【手続補正書】
【提出日】平成26年4月22日(2014.4.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌について個体に合わせた医学的介入を決定するためのシステムであって、
（ａ）ホストサーバと；
（ｂ）該ホストサーバにアクセスして、データにアクセスし、そして該データを入力するためのユーザインターフェースと；
（ｃ）入力された該データを処理するためのプロセッサと；
（ｄ）処理された該データ、ならびに
（ｉ）該癌と診断された個体の生物学的検体から得られた分子プロファイルにアクセスするための命令；
（ｉｉ）該分子プロファイル内の少なくとも１つの遺伝子、タンパク質、分子メカニズム、または他の分子知見が、正常な参照と比べて変化を示すか否かを判定するための命令；および
（ｉｉｉ）薬物療法データベースにアクセスして、ｄ（ｉｉ）の変化を示すと判定された少なくとも１つの遺伝子、タンパク質、分子メカニズム、または他の分子知見と相互作用する少なくとも一つの薬物療法を同定するための命令であって、該少なくとも一つの薬物療法が、該個体を治療するために過去に使用されていない、命令
を格納するための、該プロセッサに連結されたメモリと；
（ｅ）（ｄ）（ｉｉ）の変化を示す該少なくとも１つの遺伝子、タンパク質、分子メカニズム、または他の分子知見および（ｄ）（ｉｉｉ）において同定される該少なくとも一つの薬物療法を表示するための表示手段と
を備える、システム。
【請求項２】
前記分子プロファイルが、免疫組織化学的（ＩＨＣ）解析、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）解析、遺伝子発現解析、およびジェノタイプ解析のうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記遺伝子発現解析が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）およびプロテオミクスアレイのうちの少なくとも１つを含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記ＩＨＣ解析が、Ｈｅｒ２／Ｎｅｕ、ＥＲ、ＰＲ、ｃ−ｋｉｔ、ＥＧＦＲ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＣＤ２０、ｐ５３、サイクリンＤ１、ｂｃｌ２、ＣＯＸ−２、アンドロゲン受容体、ＣＤ５２、ＰＤＧＦＲ、ＡＲ、ＣＤ２５、およびＶＥＧＦのうちの少なくとも１つについて行われる、請求項２に記載のシステム。
【請求項５】
前記ＩＨＣ解析が、少なくともＨｅｒ２／Ｎｅｕ、ＥＲ、ＰＲ、ｃ−ｋｉｔ、ＥＧＦＲ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＣＤ２０、ｐ５３、サイクリンＤ１、ｂｃｌ２、ＣＯＸ−２、アンドロゲン受容体、ＣＤ５２、ＰＤＧＦＲ、ＡＲ、ＣＤ２５、およびＶＥＧＦについて行われる、請求項２に記載のシステム。
【請求項６】
前記遺伝子発現解析が、ＢＣＬ２、ＨＩＦ１Ａ、ＡＲ、ＥＳＲ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＩＴ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＤＷ５２、ＺＡＰ７０、ＰＧＲ、ＳＰＡＲＣ、ＧＡＲＴ、ＧＳＴＰ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＭＳＨ２、ＴＸＮＲＤ１、ＨＤＡＣ１、ＰＤＧＦＣ、ＰＴＥＮ、ＣＤ３３、ＴＹＭＳ、ＲＸＲＢ、ＡＤＡ、ＴＮＦ、ＥＲＣＣ３、ＲＡＦ１、ＶＥＧＦ、ＴＯＰ１、ＴＯＰ２Ａ、ＢＲＣＡ２、ＴＫ１、ＦＯＬＲ２、ＴＯＰ２Ｂ、ＭＬＨ１、ＩＬ２ＲＡ、ＤＮＭＴ１、ＨＳＰＣＡ、ＥＲＢＲ２、ＥＲＢＢ２、ＳＳＴＲ１、ＶＨＬ、ＶＤＲ、ＰＴＧＳ２、ＰＯＬＡ、ＣＥＳ２、ＥＧＦＲ、ＯＧＦＲ、ＡＳＮＳ、ＮＦＫＢ２、ＲＡＲＡ、ＭＳ４Ａ１、ＤＣＫ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＲＥＧ、エピレギュリン、ＦＯＬＲ１、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨＲ１、ＦＳＨＢ、ＦＳＨＲ、ＦＳＨＰＲＨ１、葉酸受容体、ＨＧＦ、ＨＩＧ１、ＩＬ１３ＲＡ１、ＬＴＢ、ＯＤＣ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＰＡＲＧＣ１、ＶＨＬ、リンフォトキシンβレセプター、Ｍｙｃ、ＴＯＰ２ＢトポイソメラーゼＩＩ、ＴＯＰＯ２Ｂ、ＴＸＮ、ＶＥＧＦＣ、ＡＣＥ２、ＡＤＨ１Ｃ、ＡＤＨ４、ＡＧＴ、ＡＲＥＧ、ＣＡ２、ＣＤＫ２、カベオリン、およびＮＦＫＢ１のうちの少なくとも１つについて行われる、請求項２に記載のシステム。
【請求項７】
前記遺伝子発現解析が、少なくともＢＣＬ２、ＨＩＦ１Ａ、ＡＲ、ＥＳＲ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＩＴ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＤＷ５２、ＺＡＰ７０、ＰＧＲ、ＳＰＡＲＣ、ＧＡＲＴ、ＧＳＴＰ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＭＳＨ２、ＴＸＮＲＤ１、ＨＤＡＣ１、ＰＤＧＦＣ、ＰＴＥＮ、ＣＤ３３、ＴＹＭＳ、ＲＸＲＢ、ＡＤＡ、ＴＮＦ、ＥＲＣＣ３、ＲＡＦ１、ＶＥＧＦ、ＴＯＰ１、ＴＯＰ２Ａ、ＢＲＣＡ２、ＴＫ１、ＦＯＬＲ２、ＴＯＰ２Ｂ、ＭＬＨ１、ＩＬ２ＲＡ、ＤＮＭＴ１、ＨＳＰＣＡ、ＥＲＢＲ２、ＥＲＢＢ２、ＳＳＴＲ１、ＶＨＬ、ＶＤＲ、ＰＴＧＳ２、ＰＯＬＡ、ＣＥＳ２、ＥＧＦＲ、ＯＧＦＲ、ＡＳＮＳ、ＮＦＫＢ２、ＲＡＲＡ、ＭＳ４Ａ１、ＤＣＫ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＲＥＧ、エピレギュリン、ＦＯＬＲ１、ＧＮＲＨ１、ＧＮＲＨＲ１、ＦＳＨＢ、ＦＳＨＲ、ＦＳＨＰＲＨ１、葉酸受容体、ＨＧＦ、ＨＩＧ１、ＩＬ１３ＲＡ１、ＬＴＢ、ＯＤＣ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＰＡＲＧＣ１、ＶＨＬ、リンフォトキシンβレセプター、Ｍｙｃ、ＴＯＰ２ＢトポイソメラーゼＩＩ、ＴＯＰＯ２Ｂ、ＴＸＮ、ＶＥＧＦＣ、ＡＣＥ２、ＡＤＨ１Ｃ、ＡＤＨ４、ＡＧＴ、ＡＲＥＧ、ＣＡ２、ＣＤＫ２、カベオリン、およびＮＦＫＢ１について行われる、請求項２に記載のシステム。
【請求項８】
前記システムが、ＩＨＣによる解析の際に、３０％以上の該腫瘍細胞が特定のタンパク質について＋２以上染色したか否かを判定するための命令をさらに含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項９】
前記システムが、前記正常な参照と比べて特定の遺伝子について何倍の遺伝子発現の変化が、ｐ＜０．００１で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定するための命令をさらに含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項１０】
（ｄ）（ｉｉｉ）における前記命令が、遺伝子および／またはタンパク質と薬物療法相互作用とを相関させる文献を含む大規模な文献データベースの自動化された精査を実施するための命令を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１１】
（ｄ）（ｉｉｉ）における前記命令が、臨床試験から得られたデータの精査を実施するための命令を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記表示手段が、印刷された患者プロファイルレポートを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記レポートが、前記分子プロファイルの部分として評価された各遺伝子、タンパク質、分子メカニズム、または他の分子知見についての個体の試験結果を含む、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１４】
前記分子プロファイルが、少なくともＥＧＦＲおよびＰＤＧＦＲＡについての個体の試験結果を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１５】
前記分子プロファイルが、少なくともＥＲＢＢ２、ＥＳＲ１、ＴＯＰ１、ＫＩＴおよびＥＧＦＲについての個体の試験結果を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１６】
前記分子プロファイルが、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＣＤ２０、ｐ５３、サイクリンＤ１、ｂｃｌ２、ＣＤ５２、ＰＤＧＦＲ、ＡＲ、ＣＤ２５、およびＶＥＧＦから成る群から選択される少なくとも１つのさらなるタンパク質についての個体の試験結果を含む、請求項１５に記載のシステム。
【請求項１７】
前記癌が、前処置が進行中である、請求項１に記載のシステム。
【請求項１８】
前記癌が、少なくとも２つの化学療法レジメンまたはホルモンレジメンが進行中である、請求項１に記載のシステム。
【請求項１９】
前記癌が、膵癌、卵巣癌、腺様嚢胞癌、ウィルムス腫瘍、腎芽細胞腫、筋線維芽細胞腫瘍、骨盤腫瘍、後腹膜腫瘍、乳癌またはリンパ腫を含む、請求項１に記載のシステム。