(57)【要約】本開示は、アンチセンスオリゴマーおよび関連組成物、ならびに機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させるための方法、ならびに栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置するための方法に関するものであり、またヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡにおけるエクソン８０の排除を誘導することに関する。機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させるための組成物および方法が提供される。多様な実施形態では、エクソン８０を含むヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの発現レベルを低下させるための、多様に記載されたアンチセンスオリゴマーもさらに提供される。
2018518167.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマー化合物であって、
（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列であって、該連続ヌクレオチドが、該エクソン／イントロン接合部を含み、該エクソン／イントロン接合部が、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む、ターゲティング配列と
を含む、アンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項２】
前記修飾ヌクレオシド間連結が、リン原子を、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合した、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、またはホスホロジアミデートから選択される、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項３】
前記修飾糖部分が、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、またはモルホリノサブユニットのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項４】
前記アンチセンスオリゴマー化合物の３’末端または５’末端にコンジュゲートしたアルギニンに富む細胞透過性ペプチドをさらに含む、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項５】
前記標的領域が、配列番号１を含む、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項６】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４もしくは６から選択される、請求項１に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項７】
前記サブユニットの各々のヌクレオ塩基が独立に、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、イノシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、または１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル）である、請求項１から３のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項８】
式（Ｉ）の化合物：
【化６１】
2018518167.tif 000071
または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり、
Ｚは、１０〜３８の整数であり、
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり、
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化６２】
2018518167.tif 000072
の部分から選択され、
式中、
Ａは、−ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８、およびＲ１から選択され、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化６３】
2018518167.tif 000073
の部分から選択され、
式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基はそれぞれ、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１の各例は、
−Ｎ（Ｒ１３）２Ｒ１４［各Ｒ１３は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、Ｒ１４は、電子対およびＨから選択される］、
式（ＩＩ）：
【化６４】
2018518167.tif 000074
の部分
［式中、
Ｒ１５は、Ｈ、Ｇ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、
Ｒ１８は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
ｑは、１〜５の整数であり、
Ｒ１６は、電子対およびＨから選択され、
各Ｒ１７は、Ｈおよびメチルから独立に選択される］、および
式（ＩＩＩ）：
【化６５】
2018518167.tif 000075
の部分
［式中、
Ｒ１９は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｒＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）４ＮＨ２、およびＧから選択され、
Ｒ２２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
ｒは、１〜５の整数であり、
Ｒ２０は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ２１は、電子対およびＨから選択される］
から独立に選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｓＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および式：
【化６６】
2018518167.tif 000076
の部分から選択され、
式中、
Ｒ２３は、式−（Ｏ−アルキル）ｖ−ＯＨを有し、ｖは、３〜１０の整数であり、ｖ個のアルキル基はそれぞれ、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ２４は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
ｓは、１〜５の整数であり、
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ２５は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２を有し、各Ｒ２６は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２を有し、
Ｒ３は、電子対、Ｈ、およびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であるか、またはＧは、式：
【化６７】
2018518167.tif 000077
を有し、式中、該ＣＰＰは、Ｇの最大で１つの例が存在するという条件で、該リンカー部分に、該ＣＰＰのカルボキシ末端において、アミド結合により結合しており、
前記ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、該連続ヌクレオチドは、該エクソン／イントロン接合部を含み、該エクソン／イントロン接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む］。
【請求項９】
各Ｎｕが独立に、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、イノシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、または１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル）である、請求項８に記載の化合物。
【請求項１０】
前記標的領域が、配列番号１を含む、請求項８に記載の化合物。
【請求項１１】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるターゲティング配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるターゲティング配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から独立に選択される、請求項８に記載の化合物。
【請求項１２】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４もしくは６から選択される、請求項８に記載の化合物。
【請求項１３】
Ｙが、Ｏであり、Ｒ２が、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３が、電子対またはＨから選択される、請求項８に記載の化合物。
【請求項１４】
Ｒ２が、Ｇであり、前記ＣＰＰが、配列番号９〜２４から選択される配列を有する、請求項１３に記載の化合物。
【請求項１５】
各Ｒ１が、−Ｎ（ＣＨ３）２である、請求項８に記載の化合物。
【請求項１６】
少なくとも１つのＲ１が、
【化６８】
2018518167.tif 000078
から選択される、請求項８に記載の化合物。
【請求項１７】
各Ｙが、Ｏであり、Ｔが、
【化６９】
2018518167.tif 000079
【化７０】
2018518167.tif 000080
から選択される、請求項８に記載の化合物。
【請求項１８】
Ｔが、式：
【化７１】
2018518167.tif 000081
を有する、請求項８に記載の化合物。
【請求項１９】
式（ＶＩ）：
【化７２】
2018518167.tif 000082
の化合物または薬学的に許容されるその塩であって、式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１５〜２５の整数であり；
各Ｙは、Ｏであり；
各Ｒ１は、
【化７３】
2018518167.tif 000083
から独立に選択され、
ここで、前記ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から独立に選択される、
化合物または薬学的に許容されるその塩。
【請求項２０】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４もしくは６から選択される、請求項１９に記載の化合物。
【請求項２１】
請求項１から７のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物または請求項８から２０のいずれか一項に記載の化合物を含む医薬組成物。
【請求項２２】
栄養障害型表皮水疱症および関連障害の処置を必要とする被験体において栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置する方法であって、
該被験体に、有効量の、請求項１から７のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物または請求項８から２０のいずれか一項に記載の化合物を投与するステップを含む、方法。
【請求項２３】
表皮水疱症および関連障害が、劣性型栄養障害型表皮水疱症、優性型栄養障害型表皮水疱症、Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症、非重症型の劣性栄養障害型表皮水疱症、反対型の劣性栄養障害型表皮水疱症、求心型の劣性栄養障害型表皮水疱症、非Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域と特異的にハイブリダイズする１２〜４０サブユニットの配列を含み、該エクソン／イントロン接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む、アンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項２５】
前記配列が、前記標的領域内の少なくとも１２連続ヌクレオチドに相補的なターゲティング配列を含み、該ターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘが、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される、請求項２４に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項２６】
前記配列が、前記標的領域内の少なくとも１２連続ヌクレオチドに相補的なターゲティング配列を含み、該ターゲティング配列は、配列番号２、３、４、または６から選択される、請求項２４に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項２７】
前記配列が、前記標的領域に対する、少なくとも９０％の配列相補性を含み、前記ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体が、配列番号２、３、４、または６から選択される、請求項２４に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
【請求項２８】
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン発現の増加を必要とする被験体において、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン発現を増加させるための方法であって、
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に対するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、
該アンチセンスオリゴマーを、該ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の該標的領域に結合させるステップと、
を含み、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現が増加する、方法。
【請求項２９】
前記ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の前記標的領域が、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたっており、該接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記標的領域が配列番号１を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記アンチセンスオリゴマーが、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと、
前記標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列であって、該連続ヌクレオチドが、前記エクソン／イントロン接合部を含む、ターゲティング配列と
を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記修飾ヌクレオシド間連結が、リン原子を、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分にコンジュゲートさせた、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、またはホスホロジアミデートヌクレオシド間連結から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記修飾糖部分が、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、またはモルホリノサブユニットのうちの少なくとも１つを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘが、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３５】
前記ターゲティング配列が、配列番号２、３、４、または６から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３６】
前記アンチセンスオリゴマーによって、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの前記発現が約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３７】
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させるための方法であって、
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップとを含む方法。
【請求項３８】
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン発現が、約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記アンチセンスオリゴマーが、ターゲティング配列を含み、該ターゲティング配列が、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘが、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉがイノシンである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記アンチセンスオリゴマーが、配列番号２、３、４、または６から選択されるターゲティング配列を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の蓄積を増加させる、係留線維の蓄積を増加させる、または係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の蓄積を増加させ、かつ係留線維の蓄積を増加させるための方法であって、
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップとを含む方法。
【請求項４２】
栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置するための医薬であって、
（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物のエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列であって、該連続ヌクレオチドが、該エクソン／イントロン接合部を含み、該エクソン／イントロン接合部が、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含むターゲティング配列と
を含む、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマー化合物を含む医薬。
【請求項４３】
栄養障害型表皮水疱症および関連障害の進行を阻害するための方法であって、
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップとを含む方法。
【請求項４４】
栄養障害型表皮水疱症もしくはその関連障害を有する被験体において、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させる、栄養障害型表皮水疱症もしくはその関連障害を有する被験体において係留線維の蓄積を増加させる、または栄養障害型表皮水疱症もしくはその関連障害を有する被験体において、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積、および係留線維の蓄積を増加させるための方法であって、
ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合する、有効量のアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップと
を含み、１）該被験体における、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の蓄積が増加する、２）該被験体における係留線維の蓄積が増加する、または３）該被験体における、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質および係留線維の蓄積が増加する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表に関する言明
本出願と関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキストフォーマットで提供され、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、６７４６３００２１６＿ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔである。テキストファイルは、約１０ＫＢであり、２０１６年６月１日に作成しており、ＥＦＳ−Ｗｅｂを通して電子的に提出している。
【０００２】
背景
本開示の分野
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現レベルを増加させるための方法と、栄養障害型表皮水疱症およびヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現と関連する関連障害を処置するための方法と、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物内のエクソン８０の発現レベルを低下させ、これにより、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子（ＣＯＬ７Ａ１）によりコードされる機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質のレベルを増加させるための方法とを含む、アンチセンスオリゴマーおよび関連の組成物ならびに方法が開示される。
【背景技術】
【０００３】
関連技術についての記載
アンチセンス技術は近年、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（プレｍＲＮＡ）のスプライシング過程を変更するように適応している。プレｍＲＮＡとは、転写として公知の過程を介して、ＤＮＡ転写物から合成されるメッセンジャーＲＮＡの未成熟一本鎖である。プレｍＲＮＡ転写物は、２つの異なるセグメント型である、イントロンおよびエクソンを含む。イントロンは、スプライソソーム複合体により一般になされる、スプライシングと呼ばれる過程において除去される。残りのエクソンは、一体に接続され、最終的な成熟ｍＲＮＡ分子の一部となる。
【０００４】
イントロン／エクソンスプライシングの正確な過程は、イントロン領域内の、多様な構造エレメントを伴う。これらは、イントロンの５’末端に位置するイントロンスプライスドナー部位、イントロンの３’末端近傍に位置する分岐部位、およびイントロンの３’末端に位置するスプライスアクセプター部位を含む。スプライスドナー部位は一般に、エクソン／イントロン接合部の５’末端において、保存的ＧＵ配列を含む。スプライスアクセプター部位は一般に、イントロン／エクソン接合部の３’末端において、ＡＧ配列を含む。
【０００５】
スプライシング過程の変異は、ｍＲＮＡ内のエクソン組成を変異させることにより、結果として生じるｍＲＮＡの変異を創出する場合があり、選択的スプライシングと称することが多い過程である。選択的スプライシングは、多くの形で生じうる。エクソンは、延長される場合もあり、スキップされる場合もある。イントロンの一部が保持される場合もある。選択的スプライシングは、単一の遺伝子から複数のタンパク質を産生することにより、ヒトゲノムのコード潜在力を増加させる。不適切な選択的スプライシングはまた、ヒト疾患数の増加とも関連する。
【０００６】
表皮水疱症（ＥＢ）は、皮膚基底膜帯内の皮膚の脆弱性を特徴とし、かなりの臨床的および遺伝的異質性が常染色体優性または常染色体劣性に遺伝する、一群の遺伝性の機械的水疱障害（ｍｅｃｈａｎｏｂｕｌｌｏｕｓ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）である。ＥＢは、診断用の電子顕微鏡検査および／または免疫エピトープマッピング（Fineら、２０００年）によって決定される組織分離のレベルに基づき３つのカテゴリーに大別されており、単純型のＥＢ（ＥＢＳ）は、表皮底層の基底ケラチノサイト内での組織分離を示し、接合部型のＥＢ（ＪＥＢ）は、真皮表皮基底膜における透明帯内での裂隙を示し、栄養障害型のＥＢ（ＤＥＢ）は、上部の真皮乳頭層内の基底膜緻密層より下での組織分離を示す（Varkiら、２００７年）。
【０００７】
ＤＥＢは、ＶＩＩ型コラーゲンをコードする、染色体領域３ｐ２１上のＣＯＬ７Ａ１（Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（登録商標）（ＯＭＩＭ）＊１２０１２０）の変異によって引き起こされる。ＤＥＢは、優性または劣性に遺伝する。劣性型であるＲＤＥＢ（ＯＭＩＭ＃２２６６００）は、子供および若年成人における最も重症の遺伝性皮膚症の１つである。優性型であるＤＤＥＢ（ＯＭＩＭ＃１３１７５０）は、より重症でないのが普通である。ＤＥＢ患者は、生まれたときから、表皮と真皮の接着が損なわれる結果、軽度の外傷後、皮膚および粘膜に重症の水泡形成を生じる。この疾患は、重症の局所および全身合併症につながり、予後は、侵襲性の皮膚がんのリスクが高まるために、不良である。実際に、罹患個体の５０％より多くが、まさに転移性扁平上皮癌のために、４０才を迎える前に死亡する（Fineら、２０００年）。ＲＤＥＢには、最も重症である重症汎発型（Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ）、汎発性（generalised）非重症（温和）型、反対型（主に湾曲を伴う）、および求心（centripetalis）（局在）型の４つの亜型が存在する。こうした臨床異型は全て、係留線維に構造的欠陥をもたらす、ＣＯＬ７Ａ１の機能喪失型変異によって引き起こされる（Hilalら、１９９３年；Hovnanianら、１９９２年）。
【０００８】
ＶＩＩ型コラーゲンは、真皮−表皮接着のための重要な付着構造物である係留線維の主成分である。
【０００９】
ＶＩＩ型コラーゲンは、２９０ｋＤａのタンパク質前駆体として合成される。このタンパク質は、ホモ三量体四次構造を有し、３つの同一のα１鎖それぞれが、３つの主要なドメイン：アミノ末端にある１３０ｋＤａの球状の非コラーゲン性ドメイン１（ＮＣ  Ｉ）、１４０ｋＤａのらせん状のコラーゲン性ドメイン、およびカルボキシ末端にある小さい非コラーゲン性ドメイン２（ＮＣ２）からなる。細胞外マトリックスでは、ＶＩＩ型コラーゲンは、さらに逆平行二量体へと集合し、らせん状部分は、アミノ末端球状ドメインを反対側の端に（at  opposite  ends）配置する、短いカルボキシ末端重複部分においてジスルフィド結合している。ＮＣＩ球状ドメインは、エクソン２〜２７によってコードされる。中央のコラーゲン性ドメインは、エクソン２８〜１１２によってコードされ、折り畳まれて断続性のコラーゲン三重らせんとなっている。周期的なＧｌｙ−Ｘ−Ｘコラーゲン性配列におけるより大きな中断は、エクソン７１および７２によってコードされる、いわゆるヒンジセグメントである。これは、予測されるａ−ヘリックス構造と共に、分子に柔軟性を付与すると考えられる。ＮＣ２ドメインは、エクソン１１３〜１１８によってコードされる。ＮＣ２ドメインは、ａｌ鎖の三量体化、およびホモ三量体の逆平行二量体化に必要となる。
【００１０】
ＶＩＩ型コラーゲンをコードする遺伝子であるＣＯＬ７Ａ１は、１１８のエクソンにセグメント化され、ヒト染色体３ｐ２１上に、３２ｋｂにわたって広がっている。最も短いエクソンは、２７ヌクレオチド長であり、最も長いものの長さは、２０１ヌクレオチドである。１１８のエクソンの中で、エクソン２８〜１１２がインフレームであり、こうしたエクソンのいずれかをスキップしながらもｍＲＮＡのリーディングフレームを保存することは、理論上実現可能であることが示唆される。
【００１１】
したがって、新規のアンチセンスオリゴマーおよび本明細書に記載する通りの機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させる方法は、有利であると考えられる。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】Varkiら、J.  Med.  Genet.、２００７年、４４巻：１８１〜１９２頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１３】
概要
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させるための組成物および方法が提供される。多様な実施形態では、エクソン８０を含むヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの発現レベルを低下させるための、多様に記載されたアンチセンスオリゴマーもさらに提供される。
【００１４】
多様な態様は、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列とを任意選択で含む、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。さらなる実施形態では、エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）のスプライス接合部を含む。
【００１５】
さらなる態様は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域と特異的にハイブリダイズする、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマーを含む。エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０の境目（intersect）にあるスプライス接合部である。複数の実施形態では、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部は、配列番号１内のスプライス接合部を含む。
【００１６】
さらなる態様は、修飾糖部分を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、少なくとも１つの修飾糖部分は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、およびモルホリノサブユニットを含む。
【００１７】
さらなる態様は、修飾ヌクレオシド間連結を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、修飾ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結から選択される。さらなる実施形態では、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結は、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合したリン原子を含む。
【００１８】
さらなる態様は、修飾糖部分と修飾ヌクレオシド間連結との少なくとも１つの組合せを含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、１または複数のサブユニットは、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、モルホリノサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ−メチルサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’−フルオロサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸サブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、トリシクロＤＮＡサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、ロックト核酸サブユニット、
ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、モルホリン環の窒素原子に共有結合させ、かつ、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、もしくは置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分に共有結合させたモルホリノサブユニット、
ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、モルホリン環の窒素原子に共有結合させ、かつ、４−アミノピペリジン−１−イル（4-aminopiperdin-1-yl）部分、もしくは置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合させたモルホリノサブユニット、
ホスホロチオエートヌクレオシド間もしくはホスホルアミデートヌクレオシド間連結で置換された、リボース糖サブユニット、
ホスホロチオエートヌクレオシド間連結もしくはホスホルアミデートヌクレオシド間連結で置換された、デオキシリボース糖サブユニット、
任意選択で置換された、ペプチド核酸サブユニット、
または前出の任意の組合せから選択される。
【００１９】
多様な態様および実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーに共有結合したペプチドをさらに含む。多様な実施形態では、アルギニンに富む細胞透過性ペプチドは、アンチセンスオリゴマーの３’末端または５’末端にコンジュゲートしている。
【００２０】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ標的領域と特異的にハイブリダイズする。標的領域は、表１に明示されたスプライス接合部配列を含みうる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域と特異的にハイブリダイズする。
【００２１】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表２に明示されたターゲティング配列、表２のターゲティング配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片、または表２のターゲティング配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体のうちのいずれかを含む。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表２に明示されたターゲティング配列からなるかまたはこれらから本質的になる。
【００２２】
多様な態様および実施形態では、ヌクレオチドサブユニットのヌクレオ塩基は、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、イノシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、および１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル）から独立に選択される。
【００２３】
多様な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
【化１】
2018518167.tif 000003
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、式中、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化２】
2018518167.tif 000004
の部分から選択され、式中、
Ａは、−ＯＨおよび−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８から選択され、式中、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、そして
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化３】
2018518167.tif 000005
の部分から選択され、式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例（instance）は、
−Ｎ（Ｒ１３）２Ｒ１４［式中、各Ｒ１３は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、そしてＲ１４は電子対およびＨから選択される］；
式（ＩＩ）：
【化４】
2018518167.tif 000006
の部分［式中、
Ｒ１５は、Ｈ、Ｇ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
Ｒ１８は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｑは、１〜５の整数であり；
Ｒ１６は、電子対およびＨから選択され；そして
各Ｒ１７は、Ｈおよびメチルから独立に選択される］；および
式（ＩＩＩ）：
【化５】
2018518167.tif 000007
の部分［式中、
Ｒ１９は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｒＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）４ＮＨ２、およびＧから選択され、式中、
Ｒ２２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｒは、１〜５の整数であり、
Ｒ２０は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、Ｒ２１は、電子対およびＨから選択される］
から独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｓＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および式：
【化６】
2018518167.tif 000008
の部分から選択され、式中、
Ｒ２３は、式−（Ｏ−アルキル）ｖ−ＯＨを有し、式中、ｖは、３〜１０の整数であり、ｖ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ２４は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｓは、１〜５の整数であり；
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され；
各Ｒ２５は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２を有し、式中、各Ｒ２６は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２を有し、
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
ここで、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であるか、またはＧは、式：
【化７】
2018518167.tif 000009
を有し、式中、ＣＰＰは、Ｇの最大で１つの例が存在するという条件で、ＣＰＰのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に結合しており、
ここで、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡの、エクソン／イントロン接合部であって、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含むエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的である］
である。一部の実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【００２４】
多様な実施形態では、エクソン８０／イントロン８０接合部は、配列番号１を含む。
【００２５】
多様な実施形態では、Ｎｕは独立に、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、イノシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、または１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル）である。
【００２６】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるターゲティング配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるターゲティング配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される。
【００２７】
多様な実施形態では、式（Ｉ）のＲ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態では、Ｒ１基のうちの５０〜９０％は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態では、少なくとも１つのＲ１は、
【化８】
2018518167.tif 000010
から選択される。
【００２８】
多様な実施形態では、Ｔは、式：
【化９】
2018518167.tif 000011
［式中、Ａは、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ６は、式：
【化１０】
2018518167.tif 000012
を有し、式中、Ｒ１０は、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１１ＯＨである。
【００２９】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶ）：
【化１１】
2018518167.tif 000013
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、式中、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化１２】
2018518167.tif 000014
の部分から選択され、式中、
Ａは、−ＯＨおよび−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８から選択され、式中、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、そして
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化１３】
2018518167.tif 000015
の部分から選択され、式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３から選択され、Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択される］
である。
【００３０】
多様な実施形態では、化合物（ＩＶ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される。
【００３１】
一部の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される。
【００３２】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細胞取込みを増強するペプチド部分をさらに含む。
【００３３】
多様な態様では、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列を含む、アンチセンスオリゴマーが提供される。一部の実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。さらなる態様および実施形態では、スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０の間のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、標的領域は、表１に明示された、配列番号１を含む。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６のうちの１つを含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される。多様な実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６を含む。
【００３４】
また、生理学的に許容される担体と、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーとを含む医薬組成物も含まれる。
【００３５】
多様な態様は、それを必要とする被験体において、栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）および関連障害を処置する方法であって、それを必要とする被験体に、有効量の、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを投与するステップを含む方法に関する。複数の実施形態では、栄養障害型表皮水疱症および関連障害は、劣性型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ）、優性型栄養障害型表皮水疱症（ＤＤＥＢ）、Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ−ＨＳ）、非重症型の劣性栄養障害型表皮水疱症、反対（invesa）型の劣性栄養障害型表皮水疱症、求心型の劣性栄養障害型表皮水疱症、非Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（非ＨＳ  ＲＤＥＢ）のいずれかを含めた栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）の少なくとも１つを含む。他の実施形態では、単純型表皮水疱症（ＥＢＳ）および接合型表皮水疱症（ＪＥＢ）を処置する方法を提供する。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００３６】
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させるための方法は、それを必要とする被験体にアンチセンスオリゴマーを投与するステップであって、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合する、ステップと、アンチセンスオリゴマーを、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合させるステップであって、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現が増加する、ステップとを含む。エクソン８０を除くプレｍＲＮＡの成熟ｍＲＮＡへの発現が増加する結果、成熟ｍＲＮＡからエクソン８０が排除される。エクソン８０を除くヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの発現が増加する。理論に束縛されずに述べると、得られる転写物がオープンリーディングフレームを保持する結果、ｍＲＮＡ転写物が機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質へと翻訳されると考えられる。したがって、ゲノムエクソン８０の発現は阻害されるが、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現は、増加する。多様な実施形態では、標的は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物のエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる領域である。さらなる実施形態では、エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００３７】
機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させる方法は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップとを含む。多様な実施形態では、エクソン８０内に含有される変異によって、例えば、ｍＲＮＡ転写物の翻訳の未成熟終結をもたらす終止（停止）コドンがコードされてもよいし、またはエクソン８０における変異によって、非機能的タンパク質をもたらす代替アミノ酸がコードされてもよい。そのような変異（複数可）を有するプレｍＲＮＡ転写物から翻訳される少なくとも一部のタンパク質は、非機能的である。多様な方法に従い、エクソン８０は、得られる成熟ｍＲＮＡ転写物の少なくとも一部から排除される。結果として成熟ｍＲＮＡ転写物が翻訳されると、次いで機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の増加がもたらされる。さらなる実施形態では、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現が増加する。一部の実施形態では、標的領域は、スプライス接合部を含む。ある特定の実施形態では、スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０スプライス接合部を含む。さらなる態様および実施形態では、ヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質への翻訳が増加する。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００３８】
多様な実施形態では、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現は、少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。
【００３９】
係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させ、かつ／または係留線維の蓄積を増加させるための方法であって、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを、それを必要とする被験体に投与するステップであって、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するステップを含む、方法が提供される。複数の実施形態では、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳が増加する。さらなる実施形態では、１）被験体の係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の蓄積が増加する、２）被験体における係留線維の蓄積が増加する、または３）係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質および被験体における係留線維の蓄積が増加する。複数の実施形態では、被験体は、栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）またはその関連障害を有する被験体である。多様な実施形態では、標的領域は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物のエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる領域であり、さらなる実施形態では、スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０スプライス接合部にわたる配列を含む。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００４０】
栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）およびその関連障害を処置するための医薬であって、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物のエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列であって、連続ヌクレオチドが、エクソン／イントロン接合部を含み、前記エクソン／イントロン接合部が、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む、ターゲティング配列とを含む、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマー化合物を含む医薬が提供される。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００４１】
栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）および関連障害の進行を阻害する方法は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合するアンチセンスオリゴマーを投与するステップと、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させるステップとを含む。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される通りの修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００４２】
それを必要とする被験体において、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置する方法は、多様な実施形態において、被験体に、有効量の本開示のアンチセンスオリゴマーを投与するステップを含み、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物中の標的領域に結合し、標的領域の、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質への転写は、増加する。さらなる態様は、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置するための医薬の調製において使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、修飾アンチセンスオリゴマーを含む。
【００４３】
ある特定の実施形態では、方法は、被験体における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現レベルを、対照に比べて少なくとも約１０％増加させるステップを含む。一部の実施形態では、被験体における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンのレベルは、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０％増加する。
【００４４】
以下の詳細な記載および添付の図面を参照すれば、本開示のこれらの態様および他の態様が明らかとなるであろう。本明細書で開示される全ての参考文献は、あたかも各々が個別に組み込まれたように、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１Ａ】図１Ａは、リンカーを付加する、５’末端における修飾オリゴマーを例示する。
【図１Ｂ】図１Ｂは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートしたアンチセンスオリゴマーを例示する。
【図１Ｃ】図１Ｃは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートしたアンチセンスオリゴマーを例示する。
【図１Ｄ−Ｇ】図１Ｄ、１Ｅ、１Ｆ、および１Ｇは、Ｄ〜Ｇと称する、例示的なモルホリノオリゴマーの、反復サブユニットセグメントを例示する。
【図２Ａ】図２Ａは、トリチルピペラジンフェニルカルバメートの調製を例示する。
【図２Ｂ】図２Ｂは、樹脂／試薬混合物の調製を例示する。
【図３】図３は、第１シリーズの、ヒト成体皮膚線維芽細胞（ＨＤＦａ）の、ヒトＶＩＩ型コラーゲンアンチセンスオリゴマー活性を例示する。
【図４】図４は、第１シリーズの、ヒト成体表皮ケラチノサイト（ＨＥＫａ）の、ヒトＶＩＩ型コラーゲンアンチセンスオリゴマー活性を例示する。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
詳細な説明
Ｉ．定義
そうでないことが規定されない限りにおいて、本明細書で使用される、全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書で記載される方法および材料と同様または同等な、任意の方法および材料を、本開示の主題の実施または試験において使用しうるが、好ましい方法および材料について記載する。本開示の目的で、下記では、以下の用語について規定する。
【００４７】
本明細書では、冠詞の「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」を、冠詞の文法的対象物の１つまたは１つを超える対象物（すなわち、少なくとも１つの対象物）を指すのに使用する。例を目的として述べると、「ある要素」とは、１つの要素または１つを超える要素を意味する。
【００４８】
用語「約」は、基準の数量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さに対して、３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１％ほど変動する、数量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
【００４９】
用語「配列」および「コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与する、任意の核酸配列を意味する。これに対して、「非コード配列」という用語は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに直接寄与しない、任意の核酸配列を指す。
【００５０】
本開示を通して、文脈によりそうでないことが要請されない限り、「〜を含む」、「〜を含む」、および「〜を含むこと」という語は、言明されるステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の包含を含意するが、他の任意のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の除外は含意しないことが理解されるであろう。
【００５１】
用語「〜からなること」は、「〜からなること」という語句に後続するあらゆる語句を含み、かつ、これに限定されることを意味する。したがって、「〜からなること」という語句は、列挙される要素が要請されるかまたは必須であり、他の要素は存在しえないことを指し示す。用語「〜から本質的になること」は、この語句の後に列挙される任意の要素を含み、かつ、列挙される要素について、本開示で指定される活性または作用に干渉または寄与しない、他の要素に限定されることを意味する。したがって、「〜から本質的になること」という語句は、列挙される要素が要請されるかまたは必須であるが、他の要素は任意選択であり、それらが列挙される要素の活性または作用に、実質的に影響を及ぼすのかどうかに応じて、存在してもよく、存在しなくてもよいことを示す。
【００５２】
「〜を投与すること」または「〜を投与する」という用語は、本開示のアンチセンスオリゴマーの、被験体への、局所投与または全身投与による送達を含む。投与は、局所投与（眼投与、ならびに膣送達および直腸送達を含む、粘膜への投与を含む）、例えば、噴霧器による投与を含む、粉末またはエアゾールによる吸入または送気による、肺投与、気管内投与、鼻腔内投与、表皮投与および経皮投与、経口投与、または非経口投与でありうる。非経口投与は、静脈内注射もしくは静脈内注入、動脈内注射もしくは動脈内注入、皮下注射もしくは皮下注入、腹腔内注射もしくは腹腔内注入、または筋内注射もしくは筋内注入；あるいは頭蓋内投与、例えば、髄腔内投与または脳室内投与を含む。
【００５３】
「細胞を接触させること」、「導入すること」、または「送達すること」という用語は、本開示のオリゴマーの、細胞への、当技術分野で慣例的な方法、例えば、トランスフェクション（例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン）、電気穿孔（例えば、ヌクレオフェクション）、マイクロインジェクション）による送達を含む。
【００５４】
「アルキル」という用語は、直鎖状（すなわち、非分枝状または非環式）、分枝状、環式、または多環式非芳香族の炭化水素基であって、任意選択で、１または複数の官能基により置換された炭化水素基を指す。そうでないことが指定されない限りにおいて、「アルキル」基は、１〜８個の炭素原子を含有し、好ましくは、１〜６個の炭素原子を含有する。Ｃ１〜Ｃ６アルキルとは、Ｃ１アルキル基、Ｃ２アルキル基、Ｃ３アルキル基、Ｃ４アルキル基、Ｃ５アルキル基、およびＣ６アルキル基を含むことを意図する。低級アルキルとは、１〜６個の炭素原子を含有するアルキル基を指す。アルキルの例は、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、シクロブチル、ペンチル、イソペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、シクロペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、シクロヘキシルなどを含むがこれらに限定されない。アルキルは、置換アルキルの場合もあり、非置換アルキルの場合もある。例示的な置換アルキル基は、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２−フルオロエチル、３−フルオロプロピル、ヒドロキシメチル、２−ヒドロキシエチル、３−ヒドロキシプロピル、ベンジル、置換ベンジル、フェネチル、置換フェネチルなどを含むがこれらに限定されない。
【００５５】
「アルコキシ」という用語は、アルキルのサブセットであって、上記で規定した、表示の数の炭素を伴うアルキル基が、酸素架橋を介して結合しているサブセットを指す。例えば、「アルコキシ」とは、直鎖状立体配置、分枝状立体配置、環式立体配置である、１〜８個の炭素原子を含有する−Ｏ−アルキル基を指す。「アルコキシ」の例は、メトキシ、エトキシ、ｎ−プロポキシ、ｉ−プロポキシ、ｔ−ブトキシ、ｎ−ブトキシ、ｓ−ペントキシなどを含むがこれらに限定されない。
【００５６】
単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」、または「アリールオキシアルキル」における通り、より大型の部分の一部として使用される「アリール」という用語は、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル、および２−アントラシルなど、６〜１４個の環原子を有する芳香環基を指す。「アリール」環は、１または複数の置換基を含有しうる。「アリール」という用語は、「アリール環」という用語と互換的に使用することができる。「アリール」はまた、芳香環を１または複数の環へと縮合させた、縮合多環式芳香環系も含む。有用なアリール環基の非限定的な例は、フェニル、ヒドロキシフェニル、ハロフェニル、アルコキシフェニル、ジアルコキシフェニル、トリアルコキシフェニル、アルキレンジオキシフェニル、ナフチル、フェナントリル、アントリル、フェナントロなどのほか、１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル、および２−アントラシルを含む。本明細書で使用される「アリール」という用語の範囲内にはまた、芳香環を１または複数の非芳香環へと縮合させた基であって、ラジカルまたは結合点が芳香環上にある、インダニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチルなどにおける基も含まれる。
【００５７】
「アシル」という用語は、Ｃ（Ｏ）Ｒ基（式中、Ｒは、上記で規定したＨ、アルキル、またはアリールを意味する）を指す。アシル基の例は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、フェニルアセチル、および類似の基を含む。
【００５８】
「同族化合物」という用語は、同じ化学基の逐次的付加により規則的に異なる化合物を指す。例えば、化合物の同族化合物は、１または複数の−ＣＨ２−基、アミノ酸残基、ヌクレオチド、またはヌクレオチド類似体の付加により異なりうる。
【００５９】
「細胞透過性ペプチド」（ＣＰＰ）または「細胞取込みを増強するペプチド部分」という用語は、互換的に使用され、「輸送ペプチド」、「担体ペプチド」、または「ペプチド導入ドメイン」ともまた呼ばれる、カチオン性細胞透過性ペプチドを指す。例えば、ペプチドコンジュゲートホスホルアミデートまたはホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＰＭＯ）は、本明細書で記載される、細胞取込みを増強する細胞透過性ペプチドまたは細胞透過性ペプチド部分を含みうる。多様な実施形態では、ペプチドは、アンチセンスオリゴマーに共有結合させることができる。さらなる実施形態では、ペプチドは、アンチセンスオリゴマーの３’末端または５’末端にコンジュゲートさせることができる。さらなる実施形態では、ペプチドは、３’末端のモルホリン環のピペラジニル部分または窒素原子へと連結することができる。一部の実施形態では、細胞取込みを増強する、細胞透過性ペプチドまたは細胞透過性ペプチド部分は、本明細書で記載される、アルギニンに富むペプチドを含みうる。
【００６０】
本明細書で示されるペプチドは、全身投与されると、所与の細胞培養物集団の細胞のうちの約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくは１００％、または少なくともほぼこれらの比率の細胞内の細胞透過を誘導し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて、複数の組織内の高分子のトランスロケーションを可能とする能力を有する。一部の実施形態では、ＣＰＰは、式−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’［式中、Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸、またはその１炭素同族化合物もしくは２炭素同族化合物の側鎖であり、Ｒ’’は、水素またはアシルから選択され、ｍは、最大で５０の整数である］を有する。当技術分野では、さらなるＣＰＰも周知であり、例えば、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、米国出願公開第２０１０００１６２１５号において開示されている。他の実施形態では、ｍは、１〜５０から選択される整数であり、ここで、ｍが１である場合、部分は、単一のアミノ酸またはその誘導体である。
【００６１】
「アミノ酸」という用語は、一級アミノ基、カルボン酸基、側鎖、および水素原子が結合している炭素原子を含む化合物を指す。例えば、「アミノ酸」という用語は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アスパラギン、グルタミン、リシン、アスパラギン酸、ヒスチジン、メチオニン、プロリン、フェニルアラニン、トレオニン、トリプトファン、システイン、グルタミン酸、セリン、チロシン、ピロリシン、セレノシステイン、およびアルギニンを含むがこれらに限定されない。加えて、本明細書で使用される「アミノ酸」はまた、エステル、およびアミド、および塩など、アミノ酸の誘導体のほか、活性形態へと代謝されると薬理学的特性を有する誘導体を含む、他の誘導体も含む。したがって、「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸を含むことが理解される。
【００６２】
「電子対」という用語は、他の原子と結合しないかまたは共有されていない、電子の原子価対を指す。
【００６３】
「相同性」という用語は、同一なアミノ酸、または保存的置換を構成するアミノ酸の百分率数を指す。相同性は、ＧＡＰなどの配列比較プログラムを使用して決定することができる（Ｄｅｖｅｒａｕｘら、１９８４年、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１２巻、３８７〜３９５頁）。このようにして、本明細書で引例される配列と、類似の長さまたは実質的に異なる長さの配列を、アラインメントへのギャップの挿入により比較することができ、このようなギャップを、例えば、ＧＡＰにより使用される比較アルゴリズムにより決定する。
【００６４】
「単離された」という用語は、その生来の状態では通常それに随伴する成分を、実質的または本質的に含まない材料を指す。例えば、本明細書で使用される「単離オリゴヌクレオチド」または「単離オリゴマー」とは、天然に存在する状態ではそれを挟む配列から精製されるかまたは取り出されたオリゴマー、例えば、ゲノム内の断片に隣接する配列から取り出されたＤＮＡ断片を指す場合がある。細胞に関する場合の、「〜を単離すること」という用語は、細胞（例えば、線維芽細胞、リンパ芽球）の、供給源となる被験体（例えば、オリゴヌクレオチドリピート病を伴う被験体）からの精製を指す。ｍＲＮＡまたはタンパク質の文脈では、「〜を単離すること」とは、ｍＲＮＡまたはタンパク質の、供給源、例えば、細胞からの回収を指す。
【００６５】
「〜をモジュレートする」という用語は、１または複数の定量化可能なパラメータを、任意選択で、規定された量および／または統計学的に有意な量で「増加」または「減少」させることを含む。「〜を増加させる」もしくは「〜を増加させること」、「〜を増強する」もしくは「〜を増強すること」、または「〜を刺激する」もしくは「〜を刺激すること」とは一般に、１または複数のアンチセンスオリゴマー化合物または組成物が、細胞または被験体において、アンチセンスオリゴマー化合物を伴わずに引き起こされる応答、または対照化合物により引き起こされる応答と比べて、より大きな生理学的応答（すなわち、下流における効果）をもたらすかまたは引き起こす能力を指す。関係のある生理学的応答または細胞応答（ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ）は、当業者には明らかであり、ＣＯＬ７Ａ１ヒトＶＩＩ型コラーゲンコードｍＲＮＡにおけるエクソン８０の包含の減少、またはヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡ転写物におけるエクソン８０の排除、および／または皮膚細胞、もしくは例えばそれを必要とする被験体の組織における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現の増加を含みうる。「減少された」または「低減された」量とは、典型的には、「統計学的に有意な」量であり、アンチセンスオリゴマー化合物の投与の非存在下で、それを必要とする被験体によりもたらされる量（例えば、特定の被験体またはコホートの、「生来」または「天然」の発現率）、または対照化合物によりもたらされる量の、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０分の１またはこれ未満（例えば、１００、５００、１０００分の１）であって、全ての整数およびそれらの間にあり１より大きい小数（ｄｅｃｉｍａｌ  ｐｏｉｎｔ）（例えば、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９）を含む分数の減少を含みうる。「〜を低減する」または「〜を阻害する」という用語は一般に、１または複数のアンチセンスオリゴマー化合物または組成物が、本明細書で記載される疾患または状態の症状など、関与性の生理学的応答または細胞応答であって、診断技術分野で慣例的な技法に従い、測定される応答「を減少させる」能力に関する場合がある。「増加した」または「増強された」量とは通常、「統計学的に有意な」量であり、アンチセンスオリゴマー化合物の投与の非存在下で、それを必要とする被験体によりもたらされる量（例えば、特定の被験体またはコホートの「生来の」または「天然の」発現率）または対照化合物によりもたらされる量に対して、全ての整数およびその間にあって１より大きい小数（例えば、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９）を含めて１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０倍またはそれを超える（例えば、１００、５００、１０００倍）増加を含みうる。「〜を増強する」という用語は一般に、１または複数のアンチセンスオリゴマー化合物または組成物が、本明細書で記載される疾患または状態の症状などの関係のある生理学的応答または細胞応答を、診断技術分野における慣例的な技法に従って測定したとき「増加させる」能力に関しうる。
【００６６】
関係のある生理学的応答または細胞応答（ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ）は、当業者には明らかであり、劣性型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ）、優性型栄養障害型表皮水疱症（ＤＤＥＢ）、Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ−ＨＳ）、非重症型の劣性栄養障害型表皮水疱症、反対型の劣性栄養障害型表皮水疱症、求心型の劣性栄養障害型表皮水疱症、非Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（非ＨＳ  ＲＤＥＢ）のいずれかを含めた栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）など、表皮水疱症および関連障害の症状または病変の軽減を含みうる。他の実施形態では、例えば、症状または病変の軽減が、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させ、かつ／または１つもしくは複数の組織における係留線維の蓄積を増加させる、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現の増加に随伴するか、またはこれに関連しうる、単純型表皮水疱症（ＥＢＳ）および接合型表皮水疱症（ＪＥＢ）を処置する方法が提供される。応答の「増加」は、アンチセンスオリゴマー化合物の投与の非存在下で、それを必要とする被験体によりもたらされる応答（例えば、特定の被験体またはコホートの「生来の」または「天然の」発現率）または対照化合物によりもたらされる応答に比べて「統計学的に有意」であり得、間にある全ての整数を含めて、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の増加を含みうる。
【００６７】
ヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質に関しての「機能的」という用語は、例えば、野生型ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の機能性、野生型または正常ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質のほぼ完全または完全な機能性の、一部または実質的部分を有するＶＩＩ型コラーゲンタンパク質を包含する。機能的なタンパク質は、得られるｍＲＮＡ転写物がオープンリーディングフレームを保持するように１つまたは複数のエクソンが除去または切除されているｍＲＮＡ転写物に由来しうる。機能的なタンパク質は、例えば、エクソン８０が排除されているＲＮＡ転写物に由来しうる。野生型ｍＲＮＡより少ないエクソンを有するｍＲＮＡ転写物から翻訳されたタンパク質は、野生型ｍＲＮＡ転写物から転写されたタンパク質より少ないアミノ酸残基を含む転写タンパク質をもたらしうる。野生型タンパク質より少ないアミノ酸残基で構成された機能的なタンパク質は、野生型タンパク質と同じまたは同様の活性／機能性を有しうる。例えば、機能的なＶＩＩ型コラーゲンタンパク質は、野生型または正常ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の機能性の約５％〜約１００％、約５％〜約９０％、約５％〜約８０％、約５％〜約７０％、約５％〜約６０％、約５％〜約５０％、約５％〜約３０％、約５％〜約２０％、約５％〜約１０％、約１０％〜約１００％、約１０％〜約９０％、約１０％〜約８０％、約１０％〜約７０％、約１０％〜約６０％、約１０％〜約５０％、約１０％〜約４０％、約１０％〜約３０％、約１０％〜約２０％、約３０％〜約１００％、約３０％〜約９０％、約３０％〜約８０％、約３０％〜約７０％、約３０％〜約６０％、約３０％〜約５０％、約４０％〜約１００％、約４０％〜約９０％、約４０％〜約８０％、約４０％〜約７０％、約４０％〜約６０％、約４０％〜約５０％、約５０％〜約１００％、約５０％〜約９０％、約５０％〜約８０％、約５０％〜約７０％、約５０％〜約６０％、約６０％〜約１００％、約６０％〜約９０％、約６０％〜約８０％、約６０％〜約７０％、約７０％〜約１００％、約７０％〜約９０％、約７０％〜約８０％、約８０％〜約１００％、約８０％〜約９０％または約９０％〜約１００％を有しうるかまたは保有しうる。
【００６８】
非機能的、機能不全、または不活性タンパク質は、エクソン８０変異を含み、かつ／または野生型ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の機能性をほとんど乃至全く有していないｍＲＮＡ転写物に由来するタンパク質を包含する。例えば、機能的なＶＩＩ型コラーゲンタンパク質は、野生型または正常ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の機能性の約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を有し得る。非機能的、機能不全、または不活性タンパク質は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンＣＯＬ７Ａ１遺伝子のエクソン８０に１つまたは複数の変異を含有するｍＲＮＡ転写物に由来するタンパク質を包含する。エクソン８０の変異は、例えば、未成熟停止コドンが組み込まれる結果、得られるｍＲＮＡ転写物の翻訳が早まって終結するものでもよいし、または結果として非機能的なタンパク質を生じる代替アミノ酸をコードするものでもよい。結果として得られるヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質は、非機能的、機能不全、または不活性タンパク質であり、分解される。ＣＯＬ７Ａ１遺伝子変異は、その内容が参照により本明細書に組み込まれる、国際出願公開第ＷＯ２０１３／０５３８１９号、およびVarkiら、J.  Med.  Genet.、２００７年、４４巻：１８１〜１９２頁において開示されている。
【００６９】
したがって、本開示は、ＶＩＩ型コラーゲン、例えば、不安定、欠陥、機能不全、十分に機能的でない、もしくは非機能的なＶＩＩ型コラーゲンの機能性を回復し、かつ／または機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させる方法を提供する。タンパク質の機能性のレベルを決定もしくは測定し、機能性の増減のレベルを決定する、または例えば処置プロトコールに応じて機能的なタンパク質が産生されるかどうか、および／もしくは機能的なタンパク質の発現が増加するかどうかを決定する手段が数多く存在することは、当業者の認めるところである。そのような方法には、タンパク質の活性／機能性を測定または検出することなどが含まれるがこれだけに限らない。このような測定は、一般に、標準または対照または「正常」試料と比較して行われる。加えて、タンパク質の機能性の欠如が疾患過程に関係しているとき、疾患症状をモニターおよび／または測定して、正しく機能するタンパク質の有無を間接的に検出する、またはタンパク質の機能の欠如を改善することを目的とした処置プロトコールの成功を評価することもできる。
【００７０】
特に、ＶＩＩ型コラーゲンの機能性、および／またはＶＩＩ型コラーゲンタンパク質が機能的であるかどうかは、当技術分野で認められている以下のいくつかの方法によって、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｖｏで測定および／または決定することができる。
−  エクソン８０スキッピングに続くＶＩＩ型コラーゲンの合成は、ウエスタンブロット法によって評価することができる（Titeuxら、２０１０年）。しかし、その開示の全体が参照により組み込まれるＷＯ２０１３／０５３８１９（図１Ａ）に記載されている通り、スキップされたｒｎＲＮＡは、標的としたエクソン８０のサイズが小さいために、見かけの分子量が野生型タンパク質と同様であるタンパク質を合成する。
−  αｌコラーゲン鎖のホモ三量体への正確な組み立ては、非還元条件下でのウエスタンブロット法によって証明することができる。ＶＩＩ型コラーゲンホモ三量体の正確なタンパク質分解パターンは、ペプシンおよびコラゲナーゼ消化に続いてのウエスタンブロット法によって評価することができる（Titeuxら、２０１０年）。
−  コロイド金移動アッセイ。ＲＤＥＢ細胞は、正常ケラチノサイトおよび線維芽細胞に比べて増強された運動性を示すので、コラーゲンマトリックス上で、処置された細胞の細胞能動性をアッセイすることができる（Chenら、２００２年）。
−  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ接着アッセイ。ＲＤＥＢ細胞は、Ｉ型コラーゲン、ＩＶ型コラーゲン、フィブロネクチンのような細胞外マトリックス成分への接着の欠陥を示すが、ラミニンＩにはそうでない（Chenら、２００２年）。
−  処置されたＲＤＥＢ皮膚同等物をヌードマウスに移植した異種移植片を使用する、間接的な免疫組織化学検査による、真皮表皮接合部でのＶＩＩ型コラーゲンの検出（Titeuxら、２０１０年）。
−  処置されたＲＤＥＢ皮膚同等物をヌードマウスに移植した異種移植片を使用する、透過型電子顕微鏡観察（ＴＥＭ）による、係留線維生成のｉｎ  ｖｉｖｏ評価（Titeuxら、２０１０年）。
−  処置されたＲＤＥＢ皮膚同等物をヌードマウスに移植した異種移植片を使用する、ｉｎ  ｖｉｖｏでの真皮−表皮接着の回復の証明（Titeuxら、２０１０年）。
【００７１】
上記参考文献の内容全体を、参照により本明細書に組み込む。
【００７２】
したがって、多様な実施形態において、機能的なＶＩＩ型コラーゲンの存在、発現、または発現の増加は、例えば、例えば本開示のアンチセンスオリゴマーで処理したＲＤＥＢ細胞のウエスタンブロット分析によって、ＶＩＩ型コラーゲンの単量体およびホモ三量体両方の存在の評価を行うことにより決定することができる（例えば、ＷＯ２０１３／０５３８１９、実施例１および３ならびに図１Ａおよび４を参照されたい。この内容全体を参照により本明細書に組み込む）。多様な実施形態では、ＲＤＥＢ細胞またはＤＥＢの処置を必要とする被験体を本開示のアンチセンスオリゴマーで処置すると、ＶＩＩ型コラーゲンタンパク質が、例えば、正常細胞または正常被験体における正常なＶＩＩ型コラーゲン発現量の約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは１００％、または上で開示した百分位数範囲のいずれかである量での発現をもたらしうる。
【００７３】
本開示の多様な態様では、ＲＤＥＢ細胞またはＤＥＢの処置を必要とする被験体によって発現されるＶＩＩ型コラーゲンの機能性は、例えば、ＲＤＥＢ皮膚同等物の、真皮−表皮接合部に沿った正常なＶＩＩ型コラーゲン沈着、係留線維生成および／または蓄積、ならびに真皮−表皮接着の存在についての、未処理のＲＤＥＢ皮膚同等物と比較する、免疫組織化学分析および透過型電子顕微鏡観察によって決定することができる（例えば、ＷＯ２０１３／０５３８１９、実施例１および図１Ｂを参照されたい。この内容全体を参照により本明細書に組み込む）。
【００７４】
この場合では、アンチセンスオリゴマーを使用してエクソン８０スキッピングを引き起こした結果として、非処置に比べて約３０％〜約１００％の範囲または機能性に関して上で開示した百分率で、栄養障害型表皮水疱症症状が改善される（すなわち、タンパク質の機能性または安定性が回復する）。そのような症状は、ミクロレベルで観察することができる（すなわち、例えば、免疫組織化学検査、免疫蛍光、ウエスタンブロット分析によって評価がなされる、タンパク質発現および／または局在化の回復；組織学的検査による皮膚障害の改善；外側の上皮と下にある間質の間における係留線維の生成能によって評価がなされる、タンパク質機能性の回復／改善。
【００７５】
「ヌクレオチド」という用語は、ヌクレオ塩基と、糖と、少なくとも１つのリン酸基（例えば、ホスホジエステル連結基）とを含む、天然に存在するヌクレオチドを指す。
【００７６】
「ヌクレオチド類似体」という用語は、天然に存在するヌクレオチドの誘導体、または天然に存在するヌクレオチドに対する修飾、例えば、少なくとも１つの修飾を含むヌクレオチドを指す。このような修飾は、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せのうちの少なくとも１つを含みうる。当業者は、修飾を、ヌクレオチドサブユニットのうちの任意の１つの構成要素（例えば、修飾糖）に関して指定する場合、ヌクレオチドサブユニットのうちの、指定されていない部分は、依然として非修飾（例えば、非修飾ヌクレオシド間連結、非修飾ヌクレオ塩基）でありうることを察知すると予想される。
【００７７】
「オリゴヌクレオチド」、「オリゴマー」、「オリゴ」、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」および「アンチセンスオリゴ」という用語、ならびにこれらの他の適切な組合せおよび派生語は、ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の直鎖状配列であって、１または複数のヌクレオ塩基が、ワトソン−クリック塩基対合により、標的配列と称される、オリゴマーが指向される標的ＲＮＡの部分とハイブリダイズして、標的配列内で、オリゴマー：ＲＮＡヘテロ二重鎖を形成しうる直鎖状配列を指す。具体的に、「アンチセンス」、「オリゴヌクレオチド」、「オリゴマー」、「オリゴ」、および「化合物」という用語は、このようなオリゴマーを指すように、多様な組合せで、かつ、互換的に使用することができる。ヌクレオチドの部分を含む環式サブユニットは、リボースまたは別の五炭糖、糖類似体に基づく場合もあり、ある特定の実施形態では、修飾糖、例えば、モルホリノ基である場合もある（下記のモルホリノベースのオリゴマーについての記載を参照されたい）。
【００７８】
オリゴマーに言及する場合の、「修飾された」、「天然に存在しない」、または「類似体」という用語、ならびにこれらの他の適切な組合せおよび派生形は、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、例えば、天然に存在するオリゴヌクレオチド内に見出される、標準的なホスホジエステル連結以外のヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、例えば、天然に存在するオリゴヌクレオチド内に見出される、リボース部分もしくはデオキシリボース部分以外の部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せから選択される、少なくとも１つの修飾を有する、１または複数のヌクレオチドサブユニットを有するオリゴマーを指す。多様な実施形態では、修飾ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結から選択される。さらなる実施形態では、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結は、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合したリン原子を含む。多様な実施形態では、修飾糖部分は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、およびモルホリノサブユニットから選択される。
【００７９】
ヌクレオシド間連結への修飾は、オリゴマーの、少なくとも２つの糖部分および／または修飾糖部分の間の修飾でありうる。ヌクレオチド類似体は、ワトソン−クリック塩基対合により、天然に存在するオリゴヌクレオチド塩基への水素結合が可能な塩基を担い、ここで、類似体は、オリゴマー類似体分子と、天然に存在するオリゴヌクレオチド（例えば、一本鎖ＲＮＡまたは一本鎖ＤＮＡ）内の塩基との間で、配列特異的に、このような水素結合を可能とするように、塩基を提示する。例示的な類似体は、実質的に非荷電の、リンを含有するヌクレオシド間連結を有する類似体である。
【００８０】
「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマーとは、そのヌクレオシド間連結が、非ハイブリダイズ形態でも、ハイブリダイズ形態でも、ヌクレアーゼによる切断であって、体内の、一般的な、細胞外ヌクレアーゼおよび細胞内ヌクレアーゼによる（例えば、３’−エクソヌクレアーゼなどのエクソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、ＲＮアーゼＨによる）切断に対して実質的に耐性であるオリゴマーを指す；すなわち、オリゴマーは、オリゴマーが曝露される、体内の正常なヌクレアーゼ条件下で、ヌクレアーゼによる切断を、ほとんどまたは全く示さない。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」とは、ヘテロ二重鎖が、細胞内ヌクレアーゼおよび細胞外ヌクレアーゼによる、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける分解であって、二本鎖ＲＮＡ／ＲＮＡ複合体または二本鎖ＲＮＡ／ＤＮＡ複合体を切断することが可能な分解に対して、実質的に耐性となるように、アンチセンスオリゴマーの、その相補的な標的への結合により形成されるヘテロ二重鎖を指す。「ヘテロ二重鎖」とは、アンチセンスオリゴマーと、標的ＲＮＡの相補的部分との二重鎖を指す。例えば、ヌクレアーゼ耐性オリゴマーは、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーでありうる。
【００８１】
「ヌクレオ塩基」（Ｎｕ）、「塩基対合部分」、または「塩基」という用語は、自然発生または「生来」のＤＮＡまたはＲＮＡ（例えば、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン）のほか、天然に存在するプリンおよびピリミジンの類似体であって、結合アフィニティーなど、改善された特性を、オリゴマーへと付与する類似体において見出される、プリン塩基またはピリミジン塩基を指すように、互換的に使用される。例示的な類似体は、ヒポキサンチン（ヌクレオシドであるイノシンの塩基成分）；２，６−ジアミノプリン；５−メチルシトシン；Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン；１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル（Ｇクランプ）などを含む。
【００８２】
塩基対合部分のさらなる例は、それらのそれぞれのアミノ基を、アシル保護基で保護した、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、グアニン、およびヒポキサンチン（イノシン）、２−フルオロウラシル、２−フルオロシトシン、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、２，６−ジアミノプリン、アザシトシン、シュードイソシトシンおよびシュードウラシルなどのピリミジン類似体、ならびに８−置換プリン、８−置換キサンチン、または８−置換ヒポキサンチン（後者の２つは、天然の分解産物である）など、他の修飾ヌクレオ塩基を含むがこれらに限定されない。それらの内容が参照により本明細書に組み込まれる、ＣｈｉｕおよびＲａｎａ、ＲＮＡ、２００３年、９巻、１０３４〜１０４８頁、Ｌｉｍｂａｃｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、２２巻、２１８３〜２１９６頁；ならびにＲｅｖａｎｋａｒおよびＲａｏ、Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、７巻、３１３頁において開示されている修飾ヌクレオ塩基もまた想定される。
【００８３】
塩基対合部分のさらなる例は、１または複数のベンゼン環を付加したサイズ拡大型ヌクレオ塩基を含むがこれらに限定されない。Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈのカタログ（ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ）；Ｋｒｕｅｇｅｒ  ＡＴら、Ａｃｃ．  Ｃｈｅｍ．  Ｒｅｓ．、２００７年、４０巻、１４１〜１５０頁；Ｋｏｏｌ，  ＥＴ、Ａｃｃ．  Ｃｈｅｍ．  Ｒｅｓ．、２００２年、３５巻、９３６〜９４３頁；Ｂｅｎｎｅｒ  Ｓ．Ａ．ら、Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｇｅｎｅｔ．、２００５年、６巻、５５３〜５４３頁；Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ，  Ｆ．Ｅ．ら、Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．、２００３年、７巻、７２３〜７３３頁；Ｈｉｒａｏ，  Ｉ．、Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．、２００６年、１０巻、６２２〜６２７頁（これらの内容は、本明細書において参考として援用される）において記載されている核塩基置換（ｎｕｃｌｅｉｃ  ｂａｓｅ  ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ）も、本明細書で記載されるオリゴマーの合成に有用であると想定される。サイズ拡大型ヌクレオ塩基の例を、下記：
【化１４】
2018518167.tif 000016
に示す。
【００８４】
リボース、糖類似体、修飾糖、またはモルホリノに共有結合的に連結されたヌクレオ塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、少なくとも１つの連結リン酸基と併せたヌクレオシドを含む。リン酸基は、オリゴマーを形成するように、隣接するヌクレオチドへの共有結合的連結を含む。こうして、ヌクレオチドのリン酸基は一般に、「ヌクレオシド間連結」を形成すると称する。したがって、ヌクレオチドは、本明細書でさらに記載されるヌクレオシドと、ヌクレオシド間連結とを含む。一部の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、サブユニットを含み、ここで、「サブユニット」は、天然に存在するヌクレオチド、本明細書で記載されるヌクレオチド類似体、およびこれらの組合せを含む。ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、サブユニットを含み、ここで、少なくとも１つのサブユニットは、ヌクレオチド類似体である。
【００８５】
「配列同一性」および「配列相同性」という用語（例えば、「〜と５０％同一な配列」）は、配列が、ヌクレオチド対ヌクレオチドベースで、比較ウィンドウ（ｗｉｎｄｏｗ  ｏｆ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ）にわたり同一である程度を指す。「同一性百分率」は、２つの最適にアラインメントされた配列を、比較ウィンドウにわたり比較し、両方の配列内で、同一な核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）が生じる位置の数を決定して、マッチさせた位置の数をもたらし、マッチさせた位置の数を、比較ウィンドウ内の位置の総数（すなわち、ウィンドウサイズ）で除し、結果に１００を乗じて、配列同一性の百分率をもたらすことにより計算することができる。比較ウィンドウをアラインメントするための、配列の最適のアラインメントは、コンピュータへのアルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ、５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ  Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．、ＵＳＡにおける、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）の実行により行うこともでき、精査と、選択される多様な方法のうちのいずれかにより生成される、最良のアラインメント（すなわち、比較ウィンドウにわたり最高の相同性百分率をもたらすアラインメント）とにより行うこともできる。また、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、２５巻：３３８９頁、１９９７年により開示されている通り、ＢＬＡＳＴファミリーのプログラムも参照することができる。.多様な実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、表２におけるターゲティング配列（配列番号２、３、４、および６）に対して、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％の配列同一性を有しうる。
【００８６】
本明細書で使用される通り、融点（Ｔｍ）が、４０℃、４５℃、５０℃を実質的に超え、多様な実施形態では、６０℃〜８０℃またはこれを超える生理学的条件下で、オリゴマーが、標的とハイブリダイズする場合に、オリゴマーは、標的オリゴヌクレオチドと、「特異的にハイブリダイズする」。このようなハイブリダイゼーションは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応することが好ましい。所与のイオン強度およびｐＨにおいて、Ｔｍは、標的配列のうちの５０％が、相補的な配列とハイブリダイズする温度である。このようなハイブリダイゼーションは、アンチセンスオリゴマーの、標的配列への「ほぼ（ｎｅａｒ）」または「実質的な」相補性により生じうるほか、正確な相補性によっても生じうる。一部の実施形態では、オリゴマーは、標的配列と、約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％でハイブリダイズしうる。
【００８７】
本明細書で使用される、「サブユニット」という用語は、天然に存在するヌクレオチド、または少なくとも１つの修飾を含む、天然に存在するヌクレオチドを指す。修飾は、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せのうちの少なくとも１つを含みうる。さらなる実施形態では、修飾は、修飾ヌクレオ塩基を含みうる。
【００８８】
本明細書で使用するとき、「十分な長さ」という用語は、エクソン８０／イントロン８０を含むヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡエクソン／イントロンスプライス接合部領域にわたる領域内の少なくとも１２、より典型的には１２〜４０の連続ヌクレオ塩基と相補的なアンチセンスオリゴマーを指す。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ配列の標的領域と特異的にハイブリダイズすることが可能な、少なくともいくつかのヌクレオチドを含む。十分な長さのオリゴマーは、１２〜３０ヌクレオチド、１２〜２５ヌクレオチド、１２〜２２ヌクレオチド、１５〜２５ヌクレオチド、１５〜２２ヌクレオチド、または１５〜２０ヌクレオチドの長さであることが、これらの範囲の間の全ての整数を含めて、好ましい。より好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、１２〜２７、１２〜２２、または１５〜２２ヌクレオチドの長さである。
【００８９】
本明細書で使用するとき、「被験体」または「それを必要とする被験体」という用語は、ヒト被験体などの哺乳動物被験体を含む。例示的な哺乳動物被験体は、表皮水疱症および関連障害を有するか、またはこれを有する危険性がある。本明細書で使用するとき、「表皮水疱症」および「関連障害」という用語は、罹患個体における機能不全のヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を多くの場合特徴とする、ヒト常染色体優性または常染色体劣性疾患である、一群の遺伝性の機械的水疱障害または関連障害を指す。一部の実施形態では、表皮水疱症（ＤＢ）および関連障害は、劣性型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ）、優性型栄養障害型表皮水疱症（ＤＤＥＢ）、Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（ＲＤＥＢ−ＨＳ）、非重症型の劣性栄養障害型表皮水疱症、反対型の劣性栄養障害型表皮水疱症、求心型の劣性栄養障害型表皮水疱症、非Ｈａｌｌｏｐｅａｕ−Ｓｉｅｍｅｎｓ型栄養障害型表皮水疱症（非ＨＳ  ＲＤＥＢ）のいずれかを含めた栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）を含むが、これらに限定されない。他の実施形態では、単純型表皮水疱症（ＥＢＳ）および接合型表皮水疱症（ＪＥＢ）を処置する方法を提供する。
【００９０】
本明細書で使用するとき、「標的」という用語は、本明細書で企図するアンチセンスオリゴマーと関係している、プレｍＲＮＡ転写物内の領域を指す。多様な態様では、標的は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡの領域である。多様な実施形態では、標的領域は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンのプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０を含むエクソン／イントロンスプライス接合部領域である。多様な実施形態では、標的領域は、配列番号１の全部、または少なくともエクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部にわたる少なくとも一部を含む。複数の実施形態では、エクソン／イントロンスプライス接合部は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンのドナーエクソン／イントロンスプライス接合部である。さらなる実施形態では、ドナーエクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のドナーエクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【００９１】
多様な実施形態では、「ターゲティング配列」という用語は、アンチセンスオリゴマー内またはアンチセンスオリゴマー類似体内の配列であって、プレｍＲＮＡ転写物内の標的配列と相補的な配列を指す。アンチセンスオリゴマーの全配列が、標的配列と相補的な場合もあり、アンチセンスオリゴマーの一部分だけが、標的配列と相補的な場合もある。例えば、２０〜３０塩基を有するオリゴマー内の、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個は、プレｍＲＮＡ転写物内の標的領域と相補的な配列（例えば、「ターゲティング配列」）を含有しうる。ターゲティング配列は、オリゴマー内の連続塩基から形成されることが典型的であるが、代替的に、例えば、オリゴマーの反対側の末端から一体とされると、標的配列にわたる配列を構成する非連続配列から形成される場合もある。
【００９２】
「ターゲティング配列」は、標的配列に対して「ほぼ」または「実質的な」相補性を有し得、それでもなお、その意図した目的のため、例えば、ヒトＶＩＩ型コラーゲンエクソン８０をコードするプレｍＲＮＡの発現を減少させる、または機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させる、または係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させる、または係留線維の蓄積を増加させるために機能しうる。本開示で用いるアンチセンスオリゴマー化合物は、標的配列に対して、多くても１２ヌクレオチドに１つのミスマッチ、好ましくは、多くても２０ヌクレオチドに１つのミスマッチを有することが好ましい。代替的に、用いるアンチセンスオリゴマーは、本明細書で示す例示的なターゲティング配列に対して、少なくとも９０％の配列相同性、好ましくは、少なくとも９５％の配列相同性を有する。ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンＣＯＬ７Ａ１遺伝子のエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる配列でよい。一部の実施形態では、エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。
【００９３】
本明細書で使用される「ＴＥＧ」、「トリエチレングリコールテール」または「ＥＧ３」という用語は、例えば、その３’末端または５’末端でオリゴマーにコンジュゲートしたトリエチレングリコール部分を指す。例えば、一部の実施形態では、「ＴＥＧ」は、式（Ｉ）の化合物のＴが、式：
【化１５】
2018518167.tif 000017
を有するものを含む。
【００９４】
本明細書で使用される、組成物の「治療有効量」または「有効量」という用語は、組成物が有効な処置のために、障害の防止または処置において有効な量を指す。「障害」とは、組成物による処置から利益を得る、任意の栄養障害型表皮水疱症または関連障害を指す。
【００９５】
本明細書で使用される「〜を定量化すること」、「定量化」という用語、または他の類縁の語は、核酸、オリゴヌクレオチド、オリゴマー、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の、数量、質量、または単位容量中の濃度を決定することを指す。
【００９６】
多様な実施形態では、本明細書で使用される「処置」という用語は、被験体（例えば、ヒトなどの哺乳動物）または細胞の処置（処理）であって、被験体または細胞の現在の経過を変更する処置を含む。処置は、医薬組成物の投与を含むがこれに限定されず、予防的に実施することもでき、病理学的事象の開始または病因作用物質との接触に後続して実施することもできる。また、処置される疾患もしくは状態の進行速度の低減、この疾患もしくは状態の発症の遅延、またはその発症の重症度の軽減を指向しうる「予防的」処置も含まれる。「処置」または「予防」とは、必ずしも、疾患もしくは状態、またはこれらの関連する症状の、完全な根絶、治癒、または防止を指し示すものではない。
【００９７】
ＩＩ．ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０エクソン／イントロンスプライス接合部のモジュレーション
多様な態様は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのイントロンおよびエクソンのスプライシングをモジュレートするための方法に関する。さらなる態様は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部部位でのスプライシングを阻害することに関する。さらなる態様では、所与の試料（例えば、血清試料、血漿試料、組織試料、細胞試料など）において、エクソン８０を除くヒトＶＩＩ型コラーゲンコードｍＲＮＡの発現が、例えば、エクソン８０を含有する野生型ｍＲＮＡと比べて、増加する。多様な方法は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ内の標的領域と相補的な、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを投与するステップを含み、エクソン８０を排除したヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの発現は、エクソン８０を含有する野生型（すなわち、対照）ｍＲＮＡの発現と比べて増加する。
【００９８】
例示を目的とし、理論に束縛されずに述べると、本明細書で記載される通りのアンチセンスオリゴマーは、スプライソソームの作用および成熟ｍＲＮＡ転写物の産生を阻害するなどにより、プレｍＲＮＡのプロセシングの遮断、阻害、またはモジュレーションを促進すると考えられ、また、標的としたｍＲＮＡの分解も誘導しうる。一部の例では、スプライソソーム（splicesome）がエクソン／イントロンスプライス接合部に結合するのを阻害して、エクソン／イントロンスプライス接合部がスキップされ、ｍＲＮＡ転写物から１つまたは複数のエクソンが除去されるようにすることができる。野生型ｍＲＮＡ転写物より１つまたは複数少ないエクソンを有する成熟ｍＲＮＡ転写物は、オープンリーディングフレームを保持するｍＲＮＡ転写物をもたらし得、それにより、ｍＲＮＡ転写物は、分解されるのでなく、機能的なタンパク質へと翻訳されうる。野生型ｍＲＮＡより少ないエクソンを有するｍＲＮＡ転写物から翻訳されたタンパク質は、結果として、野生型ｍＲＮＡ転写物から転写されたタンパク質より少ないアミノ酸残基を含む転写タンパク質となりうる。野生型タンパク質より少ないアミノ酸残基で構成された機能的なタンパク質は、野生型タンパク質と同じまたは同様の活性／機能性を有しうる。アンチセンスオリゴマーは、それがハイブリダイズする標的配列または標的領域「を指向する」またはこれら「に対してターゲティングされた」ということができる。ある特定の実施形態では、標的配列は、プレｍＲＮＡの３’スプライス接合部位もしくは５’スプライス接合部位を含む領域、分岐点、エクソンのスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）もしくはイントロンのスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、またはスプライシングの調節に関与する他の配列を含む。イントロン内では、ドナー部位（イントロンの５’末端）およびアクセプター部位（イントロンの３’末端）がスプライシングに必要である。スプライスドナー部位は、イントロンの５’末端にあるほとんど不変の配列ＧＵを、より大きい、それほど高度に保存されていない領域内に含む。イントロンの３’末端にあるスプライスアクセプター部位は、ほとんど不変のＡＧ配列によってイントロンを終結させる。標的配列は、エクソン／イントロンスプライス接合部部位内にある、またはエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる配列を含み得る。標的配列は、エクソン／イントロンドナースプライス部位を含み得る。
【００９９】
標的プレｍＲＮＡ配列に対する配列相補性であって、標的ＲＮＡのスプライシングをモジュレートするのに十分な配列相補性を有するアンチセンスオリゴマーは、スプライソソーム複合体に対する結合部位の遮蔽または妨害を誘発するのに十分な配列であって、他の点で、このようなスプライシングに影響を及ぼし、かつ／または、他の点で、ターゲティングされたプレｍＲＮＡの三次元構造の変更を含む配列を有するアンチセンスオリゴマーを含む。
【０１００】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０スプライス接合部にわたる配列に対する、十分な長さと相補性とを有する。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマー内のターゲティング配列は、標的配列、例えば、下記の表１に示される、配列番号１とハイブリダイズする。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、短い、例えば、約１２塩基の場合もあり、長い、例えば、約４０塩基の場合もあり、配列が、標的配列へのハイブリダイゼーション時に、スプライスモジュレーションを行うのに十分に相補的であり、任意選択で、ＲＮＡと共に、Ｔｍが、４５℃またはこれを超える、ヘテロ二重鎖を形成する限り、少数のミスマッチを含む。
【０１０１】
【表１】
2018518167.tif 000018
【０１０２】
多様な実施形態では、アンチセンスターゲティング配列と、標的配列との相補性の程度は、安定的な二重鎖を形成するのに十分である。アンチセンスオリゴマーの、標的配列との相補性の領域は、１２〜１５塩基という短い領域でありうるが、１２〜２０塩基またはこれを超える領域であることが可能であり、例えば、これらの範囲の間の全ての整数を含む、１２〜４０塩基、１２〜３０塩基、１２〜２５塩基、１２〜２２塩基、１５〜２５塩基、１５〜２２塩基、または１５〜２０塩基でありうる。約１２〜１５塩基のアンチセンスオリゴマーは一般に、固有の相補配列を有する程度に十分に長い。ある特定の実施形態では、本明細書で論じられる、必須の結合Ｔｍを達成するのに、最小の長さの相補塩基が要請されうる。
【０１０３】
多様な態様では、オリゴマーを、バイオアベイラビリティー、安定性、細胞更新（ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｕｐｄａｔｅ）、およびヌクレアーゼ分解に対する耐性を含むがこれらに限定されない、さらなる機能性のために構成する。一般に、４０塩基を含むオリゴマーは、適切である可能性があり、ここで、少なくとも最小数の塩基、例えば、１２塩基は、標的配列と相補的である。多様な態様では、オリゴマーを、促進された細胞取込みまたは能動的な細胞取込みを増強するように構成する。多様な実施形態では、これらのオリゴマーを、約３０塩基未満または約３０塩基の長さへと最適化する。多様な態様では、アンチセンスオリゴマーは、１または複数のホスホルアミデートモルホリノ単量体サブユニットまたはホスホロジアミデートモルホリノ単量体サブユニットを含む。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１８〜２５ホスホルアミデートモルホリノ単量体サブユニットまたはホスホロジアミデートモルホリノ単量体サブユニットを含む。本開示のさらなる態様に従い、アンチセンスオリゴマーの長さと、ホスホルアミデートモルホリノ単量体サブユニットまたはホスホロジアミデートモルホリノ単量体サブユニットのうちのいずれかを含む、修飾単量体サブユニットの数とを変動させて、製剤の最適の均衡および投与後の安定性、ならびに細胞取込みを得る。ある特定の実施形態では、最適化されたアンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミデートモルホリノ単量体サブユニットまたはホスホロジアミデートモルホリノ単量体サブユニットを含む全てのサブユニットまたは実質的に全てのサブユニットについて、１８〜２５塩基の長さを含む。
【０１０４】
多様な態様では、アンチセンスオリゴマーは、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列とを任意選択で含む、１２〜４０サブユニットを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部ヒトＶＩＩ型コラーゲン（the  exon/intron  splice  junction  human  type  VII  collagen）を含む。さらなる実施形態では、スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部（例えば、配列番号１）を含む。
【０１０５】
さらなる態様は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域と特異的にハイブリダイズする、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマーを含む。スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０の交点にあるスプライス接合部を含む。複数の実施形態では、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部は、配列番号１内のスプライス接合部を含む。
【０１０６】
さらなる態様は、修飾糖部分を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、修飾糖部分は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、およびモルホリノサブユニットから選択される。
【０１０７】
さらなる態様は、修飾ヌクレオシド間連結を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、修飾ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結から選択される。さらなる実施形態では、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結は、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合したリン原子を含む。
【０１０８】
さらなる態様は、修飾糖部分と修飾ヌクレオシド間連結との少なくとも１つの組合せを含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーであって、多様な実施形態では、１または複数のサブユニットが、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、モルホリノサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ−メチルサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’−フルオロサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸サブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、トリシクロＤＮＡサブユニット、
任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結、もしくはホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換された、ロックト核酸サブユニット、
ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、モルホリン環の窒素原子に共有結合させ、かつ、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、もしくは置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分に共有結合させたモルホリノサブユニット、
ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、４−アミノピペリジン−１−イル部分、もしくは置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合させたモルホリノサブユニット、
ホスホロチオエートヌクレオシド間もしくはホスホルアミデートヌクレオシド間連結で置換された、リボース糖サブユニット、
ホスホロチオエートヌクレオシド間連結もしくはホスホルアミデートヌクレオシド間連結で置換された、デオキシリボース糖サブユニット、
任意選択で置換された、ペプチド核酸サブユニット、
または前出の任意の組合せ
から選択されるアンチセンスオリゴマーを含む。
【０１０９】
多様な態様および実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーに共有結合したペプチドをさらに含む。多様な実施形態では、アルギニンに富む細胞透過性ペプチドを、アンチセンスオリゴマーの３’末端または５’末端にコンジュゲートさせる。
【０１１０】
複数の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０塩基からなる場合もあり、１２〜４０、１２〜３０、１４〜２５、１５〜３０、１７〜３０、１７〜２７、１２〜２７、１２〜２５、および１２〜２０塩基の範囲の場合もある。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１２〜約４０または約１２〜約３０塩基の長さである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１４〜約２５または約１７〜約２７塩基の長さである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマー配列は、少なくとも約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の連続塩基または非連続塩基であって、表１の標的配列（例えば、配列番号１、もしくは配列番号１の少なくとも一部にわたる配列）と相補的な連続塩基または非連続塩基を含む。
【０１１１】
アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンのプレｍＲＮＡ配列の、エクソン８０内もしくはイントロン８０内の配列もしくは領域またはこれらと隣接する配列もしくは領域と十分に相補的な塩基配列を含むことが典型的である。アンチセンスオリゴマーは、ＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡの異常なスプライシングを、有効にモジュレートし、これにより、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させることが可能なことが理想的である。この要件は、任意選択で、オリゴマー化合物が、哺乳動物細胞により能動的に取り込まれ、取り込まれると、標的ｍＲＮＡと共に、任意選択で、Ｔｍが、約４０℃または４５℃を超える、安定的な二重鎖（またはヘテロ二重鎖）を形成する能力を有する場合に満たされる。
【０１１２】
本明細書で使用される「相補的（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）」または「相補的（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）」とは、標的配列と相補的なヌクレオチド配列のうちの、約９０％〜約１００％を有するアンチセンスオリゴマーを指す。複数の実施形態では、相補的なヌクレオチド配列は、標的配列と特異的にハイブリダイズして、所望の効果、例えば、本明細書で記載される治療効果を誘導する。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、オリゴマーと標的配列との間に形成されるヘテロ二重鎖が、細胞ヌクレアーゼの作用、およびｉｎ  ｖｉｖｏにおいて生じうる、他の様態の分解に抗するのに十分に安定である限りにおいて、標的配列と１００％相補的な場合もあり、例えば、改変体を擁するように、ミスマッチを含む場合もある。よって、ある特定のオリゴマーは、オリゴマーと、標的配列との間の、約９０％または少なくとも約９０％の配列相補性、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列相補性を意味する、実質的な相補性を有しうる。本明細書では、ヌクレアーゼによる切断を受けにくいオリゴマーのヌクレオシド間連結が提供される。ミスマッチは、存在する場合、ハイブリッド二重鎖の中央部より、末端領域に向かって、より不安定化しにくくなることが典型的である。許容されるミスマッチの数は、よく理解されている、二重鎖安定性の原理に従い、オリゴマーの長さ、二重鎖内のＧ：Ｃ塩基対の百分率、および二重鎖内のミスマッチの位置に依存すると予想される。このようなアンチセンスオリゴマーは必ずしも、標的配列に対する、１００％の相補性を含むわけではないが、標的プレｍＲＮＡのスプライシングを十分にモジュレートする、例えば、本明細書で記載される治療効果を達成するように、標的配列に、有効に、安定的に、かつ特異的に結合するのに十分な相補性を有するべきである。
【０１１３】
理論に束縛されずに述べると、オリゴマーと、標的配列との間で形成される二重鎖の安定性は、結合Ｔｍと、二重鎖の、細胞酵素による切断の受けやすさとの関数であると考えられる。相補配列であるＲＮＡ二重鎖との関連における、オリゴマーのＴｍは、Ｈａｍｅｓら、「Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、１９８５年、１０７〜１０８頁により記載されている方法、またはＭｉｙａｄａ  Ｃ．  Ｇ．およびＷａｌｌａｃｅ  Ｒ．  Ｂ．、１９８７年、「Ｏｌｉｇｏｍｅｒ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１５４巻、９４〜１０７頁（この内容は、本明細書中に参考として援用される）において記載されている方法など、従来の方法により測定することができる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、相補配列であるＲＮＡ二重鎖との関連における結合Ｔｍであって、例えば、約４５℃または５０℃を超えるなど、体温を超えるＴｍを有する。６０〜８０℃またはこれを超える範囲のＴｍもまた含まれる。周知の原理に従い、相補性ベースのＲＮＡハイブリッド二重鎖との関連における、オリゴマーのＴｍは、二重鎖内のＣ：Ｇ対合塩基の比を増加させ、かつ／またはヘテロ二重鎖の長さ（塩基対での）を増加させることにより、上昇させることができる。同時に、細胞取込みを最適化させる目的では、オリゴマーのサイズを制限することも有利でありうる。この理由で、２５塩基またはこれ未満の長さで、高Ｔｍ（４５〜５０℃またはこれを超える）を示す化合物は一般に、高Ｔｍ値のために２５塩基を超える長さを必要とする化合物より好ましい。
【０１１４】
下記の表２は、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のエクソン８０／イントロン８０のプレｍＲＮＡ配列に関するイントロン／エクソンスプライス接合部と相補的な、例示的なターゲティング配列を示す（５’−３’の配向性で）。
【０１１５】
【表２】
2018518167.tif 000019
【０１１６】
こうして、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表２における配列（例えば、配列番号２、３、４もしくは６）を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、あるいは、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される。例えば、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、配列番号２、３、４もしくは６のいずれかのうちの約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチド、または少なくともほぼこれらの数の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチドを含む。非連続部分については、介在ヌクレオチドを、欠失させるか、または異なるヌクレオチドで置換することもでき、介在ヌクレオチドを付加することもできる。改変体のさらなる例は、約９０％または少なくとも約９０％の配列同一性または配列相同性、例えば、配列番号２、３、４もしくは６のいずれかの全長にわたる、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性または配列相同性を有するオリゴマーを含む。好ましい実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される。
【０１１７】
アンチセンスオリゴマーおよびその改変体の活性／機能性は、当技術分野における慣例的な技法に従いアッセイすることができる。例えば、サーベイされるＲＮＡのスプライス形態および発現レベルを、転写される核酸またはタンパク質のスプライス形態および／または発現を検出するための、多種多様な周知の方法のうちのいずれかにより評価することができる。このような方法の非限定的な例は、ＲＮＡのスプライシング形態についてのＲＴ−ＰＣＲに続く、ＰＣＲ産物のサイズによる分離、核酸ハイブリダイゼーション法、例えば、ノーザンブロット、ならびに／または核酸アレイ；核酸増幅法；タンパク質を検出するための免疫学的方法；タンパク質精製法；およびタンパク質機能アッセイまたはタンパク質活性アッセイの使用を含む。
【０１１８】
ＲＮＡ発現レベルは、ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（すなわち、転写されるオリゴヌクレオチド）を、細胞、組織、または生物体から調製し、ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡを、アッセイされる核酸またはその断片の相補体である基準オリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることにより評価することができる。ｃＤＮＡは、任意選択で、相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションの前に、様々なポリメラーゼ連鎖反応またはｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける転写法のうちのいずれかを使用して増幅することもできるが；増幅しないことが好ましい。１または複数の転写物の発現はまた、転写物の発現レベルについて評価する、定量的ＰＣＲを使用して検出することもできる。
【０１１９】
ＩＩＩ．アンチセンスオリゴマー化学
Ａ．一般的特徴
多様な態様および実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのスプライス接合部領域と特異的にハイブリダイズする。例示的なアンチセンスオリゴマーは、表２に明示されたターゲティング配列、表２のターゲティング配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片、または表２のターゲティング配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体を含む。他の例示的なアンチセンスオリゴマーは、表２に明示されたターゲティング配列からなるか、またはこれらから本質的になる。
【０１２０】
さらなる態様では、ヌクレアーゼ耐性アンチセンスオリゴマーが提供される。多様な実施形態では、１または複数のヌクレオシド間連結の修飾を含むアンチセンスオリゴマーが提供される。他の実施形態では、１または複数の修飾糖部分を含むアンチセンスオリゴマーが提供される。他の実施形態では、１または複数の修飾ヌクレオシド間連結と、１または複数の修飾糖部分との組合せを含む、アンチセンスオリゴマーが提供される。他の実施形態では、修飾ヌクレオ塩基単独、または修飾ヌクレオシド間連結もしくは修飾糖部分のうちのいずれかと組み合わせた修飾ヌクレオ塩基を含む、アンチセンスオリゴマーが提供される。
【０１２１】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、完全に修飾されたヌクレオシド間連結を有するオリゴマーを含むことが可能であり、例えば、ヌクレオシド間連結の１００％が修飾されている（例えば、２５ｍｅｒのアンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される修飾のうちの１つまたはこれらの任意の組合せで修飾された、２４のヌクレオシド間連結を含む）。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、そのヌクレオシド間連結の約１００％〜２．５％が修飾されたものを含みうる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、そのヌクレオシド間連結のうちの約９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または２．５％、およびその間の整数（ｉｔｅｒａｔｉｏｎ）の％が修飾されたものを含みうる。他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される修飾の任意の組合せを含みうる。
【０１２２】
修飾ヌクレオシド間連結のパーセントについての実施形態と組み合わせた実施形態を含む、多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、完全修飾糖部分を有するオリゴマーを含むことが可能であり、例えば、糖部分の１００％が修飾されている（例えば、２５ｍｅｒのアンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される修飾のうちの１つまたはこれらの任意の組合せで修飾された、２５の糖部分を含む）。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、その糖部分の約１００％〜２．５％が修飾されたものを含みうる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、その糖部分のうちの約９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または２．５％、およびその間の整数の％が修飾されたものを含みうる。他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される修飾の任意の組合せを含みうる。
【０１２３】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、実質的に非荷電であり、任意選択で、細胞膜を横切る、能動的な輸送または促進された輸送のための基質として適する。一部の実施形態では、全てのヌクレオシド間連結は、非荷電である。オリゴマーが、標的プレｍＲＮＡと共に、安定的な二重鎖を形成する能力はまた、標的との関連における、アンチセンスオリゴマーの相補性の長さおよび程度、Ｇ：Ｃ塩基マッチの、Ａ：Ｔ塩基マッチに対する比、ならびに任意のミスマッチ塩基の位置を含む、オリゴマーの他の特色にも関しうる。アンチセンスオリゴマーが、細胞ヌクレアーゼに抵抗する能力は、薬剤の存続および細胞質への最終的な送達を促進しうる。
【０１２４】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、生理学的ｐＨで正に荷電しているか、またはカチオン性である、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約５．５〜約１２の間のｐＫａを呈示する、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、もしくは１０のヌクレオシド間連結、少なくともほぼこれらの数のヌクレオシド間連結、またはほぼこれらの数を超えないヌクレオシド間連結であって、約４．５〜約１２の間のｐＫａを呈示するヌクレオシド間連結を含有する。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは１００％のヌクレオシド間連結、または少なくともほぼこれらの比率のヌクレオシド間連結であって、約４．５〜約１２の間のｐＫａを呈示するヌクレオシド間連結を含有する。任意選択で、アンチセンスオリゴマーは、塩基性の窒素と、アルキル基、アリール基、またはアラルキル基との両方を伴う、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。特定の実施形態では、１または複数のカチオン性ヌクレオシド間連結は、４−アミノピペリジン−１−イル（ＡＰＮ）基またはその誘導体を含む。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、モルホリン環を含む。理論に束縛されるわけではないが、オリゴマー内の、１または複数のカチオン性連結（例えば、ＡＰＮ基またはＡＰＮ誘導体）の存在は、標的ヌクレオチド内の、負に荷電したホスフェートへの結合を促進することが考えられる。こうして、変異体ＲＮＡと、カチオン性連結を含有するオリゴマーとの間のヘテロ二重鎖の形成は、イオン性引力およびワトソン−クリック塩基対合の両方により一体に保持されうる。
【０１２５】
多様な実施形態では、カチオン性連結の数は、少なくとも２つであり、全ヌクレオシド間連結の約半分を超えず、例えば、約１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のカチオン性連結、またはほぼこれらを超えないカチオン性連結である。一部の実施形態では、しかし、ヌクレオシド間連結のうちの、最大で全ては、カチオン性連結であり、例えば、全ヌクレオシド間連結のうちの約１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、もしくは４０、または少なくともほぼこれらの数は、カチオン性連結である。さらなる実施形態では、約１９〜２０単量体サブユニットのオリゴマーは、２つ〜１０、例えば、４〜８つのカチオン性連結と、残りの非荷電連結とを有しうる。他の具体的な実施形態では、１４〜１５サブユニットのオリゴマーは、２〜７つ、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つのカチオン性連結と、残りの非荷電連結とを有しうる。こうして、オリゴマー内のカチオン性連結の総数は、約１〜１０〜１５〜２０〜３０またはこれを超えて（間の全ての整数を含む）変動することが可能であり、オリゴマー全体にわたり散在しうる。
【０１２６】
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、１０の非荷電連結ごとに約４つ〜５つまたは４つもしくは５つなど、２つ〜５つまたは２つ、３つ、４つ、もしくは５つの非荷電連結ごとに約１つのカチオン性連結または最大で約１つのカチオン性連結を有しうる。
【０１２７】
ある特定の実施形態は、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のカチオン性連結を含有するアンチセンスオリゴマーを含む。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の最適な改善は、ヌクレオシド間連結のうちの約２５％がカチオン性である場合に見ることができる。ある特定の実施形態では、増強は、少数（例えば、１０〜２０％）のカチオン性連結に関して見ることもでき、カチオン性連結の数が、約６０％など、５０〜８０％の範囲内にある場合に見ることもできる。
【０１２８】
さらなる実施形態では、カチオン性連結を、ヌクレオシド間連結に沿って散在させる。このようなオリゴマーは任意選択で、少なくとも２つの連続非荷電連結を含有する；すなわち、オリゴマーは任意選択で、その全長に沿って、厳密に交互のパターンを有さない。具体的な場合では、各１つまたは２つのカチオン性連結は、ヌクレオシド間連結に沿って、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、もしくは５つの非荷電連結により隔てられる。
【０１２９】
また、カチオン性連結のブロックと、非荷電連結のブロックとを有するオリゴマーも含まれる。例えば、中央の非荷電連結のブロックが、カチオン性連結のブロックに挟まれる場合もあり、この逆の場合もある。一部の実施形態では、オリゴマーは、ほぼ等長の５’領域、３’領域、および中央領域を有し、中央領域内のカチオン性連結の百分率は、カチオン性連結の総数のうちの、約５０％、６０％、７０％、または８０％を超える。
【０１３０】
ある特定のアンチセンスオリゴマーでは、カチオン性連結のバルク（例えば、カチオン性連結のうちの７０、７５％、８０％、９０％）は、ヌクレオシド間連結の「中央領域」、例えば、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、または１５の真ん中の連結（ｃｅｎｔｅｒｍｏｓｔ  ｌｉｎｋａｇｅ）に近接して分布する。例えば、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４ｍｅｒのオリゴマーは、全カチオン性連結のうちの、少なくとも５０％、６０％、７０％、または８０％を、８つ、９つ、１０、１１、または１２の真ん中の連結へと局在化させうる。
【０１３１】
Ｂ．化学の特色
アンチセンスオリゴマーは、様々なヌクレオチド類似体サブユニットを含有しうる。さらなる例は、
ホスホルアミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｍｉｄａｔｅ）を含有するオリゴマー、
ホスホロジアミデートを含有するオリゴマー、
ホスホロチオエートを含有するオリゴマー、
モルホリノを含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結またはホスホロジアミデートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
２’Ｏ−メチルを含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
ロックト核酸（ＬＮＡ）を含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
２’Ｏ−メトキシエチル（ＭＯＥ）を含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
２’−フルオロを含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）を含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）を含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホス
ホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］を含有するオリゴマーであって、任意選択で、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結で置換されたオリゴマー、
モルホリノを含有するオリゴマーであって、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、モルホリン環の窒素原子に共有結合させ、かつ、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、または置換（１，４−ピペラジン）−１−イル（ＰＭＯプラス）部分に共有結合させたオリゴマー、
モルホリノを含有するオリゴマーであって、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結をさらに含み、ホスホロジアミデートのリン原子を、モルホリン環の窒素原子に共有結合させ、かつ、４−アミノピペリジン−１−イル部分（すなわち、ＡＰＮ）または置換４−アミノピペリジン−１−イル（ＰＭＯ−Ｘ）部分に共有結合させたオリゴマー、
リボース糖を含有するオリゴマーであって、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結またはホスホルアミデートヌクレオシド間連結をさらに含むオリゴマー、
デオキシリボース糖を含有するオリゴマーであってホスホロチオエートヌクレオシド間連結オリゴマーまたはホスホルアミデートヌクレオシド間連結をさらに含むオリゴマー、
任意選択でさらに置換された、ペプチドコンジュゲートホスホロジアミデートモルホリノ含有オリゴマー（ＰＰＭＯ）、
さらなる置換を含む、任意選択でさらに置換された、ペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマー、
および前出のうちのいずれかの組合せを含む。
【０１３２】
ある特定の実施形態では、ホスホロジアミデート連結のリン原子を、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分で、さらに置換する。
【０１３３】
一般に、ＰＮＡ化学およびＬＮＡ化学は、ＰＭＯおよび２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーと比べた、それらの比較的高度な標的結合強度のために、より短いターゲティング配列を活用しうる。ホスホロチオエート化学と、２’Ｏ−Ｍｅ化学とを組み合わせて、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオエート類似体を作出することができる。例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１３／１１２０５３号および同第ＷＯ／２００９／００８７２５号を参照されたい。
【０１３４】
場合によって、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）などのアンチセンスオリゴマーを、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートさせて、細胞内送達を促進することができる。ペプチドコンジュゲートＰＭＯは、ＰＰＭＯと呼ばれ、ある特定の実施形態は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１２／１５０９６０号において記載されているＰＰＭＯを含む。一部の実施形態では、例えば、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーの３’末端にコンジュゲートまたは連結させた、アルギニンに富むペプチド配列を使用することができる。
【０１３５】
１．ペプチド核酸（ＰＮＡ）
ペプチド核酸（ＰＮＡ）とは、骨格が、デオキシリボース骨格と構造的に同形である、ＤＮＡの類似体であって、ピリミジン塩基またはプリン塩基を結合させた、Ｎ−（２−アミノエチル）グリシン単位からなる類似体である。天然のピリミジン塩基およびプリン塩基を含有するＰＮＡは、ワトソン−クリック塩基対合則に従う相補的オリゴマーとハイブリダイズし、塩基対認識の点で、ＤＮＡを模倣する（Ｅｇｈｏｌｍ、Ｂｕｃｈａｒｄｔら、１９９３年）。ＰＮＡのヌクレオシド間連結は、ホスホジエステル結合ではなく、ペプチド結合により形成されることから、アンチセンス適用（下記の構造を参照されたい）に良好に適する。骨格が非荷電である結果として、通常を超える熱安定性を呈示する、ＰＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＰＮＡ／ＲＮＡ二重鎖がもたらされる。ＰＮＡは、ヌクレアーゼによっても、プロテアーゼによっても認識されない。ＰＮＡサブユニットを含むＰＮＡオリゴマーの非限定的な例を、下記：
【化１６】
2018518167.tif 000020
に描示する。
【０１３６】
天然構造に対する大幅な構造変化にもかかわらず、ＰＮＡは、ヘリックス形態による、ＤＮＡまたはＲＮＡへの配列特異的結合が可能である。ＰＮＡの特徴は、相補的なＤＮＡまたはＲＮＡに対する高結合アフィニティー、単一塩基ミスマッチにより引き起こされる不安定化効果、ヌクレアーゼおよびプロテアーゼに対する耐性、塩濃度に依存しない、ＤＮＡまたはＲＮＡとのハイブリダイゼーション、およびホモプリンＤＮＡとの三重鎖形成を含む。ＰＡＮＡＧＥＮＥ（Ｄａｅｊｅｏｎ、Ｋｏｒｅａ）は、Ｂｔｓ  ＰＮＡ単量体（Ｂｔｓ；ベンゾチアゾール−２−スルホニル基）と、オリゴマー化工程とを開発している。Ｂｔｓ  ＰＮＡ単量体を使用する、ＰＮＡのオリゴマー化は、脱保護、カップリング、およびキャッピングの反復的サイクルから構成される。ＰＮＡは、当技術分野で公知の任意の技法を使用して、合成により作製することができる。例えば、米国特許第６，９６９，７６６号、同第７，２１１，６６８号、同第７，０２２，８５１号、同第７，１２５，９９４号、同第７，１４５，００６号、および同第７，１７９，８９６号を参照されたい。ＰＮＡの調製についてはまた、米国特許第５，５３９，０８２号；同第５，７１４，３３１号；および同第５，７１９，２６２号も参照されたい。ＰＮＡ化合物についてのさらなる教示は、Ｎｉｅｌｓｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５４巻：１４９７〜１５００頁、１９９１年においても見出すことができる。前出の各々は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる。
【０１３７】
２．ロックト核酸（ＬＮＡ）
アンチセンスオリゴマー化合物はまた、「ロックト核酸」サブユニット（ＬＮＡ）も含有しうる。「ＬＮＡ」とは、架橋核酸（ＢＮＡ）と呼ばれる修飾のクラスのメンバーである。ＢＮＡは、リボース環のコンフォメーションを、Ｃ３０−エンド（ノーザン）糖パッカー（ｓｕｇａｒ  ｐｕｃｋｅｒ）にロックする共有結合的連結を特徴とする。ＬＮＡでは、架橋は、２’−Ｏ位と４’−Ｃ位との間のメチレンから構成される。ＬＮＡは、骨格の事前組織化（ｐｒｅｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ）および塩基スタッキングを増強して、ハイブリダイゼーションおよび熱安定性を増加させる。
【０１３８】
ＬＮＡの構造は、例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Ｗｅｎｇｅｌら、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（１９９８年）、４５５巻；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８年）、５４巻：３６０７頁、およびＡｃｃｏｕｎｔｓ  ｏｆ  Ｃｈｅｍ．  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９９年）、３２巻：３０１頁）；Ｏｂｉｋａら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ（１９９７年）、３８巻：８７３５頁；（１９９８年）、３９巻：５４０１頁、ならびにＢｉｏｏｒｇａｎｉｃ  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００８年）、１６巻：９２３０頁において見出すことができる。ＬＮＡサブユニットと、ホスホジエステルヌクレオシド間連結とを含む、ＬＮＡオリゴマーの非限定的な例を、下記：
【化１７】
2018518167.tif 000021
に描示する。
【０１３９】
本開示の化合物には、１または複数のＬＮＡを組み込むことができ、場合によって、化合物を、ＬＮＡから完全に構成することもできる。個別のＬＮＡヌクレオシドサブユニットの合成およびオリゴマーへのそれらの組込みのための方法については、例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第７，５７２，５８２号、同第７，５６９，５７５号、同第７，０８４，１２５号、同第７，０６０，８０９号、同第７，０５３，２０７号、同第７，０３４，１３３号、同第６，７９４，４９９号、および同第６，６７０，４６１号において記載されている。典型的なヌクレオシド間リンカーは、ホスホジエステル部分およびホスホロチオエート部分を含み、代替的に、リン非含有リンカーを使用することもできる。さらなる実施形態は、ＬＮＡ含有化合物を含み、各ＬＮＡサブユニットは、ＤＮＡサブユニットで隔てられている。ある特定の化合物は、交互のＬＮＡサブユニットおよびＤＮＡサブユニットから構成され、ヌクレオシド間リンカーは、ホスホロチオエートである。
【０１４０】
２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）は、ＢＮＡのクラスの別のメンバーである。ＥＮＡサブユニットおよびホスホジエステルヌクレオシド間連結の非限定的な例を、下記：
【化１８】
2018518167.tif 000022
に描示する。
【０１４１】
ＥＮＡオリゴマーおよびそれらの調製については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｏｂｉｋａら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｔｔ、３８巻（５０号）：８７３５頁において記載されている。本開示の化合物には、１または複数のＥＮＡサブユニットを組み込むことができる。
【０１４２】
３．ホスホロチオエート
「ホスホロチオエート」（またはＳ−オリゴ）とは、生来ＤＮＡまたは生来ＲＮＡの改変体であって、ホスホジエステルヌクレオシド間連結の非架橋酸素のうちの１つを、硫黄で置きかえた改変体である。デオキシリボースサブユニットと、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結とを含む、ホスホロチオエートＤＮＡ（左）、および、リボースサブユニットと、ホスホロチオエート（ｐｈｏｓｏｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ）ヌクレオシド間連結とを含む、ホスホロチオエートＲＮＡ（右）の非限定的な例を、下記：
【化１９】
2018518167.tif 000023
に描示する。
【０１４３】
ヌクレオシド間結合の硫黄化（ｓｕｌｆｕｒｉｚａｔｉｏｎ）は、５’−３’および３’−５’ＤＮＡ  ＰＯＬ  １エクソヌクレアーゼ、ヌクレアーゼＳ１およびＰ１、ＲＮアーゼ、血清ヌクレアーゼ、ならびにヘビ毒ホスホジエステラーゼを含む、エンドヌクレアーゼおよびエクソヌクレアーゼの作用を低減する。ホスホロチオエートは、２つの主要な経路：ホスホン酸水素上の炭素ジスルフィド内の硫黄元素の溶解作用、または亜リン酸トリエステルを、テトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）もしくは３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシド（3H-1,2-bensodithiol-3-one  1,1-dioxide；ＢＤＴＤ）で硫黄化する方法（例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Ｉｙｅｒら、Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．５５巻、４６９３〜４６９９頁、１９９０年を参照されたい）により作製し得る。後者の方法は、大半の有機溶媒中の硫黄元素の不溶性および炭素ジスルフィドの毒性の問題を回避する。ＴＥＴＤ法およびＢＤＴＤ法はまた、高純度のホスホロチオエートももたらす。
【０１４４】
４．トリシクロＤＮＡおよびトリシクロホスホロチオエートヌクレオチド
トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）とは、各ヌクレオチドを、シクロプロパン環の導入により修飾して、骨格のコンフォメーション可撓性を制約し、ねじれ角γの骨格形状を最適化した、拘束ＤＮＡ類似体のクラスである。ホモ塩基性のアデニン含有ｔｃ−ＤＮＡおよびチミン含有ｔｃ−ＤＮＡは、相補的なＲＮＡと共に、極めて安定的なＡ−Ｔ塩基対を形成する。トリシクロＤＮＡおよびそれらの合成については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１０／１１５９９３号において記載されている。本開示の化合物には、１または複数のトリシクロＤＮＡサブユニットを組み込むことができ、場合によって、化合物は、トリシクロＤＮＡサブユニットから完全に構成されうる。
【０１４５】
トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドとは、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を伴うトリシクロＤＮＡサブユニットである。トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドおよびそれらの合成については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０５３９２８号において記載されている。本開示の化合物には、１または複数のトリシクロＤＮＡサブユニットを組み込むことができ、場合によって、化合物は、トリシクロＤＮＡヌクレオチドから完全に構成されうる。トリシクロＤＮＡ／三環系（ｔｒｉｃｙｃｌｅ）サブユニットおよびホスホジエステルヌクレオシド間連結の非限定的な例を、下記：
【化２０】
2018518167.tif 000024
に描示する。
【０１４６】
５．  ２’Ｏ−メチルオリゴマー、２’Ｏ−ＭＯＥオリゴマー、および２’−Ｆオリゴマー
「２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー」分子は、リボース分子の２’−ＯＨ残基において、メチル基を保有するサブユニットを含む。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡは、ＤＮＡと同じ（または類似の）挙動を示すが、ヌクレアーゼによる分解に対して保護されている。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡはまた、さらなる安定化のために、ホスホロチオエートオリゴマー（ＰＴＯ）と組み合わせることもできる。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー（２’ＯＭｅサブユニットが、ホスホジエステルヌクレオシド間連結またはホスホロチオエートヌクレオシド間連結により接続されている）は、当技術分野における慣例的な技法（例えば、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｙｏｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、３２巻：２００８〜１６頁、２００４年を参照されたい）に従い、合成することができる。２’ＯＭｅサブユニットおよびホスホジエステルサブユニット間連結を含む２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーの非限定的な例を、下記：
【化２１】
2018518167.tif 000025
に描示する。
【０１４７】
２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーはまた、ホスホロチオエート連結（２’Ｏ−Ｍｅホスホロチオエートオリゴマー）も含みうる。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーなどの２’Ｏ−メトキシエチルオリゴマー（２’−Ｏ  ＭＯＥ）は、リボース分子の２’−ＯＨ残基において、メトキシエチル基を保有するサブユニットを含み、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｍａｒｔｉｎら、Ｈｅｌｖ．  Ｃｈｉｍ．  Ａｃｔａ、７８巻、４８６〜５０４頁、１９９５年において論じられている。２’Ｏ−ＭＯＥサブユニットの非限定的な例を、下記：
【化２２】
2018518167.tif 000026
に描示する。
【０１４８】
前出のアルキル化２’ＯＨリボース誘導体と対照的に、２’−フルオロオリゴマーは、２’位において、２’ＯＨの代わりにフルオロラジカルを有するサブユニットを含む。２’−Ｆサブユニットおよびホスホジエステルヌクレオシド間連結を含む２’−Ｆオリゴマーの非限定的な例を、下記：
【化２３】
2018518167.tif 000027
に描示する。
【０１４９】
２’−フルオロオリゴマーについては、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＷＯ２００４／０４３９７７においてさらに記載されている。本開示の化合物には、１または複数の２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−ＭＯＥサブユニット、および２’−Ｆサブユニットを組み込むことができ、本明細書で記載されるヌクレオシド間連結のうちのいずれかを活用することができる。場合によって、本開示の化合物は、２’Ｏ−メチル、２’Ｏ−ＭＯＥ、または２’−Ｆサブユニットから完全に構成しうると予想される。本開示の化合物についての一実施形態は、２’Ｏ−メチルサブユニットから完全に構成される。
【０１５０】
６．  ２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］オリゴマー（ＭＣＥ）
ＭＣＥは、本開示の化合物中で有用な、２’Ｏ修飾リボヌクレオシドの別の例である。この例では、２’ＯＨを、２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル部分へと誘導体化して、ヌクレアーゼ耐性を増加させる。ＭＣＥサブユニットおよびホスホジエステルヌクレオシド間連結を含むＭＣＥオリゴマーの非限定的な例を、下記：
【化２４】
2018518167.tif 000028
に描示する。
【０１５１】
ＭＣＥおよびそれらの合成については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｙａｍａｄａら、Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．、７６巻（９号）：３０４２〜５３頁において記載されている。本開示の化合物には、１または複数のＭＣＥサブユニットを組み込むことができる。
【０１５２】
７．モルホリノベースのオリゴマー
モルホリノベースのオリゴマーとは、ヌクレオ塩基を支持するモルホリノサブユニットを含むオリゴマーを指し、リボースの代わりに、モルホリン環を含有する。例示的なヌクレオシド間連結は、例えば、１つのモルホリノサブユニットのモルホリン環窒素を、隣接するモルホリノサブユニットの４’環外炭素に接合する、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結またはホスホロジアミデートヌクレオシド間連結を含む。各モルホリノサブユニットは、塩基特異的水素結合により、オリゴヌクレオチド内の塩基に結合するのに有効な、プリンまたはピリミジンのヌクレオ塩基を含む。
【０１５３】
モルホリノベースのオリゴマー（アンチセンスオリゴマーを含む）については、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第５，６９８，６８５号；同第５，２１７，８６６号；同第５，１４２，０４７号；同第５，０３４，５０６号；同第５，１６６，３１５号；同第５，１８５，４４４号；同第５，５２１，０６３号；同第５，５０６，３３７号；ならびに係属中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号；同第１２／２７１，０４０号；およびＰＣＴ公開第ＷＯ／２００９／０６４４７１号および同第ＷＯ／２０１２／０４３７３０号；ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎら、１９９７年、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ」、７巻、１８７〜１９５頁において詳述されている。
【０１５４】
オリゴマー構造内で、リン酸基は一般に、オリゴマーの「ヌクレオシド間連結」を形成する基として言及される。ＲＮＡおよびＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間連結は、３’−５’ホスホジエステル連結である。「ホスホルアミデート」基が、３つの結合酸素原子と、１つの結合窒素原子とを有するリンを含むのに対し、「ホスホロジアミデート」基は、２つの結合酸素原子と、２つの結合窒素原子とを有するリンを含む。本明細書で記載されるモルホリノベースのオリゴマーの非荷電ヌクレオシド間連結またはカチオン性ヌクレオシド間連結では、１つの窒素は常に、連結鎖に対してペンダントであるものである。ホスホロジアミデート連結における第２の窒素は、モルホリン環構造内の環窒素であることが典型的である。
【０１５５】
「ＰＭＯ−Ｘ」とは、（ｉ）モルホリン環の窒素原子への共有結合、および（ｉｉ）例えば、４−アミノピペリジン−１−イル（すなわち、ＡＰＮ）または４−アミノピペリジン−１−イルの誘導体の環窒素への第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノベースのオリゴマーを指す。例示的なＰＭＯ−Ｘオリゴマーについては、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／３８４５９号およびＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０７４８３４号において開示されている。ＰＭＯ−Ｘは、リン原子を、モルホリノ基、および４−アミノピペリジン−１−イル（すなわち、ＡＰＮ）の環窒素へと連結する、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を含む、ＰＭＯ−Ｘオリゴマーを指す、「ＰＭＯ−ａｐｎ」または「ＡＰＮ」を含む。具体的な実施形態では、表２に明示されたターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つのＡＰＮを含有する連結またはＡＰＮ誘導体を含有する連結を含む。多様な実施形態は、モルホリノベースのオリゴマーであって、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の、ＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体を含有する連結を有し、残りの連結（１００％未満である場合）が、非荷電連結であり、例えば、全ヌクレオシド間連結のうちの約１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０、または少なくともほぼこれらの数が、ＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体を含有する連結であるオリゴマーを含む。
【０１５６】
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
【化２５】
2018518167.tif 000029
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、式中、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化２６】
2018518167.tif 000030
の部分から選択され、式中、
Ａは、−ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８、およびＲ１から選択され、式中、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、そして
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化２７】
2018518167.tif 000031
の部分から選択され、式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例は、
−Ｎ（Ｒ１３）２Ｒ１４［式中、各Ｒ１３は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、そしてＲ１４は、電子対およびＨから選択される］；
式（ＩＩ）：
【化２８】
2018518167.tif 000032
の部分［式中、
Ｒ１５は、Ｈ、Ｇ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
Ｒ１８は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｑは、１〜５の整数であり；
Ｒ１６は、電子対およびＨから選択され；そして
各Ｒ１７は、Ｈおよびメチルから独立に選択される］；および
式（ＩＩＩ）：
【化２９】
2018518167.tif 000033
の部分［式中、
Ｒ１９は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｒＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）４ＮＨ２、およびＧから選択され、式中、
Ｒ２２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｒは、１〜５の整数であり、
Ｒ２０は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、そして
Ｒ２１は、電子対およびＨから選択される］
から独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｓＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および式：
【化３０】
2018518167.tif 000034
の部分から選択され、式中、
Ｒ２３は、式−（Ｏ−アルキル）ｖ−ＯＨを有し、式中、ｖは、３〜１０の整数であり、ｖ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ２４は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｓは、１〜５の整数であり；
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され；
各Ｒ２５は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２を有し、式中、各Ｒ２６は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２を有し、そして
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、
ここで、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であるか、またはＧは、式：
【化３１】
2018518167.tif 000035
を有し、式中、ＣＰＰは、Ｇの最大で１つの例が存在するという条件で、ＣＰＰのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に結合している］
である。
【０１５７】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたっている。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１５８】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６の１つを含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６の少なくとも１つから選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６の少なくとも１つから選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体（variant）であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１５９】
一部の実施形態では、式（Ｉ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１６０】
一部の実施形態では、Ｒ３は、式：
【化３２】
2018518167.tif 000036
の部分［式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ２５は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２を有し、式中、各Ｒ２６は、式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２を有する］
である。このような部分については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第７，９３５，８１６号においてさらに記載されている。
【０１６１】
ある特定の実施形態では、Ｒ３は、下記：
【化３３】
2018518167.tif 000037
で描示されるいずれかの部分を含みうる。
【０１６２】
多様な実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｒ２は、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３は、電子対またはＨから選択される。一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｇであり、ＣＰＰは、配列番号９〜２４から選択される配列を有する。ある特定の実施形態では、Ｒ２は、Ｈである。
【０１６３】
ある特定の実施形態では、各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態では、Ｒ１基の約５０〜９０％は、ジメチルアミノ（すなわち、−Ｎ（ＣＨ３）２）である。ある特定の実施形態では、Ｒ１基の約６６％は、ジメチルアミノである。
【０１６４】
本開示の一部の実施形態では、Ｒ１は、
【化３４】
2018518167.tif 000038
から選択することができる。
【０１６５】
一部の実施形態では、少なくとも１つのＲ１は、
【化３５】
2018518167.tif 000039
である。
【０１６６】
ある特定の実施形態では、Ｔは、式：
【化３６】
2018518167.tif 000040
［式中、Ａは、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ６は、式：
【化３７】
2018518167.tif 000041
を有し、式中、Ｒ１０は、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１１ＯＨである］
を有する。
【０１６７】
一部の実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｔは、
【化３８】
2018518167.tif 000042
から選択される。
【０１６８】
ある特定の実施形態では、Ｔは、式：
【化３９】
2018518167.tif 000043
を有する。
【０１６９】
多様な実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｒ２は、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３は、電子対またはＨから選択される。一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｇであり、ＣＰＰは、下記に記載される、配列番号９〜２４から選択される配列を有する。
【０１７０】
他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶ）：
【化４０】
2018518167.tif 000044
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、式中、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化４１】
2018518167.tif 000045
の部分から選択され、式中、
Ａは、−ＯＨおよび−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８から選択され、式中、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、そして
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化４２】
2018518167.tif 000046
の部分から選択され、式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３から選択され、そして
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択される］
である。
【０１７１】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたる。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記エクソン／イントロンスプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１７２】
多様な実施形態では、化合物（ＩＶ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
一部の実施形態では、式（ＩＶ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１７３】
多様な実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｒ２は、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３は、電子対またはＨから選択される。一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｇであり、ＣＰＰは、配列番号９〜２４から選択される配列を有する。ある特定の実施形態では、Ｒ２は、Ｈである。
【０１７４】
一部の実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｔは、
【化４３】
2018518167.tif 000047
から選択される。
【０１７５】
一部の実施形態では、Ｔは、式：
【化４４】
2018518167.tif 000048
を有し、Ｒ２は、水素であり、Ｒ３は、電子対である。
【０１７６】
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｖ）：
【化４５】
2018518167.tif 000049
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏおよび−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびＧから独立に選択され、式中、Ｒ５は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは、１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨおよび式：
【化４６】
2018518167.tif 000050
の部分から選択され、式中、
Ａは、−ＯＨおよび−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８から選択され、式中、
各Ｒ７は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対およびＨから選択され、そして
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および式：
【化４７】
2018518167.tif 000051
の部分から選択され、式中、
Ｒ９は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中、
ｍは、１〜５の整数であり、
Ｒ１１は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−を有し、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々は、Ｃ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ここで、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であるか、またはＧは、式：
【化４８】
2018518167.tif 000052
を有し、式中、ＣＰＰは、Ｇの最大で１つの例が存在するという条件で、ＣＰＰのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に結合している］
である。
【０１７７】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたる。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１７８】
多様な実施形態では、化合物（Ｖ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
一部の実施形態では、式（Ｖ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１７９】
一部の実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｔは、
【化４９】
2018518167.tif 000053
から選択される。
【０１８０】
一部の実施形態では、Ｔは、式：
【化５０】
2018518167.tif 000054
を有する。
【０１８１】
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩ）：
【化５１】
2018518167.tif 000055
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１５〜２５の整数であり；
各Ｙは、Ｏであり；
各Ｒ１は、
【化５２】
2018518167.tif 000056
から独立に選択される］
である。
【０１８２】
多様な実施形態では、少なくとも１つのＲ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態では、各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１８３】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたる。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１８４】
多様な実施形態では、化合物（ＶＩ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１８５】
一部の実施形態では、式（ＶＩ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１８６】
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩ）：
【化５３】
2018518167.tif 000057
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏであり；
各Ｒ１は、
【化５４】
2018518167.tif 000058
から独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３から選択され、そして
Ｒ３は、電子対、ＨおよびＣ１〜Ｃ６アルキルから選択される］
である。
【０１８７】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたる。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記エクソン／イントロン接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１８８】
多様な実施形態では、化合物（ＶＩＩ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１８９】
一部の実施形態では、式（ＶＩＩ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１９０】
多様な実施形態では、Ｙは、Ｏであり、Ｒ２は、ＨまたはＧから選択され、Ｒ３は、電子対またはＨから選択される。一部の実施形態では、Ｒ２は、Ｇであり、ＣＰＰは、配列番号９〜２４から選択される配列である。ある特定の実施形態では、Ｒ２は、Ｈである。
【０１９１】
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩＩ）：
【化５５】
2018518167.tif 000059
の化合物または薬学的に許容されるその塩［式中、
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり；
Ｚは、１０〜３８の整数である］
である。
【０１９２】
多様な実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）内のスプライス接合部領域の少なくとも一部と相補的である、またはそれにわたる。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的であり、前記接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。
【０１９３】
多様な実施形態では、化合物（ＶＩＩＩ）のターゲティング配列は、配列番号２、３、４、もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるターゲティング配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、３、４、もしくは６から選択されるターゲティング配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１９４】
一部の実施形態では、化合物（ＶＩＩＩ）のターゲティング配列は、
ａ）配列番号２（ＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡ）［Ｚは、２２である］、
ｂ）配列番号３（ＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧ）［Ｚは、２２である］、
ｃ）配列番号４（ＡＡＧＧＸＸＣＸＸＧＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣ）［Ｚは、２２である］、および
ｄ）配列番号６（ＧＧＸＡＣＸＣＡＣＣＡＣＸＧＧＧＣＣＡＧＩＧ）［Ｚは、２２である］
から選択され、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１９５】
一部の実施形態では、式（Ｉ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、および（ＶＩＩＩ）の化合物を含む本開示のアンチセンスオリゴマーの各Ｎｕは、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン（イノシン）、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、および１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジニル）から独立に選択される。一部の実施形態では、式（Ｉ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、および（ＶＩＩＩ）の化合物を含む本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列を含むか、配列番号２、３、４もしくは６から選択されるか、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列のうちの、少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または、配列番号２、３、４もしくは６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択され、Ｉは、イノシンである。
【０１９６】
本開示に従い使用されうる、さらなるアンチセンスオリゴマー／化学は、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、以下の特許および特許公報：ＰＣＴ公開第ＷＯ２００７／００２３９０号；同第ＷＯ２０１０／１２０８２０号；および同第ＷＯ２０１０／１４８２４９号；米国特許第７，８３８，６５７号；ならびに米国特許出願第２０１１／０２６９８２０号において記載されているアンチセンスオリゴマー／化学を含む。
【０１９７】
Ｃ．モルホリノサブユニットおよびホスホルアミデートヌクレオシド間リンカーの調製
モルホリノ単量体サブユニット、修飾ヌクレオシド間連結、およびこれらを含むオリゴマーは、例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第５，１８５，４４４号および同第７，９４３，７６２号において記載されている通りに調製することができる。モルホリノサブユニットは、以下の一般的な反応スキームＩに従い調製することができる。
【０１９８】
【化５６】
2018518167.tif 000060
【０１９９】
反応スキーム１［式中、Ｂは、塩基対合部分を表し、ＰＧは、保護基を表す］を参照すると、モルホリノサブユニットは、示される通り、対応するリボヌクレオシド（１）から調製することができる。モルホリノサブユニット（２）は、任意選択で、適切な保護基前駆体、例えば、トリチルクロリドを伴う反応により保護することができる。下記でより詳細に記載される通り、３’保護基は一般に、固体オリゴマー合成時に除去する。塩基対合部分は、固相オリゴマー合成に適するように保護することができる。適切な保護基は、アデニンおよびシトシンのためのベンゾイル、グアニンのためのフェニルアセチル、およびヒポキサンチン（Ｉ）のためのピバロイルオキシメチルを含む。ピバロイルオキシメチル基は、ヒポキサンチン複素環塩基のＮ１位へと導入することができる。非保護のヒポキサンチンサブユニットも使用しうるが、塩基を保護する場合の活性化反応の収率は、はるかに優れている。他の適切な保護基は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第８，０７６，４７６号において開示されている保護基を含む。
【０２００】
活性化リン化合物４を伴う化合物３の反応は、所望の連結部分である化合物５を有するモルホリノサブユニットをもたらす。構造４の化合物は、任意の数の、当業者に公知の方法を使用して調製することができる。例えば、このような化合物は、対応するアミンと、オキシ塩化リン（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｕｓ  ｏｘｙｃｈｌｏｒｉｄｅ）との反応により調製することができる。この点で、アミン出発材料は、当技術分野で公知の任意の方法、例えば、実施例、ならびに参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第５，１８５，４４４号、同第７，９４３，７６２号、および同第８，７７９，１２８号において記載されている方法を使用して調製することができる。
【０２０１】
構造５の化合物は、ヌクレオシド間連結を含むオリゴマーを調製するための固相自動式オリゴマー合成において使用することができる。このような方法は、当技術分野で周知である。略述すると、構造５の化合物は、固体支持体へのリンカーを含有するように、５’末端において修飾することができる。例えば、化合物５は、Ｌ１１およびＬ１５を含むリンカーにより、固体支持体へと連結することができる。例示的な方法を、図１Ａに実証する。支持がなされたら、保護基（例えば、トリチル）を除去し、遊離アミンを、第２の構造５の化合物の活性化リン部分と反応させる。このシークエンスを、所望の長さのオリゴが得られるまで繰り返す。５’末端における保護基は、除去することもでき、５’修飾が望ましい場合は、残すこともできる。オリゴは、任意の数の方法、例えば、ＤＴＴによる処理に続く、水酸化アンモニウムによる処理を使用して、固体支持体から除去することができる。
【０２０２】
修飾モルホリノサブユニットおよびモルホリノベースのオリゴマーの調製については、実施例においてより詳細に記載する。本明細書で記載される方法、当技術分野で公知であり、かつ／または参照により本明細書で記載される方法を使用して、任意の数の修飾連結を含有するモルホリノベースのオリゴマーを調製することができる。実施例ではまた、既に記載されている（例えば、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００８／０３６１２７号を参照されたい）通りに調製された、モルホリノベースのオリゴマーの全般的な修飾についても記載する。
【０２０３】
「保護基」という用語は、化合物の一部または全部の反応性部分をブロックし、保護基を除去するまで、このような部分が、化学反応に参与することを防止する化学的部分、例えば、Ｔ．Ｗ．  Ｇｒｅｅｎｅ、Ｐ．Ｇ．Ｍ．  Ｗｕｔｓ、「Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」、３版、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（１９９９年）（その全体が本明細書において参考として援用される）において列挙および記載されている部分を指す。異なる保護基を使用する場合、各（異なる）保護基が、異なる手段により除去可能であることは、有利でありうる。完全に非対応の反応条件下で切断される保護基は、このような保護基の示差的な除去を可能とする。例えば、保護基は、酸、塩基、および加水分解により除去することができる。トリチル、ジメトキシトリチル、アセタール、およびｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルなどの基は、酸不安定性であり、加水分解により除去可能なＣｂｚ基、および塩基不安定性のＦｍｏｃ基で保護されるアミノ基の存在下で、カルボキシ反応性部分およびヒドロキシ反応性部分を保護するのに使用することができる。カルボン酸部分は、限定なしに述べると、メチルまたはエチルなどの塩基不安定性基でブロックすることができ、ヒドロキシ反応性部分は、ｔｅｒｔ−ブチルカルバメートなどの酸不安定性基、または酸安定性であり、かつ、塩基安定性であるが、加水分解により除去可能なカルバメートでブロックされるアミンの存在下では、アセチルなどの塩基不安定性基でブロックすることができる。
【０２０４】
カルボン酸反応性部分およびヒドロキシル反応性部分はまた、ベンジル基など、加水分解により除去可能な保護基でブロックしうるのに対し、アミン基は、Ｆｍｏｃなどの塩基不安定性基でブロックすることができる。式（Ｉ）の化合物を合成するのに、特に有用なアミン保護基は、トリフルオロアセトアミドである。カルボン酸反応性部分が、２，４−ジメトキシベンジルなど、酸化により除去可能な保護基（ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｇｒｏｕｐ）でブロックしうるのに対し、共存するアミノ基は、フルオリド不安定性シリルカルバメートでブロックすることができる。
【０２０５】
アリルブロッキング基は、酸保護基および塩基保護基の存在下において、前者が、安定であり、その後、金属またはパイ−酸触媒により除去されうるので、有用である。例えば、アリルでブロックされたカルボン酸は、酸不安定性ｔ−ブチルカルバメートまたは塩基不安定性アセテートアミン保護基の存在下で、パラジウム（０）触媒反応により脱保護することができる。保護基のさらに別の形態は、化合物または中間体が結合しうる樹脂である。残基が樹脂に結合する限りにおいて、その官能基は、ブロックされており、反応することができない。樹脂から放出されると、官能基は、反応に利用可能である。
【０２０６】
典型的なブロッキング／保護基は、当技術分野で公知であり、以下：
【化５７】
2018518167.tif 000061
の部分を含むがこれらに限定されない。
【０２０７】
そうでないことが注記されない限りにおいて、全ての化学物質は、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ−Ｆｌｕｋａ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）から得た。ベンゾイルアデノシン、ベンゾイルシチジン、およびフェニルアセチルグアノシンは、Ｃａｒｂｏｓｙｎｔｈ  Ｌｉｍｉｔｅｄ（Ｂｅｒｋｓｈｉｒｅ、ＵＫ）から得た。
【０２０８】
本明細書で記載される、さらなる連結修飾を含有する、ＰＭＯ、ＰＭＯプラス、ＰＰＭＯ、およびＰＭＯ−Ｘの合成は、当技術分野で公知であり、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許出願第１２／２７１，０３６号および同第１２／２７１，０４０号ならびにＰＣＴ公開第ＷＯ２００９／０６４４７１号において記載されている方法を使用して行った。
【０２０９】
３’トリチル修飾を伴うＰＭＯは、脱トリチル化（ｄｅｔｒｉｔｙｌａｔｉｏｎ）ステップを省くことを除き、本質的に、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００９／０６４４７１号において記載されている通りに合成する。
【０２１０】
Ｄ．細胞透過性ペプチド
本開示のアンチセンスオリゴマー化合物は、本明細書ではまた、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）とも称するペプチドにコンジュゲートしていてもよい。ある特定の好ましい実施形態では、ペプチドは、化合物の、細胞への輸送を増強するのに有効な、アルギニンに富むペプチド輸送部分である。輸送部分は、オリゴマーの末端に、例えば、オリゴマーの３’末端に、結合させることが好ましい。例示的な輸送部分は、図１Ｂおよび１Ｃに示される。ペプチドは、全身投与されると、所与の細胞培養物集団の細胞のうちの３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％であって、間の全ての整数を含む％の細胞内の細胞透過を誘導し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて、複数の組織内の高分子のトランスロケーションを可能とする能力を有する。一実施形態では、細胞透過性ペプチドは、アルギニンに富むペプチド輸送体でありうる。別の実施形態では、細胞透過性ペプチドは、ペネトラチンまたはＴａｔペプチドでありうる。当技術分野では、これらのペプチドが周知であり、例えば、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、米国公開第２０１０−００１６２１５Ａ１号において開示されている。ペプチドの、本開示のアンチセンスオリゴマーへのコンジュゲーションのための１つの手法は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１２／１５０９６０号において見出すことができる。本開示のペプチドコンジュゲートオリゴマーについての一部の実施形態は、ＣＰＰと、アンチセンスオリゴマーとの間のリンカーとして、グリシンを活用する。例えば、本開示のペプチドコンジュゲートＰＭＯは、Ｒ６−Ｇ−ＰＭＯからなる。
【０２１１】
上記で記載した輸送部分は、結合オリゴマーの細胞移入を、結合輸送部分の非存在下におけるオリゴマーの取込みと比べて大幅に増強することが示されている。取込みは、非コンジュゲート化合物と比べて、少なくとも１０倍増強することが好ましく、２０倍増強することがより好ましい。
【０２１２】
アルギニンに富むペプチド輸送体（すなわち、細胞透過性ペプチド）の使用は、本開示を実施するのに特に有用である。ある特定のペプチド輸送体は、アンチセンス化合物の、筋細胞を含む初代細胞への送達において、高度に有効であることが示されている（参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Ｍａｒｓｈａｌｌ，  Ｏｄａら、２００７年；Ｊｅａｒａｗｉｒｉｙａｐａｉｓａｒｎ，  Ｍｏｕｌｔｏｎら、２００８年；Ｗｕ，  Ｍｏｕｌｔｏｎら、２００８年）。さらに、ペネトラチンおよびＴａｔペプチドなど、他の公知のペプチド輸送体と比較して、本明細書で記載されるペプチド輸送体は、アンチセンスＰＭＯにコンジュゲートさせると、複数の遺伝子転写物のスプライシングを変更する能力の増強を裏付ける（参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Ｍａｒｓｈａｌｌ，  Ｏｄａら、２００７年）。
【０２１３】
リンカーを除く、例示的なペプチド輸送体（例えば、アルギニンリッチペプチド）を、下記の表３に示す。
【０２１４】
【表３】
2018518167.tif 000062
【０２１５】
多様な実施形態では、Ｇ（式Ｉ、ＩＶ、およびＶで列挙された）は、以下：
−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰから選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であるか、またはＧは、式：
【化５８】
2018518167.tif 000063
を有し、式中、ＣＰＰは、ＣＰＰのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に結合している。
【０２１６】
一部の実施形態では、ＣＰＰは、配列番号９〜２４から選択される。
【０２１７】
一部の実施形態では、Ｇ（式Ｉ、ＩＶ、およびＶにおいて列挙する通り）は、式：
【化５９】
2018518167.tif 000064
であり、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、Ｊは、４〜９の整数である。ある特定の実施形態では、Ｊは、６である。
【０２１８】
多様な実施形態では、ＣＰＰ（式Ｉ、ＩＶ、およびＶにおいて列挙する通り）は、式：
【化６０】
2018518167.tif 000065
であり、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、Ｊは、４〜９の整数である。ある特定の実施形態では、ＣＰＰは、配列番号１５である。多様な実施形態では、Ｊは、６である。一部の実施形態では、Ｒａは、Ｈおよびアセチルから選択される。例えば、一部の実施形態では、Ｒａは、Ｈである。ある特定の実施形態では、Ｒａは、アセチルである。
【０２１９】
ＩＶ．製剤
本開示の化合物はまた、取込み、分布、および／または吸収を支援するために、例えば、リポソーム、受容体にターゲティングされた分子、経口製剤、直腸製剤、局所製剤、または他の製剤として、他の分子、分子構造、または化合物の混合物と混合するか、これらと共に封入するか、これらにコンジュゲートさせるか、またはこれらと他の形で会合させることもできる。このような取込み支援製剤、分布支援製剤、および／または吸収支援製剤の調製について教示する、代表的な米国特許は、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第５，１０８，９２１号；同第５，３５４，８４４号；同第５，４１６，０１６号；同第５，４５９，１２７号；同第５，５２１，２９１号；同第５，５４３，１５８号；同第５，５４７，９３２号；同第５，５８３，０２０号；同第５，５９１，７２１号；同第４，４２６，３３０号；同第４，５３４，８９９号；同第５，０１３，５５６号；同第５，１０８，９２１号；同第５，２１３，８０４号；同第５，２２７，１７０号；同第５，２６４，２２１号；同第５，３５６，６３３号；同第５，３９５，６１９号；同第５，４１６，０１６号；同第５，４１７，９７８号；同第５，４６２，８５４号；同第５，４６９，８５４号；同第５，５１２，２９５号；同第５，５２７，５２８号；同第５，５３４，２５９号；同第５，５４３，１５２号；同第５，５５６，９４８号；同第５，５８０，５７５号および同第５，５９５，７５６号を含むがこれらに限定されない。
【０２２０】
本開示のアンチセンス化合物は、任意の薬学的に許容される塩、エステル、もしくはこのようなエステルの塩、またはヒトを含む動物へと投与されると、生物学的に活性の代謝物もしくはその残余物をもたらす（直接的または間接的に）ことが可能な、他の任意の化合物を包含する。したがって、例えば、本開示はまた、本開示の化合物のプロドラッグおよび薬学的に許容される塩、このようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、および他の生物学的同等物へも導かれる。
【０２２１】
「プロドラッグ」という用語は、内因性酵素または他の化学物質および／もしくは条件の作用により、体内またはその細胞内で活性形態（すなわち、薬物）へと転換される、不活性形態で調製された治療剤を指し示す。特に、本開示のオリゴマーのプロドラッグバージョンは、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、１９９３年１２月９日に公開された、ＧｏｓｓｅｌｉｎらによるＰＣＴ公開第ＷＯ１９９３／２４５１０号またはＩｍｂａｃｈらによる、ＰＣＴ公開第ＷＯ１９９４／２６７６４号および米国特許第５，７７０，７１３号において開示されている方法に従い、ＳＡＴＥ［（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）ホスフェート］誘導体として調製される。
【０２２２】
「薬学的に許容される塩」という用語は、本開示の化合物の、生理学的かつ薬学的に許容される塩：すなわち、親化合物の望ましい生物学的活性を保持し、望ましくない毒性効果をこれに付与しない塩を指す。オリゴマーについては、薬学的に許容される塩およびそれらの使用の例については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
【０２２３】
本開示はまた、本開示のアンチセンス化合物を含む医薬組成物および製剤も含む。多様な実施形態では、医薬組成物は、１２〜４０サブユニットのアンチセンスオリゴマー化合物および薬学的に許容される担体を含み、ここで、上記化合物は、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロン接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列とを含み、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロン接合部を含み、前記エクソン／イントロン接合部は、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部を含む。さらなる実施形態では、医薬組成物および製剤は、式（Ｉ）の化合物を含む。多様な実施形態では、医薬組成物および製剤は、アンチセンスオリゴマーの３’末端にコンジュゲートしたアルギニンに富むペプチド配列をさらに含み、ここで、アルギニンに富むペプチド配列は、表３に提供される配列番号９〜配列番号２４から選択される配列を含む。本開示の医薬組成物は、局所処置が望ましいのか、全身処置が望ましいのか、および処置される領域に応じて、多数の方式で投与することができる。投与は、局所投与（眼投与および膣送達および直腸送達を含む粘膜への投与を含む）、肺投与、例えば、噴霧器による投与を含む、散剤またはエアゾールによる吸入または送気による投与；気管内投与、鼻腔内投与、表皮投与および経皮投与、経口投与、または非経口投与でありうる。非経口投与は、静脈内注射もしくは静脈内注入、動脈内注射もしくは動脈内注入、皮下注射もしくは皮下注入、腹腔内注射もしくは腹腔内注入、または筋内注射もしくは筋内注入；あるいは頭蓋内投与、例えば、髄腔内投与または脳室内投与を含む。少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を伴うオリゴマーは、経口投与に特に有用であると考えられる。局所投与のための医薬組成物および製剤は、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、ドロップ、坐剤、スプレー、液剤（ｌｉｑｕｉｄ）、および散剤を含みうる。従来の医薬担体、水性、粉末、または油性の基剤、増粘剤などが、必要であるかまたは望ましい場合がある。コーティングされたコンドーム、手袋などもまた、有用でありうる。
【０２２４】
単位剤形で提示されると好都合でありうる本開示の医薬製剤は、製薬業界で周知の従来の技法に従い調製することができる。このような技法は、有効成分を、医薬担体または賦形剤と会合させるステップを含む。一般に、製剤は、有効成分を、液体担体もしくは微細に分割された固体担体、またはこれらの両方と、均一かつ十分に会合させ、次いで、必要な場合、生成物を成形することにより調製する。
【０２２５】
本開示の組成物は、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、軟質ゲル、坐剤、および浣腸剤（ｅｎｅｍａ）などであるがこれらに限定されない、多くの可能な剤形のうちのいずれかへと製剤化することができる。本開示の組成物はまた、水性媒体中、非水性媒体中、または混合媒体中の懸濁物としても製剤化することができる。水性懸濁物は、懸濁物の粘性を増加させる物質であって、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、および／またはデキストランを含む物質をさらに含有しうる。懸濁物はまた、安定化剤も含有しうる。
【０２２６】
本開示の医薬組成物は、溶液、エマルジョン、泡沫、およびリポソームを含有する製剤を含むがこれらに限定されない。本開示の医薬組成物および製剤は、１または複数の浸透増強剤、担体、賦形剤、または他の活性成分もしくは不活性成分を含みうる。
【０２２７】
エマルジョンは、通常０．１μｍの直径を超える液滴の形態で、別の液体中に分散させた１つの液体による不均質系であることが典型的である。エマルジョンは、分散相に加えたさらなる成分と、水相中、油相中の溶液、または分離相としてのそれ自体として存在しうる活性薬物とを含有しうる。マイクロエマルジョンは、本開示の実施形態として含まれる。当技術分野では、エマルジョンおよびそれらの使用が周知であり、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
【０２２８】
本開示の製剤は、リポソーム製剤を含む。本開示で使用される「リポソーム」という用語は、１または複数の球状の二重層内に配置された、両親媒性脂質から構成される小胞を意味する。リポソームとは、親油性材料から形成された膜と、送達される組成物を含有する水性の内部とを有する、単層または多重層の小胞である。カチオン性リポソームは、正に荷電したリポソームであり、負に荷電したＤＮＡ分子と相互作用して、安定的な複合体を形成すると考えられる。ｐＨ感受性であるか、または負に荷電したリポソームは、ＤＮＡと複合体化するのではなく、ＤＮＡを捕獲すると考えられる。カチオン性リポソームおよび非カチオン性リポソームのいずれも、ＤＮＡを、細胞へと送達するのに使用されている。
【０２２９】
リポソームはまた、本明細書で使用される用語であって、１または複数の特殊化された脂質を含むリポソームを指す、「立体安定化」リポソームも含み、この脂質は、リポソームへと組み込まれると、このような特殊化された脂質を欠くリポソームと比べて、循環寿命の増強を結果としてもたらす。立体安定化リポソームの例は、リポソームの小胞形成脂質部分の一部が、１もしくは複数の糖脂質を含むか、またはリポソームの小胞形成脂質部分の一部を、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分など、１もしくは複数の親水性ポリマーで誘導体化した立体安定化リポソームである。リポソームおよびそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
【０２３０】
本開示の医薬製剤および医薬組成物はまた、界面活性剤も含みうる。当技術分野では、薬物製品中、製剤中、およびエマルジョン中の界面活性剤の使用が周知である。界面活性剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
【０２３１】
一部の実施形態では、本開示は、多様な浸透増強剤を使用して、核酸、特に、オリゴマーの効率的な送達を行う。細胞膜を横切る非親油性薬物の拡散の支援に加えて、浸透増強剤はまた、親油性薬物の透過性も増強する。浸透増強剤は、５つの大きな類別、すなわち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート化剤、および非キレート化非界面活性剤のうちの１つに属するものとして分類することができる。浸透増強剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
【０２３２】
当業者は、製剤が、それらの意図される使用、すなわち、投与経路に従い、慣例的にデザインされることを認識するであろう。
【０２３３】
局所投与のための製剤は、本開示のオリゴマーを、脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート化剤、および界面活性剤など、局所送達剤と混合した製剤を含む。脂質およびリポソームは、中性（例えば、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミンＤＯＰＥ、ジミリストイルホスファチジルコリンＤＭＰＣ、ジステアロイルホスファチジルコリン）、陰性（例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールＤＭＰＧ）、およびカチオン性（例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルＤＯＴＡＰおよびジオレオイルホスファチジルエタノールアミンＤＯＴＭＡ）を含む。
【０２３４】
局所投与または他の投与のために、本開示のオリゴマーを、リポソーム内に封入することもでき、リポソーム、特に、カチオン性リポソームとの複合体を形成することもできる。代替的に、オリゴマーは、脂質、特に、カチオン性脂質と複合体化させることもできる。脂肪酸およびエステル、薬学的に許容されるそれらの塩、ならびにそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。局所製剤については、それらの全体において本明細書に参考として援用される、１９９９年５月２０日に出願された、米国特許出願第０９／３１５，２９８号およびＭｏｕｒｉｃｈら，２００９，  Ｊ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．，  １２９（８）：１９４５−５３において詳細に記載されている。
【０２３５】
経口投与のための組成物および製剤は、粉末または顆粒、マイクロ粒子、ナノ粒子、水中または非水性媒体中の懸濁物または溶液、カプセル、ゲルカプセル、小袋（ｓａｃｈｅｔ）、錠剤またはミニ錠剤（ｍｉｎｉｔａｂｌｅｔ）を含む。増粘剤、矯味矯臭剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤、または結合剤が望ましい場合がある。経口製剤は、本開示のオリゴマーを、１または複数の浸透増強剤、界面活性剤、およびキレート剤と共に投与する経口製剤である。界面活性剤は、脂肪酸および／またはそのエステルもしくは塩、胆汁酸および／またはその塩を含む。胆汁酸／塩および脂肪酸ならびにそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。一部の実施形態では、本開示は、浸透増強剤の組合せ、例えば、胆汁酸／塩と組み合わせた脂肪酸／塩を提示する。例示的な組合せは、ラウリン酸、カプリン酸、およびＵＤＣＡのナトリウム塩である。さらなる浸透増強剤は、ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−２０−セチルエーテルを含む。本開示のオリゴマーは、経口送達することもでき、噴霧乾燥粒子を含む顆粒形態で送達することもでき、マイクロ粒子またはナノ粒子を形成するように複合体化させることもできる。オリゴマー複合体化剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。オリゴマーのための経口製剤およびそれらの調製については、それらの全体において本明細書に参考として援用される、米国出願第０９／１０８，６７３号（１９９８年７月１日に出願された）、同第０９／３１５，２９８号（１９９９年５月２０日に出願された）、および同第１０／０７１，８２２号（２００２年２月８日に出願された）において詳細に記載されている。
【０２３６】
非経口投与、髄腔内投与、または脳室内投与のための組成物および製剤は、浸透増強剤、担体化合物、および他の薬学的に許容される担体または賦形剤などであるがこれらに限定されない、緩衝液、希釈剤および他の適切な添加剤もまた含有しうる、滅菌水溶液を含みうる。
【０２３７】
別の関連する実施形態では、本開示の組成物は、第１の核酸へとターゲティングされた、１または複数のアンチセンス化合物、特にオリゴマーと、第２の核酸標的へとターゲティングされた、１または複数のさらなるアンチセンス化合物とを含有しうる。代替的に、本開示の組成物は、同じ核酸標的の異なる領域へとターゲティングされた、２つまたはこれを超えるアンチセンス化合物を含有しうる。当技術分野では、アンチセンス化合物の多数の例が公知である。２つまたはこれを超える組合せ化合物を、併せて使用することもでき、逐次的に使用することもできる。
【０２３８】
Ｖ．使用方法
多様な態様は、被験体における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン発現を増加させる方法に関する。さらなる態様では、被験体における栄養障害型表皮水疱症（ＤＥＢ）および関連障害を処置または防止する方法であって、被験体が、健常被験体であってよい場合、または皮膚の水疱形成に関連する疾患、障害、もしくは状態に罹患した被験体などを含む。さらなる態様では、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン発現を増加させる方法が提供される。さらなる態様では、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの翻訳を増加させる方法が提供される。さらなる態様では、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させる、および／または係留線維の蓄積を増加させる方法が提供される。
【０２３９】
さらなる態様では、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のゲノムエクソン８０の発現を阻害する方法が提供される。さらなる態様では、スプライス接合部を含むヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ配列のスプライシングを阻害する方法が提供される。さらなる態様では、成熟ｍＲＮＡヒトＶＩＩ型コラーゲン転写物内の、エクソン８０の発現を阻害する方法が提供される。さらなる態様では、例えば、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させることなどのモジュレートする方法が提供される。さらなる態様では、栄養障害型表皮水疱症の進行を阻害する方法が提供される。
【０２４０】
さらなる態様および実施形態では、栄養障害型表皮水疱症および関連障害に罹患するか、またはこれらを発症する危険性がある個体を処置する方法であって、有効量の、本開示のアンチセンスオリゴマーを、被験体に投与するステップを含む方法が提供される。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の、スプライス接合部領域と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性を有するヌクレオチド配列を含み、ここで、アンチセンスオリゴマーの、前記領域への結合は、被験体の細胞内および／または組織内の、エクソン８０を含有するヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡのレベルを低下させる。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）を含む。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、配列番号２、配列番号３、配列番号４もしくは配列番号６から選択されるターゲティング配列を含むか、配列番号２、配列番号３、配列番号４もしくは配列番号６から選択されるか、配列番号２、配列番号３、配列番号４もしくは配列番号６から選択される配列のうちの少なくとも１２連続ヌクレオチドの断片であるか、または配列番号２、配列番号３、配列番号４もしくは配列番号６から選択される配列に対する、少なくとも９０％の配列同一性を有する改変体であり、配列中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーの、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の、スプライス接合部領域への結合は、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの翻訳を増加させる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーの、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の、スプライス接合部領域への結合は、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させる。例示的なアンチセンスターゲティング配列を、表２に示す。
【０２４１】
また、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置するための医薬の調製における使用のためのアンチセンスオリゴマーであって、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の領域と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性を有するヌクレオチド配列を含み、アンチセンスオリゴマーの、標的領域への結合が、エクソン８０ヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡのレベルを低下させるアンチセンスオリゴマーも含まれる。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーの、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の、スプライス接合部領域への結合は、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡの翻訳を増加させる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーの、ヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子のプレｍＲＮＡ転写物内の、スプライス接合部領域への結合は、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させる。
【０２４２】
多様な態様および実施形態では、（ｉ）修飾ヌクレオシド間連結、（ｉｉ）修飾糖部分、または（ｉｉｉ）前出の組合せを有するヌクレオチド類似体である、少なくとも１つのサブユニットと；ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域内の、１２またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的なターゲティング配列とを任意選択で有する、１２〜４０サブユニットを含むアンチセンスオリゴマーを投与することを含む、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置する方法と、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置するための医薬が提供される。多様な実施形態では、連続ヌクレオチドは、エクソン／イントロンスプライス接合部を含む。さらなる実施形態では、スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０（例えば、配列番号１）を含む。これらは、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡのエクソン／イントロンスプライス接合部にわたる標的領域と特異的にハイブリダイズする、１２〜４０サブユニットを含みうる。スプライス接合部は、エクソン８０／イントロン８０の境目にあるスプライス接合部を含む。複数の実施形態では、エクソン８０／イントロン８０のスプライス接合部は、配列番号１のスプライス接合部を含む。
【０２４３】
これらのさらなる態様および実施形態は、修飾糖部分を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、修飾糖部分は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）サブユニット、ロックト核酸（ＬＮＡ）サブユニット、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）サブユニット、トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）サブユニット、２’Ｏ−メチルサブユニット、２’Ｏ−メトキシエチルサブユニット、２’−フルオロサブユニット、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］サブユニット、およびモルホリノサブユニットから選択される。
【０２４４】
これらのさらなる態様および実施形態は、修飾ヌクレオシド間連結を含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。多様な実施形態では、修飾ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結から選択される。さらなる実施形態では、ホスホロジアミデートヌクレオシド間連結は、（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、置換（１，４−ピペラジン）−１−イル部分、４−アミノピペリジン−１−イル部分、または置換４−アミノピペリジン−１−イル部分に共有結合したリン原子を含む。
【０２４５】
これらのさらなる態様および実施形態は、修飾糖部分と修飾ヌクレオシド間連結との少なくとも１つの組合せを含む、ヌクレオチド類似体サブユニットを有する、アンチセンスオリゴマーを含む。
【０２４６】
多様な態様は、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを使用して、細胞、組織、および／または被験体における、エクソン８０を含有するヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡ転写物の発現を減少させる方法に関する。場合によって、エクソン８０を含有するヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡ転写物または機能障害的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質を、対照、例えば、対照細胞／被験体（例えば、栄養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体）、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照組成物、処置の非存在、および／または早期の時点と比べて、約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは１００％、または少なくともほぼこれらの比率で減少させるかまたは低減する。また、エクソン８０を含有するｍＲＮＡ転写物、または機能障害的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を、対照、例えば、養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体のレベルと比べて減少させる方法も含まれる。
【０２４７】
多様な態様は、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを使用して、細胞、組織、および／または被験体における、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させる、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させる、および／または係留線維の蓄積を増加させる方法に関する。場合によって、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲン係留線維または係留線維を、対照、例えば、対照細胞／被験体（例えば、栄養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体）、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照組成物、処置の非存在、および／または早期の時点と比べて、約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは１００％、または少なくともほぼこれらの比率で増加させるかまたは増強する。また、対照、例えば、養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体のレベルと比べて、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を増加させる、係留線維における機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの蓄積を増加させる、および／または係留線維の蓄積を増加させる方法も含まれる。
【０２４８】
多様な態様は、本明細書で記載される、細胞、組織、および／または被験体における機能障害的／不活性なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を減少させる方法に関する。ある特定の場合には、機能障害的／不活性なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質のレベルを、対照、例えば、対照細胞／被験体（例えば、栄養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体）、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照組成物、処置の非存在、および／または早期の時点と比べて、約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは１００％、または少なくともほぼこれらの比率で低下させる。また、機能障害的／不活性なヒトＶＩＩ型コラーゲンタンパク質の発現を、罹患対照、例えば、栄養障害型表皮水疱症または関連障害を有する被験体のレベルと比べて減少させる方法も含まれる。
【０２４９】
多様な態様は、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを使用して、被験体における、栄養障害型表皮水疱症および関連障害の進行を阻害する方法に関する。
【０２５０】
多様な態様は、適切な場合、それを必要とする被験体における、栄養障害型表皮水疱症および関連障害の、１または複数の症状を低減または改善する方法に関する。特定の例は、軽度の外傷後の皮膚および粘膜の水疱形成、皮膚がん、転移性扁平上皮癌ならびに真皮表皮接着の喪失など、進行性皮膚脆弱性の症状を含む。
【０２５１】
本明細書のアンチセンスオリゴマーを被験体に投与して、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を処置する（予防的または治療的に）ことができる。このような処置と共に、ゲノム薬理学（すなわち、個体の遺伝子型と、外来化合物または薬物へのその個体の応答との関係についての研究）について考慮することもできる。治療剤の代謝の差違は、薬理学的な活性薬物の用量と血中濃度との関係を変更することにより、重度の毒性または治療の失敗をもたらしうる。
【０２５２】
こうして、医師または臨床医は、治療剤を投与すべきなのかどうかの決定においてのほか、治療剤による処置の投与量および／または治療レジメンの調整においても関与性のゲノム薬理学研究において得られる知見の適用について考慮することができる。
【０２５３】
アンチセンスオリゴマーの、標的核酸への有効な送達は、処置の１つの側面である。アンチセンスオリゴマーの送達経路は、経口経路および非経口経路を含む、多様な全身経路、例えば、静脈内送達、皮下送達、腹腔内送達、および筋内送達のほか、吸入送達、経皮送達、および局所送達を含むがこれらに限定されない。適切な経路は、当業者が、処置下にある被験体の状態に適切な経路として決定することができる。血管循環または血管外循環の、血液またはリンパ系、および脳脊髄液は、ＲＮＡを導入しうる、一部の非限定的な部位である。直接的なＣＮＳ送達を使用することができ、例えば、脳室内投与または髄腔内投与を、投与経路として使用することができる。
【０２５４】
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、被験体に、静脈内（ＩＶ）または皮下（ＳＣ）投与する、すなわち、アンチセンスオリゴマーを、静脈へと静脈内投与もしくは静脈内送達するか、または皮膚と筋肉との間の脂肪層へと皮下投与もしくは皮下送達する。静脈内注射部位の非限定的な例は、腕、手、脚、または足の静脈を含む。皮下注射部位の非限定的な例は、腹部、大腿部、下方背部（ｌｏｗｅｒ  ｂａｃｋ）、または上腕部を含む。例示的な実施形態では、アンチセンスオリゴマーのＰＭＯ形態、ＰＭＯ−Ｘ形態、またはＰＰＭＯ形態を、ＩＶ投与またはＳＣ投与する。他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、被験体に、筋内内（ＩＭ）投与する、例えば、アンチセンスオリゴマーを、腕部の三角筋、脚部の外側広筋、腰部の腹側臀筋（ｖｅｎｔｒｏｇｌｕｔｅａｌ  ｍｕｓｃｌｅ）、または臀部の背側臀筋（ｄｏｒｓｏｇｌｕｔｅａｌ  ｍｕｓｃｌｅ）へと投与または送達する。
【０２５５】
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、経皮的な方法により（例えば、このようなアンチセンスオリゴマーを、任意選択で、リポソームへとパッケージングする、アンチセンスオリゴマーの、例えば、エマルジョンへの組込みを介して）送達することができる。送達のこのような経皮的な方法およびエマルジョン／リポソーム媒介型の方法は、アンチセンスオリゴマーの送達について、当技術分野、例えば、それらの全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，９６５，０２５号において記載されている。
【０２５６】
本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーはまた、植込み可能なデバイスを介して送達することもできる。このようなデバイスのデザインは、当技術分野で認知された工程であって、例えば、それらの全体において本明細書に参考として援用される、米国特許第６，９６９，４００号において記載されている、例えば、合成インプラントデザインを伴う工程である。
【０２５７】
当技術分野で認知された技法（例えば、トランスフェクション、電気穿孔、融合、リポソーム、コロイド状ポリマー性粒子、およびウイルスベクターおよび非ウイルスベクターのほか、当技術分野で公知の他の手段）を使用して、アンチセンスオリゴマーを、細胞へと導入することができる。選択される送達法は、少なくとも、オリゴマー化学、処置（処理）される細胞、および細胞の場所に依存し、そして当業者には明らかであろう。例えば、局在化は、表面上にリポソームを方向づける特異的なマーカーを伴うリポソーム、標的細胞を含有する組織への直接的な注射、特異的な受容体媒介型の取込みなどにより達成することができる。
【０２５８】
当技術分野で公知の通り、アンチセンスオリゴマーは、例えば、リポソーム媒介型の取込み、脂質コンジュゲート、ポリリシン媒介型の取込み、ナノ粒子媒介型の取込み、および受容体媒介型のエンドサイトーシスのほか、マイクロインジェクション、透過化（例えば、ストレプトリジンＯによる透過化、アニオン性ペプチドによる透過化）、電気穿孔、およびエンドサイトーシス以外の多様な非侵襲性送達法であって、当技術分野で公知の送達法など、エンドサイトーシス以外のさらなる送達方式（参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、ＤｏｋｋａおよびＲｏｊａｎａｓａｋｕｌ、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ、４４巻、３５〜４９頁（２０００）を参照されたい）を伴う方法を使用して送達することができる。
【０２５９】
アンチセンスオリゴマーは、生理学的および／または薬学的に許容される、任意の好都合なビヒクルまたは担体により投与することができる。このような組成物は、薬学的に許容される、様々な標準的担体であって、当業者により使用される担体のうちのいずれかを含みうる。例は、食塩水、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、水、水性エタノール、油／水エマルジョンまたはトリグリセリドエマルジョンなどのエマルジョン、錠剤、およびカプセルを含むがこれらに限定されない。生理学的に許容される適切な担体の選出は、選び出される投与方式に応じて変動するであろう。「薬学的に許容される担体」は、薬学的投与に適合性の担体など、任意で全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤を含むことを意図する。当技術分野では、薬学的に活性な物質のための、このような媒体および薬剤の使用が周知である。任意の従来の媒体または薬剤が、活性化合物に不適合性である場合を除き、組成物中のその使用が想定される。補充の活性化合物もまた、組成物へと組み込むことができる。
【０２６０】
本開示のアンチセンスオリゴマーは一般に、遊離酸または遊離塩基として活用することができる。代替的に、本開示の化合物は、酸付加塩または塩基付加塩の形態で使用することもできる。本開示の遊離アミノ化合物の酸付加塩は、当技術分野で周知の方法により調製することができ、有機酸および無機酸から形成することができる。適切な有機酸は、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、ケイ皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、およびベンゼンスルホン酸を含む。
【０２６１】
適切な無機酸は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、および硝酸を含む。塩基付加塩は、カルボン酸アニオンと共に形成される塩を含み、さらに、アルカリ金属およびアルカリ土類金属（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム、およびカルシウム）から選択されるもののほか、アンモニウムイオンおよびその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、２−ヒドロキシエチルアンモニウムなど）などの、有機カチオンおよび無機カチオンと共に形成される塩を含む。こうして、「薬学的に許容される塩」という用語は、任意で全ての許容される塩形態を包含することを意図する。
【０２６２】
加えて、本開示の文脈にはまた、プロドラッグも含まれる。プロドラッグとは、このようなプロドラッグを、患者へと投与すると、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて、化合物を放出する、共有結合した任意の担体である。プロドラッグは一般に、慣例的な操作により、またはｉｎ  ｖｉｖｏにおいて、修飾が切断されて、親化合物をもたらすように、官能基を修飾することにより調製する。プロドラッグは、例えば、本開示の化合物であって、ヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基を、患者へと投与されると、切断されて、ヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基を形成する任意の基に結合させた化合物を含む。こうして、プロドラッグの代表例は、本開示のアンチセンスオリゴマーのアルコール官能基およびアミン官能基の、酢酸誘導体、ギ酸誘導体、および安息香酸誘導体を含む（がこれらに限定されない）。さらに、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）の場合は、メチルエステル、エチルエステルなどのエステルも使用することができる。
【０２６３】
場合によって、リポソームを使用して、アンチセンスオリゴマーの、細胞への取込みを促進することもできる（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ，  Ｓ．Ａ．、Ｌｅｕｋｅｍｉａ、１０巻（１２号）：１９８０〜１９８９頁、１９９６年；Ｌａｐｐａｌａｉｎｅｎら、Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｒｅｓ．、２３巻：１１９頁、１９９４年；Ｕｈｌｍａｎｎら、「ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ｏｌｉｇｏｍｅｒｓ：  ａ  ｎｅｗ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ」、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ、９０巻、４号、２５  ５４４〜５８４頁、１９９０年；Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ，  Ｇ．、１４章、「Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ，  Ｄｒｕｇ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ」、２８７〜３４１頁、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９７９年を参照されたい）。例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ１９９３／０１２８６において記載されている通り、ヒドロゲルもまた、アンチセンスオリゴマーを投与するためのビヒクルとして使用することができる。代替的に、オリゴマーは、マイクロスフェアまたはマイクロ粒子により投与することもできる（例えば、Ｗｕ，  Ｇ．Ｙ．およびＷｕ，  Ｃ．Ｈ．、Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、２６２巻：４４２９〜４４３２頁、３０  １９８７年を参照されたい）。代替的に、米国特許第６，２４５，７４７号において記載されている通り、アンチセンスオリゴマーと複合体化させたガス充填マイクロバブルの使用によっても、標的組織への送達を増強することができる。持続放出組成物もまた、使用することができる。これらは、フィルムまたはマイクロカプセルなどの成形品の形態にある半透性ポリマーマトリクスを含みうる。かかる文献の各々は、その全体が本明細書において参考として援用される。
【０２６４】
一実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、適切な医薬担体中で、栄養障害型表皮水疱症および関連障害の症状を呈示する哺乳動物被験体、例えば、ヒトまたは飼育動物へと投与する。方法についての一態様では、被験体は、ヒト被験体、例えば、栄養障害型表皮水疱症および関連障害を有すると診断された患者である。好ましい一実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、経口送達される。別の好ましい実施形態では、オリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、静脈内（ｉ．ｖ．）送達される。
【０２６５】
一実施形態では、アンチセンス化合物を、少なくとも２００〜４００ｎＭのアンチセンスオリゴマーのピーク血中濃度を結果としてもたらすのに有効な量および様式で投与する。一般に、約１〜２週間にわたり、定期的な間隔で、１または複数の用量のアンチセンスオリゴマーが投与されることが典型的である。経口投与に好ましい用量は、７０ｋｇ当たりのオリゴマー約１〜１０００ｍｇである。場合によって、患者１人当たりのオリゴマー１０００ｍｇを超える用量が必要でありうる。ｉ．ｖ．投与では、好ましい用量は、７０ｋｇ当たりのオリゴマー約０．５〜１０００ｍｇである。アンチセンスオリゴマーは、短期間にわたり、定期的な間隔で、例えば、２週間またはこれ未満にわたり、毎日投与することができる。しかし、場合によって、オリゴマーを、より長期間にわたり、間欠的に投与する。投与は、抗生剤または他の治療的処置の投与が後続する場合もあり、これらと共時的な場合もある。処置レジメンは、処置下の被験体についての、イムノアッセイ、他の生化学的検査および生理学的精査の結果に基づき指し示される通りに、調整することができる（用量、頻度、経路など）。
【０２６６】
本開示のアンチセンスオリゴマーを使用する、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける有効な処置レジメンは、持続期間、用量、頻度、および投与経路のほか、処置下の被験体の状態（すなわち、限局感染または全身感染に応答した投与と対比した予防的投与）に従い変化させることができる。したがって、このようなｉｎ  ｖｉｖｏにおける治療は、最適な治療転帰を達成するために、処置下にある特定の種類の障害に適切な検査によるモニタリング、および用量または処置レジメンにおける対応する調整を要請することが多いであろう。
【０２６７】
処置は、例えば、当技術分野で公知の、疾患についての一般的な指標によりモニタリングすることができる。ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて投与される、アンチセンスオリゴマーの効能は、アンチセンスオリゴマーの投与前、投与時、および投与後に、被験体から採取される生物学的試料（組織、血液、尿など）により決定することができる。このような試料についてのアッセイは、（１）当業者に公知の手順、例えば、電気泳動によるゲル移動度アッセイを使用して、標的配列および非標的配列とのヘテロ二重鎖形成の存在または非存在についてモニタリングすること；（２）ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット法、ＥＬＩＳＡ、またはウェスタンブロット法などの標準的技法により決定される、基準のエクソン８０を含有するヒトＶＩＩ型コラーゲンｍＲＮＡとの関係で、ヒトＶＩＩ型コラーゲンエクソン８０を含まないｍＲＮＡの量をモニタリングすることを含む。
【０２６８】
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、哺乳動物細胞により、能動的に取り込まれる。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、本明細書で記載される輸送部分（例えば、輸送ペプチドまたはＣＰＰ）に共有結合させて、このような取込みを促進することができる。多様な実施形態では、輸送部分は、表３に提供されるとおりのリンカーを排除する配列を含む、アルギニンに富むペプチド輸送体を含みうる。
【０２６９】
ＶＩ．投薬
治療用組成物の製剤化およびそれらのその後における投与（投薬）は、当業者の技術の範囲内にあると考えられる。投薬は、処置される疾患状態の重症度および応答性に依存し、処置の過程は、数日間から数カ月間にわたり持続するか、または治癒がなされるか、もしくは疾患状態の減殺が達成されるまで持続する。最適の投薬スケジュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定値から計算することができる。当業者は、最適の投与量、投薬法、および反復速度を容易に決定することができる。最適の投与量は、個々のオリゴマーの相対的効力に応じて変動させることができ、一般に、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏの動物モデルにおいて有効であることが見出されているＥＣ５０に基づき推定することができる。一般に、投与量は、体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１００ｇであり、毎日、毎週、毎月、もしくは毎年１回もしくは複数回にわたり、なおまたは２〜２０年間ごとに１回施すことができる。当業者は、体液中または組織内の、薬物の測定された滞留時間および濃度に基づき、投薬の反復速度を、容易に推定することができる。処置が成功した後、患者に、疾患状態の再発を防止する維持療法であって、オリゴマーを、経口投与のためには、体重７０ｋｇ当たり１〜１０００ｍｇのオリゴマー、またはｉ．ｖ．投与のためには、体重７０ｋｇ当たり０．５ｍｇ〜１０００ｍｇのオリゴマーの範囲の維持用量で、毎日１回または複数回〜２０年ごとに１回投与する維持療法を受けさせることが望ましい場合
がある。
【０２７０】
その実施形態のうちのいくつかに従い、本開示について具体的に記載してきたが、以下の実施例は、本開示を例示することだけに資するものであり、これを限定することを意図するものではない。本出願で列挙される、参考文献、特許、特許出願、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号などの各々は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０２７１】
ＶＩＩ．実施例
（実施例１）
アンチセンスオリゴマーのデザインおよび製造
本開示のアンチセンスオリゴマーを、ヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡ転写物のエクソン８０／イントロン８０スプライス接合部にわたる標的領域に結合するようにデザインして、以下のプロトコールを使用して調製した。
【０２７２】
トリチルピペラジンフェニルカルバメート３５の調製（図２Ａ）：ジクロロメタン中の化合物１１の冷却懸濁物（６ｍＬ／ｇの１１）に、水中の炭酸カリウム（３．２当量）溶液（４ｍＬ／ｇの炭酸カリウム）を添加した。この２相混合物に、ジクロロメタン中のクロロギ酸フェニル（１．０３当量）溶液（２ｇ／ｇのクロロギ酸フェニル）を、ゆっくりと添加した。反応混合物を、２０℃へと温めた。反応が完了したら（１〜２時間）、層を分離した。有機層を、水で洗浄し、無水炭酸カリウムで乾燥させた。生成物３５を、アセトニトリルからの結晶化により単離した。
【０２７３】
カルバメートアルコール３６の調製：水素化ナトリウム（１．２当量）を、１−メチル−２−ピロリジノン（３２ｍＬ／ｇの水素化ナトリウム）中に懸濁させた。この懸濁物に、トリエチレングリコール（１０．０当量）および化合物３５（１．０当量）を添加した。結果として得られるスラリーを、９５℃へと加熱した。反応が完了したら（１〜２時間）、混合物を、２０℃へと冷却した。この混合物に、３０％のジクロロメタン／メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテル（ｖ：ｖ）および水を添加した。生成物を含有する有機層を、水性ＮａＯＨ、水性コハク酸、および飽和水性塩化ナトリウムで、逐次洗浄した。生成物３６を、ジクロロメタン／メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテル／ヘプタンからの結晶化により単離した。
【０２７４】
テール型酸（Ｔａｉｌ  ａｃｉｄ）３７の調製：テトラヒドロフラン中の化合物３６の溶液（７ｍＬ／ｇの３６）に、無水コハク酸（２．０当量）およびＤＭＡＰ（０．５当量）を添加した。混合物を、５０℃へと加熱した。反応が完了したら（５時間）、混合物を、２０℃へと冷却し、水性ＮａＨＣＯ３により、ｐＨ８．５へと調整した。メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテルを添加し、生成物を、水性層へと抽出した。ジクロロメタンを添加し、混合物を、水性クエン酸により、ｐＨ３へと調整した。生成物を含有する有機層を、クエン酸緩衝液と、飽和水性塩化ナトリウムとの、ｐＨ＝３の混合物で洗浄した。この３７のジクロロメタン溶液を、単離せずに、化合物３８の調製において使用した。
【０２７５】
３８の調製：化合物３７の溶液に、Ｎ−ヒドロキシ−５−ノルボルネン−２，３−ジカルボン酸イミド（ＨＯＮＢ）（１．０２当量）、４−ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）（０．３４当量）を添加し、次いで、１−（３−ジメチルアミノプロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミドヒドロクロリド（ＥＤＣ）（１．１当量）を添加した。混合物を、５５℃へと加熱した。反応が完了したら（４〜５時間）、混合物を、２０℃へと冷却し、１：１の０．２Ｍクエン酸／ブラインおよびブラインで、逐次洗浄した。ジクロロメタン溶液に、アセトンへの溶媒交換、次いで、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミドへの溶媒交換を施し、生成物を、アセトン／Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミドからの、飽和水性塩化ナトリウムへの沈殿により単離した。粗生成物を、水中で、複数回にわたり、再スラリー化させて、残留するＮ，Ｎ−ジメチルホルムアミドおよび塩を除去した。
【０２７６】
活性化「テール」の、アンカーロード樹脂への導入は、固相合成におけるサブユニットの組込みのために使用される手順により、ジメチルイミダゾリジノン（ＤＭＩ）中で実施した。
【０２７７】
モルホリノベースのオリゴマーの合成のための固体支持体の調製：この手順は、粗い多孔性（４０〜６０μｍ）のガラスフリット、オーバーヘッド撹拌機、および、フリットを介してＮ２を沸騰させるかまたは真空抽出を可能とする、Ｔｅｆｌｏｎ製の三方止め栓を伴う、シラン化、ジャケット付きのペプチド容器（ＣｈｅｍＧｌａｓｓ、ＮＪ、ＵＳＡ）内で実施した。
【０２７８】
以下の手順における樹脂処理／洗浄ステップは、２つの基本的な操作からなる：樹脂流動化または撹拌床樹脂反応器および溶媒／溶液抽出。樹脂の流動化のために、フリットを通ってＮ２の逆流（ｆｌｏｗ  ｕｐ）を可能とするように、止め栓を位置付け、指定の樹脂処理／洗浄液を、反応器へと添加し、樹脂を透過化させ、完全に湿潤させた。次いで、混合を開始し、指定の回数にわたり、樹脂スラリーを混合した。溶媒／溶液抽出のために、混合およびＮ２の流れを停止させ、真空ポンプを始動させ、次いで、樹脂処理／洗浄液を排出して廃棄することを可能とするように、止め栓を位置付けた。そうでないことが注記されない限りにおいて、樹脂処理／洗浄液の全容量は、樹脂１ｇ当たり１５ｍＬであった。
【０２７９】
シラン化、ジャケット付きのペプチド容器内のアミノメチルポリスチレン樹脂（１００〜２００メッシュ；窒素置換に基づき、１ｇ当たり約１．０ｍｍｏｌのロード；７５ｇ、１当量、Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｌａｂｓ、ＵＫ、型番：１４６４−Ｘ７９９）に、１−メチル−２−ピロリジノン（ＮＭＰ；樹脂１ｇ当たり２０ｍｌ）を添加し、樹脂を、混合しながら、１〜２時間にわたり膨潤させた。膨潤溶媒（ｓｗｅｌｌ  ｓｏｌｖｅｎｔ）の排出後、樹脂を、ジクロロメタン（２×１〜２分間）、２５％のイソプロパノール／ジクロロメタン中に５％のジイソプロピルエチルアミン（２×３〜４分間）、およびジクロロメタン（２×１〜２分間）で洗浄した。最終洗浄液を排出した後、樹脂を、１−メチル−２−ピロリジノン中の、ジスルフィドアンカー３４溶液（０．１７Ｍ；樹脂１ｇ当たり１５ｍＬ、約２．５当量）で処理し、樹脂／試薬混合物を、４５℃で６０時間にわたり加熱した。反応が完了したら、加熱を中断し、アンカー溶液を排出し、樹脂を、１−メチル−２−ピロリジノン（４×３〜４分間）およびジクロロメタン（６×１〜２分間）で洗浄した。樹脂を、ジクロロメタン中に１０％（ｖ／ｖ）のジエチルジカーボネート溶液（１６ｍＬ／ｇ；２×５〜６分間）で処理し、次いで、ジクロロメタン（６×１〜２分間）で洗浄した。樹脂３９（図２Ｂを参照されたい）を、Ｎ２流下で、１〜３時間にわたり、次いで、真空下で、一定の重量（±２％）まで乾燥させた。収率：元の樹脂重量の１１０〜１５０％。
【０２８０】
アミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂のローディングの決定：樹脂のローディング（潜在的に利用可能な反応性部位の数）は、分光アッセイにより、樹脂１グラム当たりのトリフェニルメチル（トリチル）基の数について決定する。
【０２８１】
公知の重量（２５±３ｍｇ）の乾燥樹脂を、２５ｍｌのシラン化メスフラスコへと移し、ジクロロメタン中に２％（ｖ／ｖ）のトリフルオロ酢酸約５ｍＬを添加する。内容物を、静かな回旋により混合し、次いで、３０分間にわたり静置する。容量を、ジクロロメタン中に２％（ｖ／ｖ）の、さらなるトリフルオロ酢酸により、２５ｍＬへと増量し、内容物を、完全に混合した。容積型ピペット（ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ｐｉｐｅｔｔｅ）を使用して、トリチル含有溶液（５００μＬ）のアリコートを、１０ｍＬのメスフラスコへと移し、容量を、メタンスルホン酸により、１０ｍＬへと増量する。
【０２８２】
最終溶液中のトリチルカチオン含量は、４３１．７ｎｍにおけるＵＶ吸光度により測定し、樹脂のローディングは、適切な容量、希釈率、消衰係数（ε：４１μｍｏｌ−１ｃｍ−１）、および樹脂重量を使用して、樹脂１グラム当たりのトリチル基（μｍｏｌ／ｇ）により計算する。アッセイは、三連で実施し、平均ローディングを計算する。
【０２８３】
本実施例における樹脂のローディング手順により、約５００μｍｏｌ／ｇのローディングを有する樹脂を提供する。ジスルフィドアンカーの組込みステップを、室温で２４時間にわたり実施する場合、μｍｏｌ／ｇ単位で３００〜４００のローディングが得られた。
【０２８４】
テールローディング：アミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂を調製するための設定および容量と同じ設定および容量を使用して、テールを、固体支持体へと導入することができる。アンカーロード樹脂をまず、酸性条件下で脱保護し、結果として得られる材料を中性化させてから、カップリングした。カップリングステップのために、ジスルフィドアンカー溶液の代わりに、４−エチルモルホリン（ＮＥＭ、０．４Ｍ）を含有するＤＭＩ中の、３８の溶液（０．２Ｍ）を使用した。４５℃で２時間後、樹脂３９を、２５％のイソプロパノール／ジクロロメタン中に５％のジイソプロピルエチルアミンで２回にわたり洗浄し、ＤＣＭで１回洗浄した。樹脂に、安息香酸無水物（０．４Ｍ）およびＮＥＭ（０．４Ｍ）の溶液を添加した。２５分後、反応器ジャケットを、室温へと冷却し、樹脂を、２５％のイソプロパノール／ジクロロメタン中に５％のジイソプロピルエチルアミンで、２回にわたり洗浄し、ＤＣＭで、８回にわたり洗浄した。樹脂４０を濾過し、高真空下で乾燥させた。樹脂４０に対するローディングは、テールローディングにおいて使用した、元のアミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂３９のローディングであると規定する。
【０２８５】
固相合成：モルホリノベースのオリゴマーは、Ｇｉｌｓｏｎ  ＡＭＳ−４２２  Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ上、２ｍＬのＧｉｌｓｏｎポリプロピレン反応カラム（型番：３９８０２７０）内で調製した。カラムを合成器に静置するときに、カラムの周囲に、水流のためのチャネルを伴うアルミニウム製のブロックを入れた。ＡＭＳ−４２２は、代替的に、試薬／洗浄液を添加し、指定された時間にわたり保持し、真空を使用して、カラムを排気する。
【０２８６】
最大で約２５サブユニットの長さの範囲のオリゴマーでは、ローディングを、樹脂１ｇ当たり約５００μｍｏｌとする、アミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂が好ましい。より大型のオリゴマーでは、ローディングを、樹脂１ｇ当たり３００〜４００μｍｏｌとする、アミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂が好ましい。５’テールを伴う分子が所望される場合も、同じローディング指針により、テールでローディングした樹脂を選択する。
【０２８７】
以下の試薬溶液を調製した。
脱トリチル化溶液：４：１ジクロロメタン／アセトニトリル中に、１０％のシアノ酢酸（ｗ／ｖ）；中性化溶液：３：１のジクロロメタン／イソプロパノール中に、５％のジイソプロピルエチルアミン；カップリング溶液：所望の塩基型および連結型を有する、０．１８Ｍ（または２０サブユニットより長くなったオリゴマーには、０．２４Ｍ）の活性化モルホリノサブユニット、ならびに１，３−ジメチルイミダゾリジノン中に、０．４ＭのＮエチルモルホリン。ジクロロメタン（ＤＣＭ）を、異なる試薬溶液の洗浄を隔てる、一
過性洗浄液として使用した。
【０２８８】
ブロックを４２℃に設定した合成器上で、３０ｍｇのアミノメチルポリスチレン−ジスルフィド樹脂（またはテール樹脂）を含有する各カラムに、２ｍＬの１−メチル−２−ピロリジノンを添加し、室温で、３０分間にわたり静置した。２ｍＬのジクロロメタンで、２回にわたる洗浄の後、以下の合成サイクルを使用した。
【０２８９】
【表４】
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【０２９０】
各カラムが、適正な配列の、適正なカップリング溶液（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｉ）を受容するように、個々のオリゴマーの配列を、合成器へとプログラムした。カラム内のオリゴマーが、その最終的なサブユニットの組込みを完了したら、カラムを、ブロックから取り出し、０．８９Ｍの４−エチルモルホリンを含有する、４−メトキシトリフェニルメチルクロリド（ＤＭＩ中に０．３２Ｍ）を含むカップリング溶液により、最終サイクルを、手動で実施した。
【０２９１】
樹脂からの切断ならびに塩基および保護基の除去：メトキシトリチル化の後、樹脂を、２ｍＬの１−メチル−２−ピロリジノンで、８回にわたり洗浄した。１−メチル−２−ピロリジノン中に、０．１Ｍの１，４−ジチオトレイトール（ＤＴＴ）および０．７３Ｍのトリエチルアミンを含む、１ｍＬの切断溶液を添加し、カラムに蓋をし、室温で、３０分間にわたり静置した。この時間の後、溶液を、１２ｍＬのＷｈｅａｔｏｎバイアルへと排出した。大幅に縮んだ樹脂を、３００μＬの切断溶液で、２回にわたり洗浄した。溶液に、４．０ｍＬの濃縮アンモニア水（−２０℃で保存された）を添加し、バイアルにきつく蓋をし（テフロン（登録商標）加工のねじ蓋により）、混合物を回旋にかけて、溶液をミックスした。バイアルを、４５℃のオーブンに、１６〜２４時間にわたり入れて、塩基および保護基の切断を行った。
【０２９２】
粗生成物の精製：バイアルに入れた（ｖｉａｌｅｄ）アンモノリシス溶液を、オーブンから取り出して、室温へと冷却した。溶液を、２０ｍＬの０．２８％の水性アンモニアで希釈し、Ｍａｃｒｏｐｒｅｐ  ＨＱ樹脂（ＢｉｏＲａｄ）を含有する、２．５×１０ｃｍのカラムに通した。塩勾配（Ａ：０．２８％のアンモニアに、Ｂ：０．２８％のアンモニア中に１Ｍの塩化ナトリウムを伴う；６０分間でＢを０〜１００％とする）を使用して、メトキシトリチルを含有するピークを溶出させた。合わせた画分をプールし、所望される生成物に応じて、さらに加工した。
【０２９３】
モルホリノベースのオリゴマーの脱メトキシトリチル化：Ｍａｃｒｏｐｒｅｐによる精製からプールされた画分を、１ＭのＨ３ＰＯ４で処理して、ｐＨを２．５へと低下させた。初期の混合の後、試料を、室温で４分間にわたり静置し、この時間に、それらを、２．８％のアンモニア／水で、ｐＨ１０〜１１へと中性化させる。生成物は、固相抽出（ＳＰＥ）により精製した。
【０２９４】
ＳＰＥカラムのパッキングおよびコンディショニング：Ａｍｂｅｒｃｈｒｏｍｅ  ＣＧ−３００Ｍ（Ｒｏｈｍ  ａｎｄ  Ｈａａｓ；Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ）（３ｍＬ）を、２０ｍＬのフリットカラム（ＢｉｏＲａｄ  Ｅｃｏｎｏ−Ｐａｃ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  Ｃｏｌｕｍｎｓ（７３２〜１０１１））へとパッキングし、樹脂を、３ｍＬの以下のもの：０．２８％のＮＨ４ＯＨ／８０％のアセトニトリル；０．５ＭのＮａＯＨ／２０％のエタノール；水；５０ｍＭのＨ３ＰＯ４／８０％のアセトニトリル；水；０．５のＮａＯＨ／２０％のエタノール；水；０．２８％のＮＨ４ＯＨですすいだ。
【０２９５】
ＳＰＥの精製：脱メトキシトリチル化からの溶液を、カラムへとロードし、樹脂を、０．２８％の水性アンモニア３〜６ｍＬで、３回にわたりすすいだ。Ｗｈｅａｔｏｎバイアル（１２ｍＬ）を、カラムの下に置き、生成物を、０．２８％の水性アンモニア中に、４５％のアセトニトリル２ｍＬで２回にわたる洗浄により溶出させた。
【０２９６】
生成物の単離：溶液を、ドライアイス内で凍結させ、バイアルを凍結乾燥機に入れて、綿毛状の白色粉末をもたらした。試料を、水中に溶解させ、シリンジを使用して、０．２２ミクロンのフィルター（Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ａｃｒｏｄｉｓｃ  ２５ｍｍシリンジフィルターに、０．２ミクロンのＨＴ  Ｔｕｆｆｒｙｎ膜を伴う）を通して濾過し、ＵＶ分光光度計上で、光学濃度（ＯＤ）を測定して、存在するオリゴマーのＯＤ単位を決定したほか、試料を解析のために分注した。次いで、凍結乾燥させるために、溶液を、Ｗｈｅａｔｏｎバイアルに戻した。
【０２９７】
ＭＡＬＤＩによる、モルホリノベースのオリゴマーについての解析：ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析を、使用して、精製物中の画分の組成を決定したほか、オリゴマーの正体の証拠（分子量）ももたらした。マトリックスとしての、３，５−ジメトキシ−４−ヒドロキシケイ皮酸（シナピン酸）、３，４，５−トリヒドロキシアセトフェノン（ＴＨＡＰ）、またはアルファ−シアノ−４−ヒドロキシケイ皮酸（ＨＣＣＡ）の溶液による希釈後に、試料を試行にかけた。
【０２９８】
（実施例２）
アンチセンスオリゴマーについてのｉｎ  ｖｉｔｒｏ研究
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験を実施して、上記で記載した通りにデザインおよび調製されたアンチセンスオリゴマーが、エクソン８０を含有するヒトＶＩＩ型コラーゲンプレｍＲＮＡの発現を減少させて、機能的なヒトＶＩＩ型コラーゲンの発現を増加させる能力について探索した。言及した実験では、正常なヒト皮膚成体線維芽細胞（ＨＤＦａ細胞；ｃａｔ＃Ｃ−０１３−５Ｃ、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；グランドアイランド、ＮＹ）および正常なヒト上皮成体ケラチノサイト（ＨＥＫａ細胞；ｃａｔ＃Ｃ−００５−５Ｃ、Ｃａｓｃａｄｅ（Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；グランドアイランド、ＮＹ）の両方を使用した。ＨＤＦａ細胞またはＨＥＫａ細胞に、ＳＧヌクレオフェクター溶液中またはＰ３ヌクレオフェクター溶液中のそれぞれに、１０、３、１、および０．３μＭのアンチセンスオリゴマーをヌクレオフェクトし、５％のＣＯ２を伴う３７℃で、終夜インキュベートした。全ＲＮＡを、細胞から単離し、プライマーである、ＤＥＢ  ７９  ＦＷＤ  Ｓｅｔ２（５’ＴＡＣ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＡＧＣ  ＧＴＧ  ＧＴＡ  Ｔ  ３’；配列番号２５）と、ＤＥＢ  ８３  ＲＥＶ  Ｓｅｔ２（５’  ＧＴＣ  ＣＴＧ  ＧＡＧ  ＧＴＣ  ＣＴＧ  ＴＣＴ  ３’；配列番号２６）とを使用して、ＲＴ−ＰＣＲを実施した。エクソン８０スキッピングパーセントを決定するように、ＬａｂＣｈｉｐ  Ｃａｌｉｐｅｒを使用して、増幅された試料を解析した。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍにおける非線形回帰解析を使用して、ＥＣ５０値を決定した。ＥＣ５０値は、被験ＰＭＯが、５０％のエクソンスキッピングを誘導する濃度を表す。
【０２９９】
エクソン８０／イントロン８０接合部（スプライスドナー部位）を含むヒトＶＩＩ型コラーゲン遺伝子（ＣＯＬ７Ａ１）のエクソン８０を標的とするようにデザインされた、第１シリーズのアンチセンスオリゴマーを合成し、上記で記載した正常なヒト皮膚成体線維芽細胞（ＨＤＦａ）および正常なヒト上皮成体ケラチノサイト（ＨＥＫａ）を処理するのに使用した。本開示のアンチセンスオリゴマーは、Ｃｏｌ７ａ１−１、Ｃｏｌ７ａ１−２、Ｃｏｌ７ａ１−３、およびＣｏｌ７ａ１−４を含み、化合物Ｃｏｌ７ａ１−５、Ｃｏｌ７ａ１−６、およびＣｏｌ７ａ１−７と比較した。これらは全て、以下の表５に記載する。
【０３００】
図３（ＨＤＦａ）および図４（ＨＥＫａ）に示される通り、本開示に従うアンチセンスオリゴマー（Ｃｏｌ７ａ１−１、Ｃｏｌ７ａ１−２、Ｃｏｌ７ａ１−３、およびＣｏｌ７ａ１−４）は、エクソン８０スキッピングを引き起こすのに特に有効であり、先行技術において公知の配列を含むアンチセンスオリゴマー（Ｃｏｌ７ａ１−７（−０２＋２２）；配列番号８；国際公開第ＷＯ２０１３／０５３８１９号）、エクソン８０／イントロン８０接合部にハイブリダイズしないターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマー（Ｃｏｌ７ａ１−６  Ｄ（−０５−２６）ターゲティング配列  配列番号５）、およびＣｏｌ７ａ１−５  Ｄ（＋１７−０２）（ターゲティング配列  配列番号７））と比較して改善された活性を示した。
【０３０１】
【表５】
2018518167.tif 000067
【０３０２】
Ｃｏｌ７ａ１−７についてのＥＣ５０値と比較した場合の化合物Ｃｏｌ７ａ１−１、Ｃｏｌ７ａ１−２、Ｃｏｌ７ａ１−３、およびＣｏｌ７ａ１−４のＥＣ５０値を、以下の表６に示す。
【０３０３】
【表６】
2018518167.tif 000068
【０３０４】
本明細書で開示される配列を、下記の表７に、さらに列挙する。
【０３０５】
【表７−１】
2018518167.tif 000069
【表７−２】
2018518167.tif 000070
【図１Ａ】
2018518167.tif 000084
【図１Ｂ】
2018518167.tif 000085
【図１Ｃ】
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【図１Ｄ−Ｇ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
2018518167.tif 000089
【図３】
2018518167.tif 000090
【図４】
2018518167.tif 000091
【配列表】
2018518167000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成30年1月30日(2018.1.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
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2018518167.tif 000104
2018518167.tif 000105
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