(57)【要約】本明細書で、虚血性脳卒中を検出し、虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別するための方法、キットおよびデバイスが提供される。生体試料中の虚血性脳卒中バイオマーカーの発現パターンを評価することにより、時間に敏感な、ベッドサイドの方法での脳卒中の診断が可能になり得る。本発明は、例えば、ａ．対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；ｂ．無細胞核酸の前記レベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、前記参照試料は疑似脳卒中対象からのものであるステップ；およびｃ．前記試料または前記参照試料が無細胞核酸のより高いレベルを有するかを決定するステップを含む、方法を提供する。
2018523469.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ．対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；
ｂ．無細胞核酸の前記レベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、前記参照試料は疑似脳卒中対象からのものであるステップ；および
ｃ．前記試料または前記参照試料が無細胞核酸のより高いレベルを有するかを決定するステップ
を含む方法。
【請求項２】
虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含み、前記評価するステップが虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記評価するステップが少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ａ．対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；
ｂ．無細胞核酸の前記レベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、前記参照試料は非虚血性脳卒中対象からのものであるステップ；および
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象で虚血性脳卒中を評価するステップであって、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を非虚血性脳卒中から区別するステップ
を含む方法。
【請求項５】
ａ．後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するステップであって、前記無細胞核酸が虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中にあるステップ、
ｂ．無細胞核酸の前記レベルを参照試料中の前記後成的マーカーを有する無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、前記参照試料は健康対照対象または疑似脳卒中対象からのものであるステップ
を含む方法。
【請求項６】
ａ．虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；
ｂ．前記無細胞核酸のサブグループのレベルを測定するステップであって、前記無細胞核酸の前記サブグループが後成的マーカーを有するステップ；
ｃ．無細胞核酸の前記レベルと前記無細胞核酸のサブグループの前記レベルの間の比を決定するステップ；
ｄ．前記比を、参照試料中の無細胞核酸のレベルと前記参照試料中の前記無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比である参照比と比較するステップであって、前記参照試料中の前記無細胞核酸の前記サブグループが前記後成的マーカーを有し、前記参照試料が健康対照対象または疑似脳卒中対象からのものであるステップ
を含む方法。
【請求項７】
（ｃ）コンピュータシステムを使用して前記対象で虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含み、前記評価するステップが虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別する、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記評価するステップが少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記無細胞核酸のうちの少なくとも１つが後成的マーカーを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記後成的マーカーが１つまたは複数のタイプの細胞に特異的である、請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記後成的マーカーが神経血管単位からの細胞に特異的である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記後成的マーカーが、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、シトルリン化またはその任意の組合せを含む、請求項５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記感度が少なくとも８５％である、請求項３、４または８に記載の方法。
【請求項１４】
前記特異性が少なくとも８０％である、請求項３、４、８または１３に記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）の前記測定するステップが、前記試料中の前記無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを使用して実施される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
（ｂ）の前記測定するステップが、前記無細胞核酸の前記サブグループのうちの少なくとも１つの無細胞核酸に結合するプローブを検出する後成的マーカーを使用して実施される、請求項６に記載の方法。
【請求項１７】
（ａ）の前記測定するステップが、前記試料中の遺伝子またはその断片のレベルを決定することによって実施される、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記遺伝子が、テロメラーゼ逆転写酵素、ベータグロビン、分化抗原群２４０Ｄ、アルブミンファミリーのメンバー、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ構成要素Ｈ１、Ａｌｕ  Ｊエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼまたはアルコールデヒドロゲナーゼをコードする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記無細胞核酸が無細胞ＤＮＡまたは無細胞ＲＮＡを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＲＮＡまたはＤＮＡが神経血管単位中の細胞に特異的である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記無細胞核酸のうちの少なくとも１つが好中球細胞外トラップに由来する、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記試料が血液またはその分画を含む、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
脳卒中重症度、前記対象の自然免疫系の活性化または脳卒中により誘導された損傷が、前記試料中の無細胞核酸の前記レベルと正に相関している、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記対象に処置を投与するステップをさらに含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記試料中の無細胞核酸の前記レベルが無細胞核酸の前記参照レベルより高いならば前記投与するステップが実施され、前記試料中の無細胞核酸の前記レベルが無細胞核酸の前記参照レベルと等しいかまたはそれより低いならば前記投与するステップが実施されない、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記対象で虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含み、虚血性脳卒中症状発症の前記時間が、前記試料中の無細胞核酸の前記レベルを虚血性脳卒中症状発症の前記時間と相関させることによって決定される、請求項２４〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記試料中の無細胞核酸の前記レベルが無細胞核酸の前記参照レベルと比較して少なくとも１倍より高いとき、前記対象で虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含む、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記試料中の無細胞核酸の前記レベルが無細胞核酸の前記参照レベルと比較して少なくとも３倍より高いとき、前記対象で前記虚血性脳卒中が検出される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記比が前記参照比と比較してより高いとき、虚血性脳卒中が前記対象で検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項３０】
前記対象で血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含む、上記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
血液細胞の前記プロファイルが、前記試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはそれらの組合せを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記対象をモニタリングするために異なる時点で（ａ）および（ｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項３３】
前記対象をモニタリングするために異なる時点で（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項３４】
前記試料が無細胞核酸のより高いレベルを有するかを決定するステップが、前記対象が虚血性脳卒中対象であることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットであって、
ａ．前記対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブであって、前記試料中の前記無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブ；および
ｂ．前記無細胞核酸のうちの少なくとも１つへの前記プローブの前記結合を検査するための検出試薬
を含むキット。
【請求項３６】
対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットであって、
ａ．前記対象からの試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブであって、前記後成的マーカーを有する前記無細胞核酸に結合するプローブ；および
ｂ．前記無細胞核酸との前記プローブの前記結合を検査するための検出試薬
を含むキット。
【請求項３７】
状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中の２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記プローブはバイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合するステップ；
ｂ．前記試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップであって、前記参照は、健康対照対象および疑似脳卒中対象におけるバイオマーカーの前記群の発現を含むステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性で健康対照からの虚血性脳卒中および疑似脳卒中からの虚血性脳卒中を区別するステップ
を含む方法。
【請求項３８】
状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中の２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記プローブはバイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合するステップ；
ｂ．前記試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップであって、前記参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの前記群の発現であるステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、評価することがバイオマーカーの前記群中の２つのバイオマーカーの発現に基づき少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性を有するステップ
を含む方法。
【請求項３９】
前記プローブが標識されている、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４０】
状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．標識プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記標識プローブはバイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が以下のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ：
ｉ．炭疽毒素受容体、
ｉｉ．セリン／トレオニン-プロテインキナーゼ、
ｉｉｉ．ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、および
ｉｖ．分化抗原群ファミリーメンバー；
ｂ．前記試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップであって、前記参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの前記群の発現であるステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップ
を含む方法。
【請求項４１】
バイオマーカーの前記群が炭疽毒素受容体を含み、前記炭疽毒素受容体が炭疽毒素受容体２である、請求項３７〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
バイオマーカーの前記群がセリン／トレオニン−プロテインキナーゼを含み、前記セリン／トレオニン−プロテインキナーゼがセリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３である、請求項３７〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
バイオマーカーの前記群がピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼを含み、前記ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼがピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４である、請求項３７〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
バイオマーカーの前記群が分化抗原群ファミリーメンバーを含み、前記分化抗原群ファミリーメンバーが分化抗原群１６３である、請求項３７〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
バイオマーカーの前記群中の少なくとも１つのバイオマーカーの発現が前記参照と比較して少なくとも１倍増加するとき、前記対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含む、請求項３７〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
バイオマーカーの前記群が、
ｉ．ミエリンおよびリンパ球タンパク質、
ｉｉ．Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、
ｉｉｉ．ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、
ｉｖ．リソソームシステインプロテイナーゼ、
ｖ．運動タンパク質、および
ｖｉ．色素上皮層由来因子の受容体
の１つまたは複数をさらに含む、請求項４０〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の前記阻害剤がＧＲＢ２関連アダプタータンパク質である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤の前記メンバーがＤＮＡ結合阻害剤３である、請求項４６〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記リソソームシステインプロテイナーゼがカテプシンであり、前記カテプシンはカテプシンＺである、請求項４６〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記運動タンパク質がキネシン様タンパク質であり、前記キネシン様タンパク質がキネシン様タンパク質１Ｂである、請求項４６〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
色素上皮層由来因子の前記受容体がプレキシンドメイン含有タンパク質であり、前記プレキシンドメイン含有タンパク質がプレキシンドメイン含有タンパク質２である、請求項４６〜５０に記載の方法。
【請求項５２】
炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が前記参照と比較して少なくとも１倍増加するとき、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が前記参照と比較して少なくとも１倍減少するとき、前記対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．標識プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記標識プローブはバイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップであって、前記参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの前記群の発現であるステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、それにより、前記参照における前記２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーの発現より多い量での前記試料における前記２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーの前記発現は虚血性脳卒中を示すステップ
を含む方法。
【請求項５４】
バイオマーカーの前記群が、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２の１つまたは複数をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３を含むバイオマーカーの第１のサブグループ、ならびに、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３の１つまたは複数を含むバイオマーカーの第２のサブグループを含み、前記参照と比較して、バイオマーカーの前記第１のサブグループの発現が少なくとも１倍増加し、バイオマーカーの前記第２のサブグループの発現が少なくとも１倍減少するとき、前記対象における虚血性脳卒中が検出される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
バイオマーカーの前記第１のサブグループがカテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２の１つまたは複数をさらに含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２を含むバイオマーカーの第１のサブグループ、ならびに、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３を含むバイオマーカーの第２のサブグループを含み、前記参照と比較して、バイオマーカーの前記第１のサブグループの発現が少なくとも１倍増加し、バイオマーカーの前記第２のサブグループの発現が少なくとも１倍減少するとき、前記対象における虚血性脳卒中が検出される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
前記対象における虚血性脳卒中が少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性で検出される、請求項４５、５２、５５〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３を含み、前記対象における虚血性脳卒中が少なくとも９８％の感度および少なくとも９８％の特異性で検出される、請求項５３〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
前記対象における虚血性脳卒中症状発症から２４時間以内に前記プローブを前記試料と接触させる、請求項３７〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記プローブがポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたはその一部を含む、請求項３７〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記プローブが、
ａ．バイオマーカーの前記群のｍＲＮＡとハイブリダイズするか；
ｂ．バイオマーカーの前記群のｍＲＮＡに由来するＤＮＡとハイブリダイズするか；または
ｃ．バイオマーカーの前記群のタンパク質に結合する、
請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記非虚血性脳卒中対象が一過性虚血発作、非虚血性脳卒中、出血性脳卒中または疑似脳卒中を有する、請求項４、３８、４０または５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
バイオマーカーの前記群の前記発現が、将来の虚血性脳卒中の予測的指標であるか、またはバイオマーカーの前記群の前記発現が虚血性脳卒中重症度の指標である、請求項３７〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含み、虚血性脳卒中症状発症の前記時間が、前記試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現を虚血性脳卒中症状発症の前記時間と相関させることによって決定される、請求項３７〜６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
虚血性脳卒中が虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に検出される、請求項４５、５２、５５〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
虚血性脳卒中が検出されるならば前記対象における虚血性脳卒中を処置するための処置を投与するステップをさらに含む、請求項３７〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記処置が組織プラスミノーゲン活性化因子を含む、請求項２５または６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記試料が血液または血液の分画である、請求項３７〜６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
前記対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含む、請求項３７〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
血液細胞の前記プロファイルが、前記試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップが、前記対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップを含む、請求項３７〜７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記状態が虚血性脳卒中である、請求項３７〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記状態が疑似脳卒中である、請求項３７〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
バイオマーカーの前記群の１つまたは複数のバイオマーカーの発現が前記参照と比較して増加するとき、前記対象において虚血性脳卒中の可能性がある、請求項３７〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
バイオマーカーの前記群の１つまたは複数のバイオマーカーの発現が前記参照と比較して減少するとき、前記対象において虚血性脳卒中の可能性がある、請求項３７〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記対象をモニタリングするために異なる時点で（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項１〜４、３７、３８、４０または５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、評価することが少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性を有するステップ
を含む方法。
【請求項７９】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応およびその組合せからなる群から選択されるアッセイを使用して、試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップ
を含む方法。
【請求項８０】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、バイオマーカーの前記群中の少なくとも１つのバイオマーカーの発現が少なくとも１倍増加するならば、前記対象における虚血性脳卒中が検出されるステップ
を含む方法。
【請求項８１】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法であって、
ａ．イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応およびその組合せからなる群から選択されるアッセイを使用して、前記対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記アッセイが標識プローブのパネルを前記試料と接触させることによって実施され、前記標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップ；ならびに
ｃ．コンピュータシステムを使用して前記対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、バイオマーカーの前記群中の少なくとも１つのバイオマーカーの発現が少なくとも１倍増加するならば、前記対象における虚血性脳卒中が検出され、前記評価するステップが少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性を有するステップ
を含む方法。
【請求項８２】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象の処置への応答を予測する方法であって、
ａ．標識プローブのパネルを試料と接触させることによって前記対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．バイオマーカーの前記群の前記発現を参照と比較するステップ；
ｃ．前記対象に前記処置を投与するステップ；ならびに
ｄ．前記処置への前記対象の前記応答を予測するステップ
を含む方法。
【請求項８３】
薬物を評価する方法であって、
ａ．標識プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの前記試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、前記標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの前記群が、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むステップ；
ｂ．前記対象に前記薬物を投与するステップ；
ｃ．前記プローブを第２の試料と接触させるステップであって、前記第２の試料は前記対象に前記薬物が投与される後に前記対象から得られるステップ；
ｄ．第１の試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現および前記第２の試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現を比較するステップ；ならびに
ｅ．前記第１の試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現と前記第２の試料中のバイオマーカーの前記群の前記発現の間の差を分析することによって前記薬物を評価するステップ
を含む方法。
【請求項８４】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットであって、
ａ．２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するための、バイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；および
ｂ．前記プローブとバイオマーカーの前記群との結合を検査するための検出試薬
を含み、バイオマーカーの前記群中の２つのバイオマーカーの発現に基づき少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性で虚血性脳卒中を評価するキット。
【請求項８５】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットであって、
ａ．以下の２つまたはそれよりも多くを含むバイオマーカーの群の発現を測定するためのプローブであって、
ｉ．炭疽毒素受容体、
ｉｉ．セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、
ｉｉｉ．ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、および
ｉｖ．分化抗原群、
バイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；ならびに
ｂ．前記プローブとバイオマーカーの前記群との結合を検査するための検出試薬
を含むキット。
【請求項８６】
バイオマーカーの前記群が、
ｉ．ミエリンおよびリンパ球タンパク質、
ｉｉ．Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、
ｉｉｉ．ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、
ｉｖ．リソソームシステインプロテイナーゼ、
ｖ．運動タンパク質、および
ｖｉ．色素上皮層由来因子の受容体
をさらに含む、請求項８５に記載のキット。
【請求項８７】
虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットであって、
ａ．炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３の２つまたはそれよりも多くを含むバイオマーカーの群の発現を測定するためのプローブであって、バイオマーカーの前記群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；ならびに
ｂ．前記プローブとバイオマーカーの前記群との結合を検査するための検出試薬
を含むキット。
【請求項８８】
バイオマーカーの前記群が、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２をさらに含む、請求項８７に記載のキット。
【請求項８９】
対象における虚血性脳卒中を検出する方法であって、
ａ．前記対象からの第１の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルを測定するステップであって、バイオマーカーの前記第１の群が生体分子の第１のクラスを含み、生体分子の前記第１のクラスはポリヌクレオチド、ポリペプチド、炭水化物、アダプタマーまたは脂質のうちの少なくとも１つを含むステップ；
ｂ．前記対象からの第２の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルを測定するステップであって、バイオマーカーの前記第２の群は生体分子の第２のクラスを含み、生体分子の前記第２のクラスは生体分子の前記第１のクラスと異なり、生体分子の前記第２のクラスはポリヌクレオチド、ポリペプチド、炭水化物、アダプタマーまたは脂質のうちの少なくとも１つを含むステップ；
ｃ．虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第１の群の前記プロファイルおよび虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第２の群の前記プロファイルをコンピュータシステムにより分析するステップ；ならびに
ｄ．前記対象における虚血性脳卒中を検出するステップ
を含む方法。
【請求項９０】
生体分子の前記第１のクラスがポリヌクレオチドを含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
生体分子の前記第２のクラスがポリペプチドを含む、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
生体分子の前記第１のクラスが１つまたは複数のサイトカインをコードするポリヌクレオチドを含み、および／または生体分子の前記第２のクラスが前記１つまたは複数のサイトカインを含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９３】
分析するステップが虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第１の群の前記プロファイルを参照プロファイルと比較するステップを含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９４】
分析するステップが虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第２の群の前記プロファイルを参照プロファイルと比較するステップを含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９５】
検出するステップが、虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第１の群の前記プロファイルにおける、および／または虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第２の群の前記プロファイルにおける発現パターンを識別するステップを含む、請求項８９、９３または９４に記載の方法。
【請求項９６】
対象における虚血性脳卒中を検出する方法であって、
ａ．前記対象からの第１の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルを測定するステップ；
ｂ．前記対象から第２の試料中の血液細胞のプロファイルを測定するステップ；
ｃ．虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記プロファイルおよび血液細胞の前記プロファイルをコンピュータシステムにより分析するステップ；ならびに
ｄ．前記対象における虚血性脳卒中を検出するステップ
を含む方法。
【請求項９７】
虚血性脳卒中の前記バイオマーカーがポリヌクレオチドである、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
虚血性脳卒中の前記バイオマーカーがポリペプチドである、請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
前記分析するステップが虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記プロファイルを参照プロファイルと比較することを含む、請求項９６に記載の方法。
【請求項１００】
血液細胞の前記プロファイルを測定するステップが、前記第２の試料中のＣＫ−ＭＢ、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数または好中球パーセントのうちの少なくとも１つを測定することを含む、請求項９６に記載の方法。
【請求項１０１】
血液細胞の前記プロファイルを測定するステップが前記第２の試料中の白血球差を測定することを含む、請求項９６に記載の方法。
【請求項１０２】
前記分析するステップが前記白血球差を白血球差参照プロファイルと比較することを含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
検出するステップが、虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記プロファイルにおける、および／または血液細胞の前記プロファイルにおける発現パターンを識別することを含む、請求項９６、９９または１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記発現パターンが前記対象における虚血性脳卒中を示す、請求項９５または１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記発現パターンがバイオマーカー発現の比である、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
検出するステップが前記対象における疑似脳卒中の存在または不在を評価することを含む、請求項８９または９６に記載の方法。
【請求項１０７】
前記対象における前記虚血性脳卒中の転帰を予測するステップをさらに含む、請求項８９または９６に記載の方法。
【請求項１０８】
前記対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含み、虚血性脳卒中症状発症の前記時間が、バイオマーカーの前記プロファイルを虚血性脳卒中症状発症の前記時間と相関させることによって決定される、請求項８９または９６に記載の方法。
【請求項１０９】
前記虚血性脳卒中が前記虚血性脳卒中発症から４．５時間以内に検出される、請求項８９または９６に記載の方法。
【請求項１１０】
前記対象に組織プラスミノーゲン活性化因子を投与するステップをさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別する方法であって、
ａ．第１の虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ；
ｂ．第２の虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを測定するステップ；
ｃ．ポリヌクレオチドの前記プロファイルおよびポリペプチドの前記プロファイルを分析するステップ；ならびに
ｄ．虚血性脳卒中の前記１つまたは複数のバイオマーカーを識別するステップ
を含む方法。
【請求項１１２】
前記分析するステップが、ポリヌクレオチドの前記プロファイルをポリヌクレオチド参照プロファイルと比較し、それによって前記第１の虚血性脳卒中試料中のバイオマーカーの第１の群を識別することを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較したとき、前記第１の虚血性脳卒中試料においてポリヌクレオチドで少なくとも１．５倍の発現レベルの差が検出されるとき、前記ポリヌクレオチドがバイオマーカーの前記第１の群のうちの１つのバイオマーカーとして識別される、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記分析するステップが、ポリペプチドの前記プロファイルをポリペプチド参照プロファイルと比較し、それによって前記第２の虚血性脳卒中試料中のバイオマーカーの第２の群を識別することを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
前記ポリペプチド参照プロファイルと比較したとき、前記第２の虚血性脳卒中試料においてポリペプチドで少なくとも１．５倍の発現レベルの差が検出されるとき、前記ポリペプチドはバイオマーカーの前記第２の群のうちの１つのバイオマーカーとして識別される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記１つまたは複数のバイオマーカーを識別するステップがバイオマーカーの前記第１の群およびバイオマーカーの前記第２の群を分析することを含む、請求項１１２〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１７】
バイオマーカーの前記第１の群およびバイオマーカーの前記第２の群を分析するステップが、ポリヌクレオチドがバイオマーカーの前記第２の群のうちのポリペプチドをコードするとき、バイオマーカーの前記第１の群のうちの前記ポリヌクレオチドを虚血性脳卒中の前記１つまたは複数のバイオマーカーの１つとして識別することを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
バイオマーカーの前記第１の群およびバイオマーカーの前記第２の群を分析するステップが、ポリペプチドがバイオマーカーの前記第１の群のうちのポリヌクレオチドによってコードされるとき、バイオマーカーの前記第２の群のうちの前記ポリペプチドを虚血性脳卒中の前記１つまたは複数のバイオマーカーの１つとして識別することを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
前記ポリヌクレオチドが、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１９（ＣＣＬ１９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）、ガレクチン３、進行したグリケーション最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、上皮好中球活性化タンパク質７８（ＥＮＡ７８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、ケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２（ＣＳＰＧ２）、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１（ＩＱＧＡＰ１）、オロソムコイド１（ＯＲＭ１）、アルギナーゼ１（ＡＲＧ１）、リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）、マトリックスメタロプロテイナーゼ９（ＭＭＰ９）、炭酸脱水酵素４（ＣＡ４）、ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ１２（ｓ１００Ａ１２）、ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）、ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）、骨髄分化一次応答遺伝子８８（ＭＹＤ８８）、Ｊａｎｕｓキナーゼ２（ＪＡＫ２）、分化抗原群３（ＣＤ３）、分化抗原群４（ＣＤ４）、脾臓チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）、Ａキナーゼアンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）、ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合性タンパク質（ＣＥＢＰＢ）、インターロイキン１０（ＩＬ１０）、インターロイキン８（ＩＬ８）、インターロイキン２２受容体（ＩＬ２２Ｒ）またはその活性断片の１つまたは複数をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項９０、９７または１１１に記載の方法。
【請求項１２０】
前記ポリペプチドが、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλ、ＩＧＧ３、テニューリン１のアイソフォーム２、ＩＧＧ４、ディスインテグリンのアイソフォーム２またはその活性断片のうちの少なくとも１つを含む、請求項９１、９８、１１１に記載の方法。
【請求項１２１】
前記ポリペプチドが、図１０Ａ、１０Ｂまたは１０Ｃに開示される少なくとも１つのポリペプチドを含む、請求項９１、９８、１１１に記載の方法。
【請求項１２２】
前記ポリペプチドが１つまたは複数のサイトカインを含み、前記１つまたは複数のサイトカインは、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグレカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２またはその任意の活性断片を含む、請求項９１、９８または１１１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記参照プロファイルが非虚血性脳卒中対象から得られる、請求項９３、９４、９９、１０２、１１２、１１３または１１４に記載の方法。
【請求項１２４】
前記ポリヌクレオチドがＲＮＡまたはＤＮＡである、請求項９０、９７または１１１に記載の方法。
【請求項１２５】
前記第１の試料または前記第２の試料が血液または血液の分画を含む、請求項８９または９６に記載の方法。
【請求項１２６】
前記第１の虚血性脳卒中試料または前記第２の虚血性脳卒中試料が血液または血液の分画を含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１２７】
対象における虚血性脳卒中を検出するためのキットであって、
ａ．虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブであって、バイオマーカーの前記第１の群は生体分子の第１のクラスを含む、プローブの第１のパネル；および
ｂ．虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブであって、バイオマーカーの前記第２の群は生体分子の第２のクラスを含む、プローブの第２のパネル
を含むキット。
【請求項１２８】
プローブの前記第１のパネルが虚血性脳卒中のバイオマーカーの前記第１の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーにハイブリダイズすることが可能なオリゴヌクレオチドである、請求項１２７に記載のキット。
【請求項１２９】
生体分子の前記第１のクラスがポリヌクレオチドであり、前記ポリヌクレオチドが、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１９（ＣＣＬ１９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）、ガレクチン３、進行したグリケーション最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、上皮好中球活性化タンパク質７８（ＥＮＡ７８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、ケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２（ＣＳＰＧ２）、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１（ＩＱＧＡＰ１）、オロソムコイド１（ＯＲＭ１）、アルギナーゼ１（ＡＲＧ１）、リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）、マトリックスメタロプロテイナーゼ９（ＭＭＰ９）、炭酸脱水酵素４（ＣＡ４）、ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ１２（ｓ１００Ａ１２）、ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）、ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）、骨髄分化一次応答遺伝子８８（ＭＹＤ８８）、Ｊａｎｕｓキナーゼ２（ＪＡＫ２）、分化抗原群３（ＣＤ３）、分化抗原群４（ＣＤ４）、脾臓チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）、キナーゼアンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）、ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合性タンパク質（ＣＥＢＰＢ）、インターロイキン１０（ＩＬ１０）、インターロイキン８（ＩＬ８）、インターロイキン２２受容体（ＩＬ２２Ｒ）またはその活性断片の１つまたは複数をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項１２８に記載のキット。
【請求項１３０】
生体分子の前記第２のクラスがポリペプチドであり、前記ポリペプチドが、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλ、ＩＧＧ３、テニューリン１のアイソフォーム２、ＩＧＧ４、ディスインテグリンのアイソフォーム２またはその活性断片のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２８に記載のキット。
【請求項１３１】
前記ポリペプチドが、図１０Ａ、１０Ｂまたは１０Ｃに開示される少なくとも１つのポリペプチドを含む、請求項１３０に記載のキット。
【請求項１３２】
生体分子の前記第１のクラスが１つまたは複数のサイトカインをコードするポリヌクレオチドを含み、および／または生体分子の前記第２のクラスが前記１つまたは複数のサイトカインを含む、請求項１２７に記載のキット。
【請求項１３３】
前記１つまたは複数のサイトカインが、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグレカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２またはその任意の活性断片を含む、請求項１３２に記載のキット。
【請求項１３４】
対象における虚血性脳卒中を検出するためのデバイスであって、
ａ．実行可能命令を記憶するメモリ；および
ｂ．請求項１〜３４、３７〜８３または８９〜１２６のいずれか一項に記載の方法を実施するために前記実行可能命令を実行するプロセッサー
を含むデバイス。
【請求項１３５】
前記デバイスがフィラメントベースの診断デバイスである、請求項１３４に記載のデバイス。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１５年７月１０日に出願された米国仮特許出願第６２／１９１，０９６号、および２０１６年２月２６日に出願された米国仮特許出願第６２／３００，３４２号、および２０１６年６月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／３５２，６８０号の利益を主張しており、これら米国仮特許出願は、それらの全体が参考として本明細書中に援用される。
【０００２】
政府支援
本発明は、国立看護研究所（ＮＩＮＲ）認可番号ＨＨＳＮ２６３２０１１００８７２Ｐおよびロバート・ウッド・ジョンソン財団看護学部学者賞番号７０３１９の支援でなされた。
【背景技術】
【０００３】
背景
脳卒中は、脳組織への血流の中断としてしばしば規定される。具体的には、脳卒中は、脳に供給する血管の閉塞または破裂による血流の中断があるときにしばしば起こる。血栓溶解剤の投与は脳卒中の有効な処置であるが、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）などの血栓溶解剤は有限の期間内に投与されなければならない。したがって、脳卒中の早期および迅速な診断は、処置のために決定的である。多くの場合では、虚血性脳卒中の正確な診断のために、専門家の神経学的評価がしばしば必要とされる。先進の神経画像処理が利用可能である施設では、ＣＴまたはＭＲＩが診断および／または確定ツールとしてしばしば使用される。しかし、ほとんどのヘルスケア施設は、先進の画像化技術へのアクセスも脳卒中の確定診断のために必要な専門知識も有しない。理想的には、時間に敏感な方法で脳卒中を診断するためのさらなるツールを提供するのが望ましいであろう。末梢血中のバイオマーカーの発現パターンを評価することにより、時間に敏感な、ベッドサイドでの脳卒中の診断が可能になり得る。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
簡単な要旨
本明細書で、対象における虚血性脳卒中を評価するための方法、キットおよびデバイスが提供される。
【０００５】
一局面では、本明細書では多くの方法が開示されている。一態様では、本方法は、対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップを含むことができる。一態様では、本方法は、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップをさらに含むことができる。一態様では、参照試料は疑似脳卒中対象からのものであってよい。一態様では、本方法は、試料または参照試料が無細胞核酸のより高いレベルを有するかを決定するステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、評価するステップは、虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、試料が参照と比較して無細胞核酸のより高いレベルを有すると決定するステップは、対象が虚血性脳卒中対象であることを示すことができる。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、後成的（ｅｐｉｇｅｎｉｃ）マーカーを含むことができる。一態様では、後成的マーカーは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、神経血管単位からの細胞に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、シトルリン化またはその任意の組合せを含むことができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８５％の感度で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを使用して実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施することができる。一態様では、ポリメラーゼ連鎖反応は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の遺伝子またはその断片のレベルを決定することによって実施することができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素、ベータグロビン、分化抗原群２４０Ｄ、アルブミンファミリーのメンバー、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ構成要素Ｈ１、Ａｌｕ  Ｊエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼまたはアルコールデヒドロゲナーゼをコードすることができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料に外因性ポリヌクレオチドを加えることを含むことができる。一態様では、外因性ポリヌクレオチドは、緑色蛍光タンパク質をコードする遺伝子の断片を含むことができる。一態様では、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップは、無細胞核酸のサブグループのうちの少��くとも１つの無細胞核酸に結合するプローブを検出する後成的マーカーを使用して実施することができる。一態様では、プローブは、標識を含むことができる。一態様では、標識は、蛍光色素または放射性同位体を含むことができる。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一態様では、ポリヌクレオチドは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つとハイブリダイズすることができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＤＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＲＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むことができる。一態様では、ｍＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、無細胞ＲＮＡは、マイクロＲＮＡを含むことができる。一態様では、マイクロＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、ｍＲＮＡは、神経血管単位中の細胞に特異的であってよい。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、好中球細胞外トラップに由来することができる。一態様では、試料は、体液を含むことができる。一態様では、体液は、尿を含むことができる。一態様では、体液は、血液またはその分画を含むことができる。一態様では、体液は、血液の分画を含むことができる。一態様では、血液の分画は、血漿であってよい。一態様では、血漿は、血液を遠心分離することによって単離することができる。一態様では、血液の分画は、血清であってよい。一態様では、対象は、虚血性脳卒中症状を示し得る。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から１２時間以内に対象から得ることができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に対象から得ることができる。一態様では、評価するステップは、対象の脳卒中重症度を評価することを含むことができる。一態様では、評価するステップは、自然免疫系の活性化を評価することを含むことができる。一態様では、自然免疫系の活性化を評価するステップは、対象における好中球数を決定することを含むことができる。一態様では、好中球数は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて決定することができる。一態様では、評価するステップは、対象における脳卒中により誘導された損傷を評価することを含むことができる。一態様では、脳卒中により誘導された損傷は、心筋梗塞を含むことができる。一態様では、脳卒中により誘導された損傷は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて評価することができる。一態様では、脳卒中により誘導された損傷は、米国国立衛生研究所の脳卒中スケールによって示される通りであってよい。一態様では、本方法は、好中球細胞外トラップに由来する無細胞核酸のレベルを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、本明細書に記載される方法は、評価に基づいて対象を脳卒中処置設備にトリアージするステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、対象に処置（薬）を投与するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルより高いならば投与を実施することができ、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと等しいかまたはそれより低い��らば投与を実施しなくてもよい。一態様では、処置は薬物を含むことができる。一態様では、薬物は、組織プラスミノーゲン活性化因子であってよい。一態様では、処置は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に投与することができる。一態様では、処置は、対象における無細胞核酸のレベルを低減することができる。一態様では、対象は、哺乳動物であってよい。一態様では、哺乳動物はヒトであってよい。一態様では、無細胞核酸の参照レベルは、データベースまたはサーバーに保存することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含む。一態様では、虚血性脳卒中症状発症の時間は、試料中の無細胞核酸のレベルを虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも１倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも３倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、無細胞核酸の比が参照比と比較して高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、本方法は、対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含むことができる。一態様では、血液細胞のプロファイルは、試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含むことができる。一態様では、方法は、携帯型デバイスを使用して実施することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、異なる時点は、１週、２週、１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、８カ月または１年を含むことができる。一態様では、本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップは、対象への処置の投与の後に実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、処置への対象の応答を決定するものであってよい。一態様では、応答は、処置への好ましい反応であってよい。一態様では、応答は、処置への有害反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、対象が臨床試験に適格であるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。
【０００６】
ある局面では、本明細書では多くの方法が開示されている。一態様では、方法は、対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップを含むことができる。一態様では、本方法は、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップを含むことができる。一態様では、参照試料は、非虚血性脳卒中対象からのものであってよい。一態様では、本方法は、コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を非虚血性脳卒中から区別することができる。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、後成的マーカーを含むことができる。一態様では、後成的マーカーは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、神経血管単位からの細胞に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、シトルリン化またはその任意の組合せを含むことができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８５％の感度で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを使用して実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施することができる。一態様では、ポリメラーゼ連鎖反応は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の遺伝子またはその断片のレベルを決定することによって実施することができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素、ベータグロビン、分化抗原群２４０Ｄ、アルブミンファミリーのメンバー、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ構成要素Ｈ１、Ａｌｕ  Ｊエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼまたはアルコールデヒドロゲナーゼをコードすることができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料に外因性ポリヌクレオチドを加えることを含むことができる。一態様では、外因性ポリヌクレオチドは、緑色蛍光タンパク質をコードする遺伝子の断片を含むことができる。一態様では、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップは、無細胞核酸のサブグループのうちの少なくとも１つの無細胞核酸に結合するプローブを検出する後成的マーカーを使用して実施することができる。一態様では、プローブは、標識を含むことができる。一態様では、標識は、蛍光色素または放射性同位体を含むことができる。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一態様では、ポリヌクレオチドは、試料中の無細胞��酸のうちの少なくとも１つとハイブリダイズすることができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＤＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＲＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むことができる。一態様では、ｍＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、無細胞ＲＮＡは、マイクロＲＮＡを含むことができる。一態様では、マイクロＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、ｍＲＮＡは、神経血管単位中の細胞に特異的であってよい。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、好中球細胞外トラップに由来することができる。一態様では、試料は、体液を含むことができる。一態様では、体液は、尿を含むことができる。一態様では、体液は、血液またはその分画を含むことができる。一態様では、体液は、血液の分画を含むことができる。一態様では、血液の分画は、血漿であってよい。一態様では、血漿は、血液を遠心分離することによって単離することができる。一態様では、血液の分画は、血清であってよい。一態様では、対象は、虚血性脳卒中症状を示すことができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から１２時間以内に対象から得ることができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に対象から得ることができる。一態様では、評価するステップは、対象の脳卒中重症度を評価するステップを含むことができる。一態様では、評価するステップは、自然免疫系の活性化を評価するステップを含むことができる。一態様では、自然免疫系の活性化を評価するステップは、対象における好中球数を決定することを含むことができる。一態様では、好中球数は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて決定することができる。一態様では、評価するステップは、対象における脳卒中に誘導された損傷を評価するステップを含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、心筋梗塞を含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて評価することができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、米国国立衛生研究所の脳卒中スケールによって示される通りであってよい。一態様では、本方法は、好中球細胞外トラップに由来する無細胞核酸のレベルを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、評価に基づいて対象を脳卒中処置設備にトリアージするステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、対象に処置を投与するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルより高いならば投与を実施することができ、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと等しいかまたはそれより低いならば投与を実施してしなくてもよい。一態様では、処置は薬物を含むことができる。一態様では、薬物は、組織プラスミノーゲン活性化因子であってよい。一態様では、処置は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に投与することができる。一態様では、処置は、対象における無細胞核酸のレベルを低減することができる。一態様では、対象は、哺乳動物であってよい。��態様では、哺乳動物はヒトであってよい。一態様では、無細胞核酸の参照レベルは、データベースまたはサーバーに保存することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含むことができる。一態様では、虚血性脳卒中症状発症の時間は、試料中の無細胞核酸のレベルを虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも１倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも３倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、無細胞核酸の比が参照比と比較して高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、本方法は、対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含むことができる。一態様では、血液細胞のプロファイルは、試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含むことができる。一態様では、方法は、携帯型デバイスを使用して実施することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、異なる時点は、１週、２週、１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、８カ月または１年を含むことができる。一態様では、本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップは、対象への処置の投与の後に実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、処置への対象の応答を決定するものであってよい。一態様では、応答は、処置への好ましい反応であってよい。一態様では、応答は、処置への有害反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、対象が臨床試験に適格であるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。
【０００７】
一つの局面では、本明細書では多くの方法が開示される。一態様では、方法は、後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するステップを含むことができる。一態様では、無細胞核酸は、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中にある。一態様では、本方法は、無細胞核酸のレベルを参照試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸の参照レベルと比較するステップをさらに含むことができる。一態様では、参照試料は、健康対照対象または疑似脳卒中対象からのものであってよい。一態様では、本方法は、コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含むことができ、評価するステップは、虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、後成的マーカーを含むことができる。一態様では、後成的マーカーは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、神経血管単位からの細胞に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、シトルリン化またはその任意の組合せを含むことができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８５％の感度で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを使用して実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施することができる。一態様では、ポリメラーゼ連鎖反応は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の遺伝子またはその断片のレベルを決定することによって実施することができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素、ベータグロビン、分化抗原群２４０Ｄ、アルブミンファミリーのメンバー、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ構成要素Ｈ１、Ａｌｕ  Ｊエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼまたはアルコールデヒドロゲナーゼをコードすることができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料に外因性ポリヌクレオチドを加えることを含むことができる。一態様では、外因性ポリヌクレオチドは、緑色蛍光タンパク質をコードする遺伝子の断片を含むことができる。一態様では、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップは、無細胞核酸のサブグループのうちの少なくとも１つの無細胞核酸に結合するプローブを検出する後成的マーカーを使用して実施することができる。��態様では、プローブは、標識を含むことができる。一態様では、標識は、蛍光色素または放射性同位体を含むことができる。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一態様では、ポリヌクレオチドは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つとハイブリダイズすることができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＤＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＲＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むことができる。一態様では、ｍＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、無細胞ＲＮＡは、マイクロＲＮＡを含むことができる。一態様では、マイクロＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、ｍＲＮＡは、神経血管単位中の細胞に特異的であってよい。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、好中球細胞外トラップに由来することができる。一態様では、試料は、体液を含むことができる。一態様では、体液は、尿を含むことができる。一態様では、体液は、血液またはその分画を含むことができる。一態様では、体液は、血液の分画を含むことができる。一態様では、血液の分画は、血漿であってよい。一態様では、血漿は、血液を遠心分離することによって単離することができる。一態様では、血液の分画は、血清であってよい。一態様では、対象は、虚血性脳卒中症状を示すことができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から１２時間以内に対象から得ることができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に対象から得ることができる。一態様では、評価するステップは、対象の脳卒中重症度を評価することを含むことができる。一態様では、評価するステップは、自然免疫系の活性化を評価することを含むことができる。一態様では、自然免疫系の活性化を評価するステップは、対象における好中球数を決定することを含むことができる。一態様では、好中球数は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて決定することができる。一態様では、評価するステップは、対象において脳卒中に誘導された損傷を評価することを含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、心筋梗塞を含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて評価することができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、米国国立衛生研究所の脳卒中スケールによって示される通りであってよい。一態様では、本方法は、好中球細胞外トラップに由来する無細胞核酸のレベルを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、評価に基づいて対象を脳卒中処置設備にトリアージするステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、対象に処置を投与するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルより高いならば投与を実施することができ、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと等しいかまたはそれより低いならば投与を実施してしなくてもよい。一態様では、処置は薬物を含むことができる。一態様では、薬物は、組織プラスミノーゲン活性化因子であ��てよい。一態様では、処置は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に投与することができる。一態様では、処置は、対象における無細胞核酸のレベルを低減することができる。一態様では、対象は、哺乳動物であってよい。一態様では、哺乳動物はヒトであってよい。一態様では、無細胞核酸の参照レベルは、データベースまたはサーバーに保存することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含むことができる。一態様では、虚血性脳卒中症状発症の時間は、試料中の無細胞核酸のレベルを虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップをさらに含む。一態様では、本方法は、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも１倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも３倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、無細胞核酸の比が参照比と比較して高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、本方法は、対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含むことができる。一態様では、血液細胞のプロファイルは、試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含むことができる。一態様では、方法は、携帯型デバイスを使用して実施することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、異なる時点は、１週、２週、１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、８カ月または１年を含むことができる。一態様では、本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップは、対象への処置の投与の後に実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、処置への対象の応答を決定するものであってよい。一態様では、応答は、処置への好ましい反応であってよい。一態様では、応答は、処置への有害反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、対象が臨床試験に適格であるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。
【０００８】
一態様では、本明細書で方法が開示される。一態様では、本方法は、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップを含むことができる。本方法は、無細胞核酸のサブグループのレベルを測定するステップをさらに含むことができる。一態様では、無細胞核酸のサブグループは、後成的マーカーを有することができる。一態様では、本方法は、無細胞核酸のレベルと無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比を決定するステップをさらに含むことができる。本方法は、無細胞核酸のレベルと無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比を参照比と比較するステップであって、参照比は、参照試料中の無細胞核酸のレベルと参照試料中の無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比であり、参照試料中の無細胞核酸のサブグループは後成的マーカーを有するステップをさらに含むことができる。一態様では、参照試料は、健康対照対象または疑似脳卒中対象からのものであってよい。一態様では、本方法は、コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含むことができ、評価するステップは、虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を健康対照または疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、後成的マーカーを含むことができる。一態様では、後成的マーカーは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、神経血管単位からの細胞に特異的であってよい。一態様では、後成的マーカーは、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、シトルリン化またはその任意の組合せを含むことができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８５％の感度で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、評価するステップは、少なくとも８０％の特異性で虚血性脳卒中を疑似脳卒中から区別することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを使用して実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施することができる。一態様では、ポリメラーゼ連鎖反応は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップは、試料中の遺伝子またはその断片のレベルを決定することによって実施することができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素、ベータグロビン、分化抗原群２４０Ｄ、アルブミンファミリーのメンバー、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ構成要素Ｈ１、Ａｌｕ  Ｊエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼまたはアルコールデヒドロゲナーゼをコードすることができる。一態様では、遺伝子は、テロメラーゼ逆転写酵素であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ��、試料に外因性ポリヌクレオチドを加えることを含むことができる。一態様では、外因性ポリヌクレオチドは、緑色蛍光タンパク質をコードする遺伝子の断片を含むことができる。一態様では、無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップは、無細胞核酸のサブグループのうちの少なくとも１つの無細胞核酸に結合するプローブを検出する後成的マーカーを使用して実施することができる。一態様では、プローブは、標識を含むことができる。一態様では、標識は、蛍光色素または放射性同位体を含むことができる。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一態様では、ポリヌクレオチドは、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つとハイブリダイズすることができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＤＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞核酸は、無細胞ＲＮＡを含むことができる。一態様では、無細胞ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むことができる。一態様では、ｍＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、無細胞ＲＮＡは、マイクロＲＮＡを含むことができる。一態様では、マイクロＲＮＡは、１つまたは複数の細胞型に特異的であってよい。一態様では、ｍＲＮＡは、神経血管単位中の細胞に特異的であってよい。一態様では、無細胞核酸のうちの少なくとも１つは、好中球細胞外トラップに由来することができる。一態様では、試料は、体液を含むことができる。一態様では、体液は、尿を含むことができる。一態様では、体液は、血液またはその分画を含むことができる。一態様では、体液は、血液の分画を含むことができる。一態様では、血液の分画は、血漿であってよい。一態様では、血漿は、血液を遠心分離することによって単離することができる。一態様では、血液の分画は、血清であってよい。一態様では、対象は、虚血性脳卒中症状を示すことができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から１２時間以内に対象から得ることができる。一態様では、試料は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に対象から得ることができる。一態様では、評価するステップは、対象の脳卒中重症度を評価するステップを含むことができる。一態様では、評価するステップは、自然免疫系の活性化を評価するステップを含むことができる。一態様では、自然免疫系の活性化を評価するステップは、対象における好中球数を決定することを含むことができる。一態様では、好中球数は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて決定することができる。一態様では、評価するステップは、対象における脳卒中に誘導された損傷を評価するステップを含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、心筋梗塞を含むことができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて評価することができる。一態様では、脳卒中に誘導された損傷は、米国国立衛生研究所の脳卒中スケールによって示される通りであってよい。一態様では、本方法は、好中球細胞外トラップに由来する無細胞核酸のレベルを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、方法は、評価に基づいて対象を脳卒中処置設備にトリアージするステップをさらに含むことができる��一態様では、方法は、対象に処置を投与するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルより高いならば投与を実施することができ、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと等しいかまたはそれより低いならば投与を実施してしなくてもよい。一態様では、処置は薬物を含むことができる。一態様では、薬物は、組織プラスミノーゲン活性化因子であってよい。一態様では、処置は、虚血性脳卒中症状発症から４．５時間以内に投与することができる。一態様では、処置は、対象における無細胞核酸のレベルを低減することができる。一態様では、対象は、哺乳動物であってよい。一態様では、哺乳動物はヒトであってよい。一態様では、無細胞核酸の参照レベルは、データベースまたはサーバーに保存することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含むことができる。一態様では、虚血性脳卒中症状発症の時間は、試料中の無細胞核酸のレベルを虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも１倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一態様では、対象における無細胞核酸のレベルが無細胞核酸の参照レベルと比較して少なくとも３倍より高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、比が参照比と比較して高いとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一態様では、本方法は、対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含むことができる。一態様では、血液細胞のプロファイルは、試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含むことができる。一態様では、方法は、携帯型デバイスを使用して実施することができる。一態様では、本方法は、対象における虚血性脳卒中をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、本方法は、対象をモニタリングするために、異なる時点で本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップをさらに含むことができる。一態様では、異なる時点は、１週、２週、１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、８カ月または１年を含むことができる。一態様では、本明細書に記載される任意の１つまたは複数の方法を繰り返すステップは、対象への処置の投与の後に実施することができる。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、処置への対象の応答を決定するものであってよい。一態様では、応答は、処置への好ましい反応であってよい。一態様では、応答は、処置への有害反応であってよい。一態様では、試料中の無細胞核酸のレベルは、対象が臨床試験に適格��あるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。
【０００９】
本明細書で、デバイスが開示される。一態様では、デバイスは、実行可能命令を記憶するメモリを含むことができる。一態様では、デバイスは、本明細書に開示される方法のうちの任意の１つまたは複数の方法を実施するために、実行可能命令を実行するプロセッサーをさらに含むことができる。一態様では、デバイスは、フィラメントベースの診断デバイスであってよい。
【００１０】
本明細書で、キットが開示される。一態様では、キットは、対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブであって、試料中の無細胞核酸のうちの少なくとも１つに結合するプローブを含むことができる。一態様では、キットは、無細胞核酸のうちの少なくとも１つへのプローブの結合を検査するための検出試薬をさらに含むことができる。一態様では、プローブは標識されてもよい。一態様では、プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドであってよい。
【００１１】
本明細書で、キットが開示される。一態様では、キットは、対象からの試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブであって、後成的マーカーを有する無細胞核酸に結合するプローブを含むことができる。一態様では、キットは、無細胞核酸とのプローブの結合を検査するための検出試薬をさらに含むことができる。一態様では、プローブは、標識されてもよい。一態様では、プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。一態様では、プローブは、ポリヌクレオチドであってよい。
【００１２】
一態様では、本明細書で、状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示される。本方法は、（ａ）プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中の２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合するステップ；（ｂ）試料中のバイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップであって、参照は、健康対照対象および疑似脳卒中対象におけるバイオマーカーの群の発現を含むことができるステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性で健康対照からの虚血性脳卒中および疑似脳卒中からの虚血性脳卒中を区別することができるステップを含むことができる。一部の場合には、プローブは標識されてもよい。一部の場合には、標識プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質を含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤を含むことができる。一部の場合には、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤は、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーを含むことができる。一部の場合には、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーは、ＤＮＡ結合阻害剤３であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、リソソームシステインプロテイナーゼを含むことができる。一部の場合には、リソソームシステインプロテイナーゼは、カテプシンであってよい。一部の場合には、カテプシンは、カテプシンＺであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、運動タンパク質を含むことができる。一部の場合には、運動タンパク質は、キネシン様タンパク質であってよい。一部の場合には、キネシン様タンパク質は、キネシン様タンパク質１Ｂであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、色素上皮層由来因子の受容体を含むことができる。一部の場合には、色素上皮層由来因子の受容体は、プレキシンドメイン含有タンパク質であってよい。一部の場合には、プレキシンドメイン含有タンパク質は、プレキシンドメイン含有タンパク質２であってよい。一部の場合には、本方法は、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、増加は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質ならびにＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少したときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、減少は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するとき、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少するとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応またはその組合せを使用して測定することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、ポリメラーゼ連鎖反応によって測定することができる。一部の場合には、ポリメラーゼ連鎖反応は、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一部の場合には、参照は、データベースまたはサーバーに保存することができる。一部の場合には、対象からの試料中ののバイオマーカーの群の発現は、ＲＮＡ発現、タンパク質発現またはその組合せを含むことができる。
【００１３】
別の態様では、本明細書で、状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示される。本方法は：（ａ）プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中の２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合するステップ；（ｂ）試料中のバイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップであって、参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの群の発現であってよいステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、バイオマーカーの群のうちの２つのバイオマーカーの発現に基づき少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性を有することができるステップを含むことができる。一部の場合には、プローブは標識されてもよい。一部の場合には、標識プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質を含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤を含むことができる。一部の場合には、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤は、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーを含む。一部の場合には、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーは、ＤＮＡ結合阻害剤３であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、リソソームシステインプロテイナーゼを含むことができる。一部の場合には、リソソームシステインプロテイナーゼは、カテプシンであってよい。一部の場合には、カテプシンは、カテプシンＺであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、運動タンパク質を含むことができる。一部の場合には、運動タンパク質は、キネシン様タンパク質であってよい。一部の場合には、キネシン様タンパク質は、キネシン様タンパク質１Ｂであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、色素上皮層由来因子の受容体を含むことができる。一部の場合には、色素上皮層由来因子の受容体は、プレキシンドメイン含有タンパク質であってよい。一部の場合には、プレキシンドメイン含有タンパク質は、プレキシンドメイン含有タンパク質２であってよい。一部の場合には、本方法は、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、増加は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質ならびにＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少したときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、減少は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するとき、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少するとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応またはその組合せを使用して測定することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、ポリメラーゼ連鎖反応によって測定することができる。一部の場合には、ポリメラーゼ連鎖反応は、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一部の場合には、参照は、データベースまたはサーバーに保存することができる。一部の場合には、対象からの試料中ののバイオマーカーの群の発現は、ＲＮＡ発現、タンパク質発現またはその組合せを含むことができる。
【００１４】
別の態様では、本明細書で、状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示される。本方法は、（ａ）標識プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、（ｉ）炭疽毒素受容体、（ｉｉ）セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、（ｉｉｉ）ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼおよび（ｉｖ）分化抗原群ファミリーメンバーのうちの２つまたはそれよりも多くを含むことができるステップ；（ｂ）試料中のバイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップであって、参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの群の発現であってよいステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体を含むことができる。一部の場合には、炭疽毒素受容体は、炭疽毒素受容体２であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼを含むことができる。一部の場合には、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼは、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼを含むことができる。一部の場合には、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼは、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、分化抗原群ファミリーメンバーを含むことができる。一部の場合には、分化抗原群ファミリーメンバーは、分化抗原群１６３であってよい。一部の場合には、本方法は、バイオマーカーの群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーの発現が参照と比較して増加するときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、増加は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は：（ｉ）ミエリンおよびリンパ球タンパク質、（ｉｉ）Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、（ｉｉｉ）ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、（ｉｖ）リソソームシステインプロテイナーゼ、（ｖ）運動タンパク質、および（ｖｉ）色素上皮層由来因子の受容体、のうちの１つまたは複数をさらに含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質を含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤を含むことができる。一部の場合には、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤は、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーを含むことができる。一部の場合には、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーは、ＤＮＡ結合阻害剤３であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、リソソームシステインプロテイナーゼを含むことができる。一部の場合には、リソソームシステインプロテイナーゼは、カテプシンであってよい。一部の場合には、カテプシンは、カテプシンＺであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、運動タンパク質を含むことができる。一部の場合には、運動タンパク質は、キネシン様タンパク質であってよい。一部の場合には、キネシン様タンパク質は、キネシン様タンパク質１Ｂであってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、色素上皮層由来因子の受容体を含むことができる。一部の場合には、色素上皮層由来因子の受容体は、プレキシンドメイン含有タンパク質であってよい。一部の場合には、プレキシンドメイン含有タンパク質は、プレキシンドメイン含有タンパク質２であってよい。一部の場合には、本方法は、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の実施形態では、増加は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質ならびにＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少したときに、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、減少は、参照と比較して少なくとも１倍であってよい。一部の場合には、本方法は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの少なくとも１つの発現が参照と比較して増加するとき、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３のうちの少なくとも１つの発現が減少するとき、対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応またはその組合せを使用して測定することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、ポリメラーゼ連鎖反応によって測定することができる。一部の場合には、ポリメラーゼ連鎖反応は、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一部の場合には、参照は、データベースまたはサーバーに保存することができる。一部の場合には、対象からの試料中ののバイオマーカーの群の発現は、ＲＮＡ発現、タンパク質発現またはその組合せを含むことができる。
【００１５】
別の態様では、本明細書で、疾患または状態を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示される。本方法は、（ａ）標識プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップであって、参照は、非虚血性脳卒中対象におけるバイオマーカーの群の発現であってよいステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、それにより、参照における２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーの発現より多い量での試料における２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーの発現は虚血性脳卒中を示すことができるステップを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２のうちの１つまたは複数をさらに含むことができる。一部の場合には、標識プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３を含むバイオマーカーの第１のサブグループ、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３のうちの１つまたは複数を含むバイオマーカーの第２のサブグループを含むことができる。一部の場合には、参照と比較して、バイオマーカーの第１のサブグループの発現が少なくとも１倍増加し、バイオマーカーの第２のサブグループの発現が少なくとも１倍減少するとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一部の場合には、バイオマーカーの第１のサブグループは、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２のうちの１つまたは複数をさらに含む。一部の場合には、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４、分化抗原群１６３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２を含むバイオマーカーの第１のサブグループを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの第２のサブグループは、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質およびＤＮＡ結合阻害剤３を含むことができる。一部の態様では、参照と比較して、バイオマーカーの第１のサブグループの発現が少なくとも１倍増加し、バイオマーカーの第２のサブグループの発現が少なくとも１倍減少するとき、対象における虚血性脳卒中を検出することができる。一部の場合には、対象の虚血性脳卒中は少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性で検出することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３を含むことができ、対象の虚血性脳卒中は少なくとも９８％の感度および少なくとも９８％の特異性で検出することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応またはその組合せを使用して測定することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、ポリメラーゼ連鎖反応によって測定することができる。一部の場合には、ポリメラーゼ連鎖反応は、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応であってよい。一部の場合には、プローブは、対象における虚血脳卒中症状発症から２４時間以内に試料と接触させることができる。一部の場合には、プローブは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、バイオマーカーの群のｍＲＮＡとハイブリダイズすることができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、バイオマーカーの群のｍＲＮＡに由来するＤＮＡとハイブリダイズすることができる。一部の場合には、プローブは、ポリペプチドを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチドは、バイオマーカーの群のタンパク質に結合することができる。一部の場合には、ポリペプチドは、抗体またはその断片であってよい。一部の場合には、非虚血性脳卒中対象は、一過性虚血発作、非虚血性脳卒中または疑似脳卒中を有することができる。一部の場合には、非虚血性脳卒中は、出血性脳卒中であってよい。一部の場合には、参照は、データベースまたはサーバーに保存することができる。一部の場合には、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現は、ＲＮＡ発現、タンパク質発現またはその組合せを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、将来の虚血性脳卒中の予測的指標であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、虚血性脳卒中の重症度の指標であってよい。一部の場合には、方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、虚血性脳卒中症状発症の時間は、試料中のバイオマーカーの群の発現を虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一部の場合には、虚血性脳卒中は、虚血脳卒中症状発症から２４時間以内に検出することができる。一部の場合には、虚血性脳卒中は、虚血脳卒中症状発症から４．５時間以内に検出することができる。一部の場合には、方法は、虚血性脳卒中が検出されたならば対象における虚血性脳卒中を処置するための薬物を投与するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、薬物は、組織プラスミノーゲン活性化因子であってよい。一部の場合には、薬物は、対象におけるバイオマーカーの群のうちの１つまたは複数のバイオマーカーの発現または機能を低減または阻害する。一部の場合には、薬物は、対象におけるバイオマーカーの群のうちの１つまたは複数のバイオマーカーの発現または機能を増加させる。一部の場合には、薬物は、虚血脳卒中症状発症から４．５時間以内に投与することができる。一部の場合には、対象はヒトであってよい。一部の場合には、試料は、血液または血液の分画であってよい。一部の場合には、血液の分画は、血漿または血清であってよい。一部の場合には、方法は、対象における血液細胞のプロファイルを測定するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、血液細胞のプロファイルは、試料中の白血球分化、筋肉型クレアチンキナーゼおよび脳型クレアチンキナーゼのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数、好中球パーセントまたはその組合せを含むことができる。一部の場合には、測定するステップおよび評価するステップは、携帯型デバイスを使用して実施することができる。一部の場合には、対象における虚血性脳卒中を評価するステップは、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価するステップを含むことができる。一部の場合には、疾患または状態は、虚血性脳卒中であってよい。一部の場合には、疾患または状態は、疑似脳卒中であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群のうちの１つまたは複数のバイオマーカーの発現が参照と比較して増加するならば、対象に虚血性脳卒中の可能性があり得る。一部の場合には、バイオマーカーの群のうちの１つまたは複数のバイオマーカーの発現が参照と比較して減少するならば、対象に虚血性脳卒中の可能性があり得る。一部の場合には、虚血性脳卒中の可能性は、第２の評価によって示すことができる。一部の場合には、虚血性脳卒中の検出は、第２の評価によって示すことができる。一部の場合には、第２の評価は、神経画像処理技術を使用して実施することができる。一部の場合には、神経画像処理技術は、コンピュータ断層撮影スキャン、磁気共鳴画像法またはその組合せであってよい。一部の場合には、方法は、試料中のバイオマーカーの群の発現を繰り返し測定するステップ、バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ、および虚血性脳卒中をモニタリングするために異なる時点で虚血性脳卒中を評価するステップをさらに含むことができる。一部の場合には、異なる時点は、１週、２週、１カ月、２カ月、３カ月、６カ月、８カ月または１年以内であってよい。一部の場合には、試料中のバイオマーカーの群の発現を繰り返し測定するステップ、バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ、および虚血性脳卒中を評価するステップは、対象への処置の投与の後に実施することができる。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、処置への対象の応答を決定するものであってよい。一部の場合には、応答は、有害反応であってよい。一部の場合には、応答は、処置への有益な反応であってよい。一部の場合には、バイオマーカーの群の発現は、対象が臨床試験に適格であるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。
【００１６】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示される。本方法は、（ａ）プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性を有するステップを含むことができる。
【００１７】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示され、本方法は、（ａ）イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応およびその組合せからなる群から選択されるアッセイを使用して、試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップを含む。
【００１８】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示され、本方法は、（ａ）プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、バイオマーカーの群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーの発現が少なくとも１倍増加するならば、対象における虚血性脳卒中が検出されるステップを含む。
【００１９】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価する方法が開示され、本方法は、（ａ）イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応およびその組合せからなる群から選択されるアッセイを使用して、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、アッセイは、標識プローブのパネルを試料と接触させることによって実施することができ、標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；ならびに（ｃ）コンピュータシステムを使用して対象における虚血性脳卒中を評価するステップであって、バイオマーカーの群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーの発現が少なくとも１倍増加するならば、対象における虚血性脳卒中が検出され、評価するステップが少なくとも９０％の感度および少なくとも９０％の特異性を有するステップを含む。
【００２０】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象の処置への応答を予測する方法が開示され、本方法は、（ａ）標識プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；（ｃ）対象に処置を投与するステップ；ならびに（ｄ）処置への対象の応答を予測するステップを含む。
【００２１】
別の態様では、本明細書で、薬物を評価する方法が開示され、本方法は、（ａ）標識プローブのパネルを試料と接触させることによって対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、標識プローブはバイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合し、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むステップ；（ｂ）対象に薬物を投与するステップ；（ｃ）プローブを第２の試料と接触させるステップであって、第２の試料は対象に薬物が投与された後に対象から得られるステップ；（ｄ）第１の試料中のバイオマーカーの群の発現および第２の試料中のバイオマーカーの群の発現を比較するステップ；ならびに（ｅ）第１の試料中のバイオマーカーの群の発現と第２の試料中のバイオマーカーの群の発現の間の差を分析することによって薬物を評価するステップを含む。
【００２２】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットが開示され、本キットは、（ａ）２つまたはそれよりも多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーの群の発現を測定するためのプローブであって、バイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；（ｂ）プローブとバイオマーカーの群との結合を検査するための検出試薬を含み、バイオマーカーの群のうちの２つのバイオマーカーの発現に基づき少なくとも９２％の感度および少なくとも９２％の特異性で虚血性脳卒中を評価する。
【００２３】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットが開示され、本キットは、（ｉ）炭疽毒素受容体、（ｉｉ）セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、（ｉｉｉ）ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、および（ｉｖ）分化抗原群、のうちの２つまたはそれよりも多くを含むバイオマーカーの群の発現を測定するためのプローブであって、バイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；ならびに（ｂ）プローブとバイオマーカーの群との結合を検査するための検出試薬を含む。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、運動タンパク質、および色素上皮層由来因子の受容体をさらに含む。
【００２４】
別の態様では、本明細書で、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象における虚血性脳卒中を評価するためのキットが開示され、本キットは、（ａ）炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４および分化抗原群１６３のうちの２つまたはそれよりも多くを含むバイオマーカーの群の発現を測定するためのプローブであって、バイオマーカーの群またはそれに由来する分子に結合するプローブのパネル；（ｂ）プローブとバイオマーカーの群との結合を検査するための検出試薬を含む。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２をさらに含むことができる。一部の場合には、プローブのパネルは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、バイオマーカーの群のｍＲＮＡとハイブリダイズすることができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、バイオマーカーの群のｍＲＮＡに由来するＤＮＡとハイブリダイズすることができる。一部の場合には、プローブのパネルは、ポリペプチドを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチドは、バイオマーカーの群のタンパク質に結合することができる。一部の場合には、ポリペプチドは、抗体またはその断片であってよい。一部の場合には、プローブのパネルのうちの少なくとも１つのプローブは、標識されてよい。一部の場合には、プローブのパネルのうちの少なくとも１つのプローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてよい。一部の場合には、検出試薬は、プローブのパネルに結合することができる。一部の場合には、検出試薬は、蛍光性または放射性の標識を含むことができる。一部の場合には、キットは、バイオマーカーの群と参照の間の発現の差を分析するためのコンピュータ可読媒体をさらに含むことができる。
【００２５】
一態様では、本明細書で、対象における虚血性脳卒中を検出する方法が提供され、本方法は、ａ）対象からの第１の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルを測定するステップであって、バイオマーカーの第１の群は生体分子の第１のクラスを含み、生体分子の第１のクラスはポリヌクレオチド、ポリペプチド、炭水化物、アダプタマーまたは脂質のうちの少なくとも１つを含むステップ；ｂ）対象からの第２の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルを測定するステップであって、バイオマーカーの第２の群は生体分子の第２のクラスを含み、生体分子の第２のクラスは生体分子の第１のクラスと異なることができ、生体分子の第２のクラスはポリヌクレオチド、ポリペプチド、炭水化物、アダプタマーまたは脂質のうちの少なくとも１つを含むステップ；ｃ）虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルおよび虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルをコンピュータシステムにより分析するステップ；ならびにｄ）対象における虚血性脳卒中を検出するステップを含む。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは、ポリヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第２のクラスは、ポリペプチドを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは、アダプタマーを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第２のクラスは、アダプタマーを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第１のクラスはポリヌクレオチドを含むことができ、生体分子の第２のクラスはポリペプチドを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは１つまたは複数のサイトカインをコードするポリヌクレオチドを含むことができ、および／または生体分子の第２のクラスは１つまたは複数のサイトカインを含むことができる。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルは、質量分析、多重アッセイ、マイクロアレイ、酵素結合免疫吸着検定法またはその任意の組合せによって測定することができる。一部の場合には、分析するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルを参照プロファイルと比較するステップを含むことができる。一部の場合には、分析するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルを参照プロファイルと比較するステップを含むことができる。一部の場合には、検出するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルにおける、および／または虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルにおける発現パターンを識別するステップを含むことができる。一部の場合には、検出するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のプロファイルにおける、および／または虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルにおける発現パターンを識別するステップを含むことができる。
【００２６】
別の態様では、本明細書で、対象における虚血性脳卒中を検出する方法が開示され、本方法は、ａ）対象からの第１の試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルを測定するステップ；ｂ）対象からの第２の試料中の血液細胞のプロファイルを測定するステップ；ｃ）虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルおよび血液細胞のプロファイルをコンピュータシステムにより分析するステップ；ならびにｄ）対象における虚血性脳卒中を検出するステップを含む。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、ポリヌクレオチドであってよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、ポリペプチドであってよい。一部の場合には、分析するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルを参照プロファイルと比較することを含むことができる。一部の場合には、血液細胞のプロファイルを測定するステップは、ＣＫ−ＭＢ、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数または好中球パーセントのうちの少なくとも１つを測定することを含むことができる。一部の場合には、血液細胞のプロファイルを測定するステップは、第２の試料中の白血球差（ｗｈｉｔｅ  ｂｌｏｏｄ  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ）を測定することを含むことができる。一部の場合には、分析するステップは、白血球差を白血球差参照プロファイルと比較することを含むことができる。一部の場合には、検出するステップは、虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルにおける、および／または血液細胞のプロファイルにおける発現パターンを識別することを含むことができる。一部の場合には、発現パターンは、対象における虚血性脳卒中の指標となることができる。一部の場合には、発現パターンはバイオマーカー発現の比であってよい。一部の場合には、発現パターンは、疾患および非疾患試料での１つまたは複数のバイオマーカーの相対発現レベルであってよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルは、質量分析、多重アッセイ、マイクロアレイ、酵素結合免疫吸着検定法またはその任意の組合せによって測定することができる。一部の場合には、対象はヒトであってよい。一部の場合には、検出するステップは、対象における疑似脳卒中の存在または不在を評価することを含むことができる。一部の場合には、本明細書に開示される方法は、対象における虚血性脳卒中の転帰を予測することができる。一部の場合には、本明細書で開示される方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定することができる。一部の場合には、虚血性脳卒中症状発症の時間は、バイオマーカーのプロファイルを虚血性脳卒中症状発症の時間と相関させることによって決定することができる。一部の場合には、虚血性脳卒中は、虚血性脳卒中発症から２４時間以内に検出することができる。一部の場合には、虚血性脳卒中は、虚血性脳卒中発症から４．５時間以内に検出することができる。一部の場合には、本明細書で提供される方法は、対象に組織プラスミノーゲン活性化因子を投与するステップをさらに含むことができる。
【００２７】
一態様では、本明細書で、虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別する方法がさらに開示され、本方法は、ａ）第１の虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ；ｂ）第２の虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを測定するステップ；ｃ）ポリヌクレオチドのプロファイルおよびポリペプチドのプロファイルを分析するステップ；ならびにｄ）虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別するステップを含む。一部の場合には、分析するステップは、ポリヌクレオチドのプロファイルをポリヌクレオチド参照プロファイルと比較し、それによって第１の虚血性脳卒中試料中のバイオマーカーの第１の群を識別することを含むことができる。一部の場合には、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較したとき、第１の虚血性脳卒中試料において、ポリヌクレオチドで少なくとも１．５倍の発現レベルの差が検出されるとき、ポリヌクレオチドはバイオマーカーの第１の群のうちの１つのバイオマーカーとして識別することができる。一部の場合には、分析するステップは、ポリペプチドのプロファイルをポリペプチド参照プロファイルと比較し、それによって第２の虚血性脳卒中試料中のバイオマーカーの第２の群を識別することを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチド参照プロファイルと比較したとき、第２の虚血性脳卒中試料において、ポリペプチドで少なくとも１．５倍の発現レベルの差が検出されるとき、ポリペプチドはバイオマーカーの第２の群のうちの１つのバイオマーカーとして識別することができる。一部の場合には、１つまたは複数のバイオマーカーを識別するステップは、バイオマーカーの第１の群およびバイオマーカーの第２の群を分析することを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの第１の群のおよびバイオマーカーの第２の群を分析するステップは、ポリヌクレオチドがバイオマーカーの第２の群のポリペプチドをコードするとき、バイオマーカーの第１の群のポリヌクレオチドを虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーのうちの１つとして識別することを含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの第１の群およびバイオマーカーの第２の群を分析するステップは、ポリペプチドがバイオマーカーの第１の群のポリヌクレオチドによってコードされるとき、バイオマーカーの第２の群のポリペプチドを虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーのうちの１つとして識別することを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチドのプロファイルは、質量分析、多重アッセイ、マイクロアレイ、酵素結合免疫吸着検定法またはその任意の組合せによって測定することができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１９（ＣＣＬ１９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）、ガレクチン３、進行したグリケーション最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、上皮好中球活性化タンパク質７８（ＥＮＡ７８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、ケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２（ＣＳＰＧ２）、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１（ＩＱＧＡＰ１）、オロソムコイド１（ＯＲＭ１）、アルギナーゼ１（ＡＲＧ１）、リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）、マトリックスメタロプロテイナーゼ９（ＭＭＰ９）、炭酸脱水酵素４（ＣＡ４）、ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ１２（ｓ１００Ａ１２）、ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）、ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）、骨髄分化一次応答遺伝子８８（ＭＹＤ８８）、Ｊａｎｕｓキナーゼ２（ＪＡＫ２）、分化抗原群３（ＣＤ３）、分化抗原群４（ＣＤ４）、脾臓チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）、Ａキナーゼアンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）、ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合性タンパク質（ＣＥＢＰＢ）、インターロイキン１０（ＩＬ１０）、インターロイキン８（ＩＬ８）、インターロイキン２２受容体（ＩＬ２２Ｒ）またはその活性断片のうちの１つまたは複数をコードするポリヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチドは、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλまたはその活性断片のうちの少なくとも１つを含むことができる。一部の場合には、ポリペプチドは、１つまたは複数のサイトカインを含むことができる。一部の場合には、１つまたは複数のサイトカインは、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグレカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＩＧＧ３、ＩＧＧ４、テニューリン１のアイソフォーム２およびディスインテグリンのアイソフォーム２またはその任意の活性断片を含むことができる。一部の場合には、参照プロファイルは、非虚血性脳卒中対象から得ることができる。一部の場合には、非虚血性脳卒中対象は、一過性虚血発作、非虚血性脳卒中または疑似脳卒中を有することができる。一部の場合には、非虚血性脳卒中は、出血性脳卒中であってよい。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡであってよい。一部の場合には、ＲＮＡはｍＲＮＡであってよい。一部の場合には、ＤＮＡは無細胞ＤＮＡであってよい。一部の場合には、ＤＮＡはゲノムＤＮＡであってよい。一部の場合には、第１の試料および／または第２の試料は、血液または血液の分画であってよい。一部の場合には、第１の虚血性脳卒中試料および／または第２の虚血性脳卒中試料は、血液または血液の分画であってよい。一部の場合には、血液は末梢血であってよい。一部の場合には、血液の分画は、血漿または血清であってよい。一部の場合には、血液の分画は、血液細胞を含むことができる。
【００２８】
別の態様では、本明細書で、対象における虚血性脳卒中を検出するためのキットも提供され、本キットは、ａ）虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブであって、バイオマーカーの第１の群は生体分子の第１のクラスを含む、プローブの第１のパネル；およびｂ）虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブであって、バイオマーカーの第２の群は生体分子の第２のクラスを含む、プローブの第２のパネルを含む。一部の場合には、プローブの第１のパネルは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーにハイブリダイズすることが可能なオリゴヌクレオチドであってよい。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは、ポリヌクレオチドであってよい。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは、アプタマーであってよい。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１９（ＣＣＬ１９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）、ガレクチン３、進行したグリケーション最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、上皮好中球活性化タンパク質７８（ＥＮＡ７８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、ケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２（ＣＳＰＧ２）、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１（ＩＱＧＡＰ１）、オロソムコイド１（ＯＲＭ１）、アルギナーゼ１（ＡＲＧ１）、リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）、マトリックスメタロプロテイナーゼ９（ＭＭＰ９）、炭酸脱水酵素４（ＣＡ４）、ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ１２（ｓ１００Ａ１２）、ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）、ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）、骨髄分化一次応答遺伝子８８（ＭＹＤ８８）、Ｊａｎｕｓキナーゼ２（ＪＡＫ２）、分化抗原群３（ＣＤ３）、分化抗原群４（ＣＤ４）、脾臓チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）、Ａキナーゼアンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）、ＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合性タンパク質（ＣＥＢＰＢ）、インターロイキン１０（ＩＬ１０）、インターロイキン８（ＩＬ８）、インターロイキン２２受容体（ＩＬ２２Ｒ）またはその活性断片のうちの１つまたは複数をコードするポリヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第２のクラスは、ポリヌクレオチドであってよい。一部の場合には、ポリペプチドは、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλまたはその活性断片のうちの少なくとも１つを含むことができる。一部の場合には、生体分子の第１のクラスは１つまたは複数のサイトカインをコードするポリヌクレオチドを含むことができ、および／または生体分子の第２のクラスは１つまたは複数のサイトカインを含むことができる。一部の場合には、１つまたは複数のサイトカインは、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグレカン、ガレクチ���３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＩＧＧ３、ＩＧＧ４、テニューリン１のアイソフォーム２およびディスインテグリンのアイソフォーム２またはその任意の活性断片を含むことができる。一部の場合には、バイオマーカーの第１の群は、ｍＲＮＡであってよい。一部の場合には、プローブは，虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーに結合することができる抗体であってよい。一部の場合には、プローブは、蛍光色素または放射性同位体で標識されてもよい。
参照による組込み
【００２９】
この明細書で指摘される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個々の刊行物、特許または特許出願が参照により完全に組み込まれることが具体的および個々に示されるのと同じ程度に、参照により本明細書に完全に組み込まれる。
【００３０】
本明細書に記載の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に示されている。本明細書に記載の特徴および特徴の利点のより良い理解は、本明細書に記載の特徴の原理が利用される例示的な実施例を示す以下の詳細な説明および添付の図面を参照することによって得られる。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１ＡＢ】図１Ａ〜１Ｄは、虚血性脳卒中群、一過性虚血発作（ＴＩＡ）群および疑似脳卒中群における遺伝子のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ａは、ＡＲＧ１のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｂは、ＣＣＲ７のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｃは、ＬＹ９６のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｄは、ＣＳＰＧ２のｍＲＮＡ発現を示す。
【図１ＣＤ】図１Ａ〜１Ｄは、虚血性脳卒中群、一過性虚血発作（ＴＩＡ）群および疑似脳卒中群における遺伝子のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ａは、ＡＲＧ１のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｂは、ＣＣＲ７のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｃは、ＬＹ９６のｍＲＮＡ発現を示す。図１Ｄは、ＣＳＰＧ２のｍＲＮＡ発現を示す。
【００３２】
【図２ＡＢ】図２Ａ〜２Ｄは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における遺伝子のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ａは、ＩＱＧＡＰ１のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｂは、ＬＹ９６のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｃは、ＭＭＰ９のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｄはｓ１００ａ１２のｍＲＮＡ発現を示す。
【図２ＣＤ】図２Ａ〜２Ｄは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における遺伝子のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ａは、ＩＱＧＡＰ１のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｂは、ＬＹ９６のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｃは、ＭＭＰ９のｍＲＮＡ発現を示す。図２Ｄはｓ１００ａ１２のｍＲＮＡ発現を示す。
【００３３】
【図３】図３は、虚血性脳卒中、疑似脳卒中群およびＴＩＡ群にわたるＡＲＧ１、ＣＣＲ７、ＬＹ９６、ＣＳＰＧ２、ＭＭＰ９およびｓ１００ａ１２の間の相互影響を示す。
【００３４】
【図４】図４Ａ〜４Ｂは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群における遺伝子のｍＲＮＡ発現の比を示す。図４Ａは、ＣＣＲ７のｍＲＮＡ発現とＬＹ９６のｍＲＮＡ発現の間の比を示す。図４Ｂは、ＭＭＰ９のｍＲＮＡ発現とｓ１００ａ１２のｍＲＮＡ発現の間の比を示す。
【００３５】
【図５】図５Ａ〜５Ｂは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における遺伝子のｍＲＮＡ発現の比を示す。図５Ａは、ＭＭＰ９のｍＲＮＡ発現とｓ１００ａ１２のｍＲＮＡ発現の間の比を示す。図５Ｂは、ＡＲＧ１のｍＲＮＡ発現とｓ１００ａ１２のｍＲＮＡ発現の間の比を示す。
【００３６】
【図６ＡＢ】図６Ａ〜６Ｄは、虚血性脳卒中群および代謝疾患対照群における遺伝子のゲノム発現を示す。図６Ａは、ＡＲＧ１のゲノム発現を示す。図６Ｂは、ＭＭＰ９のゲノム発現を示す。図６Ｃは、ｓ１００ａ１２のゲノム発現を示す。図６Ｄは、ＣＣＲ７のゲノム発現を示す。
【図６ＣＤ】図６Ａ〜６Ｄは、虚血性脳卒中群および代謝疾患対照群における遺伝子のゲノム発現を示す。図６Ａは、ＡＲＧ１のゲノム発現を示す。図６Ｂは、ＭＭＰ９のゲノム発現を示す。図６Ｃは、ｓ１００ａ１２のゲノム発現を示す。図６Ｄは、ＣＣＲ７のゲノム発現を示す。
【００３７】
【図７】図７は、虚血性脳卒中群および代謝疾患対照群におけるＡＲＧ１、ＭＭＰ９およびｓ１００ａ１２の間の相互影響を示す。
【００３８】
【図８】図８Ａ〜８Ｂは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるタンパク質発現を示す。図８Ａは、ＡＲＧ１のタンパク質発現を示す。図８Ｂは、ＬＹ９６のタンパク質発現を示す。
【００３９】
【図９】図９Ａ〜９Ｂは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるタンパク質発現の比を示す。図９Ａは、ＬＹ９６とＡＲＧ１の間の比を示す。図９Ｂは、ＬＹ９６とＣＣＲ７の間の比を示す。
【００４０】
【図１０Ａ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｂ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｃ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｄ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｅ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｆ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｇ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【図１０Ｈ】図１０Ａ〜図１０Ｈは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群における血液試料の全プロテオームスキャンの結果を示す。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で発現レベルが異なるタンパク質を示す。図１０Ｂおよび１０Ｃは、男性および女性の脳卒中とＴＩＡの間の発現差を示す。図１０Ｄ〜１０Ｈは、男性と女性の間で異なることが判明したタンパク質に最も関連する転写マーカーを示す；肝細胞核因子４は、転写標的のおよそ２６％を占める。さらに、マーカーの３０％がこれらの経路に関与するので、補体および凝固カスケードが最も高度に発現される。
【００４１】
【図１１ＡＢ】図１１Ａ〜図１１Ｅは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるサイトカインのタンパク質発現を示す。図１１Ａは、ＭＭＰ９のタンパク質発現を示す。図１１Ｂは、ガレクチン３のタンパク質発現を示す。図１１Ｃは、ＥＮＡ７８のタンパク質発現を示す。図１１Ｄは、ＲＡＧＥのタンパク質発現を示す。図１１Ｅは、ＧＭＣＳＦのタンパク質発現を示す。
【図１１ＣＤ】図１１Ａ〜図１１Ｅは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるサイトカインのタンパク質発現を示す。図１１Ａは、ＭＭＰ９のタンパク質発現を示す。図１１Ｂは、ガレクチン３のタンパク質発現を示す。図１１Ｃは、ＥＮＡ７８のタンパク質発現を示す。図１１Ｄは、ＲＡＧＥのタンパク質発現を示す。図１１Ｅは、ＧＭＣＳＦのタンパク質発現を示す。
【図１１Ｅ】図１１Ａ〜図１１Ｅは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるサイトカインのタンパク質発現を示す。図１１Ａは、ＭＭＰ９のタンパク質発現を示す。図１１Ｂは、ガレクチン３のタンパク質発現を示す。図１１Ｃは、ＥＮＡ７８のタンパク質発現を示す。図１１Ｄは、ＲＡＧＥのタンパク質発現を示す。図１１Ｅは、ＧＭＣＳＦのタンパク質発現を示す。
【００４２】
【図１２】図１２Ａ〜１２Ｂは、虚血性脳卒中群およびＴＩＡ群におけるサイトカインのタンパク質発現を示す。図１２Ａは、ガレクチン３のタンパク質発現を示す。図１２Ｂは、ＲＡＧＥのタンパク質発現を示す。
【００４３】
【図１３】図１３は、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群におけるＭＭＰ９、ＲＡＧＥおよびＥＮＡ７の相互影響を示す。
【００４４】
【図１４ＡＢ】図１４Ａ〜図１４Ｄは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、出血性脳卒中群、外傷性脳損傷（ＴＢＩ）群および疑似脳卒中群における血液プロファイルを示す。図１４Ａは、白血球数を示す。図１４Ｂは、プロトロンビン時間を示す。図１４Ｃは、ヘマトクリットのパーセントを示す。図１４Ｄは、トロポニン−１濃度を示す。
【図１４ＣＤ】図１４Ａ〜図１４Ｄは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、出血性脳卒中群、外傷性脳損傷（ＴＢＩ）群および疑似脳卒中群における血液プロファイルを示す。図１４Ａは、白血球数を示す。図１４Ｂは、プロトロンビン時間を示す。図１４Ｃは、ヘマトクリットのパーセントを示す。図１４Ｄは、トロポニン−１濃度を示す。
【００４５】
【図１５】図１５Ａ〜１５Ｂは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、出血性脳卒中群および疑似脳卒中群における血液プロファイルを示す。図１５Ａは好中球百分率を示す。図１５Ｂは、白血球数を示す。
【００４６】
【図１６】図１６Ａ〜１６Ｂは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、出血性脳卒中群、ＴＢＩ群および疑似脳卒中群におけるリンパ球数および好中球リンパ球の比を示す。図１６Ａはリンパ球数を示し、図１６Ｂは好中球リンパ球の比を示す。
【００４７】
【図１７ＡＢ】図１７Ａ〜１７Ｈは、虚血性脳卒中症状発症からの時間と選択された時点のバイオマーカーの間の相関を示す。図１７Ａは、ＭＹＤ８８の発現を示す。図１７Ｂは、ＪＡＫ２発現を示す。図１７Ｃは、ＣＤ３発現を示す。図１７Ｄは、ＳＹＫ発現を示す。図１７Ｅは、ＣＥＢＰＢ発現を示す。図１７Ｆは、ＩＬ１０発現を示す。図１７Ｇは、ＣＡ４発現を示す。図１７ＨはＣＣＲ７発現を示す。
【図１７ＣＤ】図１７Ａ〜１７Ｈは、虚血性脳卒中症状発症からの時間と選択された時点のバイオマーカーの間の相関を示す。図１７Ａは、ＭＹＤ８８の発現を示す。図１７Ｂは、ＪＡＫ２発現を示す。図１７Ｃは、ＣＤ３発現を示す。図１７Ｄは、ＳＹＫ発現を示す。図１７Ｅは、ＣＥＢＰＢ発現を示す。図１７Ｆは、ＩＬ１０発現を示す。図１７Ｇは、ＣＡ４発現を示す。図１７ＨはＣＣＲ７発現を示す。
【図１７ＥＦ】図１７Ａ〜１７Ｈは、虚血性脳卒中症状発症からの時間と選択された時点のバイオマーカーの間の相関を示す。図１７Ａは、ＭＹＤ８８の発現を示す。図１７Ｂは、ＪＡＫ２発現を示す。図１７Ｃは、ＣＤ３発現を示す。図１７Ｄは、ＳＹＫ発現を示す。図１７Ｅは、ＣＥＢＰＢ発現を示す。図１７Ｆは、ＩＬ１０発現を示す。図１７Ｇは、ＣＡ４発現を示す。図１７ＨはＣＣＲ７発現を示す。
【図１７ＧＨ】図１７Ａ〜１７Ｈは、虚血性脳卒中症状発症からの時間と選択された時点のバイオマーカーの間の相関を示す。図１７Ａは、ＭＹＤ８８の発現を示す。図１７Ｂは、ＪＡＫ２発現を示す。図１７Ｃは、ＣＤ３発現を示す。図１７Ｄは、ＳＹＫ発現を示す。図１７Ｅは、ＣＥＢＰＢ発現を示す。図１７Ｆは、ＩＬ１０発現を示す。図１７Ｇは、ＣＡ４発現を示す。図１７ＨはＣＣＲ７発現を示す。
【００４８】
【図１８】図１８は、虚血性脳卒中症状発症の時間と選択バイオマーカー（Ｆａｓリガンド発現）の間の相関を示す。
【００４９】
【図１９】図１９Ａ〜図１９Ｂは、虚血性脳卒中症状発症の時間と選択されたプロテオミクスバイオマーカーの間の相関を示す。図１９Ａは、ＩＧＧ３発現を示す。図１９Ｂは、ＩＧＧ４発現を示す。
【００５０】
【図２０】図２０Ａ〜２０Ｂは、虚血性脳卒中症状発症の時間と選択された免疫バイオマーカーの間の相関を示す。図２０Ａは、ＣＫ−ＭＢレベルを示す。図２０Ｂは、血小板数を示す。
【００５１】
【図２１】図２１は、対象の虚血性脳卒中を評価するための例示的な方法を示す。
【００５２】
【図２２】図２２は、強力な識別能力を有する遺伝子の識別のためのＧＡ−ｋＮＮの使用を示す。
【００５３】
【図２３Ａ】図２３Ａ〜図２３Ｂは、ＡＩＳの識別のためにＧＡ−ｋＮＮによって識別された上位５０個の末梢血転写物を示す。図２３Ａは、発見コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間を識別するそれらの能力に基づいてＧＡ−ｋＮＮによるランク付けで上位５０個の末梢血転写物を、各転写物が近最適解の一部として選択された回数順に示す。図２３Ｂは、発見コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位５０の転写物の示差的末梢血発現を示す。
【図２３Ｂ】図２３Ａ〜図２３Ｂは、ＡＩＳの識別のためにＧＡ−ｋＮＮによって識別された上位５０個の末梢血転写物を示す。図２３Ａは、発見コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間を識別するそれらの能力に基づいてＧＡ−ｋＮＮによるランク付けで上位５０個の末梢血転写物を、各転写物が近最適解の一部として選択された回数順に示す。図２３Ｂは、発見コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位５０の転写物の示差的末梢血発現を示す。
【００５４】
【図２４Ａ】図２４Ａ〜図２４Ｄは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された末梢血液転写物が、発見コホートにおいてＡＩＳを診断する強力な能力を示したことを示す。図２４Ａは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された、ランク付けで上位１０個の転写物（ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１ＢおよびＰＬＸＤＣ２）の組合せが、発見コホートの対象の９８．４％を、９７．４％の感度および１００％の特異性で正確に分類するのに十分であったことを示している。図２４Ｂ、２４Ｃおよび２４Ｄは、発見コホート神経学的無症候性対照およびそれらのＡＩＳ対応物で観察された、ランク付けで上位１０個の転写物の協調発現レベルを示す。ＡＩＳ患者は、対照と比較して、上位１０個のマーカーにわたって異なるパターン発現を示した。
【図２４ＢＣ】図２４Ａ〜図２４Ｄは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された末梢血液転写物が、発見コホートにおいてＡＩＳを診断する強力な能力を示したことを示す。図２４Ａは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された、ランク付けで上位１０個の転写物（ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１ＢおよびＰＬＸＤＣ２）の組合せが、発見コホートの対象の９８．４％を、９７．４％の感度および１００％の特異性で正確に分類するのに十分であったことを示している。図２４Ｂ、２４Ｃおよび２４Ｄは、発見コホート神経学的無症候性対照およびそれらのＡＩＳ対応物で観察された、ランク付けで上位１０個の転写物の協調発現レベルを示す。ＡＩＳ患者は、対照と比較して、上位１０個のマーカーにわたって異なるパターン発現を示した。
【図２４Ｄ】図２４Ａ〜図２４Ｄは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された末梢血液転写物が、発見コホートにおいてＡＩＳを診断する強力な能力を示したことを示す。図２４Ａは、ＧＡ−ｋＮＮによって識別された、ランク付けで上位１０個の転写物（ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１ＢおよびＰＬＸＤＣ２）の組合せが、発見コホートの対象の９８．４％を、９７．４％の感度および１００％の特異性で正確に分類するのに十分であったことを示している。図２４Ｂ、２４Ｃおよび２４Ｄは、発見コホート神経学的無症候性対照およびそれらのＡＩＳ対応物で観察された、ランク付けで上位１０個の転写物の協調発現レベルを示す。ＡＩＳ患者は、対照と比較して、上位１０個のマーカーにわたって異なるパターン発現を示した。
【００５５】
【図２５Ａ】図２５Ａ〜２５Ｄは、発見コホートにおいて識別された上位１０個の転写マーカーが、検証コホートにおいてＡＩＳ患者と対照の間を区別する強い能力を示したことを示す。図２５Ａは、検証コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｂによって、ＡＩＳ患者を検証コホートにおける神経学的無症候性対照と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９２．３％の感度および１００％の特異性で、対象の９５．６％を正確に識別できたことが示される。図２５Ｃは、検証コホートＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｄによって、検証コホートにおけるＡＩＳ患者を疑似脳卒中と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９７．４％の特異性および９３．３％の感度で、９６．３％の対象を正確に識別することができたことが示される。
【図２５Ｂ】図２５Ａ〜２５Ｄは、発見コホートにおいて識別された上位１０個の転写マーカーが、検証コホートにおいてＡＩＳ患者と対照の間を区別する強い能力を示したことを示す。図２５Ａは、検証コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｂによって、ＡＩＳ患者を検証コホートにおける神経学的無症候性対照と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９２．３％の感度および１００％の特異性で、対象の９５．６％を正確に識別できたことが示される。図２５Ｃは、検証コホートＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｄによって、検証コホートにおけるＡＩＳ患者を疑似脳卒中と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９７．４％の特異性および９３．３％の感度で、９６．３％の対象を正確に識別することができたことが示される。
【図２５Ｃ】図２５Ａ〜２５Ｄは、発見コホートにおいて識別された上位１０個の転写マーカーが、検証コホートにおいてＡＩＳ患者と対照の間を区別する強い能力を示したことを示す。図２５Ａは、検証コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｂによって、ＡＩＳ患者を検証コホートにおける神経学的無症候性対照と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９２．３％の感度および１００％の特異性で、対象の９５．６％を正確に識別できたことが示される。図２５Ｃは、検証コホートＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｄによって、検証コホートにおけるＡＩＳ患者を疑似脳卒中と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９７．４％の特異性および９３．３％の感度で、９６．３％の対象を正確に識別することができたことが示される。
【図２５Ｄ】図２５Ａ〜２５Ｄは、発見コホートにおいて識別された上位１０個の転写マーカーが、検証コホートにおいてＡＩＳ患者と対照の間を区別する強い能力を示したことを示す。図２５Ａは、検証コホートＡＩＳ患者と神経学的無症候性対照の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｂによって、ＡＩＳ患者を検証コホートにおける神経学的無症候性対照と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９２．３％の感度および１００％の特異性で、対象の９５．６％を正確に識別できたことが示される。図２５Ｃは、検証コホートＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間の上位１０個の転写物の末梢血の示差的発現を示す。図２５Ｄによって、検証コホートにおけるＡＩＳ患者を疑似脳卒中と比較するとき、組み合わせて使用された上位１０個の転写物が、９７．４％の特異性および９３．３％の感度で、９６．３％の対象を正確に識別することができたことが示される。
【００５６】
【図２６Ａ】図２６Ａ〜図２６Ｄは、ｑＰＣＲを使用して血漿ｃｆＤＮＡを検出するために使用されるパラダイムを示す。図２６Ａは、ＧＦＰ６０５スパイクイン対照の生成に使用したプライマーを示す。図２６Ｂは、精製されたＧＦＰ６０５の精製後の電気泳動を示す。図２６Ｃは、ＴＥＲＴおよびＧＦＰ６０５スパイクイン対照の検出のために設計されたプライマーを示す。図２６Ｄは、全ヒトＤＮＡ、精製ＧＦＰ６０５スパイクイン、または両方の組合せを鋳型として使用して、ＴＥＲＴおよびＧＦＰ６０５の１０８ｂｐ内部断片を標的とするように設計されたプライマーを使用して生成されたＰＣＲ産物を示す。
【図２６ＢＣＤ】図２６Ａ〜図２６Ｄは、ｑＰＣＲを使用して血漿ｃｆＤＮＡを検出するために使用されるパラダイムを示す。図２６Ａは、ＧＦＰ６０５スパイクイン対照の生成に使用したプライマーを示す。図２６Ｂは、精製されたＧＦＰ６０５の精製後の電気泳動を示す。図２６Ｃは、ＴＥＲＴおよびＧＦＰ６０５スパイクイン対照の検出のために設計されたプライマーを示す。図２６Ｄは、全ヒトＤＮＡ、精製ＧＦＰ６０５スパイクイン、または両方の組合せを鋳型として使用して、ＴＥＲＴおよびＧＦＰ６０５の１０８ｂｐ内部断片を標的とするように設計されたプライマーを使用して生成されたＰＣＲ産物を示す。
【００５７】
【図２７】図２７は、患者の臨床的および人口統計的特徴を示す。
【００５８】
【図２８】図２８Ａおよび２８Ｂは、ＡＩＳ患者および疑似脳卒中における循環ｃｆＤＮＡレベルを示す。図２８Ａは、ＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間の循環ｃｆＤＮＡレベルの比較を示す。図２８Ｂは、ＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間を識別するときのＡＩＳの識別子としての循環ｃｆＤＮＡレベルの感度および特異性を示す。
【００５９】
【図２９】図２９Ａおよび図２９Ｂは、ＡＩＳ患者における循環ｃｆＤＮＡレベルと傷害重症度の間の関係を示す。図２９Ａは、循環ｃｆＤＮＡレベルとＮＩＨＳＳの間の関係を示す。図２９Ｂは、循環ｃｆＤＮＡレベルと梗塞容積の間の関係を示す。
【００６０】
【図３０】図３０は、ＡＩＳ患者における循環ｃｆＤＮＡレベルと好中球数の間の関係を示す。
【発明を実施するための形態】
【００６１】
概要
本明細書で、患者で虚血性脳卒中を評価するための方法が提供される。本方法は、患者から得られる体液（例えば、血液）で無細胞核酸（例えば、無細胞ＤＮＡ）のレベルを測定するステップを含むことができる。体液中の無細胞核酸のレベルは、参照値、例えば健康な個体または疑似脳卒中からの体液での無細胞核酸のレベルと比較することができる。体液中の無細胞核酸のレベルが参照値より高い（例えば、３倍高い）ならば、患者で虚血性脳卒中を検出することができる。一部の場合には、本明細書に開示される方法は、少なくとも８６％の感度および少なくとも７５％の特異性で虚血性脳卒中を疑似虚血から区別することができる。一部の場合には、無細胞核酸のレベルは、脳卒中による自然免疫系の活性化の状態（例えば、末梢血の好中球数によって表される）の指標であるか、または脳卒中によって引き起こされる損傷の重症度の指標である。一部の場合には、無細胞核酸のレベルが増加するにしたがって脳卒中の重症度が増加する。一部の場合には、無細胞核酸のレベルが増加するにしたがって脳卒中の重症度が減少する。虚血性脳卒中を評価するための方法は、１つまたは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するステップを含むことができる。後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルは、参照レベルと比較することができる。一部の場合には、試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸対全無細胞核酸の比が計算される。一部の実施形態では、虚血性脳卒中は、この比に基づいて評価することができる。
【００６２】
本明細書で、患者で虚血性脳卒中を評価するための方法を実施するためのデバイスも提供される。そのようなデバイスは、実行可能命令を記憶するメモリ、および実行可能命令を実行して本明細書に記載される方法を実施するプロセッサーを含むことができる。一部の場合には、デバイスは携帯型デバイスである。例えば、デバイスは、脳卒中認定センターへの患者の輸送およびトリアージを助けるために虚血性脳卒中および脳卒中の重症度を認定または除外するために、血栓溶解療法、または、脳卒中でない場合は適当なフォローアップ看護の早期投与を促進するために使用される臨床現場即時デバイスであってよい。
【００６３】
虚血性脳卒中を評価するための方法は、この開示全体で記載される方法の任意の組合せを含むことができる。例えば、虚血性脳卒中を評価するための方法は、以下の１つまたは複数を含むことができる：ａ）患者で遺伝子プロファイルを測定するステップ、ｂ）患者でＲＮＡプロファイルを測定するステップ、ｃ）患者でタンパク質プロファイルを測定するステップ、ｄ）本明細書に開示されるバイオマーカーの群の発現（例えば、ｍＲＮＡレベル、タンパク質レベルまたは両方）を測定するステップ、ｅ）患者の体液中の無細胞核酸レベルを測定するステップ、ｅ）神経病理学的画像化、および患者で血液細胞の血液プロファイルを測定することを含む脳卒中の他の評価。
【００６４】
本明細書で、対象（例えば、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象）で虚血性脳卒中を評価するための方法、デバイスおよびキットが提供される。対象における虚血性脳卒中を評価する方法は、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップ、バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ、および（例えば、コンピュータシステムを使用して）対象における虚血性脳卒中を評価するステップを含むことができる。本明細書で提供される方法は、例えば炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４、分化抗原群１６３、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２を含む、２つまたはそれよりも多くの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の）バイオマーカーの発現を測定するステップを含むことができる。
【００６５】
本明細書で提供される方法、デバイスおよびキットは、虚血性脳卒中の評価において、少なくとも約９６％の特異性および少なくとも約９６％の感度を達成することができる。一部の場合には、本方法、デバイスおよびキットは、２つのバイオマーカーの発現に基づく虚血性脳卒中の評価において、少なくとも約９６％の特異性および少なくとも約９６％の感度を達成することができる。一部の場合には、本方法、デバイスおよびキットは、４つのバイオマーカーの発現に基づく虚血性脳卒中の評価において、約１００％の特異性および約１００％の感度を達成することができる。
【００６６】
本明細書で提供されるキットは、対象からの試料中の２つまたはそれよりも多くの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の）バイオマーカーの発現を測定するためのプローブのパネルを含むことができる。プローブは、例えば炭疽毒素受容体２、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４、分化抗原群１６３、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質、ＤＮＡ結合阻害剤３、カテプシンＺ、キネシン様タンパク質１Ｂおよびプレキシンドメイン含有タンパク質２のうちの２つまたはそれよりも多く（例えば、４、５、６、７、８、９または１０個）の発現を測定するために使用することができる。
【００６７】
図２１は、対象における虚血性脳卒中を評価するための例示的方法を示す。末梢血（図２１、２１０２）は、対象から引き抜くことができる（図２１、２１０１）。血液中のバイオマーカーの群の発現は、アッセイによって測定することができる（図２１、２１０３）。一部の場合には、アッセイは、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）などのタンパク質をベースとしたアッセイであってよい。一部の場合には、アッセイは、核酸増幅を含むアッセイなどの、核酸をベースとしたアッセイであってよい。例示的な核酸ベースのアッセイには、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、例えば、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑ−ＲＴ  ＰＣＲ）が含まれる。一部の場合には、虚血性脳卒中を評価するために、バイオマーカーの群のタンパク質およびＲＮＡの両方の発現を測定することができる。さらなる場合には、血液細胞プロファイルアッセイなどの他のアッセイを、虚血性脳卒中を評価するためのバイオマーカーの発現と組み合わせて使用することができる。バイオマーカーの群の発現レベルは、コンピュータシステムによって分析することができる（図２１、２１０４）。一部の場合には、コンピュータシステムは、バイオマーカーの発現を参照と比較することができる。参照は、コンピュータシステムに保存することができる。あるいは、参照は、他のコンピュータ、データベースおよび／またはサーバーに保存することができ、ネットワーク（例えば、インターネット）を通してアクセス可能である（図２１、２１０７）。対象が虚血性脳卒中を有するかどうかの結果は、出力デバイス、例えばモニターに送ることができる（図２１、２１０５）。アッセイ、コンピュータシステムおよび出力デバイス（図２１、２１０３、２１０４および２１０５）は、単一のデバイス（図２１、２１０６）に一体化することができる。一部の場合には、そのようなデバイスは、臨床現場即時デバイス、例えば、携帯型の臨床現場即時デバイスであってよい。一部の場合には、コンピュータシステムは、スマートフォンであってよい。
【００６８】
本明細書で、虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別する方法が提供される。本方法は、虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイル、および同じまたは異なる虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを測定するステップ、ならびに、ポリヌクレオチドのプロファイルおよび／またはポリペプチドのプロファイルを参照プロファイルと比較することによってプロファイルを分析するステップを含むことができる。分析するステップは、非虚血性脳卒中状態と比較して虚血性脳卒中状態の下で異なる発現レベルを有するバイオマーカーを識別することができる。さらに、分析するステップは、非虚血性脳卒中状態と比較して虚血性脳卒中状態の下で異なる発現パターンを有する複数のバイオマーカーを決定することもできる。１つまたは複数のポリヌクレオチドおよびこの１つまたは複数のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、非虚血性脳卒中状態の下でのそれらの発現レベルと比較して虚血性脳卒中状態の下で、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの両方の発現レベルが増加または減少するならば、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別することができる。
【００６９】
本明細書で、生体試料中のバイオマーカーのプロファイル（例えば、発現レベル）を評価することによって虚血性脳卒中を検出するための方法、デバイスおよびキットが提供される。本方法は虚血性脳卒中のタイムリーな検出を可能にすることができ、そのことは効果的な処置のために重大なことがある。そのような方法は、対象における虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリヌクレオチドバイオマーカーの群の発現パターン、および虚血性脳卒中の１つまたは複数のアダプタマーバイオマーカーの群の発現パターンを測定するステップ、発現パターンを分析するステップ、ならびに対象における虚血性脳卒中を検出するステップを含むことができる。そのような方法は、対象における虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリヌクレオチドバイオマーカーの群の発現パターン、および虚血性脳卒中の１つまたは複数のアダプタマーバイオマーカーの群の発現パターンを測定するステップ、発現パターンを分析するステップ、ならびに対象における虚血性脳卒中を検出するステップを含むことができる。そのような方法は、対象における虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリヌクレオチドバイオマーカーの群の発現パターン、および虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリペプチドバイオマーカーの群の発現パターンを測定するステップ、発現パターンを分析するステップ、ならびに対象における虚血性脳卒中を検出するステップを含むことができる。バイオマーカーの発現パターンは、虚血性脳卒中を非虚血性脳卒中、外傷性脳損傷および／または疑似脳卒中から識別するために使用することができ、そのことは対象のために適する処置を選択するために重要なことがある。バイオマーカーの発現パターンは、虚血性脳卒中発症の時間を決定するために使用することもできる。バイオマーカーの発現パターンは、虚血性脳卒中の転帰を予測するために使用することもできる。バイオマーカーの発現パターンは、虚血性脳卒中の重症度を予測するために使用することもできる。一部の場合には、本方法は、約４．５時間以内に虚血性脳卒中を検出するために使用することができる。約４．５時間以内の虚血性脳卒中の診断は、脳卒中処置（例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ））の効果を増強することができる。一部の態様では、バイオマーカーの発現パターンは、処置の効果を測定するために使用することができる。一部の態様では、バイオマーカーの発現パターンは、処置の前、その間またはその後に測定することができる。虚血性脳卒中のバイオマーカーの発現パターンは、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ビーズをベースとした多重アッセイ、マイクロアレイ、質量分析、または時間に敏感なおよび／またはベッドサイドの方法で実施することができる任意の他のアッセイによって測定することができる。
【００７０】
本明細書で、対象における虚血性脳卒中を検出するためのキットも提供される。本キットは、虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリヌクレオチドバイオマーカーを検出するためのプローブの第１のパネルおよび虚血性脳卒中の１つまたは複数のポリペプチドバイオマーカーを検出するためのプローブの第２のパネルを含むことができる。ポリヌクレオチドバイオマーカーを検出するためのプローブは、ポリヌクレオチドバイオマーカーにハイブリダイズすることが可能なオリゴヌクレオチドであってよい。ポリペプチドバイオマーカーを検出するためのプローブは、ポリペプチドバイオマーカーに結合することが可能な抗体であってよい。一部の場合には、虚血性脳卒中の診断で使用される検出可能なシグナルを提供するために、プローブは（例えば、蛍光色素で）標識されてもよい。
【００７１】
本明細書で、対象における虚血性脳卒中を検出するためのデバイスがさらに開示される。デバイスは、コンピュータシステムであってよい。デバイスは、実行可能命令を記憶するメモリ、および実行可能命令を実行して虚血性脳卒中を検出するための任意の方法を実施するプロセッサーを含むことができる。一部の場合には、デバイスは、本明細書に開示されるキットのプローブを使用して、対象における虚血性脳卒中のバイオマーカーを検出することができる。一部の態様では、デバイスは、虚血性脳卒中を検出することができる。デバイスは、病院および／または病院前の状況（例えば、救急車または患者の家）で使用するための携帯型デバイスであることを企図することができる。一部の場合には、デバイスは、フィラメントをベースとしたデバイスであってよい。
【００７２】
方法
対象（例えば、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象）において虚血性脳卒中を評価する方法が本明細書において提供される。
【００７３】
本明細書に開示される方法は、虚血性脳卒中を疑似脳卒中と識別し得る。一部の場合には、そのような方法の１つは、ａ）対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；ｂ）無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、参照試料は疑似脳卒中対象からのものであるステップ；およびｃ）試料または参照試料が無細胞核酸のより高いレベルを有するかを決定するステップのうちの１つまたは複数を含む。
【００７４】
本明細書に開示される方法は、高い特異性および感度で脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を評価し得る。一部の場合には、そのような方法の１つは、ａ）対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ；ｂ）無細胞核酸のレベルを参照試料中の無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、参照試料は非虚血性脳卒中対象からのものであるステップ；およびｃ）コンピュータシステムを使用して対象の虚血性脳卒中を評価するステップであって、少なくとも約８０％の感度および少なくとも約７５％の特異性で、虚血性脳卒中を非虚血性脳卒中から区別し得るステップのうちの１つまたは複数のステップを含む。
【００７５】
本明細書中に開示される方法は、１つまたは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルに基づいて虚血性脳卒中を評価し得る。一部の場合には、このような方法の１つは、ａ）後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するステップであって、無細胞核酸が虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中にあるステップ、ｂ）無細胞核酸のレベルを参照試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸の参照レベルと比較するステップであって、対照試料は健康対照対象または疑似脳卒中対象からのものであるステップのうちの１つまたは複数のステップを含む。本方法はまた、後成的マーカーを有する無細胞核酸の、試料中の総無細胞核酸レベルに対する比に基づいて、虚血性脳卒中を評価し得る。一部の態様では、後成的マーカーを有する無細胞核酸の、試料中の総無細胞核酸に対する比は、約０．０１〜約１００００の範囲であり得る。一部の態様では、後成的マーカーを有する遊離核酸の、試料中の総無細胞核酸に対する比は、少なくとも約０．０００５、０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００または少なくとも約１０００であり得る。一部の態様では、試料中の総無細胞核酸の、後成的マーカーを有する無細胞核酸に対する比は、少なくとも約０．０００５、０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００または少なくとも約１０００であり得る。そのような方法の１つは：ａ）虚血性脳卒中を有することが疑われる対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップ、ｂ）無細胞核酸のサブグループのレベルを測定するステップであって、無細胞核酸のサブグループが後成的マーカーを有するステップ；ｃ）無細胞核酸のレベルと無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比を決定するステップ；ｄ）比を、参照試料中の無細胞核酸のレベルと参照試料中の無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比である参照と比較するステップであって、参照試料中の無細胞核酸のサブグループが後成的マーカーを有し、参照試料が健常対照対象または疑似脳卒中対象からのものであるステップのうちの１つまたは複数を含み得る。一部の場合には、後成的マーカーを有する無細胞核酸の、試料中の総無細胞核酸に対する比が、参照試料中の無細胞核酸のレベルと参照試料中の無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比よりも高いとき、対象において虚血性脳卒中が検出され、ここで参照試料中の無細胞核酸のサブグループが後成的マーカーを有する。場合によって、後成的マーカーを有する無細胞核酸の、試料中の全無細胞核酸に対する比が、参照試料中の無細胞核酸のレベルと参照試料中の無細胞核酸のサブグループのレベルの間の比よりも高いとき、対象において虚血性脳卒中が検出されず、ここで参照試料中の無細胞核酸のサブグループが後成的マーカーを有する。
【００７６】
一部の実施形態では、無細胞核酸のレベルは、対象における梗塞容積を決定し得る。一部の実施形態では、無細胞核酸のレベルが増加するにつれ、梗塞容積が増加する。一部の実施形態では、無細胞核酸のレベルが減少するにつれ、梗塞容積が増加する。一部の実施形態では、無細胞核酸のより高いレベルは、より大きな梗塞容積と相関する。一部の実施形態では、無細胞核酸のより低いレベルは、より小さい梗塞容積と相関する。
【００７７】
本明細書の方法の任意のステップは、コンピュータシステムを使用して実施することができる。コンピュータシステムは、実行可能命令を記憶するメモリと、本明細書の方法の任意のステップを実施するために実行可能命令を実行するプロセッサーとを備え得る。一部の場合には、本明細書の評価ステップの１つまたは複数は、コンピュータシステムを使用して実施してもよい。
【００７８】
本方法は、対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するステップを含み得る。任意の従来のＤＮＡまたはＲＮＡ検出方法を、無細胞核酸の測定に使用してもよい。無細胞核酸を測定するステップは、無細胞核酸の量、濃度、または両方の検出を含み得る。一部の場合には、低コピー数核酸を検出するための任意の手段を使用して核酸を検出してもよい。低コピー数核酸を検出および定量する方法としては、分析的生化学法、例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー、質量分析、分光法、電気泳動（例えばゲル電気泳動）などが挙げられる。無細胞核酸のレベルの測定は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、例えば、本開示に記載の任意のＰＣＲ技術を使用して実施してもよい。一部の場合には、無細胞核酸のレベルは、定量的ＰＣＲ（例えば、定量的リアルタイムＰＣＲ）によって測定し得る。
【００７９】
無細胞核酸のレベルを測定するステップは、そのレベルが試料中の無細胞核酸のレベルを示す１つまたは複数のマーカー（１つまたは複数の遺伝子またはその断片）のレベルを測定することによって実施してもよい。一部の場合には、そのようなマーカーは、健常な対象または疑似脳卒中対象と比較してより高いレベルで虚血性脳卒中対象に存在し得る。無細胞核酸のレベルは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座、ミトコンドリアＤＮＡ、ミトコンドリアＲＮＡ（例えばミトコンドリアｍＲＮＡ）、Ｙ染色体遺伝子血液型抗原遺伝子様ＲＨＤ（分化抗原群２４０Ｄ（ＣＤ２４０Ｄ））、リボヌクレアーゼＰ  ＲＮＡ成分Ｈ１、ＡｌｕＪエレメント、内因性レトロウイルスグループ３、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミンキナーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、ベータ−グロビン、アルブミンファミリーのメンバー、テロメラーゼ逆転写酵素（ＴＥＲＴ）、またはその任意の組合せのレベルを検出することによって測定され得る。これらのマーカーのレベルの検出は、遺伝子（またはその断片）のレベルの検出、または転写物、例えばマーカーのｍＲＮＡ（またはその断片）の検出を含む。一部の場合には、そのようなマーカーはＴＥＲＴであってもよい。
【００８０】
無細胞核酸のレベルの測定は、プローブを使用して実施してもよい。同様に、１つまたは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸レベルの測定は、プローブを使用して実施してもよい。プローブは、無細胞核酸の少なくとも１つ、または１つもしくは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸の少なくとも１つに（例えば、直接または間接的に）結合し得る。一部の場合には、プローブは標識されてもよい。そのようなプローブおよび標識は、本明細書において開示される。一部の場合には、プローブはポリヌクレオチドであり得る。例えば、ポリヌクレオチドは、試料中の無細胞核酸の少なくとも１つとハイブリダイズし得る。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、二本鎖であってもよく、または一本鎖であってもよい。
【００８１】
試料中の無細胞核酸のレベルを測定する場合、ポリヌクレオチドを対照（例えば、外因性ポリヌクレオチド）として試料に添加してもよい。外因性ポリヌクレオチドのレベルは、核酸操作ステップ（例えば、単離、精製または濃縮）中の損失または偏りを示し得る。例えば、試料から核酸を単離または精製するとき、単離または精製ステップの前後のポリヌクレオチドのレベルを比較することによって、単離または精製の効率を決定し得る。一部の場合には、このようなポリヌクレオチドは、試料中の核酸の１つ（例えば、内因性ポリヌクレオチド）である。一部の場合には、そのようなポリヌクレオチドは、試料中に存在しない（例えば、外因性ポリヌクレオチド）。外因性ポリヌクレオチドは、合成されたものであってもよく、または試験される対象とは別の種からのものであってもよい。一部の場合には、外因性ポリヌクレオチドは、蛍光タンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ））またはその断片である。例えば、外因性ポリヌクレオチドは、ポンテリナ・プルマタ（Ｐｏｎｔｅｌｌｉｎａ  ｐｌｕｍａｔａ）ゲノムのＧＦＰコード部分に由来するＤＮＡ断片（例えば、６０５ｂｐ断片）の断片であってもよい。
【００８２】
一部の実施形態では、対象の試料中の無細胞核酸のレベルを測定した後、試料中の無細胞核酸のレベルを参照と比較してもよい。参照は、本開示に記載された任意の参照対象、例えば健康対象または疑似脳卒中対象からの参照試料中の無細胞核酸のレベルであってもよい。
【００８３】
虚血性脳卒中は、無細胞核酸と参照との比較に基づいて評価してもよい。一部の場合には、無細胞核酸のレベルが参照と比較して増加しているとき、対象における虚血性脳卒中が検出される。例えば、無細胞核酸のレベルが、参照と比較して、少なくとも約１％、５％、７％、１０％、２０％、４０％、６０％、８０％、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、または２０倍増加しているとき、対象における虚血性脳卒中が検出される。あるいは、無細胞核酸のレベルが参照と比較して減少しているとき、対象における虚血性脳卒中が検出され得る。例えば、無細胞核酸のレベルが参照と比較して、少なくとも約１％、５％、７％、１０％、２０％、４０％、６０％、８０％、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、または２０倍減少しているとき、対象における虚血性脳卒中が検出される。
【００８４】
本明細書の方法は、１つまたは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、１つまたは複数の後成的マーカーを有する無細胞核酸は、対象からの試料中の無細胞核酸のサブグループである。一部の場合には、無細胞核酸のサブグループは、後成的マーカーを有する遺伝子またはその断片を含み得る。一部の場合には、無細胞核酸のサブグループは、後成的マーカーを有する複数の遺伝子またはその断片であり得る。無細胞核酸のサブグループは、２つ以上の後成的マーカーを有し得る。
【００８５】
後成的マーカーは、ポリヌクレオチドのアセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化（ｓｕｍｏｙｌａｔｉｏｎ）、リボシル化、シトルリン化のうちの１つまたは複数を含み得る。一部の場合には、後成的な修飾は、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、リボシル化、またはヒストンのシトルリン化を含むヒストンの修飾を含み得る。
【００８６】
無細胞核酸のサブグループは、１つまたは限られた種類の細胞または組織に特異的なＲＮＡ転写物であり得る。例えば、無細胞核酸のサブグループは、１つまたは限られた種類の細胞または組織においてのみ、またはそこで主に転写されるＲＮＡであり得る。そのようなＲＮＡは、ｍＲＮＡであってもよく、またはマイクロＲＮＡであってもよい。一部の場合には、無細胞ＤＮＡのサブグループは、対象の神経血管単位からの細胞に特異的なｍＲＮＡ転写物であってもよい。
【００８７】
対象が脳卒中症状（例えば、虚血性脳卒中症状）を示した後、対象から試料を得てもよい。例えば、試料は、脳卒中症状（例えば、虚血性脳卒中症状）の発症から少なくとも約０．５、１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、１０、１２、１５、２０、２４、５０、７２、９６、または１２０時間後に、対象から得てもよい。
【００８８】
対象において脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を評価するステップは、以下のうちの１つまたは複数を含み得る：ａ）対象が脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を有するかを決定するステップ；ｂ）対象が、脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を有するリスクを評価するステップ；ｃ）対象の脳卒中重症度を評価するステップ；ｄ）対象の脳卒中の重症度を予測するステップ；ｅ）先天性免疫系の活性化を評価するステップ（例えば、対象の好中球数を評価するステップ）；ならびにｆ）脳卒中誘導損傷（例えば、心筋梗塞）を評価するステップ。無細胞核酸のレベルに基づいて１つまたは複数の評価を実施してもよい。例えば、好中球数は、試料中の無細胞核酸のレベルに基づいて決定してもよい。
【００８９】
無細胞核酸のレベルを、参照レベルと比較してもよい。参照レベルは、参照試料中の無細胞核酸のレベルであってもよい。参照試料は、健康対象から採取された試料であってもよい。参照試料は、非脳卒中対象から採取された試料であってもよい。例えば、参照試料は、疑似脳卒中を有する対象から採取された試料であってもよい。一部の場合には、参照をデータベースまたはサーバーに記憶してもよい。
【００９０】
本明細書中に開示される方法は、対象における虚血性脳卒中症状発症の時間を決定するステップを含み得る。一部の場合には、試料中の無細胞核酸のレベルを、虚血性脳卒中症状の発症の時間と相関させることによって、虚血性脳卒中症状発症の時間を決定してもよい。本発明に先立って、脳卒中症状発症の時間の決定は、特に患者が重篤度に含まれている場合、または事象が目撃されていない場合、しばしば困難かつ不正確である。これらの問題は、患者の発作の開始時期（臨床医および患者／代理の相互影響）ならびに患者に関わる臨床医師が保有する経験および／または適切な訓練の限界を評価するために現在使用されている技術の限界に一部は起因する。これらの状況は脳卒中および脳損傷犠牲者に有害である。なぜなら、脳卒中発症の時間の正確で偏向のない予測は、治療時点の患者の健康および転帰にとって非常に重要であるからである。ｔＰＡは依然として、症状発症の３時間以内に脳卒中を治療するために１９９６年にＦＤＡによって承認され、急性虚血性脳卒中の処置に適応された唯一のＦＤＡ認可の薬物である。現在、ＡＨＡ／ＡＳＡは、症状の発症から４．５時間以内に、この時間ウィンドウの延長を裏付ける科学諮問を公表している。本発明は、脳卒中症状の発症を決定する方法に関する。
【００９１】
対象（例えば、虚血性脳卒中を有することが疑われる対象）で虚血性脳卒中を評価する方法が本明細書において提供される。本方法は、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップを含み得る。次に、発現を参照と比較してもよい。対象における虚血性脳卒中は、この発現に基づいて（例えば、コンピュータシステムを使用して）評価してもよい。発現は、ＲＮＡ発現、タンパク質発現、またはその組合せであってもよい。
【００９２】
提供される方法は、脳卒中の診断の精度を高める。本明細書に開示される提供される方法および発明は、特異性および特異性の増大をもたらす。
【００９３】
本明細書では、虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別するための方法が提供される。本方法は、第１の虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、および第２の虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを測定するステップを含み得る。バイオマーカーの第１の群は、第１の虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイルをポリヌクレオチド参照プロファイルと比較することによって識別され得る。例えば、バイオマーカーの第１の群は、その発現レベルが、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較して、第１の虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる遺伝子を含み得る。バイオマーカーの第２の群は、第２の虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを、ポリペプチド参照プロファイルと比較することによって識別され得る。一部の場合には、バイオマーカーの第２の群は、その発現レベルが、ポリペプチド参照プロファイルと比較して、第２の虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートまたはダウンレギュレートされるポリペプチドを含み得る。本方法は、バイオマーカーの第１の群およびバイオマーカーの第２の群を分析するステップ、および虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別するステップをさらに含み得る。例えば、１つまたは複数のバイオマーカーは、そのｍＲＮＡ発現レベルおよびタンパク質発現レベルが、非虚血性脳卒中対象における遺伝子およびタンパク質発現レベルと比較して、アップレギュレートまたはダウンレギュレートされている遺伝子を含んでもよい。
【００９４】
試料は、生物体から得てもよく、または対象の構成要素（例えば、細胞）から得てもよい。試料は、任意の生物学的組織であってもまたは液体であってもよい。本明細書中の試料としては、脳細胞または組織、脳脊髄液、神経組織、痰、血液、血清、血漿、血液細胞（例えば、白血球）、組織試料、生検試料、尿、腹腔液および胸膜液、唾液、精液、乳房浸出液、涙液、粘液、リンパ、サイトゾル、腹水、羊水、膀胱洗浄液、気管支肺胞洗浄液またはそれ由来の細胞、とりわけ他の体液試料、ならびにその組合せが挙げられる。試料は体液であってもよい。体液は無細胞核酸を含んでもよい。そのような体液は、本明細書に記載の任意の流体試料であってもよい。例えば、体液は血液またはその画分であってもよい。一部の場合には、体液は血漿である。一部の場合には、体液は血清である。
【００９５】
無細胞核酸は、細胞に結合していない任意の細胞外核酸であってもよい。無細胞核酸は、血液中を循環する核酸であってもよい。あるいは、無細胞核酸は、他の体液、例えば尿中の核酸であってもよい。一部の場合には、無細胞核酸は、ＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、またはその断片である。一部の場合には、無細胞核酸は、ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、小型核小体ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、長ｎｃＲＮＡまたはその断片である。無細胞核酸は、二本鎖、一本鎖、またはそれらのハイブリッドであってもよい。無細胞核酸は、分泌または細胞死プロセス、例えば細胞壊死およびアポトーシスによって体液中に放出され得る。
【００９６】
本明細書に開示される方法は、１つまたは複数の種類の細胞または組織に特異的な無細胞核酸を測定するステップを含み得る。一部の場合には、ある種類の細胞または組織に特異的な無細胞核酸は、専らもしくは大部分がその種類の細胞もしくは組織から産生されるか、またはそれに由来する。一部の場合には、ある種類の細胞または組織に特異的な無細胞核酸も、他の種類の細胞または組織から産生されるか、またはそれに由来する。例えば、無細胞核酸は、神経血管単位の細胞に特異的であり得る。例えば、無細胞核酸は、好中球細胞外トラップに由来し得る。
【００９７】
一部の場合には、神経血管単位は、内皮細胞、基底板、星状細胞足プロセス、周皮細胞、ミクログリアまたはニューロンのうちの１つまたは複数を含む動的構造を含む。一部の場合には、好中球細胞外トラップは、細胞外繊維の網目状構造を含んでもよい。一部の場合には、細胞外繊維はＤＮＡを含んでもよい。一部の場合には、細胞外繊維は、好中球由来のＤＮＡを含んでもよい。
【００９８】
後成的マーカーは、１つまたは複数の種類の細胞または組織に特異的であり得る。一部の場合には、後成的マーカーは、１つまたは限られた種類の細胞または組織からの遺伝子によってのみ、またはそれによって主に有され得る。一部の場合には、後成的マーカーは、対象の神経血管単位からの細胞に特異的である。
【００９９】
上記の無細胞核酸または後成的マーカーは、脳、肺、肝臓、心臓、脾臓、膵臓、小腸、大腸、骨格筋、平滑筋、皮膚、骨、脂肪組織、毛髪、甲状腺、気管、胆嚢、腎臓、尿管、膀胱、大動脈、静脈、食道、横隔膜、胃、直腸、副腎、気管支、耳、眼、網膜、生殖器、視床下部、喉頭、鼻、舌、脊髄、または尿管、子宮、卵巣、精巣、および／またはその任意の組合せを含む、１つまたは複数の組織に特異的であり得る。
【０１００】
上記で考察された無細胞核酸または後成的マーカーは、トリコサイト、ケラチノサイト、ゴナドトロピン産生細胞、コルチコトロピン産生細胞、甲状腺刺激ホルモン産生細胞、成長ホルモン産生細胞、プロラクチン分泌細胞、クロム親和性細胞、傍濾胞細胞、グロムス細胞メラニン形成細胞、神経細胞、メルケル細胞、象牙芽細胞、セメント芽細胞、角膜実質細胞、網膜ミューラー細胞、網膜色素上皮細胞、ニューロン、グリア細胞（例えば希突起膠細胞星状細胞）、上衣細胞、松果体細胞、肺細胞（例えば、Ｉ型肺細胞およびＩＩ型肺細胞）、クララ細胞、杯細胞、Ｇ細胞、Ｄ細胞、腸クロム親和性細胞様細胞、胃主細胞、壁細胞、小窩細胞、Ｋ細胞、Ｄ細胞、Ｉ細胞、杯細胞、パネート細胞、腸細胞、マイクロフォールド細胞、肝細胞、肝星細胞（例えば、中胚葉由来のクッパー細胞）、胆嚢細胞、腺房中心細胞、膵臓星細胞、膵臓α細胞、膵臓β細胞、膵臓δ細胞、膵臓Ｆ細胞、膵臓ε細胞、甲状腺（例えば、濾胞上皮細胞）、副甲状腺（例えば、副甲状腺主細胞）、好酸性細胞、尿路上皮細胞、骨芽細胞、骨細胞、軟骨芽細胞、軟骨細胞、線維芽細胞、線維細胞、筋芽細胞、筋細胞、ミオサテライト細胞、腱細胞、心筋細胞、脂肪芽細胞、脂肪細胞、カハールの間質細胞、血管芽細胞、内皮細胞、メサンギウム細胞（例えば、髄腔内メサンギウム細胞および糸球体外メサンギウム細胞）、傍糸球体細胞、緻密斑細胞、間質細胞（ｓｔｒｏｍａｌ  ｃｅｌｌ）、間質細胞（ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ  ｃｅｌｌ）、テロサイト単純上皮細胞（ｔｅｌｏｃｙｔｅｓ  ｓｉｍｐｌｅ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌ）、有足細胞、腎臓近位尿細管刷子縁細胞、セルトリ細胞、ライディッヒ細胞、顆粒膜細胞、ペグ細胞、生殖細胞、精子卵子、リンパ球、骨髄細胞、内皮前駆細胞、内皮幹細胞、血管芽細胞、間葉系幹細胞、周辺壁細胞、および／またはその任意の組合せを含む、１つまたは複数の種類の細胞に特異的であり得る。
【０１０１】
試料は、新鮮なものであってももしくは、凍結されていてもよく、および／または、例えば、ヘパリン、クエン酸塩、またはＥＤＴＡを用いて処理されてもよい。試料は、組織学的目的のために採取された凍結切片などの組織の切片も含んでもよい。一部の場合には、試料は、虚血性脳卒中試料であってもよい。虚血性卒中試料は、虚血性脳卒中を有するか、または虚血性脳卒中を有するリスクを有する対象由来の試料であってもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中試料は、虚血性脳卒中を有する対象由来の試料であってもよい。例えば、虚血性脳卒中試料は、虚血性脳卒中の約０．５時間〜約１２０時間の範囲内の対象からの試料中のあってもよい。特定の例では、虚血性卒中試料は、虚血性脳卒中の約０．５時間、１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、５．５時間、６時間、６．５時間、７時間、７．５時間、８時間、１０時間、１２時間、１５時間、２０時間、２４時間、５０時間、７２時間、９６時間、１２０時間、１５０時間、または２００時間以内の対象由来の試料であってもよい。
【０１０２】
一部の場合には、試料は生体液であってもよい。試料が生物学的液体であるとき、流体試料の容積は１ｍＬ（ミリリットル）より大きくてもよい。一部の場合には、流体試料の容積は、約１．０ｍＬ〜約１５ｍＬの範囲内であってもよい。例えば、試料の容積は、約１．０ｍＬ、１．１ｍＬ、１．２ｍＬ、１．４ｍＬ、１．６ｍＬ、１．８ｍＬ、１．９ｍＬ、２ｍＬ、３ｍＬ、４ｍＬ、５ｍＬ、６ｍＬ、７ｍＬ、８ｍＬ、９ｍＬ、または１０ｍＬであってもよい。あるいは、場合によっては、流体試料の容積は、１ｍＬ以下であってもよい。例えば、試料の容積は、０．００００１ｍＬ、０．０００１ｍＬ、０．００１ｍＬ、０．０１ｍＬ、０．１ｍＬ、０．２ｍＬ、０．４ｍＬ、０．６ｍＬ、０．８ｍＬ、１ｍＬ未満であってもよい。
【０１０３】
本明細書に開示される試料は血液であってもよい。例えば、試料は末梢血であってもよい。一部の場合には、試料は血液の一部であってもよい。一例では、試料は血清であってもよい。別の例では、試料は血清であってもよい。別の例では、試料は、血液中を循環する１つまたは複数の細胞を含んでもよい。このような細胞としては、赤血球（例えば、赤血球）、白血球（例えば、好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、および単球（例えば、末梢血単核細胞）を含む、白血球）、血小板（例えば、血小板）、循環腫瘍細胞、または末梢血中を循環する任意の種類の細胞およびその組合せが挙げられる。
【０１０４】
試料は、対象由来であってもよい。一部の場合には、対象はヒト、例えば、ヒト患者であってもよい。一部の場合には、対象は、家畜（例えば、イヌまたはネコ）または霊長類などの哺乳動物を含む非ヒト動物であってもよい。試料は、１つまたは複数のポリペプチドもしくはタンパク質のバイオマーカー、または本明細書に開示されるポリヌクレオチドバイオマーカー（例えば、ｍＲＮＡ）を含んでもよい。対象は、状態（例えば、疾患）を有することが疑われる場合がある。例えば、対象は、脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を有することが疑われる場合がある。
【０１０５】
脳卒中は、脳の一部への血液供給が中断されるか、または重度に減少して、脳組織が酸素および栄養素を奪われたときに生じる医学的状態を指し得る。数分以内で、脳細胞は死に始める場合がある。脳卒中は、虚血性脳卒中、出血性脳卒中および一過性虚血発作（ＴＩＡ）を含み得る。虚血性脳卒中は、脳の領域への血流の減少または消失が生じ、組織の損傷または破壊をもたらすときに起こり得る。出血性脳卒中は、脳に位置する血管が破裂して、血液が脳組織に直接漏れ、蓄積するときに生じ得る。一時的な虚血発作または軽度脳卒中は、血管が一時的に閉塞したときに生じ得る。虚血性脳卒中には、血栓性、塞栓性、腋窩性および低灌流型の脳卒中を挙げることができる。
【０１０６】
虚血性脳卒中対象は、虚血性脳卒中を有するか、または虚血性脳卒中を有するリスクを有する対象を指し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中対象は、２４時間以内に虚血性脳卒中を有する対象であってもよい。特定の例において、虚血性脳卒中対象は、４．５時間以内に虚血性脳卒中を有する対象であってもよい。非虚血性脳卒中対象とは、虚血性脳卒中を有していない対象であってもよい。一部の場合には、非虚血性脳卒中対象とは、虚血性脳卒中を有さず、虚血性脳卒中を有するリスクのない対象であってもよい。
【０１０７】
脳卒中（例えば、虚血性脳卒中）を有する対象は、１つまたは複数の脳卒中症状を有する場合がある。脳卒中症状は、任意の種類の脳卒中（例えば、虚血性脳卒中または出血性脳卒中）の発症時に存在し得る。脳卒中症状は、任意の種類の脳卒中の発症の前または後に存在してもよい。脳卒中症状としては、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｔｒｏｋｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎが認める次のような症状が挙げられる：（ａ）顔、腕または脚の（特に身体の片側の）突然の麻痺または衰弱；（ｂ）突然の混乱、言葉遣いまたは理解の問題；（ｃ）一方または両方の眼の突然の視力トラブル；（ｄ）突然の歩行、めまい、バランスまたは調整の喪失という問題、および（ｅ）原因不明の突然の重度の頭痛。
【０１０８】
非虚血性脳卒中対象は、疑似脳卒中症状を有する場合がある。疑似脳卒中症状としては、疼痛、頭痛、失語症、失行症、失認症、健忘症、昏迷、混乱、めまい、昏睡、せん妄、認知症、発作、片頭痛不眠、過眠症、睡眠時無呼吸、振戦、運動障害、麻痺、視覚障害、複視、知覚異常、構音障害、半身不随、片側感覚消失および片側視野欠損が挙げられる。脳卒中に罹患していない対象に疑似脳卒中症状が存在するとき、症状は「疑似脳卒中（ｓｔｒｏｋｅ  ｍｉｍｉｃｓ）」と呼んでもよい。脳卒中の鑑別診断の状態としては、脳腫瘍（例えば、原発性および転移性疾患）、動脈瘤、感電、火傷、感染症（例えば、髄膜炎）、脳低酸素症、頭部損傷（例えば、脳震盪）、外傷性脳損傷、ストレス、脱水、神経麻痺（例えば、脳または末梢）、低血糖症、片頭痛、多発性硬化症、末梢血管障害、末梢神経障害、発作（例えば、大発作）、硬膜下血腫、失神、および一過性の片側性の衰弱が挙げられる。本明細書中に開示される虚血性脳卒中のバイオマーカーは、急性虚血性脳卒中をこれらの疑似脳卒中から区別することができるバイオマーカーであってもよい。一部の場合には、本明細書に開示されるバイオマーカーは、本明細書に開示される疑似脳卒中を識別することができる。一部の場合には、本明細書に開示されるバイオマーカーは、本明細書に開示される非脳卒中状態を識別することができる。
【０１０９】
バイオマーカーは、生体分子を指してもよい。一部の場合には、バイオマーカーは、疾患に関連する生体分子であってもよい。疾患に関連するとき、バイオマーカーは、非疾患状態と比較して疾患状態下で異なるプロファイルを有する場合がある。バイオマーカーは、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、炭水化物および脂質を含む、任意のクラスの生体分子であってもよい。一部の場合には、バイオマーカーはポリヌクレオチドであってもよい。一部の場合には、バイオマーカーは、ポリペプチドであってもよい。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらのハイブリダイゼーション、またはその任意の組合せを含む、任意の種類の核酸分子であってもよい。例えば、ポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡまたはマイクロＲＮＡであってもよい。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、血液中を循環する無細胞核酸分子であってもよく、または血液中を循環する細胞中の細胞核酸分子であってもよい。ポリペプチドまたはタンパク質は、その任意の断片、特に免疫学的に検出可能な断片を含むことが企図され得る。バイオマーカーは、フルサイズのバイオマーカーと同じまたは実質的に同じ機能を依然として有するような十分な配列を有するバイオマーカーの１つまたは複数の断片を含んでもよい。バイオマーカーの活性断片は、フルサイズバイオマーカーの活性の１００％、またはその活性の少なくとも約９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、もしくは少なくとも５０％を保持する。ある特定の場合によっては、バイオマーカーの活性断片は検出可能であってもよい（例えば、抗体によって検出可能なポリペプチド、またはオリゴヌクレオチドによって検出可能なポリヌクレオチド）。虚血性脳卒中のバイオマーカーは、虚血性脳卒中に関連する生体分子であってもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、虚血性脳卒中に関連するが、他の疾患と関連しない生体分子であってもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、虚血性脳卒中および他の疾患に関連する生体分子であってもよい。
【０１１０】
本明細書の方法、デバイス、およびキットは、状態を評価するために使用され得る。状態とは、対象の疾患または疾患のリスクであってもよい。例えば、本方法は、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップ、および発現に基づいて対象における疾患または疾患のリスクを評価するステップを含み得る。一部の場合には、状態は、脳卒中のリスク因子、例えば、高血圧、心房細動、高コレステロール、糖尿病、アテローム性動脈硬化症、循環障害、タバコ使用、アルコール使用、身体活動不能、肥満、年齢、性別、人種、家族歴、以前の脳卒中、以前の一過性虚血発作（ＴＩＡ）、線維筋性異形成、卵円孔開存、またはその任意の組合せであり得る。対象において１つまたは複数のリスク因子が知られている場合、例えば、バイオマーカーの群の発現と組み合わせて、そのリスク因子を使用して、対象における虚血性脳卒中または虚血性脳卒中のリスクを評価してもよい。
【０１１１】
状態とは疾患であり得る。疾患は虚血性脳卒中であってもよい。一部の場合には、疾患はアルツハイマー病またはパーキンソン病であってもよい。一部の場合には、疾患は、自己免疫疾患、例えば、急性播種性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、急性壊死性出血性白血球炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、アレルギー性喘息、アレルギー性鼻炎、円形脱毛症、アミロイドーシス、強直性脊椎炎、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質症候群（ＡＰＳ）、自己免疫再生不良性貧血、自己免疫自律神経障害、自己免疫肝炎、自己免疫脂質異常症、自己免疫不全、自己免疫内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫心筋炎、自己免疫性膵炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性血小板減少性紫斑病（ＡＴＰ）、自己免疫甲状腺疾患、軸索＆ニューロン神経障害、バロ病、ベーチエット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、キャッスルマン（Ｃａｓｔｌｅｍｅｎ）病、セリアックスプルー（非熱帯性）、シャーガス病、慢性疲労症候群、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー（ＣＩＤＰ）、慢性再発性多巣性骨髄炎（ＣＲＭＯ）、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡／良性粘膜類天疱瘡、クローン病、コーガン症候群、寒冷凝集素病、先天性心ブロック、コクサッキー心筋炎、クレスト病、本態性混合型クリオグロブリン血症、脱髄性ニューロパシー、皮膚筋炎、デビック病（視神経脊髄炎）、円板状ループス、ドレスラー症候群、子宮内膜症、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、実験的アレルギー性脳脊髄炎、エヴァンス症候群、線維筋痛症、線維性肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン（Ｈｅｎｏｃｋ−Ｓｃｈｏｎｉｅｉｎ）紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ腎症、免疫調節性リポタンパク質、封入体筋炎、インスリン依存性糖尿病（１型）、間質性膀胱炎、若年性関節炎、若年性糖尿病、川崎症候群、ランバート・イートン症候群、白血球破壊性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、木質性結膜炎、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ループス（ＳＬＥ）、ライム病、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ）、モーレン潰瘍、ムッハ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、視神経脊髄炎（デビック病）、好中球減少症、眼瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ、ＰＡＮＤＡＳ（溶連菌関連性小児自己免疫性神経精神疾患）、傍腫瘍性小脳変性症、発作性夜間血色素尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルグ症候群、パーソネージ・ターナー症候群、毛様体扁平部炎（末梢ブドウ膜炎）、天疱瘡、末梢ニューロパシー、静脈周囲脳脊髄炎、悪性貧血、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発動脈炎、Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型の多腺性自己免疫症候群、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、プロゲステロン皮膚炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、乾癬、乾癬性関節炎、特発性肺線維症、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、レイノー現象、反射性交感神経性ジストロフィー、ライター症候群、再発性多発性軟骨炎、下肢静止不能症候群、後腹膜線維症、リウマチ熱、慢性関節リウマチ、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、強皮症、スログレン（Ｓｌｏｇｒｅｎ）症候群、精子および精巣の自己免疫、全身硬直症候群、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、血小板減少性紫斑病（ＴＰＰ）、トロサ・ハント症候群、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化型結合組織病（ＵＣＴＤ）、ブドウ膜炎、血管炎、小水疱性皮膚症、白斑もしくはウェゲナー肉芽腫症または、慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、拡張型心筋症、心筋炎、多内分泌腺自己免疫（ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  ｐｏｌｙｅｎｄｏｃｒｉｎｅ）症候群Ｉ型（ＡＰＳ−Ｉ）、嚢胞性線維症性血管炎（ｃｙｓｔｉｃ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ  ｖａｓｃｕｌｉｔｉｄｅｓ）、後天性副甲状腺機能低下症、冠動脈疾患、落葉状天疱瘡、尋常性天疱瘡、ラスムッセン脳炎、自己免疫性胃炎、インスリン低血糖（ｉｎｓｕｌｉｎ  ｈｙｐｏｇｌｙｃｅｍｉｃ）症候群（平田病）、Ｂ型インスリン抵抗性、表皮肥厚、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、悪性貧血、治療抵抗性ライム関節炎、多発ニューロパシー、脱髄疾患、アトピー性皮膚炎、自己免疫性甲状腺機能低下症、白斑、甲状腺関連眼疾患、自己免疫性セリアック病、ＡＣＴＨ欠損症、皮膚筋炎、シェーグレン症候群、全身性硬化症、進行性全身性硬化症、モルフェア、原発性抗リン脂質症候群、慢性特発性蕁麻疹、結合組織症候群、壊死性半月体形成性糸球体腎炎（ＮＣＧＮ）、全身性血管炎、レイノー症候群、慢性肝疾患、内臓リーシュマニア、自己免疫性Ｃ１欠損症、膜増殖性糸球体腎炎（ＭＰＧＮ）、凝固時間延長、免疫不全、アテローム性動脈硬化症、神経細胞障害、腫瘍随伴性天疱瘡、腫瘍随伴性全身硬直症候群、腫瘍随伴性脳脊髄症、亜急性自律神経性神経障害、癌関連網膜症、腫瘍随伴性眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、下位運動ニューロン症候群、およびランバート・イートン筋無力症候群であってもよい。
【０１１２】
一部の場合には、疾患は、がん、例えば、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連がん、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門がん、虫垂がん、星細胞腫、小児小脳または大脳のがん、基底細胞癌、胆管がん、肝臓外、膀胱がん、骨がん、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、脳腫瘍、小脳正常細胞腫、脳腫瘍、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、脳腫瘍、上衣細胞腫、脳腫瘍、髄芽細胞腫、脳腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、脳腫瘍、視覚伝導路および視床下部膠腫、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、小児期、カルチノイド腫瘍、消化管、原発不明癌、中枢神経系リンパ腫、原発性、小脳星（状）細胞腫、小児期、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、小児期、子宮頸がん、小児がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸がん、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、脱細胞性小円形細胞腫瘍、子宮内膜がん、上衣腫、食道がん、ユーイングファミリーの腫瘍のユーイング肉腫、頭蓋外生殖細胞腫瘍、小児期、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、眼がん、眼内黒色腫、眼がん、網膜芽細胞腫、胆嚢がん、胃（胃）がん、胃腸カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、生殖細胞腫瘍：頭蓋外、性腺外、または卵巣のがん、妊娠性絨毛腫瘍、脳幹神経膠腫、神経膠腫、小児大脳星細胞腫、神経膠腫、小児期視覚経路および視床下部、胃カルチノイド、毛状細胞白血病、頭頚部がん、心臓がん、肝細胞（肝臓）がん、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、視床下部および視覚経路神経膠腫、小児期、眼内黒色腫、膵島細胞癌（内分泌膵臓）、カポジ肉腫、腎がん（腎細胞がん）、喉頭がん、白血病、白血病、急性リンパ芽球白血病（急性リンパ球性白血病とも呼ばれる）、白血病、急性骨髄性（急性骨髄性白血病とも呼ばれる）、白血病、慢性リンパ球性白血病（慢性リンパ性白血病とも呼ばれる）、白血病、慢性骨髄性白血病（慢性骨髄性白血病とも呼ばれる）、白血病、毛状細胞、口唇および口腔腔内がん、肝臓がん（原発性）、肺がん、非小細胞、肺がん、小細胞、リンパ腫、リンパ腫、ＡＩＤＳ関連、リンパ腫、バーキット、リンパ腫、皮膚Ｔ細胞、リンパ腫、ホジキン、リンパ腫、非ホジキン（ホジキン以外の全てのリンパ腫の古い分類）、リンパ腫、原発性中枢神経系、マーカス・ホイットル（Ｍａｒｃｕｓ  Ｗｈｉｔｔｌｅ）、致死的な病気、マクログロブリン血症、ヴァルデンストレーム、骨の悪性線維性組織球腫／骨肉腫、髄芽細胞腫、小児期、黒色腫、黒色腫、眼内（眼）、メルケル細胞癌、中皮腫、成人悪性腫瘍、中皮腫、小児期、原発不明の転移性扁平上皮頸部がん、口腔がん、多発性内分泌機能低下症候群、小児期、多発性黒色腫／形質細胞新生物、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、脊髄形成異常／骨髄増殖性疾患、骨髄性白血病、慢性、骨髄性白血病、成人急性、骨髄性白血病、小児期急性、黒色腫、多発性（骨髄のがん）、骨髄増殖性障害、慢性、鼻腔および副鼻腔がん、鼻咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口腔がん、卵黄卵管がん、骨の骨肉腫／悪性線維性組織球腫、卵巣がん、卵巣上皮がん（表面上皮−間質腫瘍）、卵巣生殖細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、膵臓が���、膵臓がん、島細胞、副鼻腔および鼻腔のがん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、褐色細胞腫、松果体星状細胞腫、松果体胚細胞腫、松果体芽細胞腫およびテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、小児期、下垂体腺腫、形質細胞新生物／多発性黒色腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺がん、直腸がん、腎細胞癌（腎臓がん）、腎盂および尿管、転移性細胞がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、小児期、唾液腺がん、肉腫、ユーイングファミリーの腫瘍、肉腫、カポジ肉腫、肉腫、軟部組織、肉腫、子宮、セザリー症候群、皮膚がん（非黒色腫）、皮膚がん（黒色腫）、皮膚癌、メルケル細胞、小細胞肺がん、小腸がん、軟部組織肉腫、扁平上皮癌（皮膚がん（非黒色腫）参照）、原発不明扁平上皮頸部がん、転移性、胃がん、上咽頭原発性神経外胚葉腫瘍、小児期、Ｔ細胞リンパ腫、皮膚がん（菌状息肉腫およびセザリー症候群参照）、精巣がん、咽頭がん、胸腺腫、小児期、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺がん、甲状腺がん、小児期、腎盂および尿管の転移性細胞がん、栄養膜腫瘍、妊娠性、未知の原発部位、成人の癌腫、未知の原発部位、小児期、尿路および腎盂のがん、転移性細胞がん、尿道がん、子宮がん、子宮内膜、子宮肉腫、膣がん、視覚経路および視床下部神経膠腫、小児期、乳頭がん、ワルデンスレームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍（腎臓がん）、小児期であってもよい。
【０１１３】
一部の場合には、疾患は、炎症性疾患、感染性疾患、心血管疾患および代謝性疾患であってもよい。特定の感染症としては、限定するものではないが、ＡＩＤＳ、炭疽菌、ボツリヌス中毒、ブルセラ症、甲状腺炎、クラミジア感染、コレラ、コクシジオイデス症、クリプトスポリジウム症、シクロスポラ症、ジフテリア（dipheheria）、エールリヒア症、アルボウイルス脳炎、腸炎出血性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、ジアルジア症、淋病、デング熱、インフルエンザ菌、ハンセン病（らい病）、ハンタウイルス肺症候群、溶血性尿毒症症候群、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ヒト免疫不全ウイルス、レジオネラ症、リステリア症、ライム病、マラリア、麻疹、髄膜炎菌性疾患、流行性耳下腺炎、百日咳（百日咳）、伝染病、麻痺性灰白髄炎、オウム病、Ｑ熱、狂犬病、ロッキー山発疹熱、風疹、先天性風疹症候群（ＳＡＲＳ）、細菌性赤痢、天然痘、連鎖球菌性疾患（侵襲性Ａ群）、連鎖球菌毒素性ショック症候群、肺炎連鎖球菌、梅毒、破傷風、毒素性ショック症候群、旋毛虫病、結核、野兎病、腸チフス、バンコマイシン中耐性黄色ブドウ球菌、水痘、黄熱病、変異型クロイツフェルトヤコブ病（ｖＣＪＤ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、Ｈｅｎｄｒａウイルス感染、ヒトのサル痘、インフルエンザＡ、Ｈ５Ｎ１、ラッサ熱、マールブルグ出血熱、ニパウイルス、オニョン（Ｏ’ｎｙｏｎｇ）熱、リフトバレー熱、ベネズエラウマ脳炎および西ナイルウイルスが挙げられる。
【０１１４】
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法、デバイスおよびキットは、本明細書に開示されている疾患の１つまたは複数を検出することができる。一部の実施形態では、本明細書に開示される１つまたは複数のバイオマーカーを使用して、本明細書に開示される１つまたは複数の疾患を評価してもよい。一部の実施形態では、本明細書に開示されているバイオマーカーの１つまたは複数を使用して、本明細書に開示される１つまたは複数の疾患を検出してもよい。
【０１１５】
本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質（ＭＡＬ）、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、運動タンパク質、および色素上皮由来因子の受容体のうちの１つまたは複数を含んでもよい。例えば、本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバーＭＡＬ、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、運動タンパク質、および色素上皮由来因子の受容体のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個を含んでもよい。
【０１１６】
バイオマーカーの中で、炭疽毒素受容体は、炭疽毒素受容体１（ＡＮＴＸＲ１）および炭疽毒素受容体２（ＡＮＴＸＲ２）を含んでもよい。一部の場合には、炭疽毒素受容体は、ＡＮＴＸＲ１であってもよい。バイオマーカーの中で、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼは、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ３（ＳＴＫ３）およびセリン／トレオニン−プロテインキナーゼ４（ＳＴＫ４）を含んでもよい。一部の場合には、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼは、ＳＴＫ３であってもよい。バイオマーカーのうちでも、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼとしては、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム１（ＰＤＫ１）、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム２（ＰＤＫ２）、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム３（ＰＤＫ３）、およびピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼアイソザイム４（ＰＤＫ４）が挙げられる。一部の場合には、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼは、ＰＤＫ４であってもよい。バイオマーカーの中で、分化抗原群ファミリーメンバーは、分化抗原群１６３（ＣＤ１６３）であってもよい。バイオマーカーの中で、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤は、ＧＲＢ２関連アダプタータンパク質（ＧＲＡＰ）およびＧＲＢ２関連アダプタータンパク質２（ＧＲＡＰ２）を含んでもよい。一部の場合には、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤は、ＧＲＡＰであってもよい。バイオマーカーのうち、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーは、ＤＮＡ結合の阻害剤１（ＩＤ１）、ＤＮＡ結合の阻害剤２（ＩＤ２）、ＤＮＡ結合の阻害剤３（ＩＤ３）、およびＤＮＡ結合の阻害剤４（ＩＤ４）を含んでもよい。一部の場合には、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーは、ＩＤ３であってもよい。バイオマーカーの中で、リソソームシステインプロテイナーゼは、ＣＴＳＢ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＦ、ＣＴＳＨ、ＣＴＳＫ、ＣＴＳＬ１、ＣＴＳＬ２、ＣＴＳＯ、ＣＴＳＳ、ＣＴＳＷ、およびＣＴＳＺを含む、カテプシン（ＣＴＳ）であってもよい。ＣＴＳＡ、ＣＴＳＤ、ＣＴＳＥ、およびＣＴＳＧを含む、他のＣＴＳを本明細書のバイオマーカーとして使用してもよい。一部の場合には、リソソームシステインプロテイナーゼは、ＣＴＳＺであってもよい。バイオマーカーの中で、運動タンパク質としては、キネシン様タンパク質５Ａ（ＫＩＦ５Ａ）、キネシン様タンパク質５Ｂ（ＫＩＦ５Ｂ）、キネシン様タンパク質５Ｃ（ＫＩＦ５Ｃ）、キネシン様タンパク質３Ａ（ＫＩＦ３Ａ）、キネシン様タンパク質３Ｂ（ＫＩＦ３Ｂ）、キネシン様タンパク質１７（ＫＩＦ１７）、キネシン様タンパク質１Ａ（ＫＩＦ１Ａ）、キネシン様タンパク質１Ｂ（ＫＩＦ１Ｂ）、キネシン様タンパク質１Ｃ（ＫＩＦ１Ｃ）、キネシン様タンパク質１３Ａ（ＫＩＦ１３Ａ）、キネシン様タンパク質１３Ｂ（ＫＩＦ１３Ｂ）、キネシン様タンパク質１６Ｂ（ＫＩＦ１６Ｂ）、キネシン様タンパク質４（ＫＩＦ４）、およびキネシン様タンパク質２１Ｂ（ＫＩＦ２１Ｂ）を含む、キネシン様タンパク質が挙げられる。一部の場合には、キネシン様タンパク質は、ＫＩＦ１Ｂであってもよい。バイオマーカーのうち、色素上皮由来因子の受容体としては、プレキシンドメイン含有タンパク質１（ＰＬＸＤＣ１）およびプレキシンドメイン含有タンパク質２（ＰＬＸＤＣ２）が挙げられる。一部の場合には、色素上皮由来因子の受容体は、ＰＬＸＤＣ１であってもよい。一部の場合には、本明細書中に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個を含んでもよい。
【０１１７】
本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、本明細書に開示されるバイオマーカーの任意の組合せを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体およびセリン／トレオニン−プロテインキナーゼを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、およびピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、および分化抗原群ファミリーメンバーを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ならびにミエリンおよびリンパ球タンパク質を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、ならびにＲａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ならびにＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバーを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、ならびにリソソームシステインプロテイナーゼを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、ならびに運動タンパク質を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、運動タンパク質、ならびに色素上皮由来因子の受容体を含んでもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、炭疽毒素受容体、セリン／トレオニン−プロテインキナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼリポアミドキナーゼ、分化抗原群ファミリーメンバー、ミエリンおよびリンパ球タンパク質、Ｒａｓ−ＥＲＫ経路の阻害剤、ＤＮＡ結合ファミリーの阻害剤のメンバー、リソソームシステインプロテイナーゼ、運動タンパク質、ならびに色素上皮由来因子の受容体のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個を含んでもよい。
【０１１８】
本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２およびＳＴＫ３を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、およびＰＤＫ４を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、およびＣＤ１６３を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、およびＭＡＬを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、およびＧＲＡＰを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３を含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、およびＣＴＳＺを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、およびＫＩＦ１Ｂを含んでもよい。本明細書に開示されるバイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２を含んでもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個を含んでもよい。
【０１１９】
本明細書のバイオマーカーの群は、任意の数のバイオマーカーを含んでもよい。例えば、バイオマーカーの群は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、４００、８００、または１０００個のバイオマーカーを含んでもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個のバイオマーカーを含む。一部の場合には、バイオマーカーの群は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの約１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個を含んでもよい。一部の場合には、バイオマーカーの群は、図２３Ａおよび図２３Ｂに示されるバイオマーカーのうちの少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、または５０個を含んでもよい。
【０１２０】
本明細書に開示されるバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）としては、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１９（ＣＣＬ１９）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２１（ＣＣＬ２１）、ガレクチン３、進行したグリケーション最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、上皮好中球活性化タンパク質７８（ＥＮＡ７８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、分化抗原群３０（ＣＤ３０）、ケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２（ＣＳＰＧ２）、ＩＱモチーフ含有ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１（ＩＱＧＡＰ１）、オロソムコイド１（ＯＲＭ１）、アルギナーゼ１（ＡＲＧ１）、リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）、マトリックスメタロプロテイナーゼ９（ＭＭＰ９）、炭酸脱水酵素４（ＣＡ４）、ｓ１００カルシウム結合性タンパク質Ａ１２（ｓ１００Ａ１２）、またはその活性断片のうちの少なくとも１つが挙げられる。一部の場合には、本明細書中に開示されるバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）としては、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλ、またはその活性断片をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドが挙げられる。本明細書に開示されるバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）は、少なくとも１つのサイトカインまたはそのコードするポリヌクレオチドを含んでもよい。一部の場合には、本明細書に開示されるバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）としては、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグリカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮγ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＩＧＧ３、ＩＧＧ４、テニューリン１のアイソフォーム２、およびディスインテグリンのアイソフォーム２またはその活性断片のうちの少なくとも１つが挙げられる。一部の場合には、本明細書に開示されるバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）としては、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグリカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＦＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＪＡＫ２、ＣＣＲ７、ＡＫＡＰ７、ＩＬ１０、ＳＹＫ、ＩＬ８、ＭｙＤ８８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＩＬ２２Ｒ、ＩＬ２２、ＣＥＢＰＢ、図１０Ａ〜１０Ｈに列挙されるポリペプチドまたはその活性断片をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドが挙げられる。
【０１２１】
本発明のバイオマーカーのアミノ酸および対応する核酸配列は、当該分野で公知であり、公に入手可能な刊行物およびデータベースに見出すことができる。例示的な配列は、表１にＧｅｎＢａｎｋ受託番号の形式で示されている。
【０１２２】
【表１−１】
2018523469.tif 000003
【表１−２】
2018523469.tif 000004
【０１２３】
バイオマーカーは複数の形態で存在し得、その各々が本明細書に包含される。例えば、本明細書のバイオマーカーのバリアントは、少数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれよりも多くのヌクレオチドまたはアミノ酸残基が、表１に示される例示的受託番号に関して異なって存在してもよい。しかしながら、これらのバリアントは、本明細書中の方法、キットおよびデバイスにおいて使用されることを意図される。さらに、本明細書のバイオマーカーは、バイオマーカーの「誘導体」を含んでもよい。バイオマーカー（またはそのコード核酸分子）の、そのバイオマーカーの修飾形態への「誘導体」。所与のバイオマーカーの修飾形態は、このような修飾形態が修飾されていない形態の生物学的活性を保持する、少なくとも１つのアミノ酸置換、欠失、挿入またはその組合せを含んでもよい。アミノ酸置換は、その置換が同様の構造的または化学的特性（例えば、ロイシンのイソロイシンによる置換）をもたらすとき、「保存的」とみなすことができる。アミノ酸置換は、その構造および化学的性質が変化する（例えば、アルギニンのアラニンへの置換）性質において「非保存的」であり得る。所与のバイオマーカーの修飾形態は、修飾形態が所与のバイオマーカーの生物学的活性を保持する化学修飾を含んでもよい。そのような修飾としては、限定するものではないが、グリコシル化、リン酸化、アセチル化、アルキル化、メチル化、ビオチン化、グルタミル化グリシル化、イソプレニル化、リポイル化、ペグ化、ホスホパンテテイニル化、硫酸化、セレン化、およびＣ末端アミド化が挙げられる。他の修飾としては、ＩＳＧ化（ＩＳＧｙｌａｔｉｏｎ）、ＳＵＭＯ化、およびユビキチン化のような他のタンパク質に関与する修飾が挙げられる。さらに、修飾には、脱アミノ化および脱アミド化などのアミノ酸の化学的性質を変化させることに関与する修飾も含まれ得る。
【０１２４】
本明細書のバイオマーカーとしては、ユーザが虚血性脳卒中だけでなく、同時に、またはバイオマーカーの同じパネルもしくはセットを使用して他の状態も試験または検出することを望む場合には、任意の他の種類の脳卒中または他の非脳卒中状態を含む、虚血性脳卒以外の他の疾患または状態に関連するバイオマーカーを含んでもよい。他のこのようなバイオマーカーの非限定的な例としては、血圧に関するバイオマーカー（例えば、Ａ型ナトリウム利尿ペプチド、Ｃ型抗利尿ペプチド、ウロテンシンＩＩ、バソプレッシン、カルシトニン、アンギオテンシンＩＩ、アドレノメデュリンおよびエンドテリン）、凝固および止血に関連するバイオマーカー（例えば、Ｄ−ダイマー、プラスミン、ｂ−トロンボグロブリン、血小板因子４、フィブリノペプチドＡ、血小板由来成長因子、プロトロンビン、Ｐ−セレクチンおよびトロンビン）、急性期応答に関連するバイオマーカー（例えば、Ｃ反応性タンパク質、マンノース結合性タンパク質、ヒト好中球エラスターゼ、誘導性一酸化窒素合成酵素、リゾホスファチジン酸、マロンジアルデヒドＬＤＬ、リポポリサッカライド結合性タンパク質）、ならびに炎症に関連するバイオマーカー（例えば、インターロイキン、腫瘍壊死因子、ミエロペルオキシダーゼ、可溶性細胞間接着分子、血管細胞接着分子、単球走化性タンパク質−１）が挙げられる。このような他のバイオマーカーは、患者の健康状態および脳卒中の潜在的な原因のより良い全体的臨床像を得るのを助けることができる。そのようなバイオマーカーは、当業者の知識に基づいて選択してもよい。このようなバイオマーカーのさらなる例は、当該分野において、例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第７，６０８，４０６号で見出すことができる。
【０１２５】
虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを識別するための方法は、第１の虚血性脳卒中試料中のポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、および第２の虚血性脳卒中試料中のポリペプチドのプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、第１および第２の虚血性脳卒中試料は、同じ対象（例えば、同じ虚血性脳卒中患者）からのものであってもよい。一部の場合には、第１および第２の虚血性卒中試料は、異なる対象からのものであってもよい。第１および第２の虚血性卒中試料は、単一の試料の異なるアリコートであってもよい。例えば、第１および第２の虚血卒中試料は、虚血性脳卒中対象からの同じ血液試料の異なるアリコートであってもよい。一部の場合には、第１および第２の虚血性卒中試料は、異なる試料（例えば、異なる対象から、または同じ対象からであるが異なる時間に採取された血液試料）からのものであってもよい。一部の場合には、第１および第２の虚血性脳卒中試料は、異なる種類の試料であってもよい。例えば、１つの虚血性脳卒中試料は、血液試料であってもよく、他の虚血性脳卒中試料は、固形組織試料であってもよい。別の例では、１つの虚血性脳卒中試料は血漿であってもよく、他の虚血性脳卒中試料は血球であってもよい。
【０１２６】
ポリヌクレオチドのプロファイルは、ポリヌクレオチドの特徴および／または量を含んでもよい。ポリヌクレオチドのプロファイルは、対象の試料中の１つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル、後成的な修飾、および／または遺伝子のバリエーションを含んでもよい。一部の場合には、１つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルは、１つまたは複数の遺伝子のｍＲＮＡレベルであってもよい。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、患者の全血試料中の１つまたは複数の遺伝子のｍＲＮＡレベルであってもよい。１つまたは複数のポリヌクレオチドの後成的な修飾としては、１つまたは複数のポリヌクレオチドまたはその活性断片のアセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ＳＵＭＯ化（ｓｕｍｏｙｌａｔｉｏｎ）、リボシル化、またはシトルリン化が挙げられる。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、試料中の１つまたは複数のポリヌクレオチドのメチル化レベルであってもよい。１つまたは複数のポリヌクレオチドの遺伝的変異は、１つまたは複数の遺伝子またはその断片の単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）、挿入、欠失、挿入／欠失、再構成、コピー数変動（ＣＮＶ）を含んでもよい。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、試料中に１つまたは複数の欠失を有する遺伝子のレベルであってもよい。ポリヌクレオチドのプロファイルはまた、試料中の１つまたは複数の遺伝子の多型（例えば、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ））を含んでもよい。一部の場合には、ポリヌクレオチドのプロファイルは、任意の種類の核酸の発現レベルであってもよい。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、ゲノムから発現されるｍｉＲＮＡのレベルであってもよい。一部の場合には、ポリヌクレオチドのプロファイルは、体液（例えば、血液）中の無細胞ポリヌクレオチドの濃度も含んでもよい。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、血液中の１つまたは複数のゲノムＤＮＡ断片の無細胞ＤＮＡのレベルであってもよい。別の例では、ポリヌクレオチドのプロファイルは、血液中を循環する１種または複数のマイクロＲＮＡのレベルであってもよい。
【０１２７】
一部の場合には、ポリヌクレオチドのプロファイルは、ポリヌクレオチドの発現パターンを含んでもよい。例えば、ポリヌクレオチドの発現パターンは、ポリヌクレオチドの発現レベルであってもよい。別の例では、ポリヌクレオチドの発現パターンは、ポリヌクレオチドの参照プロファイルと比較した、ポリヌクレオチドの発現レベル差であってもよい。
【０１２８】
ポリヌクレオチドのプロファイルは、核酸分析方法によって測定し得る。一部の場合には、核酸分析方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）であってもよい。ＰＣＲの例としては、増幅断片長多型ＰＣＲ、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、Ａｌｕ  ＰＣＲ、非対称ＰＣＲ、コロニーＰＣＲ、ヘリカーゼ依存ＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、インバースＰＣＲ、インサイチュＰＣＲ、配列間特異的（ｉｎｔｅｒｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ）ＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、液滴デジタルＰＣＲ、リニア・アフター・ザ・エクスポネンシャル（ｌｉｎｅａｒ−ａｆｔｅｒ−ｔｈｅ  ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ）−ＰＣＲ（Ｌａｔｅ  ＰＣＲ）、ロングＰＣＲ、ネスト化ＰＣＲ、二本鎖ＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、またはシングルセルＰＣＲが挙げられる。特定の例において、核酸分析方法は、定量的ＰＣＲであってもよい。一部の場合には、定量的ＰＣＲは、リアルタイムＰＣＲ、例えば、リアルタイム定量的ＰＣＲであってもよい。リアルタイム定量的ＰＣＲでは、増幅産物の蓄積は、標的ＤＮＡの標準希釈液および未知量の標的ＤＮＡを含む試料の両方において連続的に測定し得る。標準曲線は、標準試料における初期鋳型濃度を、産物の特定の閾値濃度を生成するのに必要なＰＣＲサイクル数（Ｃｔ）と相関させることにより、構築し得る。試験試料において、標的ＰＣＲ産物の蓄積は、標準曲線からの標的ＤＮＡ濃度の補間を可能にする同じＣｔの後に測定してもよい。一部の場合には、定量的ＰＣＲは、競合的定量的ＰＣＲであってもよい。競合的定量的ＰＣＲでは、内部競合ＤＮＡを、既知の濃度で、連続的に希釈した標準試料および未知の（環境）試料の両方に添加してもよい。共増幅後、標準希釈液および未知試料の両方について、内部競合物および標的ＰＣＲ産物の比を計算してもよく、標準希釈液の最初の標的ＤＮＡ濃度に対して競合物−標的ＰＣＲ産物比をプロットする標準曲線を構築してもよい。競合物質と標的ＤＮＡの増幅効率が等しいとすれば、環境試料中の標的ＤＮＡの濃度を、この標準曲線から外挿してもよい。一部の場合には、定量的ＰＣＲは相対的定量的ＰＣＲであってもよい。相対的定量的ＰＣＲは、特異的核酸の相対濃度を決定し得る。例えば、対象から単離されたｍＲＮＡ種に対して逆転写酵素ＰＣＲを実施してもよい。特定のｍＲＮＡ種の濃度が変化することを決定することによって、本方法で、特定のｍＲＮＡ種をコードする遺伝子が示差的に発現されるかを決定し得る。定量的ＰＣＲを使用して、試料中のＤＮＡまたはＲＮＡのレベルを測定してもよい。一部の場合には、マイクロアレイを使用してポリヌクレオチドのプロファイルを測定してもよい。例えば、ポリヌクレオチドのプロファイルは、ゲノムマイクロアレイを使用したゲノムスキャンによって測定してもよい。
【０１２９】
核酸分析方法は、配列決定ステップを含んでもよい。配列決定ステップを使用して、本明細書の他の方法によって分析されたポリヌクレオチドを識別および／または定量してもよい。配列決定はまた、マキサム・ギルバート配列決定、チェーンターミネーションシークエンシング、ショットガンシークエンシングまたはブリッジＰＣＲを含む基本的な配列決定法によって実施してもよい。配列決定は、ハイスループット配列決定、ピロシークエンシング、合成による配列決定、単一分子配列決定、ナノポア配列決定、半導体配列決定、ライゲーション配列決定（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｌｉｇａｔｉｏｎ）、ハイブリダイゼーション配列決定（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、デジタル遺伝子発現（Ｈｅｌｉｃｏｓ）、次世代配列決定、合成による単一分子配列決定（ＳＭＳＳ）（Ｈｅｌｉｃｏｓ）、大規模並列配列決定、クローン単一分子アレイ（Ｓｏｌｅｘａ）、ショットガンシークエンシング、マキサム・ギルバートまたはサンガー配列決定、プライマーウォーキング、Ｉｌｌｕｍｉｎａを使用した配列決定、ＰａｃＢｉｏ、ＳＯＬｉＤ、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ、４５４、またはナノポアプラットフォームを含む、大規模並行配列決定法によって実施してもよい。
【０１３０】
試料中のバイオマーカーの群の発現は、プローブであって、バイオマーカーの群の１つまたは複数のバイオマーカーに結合するプローブのパネルを、試料と接触させることによって測定してもよい。一部の場合には、１つのプローブは、バイオマーカーの群の複数のバイオマーカーに結合し得る。一部の場合には、１つのプローブは、バイオマーカーの群のうちの１つの特定のバイオマーカーのみに特異的に結合し得る。一部の場合には、プローブのパネルは、バイオマーカーの群の全てのバイオマーカーに結合し得る。一部の場合には、プローブのパネルは、バイオマーカーの群の全てではないが、一部のバイオマーカーに結合し得る。一部の場合には、プローブのパネルは、バイオマーカーに由来する分子に結合し得る。例えば、プローブは、バイオマーカーのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ）に由来する（例えば、逆転写された）ＤＮＡに結合し得る。
【０１３１】
バイオマーカーの群の発現は、アッセイを使用して測定することができる。アッセイは、本明細書中に開示される任意の核酸分析方法またはポリペプチド分析方法であってもよい。一部の場合には、アッセイは、本明細書に開示される任意の核酸法およびポリペプチド分析法の組合せであってもよい。アッセイは、ＰＣＲ、イムノアッセイ、またはその組合せであってもよい。アッセイは、本明細書中に開示される核酸分析において使用される任意の種類のＰＣＲであってもよい。例えば、ＰＣＲは、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応であってもよい。アッセイはイムノアッセイであってもよい。イムノアッセイの例としては、免疫沈降、粒子イムノアッセイ、免疫比濁法、ラジオイムノアッセイ、酵素イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、蛍光イムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、およびウェスタンブロット分析が挙げられる。
【０１３２】
ポリペプチドのプロファイルは、ポリペプチドの特徴および／または量を含んでもよい。一部の場合には、ポリペプチドのプロファイルは、ポリペプチドの発現レベルであってもよい。ポリペプチドの発現レベルは、ポリペプチドの濃度または絶対量であってもよい。一部の場合には、ポリペプチドのプロファイルは、ポリペプチドの翻訳後修飾のレベルであってもよい。ポリペプチドまたはタンパク質は、複数の異なる形態で存在してもよい。これらの形態は、翻訳前および翻訳後修飾のいずれかまたは両方から生じ得る。翻訳前修飾形態としては、対立遺伝子バリアント、スプライスバリアントおよびＲＮＡ編集形態が挙げられる。翻訳後修飾形態としては、タンパク質分解的切断（例えば、シグナル配列または親タンパク質の断片の切断）、グリコシル化、リン酸化、脂質化、酸化、メチル化、システイン化、スルホン化およびアセチル化から生じる形態が挙げられる。ポリペプチドの翻訳後修飾としては、リン酸化、アセチル化、アミノ化、メチル化、グリコシル化、脂質化、またはポリペプチドの任意の他の化学修飾が挙げられる。
【０１３３】
一部の場合には、ポリペプチドのプロファイルは、ポリペプチドの発現パターンを含んでもよい。例えば、ポリペプチドの発現パターンは、そのポリペプチドの発現レベルであってもよい。別の例では、ポリペプチドの発現パターンは、ポリペプチド参照プロファイルと比較したそのポリペプチドの発現レベル差であってもよい。一部の場合には、発現パターンは、疾患状態におけるバイオマーカーの第１の群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加／減少であってもよい。一部の場合には、発現パターンは、非疾患状態のバイオマーカーの第１の群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加／減少であってもよい。一部の場合には、発現パターンは、疾患状態におけるバイオマーカーの第２の群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加／減少であってもよい。一部の場合には、発現パターンは、非疾患状態におけるバイオマーカーの第２の群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加／減少であってもよい。一部の場合には、発現パターンは、疾患および／または非疾患におけるＣＫ−ＭＢのレベル、ヘマトクリットパーセント、プロトロンビン時間、白血球数、リンパ球数、血小板数または好中球パーセントであってもよい。一部の場合には、発現パターンは、少なくとも１つのバイオマーカーが増加するか、および／または少なくとも１つのバイオマーカーが試料中で減少している場合があり得る。一部の場合には、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、２００、５００、１０００のバイオマーカーが試料で増加する。一部の場合には、試料中で少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、２００、５００、１０００が減少する。
【０１３４】
バイオマーカーの発現パターンは、統計的分析によって決定してもよい。一部の場合には、バイオマーカーの発現パターンは、統計的回帰によって測定してもよい。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、第１のバイオマーカー発現および第２のバイオマーカー発現の複数のスコアであってもよい。例えば、バイオマーカー１×バイオマーカー２の複数のスコア。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、第１のバイオマーカー発現および第２のバイオマーカー発現の複数のスコアであってもよく、ここで第１および第２のバイオマーカーは、同一または異なる治療群および／または疾患群にある。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、第１のバイオマーカー発現の第２のバイオマーカー発現に対する比であってもよい。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、第１のバイオマーカー発現の第２のバイオマーカー発現に対する比であってもよく、ここで第１および第２のバイオマーカーは同一または異なる治療群および／または疾患群にある。一部の態様では、第１のバイオマーカー発現の第２のバイオマーカー発現に対する比は、約０．０１〜約１００００の範囲であってもよい。一部の態様では、第１のバイオマーカー発現の第２のバイオマーカー発現に対する比は、少なくとも約０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００または少なくとも１０００であってもよい。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、多変量統計分析によって決定してもよい。多変量統計解析は、主成分分析、判別分析、判別分析による主成分分析、部分最小二乗、判別分析による部分最小二乗、正則相関、カーネル主成分分析、非線形主成分分析、因子分析、多次元分析スケーリング、およびクラスター分析であってもよい。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、主要成分分析によって決定してもよい。別の例では、バイオマーカーの発現パターンは、機械学習および／またはパターン認識によって決定してもよい。
【０１３５】
ポリペプチドのプロファイルは、ポリペプチド分析方法によって測定してもよい。ポリペプチド分析方法は、質量分析法、マルチプレックスアッセイ、マイクロアレイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、またはその任意の組合せを含んでもよい。質量分析法（ＭＳ）を使用して、タンパク質の異なる形態を分析し得る。なぜなら、異なる形態は、典型的には、質量分析法によって解明することができる異なる質量を有するからである。したがって、ポリペプチドまたはタンパク質の１つの形態が、バイオマーカーの別の形態よりも疾患のためのより良いバイオマーカーである場合、質量分析法を使用して、有用な形態を特異的に検出および測定してもよい。ＭＳとしては、飛行時間（ＴＯＦ）ＭＳ（例えば、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）ＴＯＦ  ＭＳ）、表面増強レーザー脱離／イオン化（ＭＥＬＤＩ）ＭＳ、エレクトロスプレーイオン化ＭＳ、またはフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＦＴ−ＩＣＲ）ＭＳが挙げられる。マルチプレックスアッセイとしては、ファージディスプレイ、抗体プロファイリング、またはＬｕｍｉｎｅｘプラットフォームを使用するアッセイが挙げられる。ポリペプチドのプロファイルを分析するためのマイクロアレイとしては、分析用マイクロアレイ、機能性タンパク質マイクロアレイ、または逆相タンパク質マイクロアレイが挙げられる。一部の場合には、ポリペプチドまたはタンパク質のプロファイルは、プロテオミクスマイクロアレイを使用したプロテオームスキャン（例えば、全プロテオームスキャン）によって測定してもよい。
【０１３６】
ある分析方法が、異なる形態のタンパク質バイオマーカーを区別する能力は、その相違の性質および測定に使用される方法に依存し得る。例えば、モノクローナル抗体を使用するイムノアッセイは、エピトープを含むタンパク質の全ての形態を検出することができ、それらの間を識別しない。しかしながら、タンパク質上の異なるエピトープに対する２つの抗体を使用するサンドイッチイムノアッセイは、両方のエピトープを含むタンパク質の全ての形態を検出し得、エピトープの１つのみを含む形態を検出しない。バイオマーカーのプロファイルを測定するための１つの方法論は、質量分析をイムノアッセイと組み合わせてもよい。第１に、生体特異的捕捉試薬（例えば、バイオマーカーおよびその他の形態を認識する抗体）を使用して、目的のバイオマーカーを捕捉してもよい。生体特異的捕捉試薬は、ビーズ、プレート、膜またはアレイのような固相に結合してもよい。未結合物質が洗い流された後、捕捉された分析物は、質量分析によって検出および／または測定してもよい。この方法はまた、タンパク質に結合しているか、そうでなければ抗体によって認識され、それ自体がバイオマーカーであり得るタンパク質結合パートナーの捕捉をもたらし得る。質量分析の様々な形態は、レーザー脱着アプローチ、例えば、伝統的なＭＡＬＤＩまたはＳＥＬＤＩ、およびエレクトロスプレーイオン化を含む、タンパク質形態の検出に有用である。バイオマーカーに特異的な固定化された抗体の使用も企図される。この抗体は、様々な固体支持体、例えば、磁性またはクロマトグラフィーマトリックス粒子、アッセイ部位の表面（マイクロタイターウェルなど）、固体基材材料または膜（例えば、プラスチック、ナイロン、紙）などのピースなどの上に固定してもよい。アッセイストリップは、固体支持体上に抗体または複数の抗体をアレイでコーティングすることによって調製してもよい。次いで、このストリップを試験試料に浸漬し、次いで洗浄および検出ステップを介して迅速に処理して、有色スポットなどの測定可能なシグナルを生成してもよい。
【０１３７】
バイオマーカーの存在またはレベルは、任意の適切なイムノアッセイ、例えば酵素結合イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、競合結合アッセイなどを使用して測定してもよい。バイオマーカーへの抗体の特異的な免疫学的結合は、直接的または間接的に検出し得る。直接標識としては、抗体に結合した蛍光タグまたは発光タグ、金属、色素、放射性核種などが挙げられる。間接的標識としては、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼなどの当該分野で周知の種々の酵素が挙げられる。
【０１３８】
複数のバイオマーカーの分析は、１つの試験試料とは別個に実施してもよく、または同時に実施してもよい。バイオマーカーの分離アッセイまたは連続アッセイのために、適切な装置としては、臨床実験分析装置、例えば、ＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）（Ｒｏｃｈｅ）、ＡＸＳＹＭ（登録商標）（Ａｂｂｏｔｔ）、ＡＣＣＥＳＳ（登録商標）（Ｂｅｃｋｍａｎ）、ＡＤＶＩＡ（登録商標）ＣＥＮＴＡＵＲ（登録商標）（Ｂａｙｅｒ）イムノアッセイシステム、ＮＩＣＨＯＬＳ  ＡＤＶＡＮＴＡＧＥ（登録商標）（Ｎｉｃｈｏｌｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）イムノアッセイシステムなどが挙げられる。装置またはタンパク質チップは、単一表面上で複数のバイオマーカーの同時アッセイを実施することができる。有用な物理フォーマットは、複数の異なる分析物の検出のための複数の個別のアドレス指定可能な位置を有する表面を含む。そのようなフォーマットとしては、タンパク質マイクロアレイまたは「タンパク質チップ」（例えば、NgおよびIlag、J.CellMol.６巻：３２９〜３４０頁（２００２年）を参照のこと）および特定のキャピラリーデバイス（例えば、米国特許第６，０１９，９４４号を参照のこと）が挙げられる。これらの実施形態では、各別個の表面位置は、各位置での検出のために１つまたは複数の分析物（例えば、バイオマーカー）を固定するための抗体を含み得る。表面は、代わりに、表面の別個の位置に固定された１つまたは複数の別個の粒子（例えば、微粒子またはナノ粒子）を含んでもよく、ここで微小粒子は、検出のための１つの分析物（例えばバイオマーカー）を固定する抗体を含む。タンパク質バイオチップとしてはさらに、例えば、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ、Ｃａｌｉｆ．）、Ｐａｃｋａｒｄ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ  Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｍｅｒｉｄｅｎ  Ｃｏｎｎ．）、Ｚｙｏｍｙｘ（Ｈａｙｗａｒｄ、Ｃａｌｉｆ．）、Ｐｈｙｌｏｓ（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、Ｍａｓｓ．）およびＢｉａｃｏｒｅ（Ｕｐｐｓａｌａ、Ｓｗｅｄｅｎ）によって生成されたタンパク質バイオチップが挙げられる。このようなタンパク質バイオチップの例は、その各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、以下の特許または公開特許出願に記載されている：米国特許第６，２２５，０４７号；ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９９／５１７７３；米国特許第６，３２９，２０９号、国際公開第番号ＷＯ００／５６９３４号、および米国特許第５，２４２，８２８号。
【０１３９】
虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別するステップは、虚血性脳卒中試料からのポリヌクレオチドのプロファイルを分析するステップを含み得る。ポリヌクレオチドのプロファイルを分析するステップは、ポリヌクレオチドのプロファイルをポリヌクレオチド参照プロファイルと比較するステップを含み得る。一部の場合には、ポリヌクレオチドのプロファイルを参照プロファイルと比較するステップは、虚血性脳卒試料中のポリヌクレオチドと参照プロファイル中のポリヌクレオチドの間の発現レベル差を決定するステップを含み得る。虚血性脳卒中の試料中のポリヌクレオチドの発現レベルが、参照プロファイルのポリヌクレオチドの発現レベルと比較してアップレギュレートまたはダウンレギュレートされているとき、ポリヌクレオチドは、バイオマーカーとして識別され得る。バイオマーカーは、虚血性脳卒中と関連し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーとしてバイオマーカーを識別するために、さらなる解析を実施してもよい。ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較したとき、そのポリヌクレオチドにおける、少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍の発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において検出されるとき、バイオマーカーとして識別することができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較したとき、そのポリヌクレオチドにおける、発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍増加するとき、バイオマーカーとして識別することができる。一部の場合には、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較したとき、そのポリヌクレオチドにおける発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍減少するとき、バイオマーカーとして識別することができる。
【０１４０】
虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別するステップは、虚血性脳卒中試料からのポリペプチドのプロファイルを分析するステップを含み得る。ポリペプチドのプロファイルを分析するステップは、ポリペプチドのプロファイルをポリペプチド参照プロファイルと比較するステップを含み得る。一部の場合には、ポリペプチドのプロファイルを参照プロファイルと比較するステップは、虚血性脳卒中試料中のポリペプチドと、参照プロファイル中のポリペプチドの間の発現レベル差を決定することを含み得る。虚血性脳卒中の試料中のポリペプチドの発現レベルが、参照プロファイルのポリペプチドの発現レベルと比較してアップレギュレートまたはダウンレギュレートされているとき、ポリペプチドはバイオマーカーであり得る。そのようなバイオマーカーは、虚血性脳卒中と関連し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーとしてバイオマーカーを識別するために、さらなる解析を実施してもよい。ポリペプチドは、ポリペプチド参照プロファイルと比較したとき、少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍のポリヌクレオチドにおける発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において検出されるとき、ポリペプチドはバイオマーカーとして識別され得る。一部の場合には、ポリペプチドは、ポリペプチド参照プロファイルと比較したとき、ポリペプチド中の発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍増加するとき、バイオマーカーとして識別され得る。一部の場合には、ポリペプチドは、ポリペプチド参照プロファイルと比較したとき、ポリペプチド中の発現レベル差が、虚血性脳卒中試料において少なくとも０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍減少するとき、バイオマーカーとして識別され得る。
【０１４１】
一部の態様では、バイオマーカーのプロファイルを分析するステップは、多変量統計分析を使用するステップを含み得る。
【０１４２】
虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別するための方法は、以下のうちの１つまたは複数を含み得る：ａ）虚血性卒中試料の遺伝子の群の発現および非虚血性脳卒中試料の遺伝子の群の発現を測定するステップであって、イムノアッセイ、ポリメラーゼ連鎖反応、またはその組合せにより実施されるステップ；ｂ）虚血性卒中試料の遺伝子の群の発現および非虚血性脳卒中試料の遺伝子の群の発現を解析するステップであって、それによって虚血性脳卒中について断定的な遺伝子の複数のサブグループを特定する、ステップ；ならびにｃ）基準値を超える回数についてｂ）で識別されるサブグループ中に遺伝子が含まれる場合、その遺伝子の群の遺伝子をバイオマーカーとして指定するステップ。
【０１４３】
虚血性脳卒中のバイオマーカーは、機械学習および／またはパターン認識などの方法を使用して識別し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、予測モデルに基づいて識別され得る。モデルとして有用であるか、または予測モデルを設計する上で有用な確立された統計アルゴリズムおよび方法としては、限定するものではないが、以下が挙げられる：分散分析（ＡＮＯＶＡ）；ベイジアンネットワーク；ブースティングおよびＡｄａブースティング；ブートストラップ・アグリゲーティング（ｂｏｏｔｓｔｒａｐ  ａｇｇｒｅｇａｔｉｎｇ）（またはバギング）アルゴリズム；決定木による分類手法、例えば分類および回帰木（ＣＡＲＴ）、ブーステッド（ｂｏｏｓｔｅｄ）ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト（ＲＦ）、再帰分割木（ＲＰＡＲＴ）、およびその他；カード・アンド・ホエー（Ｃｕｒｄｓ  ａｎｄ  Ｗｈｅｙ：ＣＷ）；カード・アンド・ホエー−Ｌａｓｓｏ；次元縮小法、例えば主成分分析（ＰＣＡ）および因子回転または因子分析；線形判別分析（ＬＤＡ）、Ｅｉｇｅｎｇｅｎｅ線形判別分析（ＥＬＤＡ）、および二次判別分析を含む、判別分析；判別関数分析（ＤＦＡ）；因子回転または因子分析；遺伝的アルゴリズム；隠れマルコフモデル；カーネル（ｋｅｒｎｅｌ）ベースのマシンアルゴリズム、例えばカーネル密度推定、カーネル部分最小二乗アルゴリズム、カーネルマッチング追跡アルゴリズム、カーネルフィッシャー判別分析アルゴリズム、およびカーネル主成分分析アルゴリズム；前進線形ステップワイズ回帰、Ｌａｓｓｏ（またはＬＡＳＳＯ）縮小選択法、およびＥｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔ正則化および選択法を含むまたは利用する、線形回帰および一般化線形モデル；ｇｌｍｎｅｔ（ＬａｓｓｏおよびＥｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔ正則化一般化線形モデル）；ロジスティック回帰（ＬｏｇＲｅｇ）；メタ学習アルゴリズム；分類または回帰のための近傍法、例えばＫ近傍法（ＫＮＮ）；非線形回帰または分類アルゴリズム；ニューラルネットワーク；部分最小二乗法；ルールベース分類；シュランケンセンテロイド（ｓｈｒｕｎｋｅｎ  ｃｅｎｔｒｏｉｄ）（ＳＣ）；層別化逆回帰法；製品モデルデータ交換規格、アプリケーション翻案構成体（ＳｔｅｐＡＩＣ）；スーパー主成分（ＳＰＣ）回帰；ならびにサポートベクターマシン（ＳＶＭ）および再帰的サポートベクターマシン（ＲＳＶＭ）など。さらに、クラスタリングアルゴリズムは、対象サブグループを決定するのに使用され得る。一部の場合には、分類方法を使用して虚血性脳卒中のバイオマーカーを識別してもよい。このような分類方法としては、サポートベクターマシン（ｓｕｐｐｏｒｔ  ｖｅｃｔｏｒ  ｍａｃｈｉｎｅ：ＳＶＭ）、ｋ−最近傍（ｋＮＮ）、および分類ツリー（Hastieら（２００１年）The Elements of StatisticalLearning、Springer、N.Y.）が挙げられる。分類精度を評価するために、１０倍交差検定を使用してもよい。
【０１４４】
一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーは、遺伝的アルゴリズム−Ｋ近傍法（ＧＡ−ｋＮＮ）、試料のクラス間を最適に区別できる予測変数のセットを識別するために設計されたパターン認識アプローチを使用して識別することができる。ＧＡ−ｋＮＮ法を使用した高次元ゲノムデータセットの解析は、癌生物学および毒物学などの分野で、強力な予測能力を持つ診断上関連するバイオマーカーパネルを識別するのに首尾よく使用されている。
【０１４５】
ＧＡ／ｋＮＮアプローチは、強力な検索ヒューリスティック、ＧＡとノンパラメトリック分類法、ｋＮＮとを組み合わせ得る。ＧＡ／ｋＮＮ分析では、遺伝子の小さな組合せ（染色体と呼ばれる）は、遺伝子発現データの全プールから無作為選択により、生成し得る（図２２、ステップＡ）。次いで、この無作為に生成された染色体が試料クラスを予測する能力は、ｋＮＮを使用して評価され得る。このｋＮＮ評価では、各試料をｎ次元空間にベクトルとしてプロットしてもよく、各ベクトルの座標は染色体の遺伝子の発現レベルで構成されている。次いで、各試料のクラスは、最近傍に参照され得る、ユークリッド距離に最も近い他の試料のほとんどのクラスに基づいて予測可能である（図２２、ステップＢ）。染色体の予測能力は、適性スコアとして、または染色体が正しく予測することができる試料の割合として定量され得る。終止カットオフ（正しい断定の最小割合）は、評価に合格するのに必要な適性のレベルを決定し得る。ｋＮＮ評価を合格する染色体は、近最適解として識別してもよく、記録してもよいが、評価に失敗した染色体は突然変異を受けてもよく、再評価されてもよい。この突然変異および再評価のプロセスは、染色体の適性スコアが終止カットオフを超えるまで繰り返してもよい（図２２、ステップＡ）。このプロセスは、異種の近最適解のプールを生成するために複数回（通常は数千回）繰り返してもよい（図２２、ステップＣ）。遺伝子発現の全プールにおける各遺伝子の断定的能力は、それが近最適解の一部である回数に従ってランク付けしてもよい（図２２のステップＤ）。次いで、最上位の遺伝子の集合的な予測能力を、一個抜き交差検証で試験してもよい（図２２、ステップＥ）。
【０１４６】
本明細書中で使用される場合、「参照」および「参照プロファイル」という用語は、参照対象における生体分子のプロファイル（例えば、発現）を指して交換可能に使用され得る。一部の場合には、参照は、参照対象におけるバイオマーカーの群の発現であってもよい。参照または参照プロファイルは、参照対象におけるポリヌクレオチドのプロファイルであってもよく、またはポリペプチドのプロファイルであってもよい。一部の場合には、参照対象は、脳卒中対象であってもよい。一部の場合には、参照対象は、非脳卒中対象であってもよい。一部の場合には、参照対象は、非虚血性脳卒中対象であってもよい。一部の場合には、非虚血性脳卒中は、虚血性脳卒中を有さないが、一過性虚血発作、非虚血性脳卒中、または疑似脳卒中を有する対象であってもよい。非虚血性脳卒中を有する対象は、出血性脳卒中を有する場合がある。参照対象における生体分子のプロファイルに対して、虚血性脳卒中対象におけるポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドのプロファイルを比較するとき、以下の対象群を使用してもよい：（１）虚血性脳卒中；（２）出血性脳卒中；（３）正常；（４）ＴＩＡ；（５）他の疑似脳卒中。全ての対象の生体分子のプロファイルを測定する。次に、これらの５つの群のいずれか１つのメンバーを、これらの群の任意の他のメンバーのプロファイルと比較して、測定されたプロファイルに基づいてこれらの群を最も区別する関数および重み係数を定義してもよい。これは、５つの群全てが対で比較されるように繰り返してもよい。参照プロファイルは、コンピュータ可読形式で保存してもよい。一部の態様では、参照プロファイルをデータベースまたはサーバーに記憶してもよい。一部の場合には、コンピュータネットワーク（例えば、インターネット）を介してアクセス可能なデータベースに参照を記憶してもよい。一部の場合には、参照を記憶し、クラウドストレージテクノロジーでアクセス可能にしてもよい。
【０１４７】
上に開示されたバイオマーカーは、さらなる分析により、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別することができる。一部の場合には、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートされるポリヌクレオチドバイオマーカーは、そのポリヌクレオチドバイオマーカーによってコードされるタンパク質またはポリペプチドもまた、タンパク質またはポリペプチドの参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中においてアップレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。例えば、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートされるポリヌクレオチドバイオマーカーは、ポリヌクレオチドバイオマーカーによってコードされるタンパク質またはポリペプチドがまた、タンパク質またはポリペプチドの参照プロファイルと比較して、虚血性脳卒中試料において、少なくとも約０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍アップレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして特定され得る。一部の場合には、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされるポリヌクレオチドバイオマーカーは、ポリヌクレオチドバイオマーカーによってコードされるタンパク質またはポリペプチドがまた、タンパク質参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。例えば、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされるポリヌクレオチドバイオマーカーは、そのポリヌクレオチドバイオマーカーによってコードされるタンパク質またはポリペプチドがまた、タンパク質またはポリペプチド参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料中で、少なくとも約０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍ダウンレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。一部の場合には、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートされるポリペプチドは、ポリペプチドバイオマーカーをコードするポリヌクレオチドがまた、タンパク質参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料において、アップレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。例えば、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてアップレギュレートされるポリペプチドバイオマーカーは、そのポリヌクレオチドバイオマーカーをコードするポリヌクレオチドがまた、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較して、虚血性脳卒中試料において、少なくとも約０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍アップレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。一部の場合には、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされるポリペプチドバイオマーカーは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドバイオマーカーがまた、タンパク質参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。例えば、参照プロファイルと比較して虚血性脳卒中試料においてダウンレギュレートされるポリペプチドバイオマーカーは、そのポリヌクレオチドバイオマーカーをコードするポリヌクレオチドがまた、ポリヌクレオチド参照プロファイルと比較して、虚血性脳卒中試料において、少なくとも約０．５、１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または少なくとも１００倍ダウンレギュレートされている場合、虚血性脳卒中のバイオマーカーとして識別され得る。
【０１４８】
本明細書の方法は、所与のバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）またはバイオマーカーの所与の群（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカー）の有効性を決定するステップをさらに含み得る。測定されるパラメーターとしては、その全体が本明細書に組み込まれる、Fischerら、Intensive Care Med.２９巻：１０４３〜５１頁、２００３年に記載されているパラメーターが挙げられる。これらのパラメーターとしては、感度および特異性、予測値、尤度比、診断オッズ比、ならびに受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線面積が挙げられる。有効なバイオマーカーの１つまたは一群は、これらの様々なパラメーターについて、以下の結果の１つまたは複数を示し得る：少なくとも７５％の特異性と組み合わせた、少なくとも７５％の感度；少なくとも０．７、少なくとも０．８、少なくとも０．９、もしくは少なくとも０．９５のＲＯＣ曲線面積；ならびに／または少なくとも５、少なくとも１０、または少なくとも２０の正の尤度比（感度／（１−特異性）として計算される）、および０．３未満もしくはそれに等しい、０．２未満もしくはそれに等しい、または０．１未満もしくはそれに等しい、負の尤度比（（１−感度）／特異性として計算される）。ＲＯＣ面積を計算して、その全体が本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１３／０１８９２４３号に記載されているように、バイオマーカーの有効性を決定するのに使用してもよい。
【０１４９】
本明細書で提供される方法、デバイスおよびキットは、高い特異性および感度で、対象における状態（例えば、虚血性脳卒中または虚血性脳卒中のリスク）を評価し得る。本明細書で使用される場合、「特異性」という用語は、そのように正しく識別された陰性の割合（例えば、その状態を有さないと正しく識別された健常者のパーセンテージ）の尺度を指し得る。本明細書で使用される場合、「感度」という用語は、そのように正確に識別される陽性の割合の尺度（例えば、症状を有すると正確に識別された病気の人のパーセンテージ）を指し得る。本明細書で提供される方法、デバイスおよびキットは、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の特異性で、対象における状態（例えば、虚血性脳卒中）を評価し得る。本明細書で提供される方法、デバイスおよびキットは、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の感度で、対象における状態（例えば、虚血性脳卒中）を評価し得る。本明細書で提供される方法、デバイスおよびキットは、少なくとも約７０％の特異性および少なくとも約７０％の感度、少なくとも約７５％の特異性および少なくとも約７５％の感度、少なくとも約８０％の特異性および少なくとも約８０％の感度、少なくとも約８５％の特異性および少なくとも約８５％の感度、少なくとも約９０％の特異性および少なくとも約９０％の感度、少なくとも約９５％の特異性および少なくとも約９５％の感度、少なくとも約９６％の特異性および少なくとも約９６％の感度、少なくとも約９７％の特異性および少なくとも約９７％の感度、少なくとも約９８％の特異性および少なくとも約９８％の感度、少なくとも約９９％の特異性および少なくとも約９９％の感度、または約１００％の特異性、約１００％の感度で、被験体の状態（例えば、虚血性脳卒中）を評価し得る。
【０１５０】
本明細書中の対象における状態を評価する方法は、様々な数のバイオマーカーの発現に基づいて高い特異性および感度を達成し得る。一部の場合には、対象における状態を評価する方法は、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個以下のバイオマーカーの発現に基づいて、少なくとも約７０％の特異性および少なくとも約７０％の感度、少なくとも約７５％の特異性および少なくとも約７５％の感度、少なくとも約８０％の特異性および少なくとも約８０％の感度、少なくとも約８５％の特異性および少なくとも約８５％の感度、少なくとも約９０％の特異性および少なくとも約９０％の感度、少なくとも約９５％の特異性および少なくとも約９５％の感度、少なくとも約９６％の特異性および少なくとも約９６％の感度、少なくとも約９７％の特異性および少なくとも約９７％の感度、少なくとも約９８％の特異性および少なくとも約９８％の感度、少なくとも約９９％の特異性および少なくとも約９９％の感度、または１００％の特異性１００％の感度を達成し得る。一部の場合には、対象における状態を評価する方法、デバイスおよびキットは、２つのバイオマーカーの発現に基づいて、少なくとも約９２％の特異性および少なくとも約９２％の感度、少なくとも約９５％の特異性および少なくとも約９５％の感度、少なくとも約９６％の特異性および少なくとも約９６％の感度、少なくとも約９７％の特異性および少なくとも約９７％の感度、少なくとも約９８％の特異性および少なくとも約９８％の感度、少なくとも約９９％の特異性および少なくとも約９９％の感度、または約１００％の特異性および約１００％の感度を達成し得る。一部の場合には、対象における状態を評価する方法は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの２つまたはそれよりも多くの発現を測定するステップを含み得、本方法は、少なくとも９０％の特異性および少なくとも９０％の感度、少なくとも９２％の特異性および少なくとも９２％の感度、少なくとも９５％の特異性および少なくとも９５％の感度、少なくとも９６％の特異性および少なくとも９６％の感度、少なくとも９７％の特異性および少なくとも９７％の感度、少なくとも９８％の特異性および少なくとも９８％の感度、少なくとも９９％の特異性および少なくとも９９％の感度、または１００％の特異性および１００％の感度を達成し得る。一部の場合には、対象における状態を評価する方法は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３のうちの２つまたはそれよりも多く（例えば、４つ）の発現を測定するステップを含み得、本方法は、少なくとも９８％の特異性および少なくとも９８％の感度を達成し得る。
【０１５１】
虚血性脳卒中を評価するステップは、虚血性脳卒中を有する対象を、健康対象または疑似脳卒中を有する対象と識別するステップを含み得る。本明細書における方法、デバイスおよびキットは、虚血性卒中を有する対象を健康対象から識別し、虚血性脳卒中を有する対象を、疑似脳卒中を有する対象から識別する際に高い特異性および感度を達成し得る。例えば、本明細書の方法、デバイスおよびキットは、虚血性脳卒中の対象を健常者から識別する際に、少なくとも９２％の特異性および少なくとも９２％の感度、少なくとも９５％の特異性および少なくとも９５％の感度、少なくとも９６％の特異性および少なくとも９６％の感度、少なくとも９７％の特異性および少なくとも９７％の感度、少なくとも９８％の特異性および少なくとも９８％の感度、少なくとも９９％の特異性および少なくとも９９％の感度、または１００％の特異性および１００％の感度を達成し得、その一方で、虚血性脳卒中を有する対象を、疑似脳卒中を有する対象から識別する際に、少なくとも９２％の特異性および少なくとも９２％の感度、少なくとも９５％の特異性および少なくとも９５％の感度、少なくとも９６％の特異性および少なくとも９６％の感度、少なくとも９７％の特異性および少なくとも９７％の感度、少なくとも９８％の特異性および少なくとも９８％の感度、少なくとも９９％の特異性および少なくとも９９％の感度、または１００％の特異性および１００％の感度を達成し得る。
【０１５２】
一部の場合には、無細胞核酸のレベルを測定するステップを含む虚血性脳卒中を評価する方法（例えば、健常状態または疑似脳卒中から虚血性脳卒中を識別する）も、本明細書に開示される特異性および感度を達成し得る。例えば、このような方法は、少なくとも８０％の感度および少なくとも７５％の特異性、少なくとも８５％の感度および少なくとも８０％の特異性、少なくとも９０％の感度および少なくとも８５％の特異性、少なくとも９５％の感度および少なくとも８０％の特異性、１００％の感度および少なくとも８５％の特異性、１００％の感度および少なくとも９０％の特異性、１００％の感度および少なくとも９５％の特異性、１００％の感度および１００％の特異性を達成し得る。一部の場合には、特異性は少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％であってもよい。一部の場合には、感度は少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％であってもよい。
【０１５３】
対象の虚血性脳卒中を検出する方法も本明細書において提供される。本方法は、虚血性脳卒中の有無を検出するために使用してもよい。一部の場合には、対象が脳卒中を有するリスクを検出するためにも、本方法を使用してもよい。
【０１５４】
虚血性脳卒中を検出する方法は、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群および虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群のプロファイルを測定するステップであって、ここでこの虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１および第２の群が、生体分子の異なるクラスであるステップを含み得る。一部の場合には、バイオマーカーの第１の群はポリヌクレオチドであってもよく、バイオマーカーの第２の群はポリペプチドであってもよい。本方法は、バイオマーカーの第１および第２の群のプロファイルを分析するステップ、ならびに対象における虚血性脳卒中を検出するステップをさらに含み得る。一部の場合には、分析はコンピュータシステムによって実施してもよい。
【０１５５】
虚血性卒中を検出するために使用される虚血性脳卒中のバイオマーカーは、本明細書で提供されるか、または当該分野で公知の方法によって識別される虚血性脳卒中の任意のバイオマーカーであってもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群）としては、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλまたはその活性断片のうちの少なくとも１つをコードするポリヌクレオチドが挙げられる。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群）としては、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ガレクチン３、ＲＡＧＥ、ＥＮＡ７８、ＧＭＣＳＦ、ＣＤ３０、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＯＲＭ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、ｓ１００Ａ１２、Ｎａｖ３、ＳＡＡ、ＩＧα、ＩＧγ、ＩＧκ、ＩＧλ、またはその活性断片のうちの少なくとも１つが挙げられる。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーとしては、１つまたは複数のサイトカインが挙げられる。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群）としては、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグリカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮγ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＩＧＧ３、ＩＧＧ４、テネウリン１のアイソフォーム２、およびディスインテグリンのアイソフォーム２またはその活性断片のうちの少なくとも１つをコードするポリヌクレオチドが挙げられる。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカー（例えば、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第２の群）としては、ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグリカン、ガレクチン３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリンＡ２、ＣＤ３０、ＴＮＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１β、ＩＦＮγ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１α、ＩＬ４、ＩＬ１７、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ１２Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、ＭＣＰ２、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＪＡＫ２、ＣＣＲ７、ＡＫＡＰ７、ＩＬ１０、ＳＹＫ、ＩＬ８、ＭｙＤ８８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＩＬ２２Ｒ、ＩＬ２２、ＣＥＢＰＢまたはその活性断片のうちの少なくとも１つが挙げられる。一部の場合には、本明細書で提供される虚血性脳卒中のバイオマーカーとしては、表１、図１０Ａ〜図１０Ｈの少なくとも１つのバイオマーカーまたはそのいずれかの活性型が挙げられる。一部の場合には、本明細書で提供される虚血性脳卒中のバイオマーカーとしては、表１、図１０Ａ〜図１０Ｈの少なくとも１つのバイオマーカーまたはそのいずれかの活性型をコードするポリヌクレオチドが挙げられる。
【０１５６】
虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルは、本明細書に開示される虚血性脳卒中の少なくとも１つのバイオマーカーのプロファイルを含んでもよい。一部の場合には、本方法は、虚血性脳卒中の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００のバイオマーカーのプロファイルを測定するステップであって、虚血性脳卒中のバイオマーカーがポリヌクレオチドであるステップ、および／または虚血性脳卒中の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００のバイオマーカーのプロファイルを測定するステップであって、虚血性脳卒中のバイオマーカーがポリペプチドであるステップを含み得る。一部の場合には、本方法は、同じ数の虚血性脳卒中のポリヌクレオチドバイオマーカーおよび虚血性脳卒中のポリペプチドバイオマーカーのプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、本方法は、異なる数の虚血性脳卒中のポリヌクレオチドバイオマーカーおよび虚血性脳卒中のポリペプチドバイオマーカーのプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を検出する方法は、ＬＹ９６、ＡＲＧ１、およびＣＡ４のうちの１つもしくは複数をコードするポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、ならびに／またはＬＹ９６、ＡＲＧ１、およびＣＡ４のうちの１つもしくは複数のプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を検出する方法は、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数をコードするポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、ならびに／またはＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数のプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を検出する方法は、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数をコードするポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、ならびに／またはＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数のプロファイルを測定するステップを含み得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を検出する方法は、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、およびｓ１００Ａ１２およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数をコードするポリヌクレオチドのプロファイルを測定するステップ、ならびに／またはＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＡＲＧ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＣＡ４、およびｓ１００Ａ１２およびＯＲＭ１のうちの１つもしくは複数のプロファイルを測定するステップを含み得る。
【０１５７】
虚血性脳卒中を検出する方法は、本明細書に開示される虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１および第２の群のプロファイルを分析するステップをさらに含み得る。分析するステップは、虚血性卒中のバイオマーカーの第１および第２の群のプロファイルを、それらの参照プロファイルと比較するステップを含み得る。一部の場合には、分析ステップは、参照プロファイルと比較して、対象の試料における虚血性脳卒中のバイオマーカーの発現レベル差を決定することを含み得る。参照プロファイルと比較した試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーの発現レベル差が、基準値の範囲外になる場合、虚血性脳卒中が、対象において検出され得る。例えば、参照プロファイルは、１つまたは複数の非虚血性脳卒中対象から得てもよい。一部の場合には、分析ステップは、対象における虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルを、基準値の範囲と比較するステップを含んでもよく、バイオマーカーのプロファイルが基準値の範囲内にある場合、虚血性脳卒中が検出され得る。例えば、基準値の範囲は、虚血性脳卒中対象における虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルとして予め決定してもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中を検出する方法は、バイオマーカーの第１および第２の群の発現パターンをそれらの参照プロファイルと比較するステップ、ならびに虚血性脳卒中を検出するステップを含み得る。
【０１５８】
本明細書における方法は、虚血性卒中のバイオマーカーの２つ以上の群のプロファイルを分析するステップによって虚血性脳卒中を検出し得る。一部の場合には、本方法は、虚血性脳卒中のバイオマーカーの２つの群のプロファイルを分析するステップを含み得る。バイオマーカーの１つの群は、生体分子のクラスを含んでもよく、第２の群は、生体分子の異なるクラスを含んでもよい。例えば、虚血性脳卒中のポリヌクレオチドバイオマーカーのプロファイルおよび虚血性脳卒中のポリペプチドバイオマーカーのプロファイルを分析することによって、対象において虚血性脳卒中を検出してもよい。虚血性脳卒中のバイオマーカーの両方の群のプロファイルの分析の転帰によって、対象が虚血性脳卒中を有することが示唆されるとき、対象において虚血性脳卒中が検出され得る。
【０１５９】
対象における虚血性脳卒中を評価する方法は、バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップを含み得る。虚血性脳卒中は、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現と参照の間の相違によって示され得る。一部の場合には、虚血性脳卒中は、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加、例えば、参照と比較して、少なくとも約０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００または１０００倍の増加によって示され得る。一部の場合には、虚血性脳卒中は、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現の減少、例えば、参照と比較して、少なくとも０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００または１０００倍の減少によって示され得る。一部の場合には、虚血性脳卒中は、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの１つまたは複数の発現の増加によって示され得る。一部の場合には、虚血性脳卒中は、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３のうちの１つまたは複数の発現の減少によって示され得る。
【０１６０】
一部の場合には、虚血性脳卒中は、バイオマーカーの群の第１のサブグループの発現の増加およびバイオマーカーの群の第２のサブグループの発現の減少によって示され得る。バイオマーカーの第１のサブグループは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、または１００個のバイオマーカーを含み得、バイオマーカーの第２のサブグループは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、または１００個のバイオマーカーを含み得る。一部の場合には、バイオマーカーの第１のサブグループは、４つのバイオマーカーを含み得、バイオマーカーの第２のサブグループは３つのバイオマーカーを包み得る。ある特定の場合には、バイオマーカーの第１のサブグループは、７つのバイオマーカーを含み得、バイオマーカーの第２のサブグループは３つのバイオマーカーを含み得る。一部の場合には、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２のうちの１つまたは複数の発現の増加、ならびにＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３のうちの１つまたは複数の発現の減少によって虚血性脳卒中が示され得る。一部の場合には、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、およびＣＤ１６３の発現の増加、ならびにＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３の発現の減少によって虚血性脳卒中が示され得る。場合によっては、ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２の発現の増加、ならびにＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３の発現の減少によって虚血性脳卒中が示され得る。
【０１６１】
バイオマーカーの異なる群の発現は、異なる対象群において（例えば、より良好な特異性および感受性を達成するために）虚血性脳卒中を評価するために測定され得る。一部の場合には、異なる年齢、性別、または民族、地理的領域、または体重の対象を評価するために、バイオマーカーの異なる群の発現を測定してもよい。一部の場合には、脳卒中の異なるリスク因子を有する対象を評価するために、バイオマーカーの異なる群の発現を測定してもよい。例えば、９０％より大きい特異性および９０％より大きい感度を達成するために、バイオマーカー＃１、＃２、＃３および＃４の発現は、地理的領域Ａからの対象の虚血性脳卒中を評価するために測定してもよく、バイオマーカー＃１、＃２、＃５、および＃６の発現は、地理的領域Ｂからの対象の虚血性脳卒中を評価するために測定してもよい。一部の場合には、バイオマーカーの異なる群の全てではないが一部のバイオマーカーが同じであってもよい。一部の場合には、バイオマーカーの異なる群のバイオマーカーで同じものはない。
【０１６２】
本明細書の対象で虚血性脳卒中を検出する方法はまた、対象で血液のプロファイルを測定するステップを含み得る。血液のプロファイルは、血球のプロファイルであってもよい。血液細胞のプロファイルは、全白血球数、白血球差（例えば、リンパ球および好中球数）、および好中球／リンパ球比を含み得る。一部の場合には、本方法は、対象の血液中の白血球差を測定するステップを含み得る。白血球差とは、血液中の異なる種類の白血球の割合を指す場合がある。一部の場合には、白血球差は、白血球の１つまたは複数の種類のパーセンテージまたは絶対数を指す場合がある。例えば、白血球差としては、以下のうちの１つまたは複数を挙げることができる：絶対好中球数または好中球の％、絶対リンパ球数またはリンパ球の％、絶対単球数または単球の％、絶対好酸球数または好酸球の％、および絶対好塩基球数または好塩基球の％。別の例では、白血球差は、リンパ球および好中球のパーセンテージまたは絶対数であってもよい。血球のプロファイルは、血小板数を含み得る。
【０１６３】
血液細胞のプロファイルは、白血球以外の血液細胞の割合または数も含み得る。一部の場合には、血球のプロファイルは、赤血球、血小板、またはその組合せの数またはパーセンテージを含み得る。血液細胞のプロファイルは、ヘモグロビンレベル、トロポニンレベル、クレアチニンキナーゼレベル、プロトロンビン時間、部分トロンボプラスチン時間（例えば、活性化部分トロンボプラスチン時間）、またはその任意の組合せを含む、当該分野で公知の他の試験によって測定してもよい。血液のプロファイルとしてはまた、ヘマトクリット（例えば、パックされた細胞容積）、平均赤血球容積、平均赤血球ヘモグロビン、平均赤血球ヘモグロビン濃度、赤血球分布幅、またはその任意の組合せが挙げられる。血液細胞のプロファイルは、対象の虚血性脳卒中を検出するために、本明細書に開示される虚血性脳卒中のバイオマーカーの任意のプロファイルと一緒に使用してもよい。一部の場合には、虚血性脳卒中のバイオマーカーの群のプロファイルおよび血球のプロファイルの両方の分析結果によって、対象が虚血性脳卒中を有することが示唆される場合、対象は虚血性脳卒中を有するとみなされ得る。
【０１６４】
一部の態様では、検出するステップは、試料中のクレアチンキナーゼの量を測定するステップを含み得る。一部の態様では、ＣＫＭＢが測定される。
【０１６５】
虚血性脳卒中を検出するステップは、対象が虚血性脳卒中に罹患しているか、または虚血性脳卒中を発症するリスクがある程度あるか否かを推定および／または決定し得る方法を使用して実施してもよい。当業者（例えば、脳卒中の臨床家または救急室医師）は、１つまたは複数の診断指標、例えば、その存在、不在、または量が、状態、例えば、虚血性脳卒中の存在、重症度または不在を示すバイオマーカー、リスクに基づいて疾患を検出し得る。
【０１６６】
対象における虚血性脳卒中を検出する方法は、その対象における虚血性脳卒中発症の時間を検出するステップをさらに含み得る。複数の試料の効率的な処理のために、複数のバイオマーカーおよび／または血液プロファイルを１つの試験に組み合わせてもよい。さらに、当業者は、同じ個体からの複数の試料（例えば、連続する時点で）を試験する価値を認識するであろう。同じ対象からの複数の試料の試験は、経時的なバイオマーカーレベルの変化の識別を可能にし得る。バイオマーカーレベルの増加または減少、ならびにバイオマーカーレベルの変化の欠如によって、疾患状態についての有用な情報が提供され得、これは、その事象の発症からのおおよその時間、救済可能な組織の存在および量、薬物療法の妥当性、再灌流または症状の解消で示される種々の治療の有効性、様々な種類の脳卒中の識別、事象の重症度の識別、疾患の重症度の識別、および将来の事象のリスクを含む患者の転帰の識別を特定すること含む。
【０１６７】
一部の実施形態では、転帰は、一時的または永続的な症状または苦痛を含み得る。一部の実施形態では、転帰は、身体の片側を動かすことができないこと；体の片側の衰弱；思考、意識、注意、学習、判断および記憶に関する問題；スピーチを理解するかもしくは構成する問題；情動の制御もしくは表現の問題；知覚麻痺もしくは奇妙な感覚；運動および温度変化によって悪化する手および足の疼痛；うつ病またはその組合せである場合がある。一部の実施形態では、ｃｆＤＮＡの増加または高レベルは、悪化した転帰と正に相関する場合がある。一部の実施形態では、ｃｆＤＮＡの減少または低レベルは、より良好な転帰と正の相関があり得る。一部の実施形態では、バイオマーカーの増加または高レベルは、悪化した転帰と正に相関する場合がある。一部の実施形態では、バイオマーカーの減少または低レベルは、より良好な転帰と正に相関する場合がある。
【０１６８】
虚血性脳卒中発症の時間は、本明細書のバイオマーカーのプロファイルおよび／もしくは血液のプロファイルを、虚血性脳卒中発症の時間と相関させることによって、ならびに／または発症の時間が未知であるとき、発症の時間を決定することによって検出され得る。本明細書の方法、デバイスおよびキットは、虚血性脳卒中の発症の時間から１２０時間、９６時間、７２時間、６０時間、４８時間、３６時間、２４時間、１２時間、１１時間、１０時間、９時間、８時間、７時間、６時間、５時間、４時間、３時間、２時間、１時間、または０．５時間以内に、虚血性脳卒中を検出し得る。例えば、本方法は、虚血性脳卒中の発症から４．５時間以内に虚血性脳卒中を検出し得る。虚血性脳卒中症状の発症の時間は、試料中のバイオマーカーの群の発現を、虚血性脳卒中症状の発症の時間と相関させることによって決定され得る。
【０１６９】
本明細書の方法を実施して、対象における症状の発症から一定期間内に対象における状態（例えば、虚血性脳卒中）を評価し得る。一部の場合には、本方法を実施して、対象における虚血性脳卒中症状発症からの短期間内に対象における虚血性脳卒中を評価してもよい。例えば、本方法は、病院の外で、例えば対象の家で、虚血性脳卒中を評価するために使用できる臨床現場即時ケアデバイスを使用することによって実施してもよい。一部の場合には、本方法を実施して、状態の症状発症から１２０時間、９６時間、７２時間、６０時間、４８時間、３６時間、２４時間、１２時間、１１時間、１０時間、９時間、８時間、７時間、６時間、５時間、４時間、３時間、２時間、１時間、３０分、２０分、または１０分以内に対象の状態を評価してもよい。
【０１７０】
本明細書の方法は、虚血性脳卒中が検出される対象に虚血性脳卒中の処置を投与するステップをさらに含み得る。一部の場合には、本方法は、虚血性脳卒中を処置するための薬学的に有効な用量の薬物またはその塩を投与するステップを含み得る。一部の実施形態では、虚血性脳卒中を処置するための薬物は、血栓溶解剤または抗血栓剤を含んでもよい。一部の実施形態では、虚血性脳卒中を治療するための薬物は、血餅を溶解し得る１つまたは複数の化合物、例えば、サイロシビン、ｔＰＡ（アルテプラーゼまたはアクチバーゼ）、レテプラーゼ（レタバース）、テネクテプラーゼ（ＴＮＫａｓａ）、アニストレプラーゼ（エミナーゼ）、ストレプトキナーゼ（カビキナーゼ、ストレプターゼ）またはウロキナーゼ（アボキナーゼ）および抗凝固化合物、すなわち、凝固を妨げる化合物であってもよく、これには、限定するものではないが、ビタミンＫ拮抗薬（ワルファリン、アセノクマロール、フェンプロクモンおよびフェニジオン）、ヘパリンおよびヘパリン誘導体、例えば、低分子量ヘパリン、第Ｘａ因子阻害剤、例えば、合成五糖類、直接トロンビン阻害剤（アルガトロバン、レピルジン、ビバリルジンおよびキシメラガトラン）および血小板凝集の阻害によって、したがって血栓形成のために作用する抗血小板化合物が挙げられ、これには、限定するものではないが、シクロオキシゲナーゼ阻害剤（アスピリン）、アデノシン二リン酸受容体阻害剤（クロピドグレル（clopidrogrel）およびチクロピジン）、ホスホジエステラーゼ阻害剤（シロスタゾール）、糖タンパク質ＩＩＢ／ＩＩＩＡ阻害剤（アブシキシマブ、エプチフィバチド、チロフィバンおよびデフィブロチド）およびアデノシン摂取阻害剤（ジピリダモール）が挙げられる。虚血性脳卒中を治療するための薬物は、組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔＰＡ）であってもよい。
【０１７１】
一部の場合には、処置は血管内治療を含み得る。一部の場合には、処置が投与された後に血管内治療を実施してもよい。一部の場合には、処置が投与される前に血管内治療を実施してもよい。一部の場合には、処置は血栓溶解剤を含み得る。一部の場合には、血管内治療は機械的な血栓摘出術であってもよい。一部の場合には、ステントのレトリーバーを、血餅を除去するために、脳内の遮断された血管の部位に送ってもよい。一部の場合には、ステントレトリーバーが血餅またはその一部を把持した後、ステントレトリーバーおよび血餅またはその一部を除去してもよい。一部の場合には、カテーテルを、動脈を通して脳の閉塞動脈まで通してもよい。一部の場合には、ステントは、血餅またはその一部を開いて把持し得、閉じ込められた血餅またはその一部を有するステントを除去することを可能にする。一部の場合には、吸引管を使用してもよい。一部の場合には、ステントは、自己拡張型、バルーン拡張型、および／または薬物溶出型であってもよい。
【０１７２】
一部の場合には、本発明の本明細書に開示される処置は、限定するものではないが、経口、静脈内、筋肉内、動脈内、髄内、くも膜下腔内、脳室内、経皮、皮下、腹腔内、鼻腔内、腸内、局所、舌下または直腸経路を含む、任意の経路によって投与されてもよい。使用される活性成分および賦形剤の異なる剤形、ならびにそれらの製造方法の概説は、「Tratado de Farmacia Galenica」、C.FauliおよびTrillo、Luzan、5、S.A.de Ediciones、１９９３年、およびRemington’s Pharmaceutical Sciences(A. R. Gennaro、編集)、第２０版、Williams & Wilkins PA、USA（２０００年）に示される。薬学的に許容されるビヒクルの例は、従来技術で知られており、リン酸緩衝化生理食塩水、水、エマルジョン、例えば、油／水エマルジョン、異なる種類の湿潤剤、滅菌溶液などが挙げられる。前記ビヒクルを含む組成物は、従来技術において公知である従来のプロセスによって製剤化されてもよい。
【０１７３】
一部の場合には、本方法は、虚血性脳卒中発症から２４時間、１２時間、１１時間、１０時間、９時間、８時間、７時間、６時間、５時間、４時間、３時間、２時間、または１時間、３０分、２０分、または１０分以内に虚血性脳卒中を処置するための薬学的に有効な用量の薬物を投与するステップを含み得る。例えば、本方法は、虚血性脳卒中発症の４．５時間以内に、虚血性脳卒中を処置するための薬学的に有効な用量の薬物を投与するステップを含み得る。特定の例では、本方法は、虚血性脳卒中の発症から４．５時間以内に、薬学的に有効な用量のｔＰＡを投与するステップを含み得る。一部の場合には、本方法は、血餅除去または動脈内ｔＰＡのために患者に神経介在性放射線学を行うべきか否かを決定するステップを含み得る。この特定の例では、本方法は、虚血性脳卒中の発症から８時間以内に、動脈内ｔＰＡの薬学的有効量を投与するステップを含み得る。ある特定の場合には、対象における無細胞核酸のレベルが参照レベルよりも高い場合、その方法は対象に処置を投与するステップを含む。一部の実施形態では、対象における無細胞核酸のレベルが参照と同等またはそれ未満である場合、処置は投与されない。一部の実施形態では、虚血性脳卒中であると決定される場合、処置が投与される。
【０１７４】
虚血性脳卒中を処置するための薬物は、薬物を投与される対象において１つまたは複数のバイオマーカーの発現を変化し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を処置するための薬物は、薬物を投与される対象において、１つまたは複数のバイオマーカーの発現、機能、またはその両方を少なくとも部分的に増加し得る。一部の場合には、虚血性脳卒中を処置するための薬物は、薬物を投与される対象において、１つまたは複数のバイオマーカーの発現、機能、またはその両方を少なくとも部分的に低減または抑制し得る。
【０１７５】
本明細書の方法は、他の用途をさらに含み得る。一部の場合には、本方法は、対象における虚血性脳卒中の転帰を予測するステップをさらに含み得る。転帰は、バイオマーカーの群の発現または核酸（例えば、無細胞核酸）のレベルに基づいて予測され得る。
【０１７６】
本方法は、対象における虚血性脳卒中のリスクを評価し得る。リスクは、バイオマーカーの群の発現に基づいて評価され得る。一部の場合には、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現が、参照と比較して、例えば、少なくとも約０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００または１０００倍まで増加するならば、その対象に虚血性脳卒中の可能性がある。一部の場合には、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現が、参照と比較して、例えば、少なくとも約０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００または１０００倍まで減少するならば、その対象に虚血性脳卒中の可能性がある。
【０１７７】
一部の場合には、脳卒中、虚血性卒中の可能性、脳卒中のリスク、または脳卒中の重症度の検出は、第２の評価によってさらに示され得る。第２の評価は、臨床評価であってもよい。このような評価は、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャン、磁気共鳴画像法ＭＲＩ（例えば、機能性磁気共鳴画像法（ｆＭＲＩ）、拡散光学画像法、事象関連光信号、脳磁図、陽電子放射断層撮影（ＰＥＴ）、単一光子放出コンピュータ断層撮影、頭蓋超音波、またはその任意の組合せを含む、神経画像化技術であってもよい。
【０１７８】
対象における虚血性脳卒中を評価する方法を、異なる時点で繰り返して、虚血性脳卒中および／または対象をモニタリングしてもよい。例えば、本方法は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、２週間、３週間、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１年、２年、３年、４年、５年、１０年、２０年、３０年、４０年または５０年内に繰り返してもよい。一部の場合には、本方法は、上記の時間内に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、４０、６０、８０または１００回繰り返してもよい。虚血性脳卒中を評価する方法は、対象へ処置を投与した後に実施してもよい。これらの場合、バイオマーカーの群の発現は、処置に対する対象の応答を決定し得る。一部の場合には、対象の応答は、処置に対する有害反応であってもよい。一部の場合には、対象における無細胞核酸またはそのサブグループのレベルは、処置に対する対象の応答を決定づけるものである。
【０１７９】
本方法は、対象が臨床試験に適格であるかを決定するステップをさらに含み得る。例えば、対象におけるバイオマーカーの群の発現は、対象が臨床試験に適格であるかについて少なくとも部分的に決定的であり得る。一部の場合には、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現が、参照と比較して、例えば、少なくとも約０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００、または１０００倍まで増加するならば、その対象は、臨床治験に適格である。一部の場合には、バイオマーカーの群における１つまたは複数のバイオマーカーの発現が、参照と比較して、少なくとも約０．１、０．２、０．４、０．６、０．８、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００、または１０００倍まで減少するならば、その対象は、臨床治験に適格ではない。一部の場合には、その対象は、状態（例えば、虚血性脳卒中）の処置を投与されてもよく、バイオマーカーの群の発現が測定されてもよい。バイオマーカーの群の発現は、処置に対する対象の応答を決定づけ得る。一部の場合には、対象における無細胞核酸またはそのサブグループのレベルは、処置に対する対象の応答を決定づけるものである。応答のレベルは、対象が臨床試験に適格であるかを決定するために使用してもよい。
【０１８０】
本方法は、処置に対して虚血性脳卒中を有することが疑われる対象の応答を予測するステップを含み得る。このような方法は、以下の１つまたは複数を含み得る：対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップ；バイオマーカーの群の発現を参照と比較するステップ；対象に処置を投与するステップ；処置に対する対象の応答を予測するステップ。予測は、バイオマーカーの群の発現と参照の間の相違を分析することによって行ってもよい。
【０１８１】
本方法は、薬物を評価すること（例えば、薬物の効率を評価すること）を含み得る。このような方法は、以下のうちの１つまたは複数を含み得る：対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップ；対象に薬物を投与するステップ；第２の試料中のバイオマーカーの群の発現を測定するステップであって、第２の試料が、対象に薬物が投与された後に対象から得られるステップ；第１の試料中のバイオマーカーの群の発現と、第２の試料中のバイオマーカーの群の発現とを比較するステップ；ならびに薬物を評価するステップ。評価は、第１の試料中のバイオマーカーの群の発現と第２の試料中のバイオマーカーの群の発現の間の相違を分析することによって実施してもよい。
【０１８２】
本方法は、対象における状態の重症度を評価し得る。一部の場合には、本方法は、虚血性脳卒中の重症度を評価し得る。本方法は、バイオマーカーの群の発現を測定するステップを含み得る。この評価は、例えば、バイオマーカーの発現を参照と比較することによって、バイオマーカーの群の発現に基づいて行ってもよい。例えば、バイオマーカーの発現と参照の間の相違は、虚血性脳卒中の重症度を示し得る。一部の場合には、バイオマーカーの発現と参照の間の相違は、虚血性卒中の重症度のスケールと相関し得る。例えば、参照は、特定の重症度の虚血性脳卒中を有する対象からのバイオマーカーの発現レベルの参照範囲を有し得る。対象におけるバイオマーカーの発現レベルが、重症度レベルに相関する参照範囲に入る場合、その対象は、その重症度の虚血性脳卒中を有すると決定され得る。虚血性脳卒中の重症度のスケールは、国立衛生研究所（ＮＩＨＳＳ）、カナダの神経学的スケール、ヨーロッパの脳卒中スケール、グラスゴー昏睡スケール、半球脳卒中スケール、ハント＆ヘススケール、マシュー脳卒中スケール、オルゴゴゾ脳卒中スケール、オックスフォードシャーコミュニティ脳卒中プロジェクト分類、およびスカンジナビア脳卒中スケールを含む当該分野で公知の任意のスケールであってもよい。一部の場合には、脳卒中の重症度は、試料中の１つまたは複数のバイオマーカーのレベルが増加するにつれて増加する。一部の場合には、脳卒中の重症度は、試料中の１つまたは複数のバイオマーカーのレベルが増加するにつれて減少する。
【０１８３】
虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルの分析を実施して、様々な臨床設定において臨床的感受性または特異性を最適化してもよい。これには、通院、緊急ケア、救急ケア、救命ケア、集中ケア、モニタリングユニット、入院患者、外来患者、医院、医療クリニック、および健康スクリーニングの設定が挙げられる。さらに、当業者は、単一のバイオマーカーを使用してもよく、または臨床的感度および特異性を最適化するために、上記の各設定における診断閾値の調整と組み合わせて、バイオマーカーのより大きなパネルを含むバイオマーカーのサブセットを使用してもよい。
【０１８４】
虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルは、様々な物理的フォーマットでも測定され得る。例えば、マイクロタイタープレートまたは自動化を使用して、多数の試験試料の処理を容易にし得る。あるいは、単一の試料フォーマットを開発して、例えば外来の輸送または緊急処置室の設定において、タイムリーな方式で即時的な処置および診断を容易にし得る。
【０１８５】
虚血性脳卒中のバイオマーカーのプロファイルは、本明細書のバイオマーカーのプロファイルを測定および分析する任意の方法を使用して測定および分析してもよい。一部の場合には、多数のイムノアッセイまたは核酸ベースの試験を使用して、特に緊急の臨床設定の状況で行われたとき、生物学的試料中の本明細書の虚血性脳卒中のバイオマーカーの存在を迅速に検出し得る。例としては、ラジオイムノアッセイ、酵素イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光、免疫沈降、ラテックス凝集、血球凝集、および組織化学的試験が挙げられる。しかし、特に好ましい方法は、その速度および使用の容易さのために、ラテックス凝集である。ラテックス凝集アッセイは、参照により本明細書に組み込まれる、Beltz, G. A.ら、Molecular Probes:Techniquesand Medical Applications、A. Albertiniら編、Raven Press、New York、１９８９年に記載されている。ラテックス凝集アッセイでは、特定のバイオマーカーに対して産生された抗体をラテックス粒子に固定してもよい。ラテックス粒子の一滴を、試験すべき血清の適切な希釈液に添加し、カードを穏やかに揺することによって混合してもよい。バイオマーカーのレベルが十分でない試料では、ラテックス粒子は懸濁状態のままであり、滑らかで乳白色の外観を保持する。しかし、抗体と反応するバイオマーカーが存在する場合、ラテックス粒子は、目に見える検出可能な凝集体に凝集する。凝集アッセイはまた、対応する抗体が、ラテックスビーズ以外の適切な粒子上に、例えばゼラチン、赤血球、ナイロン、リポソーム、金粒子などの上に固定されたバイオマーカーを検出するために使用してもよい。アッセイにおける抗体の存在は、沈降反応の凝集と同様の凝集を引き起こし、これが次に比濁分析、濁度、赤外分光法、目視検査、比色法などの技術によって検出され得る。ラテックス凝集という用語は、検出可能な凝集の形成に基づく任意の方法を指して本明細書において一般的に用いられ、免疫吸着基質としてのラテックスの使用に限定されない。凝集のための好ましい基質は、ポリスチレンおよびポリプロピレン、特にポリスチレンのようなラテックスベースであるが、他の周知の基質としては、ガラス、紙、デキストラン、およびナイロンから形成されたビーズが挙げられる。固定された抗体は、アミド結合またはエステル結合による共有結合、イオン引力、または吸着などの技術によって、固相免疫吸着剤に対して共有結合的、イオン的または物理的に結合され得る。当業者は、抗体に結合するための多くの他の適切な担体を知っているか、または慣用的な実験を使用してそのようなものを確かめることができるであろう。
【０１８６】
虚血性脳卒中を検出するキット
本明細書では、対象における虚血性脳卒中を検出するキットも提供される。キットは、本明細書に記載の任意の方法を実施するために使用されてもよい。例えば、キットは、対象における状態（例えば、虚血性脳卒中）を評価するために使用してもよい。キットを用いて状態を評価するとき、本明細書中に開示される任意の特異性および感度が達成され得る。キットは、状態の処置を評価するためにも使用してもよい。例えば、本明細書に開示されるキットは、プローブのパネルおよび検出試薬を含み得る。
【０１８７】
このキットは、対象からの試料中の無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブを含んでもよい。このプローブは、試料中の無細胞核酸の少なくとも１つに（例えば、直接的または間接的に）結合し得る。一部の場合には、このキットは、対象からの試料中の後成的マーカーを有する無細胞核酸のレベルを測定するためのプローブであって、後成的マーカーを有する無細胞核酸に結合するプローブを含み得る。キットは、無細胞核酸の少なくとも１つに対するプローブの結合を調べるための検出試薬をさらに含んでもよい。
【０１８８】
キットは、虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーを検出し得る複数のプローブを含んでもよい。一部の場合には、キットは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの第１の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブの第１のパネルと、脳卒中のバイオマーカーの第２の群のうちの少なくとも１つのバイオマーカーを検出するためのプローブの第２のパネルとを含んでもよい。一部の場合には、バイオマーカーの第１の群は、生体分子の第１のクラスを含んでもよく、バイオマーカーの第２の群は、生体分子の第２のクラスを含んでもよい。一部の場合には、生体分子の第１および第２のクラスは、生体分子の異なるクラスであってもよい。例えば、生体分子の第１のクラスは、ポリヌクレオチドであってもよい。別の例では、生体分子の第２のクラスはポリペプチドであってもよい。別の例では、生体分子の第１のクラスは、ポリヌクレオチドであってもよく、生体分子の第２のクラスはポリペプチドであってもよい。
【０１８９】
キットは、虚血性脳卒中の１つまたは複数のバイオマーカーに結合し得る１つまたは複数のプローブを含んでもよい。一部の場合には、このプローブは、虚血性脳卒中のバイオマーカーに結合し得るオリゴヌクレオチドであってもよい。オリゴヌクレオチドによって結合される虚血性脳卒中のバイオマーカーは、ポリヌクレオチド、ポリペプチドまたはタンパク質であってもよい。一部の場合には、キット中のプローブは、虚血性脳卒中のバイオマーカーのうちの少なくとも１つ（例えば、ポリヌクレオチドである虚血性脳卒中のバイオマーカー）にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであってもよい。オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡまたはそれらのハイブリダイゼーションを含む任意の種類の核酸であってもよい。オリゴヌクレオチドは任意の長さであってもよい。一部の場合には、本明細書のプローブは、アプタマーを含む他の種類の分子であってもよい。
【０１９０】
プローブはまた、タンパク質性物質、例えば、本発明のバイオマーカーのポリペプチドまたはポリペプチド断片であってもよい。一部の場合には、プローブは、タンパク質性化合物であってもよい。多種多様なタンパク質−タンパク質相互作用が存在する；しかし、タンパク質はまた、核酸、金属および他の非タンパク性化合物（例えば、脂質、ホルモン、トランスミッタ）にも結合する。標的またはプローブのいずれかとして使用され得るタンパク質のいくつかの他の例としては、抗体、酵素、受容体、およびＤＮＡまたはＲＮＡ結合性タンパク質が挙げられる。抗体および抗原調製物の両方は、定量的適用において容易に参照できる所定の抗原濃度および／または抗体力価を有する適切な滴定形態であってもよい。
【０１９１】
プローブは、虚血性脳卒中のバイオマーカーの少なくとも１つに特異的に結合し得る抗体であってもよい。特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに「特異的に結合する」または「特異的」である抗体は、任意の他のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープに実質的に結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する抗体であってもよい。あるいは、本発明に従って、抗原に特異的に結合する抗体は、適切な検出器具、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴システムおよびＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）動態評価ソフトウェア（例えば、バージョン２．１）を使用する表面プラズモン共鳴分析によって測定されるように、１０４またはそれ未満の解離定数（ＩＱ）を有する抗体またはその断片による抗原の結合を指す。特異的結合相互作用の親和性または解離定数（Ｋｄ）は、好ましくは、約５００ｎＭまたはそれ未満、より好ましくは約３００ｎＭまたはそれ未満、および好ましくは少なくとも３００ｎＭ〜５０ｐＭ、２００ｎＭ〜５０ｐＭ、より好ましくは少なくとも１００ｎＭ〜５０ｐＭ、７５ｎＭ〜５０ｐＭ、１０ｎＭ〜５０ｐＭである。
【０１９２】
プローブは標識されてもよい。例えば、プローブは、標識を含み得る。標識を使用して、試料中の虚血性脳卒中のバイオマーカーとのプローブの結合を追跡してもよい。標識は、蛍光タグまたは発光タグ、金属、色素、放射性同位元素などであってもよい。標識の例としては、常磁性イオン、放射性同位体；蛍光色素、金属、色素、ＮＭＲ検出可能物質、およびＸ線画像形成化合物が挙げられる。常磁性イオンとしては、クロム（ＩＩＩ）、マンガン（ＩＩ）、鉄（ＩＩＩ）、鉄（ＩＩ）、コバルト（ＩＩ）、ニッケル（ＩＩ）、銅（ＩＩ）、ネオジム（ＩＩ）、サマリウム（ＩＩＩ）、イッテルビウム（ＩＩＩ）、ガドリニウム（ＩＩＩ）、バナジウム（ＩＩ）、テルビウム（ＩＩＩ）、ジスプロシウム（ＩＩＩ）、ホルミウム（ＩＩＩ）および／またはエルビウム（ＩＩＩ）が挙げられ、ガドリニウムが特に好ましい。Ｘ線画像のような他の状況で有用なイオンとしては、限定するものではないが、ランタニウム（ＩＩＩ）、金（ＩＩＩ）、鉛（ＩＩ）および特にビスマス（ＩＩＩ）が挙げられる。放射性同位体としては、１４炭素、１５クロム、３６塩素、５７コバルトなどを利用してもよい。とりわけ、使用を企図する蛍光標識としては、Ａｌｅｘａ  ３５０、Ａｌｅｘａ  ４３０、ＡＭＣＡ、ＢＯＤＩＰＹ  ６３０／６５０、ＢＯＤＩＰＹ  ６５０／６６５、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、ＢＯＤＩＰＹ−Ｒ６Ｇ、ＢＯＤＩＰＹ−ＴＭＲ、ＢＯＤＩＰＹ−ＴＲＸ、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｃｙ３、Ｃｙ５，６−ＦＡＭ、フルオレセインイソチオシアネート、ＨＥＸ、６−ＪＯＥ、Ｏｒｅｇｏｎ  Ｇｒｅｅｎ  ４８８、Ｏｒｅｇｏｎ  Ｇｒｅｅｎ  ５００、Ｏｒｅｇｏｎ  Ｇｒｅｅｎ  ５１４、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、ＲＥＧ、ローダミングリーン、ローダミンレッド、Ｒｅｎｏｇｒａｐｈｉｎ、ＲＯＸ、ＴＡＭＲＡ、ＴＥＴ、テトラメチルローダミン、および／またはテキサスレッド（Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ）が挙げられる。発色基質との接触時に着色生成物を生成する酵素（酵素タグ）も使用してもよい。適切な酵素の例としては、ウレアーゼ、アルカリホスファターゼ、（西洋ワサビ）水素ペルオキシダーゼまたはグルコースオキシダーゼが挙げられる。二次結合リガンドは、ビオチンおよび／またはアビジンおよびストレプトアビジン化合物であってもよい。このような標識の使用は、当業者に周知であり、例えば、各々が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第３，８１７，８３７号；同第３，８５０，７５２号；同第３，９３９，３５０号；同第３，９９６，３４５号；同第４，２７７，４３７号；同第４，２７５，１４９号および同第４，３６６，２４１号に記載される。
【０１９３】
本明細書中に開示されるプローブを使用して、虚血性脳卒中を評価する方法におけるバイオマーカーの群の発現を測定してもよい。一部の場合には、虚血性卒中を評価する方法において群の発現を測定するために使用されるプローブは、本明細書に記載の任意の標識を含む標識されたプローブであってもよい。一部の場合には、プローブは、例えばｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成された合成物であってもよい。一部の場合には、プローブは、任意の天然に存在する分子とは異なっていてもよい。
【０１９４】
プローブは、１つまたは複数のポリヌクレオチドを含んでもよい。一部の場合には、プローブは、バイオマーカーの群と結合する（例えば、ハイブリダイズする）ポリヌクレオチドを含んでもよい。一部の場合には、プローブは、バイオマーカーの群のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ）と結合する（例えば、ハイブリダイズする）ポリヌクレオチドを含んでもよい。一部の場合には、プローブは、バイオマーカーの群のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ）から誘導された（例えば、逆転写された）ＤＮＡに結合する（例えば、ハイブリダイズする）ポリヌクレオチドを含んでもよい。
【０１９５】
プローブは、ポリペプチドを含んでもよい。一部の場合には、プローブは、バイオマーカーの群のタンパク質（またはタンパク質の断片）に結合するポリペプチドを含んでもよい。そのようなプローブは、抗体またはその断片であってもよい。
【０１９６】
プローブは、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド以外のバイオマーカーの群に結合する任意の他の分子を含んでもよい。例えば、プローブは、アプタマーまたは化合物であってもよい。一部の場合には、プローブは、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アプタマー、化合物、および任意の他の種類の分子の組合せを含んでもよい。
【０１９７】
キットは検出試薬をさらに含んでもよい。検出試薬は、プローブとバイオマーカーの群との結合を調べるために使用してもよい。検出試薬は、本明細書に記載の任意の標識、例えば、蛍光標識または放射性標識を含んでもよい。一部の場合には、キットはまた、提供されるバイオマーカーおよび／または抗体（場合によっては）と診断試料の間の特異的免疫反応の検出のための免疫検出試薬または標識を含んでもよい。適切な検出試薬は、抗原および／または抗体と会合して、または第１抗体に対する特異性を有する第２抗体と会合して典型的に用いられる、放射性リガンド、酵素リガンドまたは他の発色性リガンドによって例示されるように、当技術分野で周知である。したがって、反応は、標識を検出または定量する手段によって検出または定量されてもよい。本発明の新規な方法に関連して適用するのに適した免疫検出試薬およびプロセスは、当該分野において一般的に周知である。
【０１９８】
試薬は、緩衝剤およびタンパク質安定化剤、例えば、多糖類などのような補助剤を含んでもよい。キットは、必要なら、試験におけるバックグラウンド干渉を低減するための薬剤、シグナルを増加させる薬剤、試験を行うための装置、検量線およびチャート、標準化曲線およびチャートなどをさらに含んでもよい。
【０１９９】
キットは、対象の状態を評価するためのコンピュータ可読媒体をさらに含んでもよい。例えば、コンピュータ可読媒体は、対象からの試料中のバイオマーカーの群の発現と参照と間の相違を分析し、それによって対象の状態を評価し得る。一部の実施形態では、本明細書に開示されるキットは、使用説明書を含んでもよい。
【０２００】
虚血性脳卒中を検出するデバイス
対象の虚血性脳卒中を評価するためのデバイスが本明細書で開示される。そのようなデバイスは、実行可能命令を記憶するメモリを含んでもよい。デバイスは、本明細書で開示される方法を実施するために実行可能命令を実行するプロセッサーをさらに備えてもよい。
【０２０１】
本明細書中に開示されるのは、対象における虚血性脳卒中を検出するデバイスがさらに挙げられる。デバイスは、実行可能命令を記憶するメモリと、実行可能命令を実行するプロセッサーとを含み得る。デバイスは、本明細書で開示される虚血性脳卒中を検出する任意の方法を実施するように構成してもよい。
【０２０２】
デバイスは、ポリペプチドまたはタンパク質のプロファイルを測定するためのイムノアッセイデバイスを含み得る。例えば、これらの各々が、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第６，１４３，５７６号；同第６，１１３，８５５号；同第６，０１９，９４４号；同第５，９８５，５７９号；同第５，９４７，１２４号；同第５，９３９，２７２号；同第５，９２２，６１５号；同第５，８８５，５２７号；同第５，８５１，７７６号；同第５，８２４，７９９号；同第５，６７９，５２６号；同第５，５２５，５２４号；および同第５，４８０，７９２号を参照のこと。これらのデバイスおよび方法は、標識されたプローブを、種々のサンドウィッチで、競合的または非競合的アッセイ形式で利用して、目的の検体の存在または量に関連し得るシグナルを生成し得る。さらに、バイオセンサーおよび光学イムノアッセイなどの特定の方法およびデバイスを用いて、標識分子を必要とせずに検体の存在または量を決定してもよい。例えば、これらの各々が、参照により、全ての表、図および特許請求の範囲を含むその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第５，６３１，１７１号；および第５，９５５，３７７号を参照のこと。Ｂｅｃｋｍａｎ  ＡＣＣＥＳＳ（登録商標）、Ａｂｂｏｔｔ  ＡＸＳＹＭ（登録商標）、Ｒｏｃｈｅ  ＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）、Ｄａｄｅ  Ｂｅｈｒｉｎｇ  ＳＴＲＡＴＵＳ（登録商標）システムを含むがこれらに限定されないロボット機器は、なかでも、本明細書に教示されたイムノアッセイを実施することができるイムノアッセイ分析装置であることが当業者にまた認識され得る。
【０２０３】
デバイスは、フィラメントベースの診断デバイスを含んでもよい。フィラメントベースの診断デバイスは、フィラメント支持体を含み、この支持体は装置の異なるゾーン（例えば、洗浄チャンバまたは報告チャンバなどのチャンバ）間でプローブを迅速かつ効率的に移動させる機会を提供し、それらの位置に関する情報を依然として保持する。それはまた、非常に少量の様々な試料（ナノリットル程度の小さい容積反応）の使用を可能にし得る。フィラメントは、プローブが環状に配列され、フィラメントの周囲にプローブバンドを形成するように構成してもよい。これによってまた、フィラメント上のプローブの高い線密度を達成するようにバンドを堆積させることも可能になる。
【０２０４】
フィラメントは、多数の異なる材料のうちの任意のものから作製してもよい。適切な材料としては、ポリスチレン、ガラス（例えば、光ファイバコア）、ナイロン、または所望の表面構造（３次元）および化学活性を付与するために化学的部分で誘導体化された他の基材が挙げられる。フィラメントはまた、細孔、磨耗剤、陥入、突起、または有効表面積を増加させる他の物理的もしくは化学的構造などの表面特徴を含むように構築してもよい。これらの表面特徴は、一態様では、フィラメントが溶液含有チャンバを通過する際の溶液の混合の向上を提供する場合もあり、またはプローブ分子の数および利用可能性の増大をもたらす場合もある。フィラメントはまた、単一のフィラメント上の多数の異なるプローブをユーザが追跡することを可能にするプローブ識別子を含み得る。プローブ識別子は、色素、磁性、放射性、蛍光性、または化学発光性分子であってもよい。あるいは、それらは様々なデジタルタグまたはアナログタグを含んでもよい。
【０２０５】
フィラメントに付着されるプローブは、核酸分子（例えば、オリゴヌクレオチド）および抗体または抗体断片を含む、任意の様々な生体分子であってもよい。結合または相互作用が検出可能であるように、プローブは、試験される試料（例えば、末梢血）中の目的の標的物質（例えば、本発明のポリペプチドバイオマーカーまたはそれらのコードするｍＲＮＡ分子）に結合するか、または相互作用できなければならない。
【実施例】
【０２０６】
（実施例１）
ＰＣＲを使用した、虚血性脳卒中患者、一過性虚血発作患者および疑似脳卒中患者の間のバイオマーカーの遺伝子発現パターンの比較。
４つの群の患者（すなわち、８人の虚血性脳卒中患者、４人の一過性虚血発作（ＴＩＡ）患者、７人の疑似脳卒中患者および１９人の対照患者）からの末梢血血漿試料を、症状の発症から２４時間以内にＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ）に収集した。総血液ＲＮＡを、ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して抽出し、精製した。
【０２０７】
ＰＣＲを実施して、対照群に対して、ＡＲＧ１、ＣＡ４、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＯＲＭ１およびｓ１００ａ１２の遺伝子発現を測定した。虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群の間では、ＡＲＧ１（ｐ＝０．０３８）、ＣＣＲ７（ｐ＝０．００３）、ＬＹ９６（ｐ＝０．０１８）、ＣＳＰＧ２（ｐ＝０．０５）の発現レベルは、有意に異なっていた（図１）。
【０２０８】
ＰＣＲをまた実施して、内部対照と比較してＩＱＧＡＰ、Ｌｙ９６、ＭＭＰ９、およびｓ１００ａ１２の遺伝子発現を測定した。ＩＱＧＡＰ１（ｐ＝０．０５）、Ｌｙ９６（ｐ＝０．０５）、ＭＭＰ９（ｐ＝０．０８）、ｓ１００ａ１２（ｐ＝０．６２、分析について異常値は外された）の発現レベルは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群とだけの間で有意に異なっていた（図２）。
【０２０９】
ＡＲＧ１、ＣＣＲ７、ＬＹ９６、ＣＳＰＧ２、ＭＭＰ９およびｓ１００ａ１２の間の相互影響は、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群において有意に異なっていた（ｐ＝０．０８）（図３）。この相互影響は全ての目的の変数の発現パターンであった。パターン認識および機械学習分析を実施して、各疾患コホートの発現パターンを完全に捕捉してもよい。
【０２１０】
本明細書において試験された多くの遺伝子間の比もまた、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、および疑似脳卒中群の間で有意に異なり、これによって、３つの患者群の発現パターンが異なることが示唆された。臨床現場即時（ポイント・オブ・ケア：ＰＯＣ）技術の最も堅調な統計モデルは、さらなる最適化によって決定され得る。
【０２１１】
虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群、疑似脳卒中群の間の比の比較からのｐ値は、以下のとおりであった：ＡＲＧ１対ＣＣＲ７：ｐ＝０．０１６、ＣＣＲ７対Ｌｙ９６：ｐ＝０．００８；ＣＳＰＧ２対ＭＭＰ９：ｐ＝０．０５９；ＩＱＧＡＰ１対ＭＭＰ９：ｐ＝０．０７；ＭＭＰ９対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０１９；ＡＲＧ１対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０４；ＣＣＲ７対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０５；およびＣＡ４対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０４８。ＣＣＲ７対ＬＹ９６およびＭＭＰ９対ｓ１００ａ１２の比は、図４Ａ〜図４Ｂに示す。
【０２１２】
虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間の比の比較からのｐ値は、以下のとおりであった：ＡＲＧ１対ＬＹ９６：ｐ＝０．０９；ＣＳＰＧ２対ＭＭＰ９：ｐ＝０．０５；ＩＱＧＡＰ１対ＭＭＰ９：ｐ＝０．０８；ＭＭＰ９対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０２４；ＡＲＧ１対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０４５；ＣＣＲ７対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０６７；およびＣＡ４対ｓ１００ａ１２：ｐ＝０．０５３。ＭＭＰ９対ｓ１００ａ１２およびＡＲＧ１対ｓ１００ａ１２の比は、図５Ａ〜図５Ｂに示す。
【０２１３】
（実施例２）
ＰＣＲを使用した、虚血性脳卒中患者と代謝性疾患対照患者の間のバイオマーカーの遺伝子発現パターンの比較。
２２人の虚血性脳卒中患者および１９人の代謝性疾患対照患者からの末梢血血漿試料を、症状の発症から２４時間以内に、ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ）に収集した。血液総ＲＮＡを、ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡキットを使用して抽出し、精製した。
【０２１４】
ＡＲＧ、ＭＭＰ９、ｓ１００ａ１２およびＣＣＲ７の遺伝子発現を測定するためにＰＣＲを実施した。脳卒中対代謝疾患の対照の間では、ＡＲＧ１（ｐ＝０．００３）、ＭＭＰ９（ｐ＝０．００１）、ｓ１００ａ１２（ｐ＝０．０１８）およびＣＣＲ７（ｐ＝０．０００）の発現レベルが有意に異なっていた（図６Ａ〜６Ｄ）。
【０２１５】
ＡＲＧ１、ＭＭＰ９とｓ１００ａ１２との間の相互影響は、虚血性脳卒中群および代謝疾患対照群において有意に異なっていた（ｐ＝０．００９）（図７）。この相互影響は全ての目的の変数の発現パターンであった。パターン認識および機械学習分析を実施して、各疾患コホートの発現パターンを完全に捕捉してもよい。
【０２１６】
（実施例３）
ＥＬＩＳＡを使用した、虚血性脳卒中患者、一過性虚血発作患者および疑似脳卒中患者の間の、バイオマーカーのタンパク質発現パターンの比較。
３つの群の患者（すなわち、４人の虚血性脳卒中患者、２人のＴＩＡ患者、および２人の疑似脳卒中患者）からの全血試料を、ＥＤＴＡチューブ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）に収集した。遠心分離により血漿を除去した。
【０２１７】
ＡＲＧ１、ＣＡ４、ＣＣＲ７、ＣＳＰＧ２、ＩＱＧＡＰ１、ＬＹ９６、ＭＭＰ９、ＲＡＧＥおよびＯＲＭ１のタンパク質発現を、市販のＥＬＩＳＡキットを使用して測定した。ＡＲＧ１（ｐ＝０．０４８）およびＬＹ９６（ｐ＝０．０５６）のタンパク質発現レベルは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および疑似脳卒中群の間で有意に異なっていた（図８Ａ〜８Ｂ）。
【０２１８】
ＬＹ９６対ＡＲＧ（ｐ＝０．０７）とＬＹ９６対ＣＣＲ７（ｐ＝０．０９）との間の相互影響は、３群間で有意に異なっており（図９Ａ〜図９Ｂ）、群間で異なるパターンのタンパク質発現が示唆された。この相互影響は全ての目的の変数の発現パターンであった。各疾患コホートの発現パターンは、パターン認識および機械学習分析によって完全に補足され得る。
【０２１９】
（実施例４）
虚血性脳卒中患者とＴＩＡ患者との間の全血試料の全プロテオームプロファイルの比較。
２つの群の患者（すなわち、１０人の虚血性脳卒中患者および４人のＴＩＡ患者）からの全血試料を、ＥＤＴＡチューブ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）に収集した。血漿試料を血液試料から遠心分離によって収集した。収集した血漿試料は、プロテオーム分析の前に解凍した。血漿試料のプロテオーム解析は、Ｐｒｏｔｅａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＬＡＥＳＩ技術を使用した質量分析によって実施した。プロテオーム全体をスクリーニングした。
【０２２０】
タンパク質発現レベルを、虚血性卒中試料とＴＩＡ試料との間で比較した。図１０Ａは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群との間で異なる発現レベルを有する例示的なタンパク質を列挙した（図１０Ａ）。経路分析によって、これらのタンパク質のほとんどが凝固に関与していることが明らかになった。男性患者と女性患者の間にも有意差があった（図１０Ａ〜１０Ｈ）。
【０２２１】
（実施例５）
Ｌｕｍｉｎｅｘ系を使用した、虚血性脳卒中患者、ＴＩＡ患者および疑似脳卒中群の間のサイトカインの発現パターンの比較。
３つの群の患者（すなわち、１７人の虚血性脳卒中患者、１０人の疑似脳卒中および１３人のＴＩＡ患者）からの全血試料を、ＥＤＴＡチューブ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）に収集した。血漿試料を血液試料から遠心分離によって収集した。収集した血漿試料を、サイトカイン発現パターンの分析前に解凍した。
【０２２２】
収集した血漿試料中のサイトカインの発現レベルを、市販のサイトカインキットを介して、Ｌｕｍｉｎｅｘシステムによって測定し、このシステムでは、以下のサイトカインを測定する：ＢＡＦＦ、ＭＭＰ９、ＡＰＰ、アグリカン、ガレクチン−３、Ｆａｓ、ＲＡＧＥ、エフリン（Ｅｐｈｒｉｎ）Ａ２、ＣＤ３０、ＴＮＦＲ１、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＴＮＦα、Ｉｌ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１ベータ、ＩＦＮｙ、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ１ａ、ＩＬ４、ＩＬ１７、Ｉｌ２、ＧＭＣＳＦ、ＥＮＡ７８、ＩＬ５、ＩＬ２３Ｐ７０、ＴＡＲＣ、ＧｒｏＡｌｐｈａ、ＩＬ３３、ＢＬＣＢＣＡ、ＩＬ３１、およびＭＣＰ２。
【０２２３】
ＭＭＰ９（ｐ＝０．０６５）、ガレクチン３（ｐ＝０．０９）、ＲＡＧＥ（ｐ＝０．０６）、ＣＤ３０（ｐ＝０．０７８）、ＧＭＣＳＦ（ｐ＝０．０７）およびＥＮＡ７８（ｐ＝０．０２８）の発現レベルは、３つの群全てにおいて有意に異なっていた（図１１Ａ〜１１Ｅ）。
【０２２４】
ガレクチン３（ｐ＝０．０９）およびＲＡＧＥ（ｐ＝０．０９）の発現レベルは、虚血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で有意に異なっていた（図１２Ａ〜１２Ｂ）。
【０２２５】
ＭＭＰ９、ＲＡＧＥおよびＥＮＡ７８の間の相互影響は、３つの群全てにおいて統計的に異なっていた（ｐ＝０．０４８）（図１３）。
【０２２６】
（実施例６）
虚血性脳卒中患者と非虚血性脳卒中患者と間の血液試料のプロファイルの比較。
５つの群の患者（すなわち、４３人の虚血性脳卒中患者、１３人のＴＩＡ患者、３人の出血性脳卒中患者、１４人の外傷性脳損傷（ＴＢＩ）患者、および２２人の疑似脳卒中患者）から全血試料を採取した。血液試料のプロファイルを測定するために種々の試験を行った。
【０２２７】
総白血球（ｐ＝０．０１２）、血小板数（ｐ＝０．０７）、ヘマトクリット（ｐ＝０．０３６）、ヘモグロビンレベル（ｐ＝０．１）、プロトロンビン時間（ｐ＝０．００４）、活性化部分トロンボプラスチン（ＡＰＴＴ）（ｐ＝０．０２８）、トロポニン１（ｐ＝０．０９）、およびクレアチニンキナーゼ（ｐ＝０．０７）のベースラインは、５つの群全ての間で有意に異なっていた（図１４Ａ〜図１４Ｄ）。
【０２２８】
全血球数（ｐ＝０．０１１）、好中球パーセンテージ（ｐ＝０．０５）、およびクレアチンキナーゼ−ＭＢ（ｐ＝０．０１８）のベースラインレベルは、虚血性脳卒中群、ＴＩＡ群および出血性虚血性脳卒中群の間で有意に異なっていた（図１５Ａ〜図１５Ｂ）。
【０２２９】
出血性脳卒中群では、リンパ球数および好中球リンパ球の比が非常に高かった。リンパ球数および好中球リンパ球の比は、出血性脳卒中群とＴＩＡ群の間で統計的に異なっていたが、虚血性脳卒中群と出血性脳卒中群の間で統計的に差はなかった（図１６Ａ〜図１６Ｂ）。
【０２３０】
（実施例７）
虚血性脳卒中症状発症からの時間と選択された時点でのバイオマーカーの間の相関。
血液総ＲＮＡを、パックスジーン（ｐａｘｇｅｎｅ）プロトコルに従ってパックスジーンチューブから抽出した。全ゲノム発現プロファイリングを、Ｉｌｌｕｍｉｎａヒトｒｅｆ８  ｖ２ビーズチップを介して決定した。血液は、２つの時点（脳卒中が発症してから０〜２４時間後、再び２４〜４８時間後）に採取した。遺伝子発現と症状の発現からの時間の間の関係は、ピアソン相関を使用して決定した。ベースラインとフォローアップの間の相違は、対の試料ｔ検定によって決定した。先天性免疫および適応免疫経路の遺伝子を標的とした。ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）遺伝子ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＬＹ９６、ＭＹＤ８８、ＪＡＫ２；細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ４）遺伝子ＣＤ３、ＣＤ４、ＳＹＫ；他の免疫経路におけるゲノムマーカー（ＡＫＡＰ７、ＣＥＢＰＢ、ＩＬ１０、ＩＬ８、ＩＬ２２Ｒ；および診断団由来のゲノムマーカー（ＡＲＧ１、ＣＡ４、ＣＣＲ７）。Ｎ＝３４の虚血性脳卒中対象。
【０２３１】
症状発現からの時間（０〜４８時間）と各時点での以下の標的遺伝子の間の相関：ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）遺伝子ＴＬＲ２（０．１）、ＴＬＲ４（０．３）、ＬＹ９６（０．０００）、ＭＹＤ８８（０．０００）、ＪＡＫ２（０．００６）、細胞毒性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ４）遺伝子ＣＤ３（０．００２）、ＣＤ４（０．００６）、ＳＹＫ（０．００１）、他の免疫経路におけるゲノムマーカー（ＡＫＡＰ７（０．００２）、ＣＥＢＰＢ（０．０００）、ＩＬ１０（０．０００）、ＩＬ８（０．００３）、ＩＬ２２Ｒ（０．００１））、診断パネル由来のゲノムマーカー（ＡＲＧ１（０．１）、ＣＡ４（０．３）、ＣＣＲ７（０．１））。
【０２３２】
ベースライン（０〜２４時間）とフォローアップ（２４〜４８時間）の間の相違についての対の試料ｔ検定；ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）遺伝子ＴＬＲ２（０．０１３）、ＴＬＲ４（０．０８）、ＬＹ９６（０．０００）、ＭＹＤ８８（０．０００）、ＪＡＫ２（０．００１）、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ４）遺伝子ＣＤ３（０．００２）、ＣＤ４（０．００１）、ＳＹＫ（０．００１）、他の免疫経路におけるゲノムマーカー（ＡＫＡＰ７（０．０００）、ＣＥＢＰＢ（０．０００）、ＩＬ１０（０．０００）、ＩＬ８（０．０００）、ＩＬ２２Ｒ（０．００２））。本発明者らの診断パネル由来のゲノムマーカー（ＡＲＧ１（０．０３）、ＣＡ４（０．０３）、ＣＣＲ７（０．１））。（図１７Ａ〜図１７Ｈ）。
【０２３３】
（実施例８）
虚血性兆候発症の時間と選択されたバイオマーカーの間の相関。
血漿を、遠心分離によってＥＤＴＡチューブ中で得られた全血から分離し、−８０℃で凍結させ、市販のサイトカインキットを介してＬｕｍｉｎｅｘシステムで分析するために解凍した。１つの時点（症状の発症から０〜２４時間）で血液を収集した。Ｎ＝１７の虚血性脳卒中対象。以下のサイトカインを分析に含めた（ＦＡＳリガンド、ＩＬ６およびＩｌ１０）。（図１８）。
【０２３４】
症状発症からの時間と選択されたマーカーの発現の間のピアソン相関：Ｆａｓリガンドｒ＝−０．７１；ｐ＝０．０２１、ＩＬ６ｒ＝−０．６８；ｐ＝０．１、ＩＬ１０ｒ＝−０．５；ｐ＝０．３。
【０２３５】
（実施例９）
虚血性脳卒中症状発症の時間とプロテオームマーカーの間の相関。
血漿を、ＥＤＴＡチューブ中で遠心分離により得られた全血から分離し、−８０℃で凍結し、全プロテオームをスクリーニングするＰｒｏｔｅａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＬＡＥＳＩ技術（質量分析）による分析のために解凍した。１つの時点（症状の発症から０〜２４時間）で血液を収集した。Ｎ＝１０の虚血性脳卒中対象。免疫グロブリンガンマ３（ＩＧＧ３）、テネウリン１のアイソフォーム２、免疫グロブリンガンマ４（ＩＧＧ４）およびディスインテグリンのアイソフォーム２は、脳卒中症状の発症からの時間と相関していた。
【０２３６】
症状発現からの時間と選択されたマーカーの発現の間のピアソン相関：免疫グロブリンガンマ３（ＩＧＧ３）（ｒ＝０．６；ｐ＝０．０４）、テネウリン１のアイソフォーム２（ｒ＝−０．９；ｐ＝０．００８）、免疫グロブリンガンマ４（ＩＧＧ４）（ｒ＝０．８；ｐ＝０．０１）、およびディスインテグリンのアイソフォーム２（ｒ＝０．９；ｐ＝０．０７）は、脳卒中の発症からの時間と相関していた。（図１９Ａ〜図１９Ｂ）。
【０２３７】
（実施例１０）
虚血性脳卒中症状発症の時間と免疫マーカーの間の相関。
クレアチンキナーゼＭＤ（ＣＫＭＢ）および血小板数は、医療記録からの急性血液採取によって得た。１つの時点（症状の発症から０〜２４時間）で血液を収集した。Ｎ＝１７の虚血性脳卒中対象。
【０２３８】
症状発症からの時間と選択されたバイオマーカーの発現の間のピアソン相関：血小板数：ｒ＝−０．５；ｐ＝０．０２６、ＣＫ−ｍｂ：ｒ＝０．６；ｐ＝０．０８。（図２０Ａ〜２０Ｂ）。
【０２３９】
（実施例１１）
機械学習アプローチは、高レベルの正確さで急性虚血性脳卒中を識別し得る末梢血における遺伝子発現のパターンを識別した。
発見コホートおよび独立した検証コホートを含む２段階の研究デザインを使用した。発見コホートにおいて、末梢血全血試料は、緊急部門入院時に３９人のＡＩＳ患者から、ならびに２４人の神経学的無症候性対照から得た。マイクロアレイを使用して２２，０００を超える遺伝子の発現レベルを測定し、ＧＡ／ｋＮＮを使用して、ＡＩＳ患者と対照とを最適に識別する遺伝子発現のパターンを識別した。次いで、別の検証コホートにおいて、発見コホートにおいて識別された遺伝子発現パターンを、３９人のＡＩＳ患者と２つの異なる対照群のそれぞれ（１つは３０の神経学的に無症状の対照からなり、もう１つは１５の疑似脳卒中からなる）の間を識別するその能力について評価し、遺伝子発現レベルをｑＲＴ−ＰＣＲによって評価した。
【０２４０】
発見コホート：
急性虚血性脳卒中患者および神経学的無症候性対照は、Ｓｕｂｕｒｂａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤで２００７年〜２００８年に募集された。ＡＩＳ患者の場合、診断はＭＲＩによって確認し、全ての試料は、患者が、最後にＡＩＳ症状がないことが判明した時点で決定されるように、発症２４時間以内に収集した。傷害の重症度は、採血時のＮＩＨ脳卒中スケール（ＮＩＨＳＳ）に従って決定した。対照対象は、登録時に訓練を受けた神経科医によって神経学的に正常とみなされた。人口統計学的情報は、訓練を受けた臨床医によって対象または重要な他者のいずれかから収集した。全ての手順は、ＮＩＨおよびＳｕｂｕｒｂａｎ病院における神経障害の国立研究所／老化に関する国立研究所の施設審査委員会によって承認された。試験手順の前に、全ての対象またはその正当な代表者から書面のインフォームドコンセントを得た。
【０２４１】
採血およびＲＮＡ抽出：
ＰＡＸｇｅｎｅ  ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を介して末梢血全血試料を収集し、ＲＮＡ抽出まで−８０℃で保存した。ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ）を介して総ＲＮＡを抽出し、ＱＩＡｃｕｂｅシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して自動化した。単離されたＲＮＡの量および純度は、分光光度法（ＮａｎｏＤｒｏｐ、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）を介して測定した。チップキャピラリー電気泳動（Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）によりＲＮＡの品質を確認した。
【０２４２】
ＲＮＡ増幅およびマイクロアレイ：
ＴｏｔａｌＰｒｅｐ  ＲＮＡ増幅キット（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ）を使用して、ＲＮＡを増幅し、ビオチン化した。２２，０００を超える遺伝子に由来する転写物のプローブを含むＨｕｍａｎＲｅｆ−８発現ビーズチップ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）に試料をハイブリダイズし、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄＳｔａｔｉｏｎを使用してスキャンした。生のプローブ強度は、バックグラウンドを差引きし、変位値を正規化し、次いでＩｌｌｕｍｉｎａ  ＧｅｎｏｍｅＳｔｕｄｉｏを使用して遺伝子レベルで要約した。試料の標識、ハイブリダイゼーションおよびスキャニングは、標準的なイルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）プロトコルに従って実施した。
【０２４３】
ＧＡ／ｋＮＮ分析：
統計的有意性にかかわらず、標準化マイクロアレイデータを、脳卒中と対照の間の絶対倍数差に基づいてフィルタリングした；ＡＩＳと対照の間の発現における１．７倍を超える絶対差を示す遺伝子を分析のために保持した。フィルタリングされた遺伝子発現データを、ｚ変換し、ＧＡ／ｋＮＮ解析は、Liら、Gene assessment and sample classificationfor gene expression data using a genetic algorithm/k-nearest neighbor method.Comb Chem High Throughput Screen.２００１年；第４巻（８号）：７２７〜７３９頁によって開発されたソースコードを使用して実施した。１試料あたり２千の近最適解を、５つの最近傍、多数決、染色体長５、および終止カットオフ０．９７を使用して、収集した。上位５０個の遺伝子産物を使用して、一個抜き交差検証を実施した。
【０２４４】
検証コホート：
ＡＩＳ患者、疑似脳卒中、および神経学的無症候性対照は、Ｒｕｂｙ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、Ｍｏｒｇａｎｔｏｗｎ、ＷＶで２０１１年から２０１５年に募集された。発見コホートと同様に、ＡＩＳ診断は、神経放射線画像法により確認し、公知の症状発症の２４時間以内に血液をサンプリングした。脳卒中様のシステムで救急部に入院したが、画像化の際に脳卒中の陰性診断を受けた患者は、疑似脳卒中であると識別された。傷害重症度の評価、神経学的無症候性対照のスクリーニング、および人口統計学的情報の収集は、発見コホートと同じ方法で実施した。全ての手順は、ウェストバージニア大学およびルビーメモリアル病院の施設審査委員会によって承認された。試験手順の前に、全ての対象またはその正当な代表者から書面によるインフォームドコンセントを得た。
【０２４５】
定量的逆転写ＰＣＲ：
Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ高容積逆転写キットを使用して精製ＲＮＡからｃＤＮＡを生成した。ｑＰＣＲについては、配列特異的プライマー（表２）を使用して１０ｎｇのｃＤＮＡ入力から標的配列を増幅し、ＲｏｔｏｒＧｅｎｅＱ（Ｑｉａｇｅｎ）上でＳＹＢＲグリーン（ＰｏｗｅｒＳＹＢＲ、Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ）を介して検出した。生の増幅プロットを、バックグラウンド補正し、ＣＴ値は、ＲｏｔｏｒＧｅｎｅＱソフトウェアパッケージを介して生成した。全ての反応は三連で実施した。Ｂ２Ｍ、ＰＰＩＢ、およびＡＣＴＢは、低変動性の参照転写物として増幅され、ＮＯＲＭＡ遺伝子のデータ駆動標準化アルゴリズムを使用して、正規化を実施した１３。全ての表現値は、対照と比較して倍数の差として表した。
【表２】
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【０２４６】
統計分析：
統計分析は、ＳＰＳＳ統計ソフトウェアパッケージ（ＩＢＭ、Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ）を使用して実施した。カイ二乗分析は、二分変数の比較に使用したが、スチューデントｔ検定は連続変数の比較に使用した。複数のｔ検定の場合、Ｂｅｎｊａｍｉｎ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ較正を、５％の誤発見率カットオフを使用してｐ値に適用した。有意水準は、全ての統計的試験について０．０５で確立された。
【０２４７】
結果
発見コホート：
人口統計的および臨床的特徴に関して、ＡＩＳ患者は、神経学的無症候性対照より有意に高齢であり、高血圧および脂質異常症のような共存症の罹患率がより高かった（表３）。ＡＩＳ患者と対照の間の識別能力に基づいてＧＡ／ｋＮＮによるランク付けで上位５０個の末梢血転写物を、図２３Ａに示しており、各転写物が近最適解の一部として選択された回数順に並べた。ＡＩＳ患者と対照の間の上位５０の転写物の示唆的末梢血発現を、図２３Ｂに示す。ＧＡ／ｋＮＮによって識別された上位５０個の転写物は、一個抜き交差検証において、ｋＮＮを使用してＡＩＳ患者と対照を区別する強力な能力を示した；ちょうど上位１０個の転写物（ＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２）の組合せによって、発見コホートの対象の９８．４％を、正確に９７．４％の感度および１００％の特異性で識別することができた（図２４Ａおよび図２４Ｂ）。上位１０個の転写物の組み合わせた識別力は、それらの発現レベルを個々の対象ごとにプロットしたときに明らかであった；発現の全体的パターンは、ＡＩＳ患者と対照の間で異なっていた（図２５Ｂ、図２５Ｃ、および図２５Ｄ）。
【表３】
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【０２４８】
検証コホート：
発見コホートの場合と同様に、ＡＩＳ患者は神経学的無症候対照より有意に高齢であったが、ＡＩＳ患者および無症候対照は、併存疾患の有病率に関してより良好に一致した（表４）。ＡＩＳ患者はまた、疑似脳卒中よりも有意に高齢であったが、共罹患率の存在に関して疑似脳卒中と良好に一致していた（表４）。
【表４】
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【０２４９】
発見コホートにおける上位１０個の転写物にわたって観察されたＡＩＳ患者と無症候性対照の間の示差的発現の全体的パターンはまた、検証コホートにおけるＡＩＳ患者と無症候性対照を比較したときに見られた（図２５Ａ）。上位１０の転写物が、脳卒中患者と無症候性対照の間を、ｋＮＮを使用した発見コホートにおいて識別する強力な能力も検証コホートにおいて再現された；組み合わせて使用された上位１０個の転写物は、９２．３％の感度および１００％の特異性で、対象の９５．６％を正確に識別することができた（図２５Ｂ）。
【０２５０】
ＡＩＳ患者を疑似脳卒中と比較すると、上位１０個のマーカーにわたって観察された示差的発現の全体的パターンは、ＡＩＳ患者を無症候対照と比較したときに観察されたものと同一であったが、発現レベル差の大きさは、いくつかの転写物の場合には小さかった（図２５Ｃ）。この示差的発現の大きさの減少にもかかわらず、組み合わせて使用された上位１０個のマーカーは、ＡＩＳ患者と疑似脳卒中を比較したときに、ｋＮＮを正確に使用して、高い割合の対象をまだ特定可能であり、９６．３％の対象を、９７．４％の特異性および９３．３％の感度で正確に特定した（図２５Ｄ）。
【０２５１】
（実施例１２）
対象における虚血性脳卒中の予測
末梢血を対象から採取し、ＰＡＸｇｅｎｅ  ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を介して収集する。ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ）を介して総ＲＮＡを抽出し、ＱＩＡｃｕｂｅシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して自動化する。ｃＤＮＡは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの高容積逆転写キットを使用して精製ＲＮＡから生成される。
【０２５２】
血液試料中の本明細書に記載のバイオマーカー、例えばＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、ＩＤ３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２などの発現レベルは、ｑＰＣＲによって決定される。Ｂ２Ｍ、ＰＰＩＢおよびＡＣＴＢ遺伝子発現は、内部対照として使用される。バイオマーカーの発現レベルは、参照と比較される。参照は、脳卒中のリスクがない１人または複数の健常者において評価されたバイオマーカーの発現レベルの平均値を有し得る。
【０２５３】
参照と比較して被験体で、評価されたバイオマーカー、例えばＡＮＴＸＲ２、ＳＴＫ３、ＰＤＫ４、ＣＤ１６３、ＣＴＳＺ、ＫＩＦ１Ｂ、およびＰＬＸＤＣ２の発現が少なくとも１倍増加し、ＭＡＬ、ＧＲＡＰ、およびＩＤ３の発現が、少なくとも１倍まで減少するとき、虚血性脳卒中が予測される。この予測は、９８％を超える特異性および９８％を超える感度を有し得る。
【０２５４】
（実施例１３）
ｔＰＡ処置に対する虚血性脳卒中患者の応答の予測
発現レベルがｔＰＡ処置に応答して変化するバイオマーカーは、例えば、実施例１１に記載のＧＡ／ｋＮＮ法を使用して識別される。ｔＰＡ処置に対する応答レベルと相関するバイオマーカーの発現レベルの参照範囲は、患者のバイオマーカーの発現レベルが参照範囲に入るときに、確立される。ｔＰＡ処置に対する患者の応答は、参照範囲と相関するレベルであると予測される。
【０２５５】
末梢血を患者から採取し、ＰＡＸｇｅｎｅ  ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を介して収集する。ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ）を介して総ＲＮＡを抽出し、ＱＩＡｃｕｂｅシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して自動化する。ｃＤＮＡは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの高容積逆転写キットを使用して精製ＲＮＡから生成される。
【０２５６】
血液試料中で、上記で識別されたバイオマーカーの発現レベルは、ｑＰＣＲによって決定される。Ｂ２Ｍ、ＰＰＩＢおよびＡＣＴＢ遺伝子発現は、内部対照として使用される。バイオマーカーの発現レベルは、上記で確立された参照範囲と比較される。バイオマーカーの発現レベルが減少する範囲に基づいて、ｔＰＡ処置に対する患者の応答が予測される。
【０２５７】
（実施例１４）
虚血性脳卒中患者における脳卒中の重症度の特定
発現レベルが脳卒中重症度スケールと相関するバイオマーカーは、例えば、実施例１１に記載のＧＡ／ｋＮＮ法を使用して識別される。患者のバイオマーカーの発現レベルが、重症度レベルを示す範囲に入るとき、患者の脳卒中の重症度が識別されるように、異なるレベルの重症度についてのバイオマーカーの発現レベルの参照範囲を確立する。
【０２５８】
末梢血を患者から採取し、ＰＡＸｇｅｎｅ  ＲＮＡチューブ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を介して収集する。ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ）を介して総ＲＮＡを抽出し、ＱＩＡｃｕｂｅシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して自動化する。ｃＤＮＡは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの高容積逆転写キットを使用して精製ＲＮＡから生成される。
【０２５９】
血液試料中で、上記で識別されたバイオマーカーの発現レベルは、ｑＰＣＲによって決定される。Ｂ２Ｍ、ＰＰＩＢおよびＡＣＴＢ遺伝子発現は、内部対照として使用される。バイオマーカーの発現レベルは、参照範囲と比較される。バイオマーカーの発現レベルが入る範囲に基づいて、患者の脳卒中の重症度が識別される。脳卒中の重症度は、（１）脳卒中症状なし、（２）軽度脳卒中、（３）中等度脳卒中、（４）中等度から重度の脳卒中、または（５）重度脳卒中である。
【０２６０】
（実施例１５）
無細胞ＤＮＡは、急性虚血性脳卒中患者の末梢循環において上昇し、先天性免疫系活性化に関連していた。
４３人のＡＩＳ患者および２０人の疑似脳卒中を募集した。救急部入院時に末梢血をサンプリングし、血漿ｃｆＤＮＡレベルをｑＲＴ−ＰＣＲで評価した。末梢血好中球数を、末梢血自然免疫系状態の指標として使用し、梗塞容積およびＮＩＨＳＳを使用して傷害の重症度を評価した。ＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間でｃｆＤＮＡレベルを比較し、ｃｆＤＮＡレベル、傷害重症度、および好中球数の間の関係を評価した。
【０２６１】
試料は、患者が、最後に脳卒中症状がないことが判明した時点で決定されるように、ＥＤ入院時および発症の２４時間以内に収集した。傷害の重症度は、採血時のＮＩＨ脳卒中スケール（ＮＩＨＳＳ）に従って決定した。人口統計学的情報は、訓練を受けた臨床医によって対象または重要な他者のいずれかから収集した。
【０２６２】
Ｋ２  ＥＤＴＡバキュテナーを介して静脈血を収集した。血漿単離のために、ＥＤＴＡ処理した血液を２，０００ｇで１０分間スピンさせて血球を沈降させた。血漿を収集し、１０，０００×ｇで１０分間スピンさせて、残留血液細胞または破片を除去した。試料を分析まで−８０℃で保存した。溶血試料を識別するために、血漿吸光度を分光光度法により３８５および４１４ｎｍで測定し、これを使用して溶血スコア（ＨＳ）を計算した。音波処理された赤血球の連続希釈をスパイクとして加えた非溶血血漿を陽性対照として使用した。０．５７より大きいＨＳを有する血漿試料を、ｃｆＤＮＡ分析から除外した。
【０２６３】
ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡマイクロキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を使用して２００μＬの血漿から総ＤＮＡを抽出し、ＱＩＡｃｕｂｅシステム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して自動化した。精製されたＤＮＡは、３５μＬ容積の超純粋Ｈ２Ｏで溶出された。
【０２６４】
ＤＮＡ抽出効率の試料間変動を制御するために、ＤＮＡ抽出の前に、ポンテリナ・プルマタ（ｐｏｎｔｅｌｌｉｎａ  ｐｌｕｍａｔａ）ゲノムのＧＦＰコード部分に由来する非ヒト６０５ｂｐ  ＤＮＡ断片（ＧＦＰ６０５）をスパイクとして血漿試料に加えた。このＧＦＰ６０５スパイクイン対照は、配列特異的プライマーおよび精製されたｐＧＦＰ−Ｖ−ＲＳプラスミド（Ｏｒｉｇｅｎｅ）を鋳型として使用してＰＣＲによって生成した（図２６Ａ）。ＧＦＰ６０５  ＰＣＲ産物を、アガロースゲルで電気泳動し、ＱＩＡｑｕｉｃｋゲル抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ、図２６Ｂ）を使用して精製した。ＧＦＰ６０５の濃度および純度は、分光測定法を介して決定した。精製ＧＦＰ６０５を最終濃度１０，０００コピー／ｍＬでスパイクとして血漿試料に加えた。血漿溶離液中のｃｆＤＮＡレベルを、ｑＰＣＲを介した単一コピー核ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ＴＥＲＴ）遺伝子の検出によって定量した。ＴＥＲＴは、９７ｂｐの断片の増幅によって検出された。ＧＦＰ６０５のスパイクインは、正常化のために使用された１０８ｂｐの内部断片（ＧＦＰ１０８）の増幅を介して並行して検出された（図２６Ｃ）。標的配列を、５μＬの溶出液から増幅し、ＲｏｔｏｒＧｅｎｅＱ（Ｑｉａｇｅｎ）上のＳＹＢＲグリーン（ＰｏｗｅｒＳＹＢＲ、Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ）を介して検出した。生の増幅プロットを、バックグラウンド補正し、ＣＴ値を、ＲｏｔｏｒＧｅｎｅＱソフトウェアパッケージを介して生成した。ＴＥＲＴ  ＣＴ値は、ＧＦＰ１０８  ＣＴ値を介して正規化し、ＴＥＲＴレベルは、２−ΔΔＣＴ法を使用して群間を比較した。全ての反応は三連で実施し、単一ＰＣＲ産物の存在を、融解曲線分析で確認した。実験によって、ＧＦＰ６０５スパイクインの存在がＴＥＲＴ検出を妨害しないこと、およびＧＦＰスパイクインが全ヒトＤＮＡの存在下で検出可能であることが確認された（図２６Ｄ）。
【０２６５】
神経放射線画像法は、発症２４時間以内にＭＲＩまたはＣＴのいずれかを使用して行った。Ｂｒａｉｎｌａｂ  ｉＰｌａｎソフトウェアパッケージを使用して、手動追跡によって梗塞容積を計算し、全ての梗塞容積計算は、神経放射線学者が検証した。
【０２６６】
標準的な臨床自動化血液学系を使用して好中球数を評価した。
【０２６７】
全ての統計は、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ統計ソフトウェアパッケージを使用して実施した。二分変数の群間比較にはカイ二乗分析を使用し、連続変数の群間比較にはスチューデントｔ検定を使用した。スピアマンのロー（ｒｈｏ）を使用して、観察された相関関係の強度を試験した。バイナリ分類器の性能を試験するためにＲＯＣ分析を使用した。最適カットオフ値は、最高レベルの組合せ感度および特異性を生じたカットオフによって決定し、９５％信頼区間（０．９５  ＣＩ）を算出した。有意水準は、全ての統計的試験について０．０５で確立した。
【０２６８】
結果：
ＡＩＳ患者は、疑似脳卒中よりも高齢であったが、心血管疾患リスク因子および併存疾患に関して群は良好に一致した（図２７）。発症から全対象の血液採取までの中央時間は６．７時間であった。
【０２６９】
ＡＩＳ患者は、ＴＥＲＴを標的とするｑＰＣＲによって測定されるように、疑似脳卒中よりもｃｆＤＮＡの３倍近く高い循環レベルを示した（図２８Ａ）。ｃｆＤＮＡレベルが、ＡＩＳ患者と疑似脳卒中の間を識別する能力を試験するためのＲＯＣ分析によって、０．８６という曲線下面積が得られ、ｃｆＤＮＡレベルが診断的に有用であることが示唆された。最適なカットオフでは、ｃｆＤＮＡレベルはＡＩＳについて８６％（０．９５  ＣＩ＝７２〜９５％）の感度および７５％（０．９５  ＣＩ＝５１〜９１％）特異的であった（図２８Ｂ）。
【０２７０】
循環ｃｆＤＮＡレベルはＡＩＳ患者において高いだけでなく、傷害の重症度とも正に相関した。循環ｃｆＤＮＡレベルは、ＮＩＨＳＳと弱い正の相関を示したが（図２９Ａ）、梗塞容積と有意な正の相関を示した（図２９Ｂ）。
【０２７１】
循環ｃｆＤＮＡレベルは、好中球数と正に相関した：
循環ｃｆＤＮＡレベルも、ＡＩＳ患者の脳卒中後好中球数と正に相関し、それによってｃｆＤＮＡレベルが先天性免疫系の脳卒中後の活性化に寄与し得ることが示唆されている（図３０）。
【０２７２】
本明細書に記載の一部の実施形態が本明細書に示され説明されたが、そのような実施形態は単なる例示として提供される。多くの変形、変更、および置換が、本明細書で提供される開示から逸脱することなく、当業者に思い浮かぶであろう。本明細書に記載の実施形態に対する様々な代替物を、本明細書に記載の方法を実施する際に用いることができることを理解すべきである。
【図１ＡＢ】
2018523469.tif 000008
【図１ＣＤ】
2018523469.tif 000009
【図２ＡＢ】
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【図２ＣＤ】
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【図３】
2018523469.tif 000012
【図４】
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【図５】
2018523469.tif 000014
【図６ＡＢ】
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【図６ＣＤ】
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【図７】
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【図８】
2018523469.tif 000018
【図９】
2018523469.tif 000019
【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【図１０Ｄ】
2018523469.tif 000023
【図１０Ｅ】
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【図１０Ｆ】
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【図１０Ｇ】
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【図１０Ｈ】
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【図１１ＡＢ】
2018523469.tif 000028
【図１１ＣＤ】
2018523469.tif 000029
【図１１Ｅ】
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【図１２】
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【図１３】
2018523469.tif 000032
【図１４ＡＢ】
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【図１４ＣＤ】
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【図１５】
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【図１６】
2018523469.tif 000036
【図１７ＡＢ】
2018523469.tif 000037
【図１７ＣＤ】
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【図１７ＥＦ】
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【図１７ＧＨ】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
2018523469.tif 000044
【図２２】
2018523469.tif 000045
【図２３Ａ】
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【図２３Ｂ】
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【図２４Ａ】
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【図２４ＢＣ】
2018523469.tif 000049
【図２４Ｄ】
2018523469.tif 000050
【図２５Ａ】
2018523469.tif 000051
【図２５Ｂ】
2018523469.tif 000052
【図２５Ｃ】
2018523469.tif 000053
【図２５Ｄ】
2018523469.tif 000054
【図２６Ａ】
2018523469.tif 000055
【図２６ＢＣＤ】
2018523469.tif 000056
【図２７】
2018523469.tif 000057
【図２８】
2018523469.tif 000058
【図２９】
2018523469.tif 000059
【図３０】
2018523469.tif 000060
【手続補正書】
【提出日】平成30年6月26日(2018.6.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2018523469000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成30年6月27日(2018.6.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2018523469000001.app
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２６ＢＣＤ
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２６ＢＣＤ】
2018523469.tif 000061
【国際調査報告】
2018523469.tif 000062
2018523469.tif 000063
2018523469.tif 000064