(57)【要約】本発明は、患者を抗ＶＥＧＦ療法に反応する可能性があると同定する方法を特徴とする。さらに、上記の１つまたは複数の眼反応マーカーを含まないと同定された患者においては、本発明は、ＥＰＯアンタゴニスト（例えば、単独、またはＶＥＧＦアンタゴニストとの併用）による治療を特徴とする。
2018525389.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、方法。
【請求項２】
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量のＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せを前記患者に選択的に投与するステップを含む、方法。
【請求項６】
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項８】
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一または２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択する、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１１】
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１２】
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１３】
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する１つまたは複数の対立遺伝子について、前記患者をアッセイするステップを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記アッセイするステップが、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する１つまたは複数の対立遺伝子について、前記患者をアッセイするステップを含む、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１６】
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１７】
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１８】
ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２１】
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
【請求項２２】
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
【請求項２３】
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４遺伝子座および／またはｒｓ２０１０９６３遺伝子座を含むゲノム配列について、前記生物学的試料をアッセイするステップを含む、請求項１２から２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記生物学的試料が、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料からなる群から選択される、請求項１２から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記アッセイするステップが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣおよび質量分析からなる群から選択される技術を含む、請求項１２から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニスト。
【請求項２７】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニスト。
【請求項２８】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ。
【請求項２９】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ。
【請求項３０】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＥＰＯアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＥＰＯアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＥＰＯアンタゴニスト。
【請求項３１】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＥＰＯアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＥＰＯアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＥＰＯアンタゴニスト。
【請求項３２】
眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項３３】
眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項３４】
眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストの組合せまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項３５】
眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項３６】
前記患者から前記生物学的試料を得るステップをさらに含み、前記得るステップを検出するステップの前に実施する、請求項３２から３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーのゲノム配列について、前記生物学的試料をアッセイするステップを含む、請求項３２から３５のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記生物学的試料が、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料からなる群から選択される、請求項３２から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
アッセイするステップが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣおよび質量分析からなる群から選択される技術を含む、請求項３２から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在に基づいて、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項４１】
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項４２】
ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項４３】
ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＥＰＯアンタゴニストまたは前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項４４】
前記眼障害が黄斑変性である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法または使用。
【請求項４５】
前記黄斑変性が加齢黄斑変性である、請求項３６に記載の方法または使用。
【請求項４６】
前記眼障害が糖尿病性黄斑浮腫である、請求項１から４３のいずれか一項に記載の方法または使用。
【請求項４７】
前記眼障害が糖尿病性網膜症である、請求項１から４３のいずれか一項に記載の方法または使用。
【請求項４８】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ受容体結合分子である、前記請求項のいずれかに記載の方法または使用。
【請求項４９】
前記ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ受容体結合分子がＶＥＧＦＡ結合分子である、請求項４８に記載の方法または使用。
【請求項５０】
前記ＶＥＧＦＡ結合分子が、抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、請求項４９に記載の方法または使用。
【請求項５１】
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体が、ベバシズマブまたはラニビズマブからなる群から選択される、請求項５０に記載の方法または使用。
【請求項５２】
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体がラニビズマブである、請求項５１に記載の方法または使用。
【請求項５３】
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体が、米国特許出願公開第２０１２００１４９５８号に記載されているＮＶＳ４、ＮＶＳ８０、ＮＶＳ８１、ＮＶＳ８２、ＮＶＳ８３、ＮＶＳ８４およびＮＶＳ８５からなる群から選択される、あるいは米国特許出願公開第２０１４０１８６３５０号に記載されているＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、請求項５０に記載の方法または使用。
【請求項５４】
前記抗ＥＰＯアンタゴニストが、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法または使用。
【請求項５５】
前記抗ＥＰＯアンタゴニストが、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体であり、米国特許出願公開第２０１４／０１９９３０６号に開示されているＦａｂｓ  ＮＶＳ１、ＮＶＳ２、ＮＶＳ３またはＮＶＳ４のＣＤＲ配列を有する抗体またはその誘導体（Ｆａｂｓ  ＮＶＳ１〜４を含む抗体またはその誘導体を含む）からなる群から選択される、請求項５４に記載の方法または使用。
【請求項５６】
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）１つまたは複数の眼反応マーカーが前記試料中に存在する場合、前記個体をＶＥＧＦアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む、方法。
【請求項５７】
ＥＰＯアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）眼反応マーカーが前記試料中に存在する場合、前記個体をＥＰＯアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む、方法。
【請求項５８】
網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）前記対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）前記対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む、方法。
【請求項５９】
網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）前記対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）前記対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む、方法。
【請求項６０】
ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するために必要な試薬を含む、キット。
【請求項６１】
ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するために必要な試薬を含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、参照により組み込まれる、２０１５年８月１２日に出願した米国仮特許出願第６２／２０４，１１５号の利益を主張するものである。
【０００２】
技術分野
本開示は、眼障害を有する患者を治療するための予測方法、個別療法、キット、伝達できる形の情報および方法を対象とする。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
糖尿病性網膜症（ＤＲ）は、複雑な多因子病因を有する糖尿病の微小血管合併症である。蓄積しつつある証拠により、血糖コントロールおよび糖尿病の罹病期間と無関係である、ＤＲに対する感受性における遺伝因子の重要な意義が示唆される。ＤＲのリスクに関連する最も十分に特徴づけられている遺伝因子は、エリスロポエチン（ＥＰＯ）遺伝子における機能多型（ｒｓ１６１７６４０）である。この多型は、ＥＰＯプロモーター領域に位置し、Ｔ対立遺伝子は、３つのヨーロッパ系アメリカ人コホートにおける増殖性ＤＲ（ＰＤＲ）と有意に関連付けられた。ルシフェラーゼプロモーターアッセイにより、Ｔ対立遺伝子がＧ対立遺伝子と比較してリポーター発現の２５倍の増大の主要因であることが示された。さらに、ヒト硝子体におけるＥＰＯ濃度は、同型接合ＴＴ遺伝子型を有する正常対象においてＧＧ遺伝子型を有する正常対象より７．５倍高かった。
【０００４】
ＥＰＯは、糖尿病ヒトおよびマウス眼に認められる強力な血管新生因子である。ＥＰＯ  ｍＲＮＡ濃度は、虚血誘発性網膜血管新生のマウスモデルにおいて増加し、この血管新生は、ＥＰＯの阻害により抑制される。ＥＰＯ受容体の免疫反応性は、ＰＤＲ眼の新生血管組織において強く検出された。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
発明の簡単な要旨
一態様において、本発明は、眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを患者に選択的に投与するステップを含む方法を特徴とする。
【０００６】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子）を有することに基づいて、治療有効量のＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ（combination）を患者に選択的に投与するステップを含む方法を特徴とする。
【０００７】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、患者をＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【０００８】
さらに他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）を有することに基づいて、患者をＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【０００９】
さらなる態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ＶＥＧＦアンタゴニストを患者に選択的に投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００１０】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）について患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを患者に選択的に投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００１１】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有する患者からの生物学的試料に基づいて、患者をＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００１２】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）について患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する患者からの生物学的試料に基づいて、患者をＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００１３】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストが患者に投与されることを特徴とするＶＥＧＦアンタゴニストを特徴とする。
【００１４】
関連する態様において、本発明は、眼障害を有する患者の治療に使用されるＥＰＯアンタゴニストであって、患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）を有するステップに基づいて、治療有効量のＥＰＯアンタゴニストが患者に投与されることを特徴とするＥＰＯアンタゴニストを特徴とする。
【００１５】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在または非存在（presence or absence one or more ophthalmic response markers）について患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む方法を特徴とする。
【００１６】
他の態様において、本発明は、眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストの組合せまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）の存在または非存在について患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む方法を特徴とする。
【００１７】
さらに他の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を含む群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在に基づいて、患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む方法を特徴とする。
【００１８】
さらに他の態様において、本発明は、ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）の存在に基づいて、患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む方法を特徴とする。
【００１９】
さらに他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）１つまたは複数の眼反応マーカーが試料中に存在する場合、個体をＶＥＧＦアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００２０】
また、本発明は、ＥＰＯアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）眼反応マーカーが試料中に存在する場合、個体をＥＰＯアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００２１】
さらに、本発明の特定の態様は、網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００２２】
他の態様において、本発明は、網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む方法を特徴とする。
【００２３】
また、本発明は、特定の態様において、ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するために必要な試薬を含むキットを特徴とする。
【００２４】
最後に、特定の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子（例えば、２つの対立遺伝子）の存在を検出するために必要な試薬を含むキットを特徴とする。
【００２５】
上記の方法は、場合によって、患者から生物学的試料を得るステップをさらに含み得、得るステップは、検出するステップの前に実施される。
【００２６】
前述のアッセイするステップのいずれかは、好ましくはｒｓ１６１７６４遺伝子座および／またはｒｓ２０１０９６３遺伝子座を含むゲノム配列について生物学的試料をアッセイすることを含み得る。そのようなアッセイは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣおよび質量分析であり得る。生物学的試料は、例えば、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料を含み得る。
【００２７】
前述の方法のいずれかにおいて、眼障害は、黄斑変性（例えば、加齢黄斑変性）、糖尿病性黄斑浮腫または糖尿病性網膜症である。また、前述の方法のいずれかにおいて、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦＡ）受容体結合分子である。ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦＡ）結合分子は、例えば、抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体（例えば、ベバシズマブもしくはラニビズマブ、米国特許出願公開第２０１２００１４９５８号に記載されているＮＶＳ４、ＮＶＳ８０、ＮＶＳ８１、ＮＶＳ８２、ＮＶＳ８３、ＮＶＳ８４およびＮＶＳ８５を含む群から選択される抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体あるいは米国特許出願公開第２０１４０１８６３５０号に記載されているＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体）であり得る。
【００２８】
さらに、前述の方法の抗ＥＰＯアンタゴニストは、例えば、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体、例えば、米国特許出願公開第２０１４／０１９９３０６号に記載されているＦａｂｓ  ＮＶＳ１、ＮＶＳ２、ＮＶＳ３またはＮＶＳ４のＣＤＲ配列を有する抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体（Ｆａｂｓ  ＮＶＳ１〜４を含む抗体またはその誘導体を含む）であり得る。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
【図１】図１は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）により治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図２】図２は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）およびレーザーにより治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図３】図３は、レーザーにより治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図４】図４は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）により治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図５】図５は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）およびレーザーにより治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図６】図６は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）により治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＶＥＧＦ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図７】図７は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）およびレーザーにより治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＶＥＧＦ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図８】図８は、レーザーにより治療したＤＭＥ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＶＥＧＦ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図９】図９は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）により治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＶＥＧＦ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図１０】図１０は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）およびレーザーにより治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＶＥＧＦ遺伝子型の効果を示すグラフである。
【図１１】図１１は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）により治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯおよびＶＥＧＦ遺伝子型の相加的効果を示すグラフである。
【図１２】図１２は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）およびレーザーにより治療したＡＭＤ患者におけるＢＣＶＡ反応に対するＥＰＯおよびＶＥＧＦ遺伝子型の相加的効果を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
発明の詳細な説明
本発明は、特定のゲノムマーカー（本明細書で「眼反応マーカー」と呼ぶ）が眼障害の治療における抗ＶＥＧＦ療法（例えば、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標））の結果に関して予測的であるという発見に一部基づいている。とりわけ、本発明者らは、ヒトエリスロポエチンのプロモーターにおける多型が抗ＶＥＧＦ療法の有効性を予測するものであることを発見した。さらに、本発明者らは、ＶＥＧＦの５’ＵＴＲのみにおける特定の多型またはＥＰＯ多型と組み合わされたＶＥＧＦの５’ＵＴＲにおける特定の多型の存在が、抗ＶＥＧＦ療法に対する予測される反応に関する追加情報を提供するものであることを発見した。したがって、本発明は、患者を抗ＶＥＧＦ療法に反応する可能性があると同定する方法を特徴とする。さらに、上記の１つまたは複数の眼反応マーカーを含まないと同定された患者においては、本発明は、ＥＰＯアンタゴニスト（例えば、単独、またはＶＥＧＦアンタゴニストとの併用）による治療を特徴とする。
【００３１】
具体的には、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト単独による治療（例えば、加齢黄斑変性を有する対象における）がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する患者においてより有効であるという所見に一部基づいている。さらに、そのような患者におけるＶＥＧＦアンタゴニストによる治療は、患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有する場合により有効である。本発明はまた、ＶＥＧＦ［５’ＵＴＲ］における多型が抗ＶＥＧＦ単独療法の有効性のさらなる予測因子であるという所見に一部基づいている。そのような場合、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子の存在は、ＶＥＧＦ単独療法（VEGF monotherapy）での治療の有効性の増大を示唆するが、このグアニンを有する２つの対立遺伝子は、さらにより大きい有効性を示唆する。最後に、本発明は、総合的には、ｒｓ１６１７６４０およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座における上記の多型の存在（例えば、２つ、３つまたは４つすべての対立遺伝子における）が、両多型の組合せのない個別のものと比較した場合、抗ＶＥＧＦ単独療法の有効性のより大きい可能性を示すという所見に基づいている。
【００３２】
さらに、本発明は、患者のｒｓ１６１７６４０遺伝子座における１つまたは複数の対立遺伝子におけるチミンの存在が、ＥＰＯアンタゴニストによる治療の有効性を示唆するという予測を特徴とする。ここで、本発明は、ＥＰＯアンタゴニスト単独により、またはＶＥＧＦアンタゴニストと併用したＥＰＯアンタゴニストにより、そのような患者（例えば、加齢黄斑変性を有する患者）を治療することを特徴とする。
【００３３】
数値ｘに関する「約」という用語は、文脈上別途示されない限り、＋／−１０％を意味する。
【００３４】
本明細書で用いているように、「対象」および「患者」という用語は、ヒトを含む。
【００３５】
「アッセイする」という用語は、同定する、スクリーニングする、探査する、試験する、測定するまたは定量する行為を指すために用いられ、その行為は、従来の手段により実施することができる。例えば、試料は、ＥＬＩＳＡアッセイ、ノーザンブロット、画像化、遺伝子配列決定、表現型検査、ハプロタイプ分析、質量分析等を用いることによって特定の遺伝子マーカーの存在についてアッセイすることができる。「検出する」という用語（および同様の用語）は、直接的または間接的であり得る、所定の情報源から特定の情報を引き出す行為を意味する。本明細書で開示する予測方法のいくつかの実施形態において、所定のもの（例えば、対立遺伝子など）の存在は、例えば、データベースにクエリーを行うことにより、生物学的試料において間接的に検出される。「アッセイする」および「定量する」という用語は、当該試料を物理的試験に供することによる１つの状態から他の状態への物質の変換、例えば、生物学的試料、例えば、血液試料または他の組織試料の変換を企図するものである。
【００３６】
「得る」という用語は、何らかの方法で、例えば、物理的介入（例えば、生検、血液採取）または非物理的介入（例えば、サーバーを介する情報の伝送）などにより、入手すること、例えば、所有を得ることを意味する。
【００３７】
「生物学的試料をアッセイする・・・」などという語句は、所定の眼反応マーカーの存在または非存在について試料を（直接的または間接的に）試験することができることを言うために用いる。物質の存在が１つの見込みを意味し、物質の非存在が異なる見込みを意味する状況において、そのような物質の存在または非存在を治療決定の指針とするように用いることができることは、理解されよう。例えば、患者における特定の応答対立遺伝子の実際の存在を確認することによりまたは患者における特定の応答対立遺伝子の非存在を確認することにより、患者が眼反応マーカーを有するかどうかを判断することができる。そのような両方の場合に、患者が眼反応マーカーの存在を有するかどうかを判断する。
【００３８】
「ＶＥＧＦ」という用語は、ヒトＶＥＧＦ−Ａを意味し、ＶＥＧＦ−Ａの多型性変異体およびＶＥＧＦ−Ａの機能的等価体を含む。本開示によるＶＥＧＦ−Ａの機能的等価体は、好ましくは野生型ＶＥＧＦＡとの少なくとも約８５％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の全配列同一性を有する。
【００３９】
「ＶＥＧＦアンタゴニスト」は、本明細書で用いているように、（例えば、ＶＥＧＦ受容体へのＶＥＧＦの結合を阻害することにより）ＶＥＧＦの機能、発現および／またはシグナル伝達に拮抗する（例えば、低下させる、阻害する、減少させる、遅らせる）ことができる分子を意味する。ＶＥＧＦアンタゴニストの非限定的な例は、ＶＥＧＦ結合分子およびＶＥＧＦ受容体結合分子を含む。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニストを用いる。
【００４０】
「ＶＥＧＦ結合分子」とは、単独または他の分子と結合したヒトＶＥＧＦ抗原に結合することができる分子を意味する。結合反応は、特異性が無関係であるが、理想的には同じイソ型の抗体がある陰性対照試験（a negative control test in which an antibody of unrelated specificity, but ideally of the same isotype）を参照して、例えば、その受容体へのＶＥＧＦの結合の阻害を判定するための結合アッセイ、競合アッセイもしくはバイオアッセイまたはあらゆる種類の結合アッセイを含む標準的方法（定性的アッセイ）により示すことができる。ＶＥＧＦ結合分子の非限定的な例は、小分子、ＶＥＧＦ受容体デコイ、ならびにＢ細胞またはハイブリドーマにより産生されるＶＥＧＦに結合する抗体およびキメラ、ＣＤＲグラフトもしくはヒト抗体またはその断片、例えば、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ断片、ならびに単鎖または単一ドメイン抗体を含む。好ましくはＶＥＧＦ結合分子は、ＶＥＧＦの機能、発現および／またはシグナル伝達に拮抗する（例えば、低下させる、阻害する、減少させる、遅らせる）。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ結合分子を用いる。
【００４１】
「ＶＥＧＦ受容体結合分子」とは、単独または他の分子と結合したヒトＶＥＧＦ受容体に結合することができる分子を意味する。結合反応は、特異性が無関係であるが、理想的には同じイソ型の抗体を用いる陰性対照試験を参照して、例えば、ＶＥＧＦへのＶＥＧＦ受容体の結合の阻害を判定するための結合アッセイ、競合アッセイもしくはバイオアッセイまたはあらゆる種類の結合アッセイを含む標準的方法（定性的アッセイ）により示すことができる。ＶＥＧＦ受容体結合分子の非限定的な例は、小分子、ＶＥＧＦデコイ、ならびにＢ細胞またはハイブリドーマにより産生されるＶＥＧＦ受容体に対する抗体およびキメラ、ＣＤＲグラフトもしくはヒト抗体またはその断片、例えば、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ断片、ならびに単鎖または単一ドメイン抗体を含む。好ましくはＶＥＧＦ受容体結合分子は、ＶＥＧＦの機能、発現および／またはシグナル伝達に拮抗する（例えば、低下させる、阻害する、減少させる、遅らせる）。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ受容体結合分子を用いる。
【００４２】
「Ｅｐｏタンパク質」または「Ｅｐｏ抗原」または「ＥＰＯ」または「Ｅｐｏ」という用語は、同義で用いられ、異なる種におけるエリスロポエチンタンパク質を意味する。ヒト、カニクイザル、マウス、ラットおよびウサギＥｐｏのタンパク質配列は、公的に入手可能である。ヒトＥＰＯは、高度にグリコシル化することもできる。
【００４３】
「Ｅｐｏ受容体」または「ＥＰＯＲ」という用語は、同義で用いられ、エリスロポエチン受容体タンパク質を意味し、異なる種におけるエリスロポエチン受容体タンパク質を意味する。ＥＰＯＲは、Winkelmann J. C., Penny L. A., Deaven L. L., Forget B. G., Jenkins R. B. Blood 76:24-30 (1990)により記載された。
【００４４】
「ＥＰＯアンタゴニスト」は、本明細書で用いているように、（例えば、ＥＰＯ受容体へのＥＰＯの結合を遮断することにより）ＥＰＯの機能、発現および／またはシグナル伝達に拮抗する（例えば、低下させる、阻害する、減少させる、遅らせる）ことができる分子を意味する。ＥＰＯアンタゴニストの非限定的な例は、ＥＰＯ結合分子およびＥＰＯ受容体結合分子を含む。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＥＰＯアンタゴニストを用いる。
【００４５】
「ＥＰＯ結合分子」とは、単独または他の分子と結合したヒトＥＰＯ抗原に結合することができる分子を意味する。結合反応は、特異性が無関係であるが、理想的には同じイソ型の抗体がある陰性対照試験を参照して、例えば、ＥＰＯのその受容体への結合の阻害を測定するための結合アッセイ、競合アッセイもしくはバイオアッセイなどの標準的方法（定性的アッセイ）またはあらゆる種類の結合アッセイにより示すことができる。ＶＥＧＦ結合分子の非限定的な例は、小分子、ＶＥＧＦ受容体デコイ、ならびにＢ細胞またはハイブリドーマにより産生されるＶＥＧＦに結合する抗体およびキメラ、ＣＤＲグラフトもしくはヒト抗体またはその断片、例えば、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ断片、ならびに単鎖または単一ドメイン抗体を含む。好ましくはＶＥＧＦ結合分子は、ＶＥＧＦの機能、発現および／またはシグナル伝達に拮抗する（例えば、低下させる、阻害する、減少させる、遅らせる）。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ結合分子を用いる。
【００４６】
「抗体」という用語は、本明細書で述べているように、全抗体およびその抗原結合部または単鎖を含む。天然に存在する「抗体」は、ジスルフィド結合により相互に連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書においてＶＨと略記する）および重鎖定常領域から構成されている。重鎖定常領域は、３つのドメインＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３から構成されている。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書においてＶＬと略記する）および軽鎖定常領域から構成されている。軽鎖定常領域は、１つのドメインＣＬから構成されている。ＶＨおよびＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれているより保存的である領域により散在させられている超可変領域または相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれている超可変の領域にさらに細分することができる。各ＶＨおよびＶＬは、次の順序でアミノ末端からカルボキシ末端へと配列している３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）および古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含む宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ、ＥＰＯ、ＶＥＧＦ受容体またはＥＰＯ受容体に対する抗体、好ましくはＶＥＧＦまたはＥＰＯに対する抗体を用いる。
【００４７】
抗体の「抗原結合部」という用語は、本明細書で用いているように、抗原（例えば、ＶＥＧＦまたはＥＰＯ）に特異的に結合する能力を保持している抗体の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片により果たされ得ることが示された。抗体の「抗原結合部」という用語に含まれる結合断片の例としては、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片、ヒンジ領域におけるジスルフィド架橋により連結されている２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ）２断片、ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、抗体の一本の腕のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Wardら、1989 Nature 341巻、544-546頁）ならびに単離ＣＤＲなどがある。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメインＶＬおよびＶＨは、別個の遺伝子によりコードされるが、それらは、ＶＬおよびＶＨ領域が一対になって一価分子を形成している単一タンパク質鎖（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として公知である、例えば、Birdら、1988 Science 242巻、423-426頁、およびHustonら、1988 Proc. Natl. Acad. Sci. 85巻、5879-5883頁参照）として調製されることを可能にする合成リンカーにより組換え法により連結することができる。そのような単鎖抗体も「抗体」という用語に含めるものとする。単鎖抗体および抗原結合部は、当業者に公知の従来技術を用いて得られる。開示した方法、レジメン、キット、プロセス、使用および組成物のいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦまたはＥＰＯに対する単鎖抗体または抗体の抗原結合部分を用いる。
【００４８】
「単離抗体」は、本明細書で用いているように、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す。「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」という用語は、本明細書で用いているように、単一分子組成の抗体分子の製剤を指す。「ヒト抗体」という用語は、本明細書で用いているように、フレームワークおよびＣＤＲ領域の両方がヒト由来の配列に由来する可変領域を有する抗体を含むものとする。「ヒト抗体」は、ヒト、ヒト組織またはヒト細胞により産生される必要はない。本開示のヒト抗体は、ヒト配列によりコードされないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでのランダムもしくは部位特異的突然変異誘発により、抗体遺伝子のｉｎ  ｖｉｖｏでの組換え時に結合部位におけるＮ−ヌクレオチドの付加により、またはｉｎ  ｖｉｖｏでの体細胞突然変異により導入された突然変異）を含み得る。
【００４９】
「ＫＤ」という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を指すものとする。「ＫＤ」という用語は、本明細書で用いているように、ＫｄとＫａとの比（すなわち、Ｋｄ／Ｋａ）から得られ、モル濃度（Ｍ）として表される、解離定数を指すものとする。抗体のＫＤ値は、当技術分野で十分に確立されている方法を用いて決定することができる。抗体のＫＤを測定する方法は、表面プラスモン共鳴を用いるまたはＢｉａｃｏｒｅ（登録商標）システムなどのバイオセンサーシステムを用いることによる。
【００５０】
「親和力」という用語は、単一抗原部位における抗体と抗原との間の相互作用の強さを指す。各抗原部位内で、抗体の「腕」の可変領域は、多数の部位において抗原と弱い非共有結合力により相互作用する。相互作用が大きいほど、親和力が強い。例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロットおよびＲＩＡなどの様々な種のＶＥＧＦまたはＥＰＯに対する抗体の結合親和力を評価するための標準的アッセイが当技術分野で公知である。抗体の結合速度論（例えば、結合親和力）もビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ）解析などの当技術分野で公知の標準的アッセイにより評価することができる。
【００５１】
当技術分野で公知および本明細書で述べる方法により測定されるこれらのＶＥＧＦまたはＥＰＯ機能特性（例えば、生化学的、免疫化学的、細胞、生理学的または他の生物学的活性または同類のもの）の１つまたは複数のものを「阻害する」抗体は、抗体が存在しない場合（または無関係の特異性の対照抗体が存在する場合）に認められるものと比較して特定の活性の統計的に有意な低下に関連すると理解される。ＶＥＧＦまたはＥＰＯ活性を阻害する抗体は、例えば、測定パラメーターの少なくとも約１０％、少なくとも５０％、８０％または９０％の統計的に有意な低下をもたらし、開示した方法、使用、プロセス、キットおよび組成物の特定の実施形態において、用いるＶＥＧＦまたはＥＰＯ抗体は、９５％、９８％または９９％を超えるＶＥＧＦまたはＥＰＯの機能活性を阻害し得る。
【００５２】
「誘導体」という用語は、特に示さない限り、アミノ酸配列変異体、ならびにＶＥＧＦまたはＥＰＯアンタゴニストの共有結合性修飾（例えば、ペグ化、脱アミド化、ヒドロキシル化、リン酸化、メチル化等）を定義するために用いる。「機能性誘導体」は、開示したＶＥＧＦまたはＥＰＯアンタゴニストと同様の定性的生物学的活性を有する分子を含む。機能性誘導体は、本明細書で開示したＶＥＧＦまたはＥＰＯアンタゴニストの断片およびペプチド類似体を含む。断片は、本開示によるポリペプチドの、例えば、指定の配列の配列内の領域を含む。本明細書で開示したＶＥＧＦまたはＥＰＯアンタゴニストの機能性誘導体は、好ましくは本明細書で開示したＶＥＧＦもしくはＥＰＯ結合性分子のＶＨおよび／またはＶＬ配列と少なくとも約６５％、７５％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくはさらには９９％の全配列同一性を有するＶＨおよび／またはＶＬドメインを含み、ヒトＶＥＧＦまたはＥＰＯに結合する能力を実質的に保持する。
【００５３】
「実質的に同じ」という語句は、関連するアミノ酸またはヌクレオチド配列（例えば、ＶＨまたはＶＬドメイン）が特定の参照配列と比較して同じであるかまたは微小な差を有する（例えば、保存的アミノ酸置換による）ことを意味する。微小な差は、特定の領域（例えば、ＶＨまたはＶＬドメイン）の５アミノ酸における１または２置換（例えば、セリンをトレオニンと交換することなどの同類置換、または抗体の活性、構造の完全性、補体結合などに関与しない位置における置換）などのわずかなアミノ酸の変化を含む。抗体の場合、第２の抗体は、同じ特異性を有し、同じものの親和力の少なくとも５０％を有する。本明細書で開示した配列と実質的に同じ（例えば、少なくとも約８５％の配列同一性）配列も本開示の一部である。いくつかの実施形態において、誘導ＶＥＧＦまたはＥＰＯ抗体の配列同一性は、開示した配列に対して約９０％以上、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い値であり得る。
【００５４】
天然ポリペプチドおよびその機能性誘導体に関する「同一性」は、本明細書においては、配列を整列させ、最大パーセントの同一性を達成するために、必要な場合にギャップを導入した後、配列同一性の一部として保存的置換を考慮せずに、対応する天然ポリペプチドの残基と同じである候補配列におけるアミノ酸残基の百分率と定義する。ＮまたはＣ末端延長も挿入も同一性を低下させると解釈しないものとする。整列の方法およびコンピュータプログラムは、周知である。同一性のパーセントは、標準的整列アルゴリズム、例えば、Altshulら（(1990) J. Mol. Biol.、215巻、403-410頁）により記載されたＢａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）、Needlemanらのアルゴリズム（(1970) J. Mol. Biol.、48巻、444-453頁）またはMeyersらのアルゴリズム（(1988) Comput. Appl. Biosci.、4巻、11-17頁）により求めることができる。一組のパラメーターは、ギャップペナルティ１２、ギャップ延長ペナルティ４、フレームシフトギャップペナルティ５を有するＢｌｏｓｕｍ  ６２スコアリングマトリックスであってもうよい。２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列の間の同一性のパーセントは、ＰＡＭ１２０重み付き残基表、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを用いたＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ２．０）に組み込まれたE. MeyersおよびW. Millerのアルゴリズム（(1989) CABIOS、4巻、11-17頁）を用いて求めることもできる。
【００５５】
「アミノ酸（単数または複数）」は、すべての天然に存在するＬ−α−アミノ酸を指し、また例えば、Ｄ−アミノ酸を含む。「アミノ酸配列変異体」という語句は、本開示による配列と比較してそれらのアミノ酸配列の若干の差を有する分子を指す。アミノ酸配列変異体は、置換変異体（少なくとも１つのアミノ酸残基が除去され、本開示によるポリペプチドにおける同じ位置におけるその位置に挿入された異なるアミノ酸を有するもの）、挿入変異体（本開示によるポリペプチドにおける特定の位置におけるアミノ酸に直接隣接して挿入された１つまたは複数のアミノ酸を有するもの）、欠失変異体（本開示によるポリペプチドにおける１つまたは複数のアミノ酸が除去されたもの）を含む。
【００５６】
「薬学的に許容される」という用語は、有効成分（単数または複数）の生物学的活性の有効性を妨げない非毒性物質を意味する。
【００５７】
化合物、例えば、ＶＥＧＦもしくはＥＰＯ結合性分子または別の作用物質に関連して「投与する」という用語は、その化合物を患者に任意の経路で送達することを意味する。
【００５８】
本明細書で用いているように、「治療上有効量」は、障害もしくは再発性障害を治療する、予防する、その発症を予防する、癒す、遅延させる、その重症度を低減させる、その少なくとも１つの症状を改善するために、またはそのような治療が行われない場合に予想される生存期間を超えて患者の生存期間を延長させるために患者（ヒトなど）への単回または反復投与で有効であるＶＥＧＦまたはＥＰＯアンタゴニストの量を指す。単独で投与した個々の有効成分に適用する場合、当用語は、当成分のみに適用される。配合剤に適用する場合、当用語は、配合剤として、連続してまたは同時に投与したかどうかにかかわりなく、治療効果をもたらす有効成分の合計量を指す。
【００５９】
本明細書で用いているように、網膜血管疾患に関連する状態もしくは障害、糖尿病性網膜症に関連する状態もしくは障害、および／または黄斑浮腫に関連する状態もしくは障害を「治療する」またはその「治療」という用語は、一態様において、疾患または障害を改善すること（疾患またはその臨床症状の少なくとも１つの発生を遅くすることまたは妨げることまたは減少させること）を意味する。他の態様において、「治療する」または「治療」は、患者によって認識できる可能性がないものを含む少なくとも１つの物理的パラメーターを軽減することまたは改善することを意味する。さらに他の態様において、「治療する」または「治療」は、疾患または障害を、物理的に（例えば、認識できる症状の安定化）、生理学的に（例えば、物理的パラメーターの安定化）または両方の面で、調節することを意味する。さらに他の態様において、「治療する」または「治療」は、疾患または障害の発症または発生または進行を予防するまたは遅らせることを意味する。網膜血管疾患に関連する状態もしくは障害、糖尿病性網膜症に関連する状態もしくは障害、および／または黄斑浮腫に関連する状態もしくは障害を含む、本明細書で述べる適応症に関連するとき、「予防」は、悪化のリスクがある患者における、下記のような、視覚機能、網膜の解剖学的構造、網膜血管疾患パラメーター、糖尿病性網膜症疾患パラメーター、および／または黄斑浮腫疾患パラメーターの悪化を予防するまたは遅くする行動を意味する。より具体的には、網膜血管疾患に関連する状態もしくは障害、糖尿病性網膜症に関連する状態もしくは障害、および／または黄斑浮腫に関連する状態もしくは障害の「治療」は、視覚機能および／または網膜の解剖学的構造の改善もしくは保存をもたらす、またはもたらすと予期される行動を意味する。疾患の治療および／または予防を評価する方法は、当技術分野で公知であり、下文で述べる。
【００６０】
「治療に反応する」という語句は、患者が、特定の治療が提供されることにより、前記治療による臨床的に意味のあるベネフィットを示すことを意味するように用いられる。「治療に反応する」という語句は、絶対的反応としてではなく、比較によるものと解釈すべきことを意味する。例えば、眼反応マーカーを有する眼科患者は、眼反応マーカーを有さない眼科患者よりもＶＥＧＦアンタゴニストによる治療による多くのベネフィットを有すると予測される。眼反応マーカーのこれらのキャリアは、ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療により好ましく反応し、ＶＥＧＦアンタゴニストによる「治療に反応する」と単に言うことができる。
【００６１】
「データを受け取る」という語句は、利用可能な手段、例えば、口頭により、電子的に（例えば、電子メールにより、ディスケットまたは他の媒体上にコード化することにより）、書面等により情報の所有を得ることを言うために用いられる。
【００６２】
本明細書で用いているように、患者に関して「選択する」および「選択される」は、特定の患者があらかじめ定められた基準を有すること、例えば、患者が眼反応マーカーを有することに基づいて（それにより）特定の患者が患者のより大きい群から特に選択されることを意味するために用いられる。同様に、「選択的に治療する」は、特定の疾患を有する患者に治療を提供することを意味し、当該患者は、特定の患者があらかじめ定めた基準を有することに基づいて患者のより大規模な集団から特別に選択される。同様に、「選択的に投与する」は、特定の患者があらかじめ定められた基準、例えば、特定の遺伝子または他の生物学的マーカーを有することに基づいて（それにより）患者のより大きい群から特に選択される患者に薬物を投与することを指す。選択する、選択的に治療するおよび選択的に投与するとは、患者が特定の疾患を有することに単に基づいて標準療法を提供されるのでなく、患者の特定の生物学に基づいて個別療法を提供されることを意味する。治療の方法に関して、選択することは、本明細書で用いているように、例えば、眼反応マーカーを有する患者の偶発的治療を意味するのではなく、患者が眼反応マーカーを有することに基づいて、患者にＶＥＧＦアンタゴニストを投与する意図的な選択を意味する。したがって、選択的治療は、患者の対立遺伝子の状態を問わず、すべての患者に特定の薬物を送達する、標準的治療と異なる。
【００６３】
本明細書で用いているように、「予測する」は、本明細書で述べた方法が、医療提供者が網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害から選択される眼疾患を有する個体がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯ結合分子による治療に反応するまたはより好ましく反応するという可能性を判断することを可能にする情報を提供することを示す。それは、１００％の正確度で反応を予測する能力を指していない。そうではなく、当業者は、それが見込みの増大を指すことを理解する。
【００６４】
本明細書で用いているように、「可能性」および「可能性が高い」は、事象がどの程度起こる見込みがあるかの尺度である。それは、「見込み」と同義で用いることができる。可能性は、推測よりは大きいが、確実よりは小さい見込みを指す。したがって、常識、訓練または経験を用いる道理をわきまえた人が、状況を考慮して、事象が起こる見込みがあると結論付ける場合は、事象は起こる可能性が高い。いくつかの実施形態において、可能性が確認されたならば、患者をＶＥＧＦおよび／もしくはＥＰＯ結合分子により治療する（または治療を継続する、または用量の増加により治療を進める）ことができる、または患者をＶＥＧＦおよび／もしくはＥＰＯ結合分子により治療しなくてもよい（または治療を中止する、またはより低い用量により治療を進めることができる）。
【００６５】
「可能性の増大」という語句は、事象が起こる見込みの増加を指す。例えば、本明細書におけるいくつかの方法は、患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯ結合分子による治療に反応する可能性の増大あるいは特定の遺伝子型（例えば、眼反応マーカー）を有さない網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害から選択される眼疾患を有する患者と比較してＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯ結合分子による治療に十分に反応する可能性の増大を示すかどうかの予測を可能にする。
【００６６】
本明細書で用いているように、「ＳＮＰ」は、「一塩基多型」を指す。一塩基多型は、ゲノム（または他の共有配列）における一塩基が生物学的種のメンバーまたは個体における対合染色体の間で異なる場合に起こるＤＮＡ配列の変異である。ほとんどのＳＮＰは、２つの対立遺伝子のみを有し、１つは、通常、集団においてより一般的である。ＳＮＰは、遺伝子のエクソンもしくはイントロン、遺伝子の上流もしくは下流非翻訳領域、または純粋に遺伝子位置（すなわち、非転写）に存在し得る。ＳＮＰが遺伝子のコーディング領域に発生する場合、ＳＮＰは、遺伝コードの重複性のためサイレント（すなわち、同義多型）であり得、またはＳＮＰは、コード化ポリペプチドの配列の変化（すなわち、非同義多型）をもたらし得る。本開示において、ＳＮＰは、それらの一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）ｒｓ番号、例えば、「ｒｓ１６１７６４０」または「ｒｓ２０１０９６３」により同定される。ｄｂＳＮＰは、国立ヒトゲノム研究所（National Human Genome Research Institute）（ＮＨＧＲＩ）と共同して国立生物工学情報センター（National Center for Biotechnology Information）（ＮＣＢＩ）により開発され、提供されている各種の種内および種横断的な遺伝的変異の自由公共保存記録である。
【００６７】
ＳＮＰなどの多型部位は、通常、対象の集団のゲノムにおける保存配列が先行し、後続するものであり、したがって、多型部位の位置決めは、ＳＮＰの場合に「ＳＮＰコンテキスト配列」と一般的に呼ばれる、多型部位を一括するコンセンサス核酸配列（例えば、３０〜６０ヌクレオチドの）を参照してしばしば行うことができる。本明細書で開示したＳＮＰのコンテキスト配列は、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐにおいて利用可能なＮＣＢＩ  ＳＮＰデータベースに見いだすことができる。あるいは、多型部位の配置は、遺伝子、ｍＲＮＡ転写物、ＢＡＣクローンの開始に対する、またはさらにタンパク質の翻訳のための開始コドン（ＡＴＧ）に対する参照配列（例えば、ＧｅｎｅＢａｎｋ寄託）におけるその位置により特定することができる。当業者は、特定の多型部位の配置は、コンセンサスまたは参照配列と比較して当該個体のゲノムにおける１つまたは複数の挿入または欠失の存在のため対象の集団における各個体における参照またはコンテキスト配列における正確に同じ位置に起こり得ないことを理解している。検出すべき多型部位における代替対立遺伝子の同一性および多型部位が存在する参照配列またはコンテキスト配列の１つまたは両方が当業者に提供されている場合、当業者が所定の個体における多型部位における代替対立遺伝子を検出するための頑健、特異的および正確なアッセイをデザインすることは、ごく通常のことである。したがって、当業者は、参照またはコンテキスト配列における特定の位置を参照することにより（またはそのような配列における開始コドンに対して）本明細書で述べた多型部位の位置を指定することは、単に便宜上であり、具体的に列挙したヌクレオチド位置がどのようなヌクレオチド位置を字義通りに含んでいても同じ多型部位は、本明細書で述べた遺伝子型同定法または当技術分野で公知の他の遺伝子型同定法を用いて本発明の遺伝子マーカーについて試験されるすべての個体における同じ遺伝子座に実際に位置することを理解するであろう。
【００６８】
ＳＮＰに加えて、遺伝子多型は、遺伝子エンハンサー、エクソン、イントロン、プロモーター、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲなどに起こる転位、挿入、置換、欠失などを含む。
【００６９】
本明細書で用いているように「ｒｓ１６１７６４０」は、ヒトＥＰＯ遺伝子のプロモーター内に位置するＳＮＰを意味する。ｒｓ１６１７６４０多型部位は、Ｃｏｎｔｉｇ  ＮＴ＿００７９３３．１６の［３８２１２８９６］位である、染色体位置［ｃｈｒ７：１００７１９６７５］（ビルド［１０７］；アセンブリ［ＧＲＣｈ３８．ｐ２］）に位置する。
【００７０】
本明細書で用いているように「ｒｓ２０１０９６３」は、ヒトＶＥＧＦＡ遺伝子の［５’ＵＴＲ］内に位置するＳＮＰを意味する。ｒｓ２０１０９６３多型部位は、Ｃｏｎｔｉｇ［ＮＴ＿００７５９２．１６］の［４３７１０６１３］位である、染色体位置［ｃｈｒ６：４３７７０６１３］（ビルド［１０７］；アセンブリ［ＧＲＣｈ３８．ｐ２］）に位置する。
【００７１】
当業者により認識されるように、特定のＳＮＰを含む核酸試料は、相補的二本鎖分子であり得、したがって、センス鎖上の特定の部位への言及は、相補的アンチセンス鎖上の対応する部位も指す。同様に、染色体の１つの鎖の両コピー上のＳＮＰについて得られる特定の遺伝子型への言及は、他の鎖の両コピー上の同じＳＮＰについて得られる相補的遺伝子型と同等である。
【００７２】
本明細書で用いているように、「ゲノム配列」は、ゲノムに存在するＤＮＡ配列を指し、対立遺伝子内の領域、対立遺伝子自体、または対象の対立遺伝子を含む染色体のより大きいＤＮＡ配列を含む。
【００７３】
「プローブ」という用語は、他の物質を特異的に検出するのに有用である物質の組成物を指す。プローブは、眼反応マーカーのゲノム配列と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（コンジュゲートオリゴヌクレオチドを含む）、または眼反応マーカーの核酸産物（例えば、ゲノムＤＮＡもしくはｍＲＮＡ）であり得る。コンジュゲートオリゴヌクレオチドは、発色団または受容体分子（例えば、抗原に特異的な抗体）に高度に特異的である配位子（例えば、抗原）を含む分子に共有結合したオリゴヌクレオチドを指す。プローブは、眼反応マーカー内の特定の領域を増幅するための、例えば、ＰＣＲプライマーならびに他のプライマーでもあり得る。さらに、プローブは、これらの対立遺伝子のポリペプチド産物に特異的に結合する抗体であり得る。好ましい実施形態において、プローブは、核酸配列（好ましくはゲノムＤＮＡ）と特異的にハイブリダイズするまたは対象の対立遺伝子のポリペプチド配列に特異的に結合する。
【００７４】
「特異的にハイブリダイズする」という語句は、緊縮ハイブリダイゼーション条件下のハイブリダイゼーションを指すために用いられる。緊縮条件は、当業者に公知であり、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、N.Y.(1989年)、6.3.1〜6.3.6に見いだすことができる。水性および非水性法が当参考文献に記載されており、いずれも用いることができる。緊縮ハイブリダイゼーション条件の１つの例は、約４５℃での６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中のハイブリダイゼーションとそれに続く５０℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件の第２の例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く５５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件の他の例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６０℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件のさらなる例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。高緊縮条件は、６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。
【００７５】
「核酸の領域」という語句は、核酸のより大きい配列内のより小さい配列を示すために用いられる。例えば、遺伝子は、染色体の領域であり、エクソンは、遺伝子の領域であるなどである。
【００７６】
ポリペプチドとの関連における「特異的に結合する」という用語は、化合物が、望ましくないポリペプチドにランダムに結合するのではなく、所定のポリペプチド標的（例えば、ＶＥＧＦまたはＥＰＯ）に結合することを言うために用いられる。しかし、交差反応性が所定のポリペプチド標的の存在の有用な尺度をもたらすプローブの能力を妨げない限り、「特異的に結合する」は、望ましくないポリペプチドとのある程度の交差反応性を排除しない。
【００７７】
「能力がある」という用語は、所定の結果を達成するための能力、例えば、特定の物質の存在を検出する能力があるプローブは、特定の物質を検出するために当プローブを用いることができることを言うために用いられる。
【００７８】
「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドの短い配列、例えば、２〜１００塩基を指す。
【００７９】
「生物学的試料」という用語は、本明細書で用いているように、同定、診断、予測またはモニタリングの目的のために用いることができる、患者からの試料を指す。好ましい試料は、滑液、血液、血液由来産物（バフィーコート、血清および血漿）、リンパ、尿、涙液、唾液、毛球細胞、脳脊髄液、頬スワブ、糞便、滑液、滑膜細胞、痰または組織試料（例えば、軟骨組織試料）を含む。さらに、当業者は、一部の試料は、分画または精製処置、例えば、全血からのＤＮＡの単離の後により容易に分析されることを十分に理解するであろう。
【００８０】
ＶＥＧＦアンタゴニスト
開示した様々な医薬組成物、レジメン、プロセス、使用、方法およびキットは、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦ結合分子（例えば、ＶＥＧＦ抗体もしくはその抗原結合部分、例えば、ラニビズマブ（Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標））またはＶＥＧＦ受容体結合分子（例えば、ＶＥＧＦ受容体抗体もしくはその抗原結合部分）を利用する。ＶＥＧＦアンタゴニストは、ラニビズマブ（Ferrara N et al, Retina. 2006 October; 26(8):859-70）、ベバシズマブ（Ferrara N et al., Nat Rev Drug Discov. 2004 May; 3(5):391-400）、アフリベルセプト（Stewart M W et al., Nat Rev Drug Discov. 2012 Mar. 30; 11(4):269-70）、ＫＨ９０２（Zhang M et al., Mol. Vis. 2008 Jan. 10; 14:37-49）、ＭＰ０１１２（Campochiaro P A et al., Am J. Ophthalmol. 2013 April; 155(4):697-704）、ペガプタニブ（Gragoudas E S et al., N Engl J. Med. 2004 Dec. 30; 351(27):2805-16）、ＣＴ−３２２（Dineen S P et al., BMC Cancer. 2008 Nov. 27; 8:352. doi: 10.1186/1471-2407-8-352）、ＮＶＳ４、ＮＶＳ８０、ＮＶＳ８１、ＮＶＳ８２、ＮＶＳ８３、ＮＶＳ８４およびＮＶＳ８５を含む、米国特許出願公開第２０１４０１８６３５０号（その全体として参照により組み込まれる）に記載されている抗ＶＥＧＦ抗体および断片ならびに米国特許出願公開第２０１２００１４９５８号（その全体として参照により特に組み込まれる）に記載されている抗ＶＥＧＦ抗体および断片を含む。上記の分子のいずれかの誘導体もＶＥＧＦアンタゴニストという用語に含まれる。
【００８１】
ＥＰＯアンタゴニスト
開示した様々な医薬組成物、レジメン、プロセス、使用、方法およびキットは、ＥＰＯアンタゴニスト、例えば、ＥＰＯ結合分子（例えば、ＥＰＯ抗体もしくはその抗原結合部分）またはＥＰＯ受容体結合分子（例えば、ＥＰＯ受容体抗体もしくはその抗原結合部分）を利用する。ＥＰＯアンタゴニストの例は、下表およびその全体として参照により組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／０１９９３０６号に開示されているＦａｂｓ  ＮＶＳ１、ＮＶＳ２、ＮＶＳ３もしくはＮＶＳ４のＣＤＲ配列、重鎖、軽鎖、または重鎖および軽鎖の組合せを有する抗体またはその誘導体（Ｆａｂｓ  ＮＶＳ１〜４を含む抗体もしくはその誘導体を含む）を含む。
【００８２】
【表１】
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【００８３】
眼疾患
開示した方法は、網膜血管疾患に関連する状態または障害、すなわち、網膜が変性するまたは機能不全になる状態、障害または疾患を含む、眼疾患の診断、治療、予防および／または改善に有用である。これは、糖尿病性網膜症（ＤＲ）に関連する状態もしくは障害、糖尿病性黄斑浮腫（ＤＭＥ）に関連する状態もしくは障害、増殖性糖尿病性網膜症（ＰＤＲ）、非増殖性糖尿病性網膜症（ＮＰＤＲ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、網膜静脈閉塞（ＲＶＯ）、多病巣性脈絡炎、近視性脈絡膜新生血管または未熟児網膜症を含む。ＥＰＯおよび／またはＶＥＧＦ阻害により治療することができる網膜血管疾患の解剖学的特性は、黄斑浮腫、静脈拡張、血管蛇行、フルオレセイン血管造影により測定される血管漏出、網膜出血、ならびに微細血管異常（例えば、微細動脈瘤、綿花様白斑、ＩＲＭＡ）、毛細血管脱落、白血球接着、網膜虚血、視神経乳頭の血管新生、後極の血管新生、虹彩血管新生、網膜内出血、硝子体出血、斑点状瘢痕（macular scar）、網膜下線維症および網膜線維症を含む。
【００８４】
「糖尿病性網膜症に関連する状態もしくは障害」という用語は、網膜血管系、網膜代謝、網膜色素上皮、血液網膜関門、または眼レベルの終末糖化産物（ＡＧＥｓ）、アルドースレダクターゼ活性、グリコシル化ヘモグロビンおよびプロテインキナーゼＣに対する糖尿病（１型または２型）の影響の結果として、網膜が変性するまたは機能不全になる状態を意味する。糖尿病性網膜症を有する患者における視力障害は、網膜虚血、黄斑浮腫、血管漏出、硝子体出血または網膜ニューロンに対するグルコースレベルの上昇の直接的影響の結果であり得る。ＥＰＯ阻害により治療することができる糖尿病性網膜症の解剖学的特性は、微細動脈瘤、綿花様白斑、静脈拡張、黄斑浮腫、網膜内微細血管異常（ＩＲＭＡ）、網膜内出血、血管増殖、乳頭の血管新生、血管新生および網膜虚血を含む。「糖尿病性黄斑浮腫」は、糖尿病性網膜症を有する対象において起こり、疾患のあらゆる病期で起こり得る。
【００８５】
「黄斑浮腫に関連する状態もしくは障害」という用語は、黄斑の腫脹または肥厚が網膜血管が体液を漏出した結果、「黄斑浮腫」として起こる状態もしくは障害を意味する。黄斑浮腫は、網膜血管疾患において起こり、しばしばその合併症である。黄斑浮腫に関連する特定の状態もしくは障害は、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症、非増殖性糖尿病性網膜症、加齢黄斑変性、網膜静脈閉塞、多病巣性脈絡膜炎、近視性脈絡膜血管新生または未熟児網膜症を含む。ＥＰＯの阻害による黄斑浮腫の治療は、眼底鏡検査、光干渉断層法および視力の改善により判定することができる。
【００８６】
アッセイするための技術、診断方法および伝達できる形の情報を作成する方法
開示した方法は、眼疾患の治療、予防または改善に、ならびに眼疾患の可能性、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に対する患者の反応の予測に有用である。これらの方法は、とりわけ、患者が患者からの試料中の眼反応マーカーを有するかどうかを判定するものである。
【００８７】
患者からの生物学的試料は、適用できる従来の手段により眼反応マーカーの存在についてアッセイすることができる。対立遺伝子またはタンパク質の存在、遺伝子またはタンパク質の発現のレベル、およびタンパク質の活性を明らかにするために多くの生物学的試料、例えば、血液、滑液、バフィーコート、血清、血漿、リンパ、大便、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、口腔粘膜検体、痰または組織を用いることができる。生物学的試料中の様々な源を開示した方法に用いることができる。例えば、眼反応マーカーを検出するために生物学的試料から得られたゲノムＤＮＡをアッセイすることができる。あるいは生物学的試料から得られた眼反応マーカーの産物、例えば、核酸産物（例えば、ＤＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡなど）およびポリペプチド産物（例えば、発現タンパク質）をアッセイすることができる。
【００８８】
実施例で述べるように、我々は、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン（例えば、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座における両対立遺伝子におけるチミン）の存在が、他の対立遺伝子と比較した場合にラニビズマブに対する感受性の低下をもたらすことを発見した。この発見に一部基づいて、本発明は、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座における（１つまたは複数の）チミンを有さない対象の選択的治療を特徴とする。
【００８９】
また、実施例で述べるように、我々は、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるシトシン（例えば、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座における両対立遺伝子におけるシトシン）の存在が、他の対立遺伝子と比較した場合にラニビズマブに対する感受性の低下をもたらすことを発見した。この発見に一部基づいて、本発明は、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座における（１つまたは複数の）シトシンを有さない対象の選択的治療を特徴とする。
【００９０】
ＳＮＰの検出のためのＤＮＡ（ゲノムおよびｃＤＮＡ）は、当技術分野で周知の方法、例えば、フェノール／クロロホルム抽出、ＧｅｎｔＡＳ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｑｉａｇｅｎ、ＣＡ）製のＰＵＲＥＧＥＮＥ  ＤＮＡ（登録商標）精製システムにより生物学的試料から調製することができる。ＤＮＡ配列の検出は、当該領域内のセンスまたはアンチセンス鎖に位置するヌクレオチド（単数または複数）を検査することを含み得る。患者における多型の存在は、配列特異的プローブ、例えば、Ｔａｑｍａｎ、Ｂｅａｃｏｎｓ、Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓからの加水分解プローブ、あるいはマーカーまたは多型を検出するハイブリダイゼーションプローブを用いてＰＣＲから得られるＤＮＡ（ゲノムまたはｃＤＮＡ）から検出することができる。多型の検出のために、対象の対立遺伝子のゲノムＤＮＡに、または場合によって、対象のＲＮＡに特異的にハイブリダイズするように、配列特異的プローブをデザインすることができる。多型部位（例えば、ＳＮＰ）用のプライマーおよびプローブは、ｗｗｗ．ｎｅｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐにおいて利用可能なＮＣＢＩ  ＳＮＰデータベースに見いだされるコンテキスト配列に基づいてデザインすることができる。これらのプローブは、直接検出のために標識するか、またはプローブに特異的に結合する第２の検出可能な分子により接触させることができる。ＰＣＲ産物もＤＮＡ結合物質により検出することができる。前記ＰＣＲ産物は、当技術分野で利用可能なＤＮＡ配列決定法によりその後に配列決定することができる。あるいは、対立遺伝子の存在は、例えば、サンガー法に基づく配列決定、ピロシーケンスまたは次世代配列決定（Shendure J.およびJi, H.、Nature Biotechnology(1998年)、26巻、10号、1135〜1145頁）などであるが、これらに限定されない配列決定法を用いた配列決定により検出することができる。ＳＮＰの最適化対立遺伝子識別アッセイは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）から購入することができる。
【００９１】
特定の多型（例えば、ＳＮＰ）をインターロゲートするために、例えば、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子型同定、分子ビーコンによる多型部位（ＳＮＰ）検出（Abravaya K.ら(2003年) Clin Chem Lab Med.、41巻、468〜474頁）、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰ技術（登録商標）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ（登録商標）技術および市販の高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ５．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）（５００，０００のヒトＳＮＰにわたり遺伝子型同定することができるゲノムワイドアッセイを行う）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ製のＢｅａｄＣｈｉｐ（登録商標）キット、例えば、Ｈｕｍａｎ６６０Ｗ−ＱｕａｄおよびＨｕｍａｎ  １．２Ｍ−Ｄｕｏ）などのハイブリダイゼーションに基づく方法；制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、ＰＣＲに基づく方法（例えば、Ｔｅｔｒａ−ｐｒｉｍａｒ  ＡＲＭＳ−ＰＣＲ）、Ｉｎｖａｄｅｒアッセイ（Olivier M.(2005年) Mutat Res.、573巻(1〜2号)、103〜10頁）、様々なプライマー伸長アッセイ（検出方式、例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析、電気泳動、ブロッティングおよびＥＬＩＳＡ様方法に組み込む）、Ｔａｑｍａｎ（登録商標）アッセイおよびオリゴヌクレオチドリガーゼアッセイなどの酵素に基づく方法；ならびに他の増幅後法、例えば、一本鎖高次構造多型の解析（Costabileら(2006年) Hum. Mutat.、27巻(12号)、1163〜73頁）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ（例えば、サーマス・アクアチカス（Thermus aquaticus）からのＭｕｔＳタンパク質は、異なる親和性を有する異なる一塩基ミスマッチに結合するので、６組のミスマッチのすべてを識別するためにキャピラリー電気泳動に用いることができる）、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手できる独占権下にあるＳＮＰ検出システム）、キャピラリー電気泳動、質量分析ならびに様々な配列決定法、例えば、ピロシーケンスおよび次世代配列決定等を含む、様々な技術を適用することができる。ＳＮＰ遺伝子型同定のための市販のキットは、例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙ（登録商標）ＩＦＣ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子型同定アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）ｉＰＬＥＸ  Ｇｏｌｄ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ）、Ｔｙｐｅ−ｉｔ  Ｆａｓｔ（登録商標）ＳＮＰプローブＰＣＲキット（Ｑｕｉａｇｅｎ）等を含む。
【００９２】
いくつかの実施形態において、患者における多型部位（例えば、ＳＮＰ）の存在をハイブリダイゼーションアッセイを用いて検出する。ハイブリダイゼーションアッセイにおいて、遺伝子マーカーの存在は、相補的核酸分子、例えば、オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズする試料からの核酸の能力に基づいて判断される。様々なハイブリダイゼーションアッセイが利用可能である。一部において、対象の配列へのプローブのハイブリダイゼーションは、結合プローブを可視化することにより、例えば、ノーザンまたはサザンアッセイにより直接的に検出される。これらのアッセイにおいて、ＤＮＡ（サザン）またはＲＮＡ（ノーザン）が単離される。ＤＮＡまたはＲＮＡは、次に、ゲノムにおいてまれに開裂し、アッセイするマーカーの近くでは開裂しない一連の制限酵素を用いて開裂させる。次いで、ＤＮＡまたはＲＮＡを例えばアガロースゲル上で分離し、膜に転移させる。例えば、放射性ヌクレオチドまたは結合剤（例えば、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ）を組み込むことによる、標識プローブまたは複数のプローブを低、中または高緊縮条件下で膜と接触させる。非結合プローブを除去し、標識プローブを可視化することによって結合の存在を検出する。いくつかの実施形態において、アレイ、例えば、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）システム（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）を用いて対象の遺伝子型を同定することができる。
【００９３】
伝統的な遺伝子型同定法は、遺伝子型同定用に修正することもできる。そのような伝統的な方法は、例えば、ＰＣＲおよびその変形形態などのＤＮＡ増幅技術、直接配列決定、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰ（登録商標）技術と併用したＳＳＯハイブリダイゼーション、ＳＳＰ型同定法およびＳＢＴを含む。
【００９４】
配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）型同定法は、ＰＣＲ標的増幅、ビーズ上の固定化配列特異的オリゴヌクレオチドのパネルへのＰＣＲ産物のハイブリダイゼーション、色形成によるプローブ結合増幅産物の検出とそれに続くデータ解析を用いる。当業者は、記載された配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）ハイブリダイゼーションは、Ｏｎｅ  Ｌａｍｂｄａ，Ｉｎｃ．（Ｃａｎｏｇａ  Ｐａｒｋ、ＣＡ）により供給されるような様々な市販のキットまたはＬｕｍｉｎｅｘ（登録商標）技術（Ｌｕｍｉｎｅｘ、Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、ＴＸ）と併用したＬｉｆｅｃｏｄｅｓ  ＨＬＡ  Ｔｙｐｉｎｇ  Ｋｉｔｓ（Ｔｅｐｎｅｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐ）を用いて実施することができることを理解するであろう。ＬＡＢＴｙｐｅ（登録商標）ＳＳＯは、ＨＬＡ対立遺伝子を同定するための配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）プローブおよび色コード化マイクロスフェアを用いる逆ＳＳＯ（ｒＳＳＯ）ＤＮＡタイピング溶液である。標的ＤＮＡをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅し、次いでビードプローブアレイとハイブリダイズさせる。アッセイは、９６ウエルＰＣＲプレートの１つのウエルで行われ、したがって、９６の試料を同時に処理することができる。
【００９５】
配列特異的プライマー（ＳＳＰ）型同定法は、ＤＮＡに基づく型同定のために配列特異的プライマーを用いるＰＣＲに基づく技術である。ＳＳＰ法は、標的配列と完全に一致した配列を有するプライマーのみが制御されたＰＣＲ条件下で増幅産物をもたらすという原理に基づいている。単一対立遺伝子または対立遺伝子の群に特異的である標的配列を選択的に増幅するために、対立遺伝子配列特異的プライマー対をデザインする。ＰＣＲ産物は、アガロースゲル上で可視化することができる。すべての試料中に存在する非対立遺伝子配列と一致する対照プライマー対が、ＰＣＲ増幅の効率を確認するための内部ＰＣＲ対照としての役割を果たす。当業者は、述べた配列特異的プライマー型同定法による低、中および高解像度遺伝子型同定をＯｌｅｒｕｐ  ＳＳＰ（商標）キット（Ｏｌｅｒｕｐ、ＰＡ）もしくは（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）またはＡｌｌｓｅｔおよびＴＭＧｏｌｄ  ＤＱＡ１低解像度ＳＳＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）などの様々な市販のキットを用いて実施することができることを理解するであろう。
【００９６】
配列に基づく型同定法（ＳＢＴ）は、ＰＣＲ標的増幅とそれに続くＰＣＲ産物の配列決定およびデータ解析に基づいている。
【００９７】
場合によって、ＲＮＡ、例えば、成熟ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡも特定の多型の存在を判定するために用いることができる。例えば、ＥＰＯ  ｍＲＮＡの量をＥＰＯプロモーター活性の代用として用いることができる。所定の遺伝子から転写されたｍＲＮＡの配列の解析は、ノーザンブロット解析、ヌクレアーゼ保護アッセイ（ＮＰＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＴ−ＰＣＲ  ＥＬＩＳＡ、ＴａｑＭａｎベースの定量的ＲＴ−ＰＣＲ（プローブを用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲ）およびＳＹＢＲグリーンを用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲを含むが、これらに限定されない当技術分野で公知の方法を用いて実施することができる。
【００９８】
場合によって、患者における多型の存在は、ＥＰＯプロモーター活性の代用としての眼反応マーカーのポリペプチド産物を分析することによって判断することができる。ポリペプチド産物の検出は、免疫細胞化学染色、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリ、ウエスタンブロット、分光光度法、ＨＰＬＣおよび質量分析を含むが、これらに限定されない当技術分野で公知の方法を用いて実施することができる。
【００９９】
試料中のポリペプチド産物を検出する１つの方法は、マーカータンパク質と特異的に相互作用することができる結合タンパク質（例えば、ＥＰＯタンパク質に結合することができる抗体）であるプローブによる方法である。好ましくは、標識抗体、その結合部分または他の結合パートナーを用いることができる。抗体は、起源が単クローン性または多クローン性であってよく、あるいは生合成により産生させることができる。結合パートナーも天然に存在する分子であってもまたは合成により産生させることもできる。複合化タンパク質の量は、当技術分野で記載された標準的なタンパク質検出法を用いて決定する。免疫学的アッセイの設計、理論およびプロトコールの詳細なレビューは、Practical Immunology, Butt, W. R., ed., Marcel Dekker, New York, 1984を含む、当技術分野における多くの教科書に見いだすことができる。標識抗体によりタンパク質を検出するための様々なアッセイが利用可能である。直接標識は、抗体に結合させた、蛍光または発光タグ、金属、染料、放射性核種などを含む。間接標識は、アルカリホスファターゼ、水素ペルオキシダーゼなどのような、当技術分野で周知の様々な酵素を含む。１ステップアッセイでは、ポリペプチド産物は、存在する場合、固定化し、標識抗体とともにインキュベートする。標識抗体は、固定化標的分子に結合する。洗浄して、非結合分子を除去した後、試料を標識についてアッセイする。
【０１００】
タンパク質またはポリペプチドに対して特異的な固定化抗体の使用も本開示により企図される。抗体は、磁性またはクロマトグラフマトリックス粒子、アッセイ場所（マイクロタイターウエルなど）の表面、固体基質材料（プラスチック、ナイロン、紙など）の断片等などの様々な固体支持体上に固定化することができる。アッセイストリップは、アレイにおける抗体または複数の抗体を固体担体上にコーティングすることによって調製することができる。次いで、このストリップを試験試料中に浸し、洗浄および検出ステップにより速やかに処理して、着色スポットなどの測定可能なシグナルを発生させることができる。
【０１０１】
２段階アッセイにおいて、固定化ＥＰＯを非標識抗体とともにインキュベートすることができる。非標識抗体複合体は、存在する場合、非標識抗体に対して特異的である第２の標識抗体に結合させる。試料を洗浄し、標識の存在についてアッセイする。抗体を標識するのに用いるマーカーの選択は、用途によって異なる。しかし、当業者であればマーカーの選択は容易に決定可能である。抗体は、放射性原子、酵素、発色団もしくは蛍光部分または比色タグにより標識することができる。タギング標識の選択も所望の検出限界に依存する。酵素アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、一般的に、タグ付き酵素複合体（enzyme-tagged complex）と酵素基質との相互作用により形成される着色生成物の検出を可能にする。放射性原子のいくつかの例は、３２Ｐ、１２５Ｉ、３Ｈおよび１４Ｐなどである。酵素のいくつかの例は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼおよびグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼなどである。発色団部分のいくつかの例は、フルオレセインおよびローダミンなどである。抗体は、当技術分野で公知の方法によりこれらの標識にコンジュゲートさせることができる。例えば、酵素および発色団分子を、ジアルデヒド、カルボジイミド、ジマレイミド等などのカップリング剤により抗体にコンジュゲートさせることができる。あるいは、コンジュゲーションは、配位子−受容体対により起こり得る。いくつかの適切な配位子−受容体対は、例えば、ビオチン−アビジンまたは−ストレプトアビジンおよび抗体−抗原などである。
【０１０２】
１つの態様において、本開示は、生物学的試料中のポリペプチド産物を検出するためのサンドイッチ技術の使用を予期する。該技術は、対象のタンパク質に結合する能力がある２つの抗体、例えば、固体担体上に固定化されたものおよび溶液中で遊離であるが、ある種の容易に検出できる化合物で標識されたものを必要とする。第２抗体に用いることができる化学標識の例は、放射性同位体、蛍光化合物、および反応物または酵素基質に曝露した場合に着色または電気化学的に活性な生成物を生ずる酵素または他の分子を含むが、これらに限定されない。ポリペプチド産物を含む試料をこの系に入れた場合、ポリペプチド産物は、固定化抗体および標識抗体の両方に結合する。その結果は、担体の表面上の「サンドイッチ」免疫複合体である。複合タンパク質は、非結合試料成分および過剰な標識抗体を洗い流し、担体の表面上のタンパク質と複合した標識抗体の量を測定することによって検出する。妥当な検出限界を有する標識を用いるならば、サンドイッチ免疫アッセイは、高度に特異的であり、非常に感度が高い。
【０１０３】
好ましくは、試料中のポリペプチド産物の存在は、放射性免疫測定法もしくは酵素結合免疫測定法、競合的結合酵素結合免疫測定法、ドットブロット、ウエスタンブロット、クロマトグラフィー、好ましくは高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）または当技術分野で公知の他のアッセイにより検出する。タンパク質またはポリペプチドへの抗体の特異的免疫学的結合は、直接的または間接的に検出することができる。
【０１０４】
眼反応マーカーの存在を判定することを必要とする本明細書で述べた方法のいずれかを実施するに際して、患者が対象のマーカーを有するかどうかを判断するための患者の遺伝子組成に関する十分な情報を含むデータリポジトリを調査することによって、そのような判定を行うことができる。好ましくは、データリポジトリは、個体に存在する（または存在しない）遺伝子型を収載している。データリポジトリは、適切な情報または遺伝データを保存することができるコンピュータまたは他の電子または非電子媒体によりアクセスできる個々の患者記録、医療データカード、ファイル（例えば、フラットＡＳＣＩＩファイル）を含み得る。本明細書で用いているように、医療データカードは、磁気データカード、オンボード処理ユニットを有し、ドイツ・ミュンヘンのＳｉｅｍｅｎｓなどの製造供給元により販売されている、スマートカード、またはフラッシュメモリカードなどの携帯型保存デバイスである。データリポジトリがコンピュータによりアクセスできるファイルである場合、そのようなファイルは、サーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、スマートフォンなどの携帯情報端末、テープレコーダ、ジップディスク、コンピュータの内部ＲＯＭ（読出し専用メモリ）またはインターネットもしくはワールドワイドウェブを含む様々な媒体に格納することができる。コンピュータによりアクセスできるファイルの保存用の他の媒体は、当業者に明らかである。
【０１０５】
一般的に、眼反応マーカーの存在が判定されたならば、医師または遺伝カウンセラーまたは患者または他の研究者に結果を知らせることができる。具体的には結果は、他の研究者または医師または遺伝カウンセラーまたは患者に知らせるまたは伝達できる伝達可能な形の情報として投入することができる。そのような形は、変化し得るものであり、有形または無形であり得る。試験を受けた個体における結果は、説明的陳述、図表、写真、チャート、画像または他の視覚形態として具体化することができる。例えば、ＰＣＲ産物のゲル電気泳動の画像は、結果を説明するのに用いることができる。変異体が個々の対立遺伝子において発生する場合を示す図表も試験結果を示すのに有用である。ＥＰＯ発現のレベル、ＥＰＯタンパク質／活性のレベルまたは眼反応マーカーの存在に関する陳述も試験結果を示すうえで有用である。これらの陳述および視覚形態は、紙、コンピュータ可読媒体、例えばフロッピーディスク、コンパクトディスク等などの有形媒体、または無形媒体、例えば、インターネットもしくはイントラネット上のｅメールもしくはウェブサイトの形の電子媒体に記録することができる。さらに、試験を受けた個体における結果は、音の形で記録し、電話、ファクシミリ、無線携帯電話、インターネット電話などにより適切な媒体、例えば、アナログもしくはデジタルケーブル回線、光ファイバーケーブルなどを経て伝達することもできる。そのようなすべての形態（有形および無形）は、「伝達可能な形の情報」を構成することとなる。したがって、試験結果に関する情報およびデータは、世界のあらゆる場所で発生させ、異なる場所に伝達することができる。例えば、遺伝子型同定アッセイが海外で実施される場合、試験結果に関する情報およびデータを上述のような伝達可能な形で発生させ、投入することができる。伝達可能な形の試験結果は、そのようにして米国に輸入することができる。したがって、本開示は、ＥＰＯ発現のレベル、ＥＰＯタンパク質／活性のレベルまたは個体における眼反応マーカーの存在を含む伝達可能な形の情報を作成する方法も含む。この形式の情報は、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測し、当該情報に基づいて一連の治療を選択し、当該情報に基づいて患者を選択的に治療するのに有用である。
【０１０６】
患者からの生物学的試料中の少なくとも１つの眼反応マーカーの存在または非存在を検出することを含む、眼疾患を有する患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法を本明細書で開示する。上記のように、眼反応マーカーを含む１つまたは複数の対立遺伝子の存在は、抗ＶＥＧＦ単独療法が有効である可能性の増大と関連付けられる。上記のように、対象は、眼反応マーカーを含む少なくてゼロの対立遺伝子、眼反応マーカーを含む多くて４つの対立遺伝子（ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外の核酸の存在およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンの存在についてそれぞれ２つ）を有し得る。それに基づいて、眼反応マーカーの数が大きいほど、抗ＶＥＧＦ単独療法の有効性の可能性が大きくなる。逆に、対象に存在する眼反応マーカーが少ないほど、ＥＰＯアンタゴニストによる治療が示唆される可能性が大きくなる。特に、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座における１つまたは複数のチミンの存在は、ＥＰＯアンタゴニストによる治療を示唆するものである。
【０１０７】
いくつかの実施形態において、方法は、患者から生物学的試料を得るステップをさらに含み、得るステップは、アッセイするステップの前に実施する。
【０１０８】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの眼反応マーカーは、少なくとも１つの眼反応マーカーの核酸産物、少なくとも１つの眼反応マーカーのポリペプチド産物、または少なくとも１つの眼反応マーカーの等価遺伝マーカーについて生物学的試料をアッセイすることによって検出される。いくつかの実施形態において、眼反応マーカーは、少なくとも１つの眼反応マーカーのゲノム配列について生物学的試料をアッセイすることによって検出される。いくつかの実施形態において、生物学的試料は、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料からなる群から選択される。
【０１０９】
対照と比べて患者からの生物学的試料中のＥＰＯ発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＰＯタンパク質のレベル、および／またはＥＰＯ活性のレベルを検出することを含み、対照と比べてＥＰＯ発現のレベルの低下、ＥＰＯタンパク質のレベルの低下、および／またはＥＰＯ活性のレベルの低下が、患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニストによる単独療法）に反応する可能性の増大を示す、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害から選択される眼疾患を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する様々な方法も本明細書で開示する。そのような実施形態において、対照は、ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に不十分な反応を示すことが知られている対象から得られるＥＰＯ発現の参照レベル、ＥＰＯタンパク質のレベル、またはＥＰＯ活性のレベルである。
【０１１０】
対照と比べて患者からの生物学的試料中の眼反応マーカー、ＥＰＯ発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＰＯタンパク質のレベル、および／またはＥＰＯ活性のレベルを検出することを含み、対照と比べてＥＰＯ発現の同様のレベル、ＥＰＯタンパク質の同様のレベル、またはＥＰＯ活性の同様のレベルが、患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害から選択される眼疾患を有する患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する様々な方法も本明細書で開示する。そのような実施形態において、対照は、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に十分に反応することが知られている対象から得られるＥＰＯ発現の参照レベル、ＥＰＯタンパク質のレベル、またはＥＰＯ活性のレベルである。
【０１１１】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの眼反応マーカーの存在、ＥＰＯ発現のレベル、ＥＰＯタンパク質／活性のレベルは、ノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、イムノアッセイ、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリ、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣおよび質量分析からなる群から選択される技術により検出される。
【０１１２】
いくつかの実施形態において、眼疾患は、網膜血管疾患である。いくつかの実施形態において、眼疾患は、黄斑浮腫である。いくつかの実施形態において、眼疾患は、糖尿病性網膜症である。いくつかの実施形態において、眼疾患は、糖尿病性黄斑浮腫である。いくつかの実施形態において、眼疾患は、増殖性糖尿病性網膜症である。
【０１１３】
治療の方法ならびにＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストの使用
開示した方法は、臨床医が、眼疾患（例えば、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害）を有する患者に個別療法を提供することを可能にする。すなわち、それらは、ＶＥＧＦアンタゴニスト、ＥＰＯアンタゴニスト、またはＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストの両方の併用により患者を選択的に治療するかの決定を可能にする。このようにして、臨床医は、眼疾患（例えば、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害）に罹患している患者の全集団におけるＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯ拮抗作用のベネフィットを最大限にし、そのリスクを最小限にすることができる。ＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストは、本明細書で開示する眼疾患（例えば、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害）の治療、予防または改善に有用であることは、理解されよう。
【０１１４】
ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストは、薬学的に許容される担体と混合した場合、医薬組成物として用いることができる。そのような組成物は、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストに加えて、担体、様々な希釈剤、充填剤、塩、緩衝剤、安定化剤、可溶化剤および当技術分野で周知の他の物質を含んでいてもよい。担体の特性は、投与経路に依存する。開示した方法に用いる医薬組成物は、特定の標的障害の治療用の追加の治療薬も含み得る。例えば、医薬組成物は、抗炎症薬も含み得る。そのような追加の因子および／または薬剤は、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストとの相乗効果をもたらすために、あるいはＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストにより引き起こされる副作用を最小限にするために医薬組成物に含めることができる。
【０１１５】
本開示の治療または使用のいくつかの方法を実施するに際して、治療有効量のＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを患者（例えば、ヒト）に投与する。開示した方法は、眼反応マーカーの存在によって患者の選択的治療を可能にすることは、理解されるが、これは、患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療を最終的に受ける場合、そのようなＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニスト療法が必然的に唯一の療法であることを排除しない。実際、患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択される場合、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストは、単独でまたは患者における眼疾患を治療するための他の治療法と併用して本開示の方法に従って投与することができる。１つまたは複数の追加の療法と併用投与する場合、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを他の療法と同時にまたは連続的に投与することができる。連続的に投与する場合、担当医は、他の療法と併用してＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与する適切な順序ならびに共送達のための適切な用量を決定する。
【０１１６】
投与が硝子体内であることが好ましい。他の投与方法は、静脈内、筋肉内、腹腔内もしくは皮下、または標的の部位の近位への投与を含む。薬学的に許容される担体は、硝子体内、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊髄または表皮投与（例えば、注射または注入による）に適するものであるべきである。投与経路によって、活性化合物、すなわち、抗体、二重特異性および多重特異性分子は、酸の作用または化合物を不活性化し得る他の自然条件から化合物を保護するための材料でコーティングすることができる。
【０１１７】
キット
本発明は、患者における眼反応マーカーを検出するためのキットも含む。そのようなキットは、網膜血管疾患、黄斑浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、増殖性糖尿病性網膜症およびＶＥＧＦ媒介障害から選択される眼疾患を有する患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する（またはより高い反応を有する）可能性があるかどうかを予測するために用いることができる。例えば、キットは、生物学的試料中の眼反応マーカーを検出する能力のあるプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド、抗体、標識化合物または他の物質）を含み得る。キットはまた、患者がＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストによる治療に反応する可能性の予測を行うことに関する指示書を含む。
【０１１８】
プローブは、ゲノム配列、核酸産物またはポリペプチド産物に特異的にハイブリダイズさせることができる。例示的プローブは、例えば、ｒｓ１６１７６４０の反応対立遺伝子（例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ等の）に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドまたはコンジュゲートオリゴヌクレオチド；プライマー伸長オリゴヌクレオチド、対立遺伝子特異的プライマー、対立遺伝子特異的プライマーの組合せ、対立遺伝子特異的プローブおよびプライマー伸長プライマー等である。場合によって、キットは、一般集団において示される対立遺伝子であり得る内部対照対立遺伝子を標的とするプローブを含み得る。内部対照対立遺伝子の検出は、キットの性能を保証することを意図するものである。開示するキットは、例えば、緩衝剤、保存剤またはタンパク質安定剤も含み得る。キットは、検出可能な物質を検出するために必要な成分（例えば、酵素または基質）も含み得る。キットは、アッセイし、含まれる試験試料と比較することができる対照試料または一連の対照試料も含み得る。キットの各構成要素は、通常、個別の容器内に封入されており、種々の容器のすべてが使用説明書とともに単一包装内に含まれている。
【０１１９】
そのようなキットも、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニスト、またはＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを含む医薬組成物を含み得る。このように、そのようなキットは、ＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを用いる眼障害を有する患者の選択的治療に有用である。さらに、そのようなキットは、アンタゴニストを投与するための手段（例えば、注射器およびバイアル、事前充填注射器、事前充填ペン）および使用説明書を含み得る。これらのキットは、例えば、同封のＶＥＧＦおよび／またはＥＰＯアンタゴニストと併用して送達するための、眼疾患を治療するための追加の治療薬（上記の）を含み得る。
【０１２０】
「投与する手段」という語句は、事前充填注射器、バイアルおよび注射器、ペン型注射器、自動注入装置等を含むが、これらに限定されない、患者に薬物を全身投与するための利用可能な器具を示すために用いられる。そのような物品を用いて、患者が薬物を自己投与する（すなわち、自身のために薬物を投与する）ことができまたは医師が薬物を投与することができる。
【０１２１】
一般事項
本開示の１つまたは複数の実施形態の詳細は、上の添付の説明に示されている。本明細書で述べたものと類似の方法および材料または同等のものを本開示の実施または試験に用いることができるが、好ましい方法および材料をこれから述べる。本開示の他の特徴、目的および利点は、説明および特許請求の範囲から明らかとなる。本明細書および添付の特許請求の範囲において、単数形は、文脈上明らかに別途示されない限り、複数の指示対象を含む。別途定義されない限り、本明細書で用いたすべての技術および科学用語は、本開示が属する分野の技術者により一般的に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書で引用したすべての特許および刊行物は、参照により組み込まれる。以下の実施例は、本開示の好ましい実施形態をより十分に例示するために示す。これらの実施例は、添付の特許請求の範囲により定義されている、開示した患者事項（patient matter）の範囲を限定すると解釈すべきではない。
【実施例】
【０１２２】
以下の実施例の目的は、以下の通りであった。
ＡＭＤおよびＤＭＥを有する患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓに対する反応に対するＥＰＯプロモーター多型（ｒｓ１６１７６４０）の効果を検討すること。
ＡＭＤおよびＤＭＥを有する患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓに対する反応に対するＶＥＧＦ多型（ｒｓ２０１０９６３）の効果を検討すること。
ＡＭＤおよびＤＭＥを有する患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓに対する反応に対する２つの多型の相加的効果を検討すること。
【０１２３】
方法の説明
試料およびＤＮＡ抽出
２件のＤＭＥ（ＣＲＦＢ００２Ｄ２３０１およびＣＲＦＢ００２Ｄ２３０３）ならびに３件のＡＭＤ臨床試験（ＣＲＦＢ００２Ａ２３０２、ＣＢＰＤ９５２Ａ２３０９およびＣＢＰＤ９５２Ａ２３０８）をこの薬理遺伝学的評価に含めた。１つの１０ｍＬ血液試料をデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）の抽出のためにエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）を含む管に採取した。血液採取後、試料を８〜１０回反転させて、凝固を防いだ。ＰＵＲＥＧＥＮＥ（商標）ＤＮＡ単離キット（Ｄ−５０Ｋ）（Ｇｅｎｔｒａ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）を用いて全血からゲノムＤＮＡを抽出した。
【０１２４】
遺伝子型決定
合計３１６例のＤＭＥおよび４５８例の滲出型ＡＭＤ患者をそれぞれＥＰＯプロモーター多型（ｒｓ１６１７６４０）およびＶＥＧＦ多型（ｒｓ２０１０９６３）について遺伝子型決定した。ＴａｑＭａｎ  Ａｓｓａｙｓ−ｂｙ−ＤｅｓｉｇｎおよびＡｓｓａｙｓ−ｏｎ−ＤｅｍａｎｄをＡＢＩ  ７９００シーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）で用いた。遺伝子型決定には製造業者の使用説明書（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）に従って５ｎｇのゲノムＤＮＡを用いた。遺伝子型決定は、各アッセイについて＞９５％であることが要求される。
【０１２５】
臨床変数
試験眼のベースラインにおける最良矯正視力（ＢＣＶＡ）の平均値
試験眼のベースラインから１２カ月までのＢＣＶＡの平均変化
Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）の注射の回数
【０１２６】
データ解析
最終観察繰越（ｌａｓｔ  ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ  ｃａｒｒｉｅｄ  ｆｏｒｗａｒｄ）（ＬＯＣＦ）を有するｉｎｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｏ  ｔｒｅａｔ（ＩＴＴ）集団を解析に用いた。評価可能な遺伝子型データを有するすべての患者を解析に含めた。標本の大きさを増加させるために２件のＤＭＥ臨床試験ＣＲＦＢ００２Ｄ２３０１およびＣＲＦＢ００２Ｄ２３０３を解析で併合した。同様に、３件のＡＭＤ臨床試験ＣＲＦＢ００２Ａ２３０２、ＣＢＰＤ９５２Ａ２３０９およびＣＢＰＤ９５２Ａ２３０８も解析で併合した。
【０１２７】
遺伝因子と臨床変数との間の関連性の存在について検定するために線形回帰モデルを用いた。年齢、性、人種、試験施設およびベースライン値を共変量としてモデルに含めた。相加遺伝モデルを評価した。すべての統計的検定は、両側であった。Ｐ値は、多重検定について調整しなかった。ＳＡＳ  ９．２を用いた。
【０１２８】
結果
ＥＰＯ遺伝子型別の人口統計学的特性およびベースラインＢＣＶＡ
合計で３０１例のＤＭＥおよび４５３例の滲出型ＡＤＭ患者がそれぞれＥＰＯプロモーター多型（ｒｓ１６１７６４０）に関する評価可能な遺伝子型データを有していた。遺伝子型データは、カイ二乗検定においてｐ＜０．０５で、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡から逸脱しておらず、したがって、遺伝子型の決定の失敗または集団の混合の証拠は、認められなかった。評価可能な遺伝子型データを有するすべての患者を解析に含めた。人口統計学的特性を表１および表２に要約する。ＤＭＥ患者における人種を除いて、ＥＰＯ遺伝子型間に人口統計学的特性の有意な差はなかった。ＴＴを有するＤＭＥ患者の約９１％が白人であったが、ＧＧを有するＤＭＥ患者の３９％のみが白人であった。
【０１２９】
【表２】
2018525389.tif 000011
【０１３０】
【表３】
2018525389.tif 000012
【０１３１】
ＤＭＥ試験の１つにおけるアジア人の割合が大きかった（表３）。結果は、ＥＰＯ遺伝子型頻度がアジア人と白人とで有意に異なっていることを示唆し得るものである。表３に示すように、ＴＴ頻度は、アジア人において白人におけるより有意に高い（６９．４２％対３４．１２％）。さらに、白人のＥＰＯ遺伝子型頻度は、ＤＭＥとＡＭＤとで非常に類似している。しかし、本試験にマッチド対照が欠如しているため、観測された遺伝子型頻度が疾患との関連性を示唆するかどうかは、不明のままである。
【０１３２】
【表４】
2018525389.tif 000013
【０１３３】
さらに、ベースライン視力に対するＥＰＯ遺伝子型の影響を検定した。
表１および表２に示したように、ＥＰＯ遺伝子型間にベースラインＢＣＶＡの有意な差はなかった。
【０１３４】
ＤＭＥ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対するＥＰＯプロモーター多型の効果
ＥＰＯプロモーター多型とＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応との間の関連性の存在の検定において２件のＤＭＥ臨床試験ＣＲＦＢ００２Ｄ２３０１およびＣＲＦＢ００２Ｄ２３０３を併合した。試験ＣＲＦＢ００２Ｄ２３０３におけるアジア人の割合が大きかった。しかし、併合した２件の試験において白人とアジア人との間にＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応の有意な差はなかった。主要な臨床エンドポイントであるＢＣＶＡに対するＥＰＯ遺伝子型の効果を評価するためにＡＮＣＯＶＡモデルを実施した。３つの治療アームを別個に解析した。結果を表４、図１、図２および図３に示す。３および５カ月目におけるＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法（ｐ＜０．０５）を除いて、遺伝子型群間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応の差は、有意でなかった。リスク対立遺伝子（Ｔ）を有するＤＭＥ患者は、リスク対立遺伝子を有さない患者よりＢＣＶＡの低い改善を有する傾向があった。
【０１３５】
図１、図２および図３に示すように、全体の臨床試験において１２カ月の治療期間にわたりＬｕｃｅｎｔｉｓに対する反応の高い変動があった。したがって、１２カ月間にわたるＢＣＶＡの平均改善の解析を実施して、ＤＭＥ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓの全体的な有効性を判定した。ＥＰＯ遺伝子型とＢＣＶＡの平均改善との間の関連性の興味深い傾向がＬｕｃｅｎｔｉｓ単独により治療した患者に認められた（ｐ＜０．１）。この結果は、３および５カ月目の所見を裏付けている。
【０１３６】
【表５】
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【０１３７】
ＡＭＤ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓに対する反応に対するＥＰＯプロモーター多型の効果
我々は、２つの異なる疾患の間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対する遺伝子効果を比較するために、ＥＰＯプロモーター多型試験をＡＭＤ患者に拡大した。これまでのところＥＰＯプロモーター多型とＡＭＤとの間の関連性の証拠は存在しなかったため、最初は、ＡＭＤ患者に関する解析は、負の結果を有すると予想された。
【０１３８】
ＥＰＯプロモーター多型とＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応との間の関連性の存在の検定において３件のＡＭＤ臨床試験ＣＲＦＢ００２Ａ２３０２、ＣＢＰＤ９５２Ａ２３０９およびＣＢＰＤ９５２Ａ２３０８を併合した。主要な臨床エンドポイントであるＢＣＶＡに対するＥＰＯ遺伝子型の効果を評価するためにＡＮＣＯＶＡモデルを実施した。結果を表５、図４、図５および図６に示す。
【０１３９】
驚くべきことに、ＢＣＶＡの改善に対するＥＰＯ遺伝子型の効果は、ＡＭＤ患者においてＤＭＥ患者におけるよりも明らかであるように思われた。遺伝子型群間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法に対する反応の差は、７、８、９、１１および１２カ月目に有意であった（ｐ＜０．０５）（表５）。関連性の傾向も５、６および１０カ月目に認められた（ｐ＜０．１）（表５）。
【０１４０】
図４に示すように、ＧＧ遺伝子型を有する患者（ｎ＝４４）は、２カ月目からＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法に反応してＧＴまたはＴＴ遺伝子型を有する患者よりもＢＣＶＡに関して十分に機能し始めた。ＧＴ遺伝子型を有する患者（ｎ＝１１７）は、６カ月目からＴＴ遺伝子型を有する患者（ｎ＝９１）よりも十分に機能し始めた。ＥＰＯ遺伝子型間のＢＣＶＡの改善の差もＤＭＥ患者で認められた差よりもＡＭＤ患者においてはるかに大きかった。
【０１４１】
【表６】
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【０１４２】
ＶＥＧＦ遺伝子型別の人口統計学的特性およびベースラインＢＣＶＡ
ＶＥＧＦは、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）の標的であり、ｒｓ２０１０９６３は、ＤＲおよびＡＭＤに関連付けられた（Errera et al. (2007) Diabetes Care. 30(2):275-9; Janik-Papis K et al. (2009) Exp Mol Pathol. 87(3):234-8）ことから、我々は、この薬理遺伝学的解析をＶＥＧＦ多型（ｒｓ２０１０９６３）にさらに拡大した。興味深いことに、最近の試験で、ｒｓ２０１０９６３のＣ対立遺伝子がヒト網膜におけるより高いＶＥＧＦ遺伝子発現と関連付けられることが示された。
【０１４３】
合計で３０６例のＤＭＥおよび４５６例の滲出型ＡＭＤ患者がそれぞれＶＥＧＦ多型に関する評価可能な遺伝子型データを有していた。遺伝子型データは、カイ二乗検定においてｐ＜０．０５でＨａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡から逸脱しておらず、したがって、遺伝子型の決定の失敗または集団の混合の証拠は、認められなかった。評価可能な遺伝子型データを有するすべての患者を解析に含めた。
【０１４４】
人口統計学的特性を表６および表７に要約する。ＥＰＯ遺伝子型データと同様に、ＤＭＥ患者における人種を除いて、ＶＥＧＦ遺伝子型間に人口統計学的特性の有意な差はなかった。ＧＧを有するＤＭＥ患者の約６５％が白人であり、一方ＣＣを有するＤＭＥ患者の３８％が白人であった。上述のように、結果は、ＶＥＧＦ遺伝子型頻度がアジア人と白人とで異なることを示唆し得るものである。さらに、ＶＥＧＦ遺伝子型間にベースラインＢＣＶＡの有意な差はなかった（表６および表７）。
【０１４５】
【表７】
2018525389.tif 000016
【０１４６】
【表８】
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【０１４７】
表８に示すように、ＧＧ遺伝子型頻度は、アジア人において白人におけるよりも有意に高い（４１．１４％対２８．１０％）。さらに、ＤＭＥとＡＭＤとの間のＶＥＧＦ遺伝子型の同様な頻度が白人に認められた。
【０１４８】
【表９】
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【０１４９】
ＤＭＥ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対するＶＥＧＦ多型の効果
２件のＤＭＥ臨床試験を併合し、主要な臨床エンドポイントであるＢＣＶＡに対するＶＥＧＦ多型の効果を評価するためにＡＮＣＯＶＡモデルを実施した。結果を表９、図６、図７および図８に示す。遺伝子型群間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応の有意な差は、いずれの時点においても認められなかった。Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法を受けた患者についてＶＥＧＦ遺伝子型と１０および１１カ月目のＢＣＶＡの改善との間の関連性の傾向があった（ｐ＜０．１）（表９）。ＣＣ遺伝子型を有するＤＭＥ患者は、ＣＧまたはＧＣ遺伝子型を有するＤＭＥ患者よりもＢＣＶＡの低い改善を有する傾向があった。
【０１５０】
【表１０】
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【０１５１】
ＡＭＤ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対するＶＥＧＦ多型の効果
３件のＡＭＤ臨床試験を併合し、主要な臨床エンドポイントであるＢＣＶＡに対するＶＥＧＦ多型の効果をＡＮＣＯＶＡモデルにより検定した。結果を表１０、図９および図１０に示す。遺伝子型群間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法に対する反応の差は、３、５、８、９、１０および１１カ月目に有意であった（ｐ＜０．０５）。傾向も６カ月目に認められた（ｐ＜０．１）（表１０）。
【０１５２】
図９に示すように、ＣＣ遺伝子型を有する患者（ｎ＝２７）は、１２カ月間にわたりＬｕｃｅｎｔｉｓ単独により治療した場合、１．４８文字改善したにすぎなかった。対照的に、ＣＧ（ｎ＝１０３）およびＧＧ（ｎ＝１２３）遺伝子型を有する患者は、それぞれ６．２７および６．７７文字改善した。
【０１５３】
【表１１】
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【０１５４】
ＡＭＤ患者におけるＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対するＥＰＯおよびＶＥＧＦ多型の相加的効果
治療に対する反応は、複雑であり、複数の因子により影響される。Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対する相加遺伝子効果の可能性を検定するために、遺伝子型データを、ＥＰＯおよびＶＥＧＦ遺伝子におけるリスク対立遺伝子の数に従って層別化した。主要な臨床エンドポイントＢＣＶＡに対するリスク対立遺伝子の相加的効果をＡＮＣＯＶＡモデルにより検定した。この解析は、ＡＭＤ患者についてのみ行ったが、４つのリスク対立遺伝子を有する群の患者数が極めて少なかったためＤＭＥ患者については行わなかった。結果を表１１、図１１および図１２に示す。
【０１５５】
リスク群間のＬｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）単独療法に対する反応の差は、８、９および１１カ月目に有意であった（ｐ＜０．０５）。傾向も５、６および１０カ月目に認められた（ｐ＜０．１）（表１１）。０（ｎ＝１８）、１つ（ｎ＝８４）および２つ（ｎ＝９２）のリスク対立遺伝子のキャリア間にＬｕｃｅｎｔｉｓ単独療法に対する反応の有意な差はなかった（表１１）。これらの患者は、１２カ月間にわたって約７．５文字改善した。対照的に、３つのリスク対立遺伝子のキャリア（ｎ＝４５）は、中等度の改善（３．２９文字）を示し、一方４つのリスク対立遺伝子のキャリア（ｎ＝１２）は、１２カ月間にわたってＢＣＶＡに関する有意な減少（−４．７５文字）を示した。全体的な結果は、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）に対する反応に対する２つの遺伝子の有意な相加遺伝子効果を示唆するものである。
【０１５６】
【表１２】
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【図１】
2018525389.tif 000022
【図２】
2018525389.tif 000023
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【手続補正書】
【提出日】平成30年5月14日(2018.5.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
眼障害を有する患者を治療するための医薬組成物であって、ＶＥＧＦアンタゴニストを含み、前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有する、医薬組成物。
【請求項２】
眼障害を有する患者を治療するための医薬組成物であって、ＶＥＧＦアンタゴニストを含み、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有する、医薬組成物。
【請求項３】
眼障害を有する患者を治療するための医薬組成物であって、ＥＰＯアンタゴニストを含み、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する、医薬組成物。
【請求項４】
前記医薬組成物が、ＶＥＧＦアンタゴニストと組合せて使用される、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する、ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ。
【請求項６】
眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項７】
眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
【請求項８】
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーのゲノム配列について、前記生物学的試料をアッセイするステップを含む、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在に基づいて、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項１０】
ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
【請求項１１】
前記眼障害が、黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫および糖尿病性網膜症からなる群から選択される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【請求項１２】
前記黄斑変性が加齢黄斑変性である、請求項１１に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【請求項１３】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ受容体結合分子である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【請求項１４】
前記ＶＥＧＦ結合分子が、抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、請求項１３に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【請求項１５】
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体が、ベバシズマブおよびラニビズマブからなる群から選択される、請求項１４に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【請求項１６】
前記抗ＥＰＯアンタゴニストが、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物、組合せまたは方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５６】
【表１２】
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本発明は、以下の態様を包含し得る。
［１］
眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、方法。
［２］
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、上記［１］に記載の方法。
［３］
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、上記［１］または［２］に記載の方法。
［４］
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップを含む、上記［１］または［２］に記載の方法。
［５］
眼障害を有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量のＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せを前記患者に選択的に投与するステップを含む、方法。
［６］
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与する、上記［５］に記載の方法。
［７］
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
［８］
前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択する、上記［７］に記載の方法。
［９］
前記患者がｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一または２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択する、上記［７］または［８］に記載の方法。
［１０］
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
［１１］
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦおよびＥＰＯアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｂ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
［１２］
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
［１３］
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する１つまたは複数の対立遺伝子について、前記患者をアッセイするステップを含む、上記［１２］に記載の方法。
［１４］
前記アッセイするステップが、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する１つまたは複数の対立遺伝子について、前記患者をアッセイするステップを含む、上記［１２］または［１３］に記載の方法。
［１５］
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
［１６］
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを前記患者に選択的に投与するステップと
を含む、方法。
［１７］
眼障害を有する患者をＶＥＧＦアンタゴニストにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーについて、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
［１８］
ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、上記［１７］に記載の方法。
［１９］
ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、上記［１７］または［１８］に記載の方法。
［２０］
ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子を有する前記生物学的試料に基づいて、前記患者を選択する、上記［１７］または［１８］に記載の方法。
［２１］
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
［２２］
眼障害を有する患者をＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せにより選択的に治療する方法であって、
ａ）ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ｒｓ１６１７６４遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子を有する前記患者からの前記生物学的試料に基づいて、前記患者を前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療について選択するステップと、
ｃ）その後、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよび／またはＥＰＯアンタゴニストを投与するステップと
を含む、方法。
［２３］
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４遺伝子座および／またはｒｓ２０１０９６３遺伝子座を含むゲノム配列について、前記生物学的試料をアッセイするステップを含む、上記［１２］から［２２］のいずれか一項に記載の方法。
［２４］
前記生物学的試料が、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料からなる群から選択される、上記［１２］から［２３］のいずれか一項に記載の方法。
［２５］
前記アッセイするステップが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣおよび質量分析からなる群から選択される技術を含む、上記［１２］から［２４］のいずれか一項に記載の方法。
［２６］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、前記患者が、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーを有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニスト。
［２７］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニスト。
［２８］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ。
［２９］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せが前記患者に投与されることを特徴とする、ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せ。
［３０］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＥＰＯアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＥＰＯアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＥＰＯアンタゴニスト。
［３１］
眼障害を有する患者の治療に使用されるＥＰＯアンタゴニストであって、前記患者がｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも２つの対立遺伝子を有することに基づいて、治療有効量の前記ＥＰＯアンタゴニストが前記患者に投与されることを特徴とする、ＥＰＯアンタゴニスト。
［３２］
眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
［３３］
眼障害を有する患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
［３４］
眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストの組合せまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
［３５］
眼障害を有する患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子の存在または非存在について、前記患者からの生物学的試料をアッセイするステップを含む、方法。
［３６］
前記患者から前記生物学的試料を得るステップをさらに含み、前記得るステップを検出するステップの前に実施する、上記［３２］から［３５］のいずれか一項に記載の方法。
［３７］
前記アッセイするステップが、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーのゲノム配列について、前記生物学的試料をアッセイするステップを含む、上記［３２］から［３５］のいずれかに記載の方法。
［３８］
前記生物学的試料が、滑液、血液、血清、大便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料および組織試料からなる群から選択される、上記［３２］から［３７］のいずれか一項に記載の方法。
［３９］
アッセイするステップが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、直接配列決定、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣおよび質量分析からなる群から選択される技術を含む、上記［３２］から［３８］のいずれか一項に記載の方法。
［４０］
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在に基づいて、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
［４１］
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
［４２］
ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
［４３］
ＥＰＯアンタゴニストまたはＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に対する眼障害を有する患者の反応性を予測するための伝達できる形の情報を作成する方法であって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する２つの対立遺伝子の存在に基づいて、前記患者がＥＰＯアンタゴニストまたは前記ＶＥＧＦアンタゴニストおよびＥＰＯアンタゴニストの組合せによる治療に反応する可能性の増大を判定するステップと、前記判定するステップの結果を、伝達に用いる有形または無形媒体形式に記録するステップとを含む、方法。
［４４］
前記眼障害が黄斑変性である、上記項目のいずれか一項に記載の方法または使用。
［４５］
前記黄斑変性が加齢黄斑変性である、上記［３６］に記載の方法または使用。
［４６］
前記眼障害が糖尿病性黄斑浮腫である、上記［１］から［４３］のいずれか一項に記載の方法または使用。
［４７］
前記眼障害が糖尿病性網膜症である、上記［１］から［４３］のいずれか一項に記載の方法または使用。
［４８］
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ受容体結合分子である、上記項目のいずれかに記載の方法または使用。
［４９］
前記ＶＥＧＦ結合分子またはＶＥＧＦ受容体結合分子がＶＥＧＦＡ結合分子である、上記［４８］に記載の方法または使用。
［５０］
前記ＶＥＧＦＡ結合分子が、抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、上記［４９］に記載の方法または使用。
［５１］
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体が、ベバシズマブまたはラニビズマブからなる群から選択される、上記［５０］に記載の方法または使用。
［５２］
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体がラニビズマブである、上記［５１］に記載の方法または使用。
［５３］
前記抗ＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体が、米国特許出願公開第２０１２００１４９５８号に記載されているＮＶＳ４、ＮＶＳ８０、ＮＶＳ８１、ＮＶＳ８２、ＮＶＳ８３、ＮＶＳ８４およびＮＶＳ８５からなる群から選択される、あるいは米国特許出願公開第２０１４０１８６３５０号に記載されているＶＥＧＦＡ抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、上記［５０］に記載の方法または使用。
［５４］
前記抗ＥＰＯアンタゴニストが、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体である、上記項目のいずれか一項に記載の方法または使用。
［５５］
前記抗ＥＰＯアンタゴニストが、抗体またはその抗原結合部分もしくは誘導体であり、米国特許出願公開第２０１４／０１９９３０６号に開示されているＦａｂｓ  ＮＶＳ１、ＮＶＳ２、ＮＶＳ３またはＮＶＳ４のＣＤＲ配列を有する抗体またはその誘導体（Ｆａｂｓ  ＮＶＳ１〜４を含む抗体またはその誘導体を含む）からなる群から選択される、上記［５４］に記載の方法または使用。
［５６］
ＶＥＧＦアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）１つまたは複数の眼反応マーカーが前記試料中に存在する場合、前記個体をＶＥＧＦアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む、方法。
［５７］
ＥＰＯアンタゴニストによる治療に対する網膜障害を有する個体の反応性を判定する方法であって、
（ｉ）網膜障害を有する個体から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）眼反応マーカーが前記試料中に存在する場合、前記個体をＥＰＯアンタゴニストレスポンダーと指定するステップと
を含む、方法。
［５８］
網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）前記対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）前記対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む、方法。
［５９］
網膜障害を有する対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであるかどうかを判定する方法であって、
（ｉ）前記対象から試料を単離するステップと、
（ｉｉ）ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するアッセイを実施するステップと、
（ｉｉｉ）前記対象がＶＥＧＦアンタゴニストにより治療すべきであると判定するステップと
を含む、方法。
［６０］
ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミンを有する少なくとも１つの対立遺伝子の存在を検出するために必要な試薬を含む、キット。
［６１］
ＶＥＧＦアンタゴニストに対する反応を予測するためのキットであって、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する単一対立遺伝子、ｒｓ１６１７６４０遺伝子座におけるチミン以外のヌクレオチドを有する２つの対立遺伝子、ｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する単一対立遺伝子、およびｒｓ２０１０９６３遺伝子座におけるグアニンを有する２つの対立遺伝子から選択される１つまたは複数の眼反応マーカーの存在を検出するために必要な試薬を含む、キット。
【国際調査報告】
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