【手続補正書】
【提出日】平成26年6月17日(2014.6.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の（ａ）〜（ｅ）に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、またはその断片からなる群から選択される１または２以上のポリヌクレオチドを含む、膀胱ガン診断用組成物。
（ａ）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜１６、１８〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（ｂ）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜１６、１８〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、を含むポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜１６、１８〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（ｄ）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜１６、１８〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（ｅ）前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
【請求項２】
下記の（ｆ）〜（ｊ）に示すポリヌクレオチド、その変異体またはその断片からなる群から選択される１または２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
（ｆ）配列番号８〜９、１２、１７及び２７で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（ｇ）配列番号８〜９、１２、１７及び２７で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、を含むポリヌクレオチド
（ｈ）配列番号８〜９、１２、１７及び２７で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（ｉ）配列番号８〜９、１２、１７及び２７で表される塩基配列に相補的な塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、を含むポリヌクレオチド
（ｊ）前記（ｆ）〜（ｉ）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
【請求項３】
請求項１に記載の（ａ）〜（ｅ）に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、および／またはその断片の１または２以上を含む、膀胱ガン診断用キット。
【請求項４】
請求項２に記載の（ｆ）〜（ｊ）に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、および／またはその断片の１または２以上をさらに含む、請求項３に記載のキット。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜２７のいずれかで表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてｕがｔである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、またはそれらの１９以上の連続した塩基を含む断片である、請求項３または４に記載のキット。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドが、別個にまたは任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、請求項３〜５のいずれか１項に記載のキット。
【請求項７】
請求項１に記載の（ａ）〜（ｅ）に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、および／またはその断片の１または２以上を含む、膀胱ガン診断用ＤＮＡチップ。
【請求項８】
請求項２に記載の（ｆ）〜（ｊ）に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、および／またはその断片の１または２以上をさらに含む、請求項７に記載のＤＮＡチップ。
【請求項９】
請求項１または２に記載の組成物、請求項３〜６のいずれか１項に記載のキット、請求項７または８に記載のＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定し、それによって、被験者由来の検体試料中に膀胱ガン由来の標的核酸が存在していること、または膀胱ガン由来の標的核酸が存在していないことをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定することを含む、膀胱ガンの検出方法。
【請求項１０】
ＤＮＡチップを用いる請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１または２に記載の組成物、請求項３〜６のいずれか１項に記載のキット、請求項７または８に記載のＤＮＡチップ、またはそれらの組み合わせを用いて、膀胱ガン患者由来の検体試料であることまたは非膀胱ガン患者由来の検体であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、被験者由来の検体試料中に膀胱ガン由来の標的核酸が存在していること、または膀胱ガン由来の標的核酸が存在していないことを判定する第４の工程を含む、膀胱ガンの検出方法。
【請求項１２】
請求項１または２に記載の組成物、請求項３〜６のいずれか１項に記載のキット、または請求項７または８に記載のＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中に膀胱ガン由来の標的核酸が存在していること、または膀胱ガン由来の標的核酸が存在していないことをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定するための使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
１．発明の概要
本発明は、以下の特徴を有する。
本発明は、第一の態様において、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、またはその断片からなる群から選択される１または２以上のポリヌクレオチドを含む、膀胱ガン診断用組成物を提供する。
（a）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてu（ウラシル）がt（チミン）である塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（b）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含むポリヌクレオチド
（c）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
（d）配列番号１〜７、配列番号１０〜１１及び配列番号１３〜２６で表される塩基配列、もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、または１９以上の連続した塩基を含むその断片
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
本明細書で使用される「ｍｉＲ−９２ｂ＊遺伝子」又は「ｍｉＲ−９２ｂ＊」という用語は、配列番号１６に記載のｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ＊遺伝子（ｍｉＲｂａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＭＩＭＡＴ０００４７９２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ＊遺伝子は、Ｃｕｍｍｉｎｓ  ＪＭら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．、２００６年、１０３巻、ｐ３６８７−３６９２に記載される方法によって得ることができる。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
本明細書で使用される「ｍｉＲ−５７５遺伝子」又は「ｍｉＲ−５７５」という用語は、配列番号１７に記載のｈｓａ−ｍｉＲ−５７５遺伝子（ｍｉＲｂａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＭＩＭＡＴ０００３２４０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ｈｓａ−ｍｉＲ−５７５遺伝子は、Ｃｕｍｍｉｎｓ  ＪＭら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．、２００６年、１０３巻、ｐ３６８７−３６９２に記載される方法によって得ることができる。