００％相補的である)を示す。「完全に相補的」又は１００％相補性とは、核酸配列の連続した残基の全てが、第２核酸配列中の同数の連続した残基と水素結合することを意味する。完全ではない相補性は、２つの鎖の一部(全部ではない)のヌクレオシド単位が、互いに水素結合することができる状況を指す。「実質的な相補性」は、非相補的であるように選択されたポリヌクレオチド鎖の領域(例えば、突出部)を除いて、９０％以上の相補性を呈示するポリヌクレオチド鎖を指す。特異的結合には、特異的結合が要望される条件下、すなわち、ｉｎ  ｖｉｖｏアッセイ若しくは治療処置の場合、生理学的条件下で、又はｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの場合、アッセイが実施される条件下で、非標的配列とオリゴマー化合物の非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性が必要である。非標的配列は、典型的に、少なくとも５ヌクレオチド異なる。
【０４７９】
用語「オフターゲット」及び語句「オフターゲット効果」は、所与の標的に対するｓｉＲＮＡが、別のｍＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列又は細胞タンパク質若しくは他の部分と直接若しくは間接的のいずれかで相互作用することにより、意図しない作用を引き起こすあらゆる事例を指す。例えば、「オフターゲット効果」は、他の転写物と、ｓｉＲＮＡのセンス及び／又はアンチセンス鎖との間の部分的な相同性又は相補性により、他の転写物の同時分解が生じるとき起こりうる。
【０４８０】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物の二本鎖領域は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０ヌクレオチチド対と等しいか、又は少なくともその長さである。
【０４８１】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物のアンチセンス鎖は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０ヌクレオチチド対と等しいか、又は少なくともその長さである。
【０４８２】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物のセンス鎖は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０ヌクレオチチド対と等しいか、又は少なくともその長さである。
【０４８３】
ある態様では、１つの鎖は、二本鎖領域内に１〜５個の一本鎖ヌクレオチドの少なくとも１区間を有する。「二本鎖領域内の一本鎖ヌクレオチドの区間」とは、一本鎖区間の両端に少なくとも１つのヌクレオチド塩基対が存在することを意味する。ある態様では、両方の鎖が、二本鎖領域内に１〜５(例えば、１、２、３、４、又は５)個の一本鎖ヌクレオチドから構成される少なくとも１区間を有する。両方の鎖が、二本鎖領域内に１〜５(例えば、１、２、３、４、又は５)個の一本鎖ヌクレオチドから構成される１区間を有する場合、このような一本鎖ヌクレオチドは、互いに反対(例えば、ミスマッチの区間)であってもよく、又は第２の鎖が第１の鎖の一本鎖オリゴヌクレオチドと反対の一本鎖ヌクレオチドを含まないようにこれらを配置することもでき、またその逆(例えば、一本鎖ループ)も可能である。ある態様では、一本鎖ヌクレオチドは、いずれかの末端から８ヌクレオチド以内、例えば、２つの鎖の間の相補性の領域の５’又は３’末端のいずれかから、８、７、６、５、４、３、若しくは２ヌクレオチドに存在する。
【０４８４】
ある態様では、二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖は、ＰＣＴ公開国際公開第２００４０８０４０６号パンフレット(その内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載のものなどのＺＸＹ構造を有する。
【０４８５】
ある態様では、二本鎖オリゴマー化合物の２つの鎖を互いに連結することができる。２つの鎖は、両端、又は一端のみで、互いに連結することができる。一端で連結するとは、第１鎖の５’末端を第２鎖の３’末端に連結するか、又は第１鎖の３’末端を第２鎖の５’末端に連結することを意味する。２つの鎖を両端で互いに連結するとき、第１鎖の５’末端を第２鎖の３’末端に連結し、且つ第１鎖の３’末端を第２鎖の５’末端に連結する。２つの鎖は、オリゴヌクレオチドリンカーにより互いに連結することができ、こうしたリンカーとして、限定はしないが、(Ｎ)ｎ(Ｎは、独立に、修飾若しくは非修飾ヌクレオチドであり、ｎは、３〜２３である)がある。ある態様では、ｎは、３〜１０、例えば、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である。ある態様では、オリゴヌクレオチドリンカーは、ＧＮＲＡ、(Ｇ)４、(Ｕ)４、及び(ｄＴ)４からなる群から選択され、ここで、Ｎは、修飾又は非修飾ヌクレオチドであり、Ｒは、修飾又は非修飾プリンヌクレオチドである。リンカー中のヌクレオチドの一部は、リンカー中の他のヌクレオチドとの塩基対合相互作用に関与し得る。また、２つの鎖は、非ヌクレオシドリンカー、例えば、本明細書に記載のリンカーにより互いに連結することもできる。当業者であれば、本明細書に記載する任意のオリゴヌクレオチド化学修飾又は改変をオリゴヌクレオチドリンカーに使用し得ることは理解されよう。
【０４８６】
ヘアピン及びダンベルタイプオリゴマー化合物は、少なくとも１４、１５、１５、１６、１７、１８、１９、２９、２１、２２、２３、２４、又は２５ヌクレオチド対以上の二重螺旋領域を有し得る。二重螺旋領域は、２００、１００、又は５０以下の長さであってよい。ある態様では、二重螺旋領域の範囲は、１５〜３０、１７〜２３、１９〜２３、及び１９〜２１ヌクレオチド対の長さである。
【０４８７】
ヘアピンオリゴマー化合物は、ある態様では３’に、またある態様ではヘアピンのアンチセンス側に、一本鎖突出部又は末端非対合領域を有し得る。ある態様では、突出部は、１〜４、より一般的には２〜３ヌクレオチド長であった。ＲＮＡ干渉を誘導することができるヘアピンオリゴマー化合物は、本明細書において「ｓｈＲＮＡ」とも呼ばれる。
【０４８８】
ある態様では、２つのオリゴマー鎖は、特定の結合が要望される条件下、すなわち、ｉｎ  ｖｉｖｏアッセイ若しくは治療処置の場合、生理学的条件下で、並びにｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの場合、アッセイが実施される条件下で、非標的核酸配列とアンチセンス化合物の非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性がある場合に特異的にハイブリダイズする。
【０４８９】
本明細書で使用される、「ストリンジェントハイブリダイゼーション条件」又は「ストリンジェント条件」は、アンチセンス化合物がその標的配列とハイブリダイズするが、他の配列とは最小数にハイブリダイズする条件を指す。ストリンジェント条件は、配列依存的であり、様々な状況で異なり、アンチセンス化合物が標的配列とハイブリダイズする「ストリンジェント条件」は、アンチセンス化合物の性質及び組成、並びにそれらが試験されるアッセイによって決定される。
【０４９０】
当技術分野では、ヌクレオチド親和性修飾の組み込みにより、非修飾活性化と比較して、より多くのミスマッチ数を達成し得ることが理解される。同様に、特定のオリゴヌクレオチド配列は、他のオリゴヌクレオチド配列よりミスマッチに対してより耐性であり得る。当業者は、オリゴヌクレオチド同士、又はオリゴヌクレオチド及び標的核酸同士の適切な数のミスマッチを、例えば、融解温度(Ｔｍ)の決定により、決定することができる。Ｔｍ又はΔＴｍは、当業者には周知である技術によって計算することができる。例えば、Freierら(Nucleic Acids Research, 1997, 25, 22:4429-4443)に記載される技術により、当業者は、ヌクレオチド修飾を、それらがＲＮＡ：ＤＮＡ二重螺旋の融解温度を高める能力について評価することができる。
【０４９１】
標的発現の調節
ある態様では、標的核酸は、ｍＲＮＡである。あるこのような態様では、ｓｉＲＮＡは、その標的ｍＲＮＡ又はその発現を調節するように設計する。ある態様では、標的核酸分子に対するアンチセンス化合物の設計は、多段階プロセスであってよい。典型的に、このプロセスは、標的タンパク質、調節しようとするその活性の同定で開始し、次に、その発現によって標的タンパク質が産生される核酸を同定する。ある態様では、アンチセンス化合物の設計により、標的核酸分子とハイブリダイズするアンチセンス化合物を取得する。ある態様では、アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド又はアンチセンスオリゴヌクレオシドである。ある態様では、アンチセンス化合物と標的核酸は、互いに相補的である。あるこのような態様では、アンチセンス化合物は、標的核酸と完全に相補的である。ある態様では、アンチセンス化合物は、１つのミスマッチを含む。ある態様では、アンチセンス化合物は、２つのミスマッチを含む。ある態様では、アンチセンス化合物は、３つ以上のミスマッチを含む。
【０４９２】
標的核酸の調節は、任意の数の核酸機能の改変によって達成することができる。ある態様では、調節しようとするＲＮＡの機能としては、限定はしないが、転位機能(限定はしないが、タンパク質翻訳部位へのＲＮＡの転位、ＲＮＡ合成部位から遠位の細胞内の部位へのＲＮＡの転位など)、並びにＲＮＡからのタンパク質の翻訳が挙げられる。調節することができるＲＮＡプロセシング機能として、限定はしないが、１つ又は複数のＲＮＡ種を取得するためのＲＮＡのスプライシング、ＲＮＡのキャッピング、ＲＮＡの３’成熟及び触媒活性、又はＲＮＡに関与する若しくはＲＮＡにより促進され得る、ＲＮＡを含む複合体形成が挙げられる。発現の調節により、１つ又は複数の核酸種のレベル増加又は１つ又は複数の核酸種のレベル低下を起こすことができ、一時的又は正味定常状態レベルによるいずれも可能である。従って、ある態様では、発現の調節は、標的ＲＮＡ又はタンパク質レベルの増加又は低下を意味し得る。別の態様では、発現の調節は、１つ又は複数のＲＮＡスプライス産物の増加若しくは減少、又は２つ以上のスプライス産物の比の変化を意味し得る。
【０４９３】
ある態様では、ｓｉＲＮＡは、共役ｓｉＲＮＡである。本明細書で使用される、用語「共役ｓｉＲＮＡ」は、リガンドで共役されたＲＮＡｉ剤を指す。例えば、本明細書で記載するリガンドと共役したＲＮＡｉ剤である。
【０４９４】
いくつかの他の態様では、ｓｉＲＮＡは、非共役ｓｉＲＮＡである。本明細書で使用される、用語「非共役ｓｉＲＮＡ」は、リガンド、例えば、本明細書で記載するリガンドと共役していないＲＮＡｉ剤を指す。
【０４９５】
一面では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための、二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤、すなわちｓｉＲＮＡに関する。ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖とアンチセンス鎖を含み、各々、１４〜４０ヌクレオチドを有する。ｄｓＲＮＡ剤は、式(Ｉ)：
【化８４】
2018504380.tif 000089
により表される。
【０４９６】
式(Ｉ)中、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏ−アルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドである。ある態様では、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々、２’−ＯＭｅ修飾を含む。
【０４９７】
Ｃ１は、アンチセンス鎖のシード領域(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)とは反対の部位に配置される熱不安定化ヌクレオチドである。例えば、Ｃ１は、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位のヌクレオチドと対合するセンス鎖の１つの位置にある。Ｃ１ヌクレオチドは、熱不安定化修飾を担持し、これは、脱塩基修飾；二重螺旋中の反対側ヌクレオチドとのミスマッチ；並びに２’−デオキシ修飾又は非環状ヌクレオチド、例えば、アンロックド核酸(ＵＮＡ)若しくはグリセロール核酸(ＧＮＡ)などの糖修飾を含み得る。ある態様では、Ｃ１は、ｉ)アンチセンス鎖の反対側ヌクレオチドとのミスマッチ；ｉｉ)
【化８５】
2018504380.tif 000090
からなる群から選択される脱塩基修飾；及びｉｉｉ)
【化８６】
2018504380.tif 000091
からなる群から選択される糖修飾からなる群から選択される熱不安定化修飾を有し、ここで、Ｂは、修飾又は非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、ハロゲン、ＯＲ３、若しくはアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール若しくは糖である。ある態様では、Ｃ１における熱不安定化修飾は、Ｇ：Ｇ、Ｇ：Ａ、Ｇ：Ｕ、Ｇ：Ｔ、Ａ：Ａ、Ａ：Ｃ、Ｃ：Ｃ、Ｃ：Ｕ、Ｃ：Ｔ、Ｕ：Ｕ、Ｔ：Ｔ、及びＵ：Ｔからなる群から選択されるミスマッチ；及び所望により、ミスマッチ対における少なくとも１つの核酸塩基は、２’−デオキシ核酸塩基である。一例では、Ｃ１における熱不安定化修飾は、ＧＮＡ又は
【化８７】
2018504380.tif 000092
である。
【０４９８】
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、２’−ＯＭｅ修飾の立体的嵩高さ以下の立体的嵩高さをヌクレオチドに付与する修飾を含むヌクレオチドを示す。修飾は、ヌクレオチドのリボース糖の２’位にあるか、又は非リボースヌクレオチド、非環状ヌクレオチド、又はヌクレオチドの骨格に対する修飾であってよく、この修飾は、リボース糖の２’位と類似又は均等であり、且つ２’−ＯＭｅ修飾の立体的嵩高さ以下の立体的嵩高さをヌクレオチドに付与する。例えば、Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルから選択される。ある態様では、Ｔ１はＤＮＡである。ある態様では、Ｔ１’は、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＬＮＡである。ある態様では、Ｔ２’は、ＤＮＡ又はＲＮＡである。ある態様では、Ｔ３’は、ＤＮＡ又はＲＮＡである。
【０４９９】
ｎ１、ｎ３、及びｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長である。
【０５００】
ｎ５、ｑ３、及びｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長である。
【０５０１】
ｎ４、ｑ２、及びｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長である。
【０５０２】
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長である。
【０５０３】
ｎ２及びｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長である。
【０５０４】
或いは、ｎ４は、０〜３ヌクレオチド長である。
【０５０５】
ある態様では、ｎ４は、０であってよい。一例では、ｎ４は、０で、ｑ２及びｑ６は、１である。別の例では、ｎ４は、０で、ｑ２及びｑ６は、１であり、ここで、センス鎖の１〜５位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(センス鎖の５’末端から数えて)を有し、アンチセンス鎖の１及び２位に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、また１８〜２３位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(アンチセンス鎖の５’末端から数えて)を有する。
【０５０６】
ある態様では、ｎ４、ｑ２、及びｑ６は、各々、１である。
【０５０７】
ある態様では、ｎ２、ｎ４、ｑ２、ｑ４、及びｑ６は、各々、１である。
【０５０８】
ある態様では、センス鎖が、１９〜２２ヌクレオチド長であり、且つｎ４が１であるとき、Ｃ１は、センス鎖の５’末端の１４〜１７位にある。
【０５０９】
ある態様では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端から２位で開始する。一例では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端から２位にあり、ｑ６は、１に等しい。
【０５１０】
ある態様では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端から１４位で開始する。一例では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端から１４位にあり、ｑ２は、１に等しい。
【０５１１】
ある態様では、Ｔ１’及びＴ３’は、長さ１１ヌクレオチドだけ隔てられている(すなわち、Ｔ１’及びＴ３’ヌクレオチドを計数しない。
【０５１２】
ある態様では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端から１４位にある。一例では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端から１４位にあり、ｑ２は、１に等しく、非リボース、非環状若しくは骨格における１つ又は複数の２’位の修飾は、２’−ＯＭｅリボース修飾より小さい立体的嵩高さを付与する。
【０５１３】
ある態様では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端から２位にある。一例では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端から２位にあり、ｑ６は、１に等しく、非リボース、非環状若しくは骨格におけ１つ又は複数の２’位の修飾は、２’−ＯＭｅリボース修飾より小さい立体的嵩高さを付与する。
【０５１４】
ある態様では、Ｔ１は、センス鎖の切断部位にある。一例では、センス鎖が、１９〜２２ヌクレオチド長であり、且つｎ２が１であるとき、Ｔ１は、センス鎖の５’末端から１１位にある。
【０５１５】
ある態様では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端から６位で開始する。一例では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端から６〜１０位にあり、ｑ４は、１である。
【０５１６】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、Ｔ２’は、２’−Ｆであり、ｑ４は、２であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、５であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−ＯＭｅであり、ｑ７は、１である。
【０５１７】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、Ｔ２’は、２’−Ｆであり、ｑ４は、２であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、５であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−ＯＭｅであり、ｑ７は、１であり；センス鎖の１〜５位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(センス鎖の５’末端から数えて)を有し、アンチセンス鎖の１及び２位に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、また１８〜２３位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(アンチセンス鎖の５’末端から数えて)を有する。
【０５１８】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、ｑ４は、０であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、７であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−ＯＭｅであり、ｑ７は、１である。
【０５１９】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、ｑ４は、０であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、７であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−ＯＭｅであり、ｑ７は、１であり；センス鎖の１〜５位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(５’末端から数えて)を有し、アンチセンス鎖の１及び２位に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、また１８〜２３位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(５’末端から数えて)を有する。
【０５２０】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、Ｔ２’は、２’−Ｆであり、ｑ４は、２であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、５であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−Ｆであり、ｑ７は、１である。
【０５２１】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、Ｔ２’は、２’−Ｆであり、ｑ４は、２であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、５であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−Ｆであり、ｑ７は、１であり；ここで、センス鎖の１〜５位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(センス鎖の５’末端から数えて)を有し、アンチセンス鎖の１及び２位に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、また１８〜２３位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(アンチセンス鎖の５’末端から数えて)を有する。
【０５２２】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、ｑ４は、０であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、７であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−Ｆであり、ｑ７は、１である。
【０５２３】
ある態様では、Ｂ１は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｎ１は、８であり、Ｔ１は、２’Ｆであり、ｎ２は、３であり、Ｂ２は、２’−ＯＭｅであり、ｎ３は、７であり、ｎ４は、０であり、Ｂ３は、２’−ＯＭｅであり、ｎ５は、３であり、Ｂ１’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ１は、９であり、Ｔ１’は、２’−Ｆであり、ｑ２は、１であり、Ｂ２’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ３は、４であり、ｑ４は、０であり、Ｂ３’は、２’−ＯＭｅ又は２’−Ｆであり、ｑ５は、７であり、Ｔ３’は、２’−Ｆであり、ｑ６は、１であり、Ｂ４’は、２’−Ｆであり、ｑ７は、１であり；ここで、センス鎖の１〜５位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(センス鎖の５’末端から数えて)を有し、また、アンチセンス鎖の１及び２位に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾と、１８〜２３位内に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾(アンチセンス鎖の５’末端から数えて)を有する。
【０５２４】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤の１００％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％又は３０％が、修飾されている。
【０５２５】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス及びアンチセンス鎖の各々は、独立に、非環状ヌクレオチド、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’−メトキシエチル、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−アリル、２’−Ｃ−アリル、２’−デオキシ、２’−フルオロ、２’−Ｏ−Ｎ−メチルアセトアミド(２’−Ｏ−ＮＭＡ)、２’−Ｏ−ジメチルアミノエトキシエチル(２’−Ｏ−ＤＭＡＥＯＥ)、２’−Ｏ−アミノプロピル(２’−Ｏ−ＡＰ)、又は２’−アラ−Ｆで修飾されている。
【０５２６】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス及びアンチセンス鎖の各々は、少なくとも２つの異なる修飾を含有する。
【０５２７】
ある態様では、式(Ｉ)のｄｓＲＮＡ剤は、１〜１０ヌクレオチド長の３’及び／又は５’突出部をさらに含む。一例では、式(Ｉ)のｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端に３’突出部を含み、アンチセンス鎖の５’末端に平滑末端を含む。別の例では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端に５’末端突出部を有する。
【０５２８】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、２’−Ｆ修飾を一切含まない。
【０５２９】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖及び／又はアンチセンス鎖は、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つ又は複数のブロックを含む。一例では、センス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つのブロックを含む。一例では、アンチセンス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含む。例えば、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックは、１６〜１８リン酸ヌクレオチド間結合により隔てられている。
【０５３０】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス及びアンチセンス鎖の各々は、１５〜３０ヌクレオチドを有する。一例では、センス鎖は、１９〜２２ヌクレオチドを有し、アンチセンス鎖は、１９〜２５ヌクレオチドを有する。別の例では、センス鎖は、２１ヌクレオチドを有し、アンチセンス鎖は、２３ヌクレオチドを有する。
【０５３１】
ある態様では、二重螺旋におけるアンチセンス鎖の５’末端の１位のヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、及びｄＴからなる群から選択される。ある態様では、アンチセンス鎖の５’末端から１番目、２番目、及び３番目の塩基対の少なくとも１つは、ＡＵ塩基対である。
【０５３２】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡと１００％相補的であり、これとハイブリダイズして、ＲＮＡ干渉によりその発現を阻害する。別の態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡと少なくとも９５％、少なくとも９０％、少なくとも８５％、少なくとも８０％、少なくとも７５％、少なくとも７０％、少なくとも６５％、少なくとも６０％、少なくとも５５％、又は少なくとも５０％相補的である。
【０５３３】
一面では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害することができるｄｓＲＮＡ剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、各鎖は、１４〜４０ヌクレオチドを有する。センス鎖は、少なくとも１つの熱不安定化ヌクレオチドを含有し、ここで、少なくとも１つの前記熱不安定化ヌクレオチドは、アンチセンス鎖のシード領域とは反対の部位(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)又はその付近に存在する。例えば、センス鎖が、２１ヌクレオチド長のとき、熱不安定化ヌクレオチドは、センス鎖の５’末端の１４〜１７位に存在する。アンチセンス鎖は、立体的要求性のある２’−ＯＭｅ修飾より小さい、少なくとも２つの修飾核酸を含有する。好ましくは、立体的要求性のある２’−ＯＭｅ修飾より小さい、２つの修飾核酸は、長さ１１ヌクレオチドだけ隔てられている。例えば、２つの修飾核酸は、アンチセンス鎖の５’末端の２及び１４位にある。
【０５３４】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖配列は、式(Ｉｓ)：
【化８８】
2018504380.tif 000093
により表され、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、及びＢ３は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、アンチセンス鎖のシード領域(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)とは反対の部位に位置する熱不安定化ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ、ミスマッチ、脱塩基、若しくはＤＮＡなどの非環状ヌクレオチド)であり；
Ｔ１は、非リボース、非環状又は骨格の２’位又は均等な位置に化学修飾を含むヌクレオチドを示し、この修飾は、２’−ＯＭｅ修飾より小さい立体的嵩高さをヌクレオチドに付与し；例えば、Ｔ１は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択され；
ｎ１又はｎ３は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５は、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４は、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２は、０〜３ヌクレオチド長である。
【０５３５】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤の１９、２０、２１、又は２２ヌクレオチド長のセンス鎖配列は、式(Ｉｓ)：
【化８９】
2018504380.tif 000094
により表され、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、及びＢ３は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、アンチセンス鎖のシード領域(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)とは反対の部位に位置する熱不安定化ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ、ミスマッチ、脱塩基、若しくはＤＮＡなどの非環状ヌクレオチド)であり；
Ｔ１は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１又はｎ３は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５は、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４は、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２は、０〜３ヌクレオチド長である。
【０５３６】
ある態様では、式(Ｉｓ)のｄｓＲＮＡ剤は、１〜１０ヌクレオチド長の３’及び／又は５’突出部をさらに含む。一例では、式(Ｉｓ)のｄｓＲＮＡ剤は、５’突出部を含む。
【０５３７】
ある態様では、Ｃ１は、センス鎖の５’末端から１４、１５、１６又は１７位に１つの熱不安定化ヌクレオチドを含む。例えば、Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ若しくはＧＮＡ)、ミスマッチ、脱塩基、又はＤＮＡである。１つの具体的な例では、Ｃ１は、ＧＮＡである。
【０５３８】
ある態様では、Ｔ１は、センス鎖の５’末端から１１位にＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、又は２’−Ｆ−５’−メチルを含む。
【０５３９】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖(Ｉｓ)を含み、ここで、Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ若しくはＧＮＡ)、ミスマッチ、脱塩基、又はＤＮＡであり；Ｔ１は、センス鎖の５’末端から１１位にＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、又は２’−Ｆ−５’−メチルを含む。
【０５４０】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、式(Ｉａ)：
【化９０】
2018504380.tif 000095
により表され、
式中、
Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、非リボース、非環状又は骨格の２’位又は均等な位置に化学修飾を含むヌクレオチドを示し、この修飾は、２’−ＯＭｅ修飾より低い立体的嵩高さをヌクレオチドに付与し；例えば、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択され；
ｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長である。
【０５４１】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤の１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５ヌクレオチド長のアンチセンス鎖配列は、式(Ｉａ)：
【化９１】
2018504380.tif 000096
により表され、
式中、
Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’,及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長である。
【０５４２】
ある態様では、式(Ｉａ)のｄｓＲＮＡ剤は、１〜１０ヌクレオチド長の３’及び／又は５’突出部をさらに含む。一例では、式(Ｉａ)のｄｓＲＮＡ剤は、３’突出部を有する。
【０５４３】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１４〜４０ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９２】
2018504380.tif 000097
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ)であり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス及び／又はセンス鎖の１〜１０ヌクレオチド長の３’及び／又は５’突出部を有する。
【０５４４】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１４〜４０ヌクレオチドを有する、センス及びアンチセンス鎖：
【化９３】
2018504380.tif 000098
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’,及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ)であり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端に２ヌクレオチド長の３’突出部を含む。
【０５４５】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１５〜３０ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９４】
2018504380.tif 000099
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−ＯＭｅ修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチドＧＮＡであり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ又はＲＮＡであり；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端に１〜６ヌクレオチド長の３’突出部を有する。
【０５４６】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１９〜２３ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９５】
2018504380.tif 000100
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−ＯＭｅ修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチドＧＮＡであり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ又はＲＮＡであり；
ｎ１、ｎ３、ｑ１、又はｑ３は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２、ｑ４又はｑ５は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端に２ヌクレオチド長の３’突出部を有する。
【０５４７】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１４〜４０ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９６】
2018504380.tif 000101
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ)であり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端に１〜１０ヌクレオチド長の５’突出部を有する。
【０５４８】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１４〜４０ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９７】
2018504380.tif 000102
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ)であり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端に１〜６ヌクレオチド長の５’突出部を有する。
【０５４９】
ある態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、各鎖が１４〜４０ヌクレオチドを有する、センス鎖及びアンチセンス鎖：
【化９８】
2018504380.tif 000103
を含み、
式中、
Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、各々独立に、２’−Ｏアルキル、２’−置換アルコキシ、２’−置換アルキル、２’−ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドを示し；
Ｃ１は、非環状ヌクレオチド(例えば、ＵＮＡ又はＧＮＡ)であり；
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、各々独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｆ、及び２’−Ｆ−５’−メチルからなる群から選択される化学修飾を含むヌクレオチドを示し；
ｎ１、ｎ３、又はｑ１は、独立に、４〜１５ヌクレオチド長であり；
ｎ５、ｑ３又はｑ７は、独立に、１〜６ヌクレオチド長であり；
ｎ４、ｑ２又はｑ６は、独立に、１〜３ヌクレオチド長であり；
ｎ２又はｑ４は、独立に、０〜３ヌクレオチド長であり；
ｑ５は、独立に、０〜１０ヌクレオチド長であり；
ここで、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端に１〜１０ヌクレオチド長の５’突出部を有し、アンチセンス鎖の５’末端に１〜１０ヌクレオチドの３’突出部を有する。
【０５５０】
熱不安定化修飾
アンチセンス鎖のシード領域(すなわち、アンチセンス鎖の５’末端の２〜８位)とは反対の部位で、センス鎖に熱不安定化ヌクレオチドを導入することにより、ｄｓＲＮＡ二重螺旋が解離又は融解する傾向を高める(二重螺旋会合の自由エネルギーを低減する)ことにより、ｄｓＲＮＡ剤をＲＮＡ干渉について最適化することができる。この修飾は、二重螺旋が、アンチセンス鎖のシード領域内で解離又は融解する傾向を高めることができる。
【０５５１】
熱不安定化修飾は、脱塩基修飾；反対側の鎖における反対側ヌクレオチドとのミスマッチ；並びに２’−デオキシ修飾又は非環状ヌクレオチド、例えば、アンロックド核酸(ＵＮＡ)若しくはグリセロール核酸(ＧＮＡ)などの糖修飾を含み得る。
【０５５２】
例示される脱塩基修飾は、以下の通りである。
【化９９】
2018504380.tif 000104
【０５５３】
例示される糖修飾は、以下の通りである。
【化１００】
2018504380.tif 000105
【０５５４】
用語「非環状ヌクレオチド」は、非環状リボース糖を有する任意のヌクレオチドを指し、例えば、その際、リボース炭素同士の結合(例えば、Ｃ１’−Ｃ２’、Ｃ２’−Ｃ３’、Ｃ３’−Ｃ４’、Ｃ４’−Ｏ４’、若しくはＣ１’−Ｏ４’)のいずれかが存在しない、且つ／又はリボース炭素若しくは酸素(例えば、Ｃ１’、Ｃ２’、Ｃ３’、Ｃ４’又はＯ４’)の少なくとも１つが、独立に又は組合せで、ヌクレオチドから欠失している。ある態様では、非環状ヌクレオチドは、
【化１０１】
2018504380.tif 000106
であり、ここで、Ｂは、修飾又は非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、ハロゲン、ＯＲ３、又はアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖である)。用語「ＵＮＡ」は、アンロックド非環状核酸を指し、糖の結合のいずれかが除去されて、アンロックド「糖」残基を形成する。一例では、ＵＮＡは、Ｃ１’−Ｃ４’(すなわち、Ｃ１’及びＣ４’炭素同士の共有結合炭素−酸素−炭素結合)が除去されたモノマーも包含する。別の例では、糖のＣ２’−Ｃ３’結合(すなわち、Ｃ２’及びＣ３’炭素同士の共有結合炭素−炭素結合)が除去されている(Mikhailov et.al., Tetrahedron Letters, 26 (17):2059 (1985);及びFluiter et al., Mol.Biosyst., 10:1039 (2009)を参照されたい；これらは、全体として参照により本明細書に組み込まれる)。非環状誘導体は、ワトソン−クリック対合に影響を及ぼすことなく、より大きい骨格柔軟性を付与する。非環状ヌクレオチドは、２’−５’又は３’−５’結合を介して連結することができる。
【０５５５】
用語「ＧＮＡ」は、ＤＮＡ又はＲＮＡに類似しているが、リン酸ジエステル結合：
【化１０２】
2018504380.tif 000107
により連結される反復グリセロール単位から構成される点で、「骨格」の組成が異なるポリマーであるグリコール核酸を指す。
【０５５６】
熱不安定化修飾は、ｄｓＲＮＡ二重螺旋内の熱不安定化ヌクレオチドと、反対側の鎖の反対側ヌクレオチドとのミスマッチ(すなわち、非相補的塩基対)であってよい。例示的なミスマッチ塩基対は、Ｇ：Ｇ、Ｇ：Ａ、Ｇ：Ｕ、Ｇ：Ｔ、Ａ：Ａ、Ａ：Ｃ、Ｃ：Ｃ、Ｃ：Ｕ、Ｃ：Ｔ、Ｕ：Ｕ、Ｔ：Ｔ、Ｕ：Ｔ、又はこれらの組合せを含む。当技術分野で知られる他のミスマッチ塩基対合も本発明に適している。ミスマッチは、天然に存在するヌクレオチド又は修飾ヌクレオチドのいずれのヌクレオチド間でも起こり得る。すなわち、ミスマッチ塩基対合は、ヌクレオチドのリボース糖に対する修飾とは関係なく、それぞれのヌクレオチドからの核酸塩基同士で起こり得る。ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤は、ミスマッチ対合に少なくとも１つの核酸塩基を含有し、それは、２’−デオキシ核酸塩基であり；例えば、２’−デオキシ核酸塩基は、センス鎖に存在する。
【０５５７】
脱塩基ヌクレオチド、非環状ヌクレオチド修飾(ＵＮＡ及びＧＮＡなど)、並びにミスマッチ修飾のさらなる例は、国際公開第２０１１／１３３８７６号パンフレット(これは、全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。
【０５５８】
熱不安定化修飾は、反対側塩基との水素結合を形成する能力が低減又は無効化されたユニバーサル塩基、さらにはリン酸修飾も含み得る。
【０５５９】
反対側の鎖における塩基との水素結合を形成する能力が障害又は完全に無効化された核酸塩基修飾が、国際公開第２０１０／００１１８９５号パンフレット(全体として参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、ｄｓＲＮＡ二重螺旋の中央領域の不安定化について評価されている。例示的な核酸塩基修飾は、
【化１０３】
2018504380.tif 000108
である。
【０５６０】
天然のリン酸ジエステル結合と比較して、ｄｓＲＮＡ二重螺旋の熱安定性を低下させることがわかっている例示的なリン酸修飾は、
【化１０４】
2018504380.tif 000109
である。
【０５６１】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、２’−５’結合(２’−Ｈ、２’−ＯＨ及び２’−ＯＭｅとの、及びＰ＝Ｏ又はＰ＝Ｓとの)を含む。例えば、２’−５’結合修飾を用いて、ヌクレアーゼ耐性を促進するか、又はセンス鎖とアンチセンス鎖の結合を阻害することができ、或いは上記修飾をセンス鎖の５’末端に用いて、ＲＩＳＣによるセンス鎖活性化を回避することができる。
【０５６２】
別の態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、Ｌ糖(例えば、２’−Ｈ、２’−ＯＨ及び２’−ＯＭｅを含むＬリボース、Ｌ−アラビノース)を含む。例えば、これらのＬ糖修飾を用いて、ヌクレアーゼ耐性を促進するか、又ははセンス鎖とアンチセンス鎖との結合を阻害することができ、或いは上記修飾をセンス鎖の５’末端に用いて、ＲＩＳＣによるセンス鎖活性化を回避することができる。
【０５６３】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤は、式(Ｉ)により表される少なくとも２つの二重螺旋を含む多量体であり、ここで、前記二重螺旋は、リンカーにより連結される。リンカーは、切断可能又は切断不可能のいずれであってもよい。所望により、前記多量体は、リガンドをさらに含む。ｄｓＲＮＡ剤の各々は、同じ遺伝子又は２つの異なる遺伝子をターゲティングすることができ；或いはｄｓＲＮＡ剤の各々は、２つの異なる部位で同じ遺伝子をターゲティングすることができる。
【０５６４】
ある態様では、ｄｓＲＮＡ剤は、式(Ｉ)により表される３、４、５、６つ又はそれを上回る二重螺旋を含む多量体であり、ここで、前記二重螺旋は、リンカーにより連結される。リンカーは、切断可能又は切断不可能のいずれであってもよい。所望により、前記多量体は、リガンドをさらに含む。ｄｓＲＮＡ剤の各々は、同じ遺伝子又は２つの異なる遺伝子をターゲティングすることができ；或いはｄｓＲＮＡ剤の各々は、２つの異なる部位で同じ遺伝子をターゲティングすることができる。
【０５６５】
ある態様では、式(Ｉ)により表される２つのｄｓＲＮＡ剤が、５’末端で互いに連結され、３’末端の一方又は両方が、所望によりリガンドに共役される。ｄｓＲＮＡの各々は、同じ遺伝子又は２つの異なる遺伝子をターゲティングすることができ；或いはｄｓＲＮＡの各々は、２つの異なる部位で同じ遺伝子をターゲティングすることができる。
【０５６６】
様々な刊行物が、多量体ｓｉＲＮＡについて記載しており、これらは全て、本発明のｄｓＲＮＡで使用することができる。こうした刊行物は、国際公開第２００７／０９１２６９号パンフレット、米国特許第７８５８７６９号明細書、国際公開第２０１０／１４１５１１号パンフレット、同第２００７／１１７６８６号パンフレット、同第２００９／０１４８８７号パンフレット及び同第２０１１／０３１５２０号パンフレットパンフレットが挙げられ、これらは、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０５６７】
ｄｓＲＮＡ剤に対する１つ又は複数の炭水化物部分の共役を含むｄｓＲＮＡ剤は、ｄｓＲＮＡ剤の１つ又は複数の特性を最適化することができる。多くの場合、炭水化物部分は、ｄｓＲＮＡ剤の修飾サブユニットに結合される。例えば、ｄｓＲＮＡ剤の１つ又は複数のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、炭水化物リガンドが結合される別の部分、例えば、非炭水化物(好ましくは環状)担体で置換することができる。サブユニットのリボース糖がこのように置換されたリボヌクレオチドサブユニットは、本明細書において、リボース置換修飾サブユニット(ＲＲＭＳ)と呼ばれる。環状担体は、炭素環式環系である、すなわち、全ての環原子が炭素原子であり、又は複素環式環系、すなわち、１つ又は複数の環原子が、ヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であってもよい。環状担体は、単環式環系であっても、又は２つ以上の環、例えば、融合環を含んでもよい。環状担体は、完全飽和環系であってもよく、又は１つ又は複数の二重結合を含んでもよい。
【０５６８】
リガンドは、担体を介してポリヌクレオチドに結合することができる。担体は、(ｉ)少なくとも１つの「骨格結合点」、好ましくは２つの「骨格結合点」と、(ｉｉ)少なくとも１つの「係留結合点」を含む。本明細書で使用する「骨格結合点」は、官能基、例えば、ヒドロキシル基、又は一般に、骨格、例えば、リボ核酸のリン酸、若しくは修飾リン酸(例えば、硫黄含有)骨格への担体の組み込みに利用可能な、且つ好適な結合を指す。ある態様における「係留結合点」(ＴＡＰ)は、環状担体の構成環原子、例えば、炭素原子若しくはヘテロ原子(骨格結合点を付与する原子と異なる)を指し、これは、選択された部分を連結する。この部分は、例えば、炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖及び多糖であってよい。所望により、選択された部分は、介在テザーにより環状担体に連結される。従って、環状担体は、往々にして官能基、例えば、アミノ基を含み、或いは一般に、別の化学実体、例えば、構成環へのリガンドの組み込み又は係留に好適な結合を提供する。
【０５６９】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、担体を介してリガンドに共役され、担体は、環状基又は非環状基であってよく；好ましくは、環状基は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、[１,３]ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル及びデカリンから選択され；好ましくは、非環状基は、セリノール骨格又はジエタノールアミン骨格から選択される。
【０５７０】
本発明の二本鎖ＲＮＡ(ｄｓＲＮＡ)剤は、所望により１つ又は複数のリガンドと共役させてもよい。リガンドは、３’末端、５’末端又は両端で、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖に結合することができる。例えば、リガンドは、センス鎖、特に、センス鎖の３’末端に共役させることができる。
【０５７１】
ある態様では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、５’リン酸化されているか、又は５’プライム末端にホスホリル類似体を含む。５’リン酸修飾は、ＲＩＳＣ媒介遺伝子サイレンシングと適合性のものを含む。好適な修飾としては、以下のものが挙げられる：５’−一リン酸((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｏ−５’)；５’−二リン酸((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−三リン酸((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｏ−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−グアノシンキャップ(７−メチル化又は非メチル化)(７ｍ−Ｇ−Ｏ−５’−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−アデノシンキャップ(Ａｐｐｐ)、及び任意の修飾若しくは非修飾ヌクレオチドキャップ構造(Ｎ−Ｏ−５’−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−(ＨＯ)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−Ｐ(ＨＯ)(Ｏ)−Ｏ−５’)；５’−モノチオリン酸(ホスホロチオエート；(ＨＯ)２(Ｓ)Ｐ−Ｏ−５’)；５’−モノジチオリン酸(ホスホロジチオエート；(ＨＯ)(ＨＳ)(Ｓ)Ｐ−Ｏ−５’)、５’−ホスホロチオレート((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−Ｓ−５’)；酸素／硫黄置換一リン酸、二リン酸及び三リン酸(例えば、５’−α−チオトリホスフェート、５’−γ−チオトリホスフェートなど)、５’−ホスホロアミデート((ＨＯ)２(Ｏ)Ｐ−ＮＨ−５’、(ＨＯ)(ＮＨ２)(Ｏ)Ｐ−Ｏ−５’)、５’−アルキルホスホネート(Ｒ＝アルキル＝メチル、エチル、イソプロピル、プロピルなど、例えば、ＲＰ(ＯＨ)(Ｏ)−Ｏ−５’−、５’−アルキルホスホネート(すなわち、ビニル、置換ビニル)、(ＯＨ)２(Ｏ)Ｐ−５’−ＣＨ２−)、５’−アルキルエーテルホスホネート(Ｒ＝アルキルエーテル＝メトキシメチル(ＭｅＯＣＨ２−)、エトキシメチルなど、例えば、ＲＰ(ＯＨ)(Ｏ)−Ｏ−５’−)の任意の組合せ。一例では、修飾は、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖に配置することができる。
【０５７２】
ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物
ある態様では、ｓｉＲＮＡ活性を阻害することが望ましい。例えば、ｓｉＲＮＡ標的がｍＲＮＡであるある態様では、ｓｉＲＮＡ活性を阻害し、それにより標的タンパク質の発現を回復することが望ましい場合もある。例えば、特定のｓｉＲＮＡは、治療に使用されている。いくつかのこうした使用では、ｓｉＲＮＡは、長時間作用する。いくつかの事例では、こうした長時間作用ｓｉＲＮＡは、その便宜性のために、望ましい。こうした事例では、しかし、ｓｉＲＮＡの活性を逆転する手段を有することも望ましい場合がある。例えば、ある患者は、治療に十分に応答しないか、又は過剰用量を受ける可能性がある。こうした事例では、リバーサー化合物を投与して、ｓｉＲＮＡのＲＮＡｉ活性を少なくとも一部低減することができる。ある態様では、ｓｉＲＮＡの長時間持続効果のために、自然のクリアランスによりその効果が徐々に弱まるのを待つのは好ましくない選択肢である。
【０５７３】
例として、本発明を限定することなしに、いくつかのｓｉＲＮＡが、血液凝固因子(例えば、第ＩＩ因子(プロトロンビン)、第ＶＩＩ因子、第ＩＸ因子など)を阻害するのに有用である。こうしたｓｉＲＮＡは、抗凝固剤としての治療薬の可能性を有する。長い半減期は、このようなｓｉＲＮＡを特に魅力的にするが、患者が過剰用量を受ける、手術を受ける(その場合、抗凝固は望ましくない)又はそれ以外に、抗凝固剤作用の低減が求められる場合、抗凝固剤ｓｉＲＮＡに対する逆転化合物を投与することができる。このようなＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡの自然のクリアランスを単に待つより迅速に凝固機能を回復するであろう。この例は、例示を目的として提供される。多くのｓｉＲＮＡが、膨大な数の標的、限定はしないが、膨大な数のメッセンジャーＲＮＡ(ｍＲＮＡ)標的及びｐｒｅ−ｍＲＮＡ標的、並びに膨大な数の非コードＲＮＡ標的に対して設計されている。本発明に提供するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物の標的又は機構とは関係なく、あらゆるｓｉＲＮＡに好適である。
【０５７４】
ある態様では、本発明は、ｍＲＮＡにターゲティングされたｓｉＲＮＡに対するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を提供する。あるこのような態様では、標的ｍＲＮＡは、代謝に関与するタンパク質をコードする。あるこのような態様では、標的ｍＲＮＡは、心臓機能に関与するタンパク質をコードする。ある態様では、標的ｍＲＮＡは、血液凝固に関与するタンパク質をコードする。様々な標的タンパク質のいずれかをターゲティングする例示的なｓｉＲＮＡ化合物は、当技術分野において公知である。さらに、標的遺伝子に対するｓｉＲＮＡを調製する方法は当技術分野で公知であり、当業者であれば容易に使用可能である。
【０５７５】
限定なしに、ｓｉＲＮＡの標的遺伝子として、限定はしないが、不要な細胞増殖を促進する遺伝子、増殖因子遺伝子、増殖因子受容体遺伝子、遺伝子発現キナーゼ、アダプタータンパク質遺伝子、Ｇタンパク質スーパーファミリー分子をコードする遺伝子、転写因子をコードする遺伝子、血管新生を媒介する遺伝子、ウイルス遺伝子、ウイルス複製に必要な遺伝子、ウイルス機能を媒介する細胞遺伝子、細菌性病原体の遺伝子、アメーバ性病原体の遺伝子、寄生体病原体の遺伝子、真菌性病原体の遺伝子、不要な免疫応答を媒介する遺伝子、痛みのプロセシングを媒介する遺伝子、神経疾患を媒介する遺伝子、ヘテロ接合性の喪失を特徴とする細胞に見出されるａｌｌｅｎｅ遺伝子、又は多型遺伝子の１つのａｌｌｅｇｅ遺伝子が挙げられる。
【０５７６】
ｓｉＲＮＡの特定の例示的な標的遺伝子として、限定はしないが、以下のものが挙げられる：ＡＴ３、ＡＧＴ、ＡＬＡＳ１、ＴＭＰＲ、ＨＡＯ１、ＡＧＴ、Ｃ５、ＣＣＲ−５、ＰＤＧＦベータ遺伝子；Ｅｒｂ−Ｂ遺伝子、Ｓｒｃ遺伝子；ＣＲＫ遺伝子；ＧＲＢ２遺伝子；ＲＡＳ遺伝子；ＭＥＫＫ遺伝子；ＪＮＫ遺伝子；ＲＡＦ遺伝子；Ｅｒｋ１／２遺伝子；ＰＣＮＡ(ｐ２１)遺伝子；ＭＹＢ遺伝子；ｃ−ＭＹＣ遺伝子；ＪＵＮ遺伝子；ＦＯＳ遺伝子；ＢＣＬ−２遺伝子；サイクリンＤ遺伝子；ＶＥＧＦ遺伝子；ＥＧＦＲ遺伝子；サイクリンＡ遺伝子；サイクリンＥ遺伝子；ＷＮＴ−１遺伝子；β−カテニン遺伝子；ｃ−ＭＥＴ遺伝子；ＰＫＣ遺伝子；ＮＦＫＢ遺伝子；ＳＴＡＴ３遺伝子；サバイビン(survivin)遺伝子；Ｈｅｒ２／Ｎｅｕ遺伝子；トポイソメラーゼＩ遺伝子；トポイソメラーゼＩＩα遺伝子；ｐ７３遺伝子；ｐ２１(ＷＡＦ１／ＣＩＰ１)遺伝子、ｐ２７(ＫＩＰ１)遺伝子；ＰＰＭ１Ｄ遺伝子；カベオリンＩ遺伝子；ＭＩＢ  Ｉ遺伝子；ＭＴＡＩ遺伝子；Ｍ６８遺伝子；腫瘍抑制遺伝子；ｐ５３遺伝子；ＤＮ−ｐ６３遺伝子；ｐＲｂ腫瘍抑制遺伝子；ＡＰＣ１腫瘍抑制遺伝子；ＢＲＣＡ１腫瘍抑制遺伝子；ＰＴＥＮ腫瘍抑制遺伝子；ＭＬＬ融合遺伝子、例えば、ＭＬＬ−ＡＦ９、ＢＣＲ／ＡＢＬ融合遺伝子；ＴＥＬ／ＡＭＬ１融合遺伝子；ＥＷＳ／ＦＬＩ１融合遺伝子；ＴＬＳ／ＦＵＳ１融合遺伝子；ＰＡＸ３／ＦＫＨＲ融合遺伝子；ＡＭＬ１／ＥＴＯ融合遺伝子；αｖ−インテグリン遺伝子；Ｆｌｔ−１受容体遺伝子；チューブリン遺伝子；ヒトパピローマウイルス(Ｈuman Papilloma Virus)遺伝子、ヒトパピローマウイルス(Human Papilloma Virus)複製に必要な遺伝子、ヒト免疫不全ウイルス(Human Immunodeficiency Virus)遺伝子、ヒト免疫不全ウイルス(Human Immunodeficiency Virus)複製に必要な遺伝子、Ａ型肝炎ウイルス(Hepatitis A Virus)遺伝子、Ａ型肝炎ウイルス(Hepatitis A Virus)複製に必要な遺伝子、Ｂ型肝炎ウイルス(Hepatitis B Virus)遺伝子、Ｂ型肝炎ウイルス(Hepatitis B Virus)複製に必要な遺伝子、Ｃ型肝炎ウイルス遺伝子(Hepatitis C Virus)、Ｃ型肝炎ウイルス(Hepatitis C Virus)複製に必要な遺伝子、Ｄ型肝炎ウイルス(Hepatitis D Virus)遺伝子、Ｄ型肝炎ウイルス(Hepatitis D Virus)複製に必要な遺伝子、Ｅ型肝炎ウイルス(Hepatitis E Virus)遺伝子、Ｅ型肝炎ウイルス(Hepatitis E Virus)複製に必要な遺伝子、Ｆ型肝炎ウイルス(Hepatitis F Virus)遺伝子、Ｆ型肝炎ウイルス(Hepatitis F Virus)複製に必要な遺伝子、Ｇ型肝炎ウイルス(Hepatitis G Virus)遺伝子、Ｇ型肝炎ウイルス(Hepatitis G Virus)複製に必要な遺伝子、Ｈ型肝炎ウイルス(Hepatitis H Virus)遺伝子、Ｈ型肝炎ウイルス(Hepatitis H Virus)複製に必要な遺伝子、ＲＳウイルス(Respiratory Syncytial Virus)遺伝子、ＲＳウイルス(Respiratory Syncytial Virus)複製に必要な遺伝子、単純ヘルペスウイルス(Herpes Simplex Virus)遺伝子、単純ヘルペスウイルス(Herpes Simplex Virus)複製に必要な遺伝子、ヘルペスサイトメガロウイルス(herpes Cytomegalovirus)遺伝子、ヘルペスサイトメガロウイルス(herpes Cytomegalovirus)複製に必要な遺伝子、ヘルペスエプスタインバーウイルス(Epstein Barr Virus)遺伝子、ヘルペスエプスタインバーウイルス(Epstein Barr Virus)複製に必要な遺伝子、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(Kaposi’s Sarcoma-associated Herpes Virus)遺伝子、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(Kaposi’s Sarcoma-associated Herpes Virus)複製に必要な遺伝子、ＪＣウイルス(JC Virus)遺伝子、ＪＣウイルス(JC Virus)複製に必要なヒト遺伝子、ミクソウイルス遺伝子、ミクソウイルス遺伝子複製に必要な遺伝子、ライノウイルス遺伝子、ライノウイルス複製に必要な遺伝子、コロナウイルス遺伝子、コロナウイルス複製に必要な遺伝子、西ナイルウイルス(West Nile Virus)遺伝子、西ナイルウイルス(West Nile Virus)複製に必要な遺伝子、セントルイス脳炎(St. Louis Encephalitis)遺伝子、セントルイス脳炎(St. Louis Encephalitis)複製に必要な遺伝子、ダニ媒介性脳炎ウイルス(Tick-borne encephalitis virus)遺伝子、ダニ媒介性脳炎ウイルス(Tick-borne encephalitis virus)複製に必要な遺伝子、マリーバレー脳炎ウイルス(Murray Valley encephalitis virus)遺伝子、マリーバレー脳炎ウイルス(Murray Valley encephalitis virus)複製に必要な遺伝子、デング熱ウイルス遺伝子、デング熱ウイルス遺伝子複製に必要な遺伝子、シミアンウイルス(Simian Virus)４０遺伝子、シミアンウイルス(Simian Virus)４０複製に必要な遺伝子、ヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス(Human T Cell Lymphotropic Virus)遺伝子、ヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス(Human T Cell Lymphotropic Virus)複製に必要な遺伝子、モロニー−マウス白血病ウイルス(Moloney-Murine Leukemia Virus)遺伝子、モロニー−マウス白血病ウイルス(Moloney-Murine Leukemia Virus)複製に必要な遺伝子、脳心筋炎ウイルス遺伝子、脳心筋炎ウイルス複製に必要な遺伝子、はしかウイルス遺伝子、はしかウイルス複製に必要な遺伝子、水痘帯状疱疹ウイルス(Vericella zoster virus)遺伝子、水痘帯状疱疹ウイルス(Vericella zoster virus)複製に必要な遺伝子、アデノウイルス遺伝子、アデノウイルス複製に必要な遺伝子、黄熱病ウイルス遺伝子、黄熱病ウイルス複製に必要な遺伝子、ポリオウイルス遺伝子、ポリオウイルス複製に必要な遺伝子、ポックスウイルス遺伝子、ポックスウイルス複製に必要な遺伝子、プラスモジウム(plasmodium)遺伝子、プラスモジウム(plasmodium)遺伝子複製に必要な遺伝子、ミコバクテリア・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)遺伝子、ミコバクテリア・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)複製に必要な遺伝子、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)遺伝子、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)遺伝子に必要な遺伝子、癩菌(Mycobacterium leprae)遺伝子、癩菌(Mycobacterium leprae)複製に必要な遺伝子、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)遺伝子、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)複製に必要な遺伝子、肺炎連鎖球菌(Streptococcus pneumoniae)遺伝子、肺炎連鎖球菌(Streptococcus pneumoniae)複製に必要な遺伝子、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)遺伝子、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)複製に必要な遺伝子、クラミジア・ニューモニエ(Chlamydia pneumoniae)遺伝子、クラミジア・ニューモニエ(Chlamydia pneumoniae)複製に必要な遺伝子、肺炎ミコプラズマ(Mycoplasma pneumoniae)遺伝子、肺炎ミコプラズマ(Mycoplasma pneumoniae)複製に必要な遺伝子、インテグリン遺伝子、セレクチン遺伝子、補体系遺伝子、ケモカイン遺伝子、ケモカイン受容体遺伝子、ＧＣＳＦ遺伝子、Ｇｒｏ１遺伝子、Ｇｒｏ２遺伝子、Ｇｒｏ３遺伝子、ＰＦ４遺伝子、ＭＩＧ遺伝子、前血小板塩基性タンパク質遺伝子、ＭＩＰ−１Ｉ遺伝子、ＭＩＰ−１Ｊ遺伝子、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子、ＭＣＰ−１遺伝子、ＭＣＰ−２遺伝子、ＭＣＰ−３遺伝子、ＣＭＢＫＲ１遺伝子、ＣＭＢＫＲ２遺伝子、ＣＭＢＫＲ３遺伝子��ＣＭＢＫＲ５ｖ、ＡＩＦ−１遺伝子、Ｉ−３０９遺伝子、イオンチャネルの構成要素の遺伝子、神経伝達物質受容体の遺伝子、神経伝達物質リガンドの遺伝子、アミロイドファミリー遺伝子、プレセニリン遺伝子、ＨＤ遺伝子、ＤＲＰＬＡ遺伝子、ＳＣＡ１遺伝子、ＳＣＡ２遺伝子、ＭＪＤ１遺伝子、ＣＡＣＮＬ１Ａ４遺伝子、ＳＣＡ７遺伝子、ＳＣＡ８遺伝子、ヘテロ接合性喪失(ＬＯＨ)細胞に見出される対立遺伝子、多型遺伝子のうちの１つの対立遺伝子、並びにこれらの組合せ。
【０５７７】
ヘテロ接合性喪失(ＬＯＨ)は、ＬＯＨの領域に、配列、例えば、遺伝子のヘミ接合を引き起こし得る。これにより、正常細胞と疾患状態の細胞、例えば、癌細胞との間に有意な遺伝的差異が生じ得るが、これは、正常細胞と疾患状態の細胞、例えば、癌細胞との間の有用な差異を提供する。この差異は、遺伝子又は他の配列が、二倍体細胞においてヘテロ接合性であるが、ＬＯＨを有する細胞ではヘミ接合性であるために、起こり得る。ＬＯＨの領域は、多くの場合、喪失によって不要な増殖を促進する遺伝子、例えば、腫瘍抑制遺伝子、並びに例えば、他の遺伝子、一部の事例では正常な機能、例えば、成長に不可欠な遺伝子を含む他の配列を含む。本発明の方法は、部分的に、本発明の組成物による必須遺伝子の１つの対立遺伝子の特異的な調節を利用するものである。
【０５７８】
ある態様では、本発明は、マイクロＲＮＡを調節するｓｉＲＮＡに対するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を提供する。
【０５７９】
ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、オリゴマー化合物である。従って、ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、例えば、限定はしないが、オリゴマー化合物についての本明細書のレビューに記載する修飾及びモチーフのいずれかを含む。
【０５８０】
ある態様では、モチーフは、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の両方を考慮して設計される。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、４つ以上の連続したＤＮＡ様モノマーを含み得る。ある態様では、得られるＲＮＡ／ＤＮＡ二重螺旋は、ＲＮａｓｅ  Ｈを活性化することができ、それによりＲＮＡ様アンチセンス化合物の切断が起こる。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ活性は、酵素活性に依存しない。あるこのような態様では、酵素の適合性とは関係なく設計された化合物は、他の特性を改善するための修飾を含んでもよい。例えば、特定のモチーフは、標的核酸に対する高い親和性を有するが、その標的の酵素による切断を誘発することはできないオリゴマー化合物をもたらす。このようなモチーフは、ｓｉＲＮＡの切断を必要としない態様のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物に有用となり得る。
【０５８１】
ある態様では、ｓｉＲＮＡの一方の鎖、例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と相補的な鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、同じ長さである。ある態様では、ｓｉＲＮＡの一方の鎖、例えば、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物と相補的な鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、異なる長さである。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補鎖より短い。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補鎖より、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ヌクレオチドだけ又はそれよりも短い。
【０５８２】
ある態様では、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、同じ長さである。ある態様では、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、異なる長さである。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補的アンチセンス鎖より短い。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補的アンチセンス鎖より、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ヌクレオチドだけ又はそれよりも短い。
【０５８３】
ある態様では、ｓｉＲＮＡのセンス鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、同じ長さである。ある態様では、ｓｉＲＮＡのセンス鎖と、対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、異なる長さである。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補的センス鎖より短い。ある態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、ｓｉＲＮＡからの対応する相補的センス鎖より、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ヌクレオチドだけ又はそれよりも短い。
【０５８４】
ある態様では、ｓｉＲＮＡとＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、患者に投与される。あるこのような態様では、ｓｉＲＮＡを含む医薬組成物と、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を含む医薬組成物は、同じ製剤を含む。ある態様では、ｓｉＲＮＡを含む医薬組成物と、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を含む医薬組成物は、異なる製剤を含む。ある態様では、ｓｉＲＮＡとＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、同じ経路により投与される。ある態様では、ｓｉＲＮＡとＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、異なる経路により投与される。例えば、ある態様では、ｓｉＲＮＡは、経口投与され、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、注射により投与される。ある態様では、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の用量は同じである。ある態様では、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の用量は異なる。
【０５８５】
ある態様では、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の毒性プロフィールは、類似している。ある態様では、このような毒性プロフィールは、異なっている。例えば、ある態様では、ｓｉＲＮＡは、長期投与のために意図することができ、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、必要に応じて短時間の使用のためにのみ意図される。こうした態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の有毒な副作用に対する耐容性は、向上し得る。従って、ｓｉＲＮＡでの使用に過度に毒性となり得る修飾及びモチーフは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物において許容可能となり得る。例えば、ある態様では、１つ又は複数のＬＮＡヌクレオシドを含むオリゴマー化合物は、標的核酸に対する高い親和性を有することが明らかにされているが、ある態様では、比較的低濃度で毒性を生じることがわかっている。長期投与が意図される特定のｓｉＲＮＡの場合、ＬＮＡを含む特定のこうした化合物は、好適ではないことがある。しかし、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物が長期投与のために意図されず、むしろ、ｓｉＲＮＡ活性が問題となる短時間の投与のために意図される態様では、解毒剤化合物におけるこうしたＬＮＡ修飾は許容される。ＬＮＡの親和性増大は、ＲＥＶＥＲＳＩＲ効果を改善することができ、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、短時間のみ投与されるため、また、恐らく患者が苦しんでいる場合に、ＬＮＡの毒性増加は正当化され得る。他の高親和性であるが、恐らく毒性の修飾も知られている。
【０５８６】
ある態様では、ｓｉＲＮＡの活性は、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲにより中和される。例えば、ある態様では、標的核酸が、タンパク質をコードする標的ｍＲＮＡであるとき、ｓｉＲＮＡの活性を低減すると共に、標的タンパク質の量を増加することが望ましい(例えば、標的タンパク質量が低くなり過ぎる、又は状況が変化して、標的タンパク質量を回復する必要が生じる)。こうした態様では、標的タンパク質そのものを単純に投与することができる。このような投与は、標的タンパク質を低減するｓｉＲＮＡ活性を直ちに逆転することになる。しかし、本発明のオリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することが望ましい場合もある。例えば、標的タンパク質は、動物において短い半減期を有し得る。従って、回復されたタンパク質濃度を維持するために、ｓｉＲＮＡが除去され、正常なタンパク質発現が回復されるまで、標的タンパク質の投与を繰り返す必要がある。あるこのような態様では、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与して、ｓｉＲＮＡ活性の持続時間を短縮することがやはり望ましい。ある態様では、オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲと一緒に共投与する。あるこのような態様では、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲは、標的タンパク質である。ある態様では、非オリゴマーＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、標的タンパク質と類似の生理学的効果を有する、又は標的タンパク質の発現を刺激するタンパク質である。
【０５８７】
研究ツール
いくつかの事例では、ｓｉＲＮＡは、研究ツールとして使用されている。例えば、特定の遺伝子産物の機能を調べている研究者らは、細胞又は動物に存在するその遺伝子産物の量を低減するｓｉＲＮＡを設計し、細胞又は動物における表現型変化を観察することができる。ある態様では、本発明は、ＲＮＡｉを介して細胞又は動物における遺伝子産物の量を低減した後、そのＲＮＡｉ活性を低減し、それにより阻害した遺伝子産物を回復する方法を提供する。ある態様では、試験者らは、タンパク質又は非翻訳核酸を特性決定するために、こうした技術を使用することができる。ある態様では、試験者らは、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物投与の間隔を変えることができる。ある態様では、遺伝子産物及び／又はいくつかの細胞機能の動力学及び／又はターンオーバを調べるために、こうした実験を使用する。
【０５８８】
本明細書に記載するように、本発明は、対象にｓｉＲＮＡを投与した後、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物又はそれを含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。限定なしに、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、共役又は非共役のいずれであってもよい。さらに、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、独立に、脂質製剤、例えば、ＬＮＰ、又は他の核酸−脂質粒子に封入することができる。さらに、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、独立に、任意の適切な投与経路又は方法によって投与することができる。例えば、ｓｉＲＮＡ及びＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、独立に、静脈内投与(ＩＶ)又は皮下投与(ＳＣ)によって投与することができる。
【０５８９】
従って、ある態様では、本発明は、非共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤、例えば、ＬＮＰ、又は他の核酸−脂質粒子に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、静脈内投与によって投与される。
【０５９０】
ある態様では、本発明は、非共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、皮下投与によって投与される。
【０５９１】
またある態様では、本発明は、共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、静脈内投与によって投与される。
【０５９２】
さらにある態様では、本発明は、共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、皮下投与によって投与される。
【０５９３】
前述の態様では、共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を記載するが、非共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を用いることもできる。従って、ある態様では、本発明は、非共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、非共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、静脈内投与によって投与される。ある態様では、本発明は、非共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、非共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、皮下投与によって投与される。またある態様では、本発明は共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、非共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、静脈内投与によって投与される。
【０５９４】
さらにある態様では、本発明は、共役ｓｉＲＮＡを対象に投与した後、非共役ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を投与することを含む方法を提供し、ここで、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、脂質製剤に封入されており、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、皮下投与によって投与される。
【０５９５】
キット
ある態様では、本発明は、１種又は複数種のｓｉＲＮＡ及び１種又は複数種の対応するＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を含むキットを提供する。ある態様では、こうしたキットは、治療用途のために意図される。ある態様では、こうしたキットは、研究用途のために意図される。
【０５９６】
本明細書に記載する特定の化合物、組成物及び方法をいくつかの態様に従って詳細に説明してきたが、以下の実施例は、本明細書に記載する化合物を説明するために用いるに過ぎず、本発明を限定することを意図するものではない。本願で引用される参照文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号などは各々、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【０５９７】
配列表及び実施例に記載するヌクレオシド配列は、糖部分、モノマー結合、又は核酸塩基に対するいずれの修飾からも独立している。従って、配列番号により定義されるオリゴマー化合物は、独立に、糖部分、ヌクレオシド間結合、又は核酸塩基に対する１つ又は複数の修飾を含み得る。
【実施例】
【０５９８】
実施例１：野生型マウスにおける抗トロンビン(ＡＴ)ノックダウンの逆転
６０匹の野生型マウス(Ｃ５７ＢＬ／６、雌)を第−１日に採血し、投与前血液サンプルを取得した。続いて、第０日に、全動物に１回用量のＡＬＮ−５７２１３を３ｍｇ／ｋｇで皮下注射した。第３日に、１群当たり３匹のマウスが、１９の異なる逆転作用剤(表２)のうちの１つの１回皮下注射を用量１０ｍｇ／ｋｇで受けた。３匹のマウスは、第３日に注射を受けず、非処置対照として使用した。全マウスを第７日、１１日及び１５日に採血し、血清サンプルを取得した。次に、血清サンプルをＡＴ  ＥＬＩＳＡによりＡＴ抗原について分析し、各マウスについて投与前ＡＴレベルに対して正規化した。図１は、正規化された群平均(±Ｓ.Ｄ.)ＡＴレベルを示す。図１に示すように、複数の逆転作用剤が、１回皮下用量のＡＬＮ−５７２１３により媒介されるＡＴノックダウンのレベルを低減した。
【０５９９】
【表４】
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【表５】
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【表６】
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【０６００】
【表７】
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【０６０１】
【表８】
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【０６０２】
【表９】
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【表１０】
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【表１１】
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【０６０３】
【表１２】
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【表１３】
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【０６０４】
【表１４】
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【０６０５】
【表１５】
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【０６０６】
【表１６】
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【表１７】
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【０６０７】
【表１８】
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【表１９】
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【表２０】
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【０６０８】
実施例２：一次マウス肝細胞における抗トロンビンノックダウンのｉｎ  ｖｉｔｒｏ逆転
ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ：ｓｉＲＮＡトランスフェクション、続いてＲＥＶＥＲＳＩＲの自由取り込み：３８４ウェルプレート中、１ウェル当たり５μＬのｓｉＲＮＡに、４.９μＬのＯｐｔｉ−ＭＥＭと０.１μＬのリポフェクタミン(Lipofectamine)ＲＮＡｉＭａｘ(Invitrogen, Carlsbad CA. cat#13778-150)を添加することにより、マウス一次肝細胞を１ｎＭ  ｓｉＲＮＡでトランスフェクトし、室温で１５分間インキュベートした。次に、約５〜１０３個の細胞を含有する４０μＬのウィリアム培地をｓｉＲＮＡ混合物に添加して、最終ｓｉＲＮＡ濃度１ｎＭを取得した。細胞を３７℃でインキュベートした。４時間後、肝細胞を洗浄してから、３７℃で４８時間にわたる５０μＬ培地への自由取り込みにより、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を添加した。
【０６０９】
ＤＹＮＡＢＥＡＤ  ｍＲＮＡ単離キットを用いた全ＲＮＡ単離：ＤＹＮＡＢＥＡＤ(Invitrogen, cat#61012)を用いたＢｉｏＴｅｋ−ＥＬ４０６プラットフォーム上で、自動化プロトコルを用いて肝細胞からＲＮＡを単離した。簡潔にいうと、５０μＬの溶解／結合バッファーと、３μＬの磁気ビーズを含有する２５μＬの溶解バッファーとを、細胞を含むプレートに添加した。プレートを電磁気シェーカ上で室温において１０分間インキュベートした後、磁気ビーズを捕捉し、上澄みを除去した。続いて、ビーズ結合ＲＮＡを１５０μＬの洗浄バッファーＡで２回、次に洗浄バッファーＢで１回洗浄した。次に、ビーズを１５０μＬの溶離バッファーで洗浄し、再捕捉した後、上澄みを除去した。
【０６１０】
ＡＢＩ大容量ｃＤＮＡ逆転写キット(Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat #4368813)を用いたｃＤＮＡ合成：１反応物につき、１μＬの１０×バッファー、０.４μＬの２５×ｄＮＴＰ、１μＬの１０×ランダム(Random)プライマー、０.５μＬの逆転写酵素(Reverse Transcriptase)、０.５μＬのＲＮａｓｅ阻害剤及び６.６μＬの水を含む１０μＬのマスターミックスを、上で単離したＲＮＡに添加した。プレートを密封し、混合した後、磁気シェーカ上で室温において１０分間、続いて３７℃で２時間インキュベートした。
【０６１１】
リアルタイムＰＣＲ：３８４ウェルプレート(Roche Cat#04887301001)中で、１ウェル当たり０.５μＬのＧＡＰＤＨ  ＴａｑＭａｎプローブ、０.５μＬのＲＶＲプローブ(Ｍｍ０１３０２５２６＿ｍ１)及び５μＬのＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ  ４８０プローブマスターミックス(Roche Cat # 04887301001)を含有するマスターミックスに、２μＬのｃＤＮＡを添加した。ΔΔＣｔ(ＲＱ)アッセイを用い、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＴシステム(Roche)でリアルタイムＰＣＲを実施した。各ＲＥＶＥＲＳＩＲを４回の独立したトランスフェクションで試験した。
【０６１２】
相対倍率変化を計算するために、ΔΔＣｔ法を用いて、リアルタイムデータを分析し、１０ｎＭ  ＡＤ−１９５５でトランスフェクトした細胞、又はモックトランスフェクト細胞を用いて実施したアッセイに対して正規化した。結果を図３〜１４に示す。
【０６１３】
実施例３：第ＩＸ因子ノックダウンのｉｎ  ｖｉｔｒｏ逆転
結果を図１５〜２１に示す。
【０６１４】
実施例４：ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物はｉｎ  ｖｉｖｏで良好な耐容性を示す
図２３に示すように、ｉｎ  ｖｉｖｏ毒性について試験した様々なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、体重増加量にほとんど又は全く変化を示さなかった。さらに、様々な用量、例えば、２０及び１００ｍｇ／ｋｇで、肝酵素の上昇は全く観察されなかった。さらに、肝酵素の上昇は、様々な時点、例えば、第４日及び第８日でも観察されなかった。従って、本発明のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、優れたｉｎ  ｖｉｖｏ耐容性及び安全プロフィールを有する。
【０６１５】
実施例５：ヒト霊長類におけるＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物による抗トロンビンの逆転
雄カニクイザル(Cynomolgus monkey)で、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の１回用量探索的薬理学試験を実施した。
【０６１６】
実験設計
試験に好適であると判断された動物を試験に任意に割り当て、表９に示すように７つの群に構成した。第０日(最初の投与の日)に、全動物が、１回皮下用量の抗トロンビンｓｉＲＮＡ(ＡＬＮ−ＡＴ３ＳＣ)を受けた。事前に、ＡＬＮ−ＡＴ３ＳＣの薬理学及び毒物学をげっ歯類、イヌ、ウサギ及び非ヒト霊長類(カニクイザル)で評価した。このようにして、７.５ｍｇ／ｋｇの１回投与は、有害な生理学的又は組織学的作用がなく、良好な耐容性を示すことが予測された。
【表２１】
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【０６１７】
第１４日に、動物は、表１０に示すように、１回皮下用量のＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物(Ａ−１３８９５９、Ａ−１４０３４０又はＡ−１４０３３７)又は塩水を受けた。ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物の用量レベルは、マウスにおける皮下薬物動態／薬力学試験で事前に評価したレベルを再現した。
【表２２】
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【０６１８】
全ての皮下投与は、標準的操作手順に従い、適切なサイズの注射器で実施した。第１４日の投与後、動物は、６週間の非投与期間にわたり試験を継続した。
【０６１９】
薬力学
ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を受ける動物を第１４日の投与から２及び８時間後、並びに第１５、１６、１７、１８及び２１日に１回ずつ採血した。約１.０ｍｌの血液(各時点で)を大腿静脈又はその他の好適な静脈から採取した。Ｋ２ＥＤＴＡを抗凝固剤として使用した。サンプルは、採取及び処理の間冷却した(必要に応じて、ウェットアイス)。約４℃で、約１０分間サンプルを２４００〜２７００ｒｐｍで遠心分離した。回収された血漿の最大量を、２つのほぼ等量のアリコートに分割し、これらを適切にラベル付けしたチューブに導入した。アリコートサンプルは、「アリコート１」又は「アリコート２」と称した。両セットのサンプルは、生物分析評価まで凍結(−６５℃〜−８５℃)状態で維持した。
【０６２０】
薬理学(血漿ＡＴ)
全動物を予備試験中に２回(第−５日及び−２日)、第０日、７日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、２１日、２８日、３５日、４２日、４９日、及び５６日に採血した。約１.０ｍｌの血液(各時点で)を大腿静脈又はその他の好適な静脈から採取した。Ｋ２ＥＤＴＡを抗凝固剤として使用した。サンプルは、採取及び処理の間冷却した(必要に応じて、ウェットアイス)。約４℃で、約１０分間サンプルを２４００〜２７００ｒｐｍで遠心分離した。回収された血漿の最大量を、２つの等量アリコートに分割し、これらを適切にラベル付けしたチューブに導入した。アリコートサンプルは、「アリコート１」又は「アリコート２」と称した。両セットのサンプルは、ＥＬＩＳＡによる血漿抗トロンビンの評価まで凍結(−６５℃〜−８５℃)状態で維持した。
【０６２１】
免疫刺激(血漿サイトカイン)
全動物は、第１４日の投与前と、投与後４時間及び２４時間でＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物を受けた。約０.６ｍｌの血液(各時点で)を大腿静脈又はその他の好適な静脈から採取した。Ｋ２ＥＤＴＡを抗凝固剤として使用した。サンプルは、採取及び処理の間冷却した(必要に応じて、ウェットアイス)。約４℃で、約１０分間サンプルを２４００〜２７００ｒｐｍで遠心分離した。回収された血漿の最大量を、２つの等量アリコートに分割し、これらを適切にラベル付けしたチューブに導入した。アリコートサンプルは、「アリコート１」又は「アリコート２」と称した。両セットのサンプルは、マルチプレックスアッセイによる血漿サイトカイン／ケモカインの評価まで凍結(−６５℃〜−８５℃)状態で維持した。
【０６２２】
臨床病理学：予備試験中及び第１６日及び第５６日に、様々な血液学及び血清化学パラメータを、動物選択／健康状態の確認を目的とする臨床病理学スクリーンとして、予備試験中に１回並びに第１６日及び５６日に動物(群１〜７)から評価した。血液を、絶食させた動物から大腿静脈(又はその他の好適な静脈)を介して採取した。使用した抗凝固剤は、血液学サンプルについては、Ｋ２ＥＤＴＡで、凝固サンプルについては、クエン酸ナトリウムであった。血清化学用のサンプルは抗凝固剤なしで採取した。
【０６２３】
血液学パラメータには、白血球百分率、赤血球数、ヘモグロビン、ヘモグロビン分布幅ヘマトクリット、平均赤血球ヘモグロビン、平均赤血球容積、平均赤血球ヘモグロビン濃度、血小板数、赤血球分布幅、網状赤血数球及び総白血球数が含まれた。
【０６２４】
血清化学パラメータには、アラニンアミノトランスフェラーゼ、アルブミン、アルカリホスファターゼ、アルブミン／グロブリン比(計算値)、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、塩化カルシウム、クレアチニン、γグルタミルトランスフェラーゼ、グロブリン(計算値)、グルコース、リン、カリウム、ナトリウム、ソルビトールデヒドロゲナーゼ、総ビリルビン、総コレステロール、総タンパク質、トリグリセリド、尿窒素、及び外観が含まれた。
【０６２５】
図２４Ａ及び２４Ｂに示すように、試験した例示的なＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、非ヒト霊長類における抗トロンビンｓｉＲＮＡの活性を逆転した。図２４Ａでは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、２.５ｍｇ／ｋｇの用量(０.７５モル当量のｓｉＲＮＡ、ＡＬＮ−ＡＴ３)で投与した。図２４Ｂでは、ＲＥＶＥＲＳＩＲ化合物は、０.２５ｍｇ／ｋｇの用量(０.０７５モル当量のｓｉＲＮＡ、ＡＬＮ−ＡＴ３)で投与した。驚くべきことに、ＲＥＶＥＲＳＩＲ  Ａ−１４０３４０(低ホスホロチオエート量を含む９量体、５ＰＳ)は、投与から４日以内にＡＬＮ−ＡＴ３活性の完全な逆転を示し、コンジュゲート(１３モル当量)より３０倍低い用量で活性であった。
【０６２６】
配列、例えば、表２〜８の記載の配列を説明するのに使用される略語を収集し、便宜のために表１１に記載する。
【表２３】
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【表２４】
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【表２５】
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【０６２７】
本明細書及び実施例に明示される全ての特許及び他の刊行物は、あらゆる目的のために参照により明示的に本明細書に組み込まれる。これらの刊行物は、本願の出願日より前に開示のために提供されたに過ぎない。これに関するいかなることも、本発明者らが、先行発明のために又は別の何らかの理由で、こうした開示に先行する資格がないという承認として解釈すべきではない。日付に関する記載又はこれらの文献の内容に関する表示は全て、本出願人が入手可能な情報に基づくものであり、これらの文献の日付又は内容の正確さに関する何らの承認をなすものではない。
【０６２８】
本明細書において好ましい態様を示し、詳細に説明してきたが、当業者には、様々な改変形態、追加形態、代替形態などが本発明の趣旨を逸脱することなくなされ得、従って、これらは、以下の特許請求の範囲に定義する通り、本発明の範囲内であるとみなされることは明らかであろう。さらに、当業者であれば、既述していない範囲まで本明細書で説明及び例示した様々な態様のいずれか１つをさらに改変して、本明細書に開示する他の態様のいずれかに示される特徴を組み込み得ることは理解されよう。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２−１】
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【図１２−２】
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【図１２−３】
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【図１２−４】
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【図１３−１】
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【図１３−２】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２−１】
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【図２２−２】
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【図２３】
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【図２４−１】
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【図２４−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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