(57)【要約】治療用化合物に応答する可能性が高い慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の対象の特定方法であって、第１の試料と第２の試料をＣＬＬの対象から得ることと、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）を第１の試料に投与するとともに、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む方法。【選択図】図１
2018523823.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
治療用化合物に応答する可能性が高い慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の対象の特定方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料をＣＬＬの前記対象から得ることと、
（ｂ）３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）を前記第１の試料に投与し、レナリドマイドを前記第２の試料に投与することと、
（ｃ）前記第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、前記第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項２】
ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記第１の試料に投与し、レナリドマイドを前記第２の試料に投与することと、
（ｃ）前記第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、前記第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項３】
対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記第１の試料に投与し、レナリドマイドを前記第２の試料に投与することと、
（ｃ）前記第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、前記第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｅ）前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、前記治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項４】
前記バイオマーカーが、表１に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記バイオマーカーが、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記バイオマーカーが、ＢＣＬ２Ｌ１、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されており、第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも高い場合に、前記対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記バイオマーカーが、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、及びＷＩＺからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも低い場合に、前記対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記バイオマーカーが、ＢＣＬ２Ｌ１である、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記バイオマーカーが、ＧＺＭＢである、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記バイオマーカーが、ＩＧＨＭである、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
前記バイオマーカーが、ＩＲＦ８である、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
前記バイオマーカーが、ＫＬＦ１３である、請求項５に記載の方法。
【請求項１３】
前記バイオマーカーが、ＬＧＡＬＳ９である、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
前記バイオマーカーが、ＭＡＲＣＫＳである、請求項５に記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオマーカーが、ＮＤＥ１である、請求項５に記載の方法。
【請求項１６】
前記バイオマーカーが、ＮＦＫＢＩＥである、請求項５に記載の方法。
【請求項１７】
前記バイオマーカーが、ＳＮＸ２０である、請求項５に記載の方法。
【請求項１８】
前記バイオマーカーが、ＴＣＦ７である、請求項５に記載の方法。
【請求項１９】
前記バイオマーカーが、ＷＩＺである、請求項５に記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオマーカーが、ＺＢＴＢ１０である、請求項５に記載の方法。
【請求項２１】
化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、化合物Ａまたはレナリドマイドを治療上有効な量で投与することを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項２２】
前記バイオマーカーが、表２〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記バイオマーカーが、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記バイオマーカーが、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも高い場合に、前記対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記バイオマーカーが、ＩＫＺＦ３であり、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも低い場合に、前記対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記バイオマーカーが、ＣＤ４０である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記バイオマーカーが、ＣＲ２である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記バイオマーカーが、ＣＴＳＳである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
前記バイオマーカーが、ＧＢＰ１である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
前記バイオマーカーが、ＩＳＧ２０である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
前記バイオマーカーが、ＳＡＳＨ１である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３２】
前記バイオマーカーが、ＳＥＭＡ７Ａである、請求項２３に記載の方法。
【請求項３３】
レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
前記バイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記バイオマーカーが、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＬＬ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＮＸ２０、ＳＯＤ２、ＴＣＦ７、ＴＲＡＦ１、ＷＩＺ、ＺＢＴＢ１０、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記バイオマーカーが、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＯＤ２、及びＴＲＡＦ１からなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも高い場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記バイオマーカーが、ＩＫＺＦ１及びＳＥＬＬからなる群から選択されており、前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも低い場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記バイオマーカーが、ＩＫＺＦ１である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記バイオマーカーが、ＰＴＫ２Ｂである、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記バイオマーカーが、ＳＡＭＳＮ１である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
前記バイオマーカーが、ＳＥＬＬである、請求項３５に記載の方法。
【請求項４２】
前記バイオマーカーが、ＳＬＡＭＦ１である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４３】
前記バイオマーカーが、ＳＯＤ２である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４４】
前記バイオマーカーが、ＴＲＡＦ１である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４５】
化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された前記対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項４６】
対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって、前記バイオマーカーのレベルを割り出し、前記対照試料が、化合物Ａまたはレナリドマイドを投与する前に、前記対象から得たものであるとともに、前記対照試料が、前記第１の試料及び前記第２の試料と同じ供給源に由来している、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって、前記バイオマーカーのレベルを割り出し、前記対照試料が、ＣＬＬではない健常な対象から得たものであるとともに、前記対照試料が、前記第１の試料及び前記第２の試料と同じ供給源に由来している、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
治療用化合物に応答する可能性が高くないＣＬＬの対象の特定方法、またはＣＬＬであるかもしくＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記第１の試料に投与し、レナリドマイドを前記第２の試料に投与することと、
（ｃ）前記第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、前記第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、前記割り出すことと、
（ｄ）前記第１の試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記第２の試料中の前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高くないと診断することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項４９】
化合物Ａに応答する可能性が高い慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の対象の特定方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、前記診断することと、を含む前記方法。
【請求項５０】
ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の化合物Ａに対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、前記診断することと、を含む前記方法。
【請求項５１】
対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの前記対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、前記診断することと、
（ｅ）化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された前記対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することとを含む前記方法。
【請求項５２】
前記バイオマーカーが、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、ＡＰＯＣ３、ＡＰＯＬ２、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＦＣＨＳＤ２、ＧＢＰ２、ＧＢＰ４、ＩＣＡＭ１、ＩＤＩ１、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ５、ＩＲＦ８、ＩＳＧ２０、ＫＹＮＵ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＣＦ２、ＮＣＦ４、ＮＤＥ１、ＮＥＣＡＰ２、ＯＡＳ１、ＰＡＲＰ１４、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＥＫ、ＰＮＰ、ＰＰＡ１、ＰＰＰ１Ｒ１８、ＲＥＬＢ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＬＦＮ５、ＳＯＤ２、ＴＡＰＢＰ、ＴＮＩＰ１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＰ１０、及びＺＦＰ９１からなる群から選択されている、請求項４９〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記バイオマーカーが、ＧＢＰ４である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記バイオマーカーが、ＬＧＡＬＳ９である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
前記バイオマーカーが、ＩＲＦ５である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
治療用化合物に応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）前記治療用化合物を前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、前記治療用化合物に応答しない対象から得たものである、前記診断することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項５７】
ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）前記治療用化合物を前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、前記治療用化合物に応答しない対象から得たものである、前記診断することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項５８】
対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料を前記対象から得ることと、
（ｂ）前記治療用化合物を前記試料に投与することと、
（ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、前記バイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、前記割り出すことと、
（ｄ）前記試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中の前記バイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、前記対照試料が、前記治療用化合物に応答しない対象から得たものである、前記診断することと、
（ｅ）前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、前記治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、前記治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである前記方法。
【請求項５９】
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記対照試料中の前記バイオマーカーのレベルよりも低い、請求項５６〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
前記バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記試料中のタンパク質と、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることを含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
（ｉ）前記第１の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、前記第２の抗体が、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、前記第２の抗体が、前記バイオマーカータンパク質のエピトープのうち、前記第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
（ｉｉ）前記タンパク質に結合した前記第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）前記第２の抗体の前記検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
（ｉ）前記第１の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、前記第２の抗体が、前記第１の抗体に免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
（ｉｉ）前記タンパク質に結合した前記第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）前記第２の抗体の前記検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
前記バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を用いて、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項６４または６５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
１．技術分野
本発明で提供するのは、レナリドマイド及び３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンなどの免疫調節剤による治療に対するがん、例えば慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の臨床的感度及び対象の応答の予測方法である。
【背景技術】
【０００２】
２．背景技術
２．１  がん及び慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）
がんは主に、所定の正常組織に由来する異常細胞の数の増加、これらの異常細胞の隣接組織への浸潤、または悪性細胞の所属リンパ節及び遠隔部位へのリンパ行性もしくは血液行性の拡散（転移）によって特徴付けられる。臨床データと分子生物学的研究により、がんは、前新生物性の小さな変化から始まり、特定の条件下で進行して新生物となり得る多段階プロセスであることが示されている。腫瘍性病変は、クローン性に発生し、特に、腫瘍性細胞が宿主の免疫監視機構を逃れる条件下で、浸潤、成長、転移、及び不均一性のための増殖能を持つようになることがある。Ｒｏｉｔｔ，Ｉ．，Ｂｒｏｓｔｏｆｆ，Ｊ  ａｎｄ  Ｋａｌｅ，Ｄ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１７．１−１７．１２（３ｒｄ  ｅｄ．，Ｍｏｓｂｙ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ．，１９９３）。
【０００３】
医学文献で詳細に説明されている多種多様ながんが存在する。例としては、肺がん、胃がん、大腸がん、膵臓がん、肝臓がん、直腸がん、前立腺がん、乳がん、脳腫瘍、血液がん及び腸がんが挙げられる。一般集団の年齢が上がり、新たながんが生まれ、罹患しやすい集団（例えば、エイズ感染者または日光に過剰に当たっている人）が増加するにつれ、がんの発生数は上昇し続けている。しかし、がん治療の選択肢は限られている。例えば、血液がん（例えば多発性骨髄腫）の場合、特に従来の化学療法で効果が見られず、骨髄移植が選択肢ではないときには、治療の選択肢はほとんどない。したがって、がん患者の治療に使用できる新たな方法及び組成物に対する非常に大きい需要が存在する。
【０００４】
多くのタイプのがんは、血管の新規形成（血管新生として知られているプロセス）と関連している。腫瘍誘導性の血管新生に関与するいくつかの機構は、解明されている。これらの機構のうち、最も直接的なものは、血管新生特性を持つサイトカインを腫瘍細胞が分泌することである。これらのサイトカインの例としては、酸性及び塩基性線維芽細胞成長因子（ａ−ＦＧＦ、ｂ−ＦＧＦ）、アンジオジェニン、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、及びＴＮＦ−αが挙げられる。あるいは、腫瘍細胞は、プロテアーゼを産生してから、細胞外マトリックス（いくつかのサイトカインが保管されている（例えばｂ−ＦＧＦ））を破壊することにより、血管新生ペプチドを放出できる。血管新生は、炎症性細胞（とりわけマクロファージ）を動員してから、血管新生サイトカイン（例えば、ＴＮＦ−α、ｂ−ＦＧＦ）を放出させることにより、間接的に誘導されることもある。
【０００５】
リンパ腫とは、リンパ系に由来するがんを指す。リンパ腫は、リンパ球、すなわちＢリンパ球及びＴリンパ球（すなわち、Ｂ細胞及びＴ細胞）の悪性新生物によって特徴付けられる。リンパ腫は概して、リンパ節または器官におけるリンパ組織の集まりで発生する。場合によっては、リンパ腫は、骨髄及び血液と関連し得る。リンパ腫は、体の一部位から別の部位へと広がり得る。
【０００６】
例えば、米国特許第７，４６８，３６３号に、様々な形態のリンパ腫の治療が記載されており、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。このようなリンパ腫としては、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｂ細胞リンパ腫、活性化Ｂ細胞リンパ腫、ＤＬＢＣＬ、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、濾胞性リンパ腫、形質転換リンパ腫、中間分化型リンパ球性リンパ腫、中間リンパ球性リンパ腫（ＩＬＬ）、びまん性低分化リンパ球性リンパ腫（ＰＤＬ）、中心細胞性リンパ腫、びまん性小切れ込み細胞型リンパ腫（ＤＳＣＣＬ）、末梢Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、マントルゾーンリンパ腫及び低悪性度濾胞性リンパ腫が挙げられるが、これらに限らない。
【０００７】
白血病は、血液形成組織の悪性新生物を指す。例えば、２００２年５月１７日に提出された米国特許第７，３９３，８６２号及び米国特許仮出願番号第６０／３８０，８４２号に、様々な形態の白血病が説明されており、これらは、参照により、その全体が本明細書に援用される。ウイルスが、動物におけるいくつかの形態の白血病を引き起こすが報告されているが、ヒトの白血病の原因は、ほとんど分かっていない。Ｔｈｅ  Ｍｅｒｃｋ  Ｍａｎｕａｌ，９４４−９５２（１７ｔｈｅｄ．１９９９）。悪性への形質転換は典型的には、単一細胞で、２つ以上の段階を経て発生し、その後、増殖及びクローン性増殖を伴う。いくつかの白血病では、一貫した白血病細胞形態と特殊な臨床的特徴とともに、特異的な染色体転座が同定されている（例えば、慢性骨髄性白血病における９番染色体と２２番染色体の転座、及び急性前骨髄球性白血病における１５番染色体と１７番染色体の転座）。急性白血病は、主として未分化の細胞集団であり、慢性白血病は、より成熟した細胞形態である。
【０００８】
急性白血病は、リンパ芽球性（ＡＬＬ）のタイプと非リンパ芽球性（ＡＮＬＬ）のタイプに分類される。Ｔｈｅ  Ｍｅｒｃｋ  Ｍａｎｕａｌ，９４６−９４９（１７ｔｈｅｄ．１９９９）。これらの白血病は、Ｆｒｅｎｃｈ−Ａｍｅｒｉｃａｎ−Ｂｒｉｔｉｓｈ（ＦＡＢ）分類に従ってその形態的外観と細胞化学的外観によって、またはその分化のタイプ及び程度に従って、さらに細かく分類されることもある。特異的なＢ細胞及びＴ細胞、ならびに骨髄球系抗原モノクローナル抗体を使用するのが、分類には最も有益である。ＡＬＬは大部分において、検査所見と骨髄検査によって確立される小児疾患である。ＡＮＬＬ（急性骨髄性白血病または急性骨髄白血病（ＡＭＬ）としても知られている）は、すべての年齢で発症し、成人に多く見られる急性白血病であり、通常、原因物質としての放射線と関連付けられる形態である。
【０００９】
慢性白血病は、リンパ球性（ＣＬＬ）または骨髄性（ＣＭＬ）として説明される。Ｔｈｅ  Ｍｅｒｃｋ  Ｍａｎｕａｌ，９４９−９５２（１７ｔｈｅｄ．１９９９）。
【００１０】
ＣＬＬは、血液、骨髄、及びリンパ器官における機能不全のリンパ球の進行性蓄積と、成熟リンパ球の出現によって特徴付けられる単クローン性障害である。ＣＬＬの特質は、絶対リンパ球増加（＞５，０００／μＬ）の持続と、骨髄におけるリンパ球増加である。大半のＣＬＬ患者は、Ｂ細胞の特徴とともに、リンパ球のクローン性増殖も有する。ＣＬＬは、中高年者の疾患である。ＣＬＬの症状としては、リンパ節、肝臓、または脾臓の肥大、感染症の再発、食欲低下または早期飽満感、異常挫傷（後期症状）、疲労感、寝汗などが挙げられる。
【００１１】
ＣＬＬ患者は、全血球算定（ＣＢＣ）によって定める白血球数が正常よりも多い。末梢血フローサイトメトリーは、ＣＬＬの診断を確かめるための最も有益な検査の１つである。診断に有用であり得る他の試験としては、骨髄生検、ならびに肝臓及び脾臓の超音波検査が挙げられる。感染症の発症を繰り返している患者には、免疫グロブリン検査を適応してもよい。
【００１２】
ＣＭＬでは、特有の特徴は、血液、骨髄、肝臓、脾臓、及びその他の器官におけるすべての分化段階の顆粒球細胞の過剰である。診断において症状のある患者では、全白血球（ＷＢＣ）数は通常、約２００，０００／μＬであるが、１，０００，０００／μＬに達することもある。ＣＭＬは、フィラデルフィア染色体の存在により、比較的診断が容易である。
【００１３】
骨髄間質細胞は、ＣＬＬの病状の進行と、化学療法に対する耐性を補助することがよく知られている。ＣＬＬ細胞と間質細胞との相互作用を断つことが、ＣＬＬに対する化学療法の追加的な標的である。
【００１４】
急性と慢性の分類に加えて、新生物は、その障害を引き起こす細胞に基づき、前駆細胞性または末梢細胞性にも分類される。例えば、米国特許出願公開第２００８／００５１３７９号（その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）を参照されたい。前駆細胞性新生物としては、ＡＬＬ及びリンパ芽球性リンパ腫が挙げられ、Ｔ細胞またはＢ細胞のいずれかに分化する前に、リンパ球で発生する。末梢細胞性新生物は、Ｔ細胞またはＢ細胞のいずれかに分化したリンパ球で発生する新生物である。このような末梢細胞性新生物としては、Ｂ細胞ＣＬＬ、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、粘膜結合類リンパ組織節外性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、節性辺縁帯リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞腫、ＤＬＢＣＬ及びバーキットリンパ腫が挙げられるが、これらに限らない。ＣＬＬの症例の９５パーセント超において、クローン性増殖は、Ｂ細胞系譜のものである。Ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ＆  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）（１９８９）（ｐｐ．１８４３−１８４７）を参照されたい。ＣＬＬの症例の５パーセント未満においては、腫瘍細胞は、Ｔ細胞の表現型を有する。しかしながら、これらの分類にもかかわらず、正常造血の病理学的障害は、すべての白血病の特質である。
【００１５】
従来の療法に付随する毒性及び／または副作用を軽減または回避しながら、がん、例えばＣＬＬを治療、予防及び管理する安全かつ有効な方法に対する大きなニーズが存在する。本発明は、これらのニーズとその他のニーズを満たすものである。
【００１６】
２．２  化合物
ＴＮＦ−αの異常産生と関連する疾患の治療のために、安全かつ有効に使用できる化合物をもたらす目的で、多くの研究が行われている。例えば、Ｍａｒｒｉｏｔｔ，Ｊ．Ｂ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，１（４）：１−８；Ｇ．Ｗ．Ｍｕｌｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．，１９９６，３９（１７）：３２３８−３２４０；及びＧ．Ｗ．Ｍｕｌｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  ＆  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ．，１９９８，８：２６６９−２６７４を参照されたい。いくつかの研究では、ＬＰＳで刺激されたＰＢＭＣによるＴＮＦ−αの産生を強力に阻害するそれらの能力について選択した化合物群に焦点が当てられている。Ｌ．Ｇ．Ｃｏｒｒａｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．，１９９９，５８：（Ｓｕｐｐｌ  Ｉ）１１０７−１１１３。これらの化合物では、ＴＮＦ−αの強力な阻害が示されるのみならず、ＬＰＳに誘導される単球のＩＬ１β及びＩＬ１２の産生も著しく阻害される。ＬＰＳ誘導性のＩＬ６も、部分的ではあるが、このような化合物によって阻害される。これらの化合物は、ＬＰＳ誘導性のＩＬ１０．Ｉｄの強力な刺激因子である。
【００１７】
サリドマイド、レナリドマイド及びポマリドミドは、多発性骨髄腫、リンパ腫及びその他の血液疾患（骨髄異形成症候群など）の患者において、顕著な応答を示している。Ｇａｌｕｓｔｉａｎ  Ｃ，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ．，２００９，１０：１２５−１３３を参照されたい。これらの治療用化合物は、抗血管新生特性、炎症誘発性サイトカインの調節、Ｔ細胞の同時刺激、ＮＫ細胞毒性の増大、直接的抗腫瘍作用及び幹細胞の分化調節を含む広範な活性を示す。
【００１８】
例えば、サリドマイドとレナリドマイドは、新たに診断された患者、化学療法または移植に効果がなかった進行性疾患患者、及び再発または難治性多発性骨髄腫患者の多発性骨髄腫を治療するための重要な選択肢として登場した。レナリドマイドとデキサメタゾンの併用は、前治療を少なくとも１回受けた多発性骨髄腫患者の治療に対して認められている。ポマリドミドも、デキサメタゾンと併せて投与してよい。特許出願公開第２００４／００２９８３２Ａ１号（その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）には、多発性骨髄腫の治療が開示されている。
【００１９】
本発明で提供する別の化合物は、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（「化合物Ａ」）、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形である。化合物Ａは、米国特許第７，６３５，７００号（その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されているようにして調製できる。この化合物は、本発明の教示に基づき、当業者には明らかな別の方法に従って合成することもできる。特定の実施形態では、化合物Ａは、２０１１年３月１１日に提出された米国特許仮出願第６１／４５１，８０６号（参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されている結晶体である。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法において、化合物Ａの塩酸塩を使用する。化合物Ａを用いて、がん及びその他の疾患を治療、予防及び／または管理する方法は、２０１１年３月１１日に提出された米国特許仮出願第６１／４５１，９９５号（参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されている。
【００２０】
免疫調節化合物の作用を評価する従来の方法には、生細胞アッセイまたは冗長な臨床エンドポイントが必要になる。これらの細胞検査は、煩雑であり、様々な刺激剤（例えば、リポ多糖または抗ＣＤ３抗体）の使用が必要となる場合が多い。サイトカイン産生のような間接的なエンドポイントを評価するが、これは、複数の経路を介して影響を受け得る。さらに、これらの化合物の臨床効果は、正確には予測できないが、これは、患者の応答の観点で測定できるに過ぎないからである（通常最低でも数カ月の治療を必要とする）。従来の方法の欠点に鑑み、免疫調節化合物の薬理活性を検出、定量化及び特徴付けを行うための効率的で、感度が高く、正確な方法を開発する必要性が存在する。
【発明の概要】
【００２１】
３．発明の概要
一態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高い慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の対象の特定方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）を第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００２２】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００２３】
別の態様では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｅ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００２４】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、表１に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する。
【００２５】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されている。
【００２６】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する。
【００２７】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、及びＷＩＺからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する。
【００２８】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＺＭＢである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＨＭである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ８である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＬＦ１３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＫＳである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＤＥ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＦＫＢＩＥである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＮＸ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＣＦ７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＷＩＺである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ１０である。
【００２９】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａまたはレナリドマイドを治療上有効な量で投与することを含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、表２〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。
【００３１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている。
【００３２】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。
【００３３】
他の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３であり、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。
【００３４】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４０である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＳである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＳＧ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＳＨ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＭＡ７Ａである。
【００３５】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む。
【００３６】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。
【００３７】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＬＬ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＮＸ２０、ＳＯＤ２、ＴＣＦ７、ＴＲＡＦ１、ＷＩＺ、ＺＢＴＢ１０、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている。
【００３８】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＯＤ２、及びＴＲＡＦ１からなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。
【００３９】
他の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１及びＳＥＬＬからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。
【００４０】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＴＫ２Ｂである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＳＮ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＬＬである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＡＭＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＯＤ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＲＡＦ１である。
【００４１】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む。
【００４２】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって割り出し、この対照試料は、化合物Ａまたはレナリドマイドを投与する前に、対象から得るとともに、対照試料は、第１の試料及び第２の試料と同じ供給源に由来している。
【００４３】
他の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって割り出し、この対照試料は、ＣＬＬではない健常な対象から得るとともに、対照試料は、第１の試料及び第２の試料と同じ供給源に由来している。
【００４４】
別の態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高くないＣＬＬの対象の特定方法、またはＣＬＬであるかもしくはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、バイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高くないと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００４５】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、化合物Ａに応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【００４６】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の化合物Ａに対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、バイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【００４７】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することとを含む方法である。
【００４８】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、ＡＰＯＣ３、ＡＰＯＬ２、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＦＣＨＳＤ２、ＧＢＰ２、ＧＢＰ４、ＩＣＡＭ１、ＩＤＩ１、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ５、ＩＲＦ８、ＩＳＧ２０、ＫＹＮＵ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＣＦ２、ＮＣＦ４、ＮＤＥ１、ＮＥＣＡＰ２、ＯＡＳ１、ＰＡＲＰ１４、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＥＫ、ＰＮＰ、ＰＰＡ１、ＰＰＰ１Ｒ１８、ＲＥＬＢ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＬＦＮ５、ＳＯＤ２、ＴＡＰＢＰ、ＴＮＩＰ１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＰ１０、及びＺＦＰ９１からなる群から選択されている。
【００４９】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ４である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ５である。
【００５０】
一態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００５１】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと特定する。
【００５２】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００５３】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断する。
【００５４】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【００５５】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断し、治療用化合物を投与する。
【００５６】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。
【００５７】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、試料中のタンパク質と、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることを含む。
【００５８】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、第２の抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、第２の抗体が、バイオマーカータンパク質のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。
【００５９】
他の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、第２の抗体が、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。
【００６０】
他の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって測定する。
【００６１】
他の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって測定する。
【００６２】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を用いて測定する。
【図面の簡単な説明】
【００６３】
４．図面の簡単な説明
【図１】図１Ａ〜１Ｄは、症例Ｂ１（図１Ａ）、症例Ｂ２（図１Ｂ）、症例Ｂ３（図１Ｃ）、及び症例Ｂ４（図１Ｄ）という４つのＣＬＬ患者群から得た試料に対して、化合物Ａまたはレナリドマイドが及ぼす作用を示している。
【００６４】
【図２】図２Ａ〜２Ｄは、症例Ｂ１（図２Ａ）、症例Ｂ２（図２Ｂ）、症例Ｂ３（図２Ｃ）、及び症例Ｂ４（図２Ｄ）という４つの症例シナリオの各複製物における正規化相対存在量の分布を示している。
【００６５】
【図３】図３Ａ〜３Ｄは、症例Ｂ１（図３Ａ）、症例Ｂ２（図３Ｂ）、症例Ｂ３（図３Ｃ）、及び症例Ｂ４（図３Ｄ）という４つの症例シナリオにおいて、条件にわたって、化合物による処理後のタンパク質レベルのｌｏｇ２倍数変化（ＤＭＳＯ（対照）と比べたもの）の相関関係を表すヒートマップである。
【００６６】
【図４】図４Ａ〜４Ｄは、症例Ｂ１（図４Ａ）、症例Ｂ２（図４Ｂ）、症例Ｂ３（図４Ｃ）、及び症例Ｂ４（図４Ｄ）という各症例シナリオにおいて、レナリドマイド及び化合物Ａに暴露した試料（１０μＭ、２４時間）の相対タンパク質存在量（対応するＤＭＳＯ対照に対するもの）のｌｏｇ２比（複製物間で平均化）を示している。
【００６７】
【図５】レナリドマイド（１０μＭ、２４時間）から受ける影響と、化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）から受ける影響が異なるタンパク質を含むヒートマップである。
【００６８】
【図６】図６Ａ〜６Ｃは、症例Ｂ１（図６Ａ）、症例Ｂ２（図６Ｂ）、及び症例Ｂ３（図６Ｃ）という３つの症例シナリオにおいて、１０μＭの化合物Ａに２４時間暴露したときの相対タンパク質存在量（ＤＭＳＯ対照に対するもの）のｌｏｇ２倍数変化を表している。
【００６９】
【図７】症例Ｂ１、Ｂ２及びＢ３において、症例Ｂ４と比べて異なる形で摂動したと特定されたタンパク質を示している。
【００７０】
【図８】図８Ａ〜８Ｄは、症例Ｂ１（図８Ａ）、症例Ｂ２（図８Ｂ）、症例Ｂ３（図８Ｃ）、及び症例Ｂ４（図８Ｄ）という各症例シナリオにおいて、レナリドマイドまたは化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）で処理したときに、タンパク質存在量レベルの上昇と有意に関連付けられた経路の−ｌｏｇ１０（ＦＯＲ  ｑ値）を示している。
【００７１】
【図９】図９Ａ〜９Ｃは、症例Ｂ１（図９Ａ）、症例Ｂ３（図９Ｂ）、及び症例Ｂ４（図９Ｃ）という３つの症例シナリオにおいて、レナリドマイドまたは化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）で処理したときに、タンパク質存在量レベルの低下と有意に関連付けられた経路の−ｌｏｇ１０（ＦＤＲ  ｑ値）を示している。
【００７２】
【図１０】図１０Ａ〜１０Ｂは、ＰＤＥ６Ｄのダウンレギュレーションと成長阻害との相関関係を示している。図１０Ａは、正規化済みの残存ＰＤＥ６Ｄタンパク質レベルに対する正規化済みの細胞成長の散布プロットである。図１０Ｂは、正規化済みの細胞成長と正規化済みの残存ＰＤＥ６Ｄタンパク質レベルとの相関関係の線形回帰を示している。
【発明を実施するための形態】
【００７３】
５．発明を実施するための形態
特定のタンパク質レベルの変化は、レナリドマイドによる治療に応答する場合と、化合物Ａによる治療に応答する場合とで異なるという所見と、レナリドマイドから受ける影響と、化合物Ａから受ける影響が異なるタンパク質群は、患者群によって異なるという所見に、本発明で提供する方法は部分的に基づいている。すなわち、受ける影響が異なるこのようなタンパク質は、患者を特定の患者群に対応付ける目的で、または、特定の患者群に属する患者を選択するためのバイオマーカーとして用いることができる。
【００７４】
化合物Ａによる治療に応答する特定のタンパク質レベルの変化は、患者群によって異なるという所見にも、本発明で提供する方法は部分的に基づいている。したがって、これらのタンパク質を用いて、化合物Ａによる治療に応答する患者を選択することもできる。
【００７５】
５．１  定義
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「治療する」「治療すること」及び「治療」という用語は、患者が所定のがんを罹患している際に行う措置であって、そのがんの重症度を低下させるか、またはそのがんの進行を減速もしくは遅延させる措置を指す。
【００７６】
「感受性」及び「感受性を有する」という用語は、化合物による治療に関して言及するときには、治療する腫瘍または疾患の進行を抑制または低下させるのに、その化合物が有効である程度を指す相対語である。例えば、「感受性の向上」という用語は、化合物と関連して細胞または腫瘍の治療について用いるときには、腫瘍の治療における有効性が少なくとも５％以上向上することを指す。
【００７７】
本明細書で使用する場合、「化合物」及び「治療用化合物」という用語は、同義的に使用し、免疫調節化合物または免疫調節薬を含む。本明細書で使用する場合、「免疫調節化合物」または「免疫調節薬」という用語は概して、何らかの方法で免疫応答を変化させることのできる分子または薬剤を指す。
【００７８】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、化合物の「治療上有効な量」という用語は、がんの治療もしくは管理において治療効果をもたらすか、またはがんの存在と関連する１つ以上の症状を遅延するかもしくは最小限に抑えるのに十分な量である。化合物の治療上有効な量とは、単独か、または他の療法と組み合わせたときの治療剤の量であって、がんの治療または管理において治療効果をもたらす量を意味する。「治療上有効な量」という用語は、全体的な療法を改善させるか、がんの症状もしくは原因を軽減もしくは回避するか、または別の治療剤の治療効果を高める量を含むことができる。この用語は、生体分子（例えば、タンパク質、酵素、ＲＮＡ、もしくはＤＮＡ）、細胞、組織、系、動物、またはヒトの生物学的応答または医学的応答であって、研究者、獣医、医師、または臨床医の求める応答を惹起するのに十分な化合物の量も指す。
【００７９】
「応答性」または「応答する」という用語は、治療に関して用いるときには、治療する疾患、例えばＣＬＬの症状の抑制または低下に対する治療の有効度を指す。例えば、「応答性の向上」という用語は、細胞または対象の治療に関して用いるときには、疾患の症状を抑制または軽減する有効性（当該技術分野において知られているいずれかの方法を用いて測定した場合）の向上を指す。特定の実施形態では、この有効性の向上は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％である。
【００８０】
本明細書で使用する場合、「対象の有効な応答」「患者の有効な応答」または「患者の腫瘍の有効な応答」という用語は、患者に対する治療効果のいずれかの向上を指す。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、腫瘍の進行速度が５％、１０％、２５％、５０％、または１００％低下することであることができる。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、がんの身体的症状が５％、１０％、２５％、５０％、または１００％軽減することであることができる。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、遺伝子の発現、細胞数、アッセイ結果、腫瘍のサイズなどのようないずれかの好適な手段によって測定した場合に、患者の応答が５％、１０％、２５％、５０％、１００％、２００％、またはそれを超えて向上することであることができる。
【００８１】
がんまたはがん関連疾患の改善は、完全奏効または部分奏効として特徴付けることができる。「完全奏効」とは、過去に異常であったいずれかの放射線学的調査結果、骨髄、及び脳脊髄液（ＣＳＦ）または異常な単クローン性タンパク質測定値の正常化とともに、臨床的に検出可能な疾患が存在しないことを指す。「部分奏効」とは、新たな病変が存在しない状態で、すべての測定可能な腫瘍量（すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、または腫瘍塊の大きさの測定値、または異常な単クローン性タンパク質の量）が、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下することを指す。「治療」という用語は、完全奏効と部分奏効の両方を想定している。
【００８２】
「可能性」または「可能性が高い」という用語は概して、ある事象の確率の向上を指す。「可能性」または「可能性が高い」という用語は、患者の腫瘍の応答の有効性に関して用いるときには、概して、腫瘍の進行または腫瘍細胞の成長の速度が低下する確率の向上を想定している。「可能性」または「可能性が高い」という用語は、患者の腫瘍の応答の有効性に関して用いるときには、概して、腫瘍の治療の進行の進展を立証し得る指標（ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現など）の向上も意味することができる。
【００８３】
「予測する」という用語は概して、事前に判断したりまたは見定めたりすることを意味する。例えば、がん治療の有効性を「予測する」際に使用する場合、「予測する」という用語は、治療を開始する前または治療期間が実質的に進む前に、がん治療の転帰の可能性を最初に判断できることを意味することができる。
【００８４】
「モニタリング」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、活性の統制、管理、調節、注視、追跡、または監視を指す。例えば、「化合物の有効性のモニタリング」という用語は、患者または腫瘍細胞培養液におけるがん治療の有効性を追跡することを指す。同様に、「モニタリング」とは、個別または臨床試験のいずれかにおいて、患者コンプライアンスとの関連で用いるときには、患者が実際に、試験薬を処方通りに服用しているか追跡または確認することを指す。モニタリングは、例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質バイオマーカーの発現を追うことによって行うことができる。
【００８５】
「腫瘍」は、本明細書で使用する場合、悪性または良性を問わず、あらゆる腫瘍性細胞の成長及び増殖、あらゆる前がん細胞及び前がん組織ならびにがん細胞及びがん組織を指す。「新生物」は、本明細書で使用する場合、悪性または良性を問わず、組織の異常な成長を引き起こすいずれかの形態の異常調節状態または無秩序の細胞成長を指す。すなわち、「腫瘍性細胞」には、細胞が異常調節状態または無秩序に成長している悪性細胞と良性細胞が含まれる。
【００８６】
「がん」及び「がん性」という用語は、哺乳動物における生理的状態のうち、無秩序な細胞成長によって典型的に特徴付けられる状態を指すかまたは説明するものである。がんの例としては、血液由来の腫瘍（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫及び白血病）と固形腫瘍が挙げられるが、これらに限らない。
【００８７】
「調節する」という用語は、本明細書で使用する場合、分子の活性または生体機能を制御すること（この活性または機能を向上または低下させることなど）を指す。
【００８８】
「難治性または耐性」という用語は、集中的な治療後でも、患者のリンパ系、血液及び／または血液形成組織（例えば骨髄）に残存がん細胞（例えばリンパ腫細胞）がある状況を指す。
【００８９】
本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で同義的に使用する場合、ペプチド結合を介して連結した３個以上のアミノ酸が直列になっているアミノ酸ポリマーを指す。「ポリペプチド」という用語には、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体、オリゴペプチドなどが含まれる。ポリペプチドという用語は、本明細書で使用する場合、ペプチドを指すこともできる。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来であっても、合成したものであってもよい。ポリペプチドは、生体試料から精製できる。ポリペプチド、タンパク質、またはペプチドには、修飾されたポリペプチド、タンパク質、及びペプチド、例えば、糖ポリペプチド、糖タンパク質、もしくは糖ペプチド、またはリポポリペプチド、リポタンパク質、もしくはリポペプチドも含まれる。
【００９０】
「抗体」という用語は、本明細書では、最も広い意味で用いられており、完全にアセンブルされた抗体、抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びその他の断片）、一本鎖抗体、ディアボディ、抗体キメラ、ハイブリッド抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体などを網羅する。「抗体」という用語は、ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体の両方を網羅する。「抗体」及び「免疫グロブリン」または「Ｉｇ」という用語は、本明細書では同義的に使用することがある。
【００９１】
本発明で提供する抗体としては、合成抗体、モノクローナル抗体、組み換え生成抗体、多特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（例えば、単特異性、二重特異性のものなどを含む）、ラクダ化抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ”）断片、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、及び上記のいずれかのエピトープ結合断片が挙げられるが、これらに限らない。具体的には、本発明で提供する抗体としては、本発明で提供するバイオマーカーに免疫特異的に結合する抗原結合部位を含む免疫グロブリン分子と、免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原結合ドメインまたは分子が挙げられる。本発明で提供する抗体は、免疫グロブリン分子のいずれかのタイプのもの（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、いずれかのクラスのもの（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）、またはいずれかのサブクラスのもの（例えば、ＩｇＧ２ａ及びＩｇＧ２ｂ）であることができる。特定の実施形態では、本発明で提供する抗体は、ＩｇＧ抗体、あるいはそのクラス（例えば、ヒトＩｇＧ１もしくはＩｇＧ４）またはサブクラスである。
【００９２】
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、「抗原結合断片」という用語と、類似の用語は、抗原と相互作用して、その結合物質に、抗原に対する特異性と親和性を付与するアミノ酸残基を含む抗体部分を指す（例えばＣＤＲ）。抗原結合領域は、げっ歯動物（例えば、ウサギ、ラットまたはハムスター）及びヒトのようないずれかの動物種に由来することができる。いくつかの実施形態では、抗原結合領域は、ヒト由来のものとなる。
【００９３】
「エピトープ」という用語は、本明細書で使用する場合、抗原の表面上の領域のうち、抗体の１つ以上の抗原結合領域に結合でき、哺乳動物（例えばヒト）などの動物において、抗原活性または免疫原性活性を有し、免疫応答を惹起できる局所領域を指す。免疫原性活性を有するエピトープは、動物において抗体応答を惹起するポリペプチド部分である。抗原活性を有するエピトープは、当該技術分野において周知のいずれかの方法、例えば、本明細書に記載されているイムノアッセイによって割り出されるように、抗体が免疫特異的に結合するポリペプチド部分である。抗原エピトープは必ずしも、免疫原性を持つ必要はない。エピトープは通常、分子の化学的に活性な表面基（アミノ酸または糖側鎖など）からなり、特異的な三次元構造特性と、特異的な荷電特性を有する。エピトープに寄与するポリペプチド領域は、ポリペプチドの連続するアミノ酸であってよく、または、エピトープは、ポリペプチドの２つ以上の非連続領域からまとまったものであってもよい。エピトープは、抗原の三次元表面機構であってもなくてもよい。
【００９４】
「完全ヒト抗体」または「ヒト抗体」という用語は、本明細書では同義的に用いられており、ヒト可変領域、いくつかの実施形態では、ヒト定常領域を含む抗体を指す。具体的な実施形態では、これらの用語は、ヒト由来の可変領域と定常領域を含む抗体を指す。「完全ヒト抗体」という用語には、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．９１−３２４２，１９９１によって説明されているように、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に対応する可変領域と定常領域を有する抗体が含まれる。
【００９５】
「組み換えヒト抗体」という語句には、宿主細胞にトランスフェクションした組み換え発現ベクターを用いて発現させた抗体、組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離した抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックであり、かつ／もしくは染色体が導入されている動物（例えば、マウスもしくはウシ）から単離した抗体（例えば、Ｔａｙｌｏｒ，Ｌ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：６２８７−６２９５を参照されたい）、またはヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のＤＮＡ配列にスプライシングすることを伴ういずれかの他の手段によって調製、発現、作製もしくは単離される抗体のように、組み換え手段によって調製、発現、作製もしくは単離されるヒト抗体が含まれる。このような組み換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域と定常領域を有することができる。Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．９１−３２４２を参照されたい。しかしながら、特定の実施形態では、このような組み換えヒト抗体では、インビトロでの突然変異誘発（または、ヒトＩｇ配列についてトランスジェニックである動物を用いるときには、インビボでの体細胞突然変異誘発）を実施するので、組み換え抗体のＶＨ及びＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系ＶＨ及びＶＬ配列に由来及び関連するが、天然においてインビボでヒト抗体生殖細胞系レパートリーに存在しなくてもよい配列である。
【００９６】
「モノクローナル抗体」という用語は、均質または実質的に均質な抗体の集団から得た抗体を指し、各モノクローナル抗体は典型的には、抗原上の１つのエピトープを認識することになる。いくつかの実施形態では、「モノクローナル抗体」は、本明細書で使用する場合、１つのハイブリドーマ細胞またはその他の細胞によって産生される抗体であり、この抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、または当該技術分野において知られているかもしくは本発明で提供する実施例に示されているその他の抗原結合アッセイもしくは競合結合アッセイによって割り出されるように、エピトープのみに免疫特異的に結合する。「モノクローナル」という用語は、いずれかの特定の抗体作製方法に限定しない。例えば、本発明で提供するモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．；Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されているようなハイブリドーマ方法によって作製しても、例えば、本明細書に記載されているような技法を用いて、ファージライブラリーから単離してもよい。クローナル細胞株及びその細胞株によって発現されるモノクローナル抗体の他の調製方法は、当該技術分野において周知である。例えば、Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，（２００２）５ｔｈ  Ｅｄ．，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋの第１１章を参照されたい。他のモノクローナル抗体を作製する他の例示的な方法は、本明細書の実施例に示されている。
【００９７】
「ポリクローナル抗体」は、本明細書で使用する場合、多数のエピトープを有するタンパク質に対する免疫原性応答の際に産生される抗体集団を指すので、そのタンパク質における同じエピトープ及び異なるエピトープに対する多種多様な抗体を含む。ポリクローナル抗体の作製方法は、当該技術分野において知られている。例えば、Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，（２００２）５ｔｈ  Ｅｄ．，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋの第１１章を参照されたい。
【００９８】
「発現される」または「発現」という用語は、本明細書で使用する場合、遺伝子から転写を行って、遺伝子の２本の核酸鎖のうちの１本の領域と少なくとも部分的に相補的であるリボ核酸分子をもたらすことを指す。「発現される」または「発現」という用語は、本明細書で使用する場合、ＲＮＡ分子から翻訳を行って、タンパク質、ポリペプチドまたはそれらの一部をもたらすことも指す。
【００９９】
「レベル」という用語は、バイオマーカー分子の量、蓄積、または速度を指す。レベルは、例えば、遺伝子によってコードされるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の合成の量もしくは速度、遺伝子によってコードされるポリペプチドもしくはタンパク質の合成の量もしくは速度、または細胞もしくは体液に蓄積される生体分子の合成の量もしくは速度によって表すことができる。「レベル」という用語は、定常状態条件または非定常状態条件で割り出した、試料中の分子の絶対量または分子の相対量を指す。
【０１００】
高レベルで発現されるｍＲＮＡは、例えば、比較用対照のｍＲＮＡレベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％またはそれを超えるレベルで存在できる。低レベルで発現されるｍＲＮＡは、例えば、比較用対照のｍＲＮＡレベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％またはそれを下回るレベルで存在できる。
【０１０１】
同様に、高レベルのポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーは、例えば、比較用対照のタンパク質レベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％またはこれを上回るレベルで存在できる。低レベルで発現されるポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーは、例えば、比較用対照のタンパク質レベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％またはこれを下回るレベルで存在できる。
【０１０２】
「割り出す」、「測定する」、「評価する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」及び「アッセイする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、いずれかの形態の測定を指し、ある要素が存在するか否かを割り出すことを含む。これらの用語には、定量的判定及び／または定性的判定の両方が含まれる。アッセイは、相対的であっても絶対的であってもよい。「存在をアッセイする」ことには、存在する物の量を割り出すことと、ある物が存在するか存在しないかを割り出すことを含めることができる。
【０１０３】
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオチド、例えば、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドで構成されているいずれかの長さのポリマー、または合成により作製される化合物であって、２つの天然の核酸と同様の配列特異的な形で、天然の核酸とハイブリダイズできる化合物、例えば、ワトソン・クリック塩基対相互作用に関与できる化合物を説明する目的で同義的に使用する。本明細書で使用する場合、「複数の塩基」（または「１つの塩基」）という用語は、ポリヌクレオチド配列との関連では、「複数のヌクレオチド」（または「１つのヌクレオチド」）、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン塩基及びピリミジン塩基のみならず、修飾されたその他の複素環型塩基も含む部分を含むように意図されている。このような修飾部としては、メチル化プリンもしくはメチル化ピリミジン、アシル化プリンもしくはアシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたはその他の複素環が挙げられる。加えて、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語には、従来のリボース及びデオキシリボース糖のみならず、他の糖も含む部分が含まれる。修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドは、糖部分の修飾部も含んでよく、例えば、ヒドロキシル基の１つ以上が、ハロゲン原子または脂肪族基に置き換えられているか、またはエーテル、アミンなどとして官能化されている。「類似体」とは、模倣体、誘導体として文献で認識されている構造的特徴を有する分子、類似の構造を有する分子、またはその他の同様の用語を指し、例えば、非天然のヌクレオチドが組み込まれたポリヌクレオチド、ヌクレオチド模倣体（２’−修飾ヌクレオシドなど）、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホネート、及び置換基（保護基または連結部分など）が付加されているいずれかのポリヌクレオチドが含まれる。
【０１０４】
「相補的」という用語は、ポリヌクレオチドの配列に基づく、ポリヌクレオチド間の特異的な結合を指す。本明細書で使用する場合、第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件でのハイブリダイズアッセイにおいて、互いに結合し合う場合、例えば、ハイブリダイズアッセイにおいて、所定のレベルまたは検出可能なレベルのシグナルを生成する場合、相補的である。ポリヌクレオチドの部分は、従来の塩基対合則に従う場合、例えば、ＡはＴ（またはＵ）と対になり、ＧはＣと対になる場合、互いに相補的であるが、ミスマッチ、挿入、または欠失配列の小さい領域（例えば約３塩基未満）が存在し得る。
【０１０５】
「配列同一性」または「同一性」とは、２つの核酸配列に関しては、その２つの配列における残基のうち、所定の比較ウィンドウにわたって最大一致するようにアラインメントして、付加、欠失、及び置換を考慮できるときに同じである残基を指す。
【０１０６】
様々な文法形態の「実質的な同一性」または「相同」という用語は、ポリヌクレオチドに関しては、概して、基準配列に対する同一性が所望の程度、例えば、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、さらに好ましくは少なくとも９０％、さらに好ましくは少なくとも９５％である配列をポリヌクレオチドが含むことを意味する。ヌクレオチド配列が実質的に同一であるかの別の尺度は、２つの分子が、ストリンジェントな条件で互いにハイブリダイズするかどうかである。
【０１０７】
「単離」及び「精製」という用語は、物質（ｍＲＮＡ、抗体またはタンパク質など）が存在する試料の相当部分を、その物質が占めるように、すなわち、天然の状態または未単離の状態で典型的にその物質が存在する割合を上回る形で、その物質を単離することを指す。典型的には、試料の相当部分とは、例えば、試料の１％超、２％超、５％超、１０％超、２０％超、５０％超、またはそれを上回る割合、通常は最大で約９０％〜１００％を占める。例えば、単離したｍＲＮＡの試料は、典型的には少なくとも約１％の全ｍＲＮＡを含む。ポリヌクレオチドを精製する技法は、当該技術分野において周知であり、例えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティーロマトグラフィー、フローソーティング、及び密度による沈降が挙げられる。
【０１０８】
本明細書で使用する場合、「結合した」という用語は、本明細書では、直接または間接的な結合を示す目的で用いる。化学的構造の関連では、「結合した（ｂｏｕｎｄ）」（または「結合した（ｂｏｎｄｅｄ）」）とは、２つの部分を直接連結するか、または（例えば、連結基もしくは分子のいずれかのその他の介在部分を介して）２つの部分を間接的に連結する化学結合が存在することを指してよい。この化学結合は、共有結合、イオン結合、配位錯体、水素結合、ファンデルワールス相互作用、または疎水性スタッキングであっても、複数のタイプの化学結合の特徴を示すものであってもよい。特定のケースでは、「結合した」には、その結合が直接的である実施形態と、その結合が間接的である実施形態も含む。
【０１０９】
「試料」という用語は、本明細書で使用する場合、必ずしもそうではないが、典型的には、目的の成分を１つ以上含む液体形態の物質または物質の混合物に関する。
【０１１０】
「生体試料」は、本明細書で使用する場合、生体組織または体液由来の試料を含め、生体対象から得た試料であって、インビボまたはインサイチュで得たか、到達したか、もしくは採取した試料を指す。生体試料には、生体対象の領域のうち、前がん細胞、前がん組織、がん細胞またはがん組織を含む領域に由来する試料も含まれる。このような試料は、哺乳動物から単離した器官、組織、画分及び細胞であることができるが、これらに限らない。例示的な生体試料としては、細胞溶解液、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、体液、血液試料、尿試料、皮膚試料などが挙げられるが、これらに限らない。好ましい生体試料としては、全血、部分精製血液、ＰＢＭＣ、組織生検体などが挙げられるが、これらに限らない。
【０１１１】
「アナライト」という用語は、本明細書で使用する場合、試料の既知または未知の成分を指す。
【０１１２】
「捕捉物質」という用語は、本明細書で使用する場合、その物質がｍＲＮＡまたはタンパク質と結合して、ｍＲＮＡまたはタンパク質を均質な混合物から濃縮させるのに十分である相互作用により、ｍＲＮＡまたはタンパク質と結合する物質を指す。
【０１１３】
「プローブ」という用語は、本明細書で使用する場合、特異的標的のｍＲＮＡバイオマーカー配列に対する捕捉物質を指す。したがって、プローブセットの各プローブは、それぞれの標的ｍＲＮＡバイオマーカーを有する。プローブ／標的ｍＲＮＡ二本鎖は、プローブをその標的ｍＲＮＡバイオマーカーにハイブリダイズさせることによって形成される構造体である。
【０１１４】
「核酸プローブ」または「オリゴヌクレオチドプローブ」という用語は、１つ以上のタイプの化学結合、通常は相補的な塩基対合、通常は水素結合の形成により、相補的な配列の標的核酸（本発明で提供するｍＲＮＡバイオマーカーなど）に結合できる核酸を指す。本明細書で使用する場合、プローブは、天然の塩基（例えば、Ａ、Ｇ、Ｃ、もしくはＴ）または修飾塩基（７−デアザグアノシン、イノシンなど）を含んでよい。加えて、プローブ内の塩基は、ハイブリダイズに干渉しない限りは、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結してもよい。当業者であれば、プローブは、ハイブリダイズ条件のストリンジェンシーに応じて、そのプローブ配列と完全な相補性を持たない標的配列と結合し得ることが分かるであろう。プローブは、同位体、例えば、発色団、発光団、色原体で直接標識するか、またはストレプトアビジン複合体が後で結合し得るビオチンで間接的に標識するのが好ましい。プローブの有無についてアッセイすることによって、目的の標的ｍＲＮＡバイオマーカーの有無を検出できる。
【０１１５】
「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、そのアッセイにおいて所望のレベルの特異性をもたらすのに十分な相補性を持つ核酸、例えばプローブと標的ｍＲＮＡの結合対を生成させるのに適合する一方で、概して、所望の特異性をもたらすには相補性が不十分な結合メンバー間での結合対の形成には不適合である条件を指す。ストリンジェントなアッセイ条件という用語は概して、ハイブリダイズ条件と洗浄条件を組み合わせたものを指す。
【０１１６】
「標識」または「検出可能な部分」とは、核酸の関連では、核酸と連結したときに、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、または化学的手段によって、その核酸を検出可能にする組成物を指す。例示的な標識としては、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテンなどが挙げられるが、これらに限らない。「標識化核酸またはオリゴヌクレオチドプローブ」は概して、リンカーもしくは化学結合を介した共有結合、またはイオン結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用、もしくは水素結合を介した非共有結合のいずれかによって標識に結合して、核酸またはプローブに結合した標識の存在を検出することによって、核酸またはプローブの存在を検出できるようにするものである。
【０１１７】
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、例えば、Ｍｕｌｌｉｓの米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているように、少量の核酸、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡを増幅する手順を指す。概して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計できるように、目的の領域またはそれを越える領域の末端から得られる配列情報を入手する必要があり、これらのプライマーは、増幅するテンプレートの逆鎖の配列と同一または同様となる。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅物質の末端と一致し得る。ＰＣＲを用いて、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡ由来の特定のＤＮＡ配列、及び全細胞ＲＮＡ、バクテリオファージ配列またはプラスミド配列から転写したｃＤＮＡなどを増幅できる。概して、Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３（１９８７）；Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照されたい。
【０１１８】
「サイクル数」または「ＣＴ」という用語は、本明細書においてＰＣＲ法に関して用いるときには、蛍光レベルが所定の設定閾値レベルを超えるＰＣＲサイクル数を指す。ＣＴ測定値を用いて、例えば、元の試料中のｍＲＮＡのレベルを概算できる。ＣＴ測定値は、「ｄＣＴ」または「ＣＴ差」のスコアの観点で用いる場合が多く、この際には、一方の核酸のＣＴをもう一方の核酸のＣＴから減じる。
【０１１９】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「光学的に純粋な」という用語は、組成物が化合物の１つの光学異性体を含むとともに、その化合物の他の異性体を実質的に含まないことを意味する。例えば、キラル中心を１つ有する化合物の光学的に純粋な組成物は、その化合物の逆のエナンチオマーを実質的に含まないことになる。キラル中心を２つ有する化合物の光学的に純粋な組成物は、その化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まないことになる。光学的に純粋な典型的化合物は、その化合物の一方のエナンチオマーを約８０重量％超、その化合物の他方のエナンチオマーを約２０重量％未満、より好ましくは、その化合物の一方のエナンチオマーを約９０重量％超、その化合物の他方のエナンチオマーを約１０重量％未満、さらに好ましくは、その化合物の一方のエナンチオマーを約９５重量％超、その化合物の他方のエナンチオマーを約５重量％未満、さらに好ましくは、その化合物の一方のエナンチオマーを約９７重量％超、その化合物の他方のエナンチオマーを約３重量％未満、最も好ましくは、その化合物の一方のエナンチオマーを約９９重量％超、その化合物の他方のエナンチオマーを約１重量％未満含む。
【０１２０】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「製薬学的に許容可能な塩」という用語には、その用語によって言及している化合物の無毒の酸付加塩及び塩基付加塩が含まれる。許容可能な無毒の酸付加塩としては、当該技術分野において知られている有機酸、無機酸、有機塩基または無機塩基に由来する塩が挙げられ、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボル酸、エナント酸などが挙げられる。
【０１２１】
天然において酸性である化合物は、様々な製薬学的に許容可能な塩基と塩を形成できる。このような酸性化合物の製薬学的に許容可能な塩基付加塩を調製するのに使用できる塩基は、無毒の塩基付加塩、すなわち、アルカリ金属塩、アルカリ土類金属塩、具体的には、カルシウム塩、マグネシウム塩、ナトリウム塩またはカリウム塩など（これらに限らない）、薬理学的に許容可能なカチオンを含む塩を形成する塩基である。好適な有機塩基としては、Ｎ，Ｎ−ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（Ｎ−メチルグルカミン）、リジン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限らない。
【０１２２】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「溶媒和物」という用語は、本発明で提供する化合物またはその塩であって、非共有結合分子間力によって結合された化学量論的量または非化学量論的量の溶媒をさらに含む化合物またはその塩を意味する。溶媒が水である場合、溶媒和物は、水和物である。
【０１２３】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「立体異性体的に純粋な」という用語は、組成物が化合物の１つの立体異性体を含むとともに、その化合物の他の立体異性体を実質的に含まないことを意味する。例えば、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の逆のエナンチオマーを実質的に含まないことになる。キラル中心を２つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まないことになる。立体異性体的に純粋な典型的な化合物は、その化合物の一方の立体異性体を約８０重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約２０重量％未満、より好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９０重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約１０重量％未満、さらに好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９５重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約５重量％未満、最も好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９７重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約３重量％未満含む。本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、組成物が化合物の一方の立体異性体を約６０重量％超、好ましくは約７０重量％超、より好ましくは、化合物の一方の立体異性体を約８０重量％超含むことを意味する。本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「鏡像異性的に純粋な」という用語は、化合物の立体異性体的に純粋な組成物がキラル中心を１つ有することを意味する。同様に、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、化合物の立体異性体的に濃縮された組成物がキラル中心を１つ有することを意味する。
【０１２４】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「共結晶」という用語は、結晶格子に２つ以上の化合物を含む結晶体を意味する。共結晶には、非イオン性相互作用を介して、結晶格子で結合し合った２つ以上の不揮発性化合物の結晶性の分子錯体が含まれる。本明細書で使用する場合、共結晶には、その結晶性の分子錯体が、治療用化合物と、１つ以上の追加の不揮発性化合物（複数可）（本明細書では、カウンター分子（複数可）という）とを含む医薬品共結晶が含まれる。医薬品共結晶中のカウンター分子は典型的には、例えば、食品添加物、保存剤、医薬品賦形剤、またはその他のＡＰＩのような無毒の製薬学的に許容可能な分子である。いくつかの実施形態では、医薬品共結晶は、医薬活性成分（ＡＰＩ）の化学構造的一体性を損なわずに、薬品の特定の物理化学的特性（例えば、溶解性、溶解速度、バイオアベイラビリティ及び／または安定性）を高める。例えば、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｃｒｙｓｔａｌｓ：Ａｎ  Ｅｍｅｒｇｉｎｇ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｐｈｙｓｉｃａｌ  Ｐｒｏｐｅｒｔｙ  Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ，”ＭＲＳ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ，２００６，３１，８７５−８７９；Ｔｒａｓｋ，“Ａｎ  Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｃｒｙｓｔａｌｓ  ａｓ  Ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ  Ｐｒｏｐｅｒｔｙ，”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ，２００７，４（３），３０１−３０９；Ｓｃｈｕｌｔｈｅｉｓｓ  ＆  Ｎｅｗｍａｎ，“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｃｒｙｓｔａｌｓ  ａｎｄ  Ｔｈｅｉｒ  Ｐｈｙｓｉｃｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，”Ｃｒｙｓｔａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  ＆  Ｄｅｓｉｇｎ，２００９，９（６），２９５０−２９６７；Ｓｈａｎ  ＆  Ｚａｗｏｒｏｔｋｏ，“Ｔｈｅ  Ｒｏｌｅ  ｏｆ  Ｃｏｃｒｙｓｔａｌｓ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，”Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ，２００８，１３（９／１０），４４０−４４６；及びＶｉｓｈｗｅｓｈｗａｒ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏ−Ｃｒｙｓｔａｌｓ，”Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．，２００６，９５（３），４９９−５１６を参照されたい。
【０１２５】
生物学的マーカーまたは「バイオマーカー」は、検出されることで、特定の生体状態（例えば、がんまたは悪性細胞の存在など）を示す物質である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーを個別に割り出すことも、いくつかのバイオマーカーを同時に測定することもできる。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、「バイオマーカー」は、疾患のリスクもしくは進行、または所定の治療に対する疾患の感受性と相関し得るｍＲＮＡ発現レベルの変化を示す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡなどの核酸である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、非コードＲＮＡ、例えば、マイクロＲＮＡ及びｍＲＮＡ様非コードＲＮＡである。
【０１２７】
さらなる実施形態では、「バイオマーカー」は、疾患のリスク、治療に対する感受性、または進行と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質発現レベルの変化を示す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタンパク質、またはその断片であることができる。特定のタンパク質の相対レベルは、当該技術分野において知られている方法によって割り出すことができる。例えば、イムノブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）またはその他の方法のような、抗体ベースの方法を用いることができる。
【０１２８】
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって割り出されるように、特定の値の許容可能な誤差を意味し、この誤差は、部分的には、その値を測定したり、または割り出したりする方法に左右される。特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、標準偏差が１、２、３、または４以内であることを意味する。特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、所定の値または範囲の５０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、または０．０５％以内であることを意味する。
【０１２９】
描写されている構造と、その構造に付された名称との間に相違がある場合には、描写されている構造を優先すべきことに留意されたい。加えて、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線によって示されていない場合には、その構造または構造の一部は、そのすべての立体異性体を含むものとして解釈するものとする。
【０１３０】
本発明で提供する実施形態の実施の際には、別段の定めのない限り、分子生物学、微生物学、及び免疫学の従来の技法を用いることになり、これらの技法は、当業者の技術範囲内である。このような技法は、文献に十分に説明されている。特に好適な参照用テキストの例としては、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｄ  ｅｄ．）、Ｄ．Ｎ  Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．（１９８５）ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ、Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．（１９８４）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  ＳＪ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．（１９８４）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．（１９８４）Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ、Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８６）Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ、Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）、Ｓｃｏｐｅｓ（１９８７）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  （２ｄ  ｅｄ．；Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）及びＤ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ａｎｄ  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．（１９８６）Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＶが挙げられる。
【０１３１】
５．２  バイオマーカーの使用方法
本発明で提供する方法は部分的には、特定のタンパク質レベルの変化は、レナリドマイドによる治療に応答する場合と、化合物Ａによる治療に応答する場合で異なるという知見に基づいている。重要なことに、レナリドマイドから受ける影響と、化合物Ａから受ける影響が異なるタンパク質群は、ＣＬＬ患者群によって異なる。例えば、６．３項で考察されているように、レナリドマイドと化合物Ａの両方に応答するＣＬＬ患者において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから影響を受けるレベルが異なるタンパク質は、表１に列挙されており、レナリドマイドよりも、化合物Ａの方によく応答するＣＬＬ患者において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから影響を受けるレベルが異なるタンパク質は、表２に列挙されており、化合物Ａのみに応答し、レナリドマイドには応答しないＣＬＬ患者において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから影響を受けるレベルが異なるタンパク質は、表３に列挙されており、レナリドマイドにも化合物Ａにも応答しない患者において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから影響を受けるレベルが異なるＣＬＬタンパク質は、表４に列挙されている。このように受ける影響の異なるタンパク質は、患者を特定の患者群に割り当てるのに用いたり、または特定の患者群に属する患者を選択するか、もしくは化合物による治療に対する患者の応答を予測するためのバイオマーカーとして用いたりすることができる。
【０１３２】
したがって、一態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１３３】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１３４】
別の態様では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｅ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１３５】
６．３項で考察されているように、レナリドマイドと化合物Ａの両方に応答する患者（症例Ｂ１）において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから影響を受けるレベルが異なるタンパク質は、表１に列挙されており、そのタンパク質には、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１（アイソフォーム１）、ＩＫＺＦ１（アイソフォーム２）、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＬＬ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＮＸ２０、ＳＯＤ２、ＴＣＦ７、ＴＲＡＦ１、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０が含まれる。
【０１３６】
表１のこれらのタンパク質のうち、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０は、他の患者群（症例）では、受ける影響に違いがないので、化合物Ａによる治療とレナリドマイドによる治療の両方に応答するＣＬＬ患者特有のマーカーであることができる。
【０１３７】
したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、表１に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されている。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、及びＺＢＴＢ１０からなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断する。
【０１３９】
他の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、及びＷＩＺからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、化合物Ａとレナリドマイドに応答する可能性が高いと診断する。
【０１４０】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＺＭＢである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＨＭである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ８である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＬＦ１３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＫＳである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＤＥ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＦＫＢＩＥである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＮＸ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＣＦ７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＷＩＺである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ１０である。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａまたはレナリドマイドを治療上有効な量で投与することを含む。
【０１４２】
下記の６．３項で考察されているように、レナリドマイドよりも化合物Ａの方によく応答するＣＬＬ患者（症例Ｂ２）において、化合物Ａから受ける影響のレベルと、レナリドマイドから受ける影響のレベルが異なるタンパク質は、表２に列挙されており、そのタンパク質には、ＩＫＺＦ１及びＩＫＺＦ３が含まれる。化合物Ａのみに応答し、レナリドマイドには応答しない患者（症例Ｂ３）において、化合物Ａから受ける影響のレベルと、レナリドマイドから受ける影響のレベルが異なるタンパク質は、下記の表３に列挙されており、そのタンパク質には、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＳＧ２０、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＡＳＨ１、ＳＥＬＬ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＯＤ２、及びＴＲＡＦ１が含まれる。症例Ｂ２及びＢ３は、レナリドマイドよりも化合物Ａの方によく応答する患者であるので、受ける影響の異なるタンパク質のうち、症例Ｂ２及びＢ３のみで認められるタンパク質を用いて、化合物Ａに応答する患者を選択でき、これらのタンパク質には、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａが含まれる。
【０１４３】
したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、表２〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４０である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＳである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＳＧ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＳＨ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＭＡ７Ａである。
【０１４６】
他の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３であり、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断する。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、レナリドマイドよりも化合物Ａの方に応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む。
【０１４８】
症例Ｂ４の患者のみが、化合物Ａに応答しないので、化合物Ａによる治療に応答する患者を特定するためのバイオマーカーとして、症例Ｂ１〜Ｂ３において受ける影響の異なるタンパク質（表１〜３に示されているようなもの）を用いることができる。
【０１４９】
したがって、他の実施形態では、バイオマーカーは、表１〜３に定められているバイオマーカーからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＬＬ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＮＸ２０、ＳＯＤ２、ＴＣＦ７、ＴＲＡＦ１、ＷＩＺ、ＺＢＴＢ１０、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａからなる群から選択されている。具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ２Ｌ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＺＭＢである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＨＭである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ８である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＫＬＦ１３である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＫＳである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＤＥ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＦＫＢＩＥである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＴＫ２Ｂである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＳＮ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＬＬである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＡＭＦ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＮＸ２０である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＯＤ２である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＣＦ７である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＲＡＦ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＷＩＺである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ１０である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４０である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲ２である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＳである。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＳＧ２０である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＳＨ１である。さらに別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＭＡ７Ａである。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＯＤ２、及びＴＲＡＦ１からなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＰＴＫ２Ｂである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＳＮ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＡＭＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＯＤ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＲＡＦ１である。
【０１５２】
他の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１及びＳＥＬＬからなる群から選択されており、第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断する。具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＬＬである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することを含む。
【０１５４】
下記の６．３項で考察されているように、ＰＤＥ６Ｄは、レナリドマイドにも化合物Ａにも応答しない患者において、化合物Ａから影響を受けるレベルと、レナリドマイドから受ける影響が異なり、他の症例においては、ＰＤＥ６Ｄは、同じ条件において、影響が異なるタンパク質としては特定されないので、レナリドマイドと化合物Ａの両方に応答しない患者のマーカーとして用いることができる。
【０１５５】
したがって、別の態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高くないＣＬＬの対象の特定方法、またはＣＬＬであるかもしくはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の試料と第２の試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを第１の試料に投与し、レナリドマイドを第２の試料に投与することと、
（ｃ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーのレベルが、第２の試料中のバイオマーカーのレベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高くないと診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１５６】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって割り出し、その対照試料は、化合物Ａまたはレナリドマイドを投与する前に、対象から得るとともに、その対照試料は、第１の試料及び第２の試料と同じ供給源に由来するものである。本発明で提供する様々な方法の他の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、対照試料のバイオマーカーの基準レベルと比較することによって割り出し、その対照試料は、ＣＬＬではない健常な対象から得るとともに、その対照試料は、第１の試料及び第２の試料と同じ供給源に由来するものである。
【０１５７】
さらに別の態様では、本発明で提供する方法は部分的には、特定のタンパク質のレベルが、化合物Ａによる治療に応答したときに、患者群によって異なる変化を見せるという所見に基づく。下記の６．３項で考察されているように、化合物Ａによる治療に応答する患者における場合と、化合物Ａによる治療に応答しない患者における場合とで、化合物Ａから受ける影響が異なるタンパク質として、４１個のタンパク質が特定されており、これらのタンパク質は、表５に列挙されている。これらのタンパク質を用いて、化合物Ａによる治療に応答する患者を選択することもできる。
【０１５８】
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、化合物Ａに応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することとを含む方法である。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の化合物Ａに対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、バイオマーカーが、表５に定められているバイオマーカーからなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することとを含む方法である。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、ＡＰＯＣ３、ＡＰＯＬ２、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＦＣＨＳＤ２、ＧＢＰ２、ＧＢＰ４、ＩＣＡＭ１、ＩＤＩ１、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ５、ＩＲＦ８、ＩＳＧ２０、ＫＹＮＵ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ９、ＮＣＦ２、ＮＣＦ４、ＮＤＥ１、ＮＥＣＡＰ２、ＯＡＳ１、ＰＡＲＰ１４、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＬＥＫ、ＰＮＰ、ＰＰＡ１、ＰＰＰ１Ｒ１８、ＲＥＬＢ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＬＦＮ５、ＳＯＤ２、ＴＡＰＢＰ、ＴＮＩＰ１、ＴＲＡＦ１、ＴＲＩＰ１０、及びＺＦＰ９１からなる群から選択されている。
【０１６２】
具体的な一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＡＰＯＣ３である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＡＰＯＬ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＳである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＦＣＨＳＤ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＧＢＰ４である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＣＡＭ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＤＩ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＨＭである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＬ４Ｉ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ５である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ８である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＩＳＧ２０である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＫＹＮＵである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＬＡＰ３である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＣＦ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＣＦ４である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＤＥ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＮＥＣＡＰ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＯＡＳ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ１４である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＬＥＫである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＮＰである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＡ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１８である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＲＥＬＢである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＳＮ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＭＡ７Ａである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＦＮ５である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＳＯＤ２である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＡＰＢＰである。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＩＰ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＲＡＦ１である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＴＲＩＰ１０である。別の具体的な実施形態では、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。
【０１６３】
下記の６．３項で考察されているように、レナリドマイドがタンパク質レベルに及ぼす作用も解析し、４つの症例間で比較した。例えば、ＧＺＭＢのタンパク質発現レベルは、症例Ｂ１（レナリドマイドによる治療に応答する患者）においては、レナリドマイドに暴露すると向上し、症例Ｂ４（レナリドマイドによる治療に応答しない患者）においては低下したことから、このタンパク質とレナリドマイド耐性機構との関連性が示唆された。したがって、ＧＺＭＢを用いて、患者のレナリドマイドによる治療に対する応答を予測したり、またはレナリドマイドによる治療に応答する患者を選択したりできる。
【０１６４】
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、レナリドマイドに応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）レナリドマイドを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＧＺＭＢである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、レナリドマイドに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、レナリドマイドに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象のレナリドマイドに対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）レナリドマイドを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＧＺＭＢである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、レナリドマイドに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、レナリドマイドに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）レナリドマイドを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＧＺＭＢである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、レナリドマイドに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、レナリドマイドに応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）レナリドマイドに応答する可能性が高いと診断された対象に、レナリドマイドを治療上有効な量で投与することとを含む方法である。
【０１６７】
さらに別の態様では、化合物Ａによる治療に応じて、特定の細胞経路が変化するのは、化合物Ａによる治療に応答する患者との関連性が高いというのが、本願による興味深い所見である。例えば、化合物Ａによる治療に応じて、インターフェロンシグナル伝達経路におけるタンパク質がアップレギュレーションするのは、化合物Ａによる治療に応答する患者と有意に関連する。
【０１６８】
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、化合物Ａに応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、インターフェロンシグナル伝達経路に関与するタンパク質からなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の化合物Ａに対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、インターフェロンシグナル伝達経路に関与するタンパク質からなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、を含む方法である。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料をＣＬＬの対象から得ることと、
（ｂ）化合物Ａを試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、インターフェロンシグナル伝達経路に関与するタンパク質からなる群から選択されている、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、化合物Ａに応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、化合物Ａを治療上有効な量で投与することとを含む方法である。
【０１７１】
一態様では、本発明で提供するのは、治療用化合物に応答する可能性が高いＣＬＬの対象の特定方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１７２】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと特定する。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、化合物Ａである。他の実施形態では、治療用化合物は、レナリドマイドである。
【０１７３】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＣＬＬであるかまたはＣＬＬの疑いのある対象の治療用化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１７４】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断する。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、化合物Ａである。他の実施形態では、治療用化合物は、レナリドマイドである。
【０１７５】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のＣＬＬの治療方法であって、
（ａ）試料を対象から得ることと、
（ｂ）治療用化合物を試料に投与することと、
（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーが、ＰＤＥ６Ｄである、割り出すことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、対照試料中のバイオマーカーの基準レベルと異なる場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することであって、その対照試料が、治療用化合物に応答しない対象から得たものである、診断することと、
（ｅ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療用化合物を治療上有効な量で投与することと、
を含み、この治療用化合物が、化合物Ａまたはレナリドマイドである方法である。
【０１７６】
特定の実施形態では、試料中のバイオマーカーＰＤＥ６Ｄのレベルが、対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合に、対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断し、治療用化合物を投与する。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、化合物Ａである。他の実施形態では、治療用化合物は、レナリドマイドである。
【０１７７】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、本発明で提供する２つ以上のバイオマーカーのレベルを割り出す。
【０１７８】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、対象由来の試料への治療用化合物の投与は、インビトロである。他の実施形態では、対象由来の試料への治療用化合物の投与は、インビボで行う。一実施形態では、試料を化合物と、ある期間にわたって、例えば、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２日、３日、またはそれを超える期間にわたって接触させる。
【０１７９】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、がんは、白血病である。いくつかの実施形態では、がんは、リンパ腫である。他の実施形態では、がんは、ＣＬＬである。他の実施形態では、がんは、再発性、難治性、または従来の療法に対して耐性のものである。他の実施形態では、がんは、再発性または難治性ＣＬＬである。
【０１８０】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、治療用化合物は、免疫調節化合物である。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、レナリドマイドである。他の実施形態では、治療用化合物は、化合物Ａである。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、試料中のタンパク質と、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、
（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、第２の抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、第２の抗体が、バイオマーカータンパク質のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、
（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む方法である。
【０１８２】
他の実施形態では、本発明で提供する方法は、
（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、第２の抗体が、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、
（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む方法である。
【０１８３】
他の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって測定する。さらに別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって測定する。いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を用いて測定する。
【０１８４】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、患者は、過去にがんの治療を受けたことがあるが、標準的な療法には応答しない患者と、過去に治療を受けたことのない患者である。いくつかの疾患または障害は、特定の年齢群における方が多く見られるが、本開示は、患者の年齢にかかわらず、患者を治療する方法も含む。本願は、問題の疾患または状態の治療を試みて、手術を受けた患者と、手術を受けたことのない患者の治療方法をさらに含む。がん患者は、不均質な臨床症状と、様々な臨床転帰を有するので、患者に行う治療は、患者の予後に応じて変化し得る。熟練の臨床医であれば、過度の実験なしに、個々のがん患者を治療する目的で有効に使用できる具体的な二次剤、手術のタイプ、及び非薬物ベースの標準的療法のタイプを容易に判断できる。
【０１８５】
本発明で提供する様々な方法の特定の実施形態では、レナリドマイドまたは化合物Ａを治療上または予防上有効な量で、対象に投与する。レナリドマイドまたは化合物Ａの治療上または予防上有効な量は、１日に約０．００５〜約１，０００ｍｇ、１日に約０．０１〜約５００ｍｇ、１日に約０．０１〜約２５０ｍｇ、１日に約０．０１〜約１００ｍｇ、１日に約０．１〜約１００ｍｇ、１日に約０．５〜約１００ｍｇ、１日に約１〜約１００ｍｇ、１日に約０．０１〜約５０ｍｇ、１日に約０．１〜約５０ｍｇ、１日に約０．５〜約５０ｍｇ、１日に約１〜約５０ｍｇ、１日に約０．０２〜約２５ｍｇ、または１日に約０．０５〜約１０ｍｇである。
【０１８６】
特定の実施形態では、レナリドマイドまたは化合物Ａの治療上または予防上有効な量は、１日に約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．５ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、または約１５０ｍｇである。
【０１８７】
一実施形態では、本明細書に記載されている状態に対するレナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形の推奨する１日当たりの投与量範囲は、１日に約０．５ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲内であり、好ましくは、１日当たりの投与量を１日に１回または１日において分割して投与する。いくつかの実施形態では、投与量は、１日に約１ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲である。他の実施形態では、投与量は、１日に約０．５〜約５ｍｇの範囲である。１日当たりの具体的な投与量としては、１日当たり０．１ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ、１６ｍｇ、１７ｍｇ、１８ｍｇ、１９ｍｇ、２０ｍｇ、２１ｍｇ、２２ｍｇ、２３ｍｇ、２４ｍｇ、２５ｍｇ、２６ｍｇ、２７ｍｇ、２８ｍｇ、２９ｍｇ、３０ｍｇ、３１ｍｇ、３２ｍｇ、３３ｍｇ、３４ｍｇ、３５ｍｇ、３６ｍｇ、３７ｍｇ、３８ｍｇ、３９ｍｇ、４０ｍｇ、４１ｍｇ、４２ｍｇ、４３ｍｇ、４４ｍｇ、４５ｍｇ、４６ｍｇ、４７ｍｇ、４８ｍｇ、４９ｍｇまたは５０ｍｇが挙げられる。
【０１８８】
具体的な一実施形態では、推奨する開始投与量は、１日当たり０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇまたは５０ｍｇであってよい。別の実施形態では、推奨する開始投与量は、１日当たり０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、または５ｍｇであってよい。投与量は、１５ｍｇ／日、２０ｍｇ／日、２５ｍｇ／日、３０ｍｇ／日、３５ｍｇ／日、４０ｍｇ／日、４５ｍｇ／日及び５０ｍｇ／日まで増加させてよい。具体的な一実施形態では、化合物は、約２５ｍｇ／日の量で、白血病、例えばＣＬＬの患者に投与できる。特定的な実施形態では、化合物は、約１０ｍｇ／日の量で、ＣＬＬを含む白血病の患者に投与できる。
【０１８９】
特定の実施形態では、レナリドマイドまたは化合物Ａの治療上または予防上有効な量は、約０．００１〜約１００ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約９ｍｇ／ｋｇ／日、０．０１〜約８ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約７ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約６ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約４ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約３ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２ｍｇ／ｋｇ／日、または約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇ／日である。
【０１９０】
投与量は、ｍｇ／ｋｇ／日以外の単位で表すこともできる。例えば、非経口投与用の用量は、ｍｇ／ｍ２／日で表すことができる。当業者は、対象の身長もしくは体重、または両方のいずれかを与えられれば、投与量をｍｇ／ｋｇ／日からｍｇ／ｍ２／日に変換する方法を容易に分かるであろう（ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｃｄｅｒ／ｃａｎｃｅｒ／ａｎｉｍａｌｆｒａｍｅ．ｈｔｍを参照されたい）。例えば、６５ｋｇのヒトにおける１ｍｇ／ｋｇ／日の用量は、３８ｍｇ／ｍ２／日とおおむね等しい。
【０１９１】
特定の実施形態では、投与する化合物の量は、定常状態における化合物の血漿中濃度を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭ、または約１〜約２０μＭの範囲にするのに十分な量である。
【０１９２】
他の実施形態では、投与する化合物の量は、定常状態における化合物の血漿中濃度を約５〜約１００ｎＭ、約５〜約５０ｎＭ、約１０〜約１００ｎＭ、約１０〜約５０ｎＭまたは約５０〜約１００ｎＭの範囲にするのに十分な量である。
【０１９３】
本明細書で使用する場合、「定常状態における血漿中濃度」という用語は、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を投与してからある期間後に到達する濃度である。定常状態に達すると、化合物の血漿中濃度の時間依存性曲線に、マイナーピークとトラフが現れる。
【０１９４】
特定の実施形態では、投与する化合物の量は、化合物の最高血漿中濃度（ピーク濃度）を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭ、または約１〜約２０μＭの範囲にするのに十分な量である。
【０１９５】
特定の実施形態では、投与する化合物の量は、化合物の最低血漿中濃度（トラフ濃度）を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０１〜約２５μＭ、約０．０１〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭ、または約０．０１〜約２０μＭの範囲にするのに十分な量である。
【０１９６】
特定の実施形態では、投与する化合物の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を約１００〜約１００，０００ｎｇ・時間／ｍＬ、約１，０００〜約５０，０００ｎｇ・時間／ｍＬ、約５，０００〜約２５，０００ｎｇ・時間／ｍＬ、または約５，０００〜約１０，０００ｎｇ・時間／ｍＬにするのに十分な量である。
【０１９７】
治療する疾患の病期と対象の状態に応じて、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形は、経口投与経路、非経口投与経路（例えば、筋内、腹腔内、静脈内、ＣＩＶ、槽内注射、槽内注入、皮下注射、もしくはインプラント）、吸入投与経路、経鼻投与経路、膣内投与経路、直腸投与経路、舌下投与経路または局部投与経路（例えば、経皮もしくは局所）によって投与してよい。本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形は、単独で、または好適な投与単位で、製薬学的に許容可能な賦形剤、担体、アジュバント及びビヒクルと組み合わせて、各投与経路に適するように調合してよい。
【０１９８】
一実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を経口投与する。別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を非経口投与する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を静脈内投与する。
【０１９９】
本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形は、例えば、１回のボーラス注射、または口腔用錠剤もしくは口腔用丸剤のような１回用量として、または、例えば、経時的な持続注入もしくは経時的な分割ボーラス投与のように経時的に送達できる。この化合物は、必要な場合、例えば、患者の疾患が安定するかもしくは退縮するまで、または患者の病状が進行するか許容不能な毒性度になるまで、繰り返し投与することができる。例えば、固形腫瘍における疾患の安定とは概して、測定可能な病変の垂直直径が、最後の測定時から２５％以上長くなっていないことを意味する。Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ）Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ９２（３）：２０５−２１６（２０００）。疾患が安定しているかまたはしていないかは、患者の症状の評価、身体診察、Ｘ線、ＣＡＴ、ＰＥＴ、またはＭＲＩスキャンを用いて画像化した腫瘍可視化及びその他の広く認められている評価様式など、当該技術分野において知られている方法によって判断する。
【０２００】
本明細書で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日に１回（ＱＤ）投与するか、または１日当たり複数回の投与（１日に２回（ＢＩＤ）、１日に３回（ＴＩＤ）、及び１日に４回（ＱＩＤ）など）に分割することができる。加えて、投与は、連続的（すなわち、連日または毎日）であることも、間欠的、例えば周期的である（すなわち、数日、数週間、または数カ月の休薬を含む）こともできる。本明細書で使用する場合、「毎日」という用語は、レナリドマイドのような治療用化合物を毎日１回以上、例えば、ある期間にわたって投与することを意味するように意図されている。「連続的」という用語は、レナリドマイドまたは化合物Ａのような治療用化合物を毎日、少なくとも１０日〜５２週間途切れずに投与することを意味するように意図されている。「間欠」または「間欠的に」という用語は、本明細書で使用する場合、一定間隔または不等間隔のいずれかで停止と開始を行うことを意味するように意図されている。例えば、本発明で提供する化合物、例えばレナリドマイドまたは化合物Ａの間欠投与は、１週間に１〜６日投与すること、周期的に投与すること（例えば、２〜８週間連続して毎日投与してから、最長１週間休薬すること）または隔日で投与することである。「周期」という用語は、本明細書で使用する場合、レナリドマイドのような治療用化合物を毎日または連続的に、ただし休薬期間を設けて投与することを意味するように意図されている。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、投与頻度は、１日に１回ほどの投与頻度から１カ月に１回ほどの投与頻度の範囲である。特定の実施形態では、投与は、１日に１回、１日に２回、１日に３回、１日に４回、１日おきに１回、１週間に２回、１週間に１回、２週間おきに１回、３週間おきに１回、または４週間おきに１回である。一実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日に１回投与する。別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日に２回投与する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日に３回投与する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日に４回投与する。
【０２０２】
特定の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１日〜６カ月、１週間〜３カ月、１週間〜４週間、１週間〜３週間、または１週間〜２週間、１日に１回投与する。特定の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を１週間、２週間、３週間、または４週間、１日に１回投与する。一実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を１週間、１日に１回投与する。別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を２週間、１日に１回投与する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を３週間、１日に１回投与する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイド、化合物Ａ、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形を４週間、１日に１回投与する。
【０２０３】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、本発明で提供するの方法は、別の第２の活性剤を治療上有効な量で投与すること、またはサポートケア療法を行うことをさらに含む。第２の活性剤は、大分子（例えばタンパク質）または小分子（例えば、合成無機分子、有機金属分子、もしくは有機分子）であることができる。いくつかの実施形態では、この他の第２の活性剤は、がん抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤、抗生剤、ＣＯＸ−２インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、またはその薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、第２の活性剤は、本発明で提供する化合物、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形の投与に付随する有害作用を緩和できる小分子である。しかしながら、いくつかの大分子のように、多くは、本発明で提供する化合物、またはそれらのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形とともに、（例えば、その投与前、その投与後または同時に）投与すると、相乗効果をもたらすことができると考えられている。小分子の第２の活性剤の例としては、抗がん剤、抗生剤、免疫抑制剤、及びステロイドが挙げられるが、これらに限らない。
【０２０５】
５．３  バイオマーカーの検出及び定量化方法
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、本発明で提供する、生体試料由来のバイオマーカーのタンパク質レベルの検出及び定量化方法であって、試料中のタンパク質と、そのバイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させる方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、第２の抗体が、バイオマーカータンパク質のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む。他の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すこととをさらに含む。
【０２０６】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、本発明の方法は、二重染色免疫組織化学法を用いて、１つ以上のバイオマーカーのレベルを割り出すことを含む。二重染色免疫組織化学アッセイでは、本発明で提供する第１のバイオマーカーを標的とする第１の標識化抗体と、第２のバイオマーカーを標的とする第２の標識化抗体を用いて、本発明で提供する第１のバイオマーカーと第２のバイオマーカーを同時に検出する。
【０２０７】
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）試料中のタンパク質と、本発明で提供する第１のバイオマーカーに免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることであって、第１の抗体が、第１の検出可能な標識と結合している、接触させることと、（ｉｉ）試料中のタンパク質と、第２のバイオマーカーに免疫特異的に結合する第２の抗体とを接触させることであって、第２の抗体が、第２の検出可能な標識と結合している、接触させることと、（ｉｉｉ）タンパク質に結合した第１の抗体と第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｖ）第１の抗体及び第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、本発明で提供する２つのバイオマーカーのレベルを割り出し、その２つのバイオマーカーのレベルの比を割り出すこととを含む。
【０２０８】
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、本発明で提供する、生体試料由来のバイオマーカーのＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）レベルの検出及び定量化方法であって、（ａ）ＲＮＡを試料から得ることと、（ｂ）そのＲＮＡと、そのＲＮＡにおける配列に特異的に結合する配列を含むプライマーとを接触させて、前記ＲＮＡと相補的である配列を有する第１のＤＮＡ分子を生成することと、（ｃ）バイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するＤＮＡを増幅することと、（ｄ）増幅したＤＮＡの量に基づき、バイオマーカーのＲＮＡレベルを割り出すことと、を含む方法である。
【０２０９】
本発明で提供する様々な方法の特定の実施形態では、その工程のうちの２つ以上を順次に行う。本発明で提供する方法の他の実施形態では、その工程の２つ以上を平行して（例えば同時に）行う。
【０２１０】
バイオマーカーのタンパク質レベルの検出及び定量化方法に関して、本発明で提供する例示的なアッセイは、イムノアッセイ（ウェスタンブロット解析など）、及び酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）（例えばサンドイッチＥＬＩＳＡ）である。本発明で提供するバイオマーカーまたはそれらを組み合わせたもののＲＮＡレベルの検出及び定量化方法に関して、本発明で提供する例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、例えば定量ＰＣＲ、すなわちｑＰＣＲである。
【０２１１】
５．３．１  試料中のｍＲＮＡレベルの検出方法
ｍＲＮＡレベルの検出または定量方法のいくつかは、当該技術分野において知られており、本発明で提供する方法のうち、バイオマーカーのレベルの測定方法で用いるのに適する。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、及びＰＣＲベースの方法が挙げられるが、これらに限らない。バイオマーカーがｍＲＮＡ分子であるときには、ｍＲＮＡ配列またはその断片を用いて、少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製できる。続いて、いずれかの好適なアッセイ（ＰＣＲベースの方法、ノーザンブロッティング、またはディップスティックアッセイなど）を使用して、試料中のｍＲＮＡ配列を検出するのに、そのプローブを用いることができる。
【０２１２】
このアッセイ方法は、所望のｍＲＮＡ情報のタイプに応じて変化し得る。例示的な方法としては、ノーザンブロット及びＰＣＲベースの方法（例えばｑＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限らない。ｑＲＴ−ＰＣＲのような方法は、試料中のｍＲＮＡの量を正確に定量することもできる。
【０２１３】
いずれかの好適なアッセイプラットフォームを用いて、試料中のｍＲＮＡの存在を割り出すことができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレート、または光ファイバーの形態であってよい。アッセイシステムは、ｍＲＮＡに対応する核酸が結合している固体支持体を有してよい。この固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、毛細管、フィルム、プレート、またはスライドを含んでよい。アッセイ成分は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして、併せて調製及びパッケージ化できる。
【０２１４】
所望の場合、核酸を標識して、標識化ｍＲＮＡの集団を作製できる。概して、試料は、当該技術分野において周知である方法を用いて（例えば、ＤＮＡリガーゼ、ターミナルトランスフェラーゼを用いるか、またはＲＮＡ骨格を標識することによってなど。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  １９９５及びＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．を参照されたい）標識できる。特定の実施形態では、試料は、蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素、ローダミン色素、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６−カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥまたはＪ）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡまたはＴ）、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸまたはＲ）、５−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６）及びローダミン１１０、シアニン色素、例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５及びＣｙ７色素、Ａｌｅｘａ色素、例えば、Ａｋｅｘａ−ｆｌｕｏｒ−５５５、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素、例えば、Ｈｏｅｃｈｓｔ３３２５８、フェナントリジン色素、例えば、Ｔｅｘａｓ  ｒｅｄ、エチジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポルフィリン色素、ポリメチン色素、ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、Ｒ１１０、エオシン、ＪＯＥ、Ｒ６Ｇ、テトラメチルローダミン、リサミン、ＲＯＸ、及びナフトフルオレセインが挙げられるが、これらに限らない。
【０２１５】
この核酸は、固体支持体上の特定のアドレス可能な位置に存在してよく、それぞれ、バイオマーカーのｍＲＮＡ配列の少なくとも一部に対応する。
【０２１６】
特定の実施形態では、ｍＲＮＡアッセイは、１）１つ以上のバイオマーカーに対する表面結合プローブを得る工程と、２）特異的な結合をもたらすのに十分な条件で、ｍＲＮＡの集団と、その表面結合プローブとをハイブリダイズさせる工程と、（３）ハイブリダイズ工程における未結合の核酸を除去する工程と、（４）ハイブリダイズしたｍＲＮＡを検出する工程とを含む。
【０２１７】
ハイブリダイズは、好適なハイブリダイズ条件で行うことができ、この条件は、所望に応じて、ストリンジェンシーの点で異なり得る。典型的な条件は、相補的な結合部材間、すなわち、表面結合プローブと試料中の相補的なｍＲＮＡとの間で、固体表面上に、プローブ／標的複合体を生成させるのに十分な条件である。
【０２１８】
特定の実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイズ条件を用いる。標準的なハイブリダイズ技法（例えば、試料中の標的ｍＲＮＡのプローブへの特異的な結合をもたらすのに十分な条件下）は、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５８：８１８−８２１（１９９２）及びＷＯ９３／１８１８６に記載されており、このそれぞれの開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される。一般的技法のいくつかの指針は、例えば、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ  （Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ  １９９３）で入手可能である。インサイチュハイブリダイズに適する技法の説明については、Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２１：４７０−４８０（１９８１）及びＡｎｇｅｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（Ｓｅｔｌｏｗ  ａｎｄ  Ｈｏｌｌａｅｎｄｅｒ，Ｅｄｓ．）Ｖｏｌ  ７，ｐａｇｅｓ４３−６５（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８５）を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリダイズ時間、及び洗浄条件のストリンジェンシーを含む適切な条件の選択は、試料の供給源、捕捉物質の同一性、予測される相補性の程度などを含む実験設計に左右され、当業者にとっては、日常的な実験の要素として定めることができる。
【０２１９】
ｍＲＮＡハイブリダイズ手順の後、表面結合ポリヌクレオチドを洗浄して、未結合の核酸を除去する。洗浄は、いずれかの利便的な洗浄プロトコールを用いて行ってよい。特定の実施形態では、洗浄条件は、ストリンジェントである。続いて、標準的な技法を用いて、標的ｍＲＮＡのプローブへのハイブリダイズを検出する。
【０２２０】
特定の実施形態では、ＰＣＲベースの方法を用いて、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出す。ＰＣＲアッセイの例は、米国特許第６，９２７，０２４号に見ることができ、その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される。ＲＴ−ＰＣＲ法の例は、米国特許第７，１２２，７９９号に見ることができ、その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される。インサイチュの蛍光ＰＣＲ法の例は、米国特許第７，１８６，５０７号に見ることができ、その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される。具体的な一実施形態では、Ｇ６ＰＤレベルを内部標準として使用して、Ｒｏｃｈｅ  Ｌｉｇｈｔ  Ｃｙｃｌｅｒ４８０とＵＰＬ−ＲＴ−ＰＣＲシステムを用いて、ｍＲＮＡレベルを定量する。
【０２２１】
特定の実施形態では、ｍＲＮＡの検出と定量化の両方に、定量リアルタイム逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を使用する（Ｂｕｓｔｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．，２００５，１０９，３６５−３７９）。ｑＲＴ−ＰＣＲによって得られた定量結果は概して、定性的データよりも情報に富む。ｑＲＴ−ＰＣＲベースの方法の例は、米国特許第７，１０１，６６３号に見ることができ、その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
【０２２２】
通常の逆転写酵素ＰＣＲとアガロースゲルによる解析とは対照的に、リアルタイムＰＣＲからは、定量結果が得られる。リアルタイムＰＣＲのさらなる利点は、比較的容易なことと、使用しやすいことである。リアルタイムＰＣＲ用の機器は、市販されている（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００など）。リアルタイムＰＣＲ用の試薬も市販されている（ＴａｑＭａｎ配列検出物質など）。
【０２２３】
特定のアンプリコンの蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値と交差するサイクル数（ＣＴという）を割り出すために、例えば、比較ＣＴ相対定量計算方法を用いた７５００  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｖ１．３というソフトウェアを用いて、データを解析できる。この方法を用いて、出力を発現レベルの倍数変化として表す。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ソフトウェアが自動的に割り出すように選択できる。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ベースラインを上回るが、増幅曲線の指数増加領域内に入るように十分に低くなるように設定する。
【０２２４】
当業者に知られている技法を用いて、ＲＮＡ転写物（複数可）の量を測定してよい。いくつかの実施形態では、ディープシーケンシング（ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＲＮＡＳｅｑ、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、ＩＯＮ  ＴＯＲＲＥＮＴ（商標）ＲＮＡ次世代シーケンシング、４５４（商標）パイロシーケンシング、またはＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｏｌｉｇｏ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬＩＤ（商標））など）を用いて、１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量を測定する。他の実施形態では、マイクロアレイ及び／または遺伝子チップを用いて、複数のＲＮＡ転写物の量を割り出す。特定の実施形態では、１個、２個、３個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量をＲＴ−ＰＣＲによって割り出す。他の実施形態では、１個、２個、３個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量をＲＴ−ｑＰＣＲによって割り出す。これらのアッセイを行う技法は、当業者に知られている。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、用いたアッセイから得たデータに対して、統計解析またはその他の解析を行って、ＲＮＡ転写物またはタンパク質を測定する。特定の具体的な実施形態では、示差的に発現するこれらのＲＮＡ転写物またはタンパク質のｐ値は、０．１、０．５、０．４、０．３、０．２、０．０１、０．０５、０．００１、０．００５、または０．０００１である。具体的な実施形態では、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％またはそれを下回る偽発見率（ＦＤＲ）を選択する。
【０２２６】
５．３．２  ポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーの検出方法
バイオマーカーが、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドであるときには、いくつかのタンパク質検出方法及び定量方法を用いて、バイオマーカーのレベルを測定できる。本発明で提供する方法では、いずれかの好適なタンパク質定量方法を用いることができる。特定の実施形態では、抗体ベースの方法を使用する。使用できる例示的な方法としては、イムノブロッティング（ウェスタンブロット）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学法、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ、及び質量分析法が挙げられるが、これらに限らない。特定の実施形態では、バイオマーカータンパク質は、質量分析法を用いて検出する。直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ、及びサンドイッチＥＬＩＳＡを含むいくつかのタイプのＥＬＩＳＡが広く用いられている。
【０２２７】
５．４  対象及び試料
特定の実施形態では、本発明で提供する様々な方法では、対象または個体（例えば患者）由来の試料（例えば生体試料）を用いる。この対象は、がん（例えばＣＬＬ）の患者のような患者であることができる。対象は、哺乳動物、例えば、ヒトであることができる。対象は、男性または女性であることができ、成人、小児または乳児であることができる。試料は、がん（例えばＣＬＬ）が活動期中のとき、またはがん（例えばＣＬＬ）が活動していないときに、解析できる。特定の実施形態では、対象由来の２つ以上の試料を得ることができる。
【０２２８】
特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象の体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液（例えば、末梢全血、末梢血）、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、クーパー液、射精前液、乳び、び汁、膣液、間質液、リンパ、月経、母乳、粘液、胸膜液、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣潤滑液、嘔吐物、水、糞便、体内液（脳と脊髄を取り囲む脳脊髄液、骨関節を取り囲む滑液、細胞内の流体である細胞内液、及び硝子体液（眼球内の流体）を含む）が挙げられる。いくつかの実施形態では、試料は、血液試料である。血液試料は、例えば、Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ，ｅｄｉｔｏｒｓ，ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０）に記載されているような従来の技法を用いて得ることができる。白血球は、従来の技法または市販のキット、例えばＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐというキット（カナダ、バンクーバーのＳｔｅｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、血液試料から分離できる。従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）（カリフォルニア州オーバーンのＭｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）（カリフォルニア州サンノゼのＢｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて、白血球、例えば単核球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球またはリンパ球の亜集団をさらに単離できる。
【０２２９】
一実施形態では、血液試料は、約０．１ｍＬ〜約１０．０ｍＬ、約０．２ｍＬ〜約７ｍＬ、約０．３ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．４ｍＬ〜約３．５ｍＬ、または約０．５ｍＬ〜約３ｍＬである。別の実施形態では、血液試料は、約０．３ｍＬ、０．４ｍＬ、０．５ｍＬ、０．６ｍＬ、０．７ｍＬ、０．８ｍＬ、０．９ｍＬ、１．０ｍＬ、１．５ｍＬ、２．０ｍＬ、２．５ｍＬ、３．０ｍＬ、３．５ｍＬ、４．０ｍＬ、４．５ｍＬ、５．０ｍＬ、６．０ｍＬ、７．０ｍＬ、８．０ｍＬ、９．０ｍＬまたは１０．０ｍＬである。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、本発明の方法で用いる試料は、生検体（例えば腫瘍生検体）を含む。生検体は、いずれかの器官または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、大腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、体毛、脾臓、脳、乳房、またはその他の器官に由来することができる。対象から試料を単離するには、当業者に知られているいずれかの生検技法、例えば、オープン生検、クローズ生検、コア生検、切開生検、切除生検、または細針吸引生検を用いることができる。
【０２３１】
一実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受ける前に、対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受けている間に、対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受けた後に、対象から採取する。様々な実施形態では、治療は、化合物（例えば、下記に示されている化合物）を対象に投与することを含む。
【０２３２】
５．５  化合物
いくつかの実施形態では、治療用化合物は、免疫調節化合物である。一実施形態では、治療用化合物は、Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの免疫調節化合物を含む。
【０２３３】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「免疫調節化合物」という用語には、ＬＰＳ誘導性の単球ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１２、ＩＬ−６、ＭＩＰ−１α、ＭＣＰ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、及びＣＯＸ−２の産生を阻害する特定の有機小分子が含まれる。具体的な免疫調節化合物は、本明細書に示されている。
【０２３４】
ＴＮＦ−αは、急性炎症の際に、マクロファージと単球によって産生される炎症性サイトカインである。ＴＮＦ−αは、細胞内の広範なシグナル伝達イベントを担っている。特定の理論に拘束されるものではないが、本発明で提供する免疫調節化合物が及ぼす生体作用の１つは、骨髄系細胞によるＴＮＦ−αの産生を低下させることである。特定の実施形態では、本発明で提供する免疫調節化合物は、ＴＮＦ−α  ｍＲＮＡの分解を促進する。
【０２３５】
本発明で提供する様々な免疫調節化合物は、１つ以上のキラル中心を含み、エナンチオマーの混合物（例えばラセミ混合物）またはジアステレオマーの混合物として存在できる。本発明で提供する方法は、このような化合物の立体異性体的に純粋な形態と、これらの形態の混合物を用いることを含む。例えば、本発明で提供する方法では、特定の免疫調節化合物のエナンチオマーを等量または不等量含む混合物を用いてよい。これらの異性体は、キラルカラムまたはキラル分割剤のような標準的な技法を用いて、不斉合成または分割してよい。Ｊａｃｑｕｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒｓ，Ｒａｃｅｍａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８１）、Ｗｉｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３３：２７２５（１９７７）、Ｅｌｉｅｌ，Ｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｃａｒｂｏｎ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ（ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，ＮＹ，１９６２）及びＷｉｌｅｎ，Ｔａｂｌｅｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ  Ａｇｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｏｐｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｐ．２６８（Ｅｌｉｅｌ，Ｅｄ．，Ｕｎｉｖ．ｏｆ  Ｎｏｔｒｅ  Ｄａｍｅ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｏｔｒｅ  Ｄａｍｅ，ＩＮ，１９７２）を参照されたい。
【０２３６】
特定の実施形態では、免疫調節化合物は、下記の式Ｉの構造を有する。
【化１】
2018523823.tif 000003
式中、Ｘ及びＹの一方は、Ｃ＝Ｏであり、Ｘ及びＹのもう一方は、Ｃ＝ＯまたはＣＨ２であり、Ｒ２は、水素または低級アルキルであり、一実施形態ではメチルである。
【０２３７】
特定の実施形態では、免疫調節化合物は、
【化２】
2018523823.tif 000004
１−オキソ−２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−４−アミノイソインドリン（レナリドマイド）、またはその光学的に純粋な異性体である。これらの免疫調節化合物は、標準的な合成方法によって得ることができる。米国特許第５，６３５，５１７号（その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）を参照されたい。免疫調節化合物は、ニュージャージー州ウォレンのＣｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎからも入手できる。
【０２３８】
特定の実施形態では、治療化合物は、下記の式ＩＩの構造を有する化合物、
【化３】
2018523823.tif 000005
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、もしくは立体異性体であり、上記の式中、
Ｒ１は、
水素、
ハロ、
−（ＣＨ２）ｎＯＨ、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルコキシ、または
−（ＣＨ２）ｎＮＨＲａであり、このＲａは、
水素、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、
−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員のアリール）、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員のアリール）または−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（５〜１０員のヘテロアリール）（そのアリールまたはヘテロアリールが、任意に応じて、ハロ、−ＳＣＦ３、任意に応じてそれ自体が１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、もしくは任意に応じてそれ自体が１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上によって置換されている）、
−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１〜８アルキル（そのアルキルが、任意に応じて１つ以上のハロによって置換されている）、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（Ｃ３−Ｃ１０−シクロアルキル）、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲｂＲｃ（そのＲｂ及びＲｃがそれぞれ独立して、
水素、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルコキシ、または
任意に応じて、ハロ、任意に応じてそれ自体が１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、もしくは任意に応じてそれ自体が１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上によって置換された６〜１０員のアリールである）、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル、あるいは
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員のアリール）であり、
Ｒ２は、水素、−（ＣＨ２）ｎＯＨ、フェニル、−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル、または任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ３は、水素、または任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０２３９】
特定の実施形態では、治療用化合物は、下記の式ＩＩＩの化合物、
【化４】
2018523823.tif 000006
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、もしくは立体異性体であり、上記の式中、
Ｒｄは、水素、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキル、
−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１〜８アルキル（そのアルキルが、任意に応じて１つ以上のハロによって置換されている）、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｃ３〜１０シクロアルキル、
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲｅＲｆ（Ｒｅ及びＲｆがそれぞれ独立して、
水素、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキルもしくは、
任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルコキシである）、または
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−Ｃ１〜６アルキルであり、
Ｒ７は、水素、−（ＣＨ２）ｎＯＨ、フェニル、−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル、または任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ８は、水素、または任意に応じて１つ以上のハロによって置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０２４０】
特定の実施形態では、治療用化合物は、
【化５】
2018523823.tif 000007
３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、もしくはその立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、もしくは結晶多形である。
【０２４１】
本明細書に記載されている化合物のいずれも、市販購入するか、または本明細書に開示されている特許もしくは特許公開に記載されている方法に従って調製することができる。さらに、光学的に純粋な化合物は、既知の分割剤またはキラルカラム、及びその他の標準的な合成有機化学の技法を用いて、不斉合成または分割することができる。
【０２４２】
本発明で提供する化合物は、分子量が約１，０００ｇ／モル未満の有機小分子であってよいとともに、タンパク質、ペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴ糖またはその他の巨大分子ではない。
【０２４３】
描写されている構造と、その構造に付された名称との間に相違がある場合には、描写されている構造を優先すべきことに留意されたい。加えて、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線によって示されていない場合には、その構造または構造の一部は、そのすべての立体異性体を含むものとして解釈するものとする。
【０２４４】
５．６  医薬組成物
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、本発明で提供する化合物、例えば、レナリドマイドまたは化合物Ａを含む医薬組成物である。本発明で提供する医薬組成物は、治療上有効な量の本発明で提供する化合物の１つ以上、製薬学的に許容可能な担体、希釈剤または賦形剤を含む。
【０２４５】
この化合物は、口腔投与用の液剤、懸濁剤、錠剤、分散性錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、徐放製剤もしくはエリキシル剤、または点眼投与もしくは非経口投与用の滅菌溶液もしくは懸濁剤、ならびに経皮パッチ調製剤及び乾燥粉末吸入具のような好適な医薬調製剤に調合できる。典型的には、上記の化合物は、当該技術分野において周知の技法及び手順を用いて、医薬組成物に調合する（例えば、Ａｎｓｅｌ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  １９９９を参照されたい）。
【０２４６】
この組成物では、１つ以上の化合物または製薬学的に許容可能な塩を有効な濃度で、好適な製剤用担体またはビヒクルと混合する。特定の実施形態では、組成物中の化合物の濃度は、投与時に、固形腫瘍及び血液由来腫瘍を含むがんの症状及び／または進行の１つ以上を治療、予防、または改善する量を送達するのに有効な濃度である。
【０２４７】
典型的には、これらの組成物は、単一用量投与用に調合する。組成物を調合するには、治療する状態を軽減または改善するように、有効な濃度で、化合物の重量分率を選択されたビヒクルに溶解、懸濁、分散、またはさもなければ混合する。本発明で提供する化合物の投与に適する製剤用担体またはビヒクルとしては、特定の投与方法に適することが当業者に知られているいずれかの担体が挙げられる。
【０２４８】
加えて、これらの化合物は、組成物における唯一の製薬学的活性成分として調合しても、他の活性成分と組み合わせてもよい。腫瘍標的化リポソームのような組織標的化リポソームを含むリポソーム懸濁剤は、製薬学的に許容可能な担体として適することもある。これらは、当業者に知られている方法に従って調製してよい。例えば、リポソーム製剤は、当該技術分野において知られているように調製してよい。簡潔に述べると、多重膜ベシクル（ＭＬＶ）のようなリポソームは、フラスコの中で卵ホスファチジルコリンと脳ホスファチジルセリン（モル比７：３）を乾燥することによって形成してよい。本発明で提供する化合物を、二価のカチオンが欠損したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に溶解させた溶液を加え、脂質膜が分散するまで、フラスコを振盪する。得られたベシクルを洗浄して、封入されていない化合物を除去し、遠心分離によってペレット化してから、ＰＢＳに再懸濁する。
【０２４９】
活性化合物は、望ましくない副作用を、治療する患者に対して引き起こすことなく、治療上有用な作用を及ぼすのに十分な量で、製薬学的に許容可能な担体に含まれている。本明細書に記載されているインビトロ及びインビボシステムで化合物を試験することによって、治療上有効な濃度を実験から割り出し、続いて、その結果から、ヒトに対する投与量について推定してよい。
【０２５０】
医薬組成物中の活性化合物の濃度は、活性化合物の吸収、組織分布、不活性化及び排泄率、化合物の物理化学的特徴、投与スケジュール、投与量、ならびに当業者に知られているその他の要因に左右されることになる。例えば、送達量は、固形腫瘍及び血液由来腫瘍を含むがんの症状の１つ以上を改善するのに十分な量である。
【０２５１】
特定の実施形態では、治療上有効な投与量は、活性成分の血清中濃度を約０．１ｎｇ／ｍｌ〜約５０〜１００μｇ／ｍｌにする必要がある。一実施形態では、医薬組成物によって、化合物を１日当たり体重１キログラムにつき約０．００１ｍｇ〜約２０００ｍｇ投与する。医薬投与単位形態は、必須活性成分または必須成分を組み合わせたものを、投与単位形態当たり約１ｍｇ〜約１０００ｍｇ、特定の実施形態では、約１０〜約５００ｍｇ供給するように調製する。
【０２５２】
活性成分は、一度に投与しても、より少量に分けて複数回、時間的に間隔を置いて投与してもよい。正確な用量と治療期間は、治療する疾患の相関的要素であり、既知の試験プロトコールを用いるか、またはインビボもしくはインビトロでの試験データから推定することによって実験から割り出してよいことが分かる。濃度及び用量の値も、緩和対象の状態の重症度によって変化し得ることに留意されたい。いずれかの特定の対象のために、個々のニーズと、その組成物を投与するかまたは組成物の投与を指導する人の専門的判断に従って、具体的な投与レジメンを時間の経過とともに調節しなければならないことと、本明細書に定められている濃度範囲が、例示的なものに過ぎず、特許請求する組成物の範囲または実施を限定するようには意図されていないことがさらに分かる。
【０２５３】
したがって、全身投与、局部投与または局所投与用に、本明細書に記載されている化合物またはその製薬学的に許容可能な塩の１つ以上を有効な濃度または量で、好適な製剤用担体またはビヒクルと混合して、医薬組成物を形成する。化合物は、１つ以上の症状を改善するか、または治療、進行の減速、もしくは予防を行うのに有効な量で含める。組成物中の活性化合物の濃度は、活性化合物の吸収、組織分布、不活性化、排泄率、投与スケジュール、投与量、特定の製剤及び当業者に知られているその他の要因に左右されることになる。
【０２５４】
本発明の組成物は、好適な経路によって投与するように意図されており、その経路としては、経口経路、非経口経路、直腸経路、局部経路及び局所経路が挙げられるが、これらに限らない。口腔投与用には、カプセル剤と錠剤を調合できる。本発明の組成物は、液体、半液体または固体の形態であり、各投与経路に適する様式で調合する。
【０２５５】
非経口用途、皮内用途、皮下用途、または局部用途で用いる液剤または懸濁剤は、以下の成分：滅菌希釈剤（注射用の水、塩類溶液、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、ジメチルアセトアミドまたはその他の合成溶媒など）、抗菌剤（ベンジルアルコール及びメチルパラベンなど）、抗酸化剤（アスコルビン酸及び亜硫酸水素ナトリウムなど）、キレート剤（エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）など）、緩衝液（アセテート、シトレート及びホスフェートなど）、ならびに等張性調節剤（塩化ナトリウムまたはデキストロースなど）のいずれかを含むことができる。非経口調製剤は、アンプル、ペン、ディスポーザブルシリンジ、またはガラス、プラスチックもしくはその他の好適な材料で作られた単回投与型もしくは複数回投与型バイアルに入れることができる。
【０２５６】
化合物の溶解性が不十分な場合には、化合物を可溶化する方法を用いてよい。このような方法は、当業者に知られており、共溶媒（ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）など）の使用、界面活性剤（ＴＷＥＥＮ（登録商標）など）の使用、または重炭酸ナトリウム水溶液への溶解が挙げられるが、これらに限らない。
【０２５７】
化合物（複数可）を混合または添加した後、得られた混合物は、溶液、懸濁剤、乳剤などであってよい。得られた混合物の形態は、意図されている投与方法、及び選択された担体またはビヒクルへの化合物の溶解性を含む多くの要因に依存する。有効な濃度は、治療する疾患、障害または状態の症状を改善するのに十分な濃度であり、実験から割り出してよい。
【０２５８】
ヒト及び動物に投与するために、本発明の化合物またはその製薬学的に許容可能な塩を好適な量含む錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒剤、滅菌非経口用液剤または懸濁剤、経口液剤または懸濁剤、及び油水乳剤のような単位投与形態で、医薬組成物を提供する。製薬学的に治療上活性な化合物とその塩は、単位投与形態または複数回投与形態で調合及び投与する。単位用量形態は、本明細書で使用する場合、ヒト及び動物の対象に適するとともに、当該技術分野において知られているように、個別に包装されている物理的に別個の単位を指す。各単位用量は、必要な製剤用担体、ビヒクルまたは希釈剤と連携して、所望の治療効果をもたらすのに十分な所定量の治療上活性な化合物を含む。単位用量形態の例としては、アンプル及びシリンジ、ならびに個別包装された錠剤またはカプセル剤が挙げられる。単位用量形態は、分割してまたは複数回で投与してもよい。複数回投与形態は、分割した単位用量形態で投与するように、同一の単位用量形態が複数、１つの容器に包装されたものである。複数回投与形態の例としては、錠剤もしくはカプセル剤のバイアル、ボトル、または数パイントもしくは数ガロンのボトルが挙げられる。すなわち、複数回投与形態は、包装の際に分割していない複数回分の単位用量である。
【０２５９】
徐放調製剤も調製することができる。徐放調製剤の好適な例としては、本発明で提供する化合物を含む、固体の疎水性ポリマーの半透性マトリックスであって、成形品、例えば、フィルム、またはマイクロカプセルの形態であるマトリックスが挙げられる。徐放マトリックスの例としては、イオントフォレシスパッチ、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド、Ｌ−グルタミン酸とエチル−Ｌ−グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン−ビニルアセテート、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーとロイプロリドアセテートで構成されている注射用マイクロスフィア）のような分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン−ビニルアセテート及び乳酸−グリコール酸のようなポリマーは、１００日超にわたり、分子を放出させる一方で、特定のヒドロゲルは、これよりも短い期間、タンパク質を放出させる。カプセル化された化合物は、長期間体内に留まると、３７℃で水分にさらされることにより、変性または凝集することがあり、その結果、生物学的活性が喪失し、その構造が変化する可能性がある。関与する作用の機構に応じて、安定化させるための合理的な方策を考案できる。例えば、凝集機構が、チオ−ジスルフィド交換による分子間Ｓ−Ｓ結合の形成であることが分かったら、スルフヒドリル残基を改変し、酸性溶液から凍結乾燥し、水分量を制御し、適切な添加剤を使用し、特定のポリマーマトリックス組成物を作製することによって、安定化を行ってよい。
【０２６０】
０．００５％〜１００％の範囲で活性成分を含むとともに、残部が無毒性担体で構成されている投与形態または組成物を調製してよい。口腔投与では、通常用いられている賦形剤（例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、マグネシウムステアレート、タルカム、セルロース誘導体、ナトリウムクロスカルメロース、グルコース、スクロース、マグネシウムカーボネートまたはナトリウムサッカリンなど）のいずれかを組み込むことによって、製薬学的に許容可能な無毒性組成物を形成する。このような組成物には、液剤、懸濁剤、錠剤、カプセル剤、散剤及び徐放製剤が含まれ、インプラント及びマイクロカプセル化送達システム、ならびに生分解性生体適合性ポリマー（コラーゲン、エチレンビニルアセテート、ポリアンハイドライド、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸など）などが挙げられるがこれらに限らない。これらの組成物の調製方法は、当業者に知られている。想定される組成物は、活性成分を約０．００１％〜１００％、特定の実施形態では、約０．１％〜８５％または約７５％〜９５％含んでよい。
【０２６１】
活性化合物または製薬学的に許容可能な塩は、持続放出製剤またはコーティングのように、体内から急速に排泄されないように化合物を保護する担体とともに調製してよい。
【０２６２】
本発明の組成物は、所望の組み合わせの特性を得るために、他の活性化合物を含んでもよい。本発明で提供する化合物、または本明細書に記載されているようなその製薬学的に許容可能な塩は、有益なことに、治療または予防目的で、上で言及した疾患または医学的状態（酸化ストレスに関連する疾患など）の１つ以上を治療するのに有用であることが一般的技術分野において知られている別の薬理剤と併せて投与してもよい。このような併用療法は、本発明で提供する組成物及び治療方法のさらなる態様を構成することを理解されたい。
【０２６３】
本明細書で提供する、ラクトースを含まない組成物は、当該技術分野において周知であるとともに、例えば、Ｕ．Ｓ．Ｐｈａｒｍｏｃｏｐｉａ（ＵＳＰ）ＳＰ（ＸＸＩ）／ＮＦ（ＸＶＩ）に列挙されている賦形剤を含むことができる。概して、ラクトースを含まない組成物は、活性成分、結合剤／充填剤、及び潤沢剤を、製薬学的に適合性及び製薬学的に許容可能な量で含む。ラクトースを含まない例示的な投与形態は、活性成分と、微結晶性セルロースと、アルファ化デンプンと、マグネシウムステアレートと、を含む。
【０２６４】
さらに含まれるのは、本発明で提供する化合物を含む無水の医薬組成物と投与形態である。例えば、水を（例えば５％）加えることは、製薬分野において、製剤の経時的な貯蔵寿命または安定性のような特徴を割り出すために、長期保存をシミュレートする手段として広く認められている。例えば、Ｊｅｎｓ  Ｔ．Ｃａｒｓｔｅｎｓｅｎ，Ｄｒｕｇ  Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ＆Ｐｒａｃｔｉｃｅ，２ｄ．Ｅｄ．，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，ＮＹ，１９９５，ｐｐ．３７９−８０を参照されたい。実際、水と熱は、いくつかの化合物の分解を加速させる。すなわち、水が製剤に及ぼす作用は、非常に重大であり得るが、これは、製剤の製造、取扱い、包装、保存、出荷及び使用の際には、水分及び／または湿気に広く曝されるからである。
【０２６５】
本発明で提供する無水の医薬組成物及び投与形態は、無水または低水分の成分と低水分または低湿気条件を用いて調製できる。製造、包装、及び／または保存中に、水分及び／または湿気との実質的な接触が予測される場合、ラクトースと、第１または第２アミンを含む少なくとも１つの活性成分とを含む医薬組成物及び投与形態は、無水である。
【０２６６】
無水の医薬組成物は、その無水の性質を保つように調製及び保存する必要がある。したがって、無水の組成物は、好適な処方キットに含めることができるように、水への暴露を防ぐことが知られている材料を用いて包装する。好適な包装の例としては、封止箔、プラスチック、単位用量容器（例えばバイアル）、ブリスターパック及びストリップパックが挙げられるが、これらに限らない。
【０２６７】
５．６．１  口腔投与形態
経口用医薬投与形態は、固体、ゲルまたは液体のいずれかである。固体投与形態は、錠剤、カプセル剤、顆粒剤及び原末である。口腔錠剤のタイプとしては、腸溶性コーティング、糖衣またはフィルムコーティングが施されていてよい圧縮ロゼンジ剤、チュアブルロゼンジ剤、圧縮錠、及びチュアブル錠が挙げられる。カプセル剤は、硬カプセル剤または軟カプセル剤であってよい一方で、顆粒剤と散剤は、当業者に知られている他の成分と組み合わせて、非発泡性または発泡性形態で供給してよい。
【０２６８】
特定の実施形態では、製剤は、カプセル剤または錠剤のような固体投与形態である。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ錠などは、結合剤、希釈剤、崩壊剤、潤沢剤、流動化剤、甘味剤、及び矯味矯臭剤の成分のいずれか、または同様の性質の化合物を含むことができる。
【０２６９】
結合剤の例としては、微結晶性セルロース、トラガカントガム、ブドウ糖液、アラビアゴム糊、ゼラチン溶液、スクロース及びデンプン糊が挙げられる。潤沢剤としては、タルク、デンプン、マグネシウムステアレート、カルシウムステアレート、石松子及びステアリン酸が挙げられる。希釈剤としては、例えば、ラクトース、スクロース、デンプン、カオリン、塩、マンニトール及びジカルシウムホスフェートが挙げられる。流動化剤としては、コロイド状二酸化ケイ素が挙げられるが、これらに限らない。崩壊剤としては、クロスカルメロースナトリウム、ナトリウムデンプングリコレート、アルギン酸、コーンスターチ、バレイショデンプン、ベントナイト、メチルセルロース、寒天及びカルボキシメチルセルロースが挙げられる。着色剤としては、例えば、認可認定済みの水溶性ＦＤ色素及びＣ色素、これらの混合物、ならびにアルミナ水和物に懸濁した水不溶性ＦＤ色素及びＣ色素のいずれかが挙げられる。甘味剤としては、スクロース、ラクトース、マンニトール及びサッカリンのような人工甘味剤、ならびに任意の数の噴霧乾燥フレーバーが挙げられる。矯味矯臭剤としては、果実のような植物から抽出した天然フレーバー、及び心地よい感覚を産む化合物の合成ブレンド（これらに限らないが、ペパーミント及びメチルサリシレートなど）が挙げられる。湿潤剤としては、プロピレングリコールモノステアレート、ソルビタンモノオレエート、ジエチレングリコールモノラウレート及びポリオキシエチレンラウラルエーテルが挙げられる。催吐コーティングとしては、脂肪酸、脂肪、ワックス、セラック、アンモニア処理セラック及びセルロースアセテートフタレートが挙げられる。フィルムコーティングとしては、ヒドロキシエチルセルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール４０００及びセルロースアセテートフタレートが挙げられる。
【０２７０】
口腔投与が望ましい場合、胃の酸性環境から化合物を保護する組成物中に、化合物を供給できる。例えば、この組成物は、胃の中でその組成物の完全性を保つとともに、腸の中で活性化合物を放出する腸溶性コーティング内に調合できる。この組成物は、制酸剤または他の類似の成分と組み合わせて調合してもよい。
【０２７１】
単位用量形態がカプセル剤であるときには、上記のタイプの物質に加えて、脂肪油のような液体担体を含むことができる。加えて、単位用量形態は、投与単位の物理的形態を改変する様々な他の物質、例えば、糖及びその他の腸溶性剤のコーティングを含むことができる。化合物は、エリキシル剤、懸濁剤、シロップ剤、ウエハー、スプリンクル、チューインガムなどの成分として投与することもできる。シロップ剤は、活性化合物に加えて、甘味剤としてのスクロース、ならびに特定の保存剤、色素、着色剤及びフレーバーを含んでよい。
【０２７２】
活性物質は、制酸剤、Ｈ２ブロッカー、及び利尿剤のように、所望の作用を損なわない他の活性物質、または所望の作用を補う物質と混合することもできる。活性成分は、本明細書に記載されているような化合物またはその製薬学的に許容可能な塩である。最高で約９８重量％の高い濃度の活性成分を含めてよい。
【０２７３】
錠剤に含まれる製薬学的に許容可能な担体は、結合剤、潤沢剤、希釈剤、崩壊剤、着色剤、矯味矯臭剤、及び湿潤剤である。腸溶性コーティング錠は、腸溶性コーティングにより、胃酸の作用に耐えるとともに、中性またはアルカリ性の腸内で溶解または崩壊する。糖衣錠は、製薬学的に許容可能な物質の異なる層が施されている圧縮錠である。フィルムコート錠は、ポリマーまたはその他の好適なコーディングで覆われた圧縮錠である。多重圧縮錠は、製薬学的に許容可能な上記物質を用いて、２回以上の圧縮サイクルによって作製する圧縮錠である。上記の投与形態においては、着色剤も用いてよい。圧縮錠、糖衣錠、多重圧縮錠及びチュアブル錠では、矯味矯臭剤と甘味剤を使用する。矯味矯臭剤と甘味剤は、チュアブル錠及びロゼンジ剤の形成に特に有用である。
【０２７４】
液体の口腔投与形態としては、水性液剤、乳剤、懸濁剤、非発泡性顆粒剤から再構成した液剤及び／または懸濁剤、ならびに発泡性顆粒剤から再構成した発泡性調製剤が挙げられる。水性液剤としては、例えば、エリキシル剤とシロップ剤が挙げられる。乳剤は、水中油型または油中水型のいずれかである。
【０２７５】
エリキシル剤は、透明で甘味のある含水アルコール調製剤である。エリキシル剤で用いる製薬学的に許容可能な担体としては、溶媒が挙げられる。シロップ剤は、糖、例えばスクロースの濃縮水溶液であり、保存剤を含んでよい。乳剤は、一方の液体が、小球体の形態で、もう一方の液体の全体に分散している２相系である。乳剤で用いる製薬学的に許容可能な担体は、非水性液体、乳化剤及び保存剤である。懸濁剤では、製薬学的に許容可能な懸濁化剤と保存剤を使用する。液体の口腔投与形態に再構成する非発泡性顆粒剤で用いる製薬学的に許容可能な物質としては、希釈剤、甘味剤及び湿潤剤が挙げられる。液体の口腔投与形態に再構成する発泡性顆粒剤で用いる製薬学的に許容可能な物質としては、有機酸と二酸化炭素源が挙げられる。着色剤と矯味矯臭剤は、上記の投与形態のすべてで使用する。
【０２７６】
溶媒としては、グリセリン、ソルビトール、エチルアルコール及びシロップが挙げられる。保存剤の例としては、グリセリン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸、ナトリウムベンゾエート及びアルコールが挙げられる。乳剤で用いる非水性液体の例としては、鉱油及び綿実油が挙げられる。乳化剤の例としては、ゼラチン、アカシア、トラガカント、ベントナイト及び界面活性剤（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートなど）が挙げられる。懸濁化剤としては、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ペクチン、トラガカント、Ｖｅｅｇｕｍ及びアカシアが挙げられる。希釈剤としては、ラクトース及びスクロースが挙げられる。甘味剤としては、スクロース、シロップ剤、グリセリン及び人工甘味剤（サッカリンなど）が挙げられる。湿潤剤としては、プロピレングリコールモノステアレート、ソルビタンモノオレエート、ジエチレングリコールモノラウレート及びポリオキシエチレンラウリルエーテルが挙げられる。有機酸としては、クエン酸及び酒石酸が挙げられる。二酸化炭素源としては、ナトリウムバイカーボネート及びナトリウムカーボネートが挙げられる。着色剤としては、認可認定済み水溶性ＦＤ色素及びＣ色素のいずれか、ならびにこれらの混合物が挙げられる。矯味矯臭剤としては、果実のような植物から抽出した天然フレーバーと、心地よい味覚をもたらす化合物の合成ブレンドが挙げられる。
【０２７７】
固体の投与形態では、例えば、プロピレンカーボネート、植物油またはトリグリセリド中の液剤または懸濁剤をゼラチンカプセル内に封入する。このような液剤、ならびにその調製及びカプセル化は、米国特許第４，３２８，２４５号、同第４，４０９，２３９号、及び同第４，４１０，５４５号に開示されている。液体の投与形態では、投与の際に測定しやすいように、液剤、例えばポリエチレングリコール中の液剤を、十分な量の製薬学的に許容可能な液体担体、例えば水で希釈してよい。
【０２７８】
あるいは、液体または半固体の経口製剤は、活性化合物または塩を植物油、グリコール、トリグリセリド、プロピレングリコールエステル（例えばプロピレンカーボネート）及びその他の類似の担体に溶解または分散させ、それらの液剤または懸濁剤を硬カプセルシェルまたは軟カプセルシェルに封入することによって調製してよい。他の有用な製剤としては、本発明で提供する化合物と、ジアルキル化モノまたはポリアルキレングリコール（１，２−ジメトキシメタン、ジグリム、トリグリム、テトラグリム、ポリエチレングリコール−３５０−ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール−５５０−ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール−７５０−ジメチルエーテルが挙げられるがこれらに限らず、上記の３５０、５５０及び７５０とは、ポリエチレングリコールのおおよその平均分子量を指す）と、１つ以上の抗酸化剤（ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、プロピルガレート、ビタミンＥ、ヒドロキノン、ヒドロキシクマリン、エタノールアミン、レシチン、セファリン、アスコルビン酸、リンゴ酸、ソルビトール、リン酸、チオジプロピオン酸及びそのエステル、ならびにジチオカルバメートなど）とを含む製剤が挙げられるが、これらに限らない。
【０２７９】
その他の製剤としては、製薬学的に許容可能なアセタールを含むアルコール水溶液が挙げられるが、これらに限らない。これらの製剤で用いるアルコールは、１つ以上のヒドロキシル基を有するいずれかの製薬学的に許容可能な水混和性溶媒であり、プロピレングリコール及びエタノールが挙げられるが、これらに限らない。アセタールとしては、低級アルキルアルデヒドのジ（低級アルキル）アセタール（アセトアルデヒドジエチルアセタールなど）が挙げられるが、これらに限らない。
【０２８０】
すべての実施形態において、錠剤とカプセル剤の製剤は、活性成分の溶解性を改変または持続させる目的で、当業者に知られているように、コーティングしてよい。したがって、例えば、これらの製剤は、従来の腸溶性消化性コーティング（フェニルサリシレート、ワックス及びセルロースアセテートフタレートなど）で覆ってよい。
【０２８１】
５．６．２  注射用の液剤及び乳剤
本発明では、皮下注射、筋内注射または静脈内注射のいずれかの注射によって概して特徴付けられる非経口投与も想定されている。注射剤は、従来の形態で、液体溶液剤もしくは液体懸濁剤、注射前に液体中の溶液もしくは懸濁液にするのに適する固体形態、または乳剤のいずれかとして調製できる。好適な賦形剤は、例えば、水、塩類溶液、デキストロース、グリセロールまたはエタノールである。加えて、望ましい場合、投与する医薬組成物は、無毒性の補助物質（湿潤剤もしくは乳化剤、ｐＨ緩衝液、安定剤、溶解促進剤、ならびにその他の作用剤、例えば、ナトリウムアセテート、ソルビタンモノラウレート、トリエタノールアミンオレエート及びシクロデキストリンなど）も少量含んでよい。一定レベルの投与量を保つように、持続放出または徐放システムを埋入することも、本発明で想定されている。簡潔に述べると、本発明で提供する化合物は、体液に不溶である外側のポリマー膜、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン／プロピレンコポリマー、エチレン／エチルアクリレートコポリマー、エチレン／ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリビニルクロライド、ビニルアセテート、ビニリデンクロライド、エチレン及びプロピレンとのビニルクロライドコポリマー、アイオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴムエピクロロヒドリンゴム、エチレン／ビニルアルコールコポリマー、エチレン／ビニルアセテート／ビニルアルコールターポリマー、ならびにエチレン／ビニルオキシエタノールコポリマーによって囲まれている固体の内部マトリックス、例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化ポリビニルクロライドもしくは非可塑化ポリビニルクロライド、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン−ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー（アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのヒドロゲルなど）、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール、ならびに架橋部分加水分解ポリビニルアセテートに分散させる。化合物は、放出速度の制御段階において、外側のポリマー膜を介して拡散する。このような非経口組成物に含まれる活性化合物の割合は、その具体的性質と、化合物の活性と、対象のニーズに大きく左右される。
【０２８２】
組成物の非経口投与としては、静脈内投与、皮下投与及び筋内投与が挙げられる。非経口投与用の調製剤としては、すぐに注射できる滅菌液剤、滅菌乾燥可溶性品（使用の直前に溶媒と組み合わせるようになっている凍結乾燥散剤（皮下用錠剤を含む））、すぐに注射できる滅菌懸濁剤、使用の直前にビヒクルと組み合わせるようになっている滅菌乾燥不溶性品及び滅菌乳剤が挙げられる。液剤は、水性であっても、非水性であってもよい。
【０２８３】
静脈内投与する場合には、好適な担体としては、生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）と、グルコース、ポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールなどの増粘剤及び可溶化剤を含む溶液と、これらの混合物が挙げられる。
【０２８４】
非経口調製剤で用いる製薬学的に許容可能な担体としては、水性ビヒクル、非水性ビヒクル、抗菌剤、等張化剤、緩衝液、抗酸化剤、局所麻酔剤、懸濁化剤及び分散剤、乳化剤、金属イオン封鎖剤またはキレート剤、ならびにその他の製薬学的に許容可能な物質が挙げられる。
【０２８５】
水性ビヒクルの例としては、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、等張デキストロース注射液、滅菌水注射液、デキストロース及び乳酸リンゲル注射液が挙げられる。非水性の非経口ビヒクルとしては、植物由来の固定油、綿実油、コーン油、ゴマ油及びラッカセイ油が挙げられる。複数回投与用容器に入れる非経口調製剤には、フェノールまたはクレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、メチル及びプロピルｐヒドロキシ安息香酸エステル、チメロサール、ベンザルコニウムクロライド及びベンゼトニウムクロライドを含む抗菌剤を静菌または静真菌濃度で加える必要がある。等張化剤としては、塩化ナトリウムとデキストロースが挙げられる。緩衝液としては、ホスフェートとシトレートが挙げられる。抗酸化剤としては、ナトリウムバイサルフェートが挙げられる。局所麻酔剤としては、プロカインヒドロクロライドが挙げられる。懸濁化剤及び分散剤としては、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリビニルピロリドンが挙げられる。乳化剤としては、ポリソルベート８０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０）が挙げられる。金属イオン封鎖剤または金属イオンキレート剤としては、ＥＤＴＡが挙げられる。製剤用担体としては、水混和性ビヒクル用のエチルアルコール、ポリエチレングリコール及びプロピレングリコール、ならびにｐＨ調節用の水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸または乳酸も挙げられる。
【０２８６】
製薬学的に活性な化合物の濃度は、注射液を有効な量与えて、所望の薬理作用をもたらすように調節する。正確な用量は、当該技術分野において知られているように、患者または動物の年齢、体重及び状態に左右される。
【０２８７】
単位用量の非経口用調製剤は、アンプル、バイアルまたは注射針付きシリンジに入れる。非経口投与用の調製剤はいずれも、当該技術分野において知られているとともに実施されているように、無菌でなければならない。
【０２８８】
例示的には、活性化合物を含む滅菌水溶液の静脈内注入または動脈内注入が、有効な投与方法である。別の実施形態は、活性物質を含む滅菌の水性または油性液剤または懸濁剤であって、必要に応じて注射して、所望の薬理作用をもたらす油性液剤または懸濁剤である。
【０２８９】
注射液は、局所投与または全身投与用に設計する。典型的には、治療上有効な投与量は、治療組織（複数可）に対する活性化合物を少なくとも約０．１％ｗ／ｗ〜最大約９０％ｗ／ｗまたはそれ以上の濃度、例えば１％ｗ／ｗ超含むように調合する。活性成分は、一度に投与しても、より少量に分けて複数回、時間的に間隔を置いて投与してもよい。正確な投与量と治療期間は、治療する組織の相関的要素であり、既知の試験プロトコールを用いるか、またはインビボもしくはインビトロでの試験データから推定することによって、実験から割り出してよいことが分かる。濃度及び投与量の値は、治療する個体の年齢によっても変化し得ることに留意されたい。いずれかの特定の対象のために、個々のニーズと、その組成物を投与するかまたは組成物の投与を指導する人の専門的判断に従って、具体的な投与レジメンを時間の経過とともに調節しなければならないことと、本明細書に定められている濃度範囲が、例示的なものに過ぎず、特許請求する製剤の範囲または実施を限定するようには意図されていないことをさらに理解されたい。
【０２９０】
可溶性を高めた製品を作製したり、またはプロドラッグを作製したりするために、本発明の化合物は、微粒化形態またはその他の好適な形態で懸濁しても、誘導体化してもよい。得られた混合物の形態は、意図されている投与方法、及び選択された担体またはビヒクルへの化合物の溶解性を含む多くの要因に依存する。有効な濃度は、状態の症状を改善するのに十分な濃度であり、実験から割り出してよい。
【０２９１】
５．６．３  凍結乾燥散剤
本発明では、投与の際に溶液、乳剤及びその他の混合物として再構成できる凍結乾燥散剤にも関する。凍結乾燥散剤は、固体またはゲルとして再構成及び調合してもよい。
【０２９２】
滅菌凍結乾燥粉末は、本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩を好適な溶媒に溶解することによって調製する。溶媒は、この粉末またはこの粉末から調製した再構成溶液の安定性またはその他の薬理成分を高める賦形剤を含んでよい。用いてよい賦形剤としては、デキストロース、ソルビタール、フルクトース、コーンシロップ、キシリトール、グリセリン、グルコース、スクロースまたはその他の好適な作用剤が挙げられるが、これらに限らない。溶媒は、緩衝液（シトレート、ナトリウムもしくはカリウムホスフェート）、または当業者に知られているその他の類似の緩衝剤、一実施形態では、おおよそ中性のｐＨの緩衝剤も含んでよい。続いて、その溶液を滅菌ろ過してから、当業者に知られている標準的な条件で凍結乾燥を行って、所望の製剤をもたらす。概して、得られる溶液は、凍結乾燥のために、バイアルに分けて入れる。各バイアルには、単一投与量（１０〜１０００ｍｇもしくは１００〜５００ｍｇが挙げられるが、これらに限らない）、または複数回投与量の化合物を入れることになる。凍結乾燥粉末は、約４℃〜室温などの適切な条件で保存できる。
【０２９３】
注射の際には、この凍結乾燥粉末を水で再構成して、非経口投与で使用する製剤をもたらす。再構成では、滅菌水またはその他の好適な担体１ｍＬ当たりに、約１〜５０ｍｇ、約５〜３５ｍｇ、または約９〜３０ｍｇの凍結乾燥粉末を加える。正確な量は、選択した化合物に左右される。このような量は、実験から割り出すことができる。
【０２９４】
５．６．４  局部投与
局部用混合物は、記載されているように、局所投与及び全身投与用に調製する。得られる混合物は、液剤、懸濁剤、乳剤などであってよく、クリーム、ゲル剤、軟膏剤、乳剤、液剤、エリキシル剤、ローション剤、懸濁剤、チンキ剤、パスタ剤、発泡剤、エアゾール剤、灌注剤、噴霧剤、座剤、絆創膏剤、皮膚パッチまたは局部投与に適するいずれかの他の製剤として調合する。
【０２９５】
本発明の化合物またはその製薬学的に許容可能な塩は、吸入などによる局部適用用のエアゾール剤として調合してよい（例えば、炎症性疾患、特にぜんそくの治療に有用なステロイドの送達用のエアゾール剤について説明している米国特許第４，０４４，１２６号、同第４，４１４，２０９号、及び同第４，３６４，９２３号を参照されたい）。気道に投与するためのこれらの製剤は、ネブライザー用のエアゾール剤もしくは液剤の形態であることも、または、単独で、もしくはラクトースのような不活性担体と組み合わせて、通気用の超微粒子とすることもできる。このようなケースでは、製剤の粒径は、５０マイクロメートル未満または１０マイクロメートル未満となる。
【０２９６】
本発明の化合物は、局所または局部塗布（皮膚及び眼内などの粘膜への局部塗布など）用に、ゲル剤、クリーム、及びローション剤として、また、眼内適用、または槽内適用もしくは髄腔内適用用に調合してよい。局部投与は、経皮送達用と、眼もしくは粘膜への投与、または吸入療法用としても想定されている。活性化合物単独であるか、または他の製薬学的に許容可能な賦形剤と組み合わせた点鼻液も投与することができる。
【０２９７】
これらの液剤、特に、点眼用途が意図されている液剤は、ｐＨが約５〜７の０．０１％〜１０％等張液として、適切な塩とともに調合してよい。
【０２９８】
５．６．５  他の投与経路用の組成物
本発明では、局部塗布、経皮パッチ、及び直腸投与のような他の投与経路も想定されている。
【０２９９】
例えば、直腸投与用の医薬投与形態は、全身作用のための肛門座剤、カプセル剤及び錠剤である。肛門座剤は、本明細書で使用する場合、直腸に挿入するための固形物であって、体温で溶解または軟化して、薬理学的にまたは治療上活性な成分を１つ以上放出する固形物を意味する。肛門座剤で用いる製薬学的に許容可能な物質は、基剤またはビヒクルと、融点を向上させる作用剤である。基剤の例としては、ココアバター（カカオ脂）、グリセリンゼラチン、カーボワックス（ポリオキシエチレングリコール）ならびに脂肪酸のモノグリセリド、ジグリセリド及びトリグリセリドの適切な混合物が挙げられる。様々な基剤を組み合わせたものを用いてよい。座剤の融点を向上させる作用剤としては、ゲイロウ及びワックスが挙げられる。肛門座剤は、圧縮法または成形のいずれかによって調製してよい。肛門坐剤の例示的な重量は、約２〜３グラムである。
【０３００】
直腸投与用の錠剤及びカプセル剤は、口腔投与用製剤の場合と同じ製薬学的に許容可能な物質を用いて、同じ方法によって製造する。
【０３０１】
５．６．６  徐放組成物
本発明で提供する活性成分は、制御放出手段または当業者に周知の送達器具によって投与できる。例としては、米国特許第３，８４５，７７０号、同第３，９１６，８９９号、同第３，５３６，８０９号、同第３，５９８，１２３号、同第４，００８，７１９号、同第５，６７４，５３３号、同第５，０５９，５９５号、同第５，５９１，７６７号、同第５，１２０，５４８号、同第５，０７３，５４３号、同第５，６３９，４７６号、同第５，３５４，５５６号、同第５，６３９，４８０号、同第５，７３３，５６６号、同第５，７３９，１０８号、同第５，８９１，４７４号、同第５，９２２，３５６号、同第５，９７２，８９１号、同第５，９８０，９４５号、同第５，９９３，８５５号、同第６，０４５，８３０号、同第６，０８７，３２４号、同第６，１１３，９４３号、同第６，１９７，３５０号、同第６，２４８，３６３号、同第６，２６４，９７０号、同第６，２６７，９８１号、同第６，３７６，４６１，同第６，４１９，９６１号、同第６，５８９，５４８号、同第６，６１３，３５８号、同第６，６９９，５００号及び同第６，７４０，６３４（それぞれ、参照により、本明細書に援用される）に記載されているものが挙げられるが、これらに限らない。例えば、所望の放出プロフィールをもたらすためのヒドロプロピルメチルセルロース、その他のポリマーマトリックス、ゲル、透過性膜、浸透圧システム、多層コーティング、微小粒子、リポソーム、マイクロスフィア、またはこれらを組み合わせたものを様々な割合で用いて、１つ以上の活性成分を遅延放出または制御放出させるために、上記のような投与形態を用いることができる。本明細書に記載されているものを含め、当業者に知られている好適な制御放出製剤は、本発明で提供する活性成分とともに使用する目的で容易に選択することができる。
【０３０２】
いずれの制御放出型医薬製品にも、非制御型の対応物で実現される療法を上回るように、薬物療法を改善するという共通の目的がある。一実施形態では、最適に設計した制御放出型調製剤を医療において使用することは、最小限の時間で病状を治癒または制御する目的で用いる薬剤物質が最小限であることによって特徴付けられる。特定の実施形態では、制御放出型製剤の利点としては、薬物活性の延長、投与頻度の低下、及び患者コンプライアンスの向上が挙げられる。加えて、制御放出型製剤を用いて、作用の開始時間またはその他の特徴（薬物の血中レベルなど）に影響を及ぼすことができるので、副作用（例えば有害な作用）の発生に影響を及ぼすことができる。
【０３０３】
大半の制御放出型製剤は、所望の治療効果を速やかにもたらす量の薬物（活性成分）を最初に放出し、このレベルの治療または予防効果を長期間にわたって保つために、徐々にかつ持続的に、他の量の薬物を放出するように設計されている。体内でこの一定レベルの薬物を保つためには、薬物は、代謝されて体内から排泄される量の薬物を補う速度で、投与形態から放出する必要がある。活性成分の制御放出は、様々な条件によってシミュレートでき、その条件としては、ｐＨ、温度、酵素、水もしくはその他の生理的状態または化合物が挙げられるが、これらに限らない。
【０３０４】
特定の実施形態では、薬剤は、静脈内注入、埋め込み型浸透圧ポンプ、経皮パッチ、リポソーム、またはその他の投与方法を用いて投与してよい。一実施形態では、ポンプを用いてよい（Ｓｅｆｔｏｎ，ＣＲＣ  Ｃｒｉｔ．Ｒｅｆ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１４：２０１（１９８７）、Ｂｕｃｈｗａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ  ８８：５０７（１９８０）、Ｓａｕｄｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３２１：５７４（１９８９）を参照されたい。別の実施形態では、ポリマー材を用いることができる。さらに別の実施形態では、制御放出システムを治療標的に近接させて配置でき、すなわち、その結果、必要とされるのは、全身投与量のほんの数分の１となる（例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，Ｍｅｄｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ，ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５−１３８（１９８４）を参照されたい。
【０３０５】
いくつかの実施形態では、制御放出具は、不適当な免疫活性化部位または腫瘍に近接させて、対象に組み込む。その他の制御放出システムは、Ｌａｎｇｅｒによる総説（Ｓｃｉｅｎｃｅ２４９：１５２７−１５３３（１９９０）で論じられている。活性成分は、体液に不溶である外側のポリマー膜、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン／プロピレンコポリマー、エチレン／エチルアクリレートコポリマー、エチレン／ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリビニルクロライド、ビニルアセテート、ビニリデンクロライド、エチレン及びプロピレンとのビニルクロライドコポリマー、アイオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴムエピクロロヒドリンゴム、エチレン／ビニルアルコールコポリマー、エチレン／ビニルアセテート／ビニルアルコールターポリマー、ならびにエチレン／ビニルオキシエタノールコポリマーによって囲まれている固体の内部マトリックス、例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化ポリビニルクロライドもしくは非可塑化ポリビニルクロライド、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン−ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー（アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのヒドロゲルなど）、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール及び架橋部分加水分解ポリビニルアセテートに分散させることができる。活性成分は、放出速度の制御段階において、外側のポリマー膜を通じて拡散する。上記のような非経口組成物に含まれる活性成分の割合は、その成分の具体的性質と、対象のニーズに大きく左右される。
【０３０６】
５．６．７  標的化製剤
本発明で提供する化合物、またはその製薬学的に許容可能な塩は、治療する対象の身体の特定の組織、レセプター、またはその他の区域を標的とするように調合してもよい。このような標的化方法の多くは、当業者に周知である。このような標的化方法はいずれも、本発明において、本発明の組成物での使用が想定されている。標的化方法の非限定的な例については、例えば、米国特許第６，３１６，６５２号、同第６，２７４，５５２号、同第６，２７１，３５９号、同第６，２５３，８７２号、同第６，１３９，８６５号、同第６，１３１，５７０号、同第６，１２０，７５１号、同第６，０７１，４９５号、同第６，０６０，０８２号、同第６，０４８，７３６号、同第６，０３９，９７５号、同第６，００４，５３４号、同第５，９８５，３０７号、同第５，９７２，３６６号、同第５，９００，２５２号、同第５，８４０，６７４号、同第５，７５９，５４２号及び同第５，７０９，８７４号を参照されたい。
【０３０７】
一実施形態では、リポソーム懸濁剤は、腫瘍標的化リポソームのような組織標的化リポソームを含め、製薬学的に許容可能な担体としても適する場合がある。これらは、当業者に知られている方法に従って調製してよい。例えば、リポソーム製剤は、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されているように調製してよい。簡潔に述べると、多重膜ベシクル（ＭＬＶ）のようなリポソームは、フラスコの中で卵ホスファチジルコリンと脳ホスファチジルセリン（モル比７：３）を乾燥することによって形成してよい。本発明で提供する化合物を、二価のカチオンが欠損したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に溶解させた溶液を加え、脂質膜が分散するまで、フラスコを振盪する。得られたベシクルを洗浄して、封入されていない化合物を除去し、遠心分離によってペレット化してから、ＰＢＳに再懸濁する。
【０３０８】
５．６．８  製品
本発明の化合物または製薬学的に許容可能な塩は、包装材と、本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩であって、固形腫瘍及び血液由来腫瘍を含むがんの１つ以上の症状または進行の治療、予防または改善のために使用する化合物またはその塩と、この化合物またはその製薬学的に許容可能な塩が、がん（固形腫瘍及び血液由来腫瘍を含む）の１つ以上の症状または進行の治療、予防または改善のために使用するものであることを示すラベルとを含む製品として包装できる。
【０３０９】
本発明で提供する製品は、包装材を含む。医薬製品の包装に使用する包装材は、当業者に周知である。例えば、米国特許第５，３２３，９０７号、同第５，０５２，５５８号及び同第５，０３３，２５２号を参照されたい。医薬用包装材の例としては、ブリスターパック、ボトル、チューブ、吸入具、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、シリンジ、ペン、ボトル、ならびに選択された製剤及び意図する投与と治療の方法に適するいずれかの包装材が挙げられるが、これらに限らない。本発明で提供する化合物及び組成物の広範な製剤が想定されている。
【０３１０】
５．７  バイオマーカーレベルを検出するためのキット
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡに特異的に結合する１つ以上のプローブを含む。特定の実施形態では、このキットは、洗浄液をさらに含む。特定の実施形態では、このキットは、ハイブリダイズアッセイを行うための試薬と、ｍＲＮＡの単離または精製手段と、検出手段と、陽性対照及び陰性対照とをさらに含む。特定の実施形態では、このキットは、キットを使用するための説明書をさらに含む。このキットは、家庭用、臨床用、または研究用に適合させることができる。
【０３１１】
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体でコーティングしたディップスティックと、洗浄液と、アッセイを行うための試薬と、タンパク質の単離または精製手段と、検出手段と、陽性対照及び陰性対照とを含む。特定の実施形態では、このキットは、キットを使用するための説明書をさらに含む。このキットは、家庭用、臨床用または研究用に適合させることができる。
【０３１２】
このようなキットでは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレート、または光ファイバーを用いてよい。このキットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、毛細管、フィルム、プレート、またはスライドであることができる。生体試料は、例えば、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、体液、血液試料、尿試料、または皮膚試料であることができる。生体試料は、例えば、リンパ節生検体、骨髄生検体、または末梢血腫瘍細胞の試料であることができる。
【０３１３】
別の実施形態では、キットは、固体支持体と、その支持体と接触する核酸であって、ｍＲＮＡの少なくとも２０個、５０個、１００個、２００個、３５０個またはそれを上回る塩基と相補的である核酸と、生体試料中のｍＲＮＡの発現を検出する手段とを含む。
【０３１４】
具体的な一実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、化合物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、ＲＮＡを単離する成分をさらに含む。別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、化合物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ディープシーケンシングまたはマイクロアレイを行う成分をさらに含む。いくつかの実施形態では、キットは、固体支持体と、その支持体と接触する核酸であって、ｍＲＮＡの少なくとも２０個、５０個、１００個、２００個、３５０個またはそれを上回る塩基と相補的である核酸と、生体試料中のｍＲＮＡの発現を検出する手段を含む。
【０３１５】
特定の実施形態では、本発明で提供するキットでは、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光によって、バイオマーカーの発現を検出する手段を用いる。他の実施形態では、バイオマーカーの発現は、ＥＬＩＳＡベースの手法または当該技術分野において知られているその他の類似の方法によって測定する。
【０３１６】
別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、化合物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、タンパク質を単離する成分をさらに含む。別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、化合物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、フローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを行うための成分をさらに含む。
【０３１７】
別の態様では、本発明で提供するのは、バイオマーカーを測定するためのキットであって、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセット（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを上回る数の遺伝子）の遺伝子産物のうちの１つ以上の存在量を測定するのに必要な物質を供給するキットである。このようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を測定するのに必要な材料と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、マイクロアレイを含み、このマイクロアレイは、本発明で提供するバイオマーカーまたはそれらのいずれかの組み合わせの遺伝子または遺伝子サブセットのうちの１つ以上の産物の１つ以上にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド及び／またはＤＮＡ及び／またはＲＮＡ断片で構成されている。いくつかの実施形態では、このようなキットは、遺伝子または遺伝子サブセットのいずれかのＲＮＡ産物もしくはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーまたはこの両方のＰＣＲのためのプライマーを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＰＣＲのためのプライマーと、定量ＰＣＲのためのプローブを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、複数のプライマーと複数のプローブを含んでよく、前記プローブのいくつかは、遺伝子産物の複数の産物または複数の遺伝子産物をマルチプレックス解析できるように、異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＲＮＡからｃＤＮＡを作製するための材料と試薬をさらに含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセットのタンパク質産物に対して特異的な抗体を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料からＲＮＡ及び／またはタンパク質を単離するための材料と試薬を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための材料と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品であって、患者が、化合物に対して臨床的に感受性を有するかを予測するためのプログラム製品を含んでよい。いくつかの実施形態では、キットは、説明書とともに、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を含んでよい。
【０３１８】
いくつかの実施形態における、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセットの１つ以上の核酸配列の発現を測定するためのキット。具体的な一実施形態では、このようなキットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセットと関連する１つ以上の核酸配列の発現を測定する。この実施形態によれば、キットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセットの特定の核酸配列産物の発現を測定するのに必要な材料と試薬を含んでよい。例えば、特定の状態に対して、マイクロアレイまたはＲＴ−ＰＣＲキットを作製してよく、このキットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性を有するかを予測するために、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子または遺伝子サブセットの特定のＲＮＡ転写産物のレベルを測定するのに必要な試薬と材料のみを含む。あるいは、いくつかの実施形態では、キットは、本発明で提供するバイオマーカーのいずれかの特定の遺伝子の特定の核酸配列の発現を測定するのに必要な材料と試薬に限らない材料と試薬を含むことができる。例えば、特定の実施形態では、キットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれを上回る数の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料に加えて、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはそれを上回る数の発現のレベルを測定するのに必要な材料と試薬を含む。他の実施形態では、キットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれを上回る数と、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子ではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個またはそれを上回る数の遺伝子、または本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子ではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子との発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料を含む。
【０３１９】
核酸マイクロアレイキットでは、キットは概して、固体支持体表面に結合しているプローブを含む。このような実施形態の１つでは、プローブは、オリゴヌクレオチド、または１５０ヌクレオチド長〜８００ヌクレオチド長の範囲のプローブを含むさらに長いプローブのいずれかであることができる。このプローブは、検出可能な標識で標識してよい。具体的な一実施形態では、このプローブは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子産物の１つ以上に対して特異的である。このマイクロアレイキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性を有するかを予測するための説明書を含む。キットは、ハイブリダイズ試薬及び／またはプローブが標的核酸配列にハイブリダイズすると生成されるシグナルを検出するのに必要な試薬も含んでよい。概して、マイクロアレイキット用の材料と試薬は、１つ以上の容器に入っている。キットの各成分は概して、独自の好適な容器に入っている。
【０３２０】
特定の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個もしくはそれを超える数の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料に加えて、本発明で提供するバイオマーカーもしくはそれらを組み合わせたものの同定済み遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個もしくはそれを超える数の発現のレベルを測定するのに必要な材料と試薬を含む。他の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で提供するバイオマーカーまたはそれらを組み合わせたいずれかのものの遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれを上回る数と、本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子ではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個もしくはそれを上回る遺伝子、または本発明で提供するバイオマーカーの遺伝子ではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子との発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料を含む。
【０３２１】
定量ＰＣＲでは、キットは概して、事前に選択したプライマーであって、特定の核酸配列に対して特異的なプライマーを含む。定量ＰＣＲキットは、核酸（例えば、Ｔａｑのようなポリメラーゼ）及びデオキシヌクレオチドを増幅するのに適する酵素と、増幅のために反応混合物に必要な緩衝剤も含んでよい。定量ＰＣＲキットは、状態と関連するかまたは状態を示す核酸配列に対して特異的なプローブも含んでよい。プローブは、フルオロフォアで標識してもしなくてもよい。プローブは、クエンチャー分子で標識してもしなくてもよい。いくつかの実施形態では、定量ＰＣＲキットは、デオキシヌクレオチドとともにＲＮＡを逆転写するのに適する成分（酵素（例えば、ＡＭＶ、ＭＭＬＶなどのような逆転写酵素）及び逆転写用のプライマーを含む）と、逆転写反応に必要な緩衝剤も含む。定量ＰＣＲキットの各成分は概して、独自の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは概して、個々の各試薬、酵素、プライマー及びプローブに適する別々の容器を含む。さらに、定量ＰＣＲキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性を有するかを予測するための説明書を含む。
【０３２２】
抗体ベースのキットでは、そのキットは、例えば、（１）目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に結合する第１の抗体（固体支持体に結合していてもしていなくてもよい）と、任意に応じて、（２）ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質、または第１の抗体のいずれかに結合するとともに、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、放射性同位体または酵素）にコンジュゲートされている第２の別の抗体を含むことができる。具体的な一実施形態では、目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、状態（例えば疾患）と関連するか、またはそれを示す。抗体ベースのキットは、免疫沈降を行うためのビーズも含んでよい。抗体ベースのキットの各成分は概して、独自の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは概して、各抗体に適する別々の容器を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性を有するかを予測するための説明書を含む。
【０３２３】
一実施形態では、本発明で提供するキットは、本発明で提供する化合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは水和物を含む。キットは、追加の活性剤をさらに含んでよく、その活性剤としては、本明細書に開示されているものが挙げられるが、それらに限らない。
【０３２４】
本発明で提供するキットは、活性成分を投与するのに用いる器具をさらに含んでよい。このような器具の例としては、シリンジ、点滴袋、パッチ、及び吸入具が挙げられるが、これらに限らない。
【０３２５】
キットは、移植用の細胞または血液と、１つ以上の活性成分を投与するのに用いることのできる製薬学的に許容可能なビヒクルをさらに含んでよい。例えば、非経口投与の際に再構成する必要のある固体形態で活性成分を提供する場合、キットは、粒子を含まない滅菌溶液であって、非経口投与に適する滅菌溶液を形成するために、その活性成分を溶解できる好適なビヒクルの密閉容器を含むことができる。製薬学的に許容可能なビヒクルの例としては、ＵＳＰ注射用水と、水性ビヒクル（以下に限らないが、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、デキストロース注射液、デキストロース及び塩化ナトリウム注射液、ならびに乳酸リンゲル注射液など）と、水混和性ビヒクル（以下に限らないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコールなど）と、非水性ビヒクル（以下に限らないが、コーン油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、エチルオレエート、イソプロピルミリステート、及びベンジルベンゾエートなど）が挙げられるが、これらに限らない。
【０３２６】
本発明で提供する方法とキットの特定の実施形態では、タンパク質の精製、試料の標識または固相アッセイの実施のために、固体相支持体を使用する。本明細書に開示されている方法を行うのに適する固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、１つの表面、チューブ、マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル及び電極が挙げられる。固相が粒子材（例えばビーズ）であるときには，一実施形態では、その材料は、マルチウェルプレートのウェル内に分散させて、固相支持体の平行処理を可能にする。
【０３２７】
提供されている様々な方法及び／またはキットなどのいずれに関しても、また、本発明で提供する様々な方法及び／またはキットのいずれに関しても、例えば、１つ以上の試薬（以下に限らないが、核酸プライマー、固体支持体など）に関して上で列挙した実施形態をいずれかに組み合わせたものも想定されていることに留意する。
【０３２８】
本発明の特定の実施形態は、下記の非限定的な実施例によって例示されている。
【実施例】
【０３２９】
６．実施例
下記の実施例は、別段に詳細に説明されている場合を除き、当業者に周知かつ日常的である標準的な技法を用いて行う。これらの実施例は、単なる例示として意図されている。
【０３３０】
６．１  実施例１  −  ３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）の調製
【０３３１】
メチル２−ブロモメチル−３−ニトロベンゾエート
フラスコを、２ｃｍ離して設置した１００Ｗの電球で照らしながら、四塩化炭素（２００ｍＬ）中のメチル２−メチル−３−ニトロベンゾエート（１４．０ｇ、７１．７ミリモル）とＮ−ブロモスクシンイミド（１５．３ｇ、８６．１ミリモル）との攪拌混合物を、穏やかな還流下で、１５時間加熱した。この混合物をろ過し、その固体をメチレンクロライド（５０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を水（２×１００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。この溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（ヘキサン／エチルアセテート、８／２）によって精製して、生成物１９ｇ（９６％）を黄色固体として得た。ｍｐ ７０．０−７１．５℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣ１３） δ ８．１２−８．０９（ｄｄ，Ｊ＝１．３ 及び ７．８ Ｈｚ，１Ｈ），７．９７−７．９４（ｄｄ，Ｊ＝１．３ 及び ８．２ Ｈｚ，１Ｈ），７．５４（ｔ，Ｊ＝８．０ Ｈｚ，１Ｈ）．５．１５（ｓ，２Ｈ），４．００（ｓ，３Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ １６５．８５，１５０．５８，１３４．６８，１３２．３８，１２９．０８，１２７．８０，５３．０６，２２．６９； ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒ Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，４０／６０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ７．２７ 分（９８．９２％）； 元素分析Ｃ９Ｈ８ＮＯ４Ｂｒに値する計算値 ： Ｃ，３９．４４； Ｈ，２．９４； Ｎ，５．１ １ ； Ｂｒ，２９．１５．実測値 ： Ｃ，３９．４６； Ｈ，３．００； Ｎ，５．００； Ｂｒ，２９．１ １。
【０３３２】
ｔ−ブチルＮ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン
【０３３３】
テトラヒドロフラン（９０ｍＬ）中のメチル２−ブロモメチル−３−ニトロベンゾエート（３．５ｇ、１３．０ミリモル）とＬ−グルタミンｔ−ブチルエステルヒドロクロライド（３．１ｇ、１３．０ミリモル）との攪拌混合物に、トリエチルアミン（２．９ｇ、２８．６ミリモル）を滴下した。この混合物を２４時間、加熱還流した。冷却したこの混合物に、メチレンクロライド（１５０ｍＬ）を加え、この混合物を水（２×４０ｍＬ）、ブライン（４０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（メチレンクロライド中の３％ＣＨ３ＯＨ）によって精製して、粗生成物２．８４ｇ（６０％）を得、この生成物を次の反応で直接使用した。１Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ ８．４０（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），８．１５（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．７１（ｔ，Ｊ＝７．８ Ｈｚ，１Ｈ），５．８３（ｓ，１Ｈ），５．６１（ｓ，１Ｈ），５．１２（ｄ，Ｊ＝１９．４ Ｈｚ，１Ｈ），５．０４−４．９８（ｍ，１Ｈ），４．９２（ｄ，Ｊ＝１９．４ Ｈｚ，１Ｈ），２．４９−２．２２（ｍ，４Ｈ）．１．４６（ｓ，９Ｈ）； ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖａ−Ｐａｋ Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，２５／７５ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ６．７５ 分（９９．９４％）。
【０３３４】
Ｎ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン
【０３３５】
メチレンクロライド（６０ｍＬ）中のｔ−ブチルＮ−（１−オキソ−４−ニトロ−イソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン（３．６ｇ、９．９ミリモル）の５℃の攪拌溶液に、水素クロライドガスを１時間通気した。続いて、さらに１時間、この混合物を室温で攪拌した。エーテル（４０ｍＬ）を加え、得られた混合物を３０分攪拌した。このスラリーをろ過し、エーテルで洗浄し、乾燥して、生成物３．３ｇを得た。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ８．４５（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），８．１５（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．８３（ｔ，Ｊ＝７．９ Ｈｚ．１Ｈ），７．２４（ｓ，１Ｈ），６．７６（ｓ，１Ｈ），４．９３（ｓ，２Ｈ），４．８４−４．７８（ｄｄ，Ｊ＝４．８及び １０．４ Ｈｚ，１Ｈ），２．３４−２．１０（ｍ，４Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７３．０３，１７１．８８，１６５．９６，１４３．３５，１３７．４９，１３４．７７，１３０．１０，１２９．６１，１２６．９５，５３．６５，４８．１３，３１．５０，２４．６９； 元素分析Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ６ に対する計算値 ： Ｃ，５０．８２； Ｈ，４．２６； Ｎ，１３．６８．実測値 ： Ｃ，５０．５３； Ｈ．４．３７； Ｎ，１３．２２。
【０３３６】
（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン
【０３３７】
無水メチレンクロライド（１５０ｍＬ）中のＮ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン（３．２ｇ、１０．５ミリモル）の攪拌懸濁混合物をイソプロパノール／ドライアイス浴で、−４０℃まで冷却した。冷却したこの混合物に、チオニルクロライド（０．８２ｍＬ、１１．３ミリモル）を滴下してから、ピリジン（０．９ｇ、１１．３ミリモル）を滴下した。３０分後、トリエチルアミン（１．２ｇ、１１．５ミリモル）を加え、その混合物を−３０〜−４０℃で３時間攪拌した。この混合物を氷水（２００ｍＬ）に注ぎ、水層をメチレンクロライド（４０ｍＬ）で抽出した。このメチレンクロライド溶液を水（２×６０ｍＬ）、ブライン（６０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、固体の残渣をエチルアセテート（２０ｍＬ）でスラリー化して、生成物２．２ｇ（７５％）を白色固体として得た。ｍｐ ２８５℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ： １．０４（ｓ，１Ｈ），８．４９−８．４５（ｄｄ，Ｊ＝０．８ 及び ８．２ Ｈｚ，１Ｈ），８．２１−８．１７（ｄｄ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，１Ｈ），７．８４（ｔ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，１Ｈ），５．２３−５．１５（ｄｄ，Ｊ＝４．９ 及び １３．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．９６（ｄｄ，Ｊ＝１９．３ 及び ３２．４ Ｈｚ，２Ｈ），３．００−２．８５（ｍ，１Ｈ），２．６４−２．４９（ｍ，２Ｈ），２．０８−１．９８（ｍ，１Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ− ｄ６） δ １７２．７９，１７０．６９，１６５．９３，１４３．３３，１３７．４０，１３４．６８，１３０．１５，１２９．６０，１２７．０２，５１．８２，４８．４３，３１．１６．２２．２３； ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，２０／８０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ３．６７ 分（１００％）； 元素分析Ｃ１３ＨｎＮ３Ｏ５に対する計算値 ： Ｃ，５３．９８； Ｈ，３．８３； Ｎ，１４．５３．実測値 ： Ｃ，５３．９２； Ｈ，３．７０； Ｎ，１４．１０。
【０３３８】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン
【０３３９】
メタノール（６００ｍＬ）中の（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（１．０ｇ、３．５ミリモル）と１０％Ｐｄ／Ｃ（０．３ｇ）との混合物をＰａｒｒ−Ｓｈａｋｅｒ装置で、５０ｐｓｉの水素において、５時間、水素化した。この混合物をセライトでろ過し、そのろ過物を真空下で濃縮した。その固体を熱エチルアセテート中で３０分、スラリー化し、ろ過し、乾燥して、生成物０．４６ｇ（５１％）を白色固体として得た。ｍｐ ２３５．５−２３９℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １１．０１ （ｓ，１Ｈ）．７．１９（ｔ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，１Ｈ）．６．９０（ｄ．Ｊ＝７．３ Ｈｚ，１Ｈ），６．７８（ｄ，Ｊ＝７．８ Ｈｚ，１Ｈ），５．４２（ｓ，２Ｈ）．５．１２（ｄｄ．Ｊ＝５．１ 及び １３．１ Ｈｚ，１Ｈ），４．１７（ｄｄ，Ｊ＝１７．０ 及び ２８．８ Ｈｚ，２Ｈ），２．９２−２．８５（ｍ，１Ｈ）．２．６４−２．４９（ｍ，１Ｈ）．２．３４−２．２７（ｍ，１Ｈ），２．０６−１．９９（ｍ，１Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７２．８５，１７１．１９，１６８．８４，１４３．５８，１３２．２２．１２８．７９，１２５．５６，１ １６．３７，１ １０．３９，５１．４８，４５．４９，３１．２０，２２．７４； ＨＰＬＣ． Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖａ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，１０／９０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ０．９６ 分（１００％）； キラル分析，Ｄａｉｃｅｌ Ｃｈｉｒａｌ Ｐａｋ ＡＤ，４０／６０ ヘキサン／ＩＰＡ，６．６０ 分（９９．４２％）； 元素分析Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ３に対する計算値： Ｃ，６０．２３； Ｈ，５．０５； Ｎ，１６．２１．実測値 ： Ｃ，５９．９６； Ｈ．４．９８； Ｎ，１５．８４。
【０３４０】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンも、当該技術分野において知られている方法によって、例えば、Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｕｔｕｒｅ，２００３，２８（５）：４２５−４３１（参照により、その全体が援用される）に示されているようにして調製してよい。
【０３４１】
６．２  ３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）の調製
水（５００ｍＬ）中の水酸化カリウム（１６．１ｇ、２８６ミリモル）の溶液に、３−ニトロフタルイミド（２５．０ｇ、１３０ミリモル）を少しずつ、０℃で加えた。この懸濁剤を０℃で３時間攪拌してから、３０℃まで３時間加熱した。この溶液に、ＨＣｌ（１００ｍＬ、６Ｎ）を加えた。得られた懸濁剤を０℃まで１時間冷却した。この懸濁剤をろ過し、冷水（２×１０ｍＬ）で洗浄して、３−ニトロ−フタルアミド酸を白色固体として得た（２４．６ｇ、収率９０％）。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ７．６９ （ｂｒｓ，１Ｈ，ＮＨＨ），７．７４ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．９２ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．１３ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．１５ （ｂｒｓ，１Ｈ，ＮＨＨ），１３．５９ （ｓ，１Ｈ，ＯＨ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １２５．３３，１２９．１５，１３０．２５，１３２．５４，１３６．７２，１４７．０３，１６５．９０，１６７．３１。
【０３４２】
水（１１８ｍＬ）中の３−ニトロ−フタルアミド酸（２４．６ｇ、１１７ミリモル）と水酸化カリウム（６．５６ｇ、１１７ミリモル）の混合物に、水（２４０ｍＬ）中の臭素（６ｍＬ）と水酸化カリウム（１３．２ｇ、２３４ミリモル）の混合物を０℃で加えてから、水（３５０ｍＬ）中の水酸化カリウム（１９．８ｇ、３５１ミリモル）の溶液を加えた。０℃で５分後、この混合物を１００℃の油浴で１時間加熱した。この反応溶液を室温まで冷却してから、氷水浴で３０分冷却した。この混合物に、ＨＣｌ（２４０ｍＬ、２Ｎ）の溶液を０℃で滴下し、得られた混合物を１時間静置した。この懸濁液をろ過し、水（５ｍＬ）で洗浄して、２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸を黄色固体として得た（１５．６ｇ、収率７３％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，５分で５％〜９５％勾配 ，５．８３ 分 （８５％）； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ６．９０ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．０１ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，９ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．３１ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ）， ８．５−９．５ （ｂｒｓ，３Ｈ，ＯＨ，ＮＨ２）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １０５．５８，１１０．１４，１２０．０７，１３１．７４，１４９．８０，１５１．３６，１６６．３０； ＬＣＭＳ： ＭＨ ＝ １８３。
【０３４３】
無水酢酸（１５ｍＬ）中の２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸（１．５ｇ、８．２ミリモル）の混合物を２００℃で３０分、電子レンジで加熱した。この混合物をろ過し、エチルアセテート（２０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮した。この固体をエーテル（２０ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁剤をろ過し、エーテル（２０ｍＬ）で洗浄して、２−メチル−５−ニトロ−ベンゾ［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オンを淡褐色固体として得た（１．４ｇ、収率８５％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，５分で５％〜９５％勾配，５．３６ 分 （９２％）； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２．４２ （ｓ，３Ｈ，ＣＨ３），７．７９ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．９３ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．０６ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２０．８７，１０７．７９，１２１．５４，１２８．８７，１３７．１９，１４７．１２，１４８．４６，１５５．１８，１６１．７８； ＬＣＭＳ： ＭＨ ＝ ２０７。
【０３４４】
ピリジン（１５ｍＬ）中の５−ニトロ−２−メチル−ベンゾ
［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オン（０．６０ｇ、２．９１ミリモル）と３−アミノ−ピペリジン−２，６−ジオン水素クロライド（０．４８ｇ、２．９１ミリモル）との懸濁剤がそれぞれ入った２個のバイアルを１７０℃で１０分、電子レンジで加熱した。この懸濁剤をろ過し、ピリジン（５ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮した。得られた混合物をＨＣｌ（３０ｍＬ、１Ｎ）、エチルアセテート（１５ｍＬ）及びエーテル（１５ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁剤をろ過し、水（３０ｍＬ）とエチルアセテート（３０ｍＬ）で洗浄し、濃褐色固体を得、この固体をメタノール（５０ｍＬ）とともに、室温で一晩攪拌した。この懸濁剤をろ過し、メタノールで洗浄して、３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを黒色固体として得た（４９０ｍｇ、収率２７％）。この固体を、さらに精製することなく次の工程で使用した。
【０３４５】
ＤＭＦ（４０ｍＬ）中の３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（２５０ｍｇ）とＰｄ（ＯＨ）２炭素（１１０ｍｇ）との混合物を水素下（５０ｐｓｉ）で１２時間振盪した。この懸濁液をセライトパッドでろ過し、ＤＭＦ（１０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮し、得られた油を、フラッシュカラムクロマトグラフィー（シリカゲル、メタノール／メチレンクロライド）によって精製して、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを白色固体として得た（１５６ｍｇ、収率６９％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，１０／９０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，３．５２ 分 （９９．９％）； ｍｐ： ２９３−２９５℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）） δ ２．１０−２．１７ （ｍ，１Ｈ，ＣＨＨ）， ２．５３ （ｓ，３Ｈ，ＣＨ３），２．５９−２．６９ （ｍ，２Ｈ，ＣＨ ２），２．７６−２．８９ （ｍ，１Ｈ，ＣＨＨ），５．１４ （ｄｄ，Ｊ ＝ ６，１１ Ｈｚ，１Ｈ，ＮＣＨ），６．５６ （ｄ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），６．５９ （ｄ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ）， ７．０２ （ｓ，２Ｈ，ＮＨ２），７．３６ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），１０．９８ （ｓ，１Ｈ，ＮＨ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２０．９８，２３．１４，３０．５２，５５．９２，１０４．１５，１１０．４８，１１１．３７，１３４．９２，１４８．１７，１５０．５５，１５３．６２，１６２．５９，１６９．６５，１７２．５７； ＬＣＭＳ： ＭＨ ＝ ２８７； 元素分析Ｃ１４Ｈ１４Ｎ４Ｏ３ ＋ ０．３ Ｈ２Ｏに対する計算値：Ｃ，５７．６５； Ｈ，５．０５； Ｎ，１９．２１．実測値：Ｃ，５７．５０； Ｈ，４．７３； Ｎ，１９．００。
【０３４６】
６．３  実施例３−化合物Ａ及びレナリドマイドが一次ＣＬＬ試料に及ぼす作用のＴＭＴタグ付け法及び質量分析法による解析
この実施例では、レナリドマイドまたは化合物Ａに暴露した一次ＣＬＬ患者から得た質量分析（ＭＳ）プロファイリングデータの比較解析と機能解析について説明する。
【０３４７】
方法
データの取り込み：相対存在量（ＲＡ）データを統計プログラミング環境Ｒ（バージョン３．１．２）に取り込んだ。各症例シナリオについて、３回のＭＳ分析のいずれかにおいてスペクトル数が１未満のタンパク質をろ取し、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒのｌｉｍｍａパッケージに実装されたｎｏｒｍａｌｉｚｅＢｅｔｗｅｅｎＡｒｒａｙｓ（）の関数を用いることによって、相対存在量スケールを同じ中央値に対して正規化した（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３０（４），ｅ１５（２００２）を参照されたい）。
【０３４８】
比較解析：ＲＡスコアをｌｏｇ２変換して、化合物への暴露とＤＭＳＯ対照への暴露とを直接比較し、ｌｉｍｍａパッケージのｌｍｆｉｔ（）及びｅＢａｙｅｓ（）の関数を用いることによって、ペアモデレートｔ検定（Ｓｍｙｔｈ，Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３（１），ａｒｔｉｃｌｅ  ３（２００４）を参照されたい）を行って、実験条件間の示差的な相対存在量を検定した。症例間の示差解析では、２つの症例シナリオにおける複製物のｌｏｇ２倍数変化を考察した。この解析から得られた有意なｐ値は、ＢＨ偽発見法（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ  ａｎｄ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｏｙａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｓｅｒｉｅｓ  Ｂ（Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｉｃａｌ），５７（１）：２８９−３００（１９９５）を参照されたい）によって、複数の試験に対して補正し、０．０５（５％）のＦＤＲ閾値において、有意とみなした。
【０３４９】
線形回帰分析：ｓｔａｔｓパッケージのｌｍ（）関数を用いることによって、線形回帰をモデル化した。この関数により、相関係数と線形フィットモデルが得られた。スチューデント化残差法（ｃａｒパッケージのｏｕｔｌｉｅｒＴｅｓｔ（）関数に実装されている）によって、線形モデル内の異常値検出について、データを評価し、ｑ値が０．０５（５％）の閾値を下回る場合、有意とみなした。
【０３５０】
経路エンリッチメント解析：各状態及び症例シナリオにおいて、示差解析から導いたランク付済みの相対存在比に、Ｇｅｎｅ  Ｓｅｔ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＳＥＡ）を適用した。古典的な非重み付けエンリッチメント演算の代わりに、重み付け統計を用いて、タンパク質のランク付けではなく、倍数変化の差を考慮した。エンリッチメントを評価した遺伝子カテゴリーは、ＭＳｉｇＤＢから得られるカノニカル経路の要約（例えば、Ｒｅａｃｔｏｍｅ、Ｂｉｏｃａｒｔａ、ＫＥＧＧ）に対応する（Ｌｉｂｅｒｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＳｉｇＤＢ）３．０．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  （Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ），２７（１２）：１７３９−４０（２０１１）を参照されたい）。エンリッチメントのｐ値は、（Ｓｔｏｒｅｙ  ａｎｄ  Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１００（１６）：９４４０−９４４５（２００３）に記載されている方法を用いて）複数の検定に対して補正し、０．０５（５％）のＦＤＲ閾値において、有意とみなした。
【０３５１】
結果
レナリドマイドから受ける影響と、化合物Ａから受ける影響が異なるタンパク質
この調査で用いた試料は、４つのＣＬＬ患者群から得たものである。各ＣＬＬ患者群は、インビトロ増殖アッセイにおいて、レナリドマイドまたは化合物Ａによる治療に対して、異なる表現型を示した。この増殖アッセイにおいて、レナリドマイドと化合物Ａは、第１の患者群（症例Ｂ１）から得た試料では、細胞増殖の低下に対して同様の作用をもたらした。第２の患者群（症例Ｂ２）から得た試料では、化合物Ａの方がレナリドマイドよりも増殖低下作用が強力であった。第３の患者群（症例Ｂ３）から得た試料では、化合物Ａは、細胞の増殖を低下させたが、レナリドマイドでは、細胞の増殖に対して作用をもたらさなかった。最後に、第４の患者群（症例Ｂ４）から得た試料においては、化合物Ａもレナリドマイドも、細胞の増殖に対して作用をまったくもたらさなかった。これらの４つの患者群に対して化合物Ａまたはレナリドマイドが及ぼす作用は、図１Ａ〜１Ｄに示されている。
【０３５２】
４つの患者群（症例Ｂ１〜Ｂ４）から得た試料は、様々な量の化合物Ａ（例えば６μＭもしくは１０μＭ）、レナリドマイド（例えば６μＭもしくは１０μＭ）、またはＤＭＳＯ（対照）で、様々な期間（６時間または２４時間）処理した。ＴＭＴタグ付け法及び質量分析法（ＭＳ）を用いて、処理後の試料のタンパク質プロファイル（タンパク質存在量）を調べた。症例シナリオにわたって、各実験条件を３回繰り返して行ったとともに、３回の別々のＭＳ分析において、１０−ｐｌｅｘ  ＴＭＴ同位体標識によって、タンパク質相対存在量をアッセイした。Ｕｎｉｐｒｏｔと遺伝子記号識別子を用いて、ヒトタンパク質データベースにマッピングすることによって、ＭＳで定量化したペプチドをタンパク質に割り当て、いくつかのタンパク質は、２つ以上のアイソフォームによって表した。解析を行ったタンパク質は、各症例シナリオを表す３回のＭＳ分析において、一致する２本以上のスペクトル数を持つタンパク質であった。各症例シナリオにおいて、合わせて６１１４個、６０７０個、５９８２及び５３８２個のタンパク質が保持された。すべての症例シナリオにわたり定量化した４５９４個のタンパク質という高くかつ一貫したカバレッジに対して、発現差解析を適用した。図２Ａ〜２Ｄは、４つの症例シナリオ（症例Ｂ１〜Ｂ４）の各複製物における正規化相対存在量の分布を示している。各複製物の標準偏差は、階段状のプロット線として、ボックスプロットの底部に表されている。図３Ａ〜３Ｄは、すべての症例シナリオにおいて、条件にわたって、化合物によって処理後のタンパク質レベルのｌｏｇ２倍数変化の相関関係をＤＭＳＯと比べたもの表すヒートマップを示している。６時間の場合におけるｌｏｇ２倍数変化の相関関係が弱いのは、プロテオームにわたり、強力な一般的作用なしに、早い時点において、タンパク質の小さなサブセットが変化することに起因し得る。２４時間の場合における方が相関関係が強いのは、化合物への暴露による下流の変化を反映する摂動タンパク質の割合が高いことと関連付けることができる。
【０３５３】
患者群の４つの症例のそれぞれにおいて、化合物Ａまたはレナリドマイドが（ＤＭＳＯと比べて）タンパク質相対存在量に及ぼす作用を解析した。
【０３５４】
さらに、各症例において、化合物Ａの作用をレナリドマイドの作用と比較した。相対タンパク質存在量が、化合物Ａまたはレナリドマイドへの暴露後、早い時点に変化したことは、主に、初期の化合物基質（例えばＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３またはＰＤＥ６Ｄ）を反映していたとともに、すべての症例シナリオにわたって、有意な変化は見られなかった。したがって、高い方の濃度と、長い方の暴露時間、すなわち、１０μＭの化合物Ａまたはレナリドマイドと、２４時間の暴露時間で、症例シナリオ間かつ化合物間の比較を行った。
【０３５５】
レナリドマイドによる処理後と、化合物Ａによる処理後（１０μＭ、２４時間）のタンパク質相対存在量の直接比較により、各症例において、化合物Ａによる処置に応答して変化するレベルが、レナリドマイドによって処置した場合と異なるタンパク質が、限られた数同定され、症例Ｂ１では、２１個の有意なタンパク質、症例Ｂ２では、２個の有意なタンパク質、症例Ｂ３では、１５個の有意なタンパク質、症例Ｂ４では、１個の有意なタンパク質が同定された（（ｌｉｍｍａのペアｔ検定ＦＤＲ５％）。表１〜４に、各症例シナリオに関して、レナリドマイドと化合物Ａの比較においてタンパク質存在量の有意な変化を見せたタンパク質がまとめられている。
【０３５６】
症例Ｂ１において、タンパク質レベルが化合物Ａから受ける影響と、タンパク質レベルがレナリドマイドから受ける影響が異なるタンパク質は、下記の表１に列挙されており、そのタンパク質には、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＫＺＦ１（アイソフォーム１）、ＩＫＺＦ１（アイソフォーム２）、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＥＬＬ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＮＸ２０、ＳＯＤ２、ＴＣＦ７、ＴＲＡＦ１、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０が含まれる。これらのタンパク質のうち、ＢＣＬ２Ｌ１、ＧＺＭＢ、ＩＧＨＭ、ＩＲＦ８、ＫＬＦ１３、ＬＧＡＬＳ９、ＭＡＲＣＫＳ、ＮＤＥ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＳＮＸ２０、ＴＣＦ７、ＷＩＺ、及びＺＢＴＢ１０は、他の症例では、受ける影響に差がなかったので、化合物Ａによる治療とレナリドマイドによる治療の両方に応答するＣＬＬ患者に特有のマーカーとなることができる。例えば、ＷＩＺ（広間隔ジンクフィンガー）のレベルは、化合物Ａに暴露すると低下し、レナリドマイドに暴露すると向上した。
【０３５７】
症例Ｂ２において、タンパク質レベルが化合物Ａから受ける影響と、タンパク質レベルがレナリドマイドから受ける影響が異なるタンパク質は、下記の表２に列挙されており、そのタンパク質には、ＩＫＺＦ１とＩＫＺＦ３が含まれる。
【０３５８】
症例Ｂ３において、タンパク質レベルが化合物Ａから受ける影響と、タンパク質レベルがレナリドマイドから受ける影響が異なるタンパク質は、下記の表３に列挙されており、そのタンパク質には、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＳＧ２０、ＰＴＫ２Ｂ、ＳＡＭＳＮ１、ＳＡＳＨ１、ＳＥＬＬ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＬＡＭＦ１、ＳＯＤ２、及びＴＲＡＦ１が含まれる。これらのタンパク質のうち、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａは、他の症例では、受ける影響に差がなかったので、化合物Ａのみに応答し、レナリドマイドによる治療には応答しないＣＬＬ患者に特有のマーカーとなることができる。
【０３５９】
症例Ｂ２及びＢ３は、レナリドマイドよりも化合物Ａによく応答する患者を表しているので、受ける影響が異なるタンパク質のうち、Ｂ２及びＢ３でのみ同定されたタンパク質を用いて、化合物Ａに応答する患者を選択でき、これらのタンパク質には、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０、ＣＲ２、ＣＴＳＳ、ＧＢＰ１、ＩＳＧ２０、ＳＡＳＨ１、及びＳＥＭＡ７Ａが含まれる。
【０３６０】
症例Ｂ４において、タンパク質レベルが化合物Ａから受ける影響と、タンパク質レベルがレナリドマイドから受ける影響が異なるタンパク質は、下記の表４に示されおり、それは、ＰＤＥ６Ｄである。ＰＤＥ６Ｄは、他の症例において、受ける影響が異なるタンパク質として同定されなかったので、レナリドマイドと化合物Ａの両方に応答しない患者のマーカーとして使用できる。
【０３６１】
受ける影響が異なるタンパク質セットは、症例によって異なることは明らかである。したがって、上記のように、これらのタンパク質のレベルの変化を用いて、レナリドマイドまたは化合物Ａによる治療に対する感受性を有する患者を特定できる。加えて、症例Ｂ４の患者のみが、化合物Ａに応答しないので、化合物Ａによる治療に応答する患者を特定するためのバイオマーカーとして、症例Ｂ１〜Ｂ３において、受ける影響が異なるタンパク質（表１〜３に示されている）を用いることができる。
【０３６２】
レナリドマイドから受ける影響と、化合物Ａから受ける影響が異なるタンパク質には、炎症中の白血球動態に直接または間接的に関与する３つの重要なタンパク質が含まれ、これらは、ＳＥＬＬ、ＳＮＸ２０、及びＫＬＦ１３である。これらのタンパク質は、化合物Ａに暴露すると、特異的に変化（ダウンレギュレート）するが、レナリドマイドに暴露すると、影響を受けないか、またはタンパク質存在量レベルがやや上昇する。
【０３６３】
ＳＥＬＬ（またはＣＤ２６Ｌ）は、白血球及び内皮細胞の二次リンパ器官及び炎症部位への移動に直接関与するタンパク質である。ＳＥＬＬは、ＣＬＬ細胞のアポトーシスを促すが、健常なドナー由来のＰＢＭＣのアポトーシスは促さない治療標的として報告されている。Ｂｕｒｇｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：５６７５（２０１３）を参照されたい。
【０３６４】
ＳＮＸ２０（セレクチンリガンドインテグレーター細胞質−１、ＳＬＩＣ１）は、ＳＥＬＰＬＧ（炎症中の白血球輸送において重要な役割を果たすとともに、骨髄系細胞及びＴリンパ球上の高親和性レセプターとして機能する糖タンパク質）と特異的に相互作用するソーティングタンパク質である。Ｓｃｈａｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，３８（２）：５５０−５６４（２００８）を参照されたい。
【０３６５】
ＫＬＦ１３は、造血発生に関与する転写因子であり（Ｏｕｔｒａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ，７（１３）：２０４７−２０５５（２００８）を参照されたい）、いくつかのがん遺伝子の発現に必要となる（Ｈｅｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｇｏｌｌｉｎ，Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１２８（４）：１９２−１９８（２０１０）を参照されたい）。このタンパク質は、炎症部位への白血球の動員において重要な役割を果たすケモカインＣＣＬの発現を調節する。Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１２０（８）：１６５８−１６６７（２０１２）を参照されたい。
表１．症例Ｂ１において、タンパク質存在量が、レナリドマイドによる処理に応答する場合と、化合物Ａによる処理に応答する場合で、有意に変化するタンパク質
【表１】
2018523823.tif 000008
2018523823.tif 000009
2018523823.tif 000010
2018523823.tif 000011
表２．症例Ｂ２において、タンパク質存在量が、レナリドマイドによる処理に応答する場合と、化合物Ａによる処理に応答する場合で、有意に変化するタンパク質
【表２】
2018523823.tif 000012
表３．症例Ｂ３において、タンパク質存在量が、レナリドマイドによる処理に応答する場合と、化合物Ａによる処理に応答する場合で、有意に変化するタンパク質
【表３】
2018523823.tif 000013
2018523823.tif 000014
表４．症例Ｂ４において、タンパク質存在量が、レナリドマイドによる処理に応答する場合と、化合物Ａによる処理に応答する場合で、有意に変化するタンパク質
【表４】
2018523823.tif 000015
【０３６６】
図４Ａ〜４Ｄでは、レナリドマイドと化合物Ａに暴露した試料（１０μＭ、２４時間）における相対タンパク質存在量（対応するＤＭＳＯ対照に対するもの）のｌｏｇ２比（複製物間で平均化）が、症例シナリオごとにプロットされている。レナリドマイドから受ける影響と、化合物Ａから受ける影響が異なる代表的なタンパク質が、この図で特定されている。レナリドマイドの場合と化合物Ａの場合で有意な差がないタンパク質は、原点を通るとともに、傾斜が一定である破線に近接している。
【０３６７】
図５は、レナリドマイド（１０μＭ、２４時間）から受ける影響と、化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）から受ける影響が異なるタンパク質を含むヒートマップを示している。カラースケールは、化合物における相対タンパク質存在量をＤＭＳＯと比べた場合のｌｏｇ２倍数変化を表している（緑色の濃淡は、ＤＭＳＯ対照と比べた場合の存在量の減少を、赤色の濃淡は、ＤＭＳＯ対照と比べた場合の存在量の増加を示している）。実験のいずれかにおいて定量化しなかったタンパク質は、灰色で示されている。メインヒートマップ上方の青色は、レナリドマイドで処理した試料を表しており、メインヒートマップ上方の緑色は、化合物Ａで処理した試料を表している。症例Ｂ１は黄色によって、症例Ｂ２は赤色によって、症例Ｂ３は青色によって、症例Ｂ４はピンク色によって表されている。行におけるタンパク質は、ピアソンの相関距離を用いて、階層的にクラスタリングされている。
【０３６８】
図５では、４つの主要クラスターが同定されている。グループ１及びグループ２は、（ＧＯエンリッチメント解析に従って）免疫応答と関連付けられたタンパク質を含み、レナリドマイドと化合物Ａは、これらのタンパク質に対して、同じ調節作用（アップレギュレーションまたはダウンレギュレーション）を有し、化合物Ａに暴露した場合の方が、作用が強い。グループ３は、ＳＭＮＸ２０、ＳＥＬＬ、ＫＬＦ１３、ＷＩＺ、ＩＫＺＦ１、ＮＦＫＢＩＥ、ＴＣＦ７及びＩＲＦ８という８つのタンパク質のクラスターを含み、これらのタンパク質では、化合物Ａに暴露すると、タンパク質存在量レベルが低下し、レナリドマイドに暴露すると、タンパク質存在量レベルが変化しないかまたは上昇する。ＩＫＺＦ１（Ｉｋａｒｏｓ）のタンパク質レベルは、すべての実験条件において低下し、化合物Ａに暴露した場合の方が、影響が大きい。グループ４は、ＩＫＺＦ３及び第２のＩＫＺＦ１アイソフォームを含む６つのタンパク質を含み、これらのタンパク質のレベルは、化合物Ａに暴露すると有意に低下するが、レナリドマイドに暴露した場合には、これらのタンパク質が受ける影響はそれほど大きくない。
【０３６９】
様々な患者群における、化合物Ａに対する応答  さらに、４つの症例間で、化合物Ａの作用を比較した。具体的には、患者が、化合物Ａによる治療に応答することが示された症例Ｂ１、Ｂ２及びＢ３を、患者が化合物Ａに応答しないことが示された症例Ｂ４と比較した。タンパク質存在量の変化（１０μＭの化合物ＡのＤＭＳＯ対照に対するｌｏｇ２比）を比較したところ、Ｂ１とＢ４間、またはＢ２とＢ４間では、有意なタンパク質は見られなかった（ｌｉｍｍａモデレートｔ検定によるＦＤＲ５％）。Ｂ３において、Ｂ４とは異なる形で調節されるタンパク質として、３つのタンパク質が同定され、それらのタンパク質は、ＧＢＰ４、ＬＧＡＬＳ９及びＩＲＦ５であった。
【０３７０】
タンパク質の変化の差のうち、異なるシナリオにおける一般的変化の程度によっては現れない可能性のある追加的な差を再現するために、シナリオ間でのｌｏｇ２倍数変化の線形回帰から残差の解析を行った。有意なタンパク質は、残差解析における異常値（ＦＤＲ  ｑ値５％）として特定した（これらのタンパク質は、表５に示されている）。
【０３７１】
図６Ａ〜６Ｃは、２４時間、１０μＭの化合物Ａに暴露した場合とＤＭＳＯの場合とを比較した相対存在量のｌｏｇ２倍数変化を表しており、さらに解析した線形回帰モデルを含む。図６Ａ〜６Ｃは、３つの異なる症例シナリオ（Ｂ１、Ｂ２及びＢ３）における１０μＭの化合物Ａの２４時間時点における作用を比較する散布プロットを示している。症例間で差が見られないときの予測挙動は、原点を通るとともに、傾斜が一定である破線として表されている。残差解析から得られた代表的な有意なタンパク質（ＦＤＲ  ｑ値５％）が、このプロットに示されている。いずれかの症例シナリオにおいて、化合物Ａによる処理に対する応答が、ＤＭＳＯ対照の場合と有意には異ならないタンパク質は、フィルタリングした。Ｂ１、Ｂ２及びＢ３において、Ｂ４と比べて摂動が異なるものと特定したタンパク質は、図７に示されている。概して、患者が、化合物Ａに応答するが、レナリドマイドには応答しないシナリオＢ３の方で、強い作用が観察された。
【０３７２】
Ｂ１、Ｂ２及びＢ３のいずれか１つにおいて、化合物Ａに暴露したときに、タンパク質レベルが受ける影響がＢ４と異なるタンパク質は、表５に示されている。これらのタンパク質を用いて、化合物Ａによる治療に対する患者の応答を予測することもできる。
【０３７３】
ＧＢＰ４、ＬＧＡＬＳ９及びＩＲＦ５は、シナリオＢ３とＢ４との間の差が最も有意である。ＧＢＰ４のタンパク質レベルの増加は、Ｂ３のみで見られる。ＬＧＡＬＳ９とＩＲＦ５は、Ｂ４ではタンパク質存在量が減少するが、他のシナリオでは、有意な変化は見られない。これらのタンパク質は、治療後早期の潜在的な応答性バイオマーカーを構成してよい。これらのタンパク質に加えて、ＧＢＰ２（回帰解析によって検出）は、ＧＢＰ４と同様のプロファイルを示し、Ｂ３においてのみ、存在量レベルが上昇する。
【０３７４】
この調査により、感受性の低い患者試料では、化合物Ａによって誘導されるインターフェロン及び炎症性サイトカインが少ないことが示されている。ＧＢＰタンパク質ファミリーメンバーのＧＢＰ２とＧＢＰ４は、インターフェロンによって誘導されるタンパク質であり、患者が化合物Ａに選択的に応答する症例シナリオ（症例Ｂ３）において、化合物Ａに暴露すると、存在量レベルが上昇する。ＧＢＰ２は、様々な種類の病原体から宿主を広範に保護するとともに、このタンパク質をコードする遺伝子が高レベルであることは、乳がんにおける予後の向上と関連付けられている。Ｇｏｄｏｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ，２１（４）：４９１−４９９（２０１４）を参照されたい。ＧＢＰ４は、赤血球の分化において重要な役割を果たし、ＧＢＰ４が過剰発現すると、ウイルスによって誘発される、ＩＲＦ７−シグナル伝達の活性化が阻害される。Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１８７（１２）：６４５６−６２（２０１１）を参照されたい。患者が化合物Ａとレナリドマイドの両方に応答しないシナリオ（症例Ｂ４）において、タンパク質レベルが排他的に低下するＩＲＦ５（Ｂ２では定量化されていない）は、他のインターフェロン及び炎症性サイトカインの誘導に関与する。ＩＲＦ５タンパク質をコードする遺伝子のＰ６８変異は、ＤＮＡの結合の完全な喪失をもたらすものであり、ＣＬＬ患者で一貫して見られている。Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ，４（５）：ｅ５５００（２００９）を参照されたい。耐性患者試料におけるこの遺伝子の変異をさらに特徴付けることは、推定耐性バイオマーカーを同定する手段を提供し得る。
表５．Ｂ１、Ｂ２及びＢ３のいずれか１つにおいて、化合物Ａに暴露したときに、タンパク質レベルが受ける影響がＢ４と異なるタンパク質
【表５】
2018523823.tif 000016
2018523823.tif 000017
【０３７５】
症例間で、レナリドマイドの作用を比較するために、同様の解析を適用することもできる。例えば、ＧＺＭＢのタンパク質発現レベルは、症例Ｂ１（レナリドマイドによる治療に応答する患者）においては、レナリドマイドに暴露すると向上し、症例Ｂ４（レナリドマイドによる治療に応答しない患者）においては低下したことから、このタンパク質とレナリドマイド耐性機構との関連性が示唆された。このタンパク質は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）による標的細胞アポトーシスの迅速な誘導による細胞仲介性の免疫応答において重要な役割を有する。良性ヒトＢ細胞は、ＩＬ２０に応答して、高レベルのＧＺＭＢを産生することが示されている。Ｊａｈｒｓｄｏｒｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１０８（８）：２７１２−２７１９（２００６）を参照されたい。
【０３７６】
化合物による治療から影響を受ける経路
すべての症例において、化合物に暴露すると変化する生物学的プロセスを特定するために、Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＳｉｇＤＢ）３．０．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ），２７（１２），１７３９−４０（２０１１）に記載されているＧＳＥＡを適用した。表６〜９には、いずれかの実験条件においても、レナリドマイドまたは化合物Ａに暴露したときに、タンパク質存在量レベルが、ＤＭＳＯ対照の場合よりも上昇することと有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路が示されている。
表６．症例Ｂ１において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの上昇と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表６】
2018523823.tif 000018
表７．症例Ｂ２において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの上昇と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表７】
2018523823.tif 000019
2018523823.tif 000020
2018523823.tif 000021
2018523823.tif 000022
表８．症例Ｂ３において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの上昇と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表８】
2018523823.tif 000023
2018523823.tif 000024
2018523823.tif 000025
2018523823.tif 000026
2018523823.tif 000027
2018523823.tif 000028
表９．症例Ｂ４において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの上昇と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表９】
2018523823.tif 000029
【０３７７】
表１０〜１３は、化合物に暴露したときのタンパク質存在量の低下と有意に関連付けられた経路を示している。
表１０．症例Ｂ１において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの低下と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表１０】
2018523823.tif 000030
表１１．症例Ｂ３において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの低下と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表１１】
2018523823.tif 000031
2018523823.tif 000032
2018523823.tif 000033
2018523823.tif 000034
表１２．症例Ｂ４において、化合物Ａまたはレナリドマイドに暴露したときのタンパク質存在量レベルの低下と有意に（ＦＤＲ５％）関連付けられた経路
【表１２】
2018523823.tif 000035
2018523823.tif 000036
2018523823.tif 000037
【０３７８】
図８Ａ〜８Ｄと、図９Ａ〜９Ｃは、１０μＭの化合物への暴露によって処理したときの２４時間時点におけるタンパク質存在量の増減と有意に関連付けられた経路を示しており、症例シナリオごとにバープロットとして表されている。図８Ａ〜８Ｄは、レナリドマイドまたは化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）で処置したときに、タンパク質存在量レベルの上昇と関連付けられた経路の−ｌｏｇ１０（ＦＤＲ  ｑ値）を示している。垂直の破線は、有意性カットオフ値（ＦＤＲ５％）を表している。図９Ａ〜９Ｃは、レナリドマイドまたは化合物Ａ（１０μＭ、２４時間）で処理したときにタンパク質存在量の減少と有意に関連付けられた経路の−ｌｏｇ１０（ＦＤＲ  ｑ値）を示している。垂直の破線は、有意性カットオフ値（ＦＤＲ５％）を示している。症例Ｂ１のバープロット（図９Ａ）と、症例Ｂ３のバープロット（図９Ｂ）と、症例Ｂ４のバープロット（図９Ｃ）が示されている。症例Ｂ２では、有意な経路は特定されていない。
【０３７９】
症例シナリオにわたり、レナリドマイドによって一貫して摂動した経路としては、タンパク質輸送に関連するプロセス、リソソーム及びエンドソーム空胞経路のダウンレギュレーション、ならびにインターフェロンシグナル伝達経路のアップレギュレーションが挙げられる。インターフェロンシグナル伝達経路は、症例Ｂ３において、アップレギュレーションと有意に関連付けられており、このシナリオにおいて、化合物に暴露したときのインターフェロン関連タンパク質のレベルの上昇を反映しているとともに、化合物Ａに対する応答の方が高い。キネシン及び巨核球の発生は、症例Ｂ２において、アップレギュレーションと有意に関連付けられており、おそらく、ＩＫＺＦ１／ＩＫＺＦ３の分解と、巨核球造血の阻害におけるそれらの役割と関係がある（Ｍａｌｉｎｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１２１（１３）：２４４０−２４５１（２０１３）を参照されたい。症例Ｂ２において、化合物Ａ及びレナリドマイドに暴露したときに摂動した有意なプロセスの重複が少ないことは、この特定のシナリオにおいて、両方の化合物の作用間の相関が小さいことと関係がある。２つの化合物における経路の重複は、他の症例シナリオの方が多く、両方の化合物に暴露したときに、類似の一般的機構が変化することを反映している。症例シナリオをペアごとに比較すると、変化したプロセスの重複が少なく、患者群によって、化合物による治療に対する応答が異なることが示されている。しかしながら、症例Ｂ２及びＢ３では、とりわけ、免疫応答、インターフェロンシグナル伝達、細胞の調節及びアポトーシスに関連する経路が共通しており、これらの症例では、白血球動態と炎症への変化が大きいことによって反映されているように、白血球の変化が、より大きいという仮説が裏付けられている。
【０３８０】
感受性患者／耐性患者において、インターフェロンの応答が異なるという仮説は、インターフェロンシグナル伝達プロセスを、化合物Ａに応答する患者におけるタンパク質存在量レベルの増加と関連付ける機能解析と整合している。化合物Ａによる、インターフェロン刺激性遺伝子のアップレギュレーションの実験検証は、ＣＬＬ患者における推定早期応答バイオマーカーの同定を導き得る。例えば、ＳＴＡＴ１は、感受性を有する患者の試料（症例Ｂ３）において、化合物Ａに暴露すると、タンパク質存在量の増加を示し（ＤＭＳＯに対する化合物Ａのｌｏｇ２倍数変化＝０．５４７、ＦＤＲ調整済みｑ値＝０．０１２）、耐性シナリオ（症例Ｂ４）では、タンパク質存在量は変化しない（ＤＭＳＯに対するＣＣ−１２２のｌｏｇ２倍数変化＝−０．０１８、ＦＤＲ調整済みｑ値＝０．９１９）。化合物Ａによる、インターフェロン刺激性遺伝子のアップレギュレーションの実験検証は、ＣＬＬ患者における推定早期応答バイオマーカーの同定を導き得る。
【０３８１】
６．４  実施例４−レナリドマイドまたは化合物Ｄに応答する、ＰＤＥ６Ｄのダウンレギュレーションは、この治療用化合物による細胞成長の阻害と相関する
方法
細胞株：ＥＨＥＢ、Ｉ８３−Ｅ９５、Ｍｅｃ２、ＣＩＩ、ＣＩ、ＷＡ−Ｃ３−ＣＤ５、ＷＡ−ＯＳＥＬ、Ｍｅｃ１、ＰＧＡ１、及びＨＧ３を含む１０個の異なるＣＬＬ細胞株を、レナリドマイドまたは化合物Ａによる処理に対するそれらの応答性に基づき、４つのバケット（バケット＃１、バケット＃２、バケット＃３、及びバケット＃４）に分けた。バケット＃１（ＥＨＥＢ及びＩ８３−Ｅ９５）は、両方の化合物に応答し、化合物Ａに応答した場合と、レナリドマイドの場合で同程度のＥＣ５０値を示す。バケット＃２（Ｍｅｃ２、ＣＩＩ、及びＣＩ）は、両方の化合物に応答し、レナリドマイドよりも、化合物Ａの方に感受性を有する。バケット＃３（ＷＡ−Ｃ３−ＣＤ５、ＷＡ−ＯＳＥＬ、Ｍｅｃ１、及びＰＧＡ１）は、化合物Ａに応答するが、レナリドマイドには応答しない。バケット＃４（ＨＧ３）は、化合物Ａにもレナリドマイドにも応答しない。
【０３８２】
チミジン取り込みアッセイ：チミジン取り込みアッセイによって、レナリドマイド及び化合物Ａが細胞増殖に及ぼす作用をアッセイした。簡潔に述べると、細胞を１ｍｌ当たり１×１０５個の密度で播種し、１μＭの化合物Ａまたは１０μＭのレナリドマイドで、１つの条件当たり４つの複製物を処理した。４日後、同じ濃度の治療用化合物を含む新鮮な培地によって、細胞を１：７で希釈した。３日後、３Ｈ−チミジンを加えて、増殖細胞を６〜７時間標識した。続いて、シンチレーションカウンターで計数するために、フィルタープレート上に細胞を回収した。
【０３８３】
ウェスタンブロット：細胞を１μＭの化合物Ａまたは１０μＭのレナリドマイドで７２時間処理した。続いて、細胞を回収し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びウェスタンブロットのために処理した。ＰＤＥ６Ｄ抗体は、Ｐｉｅｒｃｅから購入し、１：３００で使用した。ウェスタンブロットによる定量化では、Ｏｄｙｓｓｅｙというイメージャーを用いてバンド強度を測定してから、β−アクチンローディング対照に対して正規化した。
【０３８４】
散布プロット：１μＭの化合物Ａまたは１０μＭのレナリドマイドで処理した細胞の成長（チミジン取り込みアッセイで評価したもの）をＤＭＳＯ対照に対して正規化してから、ＤＭＳＯ対照に対して正規化した残存ＰＤＥ６Ｄタンパク質レベル（ウェスタンブロットによって評価したもの）に対してプロットした。
【０３８５】
結果
図１０Ａは、レナリドマイドまたは化合物Ａに応答する細胞の散布プロットを示している。化合物による処理に応答する細胞、すなわち、レナリドマイドまたは化合物Ａで処理したバケット＃１及び＃２の細胞、ならびに化合物Ａで処理したバケット＃３の細胞のデータポイントのみをプロットした。レナリドマイドと化合物Ａの両方に応答する細胞（ＥＨＥＢ、Ｉ８３−Ｅ９５、Ｍｅｃ２、ＣＩＩ、及びＣＩ）では、概して、１μＭの化合物Ａで処理した場合の方が、１０μＭのレナリドマイドで処理した場合よりも、細胞成長の阻害とＰＤＥ６Ｄの減少の程度が大きいことが観察された。１μＭの化合物Ａで処理した場合と、１０μＭのレナリドマイドで処理した場合の相違は、バケット＃２（Ｍｅｃ２、ＣＩＩ及びＣＩ）の方が、バケット＃１（ＥＨＥＢ及びＩ８３−Ｅ９５）よりも有意であった。
【０３８６】
図１０Ｂは、レナリドマイドまたは化合物Ａによる処理に応答した場合の、ＰＤＥ６Ｄのダウンレギュレーションと成長阻害との相関関係の線形回帰を示している。すなわち、ＰＤＥ６Ｄのタンパク質レベルの低下は、治療用化合物によって誘導される細胞成長阻害の程度を示すことによって、治療用化合物に応答するＣＬＬ患者を特定するため、ＣＬＬ患者の治療用化合物に対する応答性を予測するため、または患者の治療法を導くためのバイオマーカーとして用いることができる。
【０３８７】
本明細書では、例示目的で、具体的な実施形態について説明されているが、本発明で提供するものの趣旨及び範囲から逸脱しなければ、様々な修正を行ってよいことは、上記内容から分かるであろう。上で引用した参考文献はいずれも、参照により、その全体が本明細書に援用される。
【図１Ａ】
2018523823.tif 000038
【図１Ｂ】
2018523823.tif 000039
【図１Ｃ】
2018523823.tif 000040
【図１Ｄ】
2018523823.tif 000041
【図２Ａ】
2018523823.tif 000042
【図２Ｂ】
2018523823.tif 000043
【図２Ｃ】
2018523823.tif 000044
【図２Ｄ】
2018523823.tif 000045
【図３Ａ】
2018523823.tif 000046
【図３Ｂ】
2018523823.tif 000047
【図３Ｃ】
2018523823.tif 000048
【図３Ｄ】
2018523823.tif 000049
【図４Ａ】
2018523823.tif 000050
【図４Ｂ】
2018523823.tif 000051
【図４Ｃ】
2018523823.tif 000052
【図４Ｄ】
2018523823.tif 000053
【図５】
2018523823.tif 000054
【図６Ａ】
2018523823.tif 000055
【図６Ｂ】
2018523823.tif 000056
【図６Ｃ】
2018523823.tif 000057
【図７】
2018523823.tif 000058
【図８Ａ】
2018523823.tif 000059
【図８Ｂ−１】
2018523823.tif 000060
【図８Ｂ−２】
2018523823.tif 000061
【図８Ｂ−３】
2018523823.tif 000062
【図８Ｃ−１】
2018523823.tif 000063
【図８Ｃ−２】
2018523823.tif 000064
【図８Ｃ−３】
2018523823.tif 000065
【図８Ｃ−４】
2018523823.tif 000066
【図８Ｄ】
2018523823.tif 000067
【図９Ａ】
2018523823.tif 000068
【図９Ｂ−１】
2018523823.tif 000069
【図９Ｂ−２】
2018523823.tif 000070
【図９Ｂ−３】
2018523823.tif 000071
【図９Ｃ−１】
2018523823.tif 000072
【図９Ｃ−２】
2018523823.tif 000073
【図１０Ａ】
2018523823.tif 000074
【図１０Ｂ】
2018523823.tif 000075
【国際調査報告】
2018523823.tif 000076
2018523823.tif 000077
2018523823.tif 000078