(57)【要約】  本実施形態は、ＫＲＡＳに関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、ＫＲＡＳ発現を阻害するための方法、化合物、および組成物を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、９、１０、１１、または１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項２】
８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項３】
配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項４】
配列番号１の核酸塩基４６３〜４７８、８７７〜８９２、１１２９〜１１４４、１３１３〜１３２８、１４４７〜１４６２、１６８６〜１７０１、１６９０〜１７０５、１７７８〜１７９３、１９１５〜１９３０、１９１９〜１９３４、１９２０〜１９３５、２１１４〜２１２９、２１１５〜２１３０、２４６１〜２４７６、２４６２〜２４７７、２４６３〜２４７８、４０３５〜４０５０内の相補的な８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１と少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
【請求項５】
配列番号２７２、８０４、２３９、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つの核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、９、１０、１１、または１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項６】
配列番号２７２、８０４、２３９、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項７】
配列番号２７２、８０４、２３９、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項８】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項９】
配列番号２７２、２３９、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、および８５４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
３つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、拘束エチル（ｃＥｔ）ヌクレオシドを含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１０】
配列番号２１３０の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
１つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドを含み；前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１１】
配列番号８０４、１０２８、および２１３６のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
４つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１２】
配列番号２１４２の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１３】
配列番号２１５４の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１４】
配列番号２１５８の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項１５】
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１または２に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１６】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１７】
前記修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１６に記載の化合物。
【請求項１８】
前記修飾糖は、二環式糖である、請求項１６または１７に記載の化合物。
【請求項１９】
前記二環式糖は、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）；４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）；および４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される、請求項１８に記載の化合物。
【請求項２０】
前記修飾糖は、２’−Ｏ−メトキシエチルである、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２１】
前記修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２２】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントおよび前記３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２３】
一本鎖である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２４】
二本鎖である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２５】
リボヌクレオチドを含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２６】
二本鎖ＲＮＡオリゴヌクレオチドを含み、前記二本鎖ＲＮＡオリゴヌクレオチドの一方の鎖は、前記修飾オリゴヌクレオチドである、請求項２５に記載の化合物。
【請求項２７】
デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２８】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０、１２〜３０、１５〜３０、１６〜３０、または１６個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２９】
コンジュゲートおよび前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３０】
コンジュゲートおよび前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３１】
前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３２】
請求項１〜３１のいずれか一項に記載の化合物のいずれかの薬学的に許容可能な塩からなる化合物。
【請求項３３】
前記薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である、請求項３２に記載の化合物。
【請求項３４】
前記薬学的に許容可能な塩は、カリウム塩である、請求項３２に記載の化合物。
【請求項３５】
式：
【化１】
2018528781.tif 000177
を有するＩＳＩＳ６５１９８７またはその薬学的に許容可能な塩を含む化合物。
【請求項３６】
式：
【化２】
2018528781.tif 000178
を有するＩＳＩＳ６５１９８７またはその薬学的に許容可能な塩からなる化合物。
【請求項３７】
前記薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である、請求項３５または３６に記載の化合物。
【請求項３８】
請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物および薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
【請求項３９】
個体における癌を治療、予防、または改善する方法であって、前記個体に請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物または請求項３８に記載の組成物を投与し、それにより前記個体における癌を治療、予防、または改善することを含む方法。
【請求項４０】
前記癌は、肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌、大腸癌、小腸癌、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、胃癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌、脳癌、膠芽細胞腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、神経線維腫、白血病、骨髄性白血病、またはリンパ腫である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記化合物を投与することは、前記個体における癌細胞の数を低減させるか、前記個体における腫瘍のサイズを低減させるか、前記個体における腫瘍の成長もしくは増殖を低減もしくは阻害するか、前記個体における転移を予防するかもしくは転移の程度を低減させるか、または前記個体の生存率を延長させる、請求項３９または４０に記載の方法。
【請求項４２】
細胞中でＫＲＡＳの発現を阻害する方法であって、前記細胞を請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物または請求項３８に記載の組成物と接触させ、それにより前記細胞中でＫＲＡＳの発現を阻害することを含む方法。
【請求項４３】
個体における癌を治療、予防、または改善するための、請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物または請求項３８に記載の組成物の使用。
【請求項４４】
癌を治療するための医薬品の製造のための、請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物または請求項３８に記載の組成物の使用。
【請求項４５】
前記癌は、肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌、大腸癌、小腸癌、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、胃癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌、脳癌、膠芽細胞腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、神経線維腫、白血病、骨髄性白血病、またはリンパ腫である、請求項４３または４４に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、２０１６年８月３０日に作成された、５６７ｋｂサイズのＢＩＯＬ０２７６ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本実施形態は、ＫＲＡＳに関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、ＫＲＡＳ発現を阻害するための方法、化合物、および組成物を提供する。
【背景技術】
【０００３】
カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ（Ｋｉｒｓｔｅｎ  Ｒａｔ  Ｓａｒｃｏｍａ  Ｖｉｒａｌ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  Ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ）（ＫＲＡＳ）は、小分子膜結合細胞内ＧＴＰアーゼタンパク質である３つのＲＡＳタンパク質ファミリーメンバー（Ｎ、ＨおよびＫ−ＲＡＳ）の１つである。ＫＲＡＳは、不活性グアノシン二リン酸（ＧＤＰ）結合状態と、活性グアノシン三リン酸（ＧＴＰ）結合状態との間のサイクルを示す。結合ヌクレオチドの交換のプロセスは、グアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）およびＧＴＰアーゼ活性化タンパク質（ＧＡＰ）により容易にされる。ＧＥＦは、ＧＴＰについての交換においてＫＲＡＳからのＧＤＰの放出を促進し、活性ＧＴＰ結合ＫＲＡＳをもたらす。ＧＡＰは、ＧＴＰのＧＤＰの加水分解を促進し、不活性ＧＤＰ結合ＫＲＡＳをもたらす。活性ＧＴＰ結合ＫＲＡＳは、多数のエフェクタータンパク質と相互作用して種々の細胞プロセス、例として、増殖および生存を調節するシグナリング経路を刺激する。活性化突然変異により、ＫＲＡＳは、ＧＴＰのＧＡＰ触媒加水分解に耐性となり、したがってタンパク質が活性化状態でロックされる。
【０００４】
ＫＲＡＳは、ヒト癌における最も一般的な突然変異癌遺伝子である。全てのヒト癌の約３０％が活性化ＫＲＡＳ突然変異を有し、結腸、肺および膵臓腫瘍において発生率が最大であり、ＫＲＡＳ突然変異は不良予後予測にも関連する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
いくつかのタイプの癌におけるＫＲＡＳの一般的な役割にもかかわらず、ＫＲＡＳは、「創薬困難な」標的とみなされ、ＫＲＡＳを直接標的化する阻害剤は、依然として臨床開発に至っていない。本明細書に提供される本実施形態は、癌の治療、予防、改善、またはその進行の減速に有用であり得る、ＫＲＡＳ発現を阻害するための強力で忍容可能な化合物および組成物を対象とする。
【発明を実施するための形態】
【０００６】
上記の概要および以下の詳細な説明の両方は、例示的および説明的なものにすぎず、特許請求される本発明を限定するものではないことを理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途具体的に記述されない限り、複数形を含む。本明細書において使用される「または」の使用は、別途記述されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「含んでいる」ならびに他の形態、例えば「含む」および「含まれる」の使用は限定的ではない。さらに、「要素」または「成分」などの用語は、別途具体的に記述されない限り、１つの単位を含む要素および成分と、２つ以上の下位単位を含む要素および成分との両方を包含する。
【０００７】
本明細書において使用されるセクションの見出しは、構成目的のものにすぎず、記載される主題を限定するものと解釈すべきではない。本出願において引用される全ての文献または文献の一部、例として、限定されるものではないが、特許、特許出願、論説、書籍、論文、ならびにＧｅｎＢａｎｋおよびＮＣＢＩリファレンス配列記録は、参照により、本明細書において考察される文献の一部についておよび全体として本明細書に明示的に組み込まれる。
【０００８】
本明細書に収載される実施例におけるそれぞれの配列番号に記載される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基へのいかなる修飾からも独立していることが理解される。したがって、配列番号により定義される化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基への１つ以上の修飾を含み得る。ＩＳＩＳ番号（ＩＳＩＳ＃）により記載される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾、およびモチーフの組合せを示す。
【０００９】
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
【００１０】
「２’−デオキシヌクレオシド」は、天然存在デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出される２’−Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、２’−デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得、またはＲＮＡ核酸塩基（例えば、ウラシル）を含み得る。
【００１１】
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥおよび２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３とも称される）は、糖環、例えば、フラノース環の２’位におけるＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
【００１２】
「２’−ＭＯＥヌクレオシド」（２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドとも称される）は、２’−ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００１３】
「２’−置換ヌクレオシド」または「２−修飾ヌクレオシド」は、２’−置換または２’−修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される糖部分に関する「２’−置換」または「２−修飾」は、ＨまたはＯＨ以外の２’−置換基を含む糖部分を意味する。「３’標的部位」は、特定の化合物の最も３’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１４】
「５’標的部位」は、特定の化合物の最も５’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１５】
「５−メチルシトシン」は、５位に付着しているメチル基を有するシトシンを意味する。
【００１６】
「約」は、値の±１０％以内を意味する。例えば、「化合物がＫＲＡＳの少なくとも約７０％の阻害をもたらした」と記述される場合、ＫＲＡＳレベルが６０％および８０％の範囲内で阻害されることが意味される。
【００１７】
「投与」または「投与すること」は、本明細書に提供される化合物または組成物を個体に導入してその目的の機能を実施する経路を指す。使用することができる投与経路の一例としては、限定されるものではないが、非経口投与、例えば、皮下、静脈内、または筋肉内注射または注入が挙げられる。
【００１８】
「同時に投与する」または「併用投与」は、両方の薬理学的効果が患者において発現する任意の様式での２つ以上の化合物の投与を意味する。同時投与は、両方の化合物を単一の医薬組成物中で投与することも、同一剤形で投与することも、同一の投与経路により投与することも、同時に投与することも要求しない。両方の化合物の効果は、同時にそれら自体発現する必要はない。効果は、一定期間重複することのみを必要とし、同規模であることを必要としない。同時投与または併用投与は、並行投与または逐次投与を包含する。
【００１９】
「改善」は、関連疾患、障害、または病態の少なくとも１つの指標、徴候、または症状の緩和を指す。特定の実施形態において、改善としては、病態または疾患の１つ以上の指標の進行の遅滞化または減速が挙げられる。指標の重症度は、当業者に公知の主観的または客観的尺度により決定することができる。
【００２０】
「動物」は、ヒトまたは非ヒト動物、例として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、および非ヒト霊長類、例として、限定されるものではないが、サルおよびチンパンジーを指す。
【００２１】
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能または計測可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的に対するアンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
【００２２】
「アンチセンス化合物」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび場合により、１つ以上の追加の特徴部、例えば、コンジュゲート基または末端基を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、一本鎖および二本鎖化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、および占有を基礎とする（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
【００２３】
「アンチセンス阻害」は、アンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
【００２４】
「アンチセンス機序」は、ハイブリダイゼーションのアウトカムまたは効果が、例えば、転写またはスプライシングを含む細胞機構が付随的に失速する標的分解または標的占有のいずれかである、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを含む全ての機序である。
【００２５】
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸またはその領域もしくはセグメントに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸またはその領域もしくはセグメントに特異的にハイブリダイズ可能である。
【００２６】
「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される「二環式糖」または「二環式糖部分」は、２つの環を含む修飾糖部分（第２の環が、第１の環中の原子の２つを連結する架橋を介して形成されており、それにより、二環構造を形成している）を意味する。特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
【００２７】
「分枝鎖基」は、少なくとも３つの基への共有結合を形成し得る少なくとも３つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態において、分枝鎖基は、コンジュゲートリンカーおよび／または開裂可能部分を介してテザー化リガンドをオリゴヌクレオチドに連結するための複数の反応性部位を提供する。
【００２８】
「細胞標的化部分」は、１つまたは複数の特定の細胞タイプに結合し得るコンジュゲート基またはコンジュゲート基の一部を意味する。
【００２９】
「ｃＥｔ」または「拘束エチル」は、４’−炭素および２’−炭素を連結する架橋を含む二環式フラノシル糖部分（架橋は、式：４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する）を意味する。
【００３０】
化合物中の「化学修飾」は、その化合物中の単位のいずれかの、化学反応を介する置換または変化を説明する。「修飾ヌクレオシド」は、修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、および／または修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
【００３１】
「化学的に区別される領域」は、ある意味で同一のアンチセンス化合物の別の領域と化学的に異なるアンチセンス化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有さないヌクレオチドを有する領域と化学的に区別される。
【００３２】
「キメラアンチセンス化合物」は、それぞれの位置が複数の下位単位を有する少なくとも２つの化学的に区別される領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
【００３３】
「開裂可能結合」は、分割され得る任意の化学結合を意味する。特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、ジスルフィド、またはペプチドの中から選択される。
【００３４】
「開裂可能部分」は、生理学的条件下で、例えば、細胞、動物、またはヒト内部で開裂される結合または原子団を意味する。
【００３５】
「拘束エチルヌクレオシド」（ｃＥｔヌクレオシドとも称される）は、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００３６】
オリゴヌクレオチドに関する「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチドまたは核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、これら２つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチすることを意味する。本明細書に記載の核酸塩基マッチまたは相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、アデニン（Ａ）およびチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）およびウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）およびグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）およびグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有することを必要とせず、１つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。対照的に、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」または「１００％相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有することを意味する。
【００３７】
「コンジュゲート基」は、親化合物、例えば、オリゴヌクレオチドに付着している原子団を意味する。
【００３８】
「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート基を親化合物、例えば、オリゴヌクレオチドに連結する原子団を意味する。
【００３９】
オリゴヌクレオチドに関する「連続」は、互いに直接隣接しているヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」は、互いに直接隣接している核酸塩基を意味する。
【００４０】
「設計すること」または「〜するように設計される」は、選択核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計するプロセスを指す。
【００４１】
「示差的に修飾されている」は、修飾の不存在を含む、互いに異なる化学修飾または化学置換基を意味する。したがって、例えば、ＭＯＥヌクレオシドおよび非修飾ＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドが非修飾であっても、「示差的に修飾されている」。同様に、ＤＮＡおよびＲＮＡは、両方が天然存在の非修飾ヌクレオシドであっても、「示差的に修飾されている」。異なる核酸塩基を含むことを除いて同一であるヌクレオシドは、示差的に修飾されていない。例えば、２’−ＯＭｅ修飾糖および非修飾アデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、２’−ＯＭｅ修飾糖および非修飾チミン核酸塩基を含むヌクレオシドとは、示差的に修飾されていない。
【００４２】
「用量」は、単一投与において、または規定の期間において提供される医薬剤の規定量を意味する。特定の実施形態において、用量は、２つ以上のボーラス、錠剤、または注射で投与することができる。例えば、特定の実施形態において、皮下投与が望ましい場合、所望の用量は、単一注射により容易に収容されない容量を要求し得る。このような実施形態において、２回以上の注射を使用して所望の用量を達成することができる。特定の実施形態において、用量は、２回以上の注射で投与して個体における注射部位反応を最小化することができる。他の実施形態において、医薬剤は、長期間にわたりまたは継続的に注入により投与される。用量は、１時間、１日、１週間または１ヵ月当たりの医薬剤の量として記述することができる。
【００４３】
「投薬計画」は、１つ以上の所望の効果を達成するように設計される用量の組合せである。
【００４４】
「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物であって、前記２つのオリゴマー化合物の一方は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を意味する。
【００４５】
「有効量」は、薬剤が必要とされる個体における所望の薬理学的アウトカムをもたらすために十分な化合物の量を意味する。有効量は、治療される個体の健康および体調、治療される個体の分類群、組成物の配合、個体の医学的状態の評価、ならびに他の関連因子に応じて個体間で変動し得る。
【００４６】
「効力」は、所望の効果を生じさせる能力を意味する。
【００４７】
「発現」は、遺伝子のコード情報が、細胞中に存在し、細胞中で作動する構造に変換される全ての機能を含む。このような構造としては、限定されるものではないが、転写および翻訳の産物が挙げられる。
【００４８】
オリゴヌクレオチドに関する「完全に修飾されている」は、それぞれのヌクレオシドが修飾されている修飾オリゴヌクレオチドを意味する。オリゴヌクレオチドに関する「均一修飾」は、それぞれのヌクレオシドの少なくとも１つの修飾が同一である、完全に修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。例えば、均一修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、それぞれ異なる核酸塩基修飾を除いて２’−ＭＯＥ修飾を有し得るが、ヌクレオシド間結合は異なり得る。
【００４９】
「ギャップマー」は、ＲＮアーゼＨ開裂を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置するキメラアンチセンス化合物であって、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含む１つまたは複数のヌクレオシドと化学的に区別されるキメラアンチセンス化合物を意味する。内部領域は「ギャップ」と称することができ、外部領域は「ウイング」と称することができる。
【００５０】
「ハイブリダイゼーション」は、相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸分子のアニーリングを意味する。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンス化合物および核酸標的が挙げられる。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび核酸標的が挙げられる。
【００５１】
「直接隣接している」は、直接隣接している同一種類の要素間に介在要素が存在しないことを意味する（例えば、直接隣接している核酸塩基間に介在核酸塩基が存在しない）。
【００５２】
「個体」は、治療または治療法のために選択されるヒトまたは非ヒト動物を意味する。
【００５３】
「発現または活性を阻害すること」は、非処理または対照試料中の活性の発現に対する発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すものではない。
【００５４】
「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド中の隣接ヌクレオシド間の共有結合を形成する基または結合を意味する。本明細書において使用される「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然存在のホスフェートヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。
【００５５】
「ＫＲＡＳ」は、ＫＲＡＳの任意の核酸またはタンパク質を意味する。「ＫＲＡＳ核酸」は、ＫＲＡＳをコードする任意の核酸を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＫＲＡＳ核酸としては、ＫＲＡＳをコードするＤＮＡ配列、ＫＲＡＳをコードするＤＮＡ（例として、イントロンおよびエクソンを含むゲノムＤＮＡ）から転写されるＲＮＡ配列、例として、非タンパク質コード（すなわち、非コード）ＲＮＡ配列、およびＫＲＡＳをコードするｍＲＮＡ配列が挙げられる。「ＫＲＡＳ  ｍＲＮＡ」は、ＫＲＡＳタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。「ＫＲＡＳ」、「Ｋ−ｒａｓ」、「ｋｒａｓ」、「ｋ−ｒａｓ」、「Ｋｉ−ｒａｓ」、および「ｋｉ−ｒａｓ」は、具体的に逆の記載のない限り、相互に排他的な様式で核酸またはタンパク質を指すそれらのスペルの大文字化もイタリック体化もなく互換的に使用することができる。
【００５６】
「ＫＲＡＳ特異的阻害剤」は、ＫＲＡＳ  ＲＮＡおよび／またはＫＲＡＳタンパク質発現または活性を分子レベルにおいて特異的に阻害し得る任意の薬剤を指す。例えば、ＫＲＡＳ特異的阻害剤としては、ＫＲＡＳ  ＲＮＡおよび／またはＫＲＡＳタンパク質の発現を阻害し得る核酸（例として、アンチセンス化合物）、ペプチド、抗体、小分子、および他の薬剤が挙げられる。
【００５７】
「延長アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、本明細書に開示のアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、親オリゴヌクレオチドに対する１つ以上の付加ヌクレオシドを有するものである。
【００５８】
「直鎖修飾糖」または「直鎖修飾糖部分」は、非環式または非架橋修飾を含む修飾糖部分を意味する。このような直鎖修飾は、二環式糖修飾と区別される。
【００５９】
「結合ヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合により一緒に結合している隣接ヌクレオシドを意味する。
【００６０】
「ミスマッチ」または「非相補的」は、第１および第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、核酸塩基、例として、限定されるものではないが、ユニバーサル核酸塩基、イノシン、およびヒポキサンチンは、少なくとも１つの核酸塩基とハイブリダイズし得るが、それがハイブリダイズした核酸塩基に対して依然としてミスマッチまたは非相補的である。別の例として、第１および第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基にバイブリダイズし得ない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基は、ミスマッチまたは非相補的核酸塩基である。
【００６１】
「モジュレートすること」は、細胞、組織、臓器または生物中の特徴を変化させ、または調整することを指す。例えば、ＫＲＡＳ  ＲＮＡをモジュレートすることは、細胞、組織、臓器または生物中のＫＲＡＳ  ＲＮＡおよび／またはＫＲＡＳタンパク質のレベルを増加または減少させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、臓器または生物中の変化をもたらす。例えば、ＫＲＡＳアンチセンス化合物は、細胞、組織、臓器または生物中のＫＲＡＳ  ＲＮＡおよび／またはＫＲＡＳタンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
【００６２】
「モノマー」は、オリゴマーの単一単位を指す。モノマーとしては、限定されるものではないが、ヌクレオシドおよびヌクレオチドが挙げられる。
【００６３】
「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾および／もしくは修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【００６４】
「天然」または「天然存在」は、天然で見出されるものを意味する。
【００６５】
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成される分子を指す。核酸としては、限定されるものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、および二本鎖核酸が挙げられる。
【００６６】
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対合し得る複素環式部分を意味する。
【００６７】
「核酸塩基配列」は、いかなる糖、結合、および／または核酸塩基修飾からも独立した連続核酸塩基の順序を意味する。
【００６８】
「ヌクレオシド」は、核酸塩基および糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基および糖部分は、それぞれ独立して、非修飾であるかまたは修飾されている。
【００６９】
「オリゴマー化合物」は、単一オリゴヌクレオチドおよび場合により、１つ以上の追加の特徴部、例えば、コンジュゲート基または末端基を含む化合物を意味する。
【００７０】
「オリゴヌクレオチド」は、互いに独立してそれぞれが修飾または非修飾であり得る結合ヌクレオシドのポリマーを意味する。
【００７１】
「親オリゴヌクレオチド」は、配列が、異なる長さ、モチーフ、および／または化学構造を除いて類似する配列のより多くのオリゴヌクレオチドのための設計の基礎として使用されるオリゴヌクレオチドを意味する。新たに設計されるオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドと同一のまたは重複する配列を有し得る。
【００７２】
「非経口投与」は、注射または注入を介する投与を意味する。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、鞘内もしくは脳室内投与が挙げられる。
【００７３】
「薬学的に許容可能な担体または希釈剤」は、動物への投与における使用に好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容可能な担体は、滅菌水溶液、例えば、ＰＢＳまたは注射水であり得る。本明細書において使用される「薬学的に許容可能な塩」は、生理学的および薬学的に許容可能な化合物、例えば、オリゴマー化合物の塩、すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、不所望な毒性効果を付与しない塩を意味する。
【００７４】
「医薬剤」は、個体に投与した場合に治療上の利益を提供する化合物を意味する。
【００７５】
「医薬組成物」は、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の化合物またはその塩および滅菌水溶液を含み得る。
【００７６】
「ホスホロチオエート結合」は、ホスホジエステル結合が非架橋酸素原子の１つを硫黄原子により置き換えることにより修飾されているヌクレオシド間の修飾ヌクレオシド間結合を意味する。
【００７７】
「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態において、リン部分は、モノ、ジ、もしくはトリホスフェート、またはホスホロチオエートを含む。
【００７８】
「一部」は、核酸の規定数の連続（すなわち、結合）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、一部は、標的核酸の規定数の連続塩基である。特定の実施形態において、一部は、オリゴマー化合物の規定数の連続核酸塩基である。
【００７９】
「プロドラッグ」は、個体に投与した場合に別の形態に代謝される化合物の形態を意味する。特定の実施形態において、代謝形態は、化合物（例えば、薬物）の活性またはより活性の形態である。
【００８０】
「予防有効量」は、予防的または予防上の利益を動物に提供する医薬剤の量を指す。
【００８１】
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部として定義される。
【００８２】
「ＲＮＡｉ化合物」は、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介するが、ＲＮアーゼＨを介さずに作用して標的核酸および／または標的核酸によりコードされるタンパク質をモジュレートする化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、限定されるものではないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、およびマイクロＲＮＡ、例として、マイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
【００８３】
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さいまたは下位の一部として定義される。
【００８４】
「副作用」は、所望の効果以外の治療に起因する生理学的疾患および／または病態を意味する。特定の実施形態において、副作用としては、注射部位反応、腎機能試験異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパシー、および倦怠感が挙げられる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの増加は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増加は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。
【００８５】
化合物に関する「一本鎖」は、化合物が１本のオリゴヌクレオチドのみを有することを意味する。「自己相補的」は、少なくとも部分的にそれ自体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１つのオリゴヌクレオチドからなり、オリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖アンチセンス化合物は、相補的化合物に結合して二本鎖を形成し得る。
【００８６】
本明細書において使用される「部位」は、標的核酸内のユニークな核酸塩基位置と定義される。
【００８７】
「特異的にハイブリダイズ可能」は、所望の効果を誘導するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の十分な相補性の程度を有する一方、非標的核酸への最小の効果を示すか、またはその効果を示さないアンチセンス化合物を指す。特定の実施形態において、特異的ハイブリダイゼーションは生理学的条件下で生じる。
【００８８】
標的核酸を「特異的に阻害する」は、標的核酸の発現を低減させるかまたは遮断する一方、非標的核酸の低減に対するより小さい効果を示し、最小の効果を示すか、またはその効果を示さず、必ずしも標的核酸発現の完全な排除を示さないことを意味する。
【００８９】
「糖部分」は、核酸塩基を別の基、例えば、ヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基に結合させ得る原子団を意味する。特定の実施形態において、糖部分は、核酸塩基に付着してヌクレオシドを形成している。本明細書において使用される「非修飾糖部分」または「非修飾糖」は、ＲＮＡ中に見出される２’−ＯＨ（Ｈ）  フラノシル部分、またはＤＮＡ中に見出される２’−Ｈ（Ｈ）部分を意味する。非修飾糖部分は、１’、３’、および４’位のそれぞれにおける１つの水素、３’位における酸素、ならびに５’位における２つの水素を有する。本明細書において使用される「修飾糖部分」または「修飾糖」は、非修飾糖部分の少なくとも１つの水素の代わりに非水素置換基を含む修飾フラノシル部分、または糖代替物を意味する。特定の実施形態において、修飾糖部分は、２’−置換糖部分である。このような修飾糖部分としては、二環式糖および直鎖修飾糖が挙げられる。
【００９０】
「糖代替物」は、核酸塩基を別の基、例えば、ヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基に結合させ得るフラノシル部分以外のものを有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に取り込むことができる。特定の実施形態において、このようなオリゴヌクレオチドは、相補的オリゴマー化合物または核酸にハイブリダイズし得る。
【００９１】
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
【００９２】
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写物」および「核酸標的」は、全て、アンチセンス化合物により標的化され得る核酸を意味する。
【００９３】
「標的領域」は、１つ以上のアンチセンス化合物が標的化される標的核酸の一部を意味する。
【００９４】
「標的セグメント」は、アンチセンス化合物が標的化される標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドを指す。
【００９５】
「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合している化学基または原子団を意味する。
【００９６】
「治療有効量」は、治療上の利益を個体に提供する化合物、医薬剤、または組成物の量を意味する。
【００９７】
「治療する」は、化合物または医薬組成物を動物に投与してその動物における疾患、障害、または病態の変動または改善をもたらすことを指す。
【００９８】
特定の実施形態
特定の実施形態は、ＫＲＡＳ発現を阻害するための方法、化合物および組成物を提供する。
【００９９】
特定の実施形態は、ＫＲＡＳ核酸に標的化される化合物を提供する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ核酸は、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００４９８５．４（参照により本明細書に組み込まれる、本明細書において配列番号１として開示される）；ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００９７１４．１７＿ＴＲＵＮＣ＿１８１１６０００＿１８１６６０００＿ＣＯＭＰ（参照により本明細書に組み込まれる、本明細書において配列番号２として開示される）、またはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０３３３６０．３（参照により本明細書に組み込まれる、本明細書において配列番号３として開示される）に記載の配列を有する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
【０１００】
特定の実施形態は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０１】
特定の実施形態は、９〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも９つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０２】
特定の実施形態は、１０〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１０個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０３】
特定の実施形態は、１１〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１１個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１１〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０４】
特定の実施形態は、１２〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０５】
特定の実施形態は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０６】
特定の実施形態は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
【０１０７】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１のヌクレオチド４６３〜４７８、８７７〜８９２、１１２９〜１１４４、１３１３〜１３２８、１４４７〜１４６２、１６８６〜１７０１、１６９０〜１７０５、１７７８〜１７９３、１９１５〜１９３０、１９１９〜１９３４、１９２０〜１９３５、２１１４〜２１２９、２１１５〜２１３０、２４６１〜２４７６、２４６２〜２４７７、２４６３〜２４７８、４０３５〜４０５０内の等しい長さの一部に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続核酸塩基の一部を有する８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０８】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１のヌクレオチド４６３〜４７８、８７７〜８９２、１１２９〜１１４４、１３１３〜１３２８、１４４７〜１４６２、１６８６〜１７０１、１６９０〜１７０５、１７７８〜１７９３、１９１５〜１９３０、１９１９〜１９３４、１９２０〜１９３５、２１１４〜２１２９、２１１５〜２１３０、２４６１〜２４７６、２４６２〜２４７７、２４６３〜２４７８、４０３５〜４０５０内の相補的な８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１０９】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１１０】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１１１】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。
【０１１２】
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３を含むかまたはそれからなる。下記の実施例セクションに記載のとおりスクリーニングした２，０００個超のアンチセンスオリゴヌクレオチドのうち、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、および７４０２３３が、効力および／または忍容性に関して上位リード化合物として浮上した。
【０１１３】
特定の実施形態において、上記オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、および／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。
【０１１４】
特定の実施形態において、上記オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１つの修飾糖を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、二環式糖、例えば、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’基、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’基、または４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’基である。
【０１１５】
特定の実施形態において、修飾糖は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。
【０１１６】
特定の実施形態において、上記オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１つの修飾核酸塩基、例えば、５−メチルシトシンを含む。
【０１１７】
特定の実施形態において、上記オリゴヌクレオチドのいずれも、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つに記載の配列からなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１１８】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、および８５４のいずれか１つに記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
３つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、拘束エチル（ｃＥｔ）ヌクレオシドを含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１１９】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２１３０に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
１つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドを含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１２０】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号８０４、１０２８、および２１３６のいずれか１つに記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
４つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１２１】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２１４２に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１２２】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２１５４に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１２３】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号２１５８に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１２４】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化１】
2018528781.tif 000002
を有するＩＳＩＳ６５１９８７またはその塩を含みむかまたはそれからなる。
【０１２５】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化２】
2018528781.tif 000003
を有するＩＳＩＳ６９６０１８、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１２６】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化３】
2018528781.tif 000004
を有するＩＳＩＳ６９６０４４、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１２７】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化４】
2018528781.tif 000005
を有するＩＳＩＳ７１６６００、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１２８】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化５】
2018528781.tif 000006
を有するＩＳＩＳ７１６６５５、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１２９】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化６】
2018528781.tif 000007
を有するＩＳＩＳ７４０２３３、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１３０】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化７】
2018528781.tif 000008
を有するＩＳＩＳ７４６２７５、またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１３１】
上記実施形態のいずれにおいても、化合物またはオリゴヌクレオチドは、ＫＲＡＳをコードする核酸に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的であり得る。
【０１３２】
上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。特定の実施形態において、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖であり、リボヌクレオチドを含む。
【０１３３】
上記実施形態のいずれにおいても、オリゴヌクレオチドは、８〜８０、１６〜８０、１０〜３０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、または１６〜５０個の結合ヌクレオシドからなり得る。
【０１３４】
特定の実施形態において、化合物は、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドおよびコンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１つのＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、少なくとも２つのＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、または少なくとも３つのＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を含む。
【０１３５】
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物または組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの塩を含む。特定の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。特定の実施形態において、塩は、カリウム塩である。
【０１３６】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、９０ｎＭ未満、８０ｎＭ未満、７０ｎＭ未満、６５ｎＭ未満、６０ｎＭ未満、５５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、４５ｎＭ未満、４０ｎＭ未満、３５ｎＭ未満、３０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または２０ｎＭ未満のインビトロＩＣ５０の少なくとも１つを有するため、活性である。
【０１３７】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、対照処理動物に対して４倍、３倍、または２倍以下のアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）もしくはアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）値の増加または対照処理動物と比較して３０％、２０％、１５％、１２％、１０％、５％、もしくは２％以下の肝臓、脾臓、もしくは腎臓重量の増加の少なくとも１つを有することにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、対照処理動物に対してＡＬＴの増加もＡＳＴの増加も有さないことにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、対照処理動物に対して肝臓の増加も、脾臓の増加も、腎臓重量の増加も有さないことにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。
【０１３８】
特定の指標
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体における癌の治療、予防、または改善に有用であり得る、ＫＲＡＳ特異的阻害剤、例えば、ＫＲＡＳに標的化される化合物を投与することによりＫＲＡＳ発現を阻害する方法に関する。癌のタイプの例としては、限定されるものではないが、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌（例えば、大腸癌、小腸癌、および胃癌）、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌（例えば、白血病、骨髄性白血病、およびリンパ腫）、脳癌（例えば、膠芽細胞腫）、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、または神経線維腫が挙げられる。特定の実施形態において、癌は、突然変異ＫＲＡＳを発現する癌細胞を有する。
【０１３９】
特定の実施形態において、癌を治療、予防、または改善する方法は、個体にＫＲＡＳ特異的阻害剤を投与し、それにより癌を治療、予防、または改善することを含む。特定の実施形態において、癌は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌（例えば、大腸癌、小腸癌、および胃癌）、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌（例えば、白血病、骨髄性白血病、およびリンパ腫）、脳癌（例えば、膠芽細胞腫）、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、または神経線維腫である。特定の実施形態において、癌は、突然変異ＫＲＡＳを発現する癌細胞を有する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物、例えば、ＫＲＡＳに標的化されるアンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することは、個体における癌細胞の数を低減させ、個体における腫瘍のサイズを低減させ、個体における腫瘍の成長もしくは増殖を低減もしくは阻害し、転移を予防するかもしくは転移の程度を低減させ、および／または癌を有する個体の生存率、例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率を延長させる。
【０１４０】
特定の実施形態において、癌を有するかまたは有するリスクがある個体におけるＫＲＡＳの発現を阻害する方法は、ＫＲＡＳ特異的阻害剤を個体に投与し、それにより個体におけるＫＲＡＳの発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、癌は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、阻害剤の投与は、腫瘍、例えば、肺、消化管系、膀胱、肝臓、食道、膵臓、胆道、乳房、卵巣、子宮内膜、頸部、前立腺、または脳内の腫瘍におけるＫＲＡＳの発現を阻害する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤の投与は、突然変異ＫＲＡＳの発現を阻害する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤の投与は、野生型ＫＲＡＳに対して突然変異ＫＲＡＳの発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。
【０１４１】
特定の実施形態において、細胞中のＫＲＡＳの発現を阻害する方法は、細胞をＫＲＡＳ特異的阻害剤と接触させ、それにより細胞中のＫＲＡＳの発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、細胞は、癌細胞である。特定の実施形態において、細胞は、肺、消化管系、膀胱、肝臓、食道、膵臓、胆道、乳房、卵巣、子宮内膜、頸部、前立腺、または脳内に存在する。特定の実施形態において、細胞は、癌を有するかまたは有するリスクがある個体の肺、消化管系、膀胱、肝臓、食道、膵臓、胆道、乳房、卵巣、子宮内膜、頸部、前立腺、または脳内に存在する。特定の実施形態において、癌細胞は、突然変異ＫＲＡＳを発現し、癌細胞をＫＲＡＳ特異的阻害剤と接触させることは、癌細胞中の突然変異ＫＲＡＳの発現を阻害する。特定の実施形態において、癌細胞をＫＲＡＳ特異的阻害剤と接触させることは、突然変異ＫＲＡＳの発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。
【０１４２】
特定の実施形態において、個体における癌細胞の数を低減させ、個体における腫瘍のサイズを低減させ、個体における腫瘍の成長もしくは増殖を低減もしくは阻害し、転移を予防するかもしくは転移の程度を低減させ、および／または癌を有する個体の生存率（例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率）を延長させる方法は、ＫＲＡＳ特異的阻害剤を個体に投与することを含む。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物である。特定の実施形態において、癌細胞または腫瘍は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤を個体に投与することは、野生型ＫＲＡＳを発現する細胞、腫瘍、および癌に対して、突然変異ＫＲＡＳを発現する癌細胞の数を選択的に低減させ、突然変異ＫＲＡＳ発現腫瘍のサイズを選択的に低減させ、突然変異ＫＲＡＳ発現腫瘍の成長もしくは増殖を選択的に低減させるかもしくは阻害し、突然変異ＫＲＡＳ発現腫瘍の転移を選択的に防止するかもしくはその転移の程度を低減させ、および／または突然変異ＫＲＡＳ発現癌を有する個体の生存率を選択的に延長させる。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１４３】
特定の実施形態は、癌の治療において使用されるＫＲＡＳ特異的阻害剤を対象とする。特定の実施形態において、癌は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌（例えば、大腸癌、小腸癌、および胃癌）、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌（例えば、白血病、骨髄性白血病、およびリンパ腫）、脳癌（例えば、膠芽細胞腫）、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、または神経線維腫である。特定の実施形態において、癌は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１４４】
特定の実施形態は、個体における癌細胞の数の低減、個体における腫瘍のサイズの低減、個体における腫瘍の成長もしくは増殖の低減もしくは阻害、転移の予防もしくは転移の程度の低減、および／または癌を有するかもしくは有するリスクがある個体の生存率（例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率）の延長において使用されるＫＲＡＳ特異的阻害剤を対象とする。特定の実施形態において、癌細胞または腫瘍は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、個体における癌細胞の数の選択的低減、個体における腫瘍のサイズの選択的低減、個体における腫瘍の成長もしくは増殖の選択的低減もしくは阻害、転移の選択的予防もしくは転移の程度の選択的低減、および／または突然変異ＫＲＡＳを発現する癌を有するかもしくは有するリスクがある個体の生存率（例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率）の選択的延長において使用される突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１４５】
特定の実施形態は、癌を治療するための医薬品の製造のためのＫＲＡＳ特異的阻害剤の使用を対象とする。特定の実施形態は、癌を治療するための医薬品の調製のためのＫＲＡＳ特異的阻害剤の使用を対象とする。特定の実施形態において、癌は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、癌は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ））、消化管癌（例えば、大腸癌、小腸癌、および胃癌）、結腸癌、結腸直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、食道癌、膵臓癌、胆道癌、乳癌、卵巣癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、前立腺癌、血液癌（例えば、白血病、骨髄性白血病、およびリンパ腫）、脳癌（例えば、膠芽細胞腫）、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、神経線維腫症１型（ＮＦ１）突然変異ＭＰＮＳＴ、または神経線維腫である。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１４６】
特定の実施形態は、個体における癌細胞の数の低減、個体における腫瘍のサイズの低減、個体における腫瘍の成長もしくは増殖の低減もしくは阻害、転移の予防もしくは転移の程度の低減、および／または癌を有するかもしくは有するリスクがある個体の生存率（例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率）の延長において使用される医薬品の製造または調製のためのＫＲＡＳ特異的阻害剤の使用を対象とする。特定の実施形態において、癌細胞または腫瘍は、突然変異ＫＲＡＳを発現する。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物である。特定の実施形態において、阻害剤は、個体における癌細胞の数の選択的低減、個体における腫瘍のサイズの選択的低減、個体における腫瘍の成長もしくは増殖の選択的低減もしくは阻害、転移の選択的予防もしくは転移の程度の選択的低減、および／または突然変異ＫＲＡＳを発現する癌を有するかもしくは有するリスクがある個体の生存率（例として、限定されるものではないが、無増悪生存率（ＰＦＳ）または全生存率）の選択的延長において使用される医薬品の製造または調製のための突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８つの連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、１６個の結合ヌクレオシドからなり、かつ配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、８０４、８５４、１０２８、２１３０、２１３６、２１４２、２１５４、および２１５８のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、または７４０２３３である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃６５１９８７である。特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＩＳＩＳ＃７４６２７５である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖オリゴヌクレオチドであり得る。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１４７】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、ＫＲＡＳに標的化される化合物、突然変異ＫＲＡＳに標的化される化合物、または突然変異ＫＲＡＳに選択的に標的化される化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、８〜８０個の結合ヌクレオシド、１０〜３０個の結合ヌクレオシド、１２〜３０個の結合ヌクレオシド、または１６個の結合ヌクレオシドからなるアンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１〜３に記載の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的である。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖および／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントおよび３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
【０１４８】
上記実施形態のいずれにおいても、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１２〜３０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２４、１６〜２４、１７〜２４、１８〜２４、１９〜２４、２０〜２４、１９〜２２、２０〜２２、１６〜２０、または１７もしくは２０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１〜３に記載の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的である。特定の態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖および／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。特定の態様において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の態様において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合２’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントおよび３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
【０１４９】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む化合物であり得る。
【０１５０】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２３９、２７２、５６９、６０７、６１５、６２１、６４０、６５５、６７８、７１５、７９０、および８５４のいずれか１つに記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
３つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、拘束エチル（ｃＥｔ）ヌクレオシドを含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５１】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２１３０に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
１つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドを含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５２】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号８０４、１０２８、および２１３６のいずれか１つに記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
４つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、および２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５３】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２１４２に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
６つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５４】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２１５４に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
９つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
２つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシドおよびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５５】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、配列番号２１５８に記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる化合物であって、修飾オリゴヌクレオチドは、
８つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；および
５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し；５’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；３’ウイングセグメントは、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、ｃＥｔヌクレオシド、デオキシヌクレオシド、およびｃＥｔヌクレオシドを５’から３’方向に含み；それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物であり得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１５６】
上記方法または使用のいずれにおいても、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、非経口投与することができる。例えば、特定の実施形態において、ＫＲＡＳ特異的阻害剤は、注射または注入を介して投与することができる。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、鞘内もしくは脳室内投与が挙げられる。
【０１５７】
アンチセンス化合物
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が提供される。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１つ以上のコンジュゲート基に付着しているオリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１つ以上のコンジュゲートリンカーおよび／または開裂可能部分を介して１つ以上のコンジュゲート基に付着しているオリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、アンチセンス化合物のオリゴヌクレオチドは、任意の核酸塩基配列を有し得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的である。
【０１５８】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’から３’方向で記述される場合、それが標的化される標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む核酸塩基配列を有する。
【０１５９】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１０〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１２〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１２〜２２個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１４〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１４〜２０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１５〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１５〜２０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１６〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１６〜２０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１７〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１７〜２０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１８〜３０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１８〜２１個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１８〜２０個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、２０〜３０個のサブユニット長さである。換言すると、このようなアンチセンス化合物は、それぞれ１２〜３０個の結合サブユニット、１４〜３０個の結合サブユニット、１４〜２０個のサブユニット、１５〜３０個のサブユニット、１５〜２０個のサブユニット、１６〜３０個のサブユニット、１６〜２０個のサブユニット、１７〜３０個のサブユニット、１７〜２０個のサブユニット、１８〜３０個のサブユニット、１８〜２０個のサブユニット、１８〜２１個のサブユニット、２０〜３０個のサブユニット、または１２〜２２個の結合サブユニットである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１４個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１６個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１７個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１８個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１９個のサブユニット長さである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、２０個のサブユニット長さである。他の実施形態において、アンチセンス化合物は、８〜８０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜２２、１８〜２４、１８〜３０、１８〜５０、１９〜２２、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０個の結合サブユニットである。特定のこのような実施形態において、アンチセンス化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、もしくは８０個の結合サブユニット長さ、または上記値の任意の２つにより定義される範囲である。一部の実施形態において、アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、結合サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド、または核酸塩基である。
【０１６０】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドに付着している追加の特徴部または要素、例えば、コンジュゲート基をさらに含み得る。コンジュゲート基がヌクレオシド（すなわち、コンジュゲート基をオリゴヌクレオチドに結合させるヌクレオシド）を含む実施形態において、コンジュゲート基のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされない。
【０１６１】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、短縮またはトランケートされていてよい。例えば、単一サブユニットは、５’末端から（５’トランケーション）、あるいは３’末端から（３’トランケーション）欠失していてよい。ＫＲＡＳ核酸に標的化される短縮またはトランケートアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物の５’末端から２つのサブユニットが欠失していてよく、あるいは、３’末端から２つのサブユニットが欠失していてよい。あるいは、欠失されるヌクレオシドは、アンチセンス化合物全体にわたり分散していてよい。
【０１６２】
単一の付加サブユニットが延長アンチセンス化合物中に存在する場合、付加サブユニットは、アンチセンス化合物の５’または３’末端に局在し得る。２つ以上の付加サブユニットが存在する場合、付加サブユニットは、例えば、アンチセンス化合物の５’末端（５’付加）、あるいは３’末端（３’付加）に付加された２つのサブユニットを有するアンチセンス化合物中で互いに隣接し得る。あるいは、付加サブユニットは、アンチセンス化合物全体にわたり、例えば、５’末端に付加された１つのサブユニットおよび３’末端に付加されたサブユニットを有するアンチセンス化合物中で分散していてよい。
【０１６３】
活性を排除せずに、アンチセンス化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの長さを増加もしくは減少させ、および／またはミスマッチ塩基を導入することが可能である（Ｗｏｏｌｆ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７３０５−７３０９，１９９２；Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ  ２００１；Ｍａｈｅｒ  ａｎｄ  Ｄｏｌｎｉｃｋ  Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）。しかしながら、オリゴヌクレオチド配列、化学構造およびモチーフの一見小さい変化が、臨床開発に要求される多くの特性の１つ以上の大きい差異をもたらし得る（Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
【０１６４】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１つのオリゴマー化合物からなる一本鎖である。このような一本鎖アンチセンス化合物のオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含む二本鎖である。特定のこのような実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物の１つのオリゴマー化合物は、１つ以上のコンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物のそれぞれのオリゴマー化合物は、１つ以上のコンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物の１つのオリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物の１つのオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定のこのような実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドである。一本鎖および二本鎖アンチセンス化合物の例としては、限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ標的化オリゴヌクレオチド、および一本鎖ＲＮＡｉ化合物、例えば、小分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、およびマイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
【０１６５】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、それとしては、二本鎖ＲＮＡ化合物（短鎖干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとも称される）および一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）が挙げられる。このような化合物は、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣ経路を介して機能して標的核酸を分解および／または封鎖する（したがって、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物が挙げられる）。本明細書において使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介し得る核酸分子、例えば、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉オリゴヌクレオチド、短鎖干渉核酸、短鎖干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）などを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。さらに、本明細書において使用されるＲＮＡｉという用語は、配列特異的ＲＮＡ干渉、例えば、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクスを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。
【０１６６】
特定の実施形態において、二本鎖化合物は、本明細書に記載のＫＲＡＳに標的化されるオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部を含む第１鎖および第２鎖を含む。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む第１鎖および第２鎖を含む。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、第１鎖が配列番号１３〜２１９０のいずれか１つのチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、（ｉ）配列番号１３〜２１９０のいずれかが標的化されるＫＲＡＳ上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第１鎖、および（ｉｉ）第２鎖を含む。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、糖中の２’位がハロゲン（例えば、フッ素基；２’−Ｆ）を含有するか、またはアルコキシ基（例えば、メトキシ基；２’−ＯＭｅ）を含有する１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基について交互パターンで配置される。特定の実施形態において、二本鎖化合物は、天然存在ホスホジエステル結合以外の隣接ヌクレオチド間の１つ以上の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオエート、およびホスホロジチオエート結合が挙げられる。二本鎖化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示される化学修飾核酸分子でもあり得る。他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示される１または２つのキャップ鎖を含有する。特定の実施形態において、二本鎖化合物の第１鎖は、ｓｉＲＮＡガイド鎖であり、二本鎖化合物の第２鎖は、ｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。特定の実施形態において、二本鎖化合物の第２鎖は、第１鎖に相補的である。特定の実施形態において、二本鎖化合物のそれぞれの鎖は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、二本鎖化合物の第１または第２鎖は、コンジュゲート基を含み得る。
【０１６７】
特定の実施形態において、一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物は、本明細書に記載のＫＲＡＳに標的化されるオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部を含む。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれか１つのチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）が存在するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、配列番号１３〜２１９０のいずれかが標的化されるＫＲＡＳ上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、糖中の２’位がハロゲン（例えば、フッ素基；２’−Ｆ）を含有するか、またはアルコキシ基（例えば、メトキシ基；２’−ＯＭｅ）を含有する１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、ｓｓＲＮＡｉ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基について交互パターンで配置される。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、天然存在ホスホジエステル結合以外の隣接ヌクレオチド間の１つ以上の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオエート、およびホスホロジチオエート結合が挙げられる。ｓｓＲＮＡｉ化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示される化学修飾核酸分子でもあり得る。他の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉは、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されるキャップ鎖を含有する。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡｉ化合物は、コンジュゲート基を含み得る。
【０１６８】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の不斉中心を有し、したがって、エナンチオマー、ジアステレオマー、および絶対立体化学に関して（Ｒ）もしくは（Ｓ）として、例えば、糖アノマーについてαもしくはβとして、またはアミノ酸について（Ｄ）もしくは（Ｌ）としてなどで定義することができる他の立体異性配置を生じさせる。別途規定されない限り、全てのこのような考えられる異性体、例として、それらのラセミ体および光学純粋形態が、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドに含まれる。同様に、全てのシスおよびトランス異性体ならびに互変異性体も含まれる。
【０１６９】
特定のアンチセンス化合物の機序
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的核酸にハイブリダイズし得、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に特異的に影響する。このような特異的アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズせず、不所望なアンチセンス活性をもたらすような方式でも１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
【０１７０】
特定のアンチセンス活性において、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらす。例えば、特定のアンチセンス化合物は、標的核酸のＲＮアーゼＨ媒介開裂をもたらす。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を開裂させる細胞エンドヌクレアーゼである。このようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖中のＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態において、本発明は、ＲＮアーゼＨ活性を誘発するために十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物を提供する。さらに、特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ中１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、忍容される。
【０１７１】
特定のアンチセンス活性において、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の一部は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）中に積まれ、最終的に、標的核酸の開裂をもたらす。例えば、特定のアンチセンス化合物は、Ａｒｇｏｎａｕｔｅによる標的核酸の開裂をもたらす。特定の実施形態において、ＲＩＳＣ中に積まれるアンチセンス化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。
【０１７２】
特定の実施形態において、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらさない。特定のこのような実施形態において、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変動をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。特定のこのような実施形態において、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変動をもたらす。
【０１７３】
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察することができる。特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸もしくはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、および／または細胞もしくは動物における表現型変化の観察または検出を含む。
【０１７４】
特定の実施形態において、本明細書に記載のギャップマー糖モチーフを有する修飾オリゴヌクレオチドは、非ギャップマーオリゴヌクレオチドまたは他の糖モチーフを有するギャップマーと比較して所望の特性を有する。特定の状況において、強力なアンチセンス活性および比較的低い毒性の好ましい組合せをもたらすモチーフを同定することが望ましい。特定の実施形態において、本発明の化合物は、好ましい治療指数（活性の尺度を毒性の尺度により割ったもの）を有する。
【０１７５】
標的核酸、標的領域およびヌクレオチド配列
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態において、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のこのような実施形態において、標的核酸は、ｍＲＮＡおよびプレｍＲＮＡ、例として、イントロン、エクソンおよび非翻訳領域から選択される。特定の実施形態において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。特定の実施形態において、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。特定のこのような実施形態において、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン内に少なくとも５０％存在する。
【０１７６】
ＫＲＡＳをコードするヌクレオチド配列としては、限定されるものではないが、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００４９８５．４（参照により組み込まれ、本明細書において配列番号１として開示される）；ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００９７１４．１７＿ＴＲＵＮＣ＿１８１１６０００＿１８１６６０００＿ＣＯＭＰ（参照により組み込まれ、本明細書において配列番号２として開示される）、およびＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０３３３６０．３（参照により組み込まれ、本明細書において配列番号３として開示される）が挙げられる。
【０１７７】
ハイブリダイゼーション
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示のアンチセンス化合物と、ＫＲＡＳ核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソンクリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン型水素結合）を含む。
【０１７８】
ハイブリダイゼーションは、変動条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存的であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質および組成により決定される。
【０１７９】
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズするか否かを決定する方法は、当技術分野において周知である。特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、ＫＲＡＳ核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
【０１８０】
相補性
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチドまたは核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、この２つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチまたは相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、アデニン（Ａ）およびチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）およびウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）およびグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）およびグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的または１００％相補的である。
【０１８１】
アンチセンス化合物とＫＲＡＳ核酸との間の非相補的核酸塩基は、アンチセンス化合物が依然として標的核酸に特異的にハイブリダイズし得る場合、忍容され得る。さらに、アンチセンス化合物は、介在または隣接セグメントがハイブリダイゼーションイベントに含まれないように、ＫＲＡＳ核酸の１つ以上のセグメント上にハイブリダイズし得る（例えば、ループ構造、ミスマッチまたはヘアピン構造）。
【０１８２】
特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物、またはその規定の一部は、ＫＲＡＳ核酸、標的領域、標的セグメント、またはそれらの規定の一部に７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的であり、または少なくとも７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的である。アンチセンス化合物と標的核酸との相補性パーセントは、定型的な方法を使用して決定することができる。
【０１８３】
例えば、アンチセンス化合物の２０個の核酸塩基の１８個が標的領域に相補的であり、したがって、特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を表す。この例において、残りの非相補的核酸塩基は相補的核酸塩基とクラスタ化するか、または相補的核酸塩基が散在していてよく、互いにも相補的核酸塩基にも連続的である必要はない。したがって、標的核酸と完全相補性の２つの領域に挟まれた４つの非相補的核酸塩基を有する１８個の核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有すると考えられ、したがって本発明の範囲に包含される。標的核酸の領域に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、当技術分野において公知のＢＬＡＳＴプログラム（ベーシックローカルアラインメント検索ツール（ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ））およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３  ４１０；Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９  ６５６）を使用して定型的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えばＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２  ４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．）のデフォルト設定を使用して決定することができる。
【０１８４】
特定の実施形態において、本明細書に提供するアンチセンス化合物、またはその規定の一部は、標的核酸、またはその規定の一部に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えば、アンチセンス化合物は、ＫＲＡＳ核酸、またはその標的領域、もしくは標的セグメントもしくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書において使用される「完全に相補的」は、アンチセンス化合物のそれぞれの核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合し得ることを意味する。例えば、２０個の核酸塩基のアンチセンス化合物は、そのアンチセンス化合物に完全に相補的な対応する標的核酸中の２０個の核酸塩基の一部が存在するのであれば、４００個の核酸塩基長の標的配列に完全に相補的である。第１および／または第２核酸の規定の一部に関して、完全に相補的を使用することもできる。例えば、３０個の核酸塩基のアンチセンス化合物の２０個の核酸塩基の一部は、４００個の核酸塩基長の標的配列に「完全に相補的」であり得る。３０個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドの２０個の核酸塩基の一部は、標的配列が対応する２０個の核酸塩基の一部（それぞれの核酸塩基はアンチセンス化合物の２０個の核酸塩基の一部に相補的である）を有する場合、標的配列に完全に相補的である。同時に、３０個の核酸塩基のアンチセンス化合物全体は、標的配列に完全に相補的であってもなくてもよく、それは、アンチセンス化合物の残りの１０個の核酸塩基も標的配列に相補的であるか否かに依存する。
【０１８５】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的核酸に対して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定のこのような実施形態において、標的に対するアンチセンス活性は、そのようなミスマッチにより低減されるが、非標的に対する活性は、より大きい量だけ低減される。したがって、特定のこのような実施形態において、アンチセンス化合物の選択性が改善される。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、または８位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３、または４位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２、または１位に存在する。
【０１８６】
非相補的核酸塩基の局在は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端におけるものであり得る。あるいは、１つまたは複数の非相補的核酸塩基は、アンチセンス化合物の内部位置に存在し得る。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続的（すなわち、結合している）または非連続的であり得る。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドのウイングセグメント中に局在する。
【０１８７】
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０個の核酸塩基長であり、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０個の核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸、例えば、ＫＲＡＳ核酸、またはその規定の一部に対して４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
【０１８８】
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の核酸塩基長であり、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸、例えば、ＫＲＡＳ核酸、またはその規定の一部に対して６つ以下、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
【０１８９】
提供されるアンチセンス化合物としては、標的核酸の一部に相補的なものも挙げられる。本明細書において使用される「一部」は、標的核酸の領域またはセグメント内の定義された数の連続（すなわち、結合している）核酸塩基を指す。「一部」は、アンチセンス化合物の定義された数の連続核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも８個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも９個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１０個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１１個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１２個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１３個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１４個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１５個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１６個の核酸塩基の一部に相補的である。標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個もしくはそれより多い核酸塩基の一部、またはそれらの値の任意の２つにより定義される範囲に相補的なアンチセンス化合物も企図される。
【０１９０】
同一性
本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号、または規定のＩｓｉｓ番号により表される化合物、またはそれらの一部に対する定義された同一性パーセントも有し得る。本明細書において使用されるアンチセンス化合物は、それが同一の核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示の配列と同一である。例えば、ウラシルおよびチミジンは両方ともアデニンと対合するため、開示ＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、そのＤＮＡ配列と同一であるとみなされる。本明細書に記載のアンチセンス化合物の短縮型および延長型、ならびに本明細書に提供されるアンチセンス化合物に対して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接していてよく、またはアンチセンス化合物全体にわたり分散していてよい。アンチセンス化合物の同一性パーセントは、比較される配列に対して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
【０１９１】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物、またはその一部は、本明細書に開示されるアンチセンス化合物または配列番号、またはそれらの一部の１つ以上と７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一であり、または少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一である。
【０１９２】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物の一部が、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基の一部が、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。
【０１９３】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドの一部が、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基の一部が、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。
【０１９４】
修飾
アンチセンス化合物の修飾は、ヌクレオシド間結合、糖部分、または核酸塩基の置換または変化を包含する。修飾アンチセンス化合物は、望ましい特性、例えば、向上した細胞取り込み、核酸標的についての向上した親和性、ヌクレアーゼ存在下の増加した安定性、または増加した阻害活性などのため、天然型よりも好ましいことが多い。
【０１９５】
化学修飾ヌクレオシドは、短縮またはトランケートアンチオリゴヌクレオチドの、その標的核酸についての結合親和性を増加させるために用いることもできる。結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有するより短いアンチセンス化合物を用いて同等の結果を得ることができることが多い。
【０１９６】
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡおよびＤＮＡの天然存在ヌクレオシド間結合は、３’から５’へのホスホジエステル結合である。１つ以上の修飾（すなわち、非天然存在）ヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物は、望ましい特性、例えば、向上した細胞取り込み、標的核酸についての向上した親和性、およびヌクレアーゼ存在下の増加した安定性などのため、天然存在ヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物よりも選択されることが多い。
【０１９７】
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドとしては、リン原子を保持するヌクレオシド間結合、およびリン原子を有さないヌクレオシド間結合が挙げられる。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、およびホスホロチオエートが挙げられる。リン含有および非リン含有結合を調製する方法は周知である。
【０１９８】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合させることができる。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の存在または不存在により定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（非修飾または天然存在結合とも称される）を含有するホスフェート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、およびホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、およびホスホロジチオエート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）−Ｓ−）、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）；およびＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が挙げられる。修飾ヌクレオシド間結合は、天然存在ホスフェート結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変動させ、典型的には、増加させるために使用することができる。特定の実施形態において、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、または別個のエナンチオマーとして調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネートおよびホスホロチオエートが挙げられる。リン含有および非リン含有ヌクレオシド間結合を調製する方法は、当業者に周知である。
【０１９９】
中性ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、およびチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が挙げられる。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステルおよびアミドを含む非イオン性結合が挙げられる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ  ａｎｄ  Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ  ３  ａｎｄ  ４，４０−６５を参照されたい）。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、混合Ｎ、Ｏ、ＳおよびＣＨ２構成成分を含む非イオン性結合が挙げられる。
【０２００】
特定の実施形態において、ＫＲＡＳ核酸に標的化されるアンチセンス化合物は、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２０１】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合は、ギャップ化モチーフで配置される。このような実施形態において、２つのウイング領域のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ギャップ領域中のヌクレオシド間結合と異なる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ギャップ中のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。ヌクレオシドモチーフは独立して選択されるため、ギャップヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップヌクレオシドモチーフを有しても有さなくてもよく、ギャップヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング長およびギャップ長は同一であっても同一でなくてもよい。
【０２０２】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、本発明のオリゴヌクレオチドは、均一修飾ヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合により均一に結合している領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートにより均一に結合している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルおよびホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルおよびホスホロチオエートから選択され、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。
【０２０３】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定のこのような実施形態において、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に局在する。特定のこのような実施形態において、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオシド以内に局在する。
【０２０４】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を含む。特定の実施形態において、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１つまたは２つのメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を除く全てホスホロチオエート結合である結合モチーフを含む。特定の実施形態において、１つのメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合は、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ中に存在する。
【０２０５】
特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合およびホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数および位置ならびにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数および位置は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることが望ましい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ活性を保持したまま、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることが望ましい。
【０２０６】
修飾糖部分
アンチセンス化合物は、場合により、糖基が修飾された１つ以上のヌクレオシドを含有し得る。このような糖修飾ヌクレオシドは、向上したヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、またはいくらかの他の有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
【０２０７】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。１つ以上の糖修飾ヌクレオシドを含むこのような修飾オリゴヌクレオチドは、望ましい特性、例えば、そのような糖修飾ヌクレオシドを欠くオリゴヌクレオチドに対して向上したヌクレアーゼ安定性または増加した標的核酸との結合親和性を有し得る。特定の実施形態において、修飾糖部分は、直鎖修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式または三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。このような糖代替物は、置換糖部分のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
【０２０８】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非環式置換基、例として、限定されるものではないが、２’および／または５’位における置換基を有するフラノシル環を含む直鎖修飾糖部分である。直鎖修飾糖部分に好適な２’−置換基の例としては、限定されるものではないが、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、および２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。特定の実施形態において、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、それぞれのＲｍおよびＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。これらの２’−置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基によりさらに置換されていてよい。直鎖修飾糖部分に好適な５’−置換基の例としては、限定されるものではないが、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、および５’−メトキシが挙げられる。特定の実施形態において、直鎖修飾糖は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’−Ｆ−５’−メチル糖部分を含む（追加の２’，５’−ビス置換糖部分およびヌクレオシドについては、例えば、ＰＣＴ国際出願の国際公開第２００８／１０１１５７号パンフレットを参照されたい）。
【０２０９】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−直鎖修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、およびＮ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含み、それぞれのＲｍおよびＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。
【０２１０】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−直鎖修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ−（ＣＨ３）２、およびＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２１１】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−直鎖修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、およびＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２１２】
修飾糖部分、例えば、直鎖修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分上の置換の位置により称される。例えば、２’−置換または２−修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’−置換ヌクレオシドまたは２−修飾ヌクレオシドと称される。
【０２１３】
特定の修飾糖部分は、二環式糖部分をもたらす第２環を形成する架橋糖置換基を含む。特定のこのような実施形態において、二環式糖部分は、４’および２’フラノース環原子間の架橋を含む。このような４’から２’への架橋糖置換基の例としては、限定されるものではないが、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（Ｓ立体配置の場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）およびそのアナログ（例えば、米国特許第７，３９９，８４５号明細書を参照されたい）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’およびそのアナログ（例えば、国際公開第２００９／００６４７８号パンフレットを参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’およびそのアナログ（例えば、国際公開第２００８／１５０７２９号パンフレットを参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、米国特許出願公開第２００４／０１７１５７０号明細書を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’およびそのアナログ（例えば、公開ＰＣＴ国際出願の国際公開第２００８／１５４４０１号パンフレットを参照されたい）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、それぞれのＲ、Ｒａ、およびＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキル（例えば、米国特許第７，４２７，６７２号明細書を参照されたい）が挙げられる。
【０２１４】
特定の実施形態において、このような４’から２’への架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、および−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１〜４つの結合基を含み；
式中、
ｘは、０、１、または２であり；
ｎは、１、２、３、または４であり；
それぞれのＲａおよびＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；
それぞれのＪ１およびＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環基、置換複素環基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
【０２１５】
追加の二環式糖部分は、当技術分野において公知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３，Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１、７７３１−７７４０，Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９、８３６２−８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７；Ｏｒｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３；米国特許第７，０５３，２０７号明細書、同第６，２６８，４９０号明細書、同第６，７７０，７４８号明細書、同第６，７９４，４９９号明細書、同第７，０３４，１３３号明細書、同第６，５２５，１９１号明細書、同第６，６７０，４６１号明細書、および同第７，３９９，８４５号明細書；国際公開第２００４／１０６３５６号パンフレット、国際公開第１９９４／１４２２６号パンフレット、国際公開第２００５／０２１５７０号明細書、および国際公開第２００７／１３４１８１号パンフレット；米国特許出願公開第２００４／０１７１５７０号明細書、米国特許出願公開第２００７／０２８７８３１号明細書、および米国特許出願公開第２００８／００３９６１８号明細書；米国特許出願第１２／１２９，１５４号明細書、同第６０／９８９，５７４号明細書、同第６１／０２６，９９５号明細書、同第６１／０２６，９９８号明細書、同第６１／０５６，５６４号明細書、同第６１／０８６，２３１号明細書、同第６１／０９７，７８７号明細書、および同第６１／０９９，８４４号明細書；ならびにＰＣＴ国際出願のＰＣＴ／米国特許出願公開第２００８／０６４５９１号明細書、ＰＣＴ／米国特許出願公開第２００８／０６６１５４号明細書、およびＰＣＴ／米国特許出願公開第２００８／０６８９２２号明細書を参照されたい。
【０２１６】
特定の実施形態において、二環式糖部分およびそのような二環式糖部分を取り込むヌクレオシドは、異性体立体配置によりさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（上記）は、α−Ｌ立体配置またはβ−Ｄ立体配置であり得る。
【化８】
2018528781.tif 000009
【０２１７】
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドが、アンチセンス活性を示すアンチセンスオリゴヌクレオチド中に取り込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。ここで、二環式ヌクレオシドの一般的説明としては、両方の異性体立体配置が挙げられる。規定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書の例示実施形態で同定される場合、それらは、別途規定されない限り、β−Ｄ立体配置である。
【０２１８】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基および１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’−置換および４’−２’架橋糖）を含む（例えば、国際公開第２００７／１３４１８１号パンフレット（ＬＮＡヌクレオシドは、例えば、５’−メチルまたは５’−ビニル基によりさらに置換されている）、および例えば、米国特許第７，５４７，６８４号明細書；同第７，７５０，１３１号明細書；同第８，０３０，４６７号明細書；同第８，２６８，９８０号明細書；同第７，６６６、８５４号明細書；および同第８，０８８，７４６号明細書を参照されたい）。
【０２１９】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のこのような実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素または窒素原子により置き換えられている。特定のこのような実施形態において、このような修飾糖部分は、上記の架橋および／または非架橋置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’−硫黄原子ならびに２’位（例えば、米国特許出願公開第２００５／０１３０９２３号明細書を参照されたい）および／または５’位における置換を含む。
【０２２０】
特定の実施形態において、糖代替物は、５つ以外の原子を有する環を含む。例えば、特定の実施形態において、糖代替物は、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。このようなテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換されていてよい。このような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、限定されるものではないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
【化９】
2018528781.tif 000010
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、米国特許第８，０８８，９０４号明細書；同第８，４４０，８０３号明細書；および同第８，７９６，４３７号明細書を参照されたい、Ｆ−ＨＮＡは、Ｆ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランと称することもできる）、および式：
【化１０】
2018528781.tif 000011
を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが挙げられ、
式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれについて、独立して、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり；
Ｔ３およびＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であり、またはＴ３およびＴ４の一方は、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部を結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３およびＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、または５’もしくは３’−末端基であり；
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり；
Ｒ１およびＲ２のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、およびＣＮの中から独立して選択され、Ｘは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、それぞれのＪ１、Ｊ２、およびＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである。
【０２２１】
特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７がそれぞれＨである、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７の少なくとも１つは、Ｈ以外である。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７の少なくとも１つは、メチルである。特定の実施形態において、Ｒ１およびＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、Ｒ１はＦであり、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
【０２２２】
特定の実施形態において、糖代替物は、６つ以上の原子および２つ以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチド中でのその使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０ならびに米国特許第５，６９８，６８５号明細書；同第５，１６６，３１５号明細書；同第５，１８５，４４４号明細書；および同第５，０３４，５０６号明細書を参照されたい）。本明細書において使用される用語「モルホリノ」は、以下の構造：
【化１１】
2018528781.tif 000012
を有する糖代替物を意味する。
【０２２３】
特定の実施形態において、モルホリノは、例えば、上記モルホリノ構造から置換基を付加するか、または変動させることにより修飾することができる。このような糖代替物は、本明細書において「修飾モルホリノ」と称される。
【０２２４】
特定の実施形態において、糖代替物は、非環式部分を含む。このような非環式糖代替物を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照されたい）、ならびに国際公開第２０１１／１３３８７６号パンフレットに記載のヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドが挙げられる。
【０２２５】
修飾ヌクレオシド中で使用することができる多くの他の二環式および三環式糖ならびに糖代替物環系が、当技術分野において公知である（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｊ．Ｃ，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）。
【０２２６】
修飾核酸塩基
核酸塩基（または塩基）の修飾または置換は、天然存在のまたは合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在のまたは合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基および修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性または他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
【０２２７】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
【０２２８】
特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６およびＯ−６置換プリンから選択される。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、５−メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−プロピニル（Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオールアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザならびに他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシル、および５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、広域塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ  ｂａｓｅ）、サイズ拡張塩基（ｓｉｚｅ−ｅｘｐａｎｄｅｄ  ｂａｓｅ）、およびフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば、１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オンおよび９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環により置き換えられているもの、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジンおよび２−ピリドンを挙げることもできる。さらなる核酸塩基としては、米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されているもの；およびＣｈａｐｔｅｒｓ  ６  ａｎｄ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６  ａｎｄ  ４４２−４４３に開示されているものが挙げられる。
【０２２９】
上記の修飾核酸塩基の特定のものおよび他の修飾核酸塩基の調製を教示する刊行物としては、限定されるものではないが、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１５８４０３号明細書、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１７５９０６号明細書；Ｄｉｎｈらの米国特許第４，８４５，２０５号明細書；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌらの米国特許第５，１３０，３０２号明細書；Ｒｏｇｅｒｓらの米国特許第５，１３４，０６６号明細書；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒらの米国特許第５，１７５，２７３号明細書；Ｕｒｄｅａらの米国特許第５，３６７，０６６号明細書；Ｂｅｎｎｅｒらの米国特許第５，４３２，２７２号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，４３４，２５７号明細書；Ｇｍｅｉｎｅｒらの米国特許第５，４５７，１８７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５９，２５５号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，４８４，９０８号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，５０２，１７７号明細書；Ｈａｗｋｉｎｓらの米国特許第５，５２５，７１１号明細書；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓらの米国特許第５，５５２，５４０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４６９号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，５９４，１２１号明細書；Ｓｗｉｔｚｅｒらの米国特許第５，５９６，０９１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６１４，６１７号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，６４５，９８５号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６８１，９４１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８１１，５３４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，７５０，６９２号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，９４８，９０３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４７０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５７，１９１号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，７６３，５８８号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，８３０，６５３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８０８，０２７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第６，１６６，１９９号明細書；およびＭａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第６，００５，０９６号明細書が挙げられる。
【０２３０】
特定の実施形態において、ＫＲＡＳ核酸に標的化されるアンチセンス化合物は、１つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２３１】
特定のモチーフ
オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば、非修飾および／もしくは修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。このような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、および示差的修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合が、パターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基、およびヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフおよび／またはヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる（本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する）。
【０２３２】
１．特定の糖モチーフ
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された１つ以上のタイプの修飾糖および／または非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
【０２３３】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウイング」および中央または内部領域または「ギャップ」を含むギャップマーモチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’−ウイング、ギャップ、および３’−ウイング）は、ヌクレオシドの連続配列を形成し、ウイングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なる。具体的には、ギャップに最も近いそれぞれのウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’−ウイングの最も３’側のヌクレオシドおよび３’−ウイングの最も５’側のヌクレオシド）は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分と異なり、したがって、ウイングとギャップとの間の境界（すなわち、ウイング／ギャップジャンクション）を定義する。特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態において、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同一である（対称ギャップマー）。特定の実施形態において、５’−ウイングの糖モチーフは、３’−ウイングの糖モチーフと異なる（非対称ギャップマー）。
【０２３４】
特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、１〜５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、２〜５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、３〜５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのヌクレオシドは、全て修飾ヌクレオシドである。
【０２３５】
特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７〜１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７〜１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、８〜１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。
【０２３６】
特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。このような実施形態において、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのギャップ側上のヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドであり、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのウイング側上のヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、ギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、それぞれのウイングのそれぞれのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
【０２３７】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。このような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域のそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定のこのような実施形態において、全修飾オリゴヌクレオチドに対するそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、完全修飾領域内のそれぞれのヌクレオシドは、本明細書において均一修飾糖モチーフと称される同一の修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、均一修飾のそれぞれのヌクレオシドは、同一の２’−修飾を含む。
【０２３８】
２．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾および／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、それぞれの核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、それぞれのプリンまたはそれぞれのピリミジンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのアデニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのグアニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのチミンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのウラシルは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基の一部または全部は、５−メチルシトシンである。
【０２３９】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のこのような実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。
【０２４０】
特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のこのような実施形態において、修飾核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップに存在する。特定のこのような実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’−デオキシリボシル部分である。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−チオピリミジンおよび５−プロピンピリミジンから選択される。
【０２４１】
３．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾および／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、それぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートおよびホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合の一部または全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態において、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。
【０２４２】
特定のオリゴヌクレオチド
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、そのモチーフおよび全長により特徴付けられる。特定の実施形態において、このようなパラメータは、互いにそれぞれ独立している。したがって、別途示されない限り、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、修飾でも非修飾でもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても異なっていてもよく、ギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても異なっていてもよい。同様に、このようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、別途示されない限り、完全修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合およびそれぞれの核酸塩基は、修飾でも非修飾でもよい。当業者は、このようなモチーフを組み合わせて種々のオリゴヌクレオチドを作出することができることを認識する。したがって、オリゴヌクレオチドの記載が、１つ以上のパラメータに関して無記載である場合、そのようなパラメータは、限定されない。したがって、ギャップマーモチーフを有するとのみ記載され、さらなる記載を有さない修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、および核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列から独立している。
【０２４３】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、第２オリゴヌクレオチドまたは標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドの領域は、第２オリゴヌクレオチドまたは標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第２オリゴヌクレオチドまたは標的核酸に少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、２つのオリゴマー化合物を含み、オリゴマー化合物の２つのオリゴヌクレオチドは、互いに少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％相補的である。特定の実施形態において、二本鎖アンチセンス化合物の一方または両方のオリゴヌクレオチドは、他のオリゴヌクレオチドに相補的でない２つのヌクレオシドを含む。
【０２４４】
特定のコンジュゲート基および末端基
特定の実施形態において、アンチセンス化合物およびオリゴマー化合物は、コンジュゲート基および／または末端基を含む。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合により付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性、例として、限定されるものではないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷およびクリアランスを改変する。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能とするフルオロフォアまたはレポーター基を付与する。コンジュゲート基および／または末端基は、上記修飾またはモチーフのいずれかを有するオリゴヌクレオチドに付加することができる。したがって、例えば、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物は、コンジュゲート基も含み得る。
【０２４５】
コンジュゲート基としては、限定されるものではないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、ホレート、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、および色素が挙げられる。特定のコンジュゲート基は、既に報告されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４）、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２およびＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスタ（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号パンフレット）である。
【０２４６】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、活性薬物物質、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン（ｉｎｄｏ−ｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツール酸塩、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生物質を含む。
【０２４７】
コンジュゲート基は、親化合物、例えば、オリゴヌクレオチドに直接、または任意選択のコンジュゲートリンカーを介して付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドに直接付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートリンカーを介して間接的に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、鎖構造、例えば、ヒドロカルビル鎖、または繰り返し単位、例えば、エチレングリコールもしくはアミノ酸単位のオリゴマーを含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、開裂可能部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドに開裂可能部分を介して付着している。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、開裂可能部分を含む。特定のこのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、オリゴヌクレオチドに開裂可能部分を介して付着している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、開裂可能部分を含み、開裂可能部分はヌクレオシドであり、開裂可能なヌクレオシド間結合、例えば、ホスフェートヌクレオシド間結合に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを含み、コンジュゲート基のヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドに間接的に付着している。
【０２４８】
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のこのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミドおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのホスフェート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
【０２４９】
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカー、例として、上記コンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば、親化合物、例えば、本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドへのコンジュゲート基の付着に有用であることが当技術分野において公知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能基を含む。官能基のあるものは、親化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分中に使用される官能基の例としては、限定されるものではないが、求核基と反応するための求電子剤および求電子基と反応するための求核剤が挙げられる。特定の実施形態において、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、およびアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
【０２５０】
コンジュゲートリンカーの例としては、限定されるものではないが、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−メレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）および６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、限定されるものではないが、置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的列記としては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルが挙げられる。
【０２５１】
特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、少なくとも１つの開裂可能結合を含む原子団である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、１、２、３、４、または５つ以上の開裂可能結合を有する原子団を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、細胞または細胞内コンパートメント、例えば、リソソーム内部で選択的に開裂される。特定の実施形態において、開裂可能部分は、内因性酵素、例えば、ヌクレアーゼにより選択的に開裂される。
【０２５２】
特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態において、開裂可能結合は、ホスホジエステルのエステルの一方または両方である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
【０２５３】
特定の実施形態において、開裂可能部分は、ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、非修飾または修飾ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される場合により保護されている複素環式塩基を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニンおよび２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によりオリゴヌクレオチドの３’または５’末端ヌクレオシドのいずれかに付着しており、ホスフェートまたはホスホロチオエート結合によりコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート基に共有結合により付着している２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、開裂可能部分は、２’−デオキシアデノシンである。
【０２５４】
コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかもしくは両方の末端および／または任意の内部位置に付着していてよい。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’−位に付着している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に付着しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’および／または５’末端に付着している。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に付着している。
【０２５５】
末端基の例としては、限定されるものではないが、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾または非修飾ヌクレオシド、および独立して修飾または非修飾の２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
【０２５６】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、細胞標的化部分である。特定の実施形態において、コンジュゲート基、任意選択のコンジュゲートリンカー、および任意選択の開裂可能部分は、一般式：
【化１２】
2018528781.tif 000013
（式中、ｎは、１〜約３であり、ｎが１である場合、ｍは、０であり、ｎが２以上である場合、ｍは、１であり、ｊは、１または０であり、ｋは、１または０である）
を有する。
【０２５７】
特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。
【０２５８】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザー化リガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合により付着している２つのテザー化リガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合により付着している３つのテザー化リガンドを含む。
【０２５９】
特定の実施形態において、細胞標的化部分は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテルおよびヒドロキシルアミノ基から選択される１つ以上の基を含む分枝鎖基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテルおよびヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む分枝鎖脂肪族基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミドおよびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノおよびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、単環系または多環系を含む。
【０２６０】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのテザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル、およびポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、およびポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ、およびアミドから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ、およびアミドから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、アミノ、およびオキソから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキルおよびオキソから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキルおよびホスホジエステルから選択される１つ以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、少なくとも１つのリン結合基または中性結合基を含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、約６〜約２０個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、テザーは、約１０〜約１８個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、約１０個の原子鎖長を含む。
【０２６１】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのリガンドは、標的細胞上の受容体の少なくとも１つのタイプについての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、哺乳動物肝細胞の表面上の受容体の少なくとも１つのタイプについての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、肝アシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ−Ｒ）についての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、炭水化物である。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、ガラクトース、Ｎ−アセチルガラクトースアミン（ＧａｌＮＡｃ）、マンノース、グルコース、グルコースアミンおよびフコースから独立して選択される。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、Ｎ−アセチルガラクトースアミン（ＧａｌＮＡｃ）である。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、３つのＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、２つのＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、１つのＧａｌＮＡｃリガンドを含む。
【０２６２】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのリガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖、または多糖誘導体である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基は、炭水化物クラスタを含む（例えば、Ｍａｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ  ｔｏ  ａ  Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ  Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｃｌｕｓｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ，”Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１４，１８−２９、またはＲｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｎｏｖｅｌ  Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ  Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ  ｆｏｒ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｈｅｐａｔｉｃ  Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ，”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８−５８０８を参照されたく、これは参照により全体として本明細書に組み込まれる）。特定のこのような実施形態において、それぞれのリガンドは、アミノ糖またはチオ糖である。例えば、アミノ糖は、当技術分野において公知の任意数の化合物、例えば、シアル酸、α−Ｄ−ガラクトサミン、β−ムラミン酸、２−デオキシ−２−メチルアミノ−Ｌ−グルコピラノース、４，６−ジデオキシ−４−ホルムアミド−２，３−ジ−Ｏ−メチル−Ｄ−マンノピラノース、２−デオキシ−２−スルホアミノｏ−Ｄ−グルコピラノースおよびＮ−スルホ−Ｄ−グルコサミン、ならびにＮ−グリコロイル−α−ノイラミン酸から選択することができる。例えば、チオ糖は、５−チオ−β−Ｄ−グルコピラノース、メチル２，３，４−トリ−Ｏ−アセチル−１−チオ−６−Ｏ−トリチル−α−Ｄ−グルコピラノシド、４−チオ−β−Ｄ−ガラクトピラノース、およびエチル３，４，６，７−テトラ−Ｏ−アセチル−２−デオキシ−１，５−ジチオ−α−Ｄ−グルコ−ヘプトピラノシドから選択することができる。
【０２６３】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１３】
2018528781.tif 000014
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２６４】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１４】
2018528781.tif 000015
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２６５】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１５】
2018528781.tif 000016
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２６６】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物およびオリゴマー化合物は、本明細書において「ＬＩＣＡ−１」と記載されるコンジュゲート基およびコンジュゲートリンカーを含む。ＬＩＣＡ−１は、式：
【化１６】
2018528781.tif 000017
を有する。
【０２６７】
特定の実施形態において、ＬＩＣＡ−１を含むアンチセンス化合物およびオリゴマー化合物は、式：
【化１７】
2018528781.tif 000018
（式中、オリゴは、オリゴヌクレオチドである）
を有する。
【０２６８】
上記のコンジュゲート基、コンジュゲート基を含むオリゴマー化合物およびアンチセンス化合物、テザー、コンジュゲートリンカー、分枝鎖基、リガンド、開裂可能部分ならびに他の修飾の特定のものの調製を教示する代表的な刊行物としては、限定されるものではないが、米国特許第５，９９４，５１７号明細書、米国特許第６，３００，３１９号明細書、米国特許第６，６６０，７２０号明細書、米国特許第６，９０６，１８２号明細書、米国特許第７，２６２，１７７号明細書、米国特許第７，４９１，８０５号明細書、米国特許第８，１０６，０２２号明細書、米国特許第７，７２３，５０９号明細書、米国特許第２００６／０１４８７４０号明細書、米国特許第２０１１／０１２３５２０号明細書、国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレットおよび国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット、Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９５，３８，１８４６−１８５２，Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２０１１，１９，２４９４−２５００，Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００１，２７６，３７５７７−３７５８４，Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８−５８０８、Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９９，４２，６０９−６１８、およびＶａｌｅｎｔｉｊｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９−７７０が挙げられ、それらのそれぞれは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０２６９】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物およびオリゴマー化合物は、ギャップマーまたは完全修飾モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドと、少なくとも１つ、２つ、または３つのＧａｌＮＡｃリガンドを含むコンジュゲート基とを含む。特定の実施形態において、アンチセンス化合物およびオリゴマー化合物は、以下の参照文献のいずれかに見出されるコンジュゲート基を含む：Ｌｅｅ，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ  Ｒｅｓ，１９７８，６７，５０９−５１４；Ｃｏｎｎｏｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，１９８２，２５７，９３９−９４５；Ｐａｖｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｐｅｐ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ，１９８３，２２，５３９−５４８；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８４，２３，４２５５−４２６１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｊ，１９８７，４，３１７−３２８；Ｔｏｙｏｋｕｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，１９９０，３１，２６７３−２６７６；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１５３８−１５４６；Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９−７７０；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，１９９７，３８，３４８７−３４９０；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９７，８，７６２−７６５；Ｋａｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ，２００１，１１，８２１−８２９；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２００１，２７６，３７５７７−３７５８４；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，２００３，３６２，３８−４３；Ｗｅｓｔｅｒｌｉｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ  Ｊ，２００４，２１，２２７−２４１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ，２００６，１６（１９），５１３２−５１３５；Ｍａｉｅｒｈｏｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００７，１５，７６６１−７６７６；Ｋｈｏｒｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００８，１６，５２１６−５２３１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２０１１，１９，２４９４−２５００；Ｋｏｒｎｉｌｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌｙｔ  Ｂｉｏｃｈｅｍ，２０１２，４２５，４３−４６；Ｐｕｊｏｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔ  Ｅｄ  Ｅｎｇｌ，２０１２，５１，７４４５−７４４８；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１８４６−１８５２；Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９９，４２，６０９−６１８；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００４，４７，５７９８−５８０８；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｖａｓｃ  Ｂｉｏｌ，２００６，２６，１６９−１７５；ｖａｎ  Ｒｏｓｓｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ，２００４，１１，４５７−４６４；Ｓａｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ，２００４，１２６，１４０１３−１４０２２；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｏｒｇ  Ｃｈｅｍ，２０１２，７７，７５６４−７５７１；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＡＳＥＢ  Ｊ，２０００，１４，１７８４−１７９２；Ｒａｊｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９７，８，９３５−９４０；Ｄｕｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，２０００，３１３，２９７−３２１；Ｍａｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，２００３，１４，１８−２９；Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ  Ｌｅｔｔ，２０１０，１２，５４１０−５４１３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ，２００２，１２，１０３−１２８；Ｍｅｒｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９４，５，６１２−６２０；Ｔｏｍｉｙａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２０１３，２１，５２７５−５２８１；国際公開出願の国際公開第１９９８／０１３３８１号パンフレット；国際公開第２０１１／０３８３５６号パンフレット；国際公開第１９９７／０４６０９８号パンフレット；国際公開第２００８／０９８７８８号パンフレット；国際公開第２００４／１０１６１９号パンフレット；国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット；国際公開第２０１１／１２００５３号パンフレット；国際公開第２０１１／１００１３１号パンフレット；国際公開第２０１１／１６３１２１号パンフレット；国際公開第２０１２／１７７９４７号パンフレット；国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット；国際公開第２０１３／０７５０３５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３１８５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３０４６号パンフレット；国際公開第２００９／０８２６０７号パンフレット；国際公開第２００９／１３４４８７号パンフレット；国際公開第２０１０／１４４７４０号パンフレット；国際公開第２０１０／１４８０１３号パンフレット；国際公開第１９９７／０２０５６３号パンフレット；国際公開第２０１０／０８８５３７号パンフレット；国際公開第２００２／０４３７７１号パンフレット；国際公開第２０１０／１２９７０９号パンフレット；国際公開第２０１２／０６８１８７号パンフレット；国際公開第２００９／１２６９３３号パンフレット；国際公開第２００４／０２４７５７号パンフレット；国際公開第２０１０／０５４４０６号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９３５２号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９６０２号パンフレット；国際公開第２０１３／１６６１２１号パンフレット；国際公開第２０１３／１６５８１６号パンフレット；米国特許第４，７５１，２１９号明細書；同第８，５５２，１６３号明細書；同第６，９０８，９０３号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第５，９９４，５１７号明細書；同第６，３００，３１９号明細書；同第８，１０６，０２２号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，５８２，７４４号明細書；同第８，１３７，６９５号明細書；同第６，３８３，８１２号明細書；同第  ６，５２５，０３１号明細書；同第６，６６０，７２０号明細書；同第７，７２３，５０９号明細書；同第８，５４１，５４８号明細書；同第８，３４４，１２５号明細書；同第８，３１３，７７２号明細書；同第８，３４９，３０８号明細書；同第８，４５０，４６７号明細書；同第８，５０１，９３０号明細書；同第８，１５８，６０１号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第６，９０６，１８２号明細書；同第６，６２０，９１６号明細書；同第８，４３５，４９１号明細書；同第８，４０４，８６２号明細書；同第７，８５１，６１５号明細書；公開された米国特許出願公開の米国特許出願公開第２０１１／００９７２６４号明細書；米国特許出願公開第２０１１／００９７２６５号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０００４４２７号明細書；米国特許出願公開第２００５／０１６４２３５号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１４８７４０号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４４号明細書；米国特許出願公開第２０１０／０２４０７３０号明細書；米国特許出願公開第２００３／０１１９７２４号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１８３８８６号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２０６８６９号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２６９８１４号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２８６９７３号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２０７７９９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１３６０４２号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１６５３９３号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４１号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２０３１３５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００３５１１５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００９５０７５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１０１１４８号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１２８７６０号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１５７５０９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０２３０９３８号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１０９８１７号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１２１９５４号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１７８５１２号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０２３６９６８号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０１２３５２０号明細書；米国特許出願公開第２００３／００７７８２９号明細書；米国特許出願公開第２００８／０１０８８０１号明細書；および米国特許出願公開第２００９／０２０３１３２号明細書、それらのそれぞれは、参照により全体として組み込まれる。
【０２７０】
組成物および医薬組成物を配合する方法
化合物は、医薬組成物または配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性または不活性物質と混合することができる。組成物および医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度、または投与される用量に依存的である。
【０２７１】
特定の実施形態において、本発明は、１つ以上の化合物またはその塩を含む医薬組成物を提供する。特定のこのような実施形態において、医薬組成物は、好適な薬学的に許容可能な希釈剤または担体を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液および１つ以上の化合物を含む。特定の実施形態において、このような医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液および１つ以上の化合物からなる。特定の実施形態において、滅菌生理食塩水は、医薬グレードの生理食塩水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上のアンチセンス化合物および滅菌水を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つの化合物および滅菌水からなる。特定の実施形態において、滅菌水は、医薬グレードの水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物およびリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物および滅菌ＰＢＳからなる。特定の実施形態において、滅菌ＰＢＳは、医薬グレードのＰＢＳである。組成物および医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度、または投与される用量に依存的である。
【０２７２】
ＫＲＡＳ核酸に標的化される化合物は、この化合物と好適な薬学的に許容可能な希釈剤または担体とを組み合わせることにより医薬組成物中で利用することができる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、水、例えば、注射に好適な滅菌水である。したがって、一実施形態において、ＫＲＡＳ核酸に標的化される化合物および薬学的に許容可能な希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に記載の方法において用いられる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、水である。特定の実施形態において、化合物は、本明細書に提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
【０２７３】
化合物を含む医薬組成物は、動物、例として、ヒトへの投与時、生物学的に活性な代謝物質またはその残留物を（直接または間接的に）提供し得る任意の薬学的に許容可能な塩、エステル、またはそのようなエステルの塩、または任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示はまた、化合物の薬学的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、および他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容可能な塩としては、限定されるものではないが、ナトリウムおよびカリウム塩が挙げられる。
【０２７４】
プロドラッグとしては、体内で内因性ヌクレアーゼにより開裂されて活性化合物を形成する化合物の一方または両方の末端における追加のヌクレオシドの取り込みを挙げることができる。特定の実施形態において、化合物または組成物は、薬学的に許容可能な担体または希釈剤をさらに含む。
【実施例】
【０２７５】
以下の実施例は、ＫＲＡＳに標的化されるリード化合物を同定するためのスクリーニングプロセスを説明する。約２，０００個の新たに設計された化合物をヒトＫＲＡＳ  ｍＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。新たな化合物は、米国特許第６，７８４，２９０号明細書において最も強力なアンチセンス化合物の１つとして報告された、既に記載されている化合物のＩＳＩＳ６９５７と比較した。スクリーニングした２，０００個を超えるアンチセンスオリゴヌクレオチドのうち、ＩＳＩＳ＃６５１５３０、６５１９８７、６９５７８５、６９５８２３、６５１５５５、６５１５８７、６９５９８０、６９５９９５、６９６０１８、６９６０４４、７１６６００、７４６２７５、７１６６５５、７１６７７２、７４０１７９、７４０１９１、７４０２０１、７４０２２３、および７４０２３３が、上位リード化合物として浮上した。
【０２７６】
非限定的開示および参照による組み込み
本出願に添付される配列表は、必要に応じてそれぞれの配列を「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかと特定するが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組合せにより修飾されていてよい。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のそのような指定が、特定の例において、任意であることを容易に認識する。例えば、２’−ＯＨ糖部分およびチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの天然２’−Ｈについては、２’−ＯＨ）を有するＤＮＡまたは修飾塩基（ＲＮＡの天然ウラシルについては、チミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡと記載することができる。
【０２７７】
したがって、本明細書に提供される核酸配列、例として、限定されるものではないが、配列表中のものは、天然または修飾ＲＮＡおよび／またはＤＮＡ、例として、限定されるものではないが、修飾核酸塩基を有するそのような核酸の任意の組合せを含有する核酸を包含するものとする。さらなる例として、限定されるものではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾か非修飾かを問わずそのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含し、その例としては、限定されるものではないが、ＲＮＡ塩基を含むそのような化合物、例えば、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの、ならびにいくつかのＤＮＡ塩基およびいくつかのＲＮＡ塩基、例えば、「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」を有するものが挙げられる。
【０２７８】
本明細書に記載の特定の化合物、組成物および方法を特定の実施形態に従う具体性について記載してきた一方、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を説明するために機能するにすぎず、それを限定するものではない。本出願に引用される参照文献のそれぞれは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０２７９】
実施例１：ｃＥｔギャップマーによるＳＫＯＶ３細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＳＫＯＶ３細胞に、エレクトロポレーションを使用して２，５００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ２４６（フォワード配列ＣＣＣＡＧＧＴＧＣＧＧＧＡＧＡＧＡ、本明細書において配列番号４として指定；リバース配列ＧＣＴＧＴＡＴＣＧＴＣＡＡＧＧＣＡＣＴＣＴＴＧ；本明細書において配列番号５として指定；プローブ配列ＣＴＴＧＴＧＧＴＡＧＴＴＧＧＡＧＣＴＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧ、本明細書において配列番号６として指定）を使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０２８０】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、本明細書において配列番号１と指定されるヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００４９８５．４）、本明細書において配列番号２と指定されるヒトＫ−Ｒａｓゲノム配列（ヌクレオチド１８１１６０００〜１８１６６０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００９７１４．１７の相補鎖）、または本明細書において配列番号３と指定されるヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ配列（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０３３３６０．３）のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０２８１】
【表１】
2018528781.tif 000019
【０２８２】
【表２】
2018528781.tif 000020
【０２８３】
【表３】
2018528781.tif 000021
【０２８４】
【表４】
2018528781.tif 000022
【０２８５】
実施例２：ｃＥｔギャップマーによるＨｅｐ３Ｂ細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐ３Ｂ細胞に、エレクトロポレーションを使用して２，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢ（フォワード配列ＧＡＣＡＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＴＣＡＧＧＡＣＴＴ、本明細書において配列番号７として指定；リバース配列ＴＣＴＴＧＴＣＴＴＴＧＣＴＧＡＴＧＴＴＴＣＡＡＴＡＡ、本明細書において配列番号８として指定；プローブ配列ＡＡＧＡＡＧＴＴＡＴＧＧＡＡＴＴＣＣ、本明細書において配列番号９として指定）を使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０２８６】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０２８７】
【表５】
2018528781.tif 000023
【０２８８】
【表６】
2018528781.tif 000024
【０２８９】
【表７】
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【０２９０】
【表８】
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【０２９１】
【表９】
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【０２９２】
【表１０】
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【０２９３】
【表１１】
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【０２９４】
【表１２】
2018528781.tif 000030
【０２９５】
【表１３】
2018528781.tif 000031
【０２９６】
実施例３：ｃＥｔギャップマーによるＡ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞を、１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによって処理した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０２９７】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０２９８】
【表１４】
2018528781.tif 000032
【０２９９】
【表１５】
2018528781.tif 000033
【０３００】
【表１６】
2018528781.tif 000034
【０３０１】
【表１７】
2018528781.tif 000035
【０３０２】
【表１８】
2018528781.tif 000036
【０３０３】
【表１９】
2018528781.tif 000037
【０３０４】
【表２０】
2018528781.tif 000038
【０３０５】
【表２１】
2018528781.tif 000039
【０３０６】
【表２２】
2018528781.tif 000040
【０３０７】
【表２３】
2018528781.tif 000041
【０３０８】
【表２４】
2018528781.tif 000042
【０３０９】
【表２５】
2018528781.tif 000043
【０３１０】
【表２６】
2018528781.tif 000044
【０３１１】
【表２７】
2018528781.tif 000045
【０３１２】
【表２８】
2018528781.tif 000046
【０３１３】
実施例４：ｃＥｔギャップマーによるＡ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞は、１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによるものであった。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ１３２（フォワード配列ＣＡＡＧＴＡＧＴＡＡＴＴＧＡＴＧＧＡＧＡＡＡＣＣＴＧＴＣＴ、本明細書において配列番号１０として指定；リバース配列ＣＴＧＧＴＣＣＣＴＣＡＴＴＧＣＡＣＴＧＴＡＣ；本明細書において配列番号１１として指定；プローブ配列ＴＧＧＡＴＡＴＴＣＴＣＧＡＣＡＣＡＧＣＡＧＧＴＣＡＡＧＡＧＧ、本明細書において配列番号１２として指定）を使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３１４】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０３１５】
【表２９】
2018528781.tif 000047
【０３１６】
【表３０】
2018528781.tif 000048
【０３１７】
【表３１】
2018528781.tif 000049
【０３１８】
実施例５：ｃＥｔギャップマーによるＡ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞を、２，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによって処理した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３１９】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０３２０】
【表３２】
2018528781.tif 000050
【０３２１】
【表３３】
2018528781.tif 000051
【０３２２】
【表３４】
2018528781.tif 000052
【０３２３】
【表３５】
2018528781.tif 000053
【０３２４】
【表３６】
2018528781.tif 000054
【０３２５】
【表３７】
2018528781.tif 000055
【０３２６】
実施例６：Ａ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞を、２，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによって処理した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３２７】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーまたはデオキシ、ＭＯＥ、および（Ｓ）−ｃＥｔギャップマーと指定した。３−１０−３ｃＥｔギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。デオキシ、ＭＯＥ、および（Ｓ）−ｃＥｔオリゴヌクレオチドは、１６個のヌクレオシド長であり、ヌクレオシドは、ＭＯＥ糖修飾、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ修飾のいずれかを有する。「化学構造」欄は、それぞれのオリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾を示し；「ｄ」は、デオキシリボースを示し；「ｄ」の後の数字は、デオキシヌクレオシドの数を示し；「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０３２８】
【表３８】
2018528781.tif 000056
【０３２９】
【表３９】
2018528781.tif 000057
【０３３０】
【表４０】
2018528781.tif 000058
【０３３１】
【表４１】
2018528781.tif 000059
【０３３２】
【表４２】
2018528781.tif 000060
【０３３３】
【表４３】
2018528781.tif 000061
【０３３４】
【表４４】
2018528781.tif 000062
【０３３５】
【表４５】
2018528781.tif 000063
【０３３６】
【表４６】
2018528781.tif 000064
【０３３７】
実施例７：ｃＥｔギャップマーによるＡ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞を、１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによって処理した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３３８】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。特定の表中の標的遺伝子についての配列アラインメントが示されない場合、その表中に提示されるオリゴヌクレオチドがいずれもその標的遺伝子と１００％の相補性でアラインしないことを理解されたい。
【０３３９】
【表４７】
2018528781.tif 000065
【０３４０】
【表４８】
2018528781.tif 000066
【０３４１】
【表４９】
2018528781.tif 000067
【０３４２】
【表５０】
2018528781.tif 000068
【０３４３】
【表５１】
2018528781.tif 000069
【０３４４】
【表５２】
2018528781.tif 000070
【０３４５】
【表５３】
2018528781.tif 000071
【０３４６】
【表５４】
2018528781.tif 000072
【０３４７】
【表５５】
2018528781.tif 000073
【０３４８】
【表５６】
2018528781.tif 000074
【０３４９】
【表５７】
2018528781.tif 000075
【０３５０】
【表５８】
2018528781.tif 000076
【０３５１】
実施例７：ｃＥｔギャップマーによるＨｅｐ３Ｂ細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐ３Ｂ細胞に、エレクトロポレーションを使用して２，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３５２】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。特定のオリゴヌクレオチドは、配列番号３に標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。特定の表中の標的遺伝子についての配列アラインメントが示されない場合、その表中に提示されるオリゴヌクレオチドがいずれもその標的遺伝子と１００％の相補性でアラインしないことを理解されたい。
【０３５３】
【表５９】
2018528781.tif 000077
【０３５４】
【表６０】
2018528781.tif 000078
【０３５５】
【表６１】
2018528781.tif 000079
【０３５６】
【表６２】
2018528781.tif 000080
【０３５７】
【表６３】
2018528781.tif 000081
【０３５８】
【表６４】
2018528781.tif 000082
【０３５９】
【表６５】
2018528781.tif 000083
【０３６０】
【表６６】
2018528781.tif 000084
【０３６１】
【表６７】
2018528781.tif 000085
【０３６２】
【表６８】
2018528781.tif 000086
【０３６３】
【表６９】
2018528781.tif 000087
【０３６４】
【表７０】
2018528781.tif 000088
【０３６５】
【表７１】
2018528781.tif 000089
【０３６６】
【表７２】
2018528781.tif 000090
【０３６７】
【表７３】
2018528781.tif 000091
【０３６８】
【表７４】
2018528781.tif 000092
【０３６９】
【表７５】
2018528781.tif 000093
【０３７０】
【表７６】
2018528781.tif 000094
【０３７１】
【表７７】
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【０３７２】
【表７８】
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【０３７３】
【表７９】
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【０３７４】
【表８０】
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【０３７５】
【表８１】
2018528781.tif 000099
【０３７６】
【表８２】
2018528781.tif 000100
【０３７７】
【表８３】
2018528781.tif 000101
【０３７８】
【表８４】
2018528781.tif 000102
【０３７９】
実施例８：ｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して４，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ１３２を使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３８０】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。このギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。特定のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つのミスマッチを有する標的配列を標的化する。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドを以下の表に、ミスマッチヌクレオシドに下線太字を引いて提示する。
【０３８１】
【表８５】
2018528781.tif 000103
【０３８２】
【表８６】
2018528781.tif 000104
【０３８３】
【表８７】
2018528781.tif 000105
【０３８４】
実施例９：Ａ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓのアンチセンス阻害
Ｋ−Ｒａｓ核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度において培養したＡ４３１細胞を、２，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自然取り込みによって処理した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３８５】
以下の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーまたはデオキシ、ＭＯＥ、および（Ｓ）−ｃＥｔギャップマーと指定した。３−１０−３ｃＥｔギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、３つのヌクレオシドをそれぞれ含む５’方向および３’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。デオキシ、ＭＯＥ、および（Ｓ）−ｃＥｔオリゴヌクレオチドは、１６個のヌクレオシド長であり、ヌクレオシドは、ＭＯＥ糖修飾、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ修飾のいずれかを有する。「化学構造」欄は、それぞれのオリゴヌクレオチドの糖修飾を説明する。「ｋ」は、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾を示し；「ｄ」は、デオキシリボースを示し；「ｄ」の後の数字は、デオキシヌクレオシドの数を示し；「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、配列番号１または配列番号２のいずれかに標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０３８６】
【表８８】
2018528781.tif 000106
【０３８７】
【表８９】
2018528781.tif 000107
【０３８８】
【表９０】
2018528781.tif 000108
【０３８９】
【表９１】
2018528781.tif 000109
【０３９０】
【表９２】
2018528781.tif 000110
【０３９１】
【表９３】
2018528781.tif 000111
【０３９２】
実施例１０：Ａ４３１細胞中のヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ発現の用量依存的阻害
上記試験に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞中で種々の用量において試験した。Ｋ−Ｒａｓを標的化しない対照オリゴヌクレオチドＩｓｉｓ番号５４９１４８（３−１０−３ｃＥｔギャップマー、ＧＧＣＴＡＣＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ、本明細書において配列番号２１９１として指定）またはＩＳＩＳ１４１９２３（５−１０−５ＭＯＥギャップマー、ＣＣＴＴＣＣＣＴＧＡＡＧＧＴＴＣＣＴＣＣ、本明細書において配列番号２１９２として指定）をそれぞれの実験において陰性対照として含めた。
【０３９３】
試験１
細胞を１ウェル当たり５，０００個の細胞の密度においてプレーティングした。細胞を以下の表に規定される濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドとインキュベートした。それぞれの表は、別個の実験を表す。約７２時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。上記のヒトＫ−ＲａｓプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、ベータ−アクチンｍＲＮＡレベルまたはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（著作権）に正規化した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０３９４】
一部のアンチセンスオリゴヌクレオチドについて、最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。以下の表に説明されるとおり、オリゴヌクレオチドは細胞により良好に取り込まれ、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に有意に低減した。
【０３９５】
【表９４】
2018528781.tif 000112
【０３９６】
【表９５】
2018528781.tif 000113
【０３９７】
【表９６】
2018528781.tif 000114
【０３９８】
【表９７】
2018528781.tif 000115
【０３９９】
【表９８】
2018528781.tif 000116
【０４００】
【表９９】
2018528781.tif 000117
【０４０１】
【表１００】
2018528781.tif 000118
【０４０２】
【表１０１】
2018528781.tif 000119
【０４０３】
【表１０２】
2018528781.tif 000120
【０４０４】
【表１０３】
2018528781.tif 000121
【０４０５】
【表１０４】
2018528781.tif 000122
【０４０６】
試験２
Ａ４３１細胞を１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度においてプレーティングした。細胞を以下の表に規定される濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドとインキュベートした。それぞれの表は、別個の実験を表す。約４８時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。上記のヒトＫ−ＲａｓプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ  レベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（著作権）に正規化した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。阻害パーセントについての負の値は、そのＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルが非処理細胞中のレベルよりも高かったことを示す。
【０４０７】
一部のアンチセンスオリゴヌクレオチドについて、最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。以下の表に説明されるとおり、オリゴヌクレオチドは細胞により良好に取り込まれ、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に有意に低減した。
【０４０８】
【表１０５】
2018528781.tif 000123
【０４０９】
【表１０６】
2018528781.tif 000124
【０４１０】
試験３
Ｈｅｐ３Ｂ細胞を１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度においてプレーティングした。細胞に、エレクトロポレーションを使用して以下に示す増加濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。上記のヒトＫ−ＲａｓプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルは、Ｒｉｂｏｇｒｅｅｎに正規化した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。
【０４１１】
最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。以下の表に説明されるとおり、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に有意に低減した。
【０４１２】
【表１０７】
2018528781.tif 000125
【０４１３】
実施例１１：カニクイザル初代肝細胞中でＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの用量依存的阻害
本試験を着手した時点において、カニクイザルゲノム配列は、国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ＮＣＢＩ）データベースにおいて利用可能でなく、したがって、カニクイザル遺伝子配列との交差反応性を確認することができなかった。代わりに、カニクイザルにおいて使用されるＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列を相補性についてアカゲザルゲノムＤＮＡ配列と比較した。アカゲザル配列に対する相補性を有するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、カニクイザル配列とも完全に交差反応性であることが予測される。試験されるヒトアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アカゲザルゲノム配列（ヌクレオチド２５４７９９５５〜２５５２５３６２からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッションＮＣ＿００７８６８．１の相補鎖、本明細書において配列番号２１９４として指定）に対して最大で１つのミスマッチを有した。以下の表において、アカゲザルゲノム配列に関するオリゴヌクレオチドのミスマッチの数を「＃ＭＭ」と示す。
【０４１４】
【表１０８】
2018528781.tif 000126
【０４１５】
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、カニクイザル肝細胞中でＫ−Ｒａｓ発現を低減させる能力について種々の用量において試験した。冷凍保存されたカニクイザル初代肝細胞を１ウェル当たり３５，０００個の細胞の密度においてプレーティングし、それにエレクトロポレーションを使用して以下の表に規定される種々の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、細胞を洗浄し、溶解させ、ＲＮＡを単離した。サルＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを、上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用する定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ標的レベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。以下の表において、結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓの阻害パーセントとして提示する。本明細書において使用される「０」の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がｍＲＮＡレベルを阻害しなかったことを示す。
【０４１６】
【表１０９】
2018528781.tif 000127
【０４１７】
【表１１０】
2018528781.tif 000128
【０４１８】
実施例１２：リーンＢＡＬＢ／ｃマウス中でヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性
処理
６〜７週齢の雄ＢＡＬＢ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ  Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）にアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは生理食塩水を４週間にわたり週２回、１００ｍｇ／ｋｇ／週で皮下注射した（合計８回の処理）。それぞれの処理群は、４匹の動物からなった。マウスを最後の投与から７２時間後に屠殺した。
【０４１９】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、ＡＬＴトランスアミナーゼ、アルブミン、血中尿素窒素（ＢＵＮ）および総ビリルビンの血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能または腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こすアンチセンスオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
【０４２０】
【表１１１】
2018528781.tif 000129
【０４２１】
体重および臓器重量
ＢＡＬＢ／ｃマウスの体重を１および２７日目に計測し、それぞれの群についての平均体重を以下の表に提示する。肝臓、脾臓および腎臓重量を試験終了時に計測し、以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の臓器重量の任意の変化をもたらしたアンチセンスオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から排除した。
【０４２２】
【表１１２】
2018528781.tif 000130
【０４２３】
実施例１３：Ａ４３１類表皮癌ゼノグラフトモデル中でＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの薬力学および毒性プロファイル
雌の６〜８週齢ＮＣｒヌードマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｈｕｄｓｏｎ，ＮＹ）にヒト類表皮癌Ａ４３１細胞を接種し、それを上記表に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドにより、またはＰＢＳにより処理した。腫瘍中のＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ発現に対するオリゴヌクレオチドの結果およびマウスにおける忍容性を評価した。
【０４２４】
処理
それぞれのマウスに、腫瘍発生のために５０％のＭａｔｒｉｇｅｌ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）中の５×１０６個のＡ４３１細胞を接種した。アンチセンスオリゴヌクレオチド処理は、平均腫瘍サイズが約２００ｍｍ３に達した腫瘍接種の１０〜１４日後に開始した。マウスにアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳを３週間にわたり週３回、合計９回の投与で５０ｍｇ／ｋｇで皮下注射した（１５０ｍｇ／ｋｇ／週）。マウスの体重を週１回計測した。処理開始から３週間後にマウスを屠殺し、腫瘍中のＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベル、脾臓重量、および体重を計測した。
【０４２５】
試験１
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼまたはベータ−アクチンｍＲＮＡレベルに正規化されたＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４２６】
【表１１３】
2018528781.tif 000131
【０４２７】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。脾臓重量を試験終了時に計測し、以下の表に提示する。
【０４２８】
【表１１４】
2018528781.tif 000132
【０４２９】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４３０】
【表１１５】
2018528781.tif 000133
【０４３１】
試験２
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、ＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４３２】
【表１１６】
2018528781.tif 000134
【０４３３】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。脾臓重量を試験終了時（２１日目）に計測し、以下の表に提示する。
【０４３４】
【表１１７】
2018528781.tif 000135
【０４３５】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４３６】
【表１１８】
2018528781.tif 000136
【０４３７】
試験３
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、ＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４３８】
【表１１９】
2018528781.tif 000137
【０４３９】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。臓器重量を試験終了時（２３日目）に計測し、以下の表に提示する。
【０４４０】
【表１２０】
2018528781.tif 000138
【０４４１】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４４２】
【表１２１】
2018528781.tif 000139
【０４４３】
試験４
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、ＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４４４】
【表１２２】
2018528781.tif 000140
【０４４５】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。臓器重量を試験終了時に計測し、以下の表に提示する。
【０４４６】
【表１２３】
2018528781.tif 000141
【０４４７】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４４８】
【表１２４】
2018528781.tif 000142
【０４４９】
試験５
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼまたはベータ−アクチンｍＲＮＡレベルに正規化されたＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４５０】
【表１２５】
2018528781.tif 000143
【０４５１】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。試験終了時（２３日目）、臓器重量を計測し、以下の表に提示する。
【０４５２】
【表１２６】
2018528781.tif 000144
【０４５３】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４５４】
【表１２７】
2018528781.tif 000145
【０４５５】
【表１２８】
2018528781.tif 000146
【０４５６】
実施例１４：Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラット中でヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性
上記試験に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドをＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットにおけるインビボ忍容性についても試験した。
【０４５７】
４匹のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットの群に５０ｍｇ／ｋｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回、合計７回の処理で皮下注射した。ラットの対照群には、ＰＢＳを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の２日後にラットを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。試験全体にわたり体重を計測した。
【０４５８】
肝機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、アルブミン（Ａｌｂ）および総ビリルビン（Ｔ．Ｂｉｌ．）の血漿濃度を計測した。
【０４５９】
腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して血中尿素窒素（ＢＵＮ）およびクレアチニン（Ｃｒｅ）の血漿濃度を計測した。アルブミン（Ａｌｂ）も計測した。総尿タンパク質（微小総タンパク質（Ｍｉｃｒｏ  Ｔｏｔａｌ  Ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＭＴＰ））および尿クレアチニンレベルならびに総尿タンパク質とクレアチニンとの比（ＭＴＰ／ＣＲＥＡ）も測定した。
【０４６０】
肝臓、脾臓、および腎臓重量を試験終了時に計測した。
【０４６１】
結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓを標的化する多くのアンチセンスオリゴヌクレオチドがＳｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラットにおいて十分忍容されたことを示す。
【０４６２】
【表１２９】
2018528781.tif 000147
【０４６３】
【表１３０】
2018528781.tif 000148
【０４６４】
実施例１５：Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性
上記試験に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドをＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットにおけるインビボ忍容性についても試験した。
【０４６５】
４匹のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットの群に５０ｍｇ／ｋｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回、合計７回の処理で皮下注射した。ラットの対照群には、ＰＢＳを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の２日後にラットを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。試験全体にわたり体重を計測した。
【０４６６】
肝機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、アルブミン（Ａｌｂ）および総ビリルビン（Ｔ．Ｂｉｌ．）の血漿濃度を計測した。
【０４６７】
腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して血中尿素窒素（ＢＵＮ）およびクレアチニン（Ｃｒｅ）の血漿濃度を計測した。アルブミン（Ａｌｂ）も計測した。総尿タンパク質（微小総タンパク質（ＭＴＰ））および尿クレアチニンレベルならびに総尿タンパク質とクレアチニンとの比（ＭＴＰ／ＣＲＥＡ）も測定した。
【０４６８】
肝臓、脾臓、および腎臓重量を試験終了時に計測した。
【０４６９】
結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓを標的化する多くのアンチセンスオリゴヌクレオチドがＳｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラットにおいて十分忍容されたことを示す。
【０４７０】
【表１３１】
2018528781.tif 000149
【０４７１】
【表１３２】
2018528781.tif 000150
【０４７２】
実施例１６：Ｇｅｎ１．０およびＧｅｎ２．５ヒトＫ−ＲＡＳアンチセンスオリゴヌクレオチドについての効力の比較評価
上記アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびＩｓｉｓ番号６９５７をＡ４３１細胞中で種々の用量において試験した。米国特許第６，７８４，２９０号明細書に記載のＩｓｉｓ番号６９５７は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を介して結合している２’−デオキシヌクレオシドからなり、その配列は、ＣＡＧＴＧＣＣＴＧＣＧＣＣＧＣＧＣＴＣＧ（配列番号２１９３）である。Ｋ−Ｒａｓを標的化しないＩｓｉｓ番号５４９１４８を陰性対照として含めた。Ａ４３１細胞を１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度においてプレーティングし、以下の表２４に規定される濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドとインキュベートした。２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢプライマープローブセットを使用してＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを計測した。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルをベータ−アクチンｍＲＮＡレベルに正規化した。結果を非処理対照細胞に対するＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの阻害パーセントとして提示する。
【０４７３】
以下の表に説明されるとおり、新たなアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｋ−Ｒａｓの最小の阻害を示したＩｓｉｓ番号６９５７よりもかなり強力であった。
【０４７４】
【表１３３】
2018528781.tif 000151
【０４７５】
実施例１７：ＣＯＬＯ２０５腺癌ゼノグラフトモデル中のヒトＫ−Ｒａｓアンチセンスオリゴヌクレオチドの薬力学および毒性プロファイル
雌の６〜８週齢ＮＣｒヌードマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｈｕｄｓｏｎ，ＮＹ）にヒト結腸腺癌ＣＯＬＯ２０５細胞を接種し、それをアンチセンスオリゴヌクレオチドにより、またはＰＢＳにより処理した。Ｋ−Ｒａｓ発現およびマウスにおけるオリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。
【０４７６】
処理
腫瘍発生のため、マウスに右側脂肪体中に５０％のＭａｔｒｉｇｅｌ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）中の３×１０６個のＣＯＬＯ２０５細胞をそれぞれ接種した。アンチセンスオリゴヌクレオチド処理は、平均腫瘍サイズが約２００ｍｍ３に達した腫瘍接種の約１０日後に開始した。マウスにアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳを１５０または２５０ｍｇ／ｋｇ／週において３週間にわたり週３回、合計９回の投与で３０または５０ｍｇ／ｋｇ／週で皮下注射した。リアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。マウスを最後の投与の２４時間後に屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。試験全体にわたり体重を計測した。肝臓、脾臓、および腎臓重量を試験終了時に計測した。結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓを標的化する多くのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの低減をもたらし、十分忍容されたことを実証する。
【０４７７】
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼｍＲＮＡレベルに正規化されたＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。
【０４７８】
【表１３４】
2018528781.tif 000152
【０４７９】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。データを以下の表に、種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として提示する。試験終了時、臓器重量を計測し、以下の表に提示する。
【０４８０】
【表１３５】
2018528781.tif 000153
【０４８１】
血漿化学マーカー
自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して、肝機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するためにトランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、および総ビリルビン（Ｔ．Ｂｉｌ．）の血漿濃度を計測し、腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するために血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿濃度を計測した。アルブミン（Ａｌｂ）も計測した。結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡを標的化する多くのアンチセンスオリゴヌクレオチドがＣＯＬＯ２０５腺癌ゼノグラフトモデルにおいて十分に忍容されたことを示す。
【０４８２】
【表１３６】
2018528781.tif 000154
【０４８３】
実施例１８：Ｈ４６０細胞の増殖に対するヒトＫ−Ｒａｓアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果（３Ｄアッセイ）
インビトロ三次元（３Ｄ）モデルを使用して突然変異Ｋ−Ｒａｓ癌腫瘍細胞成長に対するヒトＫ−Ｒａｓアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価した。ヒト突然変異Ｋ−Ｒａｓ非小細胞肺癌細胞（ＮＣＩ−Ｈ４６０）をＴｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（商標）Ｎｕｎｃｌｏｎ（商標）Ｓｐｈｅｒａ（商標）超低接着表面マイクロウェルプレート上でスフェロイドとして成長させた。癌スフェロイドは腫瘍成長の３Ｄ構造を刺激し、腫瘍進行およびアンチセンスオリゴヌクレオチドのインビトロ効力の試験を可能とする。
【０４８４】
処理
ＮＣＩ−Ｈ４６０細胞を１ウェル当たり１０００個の細胞の密度においてプレーティングし、種々の用量のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳと、８日間の期間インキュベートした。Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ発現およびスフェロイド体積に対するオリゴヌクレオチドの効果を評価し、以下の表に提示する。
【０４８５】
ＲＮＡ分析
６日目、リアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡを細胞から抽出し、本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを計測した。結果をそれぞれの処理群について、ベータ−アクチンｍＲＮＡレベルに正規化されたＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして提示する。Ｉｓｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡの低減をもたらした。それぞれのオリゴヌクレオチドの最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。
【０４８６】
【表１３７】
2018528781.tif 000155
【０４８７】
スフェロイド体積分析
８日目、Ｈ４６０スフェロイドを撮影し、ＩｍａｇｅＪを使用してそれらの相対体積を計測した。結果をＰＢＳ対照に対するそれぞれの処理群についてのスフェロイド体積の平均低減パーセントとして提示する。それぞれのオリゴヌクレオチドの最大成長阻害濃度の半数（ＧＩ５０）も提示する。
【０４８８】
【表１３８】
2018528781.tif 000156
【０４８９】
実施例１９：腫瘍体積のＨ３５８ゼノグラフト試験
非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）についてのＫ−Ｒａｓ突然変異マウスゼノグラフトモデルを作製し、それを使用して非処理マウスおよび陰性対照としてのＩＳＩＳ番号５４９１４８により処理されたマウスと比較したリードアンチセンスオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ番号６５１９８７および７４６２７５の効力を試験した。それぞれのマウスに、腫瘍発生のためにＮＣＩ−Ｈ３５８ヒトＮＳＣＬＣ細胞を接種した。
【０４９０】
処理
３２匹の雌胸腺ヌードマウス（ＣｒＴａｃ：ＮＣｒ−Ｆｏｘｎ１ｎｕ；Ｔａｃｏｎｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｄｓｏｎ，ＮＹ）（６〜８週齢、１９〜２１ｇの開始時体重）を４つの群に分け、５匹の対象を含有するＩＳＩＳ番号５４９１４８により処理される対照群を除いて１処理群当たり８匹の対象とした。マウスに乳腺脂肪体中に５０％のＭａｔｒｉｇｅｌ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）中の５×１０６個のＮＣＩ−Ｈ３５８細胞を接種した。アンチセンスオリゴヌクレオチド処理は、平均腫瘍サイズが約２００ｍｍ３に達した腫瘍接種の１０〜１４日後に開始した。マウスに５０ｍｇ／ｋｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは非処理対照としてのＰＢＳを４．５週間にわたり週５回（２５０ｍｇ／ｋｇ／週）にわたり皮下注射した（合計２２回の投与）。腫瘍Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡ発現および腫瘍成長に対するＫＲＡＳアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果ならびにマウスにおけるＫＲＡＳオリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。マウスの体重を週１回計測した。試験終了時（３３日目）、マウスを屠殺し、臓器および腫瘍を回収し、腫瘍中のＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルを計測した。
【０４９１】
ＲＮＡ分析
本明細書に上記のプライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用するリアルタイムＰＣＲ分析およびヒトＫ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡレベルの計測のため、ＲＮＡを腫瘍組織から抽出した。結果をそれぞれの処理群について、ベータ−アクチンｍＲＮＡレベルに正規化されたＰＢＳ対照に対するＫ−Ｒａｓの平均阻害パーセントとして以下の表に提示する。
【０４９２】
【表１３９】
2018528781.tif 000157
【０４９３】
体重計測
処理期間全体にわたり体重を計測した。試験終了時（３３日目）、臓器を秤量し、データを種々の時点におけるそれぞれの処理群についての平均として以下に表に提示する。
【０４９４】
【表１４０】
2018528781.tif 000158
【０４９５】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ、総ビリルビンおよび血中尿素窒素（ＢＵＮ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４９６】
【表１４１】
2018528781.tif 000159
【０４９７】
腫瘍体積
腫瘍体積に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、腫瘍部位を種々の時点において計測した。結果を以下の表に提示する。
【０４９８】
【表１４２】
2018528781.tif 000160
【０４９９】
２つのリードアンチセンスオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ６５１９８７およびＩＳＩＳ７４６２７５が、試験過程にわたり腫瘍成長を阻害した。
【０５００】
実施例２０：ＫＲＡＳ突然変異およびＫＲＡＳ野生型腫瘍細胞の増殖に対するＫＲＡＳ  ＡＳＯのインビトロ効果（３Ｄ）
ＫＲＡＳ  ｍＲＮＡレベルおよび３Ｄの増殖に対する６５１９８７の効果を突然変異または野生型ＫＲＡＳを発現する肺、結腸および膵臓癌細胞系のパネルにおいてインビトロ評価した。ＫＲＡＳ  ｍＲＮＡ（ＩＣ５０）の下方調節と、軟寒天中での成長の阻害（ＩＣ５０）との間の相関を以下の表に示す。この試験からの観察は、６５１９８７が突然変異および野生型ＫＲＡＳアイソフォームを下方調節し、ＫＲＡＳ突然変異細胞に対するインビトロでの選択的表現型効果を有することを示す。
【０５０１】
ＲＮＡ分析
ＫＲＡＳ  ｍＲＮＡ発現に対する効果の分析のため、細胞を９６ウェルプレート中にプレーティングし、ＫＲＡＳ  ＡＳＯの用量応答により少なくとも４８時間処理した。ｍＲＮＡ発現のため、ＦａｓｔＬａｎｅ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して調製した細胞溶解物を、ＡＢＩ７９００ＨＴ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ４８０機器（Ｒｏｃｈｅ）上で実施するリアルタイム１ステップＲＴ−ＰＣＲ反応において使用した。Ｕｓｅｒ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ  ＃２  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ  １０／２００１に既に記載されている比較Ｃｔ（−ΔΔＣｔ）法を使用して、正規化のためのＧＡＰＤＨまたは１８Ｓ  ｒＲＮＡ  ＣＴ値を使用して遺伝子発現値を計算した。ヒトＫＲＡＳ（Ｈｓ００３６４２８４＿ｇ１）、ヒトＧＡＰＤＨ（４３３３７６４Ｆ）、真核性１８Ｓ  ｒＲＮＡ（４３３３７６０Ｆ）についてのＡＢＩ  ＦＡＭ  ＭＧＢアッセイプローブは、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃからのものであった。
【０５０２】
３Ｄコロニーアッセイ
コロニーアッセイを９６ウェルプレート中で実施した。細胞（１ウェル当たり５００〜２０００個の細胞）を１０％ＲＰＭＩ−１６４０成長培地中の５０μｌの１％寒天層上に７５μｌの０．３％寒天中で播種した。次いで、寒天層を、寒天および培地の全体積を考慮して処理を含有する５０μｌの培地によりカバーした。コロニーを細胞系に応じて７〜２４日間成長させ、ＧｅｌＣｏｕｎｔスキャナ（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｏｐｔｒｏｎｉｘ，Ａｂｉｎｇｄｏｎ，ＵＫ）上でのスキャニングおよび規定直径のコロニー計数によりコロニー形成を評価した。ＰＣ９細胞をＡｋｉｋｏ  Ｈｉｒａｉｄｅ，Ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｒ＆Ｄ，ＡＺ，Ｊａｐａｎから入手した。他の全て細胞は、ＡＴＣＣから入手した。
【０５０３】
【表１４３】
2018528781.tif 000161
【０５０４】
実施例２１：カニクイザルにおけるＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性
８つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、皮下投与による処理の６週間後の雄カニクイザルの反復投与試験においてそれらの相対効力、忍容性、薬物動態および薬力学プロファイルについて比較した。本試験において使用されるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドを以下の表に記載する。
【０５０５】
【表１４４】
2018528781.tif 000162
【０５０６】
処理
試験前、サルを隔離飼育し、その間、動物を全身健康状態について毎日観察した。サルは２〜３年齢であり、体重２〜３ｋｇであった。全ての動物について、馴化および前処理期間中に１日１回、処理期間中および解剖前に１日２回（投与日の投与前後、非投与日の午前および午後）、観察を記録した。
【０５０７】
全ての試験動物を、馴化期間中に群への割り当て前に１回、および処理期間中に週１回秤量した。体重を屠殺予定日に解剖前に測定した。血液試料を血液検査、凝固、および臨床化学検査の評価のために橈側皮静脈または大腿静脈から回収した。新たな尿試料を尿検査／尿化学検査パラメータのために全ての利用可能な動物から回収した。動物を臨床化学検査のための採血および採尿前に一晩絶食させた。
【０５０８】
試験終了時、サルを屠殺し、解剖し、臓器を摘出した。本実施例に記載のプロトコルは、動物実験委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）（ＩＡＣＵＣ）により承認された。
【０５０９】
３６匹の雄カニクイザルをそれぞれ４匹のサルの９つの群に分け、１つの群を陰性対照としての０．９％の生理食塩水により処理した。８つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを４０ｍｇ／ｋｇで１週目にわたっては１日おきに（１、３、５および７日目）、合計４回の負荷投与で、およびその後は週１回（１４、２１、２８、３５、および４２または４３日目）、６週間にわたり皮下投与した。いくつかの臨床エンドポイントを試験過程にわたり計測した。尾採血を最初の皮下投与の１週間前に実施し、次いで９、１６、３０、４４、５８、７２、および８６日目にも行った。
【０５１０】
体重および臓器重量
体重を毎週評価した。これらの時点のいくつかにおける体重および臓器重量（４４日目）を以下の表に提示する。体重に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの顕著な効果は観察されなかった。
【０５１１】
【表１４５】
2018528781.tif 000163
【０５１２】
ＲＮＡ分析
試験終了時、Ｋ−ＲａｓのｍＲＮＡ発現の計測のリアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡをサル肝臓および腎臓から抽出した。上記のとおり、プライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用し、それぞれの群についての結果を平均化し、アカゲザルシクロフィリンＡに正規化されたＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの阻害パーセントとして提示した。２つの試験の結果を平均化し、以下の表に提示する。
【０５１３】
【表１４６】
2018528781.tif 000164
【０５１４】
【表１４７】
2018528781.tif 000165
【０５１５】
血液検査
血液パラメータに対するカニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するため、４４日目に、約１．３ｍＬの血液の血液試料を、試験動物のそれぞれからＫ２−ＥＤＴＡを含有するチューブ中で回収した。ＡＤＶＩＡ１２０血液分析装置（Ｂａｙｅｒ，ＵＳＡ）を使用して試料を赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、好塩基球数（ＢＡＳ）について、ならびに血小板数（ＰＬＴ）および平均血小板体積（ＭＰＶ）について分析した。データを以下の表に提示する。
【０５１６】
【表１４８】
2018528781.tif 000166
【０５１７】
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液パラメータのいかなる有意な変化も引き起こさなかったことを示す。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、サルにおいて血液パラメータに関して十分に忍容された。
【０５１８】
肝機能および腎機能
肝機能および腎機能に対するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドを評価するため、４４日目に、血液、血漿、血清および尿の試料を全ての試験群から回収した。血液試料は、投与の４８時間後に大腿静脈穿刺を介して回収した。サルを採血前に一晩絶食させた。約１．５ｍＬの血液をそれぞれ動物から、血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に回収した。自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して種々のマーカーのレベルを計測した。総尿タンパク質および尿クレアチニンレベルを計測し、総尿タンパク質とクレアチニンとの比（Ｐ／Ｃ比）を測定した。
【０５１９】
肝機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、アルブミン（Ａｌｂ）および総ビリルビン（「Ｔ．Ｂｉｌ」）の血漿濃度を計測した。腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、血中尿素窒素（ＢＵＮ）およびクレアチニン（Ｃｒｅ）の血漿濃度を計測した。アルブミン（Ａｌｂ）、クレアチニン（Ｃｒｅ）および総尿タンパク質（微小総タンパク質（ＭＴＰ））の尿レベルを計測し、総尿タンパク質とクレアチニンとの比（Ｐ／Ｃ比）を測定した。
【０５２０】
カニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するため、肝臓中で合成され、炎症のマーカーとして機能するＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を４２日目に計測した。このため、血液試料を絶食サルから採取し、チューブを室温において少なくとも９０分間保持し、室温において３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドのほとんどがカニクイザルにおいて十分に忍容されたことを示す。
【０５２１】
【表１４９】
2018528781.tif 000167
【０５２２】
補体Ｃ３レベル
Ｃ３レベルを、試験期間中に投与前に数日、および４２日目（投与前後）に計測した。４２日目の投与前と、同時対照（生理食塩水）およびベースライン（−１４日目の投与前）とを比較した場合、ＩＳＩＳ番号６５１５５５により処理された動物を除く全てのアンチセンスオリゴヌクレオチド処理群において減少傾向が見られた。最低Ｃ３レベル（４２日目の投与前ベースライン値の８２％）が、投与前と比較して４２日目にＩＳＩＳ番号６５１９８７により処理された動物において示された。補体Ｃ３分析の結果を以下の表に示す。
【０５２３】
【表１５０】
2018528781.tif 000168
【０５２４】
Ｃ３レベルの減少（ベースライン対照と比較して約６〜１８％だけ減少）が、ＩＳＩＳ番号６５１５５５により処理された動物を除く全てのオリゴヌクレオチド処理群において観察された。最低Ｃ３レベルは、ＩＳＩＳ番号６５１９８７により処理された動物において示された。
【０５２５】
【表１５１】
2018528781.tif 000169
【０５２６】
【表１５２】
2018528781.tif 000170
【０５２７】
まとめると、Ｋ−Ｒａｓ  ｍＲＮＡを標的化する８つのアンチセンスオリゴヌクレオチドの６週間にわたる皮下注射は、顕性毒性なしで十分に忍容された。致死率、体重、凝固および尿検査／尿化学検査の処理関連変化は、本試験では観察されなかった。
【０５２８】
実施例２２：カニクイザルにおけるＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性
６つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、皮下投与による処理の６週間後の雄カニクイザルの反復投与試験におけるそれらの相対効力、忍容性、薬物動態および薬力学プロファイルについて比較した。本試験において使用されたこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドを以下の表に記載する。
【０５２９】
【表１５３】
2018528781.tif 000171
【０５３０】
処理
試験前、サルを隔離飼育し、その間、動物を全身健康状態について毎日観察した。サルは２〜３年齢であり、体重２〜３ｋｇであった。全ての動物について、馴化および前処理期間中に１日１回、処理期間中および解剖前に１日２回（投与日の投与前後、非投与日の午前および午後）、観察を記録した。
【０５３１】
全ての試験動物を、馴化期間中に群への割り当て前に１回、および処理期間中に週１回秤量した。体重を屠殺予定日に解剖前に測定した。血液試料を血液検査、凝固、および臨床化学検査の評価のために橈側皮静脈または大腿静脈から回収した。新たな尿試料を尿検査／尿化学検査パラメータのために全ての利用可能な動物から回収した。動物を臨床化学検査のための採血および採尿前に一晩絶食させた。
【０５３２】
試験終了時、サルを屠殺し、解剖し、臓器を摘出した。本実施例に記載のプロトコルは、動物実験委員会（ＩＡＣＵＣ）により承認された。
【０５３３】
２８匹の雄カニクイザルをそれぞれ４匹のサルの７つの群に分け、１つの群を陰性対照としての０．９％の生理食塩水により処理した。６つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを４０ｍｇ／ｋｇで１週目にわたっては１日おきに（１、３、５および７日目）、合計４回の負荷投与で、およびその後は週１回（１４、２１、２８、３５、および４日目）、６週間にわたり皮下投与した。いくつかの臨床エンドポイントを試験過程にわたり計測した。尾採血を最初の皮下投与の２週間および１週間前に実施し、次いで１６、３０、および４４日目にも行った。血清を最初の皮下投与の２週間前および４２日目に試験し、尿を試験開始１週間前および４４日目に回収した。
【０５３４】
体重および臓器重量
体重を毎週評価した。これらの時点のいくつかにおける体重および臓器重量（４４日目）を以下の表に提示する。体重に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの顕著な効果は観察されなかった。
【０５３５】
【表１５４】
2018528781.tif 000172
【０５３６】
【表１５５】
2018528781.tif 000173
【０５３７】
血液検査
血液パラメータに対するカニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するため、４４日目に、約１．３ｍＬの血液の血液試料を、試験動物のそれぞれからＫ２−ＥＤＴＡを含有するチューブ中で回収した。ＡＤＶＩＡ１２０血液分析装置（Ｂａｙｅｒ，ＵＳＡ）を使用して試料を赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、好塩基球数（ＢＡＳ）について、ならびに血小板数（ＰＬＴ）および平均血小板体積（ＭＰＶ）について分析した。データを以下の表に提示する。
【０５３８】
【表１５６】
2018528781.tif 000174
【０５３９】
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液パラメータのいかなる有意な変化も引き起こさなかったことを示す。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、サルにおいて血液パラメータに関して十分に忍容された。
【０５４０】
肝機能および腎機能
肝機能および腎機能に対するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドを評価するため、４４日目に、血液、血漿、血清および尿の試料を全ての試験群から回収した。血液試料は、投与の４８時間後に大腿静脈穿刺を介して回収した。サルを採血前に一晩絶食させた。約１．５ｍＬの血液をそれぞれ動物から、血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に回収した。自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して種々のマーカーのレベルを計測した。総尿タンパク質および尿クレアチニンレベルを計測し、総尿タンパク質とクレアチニンとの比（Ｐ／Ｃ比）を測定した。
【０５４１】
肝機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ（ＡＬＴ、ＡＳＴ）、アルブミン（Ａｌｂ）および総ビリルビン（「Ｔ．Ｂｉｌ」）の血漿濃度を計測した。腎機能に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、血中尿素窒素（ＢＵＮ）およびクレアチニン（Ｃｒｅ）の血漿濃度を計測した。アルブミン（Ａｌｂ）、クレアチニン（Ｃｒｅ）および総尿タンパク質（微小総タンパク質（ＭＴＰ））の尿レベルを計測し、総尿タンパク質とクレアチニンとの比（Ｐ／Ｃ比）を測定した。
【０５４２】
カニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するため、肝臓中で合成され、炎症のマーカーとして機能するＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を４２日目に計測した。このため、血液試料を絶食サルから採取し、チューブを室温において少なくとも９０分間保持し、室温において３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。結果を以下の表に提示し、結果は、ヒトＫ−Ｒａｓを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドのほとんどがカニクイザルにおいて十分に忍容されたことを示す。
【０５４３】
【表１５７】
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【０５４４】
ＲＮＡ分析
試験終了時、ＩＳＩＳ７４６２７５により処理された動物についてのＫ−ＲａｓのｍＲＮＡ発現の計測のリアルタイムＰＣＲ分析のため、ＲＮＡを種々のサル組織から抽出した。上記のとおり、プライマープローブセットＲＴＳ３４９６＿ＭＧＢを使用し、それぞれの群についての結果を平均化し、アカゲザルシクロフィリンＡに正規化されたＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの阻害パーセントとして提示した。
【０５４５】
【表１５８】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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