(57)【要約】  本発明は、免疫療法において使用するためのペプチド、タンパク質、核酸、および細胞に関する。特に、本発明は、がんの免疫療法に関する。本発明は、単独のまたはその他の腫瘍関連ペプチドと組み合わされた、腫瘍関連Ｔ細胞ペプチドエピトープにさらに関し、それは、例えば、抗腫瘍免疫応答を刺激し、または生体外でＴ細胞を刺激して患者に移入する、ワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。ペプチドは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子と結合し、またはペプチドそれ自体が、抗体、可溶性Ｔ細胞受容体、およびその他の結合分子の標的にもなり得る。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１〜配列番号１１０、および配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも８８％相同的なその変異配列の群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドであって、前記変異体が主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子と結合し、および／またはＴ細胞を前記変異体ペプチドと交差反応させ；前記ペプチドが完全長ポリペプチドでない、ペプチド。
【請求項２】
ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合すると、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになる、請求項１に記載のペプチド。
【請求項３】
そのアミノ酸配列が、配列番号１〜配列番号１１０ののいずれか１つに記載の一続きのアミノ酸を含んでなる、請求項１または２に記載のペプチドまたはその変異体。
【請求項４】
前記ペプチドまたはその変異体が、８〜１００、好ましくは８〜３０、より好ましくは８〜１６のアミノ酸の全長を有し、最も好ましくは前記ペプチドが、配列番号１〜配列番号１１０のいずれかに記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体。
【請求項５】
前記ペプチドが、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体。
【請求項６】
前記ペプチドが、特にＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなる融合タンパク質の一部である、請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体をエンコードする核酸であって、任意選択的に異種プロモーター配列と結合する、核酸。
【請求項８】
請求項７に記載の核酸を発現する、発現ベクター。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項７に記載の核酸または請求項８に記載の発現ベクターを含んでなり、好ましくは樹状細胞などの抗原提示細胞である、組換え宿主細胞。
【請求項１０】
医療において使用するための請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体、請求項７に記載の核酸、請求項８に記載の発現ベクター、または請求項９に記載の宿主細胞。
【請求項１１】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドを提示する、または請求項７に記載の核酸を発現する、または請求項８に記載の発現ベクターを有する、請求項９に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記ペプチドまたはその変異体を前記宿主細胞またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体を製造する方法。
【請求項１２】
Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に、または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
【請求項１３】
請求項１〜４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、請求項１２に記載の方法によって製造される活性化Ｔリンパ球。
【請求項１４】
請求項１３で定義される活性Ｔ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、その標的細胞が、請求項１〜４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する患者において、標的細胞を死滅させる方法。
【請求項１５】
ＭＨＣ分子と結合すると、好ましくは請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体である、請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体を特異的に認識する、特に可溶性または膜結合抗体である、抗体。
【請求項１６】
がんを治療するためのまたはがん治療薬の製造における、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項７に記載の核酸、請求項８に記載の発現ベクター、請求項９に記載の細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１５に記載の抗体の使用。
【請求項１７】
がんが、ペプチド配列番号１〜配列番号１１０がそれに由来するタンパク質の過剰発現を示す、肺がん、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）、およびその他の腫瘍の群から選択される、請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドまたは変異体、請求項７に記載の核酸、請求項８に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１５に記載の抗体を含有する医薬組成物を溶液中に、または凍結乾燥形態で含んでなる容器；
（ｂ）任意選択的に、前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
（ｃ）任意選択的に、配列番号１〜配列番号１６２からなる群から選択される少なくとももう１つのペプチド；および
（ｄ）任意選択的に、（ｉ）前記溶液の使用、または（ｉｉ）前記凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキット。
【請求項１９】
（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
前記ペプチドが、配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択される、請求項１８または１９に記載のキット。
【請求項２１】
ａ）前記個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される、腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；
ｂ）ａ）で同定された前記ペプチドを正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および／または過剰提示について予備選別されたペプチド貯蔵庫と比較するステップと；
ｃ）少なくとも１つのペプチドを前記患者において同定されたＴＵＭＡＰと一致する前記貯蔵庫から選択するステップと；
ｄ）ステップｃ）に基づいて、個別化ワクチンを）調合するステップと
を含んでなる、個別化抗がんワクチンを製造する方法。
【請求項２２】
前記ＴＵＭＡＰが、
ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；
ａ２）前記発現データを前記腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩ／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、前記腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップと
によって同定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
結合ペプチドを前記腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から溶出させて、前記溶出したリガンドを配列決定することで、ＭＨＣリガンドの配列が同定される、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記腫瘍サンプルの組織型に対応する前記正常組織が、前記同一患者から得られる、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドが、
ａａ．正常組織または組織群と比較して、悪性組織において過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ａｂ．ステップａａで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ａｃ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用する生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップと；または
ｂａ．質量分析を使用してＨＬＡリガンドを前記腫瘍サンプルから同定するステップと；
ｂｂ．正常組織または組織群と比較して、悪性組織において過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ｂｃ．前記同定されたＨＬＡリガンドを前記遺伝子発現データと比較するステップと；
ｂｄ．ステップｂｃで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ｂｅ．ステップｂｄから選択されたＴＵＭＡＰを腫瘍組織上で再検出し、健常組織上の検出欠如または希な検出が、ｍＲＮＡレベルにおける過剰発現の関連性を裏付けるステップと；
ｂｆ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用する生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップと
に基づいて同定される、請求項２１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、個々のＨＬＡ結合についての患者免疫モニタリング、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび／または細胞内サイトカイン染色を含んでなる方法によって判定される、請求項２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記貯蔵庫が、配列番号１〜配列番号１６２からなる群から選択される複数のペプチドを含んでなる、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記個々の患者からの正常な対応する組織と比較して、前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定するステップと、前記ワクチンへの包含のために、または細胞療法の作成のために、前記変異と関連があるペプチドを選択するステップとをさらに含んでなる、請求項２１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
ＨＬＡリガンドと反応性である、好ましくは可溶性または膜結合Ｔ細胞受容体であって、前記リガンドが配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも７５％の同一性を有する、Ｔ細胞受容体。
【請求項３１】
前記アミノ酸配列が、配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも８８％同一である、請求項３０に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３２】
前記アミノ酸配列が、配列番号１〜配列番号１１０のいずれかからなる、請求項３０または３１に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３３】
前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、任意選択的に、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する、請求項３０〜３２のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３４】
請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＴＣＲをエンコードする核酸であって、任意選択的に異種プロモーター配列と結合する、核酸。
【請求項３５】
請求項３４に記載の核酸を発現する能力がある、発現ベクター。
【請求項３６】
請求項３４に記載の核酸、または請求項１５に記載の抗体をコードする核酸、または請求項３５に記載の発現ベクターを含んでなる、好ましくはＴ細胞またはＮＫ細胞である、宿主細胞。
【請求項３７】
請求項３６に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記Ｔ細胞受容体を前記宿主細胞および／またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体を製造する方法。
【請求項３８】
ａ）配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択されるペプチド；
ｂ）ａ）に記載のペプチドおよび／またはペプチドＭＨＣ複合体と反応性のＴ細胞受容体；
ｃ）ａ）に記載のペプチドと、ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端のアミノ酸１〜８０とを含んでなる融合タンパク質；
ｄ）ａ）〜ｃ）のいずれかをコードする核酸、または前記核酸を含んでなる発現ベクター；
ｅ）ｄ）の発現ベクターを含んでなる宿主細胞；
ｆ）抗原特異的様式でＴ細胞を活性化するのに十分な時間にわたり、Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に発現されるａ）に記載のペプチドと生体外で接触させるステップを含んでなる方法、ならびに自己または他の患者にこれらの活性化Ｔ細胞を移入する方法によって得られる、活性化Ｔリンパ球；
ｇ）ａ）に記載のペプチドおよび／またはペプチド−ＭＨＣ複合体および／またはａ）に記載のペプチドを提示する細胞と反応性であり、例えば、免疫活性化ドメインまたは毒素との融合によって潜在的に修飾されている、抗体、または可溶性Ｔ細胞受容体；
ｈ）配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択されるペプチドおよび／または配列番号１〜配列番号１６２からなる群から選択されるペプチドとＭＨＣ分子の複合体を認識する、アプタマー；
i）ａ）〜ｈ）のいずれかに記載の結合または標識ペプチドまたはスキャフォールド
からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容できる担体、および任意選択的に、薬学的に許容可能な賦形剤および／または安定剤とを含んでなる医薬組成物。
【請求項３９】
請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体を好ましくはＭＨＣ分子と結合する請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異体を特異的に認識する、アプタマー。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、免疫療法において使用するためのペプチド、タンパク質、核酸、および細胞に関する。特に、本発明は、がんの免疫療法に関する。本発明は、単独のまたはその他の腫瘍関連ペプチドと組み合わされた、腫瘍関連Ｔ細胞ペプチドエピトープにさらに関し、それは、例えば、抗腫瘍免疫応答を刺激し、または生体外でＴ細胞を刺激して患者に移入する、ワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。ペプチドは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子と結合し、またはペプチドそれ自体が、抗体、可溶性Ｔ細胞受容体、およびその他の結合分子の標的にもなり得る。
【０００２】
本発明は、ヒト腫瘍細胞のＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ分子に由来する、いくつかの新規ペプチド配列およびそれらの変異型に関し、それらは抗腫瘍免疫応答を引き起こすためのワクチン組成物中で、または薬理的／免疫学的活性化合物および細胞の開発のための標的として、使用され得る。
【背景技術】
【０００３】
肺がんは、男性と女性の双方で、がん関連死の最大要因である。世界的に、肺がんは、発生率と死亡率の双方の観点から、最も一般的ながんである。２０１２年には、肺がんに起因する新たな症例が１８０万を超えて（全がん発生率の１３％）、１６０万人の死亡（全がん死亡率の２０％）があった。肺がんは、８７ヶ国の男性および２６ヶ国の女性のがん死亡の主要原因である。新規診断された症例の３分の１超が、中国で出現した。最大率は、北米、欧州、および東アジアにある（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００４】
１９８７年以来、毎年、より多くの女性が、乳がんよりも肺がんのために死亡している。死亡率は、男性では１９９１年から２００３年にかけて、毎年、顕著に約１．９％低下し続けている。女性の肺がん死亡率は、数十年間にわたって継続的に増大した後、平坦域に近づいている。肺がん死亡率におけるこれらの傾向は、過去３０年間の喫煙率の低下を反映する。
【０００５】
米国国立がん研究所（ＮＣＩ）によれば、２０１３年には、米国において推定２３０，０００件の新規肺がん症例と、肺がんに起因する１６０，０００人の死亡が予測されている。
【０００６】
歴史的に、小細胞肺がんは、腺がん、扁平上皮がん、および大細胞がんの組織型を含めた非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）とは、区別されている。しかし、過去１０年間に、腺がんと扁平上皮がんの間の区別が、遺伝学における大きな違い、そしてまた特定の治療法に対する応答の理由から、ますます認識されるようになってきた。そのため、肺がんは、肺腫瘍形成を駆動して維持する特定の遺伝子変異を前提とした、分子サブタイプに従って分類されることが多くなってきた（Ｔｒａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０００７】
予後は、一般に不良である。肺がんがある全ての人々の内、１０〜１５％が診断後５年間生存する。肺がん患者の低生存率は、８０％の患者が転移性疾患があると診断され、過半数の患者が遠隔転移を有することに、少なくともある程度起因する（ＳＥＥＲ  Ｓｔａｔ  ｆａｃｔｓ，２０１４）。診察時に、ＮＳＣＬＣ症例の３０〜４０％は第ＩＶ期であり、ＳＣＬＣの６０％は第ＩＶ期である。
【０００８】
肺がんの１年相対生存率は、１９７５〜１９７９年の３５％から２０１０年の４４％にわずかに増大したが、これは外科的手法および併用療法の進歩に主に起因する。しかし、全ての病期を合わせた５年生存率は１７％に過ぎない。疾患が依然として局在性の時点で検出された症例では、生存率は５４％である；しかし、この初期段階では、肺がんの１６％のみが診断される。（ＳＥＥＲ  Ｓｔａｔ  ｆａｃｔｓ，２０１４）。
【０００９】
治療選択肢は、がん型（小細胞または非小細胞）および病期によって決定され、外科手術、放射線療法、化学療法、およびベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））およびエルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））などの標的生物学的療法が挙げられる。限局性がんでは、手術が、通常は一般に選択される治療法である。最近の研究は、早期の非小細胞肺がんの生存期間が、手術に続く化学療法によって改善されることを示唆する。疾患は、通常は、発見時までに広がっているので、放射線療法および化学療法が頻繁に使用され、時に手術と組み合せて使用される。単独のまたは放射線と組み合わされた化学療法が、小細胞肺がんのために一般に選択される通常の治療法であり；このレジメンでは、患者の大部分が寛解を経験し、それはいくつかの症例手術（ｉｎ  ｓｏｍｅ  ｃａｓｅｓ  ｓｕｒｇｅｒｙ）では長期間持続する（Ｓ３−Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ  Ｌｕｎｇｅｎｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１１）。
【００１０】
進行した肺がんはまた、従来の化学療法に対しても抵抗性である。しかし、近年の進歩により、組織学および遺伝学に依存する治療法において、刺激的な進展がもたらされている。精査のレベルは、ＫＲＡＳのコドン１２および１３変異の間だけでなく、コドン１２における特定の変異によって決まる、異なるアミノ酸置換の間の変異もまた識別するように設計された、アジュバント化学療法の試験によって例示される（Ｓｈｅｐｈｅｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【００１１】
ＮＳＣＬＣに対する治療の選択肢を拡大するために、異なる免疫療法アプローチが試験されており、あるいはなおも研究中である。Ｌ−ＢＬＰ２５またはＭＡＧＥＡ３を用いたワクチン接種は、ＮＳＣＬＣ患者においてワクチン媒介延命効果を実証できなかった一方で、同種異系細胞株由来ワクチンは、有望な臨床試験結果を示した。さらに、上皮成長因子受容体であるガングリオシドと、いくつかのその他の抗原とを標的とするさらなるワクチン接種治験が現在進行中である。患者の抗腫瘍Ｔ細胞応答を高める代案のストラテジーは、特異的抗体によって阻害Ｔ細胞受容体またはそれらのリガンドをブロックすることからなる。ＮＳＣＬＣにおける、イピリムマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、およびＭＥＤＩ−４７３６をはじめとする、これらの抗体のいくつかの治療的可能性が、現在臨床試験で評価されている（Ｒｅｉｎｍｕｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
がんの治療に伴う重度の副作用および費用を考慮すると、がん全般、そして特にＮＳＣＬＣをはじめとする肺がんの治療に使用し得る要素を同定する必要がある。がんのより良い診断、予後の評価、および治療成功の予測につながる、がん全般、特に肺がんのためのバイオマーカーに相当する要素を同定する必要性もまたある。
【００１３】
がんの免疫療法は、がん細胞を特異的に標的化しながら副作用を最小化する選択肢に相当する。がん免疫療法は、腫瘍関連抗原の存在を利用する。
【００１４】
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）の現行の分類は、次の主要群を含んでなる：
ａ）がん精巣抗原：Ｔ細胞によって認識され得る、これまでに同定された最初のＴＡＡは、このクラスに属し、元々はがん精巣（ＣＴ）抗原と称されたが、それは、そのメンバーが組織学的に異なるヒト腫瘍において発現し、正常組織では、精巣の精母細胞／精原細胞のみに存在し、時として胎盤に存在するためであった。精巣の細胞は、クラスＩおよびＩＩ  ＨＬＡ分子を発現しないので、これらの抗原は正常組織のＴ細胞によって認識され得ず、したがって免疫学的に腫瘍特異的と見なされる。ＣＴ抗原の周知の例は、ＭＡＧＥファミリーメンバーおよびＮＹ−ＥＳＯ−１である。
ｂ）分化抗原：これらのＴＡＡは、腫瘍と、それから腫瘍が生じる正常組織との間で共有される。既知の分化抗原のほとんどは、メラノーマおよび正常メラノサイトに見られる。これらのメラノサイト系関連タンパク質の多くは、メラニン生合成に関与し、したがって腫瘍特異的でないが、それでもなおがん免疫療法のために広く利用されている。例としては、メラノーマに対するチロシナーゼとＭｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、または前立腺がんに対するＰＳＡが挙げられるが、これに限定されるものではない。
ｃ）過剰発現ＴＡＡ：広範に発現されるＴＡＡをエンコードする遺伝子は、組織学的に異なる型の腫瘍において検出され、多数の正常組織においても、概してより低い発現レベルで検出されている。正常組織によってプロセスされて潜在的に提示され得るエピトープの多くは、Ｔ細胞認識の閾値レベル未満であり得る一方で、腫瘍細胞におけるそれらの過剰発現は、先に確立された免疫寛容の破壊による抗がん応答を始動し得る。このクラスのＴＡＡの顕著な例は、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、サバイビン、テロメラーゼまたはＷＴ１である。
ｄ）腫瘍特異的抗原：これらのユニークなＴＡＡは、正常な遺伝子（β−カテニン、ＣＤＫ４など）の変異から生じる。これらの分子変化のいくつかは、腫瘍性形質転換および／または進行と関連する。腫瘍特異的抗原は、通常、正常組織に対する自己免疫反応のリスクなしに、強力な免疫応答を誘導できる。他方、これらのＴＡＡは、ほとんどの場合、その上でそれらが同定されたまさにその腫瘍のみと関係があり、通常は、多くの個々の腫瘍間で共有されない。腫瘍特異的（関連）イソ型があるタンパク質では、ペプチドの腫瘍特異性（または関連性）はまた、ペプチドが腫瘍（関連）エクソンに由来する場合に生じてもよい。
ｅ）異常な翻訳後修飾から生じるＴＡＡ：このようなＴＡＡは、腫瘍において特異的でなく過剰発現もされないタンパク質から生じてもよいが、それでもなお、腫瘍において主に活性である翻訳後プロセスによって、腫瘍関連になる。このクラスの例は、腫瘍にＭＵＣ１のような新規エピトープをもたらす改変グリコシル化パターン、または腫瘍特異的であってもなくてもよい分解中のタンパク質スプライシングのような事象から生じる。
ｆ）オンコウイルスタンパク質：これらのＴＡＡはウイルスタンパク質であり、それらは発がん過程において重要な役割を果たしてもよく、外来性である（ヒト由来でない）ため、それらはＴ細胞応答を誘起し得る。このようなタンパク質の例は、子宮頸がんにおいて発現されるヒト乳頭腫１６型ウイルスタンパク質Ｅ６およびＥ７である。
【００１５】
Ｔ細胞ベースの免疫療法は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子によって提示される、腫瘍関連または腫瘍特異的タンパク質由来ペプチドエピトープを標的とする。腫瘍特異的Ｔリンパ球によって認識される抗原、すなわちそれらのエピトープは、酵素、受容体、転写因子などの全てのタンパク質クラスに由来する分子であり得て、それはそれぞれの腫瘍細胞において発現されて、同一起源の非改変細胞と比較して、通常、上方制御される。
【００１６】
ＭＨＣ分子には、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩの２つのクラスがある。ＭＨＣクラスＩ分子はα重鎖およびβ２ミクログロブリンから構成され、ＭＨＣクラスＩＩ分子はαおよびβ鎖から構成される。それらの三次元立体構造は、ペプチドとの非共有結合相互作用のために使用される、結合溝をもたらす。
【００１７】
ＭＨＣクラスＩ分子は、ほとんどの有核細胞上に見られる。それらは、主に内因性タンパク質、欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰ）、およびより大型のペプチドのタンパク質切断から得られる、ペプチドを提示する。しかし、エンドソームコンパートメントまたは外因性起源に由来するペプチドもまた、ＭＨＣクラスＩ分子上に頻繁に見られる。この非古典的様式のクラスＩ提示は、文献中で交差提示と称される（Ｂｒｏｓｓａｒｔ  ａｎｄ  Ｂｅｖａｎ，１９９７；Ｒｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０）。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、主にプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）上に見られ、例えば、エンドサイトーシス中にＡＰＣに取り込まれて引き続きプロセシングされる、外因性または膜貫通タンパク質のペプチドを主に提示する。
【００１８】
ペプチドとＭＨＣクラスＩの複合体が、適切なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＣＤ８陽性Ｔ細胞によって認識される一方で、ペプチドとＭＨＣクラスＩＩ分子の複合体は、適切なＴＣＲを有するＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞によって認識される。その結果、ＴＣＲ、ペプチド、およびＭＨＣは、化学量論的に１：１：１の量で存在することが良く知られている。
【００１９】
ＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞は、ＣＤ８陽性細胞傷害性Ｔ細胞による、効果的な応答の誘導と維持において重要な役割を果たす。腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に由来するＣＤ４陽性Ｔ細胞エピトープの同定は、抗腫瘍免疫応答を始動させる医薬品の開発に非常に重要である（Ｇｎｊａｔｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。腫瘍部位では、Ｔヘルパー細胞が、細胞毒性Ｔ細胞（ＣＴＬ）親和的サイトカイン環境を維持して（Ｍｏｒｔａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）、例えば、ＣＴＬ、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、および顆粒球などのエフェクター細胞を引きつける（Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【００２０】
炎症不在下では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、免疫系細胞、特に、例えば、単球、単球由来細胞、マクロファージ、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に主に限定される。がん患者においては、腫瘍細胞が、ＭＨＣクラスＩＩ分子を発現することが判明している（Ｄｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【００２１】
伸長された（より長い）本発明のペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ活性エピトープとして作用し得る。
【００２２】
ＭＨＣクラスＩＩエピトープによって活性化されたＴヘルパー細胞は、抗腫瘍免疫におけるＣＴＬのエフェクター機能を統合する上で、重要な役割を果たす。ＴＨ１型のＴヘルパー細胞応答を始動するＴヘルパー細胞エピトープは、それらの細胞表面に腫瘍関連ペプチド／ＭＨＣ複合体を提示する腫瘍細胞に向けられた細胞傷害機能をはじめとする、ＣＤ８陽性キラーＴ細胞のエフェクター機能を支持する。このようにして腫瘍関連Ｔヘルパー細胞ペプチドエピトープは、単独で、またはその他の腫瘍関連ペプチドとの組み合わせで、抗腫瘍免疫応答を刺激するワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。
【００２３】
例えば、マウスなどの哺乳類動物モデルにおいて、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球の不在下であっても、インターフェロンγ（ＩＦＮ−γ）の分泌による血管新生阻害を通じて腫瘍発現を阻害するには、ＣＤ４陽性Ｔ細胞で十分であることが示された（Ｂｅａｔｔｙ  ａｎｄ  Ｐａｔｅｒｓｏｎ，２００１；Ｍｕｍｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＣＤ４  Ｔ細胞が、直接抗腫瘍エフェクターであるという証拠がある（Ｂｒａｕｍｕｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｔｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【００２４】
ＨＬＡクラスＩＩ分子の構成的発現は、通常、免疫細胞に限定されるので、原発性腫瘍からクラスＩＩペプチドを直接単離する可能性があり得るとは、これまで考えられなかった。しかしＤｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．は、いくつかのＭＨＣクラスＩＩエピトープを腫瘍から、直接同定することに成功した（国際公開第２００７／０２８５７４号パンフレット、欧州特許第１７６００８８Ｂ１号明細書）。
【００２５】
ＣＤ８およびＣＤ４依存性の双方のタイプの応答は、抗腫瘍効果に共同して相乗的に寄与するので、ＣＤ８＋Ｔ細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩ分子＋ペプチドエピトープ）、またはＣＤ４陽性Ｔヘルパー細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩＩ分子＋ペプチドエピトープ）のどちらかによって認識される、腫瘍関連抗原の同定および特性解析は、腫瘍ワクチンの開発にとって重要である。
【００２６】
ＭＨＣクラスＩペプチドが、細胞性免疫応答を始動（惹起）するためには、それはまた、ＭＨＣ分子に結合しなくてはならない。この過程は、ＭＨＣ分子の対立遺伝子と、ペプチドのアミノ酸配列の特定の多形性とに依存する。ＭＨＣクラスＩ結合ペプチドは、通常は８〜１２アミノ酸残基長であり、通常は、ＭＨＣ分子の対応する結合溝と相互作用するそれらの配列中に２つの保存残基（「アンカー」）を含有する。このようにして、各ＭＨＣ対立遺伝子は、どのペプチドが結合溝と特異的に結合し得るかを決定する、「結合モチーフ」を有する。
【００２７】
ＭＨＣクラスＩ依存免疫反応では、ペプチドは腫瘍細胞によって発現される特定のＭＨＣクラスＩ分子に結合できるだけでなく、それらはまた、引き続いて特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＴ細胞によって認識されなくてはならない。
【００２８】
タンパク質が、Ｔリンパ球によって腫瘍特異的または腫瘍関連抗原として認識され、治療で利用されるためには、特定の必要条件が満たされなくてはならない。抗原は、主に腫瘍細胞によって発現され、健常組織によって発現されず、または比較的少量発現されるべきである。好ましい実施形態では、ペプチドは、腫瘍細胞によって、健常組織と比較して過剰提示されるべきである。それぞれの抗原は、ある種の腫瘍に存在するだけでなく、高い濃度（すなわち、それぞれのペプチド細胞あたりのコピー数）で存在することもさらに望ましい。腫瘍特異的および腫瘍関連抗原は、例えば、細胞周期調節またはアポトーシス抑制における機能のために、正常細胞から腫瘍細胞への形質転換に直接関与するタンパク質に由来することが多い。さらに、形質転換の直接原因となるタンパク質の下流標的が、上方制御されてもよく、（ｕｎｄ）したがって間接的に腫瘍関連であってもよい。このような間接的腫瘍関連抗原もまた、ワクチン接種アプローチの標的であってもよい（Ｓｉｎｇｈ−Ｊａｓｕｊａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。このようなペプチド（「免疫原性ペプチド」）が、腫瘍関連抗原に由来して、生体外または生体内Ｔ細胞応答をもたらすことを確実にするためには、抗原のアミノ酸配列中にエピトープが存在することが必須である。
【００２９】
基本的に、ＭＨＣ分子に結合できるあらゆるペプチドが、Ｔ細胞エピトープとして機能してもよい。生体外または生体内Ｔ細胞応答誘導のための必要条件は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞の存在、およびこの特定のエピトープに対する免疫寛容の不在である。
【００３０】
したがって、ＴＡＡは、腫瘍ワクチンをはじめとするが、これに限定されるものではない、Ｔ細胞ベースの治療法開発の出発点である。ＴＡＡを同定し特性決定する方法は、通常は、患者または健常人から単離され得るＴ細胞の使用に基づき、またはそれらは、腫瘍および正常組織間の示差的転写プロファイル、または示差的ペプチド発現パターンの生成に基づく。しかし、腫瘍組織またはヒト腫瘍細胞株において過剰発現され、またはこのような組織または細胞株において選択的に発現される遺伝子の同定は、免疫療法においてこれらの遺伝子から転写される抗原の使用に関する、正確な情報を提供しない。これは、これらの抗原のエピトープの個々の亜集団のみが、このような用途に適するためであり、その理由は、対応するＴＣＲがあるＴ細胞が存在しなくてはならず、この特定のエピトープに対する免疫寛容が不在または最小でなくてはならないからである。したがって本発明の非常に好ましい実施形態では、それに対する機能性および／または増殖性Ｔ細胞がある、過剰にまたは選択的に提示されるペプチドのみを選択することが、重要である。このような機能性Ｔ細胞は、特異的抗原による刺激時にクローン増殖され得て、エフェクター機能を果たすことができるＴ細胞と定義される（「エフェクターＴ細胞」）。
【００３１】
本発明による特異的ＴＣＲ（例えば、可溶性ＴＣＲ）および抗体またはその他の結合分子（スキャフォールド）によってペプチドＭＨＣを標的化する場合、基礎となるペプチドの免疫原性は二次的である。これらの場合には、提示が決定要因である。
【課題を解決するための手段】
【００３２】
本発明の第１の態様では、本発明は、配列番号１〜配列番号１１０、または配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドに関し、その中で前記変異体は、ＭＨＣと結合し、および／またはＴ細胞と前記ペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩との交差反応を誘導し、その中で前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【００３３】
本発明は、配列番号１〜配列番号１６２、好ましくは配列番号１〜配列番号１１０、または配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％，相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、本発明のペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたはその変異型は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜２０アミノ酸の全長を有する。
【００３４】
続く表は、本発明によるペプチド、それらの各配列番号、およびそれらのペプチドの予測される起源（基礎）遺伝子を示す。表１および表４の全てのペプチドは、ＨＬＡ−Ａ＊０２に結合する。表２の全てのペプチドは、ＨＬＡ−Ａ＊２４に結合する。表３および表５の全てのペプチドは、ＨＬＡ−ＤＲに結合する。表４および５のペプチドは、高い誤り率があるまたはアルゴリズムを使用して計算された、ハイスループットスクリーニングの結果としての大きなリスト中で以前開示されているが、これまでがんとは全く関連付けられていなかった。表６、表７、および表８のペプチドは、本発明のその他のペプチドとの組み合わせで有用であってもよい追加的なペプチドである。表９および１０のペプチドは、それぞれの基礎ポリペプチドの過剰発現または過剰提示を伴う様々なその他の悪性腫瘍の診断および／または治療においてさらに有用である。
【００３５】
表1:本発明によるペプチド
【表１】
2018518937.tif 000002
【００３６】
表2:本発明による追加的ペプチド
【表２−１】
2018518937.tif 000003
【表２−２】
2018518937.tif 000004
【表２−３】
2018518937.tif 000005
【００３７】
表3:本発明によるHLA-DRペプチド         
【表３】
2018518937.tif 000006
【００３８】
表4:がん関連性が以前知られていない本発明による追加的なペプチド   
【表４】
2018518937.tif 000007
【００３９】
表5:がん関連性が以前知られていない本発明による追加的なHLA-DRペプチド   
【表５】
2018518937.tif 000008
【００４０】
表6:例えば個別化がん治療で有用なその他のペプチド         
【表６−１】
2018518937.tif 000009
【表６−２】
2018518937.tif 000010
【００４１】
表7:例えば個別化がん治療で有用なその他のペプチド         
【表７】
2018518937.tif 000011
【００４２】
表8:例えば個別化がん治療で有用なHLA-DRペプチド         
【表８】
2018518937.tif 000012
【００４３】
本発明は、さらに、例えば、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、胃食道接合部がん（ＯＳＣＡＲ）をはじめとする食道がん、胆嚢がんおよび胆管細胞がん（ＧＢＣ＿ＣＣＣ）、膀胱がん（ＵＢＣ）、子宮がん（ＵＥＣ）などの増殖性疾患の治療において使用するための本発明によるペプチドに一般に関する。
【００４４】
特に好ましいのは、配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択される、本発明による単独のまたは組み合わされたペプチドである。より好ましいのは、配列番号１〜配列番号１４（表１を参照されたい）および配列番号２３〜配列番号４７（表２を参照されたい）からなる群から選択される単独のまたは組み合わされたペプチド、そして肺がん（ＮＳＣＬＣをはじめとする）、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、胃食道接合部がん（ＯＳＣＡＲ）をはじめとする食道がん、胆嚢がんおよび胆管細胞がん（ＧＢＣ＿ＣＣＣ）、膀胱がん（ＵＢＣ）、子宮がん（ＵＥＣ）、好ましくはＮＳＣＬＣをはじめとする肺がんの免疫療法におけるそれらの使用である。
【００４５】
以下の表９、９−２、および表１０および１０−２に示されるように、本発明によるペプチドの多くは、その他の腫瘍型上にもまた見られ、したがって、その他の適応症のための免疫療法においても使用され得る。図１および実施例１もまた、参照されたい。
【００４６】
【表９−１−１】
2018518937.tif 000013
【表９−１−２】
2018518937.tif 000014
【表９−１−３】
2018518937.tif 000015
【００４７】
【表９−２−１】
2018518937.tif 000016
【表９−２−２】
2018518937.tif 000017
【００４８】
【表１０−１−１】
2018518937.tif 000018
【表１０−１−２】
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【００４９】
【表１０−２】
2018518937.tif 000020
【００５０】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、腎臓がんの併用療法のための、配列番号７、１４、１５、１８、９４、９５、９７、９８、１０１、１０２、１０５、１０６、１１１、１１２、１１７、１１８、１２０、１２１、１２２、１２３、１２６、１２７、１２８、１３０、１３１、１３２、１３６、１３８、１３９、１４３、１４６、１４７、１５０、２８、２９、４２、４７、５０、５４、５６、５９、６６、６７、および１６１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５１】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、脳がんの併用療法のための、配列番号．８、９、１５、１６、２０、９４、９８、１００、１０３、１０４、１１１、１１４、１１７、１１８、１２０、１２７、１２９、１３２、１３５、１３８、１３９、１４５、１４９、１５０、１５１、２９、３６、３７、４１、４５、５４、５９、７０、７３、７９、８０、および８２のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５２】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、胃がんの併用療法のための、配列番号２、４、１８、９４、１０５、１１３、１１４、１１５、１１７、１２０、１２４、１２６、１２８、１３０、１３１、１３２、１３４、１３７、１３８、１４４、１４６、１４９、１５３、２６、３１、３３、３６、４１、４２、４４、４９、５０、５６、５８、６３、６７、７７、７８、８５、１５９、１６０、および１６１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５３】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、結腸直腸がんの併用療法のための、配列番号２、７、１１、１３、９４、９６、９８、９９、１００、１１１、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３７、１３８、１３９、１４４、１４５、１４６、１４９、および１５２のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５４】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、肝臓がんの併用療法のための、配列番号７、８、９、１１、１５、１６、１８、１９、２０、２１、９４、９６、９８、９９、１０１、１０４、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２６、１２９、１３１、１３２、１３５、１３６、１３８、１３９、１４３、１４９、１５０、１５２、２６、２７、２８、２９、３７、３８、３９、４１、４４、４６、５０、５１、５２、５６、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６６、６７、６９、７０、７１、７２、７３、７５、７６、７７、７９、８１、８２、８４、および１６１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５５】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、膵臓がんの併用療法のための、配列番号１、２、３、４、１３、１８、９６、１０１、１０３、１０４、１０５、１１２、１１３、１１４、１１５、１１７、１１９、１２０、１２１、１２３、１２４、１２５、１２６、１２８、１３１、１３２、１３３、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４３、１４６、および１５６のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５６】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、前立腺がんの併用療法のための、配列番号８、１０、１６、１８、１１４、１２８、１３９、１４３、１５３、２７、３７、４１、４３、５３、５９、６１、６７、７２、７６、７８、８０、８２、および８４のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５７】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）の併用療法のための、配列番号９、１５、９６、９７、１２０、および１２７のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５８】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、乳がんの併用療法のための、配列番号１、３、４、５、７、１３、１６、１８、１０１、１０２、１０５、１１２、１１３、１１５、１１９、１２４、１２６、１２８、１３３、１４５、および１５６のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５９】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、メルケル細胞がんの併用療法のための、配列番号９５、９８、１００、１０４、１３８、１４９、および１５１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６０】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、メラノーマの併用療法のための、配列番号４、５、９、１６，１９、２０、９４、９８、１１２、１１５、１１７、１１８、１２８、１３０、１３２、１３４、１３８、１３９、１４４、１４６、および１４８のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６１】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、卵巣がんの併用療法のための、配列番号４、８、９、１０、１６、１８、９４、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０４、１０５、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１２０、１２１、１２３、１２４、１２５、１２６、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３４、１３７、１３８、１３９、１４２、１４３、１４４、１４８、１４９、１５０、および１５２のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６２】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、食道がんの併用療法のための、配列番号５、９、１３、１８、１９、２１、９５、１０２、１０４、１０５、１１３、１１４、１１５、１１９、１２０、１２３、１２４、１２５、１２７、１２９、１３０、１３２、１３３、１３７、１３８、１３９、１４１、１４３、１４４、１４５、１４６、１４９、１５０、１５１、１５３、１５５、１５６、および１５７のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６３】
したがって、本発明の特に好ましい別の態様は、好ましくは、肺がん（ＮＳＣＬＣをはじめとする）併用療法のための、配列番号１３、２５、１１３、１１４、１１５、１２０、１２１、１２８、１５９、および１６１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
したがって、本発明の別の態様は、好ましくは、肺がん（ＮＳＣＬＣをはじめとする）、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）の群から選択される増殖性疾患併用療法のための本発明によるペプチドの使用に関する
【００６４】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合する能力、または長さ変異体などの伸長形態ではＭＨＣクラスＩＩに結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【００６５】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは（それぞれ）、配列番号１〜配列番号１６２、好ましくは配列番号１〜配列番号１１０に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【００６６】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、修飾されおよび／または非ペプチド結合を含む。
【００６７】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、特にＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸に融合した、または例えば樹状細胞に対して特異的な抗体などの抗体（またはその配列中）に融合した、融合タンパク質の一部である。
【００６８】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関する。本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【００６９】
本発明は、本発明による核酸を発現でき、および／または発現する発現ベクターにさらに関する。
【００７０】
本発明は、疾患の治療においてそして医療において、特にがんの治療において使用するための本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【００７１】
本発明は、本発明によるペプチドに特異的に対抗する抗体、または前記本発明によるペプチドとＭＨＣの複合体、およびこれらを製造する方法にさらに関する。
【００７２】
本発明は、自己由来または同種異系Ｔ細胞に組み込まれた、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、特に可溶性ＴＣＲ（ｓＴＣＲ）、およびクローン化ＴＣＲ、そしてこれらを製造する方法、ならびに前記ＴＣＲを有するまたは前記ＴＣＲと交差反応する、ＮＫ細胞またはその他の細胞を製造する方法にさらに関する。
【００７３】
抗体およびＴＣＲは、本発明によるペプチドの免疫療法用途の追加的な実施形態である。
【００７４】
本発明は、前述のような本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。本発明は、抗原提示細胞であり、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【００７５】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【００７６】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。
【００７７】
本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１〜配列番号１１０を含有する、好ましくは、配列番号１〜配列番号１４および配列番号２３〜配列番号４７または変異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現する能力がありまたは発現する、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。
【００７８】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを発現する細胞を選択的に認識する。
【００７９】
本発明は、本発明によって製造されるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【００８０】
本発明は、薬剤としてのまたは薬剤の製造における、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、本発明による活性化Ｔリンパ球、Ｔ細胞受容体または抗体またはその他のペプチド−および／またはペプチド−ＭＨＣ−結合分子の使用にさらに関する。好ましくは、前記薬剤は、がんに対して有効である。
【００８１】
好ましくは、前記薬剤は、可溶性ＴＣＲまたは抗体に基づく、細胞療法、ワクチンまたはタンパク質である。好ましくは、前記薬剤は、細胞療法であり、例えば、抗ＣＤ３抗体またはその一部を含んでなるｓＴＣＲなどの可溶性ＴＣＲまたは抗体に由来する、ワクチンまたはタンパク質である。
【００８２】
本発明は、本発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、肺がん（ＮＳＣＬＣをはじめとする）、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、胃食道接合部がん（ＯＳＣＡＲ）をはじめとする食道がん、胆嚢がんおよび胆管細胞がん（ＧＢＣ＿ＣＣＣ）、膀胱がん（ＵＢＣ）、子宮がん（ＵＥＣ）、好ましくは肺がん細胞である。
【００８３】
本発明は、がん、好ましくは肺がん（ＮＳＣＬＣをはじめとする）の診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドをベースとするバイオマーカーにさらに関する。マーカーは、ペプチドそれ自体の過剰提示、または対応遺伝子の過剰発現であり得る。マーカーはまた、好ましくは免疫療法、最も好ましくはバイオマーカーによって同定されるのと同じ標的を標的とする免疫療法である、治療の成功確率を予測するのに、使用されてもよい。例えば、抗体または可溶性ＴＣＲを使用して腫瘍切片が染色され、ＭＨＣと複合体形成する目的ペプチドの存在が検出され得る。
【００８４】
任意選択的に、抗体は、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する。
【００８５】
本発明はまた、がん治療の文脈におけるこれらの新規標的の使用に関する。
【００８６】
コラーゲンα−３（ＶＩ）鎖タンパク質（ＣＯＬ６Ａ３）−ＣＯＬ６Ａ３は、ＶＩ型コラーゲンの３つのα鎖の１つであるα−３鎖をコードする。タンパク質ドメインは、細胞外基質タンパク質に結合することが示されており、これは基質要素の組織化におけるこのコラーゲンの重要性を説明する相互作用である。コラーゲンＶＩの過剰発現を通じた細胞外マトリックスの再構築は、卵巣がん細胞のシスプラチン耐性に寄与する。コラーゲンＶＩの存在は、卵巣がん予後因子である腫瘍悪性度と相関した（Ｓｈｅｒｍａｎ−Ｂａｕｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＣＯＬ６Ａ３は、結腸直腸腫瘍（Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９ａ）、唾液腺がん（Ｌｅｉｖｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）において過剰発現され、胃がん（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）において示差的に発現される。ＣＯＬ６Ａ３は、腫瘍特異的スプライス変異がある７つの遺伝子の１つとして同定された。検証された腫瘍特異的スプライシング変化は高度に一貫しており、正常サンプルとがんサンプル、場合によっては異なる腫瘍段階さえも、明確に分離できるようにする（Ｔｈｏｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【００８７】
溶質輸送体ファミリー６（アミノ酸輸送体）、メンバー１４（ＳＬＣ６Ａ１４）−ＳＬＣ６Ａ１４は、溶質輸送体ファミリー６、メンバー１４（ＳＬＣ６Ａ１４）をコードする。ＳＬＣ６Ａ１４は、アミノ酸輸送体であり、溶質輸送体ファミリー６のメンバーである。このファミリーのメンバーは、ナトリウムおよび塩化物依存性アミノ酸／神経伝達物質輸送体である。ＳＬＣ６Ａ１４は、中性およびカチオン性アミノ酸を輸送する。輸送体は、正常組織においては低レベルで発現される（Ｓｌｏａｎ  ａｎｄ  Ｍａｇｅｒ，１９９９）。ＳＬＣ６Ａ１４は、子宮頸がん（Ｇｕｐｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）、結腸直腸がん（Ｇｕｐｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）、およびエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性乳がん（Ｋａｒｕｎａｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）の組織および細胞株、ならびに肝腫瘍細胞（Ｆｕｃｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）において、上方制御されることが示された。ＳＬＣ６Ａ１４は、対応する正常組織／細胞において最小限に発現される一方で、がん細胞は、これらのアミノ酸に対する増大した要求を満たすために、ＳＬＣ６Ａ１４を上方制御する。ＳＬＣ６Ａ１４の選択的遮断薬であるα−メチル−ＤＬ−トリプトファン（α−ＭＴ）は、ＥＲ陽性乳がん細胞株においてアミノ酸欠乏を誘導し、アポトーシスを引き起こした（Ｋａｒｕｎａｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【００８８】
二重特異性ホスファターゼ４（ＤＵＳＰ４）−ＤＵＳＰ４遺伝子によってコードされるタンパク質は、二重特異性タンパク質ホスファターゼサブファミリーのメンバーである。ＥＲＫ１、ＥＲＫ２、およびＪＮＫを不活性化するＤＵＳＰ４は、多様な組織において発現され、核に局在する。ＤＵＳＰ４（別名ＭＫＰ２）は、非悪性乳がんと比較して、悪性乳がんのサンプルにおいて過剰発現されることが報告されている（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。結腸直腸がん患者のマイクロアレイデータセットにおいて、ＤＵＳＰ４発現は、ＢＲＡＦ突然変異腫瘍において最も高い発現を伴って、示差的に発現されることが判明した。さらに、高いＤＵＳＰ４は、より芳しくない全生存期間と関連していた（Ｄｅ，Ｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【００８９】
糖タンパク質（膜貫通）ｎｍｂ（ＧＰＮＭＢ）−遺伝子ＧＰＮＭＢは、Ｉ型膜貫通糖タンパク質をコードする。ＧＰＮＭＢは、種々のがん型の大規模パネルで発現されて、腫瘍細胞移動、浸潤、および転移形成を促進することで、主に腫瘍の攻撃性を増大させることが示されている。分子レベルでは、ＧＰＮＭＢがＭＭＰ−２、３、および９の発現を増大させ、それ自体はｐ５３によって制御されることが示された（Ｍｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｍｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｒｏｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｆｉｏｒｅｎｔｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。高レベルのＧＰＮＭＢは、ＳＣＬＣ、ＧＢＭ、およびｃｃＲＣＣにおける全生存期間の短縮とさらに相関する（Ｑｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｋｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【００９０】
ケラチン、ＩＩ型細胞骨格８０（ＫＲＴ８０）ＫＲＴ８０は、ケラチン８０（ＫＲＴ８０）をコードする。ＫＲＴ８０は、実質的にあらゆる型の上皮に見られ、進行した組織または細胞分化に関連している。中間径フィラメントを含有するＫＲＴ８０は、デスモソーム斑に近い細胞縁に位置し、最終分化に入る細胞においてのみ、ＫＲＴ８０が細胞質内分布する（Ｌａｎｇｂｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【００９１】
染色体４構造維持（ＳＭＣ４）ＳＭＣ４タンパク質は、クロマチン凝縮において役割を果たすコンデンシン複合体のコア構成要素であり、核小体分離、ＤＮＡ修復、およびクロマチンスキャフォールドの維持とも関連付けられている（Ｃｅｒｖａｎｔｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【００９２】
溶質輸送体ファミリー１（グルタミン酸／中性アミノ酸輸送体）、メンバー４（ＳＬＣ１Ａ４）−ＳＬＣ１Ａ４は、小型中性アミノ酸のナトリウム依存性交換を媒介するアミノ酸輸送体である（（Ｋａｎａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）で概説される）。ＳＬＣ１Ａ４は、扁平上皮がんと比較して、食道腺がんによって有意により多く発現されることが記載された（Ｙｏｕｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。前立腺がん細胞におけるＳＬＣ１Ａ４の発現は、アンドロゲン療法に応答して増大することが示された（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）。
【００９３】
ケラチン５（ＫＲＴ５）、ケラチン６Ａ（ＫＲＴ６Ａ）、ケラチン６Ｂ（ＫＲＴ６Ｂ）、ケラチン６Ｃ（ＫＲＴ６Ｃ）−ＫＲＴ５、ＫＲＴ６Ａ、ＫＲＴ６Ｂ、およびＫＲＴ６Ｃは、中間径フィラメントタンパク質である、相同的なケラチンタンパク質である。ケラチンは、その発現パターンが悪性病変の起源組織に関連するので、腫瘍診断薬中でマーカータンパク質として広範に使用される  （（Ｋａｒａｎｔｚａ，２０１１）で概説される）。正常な状況下では、ＫＲＴ６ＡおよびＫＲＴ６Ｂは、隔離によって細胞移動を阻害するようであり、したがって移動促進性Ｓｒｃキナーゼの活性を阻害するこの機序が、がん細胞においても機能するかどうかは調べられていない（Ｒｏｔｔｙ  ａｎｄ  Ｃｏｕｌｏｍｂｅ，２０１２）。ＮＳＣＬＣにおいて、低分化腺がんを扁平上皮がんから区別するいくつかのマーカーの１つとして、ＫＲＴ５／６染色が提案されている（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４Ｂ；Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。肺神経内分泌腫瘍もまた、ＫＲＴ５／６に対して陰性である（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【００９４】
ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１８（肺および活性化制御（ＣＣＬ１８）−この抗菌遺伝子は、第１７染色体のｑ腕上にクラスター化された、いくつかのＣｙｓ−Ｃｙｓ（ＣＣ）サイトカイン遺伝子の１つである。この遺伝子によってコードされるサイトカインは、未感作Ｔ細胞、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞、および非活性化リンパ球に対して走化性活性を示すが、単球または顆粒球に対しては示さない。腫瘍組織および血液の双方におけるＣＣＬ１８レベルの上方制御が、がんにおいて記載されており、ＣＣＬ１８血清レベルは、いくつかの腫瘍型のバイオマーカーとして提案されている。複数の症例では、進行した腫瘍段階および予後不良との相関が示されている（例えば、胃がん（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）、乳がん（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｎａｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、前立腺がん（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、膀胱がん（Ｕｒｑｕｉｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２））。ＣＣＬ１８の血清レベルは、健常対照と比較して、ＮＳＣＬＣ患者において増大する。さらに、血清レベルの上昇は、腺がんのある患者の生存期間の短縮を予測した（Ｐｌｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＣＬ１８は、ＮＳＣＬＣの同定のために提案された１２タンパク質血清バイオマーカーパネルの一部である（Ｏｓｔｒｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【００９５】
マトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）ヒトメタロエラスターゼ（ＨＭＥ）またはマクロファージメタロエラスターゼ（ＭＭＥ）としてもまた知られているＭＭＰ１２は、エラスチン分解能力が認められている亜鉛エンドペプチダーゼである。それとは別に、これは、コラーゲン、フィブロネクチン、ラミニン、プロテオグリカンなどのその他のマトリックスタンパク質、およびα−１−アンチトリプシンなどの非マトリックスタンパク質に及ぶ、幅広い基質範囲を有する。喘息、肺気腫、および慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）では、ＭＭＰ１２が、肺胞破壊および気道再構築に寄与してもよい（Ｃａｔａｌｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｗａｌｌａｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＭＭＰ１２は、マクロファージ遊走に関与するとされており、プラスミノーゲンからアンギオスタチンを生成し得ることから、血管新生阻害に寄与する（Ｃｈａｋｒａｂｏｒｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｃｈａｎｄｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６；Ｓａｎｇ，１９９８）。その他のメタロプロテイナーゼと同様に、ＭＭＰ１２は、胎芽形成、創傷治癒、および月経周期のような生理学的過程に関与する（Ｃｈａｋｒａｂｏｒｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｌａｂｉｅｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）が、組織破壊の病理過程にもまた関与する。データは、いくつかの症例における少数の患者に基づいているが、ＭＭＰ１２ががんにおいて頻繁に過剰発現されるという十分な証拠が文献にある（Ｄｅｎｙｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｈａｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｖａｚｑｕｅｚ−Ｏｒｔｉｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｙｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。しかし、臨床パラメータおよび予後に対するＭＭＰ１２過剰発現の影響について、データには議論の余地がある。それは、マトリックス溶出に関与し、したがって転移に関与してもよい一方で、それはまた、血管新生に悪影響を及ぼすアンギオスタチンの生成を通じて、腫瘍成長を阻害し得る（Ｇｏｒｒｉｎ−Ｒｉｖａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｇｏｒｒｉｎ  Ｒｉｖａｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。肺がんでは、ＭＭＰ１２発現の帰結には、議論の余地がある。上皮細胞におけるＭＭＰ１２の過剰発現は、炎症誘発性肺再構築で報告されている。ＭＭＰ１２の上方制御は、肺気腫から肺がんへの移行において役割を有ししてもよい（Ｑｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。動物実験は、ストロマまたはマクロファージによるＭＭＰ１２発現が、肺腫瘍の成長を抑制することを示唆する（Ａｃｕｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｈｏｕｇｈｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。しかし、肺腫瘍におけるＭＭＰ１２の過剰発現が、再発、転移性疾患、および切除術後のより短い再発なし生存期間に相関するという報告もある（Ｃｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｈｏｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【００９６】
リソソーム関連膜タンパク質３（ＬＡＭＰ３）−ＬＡＭＰ３は、リソソーム区画内に見られるＩ型膜貫通タンパク質であり、小さな細胞質ドメインおよび高度にグリコシル化された管腔ドメインを有する（Ｗｉｌｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＬＡＭＰ３上方制御は、いくつかのがんにおいて報告されているが、腫瘍細胞それ自体によるＬＡＭＰ３の発現は実証されていない。ＬＡＭＰ３（＋）ＤＣは、増殖性Ｔリンパ球があるクラスターを形成する、浸潤性腫瘍縁において特異的に検出されており、したがって例えば、腎細胞がん（Ｍｉｄｄｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、食道扁平上皮がん（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、結腸直腸がん（Ｙｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｓａｎｄｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）、ならびにメラノーマ（Ｌａｄａｎｙｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）における局所抗腫瘍免疫応答を反映することが提案されている。トランスクリプトミクスデータのメタ分析は、肺がんにおける低レベルのＬＡＭＰ３発現が、より短い全生存期間と関連するかもしれないことを示唆した（Ｌｉｎｄｓｋｏｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【００９７】
セントロメアタンパク質Ｎ（ＣＥＮＰＮ）−ＣＥＮＰＮ遺伝子によってコードされるタンパク質は、ヌクレオソーム関連複合体の一部を形成し、動原体構築のために重要である。ＣＥＮＰＮは、セントロメア特異的ヒストン変異体（ＣＥＮＰ−Ａ）を認識し、したがって多数のその他の動原体タンパク質の動員部位を画定するために必要とされる（Ｃａｒｒｏｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＣＥＮＰＮおよびその他のヌクレオソーム関連複合体（ＮＡＣ）タンパク質の枯渇は、双極性紡錘体形成を損なわないが、染色体会合欠陥をもたらす（ＭｃＣｌｅｌｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＣＥＮＰＮはその他のＮＡＣタンパク質と共に、ＤＮＡ二本鎖切断のために動員され、したがってこの複合体はＤＮＡ修復において役割を果たすことが提案されている（Ｚｅｉｔｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【００９８】
プロコラーゲン−リジン、２−オキソグルタル酸５−ジオキシゲナーゼ２（ＰＬＯＤ２）−この遺伝子によってコードされるタンパク質は、粗面小胞体の嚢に局在する膜結合ホモ二量体酵素である。この遺伝子のコード領域の変異は、Ｂｒｕｃｋ症候群と関連する。ＰＬＯＤ２の上方制御は、結腸直腸がん（Ｎｉｃａｓｔｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、多発性骨髄腫（Ｓｌａｎｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、および子宮頸がん（Ｒａｊｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）で記載されおり、骨転移形成と関連付けられている（Ｂｌａｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。高いＰＬＯＤ２発現と予後不良との相関は、神経膠芽腫（Ｄｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）ならびに乳がん（Ｇｉｌｋｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）および肝細胞がんで示されており、肝細胞がんでは、それは腫瘍サイズの増大および肝臓内転移形成ともまた関連していた（Ｎｏｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【００９９】
マトリックスメタロペプチダーゼ１（ＭＭＰ１）−ＭＭＰ１は、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）ファミリーの一員である。一般に、ＭＭＰは、血管機能の調節、再構築、および血管新生において重要な役割を果たす。ＥＣＭおよびその他の細胞外分子の分解を通じて、それらは、内皮細胞および血管平滑筋細胞の移動および浸潤を促進し、血管細胞増殖およびアポトーシスに影響を与える（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＭＭＰ１過剰発現は、いくつかのがん型で記載されており、血管新生、浸潤、および低生存率と関連付けられている。例えば、上昇したＭＭＰ１レベルは、結腸がんにおける生存の独立した因子として記載されており（Ｌａｎｇｅｎｓｋｉｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、腫瘍および間質におけるＭＭＰ１発現は、乳がんにおける腫瘍進行および不良予後と関連する（Ｂｏｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＭＭＰ１レベルは、肺がん患者の血漿および腫瘍組織の双方で上昇し、進行した段階および生存率低下と関連することが示されている（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。メタ分析は、ＭＭＰ１−１６０７  １Ｇ／２Ｇ多型性と、肺がん発症リスクの増大との関連を確認している（Ｘｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１００】
ケラチン１０（ＫＲＴ１０）、ケラチン１２（ＫＲＴ１２）、ケラチン１３（ＫＲＴ１３）、ケラチン１４（ＫＲＴ１４）、ケラチン１５（ＫＲＴ１５）、ケラチン１６（ＫＲＴ１６）、ケラチン１７（ＫＲＴ１７）、ケラチン１９（ＫＲＴ１９）−相同的なケラチンタンパク質ＫＲＴ１０、ＫＲＴ１２、ＫＲＴ１３、ＫＲＴ１４、ＫＲＴ１５、ＫＲＴ１６、ＫＲＴ１７、およびＫＲＴ１９は、中間径フィラメントタンパク質である。ケラチンのいくつかは幹細胞特性と関連づけられており、例えば、ＫＲＴ１４はがん幹細胞マーカーと考えられている（Ｈａｔｉｎａ  ａｎｄ  Ｓｃｈｕｌｚ，２０１２；Ｓｃｈａｌｋｅｎ  ａｎｄ  ｖａｎ，２００３）。ＫＲＴ１５は、表皮幹細胞の同定および標的化のためのマーカーとして使用され（Ａｄｈｉｋａｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｔｒｏｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、ＫＲＴ１７は、毛隆起の基底層の幹細胞において発現される（Ｂｒａｇｕｌｌａ  ａｎｄ  Ｈｏｍｂｅｒｇｅｒ，２００９）。種々のケラチンの発現パターンが様々ながん型において分析されており、上方および下方制御の双方が報告されている。例えば、高レベルのＫＲＴ１７は、予後不良（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３Ｂ；Ｅｓｃｏｂａｒ−Ｈｏｙｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、および進行した段階（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）と関連付けられている。ＫＲＴ１３では、大多数の研究が、がん組織における下方制御を示唆し（Ｈｏｕｒｉｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｉｄａ−Ｙｏｎｅｍｏｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、扁平上皮細胞の形質転換中には、ＫＲＴ１３の発現がＫＲＴ１７の発現で置き換えられるようである（Ｍｉｋａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＫＲＴ１０およびＫＲＴ１５では、がんにおける上方および下方制御の双方が、異なる研究によって実証されている。ＫＲＴ１９は、多くのがん型において一貫して過剰発現されると報告されており、転移および低生存率と関連付けられている（Ｚｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＫＲＴ１２は、角膜上皮において発現される。角膜は、分化マーカーと考えられるケラチン１２の下方制御を示す（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。
【０１０１】
ムチン１６、細胞表面結合（ＭＵＣ１６）−ＭＵＣ１６は、いくつかの膜結合ムチンの中で最大である。ＭＵＣ１６は、高度にグリコシル化された細胞外ドメインがある一回膜貫通型タンパク質である。ＭＵＣ１６は腫瘍関連抗原であり、それは卵巣がん細胞の表面から切断されて血液中に脱落し、卵巣がんの増殖をモニターするための十分に確立されたバイオマーカーとして使用される（Ｂａｆｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＭＵＣ１６発現レベルの増大は、肺扁平上皮がんにおいて実証されている（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。さらに、高いＭＵＣ１６の血清レベルは、ＮＳＣＬＣ患者の生存期間の短縮と相関した（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｃｅｄｒｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。その他のバイオマーカーと組み合わされたＭＵＣ１６は、肺がんのサブタイプの遺伝子発現シグネチャの一部であり得る（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１０２】
インテグリン、α２（ＣＤ４９Ｂ、ＶＬＡ−２受容体のα２サブユニット）（ＩＴＧＡ２）−ＩＴＧＡ２は、コラーゲンおよび関連タンパク質の膜貫通レセプターのαサブユニットをコードする。限られた数の研究が、がんにおけるＩＴＧＡ２の調節不全を報告しており、レベルの上昇ならびに低下の双方の証拠がある：膵管腺がんにおいては、ＩＴＧＡ２は低メチル化されて過剰発現され、発現の上昇は低生存率と関連していた（Ｎｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。対照的に、前立腺がんではＩＴＧＡ２の下方制御が示されている（Ｓｈａｉｋｈｉｂｒａｈｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＩＴＧＡ２発現の低下は、乳がんおよび前立腺がんにおける転移形成および低生存率と関連していた（Ｒａｍｉｒｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１０３】
オルファクトメジン様２Ｂ（ＯＬＦＭＬ２Ｂ）−ＯＬＦＭＬ２Ｂは、化学感受性繊毛の分化、初期神経発生、神経管の背側化、神経筋シグナル伝達、シナプス小胞の開口分泌、および緑内障の発病に主に関与する細胞外糖タンパク質である、オルファクトメジンタンパク質のファミリーに属する。ＯＬＦＭ２Ｂ転写物は、肺、胃、および前立腺をはじめとする、マウスの多様な異なる組織において検出され得るが、肝臓には存在しない（Ｆｕｒｕｔａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＯＬＦＭＬ２Ｂ遺伝子は、染色体１ｑ２３．３にマッピングされ、それは連鎖研究において、統合失調症の感受性遺伝子座であることが実証された（Ｐｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０１０４】
テトラトリコペプチド反復ドメイン１３（ＴＴＣ１３）−ＴＴＣ１３は、テトラトリコペプチド反復（ＴＰＲ）ドメイン含有タンパク質のファミリーに属する。ＴＰＲドメインは、シャペロン機能、細胞周期、転写、および（ａｎ）タンパク質輸送に重要であるように見え、ＴＰＲモチーフ含有タンパク質は、しばしば多タンパク質複合体と関連する（Ｂｌａｔｃｈ  ａｎｄ  Ｌａｓｓｌｅ，１９９９）。ＴＣＣ１３遺伝子は、染色体１ｑ４２．２に位置する。染色体１ｑ４２．２−４３は、１つの連鎖解析研究において、前立腺がんの推定上の素因遺伝子の遺伝子座として記載されている（Ｂｅｒｔｈｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）が、さらなる研究では、これはより大きな患者集団では確認され得なかった（Ｓｉｎｇｈ，２０００；Ｇｉｂｂｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。
【０１０５】
サイトカイン２決定因子（ＤＯＣＫ２）−ＤＯＣＫ２遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＣＤＭタンパク質ファミリーに属する。ＤＯＣＫ２は、リンパ球遊走および走化性にとって、重要な因子として知られている。エクソームおよび全ゲノム配列決定研究は、結腸直腸がん、食道腺がん、および膵臓の膵管内乳頭粘液性新生物において、ＤＯＣＫ２遺伝子内の変異を同定した（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｄｕｌａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｆｕｒｕｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。さらに、ＤＯＣＫ２は、小児星状細胞腫サンプルにおいて示差的に発現されることが示されており、したがってこの疾患の興味深い治療標的に相当するかもしれない（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。
【０１０６】
ポリオウイルス受容体関連１（ヘルペスウイルス侵入メディエーターＣ）（ＰＶＲＬ１）−ＰＶＲＬ１は、上皮および内皮細胞における接着接合部および密着接合部の組織化において役割を果たす、接着タンパク質をコードする。ＰＶＲＬ１遺伝子は染色体１１ｑ２３にマッピングされ、これは腺様嚢胞がんにおいて増幅されることが判明した領域である（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。細胞接着における重要な機能があるＰＶＲＬ１は、どちらも腫瘍発生における重要なプロセスである、細胞侵襲特性および移動特性、ならびに上皮間葉転換の調節と関連付けられている。ＰＶＲＬ１は、子宮頸がんの扁上皮がんサブタイプのシグネチャプロファイルの一部として同定された（Ｉｍａｄｏｍｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＶＲＬ１発現は、正常な甲状腺組織と比較して、甲状腺腫瘍において増大し、乳頭状甲状腺がんにおいてさらに増大することが判明した（Ｊｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＶＲＬ１／２発現は、急性骨髄性白血病におけるより良好な予後と関連する（Ｇｒａｆ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１０７】
ＦＫ５０６結合タンパク質１０、６５ｋＤａ（ＦＫＢＰ１０）−ＦＫ５０６結合タンパク質１０（ＦＫＢＰ１０）は、ＦＫＢＰ型のペプチジル−プロリルシス／トランスイソメラーゼファミリーに属する。それは小胞体に位置して、分子シャペロンの機能を果たす（Ｉｓｈｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。それは、肺の発達中に高度に発現され、肺傷害後には、細胞外基質タンパク質との協調様式で再活性化され得る（Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１０８】
ＡＴＰ−結合カセット、サブファミリーＣ（ＣＦＴＲ／ＭＲＰ）、メンバー１（ＡＢＣＣ１）−ＡＢＣＣ１遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）輸送体のスーパーファミリーのメンバーである。ＡＢＣタンパク質は、細胞外膜および細胞内膜を越えて様々な分子を輸送する。ＡＢＣＣ１は、正常および腫瘍細胞の双方で、薬物排出ポンプとして重要な役割を果たす（Ｃｈｅｎ  ａｎｄ  Ｔｉｗａｒｉ，２０１１）。いくつかの研究が、異なる腫瘍型におけるＡＢＣＣ１の過剰発現を記載しており、多くの場合、ＡＢＣＣ１発現レベルと、腫瘍段階、転移、および予後不良との関連が判明している（例えば、乳がん、前立腺がんおよび肺がんにおいて）（Ｄｅｅｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。中国人患者における研究は、ＡＢＣＣ１遺伝子内のＳＮＰが、ＮＳＣＬＣに対する感受性を増大させることを確認した（Ｙｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。別の研究は、ＮＳＣＬＣ患者における、ＡＢＣＣ１  ＳＮＰと無増悪生存期間との関連性を報告している（Ｌａｍｂａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１０９】
アラキドン酸１５−リポキシゲナーゼ、Ｂ型（ＡＬＯＸ１５Ｂ）−ＡＬＯＸ１５Ｂは、脂肪酸ヒドロペルオキシドの産生に関与する、構造的に関連した非ヘム鉄ジオキシゲナーゼのリポキシゲナーゼファミリーのメンバーをコードする。１５−ＬＯＸ−２としてより良く知られているＡＬＯＸ１５Ｂ，そしてその酵素生成物１５−Ｓ−ヒドロキシエイコサテトラエン酸（１５Ｓ−ＨＥＴＥ）は、腫瘍発生において役割を果たし、前立腺がんにおいて最も集中的に研究されている。いくつかの研究は、ＡＬＯＸ１５Ｂ発現レベルならびに１５Ｓ−ＨＥＴＥ産生レベルが、正常組織または細胞株と比較して、前立腺がんにおいて有意に低下することを実証している（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｓｈａｐｐｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。正常な肺では、ＡＬＯＸ１５Ｂ発現は、ＩＩ型肺細胞に限定される。発現はＮＳＣＬＣで上昇し、ＡＬＯＸ１５Ｂレベルと、腫瘍悪性度ならびに腫瘍細胞増殖指標との間で、逆相関が記載されている（Ｇｏｎｚａｌｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１１０】
スフィンゴミエリンホスホジエステラーゼ、酸性様３Ｂ（ＳＭＰＤＬ３Ｂ）−ＳＭＰＤＬ３Ｂは、有足細胞において発現されるスフィンゴミエリンホスホジエステラーゼであり、その発現は、糖尿病性腎疾患および局所分節性糸球体硬化症と関連付けられている。腎臓病におけるＳＭＰＤＬ３Ｂの発現低下は、アクチン細胞骨格再構築およびアポトーシスと関連付けられている（Ｍｅｒｓｃｈｅｒ  ａｎｄ  Ｆｏｒｎｏｎｉ，２０１４）。ＳＭＰＤＬ３Ｂ遺伝子は、染色体１ｐ３５．３にマッピングされる。
【０１１１】
グルタミン−フルクトース−６−リン酸トランスアミナーゼ２（ＧＦＰＴ２）ＧＦＰＴ２は、神経突起伸長、初期神経細胞発生、神経ペプチドシグナル伝達／合成、およびニューロン受容体に関与する（Ｔｏｎｄｒｅａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＧＦＰＴ２の遺伝的変異は、ＩＩ型糖尿病および糖尿病性腎障害と関連する（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。さらにＧＦＰＴ２におけるＳＮＰの結合は、酸化経路の調節に関与する遺伝子が、糖尿病性慢性腎不全の大きな要因になり得ることを示唆する（Ｐｒａｓａｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＧＦＰＴ２遺伝子のＤＮＡメチル化は、原発性急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）サンプルにおいて検証された。複数のＣｐＧアイランドのメチル化がある患者は、より芳しくない全生存期間を有した（Ｋｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＧＦＰＴ２は、グルタミン代謝において役割を果たし、間葉細胞株においてより高度に発現されることが観察された。グルタミン代謝は腫瘍進行において重要な役割を果たしてもよく、細胞代謝経路の阻害が、エピジェネティック療法の一形態であってもよい（Ｓｉｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１１２】
ＤＥＡＤ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ）ボックスヘリカーゼ５（ＤＤＸ５）−ＤＤＸ５（ｐ６８）は、スプライシング、ｒＲＮＡプロセッシング、およびリボソームバイオジェネシス、ｍｉＲＮＡプロセッシング、ならびに転写調節において役割を果たす、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼである。ＤＤＸ５は、アンドロゲン受容体、ｐ５３、およびＲｕｎｘ２などのがん発生において役割を果たすいくつかの因子の転写補助因子である。ＤＤＸ５の過剰発現は、例えば、結腸直腸がん、乳がん、前立腺がん、神経膠腫、肝細胞がん、および白血病などの種々のがん型で実証されている（Ｄａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｆｕｌｌｅｒ−Ｐａｃｅ，２０１３）。
【０１１３】
エノラーゼ１、（α）（ＥＮＯ１）−ＥＮＯ１遺伝子は、３つのエノラーゼタンパク質の１つであるエノラーゼ−α（ＥＮＯＡ）をコードし、他の２つは、それぞれエノラーゼ−βおよび−γである。ＥＮＯ１／ＥＮＯＡの過剰発現は、多くのがん型において実証されている（Ｃａｐｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＥＮＯＡは、ホスホエノールピルビン酸の合成における解糖において機能する金属酵素である。上昇したＥＮＯＡレベルは、ＮＳＣＬＣ患者における低生存率と相関する（Ｃｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。同様に、別の研究は、肺腺がん患者の予後不良群におけるＥＮＯ１発現の上方制御を実証した（Ｐｅｒｎｅｍａｌｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＥＮＯＡは腫瘍関連抗原として実証されており、抗ＥＮＯＡ抗体ならびにＥＮＯＡ特異的Ｔ細胞が、膵臓腺がん患者において検出されている（Ｃａｐｐｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＥＮＯＡに対する自己抗体はＮＳＣＬＣ患者においても検出され、ＥＮＯＡ発現はＮＳＣＬＣ組織において増大することが示されている（Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０１１４】
キラー細胞レクチン様受容体サブファミリーＤ、メンバー１（ＫＬＲＤ１）−ＣＤ９４としてより良く知られているＫＬＲＤ１は、ＮＫＧ２分子と結合して、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞および細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）において発現される、ヘテロ二量体を形成する。阻害性受容体ＫＬＲＤ１（ＣＤ９４）：ＮＫＧ２Ａは、例えば腎細胞がんおよび子宮頸がんにおいて、腫瘍細胞浸潤性リンパ球において過剰発現されることが示され、それが抗腫瘍免疫応答の障害に寄与するかもしれない（Ｓｃｈｌｅｙｐｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｓｈｅｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。同様に、腫瘍細胞上のＨＬＡ−Ｅ、ｔｈｅＫＬＲＤ１（ＣＤ９４）：ＮＫＧ２Ａリガンドの過剰発現は、腫瘍免疫逃避にさらに寄与するかもしれない（Ｂｏｓｓａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｇｏｏｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１１５】
コラーゲン、ＸＩＩ型、α１（ＣＯＬ１２Ａ１）ＣＯＬ１２Ａ１遺伝子は、ＦＡＣＩＴ（中断された三重らせんがある原線維関連コラーゲン）コラーゲンファミリーのメンバーである、ＸＩＩ型コラーゲンのα鎖をコードする。ＸＩＩ型コラーゲンは、Ｉ型コラーゲンと結合して見いだされるホモ三量体であり、コラーゲンＩ線維と周囲のマトリックスの間の相互作用を改変すると考えられる（Ｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２）。ＣＯＬ１２Ａ１は基底膜調節に関与して、原線維とその他の基質要素の間に特異的分子橋を提供してもよい（Ｔｈｉｅｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＣＯＬ１２Ａ１は、心臓、胎盤、肺、骨格筋、および膵臓（Ｄｈａｒｍａｖａｒａｍ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）において、関節軟骨および骨端軟骨をはじめとする多様な結合組織（Ｇｒｅｇｏｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｗａｌｃｈｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｗａｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２）において、発現される。ＣＯＬ１２Ａ１は、マイクロサテライト不安定性が低いまたは皆無である安定グループと比較して、マイクロサテライト不安定性が高い腫瘍において下方制御された（Ｏｒｔｅｇａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１１６】
ＡＴＰ結合カセット、サブファミリーＡ（ＡＢＣ１）、メンバー１３（ＡＢＣＡ１３）−ヒトにおいては、膜貫通輸送体のＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）ファミリーは、少なくとも４８個の遺伝子と、７つの遺伝子サブファミリーを有する。予測されたＡＢＣＡ１３タンパク質は５，０５８個のアミノ酸残基からなり、これまでに記載された中では、最大のＡＢＣタンパク質である（Ｐｒａｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。Ｋｎｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．は、ＡＢＣＡ１３タンパク質が、マウスおよびヒトの海馬および皮質において発現されることを確認し、これらの双方の領域は統合失調症および双極性障害に関連がある（Ｋｎｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＡＢＣＡ１３遺伝子は染色体７ｐ１２．３に位置するが、この領域は、膵臓に影響を及ぼす遺伝性疾患（シュバッハマン・ダイアモンド症候群）、ならびにＴ細胞腫瘍浸潤および転移（ＩＮＭ７）に関与する遺伝子座を含有し、したがってこれらの病態の可能な候補である（Ｐｒａｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０１１７】
サイクリンＢ２（ＣＣＮＢ２）−ＣＣＮＢ２は、主要細胞周期調節キナーゼＣＤＫ１（ＣＤＣ２）に関わりがあるいくつかのサイクリンの１つである。サイクリンレベルは、細胞周期にわたって転写的に制御され、ＣＤＫ１に異なるレベルの活性および特異性を提供し、したがって細胞周期の進行を制御する。サイクリンＢ２の発現は、サイクリンＢ２転写を抑制することで機能する、腫瘍抑制遺伝子ｐ５３およびＢＲＣＡ１によって制御される（Ｑｕａａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＣＣＮＢ２の上方制御は、子宮頸がん（Ｅｓｐｉｎｏｓａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｒａｊｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、膀胱がん（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、結腸直腸がん（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）、星細胞腫（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、および神経膠芽腫（Ｈｏｄｇｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）などのいくつかの腫瘍型で記載されている。ＣＣＮＢ２発現レベルは、乳がんにおける予後不良と関連し、生存期間の独立した予測因子として同定された（Ｓｈｕｂｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＣＣＮＢ２は、ＮＳＣＬＣにおいて過剰発現され（Ｈｏｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、肺腺がん患者における予後不良の独立した予測因子であることが確認されたが、扁平上皮がんでは確認されなかった（Ｔａｋａｓｈｉｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１１８】
ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）−ＭＳＨ６は、ＤＮＡミスマッチ修復ＭｕｔＳファミリーのメンバーをコードする。ＭＳＨ６をはじめとするＭＳＨタンパク質は、複製中にゲノム配列の誤りを認識し、損傷を受けた鎖の複製を防げて一本鎖切断を修復する（Ｃｏｎｄｅ−Ｐｅｒｅｚｐｒｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。いくつかの種類のがんにおいては、ＭＳＨ６の変異および誤ったＤＮＡミスマッチ修復機構（ＭＭＲ）が記載されている（例えば、結腸直腸がん（Ｓａｍｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｖｉｌａｒ  ａｎｄ  Ｇｒｕｂｅｒ，２０１０；Ｓｉｌｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｋａｓｔｒｉｎｏｓ  ａｎｄ  Ｓｙｎｇａｌ，２００７；Ｄａｖｉｄｓｏｎ，２００７）、膵臓がん（Ｓｏｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、卵巣がん（Ｘｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、乳がん（Ｍａｈｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３））。
【０１１９】
ＰＲＰ３プレｍＲＮＡプロセシングファクター３ホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））（ＰＲＰＦ３）−ＰＲＰＦ３は、ｍＲＮＡ前駆体プロセシングファクター３をコードする。ＰＲＰＦ３は、スプライソソームへの核ＲＮＡ崩壊機構の動員を媒介する（Ｎａｇ  ａｎｄ  Ｓｔｅｉｔｚ，２０１２）。ＰＲＰＦ３は、転写因子ＨＮＦ４αの胎児／がん特異的スプライス変異体を通じて、肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｎｉｅｈｏｆ  ａｎｄ  Ｂｏｒｌａｋ，２００８）。
【０１２０】
リゾホスファチジルコリンアシル基転移酵素１（ＬＰＣＡＴ１）−ＬＰＣＡＴ１は、リゾホスファチジル−コリン（ＬＰＣ）のホスファチジルコリンへの変換を触媒する。さらに、ＬＰＣＡＴ１は、リゾ−ＰＡＦ（アルキル化ＬＰＣ）を血小板−活性化因子（ＰＡＦ）に変換できる。ＬＰＣＡＴ１過剰発現は、結腸直腸がん（Ｍａｎｓｉｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、肝細胞がん（Ｍｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、乳がん（Ａｂｄｅｌｚａｈｅｒ  ａｎｄ  Ｍｏｓｔａｆａ，２０１５）、前立腺がん（Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｇｒｕｐｐ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、および肺がん（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３Ｂ）で記載されている。ＬＰＣＡＴ１の過剰発現は、生体外で細胞増殖、移動、および浸潤を促進する（Ｍｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１２１】
ＳＯＮの下流隣接（ＤＯＮＳＯＮ）−ＤＯＮＳＯＮは、ＳＯＮの下流隣接部（ＤＯＮＳＯＮ）をコードする。ＤＯＮＳＯＮは中心体タンパク質であり、そのレベルは細胞周期にわたり制御されて、Ｓ期でピークに達するＤＯＮＳＯＮは、適切な有糸分裂紡錘体の形成に必要であり、ＤＮＡ損傷応答において役割を果たすようである（Ｆｕｃｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。がん関連の文献は入手できない。
【０１２２】
ベンズイミダゾール１ホモログβ（酵母）によって阻害されない出芽（ＢＵＢ１Ｂ）−ＢＵＢ１Ｂは、セリン／トレオニン−タンパク質キナーゼである、ＢＵＢ１有糸分裂チェックポイントセリン／スレオニンキナーゼＢをコードする。それは、有糸分裂チェックポイントにおけるその役割と、適切な微小管−動原体付着の確立を通じて、染色体の正確な分離を確実にする有糸分裂制御因子として機能する。ＢＵＢ１Ｂ発現の上方および下方制御の双方が、様々な腫瘍において報告されている。一般に、より多くの文献が、がんにおけるＢＵＢ１Ｂの過剰発現を報告しており、腫瘍進行および予後不良との関連もまた、例えば、鼻咽頭がん（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２ａ）、扁桃がん（Ｈａｎｎｉｓｄａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、乳がん（Ｍａｃｉｅｊｃｚｙｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、上皮性卵巣がん（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、および膵臓胆道型腺がん（Ｇｌａｄｈａｕｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）で記載されている。同様に、ＢＵＢ１Ｂタンパク質の低下は、前立腺がんにおけるより長い生存期間と関連した（Ｃｉｒａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１２３】
オリゴマーゴルジ装置４の構成要素（ＣＯＧ４）−オリゴマータンパク質複合体の構成要素であるＣＯＧ４は、ゴルジ装置の構造および機能に関与する。相互作用研究は、ＣＯＧ４が複合体のコア構成要素の役割を果たし、複合体の構築／機能において重要な役割を有することを示唆する（Ｌｏｈ  ａｎｄ  Ｈｏｎｇ，２００４）。ＣＯＧサブユニットであるＣＯＧ４、６、および８は、定義されたゴルジＳＮＡＲＥと相互作用でき、ゴルジ内の小胞の選別の特異性の定義に関与する（Ｗｉｌｌｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。さらに、ＣＯＧ複合体は、ゴルジ体グリコシル化機構の維持を制御することが示されている（Ｐｏｋｒｏｖｓｋａｙａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１２４】
プロテアソーム（プロサム、マクロペイン）２６Ｓサブユニット、非ＡＴＰアーゼ、１４（ＰＳＭＤ１４）−ＰＳＭＤ１４は、２６Ｓプロテアソームの構成要素であり、ユビキチン経路による破壊の標的となるタンパク質を分解する、多タンパク質複合体である。１９Ｓ複合体（１９Ｓｃａｐ；ＰＡ７００）内のＰＳＭＤ１４タンパク質は、プロテアソーム分解中の基質の脱ユビキチン化に関与する（Ｓｐａｔａｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）。プロテアソームサブユニットの異常発現および機能不全は、悪性形質転換および様々な細胞毒性薬に対する細胞耐性に関与している。哺乳類細胞におけるＰＳＭＤ１４の過剰発現は、細胞増殖、そしてビンブラスチン、シスプラチン、およびドキソルビシンのような細胞毒性薬に対する応答に影響を及ぼす（Ｓｐａｔａｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。ｓｉＲＮＡ形質移入によるＰＳＭＤ１４の下方制御は、細胞生存率にかなりの影響を及ぼし、Ｇ０−Ｇ１期に細胞停止を引き起こして、最終的には老化につながる（Ｂｙｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１２５】
ＲＡＤ５４ホモログＢ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））（ＲＡＤ５４Ｂ）ＤＮＡ修復および組換えタンパク質ＲＡＤ５４Ｂは、ヒトにおいてはＲＡＤ５４Ｂ遺伝子によってコードされるタンパク質である。ＲＡＤ５４は二本鎖ＤＮＡに結合し、ＤＮＡ存在下ではＡＴＰアーゼ活性を示す。ヒトＲＡＤ５４Ｂタンパク質は、相同組換えにおいて重要な役割を果たすＲＡＤ５４タンパク質のパラログである。相同組換え（ＨＲ）は、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）の正確な修復に必須である（Ｓａｒａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。がんにおいて体細胞性に変異することが知られている遺伝子ＲＡＤ５４Ｂのノックダウンは、哺乳類細胞において染色体不安定性（ＣＩＮ）を引き起こす（ＭｃＭａｎｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＲＡＤ５４Ｂ遺伝子発現上昇は、ＧＢＭ患者対におけるより短い進行までの時間および低いＯＳと有意に関連する（Ｇｒｕｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１２６】
ｆｒｉｚｚｌｅｄファミリー受容体１（ＦＺＤ１）、ｆｒｉｚｚｌｅｄファミリー受容体２（ＦＺＤ２）、ｆｒｉｚｚｌｅｄファミリー受容体７（ＦＺＤ７）
遺伝子ＦＺＤ２、ＦＺＤ１、およびＦＺＤ７は、全て「ｆｒｉｚｚｌｅｄ」遺伝子ファミリーに由来し；この遺伝子ファミリーのメンバーは、Ｗｎｔシグナル伝達タンパク質の受容体である、７回膜貫通領域タンパク質をコードする。ＦＺＤ２遺伝子の発現は発生学的に制御されるようであり、胎児の腎臓および肺において、そして成人の結腸および卵巣において、高レベルで発現される（Ｓａｇａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）。ＦＺＤ１タンパク質は、シグナルペプチド、Ｎ末端細胞外領域のシステイン富化ドメイン、７回膜貫通ドメイン、およびＣ末端ＰＤＺドメイン結合モチーフを含有する。ＦＺＤ１転写物は、肺ならびに心臓、腎臓、膵臓、前立腺、および卵巣をはじめとする、様々な組織において発現される（Ｓａｇａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）。ｆｒｉｚｚｌｅｄ  １および２受容体の発現は、乳がんにおいて上方制御されることが判明した（Ｍｉｌｏｖａｎｏｖｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＦＺＤ７タンパク質は、Ｎ末端シグナル配列、Ｆｚファミリーメンバーのシステイン富化細胞外ドメインの典型例である１０個のシステイン残基、推定上の７回膜貫通ドメイン、およびＰＤＺドメイン結合モチーフがある細胞内Ｃ末端テールを含有する。ＦＺＤ７遺伝子発現は、低分化型ヒト食道がんにおいて、ＡＰＣ機能を下方制御し、βカテニン媒介シグナルを増強してもよい（Ｓａｇａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｔａｎａｋａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）。
【０１２７】
Ｗｉｎｇｌｅｓｓ−ＭＭＴＶ型インテグリン部位ファミリー、メンバー５Ａ（ＷＮＴ５Ａ）−一般に、Ｗｎｔ５ａは、増殖、分化、移動、癒着、および極性などの多様な細胞機能を制御する（Ｋｉｋｕｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。それは、未分化ヒト胚性幹細胞において発現される（Ｋａｔｏｈ，２００８）。ＷＮＴ５Ａは、発がんにおけるその役割が依然としてあいまいな、非形質転換ＷＮＴファミリーメンバーに分類される。それはいくつかのがん（甲状腺がん、脳がん、乳がん、および結腸直腸がん）において腫瘍抑制活性を示すが、肺がん、胃がん、および前立腺がんにおいては、異常に上方制御される（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）。発がん性ＷＮＴ５Ａは、自己複製のためのがん幹細胞におけるカノニカルＷＮＴシグナル伝達、および浸潤と転移のための腫瘍間質境界面における非カノニカルＷＮＴシグナル伝達を活性化する（Ｋａｔｏｈ  ａｎｄ  Ｋａｔｏｈ，２００７）。ＷＮＴ５Ａの発現は、多様な腫瘍実体について記述されている。例えば、Ｗｎｔ５ａの異常なタンパク質発現が、前立腺がんの２８％において観察され、それはそこで攻撃性を促進した（Ｙａｍａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。さらに、ＷＮＴ５Ａ過剰発現は、卵巣がん（Ｂａｄｉｇｌｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、メラノーマ（Ｄａ  Ｆｏｒｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｗｅｅｒａｒａｔｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）、ＧＢＭ（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）、肺がん（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）、および膵臓がん（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）において、予後不良および／または腫瘍悪性度増大と関連すると記載される。ＨＣＣにおいては、カノニカルＷｎｔシグナル伝達経路が腫瘍開始に寄与して、非カノニカルシグナル伝達が腫瘍進行に寄与するようである（Ｙｕｚｕｇｕｌｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１２８】
線維芽細胞活性化タンパク質、α（ＦＡＰ）線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）は、セリンプロテアーゼファミリーに属するＩＩ型膜内在性糖タンパク質である。ＦＡＰαの推定上のセリンプロテアーゼの活性およびその生体内誘導パターンは、発達、組織修復、および上皮発がん中の線維芽細胞成長または上皮と間葉の相互作用の調節における、この分子の役割を示唆してもよい（Ｓｃａｎｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）。ほとんどの正常な成人組織および良性上皮性腫瘍は、わずかまたは皆無の検出可能なＦＡＰ発現を示す。しかし、ＦＡＰ発現は、悪性乳がん、結腸直腸がん、肺がん、皮膚がん、および膵臓腫瘍、治癒創傷の線維芽細胞、軟部組織肉腫、およびいくつかの胎児間葉細胞の９０％以上の間質において検出される。ＦＡＰは、細胞の接着および移動プロセスならびにＥＣＭ成分の迅速な分解を通じて、がんの増殖および転移において潜在的役割を有する。したがって、それは、ＥＣＭに侵入する腫瘍細胞上、および血管新生に関与する内皮細胞上に存在するが、同一型の不活性細胞においては発現されない（Ｄｏｌｚｎｉｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｋｅｎｎｅｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｒｅｔｔｉｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３；Ｒｅｔｔｉｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｓｃａｎｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）。
【０１２９】
サイクリンＢ１（ＣＣＮＢ１）−ＣＣＮＢ１は、ＣＤＫ１／ＣＤＣ２と結合して有糸分裂進行を促進する、いくつかの有糸分裂サイクリンの１つであるサイクリンＢ１をコードするＣＮＢ１の過剰発現は多数のがん型で記載されており、例えば、結腸直腸がん（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）、乳がん（Ａａｌｔｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ａｇａｒｗａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、ＮＳＣＬＣ（Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、および食道扁平上皮がん（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）において、腫瘍の進行および予後不良と関連したまた胃がんにおいても、ＣＣＮＢ１発現は、局所リンパ節転移および予後不良と関連した（Ｂｅｇｎａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｆｕｊｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＣＮＢ１に対する抗体は、肺がんまたは前立腺がんがある患者において検出され、肺がんの早期発見のためのバイオマーカーとして提案されている（Ｅｇｌｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。
【０１３０】
ＡＴＰアーゼ、Ｃａ＋＋輸送、心筋、速攣縮１（ＡＴＰ２Ａ１）、ＡＴＰアーゼ、Ｃａ＋＋輸送、心筋、速攣縮２（ＡＴＰ２Ａ２）どちらの遺伝子（ＡＴＰ２Ａ１およびＡＴＰ２Ａ２）も、ＳＥＲＣＡ  Ｃａ（２＋）−ＡＴＰアーゼをコードする。筋小胞体（ＳＲ）１／ＥＲカルシウムＡＴＰアーゼ（ＳＥＲＣＡ）は、ＡＴＰ加水分解と、ＳＲ／ＥＲ膜を越えるカルシウム輸送とを連結するカルシウムポンプである（ＭａｃＬｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）。ＳＥＲＣＡは、３つの相同遺伝子、ＳＥＲＣＡ１（ＡＴＰ２Ａ１）、ＳＥＲＣＡ２（ＡＴＰ２Ａ２）、およびＳＥＲＣＡ３によってコードされる（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）。ＳＥＲＣＡが、アポトーシス、分化、および細胞増殖の過程に対してもまた、直接的影響を有してもよいことを示す、いくつかの証拠が浮上してきた（Ｃｈａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｓａｋｕｎｔａｂｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＳＥＲＣＡ１をコードするＡＴＰ２Ａ１の変異は、運動中の筋肉弛緩の障害を増大させることで特徴付けられる、いくつかの常染色体劣性型のブロディ病を引き起こす（Ｏｄｅｒｍａｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６）。ＡＴＰ２Ａ２は、異常な角質化と棘細胞離開によって特徴付けられる、稀な常染色体優性遺伝性皮膚疾患であるダリエー病と関連する、ＡＴＰアーゼである（Ｈｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＡＴＰ２Ａ２の生殖細胞系変化は、肺および大腸がんに罹りやすくしてもよく、欠陥ＡＴＰ２Ａ２遺伝子は発がんに関与するかもしれない（Ｋｏｒｏｓｅｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。小細胞肺がん（Ｈ１３３９）および肺腺がん（ＨＣＣ）細胞株においては、正常なヒト気管支上皮細胞株と比較して、ＥＲＣａ２＋の含有量が低下した。Ｃａ２＋含有量の低下は、カルシウムをＥＲに送り込むＳＥＲＣＡ２の発現低下と相関した（Ｂｅｒｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＡＴＰ２Ａ２は、結腸直腸がんＣＲＣ患者の可能な予後マーカーであり得る。それは循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）において検出され、術後再発は、遺伝子の過剰発現と有意に相関した（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２Ｂ）。
【０１３１】
フィブロネクチン１（ＦＮ１）−ＦＮ１は、糖タンパク質であるフィブロネクチンをコードするが、これは血漿中に可溶性二量体形態で存在し、細胞表面および細胞外マトリックスには二量体または多量体形態で存在する。ほとんどの腫瘍においては、ＦＮ１が、腫瘍細胞でなく、がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）および内皮細胞によって優勢に発現されることが報告されている（Ｂｅｒｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。高レベルのＦＮ１はいくつかのがん型で報告されており、例えば、胆嚢がん（Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、前立腺がん（ｖｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、および腎細胞がん（Ｓｔｅｆｆｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｗａａｌｋｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）におけるように、予後不良またはがん進行と関連付けられている。ＦＮ１はまた、細胞増殖、化学療法抵抗性、およびアポトーシス阻害をはじめとする、肺がん発病の刺激にも関与するとされる（（Ｒｉｔｚｅｎｔｈａｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）で概説される）。
【０１３２】
インスリン様成長因子２  ｍＲＮＡ結合タンパク質３（ＩＧＦ２ＢＰ３）ＩＧＦ２ＢＰ３は、ｍＲＮＡ局在化、交代、および翻訳調節に関与するとされるインスリン様成長因子ＩＩ  ｍＲＮＡ結合タンパク質ファミリーのメンバーである。タンパク質は、ＲＮＡ結合において重要でＲＮＡ合成および代謝に関与することが知られている、いくつかのＫＨ（Ｋ相同的）ドメインを含有する。発現は、主に胚発生中に起こり、いくつかの腫瘍で記載されている。したがってＩＧＦ２ＢＰ３は、がん胎児性タンパク質であると見なされる（Ｌｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＩＧＦ２ＢＰ３は、ＩＧＦ−ＩＩタンパク質合成を増強することによって、およびＣＤ４４  ｍＲＮＡの安定化を通じて細胞接着と浸潤を誘導することによって、腫瘍細胞の増殖を促進してもよい（Ｆｉｎｄｅｉｓ−Ｈｏｓｅｙ  ａｎｄ  Ｘｕ，２０１２）。さらにＩＧＦ２ＢＰ３発現は、多数のヒト新生物において研究されており、それが、移動、浸潤、細胞生存、および腫瘍転移を媒介するという証拠が上がってきており（Ｊｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｋａｂｂａｒａｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｌｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｓａｍａｎｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、それは血管新生にも関与しているかもしれない（Ｓｕｖａｓｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）．肺腺がんにおいては、中等度分化型または低分化型腺がんにおいて、より高頻度のＩＧＦ２ＢＰ３発現が検出され得て、それは侵襲性の生物学的挙動と関係してもよい（Ｆｉｎｄｅｉｓ−Ｈｏｓｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｂｅｌｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｆｉｎｄｅｉｓ−Ｈｏｓｅｙ  ａｎｄ  Ｘｕ，２０１２）。
【０１３３】
ラミニン、γ２（ＬＡＭＣ２）−細胞外基質糖タンパク質のファミリーであるラミニンは、基底膜の主要な非コラーゲン性構成物である。それらは、細胞接着、分化、移動、シグナル伝達、神経突起伸長、および転移をはじめとする、多種多様な生物学的過程に関与するとされている。ＬＡＭＣ２遺伝子は、基底膜領域の主要構成要素の１つであるラミニン−５の一部である、ラミニン−５γ２鎖をコードする。ＬＡＭＣ２は、胃がんにおいて、プロモーター脱メチル化によって頻繁に上方制御された（Ｋｗｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＬＡＭＣ２は、無血管メラノーマ領域と比較して、血管性メラノーマ領域において過剰発現されることが判明した（Ｌｕｇａｓｓｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＬＡＭＣ２は、膀胱がん転移のバイオマーカーであり、その発現レベルは腫瘍等級と関連した（Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９Ｂ）。ＬＡＭＢ３およびＬＡＭＣ２遺伝子は、３２の非ＳＣＬＣ細胞株の内２１において（６６％）同時発現されたが、１３のＳＣＬＣ細胞株では１つにおいてのみ（８％）同時発現された。ＬＡＭＢ３およびＬＡＭＣ２遺伝子の同時発現はまた、検査された４症例の原発性非ＳＣＬＣ細胞の全てにおいて観察されたが、対応する非がん性の肺細胞においては観察されなかった（Ｍａｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０１３４】
脳内皮細胞接着分子（ＣＥＲＣＡＭ）−ＣＥＲＣＡＭは、内皮細胞表面に局在し（Ｓｔａｒｚｙｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）、家族性特発性側弯症に関連すると同定された９ｑ上の候補領域である、染色体９ｑ３４．１１にマッピングされる（Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＥＥＣＡＭ１遺伝子は、神経系において、および唾液腺、膵臓、肝臓、および胎盤などのいくつかの分泌組織において、幅広く転写される（Ｓｃｈｅｇｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＣＥＲＣＡＭタンパク質は、ＣｏｌＧａｌＴ酵素ＧＬＴ２５Ｄ１およびＧＬＴ２５Ｄ２と構造的に類似する。しかしその機能は依然として不明であるが、関連するＧＬＴ２５Ｄ１タンパク質とは機能的に異なるようであり、本タンパク質は、ＧＬＴ２５Ｄ１およびＧＬＴ２５Ｄ２タンパク質のようにグリコシルトランスフェラーゼとしては機能しない（Ｐｅｒｒｉｎ−Ｔｒｉｃａｕｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１３５】
マトリックス−リモデリング関連５（ＭＸＲＡ５）−アドリカンとしてもまた知られているＭＸＲＡ５は、接着プロテオグリカンをコードして、ＥＣＭ再構築および細胞−細胞接着に関与する一群の遺伝子に属する（Ｒｏｄｎｉｎｇｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＭＸＲＡ５のがんにおける機能は不明であるが、皮膚、脳、肺、および卵巣などの多様な組織から得られた腫瘍において、ＭＸＲＡ５における体細胞突然変異が同定されている。ＲＴ−ＰＣＲがアドリカン（ＭＸＲＡ５）について実施され、正常な結腸組織と比較して、結腸がんにおける過剰発現のマイクロアレイ所見が確認された（１３個の結腸直腸腫瘍および１３個の正常組織）（Ｚｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。最近の研究では、マトリックス−リモデリング関連５が、ＮＳＣＬＣにおいて２番目に頻繁に変異する遺伝子であった（１番目はＴＰ５３）（Ｘｉｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１３６】
ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン８（ＡＤＡＭ８）−ＡＤＡＭ８は、ＡＤＡＭ（ディスインテグリンおよびメタロプロテアーゼドメイン）ファミリーのメンバーである。ＡＤＡＭ８をはじめとする多数のＡＤＡＭ種は、ヒト悪性腫瘍において発現され、そこで成長因子機能およびインテグリン機能の制御に関与して、細胞増殖および浸潤の促進をもたらす（Ｍｏｃｈｉｚｕｋｉ  ａｎｄ  Ｏｋａｄａ，２００７）。ＡＤＡＭ８の発現は、ＥＧＦＲと正の相関性があった。どちらも主に、細胞質内および細胞膜上において発現される（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＡＤＡＭ８は、検査された肺がんのほとんどにおいて大量に発現された。ＡＤＡＭ８の外因性発現は、哺乳動物細胞の遊走活性を増加させ、ＡＤＡＭ８が、肺がんの進行において重要な役割を果たしてもよいことを示唆する（Ｉｓｈｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＡＤＡＭ８は、肺がんの予後不良と関連付けられている（Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＡＤＡＭ８の過剰発現は患者のより短い生存期間と関連し、ＲＣＣにおける遠隔転移の良好な予測因子であった（Ｒｏｅｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４Ｂ；Ｒｏｅｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４ａ）。さらに、ＡＤＡＭ８の発現レベルおよびプロテアーゼ機能は、神経膠腫細胞の浸潤活性と相関し、脳がんにおける腫瘍浸潤において、ＡＤＡＭ８が重要な役割を役割を果たしてもよいことが示唆された（Ｗｉｌｄｅｂｏｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０１３７】
メラノーマ抗原ファミリーＦ、１（ＭＡＧＥＦ１）−ＭＡＧＥ（メラノーマ関連抗原）スーパーファミリーの既知のメンバーのほとんどは、腫瘍、精巣、および胎児組織において発現され、それはがん／精巣発現パターンとして記載されている（ＭＡＧＥサブグループＩ）。ＭＡＧＥサブグループＩのペプチドは、ペプチドおよびＤＣワクチン接種において成功裏に使用されている（Ｎｅｓｔｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５；Ｔｈｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。対照的に、ＭＡＧＥＦ１などのいくつかのＭＡＧＥ遺伝子（ＭＡＧＥサブグループＩＩ）は、試験された全ての成人および胎児組織において、そして卵巣がん、乳がん、子宮頸がん、メラノーマ、および白血病をはじめとする多数の腫瘍型においても広範に発現される（Ｎｅｓｔｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｍａｒｃｈａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５；Ｔｈｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。それでもなお、ＭＡＧＥＦ１の過剰発現が、ＮＳＣＬＣ（Ｔｓａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）において、そして台湾の結腸直腸がん患者コホートの７９％において（Ｃｈｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）検出され得た。
【０１３８】
小型核リボ核タンパク質２００ｋＤａ（Ｕ５）（ＳＮＲＮＰ２００）−ｍＲＮＡ前駆体スプライシングは、転写されたｍＲＮＡ前駆体断片からイントロンを除去する、特化ＲＮＡとタンパク質サブユニットの複合体であるスプライソソームによって触媒される。スプライソソームは、およそ８０の保存されたタンパク質に加えて、低分子核内ＲＮＡタンパク質（ｓｎＲＮＰ）Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、およびＵ６からなる。ＳＮＲＮＰ２００は、スプライソソームの触媒活性化の必須段階である、Ｕ４／Ｕ６二本鎖の巻き戻しに必要な遺伝子である（Ｍａｅｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＳＮＲＮＰ２００発現は、心臓、脳、胎盤、肺、肝臓、骨格筋、腎臓、および膵臓において検出された（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９ａ）。ＳＮＲＮＰ２００の変異は、常染色体優性色素性網膜炎（ａｄＲＰ）と関連することが、最近発見されている（Ｂｅｎａｇｌｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１３９】
ＴＰＸ２、微小管関連、ホモログ（アフリカツメガエル（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｌａｅｖｉｓ）））（ＴＰＸ２）−ＴＰＸ２は、紡錘体集合因子である。それは、アポトーシス中の有糸分裂紡錘体および微小管の正常な集合に必要である。ＴＰＸ２は、クロマチンおよび／または動原体依存微小管核形成に必要である（Ｂｉｒｄ  ａｎｄ  Ｈｙｍａｎ，２００８；Ｍｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。新規合成されたＴＰＸ２は、ほぼ全てのオーロラＡ活性化のために、そして卵母細胞成熟中の完全ｐ５３合成と生体内リン酸化のために必要である（Ｐａｓｃｒｅａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＴＰＸ２は、髄膜腫（Ｓｔｕａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、喉頭の扁平上皮がん（ＳＣＣＬ）（Ｃｏｒｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、経口扁平上皮がん（ＳＣＣ）（Ｓｈｉｇｅｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、肝細胞がん（ＨＣＣ）（Ｓａｔｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、膵臓腫瘍（Ｗａｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、卵巣がん（Ｒａｍａｋｒｉｓｈｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、肺の扁平上皮がん（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）などの多数の腫瘍型において過剰発現される、細胞周期関連タンパク質である。それは、頻繁にオーロラＡと共に同時過剰発現されて、発がん特性がある新規機能単位を生じる（Ａｓｔｅｒｉｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＴＰＸ２発現は、肺がんにおける予後指標である（Ｋａｄａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１４０】
形質転換成長因子、β−誘導性、６８ｋＤａ（ＴＧＦＢＩ）−ＴＧＦＢＩは、最初にヒト肺腺がん細胞株においてＴＧＦ−β誘導性遺伝子として同定された。それは、細胞付着および細胞外マトリックス組成に作用すると考えられる、分泌される細胞外マトリックスタンパク質をコードする。通常、ＴＧＦＢＩの発現は、主に、線維芽細胞、ケラチノサイト、および筋肉細胞に見られる（Ｂａｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。ＴＧＦＢＩは、結腸（Ｋｉｔａｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）、膵臓（Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）、および腎臓（Ｉｖａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）などのいくつかの固形腫瘍において過剰発現される。ＴＧＦＢＩは、肺がんにおいて下方制御され（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｓｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）、肺腫瘍細胞の転移能を低下させ（Ｗｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、過剰発現されるとアポトーシス細胞死に寄与する（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＮＳＣＬＣサンプルにおいては、上昇したＴＧＦＢＩ発現と化学療法に対する応答との間に、強い関連性が観察された（Ｉｒｉｇｏｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４１】
サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）／サイクリン依存性キナーゼ６（ＣＤＫ６）ＣＤＫ４は、Ｓｅｒ／Ｔｈｒタンパク質キナーゼファミリーのメンバーである。これは、細胞周期Ｇ１相の進行に重要な、タンパク質キナーゼ複合体の触媒性サブユニットである。このキナーゼの活性は、細胞周期中のＧ１相からＳ相への転移に限定され、その発現は主に転写レベルで調節される（Ｘｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＣＤＫ４およびＣＤＫ６酵素、そして例えばサイクリンなどのそれらの調節因子は、胎芽形成、恒常性、および発がんにおいて重要な役割を果たす（Ｇｒａｆ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。肺がん組織においては、正常組織と比較して、ＣＤＫ４タンパク質の発現レベルが有意に増大した（Ｐ＜０．００１）。ＣＤＫ４発現がより高い患者は、ＣＤＫ４発現が低い患者よりも、顕著により短い全生存期間を有した。多変量解析は、ＣＤＫ４の発現レベルが、肺がんのある患者の生存期間に対する、独立した予後指標（Ｐ＜０．００１）であることを示唆した。さらにＣＤＫ４発現の抑制は、細胞周期レギュレーターｐ２１の発現もまた有意に上昇させた（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。内因性Ｋ−Ｒａｓ発がん遺伝子を発現する肺細胞においては、Ｃｄｋ４の除去によって即時に老化反応が誘発されたが、Ｃｄｋ２またはＣｄｋ６の除去では誘発されなかった。単一Ｃｄｋ４対立遺伝子を発現する肺、またはその他のＫ−Ｒａｓ発現組織においては、このような応答は起こらなかった。コンピュータ断層撮影スキャニングによって検出可能な進行した腫瘍におけるＣｄｋ４対立遺伝子を標的化することもまた、老化を誘発して腫瘍の進行を妨げる（Ｐｕｙｏｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４２】
バーシカン（ＶＣＡＮ）−ＶＣＡＮは、アグリカン／バーシカンプロテオグリカンファミリーのメンバーである。ＶＣＡＮは、ヒアルロナン、テネイシン、フィビュリン−１、フィブロネクチン、ＣＤ４４およびＬ−セレクチン、フィブリリン、インテグリン、およびリンクタンパク質をはじめとする、細胞外基質のいくつかの分子と関わりがあることが知られている（Ｚｈｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＶＣＡＮは、多様な組織において発現される。これは組織成長の初期段階において高度に発現され、組織成熟後にはその発現が低下する。その発現はまた、創傷修復および腫瘍成長においても上昇する（Ｇｈｏｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＲＮＡ干渉によるヒト肺腺がん（Ａ５４９）細胞におけるＶＣＡＮノックダウンは、生体内で腫瘍成長を有意に阻害したが、生体外では阻害しなかった（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＶＣＡＮは、ｐ５３の直接標的である。ＶＣＡＮの高度発現はまた、初期段階前立腺がんの、そして乳がんの、腫瘍周囲間質組織においても見られ、それは侵襲性腫瘍挙動と関連する（Ｙｏｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０１４３】
ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｓ（ＵＢＥ２Ｓ）−ＵＢＥ２Ｓは、有糸分裂終了を促進するＡＰＣ補助因子である。その枯渇は、薬剤誘発性有糸分裂停止を延長し、有糸分裂スリッページを抑制する（Ｇａｒｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＵＢＥ２Ｓは、一般的なヒトのがんにおいて過剰発現される。食道がんにおいては、ＵＢＥ２Ｓは腫瘍負荷の程度と有意に関連する。その陽性は、ネオアジュバント療法に対する反応不良および生存率低下と関連した（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＵＢＥ２Ｓプロモーターにおいては、初期増殖応答−１（Ｅｇｒ−１）および血清応答因子（ＳＲＦ）の結合部位が同定された。これらの因子の過剰発現は、がん細胞の増殖に必要なＵＢＥ２Ｓ発現を増大させた（Ｌｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１４４】
ＳＥＴおよびＭＹＮＤドメイン含有３（ＳＭＹＤ３）ヒストンＨ３リジン４特異的メチルトランスフェラーゼであるＳＭＹＤ３の上方制御が、結腸直腸がん（ＣＲＣ）および肝細胞がん（ＨＣＣ）の増殖において、重要な役割を果たすことが以前報告された。別の研究では、ほとんどの乳がん組織においても、ＳＭＹＤ３発現が上昇することが明らかにされた。ＣＲＣおよびＨＣＣと同様に、この遺伝子に対する低分子干渉ＲＮＡによるＳＭＹＤ３のサイレンシングは、乳がん細胞の成長阻害をもたらし、ＳＭＹＤ３発現の増大もまた、乳がん細胞の増殖に必須であることが示唆された（Ｈａｍａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＲＮＡ干渉によるＳＭＹＤ３のノックダウンは、ｃ−Ｍｅｔ発現を下方制御し、ＨＧＦによって誘導される細胞移動および浸潤を阻害する（Ｚｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＳＭＹＤ３は、ＨｅＬａ細胞増殖および移動／浸潤において重要な役割を果たし、それはヒト子宮頸がんにおける有用な治療標的であってもよい（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１４５】
ジストニン（ＤＳＴ）−ＤＳＴ（ＢＰＡＧ１−ｅ）は、接着結合プラークタンパク質のプラキンタンパク質ファミリーのメンバーをコードする。ＢＰＡＧ１−ｅは、上皮組織において発現されて、ケラチン含有中間フィラメントを半接着斑（ＨＤ）に固着させる。ＨＤは、重層上皮および複合上皮における上皮間質付着を促進する、多タンパク質接着複合体である。それらの機能の調節は、その中で細胞が基質から剥離して運動性表現型を獲得する、創傷治癒およびがん浸潤におけるケラチノサイトの分化と移動などの、多様な生物学的過程において非常に重要である（Ｌｉｔｊｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。悪性メラノーマは、最も侵襲性が高い腫瘍型の１つである。ＢＰＡＧ１は、ヒトメラノーマ細胞株（Ａ３７５およびＧ３６１）および正常ヒトメラノサイトにおいて発現される。メラノーマ患者の血清中の抗ＢＰＡＧ１自己抗体レベルは、健常ボランティアの血清中よりも有意に高かった（ｐ＜０．０１）。抗ＢＰＡＧ１自己抗体は、メラノーマ診断のための有望なマーカーであってもよい（Ｓｈｉｍｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＤＳＴは、乳がん浸潤と関連した（Ｓｃｈｕｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＢＰＡＧ１遺伝子は、鼻咽頭がんＮＰＣの増殖、アポトーシス、浸潤、および転移に関与する可能性が高い（Ｆａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１４６】
溶質輸送体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２（ＳＬＣ３４Ａ２）ＳＬＣ３４Ａ２は、ｐＨ感受性ナトリウム依存性リン酸輸送体である。十分に分化した腫瘍におけるＳＬＣ３４Ａ２遺伝子発現の上方制御は、卵巣の発がん中の細胞分化過程を反映してもよく、卵巣がん診断および予後の可能なマーカーの役割を果たし得る（Ｓｈｙｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＲＴ−ＰＣＲは、乳頭状甲状腺がんにおけるＳＬＣ３４Ａ２の発現増大を確認した（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。乳がん組織にはまた、正常組織と比較して、ＳＬＣ３４Ａ２遺伝子発現の顕著な増大もあった（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４７】
テネイシンＣ（ヘキサブラキオン）（ＴＮＣ）−テネイシン−Ｃ（ＴＮＣ）は、胚発生（Ｂａｒｔｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２）、創傷治癒（Ｍａｃｋｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８）、および新生物プロセス（Ｃｈｉｑｕｅｔ−Ｅｈｒｉｓｍａｎｎ，１９９３；Ｃｈｉｑｕｅｔ−ＥｈｒｉｓｍａｎｎおよびＣｈｉｑｕｅｔ，２００３）などの高い移動活性と密接に関連するプロセスにおいて高度に上方制御される、細胞外マトリックスタンパク質である。さらに、ＴＮＣは、高い増殖性指標を有する腫瘍血管において過剰発現されて、それはＴＮＣが新生物血管新生に関与することを示唆する（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。ＴＮＣの過剰発現は、結腸がん（Ｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、それが最悪の予後と関連付けられている腺様嚢胞がん（Ｓｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、それがおそらく血管新生を促進する若年性鼻咽腔血管線維腫（Ｒｅｎｋｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、進行性メラノーマ（Ｆｕｋｕｎａｇａ−Ｋａｌａｂｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、それが増殖、移動、および転移において役割を果たす膵臓がん（Ｐａｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）からさらに報告されている。
【０１４８】
レティキュロカルビン１、ＥＦ−ハンドカルシウム結合ドメイン（ＲＣＮ１）／レティキュロカルビン３、ＥＦ−ハンドカルシウム結合ドメイン（ＲＣＮ３）−レティキュロカルビン１は、ＥＲの管腔内に位置するカルシウム結合タンパク質である。免疫組織化学的検査は、胎児および成人の様々な器官、主に内分泌および外分泌器官における、ＲＣＮの広範な分布を実証した。ＲＣＮの過剰発現は、腫瘍形成、腫瘍浸潤、および薬剤耐性において役割を有ししてもよい（Ｆｕｋｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。レティキュロカルビン１（ＲＣＮ１）は、内皮（ＥＣ）および前立腺がん（ＰＣａ）細胞株の双方の上にある細胞表面関連タンパク質である。細胞表面のＲＣＮ１発現は、骨髄内皮細胞の腫瘍壊死因子α処理によって上方制御された（Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＲＣＮ１は、結腸直腸がん（ＣＲＣ）で上方制御されて、がん細胞に、またはがん細胞近くの間質細胞に局在する。それは、ＣＲＣマーカーの新規候補であり得る（Ｗａｔａｎａｂｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＲＣＮ３は、分泌経路に局在する複数ＥＦハンドＣａ２＋結合タンパク質のＣＲＥＣ（Ｃａｂ４５／レティキュロカルビン／ＥＲＣ４５／カルメニン）ファミリーのメンバーである（Ｔｓｕｊｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。乏突起膠腫においては、潜在的に重要な候補遺伝子としてＲＣＮ３が示差されている。しかしＲＣＮ３の機能については、ほとんど知られていない（Ｄｒｕｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１４９】
バソヌクリン１（ＢＮＣ１）−バソヌクリンは、非常に限られた組織分布があるジンクフィンガータンパク質である（Ｔｓｅｎｇ，１９９８）。これまでのところ、バソヌクリンは、重層扁平上皮（皮膚、経口上皮、食道、膣、および角膜）の基底ケラチノサイトにおいて、そして精巣および卵巣の配偶子形成細胞において、主に検出されている（Ｔｓｅｎｇ  ａｎｄ  Ｇｒｅｅｎ，１９９４；Ｗｅｉｎｅｒ  ａｎｄ  Ｇｒｅｅｎ，１９９８）。今や、バソヌクリンが、ｒＲＮＡ遺伝子（ｒＤＮＡ）の細胞型特異的転写因子であるというかなりの証拠がある。バソヌクリンのジンクフィンガーは、ｒＤＮＡプロモーター内の３つの進化的に保存された部位と相互作用する（Ｉｕｃｈｉ  ａｎｄ  Ｇｒｅｅｎ，１９９９；Ｔｓｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＣｐＧメチル化によるエピジェネティックな調節は、腫瘍形成において、ならびにがん治療に対する応答において、重要な役割を有する。ＢＮＣ１は、放射線抵抗性のＨ１２９９ヒト非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）細胞株において、低メチル化された。Ｈ１２９９細胞におけるＢＮＣ１  ｍＲＮＡ発現の抑制は、これらの細胞の電離放射線に対する抵抗性もまた低下させた（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）。ＢＮＣ１の異常なＤＮＡメチル化は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）サンプルでもまた、検出された（Ｔｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。腎細胞がん（ＲＣＣ）においては、ＢＮＣ１のメチル化は、腫瘍のサイズ、病期または等級とは無関係に、より芳しくない予後と関連した（Ｍｏｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１５０】
形質転換、酸性コイルドコイル含有タンパク質３（ＴＡＣＣ３）（ＴＡＣＣ３）−ＴＡＣＣ３は、ｃｈ−ＴＯＧ（結腸および肝臓腫瘍過剰発現遺伝子）と、微小管を動原体糸に架橋させるクラスリンとの複合体中に存在する。ＴＡＣＣ３は、精巣、肺、脾臓、骨髄、胸腺、および末梢血白血球をはじめとする、特定の増殖性組織において発現される。ＴＡＣＣ３発現は、いくつかのヒト腫瘍型では変化する。細胞においては、ＴＡＣＣ３は、中心小体および紡錘体微小管の双方に局在するが、星状微小管には局在しない（Ｈｏｏｄ  ａｎｄ  Ｒｏｙｌｅ，２０１１）。ＴＡＣＣ３発現はｐ５３発現と相関し、腫瘍がＴＡＣＣ３およびｐ５３を高度に発現した患者は、腫瘍が双方の免疫染色について低レベルの発現を有した患者よりも、予後が有意により芳しくなかった（Ｐ＝０．００６）。ＴＡＣＣ３の増大がＮＳＣＬＣに増殖優位性を与えて、腫瘍の進行に寄与してもよく、ＴＡＣＣ３発現が、ＮＳＣＬＣにおける臨床転帰の強力な予後指標であることが示唆される（Ｊｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。Ｔａｃｃ３は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路の負の制御因子てもよい（Ｂａｒｇｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１５１】
Ｐｅｃａｎｅｘ様３（ショウジョウバエ）（ＰＣＮＸＬ３）−Ｐｅｃａｎｅｘ様タンパク質３（ＰＣＮＸＬ３）は、複数回貫通膜タンパク質であり；それは、ｐｅｃａｎｅｘファミリーに属する。ＰＣＮＸＬ３遺伝子は、染色体領域１１ｑ１２．１−ｑ１３にマッピングされた。３つの新規ヒト腫瘍関連転座切断点が、マーカーＤ１１Ｓ４９３３とＤ１１Ｓ５４６の間の染色体１１ｑ１３領域に位置した。したがってＰＣＮＸＬ３は、１１ｑ１３関連疾患遺伝子であるかもしれない（ｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０１５２】
ドローシャは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と相互作用して、ＲＮＡｉ経路の一部として相補的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の切断を誘導することで、多種多様なその他の遺伝子を制御する細胞によって天然に発現される、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、または短いＲＮＡ分子のプロセッシング開始に関与する、クラス２  ＲＮａｓｅ  ＩＩＩ酵素である。マイクロＲＮＡ分子は、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡとして知られている長いＲＮＡ一次転写産物として合成され、それはドローシャによって切断されて、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡとして知られている約７０塩基対長の特徴的なステムループ構造が生じる（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ドローシャは、ドローシャ活性に必須であり適切なプロセッシングに必要なｐｒｉ−ｍｉＲＮＡの一本鎖フラグメントを結合できる二本鎖ＲＮＡ結合タンパク質パシャ（ＤＧＣＲ８とも称される）もまた含有する（Ｄｅｎｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、マイクロプロセッサ複合体と称されるタンパク質複合体の一部として存在する。（Ｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ヒトドローシャは、それがリボソームＲＮＡ前駆体プロセッシングに関与する核ｄｓＲＮＡリボヌクレアーゼであると同定された２０００年に、クローン化された（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。ドローシャは、同定およびクローン化された最初のヒトＲＮａｓｅ  ＩＩＩ酵素であった。ｍｉＲＮＡのプロセッシングと活性に関与するその他の２つのヒト酵素は、ダイサーおよびアルゴノートタンパク質である。ドローシャおよびパシャはどちらも細胞核に局在し、そこでｐｒｉ−ｍｉＲＮＡからｐｒｅ−ｍｉＲＮＡへのプロセッシングが起こる。次に、この後者の分子は、細胞質においてＲＮａｓｅダイサーによってさらにプロセシングされ、成熟ｍｉＲＮＡになる（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ドローシャおよびその他のｍｉＲＮＡプロセッシング酵素は、がんの予後に重要であってもよい（Ｓｌａｃｋ  ａｎｄ  Ｗｅｉｄｈａａｓ，２００８）。
【０１５３】
細胞分裂周期６ホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））（ＣＤＣ６）−ＣＤＣ６タンパク質は、ＤＮＡ複製の初期段階における制御因子として機能する。それは、細胞周期Ｇ１には細胞核に局在するが、Ｓ期開始時には細胞質に移行する。さらにＣＤＣ６は、高等真核生物細胞において、ＡＴＲとの相互作用を通じて複製チェックポイント活性化を制御することが想定されている（Ｙｏｓｈｉｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＣＤＣ６はＤＮＡ複製に必須であり、その調節解除は発がんに関与する。ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によるＣＤＣ６下方制御は、細胞増殖を妨げ、アポトーシスを促進することが判明した（Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＣＤＣ６の過剰発現が、いくつかのがんに見られた。ＣＤＣ６を過剰発現するがん型の例は、胃がん（Ｔｓｕｋａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、脳腫瘍（Ｏｈｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）、口腔扁平上皮がん（Ｆｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、子宮頸がん（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、および悪性中皮腫（Ｒｏｍａｇｎｏｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）である。
【０１５４】
脱ヨウ素酵素、ヨードチロニン、ＩＩ型（ＤＩＯ２）−ＤＩＯ２遺伝子によってコードされるタンパク質は、ヨードチロニン脱ヨウ素酵素ファミリーに属する。それは甲状腺において高度に発現され、グレーブス病および甲状腺腫がある患者における、甲状腺Ｔ３産生の相対的増大に顕著に寄与してもよい（Ｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）；（ｄｅ  Ｓｏｕｚａ  Ｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５））。遺伝子発現パターンは、上方および下方進行型の鼻咽腔（ｎａｓｏｐｈａｒｙｇｅａｌ）がん（ＮＰＣ）の間で有意差がある。ＤＩＯ２遺伝子の発現は、上方進行型（局所的増殖および頭蓋底浸潤）よりも、下方進行型（下方＝遠隔転移）でより高く、それはＮＰＣの転移可能性と密接に関係していてもよい（Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８ａ）。ＤＩＯ２  ｍＲＮＡならびにＤＩＯ２活性は、脳腫瘍において発現される（Ｍｕｒａｋａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。肺におけるＤ２活性が存在し、肺末梢部および肺がん組織において類似している（Ｗａｗｒｚｙｎｓｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。
【０１５５】
キネシンファミリーメンバー２６Ｂ（ＫＩＦ２６Ｂ）−キネシンは、真核生物細胞に見られる、モータータンパク質のクラスに属するタンパク質である。キネシンは、微小管フィラメントに沿って移動し、ＡＴＰの加水分解によってエネルギー供給される（したがってキネシンはＡＴＰアーゼである）。キネシンファミリー遺伝子であるＫｉｆ２６ｂは、Ｓａｌｌ１の下流標的である（Ｎｉｓｈｉｎａｋａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。Ｋｉｆ２６ｂは、尿管芽に接触する間葉細胞の付着を制御するので、腎臓発生に必須である。Ｋｉｆ２６ｂの生体外過剰発現は、非筋肉ミオシンとの相互作用を通じて細胞接着の増大を引き起こした（Ｔｅｒａｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｕｃｈｉｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１５６】
セルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー３（ＳＥＲＰＩＮＢ３）−ＳＥＲＰＩＮＢ３とも称される扁平上皮細胞がん抗原（ＳＣＣＡ）は、セリンプロテアーゼインヒビターの高分子量ファミリー（セルピン）のメンバーである（Ｓｕｍｉｎａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）。頭頸部組織がんおよびその他の上皮性がんにおいて、高レベルが報告されている（Ｔｏｒｒｅ，１９９８）。ＳＣＣＡは、腫瘍周囲組織と比較して、腫瘍において過剰発現されることが報告されており、ＨＣＣの組織学的検出のための潜在的マーカーとしての役割が示唆される（Ｐｏｎｔｉｓｓｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。セルピンＢ３／Ｂ４、特にセルピンＢ４は、異常な上皮性増殖において重要な役割を果たすようである。セルピンＢ３／Ｂ４の評価は、特に肺がんに対する感受性が増大している患者において、疾患進行を予測する上での予後診断的的価値を有し得る（Ｃａｌａｂｒｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＳＣＣＡ１（ＳＥＲＰＩＮＢ３）は、リソソーム損傷によって誘導される細胞死を阻害する一方で、細胞死受容体アポトーシス経路とは独立してカスパーゼ−８を活性化することで、細胞をＥＲストレスに対して感作させる（Ｕｌｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。いくつかの所見は、ＳＥＲＰＩＮＢ３が、表皮バリア中断の誘導において重要な役割を果たすことを示唆する。ＳＥＲＰＩＮＢ３は、表皮内バリア機能の主要決定要因であってもよい（Ｋａｔａｇｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１５７】
サイクリン依存性キナーゼ１（ＣＤＫ１）−ｐ３４ｃｄｃ２またはＣＤＫ１（サイクリン依存性キナーゼ１）としてもまた知られているＣＤＣ２（細胞分裂周期２）は、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼのファミリーであるＣＤＫに属し、細胞周期調節において重要な役割を果たす（Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＣＤＣ２の過剰発現は、いくつかのがんにおいて見出されたが（Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）、サイクリンのようなその他の細胞周期タンパク質の発現は、なおもより頻繁に調節不全になる。ＣＤＣ２の過剰発現は、ＮＳＣＬＣについて記載されている（Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。Ｐｅｒｕｍａｌ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）は、ＣＤＣ２の過剰発現が予後不良と相関することを報告した（Ｐｅｒｕｍａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。さらに、一研究は、早期非小細胞肺がんにおける再発の予測因子としてのＣＤＣ２の臨床利用の可能性を示唆した（Ｋｕｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１５８】
コラーゲン、ＸＩ型、α１（ＣＯＬ１１Ａ１）−ＣＯＬ１１Ａ１は、ＸＩ型コラーゲンの２つのα鎖の１つである、小線維性コラーゲンをコードする。ＣＯＬ１１Ａ１は、例えば、結腸直腸がん（Ｆｒｅｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、乳がん（Ｅｌｌｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、胃がん（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９Ｂ）、膀胱腫瘍（Ｅｗａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）などのいくつかのがんにおいて、上方制御されることが報告された。卵巣がんにおけるＣＯＬ１１Ａ１発現は、がん再発および低生存率と関連がある。ＣＯＬ１１Ａ１のノックダウンは、生体外細胞移動、浸潤、およびマウスにおける腫瘍進行を低下させる（Ｃｈｅｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４Ｂ）。ＣＯＬ１１Ａ１は、マイクロアレイ分析に基づいて、健常対照と比較して、非喫煙女性肺がん患者の肺組織において（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｌｕｎｇ  ｔｉｓｓｕｅ）、示差的に発現されることが判明した（Ｌｖ  ａｎｄ  Ｗａｎｇ，２０１５）。
【０１５９】
コラーゲン、Ｉ型、α２（ＣＯＬ１Ａ２）−ＣＯＬ１Ａ２は、その三重らせんが２つのα１鎖および１つのα２鎖を含む、Ｉ型コラーゲンのプロα２鎖をコードする。胃がんサンプルにおいては、ＣＯＬ１Ａ２は正常組織と比較して上方制御され（Ｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）、進行した段階と関連することが判明した（Ｙａｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＣＯＬ１Ａ２は骨肉腫（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）、進行期膀胱がん（Ｆａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、頭頸部／口腔扁平上皮がん（ＨＮＯＳＣＣ）（Ｙｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、および最も頻度の高い小児悪性脳腫瘍である髄芽細胞腫（Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８Ｂ）において、上方制御されることが報告された。
【０１６０】
ペリオスチン、骨芽細胞特異的因子（ＰＯＳＴＮ）ＰＯＳＴＮは、ファシクリンファミリーとの類似性があるタンパク質をコードして、細胞生存および血管新生に関与する遺伝子であり、様々なタイプのヒトがんにおける腫瘍進行の有望なマーカーとして出現した（Ｒｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ペリオスチンタンパク質またはｍＲＮＡの高度発現は、乳がん（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｃ）、結腸がん（Ｋｉｋｕｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、頭頸部がん（Ｋｕｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）、膵臓がん（Ｋａｎｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、乳頭状甲状腺がん（Ｐｕｐｐｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、前立腺がん（Ｔｉｓｃｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、卵巣がん（Ｃｈｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、肺がん（Ｔａｋａｎａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、および肝臓がん（Ｕｔｉｓｐａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、ならびに食道扁平上皮がん（Ｋｗｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）をはじめとするほとんどの固形腫瘍において検出されたペリオスチンは、肺がんにおいて異常に高度に発現され、血管新生、浸潤、および転移と相関する（Ｔａｋａｎａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。Ａ５４９非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）細胞におけるペリオスチンのサイレンシングは、腫瘍細胞成長を阻害して細胞浸潤を低下させる（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｃ）。
【０１６１】
ＡＴフック、ＤＮＡ結合モチーフ、１含有（ＡＨＤＣ１）−この遺伝子は、おそらくＤＮＡ結合において機能する、２つのＡＴフックを含有するタンパク質をコードする。この遺伝子の変異は、脳視覚障害と関連した（Ｂｏｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。全エクソーム配列決定を用いて、ＡＨＤＣ１新生トランケート変異が、症候性表出性言語遅滞、緊張低下、および睡眠時無呼吸症がある個人で同定された。変異が、この遺伝的症候群を引き起こす可能性が最も高い（Ｘｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１６２】
アポトーシス誘導因子、ミトコンドリア関連、２（ＡＩＦＭ２）−この遺伝子は、一本鎖ＤＮＡと結合して細菌およびウイルスＤＮＡの存在下でアポトーシスに寄与すると考えられる、フラボタンパク質酸化還元酵素をコードする。ＡＩＦＭ２は十分に特性決定されていないが、限られた証拠は、それが腫瘍抑制因子として機能してもよいことを示唆する。ＡＩＦＭ２発現は腫瘍抑制因子ｐ５３によって活性化され、ｐ５３の異所性発現はアポトーシスを誘導することが実証されている。さらに、ＡＩＦＭ２発現は、腎臓がん、胃がん、結腸直腸がん、およびその他のがんサンプルをはじめとする、ヒト腫瘍のパネルにおいて、下方制御されることが示された（Ｏｈｉｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。しかし、ノックアウトマウスモデルにおいては、ＡＩＦＭ２はｐ５３依存性腫瘍抑制に必要ではなかった（Ｍｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。細胞培養において、ＡＩＦＭ２は、アデノシン誘導性アポトーシスの媒介に関与している（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１６３】
染色体６オープンリーディングフレーム１３２（Ｃ６ｏｒｆ１３２）−Ｃ６ｏｒｆ１３２は、染色体６オープンリーディングフレーム１３２をコードする。遺伝子Ｃ６ｏｒｆ１３２は、染色体６ｐ２１．１に位置する（Ｍｕｎｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。この遺伝子の機能は、依然として不明である。
【０１６４】
ＣＣＺ１液胞タンパク質輸送およびバイオジェネシス関連ホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））（ＣＣＺ１）、ＣＣＺ１液胞タンパク質輸送およびバイオジェネシス関連ホモログＢ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））（ＣＣＺ１Ｂ）−ＣＣＺ１は、ＣＣＺ１液胞タンパク質輸送およびバイオジェネシス関連ホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））をコードする。ＣＣＺ１Ｂは、ＣＣＺ１液胞タンパク質輸送およびバイオジェネシス関連ホモログＢ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））をコードする。ＣＣＺ１およびＣＣＺ１Ｂは、比較プロテオミクスによってカエノラブディティス・エレガンス（Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ）において進化的に保存された、ヒト遺伝子として同定された（Ｌａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。遺伝子ＣＣＺ１およびＣＣＺ１Ｂは、染色体７ｐ２２．１上に位置する（Ｈｉｌｌｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＣＣＺ１は、ファゴソーム上にＧＴＰアーゼＲＡＢ７Ａ７を動員することで、リソソームバイオジェネシスおよびファゴソームの成熟において機能するようである（Ｎｉｅｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＣＣＺ１Ｂ遺伝子は、未同定遺伝子である。
【０１６５】
コラーゲン、Ｖ型、α２（ＣＯＬ５Ａ２）−この遺伝子は、低存在量線維性コラーゲンの１つのα鎖をコードする。ＣＯＬ５Ａ２は、結腸直腸がん組織サンプルにおいて、隣接する非がん組織と比較して、上方制御されることが報告された（Ｆｉｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。非浸潤性乳管がん（ＤＣＩＳ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）、および乳がん患者の間質のマッチさせたサンプルは、ＩＤＣにおけるＣＯＬ５Ａ２の発現の上昇を示した（Ｖａｒｇａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。骨肉腫においては、ＣＯＬ５Ａ２が上方制御され、腫瘍形成に重要であると報告された（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１６６】
コレクチンサブファミリーメンバー１２（ＣＯＬＥＣ１２）−この遺伝子は、コラーゲン様配列および炭水化物認識ドメインを有するタンパク質である、Ｃ−レクチンファミリーのメンバーをコードする。ＣＯＬＥＣ１２タンパク質は、スカベンジャー受容体であり、宿主防御と関連するいくつかの機能を示す細胞表面糖タンパク質である。ＣＯＬＥＣ１２遺伝子は、未分化甲状腺がんの可能なバイオマーカー候補であることが示唆された（Ｅｓｐｉｎａｌ−Ｅｎｒｉｑｕｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＯＬＥＣ１２は、ＨＥＲ２陽性乳がん細胞株ＢＴ４７４において示差的に発現され、トラスツズマブ効率に寄与するかもしれない（ｖｏｎ  ｄｅｒ  Ｈｅｙｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１６７】
コートマータンパク質複合体、サブユニットγ１（ＣＯＰＧ１）−ＣＯＰＧ１は、コートマー複合体１のタンパク質サブユニット（ＣＯＰＩ）をコードする。ＣＯＰＩ被覆小胞は、ゴルジ体からＥＲおよびゴルジ体内への逆行性輸送を媒介する。七量体コートマー複合体であるＣＯＰＩコートの細胞質ゾル前駆体は、２つのサブコンプレックスから構成されると考えられ得る。第１のものは、ＡＰクラスリンアダプターサブユニットに遠位相同である、β、γ、δ、およびζ−ＣＦサブユニットからなる。（Ｗａｔｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＥＧＦＲのＥＧＦ依存性核輸送は、ＥＧＦＲと、ＣＯＰＩコモマーのサブユニットの１つであるγ−ＣＯＰとの結合に関与する、ゴルジ体からＥＲへの逆行性輸送によって調節される（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。免疫組織化学（ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｙ）により、ＣＯＰＧ１は、肺がん由来内皮細胞およびがん性肺細胞において豊富に発現することが確認された（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１６８】
ＣＳＮＫ２Ａ２−カゼインキナーゼＩＩサブユニットαプライムは、ヒトにおいてＣＳＮＫ２Ａ２遺伝子によってコードされる酵素である。後ろ向き研究は、ＣＳＮＫ２Ａ１が、リンパ節転移状態とは無関係に、完全切除術後のＮＳＣＬＣ患者における有用な予後マーカーであってもよいことを示した（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｃ）。ＣＳＮＫ２Ａ２は、後期のヒト結腸直腸がんにおける腫瘍進行と関連づけられている（Ｎｉｂｂｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１６９】
樹状細胞発現７回膜貫通タンパク質（ＤＣＳＴＡＭＰ）−この遺伝子は、主に樹状細胞において発現される、７回膜貫通タンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、樹状細胞によって行われる一連の免疫学的作用に関与する。ＤＣＳＴＡＭＰは、乳頭状甲状腺がんにおいて示差的に発現する遺伝子として同定されており（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、ひき続いてこれらのサンプルにおいて、上昇したレベルで発現されることが確認された（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１７０】
先天性角化異常症１、ジスケリン（ＤＫＣ１）−ＤＫＣ１遺伝子は、２つの異なる複合体において機能する。ジスケリンは、リボソームＲＮＡおよび小核ＲＮＡ上のウリジンの修飾、そしてテロメラーゼＲＮＡ要素（ＴＥＲＣ）の安定化の双方を媒介する。ヒト腫瘍においては、ジスケリン発現は、ｒＲＮＡ修飾およびＴＥＲＣレベルの双方と関連することが判明した（Ｐｅｎｚｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。さらに、ジスケリンの過剰発現は、例えば、ＨＣＣなどの多様な腫瘍型における、予後不良と結びつけられている（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１７１】
二重特異性チロシン−（Ｙ）−リン酸化調節キナーゼ２（ＤＹＲＫ２）／二重特異性チロシン−（Ｙ）−リン酸化制御キナーゼ４（ＤＹＲＫ４）−ＤＹＲＫ２およびＤＹＲＫ４は、細胞の分化、増殖、および生存の調節に関与する、Ｄｙｒｋタンパク質キナーゼファミリー（５つのメンバーを有する哺乳類ファミリー）に属する（Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＤＹＲＫ２は、Ｓｎａｉｌを分解することで、乳がんにおける上皮間葉転換を調節する（Ｍｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＤＹＲＫ２はｐ５３を制御してアポトーシスを誘導し、ＤＮＡ損傷に対する応答を増強する：遺伝毒性ストレスへの曝露に際して、ＤＹＲＫ２は核内に移行し、リン酸化によってｐ５３を活性化する（Ｍｅｕｌｍｅｅｓｔｅｒ  ａｎｄ  Ｊｏｃｈｅｍｓｅｎ，２００８；Ｔａｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＤＹＲＫ４遺伝子は、ＣＣＮＤ２遺伝子が影響を受けた際のＣＲＣの感受性遺伝子座として記載された、１２ｐ１３．３２番染色体にマッピングされる（Ｊｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｐｅｔｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。いくつかの研究は、神経細胞分化におけるＤＹＲＫ４の役割を強調している（Ｌｅｙｐｏｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｓｌｅｐａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１７２】
ＥＲＯ１様（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））ＥＲＯ１Ｌ−ＥＲＯ１様タンパク質αは、ヒトにおいてＥＲＯ１Ｌ遺伝子によってコードされるタンパク質である。ＥＲＯ１−αは、小胞体に存在し、低酸素下で誘導される酸化酵素である。ＥＲＯ１−αは、多様な腫瘍型において過剰発現される。さらに、がん関連ＥＲＯ１−αは、酸化的折り畳みを通じてＭＨＣクラスＩ分子の発現を制御する（Ｋｕｋｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。がん細胞におけるｈＥＲＯ１−αの発現は、より芳しくない予後と関連し、ひいては乳がんのある患者の予後因子であり得ることが示唆されている（Ｋｕｔｏｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。天然ヒト腫瘍においては、ＥＲＯ１Ｌ  ｍＲＮＡは、上方制御されたＶＥＧＦ発現のものと一致する、低酸素微小環境内で特異的に誘導された。ｓｉＲＮＡをじたＥＲＯ１Ｌ産生の低下は、ＶＥＧＦ分泌の顕著な阻害、損なわれた増殖能力、およびアポトーシス促進をもたらすことが示されている（Ｍａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１７３】
配列類似性８３があるファミリー、メンバーＡ（ＦＡＭ８３Ａ）−ＦＡＭ８３Ａは、いくつかの多様ながん組織型で上昇すると判定された（Ｃｉｐｒｉａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。しかし、ＦＡＭ８３Ａの機能は不明確なままである（Ｂｏｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＦＡＭ８３Ａは、肺がんの腫瘍特異的遺伝子であると予測され、肺がんサンプルにおけるその発現が実験的に確認されている。発現は、特に腺がんにおいて高かった（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。その他の研究者は、肺がんの進行との相関を報告した（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１７４】
脆弱Ｘ精神遅滞、常染色体性ホモログ１（ＦＸＲ１）−ＦＸＲ１遺伝子によってコードされるタンパク質は、機能的に類似したタンパク質ＦＭＲ１およびＦＸＲ２と相互作用するＲＮＡ結合タンパク質である。ＦＸＲ１は、がんをはじめとする様々なヒト疾患において調節解除される。ＦＸＲ１は、がん細胞の増殖、移動、および浸潤を増大させ得る、がん遺伝子の機能を果たした（Ｊｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＦＸＲ１は、ＮＳＣＬＣの新規がん遺伝子であり、ＦＸＲ１は、肺がん細胞の同一アンプリコン内のプロテインキナーゼＣ、ι（ＰＲＫＣＩ）と、上皮細胞トランスフォーミング２（ＥＣＴ２）の２つのその他の発がん遺伝子と新規複合体を形成することで、その調節作用を実行する（Ｑｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５Ｂ）。ＮＳＣＬＣにおけるＦＸＲ１発現の増大は、低生存率を予測するバイオマーカーの候補であり、新規治療標的に相当するかもしれないことが報告されている。さらに、ＦＸＲ１発現は、複数のヒトがんにおける臨床転帰不良と相関しており、がん進行におけるこのＲＮＡ結合タンパク質のより広いかかわり合いが示唆される（Ｑｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。
【０１７５】
Ｇ２／Ｍ期特異的Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼ（Ｇ２Ｅ３）−Ｇ２／Ｍ期特異的Ｅ３ユビキチン−タンパク質リガーゼは、ヒトにおいてＧ２Ｅ３遺伝子によってコードされる酵素である。Ｇ２Ｅ３は、細胞質と核の間を往復し、核小体に集中し、ＤＮＡ損傷に応答して核質に再局在する。Ｇ２Ｅ３は、初期胚形成におけるアポトーシスの予防に不可欠な、二重機能ユビキチンリガーゼである（Ｂｒｏｏｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。いくつかの結果は、Ｇ２Ｅ３がＤＮＡ損傷応答および細胞生存の分子決定因子であり、その喪失が、ＤＮＡ損傷処置に向けて腫瘍細胞を感作することを示唆する（Ｓｃｈｍｉｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５Ｂ）。さらに、Ｇ２Ｅ３の喪失は、アポトーシスを始動してがん細胞の増殖を低下させた。したがって、Ｇ２Ｅ３は生存因子の役割を果たす（Ｓｃｈｍｉｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。
【０１７６】
グアニル酸結合タンパク質５（ＧＢＰ５）−ヒトグアニル酸結合タンパク質５（ｈＧＢＰ５）は、炎症促進性サイトカインによるそれらの高い誘導で良く知られている、インターフェロンγ誘導性大型ＧＴＰアーゼファミリーに属する（Ｗｅｈｎｅｒ  ａｎｄ  Ｈｅｒｒｍａｎｎ，２０１０）。ｈＧＢＰ５は、３つのスプライス変異体で存在して２つの異なるタンパク質を形成し、その内、腫瘍特異的なものは、９７アミノ酸でＣ末端がトランケートされている（Ｆｅｌｌｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１７７】
グルタミナーゼ（ＧＬＳ）−ＧＬＳ遺伝子は、Ｋ型ミトコンドリアグルタミナーゼをコードする。グルタミンをグルタミンに変換するグルタミナーゼ（ＧＬＳ）は、がん細胞の代謝、成長、および増殖において重要な役割を果たす。いくつかの研究は、ＧＬＳが腫瘍形成に必要であることを実証し、がん治療のために、ＧＬＳに対する腫瘍細胞自律性依存を標的とする可能なアプローチとして、ＧＬＳの小分子および遺伝子阻害を支持する（Ｘｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＧＬＳスプライス変異体の一過性ノックダウンは、ＧＡＣの喪失が、ＮＳＣＬＣがん細胞増殖に対して最も有害な効果を有することを示唆した（ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｈｅｕｖｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＧＬＳ１発現は上方制御され、結腸直腸がん（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、および膵管腺がん（ＰＤＡ）（Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）における、臨床病理学的要素と関連がある。
【０１７８】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質２（ＨＳＰＡ２）−ＨＳＰＡ２は、乳がん（Ｍｅｓｔｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）、子宮頸がん（Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）、膀胱尿路上皮がん（Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｃ）、鼻咽頭がん（Ｊａｌｂｏｕｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）、および悪性腫瘍（Ｃｈｏｕｃｈａｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）などのヒトがんのサブセットにおいて異常なレベルで発現される、可能ながん促進タンパク質として同定されている。ＨＳＰＡ２遺伝子活性のいくらかのレベルはまた、数種のヒトがん（Ｓｃｉｅｇｌｉｎｓｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）に由来する細胞株においても観察された一方で、がん細胞におけるＨＳＰＡ２遺伝子のサイレンシングは、成長停止と腫瘍形成能の低下をもたらした（Ｒｏｈｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｘｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。さらにＨＳＰＡ２遺伝子の多形性は、肺がん発症リスクの増大と関連する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）。ＨＳＰＡ２の過剰発現は、ヒト乳がん、子宮頸がん、および膀胱尿路上皮がんにおいて、細胞増殖の増大、分化不良、およびリンパ節転位と相関する（Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ；Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｃ；Ｍｅｓｔｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。
【０１７９】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質８（ＨＳＰＡ８）−ＨＳＰＡ８遺伝子は、熱誘導性メンバーと構成的発現メンバーの双方を含有する、熱ショックタンパク質７０ファミリーＨｓｃ７０のメンバーをコードする。ＨＳＰＡ８は、新生ポリペプチドに結合して、正確なタンパク質の折り畳みを容易にする（Ｂｅｃｋｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０）。Ｈｓｃ７０は、分子シャペロンとして機能し、タンパク質合成、折り畳み、構築、細胞コンパートメント間の輸送、および分解を助ける（Ｂｕｋａｕ  ａｎｄ  Ｈｏｒｗｉｃｈ，１９９８；Ｈａｒｔｌ  ａｎｄ  Ｈａｙｅｒ−Ｈａｒｔｌ，２００２）。Ｈｓｃ７０は、非悪性乳房細胞ならびに乳がん細胞において発現され（Ｋａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｖａｒｇａｓ−Ｒｏｉｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）、化学療法抵抗性がん細胞におけるＨｓｐ／ｈｓｃ７０の過剰発現は（Ｃｉｏｃｃａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２；Ｌａｚａｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）、これらのタンパク質の可能な臨床マーカーについての研究を促している（Ｃｉｏｃｃａ  ａｎｄ  Ｃａｌｄｅｒｗｏｏｄ，２００５）。この分泌されたｈｓｃ７０シャペロンには、細胞増殖における潜在的役割があり、それが、カテプシンＤを過剰発現するがん細胞におけるより高い腫瘍成長を説明するかもしれない（Ｎｉｒｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。さらにＲｕｉｓｉｎ  ｅｔ  ａｌ．は、この遺伝子の多形性と肺がんリスクの間の関連性を報告した（Ｒｕｓｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１８０】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質１Ａ（ＨＳＰＡ１Ａ）−ＨＳＰ７２としても知られているＨＳＰＡ１Ａは、がんにおいて強力に上方制御され、ｐ５３依存性およびｐ５３非依存性の老化経路を抑制することで、腫瘍細胞の増殖に重要な役割を果たすことが示された（Ｓｈｅｒｍａｎ，２０１０）。過剰発現は、ＲＣＣ（Ａｔｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）および胃腸がん（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）で記載され、後者は、進行、浸潤、およびリンパ節および遠縁の転移の存在との有意な相関を示す。
【０１８１】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質１Ｂ（ＨＳＰＡ１Ｂ）−ＨＳＰ７０−２としてもまた知られているＨＳＰＡ１Ｂは、精母細胞およびがん細胞の増殖に必須の精巣特異的熱ショックタンパク質７０−２をコードする（Ｈａｔｆｉｅｌｄ  ａｎｄ  Ｌｏｖａｓ，２０１２）。異なる研究が、子宮頸がん（Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）、腎細胞がん（Ｓｉｎｇｈ  ａｎｄ  Ｓｕｒｉ、２０１４）、および膀胱がんの疾患進行における、ＨＳＰ７０−２の重要な役割を示唆しており、遺伝子内多形性は、胃がんの発生と関連する（Ｆｅｒｒｅｒ−Ｆｅｒｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。いくつかの機能性ＨＳＰＡ１Ｂ変異体は、肺がんリスクおよび生存率と関連する。これらのＨｓｐ７０遺伝的変異は、肺がんリスクおよび予後を予測する有用なバイオマーカーを提供してもよい（Ｓｚｏｎｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１８２】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質１様（ＨＳＰＡ１Ｌ）−ヒートショック７０ｋＤａタンパク質１Ｌは、ヒトにおいて、第６染色体上のＨＳＰＡ１Ｌ遺伝子によってコードされるタンパク質である。それはＨＳＰＡ１ＡおよびＨＳＰＡ１Ｂと密接な相同性を共有するが、それは異なって制御され、熱誘導性ではない（Ｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）。遺伝子内の多型性は、前立腺がん易罹患性および予後（Ｓｆａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）および肝細胞がん易罹患性（Ｍｅｄｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）と関連する。
【０１８３】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質６（ＨＳＰ７０Ｂ’）（ＨＳＰＡ６）−熱ショックタンパク質（Ｈｓｐ）７０Ｂ’はヒトＨｓｐ７０シャペロンであり、それは厳密に誘導性であり、ほとんどの細胞において基本発現レベルは、極小または皆無である（Ｎｏｏｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。熱ショックタンパク質７０Ｂ’としても知られているＨＳＰＡ６は、Ｙ１５処理によって神経膠芽腫細胞において（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）、熱ショックによって頭頸部がん細胞において（Ｎａｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）、上方制御されることが示された。高レベルのＨＳＰＡ６は、ＨＣＣのより早期の再発と関連するかもしれない（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１８４】
熱ショック７０ｋＤａタンパク質７（ＨＳＰ７０Ｂ）（ＨＳＰＡ７）−ＨＳＰＡ７は、偽遺伝子である。
【０１８５】
ＨＳＰＡ（熱ショック７０ｋＤａ）結合タンパク質、細胞質コシャペロン１（ＨＳＰＢＰ１）−熱ショック結合タンパク質ＨｓｐＢＰ１は、Ｈｓｐ７０コシャペロンファミリーのメンバーである。ＨｓｐＢＰ１は、シャペロンＨｓｐ７０に結合してそれを制御する、コシャペロンである。ＨｓｐＢＰ１およびＨｓｐ７０のレベルは、健常人の血清と比較して、乳がん患者の血清で有意に高かった（Ｓｏｕｚａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＨＳＰＢＰ１は、白血病患者において過剰発現された（Ｓｅｄｌａｃｋｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＨｓｐＢＰ１は、ヒトＨＣＶ−ＨＣＣにおいて上方制御され、増大はＨｓｐ７０レベルの増大と相関した（Ｙｏｋｏｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１８６】
ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１含有ＩＱモチーフ（ＩＱＧＡＰ１）−ｐ１９５としても知られているＩＱＧＡＰ１は、ヒトにおいてＩＱＧＡＰ１遺伝子によってコードされる遍在的に発現されるタンパク質である。ＩＱＧＡＰ１は、いくつかの異なる細胞プロセス、特に細胞骨格再配置の重要な媒介物である。最近の研究は、一連の腫瘍において観察されたＩＱＧＡＰ１の過剰発現と特徴的な膜局在によって支持される、がんにおけるＩＱＧＡＰ１の潜在的役割を示唆している（Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＩＱＧＡＰ１の過剰発現は、膵臓がんの発生と進行において、重要な役割を果たしてもよい（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｃ）。ＩＱＧＡＰ１発現の抑制は、食道扁平上皮がん（ＥＳＣＣ）における腫瘍細胞の増殖、移動、および浸潤を低下させた（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｃ）。さらに、卵巣がん幹細胞様細胞（ＣＳＣ−ＬＣ）の分化中のＩＱＧＡＰ１発現の増大は、侵襲性細胞挙動に関与しており、それは卵巣がんの転移に寄与してもよい（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。
【０１８７】
インテグリン、β６（ＩＴＧＢ６）−ＩＴＧＢ６はインテグリンのサブタイプであり、それは上皮細胞の表面でのみ発現され、細胞外マトリックスタンパク質の受容体である（Ｗｅｉｎａｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）。研究は、研究された１０種のヒト腫瘍型において、正常組織と比較して増大されたＩＴＧＢ６の発現を認めた。ＩＴＧＢ６発現の最大頻度は、子宮頸部、皮膚、食道、および頭頸部の扁平上皮がんで報告された。注目すべきことに、ＩＴＧＢ６の抗体抗体媒介性遮断が、生体内における腫瘍進行を阻害した（Ｖａｎ  Ａａｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＩＴＧＢ６は、腫瘍特異的薬物送達の標的として活用されており、結腸がんにおける治療有効性を増強した（Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｚｈａｏ−Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。乳がんにおいては、ＩＴＧＢ６のｍＲＮＡまたはタンパク質のどちらかの高度発現は、非常に低い生存率および遠位部位への転移増大と関連した。ＩＴＧＢ６を標的とする抗体は、乳がんマウスモデルにおいて腫瘍増殖を阻害した（Ａｌｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１８８】
リジン（Ｋ）特異的デメチラーゼ６Ｂ（ＫＤＭ６Ｂ）−ＪＭＪＤ３としても知られているＫＤＭ６Ｂは、ヒトにおいてＫＤＭ６Ｂ遺伝子によってコードされるヒストンデメチラーゼである。ＫＤＭ６Ｂは、ヒストン３のリジン２７残基を脱メチル化することで、転写調節に影響を及ぼす。低いＫＤＭ６Ｂ発現は、外科的切除されたＣＲＣ患者における不良予後の独立した予測因子であった（Ｐ＝０．０４２）（Ｙｏｋｏｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。さらに、ＫＤＭ６Ｂの過剰発現は、ミトコンドリア依存性アポトーシスを開始させ、ＮＳＣＬＣ細胞における浸潤−転移カスケードを減衰させることで細胞増殖を阻害した（Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。他方、ＫＤＭ６Ｂは、腎明細胞がん（ｃｃＲＣＣ）において高い発現レベルを有し、ｃｃＲＣＣ予後不良と正の相関がある。ＫＤＭ６Ｂのノックダウンは、生体外でｃｃＲＣＣ腫瘍形成を阻害し得る（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。さらに、ＫＤＭ６Ｂの調節解除は、遮断から終末分化をもたらすｐ５３経路の阻害を通じて、グリオーマ発生に寄与してもよい（Ｅｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１８９】
ケラチン９、Ｉ型（ＫＲＴ９）−ケラチン９は、ヒトにおいてＫＲＴ９遺伝子によってコードされるＩ型サイトケラチンである。これは、手掌足底の最終分化表皮にのみ見られる。このタンパク質をコードする遺伝子の突然変異は、表皮剥離性の掌蹠角皮症を引き起こす（Ｒｅｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）。ＫＲＴ９は、ＨＣＣで上方制御された。この過剰発現は、ＨＣＣ転移において重要な役割を果たしてもよく、ＨＣＣ転移を予測するための可能な血清マーカーとして使用し得る（Ｆｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１９０】
ＬＩＮＥ１レトロ転移因子１（Ｌ１ＲＥ１）−ＬＲＥ１としても知られているＬ１ＲＥ１遺伝子は、自律性レトロトランスポゾン活性がある可動ＤＮＡ配列である、「ＬＩＮＥ」（長鎖散在反復配列）レトロ転移因子（ｒｅｔｒｏｔｒａｎｐｏｓａｂｌｅ）（ＬＲＥ）をコードする。ＬＩＮＥ１レトロトランスポゾンのファミリーは、報告によれば、多くのがんにおいて低メチル化されて、ゲノム中の包括的メチル化状態を反映する（Ｏｓｔｅｒｔａｇ  ａｎｄ  Ｋａｚａｚｉａｎ，Ｊｒ．，２００１）。２２ｑ１１〜ｑ１２に位置する１つの長鎖散在反復配列ＬＲＥ１は、包括的メチル化状態の一貫性がある指標である（Ｃｈａｌｉｔｃｈａｇｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｏｓｔｅｒｔａｇ  ａｎｄ  Ｋａｚａｚｉａｎ，Ｊｒ．，２００１）。いくつかのデータは、ＬＲＥ１相対メチル化が、頭頸部扁上皮がん（ＨＮＳＣＣ）の独立したエピジェネティックバイオマーカーであることを示唆している（Ｈｓｉｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０１９１】
ラミニン、β３（ＬＡＭＢ３）−ＬＡＭＢ３は、αサブユニットおよびγサブユニットと一緒になってラミニン−５を形成する、ラミニンのβ３サブユニットをコードする。ＬＡＭＢ３は、乳頭状甲状腺がん（ＰＴＣ）（Ｂａｒｒｏｓ−Ｆｉｌｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、子宮頸部扁平上皮がん（頸部ＳＣＣ）（Ｙａｍａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、および口腔扁平上皮がん（ＯＳＣＣ）（Ｔａｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）で上方制御された。遺伝子アレイおよびバイオインフォマティクス分析は、ＬＡＭＢ３が肺がんに関与する重要な遺伝子であることを示唆した。この遺伝子のノックダウンは、生体外および生体内でヒト肺がん細胞の浸潤と転移を抑制した。ＬＡＭＢ３は、肺がん患者において過剰発現され、その発現はリンパ管転移と相関した（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ）。
【０１９２】
リソソームタンパク質膜貫通型５（ＬＡＰＴＭ５）−ＬＡＰＴＭ５遺伝子は、リソソームと関連する細胞内小胞上の膜タンパク質をコードする。ＬＡＰＴＭ５は肺がんにおいて異常にメチル化され、メチル化は腫瘍の分化状態と相関した（Ｃｏｒｔｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＬＡＰＴＭ５陽性小胞の蓄積は、神経芽細胞腫の自然退縮中に起こるプログラム細胞死と密接に関連した（Ｉｎｏｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＣＤ１ｅタンパク質は、樹状細胞における脂質抗原の提示に関与する。ＬＡＴＰＭ５は、ＣＤ１ｅユビキチン化または可溶性リソソームＣＤ１ｅタンパク質生成のどちらかを調節する（Ａｎｇｅｎｉｅｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１９３】
ミニ染色体維持複合成分４（ＭＣＭ４）−ＭＣＭ４遺伝子によってコードされるタンパク質は、真核生物のゲノム複製の開始に必須である、高度に保存されたミニ染色体維持タンパク質（ＭＣＭ）の１つである。ＭＣＭ４は、膀胱がんにおいて下方制御され（Ｚｅｋｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、正常肺組織と比較して肺腺がんにおいて示差的に発現された（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＭＣＭ４の過剰発現は、乳がん患者におけるより短い生存期間と関連した（Ｋｗｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１９４】
ミニ染色体維持複合成分５（ＭＣＭ５）−ＭＣＭ５は、ＤＮＡ複製および細胞周期調節に関与するとされる。ＭＣＭ５の高い発現レベルは、口腔扁平上皮がん（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、子宮頸がん（Ｄａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、胃がん（Ｇｉａｇｉｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、および結腸がん（Ｂｕｒｇｅｒ，２００９）において、進行およびより芳しくない予後と関連することが示された。
【０１９５】
メラノレグリン（ＭＲＥＧ）−ＭＲＥＧは、逆向性の微小管依存性メラノソーム輸送の調節（Ｏｈｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）を通じて（ｔｈｏｕｇｈ）、細胞内メラノソーム分布において役割を果たす（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。さらに、ＭＲＥＧは、メラノソームへの色素取り込みの調節においても機能する（Ｒａｃｈｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＭＲＥＧは、エストロゲン受容体陽性乳がん細胞において、その３’ＵＴＲ中のｍｉＲＮＡ−２６によって標的化されることが示された。しかし、ｍｉＲ−２６媒介細胞増殖へのＭＲＥＧの直接関与は実証され得なかった（Ｔａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１９６】
ＮＯＤＡＬモジュレーター１（ＮＯＭＯ１）／ＮＯＤＡＬモジュレーター２（ＮＯＭＯ２）／ＮＯＤＡＬモジュレーター３（ＮＯＭＯ３）−ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ２、およびＮＯＭＯ３遺伝子は、第１６染色体のｐアームに位置する重複領域にある、３つの高度に類似した遺伝子である。これらの３つの遺伝子は、同一機能を有してもよい密接に関連するタンパク質をコードする。ＮＯＭＯ１は、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）細胞株ＨｕＴ７８において、過剰発現遺伝子として同定された（Ｌａｎｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＮＯＭＯ１は、Ｎｏｄａｌシグナル伝達の拮抗物質である。Ｎｏｄａｌは、脊椎動物の発達において重要な役割を有する、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）スーパーファミリーのシグナル伝達因子である（Ｈａｆｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１９７】
ヌクレオポリン１５３ｋＤａ（ＮＵＰ１５３）−核膜孔複合体（ＮＰＣ）の構成要素であるヌクレオポリン１５３（Ｎｕｐ１５３）は、ＮＰＣと核ラミナとの相互作用に関与している。Ｎｕｐ１５３の枯渇は、ヒト乳がん細胞において細胞移動を損なう、劇的な細胞骨格再配置を誘導する（Ｚｈｏｕ  ａｎｄ  Ｐａｎｔｅ，２０１０）。ＮＵＰ１５３ヌクレオポリンは、興味深いことにＴＧＦβシグナル伝達のトランスデューサーであるＳＭＡＤ２を含めた、核と細胞質間の特定タンパク質の分布を制御する（Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。近年、いくつかの分析は、膵臓がんにおけるヌクレオポリンＮＵＰ１５３の新しい可能な発がん性機能（表面的にはＴＧＦβシグナル伝達を調節することによる）を明らかにした（Ｓｈａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１９８】
ＰＥＲＰ、ＴＰ５３アポトーシスエフェクター（ＰＥＲＰ）−ＰＥＲＰは、細胞−細胞接着および腫瘍抑制において重要な役割を果たす、デスモソームタンパク質をコードする、ｐ５３／ｐ６３制御される遺伝子である。ＰＥＲＰの発現の喪失は、扁平上皮がん（ＳＣＣ）への移行と、口腔内ＳＣＣがある患者における局所再発の増大と相関する（Ｋｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＥＲＰの発現は、多数のヒト乳がん細胞株において低下した（Ｄｕｓｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。いくつかの研究は、Ｐｅｒｐ欠損が、細胞生存、デスモソーム喪失、および炎症を増強することで、がんを促進することを示唆した（Ｂｅａｕｄｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＥＲＰは、ｐ５３のアポトーシス関連標的であり、その活性化だけでも、細胞死をもたらすアポトーシス経路を誘導するのに十分である（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１９９】
推定ホメオドメイン転写因子１（ＰＨＴＦ１）／推定ホメオドメイン転写因子２（ＰＨＴＦ２）−ＰＨＴＦ１（推定ホメオドメイン転写因子）は、ヒトゲノムの１ｐ１１〜ｐ１３に位置する推定ホメオボックス遺伝子である。この遺伝子は進化的に保存され、主に精巣において発現される（Ｍａｎｕｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。転写因子として、ＰＨＴＦ１遺伝子は、主に、ＤＮＡ依存性転写などの生物学的プロセスおよび生物学的過程の制御に関与する。ＰＨＴＦ１の過剰発現は、Ｔ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）細胞株における、細胞増殖およびアポトーシスの制御に関与する。ＰＨＴＦ１は、腫瘍抑制因子様遺伝子であってもよく、ＰＨＴＦ１−ＦＥＭ１ｂ−Ａｐａｆ−１アポトーシス経路を始動させるための治療標的であってもよい（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。
【０２００】
推定ホメオドメイン転写因子２は、ヒトにおいてＰＨＴＦ２遺伝子によってコードされるタンパク質である。ヒトゲノムＰＨＴＦ２は、筋肉において主に発現され、ヒトゲノムの７ｑ１１．２３−ｑ２１に位置する（Ｍａｎｕｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０２０１】
プレクストリン相同性ドメイン含有、ファミリーＭ（ＲＵＮドメインあり）メンバー１（ＰＬＥＫＨＭ１）−ＰＬＥＫＭ１遺伝子によってコードされるタンパク質は、骨吸収に必須であり、破骨細胞における小胞輸送において重要な役割を果たしてもよい。この遺伝子の変異は、常染色体劣性大理石骨病６型（ＯＰＴＢ６）と関連する（ｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＰＬＥＫＨＭ１は、上皮性卵巣がんの候補感受性遺伝子であることが示唆された（Ｐｅｒｍｕｔｈ−Ｗｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２０２】
リン脂質転送タンパク質（ＰＬＴＰ）−リン脂質転送タンパク質（ＰＬＴＰ）は、炎症の制御において重要な役割を果たす。いくつかのデータは、ＰＬＴＰがマクロファージにおいて抗炎症能力を有することを示唆する（Ｖｕｌｅｔｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。さらに、ＰＬＴＰは、トリアシル脂質Ａとリポタンパク質との結合を媒介する上で必須であり、その滞留時間の延長と、その炎症促進性および抗がん特性の増幅につながる（Ｇａｕｔｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＬＴＰは、乳がん患者において示差的に発現され、化学療法応答と関連するかもしれない（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２０３】
タンパク質ホスファターゼ２、制御サブユニットＢ”、α（ＰＰＰ２Ｒ３Ａ）−この遺伝子は、タンパク質ホスファターゼ２の制御サブユニットの１つをコードする。タンパク質ホスファターゼ２（旧称２Ａ型）は、４つの主要なＳｅｒ／Ｔｈｒホスファターゼの１つであり、細胞増殖および分裂の負の制御に関与するとされる（Ｒｕｅｄｉｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。ＰＰＰ２Ｒ３Ａは、小児急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）において、頻繁にメチル化される（Ｄｕｎｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２０４】
ＰＴＣ７タンパク質ホスファターゼホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＰＰＴＣ７）−ＰＰＴＣ７は、ＰＴＣ７タンパク質ホスファターゼホモログをコードして、染色体１２ｑ２４．１１上に位置する。ＰＰＴＣ７は、近年、環境毒物に応答する新規感受性遺伝子として同定された（Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２０５】
タンパク質キナーゼ、ＤＮＡ活性化、触媒ポリペプチド（ＰＲＫＤＣ）−ＰＲＫＤＣは、ＰＩ３／ＰＩ４キナーゼファミリーのメンバーである、ＤＮＡ依存性タンパク質キナーゼ（ＤＮＡ−ＰＫ）の触媒サブユニットをコードする。ＰＲＫＤＣは、Ａｋｔ／ＧＳＫ３経路を通じて、ｃ−Ｍｙｃ腫瘍性タンパク質を安定化させてもよいことが示された（Ａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＰＲＫＤＣの活性化は、ＨＣＣ増殖、ゲノム不安定性、および微小血管密度と正の相関があり、アポトーシスおよび患者の生存期間と負の相関がある（Ｅｖｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２０６】
プロテアソーム（プロサム、マクロペイン）サブユニット、α型、４（ＰＳＭＡ４）−ＰＳＭＡ４は、非リソソーム経路中のＡＴＰ／ユビキチン依存性過程においてペプチドを切断する、プロテアソームサブユニットα４をコードする。ＰＳＭＡ４遺伝子における一塩基多型は、中国の漢族における肺がんのリスクと連付けられている（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。他方、ＰＳＭＡ４遺伝子における一塩基多型は、非小細胞肺がん感受性の主要原因ではないことが報告されている（Ｙｏｎｇｊｕｎ  Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。さらに、ＰＳＭＡ４の過剰発現は、正常な肺組織と比較して、肺腫瘍において観察された。ＰＳＭＡ４発現の下方制御は、プロテアソーム活性を低下させてアポトーシスを誘導した（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２０７】
タンパク質チロシンホスファターゼ、非受容体型１３（ＰＴＰＮ１３）−この遺伝子は、タンパク質チロシンホスファターゼ（ＰＴＰ）ファミリーのメンバーをコードする。ＰＴＰは、細胞増殖、分化、有糸分裂周期、および発がん性形質転換をはじめとする、多様な細胞プロセスを制御するシグナル伝達分子である。ＰＴＰＮ１３は、Ｆａｓ受容体と相互作用することが判明し、したがって、Ｆａｓ媒介プログラム細胞死において役割を有するするかもしれない。さらに、ＰＴＰＮ１３は、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質と相互作用し、したがって、Ｒｈｏシグナル伝達経路の制御因子として機能してもよい。血液悪性腫瘍においては、ＰＴＰＮ１３は、リンパ腫および骨髄性白血病において、それぞれ腫瘍増殖を抑制または促進する、矛盾した効果を有する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。これは、発がん性チロシンキナーゼの活性を抑制するＰＴＰＮ１３の能力、そしてＰＴＰＮ１３のＦａｓ細胞死受容体との阻害的相互作用によって説明され得る（Ｆｒｅｉｓｓ  ａｎｄ  Ｃｈａｌｂｏｓ，２０１１）。乳がんにおいては、ＰＴＰＮ１３は、抗エストロゲンに対する乳房腫瘍応答の特有のマーカー、そして腫瘍細胞におけるアポトーシス刺激を活性化する可能な治療標的と見なされた（Ｆｒｅｉｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。Ｆａｓ／ＰＴＰＮ１３結合の阻害は、抗がん剤を開発するための優れた標的を提供するかもしれない（Ｔａｋａｈａｓｈｉ  ａｎｄ  Ｋａｔａｏｋａ，１９９７）。
【０２０８】
ＲＡＳ  ｐ２１タンパク質アクチベーター２（ＲＡＳＡ２）−ＲＡＳ  ｐ２１タンパク質アクチベーター２は、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質のＧＡＰ１ファミリーのメンバーをコードする。ＲＡＳ機能の抑制因子として作用するＲＡＳＡ２は、ＲＡＳタンパク質の弱い内因性ＧＴＰアーゼ活性を増強して、不活性なＧＤＰ結合形態のＲＡＳをもたらし、それによって細胞の増殖および分化の調節ができるようにする。正確な遺伝子変異、遺伝子内のその位置、およびそれがタンパク質機能に及ぼす影響次第で、ＲＡＳＡ２は、理論的に発がん遺伝子または腫瘍抑制遺伝子のどちらかとして機能し得る（Ｆｒｉｅｄｍａｎ，１９９５）。軽度のストレス条件下において、ＲＡＳＡ２はカスパーゼ−３によって切断され、それは、フラグメントＮと称される、抗死滅シグナル伝達を刺激するフラグメントをもたらす。カスパーゼ−３活性がさらに増大すると、これはＮ２と称されるフラグメントを生じ、これはもはや細胞を保護しない。他方では、完全長ＲＡＳＡ２は、Ａｋｔを失活性ホスファターゼから遮蔽することで、その活性を支持する（Ｃａｉｌｌｉａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。乳がんにおいて、ストレス活性化カスパーゼ−３は、フラグメントＮ２の生成を通じて転移の抑制に寄与するかもしれない（Ｂａｒｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＲＡＳＡ２は、メラノーマの５％において変異する腫瘍抑制遺伝子として同定された（Ａｒａｆｅｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２０９】
免疫グロブリンκＪ領域の組換えシグナル結合タンパク質（ＲＢＰＪ）−免疫グロブリンκＪ領域の組換えシグナル結合タンパク質は、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路において重要な転写調節因子をコードする。ＲＢＰＪは、Ｎｏｔｃｈタンパク質と結合していない場合にはリプレッサーの役割を果たし、Ｎｏｔｃｈタンパク質と結合した場合にはアクチベーター活性化剤の役割を果たす。これは、ヒストンデアセチラーゼまたはヒストンアセチラーゼタンパク質を含有するクロマチン再構築複合体をＮｏｔｃｈシグナル伝達経路遺伝子に動員することで、機能すると考えられる。異種移植マウスモデルは、ＲＢＰＪノックダウンが、腫瘍形成能を阻害して腫瘍体積を低下させることを示し、低酸素がＲＢＰＪの上方制御を通じてＳｍｏｏｔｈｅｎｅｄ転写を促進し、膵臓がんにおける増殖、侵襲性、および腫瘍形成を誘導することが示唆された（Ｏｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＲＢＰＪのノックダウンが細胞増殖の有意な低下をもたらす効果は、前立腺がん細胞および肺がん細胞においても見られ、ＲＢＰＪ発現がヒトがんを治療するための有望な治療的アプローチであり得ることが示唆された（Ｘｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。さらに、ＲＢＰＪの過剰発現は、横紋筋肉腫細胞の足場非依存性増殖を促進した（Ｎａｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＲＢＰＪ媒介Ｎｏｔｃｈシグナル伝達はまた、樹状細胞依存性抗腫瘍免疫応答にも必須である（Ｆｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１０】
不稔性αモチーフドメイン含有９様（ＳＡＭＤ９Ｌ）−ＳＡＭＤ９Ｌは、不稔性αモチーフドメイン含有９様をコードして、染色体７ｑ２１．２上に位置する。ＳＡＭＤ９およびＳＡＭＤ９Ｌ遺伝子は共通の遺伝子構造を共有し、炎症性経路の抑制における示唆された役割がある、６０％のアミノ酸同一性があるタンパク質をコードする。ＳＡＭＤ９Ｌは初期エンドソームに局在し、エンドソーム融合促進薬の役割を果たす。ＳＡＭＤ９Ｌ遺伝子のハプロ不全は骨髄性形質転換に寄与し、ＳＡＭＤ９Ｌは、骨髄性腫瘍抑制遺伝子候補として同定された。（Ｎａｇａｍａｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＳＡＭＤ９Ｌ発現停止が、細胞周期の進行のＧ１−Ｓ移行を促進してＷｎｔ／βカテニン経路の活性上昇をもたらすことから、ＳＡＭＤ９Ｌノックダウンは、肝細胞がん細胞株の細胞増殖およびコロニー形成を有意に促進した。最近の知見は、ヒトがんにおける体細胞変異および発現低下による、ＳＡＭＤ９Ｌ不活性化の腫瘍抑制的役割を強調する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。ＳＡＭＤ９Ｌは、転移性メラノーマがある患者のＴおよびＢ細胞集団において、健常対照者由来のものと比較して、有意に低下した発現を示した（Ｃｒｉｔｃｈｌｅｙ−Ｔｈｏｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０２１１】
スプライシング因子３ｂ、サブユニット３，１３０ｋＤａ（ＳＦ３Ｂ３）−ＳＦ３Ｂ３は、スプライシング因子３ｂタンパク質複合体のサブユニット３をコードする。ＳＦ３Ｂ３の過剰発現は、エストロゲン受容体陽性乳がんにおける、全生存期間および内分泌耐性と有意に相関する（Ｇｏｋｍｅｎ−Ｐｏｌａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２１２】
サーファクタントタンパク質Ａ１（ＳＦＴＰＡ１）／サーファクタントタンパク質Ａ２（ＳＦＴＰＡ２）−これらの遺伝子は、コレクチンと称されるＣ型レクチンのサブファミリーのメンバーである肺サーファクタントタンパク質をコードする。ＳＦＴＰＡは、脂質上および微生物の表面に見られる特定の炭水化物部分と結合し、サーファクタント恒常性および呼吸器病原体に対する防御において、重要な役割を果たす。これらの遺伝子の変異は、特発性肺線維症と関連する。ＳＦＴＰＡ１およびＳＦＴＰＡ２遺伝子を含有する肺がん特異的遺伝子シグネチャーは、肺がんを他のがんサンプルから正確に区別した（Ｐｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＥＧＦＲ変異は、ＳＦＴＰＡ発現がある肺腺がんにおいて、発現がない肺腺がんにおけるよりも顕著に一般的に見られた（Ｊｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＳＦＴＰＡは、腫瘍関連マクロファージの極性化を制御することで、肺がん進行を抑制する（Ｍｉｔｓｕｈａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。肺上皮細胞における変異ＳＦＴＰＡ２の発現は、潜在型ＴＧＦ−β１およびＴＧＦ−β１媒介ＥＭＴの分泌をもたらす（Ｍａｉｔｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。さらに、前立腺がんの発症が、ＳＦＴＰＡレベルの低下に関連していてもよい（Ｋａｎｋａｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０２１３】
溶質輸送体ファミリー２５（ミトコンドリア担体；アデニンヌクレオチド輸送体）、メンバー３１（ＳＬＣ２５Ａ３１）／溶質輸送体ファミリー２５（ミトコンドリア担体；アデニンヌクレオチド輸送体）、メンバー４（ＳＬＣ２５Ａ４）／溶質輸送体ファミリー２５（ミトコンドリア担体；アデニンヌクレオチド輸送体）、メンバー５（ＳＬＣ２５Ａ５）／溶質輸送体ファミリー２５（ミトコンドリア担体；アデニンヌクレオチド輸送体）、メンバー６（ＳＬＣ２５Ａ６）−溶質輸送体ファミリー２５のタンパク質は、ミトコンドリアにおいて、細胞質ゾルＡＤＰをマトリックスＡＴＰで交換するＡＤＰ／ＡＴＰ担体である。それらは、ＡＤＰ／ＡＴＰを転移するゲート化細孔として機能し、内部ミトコンドリア膜に包埋されたホモ二量体を形成する。この遺伝子ファミリーを過剰発現する細胞は、抗アポトーシス表現型を示すことが示されている。この遺伝子ファミリーの発現の抑制は、アポトーシスを誘導し、腫瘍増殖を阻害することが示されている。ＳＬＣ２５Ａ４が、分化した組織に優先的に存在し筋肉および脳に特異的である一方で、ＳＬＣ２５Ａ５は、腫瘍などの増殖組織において発現される。ＳＬＣ２５Ａ６は遍在的に発現され、ＳＬＣ２５Ａ３１は肝臓および生殖細胞に存在する（Ｄｏｌｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。特に、ＳＬＣ２５Ａ５は発がんに寄与する。ＳＬＣ２５Ａ５の発現は、腫瘍のミトコンドリア生体エネルギーと密接に関連しているので、がん治療を個別化し、抗がんストラテジーを開発するための有望な標的である（Ｃｈｅｖｒｏｌｌｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。さらに、ＳＬＣ２５Ａ３１の安定した過剰発現は、Ｂｃｌ−２発現とは無関係に、ロニダミン（ｉｏｎｉｄａｍｉｎｅ）およびアストロスポリンアポトーシスから、がん細胞を保護した。したがって、ヒトＳＬＣ２５イソ型サブファミリーにおける二分性が判明し、ＳＬＣ２５Ａ４およびＳＬＣ２５Ａ６イソ型がアポトーシス促進性に機能する一方で、ＳＬＣ２５Ａ５およびＳＬＣ２５Ａ３１イソ型は細胞を死滅誘導刺激に対して抵抗性にする（Ｇａｌｌｅｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１４】
ＳＰ１４０核内小体核小体タンパク質（ＳＰ１４０）−ＳＰ１４０は、ＳＰ１４０核内小体タンパク質をコードして、染色体２ｑ３７．１上に位置する。ＳＰ１４０はで、喉頭扁平上皮がんにおいて上方制御されることがが示された（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＳＰ１４０は、慢性リンパ球性白血病（Ｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、多発性骨髄腫（Ｋｏｒｔｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、および急性前骨髄球性白血病（Ｂｌｏｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６）と関連する。
【０２１５】
シグナル伝達兼転写活性化因子１、９１ｋＤａ（ＳＴＡＴ１）−ＳＴＡＴ１は、全てのインターフェロンに応答してチロシンリン酸化によって活性化され（Ｄｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）、Ｔｈ１細胞分化（Ｓｃｈｕｌｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）に寄与する。分子レベルでは、ＳＴＡＴ１は、サイクリン依存性キナーゼインヒビターｐ２１Ｃｉｐ１の発現を増大させまたはｃ−ｍｙｃ発現を低下させるその能力を通じて、ＩＦＮ−γで処置されたマウスおよびヒト腫瘍細胞の双方の増殖を阻害する（Ｒａｍａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。ＳＴＡＴ１の抗腫瘍活性は、マウスモデルにおいて血管新生および腫瘍転移を阻害するその能力によって、さらに支持される（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。ＳＴＡＴ１  ｍＲＮＡレベルの増大は、ホルモン受容体陰性および三種陰性乳がんがある患者の転移性転帰のより良い予測と関連する、分子シグネチャの一部であることが示された（Ｙａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１６】
膜貫通タンパク質４３（ＴＭＥＭ４３）−この遺伝子は、膜貫通タンパク質４３をコードする。この遺伝子の欠陥は、不整脈惹起性右心室性心筋症５型（ＡＲＶＣ５）としてもまた知られている、家族性不整脈惹起性右心室異形成５型（ＡＲＶＤ５）の原因である。ＡＲＶＤは、遺伝性疾患であり、心室性頻拍、心不全、突然の心臓死、および心筋細胞の線維脂肪性置換によって特徴付けられる（Ｓｉｒａｇａｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＴＭＥＭ４３は、核内膜でタンパク質複合体を組織化することにより、核膜構造を維持する上で重要な役割を有してもよい（Ｂｅｎｇｔｓｓｏｎ  ａｎｄ  Ｏｔｔｏ，２００８）。
【０２１７】
トポイソメラーゼ（ＤＮＡ）ＩＩ  α  １７０ｋＤａ（ＴＯＰ２Ａ）／トポイソメラーゼ（ＤＮＡ）ＩＩ  β  １８０ｋＤａ（ＴＯＰ２Ｂ）−ＴＯＰ２ＡおよびＴＯＰ２Ｂは、転写中にＤＮＡのトポロジー状態を調節し変化させる酵素である、ＤＮＡトポイソメラーゼの高度に相同的なイソ型をコードする。この核酵素は、染色体凝縮、染色分体分離、そしてＤＮＡ転写および複製中に生じるねじり応力の緩和などのプロセスに関与する。ＴＯＰ２Ａが細胞増殖に必須であり、活発に増殖する細胞において高度に発現される一方で、ＴＯＰ２Ｂは増殖に必須でなく、最近は治療関連二次悪性腫瘍に関与するとされている（Ｔｏｙｏｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＴＯＰ２Ａは、いくつかのがん型において過剰発現されることが判明している（例えば、悪性胸膜中皮腫（Ｒｏｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）、悪性末梢神経鞘腫瘍（Ｋｒｅｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、肺腺がん細胞（Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、膀胱がん（Ｓｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）、膠芽細胞腫（ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００３））。ＴＯＰ２Ｂは、ＤＮＡ転写、複製、組換え、および有糸分裂に関与し、ＴＯＰ１に加えて、トポイソメラーゼ遺伝子ファミリーに属する第２のＮＵＰ９８融合パートナー遺伝子に相当する（Ｎｅｂｒａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０２１８】
トリプターゼα／β１（ＴＰＳＡＢ１）／トリプターゼβ２（ＴＰＳＢ２）−トリプターゼα／β１（ＴＰＳＡＢ１）およびトリプターゼβ２（ＴＰＳＢ２）は、２つのその他のトリプターゼイソ型に加えて、肥満細胞によって発現される。トリプターゼは、喘息およびその他のアレルギー性および炎症性疾患の発病における媒介物として関与するとされている。肥満細胞によって分泌されるトリプターゼは、血管新生促進機能を有して腫瘍血管新生に寄与する。トリプターゼは、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ−２）の活性化によって機能し、さらに細胞外マトリックス分解に寄与し、ひいては血管増殖も促進する。さらに、腫瘍組織におけるトリプターゼ陽性肥満細胞の存在は、いくつかのがん型における血管形成と相関する（Ａｍｍｅｎｄｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。トリプターゼ陽性肥満細胞の高レベルは、前立腺がんにおいて報告されており、微小血管密度、腫瘍病期、およびより短い生存器官と相関している（Ｎｏｎｏｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｓｔａｗｅｒｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。同様に、トリプターゼ陽性肥満細胞はまた、胃がん（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｒｉｂａｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）ならびに肺腺がん（Ｉｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｔａｋａｎａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）における腫瘍病期および血管新生と関連する。
【０２１９】
三者間モチーフ含有１１（ＴＲＩＭ１１）−三者間モチーフ含有タンパク質１１は、ヒトにおいてＴＲＩＭ１１遺伝子によってコードされるタンパク質である。ＲＩＭ１１は、中枢神経系の発達に関与すること、そしてアルツハイマー様神経細胞傷害のインヒビターであるヒューマニンを不安定化することが知られている（Ｎｉｉｋｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＴＲＩＭ１１は高悪性度神経膠腫において過剰発現され、増殖、浸潤、移動、およびグリア腫瘍増殖を促進する（Ｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２２０】
一過性受容体潜在的カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー２（ＴＲＰＭ２）−この遺伝子によってコードされるタンパク質は、遊離細胞内ＡＤＰリボースによって制御されるカルシウム透過性カチオンチャネルである。ＴＲＰＭ２は、特定条件下でアポトーシスの媒介に関与するかもしれない（Ｉｓｈｉｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。しかし、細胞成長増殖に対するその効果はあまり明確ではなく、細胞培養条件および選択的スプライスイソ型の発現に依存するかもしれない（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。メラノーマおよび前立腺がんにおいては、アポトーシスおよび臨床転帰と相関する、腫瘍富化型ＴＲＰＭ２アンチセンス転写物が同定されている（Ｏｒｆａｎｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２２１】
チューブリンγ複合体関連タンパク質３（ＴＵＢＧＣＰ３）−チューブリンγ複合体関連タンパク質３は、真核細胞における微小管核形成に重要なマルチサブユニットγ−チューブリン複合体の一部である（Ｌｙｎｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。細胞質γ−チューブリン複合体は、いわゆるγ−チューブリン複合体結合タンパク質のセットを通じて、中心体またはその他の微小管形成中心に標的化される（Ｓｃｈｉｅｂｅｌ，２０００）。正常ヒト星状細胞との対比で、神経膠芽腫細胞におけるＴＵＢＧＣＰ３転写物の発現の有意な増大が認められ、ＴＵＢＧＣＰ３免疫反応性は、正常な脳よりも有意に増大した。ＴＵＢＧＣＰ３は、微小血管増殖および悪性表現型をもたらすシグナル伝達経路との相互作用とも関連した（Ｄｒａｂｅｒｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。さらに、ＴＵＢＧＣＰ３は、二倍体マントル細胞リンパ腫サンプルよりも、偽四倍体において発現が有意に高いことが判明した（Ｎｅｂｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０２２２】
ユビキチン様修飾酵素活性化酵素６（ＵＢＡ６）−ユビキチン様修飾酵素活性化酵素６は、ヒトにおいてＵＢＡ６遺伝子によってコードされるタンパク質である。ＵＢＡ６は、精巣において最も豊富に発現されるユビキチン活性化酵素である。さらに、それはＤＮＡ損傷に対する細胞応答に必要である（Ｍｏｕｄｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２２３】
異種栄養性および多種栄養性レトロウイルス受容体１（ＸＰＲ１）−ＸＰＲ１は、１８０残基長のアミノ末端ＳＰＸドメインを含有する複数回膜貫通型分子である（ＳＹＧ１、Ｐｈｏ８１、およびＸＰＲ１にちなんで命名された）。ＸＰＲ１は、リン酸塩の搬出を媒介すると報告されている（Ｇｉｏｖａｎｎｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。破骨細胞分化に際して、ＸＰＲ１  ｍＲＮＡ転写物は増加することが判明した（Ｓｈａｒｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＸＰＲ１は、最初に、ヒト細胞、ならびにマウスおよび鳥類などの様々なその他の生物種に感染し得る異種栄養性および多種栄養性ＭＬＶ（Ｘ−ＭＬＶおよびＰ−ＭＬＶ）の２種のγレトロウイルスによって使用される、レトロウイルス受容体として記載された（Ｋｏｚａｋ，２０１０；Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２２４】
ジンクフィンガーＢＥＤ型含有５（ＺＢＥＤ５）−ジンクフィンガーＢＥＤ型含有５は、主にＣｈａｒｌｉｅ様ＤＮＡトランスポゾンに由来するコード配列によって特徴付けられるが、末端逆位反復で挟まれていないので、活性ＤＮＡトランスポゾンではないようである。ＺＢＥＤ５は、Ｂｕｓｔｅｒ  ＤＮＡトランスポゾンに関連があり、その他のＺＢＥＤとは系統発生的に離れている。ＺＢＥＤ遺伝子は、脊椎動物の組織において広範に発現されており、それらは一緒になって、顕著な多様な機能を制御する（Ｈａｙｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２２５】
ジンクフィンガータンパク質６９７（ＺＮＦ６９７）−ＺＮＦ６９７遺伝子は、ジンクフィンガータンパク質６９７をコードするが、それは染色体１ｐ１２上に位置して、恐らくはＤＮＡ結合において役割を果たす（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２２６】
免疫応答の刺激は、宿主免疫系によって外来性として認識された抗原の存在に依存する。腫瘍関連抗原の存在の発見は、宿主の免疫系を用いて腫瘍成長に介入する可能性を高めた。免疫系の体液性および細胞性アームの双方を活用する様々な機構が、がん免疫療法のために目下探求されている。
【０２２７】
細胞性免疫応答の特定の要素は、腫瘍細胞を特異的に認識して破壊できる。腫瘍浸潤性細胞集団からの、または末梢血からのＴ細胞の単離は、がんに対する自然免疫防御において、このような細胞が重要な役割を果たすことを示唆する。特に、細胞質ゾル内に位置するタンパク質または欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰＳ）に由来する、通常は８〜１０アミノ酸残基の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）保有ペプチドのクラスＩ分子を認識するＣＤ８陽性Ｔ細胞が、この応答において重要な役割を果たす。ヒトのＭＨＣ分子はまた、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも称される。
【０２２８】
本明細書の用法では、別段の記載がない限り、全ての用語は下述のとおり定義される。
【０２２９】
「Ｔ細胞応答」という用語は、生体外または生体内でペプチドによって誘導される、エフェクター機能の特異的増殖および活性化を意味する。ＭＨＣクラスＩ限定細胞毒性Ｔ細胞では、エフェクター機能は、ペプチドパルスされた、ペプチド前駆体パルスされたまたは天然ペプチド提示標的細胞の溶解；好ましくはペプチドによって誘導されるインターフェロン−γ、ＴＮＦ−α、またはＩＬ−２であるサイトカインの分泌；好ましくはペプチドによって誘導されるグランザイムまたはパーフォリンであるエフェクター分子の分泌；または脱顆粒であってもよい。
【０２３０】
「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書において使用される。ペプチドは、好ましくは９アミノ酸長であるが、８アミノ酸長程度に短くあり得て、１０、１１、１２、１３以上に長くあり得て、ＭＨＣクラスＩＩペプチド（本発明のペプチドの伸長された変種）の場合、それらは１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０以上のアミノ酸長程度に長くあり得る。
【０２３１】
さらに「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基の塩を含むものとする。好ましくは、塩は、例えば、塩化物または酢酸塩（トリフルオロ酢酸塩）などの、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。ペプチドは生体内で塩ではないので、本発明によるペプチドの塩は、それらの生体内の状態がペプチドと実質的に異なることに留意すべきである。
【０２３２】
「ペプチド」という用語は、「オリゴペプチド」もまた含むものとする。「オリゴペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書において使用される。その中で正しいエピトープまたはエピトープが保持されれば、オリゴペプチドの長さは本発明には重要でない。オリゴペプチドは、典型的に、約３０アミノ酸残基長未満であり、約１５アミノ酸長を超える。
【０２３３】
「ポリペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する一連のアミノ酸残基を指す。正しいエピトープが保持されれば、ポリペプチドの長さは本発明には重要でない。ペプチドまたはオリゴペプチドという用語とは対照的に、ポリペプチドという用語は、約３０を超えるアミノ酸残基を含有する分子を指すことが意図される。
【０２３４】
ペプチド、オリゴペプチド、タンパク質またはこのような分子をコードするポリヌクレオチドは、免疫応答を誘導できれば「免疫原性」である（したがって本発明における「免疫原」である）。本発明では、免疫原性は、より具体的には、Ｔ細胞応答を誘導する能力と定義される。したがって「免疫原」は、免疫応答を誘導できる分子であり、本発明では、Ｔ細胞応答を誘導できる分子である。別の態様では、免疫原は、それに対する特異的抗体またはＴＣＲを生じさせるのに使用される、ペプチド、ペプチドとＭＨＣの複合体、オリゴペプチド、および／またはタンパク質であり得る。
【０２３５】
クラスＩ  Ｔ細胞「エピトープ」は、クラスＩ  ＭＨＣ受容体に結合する短いペプチドを必要とし、三成分複合体（ＭＨＣクラスＩα鎖、β−２−ミクログロブリン、およびペプチド）を形成し、それは、適切な親和性でＭＨＣ／ペプチド複合体に結合する適合Ｔ細胞受容体を保有するＴ細胞によって、認識され得る。ＭＨＣクラスＩ分子に結合するペプチドは、典型的に８〜１４アミノ酸長であり、最も典型的には９アミノ酸長である。
【０２３６】
ヒトにおいては、ＭＨＣクラスＩ分子（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）ともまた称されるヒトのＭＨＣ分子）をコードする、３つの異なる遺伝子座、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃがある。ＨＬＡ−Ａ＊０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２、およびＨＬＡ−Ｂ＊０７は、これらの遺伝子座から発現され得る、異なるＭＨＣクラスＩ対立遺伝子の例である。
【０２３７】
【表１１−１】
2018518937.tif 000021
【表１１−２】
2018518937.tif 000022
【０２３８】
本発明のペプチドは、好ましくは、本明細書に記載される本発明のワクチンに包含される場合、ＨＬＡ−Ａ＊０２およびＨＬＡ−Ａ＊２４に結合する。本発明のＭＨＣクラスＩＩペプチドは、いくつかの異なるＨＬＡクラスＩＩ分子に結合し、乱交雑バインダー（汎結合ペプチド）と称される。ワクチンはまた、汎結合ＭＨＣクラスＩＩペプチドを含んでもよい。したがって、本発明のワクチンを使用して、Ａ＊０２またはＡ＊２４陽性の患者においてがんが治療され得る一方で、これらのペプチドの汎結合特性のために、ＭＨＣクラスＩＩアロタイプを選択する必要はない。
【０２３９】
本発明のＡ＊０２ペプチドが本発明のＡ＊２４ペプチドと組み合わされると、どちらかのＭＨＣクラスＩ対立遺伝子単独による対処と比較して、任意の患者集団のより高い割合が治療され得る。大多数の母集団では、対立遺伝子のいずれか単独によって、５０％未満の患者が対処され得る一方で、ＨＬＡ−Ａ＊２４およびＨＬＡ−Ａ＊０２エピトープを含んでなるワクチンは、任意の妥当な母集団で少なくとも６０％の患者を治療し得る。具体的には、様々な地域において、以下の百分率の患者が、これらの対立遺伝子の少なくとも１つについて陽性である：ＵＳＡ６１％、西ヨーロッパ６２％、中国７５％、韓国７７％、日本８６％（ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔから計算された）。
【０２４０】
好ましい実施形態では、「ヌクレオチド配列」という用語は、デオキシリボヌクレオチドのヘテロ重合体を指す。
【０２４１】
特定のペプチド、オリゴペプチド、またはポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、天然起源であってもよく、またはそれらは合成的に構築されてもよい。一般に、本発明のペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質をエンコードするＤＮＡ断片は、ｃＤＮＡフラグメントと短いオリゴヌクレオチドリンカーとから構築され、または一連のオリゴヌクレオチドを形成して（ｆｒｏｍ  ａ  ｓｅｒｉｅｓ）、微生物またはウイルスオペロンに由来する調節因子を含んでなる組換え転写単位において発現されることができる、合成遺伝子を提供する。
【０２４２】
本明細書の用法では「ペプチドをコーディング（またはコード）するヌクレオチド」という用語は、配列が、例えば、ＴＣＲの製造に有用な樹状細胞または別の細胞株によって発現される生体系と適合性である、人工（人造）開始および停止コドンを含むペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を指す。
【０２４３】
本明細書の用法では、核酸配列への言及は、一本鎖および二本鎖の核酸の双方を含む。したがって、例えば、特異的配列は、文脈上明らかに別の意味が示唆されない限り、このような配列の一本鎖ＤＮＡ、このような配列とその補体との二本鎖（二本鎖ＤＮＡ）、およびこのような配列の補体を指す。
【０２４４】
「コード領域」という用語は、その天然ゲノム環境内で、遺伝子の発現産物を天然にまたは正常にコードする遺伝子の部分、すなわち、遺伝子の天然発現産物を生体内でコードする領域を指す。
【０２４５】
コード領域は、非変異（「正常」）、変異または改変遺伝子に由来し得て、またはＤＮＡ合成技術の当業者に周知の方法を使用して実験室で完全に合成された、ＤＮＡ配列または遺伝子にさえ由来し得る。
【０２４６】
「発現産物」という用語は、遺伝子の、そして遺伝コード縮重に起因する同等物をコードし、したがって同一アミノ酸をコードする任意の核酸配列の天然翻訳産物である、ポリペプチドまたはタンパク質を意味する。
【０２４７】
コード配列に言及する場合、「フラグメント」という用語は、その発現産物が、完全コード領域の発現産物と本質的に同一の生物学的機能または活性を保つ、完全未満のコード領域を含んでなるＤＮＡの部分を意味する。
【０２４８】
「ＤＮＡ断片」という用語は、別々のフラグメントの形態の、またはより大型のＤＮＡコンストラクトの構成要素としての、ＤＮＡポリマーを指し、それは、実質的に純粋な、すなわち、混入内因性物質を含まない形態で、例えばクローニングベクターを使用する標準生化学的方法によって、断片およびその構成ヌクレオチド配列が同定、操作、および回収できる量または濃度で、少なくとも１回単離されたＤＮＡに由来する。このような断片は、典型的に真核生物遺伝子内に存在する内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されていない、読み取り枠の形態で提供される。非翻訳ＤＮＡ配列は、それがコード領域の操作または発現を妨げない、読み取り枠下流に存在してもよい。
【０２４９】
「プライマー」という用語は、短い核酸配列を意味し、それはＤＮＡの１本鎖と対合し得て、ＤＮＡポリメラーゼがそこでデオキシリボヌクレオチド鎖合成を開始する、遊離３’−ＯＨ末端を提供する。
【０２５０】
「プロモーター」という用語は、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼ結合に関与する、ＤＮＡの領域を意味する。
【０２５１】
「単離」という用語は、物質が、その元の環境（例えば、それが天然起源であれば天然環境）から取り出されることを意味する。例えば、生きている動物に存在する天然ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されていないが、天然システムで共存する物質の一部または全部から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されている。このようなポリヌクレオチドはベクターの一部であり得て、および／またはこのようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドは組成物の一部であり得るが、このようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部でないと言う意味では、なおも単離されている。
【０２５２】
本発明によって開示されるポリヌクレオチド、および組換えまたは免疫原性ポリペプチドは、「精製」形態であってもよい。「精製」という用語は、完全に純粋である必要はなく；むしろ、それは相対的定義であることが意図されて、これらの用語が当業者によって理解されるように、高度に精製された調製物、または部分的にのみ精製された調製物を含み得る。例えば、ｃＤＮＡライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動的に均一に、従来法で精製されている。少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、より好ましくは４または５桁までの、出発原料または天然物質の精製が明示的に検討される。さらに、重量基準で、好ましくは９９．９９９％、または少なくとも９９．９９％または９９．９％；さらに望ましくは９９％以上の純度を有する、特許請求されるポリペプチドが明示的に包含される。
【０２５３】
本発明によって開示される核酸およびポリペプチド発現産物、ならびにこのような核酸および／またはこのようなポリペプチドを含有する発現ベクターは、「富化形態」であってもよい。本明細書の用法では、「富化」という用語は、物質濃度が、（例えば）その天然濃度の少なくとも約２、５、１０、１００、または１０００倍であることを意味し、有利には重量基準で０．０１％、好ましくは重量基準で少なくとも約０．１％である。重量基準で約０．５％、１％、５％、１０％、および２０％の富化調製物もまた、検討される。本発明を構成する、配列、コンストラクト、ベクター、クローン、およびその他の物質は、有利には、富化または単離形態であり得る。「活性フラグメント」という用語は、通常は、単独で、または任意選択的に適切なアジュバントと共に、またはベクター中で、例えば、ウサギまたはマウスのようなそしてまたヒトをはじめとする哺乳類などの動物に投与すると免疫応答を生じる（すなわち、免疫原性を有する）ペプチド、ポリペプチドまたは核酸配列のフラグメントを意味し、このような免疫応答は、ヒトなどのレシピエント動物においてＴ細胞応答を刺激する形態を取る。代案としては、「活性フラグメント」はまた、生体外Ｔ細胞応答を誘導するのに使用されてもよい。
【０２５４】
本明細書の用法では、ポリペプチドとの関連で使用される場合、「部分」、「断片」、および「フラグメント」という用語は、アミノ酸残基などの連続する残基の配列を指し、その配列は、より大型の配列の部分集合を形成する。例えば、ポリペプチドが、トリプシンまたはキモトリプシンなどの一般的エンドペプチダーゼのいずれかによって処理されれば、このような処理から得られるオリゴペプチドは、出発ポリペプチドの部分、断片またはフラグメントに相当するであろう。ポリヌクレオチドに関して使用される場合、これらの用語は、いずれかのエンドヌクレアーゼによる前記ポリヌクレオチドの処理によって生じる生成物を指す。
【０２５５】
本発明によると、配列に言及する場合、「同一性百分率」または「パーセント同一」という用語は、比較される配列（「比較配列」）と、記載されまたは特許請求される配列（「参照配列」）とのアライメント後に、配列が、特許請求されまたは記載される配列と比較されることを意味する。次に同一性百分率は、次式に従って判定される：
同一性百分率＝１００［１−（Ｃ／Ｒ）］
式中、Ｃは、参照配列と比較される配列との間のアライメント長にわたる、参照配列と比較配列の間の差異の数であり、
（ｉ）比較配列中に対応する整列塩基またはアミノ酸を有しない、参照配列中の各塩基またはアミノ酸、および
（ｉｉ）参照配列中の各ギャップ、および
（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基またはアミノ酸と異なる、参照配列中の各整列塩基またはアミノ酸が差異を構成して、
（ｉｉｉｉ）アライメントは、整合配列の１位から開始しなくてはならず；
Ｒは、比較配列とのアライメント長にわたる参照配列中の塩基またはアミノ酸の数であり、参照配列中に生じる任意のギャップもまた、塩基またはアミノ酸として数えられる。
【０２５６】
比較配列と、それに対して同一性百分率が上のように計算される参照配列との間に、特定の最小同一性百分率とほぼ同じまたはそれ以上のアライメントが存在すれば、その中に、上記のように計算された同一性百分率が特定の同一性百分率未満であるアライメントが存在したとしても、比較配列は、参照配列との特定の最小同一性百分率を有する。
【０２５７】
したがって上述したように、本発明は、配列番号１〜配列番号１１０、または配列番号１〜配列番号１１０と８８％相同的であるその変異体、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、ペプチドを提供する。本発明のペプチドは、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子または前記ペプチドの伸長バージョンをクラスＩＩに結合する能力を有する。
【０２５８】
本発明では、「相同的」という用語は、２つのアミノ酸配列、すなわちペプチドまたはポリペプチド配列の配列間の同一性の程度を指す（上の同一性百分率を参照されたい）。前述の「相同性」は、比較される配列にわたり、最適条件下でアライメントされた２つの配列を比較することで判定される。このような配列相同性は、例えばＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムを使用してアライメントを作成することで、計算され得る。一般に利用できる配列解析ソフトウェア、より具体的には、Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ、ＧＥＮＥＴＹＸまたはその他のツールが、公共データベースによって提供される。
【０２５９】
当業者は、特定のペプチドの変異体によって誘導されるＴ細胞が、ペプチドそれ自体と交差反応できるかどうかを評価できるであろう（Ａｐｐａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｃｏｌｏｍｂｅｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｆｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｚａｒｅｍｂａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）。
【０２６０】
所与のアミノ酸配列の「変異型」によって、本発明者らは、ペプチドが、配列番号１〜配列番号１１０からなる所与のアミノ酸配列からなるペプチドと実質的に同様に、ＨＬＡ分子となおも結合できるように、（例えば、それらを別の天然アミノ酸残基の側鎖で、またはその他の側鎖で置換することにより）例えば、アミノ酸の１つまたは２つの残基の側鎖が変化することを意味する。例えば、ペプチドは、それがＨＬＡ−Ａ＊０２または−ＤＲなどの適切なＭＨＣ分子の結合溝と相互作用して結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持するように修飾されてもよく、このようにしてそれは、活性化ＣＴＬのＴＣＲに結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持する。
【０２６１】
これらのＴ細胞は、引き続いて細胞と交差反応して、本発明の態様で定義される同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞を殺滅し得る。学術文献およびデータベース（Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｇｏｄｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）から演繹され得るように、ＨＬＡ結合ペプチドの特定の位置は、典型的に残基に固着して結合溝を構成する、ポリペプチド鎖の極性、電気物理的特性、疎水性および空間特性によって定義される、ＨＬＡ受容体の結合モチーフに適合するコア配列を形成する。したがって、当業者は、既知のアンカー残基を保つことで、配列番号１〜配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を修飾でき、このような変異型がＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を維持するかどうかを判定できるであろう。本発明の変異型は、活性化Ｔ細胞のＴＣＲに結合する能力を維持し、それは引き続いて、本発明の態様で定義されるような同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞と交差反応して、それを殺滅し得る。
【０２６２】
本明細書で開示される元の（未修飾）ペプチドは、特に明記されない場合は、ペプチド鎖内の異なる、おそらくは選択的な部位における、１つまたは複数の残基の置換によって修飾され得る。好ましくはこれらの置換は、アミノ酸鎖の末端に位置する。このような置換は、保存的性質であってもよく、例えば、疎水性アミノ酸が別の疎水性アミノ酸によって置換されるなど、構造および特徴の類似したアミノ酸によってアミノ酸が置換される。さらにより保存的な置換は、ロイシンのイソロイシンによる置換などの、同一または類似サイズおよび化学的性質のアミノ酸の置換である。天然起源相同タンパク質ファミリーの配列多様性の研究では、特定のアミノ酸置換は、他よりも耐容されることが多く、これらは、元のアミノ酸とその置換物の間のサイズ、電荷、極性、および疎水性の類似性との相関を示すことが多く、これが「保存的置換」の定義の基礎である。
【０２６３】
保存的置換は、本明細書では、以下の５つのグループの１つの中の交換として定義される：グループ１−小型脂肪族、非極性またはわずかに極性の残基（Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ）；グループ２−極性の負に帯電した残基およびそれらのアミド（Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ）；グループ３−極性の正に帯電した残基（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；グループ４−大型脂肪族非極性残基（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ）；およびグループ５−大型芳香族残基（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）。
【０２６４】
より保存的でない置換は、アラニンのイソロイシン残基による置換などの、類似した特徴を有するがサイズがいくらか異なる別のアミノ酸による置換を伴うかもしれない。高度に非保存的な置換は、極性アミノ酸の、または塩基性アミノ酸の酸性アミノ酸による置換を伴うかもしれない。しかし化学効果は完全に予測可能でなく、遊離基置換は単純な化学的原理からは予測できない偶然の効果を生じさせる可能性があるので、このような「遊離基」置換は、潜在的に無効であるとして却下され得ない。
【０２６５】
もちろんこのような置換には、通常のＬ−アミノ酸以外の構造体が関与してもよい。したがってＤ−アミノ酸が、本発明の抗原性ペプチドに通常見られるＬ−アミノ酸を置換するかもしれず、依然として本明細書の開示に包含される。さらに、非標準アミノ酸（すなわち、一般的な天然タンパク質新生アミノ酸以外）もまた置換目的で使用して、本発明による免疫原および免疫原性ポリペプチドが製造されてもよい
【０２６６】
２つ以上の位置における置換が、以下に定義されるように実質的に同等のまたはそれを超える抗原活性のあるペプチドをもたらすことが発見された場合、これらの置換の組み合わせを試験して、置換の組み合わせが、ペプチドの抗原性に相加または相乗効果をもたらすかどうかが判定される。最大でも、ペプチド内の４つ以上の位置が同時に置換されることはない。
【０２６７】
本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドは、非修飾ペプチドと比較すると、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が、実質的に変化したり悪影響を受けたりすることなく交換される、１つまたは２つの非アンカーアミノ酸を有し得る（アンカーモチーフについては下記を参照されたい）。別の実施形態では、本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドにおいては、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が非修飾ペプチドと比較して実質的に変化したり悪影響を受けることなく、１つまたは２つのアミノ酸が、それらの保存的交換パートナー（以下を参照されたい）で交換され得る。
【０２６８】
Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、その組み込みが、Ｔ細胞反応性に実質的に影響を及ぼさず、関連ＭＨＣとの結合を排除しない、その他のアミノ酸での置換によって修飾され得る。したがって与えられた但し書きを除いて、本発明のペプチドは、与えられたようなアミノ酸配列またはそれらの部分または変異体を含む、任意のペプチド（本発明者らは、その用語にオリゴペプチドまたはポリペプチドを含める）であってもよい。
【０２６９】
【表１２−１】
2018518937.tif 000023
【表１２−２】
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【０２７０】
【表１２Ｂ】
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【０２７１】
【表１３】
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【０２７２】
より長い（伸長された）ペプチドもまた、適切であってもよい。ＭＨＣクラスＩエピトープは、通常は８〜１１アミノ酸長であるが、実際のエピトープを含むより長いペプチドまたはタンパク質から、ペプチドプロセッシングによって生成することが可能である。実際のエピトープ側面に位置する残基は、プロセッシング中に実際のエピトープを曝露させるのに必要なタンパク質分解切断に、実質的に影響を及ぼさない残基であることが好ましい。
【０２７３】
本発明のペプチドは、最大４個のアミノ酸によって伸長させ得て、すなわち４：０〜０：４の間のあらゆる組み合わせで、どちらかの末端に１、２、３または４個のアミノ酸が付加され得る。本発明による伸長の組み合わせは、表１４にある。
【０２７４】
【表１４】
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【０２７５】
伸長／延長のためのアミノ酸は、元のタンパク質配列のペプチドまたは任意のその他のアミノ酸であり得る。伸長を利用して、ペプチドの安定性または溶解度を高め得る。
【０２７６】
したがって本発明のエピトープは、天然起源腫瘍関連または腫瘍特異的エピトープと同一であってもよく、またはそれらが実質的に同一の抗原活性を有しさえすれば、４つ以下の残基が参照ペプチドと異なるエピトープを含んでもよい。
【０２７７】
代案の実施形態では、ペプチドは、４つを超えるアミノ酸で、好ましくは最大３０アミノ酸の全長まで、片側または両側で伸長される。これは、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドをもたらしてもよい。ＭＨＣクラスＩＩへの結合は、当該技術分野で公知の方法によって試験される得る。
【０２７８】
したがって、本発明は、ＭＨＣクラスＩエピトープのペプチドおよび変異型を提供し、ペプチドまたは変異型は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜１４、すなわち８、９、１０、１１、１２、１３、１４アミノ酸の全長を有し、伸長されたクラスＩＩ結合ペプチドの場合、長さはまた、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１または２２アミノ酸であり得る。
【０２７９】
もちろん、本発明によるペプチドまたは変異型は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する。ペプチドまたは変異体のＭＨＣ複合体への結合は、当該技術分野で既知の方法によって試験されてもよい。
【０２８０】
好ましくは、本発明によるペプチドに特異的なＴ細胞を置換ペプチドについて試験する場合、置換ペプチドが背景に対して最大溶解増大の半分を達成するペプチド濃度は、約１ｍＭ以下、好ましくは約１μＭ以下、より好ましくは約１ｎＭ以下、さらにより好ましくは約１００ｐＭ以下、最も好ましくは約１０ｐＭ以下である。置換ペプチドが、２人以上、少なくとも２人、より好ましくは３人の個人からのＴ細胞によって認識されることもまた好ましい。
【０２８１】
本発明の特に好ましい実施形態では、ペプチドは、配列番号に１〜配列番号１１０に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【０２８２】
「から本質的になる」は、本発明によるペプチドが、配列番号１〜配列番号１１０のいずれかに記載の配列またはその変異体に加えて、ＭＨＣ分子エピトープのエピトープとして機能するペプチドの一部を必ずしも構成しない、追加的なＮおよび／またはＣ末端に位置するアミノ酸の一連の配列を含有することを意味するものとする。
【０２８３】
それでもなお、これらの一連の配列は、本発明によるペプチドの細胞への効率的な導入を提供する上で重要であり得る。本発明の一実施形態では、ペプチドは、例えば、ＮＣＢＩ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｘ００４９７に由来する、ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖の８０個のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質の一部である（ｐ３３、以下の「Ｉｉ」）。その他の融合物においては、本発明のペプチドは、本明細書に記載されるような抗体、またはその機能的部分に、特に抗体の配列に、前記抗体によって特異的に標的化されるように融合し得て、または例えば、本明細書に記載されるような樹状細胞に対して特異的な抗体に、またはその中に融合し得る。
【０２８４】
さらにペプチドまたは変異型は、より強力な免疫応答を引き起こすために、安定性および／またはＭＨＣ分子への結合を改善するようにさらに修飾されてもよい。ペプチド配列のこのような最適化方法は当該技術分野で周知であり、例えば、逆ペプチド結合または非ペプチド結合の導入が挙げられる。
【０２８５】
逆ペプチド結合においては、アミノ酸残基はペプチド（−ＣＯ−ＮＨ−）結合によって連結せず、ペプチド結合が逆転する。このようなレトロ−インベルソペプチド模倣剤は、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ（１９９７）（Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）に記載されるものなどの当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよい。このアプローチは、側鎖の方向でなく主鎖に関与する変化を含有する、擬ペプチドの生成を伴う。Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．（Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）は、ＭＨＣ結合およびＴヘルパー細胞応答のために、これらの擬ペプチドが有用であることを示す。ＣＯ−ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ−ＣＯ結合を含有するレトロ−インバースペプチドは、タンパク質分解に対してはるかにより高い耐性がある。
【０２８６】
非ペプチド結合は、例えば、−ＣＨ２−ＮＨ、−ＣＨ２Ｓ−、−ＣＨ２ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−ＣＯＣＨ２−、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−、および−ＣＨ２ＳＯ−である。米国特許第４，８９７，４４５号明細書は、標準手順によって合成されるポリペプチド、およびＮａＣＮＢＨ３の存在下でアミノアルデヒドとアミノ酸を反応させることで合成される非ペプチド結合が関与する、ポリペプチド鎖中の非ペプチド結合（−ＣＨ２−ＮＨ）を固相合成する方法を提供する。
【０２８７】
上述の配列を含んでなるペプチドは、それらのアミノおよび／またはカルボキシ末端に存在する追加的な化学基と共に合成して、ペプチドの安定性、生物学的利用能、および／または親和性を高めてもよい。例えば、カルボベンゾキシル、ダンシル、またはｔ−ブチルオキシカルボニル基などの疎水性基が、ペプチドのアミノ末端に付加されてもよい。同様に、アセチル基または９−フルオレニルメトキシ−カルボニル基が、ペプチドのアミノ末端に配置されてもよい。さらに、疎水性基、ｔ−ブチルオキシカルボニル、またはアミド基が、ペプチドのカルボキシ末端に付加されてもよい。
【０２８８】
さらに、本発明のペプチドは、それらの立体配置を改変するように合成されてもよい。例えば、通常のＬ異性体でなく、ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸残基のＤ異性体が使用されてもよい。なおもさらに、本発明のペプチドのアミノ酸残基の少なくとも１つは、周知の非天然起源アミノ酸残基の１つで置換されてもよい。これらのような変化は、本発明のペプチドの安定性、生物学的利用能および／または結合作用の増大に役立ってもよい。
【０２８９】
同様に、本発明のペプチドまたは変異体は、ペプチド合成の前または後のどちらかに、特定のアミノ酸を反応させることで化学的に修飾されてもよい。このような修飾の例は、当該技術分野で周知であり、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｒ．Ｌｕｎｄｂｌａｄ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，３ｒｄ  ｅｄ．ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００４（Ｌｕｎｄｂｌａｄ，２００４）に要約される。アミノ酸の化学修飾としては、これに限定されるものではないが（ａｌｔｈｏｕｇｈ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ  ｔｈｅｒｅｔｏ）、アシル化、アミジン化、リジンのピリドキシル化、還元アルキル化、２，４，６−トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）によるアミノ基のトリニトロベンジル化、システインのシステイン酸への過ギ酸酸化によるカルボキシル基のアミド修飾およびスルフヒドリル修飾、水銀誘導体形成、その他のチオール化合物との混合ジスルフィド形成、マレイミドとの反応、ヨード酢酸またはヨードアセトアミドによるカルボキシメチル化、およびアルカリ性ｐＨでのシアネートによるカルバモイル化による修飾が挙げられるが、これに限定されるものではない（ｂｕｔ  ｉｓ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ）。この点において、当業者は、タンパク質の化学修飾に関するより詳細な手順について、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄｓ．Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ  ＮＹ  １９９５−２０００）（Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）の第１５章を参照されたい。
【０２９０】
簡単に述べると、例えばタンパク質中のアルギニル残基の修飾は、付加体を形成するためのフェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、および１，２−シクロヘキサンジオンなどの隣接するジカルボニル化合物の反応に基づくことが多い。別の実施例は、メチルグリオキサールとアルギニン残基の反応である。システインは、リジンおよびヒスチジンなどのその他の求核性部位の同時の修飾なしに修飾され得る。その結果、システイン修飾のために多数の試薬が利用可能である。Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈなどの会社のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）が、特定の試薬に関する情報を提供する。
【０２９１】
タンパク質中のジスルフィド結合の選択的還元もまた、一般的である。ジスルフィド結合は、生物医薬品の加熱処理中に形成されて酸化され得る。ウッドワード試薬Ｋを使用して、特定のグルタミン酸残基が修飾されてもよい。Ｎ−（３−（ジメチルアミノ）プロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミドを利用して、リジン残基とグルタミン酸残基の間に分子内架橋が形成され得る。例えばジエチルピロ炭酸は、タンパク質中のヒスチジル残基修飾のための試薬である。ヒスチジンはまた、４−ヒドロキシ−２−ノネナールを使用して修飾され得る。リジン残基およびその他のα−アミノ基の反応物は、例えば、ペプチドの表面への結合またはタンパク質／ペプチド架橋で有用である。リジンはポリ（エチレン）グリコールの付着部位であり、タンパク質のグリコシル化の主要な修飾部位である。タンパク質中のメチオニン残基は、例えば、ヨードアセトアミド、ブロモエチルアミン、およびクロラミンＴによって修飾され得る。
【０２９２】
テトラニトロメタンおよびＮ−アセチルイミダゾールを使用して、チロシル残基が修飾され得る。ジチロシンの形成を通じた架橋は、過酸化水素／銅イオンによって達成され得る。
【０２９３】
トリプトファンの修飾に関する最近の研究では、Ｎ−ブロモサクシニミド、臭化２−ヒドロキシ−５−ニトロベンジルまたは３−ブロモ−３−メチル−２−（２−ニトロフェニルメルカプト）−３Ｈ−インドール（ＢＰＮＳ−スカトール）が使用されている。
【０２９４】
ＰＥＧによる治療用タンパク質およびペプチドの成功裏の修飾が、循環半減期の延長と関連することが多い一方で、タンパク質と、グルタルアルデヒド、ポリエチレングリコールジアクリレート、およびホルムアルデヒドとの架橋は、ハイドロゲル調製のために使用される。免疫療法のためのアレルゲンの化学修飾は、カリウムシアネートでのカルバミル化によって達成されることが多い。
【０２９５】
ペプチドが修飾されまたは非ペプチド結合を含む、ペプチドまたは変異体は、本発明の好ましい実施形態である。一般に、ペプチドおよび変異体（少なくともアミノ酸残基間にペプチド結合を含有するもの）は、Ｌｕｋａｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｌｕｋａｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８１）によって、そしてその中で引用される参考文献によって開示される、Ｆｍｏｃ−ポリアミド様式の固相ペプチド合成によって合成されてもよい。一時的なＮ−アミノ基保護は、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）基によってもたらされる。この高度に塩基不安定性の保護基の反復性切断は、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド中の２０％ピペリジンを使用して実施される。側鎖官能基は、それらのブチルエーテル（セリン、スレオニン、およびチロシンの場合）、ブチルエステル（グルタミン酸およびアスパラギン酸の場合）、ブチルオキシカルボニル誘導体（リジンおよびヒスチジンの場合）、トリチル誘導体（システインの場合）、および４−メトキシ−２，３，６−トリメチルベンゼンスルホニル誘導体（アルギニンの場合）として保護されてもよい。グルタミンまたはアスパラギンが、Ｃ末端残基である場合、側鎖アミド官能基を保護するために、４，４’−ジメトキシベンズヒドリル基が活用される。固相担体は、ジメチルアクリルアミド（主鎖単量体）、ビスアクリロイルエチレンジアミン（架橋剤）、およびアクリロイルサルコシンメチルエステル（機能化因子）の３つの単量体から構成される、ポリジメチル−アクリルアミドポリマーをベースとする。使用されるペプチド−対−樹脂の切断可能な結合因子は、酸不安定性４−ヒドロキシメチル−フェノキシ酢酸誘導体である。逆転Ｎ，Ｎ−ジシクロヘキシル−カルボジイミド／１ヒドロキシベンゾトリアゾール媒介共役手順を使用して付加されるアスパラギンおよびグルタミンを除いて、全てのアミノ酸誘導体は、それらのあらかじめ形成された対称的な無水物誘導体として添加される。全ての共役および脱保護反応は、ニンヒドリン、トリニトロベンゼンスルホン酸またはイサチン（ｉｓｏｔｉｎ）試験手順を使用してモニターされる。合成完了時に、ペプチドは樹脂担体から切断され、同時に、５０％スカベンジャー混合物を含有する９５％トリフルオロ酢酸での処理によって、側鎖保護基が除去される。一般に使用されるスカベンジャーとしては、エタンジチオール、フェノール、アニソール、および水が挙げられ、正確な選択は、合成されるペプチドの構成アミノ酸に左右される。ペプチドの合成のための固相法と溶液相法の組み合わせもまた、可能である（例えば、（Ｂｒｕｃｋｄｏｒｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、およびその中で引用される参考文献を参照されたい）。
【０２９６】
トリフルオロ酢酸は、真空蒸発によって除去され、引き続くジエチルエーテルを用いた磨砕は、粗製ペプチドをもたらす。存在する任意のスカベンジャーは、単純な抽出手順によって除去され、それは水相の凍結乾燥時に、スカベンジャーを含まない粗製ペプチドを与える。ペプチド合成のための試薬は、通常、例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ−Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ，ＵＫ）から入手できる。
【０２９７】
精製は、再結晶化、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、および（通常は）例えばアセトニトリル／水勾配分離を使用した逆相高速液体クロマトグラフィーなどの技術の任意の１つまたは組み合わせによって実施されてもよい。
【０２９８】
ペプチドの分析は、薄層クロマトグラフィー、電気泳動法、特にキャピラリー電気泳動法、固相抽出（ＣＳＰＥ）、逆相高速液体クロマトグラフィー、酸加水分解後のアミノ酸分析を使用して、高速原子衝撃（ＦＡＢ）質量分光分析によって、ならびにＭＡＬＤＩおよびＥＳＩ−Ｑ−ＴＯＦ質量分光分析によって、実施されてもよい。
【０２９９】
過剰提示ペプチドを選択するために、中央値サンプル提示ならびに反復試験変動を示す、提示プロファイルが計算される。プロファイルは、目的腫瘍実体のサンプルを正常なサンプルのベースラインに並置させる。次に、線形混合効果モデルのｐ値を計算し（Ｐｉｎｈｅｉｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）誤検出率によって複数試験について補正する（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ  ａｎｄ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，１９９５）ことで、これらの各プロファイルが過剰提示スコアに統合され得る。
【０３００】
質量分析によるＨＬＡリガンドの同定と相対的定量化のために、衝撃凍結サンプルからのＨＬＡ分子が精製されて、ＨＬＡ関連ペプチドが単離された。単離ペプチドを分離して、オンラインナノエレクトロスプレーイオン化（ｎａｎｏＥＳＩ）液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ−ＭＳ）実験によって、配列が同定された。得られたペプチド配列は、肺がん（ＮＳＣＬＣ）サンプルから記録された天然ＴＵＭＡＰの断片化パターン（Ｎ＝９１Ａ＊０２−陽性サンプルおよびＮ＝８０Ａ＊２４−陽性サンプル）と、同一配列の対応する合成標準ペプチドの断片化パターンとの比較によって確認された。ペプチドは、原発性腫瘍のＨＬＡ分子のリガンドとして直接、同定されたので、これらの結果は、１５５人の肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者から入手された原発性がん組織上における、同定されたペプチドの天然プロセッシングおよび提示の直接的証拠を提供する。
【０３０１】
発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）ｖ２．１（例えば、その内容全体が参照により本明細書に援用される、米国特許第２０１３−００９６０１６号明細書を参照されたい）は、いくつかの異なる非がん性組織および臓器と比較した、がん組織上のＨＬＡ拘束性ペプチドレベルの直接相対定量化に基づく、妥当な過剰提示ペプチドワクチン候補の同定と選択ができるようにする。これは、独自仕様のデータ解析パイプラインによって処理された獲得ＬＣ−ＭＳデータ、配列同定のための組み合わせアルゴリズム、スペクトルクラスタリング、イオン計数、滞留時間アライメント、電荷状態のデコンボリューション、および正規化を使用して、無標識示差定量化の開発によって達成された。
【０３０２】
各ペプチドおよびサンプルの誤差推定値を含む、提示レベルが確立された。腫瘍組織上で排他的に提示されるペプチド、および腫瘍において過剰提示されるペプチドが、非がん性の組織および臓器との比較で同定されている。
【０３０３】
肺がん（ＮＳＣＬＣ）組織サンプルからのＨＬＡペプチド複合体は精製されてＨＬＡ結合ペプチドが単離され、ＬＣ−ＭＳによって分析された（実施例を参照されたい）。本出願に含まれる全てのＴＵＭＡＰは、この原発性肺がん（ＮＳＣＬＣ）サンプルに対するアプローチを用いて同定され、それらの原発性肺がん（ＮＳＣＬＣ）上の提示が確認された。
【０３０４】
複数の肺がん（ＮＳＣＬＣ）および正常組織上で同定されたＴＵＭＡＰは、無標識ＬＣ−ＭＳデータのイオン計数を使用して定量化された。方法は、ペプチドのＬＣ−ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量に相関すると仮定する。様々なＬＣ−ＭＳ実験におけるペプチドの全ての定量的シグナルは、中心傾向に基づいて正規化され、サンプルあたりで平均化されて、提示プロファイルと称される棒グラフにマージされた。提示プロファイルは、タンパク質データベース検索、スペクトルクラスタリング、電荷状態デコンボリューション（除電）および滞留時間アライメントおよび正規化のような、異なる解析法を統合する。
【０３０５】
さらに、発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）ｖ２．ｘは、がんまたはその他の感染組織上で、ＭＨＣ拘束性、好ましくはＨＬＡ拘束性のペプチドレベルの直接絶対定量化ができるようにする。簡単に述べると、総細胞数が、分析された組織サンプルの全ＤＮＡ含有量から計算された。組織サンプル中のＴＵＭＡＰの全ペプチド量は、天然ＴＵＭＡＰと、既知量のＴＵＭＡＰの同位体標識バージョン、いわゆる内標準との比率として、ナノＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって測定された。ＴＵＭＡＰ単離の効率は、ＴＵＭＡＰ単離手順の可能な限り早い時点で、全ての選択されたＴＵＭＡＰのペプチド：ＭＨＣ複合体を組織溶解産物に添加して、ペプチド単離手順の完了に続く、ナノＬＣ−ＭＳ／ＭＳによるそれらの検出によって判定された。総細胞数および全ペプチド量は、組織サンプルあたり三連の測定から計算された。ペプチド単離効率は、それぞれ三連で測定された、１０回の添加実験からの平均として計算された（実施例および表２２を参照されたい）。
【０３０６】
本発明は、本発明のペプチドを過剰にまたは排他的に提示する、好ましくは肺がんである、がん／腫瘍を治療するのに有用なペプチドを提供する。これらのペプチドは、原発性ヒト肺がん（ＮＳＣＬＣ）サンプル上で、ＨＬＡ分子によって天然に提示されることが、質量分析法によって示された。
【０３０７】
それにペプチドが由来する起源遺伝子／タンパク質（「完全長タンパク質」または「基礎タンパク質」とも称される）の多くは、正常組織と比較してがんにおいて高度に過剰発現されることが示されて、起源遺伝子の高度な腫瘍関連性が実証され、「正常組織」は、本発明との関連で、健常肺細胞またはその他の正常組織細胞のどちらかを意味するものとする（実施例２を参照されたい）。さらに、ペプチド自体は、腫瘍組織上では強く過剰提示されるが、正常組織上では過剰提示されず、「腫瘍組織」は、本発明との関連で、肺がん（ＮＳＣＬＣ）に罹患している患者に由来するサンプルを意味するものとする（実施例１を参照されたい）。
【０３０８】
ＨＬＡ結合ペプチドは、免疫系、特にＴリンパ球によって認識され得る。Ｔ細胞は、例えば誘導ペプチドを提示する肺がん細胞などの、認識されたＨＬＡ／ペプチド複合体を提示する細胞を破壊し得る。
【０３０９】
本発明のペプチドは、Ｔ細胞応答を刺激でき、および／または過剰提示されることが示されおり、したがって本発明による抗体および／または可溶性ＴＣＲなどのＴＣＲの製造のために使用され得る（実施例３、実施例４を参照されたい）。さらに、ペプチドは、それぞれのＭＨＣと複合体形成した場合に、本発明による、抗体、特にその断片、抗体様バインダーおよび／またはＴＣＲ、特にｓＴＣＲを製造するためにも使用され得る。それぞれの方法は当業者に良く知られており、それぞれの参考文献にもまた見られる。したがって本発明のペプチドは、それによって腫瘍細胞が破壊され得る、患者における免疫応答を生じさせるのに有用である。患者における免疫応答は、理想的には免疫原性を増強する薬剤（すなわちアジュバント）との組み合わせで、記載されるペプチド、または適切な前駆体（例えば伸長ペプチド、タンパク質、またはこれらのペプチドをコードする核酸）を患者に直接投与することで、誘導され得る。本発明の標的ペプチドは、正常組織上では同等のコピー数で提示されないので、このような治療的ワクチン接種から生じる免疫応答は、腫瘍細胞に対して高度に特異的であることが予測され得て、患者の正常細胞に対する望まれない自己免疫反応のリスクを防止する。
【０３１０】
特異的ペプチド−ＭＨＣ複合体を認識する可溶性Ｔ細胞受容体（ｓＴＣＲ）を製造する方法を提供することもまた、本発明のさらなる態様である。このような可溶性Ｔ細胞受容体は、特異的Ｔ細胞クローンから生成され得て、それらの親和性は相補性決定領域を標的とする変異誘発によって増大させ得る。Ｔ細胞受容体の選択目的で、ファージディスプレイが利用され得る（米国特許第２０１０／０１１３３００号明細書、（Ｌｉｄｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２））。ファージディスプレイ中に、そして薬剤として実用する際に、Ｔ細胞受容体を安定化させる目的で、例えば、非天然ジスルフィド結合、その他の共有結合（一本鎖Ｔ細胞受容体）、または二量体化ドメインによって、αおよびβ鎖を連結させ得る（Ｂｏｕｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｃａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｗｉｌｌｃｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。Ｔ細胞受容体は、標的細胞上で特定機能を発揮させるために、毒素、薬剤、サイトカイン（例えば、米国特許第２０１３／０１１５１９１号明細書を参照されたい）、および抗ＣＤ３ドメインのようなエフェクター細胞動員ドメインなどに、連結させ得る。さらにそれは、養子免疫伝達のために使用されるＴ細胞において発現され得る。さらなる情報は、国際公開第２００４／０３３６８５Ａ１号パンフレットおよび国際公開第２００４／０７４３２２Ａ１号パンフレットにある。ＴＣＲの組み合わせは、国際公開第２０１２／０５６４０７Ａ１号パンフレットに記載される。追加的な製造法は、国際公開第２０１３／０５７５８６Ａ１号パンフレットで開示される。
【０３１１】
「医薬組成物」は、医学的状況においてヒトへの投与に適する組成物である。好ましくは、医薬組成物は無菌であり、ＧＭＰガイドラインに準拠して製造される。
【０３１２】
医薬組成物は、遊離形態または薬学的に許容可能な塩の形態のどちらかのペプチドを含んでなる（上記もまた参照されたい）。本明細書の用法では、「薬学的に許容可能な塩」は、開示されたペプチドの誘導体を指し、ペプチドは、薬剤の酸性または塩基性塩を生成することで修飾される。例えば、酸性塩は、適切な酸との反応を伴って、遊離塩基から調製される（典型的に、薬剤の中性形態が中性ＮＨ２基を有する）。酸性塩を調製するための適切な酸としては、例えば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、リンゴ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸、ならびに例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸リン酸などの無機酸の双方が挙げられる。逆に、ペプチド上に存在してもよい酸部分の塩基性塩の調製物は、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、トリメチルアミンなどの薬学的に許容可能な塩基を用いて調製される。
【０３１３】
特に好ましい一実施形態では、医薬組成物は、酢酸（酢酸塩）、トリフルオロ酢酸または塩酸（塩化物）の塩としてのペプチドを含んでなる。
【０３１４】
好ましくは、本発明の薬剤は、ワクチンなどの免疫療法剤である。それは、患者に直接、罹患臓器に、または全身的に、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．投与され、または生体外で患者またはヒト細胞株に由来する細胞に適用されて、それが引き続いて患者に投与され、または生体外で使用されて患者に由来する免疫細胞の亜集団が選択され、次にそれが患者に再投与されてもよい。核酸が、生体外で細胞に投与される場合、インターロイキン２などの免疫刺激サイトカインを同時発現させるように、細胞を形質移入することが有用であってもよい。ペプチドは、実質的に純粋であり、または免疫刺激アジュバント（下記参照）と組み合わされ、または免疫賦活性サイトカインと組み合わせて使用され、または例えばリポソームなどの適切な送達系によって投与されてもよい。ペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシニアン（ＫＬＨ）またはマンナンなどの適切な担体に共役されてもよい（国際公開第号パンフレット９５／１８１４５および（Ｌｏｎｇｅｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３を参照されたい）。ペプチドはまた、標識されてもよく、融合タンパク質であってもよく、またはハイブリッド分子であってもよい。その配列が本発明に記載されるペプチドは、ＣＤ４またはＣＤ８  Ｔ細胞を刺激することが予測される。しかし、ＣＤ８  Ｔ細胞の刺激は、ＣＤ４  Ｔヘルパー細胞によって提供される援助の存在下で、より効率的である。したがって、ＣＤ８  Ｔ細胞を刺激するＭＨＣクラスＩエピトープでは、ハイブリッド分子の融合パートナーまたはセクションは、適切にはＣＤ４陽性Ｔ細胞を刺激するエピトープを提供する。ＣＤ４およびＣＤ８刺激エピトープは、当該技術分野で周知であり、本発明で同定されたものが挙げられる。
【０３１５】
一態様では、ワクチンは、配列番号１〜配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのペプチドと、少なくとも１つの追加的なペプチド、好ましくは２〜５０、より好ましくは２〜２５、なおもより好ましくは２〜２０、最も好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のペプチドとを含んでなる。ペプチドは、１つまたは複数の特異的ＴＡＡから誘導されてもよく、ＭＨＣクラスＩ分子に結合してもよい。
【０３１６】
本発明のさらなる態様は、本発明のペプチドまたはペプチド変異体をエンコードする核酸（例えばポリヌクレオチド）を提供する。ポリヌクレオチドは、それがペプチドをコードしさえすれば、例えば、単鎖および／または二本鎖のいずれかのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよく、または例えばホスホロチオエート主鎖があるポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドの未変性または安定化形態であってもよく、それはイントロンを含有してもまたはしなくてもよい。もちろん、天然起源ペプチド結合によって連結する天然アミノ酸残基を含有するペプチドのみが、ポリヌクレオチドによってエンコードされ得る。本発明のなおもさらなる態様は、本発明によるポリペプチドを発現できる発現ベクターを提供する。
【０３１７】
例えば相補的付着端を通じて、ポリヌクレオチド、特にＤＮＡをベクターに連結する、多様な方法が開発されている。例えば、ベクターＤＮＡに挿入されるＤＮＡ断片に、相補的ホモポリマー配列が付加され得る。次に、相補的ホモポリマー尾部間の水素結合によって、ベクターおよびＤＮＡ断片が連結されて組換えＤＮＡ分子が形成する。
【０３１８】
１つまたは複数の制限酵素認識部位を含有する合成リンカーは、ＤＮＡ断片をベクターに連結する代替え方法を提供する。多様な制限エンドヌクレアーゼ部位を含有する合成リンカーは、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，ＣＮ，ＵＳＡをはじめとするいくつかの供給元から、商業的に入手できる。
【０３１９】
本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡを修飾する望ましい方法は、Ｓａｉｋｉ  ＲＫ，ｅｔ  ａｌ．（Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８）で開示されるようなポリメラーゼ連鎖反応を用いる。この方法は、例えば適切な制限酵素認識部位を改変することで、ＤＮＡを適切なベクターに導入するために使用されてもよく、またはそれは、当該技術分野で既知のその他の有用な様式でＤＮＡを修飾するために使用されてもよい。ウイルスベクターを使用するのであれば、ポックスウイルスまたはアデノウイルスベクターが好ましい。
【０３２０】
次にＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）を適切な宿主において発現させ、本発明のペプチドまたは変異体を含んでなるポリペプチドが製造されてもよい。このようにして、本明細書に含まれる教示を考慮して適切に修正された既知の技術に従って、本発明のペプチドまたは変異体をコードするＤＮＡを使用して、発現ベクターが構築されてもよく、次にそれを使用して、本発明のポリペプチドの発現および製造のために、適切な宿主細胞が形質転換される。このような技術としては、例えば、米国特許第４，４４０，８５９号明細書、米国特許第４，５３０，９０１号明細書、米国特許第４，５８２，８００号明細書、米国特許第４，６７７，０６３号明細書、米国特許第４，６７８，７５１号明細書、米国特許第４，７０４，３６２号明細書、米国特許第４，７１０，４６３号明細書、米国特許第４，７５７，００６号明細書、米国特許第４，７６６，０７５号明細書、および米国特許第４，８１０，６４８号明細書で開示されるものが挙げられる。
【０３２１】
本発明の化合物を構成するポリペプチドをエンコードするＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）は、適切な宿主への導入のために、多種多様なその他のＤＮＡ配列に連結されてもよい。コンパニオンＤＮＡは、宿主の性質、ＤＮＡの宿主への導入様式、およびエピソームの維持または組み込みが所望されるかどうかに左右される。
【０３２２】
一般に、ＤＮＡは、発現のための適切な方向および正しい読み枠で、プラスミドなどの発現ベクターに挿入される。必要ならば、ＤＮＡは、所望の宿主によって認識される適切な転写および翻訳制御調節ヌクレオチド配列に連結されてもよいが、このような調節は、一般に発現ベクター中で利用できる。次に、標準的な技術を通じて、ベクターが宿主に導入される。一般に、全ての宿主がベクターによって形質転換されるわけではない。したがって、形質転換された宿主細胞を選択することが必要になる。一選択技術は、任意の必要な制御要素と共に、形質転換細胞における選択可能な形質、例えば抗生物質耐性をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターに組み込むことを伴う。
【０３２３】
代案としては、このような選択可能な形質の遺伝子は、所望の宿主細胞を同時形質転換するのに使用される、別のベクター上にあり得る。
【０３２４】
次に、本明細書で開示される教示を考慮して、当業者に知られている適切な条件下で十分な時間にわたり、本発明の組換えＤＮＡによって形質転換された宿主細胞が培養されてポリペプチドが発現され、次にそれが回収れされ得る。
【０３２５】
細菌（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびバチルス・サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、酵母（例えばサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、糸状菌（例えばアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ））、植物細胞、動物細胞、および昆虫細胞をはじめとする多数の発現系が知られている。好ましくは、細胞株は、ＡＴＣＣ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手できるＣＨＯ細胞などの哺乳類細胞であり得る。
【０３２６】
構成的発現のための典型的な哺乳類細胞ベクタープラスミドは、適切なポリＡ尾部と、ネオマイシンなどの耐性マーカーとがある、ＣＭＶまたはＳＶ４０プロモーターを含んでなる。一例は、Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ，ＵＳＡから入手できるｐＳＶＬである。誘導性哺乳類発現ベクターの一例であるｐＭＳＧもまた、Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手できる。有用な酵母プラスミドベクターは、ｐＲＳ４０３−４０６およびｐＲＳ４１３−４１６であり、通常、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ  ９２０３７，ＵＳＡから入手できる。プラスミドｐＲＳ４０３、ｐＲＳ４０４、ｐＲＳ４０５、およびｐＲＳ４０６は、酵母組み込みプラスミド（ＹＩｐｓ）であり、酵母の選択可能なマーカーＨＩＳ３、ＴＲＰ１、ＬＥＵ２、およびＵＲＡ３が組み込まれている。プラスミドｐＲＳ４１３−４１６は、酵母セントロメアプラスミド（Ｙｃｐｓ）である。ＣＭＶプロモーターベースのベクター（例えばＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製）は、一過性または安定性発現、細胞質内発現または分泌、およびＦＲＡＧ、３ｘＦＬＡＧ、ｃ−ｍｙｃまたはＭＡＴの様々な組み合わせでのＮ末端またはＣ末端標識付けを提供する。これらの融合タンパク質は、組換えタンパク質を検出、精製、および分析できるようにする。二重標識融合物は、検出に融通性を与える。
【０３２７】
強力なヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター調節領域は、ＣＯＳ細胞において、構成タンパク質発現レベルを１ｍｇ／Ｌ程度の高さに駆動する。効力がより低い細胞株では、タンパク質レベルは典型的に約０．１ｍｇ／Ｌである。ＳＶ４０複製起点の存在は、ＳＶ４０複製許容ＣＯＳ細胞における高レベルのＤＮＡ複製をもたらす。ＣＭＶベクターは、例えば、細菌細胞におけるｐＭＢ１（ｐＢＲ３２２の誘導体）複製起点、細菌におけるアンピシリン耐性選択のためのｂ−ラクタマーゼ遺伝子、ｈＧＨポリＡ、およびｆ１起点を含有し得る。プレプロトリプシンリーダー（ＰＰＴ）配列を含有するベクターは、抗ＦＲＡＧ抗体、樹脂、およびプレートを使用する精製のために、培養液中へのＦＲＡＧ融合タンパク質分泌を誘導し得る。多様な宿主細胞において使用するためのその他のベクターおよび発現系が、当該技術分野で周知である。
【０３２８】
別の実施形態では、本発明の２つ以上のペプチドまたはペプチド変異型がコードされ、したがって順次発現される（「数珠玉構造」コンストラクトに類似する）。その際に、ペプチドまたはペプチド変異型は、例えばＬＬＬＬＬＬなどの一続きのリンカーアミノ酸によって、共に連結または融合されてもよく、またはそれらの間のいかなる追加的なペプチドもなしに連結されてもよい。これらのコンストラクトはまた、がん療法のために使用され得て、ＭＨＣ  ＩとＭＨＣ  ＩＩの双方が関与する免疫応答を誘導してもよい。
【０３２９】
本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドベクターコンストラクトで形質転換された宿主細胞にも関する。宿主細胞は、原核または真核生物のどちらかであり得る。細菌細胞は、いくつかの状況では、好ましい原核宿主細胞であってもよく、典型的には、例えば、Ｂｅｔｈｅｓｄａ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５株、および米国微生物系統保存機関（ＡＴＣＣ）Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できるＲＲ１（ＡＴＣＣ番号３１３４３）などの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株である。好ましい真核宿主細胞としては、酵母、昆虫、および哺乳類細胞、好ましくはマウス、ラット、サルまたはヒト線維芽および結腸細胞株に由来するものなどの脊椎動物細胞が挙げられる。酵母宿主細胞としては、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ  ９２０３７，ＵＳＡから一般に入手できる、ＹＰＨ４９９、ＹＰＨ５００、およびＹＰＨ５０１が挙げられる。好ましい哺乳類宿主細胞としては、ＡＴＣＣからＣＣＬ６１として入手できるチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５８として入手できるＮＩＨ  Ｓｗｉｓｓマウス胚細胞ＮＩＨ／３Ｔ３、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５０として入手できるサル腎臓由来ＣＯＳ−１細胞、およびヒト胎児由来腎臓細胞である２９３細胞が挙げられる。好ましい昆虫細胞は、バキュロウイルス発現ベクターで形質移入され得るＳｆ９細胞である。発現のための適切な宿主細胞の選択に関する概説は、例えば、Ｐａｕｌｉｎａ  Ｂａｌｂａｓ  ａｎｄ  Ａｒｇｅｌｉａ  Ｌｏｒｅｎｃｅ”Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ｒｅｖｉｅｗｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ｐａｒｔ  Ｏｎｅ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＩＳＢＮ  ９７８−１−５８８２９−２６２−９の教科書、および当業者に知られているその他の文献にある。
【０３３０】
本発明のＤＮＡコンストラクトによる適切な細胞宿主の形質転換は、典型的に使用されるベクターのタイプに左右される周知の方法によって達成される。原核宿主細胞の形質転換に関しては、例えば、Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９７２）および（Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，２０１２）を参照されたい。酵母細胞の形質転換は、Ｓｈｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｓｈｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６）に記載される。Ｂｅｇｇｓ（Ｂｅｇｇｓ，１９７８）の方法もまた有用である脊椎動物細胞に関しては、このような細胞を形質移入するのに有用な、例えば、リン酸カルシウムおよびＤＥＡＥ−デキストランまたはリポソーム製剤などの試薬が、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，ｏｒ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ  ２０８７７，ＵＳＡから入手できる。電気穿孔もまた、細胞を形質転換および／または形質移入するのに有用であり、酵母細胞、細菌細胞、昆虫細胞、および脊椎動物細胞を形質転換する技術分野で周知である。
【０３３１】
成功裏に形質転換された細胞、すなわち本発明のＤＮＡコンストラクトを含有する細胞は、ＰＣＲなどの周知の技術によって同定され得る。代案としては、抗体を使用して、上清中のタンパク質の存在が検出され得る。
【０３３２】
例えば、細菌、酵母、および昆虫細胞などの本発明の特定の宿主細胞は、本発明のペプチドの調製において有用であることが理解されるであろう。しかしその他の宿主細胞が、特定の治療法において有用であってもよい。例えば、樹状細胞などの抗原提示細胞は、それらが適切なＭＨＣ分子中に負荷されてもよいように、本発明のペプチドを発現するために有用に使用されてもよい。したがって、本発明は、本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる宿主細胞を提供する。
【０３３３】
好ましい実施形態では、宿主細胞は、抗原提示細胞、特に樹状細胞または抗原提示細胞である。前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）を含有する組換え融合タンパク質が負荷されたＡＰＣは、無症候性または微小症候性転移性ＨＲＰＣを治療するために、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって２０１０年４月２０日に認可された（シプロイセルＴ）（Ｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｓｍａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０３３４】
本発明のさらなる態様は、宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、ペプチドまたはその変異型を製造する方法を提供する。
【０３３５】
別の実施形態では、本発明のペプチド、核酸または発現ベクターは、医療において使用される。例えば、ペプチドまたはその変異体は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射のために調合されてもよい。ペプチド注射の好ましい方法としては、ｓ．ｃ．、ｉ．ｄ．、ｉ．ｐ．、ｉ．ｍ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。ＤＮＡ注射の好ましい方法としては、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。例えば、５０μｇ〜１．５ｍｇ、好ましくは１２５μｇ〜５００μｇのペプチドまたはＤＮＡの用量が投与されてもよく、それぞれのペプチドまたはＤＮＡに左右される。この範囲の用量は、以前の治験で成功裏に使用された（Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０３３６】
活性ワクチン接種のために使用されるポリヌクレオチドは、実質的に純粋であってもよく、または適切なベクターまたは送達系に含有されてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよい。このような核酸をデザインして導入する方法は、当該技術分野で周知である。概説は、例えば、Ｔｅｕｆｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（Ｔｅｕｆｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）によって提供される。ポリヌクレオチドワクチンは調製が容易であるが、免疫応答誘導におけるこれらのベクターの作用機序は、完全には分かっていない。適切なベクターおよび送達系としては、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルス、または２つ以上のウイルスの構成要素を含有するハイブリッドベースのシステムなどのウイルスＤＮＡおよび／またはＲＮＡが挙げられる。非ウイルス送達系としては、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマーが挙げられ、ＤＮＡ送達技術分野において周知である。「遺伝子銃」などを通じた物理的送達もまた、使用されてもよい。核酸によってコードされるペプチド（単数）またはペプチド（複数）は、例えば、上述のように、それぞれの逆ＣＤＲのＴ細胞を刺激する、エピトープとの融合タンパク質であってもよい。
【０３３７】
本発明の薬剤は、１つまたは複数のアジュバントもまた含んでもよい。アジュバントは、免疫応答（例えば、ＣＤ８陽性Ｔ細胞およびヘルパーＴ（ＴＨ）細胞によって媒介される抗原に対する免疫応答を非特異的に促進または増強する物質であり、したがって本発明の薬剤中で有用であると見なされる。適切なアジュバントとしては、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、ＡＭＰＬＩＶＡＸ（登録商標）、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、フラジェリンまたはフラジェリン由来ＴＬＲ５リガンド、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド（ＡＬＤＡＲＡ（登録商標））、レシキモド、ＩｍｕＦａｃｔＩＭＰ３２１、ＩＬ−２やＩＬ−１３やＩＬ−２１としてのインターロイキン、インターフェロン−αまたは−βまたはそれらのＰＥＧ化誘導体、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＩＳＣＯＭｓ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ（登録商標）、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＡＬＰ２、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、モンタニドＩＭＳ１３１２、モンタニドＩＳＡ２０６、モンタニドＩＳＡ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ−５１、油中水型および水中油型エマルション、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＯｓｐＡ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ポリ（ラクチドコ−グリコリド）［ＰＬＧ］ベースおよびデキストラン微粒子、タラクトフェリンＳＲＬ１７２、ビロソームおよびその他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、β−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニン由来Ａｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ、マイコバクテリア抽出物、および合成細菌細胞壁模倣体、そしてＲｉｂｉ’ｓ  ＤｅｔｏｘまたはＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどのその他の独自仕様のアジュバントが挙げられるが、これに限定されるものではない。フロイントまたはＧＭ−ＣＳＦなどのアジュバントが好ましい。樹状細胞およびそれらの調製物に対して特異的な、いくつかの免疫学的アジュバント（例えばＭＦ５９）が、以前記載されている（Ａｌｌｉｓｏｎ  ａｎｄ  Ｋｒｕｍｍｅｌ，１９９５）。サイトカインもまた、使用されてもよい。数種のサイトカインは、樹状細胞のリンパ組織（例えばＴＮＦ−）への移動に影響を与えること、Ｔリンパ球（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１、およびＩＬ−４）のための効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速すること（その内容全体が参照により本明細書に具体的に援用される、米国特許第５，８４９，５８９号明細書）、および免疫増強剤（例えば、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２３、ＩＬ−７、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β）として作用することと、直接関連づけられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６）。
【０３３８】
ＣｐＧ免疫賦活性オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン環境において、アジュバント効果を促進することが報告されている。理論により拘束されることなく、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主にＴＬＲ９を通じた、内在的（非適応性）免疫系の活性化によって作用する。ＣｐＧ誘導性ＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生きたまたは死滅ウイルス、樹状細胞ワクチン、自己細胞ワクチン、そして予防的および治療的ワクチンの双方における多糖コンジュゲートをはじめとする、多種多様な抗原に対する、抗原特異的体液性および細胞性応答を増強する。より重要なことには、それは樹状細胞の成熟と分化を促進し、ＣＤ４  Ｔ細胞援助の不在下であってさえも、ＴＨ１細胞の活性化促進、および強力な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）生成をもたらす。ＴＬＲ９刺激によって誘導されるＴＨ１バイアスは、通常はＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたは不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）などのワクチンアジュバント存在下であってさえも、維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、その他のアジュバントと調合されまたは同時投与された際に、または微粒子、ナノ粒子、脂質エマルションなどの配合物、または類似配合物において、なおもより高いアジュバント活性を示し、それは、抗原が比較的弱い場合、強力な応答を誘導するのに特に必要である。それらは免疫応答もまた加速し、いくつかの実験では、ＣｐＧなしのワクチン総量と同等の抗体応答で、抗原用量のほぼ２桁分の低減を可能にする（Ｋｒｉｅｇ，２００６）。米国特許第６，４０６，７０５Ｂ１号明細書は、抗原特異的免疫応答を誘導するためのＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバント、および抗原の併用を記載する。ＣｐＧ  ＴＬＲ９拮抗薬は、本発明の医薬組成物の好ましい構成要素である、Ｍｏｌｏｇｅｎ（Ｂｅｒｌｉｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）製のｄＳＬＩＭ（二重ステムループ免疫調節剤）である。ＲＮＡ結合ＴＬＲ７、ＴＬＲ８および／またはＴＬＲ９などのその他のＴＬＲ結合分子もまた、使用されてもよい。
【０３３９】
有用なアジュバントその他の例としては、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）；ポリ（Ｉ：Ｃ）などのｄｓＲＮＡアナログおよびそれらの誘導体（例えばＡｍｐｌｉＧｅｎ（登録商標）、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標）、ポリ（ＩＣＬＣ）、ポリ（ＩＣ−Ｒ）、ポリ（Ｉ：Ｃ１２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ；ならびにシクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ（登録商標）、セレブレックス、ＮＣＸ−４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフェニブ、テモゾロマイド、テムシロリムス、ＸＬ−９９９、ＣＰ−５４７６３２、パゾパニブ、ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、抗ＣＴＬＡ４などの免疫活性小型分子および抗体；免疫系の重要な構造体を標的にするその他の抗体（例えば、抗ＣＤ４０、抗ＴＧＦβ、抗ＴＮＦα受容体）；ＳＣ５８１７５が挙げられるが、これに限定されるものではなく、これらは治療的におよび／またはアジュバントとして作用してもよい。本発明の文脈で有用なアジュバントおよび添加剤の量と濃度は、過度の実験を実施することなく、当業者によって容易に判定され得る。
【０３４０】
好ましいアジュバントは、抗ＣＤ４０、イミキモド、レシキモド、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、インターフェロンα、ＣｐＧオリゴヌクレオチドおよび誘導体、ポリ（Ｉ：Ｃ）および誘導体、ＲＮＡ、シルデナフィル、およびＰＬＧまたはビロソーム微粒子調合物である。
【０３４１】
本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、レシキモド、およびインターフェロンαなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。
【０３４２】
本発明による医薬組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、およびレシキモドなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、シクロホスファミド、イミキモドまたはレシキモドである。なおもより好ましいアジュバントは、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ポリＩＣＬＣ（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））、および抗ＣＤ４０ｍＡＢまたはそれらの組み合わせである。
【０３４３】
この組成物は、皮下、皮内、筋肉内などの非経口投与、または経口投与のために使用される。このためには、ペプチドおよび任意選択的にその他の分子が、薬学的に許容可能な、好ましくは水性担体に溶解され、または懸濁される。さらに組成物は、緩衝液、結合剤、ブラスチング剤、希釈剤、風味、潤滑剤などの賦形剤を含有し得る。ペプチドはまた、サイトカインなどの免疫刺激物質と共に投与され得る。このような組成物中で使用され得る賦形剤の詳細な一覧は、例えば、Ａ．Ｋｉｂｂｅ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（Ｋｉｂｂｅ，２０００）から採用され得る。組成物は、腺腫様またはがん性疾患の阻止、予防法および／または治療法のために使用され得る。例示的調合物は、例えば、欧州特許第２１１２２５３号明細書にある。
【０３４４】
本発明によるワクチンによって引き起こされる免疫応答は、異なる細胞分裂期および異なる発生段階のがんを攻撃することを理解することが重要である。さらに、異なるがん関連シグナル伝達経路が攻撃される。これは、１つまたは少数の標的のみに対処して、攻撃に対する腫瘍の容易な適応（腫瘍エスケープ）を引き起こすこともある、ワクチンに優る利点である。さらに個々の腫瘍の全てが、同一パターンの抗原を発現するとは限らない。したがって、いくつかの腫瘍関連ペプチドの組み合わせによって、ありとあらゆる腫瘍が標的の少なくとも一部を有することが確実になる。組成物は、それぞれの腫瘍が抗原のいくつかを発現することを予期して設計され、腫瘍の増殖と維持に必要ないくつかの独立した経路をカバーする。したがって、ワクチンは、より大きな患者集団のために、容易に「出来合」で使用され得る。これは、ワクチンで治療される患者の予備選択が、ＨＬＡタイピングに限定され得て、抗原発現に関する任意の追加的なバイオマーカーアセスメントを必要としないことを意味するが、いくつかの標的が誘導免疫応答によって同時に攻撃されることはなおも確実であり、これは有効性にとって重要である（Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０３４５】
本明細書の用法では、「スキャフォールド」という用語は、（例えば、抗原性）決定因子に特異的に結合する分子を指す。一実施形態では、スキャフォールドはまた、それが付着する実体（例えば、（第２の）抗原結合部分）を例えば、抗原決定基（例えば本出願書に記載のペプチドとＭＨＣの複合体）を有する特異的腫瘍細胞または腫瘍間質などの型標的部位に誘導できる。別の実施形態では、キャフォールドは、例えば、Ｔ細胞受容体複合体抗原などのその標的抗原を介して、シグナル伝達を活性化できる。スキャフォールドとしては、抗体およびそれらのフラグメント、抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を含んでなる抗体の抗原結合ドメイン、少なくとも１つのアンキリンリピートモチーフと単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子とを含んでなる結合タンパク質、アプタマー、（可溶性）ＴＣＲ、および同種または自己由来Ｔ細胞などの（改変）細胞が挙げられるが、これに限定されるものではない。分子が標的に結合するスキャフォールドであるかどうかを評価するために、結合アッセイが実施され得る。
【０３４６】
「特異的」結合は、特異的標的を保有する細胞を殺滅できる活性分子を装備したスキャフォールドが、特異的標的がないがその他のペプチド−ＭＨＣ複合体を提示する別の細胞を殺滅できない程度に、スキャフォールドがその他の天然ペプチド−ＭＨＣ−複合体よりもさらに良好に、目的ペプチド−ＭＨＣ−複合体に結合することを意味する。交差反応性ペプチド−ＭＨＣのペプチドが天然に存在せず、すなわち、ヒトＨＬＡ−ペプチドームに由来しない場合、その他のペプチド−ＭＨＣ複合体への結合は無関係である。標的細胞死滅を評価する試験は、当該技術分野で周知である。それらは、非改変ペプチド−ＭＨＣ提示がある標的細胞（初代細胞または細胞株）、または天然に存在するペプチド−ＭＨＣレベルに達するようにペプチドを負荷された細胞を使用して、実施されるべきである。
【０３４７】
各スキャフォールドは標識を含んでなり得て、それは、標識によって提供されるシグナルの存在または不在を判定することで、結合スキャフォールドが検出され得ることを提供する。例えば、スキャフォールドは、蛍光染料または任意のその他の適用可能な細胞マーカー分子で標識され得る。このようなマーカー分子は、当該技術分野で周知である。例えば、蛍光染料によって提供される蛍光標識は、蛍光またはレーザー走査顕微鏡またはフローサイトメトリーによる、結合アプタマーの視覚化を提供し得る。
【０３４８】
各スキャフォールドは、例えば、ＩＬ−２１、抗−ＣＤ３、および抗−ＣＤ２８などの第２の活性分子にコンジュゲートされ得る。
【０３４９】
ポリペプチドスキャフォールドに関するさらなる情報については、例えば国際公開第２０１４／０７１９７８Ａ１号パンフレットの背景セクション、およびその中で引用された参考文献を参照されたい。
【０３５０】
本発明は、アプタマーにさらに関する。アプタマー（例えば、国際公開第２０１４／１９１３５９号パンフレット、およびその中で引用される文献を参照されたい）は、短い一本鎖核酸分子であり、それは、所定の三次元構造に折り畳まれて、特異的標的構造体を認識し得る。それらは、標的療法を開発するための適切な代案のようであった。アプタマーは、高い親和性および特異性で、多様な複合体標的と選択的に結合することが示されている。
【０３５１】
細胞表面に位置する分子を認識するアプタマーは、過去１０年内に同定されており、診断および治療的アプローチを開発する手段を提供する。アプタマーは、毒性および免疫原性がほぼ皆無であることが示されているので、それらは生物医学的用途のための有望な候補である。確かに、例えば、前立腺特異的膜抗原認識アプタマーなどのアプタマーは、標的療法のために成功裏に用いられており、異種移植片生体内モデルにおいて機能できることが示されている。さらに、特異的腫瘍細胞株を認識するアプタマーが同定されている。
【０３５２】
ＤＮＡアプタマーは、様々ながん細胞、特に固形腫瘍に由来するものに対して広域スペクトル認識特性を示す一方で、非腫瘍形成性および主要健常細胞を認識しないように選択され得る。同定されたアプタマーが、特異的腫瘍サブタイプを認識するだけでなく、むしろ一連の腫瘍と相互作用する場合、これは、アプタマーをいわゆる広域スペクトル診断薬および治療薬として応用可能にする。
【０３５３】
さらに、フローサイトメトリーによる細胞結合挙動の研究は、アプタマーが、ナノモル濃度範囲内の非常に良好な見かけの親和性を見せたことを示した。
【０３５４】
アプタマーは、診断および治療目的で有用である。さらに、アプタマーの一部は腫瘍細胞に取り込まれ、したがって腫瘍細胞中へのｓｉＲＮＡなどの抗がん剤の標的化送達のための分子ビヒクルとして、機能し得ることが示され得る。
【０３５５】
アプタマーは、細胞ＳＥＬＥＸ（試験管内進化法）技術を使用して、細胞および組織などの複合体標的に対して、および本発明による配列番号１〜配列番号１１０のいずれかに記載の配列とＭＨＣ分子とを含んでなり、好ましくはそれからなるペプチド複合体などに対して、選択され得る。
【０３５６】
本発明のペプチドを使用して、ＭＨＣ／ペプチド複合体に対する特異的抗体が生成され、開発され得る。これらは、毒素または放射性物質を患部組織に標的化する治療法のために、使用され得る。これらの抗体の別の用途は、ＰＥＴなどのイメージング目的の放射性核種の患部組織への標的化であり得る。この用途は、小規模な転移の検出、または病的組織のサイズと正確な位置確認の判定を助け得る。
【０３５７】
したがってＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、組換え抗体を製造する方法を提供することが、本発明のさらなる態様であり、方法は、前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩを発現する細胞を含んでなる、遺伝子操作された非ヒト哺乳類を前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した可溶性形態のＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子によって免疫化するステップと；ｍＲＮＡ分子を前記非ヒト哺乳類の抗体産  生細胞から単離するステップと；前記ｍＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質分子を提示する、ファージディスプレイライブラリーを作成するステップと；少なくとも１つのファージを前記ファージディスプレイライブラリーから単離するステップとを含んでなり、前記少なくとも１つのファージは、前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、前記抗体を提示する。
【０３５８】
ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化したヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する抗体を提供することも、本発明のさらなる態様であり、その中で抗体は、好ましくは、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体および／またはキメラ抗体である。
【０３５９】
このような抗体および一本鎖クラスＩ主要組織適合性複合体を製造するそれぞれの方法、ならびにこれらの抗体を製造するためのその他のツールは、本発明の目的で、その内容全体が参照により全て明示的に援用される、国際公開第０３／０６８２０１号パンフレット、国際公開第２００４／０８４７９８号パンフレット、国際公開第０１／７２７６８号パンフレット、国際公開第０３／０７０７５２号パンフレット、および刊行物（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３ａ；Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３ｂ；Ｄｅｎｋｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）で開示される。
【０３６０】
好ましくは、抗体は、２０ナノモル濃度未満、好ましくは１０ナノモル濃度未満の結合親和性で複合体に結合し、それは本発明の文脈で「特異的」とも見なされる。
【０３６１】
本発明は、配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択される配列、または配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチド、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体に関し、前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【０３６２】
本発明は、配列番号１〜配列番号１１０からなる群から選択される配列、または、配列番号１〜配列番号１１０と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたは変異体は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜１４アミノ酸の全長を有する。
【０３６３】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０３６４】
本発明は、ペプチドが、配列番号１〜配列番号１１０に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０３６５】
本発明は、ペプチドが（化学的に）修飾された、および／または非ペプチド結合を含む、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０３６６】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、ペプチドは、融合タンパク質の一部であり、特にＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなり、またはペプチドは、例えば樹状細胞特異的抗体などの抗体に（またその中に）融合する。
【０３６７】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関するが、ただしペプチドは完全（完全長）ヒトタンパク質でない。
【０３６８】
本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【０３６９】
本発明は、本発明による核酸を発現できる、発現ベクターにさらに関する。
【０３７０】
本発明は、医療において、特に肺がんの治療において使用するための本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【０３７１】
本発明は、本発明による核酸または本発明による発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。
【０３７２】
本発明は、抗原提示細胞、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【０３７３】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【０３７４】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に、抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。
【０３７５】
本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１〜配列番号１１０または前記異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。
【０３７６】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。
【０３７７】
本発明は、本発明によるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【０３７８】
本発明は、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、または本発明による活性化細胞傷害性Ｔリンパ球の、薬剤としての、または薬剤の製造における、使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。
【０３７９】
本発明は、薬剤がワクチンである、本発明による使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。
【０３８０】
本発明は、発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、肺がん細胞であり、または脳がん、乳がん、結腸直腸がん、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、胃がん、メラノーマ、メルケル細胞がん、白血病（ＡＭＬ、ＣＬＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、胃食道接合部がん（ＯＳＣＡＲ）をはじめとする食道がん、胆嚢がんおよび胆管細胞がん（ＧＢＣ＿ＣＣＣ）、膀胱がん（ＵＢＣ）、および子宮がん（ＵＥＣ）などのその他の固形または血液学的腫瘍細胞である。
【０３８１】
本発明は、肺がんの診断および／または予後診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドベースの特定の標識タンパク質およびバイオマーカーにさらに関する。本発明はまた、がん治療のためのこれらの新規標的の使用に関する。
【０３８２】
「抗体（単数）」または「抗体（複数）」という用語は、本明細書では広義に使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の双方を含む。無処理または「完全」免疫グロブリン分子に加えて、「抗体」という用語には、本発明による所望の特性（例えば、肺がんマーカー（ポリ）ペプチドの特異的結合、がんマーカー遺伝子を増大レベルで発現する肺がん細胞への毒素の送達、および／または肺がんマーカーポリペプチドの活性阻害）のいずれかを示しさえすれば、フラグメント（例えば、ＣＤＲｓ、Ｆｖ、Ｆａｂ、およびＦｃフラグメント）、またはこれらの免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子ヒト化バージョンのポリマーもまた含まれる。
【０３８３】
可能な場合は常に、本発明の抗体は、商業的供給元から購入されてもよい。また本発明の抗体は、周知の方法を使用して生成されてもよい。当業者は、本発明の抗体を生成するために、完全長肺がんマーカーポリペプチドまたはそのフラグメントのどちらを使用してもよいことを理解するであろう。本発明の抗体を生成するために使用されるポリペプチドは、天然原料から部分的にまたは完全に精製されてもよく、または組換えＤＮＡ技術を使用して製造されてもよい。
【０３８４】
例えば、配列番号１〜配列番号１１０ポリペプチドに記載のペプチドなどの本発明によるペプチドをコードするｃＤＮＡ；またはその変異体またはフラグメントが、原核細胞（例えば、細菌）または真核細胞（例えば、酵母、昆虫、または哺乳類細胞）において発現され得て、その後、組換えタンパク質は精製されて、本発明による抗体を生成するために使用される、膵臓がんマーカーポリペプチドに特異的に結合する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体製剤を生成するために使用され得る。
【０３８５】
当業者は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体の２つ以上の異なるセットの生成が、その目的の用途（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、生体内イメージング、免疫毒素療法）に必要な特異性および親和性がある抗体を得る可能性を最大化することを理解するであろう。抗体は、それに対して抗体が使用される目的に従って、既知の方法によりそれらの所望の活性について試験された（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、免疫療法など；抗体の生成および試験のさらなるガイダンスについては、例えば、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４（Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４）を参照されたい。例えば、抗体は、ＥＬＩＳＡアッセイ、ウエスタンブロット、ホルマリン固定肺がんまたは冷凍組織切片の免疫組織化学染色で試験されてもよい。それらの最初の生体外特性解析後、治療または生体内診断用途を意図した抗体が、既知の臨床試験法によって試験される。
【０３８６】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書の用法では、実質的に均質な抗体集団から入手される抗体を指し；すなわち、母集団を構成する個々の抗体は、微量で存在してもよい可能な自然発生的変異以外は同一である。本明細書では、「モノクローナル抗体」は、それらが所望の拮抗活性を示しさえすれば、その中で重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来しまたは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する、抗体中の対応する配列と同一または相同的である一方、鎖の残部は、別の種に由来しまたは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同的である、「キメラ」抗体、ならびにこのような抗体のフラグメントを特に含む（その内容全体が本明細書に援用される、米国特許第４，８１６，５６７号明細書）。
【０３８７】
本発明のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法を使用して調製されてもよい。ハイブリドーマ法においては、マウスまたはその他の適切な宿主動物が免疫剤によって典型的に免疫化されて、免疫剤と特異的に結合する抗体を産生するまたは産生できるリンパ球を生じさせる。代案としては、リンパ球は、生体外で免疫化されてもよい。
【０３８８】
モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載されるものなどの組換えＤＮＡ法によって製造されるものであってもよい。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して、容易に単離および配列決定され得る（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合できる、オリゴヌクレオチドプローブの使用によって）。
【０３８９】
インビトロ法もまた、一価の抗体を調製するのに適する。抗体フラグメント、特にＦａｂフラグメントを生成するための抗体の消化は、当該技術分野で既知の通例の技術を使用して達成され得る。例えば、消化は、パパインを使用して実施され得る。パパイン消化の例は、国際公開第９４／２９３４８号パンフレットおよび米国特許第４，３４２，５６６号明細書に記載される。抗体のパパイン消化は、それぞれ単一抗原結合部位があるＦａｂフラグメントと称される２つの同一の抗原結合フラグメントと、残りのＦｃフラグメントとを典型的に生じる。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントおよびｐＦｃ’フラグメントをもたらす。
【０３９０】
抗体フラグメントは、その他の配列に付着するかどうかに関わりなく、フラグメントの活性が非修飾抗体または抗体フラグメントと比較して顕著に変化せずまたは損なわれないという条件で、特定領域または特定アミノ酸残基の挿入、欠失、置換、またはその他の選択された修飾もまた含み得る。これらの修飾は、ジスルフィド結合できるアミノ酸の除去／付加、そのバイオ寿命増大、その分泌特性改変などのいくつかの追加的な特性を提供し得る。いずれにしても、抗体フラグメントは、結合活性、結合領域における結合調節などの生理活性特性を有しなくてはならない。抗体の機能性または活性領域は、タンパク質の特定領域の変異誘発と、それに続く発現と、発現したポリペプチドの試験によって同定されてもよい。このような方法は、当該技術分野の熟練した実務家には容易に分かり、抗体フラグメントをエンコードする核酸の部位特異的変異誘発を含み得る。
【０３９１】
本発明の抗体は、ヒト化抗体またはヒト抗体をさらに含んでなってもよい。非ヒト（例えばマウス）抗体などのヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント（抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’またはその他の抗原結合部分配列など）である。ヒト化抗体としては、その中でレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性、および能力を有する、マウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト生物種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基によって置換される、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）が挙げられる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体または移入ＣＤＲまたはフレームワーク配列のどちらにも見られない、残基を含んでなってもよい。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つおよび典型的に２つの可変領域の実質的に全てを含んでなり、その中では、ＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン共通配列のものである。ヒト化抗体は、至適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にヒト免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部もまた含んでなる。
【０３９２】
非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で周知である。通常、ヒト化抗体は、非ヒト起源から導入された、１つまたは複数のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と称され、それは典型的に「移入」可変領域から得られる。ヒト化は、齧歯類ＣＤＲ（複数）またはＣＤＲ（単数）配列を対応するヒト抗体配列によって置換することで、基本的に実施され得る。したがって、このような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号明細書）であり、その中では、実質的に非損傷ヒト可変領域未満が、非ヒト生物種からの対応する配列によって置換されている。実際には、ヒト化抗体は典型的にヒト抗体であり、その中ではいくつかのＣＤＲ残基と、おそらくはいくつかのＦＲ残基とが、齧歯類抗体中の類似部位からの残基によって置換される。
【０３９３】
免疫化に際して、内因性免疫グロブリン生成不在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生できる遺伝子組換え動物（例えばマウス）を用い得る。例えば、キメラおよび生殖細胞系変異マウスにおける、抗体重鎖連結領域遺伝子のホモ接合型欠失が、内因性抗体生成の完全阻害をもたらすことが記載されている。このような生殖細胞系変異マウスにおけるヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイの転写は、抗原チャレンジに際してヒト抗体の産生をもたらす。ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリーにおいても産生され得る。
【０３９４】
本発明の抗体は、好ましくは薬学的に許容できる担体中で、対象に投与される。典型的に、製剤中で適当量の薬理的に許容可能な塩が使用されて、製剤を等張にする。薬理的に許容可能な担体の例としては、生理食塩水、リンゲル液、およびデキストロース溶液が挙げられる。溶液のｐＨは、好ましくは約５〜約８、より好ましくは約７〜約７．５である。さらなる担体としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス徐放性製剤が挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルム、リポソームまたは微粒子などの造形品の形態である。当業者には、例えば、投与される抗体の投与経路と濃度次第で、特定の担体がより好ましくあってもよいことが明らかであろう。
【０３９５】
抗体は、注射（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内）によって、またはその有効形態での血流への送達を確実にする輸液などのその他の方法によって、対象、患者、または細胞に投与され得る。抗体はまた、腫瘍内または腫瘍周囲経路によって投与されて、局所性ならびに全身性の治療効果を発揮してもよい。局所注射または静脈注射が好ましい。
【０３９６】
抗体を投与するための有効投与量およびスケジュールは、経験的に判定されてもよく、このような測定の実施は、当該技術分野の技術範囲内である。当業者は、投与しなくてはならない抗体用量が、例えば、抗体を投与される対象、投与経路、使用される特定の抗体型、および投与されるその他の薬剤次第で変動することを理解するであろう。単独使用される抗体の典型的な１日量は、上述の要素次第で、１日あたり約１（μｇ／ｋｇ〜最大１００ｍｇ／ｋｇ体重またはそれ以上の範囲であるかもしれない。好ましくは肺がんを治療するための抗体投与に続いて、治療用抗体の効力が、熟練した実務家に良く知られている様々な方法で評価され得る。例えば、標準腫瘍イメージング技術を使用して、治療を受ける対象における肺がんのサイズ、数、および／または分布をモニターしてもよい。抗体投与不在下で起こるであろう疾患経過と比較して、腫瘍成長を停止させ、腫瘍収縮をもたらし、および／または新規腫瘍の発症を予防する、治療的に投与された抗体は、肺がん治療のための有効な抗体である。
【０３９７】
特異的ペプチド−ＭＨＣ複合体を認識する可溶性Ｔ細胞受容体（ｓＴＣＲ）を製造する方法を提供することもまた、本発明のさらなる態様である。このような可溶性Ｔ細胞受容体は、特異的Ｔ細胞クローンから生成され得て、それらの親和性は相補性決定領域を標的とする変異誘発によって増大させ得る。Ｔ細胞受容体の選択目的で、ファージディスプレイが利用され得る（米国特許第２０１０／０１１３３００号明細書、（Ｌｉｄｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２））。ファージディスプレイ中に、そして薬剤として実用する際に、Ｔ細胞受容体を安定化させる目的で、例えば、非天然ジスルフィド結合、その他の共有結合（一本鎖Ｔ細胞受容体）、または二量体化ドメインによって、αおよびβ鎖を連結させ得る（Ｂｏｕｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｃａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｗｉｌｌｃｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。Ｔ細胞受容体は、標的細胞上で特定機能を発揮させるために、毒素、薬剤、サイトカイン（例えば、米国特許第２０１３／０１１５１９１号明細書を参照されたい）、および抗ＣＤ３ドメインのようなエフェクター細胞動員ドメインなどに、連結させ得る。さらにそれは、養子免疫伝達のために使用されるＴ細胞において発現され得る。さらなる情報は、国際公開第２００４／０３３６８５Ａ１号パンフレットおよび国際公開第２００４／０７４３２２Ａ１号パンフレットにある。ＴＣＲの組み合わせは、国際公開第２０１２／０５６４０７Ａ１号パンフレットに記載される。さらなる製造法は、国際公開第２０１３／０５７５８６Ａ１号パンフレットで開示される。
【０３９８】
さらに本発明のペプチドおよび／またはＴＣＲまたは抗体またはその他の結合分子を使用して、病理学者の生検サンプルに基づくがん診断が確認され得る。
【０３９９】
抗体またはＴＣＲはまた、生体内診断アッセイのために使用されてもよい。通常、抗体は、免疫シンチグラフィー（ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｏｇｒａｐｈｙ）を使用して腫瘍が位置確認され得るように、放射性ヌクレオチド（１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、３Ｈ、３２Ｐまたは３５Ｓなど）で標識される。一実施形態では、抗体またはそれらのフラグメントは、上述のタンパク質からなる群から選択されるタンパク質の２つ以上の標的の細胞外ドメインに結合し、親和性（Ｋｄ）は１×１０μＭ未満である。
【０４００】
診断用の抗体は、様々なイメージング法による検出に適するプローブで標識されてもよい。プローブの検出方法としては、蛍光、光学、共焦点および電子顕微鏡検査；磁気共鳴画像法および分光法；蛍光透視法、コンピュータ断層撮影および陽電子放射型断層撮影法が挙げられるが、これに限定されるものではない。適切なプローブとしては、フルオレセイン、ローダミン、エオジンおよびその他のフルオロフォア、放射性同位体、金、ガドリニウムおよびその他のランタニド、常磁性鉄、フッ素１８およびその他の陽電子放出放射性核種が挙げられるが、これに限定されるものではない。さらに、プローブは二官能価または多官能価であってもよく、列挙される方法の２つ以上によって検出可能であってもよい。これらの抗体は、前記プローブで直接または間接的に標識されてもよい。特に十分に技術分野で承認されている、プローブの抗体への付着としては、プローブの共有結合、プローブの抗体への組み込み、およびプローブ結合のためのキレート化合物の共有結合が挙げられる。免疫組織化学的検査では、疾患組織サンプルは、新鮮または冷凍であってもよく、またはパラフィン包埋されてホルマリンなどの保存料で固定されてもよい。サンプルを含有する固定または包埋切片は、標識一次抗体および二次抗体と接触されて、抗体を使用して原位置タンパク質発現が検出される。
【０４０１】
本発明の別の態様は、活性化Ｔ細胞を製造するインビトロ法を含み、方法は、生体外Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトＭＨＣ分子に、Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり接触させるステップを含んでなり、抗原は本発明によるペプチドである。好ましくは、抗原提示細胞と共に、十分な量の抗原が使用される。
【０４０２】
好ましくは、哺乳類細胞は、ＴＡＰペプチド輸送体のレベルまたは機能が皆無でありまたは低下している。ＴＡＰペプチド輸送体が欠如している適切な細胞としては、Ｔ２、ＲＭＡ−Ｓ、およびショウジョウバエ細胞が挙げられる。ＴＡＰは、抗原処理と関連する輸送体である。
【０４０３】
ヒトペプチド負荷欠損細胞株Ｔ２は、１２３０１  Ｐａｒｋｌａｗｎ  Ｄｒｉｖｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ  ２０８５２，ＵＳＡの米国微生物系統保存機関からカタログ番号ＣＲＬ１９９２の下に入手でき；ショウジョウバエ細胞株Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ株２は、カタログ番号ＣＲＬ１９８６３の下にＡＴＣＣから入手でき；マウスＲＭＡ−Ｓ細胞株は、Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ  ａｎｄ  Ｋａｒｒｅ，１９８５）に記載される。
【０４０４】
好ましくは、移入前に、宿主細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子を実質的に発現しない。刺激因子細胞が、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＣＡＭ−１、およびＬＦＡ３のいずれかなどのＴ細胞のための共刺激シグナルを提供する上で、重要な分子を発現することもまた好ましい。多数のＭＨＣクラスＩ分子および共刺激因子分子の核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋおよびＥＭＢＬデータベースから公的に入手可能である。
【０４０５】
ＭＨＣクラスＩエピトープが抗原として使用される場合、Ｔ細胞はＣＤ８陽性Ｔ細胞である。
【０４０６】
抗原提示細胞が、このようなエピトープを発現するために形質移入される場合、好ましくは、細胞は、配列番号１〜配列番号１１０またはその変異アミノ酸配列を含有するペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる。
【０４０７】
生体外でＴ細胞を製造するために、その他のいくつかの方法が使用されてもよい。例えば、自己由来腫瘍浸潤性リンパ球が、ＣＴＬを生成するために使用され得る。Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）は、Ｔ細胞の調製において、自己由来末梢血リンパ球（ＰＬＢ）を利用した。さらに、樹状細胞をペプチドまたはポリペプチドでパルス処理する、または組換えウイルスで感染させることによる、自己由来Ｔ細胞の製造も可能である。Ｂ細胞もまた、自己由来Ｔ細胞の製造において使用され得る。さらに、ペプチドまたはポリペプチドでパルス処理された、または組換えウイルスで感染されたマクロファージが、自己ＣＴＬの調製において使用されてもよい。Ｓ．Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）は、人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）を使用したＴ細胞の生体外プライミングを記載し、それはまた、選択されたペプチドに対するＴ細胞を製造するための適切な方法でもある。本発明では、ビオチン：ストレプトアビジン生化学によって、あらかじめ形成されたＭＨＣ：ペプチド複合体を表面ポリスチレン粒子（ミクロビーズ）に共役することで、ａＡＰＣが生成された。このシステムは、ａＡＰＣ上のＭＨＣ密度の正確な調節を可能にし、それは、血液サンプルから高効率で、高または低結合活性の抗原特異的Ｔ細胞応答を選択的に引き起こすことを可能にする。ＭＨＣ：ペプチド複合体の他に、ａＡＰＣは、それらの表面に共役する、抗ＣＤ２８抗体のような共刺激活性があるその他のタンパク質を保有すべきである。さらにこのようなａＡＰＣベースのシステムは、例えばサイトカイン様インターロイキン１２などの適切な可溶性因子の付加を要することが多い。
【０４０８】
同種異系細胞はまた、Ｔ細胞の調製において使用されてもよく、方法は、参照により本明細書に援用される、国際公開第９７／２６３２８号パンフレットで詳述される。例えば、ショウジョウバエ細胞およびＴ２細胞に加えて、その他の細胞を使用して、ＣＨＯ細胞、バキュロウイルス感染昆虫細胞、細菌、酵母、およびワクシニア感染標的細胞などの抗原が提示されてもよい。さらに植物ウイルスを使用してもよい（例えば、外来性ペプチド提示のための高収率システムとしてのササゲモザイクウイルス開発を記載するＰｏｒｔａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｏｒｔａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）を参照されたい）。
【０４０９】
本発明のペプチドに向けられた活性化Ｔ細胞は、治療法において有用である。したがって、本発明のさらなる態様は、前述の本発明の方法によって入手可能な活性化Ｔ細胞を提供する。
【０４１０】
上記方法によって製造される活性化Ｔ細胞は、配列番号１〜配列番号１１０のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する、細胞を選択的に認識する。
【０４１１】
好ましくは、Ｔ細胞は、そのＴＣＲを通じた、ＨＬＡ／ペプチド複合体（例えば結合）との相互作用によって、細胞を認識する。Ｔ細胞は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法で有用であり、患者には、有効数の活性化Ｔ細胞が投与される。患者に投与されるＴ細胞は、患者に由来して、上述のように活性化されてもよい（すなわち、それらは自己Ｔ細胞である）。代案としては、Ｔ細胞は、患者でなく別の個人に由来する。もちろん、個人が健常人であれば、それが好ましい。「健常人」によって、本発明者らは、個人が概して健康良好であり、好ましくは有能な免疫系を有して、より好ましくは容易に検査され検出され得る任意の疾患に罹患していないことを意味する。
【０４１２】
生体内で、本発明によるＣＤ８陽性Ｔ細胞の標的細胞は、（時にＭＨＣクラスＩＩを発現する）腫瘍細胞であり得て、および／または腫瘍（腫瘍細胞）周囲の間質細胞であり得る（時にＭＨＣクラスＩＩもまた発現する；（Ｄｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０４１３】
本発明のＴ細胞は、治療用組成物の活性成分として使用されてもよい。したがって、本発明は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法もまた提供し、方法は、上で定義されるようなＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる。
【０４１４】
「異常に発現される」によって、本発明者らは、正常な発現レベルと比較して、ポリペプチドが過剰発現されること、または腫瘍がそれに由来する組織においては遺伝子がサイレントであるが、腫瘍においてはそれが発現されることもまた意味する。「過剰に発現される」によって、本発明者らは、ポリペプチドが、正常組織に存在するレベルの少なくとも１．２倍のレベルで；好ましくは正常組織に存在するレベルの少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも５倍または１０倍のレベルで存在することを意味する。
【０４１５】
Ｔ細胞は、例えば上で記載されるものなどの当該技術分野で公知の方法によって得られてもよい。
【０４１６】
Ｔ細胞のこのいわゆる養子免疫伝達のためのプロトコルは、当該技術分野で周知である。概説は、Ｇａｔｔｉｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．ａｎｄ  Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）にある。
【０４１７】
本発明の別の態様は、その核酸がクローン化されて、好ましくはＴ細胞である宿主細胞に導入されるＴ細胞受容体を生成するための、ＭＨＣと複合体形成するペプチドの使用を含む。次に、この遺伝子操作Ｔ細胞は、がん治療のために患者に移入され得る。
【０４１８】
本発明の任意の分子、すなわちペプチド、核酸、抗体、発現ベクター、細胞、活性化Ｔ細胞、Ｔ細胞受容体またはそれをエンコードする核酸は、免疫応答を逃れた細胞によって特徴付けられる障害の治療に有用である。したがって本発明の任意の分子は、薬剤として、または薬剤の製造において使用されてもよい。分子は、単独で、または本発明のその他の分子または既知の分子との組み合わせで、使用されてもよい。
【０４１９】
本発明は、
（ａ）溶液中のまたは凍結乾燥形態の上述の医薬組成物を含有する容器；
（ｂ）任意選択的に、凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；および
（ｃ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキットをさらに目的とする。
【０４２０】
キットは、（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）濾過、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなってもよい。容器は、好ましくは、ボトル、バイアル、シリンジまたは試験管であり；それは、多回使用容器であってもよい。医薬組成物は、好ましくは凍結乾燥される。
【０４２１】
本発明のキットは、好ましくは、適切な容器内の本発明の凍結乾燥製剤と、その再構成および／または使用のための取扱説明書とを含んでなる。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル（例えば二重チャンバーバイアル）、シリンジ（二重チャンバーシリンジなど）、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されてもよい。好ましくは、キットおよび／または容器は、容器上の、または容器に付随する、取扱説明を含み、それは再構成および／または使用上の指示を示す。例えば、ラベルは、凍結乾燥製剤が、上述されるようなペプチド濃度に再構成されることを表示してもよい。ラベルは、製剤が皮下投与に有用であり、または皮下投与用であることをさらに表示してもよい。
【０４２２】
製剤を収容する容器は、多回使用バイアルであってもよく、それは再構成製剤の反復投与（例えば２〜６回の投与）を可能にする。キットは、適切な希釈剤（例えば、炭酸水素ナトリウム溶液）を含んでなる、第２の容器をさらに含んでなってもよい。
【０４２３】
希釈剤と凍結乾燥製剤の混合時に、再構成製剤中の最終ペプチド濃度は、好ましくは少なくとも０．１５ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝７５μｇ）であり、好ましくは３ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝１５００μｇ）以下である。キットは、その他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および取扱説明が掲載されるパッケージインサートをはじめとする、商業的および使用者観点から望ましい、その他の物質をさらに含んでもよい。
【０４２４】
本発明のキットは、その他の構成要素（例えば、その他の化合物またはこれらのその他の化合物の医薬組成物）が添加されたまたは添加されない、本発明による医薬組成物製剤を含有する単回容器を有してもよく、または各構成要素のための別個の容器を有してもよい。
【０４２５】
好ましくは、本発明のキットは、第２の化合物（アジュバント（例えばＧＭ−ＣＳＦ）、化学療法剤、天然物、ホルモンまたは拮抗薬、抗血管新生因子または阻害剤、アポトーシス誘導剤またはキレート剤など）またはその医薬組成物の同時投与と合わせて使用するためにパッケージされた、本発明の製剤を含む。キットの構成要素は、あらかじめ混合されてもよく、または各構成要素は、患者への投与前に別個の異なる容器内にあってもよい。キットの構成要素は、１つまたは複数の液体溶液、好ましくは水溶液、より好ましくは無菌水溶液中で、提供されてもよい。またキットの構成要素は、固体として提供されてもよく、それは、好ましくは別の異なる容器内に提供される、適切な溶媒の添加によって液体に変換されてもよい。
【０４２６】
治療用キットの容器は、バイアル、試験管、フラスコ、ボトル、シリンジ、または固体または液体を封入するその他のあらゆる手段であってもよい。通常、２つ以上の構成要素がある場合、キットは、第２のバイアルまたはその他の容器を含有して、別々の投薬を可能にする。キットは、薬学的に許容可能な液体のための別の容器もまた、含有してもよい。好ましくは、治療用キットは、装置（例えば、１本または複数本の針、シリンジ、点眼器、ピペットなど）を含有して、本キットの構成要素である本発明の作用物質の投与を可能にする。
【０４２７】
本製剤は、経口（腸内）、経鼻、眼、皮下、皮内、筋肉内、静脈内または経皮などの任意の許容できる手段によるペプチド投与に適するものである。好ましくは、投与はｓ．ｃ．であり、最も好ましくはｉ．ｄ．投与であり、輸液ポンプによってもよい。
【０４２８】
本発明のペプチドは肺がんから単離されるので、本発明の薬剤は、好ましくは肺がんを治療するために使用される。
【０４２９】
本発明は、予備スクリーニングＴＵＭＡＰの貯蔵庫から選択される少なくとも１つのペプチドを含んでなる、医薬組成物を製造するステップを含んでなる、個々の患者のための個別化医薬品（組成物）を製造する方法にさらに関し、医薬組成物中で使用される少なくとも１つのペプチドは、個々の患者における適切さについて選択される。一実施形態では、医薬組成物はワクチンである。方法はまた、ＴＣＲ単離などの下流用途、または可溶性抗体、およびその他の治療選択肢のためのＴ細胞クローンを製造するためにも適応され得る。
【０４３０】
「個別化医薬品」は、積極的個別化がんワクチンおよび自己由来患者組織を使用する養子細胞療法をはじめとする、このような個々の患者の治療のためにのみ使用される、１個人の患者のために特に調整された治療法を意味するものとする。
【０４３１】
本明細書の用法では、「貯蔵庫」という用語は、特定の腫瘍型における免疫原性および／または過剰提示について予備スクリーニングされている、一群のまたは一組のペプチドを指すものとする。「貯蔵庫」という用語は、ワクチンに含まれる特定のペプチドが、予備製造されて物理的設備内で貯蔵されることを暗示することは意図されないが、その可能性も検討される。ペプチドは、製造される各個別化ワクチンのために新規に製造されてもよく、または予備製造されて貯蔵されてもよいことが、明示的に検討される。貯蔵庫（例えば、データベースの形態）は、様々なＨＬＡ−ＡＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子がある肺がん患者の腫瘍組織において高度に過剰発現される、腫瘍関連ペプチドから構成される。それは、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩペプチドまたは伸長ＭＨＣクラスＩペプチドを含有してもよい。いくつかの肺がん組織から採取された腫瘍関連ペプチドに加えて、貯蔵庫は、ＨＬＡ−Ａ＊０２およびＨＬＡ−Ａ＊２４標識ペプチドを含有してもよい。これらのペプチドは、ＴＵＭＡＰによって誘導されるＴ細胞免疫の規模を定量的に比較できるようにし、したがって抗腫瘍応答を引き起こすワクチンの能力について、重要な結論が導かれるようにする。第２に、それらは、患者において、「自己」抗原に由来するＴＵＭＡＰに対するいかなるワクチン誘導Ｔ細胞応答も観察されない症例において、「非自己」抗原に由来する重要な陽性対照ペプチドとして機能する。第３に、それは、患者の免疫能力状態に関する結論が導かれるようにしてもよい。
【０４３２】
貯蔵庫のためのＴＵＭＡＰは、遺伝子発現解析、質量分析、およびＴ細胞免疫学を組み合わせた、統合ゲノム機能解析アプローチ（ＸＰｒｅｓｉｄｅｎｔ（登録商標））を使用して同定される。アプローチは、高い割合の腫瘍上に真に存在するが、正常組織上では発現されず、または最小限にのみ発現されるＴＵＭＡＰだけが、さらなる分析のために選択されることを保証する。最初のペプチド選択のために、患者に由来する肺がんサンプルおよび健常ドナーに由来する血液は、段階的アプローチで分析された：
１．悪性物質からのＨＬＡリガンドが、質量分析法によって同定された
２．ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を使用して、一連の正常器官および組織と比較して、悪性組織（肺がん）において過剰発現される遺伝子が同定された
３．同定されたＨＬＡリガンドは、遺伝子発現データと比較された。好ましくは、ステップ２で検出されたような選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、腫瘍組織上で過剰提示されまたは選択的に提示されるペプチドが、多重ペプチドワクチンのための適切なＴＵＭＡＰ候補と見なされた。
４．同定されたペプチドのＴＵＭＡＰとしての妥当性を支持する追加的な証拠を同定するために、文献調査が実施された
５．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性は、ステップ３からの選択されたＴＵＭＡＰの腫瘍組織上における再検出と、健常組織における検出の欠如（または希な）検出によって確認された。
６．選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーならびに肺がん患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイが実施された。
【０４３３】
一態様では、貯蔵庫に含める前に、ペプチドが免疫原性について予備スクリーニングされる。制限を意図しない一例として、貯蔵庫に包含されるペプチドの免疫原性は、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体が負荷された人工抗原提示細胞による、健常ドナーからのＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激を通じた、生体外Ｔ細胞プライミングを含んでなる方法によって判定される。
【０４３４】
この方法は、稀ながんに、そして稀な発現プロファイルがある患者にとって、好ましい。一定組成がある多重ペプチド混合物とは対照的に、現在開発されている貯蔵庫は、腫瘍における抗原の実際の発現とワクチンとの顕著により高いマッチングを可能にする。多標的アプローチでは、各患者のために、選択された単一のまたは組み合わされた数種の「既製」ペプチドが利用される。理論上は、例えば５０個の抗原性ペプチドのライブラリーからの５個の異なる抗原性ペプチドの選択に基づくアプローチは、それだけでおよそ１７００万個の可能な医薬品（ＤＰ）組成物をもたらす。
【０４３５】
一態様では、ペプチドは、本明細書に記載される、または以下のような本発明による方法に基づく、個々の患者に対するそれらの適切さに基づいて、ワクチンへの包含のために選択される。
【０４３６】
ＨＬＡ表現型、トランスクリプトミクスおよびペプチドミクスデータが、患者の腫瘍材料および血液サンプルから収集されて、「貯蔵庫」および患者に特有の（すなわち変異）ＴＵＭＡＰを含有する、各患者に対して最も適切なペプチドが同定される。患者の腫瘍において選択的にまたは過剰発現されて、可能であれば、患者の個々のＰＢＭＣと共に試験すると、強力な生体外免疫原性を示すペプチドが選択される。
【０４３７】
好ましくは、ワクチンに含まれるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で同定されたペプチドを上述のペプチド貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドと関連がある貯蔵庫（データベース）から選択するステップとを含んでなる方法によって同定される。例えば、腫瘍サンプルによって提示されるＴＵＭＡＰは、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される。好ましくは、ＭＨＣリガンドの配列は、腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させて、溶出したリガンドを配列決定することで同定される。好ましくは、腫瘍サンプルおよび正常組織は、同一患者から入手される。
【０４３８】
貯蔵庫（データベース）モデルを使用してペプチドを選択するのに加えて、またはその代案として、ＴＵＭＡＰを患者において新規に同定し、次に、ワクチンに含めてもよい。一実施例として、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって、候補ＴＵＭＡＰが患者において同定されてもよい。別の実施例として、個々の患者からの正常な対応組織と比較して、腫瘍サンプルに特有の変異を含有するタンパク質が同定されてもよく、特異的に変異を標的とするＴＵＭＡＰが同定され得る。例えば、腫瘍のゲノム、および対応する正常組織のゲノムは、全ゲノム配列決定によって配列決定され得る。遺伝子のタンパク質コード領域における非同義の変異を発見するために、ゲノムＤＮＡおよびＲＮＡが腫瘍組織から抽出され、正常な非変異ゲノム生殖細胞系ＤＮＡが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から抽出される。適用されたＮＧＳアプローチは、タンパク質コード領域の再配列決定（エクソーム再配列決定）に限定される。この目的で、供給業者が提供する標的富化キットを使用して、ヒトサンプルからのエクソンＤＮＡが捕捉され、例えばＨｉＳｅｑ２０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）による配列決定がそれに続く。それに加えて、遺伝子発現の直接定量化と、変異遺伝子が患者の腫瘍において発現されることの妥当性評価とのために、腫瘍ｍＲＮＡが配列決定される。結果として得られる数百万の配列読み取りは、ソフトウェアアルゴリズムを通じて処理される。出力一覧は、変異および遺伝子発現を含有する。ＰＢＭＣ由来生殖細胞系の多様性と比較することで腫瘍特異的体細胞突然変異が判定され、優先順位がつけられる。次に、新規に同定されたペプチドは、貯蔵庫について上述した免疫原性について試験され得て、適切な免疫原性を保持する候補ＴＵＭＡＰが、ワクチンへの包含のために選択される。
【０４３９】
例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を上述の方法（方法）によって同定するステップと；（ｂ）ａ）で同定されたペプチドを対応する正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および過剰提示について予備選別されたペプチドの貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドと関連がある貯蔵庫から選択するステップと；（ｄ）任意選択的に、（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。
【０４４０】
例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。
【０４４１】
ひとたび個別化ペプチドベースのワクチンのためのペプチドが選択されたら、ワクチンが製造される。ワクチンは、好ましくは、約３３％ＤＭＳＯなどの２０〜４０％ＤＭＳＯ、好ましくは約３０〜３５％ＤＭＳＯに溶解された、個々のペプチドからなる液体製剤である。
【０４４２】
製品に包含される各ペプチドは、ＤＭＳＯに溶解される。単一ペプチド溶液の濃度は、製品に包含されるペプチド数に応じて選択されなくてはならない。単一ペプチドＤＭＳＯ溶液が等量で混合され、ペプチドあたり約２．５ｍｇ／ｍｌの濃度で、製品に包含される全てのペプチドを含有する溶液が得られる。次に、混合溶液は注射用水で１：３に希釈されて、３３％ＤＭＳＯ中でペプチドあたり０．８２６ｍｇ／ｍｌの濃度を得る。希釈溶液は、０．２２μｍの無菌フィルターを通して濾過される。最終バルク溶液が得られる。
【０４４３】
最終バルク溶液はバイアルに充填されて、使用時まで−２０で保存される。１本のバイアルは、０．５７８ｍｇの各ペプチドを含有する７００μＬの溶液を含有する。この内、５００μＬ（ペプチドあたりおよそ４００μｇ）が、皮内注射のために適用される。
【０４４４】
がんを治療するために有用であるのに加えて、本発明のペプチドは、診断法としてもまた有用である。ペプチドは肺がん細胞から生成されたので、そしてこれらのペプチドは正常組織には存在せずまたはより低レベルで存在すると判定されたので、これらのペプチドを利用してがんの存在を診断し得る。
【０４４５】
血液サンプル中の組織生検上における、特許請求されるペプチドの存在は、がん診断において病理学者を補佐し得る。抗体、質量分析法またはその他の当該技術分野で公知の方法の手段による特定のペプチドの検出は、組織サンプルが悪性または炎症性または概して病的であることを病理学者に告げ得て、または肺がんのバイオマーカーとして利用され得る。ペプチド基の存在は、病的組織の分類または下位分類を可能にし得る。
【０４４６】
患部組織検体上のペプチドの検出は、特にＴリンパ球が作用機序に関与することが知られておりまたは予測される場合に、免疫系が関与する治療法の利点を判定できるようにする。ＭＨＣ発現の喪失は、それによって感染悪性細胞が免疫監視を逃れる、十分に説明された機序である。したがってペプチドの存在は、この機序が、分析した細胞によって活用されていないことを示す。
【０４４７】
本発明のペプチドは、ペプチドまたはＭＨＣ分子と複合体化したペプチドに対するＴ細胞応答または抗体応答などの、これらのペプチドに対するリンパ球応答を分析するのに使用されるかもしれない。これらのリンパ球応答は、さらなる治療段階を決定するための予後マーカーとして使用され得る。これらの応答はまた、例えば、タンパク質、核酸、自己材料のワクチン接種や、リンパ球の養子免疫伝達などの異なる手段によるリンパ球応答の誘導を目指す、免疫療法アプローチにおける代理応答マーカーとして使用され得る。遺伝子治療の設定では、副作用の評価において、ペプチドに対するリンパ球応答が考慮され得る。リンパ球応答のモニタリングはまた、例えば移植片対宿主病および宿主対移植片病の検出など、移植治療の経過観察検査のための有益な手段かもしれない。
【０４４８】
本発明をここで、その好ましい実施形態を描写する以下の実施例において、添付図面を参照して説明するが、それでもなお、それらには限定されないものとする。本発明の目的で、本明細書で引用される全ての参考文献は、その内容全体が参照により援用される。
【図面の簡単な説明】
【０４４９】
【図１Ａ】正常組織およびＮＳＣＬＣサンプルにおける、様々なペプチドの過剰提示を示す。
【図１Ｂ】同上
【図１Ｃ】同上
【図１Ｄ】同上
【図１Ｅ】例示的ペプチド（ＦＶＦＳＦＰＶＳＶ、配列番号４（Ａ＊０２）およびＹＹＴＫＧＦＡＬＬＮＦ、配列番号２９（Ａ＊２４））が検出された、全ての細胞株、正常組織、およびがん組織を示す。図１Ａ−遺伝子：ＳＬＣ６Ａ１４、ペプチド：ＦＬＩＰＹＡＩＭＬ（Ａ＊０２；配列番号２）−組織左から右：１脂肪組織、３副腎、５動脈、３骨髄、８脳、３乳房、１３結腸、１十二指腸、７食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、４白血球サンプル、２１肝臓、１リンパ節、１卵巣、７膵臓、２末梢神経、１腹膜、１脳下垂体、１胎盤、３胸膜、６直腸（ｒｅｃｔｉ）、２唾液腺、３骨格筋、３皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、３精巣、２胸腺、３甲状腺腺、１尿管、２子宮、２静脈、４６肺、９１  ＮＳＣＬＣ。ペプチドはまた、膵臓がん、胃がん、結腸直腸がん、食道がん上にも見られた（図示せず）。図１Ｂ−遺伝子：ＣＯＬ６Ａ３、ペプチド：ＦＬＦＤＧＳＡＮＬ（Ａ＊０２；配列番号１３）−組織左から右：１脂肪組織、３副腎、５動脈、３骨髄、８脳、３乳房、１３結腸、１十二指腸、７食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、４白血球サンプル、２１肝臓、１リンパ節、１卵巣、７膵臓、２末梢神経、１腹膜、１脳下垂体、１胎盤、３胸膜、６直腸（ｒｅｃｔｉ）、２唾液腺、３骨格筋、３皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、３精巣、２胸腺、３甲状腺腺、１尿管、２子宮、２静脈、４６肺、９１  ＮＳＣＬＣペプチドはまた、前立腺がん、乳がん、結腸直腸がん、肝がん、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、胃がん上にも見られた（図示せず）。図１Ｃ−遺伝子：ＣＣＬ１８、ペプチド：ＶＹＴＳＷＱＩＰＱＫＦ（Ａ＊２４；配列番号２３）−組織左から右：２副腎、１動脈、４脳、１乳房、５結腸、１心臓、１３腎臓、９肝臓、３膵臓、１脳下垂体、２直腸（ｒｅｃｔｉ）、３皮膚、１脾臓、１２胃、１胸腺、２子宮、９肺、８０  ＮＳＣＬＣペプチドはまた、前立腺がん、胃がん上にも見られた（図示せず）。図１Ｄ−遺伝子：ＣＥＮＰＮ、ペプチド：ＲＹＬＤＳＬＫＡＩＶＦ（Ａ＊２４；配列番号２８）−組織左から右：２副腎、１動脈、４脳、１乳房、５結腸、１心臓、１３腎臓、９肝臓、３膵臓、１脳下垂体、２直腸（ｒｅｃｔｉ）、３皮膚、１脾臓、１２胃、１胸腺、２子宮、９肺、８０  ＮＳＣＬＣこのペプチドはまた、肝臓がん、胃がん、ＲＣＣ上にも見られた（図示せず。図１Ｅ−遺伝子：ＤＵＳＰ４、ペプチド：ＦＶＦＳＦＰＶＳＶ（Ａ＊０２；配列番号４）−組織左から右：５膵臓細胞株、３皮膚、１５正常組織（２食道、７肺、３脾臓、３胃）、１２６がん組織（１脳がん、２乳がん、５結腸がん、５食道がん、２胆嚢がん、８腎臓がん、５肝臓がん、５８肺がん、１１卵巣がん、９膵臓がん、２前立腺がん、１直腸がん、４皮膚がん、１２胃がん、１精巣がん）。Ａ〜Ｂにおいて正常組織のセットは同一であるが、検出のなかった組織は図示されない。図１Ｆ−遺伝子：ＰＬＯＤ２、ペプチド：ＹＹＴＫＧＦＡＬＬＮＦ（Ａ＊２４；配列番号２９）−組織左から右：３０がん組織（１脳がん、３腎臓がん、２肝臓がん、２２肺がん、２胃がん）。Ｃ〜Ｄにおいて正常組織のセットは同一であるが、検出のなかった組織は図示されない。
【図１Ｆ】同上
【図１Ｇ】正常組織およびＮＳＣＬＣサンプルにおける、Ａ＊２４ペプチドの過剰提示を示す。遺伝子：ＬＡＭＰ３、ペプチド：ＲＦＭＤＧＨＩＴＦ（Ａ＊２４；配列番号２５）−組織左から右：２副腎、１動脈、４脳、１乳房、５結腸、１心臓、１３腎臓、９肝臓、３膵臓、１脳下垂体、２直腸（ｒｅｃｔｉ）、３皮膚、１脾臓、１２胃、１胸腺、２子宮、９肺、８０  ＮＳＣＬＣペプチドはまた、前立腺がん、胃がん上にも見られた（図示せず）。
【図２Ａ】正常組織および３８の肺がんサンプルのパネルにおいて、肺がんにおいて高度に過剰発現されまたは排他的に発現される、本発明の起源遺伝子の例示的発現プロファイル（正常な腎臓と比較した相対的発現）。組織（左から右）：副腎、動脈、骨髄、脳（全体）、乳房、結腸、食道、心臓、腎臓（三連）、白血球、肝臓、肺、リンパ節、卵巣、膵臓、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、皮膚、小腸、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、膀胱、子宮子宮頸部、子宮、静脈、１正常（健常）肺サンプル、３８  ＮＳＣＬＣサンプル．Ａ）ＳＭＣ４、Ｂ）ＬＡＭＢ３；Ｃ）ＭＭＰ１２、およびＤ）ＬＡＭＰ３。
【図２Ｂ】同上
【図２Ｃ】同上
【図２Ｄ】同上
【図３−１】例示的免疫原性データを示す：ペプチド特異的多量体染色後の：フローサイトメトリー結果。Ａ）ＳＬＣ１Ａ４−００１（配列番号１２）、Ｂ）ＩＧＦ２ＢＰ３−００１（配列番号１２０）、Ｃ）ＬＡＭＣ２−００１（配列番号１２１）、Ｄ）ＣＯＬ６Ａ３−００８（配列番号１３）、およびＥ）ＬＡＭＰ３−００１（配列番号２５）。
【図３−２】同上
【図３−３】同上
【図４】抗原刺激ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖の結果を示す：図は、各ペプチドの陽性ドナーの数を示す。
【図５】クラスＩＩＩＣＳアッセイにおける、ＣＥＡ−００６に対する代表的ワクチン誘導ＣＤ４  Ｔ細胞応答を示す。生体外感作に続いて、時点プールＶ８／ＥＯＳにおけるＣＥＡ−００６（上部パネル）および模擬（下部パネル）に対するＣＤ４  Ｔ細胞応答について、患者３６−０３１のＰＢＭＣが分析された。細胞を対応するペプチドで刺激して、生存度、抗ＣＤ３、抗ＣＤ８、抗ＣＤ４、およびエフェクターマーカーによって、それぞれ染色した（右から左：ＣＤ１５４、ＴＮＦ−α、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−２、ＩＬ−１０）。生存能力があるＣＤ４  Ｔ細胞は、１つまたは複数のエフェクター分子について陽性である細胞の比率について分析された。
【図６】対照クラスＩＩペプチドの免疫原性を示す。略図は、ＩＭＡ９５０ペプチドについては１６人の患者、ＩＭＡ９１０ペプチドについては７１人の患者において検出された、ＩＣＳを使用した５種の様々なクラスＩＩペプチドの免疫応答評価を示す。
【実施例】
【０４５０】
実施例１
細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの同定および定量化
組織サンプル
患者の腫瘍組織は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｍｕｎｉｃｈから得られた。正常（健常）組織は、Ｂｉｏ−Ｏｐｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．，ＣＡ，ＵＳＡ；ＢｉｏＳｅｒｖｅ，Ｂｅｌｔｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ；Ｃａｐｉｔａｌ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ  Ｉｎｃ．，Ｇｌｅｎｄａｌｅ，ＣＡ，ＵＳＡ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｖａ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ；Ｋｙｏｔｏ  Ｐｒｅｆｅｃｔｕｒａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＫＰＵＭ）；Ｏｓａｋａ  Ｃｉｔｙ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＯＣＵ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｍｕｎｉｃｈ；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ  Ｉｎｃ．，Ｃｕｌｖｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｔｕｂｉｎｇｅｎから入手された。
【０４５１】
全ての患者の告知に基づく同意書が、外科手術または検死解剖前に得られた。組織は切除直後に衝撃凍結されて、ＴＵＭＡＰの単離まで−７０℃未満で保存された。
【０４５２】
組織サンプルからのＨＬＡペプチドの単離
衝撃凍結組織サンプルからのＨＬＡペプチド貯留は、わずかに修正されたプロトコル（Ｆａｌｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１；Ｓｅｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）に従って、ＨＬＡ−Ａ＊０２−特異的抗体ＢＢ７．２、ＨＬＡ−Ａ、−Ｂ、−Ｃ特異的抗体Ｗ６／３２、ＣＮＢｒ活性化セファロース、酸処理、および限外濾過を使用して、免疫沈殿によって固形組織から得られた。
【０４５３】
質量分析
得られたＨＬＡペプチド貯留は、逆相クロマトグラフィー（ｎａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ  ＵＰＬ  Ｃ  ｓｙｓｔｅｍ、Ｗａｔｅｒｓ）によって、それらの疎水性に従って分離され、ＥＳＩ源を装着したＬＴＱ−ｖｅｌｏｓおよびｆｕｓｉｏｎハイブリッド質量分光計（ＴｈｅｒｍｏＥｌｅｃｔｒｏｎ）内で溶出ペプチドが分析された。ペプチド貯留は、毎分４００ｎＬの流速を適用して、１．７μｍ  Ｃ１８逆相材料（Ｗａｔｅｒｓ）で充填された、分析用融合シリカマイクロキャピラリーカラム（７５μｍ内径×２５０ｍｍ）上に直接挿入された。引き続いて、毎分３００ｎＬの流速で１０％から３３％へのＢの二段階１８０分間二成分勾配を用いて、ペプチドが分離された。勾配は、溶媒Ａ（水中の０．１％ギ酸）および溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）から構成された。ｎａｎｏＥＳＩ源への導入には、金被覆ガラス毛管（ＰｉｃｏＴｉｐ、Ｎｅｗ  Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）が使用された。ＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分光計は、ＴＯＰ５ストラテジーを使用してデータ依存モードで操作された。手短に述べると、スキャンサイクルは、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝３００００）内の高質量精度の完全スキャンで開始され、これもまたＯｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝７５００）内の５種の最も豊富な前駆イオンのＭＳ／ＭＳスキャンがそれに続き、以前選択されたイオンは動的に除外された。タンデム質量スペクトルは、ＳＥＱＵＥＳＴおよび追加的な手動調節によって解釈された。同定されたペプチド配列は、生成された天然ペプチド断片化パターンと、配列が同一の合成参照ペプチドの断片化パターンとの比較によって確認された。
【０４５４】
イオン計数によって、すなわちＬＣ−ＭＳ特性の抽出と解析によって、無標識相対ＬＣ−ＭＳ定量化が実施された（Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。方法は、ペプチドのＬＣ−ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量に相関すると仮定する。抽出された特性は、電荷状態デコンボリューションと滞留時間アライメントによって、さらに処理された（Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｓｔｕｒｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。最終的に、全てのＬＣ−ＭＳ特性を配列同定結果と相互参照して、異なるサンプルの定量的データと組織からペプチドへの提示プロファイルとが組み合わされた。定量的データは、技術的および生物学的反復試験内の変動を考慮した中心傾向に従って、二段法で正規化された。このようにして、それぞれの同定されたペプチドが定量的データと関連付けられ得て、サンプルと組織の間の相対定量化ができるようになる。さらに、ペプチド候補について得られた全ての定量的データを手動で検査し、データ整合性を保証して自動解析の確度が確認された。各ペプチドについて、提示プロファイルが計算され、平均サンプル提示ならびに反復試験変動が示された。プロファイルは、肺がんサンプルを正常組織サンプルのベースラインに並置する。
【０４５５】
例示的過剰提示ペプチドの提示プロファイルは、図１に示される。例示的なペプチドの提示スコアは、表１５および表１６に示される。
【０４５６】
【表１５−１】
2018518937.tif 000028
【表１５−２】
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【０４５７】
【表１６−１】
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【表１６−２】
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【表１６−３】
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【０４５８】
実施例２
本発明のペプチドをコードする遺伝子発現プロファイリング
正常細胞と比較した腫瘍細胞上のペプチドの過剰提示または特異的提示は、免疫療法におけるその有用性にとって十分であり、いくつかのペプチドは、それらの起源タンパク質が正常組織にもまた存在するにもかかわらず、腫瘍特異的である。それでもなお、ｍＲＮＡ発現プロファイリングは、免疫療法のためのペプチド標的の選択において、安全性のレベルを高めることができる。特に、アフィニティ成熟ＴＣＲなどの高い安全性リスクがある治療の選択肢では、理想的な標的ペプチドは、腫瘍に特有で正常組織上には見られないタンパク質に由来する。
【０４５９】
ＲＮＡ起源および調製
外科的に除去された組織標本は、告知に基づく同意書が各患者から入手された後に、上述の通り提供された（実施例１を参照されたい）。腫瘍組織標本は、手術直後にスナップ凍結され、その後、液体窒素下で乳鉢と乳棒を用いて均質化された。全ＲＮＡは、ＴＲＩ試薬（Ａｍｂｉｏｎ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用してこれらのサンプルから調製され、ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）による精製がそれに続き；どちらの方法も製造業者のプロトコルに従って実施された。
【０４６０】
健常ヒト組織からの全ＲＮＡは、商業的に入手された（Ａｍｂｉｏｎ，Ｈｕｎｔｉｎｇｄｏｎ，ＵＫ；Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ；Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ；ＢｉｏＣｈａｉｎ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）。幾人（２〜１２３人）かの個人からのＲＮＡは、各個人からのＲＮＡが等しく重み付けされるように混合された。
【０４６１】
全てのＲＮＡサンプルの品質および量は、ＲＮＡ  ６０００  Ｐｉｃｏ  ＬａｂＣｈｉｐキット（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｗａｌｄｂｒｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）上で評価された。
【０４６２】
マイクロアレイ実験
全ての腫瘍および正常組織ＲＮＡサンプルの遺伝子発現解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ（ＨＧ）Ｕ１３３ＡまたはＨＧ−Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０オリゴヌクレオチドマイクロアレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）によって実施された。全てのステップは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘマニュアルに従って実施された。簡単に述べると、二本鎖ｃＤＮＡは、マニュアルに記載されるようにして、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＲＴＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）およびオリゴｄＴ−Ｔ７プライマー（ＭＷＧ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｅｂｅｒｓｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、５〜８μｇの全ＲＮＡから合成された。生体外転写は、Ｕ１３３ＡアレイではＢｉｏＡｒｒａｙ  Ｈｉｇｈ  Ｙｉｅｌｄ  ＲＮＡ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ＬａｂｅｌｌｉｎｇＫｉｔ（ＥＮＺＯ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，ＮＹ，ＵＳＡ）、Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０アレイではＧｅｎｅＣｈｉｐ  ＩＶＴ  Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ  Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を用いて実施され、ｃＲＮＡ断片化、ハイブリダイゼーション、そしてストレプトアビジン−フィコエリトリンとビオチン化抗ストレプトアビジン抗体（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｌｅｉｄｅｎ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）とを用いた染色がそれに続いた。画像は、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２５００Ａ  ＧｅｎｅＡｒｒａｙ  Ｓｃａｎｎｅｒ（Ｕ１３３Ａ）またはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｅ−Ｃｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００（Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）でスキャンされ、全てのパラメータについてデフォルト設定を使用して、ＧＣＯＳソフトウェア（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によってデータが解析された。正規化のために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって提供される１００個のハウスキーピング遺伝子が使用された。相対的発現値は、ソフトウェアによって与えられるシグナルｌｏｇ比から計算され、正常な腎臓サンプルが自由裁量で１．０に設定された。肺がんにおいて高度に過剰発現されまたは排他的に発現される本発明の起源遺伝子の代表的発現プロファイルは、図２に示される。さらなる例示的遺伝子の発現スコアは、表１７および表１８に示される。
【０４６３】
【表１７】
2018518937.tif 000033
【０４６４】
【表１８】
2018518937.tif 000034
【０４６５】
実施例３
ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの生体外免疫原性
本発明のＴＵＭＡＰの免疫原性に関する情報を得るために、本発明者らは、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）によるＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激に基づく、生体外Ｔ細胞プライミングアッセイを用いて研究を実施した。このようにして、本発明者らは、これまでに本発明の８４個のＨＬＡ−Ａ＊０２拘束性ＴＵＭＡＰの免疫原性を示し得て、これらのペプチドが、それに対するＣＤ８＋前駆Ｔ細胞がヒトに存在する、Ｔ細胞エピトープであることを実証した（表１９）。
【０４６６】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の生体外プライミング
ペプチドＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）および抗ＣＤ２８抗体を負荷した、人工抗原提示細胞による生体外刺激を実施するために、本発明者らは、最初に、告知に基づく同意後に、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｃｌｉｎｉｃｓ  Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙから得られた健常ドナーのＣＤ８ミクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，Ｂｅｒｇｉｓｃｈ−Ｇｌａｄｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用した正の選択を通じて、新鮮ＨＬＡ−Ａ＊０２白血球除去生成物からＣＤ８＋Ｔ細胞を単離した。
【０４６７】
ＰＢＭＣおよび単離ＣＤ８＋リンパ球またはＰＢＭＣは、１０％熱不活性化ヒトＡＢ血清（ＰＡＮ−Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ａｉｄｅｎｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１００Ｕ／ｍｌペニシリン／１００μｇ／ｍｌストレプトマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ，Ｃｏｌｏｇｎｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（ＣＣ  Ｐｒｏ，Ｏｂｅｒｄｏｒｌａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、２０μｇ／ｍｌゲンタマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ）を添加した、ＲＰＭＩ−Ｇｌｕｔａｍａｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）からなるＴ細胞培地（ＴＣＭ）中で、使用時まで培養された。２．５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−７（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）および１０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａ，Ｎｕｒｎｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）もまた、この段階でＴＣＭに添加された。
【０４６８】
ｐＭＨＣ／抗ＣＤ２８被覆ビーズの生成、Ｔ細胞刺激、および読み取りは、高度に定義された生体外システム内で、刺激条件あたり４種の異なるｐＭＨＣ分子と、読み取り条件あたり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用して実施された。
【０４６９】
製造会社（Ｐｅｒｂｉｏ，Ｂｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）が推奨する通りにスルホ−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドビオチンを使用して、精製共刺激マウスＩｇＧ２ａ抗ヒトＣＤ２８  Ａｂ９．３（Ｊｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７）が化学的にビオチン化された。使用されたビーズは、直径５．６μｍのストレプトアビジン被覆ポリスチレン粒子（Ｂａｎｇｓ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ，ＵＳＡ）であった。
【０４７０】
陽性および陰性対照刺激のために使用されたｐＭＨＣは、それぞれ、Ａ＊０２０１／ＭＬＡ−００１（修飾Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１に由来するペプチドＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ（配列番号１６３））およびＡ＊０２０１／ＤＤＸ５−００１（ＤＤＸ５に由来するＹＬＬＰＡＩＶＨＩ、配列番号１６４）であった。
【０４７１】
４×１２．５ｎｇの異なるビオチンｐＭＨＣ存在下で、８００，０００個のビーズ／２００μｌが９６ウェルプレート内で被覆され、洗浄されて、引き続いて２００μｌの容量中で、６００ｎｇのビオチン抗ＣＤ２８が添加された。５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）を添加した２００μｌのＴＣＭ中で、１×１０６のＣＤ８＋Ｔ細胞を２×８５個の洗浄被覆ビーズと、３７℃で３日間にわたり同時インキュベートすることで、９６ウェルプレート内で刺激が開始された。次に８０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２を添加した新鮮ＴＣＭで培地の半分を交換し、３７℃で４日間にわたり培養が継続された。この刺激サイクルが、合計３回実施された。条件あたり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用するｐＭＨＣ多量体読み取りでは、５種の異なる蛍光色素への共役を包含するわずかな修正を加えて、以前記載されたような（Ａｎｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）二次元コンビナトリアルコーディングアプローチが使用された。最後に、Ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ近赤外染料（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、ＣＤ８−ＦＩＴＣ抗体クローンＳＫ１（ＢＤ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、および蛍光性ｐＭＨＣ多量体による細胞の染色によって多量体解析が実施された。解析では、適切なレーザーおよびフィルターを装着したＢＤ  ＬＳＲＩＩ  ＳＯＲＰ血球計数器が使用された。ペプチド特異的細胞は、全ＣＤ８＋細胞の百分率として計算された。多量体解析の評価は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ，Ｏｒｅｇｏｎ，ＵＳＡ）を使用して実施された。特異的多量体＋ＣＤ８＋リンパ球の生体外初回刺激は、陰性対照刺激と比較することで検出された。１人の健常ドナーの少なくとも１つの評価可能生体外刺激ウェルが、生体外刺激後に、特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞株を含有することが認められれば、所与の抗原の免疫原性が検出された（すなわちこのウェルは、ＣＤ８＋Ｔ細胞中の特異的多量体＋の少なくとも１％を含有し、特異的多量体＋細胞の百分率は、負の制御刺激の中央値の少なくとも１０倍であった）。
【０４７２】
肺がんペプチドの生体外免疫原性
ＨＬＡクラスＩペプチドを試験するために、ペプチド特異的Ｔ細胞株の生成によって生体外免疫原性が実証され得る。本発明の３種のペプチドの、ＴＵＭＡＰ特異的多量体染色後の例示的フローサイトメトリー結果は、対応する陰性対照と共に図３に示される。本発明からの８４種のペプチドの結果は、表１９に要約される。
【０４７３】
【表１９−１】
2018518937.tif 000035
【表１９−２】
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【０４７４】
【表２０−１】
2018518937.tif 000037
【表２０−２】
2018518937.tif 000038
【０４７５】
実施例４
ペプチドの合成
全てのペプチドは、Ｆｍｏｃストラテジーを使用する、標準的な十分に確立された固相ペプチド合成を使用して合成された。個々のペプチドのアイデンティティーおよび純度は、質量分析および分析用ＲＰ−ＨＰＬＣによって判定された。ペプチドは、純度＞８５％の白色から灰白色の凍結乾燥物（トリフルオロ酢酸塩）として得られた。全てのＴＵＭＡＰは、好ましくはトリフルオロ酢酸塩または酢酸塩として投与され、その他の薬学的に許容可能な塩形態もまた可能である。
【０４７６】
実施例５
ＭＨＣ結合アッセイ
本発明によるＴ細胞ベースの治療法のための候補ペプチドは、それらのＭＨＣ結合能力（親和性）についてさらに試験された。個々のペプチド−ＭＨＣ複合体は、ＵＶリガンド交換によって生成され、ＵＶ感受性ペプチドはＵＶ照射に際して切断されて、分析される目的ペプチドで交換された。ペプチド受容性ＭＨＣ分子と効果的に結合して安定化し得るペプチド候補のみが、ＭＨＣ複合体の分離を防止する。交換反応の収率を判定するために、安定化ＭＨＣ複合体の軽鎖（β２ｍ）の検出に基づくＥＬＩＳＡが実施された。アッセイは、Ｒｏｄｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ（Ｒｏｄｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）に一般的に記載されるようにして実施された。
【０４７７】
９６ウェルＭＡＸＩＳｏｒｐプレート（ＮＵＮＣ）が、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌストレプトアビジンにより室温で一晩被覆されて、４回洗浄され、ブロック緩衝液を含有する２％ＢＳＡ中で３７℃で１時間ブロックされた。再折りたたみされたＨＬＡ−Ａ＊０２０１０２：０１／ＭＬＡ−００１単量体が、１５〜５００ｎｇ／ｍｌの範囲をカバーする標準物質の役割を果たした。ＵＶ交換反応のペプチド−ＭＨＣ単量体は、ブロック緩衝液中で１００倍に希釈された。サンプルは、３７℃で１時間インキュベートされて、４回洗浄され、２ｕｇ／ｍｌのＨＲＰ共役結合抗β２ｍと共に３７℃で１時間インキュベートされ、再度洗浄されて、ＮＨ２ＳＯ４で停止させたＴＭＢ溶液を用いて検出された。吸光は、４５０ｎｍで測定された。抗体またはそれらのフラグメント、および／またはＴ細胞受容体またはそれらのフラグメントの生成および製造のためには、高い交換収率（好ましくは５０％よりも高い、最も好ましくは高い７５％よりも）を示す候補ペプチドが、ＭＨＣ分子に対する十分な結合活性を示してＭＨＣ複合体の分離を防止することから、一般に好ましい。
【０４７８】
【表２１】
2018518937.tif 000039
【０４７９】
実施例６
細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの絶対定量化
抗体および／またはＴＣＲなどのバインダーの生成は、骨の折れる方法であり、いくつかの選択された標的のみに実施されてもよい。腫瘍関連および特異的ペプチドの場合、選択基準としては、提示の排他性および細胞表面に提示されるペプチドの密度が挙げられるが、これに限定されない。実施例１に記載されるペプチドの単離および相対定量化に加えて、本発明者らは、細胞あたりの絶対的ペプチドコピー数も分析された。固形腫瘍サンプルにおける細胞あたりのＴＵＭＡＰコピーの定量化は、単離されたＴＵＭＡＰの絶対定量化、ＴＵＭＡＰ単離の効率、および分析される組織サンプルの細胞数を必要とする。実験手順が以下に記載される。
【０４８０】
ナノＬＣ−ＭＳ／ＭＳによるペプチド定量化
質量分析によるペプチドの正確な定量化のために、内標準法を使用して、各ペプチドの検量線が作成された。内標準は、各ペプチドの二重同位体標識変異体であり、すなわち、２つの同位体標識アミノ酸がＴＵＭＡＰ合成に含まれた。それは、腫瘍関連ペプチドとはその質量のみが異なるが、他の物理化学的性質に差異を示さない（Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。内標準が各ＭＳサンプルに添加され、全てのＭＳシグナルは内標準のＭＳシグナルに対して正規化されて、ＭＳ実験間の可能な技術的変動が平準化された。検量線は、少なくとも３つの異なるマトリックス中で、すなわち、日常的ＭＳサンプルと類似した天然サンプルからのＨＬＡペプチド溶出液中で作成され、各調製物は二連のＭＳ試験で測定された。評価のためには、ＭＳシグナルが内標準のシグナルに対して正規化され、検量線がロジスティック回帰によって算出された。組織サンプルからの腫瘍関連ペプチドの定量化のためには、それぞれのサンプルにも内標準が添加され、ＭＳシグナルが、内標準に対して正規化され、ペプチド検量線を使用して定量化された。
【０４８１】
ペプチド／ＭＨＣ単離の効率
あらゆるタンパク質精製処理と同様に、組織サンプルからのタンパク質の単離には、目的タンパク質のいくらかの損失が伴う。ＴＵＭＡＰ単離の効率を判定するために、絶対定量化のために選択された全てのＴＵＭＡＰについて、ペプチド／ＭＨＣ複合体が生成された。添加されたものを天然ペプチド／ＭＨＣ複合体から識別できるように、ＴＵＭＡＰの単一同位体標識バージョンが使用され、すなわち、１つの同位体標識アミノ酸がＴＵＭＡＰ合成に含まれた。これらの複合体は、新鮮に調製された組織溶解産物に、すなわち、ＴＵＭＡＰ単離手順の可能な限り早い時点で添加され、次に、以下の親和性精製において、天然ペプチド／ＭＨＣ複合体のように捕捉された。したがって単一標識ＴＵＭＡＰの回収率を測定することで、個々の天然ＴＵＭＡＰの単離効率に関する結論が可能になる。単離効率は、少数のサンプルで分析され、これらの組織サンプル間で同等であった。対照的に、単離効率は、個々のペプチド間で異なる。これは、単離効率が、限定数の組織サンプルにおいてのみ判定されるが、任意のその他の組織標本に外挿されてもよいことを提案する。しかしながら、単離効率がペプチドからその他のペプチドに外挿されないこともあるので、各ＴＵＭＡＰは個別に分析する必要がある。
【０４８２】
固体冷凍組織中の細胞数測定
絶対ペプチド定量化に供した組織サンプルの細胞数を測定するために、本発明者らは、ＤＮＡ含量分析を適用した。この方法は、異なる起点の幅広いサンプルに、最も重要なことには、冷凍サンプルに適用できる（Ｆｏｒｓｅｙ  ａｎｄ  Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ，２００９；Ａｌｃｏｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｓｉｌｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ペプチド単離プロトコル中に、組織サンプルは均質溶解産物に処理され、それから小さな溶解産物アリコートが取り出される。アリコートは３つに分割され、それからＤＮＡが単離される（ＱｉａＡｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ，Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）。各ＤＮＡ単離からの全ＤＮＡ含有量は、蛍光ベースのＤＮＡ定量化アッセイ（Ｑｕｂｉｔ  ｄｓＤＮＡ  ＨＳ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ，Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、少なくとも２つの反復試験で定量化される。細胞数を計算するために、ＤＮＡ標準曲線が、一連の定義された細胞数がある単一健常血液細胞のアリコートから作成された。標準曲線を利用して、全細胞含有量が、各ＤＮＡ単離物からの全ＤＮＡ含有量から計算される。ペプチド単離のために使用された組織サンプルの平均総細胞数は、既知の溶解産物アリコートの容量および全溶解産物容量を考慮して外挿される。
【０４８３】
細胞あたりのペプチドコピー数
前述の実験のデータを用いて、本発明者らは、サンプルの全ペプチド量を総細胞数で除算して、それに続いて単離効率により除算することで、細胞あたりのＴＵＭＡＰコピー数を算出した。選択されたペプチドの細胞コピー数は、表２２に示される。
【０４８４】
【表２２】
2018518937.tif 000040
【０４８５】
実施例６
ＨＬＡクラスＩＩ  Ｔ細胞増殖アッセイ
以下の実験は、選択されたＭＨＣクラスＩＩ  ＴＵＭＡＰのＴ細胞増殖アッセイの結果を要約する。試験された１０個のペプチド抗原の内、９個が免疫原性について陽性と判定された。２１個の評価可能なＴ細胞サンプルの内、１１個が少なくとも１つのペプチドについて陽性応答を示した。個々のペプチド抗原は、最大６人のドナーのＣＤ４＋ＴＴ細胞増殖を刺激した。これらの数値は、同一アッセイの実行中に試験された５つの参照ペプチドの結果と同等であり、臨床ワクチンの試験設定において、大部分の患者について免疫原性が実証された。したがって、新たに試験されたペプチドは、ワクチン試験においてもまたＴ細胞応答を誘発する可能性が高いと結論付け得る。
【０４８６】
選択されたペプチドを特にワクチン候補としてのそれらの可能性について特徴付けるために、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅ社たから市販されるＴ細胞増殖アッセイを使用したＴ細胞増殖分析によって、それらの生体外免疫原性が判定された。
【０４８７】
健常ドナーのＣＤ８枯渇血液細胞サンプルが、選択されたペプチドを用いて試験された。ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を誘導するペプチドは、ヘルパーＴ細胞免疫応答の発生を潜在的に引き起こし得て、したがって免疫原性であると考えられる。ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖は、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）標識を使用して判定された。増殖性細胞において、ＣＦＳＥは分裂細胞に均等に分布する。したがって、増殖は、分析された細胞におけるＣＦＳＥ蛍光の低下として測定され得る。
【０４８８】
【表２３】
2018518937.tif 000041
【０４８９】
試験の原理
健常ヒトドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）サンプルが、ＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子発現に基づいて、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅ細胞バンクから選択された。偽陽性応答を回避するために、使用前に、ドナー血液サンプルからＣＤ８＋Ｔ細胞を枯渇させた。残りのＣＤ４＋Ｔ細胞はＣＦＳＥで標識されて、引き続いて５μＭの各選択されたペプチドと共に培養された。各ペプチドは、６つの複製ウェルで試験された。背景は、６つの非刺激対照ウェル内の各プレート上で測定された。
【０４９０】
７日間の培養後、細胞は、抗ＣＤ４抗体で共染色されフローサイトメトリーで分析された。増殖の程度は、ＣＦＳＥ強度の低下を測定することで判定された。
【０４９１】
フローサイトメトリーデータの評価は、ＦｌｏｗＪｏＳｏｆｔｗａｒｅ（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ，Ｉｎｃ．）を使用して実施された。フローサイトメトリーの結果は、全ＣＤ４＋個体数に対する、ＣＤ４＋ｄｉｍの比率としてとして表された。増殖の程度は、背景を上回る刺激の百分率、すなわち、非刺激対照ウェルからのＣＤ４＋ＣＦＳＥ  ｄｉｍ細胞の比率を差し引いた、抗原刺激ＣＤ４＋ＣＦＳＥ  ｄｉｍ細胞の比率として表される。各サンプルについて、６回の反復試験の平均値および対応する標準誤差（ＳＥＭ）が計算された。
【０４９２】
ドナーの選択
ドナーは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子発現によって選択された。その他の２つのＨＬＡクラスＩＩ遺伝子座（ＤＱおよびＤＰ）は、分析に含まれていなかった。興味深いＤＲＢ１対立遺伝子は、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩアルゴリズム（Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）に基づいて予測されたペプチド結合の頻度に従って選択された。ＨＬＡ−ＤＲでは、結合は、１８以上のＳＹＦＰＥＩＴＨＩ結合予測スコアによって定義された。結合についてのこの閾値スコアは、公知の公表された乱交雑ＨＬＡ−ＤＲリガンドの結合スコアの分析に基づいて定義された（表２４）。
【０４９３】
【表２４】
2018518937.tif 000042
【０４９４】
【表２５】
2018518937.tif 000043
【０４９５】
選択された全てのペプチドにわたり、２０％を超える結合頻度がある全てのＤＲＢ１対立遺伝子は、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅによってドナーパネル）に含めるように要望された。その他の４つの希なＤＲＢ１対立遺伝子（ＤＲＢ１＊１０：０１、ＤＲＢ１＊１６：０１、ＤＲＢ１＊０８：０１、およびＤＲＢ１＊１３：０３）が、さらに要望された。構築されたドナーパネルは、表２６に示される。
【０４９６】
【表２６】
2018518937.tif 000044
【０４９７】
生体外免疫原性の結果
ＣＤ４＋Ｔ細胞の抗原刺激増殖は、生体外免疫原性の指標と考えられ、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅから市販されるＴ細胞増殖アッセイで調べられた。抗原刺激されたＣＤ４＋Ｔ細胞増殖殖の程度が、背景を上回る刺激の百分率として表された。ＳＥＭ＝２（すなわち、背景より２標準誤差高い値）で背景を上回る０．０２％刺激を超える応答は、陽性であると考えられた。
【０４９８】
１０個の選択されたペプチド抗原の内、（ＦＮ１−００２を除く）９個が陽性と判定された。２１個の評価可能なＴ細胞サンプルの内、１１個が少なくとも１つのペプチドについて陽性応答を示した（図４）。個々のペプチド抗原は、最大６人のドナーのＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を刺激した。
【０４９９】
生体内および生体外における免疫原性の比較
Ｔ細胞増殖分析は、陽性対照として既知の生体内免疫原がある５つのペプチドを含んだ。これらのペプチドの生体内免疫原性は、ＣＤ４Ｔ細胞の細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）を用いた臨床試験において、これらのペプチドでワクチン接種された患者の血液サンプルにおいて測定された。
【０５００】
原則的に、ＩＣＳアッセイは、エフェクター機能の観点から、特異的Ｔ細胞の質を分析する。したがって、末梢単核細胞（ＰＢＭＣ）は、関心のあるペプチド、参照、ペプチドおよび陰性対照（ここではＭＯＣＫ）を用いて、生体外で再刺激された。再刺激に続いて、細胞は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−２、およびＩＬ−１０産生、ならびに共刺激分子ＣＤ１５４の発現について染色された。染色された細胞の計数は、フローサイトメーター上で実施された（図５）。
【０５０１】
免疫原性解析は、１６人の患者（試験ＩＭＡ９５０−１０１）において、ＩＭＡ９５０ペプチド（ＢＩＲ−００２およびＭＥＴ−００５）を用いたワクチン接種による１００％の免疫応答、および７１人の患者（試験ＩＭＡ９１０−１０１）（図６）  において、ＩＭＡ９１０ペプチド（ＣＥＡ−００６、ＴＧＦＢＩ−００４およびＭＭＰ−００１）を用いたワクチン接種による４４％〜８６％の免疫応答を明らかにした。
【０５０２】
既知の生体内免疫原性を用いたによるペプチドの生体外免疫原性の結果は、選択されたペプチドと比較された（表２７）。分析は、陽性対照ペプチドが、２１個の調べられたドナーサンプルの内７個において、ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を刺激したことを示した。刺激応答の強度は平均して、ペプチド当たり４個のドナーサンプルまでの背景を０．０９&#12316;０．３１％上回る範囲であった。例えば、ＢＩＲ−００２に対する刺激の強度（ｓｔｒｅｎｇｈｔ）は、０．２４％であった。ＢＩＲ−００２は、異なる臨床試験において高度に免疫原性であることが判明した。ＢＩＲ−００２が、前立腺がん特異的ペプチドワクチンの成分として、異なるＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子を発現する１９人の評価可能な患者による臨床試験において試験された（Ｆｅｙｅｒａｂｅｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。１６人（８４％）の患者が、ＢＩＲ−００２に対して強力なＣＤ４＋Ｔ細胞応答を開始して（Ｗｉｄｅｎｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）、その高い免疫原性の可能性が示された。ＩＭＡ９５０試験では、１００％（Ｎ＝１６）の患者が、ＢＩＲ−００２に対する免疫応答を示した。
【０５０３】
比較すると、ＦＮ１−００２を除いて、現在の分析のために選択されたペプチドは、全１１個の調べられたドナー試料において、ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を刺激した。それにより、刺激応答の強さは平均して、ペプチド当たり６人のドナーまでの背景を０．１９&#12316;０．４８％上回る範囲であった。これらの値は、高度に免疫原性のペプチドＢＩＲ−００２の刺激応答の強度と同様であった。興味深いことに、全ての陽性対照ペプチドについて、生体外免疫原性アッセイにおける陽性ドナーサンプルの割合（範囲：４〜１９％）は、臨床試験においてこれらのペプチドに対する免疫応答を開始した患者の割合より、かなり低かった（範囲：４４&#12316;１００％）。この観察は、現在の生体外免疫原性アッセイの設定がかなり保守的であり、臨床状況におけるペプチドの免疫原性を過小評価する可能性が高いことを示唆する。したがって、調べられた１０個のペプチドのうち９個が、大部分の患者の臨床試験において生体内免疫応答を誘発する可能性が非常に高いことが予測され得る。
【０５０４】
【表２７】
2018518937.tif 000045
【０５０５】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
2018518937.tif 000048
【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
2018518937.tif 000050
【図１Ｆ】
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【図１Ｇ】
2018518937.tif 000052
【図２Ａ】
2018518937.tif 000053
【図２Ｂ】
2018518937.tif 000054
【図２Ｃ】
2018518937.tif 000055
【図２Ｄ】
2018518937.tif 000056
【図３−１】
2018518937.tif 000057
【図３−２】
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【図３−３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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