(57)【要約】治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、対象から試料を得ることと、対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することと、対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法。【選択図】図１Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項２】
治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記バイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項３】
治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記バイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、前記対象を、前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項４】
固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、前記対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、治療上有効な量の前記治療用化合物を投与することとを含む、前記方法。
【請求項５】
固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記バイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、前記対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、治療上有効な量の前記治療用化合物を投与することとを含む、前記方法。
【請求項６】
固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記バイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、前記対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）前記治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、治療上有効な量の前記治療用化合物を投与することとを含む、前記方法。
【請求項７】
治療用化合物に対する、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項８】
治療用化合物に対する、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルよりも高い場合、前記対象を、前記治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項９】
治療用化合物に対する、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルよりも低い場合、前記対象を、前記治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、前記方法。
【請求項１０】
治療用化合物による対象の固形腫瘍の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較することであって、前記参照と比較したときの前記レベルの変化が、前記対象の前記固形腫瘍を治療することにおける前記治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、前記方法。
【請求項１１】
治療用化合物による対象の固形腫瘍の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較することであって、前記参照と比較したときの前記レベルの上昇が、前記対象の前記固形腫瘍を治療することにおける前記治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、前記方法。
【請求項１２】
治療用化合物による対象の固形腫瘍の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に前記治療用化合物を投与することと、
（ｂ）前記対象から試料を得ることと、
（ｃ）前記対象に由来する前記試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、前記バイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較することであって、前記参照と比較したときの前記レベルの低下が、前記対象の前記固形腫瘍を治療することにおける前記治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、前記方法。
【請求項１３】
前記バイオマーカーが、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される、請求項１、４、７及び１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオマーカーが、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１及びＷＩＢＧからなる群から選択される、請求項２、５、８及び１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記バイオマーカーがネスチンである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記バイオマーカーがＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記バイオマーカーがＷＩＢＧである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記バイオマーカーがＣＲＢＮである、請求項２、５、８及び１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオマーカーがＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される、請求項３、６、９及び１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記バイオマーカーがＺＦＰ９１である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記バイオマーカーがＭＶＰである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記バイオマーカーがＰＡＲＰ４である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記バイオマーカーがＺＮＦ１９８である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
１つのみのバイオマーカーのレベルが測定される、請求項１〜１５及び２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
２、３、４、５個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルが測定される、請求項１〜１５及び２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記参照が、前記対象に前記治療用化合物を投与する前に前記対象から得た対照試料を使用することによって調製され、前記対照試料は、前記試料と同じ由来源である、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記参照が、前記固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、前記対照試料は、前記試料と同じ由来源である、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルが、前記バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを測定することによって計測される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルが、前記バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを測定することによって計測される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルが、前記バイオマーカーのタンパク質レベルを測定することによって計測される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記試料中のタンパク質を、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
（ｉ）前記第１の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、前記第２の抗体は、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合し、かつ、前記第２の抗体は、前記バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、前記第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、
（ｉｉ）前記タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）前記第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいて前記バイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
（ｉ）前記第１の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、前記第２の抗体は、前記第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、
（ｉｉ）前記タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）前記第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいて前記バイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記治療用化合物が、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記治療用化合物が、サリドマイドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記治療用化合物が、レナリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記治療用化合物が、ポマリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記治療用化合物が、化合物Ａもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記治療用化合物が、化合物Ｂもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
前記固形腫瘍が、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫からなる群から選択される、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記固形腫瘍が脳癌である、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記固形腫瘍が膠芽腫（ＧＢＭ）である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記固形腫瘍が肝臓癌である、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記固形腫瘍が肝細胞癌（ＨＣＣ）である、請求項４４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年８月１２日に出願された米国仮特許出願第６２／２０４，４０５号の優先権を主張するものであり、その全体を参照により本明細書に援用する。
【０００２】
固形腫瘍の臨床的感度、及び３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（「化合物Ａ」）などの免疫調節剤による治療に対する対象の応答を予測するのに使用するためのバイオマーカーが本明細書中で提供される。
【背景技術】
【０００３】
２．１  固形腫瘍
固形腫瘍は、嚢胞または液状領域を含まない組織の異常な塊である。固形腫瘍は、良性または悪性であり得る。固形腫瘍は、血流外の解剖学的部位（例えば白血病などの造血器官の癌とは対照的に）で成長し、成長中の腫瘍塊へ栄養素などを供給するために小さな血管及び毛細血管の形成を必要とする。固形腫瘍は、その腫瘍を形成している細胞のタイプから名付けられる。固形腫瘍の非限定的な例は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれる。
【０００４】
２．２  肝細胞癌（ＨＣＣ）
ＨＣＣは、悪性ヘパトーマとしても知られており、肝臓で最も一般的な原発性悪性腫瘍であり、原発性肝臓腫瘍の８０〜９０％を占めている。ＨＣＣは、世界で最も一般的で破壊的な悪性疾患の１つであり、世界で年間１００万人を超える死亡の原因である（Ｐａｒｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＣＡ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｊ．Ｃｌｉｎ．１９９９，４９，３３−６４；Ｂｒｕｉｘ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ２００４，５，２１５−２１９）。
【０００５】
ＨＣＣ発症の主要な危険因子には、Ｂ型またはＣ型肝炎ウイルス感染及びアルコール性肝疾患が含まれる（Ｒｕｓｔｇｉ，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｃｌｉｎ．Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ．１９８７，１６，５４５−５５１；Ｂｏｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．１９９９，１９，２７１−２８５；Ｂｏｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２００４，１２７，Ｓ５−Ｓ１６；Ｍｏｒａｄｐｏｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏ＆Ｈｅｐａｔｏｌ．２００５，１７，４７７−４８３；Ｋｏｉｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．２００８，２３，Ｓ８７−Ｓ９１；ｄｅ  Ｏｌｉｖｅｒｉａ  Ａｎｄｒａｄｅ，Ｊ．Ｇｌｏｂ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．２００９，１，３３−３７）。ＨＣＣは、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）またはＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）の感染後の硬変肝において最も発症しやすい（Ｌｉａｗ，Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．２００５，２５，４０−４７；Ｋｏｉｋｅ  Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．２００５，３，１３２−１３５）。ＨＣＣは、その約５０％の症例がＨＢＶ感染症と関連している（Ｌｉａｗ，Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．２００５，２５，４０−４７）。ＨＣＶ感染は、日本における７０％のＨＣＣ症例の原因である（Ｈａｓａｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１９９０，１２：５８９−５９１；Ｅｌ−Ｓｅｒａｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９９９，３４０，７４５−７５０）。ＨＣＣ罹患率は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染の広がりにより、欧米諸国で増加している（Ｅｌ−Ｓｅｒａｇ，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２００２，３６，Ｓ７４−８３；Ｔｒｅｖｉｓａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  ２００８，２９，１２９９−１３０５）。
【０００６】
ＨＣＣは、世界的に重大な疾患であり、特に進行性疾患に関しては、真に有効的な治療法がない。したがって、ＨＣＣ治療を支援するためのバイオマーカー、及びＨＣＣ治療、例えば、化学療法に対するＨＣＣ対象の応答性を予測する方法が必要とされている。
【０００７】
２．３  膠芽腫（ＧＢＭ）
膠芽腫（ＧＢＭ）は、星状膠細胞または脳の支持組織から生じる腫瘍である。膠芽腫は、一般に脳の大脳半球に認められるが、脳または脊髄のいずれの場所にも存在し得る。これらの腫瘍は、その細胞が急速に複製され、血管の大きなネットワークによって支持されることから、通常、極めて悪性（癌性）である。膠芽腫は、通常、複数の細胞型の混合を含む。これらの腫瘍は、嚢胞性ミネラル、カルシウム沈着物、血管または複合グレードの細胞を含有するのが一般的である。膠芽腫には２つのタイプがある。膠芽腫の１つ目のタイプは、原発性、すなわちｄｅ  ｎｏｖｏである。この腫瘍の１つ目のタイプは、極めて進行性であり、その存在を急速に形成及び構築する傾向がある。膠芽腫の２つ目のタイプは、二次性である。これらの腫瘍は、より長く、いくらか遅い成長過程を有するが、進行性である。また、低悪性腫瘍として発症し得るが、最終的には悪性度が高くなる。膠芽腫の症状は、通常、脳内の圧力が上がることにより生じ、例えば、頭痛、悪心、嘔吐及び眠気を含む。多くの腫瘍種と同様に、膠芽腫の正確な原因はわかっていない。膠芽腫は、通常、多くの異なる種類の細胞を含有する。一部の細胞は、特定の治療法によく応答し得るが、他の細胞は、全く影響を受けないものもある。そのため、通常、治療が困難であり、その治療は、通常、様々な手法の組み合わせを含む。
【０００８】
２．４  セレブロン
タンパク質セレブロン（ＣＲＢＮ）には、少なくとも２つのアイソフォームが存在し、それぞれ４４２アミノ酸長及び４４１アミノ酸長であり、ＣＲＢＮは、植物からヒトまで保存されている。ヒトにおいて、ＣＲＢＮ遺伝子は、常染色体劣性非症候群性精神遅滞（ＡＲＮＳＭＲ）の候補遺伝子として同定された。Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｊ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００４，６３：１９２７−１９３１を参照されたい。ＣＲＢＮは、当初、ラット脳内でカルシウム活性化カリウムチャネルタンパク質（ＳＬＯ１）と相互作用する、ＲＧＳを含有する新しいタンパク質として特徴付けられ、後に、網膜内でＡＭＰＫ１及びＤＤＢ１とともに電位依存性塩素チャネル（ＣＩＣ−２）と相互作用することが示された。Ｊｏ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ，２００５，９４：１２１２−１２２４；Ｈｏｈｂｅｒｇｅｒ  Ｂ．ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ，２００９，５８３：６３３−６３７；Ａｎｇｅｒｓ  Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００６，４４３：５９０−５９３を参照されたい。ＤＤＢ１は、元々、損傷ＤＮＡ結合タンパク質２（ＤＤＢ２）に会合するヌクレオチド除去修復タンパク質として同定された。その活性欠損は、色素性乾皮症の相補性Ｅ群（ＸＰＥ）の患者において、修復欠損を引き起こす。ＤＤＢ１はまた、標的タンパク質のユビキチン化と、それに続くプロテアソーム分解を媒介する、多数の異なるＤＣＸ（ＤＤＢ１−ＣＵＬ４−Ｘ−ボックス）Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼ複合体の構成要素として機能すると考えられている。ＣＲＢＮもまた、大脳皮質の疾患に対する治療剤の開発の標的として同定された。ＷＯ２０１０／１３７５４７Ａ１を参照されたい。
【０００９】
ＣＲＢＮは、最近、サリドマイドに結合して出生異常を引き起こす重要な分子標的であることが同定された。Ｉｔｏ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１０，３２７：１３４５−１３５０を参照されたい。ＤＤＢ１は、ＣＲＢＮと相互作用することが判明したため、サリドマイドと間接的に関係していた。更に、サリドマイドは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで、ＣＲＢＮの自己ユビキチン化を阻害できたことから、サリドマイドがＥ３ユビキチンリガーゼ阻害物質であることが示唆された。同上。重要なのは、この活性がサリドマイドによって野生型細胞では阻害されたが、サリドマイド結合を妨げる変異ＣＲＢＮ結合部位を有する細胞では阻害されなかったことである。同上。サリドマイド結合部位は、ＣＲＢＮ中の高度に保存されたＣ末端の１０４アミノ酸領域にマッピングされた。同上。ＣＲＢＮ中の個々の点変異Ｙ３８４Ａ及びＷ３８６Ａはいずれも、サリドマイド結合を欠損しており、二重の点変異ではサリドマイド結合活性が最も低い。同上。ＣＲＢＮとサリドマイドの催奇性作用との関連は、ゼブラフィッシュ及びニワトリ胚の動物モデルで確認された。同上。
【００１０】
サリドマイド及び他の薬物の有益な作用に対して、ＣＲＢＮ、ＣＲＢＮ  Ｅ３ユビキチンリガーゼ複合体またはＣＲＢＮの１つ以上の基質への結合が必要であるかどうかはまだ確立されていない。サリドマイド及び他の薬物標的のこれらの相互作用を理解することで、有効性及び／または毒性の分子機構を定義することができ、有効性及び毒性プロファイルの改善した薬物をもたらすことができる。
【００１１】
２．５  化合物
ＴＮＦ−αの異常産生と関連する疾患の治療のために、安全かつ有効に使用できる化合物をもたらす目的で、多くの研究が行われている。例えば、Ｍａｒｒｉｏｔｔ，Ｊ．Ｂ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，１（４）：１−８；Ｇ．Ｗ．Ｍｕｌｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．，１９９６，３９（１７）：３２３８−３２４０；及びＧ．Ｗ．Ｍｕｌｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ＆Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ．，１９９８，８：２６６９−２６７４を参照されたい。いくつかの研究では、ＬＰＳで刺激されたＰＢＭＣによるＴＮＦ−αの産生を強力に阻害する能力に関して選択された化合物群に焦点が当てられている。Ｌ．Ｇ．Ｃｏｒｒａｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．，１９９９，５８：（Ｓｕｐｐｌ  Ｉ）１１０７−１１１３．これらの化合物は、ＴＮＦ−αの強力な阻害を示すのみならず、ＬＰＳ誘導性単球のＩＬ１β及びＩＬ１２の産生を著しく阻害する。ＬＰＳ誘導性ＩＬ６も、部分的ではあるが、このような化合物によって阻害される。これらの化合物は、ＬＰＳ誘導性ＩＬ１０の強力な刺激因子である。同上。
【００１２】
本明細書で提供される方法のための化合物には、米国特許第６，２８１，２３０号及び同第６，３１６，４７１号（いずれもＧ．Ｗ．Ｍｕｌｌｅｒら）に記載されている置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）フタルイミド及び置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドールが挙げられるが、これらに限定されない。更に他の本明細書で開示される具体的な化合物は、米国特許第６，３９５，７５４号、同第６，５５５，５５４号、同第７，０９１，３５３号、米国特許出願公開第２００４／００２９８３２号及び国際公開第ＷＯ９８／５４１７０号（そのそれぞれを参照により本明細書に援用する）に開示されているイソインドール−イミドに属するものである。
【００１３】
サリドマイド、レナリドミド及びポマリドミドは、多発性骨髄腫、リンパ腫及びその他の血液疾患（骨髄異形成症候群など）の患者において、顕著な応答を示している。Ｇａｌｕｓｔｉａｎ  Ｃ，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ．，２００９，１０：１２５−１３３を参照されたい。これらの治療用化合物は、抗血管新生特性、炎症誘発性サイトカインの調節、Ｔ細胞の共刺激、ＮＫ細胞毒性の増大、直接的抗腫瘍作用及び幹細胞の分化調節を含む広範な活性を示す。
【００１４】
例えば、サリドマイドとレナリドミドは、新たに診断された患者、化学療法または移植に効果がなかった進行性疾患患者及び再発または難治性多発性骨髄腫患者の多発性骨髄腫を治療するための重要な選択肢として知られるようになっている。レナリドミドとデキサメタゾンの併用は、前治療を少なくとも１回受けた多発性骨髄腫患者の治療に対して認められている。ポマリドミドも、デキサメタゾンと併せて投与することができる。米国特許出願公開第２００４／００２９８３２Ａ１号（その開示内容全体を参照により本明細書に援用する）には、多発性骨髄腫の治療が開示されている。
【００１５】
本明細書中で提供される別の化合物は、以下の構造を有する３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（「化合物Ａ」）
【化１】
2018525991.tif 000003
もしくはそのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【００１６】
化合物Ａは、米国特許第７，６３５，７００号（その開示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているように調製することができる。この化合物は、本発明の教示に基づき、当業者に明らかな他の方法に従って合成することもできる。特定の実施形態において、化合物Ａは、２０１１年３月１１日に出願された米国特許仮出願第６１／４５１，８０６号（その全体を参照により本明細書に援用する）に記載されている結晶体である。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法では、化合物Ａの塩酸塩が使用される。化合物Ａを使用して、癌及び他の疾患を治療、予防及び／または管理する方法は、２０１１年３月１１日に出願された米国特許仮出願第６１／４５１，９９５号（その全体を参照により本明細書に援用する）に記載されている。
【００１７】
更に別の本明細書中で提供される化合物は、以下の構造を有する３−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ｂ）
【化２】
2018525991.tif 000004
もしくはそのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【００１８】
免疫調節化合物の作用を評価する従来の方法には、生細胞アッセイまたは冗長な臨床エンドポイントが必要になる。これらの細胞検査は、煩雑であり、様々な刺激剤（例えば、リポ多糖または抗ＣＤ３抗体）の使用が必要となる場合が多い。サイトカイン産生のような間接的なエンドポイントが評価されるが、これは、複数の経路による影響を受けることがある。更に、これらの化合物の臨床効果は、通常最低でも数ヶ月の治療を必要とする患者の応答の観点から計測できるだけであるため、正確に予測できるものではない。従来の方法の欠点に鑑み、免疫調節化合物の薬理活性を検出、定量化及び特徴付けるための効率的で、感度が高く、正確な方法を開発する必要性が存在する。
【発明の概要】
【００１９】
一態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２０】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、 
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、 
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、  （ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２３】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、  （ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２４】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２５】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２６】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２７】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２８】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００２９】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００３０】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００３１】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１及びＷＩＢＧからなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。
【００３２】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１またはＺＮＦ６４４である。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００３３】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８からなる群から選択される。
【００３４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択される。
【００３５】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択される。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００３６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択される。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００３７】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００３８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００３９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。
【００４０】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、１つのみのバイオマーカーのレベルが測定される。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、２、３、４、５個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルが測定される。
【００４１】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【００４２】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを測定することによって計測される。
【００４３】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを測定することによって計測される。
【００４４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを測定することによって計測される。
【００４５】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを更に含む。
【００４６】
一実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【００４７】
別の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）第１の抗体に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【００４８】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。一実施形態において、治療用化合物は、サリドマイドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。別の実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に別の実施形態において、治療用化合物は、ポマリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に別の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に別の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【００４９】
また、本明細書で提供されるのは、ストリンジェントな条件下でバイオマーカーのポリヌクレオチドのうちの１つ以上とハイブリダイズすることによって、試料中の２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定するためのプローブアレイであって、バイオマーカーは、表１〜６に定めるバイオマーカーからそれぞれ独立して選択され、バイオマーカーのレベルは、治療用化合物による固形腫瘍の治療のための対象を選択するために使用されるか、治療に対する対象の応答性を予測またはモニタリングするために使用されるか、対象の治療のコンプライアンスをモニタリングするために使用される、プローブアレイである。
【００５０】
本明細書で提供されるのは、ストリンジェントな条件下でバイオマーカーのｍＲＮＡのうちの１つ以上とハイブリダイズすることによって、試料中の２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定するためのプローブアレイであって、バイオマーカーは、表１〜６に定めるバイオマーカーからそれぞれ独立して選択され、バイオマーカーのレベルは、治療用化合物による固形腫瘍の治療のための対象を選択するために使用されるか、治療に対する対象の応答性を予測またはモニタリングするために使用されるか、対象の治療のコンプライアンスをモニタリングするために使用される、プローブアレイである。
【００５１】
本明細書で提供されるのは、試料中の２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定するための抗体アレイであって、バイオマーカーは、表１〜６に定めるバイオマーカーからそれぞれ独立して選択され、バイオマーカーのレベルは、治療用化合物による固形腫瘍の治療のための対象を選択するために使用されるか、治療に対する対象の応答性を予測またはモニタリングするために使用されるか、対象の治療のコンプライアンスをモニタリングするために使用される、抗体アレイである。
【００５２】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＦＰ１９８から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。
【００５３】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。
【００５４】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。
【００５５】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。
【００５６】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【００５７】
本明細書で提供されるのは、２つ以上のバイオマーカーを含み、そのそれぞれがＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１、及びＺＭＹＭ２から独立して選択される、単離されたバイオマーカーのパネルである。
【００５８】
いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫（ＧＢＭ）；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肝臓癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。他の実施形態において、固形腫瘍は、脳癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【００５９】
本明細書で提供されるのは、対象に由来する生体試料中のバイオマーカーのレベルを測定するためのキットであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、キットである。
【発明を実施するための形態】
【００６０】
本明細書で提供される方法、アレイ、プローブ及びキットは、部分的には、生体試料中のある特定分子（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはタンパク質）のレベル変化、例えば、レベル上昇及び／または低下をバイオマーカーとして利用して、治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）に対する、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測することができるという発見に基づく。
【００６１】
特定の実施形態において、本明細書で提供される方法は、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象に由来する生体試料中の１つ以上のバイオマーカーのレベルを、バイオマーカーの参照レベルまたは対照のレベルと比較することに基づく。バイオマーカーレベルは、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体などの治療用化合物に対する対象の応答性の可能性を決定または予測するために使用される。
【図面の簡単な説明】
【００６２】
【図１】２つの細胞株Ｆｏｃｕｓ及びＨＡＫ−１ＡＪでのプロテオミクス試験におけるタンパク質の相対存在量を示す。図１Ａは、Ｆｏｃｕｓ細胞を使用したプロテオミクス試験におけるタンパク質の相対存在量を示す。図１Ｂは、ＨＡＫ−１ＡＪを使用したプロテオミクス試験におけるタンパク質の相対存在量を示す。図１Ｃは、Ｆｏｃｕｓ及びＨＡＫ−１ＡＪの両細胞株において、化合物Ａによる処理から２４時間後に共通して示差的に多く存在するタンパク質を示す。
【００６３】
【図２】ＨＣＣ細胞株（Ｆｏｃｕｓ）を使用したプロテオミクス試験の結果を示す。図２Ａは、様々な期間にわたって化合物Ａで処理した３Ｄ  Ｆｏｃｕｓ細胞における、コントロールプレート及びプロテオミクス調製物（樹立）でのＣＲＢＮ及びＺＦＰ９１のレベルを示す。図２Ｂは、コントロールプレートのコロニー数及びコロニー総面積を示す。
【００６４】
【図３】ＨＣＣ細胞株（ＪＨＨ４）を使用したプロテオミクス試験の結果を示す。図３Ａは、様々な期間にわたって化合物Ａで処理した３Ｄ  ＪＨＨ４細胞における、コントロールプレート及びプロテオミクス調製物（樹立）でのＣＲＢＮ及びＺＦＰ９１のレベルを示す。図３Ｂは、コントロールプレートのコロニー数及びコロニー総面積を示す。
【００６５】
【図４】ＨＣＣ細胞株（Ｆｏｃｕｓ及びＪＨＨ４）を使用したウェスタンブロット解析の結果を示す。図４Ａは、ＺＦＰ９１のレベルが、Ｆｏｃｕｓ細胞において、化合物Ａまたは化合物Ｂによる治療に応答して低下することを示す。図４Ｂは、ＺＦＰ９１のレベルが、Ｆｏｃｕｓ細胞株及びＪＨＨ４細胞株において、化合物Ａによる治療に応答して低下し、ＣＲＢＮのレベルが、Ｆｏｃｕｓ細胞株及びＪＨＨ４細胞株において、化合物Ａによる治療に応答して上昇することを示す。図４Ｃは、Ｆｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞において、様々な期間にわたって様々な用量の化合物Ａによって誘導されたＺＦＰ９１の分解を示す。図４Ｄは、ｓｉＲＮＡを使用しＺＦＰ９１が化合物Ａの処理に応答して分解されることの確認を示す。
【００６６】
【図５】ＺＦＰ９１に関する化合物の処理の結果を示す。図５Ａは、ＭＧ１３２及びＭＬＮが、ＨＣＣ細胞株において、化合物Ａの処理に対するＺＦＰ９１のレベル低下を遮断することを、ウェスタン解析の使用により示す。図５Ｂは、化合物Ａがプロテアソーム媒介性分解を介してＺＦＰ９１の分解を加速することを示す。図５Ｃ〜Ｄは、ＣＲＢＮをノックダウンすると、ＺＦＰ９１タンパク質レベルに対する治療用化合物の作用が逆転することを示す。
【００６７】
【図６】Ｈｅｐ３Ｂ細胞における化合物の処理の結果を示す。図６Ａは、Ｈｅｐ３Ｂ細胞株のＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１が治療用化合物に応答して下方制御されることを示す。図６Ｂは、Ｈｅｐ３Ｂ細胞が、化合物Ｂに対して感受性であるが、化合物Ａに対して感受性でないことを示す。
【００６８】
【図７】ＺＦＰ９１に関する化合物Ａの処理の結果を示す。図７Ａは、Ｕ８７細胞及びＳＮＢ１９細胞のＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１が化合物Ａまたはレナリドミドによる治療に応答して下方制御されることを示す。図７Ｂは、化合物ＡがＵ８７腫瘍成長を阻害し、免疫染色アッセイの結果により、化合物ＡがＵ８７異種移植組織でＺＦＰ９１を分解することを示す。
【００６９】
【図８】ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１のレベルが化合物Ａの処理に応答して変化することをウェスタンブロット解析で示す。
【００７０】
４．２  定義
「治療する」、「治療すること」または「治療」という用語は、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）もしくは疾患に伴う症状のうちの１つ以上を軽減もしくは抑制すること、またはその疾患自体の原因（複数可）を軽減もしくは根絶することを指す。
【００７１】
本明細書で使用する場合、「固形腫瘍」は、組織の異常な塊を指す。固形腫瘍は、良性または悪性であり得る。固形腫瘍は、血流外の解剖学的部位（例えば白血病などの造血器官の癌とは対照的に）で成長し、成長中の腫瘍塊へ栄養素などを供給するために小さな血管及び毛細血管の形成を必要とする。固形腫瘍は、その腫瘍を形成している細胞のタイプから名付けられる。固形腫瘍の非限定的な例は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。
【００７２】
化合物の「治療上有効な量」という用語は、投与したときに、治療対象の疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の進行を防ぎ、またはその症状のうちの１つ以上をある程度緩和するのに十分な化合物の量を指す。この用語はまた、研究者、獣医、医師または臨床医が追求している、生体分子（例えば、タンパク質、酵素、ＲＮＡまたはＤＮＡ）、細胞、組織、系、動物またはヒトの生物学的応答または医学的応答を誘起するのに十分な化合物の量を指す。更に、化合物の治療上有効な量とは、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療または管理に治療上の利益をもたらす、治療剤単独での量または他の治療法と組み合わせたときの治療剤の量を意味する。この用語は、治療法全体を改善し、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の症状もしくは原因を軽減もしくは回避し、または別の治療剤の治療有効性を高める量を包含する。
【００７３】
「レベル」という用語は、バイオマーカー分子の量、蓄積または比率を指す。レベルは、例えば、遺伝子によってコードされたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の合成量もしくは合成率、遺伝子によってコードされたポリペプチドもしくはタンパク質の合成量もしくは合成率、または細胞もしくは生体液中に蓄積された生体分子の合成量もしくは合成率によって表すことができる。「レベル」という用語は、定常状態または非定常状態の条件下で測定される、試料中の分子の絶対量または分子の相対量を指す。
【００７４】
「応答性」または「応答する」という用語は、治療に関して使用される場合、治療対象の疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の症状の抑制または軽減に対する治療の有効性の度合いを指す。例えば、「応答性の向上」という用語は、細胞または対象の治療に関して使用される場合、当該技術分野において知られている任意の方法を使用して計測したときの、疾患の症状の抑制または軽減に対する有効性の向上を指す。特定の実施形態において、この有効性の向上は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％または少なくとも約５０％である。
【００７５】
本明細書で使用する場合、「対象の有効な応答」、「患者の有効な応答」または「患者の腫瘍の有効な応答」という用語は、患者に対する治療上の利益の何らかの向上を指す。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、腫瘍の進行の比率が５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％低下することであり得る。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、癌の身体的症状が５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％軽減することであり得る。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、腫瘍サイズが５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％減少することであり得る。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、癌の身体的症状または腫瘍サイズが５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％減少することであり得る。「患者の腫瘍の有効な応答」はまた、例えば、遺伝子発現、細胞数、アッセイ結果などの任意の好適な手段によって計測したときに、患者の応答が５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％またはそれを超えて向上することであり得る。
【００７６】
「可能性」という用語は、ある事象の確率の増加を指す。「可能性」という用語は、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に対する対象応答の有効性に関して使用される場合、その疾患の症状が抑制または軽減する確率が増加することを意図する。
【００７７】
「予測する」という用語は、概して、事前に判断したり、見定めたりすることを意味する。例えば、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性を「予測する」ために使用される場合、「予測する」という用語は、治療が開始される前、または治療期間が実質的に進む前に、治療の転帰の可能性を最初に判断できることを意味し得る。
【００７８】
「ポリペプチド」、「タンパク質」または「ペプチド」という用語は、本明細書において同義的に使用され、１つ以上のペプチド結合（複数可）を介して連結された、一続きの２つ以上のアミノ酸のポリマーを指す。この用語は、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体、オリゴペプチド及びペプチドを包含する。ポリペプチド、タンパク質またはペプチドのアミノ酸は、天然アミノまたは合成アミノ酸（例えば、天然アミノ酸の模倣体）であってよい。ポリペプチド、タンパク質またはペプチドは、合成的に作製することもできるし、生体試料から精製することもできる。ポリペプチド、タンパク質またはペプチドは、修飾されたポリペプチド、タンパク質及びペプチド、例えば、糖ポリペプチド、糖タンパク質もしくは糖ペプチド、またはリポポリペプチド、リポタンパク質もしくはリポペプチドも包含する。
【００７９】
「抗体」という用語は、エピトープ（例えば、抗原）に特異的に結合するポリペプチドを指す。「抗体」という用語は、本明細書において、その最も広範な意味で使用され、完全に組み立てられた抗体、抗原に特異的に結合する能力を保持した抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ及び他の断片）、一本鎖抗体、ダイアボディ、抗体キメラ、ハイブリッド抗体、二重特異性抗体及びヒト化抗体を含む。「抗体」という用語はまた、ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体の両方を含む。
【００８０】
「発現される」または「発現」という用語は、遺伝子から転写が行われ、遺伝子の２本の核酸鎖のうちの１本の領域と少なくとも部分的に相補的であるＲＮＡ核酸分子、例えば、ｍＲＮＡが生じることを指す。「発現される」または「発現」という用語はまた、本明細書で使用する場合、ＲＮＡ分子から翻訳が行われ、タンパク質、ポリペプチドまたはその一部が生じることを指す。
【００８１】
生物学的マーカーまたは「バイオマーカー」は、その検出が特定の生体状態（例えば、癌の存在など）を示す物質である。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、個別に測定することもできるし、いくつかのバイオマーカーを同時に計測することもできる。
【００８２】
「バイオマーカー」は、疾患のリスクもしくは進行、または所定の治療に対する疾患の感受性と相関し得るｍＲＮＡ発現レベルの変化を示し得る。バイオマーカーは、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡなどの核酸である。
【００８３】
「バイオマーカー」は、疾患のリスク、治療に対する感受性または進行と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質の発現レベルの変化を示し得る。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタンパク質またはその断片であり得る。特定のタンパク質の相対レベルは、当該技術分野において知られている方法によって測定することができる。例えば、抗体ベースの方法、例えば、イムノブロット、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、または他の方法を使用することができる。
【００８４】
「上方制御」されるｍＲＮＡは、概して、所定の治療または条件下で増加する。「下方制御」されるｍＲＮＡは、概して、所定の治療または条件に応答して、ｍＲＮＡの発現レベルが低下することを指す。場合により、ｍＲＮＡレベルは、所定の治療または条件によって変化しないままである場合もある。患者試料由来のｍＲＮＡは、薬物で治療したとき、無治療対照と比較して、「上方制御」され得る。上方制御は、例えば、比較対照のｍＲＮＡレベルの約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、９０％、１００％、２００％、３００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１，０００％、１，５００％、２，０００％、２，５００％、３，００％、３，５００％、４，０００％、４，５００％、５，０００％またはそれを超える上昇であり得る。あるいは、ｍＲＮＡは、ある特定の化合物または他の剤の投与に応答して、「下方制御」され得、すなわち、より低いレベルで発現され得る。下方制御されるｍＲＮＡは、例えば、比較対照のｍＲＮＡレベルの約９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、３％、１％またはそれを下回るレベルで存在し得る。
【００８５】
同様に、患者試料由来のポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルも、薬物で治療したとき、無治療対照と比較して、上昇し得る。この上昇は、比較対照のタンパク質レベルに対して、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、７００％、１，０００％、１，５００％、２，０００％、２，５００％、３，０００％、３，５００％、４，０００％、４，５００％、５，０００％またはそれ以上であり得る。あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、ある特定の化合物または他の剤の投与に応答して、低下し得る。この低下は、例えば、比較対照のタンパク質レベルに対して、約９９％、９５％、９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、３％、１％またはそれを下回るレベルで存在することであり得る。
【００８６】
「測定する」、「計測する」、「評価する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」及び「アッセイする」という用語は、本明細書で同義的に使用され、ある要素が存在するか否かを測定することを含む計測の一形態を指す。計測は、定量的決定及び／または定性的決定であり得る。「存在を評価する」ことには、存在の有無を決定するだけでなく、その存在する物の量を測定することも含み得る。
【００８７】
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書において、ヌクレオチド（例えば、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド）からなるポリマー、または２つの天然核酸が配列特異的にハイブリダイズするのと同様に、天然核酸とハイブリダイズすることができる化合物、例えば、ワトソン・クリック塩基対相互作用に関与する化合物を指す目的で同義的に使用される。「複数の塩基」（または「塩基」）という用語は、ポリヌクレオチド配列との関係で本明細書で使用する場合、「複数のヌクレオチド」（または「ヌクレオチド」）、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン塩基及びピリミジン塩基を含有する部分のみならず、修飾された他の複素環式塩基を含有する部分も包含することが意図される。このような修飾には、メチル化プリン、メチル化ピリミジン、アシル化プリン、アシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたは他の複素環が含まれる。更に、同様に、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、従来のリボース糖及びデオキシリボース糖を含有する部分のみならず、他の糖を含有する部分も包含する。修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドはまた、糖部分に対する修飾を含み、例えば、ヒドロキシル基のうちの１つ以上がハロゲン原子または脂肪族基で置き換えられているか、エーテルまたはアミンなどに官能化されている。「核酸」または「ポリヌクレオチド」の「類似体」という用語は、模倣体、誘導体として文献で認識されている構造的特徴を有する分子、類似の構造を有する分子、または他の同様の用語を指し、例えば、非天然ヌクレオチドが組み込まれたポリヌクレオチド、ヌクレオチド模倣体（２’−修飾ヌクレオシドなど）、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホネート及び置換基（保護基または連結部分など）が付加されている任意のポリヌクレオチドを含む。
【００８８】
「相補的」という用語は、ポリヌクレオチドの配列に基づく、ポリヌクレオチド間の特異的な結合を指す。本明細書で使用する場合、第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーションアッセイにおいて、互いに結合し合う場合、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて、所定のレベルまたは検出可能なレベルのシグナルを生成する場合、相補的である。ポリヌクレオチドの部分は、従来の塩基対形成規則（例えば、ＡはＴ（またはＵ）と対になり、ＧはＣと対になる）に従う場合、互いに相補的であるが、ミスマッチ、挿入または欠失された配列の小さな領域（例えば、約３塩基未満）が存在してもよい。
【００８９】
２つの核酸配列との関係における「配列同一性」または「同一性」という用語は、その２つの配列における残基のうち、所定の比較ウィンドウにわたって最大一致するようにアラインメントしたときに同じである残基を指し、付加、欠失及び置換を考慮することができる。
【００９０】
ポリヌクレオチドとの関係における様々な文法形態の「実質的な同一性」または「相同」という用語は、概して、ポリヌクレオチドが、参照配列と比較して、所望の同一性、例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％及び少なくとも９５％の配列相同性を有する配列を含むことを意味する。ヌクレオチド配列が実質的に同一であるかどうかの別の尺度は、２つの分子が、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズするかどうかである。
【００９１】
本明細書で使用する場合、「結合した」という用語は、本明細書において、直接的または間接的な結合を示す目的で使用され得る。化学的構造との関係において、「結合した（ｂｏｕｎｄ）」（または「結合した（ｂｏｎｄｅｄ）」）とは、２つの部分を直接連結するか、２つの部分を間接的に連結する（例えば、連結基または分子の任意の他の介在部分を介して連結する）化学結合が存在することを指し得る。この化学結合は、共有結合、イオン結合、配位錯体、水素結合、ファンデルワールス相互作用または疎水性スタッキングであってもよいし、複数のタイプの化学結合の特徴を示すものであってもよい。特定のケースでは、「結合した」には、その結合が直接的である実施形態と、その結合が間接的である実施形態とが含まれる。
【００９２】
「単離した」及び「精製した」という用語は、物質（ｍＲＮＡまたはタンパク質など）が、それが含まれる試料の相当部分を占めるように、すなわち、その物質が、典型的に、天然の状態または未単離の状態で存在する割合を上回るように、その物質を単離することを指す。典型的に、試料の相当部分は、例えば、試料の約１％超、約２％超、約５％超、約１０％超、約２０％超、約５０％超またはそれを上回る割合、通常は最大約９０％〜１００％を占める。例えば、単離したｍＲＮＡの試料は、典型的に、少なくとも約１％の全ｍＲＮＡを含む。ポリヌクレオチドを精製する技術は、当該技術分野において周知であり、例えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、フローソーティング及び密度による沈降が挙げられる。
【００９３】
「生体試料」という用語は、本明細書で使用する場合、生体組織または体液由来の試料を含め、生体対象から得た試料であって、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｓｉｔｕで得たか、到達したか、もしくは採取した試料を指す。生体試料には、生体対象の領域のうち、前癌細胞、前癌組織、癌細胞または癌組織を含む領域に由来する試料も含まれる。このような試料は、哺乳動物から単離した器官、組織、画分及び細胞であり得るが、これらに限定されない。例示的な生体試料としては、細胞溶解液、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料、皮膚試料などが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、生体試料には、全血、部分精製血液、ＰＢＭＣ、組織生検体などが挙げられるが、これらに限定されない。
【００９４】
「アナライト」という用語は、本明細書で使用する場合、試料の既知または未知の成分を指す。
【００９５】
「捕捉物質」という用語は、本明細書で使用する場合、その物質がｍＲＮＡまたはタンパク質と結合して、ｍＲＮＡまたはタンパク質を均質な混合物から濃縮させるのに十分である相互作用を通じて、ｍＲＮＡまたはタンパク質と結合する物質を指す。
【００９６】
「プローブ」という用語は、本明細書で使用する場合、特異的標的のｍＲＮＡバイオマーカー配列に向けられた捕捉物質を指す。したがって、プローブセットの各プローブは、それぞれの標的ｍＲＮＡバイオマーカーを有する。プローブ／標的ｍＲＮＡ二本鎖は、プローブをその標的ｍＲＮＡバイオマーカーにハイブリダイズさせることによって形成される構造体である。
【００９７】
「核酸プローブ」または「オリゴヌクレオチドプローブ」という用語は、１つ以上のタイプの化学結合、通常は相補的な塩基対形成、通常は水素結合の形成を通じて、相補的な配列の標的核酸（本明細書中で提供されるｍＲＮＡバイオマーカーなど）に結合できる核酸を指す。本明細書で使用する場合、プローブは、天然塩基（例えば、Ａ、Ｇ、ＣまたはＴ）または修飾塩基（７−デアザグアノシン、イノシンなど）を含み得る。加えて、プローブ内の塩基は、ハイブリダイゼーションに干渉しない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結されていてもよい。当業者であれば、プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーに応じて、そのプローブ配列と完全な相補性を持たない標的配列と結合し得ることがわかるであろう。プローブは、同位体、例えば、発色団、発光団、色原体で直接標識するか、ストレプトアビジン複合体が後に結合し得るビオチンで間接的に標識するのが好ましい。プローブの有無についてアッセイすることによって、目的の標的ｍＲＮＡバイオマーカーの有無を検出することができる。
【００９８】
「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、そのアッセイにおいて所望のレベルの特異性をもたらすのに十分な相補性を持つ核酸の結合対、例えばプローブと標的ｍＲＮＡの結合対を生成させるのに適合する一方で、所望の特異性をもたらすには相補性が不十分である結合メンバー間の結合対の形成には概して不適合である条件を指す。「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、概して、ハイブリダイゼーション条件と洗浄条件を組み合わせたものを指す。
【００９９】
「標識」または「検出可能な部分」とは、核酸との関連において、核酸と連結したときに、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段または化学的手段によって、その核酸を検出可能にする組成物を指す。例示的な標識には、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテンなどが挙げられるが、これらに限定されない。「標識した核酸またはオリゴヌクレオチドプローブ」は、概して、共有結合、リンカー、化学結合、非共有結合、イオン結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用または水素結合のいずれかによって標識に結合したプローブであって、核酸またはプローブに結合した標識の存在を検出することによって、その核酸またはプローブの存在を検出できるようにしたものである。
【０１００】
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、例えば、Ｍｕｌｌｉｓの米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているように、少量の核酸、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡを増幅する手順を指す。概して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計できるように、目的の領域またはそれを越える領域の末端から得られる配列情報を入手する必要があり、これらのプライマーは、増幅するテンプレートの逆鎖の配列と同一または同様となる。これらの２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と合致し得る。ＰＣＲを用いて、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡ由来の特定のＤＮＡ配列及び全細胞ＲＮＡから転写したｃＤＮＡ、バクテリオファージ配列またはプラスミド配列などを増幅できる。概要については、Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３（１９８７）；Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照されたい。
【０１０１】
「サイクル数」または「ＣＴ」という用語は、本明細書においてＰＣＲ法に関して使用されるとき、蛍光レベルが所定の設定閾値レベルを超えるＰＣＲサイクル数を指す。ＣＴ測定は、例えば、元の試料中のｍＲＮＡのレベルに近づけるために用いることができる。ＣＴ測定は、１つの核酸のＣＴが別の核酸のＣＴから減算される場合、「ｄＣＴ」または「ＣＴ差」スコアの用語で用いられる場合が多い。
【０１０２】
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって測定された特定の値の許容可能な誤差を意味し、この誤差は、部分的には、その値がどのように計測され、または測定されるかに左右される。特定の実施形態において、「約」または「およそ」という用語は、標準偏差が１、２、３または４以内であることを意味する。特定の実施形態において、「約」または「およそ」という用語は、所定の値または範囲の５０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％または０．０５％以内であることを意味する。
【０１０３】
本明細書で提供される実施形態の実施の際には、別段の定めのない限り、分子生物学、微生物学及び免疫学の従来の技術が採用され得、これらの技術は、当業者の技術範囲内である。このような技術は、文献に十分に説明されている。特に好適な参照用テキストの例としては、次のもの：Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｄ  ｅｄ．），１９８９；Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ，１９８５；Ｇａｉｔ，ｅｄ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，１９８４；Ｈａｍｅｓ＆Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，１９８４；Ｈａｍｅｓ＆．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ，１９８４；Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ，１９８６；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６；Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（２ｄ  ｅｄ．；Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．），１９８７；及びＷｅｉｒ  ａｎｄ  Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＶ，１９８６が挙げられる。
【０１０４】
４．３  バイオマーカー
生体マーカーまたは「バイオマーカー」は、その変化及び／または検出が、例えば、所定の治療（例えば、治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に対する、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の応答性などの特定の生体状態を示す、物質である。
【０１０５】
本出願は、部分的には、例えば、実施例のプロテオミクス試験に示されるように、特定のタンパク質のレベルが治療用化合物に応答して変化するという知見に基づく。例えば、示されるように、化合物Ａの処理に応答して上方制御される特定のタンパク質には、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１が含まれ、化合物Ａの処理に応答して下方制御される特定のタンパク質には、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８が含まれる。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるバイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＧＳＰＴ１及びＣＫ１−αからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＣＫ１−α及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。
【０１０６】
本明細書中で提供される他のバイオマーカーには、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１もしくはＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせから選択されるタンパク質が含まれる。
【０１０７】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ，ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８またはこれらの組み合わせから選択されるタンパク質である。
【０１０８】
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせから選択されるタンパク質である。
【０１０９】
一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＬＯＸ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＭＰＤ３である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＮＸＡ４である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＮＸＡ６である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＳＮＳである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＳＰＭである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＰ２Ｂ４である。別の実施形態において、バイオマーカーは、Ｂ４ＧＡＬＴ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＢＡＮＫ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＢＣＤＩＮ３Ｄである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＢＬＺＦ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＢＭＦである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＢＳＴ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ１０ｏｒｆ７６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ１９ｏｒｆ６６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡ８である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＭＳＡＰ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ６９である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＮＢ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ３６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤＣ７である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤＣＡ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＮＰＦである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＬＮ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＮＮ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＲＯ１Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＰＮＥ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＳＮＫ１Ａ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＳＲＰ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＴＮＮＤ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＴＳＨである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＡＰＫ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＤＸ５８である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＨＰＳである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＨＸ５８である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＬＧ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＬＧＡＰ５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＯＫ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＴＸ３Ｌである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＣＴ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＦＣＡＢ４Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＩＦ２ＡＫ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＰＢ４１Ｌ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＰＣＡＭである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＳＲＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＴＶ６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＸＴＬ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、Ｆ１３Ａ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１９５Ａである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ６５Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＢＲＳＬ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＣＧＲ２Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＥＳである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＨＯＤ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＩＧＮＬ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＦＭＮＬ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＢＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＭＦＧである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＭＰＲである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＰＴ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＲＡＭＤ１Ａである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＲＡＭＤ１Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＲＰＥＬ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＪＵＲＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＬＡ−Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＭＡである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＣＥＳである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＭＲである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＯＸＣ４である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＨＰＳＥである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＣＡＭ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＤ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩ３５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩＨ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩＴ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩＴ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩＴ５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＦＩＴＭ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＬ４Ｉ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＦ７である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＦ９である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＳ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＳＧ１５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＳＧ２０である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＴＧＢ７である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＪＡＫ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ１８Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ２２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ２Ｃである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＡＰ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ３ＢＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＭＤ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＰＧである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＬＰＸＮである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＮ２Ａ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＫＳである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＦＩ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＡＲＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＩＮＡである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＩＳ１８ＢＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＯＶ１０である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＰＰ７である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＵＣ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＸ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＸ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＯ１Ｇである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＣＦ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＥＩＬ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＦＫＢＩＤである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＭＥ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＭＩである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＰＩＰＢ５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＮＴ５Ｃ３Ａである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＯＡＳ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＯＡＳ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＯＡＳ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＯＭＡ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＯＲＣ６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ１４である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ９である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＶＢである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＢＫである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＢＸＩＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＫＭＹＴ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＤ４である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＥＫＨＯ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＫ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＳＣＲ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＸＮＢ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＤＸＬである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＤＸＬ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＬＥ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＭＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＦＩＢＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＲＤＭ１５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＲＮＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＡＦＲである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＭＳである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＴＧ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＹＲＯＸＤ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＱＰＲＴである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＢ１３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＳＡ４Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＳＳＦ６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＣＮ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＧＣＣである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＧＳ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＧＳ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＲＮＦ２１３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、Ｓ１００Ａ１３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＡＭＤ９Ｌである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＡＭＨＤ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＣ１４Ｌ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＨ１である。更に別の実施形態において、バイ
オマーカーは、ＳＧＯＬ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＧＯＬ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣＯ３Ａ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣＯ４Ａ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＦＮ１１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＦＮ１３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＦＮ５である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰ１１０である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰ１４０である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＮである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＲである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＴＡＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＴＡＴ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＴＡＴ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＡＣＣ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＡＰ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＡＸ１ＢＰ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＨＥＭＩＳ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＨＴＰＡである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＩＭＭ８Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＳＦ８である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＯＰ２Ａである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＰ５３Ｉ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＰＸ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＥＸ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＩＢ３である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＩＭ２２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＴＣ３９Ｃである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＴＸＮＩＰである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＵＢＡ７である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＵＢＥ２Ｌ６である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＵＳＰ４１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＶＣＬである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＶＮＮ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＺである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＷＳＢ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＷＷＣ１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ３８である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ２である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ３８５Ｂである。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ５８１である。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ６４４である。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーは、化合物の治療に応答して上方制御される。いくつかの実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、表１中のタンパク質から選択される。いくつかの実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１及びＣＲＢＮからなる群から選択される。具体的な一実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ネスチンである。別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。更に別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ＷＩＢＧである。更に別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ＣＲＢＮである。更に別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ＣＫ１−αである。更に別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。いくつかの実施形態において、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α及びＧＳＰＴ１からなる群から選択されるバイオマーカーは、化合物Ａの処理に応答して上方制御される。
【０１１１】
他の実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーは、化合物の治療に応答して下方制御される。いくつかの実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、表２中のタンパク質から選択される。いくつかの実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。具体的な一実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、ＭＶＰである。別の具体的な実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。更に別の実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。更に別の実施形態において、化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。いくつかの実施形態において、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８からなる群から選択されるバイオマーカーは、化合物Ａの処理に応答して下方制御される。
表１：化合物の治療に応答して上方制御されるバイオマーカー 
【表１】
2018525991.tif 000005
表２：化合物の治療に応答して下方制御されるバイオマーカー 
【表２】
2018525991.tif 000006
【０１１２】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、以下の表３〜６から選択されるタンパク質である。
表３  化合物Ａの処理に応答して上方制御されるタンパク質（セット１）
【表３】
2018525991.tif 000007
表４  化合物Ａの処理に応答して上方制御されるタンパク質（セット２）
【表４】
2018525991.tif 000008
表５  化合物Ａの処理に応答して下方制御されるタンパク質（セット１）
【表５】
2018525991.tif 000009
表６  化合物Ａの処理に応答して下方制御されるタンパク質（セット２）
【表６】
2018525991.tif 000010
【０１１３】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０またはこれらの組み合わせから選択されるタンパク質である。
【０１１４】
一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＳＢＮ１Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＵＬＴ１Ａ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＴＦＧ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＵＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＭＢＲＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＳＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＬＬＴ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＬＦ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ７４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＭＡＣＲである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｒｐｌｐ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ２８Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＨＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＬＢである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＴＩＨ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＰ２Ｋ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＲ２Ｃ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｒｄｘ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＸ５Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＰＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＢＫＳである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔｒａｐ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＲＦである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＮＸＡ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＹＰＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＰＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ７７０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＡＴ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＴＵ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＴＳＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｉｔｇｂ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＲＦ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｅｇ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ４Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＡＰＫ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｌａｍｐ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＨＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２９Ａ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＯＣ１００９９６５１６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＮＳＬ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔｏｌｌｉｐである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＣＯＡ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ１１ｏｒｆ５２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｖｉｍである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＨＢＤＤ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａ２Ｍである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＩＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＭ２Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｏｓｔｎである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｒｐｌ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＳＰ３０である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｎｘａ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＴＣ１３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＰＣＳである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＤＡＭ２２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＵＳＰ２３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＣＴＤ１４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｒｐｌｐ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＮＦ１２６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＰＲ３９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２５Ａ５１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＬＲＴ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｈｓｇである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＦＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＬＮ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＹＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＵＬＴ１Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｍｏｇｓである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎａ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＰＴＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＰＢＢ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔｏｐ２ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｕｃｌｇ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＴＩＨ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＺＫ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＡＣＡＭ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＱＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＲＢＢ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＧＳ１４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤＨ１６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＧＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｅｐｓ１５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＳＴＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＧＭＡＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＡＧ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＬＧ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＢＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｆｋｂｐ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｍａｃｒである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＹＭである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＳＰＡＮ３１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＲＯＤＨ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃｃｔ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＮＦ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＥＫＨＯ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＢＯＸ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎｆ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＨである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｖｃａｍ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＰＶＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｔｂｐ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａ２ｍｐである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＮＰＥＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＳＲである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｕｐｐ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｔｐ５ｃ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｍｒｐｓ２２である。
【０１１５】
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０またはこれらの組み合わせからなる群から選択されるタンパク質である。
【０１１６】
一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＧＦＢＲＡＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ１７９Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＡＲ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｅｐｘである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＣＴＤ１８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ５０Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＴ１Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＳＲＰ２ＢＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＢＡＮＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＬＩＩである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＹＰＥＬ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔａｒｓである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｄａｍ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＡ２Ｇ４Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＡＰＤＣ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＣＦ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＲＢＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＸＮＤＣ１１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ６ｏｒｆ５７である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃｏｌ１５ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＡＰＰＣ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｙｐｌ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＢＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＸＮＡ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎｕｐ３７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＰ１１Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＳＭＣＥ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＩＲＴ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＣＧ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＴＴＬ２１Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＮＢＰ１Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｇｄである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＬＫ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｅｐｓ８ｌ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＰＯＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＨＵＲＣ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＭＢＲＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｅｉｆ２ｓ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＡＢＰ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＯＶＯＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ１０ｏｒｆ１１８である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔａｒｓｌ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＬＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ５０Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ２０６Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎｄｕｆｓ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎａ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＴＨＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＡＢＰ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＬＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＥＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＥＸ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｌｔａ４ｈである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＰＮ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＳＴＫＤ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎｇ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｋａｐ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ２９２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＵＶ３９Ｈ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ７１Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＲＫ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＡＲＰ１Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＹＲＭ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ４０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＥＣＣ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＯＰＯＲＳである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＲＣＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＨＫＢである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＧＤＣＣ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１１１Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｖｐｓ３７ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＨＲＳ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ４０である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎｆ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＧＡＴ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＮＡである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＡＰ１Ｌ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ８３０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＳＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＢＴＢ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＯＬＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＡＰＢＰＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＯ５Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＫ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｇｔｐｂｐ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＡＭＴＯＲ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＥＲＦ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＦＦ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＥＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ４ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎｄｕｆａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ａｂｃｃ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＡＭＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＰＶ１７Ｌ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＡＣＡＭ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ１２０Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＮＴＰＤ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＡＧ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＧＣＢである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｇａｔａｄ２ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ３３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＰＤＲ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＢＰＭＳ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＰＢＰ１Ｌ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＮＦ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＤＩＮＳ２２０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＣＧ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＢＬＺＦ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ１６Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＧＸＢ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１２０Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＣ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＸＲＲＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｔｓｐａｎ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＬＧ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｆａｓｎである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＯＲ４Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｒｐｉｎｃ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ３８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＨＸ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｇａｋである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＣＤ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＢＩＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＰＳ５４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＰ１ＡＲである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＧＣＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＨＬ２４である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｇｍ９０６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＴＩＦ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＸｏｒｆ６７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＵＢＢ４Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＢＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎｄｕｆａ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｐｐ２ｒ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＭＭＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＤＨＨＣ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＴＲＦ１Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＣＧＲＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＭＣＲ８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＲＩＰ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎ４ＢＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＦＲＫＢである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＡＴＢ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＬＬＴ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＬ３６Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＳＰＹＬ１である。
【０１１７】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせからなる群から選択されるタンパク質である。
【０１１８】
一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＰＳ１３Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ５９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＭＡ３Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＡＴ４Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｉａｐである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＮＫ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＧＲ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＤＬＲである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＶＲ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＡ２Ｇ４Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＴ２Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＰ５Ｓ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＤ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＨＣ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１７２Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＰＸＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＴＮ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ３８Ａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＨＬＤＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＰＩＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＤＲＧ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ１４６２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＵＮＸ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＰ５５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＴＨＥ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＲＥＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＡＮＸＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＨＤＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＳである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ２０Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＲＣ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＩＭ６５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２５Ａ２９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤＣ４５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＳＢ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＫＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＸＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＬ４Ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＦ２２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＰＨＡ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＲＫＣＤＢＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＴＮＮＡＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＮＧ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＭＰ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＮＭＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＨＸ４０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＩＭＭ８Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＣＤ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＳＨ１Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｉｇｆ２ｒである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＪＡＧ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ３４Ａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＧＦＢＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＬ６ＩＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＯＦである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＢＥ２Ｅ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＫ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＥ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＲＩＭ４４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＯＴＵＢ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＯＦである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ４ｏｒｆ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＹＲ６１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＲＴ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ５６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＢＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＱＳＴＭ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＬＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＲＰＥＬ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＫＡＰ１２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＧＦＢＰ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ１４Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＬＭＤである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＧＥＳ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＰＫ１Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＺである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ４６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＩＲＰＡである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＯＳＬ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＹＢＸ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＢＥ２Ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＭＡＤ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ４Ａ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＲＢ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＪＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤ４４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ３４Ａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ０１００である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＮＬＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＮＰＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｒｋｃａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＣＤである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＮＧ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＴである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＬ１Ｌ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＩＬ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＬ６Ａ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＧＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＦＦである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＳＣ２２Ｄ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＥＧＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１６０Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＮＸである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＹＰ２７Ａ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＰＡ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＡＳＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＬＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。
【０１１９】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせからなる群から選択されるタンパク質である。
【０１２０】
一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＬＴＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＴＴＬ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＳＲＰ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＴＮ４ＩＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＡＭＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＰＬ２Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＹＴＬ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＳＰＢ１１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＰＭ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＺＧＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｈｂｂ−ｂ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＰ５Ｊである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ１８９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＪＡＧＮ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＤ１１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＯＬＴ１Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＨＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＳＴ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＯＢＯ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＧ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＸＸＣ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＤＨ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ２２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＰ５ＥＰ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ２５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＣＫ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＵＢＥ３Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＰＡＴＣＨ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓｅｃ１３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＣ１９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ５２Ａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐｒｄｘ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＵＤＴ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＥＴＮ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃｐｓｆ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＷＳＧ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＯＭＯ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＦＡＰ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＰＹ３０である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｇｍ１４１３９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＬＰＸＮである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＢ８Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｍｔ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＢ２８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＡＴ４Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＴＩＭ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＤ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ３６ＡＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＨＡＦ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ２ｏｒｆ７６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＲＰＳ１８Ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＡＰＡである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＦＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＶＮＮ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＩＫ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＰＮ１５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＥＲである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ１９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＬＯＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ８８Ｃである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＢＰ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ１９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＰＰ１９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ３７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２５Ａ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＲＰＳ２１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＴＫ１１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＸ７Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＴ５Ｅである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＲＦ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＴ５Ｃ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｎｔ５ｄｃ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＵＤＴ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｒｐｌ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ９８Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｓ１００Ａ１１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＦＳＤ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＫＢＰ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＢＩＭ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＴＤＳＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＭＥＳ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｐａｒｐ４である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＧＥＡ１０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＡＦ１５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＵＮＤＣ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＰＡＮＸＡ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＧＮ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＢＬＯＣ１Ｓ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８４Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＬＢである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ１７Ｌである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２０Ａ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＬＣ２５Ａ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＭＧＢ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＩＧＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ１３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＡＢ４Ｂである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＴ２Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＦＮ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＣＯ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＴ−ＡＴＰ８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＹＯ１Ｆである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＡＢＬＥＳ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ２８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＫ５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ１８Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ１５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ１３Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＮＭ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＧＳＴ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＭＥＭ２２２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＳＧである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＢＣＫＤＫである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＭＥ７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＨＳＰ９０Ｂ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＰ５Ｉである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＢＴＦ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＳＮＲＰＦである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＤＡＰ３である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＮＤＵＦＢ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＯＸ１７である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＳ２９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＰＧＰＥＰ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＥＤ１８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＭＲＰＬ９である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＥＢ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＤＨＨＣ２０である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ１６２Ａである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＣＹＣ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＰＬ３５である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＲＮＦ１６６である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｒｐｌ１８である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＴＢＣ１Ｄ１２である。一実施形態において、バイオマーカーは、Ｋｘｄ１である。一実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＯＡＳＬである。一実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。
【０１２１】
本開示はまた、部分的には、ＺＦＰ９１が、固形腫瘍細胞株、例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭにおいて、本明細書中で提供される治療用化合物による治療に応答して下方制御されるという発見に基づく。したがって、具体的な一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。ＺＦＰ９１ジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ９１）は、転写因子に特徴的な構造モチーフを有する６３．４ｋＤａの核タンパク質をコードし、様々な細胞種で偏在的に発現され、高度に保存されていることが知られている。Ｐａｓｃｈｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐａｔｈｏｌ  Ｏｎｃｏｌ  Ｒｅｓ．，２０１３，２０：４５３−４５９．ＺＦＰ９１は、非定型Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼとして認識され、ＭＡＰ３Ｋ１４のＫ６３結合ユビキチン化を媒介する。同上。また、ＺＦＰ９１は、様々な癌と関係することが示されている。例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）患者に由来する単核細胞及び多くの新生物性血管細胞株において、ＺＦＰ９１発現が上方制御されることがわかっている。加えて、ＺＦＰ９１の機能は、細胞アポトーシス率に関連することが示されている。同上。更に、ＺＦＰ９１は、ＡＲＦ腫瘍抑制因子（サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ、アイソフォーム４）、フォン・ヒッペル・リンドウ腫瘍抑制因子（ｐＶＨＬ）及び低酸素誘導因子１α（ＨＩＦ−１α）と相互作用することが示されている。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１タンパク質のアイソフォームである。
【０１２２】
本開示はまた、部分的には、セレブロン（ＣＲＢＮ）が、固形腫瘍細胞株、例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭにおいて、本明細書中で提供される治療用化合物による治療に応答して上方制御されるという発見に基づく。したがって、別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。ＣＲＢＮは、植物からヒトまで保存されている４４２アミノ酸のタンパク質である。ヒトにおいて、ＣＲＢＮ遺伝子は、常染色体劣性非症候群性精神遅滞（ＡＲＮＳＭＲ）の候補遺伝子として同定された。Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｊ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００４，６３：１９２７−１９３１を参照されたい。ＣＲＢＮは、当初、ラット脳内でカルシウム活性化カリウムチャネルタンパク質（ＳＬＯ１）と相互作用する、ＲＧＳを含有する新しいタンパク質として特徴付けられ、後に、網膜内でＡＭＰＫ７及びＤＤＢ１とともに電位依存性塩素チャネル（ＣＩＣ−２）と相互作用することが示された。Ｊｏ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ，２００５，９４：１２１２−１２２４；Ｈｏｈｂｅｒｇｅｒ  Ｂ．ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ，２００９，５８３：６３３−６３７；Ａｎｇｅｒｓ  Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００６，４４３：５９０−５９３を参照されたい。ＤＤＢ１は、元々、損傷ＤＮＡ結合タンパク質２（ＤＤＢ２）に会合するヌクレオチド除去修復タンパク質として同定された。その活性欠損は、色素性乾皮症の相補性Ｅ群（ＸＰＥ）の患者において、修復欠損を引き起こす。ＤＤＢ１はまた、標的タンパク質のユビキチン化と、それに続くプロテアソーム分解を媒介する、多数の異なるＤＣＸ（ＤＤＢ１−ＣＵＬ４−Ｘ−ボックス）Ｅ３ユビキチンタンパク質リガーゼ複合体の構成要素として機能すると考えられている。ＣＲＢＮもまた、大脳皮質の疾患に対する治療剤の開発の標的として同定された。ＷＯ２０１０／１３７５４７Ａ１を参照されたい。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮのアイソフォームである。
【０１２３】
特定の実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。特定の実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１及びＷＩＢＧのｍＲＮＡである。特定の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１またはＺＮＦ１９８のｍＲＮＡである。
【０１２４】
特定の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１もしくはＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１２５】
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ，ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１２６】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１２７】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１２８】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。 
【０１２９】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１３０】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせのｍＲＮＡである。
【０１３１】
具体的な一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３ＨのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４のｍＲＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２のｍＲＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸのｍＲＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６ＤのｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１のｍＲＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αのｍＲＮＡである。
【０１３２】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１もしくはＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。
【０１３３】
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ，ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。
【０１３４】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。
【０１３５】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。 
【０１３６】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。 
【０１３７】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＪＡＧ１、ＩＫＢＫＥ、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。
【０１３８】
更に他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。
【０１３９】
具体的な一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮのｃＤＮＡである。特定の実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８またはこれらの組み合わせのｃＤＮＡである。特定の実施形態において、バイオマーカーは、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、及びＷＩＢＧのｃＤＮＡである。特定の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３ＨのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４のｃＤＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２のｃＤＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸのｃＤＮＡである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６ＤのｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１のｃＤＮＡである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αのｃＤＮＡである。
【０１４０】
いくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーのレベルは、治療（例えば、治療用化合物、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に対する、疾患（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の応答性と相関するか、それを示す。
【０１４１】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｍＲＮＡである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ｃＤＮＡである。バイオマーカーのレベルは、本明細書で提供される方法を使用して測定することができる。
【０１４２】
他の実施形態において、バイオマーカーは、タンパク質である。バイオマーカーがポリペプチド、タンパク質またはペプチドである場合、バイオマーカーのレベルは、タンパク質レベル、ｍＲＮＡレベルまたはバイオマーカーの酵素活性を測定することによって計測することができる。バイオマーカーのレベルは、本明細書中で提供される方法を使用して測定することができる。
【０１４３】
参照レベルは、複数の方法によって測定することができる。いくつかの実施形態において、参照レベルは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象が、参照レベルを上回るバイオマーカーレベルを有するかどうかに基づいて、治療判断がなされるものである。参照レベルよりも高いバイオマーカーレベルを有する対象は、参照レベルよりも低いバイオマーカーレベルを有する対象とは、治療に対する応答性の確率が異なる。特定の実施形態において、参照レベルは、対象に由来する生体試料と一緒に同時に計測される。いくつかの実施形態において、参照レベルは、予め決められている。
【０１４４】
いくつかの実施形態において、参照レベルは、固形腫瘍細胞を含有しない、同一対象に由来する試料から測定される。他の実施形態において、参照レベルは、固形腫瘍細胞を含有しない、対象群に由来する試料から測定される。更に他の実施形態において、参照レベルは、固形腫瘍を有しない対象群に由来する試料から測定される。バイオマーカーのレベル上昇またはレベル低下は、治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）による治療に対する、対象の応答性の向上と肯定的に相関する。
【０１４５】
いくつかの実施形態において、対照試料は、同一対象に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。他の実施形態において、対照試料は、同一対象に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない肝細胞の試料である。他の実施形態において、対照試料は、対象群に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。他の実施形態において、対照試料は、対象群に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない肝細胞の試料である。更に他の実施形態において、対照試料は、固形腫瘍を有しない対象に由来する試料である。更に他の実施形態において、対照試料は、固形腫瘍を有しない対象に由来する肝細胞の試料である。更に他の実施形態において、対照試料は、固形腫瘍を有しない対照群に由来する試料である。更に他の実施形態において、対照試料は、固形腫瘍を有しない対象群に由来する肝細胞の試料である。対照試料のレベルと比較した１つ以上のバイオマーカーのレベル上昇またはレベル低下は、治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）による治療に対する、対象の応答性の向上と肯定的に相関する。
【０１４６】
いくつかの実施形態において、参照は、化合物による治療を受けていない第２の腫瘍細胞を使用することによって調製される。他の実施形態において、参照は、患者に治療用化合物を投与する前に対象から得た第２の試料を使用することによって調製され、その第２の試料は、試料と同じ由来源である。更に他の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た第２の試料を使用することによって調製され、その第２の試料は、試料と同じ由来源である。
【０１４７】
いくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーは、個別に測定される。他の実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーのうちの２つ以上が同時に測定される。例えば、図８に示すように、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１のレベルは、ウェスタンブロット分析において、化合物Ａの処理に応答して変化する。したがって、いくつかの実施形態において、患者を選択し、応答性を予測し、または患者の応答をモニタリングするために、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーが測定される。
【０１４８】
いくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーの核酸またはポリペプチドのレベルは、対象に由来する生体試料、例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ細胞を含有する対象由来試料で計測される。他の実施形態において、アフィニティー結合アッセイを使用してバイオマーカーポリペプチドのレベルを計測する。本明細書で提供される方法での使用に適用できるアフィニティー結合アッセイには、可溶相アッセイと固相アッセイの両方が含まれる。
【０１４９】
可溶相アフィニティー結合アッセイの一例は、バイオマーカーに結合する物質、例えば、バイオマーカーポリペプチドに反応性である抗体を使用する免疫沈降である。固相アフィニティー結合アッセイの例には、免疫組織化学結合アッセイ及びイムノアフィニティー結合アッセイが挙げられる。イムノアフィニティー結合アッセイの例には、免疫組織化学法、イムノブロット法、ＥＬＩＳＡ及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５０】
本明細書で提供される方法に有用な抗体には、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体が含まれる。本明細書で提供される方法に有用な抗体には、天然抗体だけでなく、非天然抗体、例えば、一本鎖抗体、キメラ抗体、二機能性抗体、ヒト化抗体及びその抗原結合断片も含まれる。
【０１５１】
生体試料は、肝臓組織、または血液、血清もしくは尿などの体液であってよい。特定の実施形態において、対象に由来する細胞の試料は、生検によって得られる。バイオマーカーのレベルが測定されたら、この値を、その試料が得られた対象の臨床データ、例えば、所定の治療に対する対象の応答性と相関付けることができる。
【０１５２】
いくつかの実施形態において、対象に由来する細胞の試料は、生検によって得られる。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのうち、１つのレベルのみがモニタリングされる。他の実施形態において、バイオマーカーのうち、２つ以上のレベルが同時にモニタリングされる。
【０１５４】
４．３．１  治療に適した対象を特定するためのバイオマーカーの使用
所定の治療（例えば、治療用化合物、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に応答する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象において、特定のバイオマーカーの検出可能な上昇または低下が観察されるという知見に部分的に基づき、これらのバイオマーカーのレベルを使用して、本明細書中で提供される治療用化合物による治療に適した、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定することができる。
【０１５５】
一態様において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法が本明細書で提供される。
【０１５６】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１５７】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１５８】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１５９】
特定の実施形態において、本明細書で提供される方法は、本明細書中で提供される治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）による治療と併用される。
【０１６０】
したがって、別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法である。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１６１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１６２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１６３】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、及びＷＩＢＧからなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８からなる群から選択される。
【０１６４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択される。
【０１６５】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８からなる群から選択される。
【０１６６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択される。
【０１６７】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択される。
【０１６８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択される。
【０１６９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。
【０１７０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。
【０１７１】
特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。例えば、本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーが測定される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの具体的な実施形態において、ＺＦＰ９１と、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される１つ以上の更なるバイオマーカーとが測定される。
【０１７２】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、化合物の治療、例えば、化合物Ａによる治療に応答して上昇する。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、化合物の治療、例えば、化合物Ａによる治療に応答して低下する。具体的な一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。
【０１７３】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。更に別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。更に別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。
【０１７４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、１つのみのバイオマーカーのレベルが測定される。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、２、３、４、５個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルが測定される。
【０１７５】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、表１、表２、表３、表４、表５及び／または表６に定めるバイオマーカーの２つ以上が計測され、参照試料と比較される。いくつかの実施形態において、２つ以上のバイオマーカーは、表１、表３及び／または表４中に示されるものであり、バイオマーカーのレベルは、参照のバイオマーカーのレベルと比較して上昇している。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、２つ以上のバイオマーカーは、表２、表５及び／または表６中に示されるものであり、バイオマーカーのレベルは、参照のバイオマーカーと比較して低下している。本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、１つ以上のバイオマーカーは、表１、表３及び／または表４中に示されるものであり、１つ以上のバイオマーカーは、表２、表５及び／または表６中に示されるものであり、いくつかのバイオマーカーのレベルは、参照と比較して上昇しており、いくつかのバイオマーカーのレベルは、参照と比較して低下している。
【０１７６】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０１７７】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを測定することによって計測される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルは、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルは、定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される。
【０１７８】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを測定することによって計測される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルは、ＰＣＲによって測定される。
【０１７９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを測定することによって計測される。
【０１８０】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを更に含む。
【０１８１】
一実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０１８２】
別の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）第１の抗体に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０１８３】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、化合物による臨床応答を予測し、臨床応答をモニタリングし、または投薬に対する患者のコンプライアンスをモニタリングする目的で、ＺＦＰ９１のレベルまたは固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）内のＺＦＰ９１の発現レベルに基づいて、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象群を選択することを含む。実施例に示すように、ＺＦＰ９１タンパク質は、種々の化合物による治療に応答して、分解する。したがって、ＺＦＰ９１のレベル低下を使用して、種々の化合物による治療に応答する可能性が高い対象を特定すること、及び／または化合物による更なる治療により対象から応答性が得られるかどうかを予測することができる。
【０１８４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に応答する可能性が高い患者を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）試料中のＺＦＰ９１のレベルを測定することと、 
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１のレベルが、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１８５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、 
（ｂ）ＺＦＰ９１のレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のＺＦＰ９１のレベルが、ＺＦＰ９１の参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１８６】
いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの９０％未満である。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの８０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの７０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの６０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの５０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの４０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの３０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの２０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの１０％未満である。
【０１８７】
いくつかの実施形態において、ＺＦＰ９１のタンパク質レベルが測定される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、ＺＦＰ９１タンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、ＺＦＰ９１に免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、ＺＦＰ９１タンパク質のうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＺＦＰ９１タンパク質の量を測定することとを更に含む。他の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＺＦＰ９１タンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０１８８】
いくつかの実施形態において、ＺＦＰ９１のｍＲＮＡレベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料からｍＲＮＡを抽出することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＣＲを使用してＺＦＰ９１のｍＲＮＡレベルを測定することを更に含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＲは、ＲＴ−ＰＣＲである。
【０１８９】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成することを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ＰＣＲを実施して、ＺＦＰ９１を示しているｃＤＮＡを定量することを更に含む。
【０１９０】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０１９１】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、化合物による臨床応答を予測し、臨床応答をモニタリングし、または投薬に対する患者のコンプライアンスをモニタリングする目的で、ＣＲＢＮのレベルまたは固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）内のＣＲＢＮの発現レベルに基づいて、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象群を選択することを含む。実施例に示すように、ＣＲＢＮタンパク質レベルは、ＨＣＣまたはＧＢＭ細胞株における種々の化合物による治療に応答して、上昇する。したがって、ＣＲＢＮのレベル上昇を使用して、種々の化合物による治療に応答する可能性が高い対象を特定すること、及び／または化合物による更なる治療により対象から応答性が得られるかどうかを予測することができる。
【０１９２】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高い患者を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）試料中のＣＲＢＮのレベルを測定することと、 
（ｄ）試料中のＣＲＢＮのレベルが、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１９３】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）ＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のＣＲＢＮのレベルが、ＣＲＢＮの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０１９４】
いくつかの実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも１０％大きい。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも２０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも３０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも４０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも５０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも６０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも７０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルの８０％である。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも９０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮレベルの２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍である。
【０１９５】
いくつかの実施形態において、ＣＲＢＮのタンパク質レベルが測定される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、ＣＲＢＮタンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、ＣＲＢＮに免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、ＣＲＢＮタンパク質のうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＣＲＢＮタンパク質の量を測定することとを更に含む。他の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＣＲＢＮタンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０１９６】
いくつかの実施形態において、ＣＲＢＮのｍＲＮＡレベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料からｍＲＮＡを抽出することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＣＲを使用してＣＲＢＮのｍＲＮＡレベルを測定することを更に含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＲは、ＲＴ−ＰＣＲである。
【０１９７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成することを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ＰＣＲを実施して、ＣＲＢＮを示しているｃＤＮＡを定量することを更に含む。
【０１９８】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０１９９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１及びＣＲＢＮである。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、化合物による臨床応答を予測し、臨床応答をモニタリングし、または投薬に対する患者のコンプライアンスをモニタリングする目的で、ＺＦＰ９１及びＣＲＢＮのレベルまたは固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）内のＺＦＰ９１及びＣＲＢＮの発現レベルに基づいて、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象群を選択することを含む。いくつかの実施形態において、ＣＲＢＮのレベル上昇及びＺＦＰ９１のレベル低下を使用して、種々の化合物による治療に応答する可能性が高い対象を特定すること、及び／または化合物による更なる治療により対象から応答性が得られるかどうかを予測することができる。
【０２００】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に応答する可能性が高い対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）試料中のＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルを測定することと、 
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１のレベルが、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルよりも低く、試料中のＣＲＢＮのレベルが、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０２０１】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）試料中のＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｃ）試料中のＺＦＰ９１のレベルが、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルよりも低く、試料中のＣＲＢＮのレベルが、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。
【０２０２】
いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの９０％未満である。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの８０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの７０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの６０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの５０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの４０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの３０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの２０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの１０％未満である。
【０２０３】
いくつかの実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも１０％大きい。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも２０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも３０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも４０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも５０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも６０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも７０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルの８０％である。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも９０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮレベルの２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍である。
【０２０４】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０２０５】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。他の実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、ポマリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【０２０６】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。
【０２０７】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、サリドマイドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。他の実施形態において、バイオマーカーは、レナリドミドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ポマリドミドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。他の実施形態において、バイオマーカーは、化合物Ａによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。更に他の実施形態において、バイオマーカーは、化合物Ｂによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。
【０２０８】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ａによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に応答する可能性が高い対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ａを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２０９】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ａに応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）化合物Ａに応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の化合物Ａを投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２１０】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２１１】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０２１２】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０２１３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２１４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２１５】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２１６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２１７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ｂによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に応答する可能性が高い対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ｂを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ｂに応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２１８】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ｂに応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）化合物Ｂに応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の化合物Ｂを投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２１９】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２２０】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０２２１】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０２２２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２２３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２２４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２２５】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２２６】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、レナリドミドによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に応答する可能性が高い対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象にレナリドミドを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、 
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、レナリドミドに応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２２７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、レナリドミドに応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）レナリドミドに応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量のレナリドミドを投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２２８】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２２９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０２３０】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０２３１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２３２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２３３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２３４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０２３５】
いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫（ＧＢＭ）；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肝臓癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。他の実施形態において、固形腫瘍は、脳癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２３６】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、ＨＣＣを有する対象を特定する方法であって、
（ａ）ＨＣＣを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０２３７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＣＣを治療する方法であって、
（ａ）ＨＣＣを有する対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。
【０２３８】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２３９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ａである。
【０２４０】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ｂである。
【０２４１】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態���おいて、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物はレナリドミドである。
【０２４２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２４３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２４４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２４５】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２４６】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、ＧＢＭを有する対象を特定する方法であって、
（ａ）ＧＢＭを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０２４７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＧＢＭを治療する方法であって、
（ａ）ＧＢＭを有する対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。
【０２４８】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２４９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ａである。
【０２５０】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ｂである。
【０２５１】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態���おいて、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物はレナリドミドである。
【０２５２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２５３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２５４】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２５５】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０２５６】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、治療用化合物に応答する可能性が高い患者に投与される。特定の実施形態において、化合物は、約０．１ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約２０ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約５ｍｇ／日〜約２５ｍｇ／日の用量で患者に投与される。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１０ｍｇ／日の用量で患者に投与される。特定の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。
【０２５７】
他の実施形態において、治療用化合物は、約０．１ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、１．５ｍｇ、２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、３．５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．５ｍｇ、５ｍｇ、５．５ｍｇ、６ｍｇ、６．５ｍｇ、７ｍｇ、７．５ｍｇ、８ｍｇ、８．５ｍｇ、９ｍｇ、９．５ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、３０ｍｇ、３５ｍｇ、４０ｍｇ、４５ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇまたは１００ｍｇ／日の用量で投与される。
【０２５８】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、１日１回投与される。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、１日２回投与される。特定の実施形態において、治療用化合物は、患者に周期的に投与される。サイクル療法は、一定期間の活性薬剤の投与と、それに続く一定期間の休薬を伴い、この順次投与を繰り返すものである。したがって、いくつかの実施形態において、２８日の反復サイクルの１〜１２日目に、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の治療用化合物が投与される。具体的な一実施形態において、２８日の反復サイクルの１〜１２日目に、２５ｍｇの治療用化合物が１日１回投与される。
【０２５９】
任意の特定の対象について記載される治療用化合物の具体的な用量レベルは、使用される具体的な化合物の活性、患者の年齢、体重、全般的な健康状態、性別及び食生活、投与時間、排泄速度、治療用化合物の組み合わせ、ならびに治療すべき腫瘍の重症度、ならびに投与形態を含む、種々の要因に依存することが理解されよう。また、当業者であれば、これらの要因に基づいて、治療用化合物の適切な用量を容易に決定できることも理解されよう。治療用量は、一般に、安全性及び有効性を最適化するために調節され得る。
【０２６０】
治療用化合物は、当該技術分野において知られている任意の投与経路、例えば、経口投与、静脈内投与、皮下投与または粘膜内投与によって投与することができる。一実施形態において、レナリドミドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、化合物Ａもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、サリドマイドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、ポマリドミドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、化合物Ｂもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。経口製剤は、錠剤またはカプセル剤であってよい。いくつかの実施形態において、製剤は、錠剤である。いくつかの他の実施形態において、製剤は、カプセル剤である。
【０２６１】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定される。例えば、本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーが測定される。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＣＲＢＮであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＦＰ９１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの具体的な実施形態において、ＺＦＰ９１と、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される１つ以上の更なるバイオマーカーとが測定される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＣＫ１−αであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＧＳＰＴ１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＫＡＴ１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはネスチンであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＷＩＢＧであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＦＡＭ８３Ｈであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＫＬＣ４であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＩＧ３であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＩＫＢＫＥであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＧＡＬＳ２であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＧＡＬＳ９であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＭＶＰであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＰＡＲＰ４であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＮＦ１９８であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＭＹＭ１９８であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＥＨＭＴ２であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＧＬＲＸであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＳＤＳＬであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＰＤＥ６Ｄであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。
【０２６２】
したがって、いくつかの具体的な実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０２６３】
いくつかの実施形態において、方法は、ＺＦＰ９１のレベルと、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される１つ以上のマーカーのレベルとを測定することを含む。
【０２６４】
いくつかの実施形態において、方法は、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することを更に含む。
【０２６５】
４．３．２  有効性を予測またはモニタリングするためのバイオマーカーの使用
所定の治療（例えば、治療用化合物、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に応答する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象において、特定のバイオマーカーの検出可能な上昇または低下が観察されるという知見に部分的に基づき、これらのバイオマーカーのレベルを使用して、治療に対する対象の応答性を予測することができる。
【０２６６】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法である。
【０２６７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の治応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２６８】
他の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２６９】
更に他の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２７０】
更に別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２７１】
他の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１、表３及び表４に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２７２】
更に他の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表２、表５及び表６に定めるバイオマーカーならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２７３】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８及びＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）からなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、及びＷＩＢＧからなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８及びＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）からなる群から選択される。
【０２７４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択される。
【０２７５】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８からなる群から選択される。
【０２７６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択される。
【０２７７】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択される。
【０２７８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択される。
【０２７９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。
【０２８０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択される。
【０２８１】
特定の実施形態において、上記のバイオマーカーのうちの２つ以上の任意の組み合わせも企図される。
【０２８２】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、化合物の治療、例えば、化合物Ａによる治療に応答して上昇する。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、化合物の治療、例えば、化合物Ａによる治療に応答して低下する。具体的な一実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。
【０２８３】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。更に別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。更に別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。
【０２８４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、１つのみのバイオマーカーのレベルが測定される。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、２、３、４、５個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルが測定される。
【０２８５】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、表１、表２、表３、表４、表５及び／または表６に定めるバイオマーカーの２つ以上が計測され、参照試料と比較される。いくつかの実施形態において、２つ以上のバイオマーカーは、表１、表３及び表４中に示されるものであり、バイオマーカーのレベルは、参照のバイオマーカーのレベルと比較して上昇している。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、２つ以上のバイオマーカーは、表２、表５及び表６中に示されるものであり、バイオマーカーのレベルは、参照のバイオマーカーと比較して低下している。本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、１つ以上のバイオマーカーは、表１、表３及び／または表４中に示されるものであり、１つ以上のバイオマーカーは、表２、表５及び／または表６中に示されるものであり、いくつかのバイオマーカーのレベルは、参照と比較して上昇しており、いくつかのバイオマーカーのレベルは、参照と比較して低下している。
【０２８６】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０２８７】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを測定することによって計測される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルは、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルは、定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）によって測定される。
【０２８８】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを測定することによって計測される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルは、ＰＣＲによって測定される。
【０２８９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーのうちの１つ以上のレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを測定することによって計測される。
【０２９０】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを更に含む。
【０２９１】
一実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０２９２】
別の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）第１の抗体に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてバイオマーカータンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０２９３】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＺＦＰ９１のレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１のレベルが、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２９４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＺＦＰ９１のレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１のレベルを、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０２９５】
いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの９０％未満である。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの８０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの７０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの６０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの５０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの４０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの３０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの２０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの１０％未満である。
【０２９６】
いくつかの実施形態において、ＺＦＰ９１のタンパク質レベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、ＺＦＰ９１タンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、ＺＦＰ９１に免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、ＺＦＰ９１タンパク質のうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＺＦＰ９１タンパク質の量を測定することとを更に含む。他の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＺＦＰ９１タンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０２９７】
いくつかの実施形態において、ＺＦＰ９１のｍＲＮＡレベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料からｍＲＮＡを抽出することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＣＲを使用してＺＦＰ９１のｍＲＮＡレベルを測定することを更に含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＲは、ＲＴ−ＰＣＲである。
【０２９８】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成することを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ＰＣＲを実施して、ＺＦＰ９１を示しているｃＤＮＡを定量することを更に含む。
【０２９９】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３００】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＣＲＢＮのレベルが、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３０１】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＣＲＢＮのレベルを、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３０２】
いくつかの実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも１０％大きい。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも２０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも３０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも４０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも５０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも６０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも７０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルの８０％である。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも９０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮレベルの２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍である。
【０３０３】
いくつかの実施形態において、ＣＲＢＮのタンパク質レベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料中のタンパク質を、ＣＲＢＮタンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、ＣＲＢＮに免疫特異的に結合し、かつ、第２の抗体は、ＣＲＢＮタンパク質のうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＣＲＢＮタンパク質の量を測定することとを更に含む。他の実施形態において、本明細書で提供される方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を含む第２の抗体と接触させることであって、ここで、第２の抗体は、第１の抗体に免疫特異的に結合する、接触させることと、（ｉｉ）タンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づいてＣＲＢＮタンパク質の量を測定することとを更に含む。
【０３０４】
いくつかの実施形態において、ＣＲＢＮのｍＲＮＡレベルが計測される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、試料からｍＲＮＡを抽出することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＣＲを使用してＣＲＢＮのｍＲＮＡレベルを測定することを更に含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＲは、ＲＴ−ＰＣＲである。
【０３０５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成することを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ＰＣＲを実施して、ＣＲＢＮを示しているｃＤＮＡを定量することを更に含む。
【０３０６】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３０７】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１及びＣＲＢＮである。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１のレベルが、参照試料から得たＺＦＰ９１のレベルよりも低く、試料中のＣＲＢＮのレベルが、参照試料から得たＣＲＢＮのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３０８】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルを、参照試料から得たＺＦＰ９１とＣＲＢＮのレベルと比較することであって、参照と比較したときのＺＦＰ９１のレベルの低下及び参照と比較したときのＣＲＢＮのレベルの上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。
【０３０９】
いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの９０％未満である。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの８０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの７０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの６０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの５０％未満である。他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの４０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの３０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの２０％未満である。更に他の実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＺＦＰ９１のレベルの１０％未満である。
【０３１０】
いくつかの実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも１０％大きい。いくつかの実施形態において、試料中のＺＦＰ９１のレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも２０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも３０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも４０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも５０％大きい。他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも６０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも７０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルの８０％である。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮのレベルよりも９０％大きい。更に他の実施形態において、試料中のＣＲＢＮのレベルは、参照のＣＲＢＮレベルの２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍である。
【０３１１】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＨＣＣである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ａであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｂであり、固形腫瘍はＧＢＭである。いくつかの実施形態において、治療用化合物はレナリドミドであり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３１２】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。他の実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、ポマリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。更に他の実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【０３１３】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。
【０３１４】
一実施形態において、バイオマーカーは、サリドマイドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。一実施形態において、バイオマーカーは、レナリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。別の実施形態において、バイオマーカーは、ポマリドミドもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、化合物Ａもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。更に別の実施形態において、バイオマーカーは、化合物Ｂもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療の有効性を予測及び／またはモニタリングするために使用される。
【０３１５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ａに対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ａを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ａによる固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３１６】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ａによる対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ａを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける化合物Ａの有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３１７】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３１８】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０３１９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３２０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３２１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３２２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３２３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３２４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ｂに対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ｂを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定ことと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、化合物Ｂによる固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３２５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、化合物Ｂによる対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に化合物Ｂを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける化合物Ｂの有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３２６】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３２７】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０３２８】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３２９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３３０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３３１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３３２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３３３】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、レナリドミドに対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象にレナリドミドを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、レナリドミドによる固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３３４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、レナリドミドによる対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象にレナリドミドを投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおけるレナリドミドの有効性を示す、比較することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３３５】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３３６】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＨＣＣである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＨＣＣである。
【０３３７】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、固形腫瘍はＧＢＭである。本明���書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、固形腫瘍はＧＢＭである。
【０３３８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３３９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３４０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３４１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、固形腫瘍はＨＣＣまたはＧＢＭである。
【０３４２】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのレベルは、固形腫瘍の治療（例えば、本明細書で提供される治療用化合物による治療）に対する対象の応答性を予測するために、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイで計測され、これは、対象から細胞の試料を得ることと、治療用化合物の存在下または非存在下で細胞を培養することと、バイオマーカーのレベルについて細胞を試験することとを含み、治療用化合物の存在下でのバイオマーカーのレベル上昇またはレベル低下が、治療用化合物に対する対象の応答性の可能性を示す。
【０３４３】
いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫（ＧＢＭ）；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肝臓癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。他の実施形態において、固形腫瘍は、脳癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３４４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、ＨＣＣを有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）ＨＣＣを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物によるＨＣＣの治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０３４５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象のＨＣＣの治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）ＨＣＣを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象のＨＣＣを治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。
【０３４６】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３４７】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ａである。
【０３４８】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ｂである。
【０３４９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態���おいて、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物はレナリドミドである。
【０３５０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３５１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３５２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３５３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３５４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、ＧＢＭを有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）ＧＢＭを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物によるＧＢＭの治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０３５５】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象のＧＢＭの治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）ＧＢＭを有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のバイオマーカーのレベルを測定することであって、そのバイオマーカーが、表１〜６に定めるバイオマーカー及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象のＧＢＭを治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。
【０３５６】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択される。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１である。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１である。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３Ｈである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６Ｄである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２である。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３５７】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ａである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ａである。
【０３５８】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細���で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物は化合物Ｂである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物は化合物Ｂである。
【０３５９】
本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーはＣＲＢＮであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーはＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１−αであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＳＰＴ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはネスチンであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＷＩＢＧであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭＶＰであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＮＦ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＺＭＹＭ１９８であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＭ８３Ｈであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＫＬＣ４であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＨＭＴ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＬＲＸであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＤＳＬであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＩＧ３であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＢＫＥであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態���おいて、バイオマーカーはＰＤＥ６Ｄであり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ２であり、治療用化合物はレナリドミドである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＬＧＡＬＳ９であり、治療用化合物はレナリドミドである。
【０３６０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーはＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３６１】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３６２】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３６３】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択され、治療用化合物はサリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ａである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、化合物Ｂである。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、レナリドミドである。
【０３６４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、治療用化合物に応答する可能性が高い患者に投与される。特定の実施形態において、化合物は、約０．１ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約２０ｍｇ／日の用量で患者に投与される。他の実施形態において、治療用化合物は、約５ｍｇ／日〜約２５ｍｇ／日の用量で患者に投与される。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１０ｍｇ／日の用量で患者に投与される。特定の実施形態において、治療用化合物は、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の用量で患者に投与される。
【０３６５】
他の実施形態において、治療用化合物は、約０．１ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、１．５ｍｇ、２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、３．５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．５ｍｇ、５ｍｇ、５．５ｍｇ、６ｍｇ、６．５ｍｇ、７ｍｇ、７．５ｍｇ、８ｍｇ、８．５ｍｇ、９ｍｇ、９．５ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、３０ｍｇ、３５ｍｇ、４０ｍｇ、４５ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇまたは１００ｍｇ／日の用量で投与される。
【０３６６】
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、１日１回投与される。いくつかの実施形態において、治療用化合物は、１日２回投与される。特定の実施形態において、治療用化合物は、患者に周期的に投与される。サイクル療法は、一定期間の活性薬剤の投与と、それに続く一定期間の休薬を伴い、この順次投与を繰り返すものである。したがって、いくつかの実施形態において、２８日の反復サイクルの１〜１２日目に、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の治療用化合物が投与される。具体的な一実施形態において、２８日の反復サイクルの１〜１２日目に、２５ｍｇの治療用化合物が１日１回投与される。
【０３６７】
任意の特定の対象について記載される治療用化合物の具体的な用量レベルは、使用される具体的な化合物の活性、患者の年齢、体重、全般的な健康状態、性別及び食生活、投与時間、排泄速度、治療用化合物の組み合わせ、ならびに治療すべき腫瘍の重症度、ならびに投与形態を含む、種々の要因に依存することが理解されよう。また、当業者であれば、これらの要因に基づいて、治療用化合物の適切な用量を容易に決定できることも理解されよう。治療用量は、一般に、安全性及び有効性を最適化するために調節され得る。
【０３６８】
治療用化合物は、当該技術分野において知られている任意の投与経路、例えば、経口投与、静脈内投与、皮下投与または粘膜内投与によって投与することができる。一実施形態において、レナリドミドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、化合物Ａもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、サリドマイドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、ポマリドミドもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。一実施形態において、化合物Ｂもしくはその立体異性体；またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物；またはその多形体が患者に経口投与される。経口製剤は、錠剤またはカプセル剤であってよい。いくつかの実施形態において、製剤は、錠剤である。いくつかの他の実施形態において、製剤は、カプセル剤である。
【０３６９】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定される。例えば、本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＣＲＢＮ及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーが測定される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＣＲＢＮであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＦＰ９１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの具体的な実施形態において、ＺＦＰ９１と、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される１つ以上の更なるバイオマーカーとが測定される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＣＫ１−αであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＧＳＰＴ１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＫＡＴ１であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはネスチンであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＷＩＢＧであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＦＡＭ８３Ｈであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＫＬＣ４であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＩＧ３であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＩＫＢＫＥであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＧＡＬＳ２であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＬＧＡＬＳ９であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＭＶＰであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＰＡＲＰ４であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＮＦ１９８であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＺＭＹＭ１９８であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＥＨＭＴ２であり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＧＬＲＸであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＳＤＳＬであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、少なくとも２つのバイオマーカーのレベルが測定され、バイオマーカーの１つはＰＤＥ６Ｄであり、少なくとも他のバイオマーカーは表１〜６から選択される。
【０３７０】
したがって、いくつかの具体的な実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。
【０３７１】
他の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から独立して選択される２つ以上のバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較することであって、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、比較することとを含む、方法である。
【０３７２】
いくつかの実施形態において、方法は、ＺＦＰ９１のレベルと、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＰＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＩＫＢＫＥ、ＣＫ１−α、ＰＤＥ６Ｄ、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１及びＧＳＰＴ１からなる群から選択される１つ以上のマーカーのレベルとを測定することを含む。
【０３７３】
いくつかの実施形態において、方法は、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することを更に含む。
【０３７４】
４．３．３  治療に適した対象を特定するためのバイオマーカーとしてのｍＲＮＡの使用
所定の治療（例えば、治療用化合物、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に応答する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象において、特定のｍＲＮＡの検出可能な上昇または低下が観察されるという知見に部分的に基づき、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを使用して、本明細書で提供される治療用化合物による治療に適した、固形腫瘍を有する対象を特定することができる。
【０３７５】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３７６】
別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３７７】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３７８】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３７９】
特定の実施形態において、参照レベルは、同一対象に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料から測定される。特定の実施形態において、参照レベルは、対象群に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料から測定される。
【０３８０】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８１】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８２】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８３】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８４】
特定の実施形態において、対照試料は、同一対象に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。特定の実施形態において、対照試料は、対象群に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。
【０３８５】
したがって、一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対象に由来する対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８６】
別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対象に由来する対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８７】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象に由来する対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８８】
更に別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象に由来する対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することとを含み、対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象は治療に応答する可能性が高い、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３８９】
特定の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９０】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９１】
別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルがｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９２】
特定の実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０３９３】
したがって、いくつかの実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９４】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９５】
別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９６】
特定の実施形態において、参照は、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０３９７】
したがって、いくつかの実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９８】
一実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０３９９】
別の実施形態において、治療用化合物に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４００】
特定の実施形態において、本明細書で提供される方法は、本明細書で提供される治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）による治療と併用される。
【０４０１】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０２】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断すること、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０３】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０４】
特定の実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４０５】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０６】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０７】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４０８】
特定の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４０９】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４１０】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４１１】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を治療する方法であって、
（ａ）対象から試料を得ることと、
（ｂ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象の試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）治療用化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、治療上有効な量の治療用化合物を投与することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４１２】
特定の実施形態において、参照レベルは、試料と一緒に同時に測定される。特定の実施形態において、参照レベルは、試料とは独立して測定される。
【０４１３】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３ＨのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６ＤのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９のｍＲＮＡである。
【０４１４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４１５】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ，ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４１６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４１７】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４１８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４１９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４２０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４２１】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。
【０４２２】
一実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。別の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、レナリドミドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。更に別の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、ポマリドミドによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。更に別の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ａによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。更に別の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ｂによる治療に応答する可能性が高い、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象を特定するために使用される。
【０４２３】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、対象から得た生体試料において測定される。
【０４２４】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、固形腫瘍（ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療に対する対象の応答性を予測するために、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイで計測され、これは、対象から細胞の試料を得ることと、治療用化合物の存在下または非存在下で細胞を培養することと、バイオマーカーのレベルについて細胞を試験することとを含み、治療用化合物の存在下でのバイオマーカーのレベル低下が、治療用化合物に対する対象の応答性の可能性を示す。
【０４２５】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのうち、１つのレベルのみがモニタリングされる。特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのうち、２つ以上のレベルが同時にモニタリングされる。
【０４２６】
いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫（ＧＢＭ）；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肝臓癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。他の実施形態において、固形腫瘍は、脳癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４２７】
４．３．４  有効性を予測するためのバイオマーカーとしてのｍＲＮＡの使用
所定の治療（例えば、本明細書中で提供される治療用化合物、例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療）に応答する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象において、特定のｍＲＮＡバイオマーカーの検出可能な上昇または低下が観察されるという知見に部分的に基づき、これらのｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを使用して、治療に対する対象の応答性を予測することができる。
【０４２８】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４２９】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３０】
更に別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３１】
更に別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、ｍＲＮＡバイオマーカーの参照レベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３２】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３３】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象に由来する固形腫瘍細胞を含有する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｂ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３４】
更に別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３５】
更に別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）対象から生体試料を得ることと、
（ｂ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｃ）対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下が、化合物の治療に対する対象の応答性の向上と相関する、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３６】
特定の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３７】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３８】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４３９】
特定の実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４４０】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４１】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４２】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４３】
特定の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４４４】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４５】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーよりも高い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４６】
別の実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測する方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルが、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のバイオマーカーよりも低い場合、その対象を、治療用化合物による固形腫瘍の治療に応答する可能性が高いと診断することとを含む、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４４７】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、対照試料は、同一対象に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、対照試料は、対象群に由来する、固形腫瘍細胞を含有しない試料である。
【０４４８】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、試料と一緒に同時に測定される。本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、試料とは独立して測定される。
【０４４９】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、参照レベルと比較したときの試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇は、本明細書中で提供される治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）に対する、対象の応答性の向上と肯定的に相関する。
【０４５０】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、参照レベルと比較したときの試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下は、本明細書中で提供される治療用化合物（例えば、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体）に対する、対象の応答性の向上と肯定的に相関する。
【０４５１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法である。
【０４５２】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、参照と比較したときのレベルの変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５３】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、参照と比較したときのレベルの上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５４】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、参照と比較したときのレベルの低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５５】
特定の実施形態において、参照は、対象に治療用化合物を投与する前に対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４５６】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５７】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５８】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、治療用化合物の投与前に対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４５９】
特定の実施形態において、参照は、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料を使用することによって調製され、その対照試料は、試料と同じ由来源である。
【０４６０】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル変化が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４６１】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル上昇が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４６２】
一実施形態において、本明細書で提供されるのは、治療用化合物による対象の固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングする方法であって、
（ａ）固形腫瘍を有する対象に治療用化合物を投与することと、
（ｂ）対象から試料を得ることと、
（ｃ）対象に由来する試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定することと、
（ｄ）試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを、固形腫瘍を有しない健康な対象から得た対照試料中のｍＲＮＡバイオマーカーのレベルと比較することとを含み、対照と比較したときのレベル低下が、対象の固形腫瘍を治療することにおける治療用化合物の有効性を示す、方法である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。別の実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４６３】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２ＬＧＡＬＳ９、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ、ＣＫ１−α、ＧＳＰＴ１、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１、ＷＩＢＧ、ＦＡＭ８３Ｈ、ＫＬＣ４、ＬＩＧ３、ＩＫＢＫＥ、ＬＧＡＬＳ２及びＬＧＡＬＳ９からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ１９８、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＺＭＹＭ１９８、ＥＨＭＴ２、ＧＬＲＸ、ＳＤＳＬ及びＰＤＥ６Ｄからなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の実施形態において、バイオマーカーは、ＺＦＰ９１とＣＲＢＮの両方のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１−αのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ネスチンのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＷＩＢＧのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＭＶＰのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰ４のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＮＦ１９８のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＺＭＹＭ１９８のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＭ８３ＨのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＬＣ４のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＨＭＴ２のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＬＲＸのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＤＳＬのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＩＧ３のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＢＫＥのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＤＥ６ＤのｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ２のｍＲＮＡである。本明細書で提供される様々な方法の更なる別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＬＧＡＬＳ９のｍＲＮＡである。
【０４６４】
本明細書で提供される様々な方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、ＡＴＰ２Ｂ４、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤ３６、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＰＳ、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＩＰ１、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＨＰＳＥ、ＩＣＡＭ２、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＲＳ２、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＰＩＰＢ５、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＢＸＩＰ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＫ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＭＳ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＣＣ３、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＰＸ２、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＢ３、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＢＴＢ３８、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４６５】
本明細書で提供される様々な方法の他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＨＮＡＫ、ＡＬＯＸ５、ＡＭＰＤ３、ＡＮＸＡ４、ＡＮＸＡ６、ＡＴＰ２Ｂ４、ＢＭＦ、ＢＳＴ２、Ｃ１０ｏｒｆ７６、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＤ３６、ＣＬＮ３、ＣＮＮ３、ＣＯＲＯ１Ｂ、ＣＰＮＥ２、ＣＲＢＮ、ＣＳＲＰ２、ＣＴＮＮＤ１、ＣＴＳＨ、ＤＡＰＫ２、ＤＤＸ５８、ＤＨＸ５８、ＤＬＧ２、ＤＴＸ３Ｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２，ＥＰＢ４１Ｌ１、ＥＴＶ６、ＥＸＴＬ２、Ｆ１３Ａ１、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＳ、ＦＭＮＬ３、ＧＢＰ１、ＧＭＦＧ、ＧＭＰＲ、ＨＩＰ１、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＰＳＥ、ＩＤ３、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴ５、ＩＦＩＴＭ２、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＩＳＧ２０、ＩＴＧＢ７、ＪＡＫ３、ＬＡＰ３、ＬＧＡＬＳ１、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＬＩＭＤ１、ＭＡＮ２Ａ２、ＭＡＲＣＫＳ、ＭＦＩ２、ＭＧＡＲＰ、ＭＯＶ１０、ＭＰＰ７、ＭＵＣ１、ＭＸ１、ＭＸ２、ＭＹＯ１Ｇ、ＮＣＦ２、ＮＭＥ３、ＮＭＩ、ＮＴ５Ｃ３Ａ、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＰＡＲＰ１４、ＰＡＲＰ９、ＰＢＸＩＰ１、ＰＬＤ４、ＰＬＥＫＨＯ１、ＰＬＳＣＲ１、ＰＬＸＮＢ２、ＰＯＭＰ、ＰＰＦＩＢＰ１、ＰＴＭＳ、ＱＰＲＴ、ＲＡＢ１３、ＲＣＮ１、ＲＧＣＣ、ＲＮＦ２１３、Ｓ１００Ａ１３、ＳＡＭＤ９Ｌ，ＳＡＭＨＤ１、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＬＦＮ１１、ＳＬＦＮ１３、ＳＬＦＮ５、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０，ＳＰＮ、ＳＰＲ、ＳＴＡＰ１、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＴＡＰ１、ＴＡＸ１ＢＰ３、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＨＴＰＡ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＳＦ８、ＴＰ５３Ｉ３、ＴＲＥＸ１、ＴＲＩＭ２２、ＴＴＣ３９Ｃ、ＴＸＮＩＰ、ＵＢＡ７、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＳＰ４１、ＶＣＬ、ＶＮＮ２及びＺＢＴＢ３８からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４６６】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＲＨＧＡＰ１９、ＡＳＮＳ、ＡＳＰＭ、Ｂ４ＧＡＬＴ３、ＢＡＮＫ１、ＢＣＤＩＮ３Ｄ、ＢＬＺＦ１、ＣＡ２、ＣＡ８、ＣＡＭＳＡＰ３、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＮＢ１、ＣＤＣ７、ＣＤＣＡ３、ＣＥＮＰＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１ＤＨＰＳ、ＤＬＧＡＰ５、ＤＯＫ３、ＥＣＴ２、ＥＦＣＡＢ４Ｂ、ＥＨＭＴ１、ＥＨＭＴ２、ＥＰＣＡＭ、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１９５Ａ、ＦＢＲＳＬ１、ＦＨＯＤ１、ＦＩＧＮＬ１、ＧＰＴ２、ＧＲＡＭＤ１Ａ、ＧＲＡＭＤ１Ｂ、ＧＲＰＥＬ２、ＨＪＵＲＰ、ＨＭＣＥＳ、ＨＭＭＲ、ＨＯＸＣ４、ＩＣＡＭ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＳ２、ＫＩＦ１８Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＩＦ２Ｃ、ＬＩＰＧ、ＬＰＸＮ、ＭＩＮＡ、ＭＩＳ１８ＢＰ１、ＮＥＩＬ１、ＮＦＫＢＩＤ、ＮＰＩＰＢ５、ＯＭＡ１、ＯＲＣ６、ＰＡＲＶＢ、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＫＭＹＴ１、ＰＬＫ１、ＰＯＤＸＬ、ＰＯＤＸＬ２、ＰＯＬＥ２、ＰＲＤＭ１５、ＰＲＮＰ、ＰＴＡＦＲ、ＰＴＴＧ１、ＰＹＲＯＸＤ１、ＲＡＳＡ４Ｂ、ＲＡＳＳＦ６、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＳＥＣ１４Ｌ１、ＳＧＯＬ１、ＳＧＯＬ２、ＳＬＣＯ３Ａ１、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＴＡＣＣ３、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰＸ２、ＴＲＩＢ３、ＷＩＺ、ＷＳＢ１、ＷＷＣ１、ＺＦＰ９１、ＺＭＹＭ２、ＺＮＦ３８５Ｂ、ＺＮＦ５８１及びＺＮＦ６４４からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４６７】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＰＴ２、Ａ２Ｍ、Ａ２ｍｐ、ＡＣＳＭ２Ｂ、ＡＤＡＭ２２、ＡＦＰ、ＡＧＭＡＴ、ＡＧＴ、Ａｈｓｇ、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、Ａｍａｃｒ、ＡＭＡＣＲ、ＡＮＰＥＰ、Ａｎｘａ５、ＡＮＸＡ９、ＡＰＢＢ２、ＡＰＣＳ、ＡＱＰ１、ＡＴＨＬ１、Ａｔｐ５ｃ１、Ｃ１１ｏｒｆ５２、Ｃ３、Ｃ４Ａ、ＣＡＳＲ、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ２８Ａ、Ｃｃｔ３、ＣＤ７４、ＣＤＨ１６、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＬＮ３、ＣＯＸ５Ａ、ＣＰＶＬ、ＣＲＢＮ、ＣＲＹＭ、ＣＴＳＬ、ＣＴＵ１、ＤＡＰＫ２、ＤＬＧ５、ＤＵＳＰ２３、ＥＬＦ３、Ｅｐｓ１５、ＥＲＢＢ３、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆｋｂｐ９、ＦＬＲＴ３、ＦＵＫ、ＧＣ、ＧＰＤ１、ＧＰＲ３９、ＨＭＢＯＸ１、ＨＹＰＫ、ＩＴＦＧ２、Ｉｔｇｂ１、ＩＴＩＨ１、ＩＴＩＨ４、ＫＡＮＳＬ３、ＫＣＴＤ１４、ＫＬＣ４、ＫＰＴＮ、Ｌａｍｐ２、ＬＧＡＬＳ２、ＬＧＡＬＳ９、ＬＩＧ３、ＬＭＢＲＤ１、ＬＯＣ１００９９６５１６、ＬＰＬ、ＬＹＮ、ＭＡＰ２Ｋ７、ＭＬＬＴ６、Ｍｏｇｓ、Ｍｒｐｓ２２、ＭＹＲＦ、ＮＣＯＡ３、ＮＲ２Ｃ１、ＰＡＨ、ＰＤＺＫ１、Ｐｅｇ１０、ＰＬＥＫＨＯ２、Ｐｏｓｔｎ、ＰＯＳＴＮ、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、Ｐｒｄｘ３、ＰＲＯＤＨ２、Ｐｔｂｐ３、ＲＢＫＳ、ＲＧＳ１４、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＦ１２６、ＲＮＦ７、Ｒｐｌ９、Ｒｐｌｐ１、Ｒｐｌｐ２、ＲＳＢＮ１Ｌ、ＳＡＴ２、ＳＥＰＨＳ１、ＳＥＲＦ２、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｆ１、ＳＬＣ２５Ａ５１、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＰＡＧ７、Ｓｕｃｌｇ２、ＳＵＬＴ１Ａ１、ＳＵＬＴ１Ａ３、Ｔｏｌｌｉｐ、Ｔｏｐ２ａ、Ｔｒａｐ１、ＴＳＰＡＮ３１、ＴＴＣ１３、Ｕｐｐ１、ＵＳＰ３０、Ｖｃａｍ１、ＶＩＬ１、Ｖｉｍ及びＺＮＦ７７０からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４６８】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＭＡＲＣＨ７、ＳＥＰＴ２、Ａｂｃｃ１、ＡＢＣＧ１、ＡＢＣＧ２、Ａｄａｍ１０、ＡＦＦ３、Ａｋａｐ９、ＡＰ１ＡＲ、ＡＰＯＬ１、ＡＴＰ１１Ａ、ＢＡＮＰ、ＢＬＺＦ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１８、Ｃ４ｂ、Ｃ６ｏｒｆ５７、ＣＡＳＴ、ＣＣＡＲ２、ＣＣＢＬ１、ＣＣＤＣ３８、ＣＣＤＣ７１Ｌ、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＨＫＢ、ＣＨＵＲＣ１、ＣＬＫ４、Ｃｏｌ１５ａ１、ＣＰＮ１、ＣＳＲＰ２ＢＰ、ＣＸｏｒｆ６７、ＤＧＡＴ１、ＤＨＲＳ２、ＤＬＧ５、Ｅｉｆ２ｓ１、ＥＮＴＰＤ５、ＥＰＤＲ１、Ｅｐｓ８ｌ２、Ｅｐｘ、ＦＡＭ１１１Ａ、ＦＡＭ１２０Ｂ、ＦＡＭ２０６Ａ、ＦＡＭ８３Ｈ、Ｆａｓｎ、ＦＡＳＴＫＤ３、ＦＣＧＲＴ、ＦＬＩＩ、ＦＮＢＰ１Ｌ、Ｇａｋ、Ｇａｔａｄ２ａ、Ｇｍ９０６、ＧＰＢＰ１Ｌ１、Ｇｔｐｂｐ４、ＨＡＢＰ４、ＨＩＲＩＰ３、ＨＫ１、ＨＭＧＸＢ３、ＨＳＰ９０ＡＡ４Ｐ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＬ３６Ｂ、ＩＭＭＴ、ＩＮＡ、ＫＣＴＤ１８、ＫＩＤＩＮＳ２２０、ＫＩＦ１６Ｂ、ＫＬＣ４、ＫＬＨＬ２４、ＬＡＭＴＯＲ５、ＬＡＲＰ１Ｂ、ＬＧＡＬＳ９、ＬＭＢＲＤ１、Ｌｔａ４ｈ、ＬＹＲＭ１、ＭＡＴ１Ａ、ＭＢＩＰ、ＭＢＰ、ＭＥＴＴＬ２１Ａ、ＭＬＬＴ１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＴＩＦ３、ＭＴＲＦ１Ｌ、ＭＹＯ５Ｂ、Ｎ４ＢＰ２、ＮＡＢＰ２、ＮＡＰ１Ｌ１、Ｎｄｕｆａ１０、Ｎｄｕｆａ２、Ｎｄｕｆｓ２、ＮＦＲＫＢ、ＮＳＭＣＥ２、ＮＴＨＬ１、Ｎｕｐ３７、ＯＶＯＳ１、ＰＤＣＤ２、Ｐｇｄ、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＥＣ、ＰＬＸＮＡ３、ＰＯＬＧ、ＰＯＬＫ、ＰＯＲＣＮ、ＰＰＡＰＤＣ２、Ｐｐｐ２ｒ４、ＲＢＰＭＳ２、ＲＮＦ４、ＳＡＭＤ１、ＳＡＴＢ２、ＳＥＬＫ、ＳＥＲＢＰ１、Ｓｅｒｐｉｎａ１０、Ｓｅｒｐｉｎｃ１、Ｓｅｒｐｉｎｆ２、Ｓｅｒｐｉｎｇ１、ＳＧＣＢ、ＳＩＲＴ７、ＳＬＣ５０Ａ１、ＳＭＣＲ８、ＳＰＡＧ１、ＳＰＥＣＣ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、Ｓｙｐｌ１、ＴＡＰＢＰＬ、Ｔａｒｓ、Ｔａｒｓｌ２、ＴＣＦ３、ＴＥＣ、ＴＥＲＦ１、ＴＥＸ９、ＴＧＦＢＲＡＰ１、ＴＭＣ６、ＴＭＥＭ１２０Ａ、ＴＭＥＭ１７９Ｂ、ＴＭＥＭ５０Ａ、ＴＯＰＯＲＳ、ＴＯＲ４Ａ、ＴＲＡＰＰＣ９、Ｔｓｐａｎ９、ＴＳＰＹＬ１、ＴＵＢＢ４Ａ、ＴＸＮＤＣ１１、ＵＧＣＧ、Ｖｐｓ３７ｃ、ＶＰＳ５４、ＶＲＫ３、ＸＲＲＡ１、ＹＰＥＬ５、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４０、ＺＤＨＨＣ３、ＺＨＸ１、ＺＮＦ２９２及びＺＮＦ８３０からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４６９】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＢＨＤ６、ＡＣＶＲ１、ＡＧＲ２、ＡＨＮＡＫ２、ＡＫＡＰ１２、ＡＮＬＮ、ＡＰ５Ｓ１、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＬ６ＩＰ１、ＡＲＰＩＮ、ＡＳＨ１Ｌ、ＡＸＬ、Ｃ４ｏｒｆ３、ＣＡＮＸ、ＣＤ４４、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤＣ４５、ＣＥＮＰＫ、ＣＥＰ５５、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＰＡ４、ＣＴＮＮＡＬ１、ＣＹＰ２７Ａ１、ＣＹＲ６１、ＤＥＧＳ１、ＤＨＸ４０、ＥＨＤ２、ＥＰＨＡ２、ＥＲＥＧ、ＥＴＨＥ１、ＦＡＭ１６０Ａ１、ＦＡＭ１７２Ａ、ＦＯＳＬ１、ＧＨＤＣ、ＧＪＡ１、ＧＬＲＸ、ＧＬＳ、ＧＮＧ２、ＧＮＧ５、ＧＲＢ１０、ＧＲＰＥＬ２、Ｉａｐ、Ｉｇｆ２ｒ、ＩＧＦＢＰ１、ＩＧＦＢＰ３、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧ１、ＫＩＡＡ０１００、ＫＩＡＡ１４６２、ＫＩＦ２０Ｂ、ＫＩＦ２２、ＫＬＣ２、ＫＲＴ９、ＬＤＬＲ、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＦ、ＭＥＬＫ、ＭＥＴ、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＬＬ、ＭＭＰ７、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴ２Ａ、ＭＶＰ、ＭＹＯＦ、ＭＹＯＦ、ＮＤＲＧ１、ＮＮＭＴ、ＮＴＮ４、ＯＴＵＢ２、ＰＡＬＭＤ、ＰＡＮＫ１、ＰＡＲＰ４、ＰＢＫ、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＨＣ３、ＰＨＬＤＡ１、ＰＬＡ２Ｇ４Ａ、ＰＬＣＤ４、ＰＰＩＬ４、ＰＲＣ１、Ｐｒｋｃａ、ＰＲＫＣＤＢＰ、ＰＴＧＥＳ２、ＰＴＧＳ１、ＲＵＮＸ２、ＳＣＤ、ＳＤＳＬ、ＳＥＬ１Ｌ３、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＫＡ１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ２９、ＳＬＣ２Ａ１、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＭＡＤ３、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＩＭＭ８Ａ、ＴＫ１、ＴＭＥＭ５６、ＴＭＳＢ１０、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＲＩＭ４４、ＴＲＩＭ６５、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＡＳＰ、ＶＰＳ１３Ｂ、ＷＩＺ、ＹＢＸ３、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４７０】
本明細書で提供される様々な方法の更なる他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＣＳＬ６、ＡＨＳＧ、ＡＬＢ、ＡＲＰＰ１９、ＡＴＰ５ＥＰ２、ＡＴＰ５Ｉ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＺＧＰ１、ＢＣＫＤＫ、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＴＦ３、Ｃ２ｏｒｆ７６、ＣＡＢＬＥＳ２、ＣＡＰＮ１５、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＤＨ１、ＣＥＴＮ２、ＣＬＴＣ、ＣＯＧ５、ＣＯＸ１７、ＣＯＸ７Ｂ、Ｃｐｓｆ１、ＣＳＲＰ２、ＣＸＸＣ１、ＣＹＣ１、ＤＡＰ３、ＤＮＡＪＣ１９、ＤＮＭ２、ＤＰＹ３０、ＥＨＭＴ２、ＦＡＭ１６２Ａ、ＦＡＭ８４Ｂ、ＦＡＭ９８Ａ、ＦＥＲ、ＦＫＢＰ２、ＦＵＮＤＣ２、ＧＫ５、ＧＬＲＸ、Ｇｍ１４１３９、ＧＯＬＴ１Ｂ、ＧＰＡＴＣＨ３、Ｈｂｂ−ｂ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、Ｈｉｓｔ１ｈ１ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｅ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＡＨ、ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＮ３、ＨＳＰ９０Ｂ１、ＨＳＰＢ１１、ＩＫＢＫＥ、ＪＡＧＮ１、Ｋｘｄ１、ＬＡＭＡ１、ＬＰＸＮ、ＭＡＦＧ、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＥＤ１１、ＭＥＤ１８、ＭＥＴＴＬ５、ＭＦＳＤ１、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＭＧＳＴ１、ＭＧＳＴ２、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２１、Ｍｔ２、ＭＴ２Ａ、ＭＴ−ＡＴＰ８、ＭＶＰ、ＭＹＯ１Ｆ、ＮＤＵＦＢ１、ＮＭＥ７、ＮＭＥＳ１、ＮＯＭＯ２、ＮＴ５Ｃ２、Ｎｔ５ｄｃ２、ＮＴ５Ｅ、ＮＵＤＴ３、ＮＵＤＴ５、ＯＡＳＬ、ＰＡＲＰ４、Ｐａｒｐ４、ＰＣＫ１、ＰＤＥ６Ｄ、ＰＦＮ２、ＰＧＰＥＰ１、ＰＩＧＫ、ＰＬＯＤ１、Ｐｒｄｘ２、ＰＴＢＰ２、ＰＴＤＳＳ１、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＮＦ１６６、ＲＯＢＯ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｒｐｌ１８、ＲＰＬ１８Ａ、ＲＰＬ１９、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ２８、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＬ３７、Ｒｐｌ７、ＲＰＬ８、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１５、ＲＰＳ１７Ｌ、ＲＰＳ１９、ＲＰＳ２５、ＲＰＳ２９、ＲＴＮ４ＩＰ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＳＬ、Ｓｅｃ１３、ＳＥＲＦ２、ＳＩＫ２、ＳＬＣ２０Ａ２、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ６、ＳＬＣ５２Ａ２、ＳＮＲＰＦ、ＳＰＡＮＸＡ１、ＳＰＰＬ２Ｂ、ＳＴＩＭ２、ＳＴＫ１１、ＳＹＴＬ４、ＴＡＦ１５、ＴＢＣ１Ｄ１２、ＴＦＡＰ４、ＴＭＢＩＭ６、ＴＭＣＯ１、ＴＭＥＤ９、ＴＭＥＭ１８９、ＴＭＥＭ２２２、ＴＰＭ１、ＴＷＳＧ１、ＵＢＥ３Ｂ、ＶＡＰＡ、ＶＨＬ、ＶＮＮ１、ＺＤＨＨＣ２０、ＺＥＢ１、ＺＦＰ９１及びＺＭＹＭ２からなる群から選択されるタンパク質のｍＲＮＡである。
【０４７１】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。
【０４７２】
いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイドによる治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、レナリドミドによる治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、ポマリドミドによる治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ａによる治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。更に他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ｂによる治療に対する、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）を有する対象またはその疑いのある対象の応答性を予測するために使用される。
【０４７３】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、化合物Ａもしくは化合物Ｂ、もしくはこれらの立体異性体、またはこれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体による、固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。
【０４７４】
いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、サリドマイドによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、レナリドミドによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、ポマリドミドによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ａによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。更に他の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーは、化合物Ｂによる固形腫瘍（例えば、ＨＣＣまたはＧＢＭ）の治療の有効性をモニタリングするために使用される。
【０４７５】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイで計測され、これは、対象から細胞の試料を得ることと、治療用化合物の存在下または非存在下で細胞を培養することと、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルについて細胞を試験することとを含み、治療用化合物の存在下でのｍＲＮＡバイオマーカーのレベル上昇が、治療用化合物に対する対象の応答性の可能性を示す。
【０４７６】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイで計測され、これは、対象から細胞の試料を得ることと、治療用化合物の存在下または非存在下で細胞を培養することと、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルについて細胞を試験することとを含み、治療用化合物の存在下でのｍＲＮＡバイオマーカーのレベル低下が、治療用化合物に対する対象の応答性の可能性を示す。
【０４７７】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのレベルは、対象から得た生体試料において計測される。特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのうち、１つのレベルのみがモニタリングされる。特定の実施形態において、ｍＲＮＡバイオマーカーのうち、２つ以上のレベルが同時にモニタリングされる。
【０４７８】
いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肉腫、癌腫（上皮腫瘍）、黒色腫及び膠芽腫である。例示的な固形腫瘍には、胆道癌（例えば、胆管癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳房の乳頭状癌、乳房癌、乳腺髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば、星細胞腫、乏突起膠腫、膠芽腫（ＧＢＭ）；髄芽腫）、子宮頸癌（例えば、子宮頸部腺癌）、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、大腸腺癌）、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ））、腎臓癌（例えば、腎芽細胞腫、別名ウィルムス腫瘍、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支原性癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺腺癌）、神経芽細胞腫、神経線維腫（例えば、神経線維腫（ＮＦ）１型または２型、神経鞘腫症）、神経内分泌的癌（例えば、膵消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胎児性癌、卵巣腺癌）、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ））、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞腫（Ａ）、黒色腫、基底細胞癌（ＢＣＣ））及び軟部組織肉腫（例えば、悪性線維性組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、骨肉腫）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍は、肝臓癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＨＣＣである。他の実施形態において、固形腫瘍は、脳癌である。一実施形態において、固形腫瘍は、ＧＢＭである。
【０４７９】
４．４  治療用化合物
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、免疫調節化合物である。一実施形態において、治療用化合物は、Ｃｅｌｇｅｎｅ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのＩＭｉＤＳ（登録商標）として知られる免疫調節化合物を包含する。
【０４８０】
本明細書で使用する場合、また特に指定のない限り、「免疫調節化合物」という用語は、ＬＰＳ誘導による単球のＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１２、ＩＬ−６、ＭＩＰ−１α、ＭＣＰ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ及びＣＯＸ−２産生を阻害する特定の有機小分子を包含する。具体的な免疫調節化合物は、本明細書中で提供される。
【０４８１】
ＴＮＦ−αは、急性炎症の際に、マクロファージと単球によって産生される炎症性サイトカインである。ＴＮＦ−αは、細胞内の広範なシグナル伝達現象に関与する。特定の理論に限定されるものではないが、本明細書中で提供される免疫調節化合物によって発揮される生体作用の１つは、骨髄細胞ＴＮＦ−α産生の減少である。特定の実施形態において、本明細書中で提供される免疫調節化合物は、ＴＮＦ−α  ｍＲＮＡの分解を促進する。
【０４８２】
本明細書中で提供される免疫調節化合物の例には、置換スチレンのシアノ誘導体及びカルボキシ誘導体、例えば、米国特許第５，９２９，１１７号に開示されているもの；１−オキソ−２−（２，６−ジオキソ−３−フルオロピペリジン−３−イル）−イソインドリン及び１，３−ジオキソ−２−（２，６−ジオキソ−３−フルオロピペリジン−３−イル）−イソインドリン、例えば、米国特許第５，８７４，４４８号及び同第５，９５５，４７６号に記載されているもの；テトラ置換２−（２，６−ジオキソピペルジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン、例えば、米国特許第５，７９８，３６８号に記載されているもの；１−オキソ−及び１，３−ジオキソ−２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−イソインドリン（例えば、サリドマイドの４−メチル誘導体）、置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）フタルイミド、及び置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドール、例えば、限定するものではないが、米国特許第５，６３５，５１７号、同第６，２８１，２３０号、同第６，３１６，４７１号、同第６，４０３，６１３号、同第６，４７６，０５２号及び同第６，５５５，５５４号に開示されているもの；米国特許第６，３８０，２３９号に記載されているインドリン環の４位または５位が置換された１−オキソ−及び１，３−ジオキソイソインドリン（例えば、４−（４−アミノ−１，３−ジオキソイソインドリン−２−イル）−４−カルバモイルブタン酸）；米国特許第６，４５８，８１０号に記載されている２位が２，６−ジオキソ−３−ヒドロキシピペリジン−５−イルで置換されたイソインドリン−１−オン及びイソインドリン−１，３−ジオン（例えば、２−（２，６−ジオキソ−３−ヒドロキシ−５−フルオロピペリジン−５−イル）−４−アミノイソインドリン−１−オン）；米国特許第５，６９８，５７９号及び同第５，８７７，２００号に開示されている非ポリペプチド環式アミドのクラス；ならびにイソインドール−イミド化合物、例えば、米国特許出願公開第２００３／００４５５５２号及び同第２００３／００９６８４１号、及び国際公開第ＷＯ０２／０５９１０６号に開示されているものが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に示される特許及び特許出願公開のそれぞれの開示は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【０４８３】
本明細書中で提供される様々な免疫調節化合物は、１つ以上のキラル中心を含み、エナンチオマーの混合物（例えばラセミ混合物）またはジアステレオマーの混合物として存在できる。本明細書で提供される方法は、このような化合物の立体異性体的に純粋な形態と、これらの形態の混合物の使用を包含する。例えば、特定の免疫調節化合物のエナンチオマーを等量または不等量含む混合物を、本明細書で提供される方法にて使用することができる。これらの異性体は、不斉合成することもできるし、キラルカラムまたはキラル分割剤などの標準的な技術を使用して分割することもできる。Ｊａｃｑｕｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒｓ，Ｒａｃｅｍａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（ＷｉｌｅｙＩｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８１）；Ｗｉｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３３：２７２５（１９７７）；Ｅｌｉｅｌ，Ｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｃａｒｂｏｎ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ（ＭｃＧｒａｗＨｉｌｌ，ＮＹ，１９６２）及びＷｉｌｅｎ，Ｔａｂｌｅｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ  Ａｇｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｏｐｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｐ．２６８（Ｅｌｉｅｌ，Ｅｄ．，Ｕｎｉｖ．ｏｆ  Ｎｏｔｒｅ  Ｄａｍｅ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｏｔｒｅ  Ｄａｍｅ，ＩＮ，１９７２）を参照されたい。
【０４８４】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、ベンゾ環がアミノで置換された１−オキソ−または１，３−ジオキソ−２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−イソインドリンであり、米国特許第５，６３５，５１７号（その開示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているものを含む。
【０４８５】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、下記の式Ｉの構造を有する。
【化３】
2018525991.tif 000011
式中、Ｘ及びＹの一方は、Ｃ＝Ｏであり、Ｘ及びＹの他方は、Ｃ＝ＯまたはＣＨ２であり、Ｒ２は、水素または低級アルキルであり、一実施形態ではメチルである。
【０４８６】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、
【化４】
2018525991.tif 000012
１−オキソ−２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−４−アミノイソインドリン（レナリドミド）；
【化５】
2018525991.tif 000013
１，３−ジオキソ−２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−４−アミノイソインドリン（ポマリドミド）；もしくは
【化６】
2018525991.tif 000014
１，３−ジオキソ−２−（３−メチル−２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−４−アミノイソインドールまたはこれらの光学的に純粋な異性体である。免疫調節化合物は、標準的な合成方法によって得ることができる。米国特許第５，６３５，５１７号（その開示内容全体を参照により本明細書に援用する）を参照されたい。免疫調節化合物は、Ｃｅｌｇｅｎｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｗａｒｒｅｎ，ＮＪ）からも入手可能である。
【０４８７】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、レナリドミドである。特定の実施形態において、免疫調節化合物は、ポマリドミドである。
【０４８８】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−フタルイミドまたは置換２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドールであり、米国特許第６，２８１，２３０号、同第６，３１６，４７１号、同第６，３３５，３４９号及び同第６，４７６，０５２号、ならびに国際公開第ＷＯ９８／０３５０２号（これらの開示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載のものを含む。
【０４８９】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、次式のものである。
【化７】
2018525991.tif 000015
式中、
Ｘ及びＹの一方はＣ＝Ｏであり、Ｘ及びＹの他方はＣ＝ＯまたはＣＨ２であり、
（ｉ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のそれぞれは、互いに独立して、ハロ、Ｃ１〜４アルキルまたはＣ１〜４アルコキシであるか、あるいは（ｉｉ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のうちの１つは−ＮＨＲ５であり、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のうちの残りは水素であり、
Ｒ５は、水素またはＣ１〜８アルキルであり、
Ｒ６は、水素、Ｃ１〜８アルキル、ベンジルまたはハロであり、
ただし、Ｘ及びＹがＣ＝Ｏであり、また（ｉ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のそれぞれがフルオロであるか、あるいは（ｉｉ）Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３またはＲ４のうちの１つがアミノである場合、Ｒ６は水素以外である。
【０４９０】
特定の実施形態において、免疫調節化合物は、次式のものである。
【化８】
2018525991.tif 000016
式中、Ｒ１は、水素またはメチルである。
【０４９１】
特定の実施形態において、本明細書で提供される方法にて使用される免疫調節化合物は、エナンチオマー的に純粋である（例えば、光学的に純粋な（Ｒ）−または（Ｓ）−エナンチオマーである）。
【０４９２】
別の実施形態において、治療用化合物は、サリドマイド、すなわち、２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１Ｈ−イソインドール−１，３（２Ｈ）−ジオンである。
【０４９３】
他の実施形態において、治療用化合物は、５−置換キナゾリノンであり、米国特許第７，６３５，７００号（その開示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているものを含む。
【０４９４】
特定の実施形態において、治療用化合物は、式ＩＶの構造を有する化合物
【化９】
2018525991.tif 000017
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体であり、式中、
Ｒ１は、
水素；
ハロ；
−（ＣＨ２）ｎＯＨ；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルコキシ；または
−（ＣＨ２）ｎＮＨＲａ（式中、Ｒａは、
水素；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；
−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）または−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（５〜１０員ヘテロアリール）（ここで、アリールまたはヘテロアリールは、ハロ、−ＳＣＦ３、１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルキル、または１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上で任意に置換される）；
−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１〜８アルキル（ここで、アルキルは、１つ以上のハロで任意に置換される）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（Ｃ３〜Ｃ１０−シクロアルキル）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲｂＲｃ（式中、Ｒｂ及びＲｃは、それぞれ独立して、
水素；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルコキシ；または
ハロ、１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルキルもしくは１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上で任意に置換された６〜１０員アリールである）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル；または
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）であり、
Ｒ２は、水素；−（ＣＨ２）ｎＯＨ；フェニル；−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ３は、水素；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０４９５】
特定の実施形態において、治療用化合物は、式Ｖの構造を有する化合物、
【化１０】
2018525991.tif 000018
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体であり、式中、
Ｒ４は、水素；ハロ；−（ＣＨ２）ｎＯＨ；１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルコキシであり、
Ｒ５は、水素；−（ＣＨ２）ｎＯＨ；フェニル；−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ６は、水素；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０４９６】
特定の実施形態において、治療用化合物は、
【化１１】
2018525991.tif 000019
である。
【０４９７】
特定の実施形態において、治療用化合物は、式ＶＩの化合物、
【化１２】
2018525991.tif 000020
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体であり、式中、
Ｒｄは、水素；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；
−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１〜８アルキル（ここで、アルキルは、１つ以上のハロで任意に置換される）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｃ３〜１０シクロアルキル；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲｅＲｆ（式中、Ｒｅ及びＲｆは、それぞれ独立して、
水素；
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキル；または
１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルコキシ；または
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−Ｃ１〜６アルキルである）である。
Ｒ７は、水素；−（ＣＨ２）ｎＯＨ；フェニル；−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ８は、水素；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０４９８】
特定の実施形態において、治療用化合物は、
【化１３】
2018525991.tif 000021
である。
【０４９９】
特定の実施形態において、治療用化合物は、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンもしくはその立体異性体、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【０５００】
特定の実施形態において、治療用化合物は、式ＶＩＩの化合物、
【化１４】
2018525991.tif 000022
またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体であり、式中、
Ｒｇは、−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）または−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−（５〜１０員ヘテロアリール）（ここで、アリールまたはヘテロアリールは、ハロ、−ＳＣＦ３、１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換された（Ｃ１〜６）アルキル、または１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上で任意に置換される）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−ＮＨＲｈ（式中、Ｒｈは、ハロ、１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルキルもしくは１つ以上のハロでそれ自体が任意に置換されたＣ１〜６アルコキシのうちの１つ以上で任意に置換された６〜１０員アリールである）；
−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−（６〜１０員アリール）であり、
Ｒ９は、水素；−（ＣＨ２）ｎＯＨ；フェニル；−Ｏ−Ｃ１〜６アルキル；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ１０は、水素；または１つ以上のハロで任意に置換されたＣ１〜６アルキルであり、
ｎは、０、１または２である。
【０５０１】
特定の実施形態において、治療用化合物は、
【化１５】
2018525991.tif 000023
である。
【０５０２】
特定の実施形態において、治療用化合物は、以下の構造を有する３−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ｂ）
【化１６】
2018525991.tif 000024
もしくはそのエナンチオマーもしくはエナンチオマーの混合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは多形体である。
【０５０３】
本明細書に記載されている化合物はいずれも、市販購入することができ、または本明細書に開示される特許もしくは特許公開に記載されている方法に従って調製することができる。更に、光学的に純粋な化合物は、不斉合成することができ、または既知の分割剤もしくはキラルカラム及び他の標準的な有機合成化学技術を使用して分割することができる。
【０５０４】
本明細書中で提供される化合物は、分子量が約１，０００ｇ／モル未満の有機小分子であってよく、タンパク質、ペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴ糖または他の巨大分子ではない。
【０５０５】
図示された構造とその構造に与えられた名称との間に矛盾がある場合、図示された構造のほうに重きが置かれることに留意されたい。更に、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線で示されていない場合、その構造または構造の一部は、その全ての立体異性体を包含するものと解釈されるものとする。
【０５０６】
４．５  バイオマーカーレベルを検出する方法
４．５．１  試料中のｍＲＮＡレベルを検出する方法
ｍＲＮＡレベルの検出または定量する方法のいくつかは、当該技術分野において知られており、本明細書で提供される方法において、バイオマーカーのレベルを計測するために使用するのに好適である。例示的な方法には、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼプロテクションアッセイ及びＰＣＲベースの方法が挙げられるが、これらに限定されない。バイオマーカーがｍＲＮＡ分子である場合、ｍＲＮＡ配列またはその断片を使用して、少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製することができる。次いで、このプローブを用いて、任意の好適なアッセイ（ＰＣＲベースの方法、ノーザンブロッティングまたはディップスティックアッセイなど）の使用により、試料中のｍＲＮＡ配列を検出することができる。
【０５０７】
アッセイ方法は、所望のｍＲＮＡの情報タイプに応じて変化し得る。例示的な方法には、ノーザンブロット及びＰＣＲベースの方法（例えばｑＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限定されない。ｑＲＴ−ＰＣＲなどの方法は、試料中のｍＲＮＡの量を正確に定量することもできる。
【０５０８】
任意の好適なアッセイプラットフォームを使用して、試料中のｍＲＮＡの存在を測定することができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーの形態であってよい。アッセイシステムは、ｍＲＮＡに対応する核酸が結合した固体支持体を有してもよい。この固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドを含み得る。アッセイ構成成分は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして、一緒に調製及びパッケージ化することができる。
【０５０９】
所望の場合、核酸を標識して、標識化ｍＲＮＡの集団を作製できる。一般に、試料は、当該技術分野においてよく知られている方法を使用して標識できる（例えば、ＤＮＡリガーゼ、ターミナルトランスフェラーゼを使用して、またはＲＮＡ骨格を標識することなどによって標識できる；例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ  １９９５  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．を参照されたい）。特定の実施形態において、試料は、蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素には、キサンテン色素、フルオレセイン色素、ローダミン色素、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６−カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥまたはＪ）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡまたはＴ）、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸまたはＲ）、５−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６）、及びローダミン１１０；シアニン色素、例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５及びＣｙ７色素；Ａｌｅｘａ色素、例えば、Ａｌｅｘａ−ｆｌｕｏｒ−５５５；クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン；ベンズイミド色素、例えば、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３２５８；フェナントリジン色素、例えば、テキサスレッド；エチジウム色素；アクリジン色素；カルバゾール色素；フェノキサジン色素；ポルフィリン色素；ポリメチン色素、ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、Ｒ１１０、エオシン、ＪＯＥ、Ｒ６Ｇ、テトラメチルローダミン、リサミン、ＲＯＸならびにナフトフルオレセインが含まれるが、これらに限定されない。
【０５１０】
核酸は、固体支持体上の特定のアドレス指定可能な位置に存在し得、それぞれ、バイオマーカーのｍＲＮＡ配列の少なくとも一部に対応する。
【０５１１】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡアッセイは、１）１つ以上のバイオマーカーに対する表面結合プローブを得る工程と、２）特異的な結合をもたらすのに十分な条件で、ｍＲＮＡの集団をその表面結合プローブにハイブリダイズさせる工程と、（３）ハイブリダイゼーション工程における未結合の核酸を除去する工程と、（４）ハイブリダイズしたｍＲＮＡを検出する工程とを含む。
【０５１２】
ハイブリダイゼーションは、好適なハイブリダイゼーション条件下で行うことができ、この条件は、所望されるストリンジェンシーの点で異なり得る。典型的な条件は、相補的な結合要素間、すなわち、表面結合プローブと試料中の相補的なｍＲＮＡとの間のプローブ／標的複合体を固体表面上に生成させるのに十分な条件である。
【０５１３】
特定の実施形態において、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件が使用される。標準的なハイブリダイゼーション技術（例えば、試料中の標的ｍＲＮＡのプローブへの特異的結合をもたらすのに十分な条件下におけるもの）は、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５８：８１８−８２１（１９９２）及びＷＯ９３／１８１８６に記載されており、各開示の全体を参照により本明細書に援用する。一般的な技術のいくつかの指針は、例えば、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ  １９９３）から入手可能である。ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションに適した技術に関する説明については、Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２１：４７０−４８０（１９８１）及びＡｎｇｅｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（Ｓｅｔｌｏｗ  ａｎｄ  Ｈｏｌｌａｅｎｄｅｒ，Ｅｄｓ．）Ｖｏｌ  ７，ｐａｇｅｓ  ４３−６５（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８５）を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリダイゼーション時間及び洗浄条件のストリンジェンシーを含む適切な条件の選択は、試料の供給源、捕捉物質の性質、予測される相補性の度合いなどを含む実験設計によって異なり、当業者には、日常的な実験の要素として決定することができる。
【０５１４】
ｍＲＮＡハイブリダイゼーション手順の後、未結合の核酸を除去するために、表面に結合したポリヌクレオチドを洗浄する。洗浄は、任意の簡便な洗浄プロトコルを使用して行うことができる。特定の実施形態において、洗浄条件は、ストリンジェントである。次いで、標準的な技術を用いて、標的ｍＲＮＡのプローブへのハイブリダイゼーションを検出する。
【０５１５】
４．５．２  試料中のｍＲＮＡレベルを検出するためのＰＣＲベースの方法
特定の実施形態において、ＰＣＲベースの方法を用いて、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルが測定される。ＰＣＲアッセイの例は、米国特許第６，９２７，０２４号に認めることができ、その開示内容全体を参照により本明細書に援用する。ＲＴ−ＰＣＲ法の例は、米国特許第７，１２２，７９９号に認めることができ、その開示内容全体を参照により本明細書に援用する。蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＰＣＲ法の例は、米国特許第７，１８６，５０７号に認めることができ、その開示内容全体を参照により本明細書に援用する。
【０５１６】
特定の実施形態において、ｍＲＮＡの検出と定量の両方に、リアルタイム逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）が使用される（Ｂｕｓｔｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．，２００５，１０９，３６５−３７９）。ｑＲＴ−ＰＣＲによって得られる定量結果は、一般に、定性的データよりも情報量が多い。ｑＲＴ−ＰＣＲベースの方法の例は、米国特許第７，１０１，６６３号に認めることができ、その開示内容全体を参照により本明細書に援用する。
【０５１７】
通常の逆転写酵素ＰＣＲとアガロースゲルによる解析とは対照的に、リアルタイムＰＣＲからは、定量結果が得られる。リアルタイムＰＣＲの更なる利点は、使用が比較的容易なことと、簡便であることである。リアルタイムＰＣＲ用の機器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００など）は、市販されている。リアルタイムＰＣＲ用の試薬（配列検出用物質のＴａｑＭａｎなど）も市販されている。
【０５１８】
特定のアンプリコンの蓄積に伴う蛍光シグナルが閾値と交差するサイクル数（ＣＴという）を測定するためには、例えば、比較ＣＴ相対定量算出法を用いた７５００  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎソフトウェアｖ１．３というソフトウェアを使用して、データを解析することができる。この方法を使用する場合、出力は、発現レベルの倍率変化として表される。いくつかの実施形態において、閾値レベルは、ソフトウェアによって自動的に測定されるように選択することができる。いくつかの実施形態において、閾値レベルは、ベースラインを上回るが、増幅曲線の指数関数的増加領域内に入るように十分低く設定される。
【０５１９】
当業者に知られている技術を使用して、ＲＮＡ転写物（複数可）の量を計測してもよい。いくつかの実施形態において、ディープシーケンシング（ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＲＮＡＳｅｑ、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、ＩＯＮ  ＴＯＲＲＥＮＴ（商標）ＲＮＡ次世代シーケンシング、４５４（商標）パイロシーケンシングまたはＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｏｌｉｇｏ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬＩＤ（商標））など）を使用して、１個、２個、３個、４個、５個またはそれ以上のＲＮＡ転写物の量が計測される。他の実施形態において、マイクロアレイ及び／または遺伝子チップを使用して、複数のＲＮＡ転写物の量が計測される。特定の実施形態において、１個、２個、３個またはそれ以上のＲＮＡ転写物の量がＲＴ−ＰＣＲによって測定される。他の実施形態において、１個、２個、３個またはそれ以上のＲＮＡ転写物の量がＲＴ−ｑＰＣＲによって測定される。これらのアッセイを実施するための技術は、当業者に知られている。
【０５２０】
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ転写物またはタンパク質を計測するために利用したアッセイから得たデータに対して、統計解析または他の解析が実施される。特定の具体的な実施形態において、示差的に発現されるこれらのＲＮＡ転写物またはタンパク質のｐ値は、０．１、０．５、０．４、０．３、０．２、０．０１、０．０５、０．００１、０．００５または０．０００１である。具体的な実施形態において、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％またはそれを下回る偽発見率（ＦＤＲ）が選択される。
【０５２１】
４．５．３  ポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーを検出する方法
バイオマーカーが、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである場合、これらのバイオマーカーのレベルを計測するには、いくつかのタンパク質検出及び定量方法を使用することができる。任意の好適なタンパク質定量方法を本明細書で提供される方法で使用することができる。特定の実施形態において、抗体ベースの方法が使用される。使用できる例示的な方法には、イムノブロッティング（ウェスタンブロット）、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学法、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ及び質量分析法が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、バイオマーカータンパク質は、質量分析法を使用して検出される。直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ及びサンドイッチＥＬＩＳＡを含む、いくつかのタイプのＥＬＩＳＡが一般に使用される。
【０５２２】
４．６  バイオマーカーレベルを検出するためのキット
特定の実施形態において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するためのキットである。特定の実施形態において、キットは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡに特異的に結合する１つ以上のプローブを含む。特定の実施形態において、キットは、洗浄液を更に含む。特定の実施形態において、キットは、ハイブリダイゼーションアッセイを実施するための試薬、ｍＲＮＡの単離または精製手段、検出手段ならびに陽性対照及び陰性対照を更に含む。特定の実施形態において、キットは、当該キットを使用するための説明書を更に含む。キットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
【０５２３】
特定の実施形態において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。特定の実施形態において、キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体でコーティングしたディップスティック、洗浄液、アッセイを実施するための試薬、タンパク質の単離または精製手段、検出手段ならびに陽性対照及び陰性対照を含む。特定の実施形態において、キットは、当該キットを使用するための説明書を更に含む。キットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
【０５２４】
このようなキットは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーを用いることができる。キットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドであってよい。生体試料は、例えば、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料または皮膚試料であってよい。
【０５２５】
特定の実施形態において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するためのキットである。特定の実施形態において、キットは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡに特異的に結合する１つ以上のプローブを含む。特定の実施形態において、キットは、洗浄液を更に含む。特定の実施形態において、キットは、ハイブリダイゼーションアッセイを実施するための試薬、ｍＲＮＡの単離または精製手段、検出手段ならびに陽性対照及び陰性対照を更に含む。特定の実施形態において、キットは、当該キットを使用するための説明書を更に含む。キットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
【０５２６】
特定の実施形態において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。特定の実施形態において、キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体でコーティングしたディップスティック、洗浄液、アッセイを実施するための試薬、タンパク質の単離または精製手段、検出手段ならびに陽性対照及び陰性対照を含む。特定の実施形態において、キットは、当該キットを使用するための説明書を更に含む。キットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
【０５２７】
このようなキットでは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーを用いてよい。キットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドであってよい。生体試料は、例えば、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料または皮膚試料であってよい。生体試料は、例えば、リンパ節生検、骨髄生検または末梢血腫瘍細胞の試料であってよい。
【０５２８】
別の実施形態において、キットは、固体支持体、当該固体支持体に接触している核酸（当該核酸は、ｍＲＮＡの少なくとも２０個、５０個、１００個、２００個、３５０個またはそれ以上の塩基と相補的である）。及び生体試料中のｍＲＮＡの発現を検出するための手段を含む。
【０５２９】
具体的な一実施形態において、医薬品キットまたはアッセイキットは、１つの容器中に化合物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器中にＲＮＡを単離するための成分を更に含む。別の具体的な実施形態において、医薬品キットまたはアッセイキットは、１つの容器中に化合物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器中にＲＴ−ＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ディープシーケンシングまたはマイクロアレイを実施するための成分を更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、固体支持体、当該固体支持体に接触している核酸（当該核酸は、ｍＲＮＡの少なくとも２０個、５０個、１００個、２００個、３５０個またはそれ以上の塩基と相補的である）、及び生体試料中のｍＲＮＡの発現を検出するための手段を含む。
【０５３０】
特定の実施形態において、本明細書で提供されるキットは、定量リアルタイムＰＣＲ（ＱＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光によって、バイオマーカーの発現を検出するための手段を用いる。他の実施形態において、バイオマーカーの発現は、ＥＬＩＳＡベースの手法または当該技術分野において知られている他の類似の方法によって計測される。
【０５３１】
別の具体的な実施形態において、医薬品キットまたはアッセイキットは、１つの容器中に化合物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器中にタンパク質を単離するための成分を更に含む。別の具体的な実施形態において、医薬品キットまたはアッセイキットは、１つの容器中に化合物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器中にフローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを実施するための成分を更に含む。
【０５３２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセット（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上の遺伝子）の遺伝子産物のうちの１つ以上の存在量を計測するのに必要な物質を備える、バイオマーカーを計測するためのキットである。このようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を計測するのに必要な物質及び試薬を含み得る。いくつかの実施形態において、このようなキットは、マイクロアレイを含み、このマイクロアレイは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットのうちの１つ以上の産物の１つ以上にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチド及び／もしくはＤＮＡ及び／もしくはＲＮＡ断片またはこれらの任意の組み合わせで構成される。いくつかの実施形態において、このようなキットは、遺伝子または遺伝子サブセットのいずれかのＲＮＡ産物もしくはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーまたはその両方のＰＣＲのためのプライマーを含んでよい。いくつかの実施形態において、このようなキットは、ＰＣＲ用プライマー及び定量ＰＣＲ用プローブを含んでよい。いくつかの実施形態において、このようなキットは、複数のプライマー及び複数のプローブを含んでよく、当該プローブのいくつかは、ある遺伝子産物の複数の産物または複数の遺伝子産物の多重化を可能にするように、異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態において、このようなキットは、ＲＮＡからｃＤＮＡを作製するための物質及び試薬を更に含んでよい。いくつかの実施形態において、このようなキットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットのタンパク質産物に対して特異的な抗体を含んでよい。このようなキットは、生体試料からＲＮＡ及び／またはタンパク質を単離するための物質及び試薬を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための物質及び試薬を含んでよい。いくつかの実施形態において、このようなキットは、患者が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうかを予測するための、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を含んでよい。いくつかの実施形態において、キットは、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を説明書とともに含んでよい。
【０５３３】
いくつかの実施形態において、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットの１つ以上の核酸配列の発現を計測するためのキットである。具体的な一実施形態において、このようなキットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットと関連する１つ以上の核酸配列の発現を計測する。この実施形態によれば、キットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットの特定の核酸配列産物の発現を計測するのに必要な物質及び試薬を含んでよい。例えば、特定の条件に合わせて、マイクロアレイまたはＲＴ−ＰＣＲのキットを作製してよく、このキットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子または遺伝子のサブセットの特定のＲＮＡ転写産物のレベルを測定し、患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうかを予測するために必要な試薬及び物質のみを含んでもよい。あるいは、いくつかの実施形態において、キットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの任意の特定の遺伝子の特定の核酸配列の発現を計測するのに必要な物質及び試薬に限定されない物質及び試薬を含むことができる。例えば、特定の実施形態において、キットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれ以上の遺伝子の発現のレベルを計測するのに必要な試薬及び物質に加えて、本明細書中で提供されるバイオマーカーの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはそれ以上の遺伝子の発現のレベルを計測するのに必要な物質及び試薬を含む。他の実施形態において、キットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個もしくはそれ以上の遺伝子と、本明細書中で提供されるバイオマーカーのものではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個もしくはそれ以上の遺伝子または本明細書中で提供されるバイオマーカーのものではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子との発現のレベルを計測するのに必要な試薬及び物質を含有する。
【０５３４】
核酸マイクロアレイキットの場合、キットは、概して、固体支持体表面に結合しているプローブを含む。このような実施形態の１つにおいて、プローブは、オリゴヌクレオチドまたは更に長いプローブ（１５０ヌクレオチド長〜８００ヌクレオチド長の範囲のプローブを含む）のいずれかであってよい。プローブは、検出可能な標識で標識されていてもよい。具体的な一実施形態において、プローブは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子産物の１つ以上に対して特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイと、そのアッセイの実施から得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態において、キットは、患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうかを予測するための説明書を含む。キットはまた、ハイブリダイゼーション試薬を含んでもよいし、かつ／またはプローブが標的核酸配列にハイブリダイズしたときに生成されるシグナルを検出するために必要な試薬を含んでよい。概して、マイクロアレイキット用の物質及び試薬は、１つ以上の容器中に入っている。キットの各成分は、概して、それぞれ好適な容器中に入っている。
【０５３５】
特定の実施形態において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれ以上の遺伝子の発現のレベルを計測するのに必要な試薬及び物質に加えて、本明細書中で提供されるバイオマーカーまたはその組み合わせの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはそれ以上の同定済み遺伝子の発現のレベルを計測するのに必要な物質及び試薬を含む。他の実施形態において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書中で提供されるバイオマーカーもしくはその任意の組み合わせの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個もしくはそれ以上の遺伝子と、本明細書中で提供されるバイオマーカーのものではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個もしくはそれ以上の遺伝子または本明細書中で提供されるバイオマーカーのものではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子との発現のレベルを計測するのに必要な試薬及び物質を含有する。
【０５３６】
定量ＰＣＲの場合、キットは、概して、特定の核酸配列に対して特異的である、事前に選択したプライマーを含む。定量ＰＣＲキットはまた、核酸を増幅するのに好適な酵素（例えば、Ｔａｑなどのポリメラーゼ）、デオキシヌクレオチド及び増幅用反応混合物に必要なバッファーを含み得る。定量ＰＣＲキットはまた、ある病態に関連するか、ある病態の指標となる核酸配列に対して特異的なプローブを含んでよい。プローブは、フルオロフォアで標識されていてもいなくてもよい。プローブは、クエンチャー分子で標識されていてもいなくてもよい。いくつかの実施形態において、定量ＰＣＲキットは、また、デオキシヌクレオチド及び逆転写反応に必要な緩衝液とともに、酵素（例えば、ＡＭＶ、ＭＭＬＶなどの逆転写酵素）を含むＲＮＡを逆転写するのに好適な成分及び逆転写用プライマーを含む。定量ＰＣＲキットの各成分は、概して、それぞれ好適な容器中に入っている。したがって、これらのキットは、概して、それぞれ個々の試薬、酵素、プライマー及びプローブに好適な別々の容器を含む。更に、定量ＰＣＲキットは、アッセイと、そのアッセイの実施から得られるデータの解釈及び解析の方法を行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態において、キットは、患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうかを予測するための説明書を含有する。
【０５３７】
抗体ベースのキットの場合、キットは、例えば、（１）目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に結合する第１の抗体（固体支持体に結合していてもしていなくてもよい）と、任意に、（２）ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質または第１の抗体のいずれかに結合するとともに、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、放射性同位体または酵素）にコンジュゲートされている第２の別の抗体を含むことができる。具体的な一実施形態において、目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、ある病態（例えば疾患）に関連するか、その指標となる。抗体ベースのキットはまた、免疫沈降を実施するためのビーズを含んでよい。抗体ベースのキットの各成分は、概して、それぞれ好適な容器中に入っている。したがって、これらのキットは、概して、各抗体に好適な別々の容器を含む。更に、抗体ベースのキットは、アッセイと、そのアッセイの実施から得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態において、キットは、患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうかを予測するための説明書を含有する。
【０５３８】
一実施形態において、本明細書で提供されるキットは、本明細書中に記載される化合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは水和物を含む。キットは、限定するものではないが、本明細書中に開示されるものを含む、追加の活性成分を更に含み得る。
【０５３９】
本明細書で提供されるキットは、活性成分を投与するために使用される器具を更に含んでよい。このような器具の例には、シリンジ、点滴袋、パッチ及び吸入具が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５４０】
キットは、移植用の細胞または血液と、１つ以上の活性成分を投与するために使用することができる製薬学的に許容可能なビヒクルとを更に含んでよい。例えば、活性成分が非経口投与用に再構成する必要のある固体形態で提供される場合、キットは、活性成分を溶解し、これにより非経口投与に適した粒子を含まない滅菌溶液を形成することができる好適なビヒクルが入った密封容器を含むことができる。製薬学的に許容可能なビヒクルの例には、ＵＳＰ注射用水、水性ビヒクル（限定するものではないが、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、ブドウ糖注射液、ブドウ糖及び塩化ナトリウム注射液及び加乳酸リンゲル注射液など）、水混和性ビヒクル（限定するものではないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールなど）及び非水性ビヒクル（限定するものではないが、コーン油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル及び安息香酸ベンジルなど）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５４１】
本明細書で提供される方法及びキットの特定の実施形態において、タンパク質の精製、試料の標識または固相アッセイの実施のために、固体相支持体が使用される。本明細書に開示される方法を実施するのに好適な固相の例には、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、チューブ、マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル及び電極が挙げられる。固相が粒子材（例えばビーズ）である場合、一実施形態において、それをマルチウェルプレートのウェル中に分散させると、固相支持体の並行処理が可能になる。
【０５４２】
提供される様々な方法及び／またはキットのいずれかなどに関しても、また、本明細書で提供される様々な方法及び／またはキットのいずれに関しても、例えば、１つ以上の試薬（限定するものではないが、核酸プライマー、固体支持体など）に関して上で列挙した実施形態のあらゆる組み合わせが想定されることに留意されたい。
【０５４３】
本発明の特定の実施形態は、以下の非限定的な実施例によって例示される。
【実施例】
【０５４４】
下記の実施例は、別段に詳細に説明されている場合を除き、当業者に周知かつ日常的である標準的な技術を用いて実施される。実施例は、単なる例示であることが意図される。
【０５４５】
５．１  ３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドミド）の調製
【０５４６】
２−ブロモメチル−３−ニトロ安息香酸メチル
２ｃｍ離して設置した１００Ｗの電球をフラスコ上で照らしながら、四塩化炭素（２００ｍＬ）中の２−メチル−３−ニトロ安息香酸メチル（１４．０ｇ、７１．７ｍｍｏｌ）とＮ−ブロモスクシンイミド（１５．３ｇ、８６．１ｍｍｏｌ）との攪拌混合物を穏やかな還流下で、１５時間加熱した。この混合物をろ過し、その固体を塩化メチレン（５０ｍＬ）で洗浄した。このろ液を水（２×１００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル、８／２）によって精製して、生成物１９ｇ（９６％）を黄色固体として得た。融点７０．０〜７１．５℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ ８．１２−８．０９（ｄｄ， Ｊ＝１．３及び７．８ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．９７−７．９４（ｄｄ， Ｊ＝１．３及び８．２ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．５４（ｔ， Ｊ＝８．０ Ｈｚ， １Ｈ）．５．１５（ｓ， ２Ｈ）， ４．００（ｓ， ３Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ １６５．８５， １５０．５８， １３４．６８， １３２．３８， １２９．０８， １２７．８０， ５３．０６， ２２．６９；ＨＰＬＣ  Ｗａｔｅｒ  Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８、３．９×１５０ｍｍ、４マイクロメートル、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、４０／６０  ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液）７．２７分（９８．９２％）；Ｃ９Ｈ８ＮＯ４Ｂｒに対する分析計算値：Ｃ， ３９．４４； Ｈ， ２．９４； Ｎ， ５．１ １ ； Ｂｒ， ２９．１５．実測値：Ｃ， ３９．４６； Ｈ， ３．００； Ｎ， ５．００； Ｂｒ， ２９．１ １．
【０５４７】
Ｎ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン酸ｔ−ブチル
【０５４８】
テトラヒドロフラン（９０ｍＬ）中の２−ブロモメチル−３−ニトロ安息香酸メチル（３．５ｇ、１３．０ｍｍｏｌ）とＬ−グルタミン  ｔ−ブチルエステル塩酸塩（３．１ｇ、１３．０ｍｍｏｌ）との攪拌混合物に、トリエチルアミン（２．９ｇ、２８．６ｍｍｏｌ）を滴加した。この混合物を２４時間、加熱還流した。冷却したこの混合物に塩化メチレン（１５０ｍＬ）を加え、この混合物を水（２×４０ｍＬ）、ブライン（４０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（塩化メチレン中３％ＣＨ３ＯＨ）によって精製して、粗生成物２．８４ｇ（６０％）を得、これを次の反応に直接使用した。１Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ ８．４０（ｄ， Ｊ＝８．１ Ｈｚ， １Ｈ）， ８．１５（ｄ， Ｊ＝７．５ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．７１（ｔ， Ｊ＝７．８ Ｈｚ， １Ｈ）， ５．８３（ｓ， １Ｈ）， ５．６１（ｓ， １Ｈ）， ５．１２（ｄ， Ｊ＝１９．４ Ｈｚ， １Ｈ）， ５．０４−４．９８（ｍ， １Ｈ）， ４．９２（ｄ， Ｊ＝１９．４ Ｈｚ， １Ｈ）， ２．４９−２．２２（ｍ， ４Ｈ）．１．４６（ｓ， ９Ｈ）；ＨＰＬＣ  Ｗａｔｅｒｓ  Ｎｏｖａ−Ｐａｋ  Ｃ１８、３．９×１５０ｍｍ、４マイクロメートル、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、２５／７５  ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液）６．７５分（９９．９４％）。
【０５４９】
Ｎ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン
【０５５０】
塩化メチレン（６０ｍＬ）中のＮ−（１−オキソ−４−ニトロ−イソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン酸ｔ−ブチル（３．６ｇ、９．９ｍｍｏｌ）の５℃の攪拌溶液に、塩化水素ガスを１時間通気した。続いて、更に１時間、この混合物を室温で攪拌した。エーテル（４０ｍＬ）を加え、得られた混合物を３０分間攪拌した。このスラリーをろ過し、エーテルで洗浄し、乾燥して、生成物３．３ｇを得た。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ８．４５（ｄ， Ｊ＝８．１ Ｈｚ， １Ｈ）， ８．１５（ｄ， Ｊ＝７．５ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．８３（ｔ， Ｊ＝７．９ Ｈｚ．１Ｈ）， ７．２４（ｓ， １Ｈ）， ６．７６（ｓ， １Ｈ）， ４．９３（ｓ， ２Ｈ）， ４．８４−４．７８（ｄｄ， Ｊ＝４．８ａｍｄ １０．４ Ｈｚ， １Ｈ）， ２．３４−２．１０（ｍ， ４Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７３．０３， １７１．８８， １６５．９６， １４３．３５， １３７．４９， １３４．７７， １３０．１０， １２９．６１， １２６．９５， ５３．６５， ４８．１３， ３１．５０， ２４．６９；Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ６に対する分析計算値：Ｃ， ５０．８２； Ｈ， ４．２６； Ｎ， １３．６８．実測値：Ｃ， ５０．５３； Ｈ． ４．３７； Ｎ， １３．２２。
【０５５１】
（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン
【０５５２】
無水塩化メチレン（１５０ｍＬ）中のＮ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン（３．２ｇ、１０．５ｍｍｏｌ）の攪拌懸濁混合物をイソプロパノール／ドライアイス浴で、−４０℃まで冷却した。冷却したこの混合物に、塩化チオニル（０．８２ｍＬ、１１．３ｍｍｏｌ）、続いてピリジン（０．９ｇ、１１．３ｍｍｏｌ）を滴加した。３０分後、トリエチルアミン（１．２ｇ、１１．５ｍｍｏｌ）を加え、この混合物を−３０〜−４０℃で３時間攪拌した。この混合物を氷水（２００ｍＬ）に注ぎ入れ、水層を塩化メチレン（４０ｍＬ）で抽出した。この塩化メチレン溶液を水（２×６０ｍＬ）、ブライン（６０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、固体の残渣を酢酸エチル（２０ｍＬ）でスラリー化して、生成物２．２ｇ（７５％）を白色固体として得た。融点２８５℃；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ：１．０４（ｓ， １Ｈ）， ８．４９−８．４５（ｄｄ， Ｊ＝０．８及び８．２ Ｈｚ， １Ｈ）， ８．２１−８．１７（ｄｄ， Ｊ＝７．３ Ｈｚ， １Ｈ）， ７．８４（ｔ， Ｊ＝７．６ Ｈｚ， １Ｈ）， ５．２３−５．１５（ｄｄ， Ｊ＝４．９及び１３．０ Ｈｚ， １Ｈ）， ４．９６（ｄｄ， Ｊ＝１９．３及び３２．４ Ｈｚ， ２Ｈ）， ３．００−２．８５（ｍ， １Ｈ）， ２．６４−２．４９（ｍ， ２Ｈ）， ２．０８−１．９８（ｍ， １Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ− ｄ６） δ １７２．７９， １７０．６９， １６５．９３， １４３．３３， １３７．４０， １３４．６８， １３０．１５， １２９．６０， １２７．０２， ５１．８２， ４８．４３， ３１．１６．２２．２３；ＨＰＬＣ  Ｗａｔｅｒｓ  Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８、３．９×１５０ｍｍ、４マイクロメートル、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、２０／８０  ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液）３．６７分（１００％）；Ｃ１３ＨｎＮ３Ｏ５に対する分析計算値：Ｃ， ５３．９８； Ｈ， ３．８３； Ｎ， １４．５３．実測値：Ｃ， ５３．９２； Ｈ， ３．７０； Ｎ， １４．１０。
【０５５３】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン
【０５５４】
メタノール（６００ｍＬ）中の（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（１．０ｇ、３．５ｍｍｏｌ）と１０％Ｐｄ／Ｃ（０．３ｇ）との混合物をＰａｒｒ−Ｓｈａｋｅｒ装置中、５０ｐｓｉの水素で、５時間、水素化した。この混合物をセライトでろ過し、そのろ液を真空下で濃縮した。その固体を温酢酸エチル中で３０分間スラリー化し、ろ過し、乾燥して、生成物０．４６ｇ（５１％）を白色固体として得た。融点２３５．５〜２３９℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １１．０１ （ｓ， １Ｈ）．７．１９（ｔ， Ｊ＝７．６ Ｈｚ， １Ｈ）．６．９０（ｄ． Ｊ＝７．３ Ｈｚ， １Ｈ）， ６．７８（ｄ， Ｊ＝７．８ Ｈｚ， １Ｈ）， ５．４２（ｓ， ２Ｈ）．５．１２（ｄｄ．Ｊ＝５．１及び１３．１ Ｈｚ， １Ｈ）， ４．１７（ｄｄ， Ｊ＝１７．０及び２８．８ Ｈｚ， ２Ｈ）， ２．９２−２．８５（ｍ， １Ｈ）．２．６４−２．４９（ｍ， １Ｈ）．２．３４−２．２７（ｍ， １Ｈ）， ２．０６−１．９９（ｍ， １Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７２．８５， １７１．１９， １６８．８４， １４３．５８， １３２．２２．１２８．７９， １２５．５６， １ １６．３７， １ １０．３９， ５１．４８， ４５．４９， ３１．２０， ２２．７４；ＨＰＬＣ  Ｗａｔｅｒｓ  Ｎｏｖａ−Ｐａｋ／Ｃ１８、３．９×１５０ｍｍ、４マイクロメートル、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、１０／９０  ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液）０．９６分（１００％）；キラル分析  Ｄａｉｃｅｌ  Ｃｈｉｒａｌ  Ｐａｋ  ＡＤ、４０／６０ヘキサン／ＩＰＡ、６．６０分（９９．４２％）；Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ３に対する分析計算値：Ｃ， ６０．２３； Ｈ， ５．０５； Ｎ， １６．２１．実測値：Ｃ， ５９．９６； Ｈ． ４．９８； Ｎ， １５．８４。
【０５５５】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンは、当該技術分野において知られている方法によっても調製することができ、例えば、Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｕｔｕｒｅ，２００３，２８（５）：４２５−４３１に記載されており、この全体を参照により本明細書に援用する。
【０５５６】
５．２  ３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）の調製
水（５００ｍＬ）中の水酸化カリウム（１６．１ｇ、２８６ｍｍｏｌ）の溶液に３−ニトロフタルイミド（２５．０ｇ、１３０ｍｍｏｌ）を０℃で何回かに分けて加えた。この懸濁液を０℃で３時間攪拌した後、３０℃まで３時間加熱した。この用液にＨＣｌ（１００ｍＬ、６Ｎ）を加えた。得られた懸濁液を０℃まで１時間冷却した。この懸濁液をろ過し、冷水（２×１０ｍＬ）で洗浄して、３−ニトロ−フタルアミド酸を白色固体として得た（２４．６ｇ、収率９０％）。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ７．６９ （ｂｒｓ， １Ｈ， ＮＨＨ）， ７．７４ （ｔ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ７．９２ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ８．１３ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ８．１５ （ｂｒｓ， １Ｈ， ＮＨＨ）， １３．５９ （ｓ， １Ｈ， ＯＨ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １２５．３３， １２９．１５， １３０．２５， １３２．５４， １３６．７２， １４７．０３， １６５．９０， １６７．３１。
【０５５７】
水（１１８ｍＬ）中の３−ニトロ−フタルアミド酸（２４．６ｇ、１１７ｍｍｏｌ）と水酸化カリウム（６．５６ｇ、１１７ｍｍｏｌ）の混合物に、水（２４０ｍＬ）中の臭素（６ｍＬ）と水酸化カリウム（１３．２ｇ、２３４ｍｍｏｌ）の混合物を０℃で加えてから、水（３５０ｍＬ）中の水酸化カリウム（１９．８ｇ、３５１ｍｍｏｌ）の溶液を加えた。０℃で５分後、この混合物を１００℃の油浴中で１時間加熱した。この反応溶液を室温まで冷却してから、氷水浴中で３０分間冷却した。この混合物に、ＨＣｌ（２４０ｍＬ、２Ｎ）の溶液を０℃で滴加し、得られた混合物を１時間静置した。この懸濁液をろ過し、水（５ｍＬ）で洗浄して、２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸を黄色固体として得た（１５．６ｇ、収率７３％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８、５μｍ、３．９×１５０ｍｍ、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４、５％から９５％へのグラジエントで５分、５．８３分（８５％）；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ６．９０ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ７．０１ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ９ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ７．３１ （ｔ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ８．５−９．５ （ｂｒｓ， ３Ｈ， ＯＨ， ＮＨ２）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １０５．５８， １１０．１４， １２０．０７， １３１．７４， １４９．８０， １５１．３６， １６６．３０； ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ １８３。
【０５５８】
無水酢酸（１５ｍＬ）中の２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸（１．５ｇ、８．２ｍｍｏｌ）の混合物を、２００℃で３０分間、電子レンジで加熱した。この混合物をろ過し、酢酸エチル（２０ｍＬ）で洗浄した。そのろ液を真空下で濃縮した。その固体をエーテル（２０ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁液をろ過し、エーテル（２０ｍＬ）で洗浄して、２−メチル−５−ニトロ−ベンゾ［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オンを淡褐色固体として得た（１．４ｇ、収率８５％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８、５μｍ、３．９×１５０ｍｍ、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４、５％から９５％へのグラジエントで５分、５．３６分（９２％）；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２．４２ （ｓ， ３Ｈ， ＣＨ３）， ７．７９ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ７．９３ （ｄｄ， Ｊ ＝ １， ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ８．０６ （ｔ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２０．８７， １０７．７９， １２１．５４， １２８．８７， １３７．１９， １４７．１２， １４８．４６， １５５．１８， １６１．７８； ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ ２０７。
【０５５９】
５−ニトロ−２−メチル−ベンゾ［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オン（０．６０ｇ、２．９１ｍｍｏｌ）と３−アミノ−ピペリジン−２，６−ジオン塩酸塩（０．４８ｇ、２．９１ｍｍｏｌ）とのピリジン（１５ｍＬ）中懸濁液がそれぞれ入った２個のバイアルを１７０℃で１０分間、電子レンジで加熱した。この懸濁液をろ過し、ピリジン（５ｍＬ）で洗浄した。そのろ液を真空下で濃縮した。得られた混合物をＨＣｌ（３０ｍＬ、１Ｎ）、酢酸エチル（１５ｍＬ）及びエーテル（１５ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁液をろ過し、水（３０ｍＬ）と酢酸エチル（３０ｍＬ）で洗浄し、濃褐色固体を得、この固体をメタノール（５０ｍＬ）とともに、室温で一晩攪拌した。この懸濁液をろ過し、メタノールで洗浄して、３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを黒色固体として得た（４９０ｍｇ、収率２７％）。この固体を、更に精製することなく次のステップで使用した。
【０５６０】
ＤＭＦ（４０ｍＬ）中の３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（２５０ｍｇ）とＰｄ（ＯＨ）２炭素（１１０ｍｇ）との混合物を水素雰囲気下（５０ｐｓｉ）で１２時間振盪した。この懸濁液をセライトパッドに通してろ過し、ＤＭＦ（１０ｍＬ）で洗浄した。このろ液を真空下で濃縮し、得られた油状物を、フラッシュカラムクロマトグラフィー（シリカゲル、メタノール／塩化メチレン）によって精製して、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを白色固体として得た（１５６ｍｇ、収率６９％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８、５μｍ、３．９×１５０ｍｍ、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、１０／９０  ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４、３．５２分（９９．９％）；融点：２９３〜２９５℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２．１０−２．１７ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．５３ （ｓ， ３Ｈ， ＣＨ３）， ２．５９−２．６９ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ２．７６−２．８９ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ５．１４ （ｄｄ， Ｊ ＝ ６， １１ Ｈｚ， １Ｈ， ＮＣＨ）， ６．５６ （ｄ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ６．５９ （ｄ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， ７．０２ （ｓ， ２Ｈ， ＮＨ２）， ７．３６ （ｔ， Ｊ ＝ ８ Ｈｚ， １Ｈ， Ａｒ）， １０．９８ （ｓ， １Ｈ， ＮＨ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２０．９８， ２３．１４， ３０．５２， ５５．９２， １０４．１５， １１０．４８， １１１．３７， １３４．９２， １４８．１７， １５０．５５， １５３．６２， １６２．５９， １６９．６５， １７２．５７； ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ ２８７；Ｃ１４Ｈ１４Ｎ４Ｏ３＋０．３Ｈ２Ｏに対する分析計算値：Ｃ， ５７．６５； Ｈ， ５．０５； Ｎ， １９．２１．実測値：Ｃ， ５７．５０； Ｈ， ４．７３； Ｎ， １９．００。
【０５６１】
５．３  ３−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ｂ）の調製
手順１：
【０５６２】
ステップ１：３−（４−ヒドロキシ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（２．５ｇ、８．５６ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（６０ｍＬ）中溶液にトリフェニルホスフィン（ポリマー担持型１．６ｍｍｏｌ／ｇ、１２ｇ、１８．８ｍｍｏｌ）を加えた。この混合物を室温で１５分間撹拌した。アゾジカルボン酸ジイソプロピル（３．９６ｍＬ、１８．８ｍｍｏｌ）を０℃で加え、この混合物を０℃で３０分間撹拌した。（４−モルホリン−４−イルメチル−フェニル）−メタノール（２．６２ｇ，１２．４ｍｍｏｌ）を０℃で加え、この混合物を室温に温め、室温で一晩攪拌した。この反応混合物をろ過し、そのろ液を濃縮した。得られた油状物を、シリカゲルカラム上で塩化メチレン及びメタノール（グラジエント、６％メタノールで得られた生成物）で溶出して精製し、４−カルバモイル−４−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−酪酸メチルエステルを得た（２．２ｇ、収率５４％）。この生成物を、更に精製することなく次のステップで使用した。
【０５６３】
ステップ２：４−カルバモイル−４−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−酪酸メチルエステル（２．２ｇ、４．５７ｍｍｏｌ）のＴＨＦ溶液（５０ｍＬ）にカリウムｔｅｒｔ−ブトキシド（０．５１ｇ、４．５７ｍｍｏｌ）を０℃で加えた。この混合物を０℃で１０分間攪拌し、１Ｎ  ＨＣｌ（５ｍＬ、５ｍｍｏｌ）に続いて、飽和ＮａＨＣＯ３（２５ｍＬ）でクエンチした。この混合物をＥｔＯＡｃ（２×５０ｍＬ）で抽出した。有機層を水（３０ｍＬ）、ブライン（３０ｍＬ）で洗浄し、ＭｇＳＯ４で乾燥し、濃縮した。得られた固体に、攪拌しながら、ＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）、続いてヘキサン（１０ｍＬ）を加えた。この懸濁液をろ過して、３−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−ピペリジン−２，６−ジオンを白色固体として得た（１．５ｇ、収率７３％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８、５μｍ、３．９×１５０ｍｍ、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、グラジエント  ９５／５  アセトニトリル／０．１％Ｈ３ＰＯ４で５分：ｔＲ＝４．７８分（９８．５％）；融点：２１０〜２１２℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）判読不可ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．２９ − ２．３８ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ２．４４ （ｄｄ， Ｊ ＝ ４．３， １３．０ Ｈｚ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．５３ − ２．６４ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．８２ − ２．９９ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ３．４６ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ３．５２ − ３．６１ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ４．１８ − ４．５１ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ５．１１ （ｄｄ， Ｊ ＝ ５．０， １３．３ Ｈｚ， １Ｈ， ＮＣＨ）， ５．２２ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ７．２７ − ７．３８ （ｍ， ５Ｈ， Ａｒ）， ７．４０ − ７．５３ （ｍ， ３Ｈ， Ａｒ）， １０．９８ （ｓ， １Ｈ， ＮＨ） １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）データの欠如と思われます２２．３６， ３１．２ １２７．６４， １２８．９９， １２９．８１， １２９．９５， １３３．３１， １３５．２９， １３７．６８， １５３．５０， １６８．０１， １７０．９８， １７２．８３； ＬＣＭＳ：４６５；Ｃ２５Ｈ２７Ｎ３Ｏ５＋０．８６Ｈ２Ｏに対する分析計算値：Ｃ， ６４．５８； Ｈ， ６．２３； Ｎ， ９．０４；実測値：Ｃ， ６４．７７； Ｈ， ６．２４； Ｎ， ８．８８。
【０５６４】
手順２：
【０５６５】
ステップ１：２Ｌの丸底フラスコに、５−アミノ−４−（４−ヒドロキシ−１−オキソイソインドリン−２−イル）−５−オキソペンタン酸メチル（３０ｇ、１０３ｍｍｏｌ）、１，４−ビス（ブロモメチル）ベンゼン（８１ｇ、３０８ｍｍｏｌ）及び炭酸カリウム（１４．１９ｇ、１０３ｍｍｏｌ）及びアセトニトリル（１．２Ｌ）を入れた。この混合物を室温で１０分間撹拌し、５０℃まで１２時間加熱した。この反応混合物を、室温まで冷却した。この混合物をろ過し、そのろ液をロータリーエバポレーターで濃縮した。得られた固体をＣＨ２Ｃｌ２中に溶解し、２つのシリカゲルカラム（各３３０ｇ）に充填し、ＣＨ２Ｃｌ２／ＭｅＯＨを用いて溶出して、４−［４−（４−ブロモメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−４−カルバモイル−酪酸メチルエステルを白色固体として得た（４０ｇ、収率８２％）。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）判読不可ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．１４ − ２．２３ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．２３ − ２．３２ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨＨ， ＣＨＨ）， ３．５０ （ｓ， ３Ｈ， ＣＨ３）， ４．３４ − ４．６３ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ４．６７ − ４．８０ （ｍ， ３Ｈ， ＣＨ２， ＮＣＨ）， ５．２５ （ｓ， ４Ｈ， ＣＨ２）， ７．１９ （ｓ， １Ｈ， ＮＨＨ）， ７．２４ − ７．３４ （ｍ， ２Ｈ， Ａｒ）， ７．４１ − ７．５４ （ｍ， ５Ｈ， Ａｒ）， ７．５８ （ｂｒ． ｓ．， １Ｈ， ＮＨＨ）。
【０５６６】
ステップ２：５−アミノ−４−（４−（４−（ブロモメチル）ベンジルオキシ）−１−オキソイソインドリン−２−イル）−５−オキソペンタン酸メチル（３６．５ｇ、７７ｍｍｏｌ）のＣＨ２Ｃｌ２溶液にモルホリン（１４．７２ｍｌ、１６９ｍｍｏｌ）を室温で加えた。この混合物を室温で１時間撹拌した。得られた懸濁液をろ過し、そのろ液をロータリーエバポレーターで濃縮した。得られた油状物を３５０ｍＬのＥｔＯＡｃ中に溶解し、水（５０ｍＬ×３）で洗浄した。有機層をロータリーエバポレーターで濃縮して、４−カルバモイル−４−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−酪酸メチルエステルを泡状固体として得た（３９ｇ、収率１００％）。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）判読不可ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．１４ − ２．２２ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．２２ − ２．２９ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨＨ，ＣＨＨ）， ２．３０ − ２．３９ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ３．４６ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ３．５０ （ｓ， ３Ｈ， ＣＨ３）， ３．５３ − ３．６３ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ４．２８ − ４．５９ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ４．７３ （ｄｄ， Ｊ ＝ ４．７， １０．２ Ｈｚ， １Ｈ， ＮＣＨ）， ５．２２ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ７．１４ − ７．２３ （ｍ， １Ｈ， ＮＨＨ）， ７．２６ − ７．３９ （ｍ， ４Ｈ， Ａｒ）， ７．４１ − ７．５１ （ｍ， ３Ｈ， Ａｒ）， ７．５８ （ｓ， １Ｈ， ＮＨＨ）。
【０５６７】
ステップ３：５−アミノ−４−（４−（４−（モルホリノメチル）ベンジルオキシ）−１−オキソイソインドリン−２−イル）−５−オキソペンタン酸メチル（４０ｇ、８３ｍｍｏｌ）のＴＨＦ溶液に、カリウム２−メチルプロパン−２−オラート（９．８０ｇ、８７ｍｍｏｌ）を０℃で何回かに分けて加えた。この混合物をこの温度で３０分間攪拌した。この反応混合物に４５ｍＬの１Ｎ  ＨＣｌ溶液、続けて２００ｍＬの飽和ＮａＨＣＯ３溶液を加えた。この混合物を５００ｍＬのＥｔＯＡｃにより０℃で希釈し、５分間攪拌し、分離した。有機層を水（５０ｍＬ×３）及びブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、ロータリーエバポレーターで濃縮して、白色固体を得た。この固体をジエチルエーテル（３００ｍＬ）中で攪拌して懸濁液を得た。この懸濁液をろ過して、３−［４−（４−モルホリン−４−イルメチル−ベンジルオキシ）−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル］−ピペリジン−２，６−ジオンを白色固体として得た（２８．５ｇ、収率７２％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８、５μｍ、３．９×１５０ｍｍ、１ｍＬ／分、２４０ｎｍ、グラジエント  ９５／５  アセトニトリル／０．１％Ｈ３ＰＯ４で５分：ｔＲ＝４．７８分（９８．５％）；融点：２０９〜２１１℃； １Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １．８６ − ２．０９ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．２９ − ２．３８ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ２．４４ （ｄｄ， Ｊ ＝ ４．３， １３．０ Ｈｚ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．５３ − ２．６４ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ２．８２ − ２．９９ （ｍ， １Ｈ， ＣＨＨ）， ３．４６ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ３．５２ − ３．６１ （ｍ， ４Ｈ， ＣＨ２，ＣＨ２）， ４．１８ − ４．５１ （ｍ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ５．１１ （ｄｄ， Ｊ ＝ ５．０， １３．３ Ｈｚ， １Ｈ， ＮＣＨ）， ５．２２ （ｓ， ２Ｈ， ＣＨ２）， ７．２７ − ７．３８ （ｍ， ５Ｈ， Ａｒ）， ７．４０ − ７．５３ （ｍ， ３Ｈ， Ａｒ）， １０．９８ （ｓ， １Ｈ， ＮＨ）； １３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２２．３６， ３１．２１， ４５．０９， ５１．５８， ５３．１４， ６２．１０， ６６．１７， ６９．４１， １１４．９７， １１５．２３， １２７．６４， １２８．９９， １２９．８１， １２９．９５， １３３．３１， １３５．２９， １３７．６８， １５３．５０， １６８．０１， １７０．９８， １７２．８３； ＬＣＭＳ：４６５；Ｃ２５Ｈ２７Ｎ３Ｏ５＋０．８６Ｈ２Ｏに対する分析計算値：Ｃ， ６４．６３； Ｈ， ６．２２； Ｎ， ９．０４；実測値：Ｃ， ６４．３９； Ｈ， ６．１１； Ｎ， ８．８９； Ｈ２Ｏ， ３．２４。
【０５６８】
５．４  Ｆｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞において化合物Ａの処理に応答して上方制御または下方制御されるタンパク質のプロテオミクススクリーニング
ＨＣＣ異種移植片（ＨＡＫ−１ＡＪ及びＦｏｃｕｓの切除した異種移植腫瘍片）をＤＭＳＯまたは化合物Ａのいずれかにより１回（単回）または複数回のいずれかで処理した。細胞を２４時間または７２時間の時点で回収し、タンパク質を塩基性ｐＨ逆勾配法を使用して分画した。分画した試料を、タンデム質量タグ（ＴＭＴ）法を使用して標識した。相対存在量を算出した。
【０５６９】
プロテオミクススクリーニング試験の結果を図１Ａ〜Ｃに示す。図１Ａは、Ｆｏｃｕｓ細胞における、ＤＭＳＯ処理と比較した化合物Ａ処理後の示差的に多く存在するタンパク質の相対存在量を示す。図１Ｂは、ＨＡＫ−１ＡＪ細胞における、ＤＭＳＯ処理と比較した化合物Ａ処理後の示差的に多く存在するタンパク質の相対存在量を示す。図１Ｃは、Ｆｏｃｕｓ及びＨＡＫ−１ＡＪの両細胞において、化合物Ａによる処理から２４時間後に共通して示差的に多く存在するタンパク質、例えば、ＷＩＢＧ、ＫＡＴ１、ネスチン、ＰＡＲＰ４及びＭＶＰを示す。
【０５７０】
このプロテオミクススクリーニング試験に基づくと、化合物Ａの処理に応答して上方制御される特定のタンパク質には、ネスチン、ＫＡＴ１／ＣＣＢＬ１及びＷＩＢＧが含まれ、化合物Ａの処理に応答して下方制御される特定のタンパク質には、ＭＶＰ、ＰＡＲＰ４、ＺＦＰ９１及びＺＮＦ１９８が含まれる。
【０５７１】
化合物Ａの処理に応答して上方制御または下方制御されるタンパク質のプロテオミクススクリーニングを、Ｆｏｃｕｓ細胞株及びＪＨＨ４細胞株を使用することによっても実施した。化合物Ａの処理に応答して上方制御された代表的なタンパク質を表３及び表４に示す。表３は、基底膜細胞外マトリックスを使用した３次元（３Ｄ）培養条件下で成長させたＪＨＨ４細胞株中で化合物Ａによって上方制御されたタンパク質を表す。表４は、３Ｄ条件下におけるＦＯＣＵＳ細胞株中で化合物Ａによって上方制御されたタンパク質を示す。化合物Ａの処理に応答して下方制御された代表的なタンパク質を表５及び表６に示す。表５は、３Ｄ条件下におけるＪＨＨ４細胞株中で化合物Ａによって下方制御されたタンパク質を示す。表６は、３Ｄ条件下におけるＦＯＣＵＳ細胞株中で化合物Ａによって下方制御されたタンパク質を示す。
【０５７２】
したがって、表３〜６中のこれらのタンパク質は、本明細書で提供される様々な方法におけるバイオマーカーとして使用することができる。
【０５７３】
プロテオミクス試験で特定された代表的なタンパク質については、図８に示すものなどのウェスタンブロット解析で確認した。示されるように、ＭＳＴ１Ｒ（ＲＯＮ）、ＲＡＲＰ４、ＭＶＰ、ＺＦＰ９１、ＩＫＢＫＥ、ＰＤＥ６Ｄのタンパク質レベルは、化合物Ａの処理に応答して低下し、ＣＫ１α、ＬＧＡＬＳ２、ＫＡＴ１、ＧＳＰＴ１及びＣＲＢＮのタンパク質レベルは、化合物Ａの処理に応答して上昇した。
表３  化合物Ａの処理に応答して上方制御されたタンパク質（セット１）
【表７】
2018525991.tif 000025
表４  化合物Ａの処理に応答して上方制御されたタンパク質（セット２）
【表８】
2018525991.tif 000026
表５  化合物Ａの処理に応答して下方制御されたタンパク質（セット１）
【表９】
2018525991.tif 000027
表６  化合物Ａの処理に応答して下方制御されたタンパク質（セット２）
【表１０】
2018525991.tif 000028
【０５７４】
５．５  プロテオミクススクリーニングは、化合物ＡがＦｏｃｕｓ細胞株及びＪＨＨ４細胞株においてＺＦＰ９１タンパク質のレベルを低下させることを示す。
３Ｄ設定のＦｏｃｕｓとＪＨＨ４の両方のＨＣＣ細胞を、ＤＭＳＯまたは化合物Ａのいずれかで処理して１５日間連続して培養するか、まず約７日間培養してからＤＭＳＯまたは化合物Ａのいずれかにより２４時間または７２時間処理した。細胞を回収し、プロテオミクス解析のために細胞からタンパク質を調製した。コントロールプレート上での細胞成長についても解析した。具体的には、ＤＭＳＯまたは化合物Ａのいずれかを含有する培地中に細胞を播種した。この細胞を一定期間培養し、次いで、フィルタープレート上に回収した。プレートを乾燥した後、プレートにシンチレーション流体を加え、Ｔｏｐ計数リーダーで読み取った。
【０５７５】
図２Ａは、様々な期間にわたって化合物Ａで処理した３Ｄ  Ｆｏｃｕｓ細胞における、コントロールプレート及びプロテオミクス調製物（樹立）でのＣＲＢＮ及びＺＦＰ９１のレベルを示す。図２Ｂは、コントロールプレートのコロニー数及びコロニー総面積を示す。図３Ａは、様々な期間にわたって化合物Ａで処理した３Ｄ  ＪＨＨ４細胞における、コントロールプレート及びプロテオミクス調製物（樹立）でのＣＲＢＮ及びＺＦＰ９１のレベルを示す。図３Ｂは、コントロールプレートのコロニー数及びコロニー総面積を示す。示されるように、化合物Ａの処理は、両細胞株において、コロニー数及びコロニー総面積を減少させた。コントロールプレート及びプロテオミクス調製物中のＣＲＢＮ及びＺＦＰ９１のレベルは、β−アクチンを対照として使用して解析した。示されるように、Ｆｏｃｕｓ及びＪＨＨ４の両ＨＣＣ細胞株において、化合物Ａによる処理は、ＣＲＢＮタンパク質のレベルを上昇させ、ＺＦＰ９１タンパク質のレベルを低下させた。
【０５７６】
５．６  ウェスタン解析は、ＺＦＰ９１のレベルが、Ｆｏｃｕｓ細胞株及びＪＨＨ４細胞株において、化合物Ａまたは化合物Ｂの処理に応答して低下することを示す。
Ｆｏｃｕｓ細胞を、ＤＭＳＯ、化合物Ａまたは化合物Ｂを含有する培地中で１８日間連続して培養するか、７日間培養してからＤＭＳＯ、化合物Ａまたは化合物Ｂで１１日間処理するかのいずれかで、１８日間培養した。次いで、細胞を回収し、２００μｌの冷細胞溶解緩衝液（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇの１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００にＲｏｃｈｅのプロテアーゼ阻害剤及びホスファターゼ阻害剤を添加したもの）中で処理して、細胞溶解物を生成した。細胞溶解物から４〜１２％Ｎｕｐａｇｅゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によってタンパク質を分離し、ニトロセルロース膜に転写した。次いで、イムノブロットを、ＣＲＢＮ、ＺＦＰ９１（ＬＳＢｉｏ）及びβ−アクチン（Ｌｉ−Ｃｏｒ）を認識する抗体でプローブした。Ｌｉ−Ｃｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ  Ｉｍａｇｅｒによりシグナルを検出した。ウェスタンブロットの結果を図４Ａに示した。示されるように、ＺＦＰ９１のレベルは、化合物Ａまたは化合物Ｂによる処理に応答して低下した。
【０５７７】
また、化合物Ａで６時間、２４時間及び７２時間処理した２Ｄ設定のＦｏｃｕｓ及びＪＨＨ４の両細胞株のＨＣＣ細胞と、１５日間化合物Ａで処理した３Ｄ設定のＪＨＨ４細胞についてもウェスタンブロットにより解析した。細胞を回収し、２００μｌの冷細胞溶解緩衝液（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇの１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００にＲｏｃｈｅのプロテアーゼ阻害剤及びホスファターゼ阻害剤を添加したもの）中で処理して、細胞溶解物を生成した。細胞溶解物から４〜１２％Ｎｕｐａｇｅゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によってタンパク質を分離し、ニトロセルロース膜に転写した。次いで、イムノブロットを、ＣＲＢＮ、ＺＦＰ９１（ＬＳＢｉｏ）、Ｐ−ＴＢＫ１及びβ−アクチン（Ｌｉ−Ｃｏｒ）を認識する抗体でプローブした。Ｌｉ−Ｃｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ  Ｉｍａｇｅｒによりシグナルを検出した。結果を図４Ｂに示した。示されるように、ＺＦＰ９１のレベルは、２Ｄ設定の両細胞株において、化合物Ａによる６時間、２４時間または７２時間の処理に応答して低下した。ＺＦＰ９１のレベルはまた、３Ｄ設定のＪＨＨ４においても、化合物Ａによる１５日間の処理に応答して低下した。ＣＲＢＮのレベルは、２Ｄ設定の両細胞株において、化合物Ａによる６時間、２４時間または７２時間の処理に応答して上昇した。ＣＲＢＮのレベルはまた、３Ｄ設定のＪＨＨ４においても、化合物Ａによる１５日間の処理に応答して上昇した。化合物Ａで処理すると、３Ｄ設定でＰ−ＴＢＫ１も上方制御されることが示された。また、図４Ｃに示されるように、Ｆｏｃｕｓ細胞とＪＨＨ４細胞の両方において、様々な期間にわたって様々な用量の化合物Ａによって誘導されるＺＦＰ９１の分解について試験した。化合物Ａの処理に対するＺＦＰ９１の分解は、図４Ｄに示されるように、ＺＦＰ９１に対して標的化したｓｉＲＮＡを使用することでも確認される。
【０５７８】
５．７  Ｆｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞のＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１は、治療用化合物に応答して下方制御される。
図５Ａに示されるように、ウェスタン解析は、ＭＧ１３２及びＭＬＮ４９２４が、ＨＣＣ細胞株において、化合物Ａの処理に対するＺＦＰ９１のレベル低下を遮断することを示している。２Ｄ設定のＦｏｃｕｓ及びＪＨＨ４の両細胞株のＨＣＣ細胞を、まず、１０μＭ  ＭＧ１３２またはＭＬＮ４９２４で１時間処理し、次いで、５μＭ  ＤＭＳＯまたは５μＭ  化合物Ａで６時間処理した。細胞を回収し、細胞溶解緩衝液中で処理して、細胞溶解物を生成した。細胞溶解物からゲル電気泳動によってタンパク質を分離し、ニトロセルロース膜に転写した。次いで、イムノブロットを、ＣＲＢＮ、ＺＦＰ９１（ＬＳＢｉｏ）及びβ−アクチン（Ｌｉ−Ｃｏｒ）を認識する抗体でプローブした。結果を図５Ａに示した。示されるように、１０μＭ  ＭＧ１３２またはＭＬＮ４９２４の両方がＺＦＰ９１の分解を阻害した。ＭＧ１３２は、アポトーシスを開始するｃ−ＪｕｎＮ末端キナーゼ（ＪＮＫ１）を活性化する。ＭＧ１３２はまた、３μＭのＩＣ５０でＮＦ−κＢの活性化を阻害し、βセクレターゼ切断を防ぐ。ＭＬＮ４９２４は、ＣＲＬ４ＣＲＢＮなどのクリンリング型リガーゼ（ＣＲＬ）の活性を遮断するＮＡＥ１阻害物質である。ＭＧ１３２とＭＬＮ４９２４の両方がＣＲＢＮ活性を阻害することから、これらの結果は、ＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１が治療用化合物に応答して下方制御されることを示している。
【０５７９】
図５Ｂに示されるように、ＺＦＰ９１のレベルは、タンパク質合成剤（シクロヘキシミド（ＣＨＸ）１００ｕｇ／ｍｌ）で処理したＦｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞において、化合物Ａの処理に応答して低下した。この結果は、化合物Ａがプロテアソーム媒介性分解を介してＺＦＰ９１の代謝回転を加速することを示している。
【０５８０】
図５Ｃに示されるように、Ｆｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞でＣＲＢＮをノックダウンすると、ＺＦＰ９１分解に対する化合物Ａの作用は逆転した。同様に、図５Ｄに示されるように、ＣＲＢＮをノックダウンすると、ＺＦＰ９１タンパク質レベルに対する化合物Ｂの作用も逆転した。繰り返しになるが、これらの結果は、ＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１が治療用化合物に応答して下方制御されることを示している。
【０５８１】
５．７  Ｈｅｐ３Ｂ細胞株のＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１は、治療用化合物に応答して下方制御される。
化合物Ａまたは化合物Ｂの処理に対するＺＦＰ９１レベルの変化をヒトヘパトーマＨｅｐ３Ｂ細胞株でも評価した。Ｈｅｐ３Ｂ細胞を化合物Ａまたは化合物Ｂで処理して、細胞を回収し、溶解緩衝液中で処理し、細胞溶解物を生成した。細胞溶解物からゲル電気泳動によってタンパク質を分離し、ニトロセルロース膜に転写した。次いで、イムノブロットを、ＣＲＢＮ、ＺＦＰ９１及びβ−アクチンを認識する抗体でプローブした。Ｌｉ−Ｃｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ  Ｉｍａｇｅｒによりシグナルを検出した。結果を図６Ａの上パネルに示した。示されるように、ＺＦＰ９１は、化合物Ａまたは化合物Ｂによる処理に応答して下方制御される。Ｆｏｃｕｓ細胞及びＪＨＨ４細胞と同様に、ＭＧ１３２及びＭＬＮ４９２４は、図６Ａの下パネルに示されるように、化合物Ａまたは化合物Ｂの処理に対するＺＦＰ９１のレベル低下を遮断した。図６Ｂに示されるように、Ｈｅｐ３Ｂ細胞は、化合物Ｂに対して感受性であったが、化合物Ａに対して感受性ではなかったことが示された。したがって、ＺＦＰ９１は、治療用化合物に対する細胞の成長応答に関係なく、治療用化合物に応答して分解され得る。
【０５８２】
５．８  膠芽腫細胞株のＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１は、治療用化合物に応答して下方制御される。
治療用化合物に対するＺＦＰ９１レベルの変化を他の固形腫瘍細胞株、例えば、膠芽腫（ＧＢＭ）細胞株で評価した。Ｕ８７ヒト初代膠芽腫細胞及びＳＮＢ１９神経膠腫細胞を化合物Ａまたはレナリドミドで処理し、細胞を回収し、溶解緩衝液中で処理して、細胞溶解物を生成した。細胞溶解物からゲル電気泳動によってタンパク質を分離し、ニトロセルロース膜に転写した。次いで、イムノブロットを、ＺＦＰ９１及びβ−アクチンを認識する抗体でプローブした。Ｌｉ−Ｃｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ  Ｉｍａｇｅｒによりシグナルを検出した。結果を図７Ａに示した。示されるように、ＺＦＰ９１は、化合物Ａまたはレナリドミドによる処理に応答して下方制御される。図７Ｂの左パネルに示されるように、化合物Ａは、１日１回の３ｍｇ／ｋｇ及び３０ｍｇ／ｋｇでＵ８７腫瘍成長を有意に阻害する。図７Ｂの右パネルに示されるように、免疫染色アッセイは、化合物ＡがＵ８７異種移植組織でＺＦＰ９１を分解することを示した。ＨＣＣ細胞と同様に、ＭＧ１３２及びＭＬＮ４９２４は、図７Ａに示されるように、Ｕ８７細胞及びＳＮＢ１９細胞での治療用化合物に対するＺＦＰ９１のレベル低下を遮断した。これは、治療用化合物が、ＣＲＢＮ依存性経路において、ＺＦＰ９１のレベルを低下させることを示している。
【０５８３】
前述から、具体的な実施形態を例示の目的で本明細書に記載してきたが、本明細書で提供されるものの趣旨及び範囲を逸脱することなく、種々の変更がなされ得ることを理解されたい。上で参照された参考文献の全ては、参照により本明細書に援用される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８】
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【国際調査報告】
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