(57)【要約】  本開示は、一緒に受け継がれ、遺伝子が共有されている、小児自己免疫障害を含む複数の自己免疫障害のための新規な遺伝子標的、診断方法、及び治療的処置レジメンを提供する。本開示は、例えば、１つ又は複数の自己免疫疾患の診断又は感受性の決定を行う方法、並びに患者が特定の遺伝子における遺伝子改変を有するかどうかを決定することに基づいて１つ又は複数の自己免疫疾患を有する患者の治療プロトコールを決定する方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を診断するための方法であって、
ａ）前記患者から生物学的試料を得ることと、
ｂ）前記試料から得られた核酸をアッセイして、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することであって、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、前記患者における１つ又は複数のＡＩＤの存在と相関する、ことと、
ｃ）遺伝子改変がＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数に存在する場合に、前記患者が１つ又は複数のＡＩＤを有すると診断することと
を含む方法。
【請求項２】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、§ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、例えば、少なくとも２５個、例えば、少なくとも３０個、例えば、少なくとも３５個、例えば、少なくとも４０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＡＩＤが、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）のうちの１つ又は複数である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記患者が、小児患者である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記患者が、成人患者である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子改変が、単一ヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
遺伝子改変が、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、及びＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＡＳに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ＣＲＢ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ３、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、及びＳＭＡＤ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＰＳに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ５、ＩＬ２ＲＡ、ＡＤＣＹ７、ＦＵＴ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＣＥＬに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記患者がＳＬＥに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＧＰＲ３５、ＪＡＫ２、ＺＮＦ３６５、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＣＶＩＤに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ＥＦＮＢ２及びＩＫＺＦ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＵＣに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ１、ＩＬ１２Ｂ、ＪＡＫ２、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＩＫＺＦ３、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＴ１Ｄに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
ＣＹＴＬ１、８ｑ２４．２３、ＴＹＫ２、及びＦＵＴ２のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＪＩＡに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、８ｑ２４．２３、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＦＮＢＰ１、ＥＦＮＢ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＣＤに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、ＺＮＦ３６５、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記患者がＡＡに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＭＳに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記患者がＰＳＣに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記患者がＲＡに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記患者がＶＩＴに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記患者がＴＨＹに罹患していることを示す、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＦＮＢＰ１、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記方法において特定された前記遺伝子改変（複数可）に基づいて前記ＡＩＤに提案される治療（複数可）を含む報告書を提供することをさらに含む、請求項１から３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記患者における遺伝子改変の決定後に、前記診断を受けた患者に、有効量の治療薬を投与すること、例えば、前記遺伝子改変（複数可）を有する遺伝子（複数可）の相互作用ネットワーク内のタンパク質を標的とする分子を用いた治療を施すことをさらに含む、請求項１から３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記診断を受けた患者に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品が処方される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及び単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）位置にある、請求項１から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
対象が、１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を発症しやすいかどうかを決定するための方法であって、
ａ）前記対象から生物学的試料を得ることと、
ｂ）前記試料から得られた核酸をアッセイして、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、前記核酸に存在するかどうかを決定することであって、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、対象における１つ又は複数のＡＩＤの存在と相関する、ことと、
ｃ）遺伝子改変がＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数に存在する場合に、前記対象が、１つ又は複数のＡＩＤを発症しやすいと決定することと
を含む、方法。
【請求項４０】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、§ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、例えば、少なくとも２５個、例えば、少なくとも３０個、例えば、少なくとも３５個、例えば、少なくとも４０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記ＡＩＤが、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）のうちの１つ又は複数である、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記対象が、小児対象である、請求項３９から４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記対象が、成人である、請求項３９から４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記遺伝子改変が、単一ヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）である、請求項３９から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む、請求項３９から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
遺伝子改変が、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、及びＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項４８】
遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＡＳを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
ＣＲＢ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ３、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、及びＳＭＡＤ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＰＳを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ５、ＩＬ２ＲＡ、ＡＤＣＹ７、ＦＵＴ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＣＥＬを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記対象がＳＬＥを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＧＰＲ３５、ＪＡＫ２、ＺＮＦ３６５、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＣＶＩＤを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
ＥＦＮＢ２及びＩＫＺＦ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＵＣを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ１、ＩＬ１２Ｂ、ＪＡＫ２、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＩＫＺＦ３、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＴ１Ｄを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
ＣＹＴＬ１、８ｑ２４．２３、ＴＹＫ２、及びＦＵＴ２のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＪＩＡを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、８ｑ２４．２３、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＦＮＢＰ１、ＥＦＮＢ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＣＤを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、ＺＮＦ３６５、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記対象がＡＡを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＭＳを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記対象がＰＳＣを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＲＡに罹患していることを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの一方又は両方における遺伝子改変は、前記対象がＶＩＴを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、前記対象がＴＨＹを発症しやすいことを示す、請求項３９から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＦＮＢＰ１、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記方法において同定された前記遺伝子改変（複数可）に基づいて前記ＡＩＤに提案される治療（複数可）、例えば、前記遺伝子改変（複数可）を有する遺伝子（複数可）の相互作用ネットワーク内のタンパク質を標的とする分子を用いた治療を含む、報告書を提供することをさらに含む、請求項３９から７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記対象における遺伝子改変の決定後に、前記対象に、有効量の治療薬を投与することをさらに含む、請求項３９から７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
前記対象に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品が処方される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及び単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）位置にある、請求項３９から７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
１つ又は複数のＡＩＤを有する患者を治療する方法であって、請求項１から３５のいずれか一項に記載の方法に従って、遺伝子改変が前記患者に存在するかどうかを決定することと、決定された前記遺伝子改変（複数可）の特定に基づいて、前記患者に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品を投与することを含む、方法。
【請求項７８】
対象における遺伝子改変を検出するためのシステムであって、以下の遺伝子：ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、又はそれぞれにおける単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）に特異的であり、それを決定することができるプローブを含むシステム。
【請求項７９】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、又はそれぞれにおけるコピー数変異（ＣＮＶ）を決定することができる、請求項７８に記載のシステム。
【請求項８０】
ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶが、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及びＳＮＰ位置にあることを決定することができる、請求項７８又は７９に記載のシステム。
【請求項８１】
前記プローブが、固体支持マトリックス、例えばチップ上に含まれる、請求項７８から８０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項８２】
患者における１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を治療するための方法であって、
ａ）患者から得られた生物学的試料からジェノタイプ配列情報を取得することと、
ｂ）
ｒｓ２０６６３６３        １ｐ３１．１          ＬＰＨＮ２（前記ｐＡＩＤは、ＣＶＩＤ及びＪＩＡから選択される）；
ｒｓ７６６０５２０        ４ｑ３５．１          ＴＮＭ３（前記ｐＡＩＤは、ＴＨＹ、ＡＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、及びＪＩＡから選択される）；
ｒｓ７１０００２５        １０ｐ１１．２１      ＡＮＫＲＤ３０Ａ（前記ｐＡＩＤは、ＪＩＡである）；
ｒｓ７７１５００４３      １６ｑ１２．１        ＡＤＣＹ７（前記ｐＡＩＤは、ＰＳ及びＣＤである）；
ｒｓ２８０７２６４        Ｘｑ２６．３          ＣＤ４０ＬＧ（前記ｐＡＩＤは、ＣＥＬ、ＵＣ、及びＣＤである）
から選択される染色体領域及び関連する遺伝子における少なくとも１つの遺伝子改変の存在を検出することであって、前記遺伝子改変のうちの前記１つ又は複数の検出が、前記遺伝子改変を有さないコントロール患者と比較して、１つ又は複数のＡＩＤを発症するリスクの変化と相関する、ことと、
ｃ）示されたｐＡＩＤ関連遺伝子又はその相互作用ネットワークを標的とする、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品で前記患者を治療することと
を含む方法。
【請求項８３】
ｒｓ１１５８００７８      １ｐ３１．３          ＩＬ２３Ｒ；
ｒｓ６６７９６７７        １ｐ１３．２          ＰＴＰＮ２２；
ｒｓ３６００１４８８      ２ｑ３７．１          ＡＴＧ１６Ｌ１；
ｒｓ４６２５              ３ｐ２１．３１        ＤＡＧ１；
ｒｓ６２３２４２１２      ４ｑ２７              ＩＬ２１；
ｒｓ７７２５０５２        ５ｐ１３．１          ＰＴＧＥＲ４；
ｒｓ７７３１６２６        ５ｑ１１．２          ＡＮＫＲＤ５５；
ｒｓ１１７４１２５５      ５ｑ３１．１          ＩＬ５；
ｒｓ７５５３７４          ５ｑ３３．３          ＩＬ１２Ｂ；
ｒｓ４２４６９０５      ９ｑ３２                ＴＮＦＳＦ１５；
ｒｓ１１１４５７６３    ９ｑ３４．３            ＣＡＲＤ９；
ｒｓ７０６７７８        １０ｐ１５．１          ＩＬ２ＲＡ；
ｒｓ１０８２２０５０    １０ｑ２１．２          ＺＮＦ３６５；
ｒｓ１２５０５６３      １０ｑ２２．３          ＺＭＩＺ１；
ｒｓ１３３２０９９      １０ｑ２４．２          ＮＫＸ２−３；
ｒｓ１７８８５７８５    １１ｐ１５．５          ＩＮＳ；
ｒｓ１７４６６６２６    １２ｑ１２              ＬＲＲＫ２；
ｒｓ１６８９５１０      １２ｑ１３．２          ＳＵＯＸ；
ｒｓ７２７４３４７７    １５ｑ２２．３３        ＳＭＡＤ３；
ｒｓ１２５９８３５７    １６ｐ１１．２          ＳＢＫ１；
ｒｓ１１７３７２３８９  １６ｑ１２．１          ＮＯＤ２；及び
ｒｓ２８３６８８２      ２１ｑ２２．２          ＰＳＭＧ１
の検出をさらに含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
２つ以上の薬剤が投与される、請求項８２又は８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記疾患が、ＪＩＡであり、前記薬物の標的が、ＡＮＫＲＤ３０Ａである、請求項８２又は８３に記載の方法。
【請求項８６】
前記遺伝子改変の存在を検出する工程が、特異的ハイブリダイゼーションの検出、対立遺伝子サイズの測定、制限断片長多型分析、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション分析、単一塩基プライマー伸長反応、及び増幅されたポリヌクレオチドの配列決定からなる群から選択されるプロセスを行うことによって、ポリヌクレオチド試料を分析して、前記遺伝子改変の存在を決定する工程をさらに含む、請求項８２から８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記ジェノタイプ配列情報が、ＤＮＡから取得される、請求項８２から８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
前記ジェノタイプ配列情報が、ＲＮＡから取得される、請求項８２から８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
免疫シグナル伝達及び異常な自己免疫表現型を改変する薬剤を特定するための方法であって、
ａ）請求項１から８８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの遺伝子改変を含む少なくとも１つの核酸を発現する細胞を提供することと、
ｂ）ａ）の遺伝子改変に対応する同種野生型配列を発現する細胞を提供することと、
ｃ）ａ）の細胞及びｂ）の細胞を、試験剤と接触させることと、
ｄ）前記薬剤が、工程ｂ）の細胞と比較して、工程ａ）の細胞の免疫シグナル伝達及び／又は異常な自己免疫表現型を改変するかどうかを分析することと
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
優先出願
本出願は、２０１５年８月２１日に出願された米国仮出願第６２／２０８３８３号及び２０１６年４月８日に出願された同第６２／３２０４００号に対する優先権を主張し、これらは、その全内容が本明細書に参照により援用される。
【０００２】
付与に関する陳述
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈにより、付与番号ＤＰ３ＤＫ０８５７０８、ＲＣ１ＡＲ０５８６０６、Ｕ０１ＨＧ００６８３０、ＣＡ１２７３３４、及びＲ０１−ＨＧ００６８４９で資金提供を受けている。したがって、米国政府は、本発明に権利を有する。
【０００３】
本発明は、遺伝学、自己免疫、及び個別化された医薬の分野に関する。より具体的には、本発明は、小児自己免疫障害を含む、複数の自己免疫障害のための新規な遺伝子標的、診断方法、及び治療的処置レジメンを提供する。
【背景技術】
【０００４】
いくつかの刊行物及び特許文献が、本発明が属する技術分野の状況を説明するために本明細書全体を通じて引用される。これらの引用のそれぞれは、全体が記載されているかのように、本明細書に参照により援用される。本明細書に含まれるある特定の図面及び表のカラー版はまた、オンライン公開刊行日が２０１５年８月２４日のＹ．Ｒ．Ｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ：１０．１０３８「バックスラッシュ」ｎｍ．３９３３及びこの刊行物の補足材料に公開されており、それらの図面及び表は、本明細書に参照により援用される。
【０００５】
自己免疫疾患は、西半球に居住している個体の最大７〜１０％が罹患しており１、慢性的な病的状態及び身体障害の大きな原因となっている。自己免疫疾患は併存性及び家系内集積性の割合が高いことから、強力な遺伝的素因が、自己免疫疾患の感受性の根底にある可能性が示唆される。自己免疫性甲状腺炎（ＡＩＴＤ）２、乾癬（ＰＳＯＲ）３、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）４、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）５、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）６、関節リウマチ（ＲＡ）７、セリアック病（ＣＥＬ）８、炎症性腸疾患（ＩＢＤ、クローン病（ＣＤ）及び潰瘍性大腸炎（ＵＣ）９を含む）、並びに多発性硬化症（ＭＳ）の全ゲノム相関解析（ＧＷＡＳ）及び免疫に焦点を当てた微細マッピング研究により、ゲノム全体にわたり自己免疫疾患に関連する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）が数百個特定された１０。これらの研究及びそれに続くメタ解析により、全ゲノムで有意な（ＧＷＳ）（ＰＧＷＳ＜５×１０−８）すべての自己免疫疾患関連性の半数以上が、少なくとも２つの異なる自己免疫疾患で共有されていることが示された１１、１２。しかしながら、異質疾患に適用した場合には、以下の理由から、古典的なメタ解析手法では限界がある：１）疾患関連変異体が形質によって示す効果量、又は効果の方向さえも可変である場合には、検出力が限定されるため、２）研究全体での表現型の異質性及び対象動員のバイアスにより影響を受ける可能性があるため、３）候補リスト又は単一疾患の研究からこれまでに発見されている遺伝子座を試験する場合が多く、そのため、特に、変異体がよりまれなものであるか又は効果量が小さいことに起因して、新規な相関性を特定する機会を失ってしまうため、４）集団層別化及び曖昧な関係性に関しては完全に調整されないため、並びに５）複数のジェノタイピングプラットフォームの使用又は研究の場所によって発生するアーチファクトを含み得るため。
【０００６】
いくつかの研究は、限られた方法ではあるが、複数の疾患から得られた症例ジェノタイプを統合し１３〜１５、ＣＬＥＣ１６Ａ（Ｔ１Ｄにおいて初めて発見され１６、続いてＭＳ１７、ＲＡ１８、１９、ＣＤ２０、ＰＢＣ２１、ＪＩＡ１９、及びＡＡ２２で発見された）などのいくつかの遺伝子座が、複数の自己免疫疾患にわたる独立したＧＷＡＳ研究で浮上しているが、１つの疾患と関連する遺伝子変異体が、他の自己免疫疾患のリスクとどの程度関係している可能性があるかについては、体系的に試験されてはいない。この情報を有することにより、そのような障害の治療のための新しい治療の道筋が提供されるであろうことは明らかである。
【発明の概要】
【０００７】
本発明によると、例えば、小児自己免疫疾患（ｐＡＩＤ）を含む、自己免疫疾患（ＡＩＤ）の診断及び治療のための新規な遺伝子マーカーが提供される。本明細書に考察される自己免疫疾患としては、例えば、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）、並びにいくつかのその他のもののうちの１つ又は複数が挙げられる。
【０００８】
例えば、患者における１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を診断するための方法であって、ａ）患者から生物学的試料を得ることと、ｂ）試料から得られた核酸をアッセイして、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することであって、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、患者における１つ又は複数のＡＩＤの存在と相関する、ことと、ｃ）遺伝子改変がＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数に存在する場合に、患者を１つ又は複数のＡＩＤと診断することとを含む方法が、本明細書に含まれる。
【０００９】
一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、§ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、例えば、少なくとも２５個、例えば、少なくとも３０個、例えば、少なくとも３５個、例えば、少なくとも４０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、ＡＩＤは、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）のうちの１つ又は複数である。
【００１０】
一部の実施態様において、患者は、小児患者であり、一方で他の場合には、患者は、成人患者である。一部の実施態様において、遺伝子改変は、単一ヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）である。遺伝子改変はまた、例えば、挿入、欠失、転位、又はコピー数変異（ＣＮＶ）であってもよい。
【００１１】
一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、及びＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む。
【００１２】
一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＡＳに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＲＢ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ３、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、及びＳＭＡＤ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１３】
一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＰＳに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ５、ＩＬ２ＲＡ、ＡＤＣＹ７、ＦＵＴ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１４】
一部の実施態様において、本方法は、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＥＬに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１５】
一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＳＬＥに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＧＰＲ３５、ＪＡＫ２、ＺＮＦ３６５、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１６】
一部の実施態様において、本方法は、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＶＩＤに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＥＦＮＢ２及びＩＫＺＦ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１７】
一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＵＣに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ１、ＩＬ１２Ｂ、ＪＡＫ２、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＩＫＺＦ３、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１８】
一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＴ１Ｄに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＹＴＬ１、８ｑ２４．２３、ＴＹＫ２、及びＦＵＴ２のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００１９】
一部の実施態様において、本方法は、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＪＩＡに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、８ｑ２４．２３、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＦＮＢＰ１、ＥＦＮＢ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００２０】
一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＤに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、ＺＮＦ３６５、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００２１】
一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＡＡに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＭＳに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＰＳＣに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＲＡに罹患していることを示す。
【００２２】
一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＶＩＴに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＴＨＹに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＦＮＢＰ１、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００２３】
前述の実施態様のうちのいずれにおいても、本方法は、本方法において特定された遺伝子改変（複数可）に基づいてＡＩＤに提案される治療（複数可）を含む報告書を提供することをさらに含み得る。前述の実施態様のいずれにおいても、本方法は、患者における遺伝子改変の決定後に、診断を受けた患者に、有効量の治療薬を投与すること、例えば、遺伝子改変（複数可）を有する遺伝子（複数可）の相互作用ネットワーク内のタンパク質を標的とする分子を用いた治療を施すことをさらに含み得る。そのような実施態様において、診断を受けた患者に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品が処方され得る。例えば、これらの表は、特定の遺伝子又は遺伝子経路と関連する薬物を列挙しており、本明細書における遺伝子改変により、これらの経路のうちの１つ又は複数における欠損が判明し得、これを、その経路を標的とし、患者における遺伝子改変の作用に対抗する薬物によって治療することができる。上述の実施態様のいずれにおいても、遺伝子改変は、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数において、本明細書に、例えば、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及び単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）位置に見出され得る。
【００２４】
これらの同じ一般的方法工程及び上述の任意選択の実施態様はまた、現時点で特定のＡＩＤを有していない対象が、今後、１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を発症しやすいかどうかを決定するために用いることもできる。同じ一般的方法工程を、別の代替法として、１つ又は複数のＡＩＤを有するとすでに診断されている患者において、その患者がさらに別のＡＩＤを発症しやすいかどうかを決定するため、又はそれらの特定のセットの遺伝子改変に基づいて、その患者にとって可能な治療を決定するために、遺伝子改変を決定するのに適用することもできる。上述のように、そのような方法は、ａ）対象から生物学的試料を得ることと、ｂ）試料から得られた核酸をアッセイして、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が、核酸に存在するかどうかを決定することであって、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、対象における１つ又は複数のＡＩＤの存在と相関する、ことと、ｃ）遺伝子改変がＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数に存在する場合に、対象が、１つ又は複数のＡＩＤを発症しやすいと決定することとを含む。この方法を実行する同じ任意選択的手法はまた、本明細書において、患者を診断する方法にあるように適用される。
【００２５】
すなわち、一部の実施態様において、感受性の改変を評価するための方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、§ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、例えば、少なくとも２５個、例えば、少なくとも３０個、例えば、少なくとも３５個、例えば、少なくとも４０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、ＡＩＤは、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）のうちの１つ又は複数である。
【００２６】
一部の実施態様において、患者は、小児患者であり、一方で他の場合には、患者は、成人患者である。一部の実施態様において、遺伝子改変は、単一ヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）である。遺伝子改変はまた、例えば、挿入、欠失、転位、又はコピー数変異（ＣＮＶ）であってもよい。
【００２７】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、例えば、少なくとも１５個、例えば、少なくとも２０個、又はそれぞれに存在するかどうかを決定することを含む。一部の実施態様において、本方法は、遺伝子改変が、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、及びＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含む。
【００２８】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、遺伝子改変が、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数に存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、及びＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＡＳに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＲＢ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ３、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、及びＳＭＡＤ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００２９】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＰＳに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ５、ＩＬ２ＲＡ、ＡＤＣＹ７、ＦＵＴ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３０】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＥＬに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３１】
一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２及びＴＮＭ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＳＬＥに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＧＰＲ３５、ＪＡＫ２、ＺＮＦ３６５、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３２】
一部の実施態様において、本方法は、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＶＩＤに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＥＦＮＢ２及びＩＫＺＦ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３３】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＵＣに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ１、ＩＬ１２Ｂ、ＪＡＫ２、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＩＫＺＦ３、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３４】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＴ１Ｄに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＹＴＬ１、８ｑ２４．２３、ＴＹＫ２、及びＦＵＴ２のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３５】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＪＩＡに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、８ｑ２４．２３、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＦＮＢＰ１、ＥＦＮＢ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３６】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、及びＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＣＤに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、ＺＮＦ３６５、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３７】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＡＡに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、及びＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＭＳに罹患していることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＰＳＣに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変は、患者がＲＡに罹患していることを示す。
【００３８】
一部の実施態様において、感受性の改変を検出するための方法は、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２及びＩＬ２ＲＡのうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＶＩＴに対するリスクが改変された状態にあることを示す。一部の実施態様において、本方法は、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することを含み、ここで、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、及びＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変は、患者がＴＨＹに罹患していることを示す。一部のそのような実施態様において、本方法は、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＦＮＢＰ１、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変が存在するかどうかを決定することをさらに含む。
【００３９】
前述の実施態様のうちのいずれにおいても、本方法は、本方法において特定された遺伝子改変（複数可）に基づいてＡＩＤに提案される治療（複数可）を含む報告書を提供することをさらに含み得る。前述の実施態様のいずれにおいても、本方法は、患者における遺伝子改変の決定後に、診断を受けた患者に、有効量の治療薬を投与すること、例えば、遺伝子改変（複数可）を有する遺伝子（複数可）の相互作用ネットワーク内のタンパク質を標的とする分子を用いた治療を施すことをさらに含み得る。そのような実施態様において、診断を受けた患者に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品が処方され得る。例えば、これらの表は、特定の遺伝子又は遺伝子経路と関連する薬物を列挙しており、本明細書における遺伝子改変により、これらの経路のうちの１つ又は複数における欠損が判明し得、これを、その経路を標的とし、患者における遺伝子改変の作用に対抗する薬物によって治療することができる。
【００４０】
上述の実施態様のいずれにおいても、遺伝子改変は、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数において、本明細書に、例えば、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及び単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）位置に見出され得る。
【００４１】
さらに、１つ又は複数のＡＩＤを有する患者を治療する方法であって、上述の方法のうちのいずれかの方法に従って、遺伝子改変が患者に存在するかどうかを決定することと、決定された遺伝子改変（複数可）の特定に基づいて、患者に、有効量の表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品を投与すること、すなわち、特定の遺伝子又はネットワークを標的とする薬物を、その遺伝子又はネットワークに影響を及ぼす遺伝子改変を有する患者とマッチングさせることとを含む、方法が、本明細書に含まれる。
【００４２】
本開示はまた、対象における遺伝子改変を検出するためのシステムであって、以下の遺伝子：ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、又はそれぞれにおける単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）に特異的であり、それを決定することができるプローブを含むシステムも含む。一部の実施態様において、システムは、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、又はそれぞれにおけるコピー数変異（ＣＮＶ）を決定することができる。一部の実施態様において、このシステムは、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＲＢＭＸのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶが、表２ａ、２ｂ、２ｃ、又は２ｅに列挙されている対応する染色体領域及びＳＮＰ位置にあることを決定することができる。一部の実施態様において、プローブは、固体支持マトリックス、例えば、チップに含まれる。
【００４３】
本開示はまた、患者における１つ又は複数の自己免疫障害（ＡＩＤ）を治療するための方法であって、ａ）患者から得られた生物学的試料からジェノタイプ配列情報を取得することと、ｂ）
ｒｓ２０６６３６３        １ｐ３１．１            ＬＰＨＮ２（該ｐＡＩＤは、ＣＶＩＤ及びＪＩＡから選択される）；
ｒｓ７６６０５２０        ４ｑ３５．１            ＴＮＭ３（該ｐＡＩＤは、ＴＨＹ、ＡＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、及びＪＩＡから選択される）；
ｒｓ７１０００２５        １０ｐ１１．２１        ＡＮＫＲＤ３０Ａ（該ｐＡＩＤは、ＪＩＡである）；
ｒｓ７７１５００４３      １６ｑ１２．１          ＡＤＣＹ７（該ｐＡＩＤは、ＰＳ及びＣＤである）；
ｒｓ２８０７２６４        Ｘｑ２６．３            ＣＤ４０ＬＧ（該ｐＡＩＤは、ＣＥＬ、ＵＣ、及びＣＤである）
から選択される、染色体領域及び関連する遺伝子における少なくとも１つの遺伝子改変の存在を検出することであって、該遺伝子改変のうちの該１つ又は複数の検出が、該遺伝子改変を有さないコントロール患者と比較して、１つ又は複数のＡＩＤを発症するリスクの改変と相関する、ことと、ｃ）示されるｐＡＩＤ関連遺伝子又はその相互作用ネットワークを標的とする、有効量の、表１１及び１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品で患者を治療することとを含む方法も含む。そのような方法は、
ｒｓ１１５８００７８      １ｐ３１．３            ＩＬ２３Ｒ；
ｒｓ６６７９６７７        １ｐ１３．２            ＰＴＰＮ２２；
ｒｓ３６００１４８８      ２ｑ３７．１            ＡＴＧ１６Ｌ１；
ｒｓ４６２５              ３ｐ２１．３１          ＤＡＧ１；
ｒｓ６２３２４２１２      ４ｑ２７                ＩＬ２１；
ｒｓ７７２５０５２        ５ｐ１３．１            ＰＴＧＥＲ４；
ｒｓ７７３１６２６        ５ｑ１１．２            ＡＮＫＲＤ５５；
ｒｓ１１７４１２５５      ５ｑ３１．１            ＩＬ５；
ｒｓ７５５３７４          ５ｑ３３．３            ＩＬ１２Ｂ；
ｒｓ４２４６９０５        ９ｑ３２                ＴＮＦＳＦ１５；
ｒｓ１１１４５７６３      ９ｑ３４．３            ＣＡＲＤ９；
ｒｓ７０６７７８          １０ｐ１５．１          ＩＬ２ＲＡ；
ｒｓ１０８２２０５０      １０ｑ２１．２          ＺＮＦ３６５；
ｒｓ１２５０５６３        １０ｑ２２．３          ＺＭＩＺ１；
ｒｓ１３３２０９９        １０ｑ２４．２          ＮＫＸ２−３；
ｒｓ１７８８５７８５      １１ｐ１５．５          ＩＮＳ；
ｒｓ１７４６６６２６      １２ｑ１２              ＬＲＲＫ２；
ｒｓ１６８９５１０        １２ｑ１３．２          ＳＵＯＸ；
ｒｓ７２７４３４７７      １５ｑ２２．３３        ＳＭＡＤ３；
ｒｓ１２５９８３５７      １６ｐ１１．２          ＳＢＫ１；
ｒｓ１１７３７２３８９    １６ｑ１２．１          ＮＯＤ２；及び
ｒｓ２８３６８８２        ２１ｑ２２．２          ＰＳＭＧ１
の検出をさらに含んでもよい。
【００４４】
一部の実施態様において、２つ以上の薬剤が、患者に投与される。一部の実施態様において、疾患は、ＪＩＡであり、該薬物の標的は、ＡＮＫＲＤ３０Ａである。一部の実施態様において、該遺伝子改変の存在を検出する工程は、特異的ハイブリダイゼーションの検出、対立遺伝子サイズの測定、制限断片長多型分析、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション分析、単一塩基プライマー伸長反応、及び増幅されたポリヌクレオチドの配列決定からなる群から選択されるプロセスを行うことによって、ポリヌクレオチド試料を分析して、該遺伝子改変の存在を決定する工程をさらに含む。一部の実施態様において、ジェノタイプ配列情報は、ＤＮＡから取得され、一部の場合においては、それは、ＲＮＡから取得される。
【００４５】
患者における１つ又は複数のＡＩＤ、例えば、１つ又は複数のｐＡＩＤを治療するための別の例示的な方法は、患者から得られた生物学的試料からジェノタイプ配列情報を取得することと、ｒｓ２０６６３６３（１ｐ３１．１上のＬＰＨＮ２におけるもの、該ＡＩＤは、ＣＶＩＤ及びＪＩＡから選択される）、ｒｓ７６６０５２０（４ｑ３５．１上のＴＮＭ３におけるもの、該ＡＩＤは、ＴＨＹ、ＡＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、及びＪＩＡから選択される）、ｒｓ７１０００２５（１０ｐ１１．２１上のＡＮＫＲＤ３０Ａにおけるもの、該ＡＩＤは、ＪＩＡである）、ｒｓ７７１５００４３（１６ｑ１２．１上のＡＤＣＹ７におけるもの、該ＡＩＤは、ＰＳ及びＣＤである）、ｒｓ２８０７２６４（Ｘｑ２６．３上のＣＤ４０ＬＧにおけるもの、該ＡＩＤは、ＣＥＬ、ＵＣ、及びＣＤである）から選択される、染色体領域及び関連する遺伝子における少なくとも１つのＡＩＤ関連単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の存在を検出することであって、該１つ又は複数のＳＮＰの検出は、該ＳＮＰを有さないコントロール患者と比較して、１つ又は複数のｐＡＩＤを発症するリスクの改変と相関する、こととを含む。本方法はさらに、改変されたＡＩＤ傾向を有する患者を、示されているＡＩＤ関連遺伝子を標的とすることが既知である表１１又は表１２に列挙されている１つ又は複数の医薬品で治療し、それによって、１つ又は複数のＡＩＤの症状を低減するか又は発症を阻害することを伴い得る。本方法はさらに、ｒｓ１１５８００７８（１ｐ３１．３上のＩＬ２３Ｒにおけるもの）、ｒｓ６６７９６７７（１ｐ１３．２上のＰＴＰＮ２２におけるもの）、ｒｓ３６００１４８８（２ｑ３７．１上のＡＴＧ１６Ｌ１におけるもの）、ｒｓ４６２５（３ｐ２１．３１上のＤＡＧ１におけるもの）、ｒｓ６２３２４２１２（４ｑ２７上のＩＬ２１におけるもの）、ｒｓ７７２５０５２（５ｐ１３．１上のＰＴＧＥＲ４におけるもの）、ｒｓ７７３１６２６（５ｑ１１．２上のＡＮＫＲＤ５５におけるもの）、ｒｓ１１７４１２５５（５ｑ３１．１上のＩＬ５におけるもの）、ｒｓ７５５３７４（５ｑ３３．３上のＩＬ１２Ｂにおけるもの）、ｒｓ４２４６９０５（９ｑ３２上のＴＮＦＳＦ１５におけるもの）、ｒｓ１１１４５７６３（９ｑ３４．３上のＣＡＲＤ９におけるもの）、ｒｓ７０６７７８（１０ｐ１５．１上のＩＬ２ＲＡにおけるもの）、ｒｓ１０８２２０５０（１０ｑ２１．２上のＺＮＦ３６５におけるもの）、ｒｓ１２５０５６３（１０ｑ２２．３上のＺＭＩＺ１におけるもの）、ｒｓ１３３２０９９（１０ｑ２４．２上のＮＫＸ２−３におけるもの）、ｒｓ１７８８５７８５（１１ｐ１５．５上のＩＮＳにおけるもの）、ｒｓ１７４６６６２６（１２ｑ１２上のＬＲＲＫ２におけるもの）、ｒｓ１６８９５１０（１２ｑ１３．２上のＳＵＯＸにおけるもの）、ｒｓ７２７４３４７７（１５ｑ２２．３３上のＳＭＡＤ３におけるもの）、ｒｓ１２５９８３５７（１６ｐ１１．２上のＳＢＫ１におけるもの）、ｒｓ１１７３７２３８９（１６ｑ１２．１上のＮＯＤ２におけるもの）、及びｒｓ２８３６８８２（２１ｑ２２．２上のＰＳＭＧ１におけるもの）の検出、並びに該患者をＡＩＤ関連遺伝子の活性を調節する１つ又は複数の医薬品で治療することをさらに含み得る。表１、補足の表１ｃ、又は表１１に列挙されているＳＮＰを含む核酸もまた、検出することができ、そのようなＳＮＰを有する患者は、示された薬剤で治療される。本発明のＳＮＰを含む核酸は、特異的ハイブリダイゼーションを介した検出、対立遺伝子サイズの測定、制限断片長多型分析、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション分析、単一塩基プライマー伸長反応、及び増幅されたポリヌクレオチドの配列決定を含むがこれらに限定されない、様々な異なる手法で、検出することができる。本発明のある特定の実施態様において、ジェノタイプ情報は、固体支持マトリックス、例えば、チップ、又はそれ以外ではコンピュータにおいて、提供される。任意のそのような実施態様において、患者は、小児患者であっても成人患者であってもよい。
【００４６】
本開示のさらに別の態様において、免疫シグナル伝達及び異常な自己免疫細胞表現型を改変する薬剤を特定するための方法が、提供される。例示的な方法は、ＡＩＤと関連し、表１、補足の表１ｃ、及び表１１に記載されている、少なくとも１つのＳＮＰを含む核酸を発現する細胞を提供することと、ＳＮＰを含む核酸に対応する同種野生型配列を発現する細胞を提供することと、上述の細胞を、試験剤と接触させ、該薬剤が、工程ａ）の細胞の免疫シグナル伝達及び／又は異常な自己免疫表現型を、工程ｂ）のものと比較して、改変するかどうかを分析し、それによって、ＡＩＤ関連ＳＮＰを含む核酸によってコードされるタンパク質の自己免疫機能を調節する薬剤を特定することとを含む。例えば、本開示はまた、免疫シグナル伝達及び異常な自己免疫表現型を改変する薬剤を特定するための方法であって、ａ）前述の特許請求の範囲のいずれか一項において特許請求された少なくとも１つの遺伝子改変を含む少なくとも１つの核酸を発現する細胞を提供することと、ｂ）ａ）の遺伝子改変に対応する同種野生型配列を発現する細胞を提供することと、ｃ）ａ）の細胞及びｂ）の細胞を、試験剤と接触させることと、ｄ）該薬剤が、工程ａ）の細胞の免疫シグナル伝達及び／又は異常な自己免疫表現型を、工程ｂ）のものと比較して、改変するかどうかを分析することとを含む方法も含む。本明細書に開示される方法を実施するための宿主細胞、ベクター、及びキットもまた、本発明の範囲内である。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１Ａ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：研究した１０種類の小児自己免疫疾患。自己免疫性甲状腺炎（ＴＨＹ）、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、及びクローン病（ＣＤ）。
【図１Ｂ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：逆カイ二乗メタ解析を行うことによって特定した上位のｐＡＩＤ関連シグナル。上位２７個の遺伝子座（少なくとも１つの「リード」ＳＮＰがＧＷＳ：ＰＭＥＴＡ＜５×１０−８に達した）に、候補遺伝子座の名称（ＨＧＮＣ  ＩＤ）をアノテーションした。
【図１Ｃ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：新規なｐＡＩＤ関連遺伝子座及び確立されているｐＡＩＤ関連遺伝子座。（左上）ｒｓ７０６７７８（ｃｈｒ１０ｐ１５．１）は、既知のＤＮＡｓｅ  Ｉピークであり、ＩＬ２ＲＡにおけるイントロンＳＮＰであり、ＴＨＹ、ＡＳ、ＰＳ、ＣＥＬ、Ｔ１Ｄ、及びＪＩＡと関連している。（右上）ｒｓ７５５３７４（ｃｈｒ５ｑ３３．３）は、ＩＬ１２Ｂの上流の遺伝子間のＳＮＰであり、ＡＳ、ＣＥＬ、ＵＣ、及びＣＤと関連している。（左下）ＣＤ４０ＬＧの近傍にマッピングするｒｓ２８０７２６４（ｃｈｒＸｑ２６．３）は、ＣＥＬ、ＵＣ、及びＣＤと関連しており、これもＳＭＡＤ３のイントロンの位置にマッピングするｃｈｒ１５ｑ２２．３３（ｒｓ７２７４３４７７）は、ＵＣ、ＣＤ、及びＡＳと関連している。（右下）。ＳＮＰは、ペア毎のＬＤ（ｒ２）に基づいて、遺伝子座内の最も強く関連している「リード」ＳＮＰに関して、網掛けで示す。関連するｐＡＩＤは、左上部に示される。
【図１Ｄ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：「多面的」候補遺伝子は、ｐＡＩＤにわたって多面的な効果量及び方向を有する。一部の「多面的」ＳＮＰは、疾患全体で一貫した効果方向を有するが（ＩＬ２１）、多数の遺伝子座（例えば、ＰＴＰＮ２２及びＣＬＥＣ１６Ａ）については、候補ＳＮＰは、疾患によって可変の効果方向を有し得る。楔形の半径部分は、各ｐＡＩＤに対するＺスコア（ベータ／標準誤差）の絶対値に対応し、一方で網掛けは、ＳＮＰが、各疾患に対して保護的であるか（灰色の網掛け）、又はリスク関連であるか（網掛けなし）を示す。
【図１Ｅ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：主成分分析（ＰＣＡ）に基づいた、含まれているコホートの遺伝子から推測される祖先の推定。ＰＣＡ結果は、ジェノタイピングした研究コホート及びＨａｐＭａｐ  ３基準パネルデータセット（左、中央）から、又はこれまでの単独のもの（右）から、上位２つの主成分とともに、重複するＳＮＰを使用して、全ゲノムＳＮＰジェノタイプから得た。
【図１Ｆ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：ゲノム全体でのプールのカイ二乗メタ解析から得られた結果の円形プロット。外側から内側の方向で：染色体番号、染色体上のＣＮＶホットスポット、有意な形質／疾患関連ＳＮＰ（ＴＡＳ）、各染色体を区別するように異なって網掛けしたＳＮＰ密度、ｄｂＳＮＰ  ＳＮＰ密度、１ＫＧＰ、ＨａｐＭａｐ、ＯＭＩＭ遺伝子分布、変異体分布（ＤＧＶ）、遺伝子関連データベース（ＧＡＤ）からのアノテーションが付いた変異体。アノテーション方法の詳細については、インターネットサイト：「ｊｊｗａｎｇｌａｂ」ドット「ｏｒｇ」／「ｇｗａｓｒａｐ」を参照されたい。
【図１Ｇ−Ｈ】図１Ｇ：効果量及び対立遺伝子頻度によるｐＡＩＤ関連ＳＮＰの分布。モデル検索の結果に基づいて各ＳＮＰと関連していると特定された疾患の数に基づく、２７個又は４６個のＧＷＳ又はＧＷＭリードＳＮＰの効果量の分布（左）。上位４６個のＧＷＭ  ＳＮＰを、関連するｐＡＩＤの数によって群分けし、サブタイプモデル検索によって特定された疾患の組合せを使用してロジスティック回帰分析によって得られた予測効果量の規模により分配した。図１Ｈ：Ｅｎｓｅｍｂｌｅ  Ｖａｒｉａｎｔ  Ｅｆｆｅｃｔ  Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒによって報告された２７個のＧＷＳリードＳＮＰの転写産物の結果。各遺伝子座について、パーセンテージの計算における冗長性を回避するために、最も有意なＰ値に達した上位のＳＮＰのみを使用した。
【図１Ｉ】１０個のｐＡＩＤ症例コホート及び特定された上位のｐＡＩＤ関連性遺伝子座：上位２７個のＧＷＳ  ＳＮＰに対する実験的及び予測によるアノテーションの分布及びエンリッチメント。２７個のＳＮＰのうちでアノテーションがキュレーションされたＳＮＰ（又はＬＤプロキシ）の数を、１ＫＧＰ−ＲＰから得られたシミュレーションしたＳＮＰセットの並べ替え検定に基づくエンリッチメントＰ値とともに示す。アノテーション頻度を使用して、ヒストグラムによって示されるように、各アノテーションカテゴリーにおいてゲノムから得られたランダムな１００個のＳＮＰのセット１０，０００個と比較して、ｐＡＩＤ  ＳＮＰの相対的なエンリッチメントを計算した。
【図２Ａ】ｐＡＩＤにわたって異質な効果方向を有する多面的遺伝子座：１０種類のｐＡＩＤにわたって逆の効果方向を有するとして特定され、（図２Ａ）に詳細が示される、ＳＮＰの疾患特異的Ｚスコア（ベータ／標準誤差）。図形マーカー（各疾患で異なる形状を有する）は、示されているＳＮＰが、モデル検索の結果に基づいてリード関連性を共有するとして特定されたｐＡＩＤの群と比較して、逆方向の効果を有する疾患を示す（黒色のひし形）。
【図２Ｂ】ｐＡＩＤにわたって異質な効果方向を有する多面的遺伝子座：疾患特異的効果量に基づくリード遺伝子座にわたるｐＡＩＤのクラスタリング。モデル検索分析によって最も強力な関連性検定統計量をもたらしたとして特定された疾患の組合せに基づいて、２７個のリード遺伝子座に関して、各疾患におけるロジスティック回帰分析から得られた、正規化された有向ｚスコア（ベータ／標準誤差）に基づく１０種類のｐＡＩＤにわたる凝集型階層クラスタリング。
【図２Ｃ−１】ｐＡＩＤにわたって異質な効果方向を有する多面的遺伝子座：拡張ＭＨＣにわたるＳＮＰあり若しくはなしのいずれかで共通のコントロールを使用して、１０回の疾患特異的症例−コントロールｐＡＩＤのＧＷＡＳから得られた要約レベル結果のＱＱプロット。拡張ＭＨＣ  ＳＮＰが含まれている。
【図２Ｃ−２】ｐＡＩＤにわたって異質な効果方向を有する多面的遺伝子座：プールの逆カイ二乗メタ解析を使用して、１０回の疾患特異的症例−コントロールｐＡＩＤのＧＷＡＳから得られた要約レベル結果のＱＱプロット。拡張ＭＨＣ  ＳＮＰが除外されている。
【図３Ａ】既存の予測データセット及び実験データセットを使用したｐＡＩＤ関連遺伝子座の統合されたアノテーション：メタ解析でＧＷＳに達した２７個の遺伝子座の生物学的アノテーション、機能的アノテーション、及び文献によるアノテーション。遺伝子座（リードＳＮＰ及び候補遺伝子の名称によって特定される）を、カラム毎に組織化し、ここで、網掛け部分は、関連するｐＡＩＤを示し、機能的アノテーションは、表の上部に見出され、底部の網掛けのバーは、メタ解析のＰｍｅｔａ値を示す。各遺伝子座について、リードＳＮＰ及びプロキシＳＮＰ（ｒ２＞０．８）が、アノテーションプロトコールに含まれている。詳細については、方法を参照されたい。略語：ｃｐｇ：ＣｐＧアイランド、ｄｇｖ：コピー数可変領域、ｄｎａｓｅ：ＤＮＡｓｅ過感受性Ｉ部位、ｅｑｔｌ：発現定量的痕跡のある遺伝子座、ｇａｄ：既知の遺伝子関連性、ｇｅｒｐ：保存された位置、ｍｉｒ：ｍｉＲＮＡ、ｓｉｆｔ：ＳＩＦＴにおける機能的突然変異、ｔｆｂｓ：転写因子結合部位。
【図３Ｂ】既存の予測データセット及び実験データセットを使用したｐＡＩＤ関連遺伝子座の統合されたアノテーション：上位２７個のＧＷＳ  ＳＮＰに対する実験的アノテーション及び予測によるアノテーションの分布及びエンリッチメント。アノテーション頻度を使用して、ヒストグラムによって示されるように、各アノテーションカテゴリーにおいてゲノムから得られたランダムな１００個のＳＮＰのセット１０，０００個と比較して、ｐＡＩＤ  ＳＮＰの相対的なエンリッチメントを計算した（黒色のバー）。
【図３Ｃ−Ｄ】既存の予測データセット及び実験データセットを使用したｐＡＩＤ関連遺伝子座の統合されたアノテーション：Ｔ１Ｄ及びＪＩＡに関して、拡張ＭＨＣにわたる疾患特異的なＧＷＡＳの結果。疾患特異的症例−コントロールＧＷＡＳにより得られた要約レベルの関連性は、マーカー全体で得られた上位のシグナルが、Ｔ１Ｄ（ａ）及びＪＩＡ（ｂ）に観察された拡張ＭＨＣ分析にマッピングすることを示す。網掛けのスケールは、ｐ値に基づく（最も有意：上部の濃い灰色から、最も有意性が低い：白色）。
【図３Ｅ】既存の予測データセット及び実験データセットを使用したｐＡＩＤ関連遺伝子座の統合されたアノテーション：各ｐＡＩＤからの上位ＭＨＣ領域シグナルと他のｐＡＩＤとの関連性。１０種類のｐＡＩＤのそれぞれからのＰ値を、それぞれのｐＡＩＤのリードシグナルであると特定された１０個のＳＮＰ（１つ目のカラムにアノテーションされている）の表にした。
【図４Ａ−Ｂ】組織特異的遺伝子セットのエンリッチメント解析（ＴＧＳＥＡ）により、小児及び成人の自己免疫データセットを使用して、免疫細胞及び組織にわたって自己免疫に関連する遺伝子発現パターンを特定する。図４Ａ：ヒト組織全体にわたる自己免疫に関連する遺伝子の発現エンリッチメント。拡張ＭＨＣあり（円形）又はなし（三角形）のいずれかでの（明確さのために、それぞれ、（＋）又は（−）でもプロットにおいてラベル付けされている）ｐＡＩＤ関連遺伝子（中央）の１２６個の組織にわたるＴＧＳＥＡエンリッチメントスコア（ＥＳ）の値の分布。ｐＡＩＤ遺伝子セットの結果を、クローン病（左）及び統合失調症（右）と関連することが既知の遺伝子で観察されたものと比較する。組織／細胞型を、免疫又は非免疫として分類し、ＥＳ検定統計量の規模に基づいて、各パネルにおいて左から右に順位付けする。図４Ｂ：多様なマウス免疫細胞型にわたるｐＡＩＤ関連遺伝子の発現のエンリッチメント。ＭＨＣ内の遺伝子を含むか（濃い網掛けのピークが５と１０の間にある）又はＭＨＣ内の遺伝子を除外したか（薄い網掛けのピークが４と６の間にある）のいずれかでのマウス免疫細胞型にわたるｐＡＩＤ関連遺伝子のＥＳ値の分布。結果を、ＮＨＧＲＩ  ＧＷＡＳカタログから得られたクローン病「ＣＤ」と関連する遺伝子（およそ４と１２の間の緩やかなピーク）、統合失調症「Ｓｃｈｉｚｏ」と関連する遺伝子（約２〜３にある薄い網掛けの鋭く高いピーク）、ＬＤＬコレステロール「ＬＤＬ」と関連する遺伝子（０と２の間の中程度の網掛けの鋭く高いピーク）、又は体格指数「ＢＭＩ」と関連する遺伝子（約２〜３に位置するＳｃｈｉｚｏのピークとＬＤＬのピークと重複する小さなピーク）と比較した。
【図４Ｃ】組織特異的遺伝子セットのエンリッチメント解析（ＴＧＳＥＡ）により、小児及び成人の自己免疫データセットを使用して、免疫細胞及び組織にわたって自己免疫に関連する遺伝子発現パターンを特定する：マウス免疫細胞にわたって３種類以上の自己免疫疾患と関連する「多面的」候補遺伝子の発現に基づく階層クラスタリング。箱は、本文中で考察される特定の疾患関連性についてエンリッチな遺伝子クラスターを示す。
【図４Ｄ】組織特異的遺伝子セットのエンリッチメント解析（ＴＧＳＥＡ）により、小児及び成人の自己免疫データセットを使用して、免疫細胞及び組織にわたって自己免疫に関連する遺伝子発現パターンを特定する：ＰＭＥＴＡ＜１×１０−６に達した４６個のＧＷＭ又はＧＷＳのリードＳＮＰに関する機能的アノテーション、制御性アノテーション、保存的アノテーション、及び文献に報告されているアノテーション。各ＳＮＰについて、関連するｐＡＩＤの網掛け及び底部の網掛けバーは、特定の疾患組合せとの関連性の強度（ＰＭＥＴＡ値）を示す。図面の右側は、モデル検索に基づいて、各リードＳＮＰと関連していると特定されたｐＡＩＤに対応する。略語：ｃｐｇ：ＣＰＧアイランド、ｄｇｖ：コピー数可変領域、ｄｎａｓｅ：ＤＮＡｓｅ過感受性Ｉ部位、ｅｑｔｌ：発現定量的痕跡のある遺伝子座、ｇａｄ：既知の遺伝子関連性、ｇｅｒｐ：保存された位置、ｍｉｒ：ｍｉＲＮＡ、ｓｉｆｔ：ＳＩＦＴにおける機能的突然変異、ｔｆｂｓ：転写因子結合部位。
【図５Ａ−Ｂ】１０種類のｐＡＩＤにわたって共有されている遺伝子変異体により、自己免疫疾患ネットワークが明らかとなる。図５Ａ：拡張ＭＨＣ内のＳＮＰを含む全ゲノムのペア毎の共有試験によるｐＡＩＤ遺伝子共有の定量化。ペア毎のｐＡＩＤ  ＧＰＳ試験の相関性プロット。円形の網掛けの濃さ及び円形のサイズは、ＧＰＳ試験Ｐ値の底を１０とする負の対数として、相関性の強度に比例する。  図５Ｂ：遺伝子座特異的なペア毎の共有による自己免疫疾患遺伝子共有の定量化。無向加重ネットワーク（ＵＷＮ）グラフで、ＬＰＳ試験により得られた結果を示す。エッジのサイズは、ＬＰＳ検定統計量の大きさを表し、１７種類の自己免疫疾患のそれぞれに関してラベル付けしたノードは、力の方向を示すレイアウトに基づいて配置されている。示されているエッジは、ボンフェローニの調整を行った後に有意なペアを表す（Ｐａｄｊ＜０．０５）。
【図５Ｃ】１０種類のｐＡＩＤにわたって共有されている遺伝子変異体により、自己免疫疾患ネットワークが明らかとなる：ＳＴＲＩＮＧにおける上位のｐＡＩＤ関連タンパク質候補のタンパク質−タンパク質の相互作用ネットワーク分析。上位４６個のＧＷＭ（Ｐ＜１×１０−６）シグナルにわたって観察されたタンパク質相互作用の作用図であり、４６個中４４個は、対応するタンパク質にマッピング可能であった。図は、ＳＴＲＩＮＧ  ＤＢホモサピエンスデータベースによって生成された既知及び予測のタンパク質相互作用の結果に基づいて生成されている。示されているプロットは、分子の作用（刺激性、抑制性、又は結合）が矢印によって図示される「作用」図の結果である。
【図５Ｄ−Ｅ】１０種類のｐＡＩＤにわたって共有されている遺伝子変異体により、自己免疫疾患ネットワークが明らかとなる。図５Ｄ：ｐＡＩＤ関連遺伝子は、ヒト免疫組織においてエンリッチである（ＫＳ検定）。拡張ＭＨＣ「拡張ＭＨＣ」あり（円形）又はなし（三角形）でｐＡＩＤ関連遺伝子（中央）に対する片側コルモゴロフ−スミルノフ（ＫＳ）検定統計量から得られた、１２６個の組織にわたるＴＧＳＥＡエンリッチメントスコア（ＥＳ）の値の分布。ＮＨＧＲＩ  ＧＷＡＳカタログから得られた既知のクローン病（左）及び統合失調症（右）の遺伝子が、基準プロファイルとして含まれる。組織／細胞型を、免疫又は非免疫として分類し、ＫＳ検定統計量の規模に基づいて、各パネルにおいて左から右に順位付けする。図５Ｅ：細胞系統及び発生段階に基づいた免疫細胞にわたるｐＡＩＤ関連遺伝子転写産物の差次的エンリッチメント。拡張ＭＨＣ領域を含むか（左）又は拡張ＭＨＣ領域を含まない（右）のいずれかで、細胞系統及び発生段階によって分類した場合の、すべてのＩｍｍＧｅｎ細胞型にわたって試験したｐＡＩＤ関連遺伝子又は成人／一般的自己免疫疾患関連遺伝子（データセット内の残りの転写産物と比較）のＥＳ値の分布。成人コホートからの遺伝子は、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｉｐコンソーシアムデータベース（ｉｍｍｕｎｏｂａｓｅ「ドット」ｏｒｇで入手可能）において示されているこれまでに報告されている関連遺伝子から得られた。
【図６Ａ】ＳＴＲＩＮＧにおけるタンパク質−タンパク質相互作用ネットワーク分析。ｗｅｂｇｅｓｔａｌｔにおいてＰＰＩ分析モジュールを使用してｐＡＩＤメタ解析によって特定された、（左）２７個のＧＷＳ（Ｐ＜１×１０−８）遺伝子座、（中央）４６個のＧＷＭ（Ｐ＜１×１０−６）シグナル、及び（右）ＪＡＫ２シグナル伝達カスケード内の相互作用するタンパク質に観察されたタンパク質相互作用を裏付ける図。図は、ＳＴＲＩＮＧ  ＤＢホモサピエンスデータベースを使用して特定された既知及び予測のタンパク質−タンパク質相互作用の結果に基づいて生成されている。プロットは、各線が、ＰＰＩデータの１つの源を示すように、「裏付け」図の結果を示す。
【図６Ｂ】ＤＡＰＰＬＥにおけるタンパク質−タンパク質相互作用ネットワーク分析。タンパク質ネットワーク相互作用ツールＤａｐｐｌｅを使用して特定された相互作用。入力シードは、４６個の候補ＧＷＭ遺伝子座（リードＳＮＰの２００キロベース上流及び下流を含む）である。シードスコアＰｄａｐｐｌｅを使用して、ネットワークプロットにおけるタンパク質ノードを色分けした。
【図６Ｃ】ｐＡＩＤ関連遺伝子がエンリッチな生物学的経路。最も有意にエンリッチな経路を特定する。ＧＢＡＴから得られた入力遺伝子リストを使用して、ｐＡＩＤにおいて重要な候補生物学的経路又は生物学的プロセスを特定した。これらの経路は、それぞれのデータベースによってわずかに異なって命名されている対応する経路を直接的に比較し、メタ解析できるように、手作業でアノテーションした。各データポイントは、ＤＡＶＩＤ（ＦＤＲ、白色の円形）、ＩＰＡ（ＢＨ、黒色の四角形）、又はＧＳＥＡ（ＢＨ、黒色の円形）により得られた検定統計量（Ｐ値又はｑ値）を、所与の「共有されている」経路のアノテーションデータベースとともに示す（ｘ軸で全体的なフィッシャーのメタ解析Ｐ値により順位付け）。範囲プロットを、ｙ軸でフィッシャーのメタ解析−ｌｏｇ１０（Ｐ値）によって結合する。共通の経路（３つすべてのデータベースで発見された）を一番上にアノテーションする。
【図７Ａ】１つ又は複数のｐＡＩＤにわたって観察された効果の方向（ＤｏＥ）が、モデル検索によって特定された疾患組合せのものと逆方向である、上位９個のリードＳＮＰ。略語：ＳＮＰ：ｒｓＩＤ  ｄｂＳＮＰ  １３８、遺伝子：候補遺伝子の名称（ＨＧＮＣ）、領域：細胞遺伝学的バンド、Ａ１：ロジスティック回帰において使用した代替的な対立遺伝子、ｐＡＩＤｓ＿モデル：モデル検索に基づいてこのＳＮＰと関連しているｐＡＩＤ（複数可）、ＢＥＴＡ（ＳＥ）＿モデル：モデル検索において特定された疾患からの症例を組み合わせたロジスティック回帰に基づくＳＮＰの効果量及び標準誤差、ｐＡＩＤ：サブタイプ検索によって特定された疾患群のものとは逆の効果方向を示す疾患、ＢＥＴＡ（ＳＥ）：ｚスコア又は逆の効果方向を有することが見出された疾患に対するＳＮＰの効果量及び標準誤差、Ｐ値：疾患特異的ＧＷＡＳのＰ値。
【図７Ｂ】拡張ＭＨＣ内のＳＮＰを含むか（上部）又は拡張ＭＨＣ内のＳＮＰを含まない（下部）、全ゲノムのペアによる共有検定による、ｐＡＩＤ遺伝子共有の定量化。ペア毎のｐＡＩＤ  ＧＰＳ試験の相関性プロット。円形の網掛けの濃さ及び円形のサイズは、ＧＰＳ試験Ｐ値の底を１０とする負の対数として、相関性の強度に比例する。
【図７Ｃ】無向加重ネットワーク（ＵＷＮ）グラフで、ＬＰＳ試験により得られた結果を示す。エッジのサイズは、ＬＰＳ検定統計量の大きさを表し、１７種類の自己免疫疾患のそれぞれに関してラベル付けしたノードは、力の方向を示すレイアウト（方法）に基づいて配置されている。エッジは、ＬＰＳ検定に基づいて少なくとも名目上の有意性（Ｐ＜０．０５）に達したペア毎の関係性を図示するエッジが示されている。
【００４８】
前述のように、本明細書に含まれるある特定の図面のカラー版はまた、オンライン公開刊行日が２０１５年８月２４日のＹ．Ｒ．  Ｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ：１０．１０３８「バックスラッシュ」ｎｍ．３９３３及びこの刊行物の補足材料に公開されており、それらの図面は、本明細書に参照により援用される。
【発明を実施するための形態】
【００４９】
全ゲノム相関解析（ＧＷＡＳ）により、臨床的に異なる疾患群及び自己免疫疾患にわたって共有されている関連性を含む、複数の感受性遺伝子が特定されている。本発明者らは、６，０３５人の症例及び１０，７１８人の共通した集団に基づくコントロールを含む症例−コントロール研究において、発症が小児期の自己免疫疾患（ｐＡＩＤ）１０種類にわたって、逆カイ二乗メタ解析を行った。１つ又は複数のｐＡＩＤと関連している２７個の全ゲノムで有意な遺伝子座が特定され、コンピュータで再現された自己免疫関連遺伝子（ＩＬ２ＲＡを含む）、並びにＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、及びＣＤ４０ＬＧを含む新規な候補遺伝子座（確立された免疫調節機能を有する）にマッピングした。ｐＡＩＤ関連ＳＮＰは、ＤＮＡｓｅ過感受性部位、発現定量的形質遺伝子座、マイクロＲＮＡ結合部位、及びコーディング変異体に機能的にエンリッチである。生物学的に相関性のあるｐＡＩＤ関連候補遺伝子セットもまた、免疫細胞発現プロファイリングに基づいて特定されており、これは、遺伝子が共通していることの根拠を示す。ネットワーク及びタンパク質の相互作用分析により、Ｔヘルパー１型（ＴＨ１）／ＴＨ２／ＴＨ１７、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ、インターフェロン、及びインターロイキンのシグナル伝達経路の役割が複数の自己免疫疾患に集中していることが示された。
【００５０】
定義
本発明の目的で、「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」実体は、その実体の１つ又は複数を指し、例えば、「１つのｃＤＮＡ」は、１つ若しくは複数のｃＤＮＡ、又は少なくとも１つのｃＤＮＡを指す。したがって、「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」、「１つ又は複数」、及び「少なくとも１つの」という用語は、本明細書において互換可能に使用することができる。また、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、及び「有する」という用語が、互換可能に使用され得ることにも留意されたい。さらに、「からなる群から選択される」化合物は、続くリスト内の化合物のうちの１つ又は複数を指し、これには、化合物のうちの２つ以上の混合物（すなわち、組合せ）も含まれる。本発明によると、単離された、又は生物学的に純粋な分子は、その天然の環境から取り出された化合物である。そのため、「単離された」及び「生物学的に純粋な」とは、必ずしも、化合物が精製されている程度を反映するわけではない。本発明の単離された化合物は、その天然の供給源から得ることができるか、実験室での合成技法を使用して生成することができるか、又は任意のそのような合成経路によって生成することができる。
【００５１】
「自己免疫疾患」は、本明細書においてＡＩＤと略され、強直性脊椎炎（ＡＳ）、乾癬（ＰＳ又はＰＳＯＲ）、セリアック病（ＣＥＬ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、分類不能型免疫不全（ＣＶＩＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、Ｉ型糖尿病（Ｔ１Ｄ）、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）、クローン病（ＣＤ）、円形脱毛症（ＡＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、脊椎関節症（ＳＰＡ）、白斑（ＶＩＴ）、喘息、又は甲状腺炎（ＡＩＴＤ、ＴＨＹ、又はＴＨ）のうちの１つ又は複数が含まれるが、これらに限定されない。「小児自己免疫疾患」は、本明細書においてｐＡＩＤと略され、「小児対象」における上述の疾患のそれぞれを含むがこれらに限定されず、この小児対象は、本明細書において、１８歳未満の対象として定義される。対照的に、「成人」対象は、１８歳以上である。
【００５２】
「単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）」は、本明細書において「単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）」とも互換可能に称され、ＤＮＡにおける単一の塩基がその位置の通常の塩基とは異なる変化を指す。これらの単一の塩基の変化は、ＳＮＰ又は「スニップ」と呼ばれることが多い。ヒトゲノムでは、数百万のＳＮＰが分類登録されている。鎌状細胞をもたらすものなど、一部のＳＮＰは、疾患に関与している。他のＳＮＰは、ゲノムにおける通常の変異である。
【００５３】
「ＡＩＤ関連ＳＮＰ又はＡＩＤ関連特異的マーカー」又は「ＡＩＤ関連マーカー」は、ＡＩＤを発症するリスクの増大と関連し、ＡＩＤを有さない正常対象においては低い頻度で見出されるか又は通常見出されない、ＳＮＰ又はマーカーである。このようなマーカーには、核酸、それによってコードされるタンパク質、又は他の小分子が含まれ得るがこれらに限定されない。一部の事例において、ＳＮＰ又はマーカーは、ＡＩＤ関連ＳＮＰ又はＡＩＤ関連マーカーである。
【００５４】
本明細書において使用される「遺伝子改変」という用語は、野生型から又は１つ若しくは複数の核酸分子の基準配列からの変化を指す。遺伝子改変には、塩基対置換、既知の配列の核酸分子からの少なくとも１つのヌクレオチドの付加及び欠失が含まれるがこれらに限定されない。「遺伝子改変」という用語はまた、タンパク質にも適用され得、アミノ酸置換、挿入、及び欠失を含むがこれらに限定されない。「対立遺伝子変異」は、野生型又は基準の対立遺伝子とは異なる対立遺伝子、すなわち、野生型又は基準の対立遺伝子と比較して、遺伝子改変を有する対立遺伝子が存在することを指す。
【００５５】
「連鎖」は、複数の遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座、又は遺伝子マーカーが、同じ染色体上でのそれらの位置の結果として一緒に受け継がれる傾向を説明し、２つの遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座、又は遺伝子マーカー間の組換えパーセント（組換え割合、すなわちθとも呼ばれる）で測定される。２つの遺伝子座が染色体上で物理的に近くにあるほど、組換え割合は低くなる。通常、疾患を引き起こしている遺伝子内の多型部位を、疾患との連鎖に関して試験すると、組換え割合はゼロとなり、疾患と疾患を引き起こしている遺伝子とが、常に一緒に受け継がれることを示す。まれな事例では、ある遺伝子が非常に大きなゲノムセグメントに及んでいる場合、その遺伝子の一方の末端の多型部位と、他方の末端の病因的突然変異との間で組換えを観察する可能性もあり得る。しかしながら、病因的突然変異が疾患との連鎖に関して試験されている多型である場合、組換えは観察されない。
【００５６】
「センチモルガン」は、２つの遺伝子マーカー、対立遺伝子、遺伝子、又は遺伝子座の間の連鎖を表す遺伝的距離の単位であり、任意の減数分裂事象に関して２つのマーカー又は遺伝子座の間の組換えの確率１％に相当する。
【００５７】
「連鎖不平衡」又は「対立遺伝子相関」は、集団内の任意の特定の対立遺伝子の頻度に関して、染色体上の位置が近傍にある、特定の対立遺伝子、遺伝子座、遺伝子、又は遺伝子マーカーと、ある特定の対立遺伝子、遺伝子座、遺伝子、又は遺伝子マーカーとに、偶然に予想されるよりも高い頻度での優先的な相関性があることを意味する。
【００５８】
本明細書において使用される「固体マトリックス」又は「個体支持マトリックス」という用語は、ビーズ、微小粒子、マイクロアレイ、微量滴定ウェル若しくは試験管の表面、ディップスティック、又はフィルタなど、任意の形式を指す。マトリックスの材料は、ポリスチレン、セルロース、ラテックス、ニトロセルロース、ナイロン、ポリアクリルアミド、デキストラン、又はアガロースであり得る。一部の実施態様において、マトリックスは、チップの形態であってもよい。
【００５９】
特定のヌクレオチド又はアミノ酸に言及する場合の「から本質的になる」という語句は、所与の配列番号の特性を有する配列を意味する。例えば、アミノ酸配列に言及して使用される場合、この語句は、その配列自体、並びにその配列の機能的特性及び新規な特性に影響を及ぼさないであろう分子修飾形態を含む。
【００６０】
本明細書において使用される「標的核酸」は、複合核酸混合物中に存在する核酸の既定の領域を指し、ここで、既定の野生型領域は、少なくとも１つの既知のヌクレオチド変異を含み、この変異はｐＡＩＤと関連している場合もあればしていない場合もある。核酸分子は、ｃＤＮＡクローニング若しくはサブトラクティブハイブリダイゼーションによって天然源から単離され得るか、又は手作業で合成され得る。核酸分子は、トリエステル合成法によって手作業で合成され得るか、又は自動ＤＮＡ合成装置を使用して合成され得る。
【００６１】
本発明において使用される核酸に関して、「単離核酸」という用語が用いられることがある。この用語は、ＤＮＡに適用される場合、ＤＮＡ分子が由来する生物体の天然に存在するゲノムにおいてそのＤＮＡ分子が直接連続している（５’方向及び３’方向に）配列から分離された、ＤＮＡ分子を指す。例えば、「単離核酸」は、ベクター、例えば、プラスミドベクター若しくはウイルスベクターに挿入されているか、又は原核生物若しくは真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれている、ＤＮＡ分子を含み得る。「単離核酸分子」はまた、ｃＤＮＡ分子を含み得る。ベクターに挿入された単離核酸分子はまた、本明細書において、組換え核酸分子と称されることもある。
【００６２】
ＲＮＡ分子に関して、「単離核酸」という用語は、主として、上記に定義された単離ＤＮＡ分子によってコードされるＲＮＡ分子を指す。あるいは、この用語は、あるＲＮＡ分子がその天然の状態で関連しているであろうＲＮＡ分子（すなわち、細胞若しくは組織中の）から十分に分離されており、結果として、「実質的に純粋な」形態で存在する、ＲＮＡ分子を指し得る。
【００６３】
核酸に関する「多く含む」という用語の使用は、目的の細胞又は溶液中に存在する全ＤＮＡ又は全ＲＮＡのうち、特定のＤＮＡ又はＲＮＡ配列が、正常な細胞又は配列が得られた細胞においてよりも、有意に高い割合（２〜５倍）を占めることを意味する。これは、ある人物が、存在する他のＤＮＡ若しくはＲＮＡの量を優先的に低減することによって、又は特定のＤＮＡ配列若しくはＲＮＡ配列の量を優先的に増大することによって、又はこれら２つの組合せによって、引き起こすことができる。しかしながら、「多く含む」は他のＤＮＡ配列又はＲＮＡ配列が存在しないことを示すものではなく、単に目的の配列の相対量が有意に増大していることに留意されたい。
【００６４】
一部の目的では、ヌクレオチド配列が精製された形態であることも有利である。核酸に関する「精製された」という用語は、絶対的な純度（均一な調製物など）を必要とするものではなく、配列が、天然の環境よりも相対的に純粋であるという示度を表す（天然のレベルと比較して、このレベルは、例えば、ｍｇ／ｍｌ単位で、少なくとも２〜５倍高くあるべきである）。ｃＤＮＡライブラリーから単離した個々のクローンを、電気泳動的均一性まで精製してもよい。これらのクローンから得られる特許請求されるＤＮＡ分子は、全ＤＮＡ又は全ＲＮＡから直接得ることができる。ｃＤＮＡクローンは、天然に存在するのではなく、むしろ部分的に精製された天然に存在する物質（メッセンジャーＲＮＡ）の操作によって得ることが好ましい。ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築は、合成物質（ｃＤＮＡ）の作製を伴い、純粋な個々のｃＤＮＡクローンは、そのｃＤＮＡライブラリーを有する細胞をクローニングにより選択することによって、合成ライブラリーから単離することができる。したがって、このプロセスは、ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築及び異なるｃＤＮＡクローンの単離を含み、天然のメッセージのおよそ１０−６倍の精製物をもたらす。したがって、少なくとも１桁分、好ましくは２桁分又は３桁分、より好ましくは４桁分又は５桁分の精製が、明示的に企図される。したがって、「実質的に純粋」という用語は、ある調製物が目的の化合物（例えば、核酸、オリゴヌクレオチドなど）を少なくとも５０〜６０重量％含むことを指す。調製物は、目的の化合物を少なくとも７５重量％含むことが好ましく、９０〜９９重量％含むことが最も好ましい。純度は、目的の化合物に適した方法によって測定される。
【００６５】
「相補的」という用語は、２つのヌクレオチドが互いに複数の良好な相互作用を形成し得ることを指す。例えば、アデニンはチミンに対して相補的であるが、これは、これらが２つの水素結合を形成し得るためである。同様に、グアニンとシトシンは、３つの水素結合を形成できるため、相補的である。したがって、核酸配列が以下の塩基配列、チミン、アデニン、グアニン、及びシトシンを含む場合、この核酸分子の「相補体」は、チミンの場所にアデニン、アデニンの場所にチミン、グアニンの場所にシトシン、及びシトシンの場所にグアニンを含む分子となる。相補体は、親核酸分子と最適な相互作用を形成する核酸配列を含むため、そのような相補体は、親分子に高い親和性で結合することができる。
【００６６】
一本鎖核酸、特にオリゴヌクレオチドに関して、「特異的にハイブリダイズする」という用語は、当技術分野で一般的に使用される所定の条件下においてそのようなハイブリダイゼーションを可能にするのに十分に相補的な（「実質的に相補的な」と称されることもある）配列の２つの一本鎖ヌクレオチド分子間における結合を指す。具体的には、この用語は、オリゴヌクレオチドと、本発明の一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ分子内に含まれる実質的に相補的な配列とのハイブリダイゼーションを指すが、オリゴヌクレオチドと非相補的な配列の一本鎖核酸とのハイブリダイゼーションは実質的に除外される。例えば、特異的ハイブリダイゼーションは、ある配列が、任意のｐＡＩＤ特異的マーカー核酸にハイブリダイズするが、他のヌクレオチドにはハイブリダイズしないことを指し得る。また、「特異的にハイブリダイズする」ポリヌクレオチドは、気道、結腸、免疫細胞、樹状細胞、又は他の組織特異的マーカー、例えば、本明細書に含まれている表に示されるｐＡＩＤ特異的マーカーにのみハイブリダイズし得る。様々な相補性の一本鎖核酸分子の特異的ハイブリダイゼーションを可能にする適切な条件は、当技術分野で周知である。
【００６７】
例えば、指定された配列相同性の核酸分子間でのハイブリダイゼーションを達成するのに必要なストリンジェンシー条件を計算するための一般的な式を、以下に記載する（Sambrookら、Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory (1989)）。
Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６Ｌｏｇ［Ｎａ＋］＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−０．６３（ホルムアミド％）−６００／二重鎖の塩基数
【００６８】
上記の式の例として、［Ｎａ＋］＝［０．３６８］、５０％ホルムアミド、ＧＣ含量４２％、及び平均プローブサイズ２００塩基を使用すると、Ｔｍは５７℃となる。ＤＮＡ二重鎖のＴｍは、相同性が１％減少するごとに１〜１．５℃低下する。したがって、約７５％を上回る配列同一性を有する標的は、４２℃のハイブリダイゼーション温度を使用すると観察されるであろう。
【００６９】
ハイブリダイゼーション及び洗浄のストリンジェンシーは、主として、溶液の塩濃度及び温度に依存する。一般に、プローブとその標的とのアニーリング率を最大化するために、ハイブリダイゼーションは、通常、そのハイブリッドの計算されたＴｍよりも２０〜２５℃低い、塩及び温度条件で行われる。洗浄条件は、標的に対するプローブの同一性の度合いにとって可能な限りストリンジェントであるべきである。一般に、洗浄条件は、ハイブリッドのＴｍよりもおよそ１２〜２０℃低くなるように選択される。本発明の核酸に関しては、中等度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、４２℃におけるハイブリダイゼーション、並びに２×ＳＳＣ及び０．５％ＳＤＳ中において５５℃で１５分間の洗浄として定義される。高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、４２℃におけるハイブリダイゼーション、並びに１×ＳＳＣ及び０．５％ＳＤＳ中において６５℃で１５分間の洗浄として定義される。非常に高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、４２℃におけるハイブリダイゼーション、並びに０．１×ＳＳＣ及び０．５％ＳＤＳ中において６５℃で１５分間の洗浄として定義される。
【００７０】
本明細書において使用される「オリゴヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドを２つ以上、好ましくは３つを上回って含む、核酸分子として定義される。オリゴヌクレオチドの厳密なサイズは、様々な要因に依存し、オリゴヌクレオチドの具体的な用途及び使用に依存するであろう。プローブ及びプライマーを含め、オリゴヌクレオチドは、３ヌクレオチドから核酸分子の完全長までの任意の長さであってよく、３からポリヌクレオチドの完全長までの連続する核酸のうちの可能な数すべてを明示的に含む。好ましくは、オリゴヌクレオチドは、少なくとも約１０ヌクレオチド長であり、より好ましくは少なくとも１５ヌクレオチド長であり、より好ましくは少なくとも約２０ヌクレオチド長である。
【００７１】
本明細書において使用される「プローブ」という用語は、精製された制限酵素消化物のように天然に存在するか、又は合成で生成されたかに関係なく、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、又はＲＮＡ若しくはＤＮＡのいずれかである核酸を指し、これは、プローブに相補的な配列を有する核酸とアニーリングするか又は特異的にハイブリダイズすることができる。プローブは、一本鎖又は二本鎖のいずれであってもよい。プローブの厳密な長さは、温度、プローブ源、及び方法の用途を含む、多数の要因に依存するであろう。例えば、診断用途については、標的配列の複雑さに応じて、オリゴヌクレオチドプローブは、典型的に、１５〜２５、又はそれ以上のヌクレオチドを含むが、プローブが含むヌクレオチドはより少数であっても多数であってもよい。本明細書におけるプローブは、特定の標的核酸配列の様々な鎖に相補的となるように選択される。これは、プローブが、所定の条件セット下において、そのそれぞれの標的鎖に「特異的にハイブリダイズする」か又はアニーリングすることができるように、十分に相補的でなければならないことを意味する。したがって、プローブ配列は、必ずしも標的の厳密な相補的配列を反映するものではない。例えば、非相補的ヌクレオチド断片が、プローブの５’末端又は３’末端に結合し、プローブ配列の残りの部分が標的鎖に相補的であってもよい。あるいは、非相補的塩基又はより長い配列が、プローブに散在していてもよいが、ただし、プローブ配列が、標的核酸の配列と特異的にアニーリングするのに十分な相補性を有することを条件とする。
【００７２】
本明細書において使用される「プライマー」という用語は、適切な環境におかれたときに、鋳型依存的核酸合成の開始剤として機能的に作用することができる、ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれか、一本鎖又は二本鎖のいずれか、生物系に由来するか、制限酵素消化によって生成されたか、又は合成で産生されたかのいずれのオリゴヌクレオチドを指す。適切な核酸鋳型、核酸の好適なヌクレオシド三リン酸前駆体、ポリメラーゼ酵素、好適な補助因子及び条件、例えば、好適な温度及びｐＨが提示されると、プライマーは、ポリメラーゼの作用又は同様の活性によるヌクレオチドの付加によってその３’末端が伸長されて、プライマー伸長産物を得ることができる。プライマーは、具体的な条件及び用途要件に応じて、長さが多様であり得る。例えば、診断用途では、オリゴヌクレオチドプライマーは、典型的に、１５〜２５又はそれ以上のヌクレオチド長である。プライマーは、所望される伸長産物の合成を開始するために、すなわち、ポリメラーゼ又は同様の酵素による合成の開始に使用するのに適した並列位置にプライマーの３’ヒドロキシル部分を提供するのに十分な様式で、所望される鋳型鎖とアニーリングすることができるように、所望される鋳型に対して十分な相補性のものでなければならない。プライマー配列が、所望される鋳型の厳密な相補体を表すことは、必須ではない。例えば、非相補的ヌクレオチド配列が、それ以外は相補的なプライマーの５’末端に付加されてもよい。あるいは、非相補的塩基が、オリゴヌクレオチドプライマー配列内に散在していてもよいが、ただし、プライマー配列が、伸長産物の合成のための鋳型−プライマー複合体を機能的に提供するのに十分な、所望される鋳型鎖の配列との相補性を有することを条件とする。
【００７３】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、米国特許第４６８３１９５号、同第４８００１９５号、及び同第４９６５１８８号に記載されており、これらの全開示が、本明細書に参照により援用される。
【００７４】
「ｓｉＲＮＡ」という用語は、標的とされる遺伝子の配列との相同性を有する低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を提供することによる、配列特異的転写後遺伝子サイレンシング又は遺伝子ノックダウンのためのＲＮＡ干渉プロセスに関与する分子を指す。低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、インビトロで合成され得るか、又はリボヌクレアーゼＩＩＩ切断によってより長いｄｓＲＮＡから生成され得、配列特異的ｍＲＮＡ分解の媒介因子である。好ましくは、本発明のｓｉＲＮＡは、適切に保護されたリボヌクレオシドホスホラミダイト及び従来的なＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置を使用して化学的に合成される。ｓｉＲＮＡは、２つの別個の相補的ＲＮＡ分子として合成することもでき、又は２つの相補的な領域を有する単一のＲＮＡ分子として合成することもできる。合成ＲＮＡ分子又は合成試薬の供給業者としては、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ、ＵＳＡ）、Ｐｒｏｌｉｇｏ（Ｈａｍｂｕｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｌａｆａｙｅｔｔｅ、Ｃｏｌｏ．、ＵＳＡ）、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Ｐｅｒｂｉｏ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．、ＵＳＡの一部）、Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓｔｅｒｌｉｎｇ、Ｖａ．、ＵＳＡ）、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ（Ａｓｈｌａｎｄ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、及びＣｒｕａｃｈｅｍ（Ｇｌａｓｇｏｗ、ＵＫ）が挙げられる。ｍＲＮＡを阻害するための具体的なｓｉＲＮＡコンストラクトは、例えば、１５〜３５ヌクレオチド長であり得、より典型的には約２１ヌクレオチド長であり得る。
【００７５】
「ベクター」という用語は、細胞に感染させるか、トランスフェクトするか、又は形質転換することができ、独立してか又は宿主細胞のゲノム内で複製することができる、一本鎖又は二本鎖の環状核酸分子を指す。環状二本鎖核酸分子を、切断し、それによって、制限酵素で処理して線状化することができる。各種のベクター、制限酵素、及び制限酵素によって標的とされるヌクレオチド配列に関する情報は、当業者であれば容易に入手可能であり、これらとしては、任意のレプリコン、例えば、プラスミド、コスミド、バクミド、ファージ、又はウイルスが挙げられ、別の遺伝子配列又はエレメント（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）がこれらに結合して、結合した配列又はエレメントの複製物がもたらされ得る。本発明の核酸分子は、ベクターを制限酵素で切断することによって、又は２つの部分を一緒にライゲーションすることによって、ベクターに挿入され得る。重複又は欠失を含む遺伝子領域をクローニングする際、当業者であれば、罹患領域の上流及び下流にある好適な長さの隣接する配列が、クローニングプロセスに利用されることを十分に認識している。そのようなベクターは、例えば、そのような改変がコードされるタンパク質に対して有する影響を研究するための細胞株において、有用性を有するであろう。
【００７６】
当業者であれば、発現コンストラクトを原核生物体又は真核生物体に形質転換、トランスフェクション、又は形質導入するのを容易にするための多数の技法が利用可能である。「形質転換」、「トランスフェクション」、及び「形質導入」という用語は、核酸及び／又は発現コンストラクトを細胞又は宿主生物体に挿入する方法を指す。これらの方法には、宿主細胞外膜又は細胞壁に目的の核酸分子が透過するように高濃度の塩、電界、又は界面活性剤で細胞を処理すること、マイクロインジェクション、ＰＥＧ−融合などといった、様々な技法が含まれる。
【００７７】
「プロモーターエレメント」という用語は、適切な細胞内に入ると、転写因子及び／又はポリメラーゼ結合、並びに続いてベクターＤＮＡの部分のｍＲＮＡへの転写を促進することができる、ベクターに組み込まれているヌクレオチド配列を説明する。一実施態様において、本発明のプロモーターエレメントは、ｐＡＩＤ特異的マーカー核酸分子の５’末端よりも前にあり、結果として、その後のものがｍＲＮＡに転写される。次いで、宿主細胞の機序により、ｍＲＮＡがポリペプチドに翻訳される。
【００７８】
当業者であれば、核酸ベクターが、プロモーターエレメント及びｐＡＩＤ特異的マーカーコード核酸以外の核酸エレメントを含み得ることを理解するであろう。これらの他の核酸エレメントとしては、複製開始点、リボソーム結合部位、薬物耐性酵素又はアミノ酸代謝酵素をコードする核酸配列、及び分泌シグナル、局在化シグナル、又はポリペプチド精製に有用なシグナルをコードする核酸配列が挙げられるがこれらに限定されない。
【００７９】
「レプリコン」は、主にそれ自体の制御下において複製することができる、任意の遺伝子エレメント、例えば、プラスミド、コスミド、バクミド、プラスチド、ファージ、又はウイルスである。レプリコンは、ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれであってもよく、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。
【００８０】
「発現オペロン」は、プロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル（例えば、ＡＴＧ又はＡＵＧコドン）、ポリアデニル化シグナル、終結因子などの転写及び翻訳制御配列を有し得、宿主細胞又は生物体においてポリペプチドコード配列の発現を促進する、核酸断片を指す。
【００８１】
本明細書に使用されるとき、「レポーター」、「レポーター系」、「レポーター遺伝子」、又は「レポーター遺伝子産物」という用語は、核酸が、発現されるとレポーターシグナルを生じる産物をコードする遺伝子を含み、これを、例えば、生物アッセイ、イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、又は比色法、蛍光法、化学発光法、若しくは他の方法によって容易に測定することができる、動作性遺伝子系を意味するものとする。核酸は、ＲＮＡ又はＤＮＡ、線形又は環状、一本鎖又は二本鎖、アンチセンス極性又はセンス極性のいずれであってもよく、レポーター遺伝子産物の発現に必要な制御エレメントに動作的に連結されている。必要とされる制御エレメントは、レポーター系の性質、及びレポーター遺伝子がＤＮＡの形態であるかＲＮＡの形態であるかに応じて多様であるが、限定することなく、プロモーター、エンハンサー、翻訳制御配列、ポリＡ付加シグナル、転写終結シグナルなどのエレメントを挙げることができる。
【００８２】
導入された核酸は、レシピエント細胞又は生物体の核酸に組み込まれる（共有結合で連結される）場合もあれば、そうでない場合もある。例えば、細菌細胞、酵母細胞、植物細胞、及び哺乳動物細胞において、導入された核酸は、エピソームエレメント又はプラスミドなどの独立したレプリコンとして、維持されてもよい。あるいは、導入された核酸は、レシピエント細胞又は生物体の核酸に組み込まれ、その細胞又は生物体において安定に維持され、さらに、レシピエント細胞又は生物体の子孫細胞又は生物体に継代されるか受け継がれてもよい。最終的には、導入された核酸は、レシピエント細胞又は宿主生物体に一過性に存在するだけであってもよい。
【００８３】
「選択可能なマーカー遺伝子」という用語は、発現されると、形質転換された細胞に、選択可能な表現型、例えば抗生物質耐性を与える、遺伝子を指す。
【００８４】
「動作可能に連結された」という用語は、コード配列の発現に必要な調節配列が、コード配列の発現を達成できるように、ＤＮＡ分子内でコード配列に対して適切な位置にあることを意味する。この同じ定義は、発現ベクターにおける転写ユニット及び他の転写制御エレメント（例えば、エンハンサー）の配置に適用される。
【００８５】
「組換え生物体」及び「トランスジェニック生物体」という用語は、新しい組合せの遺伝子又は核酸分子を有する生物体を指す。新しい組合せの遺伝子又は核酸分子は、当業者であれば利用できる多様な核酸操作技法を使用して、生物体に導入することができる。「生物体」という用語は、少なくとも１つの細胞を含む任意の生命体に関する。生物体は、１つの真核細胞ほどに単純であってもよく、哺乳動物のように複雑であってもよい。したがって、「組換え生物体」という語句は、組換え細胞、並びに真核生物体及び原核生物体を包含する。
【００８６】
「単離されたタンパク質」又は「単離され精製されたタンパク質」という用語が、本明細書においてしばしば使用される。この用語は、主として、本発明の単離核酸分子の発現によって産生されたタンパク質を指す。あるいは、この用語は、あるタンパク質が、天然に関連しているであろう他のタンパク質から、「実質的に純粋な」形態で存在するように、十分に分離されていることを指し得る。「単離された」とは、他の化合物若しくは物質との人工的混合物若しくは合成混合物を除外することを意味するものでも、基本的な活性を妨害しない不純物の存在、例えば、不完全な精製、安定剤の添加、又は例えば免疫原性調製物若しくは薬学的に許容される調製物への調合に起因して存在し得る不純物の存在を除外することを意味するものでもない。
【００８７】
「特異的結合対」は、互いに対して特定の特異性を有し、通常の条件下において、他の分子よりも優先的に互いに結合する、特異的結合メンバー（ｓｂｍ）及び結合パートナー（ｂｐ）を含む。特異的結合対の例としては、抗原と抗体、リガンドと受容体、及び相補的なヌクレオチド配列がある。当業者であれば、他の多数の例を把握している。さらに、「特異的結合対」という用語はまた、特異的結合メンバー及び結合パートナーのうちの一方又は両方が、より大きな分子の一部を成す場合にも適用可能である。特異的結合対が核酸配列を含む実施態様において、それらは、アッセイの条件下において互いにハイブリダイズする長さ、好ましくは、１０ヌクレオチド長より長い、より好ましくは１５又は２０ヌクレオチド長より長いものであろう。
【００８８】
本明細書に言及される「患者」又は「対象」とは、成人（１８歳以上）又は小児対象（１８歳未満）のいずれであってもよい。これらの２つの用語は、概して、本明細書において互換可能に使用される。患者又は対象は、１つ又は複数のＡＩＤと診断された個体、ＡＩＤの治療を受けている個体、又は疾病の症状に起因して病状の診断を求めている個体であってもよく、並びにＡＩＤと診断されていない個体であってもよい。例えば、１つ又は複数のＡＩＤを発症することに対する感受性を決定するための方法が行われる場合、試験されている対象は、現時点でいずれのＡＩＤの症状も示していないもの、例えば、健常な対象であってもよい。
【００８９】
「試料」又は「患者試料」又は「生物学的試料」は、一般に、特定の分子、例えば、ＡＩＤ特異的マーカー分子、例えば、下記に提供される表に示されるマーカーに関して試験することができる試料を指す。試料としては、細胞、体液、例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、涙、胸膜液などを挙げることができるが、これらに限定されない。
【００９０】
「薬剤」及び「試験化合物」という用語は、本明細書において互換可能に使用され、化学的化合物、化学的化合物の混合物、生体高分子、又は生物学的物質、例えば、細菌、植物、真菌、若しくは動物（特に哺乳動物）の細胞若しくは組織などから作製された抽出物を指す。生体高分子としては、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチド、ペプチド／ＤＮＡ複合体、及び本明細書に記載されるＳＮＰを含む核酸又はそれらによってコードされるタンパク質の活性を調節する能力を呈する任意の核酸に基づく分子が挙げられる。薬剤は、本明細書において後述されるスクリーニングアッセイを含め、可能性のある生物活性に関して評価される。
【００９１】
本明細書において方法に言及するときに使用される「診断する」という用語、及び「診断」又は「診断すること」などの類似の用語は、例えば、例として臨床的観察、症状の分析、若しくは他の試験と併せてＡＩＤの診断に役立つよう設計されているか、又はそのような他の要因若しくは試験に基づいて行われた診断を確認するように設計されている、方法を包含する。例えば、本明細書における方法を、症状の分析及び他の試験と併せて使用して、医師が、対象がＡＩＤに罹患しているかどうかを決定し、罹患している場合には、対象がどのＡＩＤ又は組合せのＡＩＤに罹患しているかを決定することに役立ち得るデータを得ることができる。
【００９２】
１つ又は複数のＡＩＤを発症することに対する感受性を決定するための方法もまた、本明細書に包含される。その文脈では、ＡＩＤを発症することに対する「感受性」とは、例えば、対象が、ＡＩＤを発症する可能性が集団全体よりも高いことを意味する。例えば、本明細書に記載される遺伝子改変は、対象が今後のある時点においてＡＩＤを発症することに対するリスク因子であり得る。
【００９３】
本明細書において使用される「治療」には、ヒトを含む哺乳動物における疾患（本明細書において「障害」又は「状態」とも称される）のための治療薬の投与又は適用が含まれ、疾患若しくは疾患の進行を阻害すること、疾患若しくはその進行を阻害若しくは遅延すること、その発達を停止させること、疾患を部分的若しくは完全に軽減すること、疾患の１つ若しくは複数の症状を部分的若しくは完全に軽減すること、又は消失、欠落、若しくは欠損した機能を回復若しくは修復すること、又は不十分なプロセスを刺激することが含まれる。
【００９４】
「有効量」又は「治療有効量」という用語は、１つ又は複数の症状の部分的又は完全な軽減など、対象における疾患又は障害の治療に有効な薬物の量を指す。一部の実施態様において、有効量は、所望される治療的結果又は予防的結果を達成するために、必要とされる投薬量及び期間で、有効な量を指す。
【００９５】
遺伝子、例えば、本明細書における遺伝子改変を有する遺伝子と関連する「相互作用ネットワーク」とは、その遺伝子、並びにタンパク質産物が問題の遺伝子のタンパク質産物に直接的又は間接的に結合するか、それを活性化するか、又は脱活性化する遺伝子を意味する。例えば、ネットワークには、問題の遺伝子のタンパク質産物に結合するタンパク質をコードする遺伝子が含まれる。ネットワークにはまた、問題の遺伝子のタンパク質産物の発現、プロセシング、分泌、又は生物学的機能を調節するが、そのタンパク質産物には直接結合しないタンパク質をコードする遺伝子も含まれる。
【００９６】
ＡＩＤの診断及び治療にＡＩＤ関連ＳＮＶを使用する方法
遺伝子改変を検出する方法
一部の実施態様において、１つ又は複数の遺伝子における遺伝子改変は、核酸レベルで検出することができる。血液、尿、血清、胃洗浄、ＣＮＳ流体、任意の種類の細胞（例えば、脳細胞、白血球、単核細胞）又は身体組織を含むがこれらに限定されない、任意の生物学的試料を使用することができる。ＤＮＡを抽出することができる任意の生物源材料を使用することができる。試料は、新たに採取してもよく、又は試料は、任意の用途／目的のために以前に採取され、遺伝子改変に関して試験するときまで保管されていてもよい。以前に異なる目的で精製されたＤＮＡもまた、使用され得る。
【００９７】
定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、微小液滴ＰＣＲ、及びＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ（すなわち、定量的ＰＣＲの特異性を増大させるように設計された加水分解プローブ）といった標準的な分子生物学的手法を、例えば、配列決定と併せて使用して、ある遺伝子における遺伝子改変を評価することができる。蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）プローブもまた、遺伝子改変を評価するために使用することができる。
【００９８】
以下のものを含め、遺伝子改変を決定するための様々な方法が公知である。
【００９９】
単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）／単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ジェノタイピング
患者がある遺伝子に遺伝子改変を有するかどうかを決定することは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ又はＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘから市販のものなどのＳＮＶ／ＳＮＰジェノタイピングアレイを使用して、ＳＮＶ／ＳＮＰジェノタイピングによって行うことができる。上述のように、「単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）」は、本明細書において「単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）」とも互換可能に称され、ＤＮＡにおける単一の塩基がその位置の通常の塩基とは異なる変化を指す。
【０１００】
ＳＮＶジェノタイピングにおいて、ＳＮＶは、相補的ＤＮＡプローブをＳＮＶ部位にハイブリダイズすることによって決定することができる。様々な試料スループット、多重鎖形成能力、及び化学的性質に対応するために、広範なプラットフォームをＳＮＶジェノタイピングツールとともに使用することができる。高密度ＳＮＶアレイでは、何十万ものプローブが、１つの小さなチップに並べられており、結果として、標的ＤＮＡをチップ上で処理するときに多数のＳＮＶを同時に探索することができる。アレイにおいて試料中の標的ＤＮＡとプローブ（又は冗長なプローブ）とのハイブリダイゼーションの量を決定することにより、特異的なＳＮＶ対立遺伝子を決定することができる。ＳＮＶジェノタイピングにアレイを使用することにより、大規模なＳＮＶ検索が可能となる。
【０１０１】
ＳＮＶを分析した後にＣＮＶを分析する場合、ＣＮＶデータが得られるように、コンピュータプログラムを使用してＳＮＶデータを操作する必要がある。そのため、ＰｅｎｎＣＮＶ又は類似のプログラムを使用して、ゲノム全体のシグナルパターンを検出し、コピー数の変化を有する連続的な遺伝子マーカーを特定することができる。（Wang K.及びBucan M.(June 2008) Cold Spring Harb Protoc Vol. 3(6); doi10: 1101/pdb.top46を参照されたい）。ＰｅｎｎＣＮＶは、キロベースの分解能でのＣＮＶ検出を可能にする。（Wang Kら(Nov 2007) Genome Res. 17(11): 1665-74を参照されたい）。
【０１０２】
ＣＮＶ分析において、ＳＮＶジェノタイピングデータを、正常な２倍体ＤＮＡの挙動と比較する。このソフトウェアは、ＳＮＶジェノタイピングデータを使用して、シグナル強度データ及びＳＮＶ対立遺伝子比の分布を決定し、次いで、これらのデータを使用して、ＣＮＶの存在を示す正常な２倍体状態のＤＮＡからの逸脱を特定する。これは、部分的には、ＳＮＶの２つの対立遺伝子の全シグナル強度の正規化された値である対数Ｒ比（ＬＲＲ）を使用することによって行われる（Ｗａｎｇ  ２００８）。ソフトウェアが、強度（ＬＲＲ）が０を下回る傾向にある近接するＳＮＶの領域を検出した場合、これは、ＣＮＶ欠失を示す。ソフトウェアが、代わりに、強度（ＬＲＲ）が０を上回る傾向にある近接するＳＮＶの領域を検出した場合、これは、ＣＮＶ重複を示す。２倍体ＤＮＡの挙動と比較してＬＲＲに変化が観察されなかった場合、配列は、正常な２倍体状態にあり、ＣＮＶは存在していない。ソフトウェアは、対立遺伝子がＣＮＶ欠失又は重複により失われたか又は増えた場合に変化する、２つの対立遺伝子の対立遺伝子強度比の正規化された値である、Ｂ対立遺伝子頻度（ＢＡＦ）も使用する。例えば、ＣＮＶ欠失は、ＬＲＲ値の減少、及びＢＡＦ値におけるヘテロ接合体の欠如の両方によって示される。対照的に、ＣＮＶ重複は、ＬＲＲ値の増大、及びヘテロ接合型ジェノタイプＢＡＦクラスターが２つの異なるクラスターに別れることの両方によって示される。ソフトウェアは、ＬＲＲ及びＢＡＦの計算を自動で行って、全ゲノムＳＮＶデータのＣＮＶ欠失及び重複を検出する。強度とジェノタイプデータを同時に分析することにより、正常な２倍体状態が正確に定まり、ＣＮＶが決定される。
【０１０３】
Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、及びＡｇｉｌｅｎｔなどのアレイプラットフォームを、ＳＮＶジェノタイピングに使用することができる。カスタムアレイもまた、本明細書に記載されるデータに基づいて設計し、使用することができる
【０１０４】
比較ゲノムハイブリダイゼーション
比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）は、遺伝子改変を評価するために使用することができる別の方法である。ＣＧＨは、競合的蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を使用して、遺伝子改変を基準試料と比較して分析するための分子細胞遺伝学的方法である。ＤＮＡを、患者及び基準源から単離し、ＤＮＡの変性後に、蛍光分子（すなわち、フルオロフォア）で独立して標識する。フルオロフォアと得られた試料とのハイブリダイゼーションを、各染色体の長さにわたって比較して、２つの源の間での染色体の相違を特定する。色の不一致は、特定の領域における試験試料内の物質の増減を示し、一方で色の一致は、特定の領域において試験試料と基準試料との間でコピー数などの遺伝子改変に相違がないことを示す。
【０１０５】
配列決定方法
全ゲノム配列決定、全エクソーム配列決定、又は標的化配列決定もまた、複数の遺伝子における遺伝子改変を分析するために使用することができる。全ゲノム配列決定（全長ゲノム配列決定、完全ゲノム配列決定、又はゲノム全体配列決定としても知られている）は、タンパク質をコードする遺伝子又はコードしない遺伝子を含め、種の全ゲノムを配列決定することを含む。全エクソーム配列決定は、対照的に、ゲノム内のタンパク質をコードする遺伝子のみ（ゲノムのおよそ１％）の配列決定である。標的化配列決定は、ゲノムの選択された部分のみの配列決定を含む。
【０１０６】
対象から精製されたＤＮＡに全ゲノム配列決定、全エクソーム配列決定、又は標的化配列決定を行うための広範な技法が、当業者には公知であろう。同様の技法を、異なる種類の配列決定に使用することができる。全ゲノム配列決定に使用される技法としては、ナノポア技術、フルオロフォア技術、ＤＮＡナノボール技術、及びピロ配列決定（すなわち、合成による配列決定）が挙げられる。特に、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）は、ＤＮＡの小さな断片数百個を並行して配列決定し、続いて、それらの断片からの配列決定データをつなぎ合わせるためにバイオインフォマティクス分析を使用することを伴う。
【０１０７】
全エクソーム配列決定は、全ゲノム配列決定ほど多くの量のＤＮＡを配列決定する必要がないため、広範な技法を使用することができる。全エクソーム配列決定の方法としては、ポリメラーゼ連鎖反応法、ＮＧＳ法、分子反転プローブ、マイクロアレイを使用したハイブリッド捕捉、溶液中捕捉、及び古典的なサンガー配列決定が挙げられる。標的化配列決定により、全ゲノムではなく特定の遺伝子の配列データを提供することが可能であり、目的の配列決定する遺伝子の物質を含む特別なマイクロアレイを含む、他の種類の配列決定に使用される技法のうちのいずれかを使用することができる。ゲノムマッピング技術を使用する独自の手法、例えば、ＢｉｏＮａｎｏ又はＯｐＧｅｎのものなども、遺伝子改変を評価するために使用することができる。
【０１０８】
下記の表に列挙されているものを含むがこれらに限定されないＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸は、本発明により様々な目的で使用することができる。ＡＩＤ関連ＳＮＶを含むＤＮＡ、ＲＮＡ、又はそれらの断片は、ＡＩＤ特異的マーカーの存在及び／又は発現を検出するためのプローブとして使用することができる。ＡＩＤ特異的マーカー核酸がそのようなアッセイのプローブとして利用され得る方法としては、（１）ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、（２）サザンハイブリダイゼーション、（３）ノーザンハイブリダイゼーション、及び（４）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの様々な増幅反応が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０９】
さらに、ＡＩＤ関連ＳＮＶ又はそれによってコードされるタンパク質を検出するためのアッセイは、体液（血液、尿、血清、胃洗浄を含む）、任意の種類の細胞（脳細胞、白血球、単核球など）、又は身体組織を含むがこれらに限定されない、任意の種類の生物学的試料に行うことができる。
【０１１０】
前述の考察から、本発明のＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸、それを発現するベクター、ＡＩＤ  ＳＮＶを含むマーカータンパク質、及び抗ＡＩＤ特異的マーカー抗体を使用して、身体組織、細胞、又は流体におけるＡＩＤ関連ＳＮＶを検出し、ＡＩＤの発症に関与する遺伝子及びタンパク質の相互作用を評価する目的でＡＩＤ  ＳＮＶを含むマーカータンパク質の発現を改変させることができることが理解できる。
【０１１１】
ＡＩＤ関連ＳＮＶに関してスクリーニングするためのほとんど実施態様において、試料中のＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸を、まず、例えば、ＰＣＲを使用して増幅させて、試料中に存在する他の配列と比較して鋳型の量を増大させる。これにより、標的配列が試料中に存在する場合、それを高い感度で検出することが可能となる。この最初の工程は、当技術分野でますます重要となってきている高感度アレイ技法を使用することによって、回避することができる。
【０１１２】
あるいは、新しい検出技術により、この制限を克服し、１μｇ程度の少量の全ＲＮＡを含有する少量の試料の分析が可能となり得る。共鳴光散乱（ＲＬＳ）技術を使用することで、従来的な蛍光技法とは対照的に、複数回の読取りにより、ビオチン標識しハイブリダイズした標的及び抗ビオチン抗体を使用して、少量のｍＲＮＡを検出することができる。ＰＣＲ増幅に対する別の代替法は、シグナル対ノイズ比を増大させ、バックグラウンド干渉を減少させるための平面導波管技法（ＰＷＧ）を含む。いずれの技法も、Ｑｉａｇｅｎ  Ｉｎｃ．（ＵＳＡ）から市販されている。
【０１１３】
このように、前述の技法のいずれかを使用して、ＡＩＤ関連ＳＮＶマーカーの発現を検出又は定量化することができ、したがって、ＡＩＤを診断することができる。
【０１１４】
特定の遺伝子改変と１つ又は複数のＡＩＤとの関連性
以下の実施例、図面、及び表に記載されているように、小児対象における本発明者らの研究により、２７個の全ゲノムで有意な（ＧＷＳ）遺伝子座が特定され、ここで、遺伝子改変は、１つ又は複数のｐＡＩＤの存在と関連している。加えて、特定のｐＡＩＤとの関連性において、少なくとも全ゲノムでのわずかな有意性（ＧＷＭ）に達した遺伝子座が４６個あった。したがって、本開示は、例えば、それらの遺伝子改変を有するＡＩＤ患者に適した治療を決定することに役立てるため、又は患者における１つ若しくは複数のＡＩＤを診断するため、又は対象が今後１つ若しくは複数のＡＩＤを発症しやすいかかどうかを決定するために、これらのＧＷＳ及びＧＷＭ遺伝子座におけるＳＮＶなどの遺伝子改変を特定する方法を包含する。
【０１１５】
例えば、強直性脊椎炎（ＡＳ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＡＳ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、又はＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＡＳを診断するため、又は対象がＡＳを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＴＮＭ３、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、又はＣＡＲＤ９のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＣＲＢ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ３、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、又はＳＭＡＤ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＡＳ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＡＳ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。例えば、その薬物は、遺伝子改変を補う様式で経路に影響を及ぼすために、その遺伝子の経路を標的とし得る。
【０１１６】
同様に、乾癬（ＰＳ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＰＳ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、又はＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＰＳを診断するため、又は対象がＰＳを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、又はＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ５、ＩＬ２ＲＡ、ＡＤＣＹ７、ＦＵＴ２、及びＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＰＳ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＰＳ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１１７】
セリアック病（ＣＥＬ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＣＥＬ患者から生物学的試料を得ること、及びＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＣＥＬを診断するため、又は対象がＣＥＬを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＴＮＭ３、ＤＡＧ１、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、Ｃ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＩＫＺＦ３、ＣＤ４０ＬＧ、又はＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＣＥＬ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＣＥＬ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１１８】
全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＳＬＥ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２又はＴＮＭ３の一方又は両方における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＳＬＥを診断するため、又は対象がＳＬＥを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２又はＴＮＭ３のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＧＰＲ３５、ＪＡＫ２、ＺＮＦ３６５、ＴＹＫ２、又はＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＳＬＥ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＳＬＥ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１１９】
分類不能型免疫不全症（ＣＶＩＤ）を有する患者を含む一部の実施態様において、ＣＶＩＤ患者から生物学的試料を得ること、及びＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＣＶＩＤを診断するため、又は対象がＣＶＩＤを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＥＦＮＢ２又はＩＫＺＦ３のうちの一方又は両方における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＣＶＩＤ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＣＶＩＤ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２０】
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＵＣ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＵＣを診断するため、又は対象がＵＣを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＤＡＧ１、ＰＴＧＥＲ４、ＳＢＫ１、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＧＰＲ３５、ＣＹＴＬ１、ＩＬ１２Ｂ、ＪＡＫ２、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＩＫＺＦ３、又はＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＵＣ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＵＣ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２１】
１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）を有する対象を含む一部の実施態様において、Ｔ１Ｄ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、Ｔ１Ｄを診断するため、又は対象がＴ１Ｄを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＳＵＯＸ、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＣＹＴＬ１、８ｑ２４．２３、ＴＹＫ２、又はＦＵＴ２のうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、Ｔ１Ｄ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、Ｔ１Ｄ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２２】
若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＪＩＡ患者から生物学的試料を得ること、及びＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＪＩＡを診断するため、又は対象がＪＩＡを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を取得すること、及びＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、８ｑ２４．２３、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＦＮＢＰ１、ＥＦＮＢ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、又はＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＪＩＡ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＪＩＡ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２３】
クローン病（ＣＤ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＣＤ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＣＤを診断するため、又は対象がＣＤを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＤＡＧ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＬＲＲＫ２、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＦＮＢＰ１、ＺＮＦ３６５、ＮＫＸ２、ＳＭＡＤ３、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、又はＲＢＭＸのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた、評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＣＤ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＣＤ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２４】
円形脱毛症（ＡＡ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＡＡ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２ＲＡ又はＩＬ２１の一方又は両方における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＡＡを診断するため、又は対象がＡＡを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２ＲＡ又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＡＡ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＡＡ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２５】
多発性硬化症（ＭＳ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＭＳ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、又はＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＭＳを診断するため、又は対象がＭＳを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、ＣＤ４０ＬＧ、又はＺＭＩＺ１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＭＳ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＭＳ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２６】
原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＰＳＣ患者から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの一方又は両方における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＰＳＣを診断するため、又は対象がＰＳＣを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＩＬ２Ａ又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＰＳＣ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＰＳＣ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２７】
関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＲＡ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＲＡを診断するため、又は対象がＲＡを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＲＡ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＲＡ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２８】
白斑（ＶＩＴ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＶＩＴ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２又はＩＬ２ＲＡのうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＶＩＴを診断するため、又は対象がＶＩＴを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２又はＩＬ２ＲＡのうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＶＩＴ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＶＩＴ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１２９】
甲状腺炎（ＴＨＹ）を有する対象を含む一部の実施態様において、ＴＨＹ患者から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、ＳＮＶなどの遺伝子改変の存在を検出する方法が、提供される。（補足の表１ｂを参照されたい）。あるいは、一部の実施態様において、ＴＨＹを診断するため、又は対象がＴＨＹを発症する傾向を有するかどうかを決定するために、対象から生物学的試料を得ること、及びＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＳＢＫ１、ＩＬ２ＲＡ、又はＩＬ２１のうちの１つ又は複数における遺伝子改変の存在を検出することを含む、方法が提供される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、例えば、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＹＴＬ１、ＦＮＢＰ１、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、又はＴＮＦＲＳＦ６Ｂのうちの１つ又は複数における遺伝子改変もまた評価される。（表２ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、検出された遺伝子改変を使用して、ＴＨＹ患者の治療選択肢を決定し、例えば、改変された遺伝子の経路内の遺伝子を標的とする薬物が投与される。（本明細書において特定された特定の遺伝子を標的とする薬剤については、表１１及び１２を参照されたい）。したがって、一部の実施態様において、ＴＨＹ患者には、遺伝子改変が見出された遺伝子を標的とする薬物が投与される。
【０１３０】
一部の実施態様において、ＡＳ、ＰＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、ＵＣ、Ｔ１Ｄ、ＪＩＡ、ＣＤ、ＡＡ、ＭＳ、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、ＲＡ、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、白斑（ＶＩＴ）、又はＴＨＹのうちの１つ又は複数と診断された小児患者又は成人患者から得られた試料を、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２又は３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。（補足の表１ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、上述の遺伝子のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、又は少なくとも２０個が、遺伝子改変に関して評価される。一部の実施態様において、小児対象又は成人対象から得られた試料は、１つ若しくは複数のＡＩＤを診断するため、又はＡＩＤの発症に対する感受性を決定するために、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２又は３、ＡＮＫＲＤ５５、ＩＬ１２Ｂ、ＬＲＲＫ２、ＩＬ５、ＳＵＯＸ、ＳＢＫ１、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＤ４０ＬＧ、ＺＭＩＺ１、ＩＬ２１、ＣＡＲＤ９、又はＰＳＭＧ１のうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、上述の遺伝子のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、又は少なくとも２０個が、遺伝子改変に関して評価される。
【０１３１】
一部の実施態様において、ＡＳ、ＰＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、ＵＣ、Ｔ１Ｄ、ＪＩＡ、ＣＤ、ＡＡ、ＭＳ、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、ＲＡ、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、白斑（ＶＩＴ）、又はＴＨＹのうちの１つ又は複数と診断された小児患者又は成人患者から得られた試料を、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、又はＲＢＭＸのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。（補足の表１ｂを参照されたい）。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、上述の遺伝子のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、又は少なくとも４０個が、遺伝子改変に関して評価される。一部の実施態様において、小児対象又は成人対象から得られた試料は、ＡＩＤを診断するため、又はＡＩＤの発症に対する感受性を決定するために、ＩＬ２３Ｒ、ＬＰＨＮ２、ＰＴＰＮ２２、ＴＮＦＳＦ１８、ＣＲＢ１、ＩＬ１０、ＴＳＳＣ１、ＩＬ１８Ｒ１、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＧＰＲ３５、ＤＡＧ１、ＣＹＴＬ１、ＩＬ２１、ＴＮＭ３、ＰＴＧＥＲ４、ＡＮＫＲＤ５５、ＥＲＡＰ２、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｂ、８ｑ２４．２３、ＪＡＫ２、ＬＵＲＡＰ１Ｌ、ＴＮＦＳＦ１５、ＦＮＢＰ１、ＣＡＲＤ９、ＩＬ２ＲＡ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＺＮＦ３６５、ＺＭＩＺ１、ＮＫＸ２−３、ＩＮＳ、ＬＲＲＫ２、ＳＵＯＸ、ＥＦＮＢ２、ＳＭＡＤ３、ＳＢＫ１、ＡＴＸＮ２Ｌ、ＡＤＣＹ７、ＮＯＤ２、ＩＫＺＦ３、ＴＹＫ２、ＦＵＴ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＰＳＭＧ１、ＣＤ４０ＬＧ、又はＲＢＭＸのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、上述の遺伝子のうちの少なくとも５個、例えば、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、又は少なくとも４０個が、遺伝子改変に関して評価される。
【０１３２】
上述の実施態様のうちのいくつかにおいて、ＡＳ、ＰＳ、ＣＥＬ、ＳＬＥ、ＣＶＩＤ、ＵＳ、Ｔ１Ｄ、ＪＩＡ、ＣＤ、ＡＡ、ＭＳ、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、ＲＡ、シェーグレン症候群（ＳＪＯ）、全身性硬化症（ＳＳＣ）、白斑（ＶＩＴ）、又はＴＨＹのうちの１つ又は複数と診断された小児患者又は成人患者から得られた試料を、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、又はＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。（補足の表１ｂ及び１ｃを参照されたい）。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。一部の実施態様において、小児対象又は成人対象から得られた試料は、ＡＩＤの発症に対する感受性を決定するために、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＡＤＣＹ７、又はＣＤ４０ＬＧのうちの１つ又は複数におけるＳＮＶなどの遺伝子改変に関して評価してもよい。一部の実施態様において、これらの遺伝子のすべてにおける遺伝子改変が評価される。一部の実施態様において、これらの遺伝子のうちの１つ又は複数は評価されない。
【０１３３】
一部の実施態様において、ＵＣ又はＰＳＣのいずれかを診断するため、その治療を決定するため、又はそれに対する感受性を決定するために、以下の遺伝子：ＩＣＡＭ１、ＣＤ４０、ＪＡＫ２、ＴＹＫ２、及びＩＬ１２Ｂのうちの少なくとも１つ、例えば、２つ、３つ、４つ、又はすべてにおける遺伝子改変もまた、評価される。一部の実施態様において、ＭＳ又はＣＥＬのいずれかを診断するため、その治療を決定するため、又はそれに対する感受性を決定するために、以下の遺伝子：ＩＬ１９、ＩＬ２０、ＳＴＡＴ５Ａ、及びＩＬ２ＲＡのうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、又はすべてにおける遺伝子改変が、評価される。一部の実施態様において、ＳＬＥ又はＰＳＣのいずれかを診断するため、その治療を決定するため、又はそれに対する感受性を決定するために、以下の遺伝子：ＩＬＦ３、ＣＥＮＰＯ、ＭＥＤＩ、及びＮＣＤＡ３のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、又はすべてにおける遺伝子改変が、評価される。これらの遺伝子は、例えば、上述のこれらの疾患と関連するものに加えて、スクリーニングされ得る。
【０１３４】
遺伝子改変を有する対象の治療
一部の実施態様において、上述の遺伝子における１つ又は複数の遺伝子改変を有することが判明したＡＩＤ患者は、改変された遺伝子の産物が含まれる経路を標的とする特定の治療法へと誘導され得る。本明細書における一部の実施態様は、まず、上述の遺伝子改変のうちの１つ若しくは複数に関して調べることによって患者におけるＡＩＤを診断するか、又はこれまでに診断されているＡＩＤ患者が、上述の遺伝子改変のうちの１つ若しくは複数を有するかどうかを決定し、次いで、そのような改変が存在する場合に、改変された遺伝子（１つ又は複数）の産物と関連する経路を標的とする特定の治療薬に関する情報を含む報告書を提供することを含む。一部の実施態様において、本方法は、そのような治療薬を患者に投与することを含む。
【０１３５】
例えば、本明細書における表１１及び１２は、特定の遺伝子又は経路を標的とする、米国市場で販売されているか、又は前臨床若しくは臨床開発中である、分子を列挙する。
【０１３６】
例えば、ＡＩＤ患者が、ＣＤ４０経路など、特定の経路内の遺伝子における遺伝子改変、例えば、ＣＤ４０ＬＧにおける改変を有することが判明した場合、この患者は、その経路を標的とする治療薬、例えば、ＣＤ４０阻害剤、例えば、抗ＣＤ４０抗体、抗ＣＤ４０ＬＧ抗体、又はＣＤ４０経路分子のその他の阻害剤を用いた治療へと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路内の遺伝子に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路を標的とする治療薬を用いた治療へと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＴＮＦスーパーファミリー、例えば、ＴＮＦＳＦ１５に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＴＮＦスーパーファミリーメンバー経路を標的とする治療薬、例えば、ＴＮＦＳＦ１５を含む経路を標的とする治療薬を用いた治療へと誘導され得る。
【０１３７】
ＡＩＤ患者が、例えば、ＬＲＲＫ２に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＬＲＲＫ２を標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＩＬ−２１に、遺伝子改変を有すること判明したが判明した場合、この患者は、ＩＬ−２１を標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＡＤＣＹ７に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＡＤＣＹ７を標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＳＭＡＤ３に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＳＭＡＤ３を標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＮＯＤ２に、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＮＯＤ２を標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。ＡＩＤ患者が、例えば、ＩＬ２ＲＡに、遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、ＩＬ２ＲＡを標的とする治療薬、例えば、表１２に列挙されているものなどへと誘導され得る。
【０１３８】
さらに、本明細書に記載される遺伝子のうちのいくつかは、ＩＬ５、ＩＬ２３Ｒ、ＩＮＳ、ＩＬ１２Ｂ、ＡＤＣＹ７、ＩＬ２ＲＡ、及びＴＮＦＳＦ１５など、ＩＬ３、ＩＬ５、及び／又はＧＭ−ＣＳＦシグナル伝達経路に関与するタンパク質をコードする。したがって、ＡＩＤ患者が、これらの遺伝子のうちの１つにおける遺伝子改変を有することが判明した場合、この患者は、これらの経路を標的とする治療薬へと誘導され得る。
【０１３９】
それ以外の場合では、患者は、遺伝子改変を有する遺伝子の相互作用ネットワーク内にある分子を標的とする治療へと誘導され得る。これは、改変された遺伝子（若しくはその遺伝子産物）自体を標的とする治療であってもよく、又は改変された遺伝子の産物に結合する分子を標的とする治療であってもよく、又は改変された遺伝子の産物を上方制御若しくは下方制御する治療であってもよく、改変された遺伝子の産物と相互作用する（例えば、結合するか、活性化するか、若しくは脱活性化する）タンパク質を上方制御若しくは下方制御する治療であってもよい。
【０１４０】
下記の実施例１に記載されるように、本発明者らは、一般的な遺伝的病因を通じた様々なｐＡＩＤとの関連性も発見した。例えば、いくつかの遺伝子改変、例えば、ＬＰＨＮ２、ＴＮＭ３、及びＩＬ２１における改変は、Ｊ１Ａを有する対象とＣＶＩＤを有する対象との間で共有されている場合がある。ＬＰＨＮ２における改変は、ＰＳＣを有する対象においても観察されており、したがって、本方法は、Ｊ１Ａ、ＣＶＩＤ、及び／又はＰＳＣを有する対象で、これらの他のＡＩＤのうちの１つを発症するリスクにあるものを特定するために使用することができる。ＩＬ２ＲＡ及びＩＬ２１におけるものなどの改変は、Ｊ１Ａを有する対象と、Ｔ１Ｄを有する対象と、ＣＥＬを有する対象との間で共有されている場合がある。改変は、例えばＩＬ２１におけるものがＴ１Ｄを有する対象とＵＣを有する対象との間で、ＤＡＧ１、ＩＬ１２Ｂ、ＳＢＫ１、ＣＤ４０ＬＧ、及びＩＬ２１におけるものなどはＣＥＬとＵＣとの間で、共有されている場合がある。ＩＬ２１におけるものなどの改変は、Ｊ１Ａを有する対象とＵＣを有する対象との間で共有されている場合がある。これらの事例では、これらの遺伝子における遺伝子改変を評価する方法は、対象が、別のＡＩＤ、例えば、同じ遺伝子改変と関連するものを発症しやすいかどうかを決定するために、これらの疾患のうちの１つであると診断された患者において行われ得る。
【０１４１】
キット及び製品
本開示は、例えば、上述の遺伝子のうちの１つ又は複数における遺伝子改変に関して対象を試験するために使用することができる、キット及び製品も包含する。例えば、一部の実施態様において、遺伝子改変を特定するために必要な試薬、例えば、上述の遺伝子のうちの１つ又は複数におけるＳＮＶ及び／又はＣＮＶを認識することができる特定のポリヌクレオチド配列、例えば、ＳＮＶ及び／又はＣＮＶを検出するためのプローブとして作用し得るＡＩＤ関連ＳＮＶ特異的マーカーポリヌクレオチドを含有する、固体支持マトリックスが使用され得る。一部の実施態様において、固体支持マトリックスは、チップの形態であってもよい。ＡＩＤ関連ＳＮＶ特異的マーカーポリヌクレオチド又はＧｅｎｅ  Ｃｈｉｐなどの固体支持マトリックスに固定された１つ若しくは複数のそのようなマーカーを含む、前述のものの製品のいずれも、キットに組み込むことができる。キットはまた、オリゴヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド、抗体、標識、マーカー、若しくはレポーターなどの分子、薬学的に許容される担体、生理学的に許容される担体、使用のための説明書、容器、投与のための器、アッセイ基板、又はそれらの任意の組合せも含み得、キットはまた、使用のための説明書も含み得る。
【０１４２】
一部の実施態様において、そのような固体支持体又はキットは、本明細書に開示される方法のうちの１つ又は複数を実行するためのシステムの一部であってもよい。例えば、本明細書に考察される１つ又は複数の遺伝子改変の存在を決定するために必要とされる試薬を有する固体支持体又はキットを、本明細書の方法のこの部分に使用してもよい。
【０１４３】
治療剤の開発のためにＡＩＤ関連ＳＮＶを使用する方法
本明細書において特定されたＳＮＶは、ＡＩＤの病因と関連しているため、そのようなＳＮＶを含む遺伝子及びそれらがコードする産物の活性を調節する薬剤を特定するための方法により、この状態の治療に有効な治療剤の生成がもたらされ得る。
【０１４４】
本明細書に記載される染色体領域は、それらの活性を調節する治療剤の合理的な設計に好適な標的を提供するタンパク質コード領域を含む。これらの領域に対応する小ペプチド分子を使用することで、コードされるタンパク質の活性を効果的に調節することができる治療剤の設計に役立ち得る。
【０１４５】
分子モデル化により、機能に必要な構造又は重要なアミノ酸残基に基づいて、ＳＮＶを含む核酸によってコードされるタンパク質の活性部位に結合する能力を有する特異的な有機分子の特定が容易となり得る。コンビナトリアル化学の手法を使用して、最も高い活性を有する分子を特定することができ、次いで、これらの分子の繰り返しが、さらなるサイクルのスクリーニングに展開され得る。ある特定の実施態様においては、候補薬物を、合成化合物又は天然化合物の大きなライブラリーからスクリーニングすることができる。１つの例は、ヒトによって使用することができるＦＤＡに認可された化合物ライブラリーである。加えて、化合物ライブラリーは、Ｍａｙｂｒｉｄｇｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｔｒｅｖｉｌｌｅｔ、Ｃｏｒｎｗａｌｌ、ＵＫ）、Ｃｏｍｇｅｎｅｘ（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、ＮＪ）、Ｍｉｃｒｏｓｏｕｒｃｅ（Ｎｅｗ  Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＣＴ）、Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ、ＷＩ）、ＡＫｏｓ  Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ  ａｎｄ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ＧｍｂＨ（Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）、Ａｍｂｉｎｔｅｒ（Ｐａｒｉｓ、Ｆｒａｎｃｅ）、Ａｓｉｎｅｘ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ａｕｒｏｒａ（Ｇｒａｚ、Ａｕｓｔｒｉａ）、ＢｉｏＦｏｃｕｓ  ＤＰＩ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，Ｂｉｏｎｅｔ（Ｃａｍｅｌｆｏｒｄ、ＵＫ）、ＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、ＣｈｅｍＤｉｖ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｌｏｃｋ  Ｌｔ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、ＣｈｅｍＳｔａｒ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｌｔｄ（Ｏｂｎｉｎｓｋ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｅｎａｍｉｎｅ（Ｋｉｅｖ、Ｕｋｒａｉｎｅ）、Ｅｖｏｔｅｃ（Ｈａｍｂｕｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、Ｉｎｄｏｆｉｎｅ（Ｈｉｌｌｓｂｏｒｏｕｇｈ、ＮＪ）、Ｉｎｔｅｒｂｉｏｓｃｒｅｅｎ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｉｎｔｅｒｃｈｉｍ（Ｍｏｎｔｌｕｃｏｎ、Ｆｒａｎｃｅ）、Ｌｉｆｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｏｒａｎｇｅ、ＣＴ）、Ｍｉｃｒｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｌｔｄ．（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｏｔａｖａ（Ｔｏｒｏｎｔｏ、ＯＮ）、ＰｈａｒｍＥｘ  Ｌｔｄ．（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ  Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ（Ｍｏｎｍｏｕｔｈ  Ｊｕｎｃｔｉｏｎ、ＮＪ）、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｅｘｃｈａｎｇｅ（Ｃｅｎｔｅｒ  Ｏｓｓｉｐｅｅ、ＮＨ）、Ｓｐｅｃｓ（Ｄｅｌｆｔ、Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）、ＴｉｍＴｅｃ（Ｎｅｗａｒｋ、ＤＥ）、Ｔｏｒｏｎｔｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐ．（Ｎｏｒｔｈ  Ｙｏｒｋ  ＯＮ）、ＵｋｒＯｒｇＳｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｋｉｅｖ、Ｕｋｒａｉｎｅ）、Ｖｉｔａｓ−Ｍ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、Ｚｅｌｉｎｓｋｙ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｍｏｓｃｏｗ、Ｒｕｓｓｉａ）、及びＢｉｃｏｌｌ（Ｓｈａｎｇｈａｉ、Ｃｈｉｎａ）を含むがこれらに限定されない、多数の企業から市販されている。
【０１４６】
細菌抽出物、真菌抽出物、植物抽出物、及び動物抽出物の形態の天然化合物のライブラリーは、市販されているか、又は当該技術分野で周知の方法によって容易に調製することができる。天然源、例えば、動物、細菌、真菌、葉及び樹皮を含む植物源、並びに海洋試料から単離された化合物が、有用な可能性のある医薬品の存在に関して、候補としてアッセイされ得ることが提案される。スクリーニングしようとする医薬品は、化学的組成物又は人工化合物に由来するか又はそれらから合成されてもよいことを理解されたい。いくつかの市販ライブラリーを、スクリーニングに使用することができる。
【０１４７】
薬物スクリーニングアッセイに用いられるポリペプチド又は断片は、溶液中で遊離しているか、固体支持体又は細胞内に固定されているかのいずれであってもよい。薬物スクリーニングの１つの方法は、ポリペプチド又は断片を発現する組換えポリヌクレオチドが安定に形質転換されている真核生物宿主細胞又は原核生物宿主細胞を、好ましくは競合的結合アッセイにおいて、利用する。このような細胞は、生きた状態又は固定された形式のいずれかで、標準的な結合アッセイに使用することができる。例えば、ポリペプチド若しくは断片と試験されている薬剤との間における複合体の形成を決定してもよく、又はポリペプチド若しくは断片と既知の基質との間における複合体の形成が、試験されている薬剤によって妨害される程度を試験してもよい。
【０１４８】
薬物スクリーニングの別の技法では、コードされるポリペプチドに対して好適な結合親和性を有する化合物のハイスループットスクリーニングが得られ、これは、１９８４年９月１３日に公開されたＧｅｙｓｅｎのＰＣＴ公開出願第８４／０３５６４号に詳述されている。簡単に述べると、多数の異なる小ペプチド試験化合物、例えば、上述のものを、固体基板、例えば、プラスチックピン又は何らかの他の表面上に合成する。ペプチド試験化合物を、標的ポリペプチドと反応させ、洗浄する。結合したポリペプチドを、次いで、当技術分野で周知の方法によって検出する。
【０１４９】
薬物スクリーニングのためのさらなる技法は、機能していないか又は改変されたＡＩＤ関連遺伝子を有する宿主真核細胞株又は細胞（気道平滑筋細胞、免疫細胞、樹状細胞、結腸細胞など）の使用を伴う。これらの宿主細胞株又は細胞は、ポリペプチドレベルで欠損している。宿主細胞株又は細胞を、薬物化合物の存在下において増殖させる。
【０１５０】
本発明における使用が企図される宿主細胞としては、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、及び任意の好適な種類の哺乳動物細胞が挙げられるがこれらに限定されない。ＡＩＤ関連ＳＮＶコードＤＮＡ分子は、そのような発現によって付与される細胞の表現型を評価するために、単独でそのような宿主細胞に導入してもよく、又は組み合わせて導入してもよい。ＤＮＡ分子を導入するための方法もまた、当業者には周知である。そのような方法は、Ａｕｓｕｂｅｌら（編）、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．  １９９５に記載されており、この開示は、本明細書に参照により援用される。
【０１５１】
本発明の新規なＤＮＡ配列を発現するように修飾することができる広範な発現ベクターが、利用可能である。本明細書に例示される具体的なベクターは、単なる例示であり、本発明の範囲を制限することを意図するものではない。発現方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ又はＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １６．３−１７．４４（１９８９）に記載されている。サッカロミセス属における発現方法もまた、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８９）に記載されている。
【０１５２】
本発明を実施する際に使用するのに好適なベクターとしては、原核生物ベクター、例えば、ｐＮＨベクター（Stratagene Inc., 11099 N. Torrey Pines Rd., La Jolla, Calif. 92037）、ｐＥＴベクター（Novogen Inc., 565 Science Dr., Madison, Wis. 53711）、及びｐＧＥＸベクター（Pharmacia LKB Biotechnology Inc., Piscataway, N.J. 08854）が挙げられる。本発明を実施する際に有用な真核生物ベクターの例としては、ｐＲｃ／ＣＭＶベクター、ｐＲｃ／ＲＳＶベクター、及びｐＲＥＰベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、１１５８８  Ｓｏｒｒｅｎｔｏ  Ｖａｌｌｅｙ  Ｒｄ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．９２１２１）；ｐｃＤＮＡ３．１／Ｖ５＆Ｈｉｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）；並びに酵母ベクター、例えば、ＹＲＰ１７、ＹＩＰ５、及びＹＥＰ２４（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、Ｍａｓｓ．）、並びにｐＲＳ４０３及びｐＲＳ４１３  Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｉｎｃ．）；レトロウイルスベクター、例えばＰＬＮＣＸ及びｐＬＰＣＸ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）；並びにアデノウイルスベクター及びアデノ随伴ウイルスベクターが挙げられる。
【０１５３】
本発明の発現ベクターにおいて使用するためのプロモーターとしては、原核細胞又は真核細胞において動作可能なプロモーターが挙げられる。原核細胞において動作可能なプロモーターとしては、ラクトース（ｌａｃ）制御エレメント、バクテリオファージラムダ（ｐＬ）制御エレメント、アラビノース制御エレメント、トリプトファン（ｔｒｐ）制御エレメント、バクテリオファージＴ７制御エレメント、及びそれらのハイブリッドが挙げられる。真核細胞において動作可能なプロモーターとしては、エプスタイン・バーウイルスプロモーター、アデノウイルスプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、並びにサッカロミセス属プロモーター、例えばｇａｌ４誘導性プロモーター及びＰＧＫ構成的プロモーターが挙げられる。加えて、本発明のベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を容易にする多数の様々なマーカーのうちのいずれか１つを含んでもよい。このようなマーカーとしては、温度感受性と関連する遺伝子、薬物耐性と関連する遺伝子、宿主生物体の表現型特性と関連する酵素が挙げられる。
【０１５４】
本発明のＡＩＤ関連ＳＮＶ又はその機能的断片を発現する宿主細胞は、ＡＩＤの発症を調節する能力に関して可能性のある化合物又は薬剤をスクリーニングするシステムを提供する。したがって、一実施態様において、本発明の核酸分子は、ＡＩＤと関連する異常なサイトカインシグナル伝達及び／又は異常な気管支収縮の態様を調節する薬剤を特定するためのアッセイにおいて使用するための組換え細胞株を作成するのに使用することができる。ＳＮＶを含む核酸によってコードされるタンパク質の機能を調節することができる化合物をスクリーニングするための方法もまた、本明細書において提供される。
【０１５５】
別の手法は、ＳＮＶを含む核酸によってコードされるポリペプチドの断片をファージ表面に発現するように操作されたファージディスプレイライブラリーの使用を伴う。このようなライブラリーを、次いで、コンビナトリアル化学ライブラリーと、発現されたペプチドと化学ライブラリーの構成成分との間の結合親和性を検出することができる条件下において、接触させる。米国特許第６０５７０９８号及び同第５９６５４５６号は、そのようなアッセイを行うための方法及び装置を示す。
【０１５６】
合理的な薬物設計の目標は、例えばより活性若しくは安定な形態のポリペプチドであるか、又は例えばインビボでポリペプチドの機能を増強若しくは妨害する、薬物を得るために、目的の生物学的に活性なポリペプチド又はそれらが相互作用する小分子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、阻害剤）の構造的類似体を生成することである。Ｈｏｄｇｓｏｎ（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１９−２１を参照されたい。上述の１つの手法において、目的のタンパク質、又は例えばタンパク質−基質複合体の３次元構造は、ｘ線結晶構造解析によって、核磁気共鳴によって、コンピュータでのモデル化によって、又は最も典型的には手法の組合せによって、解明される。それほど頻繁ではないが、相同なタンパク質の構造に基づくモデル化によって、ポリペプチドの構造に関する有用な情報が得られる場合もある。合理的な薬物設計の例は、ＨＩＶプロテアーゼ阻害剤の開発である（Ericksonら(1990) Science 249:527-533）。加えて、ペプチドは、アラニンスキャニングによって分析してもよい（Wells, (1991) Meth. Enzym. 202:390-411）。この技法においては、アミノ酸残基を、Ａｌａで置き換え、ペプチドの活性に対するその影響を決定する。ペプチドのアミノ酸残基のそれぞれを、この様式で分析して、ペプチド内の重要な領域を決定する。
【０１５７】
機能的アッセイによって選択された標的特異的抗体を単離し、次いで、その結晶構造を解明することもまた、可能である。原理としては、この手法により、その後の薬物設計の基礎となり得る薬学的コア（ｐｈａｒｍａｃｏｒｅ）が得られる。
【０１５８】
機能的な薬理学的に活性な抗体に対する抗イディオタイプ抗体（抗−ｉｄ）を生成することによって、タンパク質の結晶構造解析をまとめて回避することができる。鏡像の鏡像として、抗−ｉｄの結合部位は、元々の分子の類似体となることが予測されるであろう。次いで、抗−ｉｄを使用して、化学的又は生物学的に産生されたペプチド集団の集団から、ペプチドを特定し、単離することができる。次いで、選択されたペプチドが、薬学的コアとして機能するであろう。
【０１５９】
このように、例えば、向上したポリペプチド活性若しくは安定性を有する薬物、又はポリペプチド活性の阻害剤、アゴニスト、アンタゴニストなどとして作用する薬物を設計することができる。本明細書に記載されるＳＮＶを含む核酸配列が利用可能であることにより、十分な量のコードされたポリペプチドを、ｘ線結晶構造解析などの解析研究を行うために利用することができるようになり得る。加えて、本明細書に提供されるタンパク質配列に関する情報により、ｘ線結晶構造解析の代わりに、又はそれに加えて、コンピュータモデル化技法を用いるものが導かれるであろう。
【０１６０】
別の実施態様において、ＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸が利用可能であることにより、本発明のＡＩＤ関連ＳＮＶを保有する研究室マウス株の産生が可能となる。本発明のＡＩＤ関連ＳＮＶを発現するトランスジェニックマウスは、ＳＮＶを含む核酸によってコードされるタンパク質の、ＡＩＤの発症及び進行における役割を調べるためのモデル系を提供し得る。研究室マウスに導入遺伝子を導入する方法は、当業者には公知である。３つの一般的な方法としては、１．初期胚に目的の外来遺伝子をコードするレトロウイルスベクターを組み込むこと、２．ＤＮＡを新たな受精卵の前核に注入すること、及び３．遺伝子操作した胚性幹細胞を初期胚に組み込むことが挙げられる。上述のトランスジェニックマウスの産生により、標的タンパク質がＡＩＤ表現型と関連する様々なプロセスにおいて果たす役割の分子的解明が促進されるであろう。そのようなマウスは、全動物モデルにおいて推定上の治療薬を研究するためのインビボスクリーニングツールを提供するものであり、本発明に包含される。
【０１６１】
「動物」という用語は、ヒトを除き、すべての脊椎動物を含んで本明細書に使用される。これにはまた、胚段階及び胎児段階を含む、すべての発達段階における個々の動物も含まれる。「トランスジェニック動物」は、細胞以下のレベルで入念な遺伝子操作によって、例えば、標的化された組換え又はマイクロインジェクション、又は組換えウイルスでの感染によって、直接的又は間接的に、遺伝情報が改変又は受容された１つ又は複数の細胞を含む任意の動物である。「トランスジェニック動物」という用語は、古典的な異種交配又はインビトロでの受精を包含することを意味するのではなく、むしろ、１つ又は複数の細胞が組換えＤＮＡ分子によって改変されているか、又はそれを受容した、動物を包含することを意味する。この分子は、定義された遺伝子座を特異的に標的とし得るか、染色体内にランダムに組み込まれ得るか、又は染色体外でＤＮＡを複製し得る。「生殖細胞株トランスジェニック動物」という用語は、遺伝子改変又は遺伝情報が、生殖細胞株に導入されており、それによって、遺伝情報を子孫に伝える能力を付与したトランスジェニック動物を指す。そのような子孫が、実際に、その改変又は遺伝情報のうちの一部又はすべてを有する場合、それらも、トランスジェニック動物である。
【０１６２】
遺伝情報の改変は、レシピエントが属する動物種にとって外来のものであり得るか、若しくは特定の個々のレシピエントにとってのみ外来であり得るか、又はレシピエントが既に有している遺伝情報であり得る。最後の事例では、改変又は導入された遺伝子は、本来の遺伝子とは異なって発現され得る。そのような改変されたか又は外来の遺伝情報は、ＡＩＤ関連ＳＮＶを含むヌクレオチド配列の導入を含むであろう。
【０１６３】
標的遺伝子を改変するために使用されるＤＮＡは、ゲノム源からの単離、単離したｍＲＮＡ鋳型からのｃＤＮＡの調製、直接合成、又はこれらの組合せを含むがこれらに限定されない、様々な技法によって得ることができる。
【０１６４】
導入遺伝子を導入するのに好ましい種類の標的細胞は、胚性幹細胞（ＥＳ）である。ＥＳ細胞は、インビトロで培養された着床前の胚から得ることができる（Evansら(1981) Nature 292:154-156；Bradleyら(1984) Nature 309:255-258；Gosslerら(1986) Proc. Natl. Acad. Sci. 83:9065-9069）。導入遺伝子は、ＤＮＡトランスフェクション又はレトロウイルス媒介型形質導入などの標準的な技法によって、ＥＳ細胞に効率的に導入することができる。結果として得られた形質転換ＥＳ細胞を、次いで、非ヒト動物に由来する胚盤胞と合わせることができる。導入されたＥＳ細胞が、次いで、胚にコロニー形成し、結果として得られるキメラ動物の生殖系列に寄与する。
【０１６５】
個々の遺伝子及びそれらの発現産物の寄与を決定する問題に対する１つの手法は、単離されたＡＩＤ関連ＳＮＶ遺伝子を、分化全能性ＥＳ細胞（上述のものなど）において野生型遺伝子を選択的に不活性化するための挿入カセットとして使用し、次いで、トランスジェニックマウスを生成することである。遺伝子標的化トランスジェニックマウスの生成において遺伝子標的化ＥＳ細胞を使用することは、説明されており、他の箇所で考察されている（Frohmanら(1989) Cell 56:145-147；Bradleyら(1992) Bio/Technology 10:534-539）。
【０１６６】
標的化相同組換えを使用して特定の変化を染色体対立遺伝子に挿入することによって、任意の遺伝子領域を不活性化するか又は所望される突然変異に改変するための技法が、利用可能である。しかしながら、ほぼ１００％の頻度で生じる相同的染色体外組換えと比較して、相同的プラスミド−染色体組換えは、当初、１０−６〜１０−３の頻度でしか検出されないことが報告されていた。非相同的プラスミド−染色体の相互作用は、同等の相同的挿入よりも１０５倍から１０２倍高いレベルでより頻繁に生じる。
【０１６７】
マウスＥＳ細胞におけるこの低い割合の標的化組換えに対処するために、まれな相同組換え体を検出又は選択するための様々な戦略が開発されている。相同的改変事象を検出するための１つの手法では、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、相同的挿入のための形質転換体細胞のプールをスクリーニングし、続いて個々のクローンをスクリーニングする。あるいは、相同的挿入が生じた場合にのみ活性となるマーカー遺伝子を構築し、これらの組換え体を直接選択することができる、陽性遺伝子選択手法が開発されている。改変の直接的な選択が存在しない遺伝子のために開発された陽性−陰性選択（ＰＮＳ）法が、相同的組換え体を選択するために開発された最も強力な手法のうちの１つである。ＰＮＳ法は、マーカー遺伝子がそれ自体のプロモーターを有するため、高いレベルで発現されない遺伝子を標的とするのにより効率的である。非相同的組換え体は、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ−ＴＫ）遺伝子を使用し、ガンシクロビル（ＧＡＮＣ）又は（１−（２−デオキシ−２−フルオロ−Ｂ−Ｄアラビノフルラノシル）−５−ヨードウラシル（ＦＩＡＵ）などの効果的なヘルペス薬により非相同的挿入に対して選択を行うことによって、選択される。この対抗選択によって、生存している形質転換体中の相同的組換え体の数が増大し得る。ＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸を標的化挿入カセットとして用いることで、例えば、ＡＩＤ関連ＳＮＶ核酸によってコードされるポリペプチドに免疫学的に特異的な抗体に対する免疫反応性の獲得によって可視化されるように、挿入の成功を検出するための手段が得られ、所望されるジェノタイプを有するＥＳ細胞のスクリーニング／選択が容易となる。
【０１６８】
本明細書に使用されるとき、ノックイン動物とは、内因性マウス遺伝子が、例えば、本発明のヒトＡＩＤ関連ＳＮＶを含む遺伝子と置き換えられているものである。このようなノックイン動物は、ｐＡＩＤの発症を研究するための理想的なモデル系を提供する。
【０１６９】
本明細書に使用されるとき、ＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸、その断片、又はＡＩＤ関連ＳＮＶ融合タンパク質の発現は、ＡＩＤ関連ＳＮＶのすべて又は一部分をコードする核酸配列が、特定の組織又は細胞型においてコードされるタンパク質の発現を誘導する制御配列（例えば、プロモーター及び／又はエンハンサー）に動作可能に連結されているベクターを使用して、「組織特異的様式」又は「細胞型特異的様式」で標的とすることができる。このような制御エレメントは、インビトロ及びインビボの両方の用途に有利に使用され得る。組織特異的タンパク質を誘導するためのプロモーターは、当技術分野で周知であり、本明細書に記載されている。
【０１７０】
本発明のＡＩＤ関連ＳＮＶをコードする核酸配列は、トランスジェニック動物における発現のために、様々な異なるプロモーター配列に動作可能に連結され得る。このようなプロモーターとしては、米国特許第５８７７３９９号及びＢｏｒｃｈｅｌｔらＧｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．１３（６）（１９９６）ｐ１５９−１６３に記載されているハムスター及びマウスプリオンプロモーター（ＭｏＰｒＰ）などのプリオン遺伝子プロモーター；米国特許第５６１２４８６号及び同第５３８７７４２号に記載されているラットニューロン特異的エノラーゼプロモーター；米国特許第５８１１６３３号に記載されている血小板由来成長因子Ｂ遺伝子プロモーター；米国特許第５８４９９９９号に記載されている脳特異的ジストロフィンプロモーター；Ｔｈｙ−１プロモーター；ＰＧＫプロモーター；並びに気道平滑筋細胞における導入遺伝子の発現のためのＣＭＶプロモーターが挙げられるがこれらに限定されない。
【０１７１】
本発明のトランスジェニックマウスの使用方法もまた、本明細書に提供される。ＡＩＤ関連ＳＮＶを含む核酸又はそのコードされたタンパク質が導入されているトランスジェニックマウスは、例えば、治療剤をスクリーニングしてＡＩＤの発症を調節することができるものを特定するためのスクリーニング方法を開発するのに有用である。
【０１７２】
薬剤及びさらなる治療方法
本明細書に記載されるＡＩＤ関連ＳＮＶがＡＩＤ表現型の調節に果たす役割を解明することにより、ｐＡＩＤを含むＡＩＤの治療及び診断に有用なさらなる薬学的組成物の開発が促進され得る。また、そのような情報により、ＡＩＤの治療のために、既存の医薬品を新たに組み合わせて使用することも可能となる。これらの組成物は、上述の物質のうちのいずれかに加えて、薬学的に許容される賦形剤、担体、バッファー、安定剤、又は当業者に周知の他の材料を含み得る。そのような材料は、非毒性であり、活性成分の有効性を妨害しないものとする。担体又は他の材料の厳密な性質は、投与の経路、例えば、経口、静脈内、皮膚若しくは皮下、鼻腔内、エアロゾル、筋肉内、及び腹腔内の経路に依存し得る。
【０１７３】
本発明は、哺乳動物におけるＡＩＤを治療する方法を含む。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。例示的な方法は、哺乳動物に、薬学的に有効な量のＡＩＤ  ｓｉＲＮＡを投与することを含む。ｓｉＲＮＡは、ＡＩＤ関連ｍＲＮＡの発現を阻害し得る。
【０１７４】
ＡＩＤ  ｍＲＮＡの発現を阻害することを目的とした特定のｓｉＲＮＡ調製物、並びに送達方法が、ＡＩＤを治療するための新規な治療法として提供される。ＡＩＤ核酸を対象とするｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、ＡＩＤ遺伝子をコードする核酸と特異的にハイブリダイズし、ＡＩＤ遺伝子の発現を妨害する。ｓｉＲＮＡは、以下に記載されるように、担体を用いて全身的又は局所的のいずれかで患者にインビボで送達することができる。本発明の組成物は、単独で使用してもよく、又は組成物の有効性を増強するための他の薬剤若しくはタンパク質をコードする遺伝子と組み合わせて使用してもよい。
【０１７５】
「膜透過性ペプチド配列」は、ＡＩＤ阻害剤が細胞膜を越えて透過及び進入するのを促進することができるペプチド配列を指す。例示的なペプチドとしては、本明細書に例証されるＫａｒｐｏｓｉ線維芽細胞増殖因子、ＨＩＶ  ｔａｔペプチド（Vivesら、J Biol. Chem., 272:16010-16017, 1997）、プロタミン由来の非毒性膜輸送ペプチド（Parkら、FASEB J. 19(11):1555-7, 2005）、ＣＨＡＲＩＯＴ（登録商標）送達試薬（活性モチーフ、米国特許第６８４１５３５号）、及び抗微生物ペプチドブフォリン２が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１７６】
本発明の一実施態様において、ｓｉＲＮＡは、治療上の利益のために送達される。ＡＩＤを治療するために本発明のｓｉＲＮＡをインビボ投与するには、ネイキッドｓｉＲＮＡ送達、ｓｉＲＮＡコンジュゲーション及び送達、リポソーム担体媒介型送達、ポリマー担体送達、ナノ粒子組成物、プラスミドに基づく方法、及びウイルスの使用を含むがこれらに限定されない、いくつかの手段が存在する。
【０１７７】
本発明のｓｉＲＮＡ組成物は、対象への投与のためのリポソームを含む送達ビヒクル、担体、及び希釈剤、並びにそれらの塩を含み得、かつ／又は薬学的に許容される製剤で存在し得る。これは、ｓｉＲＮＡが細胞膜を越え、分解を回避するのを可能にするために必要であり得る。核酸分子の送達のための方法は、Ａｋｈｔａｒら、１９９２，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．，２，１３９；Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｆｏｒ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ａｋｈｔａｒ（編），１９９５，Ｍａｕｒｅｒら、１９９９，Ｍｏｌ．Ｍｅｍｂｒ．Ｂｉｏｌ．，１６，１２９−１４０；Ｈｏｆｌａｎｄ及びＨｕａｎｇ，１９９９，Ｈａｎｄｂ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，１３７，１６５−１９２に説明されており、Ｌｅｅら、２０００，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐ．Ｓｅｒ．，７５２，１８４−１９２；Ｂｅｉｇｅｌｍａｎらの米国特許第６３９５７１３号及びＳｕｌｌｉｖａｎらのＰＣＴ国際公開第９４／０２５９５号は、核酸分子の送達のための一般的な方法をさらに説明している。これらのプロトコールは、実質的にあらゆる核酸分子の送達に利用することができる。
【０１７８】
ｓｉＲＮＡを患者に投与する頻度はまた、治療しようとするＡＩＤの種類及び重症度、投与の経路、個体の年齢及び全体的な健康状態、ｓｉＲＮＡの性質などを含むがこれらに限定されない、複数の要因に応じて多様であろう。ｓｉＲＮＡを患者に投与する頻度は、およそ数カ月に１回から、およそ１カ月に１回、およそ１週間に１回、およそ１日に１回、およそ１日に数回まで、多様であり得る。
【０１７９】
本発明の方法において有用な薬学的組成物は、非経口、経口の個体製剤及び液体製剤、点眼薬、坐薬、エアロゾル、局所、又は他の類似の製剤で、全身投与され得る。適切なｓｉＲＮＡに加えて、これらの薬学的組成物は、薬学的に許容される担体及び薬物投与を増強させ容易にすることが知られている他の成分を含有してもよい。したがって、このような組成物は、任意選択的に、アジュバント、例えば、水酸化アルミニウム及び水酸化マグネシウムの水性懸濁液、並びに／又は生理食塩水などの他の薬学的に許容される担体を含有してもよい。ナノ粒子、リポソーム、放出型赤血球（ｒｅｓｅａｌｅｄ  ｅｒｙｔｈｒｏｃｙｔｅ）、及び免疫学に基づく系などの他の可能性のある製剤もまた、本発明の方法に従って患者に適切なｓｉＲＮＡを投与するために使用することができる。ｓｉＲＮＡを送達するのにナノ粒子を使用すること、並びに使用することができる細胞膜透過性ペプチド担体は、Ｃｒｏｍｂｅｚら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ｖ３５：ｐ４４（２００７）に説明されている。
【実施例】
【０１８０】
以下の実施例は、本発明のある特定の実施態様を例示するために提供される。これらは、決して本発明を制限することを意図するものではない。
【０１８１】
実施例Ｉ
ｐＡＩＤの遺伝子マーカーの特定
自己免疫疾患は西半球に居住している個体の７〜１０％が罹患しており１、慢性的な病的状態及び身体障害の大きな原因となっている。自己免疫疾患全体にわたって家系内集積性及び併存性の割合が高いことから、遺伝的素因が疾患の感受性の根底にあることが示唆される。自己免疫性甲状腺炎（ＡＩＴＤ）２、乾癬（ＰＳＯＲ）３、若年性特発性関節炎（ＪＩＡ）４、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）５、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）６、関節リウマチ（ＲＡ）７、セリアック病（ＣＥＬ）８、炎症性腸疾患（ＩＢＤ、クローン病（ＣＤ）及び潰瘍性大腸炎（ＵＣ）９を含む）、並びに多発性硬化症（ＭＳ）１０、１１のＧＷＡＳ及び免疫に焦点を当てた微細マッピング研究により、ゲノム全体にわたり自己免疫疾患に関連する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＶ）が数百個特定された１２〜１４。ある特定の全自己免疫遺伝子座におけるＳＮＶの関連性、例えば、ＰＴＰＮ２２  ｃ．１８５８Ｃ＞Ｔ（ｒｓ２４７６６０１）は、複数の自己免疫疾患にわたる独立したＧＷＡＳにおいて明らかであり１５〜１８、一方でその他のものは、大規模なメタ解析（例えば、ＣＥＬ／ＲＡ、Ｔ１Ｄ／ＣＤ）又は１つの疾患に由来する既知の遺伝子座を別のもの（例えば、ＳＬＥ）において調べることを通じて明らかとなった１９。これらの研究により、全ゲノムで有意な（ＧＷＳ）自己免疫疾患関連性の半数以上が、少なくとも２つの異なる自己免疫疾患で共有されていることが示されている２０、２１。しかしながら、共有されている共通の遺伝子変異が、発症が小児期の異なる自己免疫疾患（ｐＡＩＤ）のリスクに同様に影響を及ぼす程度、並びにこれらの作用が異質であるかどうかについては、複数の疾患にわたって同時にジェノタイプレベルで体系的に試験されてはいない。
【０１８２】
ｐＡＩＤの根底にある共有されている遺伝的病因を特定するため、及びそのような関連性がどのようにしてｐＡＩＤ感受性に共同して影響を及ぼすか又は別個に影響を及ぼすかを例証するために、１０種類の一般的なｐＡＩＤにわたって、修正型異質感受性ＧＷＡＳ（ｈｓＧＷＡＳ）を行った。ｐＡＩＤを異質表現型としてモデリングし、１０種類のｐＡＩＤのそれぞれを、疾患サブタイプとして割り当てた。疾患モデル−検索２３、領域的インピュテーション、及び疾患モデル特異的関連性試験を組み合わせることにより、表現型の異質性及び遺伝子の異質性に関して、複数の自己免疫疾患にわたって共有されているリスク変異体を特定する検出力を最大化することができる。Ｔｈｅ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（ＣＨＯＰ）において同等のプラットフォームですべてにジェノタイピングを行った１６，０００人を上回る症例−コントロール個体を含む我々の研究は、現在までに行われたｐＡＩＤ遺伝子相関性研究で最も大規模なものに相当する。
【０１８３】
多数のｐＡＩＤにわたる複数回の独立したＧＷＡＳ研究において、１００個を上回る自己免疫疾患遺伝子座が報告されている。ＴＨＹ、ＣＥＬ、及びＴ１ＤなどのいくつかのｐＡＩＤは、高い割合の疾患併存を呈し、一方でＣＤ及びＵＣなどのその他のものは、明らかな家系内集積性を有するという臨床的観察と一致して、報告されたすべてのＧＷＳ関連性の約半数が、独立して、少なくとも１つの他の自己免疫疾患において報告されている。
【０１８４】
メタ解析は、主として、既知の遺伝子座又は候補の遺伝子座に焦点を当てているため、様々な自己免疫疾患にわたる実際の遺伝子共有を把握するためには、バイアスのない全ゲノム手法が必要である。しかしながら、一部の研究は、ｐＡＩＤに関する本分析において我々が報告したものと同様に、遺伝子発見の研究力を高めるために遺伝的相関性を使用し、同時に、成人に罹患する複数の自己免疫疾患にわたる遺伝子の重複を調査している６０〜６５。実際、ほとんどのｐＡＩＤが、比較的まれであることを考慮して、遺伝子重複が予測される複数の疾患を組み合わせることにより、サンプルサイズを増大させて、発見及び再現の両方に対処し、かつ古典的なＧＷＡＳにおいて直接的に症例を統合することによるものよりも検出力が一層高い、直感的な手法を提示する。
【０１８５】
結果
１０種類の小児自己免疫疾患にわたって共有されている遺伝的リスク関連性
１０種類の臨床的に異なるｐＡＩＤにわたって６，０３５人の小児症例（補足の表１ａ）及び自己免疫／免疫媒介性障害の病歴のない１０，７１８人の集団に基づくコントロール対象にわたる組合せコホートに、全ゲノムインピュテーションを行った。全染色体フェージングを行い、１，０００  Ｇｅｎｏｍｅｓ  Ｐｒｏｊｅｃｔ  Ｐｈａｓｅ  Ｉ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ普遍的基準パネル（１ＫＧＰ−ＲＰ）を、以前に記載されているようにインピュテーションに使用した（ＳＨＡＰＥＩＴ及びＩＭＰＵＴＥ２）２２、２３。自己申告で祖先がヨーロッパ系であり、主成分分析（図１Ｅ）によってそれが確認された個体のみを含んだ（方法を参照されたい）。まれな（マイナー対立遺伝子頻度［ＭＡＦ］が１％未満）ＳＮＶ及びインピュテーションが上手くいかなかった（ＩＮＦＯ＜０．８）ＳＮＶを除外し、合計７，３４７，４１４個の変異体が残った。
【０１８６】
１０種類のｐＡＩＤ症例のそれぞれから得た症例試料及び共通のコントロールを使用して、全ゲノム症例−コントロール相関性試験を行い、追加のロジスティック回帰を、ＳＮＰＴＥＳＴｖ２．５を使用して適用した２４。ゲノムインフレーションの痕跡はなかった。共有されているｐＡＩＤ関連遺伝子座を特定するために、サンプルサイズのばらつき及び１０種類のｐＡＩＤで共通コントロールの使用を考慮して、逆カイ二乗メタ解析を行った２５。少なくとも１つのリードＳＮＰが慣例的に定義されているＧＷＳ閾値（Ｐ＜５×１０−８）に達する１Ｍｂ枠内でｒ２が０．０５を上回る関連ＳＮＰからなる２７個の連鎖不平衡（ＬＤ）独立性遺伝子座を特定した。図１Ｃ及び図１Ｆを参照されたい。さらに１９個の遺伝子座が、ＰＭＥＴＡ＜１×１０−６以下のわずかに有意（ＧＷＭ）の閾値に達し、そのうちの１２個が、これまで報告されていたものにマッピングし、７個が推定上の新規な自己免疫遺伝子座にマッピングした（図１及び補足の表２ａ）。
【０１８７】
ＣＤ４０ＬＧ（ＰＭＥＴＡ＜８．３８×１０−１１）、ＬＰＨＮ２（ＰＭＥＴＡ＜８．３８×１０−１１）、ＴＮＭ３（ＰＭＥＴＡ＜８．３８×１０−１１）、ＡＮＫＲＤ３０Ａ（ＰＭＥＴＡ＜８．３８×１０−１１）、及びＡＤＣＹ７（ＰＭＥＴＡ＜５．９９×１０−９）を含む、５個の新規なＧＷＳ遺伝子座を特定した。それぞれのリード関連性遺伝子座について、１，０２３個すべての固有な疾患の組合せ（例えば、１つの疾患：Ｔ１Ｄ、２つの疾患：Ｔ１Ｄ及びＳＬＥ、又は４つの疾患：ＵＣ、ＣＤ、ＣＥＬ、及びＳＬＥ）を列挙し、相関性試験を行って最大のロジスティック回帰Ｚスコアが得られる疾患の組合せを特定することによって、関連性シグナルに寄与する対応するｐＡＩＤの組合せを特定した（方法を参照されたい）２６。ＡＮＫＲＤ３０Ａを除いて、残り４個の推定上の新規な遺伝子座は、共同して、少なくとも２つ以上のｐＡＩＤと関連していた。例えば、ＣＤ４０ＬＧは、ＣＥＬ、ＣＤ、及びＵＣで共有されていた（図１及び表１）。２７個のＧＷＳリードＳＮＰのうち、２２個は、我々の分析によって特定された関連ｐＡＩＤ（すなわち、対応する成人表現型）の少なくとも１つに関して、ＧＷＳとしてこれまでに報告されていた（補足の表１ｂ）１２、２７。ＩＬ２１のアンチセンスＲＮＡ  １におけるイントロンＳＮＰにマッピングし、ＩＬ２１のすぐ上流にある、最も広く共有されている遺伝子座ｃｈｒ４ｑ２７：ｒｓ６２３２４２１２は、１０種類すべての疾患にわたって共有されていたが、そのうちの３つは新規である（ＴＨＹ｜ＡＳ｜ＣＶＩＤ）。成人発症型又は全般型自己免疫疾患においてこれまでに判明しているＧＷＳ遺伝子座うち、５０％を上回るものについて、発症が小児期の自己免疫疾患の新規な関連性を少なくとも１つ特定した（表２ｄ及び表２ｃ）。
【０１８８】
いくつかのｐＡＩＤは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１をコードする遺伝子座又はその近傍にマッピングする疾患特異的シグナルと有意に関連している。しかしながら、それぞれＴ１Ｄ及びＪＩＡと関連する２つの最も有意なＬＤ独立型変異体ですら、疾患特異的であり（図３Ｃ）、所与の疾患と関連する変異体が異なることを示唆する。これらの関連するシグナルのうちのいくつかは、少なくとも１つの他の自己免疫疾患によって共有されているが、疾患のいずれかと関連する単一のシグナルが、すべての他の疾患にわたって共有される事例はなく、ＭＨＣにわたるシグナル共有の複雑さがさらに強調される（図３Ｄ）。
【０１８９】
疾患特異的再現及び交差自己免疫再現によるｐＡＩＤ関連遺伝子座の裏付け
報告された関連性が、独立したデータセットにおいて再現され得るかどうかを試験するために、コンピュータによる分析を行った。疾患特異的再現の３つの事例を含め、５個の推定上の新規なＧＷＳ遺伝子座のうちの４個に、名目上有意な再現による裏付けを観察した（補足の表１ｄ）。再現された遺伝子座の中でもとりわけ、ＣＤ４０ＬＧの７０Ｋｂ上流にマッピングするｃｈｒＸｑ２６．３（ｒｓ２８０７２６４）は、ＵＣ（Ｐ＜４．６６×１０−５）及びＣＤ（Ｐ＜５．８１×１０−４）の両方において疾患特異的な再現、並びにＡＳ（Ｐ＜９．５４×１０−３）における交差自己免疫再現を観察したため、注目に値する。ｒｓ２８０７２６４は、我々の分析では、小児ＡＳと関連しているとして特定されてはいないが、成人発症型ＡＳが、生物学的に、独立した遺伝的病因を有する異なる疾患であり得ることは十分に文書化されている２８、２９。第３の疾患特異的再現（Ｐ＜５．９９×１０−６）は、ＣＤにおいて、ＡＤＣＹ７のイントロン位置にマッピングするｃｈｒ１６ｑ１２．１（ｒｓ７７１５００４３）シグナルについて特定された。この後者の例及びＵＣにおけるＣＤ４０ＬＧ遺伝子座の再現は、１５６回の試験に、非常に保守的なボンフェローニの調整を行った後ですら、いずれも有意であった（Ｐ＜３．２１×１０−４）。さらに、名目上有意な全自己免疫再現シグナル（Ｐ＜１．６９×１０−２）が、ＵＣにおいてＬＰＨＮ２の近傍のｃｈｒ１ｐ３１．１（ｒｓ２０６６３６３）において観察され、再現シグナル（Ｐ＜３．６５×１０−３）はまた、ＰＳにおいてｃｈｒ４ｑ３５．１遺伝子座（ｒｓ７７１５００４３）で観察された（補足の表１ｄ及び表２ｅ）。
【０１９０】
ｐＡＩＤ関連ＳＮＰの共有及び疾患特異的リスクに対する一部のＳＮＰの双方向効果
２７個のＧＷＳ遺伝子座のうち、８１％（２２個）が、複数のｐＡＩＤ間で共有されているという根拠を示した。これらは、７７個の固有なＳＮＰ−ｐＡＩＤの組合せにマッピングし、そのうちの４４個は、ＧＷＳであるか又はそれに近いことが報告されていたが（Ｐ＜１×１０−６）、一方で３３個は、新規な疾患関連シグナルを表す可能性がある（表１及び補足の表１）。ＰＴＰＮ２２  ｃ．１８５８Ｃ＞Ｔ（ｒｓ２４７６６０１）は、Ｔ１Ｄのリスクを増大するが、この変異体は、ＣＤに関しては保護的である１７、３０〜３２。モデルのｐＡＩＤの組合せによって共有されているリスク対立遺伝子が、別のｐＡＩＤに対する保護と関連していた他の８個の事例を特定した（Ｐ＜０．０５）（図２Ａ及び図７Ａ）。
【０１９１】
表１  ｐＡＩＤ全体で逆カイ二乗メタ解析を使用して、共通のコントロールの使用に関して調整した後に、ＧＷＳ（ＰＭＥＴＡ＜５×１０−８）に達する２７個の独立した遺伝子座
ＣＨＲ：染色体、ＳＮＰ：ｄｂＳＮＰ  ｒｓＩＤ、ＰＯＳ（Ｍｂ）：ｈｇ１９における位置、ＲＥＧＩＯＮ：細胞遺伝学的バンド、Ａ１：代替的な対立遺伝子、ＭＡＦ：マイナー対立遺伝子頻度（コントロール）、ＧＥＮＥ：候補遺伝子の名称（ＨＮＧＣ）、ＰＭＥＴＡ：メタ解析のＰ値、既知のＰ＊：公開されている相関研究からの最も低いＰ値。「新規」は、今回の研究で初めてＧＷＳに達した新しい遺伝子座（太字）を表す。ｐＡＩＤ：遺伝子座と関連付けられたｐＡＩＤ。（＃）は、ＳＮＰ−疾患の関連性がこれまでに報告されているかどうかを示す。
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【０１９２】
我々の結果を実験的及び予測的な生物学的データと統合するために、ＳＮＰアノテーションを４つのカテゴリーにキュレーションした：１）機能性：エクソンにあるか若しくは転写に影響を及ぼす変異体、ｍｉＲＮＡ標的、又はタグコピー数多型領域、２）制御性：転写因子（ＴＦ）結合部位、及びＤＮａｓｅ過感受性部位、若しくはｅＱＴＬ  ＳＮＰ、３）保存型：進化上拘束される位置若しくはＣｐＧアイランドを有する変異体、又は４）これまでの文献による裏付け：自己免疫疾患若しくは自己免疫機能と関連することがこれまでに報告されている遺伝子若しくは遺伝子座。実際には、ＧＷＳリードＳＮＰ又はそれらの近傍のＬＤプロキシ（上流又は下流５００Ｋｂ以内、１ＫＧＰ−ＲＰに基づいてｒ２＞０．８である）のうち１００％が、これらのカテゴリーのうちの１つ又は複数に属する（図３Ａ）。いずれにせよ、２７個のＧＷＳ  ＳＮＰのうちの大半が、転写結果を付与せず（５１％は、イントロン変異体であり、２８％は、遺伝子間又は上流／下流の遺伝子変異体である）、これらのＳＮＰのうちの多くが、実際に因果関係のある変異体をタグ付けるか、又は制御機序及び／若しくはエピジェネティック機序を通じて疾患リスクに影響を及ぼすかのいずれかであることを示唆する（図３Ｂ）。
【０１９３】
ｐＡＩＤ関連ＳＮＰのセットが、特定のアノテーションカテゴリーに関してエンリッチであったかどうかを決定するために、それらのアノテーションの割合を、各カテゴリーについて、１ＫＧＰ−ＲＰから得られたＭＡＦが０．０１を上回るＳＮＰのセットを１０，０００回シミュレーションしたものと比較した。ｐＡＩＤ関連ＳＮＰが、生物学的疾患関連性の他の発見の中でもとりわけ、ＣｐＧアイランド（Ｐｐｅｒｍ＜１．０×１０−４）、転写因子結合部位（Ｐｐｅｒｍ＜３．４×１０−３）、及びｍｉＲＮＡ結合部位（Ｐｐｅｒｍ＜１．０×１０−４）でエンリッチであることを見出した（図１Ｈ及び１Ｉ）。
【０１９４】
候補ｐＡＩＤ遺伝子は、免疫細胞型及び組織にわたって発現プロファイルを共有している
近年の研究は、遺伝子に基づく関連性試験（ＧＢＡＴ）により、遺伝子発見の検出力を高めることができることを示している３３〜３５。全ゲノムの要約レベルのＰＭＥＴＡ値を使用して、ＧＢＡＴ（ＶＥＧＡＳ３３）を行った。ゲノム内の〜１７，５００個のタンパク質コーディング遺伝子に対するボンフェローニの調整に基づいて１８２個の有意なｐＡＩＤ関連遺伝子（シミュレーションに基づくＰｓｉｍ＜２．８０×１０−６）を特定した（表３ａ）。この遺伝子セットの生物学的関連性を例証するために、１２，０００個の遺伝子及び１２６個の組織／細胞型からなるヒト遺伝子発現マイクロアレイデータセットにおいて、それらの転写物のレベルを試験した３６。ｐＡＩＤ関連遺伝子の発現の分布は、片側ウィルコクソン順位和検定（Ｐ＜１．６６×１０−１０）に基づいて、非免疫組織又は細胞型（ＥＳ−ＮＩ＝２．１０）と比べて、免疫組織又は細胞型（ＥＳ−Ｉ＝４．０５）において著しく高かった。すべての拡張ＭＨＣ遺伝子を除外した場合も、ｐＡＩＤ関連遺伝子の平均発現は、非免疫細胞／組織（ＥＳ−ＮＩ＝０．６４８）と比べて、免疫細胞／組織（ＥＳ−Ｉ＝１．０４３）で有意に高いままであった（Ｐ＜１．２７×１０−７）。ｐＡＩＤ関連遺伝子転写産物が免疫特異的にエンリッチであることは、成人コホートで観察されたものと同等であり１２、比較してみると、統合失調症関連遺伝子は、このようなエンリッチメントを全く示さなかった（図４Ａ）。同様の結果が、コルモゴロフ−スミルノフ（ＫＳ）検定を使用して観察された（図５Ｄ）。
【０１９５】
フローサイトメトリーによって単離された２００個を上回るマウス免疫細胞型を含む全トランスクリプトームデータセットにわたって、ｐＡＩＤ遺伝子の発現を試験した（ＩｍｍＧｅｎ３７、方法及び表３ｃを参照されたい）。ｐＡＩＤと関連する遺伝子は、免疫細胞型にわたって差次的な発現を呈し（図５Ｅ）、非免疫形質と関連する遺伝子と比較してより高く発現したが、これは、ヒト組織データで観察された結果と同様であった（図４Ｂ）。これらの「多面的」遺伝子の発現レベルは、免疫細胞型全体で多様に変化するため、凝集型階層クラスタリングを行って、同様のプロファイルを共有する遺伝子のセットを特定した。同じクラスターに属する（したがって、同様の発現プロファイルを共有する）遺伝子は、特定の自己免疫疾患又は複数の自己免疫疾患との関連性がエンリッチであることが見出された（図４Ｃのアノテーション付きクラスターを参照されたい）。例えば、免疫エフェクター細胞の活性化及び増殖における既知の役割を有するＩＣＡＭ１、ＣＤ４０、ＪＡＫ２、ＴＹＫ２、及びＩＬ１２Ｂを含むクラスター１の遺伝子は、ＰＳＣ、ＵＣとの関連性に関してエンリッチであり、両方の疾患と関連しており（Ｐ＜６．８２×１０−４、片側フィッシャー直接検定）、これらの遺伝子の発現は、ＣＤ１１ｂ＋リンパ系樹状細胞の小サブセットで最も高かった。これらの発見は、ＰＳＣと診断された患者の８０％ほどが、ＵＣと診断されており、ＰＳＣのリスクがＵＣを有する患者においておよそ６００倍高いという臨床観察と一致する３８、３９。クラスター２の遺伝子には、ＩＬ１９、ＩＬ２０、ＳＴＡＴ５Ａ、及びＩＬ２ＲＡを含め、エフェクターＴ細胞の活性化、分化、及び増殖を制御する、いくつかのサイトカイン及びサイトカイン応答因子のメンバーが含まれ、これらのすべてが、成熟したナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ−Ｔ細胞、及びＴ細胞、並びに好中球にわたってより広範囲に発現していた。この遺伝子クラスターは、ＭＳ（Ｐ＜９．８×１０−４）との関連性に関してエンリッチであり、ＣＥＬ（Ｐ＜０．０６２）、及び両方の疾患（Ｐ＜３．４１×１０−４）ではわずかにエンリッチである。ＩＬＦ３、ＣＥＮＰＯ、ＭＥＤ１、及びＮＣＯＡ３を含む、核酸結合タンパク質をコードする遺伝子は、クラスター３でエンリッチである。このクラスターの遺伝子は、共同してＳＬＥ及びＰＳ（Ｐ＜０．０３）と関連しており、Ｂ細胞４０、４１及びＴ細胞４２〜４４のクローン選択における早い時点での欠損が、それぞれ、これらの疾患の病因において重要な役割を果たし得ることを示した実験データ及び臨床データと一致している。
【０１９６】
ｐＡＩＤにわたる遺伝的リスク因子共有の定量化
ｐＡＩＤにわたる全ゲノムのペア毎の関連性シグナル共有を特異的に試験するための新規な方法（ＧＰＳ試験）を開発した（方法を参照されたい）。ジェノタイピングしたｐＡＩＤコホートからのデータのみを、この分析に使用した。４５個のペア毎の組合せについてボンフェローニの調整を行った後、ＧＰＳ試験により、自己免疫疾患に関するこれまでの報告において認められているいくつかのｐＡＩＤペアの間での共有の根拠が特定され、これには、Ｔ１Ｄ−ＣＥＬ（Ｐｇｐｓ＜３．４４×１０−５）、Ｔ１Ｄ−ＴＨＹ（Ｐｇｐｓ＜２．０３×１０−３）、ＵＣ−ＣＤ（Ｐｇｐｓ＜２．３６×１０−３）、及びＡＳ−ＰＳ（Ｐｇｐｓ＜８．１５×１０−３）が含まれた。さらに、ＪＩＡ−ＣＶＩＤ（Ｐｇｐｓ＜６．８８×１０−５）について、強力なＧＰＳスコアを特定した。興味深いことに、ＪＩＡ−ＣＶＩＤ間の相関性（Ｐｇｐｓ＜７．３０×１０−５）及びＵＣ−ＣＤ間の相関性（Ｐｇｐｓ＜７．３２×１０−４）は、ＭＨＣ領域内のマーカーを除外した後の方が、より有意であった（図７Ｂ）。
【０１９７】
最後に、ｉｍｍｕｎｏｂａｓｅ（ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｏｂａｓｅ．ｏｒｇ）を使用して、全範囲の自己免疫疾患にわたる共有の根拠について試験した２７。この研究に固有な１０個のコホート以外の自己免疫疾患を含む、ＳＪＯ−ＳＳ間（Ｐ＜１．３０×１０−２８）及びＰＢＣ−ＳＪＯ間（Ｐ＜３．８６×１０−１２）のものなどのいくつかの新規なペア毎の関係性とともに、ＵＣ−ＣＤ間（Ｐ＜２．１５×１０−４）及びＪＩＡ−ＣＶＩＤ間（Ｐ＜１．４４×１０−６）における有意な関連性を特定した。１５３のペア毎での試験にボンフェローニの調整を行った後に有意であった関係性を、無向加重ネットワークを使用してプロットした（図５Ｂ及び表４）。まとめると、これらの結果は、様々な自己免疫疾患の間での遺伝子共有を裏付けるものであり、共有されているシグナルをさらに精査することにより、標的化された治療的介入が、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ４０、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ、及びＴＨ１−ＴＨ２／ＴＨ１７−インターロイキンのシグナル伝達経路など、複数のレベルで適用されることを潜在的に可能にすることができる。
【０１９８】
考察
この研究の主要な目標は、ｐＡＩＤ全体で共有されている遺伝的病因を特定し、それらが、どのようにしてｐＡＩＤ感受性に共同して影響を及ぼすか及び別個に影響を及ぼすかを例証することであった。
【０１９９】
特に、ある特定のｐＡＩＤ（例えば、ＴＨＹ、ＣＥＬ、及びＴ１Ｄ）は、双子において高い割合の併存性及びコンコーダンスを呈し、その他のもの（例えば、ＣＤ及びＵＣ）は家系内に集積しているため、共有されている遺伝的病因に関する知識は、共通した治療機序を突き止めるのに役立ち得る９、１９、４５、４６。したがって、遺伝子標的（複数可）を共有する患者を特定すること、並びに患者の疾患分類とは独立して、そのような遺伝子標的の活性に影響を及ぼし得る治療剤を特定し、それによって、新しい治療法を、初めから又は薬効再評価のいずれかによって開発すること、及び突然変異が陽性の患者に対する研究を通じて開発することが、とりわけ、主な目的である。疾患の症状を緩和するか、又はｐＡＩＤに進行するのを阻害するように、相乗的に作用し得る治療薬の組合せを特定することが、目標である。
【０２００】
特定された２７個のｐＡＩＤ  ＧＷＳ関連性遺伝子座のうち、８１％が、少なくとも２つのｐＡＩＤによって共有されていた（表１及び補足の表１）。さらに、エキソサイトーシスを制御するＧタンパク質共役受容体のラトロフィリンサブファミリーのメンバーをコードする遺伝子であるＬＰＨＮ２の近傍にマッピングするｃｈｒ１ｐ３１．１（ｒｓ２０６６３６３）を含め、２７個の遺伝子座のうち５個は、これまでにＧＷＳレベルで自己免疫疾患との関連性が報告されていなかった新規なシグナルである。このシグナルはＪＩＡ及びＣＶＩＤと関連していたが、日本人コホートにおけるＰＢＣのマイクロサテライト研究により、ＬＰＨＮ２を含む１００Ｋｂの領域に対する関連シグナルが特定された４７。この遺伝子座における名目上有意な再現による裏付けが、ＩＢＤコンソーシアムからの成人ＵＣコホートにおいて特定された。ＪＩＡ及びＣＶＩＤのいずれも、ＴＮＭ３のすぐ下流に存在するｃｈｒ４ｑ３５．１遺伝子座（ｒｓ７６６０５２０）と関連する６種類のｐＡＩＤ（ＴＨＹ｜ＡＳ｜ＣＥＬ｜ＳＬＥ｜ＣＶＩＤ｜ＪＩＡ）に含まれる。広範なｐＡＩＤとの関連性の観察は、血清好酸球数４８及びＩｇＧグリコシル化率と相関性があるＴＮＭ３  ＳＮＰにおけるｅＱＴＬシグナルと関係している可能性があり、ＩｇＧグリコシル化率については、自己免疫疾患リスクの感受性における、ＩｇＧグリコシル化関連ＳＮＰの多面的役割を示す画期的研究によって報告されている４９。３つ目の新規な関連性は、ＣＤ８＋Ｔ細胞クローンによって認識される抗原をコードする遺伝子である転写因子ＡＮＫＲＤ３０Ａにマッピングするｃｈｒ１０ｐ１１．２１（ｒｓ７１０００２５）の近傍で特定された５０。炎症性疾患ＰＳ及びＣＤと関連する４つ目のシグナルは、ｃｈｒ１６ｑ１２．１（ｒｓ７７１５００４３）の近傍におけるものであった。ＡＤＣＹ７におけるこのイントロンＳＮＰは、アデニル酸シクラーゼ（ＡＣ）酵素ファミリーのメンバーをコードし、末梢白血球、脾臓、胸腺、及び肺組織において強力に発現され５１、これは、マウスのデータにより裏付けられる５２。ＣＤ４０ＬＧの近傍にマッピングし、ＣＥＬ｜ＵＣ｜ＣＤと関連している、５つ目の新規なシグナルであるｒｓ３４０３０４１８は、有名なＴＮＦスーパーファミリー受容体ＣＤ４０のリガンドである５３、５４。ＣＤ４０リガンドは、ＣＤ４０受容体をコードする遺伝子座が、ＲＡ及びＭＳにおいて確立されているＧＷＡＳ遺伝子座であるため、特に有力な候補であり、細胞培養物及び動物モデルにおいて機能的に研究がなされており、近年の大規模なＲＡ薬物スクリーニングの取組みの焦点となっていた５５。
【０２０１】
ＧＷＳ候補ＳＮＰのセットは、ｍｉＲＮＡ及び転写因子（ＴＦ）結合部位に関してエンリッチである。ＧＢＡＴを使用して遺伝子セットエンリッチメント解析５６を行って、２つの周知のｍｉＲＮＡファミリーｍｉＲ−２２及びｍｉＲ−１３５ａを上位候補として含む、３９個の有意な（ＰＢＨ＜０．０５）ｍｉＲＮＡを特定した（表５ａ）。後者は、モデル系において、インスリンシグナル伝達及びグルコース取込みの制御因子である、ＩＲＳ２を標的とすることが示されている５７。候補遺伝子は、多数のＴＦの標的でエンリッチであり、最も有力なものはＳＰ１（ＰＢＨ＜２．３０×１０−１２）、ＮＦＡＴ（ＰＢＨ＜８．５４×１０−９）、及びＮＦＫＢ（ＰＢＨ＜１．０３×１０−８）である。表５ｂを参照されたい。
【０２０２】
ＧＢＡＴを使用し、ＤＡＶＩＤ５８、ＧＳＥＡ３６、ＩＰＡ５９、及びＰａｔｈｗａｙ  Ｃｏｍｍｏｎｓ６０を使用して、サイトカインシグナル伝達、抗原プロセシング及び提示、Ｔ細胞活性化、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ活性化、並びにＴｈ１、Ｔｈ２、及びＴｈ１７関連サイトカインシグナル伝達において作用するタンパク質の強力なエンリッチメントを特定した（表６）。これらの中でも、ＪＡＫ２シグナル伝達が特に有力であり（ＰＢＨ＜６．９３×１０−５、図６Ｂ）、これは、既知のＰＰＩのエンリッチメント（ＰＳＴＲＩＮＧ＜１×１０−２０）と一致している（図６）。さらに、依然として十分に確立されていない疾患ペア（例えば、ＪＩＡ｜ＣＶＩＤ）に関して遺伝的感受性が共有されていることを裏付ける証拠を発見した。ＣＶＩＤが、実際には、古典的な自己免疫疾患というよりは、複雑な免疫不全の群を代表することを考慮すると、ＪＩＡとＣＶＩＤとの関連性は、注目に値する。ＣＶＩＤと、すべての他のｐＡＩＤとの間の重複を、ＧＰＳ（Ｐａｄｊ＜３．１０×１０−３）ネットワーク分析試験及びＬＰＳ（Ｐａｄｊ＜１．４７×１０−８）ネットワーク分析試験を使用して試験したときに、ＣＶＩＤとＪＩＡとの間の相互作用の過剰な現れが一貫して観察された（図５及び図７Ｂ）。我々の結果は、特定された２７個のＧＷＳ遺伝子座のうちの７０％（１９個）が、少なくとも３つの自己免疫疾患によって共有されており（表１）、これには、これまでに報告されているもの（例えば、ＩＬ２ＲＡ［６］、ＩＬ１２Ｂ［４］）及び新規なシグナル（例えば、ＴＮＭ３［６］、ＣＤ４０ＬＧ［３］）の両方が含まれた。さらに、ＴＧＳＥＡを使用することにより、予測していたＴγδ、ＴＣＤ４、及びＮＫ−Ｔ細胞におけるＣＥＬ及びＳＬＥと関連する遺伝子のエンリッチメントを強調するだけでなく、成熟した樹状細胞のセットにおいてＰＳＣ及びＵＣと関連する遺伝子の興味深い共同的エンリッチメントも特定された（図４Ｃ）。
【０２０３】
ｐＡＩＤにおける共有されているリスク因子の多くは、確立されている治療上の標的であるタンパク質、例えば、抗ＣＤ４０Ｌ抗体及び抗ＣＤ４０抗体をコードする遺伝子に影響を及ぼし５４、５５、本明細書において特定されたいくつかの遺伝子は、多様な生物学的作用を有し、現在臨床開発中である。結果として、薬物再展開手法により、ｐＡＩＤにおける実現可能な選択肢が提示され得、その場合、これらの遺伝子ネットワーク及び経路は、優先的な様式で標的とされるであろう。
【０２０４】
方法
罹患した対象及びコントロールを、これまでの研究６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０に記載されているように直接的に、又はＴｈｅ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（ＣＨＯＰ）においてゲノムバイオレポジトリーの非特定化試料及び関連する電子医療記録（ＥＭＲ）からのいずれかで、特定した。含まれたＩＢＤ、Ｔ１Ｄ、及びＣＶＩＤの症例の大部分（８０％を上回る）は、これまでの刊行物に記載されている。
【０２０５】
それぞれの研究集団の詳細について、以下に概要を説明する。各疾患コホートの有資格専門医師との相談の下、フェノムワイド関連研究（ＰｈｅＷＡＳ）ＩＣＤ−９コードマッピング表６１、６２、６３、７０を使用して確立された表現型マッピングに基づいて、これまでに説明されているアルゴリズムを用いて、ＥＭＲ検索を行った。すべてのＤＮＡ試料は、ＣＨＯＰの応用遺伝学センター（Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＣＡＧ）において、品質管理（ＱＣ）に関して評価し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｕｍａｎＨａｐ５５０又はＨｕｍａｎＨａｐ６１０プラットフォームにおいてジェノタイピングした。下記の患者数は、採用したサンプルサイズの総数を指し、ここから、遺伝子解析に含めるのに必要なＱＣ基準を通過しなかった（例えば、関係性又は低いジェノタイピング率のため）非適格試料又は遺伝子型を除外した。
【０２０６】
ＩＢＤコホートは、年齢が２歳から１７歳で祖先がヨーロッパ系であり、ＣＤを有する１，９３１人及びＵＣを有する８６５人を含む、生検によって証明された疾患を有する２，７９６人の個体を含み、分類されないＩＢＤを有するすべての患者は除外した。罹患した個体は、地理的に異なる４つの国の複数のセンターから採用し、これまでに報告されているように、標準的なＩＢＤ診断基準に従って、１９歳の誕生日の前に診断を受けている６３、６５。
【０２０７】
Ｔ１Ｄコホートは、モントリオール、トロント、オタワ、及びウィニペグの小児糖尿病診療所で集めた２６７人の独立したカナダ人のＴ１Ｄ患者、並びに２００６年９月からＣＨＯＰで募集された２０３人のＴ１Ｄ患者を含め、３人家族の核家族（罹患した子供１人と２人の親）からの１，１２０人の対象からなっていた。すべての患者は、自己申告で白色人種であり、年齢が３歳から１７歳であり、発症時の中央値年齢は７．９歳であった。すべての患者は、診断されて以来、インスリンで治療を受けている。疾患の診断は、何らかの研究室での試験ではなく、これらの診療所の基準に基づいて行われた。
【０２０８】
ＪＩＡコホートは、米国、オーストラリア、及びノルウェーで募集され、関節炎の発症時年齢が１６歳未満の１，１２３人の患者が含まれた。ＪＩＡの診断及びＪＩＡのサブタイプは、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｅａｇｕｅ  ｏｆ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（ＩＬＡＲ）の改正された基準７１に従って決定され、ＩＬＡＲ基準から適合されたアルゴリズムに基づくツールであるＪＩＡ  Ｃａｌｃｕｌａｔｏｒ７２（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｊｒａ−ｒｅｓｅａｒｃｈ．ｏｒｇ／ＪＩＡｃａｌｃ／）を使用して確認した。標準的なＱＣ手順及び祖先が非ヨーロッパ系のものを除外する前は、ＪＩＡコホートには、Ｔｅｘａｓ  Ｓｃｏｔｔｉｓｈ  Ｒｉｔｅ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｆｏｒ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ（Ｄａｌｌａｓ、Ｔｅｘａｓ、ＵＳＡ）及びＣｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｍｅｒｃｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌｓ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃｓ（Ｋａｎｓａｓ  Ｃｉｔｙ、Ｍｉｓｓｏｕｒｉ、ＵＳＡ）からの自己申告で祖先がヨーロッパ系の４６４人の対象；ＣＨＯＰからの１９６人の対象；Ｍｕｒｄｏｃｈ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｒｏｙａｌ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ、Ａｕｓｔｒａｌｉａ）からの２２１人の対象；並びにＯｓｌｏ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）からの５０４人の対象が含まれた。
【０２０９】
ＣＶＩＤ研究集団は、Ｍｏｕｎｔ  Ｓｉｎａｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＭＳＳＭ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＵＳＡ）からの２２３人の患者、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｏｘｆｏｒｄ（Ｌｏｎｄｏｎ、Ｅｎｇｌａｎｄ）からの７６人の患者、ＣＨＯＰからの４７人の患者、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈ  Ｆｌｏｒｉｄａ（ＵＳＦ；Ｔａｍｐａ、Ｆｌｏｒｉｄａ、ＵＳＡ）からの２７人の患者からなっていた。各症例における診断は、これまでに説明されているように、ＥＳＩＤ−ＰＡＧＩＤ診断基準に対して検証した７３。ＣＶＩＤの診断は、若年の成人（２０歳〜４０歳）で行われることが最も一般的であるが、ＣＨＯＰ及びＵＳＦの対象のすべては、小児期に発症した疾患を有しており、一方でＭＳＳＭ及びＯｘｆｏｒｄからの対象の大部分は、若年成人期で発症していた。成人で発症するＣＶＩＤを有する個体の数が非常に少なく（示されたすべての症例の５％未満）、本明細書において研究された１０種類すべての疾患が、小児期での発症を示し得ることを認識し、このコホートの材料をｐＡＩＤと称することとした。
【０２１０】
小児対象の残り（ＴＨＹ、ＡＳ、ＰＳＯＲ、ＣＥＬ、及びＳＬＥ；表現型の略語の完全なリストは、表に示されている）の試料は、ＣＨＯＰのバイオレポジトリーに由来するものであったが、これらには、ＣＨＯＰにおいてＣＡＧにより募集され、採用された５０，０００人超の小児患者が含まれる（表には、ＣＡＧ小児バイオバンク内のジェノタイピングされた対象の詳細が含まれる）。これらの個体は、ＴＨＹ、ＳＰＡ、ＰＳＯＲ、ＣＥＬ、及びＳＬＥの診断について診断の時点で年齢が１歳から１７歳の範囲であることが確認されており、専門家によって確認される、これらのそれぞれの障害の臨床基準を満たすことが要求された。ＥＭＲ検索時に、少なくとも２回以上の個別の通院（そのうち少なくとも１回が指定のＩＣＤ−９診断コード（複数可）によるもの）があったことが確認された患者のみに、臨床確認を求めた。これまでに特定されており、ＰｈｅＷＡＳ又はＥＭＲに基づくＧＷＡＳに使用されている、広範な有資格医師によって認められているＩＣＤ−９コードを使用した６２、６３。
【０２１１】
年齢及び性別が一致しているコントロール対象を、ＣＨＯＰ−ＣＡＧバイオバンクから特定し、自己免疫又は免疫不全の障害に関する任意のＩＣＤ−９コード６１（ｈｔｔｐ：／／ｉｃｄ９．ｃｈｒｉｓｅｎｄｒｅｓ．ｃｏｍ／）を有する任意の患者は除外して、選択した。ＣＨＯＰ及び他の共同センターの研究倫理委員会がこの研究を承認しており、書面での告知に基づく同意をすべての対象（又はそれらの法的後見人）から得た。これまでに説明されているように、標準的な方法を使用して、ジェノタイピングの前後にゲノムＤＮＡの抽出及び試料のＱＣを行った６４。すべての試料は、ＣＡＧにおいて、ＨｕｍａｎＨａｐ５５０及び６１０  ＢｅａｄＣｈｉｐアレイ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、ＣＡ）でジェノタイピングを行った。集団層別化による交絡を最小限に抑えるために、この研究には、祖先がヨーロッパ系の個体（自己申告祖先及び主成分分析（ＰＣＡ）の両方によって決定される）のみを含んだ。ＰＣＡの詳細を、以下に示す。
【０２１２】
ジェノタイピング、インピュテーション、関連性試験、及びＱＣ。
疾患特異的ＱＣ。
各疾患特異的コホートから得られたジェノタイピング結果を、共通のコントロールから得られたデータと統合した後、Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ＨｕｍａｎＨａｐ５５０及び６１０の両方のＢｅａｄＣｈｉｐアレイプラットフォームで共通しているＳＮＰからジェノタイピング結果を抽出し、ジェノタイピングＱＣを行った。ジェノタイピング率が低い（９５％未満）ＳＮＰ若しくはＭＡＦが低い（０．０１未満）ＳＮＰ、又は予測されたハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ；Ｐ＜１×１０−６）から著しく逸脱しているＳＮＰを除外した。全体的なジェノタイピング決定率が低い（９５％未満）試料又はＰＣＡによりヨーロッパ系祖先から外れることが決定された（ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴによって特定される標準偏差が６．０７４を上回る）試料を除外した。加えて、同型性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ−ｂｙ−ｓｔａｔｅ）分析（ＰＩ＿ＨＡＴ＞０．１８７５）により決定された関係性のある個体の各ペアは一方を除外し、可能な場合には症例を優先的に保持した。
【０２１３】
統合されたコホートのＱＣ。
研究コホート全体にわたって全ゲノムインピュテーションの準備を整えるために、１０種類のｐＡＩＤにわたる症例試料を、共通のコントロール試料と組み合わせた。ジェノタイピング及び試料のＱＣを、上述のものと同じ基準で繰り返し、個別のコホートのＱＣ及び統合コホートのＱＣを通過した〜４８６，０００個の共通のＳＮＰの最終的なセットが残った。ここでも、同型性分析を行って、関係性のある試料を除去した（異なる疾患研究に動員されている可能性のある関係対象を除外するため）。さらに、ＰＣＡを繰り返し、集団から外れるものを除去した。上述のすべてのＱＣ基準を適用した後の最終的なコホートには、合計で、１０種類のｐＡＩＤを示す６，０３５人の患者及び１０，７１８人の集団一致コントロールが含まれた。
【０２１４】
統合されたＱＣのため、１０種類すべての疾患に特異的なＧＷＡＳの合計と比較して、統合されたコホートにおける最終的な症例及びコントロールの数は、「すべての症例及びコントロールの合計」よりも少なかったことに留意されたい（補足の表１ａ）。加えて、重複する試料の存在による交絡の可能性を回避するために、２種類以上のｐＡＩＤの診断基準に適合する個体は、サンプルサイズが小さい方の（又は最も小さい）疾患コホートに割り当てた。２回含まれた対象は存在しなかった。研究コホート内で合計１６０人の対象が、２種類以上の疾患の基準を満たしていたが、報告した合計６，０３５人の固有な対象に数えたのは１回だけであった。
【０２１５】
全ゲノムフェージング及びインピュテーション
全染色体プレフェージングにはＳＨＡＰＥＩＴ７５を使用し、１ＫＧＰ−ＲＰへのインピュテーションにはＩＭＰＵＴＥ２（参考文献７６）を使用した（ｈｔｔｐｓ：／／ｍａｔｈｇｅｎ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｉｍｐｕｔｅ／ｉｍｐｕｔｅ＿ｖ２．ｈｔｍｌ、２０１４年６月、ハプロタイプリリース）。いずれの場合も、ソフトウェアの開発者らが推奨するパラメーター及び他の文献に記載されているパラメーター７５、７６、７７を使用した。ゲノム全体にわたり、５Ｍｂの領域毎にインピュテーションを行い、続いて、関連性試験のためにデータを統合した。インピュテーションの前に、すべてのＳＮＰを、上述の基準を使用してフィルタリングした。
【０２１６】
インピュテーションの精度を検証するために、インピュテーション後に、名目上有意なＰ値に達していたＳＮＰをランダムに選択して検証した。商用に設計されたジェノタイピングプローブは、容易に入手できなかったため、２つの別個の９６ウェルプレートで、インピュテーションしたＳＮＰマーカーの周辺の２００塩基対の領域を増幅させ、配列決定するようなプライマーを設計することによって、サンガー配列決定を行った。ＳｅｑＴｒａｃｅ７８を使用して、手作業で配列及びクロマトグラムを可視化し、試験した。これにより得られた結果を、補足の表１ｅに提示し、これにより、９９％を上回る平均インピュテーション精度が示される。
【０２１７】
さらに、ＩＢＤ対象及びＣＶＩＤ対象のサブセットを、続いて、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）プラットフォームでジェノタイピングした。試料及びマーカーのＱＣを上述のように行った後、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｉｐで直接ジェノタイピングしたすべてのｐＡＩＤ  ＧＷＡＳインピュテーションＳＮＰのジェノタイプコンコーダンスを比較した。結果を、補足の表１ｆに示す。
【０２１８】
疾患特異的関連性試験。
インピュテーション後のジェノタイプ確率を使用し、ＳＮＰＴＥＳＴソフトウェア（ｖ２．５）を用いて、全ゲノム関連試験を行った２４。ロジスティック回帰を使用して、オッズ比及びベータ、９５％信頼区間、並びに傾向のＰ値を、ジェノタイプ（０、１、又は２個のマイナー対立遺伝子）に関する補助的なコーディングを使用して推定した。常染色体領域については、スコア検定を使用し、一方でＣｈｒＸ上の領域については、ＣｈｒＸ特異的ＳＮＰＴＥＳＴ法Ｎｅｗｍｌを使用した。関連性試験の直後にＱＣを行い、ＩＮＦＯスコアが０．８０未満のＳＮＰ、ＨＷＥのＰが１×１０−６未満のＳＮＰ、及びＭＡＦが０．０１未満（全体）のＳＮＰをすべて除外した。
【０２１９】
すべての分析において、性別及びＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴのＰＣＡから導出される最初の１０個の主成分に条件付けを行うことによって、性別及び祖先の両方に関して調整を行った７９。すべてのコホートのλＧＣ値は、許容限界の範囲内であり、症例のサンプルサイズが最も大きいコホート、すなわち、ＣＤに最も高い値が観察され（λＧＣ＜１．０７）、これは、このデータセットに関してこれまでに報告されたことと一致する６５。実際に、個別の研究において本分析に含まれたすべての非ＣＨＯＰ症例について、ＣＨＯＰコントロールを使用したことはこれまでに報告しており、これらの個別の症例−コントロール分析では、ゲノムインフレーションが十分に制御されていたことが示されている６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０。図２Ｃ−１において、それぞれの独立したコホートについてのＱＱプロットを提供する。
【０２２０】
共有されているｐＡＩＤ関連性遺伝子座を特定するためのメタ解析
ｐＡＩＤ全体にわたり共有されている関連性遺伝子座を特定するために、１０種類すべての個別の疾患特異的分析での関連性試験の後のＱＣを通過したマーカーを抜き出した後に、研究コホートのそれぞれから要約レベルで検定統計量のメタ解析を行った。共通のコントロール集団又はプールのコントロール集団を使用することによる交絡を調整するために、これまでに公開されている方法を使用して、逆加重χ２メタ解析を行った８０。
【０２２１】
メタ解析（ＰＬＩＮＫ）の結果をＬＤでクランピングし、従来的な全ゲノム有意閾値ＰＭＥＴＡ＜５×１０−８に達している２７個のＬＤから独立した関連性（ｒ２＜０．０５、リード又は最も強く関連しているＳＮＰの上流又は下流５００ｋＢ以内）を特定した。計算したメタ解析λＧＣは、１．０９未満であったことを観察した。近年、ｄｅ  Ｂａｋｋｅｒ及び同僚らによって考察されており、いくつかの大規模なＧＷＡＳの刊行物に示されているように、λＧＣは、サンプルサイズと関係している８１。Ｙａｎｇらによって考察されているように、λＧＣは、母集団構造に起因する分散の相対的寄与及びサンプリング分散に対する真の関連性に基づく。母集団構造又は系統誤差が存在しなければ、インフレーションは、依然として、遺伝性、遺伝子アーキテクチャ、及び研究のサンプルサイズに依存するであろう８２。Ｂａｋｋｅｒらの推奨に基づいて、この研究が、１，０００人の症例及び１，０００人のコントロールのみを含んでいた場合に予測されたであろうλＧＣを補間することによって、サンプルサイズに関して調整したλ１０００を計算した。これはメタ解析結果にのみ行ったが、これは、症例数及びコントロール数がいずれも１，０００を著しく上回っていたためである（補足の表１ａ）。
【０２２２】
リードシグナルと関連するｐＡＩＤを特定するためのモデル検索
メタ解析により、少なくとも１つのｐＡＩＤと有意に関連しているＳＮＰを特定した。各ＳＮＰが、どのｐＡＩＤと最も強力に関連しているかを決定するために、モデル又は「疾患組合せ」検索を実行した。各ｐＡＩＤ関連遺伝子座におけるリードＳＮＰについて、対応する症例をメガ解析で統合した場合に、最も大きな関連性検定統計量が得られるｐＡＩＤ疾患組合せを検索した。
【０２２３】
それぞれの特定された関連性シグナルに寄与する可能性が最も高い疾患表現型を特定するために、Ｒ統計ソフトウェアパッケージＡＳＳＥＴ８３において実装される「ｈ型」法を適用して、網羅的な疾患サブタイプモデル検索を行った。ＡＳＳＥＴは、ジェノタイプレベルの関連性検定のための方法（この研究で使用したｈ型）、及び異なる表現型にわたってＳＮＰ効果の異質性を可能にする要約レベルの修正型固定効果メタ解析アプローチ（「ｈ形質」）の両方を提供することに留意されたい。いずれの方法も、共同して考えられる表現型のすべての組合せを網羅的に列挙し、したがって、ｒが、症例に割り当てられた疾患サブタイプの合計数（例えば、１種類から１０種類のｐＡＩＤ）であり、ｎが疾患サブタイプの合計数（例えば、１０種類のｐＡＩＤ）である場合の、合計を試験する。この場合、１０種類の疾患のうちのｎ個にわたってすべての可能性のあるｒを考えるため、これは、２ｎ−１（又はここでは１，０２３個の固有な組合せ）となることに留意されたい。ＡＳＳＥＴアルゴリズムは、ロジスティック回帰を使用して各ｐＡＩＤ症例の組合せを反復的に試験して、ジェノタイプ数と症例の状態との間に関連性があるかどうかを決定する。試験したそれぞれのＳＮＰに関して、「最適な」サブタイプモデルは、ロジスティック回帰分析において共通のコントロールに対して試験した場合に、ＤＬＭ法を使用してすべてのサブタイプ組合せにわたって複数回の試験について補正した後に最良の検定統計量をもたらしたｐＡＩＤの組合せである。
【０２２４】
逆方向の効果を示すリード関連変異体の特定。
上位４６個の関連する遺伝子座（ＰＭＥＴＡ＜１×１０−６）のそれぞれについて、リードＳＮＰが、サブタイプモデル検索によって特定された疾患組合せに対して報告されたものとは逆の効果方向を有しており、対応する関連性Ｐ値が、少なくとも名目上の有意性（Ｐ＜０．０５）に達した、遺伝子座を特定した（ロジスティック回帰のベータに基づいて）。９個の事例を特定した。
【０２２５】
候補遺伝子の優先順位付け。
リードＳＮＰを候補遺伝子にアノテーションを行うために、以下の様式で、候補遺伝子へのマッピングを系統的に優先順位付けした。
１．ＳＮＰ又は遺伝子座が、これまでに、自己免疫疾患において全ゲノム有意性で報告されていた場合、利用可能な場合には、ＧＷＡＳカタログ８４又はＩｍｍｕｎｏＢａｓｅ８３において特定されている候補遺伝子符号を提供した。
２．ＳＮＰが、コーディングとしてアノテーションが付いているか、又はコーディングＤＮＡ配列内に含まれる（すなわち、イントロン性又はＵＴＲ内にある）場合、この遺伝子は、変異体効果予測因子（ＶＥＰ）によって特定されたものであると報告した８５。
３．ＳＮＰが、上流、下流、又は遺伝子間にある場合、この遺伝子は、ネットワークツールＤＡＰＰＬＥを用いて特定された最良の候補遺伝子を使用することによって優先順位付けした８６。
４．上述のもののいずれも実行可能ではなかった場合、観察されたＬＤブロック、並びにｄｂＳＮＰ又はＧＷＡＳカタログに提示されている自己免疫疾患又は他の免疫関連表現型とのこれまでの関連性シグナルの根拠に基づいて、最も「可能性の高い」遺伝子を手作業でキュレーションした。
【０２２６】
公的に入手できるリソースを使用した機能的又は生物学的アノテーション及びエンリッチメント解析。
公的に入手可能な機能的及び生物学的データベース及びリソースを使用して、リードｐＡＩＤ関連ＳＮＰにアノテーションを行った。インピュテーションした各遺伝子座の上位リードＳＮＰ、加えて、１ＫＧＰ−ＲＰに基づいてそのほぼ完全なプロキシ（上流又は下流５００ｋＢ以内で、ｒ２＞０．８として定義）のいずれも、考慮した。
【０２２７】
以下のリソースからのアノテーション、発現、相互作用、及びネットワークデータを含んだ。
１．ゲノムマッピング及びアノテーション：ＳＮＡＰ８７、ＳＮＰ−Ｎｅｘｕｓ８８、Ｅｎｓｅｍｂｌｅ８９、及びＵＣＳＣ９０。
２．制御性アノテーション：ＥｎＣＯＤＥ（ＴＦ結合部位及びＤＮａｓｅ過感受性部位）９１、ＧＴｅｘ９２（ｅＱＴＬ）、及び公開されているリンパ芽球細胞株ｅＱＴＬデータセット９３。
３．機能的アノテーション：ＳＩＦＴ９４、Ｐｏｌｙｐｈｅｎ９５、ｍｉＲＮＡ標的部位多型９６、９７。
４．保存的又は進化的予測：ＧＥＲＰ９８、ＰＨＡＳＴ＋＋９９、ＣｐＧアイランド１００。
５．文献検索：ＧＡＤ１０１、ＮＨＧＲＩ  ＧＷＡＳカタログ１０２、ｄｂＧＡＰ１０３、又は文献による裏付けについては公開されているＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐの研究１０４（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｏｂａｓｅ．ｏｒｇ）。
６．遺伝子発現及びエンリッチメント解析：ＩｍｍＧｅｎ１０２（マウス）及び１２６個の組織にわたる全トランスクリプトーム解析１０４（ヒト）。
７．タンパク質−タンパク質の相互作用（ＰＰＩ）データベース：ＤＡＰＰＬＥ８６、ＳＴＲＩＮＧ１０５。
８．経路に基づく及び遺伝子セットのエンリッチメント解析：Ｇｅｎｅ  Ｏｎｔｏｇｅｎｙ１０６、Ｗｅｂｇｅｓｔａｌｔ１０７、Ｗｉｋｉｐａｔｈｗａｙｓ１０８、ＩＰＡ１０９、ＤＡＶＩＤ１１０、ＧＳＥＡ１１１、及びＰａｔｈｗａｙｓ  Ｃｏｍｍｏｎｓ１１２。
９．遺伝子ネットワーク分析及び可視化：候補病因遺伝子の順位付けのためのＤＡＰＰＬＥ８６及びＶＥＰ８５、並びに共関連性（ｃｏａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）に関するＰｕｂＭｅｄデータベースのテキストマイニングについてはＧｒａｉｌ１１３。
【０２２８】
２７個のリードＳＮＰに関して機能的及び生物学的アノテーション（カテゴリー１〜５）を図３ａに示す。アノテーションはまた、４６個のＧＷＭ遺伝子座については、図４Ｄに提供されている。以下のアノテーション型を使用した。
１．制御性：ＥｎＣＯＤＥコンセンサスＴＦ結合部位（Ｔ）、ＤＮａｓｅ  Ｉ過感受性部位（Ｓ）、又は公開されているｅＱＴＬシグナル（Ｅ）
２．機能的：ＰｏｌｙＰｈｅｎ又はＳＩＦＴにおける既知の突然変異（Ａ）、実験的に検証（ｍｉＲＢＡＳＥ  １８．０）及び予測（ｍｉｒＳＮＰ）したｍｉＲＮＡ標的部位（Ｒ）、又はゲノム変異体のデータベース（ＤＧＶ）によって報告されている共通のコピー数変異領域を含む領域をタグするＳＮＰ（Ｖ）
３．保存的：ＧＥＲＰ＋＋／ｐｈａｓｔＣｏｎに基づく保存されたヌクレオチド配列（Ｃ）、又はエピジェネティックメチル化パターンと相関する既知のＣｐＧアイランド（Ｍ）
４．文献による裏付け：候補研究により公開されている免疫疾患若しくは炎症性疾患又は免疫関連末端表現型との関連性、又はＧｅｎｅｔｉｃ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ、ＮＨＧＲＩ  ＧＷＡＳカタログ、ｄｂＧＡＰ、若しくはＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐ研究において分類登録されているＧＷＡＳ（Ｌ）。
【０２２９】
２７個のＧＷＳ  ｐＡＩＤ関連ＳＮＰが、所与のアノテーション型がエンリッチであったかどうかを決定することに加えて、Ｍｏｎｔｅ  Ｃａｒｌｏシミュレーションを行って、１ＫＧＰ−ＲＰにおけるすべてのＳＮＰから、ＳＮＰ（ＭＡＦ＞０．０１、ヨーロッパ系）を１０，０００回再サンプリングした。２７個のリードＳＮＰに関しては、１００個のランダムにサンプリングしたＳＮＰのそれぞれのセットについて、まず、ヨーロッパ系集団においてＭＡＦが０．０１を上回るＳＮＰのみをフィルタリングした１ＫＧＰ−ＲＰデータセット内で、強いＬＤ（すなわち、上流又は下流５００ｋＢ以内のｒ２が０．８を上回るＬＤプロキシ）の近傍のすべてのＳＮＰを特定した。次いで、元々のＳＮＰ及び任意のプロキシＳＮＰのそれぞれに、上述のようにそれぞれの主要なアノテーションカテゴリーに関してアノテーションを行った。任意の所与のカテゴリーについて、リードＳＮＰ又はそのプロキシのうちのいずれかにアノテーションが付いた場合には、リードＳＮＰがアノテーションされたとして記されるように、所与のリードに対して特定されたすべてのプロキシの情報は、非表示にした。次いで、各セットにおいて１００個のＳＮＰのアノテーションの頻度を計算した。１００個のＳＮＰのセットを１０，０００回サンプリングし、アノテーションを行った後、各アノテーション型の並べ替えによって導出したアノテーション割合の分布を使用して、エンリッチメントＰ値を計算した。ここで、Ｎは、並べ替え回数であり、ｆは、ｐＡＩＤセット内のアノテーションが付いたＳＮＰの割合であり、Ｆは、ヨーロッパ系でＭＡＦが０．０１を上回るというマーカーのみを使用して１ＫＧＰ−ＲＰから再サンプリングした１００個のＳＮＰ１０，０００セット全体でアノテーションが付いたＳＮＰの割合の分布である。
【０２３０】
効果量及び関連性の方向に基づく階層クラスタリング
ベータが効果量であると定義される、１０回の疾患特異的ＧＷＡＳのそれぞれにおいてロジスティック回帰分析により得られた有向Ｚスコアを使用して、上位２７個の独立した遺伝子座にわたって凝集型階層クラスタリングを行った。標準化及び正規化したＺスコアを、凝集型階層クラスタリングへの入力として使用した。ウォード最小分散法を使用して、比較的一貫した遺伝子及び遺伝子座のクラスターサイズを特定した。
【０２３１】
遺伝子に基づく関連性試験。
ｐＡＩＤ全体にわたる遺伝子重複に対する関心を考慮して、遺伝子座及び表現型の異種性に非感受性である、疾患非特定様式で、ｐＡＩＤと関連する遺伝子の特定を試みた。セットに基づく方法であるＶＥＧＡＳ１１４を使用して、ＧＢＡＴを行った。入力としては、ゲノムにわたる１０種類のｐＡＩＤに対するプールの逆χ２メタ解析から得られた名目上のＰＭＥＴＡ値を、ＶＥＧＡＳの入力要約統計量として使用し、どの特定の疾患がモデル検索分析で特定されたかは考慮しなかった。ＳＮＰを遺伝子領域に割り当て、１０７回のシミュレーションを行って、ＶＥＧＡＳの文書に記載されているように、遺伝子に基づくＰ値を推測した。試験したおよそ１７，５００個の遺伝子に対するボンフェローニの調整に基づいて、有意な候補遺伝子を特定するためのＰｓｉｍ＜２．８×１０−６と、０．０２０５未満のｑ値に相当する偽発見率（ＦＤＲ）という２つの閾値を使用したが、後者は経路及び遺伝子セットのエンリッチメント解析にのみ使用した。
【０２３２】
組織特異的遺伝子セットのエンリッチメント解析。
ほとんど例外なく、自己免疫疾患において病因的役割を有することが知られているほとんどの遺伝子は、免疫組織又は免疫関連組織において、分子プロセス又は細胞内プロセスを制御することが示されている。候補のｐＡＩＤ関連遺伝子が、自己免疫疾患の生物学的様態と関連している場合、これらの遺伝子の発現は、平均して、免疫組織又は免疫関連組織全体で（非免疫関連組織における発現と比較して）高くなることが予測されるであろう。したがって、ＧＢＡＴによって特定された候補ｐＡＩＤ関連遺伝子の発現を、様々な組織における非候補遺伝子のものと比較した。
【０２３３】
多数の免疫組織及び免疫細胞を含む、１２６個の組織及び／又は細胞型にわたって１２，０００個を上回る固有な遺伝子の要約レベルの正規化された遺伝子発現レベルからなる公的に入手可能なデータセットを使用して、広範なヒト組織においてトランスクリプトームの発現をキュレーションした１０４。処理済みのデータセット「平均発現データマトリックス」をダウンロードした。
【０２３４】
１２６個の固有な組織にわたって、ＧＢＡＴによって特定されたｐＡＩＤ関連遺伝子の転写産物の発現の中央値又は累積分布が、それぞれ、片側ウィルコクソン順位検定又は片側コルモゴロフ−スミルノフ（ＫＳ）検定を使用して、データセット内の残りの転写産物のものよりも高かったかどうか試験した。組織特異的な遺伝子発現ＥＳ値を計算したが、これは、ｐＡＩＤ関連遺伝子の転写産物発現における相対的なエンリッチメントを、データセット内の残りの遺伝子の転写産物のものと比較することによって得られる−ｌｏｇ１０（Ｐ値）である。この試験は、組織毎に行って、ＫＳのＥＳ値セット及びウィルコクソンのＥＳ値セットを得た。この組織毎の分析は、（１）ＧＢＡＴにより得られたｐＡＩＤ関連遺伝子の全セットに対して行い、（２）遺伝子が拡張ＭＨＣ（ｃｈｒ６：２５〜３４Ｍｂ）にわたる場合は除外した。
【０２３５】
１２６個すべての組織型について、図４ａ及び５Ｄ及び５Ｅに示されるように、ウィルコクソン検定又はＫＳ検定のいずれかにより得られたＥＳ値を、それぞれの検定統計量について降順でプロットすることによって、二次的な免疫対非免疫の比較分析を行った。これらの図面において、各点は、単一の組織を表し、以前に示したように、免疫（赤色）又は非免疫（青色）のいずれかでその分類に従って色付けされている８６。
【０２３６】
全体的なＥＳ値が、非免疫組織よりも、免疫組織において高いかどうかを正式に試験するために、組織毎のＥＳ値のベクトルに対してウィルコクソン順位和検定及びＫＳ検定の両方を行って、免疫組織に由来するものと非免疫組織に由来するものとを比較した。免疫組織全体で観察されたエンリッチメントが、特異的なものであり、ＧＷＡＳにより特定されたいずれのシグナルにとっても一般的なものではなかったことが判明した。一方がＣＤに関し、もう一方が統合失調症に関する、２つの候補遺伝子セットにおいて、ＮＨＧＲＩ  ＧＷＡＳカタログからこれらの２つの表現型に関連するすべての遺伝子を特定することによって、この分析を繰り返した。
【０２３７】
免疫細胞遺伝子セットのエンリッチメント解析。
免疫系の細胞は、機能及び遺伝子発現が極めて多様である。ｐＡＩＤ関連遺伝子の発現をより正確に評価するために、特定の免疫細胞サブタイプにわたって、並びに異なる発症時点において、ｐＡＩＤ候補遺伝子のｍＲＮＡ発現を試験した。
【０２３８】
ＩｍｍＧｅｎは、公的に入手可能な高品質なマウス遺伝子発現データセットを提供している。ＩｍｍＧｅｎのデータセットは、ＦＡＣＳによって分類され、少なくとも３重にアッセイされた、異なる系統にわたる複数の発生段階の２２６個のマウス免疫細胞型からなる。標準的なＱＣ及び分位点正規化法を、ＩｍｍＧｅｎによって説明されているように、データセットに適用した１０２。全転写産物セットは、ヒト基準ゲノムのｈｇ１８／ｂｕｉｌｄ３６においてアノテーションが付いている遺伝子に基づいて、ヒトトランスクリプトームにおいて１４，６２４個のホモログにマッピングしたが、この基準ゲノムは、遺伝子発現データを照合するために使用した。
【０２３９】
細胞型のうちの一部は、遺伝子改変動物に由来しており、それらの細胞型の分析により得られる結果は解釈が困難であることが予測されたため、それらの細胞株は分析から除外した。分析に使用した細胞型の完全なリスト、及びカテゴリー別分析で各細胞型を割り当てたカテゴリーは、表３ｃに示される。このデータセットを使用した後続の分析には、合計１７６個の固有な細胞株が残った。
【０２４０】
ヒトデータセットと同様に、ｐＡＩＤ関連候補遺伝子転写産物の発現を、試験したそれぞれの免疫細胞型のデータセット内のアッセイした残りの転写産物のものと比較することによって、ＥＳ値を計算した。相対的な遺伝子発現のＥＳ値の分布を、試験した利用可能な細胞型のすべてからのＥＳ値の範囲にわたる密度プロットとして、プロットした。ＧＢＡＴによって特定された候補ｐＡＩＤ遺伝子の完全なセットを使用して得られた結果、又は拡張ＭＨＣ内の遺伝子を除外した場合に得られた結果を、比較した。これが、単純に、選択のバイアスによる結果ではなかったことを確認するために（ＧＷＡＳは、サンプリングが良好であるかジェノタイピングが密であるゲノムにわたる領域又は遺伝子に対してバイアスがかかっている可能性があるため）、結果を、ＣＤ、統合失調症、体格指数、及びＬＤＬコレステロールについてＧＷＡＳカタログ（上述）からキュレーションした遺伝子リストを用いて得られたものと比較した。
【０２４１】
ｐＡＩＤ関連候補遺伝子が、一部の免疫細胞型において、他のものよりも高いレベルで（トランスクリプトーム内の残りの遺伝子と比べて）発現するかどうかを決定するために、ＩｍｍＧｅｎによって提供されている表面マーカー発現及び組織単離の詳細に従って、免疫細胞型を定義した。一部のカテゴリーは、発生段階又は系統に基づいて、サブカテゴリー（例えば、Ｂ細胞及びＴ細胞）にさらに分割し、合計で１６個の重複しない細胞型カテゴリーにした。細胞型カテゴリーにわたって結果を比較するために、各細胞型のＥＳ値の順位の分布をプロットし、各細胞型が属するカテゴリーに応じて結果をビニングした（ここでも、拡張ＭＨＣ領域あり又はなしのいずれかで分析を行った）。
【０２４２】
特定の免疫細胞型にわたる多面的自己免疫疾患関連遺伝子の発現プロファイリング。
サブタイプモデル検索、これまでに公開されているＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐ微細マッピング研究、又はそれらの組合せにおいて、少なくとも３種類の自己免疫疾患で特定された遺伝子（例えば、ＪＩＡ及びＵＣと関連していると特定されたが、これまでにＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐ分析により円形脱毛症の候補遺伝子と特定されている）の発現をプロファイリングした。２１７個の多面的な候補遺伝子を特定し、そのうちの１９１個が、ＩｍｍＧｅｎデータセット内の固有の遺伝子転写物にマッピングできた。
【０２４３】
１７６個すべての免疫細胞型にわたってウォード最小分散法を使用して、１９１個の候補遺伝子転写産物からの遺伝子発現レベルのマトリクスを用いた凝集型階層クラスタリングを行った。系統樹に示されている遺伝子及び細胞型は、教師なしの階層クラスタリング分析の結果に基づくものであり、４つの主要な細胞群及び６つの主要な遺伝子群を表す。
【０２４４】
類似の免疫細胞発現プロファイルに基づいてクラスタリングされた遺伝子が、同じ疾患（複数可）と関連する可能性があるかどうかを試験した。具体的には、ある遺伝子のセットがクラスターｉ（Ｃｉ）に分類される１つ以上の自己免疫疾患と関連すると考え、帰無下において観察される予測確率値が、超幾何分布によって得られるように、これらの遺伝子が疾患ｊ（Ｄｊ）とも関連する可能性の増大が存在する（すなわち、このクラスター内に見出されない遺伝子と比較して、そうなる可能性が偶然に予測されるよりも高い）かどうかを求めた。細胞数には小さいものもあり、ａがｂ、ｃ、又はｄよりも大きくなる事例を特定することのみが関心対象であったため、片側フィッシャー直接検定を使用した。まず、すべての特定されたクラスターにわたって１８種類の自己免疫疾患のそれぞれについて試験し、名目上の有意性及びボンフェローニの調整を行った後の有意性を、それぞれ、Ｐ＜０．０５及びＰ＜５．６×１０−４とした。少なくとも２つの疾患が名目上の有意性又はわずかな有意性に達したすべてのクラスターについて、Ｐ＜０．０５において、両方の疾患と関連する遺伝子の過剰な現れがあったかどうかについても試験した。
【０２４５】
ＰＰＩ及びネットワーク分析。
ＤＡＰＰＬＥ８６：２７個のＧＷＳ又は４６個のＧＷＭ候補領域のいずれかのセットにおいて、ＰＰＩを特定した。入力シードは、各候補領域内で最も有意に関連しているＳＮＰ（ｈｇ１９に基づく）の上流及び下流１００ｋＢの配列として定義した。他の入力パラメーターとしては、制御領域の長さ５０ｋＢ、共通の相互作用因子の結合度のカットオフが２、及び以下に指定される既知の遺伝子：ＩＬ２３Ｒ、ＰＴＰＮ２２、ＩＮＳ、ＮＯＤ２、ＤＡＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＺＮＦ３６５、ＰＴＧＥＲ４、ＮＫＸ２−３、ＡＮＫＲＤ５５、及びＩＬ１２Ｂが含まれた。エンリッチメントネットワーク統計量を正確に計算するために、並べ替えを１０，０００回行った。シードスコアＰｄａｐｐｌｅを使用して、ネットワークプロットにおけるタンパク質ノードを色分けした。
【０２４６】
ＳＴＲＩＮＧ１０５：ホモサピエンスのＰＰＩデータベースを使用して、次の３つのリストのうちの１つを照合した：（１）ＧＷＳ遺伝子座、（２）ＧＷＳ及びＧＷＭ遺伝子座、又は（３）ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路において重要なタンパク質にエンリッチであることが示されたＧＢＡＴによって特定された遺伝子のリスト。ＰＰＩエンリッチメントの根拠を、ヒトゲノムにおける残りの遺伝子に予測される結果と比較して、これらの照合に基づいて評価し、報告した。直接的に接続されたタンパク質候補のネットワークプロットを生成した（図６Ａ〜６Ｃは、「根拠」プロットのオプションを示す）。
【０２４７】
経路及び遺伝子セットのエンリッチメント解析。
Ｗｅｂｇｅｓｔａｌｔ１０７：経路及び遺伝子セットの分析については、ウェブに基づくツールであるＷｅｂｇｅｓｔａｌｔを使用して、共有されているＴＦ結合、ｍｉＲＮＡ標的結合部位、並びに特定のＧｅｎｅ  Ｏｎｔｏｌｏｇｙ及びＰａｔｈｗａｙ  Ｃｏｍｍｏｎｓのカテゴリーにおけるエンリッチメントの根拠を試験した。この分析の入力としては、ＧＢＡＴからのすべてのリード遺伝子（ＦＤＲ＜２％）が含まれた（一貫性のため、以下の他の経路アノテーションデータベースに関するものに類似）。
【０２４８】
ＤＡＶＩＤ１１０：有意な遺伝子の機能的アノテーション解析のためにバイオインフォマティクスのウェブツールＤＡＶＩＤ（ｖ６．７、ｈｔｔｐ：／／ｄａｖｉｄ．ａｂｃｃ．ｎｃｉｆｃｒｆ．ｇｏｖで入手可能）を使用した。遺伝子に基づく関連性分析であるＶＥＧＡＳにおいてＦＤＲが２％未満の有意な遺伝子を、ＤＡＶＩＤの入力として使用した。ＤＡＶＩＤにより、超幾何学的試験に基づく機能的アノテーションタームの過剰な現れの分析を行い、複数の試験について調整した。この分析の結果を、他の方法によって得られた結果と比較するために、ＢｉｏＣａｒｔａ、ＫＥＧＧ経路、及びＧＯ＿ＢＰ＿ＦＡＴを、遺伝子セットの定義ファイルとして使用した。
【０２４９】
ＩＰＡ１０９：ＩＰＡソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ．ｃｏｍ／）を、カノニカル経路及びネットワーク分析に使用した。ＶＥＧＡＳの出力が有意であったすべての遺伝子（ＦＤＲ＜２％）をＩＰＡ分析で入力した。ＩＰＡコア分析において、直接的及び間接的の両方の関係性を含む、Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ  Ｂａｓｅ（Ｇｅｎｅｓ  Ｏｎｌｙ）を基準セットとして選択した。ヒトにおける関係性及び実験で観察された関係性のみのフィルタリング設定を使用した。カノニカル経路に関する情報は、ＩＰＡ出力から得られた。
【０２５０】
ＧＳＥＡ１１５、１１６：すべての遺伝子を使用してＶＥＧＡＳによって得られた−ｌｏｇ（Ｐ値）に基づいて生成した事前に順位付けした遺伝子のリストを入力として使用して、ＧＳＥＡソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｇｓｅａ）を用いて遺伝子セットのエンリッチメント解析を行った。分析には以下の設定を選択した：並べ替えの回数５，０００回、エンリッチメント統計量は加重、遺伝子セットの最大数５００、遺伝子セットの最小数１５、及び正規化あり。
【０２５１】
疾患間の遺伝子共有分析。
任意の２種類の自己免疫疾患間において、遺伝的リスク感受性における重複の程度を試験するために、以下の統計学的尺度を開発及び／又は実装して、疾患間の遺伝子共有を定量化した。
１．ＬＰＳ試験。２種類のｐＡＩＤが偶然に生じることが予測されるであろうものよりも多くの共通の遺伝子座を共有しているかどうかを評価するために最適化されている。スコアは、遺伝子座の多くが疾患特異的である場合、疾患ペアに「ペナルティを付与する」。この試験は、疾患が共通した特定の候補遺伝子又は関連遺伝子座を共有するかどうかに関するデータが判明している場合にのみ有用である。
２．ＧＰＳ試験。任意の２つのｐＡＩＤにわたって観察された全ゲノムの関連性検定統計量のセット間の相関性を評価するために最適化されている。この試験は、選択される遺伝子セットから独立しており、したがって、入力データの有意性「閾値」を定義するために何らかの任意法を使用する必要がないため、有益である。
【０２５２】
ＬＰＳ分析。
任意の２つの疾患Ｄ１とＤ２との間の類似性を、Ｄ１とＤ２とが独立した遺伝的リスク関連性（すなわち、遺伝子座、ＳＮＰ、又は候補遺伝子）を共有する程度に基づいて定量化するために、以下のモデルを考察した。
【０２５３】
所定のＧＷＡＳ有意性閾値（例えば、ＧＷＳ又はＧＷＭ）に達したとして特定された、候補遺伝子、関連遺伝子座、又はＬＤ独立性ＳＮＰ  ｎｒのリストを、共有が予測又は仮定される疾患のセット（すなわち、この研究におけるすべての自己免疫疾患及びＩｍｍｕｎｏＢａｓｅによって分類されているＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐでの研究で報告されたもの８３）に関して、１つ又は複数のＳＮＰにわたり、ｎｒから開始した。
【０２５４】
任意の２つの疾患Ｄ１及びＤ２について、所与の候補遺伝子又はＳＮＰ  ｘｉを、次の４つの方式のうちの１つに固有に分類することができる：Ｄ１及びＤ２と関連している（ｎ１１）、Ｄ１のみと関連している（ｎ１２）若しくはＤ２のみと関連している（ｎ２１）、又はＤ１ともＤ２とも関連していない（ｎ２２）。上位の関連性の任意の所与のリスト（すなわち、ｎｒ）については、４つの可能性のある分類全体での分布を、以下のように表にすることができる。
2018523488.tif 000003
ここで、ｎ１１＋ｎ１２＋ｎ２１＋ｎ２２＝ｎｒとなり、Ｄ１（関連あり）又は（関連なし）は、それぞれ、ＳＮＰ  ｘｉが、そのマーカーと関連しているか関連していないかを意味する。
【０２５５】
このリストｎｒからのＳＮＰ  ｘｉが、Ｄ１又はＤ２のいずれかと関連している確率Ｐｘは、任意の２つのｐＡＩＤ  Ｄ１及びＤ２に関して、以下のように表すことができる。
2018523488.tif 000004
【０２５６】
したがって、ｘｉが実際に２つの異なる疾患サブタイプと関連しているはずである頻度は、ｎｒ（Ｐ１Ｐ２）により得られ、重複する関連性が観察される数は、ｎ１１によって表される。したがって、帰無仮説Ｈ０において、所与の疾患ペアＤ１及びＤ２に関して、Ｄ１及びＤ２の両方によって共有されている予測された関連の数と試験したすべてのものに観察された関連の数（ｎＴ）との間の差の分散は、正規分布に従うはずである。
2018523488.tif 000005
【０２５７】
片側Ｚ検定を使用して、Ｄ１及びＤ２が、偶然によるものよりも多くの関連性を共有することはないという帰無仮説の下で正規分布を想定して、重複の程度が予測されたものよりも有意に大きかったかを試験した。ボンフェローニの調整を使用して、４５個のペアでの疾患−組合せ試験に関して補正を行った。
【０２５８】
ＧＰＳ分析。
ＧＰＳ試験は、２つのｐＡＩＤが、遺伝的に関係しているかどうかを決定する。ｉ番目のＳＮＰについて、ＳＮＰが、実際に１つの疾患と関連している場合にはＸｉ＝１となり、そうでなければＸｉ＝０となる。同様に、Ｙｉは、ＳＮＰがそのペアの他方の疾患と関連しているかどうかの指標として定義される。したがって、（Ｘｉ，Ｙｉ）＝（１，１）を有するＳＮＰが偶然に生じることが予測されるであろうものよりも多い場合、これらの疾患が、遺伝的に関係していると考えることができる。これは、Ｘｉ及びＹｉの独立性を試験することを意味する。
【０２５９】
しかしながら、Ｘｉ及びＹｉを直接的に観察するのではなく、代わりに、２種類の疾患で２回のＧＷＡＳ研究から得られるＰ値Ｕｉ及びＶｉを観察する。Ｘｉ＝１である場合、Ｐ値Ｕｉは、小さくなる傾向にあり、そうでなければＵｉは均一に分布し、同じことが、Ｙｉ及びＶｉにも当てはまる。Ｕｉ及びＶｉが独立している場合、Ｘｉ及びＹｉも同様に独立しているはずである。したがって、Ｐ値が依存しているかどうかを試験することによって、遺伝的関係性を試験することができる。
【０２６０】
ほとんどの既存の方法は、Ｕｉ及びＶｉを使用して遺伝子共有を試験するために、全ゲノムデータセットの有用性を利用しない可能性がある。この制限に対処するために、遺伝子関係性を検出するための新規な閾値なしの方法を開発した。検定統計量は、
2018523488.tif 000006
によって定義され、式中、ｎは、ＳＮＰの合計数であり、Ｆｕｖ（ｕ，ｖ）は、経験的な二変量分布関数（Ｕｉ，Ｖｉ）であり、Ｆｕ（ｕ）及びＦｖ（ｖ）は、それぞれ、経験的な一変量分布関数Ｕｉ及びＶｉである。直感的に、Ｄの分子は、Ｕｉ及びＶｉが、実際に独立していれば、それらの二変量分布は、一変量分布の積に等しくなるという事実より証明される。Ｄの分母は、試験が、非常に弱い相関性であってもそれを検出することができるようにする。遺伝子共有が存在しないという帰無仮説の下において、Ｄが、標準的なランダム指数変数の逆平方根に近似して分布することを示すことができる。これにより、Ｐ値を計算するための分析式が得られる。有意性の閾値は必要ないことに留意されたい。
【０２６１】
Ｄの漸近帰無分布は、ゲノムにわたって試験した遺伝子マーカーが、統計学的に独立しているという仮定の下で導出される。したがって、試験を適用する前に、疾患の各ペアに関してＳＮＰを減らした。各疾患ペアに対して逆χ２メタ解析を行い、得られたＰ値を、上流及び下流５００ｋＢの領域内でｒ２＜０．５の閾値を使用して、減らした。これにより、分析した各疾患ペアで約８００，０００個のＳＮＰが残った。よりストリンジェントなｒ２閾値（例えば、ｒ２＜０．３又は０．２）を使用することで、同等の結果が得られた。
【０２６２】
遺伝子座特異的共有試験により得られた結果の無向加重環状ネットワーク可視化
グラフの図において、自己免疫疾患（ノード）間のペアでの関係性は、エッジによって表され、これらの重みは、ＬＰＳ検定統計量の規模によって決定される（Ｒ統計ソフトウェアパッケージ、ｑグラフ）。特に、エッジの幅及び密度は、検定統計量を標準的に変換したものであり、色は、検定統計量の方向が正の方向（青色、予測したよりも共有が多いことを意味する）か負の方向（赤色、予測したよりも共有が少ないことを意味する）かを示す。グラフは、４５個のペア毎の相互作用から構築されているが、簡素性及び可視化の改善のために、ボンフェローニの調整後又は名目上の（図７）有意性閾値（Ｐ＜０．０５）に達したペア毎の相互作用を表すエッジのみを示した。ノードは、フルシャーマン・レインゴールドのアルゴリズムに基づき、力の方向を示すレイアウトに基づいて配置されている。
【０２６３】
これまでに公開されている自己免疫疾患コホートデータセットを使用した新規なｐＡＩＤ関連遺伝子座のコンピュータによる再現。
再現セットＩ：以下のデータセットを、第１の再現セットで使用した：ＣＡＳＰ１１７、ＣＩＤＲセリアック病１１８、ＮＩＤＤＫクローン病１１９、Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｔｒｕｓｔ  Ｃａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＷＴ）クローン病及び１型糖尿病１２０、ＷＴ潰瘍性大腸炎１２１、並びにＷＴ強直性脊椎炎１２２。これらのデータセットは、ｄｂＧａＰ又はＷｅｌｌｃｏｍｅ  Ｔｒｕｓｔ  Ｃａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍを通じて入手した。検出力を最大化するために、７つの利用可能なデータセットのすべてにおいて、１２個の有意なＳＮＰのそれぞれの再現を探求した。すべての結果は、表２ｅに要約する。
【０２６４】
各データセットを、次のように厳しいＱＣフィルタリングに供した：遺伝子データに基づいて関係性があるとみられる個体、１０％を上回る欠落データがある個体、報告された性別がＸ染色体に対して観察されたヘテロ接合体率と一致しない個体、並びに祖先がヨーロッパ系でない個体を除外した。
【０２６５】
さらに、１０％を上回る欠落がある変異体、ＨＷＥに存在しない変異体、表現型と有意に相関する欠落がある変異体、及びＭＡＦが０．００５未満の変異体を除外した。元々のデータセットで観察されていなかった、再現しようとしている変異体に、ＩＭＰＵＴＥ２（参考文献１２３）及び１ＫＧＰ−ＲＰハプロタイプデータ１２４を使用して、インピュテーションを行った。これらの研究のほとんどによってこれまでに考察されていたＸ染色体にわたるマーカーを、ＸＷＡＳツールセット１２５、１２６を使用して再度分析した。
【０２６６】
再現−関連性分析を、ＰＬＩＮＫで実装されるロジスティック回帰によって行った１２７。ＥＩＧＥＮＳＯＦＴ１２８を使用して計算した上位１０個の主成分を、ＣＡＳＰを除くすべてのデータセットの共変量として追加した。ここで、集団層別化は観察されなかった。
【０２６７】
再現セットＩＩ：第２の再現セットは、以下のデータセットからなっていた：関節リウマチメタ解析１２９、ＩＢＤＧ潰瘍性大腸炎メタ解析１３０、ＩＢＤＧクローン病メタ解析１３１、全身性紅斑性狼瘡ＧＷＡＳ１３２、及びＳＬＥＧＥＮ１３３。これらのデータセットからの個体は、祖先がヨーロッパ系のものであった。元々の研究からの要約統計量は、公的に入手可能であり、これを、再現分析に使用した。ＱＣ手順及び関連性分析に関する詳細は、元々の研究から得ることができる１２９、１３０、１３１、１３２、１３３。
【０２６８】
再現セットＩ及びＩＩのＬＤに基づく再現：ＬＤにあったＳＮＰにおける再現をさらに評価し、有意なＳＮＰは発見セットにあった。各関連ＳＮＰについて、元々のＳＮＰから５００ｋｂ以内のＬＤのＳＮＰのリスト（ｒ２＞０．５）は、１ＫＧＰ−ＲＰを使用してＳＮＡＰ８７から得た。
【０２６９】
本文及び方法において記載され、参照される表のリスト
補足の表１：１０個の研究コホート及び小児自己免疫疾患と関連付けられた２７個のＧＷＳ遺伝子座。
（ａ）１０個のｐＡＩＤコホート及び共通のコントロール。女性対象と男性対象との比（Ｆ：Ｍ）、並びに各コホートの、主要組織適合領域（ＭＨＣ）領域内のマーカーあり及びなし（ｅｘＭＨＣ）のいずれかで計算した逆カイ二乗メタ解析から得られたゲノムインフレーション因子（λＧＣ）。λＧＣは、１０００人の症例及び１０００人のコントロールの予測研究コホートに合わせて調整（λ１０００）。
（ｂ）２７個のＧＷＳ候補遺伝子と関連する自己免疫疾患。新規な遺伝子座は、アスタリスクで示す。赤色の長方形は、独立したデータセットにおけるコンピュータでの再現の事例を示す。
（ｃ）５個の推定上の新規なＧＷＳ遺伝子座のコンピュータによる再現。略語：ＣＨＲ：染色体、ＳＮＰ：ｒｓＩＤ  ｄｂＳＮＰ  １３８、位置：ｈｇ１９における位置、遺伝子：候補遺伝子の名称（ＨＧＮＣ）、領域：細胞遺伝学的バンド、Ｐ＿ＭＥＴＡ：疾患特異的ＧＷＡＳロジスティック回帰Ｐ値、Ｐ＿ＲＥＰ：指定のデータセットにおける疾患特異的再現Ｐ値、ＡＩ−Ｄ：再現コホートの自己免疫疾患
（ｄ）２７個のＧＷＳ遺伝子座のセットのそれぞれのカテゴリーにわたる重要な属性を表にする要約統計量（詳細は本文を参照されたい）。略語：Ｎｕｍ：数、ｐｒｅｖ：以前
（ｅ）ランダムに選択した５個のインピュテーションＳＮＰのサンガー検証の結果
（ｆ）Ｉｍｍｕｎｏｃｈｉｐでジェノタイピングした選択された試料のインピュテーションコンコーダンス
補足の表1a:10個のpAIDコホート及びこの研究で特定された27個の全ゲノムで有意な遺伝子座
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補足の表1b:10個のpAIDコホート及びこの研究で特定された27個の全ゲノムで有意な遺伝子座
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補足の表1c:10個のpAIDコホート及びこの研究で特定された27個の全ゲノムで有意な遺伝子座
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補足の表1d:10個のpAIDコホート及びこの研究で特定された27個の全ゲノムで有意な遺伝子座
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補足の表1e:ランダムな試料にわたってサンガー配列決定によって評価したインピュテーションしたSNPのインピュテーションコンコーダンス
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補足の表1f:immunochipプラットフォームでも直接的にジェノタイピングした試料のインピュテーションコンコーダンス;CVID(269人の対象)
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**全重複SNPは、マイナー対立遺伝子頻度が0.01を上回り、個別の欠落が0.05未満であり、ジェノタイピング率が0.95を上回り、ハーディ・ワインベルグが1e-06を上回るSNPを保つように、プラットフォーム及び試料の両方に関してQCフィルタリングした後のものであることに留意されたい。
***インピュテーションのカラムは、分析から、両方のプラットフォームにおいて直接ジェノタイピングしたSNPは除外するが、これは、ichipジェノタイプでインピュテーションコンコーダンスを厳密に評価するためである。
【０２７０】
表２ａ：ＧＷＭ有意性（ＰＭＥＴＡ＜１×１０−６）に達した４６個のｐＡＩＤ関連遺伝子座。表内の略語：ＣＨＲ：染色体、ＳＮＰ：ｄｂＳＮＰ  ｒｓＩＤ、位置（Ｍｂ）：ｈｇ１９における位置、領域：細胞遺伝学的バンド、Ａ１：代替的な対立遺伝子、ＭＡＦ：マイナー対立遺伝子頻度（すべて、症例、又はコントロール；症例は、ｐＡＩＤのカラムに示されている疾患からの対象を指す）、遺伝子：候補遺伝子の名称（ＨＮＧＣ）、ＰＭＥＴＡ：リードＳＮＰ（複数可）のメタ解析Ｐ値、既知のＰ＊：ＧＷＡＳカタログ又は公開されているＩｍｍｕｎｏｃｈｉｐ研究におけるアノテーションに基づくすべての公開されている自己免疫疾患のＧＷＡＳによるこれまでに報告されている最も低いＰ値、「新規」は、今回の研究で始めてＧＷＳに達した新しい遺伝子座（太字）を表す。ｐＡＩＤ：モデル検索に基づいて遺伝子座と関連していることが特定されたｐＡＩＤの組合せ。（＃）は、ＳＮＰが、ＧＷＳで所与の疾患と関連しているとこれまでに報告されているかどうかを示す。
表2a:GWM有意性(P_META<1×10-6)に達した46個のpAID関連遺伝子座
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表2b: GWASカタログ及びImmunochipデータセットにおいてこれまでに報告されている上位46個の遺伝子座との関連性。
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【０２７１】
表２ｃ：ｐＡＩＤにわたる効果方向の異質性の根拠を伴うリード遺伝子座の詳細な情報。略語：ＳＮＰ：ｒｓＩＤ  ｄｂＳＮＰ  １３８、遺伝子：候補遺伝子の名称（ＨＧＮＣ）、領域：細胞遺伝学的バンド、Ａ１：ロジスティック回帰において使用した代替的な対立遺伝子、ｐＡＩＤｓ＿モデル：モデル検索に基づいてこのＳＮＰと関連しているｐＡＩＤ（複数可）、ＢＥＴＡ（ＳＥ）＿モデル：モデル検索において特定された疾患からの症例を組み合わせたロジスティック回帰に基づくＳＮＰの効果量及び標準誤差、ｐＡＩＤ：サブタイプ検索によって特定された疾患群のものとは逆の効果方向を示す疾患、ＢＥＴＡ（ＳＥ）：逆の効果方向を有することが見出された疾患に対するＳＮＰの効果量及び標準誤差、Ｐ値：疾患特異的ＧＷＡＳのＰ値。
表2c
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表2d: 27個のGWS及び46個のGWMリード遺伝子座のセットに関して表にした重要な要約の属性
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表2e: PMETA<1×10-6に達した12個の推定上新規なpAID関連遺伝子座のコンピュータによる再現の結果。
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【０２７２】
表３ａ：遺伝子に基づく関連性試験（ＧＢＡＴ）によって特定された有意に関連している遺伝子。略語：ＣＨＲ：染色体、ｎＳＮＰ：この遺伝子にマッピングするＳＮＰの数、開始／終了：ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９における遺伝子の開始又は終了位置、遺伝子：候補遺伝子の名称（ＨＧＮＣ）、ＰＧＢＡＴ：シミュレーションに基づく遺伝子関連性試験のＰ値、ＰＢｅｓｔ  ＳＮＰ：この遺伝子にマッピングするＳＮＰの最も有意なメタ解析Ｐ値、データセット：Ｂｅｓｔ．ＳＮＰ：最も低いＰ値を有する領域内のリードＳＮＰ、検定：ＧＢＡＴの検定統計量、ｑ値：ＦＤＲ  ｑ値。
表3a
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表3b: pAIDと関連する遺伝子の発現は、免疫組織においてエンリッチである。pAID関連遺伝子セットに対するTGSEAウィルコクソン順位和検定の結果の平均ES値及びP値。
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表3c: 含まれた細胞系統及び発生段階毎のImmGen(マウス)細胞株。
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表4a: 全ゲノムでのペア毎の共有分析によって特定された有意なpAIDペア。
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表4b: 遺伝子座特異的なペア毎の共有分析によって特定された有意な自己免疫疾患ペア。
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**MHC全体での利用可能なデータが限られていたため、拡張MHC内の候補遺伝子は、この分析には含めなかったことに留意されたい。
表5: マイクロRNA標的(a)及び転写因子(b)のコンセンサス結合部位標的遺伝子セットのエンリッチメント解析。
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表6a: PPI及び生物学的経路(wikipathways及びpathways commons)遺伝子セットのエンリッチメント解析。
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表6b: pAID関連候補遺伝子がエンリッチであったWikipathwaysモジュール
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表6c: pAID  関連候補遺伝子がエンリッチであったPathways commonsモジュール
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表7a及び表7b: Dapple(a)及びString(b)におけるPPI分析から得られたネットワーク統計量。Dappleについては、連結性のネットワーク統計量の尺度に関して、予測数(予測されたもの)、観察数(観察されたもの)、及び並べ替えにより導出されたP値を提供する。Stringについては、(A)GWS遺伝子座、(B)GWS及びGWM遺伝子座、並びに(C)JAK-STAT経路内のものと重複するpAID候補遺伝子によってコードされる、候補タンパク質の観察(観察された)相互作用及び予測(予測された)相互作用、並びにエンリッチメントP値(ゲノムバックグラウンドに対する)を示す。
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表7c: DAVID、IPA、及びGSEAで共有されているpAID遺伝子がエンリッチな有意な経路及び生物学的プロセス。GBATによって特定された候補pAID関連遺伝子の有意なエンリッチメントを示す生物学的経路。点数は、それぞれ個別の経路データベース分析法のP値に対応し、順位でプロットされており、縦軸の値が3つの経路データベースのフィッシャーメタ解析スコアに対応する灰色の境界線で囲まれている。
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表8: 表現型略語のリスト。
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表9a: この研究に適格なCHOPのバイオレポジトリーでジェノタイピングした対象
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表9b: CHOP EMRに基づいて最初に対象をフィルタリングするために使用したICD9の診断及び検索ターム
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注意:ICD9コードを、患者診断によるEPIC-SQL症例特定に使用した[%=ワイルドカード(0以上の文字)、_=ワイルドカード(1文字)]
【０２７３】
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【０２７４】
実施例ＩＩ
ＡＩＤの治療に有効な治療薬を特定するためのスクリーニングアッセイ
本明細書において上述の情報は、１つ又は複数の自己免疫疾患（ｐＡＩＤを含む）の発症しやすさの増大に関する患者の診断、及び治療的介入に、臨床的に応用することができる。本発明の実施態様は、本明細書に記載された情報を患者に対して臨床的に応用することを含む。マイクロアレイを含む診断用組成物、及び方法は、ＡＩＤを発症する可能性を評価するために、患者に由来する核酸において本明細書に記載されるＳＮＰを特定するように設計することができる。これは、患者がクリニックに到着した後に生じ得る。患者を採血し、本明細書に記載される診断方法を使用して、臨床医は、実施例Ｉに記載されるように単一ヌクレオチド多型などの遺伝子改変を検出することができる。患者試料から得られた情報は、任意選択的に、評価の前に増幅させてもよく、これを、ＡＩＤの発症しやすさが増大若しくは減少した患者を診断するために使用してもよく、又はこれまでにＡＩＤと診断されている患者における治療を導くために使用してもよい。本発明の診断方法を行うためのキットもまた、本明細書に提供される。このようなキットは、本明細書に提供されるＳＮＶ／ＳＮＰのうちの少なくとも１つを含むマイクロアレイ、並びに上述のように患者試料を評価するのに必要な試薬を含み得る。
【０２７５】
ＡＩＤに関与する遺伝子の同一性及び患者の結果は、どの変異体が存在しているかを示し、また、これらを使用して、ＡＩＤを発症するリスクを有するもの又はそのリスクが改変されているものを特定することができる。本明細書に提供される情報により、疾患が進行している中、これまで可能であったものよりも早期な治療的介入が可能となり得る。さらに、本明細書において上述のように、補足の表１ｂに列挙され、本明細書の表に示されている遺伝子は、全ゲノム有意性（ＧＷＳ）のレベルで、１つ又は複数のｐＡＩＤと関連することが示されたが、一方で、追加のセット（表２ｂ）は、全ゲノムでわずかな有意性（ＧＷＭ）のレベルで１つ又は複数のｐＡＩＤと関連することが示され、これらの遺伝子は、したがって、自己免疫障害の治療に有効な新しい治療剤の開発の新規な標的をもたらし得る。
【０２７６】
実施例ＩＩＩ
ＡＩＤと関連する症状を緩和するための試験及び治療方法
ＡＩＤ（ｐＡＩＤを含む）を有する個体を治療するため、例えば、疾患の兆候又は症状を緩和するために、本明細書の表に開示される遺伝子を標的とする好適な薬剤を、患者に治療的利点を提供するために組み合わせて投与することができる。このような薬剤は、有効量で投与すべきである。
【０２７７】
まず、生物学的試料又はジェノタイピング情報が、患者から得られるであろう。試料中に存在する核酸から収集した遺伝情報が、次いで、１つ又は複数のＡＩＤの発症と関連する核酸を含む、ＡＩＤ  ＳＮＶ／ＳＮＰの存在又は不在に関して評価されるであろう。ＡＩＤの存在を示すこれらのＳＮＶの存在は、罹患遺伝子の同時特定と合わせて、どの治療剤が適しているかに関する指針を臨床医に提供する。全治療用量（１回、又は２つ以上の標的を調節する場合には複数回用量）は、単回用量として対象に投与してもよく、又は複数／別個の用量をより長い期間にわたって、例えば、１日投薬量の投与を可能にするように１日の期間にわたって、若しくは所望される期間にわたって用量を投与するようにより長期間にわたって、投与する、分割治療プロトコルを使用して投与してもよい。当業者であれば、対象において有効な用量を得るために必要なＡＩＤ剤の量が、対象の年齢、体重、及び一般的な健康状態、並びに投与経路及び施される処置の回数を含む、多数の要因に依存することを理解するであろう。これらの要因を考慮して、当業者であれば、ＡＩＤを有する個体を治療するのに有効な用量を得ることができるように、具体的な用量を調整するであろう。
【０２７８】
ＡＩＤ治療剤（複数可）の有効用量は、投与様式、及び治療を受ける個体の体重に依存するであろう。本明細書に記載されている投薬量は、一般に、平均的な成人用のものであるが、小児の処置用に調整することができる。用量は、一般に、約０．００１ｍｇ〜約１０００ｍｇの範囲となろう。
【０２７９】
ＡＩＤを罹患している個体、特に、その疾患のより重度の形態を罹患している個体において、ＡＩＤ治療剤の投与は、例えば、そのような疾患を治療するための従来的な薬剤と組み合わせて投与した場合に、特に有用であり得る。当業者であれば、ＡＩＤ治療剤（複数可）を、単独又は組み合わせて投与し、肺、腸、甲状腺、炎症性機能判定、放射線学、免疫学的アッセイなどの常套的な方法、又は示される場合には組織病理学的方法を使用して、そのような治療の有効性を監視するであろう。ＡＩＤの治療のための他の従来的な薬剤としては、ステロイド、又は疾患に伴う症状を緩和する他の薬剤の投与が挙げられる。
【０２８０】
薬学的調製物の投与は、好ましくは、「有効量」で行われ、これは、個体に利益を示すのに十分なものである。この量は、患者における少なくとも１つのＡＩＤの症状を予防、緩和、減少、又はそれ以外ではその重症度を低減する。
【０２８１】
本発明の好ましい実施態様において、本実施例において開示される医薬品をコンビナトリアル手法で使用する、ＡＩＤの相乗的な治療のための方法が、提供される。有利なことに、本発明の相乗的方法によって、哺乳動物宿主におけるＡＩＤの発症が低減されるか、又はＡＩＤの症状が低減される。加えて、２つ以上のＡＩＤ障害の同時治療に好適な治療レジメンも提供される。表において示されるように、ある特定の遺伝子は、１つを上回るｐＡＩＤにおいて、自己免疫表現型を調節するとみられる。さらに、ある特定の患者は、診療所において１つを上回るＡＩＤを呈することも知られている。本明細書に提供される情報は、臨床医をＡＩＤの管理のための新しい治療様式で誘導する。
【０２８２】
ＦＤＡに認可されている医薬品の安全かつ有効な投与のための方法は、当業者には公知である。加えて、それらの投与は、標準的な文献に記載されている。例えば、多数の抗炎症剤の投与は、“Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ”（ＰＤＲ）、例えば、１９９６年版（Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｅｃｏｎｏｍｉｃｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｍｏｎｔｖａｌｅ、ＮＪ  ０７６４５−１７４２、ＵＳＡ）に記載されており、その開示は、本明細書に参照により援用される。
【０２８３】
本発明はまた、ＡＩＤの治療に有用な薬学的組成物も包含し、これは、薬学的に許容される担体又は希釈剤あり又はなしで、治療的有効量の本発明の組合せ薬を投与することを含む。本発明の相乗的薬学的組成物は、以下の表に列挙されている薬剤のうちの２つ以上と、薬学的に許容される担体とを含む。本発明の組成物は、さらに、１つ又は複数の薬学的に許容される追加の成分、例えば、ミョウバン、安定剤、抗微生物剤、バッファー、着色剤、香味剤、アジュバントなどを含んでもよい。本発明の抗ＡＩＤ組成物は、経口で投与されてもよく、又は静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、直腸、及び局所の投与経路を含め、非経口で投与されてもよい。
【０２８４】
特定の状況にとって適切な投薬量の決定は、当業者の技能の範囲内である。一般に、治療は、化合物の最適用量よりも低い、より少量の投薬量で開始される。その後、投薬量を、その状況下において最適な効果が達成されるまで、少量ずつ増加させる。便宜上、一日の総投薬量を、所望される場合、その日の間で少量ずつ分割して投与してもよい。間欠的療法（例えば、３週間のうち１週間、又は４週間のうち３週間）もまた、使用され得る。
【０２８５】
ある特定のＡＩＤは、上記に列挙されている複数の化合物で効果的に治療することができる。そのような３重及び４重の組合せにより、さらなる有効性をもたらすことができる。そのような３重及び４重の組合せで使用する場合、投薬量は、公知のプロトコールに従って決定され得る。
【０２８６】
本発明の組合せはまた、治療されている状態に対する具体的な有用性により選択された他の治療剤と共投与されてもよい。本発明の組合せは、代替として、複数の組合せ製剤が不適切な場合には、既知の薬学的に許容される薬剤（複数可）と逐次的に使用することもできる。
【０２８７】
また、一般に、上記に列挙されている化合物は、同じ薬学的組成物で投与する必要はなく、物理的特性及び化学的特性が異なるため、異なる経路で投与しなければならない場合がある。例えば、第１の化合物は、良好な血中レベルをもたらし、維持するために、経口で投与され得るが、一方で、第２の化合物は、静脈内投与してもよい。可能である場合に、同じ薬学的組成物での投与様式及び投与の妥当性の決定は、十分に、熟練した臨床医の知識の範囲内である。初回の投与は、当技術分野で公知の確立されたプロトコールに従って行われ得、次いで、観察された作用に基づいて、投薬量、投与様式、及び投与時間が、熟練した臨床医によって修正され得る。
【０２８８】
実施例Ｉにおいて上述のように、全ゲノム相関解析（ＧＷＡＳ）により、自己免疫疾患と関連する感受性遺伝子が数百個特定されており、一部は、臨床的に異なる疾患群にわたって共有されている。小児自己免疫疾患（ｐＡＩＤ）の遺伝子構造を調査するために、５，２００人の症例及び１１，０００人のコントロールを含むネスト型症例−コントロール研究において、１０種類のｐＡＩＤにわたる異質感受性ＧＷＡＳ（ｈｓＧＷＡＳ）を行った（表１０）。確立された免疫制御性を有する遺伝子（例えば、ＣＤ４０ＬＧ；Ｐ＜３．０８×１０−１１及びＮＦＡＴＣ３；Ｐ＜１．１８×１０−８）を含む、８６個の独立したｐＡＩＤ関連遺伝子座（Ｐ＜５×１０−８）を特定した（本明細書における以下の表を参照されたい）。それらのうち、９７％が、機能的（ｎ＝３０）、制御性（ｎ＝５５）、保存的（ｎ＝３０）、又は文献に報告されている（ｎ＝４０）データによって裏付けられ、特定の免疫細胞系統で疾患特異的な遺伝子発現パターンを示した。複数のコンピュータでの解析手法を統合することにより、高度に共有されている自己免疫シグナル（例えば、ＩＬ２−ＩＬ２１  Ｐ＜６．２４×１０−１２）、並びにｐＡＩＤの生物学的様態に関与する有望な薬理学的標的の中でもとりわけ、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ、自然、及びＴＨ１−ＴＨ２／ＴＨ１７媒介型Ｔ細胞シグナル伝達の集中的な役割が特定された。利用可能な薬物が判明している標的を、表１１及び１２に示す。以下の表１１及び１２に示されているように、これらの薬物を組み合わせて、ｐＡＩＤを相乗的に治療するか、又は複数のｐＡＩＤ（２〜５種類の別個のｐＡＩＤ）の症状若しくは進行を同時に低減することができる。表１１の一番端のカラムの番号は、表１０に列挙されているｐＡＩＤのサブタイプに対応している。
表10: 10個の小児自己免疫疾患コホートのコホート特性
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ａ）ｐＡＩＤの略称は、表１Ｂ、１Ｃ、及び２Ａに対応しており、相互参照される
ｂ）症例数は、すべてのＱＣ及びフィルタリングを行った後のそれぞれのｐＡＩＤコホートからのものである
ｃ）コントロールは、ＥＭＲの記録に基づいて、すべての免疫媒介型（自己免疫、免疫不全、及び炎症性）疾患にわたってＩＣＤ９コードでの診断を示さないことを確認した
ｄ）ゲノムインフレーション（λ）は、単一の疾患症例−（共通の）コントロール関連性分析の要約統計量に基づいて計算した
ｅ）１０回のそれぞれの古典的ＧＷＡＳ研究にわたる平均λ
ｆ）１０００症例−１００コントロールのコホートサイズに関して調整、ＭＨＣを除く。補足の方法を参照されたい
表11(一番端のカラムに列挙されている数字は、上記の表10に列挙されているpAIDに対応する。)
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表12: 特定の遺伝子と関連している開発中のある特定の分子
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【０２８９】
本発明の好ましい実施態様のうちのある特定のものが、上記に説明され、具体的に例示されているが、本発明がそのような実施態様に制限されることが意図されるものではない。以下の特許請求の範囲に記載される本発明の範囲及び趣旨から逸脱することなく、そこに様々な修正がなされてもよい。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【図１Ｇ−Ｈ】
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【図１Ｉ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ−１】
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【図２Ｃ−２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ−Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図４Ａ−Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図５Ａ−Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ−Ｅ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【国際調査報告】
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