(57)【要約】がんを患っている対象を、有効量のＦＧＦＲ阻害剤を含む薬学的組成物の投与の治療レジメンのために選択する方法であって、（１）前記対象から腫瘍生検または液体生検を採取する工程、（２）ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のいずれかまたはすべての発現のレベルを決定する工程、ならびに（３）決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルを予め確定された閾値と比較し、決定されたレベルが前記閾値を上回っている場合、前記対象は前記治療レジメンに適格であると宣言する工程を含む方法が記載される。本発明は、上記の方法によって対象を選択する工程、および有効量のＦＧＦＲ阻害剤を含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンに前記対象を付す工程を含む、個別化がん治療の方法にも関係する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）がんを患っている対象から腫瘍生検または液体生検を採取する工程、
（ｂ）ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを決定する工程、および
（ｃ）決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を、有効量の化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンに付す工程
を含む、個別化がん治療の方法。
【請求項２】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルがメッセンジャーＲＮＡレベルで測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．１２８〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の４４％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．３０１〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．６６９〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．２８９〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．４８４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．８８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．４９０〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６５％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．５５８〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．９８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．６７１〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の７０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の４４％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．６６９〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の６０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．９８４〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の７０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は１．４６０〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の８０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の４４％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．３０１〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の６０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．５５８〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の７０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．７５９〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の８０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項２に記載の方法。
【請求項１５】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルがタンパク質レベルで測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
がんを患っている対象を、有効量の化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンのために選択する方法であって、
（ａ）がんを患っている前記対象から腫瘍生検または液体生検を採取する工程、
（ｂ）ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを決定する工程、ならびに
（ｃ）決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を、前記治療レジメンに適格であるとみなす工程
を含む方法。
【請求項１７】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルがメッセンジャーＲＮＡレベルで測定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．１２８〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の４４％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．３０１〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．６６９〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．２８９〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．４８４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．８８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．４９０〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６５％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．５５８〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．９８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．６７１〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の７０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の４４％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．６６９〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の６０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．９８４〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の７０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は１．４６０〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の８０％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２６】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の４４％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２７】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．３０１〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の６０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．５５８〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の７０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２９】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．７５９〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の８０％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項１７に記載の方法。
【請求項３０】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルがタンパク質レベルで測定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項３１】
対象からの腫瘍生検もしくは液体生検において決定されるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る、対象におけるがんの処置における使用のための化合物Ａ。
【請求項３２】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルがメッセンジャーＲＮＡレベルで測定され、少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．１２８〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の４４％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項３１に記載の使用のための化合物Ａ。
【請求項３３】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の４４％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項３１に記載の使用のための化合物Ａ。
【請求項３４】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルが、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の４４％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である、請求項３１に記載の使用のための化合物Ａ。
【請求項３５】
がんを患っている対象を、化合物Ａによる処置のために選択する方法であって、前記対象からの腫瘍生検または液体生検におけるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを決定する工程、ならびに決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を処置に適格であるとみなす工程を含む方法。
【請求項３６】
前記がんが胃がんであり、ＦＧＦＲ２の発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象は処置に適格であるとみなされる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記がんが食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象は処置に適格であるとみなされる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
胃がんを患っている対象を、化合物Ａによる処置のために選択する方法であって、前記対象からの腫瘍生検または液体生検におけるＦＧＦＲ２の発現のレベルを決定する工程、および決定されたＦＧＦＲ２の発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を処置に適格であるとみなす工程を含む方法。
【請求項３９】
食道扁平上皮細胞癌を患っている対象を、化合物Ａによる処置のために選択する方法であって、前記対象からの腫瘍生検または液体生検におけるＦＧＦＲ１の発現のレベルを決定する工程、および決定されたＦＧＦＲ１の発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を処置に適格であるとみなす工程を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、腫瘍を有する対象の、ＦＧＦＲ阻害剤による処置のための選択、ならびにそのような阻害剤によるそのような対象の処置に関する。
【背景技術】
【０００２】
線維芽細胞成長因子およびそれらの受容体（ＦＧＦＲ）は、細胞の増殖、遊走および生存に影響を及ぼす重要な発生シグナリング経路を駆動する。異常なＦＧＦシグナリングは多くのがんに関与している。非特許文献１。ＦＧＦＲファミリーはＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３およびＦＧＦＲ４からなる。ＦＧＦＲは、腫瘍の一部において、遺伝子増幅、突然変異、または染色体転座もしくは染色体再編成によって活性化されるチロシンキナーゼである。ＦＧＦＲ１の増幅は扁平上皮細胞肺癌およびエストロゲン受容体陽性乳がんにおいて起こる。ＦＧＦＲ２も胃がんおよび乳がんにおいて増幅される。ＦＧＦＲ２中の突然変異は子宮内膜がんにおいて観察され、ＦＧＦＲ３の突然変異は膀胱がんにおいて観察される。非特許文献２〜９。ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の染色体転座および染色体再編成は、さまざまながんにおいて報告されている。非特許文献１０。
【０００３】
ＦＧＦＲ融合遺伝子も、血液腫瘍タイプと固形腫瘍タイプの両方において、さまざまながんに報告されている。例えば乳がんにおけるＦＧＦＲ１−ＥＲＬＩＮ２、扁平上皮細胞肺がんにおけるＦＧＦＲ２−ＫＩＡＡ１９６７、多発性骨髄腫におけるＦＧＦＲ３転座ｔ（４，１４）。いくつかの融合物は異なるがんに存在することが注目される。例えば、ＦＧＦＲ３−ＴＡＣＣ３融合物は、膠芽腫、膀胱がんおよび扁平上皮細胞癌に存在する。既知の融合遺伝子の包括的リストは、例えば非特許文献１１または非特許文献１２に見いだされる。
【０００４】
明白な必要に応えて、多少とも特異的なＦＧＦＲ阻害剤がいくつか開発された。それらには、ＰＤ１７３０７４（非特許文献１３）、パゾパニブ（非特許文献１４〜１５）、ＡＺＤ４５４７（非特許文献１６）、ポナチニブ（すなわちＡＰ２４５３４）（非特許文献１７）、ドビチニブ（非特許文献１８〜１９）、ＢＧＪ３９８（非特許文献２０）、ルシタニブ（Ｌｕｃｉｔａｎｉｂ）としても知られるＥ−３８１０（非特許文献２１）、ＪＮＪ−４２７５６４９３（非特許文献２２）、ＡＲＱ０８７（非特許文献２３）、ＬＹ２８７４４５５（非特許文献２４）、ＢＡＹ１１６３８７７（非特許文献２５）、ＡＳＰ５８７８（非特許文献２６）、Ｅ７０９０（非特許文献２７）、ＯＤＭ−２０３（非特許文献２８）、ニンテダニブ（非特許文献２９）、ＴＡＳ−１２０（非特許文献３０）、ＰＲＮ１１０９およびＰＲＮ１３７１（どちらも非特許文献３１）が包含される。それらには、特許文献１に記載されている阻害性アミノピラゾール誘導体およびそれらの薬学的に許容される塩類も包含され、これには特に、本明細書において化合物Ａと呼ぶ５−アミノ−１−（２−メチル−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−５−イル）−１Ｈ−ピラゾール−４−イル］−（１Ｈ−インドール−２−イル）−メタノンが含まれる。
【０００５】
いくつかのＦＧＦＲ阻害剤がヒトに投与されていることから、ある特定対象がある特定阻害剤で処置されるべきか処置されるべきでないかを決定するための適正な基準に関して疑問が生じる。この疑問は、突然変異によって活性化されたＦＧＦＲを保持する腫瘍、ＦＧＦＲ融合タンパク質を発現する腫瘍、および／または増幅された非突然変異型もしくは突然変異型のＦＧＦＲ遺伝子を含有する腫瘍に対して、阻害剤が活性であるかどうかに関係する。関連する疑問は、特定ＦＧＦＲファミリーメンバーに対する特異性に関係する。これらの疑問に対する答えは阻害剤特異的でありうる。現在の実務は、ＦＧＦＲ遺伝子中の上記遺伝子変化のいずれかを含む任意の腫瘍を、好ましいＦＧＦＲ阻害剤で処置することのようである。適正な選択基準がまだわかっていないことは明らかである。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
【特許文献１】国際公開第２０１１／０１６５２８号
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｔｕｒｎｅｒ，Ｎ．ａｎｄ  Ｇｒｏｓｅ，Ｒ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  １０：１１６−２９
【非特許文献２】Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（２０１２）Ｎａｔｕｒｅ  ４８９：５１９−２５
【非特許文献３】Ｅｌｂａｕｏｍｙ  Ｅｌｓｈｅｉｋｈ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．９：Ｒ２３
【非特許文献４】Ｔｕｒｎｅｒ，Ｎ．ｅｔ  ａｌ．（２０１０）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７０：２０８５−９４
【非特許文献５】Ｐｅｎｇ，Ｄ．Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２０１：４３９−５０
【非特許文献６】Ｍａｔｓｕｍｏｔｏ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １０６：７２７−３２
【非特許文献７】Ｂｙｒｏｎ，Ｓ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６８：６９０２−７
【非特許文献８】Ｃａｐｐｅｌｌｅｎ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２３：１８−２０
【非特許文献９】Ａｌ−Ａｈｍａｄｉｅ，Ｈ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２２４：２７０−９
【非特許文献１０】Ｐａｒｋｅｒ，Ｂ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２３２：４−１５
【非特許文献１１】Ａｎｎａｌａ  ｅｔ  ａｌ．（２０１３）
【非特許文献１２】Ｓｈａｗ，Ａ．Ｔ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｃａｎｃｅｒ  １３：７７２−８７
【非特許文献１３】Ｍｏｈａｍｍａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）ＥＭＢＯ  Ｊ．１７：５８９６−９０４
【非特許文献１４】Ｈａｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５１：４６３２−４０
【非特許文献１５】Ｋｅｉｓｎｅｒ  ａｎｄ  Ｓｈａｈ（２０１１）Ｄｒｕｇｓ  ７１：４４３−５４
【非特許文献１６】Ｇａｖｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７２：２０４５−５６
【非特許文献１７】Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３：４７０１−１９
【非特許文献１８】Ｔｒｕｄｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ  １０５：２９４１−８
【非特許文献１９】Ｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１８：１４３−５５
【非特許文献２０】Ｇｕａｇｎａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５４：７０６６−８３
【非特許文献２１】Ｂｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７１：１３９６−４０５
【非特許文献２２】Ｓｑｕｉｒｅｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００８）ＡＡＣＲ  Ａｂｓｔｒａｃｔ  １５４５
【非特許文献２３】Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７１（Ｓｕｐｐｌ．１）３６７１
【非特許文献２４】Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．１０：２２００−１０
【非特許文献２５】Ｈｅｒｏｕｌｔ  ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７４（Ｓｕｐｐｌ．１９）−Ａｂｓｔｒａｃｔ  １７３９
【非特許文献２６】第７３回日本癌学会学術総会（２０１４）−要旨／ポスター１４１１（７３ｒｄ  Ａｎｎｕａｌ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｊａｐａｎｅｓｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ（２０１４）−Ａｂｓｔｒａｃｔ／Ｐｏｓｔｅｒ  １４１１）
【非特許文献２７】Ｓａｏｒｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｍｉｙａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５）ＡＡＣＲ  Ａｂｓｔｒａｃｔ  ７７０
【非特許文献２８】Ｈｏｌｍｓｔｒｏｅｍ  ｅｔ  ａｌ．２６ｔｈ  ＥＮＡ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ（２０１４）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ５０（Ｓ６）：１４２−Ａｂｓｔｒａｃｔ  ４３２
【非特許文献２９】Ｒｏｔｈ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．５８：１０５３−６３
【非特許文献３０】Ｏｃｈｉｉｗａ，ｅｔ  ａｌ．（２０１３）ＡＡＣＲ；Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．１２（１１  Ｓｕｐｐｌ），Ａｂｓｔｒａｃｔ  Ａ２７０
【非特許文献３１】Ｐｈａｎ  ＶＴ．ｅｔ  ａｌ．２６ｔｈ  ＥＮＡ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ（２０１４）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ５０（Ｓ６）：１５７−Ａｂｓｔｒａｃｔ  ４８３
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、がんと診断された対象のうち、有効量の化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンに応答する可能性が高いグループを同定し選択するための方法に関する。本方法は、がんを患っている対象から腫瘍生検または液体生検を採取する工程、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを決定する工程、ならびに決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが当該ＦＧＦＲに関して予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を前記治療レジメンに適格であるとみなすまたは宣言する工程を含む。
【０００９】
特定の実施形態において、上記の方法は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ：ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ  ＲＮＡ）レベルで決定する。メッセンジャーＲＮＡレベルは任意の適切な方法によって評価されうる。好ましいのはデジタルな方法によるＦＧＦＲ  ｍＲＮＡ分子の検出である。このタイプの具体的一方法は、本明細書において使用されるＮａｎｏＳｔｒｉｎｇのｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイ（ｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙ）である。別の適切な一方法は逆転写および定量ＰＣＲである。
【００１０】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のそれぞれに関する閾レベルを確定するために、均衡のとれた患者由来腫瘍異種移植片（ＰＤＸ：ｐａｔｉｅｎｔ−ｄｅｒｉｖｅｄ  ｔｕｍｏｒ  ｘｅｎｏｇｒａｆｔ）モデルの集合が構築され、それらのモデルは、集合中に同様に代表される４つの異なるカテゴリー：
（ｉ）ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加およびＦＧＦＲの過剰発現、（ｉｉ）ＦＧＦＲの過剰発現を伴わない、ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加、（ｉｉｉ）ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加はないが、ＦＧＦＲの過剰発現がある、ならびに（ｉｖ）ＦＧＦＲ融合遺伝子産物の発現に当てはまる。
【００１１】
ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベル、ならびに化合物Ａによる処置の効力が測定される。これらのデータが、応答率とＦＧＦＲ発現のパーセンタイルカットオフレベルとの間の関係を確定する。表１を参照されたい。「応答率」（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｒａｔｅ）（「ＲＲ」と略記する場合もある）は化合物Ａによって効果的に処置される腫瘍を有するモデル、すなわち要求される最小処置効力ΔＴ／ΔＣ（ここでは０）を満たすモデルのパーセンテージを指す。ＦＧＦＲの発現のパーセンタイルカットオフレベルとは、あるパーセンタイルのモデルが、当該ＦＧＦＲに関して、同じ発現レベルまたはそれより低い発現レベルを有するようなレベルを指す。例えば、あるＦＧＦＲに関して発現の第７５パーセンタイルカットオフレベルは、当該ＦＧＦＲのレベルが最も低い７５％のモデルにおいて測定される最も高いレベルに対応する当該ＦＧＦＲのレベル（閾レベル）を特定する。表１は、発現の一定のパーセンタイルカットオフレベルに関する閾レベルを与えるが、閾レベルは他のパーセンタイルカットオフレベルについても容易に決定されることに注意されたい。そのような決定に必要なデータを下記表２に掲載する。
【００１２】
約４４％と約７３％との間のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲレベルが選択されうる。この範囲の閾レベルは、化合物Ａに応答することができるどのモデルも除外することがなく、同時に、すべてのモデル内に観察される応答率と比較して、過剰発現とみなされるモデル内に観察される応答率を実質的に（例えば１０％を上回って）増加させるからである。対応する応答率は約３６．２％〜約５２．５％である。より好ましいのは、約６０％〜約７３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲレベルである。対応する応答率は約３９．６％〜約５２．５％である。さらに好ましいのは、約６５％〜約７３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲレベルである。対応する応答率は約４２．９％〜約５２．５％である。最も好ましいのは、約７０％〜約７３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲレベルである。応答率が低いのでそれほど好ましくない閾値は、約４４％未満のカットオフレベルに対応するものである。処置可能な対象の一部が除外されるので同様にあまり好ましくないのは、７３％を上回るカットオフレベルに対応するものである。
【００１３】
本明細書において論じる適応症非依存的診断方法のために、各モデルに関する計算ではＦＧＦＲ１、２および３が考慮されたこと、すなわちモデルは、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３の少なくとも１つの発現レベルが、選ばれたパーセンタイルカットオフレベルに関して、対応する閾レベルを上回るのであれば、過剰発現とみなされたことに注意されたい。
【００１４】
【表１】
2018524010.tif 000002
【００１５】
上記の方法の他の特定実施形態では、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルが、タンパク質レベルで評価される。適切な方法には、ウェスタンブロッティング、ドットブロッティング、ＥＬＩＳＡ、イムノクロマトグラフィー、免疫組織化学、質量分析およびフローサイトメトリーが包含される。
【００１６】
上記の方法はがん適応症を識別しない。すなわち、上記の方法は適応症非依存的である。本発明は、具体的なタイプのがん、例えば食道がん、肺がん（例えば扁平上皮ＮＳＣＬＣ）または膀胱がんと診断された対象のうち、有効量の化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンに応答する可能性が高いグループを同定し選択するための方法も包含する。本方法は、これらのタイプのがんを患っている対象から腫瘍生検または液体生検を採取する工程、そのタイプのがんを患っている対象の一部の腫瘍において上昇していることがわかっているＦＧＦＲ（または複数ＦＧＦＲ）の発現のレベルを決定する工程、および、決定された前記ＦＧＦＲの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を前記治療レジメンに適格であるとみなすまたは宣言する工程を含む。
【００１７】
問題のＦＧＦＲ（または複数ＦＧＦＲ）に関する閾レベルを確定するために、前記具体的がんタイプに関して、均衡のとれた腫瘍異種移植片（ＰＤＸ）モデルの集合を構築することができ、それらのモデルは、典型的には、集合中に同様に表現される４つの異なるカテゴリー：
（ｉ）前記ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加および前記ＦＧＦＲの過剰発現、（ｉｉ）前記ＦＧＦＲの過剰発現を伴わない、前記ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加、（ｉｉｉ）前記ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加はないが、ＦＧＦＲの過剰発現がある、ならびに（ｉｖ）ＦＧＦＲ融合遺伝子産物の発現に当てはまる。
【００１８】
問題のＦＧＦＲの発現のレベル、ならびに化合物Ａによる処置の効力が測定される。これらのデータが、応答率とＦＧＦＲ発現のパーセンタイルカットオフレベルとの間の関係を確定する。カットオフレベルまたはカットオフレベルの範囲に対応する閾ＦＧＦＲレベルは、化合物Ａに応答することができるどのモデルも除外することなく、可能な限り高くなるように選択されうる（上記適応症非依存的方法の議論を参照されたい）。選択の目的に基づいて、より高いまたはより低いパーセンタイルカットオフレベルが選ばれうる。
【００１９】
本発明は、がんを患っている対象から腫瘍生検または液体生検を採取し、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のいずれかまたはすべての発現のレベルを決定し、決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を前記治療レジメンに適格であるとみなすまたは宣言する上記の方法、ならびに前記対象を、有効量の化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を含む治療レジメンに付すさらなるステップを追加する工程を含む、個別化がん治療の方法にも関係する。より具体的な一実施形態において、この個別化がん治療の方法は、がん適応症によって、層別化されうる。
【００２０】
本発明は、がんを患っている対象を、化合物Ａによる処置のために選択する方法であって、対象からの腫瘍生検または液体生検におけるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルを決定する工程、および決定されたＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合、前記対象を処置に適格であるとみなす工程を含む方法にも関係する。
【００２１】
本発明はさらに、対象からの腫瘍生検または液体生検において決定されるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のうちの少なくとも１つの発現のレベルが予め確定された閾レベルを上回る場合の、がんの処置を必要とする対象におけるがんを処置するための医薬の調製における化合物Ａの使用、または対象におけるがんの処置に使用するための化合物Ａに関する。
【００２２】
上記の方法および使用の具体的一実施形態において、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３の発現のレベルはメッセンジャーＲＮＡレベルで測定され、少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された発現の閾レベルは、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．１２８〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の４４％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応し、前記１６リファレンス遺伝子はＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６である。
【００２３】
さらにもう一つの具体的実施形態において、少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルは、ＦＧＦＲ１の場合は０．３０１〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．６６９〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．２８９〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される、上に定義される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応する。さらにもう一つの具体的実施形態において、少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルは、ＦＧＦＲ１の場合は０．４８４〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．８８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．４９０〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される、上に定義される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の６５％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応する。さらにもう一つの具体的実施形態において、少なくとも１つのＦＧＦＲの予め確定された閾レベルは、ＦＧＦＲ１の場合は０．５５８〜０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は０．９８４〜１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．６７１〜０．８１５の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される、上に定義される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、前記少なくとも１つのＦＧＦＲに関する発現の７０％〜７３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応する。
【００２４】
本発明の別の具体的一実施形態において、がんは胃がんであり、ＦＧＦＲ２の予め確定された発現の閾レベルは、ＦＧＦＲ２の場合は０．２５７〜１．６１０の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される、上に定義される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ２に関する発現の４４％〜８３％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応する。そのような実施形態において、より好ましいのは、約６０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（０．６６９〜１．６１０）である。さらに好ましいのは、約７０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（０．９８４〜１．６１０）である。最も好ましいのは、約８０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（１．４６０〜１．６１０）である。そのような実施形態では、ＦＧＦＲ２の発現のレベルだけを決定するか、またはＦＧＦＲ１、２および３の発現のレベルを決定することができる。
【００２５】
本発明のさらに別の一実施形態において、がんは食道扁平上皮細胞癌であり、ＦＧＦＲ１の予め確定された発現の閾レベルは、ＦＧＦＲ１の場合は０．１０４〜１．３６２の、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイによって測定される、上に定義される１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡ発現のレベルのメジアンと比較した発現レベルに対応する、ＦＧＦＲ１に関する発現の４４％〜８４％カットオフレベルのいずれかのレベルに対応する。そのような実施形態において、より好ましいのは、約６０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．３０１〜１．３６２）である。さらに好ましいのは、約７０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．５５８〜１．３６２）である。最も好ましいのは、約８０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．７５９〜１．３６２）である。そのような実施形態では、ＦＧＦＲ１の発現のレベルだけを決定するか、またはＦＧＦＲ１、２および３の発現のレベルを決定することができる。
【００２６】
上に挙げた閾レベル、ならびにいくつかの中間パーセンタイルカットオフレベルに関する閾レベルは、いずれも表１に見いだされる。前述のように、閾レベルは他のパーセンタイルカットオフレベルについても容易に決定されうる。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１】６６のＰＤＸモデルにおける化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。この分析において、ΔＴ／ΔＣ値＜０は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図２】左側は、どのＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加も融合遺伝子の発現も示さないＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、あるＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加または融合遺伝子の発現を示すＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図３】左側は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３をいずれも過剰発現しない（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベル未満のレベル）ＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３のいずれかを過剰発現する（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベルを上回るレベル）ＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図４】左側は、どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加を示さず、融合遺伝子の発現を示さず、ＦＧＦＲ突然変異の存在も示さない、ＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、あるＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加または融合遺伝子の発現またはＦＧＦＲ突然変異の存在を示すＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図５】６６のＰＤＸモデルにおける化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。この分析において、ΔＴ／ΔＣ値＜０．４は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図６】左側は、どのＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加も融合遺伝子の発現も示さないＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、いずれかのＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加または融合遺伝子の発現を示すＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０．４は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図７】左側は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３をいずれも過剰発現しない（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベル未満のレベル）ＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３のいずれかを過剰発現する（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベルを上回るレベル）ＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０．４は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図８】左側は、どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加を示さず、融合遺伝子の発現を示さず、ＦＧＦＲ突然変異の存在も示さないＰＤＸモデルに関する、化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）のウォーターフォールプロットである。右側は、あるＦＧＦＲに関する遺伝子コピー数の増加または融合遺伝子の発現またはＦＧＦＲ突然変異の存在を示すＰＤＸモデルに関する同様のプロットである。ΔＴ／ΔＣ値＜０．４は有効な処置を示す。横軸上にモデルが特定されている。
【図９】ＰＤＸ腫瘍試料の試験集合においてＲＴ−ｑＰＣＲ技術およびＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ技術のそれぞれによって測定されたｍＲＮＡレベルの間の極めて良好な相関関係を示す図である。どちらの方法でも、共通する３つのハウスキーピング遺伝子（ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９）の集合を標準化に利用した。（Ａ）１６の食道扁平上皮細胞癌（ＥＳＣＣ：ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ  ｓｑｕａｍｏｕｓ−ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）ＰＤＸ腫瘍試料−ＦＧＦＲ１  ｍＲＮＡレベルに関してＲ２＝０．９１５；（Ｂ）２６の胃ＰＤＸ腫瘍試料−ＦＧＦＲ２  ｍＲＮＡレベルに関してＲ２＝０．９５７。
【図１０】実施例１に従って、胃がんのＰＤＸモデルにおける化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）とＦＧＦＲ２の発現のレベルとの間の関係を示すと共に、ＦＧＦＲ２増幅（白丸）を示す図である。（Ａ）相関プロット；（Ｂ）箱ひげ図。
【図１１】実施例２に従って、ＥＳＣＣのＰＤＸモデルにおける化合物Ａによる処置の効力（ΔＴ／ΔＣ）とＦＧＦＲ１の発現のレベルとの間の関係を示すと共に、ＦＧＦＲ１増幅（白丸）を示す図である。（Ａ）相関プロット；（Ｂ）箱ひげ図。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
定義：
化合物Ａは、５−アミノ−１−（２−メチル−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−５−イル）−１Ｈ−ピラゾール−４−イル］−（１Ｈ−インドール−２−イル）−メタノン（ＣＡＳ１２６５２２９−２５−１）である。この化合物は特許文献１およびＮａｋａｎｉｓｈｉ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．１３：２５４７−５８に記載された。これは、そのような化合物の薬学的に許容される塩、例えば限定するわけではないが、酢酸、アジピン酸、Ｌ−アスコルビン酸、Ｌ−アスパラギン酸、カプリン酸（デカン酸）、炭酸、クエン酸、フマル酸、ガラクタル酸、Ｄ−グルコヘプトン酸、Ｄ−グルコン酸、Ｄ−グルクロン酸、グルタミン酸、グルタル酸、グリセロリン酸、グリコール酸、馬尿酸、塩酸、ＤＬ−乳酸、ラウリン酸、マレイン酸、（−）−Ｌ−リンゴ酸、パルミチン酸、リン酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸、硫酸、（＋）−Ｌ−酒石酸およびチオシアン酸も包含し、（−）−Ｌ−リンゴ酸は好ましい。
【００２９】
「ＦＧＦＲ」は、線維芽細胞成長因子受容体ファミリーのメンバーを指す。ＦＧＦＲファミリーは受容体チロシンキナーゼファミリーのメンバーである。ＦＧＦＲファミリーには４つのメンバー、すなわちＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３およびＦＧＦＲ４が知られている。本発明にいうＦＧＦＲは任意の起源に由来してよいが、好ましくは哺乳動物起源に由来し、より好ましくはヒト起源に由来しうる。本発明はＦＧＦＲ１、２および／または３に関し、本明細書において使用される用語ＦＧＦＲは、これら３つのＦＧＦＲ種のうちのいずれかまたはそれらの任意の組み合わせを指す。
【００３０】
「がん」は広く、転移性であっても非転移性であってもよい悪性新生物を指す。例えば消化管および皮膚などの上皮組織から発生するがんの限定でない例には、脳腫瘍、皮膚がん、頭頸部がん、食道がん、肺がん、胃がん、十二指腸がん、乳がん、前立腺がん、子宮頸がん、子宮体がん、膵がん、肝がん、胆管癌、胆嚢がん、直腸結腸がん、大腸がん、膀胱がん、および卵巣がんが包含される。筋などの非上皮組織（間質）から発生する肉腫の限定でない例には、骨肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、および血管肉腫が包含される。さらにまた、造血器官に由来する血液がんの限定でない例には、ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む悪性リンパ腫、急性骨髄球性白血病、慢性骨髄球性白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病を含む白血病、ならびに多発性骨髄腫が包含される。がんのこれらの例を、本明細書では、がんのタイプともいう。
【００３１】
化合物Ａ（本明細書では「活性剤」または「化合物」ともいう）の「治療有効量」とは、単回または複数回の投与後に、任意の医学的処置に適用可能な合理的ベネフィット／リスク比で、処置される対象に治療効果を付与する化合物の量を意味する。ただし、有効用量は、投与の経路ならびに抗新生物剤を含む他の薬剤の同時使用の可能性に依存して、変動することにもなると理解される。しかし、本発明の組成物の総１日量が健全な医学的判断の範囲内で主治医によって決定されることになることは、理解されるであろう。どの特定患者についても具体的な治療有効用量レベルは、状態／疾患の重症度；使用される具体的組成物；患者の年齢、体重、全身の健康状態、性別および食餌；投与の時間、投与の経路、活性剤の排泄率、処置の継続時間；活性剤と組み合わせてまたは活性剤と同時に使用される薬物などといった、医学分野において周知の因子を含む、さまざまな因子に依存するであろう。
【００３２】
「薬学的に許容される担体」または「薬学的に許容される媒体」という用語は、標準的な薬学的担体、溶媒、界面活性剤、または媒体をいずれも包含する。適切な薬学的に許容される媒体には水性媒体および非水性媒体が包含される。標準的な薬学的担体およびそれらの製剤は、限定ではない形で、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ，１９ｔｈ  ｅｄ．１９９５に記載されている。
【００３３】
「対象」という用語は、哺乳動物に関し、好ましくは人間に関する。
【００３４】
ＦＧＦＲに関する「過剰発現」という用語は、対応する非腫瘍細胞または非腫瘍組織において測定されるレベルを上回る、腫瘍または腫瘍生検中の（ＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルで測定された）発現のレベルを意味する。
【００３５】
方法論：
ＦＧＦＲキナーゼ阻害剤である化合物Ａによる処置に対する感受性が、６６の患者由来異種移植片（ＰＤＸ）モデルにおいて調べられた。ＰＤＸモデルは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）技術を使ったＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）およびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘヒトゲノムＵ２１９アレイプレートへのハイブリダイゼーションによって得られた利用可能な情報に基づいて選択された。以下の特徴、（ｉ）ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加およびＦＧＦＲの過剰発現、または（ｉｉ）ＦＧＦＲの過剰発現を伴わない、ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加、または（ｉｉｉ）ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加はないが、ＦＧＦＲの過剰発現がある、または（ｉｖ）ＦＧＦＲ融合遺伝子産物の発現、を有する、均衡のとれたモデルの集合が選択された。
【００３６】
各腫瘍モデルについて、腫瘍成長に対する化合物Ａの効果（処置効力）、ＦＧＦＲコピー数およびＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベルが評価（または再評価）された。いくつかのモデル研究では、免疫組織化学的方法を使ってＦＧＦＲタンパク質レベルも見積もられた。典型的な実験では、選択されたＰＤＸ腫瘍が接種されたシードマウスから腫瘍断片が収穫され、それらが雌Ｂａｌｂ／ｃヌードマウスの接種に使用された。腫瘍発生のために各マウスの右脇腹の皮下に１つの腫瘍断片（直径２〜３ｍｍ）が接種された。処置は、平均腫瘍サイズがおよそ２００〜２５０ｍｍ３に達した時に開始された。脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４に懸濁液として製剤化した化合物Ａ（６０〜８０ｍｇ／ｋｇ）または媒体のみ（すなわち脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４）が、腫瘍担持マウスに、１４日連続して毎日、胃管法によって経口投与された。
【００３７】
腫瘍体積は週に２回、カリパスを使って二次元で測定され、体積は式：Ｖ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の長径および短径である）を使ってｍｍ３の単位で表された。体重も週に２回記録された。処置効力はΔＴ／ΔＣとして表された。ここで、ΔＴは、処置最終日と処置開始時との間の、薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表し、ΔＣは、処置最終日と処置開始時との間の、非薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表す（メジアン体積差）。異なるモデルについて得られた結果が表２に示されている。
【００３８】
ＦＧＦＲコピー数はＦＩＳＨによって見積もられた。腫瘍担持動物から得られた腫瘍組織を緩衝ホルマリン中で固定し、パラフィンブロックに包埋した（ＦＦＰＥ）。Ｓｃｈｉｌｄｈａｕｓ，Ｈ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．２５：１４７３−８０に記載されているように、３〜４μｍの組織切片をシラン処理スライドにマウントし、脱パラフィンし、プロテアーゼ処理し、洗浄し、ＤＮＡ変性した後、ＦＧＦＲプローブにハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションに続いて、やはりＳｃｈｉｌｄｈａｕｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）に記載されているように蛍光顕微鏡を使って、腫瘍組織を、増幅ホットスポットについてスキャンした。使用されたＦＧＦＲプローブはＦＧＦＲ１／ＣＥＮ８二色プローブ（Ｄｕａｌ  Ｃｏｌｏｒ  ｐｒｏｂｅ）、ＦＧＦＲ２／ＣＥＮ１０二色プローブおよびＦＧＦＲ３／４ｐ１１二色プローブ（すべてＺｙｔｏｖｉｓｉｏｎ  ＧｍｂＨ（ドイツ・ブレーマーハーフェン）製）である。遺伝子コピー数増加（ＧＣＮ）は、増幅（ＦＩＳＨ  ＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比≧２．２）、またはＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比＜２．２であるがＦＧＦＲプローブおよびセントロメアプローブのそれぞれが＞２と定義される多染色体性のいずれかと定義された。
【００３９】
【表２−１】
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【００４０】
【表２−２】
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【００４１】
【表２−３】
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【００４２】
【表２−４】
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【００４３】
【表２−５】
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【００４４】
【表２−６】
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【００４５】
【表２−７】
2018524010.tif 000009
【００４６】
【表２−８】
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【００４７】
ＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベルを決定するために、キアゲン（ＱＩＡｇｅｎ）ｍｉＲＮｅａｓｙ  ＦＦＰＥキット（キアゲン２１７５０４）を製造者の説明書に従って使用することにより、１〜６個のマクロダイセクションによる１０μｍ厚のＦＦＰＥ切片から全ＲＮＡを抽出した。この手順は、キアゲン独自のＲＮＡ組織溶解緩衝液を用いる脱パラフィン組織の溶解、およびプロテイナーゼＫとのインキュベーションを伴った。カオトロピック塩の存在下でＲＮＡをスピンカラムのガラス繊維に特異的に結合させた。結合したＲＮＡをＤＮａｓｅと共にインキュベートし、一連の迅速洗浄−スピンステップで精製した後、水に溶出させた。ＲＮＡ濃度は、ＮａｎｏＤｒｏｐ分光測光器（サーモフィッシャーサイエンティフィック（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｃｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、米国マサチューセッツ州ウォルサム）を使った吸光度およびＱｕｂｉｔ蛍光計（ライフテクノロジーズ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ））を使った蛍光によって決定した。
【００４８】
製造者であるＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．（米国ワシントン州シアトル）（ｗｗｗ．ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ．ｃｏｍ）による指示のとおり、ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現アッセイプロトコールを使って１試料あたり３００ｎｇの全ＲＮＡを分析した。ｎＣｏｕｎｔｅｒアッセイは、ｃＤＮＡの合成および増幅の必要がなく、各遺伝子の発現レベルが相対的にカウントで測定されるように、溶液中の標的分子に直接ハイブリダイズする、標的特異的な、色分けされたプローブを使用する、関心対象のｍＲＮＡ分子の直接的デジタル検出に基づいている。各プローブは、バーコードを５’端に持つ５０塩基のレポータープローブ部分と、過剰なプローブを洗い流した後にデジタルデータ収集（カウント）を行うためにストレプトアビジンコートされたｎＣｏｕｎｔｅｒカートリッジ上に標的−プローブ複合体を固定化することを可能にするビオチン分子を３’端に持つ５０塩基の捕捉プローブ部分とから構成される。このＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ方法論の説明は、Ｇｅｉｓｓ，Ｇ．Ｋ．ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２６：３１７−３２５、Ｍａｌｋｏｗ，Ｖ．Ａ．ｅｔ  ａｌ（２００９）ＢＭＣ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｎｏｔｅｓ  ２：８０、およびＧｕａｎｃｉａｌ，Ｅ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｅｄ．３（４）：８３５−４４に見いだされる。
【００４９】
ＦＧＦＲ遺伝子およびリファレンス（すなわちハウスキーピング）遺伝子は本発明者らによって選択された。それらＦＧＦＲ遺伝子およびハウスキーピング遺伝子のためのプローブは、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．によって設計、合成され（カスタムＣｏｄｅＳｅｔ）、次に、ｎＣｏｕｎｔｅｒ分析システムにおける試料加工のために、すべての消耗品および試薬類（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇによって提供された８つの陰性標準化プローブおよび６つの陽性標準化プローブを含む）と共に、使用準備済みのｎＣｏｕｎｔｅｒマスターキットに挿入された。陰性標準化プローブは、バックグラウンド補正（下記参照）において使用され、陽性標準化プローブはカートリッジの品質管理にのみ使用される。陽性標準化プローブを使用する標準化の方法は、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇが２０１２年に発行したｎＣｏｕｎｔｅｒ発現データ分析ガイド（ｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｇｕｉｄｅ）に記載されているものとした。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇによって提供されたプローブの設計に使用された標的配列（ＦＧＦＲ標的配列、および標準化のための標的配列、すなわちハウスキーピング遺伝子の配列）を下記表３に再現する。標準化プローブ用のリファレンスを下記表４に掲載する。異なるモデルについて決定されたＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベル（ＡＣＴＢ、ＡＬＡＳ１、ＣＬＴＣ、ＭＲＰＬ１９、ＲＰＬ１９、ＲＰＬＰ０、ＳＦ３Ａ１、ＴＢＰ、ＴＵＢＢ、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン１、ｃ１ｏｒｆ４３エクソン２、ＣＨＭＰ２Ａエクソン３、ＥＭＣ７エクソン５、ＥＭＣ７エクソン３、ＧＰＩエクソン４およびＧＰＩエクソン６からなる１６リファレンス遺伝子の集合のｍＲＮＡレベルとの比較で表現されるもの）を表２に提示する。
【００５０】
得られたカウント値をバックグラウンド補正した。バックグラウンド補正された値を、分析された各ＲＮＡ検体において、「ハウスキーピング遺伝子」の発現レベルの並行測定に基づいて標準化した。以下の手順を使用した。
【００５１】
バックグラウンド補正
１．各試料について、陰性標準化プローブのカウントの平均＋標準偏差の２倍を計算することにより、バックグラウンド補正値を導き出した。
２．バックグラウンド補正された値は、陰性標準化プローブを除くすべてのプローブのカウントからバックグラウンド補正値を差し引くことによって得た。
【００５２】
ハウスキーピング遺伝子標準化
１．各試料について、バックグラウンド補正された標準化（ハウスキーピング遺伝子）プローブカウントのメジアンを計算した［ＨＫＧメジアン］。
２．標準化されたカウントは、ＦＧＦＲプローブのバックグラウンド補正されたカウントをそれぞれの試料のＨＫＧメジアンで割ることによって得た。
【００５３】
【表３−１】
2018524010.tif 000011
【００５４】
【表３−２】
2018524010.tif 000012
【００５５】
【表３−３】
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【００５６】
【表４】
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【００５７】
標準化された閾値は、標準化に利用したリファレンス遺伝子集合の影響を受けることに注意されたい（表５）。
【００５８】
【表５】
2018524010.tif 000015
【００５９】
あるいは、ＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベルはｍＲＮＡレベルを確実に定量することができる他の任意の方法によって決定されうる。適切な方法には以下に挙げるものがあるが、それらに限定されるわけではない。
【００６０】
（１）ノーザンブロット．ノーザンブロットは、ｍＲＮＡの分子量を見積もり、異なる試料中に存在するｍＲＮＡの相対量を測定するために利用することができる。一般的なブロッティング手順は、ホモジナイズした組織試料または細胞からの全ＲＮＡの抽出で始まる。ＲＮＡは、ゲル電気泳動によって、通常はアガロースゲル上で分離される。ゲル上には非常に多くの異なるＲＮＡ種が存在するので、ＲＮＡは通常、離散したバンドではなくスメアのように見える。ＲＮＡはニトロセルロースメンブレンに転写される。ただし、他のタイプのメンブレンを使用することもできる。ＲＮＡ分子はゲルにおける分離パターンと同じ分離パターンを保つ。ブロットは、典型的には一本鎖ＤＮＡであるプローブと共にインキュベートされる。このプローブはその相補的ＲＮＡ配列と塩基対を形成し、結合して、二本鎖ＲＮＡ−ＤＮＡ分子を形成することになる。プローブは、放射標識されているもの、または酵素（例えばアルカリホスファターゼもしくはセイヨウワサビペルオキシダーゼ）にカップリングされているものであることができる。後者の場合、プローブの場所は、取り付けられた酵素によって可視着色生成物に変換されるかＸ線フィルムを感光させる光を放つ着色生成物に変換される無色の基質と共にプローブをインキュベートすることによって、明らかにされる。プローブが放射能で標識されている場合、それはＸ線フィルムを直接感光させることができる。（２０００）Ｉｎｖｅｓｔ．Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．Ｖｉｓ．Ｓｃｉ．４１：２３５７−６２。
【００６１】
（２）ヌクレアーゼ保護アッセイ（ＮＰＡ：ｎｕｃｌｅａｓｅ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ）．ＮＰＡ（リボヌクレアーゼ保護アッセイとＳ１ヌクレアーゼアッセイをどちらも含む）は特異的ｍＲＮＡを検出し定量するための極めて高感度な方法である。抽出されたＲＮＡは、まず、１つまたは複数の関心対象配列に相補的な放射標識されたＲＮＡプローブまたはＤＮＡプローブと混合され、相補鎖がハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド）を形成する。次に、その混合物を、一本鎖ＲＮＡ（ＤＮＡ）だけを特異的に切断し二本鎖ＲＮＡ（またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド）に対する活性は有しないリボヌクレアーゼに曝露する。反応が完了すると、感受性ＲＮＡ領域は極めて短いオリゴマーまたは個々のヌクレオチドに分解されるので、生き残ったＲＮＡ断片は添加されたアンチセンス鎖に相補的であったもの、それゆえに関心対象配列を含有したものである。残っている保護された断片はゲル電気泳動によって分離され、オートラジオグラフィーによって可視化される。Ｍａｄｄｕｌａ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．「ＦＧＦＲ  ａｎｄ  ＦＧＦ  ｌｉｇａｎｄ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｔｈｅｒａｐｙ」ＨＴＧ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ，ＵＳＡ，２０１４  ＡＳＣＯ  Ａｎｎｕａｌ  Ｍｅｅｔｉｎｇ。
【００６２】
（３）逆転写−定量ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ｑＰＣＲ：ｒｅｖｅｒｓｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）．ＲＴ−ｑＰＣＲは遺伝子発現の研究を一変させた。現在では、出発材料の希少性または特異的ｍＲＮＡの相対的存在量に関係なく、理論的にはあらゆる遺伝子のＲＮＡ転写産物を検出することが可能である。ＲＴ−ｑＰＣＲでは、ＲＮＡテンプレートがレトロウイルス逆転写酵素を使って相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）にコピーされる。次に、ｃＤＮＡはＰＣＲによって指数的に増幅され、増幅は、各ＰＣＲサイクル中にカメラで簡単に検出することができる蛍光の生成と関連づけられる。このプロセスは「リアルタイム」にモニタリングされ、定量的である。相対定量ＲＴ−ｑＰＣＲでは、内部対照転写産物を関心対象の遺伝子転写産物と同時に増幅する必要がある。内部対照は試料を標準化するために使用される。標準化されると、特異的ｍＲＮＡの相対的存在量の直接比較を試料間で行うことが可能になる。相対ＲＴ−ｑＰＣＲ結果が有意義であるために、ＰＣＲ反応の産物はすべて、増幅の線形範囲内で分析されなければならない。Ｙａｎ，Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｅｓ．Ｔｈｅｒ．１３（４）：Ｒ１３０、Ｗｏｎｇ，Ｍ．Ｌ．ａｎｄ  Ｍｅｄｒａｎｏ，Ｊ．Ｆ．（２００５）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ３９：７５−８５。
【００６３】
（４）ＤＮＡマイクロアレイへのハイブリダイゼーション．ＧｅｎｅＣｈｉｐマイクロアレイは、（アレイ上の）ＤＮＡセグメントと（分析対象試料からの）ＲＮＡ標的分子とのハイブリダイゼーションを使って、発現レベルを、すなわち所与の遺伝子からどのくらいの量のＲＮＡが作られているかを決定する。既知のＤＮＡセグメントが、試料ｍＲＮＡを結合し同定するための「プローブ」として使用される。これは、他のハイブリダイゼーション技法（サザンブロッティングおよびノーザンブロッティングなど）と実質的に異ならないが、マイクロアレイがユニークな点は、一度に提供される情報の量である。何万ものＤＮＡ配列（またはさらに多数のオリゴヌクレオチド）が、既知の整然とした方法で、小さな固形支持構造またはマイクロチップ上に配列される（それゆえに「アレイ」である）。増幅およびラベリング後のＲＮＡ試料をアレイに結合させる。試料中の遺伝子が発現していれば、そのｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）は、チップ上のその相補的ＤＮＡプローブにハイブリダイズすることになる。次に、アレイがスキャンされて、特異的遺伝子の機能に関して質的情報と量的情報の両方を与える。Ｄａｌｍａ−Ｗｅｉｓｚｈａｕｓｚ，Ｄ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．４１０：３−２８、Ｙａｄａｖ，Ｖ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８７：２８０８７−９８。
【００６４】
（５）ＲＮＡ−Ｓｅｑ．ＲＮＡ−Ｓｅｑは、ディープシーケンシング技術を使用するトランスクリプトームプロファイリングのための最近開発されたアプローチである。また、ＲＮＡ−Ｓｅｑは、転写産物およびそれらのアイソフォームのレベルについて、他の方法よりもはるかに多くの正確な測定を与える。ＲＮＡ−Ｓｅｑ実験はすべて同様のプロトコールに従う。全ＲＮＡが関心対象の試料から単離される。全ＲＮＡは、プロファイリングしようとするＲＮＡのタイプに応じて、ライブラリーの調製前に、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、またはｌｉｎｃＲＮＡなどを濃縮するために精製されうる。ライブラリー調製は、ｃＤＮＡへの逆転写、ＰＣＲ増幅などのステップを伴う場合があり、ストランド情報は保存される場合も保存されない場合もある。シーケンシングは、１つのシングルエンドシーケンス反応において１つのリードをもたらすか、ペアエンド反応において、シーケンスされていない断片で隔てられた２つの端部をもたらすことができる。Ｌｉ，Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ．５：４３８−５１。ディープシーケンシング技術を概観するには、Ｍｅｔｚｋｅｒ，Ｍ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．１１：３１−４６を参照されたい。
【００６５】
ＦＧＦＲ遺伝子の発現は、異なるＦＧＦＲのタンパク質レベルを確実に定量することができる方法によっても評価されうる。適切な方法には以下に挙げるものがあるが、それらに限定されるわけではない。
【００６６】
（１）ウェスタンブロッティング．ウェスタンブロッティングでは、ネイティブタンパク質を３−Ｄ構造によって分離するか、変性タンパク質をポリペプチドの長さによって分離するために、ゲル電気泳動を使用する。次に、タンパク質はメンブレン（典型的にはニトロセルロースまたはＰＶＤＦ）に転写され、そこで標的タンパク質に特異的な一次抗体を使って染色される。結合されたら、抗体は、一次抗体にカップリングされた特異的タグを使って、または可視化されうる二次抗体を使って、可視化される。Ｗｙｎｅｓ，Ｍ．Ｗ．ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０：３２９９−３０９。
【００６７】
（２）イムノドットアッセイ．ドットブロッティングは生物学的試料中の既知のタンパク質を同定するための簡単な技法である。この技法の平易さおよび単純さがドットブロッティングを理想的な診断ツールにしている。ドットブロッティングの重要な特徴は、特異的タンパク質、例えばある疾患に関するタンパク質マーカーを同定するための、免疫検出の使用である。タンパク質がタンパク質結合メンブレン、通常はニトロセルロースまたはＰＶＤＦ上に固定化されたら、それらは一次抗体、すなわち関心対象のタンパク質に特異的な抗体でプローブされうる。結合されたら、抗体は、一次抗体にカップリングされた特異的タグを使って、または二次抗体を使って、可視化される。Ｇｉｒｊｅｓ，Ａ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ  Ｒｅｃｏｒｄ  １３３：１３６−４１、Ｓｈｅｋｈａｒ，Ｍ．Ｓ．（２０１０）Ａｑｕａｃｕｌｔｕｒｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４１：１６８３−９０。
【００６８】
（３）イムノアッセイ．酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、抗体および色の変化を使って物質を同定し、固相酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）を使って液体試料または湿潤試料中の物質の存在、通常は抗原の存在を検出する検査である。試料からの抗原が表面に取り付けられる。次に、さらなる特異的抗体が、抗原に結合できるように、表面に適用される。この抗体は酵素に連結されており、最終ステップではその酵素の基質が加えられる。それに続く反応は、検出可能なシグナル、最も一般的には基質の色の変化をもたらす。いくつかのプラットフォーム技術がマルチプレックス化され小型化されたイムノアフィニティーアッセイのための方法を提供している（例えばＬｕｍｉｎｅｘ、ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  ＤｉｓｃｏｖｅｒｙおよびＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）。線維芽細胞成長因子受容体３（ＦＧＦＲ３：ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ３）ＥＬＩＳＡキット（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｕｓａｂｉｏ．ｃｏｍ／）；Ｌｅｑｕｉｎ，Ｒ．Ｍ．（２００５）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．５１：２４１５−８。
【００６９】
（４）イムノクロマトグラフィー．イムノクロマトグラフィーアッセイ（ラテラルフローテストまたはストリップテストとしても知られている）は、読み取り装置によってサポートされる応用も数多く存在するものの、専用の高価な装置を必要とすることなく試料（マトリックス）中の標的分析物の存在（または非存在）を検出することを目的とする簡単なデバイスを利用する。この技術は、多孔性紙または焼結ポリマーなどの一連の毛細管床に基づいている。これらの要素のそれぞれは、流体（例えば尿）を自発的に輸送することができる。第１要素（試料パッド）はスポンジとして機能し、過剰の試料流体を保持する。浸漬されると、流体は、第２要素（コンジュゲートパッド）、すなわち標的分子（例えば抗原）と粒子表面に固定化されたその化学的パートナー（例えば抗体）との間の最適化された化学反応を保証するためのものをすべて含有する塩−糖マトリックス中の乾燥フォーマットの生物活性粒子へと移動する。試料流体が前記塩−糖マトリックスを溶解すると、それは前記粒子も溶解し、１回の複合輸送作用で、試料とコンジュゲートとが多孔性構造中を流れる間に混ざる。こうして、分析物は第３の毛細管床へとさらに移動しながら粒子に結合する。この材料は、製造者によって第３分子が固定化された１つ以上のエリア（ストライプと呼ばれることが多い）を有する。試料−コンジュゲート混合物がこれらのストリップに到達する時点までに、分析物は粒子上に結合され、第３の「捕捉」分子はその複合体を結合する。しばらくして、さらに多くの流体がストライプを通過すると、粒子が蓄積して、ストライプエリアが変色する。典型的には、少なくとも２本のストライプがある。一本は、任意の粒子を捕捉することによって、反応条件および技術がうまく機能していることを示すもの（対照）であり、もう一つは、特異的捕捉分子を含有し、分析物分子が固定化された粒子だけを捕捉する。これらの反応ゾーンを通過した後に、流体は最後の多孔性材料、すなわち単に排液容器として機能する吸水リザーバー（ｗｉｃｋ）に入る。Ｚｅｎｇ．Ｑ．ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ａｍ．Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．１：７０−７９。
【００７０】
（５）免疫組織化学．免疫組織化学（ＩＨＣ：ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）は、組織切片中のタンパク質の存在および場所を明示することができる方法である。この方法は、半定量的でしかないものの、無傷の組織におけるプロセスの観察を可能にする。ＩＨＣプロトコールの基本的ステップは以下のとおりである：組織を固定し、包埋する、切片を切出し、マウントする、切片を脱パラフィンし、再水和する、抗原賦活化プロセスを適用し、組織化学的染色を行い、顕微鏡下で染色を見る。以下のプロトコールを使って腫瘍組織におけるＦＧＦＲ発現を検出した：免疫染色は４μｍパラフィン包埋組織切片で行った。簡単に述べると、スライドをキシレン中で脱パラフィンし、段階的エタノール系列を利用して脱水し、内在性ペルオキシダーゼを３％過酸化水素でブロッキングした。エピトープ賦活化後に、スライドを洗浄し、０．１％（ｖｏｌ．）Ｔｗｅｅｎ２０／５％（ｖｏｌ．）正常ヤギ血清を含むトリス緩衝食塩水でブロッキングした。一次抗体とのインキュベーションを４℃で一晩行った後、二次抗体とのインキュベーションを室温で３０分行った。切片を、０．１％（ｖｏｌ．）Ｔｗｅｅｎ２０を含むトリス緩衝食塩水で３回洗浄し、ジアミノベンジジン（ＤＡＢ：ｄｉａｍｉｎｏｂｅｎｚｉｄｉｎｅ）で染色し、ヘマトキシリンで対比染色した。
一次抗体：
ＦＧＦＲ１  ウサギモノクローナル抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ番号９７４０、クローン番号Ｄ８Ｅ４）
ＦＧＦＲ２  ウサギポリクローナル抗体（Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ、カタログ番号ＮＢ２００−６４２）
ＦＧＦＲ３  マウスモノクローナル抗体（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ番号ｓｃ−１３１２１、クローンＢ−９）
Ｇｕａｎｃｉａｌ  ｅｔ  ａｌ．（２０１４）、Ｒｅｄｌｅｒ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．８：ｅ７２２２４。
【００７１】
（６）質量分析．質量分析（ＭＳ：ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）はタンパク質を同定し定量するためにイオンの質量対電荷比を測定する。質量分析は複雑な混合物中の非常に低い分析物濃度を検出できるが、分析中にペプチドおよびイオンの喪失がかなり起こるので、ＭＳは本質的に定量的でない。それゆえに、ペプチドラベルまたはペプチド標準が試料と同時に分析され、それらが相対的または絶対的なペプチド定量のためのリファレンスポイントとして機能する。Ｃａｔｅｎａｃｃｉ．Ｄ．Ｖ．ｅｔ  ａｌ．（２０１４）ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ９：ｅ１００５８６、Ｒａｚａｖｉ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．５９：１５１４−２２。液体組織選択反応モニタリング（ＬＴ−ＳＲＭ：Ｌｉｑｕｉｄ  Ｔｉｓｓｕｅ−Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ）を使用する質量分析アプローチは、ＦＧＦＲのレベルを客観的に定量するために使用することができる。Ｈｅｍｂｒｏｕｇｈ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｃｌｉｎ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ：９：５、Ｈｅｍｂｒｏｕｇｈ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．５：４５４−６５。
【００７２】
（７）フローサイトメトリー．フローサイトメトリーは、細胞計数、細胞選別、バイオマーカー検出およびタンパク質工学において使用される、レーザーに基づく生物物理学的技術である。フローサイトメトリーでは、細胞を流体の流れに懸濁し、それらを電子検出機器のそばに通す。フローサイトメトリーでは、１秒あたり何千もの粒子の物理的および化学的特徴の同時マルチメトリック分析が可能である。タンパク質に特異的な抗体を使用することにより、フローサイトメトリーは、複雑な細胞集団または細胞プロセスを理解するために使用される細胞表面マーカー、そして場合によっては細胞質マーカー、または核マーカーの発現に関する情報を提供することができる。Ｙａｎ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（２０１１）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｅｓ．Ｔｈｅｒ．１３：Ｒ１３０。
【００７３】
６６すべてのＰＤＸモデルのΔＴ／ΔＣ値のウォーターフォールプロットを図１に示す。薬物処置の効力を定義するために０というΔＴ／ΔＣ値（腫瘍成長の完全な阻害）を使用した場合、６６のうち２１の腫瘍（約３２％の応答率）だけが化合物Ａによって効果的に処置された。ＰＤＸモデルはヒト腫瘍の低継代数モデルであり、それゆえにヒト腫瘍の性質を厳密に再現する可能性が高いので、このデータは、ヒト対象（増幅したＦＧＦＲ遺伝子を有し、ＦＧＦＲ融合遺伝子を発現し、かつ／またはＦＧＦＲ  ｍＲＮＡの過剰発現をある程度呈した人々）のうちの約３２％だけがこの薬物処置に応答するであろうこと、および対象のうちのほぼ６８％はこの薬物の恩恵を受けそうにないことを予測していると解釈された。ヒト対象を、ｍ抗ＦＧＦＲ活性を有する選択的チロシンキナーゼ阻害剤（新規化学物質）の治験のために選択するための典型的基準は、ＦＧＦＲ遺伝子の遺伝子コピー数の増加（増幅、多染色体性）またはＦＧＦＲ融合タンパク質遺伝子の存在であることに注意されたい。遺伝子コピー数増加および／またはＦＧＦＲ融合遺伝子の存在を呈したすべてのＰＤＸモデルのΔＴ／ΔＣ値のウォーターフォールプロットも、３２．５％の応答率を示した（図２、右側のプロット）。それゆえに、これらの選択基準の適用は、化合物Ａによって効果的に処置されるモデルのサブグループを同定することも、このサブグループを少なくとも濃縮することもできなかった。逆の分析でも、すなわち、どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加が見られず、ＦＧＦＲ融合遺伝子の発現も見られなかったすべてのＰＤＸモデルを考慮した場合も、本質的に同じ結果が得られた（図２、左側のプロット）。
【００７４】
驚いたことに、ＦＧＦＲをあるレベルまで過剰発現させるモデルだけを考慮すると、４０のうち２１のＰＤＸモデル（約５２％の応答率）が化合物Ａに応答することがわかった（図３、右側のプロット）。逆に、どのＦＧＦＲも当該レベルまで過剰発現しなかったモデルだけを分析に含めた場合、応答率は０であった（図３、左側のプロット）。これらの知見は、ＦＧＦＲ（すなわちＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３）の過剰発現が、ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加および／またはＦＧＦＲ融合遺伝子の存在よりもかなり良い、化合物Ａによる治療の成功の予測因子であることを強く示唆した。この分析のために、ＦＧＦＲは、標準化されたそのＲＮＡレベルが６６のＰＤＸモデルの７３％に見いだされるもの（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベル）より高ければ、有意に過剰発現しているとみなされた。この閾レベル（上記のＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ技術によって決定されるＦＧＦＲエクソン１４ＲＮＡ／リファレンスＲＮＡ）は、ＦＧＦＲ１の場合は０．６４１、ＦＧＦＲ２の場合は１．０９４、そしてＦＧＦＲ３の場合は０．８１５であった。
【００７５】
すべてのモデルの事後分析により、いくつかのモデルにおけるＦＧＦＲ突然変異の存在が同定された。そのような突然変異を選択基準として含む応答率の計算により、驚いたことに、遺伝子改変よりも優れたＦＧＦＲ過剰発現の予測力が確認された。遺伝子コピー数の増加ならびに／またはＦＧＦＲ融合遺伝子および／もしくはＦＧＦＲ突然変異の存在を呈するすべてのＰＤＸモデルのΔＴ／ΔＣ値のウォーターフォールプロットは、約３２％の応答率を示した（図４、右側のプロット）。したがって上記と同様に、ＦＧＦＲ突然変異を含む選択基準としての遺伝子改変の適用もまた、化合物Ａによって効果的に処置されるモデルのサブグループを同定することも、このサブグループを少なくとも濃縮することもできなかった。逆の分析でも、すなわち、どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加が見られず、ＦＧＦＲ融合遺伝子の発現が見られず、ＦＧＦＲ突然変異の存在も見られないすべてのＰＤＸモデルを考慮した場合も、本質的に同じ結果が得られた（図４、左側のプロット）。
【００７６】
閾ＦＧＦＲ発現レベルを増加させるか減少させることによってＦＧＦＲ過剰発現の予測力が改変されうることに注意されたい。発現の第４４パーセンタイルカットオフレベルにおいて、化合物Ａによる治療に対する応答率は約３６％であった（表１）。これは、ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数の増加および／またはＦＧＦＲ融合遺伝子の存在および／またはＦＧＦＲ突然変異の存在に関する選択によって生じるものよりは、依然として良い応答率である。発現の第７３パーセンタイルカットオフレベルでは、応答率がかなり高くなり、すなわち５２％を超えた（図３、右側のプロット；表１）。第９０パーセンタイルカットオフでは、７１％を超えた。しかし、第７４パーセンタイル以上のカットオフレベルでは、化合物Ａに応答した一部のモデルが除外された。
【００７７】
過剰発現選択基準は、化合物Ａによる効果的処置を化合物Ａによる無効な処置から分離するために選ばれたΔＴ／ΔＣ閾値には、比較的鋭敏でないことがわかった。上記の分析において、ΔＴ／ΔＣ閾は、処置期間中の腫瘍成長の完全な停止に対応するゼロ（０）に設定された。ΔＴ／ΔＣ閾を、処置期間中の腫瘍成長の実質的低減に対応する０．４に設定した場合、選択なしでの応答率は５１．５％であった（図５）。ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数が増加しているか、かつ／またはＦＧＦＲ融合遺伝子を発現するモデルだけを考慮した場合、応答率は５０％であった（図６、右側のプロット）。どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加が見られず、検出可能なＦＧＦＲ融合遺伝子の発現も見られないＰＤＸモデルだけを考慮した場合、応答率は５３．８％であった（図６、左側のプロット）。これらの知見も、これら二つの選択基準には予測的価値がほとんどまたはまったくないことを示唆した。ＦＧＦＲを過剰発現するモデルだけ（発現の第７３パーセンタイルカットオフレベル）を考慮した場合、応答率は７２％超に達した（図７、右側のプロット）。このように、処置効力に関して０．４というそれほど厳しくない閾を使った場合でさえ、ＦＧＦＲの過剰発現はなお、化合物Ａによる治療の成功の有意な予測因子であった。
【００７８】
ΔＴ／ΔＣ閾を０．４に設定して、選択基準においてＦＧＦＲ突然変異を考慮した場合、上記と同じ観察をすることができる。ＦＧＦＲ遺伝子のコピー数が増加しており、ＦＧＦＲ融合遺伝子を発現し、かつ／またはＦＧＦＲ遺伝子に突然変異を有するモデルだけを考慮した場合、応答率は５２．４％であった（図８、右側のプロット）。どのＦＧＦＲについても遺伝子コピー数の増加が見られず、ＦＧＦＲ融合遺伝子の発現も、ＦＧＦＲ突然変異の存在も見られないＰＤＸモデルだけを考慮した場合、応答率は５０％であった（図８、左側のプロット）。
【００７９】
上で議論したように、ＦＧＦＲ発現を見積もるために使用する方法論によって、上記の分析が制限されることはなかった。ノーザンブロット、ヌクレアーゼ保護アッセイ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、マイクロアレイハイブリダイゼーションまたはＲＮＡ−Ｓｅｑなど、ｍＲＮＡレベルを測定する他の方法でも、同様のデータを生成させることができた。ＲＴ−ｑＰＣＲとＮａｎｏＳｔｒｉｎｇのｍＲＮＡ発現結果が非常によく相関することを明示する一例が図９に示されている。これらのグラフは、ＰＤＸ腫瘍試料の試験集合についてＲＴ−ｑＰＣＲ技術とＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ技術のそれぞれによって測定されたｍＲＮＡレベルを示している：（Ａ）１６の食道扁平上皮細胞癌（ＥＳＣＣ）ＰＤＸ腫瘍試料（ＦＧＦＲ１  ｍＲＮＡレベルについてＲ２＝０．９１５）および（Ｂ）２６の胃ＰＤＸ腫瘍試料（ＦＧＦＲ２  ｍＲＮＡレベルについてＲ２＝０．９５７）。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ測定は、ＲＴ−ｑＰＣＲデータの標準化に使用した３リファレンス遺伝子の集合（下記参照）と同じ集合を使って標準化を行った点以外は、本明細書の方法論の項に記載するプロセスに従って行われた。ＲＴ−ｑＰＣＲ測定は次のように行われた。ｍｉＲＮｅａｓｙ  ＦＦＰＥキット（キアゲン）を使ってＦＦＰＥ組織切片から全ＲＮＡを単離した。Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｒ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｃＤＮＡ  Ｍａｓｔｅｒ（ロシュ（Ｒｏｃｈｅ））を使って５００ｎｇのＲＮＡで逆転写を実行した。ｑＰＣＲのために、ＦＡＭ色素標識ＴａｑＭａｎアッセイ（ロシュ、Ｔｈｅｒｍｏ）およびＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）１５３６  ＤＮＡ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｍａｓｔｅｒ（ロシュ）を使ってｃＤＮＡを増幅した。標準化された相対的発現レベルの計算は、ｑｂａｓｅＰＬＵＳソフトウェア・バージョン３．０（Ｂｉｏｇａｚｅｌｌｅ）を使って行った。標準化は、ｑｂａｓｅＰＬＵＳのｇｅＮｏｒｍモジュールを使って検証された３つの安定に発現するリファレンス遺伝子（ＣＬＴＣ、ＡＬＡＳ１およびＭＲＰＬ１９）を使って行われた。ＦＧＦＲ過剰発現は、ウェスタンブロッティング、ドットブロッティング、ＥＬＩＳＡ、イムノクロマトグラフィー、免疫組織化学、質量分析およびフローサイトメトリーなどの方法により、タンパク質発現のレベルでも評価することができた。これらの方法のいずれかで得られたデータに基づいて、ＦＧＦＲ  ｍＲＮＡ発現またはＦＧＦＲタンパク質発現に関して、望ましいパーセンタイルカットオフおよび対応する閾値を、前述のように決定することができた。
【００８０】
ＦＧＦＲの過剰発現は、がん適応症またはがんサブタイプに依存せずに、化合物Ａによる治療に応答する可能性が高い対象を選択するための良い基準である。がん適応症またはがんサブタイプに基づく層別化は、（上記のように実行される）過剰発現分析の予測力を、特定の適応症またはサブタイプにおいて強化する可能性を有する。ＦＧＦＲ発現と処置効力との間の相関関係が特定の適応症に当てはまることを示す例を図１０および図１１に提示する。例えば図１１Ａのグラフは、食道扁平上皮細胞癌（ＥＳＣＣ）のＰＤＸモデルにおいて、化合物Ａによる処置の効力が、ＦＧＦＲ１発現の程度と共に増加することを示している。研究された食道モデルではΔＴ／ΔＣ比がＦＧＦＲ１発現と逆相関している（スピアマン相関ｐ値：０．００４３８７２）。
【００８１】
上記の知見および結論に基づいて、本発明者らは、化合物Ａによる処置に応答する可能性が高い、がんと診断された対象を同定し選択するための方法を提案する。第１ステップは、腫瘍組織生検または液体生検（例えば、そこから循環腫瘍細胞またはエキソソームを単離することのできる血液）を対象から得ることからなる。生検は、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３遺伝子の発現のレベルを決定するために選ばれた方法の要求に従って加工される。次のステップでは、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３  ＲＮＡまたはタンパク質の量が見積もられる。最後のステップでは、そうして得た発現値が、前述したタイプの分析によって決定された予め確定された閾値と比較される。ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のいずれかに関して対象のＲＮＡまたはタンパク質のレベルがそれぞれの閾値を上回っている場合、その対象は、化合物Ａによる処置の候補とみなされる。本発明は、化合物Ａによる処置に応答する可能性が高いと、この診断方法によって選択された患者が、化合物Ａを含む薬学的組成物の投与を伴う治療レジメンに付される、個別化がん治療の方法にも関係する。
【００８２】
具体的ながん適応症に関して、予め確定された閾レベル、および結果としてカットオフレベルが、すべての適応症に関して決定されるものとは異なりうることに注意されたい。食道扁平上皮細胞癌の場合、約４４％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．１０４〜１．３６２）が選択されうる。この範囲の閾レベルは、化合物Ａに応答することができるモデルをどれも除外しないからである。より好ましいのは、約６０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．３０１〜１．３６２）である。さらに好ましいのは、約７０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．５５８〜１．３６２）である。最も好ましいのは、約８０％〜約８４％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ１レベル（０．７５９〜１．３６２）である。胃がんの場合、約４４％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（０．２５７〜１．６１０）が選択されうる。この範囲の閾レベルは、化合物Ａに応答することができるモデルをどれも除外しないからである。より好ましいのは、約６０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（０．６６９〜１．６１０）である。さらに好ましいのは、約７０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（０．９８４〜１．６１０）である。最も好ましいのは、約８０％〜約８３％のカットオフレベルに対応する閾ＦＧＦＲ２レベル（１．４６０〜１．６１０）である。全般的（適応症非依存的）方法では、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２およびＦＧＦＲ３のレベルが決定されるのに対し、具体的タイプのがんに関する方法では、関心対象のＦＧＦＲ（１つまたは複数）（すなわち、そのタイプのがんを患っている対象の一部の腫瘍において上昇していることが知られているもの）のレベルだけを決定すれば十分であることに注意されたい。
【００８３】
さらに、ここに開示される診断方法は、患者の腫瘍と、患者の腫瘍の断片から直接的に動物において成長させた腫瘍とは、ＲＮＡレベルでもタンパク質レベルでも、密接に類似するＦＧＦＲ遺伝子の発現のレベルを呈するという、合理的仮定に依拠していることに注意されたい。この仮定のもっともらしさは、Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ．２０１６  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．［Ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔ］（ＣＡＮ−１５−３２４５  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  Ｊｕｎｅ  ２０１６）による最近の分析によって裏づけられた。
【００８４】
ＦＧＦＲキナーゼ阻害剤である化合物Ａを含む本発明の薬学的組成物は、経口投与、非経口投与、吸入噴霧による投与、外用投与、直腸投与、鼻腔投与、口腔粘膜投与、腟投与、または埋め込み式リザーバーによる投与をすることができ、好ましくは経口投与によって、または注射による投与によって投与することができる。薬学的組成物は従来の薬学的に許容される非毒性の担体、佐剤または媒体をどれでも含有しうる。場合により、製剤のｐＨは、活性剤またはその送達型の安定性を強化するために、薬学的に許容される酸、塩基または緩衝剤で調節することができる。標準的な薬学的担体およびそれらの製剤は、限定ではない形で、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ，１９ｔｈ  ｅｄ．１９９５に記載されている。本明細書において使用される非経口という用語は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑液包内、胸骨内、髄腔内、病巣内および頭蓋内注射または注入技法を包含する。
【００８５】
経口投与用の液状剤形には、薬学的に許容されるエマルション、マイクロエマルション、溶液剤、懸濁剤、シロップ剤、およびエリキシル剤が包含される。液状剤形は、活性剤に加えて、当技術分野においてよく使用される不活性希釈剤、例えば水または他の乳化剤、可溶化剤および溶媒、例えばエチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油（特に、綿実油、ラッカセイ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物などを含有しうる。不活性希釈剤の他に、経口組成物は、湿潤剤、乳化剤および懸濁化剤などの佐剤、甘味剤、香味剤、ならびに芳香剤も含むことができる。
【００８６】
注射可能調製物、例えば滅菌注射可能な水性または油性懸濁剤は、適切な分散剤または湿潤剤および懸濁化剤を使用し、既知の技術に従って製剤化することができる。滅菌注射可能調製物は、１，３−ブタンジオール中の溶液剤のような、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中の、滅菌注射可能な溶液剤、懸濁剤またはエマルションであってもよい。使用されうる許容される媒体および溶媒には、水、米国局方リンゲル液、ならびに等張塩化ナトリウムおよびデキストロース溶液が含まれる。加えて、滅菌固定油も、溶媒または懸濁媒として便利に使用される。この目的には、合成モノグリセリドまたはジグリセリドを含む任意の無刺激性固定油を使用することができる。加えて、オレイン酸などの脂肪酸も注射剤の調製に使用される。
【００８７】
注射可能製剤は、例えば細菌保持フィルタによる濾過、オートクレーブ、乾熱、電離放射線によって、または使用前に滅菌水もしくは他の滅菌注射可能媒体に溶解しもしくは分散させることができる滅菌固形組成物の形態で活性剤を組み込むことによって、滅菌することができる。
【００８８】
活性剤の効果を長引かせるには、皮下注射または筋肉内注射からの活性剤の吸収を遅くすることが、多くの場合、望ましい。これは、水溶性の低い結晶性材料または非晶質材料の懸濁液の使用によって、達成することができる。この場合、活性剤の吸収速度は、その溶解速度に依存し、その溶解速度は結晶サイズおよび結晶形に依存しうる。あるいは、非経口投与された剤形の遅延吸収は、油性媒体中に活性剤を溶解または懸濁することによって達成される。注射可能なデポー剤形は、ポリラクチド−ポリグリコリドなどの生分解性ポリマー中に活性剤をマイクロカプセル化することによって作製される。活性剤対ポリマーの比および使用される特定ポリマーの性質に基づいて、活性剤の放出速度を制御することができる。他の生分解性ポリマーの例にはポリ（オルトエステル）およびポリ（無水物）がある。デポー注射可能製剤は、体組織と適合するリポソームまたはマイクロエマルション中に活性剤を捕捉することによっても調製される。
【００８９】
経口投与用の固形剤形には、カプセル剤、錠剤、丸剤、散剤、および顆粒剤が包含される。そのような固形剤形では、活性剤が、少なくとも１つの薬学的に許容される不活性な賦形剤または担体、例えばクエン酸ナトリウムまたはリン酸二カルシウム、ならびに／またはａ）充填剤もしくは増量剤、例えばデンプン、ラクトース、セルロース、スクロース、グルコース、マンニトール、およびケイ酸、ｂ）結合剤、例えばカルボキシメチルセルロース、アルギナート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース、およびアラビアゴムなど、ｃ）保水剤、例えばグリセロール、ｄ）崩壊剤、例えば寒天、炭酸カルシウム、クロスカルメロース、クロスポビドン、カルボキシメチルセルロース（ｃａｒｂｏｘｙｍｅｔｈｙｌｃｅｌｌｕｌｉｓｅ）、ジャガイモデンプンもしくはタピオカデンプン、アルギン酸、一定のシリケート、および炭酸ナトリウム、ｅ）溶解遅延剤、例えばパラフィン、ｆ）吸収加速剤、例えば４級アンモニウム化合物、ｇ）湿潤剤、例えばセチルアルコール、ラウリル硫酸ナトリウムおよびモノステアリン酸グリセロールなど、ｈ）吸収剤、例えばカオリンおよびベントナイト粘土、ならびに／またはｉ）潤滑剤、例えばタルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、およびそれらの混合物と混合される。カプセル剤、錠剤および丸剤の場合、剤形は緩衝剤も含みうる。
【００９０】
同様のタイプの固形組成物は、ラクトース、すなわち乳糖などの賦形剤、および高分子量ポリエチレングリコールなどを使った、軟充填ゼラチンカプセルおよび硬充填ゼラチンカプセル剤における充填剤としても使用されうる。
【００９１】
錠剤、糖衣剤、カプセル剤、丸剤、および顆粒剤の固形剤形は、腸溶コーティングおよび薬学的製剤技術において周知の他のコーティングなどといったコーティングおよび外被を使って調製することができる。これらは、随意に乳白剤を含有してもよく、腸管の一定の部分において優先的に、随意に遅延して、活性剤だけを放出する組成を持つこともできる。使用することができる包埋組成物の例にはポリマー物質およびワックスが包含される。
【００９２】
一般に、本発明による処置レジメンは、そのような処置を必要とするヒト対象への、単回投与または複数回投与での、例えば１日２回投与での、１日あたり１０ｍｇ〜２５０ｍｇの化合物Ａの投与を含む。
【００９３】
単一の剤形を生産するために薬学的に許容される賦形剤または担体と組み合わせることができる活性剤の量は、特定の投与様式に依存して、またおそらく処置される対象にも依存して、変動するであろう。典型的な調製物は、１％〜９５％の活性剤（ｗ／ｗ）を含有するであろう。あるいは、そのような調製物は２０％〜８０％の活性剤を含有しうる。上に具陳した用量より低い用量または高い用量が要求される場合もある。どの特定対象についても、具体的な投薬量および処置レジメンは、年齢、体重、体表面積、全身の健康状態、性別、食餌、投与の時間、排泄率、薬物の組み合わせ、疾患、状態または症状の重症度および経過、疾患、状態または症状に対する対象の素因、ならびに処置する医師の判断を含む、さまざまな因子に依存するであろう。
【００９４】
本明細書における値の範囲の具陳は、本明細書に別段の表示がある場合を除き、その範囲に含まれる個々の値について個別に言及することを簡略化した方法として役立つことを意図しているに過ぎず、個々の値は、あたかもそれが本明細書において個別に列挙されているかのように、本明細書に組み込まれる。本明細書に掲載する厳密な値はすべて、別段の言明がある場合を除き、対応する近似値を代表している（例えば、特定の因子または測定値に関して掲載される厳密な典型値はすべて、適宜「約」によって修飾される対応する近似測定値も掲載しているとみなすことができる）。
【００９５】
本明細書に掲載するありとあらゆる実施例または例示的表現（例えば「など」）の使用は、本発明をより良く例示しようとするものに過ぎず、別段の表示がある場合を除き、本発明の範囲に限定を課すものではない。
【００９６】
本明細書における特許文書の引用および組込みは利便性のために行われるに過ぎず、そのような特許文書の妥当性、特許性、および／または実施可能性に関する何らかの見解を反映するものではない。１つまたは複数の要素への言及などの表現を使った本発明の任意の態様または実施形態の本明細書における記載は、別段の言明がある場合または文脈上明らかに矛盾する場合を除き、当該１つまたは複数の特定要素「からなる」、「から本質的になる」または「を実質的に含む」、本発明の類似する態様または実施形態の裏づけを提供することを意図している（例えば、特定要素を含むと記載した組成物は、別段の言明がある場合、または文脈上明らかに矛盾する場合を除き、当該要素からなる組成物も述べていると理解されるべきである）。
【００９７】
本発明は、本明細書に提示する態様または請求項において具陳される内容の変更実施形態および等価物のすべてを、準拠法によって許される最大限度まで包含する。
【００９８】
本明細書において言及される刊行物および特許文書はすべて、あたかも個々の刊行物または特許文書が、参照により本明細書に組み込まれると、具体的かつ個別に示されたかのように、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【００９９】
実施例１：ＦＧＦＲ２の発現および／または増幅と比較した胃ＰＤＸモデルにおける化合物Ａのインビボ効力
１１の胃がんのＰＤＸモデルを、それらのＦＧＦＲ２のＧＣＮおよび発現のレベルならびにＦＧＦＲ２融合物を考慮して、ＦＧＦＲ２発現レベルが可能な限りよく分散している、均衡のとれたモデルの集合を構成するように選択した。
【０１００】
各腫瘍モデルについて、腫瘍成長に対する化合物Ａの効果（処置効力）、ＦＧＦＲコピー数およびＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベルを評価（または再評価）した。選択したＰＤＸ腫瘍を接種したシードマウスから腫瘍断片を収穫し、それらを雌Ｂａｌｂ／ｃヌードマウスの接種に使用した。腫瘍発生のために各マウスの右脇腹の皮下に１つの腫瘍断片（直径２〜３ｍｍ）を接種した。平均腫瘍サイズがおよそ２００〜２５０ｍｍ３に達した時に処置を開始した。脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４に懸濁液として製剤化した化合物Ａ（６０〜８０ｍｇ／ｋｇ）または媒体のみ（すなわち脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４）を、腫瘍担持マウスに、１４日連続して毎日、胃管法によって経口投与した。各ＰＤＸモデルにつき３匹のマウスを処置群に使用し、３匹のマウスを対照動物（媒体のみ）として使用した。
【０１０１】
腫瘍体積を週に２回、カリパスを使って二次元で測定し、式：Ｖ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の長径および短径である）を使って、体積をｍｍ３の単位で表した。体重も週に２回記録した。処置効力をΔＴ／ΔＣとして表した。ここで、ΔＴは、処置最終日と処置開始時との間の、薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表し、ΔＣは、処置最終日と処置開始時との間の、非薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表す（メジアン体積差）。異なるモデルについて得られた結果を表６に示す。
【０１０２】
ＦＧＦＲコピー数はＦＩＳＨによって見積もった。腫瘍担持動物から得た腫瘍組織を緩衝ホルマリン中で固定し、パラフィンブロックに包埋した（ＦＦＰＥ）。Ｓｃｈｉｌｄｈａｕｓ，Ｈ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．２５：１４７３−８０に記載されているように、３〜４μｍの組織切片をシラン処理スライドにマウントし、脱パラフィンし、プロテアーゼ処理し、洗浄し、ＤＮＡ変性した後、ＦＧＦＲプローブにハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションに続いて、やはりＳｃｈｉｌｄｈａｕｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）に記載されているように蛍光顕微鏡を使って、腫瘍組織を増幅ホットスポットについてスキャンした。使用したＦＧＦＲプローブはＦＧＦＲ１／ＣＥＮ８二色プローブ、ＦＧＦＲ２／ＣＥＮ１０二色プローブおよびＦＧＦＲ３／４ｐ１１二色プローブ（すべてＺｙｔｏｖｉｓｉｏｎ  ＧｍｂＨ（ドイツ・ブレーマーハーフェン）製）である。遺伝子コピー数増加（ＧＣＮ）は、増幅（ＦＩＳＨ  ＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比≧２．２）、またはＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比＜２．２であるがＦＧＦＲプローブおよびセントロメアプローブのそれぞれが＞２と定義される多染色体性のいずれかと定義した。
【０１０３】
ｍＲＮＡレベルは上記方法論の項に記載したようにＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ技術によって決定した。
【０１０４】
【表６−１】
2018524010.tif 000016
【０１０５】
【表６−２】
2018524010.tif 000017
【０１０６】
化合物Ａによる処置効力（ΔＴ／ΔＣ）とＦＧＦＲ２  ｍＲＮＡ発現（上に挙げたエクソン１０〜１４および１６のうちの１つの発現レベルとして測定）との間の関係を図１０（Ａ）に示す。この図にはＦＧＦＲ２増幅を示すモデルも示されている（ＦＩＳＨ比＞２．２、白丸）。ＦＧＦＲ２のレベルの増加は、より良い抗腫瘍効力と関連すると思われる（スピアマン相関ｐ値：０．０１５０１７４）。
【０１０７】
図１０（Ｂ）は、２つのカテゴリー、すなわち応答モデル（ΔＴ／ΔＣ＜０）および非応答モデル（ΔＴ／ΔＣ＞０）にクラスター化した同じ結果の、ＦＧＦＲ２  ｍＲＮＡ発現レベルに対する別の表現を示しており、同時に、ＦＧＦＲ２増幅（ＦＩＳＨ比＞２．２、白丸）も示している。
【０１０８】
明らかに、応答モデルおよび非応答モデルは異なるレベルのＦＧＦＲ２発現を呈し、ＦＧＦＲ２増幅のみ（白丸）に基づくモデル（すなわち患者腫瘍）の選択では、すべての応答モデルを選択することが可能にならないと思われる。実際、増幅は示さないが高レベルのＦＧＦＲ２発現を示す１つのモデルが、化合物Ａに応答した。
【０１０９】
実施例２：ＦＧＦＲ１の発現および／または増幅と比較した食道扁平上皮細胞癌（ＥＳＣＣ）ＰＤＸモデルにおける化合物Ａのインビボ効力
１３のＥＳＣＣのＰＤＸモデルを、それらのＦＧＦＲ１のＧＣＮおよび発現のレベルを考慮して、ＦＧＦＲ１発現レベルが可能な限りよく分散している、均衡のとれたモデルの集合を構成するように選択した。この特定ＥＳＣＣ適応症では、ＦＧＦＲ１融合物はまだ報告されていない。
【０１１０】
各腫瘍モデルについて、腫瘍成長に対する化合物Ａの効果（処置効力）、ＦＧＦＲコピー数およびＦＧＦＲ  ｍＲＮＡレベルを評価（または再評価）した。選択したＰＤＸ腫瘍を接種したシードマウスから腫瘍断片を収穫し、それらを雌Ｂａｌｂ／ｃヌードマウスの接種に使用した。腫瘍発生のために各マウスの右脇腹の皮下に１つの腫瘍断片（直径２〜３ｍｍ）を接種した。平均腫瘍サイズがおよそ２００〜２５０ｍｍ３に達した時に処置を開始した。脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４に懸濁液として製剤化した化合物Ａ（６０〜８０ｍｇ／ｋｇ）または媒体のみ（すなわち脱イオン水中の１％Ｋｏｌｌｉｄｏｎ  ＶＡ６４）を、腫瘍担持マウスに、１４日連続して毎日、胃管法によって経口投与した。各ＰＤＸモデルにつき３匹のマウスを処置群に使用し、３匹のマウスを対照動物（媒体のみ）として使用した。
【０１１１】
腫瘍体積を週に２回、カリパスを使って二次元で測定し、式：Ｖ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の長径および短径である）を使って、体積をｍｍ３の単位で表した。体重も週に２回記録した。処置効力をΔＴ／ΔＣとして表した。ここで、ΔＴは、処置最終日と処置開始時との間の、薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表し、ΔＣは、処置最終日と処置開始時との間の、非薬物処置動物の腫瘍体積の相対的変化を表す（メジアン体積差）。異なるモデルについて得られた結果を表７に示す。
【０１１２】
ＦＧＦＲコピー数はＦＩＳＨによって見積もった。腫瘍担持動物から得た腫瘍組織を緩衝ホルマリン中で固定し、パラフィンブロックに包埋した（ＦＦＰＥ）。Ｓｃｈｉｌｄｈａｕｓ，Ｈ．Ｕ．ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．２５：１４７３−８０に記載されているように、３〜４μｍの組織切片をシラン処理スライドにマウントし、脱パラフィンし、プロテアーゼ処理し、洗浄し、ＤＮＡ変性した後、ＦＧＦＲプローブにハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションに続いて、やはりＳｃｈｉｌｄｈａｕｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）に記載されているように蛍光顕微鏡を使って、腫瘍組織を増幅ホットスポットについてスキャンした。使用したＦＧＦＲプローブはＦＧＦＲ１／ＣＥＮ８二色プローブ、ＦＧＦＲ２／ＣＥＮ１０二色プローブおよびＦＧＦＲ３／４ｐ１１二色プローブ（すべてＺｙｔｏｖｉｓｉｏｎ  ＧｍｂＨ（ドイツ・ブレーマーハーフェン）製）である。遺伝子コピー数増加（ＧＣＮ）は、増幅（ＦＩＳＨ  ＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比≧２．２）、またはＦＧＦＲプローブ−セントロメアプローブ比＜２．２であるがＦＧＦＲプローブおよびセントロメアプローブのそれぞれが＞２と定義される多染色体性のいずれかと定義した。
【０１１３】
ｍＲＮＡレベルは上記方法論の項に記載したようにＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ技術によって決定した。
【０１１４】
【表７−１】
2018524010.tif 000018
【０１１５】
【表７−２】
2018524010.tif 000019
【０１１６】
化合物Ａによる処置効力（ΔＴ／ΔＣ）とＦＧＦＲ１  ｍＲＮＡ発現（上に挙げたエクソン１０〜１４のうちの１つの発現レベルとして測定）との間の関係を図１１（Ａ）に示す。この図にはＦＧＦＲ１増幅を示すモデルも示されている（ＦＩＳＨ比＞２．２、白丸）。ＦＧＦＲ１のレベルの増加は、より良い抗腫瘍効力と関連すると思われる（スピアマン相関ｐ値：０．００４３８７２）。
【０１１７】
図１１（Ｂ）は、２つのカテゴリー、すなわち応答モデル（ΔＴ／ΔＣ＜０）および非応答モデル（ΔＴ／ΔＣ＞０）にクラスター化した同じ結果の、ＦＧＦＲ１  ｍＲＮＡ発現レベルに対する別の表現を示しており、同時に、ＦＧＦＲ１増幅（ＦＩＳＨ比＞２．２、白丸）も示している。
【０１１８】
明らかに、応答モデルおよび非応答モデルは異なるレベルのＦＧＦＲ１発現を呈し、この特定ＥＳＣＣ適応症の場合、増幅（白丸）などの遺伝子構造変化では、化合物Ａに応答するモデルを選択することが可能にならないと思われる。
【０１１９】
明快な理解が得られるように、本発明を、図解と実施例によっていくらか詳しく説明したが、添付の請求項の範囲から逸脱することなく、そこに一定の改変および変更を加えうることは、本発明の教示に照らして、当技術分野における通常の技能を有する者にはすぐにわかるであろう。
【図１】
2018524010.tif 000020
【図２】
2018524010.tif 000021
【図３】
2018524010.tif 000022
【図４】
2018524010.tif 000023
【図５】
2018524010.tif 000024
【図６】
2018524010.tif 000025
【図７】
2018524010.tif 000026
【図８】
2018524010.tif 000027
【図９（Ａ）】
2018524010.tif 000028
【図９（Ｂ）】
2018524010.tif 000029
【図１０】
2018524010.tif 000030
【図１１】
2018524010.tif 000031
【配列表】
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【国際調査報告】
2018524010.tif 000032
2018524010.tif 000033
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