(57)【要約】  本発明は、単独で、または任意選択で、さらなる医薬上活性な成分および／またはさらなる治療と併用して使用するときの、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩、特に、そのモノエタンスルホン酸塩の形態の活性をモニターするためのバイオマーカーとしての、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子などのＲＥＴ融合遺伝子に関する。本発明は、癌の治療における前記特定の化合物の特定の使用にも関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による治療のための甲状腺癌または非小細胞肺癌患者を選択する方法であって、
ａ）ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が前記患者からの試料に存在するか否かを決定するステップ、および
ｂ）前記ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が前記試料に存在すると決定された場合、前記治療のために前記患者を選択するステップ
を含む方法。
【請求項２】
化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による患者の甲状腺癌または非小細胞肺癌治療の臨床転帰を予測する方法であって、ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が前記患者からの試料に存在するか否かを決定するステップを含む方法。
【請求項３】
前記化合物が、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンのモノエタンスルホン酸塩の形態である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が前記試料中に存在すると決定された場合、前記患者は、
前記ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が存在しないと決定された患者と比較して、
前記治療に対する応答の延長、
前記治療下での安定化の延長、
前記治療下での癌進行までの時間の延長、
無憎悪生存期間の延長、および／または
全生存期間の延長
である臨床転帰を有するであろうと予測するステップをさらに含む、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記臨床転帰が、前記治療下での癌進行までの時間の延長である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
試料が前記患者から得られた前記癌の腫瘍バイオプシーである、請求項１から５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
試料が前記患者からの血液または前記患者から得られた血液画分である、請求項１から５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
試料が前記患者から得られた血液である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＲＥＴ融合遺伝子がＣＣＤＣ６−ＲＥＴであり、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物がＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子の産物である、請求項１から８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記癌が非小細胞肺癌である、請求項１から９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記癌が甲状腺癌である、請求項１から９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記治療が、前記３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたは前記その医薬上許容される塩による単剤療法である、請求項１から１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記治療が、
ｉ）前記３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたは前記その医薬上許容される塩と、
ｉｉ）追加の抗癌療法、好ましくはドセタキセルによる療法と
の併用療法である、請求項１から１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴである、請求項１から１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記決定するステップが、
前記ＲＥＴ融合遺伝子と、前記ＲＥＴ融合遺伝子を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであって、前記試薬は、好ましくは前記ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能な核酸であるステップを含む、および／または
前記決定するステップが、
前記ＲＥＴ融合遺伝子産物と、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであって、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物は融合タンパク質であり、前記試薬は、好ましくは前記融合タンパク質に特異的に結合可能な抗体であるステップを含む、および／または
前記決定するステップが、
前記ＲＥＴ融合遺伝子産物と、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであって、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物が前記ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡであり、前記試薬が、好ましくは前記ＲＥＴ融合遺伝子の前記ｍＲＮＡに特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であるステップを含む、請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
インビトロの方法である、請求項１から１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による患者の甲状腺癌または非小細胞肺癌治療が有効であるかまたは有効となるかを決定する方法であって、
以下のエレメント：決定を要求する患者または医師、前記患者からの試料の獲得、請求項１から１６のいずれか１項に記載の方法を使用する前記試料の分析、および前記患者または医師に戻す試験結果の連絡
を含む方法。
【請求項１８】
請求項１から１５のいずれか１項に記載の方法を行うための少なくとも１種の手段を含む診断キット。
【請求項１９】
前記ＲＥＴ融合遺伝子産物またはその抗原結合断片に特異的に結合可能な少なくとも１種の抗体、および／または
前記ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能なまたはＲＥＴ融合遺伝子産物に特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であって、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物が前記ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡである、少なくとも１種の核酸
から選択される物質を含み、
請求項１から１４のいずれか１項に記載の方法を行うための指示を含む使用のための指示書をさらに含んでもよい、請求項１８に記載の診断キット。
【請求項２０】
前記ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能なまたは前記ＲＥＴ融合遺伝子産物に特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であって、前記ＲＥＴ融合遺伝子産物が前記ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡである、少なくとも１種の核酸を含み、および
前記少なくとも１種の核酸は、配列番号１、配列番号２または配列番号３によって表される配列に相補的である、またはその逆相補体に相補的である核酸配列を含む、請求項１９に記載の診断キット。
【請求項２１】
化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による治療のための甲状腺癌または非小細胞肺癌患者を選択するためのバイオマーカーとしての、ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物の使用。
【請求項２２】
インビトロの使用である、請求項２１に記載の使用。
【請求項２３】
前記ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が、請求項９または１４のいずれか１項に定義されている、請求項２１または２２に記載の使用。
【請求項２４】
患者における癌の治療方法で使用するための、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩であって、前記患者がＲＥＴ融合遺伝子を有する、化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項２５】
患者における癌の治療方法で使用するための、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩であって、前記患者が、請求項１および３から１６のいずれか１項に記載の方法に従って選択された患者である、化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項２６】
癌が非小細胞肺癌または甲状腺癌である、請求項２４または２５に記載の使用のための請求項２４または２５に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項２７】
前記治療方法が、第一選択化学療法後における腺癌腫瘍組織像で局所的に進行した、転移性の、または局所的に再発した非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有するヒト患者の治療のための方法であり、前記患者が好ましくは成人患者である、請求項２４から２６のいずれか１項に記載の使用のための請求項２４から２６のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項２８】
前記ＲＥＴ融合遺伝子が、前記患者から得られた血液、前記患者から得られた血液画分、および／または前記患者の前記癌から得られた腫瘍バイオプシーに存在する、請求項２４から２７のいずれか１項に記載の使用のための請求項２４から２７のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項２９】
ＲＥＴ融合遺伝子が融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴである、請求項２４から２８のいずれか１項に記載の使用のための、請求項２４から２８のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項３０】
前記癌が非小細胞肺癌である、請求項２４から２９のいずれか１項に記載の使用のための、請求項２４から２９のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項３１】
前記使用が、前記ＲＥＴ融合遺伝子のタンパク質産物を阻害するための使用である、請求項２４から３０のいずれか１項に記載の使用のための、請求項２４から３０のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項３２】
前記癌が、非小細胞肺癌、好ましくは進行した非小細胞肺癌であり、前記化合物またはその医薬上許容される塩が、少なくとも１８カ月、好ましくは少なくとも２４カ月、より好ましくは少なくとも３０カ月の投与期間にわたって投与される、請求項２４から３１のいずれか１項に記載の使用のための、請求項２４から３１のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項３３】
前記化合物が、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンのモノエタンスルホン酸塩の形態である、請求項２４から３２のいずれか１項に記載の使用のための請求項２４から３２のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【請求項３４】
前記化合物が、追加の抗癌剤、好ましくはドセタキセルと併用される、請求項２４から３３のいずれか１項に記載の使用のための請求項２４から３３のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、医薬の分野、特に、特定の化合物の活性のバイオマーカーとしてのＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子などのＲＥＴ融合遺伝子、該化合物での治療のモニタリング、および癌の治療における該特定の化合物の特定の使用に関する。
本発明は、より詳細には、単独で、または任意選択で、さらなる医薬上活性な成分および／または、例えば追加の化学療法などのさらなる治療、例えば、ドセタキセルと併用して使用するときの、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩、特に、そのモノエタンスルホン酸塩の形態の活性をモニターするためのこれらのバイオマーカーに関する。
【背景技術】
【０００２】
生物における分子プロセスおよびこれらのプロセスを研究するための技術の知識における最近の進歩により、疾患をタイプ分けし、治療する改良された方法およびシステムがもたらされた。多くの分野において、疾患の治療のための方法を提供および／または改良するために研究が行われており、治療の効果をモニターするための方法およびシステムを提供および／または改良している。
化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンは、特に、腫瘍学的疾患、免疫学的疾患もしくは免疫学的成分が関与する病理学的状態、または線維性疾患の治療のための、価値ある薬理学的特性を有する革新的な有効成分である。
本化合物の化学構造は、式Ａとして以下に示される。
式Ａ
【化１】
2018537980.tif 000002
【０００３】
この化合物の塩基の形態はＷＯ  ０１／２７０８１に記載されており、モノエタンスルホン酸塩の形態はＷＯ  ２００４／０１３０９９に記載されており、種々のさらなる塩の形態はＷＯ  ２００７／１４１２８３に示されている。免疫学的疾患または免疫学的成分が関与する病理学的状態の治療のためのこの分子の使用はＷＯ  ２００４／０１７９４８に記載されており、腫瘍学的疾患の治療のための使用はＷＯ  ２００４／０９６２２４に記載されており、線維性疾患の治療のための使用はＷＯ  ２００６／０６７１６５に記載されている。この化合物の使用はＷＯ  ２００７／０５７３９７にも記載されている。
この化合物のモノエタンスルホン酸塩の形態は、この塩の形態を薬剤としての開発に特に適したものとする特性を表す。３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノン−モノエタンスルホン酸塩の化学構造を式Ａ１として以下に示す。
式Ａ１
【化２】
2018537980.tif 000003
【０００４】
前臨床試験は、この化合物が、腫瘍血管新生を阻害するメカニズムを介して腫瘍増殖を抑制する、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）および線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）の非常に強力な経口で生物学的に利用可能な阻害剤であることを示している。さらに、この化合物は、内皮および平滑筋細胞および周皮細胞においてシグナル伝達を阻害し、腫瘍脈管密度を低下させることが示されている。
【０００５】
さらに、この化合物は、これまで、十分忍容性のある用量で試験した全てのモデルにおいてインビボでの抗腫瘍効果を示す。以下の表１は、異種移植片モデルおよび同系ラット腫瘍モデルにおけるインビボでの抗腫瘍効果の結果を示す。
【０００６】
【表１】
2018537980.tif 000004
このように、この化合物は、例えば、血管形成または細胞の増殖が関与する疾患の治療に適している。
この化合物は、ＷＯ  ２００６／０６７１６５に記載されたように、線維性疾患の治療に適している。
診断およびスクリーニングのための方法を開発することを目的とした多くの研究にもかかわらず、治療、特に、癌の治療をモニターするための効率的な方法に対する要望が依然として存在する。１つのそのような方法は、ＷＯ  ２０１０／１０３０５８に記載されている。
【０００７】
さらに、単独で、または任意選択で、さらなる医薬上活性な成分および／または、例えば放射線療法または追加の化学療法などのさらなる治療と併用して使用するときに、前記有効成分３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩、特に、そのモノエタンスルホン酸塩の形態での患者の治療をモニターするためのバイオマーカーに関する知識はほとんどなく、該バイオマーカーに対する要望が存在する。
加えて、医師および患者が、各癌の現行の治療状態（例えば、治療に対するその応答、それが進行し始めたか否か）をモニターすることを可能とし、かつ治療の結果を予測することを可能とする方法が必要とされている。
【０００８】
ＲＥＴ融合遺伝子は、肺腺癌の１〜２％に存在する新しい新薬の開発につながるドライバー遺伝子として同定され（Kohno T, Ichikawa H, Totoki Y et al. KIF5B-RET fusions in lung adenocarcinoma. Nat Med 2012; 18: 375-377）、ＲＥＴ融合−陽性ＮＳＣＬＣを有する患者において、バンデタニブおよびカボザンチニブなどの、ＲＥＴチロシンキナーゼ阻害剤の治療効果を検討するいくつかの臨床試験が行われている（Drilon A, Wang L, Hasanovic A et al. Response to Cabozantinib in patients with RET fusion-positive lung adenocarcinomas. Cancer Discov 2013; 3: 630-635.）が、臨床現場においては、選択的ＲＥＴ阻害剤は入手可能となっていない。
ＷＯ  ２０１４／１６５７１０およびZhang et al., "An evaluation and recommendation of the optimal methodologies to detect RET gene rearrangements in papillary thyroid carcinoma.", Genes Chromosomes Cancer. 2015 Mar;54(3):168-76は、共に、ＲＥＴ再編成の検出に関する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
先行技術に鑑みると、改良された癌治療、特に、癌の特定のサブタイプおよび癌のこれらのサブタイプを促進する腫瘍形成経路を特異的に標的とするより効率的な癌療法に対する要望が依然として存在する。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
かくして、本発明は、特に、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による非小細胞肺癌または甲状腺癌の治療をモニターするための方法および癌治療の結果を予測するための方法を提供する。
さらに、発明者らは、驚くべきことに、ＲＥＴ融合遺伝子陽性である患者が、該化合物またはその医薬上許容される塩によってより有利に治療できることを見出した。かくして、発明者らは、ＲＥＴ融合遺伝子を有する癌の特異的形態を有利に治療することを可能とする特定の医学的使用も提供する。
【００１１】
発明の説明
発明者らは、予期せぬことに、ＲＥＴ融合遺伝子、より詳しくは、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子が、本発明による化合物、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンによる療法に対して非常に感受性であるＮＳＣＬＣ患者に存在することを見出した。注目することには、多数の癌突然変異について試験した患者において、該ＲＥＴ融合遺伝子が存在し、他の使用可能な突然変異は存在しないことが見出された。
したがって、本発明の非限定的な態様において、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子などのＲＥＴ融合遺伝子を癌バイオマーカーとして使用することができる。さらに詳しくは、ＲＥＴ融合遺伝子が甲状腺癌または非小細胞肺癌などの癌に存在するか否かを本発明に従って決定することによって、癌治療をモニターすることができ、以下の好ましい実施態様において反映されているように、癌治療の治療結果を予測することができる。
【００１２】
さらに、ＲＥＴタンパク質が本発明による化合物、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンによって阻害されると仮定すると、ＲＥＴ融合遺伝子を有する患者は該治療から特に利益を得るであろう。なぜならば、本発明による化合物での治療は、ＶＥＧＦシグナル伝達の阻害に加えて、ＲＥＴ融合タンパク質も阻害するであろうからである。かくして、予期せぬことに、ＲＥＴ融合遺伝子を有する患者において、２つの発癌性経路が同じ化合物によって有利に阻害されるであろう。
かくして、本発明は、以下に定義される好ましい実施態様において反映される医学的使用のための化合物も含む。
【００１３】
好ましい実施態様：
１．化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による治療のための甲状腺癌または非小細胞肺癌患者を選択する方法であって、
ａ）ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が該患者からの試料に存在するか否かを決定するステップ、および
ｂ）該ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が該試料に存在すると決定された場合、該治療のために該患者を選択するステップ
を含む方法。
【００１４】
２．化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による患者の甲状腺癌または非小細胞肺癌治療の臨床転帰を予測する方法であって、ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が該患者からの試料に存在するか否かを決定するステップを含む方法。
３．該化合物が、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンのモノエタンスルホン酸塩の形態である、項目１または２に記載の方法。
【００１５】
４．該ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が該試料中に存在すると決定された場合、該患者は：
該ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が存在しないと決定された患者と比較して、
該治療に対する応答の延長、
該治療下での安定化の延長、
該治療下での癌進行までの時間の延長、
無憎悪生存期間の延長、および／または
全生存期間の延長
である臨床転帰を有することを予測するステップをさらに含む、項目１から３のいずれか１項に記載の方法。
５．該臨床転帰が、該治療下での癌進行まで時間の延長である、項目４に記載の方法。
６．該試料が該患者から得られた該癌の腫瘍バイオプシーである、項目１から５のいずれか１項に記載の方法。
７．該試料が該患者からの血液、または該患者から得られた血液画分である、項目１から５のいずれか１項に記載の方法。
８．該試料が該患者から得られた血液である、項目７に記載の方法。
９．該ＲＥＴ融合遺伝子がＣＣＤＣ６−ＲＥＴであり、該ＲＥＴ融合遺伝子産物がＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子の産物である、項目１から８のいずれか１項に記載の方法。
１０．該癌が非小細胞肺癌である、項目１から９のいずれか１項に記載の方法。
１１．該癌が甲状腺癌である、項目１から９のいずれか１項に記載の方法。
１２．該治療が、該３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたは該その医薬上許容される塩による単剤療法である、項目１から１１のいずれか１項に記載の方法。
【００１６】
１３．該治療が、
ｉ）該３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたは該その医薬上許容される塩と、
ｉｉ）追加の抗癌療法、好ましくはドセタキセルでの療法と
の併用療法である、項目１から１１のいずれか１項に記載の方法。
１４．該ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴである、項目１から１３のいずれか１項に記載の方法。
【００１７】
１５．決定する該ステップが、
該ＲＥＴ融合遺伝子と、該ＲＥＴ融合遺伝子を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであり、該試薬は、好ましくは該ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能な核酸であるステップを含む、および／または
決定する該ステップが、
該ＲＥＴ融合遺伝子産物と、該ＲＥＴ融合遺伝子産物を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであって、該ＲＥＴ融合遺伝子産物は融合タンパク質であって、該試薬は、好ましくは該融合タンパク質に特異的に結合可能な抗体であるステップを含む、および／または
決定する該ステップが、
該ＲＥＴ融合遺伝子産物と、該ＲＥＴ融合遺伝子産物を検出するための試薬との検出複合体を形成するステップであって、該ＲＥＴ融合遺伝子産物が該ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡであって、該試薬が、好ましくは該ＲＥＴ融合遺伝子の該ｍＲＮＡに特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であるステップを含む、項目１から１４のいずれか１項に記載の方法。
１６．該方法がインビトロの方法である、項目１から１５のいずれか１項に記載の方法。
【００１８】
１７．化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による患者の甲状腺癌または非小細胞肺癌治療が有効であるかまたは有効となるかを決定する方法であって、
以下のエレメント：決定を要求する患者または医師、該患者からの試料の獲得、項目１から１６のいずれか１項に記載の方法を使用する該試料の分析、および該患者または医師に戻す試験結果の連絡
を含む方法。
１８．項目１から１５のいずれか１項に記載の方法を行うための少なくとも１種の手段を含む診断キット。
【００１９】
１９．該キットが：
該ＲＥＴ融合遺伝子産物またはその抗原結合断片に特異的に結合可能な少なくとも１種の抗体、および／または
該ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能なまたはＲＥＴ融合遺伝子産物に特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であって、該ＲＥＴ融合遺伝子産物が該ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡである少なくとも１種の核酸
から選択される物質を含み、
項目１から１４のいずれか１項に記載の方法を行うための指示を含む使用のための指示書をさらに含んでもよい、項目１８に記載の診断キット。
２０．該キットが、該ＲＥＴ融合遺伝子に特異的に結合可能なまたはＲＥＴ融合遺伝子産物に特異的に結合可能な少なくとも１種の核酸であって、該ＲＥＴ融合遺伝子産物は該ＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡである少なくとも１種の核酸を含み、および
該少なくとも１種の核酸は、配列番号１、配列番号２または配列番号３によって表される配列に相補的である、またはその逆相補体に相補的である核酸配列を含む、項目１９に記載の診断キット。
【００２０】
２１．化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩による治療のための甲状腺癌または非小細胞肺癌患者を選択するためのバイオマーカーとしての、ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物の使用。
２２．該使用がインビトロの使用である、項目２１に記載の使用。
２３．該ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物が、項目９または１４のいずれか１項に定義されている、項目２１または２２に記載の使用。
２４．患者における癌の治療方法で使用するための、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩であって、該患者がＲＥＴ融合遺伝子を有する、化合物またはその医薬上許容される塩。
【００２１】
２５．患者における癌の治療方法で使用するための、化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩であって、該患者が、項目１および３から１６のいずれか１項に記載の方法に違って選択された患者である、化合物またはその医薬上許容される塩。
２６．該癌が非小細胞肺癌または甲状腺癌である、項目２４または２５に記載の使用のための、項目２４または２５に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
２７．該治療方法が、第一選択化学療法後における、腺癌腫瘍組織像で局所的に進行した転移性の、または局所的に再発した非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有するヒト患者の治療のための方法であり、該患者が、好ましくは成人患者である、項目２４から２６のいずれか１項に記載の使用のための項目２４から２６のいずれか１項に記載の化合物、またはその医薬上許容される塩。
【００２２】
２８．該ＲＥＴ融合遺伝子が該患者から得られた血液に、該患者から得られた血液画分に、および／または該患者の該癌から得られた腫瘍バイオプシーに存在する、項目２４から２７のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から２７のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
２９．該ＲＥＴ融合遺伝子が融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴである、項目２４から２８のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から２８のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
３０．該癌が非小細胞肺癌である、項目２４から２９のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から２９のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
３１．該使用が、該ＲＥＴ融合遺伝子のタンパク質産物を阻害するための使用である、項目２４から３０のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から３０のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【００２３】
３２．該癌が、非小細胞肺癌、好ましくは進行した非小細胞肺癌であり、該化合物またはその医薬上許容される塩が、少なくとも１８カ月、好ましくは少なくとも２４カ月、より好ましくは少なくとも３０カ月の投与期間にわたって投与される、項目２４から３１のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から３１のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【００２４】
３３．該化合物が、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンのモノエタンスルホン酸塩の形態である、項目２４から３２のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から３２のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
３４．該化合物が、追加の抗癌剤、好ましくはドセタキセルと併用される、項目２４から３３のいずれか１項に記載の使用のための、項目２４から３３のいずれか１項に記載の化合物またはその医薬上許容される塩。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】患者の胸ＣＴスキャンは、治療前、ニンテダニブへの応答の後、およびニンテダニブ耐性の時点における、患者の疾病負荷を示す。
【図２】ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合転写体についてのジャンクションリード。ヌクレオチドは異なる色によって特定される。ジャンクションリードは、遺伝子融合内のジャンクションにわたる。腫瘍検体中のＣＣＤＣ６−ＲＥＴについてのリード配列は、Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｍｏｎｉｃｓ  Ｖｉｅｗｅｒで可視化した。
【図３】５’ＲＥＴプローブ（緑色）および３’ＲＥＴプローブ（赤色）での分離蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイは、単一の単離された赤色３’ＲＥＴプローブ（矢尻）の存在によって示されるように、ＲＥＴ再編成を示す。正常なＲＥＴ遺伝子座は、プローブの分裂されていない赤色および緑色対（矢印）として示される。核は、４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドールで染色される。
【図４】ＤＮＡ配列決定のために、ＤＮＡ１０ｎｇを、２２個の癌関連遺伝子の５０４の突然変異ホットスポット領域を標的とする、Ｉｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑライブラリーキット２．０およびＩｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑ結腸および肺癌パネル（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用する多重ＰＣＲ増幅に付した。
【図５】Ａ）およびＢ）：ＲＮＡ配列決定のために、ＲＮＡ１０ｎｇを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＶＩＬＯ  ｃＤＮＡ合成キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用する逆転写、続いて、Ｉｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑライブラリーキット２．０およびＩｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑ  ＲＮＡ融合肺癌研究パネル（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用するライブラリー生成に付した。後者は、ＡＬＫ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＮＴＲＫ１融合遺伝子を検出する。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
本発明の意味内では、バイオマーカーは、生物学的状態のインジケーターとして使用する。それは、客観的に測定され、正常な生物学的プロセス、発症プロセス、または治療的介入に対する薬理学的応答のインジケーターとして評価される特徴である。これは、１９９８年にＮＩＨの研究グループによって与えられた定義に即している。
より詳細には、バイオマーカーは、疾患のリスクまたは進行、または所与の治療に対する疾患の感受性と相関する変化を示す。提案されたバイオマーカーが確証されたら、それを使用して、ヒト患者において疾患のリスク、疾患の存在を診断し、またはヒト患者において疾患に対する治療を調整することができる（薬物治療または投薬レジメンの選択）。可能性のある薬物療法を評価する場合、生存または不可逆的な疾病率などの自然のエンドポイントに対する代用物として使用してもよい。治療がバイオマーカーを変化させ、これが改良された健康に対する直接的な関連を有する場合、バイオマーカーは、臨床的利益を評価するための代理エンドポイントとして働く。
【００２７】
本発明の方法は、例えば、インビトロの方法とすることができ、試料を患者から採取した後に、試料中のバイオマーカー（すなわち、ＲＥＴ融合遺伝子および／または遺伝子産物）の存在を決定する。試料は、ＲＥＴ融合遺伝子および／または遺伝子産物を含有する任意の試料とすることができる。すなわち、試料は、例えば、癌によって形成された腫瘍からの腫瘍組織試料、例えば、癌によって形成された腫瘍からの腫瘍バイオプシーであってもよい。別法として、試料は、ＲＥＴ融合遺伝子および／または遺伝子産物を含有するいずれの他の試料、例えば、（限定されるものではないが、新鮮な全血、および凍結された全血を含む）血液または（限定されるものではないが、血清、新鮮な血漿、または凍結された血漿を含む）血液画分であってもよい。
【００２８】
以下に、本発明に従って示されるように、ＲＥＴ融合遺伝子は、有効成分３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩、好ましくはモノエタンスルホン酸塩の形態による患者の癌治療をモニターする、バイオマーカーに基づいて患者を選択する、およびそのような癌治療の臨床転帰を予測するためのバイオマーカーとして有用である。
【００２９】
本発明による方法に従って、「予測する」または「［．．．］該患者は臨床転帰を有すると予測する」などの用語は、５０％よりも高い、好ましくは６０％よりも高い、より好ましくは７０％よりも高い、なおより好ましくは８０％よりも高い、なおより好ましくは９０％よりも高い、なおより好ましくは９５％よりも高い、なおより好ましくは９８％よりも高い、なおより好ましくは９９％よりも高い、なおより好ましくは９９．５％よりも高い、なおより好ましくは９９．８％よりも高い、なおより好ましくは９９．８％よりも高い尤度での予測を含むと理解される。
特定の遺伝子型の存在に基づいて臨床転帰を予測するための統計学的方法は当該分野で知られており、本発明による方法に容易に適合させることができる。
本明細書中で使用するように、融合遺伝子およびそれらの産物と関連する用語「ＲＥＴ」は、当該分野で知られたいずれのＲＥＴ融合遺伝子または遺伝子産物も意味する。最も好ましくはＲＥＴ融合遺伝子は融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴであり、その遺伝子産物は、例えば、好ましい実施態様で定義されるように、融合遺伝子ＣＣＤＣ６−ＲＥＴの遺伝子産物である。
【００３０】
該方法で使用する試料：
本発明の全ての方法のうちの１つの実施態様において、該患者からのいくつかの試料は、治療の開始後の１つの時点において、または治療の開始後の異なる時点で得られる。これは、治療過程の間に患者を選択することを可能とする。これは、例えば、各患者ベースで適切な治療スケジュール、用量およびタイプを確立するのに有用である。さらに、所与の時点以降の治療の継続が適切か否かを決定することができる。
前記方法による本発明の好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始から１カ月以内に得る。
前記方法による本発明のもう１つの好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始から１週間以内に得る。
前記方法による本発明のもう１つの好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始から２日以内に得る。
本発明の臨床転帰を予測するための方法において、該試料は、治療の開始前の１以上の時点で得ることもできる。
【００３１】
これは、治療が開始された前であっても、ＲＥＴ融合遺伝子の存在または非存在に基づいて患者の臨床転帰を予測することを可能とし、治療の開始前に、治療に非常に感受性である患者の特定の集団を同定することを可能とする。該予測に基づき、治療は、全ての患者において、またはＲＥＴ融合遺伝子またはその遺伝子産物が存在すると決定された患者の群において開始してもよい。
かくして、臨床転帰を予測するための前記方法に従った本発明の好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始前１カ月以内に得る。
臨床転帰を予測するための前記方法に従った本発明のもう１つの好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始前１週間以内に得る。
臨床転帰を予測するための前記方法に従った本発明のもう１つの好ましい実施態様において、該試料は、該治療の開始前２日以内に得る。
本明細書中で使用する場合、「該治療の開始前１カ月以内に」、「該治療の開始前１週間以内に」、および「該治療の開始前２日以内に」などの用語は治療の日を含めることを意図しているが、但し、該試料は該治療の開始前に得られているものとする。
【００３２】
ＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物の存在の決定
融合遺伝子およびそれらの融合遺伝子産物の存在を決定するための方法は、一般には、当該分野で知られており、これらの方法は全て、本発明に従ってＲＥＴ融合遺伝子および／またはＲＥＴ融合遺伝子産物を決定するのに使用することができる。
【００３３】
例えば、本発明の方法に従って使用することができる好ましい方法は、ここに引用して本明細書に援用する、Zhang et al., "An evaluation and recommendation of the optimal methodologies to detect RET gene rearrangements in papillary thyroid carcinoma.", Genes Chromosomes Cancer. 2015 Mar;54(3):168-76.に開示されている。
本発明の方法に従って使用することができるさらなる好ましい方法は、ＷＯ  ２０１４／１６５７１０に開示されている。
本発明によると、ＲＥＴ融合遺伝子の存在は、直接的に（すなわち、遺伝子それ自体を決定する方法を使用することによって）、および／またはＲＥＴ融合遺伝子のｍＲＮＡまたはＲＥＴ融合遺伝子のタンパク質産物などのＲＥＴ融合遺伝子産物の存在を決定することによって間接的に決定してもよい。
【００３４】
ＲＥＴ融合遺伝子それ自体を決定する方法は、サザンブロッティング技術、（例えば、例１に示されているような）蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、ＤＮＡアレイおよびＤＮＡ配列決定に基づく方法などのいずれの適切なＤＮＡ検出方法も含む。
ＲＥＴ融合遺伝子産物を決定する方法は、ノーザンブロッティング技術、ＲＮＡアレイおよびＲＮＡ配列決定に基づく方法などのいずれの適切なｍＲＮＡ検出方法も含む。
ＲＥＴ融合遺伝子産物を決定する方法は、抗体に基づく方法などの融合タンパク質を決定する方法も含む。
本発明によると、いずれの核酸検出に基づく技術にも、適切な増幅ステップが先行してもよい。例えば、ＲＥＴ融合遺伝子産物を検出するＲＮＡ配列決定に基づく方法には、逆転写、ライブラリー生成および多重ＰＣＲ増幅が先行してもよい。そのような増幅は、例えば、例１に例示されている。
本発明による癌
本明細書中で定義された本発明は、それに対して、ＲＥＴ融合遺伝子を患者の特定の群において同定することができるいずれの癌についても有意義である。本発明によるそのような癌は、好ましくは非小細胞肺癌および甲状腺癌、より好ましくは非小細胞肺癌である。
【００３５】
本発明の医学的使用：
本発明に従う治療において、本発明による前記化合物（すなわち、３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンまたはその医薬上許容される塩）は、単剤療法として、または併用療法として投与してもよい。
本明細書中で使用する場合、用語「単剤療法」とは、放射線療法または化学療法などの追加の抗癌療法なしの本発明の化合物での治療をいう。
【００３６】
本明細書中で定義された本発明の「併用療法」は、該治療の個々の成分の同時、順次、または別々の投与によって達成され得る。本明細書中に定義された併用療法は、唯一の療法として投与してよく、または本発明の併用治療に加えて、外科的処置または放射線療法または追加の化学療法または標的化剤を含んでよい。外科的処置は、本明細書中に記載された併用治療の投与に先立って、その間に、またはその後に、部分的または完全な腫瘍摘出のステップを含んでもよい。
本発明の併用治療は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および甲状腺癌などの癌の治療で特に有用であると期待される。
より詳しくは、本発明のそのような併用治療は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および甲状腺癌を含めた、ＶＥＧＦおよびＲＥＴに関連するいずれの形態の癌も阻害すると期待される。より特に、本発明の併用治療は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）における腫瘍の増殖を有利に遅らせると期待される。
以下の実験は、本発明を説明する意図であって、本発明を限定するものではない。
【００３７】
第Ｉ相臨床試験
試験の概要：
本試験は、ＥＧＦＲおよびＡＬＫ野生型非小細胞肺癌ＮＳＣＬＣを有する喫煙歴のない女性における、３３カ月にわたるドセタキセルに加えてニンテダニブ（ＢＩＢＦ  １１２０；３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノン）の長期効果に関するケーススタディである。多重遺伝子試験は、肺バイオプシー検体におけるＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子を明らかとし、他のアクショナブル変異は同定されなかった。かくして、本発明の非限定的態様において、発明者らは、ＲＥＴ再編成がニンテダニブに対する感受性と相関することを見出した。
【００３８】
症例提示：
本症例は、ＥＧＦＲおよびＡＬＫ野生型の進行したＮＳＣＬＣを有する６０歳の喫煙歴のない女性であった。第一選択の白金ベースの化学療法の失敗の後、２０１０年６月に、患者を、１日２回のニンテダニブ１５０ｍｇの経口投与に加えて３週間毎のドセタキセル７５ｍｇ／ｍ2での進行したＮＳＣＬＣを有する日本人患者についてドセタキセルと組み合わせたニンテダニブの第Ｉ相用量漸増試験に登録した（Okamoto I, Kaneda H, Satoh T et al. Phase I safety, pharmacokinetic, and biomarker study of BIBF 1120, an oral triple tyrosine kinase inhibitor in patients with advanced solid tumors. Mol Cancer Ther 2010; 9: 2825-2833.）。患者はドセタキセルとニンテダニブの併用に対してＸ線撮影による応答を示したが、２２サイクル後に、下肢浮腫および疲労感のためドセタキセルを中止し、その後、ニンテダニブ単剤療法を継続した。合計４８治療サイクル（ニンテダニブ単独での療法、２６サイクル）が、２０１３年３月の疾患進行まで３３カ月にわたって投与された（図１）。ニンテダニブでの療法に対して非常に感受性である突然変異を同定するために、ＤＮＡを使用する肺および結腸腫瘍形成に関連する２２の遺伝子における両突然変異ホットスポット（図４）、ならびに経気管支バイオプシーによって得られた非小細胞肺組織から抽出したＲＮＡを使用する、ＡＬＫ、ＲＥＴ、ＲＯＳＩ、およびＮＴＲＫ１融合転写体の７２の主要な変種（図５）をカバーする次世代配列決定パネルを適用した。多重遺伝子検査は、肺癌診断のための組織検体中でＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子を同定し（図２）、他のアクショナブル変異は同定されなかった。この染色体逆位は、インサイチュハイブリダイゼーションにおける蛍光を使用して実証し、これは、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合に対して陽性である腫瘍中のＲＥＴトランスロケーション部位を隣接して挟むプローブについてのシグナル中の分裂を明らかとした（図３）。
【００３９】
ＮＳＣＬＣにおけるＶＥＧＦ阻害についての原理の証拠は、ベバシズマブの治験で証明されている。ニンテダニブは、ＶＥＧＦＲキナーゼに対してより強力な選択性を有するように開発され、ニンテダニブの前臨床試験は、インビトロにおけるＶＥＧＦＲ２の維持された遮断、およびヒト固体腫瘍の異種移植片モデルにおける腫瘍増殖の遅延または阻止を示した（Hilberg F, Roth GJ, Krssak M et al. BIBF 1120: triple angiokinase inhibitor with sustained receptor blockade and good antitumor efficacy. Cancer Res 2008; 68: 4774-4782.）。肺癌における抗血管形成活性の生物学的関連性を仮定すると、第ＩＩＩ相試験は、いずれかの組織像を有する進行したＮＳＣＬＣに罹患した患者において、ニンテダニブとドセタキセルとの併用対ドセタキセル単独を評価し、ニンテダニブおよびドセタキセルの併用での治療が、腺癌腫瘍組織像を有する予め規定された患者におけるドセタキセル単独と比較して、全生存期間を有意にかつ臨床的に意味があるように改善したことを証明した（Reck M, Kaiser R, Mellemgaard A et al. Docetaxel plus nintedanib versus docetaxel plus placebo in patients with previously treated non-small-cell lung cancer (LUME-Lung 1): a phase 3, double-blind, randomised controlled trial. Lancet Oncol 2014; 15: 143-155.）が、しかしながら、腫瘍試料は、ＮＳＣＬＣにおいてドセタキセルと組み合わせたニンテダニブに対する応答の生物学的理論的根拠の基礎を同定するために収集されていない。
【００４０】
この試験では、多重試験を行って、ニンテダニブの長期効果を示す患者において応答を潜在的に予測する突然変異を同定し、他の活性化突然変異を含まないＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合を同定した。ニンテダニブは、報告されているところによれば、インビトロにおいて、従前に注記した抗アンギオキナーゼ（ＶＥＧＦＲ１−３、ＦＧＦＲ１−３、ＰＤＧＦＲαおよびβ）に加えて、ＲＥＴの受容体キナーゼを阻害する（Hilberg F, Roth GJ, Krssak M et al. BIBF 1120: triple angiokinase inhibitor with sustained receptor blockade and good antitumor efficacy. Cancer Res 2008; 68: 4774-4782.）。かくして、本発明によると、癌における（例えば、多重試験によって同定した場合の）ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合などのＲＥＴ融合の存在は、ニンテダニブに対する感受性と相関する。したがって、ＲＥＴ再編成を有利に使用して、甲状腺癌および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）などのＲＥＴ再編成を有する特定の癌において、ニンテダニブまたはその医薬上活性な塩による癌の治療をモニターし、本発明の化合物での治療のための患者を選択することができる。さらに、本発明によると、これらの癌がＲＥＴ再編成、例えば、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合遺伝子などのＲＥＴ融合遺伝子を有する場合、それらの癌はニンテダニブまたはその医薬上活性な塩でより効果的に治療することができる。予期せぬことに、そのような治療はより長い期間（例えば、少なくとも１８カ月の間、少なくとも２４カ月の間、ＮＳＣＬＣでは少なくとも３０カ月の間さえ）行うことができる。というのは、癌の進行はそのような治療下で遅延されるからである。
以下の検出方法を試験で使用した：
【００４１】
ＮＧＳを使用する融合遺伝子の検出
ＲＮＡを、Ａｌｌｐｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキット（Ｑｉａｇｅｎ、バレンシア、カリフォルニア州）を使用して精製し、次いで、融合転写体検出用のＮＧＳパネルに付した。ＲＮＡ１０ｎｇを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＶＩＬＯ  ｃＤＮＡ合成キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用する逆転写に付し、続いて、Ｉｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑライブラリーキット２．０およびＩｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑ  ＲＮＡ融合肺癌研究パネル（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用するライブラリー生成を行い、その後者は、３７  ＡＬＫ、９ＲＥＴ、１５ＲＯＳ１、および１１  ＮＴＲＫ１融合遺伝子ならびに５’および３’発現アンバランスについての参照配列および５つのハウスキーピング遺伝子（ＨＭＢＳ、ＴＢＰ、ＩＴＧＢ７、ＭＹＣ、ＬＭＮＡ）に由来する転写体を検出する。多重ＰＣＲの後、Ｉｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓバーコードアダプター（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）をＰＣＲ産物に連結し、次いで、これを、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｂｒｅａ，ＣＡ）を使用して精製した。精製したライブラリーをプールし、次いで、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  ＰＧＭ機器、Ｉｏｎ  ＰＧＭ  ２００配列決定キットｖ２、およびＩｏｎ  ３１８  ｖ２チップキット（全て、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから）を使用して配列決定した。整列しなかったｂａｍファイルをＩｏｎレポーターソフトウェア４．２（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に移し、各試料中のアンプリコン当たりのカウント数を分析した。以下の基準の双方が満たされれた場合、融合遺伝子を陽性と判断した：ＡＬＫでは、＞１００の融合リードカウントおよび＞０．０２５の３’／５’アンバランス値、ＲＥＴでは、＞１００の融合リードカウントおよび＞０．０４５の３’／５’アンバランス値、およびＲＯＳＩでは、＞１００の融合リードカウントおよび＞０．５の３’／５’アンバランス値。
【００４２】
ＦＩＳＨ分析
４μｍの厚みで断片化し、スライドガラス上に置いたＦＦＰＥ組織を、ＲＥＴについてのブレークアパートプローブ（ｂｒｅａｋ−ａｐａｒｔ  ｐｒｏｂｅｓ）（Ｓｐｌｉｔ  Ｄｕａｌ  Ｃｏｌｏｒ  ＦＩＳＨ  Ｐｒｏｂｅｓ  ＳＰ０１９；ＧＳＰ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、川崎、日本国）でのＦＩＳＨ分析に付した。ＦＩＳＨ陽性は、腫瘍細胞における＞１０％分裂シグナルの存在と定義した。
【００４３】
さらなる実施態様：
本明細書中で既に記載したもの以外の化合物３−Ｚ−［１−（４−（Ｎ−（（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−メチルカルボニル）−Ｎ−メチル−アミノ）−アニリノ）−１−フェニル−メチレン］−６−メトキシカルボニル−２−インドリノンのさらなる医薬上許容される塩は、例えば、酸付加塩を含んでもよい。そのような酸付加塩は、例えば、ハロゲン化水素との、または硫酸またはリン酸との、またはトリフルオロ酢酸、クエン酸、またはマレイン酸とのなどの、医薬上許容されるアニオンを供する無機または有機酸との塩を含む。加えて、医薬上許容される塩は、医薬上許容されるカチオンを供する無機または有機塩基とで形成され得る。無機または有機塩基とのそのような塩は、例えば、ナトリウムまたはカリウム塩などのアルカリ金属塩、およびカルシウムまたはマグネシウム塩などのアルカリ土類金属塩を含む。
【００４４】
本発明によると、該化合物は、適切には、１以上の医薬上許容される賦形剤または担体を使用して製剤化してもよい。本発明の範囲内で使用してもよい適切な製剤は、これらの化合物に関連する文献および特許出願、ＷＯ  ２００９／１４７２１２およびＷＯ  ２００９／１４７２２０に既に記載されている。
【００４５】
１つの実施態様において、本発明によると、式Ａ１の化合物についての製剤は、好ましくは、脂質担体、増粘剤および滑剤／可溶化剤を含む活性な物質の脂質懸濁液であり、最も好ましくは、該脂質担体は、トウモロコシ油グリセリド、ジエチレングリコールモノエチルエーテル、エタノール、グリセロール、グリコフロール、マクロゴルグリセロールカプリロカプレート、マクロゴルグリセロールリノレエート、中鎖部分グリセリド、中鎖トリグリセリド、ポリエチレングリコール３００、ポリエチレングリコール４００、ポリエチレングリコール６００、ポリオキシルヒマシ油、ポリオキシル水添ヒマシ油、プロピレングリコールモノカプリレート、プロピレングリコールモノラウレート、精製大豆油、トリアセチン、クエン酸トリエチル、またはそれらの混合物から選択され、該増粘剤は、Ｃｏｌｌｏｉｄａｌ  Ｓｉｌｉｃａ  またはＢｅｎｔｏｎｉｔなどのオレオゲル形成賦形剤、またはポリオキシル水添ヒマシ油、水添植物油マクロゴルグリセロール−ヒドロキシステアレート、マクロゴルグリセロール−リシノレエートまたは硬脂肪などの高粘度の親油性または両性賦形剤から選択され、該滑剤／可溶化剤はレシチン、任意選択で１種以上のマクロゴルグリセロールをさらに含むレシチンから選択され、好ましくは、マクロゴルグリセロール−ヒドロキシステアレートまたはマクロゴルグリセロール−リシノレエートから選択される。該脂質懸濁液製剤は、文献から知られた製剤を生産する従来の方法によって、すなわち、所定の順序で予め決定された温度において成分を混合して、ホモゲナイズされた懸濁液を得ることによって調製してもよい。
【００４６】
前記製剤は、好ましくは、任意選択でシーリングまたはバンディングを備えた、医薬カプセル剤、好ましくはカプセルのシェルが、例えば、可塑剤としてのグリセロールを含む点で特徴的なソフトゼラチンカプセル剤、またはハードゼラチンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）カプセル剤に取り込んでよい。カプセル医薬投与形態は、文献から知られたカプセル剤を製造する従来の方法によって調製してよい。ソフトゼラチンカプセル剤は、例えば、Swarbrick, Boylann, Encyclopedia of pharmaceutical technology, Marcel Dekker, 1990, Vol. 2, pp 269 ff or in Lachmann et al., "The Theory and Practice of Industrial Pharmacy", 2nd Edition, pages 404-419, 1976に記載された「ロータリーダイ手法」、または例えば、Jimerson R. F. et al., "Soft gelatin capsule update", Drug Dev. Ind. Pharm., Vol. 12, No. 8-9, pp. 1133-44, 1986に記載されたもののような他の手法などの文献から公知のソフトゼラチンカプセル剤を製造する従来の方法によって調製してよい。
前記定義の製剤または前記定義のカプセル剤は、０．１ｍｇから２０ｍｇの活性な物質／ｋｇ体重、好ましくは０．５ｍｇから４ｍｇの活性な物質／ｋｇ体重の投与範囲で使用してもよい。
前記定義のカプセル剤は、適切なガラス容器または柔軟なプラスチック容器、またはアルミニウムパウチまたは二重ポリバッグ中に包装してよい。
用量およびスケジュールは、特定の疾患の状態および患者の全状態に従って変化し得る。本発明の化合物Ａまたはその医薬上許容される塩による治療に加えて、１以上の追加の化学療法剤を使用する場合、用量およびスケジュールも変化し得る。計画作成は、いずれかの特定の患者を治療している医師によって決定し得る。
【００４７】
放射線療法は、臨床放射線療法における公知のプラクティスに従って投与してもよい。電離放射線の量は、臨床放射線療法で使用するための知られたものである。使用する放射線療法は、例えば、γ線、Ｘ線、および／または放射性同位体からの放射線の有向送達を含むであろう。マイクロ波およびＵＶ照射などの、ＤＮＡ損傷因子の他の形態も本発明に含まれる。例えば、Ｘ線は、１．８〜２．０Ｇｙの日量にて、１週間に５日、５〜６週の間投与してよい。通常、合計分割量は、４５〜６０Ｇｙの範囲にあるであろう。単一のより大量、例えば、５〜１０Ｇｙを、放射線療法の治療単位の一部として投与してもよい。単一の量は手術中に投与してもよい。多分割放射線療法を使用してもよく、それにより、少量のＸ線を、一定期間にわたって、例えば、何日間にもわたって１時間あたり０．１Ｇｙにて規則的に投与される。放射線同位体の量範囲は広く変化し、同位体の半減期、照射された放射線の強度およびタイプ、および細胞による摂取に依存する。
特定の疾患状態の治療的および予防的処置に必要な各療法の用量のサイズは、治療されるレシピエント、投与の経路、および治療すべき疾患の重症度に応じて必然的に変化する。したがって、最適な用量は、いずれかの特定の患者を治療している医師によって決定され得る。例えば、毒性を低下させるために、組合せ治療の成分の前記用量を低下させる必要があり、またはそれが望ましい。
【００４８】
ＮＳＣＬＣについてのニンテダニブの使用
ニンテダニブの推奨される用量は、標準が２１日のドセタキセル治療サイクルの２〜２１日に、ほぼ１２時間離して毎日２回投与される２００ｍｇ（エシレートとして投与される遊離塩基から計算された量）である。ニンテダニブは、ドセタキセル化学療法投与と同一の日に摂取してはならない（＝１日）。ニンテダニブの用量を損ねた場合、投与は、推奨された用量にて次のスケジュール時間に再開すべきである。ニンテダニブの個々の日用量は、損ねた用量を補うために推奨された用量を超えて増加させるべきではない。４００ｍｇの推奨される最大日用量を超えてはならない。患者は、臨床的利益が観察される限り、または許容されない毒性が起こるまで、ドセタキセルの中止後にニンテダニブでの療法を継続してもよい。
【００４９】
薬量学について、ドセタキセルの投与の方法および用量修飾については、ドセタキセルについての対応する製品情報を参照されたい。ニンテダニブでの副作用治療の管理のための最初の尺度としての用量調整は、特定の副作用反応が、（グレード１またはベースラインまでの）療法の継続を可能とするレベルまで解決されるまでは一時的に中止すべきである。ニンテダニブ治療は、低下した用量で再開してもよい。以下の表に記載されているような、個々の安全性および忍容性に基づいた１日当たり１００ｍｇのステップでの用量調整（すなわち、投与当たり５０ｍｇの低下）が推奨される。副作用のさらなる存続している場合、すなわち、患者が１日２回の１００ｍｇに対して忍容性を有していない場合、ニンデダニブでの治療は永久に中止すべきである。
下痢、嘔吐および他の非血液学的または血液学的有害反応の場合におけるニンテダニブについての推奨される用量調整：
【表２】
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（より詳細な情報についてはＥＭＡのウエブサイトを参照：http://www.ema.europa.eu/docs/en_GB/document_library/EPAR_-_Product_Information/human/002569/WC500179970.pdf）。
【００５０】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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