(57)【要約】  粘膜組織を含む胃腸以外の部位（例えば、口腔、鼻腔および膣）への局所投与に適したグリカン調製物を含む組成物を提供する。さらに、前記グリカン調製物を使用する方法を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する方法であって、前記ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群を調節するのに有効な量でグリカン調製物を含む医薬組成物を、前記胃腸以外の身体部位に局所投与することを含み、前記グリカン調製物が、以下の特性：
ｉ）前記グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含み、
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６であり、
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有し、
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８であり、
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１であり、および任意に
ｖｉ）前記グリカン調製物が、２３℃で約６０Ｂｒｉｘ以上の水中最終溶解限度を有する
を有する方法。
【請求項２】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が鼻腔である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が口腔である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が膣である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記グリカン調製物中の前記分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が約０．０５〜約０．６である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記グリカン調製物の平均ＤＰが約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうちの１つである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記グリカン調製物中の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が約１：１〜約５：１である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属の細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
前記鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
前記口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項１５】
前記口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項１６】
前記口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項１７】
前記口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項１８】
前記口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項１９】
前記口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項２０】
前記口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種の細菌分類群の存在度が調節される、請求項３に記載の方法。
【請求項２１】
前記膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度が調節される、請求項４に記載の方法。
【請求項２２】
前記膣内で、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される、請求項４に記載の方法。
【請求項２３】
前記膣内で、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち２つ以上の細菌分類群の存在度が調節される、請求項４に記載の方法。
【請求項２４】
前記調節が、前記細菌分類群の存在度を増加させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％、または少なくとも１０００％）を含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記調節が、前記細菌分類群の存在度を減少させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または少なくとも９９．９％）を含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記調節が、前記細菌分類群の相対的存在度を少なくとも５％、１０％、または少なくとも２０％増加または減少させることを含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記調節が、前記細菌分類群の前記胃腸以外の身体部位における存在度を、前記胃腸以外の身体部位における細菌集団に対して増加または減少させることを含む、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記調節が、前記細菌分類群の存在度を、ｉ）前記胃腸以外の身体部位における第２の細菌分類群の存在度に対して、またはｉｉ）基準値（例えば、数値または非数値）に対して、増加または減少させることを含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法であって、任意に、
ｉ）前記基準値が、前記胃腸以外の身体部位に前記グリカン調製物を投与する前の（例えば、グリカン調製物の不存在下での）、前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群の存在度の関数である、
ｉｉ）前記基準値が、前記胃腸以外の身体部位の腸内毒素症または前記胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を有する対象の、前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群の存在度の関数である、
ｉｉｉ）前記基準値が、疾患、障害、または病態（例えば、胃腸以外の身体部位において）を有する１つ以上の個体の、前記細菌分類群の存在度の関数である、
ｉｖ）前記基準値が、前記胃腸以外の身体部位の障害もしくは腸内毒素症、または前記胃腸以外の身体部位における障害もしくは腸内毒素症を有しない対象の、前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群の存在度の関数である、
ｖ）前記基準値は、障害、腸内毒素症を有しない１つ以上の個体の、前記細菌分類群の存在度の値の関数であり、さらに任意に、前記基準値を有する対象の存在度の関数の値を比較することを含む、方法。
【請求項２９】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置する、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節する、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
微生物多様性を減少させる（例えば、細菌分類群の損失によって、または少なくとも５％もしくは少なくとも０．３対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
微生物多様性を増加させる（例えば、細菌分類群の増大によって、または少なくとも５％もしくは少なくとも０．３対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、胃腸以外の身体部位におけるｐＨを調節する、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記ｐＨがより塩基性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の増加）、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記ｐＨがより酸性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の減少）、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物のプロファイルを調節する、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
調節が前記胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物のレベルを増加させることを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
調節が前記胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物のレベルを減少させることを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
調節が前記胃腸以外の身体部位における揮発性脂肪酸のレベルを調節することを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を調節処置する、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が鼻腔である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記鼻腔の前記疾患、障害または病態が、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつまたは喘息である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が口腔である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記口腔の前記疾患、障害または病態は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位が膣である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
前記膣の前記疾患、障害または病態は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）を局所投与または全身投与することをさらに含む、請求項１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
抗炎症剤またはステロイドを局所投与または全身投与することをさらに含む、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記胃腸以外の身体部位に、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）を局所投与することをさらに含む、請求項１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記有益な細菌分類群が、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属から選択される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節を必要とする対象の選択をさらに含む、請求項１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
選択が、前記胃腸以外の身体部位の腸内毒素症を表す値を取得すること（例えば、前記部位の試料の微生物シークエンシング分析）、および腸内毒素症が存在する場合に対象を選択することを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
選択が、前記胃腸以外の身体部位の選択された細菌分類群の存在度を表す値を取得すること（例えば、前記部位の試料の微生物シークエンシング分析）、および前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群の存在度が前記胃腸以外の身体部位の所定値（例えば、多数の対象にわたる健康な状態における前記分類群の存在度の範囲）と異なる場合に対象を選択することを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
第１の期間または最初の期間に前記グリカン調製物の第１の単位剤形を投与すること、および第２の期間または後続の期間に前記グリカン調製物の第２の単位剤形を投与することを含む、請求項１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記第１の期間または最初の期間が、前記グリカン調製物を代謝するための前記分類群の処置または適合化を含み、前記第２の期間または後続の期間が、前記対象の前記胃腸以外の身体部位における前記細菌分類群の存在度の調節を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記グリカン調製物が、前記対象の前記胃腸以外の身体部位における局所投与に適した単位剤形として投与される、請求項１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記グリカン調製物が、胃腸管を通過する前に前記胃腸以外の身体部位に接触する、請求項１〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
局所投与された前記グリカン調製物の約９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５重量％未満が、前記胃腸管に入るまたは通過する、例えば、胃を通過する、請求項１〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
前記グリカン調製物が膣口を通して導入される、請求項１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
前記グリカン調製物が鼻孔（外鼻孔）を通して導入される、請求項１〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記グリカン調製物が口を通して導入される、請求項１〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節が、前記部位によって生成される臭気（例えば、悪臭）を減少させる、請求項１〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
ヒト対象の粘膜組織を含有する前記胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節がｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下で決定される、請求項１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
細菌分類群の存在度を調節するための値が、ヒトの胃腸以外の身体部位から採取された生物学的試料（例えば、唾液、粘液、排泄腔スワブ等）から増殖したｉｎ  ｖｉｔｒｏでの微生物培養物から取得される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
細菌分類群の存在度を調節するための値が、ｉｎ  ｖｉｖｏで胃腸以外の身体部位と関連することが知られ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで増殖した、単一菌株の細菌（例えば、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）等の菌株）から取得される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
以下：
ａ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節すること、
ｂ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節すること、
ｃ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位のｐＨを調節すること、
ｄ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の微生物代謝産物のプロファイルを調節すること、
ｅ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置すること、または
ｆ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を処置すること
のいずれかの方法であって、前記方法が、
グリカン調製物を対象の粘膜組織を含む前記胃腸以外の身体部位に局所投与することを含み、
前記グリカン調製物が以下の特性：
ｉ）前記グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、および
ｖｉ）前記グリカン調製物が、２３℃で約６０Ｂｒｉｘ以上の水中最終溶解限度を有する、
のうち２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有し、
それにより、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における、ａ）細菌分類群の存在度を調節する、ｂ）微生物多様性を調節する、ｃ）ｐＨを調節する、ｄ）微生物代謝産物のプロファイルを調節する、ｅ）腸内毒素症を処置する、またはｆ）障害を処置する、方法。
【請求項６７】
粘膜組織を含む前記胃腸以外の身体部位が口腔、鼻腔、または膣である、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位に局所投与するためのグリカン調製物の製剤であって、
前記グリカン調製物が以下の特性：
ｉ）前記グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、および
ｖｉ）前記グリカン調製物が、２３℃で約６０Ｂｒｉｘ以上の水中最終溶解限度を有する
のうち２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有する製剤。
【請求項６９】
単位剤形として提供される、請求項６８に記載の製剤。
【請求項７０】
糖、糖アルコール、アミノ酸、ペプチド、微量栄養素、脂肪酸、またはポリフェノールをさらに含む、請求項６８または６９のいずれか一項に記載の製剤。
【請求項７１】
前記糖または糖アルコールが、グルコース、ガラクトース、フルクトース、フコース、マンノース、キシロース、アラビノース、ラムノース、リボース、スクロース、ソルボース、ラクトース、ソルビトール、マルトース、マンニトール、ラクツロース、ラクチトール、エリスリトール、タガトース、コージビオース、ニゲロース、イソマルトース、トレハロース、ソホロース、ラミナリビオース、ゲンチオビオース、ツラノース、マルツロース、パラチノース、ゲンチオビウロース、マンノビオース、メリビウロース、ルチヌロース、またはキシロビオースを含む、請求項７０に記載の製剤。
【請求項７２】
前記微量栄養素が、ビタミン、エレメント、またはミネラルを含む、請求項７０に記載の製剤。
【請求項７３】
前記脂肪酸が、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）、または超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）を含む、請求項７０に記載の製剤。
【請求項７４】
前記ポリフェノールが、カテキン、エラギタンニン、イソフラボン、フラボノール、フラバノン、アントシアニン、またはリグニンを含む、請求項７０に記載の製剤。
【請求項７５】
治療剤（例えば、標準治療の治療剤）をさらに含む、請求項６８〜７４のいずれか一項に記載の製剤。
【請求項７６】
前記治療剤が、抗生物質、抗真菌剤、抗ウイルス剤、フッ化物処置、ステロイド、硝酸銀、糖もしくは糖アルコール（例えば、ラクツロース、キシリトール）、油（例えば、ココナッツ油、ＭＣＴ油、ティーツリーオイル）、亜鉛、ヨウ素、イソフラボン（例えば、大豆）、酸（例えば、酢酸、ホウ酸）、天然抽出物（例えば、エルダーベリー、オオアザミ、ラベンダー）、酸化防止剤（例えば、ビタミンＣ）、またはニンニクを含む、請求項７５に記載の製剤。
【請求項７７】
抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）をさらに含む、請求項６８〜７６のいずれか一項に記載の製剤。
【請求項７８】
抗炎症剤またはステロイドをさらに含む、請求項６８〜７７のいずれか一項に記載の製剤。
【請求項７９】
有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）をさらに含む、請求項６８〜７８のいずれか一項に記載の製剤。
【請求項８０】
前記有益な細菌分類群が、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属から選択される、請求項７９に記載の製剤。
【請求項８１】
前記単位剤形が口腔、鼻腔、または膣への投与のために調製された、請求項６９に記載の製剤。
【請求項８２】
口腔への投与のための前記単位剤形が、口で迅速に溶解する固体（例えば、溶解性ストリップ、フィルム、ファーストメルト）、液体（例えば、口内洗浄剤、スプレー、チンキ、ドロップ）またはゲル（例えば、歯磨きペースト、クリームまたは軟膏）である、請求項８１に記載の製剤。
【請求項８３】
膣への投与のための前記単位剤形が、坐剤（例えば、膣坐剤）、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液、膣リング、タンポン、パッド、洗浄剤、スポンジ、ストリップ、スプレー、フォーム、アプリケータ、または粘着物を含む、請求項８１に記載の製剤。
【請求項８４】
口腔への投与のための前記単位剤形が、噴霧剤（例えば、水性噴霧剤）、乾燥粉末、スプレー、フォーム、アプリケータ、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液を含む、請求項８１に記載の製剤。
【請求項８５】
胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の複数の単位剤形を含む、容器。
【請求項８６】
前記容器が第１の単位剤形を含む第１の区画および第２の剤形を含む第２の区画を含む、請求項８５に記載の容器。
【請求項８７】
前記第１および第２の剤形が同じである、請求項８６に記載の容器。
【請求項８８】
前記第１および第２の剤形が互いに異なっており、例えば、各剤形は異なる量のグリカン調製物を有する、異なる放出特性を有する、異なる賦形剤を含む、または異なる薬物もしくは異なる量の薬物を含む、請求項８６に記載の容器。
【請求項８９】
第１の期間または最初の期間に対象へ投与する第１の単位剤形、および第２の期間または後続の期間に前記対象へ投与する第２の単位剤形を含む、請求項８８に記載の容器。
【請求項９０】
前記第１の期間が適合期間であり、前記第２の期間が維持期間である、請求項８９に記載の容器。
【請求項９１】
粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位に局所投与するためのグリカン調製物を含むキットであって、前記グリカン調製物が以下の特性：
ｉ）前記グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６または０．０５〜約０．５である、
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰが約ＤＰ２〜約ＤＰ２０、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８である、
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約１：１〜約５：１または約０．８：１〜約５：１である、および／または
ｖｉ）前記グリカン調製物が、２３℃で約６０Ｂｒｉｘ以上の水中最終溶解限度を有する
のうち２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有するキット。
【請求項９２】
治療剤をさらに含む、請求項９１に記載のキット。
【請求項９３】
前記治療剤が、抗生物質（例えば、口腔、鼻腔、もしくは膣に適用される抗生物質、または全身に適用される抗生物質）である、請求項９２に記載のキット。
【請求項９４】
前記抗生物質が、メトロニダゾール、クリンダマイシン、チニダゾール、およびセクニダゾール、ムピロシン、リファンピン、およびドキシサイクリンを含む、請求項９３に記載のキット。
【請求項９５】
前記治療剤が、ステロイド、充血除去剤、抗ヒスタミン剤、鼻潤滑剤、防腐剤、フッ化物洗浄剤、鎮咳剤、唾液代用剤、膣に適用されるホルモン（例えば、エストラジオール）、抗真菌剤、または有益な細菌である、請求項９２に記載のキット。
【請求項９６】
対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造する方法であって、
前記グリカン調製物の第１の量を提供すること、
前記グリカン調製物の前記第１の量を、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適した複数の単位剤形に分割すること、
それにより、対象の胃腸以外の身体部位への投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造すること
を含む方法。
【請求項９７】
対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造する方法であって、
（ａ）グリカン調製物を提供すること、
（ｂ）前記調製物の以下の特徴：
（ｉ）重合度（ＤＰ）、
（ｉｉ）平均分岐度（ＤＢ）、または
（ｉｉｉ）アルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率、および
（ｃ）以下の基準の１つ以上が満たされる場合、前記調製物を対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適した単位剤形として製剤化すること：
（ｉ）前記調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位のＤＰを有する、
（ｉｉ）前記調製物中の前記グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、少なくとも０．０１である、
（ｉｉｉ）前記調製物中の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、
それにより、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造すること、を含む、方法。
【請求項９８】
前記調製物の次のさらなる特徴：
（ｉｖ）前記グリカン単位の同一性、
（ｖ）グリカン単位の比率、
のうちいずれかまたは両方の値を得ること、および
（ｖｉ）前記調製物中の前記グリカン単位の比率が、前記グリカン単位の投入比率とほぼ同じである場合、
医学組成物として前記調製物を製剤化すること
をさらに含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
ｂ）前記調製物のさらなる特徴：
（ｉｖ）前記グリカン調製物を添加した培地中での、少なくとも１つの胃腸以外の身体部位に関連する（または中に存在する）ことが知られる共生細菌分類群（例えば、細菌株）の細菌増殖のレベル、のうちのいずれかまたは両方の値を得ること、および、
ｃ）前記グリカン調製物が、ｉ）所定のレベル（例えば、炭素源（例えば、糖単量体または二量体（例えばグルコース）など）の制御レベル）に対して、またはｉｉ）他の所定の細菌分類群（例えば、病原体または原性共生生物）に対して、前記細菌分類群の増殖を調節する（例えば、増加させる）場合、前記調製物を医薬組成物として製剤化すること、
をさらに含む、請求項９７または９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記細菌分類群がラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、Ｌ．クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、Ｌ．イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、Ｌ．ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）およびイエンセン乳酸杆菌（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ））であり、前記胃腸以外の身体部位が膣である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記細菌分類群がナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））またはベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ））であり、前記胃腸以外の身体部位が口腔である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
前記細菌分類群がストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）であって、その増殖が他の所定の細菌分類群（例えば、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））またはベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）））に対して減少され、前記胃腸以外の身体部位が口腔である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
前記細菌分類群が偽ジフテリア菌（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）または表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）であって、前記胃腸以外の身体部位が鼻腔である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０４】
前記細菌分類群が黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）またはコリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）であって、その増殖が他の所定の細菌分類群（例えば、偽ジフテリア菌（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）または表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ））に対して減少され、前記胃腸以外の身体部位が鼻腔である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０５】
医薬組成物として前記調製物を製剤化する前記工程が、
ｉ）前記調製物から望ましくない構成物質を除去すること、
ｉｉ）前記調製物の体積を減少させること、
ｉｉｉ）前記調製物を殺菌すること、
ｉｖ）前記調製物を薬学的に許容される賦形剤または担体と混合すること、
ｖ）前記調製物を第２の薬物または医薬剤と混合すること、
ｖｉ）前記調製物を胃腸以外の身体部位に適した剤形に製剤化すること、
のうち１つ以上を含む、請求項９９〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
医薬組成物として前記調製物を製剤化する前記工程が、
（ｉ）前記調製物をパッケージ化すること、
（ｉｉ）前記パッケージ化された調製物にラベル付けすること、および
（ｉｉｉ）前記パッケージ化およびラベル付けされた調製物を販売するか、または販売に供すること、
のうちの１つ以上を含む、請求項９９〜１０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
医薬組成物を作製する方法であって、
（ｉ）グルコース、ガラクトース、フコース、キシロース、アラビノース、ラムノースおよびマンノースからなる群から選択される少なくとも１つのグリカン単位を含むグリカン調製物（例えば、治療用グリカン調製物）を提供すること、
（ｉｉ）予め選択されたＮＭＲピークまたは一連のＮＭＲピークが前記グリカン調製物と関連するかどうかを決定すること、および
（ｉｉｉ）前記予め選択されたピークまたは一連のピークが存在する場合、医薬組成物として前記調製物を製剤化すること、
を含む、方法。
【請求項１０８】
対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を含む医薬組成物であって、分岐グリカンの混合物を含み、前記調製物中の前記グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が少なくとも０．０１であり、
ｉ）前記調製物中の前記グリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有し、
ｉｉ）前記グリカン調製物がアルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の両方を含み、
ｉｉｉ）前記調製物の前記グリカン中に存在する前記グリコシド結合のうちの少なくとも１つが、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含み、
ｉｖ）前記調製物の前記グリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約１：１〜約５：１である、医薬組成物。
【請求項１０９】
前記グリコシド結合のうちの少なくとも２つが、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む、請求項１０８に記載の組成物。
【請求項１１０】
前記グリコシド結合のうちの少なくとも３つが、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む、請求項１０８または１０９に記載の組成物。
【請求項１１１】
前記グリカン単位が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、およびラムノースの群から選択される単糖類のうちの少なくとも１つを含む、請求項１０８〜１１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１２】
前記調製物中の前記グリカンの少なくとも２０％（重量または数で）が、予め選択された基準レベルを超える２グリカン単位の反復単位を含まない、請求項１０８〜１１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１３】
前記グリカン調製物が、合成であり、天然のオリゴ糖または多糖源から単離されたものでない、請求項１０８〜１１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１４】
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項１０８〜１１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１５】
前記組成物が、単位剤形として製剤化される、請求項１０８〜１１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１６】
前記単位剤形が、遅延放出または時間制御システムとして製剤化される、請求項１０８〜１１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１７】
粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位への局所投与が、胃腸以外の身体部位の粘膜組織への局所投与を含む、請求項１〜６７、９７〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
前記組成物または製剤が、胃腸以外の身体部位の粘膜組織への局所投与のためのものである、請求項６８〜８４、１０８〜１１６のいずれか一項に記載の組成物または製剤。
【請求項１１９】
対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節すること、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節すること、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位のｐＨを調節すること、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の微生物代謝産物のプロファイルを調節すること、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置すること、または対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を処置することが、
胃腸以外の身体部位の粘膜組織における細菌分類群の存在度を調節すること、胃腸以外の身体部位の粘膜組織における微生物多様性を調節すること、胃腸以外の身体部位の粘膜組織のｐＨを調節すること、胃腸以外の身体部位の粘膜組織の微生物代謝産物のプロファイルを調節すること、胃腸以外の身体部位の粘膜組織における腸内毒素症を処置すること、または胃腸以外の身体部位の粘膜組織の疾患、障害または病態を処置することを含む、請求項１〜６７、９７〜１０７、１１７のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
優先権の主張
本出願は、米国特許出願第６２／２０９，６１８号明細書、米国特許出願第６２／２０９，６２６号明細書および米国特許出願第６２／２０９，６２９号明細書に対する優先権を主張する。各出願は、それぞれ２０１５年８月２５日に出願されたものである。前述の出願の開示は、それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
ヒトの健康の維持または回復は、効果的な処置の選択肢がないことに起因する多くの課題に直面している。新規治療法および処置計画が引き続き必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本発明の態様は、グリカン調製物、医薬組成物、剤形および粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位でグリカン調製物を局所使用する方法に関する。１つの態様では、本発明は、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本方法はヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節することを含み、ヒト対象の粘膜組織を含有する胃腸以外の身体部位における細菌分類群を調節するのに有効な量でグリカン調製物を含む医薬組成物を、胃腸以外の身体部位に局所投与することを含み、グリカン調製物は、以下の特性のうちの少なくとも１つを有する：ｉ）グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、ｉｉ）グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１であり、および／または、任意にｖｉ）グリカン調製物が、２３℃で少なくとも約６０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有する。
【０００４】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は鼻腔である。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【０００５】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は口腔である。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【０００６】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は膣である。いくつかの実施形態では、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【０００７】
いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の存在度を増加させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％、または少なくとも１０００％）を含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の存在度を減少させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または少なくとも９９．９％）を含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の相対的存在度を少なくとも５％、１０％、または少なくとも２０％増加または減少させることを含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の胃腸以外の身体部位における存在度を、胃腸以外の身体部位における細菌集団に対して増加または減少させることを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の胃腸以外の身体部位における存在度を、ｉ）前記胃腸以外の身体部位における第２の細菌分類群の存在度に対して、またはｉｉ）基準値（例えば、数値または非数値）に対して、増加または減少させることを含み、任意に、ｉ）基準値は、胃腸以外の身体部位にグリカン調製物を投与する前の（例えば、グリカン調製物の不存在下での）、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｉ）基準値は、胃腸以外の身体部位の腸内毒素症または胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を有する対象の、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｉｉ）基準値は、疾患、障害、または病態（例えば、胃腸以外の身体部位において）を有する１つ以上の個体の、細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｖ）基準値は、胃腸以外の身体部位の障害もしくは腸内毒素症、または胃腸以外の身体部位における障害もしくは腸内毒素症を有しない対象の、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｖ）基準値は、障害、腸内毒素症を有しない１つ以上の個体の、細菌分類群の存在度の値の関数であり、さらに任意に、基準値を有する対象の存在度の関数の値を比較することを含む。
【０００９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置する（例えば、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症の少なくとも１つの症状を処置する）。
【００１０】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節する。いくつかの実施形態では、微生物多様性を減少させる（例えば、細菌分類群の減少によって、または少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。いくつかの実施形態では、微生物多様性を増加させる（例えば、細菌分類群の増加によって、または少なくとも５５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。
【００１１】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位におけるｐＨを調節する。いくつかの実施形態では、ｐＨはより塩基性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の増加）。いくつかの実施形態では、ｐＨはより酸性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の減少）。
【００１２】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のプロファイルを調節する。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを減少させることを含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における揮発性脂肪酸のレベルを調節することを含む。
【００１４】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を調節処置する。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、鼻腔の疾患、障害または病態は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつまたは喘息である。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、口腔の疾患、障害または病態は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（ＳＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）である。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、膣の疾患、障害または病態は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性である。
【００１５】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節方法は、抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）の局所投与または全身投与をさらに含む。
【００１６】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節方法は、抗炎症剤またはステロイドの局所投与または全身投与をさらに含む。
【００１７】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節方法は、胃腸以外の身体部位に、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）を局所投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、口腔を標的とし、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）およびプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、鼻腔を標的とし、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔ��ｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、膣を標的とし、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）およびバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）から選択される。
【００１８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節方法は、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節を必要とする対象の選択をさらに含む。いくつかの実施形態では、選択は、胃腸以外の身体部位の腸内毒素症を表す値を取得すること（例えば、部位の試料の微生物シークエンシング分析）、および腸内毒素症が存在する場合に対象を選択することを含む。いくつかの実施形態では、選択は、胃腸以外の身体部位の選択された細菌分類群の存在度を表す値を取得すること（例えば、部位の試料の微生物シークエンシング分析）、および胃腸以外の身体部位の細菌分類群の存在度が胃腸以外の身体部位の所定値（例えば、多数の対象にわたる健康な状態における分類群の存在度の範囲）と異なる場合に対象を選択することを含む。
【００１９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節方法は、第１の期間または最初の期間にグリカン調製物の第１の単位剤形を投与することを含む。いくつかの実施形態では、前方法は、第２の期間または後続の期間にグリカン調製物の第２の単位剤形を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の期間または最初の期間は、グリカン調製物を代謝するための分類群の前処置または適合化を含み、第２の期間または後続の期間が、対象の胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織）における局所投与に適した単位剤形として投与される。
【００２０】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、胃腸管を通過する前に胃腸以外の身体部位に接触する。いくつかの実施形態では、局所投与されたグリカン調製物の９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５重量％未満は、胃腸管に入るまたは通過する（例えば、胃を通過する）。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は膣口を通して導入される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は鼻孔（外鼻孔）を通して導入される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は口を通して導入される。
【００２１】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、部位によって生成される臭気（例えば、悪臭）を減少させる。
【００２２】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節はｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下で決定される。いくつかの実施形態では、細菌分類群の存在度を調節するための値は、ヒトの胃腸以外の身体部位から採取された生物学的試料（例えば、唾液、粘液、排泄物、腔スワブ等）から増殖したｉｎ  ｖｉｔｒｏでの微生物培養物から取得される。いくつかの実施形態では、細菌分類群の存在度を調節するための値は、ｉｎ  ｖｉｖｏで胃腸以外の身体部位と関連することが知られ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで増殖した、単一菌株の細菌（例えば、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）等の菌株）から取得される。
【００２３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率は約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、約０．０５〜約０．６である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうちの１つである。
【００２４】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上が、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００２５】
別の態様では、本発明は、ａ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する方法、ｂ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節する方法、ｃ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位のｐＨを調節する方法、ｄ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の微生物代謝産物のプロファイルを調節する方法、ｅ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置する方法、またはｆ）対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を処置する方法のいずれかの方法を特徴とし、本方法は、グリカン調製物を対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位に局所投与することを含み、グリカン調製物は、以下の特性：ｉ）グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、ｉｉ）グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、およびｖｉ）グリカン調製物が、２３℃で少なくとも約６０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有する、のうち１つ、２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有し、それにより、体操の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における、ａ）細菌分類群の存在度を調節する、ｂ）微生物多様性を調節する、ｃ）ｐＨを調節する、ｄ）微生物代謝産物のプロファイルを調節する、ｅ）腸内毒素症を処置する、またはｆ）障害を処置する。
【００２６】
いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。
【００２７】
いくつかの実施形態では、対象の胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度は、独立して少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％、または少なくとも１０００％増加する。いくつかの実施形態では、対象の胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度は、独立して少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または少なくとも９９．９％減少する。いくつかの実施形態では、細菌分類群は、共生細菌分類群を含む。いくつかの実施形態では、細菌分類群は、病原性細菌分類群を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節する。いくつかの実施形態では、微生物多様性を減少させる（例えば、細菌分類群の減少によって、または少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。いくつかの実施形態では、微生物多様性を増加させる（例えば、細菌分類群の増加によって、または少なくとも５５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。
【００２９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位におけるｐＨを調節する。いくつかの実施形態では、ｐＨはより塩基性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の増加）。いくつかの実施形態では、ｐＨはより酸性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の減少）。
【００３０】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のプロファイルを調節する。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを減少させることを含む。いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位の微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）の濃度は、少なくとも約０．５％（例えば、少なくとも約１％、約５％、約１０％）増加する、または減少する。いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位の微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）の濃度は、少なくとも約０．３対数倍（例えば、少なくとも０．６対数倍、１対数倍）増加する、または減少する。いくつかの実施形態では、微生物代謝産物は、ギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、イソ吉草酸、アスコルビン酸、トリプトファン、セロトニン、インドール、コハク酸、トリメチルアミン（ＴＭＡ）、トリメチルアミンＮ−オキシド（ＴＭＡＯ）、デオキシコール酸、硫酸エチフェニル（ｅｔｈｙｐｈｅｎｙｌ  ｓｕｌｆａｔｅ）、アセチルアルデヒド、乳酸、過酸化水素、およびブタンジオンからなる群から選択される。
【００３１】
いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における揮発性脂肪酸のレベルを調節することを含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置する（例えば、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症の少なくとも１つの症状を処置する）。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位の障害を処置する（例えば、胃腸以外の身体部位の障害の少なくとも１つの症状を処置する）。いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣から選択される。
【００３３】
いくつかの実施形態では、本方法は、口腔、鼻腔、または膣の障害を、その治療を必要とする対象において処置することを含む。いくつかの実施形態では、対象は、処置後に口腔、鼻腔、または膣の障害のうちの少なくとも１つの症状の軽減を経験する。いくつかの実施形態では、治療後の症状の重症度の軽減は、処置前の症状の重症度に対し、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または約１００％である。
【００３４】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、口腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（ＳＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）から選択される口腔の障害を処置することを含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、鼻腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染または保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息から選択される鼻腔の障害を処置することを含む。
【００３６】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、膣の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性から選択される膣の障害を処置することを含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００３９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００４０】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率は約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、約０．０５〜約０．６である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８ののうちの１つである。
【００４１】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上が、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００４２】
別の態様では、本発明は、対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位に局所投与するためのグリカン調製物の製剤であって、グリカン調製物は、以下の特性：ｉ）グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、ｉｉ）グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、および／またはｖｉ）グリカン調製物が、２３℃で少なくとも約６０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有する、のうち１つ、２つまたは２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有する製剤を特徴とする。
【００４３】
いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。
【００４４】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、口腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）から選択される口腔の障害を処置するために投与される。
【００４５】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、鼻腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染または保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息から選択される鼻腔の障害を処置するために投与される。
【００４６】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、膣の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性から選択される膣の障害を処置するために投与される。
【００４７】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、製剤は、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するために投与される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００４８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、製剤は、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するために投与される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００４９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、製剤は、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度を調節するために投与される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００５０】
いくつかの実施形態では、製剤は、単位剤形として提供される。
【００５１】
いくつかの実施形態では、製剤は、糖、糖アルコール、アミノ酸、ペプチド、微量栄養素、脂肪酸、またはポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、製剤は、糖または糖アルコールをさらに含む。いくつかの実施形態では、糖または糖アルコールは、グルコース、ガラクトース、フルクトース、フコース、マンノース、キシロース、アラビノース、ラムノース、リボース、スクロース、ソルボース、ラクトース、ソルビトール、マルトース、マンニトール、ラクツロース、ラクチトール、エリスリトール、タガトース、コージビオース、ニゲロース、イソマルトース、トレハロース、ソホロース、ラミナリビオース、ゲンチオビオース、ツラノース、マルツロース、パラチノース、ゲンチオビウロース、マンノビオース、メリビウロース、ルチヌロース、またはキシロビオースを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、微量栄養素をさらに含む。いくつかの実施形態では、微量栄養素は、ビタミン、エレメント、またはミネラルを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、脂肪酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、脂肪酸は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）、または超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、ポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、カテキン、エラギタンニン、イソフラボン、フラボノール、フラバノン、アントシアニン、またはリグニンを含む。
【００５２】
いくつかの実施形態では、製剤は、治療剤（例えば、標準治療の治療剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、抗生物質、抗真菌剤、抗ウイルス剤、フッ化物処置、ステロイド、硝酸銀、糖もしくは糖アルコール（例えば、ラクツロース、キシリトール）、油（例えば、ココナッツ油、ＭＣＴ油、ティーツリーオイル）、亜鉛、ヨウ素、イソフラボン（例えば、大豆）、酸（例えば、酢酸、ホウ酸）、天然抽出物（例えば、エルダーベリー、オオアザミ、ラベンダー）、酸化防止剤（例えば、ビタミンＣ）、またはニンニクを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、製剤は、抗炎症剤またはステロイドをさらに含む。
【００５３】
いくつかの実施形態では、製剤は、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）をさらに含む。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属からのものである。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は口腔を標的とする。いくつかの実施形態では、口腔を標的とした有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）およびプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は鼻腔を標的とする。いくつかの実施形態では、鼻腔を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄｏ��ａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は膣を標的とする。いくつかの実施形態では、膣を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）およびバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）から選択される。
【００５４】
いくつかの実施形態では、製剤は、単位剤形として調製される。いくつかの実施形態では、単位剤形が口腔、鼻腔、または膣への投与のために調製される。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、口で迅速に溶解する固体（例えば、溶解性ストリップ、フィルム、ファーストメルト）、液体（例えば、口内洗浄剤、スプレー、チンキ、ドロップ）またはゲル（例えば、歯磨きペースト、クリームまたは軟膏）を含む。いくつかの実施形態では、膣への投与のための単位剤形は、坐剤（例えば、膣坐剤）、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液、膣リング、タンポン、パッド、洗浄剤、スポンジ、ストリップ、スプレー、フォーム、アプリケータ、または粘着物を含む。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、噴霧剤（例えば、水性噴霧剤）、乾燥粉末、スプレー、フォーム、アプリケータ、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液を含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率は約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、約０．０５〜約０．６である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうちの１つである。
【００５６】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上が、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００５７】
別の態様では、本発明は、胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の複数の単位剤形を含む容器を特徴とする。いくつかの実施形態では、容器は第１の単位剤形を含む第１の区画および第２の剤形を含む第２の区画を含む。いくつかの実施形態では、第１および第２の剤形は同じである。いくつかの実施形態では、第１および第２の剤形は互いに異なっており、例えば、各剤形は異なる量のグリカン調製物を有する、異なる放出特性を有する、異なる賦形剤を含む、または異なる薬物もしくは異なる量の薬物を含む。いくつかの実施形態では、容器は、第１の期間または最初の期間に対象へ投与する第１の単位剤形、および第２の期間または後続の期間に対象へ投与する第２の単位剤形を含む。いくつかの実施形態では、第１の期間は適合期間であり、第２の期間は維持期間である。
【００５８】
いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。
【００５９】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、口腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、容器は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）から選択される口腔の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００６０】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、鼻腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、容器は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染または保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息から選択される鼻腔の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００６１】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、膣の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、容器は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性から選択される膣の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００６２】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、容器は、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００６３】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、容器は、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００６４】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、容器は、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００６５】
いくつかの実施形態では、容器は、単位剤形として提供されるグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、容器は、糖、糖アルコール、アミノ酸、ペプチド、微量栄養素、脂肪酸、またはポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、容器は、糖または糖アルコールをさらに含む。いくつかの実施形態では、糖または糖アルコールは、グルコース、ガラクトース、フルクトース、フコース、マンノース、キシロース、アラビノース、ラムノース、リボース、スクロース、ソルボース、ラクトース、ソルビトール、マルトース、マンニトール、ラクツロース、ラクチトール、エリスリトール、タガトース、コージビオース、ニゲロース、イソマルトース、トレハロース、ソホロース、ラミナリビオース、ゲンチオビオース、ツラノース、マルツロース、パラチノース、ゲンチオビウロース、マンノビオース、メリビウロース、ルチヌロース、またはキシロビオースを含む。いくつかの実施形態では、容器は、微量栄養素をさらに含む。いくつかの実施形態では、微量栄養素は、ビタミン、エレメント、またはミネラルを含む。いくつかの実施形態では、容器は、脂肪酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、脂肪酸は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）、または超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）を含む。いくつかの実施形態では、容器は、ポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、カテキン、エラギタンニン、イソフラボン、フラボノール、フラバノン、アントシアニン、またはリグニンを含む。
【００６６】
いくつかの実施形態では、容器は、治療剤（例えば、標準治療の治療剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、抗生物質、抗真菌剤、抗ウイルス剤、フッ化物処置、ステロイド、硝酸銀、糖もしくは糖アルコール（例えば、ラクツロース、キシリトール）、油（例えば、ココナッツ油、ＭＣＴ油、ティーツリーオイル）、亜鉛、ヨウ素、イソフラボン（例えば、大豆）、酸（例えば、酢酸、ホウ酸）、天然抽出物（例えば、エルダーベリー、オオアザミ、ラベンダー）、酸化防止剤（例えば、ビタミンＣ）、またはニンニクを含む。いくつかの実施形態では、容器は、抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、容器は、抗炎症剤またはステロイドをさらに含む。
【００６７】
いくつかの実施形態では、容器は、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）をさらに含む。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属からのものである。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は口腔を標的とする。いくつかの実施形態では、口腔を標的とした有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）およびプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は鼻腔を標的とする。いくつかの実施形態では、鼻腔を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄｏ��ａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は膣を標的とする。いくつかの実施形態では、膣を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）およびバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）から選択される。
【００６８】
いくつかの実施形態では、容器は、単位剤形として製剤化されたグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、単位剤形が口腔、鼻腔、または膣への投与のために調製される。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、口で迅速に溶解する固体（例えば、溶解性ストリップ、フィルム、ファーストメルト）、液体（例えば、口内洗浄剤、スプレー、チンキ、ドロップ）またはゲル（例えば、歯磨きペースト、クリームまたは軟膏）を含む。いくつかの実施形態では、膣への投与のための単位剤形は、坐剤（例えば、膣坐剤）、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液、膣リング、タンポン、パッド、洗浄剤、スポンジ、ストリップ、スプレー、フォーム、アプリケータ、または粘着物を含む。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、噴霧剤（例えば、水性噴霧剤）、乾燥粉末、スプレー、フォーム、アプリケータ、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率は約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、約０．０５〜約０．６である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうちの１つである。
【００７０】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上が、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００７１】
別の態様では、本発明は、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位に局所投与するためのグリカン調製物を含むキットを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、以下の特性：ｉ）グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、ｉｉ）グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６または０．０５〜約０．５である、ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰが約ＤＰ２〜約ＤＰ２０、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８である、ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約１：１〜約５：１または約０．８：１〜約５：１である、および／またはｖｉ）グリカン調製物が、２３℃で少なくとも約６０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有する、のうち２つ以上（例えば、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有する。
【００７２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率は約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、約０．０５〜約０．６である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうちの１つである。
【００７３】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上が、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００７４】
いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。
【００７５】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、口腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、キットは、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）から選択される口腔の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、鼻腔の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、キットは、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染または保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息から選択される鼻腔の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は、膣の粘膜組織を含む。いくつかの実施形態では、キットは、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性から選択される膣の障害を処置するためのグリカン調製物を含む。
【００７８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、キットは、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００７９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、キットは、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００８０】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、キットは、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度を調節するためのグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００８１】
いくつかの実施形態では、キットは、単位剤形として提供されるグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、キットは、糖、糖アルコール、アミノ酸、ペプチド、微量栄養素、脂肪酸、またはポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、キットは、糖または糖アルコールをさらに含む。いくつかの実施形態では、糖または糖アルコールは、グルコース、ガラクトース、フルクトース、フコース、マンノース、キシロース、アラビノース、ラムノース、リボース、スクロース、ソルボース、ラクトース、ソルビトール、マルトース、マンニトール、ラクツロース、ラクチトール、エリスリトール、タガトース、コージビオース、ニゲロース、イソマルトース、トレハロース、ソホロース、ラミナリビオース、ゲンチオビオース、ツラノース、マルツロース、パラチノース、ゲンチオビウロース、マンノビオース、メリビウロース、ルチヌロース、またはキシロビオースを含む。いくつかの実施形態では、キットは、微量栄養素をさらに含む。いくつかの実施形態では、微量栄養素は、ビタミン、エレメント、またはミネラルを含む。いくつかの実施形態では、キットは、脂肪酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、脂肪酸は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）、または超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）を含む。いくつかの実施形態では、キットは、ポリフェノールをさらに含む。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、カテキン、エラギタンニン、イソフラボン、フラボノール、フラバノン、アントシアニン、またはリグニンを含む。
【００８２】
いくつかの実施形態では、キットは、治療剤（例えば、標準治療の治療剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、抗生物質、抗真菌剤、抗ウイルス剤、フッ化物処置、ステロイド、硝酸銀、糖もしくは糖アルコール（例えば、ラクツロース、キシリトール）、油（例えば、ココナッツ油、ＭＣＴ油、ティーツリーオイル）、亜鉛、ヨウ素、イソフラボン（例えば、大豆）、酸（例えば、酢酸、ホウ酸）、天然抽出物（例えば、エルダーベリー、オオアザミ、ラベンダー）、酸化防止剤（例えば、ビタミンＣ）、またはニンニクを含む。いくつかの実施形態では、キットは、抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）をさらに含む。いくつかの実施形態では、キットは、抗炎症剤またはステロイドをさらに含む。
【００８３】
いくつかの実施形態では、キットは、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）をさらに含む。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属からのものである。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は口腔を標的とする。いくつかの実施形態では、口腔を標的とした有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）およびプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は鼻腔を標的とする。いくつかの実施形態では、鼻腔を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄ��ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は膣を標的とする。いくつかの実施形態では、膣を標的とした有益な細菌分類群は、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）およびバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）から選択される。
【００８４】
いくつかの実施形態では、キットは、単位剤形として製剤化されたグリカン調製物を含む。いくつかの実施形態では、単位剤形が口腔、鼻腔、または膣への投与のために調製される。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、口で迅速に溶解する固体（例えば、溶解性ストリップ、フィルム、ファーストメルト）、液体（例えば、口内洗浄剤、スプレー、チンキ、ドロップ）またはゲル（例えば、歯磨きペースト、クリームまたは軟膏）を含む。いくつかの実施形態では、膣への投与のための単位剤形は、坐剤（例えば、膣坐剤）、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液、膣リング、タンポン、パッド、洗浄剤、スポンジ、ストリップ、スプレー、フォーム、アプリケータ、または粘着物を含む。いくつかの実施形態では、口腔への投与のための単位剤形は、噴霧剤（例えば、水性噴霧剤）、乾燥粉末、スプレー、フォーム、アプリケータ、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液を含む。
【００８５】
別の態様では、本発明は、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造する方法を特徴とし、当該方法は、グリカン調製物の第１の量を提供すること、グリカン調製物の第１の量を、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適した複数の単位剤形に分割すること、それにより、対象の胃腸以外の身体部位への投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造すること、を含む。
【００８６】
別の態様では、本発明は、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造する方法を特徴とし、当該方法は、（ａ）グリカン調製物を提供すること、（ｂ）グリカン調製物の以下の特徴：（ｉ）重合度（ＤＰ）、（ｉｉ）平均分岐度（ＤＢ）、または（ｉｉｉ）アルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率、のうち１つ以上の値を得ること、および（ｃ）以下の基準：（ｉ）調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位のＤＰを有する、（ｉｉ）調製物中のグリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、少なくとも０．０１である、（ｉｉｉ）調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が約０．８：１〜約５：１である、の１つ以上が満たされる場合、調製物を対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適した単位剤形として製剤化すること、それにより、対象の胃腸以外の身体部位への局所投与に適したグリカン調製物の単位剤形を製造すること、を含む。
【００８７】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の製造方法は、調製物のさらなる特徴：（ｉｖ）グリカン単位の同定、（ｖ）グリカン単位の比率、のうちのいずれか１つまたはそれらの両方の値を得ることと、（ｖｉ）調製物中のグリカン単位の比率が、グリカン単位の入力の比率とほぼ同じである場合、医薬組成物として調製物を製剤化することと、をさらに含む。
【００８８】
いくつかの実施形態では、製造する方法は、ｂ）調製物のさらなる特徴：（ｉｖ）グリカン調製物を添加した培地中での、少なくとも１つの胃腸以外の身体部位に関連する（または中に存在する）ことが知られる共生細菌分類群（例えば、細菌株）の細菌増殖のレベル、のうちのいずれか１つまたは両方の値を得ること、および、ｃ）グリカン調製物が、ｉ）所定のレベル（例えば、炭素源（例えば、糖単量体または二量体（例えばグルコース）など）の制御レベル）に対して、またはｉｉ）他の所定の細菌分類群（例えば、病原体または原性共生生物）に対して、細菌分類群の増殖を調節する（例えば、増加させる）場合、調製物を医薬組成物として製剤化すること、をさらに含む。
【００８９】
いくつかの実施形態では、細菌分類群はラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）およびイエンセン乳酸杆菌（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ））であり、胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、細菌分類群はナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））またはベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ））であり、胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、細菌分類群はミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）であり、その増殖が他の所定の細菌分類群（例えば、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））またはベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）））に対して減少され、胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、細菌分類群は偽ジフテリア菌（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）または表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）であって、胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、細菌分類群は黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）またはコリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）であって、その増殖が他の所定の細菌分類群（例えば、偽ジフテリア菌（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）または表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ））に対して減少され、胃腸以外の身体部位は鼻腔である。
【００９０】
いくつかの実施形態では、医薬組成物として調製物を製剤化する工程は、ｉ）調製物から望ましくない構成物質を除去すること、ｉｉ）調製物の体積を減少させること、ｉｉｉ）調製物を殺菌すること、ｉｖ）調製物を薬学的に許容される賦形剤または担体と混合すること、ｖ）調製物を第２の薬物または薬学的薬剤と混合すること、およびｖｉ）調製物を胃腸以外の身体部位に適した剤形へ製剤化すること、のうちの１つ以上を含む。
【００９１】
いくつかの実施形態では、医薬組成物として調製物を製剤化する工程は、（ｉ）調製物をパッケージ化すること、（ｉｉ）パッケージ化した調製物にラベル付けすること、および（ｉｉｉ）パッケージ化およびラベル付けされた調製物を販売するか、または販売に供すること、のうちの１つ以上を含む。
【００９２】
別の態様では、本発明は、医薬組成物を作製する方法を特徴とし、本方法は、（ｉ）グルコース、ガラクトース、フコース、キシロース、アラビノース、ラムノース、およびマンノースからなる群から選択される少なくとも１つのグリカン単位を含むグリカン調製物（例えば、治療用グリカン調製物）を提供することと、（ｉｉ）予め選択されたＮＭＲピークまたは一連のＮＭＲピークがグリカン調製物と関連するかどうかを決定することと、（ｉｉｉ）予め選択されたピークまたは一連のピークが存在する場合、医薬組成物として調製物を製剤化することと、を含む。
【００９３】
別の態様では、本発明は、分岐グリカンの混合物を含む、対象の胃腸以外の身体部位に局所投与するのに適したグリカン調製物の単位剤形を含む医薬組成物を特徴とし、ここで、調製物中のグリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、少なくとも０．０１であり、ｉ）調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有し、ｉｉ）グリカン調製物が、アルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の両方を含み、ｉｉｉ）調製物中のグリカン中に存在するグリコシド結合のうちの少なくとも１つが、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含み、および／または、ｉｖ）調製物中のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約１：１〜約５：１である。
【００９４】
いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも２つが、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。いくつかの実施形態では、グリコシド結合のうちの少なくとも３つが、独立して、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合を含む。
【００９５】
いくつかの実施形態では、グリカン単位は、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、およびラムノースの群から選択される単糖類のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、調製物中のグリカンの少なくとも２０％（重量または数で）が、予め選択された基準レベルを超える２グリカン単位の反復単位を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、合成であり、かつ天然のオリゴ糖または多糖源から単離されない。
【００９６】
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、単位剤形として製剤化される。いくつかの実施形態では、単位剤形は、遅延放出または時間制御システムとして製剤化される。
【００９７】
いくつかの実施形態では、組成物は、胃腸以外の身体部位の粘膜組織への局所投与を含む、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位への局所投与をされる。
【００９８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は鼻腔である。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、鼻腔内で、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、またはアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）の種のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は口腔である。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）またはモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）またはヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属のうち少なくとも３つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）またはストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、口腔内で、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。
【０１００】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の胃腸以外の身体部位（例えば、粘膜組織を含む）は膣である。いくつかの実施形態では、膣内で、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属の細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち１つの細菌分類群の存在度が調節される。いくつかの実施形態では、膣内で、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）またはラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）の種のうち少なくとも２つの細菌分類群の存在度が調節される。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の存在度を増加させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％、または少なくとも１０００％）を含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の存在度を減少させること（例えば、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または少なくとも９９．９％）を含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の相対的存在度を少なくとも５％、１０％、または少なくとも２０％増加または減少させることを含む。いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の胃腸以外の身体部位における存在度を、胃腸以外の身体部位における細菌集団に対して増加または減少させることを含む。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、調節は、細菌分類群の存在度を、ｉ）胃腸以外の身体部位における第２の細菌分類群の存在度に対して、またはｉｉ）基準値（例えば、数値または非数値）に対して、増加または減少させることを含み、任意に、ｉ）基準値は、胃腸以外の身体部位にグリカン調製物を投与する前の（例えば、グリカン調製物の不存在下での）、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｉ）基準値は、胃腸以外の身体部位の腸内毒素症または胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を有する対象の、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｉｉ）基準値は、疾患、障害、または病態（例えば、胃腸以外の身体部位において）を有する１つ以上の個体の、細菌分類群の存在度の関数であり、ｉｖ）基準値は、胃腸以外の身体部位の障害もしくは腸内毒素症、または胃腸以外の身体部位における障害もしくは腸内毒素症を有しない対象の、胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の関数であり、ｖ）基準値は、障害、腸内毒素症を有しない１つ以上の個体の、細菌分類群の存在度の値の関数であり、さらに任意に、基準値を有する対象の存在度の関数の値を比較することを含む。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症を処置する（例えば、胃腸以外の身体部位における腸内毒素症の少なくとも１つの症状を処置する）。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物多様性を調節する。いくつかの実施形態では、微生物多様性を減少させる（例えば、細菌分類群の減少によって、または少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。いくつかの実施形態では、微生物多様性を増加させる（例えば、細菌分類群の増加によって、または少なくとも５５％、６％、７％、８％、９％、もしくは１０％、もしくは少なくとも０．３対数倍、０．６対数倍、もしくは１対数倍（例えば、シャノン多様性指数により測定される））。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位におけるｐＨを調節する。いくつかの実施形態では、ｐＨはより塩基性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の増加）。いくつかの実施形態では、ｐＨはより酸性になる（例えば、少なくとも約０．２５ｐＨ単位または少なくとも０．５ｐＨ単位の減少）。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のプロファイルを調節する。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における微生物代謝産物（例えば、表８において記載される微生物代謝産物）のレベルを減少させることを含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、調節は胃腸以外の身体部位における揮発性脂肪酸のレベルを調節することを含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度の調節は、胃腸以外の身体部位の疾患、障害または病態を調節処置する。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は鼻腔である。いくつかの実施形態では、鼻腔の疾患、障害または病態は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつまたは喘息である。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は口腔である。いくつかの実施形態では、口腔の疾患、障害または病態は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）である。いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位は膣である。いくつかの実施形態では、膣の疾患、障害または病態は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性である。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する医薬組成物は、抗菌剤（例えば、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤）の局所投与または全身投与をさらに含む。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する医薬組成物は、抗炎症剤またはステロイドの局所投与または全身投与をさらに含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位における細菌分類群の存在度を調節する医薬組成物は、胃腸以外の身体部位に、有益な細菌分類群（例えば、本明細書に記載される、健康なまたは腸内毒素症でない胃腸以外の身体部位に存在する共生細菌分類群）を局所投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ワイセラ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の属から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、口腔を標的とし、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）およびプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、鼻腔を標的とし、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄ��ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）から選択される。いくつかの実施形態では、有益な細菌分類群は、膣を標的とし、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）およびバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）から選択される。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、胃腸管を通過する前に胃腸以外の身体部位に接触する。いくつかの実施形態では、局所投与されたグリカン調製物の９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５重量％未満は、胃腸管に入るまたは通過する（例えば、胃を通過する）。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は膣口を通して導入される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は鼻孔（外鼻孔）を通して導入される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は口を通して導入される。
【図面の簡単な説明】
【０１１３】
【図１】図１Ａに、ポリマー骨格および側鎖を持つ例示的な触媒の一部を示す。図１Ｂに、酸性基を持つ側鎖がリンカーによってポリマー骨格に接続され、陽イオン基を持つ側鎖がポリマー骨格に直接接続される、例示的な触媒の一部を示す。
【図２】曲線の前縁および後縁の両方における平均分子量および１０％の最大吸収の分子量を示す、中分子量（ＭＷ）のｇｌｕ１００試料の１６分〜２０．５分の例示的なＳＥＣ曲線。
【図３】重合度（ＤＰ）＋収率（棒グラフ）および平均ＤＰ（線）の程度を比較するグラフであり、２つの特性は一緒に動き、制御しうることを示す。
【図４】３つの異なるグリカンのそれぞれ２つ調製物の平均ＤＰおよびアルファ／ベータ比を比較するグラフにより、平均ＤＰおよびアルファ／ベータ比が無関係の特性であるが、これらは独立して制御できることが示される。
【図５】３つの異なるグリカンの２調製物の分岐度（ＤＢ）および平均ＤＰを比較するグラフにより、２つの特性がタンデムに動き、制御できることが示される。
【図６】例示的なグリカン調製物を用いて生体外で２０時間増殖させた、２つのヒト口腔マイクロバイオームからの主な有益細菌種の相対存在度を示すチャート。
【図７】９つのグリカン調製物で処置した２人の対象からの口腔の生体外マイクロバイオームの細菌の増加を示す図である。すべてのボックスは、成長に対して正規化した場合、ＦＯＳまたはグルコースに対して示された属の有意な倍率変化を表す（ａｄｊ．、Ｐ＜０．０５、ｔ検定）。
【発明を実施するための形態】
【０１１４】
グリカン調製物および医薬組成物、局所投与に適した剤形、および関連する方法が本明細書に記載され、例えば、細菌分類群の調節、細菌の存在度の調節、ｐＨの調節、細菌代謝産物の調節、腸内毒素症の処置、および／または、粘膜、例えば、口腔、鼻腔および膣などを含む、種々の胃腸以外の身体部位における多数の疾患、障害または病態の処置に有効であることが見出された。
【０１１５】
定義
本明細書に使用される場合、「存在度」という用語は、微生物分類群に関する場合、口腔、鼻腔、または膣などのある身体部位で、特定の微生物の生態学的地位において他の微生物分類群と比較した場合の、ある微生物分類群の存在を指す。
【０１１６】
用語が本明細書に使用される場合、「取得する」または「取得すること」は、例えば、値または物理的実体を「直接取得すること」または「間接的に取得すること」によって、値、例えば、数値、または画像、または物理的実体（例えば試料）を入手することを指す。「直接取得すること」は、処理を行って（例えば、合成または分析方法またはプロトコルを行って）、値または物理的実体を得ることを意味する。「間接的に取得すること」とは、値または物理的実体を別の団体または供給元（例えば、物理的実体または値を直接取得した第３者研究所）から受領することを指す。値または物理的実体を直接取得することは、物理的物質の物理的変化または機械もしくはデバイスの使用を含む処理を行うことを含む。値を直接取得することの例は、ヒト対象から試料を得ることを含む。値を直接取得することは、機械もしくはデバイス、例えば、ＮＭＲ分光計を使用して、ＮＭＲスペクトルを得る処理を行うことを含む。
【０１１７】
本明細書に使用される場合、宿主生物の「コロニー形成」は、生態学的地位における細菌または他の微生物の非一時的な常住を指す。
【０１１８】
本明細書に使用される場合、「併用治療」または「組み合わせて投与される」とは、２つ（またはそれ以上）の異なる薬剤または処置が、特定の疾患または状態のために定義された治療レジメンの一部として対象に投与されることを意味する。治療レジメンは、別個の薬剤の対象への影響が重複するように、各薬剤の投与の用量および周期性を定義する。いくつかの実施形態では、２つ以上の薬剤の送達は同時または一緒であり、薬剤は共に製剤化されてもよい。他の実施形態では、２つ以上の薬剤は、共に製剤化されず、処方されレジメンの一部として逐次的に投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上の薬剤または処置との組み合わせ投与は、症状の軽減または当該疾患に関連する他のパラメータの減少が、単独でまたは他の薬剤の不在下で送達される１つの薬剤または処置を用いて観察されるであろうものよりも大きい。２つの処置の効果は、部分的に相加的、完全に相加的、または相加的より大きく（例えば、相乗的）し得る。各薬剤の連続的投与または実質的な同時投与は、局所および全身経路を含む任意の適切な投与経路によって行うことができる。薬剤は、同じ経路によって、または異なる経路によって投与することができる。例えば、組み合わせの第１の薬剤を局所投与し、組み合わせの第２の薬剤を全身投与してもよい。
【０１１９】
「微生物群の多様性」または「微生物多様性」は、本明細書に使用される場合、所与の生態学的地位の微生物叢内または宿主対象内に見出される多様性を指す。多様性は、別個の微生物分類群の数および／または生態学的地位または宿主内での微生物分類群の豊富さに関連し得、例えば、本明細書に記載される、シャノン多様性指数（シャノンエントロピー）、アルファ−ベータ多様性、観察されたＯＴＵの総数、またはＣｈａｏ１指数を用いて表され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるマイクロバイオーム調整剤は、基準としてシャノンエントロピーを用いて表され得る、微生物群内の多様性を調節する。例えば、細菌分類群の存在度が同等でなくなるほど、シャノンの式中のｐｉ値の加重幾何平均が大きくなり、対応するシャノンエントロピーが小さくなる。実質的にすべての存在度が一方の分類群に対して濃縮され、もう一方の分類群が非常に稀である場合（それらの多くが存在するとしても）、シャノンエントロピーはゼロに近づく。１つのみの分類群があるとき、シャノンエントロピーは、まさにゼロと等しい。
【０１２０】
本明細書に使用される場合、「投薬レジメン」、「投与レジメン」、または「治療レジメン」は、治療目標を達成する薬物投与のモダリティである。投薬レジメンは、投与経路、単位用量、投薬頻度、または治療の長さのうちの１つ、２つ、３つ、または４つの定義を含む。
【０１２１】
本明細書に使用される場合、「腸内毒素症」とは、異なる微生物の生態学的地位または身体の部位、例えば、鼻腔、口腔および膣内などを含む、宿主の疾患の状態、宿主の疾患の素因、または宿主のその他の望ましくない状態または症状の下での細菌叢の状態を指す。一実施形態では、腸内毒素症は疾患の状態下での微生物叢の状態を指す。腸内毒素症（ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ）は、宿主の健康な状態下の微生物叢の状態を指すユービオシス（ｅｕｂｉｏｓｉｓ）と対比できる。微生物叢の状態は、微生物叢の構造または機能のいずれかに関連する特性を含み得る。一実施形態では、腸内毒素症は、例えば、第２の細菌分類群に対してまたは健康な状態下での分類群の存在度に対する、正常な多様性または微生物分類群の相対存在度が影響される、微生物叢の状態の不均衡を含む。一実施形態では、腸内毒素症は、微生物叢の機能の不均衡、例えば、遺伝子発現、遺伝子産物のレベル、または代謝出力のレベル（例えば、免疫監視または炎症応答などの免疫機能）の変化を含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、異なる微生物の生態学的地位または身体部位（例えば、鼻腔、口腔および膣など）内を含む宿主における、望ましくない症状に関連する望ましくない（例えば、不健康な）状態であり、当該状態が（例えば、当該生態学的地位または身体部位において）もはや健康を促進しない状態である。
【０１２２】
本明細書で使用される場合、「生態学的地位（ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ  ｎｉｃｈｅ）」または単に「生態学的地位（ｎｉｃｈｅ）」は、生物または生物の群が占有する生態学的空間（胃腸以外の身体部位など、例えば、口腔、鼻腔および膣などの粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位）を指す。いくつかの実施形態では、生態学的地位は、具体的には、胃腸以外の身体部位において微生物が占有する空間を指す。生態学的地位は、生物または生物の集団が、資源の分布、物理的パラメータ（例えば、粘膜組織などの宿主の組織空間）、および競合相手（例えば、資源が豊富である場合、ならびに捕食者、寄生虫、および病原体が不足している場合に増殖することによって）にいかに応答するか、また、それが、今度はそれらの同じ因子をいかに変更するか（例えば、他の生物による資源へのアクセスを制限し、餌の捕食者および消費者のための食物源として作用する）を説明し得る。
【０１２３】
「有効量」および「治療有効量」は、本明細書に使用される場合、所望の効果を提供するのに十分な医薬組成物または薬剤の量を指す。いくつかの実施形態では、医師または他の医療従事者は、適切な量および投与レジメンを決定する。有効量はまた、医学的状態の発症または再発を防ぐ医薬組成物または薬剤の量を指す。
【０１２４】
本明細書で使用される場合、「グリカン調製物」とは、治療効果を発揮するグリカンを含む調製物である。グリカン調製物は、複数のモノ、ジ、オリゴマー、および／またはポリマーグリカン種の合成混合物（例えば、オリゴ糖および／または多糖、「オリゴ糖」と称される）を含み、オリゴマーおよび／またはポリマーグリカン種は、グリコシド結合によって結合しているグリカン単位を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、胃腸以外の身体部位への局所的適用のために、ヒトに使用するための医薬組成物に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、キットを含む任意の好適な剤形で製剤化され得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、グルコオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、イヌリン、リクノース、マルトトレトラオース（ｍａｌｔｏｔｒｅｔｒａｏｓｅ）、ニゲロテトラオース、ニストース、セセモース（ｓｅｓｅｍｏｓｅ）、スタキオース、イソマルトトリオース、ニゲロトリオース、マルトトリオース、メレジトース、マルトトリウロース（ｍａｌｔｏｔｒｉｕｌｏｓｅ）、ラフィノース、ケストース、フラクトオリゴ糖、２’−フコシルラクトース、ガラクトオリゴ糖、グリコシル、イドラパリナックス、イソマルトオリゴ糖、マルトデキストリン、キシロオリゴ糖、寒天、アガロース、アルギン酸、アルグロニック酸、アルファグルカン、アミロペクチン、アミロース、アラビオキシラン、ベータ−グルカン、カロース、カプシュラン（ｃａｐｓｕｌａｎ）、カラギナン、セロデキストリン、セルリン、セルロース、キチン、キチンナノフィブリル、キチン−グルカン複合体、キトサン、クリソラミナリン、カードラン、シクロデキストリン、アルファ−シクロデキストリン、デキストラン、デキストリン、ジアルデヒドデンプン、フィコール、フルクタン、フコイダン、ガラクトグルコマンナン、ガラクトマンナン、ガラクトサミンオガラクタン、ゲランガム、グルカン、グルコマンナン、グルコロノキシランド（ｇｌｕｃｏｒｏｎｏｘｙｌａｎｄ）、グリコカリックス、グリコーゲン、ヘミセルロース、ヒプロメロース、イコデキストリン、ケフィラン、ラミナリン、レンチナン、レバン多糖、リケニン、マンナン、粘液、天然ガム、パラミロン、ペクチン酸、ペクチン、ペンタスターチ、植物グリコーゲン、プルーラン、ポリギーナン、ポリデキストロース、ポルフィラン、プルラン、シゾフィラン（ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌａｎ）、セファロース、シニストリン（ｓｉｎｉｓｔｒｉｎ）、シゾフィラン（ｓｉｚｏｆｉｒａｎ）、スガマデックス、ウェランガム、キサンタンガム、キシラン、キシログルカン、ザイモサン等を含む、１つ以上の天然に存在するまたは合成のオリゴ糖または多糖を含有しない。いくつかの実施形態では、グリカンは、塩、例えば、薬学的に許容される塩として存在する。
【０１２５】
「グリカン単位」は、本明細書に使用される場合、本明細書に開示される、個々の単位のグリカン、例えば、グリカンが作製される構築ブロックを指す。一実施形態では、グリカン単位は、モノマーである。一実施形態では、グリカン単位は、二量体である。一実施形態では、グリカン単位は、単糖類である。一実施形態では、グリカン単位は、二糖類である。いくつかの実施形態では、グリカン単位は、炭水化物であり、糖アルコール、短鎖脂肪酸、糖酸、イミノ糖、デオキシ糖、およびアミノ糖から選択され得る。いくつかの実施形態では、グリカン単位は、エリトロース、トレオース、エリトルロース、アラビノース、リキソース、リボース、キシロース、リブロース、キシルロース、アロース、アルトロース、ガラクトース、グルコース、グロース、イドース、マンノース、タロース、フルクトース、プシコース、ソルボース、タガトース、フコース、フクロース、ラムノース、マンノヘプツロース、セドヘプツロース等である。いくつかの実施形態では、グリカン単位は、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースである。実施形態では、グリカンは、明確なグリカン単位、例えば、第１および第２の単糖類、または第１および第２の二糖類、または単糖類および二糖類を含む。実施形態では、グリカンは、明確なグリカン単位、例えば、第１、第２、第３、第４、および／または第５の明確なグリカン単位を含む。
【０１２６】
本明細書に使用される場合、「単離された」または「精製された」グリカン調製物は、実質的に純粋であり、かつ混入物質がなく、例えば、病原体またはそうでなければ、望まれていない生物物質、または毒性またはそうでなければ、望まれていない有機もしくは無機化合物である。いくつかの実施形態では、純粋なまたは単離された化合物、組成物、または調製物は、微量の溶媒および／または塩を含み得る（例えば、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、１０％未満、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％未満、または０．１％）。精製された化合物または調製物は、対象となる化合物のｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で少なくとも約６０％（ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で）、少なくとも約７５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％含有する。例えば、精製された（実質的に純粋な）または単離されたグリカン調製物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、グリカン調製物の少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．８％、９９．９％、または１００％であり（すなわち、いかなる溶媒、例えば、水も含まず、グリカン調製物は溶解され得る）、例えば、製造、抽出／精製および／または処理中に、それらと同時に生じる構成成分から分離される（例えば、グリカン調製物が望ましくない化合物を実質的に含まない）ものである。純度は、任意の適切な標準方法によって、例えば、カラムクロマトグラフィー（例えば、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ））、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光計によって測定され得る。精製されたまたは純度はまた、ヒト対象への投与において安全である、例えば、生存能力のある感染性または毒性薬剤を欠いている、滅菌の度合いも定義し得る。
【０１２７】
本明細書で使用される場合、「局所的に」または「局所投与」という用語は、当該部位での実質的に局所的な効果を意図した身体の特定の部位への投与を意味する。局所投与の例としては、皮膚、吸入、関節内、くも膜下腔内、膣内、硝子体内、子宮内、病巣内、リンパ節投与、腫瘍内、局所投与、および対象の粘膜への投与が挙げられ、各場合において、投与は、実質的に局所的な効果を有することが意図される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、スプレーまたは液滴、液体の点滴注入、またはグリカン調製物またはグリカン調製物を含む組成物または剤形の他の直接接触によって、胃腸以外の身体部位（例えば、組織または粘膜組織）に適用される。「実質的に」局所とは、薬剤の主要な効果が、局所部位（例えば、粘膜組織を含む胃腸以外の身体部位）で濃縮され、全身的でない（例えば、実質的に全身的な効果を有しない）ことを意味する。一実施形態では、薬剤（例えば、グリカン調製物）は、血中に実質的に吸収されない。一実施形態では、薬剤（例えば、グリカン調製物）は、リンパ系中に実質的に吸収されない。一実施形態では、薬剤（例えば、グリカン調製物）は、胃腸（例えば、胃、結腸および腸を含む）内で実質的に吸収されない。一実施形態では、胃腸以外の身体部位に局所投与されたグリカン調製物の５０重量％未満、４０重量％未満、３０重量％未満、２０重量％未満、１０重量％未満、または５重量％未満は、胃腸管（例えば、胃または胃の下流）に入るまたは通過する。
【０１２８】
本明細書に使用される場合、「マイクロバイオーム」は、対象（例えば、ヒト対象）内および上に持続的および一時的の両方で生息する微生物群の遺伝的内容物であり、これには、真核生物、古細菌、細菌、およびウイルス（細菌ウイルス（例えば、ファージ）を含む）が含まれ、「遺伝的内容物」には、ゲノムＤＮＡ、リボソームＲＮＡおよびメッセンジャーＲＮＡ等のＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド、および他の種類のゲノム情報のすべてが包含される。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームは、具体的には、生態学的地位における微生物群の遺伝子内容物を指す。
【０１２９】
「微生物叢」は、本明細書に使用される場合、対象（例えば、ヒト対象）内および上に（持続的および一時的に）生じる微生物群を指し、真核生物、古細菌、細菌、およびウイルス（細菌ウイルス、例えばファージを含む）が包含される。いくつかの実施形態では、微生物叢は、具体的には、生態学的地位における微生物群を指す。
【０１３０】
本明細書で使用される「微生物叢を調節する」または「微生物叢の調節」は、微生物叢の状態を変化させることを意味する。微生物叢の状態を変化させることは、微生物叢の構造および／または機能を変化させることを含み得る。微生物叢の構造の変化は、例えば、胃腸以外の身体部位（例えば、口腔、鼻腔、または膣）またはその特定の粘膜組織における、例えば、分類群の相対的な組成の変化である。一実施形態では、例えば胃腸以外の身体部位での、微生物叢の構造の変化は、分類群の存在度における変化（例えば、他の分類群に対して、または当該調節が無かった場合に観察されるであろうものに対して）を含む。微生物叢の調節はまた、またはそれに加えて、微生物叢における遺伝子発現の変化、遺伝子産物（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質）のレベル、または微生物叢の代謝出力の変化などの、微生物叢の機能の変化を含み得る。微生物叢の機能はまた、宿主の病原体保護、および宿主の免疫調節を含み得る。微生物叢の構造または機能の調節は、さらに、微生物叢またはその機能の変化の結果として、宿主の１つ以上の機能的経路の変化（例えば、遺伝子発現の変化、遺伝子産物のレベル、および／または宿主細胞または宿主プロセスの出力）を誘導し得る。
【０１３１】
本明細書で用いられる「鼻腔」という用語は、その粘膜組織を含む、外鼻孔／鼻孔、鼻咽頭、鼻甲介（例えば、下甲介）、前庭、上顎、口蓋骨、内側翼状板、篩骨迷路、鼻腔（例えば副鼻腔、前頭洞、上顎洞、蝶形骨洞、篩骨洞）、小孔、鼻壁（例えば、外鼻壁）、漏斗部、口蓋、咽頭、嗅覚上皮、気道上皮、および鋤鼻器官を含む、鼻の任意の領域または部分および鼻道を指す。
【０１３２】
本明細書で使用される「胃腸以外の身体部位」という用語は、胃または胃の後（例えば、下流）の胃腸管の任意の部分（例えば、十二指腸、空腸、大腸、十二指腸、小腸、大腸、回腸、盲腸および直腸）以外の身体部位（例えば、微生物増殖部位）を指す。いくつかの実施形態では、胃腸以外の身体部位は口腔、鼻腔、または膣を含む。いくつかの実施形態では、胃腸以外の粘膜組織は、胃および胃の後（例えば、胃の下流）の胃腸管の任意の部分の粘膜組織以外の粘膜組織を指す。いくつかの実施形態では、胃腸以外の部位は、粘膜組織を含む。
【０１３３】
本明細書に使用される場合、「オリゴ糖」という用語は、複数の（すなわち、２つ以上）共有結合した個々のグリカン単位からなる分子を指す。各グリカン単位は、アルファ配置またはベータ配置のいずれかに存在するグリコシド結合（例えば、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、１−＞５グリコシド結合、または１−＞６グリコシド結合）を介して結合していてもよい。
【０１３４】
本明細書に使用される場合、「病原性」という用語（例えば、「病原性細菌」）は、疾患を引き起こす能力を有する物質、微生物、または条件を指す。ある特定の文脈において、病原体はまた、疾患または状態と関連しているが、原因となる関係（例えば、直接の原因となる関係）が構築されていないか、またはまだ構築されていない、微生物（例えば、細菌）も含む。いくつかの実施形態では、病原体ではない、共生生物でありうる微生物は、様々な要因（例えば、当該部位の免疫状態、微生物分類群の存在度など）による疾患または腸内毒素症を引き起こし得る、またはそれらと関連し得る。このような微生物は、「原性共生生物」と称される。
【０１３５】
本明細書で使用する「口腔」という用語は、その粘膜組織を含む、唇、歯肉、舌、頬、口蓋、（例えば、舌面板（ｌｉｎｇｕａｌ  ｐａｌａｔｅ））、扁桃、唾液腺、顎、咽頭、中咽頭、咽喉頭、喉頭蓋、喉頭、気管、および食道のような、口または喉の領域もしくは部分を指す。
【０１３６】
本明細書に使用される場合、「医薬組成物」または「医薬調製物」は、組成物または調製物であり、薬理学的活性、または疾患の緩和、治療、もしくは予防におけるその他の直接効果、および／または完成した剤形もしくはその製剤化を有する、組成物または調製物であり、かつヒトに使用されるものである。医薬組成物または医薬調製物は、典型的には、適正製造基準（ＧＭＰ）の条件下で生成される。医薬組成物または調製物は、滅菌または非滅菌であり得る。非滅菌である場合、かかる医薬組成物は、微生物学的規格および米国薬局方（ＵＳＰ）またはヨーロッパ薬局方（ＥＰ）において記載される非滅菌薬学的製品のための基準を満たす。医薬組成物は、さらなる活性剤、例えば、さらなる治療剤をさらに含み得るか、またはそれらと共に同時投与され得る。医薬組成物はまた、薬学的に許容される賦形剤、溶媒、担体、フィルタ、またはこれらの任意の組み合わせも含み得る。
【０１３７】
「表現型」という用語は、個々の実体の観察可能な特徴のセットを指す。例えば、個体対象は、「健康な」または「罹患した」の表現型を有し得る。表現型は、実体の状態を表してもよく、ある表現型内の実体はすべて、その表現型を表す同一の特徴のセットを共有する。個体の表現型は、部分的または全体的に、その実体のゲノムおよび／またはマイクロバイオームの、環境との相互作用に由来する。
【０１３８】
本明細書で使用される場合、「多糖」という用語は、共有結合した複数の個々のグリカン単位からなるポリマー分子を意味する。いくつかの実施形態では、多糖はグリカン単位の少なくとも１０またはそれ以上（例えば、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、または少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、または少なくとも１０００グリカン単位）を含む。各グリカン単位は、アルファ配置またはベータ配置のいずれかに存在するグリコシド結合（例えば、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、１−＞５グリコシド結合、および１−＞６グリコシド結合）を介して結合していてもよい。いくつかの実施形態では、多糖は同一の繰り返し単位を有する均質なポリマーである。他の実施形態では、多糖は異なる繰り返し単位を有する不均質なポリマーである。多糖は、さらに、分岐度（ＤＢ、残基あたりの分岐点）または重合度（ＤＰ）により特徴づけることができる。
【０１３９】
本明細書に使用される場合、「対象」または「患者」という用語は、一般的に任意のヒト対象を指す。この用語は、特定の年齢または性別を示さない。対象は、妊婦を含み得る。対象は、新生児（早産児、満期新生児）、１歳までの乳児、幼児（例えば、１歳〜１２歳）、十代の若者（例えば、１３〜１９歳）、成人（例えば、２０〜６４歳）、および高齢者（６５歳以上）を含み得る。対象は、農業動物、例えば、農場の動物または家畜、例えば、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ニワトリ等を含まない。一般に、対象は宿主とその対応する微生物叢とを含む。
【０１４０】
「実質的減少」は、本明細書に使用される場合、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％の減少である。
【０１４１】
「実質的増加」は、本明細書に使用される場合、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、５５０％、６００％、６５０％、７００％、７５０％、８００％、８５０％、９００％、９５０％、１０００％、または１０００％を超える増加である。
【０１４２】
「合成物質」は、本明細書に使用される場合、天然に存在しない、グリカン調製物等の人工の化合物または調製物を指す。一実施形態では、本明細書に記載されるポリマー触媒は、好適な反応条件下、例えば、反応物に添加される個々のグリカン単位からオリゴマーおよびポリマーを作製する重合（または縮合）反応によって、調製物のグリカンを合成するために使用される。いくつかの実施形態では、ポリマー触媒は、加水分解剤として作用し、グリコシド結合を破壊し得る。他の実施形態では、ポリマー触媒は、グリコシド結合を形成し得る（加水分解）。合成グリカン調製物はまた、天然のオリゴ糖源または多糖源から単離されたものでないグリカン調製物（例えば、ポリペプチド由来のＮ結合またはＯ結合グリカン型）も含み得る。グリカン調製物は天然のオリゴ糖源または多糖源から単離されないが、グリカン調製物を作り上げるグリカン単位は、本明細書に列挙されるものを含む、天然のオリゴ糖源または多糖源であり得、しばしば、それらから単離されるか、またはデノボ合成されることを理解されよう。
【０１４３】
本明細書に使用される場合、「治療すること」および「治療」という用語は、症状の重症度および／または頻度の減少に影響を及ぼす、症状および／またはその根本原因を解消する、かつ／または損傷の改善もしくは修復を促進する、かつ／または特定の有害な状態、障害、もしくは疾患にかかりやすい、または状態、障害、もしくは疾患を発症するもしくはそれらを発症する危険性がある無症候性対象における有害な状態、障害、もしくは疾患を予防するための、対象（例えば、有害な状態、障害、もしくは疾患を患っている症候性の対象）への薬剤または組成物の投与を指す。
【０１４４】
本明細書で使用される「膣」という用語は、その粘膜組織を含む、陰唇、外陰部、子宮頸部、子宮、卵管、卵巣、尿道、および膀胱を含む、膣の領域もしくは部分または周辺範囲を指す。
【０１４５】
グリカン調製物の生成
例えばオリゴ糖の混合物等の複数のグリカンを含む調製物は、非酵素触媒、例えば、米国特許第８，４６６，２４２号明細書、“ＰＯＬＹＭＥＲＩＣ  ＡＣＩＤ  ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ  ＡＮＤ  ＵＳＥＳ  ＴＨＥＲＥＯＦ”に記載されるポリマー触媒を用いて、または他の好適な方法によって生成することができる。本明細書に記載されるポリマーおよび固体支持触媒を調製するための方法は、国際公開第２０１４／０３１９５６号パンフレット、“ＰＯＬＹＭＥＲＩＣ  ＡＮＤ  ＳＯＬＩＤ−ＳＵＰＰＯＲＴＥＤ  ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ，ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＯＦ  ＤＩＧＥＳＴＩＮＧ  ＣＥＬＬＵＬＯＳＩＣ  ＭＡＴＥＲＩＡＬＳ  ＵＳＩＮＧ  ＳＵＣＨ  ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ．”において見出され得る。例えば、触媒を用いることによって生成されるグリカン（例えば、国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレット、“ＯＬＩＧＯＳＡＣＣＨＡＲＩＤＥ  ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ  ＡＮＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＦＯＲ  ＰＲＯＤＵＣＩＮＧ  ＴＨＥＲＥＯＦ”および国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、“ＧＬＹＣＡＮ  ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ  ＡＮＤ  ＲＥＬＡＴＥＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＴＨＥＲＥＯＦ”において記載される）は、酵素反応によって生成されるものよりも構造的にはるかに多様性のあるグリカンであり得る。すべての特許出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１４６】
本明細書に記載されるグリカン（例えば、オリゴ糖）の調製物を生成するために方法もまた、例えば、ａ）１つ以上の単糖類もしくは二糖類グリカン単位またはその組み合わせを提供すること、ｂ）重合種集団（所望の平均重合度を有する）を生成するのに十分な期間中、単糖類もしくは二糖類を、本明細書に記載されるポリマー触媒および好適な溶媒（例えば、水または非水性溶媒等）のうちのいずれかと接触すること、およびｃ）重合されたグリカン調製物の少なくとも一部分を単離および／または回復することによって提供される。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、グリカン（例えば、オリゴ糖）の調製物は、多分子である。いくつかの実施形態では、グリカン（例えば、オリゴ糖）の調製物は、多分子かつ多分散である。例えば、グリカン調製物は、異なるオリゴ糖種（例えば、異なる重合度および分岐度および異なるアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率）の混合物を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、複数の異なる種（例えばオリゴ糖）を含み、互いに様々な割合で１×１０３、１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、またはそれ以上の種からなり得る。グリカン調製物の平均の特性、例えば、重合度、分岐度、アルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の比率等が、本明細書に記載されている。
【０１４８】
ある特定の実施形態では、出発物質（グリカン単位を含む）は、グリカン単位間で１つ以上のグリコシド結合の形成を促進し、それによってグリカンの調製物を生成する条件下で、ポリマー触媒と接触させる。一実施形態では、グリカン単位は、単糖類である。一実施形態では、グリカン単位は、二糖類である。好適なポリマー触媒は、ポリマー骨格を形成するように接続される酸性モノマーおよびイオン性モノマーを含み、各酸性モノマーは、少なくとも１つのブレンステッド・ローリー（Ｂｒｏｎｓｔｅｄ−Ｌｏｗｒｙ）酸を含み、各イオン性モノマーは、独立して、少なくとも１つの窒素含有カチオン基またはリン含有カチオン基を有する。いくつかの実施形態では、ポリマー触媒の各酸性モノマーは、１つのブレンステッド・ローリー（Ｂｒｏｎｓｔｅｄ−Ｌｏｗｒｙ）酸を有し得、任意に、このブレンステッド・ローリー（Ｂｒｏｎｓｔｅｄ−Ｌｏｗｒｙ）酸は、独特である。いくつかの実施形態では、ポリマー触媒の各イオン性モノマーは、１つの窒素含有カチオン基またはリン含有カチオン基を有する。いくつかの実施形態では、ポリマー触媒の少なくとも１つのイオン性モノマーは、２つの窒素含有カチオン基またはリン含有カチオン基を有する。一般的な官能基を概説する概略図を図１ａおよび１ｂに示す。
【０１４９】
概して、ポリマー触媒およびグリカン単位は、同時にまたは連続して、反応器の内部チャンバに導入される。グリカン（例えば、オリゴ糖）の合成は、バッチ処理または連続処理において行われ得る。例えば、一実施形態では、グリカン合成は、バッチ処理において行われ、反応器の内容物が、連続して混合またはブレンドされる場合に、反応物のすべてまたはかなりの量の生成物が除去される（例えば、単離および／または回収される）。ある変形例では、グリカン合成は、バッチ処理において行われ、反応器の内容物を、初めに混ぜるまたは混合するが、さらなる物理的混合は行われない。別の変形例では、グリカン合成は、バッチ処理において行われ、一旦内容物がさらに混合される、または反応器の内容物が定期的に混合されると、（例えば、１時間当たり１回以上で）行われ、反応物のすべてまたはかなり量の生成物が、ある期間後に除去される（例えば、単離および／または回収される）。
【０１５０】
他の実施形態では、グリカン（例えば、オリゴ糖）の合成は、内容物が平均連続流量で反応器を流れるが、明示的に混合しない、連続処理において行われる。反応器へのポリマー触媒およびグリカン単位の導入後、反応器の内容物が、連続してまたは定期的に混合またはブレンドされ、ある期間の後に反応物のすべてに満たない生成物が除去される（例えば、単離および／または回収される）。ある変形例では、グリカン合成は、連続的処理において行われ、触媒およびグリカン単位を含有する混合物は、活発に混合しない。さらに、触媒およびグリカン単位の混合は、重力によるポリマー触媒の沈降の再分配、または材料が連続的反応器を流れるときに生じる非活性混合の結果として生じ得る。
【０１５１】
本方法のいくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、１つ以上の単糖類、１つ以上の二糖類、またはその組み合わせから選択される１つ以上のグリカン単位である。本方法のいくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、フラノース糖およびピラノース糖から選択される１つ以上のグリカン単位である。本方法のいくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、テトロース、ペントース、ヘキソース、またはヘプトースから選択される１つ以上のグリカン単位である。本方法のいくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、すべて、任意に、必要に応じて、Ｌ−もしくはＤ−型のいずれか、アルファもしくはベータ構造（二量体においては）、および／またはデオキシ−形態、ならびにそれらの任意の組み合わせで、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、およびラムノースから選択される１つ以上のグリカン単位である。いくつかの実施形態では、グリカン単位は、酢酸エステル、硫酸半エステル、リン酸エステル、またはピルビル環状アセタール基のうちの１つ以上と置換されるか、または誘導体化されるか、あるいは、そうでなければ、例えば、１つ以上のヒドロキシル基で誘導体化される。
【０１５２】
本明細書に記載される方法において使用されるグリカン単位は、１つ以上の糖を含み得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖は、単糖類、二糖類、および三糖類、またはそれらの任意の混合物から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖は、単糖類、例えば、１つ以上のＣ５またはＣ６単糖類である。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖は、Ｃ５単糖類である。他の実施形態では、１つ以上の糖は、Ｃ６単糖類である。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、グリコールアルデヒド、グリセルアルデヒド、ジヒドロキシアセトン、エリトロース、トレオース、エリトルロース（ｅｒｙｔｈｕｌｏｓｅ）、アラビノース、リキソース、リボース、キシロース、リブロース、キシルロース、アロース、アルトロース、ガラクトース、グルコース、グロース、イドース、マンノース、タロース、フルクトース、プシコース、ソルボース、タガトース、フコース、フクロース、ラムノース、マンノヘプツロース、セドヘプツロース、ノイラミン酸、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルガラクトサミン、Ｎ−アセチルグルコサミン、フルクトサミン、ガラクトサミン、グルコサミン、ソルビトール、グリセロール、エリトリトール、トレイトール、アラビトール、キシリトール、マンニトール、ソルビトール、ガラクチトール、フシトール、および乳酸を含む、単糖類および他の炭水化物から選択される１つ以上のグリカン単位である。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、単糖類から選択される１つ以上のグリカン単位である。いくつかの実施形態では、単糖類は、グルコース、ガラクトース、フルクトース、フコース、マンノース、アラビノース、ラムノース、およびキシロースである。一実施形態では、グリカン単位は、グルコースでない。一実施形態では、グリカン単位は、ガラクトースでない。一実施形態では、グリカン単位は、フルクトースでない。一実施形態では、グリカン単位は、フコースでない。一実施形態では、グリカン単位は、マンノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、アラビノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、ラムノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、キシロースでない。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、アカルビオシン、Ｎ−アセチルラクトサミン、アロラクトース、セロビオース、キトビオース、グラクトース−アルファ−１，３−ガラクトース、ゲンチオビオース、イソマルト、イソマルトース、イソマルツロース、コージビオース、ラクチトール、ラクトビオン酸、ラクトース、ラクツロース、ラミナリビオース、マルチトール、マルトース、マンノビオース、メリビオース、メリビウロース、ネオヘスペリドース、ニゲロース、ロビノース、ルチノース、サンブビオース、ソホロース、スクラロース、スクロース、スクロース酢酸イソ酪酸エステル、オクタアセチルスクロース、トレハロース、ツラノース、ビシアノース、およびキシロビオースを含む、二糖類および他の炭水化物から選択される１つ以上のグリカン単位である。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、重合反応のための出発物質は、アミノ糖、デオキシ糖、イミノ糖、糖酸、短鎖脂肪酸、および糖アルコールから選択される１つ以上のグリカン単位である。
【０１５７】
好適なグリカン単位には、アミノ糖、例えば、アカルボース、Ｎ−アセチルエマンノサミン、Ｎ−アセチルムラミン酸、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルエタロサミヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｅｔａｌｏｓａｍｉｎｕｒｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）、アラビノピラノシル−Ｎ−メチル−Ｎ−ニトロソ尿素、Ｄ−フルクトース−Ｌ−ヒスチジン、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、ケトサミン、キダマイシン、マンノサミン、１Ｂ−メチルセレノ−Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミン、ムラミン酸、ムラミルジペプチド、ホスホリボシールアミン、ＰＵＧＮＡｃ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ  Ａ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ  Ｘ、バリダマイシン、ボグリボース、Ｎ−アセチルガラクトサミン、Ｎ−アセチルグルコミサン、アスパルチルグルコサミン、バシリチオール、ダウノサミン、デソサミン、フルクトサミン、ガラクトサミン、グルコサミン、メグルミン、およびペロサミン等が含まれる。
【０１５８】
好適なグリカン単位には、デオキシ糖、例えば、１−５−アヒドログルシトール、クラジノース、コリトース、２−デオキシ−Ｄ−グルコース、３−デオキシグルカソン、デオキシリボース、ジデオキシヌクレオチド、ジギタロース、フルデオオキシグルコース、サルメントース、およびスルホキノボース等が含まれる。
【０１５９】
好適なグリカン単位には、イミノ糖、例えば、カスタノスペルミン、１−デオキシノジリマイシン、イミノ糖、ミグリトール、ミグルスタット、およびスワインソニン等が含まれる。
【０１６０】
好適なグリカン単位には、糖酸、例えば、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルタロサムヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｔａｌｏｓａｍｎｕｒｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）、アルダル酸、アルドン酸、３−デオキシ−Ｄ−マンノ−オクト−２−ウロソニック酸、グルクロン酸、グルコサミンウロニック酸、グリセリン酸、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、イズロン酸、イソサッカリン酸、パンガミン酸、シアル酸、トレオン酸、ウロソニック酸、ウロニック酸、キシロン酸、グルコン酸、アスコルビン酸、ケトデオキシオクツロソニック酸、ガラクツロン酸、ガラクトサミヌロン酸、マンヌロン酸、マンノサミヌロン酸、酒石酸、粘液酸、糖酸、乳酸、シュウ酸、コハク酸、ヘキサン酸、フマル酸、マレイン酸、酪酸、クエン酸、グルコサミン酸、リンゴ酸、スクシンアミド酸、セバシン酸、およびカプリン酸等が含まれる。
【０１６１】
好適なグリカン単位は、短鎖脂肪酸、例えば、ギ酸、酢酸、プロピオン酸、ブチル酸、イソブチル酸、吉草酸、およびイソ吉草酸を含む。
【０１６２】
好適なグリカン単位は、糖アルコール、例えば、メタノール、エチレングリコール、グリセロール、エリトリトール、トレイトール、アラビトール、リビトール、キシリトール、マンニトール、ソルビトール、ガラクチトール、イジトール、ボレミトール、フシトール、イノシトール、マルトトリイトール、マルトテトライトール、およびポリグリシトールを含む。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、グリカン単位は、例えば、塩酸塩（ｈｙｄｒｏｃｈｌｏｒａｔｅ）、ヨウ化水素酸塩（ｈｙｄｒｏｉｏｄａｔｅ）、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩、メタンスルファート、酢酸塩、ギ酸塩、酒石酸塩、リンゴ酸塩、クエン酸塩、コハク酸塩、乳酸塩、グルコン酸塩、ピルビン酸塩、フマル酸塩、プロピオン酸塩、アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩、安息香酸塩、アスコルビン酸塩等の塩（例えば、薬学的に許容される塩）として存在し得る。
【０１６４】
本明細書に記載される方法において使用されるグリカン単位は、任意に市販の公知の源から得られ得るか、または当該技術分野において公知の任意の方法に従って生成され得る。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、合成であり、かつ天然物（例えば、天然のオリゴ糖または天然の多糖）から単離されない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物はＮ結合グリカンまたはＯ結合グリカンから誘導または調製されたものではない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物はムチンから誘導または調製されたものではない。
【０１６６】
反応条件
いくつかの実施形態では、グリカン単位および触媒（例えば、ポリマー触媒または固体支持触媒）は、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも３時間、少なくとも４時間、少なくとも６時間、少なくとも８時間、少なくとも１６時間、少なくとも２４時間、少なくとも３６時間、もしくは少なくとも４８時間、または１〜２４時間、２〜１２時間、３〜６時間、１〜９６時間、１２〜７２時間、もしくは１２〜４８時間反応することができる。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法に従って生成されるグリカン調製物の重合度（ＤＰ）は、反応時間によって調節され得る。例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物の重合度は、反応時間を増加させることによって増加させるが、他の実施形態では、グリカン調製物の重合度は、反応時間を減少させることによって減少させる。
【０１６８】
反応温度
いくつかの実施形態では、反応温度は、約２５℃〜約１５０℃の範囲で維持される。ある特定の実施形態では、この温度は、約３０℃〜約１２５℃、約６０℃〜約１２０℃、約８０℃〜約１１５℃、約９０℃〜約１１０℃、約９５℃〜約１０５℃、または約１００℃〜１１０℃である。
【０１６９】
グリカン単位の量
使用された溶媒量に対して本明細書に記載される方法において使用されるグリカン単位の量は、反応率および収率に影響を及ぼし得る。使用されたグリカン単位の量は、乾燥固形含量で特徴付けられ得る。ある特定の実施形態では、乾燥固形含量は、乾燥重量基準の割合としてスラリーの総固体を指す。いくつかの実施形態では、グリカン単位の乾燥固形含量は、約５重量％〜約９５重量％、約１０重量％〜約８０重量％、約１５重量％〜約７５重量％、または約１５重量％〜約５０重量％である。
【０１７０】
触媒の量
本明細書に記載される方法において使用される触媒の量は、例えば、グリカン単位のタイプの選択、グリカン単位の濃度、および反応条件（例えば、温度、時間、およびｐＨ）を含む、いくつかの因子に応じて異なり得る。いくつかの実施形態では、触媒のグリカン単位に対する重量比は、約０．０１ｇ／ｇ〜約５０ｇ／ｇ、約０．０１ｇ／ｇ〜約５ｇ／ｇ、約０．０５ｇ／ｇ〜約１．０ｇ／ｇ、約０．０５ｇ／ｇ〜約０．５ｇ／ｇ、約０．０５ｇ／ｇ〜約０．２ｇ／ｇ、または約０．１ｇ／ｇ〜約０．２ｇ／ｇである。
【０１７１】
溶媒
ある特定の実施形態では、ポリマー触媒を用いたグリカン（例えば、オリゴ糖）の合成は、水性環境において行われる。ある好適な水性溶媒は水である。概して、低濃度のイオン種を有する水は、好ましく、したがって、かかるイオン種が、ポリマー触媒の有効性を軽減し得る。水性溶媒が水であるいくつかの実施形態では、水は、１０％未満のイオン種（例えば、ナトリウム、リン、アンモニウム、マグネシウムの塩）を有する。水性溶媒が水であるいくつかの実施形態では、水は、少なくとも０．１メガオーム−センチメートル、少なくとも１メガオーム−センチメートル、少なくとも２メガオーム−センチメートル、少なくとも５メガオーム−センチメートル、または少なくとも１０メガオーム−センチメートルの抵抗率を有する。
【０１７２】
水分含量
いくつかの実施形態では、１つ以上のグリカン単位間で形成される各グリコシド結合で水が生成する（脱水反応）。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される方法は、反応混合物中に存在する水の量および／または一期間にわたって水のグリカン単位または触媒に対する比率をモニタリングすることをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、（例えば、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９９％、または１００％のうちのいずれかを除去することによって、例えば、真空濾過によって）反応混合物において生成される水の少なくとも一部を除去することをさらに含む。しかしながら、グリカン単位に対する水の量は、使用される反応条件および特定の触媒に基づいて調節され得ることを理解されたい。
【０１７３】
当該技術分野において公知の任意の方法は、例えば、真空濾過、真空蒸留、加熱、および／または蒸発によって、反応混合物において水を除去するために使用され得る。いくつかの実施形態では、本方法は、反応混合物中に水を含むことを含む。
【０１７４】
いくつかの態様では、酸性およびイオン部分を有するグリカン単位および触媒を混合して、反応混合物を形成し、水が反応混合物において生成されることと、反応混合物において生成される少なくとも一部の水を除去することと、によって、グリカン調製物を生成する方法が、本明細書に提供される。ある変形例において、水の少なくとも一部は、９９重量％未満、９０重量％未満、８０重量％未満、７０重量％未満、６０重量％未満、５０重量％未満、４０重量％未満、３０重量％未満、２０重量％未満、１０重量％未満、５重量％未満、または１重量％未満の反応混合物中の水分含量を維持するために除去される。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、生成されるグリカン調製物の重合度は、反応混合物中に存在する水の濃度を調節または制御することによって調整され得る。例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物の重合度は、水濃度を減少させることによって増加するが、他の実施形態では、グリカン調製物の重合度は、水の濃度を増加させることによって減少する。いくつかの実施形態では、反応物の水分含量は、生成されるグリカン調製物の重合度を調整するために反応中調整される。
【０１７６】
例えば、グリカン調製物の大部分、例えば、約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、２〜２５、３〜２５、４〜２５、５〜２５、６〜２５、７〜２５、８〜２５、９〜２５、１０〜２５、２〜３０、３〜３０、４〜３０、５〜３０、６〜３０、７〜３０、８〜３０、９〜３０、または１０〜３０のＤＰを有する。
【０１７７】
一例において、オーバーヘッド撹拌器およびジャケット短経路凝縮器を装備した丸底フラスコに、１つ以上のグリカン単位を、乾燥重量で１〜５０％（１〜１０％、１〜２０％、１〜３０％、１〜４０％、１〜６０％、１〜７０％）の本明細書に記載される触媒のうちの１つ以上を添加し得る。水または別の適合溶媒（０．１〜５当量、１〜５当量、１〜４当量、０．１〜４当量）は、乾燥混合物に添加され得、スラリーは、できるだけ接近して選択された丸底フラスコの輪郭に一致するようにサイズ決めされたへらを用いて、低速度（例えば、１０〜１００ｒｐｍ、５０〜２００ｒｐｍ、１００〜２００ｒｐｍ）で混合され得る。混合物は、１０〜１０００ｍｂａｒの真空圧下で、７０〜１８０℃（７０〜１６０℃、７５〜１６５℃、８０〜１６０℃）に加熱される。反応物は、３０分間〜６時間撹拌し、絶えず、反応物から水を取り除いてもよい。反応進行は、ＨＰＬＣによってモニタリングされ得る。
【０１７８】
本明細書に記載される方法において１つ以上のグリカン単位のための変換収率は、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を含む、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって決定され得る。いくつかの実施形態では、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合した後（例えば、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合してから２、３、４、８、１２、２４、または４８時間後）の１を超えるＤＰを有するグリカン調製物に対する変換収率は、約５０％より大きい（例えば、約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％より大きい）。いくつかの実施形態では、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合した後（例えば、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合してから２、３、４、８、１２、２４、または４８時間後）の２を超えるＤＰを有するグリカン調製物に対する変換収率は、３０％より大きい（例えば、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％より大きい）。いくつかの実施形態では、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合した後（例えば、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合してから２、３、４、８、１２、２４、または４８時間後）の３を超えるＤＰを有するグリカン調製物に対する変換収率は、３０％より大きい（例えば、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％より大きい）。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、１つ以上のグリカン単位をポリマー触媒と混合した後（例えば、１つ以上のグリカン単位を触媒と混合してから２、３、４、８、１２、２４、または４８時間後）が、ＤＰ２＝０％〜４０％、例えば、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、または２％未満；または１０％〜３０％もしくは１５％〜２５％、ＤＰ３＝０％〜２０％、例えば、１５％未満、１０％未満、５％未満；または５％〜１５％、およびＤＰ４＋＝１５％超、２０％超、３０％超、４０％超、５０％超、または１５％〜７５％、２０％〜４０％、または２５％〜３５％である、重合度（ＤＰ）分布を有する。
【０１８０】
進行から得られた固体塊は、約５０Ｂｒｉｘ（１００ｇの溶液当たりの糖のグラム量）の溶液を作製するのに十分な水の体積中に溶解され得る。一旦溶解が完了すると、固体触媒は、濾過によって除去され得る。グリカン治療剤を含む溶液は、例えば回転蒸発によって、約５０〜７５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。いくつかの実施形態では、グリカン治療剤を含む溶液は、約５０〜６０Ｂｒｉｘ、６０〜７０Ｂｒｉｘ、７０〜８０Ｂｒｉｘ、５５〜６５Ｂｒｉｘ、６５〜７５Ｂｒｉｘ、または７５〜８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。いくつかの実施形態では、グリカン治療剤を含む溶液は、約５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または約８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。任意に、有機溶媒が使用され得、水非混和性溶媒は、二相性抽出によって除去され得、水混和性溶媒は、例えば、濃縮工程と同時に回転蒸発によって除去され得る。
【０１８１】
さらなる処理工程
任意に、得られたグリカン調製物は、さらなる処理工程を行い得る。さらなる処理工程は、例えば、精製工程を含み得る。精製工程は、例えば、分離、希釈、濃縮、濾過、脱塩、またはイオン交換、クロマトグラフ分離、または脱色、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【０１８２】
脱色
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、脱色工程をさらに含む。生成されるグリカン調製物は、例えば、吸収剤、活性炭、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換樹脂を用いる）、水素化、および／または濾過（例えば、精密濾過）による処理を含む、当該技術分野において公知の任意の方法を用いた脱色工程を行い得る。
【０１８３】
ある特定の実施形態では、生成されるグリカン調製物を、特定の温度、特定の濃度、および／または特定の期間中、色を吸収する材料と接触させる。いくつかの実施形態では、グリカン調製物と接触させる色を吸収する材料の質量は、グリカン調製物の質量の５０％未満、グリカン調製物の質量の３５％未満、グリカン調製物の質量の２０％未満、グリカン調製物の質量の１０％未満、グリカン調製物の質量の５％未満、グリカン調製物の質量の２％未満、またはグリカン調製物の質量の１％未満である。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を色を吸収する物質と接触させる。ある特定の実施形態では、グリカン調製物を、１０時間未満、５時間未満、１時間未満、または３０分間未満、色を吸収する物質と接触させる。特定の実施形態では、グリカン調製物を、１時間、色を吸収する物質と接触させる。
【０１８５】
ある特定の実施形態では、グリカン調製物を、摂氏約２０〜１００度、摂氏約３０〜８０度、摂氏約４０〜８０度、または摂氏約４０〜６５度の温度で色を吸収する物質と接触させる。特定の実施形態では、グリカン調製物を、摂氏約５０度の温度で色を吸収する物質と接触させる。
【０１８６】
ある特定の実施形態では、色を吸収する物質は、活性炭である。一実施形態では、色を吸収する物質は、粉末活性炭である。他の実施形態では、色を吸収する物質は、イオン交換樹脂である。一実施形態では、色を吸収する物質は、塩化物形態で強塩基性陽イオン交換樹脂である。別の実施形態では、色を吸収する物質は、架橋ポリスチレンである。さらに別の実施形態では、色を吸収する物質は、架橋ポリアクリレートである。ある特定の実施形態では、色を吸収する物質は、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ  ＦＰＡ９１、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ  ＦＰＡ９８、Ｄｏｗｅｘ  ２２、Ｄｏｗｅｘ  Ｍａｒａｔｈｏｎ  ＭＳＡ、またはＤｏｗｅｘ  Ｏｐｔｉｐｏｒｅ  ＳＤ−２である。
【０１８７】
イオン交換／脱塩（脱鉱化）
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、塩、鉱物、および／または他のイオン種を除去するための物質と接触させる。ある特定の実施形態では、グリカン調製物は、陰イオン／陽イオン交換カラム対を流れる。一実施形態では、陰イオン交換カラムは、水酸化物形態で弱塩基性交換樹脂を含有し、陽イオン交換カラムは、プロトン化形態で強酸性交換樹脂を含有する。
【０１８８】
分離および濃縮
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、生成されるグリカン調製物を単離することをさらに含む。ある特定の変形例では、グリカン調製物の単離は、例えば、遠心分離、濾過（例えば、真空濾過、膜濾過）、および重力沈降を含む、当該技術分野において公知の任意の方法を用いて、グリカン調製物の少なくとも一部分を触媒の少なくとも一部分から分離することを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の単離は、例えば、濾過（例えば、膜濾過）、クロマトグラフィー（例えば、クロマトグラフィーによる分画化）、差異的溶解度、および遠心分離（例えば、分画遠心分離）を含む、当該技術分野において公知の任意の方法を用いて、任意の未反応のグリカン単位の少なくとも一部分からグリカン調製物の少なくとも一部分を分離することを含む。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、本方法は、濃縮工程をさらに含む。例えば、単離されたグリカン調製物は、蒸発（例えば、減圧蒸発）を経て、濃縮されたグリカン調製物を生成する。他の実施形態では、単離されたグリカン調製物は、スプレー乾燥工程を経て、グリカン調製物を生成する。ある特定の実施形態では、単離されたグリカン調製物は、蒸発工程およびスプレー乾燥工程の両方を経る。
【０１９０】
分画化
いくつかの実施形態では、様々な範囲の重合度を示す多分散であるグリカン調製物（例えば、オリゴ糖）が、作製される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、分画化工程をさらに含む。グリカン種（例えば、オリゴ糖）は、例えば、高速液体クロマトグラフィー、吸着／脱離（例えば低圧活性炭クロマトグラフィー）、または濾過（例えば、限外濾過または透析濾過）を含む、当該技術分野において公知の任意の方法を用いた分子量によって分離され得る。ある特定の実施形態では、グリカン種は、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９８％を超える短い（ＤＰが約１〜２）、中等度（ＤＰが約３〜１０）、長い（ＤＰが約１１〜１８）、または非常に長い（ＤＰが約１８超）種を表すプールに分離される。
【０１９１】
ある特定の実施形態では、グリカン種は、炭素質の物質に吸着させ、その後、１％、５％、１０％、２０％、５０％、または１００％の濃度で水中の有機溶媒の混合物で物質を洗浄することによって、分画の脱離によって分画化される。一実施形態では、吸着物質は、活性炭である。別の実施形態では、吸着物質は、活性炭と、体積または重量で、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、または５０％の部分において、珪藻土またはＣｅｌｉｔｅ５４５等の増量剤の混合物である。
【０１９２】
さらなる実施形態では、グリカン種は、高速液体クロマトグラフィーシステムを通過させることによって分離される。ある特定の変形例では、グリカン種は、ゲル透過およびゲル濾過を含む、イオン親和性クロマトグラフィー、親水性相互作用クロマトグラフィー、またはサイズ排除クロマトグラフィーによって分離される。
【０１９３】
他の実施形態では、低分子量物質は、濾過方法によって除去される。ある特定の変形例では、低分子量物質は、透析、限外濾過、透析濾過、または接線流濾過によって除去され得る。ある特定の実施形態では、濾過は、静的透析チューブ装置において行われる。他の実施形態では、濾過は、動的流れ濾過システムにおいて行われる。他の実施形態では、濾過は、遠心力駆動型濾過カートリッジにおいて行われる。
【０１９４】
グリカン調製物の特徴
本明細書に記載されるグリカン調製物は、オリゴ糖および／または多糖（本明細書中で、「オリゴ糖」と称される）を含み得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ホモオリゴマーまたはポリマー（例えば、ホモグリカン）を含み、当該オリゴマーまたはポリマー中のグリカン単位はすべて、同じタイプのものである。ホモポリマーを含むグリカン調製物は、単一または複数のグリコシド結合タイプを介して一緒に結合される単糖類を含み得る。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ヘテロオリゴマーまたはポリマー（例えば、ヘテログリカン）を含み、１種を超えるグリカン単位が存在する。ヘテロポリマーを含むグリカン調製物は、単一または複数のグリコシド結合タイプを介して一緒に結合される異なるタイプの単糖類を含み得る。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、加水分解は、本明細書に記載されるグリカンを生成するのに適している構成成分のグリカン単位を作製するために使用され得る。一実施形態では、グリカン単位は、単糖類である。単糖類は、多くの異なる形態、例えば、配座異性体、環状形態、非環状形態、立体異性体、互変異性体、アノマー、および異性体で存在し得る。
【０１９７】
重合度
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも５で３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、３以上３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも３で２５未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも８で３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも１０で３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、３、４、５、６、７、８〜１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９〜２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、３、４、５、６、７、８、９、１０〜２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８のグリカン単位のＤＰを有する。
【０１９８】
一実施形態では、グリカン調製物は、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する。一実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも５で３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する。一実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも３で２５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する。
【０１９９】
一実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも２のＤＰを有する。一実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、少なくとも３のＤＰを有する。
【０２００】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．８％、または少なくとも９９．９％、またはさらに１００％は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または少なくとも１２のグリカン単位、および、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、または１５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、グリカン調製物が提供される。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．８％、または少なくとも９９．９％、またはさらに１００％は、３以上３０未満のグリカン単位、少なくとも５で３０未満のグリカン単位、または少なくとも８で３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、グリカン調製物が提供される。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、約ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ７、ＤＰ８、ＤＰ９、ＤＰ１０、ＤＰ１１、ＤＰ１２、ＤＰ１３、ＤＰ１４、またはＤＰ１５の平均重合度（ＤＰ）を有する。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の少なくとも５０％、６０％、７０％、または８０％は、３以上３０未満のグリカン単位、または少なくとも５で２５未満のグリカン単位の重合度を有する、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ７〜ＤＰ９または約ＤＰ６〜ＤＰ１０である。いくつかの実施形態では、これらのグリカン調製物は、０．８：１〜５：１または１：１〜４：１のアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率を含む。いくつかの実施形態では、分画された調製物は、約０．０１〜約０．２または約０．０５〜０．１の平均分岐度を有する。
【０２０４】
一実施形態では、約３〜１０のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％、または少なくとも９５％の中等度の長さの種を含む、多分散で分画されたグリカン調製物が、提供される。一実施形態では、約１１〜１８のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％、または少なくとも９５％の長尺の種を含む、多分散で分画されたグリカン調製物が、提供される。一実施形態では、約１８〜３０のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％、または少なくとも９５％の超長尺の種を含む、多分散で分画されたグリカン調製物が、提供される。いくつかの実施形態では、中等度、長尺、および超長尺の分画された調製物は、０．８：１〜５：１または１：１〜４：１のアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率を含む。いくつかの実施形態では、分画された調製物は、約０．０１〜約０．２または約０．０５〜０．１の平均分岐度を有する。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または約９７％は、約５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００ｇ／ｍｏｌで、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、３２００、３３００、３４００、３５００、３６００、３７００、３８００、３９００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４７００、４８００、４９００、および５０００ｇ／ｍｏｌ未満の平均分子量を有する。
【０２０６】
分岐度
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ糖）は、線形から高度分岐の構造に及ぶ。非分岐グリカンは、アルファ結合のみまたはベータ結合のみを含有し得る。非分岐グリカンは、少なくとも１つのアルファ結合および少なくとも１つのベータ結合を含有し得る。分岐グリカンは、アルファグリコシド結合またはベータグリコシド結合を介して結合して、分岐を形成する少なくとも１つのグリカン単位を含有し得る。分岐速度または分岐度（ＤＢ）は、変化し得、そのため、約２番目、３番目、４番目、５番目、６番目、７番目、８番目、９番目、１０番目、１５番目、２０番目、２５番目、３０番目、３５番目、４０番目、４５番目、５０番目、６０番目、または７０番目毎の単位は、少なくとも１つの分岐点を含む。例えば、動物グリコーゲンは、ほぼ１０毎の単位に分岐点を含有する。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、調製物が分岐グリカンの混合物を含み、平均分岐度（ＤＢ、１残基当たりの分岐点）が、０、０．０１．０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、０．９５、０．９９、１、または２である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が、少なくとも０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３、または少なくとも０．４である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が、約０．０１〜０．１、０．０１〜０．２、０．０１〜０．３、０．０１〜０．４、または０．０１〜０．５である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が、約０．０５〜０．１、０．０５〜０．２、０．０５〜０．３、０．０５〜０．４、または０．０５〜０．５である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が、約０．１〜０．２、０．１〜０．３、０．１〜０．４、または０．１〜０．５である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が０ではない、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、平均分岐度が少なくとも０．１〜０．４未満または少なくとも０．２〜０．４未満ではない、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、直鎖状のグリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、分岐または分岐の分岐構造を示すグリカン（例えば、分岐グリカン（例えば、分岐オリゴ糖および／または分岐多糖など））を含む。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、平均分岐度（ＤＢ）は、０ではないが、少なくとも０．０１、０．０５、０．１、または少なくとも０．２であるか、または約０．０１〜約０．２または約０．０５〜０．１の範囲である、グリカン調製物が提供される。
【０２０９】
グリコシド結合
２つのグリカン単位間の連結または結合は、例えば、１，４、１−＞４、または（１−４）として表され、互換的に使用することができ、本明細書では、１つ以上の糖（例えば、単糖類、二糖類など）を含む化合物のグリコシド連結または結合を指す。短答は、環状形態（例えば、ピラノースまたはフラノース形態）であり得る。例えば、ラクトースは、アセタール酸素架橋がベータ配向にあるベータ（１−４）結合によって連結された環状形態のガラクトースおよびグルコースからなる二糖類である。
【０２１０】
グリカン調製物に見出される個々のグリカン単位間の連結または結合は、アルファ１−＞２、アルファ１−＞３、アルファ１−＞４、アルファ１−＞６、アルファ２−＞１、アルファ２−＞３、アルファ２−＞４、アルファ２−＞６、ベータ１−＞２、ベータ１−＞３、ベータ１−＞４、ベータ１−＞６、ベータ２−＞１、ベータ２−＞３、ベータ２−＞４、およびベータ２−＞６の１つまたはそれ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上など）を含み得る。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、１−＞５グリコシド結合、および１−＞６グリコシド結合からなる群から選択されるアルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の両方を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも２つまたは少なくとも３つのアルファおよびベータ１−＞２グリコシド結合、アルファおよびベータ１−＞３グリコシド結合、アルファおよびベータ１−＞４グリコシド結合、アルファおよびベータ１−＞５グリコシド結合、ならびに／またはアルファおよびベータ１−＞６グリコシド結合を含む。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アルファ結合のみを含む。いくつかの実施形態では、グリカンは、ベータ結合のみを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アルファ結合およびベータ結合の混合物を含む。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、調製物中のアルファ：ベータグリコシド結合の比率は、約０．１：１、０．２：１、０．３：１、０．４：１、０．５：１、０．６：１、０．７：１、０．８：１、０．９：１、１：１、１．２：１、１．５：１、１．７：１、２：１、２．２：１、２．５：１、２．７：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、または約１０：１である。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、約０．８：１、１：１、２：１、３：１、４：１、または５：１の調製物中のアルファ：ベータグリコシド結合の比率を含むか、またはそれは、約０．８：１〜約５：１または約１：１〜約４：１の範囲に及ぶ。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の調製物（例えば、オリゴ糖）は、実質的には、すべてのアルファ配置またはベータ配置のグリカン単位を含み、任意に、それぞれ他の配置の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％を含む。
【０２１６】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の調製物は、アルファグリコシド結合を有する少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％、またはさらに１００％のグリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ベータグリコシド結合を有する少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％、またはさらに１００％のグリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリコシド結合を有する少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、または少なくとも８５％のグリカンはアルファグリコシド結合であり、グリコシド結合を有する少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、または少なくとも８５％のグリカンはベータグリコシド結合であり、アルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の割合は、１００％を超えない、グリカン調製物が提供される。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、グリカングリコシド結合の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％、またはさらに１００％は、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、および１−＞６グリコシド結合のうちの１つ以上である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカングリコシド結合の各々の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、少なくとも２０％、または２５％は、１−＞２、１−＞３、１−＞４、および１−＞６グリコシド結合である、グリカン調製物が提供される。任意に、グリカン調製物は、アルファ２−＞１、アルファ２−＞３、アルファ２−＞４、アルファ２−＞６、ベータ２−＞１、ベータ２−＞３、ベータ２−＞４、およびベータ２−＞６グリコシド結合からなる群から選択されるグリカングリコシド結合の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、または少なくとも８５％をさらに含む。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アルファ１−＞２およびアルファ１−＞３、アルファ１−＞２およびアルファ１−＞４、アルファ１−＞２およびアルファ１−＞６、アルファ１−＞２およびベータ１−＞２、アルファ１−＞２およびベータ１−＞３、アルファ１−＞２およびベータ１−＞４、アルファ１−＞２およびベータ１−＞６、アルファ１−＞３およびアルファ１−＞４、アルファ１−＞３およびアルファ１−＞６、アルファ１−＞３およびベータ１−＞２、アルファ１−＞３およびベータ１−＞３、アルファ１−＞３およびベータ１−＞４、アルファ１−＞３およびベータ１−＞６、アルファ１−＞４およびアルファ１−＞６、アルファ１−＞４およびベータ１−＞２、アルファ１−＞４およびベータ１−＞３、アルファ１−＞４およびベータ１−＞４、アルファ１−＞４およびベータ１−＞６、アルファ１−＞６およびベータ１−＞２、アルファ１−＞６およびベータ１−＞３、アルファ１−＞６およびベータ１−＞４、アルファ１−＞６およびベータ１−＞６、ベータ１−＞２およびベータ１−＞３、ベータ１−＞２およびベータ１−＞４、ベータ１−＞２およびベータ１−＞６、ベータ１−＞３およびベータ１−＞４、ベータ１−＞３およびベータ１−＞６、ならびにベータ１−＞４およびベータ１−＞６からなる群から選択される少なくとも２つのグリコシド結合を有するグリカンを含む。
【０２１９】
同じまたは異なる側鎖であり得る、側鎖を含む分岐グリカン調製物を含む調製物（例えば、０．０１、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、０．９５、０．９９、１、または２のＤＢを有するもの）としては、側鎖は、１つ以上のベータ結合およびアルファ結合、例えば、（１−２）、（１−３）、（１−４）、（１−６）、（２−３）、（２−６）、または主鎖に対して他の好適な結合を介して結合され得る。
【０２２０】
グリカン単位
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位がＬ形態の糖である、グリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位がＤ形態で糖である、グリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン単位が天然に存在するかさらに一般的である（例えば、Ｄ−グルコース、Ｄ−キシロース、Ｌ−アラビノース）ときに、グリカン単位がＬ形態またはＤ形態で糖である、グリカンの調製物が提供される。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ糖）は、所望の比率、例えば、１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、１：１００、１：１５０のＬ形態対Ｄ形態またはＤ形態対Ｌ形態等のグリカン単位のＬ形態およびＤ形態の所望の混合物を含む。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、任意に、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％のそれぞれの他の型を含む、グリカン単位のＬ形態またはＤ形態の実質的にすべてを有するグリカンを含む。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位が、ジオ―ス、トリオ―ス、テトロース、ペントース、ヘキソース、またはヘプトースである、グリカン調製物が提供される。任意に、グリカンの形成に関与するグリカン単位は変動する。単糖類のグリカン単位の例には、ヘキソース、例えば、グルコース、ガラクトース、およびフルクトース、ならびにペントース、例えばキシロースが含まれる。単糖類のグリカン単位は、非環式（開鎖）形態で存在し得る。同じ分子グラフを有する開鎖の単糖類は、２つ以上の立体異性体として存在し得る。単糖類はまた、カルボニル基と同じ分子のヒドロキシルのうちの１つとの間で求核付加反応を介して環状形態で存在し得る。反応物は、１個の架橋酸素原子によって閉口している炭素原子の環を形成する。これらの環状形態では、環は、通常、５個の原子（フラノース）または６個の原子（ピラノース）を有する。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ糖）は、任意の所望の比率、例えば、任意に２つのグリカン単位については、１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、１：１００、１：１５０等、任意に３つのグリカン単位については、１：１：１、１：２：１、１：３：１、１：４：１、１：５：１、１：６：１、１：７：１、１：８：１、１：９：１、１：１０：１、１：１２：１、１：１４：１、１：１６：１、１：１８：１、１：２０：１、１：１：２、１：２：２、１：３：２、１：４：２、１：５：２、１：６：２、１：７：２、１：８：２、１：９：２、１：１０：２、１：１：３、１：２：３、１：３：３、１：４：３、１：５：３、１：６：３、１：７：３、１：８：３、１：９：３、１：１０：３、１：１：４、１：２：４、１：３：４、１：４：４、１：５：４、１：６：４、１：７：４、１：８：４、１：９：４、１：１０：４、１：１：５、１：２：５、１：３：５、１：４：５、１：５：５、１：６：５、１：７：５、１：８：５、１：９：５、１：１０：５等、任意に４つのグリカン単位については、１：１：１：１、１：２：２：１、１：３：２：１、１：４：２：１、１：５：２：１、１：６：２：１、１：７：２：１、１：８：２：１、１：９：２：１、１：１０：２：１、１：１：１：２、１：２：２：２、１：３：２：２、１：４：２：２、１：５：２：２、１：６：２：２、１：７：２：２、１：８：２：２、１：９：２：２、１：１０：２：２等、任意に５つのグリカン単位については、１：１：１：１：１、１：２：２：１：１等、任意に６つのグリカン単位については、１：１：１：１：１：１、１：１：１：１：１：２等、任意に７つのグリカン単位については、１：１：１：１：１：１：１、１：１：１：１：１：１：２等で、２またはそれ以上のペントースの混合物のいずれか（例えば、アラビノースおよびキシロース）および２またはそれ以上のヘキソースの混合物のいずれか（例えば、グルコースおよびガラクトース）を含む、ジオース、トリオース、テトロース、ペントース、ヘキソース、またはヘプトースの混合物などの、異なる単糖類のグリカン単位の所望の混合物を含む。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、２つ、３つ、４つ、または５つの異なるグリカン単位の所望の混合物、例えば、ｉ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、およびラムノースから選択される単糖類から選択される１つ以上のグリカン単位、ｉｉ）アカルビオシン、ｎ−アセチルラクトサミン、アロラクトース、セロビオース、キトビオース、ガラクトース−アルファ−１，３−ガラクトース、ゲンチオビオース、イソマルト、イソマルトース、イソマルツロース、コージビオース、ラクチトール、ラクトビオン酸、ラクトース、ラクツロース、ラミナリビオース、マルチトール、マルトース、マンノビオース、メリビオース、メリビウロース、ネオヘスペリドース、ニゲロース、ロビノース、ルチノース、サンブビオース、ソホロース、スクラロース、スクロース、スクロース酢酸イソ酪酸エステル、オクタアセチルスクロース、トレハロース、ツラノース、ビシアノース、およびキシロビオースから選択される二糖類から選択される１つ以上のグリカン単位、ｉｉｉ）アカルボース、Ｎ−アセチルエマンノサミン、Ｎ−アセチルムラミン酸、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルエタロサミヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｅｔａｌｏｓａｍｉｎｕｒｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）、アラビノピラノシル−Ｎ−メチル−Ｎ−ニトロソ尿素、Ｄ−フルクトース−Ｌ−ヒスチジン、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、ケトサミン、キダマイシン、マンノサミン、１Ｂ−メチルセレノ−Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミン、ムラミン酸、ムラミルジペプチド、ホスホリボシールアミン、ＰＵＧＮＡｃ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ  Ａ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ  Ｘ、バリダマイシン、ボグリボース、Ｎ−アセチルガラクトサミン、Ｎ−アセチルグルコミサン、アスパルチルグルコサミン、バシリチオール、ダウノサミン、デソサミン、フルクトサミン、ガラクトサミン、グルコサミン、メグルミン、およびペロサミンから選択されるアミノ糖から選択される１つ以上のグリカン単位、ｉｖ）１−５−アヒドログルシトール、クラジノース、コリトース、２−デオキシ−Ｄ−グルコース、３−デオキシグルカソン、デオキシリボース、ジデオキシヌクレオチド、ジギタロース、フルデオオキシグルコース、サルメントース、およびスルホキノボースから選択されるデオキシ糖から選択される１つ以上のグリカン単位；ｖ）カスタノスペルミン、１−デオキシノジリマイシン、イミノ糖、ミグリトール、ミグルスタット、およびスワインソニンから選択されるイミノ糖から選択される１つ以上のグリカン単位、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルタロサムヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｔａｌｏｓａｍｎｕｒｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）、アルダル酸、アルドン酸、３−デオキシ−Ｄ−マンノ−オクト−２−ウロソニック酸、グルクロン酸、グルコサミンウロニック酸、グリセリン酸、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、イズロン酸、イソサッカリン酸、パンガミン酸、シアル酸、トレオン酸、ウロソニック酸、ウロニック酸、キシロン酸、グルコン酸、アスコルビン酸、ケトデオキシオクツロソニック酸、ガラクツロン酸、ガラクトサミヌロン酸、マンヌロン酸、マンノサミヌロン酸、酒石酸、粘液酸���糖酸、乳酸、シュウ酸、コハク酸、ヘキサン酸、フマル酸、マレイン酸、酪酸、クエン酸、グルコサミン酸、リンゴ酸、スクシンアミド酸、セバシン酸、およびカプリン酸から選択される糖酸から選択される１つ以上のグリカン単位、ｖｉ）ギ酸、酢酸、プロピオン酸、ブチル酸、イソブチル酸、吉草酸、およびイソ吉草酸から選択される短鎖脂肪酸から選択される１つ以上のグリカン単位、ならびにｖｉｉ）メタノール、エチレングリコール、グリセロール、エリトリトール、トレイトール、アラビトール、リビトール、キシリトール、マンニトール、ソルビトール、ガラクチトール、イジトール、ボレミトール、フシトール、イノシトール、マルトトリイトール、マルトテトライトール、およびポリグリシトールから選択される糖アルコールから選択される１つ以上のグリカン単位の混合物を含む。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ポリデキストロースを含まない。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、塩酸塩（ｈｙｄｒｏｃｈｌｏｒａｔｅ）、ヨウ化水素酸塩（ｈｙｄｒｏｉｏｄａｔｅ）、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩、メタンスルファート、酢酸塩、ギ酸塩、酒石酸塩、リンゴ酸塩、クエン酸塩、コハク酸塩、乳酸塩、グルコン酸塩、ピルビン酸塩、フマル酸塩、プロピオン酸塩、アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩、安息香酸塩、アスコルビン酸塩等の塩形態（例えば、薬学的に許容される塩形態）で存在するグリカン単位または複数のグリカン単位を含む。
【０２２８】
例示的なグリカンは、モノマーが構成する物質の割合を反映する１００の中からの数に従って、単量体の糖成分を表す３文字コードによって記載されている。それ故に、「ｇｌｕ１００」は、１００％のＤ−グルコース（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属し、「ｇｌｕ５０ｇａｌ５０」は、５０％のＤ−グルコースおよび５０％のＤ−ガラクトース（グリカン単位）の入力から、またはあるいは、ラクトース二量体（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属するものと見なす。本明細書に使用される場合、ｘｙｌ＝Ｄ−キシロース、ａｒａ＝Ｌ−アラビノース、ｇａｌ＝Ｄ−ガラクトース、ｇｌｕ＝Ｄ−グルコース、ｒｈａ＝Ｌ−ラムノース、ｆｕｃ＝Ｌ−フコース、ｍａｎ＝Ｄ−マンノース、ｓｏｒ＝Ｄ−ソルビトール、ｇｌｙ＝Ｄ−グリセロール、ｎｅｕ＝ＮＡｃ−ノイラミン酸。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から選択される１つのグリカン単位Ａを含み、グリカン単位Ａは、１００％のグリカン単位の入力を含む。例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ホモグリカンｘｙｌ１００、ｒｈａ１００、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｇｌｕ１００、およびｍａｎ１００から選択される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ホモグリカンｆｕｃ１００およびｆｒｕ１００から選択される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｍａｎ１００を含む。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される２つのグリカン単位ＡおよびＢの混合物を含み、ＡおよびＢは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じまたは異なる群から選択され得、ＡおよびＢは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡおよび９９〜１％のＢの範囲）で選択され得る。
【０２３１】
例えば、いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、ヘテログリカンａｒａ５０ｇａｌ５０、ｘｙｌ７５ｇａｌ２５、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｍａｎ６２ｇｌｕ３８、およびハイブリッドグリカンｇｌｕ９０ｓｏｒ１０およびｇｌｕ９０ｇｌｙ１０から選択される。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される３つのグリカン単位Ａ、Ｂ、およびＣの混合物を含み、Ａ、Ｂ、およびＣは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じまたは異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ、およびＣは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ、および１〜９９％のＣの範囲）で選択され得る。
【０２３３】
例えば、いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、ヘテログリカンｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ２、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、およびハイブリッドグリカンｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｎｅｕ３３から選択される。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される４つのグリカン単位Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤの混合物を含み、Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じまたは異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ、１〜９９％のＣ、および１〜９９％のＤの範囲）で選択され得る。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される５つのグリカン単位Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥの混合物を含み、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じまたは異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ、１〜９９％のＣ、１〜９９％のＤ、および１〜９９％のＥの範囲）で選択され得る。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、およびラムノースからなる群から選択される、グリカン調製物が提供される。一実施形態では、グリカン単位は、グルコースでない。一実施形態では、グリカン単位は、ガラクトースでない。一実施形態では、グリカン単位は、フルクトースでない。一実施形態では、グリカン単位は、フコースでない。一実施形態では、グリカン単位は、マンノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、アラビノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、ラムノースでない。一実施形態では、グリカン単位は、キシロースでない。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、グルコースおよびガラクトース、グルコースおよびアラビノース、グルコースおよびマンノース、グルコースおよびフルクトース、グルコースおよびキシロース、グルコースおよびフコース、グルコースおよびラムノース、ガラクトースおよびアラビノース、ガラクトースおよびマンノース、ガラクトースおよびフルクトース、ガラクトースおよびキシロース、ガラクトースおよびフコース、ならびにガラクトースおよびラムノース、アラビノースおよびマンノース、アラビノースおよびフルクトース、アラビノースおよびキシロース、アラビノースおよびフコース、ならびにアラビノースおよびラムノース、マンノースおよびフルクトース、マンノースおよびキシロース、マンノースおよびフコース、ならびにマンノースおよびラムノース、フルクトースおよびキシロース、フルクトースおよびフコース、ならびにフルクトースおよびラムノース、キシロースおよびフコース、キシロースおよびラムノース、ならびにフコースおよびラムノースなどの混合物のような、２つの異なる単糖類のグリカン単位の所望の混合物を、例えば、１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、または１：１００の比率またはそれらの逆比率で含む。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ糖）は、３つの異なる単糖類のグリカン単位の所望の混合物、例えば、グルコース含有グリカン治療剤の調製物については、グルコース、ガラクトース、およびアラビノース；グルコース、ガラクトース、およびマンノース；グルコース、ガラクトース、およびフルクトース；グルコース、ガラクトース、およびキシロース；グルコース、ガラクトース、およびフコース、グルコース、ガラクトース、およびラムノース；グルコース、アラビノース、およびマンノース；グルコース、アラビノース、およびフルクトース；グルコース、アラビノース、およびキシロース；グルコース、アラビノース、およびフコース；グルコース、アラビノース、およびラムノース；グルコース、マンノース、およびフルクトース；グルコース、マンノース、およびキシロース；グルコース、マンノース、およびフコース；グルコース、マンノース  ラムノース；グルコース、フルクトース、およびキシロース；グルコース、フルクトース、およびフコース；グルコース、フルクトース、およびラムノース；グルコース、フコース、およびラムノースなどの混合物等を、例えば、１：１：１、１：２：１、１：３：１、１：４：１、１：５：１、１：６：１、１：７：１、１：８：１、１：９：１、１：１０：１、１：１２：１、１：１４：１、１：１６：１、１：１８：１、１：２０：１、１：１：２、１：２：２、１：３：２、１：４：２、１：５：２、１：６：２、１：７：２、１：８：２、１：９：２、１：１０：２、１：１：３、１：２：３、１：３：３、１：４：３、１：５：３、１：６：３、１：７：３、１：８：３、１：９：３、１：１０：３、１：１：４、１：２：４、１：３：４、１：４：４、１：５：４、１：６：４、１：７：４、１：８：４、１：９：４、１：１０：４、１：１：５、１：２：５、１：３：５、１：４：５、１：５：５、１：６：５、１：７：５、１：８：５、１：９：５、１：１０：５等の比率で含む。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位がフラノース糖である、グリカン治療剤の調製物が、提供される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカン単位がピラノース糖である、グリカンの調製物が、提供される。いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、フラノース糖およびピラノース糖の混合物を含む。いくつかの実施形態では、調製物中のフラノース糖：ピラノース糖の比率は、約０．１：１、０．２：１、０．３：１、０．４：１、０．５：１、０．６：１、０．７：１、０．８：１、０．９：１、１：１、１．２：１、１．５：１、１．７：１、２：１、２．２：１、２．５：１、２．７：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、または約１０：１である。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ糖）は、例えば、所望の比率、例えば、１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、１：１００、１：１５０のフラノース対ピラノースまたはピラノース対フラノースのフラノース糖およびピラノース糖の所望の混合物を含む。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、実質的にすべてのフラノースまたはピラノース糖を含み、任意に、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％のそれぞれの他の糖を含む。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、実質的にすべてのピラノース糖を含み、かつ、フラノース型の調製物において、約０．１％以下、０２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、または５％以下の単量体のグリカン単位を含む。いくつかの実施形態では、調製物において３％以下、２％、または１％以下の単量体のグリカン単位は、フラノース形態である。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、Ｎ−アセチルガラクトサミンまたはＮ−アセチルグルコサミンを含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ノイラミン酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、シアル酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、脂質および脂肪酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アミノ酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ソルビトールを含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、グルコース、ガラクトース、マンノース、アラビノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースを含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、検出可能な反復単位を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、統計的に有意な量の反復単位を含まない。いくつかの実施形態では、反復単位は、少なくとも２、３、４、５、または少なくとも６つのグリカン単位のＤＰを有する。例えば、ヒアルロナンは、２つのグルコース誘導体、グルクロン酸塩（グルクロン酸）、およびＮ−アセチルグルコサミンからなる反復二糖類単位を有するグルコサミノグリカンである。グリコシド結合は、ベータ（１−＞３）およびベータ（１−＞４）である。セルロースは、ベータ結合によって一緒に結合される反復グルコース単位で作製されるポリマーである。反復単位の存在および量は、例えば、総加水分解（例えば、グリカン単位の割合を決定するために）、メチル化分析（例えば、結合型の分布を決定するために）、およびＨＳＱＣ（例えば、アルファ−およびベータ−グリコシドの分布を決定するために）によって使用することを決定することができる。有意性を決定するための統計的方法は、当業者によって公知である。
【０２４４】
必要に応じて、グリカンの単糖類またはオリゴ糖グリカン単位は、さらに置換または誘導体化され、例えば、ヒドロキシル基は、エーテル化またはエステル化され得る。例えば、グリカン（例えば、オリゴ糖）は、修飾サッカリド単位、例えば、ヒドロキシル基が除去される２’−デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素と置換される２’−フルオロリボース、またはＮ−アセチルグルコサミン、グルコース（例えば、２’−フルオロリボース、デオキシリボース、およびヘキソース）の窒素含有形態を含有し得る。置換度（ＤＳ、１グリコシル単位当たりのヒドロキシル基の平均数）は、１、２、もしくは３、または別の好適なＤＳであり得る。いくつかの実施形態では、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％のグリカン単位が、置換または誘導体化される。いくつかの実施形態では、置換度は、例えば、ある特定の割合では誘導体化されず、１のＤＳを示し、２のＤＳを示し、３のＤＳを示す、サブユニット間で変動する。任意の望ましい混合物を生成することができ、例えば、０〜９９％のサブユニットは、誘導体化されず、０〜９９％のサブユニットは、１のＤＳを示し、０〜９９％のサブユニットは、２のＤＳを示し、０〜９９％のサブユニットは、３のＤＳを示し、合計で１００％になる。置換度は、グリコシル部分に添加される置換基（モル置換（ＭＳ））のモルの平均数を調整することによって制御され得る。グリカンのオリゴ糖または多糖鎖の長さに沿った置換基の分布は、反応条件、試薬のタイプ、および置換の範囲を調整することによって制御され得る。いくつかの実施形態では、単量体のサブユニットは、酢酸エステル、硫酸半エステル、リン酸エステル、またはピルビル環状アセタール基のうちの１つ以上と置換される。
【０２４５】
溶解度
いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、高度に分岐しており、例えば、少なくとも０．０１、０．０５、または０．１の平均ＤＢを有する。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、約０．０１〜約０．０５、０．０１〜０．１、０．０５〜０．１、または約０．１〜約０．２の平均ＤＢを有する。いくつかの実施形態では、分岐オリゴ糖を含むグリカン治療調製物は、高溶解性である。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、２３℃で明らかな固化または結晶化を行わずに（最終溶解限度）、少なくとも５５Ｂｒｉｘ、６５Ｂｒｉｘ、６０Ｂｒｉｘ、６５Ｂｒｉｘ、７０Ｂｒｉｘ、７５Ｂｒｉｘ、８０Ｂｒｉｘ、または少なくとも８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、約５０〜６０Ｂｒｉｘ、６０〜７０Ｂｒｉｘ、７０〜８０Ｂｒｉｘ、５５〜６５Ｂｒｉｘ、６５〜７５Ｂｒｉｘ、または約７５〜８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、２３℃で明らかな固化または結晶化を行わずに（最終溶解限度）、約５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、または約８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、２３℃で明らかな固化または結晶化を行わずに（最終溶解限度）、少なくとも約０．５ｇ／ｍｌ、１ｇ／ｍｌ、１．５ｇ／ｍｌ、２ｇ／ｍｌ、２．５ｇ／ｍｌ、３ｇ／ｍｌ、３．５ｇ／ｍｌ、または少なくとも４ｇ／ｍｌまで濃縮され得る。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物（例えばオリゴ糖）は、分岐しており、例えば、少なくとも０．０１、０．０５、または０．１の平均ＤＢを有し、かつ、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘ、７５Ｂｒｉｘ、８０Ｂｒｉｘ、または少なくとも約８５Ｂｒｉｘの水中に最終溶解限度を有するか、または少なくとも約１ｇ／ｍｌ、２ｇ／ｍｌ、または少なくとも約３ｇ／ｍｌである。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、脱イオン水中、または好適な緩衝液中、例えば、リン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４、または類似の生理学的ｐＨ中、２０℃で、少なくとも０．００１ｇ／Ｌ、０．００５ｇ／Ｌ、０．０１ｇ／Ｌ、０．０５ｇ／Ｌ、０．１ｇ／Ｌ、０．２ｇ／Ｌ、０．３ｇ／Ｌ、０．４ｇ／Ｌ、０．５ｇ／Ｌ、０．６ｇ／Ｌ、０．７ｇ／Ｌ、０．８ｇ／Ｌ、０．９ｇ／Ｌ、１ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、３０ｇ／Ｌ、４０ｇ／Ｌ、５０ｇ／Ｌ、１００ｇ／Ｌ、２００ｇ／Ｌ、３００ｇ／Ｌ、４００ｇ／Ｌ、５００ｇ／Ｌ、６００ｇ／Ｌ、７００ｇ／Ｌ、８００ｇ／Ｌ、９００ｇ／Ｌ、１０００ｇ／Ｌの最終溶解限度を有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、９９％超、または９９．５％を超える溶解性があり、脱イオン水中、または好適な緩衝液中、例えば、リン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４、または類似の生理学的ｐＨ中、２０℃で、０．００１ｇ／Ｌ、０．００５ｇ／Ｌ、０．０１ｇ／Ｌ、０．０５ｇ／Ｌ、０．１ｇ／Ｌ、０．２ｇ／Ｌ、０．３ｇ／Ｌ、０．４ｇ／Ｌ、０．５ｇ／Ｌ、０．６ｇ／Ｌ、０．７ｇ／Ｌ、０．８ｇ／Ｌ、０．９ｇ／Ｌ、１ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、３０ｇ／Ｌ、４０ｇ／Ｌ、５０ｇ／Ｌ、１００ｇ／Ｌ、２００ｇ／Ｌ、３００ｇ／Ｌ、４００ｇ／Ｌ、５００ｇ／Ｌ、６００ｇ／Ｌ、７００ｇ／Ｌ、８００ｇ／Ｌ、９００ｇ／Ｌ、１０００ｇ／Ｌを超える濃度で観察される沈殿物を有しない。
【０２４９】
甘味度
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、所望の甘味度を有する。例えば、スクロース（テーブルシュガー）は、プロトタイプの甘味物質である。溶液中のスクロースは、１の甘味知覚評価を有し、他の物質は、これと比較して評価される（例えば、フルクトースは、スクロースの甘味の１．７倍で評価される）。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の甘味は、スクロースと比較して、０．１〜５００，０００の範囲に及ぶ。いくつかの実施形態では、相対的甘味は、スクロースと比較して、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、２５０００、５００００、７５０００、１０００００、１５００００、２０００００、２５００００、３０００００、３５００００、４００００、４５００００、５０００００、または５００，０００超である（スクロースが１と得点される）。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、軽度に甘さ、または甘さと苦味の両方がある。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物、例えば、実質的に、ＤＰ２＋またはＤＰ３＋である調製物（例えば、ＤＰ２＋またはＤＰ３＋の少なくとも８０％、９０％、または少なくとも９５％、または分画化された調製物）は、実質的に、甘さとして感知できず、相対的な甘味は、スクロースと比較して、約０、０．０００１、０．００１、０．００５、０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８または約０．９である（スクロースが１と得点される）。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、以下（バルク）の特性：
ｉ）グリカン調製物が、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース、またはラムノースのグリカン単位を含む分岐グリカンを含む、
ｉｉ）グリカン調製物中の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）が、約０．０１〜約０．６である、
ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％が、３以上３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する、
ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰが、約ＤＰ３〜約ＤＰ１８である、
ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率が、約０．８：１〜約５：１である、および／または
ｖｉ）グリカン調製物が、２３℃で少なくとも約６０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有する、のうちの１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つ）を有する。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、このグリカン調製物中約０．０５〜約０．６の分岐グリカンの平均分岐度（ＤＢ）を有する。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ６〜約ＤＰ１８のうち１つの平均ＤＰを有する。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、約１：１〜約５：１である、グリカン調製物のグリカン中に存在するアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比率を有する。
【０２５５】
グリカン治療調製物の同定および特徴付け
必要に応じて、本グリカン治療調製物は、当該技術分野において公知の任意の方法および本明細書に記載される方法によって特徴付けられ得る。
【０２５６】
集団におけるｎの重合度（ＤＰ）（本明細書では、ＤＰ（ｎ）として示される）を有する種のモル率は、例えば、屈折率（ＲＩ）検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ  １２６０  ＢｉｏＩｎｅｒｔシリーズの装置、および移動相として水を用いた当業者によく知られている様々なカラム上の高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって決定される。カラムは、対象となる種を最も単離する、ＨＩＬＩＣ、金属配位、および水性のサイズ排除クロマトグラフィーを含む、化学的性質から選択される。ＤＰ（ｎ）のモル％は、次式によって決定され：
ＤＰ（ｎ）の割合（％）＝１００＊ＡＵＣ［ＤＰ（ｎ）］／ＡＵＣ［ＤＰ（合計）］、
式中、ＡＵＣは、公知の標準物に対する較正によって決定されるときに、対象となる種に対する濃度曲線下面積として定義される。グリコシド結合の異性体のモル率（アルファ（％）およびベータ（％））は、当業者によく知られている様々な２Ｄ技術を用いた核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法によって決定される。アルファ−異性体およびベータ−異性体は、例えば、ＮＭＲスペクトルにおけるそれらの異なるシフトによって区別され、モル率は、次式によって決定され：
グリコシド結合の（グリコシド異性体ｎ）の割合（％）＝１００＊ＡＵＣ［シフト（異性体ｎ）］／ＡＵＣ［シフト（異性体アルファ＋異性体ベータ）］、
式中、ＡＵＣは、所望の異性体ｎを表すために公知の特定のシフト値の濃度曲線下面積として定義される。位置化学異性体のモル率は、次式を用いた類似の様式で決定される：
位置異性体の（位置異性体ｎ）の割合（％）＝１００＊ＡＵＣ［シフト（位置異性体ｎ）］／ＡＵＣ［シフト（すべての位置異性体）］。
【０２５７】
オリゴマー集団を作製する単量体糖の相対的割合は、例えば、オリゴマー試料の酸性消化の合計、続いて、アルジトールアセテートへの変換、続いて、公知の基準のＧＣに対して比較される得られた単量体溶液のガスクロマトグラフ（ＧＣ）分析によって決定される。モノマー（ｎ）のモル率（ｎは任意の糖であり得る）は、次式によって決定される：
（糖ｎ）の割合（％）＝１００＊ＡＵＣ［糖ｎ］／ＡＵＣ［すべての単量体糖の合計］。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の溶解度は、例えば、電荷、構造（例えば、ＤＰ、分岐度）の選択、および／またはグリカン単位の誘導体化によって制御され得る。
【０２５９】
グリカン治療調製物については、単量体構築ブロック（例えば、単糖類またはグリカン単位の組成物）、側鎖のアノマー配置、置換基の存在および位置、重合度／分子量、および結合パターンは、当該技術分野において公知の標準的な方法、例えば、メチル化分析、還元開裂、加水分解、ＧＣ−ＭＳ（ガスクロマトグラフィー質量分析法）、ＭＡＬＤＩ−ＭＳ（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析法）、ＥＳＩ−ＭＳ（エレクトロスプレイイオン化質量分析法）、ＨＰＬＣ（紫外線または屈折率検出を有する高速液体クロマトグラフィー）、ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ（パルスアンペロメトリー検出を有する高性能陰イオン性交換クロマトグラフィー）、ＣＥ（キャピラリー電気泳動）、ＩＲ（赤外線）／ラマン分光法、およびＮＭＲ（核磁気共鳴）分光法技術等によって特定され得る。結晶稠度のポリマーについては、結晶構造は、例えば、固体状態のＮＭＲ、ＦＴ−ＩＲ（フーリエ変換赤外線分光法）、およびＷＡＸＳ（広角Ｘ線散乱）を用いて溶解され得る。ＤＰ、ＤＰの分布、および多分散性は、例えば、粘度測定およびＳＥＣ（ＳＥＣ−ＨＰＬＣ、高性能サイズ排除クロマトグラフィー）によって決定され得る。異種基、末端基、および置換基は、例えば、標識化を有するＳＥＣ、水性分析、ＭＡＬＤＩ−ＭＳ、ＦＴ−ＩＲ、およびＮＭＲを用いて決定され得る。グリカンの単量体成分を同定するために、例えば、酸触媒加水分解、ＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）またはＧＬＣ（ガス−液体クロマトグラフィー）（アルジトールアセテートへの変換後）等の方法が使用され得る。グリカン中に存在する結合を決定するために、一例では、多糖は、ＤＭＳＯ中のヨウ化メチルおよび強塩基でメチル化され、加水分解が行われ、部分的にメチル化されたアルジトールへの還元が達成され、メチル化されたアルジトールアセテートへのアセチル化が行われ、分析は、ＧＬＣ／ＭＳ（質量分析法に加えてガス−液体クロマトグラフィー）によって行われる。いくつかの実施形態では、多糖配列を決定するために、酸または酵素を用いて、部分的な脱重合が行われ、構造を決定する。多糖の可能な構造は、加水分解性オリゴマーの構造と比較され、可能な構造のうちの１つがオリゴマーを生成し得ることが決定される。アノマー構造を同定するために、一例では、無傷多糖またはオリゴ糖の調製物は、酵素的分析に供され、例えば、それらを、例えば、β−ガラクトシダーゼまたはα−グルコシダーゼ等の特定の種類の結合に特異的である酵素と接触させ、ＮＭＲは生成物を分析するために使用され得る。
【０２６０】
例えば、グリカン治療調製物の分布（または平均）重合度（ＤＰ）は、例えば、１０〜１００ｍｇ／ｍＬの濃度を有する試料を、例えば、Ｇｏｍｅｚ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｐｒｅｂｉｏｔｉｃ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ｏｆ  Ｐｅｃｔｉｃ  Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ  ｆｒｏｍ  Ｏｒａｎｇｅ  Ｐｅｅｌ  Ｗａｓｔｅｓ，Ｊ  Ａｇｒｉｃ  Ｆｏｏｄ  Ｃｈｅｍ，２０１４，６２：９７６９）において記載される、７．８×３００ｍｍ  ＢｉｏＲａｄ  Ａｍｉｎｅｘ  ＨＰＸ−４２Ａカラム（または類似の）およびＲＩ検出器が装備されているＡｇｉｌｅｎｔ  １２６０  ＢｉｏＰｕｒｅ  ＨＰＬＣ（または類似の）に注入することによって測定され得る。あるいは、濃度を有する試料は、例えば、Ｈｏｌｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（Ｆｅｒｕｌｏｙｌａｔｅｄ  ａｎｄ  ｎｏｎｆｅｒｕｌｏｙｌａｔｅｄ  ａｒａｂｉｎｏ−ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ  ｆｒｏｍ  ｓｕｇａｒ  ｂｅｅｔ  ｐｅｃｔｉｎ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅｌｙ  ｓｔｉｍｕｌａｔｅ  ｔｈｅ  ｇｒｏｗｔｈ  ｏｆ  ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｆｅｃａｌ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｆｅｒｍｅｎｔａｔｉｏｎｓ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  ａｎｄ  Ｆｏｏｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２０１１，５９（１２），６５１１−６５１９）において記載される、４×２５０ｍｍ  Ｄｉｏｎｅｘ  ＣａｒｂｏＰａｃ  ＰＡ１カラム（または類似の）およびＰＡＤ検出器が装備されているＤｉｏｎｅｘ  ＩＣＳ５０００  ＨＰＬＣ（または類似の）に注入され得る。オリゴマーの標準溶液に対して比較される得られたスペクトルの統合は、平均ＤＰの決定を可能にする。
【０２６１】
分子量の分布は、例えば、ＭＡＬＤＩ質量分析法によって測定され得る。オリゴ糖濃度は、モノマーとオリゴマーとの間の屈折の差を説明するように標準化曲線に対して調節される最終値を有するＭｅｔｔｌｅｒ−Ｔｏｌｅｄｏの糖用屈折計（または類似の）を用いて測定され得る。
【０２６２】
グリコシド位置化学の分布は、例えば、標準パルスシーケンスおよびＢｒｕｋｅｒ  ５００ＭＨｚ分光計を用いて、ＣＯＳＹ、ＨＭＢＣ、ＨＳＱＣ、ＤＥＰＴ、およびＴＯＣＳＹ分析を含む、様々な２Ｄ−ＮＭＲ技術によって特徴付けられ得る。ピークは、公知の位置化学を有する天然に生じる多糖のスペクトルへの相関によって割り当てられ得る。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、試料の相対的ピーク割り当ては、試料の濃度および純度、溶媒の同定および質（例えば、同位体で標識された溶媒）、および利用されたパルスシーケンスを含む、多くの因子に応じて異なる。したがって、実施形態では、例えば、グルコースを含むグリカンの相対的ピーク割り当ては、ＮＭＲスペクトルが上記因子による類似条件下で得られる場合に、（例えば、約０．０１ｐｐｍ、約０．０２ｐｐｍ、または約０．０５ｐｐｍで）異なり得る。本明細書に使用されるこれらの場合において、「対応するピーク」という用語は、ＮＭＲピークを指し、これは同じ試料と関連するが、例えば、試料の濃度および純度、同位体で標識された溶媒の同定および質、ならびに利用されたパルスシーケンスが含まれるが、これらに限定されない、因子によって（例えば、約０．０１ｐｐｍ、約０．０２ｐｐｍ、または約０．０５ｐｐｍで）異なる。
【０２６４】
オリゴマーの単量体組成物は、例えば、公知の量のオリゴマーは昇温で強酸に溶解され、全加水分解が生じるのに十分な時間可能にする完全加水分解方法によって測定され得る。次いで、個々のモノマーの濃度は、Ｈｏｌｃｋ  ｅｔ  ａｌ．に記載のように相対的存在度測定を達成するために、本明細書に記載され、当該技術分野において公知のＨＰＬＣまたはＧＣ方法によって測定され得る。絶対量は、臨界シグナルのうちのいずれかとの重複を阻止するために選択された公知の量の検出器に活性基準でＨＰＬＣ試料をスパイクすることによって測定され得る。
【０２６５】
任意の所与の集団における分岐度は、例えば、Ｈａｋｏｍｏｒｉ（Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（Ｔｏｋｙｏ），１９６４，５５，２０５）によって構築されたメチル化分析方法によって測定され得る。これらのデータにより、潜在的反復単位の同定は、全加水分解、平均ＤＰ、およびメチル化分析からのデータを組み合わせ、ＤＥＰＴ  ＮＭＲスペクトルに対してそれらを比較することによって構築され得る。これらのデータに対するアノマー炭素シグナル数の相関は、例えば、Ｈａｒｄｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ．Ｒｅｓ．２００５，３４０，１１０７）に実証されるように、規則的な反復単位が、収集されたデータを満たすために必要であるかどうかを示す。
【０２６６】
グリカン調製物（例えば、グルコース、ガラクトース、フコース、キシロース、アラビノース、ラムノース、およびマンノース等の単糖類または二糖類グリカン単位を含むもの）は、以下のパラメータ：ａ）それぞれ、異なるグリコシド結合タイプを表す、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、またはそれ以上（例えば、少なくとも４つまたは５つ）の診断的アノマーＮＭＲピークの存在、ｂ）約０．８対１〜約５対１（例えば、アルファ結合タイプを一般に好む、約１：１〜４：１）のアルファ結合対ベータ結合の比率、ｃ）１，２−、１，３−、１，４−、および１，６−置換の一覧から少なくとも２つまたは少なくとも３つの異なるグリコシド位置化学、ならびに１，２，３−、１，２，４−、１，２，６−、１，３，４−、１，３，６−、および１，４，６−置換の一覧から少なくとも２つまたは少なくとも３つの異なるグリコシド位置化学、ならびにｄ）個々の種の少なくとも５０％、６０％、７０％、または少なくとも８０％が少なくとも２つ、少なくとも３つ、３〜３０、または５〜２５のＤＰを有するＤＰの分布、のうちの１つ、２つ、３つ、または４つを用いて特定され得る。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、天然に存在するオリゴ糖の調製物とは異なる平均特性（例えば、ＤＰ、ＤＢ、アルファ：ベータグリコシド結合比率）を有する。これらの構造的特徴は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法および本明細書に記載される方法によって分析され、任意に定量化され得る。本明細書に記載されるグリカン治療調製物は、以下の特徴のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、または少なくとも５つを有する：
（ｉ）定量的質量分析測定、ＳＥＣ−ＨＰＬＣ、ＩＡＣ−ＨＰＬＣ、またはＩＥＣ−ＨＰＬＣによって特定され得る、例えば、約ＤＰ３〜約ＤＰ３０、約ＤＰ２〜約ＤＰ３０、約ＤＰ２〜約２０、約ＤＰ２〜約ＤＰ１０、約ＤＰ３〜約ＤＰ２０、約ＤＰ３〜約ＤＰ１０、または約ＤＰ５〜約ＤＰ２５の範囲に及ぶ分子量の分布、
（ｉｉ）例えば、アルファおよびベータグリコシドからのシグナルの明示的な識別および定量化を可能にするＨＳＱＣパルスシーケンスを含む、様々なＮＭＲ技術によって特定され得る、０．８：１、１：１、２：１、３：１、４：１、５：１の範囲に及ぶ結合比率（概して、アルファ立体化学に好都合である）を有する、アルファ結合およびベータ結合の両方の有意な割合。いくつかの実施形態のグリカン治療調製物では、観察された比率におけるアルファグリコシド結合およびベータグリコシド結合の両方の存在は、概して、ある主なグリコシドの立体化学を好み、任意に、対立する立体化学の相対的にほんの一部のみ含む、天然に存在するオリゴ糖または多糖の調製物とは異なる、
（ｉｉｉ）フィンガープリントＮＭＲ処理またはＨａｋｏｍｏｒｉらによって開発されたパーメチル化分岐同定によって特定され得る少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つのグリコシド位置化学の存在。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または少なくとも１０％の、１，２−、１，３−、１，４−、および１，６−グリコシド結合タイプのうちの１つ、２つ、３つ、または４つを有する。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または少なくとも１０％の、１，２−、１，３−、１，４−、および１，６−グリコシド結合タイプのうちの２つを有する。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または少なくとも１０％の、１，２−、１，３−、１，４−、および１，６−グリコシド結合タイプのうちの３つを有する。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または少なくとも１０％の、１，２−、１，３−、１，４−、および１，６−グリコシド結合タイプのうちの４つすべてを有する。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、さらに、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、または少なくとも５％の分岐結合タイプを含む。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、または少なくとも５％の、１，３，６−、１，４，６−、または１，２，４−グリコシドを含む、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つの分岐結合タイプを含む。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、１，３，６−、１，４，６−、または１，２，４−グリコシドの少なくとも２つの分岐結合タイプを含む。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、３％、４％、または少なくとも５％の、１，３，６−、１，４，６−、または１，２，４−グリコシドのうちの３つの分岐結合タイプを含む。所定の位置Ｘでヒドロキシル基を有しない糖は、１，Ｘ−結合タイプを有さず、例えば、フコース（６−デヒドロキシ−ガラクトース）は、１，６−グリコシド結合を有しないが、１，２−、１，３−、および１，４−グリコシド結合を有するであろう。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、フラノース形態で、少なくとも０．１％、０２％、０．５％、１％、２％、または少なくとも３％の単量体のグリカン単位を含む。いくつかの実施形態のグリカン治療調製物中の多数のグリコシド位置化学および分岐の存在は、概して、特定の結合構造を好む天然に存在するオリゴ糖または多糖の調製物とは異なる。これらの位置化学のすべては、天然源のオリゴ糖で生じることが公知であるが、天然源のオリゴ糖の調製物は、いくつかの実施形態のグリカン治療調製物によって示される位置化学の数および複雑性を含まない、
（ｉｖ）少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、または少なくとも９０％の位置化学および立体化学のすべての可能な組み合わせを表すグリコシド結合の分布。個々に、位置化学の分布は、分岐分析によって決定され得、立体化学の分布は、ＮＭＲによって決定され得る。ＨＳＱＣ−ＮＭＲ。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、位置化学および立体化学の両方の乗法的組み合わせと関連するアノマー領域における多様なピークを示す。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、アルファ−１，２−、アルファ−１，３−、アルファ−１，４−、およびアルファ−１，６−グリコシドのうちの少なくとも２つもしくは少なくとも３つ、またはベータ−１，２−、ベータ−１，３−、ベータ−１，４−、およびベータ−１，６−グリコシドのうちの少なくとも２つもしくは少なくとも３つを含む。いくつかの実施形態では、グリカン治療調製物は、アルファ−１，２−、アルファ−１，３−、アルファ−１，４−、およびアルファ−１，６−グリコシドのうちの４つすべて、ならびにベータ−１，２−、ベータ−１，３−、ベータ−１，４−、およびベータ−１，６−グリコシドのうちの４つすべてを含む。例として、ｇｌｕ１００調製物のＨＳＱＣは、調製物が、すべてのアルファ−１，２−、アルファ−１，３−、アルファ−１，４−、およびアルファ−１，６−グリコシド、ならびにすべてのベータ−１，２−、ベータ−１，３−、ベータ−１，４−、およびベータ−１，６−グリコシドを含有することを示す。所定の位置Ｘでヒドロキシル基を有しない糖は、１，Ｘ−結合タイプを有さず、例えば、フコース（６−デヒドロキシ−ガラクトース）は、１，６−グリコシド結合を有しないが、１，２−、１，３−、および１，４−グリコシド結合を有するであろう。
【０２６７】
細菌分類群および微生物多様性を調節する方法
ヒト対象の粘膜組織を含む胃腸以外の部位における細菌分類群の存在度を調節する方法が本明細書で提供される。また、粘膜組織を含む胃腸以外の部位における微生物多様性を調節する方法も本明細書で提供される。本方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、胃腸以外の部位へ（例えば、粘膜組織へ）、当該部位の細菌分類群および／または微生物多様性を調節するのに有効な量および期間、局所（例えば、直接）投与することを含む。いくつかの実施形態では、胃腸以外の部位は口腔、鼻腔、または膣である。
【０２６８】
膣
いくつかの実施形態では、ヒト対象の膣内の細菌分類群の存在度を調節する方法が提供される。本方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、膣へ、当該部位の細菌分類群を調節するのに有効な量および期間、局所（例えば、直接）投与することを含む。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）の細菌分類群、例えば、最も存在度の多い細菌分類群などの増殖または相対存在度を調節する（例えば、増加または減少させる）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物の投与によって調節される膣における細菌分類群は、一般的な膣の細菌分類群であるアクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、およびディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）の属の１つまたはそれ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）である。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、例えば局所的に、膣へ本明細書に記載されるグリカン調製物を投与することを含む、膣内の１つ以上のラクトバチルス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、１つ以上のラクトバチルス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）は膣の健康と関連すると考えられ、ラクトバチルス・コレオホミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１つまたはそれ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上）が含まれる。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、膣の微生物叢の組成および活性の両方の選択変化を行い、それによって、ヒト宿主の健康に良い効果をもたらす。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、健康に良い効果は、例えば、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、早産または流産の危険性などの疾患、障害または病態の症状の軽減を含む。いくつかの実施形態では、疾患、障害、または病態は、細菌性膣炎（ＢＶ）である。いくつかの実施形態では、疾患、障害、または病態は、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染またはＢ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染である。
【０２７３】
例えば、必ずしも原因物質を必要とせずに疾患状態と関連する感染および／または炎症および／または細菌を誘導することによって、ある状態下で、疾患を引き起こす可能性がある病原性種および原性共生生物は、生態学的地位に存在する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を膣に投与することにより、膣疾患関連細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法が提供される。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）種、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）種、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、およびモビルンカス属（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）種、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、アトポビウム・バジナ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、およびエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍのうちの１つ以上を含む。
【０２７５】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、アエロコッカス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、エガーテラ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、メガスフェラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、スネアチア（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、およびウレアプラズマ（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ）の属、ならびにクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）目（例えば、細菌性膣症関連細菌１（ＢＶＡＢ−１）、ＢＶＡＢ２、ＢＶＡＢ３）のうちの１つ以上を含む。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、アエロコッカス・クリステンセニー（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、アトポビウム・バジナ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、バクテロイデス・ウレアリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｓ）、コリネバクテリウム・バジネール（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｌｅ）、ディアリスター・ミクラエロフィルス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、レプトトリキア・アムニオニー（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ａｍｎｉｏｎｉｉ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、ペプトニフィルス・ラクリマリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、スネアチア・サンギネジェンス（Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、およびウレアプラズマ・ウレアリティカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）の種のうちの１つ以上を含む。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を膣に投与することにより、膣疾患に関連する細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法は、膣の健康と関連した１つ以上の細菌分類群（例えば、１つ以上のラクトバチルス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ））の存在度を調節する（例えば、増加させる）ことを含む。
【０２７８】
いくつかの実施形態では、膣内の細菌多様性を調節する（例えば、減少させる）方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を膣に局所投与すること、膣の健康と関連した１つ以上の細菌分類群（例えば、１つ以上のラクトバチルス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ））の存在度を調節する（例えば、増加させる）こと、および当該部位の細菌多様性を減少させることにより提供される。
【０２７９】
鼻腔
いくつかの実施形態では、ヒト対象の鼻腔内の細菌分類群の存在度を調節する方法が提供される。本方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、鼻腔へ、細菌分類群を調節するのに有効な量および期間、局所（例えば、直接）投与することを含む。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）の細菌分類群、例えば、最も存在度の多い細菌分類群などの増殖または相対存在度を調節する（例えば、増加または減少させる）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物の投与によって調節される鼻腔における細菌分類群は、一般的な鼻腔の細菌分類群であるアクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）、コリネバクテリウム・ツバクロステアリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・プセウドジフテリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｅｒｉｃｕｍ）、マイコバクテリウム・ファラクス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ）、コリネバクテリウム・ムチファチェンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、ドロシグラヌルム・ピグラム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｐｉｇｒｕｍ）、フィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）、およびモラクセラ・カタラーリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）の種の１つまたはそれ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物の投与によって調節される鼻腔における細菌分類群は、一般的な鼻腔の細菌分類群である細菌属トミテッラ（Ｔｏｍｉｔｅｌｌａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）の１つまたはそれ以上である。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、例えば局所的に、鼻腔へ本明細書に記載されるグリカン調製物を投与することを含む、鼻腔内のラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ））およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ））の細菌分類群の１つまたは両方を調節する方法が提供される。これらの細菌分類群は、健康な鼻腔に関連すると考えられる。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、鼻の微生物叢の組成および活性の両方の選択変化を行い、それによって、ヒト宿主の健康に良い効果をもたらす。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、健康に良い効果は、例えば、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息のような疾患、障害または病態の症状の軽減を含む。
【０２８４】
例えば、必ずしも原因物質を必要とせずに疾患状態と関連する感染および／または炎症および／または細菌を誘導することによって、ある状態下で、疾患を引き起こす可能性がある病原性種および原性共生生物は、生態学的地位に存在する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を鼻腔に投与することにより、鼻疾患に関連する細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法が提供される。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドロシグラヌルム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、およびストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）の属のうちの１つ以上を含む。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）、コリネバクテリウム・プセウドジフテリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｅｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ツバクロステアリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、ドロシグラヌルム・ピグラム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｐｉｇｒｕｍ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、モラクセラ・カタラーリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、ペプトニフィルス・リニティディス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｒｈｉｎｉｔｉｄｉｓ）、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）および肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）の種のうちの１つ以上を含む。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を鼻腔に投与することにより、鼻疾患に関連する細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法は、鼻の健康と関連した１つ以上の細菌分類群（例えば、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ））およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）））の存在度を調節する（例えば、増加させる）ことを含む。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、鼻腔内の細菌多様性を調節する（例えば、減少させる）方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を鼻腔に局所投与すること、鼻の健康と関連した１つ以上の細菌分類群（例えば、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）および／またはブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ））の存在度を調節する（例えば、増加させる）こと、および当該部位の細菌多様性を減少させることにより提供される。
【０２８９】
口腔
いくつかの実施形態では、ヒト対象の口腔内の細菌分類群の存在度を調節する方法が提供される。本方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、口腔へ、細菌分類群を調節するのに有効な量および期間、局所（例えば、直接）投与することを含む。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）の細菌分類群、例えば、最も存在度の多い細菌分類群などの増殖または相対存在度を調節する（例えば、増加または減少させる）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物の投与によって調節される口腔における細菌分類群は、一般的な口腔の細菌分類群である細菌属、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、および／またはオリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の１つまたはそれ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上）である。
【０２９１】
口腔内、特に歯の一般的な口腔細菌分類群は、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、およびヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属を含む。
【０２９２】
口腔内、特に口の一般的な口腔細菌分類群は、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、およびナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）の属を含む。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を（例えば局所的に口腔へ）投与することを含む、口腔内のナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））およびベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ））の細菌分類群の１つ以上を調節する方法が提供される。これらの細菌分類群は、健康な口腔に関連すると考えられる。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、口の微生物叢の組成および活性の両方の選択変化を行い、それによって、ヒト宿主の健康に良い効果をもたらす。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、健康に良い効果は、例えば、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）などの疾患、障害または病態の症状の軽減を含む。
【０２９６】
例えば、必ずしも原因物質を必要とせずに疾患状態と関連する感染および／または炎症および／または細菌を誘導することによって、ある状態下で、疾患を引き起こす可能性がある病原性種および原性共生生物は、生態学的地位に存在する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を口腔に投与することにより、口疾患に関連する細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法が提供される。
【０２９７】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・ソブリナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｂｒｉｎｕｓ）の種のうちの１つ以上を含む。
【０２９８】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、アグレガチバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、トレポネーマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、タンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）、およびプレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）の種のうちの１つ以上を含む。
【０２９９】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、アクチノミセス・ゲレンセリエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ）、アグレガチバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、アトポビウム・ミニタム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｍｉｎｉｔｕｍ）、アトポビウム・パルバラム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、アトポビウム・リマエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｒｉｍａｅ）、バクテロイデス・ホルシサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｏｒｓｙｔｈｕｓ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、フソバクテリウム・アニマリス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、ゲメラ・モルビロラム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、キンゲラ・オラリス（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・ミクロス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ）、ペプトストレプトコッカス・プレボッチー（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｅｖｏｔｉｉ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、セレノモナス・スプチゲナ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、セレノモナス・ノキシア（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｎｏｘｉａ）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・コンステラータス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ミチス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ）、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・ソブリナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｂｒｉｎｕｓ）、タンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）、およびトレポネーマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）の種のうちの１つ以上を含む。
【０３００】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、チオモナス（Ｔｈｉｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、オルセネラ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、シュードラミバクター（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびセレノモナス（Ｓｅｌｅｎｅｍｏｎａｓ）の属のうちの１つ以上を含む。
【０３０１】
いくつかの実施形態では、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体は、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、オルセネラ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、パラスカルドビア（Ｐａｒａｓｃａｒｄｏｖｉａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、シュードラミバクター（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｅｍｏｎａｓ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、タネレラ（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ）、チオモナス（Ｔｈｉｏｍｏｎａｓ）、トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、およびベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の属のうちの１つ以上を含む。
【０３０２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を口腔に局所投与することによる、口疾患に関連する細菌、原性共生生物または病原体の存在度を調節する（例えば、減少させる）方法は、口の健康に関連する１つ以上の細菌分類群（例えば、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、１つ以上のナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）を含む）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））およびベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）））の存在度を調節する（例えば、増加させる）ことを含む。
【０３０３】
いくつかの実施形態では、口腔内の細菌多様性を調節する（例えば、減少させる）方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を口腔に局所投与すること、鼻の健康状態に関連する１つ以上の細菌分類群（例えば、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、およびナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ））、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）（例えば、ロチア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ））、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ））およびベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（例えば、ベイヨネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）））の存在度を調節する（例えば、増加させる）こと、および当該部位における細菌多様性を減少させることによって、提供される。
【０３０４】
粘膜組織の厚さは、解剖学的部位により変化し得る。いくつかの実施形態では、粘膜組織の厚さは、０．５μｍ〜約１ｃｍ（例えば、約１μｍ〜約５ｍｍ、約１０μｍ〜約１ｍｍ、約５０μｍ〜約５００μｍ、または約１００μｍ〜約５００μｍ）である。
【０３０５】
いくつかの実施形態では、実質的に、食物源としてグリカン調製物を利用することができる選択された細菌群においてのみ基質であるグリカン治療剤が、本明細書に提供される。次いで、グリカン調製物の分解は、宿主の健康における有益な効果を発揮する。いくつかの実施形態では、有益な健康効果は、食物源としてグリカン治療剤を利用することができ、宿主への健康上の利益を与える、胃腸以外の部位（例えば、鼻腔、口腔および膣）の微生物叢に存在する選択された数の微生物分類群（例えば、属、種、または菌株）の増殖および／または生物学的活性の選択的刺激によるものである。ある特定の実施形態では、グリカン調製物の効果は、胃腸以外の部位中の有益な細菌の増殖の選択的刺激によるものである。いくつかの実施形態では、有益な細菌は、いくつかの実施形態において、当該部位での代謝、シグナル伝達因子、刺激因子などを調節し、および／または当該生態学的地位における病原体または望ましくない細菌に対抗する。ある特定の分類群の存在度のこのような増加および減少は、常在微生物叢を「正規化する」、例えば、健康な状態または均衡を回復するために十分であり得る。ある特定の実施形態では、ある特定の細菌の比率またはそれらの相対的存在度が、シフトされ得る。かかるシフトは、例えば、グリカン調製物の局所投与前の対象の胃腸以外の部位中に存在する比率に対して、または当該部位にグリカン調製物を投与しない対象群に対して測定され得る。胃腸以外の部位での微生物叢の組成は、１６Ｓ  ｒＤＮＡ遺伝子のシークエンシング、ＦＩＳＨ、リアルタイムＰＣＲ、およびマイクロアレイを含む当該技術分野において公知の方法により、当該技術分野において公知の特異的なプローブおよび／またはプライマーを使用して、門、綱、科、属および／または種のレベルで決定され得る。
【０３０６】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、胃腸以外の部位に存在する１つまたは限定された数の潜在的に有益な細菌に対して選択的な基質であり、それらの増殖および／または代謝活性を刺激する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、胃腸以外の部位の微生物の組成を、特定の細菌において、より高いまたはより低い組成に変化させる。いくつかの実施形態では、グリカン治療剤は、健康（例えば、当該部位の健康）および幸福（例えば、対象の幸福）に関連する１つ以上の細菌の増殖および／または選択的活性を選択的刺激する。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、内因性の共生微生物、常在病原体もしくは原性共生生物、または外因的に投与される当該部位に好適な属または種の有益な細菌の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、または２００を超える）の増殖を調節（例えば、刺激／増加または抑制／減少）する。外因的に投与される有益な細菌は、本明細書の他の箇所に記載されているように、健康な（例えば、腸内毒素症でない）胃腸以外の部位に関連すると考えられるものを含み得る。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、各胃腸以外の部位につき表４〜７中に列挙される１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５０を超える）の分類群（例えば、属、種、または系統発生分岐群）の増殖（および総数）を調節する（例えば、実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）（または全細菌群の相対的表現を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）（または当該細菌群中の分類群の相対存在度を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、各胃腸以外の部位につき表４〜７中に列挙される１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５０超）の分類群（例えば、属、種、または系統発生分岐群）の増殖（および総数）を増加させる（または全細菌群の相対的表現を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）（または当該細菌群中の分類群の相対存在度を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、各胃腸以外の部位につき表４〜７中に列挙される１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５０超）の分類群（例えば、属、種、または系統発生分岐群）の増殖（および総数）を減少させる（または全細菌群の相対的表現を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）（または当該細菌群中の分類群の相対存在度を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、各胃腸以外の部位につき表４〜７中に列挙される１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５０超）の分類群（例えば、属、種、または系統発生分岐群）の増殖（および総数）を増加および減少させる（または全細菌群の相対的表現を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）（または当該細菌群中の分類群の相対存在度を実質的に増加させるもしくは実質的に減少させる）。
【０３１２】
表４に鼻腔の細菌分類群が列挙される。表５〜６に口腔（例えば、歯および口）の細菌分類群がそれぞれ列挙される。表７に膣の細菌分類群が列挙される。胃腸以外の細菌群（例えば、鼻腔、口腔または膣の細菌群）の組成および代謝活性の調節は、例えば、ｉ）グリカン調製物のみ（外因的に投与される細菌の不存在など）、ｉｉ）グリカン調製物および１つ以上の有益な微生物、またはｉｉｉ）グリカン調製物、有益な微生物、および例えば治療剤（例えば、抗菌剤（例えば、抗生物質）、抗炎症剤など）などの他の薬剤の投与（例えば、局所投与）を通して達成され得る。いくつかの実施形態では、内因性共生微生物または体外から投与された微生物の有益な効果を最大限にするため、本明細書に記載されるグリカン調製物は、胃腸以外の部位における有利な細菌の増殖および／または活性を刺激するために投与される。本発明の態様は、外因的に投与された有益な微生物および／または常在細菌、共生細菌もしくは有益な細菌の、生存、成長、および／または有効性を選択的に改善する（例えば、胃腸以外の部位において健康な細菌群を支える微生物代謝産物または他の薬剤（例えば、バクテリオシンなど）の供給）グリカン治療剤に関する。
【０３１３】
健常な微生物群は、例えば、向上したバリアを提供することによって（例えば、潜在的病原菌または疾患関連の細菌の競争的排除によって）、ならびに細菌性病原体および疾患関連の細菌の増殖阻害によって、宿主を保護すると考えられる。健常な微生物群は、バクテリオシンおよび酸（例えば、防腐剤として作用する、胃腸以外の部位におけるより低いｐＨ）を含む抗菌性物質の産生を通して病原体および疾患関連の細菌における直接的な抗菌作用を発揮し得る（Ｃｏｔｔｅｒ  Ｐ  Ｄ，ｅｔ  ａｌ．２００５  Ｎａｔ  Ｒｅｖ，３：７７７−７８８、Ｓｅｒｖｉｎ  Ａ  Ｌ，２００４  ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ，２８：４０５−４４０）。抗菌性物質は、病原体または疾患関連の細菌の増殖を阻害するために、単独でまたは相乗的にそれらの作用を発揮する。健常な細菌群は、胃腸以外の部位の表面（例えば、粘膜表面など）への病原体およびそれらの毒素の両方の付着を減少し得る。本明細書に記載されるいくつかの方法は、対象の胃腸以外の部位への、グリカン治療剤および外因性の有益な細菌の両方の投与を含む。
【０３１４】
胃腸以外の部位（例えば、鼻腔、口腔および膣）の細菌成分の増殖を調節する（例えば、増加または減少）および／または胃腸以外の部位に存在する病原体を阻害または置換する、グリカン調製物を含む組成物ならびにグリカン調製物および有益な細菌（または有益な細菌の組み合わせ）を含む組成物が、本明細書で提供される。
【０３１５】
いくつかの実施形態では、共生体よりも標的病原性細菌により代謝される効率の低いグリカン調製物が投与される。このような実施形態では、グリカン調製物は、一般的に、胃腸以外の部位の通常の共生生物によって、より効率的に代謝されるように選択される。このような実施形態では、２より多い、３より多い、４より多い、５より多い、６より多い、８より多い、１２より多い、２０より多い、３０より多い、またはそれ以上の所望の有益な細菌分類群の増殖を刺激／増加させるグリカン調製物が投与される。いくつかのこのような実施形態では、２より多い、３より多い、４より多い、８より多い、１２より多い、２０より多い、３０より多い、またはそれ以上の、望ましくない、疾患に関連した、または有害な細菌分類群の増殖を抑制／減少させるグリカン調製物が投与される。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、炎症を軽減する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、感染を軽減する。本明細書に記載されるいくつかの方法は、対象の胃腸以外の部位への、グリカン調製物および外因性の有益な細菌の両方の投与を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物および有益な外因性細菌は、口腔、鼻腔、または膣のいずれかに投与される。あるいは、またはさらに、有益な外因性細菌を任意にグリカン治療剤と一緒に、例えば、経口で対象の胃腸へ、例えば、免疫機能を調節する（例えば、活性を上方調整する／増加させる、または活性を下方調整する／減少させる）ため投与し得る。免疫機能の上方調整は、例えば、感染と戦う能力を改善し、免疫機能の下方調整は、炎症を予防する。任意に、グリカン調製物は、損傷した上皮障壁の回復、抗菌性物質および細胞保護タンパク質の産生、ならびにサイトカインにより誘導される腸上皮細胞アポトーシスの妨害を含む、腸上皮細胞応答の刺激のために、胃腸へ投与される。これらの反応の多くは、腸上皮細胞内の特定の細胞内シグナル伝達経路の刺激に起因する。あるいは、またはさらに、グリカン調製物は、局所的な炎症を調節するために、胃腸以外の部位に局所的に投与される。
【０３１７】
細菌は、宿主（哺乳動物）細胞からの炎症性および抗炎症性反応の両方を引き起こすことができ、異なる細菌種は、異なる宿主応答を引き起こすことができる。一実施形態では、グリカン調製物は、所望の宿主反応を引き起こすために細菌集団を変化させるために使用される。宿主反応は、細菌手段との直接相互作用を介して、または分泌もしくは排出された細菌産物（例えば、短鎖脂肪酸）を介した間接相互作用を介して調節され得る。グリカン調製物は、細菌集団を変化させることができ、そのため、細菌集団が、宿主細胞との直接相互作用または間接相互作用の際に、抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）の産生を刺激するか、またはインターロイキン−１α（ＩＬ−１α）、ＩＬ−１β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７Ｆ、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５（ＣＣＬ５、ＲＡＮＴＥＳとしても知られている）、形質転換成長因子ベータ（ＴＧＦ−β）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）を含む、炎症性および免疫調節サイトカインを調節する（すなわち、その産生を増加または減少する）か、または他の固有のもしくは適応免疫反応を調節する。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の部位の腔へのグリカン調製物の局所投与を介した、胃腸以外の部位の微生物叢の調節は、胃腸以外の部位（例えば、鼻腔、口腔、または膣）の炎症状態を低減させる。
【０３１９】
一例では、慢性鼻副鼻腔炎を示す対象において、疾患に関連する鼻の微生物叢は炎症を促進する（Ｃｈａｌｅｒｍｗａｔａｎａｃｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｕｐｐｅｒ  ａｉｒｗａｙｓ：ｆｏｃｕｓ  ｏｎ  ｃｈｒｏｎｉｃ  ｒｈｉｎｏｓｉｎｕｓｉｔｉｓ，Ｗｏｒｌｄ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｏｒｇａｎ  Ｊ，２０１５，８：３）。
【０３２０】
別の例では、歯肉炎および歯周炎を示す対象において、疾患に関連する口の微生物叢は局所性および全身性炎症を促進する（Ｓｅｙｍｏｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔａｌ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｄｉｓｅａｓｅ，Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｉｎｆｅｃｔ，２００７，Ｓｕｐｐｌ  ４：３）。
【０３２１】
さらに別の例では、細菌性膣炎（ＢＶ）を示す対象において、疾患に関連する膣の微生物叢は炎症を促進する。膣の炎症は、性行為感染症に対する罹患率、および早産または流産の危険性を増加させる（Ａｎａｈｔａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｒｖｉｃｏｖａｇｉｎａｌ  ｂａｃｔｅｒｉａ  ａｒｅ  ａ  ｍａｊｏｒ  ｍｏｄｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｈｏｓｔ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｆｅｍａｌｅ  ｇｅｎｉｔａｌ  ｔｒａｃｔ，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，２０１５，４２：９６５；Ｌａｍｏｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  ｖａｇｉｎａｌ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ：ｎｅｗ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ａｂｏｕｔ  ｇｅｎｉｔａｌ  ｔｒａｃｔ  ｆｌｏｒａ  ｕｓｉｎｇ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂａｓｅｄ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ＢＪＯＧ，２０１１，１１８：５３３）。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の部位の炎症状態は、グリカン調製物の経口投与によって調節される。いくつかの実施形態では、腸内のグリカン調製物の細菌発酵は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を生成する。腸内微生物叢によって生成されたＳＣＦＡは、結腸上皮細胞のためのエネルギー源としての役割を果たし、腸内障壁機能の維持の一因となると考えられ、同様に、血漿内毒素レベルを制限し、全身性炎症を予防する（Ｃａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈａｎｇｅｓ  ｉｎ  ｇｕｔ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｏｂｅｓｅ  ｍｉｃｅ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ  ＧＬＰ−２−ｄｒｉｖｅｎ  ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｇｕｔ  ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ，Ｇｕｔ，２００９，５８：１０９１）。加えて、ＳＣＦＡは、制御Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の生成を促進し、炎症反応を限定する一因となると考えらえる（Ａｒｐａｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ  ｐｒｏｄｕｃｅｄ  ｂｙ  ｃｏｍｍｅｎｓａｌ  ｂａｃｔｅｒｉａ  ｐｒｏｍｏｔｅ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２０１３，５０４：４５１）。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、胃腸以外の部位（例えば、鼻腔、口腔および膣）などの遠位部位の炎症状態を調節するために、ＳＣＦＡおよび他の微生物で生産された免疫調節分子または代謝産物の全身的な効果を誘発するために、任意で胃腸以外の部位へのグリカン調製物の投与と組み合わせて、経口投与される。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、常在細菌分類群の調節は、１つまたはそれ以上のマーカーを測定することによって評価することができる。これらのマーカーは、例えば、ｉ）微生物叢の変化、ｉｉ）特定の代謝産物の産生などの、環境の全体的な代謝、およびｉｉｉ）免疫系の調節を含み、炎症性および免疫グロブリンを評価する。
【０３２４】
例えば、口腔、鼻腔、膣などの、粘膜組織を含む胃腸以外の部位における微生物多様性を調節する（例えば、増加させる、または減少させる）方法が本明細書で提供される。これらの方法は、グリカン調製物を、胃腸以外の部位における微生物の多様性を調節するのに有効な量および期間で、それを必要とする対象に、当該部位へ局所的に投与することを含み得る。
【０３２５】
微生物多様性は、本明細書に記載される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の分析を含む、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって測定され得る。多様性は、例えば、シャノン多様性指数（シャノンエントロピー）、観察されたＯＴＵの数、Ｃｈａｏ１指数等を用いて表され得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、評価基準としてシャノンエントロピーを用いて表され得る、例えば、胃腸以外の粘膜部位（例えば、口腔、鼻腔または膣）の、微生物群内の多様性を調節する（例えば、増加または減少する）。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン治療剤は、微生物多様性および関連シャノンエントロピーを０．０００１％、０．０００５％、０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、５０％、１００％、５００％、１０００％、５０００％、または１００００％増加させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン治療剤は、微生物多様性および関連シャノンエントロピーを１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、またはそれ以上増加させる。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン治療剤は、微生物多様性および関連シャノンエントロピーを０．０００１％、０．０００５％、０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくは９９％、またはそれ以上減少させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン治療剤は、微生物多様性および関連シャノンエントロピーを１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、またはそれ以上減少させる。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、胃腸以外の粘膜部位において微生物多様性の低い状態が望ましく、微生物多様性を低下させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、高い細菌多様性は、腸内毒素症に関連する。
【０３２９】
医薬組成物および単位剤形
例えば、鼻腔、口腔および膣などの粘膜組織を含む胃腸以外の部位への局所投与に適した医薬組成物および剤形が本明細書で提供される。医薬組成物および剤形は、本明細書に記載されるグリカン調製物を含み、任意に、第２（または第３、第４など）の治療剤または活性化合物（医薬剤、有益な細菌、他の活性剤など、および／または薬学的に許容される賦形剤などの賦形剤など）をさらに含む。一実施形態では、薬剤または化合物は、ビタミン、ミネラルまたはポリフェノール化合物などの微量栄養素である。一実施形態では、薬剤または化合物は治療薬である。
【０３３０】
本明細書に記載される医薬組成物および剤形は、例えば、対象の胃腸以外の組織における細菌分類群の存在度の調節、対象の胃腸以外の組織における微生物多様性の調節、対象の胃腸以外の組織のｐＨの調節、対象の胃腸以外の組織の微生物代謝産物（例えば、揮発性脂肪酸）のプロファイルの調節、および／または対象の胃腸以外の組織における腸内毒素症の処置に有用である。
【０３３１】
本明細書に記載される医薬組成物および剤形は、胃腸以外の部位の疾患、障害、または病態の処置に有用である。
【０３３２】
そのような疾患、障害または病態は、例えば、口腔の、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、扁桃炎、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、および真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）を含む。
【０３３３】
そのような疾患、障害または病態は、例えば、鼻腔の、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息を含む。
【０３３４】
そのような疾患、障害または病態は、例えば、膣の、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、および早産または流産の危険性を含む。
【０３３５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物は、プレバイオティクス物質を含まない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物は、有益な細菌を含まない。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｘｙｌ１００、ｒｈａ１００、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｇｌｕ１００、ｆｕｃ１００、ｆｒｕ１００またはｍａｎ１００のグリカン調製物を含む。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ヘテログリカンａｒａ５０ｇａｌ５０、ｘｙｌ７５ｇａｌ２５、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｍａｎ６２ｇｌｕ３８、およびハイブリッドグリカンｇｌｕ９０ｓｏｒ１０またはｇｌｕ９０ｇｌｙ１０のグリカン調製物を含む。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、およびハイブリッドグリカンｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｎｅｕ３３のグリカン調製物を含む。
【０３３９】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｘｙｌ１００、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｇｌｕ１００、およびｍａｎ１００のグリカン調製物を含む。
【０３４０】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、およびｇｌｕ５０ｇａｌ５０のグリカン調製物を含む。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３およびｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９のグリカン調製物を含む。
【０３４２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物（およびそれを含むキット）は、１つ以上の脂肪酸を含む。いくつかの実施形態では、脂肪酸は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）、または超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）を含む。いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸は、酢酸、プロピオン酸、ブチル酸、イソブチル酸、吉草酸、イソ吉草酸、ヘキサン酸、またはオクタン酸を含む。いくつかの実施形態では、脂肪酸は、飽和または不飽和脂肪酸を含む。
【０３４３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物（およびこれを含むキット）は、１つ以上のペプチド、例えば、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、またはペンタペプチド、ヘキサペプチド、または他の長さのペプチドを含む。
【０３４４】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物（およびそれを含むキット）は、１つ以上の微量栄養素を含む。いくつかの実施形態では、微量栄養素は、微量元素、コリン、ビタミン、およびポリフェノールからなる群から選択される。
【０３４５】
いくつかの実施形態では、微量栄養素は、微量金属である。微量栄養素として好適な微量元素としては、ボロン、コバルト、クロム、カルシウム、銅、フッ化物、ヨウ素、鉄、マグネシウム、マンガン、モリブデン、セレン、および亜鉛が挙げられる。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、微量栄養素は、ビタミンである。微量栄養素として好適なビタミンとしては、ビタミンＢ複合体、ビタミンＢ１（チアミン）、ビタミンＢ２（リボフラビン）、ビタミンＢ３（ナイアシン）、ビタミンＢ５（パントテン酸）、ビタミンＢ６群（ピリドキシン、ピリドキサール、ピリドキサミン）、ビタミンＢ７（ビオチン）、ビタミンＢ８（エルガデニル酸）、ビタミンＢ９（葉酸）、ビタミンＢ１２（シアノコバラミン）、コリン、ビタミンＡ（レチノール）、ビタミンＣ（アスコルビン酸）、ビタミンＤ、ビタミンＥ（トコフェロール）、ビタミンＫ、カロテノイド（アルファカロチン、ベータカロチン、クリプトキサンチン、ルテイン、リコピン）、およびゼアキサンチンが挙げられる。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、微量栄養素は、ポリフェノールである。ポリフェノールは、１つ以上のヒドロキシル基を有する少なくとも１つの芳香環を有することによって特徴付けられる化学化合物または分子である。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、合成ポリフェノールまたは天然に存在するポリフェノールである。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、天然に存在するポリフェノールであり、かつ、植物源材料に由来する。
【０３４８】
いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、フラボノイドまたはカテキンである。いくつかの実施形態では、フラボノイドまたはカテキンは、アントシアニン、カルコン、ジヒドロカルコン、ジヒドロフラボノール、フラバノール、フラバノン、フラボン、フラボノール、およびイソフラボノイドから選択される。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、リグナンである。
【０３４９】
いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、アルキルメトキシフェノール、アルキルフェノール、クルクミノイド、フラノクマリン、ヒドロキシベンズアルデヒド、ヒドロキシベンゾケトン、ヒドロキシ桂皮アルデヒド、ヒドロキシクマリン、ヒドロキシフェニルプロペン、メトキシフェノール、ナフトキノン、フェノールテルペン、およびチロソールから選択される。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、タンニンまたはタンニン酸である。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、ヒドロキシ安息香酸、ヒドロキシ桂皮酸、ヒドロキシフェニル酢酸、ヒドロキシフェニルプロパン酸、およびヒドロキシフェニルペンタン酸から選択される。いくつかの実施形態では、ポリフェノールは、スチルベンである。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物を含む、医薬組成物は、プレバイオティクス物質またはその調製物をさらに含む。
【０３５２】
プレバイオティクスとしては、様々なガラクタンおよび炭水化物系ガム、例えば、オオバコ、グアー、カラギーン、ジェラン、ラクツロース、およびコンニャク等が挙げられる。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、ラクツロース、ラフィノース、スタキオース、ラクトスクロース、フルクト−オリゴ糖（ＦＯＳ、例えば、オリゴフルクトースまたはオリゴフルクタン）、イヌリン、イソマルト−オリゴ糖、キシロ−オリゴ糖（ＸＯＳ）、パラチノースオリゴ糖、イソマルトースオリゴ糖（ＩＭＯＳ）、トランスガラクトシル化オリゴ糖（例えば、トランスガラクト−オリゴ糖）、トランスガラクトシル化二糖類、大豆オリゴ糖（例えば、大豆オリゴ糖）、キトサンオリゴ糖（チオセス）、ゲンチオオリゴ糖、大豆およびペクチン性オリゴ糖、グルコオリゴ糖、ペクチンオリゴ糖、パラチノース重縮合物、ジフルクトース無水物ＩＩＩ、ソルビトール、マルチトール、ラクチトール、ポリオール、ポリデキストロース、直鎖および分岐鎖デキストラン、プララン（ｐｕｌｌａｌａｎ）、ヘミセルロース、還元パラチノース、セルロース、ベータ−グルコース、ベータ−ガラクトース、ベータ−フルクトース、ベルバスコース、ガラクチノール、キシラン、イヌリン、キトサン、ベータ−グルカン、グアーガム、アラビアゴム、ペクチン、高アルギン酸ナトリウム、およびラムダカラゲナン、またはこれらの混合物のうち１つ以上を含む。
【０３５３】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物は、例えば、一般に安全と認められる物質（ＧＲＡＳ）である細菌培養物または公知の共生性もしくは有益な微生物に由来する、有益な細菌またはその調製物をさらに含む。
【０３５４】
好適な有益な細菌の例としては、次のものが挙げられる：
口腔：ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ラッス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、大腸菌Ｎｉｓｌｅ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｌｅ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ワイセラ・コンフューサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓｅ）、プロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）。
【０３５５】
膣：ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｅｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・バジナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・デルブリッキー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒａｈｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）。
【０３５６】
鼻腔ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウムｓｐ  Ｂ４２０（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｂ４２０）およびラクトバチルスＧＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ＧＧ）。
【０３５７】
いくつかの実施形態では、有益な細菌または共生細菌には、表４〜７中に列挙される細菌のうちの１つ以上を含む。
【０３５８】
本組成物を生成するために本明細書に記載されるグリカン調製物と組み合わせられ得るプレバイオティクス物質および有益な菌株は、標準的な方法によって任意の純度レベルで単離され得、精製は、当業者に公知の従来の手段、例えば、蒸留、再結晶、およびクロマトグラフィーによって達成することができる。所望の場合、培養された細菌は組成物中で使用することができる。細菌は、遠心分離、濾過、またはデカンテーションが含まれるが、これらに限定されない、任意の方法によって、培養ブロスから分離される。発酵ブロスから分離された細胞は、任意に、水、生理食塩水（０．９％ＮａＣｌ）によって、または任意の好適な緩衝液を用いて洗浄される。得られた湿式細胞塊は、任意の好適な方法、例えば、凍結乾燥によって乾燥され得る。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、有益な細菌は、凍結乾燥した栄養細胞である。いくつかの実施形態では、胞子形成の有益な細菌からの胞子の調製物が使用される。
【０３６０】
一実施形態では、医薬組成物は、グリカン調製物および生存率が部分的に減弱した有益な細菌（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上の生存不能な細菌を含む混合物）、または主に生存不能な微生物からなる（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％または１００％）有益な細菌を含む。本組成物は、微生物または微生物小胞から単離精製した微生物膜および／または細胞壁をさらに含み得る。必要に応じて、有益な微生物は、有益な細菌が生存可能である、水もしくはその他の液体中の培養液または半固体培地として薬学的グリカン組成物に組み込まれ得る。別の技法では、有益な細菌を含む凍結乾燥粉末が、混合または混成することによって、グリカン調製物を含む粒子材料または液体または半固体材料に組み込まれ得る。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を含む医薬組成物は、薬剤などの、第２の治療剤またはその調製物をさらに含む。
【０３６２】
例えば、第２の治療剤は、ステロイド（例えば、プレドニゾンまたはデキサメタゾン）である。
【０３６３】
いくつかの実施形態では、治療剤は、イブプロフェン、ナプロキセンナトリウム、アスピリン、セレコキシブ、スリンダク、オキサプロジン、サルサレート、ジフルニサル、ピロキシカム、インドメタシン、エトドラク、メロキシカム、ナブメトン、ケトロラックトロメタミン、ナプロキセン／エソメプラゾール、またはジクロフェナクを含む、例えば、ＮＳＡＩＤのような抗炎症剤である。
【０３６４】
いくつかの実施形態では、第２の治療剤は、抗生物質、抗真菌剤、または抗ウイルス剤などの抗菌剤である。抗生剤には、アミノグリコシド、例えば、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、およびトブラマイシン；セファロスポリン、例えば、セファマンドール、セファゾリン、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、およびセフラジン；マクロライド、例えば、エリスロマイシンおよびトロレアンドマイシン；ペニシリン、例えば、ペニシリンＧ、アモキシシリン、アンピシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、フェネチシリン、およびチカルシリン；ポリペプチド抗生物質、例えば、バシトラシン、コリスチメタート、コリスチン、ポリミキシンＢ；テトラサイクリン、例えば、クロルテトラサイクリン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、テトラサイクリン、およびオキシテトラサイクリン；ならびに雑多な抗生物質、例えば、クロラムフェニコール、クリンダマイシン、シクロセリン、リンコマイシン、リファンピン、スペクチノマイシン、バンコマイシン、バイオマイシン、およびメトロニダゾールが含まれる。
【０３６５】
例えば、第２の治療剤は、疼痛管理薬である。いくつかの実施形態では、疼痛管理薬は、例えば、コデイン、フェンタニル、ヒドロコドン、ヒドロコドン／アセトアミノフェン、ヒドロモルホン、メペリジン、メタドン、モルヒネ、オキシコドン、オキシコドンおよびアセトアミノフェン、またはオキシコドンおよびナロキソンなどのオピオイドである。他の実施形態では、疼痛管理薬は、例えば、アセトアミノフェン、またはアスピリンおよびイブプロフェンなどの非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）などの非オピオイドである。
【０３６６】
本明細書に記載されるグリカン調製物および治療剤または活性化合物は、単一の医薬組成物中に混合（ｃｏｍｉｎｇｌｅ）または混合（ｍｉｘ）されてもよい。他の実施形態では、それらは、別々の容器内に（および／または様々な好適な単位剤形で）含有され得るが、１つ以上のキットに一緒にパッケージ化され得る。いくつかの実施形態では、調製物または組成物は、一緒にパッケージ化されることも、置かれることもない。
【０３６７】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、０．１％〜１００％のグリカン調製物を含む。別の実施形態では、医薬組成物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％のグリカン調製物を含む。一実施形態では、医薬組成物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、約１〜９０％、約１０〜９０％、約２０〜９０％、約３０〜９０％、約４０〜９０％、約４０〜８０％、約４０〜７０％、約４０〜６０％、約４０〜５０％、約５０〜９０％、約５０〜８０％、約５０〜７０％、約５０〜６０％、約６０〜９０％、約６０〜８０％、約６０〜７０％、約７０〜９０％、約７０〜８０％、約７０〜９０％、約７０〜８０％、約８０〜９０％、約９０〜９６％、約９３〜９６％、約９３〜９５％、約９４〜９８％、約９３〜９９％、または約９０〜１００％のグリカン調製物を含む。
【０３６８】
任意に、グリカン調製物を含む医薬組成物は、希釈剤、結合剤、崩壊剤、分散剤、滑沢剤、流動促進剤、安定剤、界面活性剤、香味剤、および着色剤を含む、１つ以上の賦形剤または担体を含む。医薬組成物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、約１％〜約９０％の１つ以上の賦形剤または担体を含み得る。例えば、医薬組成物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ、またはモル％で、約１〜９０％、１〜７５％、１〜６０％、１〜５５％、１〜５０％、１〜４５％、１〜４０％、１〜２５％、１〜１５％、１〜１０％、１０〜９０％、１０〜７５％、１０〜６０％、１０〜５５％、１０〜５０％、１０〜４５％、１０〜４０％、１０〜２５％、１０〜１５％、１５〜９０％、１５〜７５％、１５〜６０％、１５〜５５％、１５〜５０％、１５〜４５％、１５〜４０％、１５〜２５％、２５〜９０％、２５〜７５％、２５〜６０％、２５〜５５％、２５〜５０％、２５〜４５％、２５〜４０％、４０〜９０％、４０〜７５％、４０〜６０％、４０〜５５％、４０〜５０％、４０〜４５％、４５〜９０％、４５〜７５％、４５〜６０％、４５〜５５％、４５〜５０％、５０〜９０％、５０〜７５％、５０〜６０％、５０〜５５％、５５〜９０％、５５〜７５％、５５〜６０％、６０〜９０％、６０〜７５％、７５〜９０％の１つ以上の賦形剤または担体を含み得る。
【０３６９】
投与（例えば、本明細書で提供される薬学的グリカン組成物の胃腸以外の部位への局所投与）に好適な薬学的担体またはビヒクルは、特定の投与モードに好適である当業者に公知であるようなすべての担体を含む。さらに、本組成物は、所望の作用を損なわない１つ以上の構成成分、または所望の作用を補うかもしくは別の作用を有する構成成分も含むことができる。
【０３７０】
剤形
本明細書に記載されるグリカン組成物は、半固体（例えば、ゲル、クリーム、軟膏など）、ミスト、エアロゾル、液体、および固体（例えば、粉末またはコーティングなど）、ならびに、パッチ、フィルム、膣リング、ブラシ、スプレーボトル、スポイトボトル、ディスペンサーなどの適切な装置およびアプリケータ内を含む、好適な任意の剤形に製剤化されてもよく、または、カプセル、錠剤、パケット、小袋、キャニスター、アンプル、ラメキン、缶、ソフトパックなどに製剤化されてもよい。キットまたはパッケージは、バルク（例えば、対象が処置の全過程または処置の過程の限定部分に従うのに十分なグリカン調製物または他の物質を含む容器）、または個別のパケット（例えば、グリカン調製物の単回用量に加え、任意で他の成分を含むパケット、または、グリカン調製物治療レジメンの特定の日に必要な、グリカン調製物および他の成分の用量を含むパケット）に包装された組成物を含み得る。
【０３７１】
膣
経膣送達は、陰唇、外陰部、子宮頸部、子宮、卵管、卵巣、尿道、膀胱、肛門および直腸を含む、任意の膣の領域もしくは部分または周辺範囲の上または中にグリカン治療組成物を導入することを含み得る。いくつかの実施形態では、経膣送達は、粘膜組織中への経膣吸収を介して行われる。経膣送達のための例示的な剤形は、坐剤（例えば、膣坐剤）、クリーム、軟膏、溶液、懸濁液、乳濁液、膣リング、タンポン、パッド、洗浄剤、スポンジ、カップ、子宮内避妊器具（ＩＵＤ）、膀胱内注入、ストリップ、スプレー、フォーム、錠剤、カプセル剤、丸剤、パッチ、ペレット、キャップ、膜、繊維、アプリケータ、粘着物、シールド（例えば、コンドーム）、または超羊水注入を含む。いくつかの実施形態では、経膣送達に適した剤形は、投与時に特定の形状または密度を維持することができる。いくつかの実施形態では、経膣送達に適した剤形は、投与時に溶解または変化する。
【０３７２】
例示的な膣への適用は、局所、唇下、皮内、筋肉内、腔内、皮下、もしくはガス注入を含み、または直接注射もしくはスプレーによって行ってもよい。グリカン治療用組成物の膣投与は、単回用量を含んでもよく、または複数用量で、例えば、選択された期間にわたって行ってもよい。
【０３７３】
いくつかの実施形態では、経膣送達に適した剤形は、制御された方法で特定の部位へグリカン治療用組成物を送達することができる。いくつかの実施形態では、経膣剤形は、持続放出性または溶解性の形で製剤化され、グリカン治療組成物は直ちに放出されてもよく、または約２秒、約５秒、約１０秒、約２０秒、約３０秒、約４５秒、約１分、約２分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約１時間、約１．５時間、約２時間、約４時間、約８時間、約１２時間、約１６時間、約２０時間、約１日、約２日、約３日、約４日、約５日、約６日、約１週間、約２週間、約４週間、またはそれ以上後に放出されてもよい。
【０３７４】
いくつかの実施形態では、例示的なグリカン治療剤組成物の経膣送達のための剤形は、２以上の成分を含む。いくつかの実施形態では、剤形の第１成分が、グリカン治療組成物が溶解または混合した媒体（例えば、ゲルまたは液体）を含む、固体で可撓性材料の第２成分を収容するデバイスを含む。このような２成分系は、第２成分の配置の前または後に、膣内または膣上に第１成分を適用することを伴ってもよく、これにより当該剤形の制御された送達が可能となる。例えば、経膣送達のための剤形は、グリカン治療組成物を含む、半固体のクリームまたは液体であり、膣腔への投与のためのシリンジまたは他の注射デバイスを含むことができる。
【０３７５】
いくつかの実施形態では、経膣送達のための剤形は、避妊効果、例えば、殺精子剤、子宮内器具、ホルモン避妊薬、またはラテックスゴムシールド（例えば、コンドーム）をさらに含む。他の実施形態では、経膣送達のための剤形は、性行為感染症（例えば、ウイルス性、真菌性、または細菌性疾患、もしくは感染）を予防または抑制する薬剤、例えば、ノノキシノール−９、アジスロマイシン、ペニシリン、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、またはメトロニダゾールをさらに含む。他の実施形態では、経膣送達のための剤形は、泌尿生殖器の感染症、例えば、尿路感染症、細菌性膣炎、または他の膣腔に関連する腸内毒素症を予防または抑制する薬剤（例えば、ミコナゾール、テルコナゾール）を含む。
【０３７６】
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、膣内投与のような経膣局所投与のために製剤化される。剤形には、例えば、経膣錠剤、膣用クリーム剤またはゲル剤、潅注液、膣坐剤、膣内インプラントまたはペッサリー、タンポン、または膣リングが挙げられる。
【０３７７】
口腔
いくつかの実施形態では、剤形は、経口送達のために製剤化される。経口送達は、口、唇、歯肉、舌、頬、口蓋、唾液腺、顎、咽頭、喉頭蓋、鼻洞、呼吸腔（例えば、上部肺または下部肺腔）、喉頭、および食道など、任意の口腔の領域もしくは部分の上または中にグリカン治療組成物を導入することを含み得る。経口送達は、例えば、口（例えば、咀嚼および被蓋粘膜）、喉、鼻腔、および気道の、皮膚または粘膜表面への送達をさらに含む。例示的な経口剤形は、固体（例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ（ｐａｓｔｉｌｌｅ）、顆粒剤、飴、ドロップ、ロゼンジ、ガム、粉末、ペースト、トローチ（ｔｒｏｃｈｅ）、結晶、咀嚼剤（ｃｈｅｗ）、溶解性ストリップ、フィルム、ファストメルト、食品、または半固体製剤）、液体（例えば、飲料、懸濁液、シロップ、エリキシル、溶液、リンクタス剤、シロップ、口内洗浄剤、スプレー、チンキ剤、液滴、注入剤、またはエマルジョン）、またはゲル（例えば、歯磨きペーストまたは軟膏）を含む。いくつかの実施形態では、経口剤形は、食品、例えば、栄養補助食品、焼いた食品、バー、飲料、スプレッド、キャンディ、菓子、または希釈用粉末として製剤化される。
【０３７８】
例示的な口への適用は、局所、頬側、舌下、皮内、筋肉内、皮下、ガス注入、または吸入投与を含み、または胃栄養チューブを介して行ってもよい。グリカン治療用組成物の口投与は、単回用量を含んでもよく、または複数用量で、例えば、選択された期間にわたって行ってもよい。いくつかの実施形態では、経口送達のための剤形は、虫歯、歯周炎、および／または歯肉炎を予防する薬剤（例えば、フッ化物または抗菌剤）をさらに含む。他の実施形態では、経口送達のための剤形は、口臭を予防または抑制する薬剤、例えば、抗菌剤、亜鉛、またはトリクロサンをさらに含む。他の実施形態では、経口送達のための剤形は、口の痛み、例えば、口唇ヘルペス、口内炎を予防または抑制する薬剤（例えば、抗ウイルス剤（例えば、アシクロビル、ファムシクロビル、バラシクロビル）、リシン、レモンバーム、アロエベラ、亜鉛、デキサメタゾン、フルオシノニド、過酸化水素、コルヒチン、スクラルファート、硝酸銀、またはデバクテロール）をさらに含む。
【０３７９】
いくつかの実施形態では、経口送達に適した剤形は、制御された方法で特定の部位へグリカン治療用組成物を送達することができる。いくつかの実施形態では、経口剤形は、持続放出性または溶解性の形で製剤化され、治療組成物は直ちに放出されてもよく、または約２秒、約５秒、約１０秒、約２０秒、約３０秒、約４５秒、約１分、約２分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約１時間、約１．５時間、約２時間、約４時間、約８時間、約１２時間、約１６時間、約２０時間、約１日、またはそれ以上後に放出されてもよい。いくつかの実施形態では、経口剤形は、例えば、注射器、栄養管、リテーナ、吸入器、スプレー、または生体接着性パッチを介して、口腔に投与される。
【０３８０】
いくつかの実施形態では、経口送達は、胃腸管への送達を含む。他の実施形態では、経口送達は、口腔（例えば、口、唇、歯茎、舌、頬、鼻腔、口蓋、唾液腺、顎、咽頭、喉頭蓋、喉頭、および食道）に限定され、胃腸管に入らないおよび／または最小限の全身的暴露を有する。いくつかの実施形態では、対象は、嚥下することなく口中に経口剤形を保持する。いくつかの実施形態では、対象は、回旋またはうがいにより口内で経口剤形を活性化する。いくつかの実施形態では、経口剤形は、対象の口腔内で約５秒を超える滞留時間を有し、例えば、約１０秒、約１５秒、約２０秒、約２５秒、約３０秒、約４５秒、約６０秒、約９０秒、約２分、約３分、約４分、約５分を超え、またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、経口剤形は、対象の口腔内で約６０秒を超える滞留時間を有し、例えば、約９０秒、約２分、約３分、約４分、約５分、約６分、約７分、約８分、約９分、約１０分を超え、またはそれ以上である。
【０３８１】
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、経口局所投与のために製剤化される。一実施形態では、剤形は、例えば、スプレー、ミスト、ゲル、フィルム、ガム、リンス（口内洗浄剤）、ロリポップ、錠剤、カプセル剤、ロゼンジを含む。
【０３８２】
鼻腔
いくつかの実施形態では、剤形は、経鼻送達のために製剤化される。経鼻送達は、鼻、鼻甲介（例えば、下甲介）、前庭、上顎、口蓋骨、内側翼状板、篩骨迷路、鼻腔（例えば副鼻腔、前頭洞、上顎洞、蝶形骨洞、篩骨洞）、小孔、鼻壁（例えば、外鼻壁）、漏斗部、口蓋、咽頭、嗅覚上皮、気道上皮、および鋤鼻器官などの、任意の鼻腔の領域もしくは部分の上または中にグリカン治療組成物を導入することを含み得る。いくつかの実施形態では、剤形は、鼻腔の嗅覚区域および／または呼吸区域を標的とする。経鼻送達は、例えば、鼻、副鼻腔、鼻道、および呼吸器腔の、皮膚または粘膜表面への送達をさらに含む。例示的な経鼻剤形は、固体（例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤、顆粒剤、粉末剤、ペースト、結晶、溶解性ストリップ、膜、または半固体製剤）、液体（例えば、スプレー、ミスト、液滴、懸濁液、溶液、チンキ、注入剤、エアロゾル、またはエマルジョン）、またはゲル（例えば、軟膏）を含む。いくつかの実施形態では、経鼻剤形は、吸入器（例えば、定量吸入器、乾燥粉末吸入器）、噴霧器、注射器、ＮＥＴＩポット、点滴器、瓶、ポンプ（例えば、霧化ポンプ、噴霧器）または加圧エアロゾルによって投与される。経鼻剤形は、分散したサイズを有する粒子として投与できる。いくつかの実施形態では、経鼻剤形の粒径は約１μｍ〜約５０μｍ（例えば、約５μｍ〜約３０μｍ、約１０μｍ〜約２０μｍ）である。いくつかの実施形態では、鼻腔への投与のための剤形は、ナノ粒子（例えば、粘膜透過粒子）を含む。
【０３８３】
例示的な鼻への適用は、局所、皮内、皮下、ガス注入、または吸入投与を含み、または経鼻チューブによって行ってもよい。いくつかの実施形態では、経鼻送達のための投薬形態は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症、例えば急性副鼻腔炎）、慢性鼻副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染または保因、鼻前庭炎、または鼻せつを治療または予防するための薬剤、例えば抗生物質（例えば、アモキシシリン、アモキシシリンクラブラネート、アジスロマイシン、セフプロジル、モキシフロキサシン、エリスロマイシン、アンピシリン）、充血除去剤（例えば、プソイドエフェドリン、フェニレフリン、エフェドリン、レボメタンフェタミン、ナファゾリン、オキシメタゾリン、フェニルプロパノールアミン、プロピルヘキセドリン、シネフリン、テトラヒドロゾリン、キシロメタゾリン、トラマゾリン）、コルチコステロイド（例えば、プロピオン酸フルチカゾン、トリアムシノロンアセトニド）、または粘液溶解薬（例えば、アセチルシステイン、アンブロキソール、ブロムヘキシン、カルボシステイン、ドミオドール、ドルマーゼ（ｄｏｍａｓｅ）アルファ、エプラジノン、エルドステイン、レトステイン、マンニトール、メスナ、ネルテネキシン、ソルベロール（ｓｏｒｂｅｒｏｌ）、ステプロニン、チオプロニン）を含む。いくつかの実施形態では、経鼻送達のための剤形は、喘息を処置または予防するための薬剤、例えば、コルチコステロイド（例えば、ベクロメタゾン）、長時間作用型βアゴニスト（例えば、サルメテロール、ホルモテロール）、短時間作用型βアゴニスト（例えば、サルブタモール）、抗コリン作用薬（例えば、臭化イプラトロピウム）、抗ロイコトリエン剤（例えば、モンテルカスト、ザフィルルカスト）、肥満細胞安定化剤（例えば、クロモリンナトリウム）、または硫酸マグネシウムをさらに含む。
【０３８４】
グリカン治療用組成物の経鼻投与は、単回用量を含んでもよく、または複数用量で、例えば、選択された期間にわたって行ってもよい。いくつかの実施形態では、経鼻送達に適した剤形は、制御された方法で特定の部位へグリカン治療用組成物を送達することができる。いくつかの実施形態では、経鼻剤形は、持続放出性または溶解性の形で製剤化され、治療組成物は直ちに放出されてもよく、または約２秒、約５秒、約１０秒、約２０秒、約３０秒、約４５秒、約１分、約２分、約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約１時間、約１．５時間、約２時間、約４時間、約８時間、約１２時間、約１６時間、約２０時間、約１日、またはそれ以上後に放出されてもよい。
【０３８５】
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、経鼻局所投与のために製剤化される。一実施形態では、剤形は、スプレー、ミスト、ゲル、軟膏（例えば、鼻孔に適用される）、綿棒、点滴器、噴霧器、乾燥粉末吸入器、錠剤、カプセル、およびロゼンジを含む。
【０３８６】
本明細書に記載される剤形は、当業者に公知の処理を用いて製造され得る。剤形は、局所投与を含む任意の投与経路、例えば、胃腸以外の部位の粘膜または非粘膜組織への投与に適し得る。いくつかの実施形態では、局所（ｌｏｃａｌ）投与は、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）投与である。
【０３８７】
剤形は、例えば、液体（洗浄／すすぎ）、ゲル、クリーム、軟膏、粉末、錠剤、丸剤、カプセル、保管所、使い捨てアプリケータ、または医療デバイス（例えば、シリンジ）の形態で、薬学的グリカン治療剤組成物を入れるあらゆる個々の容器等のパケットであり得る。例えば、薬学的グリカン組成物の単位剤形、およびかかるグリカン治療剤の使用のための取扱説明書を含むラベルを含む容器等の製造品も提供される。
【０３８８】
本明細書に提供される医薬組成物は、単位剤形または複数回投与剤形であり得る。単位剤形は、本明細書に使用される場合、それを必要とするヒトへの投与（例えば、胃腸以外の部位への局所投与）に好適な物理的に別々の単位を指す。一実施形態では、単位剤形は、パッケージ内に提供される。各単位用量は、所望の治療効果を生じさせるのに十分な所定の数量の有効成分を、他の薬学的担体または賦形剤とともに含み得る。単位剤形の例としては、アンプル、シリンジ、および個別にパッケージ化された錠剤およびカプセルが挙げられる。単位剤形は、その一部を、またはその複数を投与することができる。複数回投与剤形は、単一の容器内に同一の単位投与剤形が複数個パッケージ化されたものであり、区分された単位剤形として投与することができる。複数回投与剤形の例としては、バイアル、錠剤もしくはカプセルの瓶、または数パイントもしくは数ガロンの瓶が挙げられる。別の実施形態では、複数回投与剤形は、異なる薬学的活性薬剤を含む。例えば、グリカン調製物を含む組成物を含む第１の投与エレメント、ならびに第２の活性化合物、例えば、第２のグリカン調製物もしくは治療剤（例えば、薬剤）または有益な細菌、を含む第２の投与エレメントを含む、複数回投与剤形が提供され得る。投与エレメントは、修正された放出形態であってもよい。この例では、一対の投与エレメントが、単一の単位投与量を構成し得る。一実施形態では、各単位が、グリカン調製物を含む組成物を含む第１の投与エレメント、ならびに第２の活性化合物、例えば、第２のグリカン調製物もしくは治療剤（例えば、薬剤）または有益な細菌、微量栄養素など、またはこれらの組み合わせ）を含む第２の投与エレメントを含む、複数の単位投与量を含むキットが提供される。
【０３８９】
特定の実施形態では、単位剤形は、約１ｇ〜約５ｇ、約１ｇ〜約１０ｇ、約１ｇ〜約１５ｇ、約１ｇ〜約２０ｇ、約１ｇ〜約２５ｇ、約１ｇ〜約３０ｇ、約１ｇ〜約４０ｇ、約１ｇ〜約５０ｇ、約５ｇ〜約１０ｇ、約５ｇ〜約１５ｇ、約５ｇ〜約２０ｇ、約５ｇ〜約２５ｇ、５ｇ〜約３０ｇ、約１０ｇ〜約２０ｇ、または１０ｇ〜約３０ｇ、約１０ｇ〜約４０ｇ、約１０ｇ〜約５０ｇのグリカン調製物を含んでもよい。
【０３９０】
ある特定の実施形態では、単位剤形は、約０．００１ｍｇ〜約１００ｍｇ、約０．００５ｍｇ〜約７５ｍｇ、約０．０１ｍｇ〜約５０ｍｇ、約０．０５ｍｇ〜約２５ｍｇ、約０．１ｍｇ〜約１０ｍｇ、約０．５ｍｇ〜約７．５ｍｇ、または約１ｍｇ〜約５ｍｇのグリカン調製物を含む。他の実施形態では、単位剤形は、約１ｍｇ〜約１００ｍｇ、約２．５ｍｇ〜約７５ｍｇ、約５ｍｇ〜約５０ｍｇ、または約１０ｍｇ〜約２５ｍｇのグリカン治療剤を含む。他の実施形態では、単位剤形は、約１００ｍｇ〜約１０ｇ、約２５０ｍｇ〜約７．５ｇ、約５００ｍｇ〜約５ｇ、約７５０ｍｇ〜約２．５ｇ、または約１ｇ〜約２ｇのグリカン調製物を含む。
【０３９１】
他の実施形態では、単位剤形は、約０．００１ｍＬ〜約１０００ｍＬのグリカン調製物を含む。例えば、単位剤形は、約０．００１ｍＬ〜約９５０ｍＬ、約０．００５ｍＬ〜約９００ｍＬ、約０．０１ｍＬ〜約８５０ｍＬ、約０．０５ｍＬ〜約８００ｍＬ、約０．０７５ｍＬ〜約７５０ｍＬ、約０．１ｍＬ〜約７００ｍＬ、約０．２５ｍＬ〜約６５０ｍＬ、約０．５ｍＬ〜約６００ｍＬ、約０．７５ｍＬ〜約５５０ｍＬ、約１ｍＬ〜約５００ｍＬ、約２．５ｍＬ〜約４５０ｍＬ、約５ｍＬ〜約４００ｍＬ、約７．５ｍＬ〜約３５０ｍＬ、約１０ｍＬ〜約３００ｍＬ、約１２．５ｍＬ〜約２５０ｍＬ、約１５ｍＬ〜約２００ｍＬ、約１７．５ｍＬ〜約１５０ｍＬ、約２０ｍＬ〜約１００ｍＬ、または約２５ｍＬ〜約７５ｍＬのグリカン調製物を含む。
【０３９２】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約０．１インチ〜約１．５インチ（例えば、約０．５インチおよび約１インチ）、または約５ｍｍ〜約５０ｍｍ（例えば、約１０ｍｍ〜約２５ｍｍ）の長さを有する。いくつかの実施形態では、単位剤形例えば、錠剤、カプセル剤（例えば、硬カプセル剤、押し込み型カプセル剤、もしくは軟カプセル剤）、またはソフトゲルは、約０．０５インチ〜約１インチ（例えば、約０．１インチ〜約０．５インチ）、または約１ｍｍ〜約２５ｍｍ（例えば、約５ｍｍ〜約１０ｍｍ）の外径を有する。
【０３９３】
本明細書に記載される剤形は、当業者に公知の処理を用いて製造され得る。
【０３９４】
賦形剤および添加剤には、希釈剤、結合剤、崩壊剤、分散剤、滑沢剤、流動促進剤、安定剤、界面活性剤、抗粘着剤、吸着剤、甘味料、および着色剤、またはこれらの組み合わせが含まれる。希釈剤の非限定的な例には、ラクトース、セルロース、微結晶性セルロース、マンニトール、乾燥デンプン、加水分解デンプン、粉砂糖、タルク、塩化ナトリウム、二酸化ケイ素、酸化チタン、リン酸二カルシウム二水和物、硫酸カルシウム、炭酸カルシウム、アルミナ、およびカオリンが含まれる。好適な結合剤の非限定的な例には、デンプン（トウモロコシデンプンおよびアルファ化デンプンを含む）、ゼラチン、糖（例えば、グルコース、デキストロース、スクロース、ラクトース、およびソルビトール）、セルロース、ポリエチレングリコール、アルギン酸、デキストリン、カゼイン、メチルセルロース、蝋、天然および合成ゴム、例えば、トラガカントゴム、アルギン酸ナトリウム、アラビアゴム、キサンタンゴム、ならびにポリメタクリル酸、ポリビニルアルコール、ヒドロキシプロピルセルロース、およびポリビニルピロリドン等の合成ポリマーが含まれる。滑沢剤の非限定的な例には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸、ベヘン酸グリセリル、およびポリエチレングリコールが含まれる。崩壊剤の非限定的な例には、デンプン、アルギン酸、例えば架橋ポリビニルピロリドン等の架橋ポリマー、クロスカルメロースナトリウム、グリコール酸デンプンカリウムまたはグリコール酸デンプンナトリウム、クレイ、セルロース（例えば、カルボキシメチルセルロース（例えば、カルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）、ＣＭＣ−Ｎａ、ＣＭＣ−Ｃａ））、デンプン、ゴム等が含まれる。好適な流動促進剤の非限定的な例には、二酸化ケイ素、タルク等が含まれる。安定剤は、酸化反応を含む、薬物分解反応を阻害するまたは遅延させることができる。界面活性剤も含めることができ、陰イオン性、陽イオン性、両性、または非イオン性であり得る。例示的な甘味料には、ステビア抽出物、アスパルテーム、スクロース、アリテーム、サッカリン等が含まれ得る。必要に応じて、組成物は、ｐＨ緩衝剤、保存料、例えば、酸化防止剤、湿潤剤、または乳化剤、可溶化剤、コーティング剤、香味剤（例えば、ミント、チェリー、アニス、モモ、アプリコット、甘草、ラズベリー、バニラ）等の非毒性補助物質も含み得る。さらなる賦形剤および添加剤には、酢酸アルミニウム、ベンジルアルコール、ブチルパラベン、ブチル化ヒドロキシトルエン、カルシウム二ナトリウムＥＤＴＡ、リン酸水素カルシウム二水和物、二塩基性リン酸カルシウム、三塩基性リン酸カルシウム、カンデリラ蝋、カルナウバ蝋、水素化ヒマシ油、塩化セチルピリジン、クエン酸、コロイド状二酸化ケイ素、コポリビドン、トウモロコシデンプン、システインＨＣｌ、ジメチコン、リン酸水素二ナトリウム、エリトロシンナトリウム、エチルセルロース、ゼラチン、グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、グリシン、ＨＰＭＣフタレート（ｐｔｈａｌａｔｅ）、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシルプロピルメチルセルロース、ヒプロメロース、赤色酸化鉄もしくは酸化第二鉄、黄色酸化鉄、酸化鉄もしくは酸化第二鉄、炭酸マグネシウム、酸化マグネシウム、ステアリン酸マグネシウム、メチオニン、メタクリル酸コポリマー、メチルパラベン、ケイ化微結晶セルロース、鉱油、リン酸、普通リン酸カルシウム、無水リン酸カルシウム、ポラキサマー４０７、ポラキサマー１８８、普通ポラキサマー、ポリエチレンオキシド、ポリオキシ１４０ステアレート、ポリソルベート８０、炭酸水素カリウム、ソルビン酸ナトリウム、ジャガイモデンプン、ポビドン、プロピレングリコール、プロピレンパラベン、プロピルパラベン、レチニルパルミテート、サッカリンナトリウム、セレン、シリカ、シリカゲル、ヒュームドシリカ、安息香酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム二水和物、クロスメロースナトリウム、ラウリン硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、ナトリウムデンプン、グリコール酸ナトリウムデンプン、ステアリルフマル酸ナトリウム、ソルビン酸、ソルビトール、モノオレイン酸ソルビタン、アルファ化デンプン、コハク酸、トリアセチン、クエン酸トリエチル、植物ステアリン、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＣ、またはこれらの組み合わせが含まれ得る。これらの賦形剤および添加剤の量は、他の構成成分との関係、および調合および生成方法の特性に基づいて適切に選択され得る。
【０３９５】
いくつかの実施形では、本明細書に記載される製剤は、粘膜送達のための特定の賦形剤を含む。このような賦形剤の例は、微結晶性セルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、デキストロース、塩化ベンザルコニウム（例えば、濃度約０．０１〜０．０５％、例えば、０．０２％ｗ／ｗ）、ポリソルベート８０、フェニルエチルアルコール（例えば、濃度約０．１〜０．５％、例えば、約０．２５％ｗ／ｗ）、またはエデト酸二ナトリウムが挙げられる。他の実施形態では、本明細書に記載の製剤は粘膜浸透促進剤を含み、粘膜を介した活性剤の透過性を向上させることができる。例示的な浸透増強剤は、界面活性剤、胆汁酸塩、非界面活性剤（例えば、シクロデキストリン、キトサン、およびアゾン）、および／または脂肪酸を含む。粘膜送達のために使用され得る他の例示的な賦形剤はＥｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．２０１２  Ｊｕｎ；９（６）：６１５−２８に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。
【０３９６】
いくつかの実施形態では、組成物は、粘膜送達、例えば、経鼻粘膜送達または経口粘膜送達用に製剤化される。実施形態では、組成物は、ポリマー（例えば、粘膜付着性ポリマー（例えばヒドロゲル））の内部／上／中に組み込まれる。理論に拘束されることを望むものではないが、配合物中に粘膜付着性ポリマーを含有することで、粘膜、例えば活性剤との接触時間を増加させることができ、それにより吸収のための持続時間が増加すると考えられる。例示的な粘膜付着性ポリマーは、カルボポール（Ｃａｒｂｏｐｏｌ）９３４Ｐ、ヒドロキシプロピルセルロース、ポリ（ビニルピロリドン）、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（イソブチレン）；ポリ（イソプレン）、キサンタンガム、イナゴマメガム、キトサン、ペクチン、ポリカルボフィル、ヒアルロン酸ベンジルエステル、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、ポリ（アクリル酸コアクリルアミド）、ポリ（アクリル酸コメチルメタクリレート）、ポリ（アクリル酸コブチルアクリレート）、Ｐｏｌｙｍｅｇ（登録商標）と共重合されたＨＥＭＡ（ポリテトラメチレングリコール）、３Ｍ社のＣｙｄｏｔ（登録商標）（ＣＰおよびＰＩＢの生物接着性ポリマーブレンド）、カーボポール（Ｃａｒｂｏｐｏｌ）ＥＸ−５５、ポリエチレンオキシド、ポリメチルビニルエーテル／無水マレイン酸（ＰＭＥ／ＭＡ）、トラガント、アクリル酸およびポリエチレングリコールモノメチルエーテルモノメタクリレートのポリ（アクリル酸コポリエチレングリコール）共重合体、ポリエチレングリコール、ドラム乾燥したワクシートウモロコシ澱粉（ＤＤＷＭ）、およびステアリルフマル酸ナトリウムが挙げられる。有効量のグリカン組成物の即時放出製剤は、薬学的活性剤の迅速放出（投与後１分〜１時間等）を可能にする賦形剤の１つ以上の組み合わせを含み得る。制御放出製剤（持続放出（ＳＲ）、長時間放出（ＥＲ、ＸＲ、またはＸＬ）、逐次継続放出（ｔｉｍｅ−ｒｅｌｅａｓｅ）もしくは時限放出（ｔｉｍｅｄ−ｒｅｌｅａｓｅ）、制御放出（ＣＲ）、または継続放出とも称される）とは、剤形が対象に投与（例えば、胃腸以外の部位への局所投与）された後の特定の所望の時点での、剤形からのグリカン組成物の放出のことを指す。
【０３９７】
一実施形態では、制御放出剤形はその放出を開始し、その放出を長期間にわたって続ける。放出は、ほぼ即時的に開始し得るか、または持続的であり得る。放出は、一定であり得、経時的に増加または減少し得、パルス状であり得、継続的もしくは間欠的等であり得る。一実施形態では、制御放出剤形は、薬剤が長期間にわたって所望のプロファイルに従って放出される、組成物または剤形からの薬物の放出を指す。一態様では、制御放出は、放出がある期間の後に起こる所望のプロファイルに従って薬剤が放出される、組成物または剤形からの薬物の遅延放出を指す。
【０３９８】
いくつかの実施形態では、剤形は、発泡性剤形であり得る。発泡性とは、剤形が水および唾液を含む液体と混合された場合に、気体を発生させることを意味する。ある種の発泡性薬剤（または発泡性カップル）は、発泡性崩壊剤の水または口腔内の唾液との曝露に際して起こる化学反応によって気体を発生させる。この反応は、可溶性酸性源と一炭酸アルカリまたは炭酸アルカリの源との反応の結果であり得る。これらの２つの一般的化合物の反応により、水または唾液との接触に際して二酸化炭素ガスが生じる。
【０３９９】
別の実施形態では、剤形は、ロリポップまたはロゼンジ等のキャンディ形態（例えば、基材）であり得る。一実施形態では、グリカン調製物の有効量をキャンディ基材中に分散させる。一実施形態では、キャンディ基材は、１種以上の糖（デキストロースまたはスクロース等）を含む。別の実施形態では、キャンディ基材は糖を含まない基材である。特定のキャンディ基材の選択には幅広いバリエーションがある。従来の甘味料（例えば、スクロース）、糖尿病患者の使用に適する糖アルコール（例えば、ソルビトールもしくはマンニトール）、または他の甘味料（例えば、本明細書に記載される甘味料）は、使用され得る。キャンディ基材は、非常に軟質で迅速に溶解するものでもよく、または硬質でより緩徐に溶解するものであり得る。様々な形態は、異なる状況での利点を有するであろう。
【０４００】
有効量のグリカン調製物を含むキャンディ塊（ｃａｎｄｙ  ｍａｓｓ）組成物は、それを必要とする対象に対して経口投与し、キャンディ塊が溶解するにつれて有効量のグリカン調製物が対象の口腔内に局所的に放出されるようにすることができる。
【０４０１】
本明細書に記載される剤形はまた、高圧均質化、湿式もしくは乾式ボールミル粉砕、または小粒子沈殿を含む、様々な方法によって製造される薬学的粒子の形態をとることもできる。好適な粉末製剤を作製するのに有用な他の方法は、有効成分および賦形剤の溶液を調製し、その後に沈殿、濾過、および微粉化を行うこと、またはその後に凍結乾燥による溶液の除去を行い、その後に粉末を所望の粒径に微粉化することである。一実施形態では、薬学的粒子は、３〜１０００ミクロン、例えば、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、１０〜５００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、５０〜６００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、１００〜８００ミクロンの最終サイズを有する。
【０４０２】
別の実施形態では、グリカン組成物を含む経口剤形が提供され、経口剤形はシロップである。シロップは、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、または８５％の固体を含み得る。シロップは、約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％の液体、例えば、水を含み得る。固体は、グリカン組成物を含み得る。固体は、例えば、約１〜９６％、１０〜９６％、２０〜９６％、３０〜９６％、４０〜９６％、５０〜９６％、６０〜９６％、７０〜９６％、８０〜９６％、または９０〜９６％のグリカン組成物であり得る。別の実施形態では、グリカン組成物は、粘性流体として製剤化される。
【０４０３】
一実施形態では、本組成物は、発泡性構成成分または中和構成成分を含む。発泡性構成成分は、炭酸水素ナトリウム、炭酸ナトリウム、および炭酸カルシウムからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。一実施形態では、中和構成成分は、クエン酸、Ｌ−酒石酸、フマル酸、Ｌ−アスコルビン酸、ＤＬ−リンゴ酸、酢酸、乳酸、および無水クエン酸からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。製剤は、スクロース脂肪酸エステル、粉砂糖、果汁粉末、および／または調味料を含有し得る。
【０４０４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される薬学的グリカン組成物のための剤形は、例えば、口腔、鼻腔および膣などの胃腸以外の部位の粘膜表面などの、粘膜表面に粘着する粘膜付着性送達システムである。それらは、典型的には、多くの水素結合基を有するポリマー、例えば、架橋ポリアクリル酸、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、アルギン酸ナトリウム、カラギナン、Ｃａｒｂｏｐｏｌ  ９３４Ｐ、またはチオール化ポリカルボフィルからなる。
【０４０５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される薬学的グリカン組成物のための剤形は、坐剤である。坐薬は、例えば、膣に挿入されるときに、融解または溶解する固体剤形であり、グリカン調製物を放出する。坐薬製剤のための典型的な賦形剤は、ココアバター、ポリエチレングリコール、および寒天を含む。
【０４０６】
グリカン調製物を提供することと、グリカン調製物を単位剤形に製剤化することと、単位剤形をパッケージ化すること、パッケージ化した単位剤形にラベル付けすること、および／あるいはパッケージ化およびラベル付けされた単位剤形を販売するか、または販売に供することを含む、本明細書に記載される単位剤形を作製する方法が本明細書で提供される。
【０４０７】
本明細書に記載される単位剤形もまた、処理され得る。一実施形態では、この処理は、剤形を医薬組成物に処理すること、例えば、第２の構成成分、例えば、賦形剤または緩衝液または第２の活性成分または治療剤で製剤化し、混合すること；より少量もしくは多量のアリコートを分割すること；容器、例えば、気密性または液密性容器に廃棄すること；パッケージ化すること；ラベルを一体化させること；異なる場所に出荷または移動すること、のうちの１つ以上を含む。一実施形態では、この処理は、分類すること、選択すること、許容もしくは廃棄すること、放出もしくは保留すること、医薬組成物に処理すること、異なる場所に出荷もしくは移動すること、製剤化すること、ラベル付けすること、パッケージ化すること、商取引に放出すること、または販売もしくは販売に供すること、所定の閾値を満たすかどうかに応じて異なること、のうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、処理した剤形は、本明細書に記載されるグリカン調製物を含む。
【０４０８】
キット
キットも企図される。例えば、キットは、疾患、障害または病態の処置における、単位剤形の薬学的グリカン組成物、およびグリカン調製物の使用のための取扱説明書を含むパッケージ挿入物を含み得る。キットは、薬学的グリカン治療剤組成物を必要とする対象によって用いるための好適なパッケージ化において薬学的グリカン組成物を含む。本明細書に記載される組成物のうちのいずれかが、キットの形態でパッケージ化され得る。キットは、全課程の治療、または治療の過程の一部に十分な、ある量の薬学的グリカン組成物（任意に、有益な細菌、微量栄養素、および／または薬物などの第２の治療剤をさらに含む）を含有し得る。薬学的グリカン組成物の投与量は、個々にパッケージ化され得るか、または薬学的グリカン治療剤組成物は、ばら荷で提供され得るか、またはその組み合わせであり得る。それ故に、一実施形態では、キットは、好適なパッケージ化において、治療レジメンにおいて投与ポイントに対応する個々の用量のグリカン組成物を提供し、この用量は、１つ以上のパケットにパッケージ化される。
【０４０９】
一実施形態では、薬学的グリカン組成物は、単一の容器内に、または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは５つを超える容器内にばら荷で提供され得る。例えば、各容器は、１カ月間実施される特定の治療プログラム週間の十分な薬学的グリカン組成物を含有し得る。１つを超えるバルク容器が提供される場合、バルク容器は、適切にまとめてパッケージ化して、治療期間のすべてまたはその一部に十分な薬学的グリカン組成物を提供し得る。容器は、治療を必要とする対象、または例えば、投与スケジュール等の治療プロトコルを行う医師に有用なラベル表示情報でラベル付けされ得る。
【０４１０】
薬学的グリカン組成物は、他の好適な物質、例えば、第２の活性化合物もしくは治療剤または緩衝液／担体と共にパッケージ化することができる。他の物質は、薬学的グリカン組成物とは別々にパッケージ化され得るか、または薬学的グリカン組成物と混合され得るか、またはその組み合わせであり得る。それ故に、一実施形態では、キットは、一連の治療または一連の治療の一部に使用されることを目的とする構成要素すべて、例えば、薬学的グリカン組成物、および任意に、第２の活性成分または治療剤または緩衝材／担体を含有する剤形を含む。一実施形態では、薬学的グリカン組成物は、１つのパッケージまたは一組のパッケージ中でパッケージ化され、有益な細菌および治療剤（例えば、薬物）などのさらなる構成成分は、薬学的グリカン組成物とは別にパッケージ化される。
【０４１１】
キットは、資料、例えば、取扱説明書、予想される結果、証言、説明、警告、臨床データ、医療従事者のための情報等をさらに含み得る。一実施形態では、キットは、このキットが医療従事者の指示の下でのみ使用されることを示すラベルまたは他の情報を含む。容器は、匙、シリンジ、ボトル、カップ、アプリケータ、または他の測定もしくは給仕するデバイスをさらに含み得る。
【０４１２】
対象への投与
本明細書に記載されるグリカン調製物、医薬組成物および治療剤は、様々な経路により、それを必要とする対象に投与できる。例えば、グリカン調製物は、胃腸以外の部位に局所投与できる。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、口腔、鼻腔、または膣に局所投与される。一実施形態では、グリカン調製物は、粘膜組織に投与される。所望の場合、第２の薬剤（例えば、薬）を投与してもよい。薬剤は、局所投与（例えば、胃腸以外の部位へ）または全身投与する（例えば、経口または静脈内または他の任意の適切な経路によって）ことができる。
【０４１３】
活性化合物および医薬剤、例えば、有益な細菌または薬物は、例えば、グリカン調製物投与の前、同時または後に、別々に、また、グリカン組成物の一部として（例えば、共製剤として）ではなく、投与されてもよい。いくつかの実施形態では、薬学的グリカン組成物は、推奨されるまたは規定された食事、例えば、プロバイオティクス、プレバイオティクス、および／または微量栄養素を含有する食物を多く含む食事と組み合わせて投与され、そのため、医師またはその他のヘルスケアの専門家によって決定され得る。
【０４１４】
さらなる物質は、グリカン組成物と併せて与えられ得る。これらの物質は、グリカン製剤の作用または有効性を高め得る。これらの物質は、グリカン調製物による処置前、グリカン調製物による処置中、グリカン調製物による処置後、またはこれらの任意の組み合わせで与えられ得る。グリカン調製物での処置中に投与される場合、これらの物質は、与えられるグリカン調製物の用量で、またはグリカン調製物の用量の前もしくはその後、またはこれらの任意の組み合わせで投与され得る。
【０４１５】
処置方法
対象の胃腸以外の組織における腸内毒素症を処置する方法が本明細書で提供される。さらに本明細書において、対象の胃腸以外の組織の疾患、障害または病態を処置する方法が提供される。本方法は、対象の胃腸以外の組織のｐＨを調節することを含み得る。本方法はさらに、胃腸以外の組織の代謝プロファイル（例えば、揮発性脂肪酸の）を調節することを含み得る。さらに、胃腸以外の部位に関連する疾患、障害予防、治療、または病態の１つ以上の症状を、予防、処置、または低減もしくは排除するための方法を提供する。
【０４１６】
本方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、胃腸以外の部位へ（例えば、粘膜組織へ）、腸内毒素症の処置、疾患、障害または病態の処置、ｐＨの調節、対象の胃腸以外の部位の代謝プロファイルの調節、疾患、障害または状態の予防または処置、または胃腸以外の部位に関連する疾患、障害または状態の１つ以上の症状の低減もしくは排除に有効な量および期間、局所（例えば、直接）投与することを含む。一実施形態では、方法は、胃腸以外の部位での病原体のコロニー形成を予防する、治療する、その症状を緩和する、および／またはその再発を予防するために提供される。いくつかの実施形態では、胃腸以外の部位は口腔、鼻腔、または膣である。
【０４１７】
いくつかの実施形態では、対象は、治療後に症状の軽減を経験する。いくつかの実施形態では、治療後に症状の重症度の軽減は、決定され得（例えば、公知のバイオマーカーを測定することによって）、約３％、５％、７％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または約１００％の順である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように測定される症状は、薬学的グリカン組成物の投与前に症状と比較するときに、平均約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または約１００％減少する。いくつかの実施形態では、症状の重症度の軽減は、治療から少なくとも約１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、１週間、２週間、３週間、１カ月間、３カ月間、６カ月間、９カ月間、１年間、２年間、５年間、１０年間持続するか、または軽減が永続する。
【０４１８】
一実施形態では、症状は、治療の中断後、少なくとも約１日間、１週間、１カ月間、２カ月間、３カ月間、４カ月間、５カ月間、６カ月間、９カ月間、１年間、１８カ月間、２年間、３年間、４年間、５年間、１０年間、または１０年間以上、対象において部分的、実質的に、または完全になくす、または重症度を低減する。別の実施形態では、症状は、治療の中断後、対象において重症度の永久になくす、または重症度を低減する。
【０４１９】
特定の実施形態では、対象は、鼻腔、口腔および膣などの胃腸以外の部位に腸内毒素症の１つ以上の症状を有するヒト対象である。腸内毒素症の症状は、望ましくない病原体または望ましくない細菌分類群の異常増殖、主要な健康関連の細菌分類群の標示の減少、健常な個体と比較して微生物分類群の多様性の減少もしくは増大、および／または有益な細菌の存在度全体の減少を含む。
【０４２０】
有益な共生分類群を有する胃腸以外の部位の（再）コロニー形成のための方法がさらに提供される。一実施形態では、有益な分類群の相対存在度は、疾患、障害または病態を処置するため、または胃腸以外の部位に関連した疾患、障害または病態の再発を予防するために、本明細書に記載されるグリカン調製物の投与によって増加される。一実施形態では、疾患、障害または病態を処置するため、または胃腸以外の部位に関連した疾患、障害または病態の再発を予防するために、有益な分類群が本明細書に記載されるグリカン調製物と同時投与される。
【０４２１】
いくつかの実施形態では、患者の試料または対象試料からの微生物培養の微生物代謝産物プロファイルは、胃腸以外の疾患、障害または状態を発症する危険因子を同定するために使用される。診断、予後危険評価の目的、または治療評価の目的のための例示的な代謝産物には、表８中に列挙されたものを含む。いくつかの実施形態では、微生物代謝産物プロファイルは、回復または再発事象を含む対象の疾患状態をより評価するために、対象の疾患および治療時に異なる時点で得られる。かかるモニタリングはまた、例えば胃腸以外の部位での、新たな疾患、障害または病態を発症する対象の危険性を低くするために重要である。いくつかの実施形態では、代謝産物プロファイルは、その後の治療の情報を提供する。
【０４２２】
いくつかの実施形態では、グリカン組成物はまた、胃腸以外の部位での正常な微生物の増殖を中断させる抗生物質と組み合わせられ得る。一連の抗生物質治療中、グリカン組成物は、抗生物質治療の開始時に、抗生物質治療直後、例えば、治療から１、２、３、４、５、６、７日、もしくはそれ以上の後に提供され得るか、または望ましくない病原体の胃腸以外の部位での増殖の診断の際に投与され得る。
【０４２３】
さらに、治療医師または他の医療従事者によって有用であることを決定される場合、本明細書に記載されるグリカン組成物は、様々な他の標準治療法と併用して投与され得る。グリカン組成物は、標準治療による治療前、それと同時に、またはその後に投与され得る。場合によっては、治療法は、胃腸以外の部位における正常な微生物叢の組成および健康を妨害し、有害な細菌または病原体の望ましくない増殖をもたらし得、本明細書に記載される症状のうちの１つ以上を生じ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン組成物の投与は、それらの症状を緩和し、胃腸以外の部位での正常な微生物群を回復するのに有用である。
【０４２４】
鼻腔
鼻の疾患、障害または病態を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、鼻の疾患、障害または病態を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、鼻腔に投与（例えば、局所的に）することを含む。いくつかの実施形態では、鼻腔の疾患、障害または病態は、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息である。
【０４２５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン組成物は、標準ケア治療と組み合わせて投与される。一実施形態では、治療は、鼻の黄色ブドウ球菌の排除に向けられる。いくつかの実施形態では、治療は、局所ムピロシン適用またはリファンピンおよびドキシサイクリンなどの経口抗生物質の投与を含む。
【０４２６】
鼻の腸内毒素症を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、腸内毒素症を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、鼻腔に投与（例えば、局所的に）することを含む。
【０４２７】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ドロシグラヌルム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、およびストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）の属の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４２８】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）、コリネバクテリウム・プセウドジフテリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｅｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ツバクロステアリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、ドロシグラヌルム・ピグラム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｐｉｇｒｕｍ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、モラクセラ・カタラーリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、ペプトニフィルス・リニティディス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｒｈｉｎｉｔｉｄｉｓ）、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）および肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）の種の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４２９】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）、コリネバクテリウム・ツバクロステアリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・プセウドジフテリチウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｅｒｉｃｕｍ）、マイコバクテリウム・ファラクス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ）、コリネバクテリウム・ムチファチェンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ドロシグラヌルム・ピグラム（Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｐｉｇｒｕｍ）、フィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）、およびモラクセラ・カタラーリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）の種、およびペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、トミテッラ（Ｔｏｍｉｔｅｌｌａ）の属の１つまたはそれ以上の調節された（例えば、増加または減少した）存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４３０】
腸内毒素症は、例えば、副鼻腔炎（副鼻腔感染症）、慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染もしくは保因、鼻前庭炎、鼻せつおよび喘息などの疾患、障害または病態を生じさせ得る。
【０４３１】
属レベルでは、４５７の細菌は前鼻孔内の１６Ｓ  ｒＲＮＡシークエンシングにより特徴付けられている（Ｚｈｏｕら、２０１３）。門レベルでは、鼻マイクロバイオームは、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、およびプロテオバクテリア（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）によって支配されており（Ｂａｓｓｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、属レベルでは、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、およびモラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）が優位な構成菌である（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０４３２】
鼻腔は、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）の種のリザーバとして働き、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の保菌は、院内の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）菌血症のための重要なリスク因子である（（Ｗｅｒｔｈｅｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。他の細菌種の存在または不存在も、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の保菌と関連している。例えば、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）種は保菌者においてより一般的であり、偽ジフテリア菌（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）は非保菌者においてより一般的であり（Ｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）の存在は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の不存在と相関している（Ｉｗａｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。経鼻マイクロバイオームも、慢性鼻副鼻腔炎（ＣＲＳ）の病原体において役割を果たすと考えられる。全細菌負荷はＣＲＳ患者および健康な対照で類似しているが、ＣＲＳ患者は、対照と比較して、多様性の低いマイクロバイオームを有し、ある種の細菌（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））の高い有病率を有する傾向がある（Ｗｉｌｓｏｎ  ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｏｓ，２０１４）。（Ｚｈｏｕ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）．Ｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｅａｌｔｈｙ  ｈｕｍａｎ  ｂｏｄｙ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．１４，Ｒ１；Ｂａｓｓｉｓ，Ｃ．Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１４）．Ｔｈｅ  ｎａｓａｌ  ｃａｖｉｔｙ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｏｆ  ｈｅａｌｔｈｙ  ａｄｕｌｔｓ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ２，２７；Ｗｅｒｔｈｅｉｍ，Ｈ．Ｆ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．Ｒｉｓｋ  ａｎｄ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｂａｃｔｅｒａｅｍｉａ  ｉｎ  ｎａｓａｌ  ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｖｅｒｓｕｓ  ｎｏｎ−ｃａｒｒｉｅｒｓ．Ｌａｎｃｅｔ  Ｌｏｎｄ．Ｅｎｇｌ．３６４，７０３−７０５；Ｙａｎ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）．Ｎａｓａｌ  ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ  ａｎｄ  ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ  ｎａｓａｌ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ  ａｎｄ  Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ｃａｒｒｉａｇｅ．Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  Ｍｉｃｒｏｂｅ  １４，６３１−６４０；Ｉｗａｓｅ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ．（２０１０）．Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ  Ｅｓｐ  ｉｎｈｉｂｉｔｓ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｂｉｏｆｉｌｍ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｎａｓａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  ４６５，３４６−３４９；Ｗｉｌｓｏｎ，Ｍ．Ｔ．，ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｏｓ，Ｄ．Ｌ．（２０１４）．Ｔｈｅ  ｎａｓａｌ  ａｎｄ  ｓｉｎｕｓ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ｉｎ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｃｕｒｒ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ａｓｔｈｍａ  Ｒｅｐ．１４，４８５．）
【０４３３】
口腔
口の疾患、障害または病態を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、口の疾患、障害または病態を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、口腔に投与（例えば、局所的に）することを含む。いくつかの実施形態では、口腔の疾患、障害または病態は、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、扁桃炎（ｔｏｎｓｉｌｏｌｉｔｈｓ）、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）である。
【０４３４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン組成物は、標準ケア治療と組み合わせて投与される。一実施形態では、治療は、例えば、抗生物質治療、歯垢を物理的に除去する方法、または有益な細菌の投与を含む。
【０４３５】
口の腸内毒素症を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、腸内毒素症を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、口腔に投与（例えば、局所的に）することを含む。
【０４３６】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、アグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、カプノサイトファーガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、キンゲラ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、オルセネラ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、パラスカルドビア（Ｐａｒａｓｃａｒｄｏｖｉａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、シュードラミバクター（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｅｍｏｎａｓ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、タネレラ（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ）、チオモナス（Ｔｈｉｏｍｏｎａｓ）、トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、およびベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の属の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４３７】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・ソブリナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｂｒｉｎｕｓ）の種の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４３８】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、アグレガチバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、トレポネーマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、タンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）、およびプレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）の種の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４３９】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、チオモナス（Ｔｈｉｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、オルセネラ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、シュードラミバクター（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびセレノモナス（Ｓｅｌｅｎｅｍｏｎａｓ）の属の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４４０】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、アクチノミセス・ゲレンセリエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ）、アグレガチバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、アトポビウム・ミニタム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｍｉｎｉｔｕｍ）、アトポビウム・パルバラム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、アトポビウム・リマエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｒｉｍａｅ）、バクテロイデス・ホルシサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｏｒｓｙｔｈｕｓ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、フソバクテリウム・アニマリス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、ゲメラ・モルビロラム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、キンゲラ・オラリス（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・ミクロス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ）、ペプトストレプトコッカス・プレボッチー（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｅｖｏｔｉｉ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、セレノモナス・スプチゲナ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、セレノモナス・ノキシア（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｎｏｘｉａ）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・コンステラータス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ミチス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ）、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・ソブリナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｂｒｉｎｕｓ）、タンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）、およびトレポネーマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）の種の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４４１】
腸内毒素症は、例えば、う蝕（虫歯）、歯周病、歯肉炎、歯周炎、根尖性歯周炎、口臭（悪臭呼気）、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）、根カリエス（ＲＣ）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、扁桃炎、歯槽膿瘍、歯周膿瘍、蜂窩織炎、ウイルス感染症（例えば、ヘルペスウイルス、ヒト乳頭腫ウイルスなど）、または真菌／酵母菌感染症（例えばカンジダ症）などの疾患、障害または病態を生じさせ得る。
【０４４２】
口腔には、多様ではあるが比較的安定した細菌種の群が含まれる（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。口腔内の６００以上の細菌種は、１６Ｓ  ｒＲＮＡのシークエンシング（Ｄｅｗｈｉｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）によって特徴付けられている。口マイクロバイオーム内を示す主な門は、アクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、クラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ）、クロロフレクサス（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、ユリアーキオータ（Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテオバクテリウム（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、スピロヘータ（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、テネリクテス（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）およびＴＭ７（Ｄｅｗｈｉｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）である。各経口部位（例えば、歯に対して頬）の成分には一部重複があるが、異なる部位は異なる特性の集団を有する（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。例えば、唾液は、主にアクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテオバクテリウム（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、スピロヘータ（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔｅｓ）、およびＴＭ７の門からの細菌の〜１．４×１０８ＣＦＵ／ｍＬを含む。口腔マイクロバイオームは、う蝕（虫歯）および歯周病のような口腔疾患の病因に直接関与してきており、間接的に一定範囲の他の疾患（Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４に概説される）にも関与してきた。う蝕は、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）の種の存在に関連し、さらに、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、グラニュリカテラ（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、チオモナス（Ｔｈｉｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）の属を含む他の細菌は、重篤な小児期早期虫歯（Ｓ−ＥＣＣ）に関連し、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、オルセネラ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ）、シュードラミバクター（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、セレノモナス（Ｓｅｌｅｎｅｍｏｎａｓ）の属は、成人の根カリエス（ＲＣ）と関連している。細菌集団の特徴的な変化はまた、根尖部歯周炎、歯肉炎および歯周炎などの歯周病、口臭（悪臭呼気）、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）につき記述されている。
【０４４３】
膣：
膣の疾患、障害または病態を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、膣の疾患、障害または病態を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、膣に投与（例えば、局所的に）することを含む。いくつかの実施形態では、膣の疾患、障害または病態は、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、早産または流産の危険性である。
【０４４４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン組成物は、標準ケア治療と組み合わせて投与される。一実施形態では、治療は、例えば、クリームの形態で、例えば、経口または膣に適用される抗生物質（メトロニダゾール、クリンダマイシン、チニダゾール、およびセクニダゾールを含む）、抗真菌剤、または、エストラジオールなどを含む、膣に適用されるホルモンを含む。
【０４４５】
いくつかの実施形態では、女性対象の膣内のｐＨを低下させるための方法が提供される。本方法は、グリカン調製物を、膣のｐＨを低下させるのに有効な量（例えば、ｐＨが健康な膣環境を示す点まで）で、それを必要とする女性対象（例えば、ＢＶを示す対象）に投与することを含む。治療の進行は、ｐＨおよび／または乳酸をバイオマーカーとして利用して、および／またはラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、アシドフィルス菌（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）およびイエンセン乳酸杆菌（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）などの種）の存在、もしくは病原性細菌または原性共生生物の存在または不存在をモニタリング／決定して、評価することができる。
【０４４６】
膣の腸内毒素症を処置する方法が本明細書で提供され、当該方法は、本明細書に記載されるグリカン調製物を、腸内毒素症を処置するのに有効な量（例えば、用量）および期間（例えば、治療期間）で、膣に投与（例えば、局所的に）することを含む。
【０４４７】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、アエロコッカス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、エガーテラ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、メガスフェラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、マイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、スネアチア（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、およびウレアプラズマ（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ）の属、ならびにクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）目（例えば、細菌性膣症関連細菌１（ＢＶＡＢ−１）、ＢＶＡＢ２、ＢＶＡＢ３））の属の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４４８】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）種、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）種、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、およびモビルンカス属（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）種、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、アトポビウム・バジナ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、およびエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４４９】
いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、疾患関連細菌、原性共生生物または病原体、例えば、アエロコッカス・クリステンセニー（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、アトポビウム・バジナ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、バクテロイデス・ウレアリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｓ）、コリネバクテリウム・バジネール（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｌｅ）、ディアリスター・ミクラエロフィルス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、インフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、レプトトリキア・アムニオニー（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ａｍｎｉｏｎｉｉ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、ペプトニフィルス・ラクリマリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ティモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、スネアチア・サンギネジェンス（Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、およびウレアプラズマ・ウレアリティカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）の種の増加した存在度（例えば、腸内毒素症でない状態に対して）を含む。
【０４５０】
腸内毒素症は、例えば、細菌性膣炎（ＢＶ）、膣分泌物、骨盤炎症性疾患、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）による感染症、Ｂ群連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染症、性的に伝染される感染性疾患（細菌性、ウイルス性、および寄生虫性の疾患を含む）、子宮頚管炎、剥離性炎症性膣炎（ＤＩＶ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）膣感染症、早産または流産の危険性などの疾患、障害または病態を生じさせ得る。
【０４５１】
属レベルでは、２１８の細菌は膣中の１６Ｓ  ｒＲＮＡシークエンシングにより特徴付けられている（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｅａｌｔｈｙ  ｈｕｍａｎ  ｂｏｄｙ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．１４，Ｒ１）。膣マイクロバイオームは、アクチノミセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、フィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、およびディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）の属を含む分類群からなる（Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２，Ｔｈｅ  ｖａｇｉｎａｌ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ：ｒｅｔｈｉｎｋｉｎｇ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅｓ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６６，３７１−３８９に概説される）。ほとんどの女性の膣マイクロバイオームは、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、特に、クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）およびイエンセン乳酸杆菌（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ））によって支配される。これらの細菌による乳酸の生産は、膣のｐＨを低下させ、病原体に対する防御に寄与すると考えられる。これらの細菌による過酸化水素の生産も、病原体に対する防御に寄与すると考えられる。対照的に、女性（およびより一般的には、白人またはアジア人の女性と比較して、黒人およびヒスパニックの女性）の２０−３０％において、膣マイクロバイオームは、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）に支配されるのではなく、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、スネアチア（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、エガーテラ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）、およびフィネゴルディア（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）を含む属からの嫌気性細菌の多様な混合物が生息している。細菌性膣炎（ＢＶ）は、膣排出物などの症状を引き起こし、性行為感染症、骨盤内炎症性疾患、および早産の危険性を増大させる。ＢＶは、膣マイクロバイオームの調節不全から生じる。
【０４５２】
いくつかの実施形態では、薬学的グリカン組成物は、対象の胃腸以外の部位の状態のシフトまたは調節をもたらすのに有効な量および期間で投与される。一実施形態では、薬学的グリカン組成物は、細菌分類群（１つ以上、２つ以上、３つ以上など）のシフトまたは調節をもたらすのに有効な量および期間で投与される。一実施形態では、薬学的グリカン組成物は、微生物機能（例えば、代謝機能）のシフトまたは調節をもたらすのに有効な量および期間で投与される。一実施形態では、薬学的グリカン組成物は、微生物叢の、マイクロバイオーム（ゲノム）、トランスクリプトーム、メタボローム、またはプロテオームのシフトまたは調節をもたらすのに有効な量および期間で投与される。
【０４５３】
いくつかの実施形態では、薬学的グリカン組成物の投与は、宿主の健康全般および／または胃腸以外の部位などの特定の生態的部位の健康を、例えば、生態的部位（例えば、鼻腔、口腔または膣）内の微生物群の１つ以上のメンバー（常在共生細菌および／または獲得した病原体もしくは原性共生生物等）の増殖または存在度を調節すること（例えば、増加または減少すること）によって改善する。
【０４５４】
本明細書に記載されるグリカン調製物は、有効な量で対象に投与されるとき、胃腸以外の部位における１つ以上の微生物代謝産物の産生を調節し得る。グリカン調製物は、有効な量で対象に投与されるとき、表８に列挙される１つ以上の微生物代謝産物の産生またはレベルを調節（例えば、増加または減少）し得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、胃腸以外の部位で共生細菌の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生を調節するために投与される。
【０４５５】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、遠位部位の炎症状態を調節するために、ＳＣＦＡおよび他の微生物で生産された免疫調節分子または代謝産物の全身的な効果を誘発するために投与される。
【０４５６】
いくつかの実施形態では、処置のための（例えば、薬学的グリカン組成物を用いた治療のための）対象を選択する方法が提供される。本方法は、（ａ）胃腸以外の部位（例えば、鼻腔、口腔または膣）に疾患、障害または病態を有する対象を特定すること、および（ｂ）本明細書に記載されるグリカン調製物を用いた処置のために、特定された対象を選択することを含む。いくつかの実施形態では、対象はさらに、第２の薬物または治療による処置のために選択される。いくつかの実施形態では、処置のための対象を選択する方法は、未処置の対象（例えば、抗菌治療に対して未処置の対象）を選択することを含む。
【０４５７】
いくつかの実施形態では、処置のための対象を選択する方法は、対象に治療上の利益を提供することに基づきグリカン治療調製物を選択することを含む。いくつかの実施形態では、治療のための対象を選択する方法は、対象が、グリカン調製物の投与から利益を得ることが期待されるであろうことまたは期待されることに基づいて対象を選択することを含む。
【０４５８】
いくつかの実施形態では、選択方法は、例えば、処置前、処置中、および／または処置後に、対象の胃腸以外の部位の微生物叢を評価することを含む。一実施形態では、対象の胃腸以外の部位の微生物叢は、処置開始前に評価される。いくつかの実施形態では、評価の結果は、治療のための対象を選択するために使用される。あるいは、またはさらに、評価は、処置のための用量または用量レジメンを特定するために使用される。
【０４５９】
いくつかの実施形態では、初期および／または継続的な処置のためのグリカン調製物に応答する対象が特定され選択される。応答者は、医師または他の医療提供者によって決定されるように、１つ以上の適切なパラメータを用いて特定され得る。パラメータは、ａ）生理学的処置効果（例えば、発熱の低減、健康状態の増加、エネルギーの増加など）、ｂ）（宿主の）バイオマーカー（例えば、炎症性マーカーなど）の所望の変化、ｃ）微生物分類群のシフト（例えば、相対的存在度において、多様性の変化など）、ｄ）微生物叢の機能的シフト（例えば、代謝産物、微生物シグナル、微生物遺伝子発現、微生物のタンパク質発現におけるシフト）、ｅ）所望の細菌分類群の存在または不存在（宿主微生物叢内）の１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、非応答者が特定および選択される。一実施形態では、処置方法は、非応答者を処置に応答性とすることを含む。いくつかの実施形態では、これは、グリカン（および／または第２の薬剤）の処置に応答する１つ以上の細菌分類群（たとえば、１つ以上の共生生物）を非応答者に投与することを含み得る。
【０４６０】
いくつかの実施形態では、対象を評価する方法、例えば、グリカン処置への適性、グリカン処置への応答性、またはグリカン処置の進行を評価する方法が提供される。任意に、グリカン処置は、他の処置または治療（例えば、薬物処置）との組み合わせられる。様々な適切なバイオマーカーの変化が評価される。いくつかの実施形態では、微生物叢内の変化が評価され、または対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、微生物の代謝（例えば、代謝産物入力および／または出力）の変化が評価され、または対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームの変化（例えば、ゲノムまたはトランスクリプトームレベルの変化）が評価され、または対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、微生物のプロテオームの変化が評価され、または対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、宿主内の変化が評価され、または対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、宿主のプロテオーム（例えば、タンパク質合成）、メタボローム、トランスクリプトーム（例えば、遺伝子の転写／発現）、細胞シグナル伝達などの変化が評価され、対応する値が取得される。いくつかの実施形態では、本方法は、ａ）グリカン調製物（および／または組み合わせ処置における薬剤もしくは治療法）によって調節されたバイオマーカーのレベルに関するパラメータの値を取得すること、ｂ）値に応じて、対象を分類し、対象への処置を選択し、または対象に処置を行い、それにより対象を評価することを含む。
【０４６１】
治療反応性および／または進行は、１つ以上のバイオマーカーを用いて評価し、または判定することができる。適切なバイオマーカーは、医師によって決定されてもよい。グリカンでの処置は、当該技術分野において公知の方法によって決定され得る１つ以上のバイオマーカーの増加または減少をもたらし得る。研究者は、バイオマーカーを、例えば、治療前、治療中および／または治療後の様々な間隔で測定しなければならない治療中の時点で決定することができる。任意の好適な試料、例えば、胃腸以外の部位に特異的な試料、例えば、（粘膜）組織試料または生検、スワブなどは、対象から採取され得、当該試料が公知の適切な方法によって分析され得る。いくつかの実施形態では、処置の進行を評価するバイオマーカーの実質的増加または減少が検出され得る。
【０４６２】
いくつかの実施形態では、グリカン調製物での処理は、微生物による、酪酸、酢酸およびプロピオン酸などの短鎖脂肪酸および他の代謝産物（例えば胆汁酸、およびラクターゼ）の放出を生じる。
【０４６３】
細菌の構成物質の同定
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される薬学的グリカン組成物は、胃腸以外の部位における有益な細菌の増殖を増加させ、かつ／または病原体の増殖を減少させるために、対象に投与される。いくつかの実施形態では、微生物群は、健康な状態の微生物群に対するグリカン調製物によってシフトされる。胃腸以外の部位で生じる微生物の変化は、当該技術分野において公知であり、本明細書に記載される任意の数の方法を用いて分解され得る。
【０４６４】
グリカン調製物が胃腸以外の部位における細菌集団のシフトをもたらすかどうかを判定するためのある定量的な方法として、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）が行われ得る。ゲノムＤＮＡは、製造業者の取扱説明書に従って、または当業者に公知の他の標準的な方法によって、市販のキット、例えば、Ｍｏ  Ｂｉｏ  Ｐｏｗｅｒｓｏｉｌ（登録商標）−ｈｔｐ  ９６ウェルＳｏｉｌ  ＤＮＡ単離キット（Ｍｏ  Ｂｉｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、Ｍｏ  Ｂｉｏ  Ｐｏｗｅｒｓｏｉｌ（登録商標）ＤＮＡ単離キット（Ｍｏ  Ｂｉｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、またはＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｓｔｏｏｌミニキット（ＱＩＡＧＥＮ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を用いて試料から抽出することができる。
【０４６５】
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲは、ＨｏｔＭａｓｔｅｒＭｉｘ（５ＰＲＩＭＥ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）およびある特定の（例えば、有益なまたは所望の）細菌に特異的なプライマーを用いて行われ得、バーコード付きのＭｉｃｒｏＡｍｐ（登録商標）Ｆａｓｔ  Ｏｐｔｉｃａｌ  ９６ウェル反応プレート（０．１ｍＬ）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ）で行われてもよく、ＦＡＭおよびＲＯＸチャンネルで蛍光読み取りを行うＣＦＸ９６（商標）Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＢｉｏＲａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を取り付けたＢｉｏＲａｄ  Ｃ１０００（商標）Ｔｈｅｒｍａｌ  Ｃｙｃｌｅｒで行われ得る。ＦＡＭチャンネルでの各ウェルのＣｑ値は、ＣＦＸ  Ｍａｎａｇｅｒ（商標）ソフトウエア  バージョン２．１によって決定される。所定の試料のＣｑ値を標準曲線から作成された線形回帰モデルに入力して、標準曲線のウェルのＣｑ値をそれらの試料の既知のｌｏｇ１０（ｃｆｕ／ｍｌ）に比較することにより、各実験試料のｌｏｇ１０（ｃｆｕ／ｍｌ）が計算される。当業者は、代替のｑＰＣＲモードを利用してもよい。
【０４６６】
いくつかの実施形態では、微生物の構成物質は、微生物の１６Ｓ小サブユニットのリボソームＲＮＡ遺伝子（１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子）のＤＮＡ配列を特徴付けることによって同定される。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子は、約１，５００のヌクレオチド長であり、概して、生物にわたって高度に保存されているが、ほとんどの生物の種および菌株分類群を分化するために十分なヌクレオチド多様性を宿す特異的な可変および超可変領域（Ｖ１〜Ｖ９）を含有する。細菌におけるこれらの領域は、命名法の大腸菌系に基づいたナンバリングを用いて、それぞれヌクレオチド６９〜９９、１３７〜２４２、４３３〜４９７、５７６〜６８２、８２２〜８７９、９８６〜１０４３、１１１７〜１１７３、１２４３〜１２９４、および１４３５〜１４６５によって定義される。（例えば、Ｂｒｏｓｉｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ａ  １６Ｓ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ，ＰＮＡＳ  ７５（１０）：４８０１−４８０５（１９７８）を参照のこと）。
【０４６７】
微生物群衆の組成は、完全１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子、またはこの遺伝子のＶ１、Ｖ２、Ｖ３、Ｖ４、Ｖ５、Ｖ６、Ｖ７、Ｖ８、およびＶ９領域のうちの少なくとも１つのシークエンシングによって、またはこの遺伝子からの可変両機の任意の組み合わせ（例えば、Ｖ１〜３またはＶ３〜５）のシークエンシングによって推定され得る。一実施形態では、Ｖ１、Ｖ２、およびＶ３領域は、微生物叢を特徴付けるために使用される。別の実施形態では、Ｖ３、Ｖ４、およびＶ５領域は、微生物叢を特徴付けるために使用される。別の実施形態では、Ｖ４領域は、微生物叢を特徴付けるために使用される。
【０４６８】
互いに少なくとも９７％同一性である配列は、操作的分類単位（ＯＴＵ）にグループ化される。９７％類似性を有する配列を含むＯＴＵは、ほぼ種レベルの分類群に相当する。各ＯＴＵから少なくとも１つの代表的な配列が選択され、高度に精選された１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列の参照データベース（ＧｒｅｅｎｇｅｎｅｓまたはＳＩＬＶＡデータベース等）との比較によってＯＴＵに対する分類的な割り当てを得るために使用される。微生物群におけるＯＴＵ間の関係は、各ＯＴＵからの代表的な配列から系統樹を構築することによって推定され得る。
【０４６９】
既知の技術を用いて、完全１６Ｓ配列または１６Ｓ配列の任意の可変領域の配列を決定するために、ゲノムＤＮＡが細菌試料から抽出され、１６Ｓ  ｒＲＮＡ（完全領域または特定の可変領域）がポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）から増幅され、ＰＣＲ産物が清浄され、ヌクレオチド配列は、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の遺伝的組成物またはこの遺伝子の可変領域を決定するために詳細に記述される。完全な１６Ｓシークエンシングが行われる場合、使用されるシークエンシング法は、Ｓａｎｇｅｒシークエンシングであり得るが、これに限定されない。Ｖ４領域等の１つ以上の可変領域が使用される場合、シークエンシングは、Ｓａｎｇｅｒ法を用いて、またはＩｌｌｕｍｉｎａ法等の次世代シークエンシング法を用いて行われ得るが、これらに限定されない。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の保存領域にアニールするように設計されたプライマー（例えば、Ｖ４領域の増幅のための５１５Ｆおよび８０５Ｒプライマー）は、同時に複数の微生物群を特徴付けることができるように固有のバーコード配列を含み得る。
【０４７０】
微生物組成を同定するための別の方法としては、ヌクレオチドマーカーまたは遺伝子、具体的には、高度の保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）、もしくはこれらの組み合わせ、または全ゲノムショットガン配列（ＷＧＳ）の特徴である。明確な方法を用いて、細菌試料から抽出されたＤＮＡは、ＰＣＲを用いて増幅され、増幅した産物のヌクレオチド配列を決定するためにシークエンシングされた特定のゲノム領域を有するであろう。ＷＧＳ法では、抽出されたＤＮＡは、（３００〜約４０，０００ヌクレオチドから）様々な長さの部分に断片化され、増幅することなく直接シークエンシングされよう。配列データは、Ｓａｎｇｅｒ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ、ＡＢＩ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、および／またはＯｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅが挙げられるが、これらに限定されない、任意のシークエンシング技術を用いて作成され得る。
【０４７１】
１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子に加えて、所与の種または分類学的群においてマーカー遺伝子であることが公知である選択された一組の遺伝子を分析して、微生物群の組成を評価する。あるいは、これらの遺伝子は、ＰＣＲ系スクリーニング戦略を用いてアッセイされる。例えば、様々な菌株の病原性大腸菌は、非耐熱性（ＬＴＩ、ＬＴＩＩａ、およびＬＴＩＩｂ）および耐熱性（ＳＴＩおよびＳＴＩＩ）毒素、ベロ毒素型１、２、および２ｅ（それぞれ、ＶＴ１、ＶＴ２、およびＶＴ２ｅ）、細胞毒性壊死性因子（ＣＮＦ１およびＣＮＦ２）、接着および破壊機序（ｅａｅＡ）、腸管凝集性機序（Ｅａｇｇ）、および侵入性機序（Ｅｉｎｖ）をコードする遺伝子を用いて区別される。マーカー遺伝子の使用により微生物群の分類学的組成物を決定するために使用される最適な遺伝子は、配列ベースの分類学的同定の当業者にはよく知られている。
【０４７２】
微生物の全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）のためのシークエンシングライブラリーは、細菌ゲノムＤＮＡから調製され得る。ヒトまたは実験動物試料から単離されているゲノムＤＮＡについては、ＤＮＡは、任意に、市販のキット、例えば、ＮＥＢＮｅｘｔ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ＤＮＡ濃縮キット（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）または他の濃縮キットを用いて、細菌ＤＮＡに対して濃縮され得る。シークエンシングライブラリーは、製造業者の取扱説明書に従って、市販のキット、例えば、Ｎｅｘｔｅｒａ  Ｍａｔｅ−Ｐａｉｒ試料調製キット、ＴｒｕＳｅｑ  ＤＮＡ  ＰＣＲ−ＦｒｅｅもしくはＴｒｕＳｅｑ  Ｎａｎｏ  ＤＮＡ、またはＮｅｘｔｅｒａ  ＸＴ試料調製キット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いてゲノムＤＮＡから調製され得る。あるいは、ライブラリーは、Ｉｌｌｕｍｉｎａシークエンシングプラットフォームに適合する他のキット、例えば、ＮＥＢＮｅｘｔ  ＤＮＡライブラリー構築キット（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を用いて調製され得る。次いで、ライブラリーは、ＭｉＳｅｑ、ＨｉＳｅｑ、またはＮｅｘｔＳｅｑシ−ケンサー（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）が挙げられるが、これらに限定されない、標準的なシークエンシング技術を用いてシークエンシングされ得る。
【０４７３】
あるいは、全ゲノムショットガン断片ライブラリーは、当該技術分野に標準的な方法を用いて調製した。例えば、ショットガン断片ライブラリーは、ＧＳ  ＦＬＸ  Ｔｉｔａｎｉｕｍ  Ｒａｐｉｄライブラリー調製キット（４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｒａｎｆｏｒｄ，ＣＴ）を用いて構築し、ＧＳ  ＦＬＸ  Ｔｉｔａｎｉｕｍ  ｅｍＰＣＲキット（４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｒａｎｆｏｒｄ，ＣＴ）を用いて増幅し、４５４シ−ケンサー（４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｒａｎｆｏｒｄ，ＣＴ）上で標準的な４５４パイロシークエンシングプロトコルに従ってシークエンシングし得る。
【０４７４】
細菌ＲＮＡは、ＲｉｂｏＰｕｒｅ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＲＮＡ精製キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）等の市販のキットによって細菌を含む微生物培地または試料から単離され得る。細菌ＲＮＡの単離のための別の方法は、ｔＲＮＡの除去による細菌ＲＮＡの精製した試料におけるｍＲＮＡの濃縮を含み得る。あるいは、ＲＮＡは、Ｎｅｘｔｅｒａ  ＸＴ試料調製キット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）等の標準的な方法を用いてシークエンシングライブラリーを生成するために使用される、ｃＤＮＡに変換され得る。
【０４７５】
核酸配列は、配列相同性および系統発生置換法または２つの戦略の組み合わせを用いて、分類学的割り当てを明らかにするために分析される。類似のアプローチは、タンパク質名、タンパク質機能、転写因子名、および核酸配列については任意の他の分類図解に注釈を付けるために使用される。配列相同性に基づいた方法は、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴｘ、ｔＢＬＡＳＴｎ、ｔＢＬＡＳＴｘ、ＲＤＰ分類器、ＤＮＡｃｌｕｓｔ、ＲａｐＳｅａｒｃｈ２、ＤＩＡＭＯＮＤ、ＵＳＥＡＲＣＨ、およびＱＩＩＭＥまたはＭｏｔｈｕｒ等のこれらのアルゴリズムの様々な実装を含む。これらの方法は、参照データベースへの配列読み出しをマッピングし、最良の一致を選択する。一般的なデータベースは、分類学的割り当てについては、ＫＥＧＧ、ＭｅｔａＣｙｃ、ＮＣＢＩ非冗長性データベース、Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ、ＲＤＰ、およびＳｉｌｖａを含む。機能的割り当てについては、読み出しは、ＣＯＧ、ＫＥＧＧ、ＢｉｏＣｙｃ、ＭｅｔａＣｙｃ、および炭水化物活性酵素（ＣＡＺｙ）データベース等の様々な機能的データベースにマッピングされる。微生物分岐群は、ＭｅｔａＰｈｌＡｎを含むソフトウェアを用いて割り当てられる。
【０４７６】
微生物集団のプロテオーム分析
グリカン調製物は、健康な状態と関連する微生物タンパク質の発現を増加させる、または病的状態と関連する微生物タンパク質の発現を減少する能力に基づいて選択され得る。微生物集団のプロテオーム分析は、当業者に公知のプロトコルに従って行われ得る（例えば、Ｃｏｒｄｗｅｌｌ，Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ  ａｎｄ  ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｐｒｏｔｅｏｍｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００４，２６６：１１５）。特異的に発現されたタンパク質を同定するために（例えば、グリカン治療剤による微生物集団の処置の際にタンパク質発現の変化を同定するために）、プロテオーム分析は、例えば、Ｊｕｓｔｅ  ｅｔ  ａｌ．（Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｉｇｎａｌｓ  ａｒｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ，Ｇｕｔ，２０１４，６３：１５６６）に記載されるように行われ得る。例えば、タンパク質は、２つの試料（例えば、未処置の微生物集団およびグリカン治療剤により処置されている集団）の微生物溶解物から単離される。各タンパク質試料は、標識され（例えば、蛍光色素、例えば、Ｃｙ３またはＣｙ５  ＣｙＤｙｅ  ＤＩＧＥ  Ｆｌｕｏｒ最小色素を用いて、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）、二次元ディファレンスゲル電気泳動（２Ｄ−ＤＩＧＥ）によって分析される。ゲルが染色され、２つの試料間で有意に異なると同定されるタンパク質スポットが、切除され、消化され、液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）によって分析される。Ｘ！ＴａｎｄｅｍＰｉｐｅｌｉｎｅ（ｈｔｔｐ：／／ｐａｐｐｓｏ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｂｉｏｉｎｆｏ／ｘｔａｎｄｅｍｐｉｐｅｌｉｎｅ／）は、異なった形で発現したタンパク質を同定するために使用され得る。
【０４７７】
グリカン調製物はまた、微生物の発酵産物の存在におけるそれらの効果に基づいてヒト対象への投与のために選択され得る。例えば、グリカン調製物は、プロピオン酸塩（プロピオン酸）、酢酸塩、および／または酪酸塩（酪酸）等の短鎖脂肪酸を生成する細菌の増殖を誘導または促進するそれらの能力のために選択され得る。同様に、グリカン調製物は、酸性環境を生成することにより他の細菌の増殖を調節することができる、乳酸を生成する細菌の増殖を誘導または促進するそれらの能力のために選択され得る。そのような分析はまた、グリカン調製物を用いてプロバイオティクス細菌を対にするために使用され得、そのため、グリカン調製物は、所望の発酵産物の生成のための基質である。
【０４７８】
未使用もしくは使用済みの培養培地またはヒトから収集された生物学的試料に存在する代謝産物は、本明細書に記載される方法を用いて決定され得る。質量分析法と組み合わされたガスまたは液体クロマトグラフィー、または１Ｈ−ＮＭＲ等の、試料中の代謝産物の相対濃度を決定するために使用され得、当業者に知られている不偏の方法。これらの測定は、同じ分析システムを通して代謝産物の標準物を泳動させることによって確認され得る。
【０４７９】
ガスクロマトグラフィー−質量分析（ＧＣ−ＭＳ）または液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ）の分析の場合、極性代謝産物および脂肪酸は、有機溶媒および水性試料の単相または二相系を用いて抽出され、誘導体化され得る（Ｆｅｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｉｓ  ａ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  α−ｋｅｔｏｇｌｕｔａｒａｔｅ  ｔｏ  ｃｉｔｒａｔｅ  ｒａｔｉｏ  ｉｎ  ｃｅｌｌｓ，Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ，２０１３，４：２２３６、Ｆｅｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｆｏｒｍｉｎ  ｄｅｃｒｅａｓｅｓ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｏｘｉｄａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｃｒｅａｓｅｓ  ｔｈｅ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｙ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ  ｏｎ  ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，２０１３，７３：４４２９、Ｍｅｔａｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｂｙ  ＩＤＨ１  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｌｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｕｎｄｅｒ  ｈｙｐｏｘｉａ，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８１：３８０）。極性代謝産物の誘導体化のための例示的なプロトコルは、ピリジン中の２％塩酸メトキシルアミンを用いた代謝産物のインキュベーション、続いて、Ｎ−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル−Ｎ−メチルトリフルオロアセトアミド（ＭＴＢＳＴＦＡ）と１％ｔｅｒｔ−ブチルジメチルクロロシラン（ｔ−ＢＤＭＣＳ）の添加によるメトキシム−ｔＢＤＭＳ誘導体の形成を含む。トリアシルグリセリドおよびリン脂質を含む非極性画分は、遊離脂肪酸に鹸化し、エステル化して、例えば、メタノール中の２％Ｈ２ＳＯ４によるインキュベーションによって、またはメチル−８試薬（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いることによって脂肪酸メチルエステルを形成し得る。次いで、誘導体化した試料は、標準的なＬＣ−ＭＳ法を用いたＧＣ−ＭＳ、例えば、質量分析（ＭＳ）と適合してガスクロマトグラフ（ＧＣ）上に設置されたＤＢ−３５ＭＳカラム（３０ｍ×０．２５ｍｍ内径×０．２５μｍ、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｊ＆Ｗ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって分析され得る。質量アイソトポマー分布は、代謝産物イオン断片を積分することによって判定され、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚら（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  １３Ｃ  ｍａｓｓ  ｉｓｏｔｏｐｏｍｅｒ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｎａｔｕｒａｌ  ｓｔａｂｌｅ  ｉｓｏｔｏｐｅ  ａｂｕｎｄａｎｃｅ，Ｊ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍ，１９９６，３１：２５５）から適合されたアルゴリズム等の標準アルゴリズムを用いて天然存在度について修正され得る。液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ）の場合、極性代謝産物は、ＳｅＱｕａｎｔ  ＺＩＣ−ｐＨＩＬＩＣ  Ｐｏｌｙｍｅｒｉｃカラム（２．１×１５０ｍｍ；ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）等のカラムが装備されている標準的なベンチトップＬＣ−ＭＳ／ＭＳを用いて分析され得る。分離のために使用される例示的な移動相は、特定のｐＨ値に調整された緩衝液および有機溶媒を含み得る。
【０４８０】
組み合わせてまたは別の方法では、抽出された試料は、１Ｈ−核磁気共鳴（１Ｈ−ＮＭＲ）によって分析され得る。試料は、任意に、緩衝溶液（例えば、Ｄ２Ｏ中のＮａ２ＨＰＯ４、ＮａＨ２ＰＯ４、ｐＨ７．４）の存在下で、Ｄ２Ｏ等の同位体的に濃縮された溶媒と組み合わせられ得る。試料はまた、較正および化学シフト決定のための参照基準物（例えば、５ｍＭの２，２−ジメチル−２−シラペンタン−５−スルホン酸ナトリウム塩（ＤＳＳ−ｄ６，Ｉｓｏｔｅｃ，ＵＳＡ））を補充し得る。分析の前に、溶液は、濾過または遠心分離して、いかなる堆積物または沈殿物を除去し、次いで、分析のために好適なＮＭＲチューブまたは容器（例えば、５ｍｍのＮＭＲチューブ）に移動させてもよい。１Ｈ−ＮＭＲスペクトルは、標準的なＮＭＲ分光器、例えば、５ｍｍのＱＸＩ−Ｚ  Ｃ／Ｎ／Ｐ  プローブ−ヘッド）が装備され、スペクトル積分ソフトウェア（例えば、Ｃｈｅｎｏｍｘ  ＮＭＲ  Ｓｕｉｔｅ  ７．１；Ｃｈｅｎｏｍｘ  Ｉｎｃ．，Ｅｄｍｏｎｔｏｎ，ＡＢ）で分析される、Ａｖａｎｃｅ  ＩＩ＋５００  Ｂｒｕｋｅｒ分光器（５００ＭＨｚ）（Ｂｒｕｋｅｒ，ＤＥ）において獲得され得る。（Ｄｕａｒｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，１Ｈ−ＮＭＲ  ｐｒｏｔｏｃｏｌ  ｆｏｒ  ｅｘｏｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃｕｌｔｕｒｅｄ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｃｅｌｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ，２０１４：２３７−４７）。あるいは、１Ｈ−ＮＭＲは、当該技術分野において公知の他の刊行されたプロトコルに従って行われ得る（Ｃｈａｓｓａｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｃｋ  ｏｆ  ｓｏｌｕｂｌｅ  ｆｉｂｅｒ  ｄｒｉｖｅｓ  ｄｉｅｔ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｄｉｐｏｓｉｔｙ  ｉｎ  ｍｉｃｅ，Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ  Ｌｉｖｅｒ  Ｐｈｙｓｉｏｌ，２０１５、Ｂａｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  Ｓｔｏｒａｇｅ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｓｔｕｄｉｅｓ，ＰＬｏＳ  ＯＮＥ，２０１２：ｅ３６９３４）。
【０４８１】
ヒト粘膜含有部位からの微生物試料の収集および力価測定
例えば、核酸の抽出および分析のための膣の微生物試料を採取するため、殺菌したＣａｔｃｈ−Ａｌｌ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｓｗａｂ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、処女膜輪／組織の後方の膣口に置き、５回回転させる。次いで、スワブをただちに試料採集管においてＭｏＢｉｏ緩衝液７５０μＬ中で旋回させ、管壁に対し、２０秒間にわたって複数回押圧する。部位ごとに別々の収集スワブを使用して、同様に後円蓋および膣の中間点の試料採取を可能にするために、ペダーソン検鏡を膣腔に導入する。試料は、処理時まで氷上に保持される。（ＭｃＩｎｎｅｓ＆Ｃｕｔｔｉｎｇ，Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ：Ｃｏｒｅ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｉｎｇ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  Ａ，ｖ１２．０，２０１０，ｈｔｔｐ：／／ｈｍｐｄａｃｃ．ｏｒｇ／ｄｏｃ／ＨＭＰ＿ＭＯＰ＿Ｖｅｒｓｉｏｎ１２＿０＿０７２９１０．ｐｄｆ）  （Ａａｇａａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  Ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｉｎ  Ｐｒｅｇｎａｎｃｙ，２０１２，ＰＬｏＳ  ＯＮＥ，７：ｅ３６４６６）．培養のための膣の微生物試料を収集し、ＡＰＴＩＭＡ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｓｗａｂ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｈｏｌｏｇｉｃ）を製造者の指示に従って使用する。試料採取は上述したプロトコルと同様の方法で行われるが、試料採取後、スワブは輸送培地２．９ｍＬを含む輸送管内に回収する。膣口および後円蓋のｐＨは、微小電極ｐＨメーター（Ｗａｔｅｒｐｒｏｏｆ  ＢｉｇＤｉｓｐｌａｙ  ｐＨ  Ｓｐｅａｒ，Ｏａｋｔｏｎ  ｐＨ  ｍｅｔｅｒ）を用いて試料採取時に測定される。
【０４８２】
例えば、口腔からの試料の採取の準備をするために、対象は１分間水で口をすすぐよう求められ、口をすすいだ５分後に、対象は、唾液の２〜５ｍＬが収集されるまで、殺菌した５０ｍＬ円錐管（Ｆａｌｃｏｎ）に吐き出すよう求められる（Ｈｅｎｓｏｎ＆Ｗｏｎｇ，Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，ｓｔｏｒａｇｅ，ａｎｄ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｏｆ  ｓａｌｉｖａ  ｓａｍｐｌｅｓ  ｆｏｒ  ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，２０１０，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ，６６６：２１−３０）。唾液を含むＦａｌｃｏｎチューブを２６００×ｇで１５分間の遠心分離して固形分を沈降させ、次いで上清をＭｏＢｉｏバッファ（ＭｃＩｎｎｅｓ＆Ｃｕｔｔｉｎｇ）を含む新しい２ｍＬ試験管に移すことにより、下流の核酸分析のために唾液試料が調製される。口腔内の軟組織部位（舌、硬口蓋、頬側粘膜は、角質化した（付着した）歯肉、口蓋扁桃、および咽喉を含む）は、Ｃａｔｃｈ−Ａｌｌ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｓｗａｂ  （Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で当該部位を５〜１０秒スワブすることにより採取される。口腔内の硬組織部位（複数の歯からの歯肉縁上および歯肉縁下のプラークを含む）は、Ｇｒａｃｅｙキュレットで当該部位を穏やかに掻爬することにより採取される。試料が下流の核酸分析のために採取される場合、スワブおよびプラークはＭｏＢｉｏ緩衝液中に集められ、処理時まで氷上に保存される。試料が培養のために採集される場合、スワブおよびプラークはＨｏｏｖｅｒ＆Ｎｅｗｂｒｕｎに記載されるように輸送媒体に収集される（Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉａ  ｆｒｏｍ  Ｈｕｍａｎ  Ｄｅｎｔａｌ  Ｐｌａｑｕｅ  Ｕｎｄｅｒ  Ｖａｒｉｏｕｓ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ，１９７７，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，６：２１２−２１８）。
【０４８３】
例えば、核酸抽出および分析のために鼻腔から微生物試料を収集するため、殺菌したＣａｔｃｈ−Ａｌｌ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｓｗａｂ  （Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用い、穏やかに外鼻孔の粘膜表面を擦る。左および右の鼻孔の両方が試料採取され、一緒にプールされる。次いで、スワブをただちに試料採集管においてＭｏＢｉｏ緩衝液７５０μＬ中で旋回させ、管壁に対し、２０秒間にわたって複数回押圧する。試料は、処理時まで氷上に保持される。（ＭｃＩｎｎｅｓ＆Ｃｕｔｔｉｎｇ）。培養のために鼻腔から微生物サンプルを採取するため、ＢＤ  ＣｕｌｔｕｒｅＳｗａｂ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  Ｓｙｓｔｅｍ  （Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ）を製造者の指示に従って使用する。試料採取は上述したプロトコルと同様の方法で行われるが、試料採取後、スワブはＡｍｉｅｓ培地（ＢＤ  ＣｕｌｔｕｒｅＳｗａｂ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  Ｓｙｓｔｅｍの一部として含まれる）内に回収する。
【０４８４】
一例では、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）およびガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）を含む一般的な膣の細菌の力価を測定するため、膣の細菌を含む試料を採取し、５ｍＬの滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の懸濁液として調製する。１０倍連続希釈を滅菌ＰＢＳで調製し、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）ＭＲＳ寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）または５％ヒト血液ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）選択的寒天（ＢＤ）にプレーティング（希釈あたり１００μＬ）する。プレートを、嫌気的条件下、３７℃で培養する。４８時間後、コロニーを計数し、元の試料中の生存細胞の濃度を逆算するために使用する。
【０４８５】
別の例では、口腔内の一般的な細菌の力価を測定するため、口腔からの細菌を含む試料を採取し、５ｍＬの滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の懸濁液調製した。１０倍連続希釈を滅菌ＰＢＳで調製し、Ｔｒｙｐｔｉｃ  Ｓｏｙ血清バシトラシン・バンコマイシン寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、歯周炎に関連するアグレガチバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）の力価測定のため）、テルライト入りミチス・サリバリウス寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ）および腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）の力価測定のため）、またはフソバクテリウム選択的寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、歯周炎に関連するフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の力価測定のため）にプレーティング（希釈あたり１００μＬ）する。グラム陽性菌の全体的な力価を測定するため、希釈液は、マンニトール塩寒天（ＢＤ）にプレーティングする。グラム陰性菌の全体的な力価のために、希釈液は、エオシンメチレンブルー寒天（ＢＤ）やマッコンキー寒天（ＢＤ）に塗布する。プレートは、標的種に適している好気性または嫌気性条件下で、３７℃でインキュベートする。４８時間後、コロニーを計数し、元の試料中の生存細胞の濃度を逆算するために使用する。
【０４８６】
別の例では、鼻腔内の一般的な細菌の力価を測定するため、鼻腔からの細菌を含む試料を採取し、５ｍＬの滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の懸濁液調製した。１０倍連続希釈を滅菌ＰＢＳで調製し、クリスタルバイオレット−ナリジクス酸−ゲンタマイシン寒天（肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｕｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価測定のため）、マンニトール塩寒天（ＢＤ、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）種の力価測定のため）、またはチョコレート寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）およびナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種の力価測定のため）にプレーティング（希釈あたり１００μＬ）する。あるいは、希釈液を、ブレインハートインフュージョン寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）またはＬｕｒｉａ−Ｂｅｒｔａｎｉ寒天（ＢＤ）にプレーティングし、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、およびプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）を含む鼻の細菌を非選択的に増殖する。プレートは、標的種に適している好気性または嫌気性条件下で、３７℃でインキュベートする。４８時間後、コロニーを計数し、元の試料中の生存細胞の濃度を逆算するために使用する。
【０４８７】
ヒトまたは動物から収集した細菌を含む試料を非選択的に培養するために、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  Ｂｌｏｏｄ  Ａｇａｒ（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、Ｂｒａｉｎ  Ｈｅａｒｔ  Ｉｎｆｕｓｉｏｎ  Ａｇａｒ（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、またはＣｈｏｐｐｅｄ  Ｍｅａｔ  Ｂｒｏｔｈ（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）等の富栄養培地または寒天が使用される。アミノ酸、炭素源、または必要に応じて他の栄養素を補充したＭ９（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）等の最少培地製剤は、細菌集団におけるグリカン調製物または他の化合物の効果を試験するｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの際に、細菌を非選択的に培養するために使用される。あるいは、例えば、Ｍａｒｔｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｇｌｙｃａｎ  Ｆｏｒａｇｉｎｇ  Ｅｎｈａｎｃｅｓ  Ｆｉｔｎｅｓｓ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｕｔ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｓｙｍｂｉｏｎｔ，２００８，Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ＆Ｍｉｃｒｏｂｅ，４：４４７−４５７）に報告されるような、当業者に公知のその他の最少培地製剤が使用される。
【０４８８】
本明細書に引用または参照したすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個々の刊行物または特許文献が参照により組み込まれることが具体的かつ個々に示されたのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０４８９】
本発明は、以下の実施例によってさらに例示される。実施例は、例示の目的のみで提供され、決して本発明の範囲または内容を限定すると考えられるべきではない。本発明の実践は、別記されない限り、当技術分野の技術内の、タンパク質化学、生物化学、組換えＤＮＡ技術、および薬理学の従来の方法が用いられるであろう。かかる技術は、文献内に十分に説明される。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）、Ｇｒｅｅｎ＆Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，２０１２）、Ｃｏｌｏｗｉｃｋ＆Ｋａｐｌａｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，２０１２）、Ｓｕｎｄｂｅｒｇ＆Ｃａｒｅｙ，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｐａｒｔｓ  Ａ  ａｎｄ  Ｂ，５ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，２００７）を参照のこと。
【０４９０】
実施例１．グリカンの調製
オーバーヘッド撹拌器およびジャケット短経路凝縮器を装備した丸底フラスコに、１つ以上のモノ−または二糖類が、乾燥重量で３〜２０％の米国特許第８，４６６，２４２号およびＷＯ  ２０１４／０３１９５６（これらは参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる）に記載される触媒のうちの１つ以上を添加し得る。例示的な触媒の一部は、図１Ａ〜１Ｂに示される。水（０．２５当量重量）は、乾燥混合物に添加され、スラリーは、できるだけ接近して選択された丸底フラスコの輪郭に一致するようにサイズ決めされたへらを用いて、約１００ｒｐｍで混合された。次いで、この混合物を８０〜１５５℃、主に１３５〜１５５℃に加熱した。一旦固体が融解状態に達したら、容器を１０〜１０００ｍｂａｒ、主に３００〜６００ｍｂａｒの真空圧下に設置した。反応物は、３０分間〜８時間、主に１．５〜４時間撹拌し、絶えず、反応物から水を取り除いた。反応進行は、ＨＰＬＣによってモニタリングした。十分な重合が生じたとき、撹拌器を止め、反応物を室温まで冷却し、大気圧まで放出し、固体塊は、約５０Ｂｒｉｘ（１００ｇの溶液当たりの糖のグラム量）の溶液を作製するのに十分な水の体積中に溶解した。一旦溶解が完了したら、固体触媒を、濾過によって除去し、グリカンを含有する溶液を、例えば、回転蒸発によって、約６５〜７５Ｂｒｉｘまで濃縮した。
【０４９１】
以下の１５個のグリカン調製物を含む、約３５個の異なるグリカン調製物を、多くの複数のバッチ（例えば、２〜１０バッチ）で作製し、本明細書に記載される様々なアッセイで試験した：
【０４９２】
単一のグリカン単位（ホモグリカン調製物）：ｘｙｌ１００、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｇｌｕ１００、およびｍａｎ１００。
【０４９３】
２つのグリカン単位（ヘテログリカン調製物）：ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、およびｇｌｕ５０ｇａｌ５０。
【０４９４】
３つのグリカン単位（ヘテログリカン調製物）：ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３およびｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９。
【０４９５】
さらなるグリカン調製物およびその製法は、例えば、本明細書に組み込まれるＷＯ／２０１６／１２２８８９  ＧＬＹＣＡＮ  ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ  ＡＮＤ  ＲＥＬＡＴＥＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＴＨＥＲＥＯＦ、実施例１に記載され、以下を含む：ａ）ホモグリカン調製物：ｒｈａ１００、ｆｕｃ１００およびｆｒｕ１００、ｂ）ヘテログリカン調製物：ａｒａ５０ｇａｌ５０、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｍａｎ６２ｇｌｕ３８、ハイブリッドグリカンｇｌｕ９０ｓｏｒ１０およびｇｌｕ９０ｇｌｙ１０、およびｃ）ヘテログリカン調製物：ｘｙｌ７５ｇｌｕｌ２ｇａｌｌ２、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３。
【０４９６】
グリカンは、モノマーが構成する物質の割合を反映する１００の中からの数に従って、単量体の糖成分を表す３文字コードによって記載されている。それ故に、「ｇｌｕ１００」は、１００％のＤ−グルコース（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属し、「ｇｌｕ５０ｇａｌ５０」は、５０％のＤ−グルコースおよび５０％のＤ−ガラクトース（グリカン単位）の入力から、またはあるいは、ラクトース二量体（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属するものと見なす。本明細書に使用される場合、ｘｙｌ＝Ｄ−キシロース、ａｒａ＝Ｄ−アラビノースまたはＬ−アラビノース、ｇａｌ＝Ｄ−ガラクトース、ｇｌｕ＝Ｄ−グルコース、ｒｈａ＝Ｌ−ラムノース、ｆｕｃ＝Ｌ−フコース、ｍａｎ＝Ｄ−マンノース、ｓｏｒ＝Ｄ−ソルビトール、ｇｌｙ＝Ｄ−グリセロール。
【０４９７】
実施例２．グリカンの精製
実施例１等で合成されたグリカン（例えば、オリゴ糖および多糖）は、２５〜５０Ｂｒｉｘの最終濃度まで脱イオン水中に溶解した。次いで、溶液が３〜５の最終ｐＨを達成するのに十分な滞留時間で、典型的には１時間当たり２〜３カラム容積で、材料を湿式スラリー充填カラムを通して溶出することにより、少なくとも２質量当量のＤｏｗｅｘ  Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ  ８８イオン交換樹脂に曝露した。処理は、溶液のｐＨが５．５を超えるまで類似の様式でＤｏｗｅｘ  Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ  ７７イオン交換樹脂を用いて繰り返された。最終的に、溶液は、十分に浄化し、０．２ミクロンフィルタを通して濾過して、残渣樹脂および樹脂微粒子を除去するまで、この溶液をＤｏｗｅｘ  Ｏｐｔｉｐｏｒｅ  ＳＤ−２  Ａｄｓｏｒｂｅｎｔ脱色樹脂に曝露した。次いで、得られた３５のグリカン調製物すべての最終溶液を、回転蒸発によって５０〜８５Ｂｒｉｘに濃縮するか、凍結乾燥によって固体になるまで濃縮した。
【０４９８】
実施例３：低分子量成分の除去によるグリカン治療剤の修飾
実施例１および２のように調製および精製したグリカンを、任意に修飾して、低分子量成分を除去した。分離は、浸透分離によって達成された。Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｌａｂｓからの約４５ｃｍの１．０ｋＤ  ＭＷＣＯ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  ＣＥ透析チューブ（折径３１ｍｍ）を、脱イオン水に入れ、１０分間浸し、次いで、一方の末端を透析チューブクリップで密封した。２５Ｂｒｉｘ溶液の８グラムの乾燥グリカン調製物を滅菌濾過し、数ｍＬの空気と共に第２のクリップでチューブを密封し、チューブを浮かせた。次いで、充填したチューブを、３ガロンのタンクの脱イオン水中に入れて、密封したチューブの緩やかな旋回を誘発するのに十分な力で撹拌した。８時間後、タンク中の水を取り替え、チューブをさらに１６時間撹拌した。一旦透析が完了し、所望のエンドポイントにより、物質が８０％〜９５％のＤＰ２＋収率および７５％〜９０％のＤＰ３＋収率を有すると、希釈溶液を滅菌濾過し、約６５Ｂｒｉｘの最終濃度まで真空下で濃縮するか、または１〜１０％の残留水分を有する固体になるまで凍結乾燥した。あるいは、分離は、接線流濾過（ＴＦＦ）によって達成された。この場合、脱イオン水中に溶解し、滅菌濾過した１００ｍＬの２５Ｂｒｉｘグリカン調製物を、製造業者の推奨に従って調製されたＳｐｅｃｔｒｕｍ  Ｌａｂｓ  ＫｒｏｓＦｌｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ＩＩｉ  ＴＦＦシステムの供給ボトルに入れた。次いで、グリカン調製物を、２５ｐｓｉｇの膜貫通圧で１ｋＤ  ｍＰＥＳ  ＭｉｄｉＫｒｏｓ中空フィルタを通して透析濾過した。０．５透析体積毎に採取された供給ストックのＨＰＬＣ試料を使用して、所望のエンドポイントにより、物質が８０％〜９５％のＤＰ２＋収率および７５％〜９０％を超えるＤＰ３＋収率を有したときを決定し、この時点で、溶液を滅菌濾過し、６５Ｂｒｉｘのシロップになるまで真空下で濃縮するか、または１〜１０質量％の残留水分含量を有する固体になるまで凍結乾燥した。Ｇｒａｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｆｏｏｄ  Ｃｈｅｍ．２００１，１２８，７７３−７７７に記載されるように、低分子量成分（単量体もしくは二量体または他の低分子量オリゴマー（例えば、三量体および四量体など））はまた、７０％エタノールを用いた沈殿によって除去することができる。グリカンはまた、Ｓａｎｚ，ｅｔ  ａｌ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉａ  ２００６，６４，２３３−２３６に記載されるように、活性炭クロマトグラフィーによって異なる平均分子量を有するプールに分別することができる。
【０４９９】
実施例４：グリカン調製物を分析するための方法
液体屈折率測定によるグリカン含量の測定
調製したすべてのグリカン調製物につき、任意の所与の水溶液中のグリカンの量を測定した。Ｍｅｔｔｌｅｒ−Ｔｏｌｅｄｏ  Ｒｅｆｒａｃｔｏ  ３０ＧＳ携帯用の糖用屈折計を、高純度の逆浸透脱イオン水を用いて較正した。数滴のグリカン溶液を、屈折計のレンズの上に０．２ミクロンのシリンジフィルタを通して直接濾過した。測定を室温で行い、Ｂｒｉｘとして報告した。グリカン調製物を、２３℃で明らかな固化または結晶化を行わずに、６０〜７５Ｂｒｉｘになるまで定期的に濃縮した。次いで、Ｂｒｉｘは、水の特定密度が１．０ｇ／ｍＬと等しいと仮定する溶解度に変換され得る。それ故に、７５Ｂｒｉｘ（７５グラムのグリカンおよび２５グラムの水からなる１００グラムの溶液）は、３．０ｇ／ｍＬの水溶解度と等しい。比較として、Ｄ−グルコースの水溶解度は、２５℃で０．９０９ｇ／ｍＬ（４８Ｂｒｉｘ）であることがＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈにより報告される。
【０５００】
サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）による分子量配分
所与のグリカン調製物内の分子量の分布を定量した。この測定は、Ｍｏｎｏｇｒａｐｈ  ｏｆ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ，３８（６）Ｉｎ−Ｐｒｏｃｅｓｓ  Ｒｅｖｉｓｉｏｎ：Ｈｅｐａｒｉｎ  Ｓｏｄｉｕｍ（ＵＳＰ３７−ＮＦ３２）に記載される方法を用いて、ＨＰＬＣによって行われた。分離は、１．０ｍＬ／分の流量で溶離液として５０ｍＭの酢酸アンモニウムおよびＥＬＳＤ検出器を用いて、ＧＥ  ｓｕｐｅｒｐｏｓｅ１２カラムを介したＡｇｉｌｅｎｔ  １２００  ＨＰＬＣシステムにおいて達成された。カラム温度は、３０℃で設定され、デキストラン（１ｋＤ、５ｋＤ、１０ｋＤ重量）を使用して、標準曲線を描いた。２ｍｇ／ｍｌ溶液のグリカン調製物試料を調製し、０．４５μｍスピンフィルターを通過させ、続いて、ＨＰＬＣに４０μｌ注入した。３次の多項式曲線は、対数分子量および列挙された基準の溶出体積に基づいて構築された。試料についての重量平均分子量（Ｍｗ）、数平均分子量（Ｍｎ）、および多分散性指数（ＰＤＩ）は、標準曲線との比較によって計算された。図２は、ｇｌｕ１００の試料のＳＥＣ評価の際に生成された例示的な曲線を示し、平均分子量は、１２１２ｇ／ｍｏｌまたは約ＤＰ７であることが決定された。曲線を誘導する１０％の最大吸収での曲線の点によって定義される、物質の分子量の上部末端は、４５５９ｇ／ｍｏｌまたは約ＤＰ２８であることが決定された。水（実施例１）の連続縮合反応は、一般的に、材料の分子量の上限が典型的には約ＤＰ３０のグリカン調製物を生成する。曲線を追跡する１０％の最大吸収での曲線の点によって定義される、物質の分子量の下部末端は、２００ｇ／ｍｏｌまたは約ＤＰ１であることが決定された。１５個の例示的なグリカン調製物についてのデータを表１に示す。重合（または縮合）処理は、平均ＤＰが小さいもの、例えば、ＤＰ２．４（低分子量ｍａｎ１００）から大きいもの、例えば、ＤＰ１８．８６（高分子量ｇａｌ１００）までの範囲にわたるグリカン調製物を生成するように制御することができる。
【０５０１】
イオン親和性クロマトグラフィー（ＩＡＣ）による分子量配分
２（ＤＰ２＋）および３（ＤＰ３＋）以上のＤＰを有するグリカンの割合は、イオン親和性クロマトグラフィーによって決定された。グリカン調製物試料を、５０〜１００ｍｇ／ｍＬになるまで希釈し、この溶液１０μＬを、７．８×３００ｍｍ  ＢｉｏＲａｄ  Ａｍｉｎｅｘ  ＨＰＸ−４２ＡカラムおよびＲＩ検出器を装備するＡｇｉｌｅｎｔ  １２６０  ＢｉｏＰｕｒｅ  ＨＰＬＣに注入した。溶離液として純粋なＨＰＬＣグレードの水を用いて、グリカン調製物試料を、８０℃のカラムを通して０．６ｍＬ／分で溶出し、ＲＩ検出器を５０℃で維持した。ＤＰ１〜６を示すピークは、参考基準と比較し、Ａｇｉｌｅｎｔ  ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎソフトウェアを用いて積分することによって割り当てられる。ピークは、典型的には、ＤＰ１、ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４〜７、およびＤＰ８＋として積分される。パーセンテージとして表されるＤＰ３＋収率は、反応の進行をモニターするために使用した。図３は、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９の５種の調製物について示されるように、平均ＤＰとともにタンデムに動くＤＰ３＋収率を示す。平均ＤＰの増加は、ＤＰ２およびＤＰ３のグリカンのようなより小さいグリカンは、より高いＤＰ測定値を有する大きいグリカンに重合されていることを示唆している。同じｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９グリカン調製物の５つのバッチはまた、バッチ（１〜３列）の一貫性ならびに一定の範囲の値にわたる平均ＤＰおよびＤＰ３＋収率の制御（３〜５列）を示す。１５個の例示的なグリカン調製物につき表１に示されるデータは、例えば２５％（低分子量ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９）から例えば８７％（ｍａｎ８０ｇｌｕ２０）のＤＰ３＋、および例えば５４％（低分子量ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９）から例えば９３％（ｍａｎ８０ｇｌｕ２０）のＤＰ２＋で所望のグリカン調製物を生成する、本明細書に記載された制御処理の使用を達成し得る。
【０５０２】
２Ｄ  ＮＭＲによるアルファ−／ベータ−配分
二次元ＮＭＲによって所与のグリカン調製物中のアルファグリコシド結合とベータグリコシド結合の比率を決定した。約１５０ｍｇの６５Ｂｒｉｘグリカン溶液を、４００ｍｂａｒの圧力下、真空オーブン中で、４５〜９５℃で安定した質量になるまで乾燥させた。グリカン調製物試料は、Ｄ２Ｏ中の２サイクルの溶解に供され、乾燥させて、残りのＨ２Ｏを除去した。一旦乾燥すると、グリカン調製物試料は、０．１％アセトンを含む７５０μＬのＤ２Ｏ中で溶解し、３ｍｍ  ＮＭＲチューブに入れられ、２１．１℃で作動するＢｒｕｋｅｒ  ＢＢＦＯプローブを装備する、５００．１３ＭＨｚ  １Ｈ（１２５．７７ＭＨｚ  １３Ｃ）で作動するＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ−ＩＩＩ中で分析された。グリカン調製物試料は、標準的なＢｒｕｋｅｒパルス配列を用いて、ヘテロ原子の単一の量子コヒーレンスパルス配列（ＨＳＱＣ）を用いて分析した。４〜６ｐｐｍ（１Ｈ）と８０〜１２０ｐｐｍ（１３Ｃ）の間のアノマープロトンは、Ｒｏｓｌｕｎｄ  ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｒｅｓ．３４３：１０１−１１２において報告された、グルコースとの類似性によって割り当てられた。スペクトルは、内部アセトンシグナル：１Ｈ−２．２２ｐｐｍ；１３Ｃ−３０．８９ｐｐｍを基準にした。異性体は、Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ  ＲｅｓｅａｒｃｈからのＭＮｏｖａソフトウェアパッケージ（Ｓａｎｔｉａｇｏ  ｄｅ  Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）を用いてそれらのそれぞれのピークの積分によって定量化された。図４はｇａｌ５０ｇｌｕ５０およびｇｌｕ１００の２つの例示的なグリカン調製物のアルファ／ベータ比は、平均ＤＰの偏移にもかかわらず有意に変化しないことを示し、一方、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９調製物は、低平均ＤＰを有する調製物においても明らかに高いアルファ／ベータ比を有する。この比は、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９調製物の平均ＤＰが上昇するにつれて顕著に増加しない。アルファ／ベータ比および平均ＤＰは独立した特性であるが、それらは独立して制御することができる。例えば、アルファ／ベータ比は、ある配置につき他の配置に対する固有の優先性を有するモノマーを選択することによって制御することができる。１５個の例示的なグリカン調製物につき、表１のデータは、本明細書に記載される処理が、約１（１．１３６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０）〜約５（５．５５６、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０）のアルファ／ベータ比を有するグリカンを生成するように制御することができることを示す。
【０５０３】
分岐分析
所与のグリカン内のグリコシド位置異性体（分岐）の分布を定量した。グリコシル結合分析のために、グリカン調製物試料をペルメチル化し、脱重合化し、還元し、アセチル化し、得られた部分的にメチル化したアルジトールアセテート（ＰＭＡＡ）を、Ｈｅｉｓｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ．Ｒｅｓ．３４４：９１５によって記載されるように、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）によって分析された。グリカン調製物試料を、２００μｌのジメチルスルホキシド中で懸濁し、１日間撹拌した。ペルメチル化は、水酸化ナトリウム（１５分）およびヨウ化メチル（４５分）による２ラウンドの処置によって達成された。水溶液は、２Ｍトリフルオロ酢酸を添加し、１２１℃で２時間加熱することによって加水分解された。固体を真空下で単離し、酢酸／トリフルオロ酢酸中でアセチル化した。得られたＰＭＡＡを、インターフェースで５９７５Ｃ  ＭＳＤ（質量選択検出器、電子衝撃イオン化モード）に接続されたＡｇｉｌｅｎｔ  ７８９０Ａ  ＧＣにより分析し、分離は、シリカキャピラリーカラムに結合された３０ｍ  Ｓｕｐｅｌｃｏ  ＳＰ−２３３１結合相において行われた。分岐度（ＤＢ）は、各タイプの分岐単量体のパーセンテージを加え、１００で除することによって計算される。平均ＤＢは制御することができる。図５は、平均ＤＢが平均ＤＰと一緒に動くことを示す。ＤＰ＜４を有するグリカンは分岐できない。グリカンオリゴマーは、長くなればなるほど、鎖が主鎖の側部に沿ってではなく、主鎖の末端に伸長するという統計的な見込みが大きくなる。１５個の例示的なグリカン調製物の表１のデータは、本処理が、約０．０５（例えば、０．０８４、低分子量ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９）から約０．６（例えば、０．６３２、高分子量ｘｙｌ１００）の範囲の平均ＤＢを有するグリカンを生成するように制御することができることを示す。
【０５０４】
溶解度
すべてのグリカン調製物は、２つの溶解度のベンチマーク：水中１０％ｗ／ｗおよび７５％ｗ／ｗについて分析した。水中１０％ｗ／ｗでの溶解性を測定するために、グリカン調製物を、凍結乾燥またはその他の方法により乾燥形状で単離し、正確な重量を測定し、９倍の重量の水をグリカンに付加した。ボルテックス、超音波処理、または温度制御されたヒートガンまたは水浴を用いた４５℃への加熱を超える可溶化技術を使用せず透明な溶液を得られる場合、グリカンは可溶性とみなした。可溶化処理後に溶液が濁ったままで、大量の粒状物質を有し、滅菌濾過後の濃縮物において実験的に有意なシフトを有し、または冷却時に目に見えるゲルまたは懸濁液を形成する場合、グリカンは不溶性とみなした。水中７５％ｗ／ｗでの溶解度を測定するため、グリカン調製物を水に完全に溶解した後、濃縮物が糖屈折計で測定して７５Ｂｒｉｘに達するまでロータリーエバポレータを用いて溶液から水を除去した。２４時間の貯蔵の後、４℃においてシロップが透明で沈降物がないままであった場合、グリカン調製物は可溶性であるとみなした。７５Ｂｒｉｘに達する前にシロップ中で固形分が形成された場合、または冷貯蔵中に沈殿が形成された場合、グリカン調製物は不溶性であるとみなした。調製されたグリカンはすべて、６０Ｂｒｉｘおよび最大７５Ｂｒｉｘの溶液に可溶であった。
【０５０５】
【表１】
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【０５０６】
【表２】
2018532696.tif 000003
【０５０７】
さらなる例示的なグリカン調製物は、例えば、本明細書に組み込まれるＷＯ／２０１６／１２２８８９  ＧＬＹＣＡＮ  ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ  ＡＮＤ  ＲＥＬＡＴＥＤ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＴＨＥＲＥＯＦ、実施例５において（例えば、屈折率測定、ＧＣ−ＭＳ、ＳＥＣ、ＩＡＣ、２Ｄ  ＮＭＲ／ＨＳＱＣスペクトル、および過メチル化によって）特徴づけられた。
【０５０８】
実施例５：グリカン調製物はｉｎ  ｖｉｔｒｏで増殖させた鼻および口のヒト試料由来の細菌群を調節する。
異なるグリカン調製物に曝露された健康なヒトボランティアの前鼻孔（鼻腔）および唾液（口腔）由来の微生物群中の細菌分類群の相対存在度の増殖およびシフトを評価するためにｅｘ  ｖｉｖｏアッセイを実施した。アッセイは、ヒトの口腔および鼻腔の２種類の例示的な粘膜部位に関連する細菌叢を差次的に調節する異なるグリカン調製物の能力を評価するために設計した。１５個の例示的なグリカン調製物：ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ１００、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｍａｎ１００、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｘｙｌ１００および市販の対照、フラクトオリゴ糖、ＦＯＳ（Ｎｕｔｒａｆｌｏｒａ  ＦＯＳ；ＮＯＷ  Ｆｏｏｄｓ，Ｂｌｏｏｍｉｎｇｄａｌｅ，ＩＬ）を、水中５％（ｗ／ｖ）で調製し、濾過滅菌し、アッセイにおける０．５％（ｗ／ｖ）の最終濃度のためにＣｏｓｔａｒ  ３３７０  ９６ウェルマイクロプレートに添加し、各グリカン調製物をトリプリケートおよびデキストロース中でアッセイし、水を陽性および陰性対照として供給した。
【０５０９】
ヒト口腔細菌群
鼻の微生物群は、鼻孔内に滅菌したスワブを約半インチ挿入し、鼻孔内で周壁に沿って３回擦ることによって、健康なヒトボランティアから得た。各鼻腔資料から、接種材料は、１％（ｖ／ｖ）ｆｉｎａｌ  Ｃｈｏｐｐｅｄ  Ｍｅａｔ  Ｇｌｕｃｏｓｅ  ｂｒｏｔｈ（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を添加した、９００ｍｇ／Ｌの塩化ナトリウム、２６ｍｇ／Ｌの塩化カルシウム二水和物、２０ｍｇ／Ｌの塩化マグネシウム六水和物、１０ｍｇ／Ｌの塩化マグネシウム四水和物、４０ｍｇ／Ｌの硫酸アンモニウム、４ｍｇ／Ｌの硫酸鉄七水和物、１ｍｇ／Ｌの塩化コバルト六水和物、３００ｍｇ／Ｌのリン酸二塩基カリウム、１．５ｇ／Ｌのリン酸二塩基ナトリウム、５ｇ／Ｌの重炭酸ナトリウム、０．１２５ｍｇ／Ｌのビオチン、１ｍｇ／Ｌのピリドキシン、１ｍ／Ｌのパントテン酸塩、７５ｍｇ／Ｌのヒスチジン、７５ｍｇ／Ｌのグリシン、７５ｍｇ／Ｌのトリプトファン、１５０ｍｇ／Ｌのアルギニン、１５０ｍｇ／Ｌのメチオニン、１５０ｍｇ／Ｌのスレオニン、２２５ｍｇ／Ｌのバリン、２２５ｍｇ／Ｌのイソロイシン、３００ｍｇ／Ｌのロイシン、４００ｍｇ／Ｌのシステイン、および４５０ｍｇ／Ｌのプロリン（Ｔｈｅｒｉｏｔ  ＣＭ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ．２０１４；５：３１１４）中でスワブを１５秒攪拌して調製した。
【０５１０】
ヒト口腔細菌群
口腔の微生物群は、ヒトボランティアが唾液を滅菌回収チューブ内へ垂らすことによって得られた。１００ｍＭのリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、１５ｍＭの塩化ナトリウム、８．５ｍＭの硫酸アンモニウム、４ｍＭのＬ−システイン、１．９μＭのヘマチン、２００μＭのＬ−ヒスチジン、１００μＭの塩化マグネシウム、１．４μＭの硫酸鉄七水和物、５０μＭの塩化カルシウム、１μｇ／ｍＬのビタミンＫ３、および５ｎｇ／ｍＬのビタミンＢ１２中に唾液を最終的に１％ｖ／ｖになるよう加えることにより、各唾液試料から接種材料を調製した（Ｍａｒｔｅｎｓ  ＥＣ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ＆Ｍｉｃｒｏｂｅ  ２００８；４，４４７−４５７）。接種材料は、ウェル当たりの最終試験容量２００μＬならびにグリカンおよびデキストロースの最終試験濃度０．５％ｗ／ｖでアッセイプレートに添加し、３７℃で４日間好気的に培養した。インキュベーション時間の終わりに、ＯＤ６００測定値が、製造業者の仕様書に従って、Ｇｅｎ５  ２．０ソフトウェア付きのＢｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２リーダーを用いて得られた。
【０５１１】
１６ｓシークエンシング
微生物群の組成を決定するために、０、９、１２、１８．５および４８時間後に採取された培養液２００ｕｌから、ＭｏＢｉｏ  Ｓｏｉｌ  ＤＮＡ抽出を用いてゲノムＤＮＡを抽出した。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ４領域は、Ｃａｐｏｒａｓｏ  ＪＧ−ＣＬ、Ｗａｌｔｅｒｓ  ＷＡ、Ｂｅｒｇ−Ｌｙｏｎｓ  Ｄ，Ｈｕｎｔｌｅｙ  Ｊ，Ｆｉｅｒｅｒ  Ｎ，Ｏｗｅｎｓ  ＳＭ，Ｂｅｔｌｅｙ  Ｊ，Ｆｒａｓｅｒ  Ｌ，Ｂａｕｅｒ  Ｍ，Ｇｏｒｍｌｅｙ  Ｎ，Ｇｉｌｂｅｒｔ  ＪＡ，Ｓｍｉｔｈ  Ｇ，Ｋｎｉｇｈｔ  Ｒ．２０１２で説明されるような５１５フォワードおよび８０６リバースプライマーを用いて増幅した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑおよびＭｉＳｅｑプラットフォーム上の超高スループット微生物群解析。ＩＳＭＥ  Ｊ単位複製配列はペアエンド化学を用い、２５０ｂｐの長いリードでＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑの器具を用いて配列決定した。操作的分類単位（ＯＴＵ）は、９７％の配列同一性を用いて分析した。ＯＴＵの表現は、異なる粘膜部位およびグリカン調製物間で比較した。ヒトドナーからの生体外増殖群における２つの粘膜部位（鼻腔、口腔）の最も存在度の高い細菌分類群が、表２に要約される。鼻腔の場合、最も存在度の高い細菌属は、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アロイオコッカス（Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ）、およびブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）を含む。口腔の場合、最も存在度の高い細菌属は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびモリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）を含む。
【０５１２】
【表３】
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【０５１３】
鼻の細菌分類群の調節ならびに疾患および病態との関連
鼻のｅｘ  ｖｉｖｏアッセイにおいて、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）の属の相対存在度は、少なくとも８個のグリカン調製物により差別的に調節された。グルコース（ベースライン）に比較して、Ａｒａ１００、Ｘｙｌ１００、Ｍａｎ８０ｇａｌ２０、Ｇａｌ１００、ｘｙｌ７５ａｒａ２５およびＭａｎ６６ｇａｌ３３はブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）に対してコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の増殖を促進する傾向があり、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）に有利になるようにバランスがシフトして、ｅｘ  ｖｉｖｏの培養物中により多くのコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）が存在し、より少ないブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）した。
【０５１４】
鼻腔は、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）の種のリザーバとして働き、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の保菌は、院内の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）菌血症のための重要なリスク因子である（Ｗｅｒｔｈｅｉｍ，Ｈ．Ｆ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．Ｒｉｓｋ  ａｎｄ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｂａｃｔｅｒａｅｍｉａ  ｉｎ  ｎａｓａｌ  ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｖｅｒｓｕｓ  ｎｏｎ−ｃａｒｒｉｅｒｓ．  Ｌａｎｃｅｔ  Ｌｏｎｄ．Ｅｎｇｌ．３６４，７０３−７０５）。鼻マイクロバイオームも、慢性鼻副鼻腔炎（ＣＲＳ）の病原体において役割を果たすと考えられる。全細菌負荷はＣＲＳ患者及び健康な対照で類似しているが、ＣＲＳ患者は、対照と比較して、多様性の低いマイクロバイオームを有し、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の高い有病率を有する傾向がある（Ｗｉｌｓｏｎ，Ｍ．Ｔ．，ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｏｓ，Ｄ．Ｌ．（２０１４）．Ｔｈｅ  ｎａｓａｌ  ａｎｄ  ｓｉｎｕｓ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ｉｎ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｃｕｒｒ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ａｓｔｈｍａ  Ｒｅｐ．１４，４８５）。
【０５１５】
前鼻孔において、中耳炎および副鼻腔炎と関連する日和見病原体であるモラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）の増加は、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）を含む属の減少と関連する。表２に示すように、ｅｘ  ｖｉｖｏ鼻アッセイにおけるグリカン調製物は、最も存在度が高い分類群であるコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）につき平均存在度が７０％を超える微生物群の増殖を支持した。グリカン調製物は、従って、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）のような日和見性病原体の生育または増殖を不利にするような、細菌のバランス（例えば、鼻腔のような生態学的地位における相対存在度）の調節を含む治療的利益のため、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）およびコリネバクテリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）などの属の増殖を促進するために投与され得る。
【０５１６】
口の細菌分類群の調節ならびに疾患および病態との関連
口のｅｘ  ｖｉｖｏアッセイにおいて、２対象からの試料のプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）およびヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属の相対存在度は、図６に概説されるように、２０時間、少なくとも９個のグリカン調製物により差別的に調節された。グリカン調製物は、１つまたは２つの対象からの口のマイクロバイオームアッセイにおいてＦＯＳとは異なる相対存在度をもたらした。両対象からの試料を用いたアッセイでは、ＦＯＳは、主にプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）の高い相対存在度をもたらした。対象１００７からの試料では、ｇｌｕ１００、ｍａｎ６６ｇａｌ３３およびｍａｎ６０ｇｌｕ４０におけるヘモフィルス（Ｈａｅｏｍｐｈｉｌｕｓ）の相対存在度は、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）よりも大きかった。ｍａｎ８０ｇｌｕ２０とｘｙｌ１００における対象１００２からの試料では、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）が最も豊富であり、ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）およびオリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の相対存在度は、一般に、少なくとも５％であった。また、図７に概説されるように、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）およびヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）は、１つまたは両方の対象からの試料でのアッセイにおいて、ＦＯＳおよび／またはグルコースに対し、それぞれ少なくとも４個のグリカン調製物によって調節された。プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）の相対存在度は、アッセイにおいて、ｇｌｕ１００、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０およびｇａｌ１００によって、ＦＯＳまたはグルコースに対し増加した。オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）は、ＦＯＳまたはグルコースに対し、ｇｌｕ１００、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｘｙｌ１００およびｍａｎ６６ｇｌｕ３３を用いたアッセイにおいて増加した。有益な種であるナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）のＯＴＵを含むナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）は、ＦＯＳまたはグルコースに対し、ｇｌｕ１００、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｘｙｌ１００およびｇｌｕ５０ｇａｌ５０を用いたアッセイにおいて増加した。ヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）は、ＦＯＳまたはグルコースに対し、ｇｌｕ１００、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３およびａｒａ１００ｒｅｌａｔｉｖｅを用いたアッセイにおいて増加した。８つのさらなる属、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アビオトロフィア（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、カトネラ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ）、モリエラ（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、エイケネラ（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）およびアグレガチバクター（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）の相対存在度は、ＦＯＳまたはグルコースに対し、このアッセイにおける少なくとも１つのグリカン調製物によって、有意に増加した。プレボテ��（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、オリバクテリウム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）およびヘモフィルス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）の属ならびにナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）の種は良好な口腔衛生および少ない歯垢と関連していた（Ｐｅｒｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ，Ｂｒａｚ  Ｄｅｎｔ，２０１２）。このアッセイにおける、グリカン調製物による口腔微生物叢の調節は、グリカン調製物が口腔微生物叢を調節し、有益な細菌の成長を促進し、良好な口腔衛生を改善または維持するために投与されうるという考えを支持する。
【０５１７】
実施例６：グリカン調製物は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでヒトの鼻、口、および膣の部位からの細菌株を差次的に調節する。
ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイは、鼻孔（鼻腔）、膣および口腔などの胃腸以外の部位が有する粘膜組織の共生生物を含む様々な細菌菌株の能力を評価するため、増殖基質として異なるグリカン調製物を利用するために行われた。このアッセイは、選択されたグリカン調製物が様々な胃腸以外の粘膜部位に関連する最近の増殖を差次的に調節する能力を評価するように設計された。細菌単離物を、アッセイにおいて好気的または嫌気的に処理した。嫌気培養のため、菌株は、パラジウム触媒を特徴とする嫌気性チャンバ（ＡＳ−５８０，Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）中のすべての工程で処理された。チャンバは、初めに、５％の水素、５％の二酸化炭素、および９０％の窒素の嫌気性ガス混合物でパージすることによって嫌気性とし、続いて、この同じ嫌気性ガス混合物を用いた嫌気性状態で維持された。チャンバの嫌気性は、酸素の存在下で色が変化するＯｘｏｉｄ嫌気性指示剤ストリップを用いて毎日確認された。嫌気培養に使用したすべての培養培地、アッセイプレート、他の試薬、およびプラスチック製の消耗品は、細菌と接触させる前に、２４〜４８時間嫌気性チャンバ中で予備還元した。１４個の例示的なグリカン調製物：ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ１００、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｍａｎ１００、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇａｌ１００、ｘｙｌ１００および市販の対照、ＦＯＳ（Ｎｕｔｒａｆｌｏｒａ  ＦＯＳ；ＮＯＷ  Ｆｏｏｄｓ，Ｂｌｏｏｍｉｎｇｄａｌｅ，ＩＬ）を、水中５％（ｗ／ｖ）で調製し、濾過滅菌し、アッセイにおける０．５％（ｗ／ｖ）の最終濃度のためにＣｏｓｔａｒ  ３３７０アッセイプレートに添加し、各グリカンをトリプリケートおよびデキストロース（最終濃度０．５％ｗ／ｖ）中でアッセイし、水を陽性および陰性対照として供給した。
【０５１８】
細菌単離物は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から得られた。表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）（ＡＴＣＣ  １４９９０、“ＳＥＰ．５５”）およびスタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）（ＡＴＣＣ  ２７８４４、“ＳＨＯ．５６”）の培養物は、脳注入剤、心臓注入剤、ペプトン、ブドウ糖、塩化ナトリウムおよびリン酸ナトリウムを含む富栄養注入培地であるブレインハートインフュージョン（Ｂｒａｉｎ  Ｈｅａｒｔ  Ｉｎｆｕｓｉｏｎ（ＢＨＩ、Ｔｅｋｎｏｖａ））ブロス中、３７℃で１８〜２４時間、好気的に増殖させた。クリスパタス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）（ＡＴＣＣ  ３３８２０、“ＬＣＲ．４３”）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）（ＡＴＣＣ  ３３３２３、“ＬＧＡ．４４”）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）（ＡＴＣＣ  ５５１９５、“ＬＣＲ．４５”）、アクネ菌（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）（ＡＴＣＣ  ６９１９、“ＰＡＣ．４８”）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＡＴＣＣ  １２６００、“ＳＡＵ．５４”）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）（ＡＴＣＣ  ３５０３７は、“ＳＯＲ．６０”）の培養物は、ビタミンＫ、ヘミンおよびヒツジの血液を添加した富化栄養培地であるブルセラ血液寒天（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｏｒｇａｎ  Ｈｉｌｌ、ＣＡ）上、３７℃で１８〜４８時間、嫌気的に増殖させた。コロニーを、ブルセラ血液寒天から掻き取り、Ｃｈｏｐｐｅｄ  Ｍｅａｔグルコースブロス（ＣＭＧ、Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、牛赤身挽き肉、カゼイン酵素消化物、酵母抽出物、リン酸カリウム、デキストロース、システイン、ヘミンおよびビタミンＫ１を含む予備還元された富化培地中に懸濁させた。接種材料は、製造業者のプロトコルに従ってＧｅｎ５  ２．０  Ａｌｌ−Ｉｎ−Ｏｎｅ  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ付きのＢｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ  ２プレートリーダーを用いたＣｏｓｔａｒ  ３３７０ポリスチレン９６ウェル平底アッセイプレート中の６００ｎＭ（ＯＤ６００）で各液体培養物または細胞懸濁液の光学的濃度を決定し、糖なしで調製された合成および半合成培地中で最終的に細胞をＯＤ６００  ０．０１まで希釈することによって調製した。アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）およびストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）は、０〜３．５％（ｖ／ｖ）ＣＭＧを添加した、９００ｍｇ／Ｌの塩化ナトリウム、２６ｍｇ／Ｌの塩化カルシウム二水和物、２０ｍｇ／Ｌの塩化マグネシウム六水和物、１０ｍｇ／Ｌの塩化マグネシウム四水和物、４０ｍｇ／Ｌの硫酸アンモニウム、４ｍｇ／Ｌの硫酸鉄七水和物、１ｍｇ／Ｌの塩化コバルト六水和物、３００ｍｇ／Ｌのリン酸二塩基カリウム、１．５ｇ／Ｌのリン酸二塩基ナトリウム、５ｇ／Ｌの重炭酸ナトリウム、０．１２５ｍｇ／Ｌのビオチン、１ｍｇ／Ｌのピリドキシン、１ｍ／Ｌのパントテン酸塩、７５ｍｇ／Ｌのヒスチジン、７５ｍｇ／Ｌのグリシン、７５ｍｇ／Ｌのトリプトファン、１５０ｍｇ／Ｌのアルギニン、１５０ｍｇ／Ｌのメチオニン、１５０ｍｇ／Ｌのスレオニン、２２５ｍｇ／Ｌのバリン、２２５ｍｇ／Ｌのイソロイシン、３００ｍｇ／Ｌのロイシン、４００ｍｇ／Ｌのシステイン、および４５０ｍｇ／Ｌのプロリン（Ｔｈｅｒｉｏｔ  ＣＭ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ．２０１４；５：３１１４）中で試験した。表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）およびスタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）は、０〜５％のグルコースを含まないＢＨＩ培地を添加した、１００ｍＭのリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、１５ｍＭの塩化ナトリウム、８．５ｍＭの硫酸アンモニウム、４ｍＭのＬ−システイン、１．９μＭのヘマチン、２００μＭ  Ｌ−ヒスチジン、１００μＭの塩化マグネシウム、１．４μＭの硫酸鉄七水和物、５０μＭの塩化カルシウム、１μｇ／ｍＬのビタミンＫ３、および５ｎｇ／ｍＬのビタミンＢ１２中で試験した（Ｍａｒｔｅｎｓ  ＥＣ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ＆Ｍｉｃｒｏｂｅ  ２００８；４，４４７−４５７）。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）およびラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）は、１０ｇ／Ｌのトリプトンペプトン、５ｇ／Ｌの酵母エキス、０．５ｇ／ＬのＬ−システイン塩酸塩、０．１Ｍのリン酸カリウム緩衝液ｐＨ７．２、１μｇ／ｍＬのビタミンＫ３、０．０８％（ｗ／ｖ）塩化カルシウム、０．４μｇ／ｍＬの硫酸鉄七水和物、１μｇ／ｍＬのレサズリン、１．２μｇ／ｍＬのヘマチン、０．２ｍＭのヒスチジン、０．０５％Ｔｗｅｅｎ  ８０、０．５％肉エキス（Ｓｉｇｍａ）、１％微量元素栄養補助食品（ＡＴＣＣ）、１％ビタミン栄養補助食品（ＡＴＣＣ）、０．０１７％（ｖ／ｖ）酢酸、０．００１％（ｖ／ｖ）イソ吉草酸、０．２％（ｖ／ｖ）プロピオン酸、および０．２％（ｖ／ｖ）Ｎ−酪酸（Ｒｏｍａｎｏ  ＫＡ  ｅｔ  ａｌ．ｍＢｉｏ  ２０１５；６（２）：ｅ０２４８１−１４）中で試験した。ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）および表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）は、好気的に試験し、アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）、クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）は、嫌気的に試験した。細菌は、９６ウェルマイクロプレート中、ウェルあたり２００μＬの最終容積、３７℃で１８〜４８時間、１４個のグリカン調製物、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ１００、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｍａｎ１００、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇａｌ１００、ｘｙｌ１００、ならびに最終濃度０．５％ｗ／ｖのＦＯＳおよびデキストロースに曝露した。インキュベーション時間の終わりに、各単離物についてのＯＤ６００測定値が、製造業者の仕様書に従って、Ｇｅｎ５  ２．０ソフトウェア付きのＢｉｏｔｅｋ  ���ｙｎｅｒｇｙ２リーダーを用いて得られた。正規化された増殖値（ＮＧＶｓ）は、著しく異なるＯＤ６００範囲内で増殖する菌株によるグリカン利用の比較を促進するために、試験グリカン調製物上の単離物のＯＤ６００読み出しを、０．５％（ｗ／ｖ）デキストロースを添加した培地内の単離物の平均ＯＤ６００で除算することによって得られた。表３に、得られた結果を要約する。
【０５１９】
【表４】
2018532696.tif 000005
【０５２０】
【表５】
2018532696.tif 000006
【０５２１】
【表６】
2018532696.tif 000007
【０５２２】
このアッセイでは、グリカン調製物は、粘膜部位に関連した細菌株の成長を差次的に調節する。
【０５２３】
膣
グリカン調製物ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ１００およびｇｌｕ６０ｍａｎ４０は膣に関連するラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）の増殖を最も強く促進し、アッセイにおける正規化増殖値は、ＬＣＲ．４３およびＬＧＡ．４４につき０．３〜＞０．７、ＬＩＮ．４５につき０．１〜０．３であった。ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３は、アッセイにおいて少なくとも０．１の正規化増殖で、３つの膣に関連するラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）の増殖を支持した。１４個のうち１０個のグリカンは、アッセイにおいて少なくとも０．１の正規化増殖値で、少なくとも２つのラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）の増殖を支持し、商業的に入手可能な比較器ＦＯＳはわずか１つのラクトバチルス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）分離株、ＬＣＲ．４３の増殖を支持した。
【０５２４】
鼻
ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３はまた、アッセイにおいて＞０．１の正規化成長値で、鼻の共生細菌である表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）（ＳＥＰ．５５）およびスタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）（ＳＨＯ．５６）の増殖を支持したが、アクネ菌（Ｐ．ａｃｎｅｓ）（ＰＡＣ．４８）または黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＳＡＵ．５４）の増殖は支持しなかった。スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）（ＳＨＯ．５６）は、アッセイにおいてｇａｌ１００、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０およびｘｙｌ１００上で正規化増殖が＞０．１である唯一の株であった。
【０５２５】
口
アッセイでは、マンノース−ガラクトースを含むヘテログリカン調製物、例えば、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、およびｍａｎ１００は、少なくとも０．１の正規化増殖で、口に関連するストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）  ＳＯＲ．６０の増殖を促進した。
【０５２６】
したがって、グリカンは、ヒトの様々な粘膜部位に関連した細菌株の増殖を差次的に促進するようである。グリカン調製物は、疾患もしくは腸内毒素症の状態と拮抗した関係を有する、または逆相関する微生物叢のメンバーを選択的に増大するために投与され得る。
【０５２７】
膣の細菌分類群の調節ならびに多様性ならびに疾患および病態との関連
クリスパタス菌（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ガセリ菌（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）およびラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）を含むラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）は、健康なヒトの膣の微生物叢と関連しており、乳酸の生成を通して膣のｐＨを下げることにより、病原体に対する防御に寄与すると考えられる。ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）によって支配される膣の細菌群は、細菌性膣炎と負に相関している（Ｒａｖｅｌ  ｅｔ  ａｌ，ＰＮＡＳ  ２０１１  ｖｏｌ．１０８）。いくつかのラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）による過酸化水素産生はまた、病原体に対する防御と膣の健康の維持に貢献すると考えられ、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）の存在度、特に過酸化水素産生種は、細菌性膣炎を有する女性において有意に減少していることが見出された（Ｍｉｊａｃ  ｅｔ  ａｌ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｏｂｓｔｅｔｒｉｃｓ＆Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ  Ｂｉｏｌ，２００６）。ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）の成長を選択的に促進する（およびそれにより膣部位の細菌多様性を低下させ得る）グリカン調製物の投与は、健康に関連する膣微生物叢の維持または修復において治療上の利益を有し得、細菌性膣症などのマイクロバイオームの腸内毒素症と関連した症状を治療または予防するのに有益であり得る。
【０５２８】
鼻の細菌分類群の調節ならびに疾患および病態との関連
特定の共生生物の成長を選択的に促進するグリカン調製物の投与は、鼻（および鼻腔）において治療上の利益を有し得る。ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）株は、鼻マイクロバイオームの重要な構成要素を代表し、そして鼻のｅｘ  ｖｉｖｏアッセイにおいて１３％の平均存在度で存在した。単一株の増殖アッセイのデータは、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）の異なる種の異なる調節を示しており、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３による表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）などの、１つの種の増殖の選択的促進によって、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）などの他の種の増殖または活性を調節し得る。一般に鼻および咽頭に見られる表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）株によるプロテアーゼ分泌は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のバイオフィルム形成および鼻腔コロニー形成を阻害することが示されている（Ｉｗａｓｅ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，２０１０）。クロルヘキシジン浴および抗生物質ムピロシンの鼻腔内投与を受けた外科集中治療室の患者におけるメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）の除菌は、ＭＲＳＡ感染の減少率と関連付けられてきた。しかしながら、それはまた、有意に増大したムピロシン耐性とも関連付けられてきた（Ｃｈｏ  ｅｔ  ａｌ，Ａｍ  Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｃｏｎｔｒｏｌ，２０１６）。選択的に表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）の増殖を促進するグリカン調製物の投与は、ムピロシン耐性を促進することなく、ＭＲＳＡの除菌に有益であり得る。
【０５２９】
口の細菌分類群の調節ならびに疾患および病態との関連
口の共生種ストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）は、健康なヒトの口微生物叢に関連し、口の健康に有益であると考えられる。過酸化水素の産生を介して口腔病原体の増殖を阻害することが見出された（Ｈｅｒｒｅｒｏ  ｅｔ  ａｌ，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｃｏｍｍｅｎｓａｌ  ｏｒａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ａｒｅ  ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｂｙ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  ｆａｃｔｏｒｓ  Ｊ．Ｄｅｎｔ  ２０１６）。グリカンｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｍａｎ６６ｇａｌ３３およびｍａｎ１００は、アッセイにおいて正規化増殖値＞０．１でストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）の増殖を支持する。グリカンは、口腔の健康を維持または改善するために、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓ．ｏｒａｌｉｓ）または他の有益な細菌の増殖を支持するために投与することができる。
【０５３０】
これらのデータは、１、２、または３種の異なるモノマー（実施例１）から調製された調製物を含む、少なくとも３５個の異なるグリカン調製物が、ＤＰ２＋（二量体以上）の収率、ＤＰ３＋（三量体以上）の収率、重量平均分子量（Ｍｗ）、数平均分子量（Ｍｎ）、多分散性指数（ＰＤＩ）、平均重合度（ＤＰ）、平均分岐度（ＤＢ）、およびアルファグリコシド結合対ベータグリコシド結合の比（ａ／ｂ比）（実施例４）から選択される少なくとも６つの特性によって特徴付けられる、少なくとも１５個のグリカン調製物または様々なバッチから作製されたことを示している。
【０５３１】
少なくとも１５個の特徴付けられたグリカン調製物は、粘膜組織（鼻腔および口腔）を含む部位のヒト試料に由来する細菌群の２つのｅｘ  ｖｉｖｏでのアッセイ（実施例５）で試験した。少なくとも１２個のグリカン調製物は、口腔の少なくとも１つの共通の細菌成分を調節した。少なくとも９個のグリカン調製物は、口の健康に関連すると考えられている少なくとも１つの細菌成分を調節した。少なくとも８個のグリカン調製物は、ｅｘ  ｖｉｖｏの鼻腔の群で最も存在度の高い細菌成分のうち少なくとも２つを調節した。
【０５３２】
少なくとも１４個の特徴付けられたグリカン調製物を、粘膜組織（鼻腔、口腔および膣）を含む３つの部位の代表的なメンバーである８つの菌株のパネル上、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで試験した（実施例６）。１４個のグリカン調製物はすべて、少なくとも１つの細菌株の増殖を調節し、少なくとも１０個のグリカン調製物は、試験した細菌株のうち少なくとも５個を（少なくとも２つの異なる部位間で）調節した。
【０５３３】
実施例７．質量分析（ＭＳ）または１Ｈ−核磁気共鳴（１Ｈ−ＮＭＲ）による代謝物の測定
グリカン治療剤の調製物はまた、微生物の発酵産物の存在におけるそれらの効果に基づいて動物またはヒト対象への投与のために選択される。例えば、グリカン調製物の集合は、プロピオン酸塩（プロピオン酸）、酢酸塩、および／または酪酸塩（酪酸）等の短鎖脂肪酸を生成する細菌の増殖を誘導または促進するそれらの能力のために選択される。同様に、グリカン調製物の集合は、酸性環境を生成することにより他の細菌の増殖を調節することができる、乳酸を生成する細菌の増殖を誘導または促進するそれらの能力のために選択される。そのような分析はまた、グリカン調製物を用いてプロバイオティクス細菌を対にするために使用され得、そのため、グリカン調製物は、所望の発酵産物の生成のための基質である。
【０５３４】
未使用もしくは使用済みの培養培地またはヒトもしくは動物から収集された生物学的試料に存在する代謝産物は、本明細書に記載される方法を用いて決定される。不偏の方法が試料中の代謝産物の相対濃度を決定するために使用され、当該方法は当業者に知られている。質量分析と組み合わされたガスクロマトグラフィーまたは液体クロマトグラフィーは、試料中の様々な代謝産物の量および同一性を決定するために使用される。あるいは、１Ｈ−ＮＭＲは、偏りのない代謝学的プロファイリングのために使用される。これらの測定は、同じ分析システムを通して代謝産物の標準物を泳動させることによって確認される。
【０５３５】
ガスクロマトグラフィー質量分析（ＧＣ−ＭＳ）
極性代謝産物および脂肪酸は、有機溶媒および水性試料の単相または二相系を用いて抽出され、誘導体化される（Ｆｅｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｉｓ  ａ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  α−ｋｅｔｏｇｌｕｔａｒａｔｅ  ｔｏ  ｃｉｔｒａｔｅ  ｒａｔｉｏ  ｉｎ  ｃｅｌｌｓ，Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ，２０１３，４：２２３６、Ｆｅｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｆｏｒｍｉｎ  ｄｅｃｒｅａｓｅｓ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｏｘｉｄａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｃｒｅａｓｅｓ  ｔｈｅ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｙ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ  ｏｎ  ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，２０１３，７３：４４２９、Ｍｅｔａｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｄｕｃｔｉｖｅ  ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｂｙ  ＩＤＨ１  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｌｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｕｎｄｅｒ  ｈｙｐｏｘｉａ，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８１：３８０）。簡潔には、極性代謝物は、ピリジン（またはＭＯＸ試薬（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ））中、２％メトキシルアミン塩酸塩（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ）でインキュベートし、次いで１％ｔ−ブチルジメチルクロロシラン（ｔ−ＢＤＭＣＳ）（Ｒｅｇｉｓ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）とともにＮ−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル−Ｎ−メチルトリフルオロアセトアミド（ＭＴＢＳＴＦＡ）を加えることによって、誘導体化され、メトキシムｔＢＤＭＳ誘導体を形成する。トリアシルグリセリドおよびリン脂質を含む非極性画分は、遊離脂肪酸に鹸化し、エステル化して、メタノール中の２％Ｈ２ＳＯ４によるインキュベーションによって、またはメチル−８試薬（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いることによって脂肪酸メチルエステルを形成する。誘導体化した試料は、Ａｇｉｌｅｎｔ  ５９７５Ｃ質量分析計（ＭＳ）と連動したＡｇｉｌｅｎｔ  ７８９０Ａガスクロマトグラフ（ＧＣ）内に設置されたＤＢ−３５ＭＳカラム（３０ｍ×０．２５ｍｍ（内径）×０．２５μｍ、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｊ＆Ｗ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用したＧＣ−ＭＳによって分析される。質量アイソトポマー分布は、代謝産物イオン断片を積分することによって判定され、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚら（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  １３Ｃ  ｍａｓｓ  ｉｓｏｔｏｐｏｍｅｒ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｎａｔｕｒａｌ  ｓｔａｂｌｅ  ｉｓｏｔｏｐｅ  ａｂｕｎｄａｎｃｅ，Ｊ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍ，１９９６，３１：２５５）から適合されたアルゴリズムを用いて天然存在度について修正される。
【０５３６】
極性代謝物の液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ−ＭＳ）
抽出後、試料をポリプロピレンバイアルに移し、試料はＱ  Ｅｘａｃｔｉｖｅ  Ｂｅｎｃｈｔｏｐ  ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて分析される。クロマトグラフィー分離は、ＳｅＱｕａｎｔ  ＺＩＣ  ｐＨＩＬＩＣ高分子カラム（２．１×１５０ｍｍ；ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）上に試料２μＬを注入することによって達成される。流量を１００μＬ／分に設定し、カラム区画は２５℃に設定され、オートサンプラーのサンプルトレイは４℃に設定される。移動相Ａは、水中、２０ｍＭ炭酸アンモニウムおよび０．１％水酸化アンモニウムからなる。移動相Ｂは１００％アセトニトリルである。移動相勾配（％Ｂ）は以下の通りである：０分で８０％、５分で８０％、３０分で２０％、３１分で８０％、および４２分で８０％。すべての移動相は、以下のパラメータで設定されたＨＥＳＩ  ＩＩプローブを備えたイオン最大源内に導入される：シースガス＝４０、補助ガス＝１５、スイープガス＝１、スプレー電圧＝３．１ｋＶ、キャピラリー温度＝２７５℃、ＳレンズＲＦレベル＝４０、ヒータ温度＝３５０℃。代謝産物を、フルスキャンまたは標的選択イオンモニタリング（ＴＳＩＭ）法を用いて、ネガティブまたはポジティブモードでモニタリングする。ｔＳＩＭ法について、生の計数は、天然の存在度での試料の隣接するランのセットにおいて、実験的に四重極バイアスを測定することにより、四重極バイアスにつき補正される。四重極バイアスは、ｍ−１、ｍ０、ｍ１、およびｍ２を中心とする走査ですべての種の天然の存在度の、ｍ１／ｍ０比の測定値対理論値をモニタリングすることによって、すべての種について測定される。四重極バイアス補正計数はさらに、各試料中の各化合物のアイソトポマー最終質量分布を得るために、天然の存在度につき補正される。
【０５３７】
１Ｈ−核磁気共鳴（１Ｈ−ＮＭＲ）
１Ｈ−ＮＭＲによる分析のために抽出されたサンプルを調製するために、試料を４００μＬの５ｍＭ２，２−ジメチル−２−シラペンタン−５−スルホナートナトリウム塩（ＤＳＳ−ｄ６、化学シフトの標準および参照；Ｉｓｏｔｅｃ，ＵＳＡ）を添加した５０ｍＭリン酸緩衝液（Ｄ２Ｏ中、Ｎａ２ＨＰＯ４、ＮａＨ２ＰＯ４、ｐＨ７．４で調製した）２００μＬと混合し、短時間ボルテックスする。この溶液を１０００ｇで１分間遠心分離し、次いで５００μＬを５ｍｍのＮＭＲ管（ＶＷＲ）に移す。１Ｈ−ＮＭＲスペクトルは、ＮＭＲ分光器（Ａｖａｎｃｅ  ＩＩ＋５００  Ｂｒｕｋｅｒ分光器（５００ＭＨｚ）（Ｂｒｕｋｅｒ，ＤＥ）、５ｍｍのＱＸＩ−Ｚ  Ｃ／Ｎ／Ｐ  プローブ−ヘッド）が装備され、スペクトル積分ソフトウェア（例えば、Ｃｈｅｎｏｍｘ  ＮＭＲ  Ｓｕｉｔｅ  ７．１；Ｃｈｅｎｏｍｘ  Ｉｎｃ．，Ｅｄｍｏｎｔｏｎ，ＡＢ）で分析される）で得られる。（Ｄｕａｒｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，１Ｈ−ＮＭＲ  ｐｒｏｔｏｃｏｌ  ｆｏｒ  ｅｘｏｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃｕｌｔｕｒｅｄ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｃｅｌｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ，２０１４：２３７−４７）。あるいは、１Ｈ−ＮＭＲは、当該技術分野において他の刊行されたプロトコルに従って行われる（Ｃｈａｓｓａｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｃｋ  ｏｆ  ｓｏｌｕｂｌｅ  ｆｉｂｅｒ  ｄｒｉｖｅｓ  ｄｉｅｔ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｄｉｐｏｓｉｔｙ  ｉｎ  ｍｉｃｅ，Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ  Ｌｉｖｅｒ  Ｐｈｙｓｉｏｌ，２０１５、Ｂａｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  Ｓｔｏｒａｇｅ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｓｔｕｄｉｅｓ，ＰＬｏＳ  ＯＮＥ，２０１２：ｅ３６９３４）。
【０５３８】
実施例８．鼻のマイクロバイオームにおけるグリカン調製物の効果
グリカン調製物は、それらがスプレーまたは局所適用ゲルによって鼻腔に直接投与されるように製剤化される。あるいは、グリカン調製物は、腸の微生物叢で形成された代謝産物を介して、または腸の微生物叢による宿主の他の調節を介して、鼻のマイクロバイオームに間接的な影響を与えるよう、カプセルまたは錠剤形態で経口投与される。鼻の微生物叢の試料を綿棒で、グリカン調製物の適用前後の両方において得る。微生物集団のシフトは、投与したグリカン調製物の効果を決定するために、１６Ｓ  ｒＲＮＡシークエンシング、全ゲノムシーケンシング、またはＲＮＡ配列によって調べられる。例えば実施例７において記載されるように、微生物代謝産物のシフトが測定される。処置後の試料を処置前の試料と比較する。
【０５３９】
本実施例では、グリカン調製物の効果が、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）またはメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）の鼻内保菌を有することが知られているヒト対象において評価される。保因の決定は、７．５％塩化ナトリウムおよび１％マンニトールを含むトリプトンベースのブロス（Ｄｉｆｃｏ  ｍ  ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）ブロス；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）中で一晩インキュベートした鼻スワブの培養によって行われ、オキサシリン（２ｍｇ／ｍＬ；Ｑｕｅｌａｂ）を添加したマンニトール塩寒天上に継代培養する。ＭＲＳＡは、ペニシリン結合タンパク質２ａ（ＭＲＳＡ  Ｓｃｒｅｅｎ；デンカ生研）の検出のためのラテックス凝集試験を含む、標準的な方法を用いて同定される。グリカン調製物は、上述したように、鼻腔内にまたは経口的に適用される。グリカン調製物の投与は、医師によって決定される場合、併用処置の不存在下で使用される。あるいは、グリカン調製物は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を鼻腔から排除するため、標準治療処置よりも前、同時、またはその後に投与され、ムピロシンの局所投与またはリファンピンおよびドキシサイクリンなどの経口抗生物質を含み、グリカン調製物はまた、有益な細菌と組み合わせて投与してもよい。適当な処置期間内に、鼻腔内の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）またはＭＲＳＡの減少が観察される。さらに、摂取され、鼻腔の疾患状態の解消につながる全身性の影響を生じさせるグリカン調製物については、以下の変化が観察される：腸内微生物叢における疾患状態から健康状態へ向かうシフト、または短鎖脂肪酸の増加。
【０５４０】
実施例９．黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）による鼻腔内コロニー形成の動物モデルにおけるグリカン調製物の効果
グリカン調製物は、確立された動物モデルを用いて、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）の鼻コロニー形成を減少または消失させる能力について試験される。このようなモデルは、コットンラット（Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２００８；４３１：２４１−５４  Ｔｈｅ  Ｃｏｔｔｏｎ  Ｒａｔ  ａｓ  ａ  Ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｎａｓａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｈｕｍａｎｓ：ｃｏｔｔｏｎ  ｒａｔ  Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  ｎａｓａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｍｏｄｅｌ）、ブタ（Ｓｚａｂｏ，Ｉｓｔｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｋｉｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ  Ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ−Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔｙｐｅｓ  ｉｎ  Ｐｉｇｓ  ａｎｄ  Ｈｏｓｔ  Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｉｅｓ．Ａｐｐｌｉｅｄ  ａｎｄ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ７８．２  （２０１２）：５４１−５４８）およびマウス（Ｈｏｌｔｆｒｅｔｅｒ，Ｓｉｌｖａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｍｏｕｓｅ−Ａｄａｐｔｅｄ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  Ｓｔｒａｉｎ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ８．９  （２０１３）：ｅ７１１４２；Ｐａｒｋ，Ｂｏｎｇｇｏｏ，Ｔａｄａｙｕｋｉ  Ｉｗａｓｅ，ａｎｄ  Ｇｅｏｒｇｅ  Ｙ．Ｌｉｕ．Ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓ．Ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ  Ｐｒｅｖｅｎｔｓ  Ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｂｙ  Ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ−Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  Ａｕｒｅｕｓ  ｉｎ  Ｍｉｃｅ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ６．１０  （２０１１）：ｅ２５８８０）に存在する。マウスモデルにおいて、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）株（ＭＲＳＡ  ＵＳＡ５００などのヒト病原性株、またはマウス適合株ＪＳＮＺのいずれか）は、鼻組織からの天然細菌叢がプレート計数から排除できるよう、ストレプトマイシン含有培地を用いてストレプトマイシン耐性にされる。細菌は、一般的に一晩増殖させ、未処置のマウスの鼻腔に直接接種する。種々の時間で、接種後マウスを安楽死させ、鼻腔組織を解剖し、ホモジナイズした。次いで、ホモジネートの希釈物を、ストレプトマイシン有りおよび無しのＴＳＡ寒天プレートに塗布する。次いで、コロニーは黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）によるコロニー形成のレベルを決定するために計数される。グリカン製剤の投与は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の接種前のみ、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の接種後のみ、または研究全体を通して、を含むいくつかのレジメンに従い開始される。グリカン調製物は、直接鼻腔または経口的に液体の溶液の点滴注入によって投与される。上述したように、プラセボ（対照）に対する、グリカン調製物の効果は、細菌の計数によって決定される。加えて、天然の微生物叢上のグリカン調製物の効果は、ＤＮＡまたはＲＮＡの単離物および１６Ｓまたはトランスクリプトームの解析に鼻ホモジネートを供することにより決定される。
【０５４１】
実施例１０．慢性鼻副鼻腔炎の処置のための鼻用スプレーの製剤および効果
この研究は、慢性副鼻腔炎を処置するための、プロピオン酸フルチカゾンと組み合わせた例示的なグリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるもの）を投与することの効果を決定するために実施される。最大７５％（例えば、５０％〜７５％）のグリカン調製物、ミクロファインプロピオン酸フルチカゾン（５０ｍｃｇ、任意に１０ｍｃｇ〜１００ｍｃｇ）、および任意に、微晶質セルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、デキストロース、塩化ベンザルコニウム、ポリソルベート８０、およびフェニルエチルアルコール（０．２５％ｗ／ｗ）のうち１つ以上を含む水性懸濁液が調製され、定量噴霧スプレーポンプに充填される。慢性鼻副鼻腔炎に罹患している対象は鼻用スプレーを投与され、毎日１回（またはそれ以上、例えば２〜５回）、鼻孔内にスプレーを適用するように指示される。１週間後、対象は、グリカン調製物を含まない鼻用スプレーを用いて同じレジメンに従った対象と比較した、症状の全体的な改善について検査される。
【０５４２】
実施例１１．鼻前庭炎のための吸入処置の製剤および効果
この研究は、鼻前庭炎を処置するための、ムピロシンと組み合わせた例示的なグリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるもの）を投与することの効果を決定するために実施される。最大７５％のグリカン調製物（例えば、５０％〜７５％）、ムピロシン（２％、任意に１％〜５％）、および任意にＰＥＧ４００およびＰＥＧ３３５０を含む軟膏は、無菌の水混和性軟膏基剤中に調製され、単回使用のチューブで投与される。鼻前庭炎を有する対象は、単回使用のチューブの全内容物を鼻孔に局所的に１日１回（またはそれ以上、例えば、２〜５回）、５日間適用し、各適用後に１分間、鼻道をマッサージするよう指示される。１週間後、対象は、グリカン調製物を含まない軟膏を用いて同じレジメンに従った対象と比較した、症状の全体的な改善について検査される。
【０５４３】
実施例１２．口のマイクロバイオームにおけるグリカン調製物の効果
グリカン調製物は、それらが口腔に直接投与されるように液体、ロゼンジ、舌下フィルム、ペースト、またはガムへと製剤化される。液体適用は、「すすいで吐き出す」局所適用を含む。さらに、液体、カプセル、または錠剤形態での摂取のために投与されるグリカン調製物は、腸の微生物叢で形成された代謝産物を介して、または腸の微生物叢による宿主の他の調節を介して、口のマイクロバイオームに間接的な影響を与え得る。口の微生物叢の試料をスワブ、掻爬、または流涎の採取により、グリカンの適用前後の両方において得る。微生物集団のシフトは、投与したグリカン調製物の効果を決定するために、１６Ｓ  ｒＲＮＡシークエンシング、全ゲノムシーケンシング、または記載のＲＮＡ配列によって調べられる。実施例７において記載されるように、微生物代謝産物のシフトが測定される。処置後の試料を処置前の試料と比較する。本実施例では、グリカン調製物の影響が、口の疾患または状態を有するヒト対象において評価される。例えば、歯周病と診断された以外は健康な対象は、臨床研究に募集されるかまたは含まれている。診断および重症度は較正されたプローブで測定される歯肉プローブの深さ、臨床的アタッチメントレベルおよびプローブスコアによる歯肉出血などの標準的な測定法を用いて決定される。このような対象には、歯肉の軽度から中等度の炎症から口腔骨損傷まで、様々なレベルの歯周病を有するものが含まれる。グリカン調製物の投与は、医師によって決定される場合、併用処置の不存在下で使用される。あるいは、グリカン調製物の集団は、抗生物質による処置、歯垢を物理的に除去する方法、およびプロバイオティクスを含む標準治療処置よりも前、同時、またはその後に投与される。適切な治療期間内に、以下の変化が観察される：歯周症状（上に列挙した診断基準に従って評価）の解消、歯垢の減少、ミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）などの病原性口腔細菌レベルの減少、および／または健康な口腔マイクロバイオームに関連する細菌レベルの増加。さらに、摂取され、歯周病の症状の解消につながる全身性の影響を生じさせるグリカン調製物については、以下の変化が観察される：腸内微生物叢における疾患状態から健康状態へ向かうシフト、または短鎖脂肪酸の増加。
【０５４４】
実施例１３．歯周炎の動物モデルにおけるグリカン調製物の効果
グリカン調製物は、歯周炎の様々な動物モデルで試験される。モデルは、齧歯類、ウサギ、ブタ、イヌ、および非ヒト霊長類に存在する（Ｏｚ，Ｈｅｌｉｅｈ  Ｓ．，ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ａ．Ｐｕｌｅｏ．“Ａｎｉｍａｌ  Ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ．”  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｎｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０１１  Ａｒｔｉｃｌｅ  ＩＤ：７５４８５７）。スワンプライスラット（ｓｗａｍｐ  ｒｉｃｅ  ｒａｔ）は、食餌誘発性歯周炎の急速な発達に特に感受性である（Ｌｅｏｎａｒｄ，Ｅ．Ｐ．“Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ．Ａｎｉｍａｌ  Ｍｏｄｅｌ：Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｒｉｃｅ  Ｒａｔ  （Ｏｒｙｚｏｍｙｓ  Ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）．”  Ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ９６．２  （１９７９）：６４３−６４６）。
【０５４５】
１つのラットのモデルにおいて、動物を麻酔、殺菌し、３−０黒色ナイロン編糸（ｓｕｒｇｉｌｏｎ；ＵＳＳ／ＤＧ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ，ＵＳＡ）が両側の下第一大臼歯の歯頸部辺縁に置かれ、近心的に結ばれる。結紮の周囲の領域は、バイオフィルム形成を受けやすくなり、疾患の原因となる細菌の特定の種が、バイオフィルム形成および病原性を増すよう導入される（例えば、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ））。ラットは、麻酔下、結紮後７日で屠殺する。下顎骨の片側は常用の組織学的処理のためにパラフィンワックスに使用され、もう片側は、プラーク／細菌試料が結紮に隣接する組織から採取された後の細菌分析のため使用される。また、試料採取は、患部のスワブ試料採取によって経時的に行う。グリカン調製物の集団の投与は、開始イベント（結紮の配置、または疾患を引き起こす細菌の接種）の前のみ、開始後のみ、または全研究を通して、を含むいくつかのレジメンに従い開始される。グリカン調製物は、直接口腔または経口的に液体の溶液の点滴注入によって投与される。あるいは、グリカン調製物は、食料や水の中に組み込まれる。プラセボ（対照）に対する、グリカン調製物の効果は、細菌の計数によって決定される。加えて、天然の微生物叢上のグリカン治療剤の効果は、ＤＮＡまたはＲＮＡの単離物および１６Ｓまたはトランスクリプトームの解析に口腔スワブ試料または組織ホモジネートを供することにより決定される。疾患状態の程度を決定するため、組織病理学的分析も実施される。
【０５４６】
実施例１４．デンタルバイオフィルムおよびう歯におけるグリカン調製物の効果
デンタルバイオフィルム（プラーク）は歯の表面に形成され、複数の微生物種およびそれらに関連する細胞外マトリックスからなる。バイオフィルム中で増殖する細菌は、それらのプランクトン様（浮遊性）対応物と比較して、明らかな代謝的および表現型的性質を表し得る。歯の表面のバイオフィルムの形成および微生物組成は、歯科衛生のために重要な意味を有し、例えば、過剰な存在度の細菌または過剰な存在度の酸産生細菌を含むプラークは、う蝕（虫歯）の形成をもたらし得る。グリカン調製物の有益な集団を同定するため、デンタルバイオフィルムのｉｎ  ｖｉｔｒｏモデルは、グリカン調製物の存在下で増殖させ、そしてその齲蝕原性、増殖、群組成、代謝物の産生、および表現型または転写的性質についてアッセイされる。グリカン調製物は、デンタルバイオフィルム内の所望の特性を導き出すそれらの能力に基づいて選択される。このアッセイは、次に、選択されたグリカン調製物が、疾患状態に関連した微生物（例えば、虫歯に関連するミュータンス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ））の増殖を増すことなく、健康な状態の微生物叢および／または治療用組成物を含有する微生物の増殖を促進することを確実にする工程が行われる。選択された疾病状態において過剰または出現頻度が低いバイオフィルム細菌のパネルに対するグリカン調製物を試験する（個々にまたはグループで）ことによって、疾患状態の細菌に対して健康な状態の細菌の増殖を選択的に促進するグリカン調製物が選択される。
【０５４７】
デンタルバイオフィルムは、製造元のプロトコルに従い、Ｃａｌｇａｒｙ  Ｂｉｏｆｉｌｍ  Ｄｅｖｉｃｅ（ＭＢＥＣ  Ａｓｓａｙ；Ｉｎｎｏｖｏｔｅｃｈ）を用いて、ハイドロキシアパタイトで被覆された（歯の表面を模倣するため）固体支持体上で成長させる。あるいは、フローセルバイオフィルムモデルまたは人工口モデル（ＡＭＭ）のなどの連続バイオフィルムモデルが確立されたプロトコールに従い構成される（Ｓａｌｌｉ＆Ｏｕｗｅｈａｎｄ，Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｍｏｄｅｌ  ｓｙｓｔｅｍｓ  ｔｏ  ｓｔｕｄｙ  ｄｅｎｔａｌ  ｂｉｏｆｉｌｍｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｃａｒｉｅｓ：ａ  ｓｈｏｒｔ  ｒｅｖｉｅｗ，２０１５，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｏｒａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，７：２６１４９）  （Ｅｄｌｕｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｂｉｏｆｉｌｍ  ｍｏｄｅｌ  ｓｙｓｔｅｍ  ｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇ  ａ  ｈｉｇｈｌｙ  ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｌｅ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ａｎｄ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｐｐｒｏａｃｈｉｎｇ  ｔｈａｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｏｒａｌ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ，２０１３，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ，１：２５）。あるいは、動物またはヒトの歯から得たエナメル質スラブ上にバイオフィルムが増殖するモデルが使用される（Ｓｔｅｉｎｅｒ−Ｏｌｉｖｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  ｃａｒｉｅｓ−ｌｉｋｅ  ｌｅｓｉｏｎｓ  ｏｎ  ｅｎａｍｅｌ，２００７，Ｂｒａｚ  Ｊ  Ｏｒａｌ  Ｓｃｉ，６：１３９２）。本モデルで使用される微生物培養物には、単一培養物、混合培養物、ヒトもしくは動物から単離された培養物、ヒトもしくは動物から単離され、単離物もしくは一連の単離物でスパイクされた培養物、またはヒトもしくは動物から単離され、一連の種から枯渇した培養物（例えば、抗生物質の適用による）が含まれる。培養物は、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ソブリナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｂｒｉｎｕｓ）、アクチノミセス・ネスランディー（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉ）、ベイヨネラ・ディスパー（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、およびカンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）（チューリッヒバイオフィルムモデル）などのｉｎ  ｖｉｔｒｏのデンタルバイオフィルムモデルで一般に使用される微生物種を含み、また、虫歯の形成に関連した種（ミュータンス菌（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ））を組み込むこともできる。グリカン調製物を、滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の濃縮保存溶液として調製し、歯バイオフィルムに接触する媒体に添加して、所望の作業濃度を得る。３７℃での適切なインキュベーション期間の後、デンタルバイオフィルムの組成および特性を、標準的なプロトコルを使用して定量する。動物またはヒトの歯からのエナメル質スラブを使用するｉｎ  ｖｉｔｒｏモデルに関し、スラブは、アッセイの終わりにカリエス様病変について検査される。さらに���このアッセイは、抗生物質または他の試験化合物の存在下で行われる。さらに、このアッセイは、増殖培地中に１％スクロースを含むことにより、う蝕原性の誘発を刺激する条件下で実施される（Ｋｏｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ  Ｐｒｏｄｕｃｅｄ  ｂｙ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ  Ｇｌｕｃｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅｓ  Ｍｏｄｕｌａｔｅ  ｔｈｅ  Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｃｏｌｏｎｉｅｓ  ｗｉｔｈｉｎ  Ｍｕｌｔｉｓｐｅｃｉｅｓ  Ｂｉｏｆｉｌｍｓ，２０１０，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ，１９２：３０２４）。
【０５４８】
実施例１５：虫歯および歯周炎の処置のための口内洗浄剤の製剤および効果
この研究は、虫歯および／または歯周炎を処置するための、フッ化物およびプロバイオティクス（例えば、有益な細菌）と組み合わせた例示的なグリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるもの）を投与することの効果を決定するために実施される。水中に、１％のグリカン組成物、フッ化ナトリウム（０．０５％、０．０２％ｗ／ｖフッ化物イオン）、プロバイオティック菌株（例えば、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、溶液５０ｍＬ当たり７．０×１０９個の生存細胞）、ソルビトール、プロピレングリコール、サリチル酸メチル、香料（メントール）、着色料（緑色３号、黄色５号）、および保存料（安息香酸ナトリウム、エチレンジアミン四酢酸、および塩化セチルピリジニウム）を含有する口内洗浄剤が作製され、虫歯および／または歯周炎を経験している５人の対象に１０ｍＬ用量で提供される。５人の対象は、代替的にビヒクルを受け、そこでは例示的なグリカン組成物を除いて上記成分のすべてを含む、同様の口内洗浄剤が調製される。対象は、口腔で口内洗浄剤を３０秒間、１日２回、歯および歯肉を横切って均一に分配されるように回旋させ、次いで嚥下することなく口内洗浄剤を吐出するよう指示される。日常の歯磨きや口腔ケアは、研究過程にわたって奨励される。６ヵ月後、対象は、虫歯および歯周炎の症状の進行を含む、歯の健康の全体的な改善につき検査される。
【０５４９】
実施例１６：歯周炎の処置のためのロゼンジの製剤および効果
この研究は、歯周炎を処置するための例示的なグリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるもの）を含むハードロゼンジの効果を評価するために行われる。最大８５％（例えば、５０％〜８５％）のグリカン組成物、および任意に、さらなる増粘剤、さらなる甘味料、プロピレングリコール、ｐＨ調整剤（炭酸カルシウム、三ケイ酸マグネシウム）、着色剤（緑色３号、黄色５号）、および保存剤（安息香酸ナトリウム、エチレンジアミン、および塩化セチルピリジニウム）のうち１つ以上を含む濃いシロップが調製される。混合物を沸騰させ、標準的な技術を使用して、個々のハードロゼンジを形成するために配合する。歯周炎を有する対象のそれぞれに、１つ（またはそれ以上、例えば２〜５個）のロゼンジが提供され、さらなる対象はそれぞれ、グリカン組成物を有しないビヒクルを受ける。対象は、ロゼンジを口内で溶解させ、次いで、その後最長３０分、飲食しないよう指示される。日常の歯磨きや口腔ケアは、研究過程にわたって奨励される。６ヵ月後、対象は、歯周炎の症状の進行を含む、歯の健康の全体的な改善につき検査される。
【０５５０】
実施例１７．膣のマイクロバイオームにおけるグリカン調製物の効果        
グリカン調製物は、それらが潅水アプリケータまたは類似の送達デバイスによって投与されるよう、液体溶液に製剤化される。あるいは、グリカン調製物は、膣に導入されるように、錠剤、坐剤、またはタンポンで調製される。グリカン調製物の徐放は、調製物を膣リング内に含有させることによって達成される。あるいは、液体、錠剤またはカプセル形態でのグリカン調製物の経口送達は、腸の微生物叢で形成された代謝産物を介して、または腸の微生物叢による宿主の他の調節を介して、膣の微生物叢に間接的な影響を与える。膣のグリカン調製物への曝露に続いて、膣液の試料は、滅菌スワブを用いて後膣円蓋からの直接視認下で収集される。次いで、流体は、投与したグリカン調製物の効果を決定するために、特定の代謝物または微生物叢のシフトにつき、１６Ｓ  ｒＲＮＡシークエンシング、全ゲノムシーケンシング、またはＲＮＡ配列により分析される。処理後の試料を処理前の試料と比較する。本実施例では、グリカン調製物の影響が、ヒト対象において評価される。細菌性膣炎（ＢＶ）と診断された以外は健康な対象は、臨床研究に募集されるかまたは含まれている。このような対象は、新たに診断されたＢＶ、再発性ＢＶ、または妊娠に関連したＢＶを有するものが含まれる。ＢＶは、膣液試料中に存在する３または４の診断（Ａｍｓｅｌ）基準（膣内ｐＨ＞４．５、生理食塩水上の細胞を顕微鏡で見て上皮細胞＞２０％、水酸化カリウムの添加によりアミン臭、および均質な膣分泌物）を満たすこと、および異常な微生物叢を確認するための膣液のグラム染色によって診断される（Ｎｕｇｅｎｔスコア＞３）。グリカン調製物の投与は、医師によって決定される場合、併用処置の不存在下で使用される。あるいは、グリカン調製物は、経口または膣に適用される抗生物質（メトロニダゾール、クリンダマイシン、チニダゾール、およびセクニダゾールを含む）、抗真菌剤、または、エストラジオールおよびプロバイオティクスを含む、膣に適用されるホルモンなど、医師によって処方される場合、標準治療処置よりも前、同時またはその後に投与される。適切な治療期間内に、以下の変化が観察される：ＢＶの症状の解消（上に列挙した標準的な診断基準にしたがって評価）、膣におけるラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属種のレベル上昇、および／または全嫌気性菌、全グラム陰性菌、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、アトポビウム・バジナ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、または膣内の疾患状態と関連する他の細菌の減少。
【０５５１】
実施例１８．細菌性膣炎の動物モデルにおけるグリカン調製物の効果
グリカン調製物を、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）によって誘発される細菌性膣炎のマウスモデルで試験する。このモデル（Ｇｉｌｂｅｒｔ  ＮＭ，Ｌｅｗｉｓ  ＷＧ，Ｌｅｗｉｓ  ＡＬ  （２０１３）  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｖａｇｉｎｏｓｉｓ  ｉｎ  ａ  Ｍｕｒｉｎｅ  Ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ８（３）：ｅ５９５３９）では、雌Ｃ５７／ＢＬ６マウスは、その発情期の周期を同期させるため、接種の日の３日前および当日に、１００μＬの濾過滅菌ゴマ油中０．５ｍｇのβ−エストラジオールを腹腔内注射する。次いで、マウスを２０μＬの滅菌ＰＢＳ中のガードネレラ・バジナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）で経膣接種する。ガードネレラ・バジナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のストレプトマイシン耐性株が使用される。ガードネレラ・バジナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の計数のために、５０μＬの滅菌ＰＢＳを用いて膣を洗浄することによって様々な時点で膣洗浄物を採取した。ガードネレラ・バジナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の力価は、ＰＢＳ（嫌気槽中）に１０倍連続希釈液を調製し、１ｍｇ／ｍＬのストレプトマイシン選択プレート（ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）半選択的培地またはＮＹＣ−ＩＩＩ寒天のいずれか）上に４連で、各希釈物の５μＬをスポットすることにより洗浄物から測定される。次いで、コロニーを計数し、膣液１ｍＬあたりのコロニー形成単位（ＣＦＵ）として報告する。ガードネレラ・バジナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の計数は、膣組織と子宮角でも評価される。各マウスからの子宮角および膣の半分（長手方向に二分される）がホモジナイズされ、続いて、膣洗浄物の場合のように、段階希釈およびプレーティングされる。コロニーを計数し、組織のグラムあたりＣＦＵとして報告する。このモデルのマウスにおけるグリカン調製物の投与は、液体製剤の膣内投与、胃管栄養法または動物の飲料水または食餌中にグリカンを含ませることによる経口投与によって行われる。研究の過程を通して（すなわち、研究の終了までのエストラジオール処理の間）、または、動物内でガードネレラ（Ｇ．ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）のコロニー形成が確立された後にのみマウスにグリカン調製物を投与する、「処置」パラダイムにおいて、など、投与頻度は可変である。研究の終点は、膣洗浄物および膣組織中のガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）のＣＦＵ計数上での、グリカン調製物のプラセボ（対照）に対する効果を含む。マウスの膣洗浄剤におけるシアリダーゼ活性は、ヒト疾患の顕著な特徴であり、これもまた試験する。高レベルのシアリダーゼは、ガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）との高いコロニー形成の指標である。
【０５５２】
実施例１９：細菌性膣炎の処置のための液体膣用スプレーの製剤および効果
細菌性膣炎の処置に使用するための液体スプレーを製剤化し、細菌性膣炎の症状を示す女性を処置するために使用する。以下の成分を水（８ｍＬ）およびベンジルアルコール（２ｍＬ）の混合物に溶解する：例示的なグリカン組成物（最大３ｇ／ｍｌの濃度で、例えば、０．５ｇ／ｍｌ〜３ｇ／ｍｌ、あるいは最大４ｇ／ｍｌの濃度で）、乳酸（４ｍｇ）、ＰＥＧ４００（１２６ｍｇ）、ジエチレングリコールモノエチルエーテル（８０ｍｇ）、グリコフロール（８０ｍｇ）およびエチルセルロース（８ｍｇ）。女性患者はそれぞれ、小さなスプレーボトルに液体剤形を提供され、最大２週間、毎晩（または１日に２回、３回または４回）スプレーを投与するよう指示される。有効性は、３〜５日後に、症状の抑制により決定される。
【０５５３】
実施例２０：剥離性炎症性膣炎の処置のための膣坐剤の製剤および効果
この研究は、剥離性炎症性膣炎を処置するための例示的なグリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるもの）および任意にプロバイオティクスを含む膣坐剤製剤の効果を評価するために行われる。膣坐剤混合物は７５％まで（例えば、５０％〜７５％）のグリカン組成物、任意にプロバイオティクス（有益）株（例えば、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、５ｍＬ用量あたり１×１０８の生細胞）、および任意にＰＥＧ−１２、ＰＥＧ−１５０、ニンニク球根粉末、および芳香発生剤（ローズフラワー油）の１つ以上を含んで調製し、可溶性ワックス鋳型に充填する。剥離性炎症性膣炎の症状を経験している対象に膣坐剤が提供され、毎日それを膣に挿入し、一晩そのまま静置するよう指示される。さらなる対象はそれぞれ、グリカン組成物を有しないビヒクルを受ける。対象は、合計６日間、１日１回、膣坐剤を使用するように指示され、症状の全体的な改善について評価する。
【０５５４】
実施例２１．鼻、口、および膣部位で細菌群への宿主反応におけるグリカン調製物の効果を試験するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏでの共培養モデル
細菌は、宿主（哺乳動物）細胞からの炎症性および抗炎症性反応の両方を引き起こすことができ、異なる細菌種は、異なる宿主応答を引き起こすことができる。グリカン調製物は、所望の宿主反応を引き起こすために細菌集団を変化させるために使用される。ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの共培養モデルは、グリカン調製物の存在下で増殖される細菌集団によって引き起こす宿主反応を測定するために使用される。有益な宿主反応を引き起こすまたは有害な宿主反応を最小限に抑える細菌集団を促進するグリカン調製物が、このアッセイを用いて選択される。
【０５５５】
鼻：初代鼻上皮細胞は鼻腔表面掻爬の生検によってヒト対象から得られ、展開される（Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｌｔｕｒｉｎｇ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｎａｓａｌ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  Ｃｅｌｌｓ  ａｔ  ｔｈｅ  Ａｉｒ  Ｌｉｑｕｉｄ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ，２０１３，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｓｕａｌｉｚｅｄ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ，８０：ｅ５０６４６）  （Ｃｏｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  Ｎａｓａｌ  ａｎｄ  Ｂｒｏｎｃｈｉａｌ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  Ｃｅｌｌｓ  Ｏｂｔａｉｎｅｄ  ｆｒｏｍ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ＣＯＰＤ，２０１２，ＰＬｏＳ  ＯＮＥ，７：ｅ３２９２４）。あるいは、冷凍保存したヒト鼻上皮細胞は、ベンダー（例えば、ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社）から入手し、ベンダーが提供するプロトコルに従って培養される。別々に、細菌培養物は、グリカン調製物の存在下で増殖される。
【０５５６】
口：初代ヒト歯肉上皮細胞（ＨＧＥＣ）は共培養アッセイにおいて使用される（Ｇｕｇｇｅｎｈｅｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｍｏｄｅｌｉｎｇ  ｏｆ  ｈｏｓｔ−ｐａｒａｓｉｔｅ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：ｔｈｅ  ‘ｓｕｂｇｉｎｇｉｖａｌ’  ｂｉｏｆｉｌｍ  ｃｈａｌｌｅｎｇｅ  ｏｆ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｈｕｍａｎ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ，２００９，ＢＭＣ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，９：２８０）。ＨＧＥＣは歯周処置を受けているヒト対象から得られた歯肉組織生検材料から単離される。ＨＧＥＣはＩ型コラーゲン（ＢＤ  Ｂｉｏｃｏａｔ）で被覆したプラスチック組織培養プレートに播種され、ＫＳＦＭ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で維持する。あるいは、頬側の表現型（ＥｐｉＯｒａｌ組織モデル；ＭａｔＴｅｋ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ａｓｈｌａｎｄ，ＭＡ）を有する正常ヒト口腔ケラチノサイト（ＮＨＯＫ）は、抗生物質を含まない培地で培養する。別々に、細菌培養物は、グリカン調製物の存在下で増殖される。
【０５５７】
膣：女性生殖管からの上皮細胞株または組織は共培養モデルで使用する（Ｆｉｃｈｏｒｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｏｖｅｌ  Ｖａｇｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｆｌｏｒａ  Ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｍｏｄｅｌ  Ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ  Ｎｅｗ  Ｉｎｓｉｇｈｔ  ｉｎｔｏ  Ｍｉｃｒｏｂｉｃｉｄｅ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  Ａｃｔｉｏｎ，２０１１，ｍＢｉｏ，２（６）：ｅ００１６８−１１）  （Ａｎａｈｔａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｒｖｉｃｏｖａｇｉｎａｌ  Ｂａｃｔｅｒｉａ  Ａｒｅ  ａ  Ｍａｊｏｒ  Ｍｏｄｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  Ｈｏｓｔ  Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｆｅｍａｌｅ  Ｇｅｎｉｔａｌ  Ｔｒａｃｔ，２０１５，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，４２：９６５−９７６）。ヒト不死化子宮頸管（Ｅｎｄ１／Ｅ６Ｅ７）、子宮（Ｅｃｔ１／Ｅ６Ｅ７）、および膣（Ｖｋ２／Ｅ６Ｅ７）上皮細胞株を、ウシ下垂体抽出物、上皮成長因子、および塩化カルシウムを添加した抗生物質非含有ケラチノサイト無血清培地（ＫＳＦＭ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中で単層として増殖させる。あるいは、透過性膜支持体  （ＶＥＣ−１００；ＭａｔＴｅｋ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ａｓｈｌａｎｄ，ＭＡ）上で増殖させた初代ヒト子宮膣部上皮細胞から得た偏組織は、抗生物質を含まない培地で培養する。別々に、細菌培養物は、グリカン調製物の集団の存在下で増殖される。
【０５５８】
すべての場合において、グリカン調製物の存在下で１６〜２４時間の増殖後に、細菌懸濁液は、抗生物質を含まない培地中で調製され、１０４〜１０７ＣＦＵ／ｃｍ２で、ヒト細胞培養物に添加する。共培養物を３７℃で２４時間、好気的条件下でインキュベートする。
【０５５９】
共インキュベーション時間の終了時に、上清を収集し、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＴＮＦ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−β、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−１２、ＩＬ−１７、およびＩＬ−２３を含む、炎症および免疫調節サイトカインについて分析する。この分析は、標準プロトコルに従って、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）または他の同等の定量化技術（例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ａｓｓａｙ；Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）によって行われる。広範囲の反応を分析するために、遺伝子発現（例えば、マイクロアレイによる）またはトランスクリプトミクス（例えば、ＲＮＡ−Ｓｅｑによる）分析は、標準プロトコルに従って、細胞を溶解し、ＲＮＡを精製することによって行われる。この手順は、炎症性サイトカイン、免疫調節サイトカイン、抗菌ペプチドをコードする遺伝子、および他の関連性のある宿主反応を分析するために使用される。
【０５６０】
実施例２２．マウスモデルにおける遺伝子発現におけるグリカン調製物の効果
この試験は、２群のマウスを用いて行われる。マウスの対照群には、ビヒクルのみを、鼻腔、口腔、または膣のいずれかに投与する。マウスの処置群に、グリカン調製物を含むビヒクルを、毎日、１日２回、毎日、または週に１〜７回、鼻腔、口腔、または膣に投与する。１〜３０日後、マウスを屠殺し、鼻腔組織、口腔の成分（例えば、舌、頬、および口蓋を含む）、および膣組織を抽出し、−８０℃で保管する。ＲＮＡは、組織から単離され、ｃＤＮＡに変換する。ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｍｏｕｓｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  ４３０  ２．０  Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）は、約１４，０００個のネズミ遺伝子の差次的発現を分析するために使用される。実験プロトコルおよび生データ分析は、製造業者の取扱説明書および標準的なプロトコルに従って行われる。示差的に発現される遺伝子の生物学的機能および様々な処理におけるそれらの関与は、以下のデータベースから得られる。ＲｅｆＧｅｎｅ  （Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｓ，ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ；ｈｔｔｐ：／／ｒｅｆｇｅｎｅ．ｃｏｍ／），ＣＴＤ  （Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  Ｔｏｘｉｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｄａｔａｂａｓｅ；ｈｔｔｐ：／／ｃｔｄ．ｍｄｉｂｌ．ｏｒｇ／），ＭＧＩ  （Ｍｏｕｓｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｊａｘ．ｏｒｇ／），ＫＥＧＧ  （Ｋｙｏｔｏ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅｓ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｇｅｎｅｓ．ｈｔｍｌ）。この手順は、炎症性サイトカイン、免疫調節サイトカイン、抗菌ペプチド、および他の関連性のあるエフェクタ分子をコードする遺伝子の差異的な発現を同定するために使用される。
【０５６１】
【表７】
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【０５６２】
【表８】
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【０５６３】
【表９】
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【０５６４】
【表１０】
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【０５６５】
【表１１】
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【０５６６】
【表１２】
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【０５６７】
【表１３】
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【０５６８】
【表１４】
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【０５６９】
【表１５】
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【０５７０】
【表１６】
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【０５７１】
【表１７】
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【０５７２】
【表１８】
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【０５７３】
【表１９】
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【０５７４】
【表２０】
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【０５７５】
【表２１】
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【０５７６】
【表２２】
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【０５７７】
【表２３】
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【０５７８】
【表２４】
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【０５７９】
【表２５】
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【０５８０】
【表２６】
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【０５８１】
【表２７】
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【０５８２】
【表２８】
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【０５８３】
【表２９】
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【０５８４】
【表３０】
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【０５８５】
【表３１】
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【０５８６】
【表３２】
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【０５８７】
【表３３】
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【０５８８】
同等物および範囲
本出願は、様々な交付済み特許、公表された特許出願、学術論文、および他の刊行物を指し、これらのすべては参照により本明細書に組み込まれる。組み込まれた参照文献のうちの何らかと本出願との間で矛盾がある場合、本出願が制御するものとする。さらに、先行技術に含まれる本発明の任意の特定の実施形態は特許請求の範囲のうちのいずれか１つ以上から明確に排除され得る。かかる実施形態は、当業者には公知であると見なされるため、排除が本明細書に明確に記述されない場合であっても除外され得る。本発明の任意の特定の実施形態は、先行技術の存在に関連しているかどうかであっても、何らかの理由で、いかなる特許請求の範囲からも除外され得る。
【０５８９】
当業者は、単なる通常の実験を用いて、本明細書に記載される特定の実施形態の多くの同等物を認識し、または解明することができるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の範囲は、添付の特許請求の範囲に記述されるが、上の発明の詳細な説明、図面、または実施例に限定されることは意図されない。当業者は、この説明への様々な変更および修正が、以下の特許請求の範囲に定義されるように、本発明の精神または範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解されよう。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【国際調査報告】
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