(57)【要約】  本発明は、そのゲノムの３番染色体上に収量ＱＴＬを含んでなる栽培キュウリ植物ならびにそのような植物を作る方法およびそれらの使用に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を３番染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物であって、前記遺伝子移入断片が、配列番号１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１と配列番号２７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７との間に位置する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）を含んでなり、該ＱＴＬがキュウリ果実収量の増加をもたらすものである、植物。
【請求項２】
前記キュウリ果実収量の増加が、同一環境下で生育させた場合における、前記遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照系列に比較して、前記遺伝子移入断片を含んでなる植物系統の有意に高い植物あたりの着果数（ＦｒＰＰ）の平均、および／または同一環境下で生育させた場合における、前記遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照系列に比較して、前記遺伝子移入断片を含んでなる植物系統の有意に高い植物あたりの果実重量（ＧｒＰＰ）の平均として表現型的に表わされる、請求項１に記載の植物。
【請求項３】
前記３番染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｅ）配列番号５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６の２５１番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ａａ）配列番号２７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；および随意に
ｂｂ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択される少なくとも１個の、好ましくは、少なくとも２個または３個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である、請求項１または２に記載の植物。
【請求項４】
前記ＱＴＬを含んでなり、下記ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）：
ａ）配列番号１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；または
ｂ）配列番号１０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号１２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号１３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号１４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号１５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号１８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号２０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；または
ｃ）配列番号２０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号２１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号２２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号２３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号２４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号２５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号２６の２５１番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号２７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧもしくはＡＡ遺伝子型；または
ｄ）配列番号６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号１２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号１３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号１４の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号１５の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１６の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１７の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号１８の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号１９の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡもしくはＧＧ遺伝子型；配列番号２０の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴもしくはＣＣ遺伝子型；配列番号２１の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣもしくはＡＡ遺伝子型；配列番号２２の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣもしくはＴＴ遺伝子型；配列番号２３の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴもしくはＴＴ遺伝子型、
の群の１つから選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、または５個のマーカーを含んでなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の植物。
【請求項５】
前記遺伝子移入断片がヘテロ接合型で存在し、前記１つ以上のＳＮＰマーカーがへテロ接合性ＳＮＰ遺伝子型を有する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の植物。
【請求項６】
前記遺伝子移入断片がホモ接合型で存在し、前記１つ以上のＳＮＰマーカーがホモ接合性ＳＮＰ遺伝子型を有する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の植物。
【請求項７】
前記植物が、次の型のキュウリ：スライスキュウリ、長形キュウリ、およびヨーロッパ温室キュウリの１つである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物。
【請求項８】
前記植物が単交雑Ｆ１雑種または近交系統である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物。
【請求項９】
前記植物がユーラシアキュウリ群の栽培キュウリであり、前記遺伝子移入断片が、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、またはCucumis sativus var. xishuangbannesiに由来するものである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１０】
前記植物が単為結実性である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１１】
前記ＱＴＬが、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子に存在するＱＴＬである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１２】
３番染色体上の前記遺伝子移入断片が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から生育させた植物を別のキュウリ植物と交配することによって得られるものである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の植物が生育することができる、種子。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の植物から収穫される、キュウリ果実。
【請求項１５】
少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなり、該組換え３番染色体がキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなり、該遺伝子移入断片が増強された果実収量をもたらすＱＴＬを含んでなる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の植物または種子の植物細胞、組織、または植物部位。
【請求項１６】
３番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなる栽培C. sativus var. sativus植物を同定する方法であって、該遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２３４６に見られるものであるか、またはそれに由来するより小さい断片であり、
ａ）栽培C. sativus var. sativus植物の集団を用意すること；
ｂ）前記集団を
前記３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７
からなる群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングすること；
ｃ）下記：
ｉ）前記３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するための前記ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個；または
ｉｉ）前記３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７から選択される少なくとも２個、３個、もしくは４個の連続したマーカー
を含んでなる植物を同定および／または選択すること
を含んでなる、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、キュウリ育種の分野に関する。キュウリゲノムの３番染色体に位置する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）が提供され、該ＱＴＬは、ピックルキュウリ（例えば、アメリカピックル型、ヨーロッパピックル型）、スライスキュウリ（例えば、アメリカスライス型）、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ（oriental trellis type cucumbers）（「バープレス（burpless）」としても市販されている）、アジアキュウリ（インドマダラキュウリ（Indian Mottled cucumber）型、中国長形キュウリ型、韓国キュウリ型、日本キュウリ型などの相異なる型にさらに細分化することができ、１つ目はインドキュウリ群に属し、あとの３つは東アジアキュウリ群の一部である）などの栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus）において収量を増加させるために使用することができる。
【０００２】
該ＱＴＬは本明細書においてＱＴＬ３．１と呼ばれる。また、ＱＴＬ３．１を含んでなる３番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物が提供され、それにより、遺伝子移入断片は遺伝子移入のない同じ栽培キュウリに比較して遺伝子移入を含んでなる栽培キュウリの果実収量を著しく増加させる。ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片はキュウリの近縁野生種に由来する。キュウリの近縁野生種系統の１つの植物が使用されて倍加半数体集団が作られ、次いで該集団は、マッピングをし、ＱＴＬをヨーロッパ長形キュウリ型に遺伝子移入するのに用いられる。この型から、該ＱＴＬは短形キュウリ型などの他のいずれの栽培キュウリ型または他の長形キュウリ育種系統もしくは変種に容易に移入することができる。該遺伝子移入断片を含んでなる種子は受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された。
【０００３】
１つの態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる、遺伝子移入断片を３番染色体上に含んでなる栽培キュウリ植物が提供され、それにより、その遺伝子移入断片は、遺伝子移入のない同一の栽培キュウリと比較して、遺伝子移入を含んでなる栽培キュウリの果実収量を有意に増加させる。また、遺伝子移入断片上に存在し、その遺伝子移入断片の存在を示す１つ以上の分子マーカー（特に、一塩基多型またはＳＮＰ）およびそのようなマーカーを使用する方法が本明細書において提供される。同様に、ＱＴＬ３．１をゲノム中に含んでなり、そうでなければ栽培キュウリのゲノムをゲノム中に含んでなる種子、植物部位、細胞および／または組織が提供される。なお、「栽培キュウリのゲノム」という用語は、ゲノム全体に、例えば、他の染色体上に且つ／または他の形質に対する他の遺伝子移入断片が存在することを排除しないことが留意される。
【０００４】
同様に、ＱＴＬ３．１を３番染色体上に含んでなり、そうでなければ栽培キュウリの３番染色体をゲノム中に含んでなる種子、植物部位、細胞および／または組織が提供される。１つの態様では、植物、種子、植物部位、細胞および／または組織は、キュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含んでなり、それにより、遺伝子移入断片はＱＴＬ３．１を含んでなり、そのＱＴＬは３番染色体の２１．５Ｍｂで始まり２７．２３Ｍｂで終わる領域に物理的に位置する。よって１つの態様では、３番染色体の２１．５Ｍｂで始まり２７．２３Ｍｂで終わる領域の全部または一部は、キュウリの近縁野生種に由来し、プラスの（positive）収量ＱＴＬ（ＱＴＬ３．１またはそのバリアント）を含んでなる。１つの態様では、３番染色体の他の領域、すなわち、３番染色体の０Ｍｂ〜２１．５Ｍｂおよび／または２７．２３Ｍｂ〜終末端は栽培キュウリ染色体領域を含んでなるか、またはその領域からなる。
【０００５】
１つの態様では、キュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を３番染色体でホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、配列番号１（または配列番号１のバリアント）の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿
０１と配列番号２７（または配列番号１のバリアント）の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７との間に位置する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）を含んでなり、該ＱＴＬはキュウリ果実収量の増加をもたらす。１つの態様では、該ＱＴＬは３番染色体の塩基２１，５０７，８９２（ＳＮＰ＿０１）と塩基２７，２３３，９８５（ＳＮＰ＿２７）との間に位置する。
【０００６】
１つの態様では、ＱＴＬ３．１（すなわち、該ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞、または組織、特に長形キュウリにおいてヘテロ接合型で存在する。別の態様では、ＱＴＬ３．１（すなわち、該ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞、または組織、特に長形キュウリにおいてホモ接合型で存在する。特定の態様では、栽培キュウリ植物はＦ１雑種、特に２つの近交系親系統を交配することによって作られるＦ１雑種であり、そのため、少なくとも１つの親系統はＱＴＬ３．１（すなわち、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片）をホモ接合型で含んでなる。特定の態様では、栽培キュウリ植物は、収量に影響を及ぼすキュウリゲノムの３番染色体上の他のいずれの遺伝子移入断片も含まない。別の態様では、３番染色体上、例えば、該染色体の相異なる領域に他の遺伝子移入断片が存在しうる。
【背景技術】
【０００７】
栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus L.）は世界的に重要な野菜作物である。栽培キュウリはウリ科（Cucurbitaceae）に属する。栽培キュウリは東南アジアが原産であり、Cucumis sativus var. hardwickiiなどの小さくて苦味のある果実をもつ野生原種を由来すると考えられている。
【０００８】
栽培キュウリゲノムは、７対の染色体（ｎ＝７）をもち、一倍体ゲノムサイズが約３６７Ｍｂ（メガ塩基）であり、推定で合計約２６，６８２個の遺伝子を含む。キュウリゲノムは配列が決定された最初の野菜ゲノムであった（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびhttp://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/）。
【０００９】
ここ数十年、栽培キュウリの収量はあまり増加していない。Shetty and Wehner 2002（CropSci. 42: 2174-2183）は、ノースカロライナ州（アメリカ合衆国）の圃場条件のもとで果実品質および果実収量についてＵＳＤＡキュウリ遺伝資源コレクション（USDA cucumber germplasm collection）のスクリーニングを行い、彼ら研究で同定された高収量栽培型植物を用いて高収量栽培品種を開発できることが示唆されている。
【００１０】
国際公開第２００９／０８２２２２号では、２００２年にShetty and Wehner（前掲）によって同定された系統、トルコベイトアルファ在来種ＰＩ１６９３８３が使用されて、ＰＩ６９３８３の連鎖群３および／または４において収穫段階のキュウリの果実重量に関するＱＴＬが同定され、この系統の種子が受託番号ＮＣＩＭＢ４１５３２で寄託された。このドナーは、（キュウリの近縁野生種ではない）キュウリのトルコベイトアルファ在来種であり、本発明のＳＮＰマーカーを含まない。さらに、該特許出願は、全３番染色体置換を含んでなるキュウリ植物を記載し、すなわち、３番染色体全体がドナーＰＩ１６９３８３由来である。
【００１１】
Wei et al. 2014（BMC Genomics 15: 1158, p1-10）は、中国キュウリ近交系統（ＣＣ３）とＮＣ７６との間の交配から派生した集団における未熟果実および成熟果実の長さならびに未熟果実の重量のマッピングを開示している。ＮＣ７６は、（キュウリの近縁野生種ではない）アフガニスタン由来のキュウリの在来種Cucumis sativus var. sativus（ＰＩ２４６９３０）から開発され、短い果実（７〜１０ｃｍ）を有する。彼らは、短い実を結ぶＮＣ７６と長い実を結ぶＣＣ３と交配することによって、追加ファイル（additional file）６に提示されるように、（未熟および成熟）果実の長さならびに未熟果実の重量について分離Ｆ２集団のＱＴＬのマッピングを行った。彼らは、連鎖群３（ＬＧ３）に、未熟果実の長さ（ｆｌ３．１およびｆｌ３．２）に関する２つのＱＴＬ、未熟果実の重量（ｆｗ３．１およびｆｗ３．２）に関する２つのＱＴＬ、ならびに成熟果実の長さ（ｍｆｌ３．１）に関する１つのＱＴＬを、そのほか、未熟果実の長さに関する別のＱＴＬをＬＧ１（ｆｌ１．１）およびＬＧ６（ｆｌ６．１）に見出したが、総果実収量に関する情報は何も開示していない。
【００１２】
Fazio et al. 2003（Theor Appl Genet 107: 864-874）は、３回の収穫にわたる植物あたりの累積着果および小葉（「ｌｌ」）などの形態学的形質を含む多くの形質を遺伝学的にマッピングした。それらの連鎖群６は物理的３番染色体に対応するとみられる。彼らは、３回の収穫にわたる植物あたりの累積果実数（植物あたり果実数は３つの収穫点で測定された）に良い影響を及ぼすｆｐｌ６．１と呼ばれる１つのＱＴＬを位置４０．８ｃＭのマーカーＯＰ−ＡＧ１−２にマッピングした。そのＱＴＬは１つの位置でのみ検出された。彼らはまた、植物あたりの着果数に良い影響を及ぼすｎｆｐ６．２と呼ばれる別のＱＴＬを位置３８．６ｃＭのマーカーＡＫ５−ＳＣＡＲにマッピングした。このＱＴＬは１つの位置で検出され、３回の収穫すべてにおいてその位置で検出された。これらのＱＴＬは３番染色体の下半分（３．０Ｍｂ周辺）上に物理的に位置し、一方で本発明のＱＴＬは３番染色体の上半分、３番染色体の２１．５０Ｍｂと２７．２３Ｍｂとの間に位置する。
【００１３】
依然として、近代キュウリ品種の果実収量を上げるために果実収量に関するＱＴＬを同定する必要性が残っている。
【発明の開示】
【００１４】
一般的定義
１つであり唯一の要素しか存在しないことがその文脈において求められない限り、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は複数の要素が存在する可能性を排除しない。よって、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は通常、「少なくとも１つ」を意味する。
【００１５】
本明細書中で使用される場合、「植物」という用語は、植物全体またはそのいずれの部位もしくは派生物、例えば、植物器官（例えば、収穫されたまたは収穫されていない貯蔵器官、塊茎、果実、葉、種子など）、植物細胞、植物プロトプラスト、植物全体を再生できる植物細胞もしくは植物培養物、植物カルス、植物細胞塊、および植物または植物部位中の完全な植物細胞、例えば、胚、花粉、胚珠、子房、果実（例えば、収穫されたキュウリ果実またはその部位などの収穫された組織または器官）、花、葉、種子、塊茎、球根、クローン的に繁殖した植物、根、根茎、茎、根端などを含む。また、実生、未成熟、および成熟などのいずれの生育段階も含まれる。「植物の種子」に言及する場合、植物がそれから生育できる種子または自家受粉もしくは他家受粉の後に植物上で作られる種子を意味する。
【００１６】
「植物品種」は、既知の最下位の同一の植物学的な分類群内の植物の群であり、それは（植物育種者の権利を認識するための条件が満たされているか否かにかかわらず）或る遺伝子型または遺伝子型の組み合わせに由来する特徴の発現に基づいて定義することができ、これらの特徴の少なくとも１つの発現により他のいずれの植物群とも区別することができ、少しも変わることなく増殖できるため、１つのエンティティとみなすことができる。したがって、１つまたは２つの遺伝子座または遺伝子（またはこれらの特有の遺伝子座もしくは遺伝子に起因する表現型の特徴）の存在によって、植物品種のすべてが特徴付けられるが、他の遺伝子座または遺伝子については互いに大きく異なりうる場合には、たとえ同じ種類の植物であっても、植物群を示すのに「植物品種」という用語を用いることはできない。
【００１７】
「Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３など」は、２つの親植物または親系統の間の交配に続く連続した同族の世代を指す。２つの植物または系統を交配することによって作られる種子から生育させた植物がＦ１世代と呼ばれる。Ｆ１植物の自殖がＦ２世代などをもたらす。
【００１８】
「Ｆ１雑種」植物（またはＦ１雑種種子）は、２つの近交系親系統を交配することにより得ることができる世代である。よって、Ｆ１雑種種子はＦ１雑種植物がそれから生育する種子である。Ｆ１雑種は雑種強勢に起因して、より良好に育ち、収量がより高い。近交系統はゲノムの大部分の遺伝子座において基本的にホモ接合性である。
【００１９】
「植物系統」または「育種系統」は植物およびその後代を指す。本明細書で使用される場合、「近交系統」という用語は、繰り返し自殖してきて、ほぼホモ接合性である植物系統を指す。よって、「近交系統」または「親系統」は、数世代（例えば、少なくとも５世代、６世代、７世代、またはそれ以上）の近親交配を経てきて、その結果、高い均一性をもつ植物系統をもつ植物を指す。
【００２０】
「対立遺伝子」という用語は、特定の遺伝子座における遺伝子の１つ以上の代替形態のいずれかを意味し、その対立遺伝子すべてが、特異的な遺伝子座における１つの形質または特徴に関連する。生物の二倍体細胞では、所与の遺伝子の対立遺伝子は、染色体上の特異的な位置、または遺伝子座に位置する。１つの対立遺伝子は一対の相同染色体の各染色体に存在する。二倍体植物種は、特定の遺伝子座に多数の相異なる対立遺伝子を含んでなりうる。それらは、遺伝子の同一の対立遺伝子（ホモ接合性）または２つの異なる対立遺伝子（ヘテロ接合性）でありうる。よって、例えば、本明細書においては収量遺伝子座ＱＴＬ３．１の「収量対立遺伝子」について言及しうる。
【００２１】
「遺伝子」という用語は、細胞においてメッセンジャーＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）に転写される領域（転写領域）と、作動可能に連結された調節領域（例えば、プロモーター）とを含んでなる（ゲノム）ＤＮＡ配列を意味する。よって、遺伝子の異なる対立遺伝子は、遺伝子の異なる代替形態であり、これは、例えば、ゲノムＤＮＡ配列（例えば、プロモーター配列、エクソン配列、イントロン配列など）の１つ以上のヌクレオチドにおける違い、ｍＲＮＡおよび／またはコードされるタンパク質のアミノ酸配列における違いの形であり得る。
【００２２】
「遺伝子座」という用語は、例えば、ＱＴＬ、遺伝子、または遺伝子マーカーが存在する染色体上の特有の場所もしくは複数の場所を意味する。よって、収量遺伝子座（または収量増加遺伝子座）はキュウリのゲノム中のＱＴＬ３．１が存在する位置である。栽培キュウリでは、ＱＴＬは３番染色体上に存在する（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびhttp://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/の染色体の配置を使用）、すなわち、そのＱＴＬはキュウリの近縁野生種から栽培キュウリのゲノム（すなわち、３番染色体）に移入されている。
【００２３】
「量的形質遺伝子座」または「ＱＴＬ」は、連続的に分布する（量的）表現型の発現性に影響を与える１つまたは複数の対立遺伝子をコードする染色体遺伝子座である。収量を付与する量的形質遺伝子座（または「収量ＱＴＬ」）は、本明細書中においてＱＴＬ３．１と命名される。
【００２４】
「キュウリゲノム」および「キュウリゲノム上の物理的位置」および「３番染色体」は、栽培キュウリの物理的ゲノム、icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/でのワールド・ワイド・ウェブならびに物理的染色体および染色体上の物理的な位置を意味する。したがって、例えば、ＳＮＰ＿０１は、物理的サイズが０〜３９．４７Ｍｂ（すなわち、３９，４７４，６６９塩基）の３番染色体のヌクレオチド２１，５０７，８９２に物理的に位置するヌクレオチド（または「塩基」）に位置する。
【００２５】
同一染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「物理的距離」は、塩基もしくは塩基対（ｂｐ）、キロ塩基もしくはキロ塩基対（ｋｂ）、またはメガ塩基もしくはメガ塩基対（Ｍｂ）で表わされる実際の物理的距離である。
【００２６】
同一染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「遺伝的距離」は、乗換え度または組換え頻度（ＲＦ）によって測定され、センチモルガン（ｃＭ）で示される。１ｃＭは１％の組換え頻度に相当する。組換え体がない場合、ＲＦはゼロであり、遺伝子座は物理的に極めて近くにあるか、または同一であるかのいずれかである。２つ遺伝子座が離れるほど、ＲＦは高くなる。
【００２７】
「遺伝子移入断片」または「遺伝子移入セグメント」または「遺伝子移入領域」は、戻し交配などの交配または従来の育種技術によって同一種または同族種の別の植物に導入さされた染色体断片（または染色体部分もしくは領域）を指し、すなわち、遺伝子移入された断片は、動詞「遺伝子移入する」によって言及される育種方法（戻し交配など）の結果である。キュウリでは、野生もしくは原種のキュウリ系統（例えば、在来種）または栽培キュウリの近縁野生種が、野生ゲノムの断片を栽培キュウリ、Cucumis sativus var. sativus Lのゲノムに遺伝子移入するのに使用することができる。よって、そのような栽培キュウリ植物は、「栽培Cucumis sativus var. sativusのゲノム」をもつが、そのゲノム中に、野生もしくは原種のキュウリまたはキュウリの近縁野生種の断片、例えば、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesis、または別の野生のキュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含んでなる。したがって、例えば、栽培キュウリのゲノムを含んでなり、そのゲノム中に、遺伝子移入断片を欠く（且つ遺伝子移入断片を含まずに栽培キュウリの３番染色体をもつ）栽培キュウリゲノムと比較して増強された収量を付与する栽培キュウリの３番染色体上の１つの遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリが本明細書において提供される。「遺伝子移入断片」という用語は、決して染色体全体を含まず、染色体の一部のみを含むことが理解される。遺伝子移入断片は大きくてもよく、例えば、染色体の４分の３または半分でもありうるが、約１０Ｍｂ以下、約９Ｍｂ以下、約８Ｍｂ以下、約７Ｍｂ以下、約６Ｍｂ以下、約５Ｍｂ以下、約４Ｍｂ以下、約３Ｍｂ以下、約２．５Ｍｂもしくは２Ｍｂ以下、約１Ｍｂ（１，０００，０００塩基対に等しい）以下、または約２００，０００ｂｐ（２００キロ塩基対に等しい）以下、約１００，０００ｂｐ（１００ｋｂ）以下、約５０，０００ｂｐ（５０ｋｂ）以下、約２５，０００ｂｐ（２５ｋｂ）以下などの約０．５Ｍｂ（５００，０００塩基対に等しい）以下などの約１５Ｍｂ以下などのより小さいことが好ましい。
【００２８】
「栽培キュウリ」または「栽培植物化キュウリ（domesticated cucumber）」は、人間によって栽培され、良好な農業特性をもち、特に、大きさおよび品質および均一性が良好な食用で市場性の高い果実をつけるCucumis sativus var. sativusの植物、すなわち品種、育種系統、または栽培品種を指し、そのような植物、「野生キュウリ」または「原種キュウリ」植物、すなわち、一般に栽培植物と比べて収量が非常に低く、農業特性が劣り、遺伝的、生理学的および／または形態学的特徴において均一性が低い植物ではない。「野生植物」または「野生のキュウリ」には、例えば、生態型、在来種、もしくは野生系統、または近縁野生種が含まれる。また、栽培キュウリ植物（系統または変種）は、Qi et al, Nature Genetics December 2013, Vol 45, No. 12, pages 1510-1518の表１に記載されているように、ゲノム中の著しく少ない量のＳＮＰ（２，０００，０００個未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）ならびにその著しく低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下）によって野生または原種のキュウリ系統と区別することもできる。ＳＮＰ数、ＩＮＤＥＬ数、およびヌクレオチド多様性は、本明細書、特に「オンラインでの方法」の項に記載のように決定することができる。
【００２９】
「インドキュウリ群」は、ゲノム中に多数のＳＮＰ（３，０００，０００より多いＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；２００，０００より多いＩＮＤＥＬ）をもち、高いヌクレオチド多様性（３．０×１０−３πより高い、またはさらには４．０×１０−３πよりも高い）を有する、インドの野生キュウリまたは近縁野生種を指す。
【００３０】
「ユーラシアキュウリ群」は、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１，５００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）をもち、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３πに等しいかまたはそれ未満、好ましくは２．０×１０−３π未満）を有する、中央または西アジア、ヨーロッパおよび米国の栽培キュウリを指す。
【００３１】
「東アジアキュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１，５００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３πに等しいかもしくはそれ未満、好ましくは２．０×１０−３π未満、またはさらには１．５×１０−３π未満）を有する、中国、韓国、および日本などの東アジアの栽培キュウリを指す。
【００３２】
「シーサンパンナ（Xishuangbanna）キュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１，５００，０００未満のＳＮＰ、または１００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３πに等しいかもしくはそれ未満、好ましくは２．０×１０−３π未満、またはさらには１．５×１０−３π未満）をもつ、中国のシーサンパンナ地域のキュウリを指す。
【００３３】
「野生のキュウリ」または「原種キュウリ」は一般に、一般に栽培植物と比べて収量が非常に低く、農業特性が劣り、遺伝的、生理学的および／または形態学的特徴において均一性が低いC. sativus var. sativusを指す。野生植物には、例えば、生態型、在来種、もしくは野生系統、または近縁野生種が含まれる。
【００３４】
「キュウリの近縁野生種」は、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesisを指す。
【００３５】
「在来種」は、局地的な地理的地域で生育するキュウリの原種栽培品種Cucumis sativus var. sativusを指し、多くの場合、そのゲノムにおいて高度の遺伝的多様性を示し、在来種内の高度の形態学的および／または生理学的多様性（例えば、果実サイズなどの大きな多様性）を呈する、すなわち、栽培キュウリと比べて均一性が著しく低い。したがって本明細書では、在来種は「野生キュウリ」群に含まれ、「栽培キュウリ」とは区別される。
【００３６】
「均一性」または「均一」は、植物系統または品種における遺伝的特徴および表現型特徴に関する。近交系統は、数世代の近親交配によって作られるので、遺伝的に高度に均一である。同様に、そのような近交系統から作られるＦ１雑種は、その遺伝子型および表現型の特徴および性能において高度に均一である。
【００３７】
「収量対立遺伝子」という用語は、キュウリの近縁野生種から栽培キュウリ（栽培C. sativus var. sativusの３番染色体上）に遺伝子移入された収量遺伝子座ＱＴＬ３．１に存在する対立遺伝子を指す。よって、「収量対立遺伝子」という用語は、他のキュウリ属系統から得ることができる収量対立遺伝子も包含する。１個または２個の収量対立遺伝子がゲノム中の遺伝子座に（すなわち、ヘテロ接合型またはホモ接合型で）存在するとき、植物系統または品種は、該ＱＴＬを欠く遺伝的対照と比べて果実収量が有意に高い。遺伝子移入断片を欠く栽培キュウリ植物において、３番染色体上の同じ遺伝子座に存在するC. sativus var. sativusの対立遺伝子は、本明細書において「野生型」対立遺伝子（ｗｔ）と呼ぶ。収量ＱＴＬは顕性であるのでｗｔ／ｗｔ植物は正常の収量を示し、一方でＱＴＬ３．１／ｗｔ植物およびＱＴＬ３．１／ＱＴＬ３．１植物は、収量対立遺伝子によって収量表現型が増強された植物である。また、本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの遺伝子型は、野生型を示すか、またはホモ接合型もしくはヘテロ接合型のＱＴＬのいずれかを示す。例えば、ＱＴＬ３．１を示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は「ＴＣ」（ＱＴＬ３．１／ｗｔ）または「ＴＴ」（ＱＴＬ３．１／ＱＴＬ３．１）である一方で、野生型を示す、すなわち、栽培キュウリの遺伝子型は「ＣＣ」（ｗｔ／ｗｔ）である。
【００３８】
（収量などの）形質を付与する遺伝要素、遺伝子移入断片、または遺伝子もしくは対立遺伝子は、植物または種子または組織または細胞「から得ることができる（obtainable from）」もしくは「から得る（obtained from）」ことができる、または「から導かれ得る（derivable from）」もしくは「から由来する（derived from）」ことができると言われるか、または遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子、または対立遺伝子によって与えられる形質の付加とは別にレシピエント植物（recipient plant）の表現型の変化をもたらすことなく、従来の育種技術を用いて、それが存在する植物または種子から、それが存在しない別の植物または種子（例えば、系統または品種）に移すことができる場合には、植物または種子または組織または細胞に「に存在する（as present in）」または「に見出される（as found in）」と言われる。それらの用語は互換可能に使用され、よって、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子、または対立遺伝子は、その形質を欠く他のいずれの遺伝的背景にも移入することができる。寄託されて、且つ遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子、または対立遺伝子を含んでなる種子が使用できるだけでなく、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子、または対立遺伝子を保持するように選択されてきたそのような種子の後代／子孫、例えば、寄託種子またはその子孫から開発された商業品種なども使用でき、本明細書に包含される。植物（または植物のゲノムＤＮＡ、細胞、もしくは組織）が、寄託種子から得ることができるものと同じ遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子、または対立遺伝子含んでなるか否かは、当業者であれば、表現型アッセイ、全ゲノムシーケンシング、分子マーカー解析、形質マッピング、染色体彩色、対立性検定などの当技術分野において公知である技術の１つもしくは複数、またはそれらの技術の組み合わせを用いて決定することができる。
【００３９】
「バリアント」または「オーソログ」配列または「バリアントＱＴＬ３．１」は、ＮＣＩＭＢ４２３４６に存在するＱＴＬ３．１と異なるキュウリ植物の近縁野生種に由来する、収量ＱＴＬ（ＱＴＬ３．１）または該ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を指し、そのバリアントは、ＱＴＬ３．１に連載した１つまたは複数のＳＮＰを含んでなり、バリアントゲノム配列は、ＳＮＰを含んでなる配列番号（配列番号１〜２７のいずれか１つ）と実質的な配列同一性、すなわち、少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより大きい配列同一性を含んでなる。よって、本明細書において、（配列番号１〜配列番号２７から選択される）特有のゲノム配列における或るＳＮＰ遺伝子型について言及する場合、ゲノム配列のバリアントのＳＮＰ遺伝子型、すなわち、（配列番号１〜配列番号２７から選択される）言及された配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより大きい配列同一性を含んでなるゲノム配列のＳＮＰ遺伝子型も包含する。よって、１つの態様における配列番号１〜２７のいずれか１つについての本明細書における言及は、配列番号１〜２７のいずれか１つのバリアントも包含し、前記バリアントは、前記配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより大きい配列同一性を含んでなる。
【００４０】
「収量」または「果実収量」または「平均収量」は、植物あたりの着果数（ＦｒＰＰ）の平均および／または植物あたりの果実重量（グラム）（ＧｒＰＰ）の平均を指す。これは、同一条件下で生育させた植物系統、雑種、または品種（例えば、ＱＴＬを含む系統、ハイブリッド、または品種およびＱＴＬを含まない遺伝的対照）について各々決定され、各系統、雑種、または品種の平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰが計算される。キュウリの型に応じて、果実収量はさまざまなやり方で測定される。したがって、例えば、或る一定期間にわたって連続して果実をつける生食用型（例えば、ヨーロッパ温室キュウリ型などの長形キュウリ、ミニ（mini）型またはミディ（midi）型など）では、市場性の高い大きさに達するときに果実が収穫され、その収穫は「収穫期間」と呼ばれる特定の期間にわたって行われる（例えば、収穫期間は最初の果実が、市場性の高い大きさに達したときに始まり、少なくとも１０週、１１週、１２週間以上続きうる）。したがって、例えば、１つの系統あたりの平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰは日々測定され、収穫期間の終わりにすべての日について累積されて、系統または品種ごとに各々、累積ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰが計算される（実施例も参照されたい）。「市場性の高い大きさ」は、市場に出すのに十分に長く、且つ十分に重い果実を指す。よって、市場性の高い大きさの果実は、果実のマーケティングおよび販売に最も適した時点またはほぼ最適な時点で収穫される。ヨーロッパ温室キュウリなどの長形キュウリ型については、果実の長さが少なくとも約２６または２７ｃｍで、最小重量が２５０グラムであるとき、市場性の高い大きさに達する。ピックルキュウリなどの単時点でのみ収穫されるキュウリ型については、「収量」または「果実収量」または「平均収量」は、１回の収穫時点での、植物あたりの、直径が１．５ｃｍ以上の果実の数（ＦｒＰＰ）の平均および／または植物あたりの、直径が１．５ｃｍ以上の果実の果実重量（グラム）（ＧｒＰＰ）の平均を指す。１回の収穫時点は、栽培者の慣例に従い、直径が１．５ｃｍ〜５．０ｃｍの果実の数が最大になるように選択される。所望の果実の大きさに応じて、一般に、果実の約５％、約１０％、約１５％、または約２０％が特大になる（すなわち、果実直径が５．０ｃｍ以上である）ときに、該時点に達する。収穫は手摘みまたは機械収穫のいずれかによる。よって１つの態様では、植物あたりの果実はすべて収穫され、直径が少なくとも１．５ｃｍのものだけが計数および／または計量される（すなわち、特大の果実を含め、直径が少なくとも１．５ｃｍのすべての果実が計数および／または計量される）。
【００４１】
「増加した果実収量」または「有意に増加した果実収量」は、ＱＴＬ３．１を含んでなる３番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなり、同一環境条件下における収量実験で生育させた場合に、３番染色体上に遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照植物と比較して、（ＱＴＬに起因して）植物あたりの着果数（ＦｒＰＰ）の平均が統計的に有意に高く、且つ／または植物あたりの果実重量の平均（ＧｒＰＰ）が有意に高い栽培キュウリ植物系統、雑種、または品種を指す。好ましくは、試験は、十分な数の３番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなる植物および３番染色体上に遺伝子移入断片を欠く植物（すなわち、遺伝的対照）（例えば、１系統あたり少なくとも８個、９個、１０個、１５個、２０個、３０個、４０個、またはそれより多い植物）を用いて、数回（２回、３回、または好ましくは３回、４回、５回、６回、７回、８回、またはそれより多く）実施される。
【００４２】
「遺伝的対照」は、３番染色体上に遺伝子移入を欠く、すなわち、３番染色体が「野生型」、すなわち、栽培キュウリのゲノムであることを除いて、３番染色体上に遺伝子移入を含んでなるキュウリ植物と同一または非常に類似する栽培ゲノムをもつキュウリ系統、品種、または雑種である。例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子は、（長形キュウリ型の）３番染色体上にＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入系統と（長形キュウリ型の）有望キュウリ育種系統との間で作られたＦ１被検雑種の種子であり、一方で、ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された遺伝的対照は、遺伝子移入系統（ＱＴＬ３．１を欠く）および同じ有望キュウリ育種系統の反復親の種子である。
【００４３】
「マーカーアッセイ」という用語は、ＱＴＬ３．１に連鎖するいずれか１つ以上のマーカーの遺伝子型、例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７から選択される１つ以上のＳＮＰマーカー、および／またはＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間のいずれかのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および／または７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭ以内のこれらのマーカーのいずれか１つ、および／または５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、もしくはそれ未満の範囲内のこれらのマーカーのいずれか１つの遺伝子型を決定することによって、栽培C. sativus var. sativus３番染色体上に、遺伝子移入断片が収量ＱＴＬ（ＱＴＬ３．１）を含んでなる、キュウリの近縁野生種からの遺伝子移入が存在するか否か（またはキュウリの近縁野生種がそのゲノム中にＱＴＬ３．１を含んでなるか否か）を試験するために使用できる分子マーカーアッセイを指す。２つのマーカー「間の」マーカーは、染色体上のマーカーの間に物理的に位置している。
【００４４】
本明細書で提供されるＳＮＰマーカー、すなわち、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７は、遺伝子移入断片上に所与の順番で位置する。「連続した」マーカーは、同一の連続した順番のマーカーを指し、したがって、例えば、２つの連続したマーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２；ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３；ＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４などでありうる。３つの連続したマーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３；ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４などでありうる。
【００４５】
「平均（Average）」または「平均（mean）」は本明細書では算術平均を指し、両用語は互換可能に使用される。よって、「平均（average）」または「平均（mean）」という用語はいくつかの測定結果の算術平均を指す。当業者は、植物系統または品種の表現型は生育条件にある程度依存するので、少なくとも８個、９個、１０個、１５個、２０個、３０個、４０個、５０個、またはそれより多い植物（または植物部位）の算術平均が、好ましくは、同じ実験中にいくつかの繰返しおよび同一条件下で生育させた好適な対照植物を含めた無作為化実験設計で測定されることを理解する。「統計的に有意な」または「統計的に有意に」異なるまたは「有意に」異なるは、好適な対照（例えば、本明細書では遺伝的対照）と比較した場合に、その特徴において、対照（の平均）との統計的に有意な差（例えば、ＡＮＯＶＡを用いてｐ値が０．０５未満、ｐ＜０．０５）を示す植物系統または品種の特徴を指す。
【００４６】
「組換え染色体」は、相同染色体間の乗換えを介して生じる新たな遺伝子構造をもつ染色体を指し、例えば、「組換え３番染色体」は、すなわち、親植物のいずれにも存在せず、３番染色体対の相同染色体間の稀な二重乗換え事象を通して生じる３番染色体を指す。本明細書では、例えば、キュウリの近縁野生種からの遺伝子移入を含んでなる組換えキュウリ３番染色体が提供される。
【００４７】
本明細書において「従来の育種技術」という用語は、すべて育種者に既知なように、交配、戻し交配、自殖、選抜、倍加半数体産生、胚救済、プロトプラスト融合、マーカー利用選抜、突然変異育種など（すなわち、遺伝子改変／形質転換／遺伝子導入法以外の方法）を包含し、それによって例えば、組換え３番染色体を取得、同定、および／または移入することができる。
【００４８】
「戻し交配」とは、収量ＱＴＬなどの（単一の）形質を、劣った（inferior）遺伝的背景（例えば、野生のキュウリまたはキュウリの近縁野生種；「ドナー」とも呼ばれる）から、優れた（superior）遺伝的背景（「反復親」とも呼ばれる）、例えば、栽培キュウリに移すことができる育種方法を指す。交配の産物（例えば、野生キュウリもしくはキュウリの近縁野生種と栽培キュウリとを交配することによって得たＦ１植物、またはＦ１を自殖させることから得たＦ２植物もしくはＦ３植物）は、優れた遺伝的背景をもつ親、たとえば栽培親に「戻し交配」される。戻し交配を繰り返した後、劣った遺伝的背景の形質が優れた遺伝的背景に組み込まれることになる。
【００４９】
「マーカー利用選抜」または「ＭＡＳ」は、特有の遺伝子座または領域（遺伝子移入断片）の存在について植物を選択するために、特定の遺伝子座または特定の染色体領域（例えば、遺伝子移入断片）遺伝的に連鎖する分子マーカーの存在を利用する方法である。例えば、収量ＱＴＬに遺伝的に連鎖する分子マーカーは、３番染色体上に収量ＱＴＬを含んでなるキュウリ植物を検出および／または選択することができる。分子マーカーと遺伝子座の遺伝的連鎖が密接であるほど（例えば、約７ｃＭ、６ｃＭ、５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭ、０．５ｃＭ、またはそれ未満）、減数分裂組換えによりマーカーが遺伝子座から分離しにくくなる。同様に、２つのマーカーが互いに密接に連鎖しているほど（例えば、７ｃＭ、または５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭ、またはそれ未満の範囲内）、それら２つのマーカーが互いに分離しにくいことになる（且つそれらが一つの単位として共分離しやすいことになる）。
【００５０】
別のマーカーの「７ｃＭ以内または５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、もしくは１ｃＭ以内」のマーカーは、該マーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側の）７ｃＭまたは５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、もしくは１ｃＭ領域内に遺伝的に位置するマーカーを指す。同様に、別のマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、
２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ以下以内のマーカーは、該マーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側）のゲノムＤＮＡ領域の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ以下以内に物理的に位置するマーカーを指す。
【００５１】
「ＬＯＤスコア」（オッズの対数（底１０））は、動物および植物集団の連鎖解析によく用いられる統計的検定を指す。ＬＯＤスコアは、２つの遺伝子座（分子マーカー遺伝子座および／または表現型形質遺伝子座）が実際に連鎖している場合に、検定データを得る尤度を、純粋に偶然に同じデータを観察する尤度と比較する。正のＬＯＤスコアは連鎖の存在を支持し、３．０を超えるＬＯＤスコアは連鎖の証拠とみなされる。＋３のＬＯＤスコアは、１０００対１のオッズで、観察された連鎖が偶然に起こらなかったことを示す。
【００５２】
「栄養繁殖」、「栄養生殖」、または「クローン繁殖」は、本明細書において互換可能に使用され、植物の一部を取り、その植物部位から少なくとも根を形成させる方法を意味し、植物部位は、例えば、葉、花粉、胚、子葉、胚軸、細胞、プロトプラスト、分裂組織細胞、根、根端、雌蕊、葯、花、茎頂、シュート、茎、果実、葉柄などと定義されるか、または（例えば、切断によって）それらに由来する。植物全体が栄養繁殖によって再生した場合、それもまた栄養繁殖と呼ばれる。１つの態様では、接ぎ木による繁殖、例えば、台木上の接ぎ穂が本明細書に含まれる。
【００５３】
「細胞培養物」または「組織培養物」は植物の細胞または組織のインビトロ培養物を指す。
【００５４】
「再生」は細胞培養または組織培養または栄養繁殖による植物の発生を指す。
【００５５】
「非繁殖細胞」は全植物に再生できない細胞を指す。
【００５６】
「導入遺伝子」または「キメラ遺伝子」は、アグロバクテリウム媒介形質導入などの形質導入によって植物のゲノムの導入されている、組換え遺伝子などのＤＮＡ配列を含んでなる遺伝子座を指す。そのゲノムに安定して組み込まれた導入遺伝子を含んでなる植物は「トランスジェニック植物」と呼ばれる。
【００５７】
「単離された核酸配列」または「単離されたＤＮＡ」は、それが単離された天然の環境にもはや存在しない核酸配列、例えば、細菌宿主細胞または植物核ゲノムもしくは植物色素体ゲノムの核酸配列を指す。本明細書において「配列」について言及する場合、そのような配列をもつ分子は、例えば、核酸分子と呼ばれることが理解される。
【００５８】
「宿主細胞」または「組換え宿主細胞」または「形質導入された細胞」は、少なくとも１つの核酸分子がその細胞に導入された結果として生じる新しい個々の細胞（または生物）を指す用語である。好ましくは、宿主細胞は植物細胞または細菌細胞である。宿主細胞は、核酸を染色体外（エピソーム）複製分子として含むことがあり、または宿主細胞の核ゲノムもしくは色素体ゲノム中にまたは導入された染色体、例えば、ミニ染色体として組み込まれた核酸を含んでなる。
【００５９】
「配列同一性」および「配列類似性」は、グローバルアラインメントまたはローカルアラインメントアルゴリズムを用いて、２つのペプチドまたは２つのヌクレオチド配列のアラインメントによって決定することができる。配列は、例えば、ＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「Ｎｅｅｄｌｅ」（デフォルトパラメーターを使用、下記を参照されたい）によって最適にアラインメントされ、配列同一性の少なくとも或る特定の最小パーセンテージを共有する場合、「実質的に同一」または「本質的に類似」と呼ばれうる（下記でさらに定義される）。これらのプログラムは、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのグローバルアラインメントアルゴリズムを使用して、２つの配列を全長にわたってアラインメントし、一致の数を最大にし、ギャップの数を最小限にする。一般に、（ヌクレオチドおよびタンパク質のアラインメントの両方について）ギャップ生成ペナルティー＝１０およびギャップ伸長ペナルティー＝０．５のデフォルトパラメーターが使用される。ヌクレオチドについては、使用されるデフォルトスコアマトリックスはＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質については、デフォルトスコアマトリックスはＢｌｏｓｕｍ６２（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919）である。配列アライメントおよびパーセンテージ配列同一性のスコアは、例えば、ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/においてワールド・ワイド・ウェブ上で入手可能なＥＭＢＯＳＳなどのコンピュータープログラムを用いて決定しうる。代替的に、配列相同性または同一性は、ＦＡＳＴＡやＢＬＡＳＴなどのデータベースを検索することによって決定されうるが、配列同一性を比較するために、一致はペアワイズに検索およびアラインメントされるべきである。（デフォルトパラメーター、すなわちギャップ生成ペナルティー＝１０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．５を使用して、核酸についてＤＮＡＦＵＬＬおよびタンパク質についてＢｌｏｓｕｍ６２のスコアマトリックスを使用して、Ｅｍｂｏｓｓ「ｎｅｅｄｌｅ」により決定される）配列同一性のパーセンテージが、少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれより大きい（例えば、少なくとも９９．１、９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、またはそれより大きい）場合に、２つのタンパク質もしくは２つのタンパク質ドメインまたは２つの核酸配列は「実質的な配列同一性」をもつ。
【００６０】
参照配列「と実質的な配列同一性」をもつか、または参照配列と少なくとも８０％の配列同一性、例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．９％の核酸配列同一性をもつ核酸配列（例えば、ＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）をについて言及する場合、１つの実施態様では、前記ヌクレオチド配列は、所与のヌクレオチド配列に実質的に同一とみなされ、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。別の実施態様では、核酸配列は、所与のヌクレオチド配列と比較して１つ以上の変異を含んでなるが、やはりストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。
【００６１】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、所与のヌクレオチド配列に実質的に同一であるヌクレオチド配列を同定するために用いることができる。ストリンジェントな条件は配列に依存し、相異なる状況において異なることになる。一般に、ストリンジェントな条件は、規定のイオン強度およびｐＨにおける特有の配列の熱融点（Ｔｍ）より約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全にマッチするプローブにハイブリダイズする（規定のイオン強度およびｐＨ下の）温度である。典型的には、塩濃度がｐＨ７で約０．０２モル濃度であり、温度が少なくとも６０℃であるストリンジェントな条件が選ばれることになる。塩濃度を下げることおよび／または温度を上げることによりストリンジェンシーは高くなる。ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば、１００ｎｔのプローブを用いるノーザンブロット）のためのストリンジェントな条件は、例えば、０．２×ＳＳＣ中の６３℃での２０分間の少なくとも１回の洗浄を含む条件または同等の条件である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（１００ｎｔのプローブを用いるサザンブロット）のためのストリンジェントな条件は、例えば、０．２×ＳＳＣ中の、少なくとも５０℃、通常約５５℃の温度での２０分間の少なくとも１回の通常２回）の洗浄を含む条件または同等の条件である。また、Sambrook et al. (1989)およびSambrook and Russell (2001)も参照されたい。
【００６２】
「ファインマッピング」は、ＱＴＬの位置をより正確に決定する（絞り込む）ことができ、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片のサイズを減じる方法を指す。例えば、遺伝子移入断片の異なるオーバーラップする断片を、それ以外は均一な反復親の遺伝的背景内に含むＱＴＬ用準同質遺伝子系統（ＱＴＬ−ＮＩＬ）を作ることができる。次いでそのような系統を使用して、どの断片上にＱＴＬが位置するかをマッピングし、ＱＴＬを含んでなるより小さい遺伝子移入断片をもつ系統を同定することができる。
【００６３】
発明の具体的説明
本発明は、キュウリの近縁野生種から遺伝子移入された収量ＱＴＬを３番染色体に含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物に関する。すなわち、（ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる）栽培キュウリ３番染色体上の遺伝子移入断片によって収量の増加が付与され、前記遺伝子移入断片はキュウリの近縁野生種に由来する。
【００６４】
本明細書において収量ＱＴＬをもつ３番染色体上の遺伝子移入断片について言及する場合、さまざまなサイズの遺伝子移入断片、例えば、すべてのＳＮＰマーカー（３番染色体上の断片についてはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはこれらの間のいずれのマーカー）を含んでなるＮＣＩＭＢ４２３４６にある断片、また、より小さい（１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個のみのＳＮＰマーカーなどの２７個未満のＳＮＰマーカーを含んでなる）遺伝子移入断片包含するが、遺伝子移入断片が栽培キュウリゲノム中でヘテロ接合型またはホモ接合型である場合には、断片は（遺伝的対照と比較して）有意に増強された収量を付与するのに十分な大きさをとどめている。言い換えれば、遺伝子移入断片が栽培キュウリゲノム中でヘテロ接合型またはホモ接合型である場合には、断片はＱＴＬ３．１またはそのバリアントを保持する、すなわち、断片は（対照、例えば、遺伝的対照と比較して）有意に増強された収量を付与する。
【００６５】
よって、１つの態様では、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物が提供され、遺伝子移入断片はＱＴＬ３．１、またはそのバリアントを含んでなり、遺伝子移入断片は、３番染色体のヌクレオチド（または塩基）２１，５０７，８９２で始まり、３番染色体のヌクレオチド（または塩基）２７，２３３，９８５で終わる領域の全部または一部を含んでなる。言い換えれば、３番染色体のヌクレオチド２１，５０７，８９２で始まり、３番染色体のヌクレオチド２７，２３３，９８５で終わる領域の全部または一部は、１つの態様では、キュウリの近縁野生種に由来し、且つＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる。どの小領域がＱＴＬ３．１を含むかは、例えば、ファインマッピングによって同定することができる。したがって、例えば、ＱＴＬ３．１がＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間にある場合、本発明の植物は、３番染色体のヌクレオチド２１，５０７，８９２（ＳＮＰ＿０１）で始まり、３番染色体のヌクレオチド２３，７０６，４４４（ＳＮＰ＿１０）で終わる遺伝子移入領域を含んでなりさえすればよい。
【００６６】
１つの態様では、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）は、配列番号１（または配列番号１のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿０１と配列番号２７（または配列番号２７のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿２７との間に位置する。別の態様では、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）は、配列番号１（または配列番号１のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿０１と配列番号１０（または配列番号１０のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿１０との間に位置する。さらなる態様では、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）は、配列番号１０（または配列番号１０のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿１０と配列番号２０（または配列番号２０のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿２０との間に位置する。さらなる態様では、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）は、配列番号２０（または配列番号２０のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿２０と配列番号２７（または配列番号２７のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿２７との間に位置する。一層（ｓｔｉｌｌ）さらなる態様では、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）は、配列番号０６（または配列番号０６のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿０６と配列番号２３（または配列番号２３のバリアント配列）のマーカーＳＮＰ＿２３との間に位置する。
【００６７】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片（ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる）は、３番染色体のヌクレオチド（または塩基）２１，５０７，８９２で始まり、３番染色体のヌクレオチド（または塩基）２７，２３３，９８５で終わる領域のより小さい断片（一部）を含んでなる断片であり、例えば、サイズが、例えば、５．０Ｍｂ、４．０Ｍｂ、３．０Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれ未満であり、ＱＴＬまたはそのバリアントを含んでなる。１つの態様では、その部分はサイズが少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれより大きい。
【００６８】
１つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなり、その遺伝子移入断片はＱＴＬ３．１またはそのバリアント含んでなり、遺伝子移入断片は、物理的な３番染色体の
２１．５０Ｍｂで始まり、２７．３Ｍｂで終わる領域の全部または一部含んでなる。
【００６９】
１つの態様では、ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる３番染色体上の遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６から生育させた植物を別のキュウリ植物、特に栽培キュウリ植物、１つの態様では、長形キュウリ型と交配することによって得ることができる。
【００７０】
１つの態様では、ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる本発明の栽培キュウリ植物は、前記３番染色体上の遺伝子移入断片が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された種子から生育させた植物を別のキュウリ植物と交配することによって得ることができる植物である。よって、１つの態様では、ＱＴＬは受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された種子に存在するＱＴＬである。
【００７１】
本明細書において遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片上に存在する収量ＱＴＬ）を示すＳＮＰマーカーについて言及する場合、遺伝子移入断片を示しているＳＮＰ遺伝子型は、すなわち、本明細書の下記表５に提供されるようなＳＮＰ遺伝子型であることが理解される。なお、表に示されるように、ＳＮＰマーカー遺伝子型はホモ接合型またはヘテロ接合型で存在する遺伝子移入断片の間を区別できることが留意される。ホモ接合型ではヌクレオチドが同一であり、一方でヘテロ接合型ではヌクレオチドでは同一ではない。遺伝子移入断片を欠く「野生型」染色体のＳＮＰ遺伝子型は、やはり表５に（反復親の遺伝子型の下に）列挙されている他の遺伝子型である。したがって、例えば、ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片を示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は、「ＴＣ」（ＱＴＬ３．１／ｗｔ）または「ＴＴ」（ＱＴＬ３．１／ＱＴＬ３．１）である一方で、野生型／遺伝的対照（遺伝子移入断片を欠く）を示すＳＮＰ遺伝子型は「ＣＣ」（ｗｔ／ｗｔ）である。よって、遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる植物または植物部位（例えば、細胞）について言及する場合、遺伝子移入断片に連鎖するＳＮＰマーカーは、対応するＳＮＰ遺伝子型をもつことが理解される。
【００７２】
したがって、１つの態様では、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、同一条件で生育させた場合に、３番染色体上に遺伝子移入断片を欠くキュウリ植物、例えば、遺伝的対照または対照品種と比較してキュウリ果実収量の増加をもたらす。
【００７３】
キュウリの果実収量の増加は、同一条件で生育させた場合に、遺伝子移入断片を３番染色体上に欠く遺伝的対照系列もしくは品種と比較して、遺伝子移入断片を３番染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培キュウリ植物系統もしくは品種の（統計的に）有意に高い植物あたりの着果数（ＦｒＰＰ）の平均および／または同一条件で生育させた場合に、遺伝的対照系列もしくは品種と比較して、遺伝子移入断片を含んでなる植物系統もしくは品種の有意に高い植物あたりの果実重量（ＧｒＰＰ）の平均として表現型的に現れる。
【００７４】
好ましくは、果実収量（総平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰ）は、同一条件で生育させた場合に、対照、好ましくは、遺伝的対照と比べて、ＱＴＬ
３．１（またはバリアント）を含んでなるキュウリ植物において少なくとも３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％高い。
【００７５】
したがって、本発明の植物は、少なくとも１つまたは２つの組換え染色体、すなわち１つまたは２つの（すなわち、ヘテロ接合性またはホモ接合性の）組換え３番染色体をもつ栽培キュウリのゲノムを含んでなる。組換え染色体は、キュウリの近縁野生種の断片を含んでなり、分子マーカー解析、全ゲノムシーケンシング、染色体彩色、および類似の技術によって栽培キュウリゲノムと容易に区別可能である。
【００７６】
１つの態様では、３番染色体上の遺伝子移入断片はキュウリの近縁野生種に由来し、陽性の収量ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなり、３番染色体のヌクレオチド２１，５０７，８９２で始まり、３番染色体のヌクレオチド２７，２３３，９８５で終わる領域の全部または一部を含んでなる。よって、遺伝子移入断片は、収量ＱＴＬ３．１またはそのバリアントおよび表５に示されるＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７から選択されるキュウリの近縁野生種のＳＮＰマーカーの１個以上またはすべて（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個）を含んでなる。
【００７７】
本明細書に記載のより小さい遺伝子移入断片であり、すなわち、本明細書で列挙されているマーカー（例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７）またはそれらのマーカーの部分群の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、もしくはそれより多いマーカーを欠くマーカーについては、キュウリの近縁野生種のＳＮＰ遺伝子型が欠けており（すなわち、ドナー遺伝子型が検出されず）、代わりに栽培キュウリのＳＮＰ遺伝子型が「欠けている」ＳＮＰマーカーついて検出されることが理解される。
【００７８】
１つの態様では、植物もしくは植物細胞もしくは植物組織のゲノム（またはそれから抽出されたＤＮＡ）における３番染色体上の遺伝子移入断片の存在は、遺伝子移入断片の１つ以上の分子マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。しかし、すでに述べたように、他の技術を使用してもよく、例えば、マーカーのＳＮＰ遺伝子型は、シークエンシングによって、または本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの間、または本明細書で提供されるマーカーの７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ以内、または本明細書で提供されるマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、もしくはそれ未満の範囲内に位置する代替的なマーカーを用いることによって決定されうる。
【００７９】
本明細書において１つ以上の分子マーカーが分子マーカーアッセイによって「検出可能な」ことについて言及する場合、これは当然、植物または植物部位が、そうでなければマーカーが検出可能ではないであろうようにそのゲノム中に１つ以上のマーカーを含んでなることを意味する。
【００８０】
３番染色体上に遺伝子移入断片（収量ＱＴＬ３．１）を含んでなるキュウリ植物
１つの態様では、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を３番染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、配列番号１（または配列番号１のバリアント）の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１と配列番号２７（または配列番号１のバリアント）の７５番目のヌクレオチドにおける一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７との間に位置する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）を含んでなり、ＱＴＬはキュウリ果実収量の増加をもたらす。１つの態様では、ＱＴＬは３番染色体の塩基２１，５０７，８９２（ＳＮＰ＿０１）と塩基２７，２３３，９８５（ＳＮＰ＿２７）との間に位置する。
【００８１】
よって、１つの態様では、ＱＴＬ３．１は、配列番号１（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿０１と配列番号２７（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿２７との間の領域に位置する。
【００８２】
したがって、１つの態様では、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、（遺伝子移入断片を欠く植物、例えば、遺伝的対照と比較して）キュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、もしくは２７個のマーカーの検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物は１つ以上の分子マーカーを含んでなる）。
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ａａ）配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；および随意に
ｂｂ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００８３】
前述のように、バリアント配列のＳＮＰについて言及する場合、バリアント配列は、言及された配列と少なくとも８５％の配列同一性を含んでなる。
【００８４】
１つの態様では、前記少なくとも１つ、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、もしくは２７個のマーカーは、マーカーａ）〜ａａ）からなる群より選択される。１つの態様では、前記少なくとも１つ、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、もしくは２７個のマーカーは、連続したマーカーである。
【００８５】
すでに述べたように、当業者は、他の分子マーカー、例えば、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のいずれか１個の７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ以内、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のいずれか１個の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、もしくはそれ未満の範囲内のキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーを開発することもできる。そのようなマーカーは、ひと続きのヌクレオチド、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬなどでありうる。当業者は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子に見出される遺伝子移入断片の配列を決定し、その配列情報を使用して、新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することもできる。
【００８６】
別の態様では、ＱＴＬ３．１は、配列番号１（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿０１と配列番号１０（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿１０との間の領域に位置する。
【００８７】
よって、別の態様では、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、（遺伝子移入断片を欠く植物、例えば、遺伝的対照と比較して）キュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；および随意に
ｋ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間の全て全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００８８】
１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個のマーカーは、マーカーａ）〜ｊ）からなる群より選択される。１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個のマーカーは、連続したマーカーである。
【００８９】
さらなる態様では、ＱＴＬ３．１は、配列番号１０（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿１０と配列番号２０（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿２０との間の領域に位置する。
【００９０】
したがって、異なる態様では、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、（遺伝子移入断片を欠く植物、例えば、遺伝的対照と比較して）キュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、もしくは１１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
１）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
２）配列番号１１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
３）配列番号１２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
４）配列番号１３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
５）配列番号１４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
６）配列番号１５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
７）配列番号１６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
８）配列番号１７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
９）配列番号１８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
１０）配列番号１９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
１１）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；および随意に
１２）マーカーＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間の全て全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００９１】
１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、もしくは１１個のマーカーは、マーカー１）〜１１）からなる群より選択される。１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、もしくは１１個のマーカーは、連続したマーカーである。
【００９２】
別の態様では、ＱＴＬ３．１は、配列番号２０（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿２０と配列番号２７（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿２７との間の領域に位置する。
【００９３】
したがって、さらなる態様では、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、（遺伝子移入断片を欠く植物、例えば、遺伝的対照と比較して）キュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、もしくは８個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
１）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
２）配列番号２１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
３）配列番号２２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
４）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；
５）配列番号２４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
６）配列番号２５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
７）配列番号２６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
８）配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；および随意に
９）マーカーＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２７との間の全て全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００９４】
１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、もしくは８個のマーカーは、マーカー１）〜８）からなる群より選択される。１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、もしくは８個のマーカーは、連続したマーカーである。
【００９５】
さらに別の態様では、ＱＴＬ３．１は、配列番号０６（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿０６と配列番号２３（またはそのバリアント）のＳＮＰ＿２３との間の領域に位置する。
【００９６】
よって、３番染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片は、（遺伝子移入断片を欠く植物、例えば、遺伝的対照と比較して）キュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、もしくは１８個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号１１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号１２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｈ）配列番号１３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号１４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｊ）配列番号１５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号１６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｌ）配列番号１７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｍ）配列番号１８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｎ）配列番号１９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｏ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｐ）配列番号２１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
ｑ）配列番号２２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｒ）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；および随意に
ｓ）マーカーＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００９７】
１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、もしくは１８個のマーカーは、マーカーａ）〜ｒ）からなる群より選択される。１つの態様では、前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、もしくは１８個のマーカーは、連続したマーカーである。
【００９８】
よって、ＱＴＬを含んでなる断片は大きくてもよく（ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７を含んでなる）、より小さく、キュウリの近縁野生種の遺伝子型をもつマーカー（すなわち、マーカーは代わりに栽培キュウリ遺伝子型をもつ、表５の反復親の遺伝子型も参照されたい）を欠くこともあるが、依然として栽培キュウリ植物の増強された収量を付与しうる、すなわち、断片は依然として収量対立遺伝子（ＱＴＬ３．１またはバリアント）を含んでなることができる。そのようなより小さい遺伝子移入断片は、本発明の実施態様である。依然として増強された収量を付与する（すなわち、収量対立遺伝子を含む）より小さい遺伝子移入断をもつ植物は、ファインマッピングまたは類似の技術などの既知の技術を用いて作ることができる。例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子にある遺伝子移入断片を含んでなる植物から出発し、そのような植物を別の栽培キュウリ植物と交配し、前記交配の後代を自殖させて、且つ／または後代を戻し交配して、３番染色体上により小さい遺伝子移入断片をもつ組換え体を含みうる植物の集団を作ることによって、より小さい遺伝子移入断をもつ植物を作ることができ、断片は依然として、遺伝子移入断片を欠く植物（例えば、遺伝的対照、例えば、ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された種子から生育させた植物など）と比べて増強された収量を付与し、例えば、断片は、マーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０（またはより小さい、例えば、ＳＮＰマーカーの９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、もしくは１個のみを含んでなる）、ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０（またはより小さい、例えば、ＳＮＰマーカーの１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、もしくは１個のみを含んでなる）、ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７（またはより小さい、例えば、ＳＮＰマーカーの７個、６個、５個、４個、３個、２個、もしくは１個のみを含んでなる）、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３（またはより小さい、例えば、ＳＮＰマーカーの１７個、１６個、１５個、１４個、１３個、１２個、１１個、１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、もしくは１個のみを含んでなる）を含んでなる。マーカーアッセイは、より小さい遺伝子移入断片のサイズを決定するのに使用することができる。キュウリの近縁野生種の遺伝子型を伴う１つ以上のＳＮＰマーカーが欠けている場合がある。栽培キュウリ遺伝子型はこれらのＳＮＰマーカーについて検出される。次いで、そのようなより小さい遺伝子移入断片を含んでなる植物の収量は、本明細書に記載の収量実験において、すなわち、遺伝子移入断片を欠く適切な対照植物とともに、野外実験において、より小さい遺伝子移入断片をもつ複数の植物を生育させることによって比較することができる。対照植物はＮＣＩＭＢ４２３４５などの遺伝的対照であることが好ましい。平均収量が対照より有意に高いままの場合、より小さい遺伝子移入断片はＱＴＬ３．１を保持している。
【００９９】
あるいは、同じまたはバリアントＱＴＬ（ＱＴＬ３．１またはＱＴＬ３．１バリアント）が異なるキュウリの近縁野生種から遺伝子移入されてもよく、それにより、随意に、本明細書で開示されたすべてのＳＮＰマーカーは存在しなくてもよい。そのような代替的なキュウリの近縁野生種供給源は、マーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３、またはもっと言えば、これらのマーカーより小さい部分群（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、もしくはそれより多い）のみの遺伝子型を検出するマーカーアッセイを用いてキュウリの近縁野生種の遺伝資源（すなわち、系統）をスクリーニングすることによって、本明細書で提供されるＳＮＰマーカーを用いて同定することができる。他の供給源に由来する同じまたはバリアントＱＴＬ３．１を含んでなる植物も、本発明の実施態様である。ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３のＳＮＰの少なくとも１個またはそれより多く（またはすべて）が存在する限り、植物が収量増加遺伝子型をもつ、すなわち、植物はＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を含んでなる。次いで、当業者は、本明細書に記載の果実収量を増強するために、且つＱＴＬが栽培キュウリに存在する場合に、収量を増強することを確認するために、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を栽培キュウリに遺伝子移入することができる。
【０１００】
上記のように、１つの実施態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、少なくともキュウリの近縁野生種の遺伝子型をもつＳＮＰマーカーのサブセット、すなわち、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３の少なくとも１個、２個、３個、４個、または５個のマーカーを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる。１つの態様では、栽培キュウリ植物は、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３のすべてまたは１個もしくは２個のマーカーを除くすべてを含んでなる。
【０１０１】
よって、遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物または植物部位、例えば細胞）は、上記マーカーの１つ以上またはすべての遺伝子移入断片（すなわち、キュウリの近縁野生種の遺伝資源）のＳＮＰ遺伝子型を検出することによって、マーカーアッセイで検出することができる。
【０１０２】
よって、１つの態様では、量的形質遺伝子座（ＱＴＬ３．１）がキュウリの近縁野生種の３番染色体上に存在することが見出され、それは、栽培キュウリ品種または育種系統に移入（遺伝子移入）され、ヘテロ接合型またはホモ接合型で存在する場合に、栽培キュウリ植物の果実収量を有意に増強する。よって、ＱＴＬまたは（収量対立遺伝子を含んでなる）ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片は顕性であり、すなわち、３番染色体の１つの（１つの組換え３番染色体）上に遺伝子移入断片を有すことで十分であるが、対の相同３番染色体は、遺伝子移入断片を欠いている、栽培C. sativus var. sativusの（組換えされていない）３番染色体でありうる。
【０１０３】
収量ＱＴＬの現在の供給源は単一で特有の野生の供給源であるが、３番染色体上の同じ遺伝子座にＱＴＬ３．１を含んでなるキュウリ属（Cucumis）系統の他の近縁野生種が存在する可能性が高い。そのような遺伝子座は、わずかに異なるヌクレオチド配列をもつ収量対立遺伝子、すなわち、本明細書において見出される対立遺伝子（ＱＴＬ）のバリアントを含んでなりうる。そのような変異型ＱＴＬも、本明細書に記載のように、同定され、栽培キュウリに遺伝子移入されて、栽培C. sativus var. sativusのゲノムおよび組換え３番染色体を含んでなる栽培キュウリ植物を作ることができ、それにより、組換え３番染色体は、ホモ接合型またはヘテロ接合型で存在する場合に、栽培キュウリ植物に増強された収量表現型を付与するキュウリ種（Cucumis sativus species）の近縁野生種の遺伝子移入断片の遺伝子移入断片を含む。ＱＴＬ３．１を含んでなるそのようなキュウリの近縁野生種を同定するには、例えば、マーカーアッセイ中で、または配列比較もしくは他の方法によって、本明細書で提供される１つ以上のＳＮＰマーカーの存在について野生系統をスクリーニングすることができる。次いで、推定収量ＱＴＬ（またはバリアントＱＴＬ）は、例えば、ＭＡＳを使用して、すなわち、本明細書で提供される１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを用いて組換え３番染色体を含んでなる後代植物（例えば、戻し交配植物）を検出および／または選択して栽培キュウリに遺伝子移入することができる。選択された植物、すなわち、３番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなり、３番染色体上の遺伝子移入断片が、（本明細書で他の箇所に記載されているように）１つ以上のＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、１つ以上のＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、１つ以上のＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、１つ以上のＳＮＰマーカーＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、または１つ以上のＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３で検出可能である栽培キュウリ植物は、遺伝子移入断片が有意な収量増加を実際に引き起こしているか否かを決定するために、適切な対照植物、好ましくは、少なくとも遺伝的対照と一緒に収量実験において表現型解析することができる。
【０１０４】
キュウリの近縁野生種の系統は、米国農務省国立遺伝資源システム（USDA National Plant Germplasm System）コレクションまたは他の種子コレクションから入手可能であり、よって、例えば、本明細書に記載のマーカーアッセイを使用して、ＱＴＬ３．１の存在についてスクリーニングすることができ、１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば、ＱＴＬ３．１を示す少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、
２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、または全２７個のＳＮＰマーカー）を含んでなる系統は、正常野生型、非組換え３番染色体をもつ栽培キュウリ植物と交配することができる。次いで、Ｆ１またはＦ２世代（またはＦ３もしくは戻し交配世代などのそれ以降の世代）は、本明細書に記載の分子マーカーアッセイを用いて、遺伝子移入断片またはその一部をもつ組換え植物についてスクリーニングすることができる。
【０１０５】
１つの態様では、遺伝子移入断片はインドキュウリ群に属するキュウリの近縁野生種に由来し、ユーラシアキュウリ群の３番染色体上に移入されることによって、収量ＱＴＬ３．１またはそのバリアントを含んでなる栽培キュウリ植物を作り出す。よって、１つの実施態様では、収量ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片は、インドキュウリ群に属するキュウリの近縁野生種から誘導可能であり（もしくは該近縁野生種に由来し）、または該近縁野生種から入手可能である（もしくは該近縁野生種から得られるか、もしくは該近縁野生種中に存在する）。
【０１０６】
特定の実施態様では、収量ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片は、代表的な試料が受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託されている種子、またはその後代から誘導可能であり（もしくはそれに由来し）、またはそれから入手可能である（もしくはそれから得られるか、もしくはそれに存在する）。後代は、記載されているように、ＱＴＬを示す（ＱＴＬに連鎖する）ＳＮＰマーカーの１個以上（またはすべて）を保持するいずれの後代でもありうる。よって、後代は、寄託物のＦ１またはＦ２後代に限定されず、自殖および／または別のキュウリ植物との交配によって得られたものであろうとなかろうといずれの後代であることができる。
【０１０７】
１つの実施態様では、遺伝子移入断片は、本明細書の他の箇所に記載されている１つ以上のマーカー、特に、３番染色体上の遺伝子移入断片についてはマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、もしくはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、もしくはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、もしくはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３から選択される１つ以上のマーカーなどのマーカーのサブセットによって同定可能である。１つの態様では、本発明は、増強された果実収量を含んでなる栽培（栽培植物化）キュウリのゲノムをもつ栽培キュウリ植物を提供し、増強された果実収量は、栽培キュウリの３番染色体上の遺伝子移入断片により付与され、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子またはこの植物の後代（ＱＴＬに連鎖した本明細書で開示された１つ以上のマーカーを含んでなる）から生育させた栽培植物を栽培キュウリ植物と交配することによって得られる（または入手可能である）。よって、１つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、（ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７に対するキュウリの近縁野生種遺伝子型のすべてを含んでなる）ＮＣＩＭＢ４２３４６に存在するのと同じ遺伝子移入断片および同じ組換え３番染色体を含んでなるか、または遺伝子移入断片のより短い断片を含んでなり、それにより、短い断片は、増強された果実収量をもたらす遺伝要素を保持する（ＱＴＬ３．１）。
【０１０８】
よって、１つの態様では、本発明は、３番染色体上にキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる本発明の植物、すなわち、栽培Cucumis sativus var. sativus植物に関し、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子「の中にあり」、「と同一」であり、「の中にあるのと同一」であり、またはそのより短い断片であるが、ＱＴＬ３．１の存在に起因して依然として増強された果実収量をもたらす。
【０１０９】
さらに別の実施態様では、本発明は、３番染色体上にキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる本発明の植物、すなわち、栽培Cucumis sativus var. sativus植物に関し、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された遺伝子移入断片種子のバリアントであり、すなわち、収量ＱＴＬ３．１を含んでなるが、ゲノム配列は異なっていてもよい。野生系統は遺伝的に異なるようであるので、他のキュウリの近縁野生種に由来するＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片のゲノム配列は、ＮＣＩＭＢ４２３４６に遺伝子移入されたゲノム配列と同一でない可能性が高く、収量付与遺伝子（プロモーター、イントロン、およびエクソンを含んでなる）は、ヌクレオチド配列は相違しうるが、その機能は同じであることになり、すなわち、増強された果物収量を付与する。ＱＴＬ３．１に連鎖する或るＳＮＰマーカーがさまざまな系統で共通して見出されうる一方で、他のＳＮＰマーカーは特有の系統でのみ見出されうることに見られるので、相違が見られる可能性がある。したがって、例えば、すべてのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７が他のキュウリの近縁野生種に見出されうるわけではない。しかし、収量増強ＱＴＬ３．１（例えば、収量対立遺伝子のバリアントまたはオーソログを含んでなる）は、そのような野生系統に依然として存在しうる。当業者は、他のキュウリの近縁野生種に見出される領域を含んでなるＱＴＬ３．１を同定し、栽培キュウリに遺伝子移入すること、例えば、ＳＮＰマーカーまたはそのサブセットを含んでなる近縁野生種を検出すること、これらのＳＮＰマーカー（またはサブセット）を栽培キュウリ系統または品種に移入すること、および栽培系統または品種の果実収量を、ＳＮＰマーカー（またはサブセット）を欠く、すなわち、遺伝子移入断片を欠く系統または品種と比較して評価することができる。
【０１１０】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片、または３番染色体領域（または３番染色体領域のバリアントもしくはオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、またはそれより多い（または全２７個）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ａａ）配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；および
ｂｂ）随意に、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１１１】
１つの態様では、検出される前記少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個もしくは３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、もしくは２７個のマーカーは、連続したマーカーである。
【０１１２】
よって、１つの実施態様では、本発明による植物は、配列番号１の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０１と呼ばれる）もしくは配列番号１と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号２の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０２と呼ばれる）もしくは配列番号２と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号３の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０３と呼ばれる）もしくは配列番号３と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号４の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０４と呼ばれる）もしくは配列番号４と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号５の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０５と呼ばれる）もしくは配列番号５と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号６の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０６と呼ばれる）もしくは配列番号６と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号７の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０７と呼ばれる）もしくは配列番号７と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号８の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０８と呼ばれる）もしくは配列番号８と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号９の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿０９と呼ばれる）もしくは配列番号９と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１０の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１０と呼ばれる）もしくは配列番号１０と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１１の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１１と呼ばれる）もしくは配列番号１１と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＧ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号１２の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１２と呼ばれる）もしくは配列番号１２と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくともアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡもしくはＡＧ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号１３の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１３と呼ばれる）もしくは配列番号１３と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号１４の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１４と呼ばれる）もしくは配列番号１４と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくともアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡもしくはＡＧ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号１５の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１５と呼ばれる）もしくは配列番号１５と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１６の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１６と呼ばれる）もしくは配列番号１６と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１７の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１７と呼ばれる）もしくは配列番号１７と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号１８の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１８と呼ばれる）もしくは配列番号１８と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１９の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿１９と呼ばれる）もしくは配列番号１９と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２０の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２０と呼ばれる）もしくは配列番号２０と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号２１の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２１と呼ばれる）もしくは配列番号２１と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡもしくはＡＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号２２の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２２と呼ばれる）もしくは配列番号２２と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくともチミン（Ｔ）（すなわち、ＴＴもしくはＴＣ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号２３の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２３と呼ばれる）もしくは配列番号２３と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくともシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣもしくはＣＴ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号２４の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２４と呼ばれる）もしくは配列番号２４と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２５の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２５と呼ばれる）もしくは配列番号２５と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２６の２５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２６と呼ばれる）もしくは配列番号２６と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくともグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧもしくはＧＡ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２７の７５番目のヌクレオチド（ＳＮＰ＿２７と呼ばれる）もしくは配列番号２７と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくともアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡもしくはＡＧ遺伝子型）（つまり、表５に示される３番染色体の物理的な位置にアデニンが存在する）を含んでなる。
【０１１３】
さらなる１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のバリアントもしくはオーソログ）の存在は、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間に物理的に位置するＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０もしくは全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；マーカーＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間に物理的に位置するＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０もしくは全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；マーカーＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２７との間に物理的に位置するＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７もしくは全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；またはマーカーＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間に物理的に位置するＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３もしくは全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーからなる部分群の少なくとも１個、好ましくは、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、またはそれより多い一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１１４】
ＳＮＰ遺伝子型は、２つのヌクレオチドおよびこれらの２つのヌクレオチドの１つを各３番染色体上に１つずつ含んでなるゲノム配列を指す。したがって、ＳＮＰ＿０１にＴＴ遺伝子型をもつ植物は、両方の染色体上に同一のヌクレオチド（Ｔ）をもつ（すなわち、ホモ接合性である）が、ＳＮＰ＿０１にＴＣ遺伝子型をもつ植物は、配列番号１の７５番目のヌクレオチド（または配列番号１と実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＴをもつ１つの染色体と、配列番号１の７５番目のヌクレオチド（または配列番号１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＣを有する１つの染色体とをもち、ヘテロ接合性である。本明細書で提供されるＳＮＰマーカー周辺のゲノム配列は、他のキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片においてわずかに変化しうるので（すなわち、３番染色体領域のバリアントまたはオーソログ）、ＳＮＰの前後のヌクレオチド配列は、本明細書で提供される配列と１００％同一ではない場合がある。したがって、（定義される通りに全長にわたってアラインメントされる場合に）本明細書で提供される配列と実質的な配列同一性をもつが、同じＳＮＰを含んでなる配列は本明細書に包含される。
【０１１５】
１つの態様では、ＱＴＬ（ＱＴＬ３．１またはバリアント）を含んでなる遺伝子移入断片、または３番染色体領域（または３番染色体領域バリアントもしくはオーソログ）は、上記１つ以上のマーカーにより検出可能であり、キュウリの近縁野生種に由来し、１つの態様では、近縁野生種はインドキュウリ群のメンバーである。１つの態様では、それは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子の３番染色体上に見出されるのと同じ遺伝子移入断片またはＱＴＬを保持するより小さい断片である。ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７は約５．７Ｍｂの領域にわたる。１つの態様では、３番染色体上の遺伝子移入断片は、サイズが１０Ｍｂに等しいかそれ未満、好ましくは、サイズが８Ｍｂに等しいかそれ未満、より好ましくは、サイズが６、５．７、５、４、３、または２．５Ｍｂに等しいかそれ未満、例えば、２Ｍｂに等しいかそれ未満である。１つの態様では、遺伝子移入断片は、サイズが少なくとも０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１．０Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１．９Ｍｂ、２．０Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２．７Ｍｂ、または３Ｍｂである。よって、１０Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂを超え、６Ｍｂまたは３Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂ、０．５ＭＢ、または１Ｍｂを超えるなどの断片などのさまざまな範囲のサイズの遺伝子移入が本明細書に包含され、ＱＴＬ３．１およびＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７、もしくはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３の部分群の１つ以上のＳＮＰマーカーを保持する。前述にように、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７に及ぶ領域におけるＱＴＬ３．１に位置はファインマッピングにより決定することができ、より小さい遺伝子移入断片上にＱＴＬ３．１を含んでなる組換え体を作ることができる。遺伝子移入断片の大きさは、例えば、全ゲノムシーケンシング、または、例えば、Qi et al. 2013（前掲）もしくはHuang et al. 2009（前掲）に記載されているような、次世代シークエンシングにより容易に決定することができる。特に、遺伝子移入領域は、遺伝子移入領域におけるより大きい遺伝的多様性（ＳＮＰ、ＩＮＤＥＬなど）に起因して、培養ゲノム領域と容易に区別することができる。
【０１１６】
寄託された種子（ＮＣＩＭＢ４２３４６）の３番染色体上に存在する遺伝子移入断片を得るため、すなわち、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を別の栽培キュウリ植物に移入するために、植物を種子から栽培し、該植物を栽培キュウリ植物と交配してＦ１種子を得る。ＮＣＩＭＢ４２３４６は１つの（遺伝子移入断片を含んでなる）組換え３番染色体のみを含むので、Ｆ１種子およびそれから生育させた植物の約半分（５０％）は、ＮＣＩＭＢ４２３４６親に由来する１つの組換え３番染色体および他の栽培された親に由来する１つの非組換え３番染色体を含む。Ｆ１種子の他の半分は組換え３番染色体を含まず、２つの非組換え３番染色体コピーのみを含む。よって、従来の育種により、組換え３番染色体をＮＣＩＭＢ４２３４６から他の栽培キュウリ系統または品種に移入することができる。組換え３番染色体を含んでなる植物を同定するために、ＱＴＬ３．１を含んでなる植物は、１つ以上の上記ＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングし、選択することができる。
【０１１７】
より短い遺伝子移入断片を生じさせるには、減数分裂が起こることが必要であり、組換え３番染色体を含んでなる植物、および特に、遺伝子移入断片内の新しい減数分裂組み換え事象が同定される必要がある。例えば、ＮＣＩＭＢ４２３４６の種子は１回以上自殖栽培植物化させて、Ｆ１、Ｆ２、またはＦ３植物（またはそれ以降の自殖世代）を作ることができ、且つ／または組換え３番染色体を含んでなるＦ１、Ｆ２またはＦ３植物（など）は、栽培された親に戻し交配されることができる。より小さい遺伝子移入断片を含んでなる植物を同定するために、組換え３番染色体を含んでなる植物は、１つ以上の上記ＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングし、選択することができる。次いで、そのような新しい組換え体は、遺伝子移入断片を欠く（遺伝的）対照と比較して平均果実収量を決定することによってより小さい遺伝子移入断片上のＱＴＬ
３．１の存在について試験することができる。
【０１１８】
同様に、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を含んでなる栽培キュウリ植物は、異なる方法を用いて作出および／または同定することができる。例えば、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物得るには、まず本明細書で開示されたＱＴＬ３．１に連鎖する１つ以上のＳＮＰマーカー、例えば、いずれか１つ、または複数またはすべての本明細書の上記マーカー含んでなるキュウリの近縁野生種が同定される。同定された植物を栽培キュウリ植物と交配してＦ１種子を得る。Ｆ１は、Ｆ２、Ｆ３などの植物を作るために自殖させることができ、且つ／またはＦ２植物もしくはＦ３植物などは、栽培されたキュウリの親に戻し交配することができる。ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を含んでなる植物は、１つ以上の上記ＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングされ、且つ／もしくは選択され、かつ／または（遺伝子移入を欠いている）最初の栽培された親と比較して収量表現型の増加についてスクリーニングされ、且つ／もしくは選択される。代替的にまたはくわえて、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）に連鎖するさらなる分子マーカーを同定するために、且つ／または有意に増強された収量を付与する３番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物を作るためにＱＴＬマッピングを行うことができる。
【０１１９】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる栽培キュウリ植物における遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、またはそれより多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｂ）  配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＡまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿２７の７ｃＭ、５ｃＭ、
３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿２７の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．２Ｍｂ、またはそれ未満の範囲内に物理的に連結する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１２０】
１つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿２６のうちの１個以上である。１つの態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。１つの実施態様では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、随意に、少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多い、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーが検出される。１つの態様では、検出されるマーカーは連続したマーカーである。
【０１２１】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる栽培キュウリ植物における遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、またはそれより多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｂ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１０の７ｃＭ、５ｃＭ、
３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．２Ｍｂ、またはそれ未満の範囲内に物理的に連結する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１２２】
１つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿０９のうちの１個以上である。１つの態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。１つの実施態様では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、随意に、少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多い、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーが検出される。１つの態様では、検出されるマーカーは連続したマーカーである。
【０１２３】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる栽培キュウリ植物における遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、またはそれより多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿１０またはＳＮＰ＿２０の７ｃＭ、５ｃＭ、
３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿１０またはＳＮＰ＿２０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．２Ｍｂ、またはそれ未満の範囲内に物理的に連結する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１２４】
１つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿１１〜ＳＮＰ＿１９のうちの１個以上である。１つの態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。１つの実施態様では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、随意に、少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多い、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーが検出される。１つの態様では、検出されるマーカーは連続したマーカーである。
【０１２５】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる栽培キュウリ植物における遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、またはそれより多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＡまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿２０またはＳＮＰ＿２７の７ｃＭ、５ｃＭ、
３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿２０またはＳＮＰ＿２７の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．２Ｍｂ、またはそれ未満の範囲内に物理的に連結する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１２６】
１つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿２１〜ＳＮＰ＿２６のうちの１個以上である。１つの態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。１つの実施態様では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、随意に、少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多い、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーが検出される。１つの態様では、検出されるマーカーは連続したマーカーである。
【０１２７】
１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる栽培キュウリ植物における遺伝子移入断片または３番染色体領域（または３番染色体領域のオーソログ）の存在は、下記からなる群より選択される少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、またはそれより多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
ａ）配列番号０６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｂ）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０６またはＳＮＰ＿２３の７ｃＭ、５ｃＭ、
３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０６またはＳＮＰ＿２３の５Ｍｂ、３Ｍｂ、
２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．２Ｍｂ、またはそれ未満の範囲内に物理的に連結する全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０１２８】
１つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０７〜ＳＮＰ＿２２のうちの１個以上である。１つの態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１個、２個、少なくとも３個、少なくとも４個またはそれより多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。１つの実施態様では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、随意に、少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多い、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーが検出される。１つの態様では、検出されるマーカーは連続したマーカーである。
【０１２９】
２個のマーカー間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーは、２個のマーカー間の３番染色体領域に遺伝的に位置し、かつ／または２個のマーカー間に物理的に存在し、かつキュウリの野生近縁種の３番染色体領域を示すいずれのマーカーを指す。これは、マーカーが、栽培キュウリゲノムとキュウリの近縁野生種のゲノムとの間の多型であることを意味する。１つの態様では、マーカーは一塩基多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＤＮＡシークエンシングなどの他の分子マーカーが同様に使用されうる。
【０１３０】
本発明の植物における遺伝子移入断片は、１つの態様では、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子に存在する３番染色体の断片、またはＱＴＬを保持するその断片のより小さいもの（例えば、遺伝子移入断片内の組換えによって作られる）である。
【０１３１】
遺伝子移入断片は、１つの態様では、大きさが１０Ｍｂ以下であり、好ましくは、大きさが、８Ｍｂ、５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１Ｍｂ以下である。さらなる態様では、遺伝子移入断片は、大きさが、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂである。
【０１３２】
また、本発明の植物がそれから生育する種子も提供され、本発明の植物から収穫され、そのゲノム中に組換え３番染色体を含んでなるキュウリ果実も同様に提供される。同様に、少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる植物または種子の植物細胞、組織、または植物部位が提供され、前記組換え３番染色体は、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなり、前記遺伝子移入断片は、有意に増強された果実収量をもたらす対立遺伝子を含んでなる。
【０１３３】
本明細書に記載の分子マーカーは、標準的な方法に従って検出されうる。例えば、ＳＮＰマーカーは、ＫＡＳＰアッセイ（www.kpbioscience.co.ukを参照されたい）またはＳＮＰ遺伝子型決定アッセイを用いて容易に検出することができる。ＫＡＳＰアッセイを開発するために、例えば、ＳＮＰの７０塩基対上流および７０塩基対下流を選択でき、２つの対立遺伝子特異的フォワードプライマーおよび１つの対立遺伝子特異的リバースプライマーを設計することができる。例えば、Allen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1086-1099を参照されたく、特に、ＫＡＳＰアッセイ方法についてはｐ０９７〜１０９８を参照されたい。
【０１３４】
よって、１つの態様では、ＳＮＰマーカーおよび収量ＱＴＬに関連するマーカーの存在／非存在は、ＫＡＳＰアッセイを用いて決定されるが、同様に他のＳＮＰ遺伝子型決定アッセイも使用することができる。例えば、ＴａｑＭａｎ  ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ、高解像度融解（ＨＲＭ）アッセイ、ＳＮＰ遺伝子型決定アレイ（例えば、フリューダイム、イルミナなど）、またはＤＮＡシークエンシングも同様に使用されうる。
【０１３５】
遺伝子移入断片の物理的な大きさは、物理的マッピング、シークエンシングなどのさまざまな方法によって、または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）画像（Verlaan et al. 2011, Plant Journal 68: 1093-1103）を用いた遺伝子移入の視覚化によって決定することができる。
【０１３６】
３番染色体上のより小さい遺伝子移入断片をもつ栽培キュウリ植物は、（遺伝子移入を欠く）栽培キュウリ植物と本発明の植物との間の交配に由来する植物の集団から新たな組換え植物を作り、遺伝子移入サイズがより小さい組換え後代を選択することによって作られる。よって、そのような植物は、１つの態様では、種子がＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託されている植物に存在する組換え３番染色体（の後代または子孫）に由来する。ＱＴＬ３．１を保持し、よって本明細書に記載の遺伝子移入を欠く植物と比較してより高い収量を保持するそのような後代または子孫が本明細書に包含される。
【０１３７】
トマトでは、例えば、Ｔｙ−３対立遺伝子を含んでなる６番染色体上の大きなS. chilense遺伝子移入断片（約２７ｃＭ）が、Ｔｙ−３を含んでなるはるかに小さいS. chilense遺伝子移入断片（約６ｃＭ）を含んでなる組換え後代系統（ＬＡ１９３１−ＡＬ−Ｆ２）を選択することによって減少してきた（Ji et al. 2007, Mol. Breeding 20: 271-284を参照されたい）。
【０１３８】
本発明による栽培キュウリ植物は、近交系統、ＯＰ（放任受粉した品種）、またはＦ１雑種でありうる。１つの態様では、Ｆ１雑種は、（ＱＴＬをもつ遺伝子移入断片を含んでなる）組換え３番染色体を１つだけ含んでなり、すなわち、Ｆ１雑種は、遺伝子移入断片および本明細書に記載のＳＮＰマーカーに関してヘテロ接合性のである。そのようなＦ１雑種は、うち１つが遺伝子移入断片（好ましくは、ホモ接合型で、必ずではないが）で保有する２つの近交系の親系統を交配することおよび前記交配からＦ１雑種種子を採取することによって作られる。別の態様では、Ｆ１雑種は遺伝子移入断片をホモ接合型で含んでなってもよく、すなわち、各々が遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる２つの近交系の親系統を交配することによって作られる。
【０１３９】
栽培キュウリ植物はどの型でもよい。好ましくは、栽培キュウリ植物は良好な農業特性および良好な果実品質特性をもつ。栽培キュウリ植物は、１つの態様では、遺伝的にも表現型的にも均一である。特に、果実の特徴は、例えば、形状、果皮の色、果皮の厚さ、果皮のリブ（skin ribs）、果皮硬度、とげ（とげの色、とげの密度など）、こぶの有無、食用且つ市場に向けて成熟したときの長さおよび直径、風味などに関して均一である。同様に、種子の特性（すなわち、植物がそれから生育する種子の特性）、例えば、種子の大きさ、種子の色なども均一である。よって、ＱＴＬをホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる系統または品種の植物は、均一な果実をつけ、同一環境条件下で栽培され、果実が同じ生育段階にある場合に、植物の果実の間にばらつきがほとんどないことを意味する（例えば、定性的特徴については、すべての植物または植物部位、果実、もしくは種子の少なくとも９８％、９９％、または好ましくは１００％がその特徴に関して同一であり、定量的特徴については、すべての植物または植物部位、果実、もしくは種子の少なくとも９０％、９５％、９８％がその特徴に関して同一である）。
【０１４０】
本発明によるＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を含んでなる栽培キュウリ植物はどの型でもよく、例えば、以下のキュウリ型の１つでありうる：ピックルキュウリ（例えば、アメリカピックル型、ヨーロッパピックル型）、スライスキュウリ（例えば、アメリカスライス型）、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、（例えば、インドマダラキュウリ、中国長形キュウリ、韓国キュウリ、および日本キュウリ型から選択される）アジアキュウリ。１つの態様では、本発明による栽培キュウリは、ピックルキュウリ型、スライスキュウリ型、長形キュウリ型、短形キュウリ型、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、中国長形キュウリ型、韓国キュウリ型、または日本キュウリ型の近交系統またはＦ１雑種である。特定の実施態様では、キュウリはヨーロッパ温室キュウリの近交系統またはＦ１雑種である。
【０１４１】
その植物は、ＱＴＬをホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる単交雑Ｆ１雑種または近交系統である。１つの態様では、植物は、ＱＴＬ３．１（またはバリアント）をホモ接合型で含んでなる（近交系の）親植物を、ＱＴＬ３．１を欠く（すなわち、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を欠く）（近交系の）親植物と交配することによって作られるＦ１雑種である。よって１つの態様では、Ｆ１雑種はＱＴＬ３．１に関してヘテロ接合である。
【０１４２】
別の態様では、植物は、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）をホモ接合型で含んでなる（近交系の）親植物を、やはりＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）をホモ接合型で含んでなる（近交系の）親植物と交配することによって作られるＦ１雑種である。よって１つの態様では、Ｆ１雑種はＱＴＬ３．１に関してホモ接合性である。
【０１４３】
１つの態様では、Ｆ１雑種は、伝統的な温室栽培またはハイワイヤー栽培に適したヨーロッパ温室キュウリ型である。伝統的な温室栽培方法では、植物の主茎は、地上約２メートルの高さで掛け渡した水平な鉄ワイヤーまで導かれる。植物がこの高さに達し、ワイヤーに付いたとき、さらなる増殖を止めるためにその成長点を取り除くことによって「摘心（topped）」、すると側枝が成長し始める。これらの側枝は地上約１メートルの高さまで下方向に生育させ、次いで成長点をそれらから取り除く。これに続いて、茎と側枝または巻きひげの両方に開花および結実し、巻きひげの果実は茎のものより遅れて実を付ける。果実は播種の約６週後に収穫される。ハイワイヤー栽培では、横巻きひげが伸びず、収穫物はすべて茎からくる。ハイワイヤー栽培に非常に適した特有の品種、例えば、変種Ｈｉｇｈ−Ｊａｃｋ、Ｈｉ−Ｐｏｗｅｒ、Ｈｉ−Ｌｉｓａがヌンヘム（Nunhems）によって開発され、「コンパクト（compact）」と呼ばれる遺伝子を形成する。国際公開第２００９／０５９７７７号を参照されたい。
【０１４４】
よって、本発明の１つの態様では、栽培キュウリ植物は、国際公開第２００９／０５９７７７号に記載のコンパクト遺伝子さらに含んでなる。好ましくは、コンパクト遺伝子はヘテロ接合型で存在する。
【０１４５】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片は、２７〜３８ｃｍの果実がなる長形キュウリ品種である品種Ｋａｓｊａ（ヌンヘム）などの長形キュウリ型に存在する。「長形キュウリ型」または「長形キュウリ植物」は、長さが、少なくとも約２６ｃｍまたは２７ｃｍ〜３７または３８ｃｍまたはそれより長い（例えば、４０ｃｍ、４２ｃｍ、もしくはそれより長い）果実を特徴とし、好ましくは、果実形成が単為結実の温室キュウリである。長形キュウリ型の例は、ＳａｂｒｉｎａおよびＫｏｒｉｎｄａ変種、またはＣＰＶＯプロトコールに従って（このプロトコールの附属書（Annex）１中のポイント（Point）１９を参照されたい）果実の長さについて７〜９のスコアが与えられているキュウリ植物である。他の長形キュウリ変種は、例えば、Ｂｏｄｅｇａ、Ｂｏｌｏｇｎａ、Ｋａｍａｒｏ、Ｆｌａｍｉｎｇｏ、Ｄｉｓｃｏｖｅｒ、Ｋａｌｕｎｇａ、Ｋａｓｊａ、Ｌｏｇｉｃａ、Ｍｉｌｌａｇｏｎ、Ｎｉｃｏｌａ、Ｍｉｌｉｋａ、Ｍａｎｕｅｌａ、Ｆｒｉｄａ、Ａｃｔｉｖａ、Ａｌａｙａ、Ｓａｖａｎｎａ、Ｓｉｅｎｎａ、Ｂｅｌｌａ、Ｓｈｅｉｌａ、Ｂｏｒｎａｎｄである。
【０１４６】
１つの態様では、ヨーロッパ温室キュウリは、その種子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託されている植物またはその後代であり、（他の箇所に記載の１つ以上のマーカーの存在によって検出可能なように）後代はＱＴＬ３．１を保持する。
【０１４７】
別の態様では、本発明による植物は、野生のキュウリ植物でも、キュウリの近縁野生種でも、在来種でもない。
【０１４８】
さらに別の態様では、本発明による植物は、ユーラシアキュウリ群、東アジアキュウリ群、またはシーサンパンナキュウリ群の栽培キュウリである。別の態様では、本発明による植物はインドキュウリ群のキュウリではない。
【０１４９】
本発明の１つの実施態様では、ＱＴＬ３．１（またはバリアント）を含んでなる栽培キュウリ植物は、受粉しないで種なし果実をつける、すなわち、単為結実である。大部分のヨーロッパ温室キュウリは単為結実であり、すなわち、雌花は受粉しないで果実をつけ、それにより果実は種なしのままである。単為結実は遺伝的に制御され、単為結実形質のキュウリ系統または品種への導入のしかたは育種者に知られている（例えば、書籍Genetic Improvement of Vegetable Crops、G. Kalloo and BO Bergh編、Pergamon Press、2012、ISBN0080408265中の207〜209頁、T. tatliogluによる「キュウリ」と題する１３章を参照されたい）。
【０１５０】
本発明のさらなる実施態様では、ＱＴＬ３．１（またはバリアント）を含んでなる栽培キュウリ植物は、主として雌性であるか、完全に雌性である
（１００％雌花をつける）。これは、ほとんどすべてが雌花をつけるか、雌花のみをつけることを意味する。この形質も遺伝的に制御され、雌性形質のキュウリ系統または品種への導入のしかたは育種者に知られている（例えば、書籍Genetic Improvement of Vegetable Crops、G. Kalloo and BO Bergh編、Pergamon Press、2012、ISBN0080408265中の207〜209頁、T. tatliogluによる「キュウリ」と題する１３章を参照されたい）。
【０１５１】
１つの態様では、本発明のキュウリは単為結実且つ雌性である。よって、植物は大部分が雌花であるか、または雌花のみをつけ、受粉なしで種なし果実をつける。雌性キュウリでは、雄花は硝酸銀で処理することによって誘発することができる。この方法は、花粉を作り、近交系雌性キュウリ系統を自家受粉するのに使用される。
【０１５２】
異なる態様では、本発明のキュウリ植物は雌雄同株であり（雄花と雌花の両方をつける）、随意に、単為結実且つ雌雄同株である。
【０１５３】
本発明のさらなる実施態様では、ＱＴＬ３．１（またはバリアント）を含んでなる栽培キュウリ植物は、前記植物によって作られる果実の形態学的特徴、例えば、果実の形状、果皮の色、果皮の厚さ、イボなどに関して均一且つ遺伝的に安定である。
【０１５４】
平均果実長、平均果実直径、果皮の厚さ、こぶの有無、光沢、果皮硬度、果皮の色、果実のネック形状、果実の先細り形状、中央断面の形状、種子の有無（単為結実）などの果実の特徴は、キュウリの型、すなわち、ＱＴＬが遺伝子移入される栽培遺伝的背景（遺伝子プール）に依存する。よって、キュウリの型に応じて、多様な果実形状、大きさ、および果実の種類が本明細書に含まれる。１つの態様では、果実は種なしである。
【０１５５】
アメリカ合衆国で今日、商業的に栽培されているキュウリ果実の２つの主要な型は、生食（スライス）型と加工（ピックル）型である。典型的には、品種および生産方法は最終用途に対して適切に変えられる。スライスキュウリは長く、大きいことが多く、果皮が濃くて厚く、それに対してピックル／加工キュウリは果実が短く、果皮が薄く、内側に果肉があり、ピクルス漬けにより適するようになっている。発育種子および大きい種子は味がよくないので、種無し品種は一般に、生食とピクルス漬けの両方に好ましい。
【０１５６】
１つの態様では、本発明の植物はピックル型（加工型）であり、食用成熟時および／または市場性の高い大きさにおいて、果実の平均長が少なくとも１０ｃｍ、もしくは少なくとも１１ｃｍ、もしくは少なくとも１２ｃｍ、もしくは少なくとも１３ｃｍであり、かつ／または直径に対する果実長の比が少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、もしくはそれより大きい果実を実らせる。
【０１５７】
異なる態様では、本発明の植物は生食型、例えば、長形キュウリ型またはスライス型であり、食用成熟時および／または市場性の高い大きさにおいて、果実の平均長が、ピックル型と比べて長く、例えば、少なくとも１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍ、３２ｃｍ、４０ｃｍ、またそれより長い果実を実らせる。
【０１５８】
好ましい態様では、本発明の植物は、市場性の高い大きさの果実、特に、種なし果実をつける長形キュウリ型である。市場性の高い大きさの果実、およびその部位、ならびにそれらを含有する食品または飼料製品もまた、本明細書に包含される。１つの実施態様では、ＳＮＰマーカーは、果実、果実部位、またはそれらを含んでなる食品もしくは飼料製品で検出可能である。
【０１５９】
１つの態様では、植物は無限花序キュウリである。別の態様では、キュウリは有限花序である。
【０１６０】
また、それから本発明による植物を生育させることができる種子も提供され、本発明による植物から収穫されるキュウリ果実も同様である。これらはそれらのゲノム中にＱＴＬを含んでなり、たがって本明細書で提供される１つまたは複数のＳＮＰマーカーの存在によって他の果実と区別することができる。
【０１６１】
１つの態様では、食用収穫時および／または果実の市場性の高い大きさにおいて、果実は苦味がない（苦味があるおよび苦味がない群から選択される）。
【０１６２】
さらなる態様では、食用収穫時および／または果実の市場性の高い大きさにおいて、果実は果皮が薄い（厚いおよび薄い群から選択される）。
【０１６３】
異なる実施態様では、ＱＴＬは、米国特許第８７１０３０３Ｂ２号に記載されているような「コンパクト（Compact）」と呼ばれるキュウリ型に遺伝子移入される。よって、本発明によるキュウリ植物は、例えば、Ｈｉ−ＪａｃｋとＨｉ−Ｌｉｓａ（どちらもヌンヘム）の品種に存在するように、米国特許第８７１０３０３Ｂ２号に記載のコンパクト遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる。
【０１６４】
本発明のさらなる実施態様は、少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる本発明による植物細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部位であり、前記組換え３番染色体は、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなり、前記遺伝子移入断片は、増強された果実収量をもたらすＱＴＬを含んでなる。
【０１６５】
また、果実収量が増強されたキュウリ変種を育種するための、キュウリの近縁野生種に由来にする遺伝子移入断片を含んでなる組換え３番染色体の使用も本明細書に包含される（前記遺伝子移入断片は、増強された果実収量をもたらす対立遺伝子を含んでなる）。１つの態様では、前記組換え３番染色体は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子に見出される組換え３番染色体であるか、前記組換え３番染色体に由来する（例えば、前記種子に見出される遺伝子移入断片のより小さい断片である）。
【０１６６】
同様に、遺伝子移入断片を前記３番染色体上に含んでなる栽培キュウリ植物を作るための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子またはその後代に見出される３番染色体の使用も本明細書に包含され、前記遺伝子移入断片は、（ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された種子から生育させた植物などの）前記遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照キュウリ植物と比較して増強された果実収量をもたらす。
【０１６７】
同様に、増強された果実収量を含んでなる栽培キュウリ植物を作るための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から生育させた植物またはその後代の使用も本明細書に包含され、前記増強された果実収量は、前記植物またはその後代の３番染色体から得られる遺伝子移入断片によって付与される。
【０１６８】
また、ＱＴＬ３．１またはＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片もしくはその部分断片を別のキュウリ植物に移入するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から生育させた植物またはその後代の使用も提供される。
【０１６９】
また、３番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなる栽培C. sativus var. sativus植物または植物部位を同定（検出）する方法も提供され、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６に見出されるか、またはそれに由来するより小さい断片であり、以下を含んでなる。
ａ）栽培C. sativus var. sativus植物または植物部位またはそのような植物もしくは植物部位ＤＮＡを用意すること；
ｂ）前記植物、植物部位またはＤＮＡを
３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿
２７；
からなる群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングすること；ならびに
ｃ）以下を含んでなる植物を同定および／または選択すること：
ｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個もしくはそれより多いＳＮＰマーカー；または
ｉｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿
０１〜ＳＮＰ＿２７から選択される少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個もしくはそれより多い連続したマーカー；または
ｉｉｉ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿
２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、もしくはそれより多いマーカー；または
ｖｉ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、もしくはそれより多い連続したマーカー。
さらに、増強された果実収量をもたらす遺伝子移入断片を含んでなるキュウリ（C. sativus）Ｆ１雑種植物を作る方法が提供され、該方法は、
ａ）増強された収量を付与する対立遺伝子を含んでなる遺伝子移入断片をもつ、組換え３番染色体をホモ接合型で含んでなる第１の近交系キュウリ植物を用意すること、随意に、前記遺伝子移入断片はＮＣＩＭＢ４２３４６に見られるとおりであるかまたはより小さい断片である；
ｂ）第２の近交系キュウリ植物用意すること；
ｃ）前記ａ）のキュウリ植物を前記ｂ）のキュウリ植物と交配すること；
ｄ）前記交配からＦ１雑種種子を採取すること
を含んでなる。
【０１７０】
採取されたＦ１雑種種子も本発明の実施態様である。
【０１７１】
別の態様では、ＮＣＩＭＢ４２３４６の後代を作る方法が提供され、前記方法は以下を含んでなる：
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から植物を生育させること；
ｂ）前記植物を１回以上自殖および／または前記植物別のキュウリ植物と１回以上交配して後代種子を作ること；
ｃ）前記後代種子または前記種子から生育させた植物または種子もしくは植物の一部を
３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿
２７；
からなる群より選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングすること；ならびに
ｄ）以下を含んでなる後代植物を同定および／または選択すること：
ｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のうちの少なくとも１個のＳＮＰマーカー；または
ｉｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿２７から選択される少なくとも２個、３個、もしくは４個の連続したマーカー；または
ｉｉｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿
２７；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる一群のマーカーのうちの少なくとも１個、２個、もしくは３個のマーカー；または
ｉｖ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる一群のマーカーのうちの少なくとも２個、３個、もしくは４個の連続したマーカー。
【０１７２】
ステップｂにおけるキュウリ植物は、好ましくは、ヨーロッパ温室キュウリ型または長形キュウリ型などの栽培キュウリである。
【０１７３】
随意に、前記方法は、対照と比較して果実収量が増強された後代植物を同定するステップをさらに含んでなる。
【０１７４】
上記の方法によって作られる後代植物もまた、本発明の態様である。後代植物は、ＮＣＩＭＢ４２３４６に見出されるものより小さい遺伝子移入断片を含んでなってよく、ＱＴＬ３．１を保持する。
【０１７５】
また、本発明の植物がそれから生育できる種子を含む、またはそれを含んでなる容器およびパッケージも本明細書で提供される。これらの容器およびパッケージは、増強された果実収量または高い果実収量をもたらす栽培キュウリ種子が入っているとラベルしてもよい。
【０１７６】
また、遺伝子移入をＱＴＬ３．１（またはバリアント）を含んでなる３番染色体上に保持するか、または依然として増強された収量を付与し、すなわち、依然としてＱＴＬ３．１を含む（例えば、ＮＣＩＭＢ４２３４６に存在するように断片から誘導可能な）より小さい遺伝子移入を含んでなる本発明の植物の後代種子および後代植物が提供される。後代は、本発明によるキュウリ植物を自殖させることおよび／または本発明によるキュウリ植物を別のキュウリ植物と１回以上交配することによって得られるいずれの世代でもありうる。したがって、後代は、最初の交配種（Ｆ１）または自殖（Ｓ１）から作られる世代（種子）であるか、または交配ならびに／または自殖（Ｆ２、Ｆ３等）、ならびに／またはＦ１および／もしくはＳ１および／もしくはＢＣ１世代（もしくはそれ以降のいずれかの世代の植物、例えばＦ２）の選択された植物の１つ以上を、別のキュウリ植物（および／またはキュウリの近縁野生種）と戻し交配（ＢＣ１、ＢＣ２など）することによって作られるそれ以降のいずれの世代のどちらかである。後代は、好ましくは、キュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなる組換え３番染色体を保持するように選択される。よって、後代も増加収量の表現型、好ましくは、少なくとも初期交配または自殖で使用される植物と同じ収量をもつ。ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片の存在（または保持）は、表現型的におよび／または本明細書記載の分子マーカーアッセイを用いて決定することができる。表現型の評価については、もちろん、ＱＴＬの顕性である本来の性質を考慮する必要がある。
【０１７７】
さらなる態様では、本発明によるキュウリ植物の部位が提供される。部位としては、例えば、細胞および細胞培養物、組織培養物、栄養生長する植物組織（葉、根など）、花、花粉、胚、果実、果実の一部などが挙げられる。すでに記載され、且つ１つ以上の記載されているマーカーを用いて検出できるように、植物部位は遺伝子移入断片を３番染色体上に含んでなる。また、そのようなキュウリ部位、そのような細胞、細胞培養物、または組織培養物から全植物が再生される場合、再生植物は、組換え３番染色体および収量表現型を含んでなる。
【０１７８】
よって、少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる本発明による植物細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部位も提供され、前記組換え３番染色体は、キュウリ植物の近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなり、前記遺伝子移入断片は、増強された果実収量をもたらす対立遺伝子を含んでなる。
【０１７９】
また、記載された組換え３番染色体を含んでなる細胞または組織のインビトロ細胞培養物およびインビトロ組織培養物も本明細書に包含される。好ましくは、細胞または組織は全キュウリ植物に再生することができる、すなわち、細胞は再生可能細胞であり、組織は再生可能細胞を含んでなる。よって、本発明による植物の栄養繁殖もまた、本明細書の実施態様である。よって、本明細書に記載の組換え３番染色体を含んでなる栄養繁殖栽培キュウリ植物が提供される。異なる態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる非繁殖細胞は本明細書に包含され、そのような細胞を含んでなる組織も同様である。
【０１８０】
特定の態様では、本発明による植物から収穫されるキュウリ果実が提供される。一般に、市場性の高いキュウリ果実、特に、生食用（スライス型）は、収穫後に果実の大きさおよび品質特性に従って等級付けされる。例えば、米国キュウリ等級標準（United States Standards for Grades of Cucumbers）、米国農務省、１９８５年３月１日施行、１９９７年１月改定を参照されたい。本明細書では、相異なる等級のキュウリが区別される。よって、１つの態様では、収穫された果実には、米国ファンシーグレード（U.S. Fancy grade）、米国エクストラＮｏ．１グレード（U.S. Extra No. 1 grade）、米国Ｎｏ．１グレード（U.S. No. 1 grade）、米国Ｎｏ．１スモールグレード（U.S. No. 1 Small grade）、米国Ｎｏ．１ラージグレード（U.S. No. 1 Large grade）、米国Ｎｏ．２グレード（U.S. No. 2 grade）が与えられる。また、収穫されたキュウリ果実を含んでなる、またはそれからなる容器またはパッケージも提供される。この場合もやはり、果実の細胞は、組換え３番染色体の存在（１つ以上の分子マーカーアッセイで決定可能）によって他のキュウリ果実と区別可能である。
【０１８１】
別の態様では、キュウリは長形キュウリ型であり、収穫され、随意に加工された（例えば、薄切りまたはさいの目切りにされた）果実が提供される。
【０１８２】
別の態様では、キュウリはピックル型であり、収穫され、随意にピクルス漬けされた果実が提供される。
【０１８３】
また、本明細書に記載の植物部位、好ましくは、本明細書に記載のキュウリ果実もしくはその部位および／または植物部位からの抽出物を含んでなるか、またはそれらからなる本発明は食品または飼料製品も提供する。食品または飼料製品は生食用でも、例えば、ピクルス漬け、缶詰、蒸し加熱、ボイル、フライ、湯通し、および／または冷凍など加工されていてもよい。本明細書に記載の果実または果実部位（生食用および／または加工用）などの植物部位を含んでなる容器、例えば、缶、箱、木箱、段ボール箱、雰囲気調整包装、フィルム（例えば、生分解性フィルム）なども本明細書で提供される。
【０１８４】
本発明による方法および使用
さらなる実施態様では、本発明は、記載されているように、３番染色体上の遺伝子移入断片（増強された収量を付与する）をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる新しい栽培キュウリ植物を生産する方法を提供する。この方法は、本発明の植物またはその後代植物を雄または雌の親のいずれかとして、第２のキュウリ植物（またはキュウリの近縁野生種）と１回以上交配することおよび／または本発明によるキュウリ植物またはその後代植物を１回以上自殖させること、ならびに前記交配および／または自殖からの後代を選択することを含んでなる。
【０１８５】
よって、収量ＱＴＬ３．１を含んでなる組換え３番染色体を、１つの（栽培）キュウリ植物から別の（栽培）キュウリ植物、とりわけ、果実収量を増加させるべきキュウリ変種または育種系統に移入する方法が提供される。
【０１８６】
この方法は以下のステップを含んでなる：
ａ）増強された果実収量をもたらす対立遺伝子をホモ接合型で含んでなる遺伝子移入断片をもつ組換え３番染色体を含んでなる第１の栽培キュウリ植物を用意するステップ、
ｂ）第２の栽培キュウリ植物、とりわけ、野生型（非組換え）３番染色体をもつ植物を用意するステップ、
ｃ）前記ａ）のキュウリ植物を前記ｂ）のキュウリ植物と交配させるステップ、
ｄ）前記交配からＦ１雑種種子を採取するステップ、ならびに
ｅ）随意に、前記Ｆ１雑種種子から生育させた植物を自殖させてＦ２種子またはそれ以降の自殖世代を作るステップ、および随意に、組換え３番染色体をもつＦ２種子またはそれ以降の自殖世代種子を選択するステップ、ならびに
ｆ）随意に、前記Ｆ１またはＦ２またはそれ以降の世代の自殖種子から生育させた植物とさらに育種して、良好な農業特性をもち、遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなるキュウリ植物をつくるステップ。
【０１８７】
組換え３番染色体および遺伝子移入断片の存在または不在は、本明細書に記載の１つ以上の分子マーカーアッセイおよび／またはステップｂ）の植物に比較して収量が有意に増加しているか否かを決定することによって決定しうる。ステップｆ）でのさらなる育種は、自殖、交配、倍加半数体生産、戻し交配、ならびにその組み合わせ（例えば、戻し交配および自殖）などを含んでなってもよい。上記の方法によって得ることができる植物、植物部位、および種子は、本明細書に包含される。１つの態様では、ステップａ）の植物は、ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から生育させた植物もしくはその後代、またはＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子に存在する３番染色体上の遺伝子移入断片もしくはその断片のより小さい断片を含んでなる植物でありうる。
【０１８８】
また、３番染色体上の収量ＱＴＬを含んでなる栽培キュウリＦ１雑種植物を作る方法が提供され、その方法は以下を含んでなる：
ａ）ＱＴＬ３．１またはそのバリアントから選択される収量ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる第１の近交系キュウリ植物を用意すること、
ｂ）ＱＴＬ３．１またはそのバリアントから選択される収量ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる第２の近交系キュウリ植物を用意すること、
ｃ）前記ａ）のキュウリ植物を前記ｂ）のキュウリ植物と交配させること、
ｄ）前記交配からＦ１雑種種子を採取すること
【０１８９】
ａ）およびｂ）の近交系キュウリ植物は、３番染色体上の遺伝子移入断片に関してホモ接合性および／またはヘテロ接合性でありうる。それらの近交系キュウリ植物は、さまざまな大きさおよび／または異なる起源をもつ、すなわち、異なるキュウリの近縁野生種からの遺伝子移入断片を含みうる。しがって、例えば、ａ）における遺伝子移入断片は、ｂ）における遺伝子移入断片と同じでもよく、異なってもよい。１つの態様では、ａ）の近交系キュウリ植物はＱＴＬ３．１またはそのバリアントをホモ接合型で含んでなり、且つ／またはｂ）の近交系キュウリ植物はＱＴＬ３．１またはそのバリアントをホモ接合型で含んでなる。１つの態様では、ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２３４６に見られるとおりの断片またはそのより小さい断片である。
【０１９０】
好ましくは、Ｆ１雑種種子は少なくとも１つの組換え３番染色体含んでなり、したがって種子から生育させたＦ１植物は、遺伝的対照に比較して増強された果実収量をもたらす。
【０１９１】
上記の方法によって入手可能な植物および種子は本明細書に包含される。
【０１９２】
異なる態様では、３番染色体上に収量ＱＴＬ含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる栽培ュウリ植物を作る方法が提供され、前記方法は次のステップを含んでなる：
ａ）第１の栽培キュウリ植物を用意するステップ、
ｂ）第２のキュウリの近縁野生種を用意するステップ、ここで１つ以上の本明細書に記載のＳＮＰマーカーの存在によって決定できるＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）を含んでなる、
ｃ）前記ａ）のキュウリ植物を前記ｂ）のキュウリ植物と交配させるステップ、
ｄ）前記交配からＦ１種子を採取すること、およびＦ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配して、戻し交配（ＢＣ１）集団を作るステップ、または前記Ｆ１植物を１回以上自殖させて、Ｆ２またはＦ３またはそれ以降の世代の自殖集団を作るステップ、
ｅ）随意に、ｄ）の植物をａ）のキュウリ植物に１回以上戻し交配して、それ以降の世代の戻し交配集団を作るステップ、ならびに
ｆ）３番染色体上に遺伝子移入を含んでなるＦ２、Ｆ３、もしくはそれ以降の世代の自殖、またはＢＣ１もしくはそれ以降の世代の戻し交配植物を同定するステップ、ここで前記遺伝子移入断片は、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）含んでなる。
【０１９３】
該方法における戻し交配集団について言及する場合、その戻し交配集団もまた自殖することができ、すなわち、ＢＣ１Ｓ１、ＢＣ１Ｓ２、ＢＣ２Ｓ１、ＢＣ２Ｓ２などである。
【０１９４】
ステップｂ）〜ｆ）の１つ以上では、本明細書で他の箇所に記載されているような分子マーカーアッセイを実施することによって、例えば、植物が１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば、１つ以上のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７；または１つ以上のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；または１つ以上のＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；または１つ以上のＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７；または１つ以上のＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３；および／またはそれらのマーカーのいずれかの間のいずれかのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー）含んでなるか否かを決定することによって、ＱＴＬ（またはＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片）の存在を試験することができる（且つ植物を選択することができる）。
【０１９５】
この方法を用いて、キュウリの近縁野生種などの野生の供給源からのＱＴＬ３．１（またはバリアント）をもつ遺伝子移入を含んでなる新たな栽培キュウリ植物を作り、且つ／または選択することができる。
【０１９６】
１つの態様では、３番染色体上に収量ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物を作る方法は、以下のステップを含んでなる：
ａ）第１の栽培キュウリ植物を用意するステップ、
ｂ）１つ以上の本明細書で提供されるＳＮＰマーカーを含んでなる第２のキュウリの近縁野生種を用意するステップ、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させるステップ、
ｄ）前記交配からＦ１種子を採取するステップおよびＦ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配して、戻し交配（ＢＣ１）集団を作るステップ、または前記Ｆ１植物を１回以上自殖して、Ｆ２またはＦ３集団を作るステップ、
ｅ）随意に、戻し交配集団を自殖して、例えば、ＢＣ１Ｓ１もしくはＢＣ１Ｓ２集団を作るステップ、
ｆ）（１個もしくは複数の）ＳＮＰマーカーおよび／またはＳＮＰマーカー間のいずれかの近縁野生種のキュウリゲノム特異的マーカーを含んでなるＦ２、Ｆ３、ＢＣ１、ＢＣ１Ｓ１、もしくはＢＣ１Ｓ２植物を同定するステップ。
【０１９７】
また、３番染色体上に収量ＱＴＬを含んでなるキュウリの近縁野生種を同定する方法も提供され、該方法は以下を含んでなる：
Ａ）キュウリの近縁野生種系統または幾つかの系統を用意する；
Ｂ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７（またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２７；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３などのＳＮＰマーカーの部分群）からなる群より選択される少なくとも１個（または少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個以上）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記系統をスクリーニングすること；
Ｃ）少なくとも１個または複数の以下のマーカーを含んでなるｂ）の系統を同定および／または選択すること：
ａ）配列番号１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＴＧまたはＴＴ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＣＴまたはＣＣ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＣまたはＡＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＴＣまたはＴＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＣＴまたはＴＴ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＧＡまたはＧＧ遺伝子型；
ａａ）配列番号２７（またはそのバリアント）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型；
ｂｂ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、ならびに随意に
Ｄ）前記野生系統に由来する前記ＱＴＬを栽培キュウリに（例えば、戻し交配によって）遺伝子移入すること。
【０１９８】
ステップＢ）、Ｃ）、およびＤ）では、本明細書で他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。よってこの方法を用いて、キュウリの近縁野生種を１つ以上のマーカーの存在、つまり、ＱＴＬ３．１（またはそのバリアント）の存在についてスクリーニングし、そのＱＴＬを栽培キュウリ植物に遺伝子移入することができる。この方法よって得られる植物および種子も本発明の実施態様である。
【０１９９】
さらに（ｓｔｉｌｌ）別の態様では、３番染色体上に収量ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物を同定する方法が提供され、前記方法は、本明細書で他の箇所に記載されているＱＴＬ３．１を示す（と連鎖する）少なくとも１つのＳＮＰマーカー（好ましくは、２個、３個、４個、５個、またはそれより多い；好ましくは、連続したＳＮＰマーカー）を検出する分子マーカーアッセイを用いて、栽培キュウリ植物または栽培キュウリ植物の集団またはそのようなキュウリ植物の部位（例えば、果実、細胞、ＤＮＡ）をスクリーニングすることを含んでなる。
【０２００】
この方法では、本明細書で他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験のいずれかを使用することができる。よって、この方法を用いて、栽培キュウリ植物または植物部位において、ＱＴＬ３．１を含んでなる３番染色体上の遺伝子移入断片の存在を検出することができる。
【０２０１】
さらに別の態様では、栽培キュウリ植物が３番染色体上にＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片を含んでなるか否かを検出する方法が提供され、前記方法は以下を含んでなる：
ａ）栽培植物または植物部位を用意すること、
ｂ）次からなる群より選択される少なくとも１個の（好ましくは、少なくとも２個、３個、４個、５個、またはそれより多い）ＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて、前記植物または前記植物部位（または前記植物もしくは植物部位から得られるＤＮＡ）をスクリーニングすること：
ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７および／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２７との間の全てのキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【０２０２】
分子マーカースクリーニングは、植物材料を入手することおよびマーカー遺伝子型について材料のゲノムＤＮＡを解析することを明らかに含む。
【０２０３】
この方法でも、本明細書で他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験を使用することができる。
【０２０４】
また、ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片を３番染色体上に含んでなる栽培キュウリ植物を作る方法も本明細書に包含され、該方法は以下を含んでなる。
ａ）ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片を欠く第１の栽培キュウリ植物を用意すること、
ｂ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子またはその後代から生育させた植物から選択される第２の栽培キュウリ植物を用意すること；
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配すること、
ｄ）前記交配からＦ１種子を採取して、随意に、前記Ｆ１植物を１回以上自殖して、Ｆ２またはＦ３またはさらなる自殖集団を作ること、
ｅ）随意に、Ｆ１植物またはＦ２もしくはＦ３もしくはさらなる自殖植物をａ）の植物に戻し交配して戻し交配集団を作ること、
ｆ）随意に、戻し交配集団を１回以上自殖させること、
ｇ）３番染色体上の遺伝子移入断片を示す１つ以上またはすべてのＳＮＰマーカー遺伝子型を含んでなるＦ１、Ｆ２、Ｆ３、それ以降の自殖または戻し交配植物を同定すること。
【０２０５】
さらなる態様では、以下を含んでなるＦ１雑種植物を作る方法が提供される。  
ａ）ＱＴＬ３．１を含んでなる遺伝子移入断片をもつ少なくとも１つの組換え３番染色体を含んでなる第１の近交系キュウリ植物を用意すること、ここで前記遺伝子移入断片はＮＣＩＭＢ４２３４６に見出される断片またはその遺伝子移入断片のより短い断片である、
ｂ）組換え３番染色体を含むまたは含まない第２の近交系キュウリ植物を用意する、
ｃ）ａ）の前記植物をｂ）前記植物と交配すること、
ｄ）前記交配からＦ１雑種種子を採取すること、
【０２０６】
別の態様では、ＱＴＬ３．１を保持するＮＣＩＭＢ４２３４６の項第を作る方法が提供され、該方法は以下を含んでなる：
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から植物を生育させること；
ｂ）前記植物を１回以上自殖させるかまたは前記植物を別の栽培キュウリ植物と１回以上交配するかして後代種子を作ること；
ｃ）前記後代種子もしくは前記種子から生育させた植物または種子もしくは植物の一部を、本明細書で開示された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングすること；
ｄ）（本明細書で他の箇所に記載されている）ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片３．１を示す少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多いＳＮＰマーカーを含んでなる後代植物を同定および／または選択すること；ならびに
ｅ）随意に、前記後代植物の増強された果実収量を確認すること。
【０２０７】
１つの態様では、ｅ）の収量は、同じ条件下で生育させた場合に、ＮＣＩＭＢ４３２４６から生育させた植物の収量と少なくとも同じ収量であることが好ましい。
【０２０８】
ＮＣＩＭＢ４２３４６の後代を作る方法が提供され、該方法は以下を含んでなる。
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子から植物を生育させること；
ｂ）前記植物を１回以上自殖させるかまたは前記植物を別のキュウリ植物と１回以上交配させるかして後代種子を作ること；
ｃ）前記後代種子もしくは前記種子から生育させた植物または種子もしくは植物の一部を
３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７；
からなる群より選択される少なくとも１個のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングすること、
ｄ）以下を含んでなる後代植物を同定：および／または選択すること
ｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７のうちに少なくとも１つ個のＳＮＰマーカー；もしくは
ｉｉ）３番染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２７から選択される少なくとも２個、３個、または４個の連続したマーカー、ならびに
ｅ）随意に、前記後代植物の増強された果実収量を確認すること。
【０２０９】
１つの態様では、ｅ）の収量は、好ましくは、同じ条件下で生育させた場合に、ＮＣＩＭＢ４３２４６から生育させた植物と少なくとも同じ収量である。
【０２１０】
上記の方法にいずれかで作られる後代植物もまた、本発明の態様である。
【０２１１】
本明細書に記載の方法およびマーカーは、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片の大きさを減少させるために、すなわち、３番染色体により小さい遺伝子移入断片をもち、遺伝子移入断片の収量を増加させる部分を保持する組換え体を作り、選択するために使用することができる。
【０２１２】
１つの態様では、本発明は、果実収量が増強されたキュウリ変種を育種するための、収量ＱＴＬを含んでなるキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含んでなる組換え３番染色体の使用を包含する。
【０２１３】
また、前記３番染色体の遺伝子移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物を作るための受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子またはその後代に見出される３番染色体の使用も提供される。
【０２１４】
また、増強された果実収量を含んでなる栽培キュウリ植物を作るための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された種子またはその後代から生育させた植物の使用も提供され、前記増強された果実収量は、前記植物または後代の３番染色体から得られる遺伝子移入断片によってもたらされる。
【０２１５】
本発明によるＤＮＡおよび染色体
１つの態様では、改変（組換え）栽培キュウリ３番染色体が本明細書で提供され、それは、明細書全体を通して記載されているように、キュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含んでなる。１つの態様では、組換え染色体はその自然環境から単離される。別の態様では、組換え染色体は、植物細胞、特にキュウリ細胞、特に栽培キュウリ細胞中に存在する。また、ＱＴＬを含んでなる組換え染色体の単離された部分も本明細書で提供される。
【０２１６】
さらなる態様では、本発明による収量対立遺伝子を含んでなる組み換え核酸分子、特に組換えＤＮＡ分子が提供される。１つの態様では、収量対立遺伝子は、１つ以上の本明細書に記載の分子マーカーアッセイによって検出可能である。また、組換えＤＮＡを含んでなるＤＮＡベクターも提供される。組換えＤＮＡ分子またはＤＮＡベクターは単離された核酸分子であってよい。収量対立遺伝子を含んでなるＤＮＡは細菌（例えば、アグロバクテリウム）などの微生物に存在しうる。
【０２１７】
収量対立遺伝子を含んでなる植物細胞および植物を作るための、そのような（単離もしくは抽出された）核酸分子および／またはそのような組換え染色体もしくはその一部の使用が本明細書に包含される。１つの態様では、該使用は、収量対立遺伝子を含んでなるトランスジェニック植物細胞およびトランスジェニック植物、例えば、キュウリ細胞、キュウリ植物、および（例えば、果実）を作るのに用いられうる。該植物は増強された果実収量表現型を含んでなる。
【０２１８】
よって、記載されたように、組換え３番染色体および／または収量対立遺伝子を含んでなる組み換え核酸分子をそのゲノムに含んでなるトランスジェニック植物細胞、例えば、トランスジェニックキュウリ細胞も本発明の実施態様である。１つの態様では、収量対立遺伝子を含んでなるＤＮＡ分子はキュウリゲノムに安定して組み込まれる。
【０２１９】
また、収量対立遺伝子はクローニングしてもよく、例えば、植物で発現可能なプロモーターを収量対立遺伝子に動作可能に連結しているキメラ遺伝子を作製してもよい。そのようなキメラ遺伝子は植物細胞に導入されうる。植物細胞は全植物に再生されてトランスジェニック植物が作られうる。１つの態様では、トランスジェニック植物はキュウリ植物またはメロン植物である。
【０２２０】
よって、収量対立遺伝子を含んでなり、果実収量が増加したトランスジェニック植物、とりわけトランスジェニック栽培キュウリまたはメロン植物が本明細書で提供される。
【０２２１】
特に、本発明による組換え３番染色体を含んでなる細胞または細胞培養物は、その組換え３番染色体が遺伝形質転換法によって導入されたか、育種方法によって導入されたかに依存しない実施態様である。細胞は、例えば、インビトロであり、本発明の組換え３番染色体を含んでなる植物に再生可能である。
【０２２２】
また、収量ＱＴＬ３．１に連鎖する、本明細書で開示された分子マーカー配列（およびその配列を含んでなる単離された核酸分子）、ならびに本明細書に記載のいずれの前述の分子マーカーの間の分子マーカー、ならびに前記ＱＴＬを含んでなるキュウリ植物の検出および／または作出におけるそれらの使用も本明細書に包含される。
【０２２３】
種子の寄託
ＱＴＬ３．１をヘテロ接合型で含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる、ＣＵＣＹＬＤ−３と命名された長形キュウリ型の雑種Cucumis sativus var. sativusの種子の代表的な試料およびＣＵＹＬＤ−ＧＣと命名された遺伝子移入断片およびＱＴＬを欠く遺伝的対照（ＧＣ）は、２０１４年１２月１７日に、ブダペスト条約に従って専門家解決法（Expert Solution）（ＥＰＣ  ２０００、Ｒｕｌｅ  ３２（１））の下で、ＮＣＩＭＢ  Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ  Ｂｕｉｌｄｉｎｇ、Ｃｒａｉｂｓｔｏｎｅ  Ｅｓｔａｔｅ、バックスバーン、アバディーン、スコットランド、ＡＢ２１  ９ＹＡ、英国）でヌンヘム社（Nunhems B.V.）によって寄託された。以下の寄託番号、ＮＣＩＭＢ４２３４６（ＣＵＣＹＬＤ−３）およびＮＣＩＭＢ４２３４５（ＣＵＹＬＤ−ＧＣ）が種子に付与された。
【０２２４】
出願人は、ＥＰＣ規則３２（１）または同様の規則および法令を有する国または条約の関連法規に従って、特許の付与が認められるまで、または出願が拒絶、取下げもしくは取り下げられたと見なされた場合には出願日から２０年間、生物学的材料およびそれに由来するいずれの材料の試料は指定された専門家にのみにリリースされることを求める。
【０２２５】
寄託物へのアクセスは、本出願の係属中に、米国特許庁長官が要求に応じて権利を有すると決定した者に利用可能となる。米国特許法施行規則（３７  Ｃ．Ｆ．Ｒ．）§１．８０８（ｂ）に従って、寄託材料の公衆への利用可能性に寄託者が課したすべての制限は、特許付与時に取り消し不能に除かれることになる。寄託は、３０年もしくは最新の請求後５年の期間、または特許の有効期間のいずれか長い方の期間維持され、その期間中に実行可能でなくなった場合には差し替えられることになる。出願人はこの出願に基づく特許または植物変種保護法（７  ＵＳＣ  ２３２１およびそれ以降）のもとで付与されたいかなる権利も放棄しない。
【０２２６】
以下の非限定的な実施例は、どのようにしてＱＴＬ３を含んでなる本発明による植物を得ることができるかを記載する。実施例において特に明記しない限り、組み換えＤＮＡ技術はすべて、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press、およびSambrook and Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY、ならびにAusubel et al. (1994) Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols, USAの第１巻および第２巻に記載されているような標準的なプロトコールに従って実施する。植物分子研究の標準的な材料および方法は、BIOS Scientific Publications Ltd (UK)とBlackwell Scientific Publications, UKとが共同で出版したR.D.D. CroyによるPlant Molecular Biology Labfax (1993)に記載されている。標準的な育種方法は、Principles of Plant breeding, Second Edition, Robert W. Allard (ISBN 0-471-02309-4)に記載されている。
【実施例】
【０２２７】
実施例１  −  収量ＱＴＬの同定
集団の開発
北欧および北米温室キュウリ市場向けの育種プログラムにおいて、アメリカ合衆国から入手したキュウリの近縁野生種系統を、独自開発長形キュウリ育種系統、ＨＭＲＫＣと交配させた。ＨＭＲＫＣは長形温室キュウリプログラムにおいて有望系統である。
【０２２８】
ＱＴＬ発見集団がＨＭＲＫＣと野生系統との交配から開発されてきている。集団の開発の間、収量測定を容易にするために、雌花のみを咲かせる植物を保持した。
【０２２９】
ＳＮＰマーカーは、長い果実を選択し、ゲノムカバレッジおよびホモ接合性を最適にするのに数世代の間使用されてきた。ＢＣ２Ｓ２集団を使用して遺伝的地図を構築した。
【０２３０】
２２０個のＢＣ２Ｓ２植物を自家受粉してＢＣ２Ｓ３植物を作った。また、ＢＣ２Ｓ２植物を育種プログラムの有望系統、系統ＣＵＺＬ０１７６と交配して試験雑種を作り出した。また、ＨＭＲＫＣをＣＵＺＬ０１７６と交配することによって遺伝的対照を作った。その２２０個の試験雑種および遺伝的対照を収量試験に使用した。
【０２３１】
収量実験
収量実験の目的は、オランダでの夏〜秋期間の長形温室キュウリの収量を測定することであった。実験は２２０個の試験雑種および３０反復の遺伝的対照からなった。
【０２３２】
よって、２００９年６月に、ロックウール製プラグ付きのトレイ中で２５０の小区画（plot）に種をまいた。トレイを少なくとも２４℃の温度に４日間保った。種をまいた４日後、発芽種子を含むプラグをロックウール製ブロック上に移した。約３週間、ロックウール製植木鉢を温室の特有の区画、植物育成エリアに保った。このエリにおいて、植物は温室に植え付けられる状態になるまで生育することになる。
【０２３３】
播種の約４週後に、高さがおおよそ３０ｃｍの植物を栽培者に運んだ。栽培者では、１つの小区画あたり８つの植物を維持した。実験は合計で２５０小区画×８植物からなった。１つの小区画あたりの植物の正確な数を記録した。植物は従来のオランダ式で栽培した。これは、おおよそ２２０ｃｍの高さまでワイヤーで支えて植物を垂直に栽培したことを意味する。この高さで植物の最上部を取り除き、植物を横に栽培し続ける。移植の約３週後に最初の果実を収穫することができる（すなわち、市場向けの大きさになる）。収穫期間は８月に始まり、１０月末まで続いた。植物は市場向けの果実を選んで、１週間あたり３〜７時間手摘みで収穫した。
【０２３４】
収量は２つの異なるやり方で測定した。１つの小区画あたりの果実の総数を数え、その小区画の植物の数で割った。これにより、植物あたりの着果数（ＦｒＰＰ）（の平均）で表わされる収量が得られる。第２の測定では、１つの小区画あたりの重さを量り、植物の数で割って植物あたりのグラム単位での収量（ＧｒＰＰ）（の平均）を得た。
【０２３５】
２００９年に２つの実験をオランダで実施した。
【０２３６】
収量データをＱＴＬ検出解析に使用した。３番染色体上のＱＴＬは遺伝的地図（３番染色体の７６．２１４ｃＭで始まり、９３．３７７ｃＭで終わるＬＯＤ間隔）の８９．３４７ｃＭでピーク（ＬＯＤスコア６．３）が検出された。
【０２３７】
表１および表２は、３番染色体上に遺伝子移入を欠く遺伝的対照に対する３番染色体に近縁野生種キュウリに由来する遺伝子移入をもつ試験雑種の成績を示す。２つの試験に関して、ＱＴＬ３．１に起因する収量増加は平均すると、ＧｒＰＰで表わした場合には６％、ＦｒＰＰで表わした場合には１６％であった。
【０２３８】
【表１】
2018518948.tif 000002
【０２３９】
【表２】
2018518948.tif 000003
【０２４０】
ＱＴＬ検出試験の結果に基づいて、遺伝子移入を３番染色体に含む１つの特定のＢＣ２Ｓ３系統を選択した。このＢＣ２Ｓ３系統を有望系統ＣＵＺＬ０１７６と交配してＰＲＥ．Ｎ１．１１６８と呼ばれる試験雑種を作り出した。また、ＢＣ２Ｓ３系統を有望系統ＨＭＲＫＣに戻し交配してＢＣ３を作り出した。ＢＣ３を２回自家受粉して、キュウリの近縁野生種に由来する３番染色体上の遺伝子移入のみを含むＢＣ３Ｓ２系統を作り出した。このＢＣ３Ｓ２系統を有望系統ＣＵＺＬ０１７６と交配して新たな交配雑種を作り出した。その種子は受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４６で寄託された。ＮＣＩＭＢ４２３４６は、ＱＴＬ３．１を３番染色体に含んでなるキュウリの近縁野生種からの遺伝子移入をもつ。よって、ＮＣＩＭＢ４２３４６は、ＱＴＬ３．１に対してヘテロ接合である。
【０２４１】
比較のために、有望系統ＨＭＲＫＣを有望系統ＣＵＺＬ０１７６と交配して遺伝的対照雑種を作り出した。その種子は受託番号ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託された。
【０２４２】
ＰＲＥ．Ｎ１．１１６８を用いた２つの収量試験を２０１１年に行った。両試験は２０１１年６月に開始し、１０月に終了した。両試験の収穫は３１週目から４３週目であった。表３は、２つの試験の平均収量増加は、植物あたりの着果数（の平均）で表わして２０％であったことを示す。２つの試験の平均収量増加は、植物あたりのグラム数（の平均）で表わして１０％であった（データ示さず）。
【０２４３】
【表３】
2018518948.tif 000004
【０２４４】
ＱＴＬ３．１を含んでなるＮＣＩＭＢ４２３４６および遺伝的対照ＮＣＩＭＢ４２３４５を用いた別の収量試験を２０１４年に実施した。この試験は２０１４年６月〜９月の期間にオランダで実施した。果実は２９週目から３９週目まで収穫した。ＮＣＩＭＢ４２３４６および遺伝的対照ＮＣＩＭＢ４２３４５は８連で植え付けた。
【０２４５】
表４は、ＱＴＬ３．１に起因する植物あたりの平均着果数で表した収量増加は３．４％であったことを示す。植物あたりの平均グラム数での収量増加は
２．２％であった。
【０２４６】
【表４】
2018518948.tif 000005
【０２４７】
実施例２
遺伝子移入断片に広がる一塩基多型マーカー（ＳＮＰ）を同定し、物理的キュウリ（C. sativus）地図上の位置を決定した。
【０２４８】
【表５】
2018518948.tif 000006
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【配列表】
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【国際調査報告】
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