(57)【要約】  ＡＸＬタンパク質及びその変異体に結合する抗体が、本明細書中に記載される。ＡＸＬは、正常な成体組織において、はっきりと異なる、制限された発現パターンを示し、表Ｉに列挙される癌において、異常に発現される。結果として、本発明のＭＡｂは、癌の処置及び管理用の診断組成物を提供する。
2018525320.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号８に示される重鎖可変領域配列中のＣＤＲのアミノ酸配列からなる相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む重鎖可変領域、及び配列番号１０に示される軽鎖可変領域配列中のＣＤＲのアミノ酸配列からなる相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む軽鎖可変領域を含む、ＡＸＬタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント。
【請求項２】
前記抗体又は前記抗原結合フラグメントは、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、及び配列番号１０に示されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項３】
前記抗体は、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなる重鎖、及び配列番号９に示されるアミノ酸配列からなる軽鎖を含む、請求項１に記載の抗体。
【請求項４】
前記フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、又はｓｃＦｖフラグメントである、請求項１に記載の抗原結合フラグメント。
【請求項５】
前記抗体又は前記抗原結合フラグメントは、完全ヒト抗体である、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項６】
前記抗体又は前記抗原結合フラグメントは、組換えにより生産される、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項７】
前記抗体又は前記抗原結合フラグメントは、造影剤に結合されている、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項８】
前記抗体または前記抗原結合フラグメントは、癌の処置及び管理のために患者をスクリーニングするコンパニオン診断（ＣＤｘ）として用いられる、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項９】
対象におけるＡＸＬの発現を検出する方法であって、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメントを、前記対象から得られた試料と接触させる工程を含む、方法。
【請求項１０】
前記対象から試料を得る工程を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象は癌患者である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記癌は、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、及び肺癌からなる群から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＡＸＬの発現が陽性である癌患者を同定する方法であって、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメントを、前記対象から得られた試料と接触させる工程を含む、方法。
【請求項１４】
前記対象から試料を得る工程を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌は、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、及び肺癌からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記癌患者は、ＥＧＦＲ阻害剤による処置を経験している、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記癌は、ＥＧＦＲ阻害剤に対して耐性である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメントを含む、ＡＸＬの発現を検出するためのキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年５月１８日出願の米国仮特許出願第６２／１６３２６４号明細書の優先権を主張し、この出願の内容は、参照によってその全体が組み込まれる。
【０００２】
参照による配列表の組込み
本出願は、電子フォーマットの配列表と共に提出されている。配列表は、３２．４キロバイトのサイズである、２０１６年５月１８日に作成された５１１５８２００９８４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴという表題のファイルとして提供される。配列表の電子フォーマットの情報は、参照によってその全体が組み込まれる。
【０００３】
連邦政府支援を受けて研究された発明の権利に関する陳述
該当せず。
【０００４】
本明細書中に記載される発明は、ＡＸＬと呼ばれるタンパク質に結合する抗体及びその抗原結合フラグメントに関する。本発明は更に、ＡＸＬを発現する癌の処置に有用な、予後、予防、診断、そしてコンパニオン（ｃｏｍｐａｎｉｏｎ）の治療方法及び組成物に関する。
【背景技術】
【０００５】
２０１３年、１，６６０，２９０人の男性及び女性（８５４，７９０人の男性及び８０５，５００人の女性）が、全部位の癌と診断されて、５８０，３５０人の男性及び女性が、その癌で死亡すると推定される。２００６年から２０１０年まで、全部位の癌の診断時年齢の中央値は６６歳であった。年齢調整罹患率は、男女１００，０００人あたり年間４６３．０人であった。当該率は、１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００６〜２０１０年に診断された症例に基づいている。２００６年から２０１０年まで、全部位の癌の死亡年齢の中央値は７２歳であった。年齢調整死亡率は、男女１００，０００人あたり年間１７６．４人であった。当該率は、米国で２００６〜２０１０年に死亡した患者に基づいている。１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００３〜２００９年の５年相対全生存率は６５．８％であった。
【０００６】
非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）は、あらゆる年齢で生じ得、多くの場合、正常時、発熱時、そして体重減少時のリンパ節よりも大きなリンパ節によって特徴付けられる。非ホジキンリンパ腫は、多くの様々なタイプがある。これらのタイプは、アグレッシブ（急速な増殖）タイプ及び無痛（遅い増殖）タイプに分けられ得、Ｂ細胞又はＴ細胞のいずれかから形成され得る。Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫として、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病／小リンパ球性リンパ腫（ＣＬＬ／ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、及びマントル細胞リンパ腫が挙げられる。Ｔ細胞非ホジキンリンパ腫として、菌状息肉腫、未分化大細胞リンパ腫、及び前駆Ｔリンパ芽球性リンパ腫が挙げられる。骨髄又は幹細胞の移植後に生じるリンパ腫は、通常、Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫である。予後及び処置は、病期、および疾患のタイプに依存する。
【０００７】
２０１３年、６９，７４０人の男性及び女性（３７，６００人の男性及び３２，１４０人の女性）が、非ホジキンリンパ腫と診断されて、１９，０２０人の男性及び女性が非ホジキンリンパ腫で死亡すると推定される。２００６年から２０１０年まで、非ホジキンリンパ腫の診断時年齢の中央値は６６歳であった。年齢調整罹患率は、男女１００，０００人あたり年間１９．７人であった。当該率は、１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００６〜２０１０年に診断された症例に基づいている。２００６年から２０１０年まで、非ホジキンリンパ腫の死亡年齢の中央値は７６歳であった。年齢調整死亡率は、男女１００，０００人あたり年間６．４人であった。当該率は、米国で２００６〜２０１０年に死亡した患者に基づいている。１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００３〜２００９年の５年相対全生存率は６９．０％であった。
【０００８】
白血病は、骨髄等の血液形成組織で始まって、多数の血球を産生して血流に入らせる癌である。主な白血病は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、及び毛状細胞白血病（ＣＬＬ）で構成される。
【０００９】
グループとしての当該白血病について、２０１３年、４８，６１０人の男性及び女性（２７，８８０人の男性及び２０，７３０人の女性）が白血病と診断されて、２３，７２０人の男性及び女性が白血病で死亡すると推定される。２００６年から２０１０年まで、白血病の診断時年齢の中央値は６６歳であった。年齢調整罹患率は、男女１００，０００人あたり年間１２．８人であった。当該率は、１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００６〜２０１０年に診断された症例に基づいている。２００６年から２０１０年まで、白血病の死亡年齢の中央値は７５歳であった。年齢調整死亡率は、男女１００，０００人あたり年間７．１人であった。当該率は、米国で２００６〜２０１０年に死亡した患者に基づいている。１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００３〜２００９年の５年相対全生存率は５６．０％であった。
【００１０】
ＣＬＬは、成人で２番目に一般的なタイプの白血病であり、通常、徐々に悪化する。これは、多くの場合、中年期以降に見られ、小児では滅多に見られない。早期段階のＣＬＬ患者は、症状が現れるまで、または疾患の急速な進行の証拠を示すまで、化学療法で処置されない。化学療法の早期開始は、ＣＬＬにおいて利点を示さず、死亡率を増大させる可能性すらある。化学療法が開始される場合、ヌクレオシド類似体、フルダラビンが、ＣＬＬにおいて最も一般的に用いられる第１選択の療法である。以下が含まれる併用レジメンが、いくつかの臨床試験において、奏効率の向上を示した：フルダラビン、シクロホスファミド、及びリツキシマブ（ＦＣＲ）；ペントスタチン、シクロホスファミド、およびリツキシマブ（ＰＣＲ）；フルダラビン、シクロホスファミド、及びミトキサントロン（ＦＣＭ）；シクロホスファミド、ビンクリスチン、及びプレドニゾン（ＣＶＰ）；シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾン（ＣＨＯＰ）。２０１３年、１５，６８０人の男性及び女性（９，７２０人の男性及び５，９６０人の女性）が、慢性リンパ球性白血病と診断されて、４，５８０人の男性及び女性が慢性リンパ球性白血病で死亡すると推定される。２００６年から２０１０年まで、慢性リンパ球性白血病の診断時年齢の中央値は７１歳であった。年齢調整罹患率は、男女１００，０００人あたり年間４．３人であった。当該率は、１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００６〜２０１０年に診断された症例に基づいている。２００６年から２０１０年まで、慢性リンパ球性白血病の死亡年齢の中央値は７９歳であった。年齢調整死亡率は、男女１００，０００人あたり年間１．４人であった。当該率は、米国で２００６〜２０１０年に死亡した患者に基づいている。１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００３〜２００９年の５年相対全生存率は７９．２％であった。
【００１１】
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、成人で最も一般的なタイプの急性白血病である。現在のＡＭＬの処置は、完全寛解（ＣＲ）を達成するほどに攻撃的でなければならない。なぜなら、部分寛解では実質的な延命効果が得られないためである。成人ＡＭＬの寛解率は年齢に反比例し、予想される寛解率は、６０歳よりも若い人々について６５％超である。データは、一旦達すると、より高齢の患者では、寛解期間が短くなる可能性があることを示唆している。前駆細胞抗原ＣＤ３４及び／又はＰ糖タンパク質（ＭＤＲ１遺伝子産物）を発現する患者は、結果が悪い。細胞遺伝学的分析は、利用可能な最強の予後情報をいくつか提供して、寛解誘導療法及び寛解後療法の双方の結果を予測する。良好な予後を示す細胞遺伝学的異常として、ｔ（８；２１）、ｉｎｖ（１６）又はｔ（１６；１６）、及びｔ（１５；１７）が挙げられる。正常な細胞遺伝学は、平均のリスクＡＭＬを予告する。染色体５若しくは７の長腕又はモノソミーの欠失；染色体３の転座若しくは逆位、ｔ（６；９）、ｔ（９；２２）；又は第１染色体の異常ｌｑ２３によって特徴付けられるＡＭＬ患者は特に、化学療法による予後が悪い。２０１３年、１４，５９０人の男性及び女性（７，８２０人の男性及び６，７７０人の女性）が、急性骨髄性白血病と診断されて、１０，３７０人の男性及び女性が急性骨髄性白血病で死亡すると推定される。２００６年から２０１０年まで、急性骨髄性白血病の診断時年齢の中央値は６７歳であった。年齢調整罹患率は、男女１００，０００人あたり年間３．７人であった。当該率は、１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００６〜２０１０年に診断された症例に基づいている。２００６年から２０１０年まで、急性骨髄性白血病の死亡年齢の中央値は７２歳であった。年齢調整死亡率は、男女１００，０００人あたり年間２．８人であった。当該率は、米国で２００６〜２０１０年に死亡した患者に基づいている。１８のＳＥＥＲ参加地域由来の、２００３〜２００９年の５年相対全生存率は２４．２％であった。尚、全ての一般的な癌情報は、非特許文献１から得られ、全ての統計は、以下に見られるＳＥＥＲ罹患率およびＮＣＨＳ死亡率の統計に基づく：非特許文献２、非特許文献３。
【００１２】
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の治療的有用性（非特許文献４）が実現している。モノクローナル抗体は現在、移植、癌、感染症、心血管疾患、及び炎症における治療法として承認されている。アイソタイプが異なると、エフェクタ機能が異なる。機能のそのような差異が、様々な免疫グロブリンアイソタイプについて、異なる三次元構造に反映される（非特許文献５）。
【００１３】
更に、近年、モノクローナル抗体は、コンパニオン診断に用いられることが報告されている（非特許文献６）。Ｚｈａｎｇは最初に、ＡＸＬキナーゼの活性化が、肺癌におけるＥＧＦＲ標的療法に対する耐性を引き起こすことを報告している（非特許文献７）。ＡＦ１５４ＡＸＬウサギポリＡｂ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）が、肺癌患者においてＡＸＬを検出するのに用いられる（特許文献１）。
【００１４】
マウスは免疫化に便利であり、ほとんどのヒト抗原を異物と認識するので、治療可能性を有する、ヒト標的に対するｍＡｂは典型的に、マウス起源のものである。しかしながら、マウスｍＡｂは、ヒト治療剤としての固有の欠点がある。マウスｍＡｂは、ヒト抗体よりもヒトにおける循環半減期が短いため、より頻繁な投与を必要とする。より厳密には、ヒト免疫系に対するマウス抗体の反復投与により、ヒト免疫系は、マウスタンパク質を異物と認識して、ヒト抗マウス抗体（ＨＡＭＡ）反応を生じさせることによって、反応する。そのようなＨＡＭＡ反応は、系由来のマウス抗体のアレルギー反応、及び迅速な除去をもたらすことによって、マウス抗体による処置を無駄にする虞がある。そのような影響を避けるように、マウス内でヒト免疫系を作出することが試みられている。
【００１５】
最初の試みは、ヒト配列を有する抗体により抗原に反応することができるトランスジェニックマウスを作出することを望んだ（非特許文献８参照）が、これは、利用可能なクローニングビヒクルによって安定して維持され得るＤＮＡの量により、制限された。酵母人工染色体（ＹＡＣ）クローニングベクターを用いて、トランスジェニック哺乳動物中へのヒトＩｇ遺伝子座の大きな生殖細胞系フラグメントの導入が先導された。ヒトゲノム及びヒト定常領域において見られる、同じ間隔で配置されるヒトＶ、Ｄ、及びＪ領域遺伝子の本質的に大部分が、ＹＡＣを用いて、マウス中に導入された。そのようなトランスジェニックマウス株の１つが、ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（登録商標）マウスとして知られており、Ａｍｇｅｎ  Ｆｒｅｍｏｎｔ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ  ＣＡ）から市販されている。
【００１６】
加えて、免疫グロブリン重鎖（ＶＨ、ＤＨ、及びＪＨのセグメント）並びに／又はカッパ軽鎖（ＶＫ及びＪＫ）の遺伝子座に内在性マウス可変セグメントを有するゲノム配列が、全体的に、又は部分的に、ヒト免疫グロブリン重鎖（ＶＨ、ＤＨ、及びＪＨ）並びに／又はカッパ軽鎖（ＶＫ及びＪＫ）の遺伝子座の再配置されていない生殖細胞系可変セグメントを有するヒトゲノム配列と置き換えられているＶｅｌｏｃｌｍｍｕｎｅトランスジェニックマウス（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ，Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ，ＮＹ）を用いて、抗体が調製され得る。例えば、特許文献２〜特許文献７参照。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１７】
【特許文献１】米国特許出願公開第２０１４／０１２１１２６号明細書
【特許文献２】米国特許第６，５８６，２５１号明細書
【特許文献３】米国特許第６，５９６，５４１号明細書
【特許文献４】米国特許第７，１０５，３４８号明細書
【特許文献５】米国特許第６，５２８，３１３号明細書
【特許文献６】米国特許第６，６３８，７６８号明細書
【特許文献７】米国特許第６，５２８，３１４号明細書
【非特許文献】
【００１８】
【非特許文献１】ＮＣＩウェブサイト（ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ）
【非特許文献２】Ｈｏｗｌａｄｅｒ  Ｎ．，ｅｔ  ａｌ．，ＳＥＥＲ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  Ｒｅｖｉｅｗ，１９７５−２０１０，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
【非特許文献３】Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，ｈｔｔｐ：／／ｓｅｅｒ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／ｃｓｒ／１９７５＿２０１０／、２０１２年１１月のＳＥＥＲデータ提出物に基づいて、２０１３年にＳＥＥＲウェブサイトに掲載
【非特許文献４】Ｇ．Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｃ．Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７（１９７５）
【非特許文献５】Ｐ．Ｍ．Ａｌｚａｒｉ  ｅｔ  ａｌ，Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６：５５５−５８０（１９８８）
【非特許文献６】Ｓａｉ−Ｈｏｎｇ  Ｉｇｎａｔｉｕｓ  Ｏｕ，ｅｔ  ａｌ，Ｆｒｏｎｔ  Ｏｎｃｏｌ．２０１４；４：５８
【非特許文献７】Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４４，８５２−８６０（２０１２）
【非特許文献８】Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６７０９−６７１３（１９８９）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１９】
【課題を解決するための手段】
【００２０】
本発明は、ＡＸＬタンパク質及びＡＸＬタンパク質のポリペプチドフラグメントに結合する抗体及びその抗原結合フラグメントを提供する。一部の実施形態において、本発明は、完全ヒト抗体を含む。
【００２１】
本発明はさらに、様々な免疫原性組成物又は治療組成物、例えば造影剤で標識された抗体、及びＡＸＬを発現する癌、例えば表Ｉに列挙される組織の癌を診断且つ処置するための戦略を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】ＡＸＬのｃＤＮＡ（配列番号１）及びアミノ酸配列（配列番号２）を示す。開始メチオニンには下線が引かれている。オープンリーディングフレームは、核酸１９１から、終止コドンを含む核酸２８７５まで延在する。
【図２Ａ】ＡＸＬ抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。Ｖ７７−２ａ３７．１重鎖のｃＤＮＡ（配列番号３）およびアミノ酸配列（配列番号４）。二重下線が引かれているのは重鎖可変領域であり、下線が引かれているのは重鎖マウスＩｇＧ１定常領域である。
【図２Ｂ】ＡＸＬ抗体の核酸配列およびアミノ酸配列。Ｖ７７−２ａ３７．１軽鎖のｃＤＮＡ配列（配列番号５）およびアミノ酸配列（配列番号６）。二重下線が引かれているのは軽鎖可変領域であり、下線が引かれているのはマウスカッパ定常領域である。
【図３Ａ】Ｖ７７−２ａ３７．１抗体のアミノ酸配列。Ｖ７７−２ａ３７．１重鎖のアミノ酸配列（配列番号７）。ＣＤＲ領域（ｋａｂａｔナンバリングに基づく）は、イタリック体である。二重下線が引かれているのは重鎖可変領域（配列番号８）であり、下線が引かれているのはマウスＩｇＧ１定常領域である。
【図３Ｂ】Ｖ７７−２ａ３７．１抗体のアミノ酸配列。Ｖ７７−２ａ３７．１軽鎖のアミノ酸配列（配列番号９）。ＣＤＲ領域（ｋａｂａｔナンバリングに基づく）は、イタリック体である。二重下線が引かれているのは軽鎖可変領域（配列番号１０）であり、下線が引かれているのはマウスカッパ定常領域である。
【図４Ａ】Ｖ７７−２ａ３７．１重鎖可変領域の、ヒトＩｇ生殖系列に対するアラインメント。
【図４Ｂ】Ｖ７７−２ａ３７．１軽鎖可変領域の、ヒトＩｇ生殖系列に対するアラインメント。
【図５Ａ−５Ｊ】ＩＨＣによる、癌患者標本におけるＡＸＬタンパク質の検出。図５Ａおよび５Ｂは、肉腫標本を示す。図５Ｃおよび図５Ｄは、膵臓癌標本を示す。図５Ｅおよび図５Ｆは、黒色腫標本を示す。図５Ｇおよび図５Ｈは、卵巣癌標本を示す。図５Ｉおよび図５Ｊは、肺癌標本を示す。Ｖ７７−２ａ３７．１と表したＡＸＬ  ＭＡｂが、図５Ａ、図５Ｃ、図５Ｅ、図５Ｇ、および図５Ｉに示されている。ネガティブコントロール抗体が、図５Ｂ、図５Ｄ、図５Ｆ、図５Ｈ、および図５Ｊに示されている。
【図６Ａ】３つの細胞株、図６Ａ（ｉ）ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞、図６Ａ（ｉｉ）ＨＣＣ８２７細胞、および図６Ａ（ｉｉｉ）ＮＣＩ−Ｈ７２７細胞由来のＦＦＰＥ細胞ブロックサンプルにおけるＡＸＬ発現の、ＲＮＡ  ＩＳＨによる検出。
【図６Ｂ】３つの細胞株（ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞、ＨＣＣ８２７細胞、およびＮＣＩ−Ｈ７２７細胞）由来のＦＦＰＥ細胞ブロックサンプルにおけるＡＸＬ発現の、ＩＨＣによる、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇウサギモノクローナル抗体［Ｃ８９Ｅ７］（図６Ｂ（ｉ）、６Ｂ（ｉｉ）、および６Ｂ（ｉｉｉ））、ならびにＲ＆Ｄヤギポリクローナル抗体［ＡＦ１５４］（図６Ｂ（ｉｖ）、６Ｂ（ｖ）、および６Ｂ（ｖｉ））を用いた検出。図６Ｂ（ｉ）：抗ＡＸＬ抗体［Ｃ８９Ｅ７］によるＮＣＩ−Ｈ２９２細胞。図６Ｂ（ｉｉ）：抗ＡＸＬ抗体［Ｃ８９Ｅ７］によるＨＣＣ８２７細胞。図６Ｂ（ｉｉｉ）：抗ＡＸＬ抗体［Ｃ８９Ｅ７］によるＮＣＩ−Ｈ７２７細胞。図６Ｂ（ｉｖ）：抗ＡＸＬ抗体［ＡＦ１５４］によるＮＣＩ−Ｈ２９２細胞。図６Ｂ（ｖ）：抗ＡＸＬ抗体［ＡＦ１５４］によるＨＣＣ８２７細胞。図６Ｂ（ｖｉ）：抗ＡＸＬ抗体［ＡＦ１５４］によるＮＣＩ−Ｈ７２７。
【図７Ａ−７Ｌ】ＡＸＬ陰性癌標本における抗ＡＸＬ抗体免疫組織化学（ＩＨＣ）の比較。乳房（図７Ａ〜図７Ｄ）、肝細胞（図７Ｅ〜図７Ｈ）、および結腸（図７Ｉ〜図７Ｌ）の癌腫標本におけるＡＸＬ非特異的ＩＨＣ染色の検出。Ｖ７７−２ａ３７．１（図７Ａ、図７Ｅ、図７Ｉ）、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１（図７Ｂ、図７Ｆ、図７Ｊ）、ＡＸＬ（Ｃ８９Ｅ７）（図７Ｃ、図７Ｇ、図７Ｋ）、およびマウスＩｇＧ１ネガティブコントロール（図７Ｄ、図７Ｈ、図７Ｌ）で実行されたＩＨＣアッセイ。結果は、癌標本における、ＡＸＬ（Ｃ８９Ｅ７）による、より多くの非特異的ＩＨＣ染色を示し、ＡＸＬ  ｍＲＮＡ発現が制限されていた（図７Ｃ、図７Ｇ、図７Ｋ；矢印参照）。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
節の概要
Ｉ．）定義
ＩＩ．）ＡＸＬ抗体
ＩＩＩ．）ＡＸＬを発現する癌の診断
ＩＶ．）ＡＸＬを発現する癌の処置
Ｖ．）抗体ベース治療のための、標的としてのＡＸＬ
ＶＩ．）ＡＸＬ  ＡＤＣカクテル
ＶＩＩ．）併用療法
ＶＩＩＩ．）キット／製造品
【００２４】
Ｉ．）定義：
別段の定めがない限り、本明細書中で用いられる全ての技術用語、表記、および他の科学用語または専門用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有することが意図される。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語が、本明細書中で、明瞭化のために、かつ／または容易な参照のために定義されており、本明細書におけるそのような定義の包含は、必ずしも、当該技術分野において一般に理解されるものに対する実質的な差異を表すと解釈されるべきでない。本明細書中で記載または参照される技術および手順の多くは、当業者によって、従来の方法論、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ２ｎｄ．  ｅｄｉｔｉｏｎ  （１９８９）  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．に記載される、広く利用されている分子クローニング方法論を用いて、よく理解され、かつ一般的に使用される。必要に応じて、市販のキットおよび試薬の使用を含む手順は、特記しない限り、一般に、製造者が定義したプロトコルおよび／またはパラメータに従って実施される。
【００２５】
本明細書中で商標名が用いられる場合、商標名の参照はまた、文脈によって他に示されない限り、製品の配合、ジェネリック薬、および商標名の製品の医薬品有効成分をも参照する。
【００２６】
用語「進行癌」、「局所進行癌」、「進行性疾患」、および「局所進行性疾患」は、関連する組織カプセルを通り抜けた癌を意味し、米国泌尿器科学会（ＡＵＡ）系に基づくステージＣの疾患、Ｗｈｉｔｍｏｒｅ−Ｊｅｗｅｔｔ系に基づくステージＣ１〜Ｃ２の疾患、ならびにＴＮＭ（腫瘍、結節、転移）系に基づくステージＴ３〜Ｔ４およびＮ＋疾患を含むことを意味する。一般に、局所進行性疾患の患者に外科手術は推奨されず、当該患者は、臨床的に局在化した（臓器限局的）癌に苦しむ患者と比較して、結果が実質的に良好でない。
【００２７】
「本来のグリコシル化パターンを変更する」とは、本明細書中で、本来の配列ＡＸＬに見出される１つもしくは複数の炭水化物部分を（基本的なグリコシル化部位を除去することによって、または化学的手段および／もしくは酵素的手段によってグリコシル化を除去することによって）欠失させること、かつ／または本来の配列ＡＸＬ中に存在しない１つまたは複数のグリコシル化部位を加えることを意味することが意図される。また、当該フレーズは、天然タンパク質のグリコシル化における質的変化を含み、存在する様々な炭水化物部分の性質および割合の変化を含む。
【００２８】
用語「類似体」は、別の分子（例えばＡＸＬ関連タンパク質）と構造的に類似する、または類似もしくは対応する属性を共有する分子を指す。例えば、ＡＸＬタンパク質の類似体は、ＡＸＬに特異的に結合する抗体またはＴ細胞によって特異的に結合され得る。
【００２９】
用語「抗体」は、別段の明確な指示がない限り、最も広い意味で用いられる。したがって、「抗体」は、天然に存在するものであってもよいし、従来のハイブリドーマ技術によって産生されるモノクローナル抗体等の人工的なものであってもよい。ＡＸＬ抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、ならびにこれらの抗体の抗原結合ドメインおよび／または１つもしくは複数の相補性決定領域を含有するフラグメントを含む。本明細書中で用いられる用語「抗体」は、ＡＸＬに特異的に結合し、かつ／または所望の生物活性を示すあらゆる形態の抗体またはそのフラグメントを指し、そして特に、ＡＸＬに特異的に結合し、かつ／または所望の生物活性を示すものであれば、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体が挙げられる）、ポリクローナル抗体、多特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、および抗体フラグメントを包含する。あらゆる特異的抗体が、本明細書中で提供される方法および組成物に用いられ得る。ゆえに、一実施形態において、用語「抗体」は、標的抗原に対する特異的結合部位を組み合わせて形成する、軽鎖免疫グロブリン分子由来の少なくとも１つの可変領域、および重鎖分子由来の少なくとも１つの可変領域を含む分子を包含する。一実施形態において、抗体はＩｇＧ抗体である。例えば、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体である。本方法および本組成物に有用な抗体は、細胞培養で、ファージ内で、またはウシ、ウサギ、ヤギ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ヒツジ、イヌ、ネコ、サル、チンパンジー、および類人猿が挙げられるがこれらに限定されない種々の動物内で、作出され得る。したがって、一実施形態において、本発明の抗体は、哺乳動物抗体である。初期抗体を単離し、または特異性もしくは結合力特性が変更された変異体を生じさせるために、ファージ技術が用いられ得る。そのような技術はルーチンであり、当該技術分野において周知である。一実施形態において、抗体は、当該技術分野において知られている組換え手段によって生産される。例えば、組換え抗体は、抗体をコードするＤＮＡ配列を含むベクターで宿主細胞をトランスフェクトすることによって、生産され得る。１つまたは複数のベクターが用いられて、宿主細胞中の少なくとも１つのＶＬおよび１つのＶＨ領域を発現するＤＮＡ配列をトランスフェクトすることができる。抗体の作出および生産の組換え手段の例示的な記載として、Ｄｅｌｖｅｓ，  ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＰＲＯＤＵＣＴＩＯＮ：ＥＳＳＥＮＴＩＡＬ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ  （Ｗｉｌｅｙ，  １９９７）；  Ｓｈｅｐｈａｒｄ，  ｅｔ  ａｌ，  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  （Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  ２０００）；  Ｇｏｄｉｎｇ，  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ：ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＡＮＤ  ＰＲＡＣＴＩＣＥ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９３）；およびＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＩＭＭＵＮＯＬＯＧＹ  （Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，最新版）が挙げられる。本発明の抗体は、所望の機能を媒介する抗体の有効性を高めるように、組換え手段によって修飾されてよい。ゆえに、組換え��段を用いた置換によって抗体が修飾されてよいことは、本発明の範囲内である。典型的には、置換は保存的置換であろう。例えば、抗体の定常領域における少なくとも１つのアミノ酸が、異なる残基で置換されてよい。例えば、米国特許第５６２４８２１号明細書、米国特許第６１９４５５１号明細書、国際公開第９９／５８５７２号パンフレット、およびＡｎｇａｌ，ｅｔ  ａｌ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：１０５−０８（１９９３）参照。アミノ酸の修飾として、アミノ酸の欠失、付加、および置換が挙げられる。場合によっては、そのような変更は、不所望の活性、例えば補体依存性細胞傷害を減少させるようになされる。頻繁に、抗体は、検出可能なシグナルを提供する物質を、共有結合または非共有結合のいずれかで結合することによって、標識される。幅広い種類の標識技術および結合技術が知られており、科学文献および特許文献の双方において広範に報告されている。当該抗体は、正常なＡＸＬまたは欠陥のあるＡＸＬへの結合に関してスクリーニングされてよい。例えば、ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＥＮＧＩＮＥＥＲＩＮＧ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ  （Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９６）参照。所望の生物活性を有する適切な抗体が、以下が挙げられるがそれらに限定されないインビトロアッセイを用いて、同定され得る：増殖、遊走、接着、軟寒天増殖、血管新生、細胞間コミュニケーション、アポトーシス、輸送、シグナル伝達、および以降の腫瘍増殖の阻害等のインビボアッセイ。本明細書中で提供される抗体はまた、診断用途にも有用であり得る。当該抗体は、捕捉抗体または非中和抗体として、抗原の受容体結合活性または生物活性を阻害することなく特異的抗原に結合する能力に関して、スクリーニングされてよい。中和抗体として、当該抗体は、競合結合アッセイに有用であり得る。当該抗体はまた、ＡＸＬまたはその受容体を定量化するのに用いられ得る。
【００３０】
本明細書中で用いられる用語、抗体の「抗原結合部分」、「抗体フラグメント」、または「抗原結合フラグメント」（または単に「抗体部分」）は、抗原（例えば、ＡＸＬおよび変異体；図１）に特異的に結合する能力を保持するＡＸＬ抗体の１つまたは複数のフラグメントを指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体のフラグメントによって実行され得ることが示された。用語、抗体の「抗原結合部分」に包含される結合フラグメントの例として、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨＩのドメインからなる一価のフラグメントであるＦａｂフラグメント；（ｉｉ）ヒンジ領域にてジスルフィド架橋によって連結される２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメントであるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉｉ）ＶＨドメインおよびＣＨＩドメインからなるＦｄフラグメント；（ｉｖ）抗体の単腕のＶＬドメインおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂフラグメント（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４−５４６）；ならびに（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは、別々の遺伝子によってコードされているが、これらは、組換え法を用いて、単一のタンパク質鎖として構成されることを可能にする合成リンカーによって結合されて、ＶＬ領域およびＶＨ領域が対になって一価の分子（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られている；例えば、Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６；およびＨｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３参照）が形成され得る。そのような一本鎖抗体はまた、用語、抗体の「抗原結合部分」に包含されることが意図される。当該抗体フラグメントは、当業者に知られている従来技術を用いて得られ、そしてフラグメントは、無傷抗体と同じようにして、有用性に関してスクリーニングされる。
【００３１】
ＡＸＬに特異的な抗体を生じさせるために、本明細書中で用いられる「抗原」のあらゆる形態が用いられ得る。ゆえに、誘発抗原は、単一のエピトープ、複数のエピトープ、またはタンパク質全体の単独であってもよいし、当該技術分野において知られている１つまたは複数の免疫原性増強剤と組み合わされたものであってもよい。誘発抗原は、単離された全長タンパク質であっても、細胞表面タンパク質（例えば、抗原の少なくとも一部でトランスフェクトされた細胞で免疫化する）であっても、可溶性タンパク質（例えば、タンパク質の細胞外ドメイン部分のみで免疫化する）であってもよい。抗原は、遺伝子組換え細胞内で産生され得る。抗原をコードするＤＮＡは、ゲノムであっても非ゲノム（例えばｃＤＮＡ）であってもよく、細胞外ドメインの少なくとも一部をコードする。本明細書中で用いられる用語、抗原の文脈における「部分（一部）」は、必要に応じて、注目する抗原の免疫原性エピトープを構成するための、最小限の数のアミノ酸または核酸を指す。注目する細胞の形質転換に適したあらゆる遺伝的ベクターが使用され得、アデノウイルスベクター、プラスミド、および非ウイルスベクター、例えばカチオン性脂質が挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態において、本明細書中の方法および組成物の抗体は、注目するＡＸＬの細胞外ドメインの少なくとも一部に特異的に結合する。
【００３２】
本明細書中で提供される抗体またはその抗原結合フラグメントは、「生物活性剤」に結合されてよい。本明細書中で用いられる用語「生物活性剤」は、抗原に結合し、かつ／または細胞殺傷性の毒素を増強するように所望の生物効果を増強もしくは媒介するあらゆる合成化合物または天然化合物を指す。一実施形態において、本発明に有用な結合フラグメントは、生物活性フラグメントである。本明細書中で用いられる用語「生物活性」は、所望の抗原性エピトープに結合し、かつ生物効果を直接的にまたは間接的に発揮することができる抗体または抗体フラグメントを指す。直接的な効果として、増殖シグナルの調節、刺激、および／または阻害、抗アポトーシスシグナルの調節、刺激および／または阻害、アポトーシスシグナルまたは壊死シグナルの調節、刺激および／または阻害、ＡＤＣＣカスケードの調節、刺激、および／または阻害、ならびにＣＤＣカスケードの調節、刺激、および／または阻害が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３３】
「二重特異的」抗体もまた、本方法および本組成物に有用である。本明細書中で用いられる用語「二重特異的抗体」は、少なくとも２つの異なる抗原エピトープに対する結合特異性を有する抗体、典型的にはモノクローナル抗体を指す。一実施形態において、エピトープは、同じ抗原に由来する。別の実施形態において、エピトープは、２つの異なる抗原に由来する。二重特異的抗体を作製する方法が、当該技術分野において知られている。例えば、二重特異的抗体は、２つの免疫グロブリン重鎖／軽鎖対の共発現を用いて、組換えにより生産され得る。例えば、Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  ３０５：５３７−３９（１９８３）参照。これ以外にも、二重特異的抗体は、化学結合を用いて調製され得る。例えば、Ｂｒｅｎｎａｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）参照。二重特異的抗体として、二重特異的抗体フラグメントが挙げられる。例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ，ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４−４８（１９９３）、Ｇｒｕｂｅｒ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）参照。
【００３４】
本明細書中に記載されるモノクローナル抗体として、具体的には、一部の重鎖および／または軽鎖が、特定の種に由来する抗体または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同である一方、残りの鎖が、別の種に由来する抗体または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびに当該抗体のフラグメントが挙げられるが、標的抗原に特異的に結合し、かつ／または所望の生物活性を示す場合に限る（米国特許第４８１６５６７号明細書；およびＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５（１９８４））。
【００３５】
用語「化学療法剤」は、腫瘍増殖を阻害するのに有効な全ての化合物を指す。化学療法剤の非限定的な例として、アルキル化剤；例えば、窒素マスタード、エチレンイミン化合物、およびアルキルスルホネート；代謝拮抗薬、例えば、葉酸、プリンまたはピリミジン拮抗薬；有糸分裂阻害剤、例えば、抗チューブリン剤、例えばビンカアルカロイド、アウリスタチン、およびポドフィロ毒素の誘導体；細胞傷害性抗生物質；ＤＮＡの発現または複製に損傷を与え、または妨害する化合物、例えばＤＮＡマイナーグルーブバインダ；ならびに増殖因子受容体アンタゴニストが挙げられる。また、化学療法剤として、細胞傷害剤（本明細書中で定義される）、抗体、生体分子、および小分子が挙げられる。
【００３６】
用語「化合物」は、化合物それ自体、ならびに、明示的に記載されているか否かに拘らず、そして文脈が、以下のものが除外されるべきであることを明確にしていない限り：化合物の無晶形および結晶形（多形形態が挙げられ、これらの形態は、混合物の一部であっても、単離体であってもよい）；化合物の遊離酸形態および遊離塩基形態（典型的には、本明細書中で提供される構造において示される形態である）；化合物の異性体（光学異性体および互変異性異性体を指し、光学異性体として、エナンチオマーおよびジアステレオマー、キラル異性体および非キラル異性体が挙げられ、光学異性体として、単離された光学異性体、ならびにラセミおよび非ラセミ混合物が挙げられる光学異性体の混合物が挙げられ；異性体は、単離された形態であっても、１つまたは複数の他の異性体との混合物であってもよい）；化合物の同位体（ジュウテリウム含有化合物およびトリチウム含有化合物が挙げられ、放射性同位体を含有する化合物が挙げられ、治療上、そして、診断上有効な放射性同位体が挙げられる）；化合物の多量体の形態（二量体、三量体等の形態が挙げられる）；化合物の塩、好ましくは薬学的に許容可能な塩（酸付加塩および塩基付加塩が挙げられ、有機対イオンおよび無機対イオンを有する塩が挙げられ、そして双性イオン形態が挙げられ、化合物が２つ以上の対イオンと結合するならば、２つ以上の対イオンは、同じであっても異なっていてもよい）；ならびに化合物の溶媒和物（ヘミソルベート、モノソルベート、ジソルベート等が挙げられ、有機溶媒和物および無機溶媒和物が挙げられ、前記無機溶媒和物として水和物が挙げられ：化合物が２つ以上の溶媒分子と結合するならば、２つ以上の溶媒分子は、同じであっても異なってもよい）を指し、かつこれらを包含する。一部の例では、本明細書中でなされる本発明の化合物への言及は、先の形態、例えば塩および／または溶媒和物の１つまたは複数への明示的な言及を含むこととなる；しかしながら、この言及は、強調するためにあるに過ぎず、先で同定された先の形態の他のものを排除すると解釈されるべきではない。
【００３７】
用語「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」は、抗原特異性および結合親和性を付与する抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが、当該技術分野において知られている。一般に、各重鎖可変領域内に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３）があり、各軽鎖可変領域内に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３）がある。
【００３８】
所与のＣＤＲの正確なアミノ酸配列境界は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１），「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（「Ｋａｂａｔ」ナンバリングスキーム）、Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９７）ＪＭＢ  ２７３，９２７−９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」ナンバリングスキーム）、ＭａｃＣａｌｌｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２−７４５（１９９６），「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ａｎｔｉｇｅｎ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：Ｃｏｎｔａｃｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｓｉｔｅ  ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ」，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２，７３２−７４５．（「Ｃｏｎｔａｃｔ」ナンバリングスキーム）、Ｌｅｆｒａｎｃ  ＭＰ  ｅｔ  ａｌ，「ＩＭＧＴ  ｕｎｉｑｕｅ  ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ  ｆｏｒ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ａｎｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｄｏｍａｉｎｓ  ａｎｄ  Ｉｇ  ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ  Ｖ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎｓ」，Ｄｅｖ  Ｃｏｍｐ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，２００３  Ｊａｎ；２７（ｌ）：５５−７７（「ＩＭＧＴ」ナンバリングスキーム）、およびＨｏｎｅｇｇｅｒ  Ａ  ａｎｄ  Ｐｌｉｉｃｋｔｈｕｎ  Ａ，「Ｙｅｔ  ａｎｏｔｈｅｒ  ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ  ｓｃｈｅｍｅ  ｆｏｒ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｄｏｍａｉｎｓ：ａｎ  ａｕｔｏｍａｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｉｎｇ  ａｎｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｔｏｏｌ」，Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ，２００１  Ｊｕｎ  ８；３０９（３）：６５７−７０（ＡＨｏナンバリングスキーム）によって記載されるものが挙げられる、いくつかの周知のスキームのいずれかを用いて、容易に判断され得る。
【００３９】
所与のＣＤＲの境界は、同定に用いられるスキームに応じて変わり得る。例えば、Ｋａｂａｔスキームは、構造アラインメントに基づく一方、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは、構造情報に基づく。ＫａｂａｔスキームおよびＣｈｏｔｈｉａスキームの双方のナンバリングは、最も一般的な抗体領域配列長に基づいており、挿入文字、例えば、「３０ａ」によって対応される挿入および欠失が、いくつかの抗体において現れる。２つのスキームは、異なる位置に、ある挿入および欠失（「ｉｎｄｅｌ」）を配置して、異なるナンバリングが生じる。Ｃｏｎｔａｃｔスキームは、複雑な結晶構造の分析に基づいており、多くの点で、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングスキームに類似する。後出の表Ｖは、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、およびＣｏｎｔａｃｔのスキームによってそれぞれ同定された、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、およびＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３の位置を列挙する。ＣＤＲ−Ｈ１について、残基ナンバリングが、ＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａのナンバリングスキームの双方を用いて列挙されている。
【００４０】
ゆえに、別段の定めがない限り、所与の抗体またはその領域、例えば可変領域の用語「ＣＤＲ」および「相補性決定領域」、ならびに抗体またはその領域の個々のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２）は、本明細書中で先に記載される既知のスキームのいずれかによって定義される相補性決定領域を包含すると理解されるべきである。場合によっては、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、またはＣｏｎｔａｃｔの方法によって定義されるＣＤＲ等の、特定のＣＤＲ（複数可）の同定のためのスキームが、特定される。他の場合には、ＣＤＲの特定のアミノ酸配列が与えられる。
【００４１】
本明細書中で用いられる用語「保存的置換」は、当業者に知られており、概して、生じる分子の生物活性を変えることなくなされ得るアミノ酸の置換を指す。当業者であれば、一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一のアミノ酸置換が、生物活性を実質的に変えないことを認識する（例えば、Ｗａｔｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＯＦ  ＴＨＥ  ＧＥＮＥ，Ｔｈｅ  Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  Ｐｕｂ．Ｃｏ．，ｐ．２２４（４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  １９８７）参照）。そのような例示的な置換は、好ましくは、表ＩＩおよび表ＩＩＩ（ａ−ｂ）に記載される置換に従ってなされる。例えば、そのような変更として、イソロイシン（Ｉ）、バリン（Ｖ）、およびロイシン（Ｌ）のいずれかを、これらの疎水性アミノ酸のあらゆる他の疎水性アミノ酸の代わりに；アスパラギン酸（Ｄ）をグルタミン酸（Ｅ）の代わりに、そしてその逆；グルタミン（Ｑ）をアスパラギン（Ｎ）の代わりに、そしてその逆；そしてセリン（Ｓ）をスレオニン（Ｔ）の代わりに、そしてその逆を用いることが挙げられる。他の置換もまた、特定のアミノ酸の環境およびそのタンパク質の三次元構造における役割に応じて、保存的であるとみなされ得る。例えば、グリシン（Ｇ）およびアラニン（Ａ）は、アラニン（Ａ）およびバリン（Ｖ）がそうであるように、頻繁に交換可能であり得る。比較的疎水性であるメチオニン（Ｍ）は頻繁に、ロイシンおよびイソロイシンと、そして時にはバリンと交換され得る。リシン（Ｋ）およびアルギニン（Ｒ）は頻繁に、アミノ酸残基の重要な特徴がその電荷であり、かつこれらの２つのアミノ酸残基の異なるｐＫが重要でない位置において、交換可能である。更なる他の変更が、特定の環境において「保存的」であるとみなされ得る（例えば、本明細書中の表ＩＩＩ（ａ）；ｐａｇｅｓ  １３−１５「Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」２ｎｄ  ＥＤ．Ｌｕｂｅｒｔ  Ｓｔｒｙｅｒ  ｅｄ（Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  １９９２  Ｖｏｌ  ８９  １０９１５−１０９１９；Ｌｅｉ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９５  Ｍａｙ  １９；２７０（２０）：１１８８２−６参照）。他の置換も許容され、経験的にまたは既知の保存的置換に従って、決定され得る。
【００４２】
本明細書中で用いられる用語「ダイアボディ」は、２つの抗原結合部位を有する小抗体フラグメントを指し、このフラグメントは、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を、同じポリペプチド鎖（ＶＲ−ＶＬ）内に含む。同じ鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには短か過ぎるリンカーを用いることによって、ドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対形成させられて、２つの抗原結合部位が生じる。ダイアボディは、例えば、ＥＰ４０４０９７号明細書；国際公開第９３／１１１６１号パンフレット；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−４８（１９９３）においてより完全に記載されている。
【００４３】
ＡＸＬ発現細胞に及ぼすＡＸＬ結合剤の効果の文脈における用語「枯渇」は、ＡＸＬ発現細胞の数の減少またはその除去を指す。
【００４４】
用語「遺伝子産物」は、本明細書中で、ペプチド／タンパク質またはｍＲＮＡを示すのに用いられる。例えば、「本発明の遺伝子産物」は時折、本明細書中で、「癌アミノ酸配列」、「癌タンパク質」、「表Ｉに列挙される癌のタンパク質」、「癌ｍＲＮＡ」、「表Ｉに列挙される癌のｍＲＮＡ」等と呼ばれる。一実施形態において、癌タンパク質は、図１の核酸によってコードされる。癌タンパク質は、フラグメントであってもよいし、代わりに、図１の核酸によってコードされる全長タンパク質であってもよい。一実施形態において、癌アミノ酸配列が、配列同一性または類似性を判定するために用いられる。別の実施形態において、配列は、図１の核酸によってコードされるタンパク質の、天然に存在する対立遺伝子変異体である。別の実施形態において、配列は、本明細書中でさらに記載される配列変異体である。
【００４５】
「ヘテロ結合」抗体は、本方法および本組成物に有用である。本明細書中で用いられる用語「ヘテロ結合抗体」は、２つの共有結合した抗体を指す。そのような抗体は、架橋剤を用いることを含む、合成タンパク質化学において知られている方法を用いて、調製され得る。例えば、米国特許第４６７６９８０号明細書参照。
【００４６】
用語「相同体」は、例えば、対応する位置にて同じであるまたは類似する化学残基の配列を有することによって、別の分子との相同性を示す分子を指す。
【００４７】
一実施形態において、本明細書中で提供される抗体は、「ヒト抗体」である。本明細書中で用いられる用語「ヒト抗体」は、相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む軽鎖および重鎖の配列の本質的に全配列が、ヒト遺伝子に由来する抗体を指す。一実施形態において、ヒトモノクローナル抗体が、トリオーマ技術、ヒトＢ細胞技術（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ，ｅｔ  ａｌ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ４：７２（１９８３）参照）、ＥＢＶ形質転換技術（例えば、Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ  ７７−９６（１９８５）参照）によって、またはファージディスプレイ（例えば、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１（１９９１）参照）を用いて、調製される。特定の実施形態において、ヒト抗体は、トランスジェニックマウスにおいて作出される。そのような部分的ヒト抗体から完全ヒト抗体までを作製するための技術が、当該技術分野において知られており、そのいずれの技術も用いられ得る。１つの特に好ましい実施形態に従えば、完全ヒト抗体配列は、ヒト重鎖および軽鎖抗体の遺伝子を発現するように操作されたトランスジェニックマウスにおいて、作製される。ヒト抗体を産生するトランスジェニックマウスの調製の例示的な記載が、国際公開第０２／４３４７８号パンフレット、米国特許第６６５７１０３号明細書（Ａｂｇｅｎｉｘ）およびその後続において見出される。次いで、所望の抗体を産生するトランスジェニックマウス由来のＢ細胞が融合されて、抗体の連続産生用のハイブリドーマ細胞株が作製され得る。例えば、米国特許第５５６９８２５号明細書；米国特許第５６２５１２６号明細書；米国特許第５６３３４２５号明細書；米国特許第５６６１０１６号明細書；および米国特許第５５４５８０６号明細書；ならびにＪａｋｏｂｏｖｉｔｓ，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌ．Ｒｅｖ．３１：３３−４２（１９９８）；Ｇｒｅｅｎ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８８：４８３−９５（１９９８）参照。
【００４８】
本明細書中で用いられる用語「ヒト化抗体」は、非ヒト（例えばマウス）抗体およびヒト抗体由来の配列を含有する抗体の形態を指す。そのような抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有するキメラ抗体である。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むこととなり、超可変ループの全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である。ヒト化抗体はまた、場合によっては、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部を、典型的にはヒト免疫グロブリンの少なくとも一部を含むこととなる。例えば、Ｃａｂｉｌｌｙの米国特許第４８１６５６７号明細書；Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１００２９−１００３３；およびＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＥＮＧＩＮＥＥＲＩＮＧ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ  １９９６）参照。
【００４９】
本明細書中で用いられる用語「阻害する」または「阻害」は、測定可能な量だけ減少させること、または完全に防止することを意味する。
【００５０】
フレーズ「単離された」または「生物学的に純粋な」は、その天然の状態で見出されるままの物質に通常付随する成分を実質的にまたは本質的に含まない物質を指す。ゆえに、本発明に従う、単離されたペプチドは好ましくは、そのインサイチュ環境においてペプチドに通常付随する物質を含有しない。例えば、ＡＸＬ遺伝子以外の遺伝子に対応し、もしくはこれに相補的であり、またはＡＸＬ遺伝子産物もしくはそのフラグメント以外のポリペプチドをコードする混入ポリヌクレオチドからポリヌクレオチドが実質的に分離される場合に、ポリヌクレオチドは「単離される」と言われる。当業者は、単離されたＡＸＬポリヌクレオチドを得るための核酸単離手順を容易に使用することができる。タンパク質は、例えば、タンパク質に通常付随する細胞成分からＡＸＬタンパク質を取り出すための物理的、機械的、または化学的方法が使用される場合に、「単離される」と言われる。当業者であれば、標準的な精製方法を容易に使用して、単離されたＡＸＬタンパク質を得ることができる。これ以外にも、化学的手段によって、単離されたタンパク質が調製され得る。
【００５１】
適切な「標識」として、放射性核種、酵素、基質、補因子、阻害剤、蛍光部分、化学発光部分、磁性粒子等が挙げられる。そのような標識の使用を教示する特許として、米国特許第３８１７８３７号明細書；米国特許第３８５０７５２号明細書；米国特許第３９３９３５０号明細書；米国特許第３９９６３４５号明細書；米国特許第４２７７４３７号明細書；米国特許第４２７５１４９号明細書；および米国特許第４３６６２４１号明細書が挙げられる。また、本明細書中で提供される抗体は、フルオロボディの抗原結合成分として有用であり得る。例えば、Ｚｅｙｔｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２１：１４７３−７９（２００３）参照。
【００５２】
用語「哺乳動物」は、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、およびヒトが挙げられる哺乳動物として分類されるあらゆる生物を指す。本発明の一実施形態において、哺乳動物はマウスである。本発明の別の実施形態において、哺乳動物はヒトである。
【００５３】
用語「転移性癌」および「転移性疾患」は、局所リンパ節または遠隔部位に転移した癌を意味し、ＡＵＡ系に基づくステージＤ疾患、およびＴＮＭ系に基づくステージＴｘＮｘＭ＋を含むことを意味する。
【００５４】
本明細書中で用いられる用語「モジュレータ」、「試験化合物」もしくは「薬物候補」または文法上の等価物は、癌表現型、癌配列、例えば核酸配列もしくはタンパク質配列の発現、または癌配列の効果（例えば、シグナル伝達、遺伝子発現、タンパク質相互作用等）を直接的または間接的に変更する能力について試験されることになるあらゆる分子、例えばタンパク質、オリゴペプチド、有機小分子、多糖類、ポリヌクレオチド等を記載する。一態様において、モジュレータは、本発明の癌タンパク質の作用を中和することとなる。「中和する」とは、タンパク質の活性が阻害または阻止されて、結果として細胞に作用することを意味する。別の態様において、モジュレータは、前記タンパク質のレベルを正常化することによって、本発明の遺伝子およびその対応するタンパク質の効果を中和することとなる。好ましい実施形態において、モジュレータは、発現プロファイル、または本明細書中で提供される核酸もしくはタンパク質の発現プロファイル、または下流エフェクタ経路を変更する。一実施形態において、モジュレータは、癌の表現型を、例えば正常な組織フィンガープリントまで、抑制する。別の実施形態において、モジュレータは、癌の表現型を誘導した。一般に、複数のアッセイ混合物が、様々な薬剤濃度と並行して実行されて、様々な濃度に対する様々な反応が得られる。典型的には、これらの濃度の１つ、すなわちゼロ濃度、または検出レベル未満のものが、ネガティブコントロールとして機能する。
【００５５】
モジュレータ、薬物候補、または試験化合物が、多数の化学クラスを包含するが、典型的にはそれらは、有機分子、好ましくは分子量が１００ダルトンを超えるが約２，５００ダルトン未満である有機小分子化合物である。好ましい小分子は、２０００Ｄ未満、１５００Ｄ未満、１０００Ｄ未満、または５００Ｄ未満である。候補薬剤は、タンパク質との構造的相互作用、特に水素結合に必須の官能基を含み、典型的には、少なくともアミン、カルボニル、ヒドロキシル、またはカルボキシル基、好ましくは少なくとも２つの官能性化学基を含む。候補薬剤は多くの場合、先の官能基の１つまたは複数で置換された環状炭素構造もしくは複素環構造、および／または芳香族構造もしくは多環芳香族構造を含む。モジュレータはまた、生体分子、例えばペプチド、糖類、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造類似体、またはそれらの組合せを含む。ペプチドが特に好ましい。モジュレータの一クラスが、例えば約５から約３５個のアミノ酸のペプチドであり、約５から約２０個のアミノ酸が好ましく、約７から約１５個が特に好ましい。好ましくは、癌調節タンパク質は可溶性であり、非膜貫通領域を含み、かつ／または可溶性の一助となるＮ末端Ｃｙｓを有する。一実施形態において、フラグメントのＣ末端は、遊離酸として維持され、Ｎ末端は、カップリングの一助となる遊離アミン、すなわちシステインである。一実施形態において、本発明の癌タンパク質は、本明細書中で考察されるような免疫原に結合される。一実施形態において、癌タンパク質は、ＢＳＡに結合される。本発明の、例えば好ましい長さのペプチドは、互いに、または他のアミノ酸に連結されて、より長いペプチド／タンパク質を生成し得る。調節ペプチドは、先で概説されるような天然に存在するタンパク質の消化物、ランダムペプチド、または「偏った」ランダムペプチドであってよい。好ましい実施形態において、ペプチド／タンパク質ベースのモジュレータは、本明細書中で定義される抗体およびそのフラグメントである。
【００５６】
本明細書中で用いられる用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を指す。すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量存在し得る、天然に起こり得る突然変異を除いて、同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原性エピトープに対して向けられる。対照的に、従来の（ポリクローナル）抗体調製物は、典型的には、異なるエピトープに対して向けられる（またはこれらに特異的な）多数の抗体を含む。一実施形態において、ポリクローナル抗体は、複数の抗原エピトープを含有する単一の抗原内のエピトープの特異性、親和性、または結合力が異なる、複数のモノクローナル抗体を含有する。修飾語「モノクローナル」は、抗体の実質的に均質な集団から得られる抗体の特性を示しており、特定のいずれかの方法による抗体の生産を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って用いられることになるモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５（１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよいし、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４８１６５６７号明細書参照）によって作製されてもよい。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９１）に記載される技術を用いて、ファージ抗体ライブラリから単離されてもよい。これらのモノクローナル抗体は、通常ＥＬＩＳＡにより判定されて、一般的には少なくとも約１μＭ、より一般的には少なくとも約３００ｎＭ、典型的には少なくとも約３０ｎＭ、好ましくは少なくとも約１０ｎＭ、より好ましくは少なくとも約３ｎＭ以上のＫｄで結合することとなる。
【００５７】
「医薬賦形剤」は、アジュバント、キャリア、ｐＨ調整剤および緩衝剤、等張化剤、湿潤剤、防腐剤等の物質を含む。
【００５８】
「医薬的に許容可能な」は、非毒性であり、不活性であり、かつ／またはヒトもしくは他の哺乳動物と生理学的に適合する組成を指す。
【００５９】
用語「ポリヌクレオチド」は、リボヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチド、またはいずれかのタイプのヌクレオチドの修飾形態の、長さが少なくとも１０塩基または１０塩基対のヌクレオチドのポリマー形態を意味し、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡの一本鎖形態および二本鎖形態を含むことを意味する。当該技術分野において、当該用語は、多くの場合、「オリゴヌクレオチド」と互換的に用いられる。ポリヌクレオチドは、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列を含んでよく、ここで、例えば図１に示されるチミジン（Ｔ）は、ウラシル（Ｕ）であってもよい；この定義は、ＤＮＡとＲＮＡとの化学構造の差異、特にＲＮＡ中の４つの主要塩基の１つが、チミジン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）であるという観察に関連する。
【００６０】
用語「ポリペプチド」は、少なくとも約４、５、６、７、または８アミノ酸のポリマーを意味する。本明細書の全体を通して、アミノ酸についての標準的な３文字（表ＩＩＩ参照）または１文字の名称が用いられる。当該技術分野において、当該用語は、多くの場合、「ペプチド」または「タンパク質」と互換的に用いられる。
【００６１】
「組換え」ＤＮＡ分子または「組換え」ＲＮＡ分子は、インビトロでの分子操作に曝されたＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子である。
【００６２】
本明細書中で用いられる用語「一本鎖Ｆｖ」、「ｓｃＦｖ」または「一本鎖」抗体は、抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインを含む抗体フラグメントを指し、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖内に存在する。一般に、Ｆｖポリペプチドはさらに、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーを含み、これによりｓＦｖは、抗原結合にとって所望される構造を形成することが可能となる。ｓＦｖの総説について、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ＴＨＥ  ＰＨＡＲＭＡＣＯＬＯＧＹ  ＯＦ  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）参照。
【００６３】
本明細書中で用いられる用語「特異的な」および「特異的に結合する」は、標的抗原エピトープへの抗体の選択的結合を指す。抗体は、所定の条件下で、適切な抗原への結合を、無関係の抗原または抗原混合物への結合と比較することによって、結合の特異性について試験され得る。抗体が、無関係な抗原または抗原混合物に結合するよりも少なくとも２倍、５倍、７倍、好ましくは１０倍以上、適切な抗原に結合するならば、それは特異的であるとみなされる。一実施形態において、特異的抗体は、ＡＸＬ抗原にのみ結合するが、無関係な抗原には結合しない抗体である。別の実施形態において、特異的抗体は、ヒトＡＸＬ抗原に結合するが、ＡＸＬ抗原とのアミノ酸相同性が７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上の非ヒトＡＸＬ抗原に結合しない抗体である。別の実施形態において、特異的抗体は、ヒトＡＸＬ抗原に結合し、かつマウスＡＸＬ抗原に結合するが、ヒト抗原への結合の程度がより高い抗体である。別の実施形態において、特異的抗体は、ヒトＡＸＬ抗原に結合し、かつ霊長目ＡＸＬ抗原に結合するが、ヒト抗原への結合の程度がより高い抗体である。別の実施形態において、特異的抗体は、ヒトＡＸＬ抗原およびあらゆる非ヒトＡＸＬ抗原に結合するが、ヒト抗原またはそのあらゆる組合せへの結合の程度がより高い。
【００６４】
本明細書中で用いられる「処置すること」または「治療的」および文法的に関連する用語は、生存の延長、罹患率の引下げ、および／または代替治療法の副産物である副作用の軽減等の、疾患のあらゆる結果の何らかの向上を指す；当該技術分野において容易に理解されるように、疾患の完全根絶が好ましいとはいえ、処置行為の必要条件ではない。
【００６５】
用語「変異体」は、記載されるタイプまたは基準からの変異を示す分子、例えば具体的に記載されるタンパク質（例えば、図１に示されるＡＸＬタンパク質）の対応する位置において１つまたは複数の異なるアミノ酸残基を有するタンパク質を指す。類似体は、変異体タンパク質の例である。スプライスアイソフォームおよび単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）は、変異体の更なる例である。
【００６６】
本発明の「ＡＸＬタンパク質」および／または「ＡＸＬ関連タンパク質」として、本明細書中で具体的に同定されるもの（図１参照）、ならびに、本明細書中で概説される方法または当該技術分野において容易に利用可能な方法に従って、過度の実験をすることなく単離／作出され、かつ特徴付けされ得る、対立遺伝子変異体、保存的置換変異体、類似体、および相同体が挙げられる。異なるＡＸＬタンパク質またはそのフラグメントの部分を組み合わせている融合タンパク質、ならびにＡＸＬタンパク質および異種ポリペプチドの融合タンパク質もまた挙げられる。そのようなＡＸＬタンパク質は、一括して、ＡＸＬ関連タンパク質、本発明のタンパク質、またはＡＸＬと呼ばれる。用語「ＡＸＬ関連タンパク質」は、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２５を超えるアミノ酸；あるいは少なくとも３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２２５、２５０、２７５、２８０、２９０、３００、３２５、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５２５、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６７５、７００、７２５、７５０、７７５、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８４１、８４２、８４３、８４４、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９１、８９２、８９３、または８９４以上のアミノ酸のポリペプチドフラグメントまたはＡＸＬタンパク質配列を指す。
【００６７】
ＩＩ．）ＡＸＬ抗体
本発明の別の態様は、ＡＸＬ関連タンパク質に結合する抗体を提供する（図１参照）。一実施形態において、ＡＸＬ関連タンパク質に結合する抗体は、配列番号２のアミノ酸配列を含むＡＸＬタンパク質に特異的に結合する抗体である。配列番号２のアミノ酸配列を含むＡＸＬタンパク質に特異的に結合する抗体として、他のＡＸＬ関連タンパク質に結合し得る抗体が挙げられる。例えば、配列番号２のアミノ酸配列を含むＡＸＬタンパク質に結合する抗体は、ＡＸＬ変異体等のＡＸＬ関連タンパク質、およびその相同体または類似体に結合し得る。
【００６８】
本発明のＡＸＬ抗体は特に、癌（例えば、表Ｉ参照）予後アッセイ、画像化、診断、および治療法に有用である。同様に、そのような抗体は、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、または肺癌、および、他の癌においてもＡＸＬが発現または過剰発現される範囲で、他の癌の処置および／または予後に、有用である。さらに、細胞内発現抗体（例えば一本鎖抗体）は、ＡＸＬの発現が伴う癌、例えば進行性もしくは転移性の肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、もしくは肺癌、または他の進行性もしくは転移性の癌の処置に治療上有用である。
【００６９】
抗体、具体的にはモノクローナル抗体の調製のための種々の方法が、当該技術分野において周知である。例えば、抗体は、ＡＸＬ関連タンパク質、ペプチド、またはフラグメントを、単離された形態で、または免疫結合された（ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ）形態で用いて、適切な哺乳動物宿主を免疫化することによって、調製され得る（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨ  Ｐｒｅｓｓ，Ｅｄｓ．，Ｈａｒｌｏｗ，ａｎｄ  Ｌａｎｅ（１９８８）；Ｈａｒｌｏｗ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ（１９８９））。また、ＡＸＬ  ＧＳＴ融合タンパク質等の、ＡＸＬの融合タンパク質も用いられ得る。特定の実施形態において、図１のアミノ酸配列の全てまたは大部分を含むＧＳＴ融合タンパク質が生産されてから、免疫原として用いられて、適切な抗体が作出される。別の実施形態において、ＡＸＬ関連タンパク質が合成されて、免疫原として用いられる。
【００７０】
また、当該技術分野において知られている裸ＤＮＡ免疫化技術が用いられて（精製されたＡＸＬ関連タンパク質またはＡＸＬ発現細胞があってもなくてもよい）、コードされた免疫原に対する免疫反応が生じる（総説について、Ｄｏｎｎｅｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：６１７−６４８参照）。
【００７１】
図１に示すようなＡＸＬタンパク質のアミノ酸配列が分析されて、抗体を生じさせるためのＡＸＬタンパク質の特定の領域が選択され得る。例えば、ＡＸＬアミノ酸配列の疎水性分析および親水性分析が用いられて、ＡＸＬ構造中の親水性領域が同定される。免疫原性構造ならびに他の領域およびドメインを示すＡＸＬタンパク質の領域が、当該技術分野において知られている他の様々な方法、例えばＣｈｏｕ−Ｆａｓｍａｎ、Ｇａｒｎｉｅｒ−Ｒｏｂｓｏｎ、Ｋｙｔｅ−Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ、Ｋａｒｐｌｕｓ−Ｓｃｈｕｌｔｚ、またはＪａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆの分析を用いて、容易に同定され得る。親水性プロファイルは、Ｈｏｐｐ，Ｔ．Ｐ．ａｎｄ  Ｗｏｏｄｓ，Ｋ．Ｒ．，１９８１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７８：３８２４−３８２８の方法を用いて作成され得る。疎水親水性プロファイルは、Ｋｙｔｅ，Ｊ．ａｎｄ  Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｒ．Ｆ．，１９８２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１３２の方法を用いて作成され得る。アクセス可能残基パーセント（％）プロファイルは、Ｊａｎｉｎ  Ｊ．，１９７９，Ｎａｔｕｒｅ  ２７７：４９１−４９２の方法を用いて作成され得る。平均可撓性プロファイルは、Ｂｈａｓｋａｒａｎ  Ｒ．，Ｐｏｎｎｕｓｗａｍｙ  Ｐ．Ｋ．，１９８８，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．３２：２４２−２５５の方法を用いて作成され得る。ベータターンプロファイルは、Ｄｅｌｅａｇｅ，Ｇ．，Ｒｏｕｘ  Ｂ．，１９８７，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  １：２８９−２９４の方法を用いて作成され得る。ゆえに、これらのプログラムまたは方法のいずれかによって同定された各領域は、本発明の範囲内である。ＡＸＬ抗体の作出のための好ましい方法が、本明細書中で提供される実施例によってさらに説明される。免疫原として用いるタンパク質またはポリペプチドを調製する方法が、当該技術分野において周知である。ＢＳＡ、ＫＬＨ、または他のキャリアタンパク質等の、キャリアとのタンパク質の免疫原結合体を調製する方法もまた、当該技術分野において周知である。一部の状況において、例えばカルボジイミド試薬を用いた直接結合が用いられる；他の場合には、連結試薬、例えばＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬによって供給されるものが有効である。ＡＸＬ免疫原の投与は、多くの場合、当該技術分野において理解されているように、適切な期間にわたる注射によって、そして適切なアジュバントを用いて、行われる。免疫スケジュールの間、抗体の力価が測定されて、抗体形成の妥当性を判定することができる。
【００７２】
ＡＸＬモノクローナル抗体は、当該技術分野において周知の様々な手段によって生産され得る。例えば、所望のモノクローナル抗体を分泌する不死化細胞株が、一般的に知られている、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎの標準的なハイブリドーマ技術、または抗体産生Ｂ細胞を不死化する改変を用いて、調製される。抗原がＡＸＬ関連タンパク質であるイムノアッセイによって、所望の抗体を分泌する不死化細胞株がスクリーニングされる。適切な不死化細胞培養体が同定されると、細胞が増殖されて、抗体がインビトロ培養体からまたは腹水から生産され得る。
【００７３】
本発明の抗体またはフラグメントはまた、組換え手段によって生産され得る。ＡＸＬタンパク質の所望の領域に特異的に結合する領域もまた、複数の種起源のキメラ抗体または相補性決定領域（ＣＤＲ）移植抗体の関連で生産され得る。ヒト化ＡＸＬ抗体またはヒトＡＸＬ抗体もまた生産され得、治療の関連で用いるのに好ましい。非ヒト抗体ＣＤＲの１つまたは複数を、対応するヒト抗体配列の代わりに用いることによって、マウスおよび他の非ヒト抗体をヒト化する方法が周知である（例えば、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６参照）。また、Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：４２８５およびＳｉｍｓ  ｅｔ  ａｌ，１９９３，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６も参照。
【００７４】
好ましい実施形態において、免疫グロブリン重鎖（ＶＨ、ＤＨ、およびＪＨのセグメント）および／またはカッパ軽鎖（ＶＫおよびＪＫ）の遺伝子座に内在性マウス可変セグメントを有するゲノム配列が、全体的にまたは部分的に、ヒト免疫グロブリン重鎖（ＶＨ、ＤＨ、およびＪＨ）および／またはカッパ軽鎖（ＶＫおよびＪＫ）の遺伝子座の再配置されていない生殖細胞系可変セグメントを有するヒトゲノム配列と置き換えられているＶｅｌｏｃｌｍｍｕｎｅマウス（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ，Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ，ＮＹ）を用いて、本発明のヒトモノクローナル抗体が調製され得る。例えば、米国特許第６５８６２５１号明細書、米国特許第６５９６５４１号明細書、米国特許第７１０５３４８号明細書、米国特許第６５２８３１３号明細書、米国特許第６６３８７６８号明細書、および米国特許第６５２８３１４号明細書参照。
【００７５】
また、本発明のヒト抗体は、ＨｕＭＡｂマウス（Ｍｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．）を用いて作出され得、これは、再配列されていないヒト重鎖（ミューおよびガンマ）およびカッパ軽鎖免疫グロブリン配列を、内因性ミュー鎖およびカッパ鎖の遺伝子座を不活化する標的突然変異と一緒にコードするヒト免疫グロブリン遺伝子ミニ遺伝子座を含有する（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ，ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ  ３６８（６４７４）：８５６−８５９参照）。
【００７６】
別の実施形態において、導入遺伝子および導入染色体上にヒト免疫グロブリン配列を有するマウス、例えばヒト重鎖導入遺伝子およびヒト軽鎖導入染色体を有するマウスを用いて、本発明の完全ヒト抗体が生産され得る。本明細書中で「ＫＭマウス」と呼ばれるそのようなマウスは、Ｔｏｍｉｚｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９７：７２２−７２７およびＰＣＴ国際公開第０２／４３４７８号パンフレット（Ｔｏｍｉｚｕｋａ，ｅｔ  ａｌ．）に記載されている。
【００７７】
本発明のヒトモノクローナル抗体はまた、ヒト免疫グロブリン遺伝子のライブラリをスクリーニングするファージディスプレイ法を用いて調製され得る。ヒト抗体を単離するそのようなファージディスプレイ法は、当該技術分野において確立されている。例えば：米国特許第５２２３４０９号明細書；米国特許第５４０３４８４号明細書；米国特許第５５７１６９８号明細書（Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）；米国特許第５４２７９０８号明細書および米国特許第５５８０７１７号明細書（Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）；米国特許第５９６９１０８号明細書および米国特許第６１７２１９７号明細書（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．）；ならびに米国特許第５８８５７９３号明細書；米国特許第６５２１４０４号明細書；米国特許第６５４４７３１号明細書；米国特許第６５５５３１３号明細書；米国特許第６５８２９１５号明細書、および米国特許第６５９３０８１号明細書（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．）参照。
【００７８】
本発明のヒトモノクローナル抗体はまた、免疫化して直ぐにヒト抗体反応が起こり得るようにヒト免疫細胞が再構成されているＳＣＩＤマウスを用いて、調製され得る。そのようなマウスは、例えば、米国特許第５４７６９９６号明細書および米国特許第５６９８７６７号明細書（Ｗｉｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）に記載されている。
【００７９】
加えて、本発明のヒト抗体は、Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（Ａｍｇｅｎ  Ｆｒｅｍｏｎｔ，Ｉｎｃ．）と呼ばれるヒト重鎖および軽鎖の遺伝子座で操作された、抗体産生のために不活化されたトランスジェニックマウスを用いる技術で、作出され得る。ヒト抗体を産生するトランスジェニックマウスを調製する例示的な記載は、米国特許第６６５７１０３号明細書中に見出され得る。また、米国特許第５５６９８２５号明細書；米国特許第５６２５１２６号明細書；米国特許第５６３３４２５号明細書；米国特許第５６６１０１６号明細書および米国特許第５５４５８０６号明細書ならびにＭｅｎｄｅｚ，ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１５：１４６−１５６（１９９８）；Ｋｅｌｌｅｒｍａｎ，Ｓ．Ａ．＆  Ｇｒｅｅｎ，Ｌ．Ｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １３，５９３−５９７（２００２）参照。
【００８０】
一実施形態において、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、Ｖ７７−２ａ３７．１と称される抗体の重鎖ＣＤＲおよび軽鎖ＣＤＲを含み、重鎖可変領域は、図３Ａにおいて配列番号８として示され、軽鎖可変領域は、図３Ｂにおいて配列番号１０として示される。本発明の一態様において、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、残基３１〜３７（配列番号２０）からなるＣＤＲ−Ｈ１、残基５０〜６５（配列番号２２）からなるＣＤＲ−Ｈ２、および残基９５〜１０２（配列番号２３）からなるＣＤＲ−Ｈ３を含む重鎖、ならびに残基２４〜３４（配列番号１１）からなるＣＤＲ−Ｌ１、残基５０〜５６（配列番号１２）からなるＣＤＲ−Ｌ２、および残基８９〜９７（配列番号１３）からなるＣＤＲ−Ｌ３を含む軽鎖を含む。好ましい実施形態において、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、Ｖ７７−２ａ３７．１と称される抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、重鎖可変領域は、図３Ａにおいて配列番号８として示され、軽鎖可変領域は、図３Ｂにおいて配列番号１０として示される。本発明のＭＡｂは、Ｖ７７−２ａ３７．１の重鎖可変領域および軽鎖可変領域のアミノ酸配列に相同であるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、当該抗体は、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂの所望の機能的特性を保持している。本発明の抗体の定常領域として、定常領域のあらゆるサブクラスが選択され得ることが留意されるべきである。一実施形態において、重鎖定常領域としてのヒトＩｇＧ２定常領域および軽鎖定常領域としてのヒトＩｇカッパ定常領域が用いられ得る。他の実施形態において、重鎖定常領域としてのマウスＩｇＧ１定常領域および軽鎖定常領域としてのマウスＩｇカッパ定常領域が用いられ得る。
【００８１】
本発明の操作された抗体として、（例えば、抗体の特性を向上させるように）ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワーク残基に修飾がなされた抗体が挙げられる。典型的には、そのようなフレームワーク修飾は、抗体の免疫原性を引き下げるようになされる。例えば、一アプローチが、１つまたは複数のフレームワーク残基を、対応する生殖系列配列に「復帰突然変異させる」ものである。より具体的には、体細胞突然変異を経験した抗体は、当該抗体が由来する生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含有し得る。そのような残基は、抗体フレームワーク配列を、抗体が由来する生殖系列配列と比較することによって、同定され得る。フレームワーク領域配列をその生殖系列配列に戻すために、体細胞突然変異は、例えば、部位特異的突然変異誘発またはＰＣＲ介在突然変異誘発（例えば、ロイシンからメチオニンへの「復帰突然変異誘発」）によって、生殖系列配列に「復帰突然変異」されてよい。そのような「復帰突然変異した」抗体もまた、本発明によって包含されることが意図される。
【００８２】
別のタイプのフレームワーク修飾は、Ｔ細胞エピトープを除去することによって抗体の潜在的な免疫原性を低下させるように、フレームワーク領域内の、またはさらには１つもしくは複数のＣＤＲ領域内の、１つまたは複数の残基を突然変異させることを含む。このアプローチは、「脱免疫化」とも呼ばれ、Ｃａｒｒ  ｅｔ  ａｌ．による米国特許出願公開第２００３／０１５３０４３号明細書にさらに詳細に記載されている。
【００８３】
フレームワーク領域またはＣＤＲ領域内でなされる修飾に加えて、またはその代わりに、本発明の抗体は、Ｆｃ領域内に修飾を含めて、典型的には、抗体の１つまたは複数の機能的特性、例えば血清半減期、補体結合、Ｆｃ受容体結合、および／または抗原依存性細胞傷害を変更するように、操作される。さらに、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、ここでも、ＭＡｂの１つまたは複数の機能的特性を変更するために、化学的に修飾されてもよい（例えば、１つまたは複数の化学的部分が抗体に取り付けられてもよい）し、そのグリコシル化を変更するように修飾されてもよい。これらの実施形態はそれぞれ、以下でさらに詳細に記載される。
【００８４】
一実施形態において、ＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域内のシステイン残基の数が変更され、例えば増加または減少するように、修飾される。このアプローチは、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５６７７４２５号明細書にさらに記載されている。ＣＨ１のヒンジ領域中のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖および重鎖の集合を容易にするように、またはＡＸＬ  ＭＡｂの安定性を増大もしくは低下させるように、変更される。
【００８５】
別の実施形態において、抗体のＦｃヒンジ領域は、ＡＸＬ  ＭＡｂの生物学的半減期を引き下げるように突然変異する。より具体的には、抗体のブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）結合が、天然のＦｃ−ヒンジドメインＳｐＡ結合に対して弱まるように、１つまたは複数のアミノ酸突然変異が、Ｆｃ−ヒンジフラグメントのＣＨ２−ＣＨ３ドメイン界面領域中に導入される。このアプローチは、Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．による米国特許第６１６５７４５号明細書中にさらに詳細に記載されている。
【００８６】
別の実施形態において、ＡＸＬ  ＭＡｂは、その生物学的半減期を増大させるように修飾される。様々なアプローチが可能である。例えば、突然変異は、米国特許第６２７７３７５号明細書（Ｗａｒｄ）に記載されるようにして導入され得る。これ以外にも、生物学的半減期を増大させるために、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．による米国特許第５８６９０４６号明細書および米国特許第第６１２１０２２号明細書に記載されるように、抗体は、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから得られるエピトープ結合サルベージ受容体を含有するように、ＣＨ１領域またはＣＬ領域内で変更されてよい。
【００８７】
さらに他の実施形態において、Ｆｃ領域は、ＡＸＬ  ＭＡｂのエフェクタ機能を変更するために、少なくとも１つのアミノ酸残基を、異なるアミノ酸残基で置換することによって、変更される。例えば、アミノ酸特異的残基から選択される１つまたは複数のアミノ酸は、抗体が、エフェクタリガンドに対する親和性を変更するが親抗体の抗原結合能力を保持するように、異なるアミノ酸残基で置換されてよい。親和性が変更されるエフェクタリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣＩ成分であり得る。このアプローチは、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．による米国特許第５６２４８２１号明細書および米国特許第５６４８２６０号明細書中にさらに詳細に記載されている。
【００８８】
ＡＸＬ関連タンパク質とのＡＸＬ抗体の反応性は、いくつかの周知の手段によって確立され得、ウエスタンブロット分析、免疫沈降分析、ＥＬＩＳＡ分析、およびＦＡＣＳ分析が挙げられ、これらは必要に応じて、ＡＸＬ関連タンパク質、ＡＸＬ発現細胞、またはそれらの抽出物を用いる。ＡＸＬ抗体またはそのフラグメントは、検出可能なマーカーで標識されてもよいし、第２の分子に結合されてもよい。適切な検出可能マーカーとして、放射性同位元素、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤、または酵素が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、２つ以上のＡＸＬエピトープに特異的な二重特異的抗体が、当該技術分野において一般に知られている方法を用いて作出される。ホモ二量体抗体もまた、当該技術分野において知られている架橋技術（例えば、Ｗｏｌｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５３：２５６０−２５６５）によって作出され得る。
【００８９】
さらに別の好ましい実施形態において、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、Ｖ７７−２ａ３７．１と称される抗体の重鎖および軽鎖を含む抗体である。好ましい実施形態において、Ｖ７７−２ａ３７．１は、造影剤に結合される。さらに好ましい実施形態において、Ｖ７７−２ａ３７．１は、コンパニオン診断（ＣＤｘ）として、小分子化合物と併せて用いられる。
【００９０】
ＩＩＩ．） ＡＸＬを発現する癌の診断
本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、対象における癌の存在の検出方法にまたは対象における癌の診断方法に用いられ得る。検出方法または診断方法における癌の例として、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、および肺癌が挙げられる。また、本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、癌患者等の対象から得られるサンプルにおけるＡＸＬ発現の検出方法に用いられ得る。癌細胞におけるＡＸＬ発現は、ＥＧＦＲ阻害剤（例えばエルロチニブ）による処置を経験した癌患者におけるＥＧＦＲ阻害剤に対する耐性に関係があることが知られている。したがって、ＡＸＬキナーゼ阻害剤とＥＧＦＲ阻害剤の組合せは、ＥＧＦＲ阻害剤抵抗性の低下および癌増殖の抑制に用いられ得る。本発明のＡＸＬ  ＭＡｂは、ＡＸＬ発現が陽性であるため、ＡＸＬキナーゼ阻害剤および／またはＥＧＦＲ阻害剤による処置に曝される癌患者を同定する方法に用いられ得る。一実施形態において、癌は、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、および肺癌からなる群から選択される。一実施形態において、患者は、ＥＧＦＲ阻害剤による処置を経験しており、癌は、ＥＧＦＲ阻害剤に対して耐性である。
【００９１】
検出方法は、対象から得られるサンプル中のＡＸＬタンパク質の存在を検出する工程を含む。対象から得られるサンプルとして、対象から採取される物質（生体から分離されるサンプル）、具体的には、採取される組織、体液（好ましくは血液）、気管支肺胞洗浄液、生検を経験したサンプル、尿中の癌細胞、および喀痰サンプルのあらゆるタイプが用いられる。好ましい一実施形態において、対象の臓器（例えば肺）の罹患部位から採取される生検サンプルが用いられ得る。また、ホルマリンを用いてサンプルを固定して、パラフィン中に包埋してサンプルを安定化させることによって得られる標本（ＦＦＰＥ）を用いることも可能である。さらに、ＦＦＰＥを薄いスライスに切ることによって得られるＦＦＰＥスライスが用いられてよい。ＦＦＰＥスライスが用いられるならば、スライス中に存在するＡＸＬタンパク質を直接検出することが可能である。
【００９２】
ＡＸＬタンパク質を検出する工程は、当業者に知られている一方法を用いて行われ得る。例えば、検出は、イムノアッセイと酵素活性アッセイの組合せとしての方法によって実行され得、この中で、試験対象から得られるサンプル（例えば、試験対象から得られる癌組織または癌細胞）由来の可溶化溶液が調製されて、当該溶液中に含有されるＡＸＬタンパク質が、本発明のＡＸＬ抗体と組み合わされる。さらに、検出は、免疫組織染色技術によって実行され得、この中で、必要に応じて前処理（例えば、パラフィンの除去）が施された、試験対象から得られたサンプル中に含有されるＡＸＬタンパク質（例えばＦＦＰＥフラグメント）が、本発明のＡＸＬ抗体と組み合わされる。これらの技術の例として、酵素イムノアッセイ、二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ、蛍光イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロッティング、および免疫組織染色等の技術が挙げられる。
【００９３】
先の実施形態に加えて、以下の段落は、更なる抗体、抗原結合フラグメント、ならびにこれらによる方法および使用を記載する。
【００９４】
本明細書中で、例えば第１段落に記載されるのは、ＡＸＬタンパク質、適切にはヒトＡＸＬタンパク質に結合する抗体および当該抗体の抗原結合フラグメントである。特定の実施形態において、抗体および抗原結合フラグメントは、ＡＸＬタンパク質、適切にはヒトＡＸＬタンパク質に特異的に結合する。そのような抗体は、Ｋａｂａｔスキーム、Ｃｈｏｔｈｉａスキーム、およびＣｏｎｔａｃｔスキームによって同定される、表ＶＩＩに示される配列番号に示されるアミノ酸配列からなる相補性決定領域を含む。ゆえに、一実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１２に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１３に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２０に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号２２に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２３に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ３を含む。代替的な実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１４に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１５に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１６に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２５に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号２６に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２７に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ３を含む。さらに別の代替的な実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１７に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１８に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１９に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２８に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３０に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１に示されるアミノ酸配列からなるＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００９５】
別の実施形態は、先の段落に従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、および配列番号１０に示されるアミノ酸からなる軽鎖可変領域を含む。
【００９６】
本明細書中で、例えば第３段落に開示される別の実施形態は、全長抗体である。ゆえに、一実施形態は、先の段落のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体は、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなる重鎖、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなる軽鎖を含む。
【００９７】
また、本明細書中で、例えば第４段落に開示されるのは、先の段落に記載されるものとかなりの配列同一性を有するＡＸＬタンパク質、適切にはヒトＡＸＬタンパク質に結合する抗体である。ゆえに、この段落の一実施形態は、先のいずれかの段落の抗体または抗原結合フラグメントに対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％を有する抗体またはその抗原結合フラグメントである。更なる実施形態において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、先のいずれかの段落に従う抗体または抗原結合フラグメントに対して９５％以上の配列同一性を有する。更なる実施形態において、本段落における抗体または抗原結合フラグメントは、元の未修飾配列に対する結合親和性を実質的に変化させないアミノ酸変化を有する。特定の実施形態において、そのような抗体または抗原結合フラグメントは、ほぼ同じ結合親和性を有する。すなわち、この段落の抗体または抗原結合フラグメントは、ＡＸＬタンパク質に特異的に結合するが、先の段落のいずれか１つに従う元の抗体または抗原結合フラグメントの結合親和性と比較して、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、または１５％未満しか変化していない。更なる適切な実施形態が、先の段落のいずれか１つに従う元の抗体またはフラグメントに対して９９％の配列同一性を有する抗体または抗原結合フラグメントであり、あらゆるアミノ酸変化が、どのＣＤＲ領域中の残基にもあたらず、ここでＣＤＲ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングを用いて判断される。代替的な実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、先の段落における元の抗体またはフラグメントに対して９９％の配列同一性を有し、あらゆるアミノ酸変化が、どのＣＤＲ領域中の残基にもあたらず、ここでＣＤＲ領域は、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングによって判断される。代替的な実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、先の段落における元の抗体またはフラグメントに対して９９％の配列同一性を有し、あらゆるアミノ酸変化が、どのＣＤＲ領域中の残基にもあたらず、ここでＣＤＲ領域は、Ｃｏｎｔａｃｔ法によって判断される。更なる実施形態において、先の段落の元の抗体または抗原結合フラグメントに対して９９％の配列同一性を有する抗体または抗原結合フラグメントは、元の抗体または抗原結合フラグメントとほぼ同じ結合親和性を有する。
【００９８】
本明細書中で、例えば第５段落に開示される別の実施形態は、先のいずれかの段落に従う抗体またはその抗原結合フラグメントであり、フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、またはｓｃＦｖのフラグメントである。特定の実施形態において、この段落、または先のいずれかの段落の抗原結合フラグメントが、異種Ｆｃ領域または異種定常領域に融合されて、キメラ抗体が生じ得る。
【００９９】
本明細書中で、例えば第６段落に開示される別の実施形態は、先のいずれかの段落に従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体または抗原結合フラグメントは、完全ヒト抗体である。
【０１００】
本明細書中で、例えば第７段落に開示される別の実施形態は、先のいずれかの段落に従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体は、Ｖ７７−２ａ３７．１と呼ばれる抗体である。
【０１０１】
本明細書中で、例えば第８段落に開示される別の実施形態は、先の段落のいずれか１つに従う抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドである。一実施形態において、重鎖可変領域または重鎖は、１つのポリヌクレオチドによってコードされ、軽鎖可変領域または軽鎖は、第２のポリヌクレオチド上にコードされる。更なる実施形態において、１つまたは複数のポリヌクレオチドは、ベクターである。
【０１０２】
本明細書中で、例えば第９段落に開示される更なる実施形態において、宿主細胞が、先の段落の１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む。一実施形態において、宿主細胞は、段落１〜７のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントの重鎖可変領域または重鎖を含むあるベクター、および段落１〜７のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントの軽鎖可変領域または軽鎖を含む別のベクターを含む。
【０１０３】
本明細書で、例えば第１０段落に開示される更なる実施形態において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、先の段落の宿主細胞によって産生される。更なる実施形態において、そのようにして産生された抗体または抗原結合フラグメントはさらに、当該技術分野において知られている１つまたは複数の技術によって単離され、イオン交換クロマトグラフィ、ＨＰＬＣ、サイズ排除クロマトグラフィ、ＳＤＳ  ＰＡＧＥ、親和性クロマトグラフィ等が挙げられる。更なる実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、約９０％以上の純度である。本明細書中で、例えば第１０段落に開示される別の実施形態は、段落１〜７のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントとの結合について競合する抗体またはその抗原結合フラグメントである。更なる実施形態において、抗体は、ＡＸＬタンパク質、適切にはヒトタンパク質でコーティングされたマルチウェルプレートを含むＥＬＩＳＡアッセイにおいて、結合について競合する。
【０１０４】
別の実施形態は、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体または抗原結合フラグメントは、組換えにより生産される。
【０１０５】
別の実施形態は、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体または抗原結合フラグメントは、造影剤に結合されている。代替的な実施形態において、先のいずれかの段落に従う抗体または抗原結合フラグメントは、造影剤として用いられる。更なる実施形態において、先の段落のいずれか１つの抗体または抗原結合フラグメントは、インビボ造影剤として用いられる。代替的な実施形態において、先の段落のいずれか１つの抗体または抗原結合フラグメントは、エクスビボ造影剤として用いられ、適切には検出アッセイに用いられる；そのようなアッセイとして、免疫組織化学、免疫細胞化学、イムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡが挙げられる）、およびウェスタンブロッティングが挙げられるが、これらに限定されない。更なる実施形態は、先のいずれかの段落に従う抗体または抗原結合フラグメントであり、抗体または抗原結合フラグメントは、１つまたは複数の検出試薬に、直接的にまたは間接的に結合されている。アッセイは、定性的であっても定量的であってもよく、放射能、蛍光、化学発光が挙げられるがこれらに限定されない任意の数の検出試薬を使用してよく、そしてまた、前述の試薬のいずれかを用いた酵素結合検出を含んでもよい。
【０１０６】
異なる実施形態において、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントは、癌、適切には肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、および肺癌の診断および／または処置および／または管理のために、１人以上の患者をスクリーニングするコンパニオン診断（ＣＤｘ）として用いられる。
【０１０７】
異なる実施形態において、対象における１つまたは複数の腫瘍細胞におけるＡＸＬ発現を検出する方法が、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントを、対象から得られる１つまたは複数の細胞のサンプルと接触させる工程を含む。更なる実施形態において、対象はヒトである。更なる実施形態において、ヒトは、癌の診断および／または処置を必要とする。更なる実施形態において、１つまたは複数の腫瘍細胞は、適切には、固形臓器腫瘍、適切には膵臓、卵巣、肺、および皮膚の腫瘍の細胞である。代替的な実施形態において、１つまたは複数の腫瘍細胞は、間葉起源の軟組織細胞である。別の実施形態において、１つまたは複数の細胞は、肉腫細胞、膵臓腫瘍細胞、黒色腫細胞、卵巣腫瘍細胞、および肺腫瘍細胞からなる群から選択される。更なる実施形態において、対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された。更なる実施形態において、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ阻害剤に実質的に反応しない癌、すなわちＥＧＦＲ耐性癌を有すると判断された。
【０１０８】
異なる実施形態において、ＡＸＬの発現が陽性である１つまたは複数の癌細胞を有する対象、適切にはヒトを同定する方法は、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントを、対象、適切にはヒトから得られる１つまたは複数の細胞のサンプルと接触させることと、抗体または抗原結合フラグメントの、ＡＸＬへの結合を検出することとを含む。更なる実施形態において、対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された。更なる実施形態において、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ耐性癌を患うと判断された。
【０１０９】
さらに異なる実施形態において、対象、適切にはヒトにおける癌を診断する方法は、段落１〜７または段落１０のいずれか１つに従う抗体または抗原結合フラグメントを、対象、適切にはヒトから得られる１つまたは複数の細胞のサンプルと接触させることと、抗体または抗原結合フラグメントの、ＡＸＬへの結合を検出することと、正常者由来の１つまたは複数の細胞、すなわち非腫瘍性または非癌性の細胞のコントロールサンプルと比較した、ＡＸＬレベルの増大を判定することによって、癌を診断することとを含む。更なる実施形態において、対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された。更なる実施形態において、ＥＧＦＲ阻害剤で以前に処置された対象、適切にはヒトは、ＥＧＦＲ耐性癌を患うと判断された。
【０１１０】
ＩＶ．）ＡＸＬを発現する癌の処置
制限された組織において正常に発現されるが、表Ｉに列挙されるような癌においても発現されるタンパク質としてのＡＸＬの同定は、そのような癌の処置へのいくつかの治療的アプローチおよび診断的アプローチを開く。
【０１１１】
注目すべきことに、標的抗腫瘍療法は、標的タンパク質が正常な組織上で、さらには生命に不可欠な正常な臓器組織上で発現される場合ですら、有用であった。生命に不可欠な臓器とは、生命を維持するのに必須の臓器、例えば心臓または結腸である。生命に不可欠でない臓器は、取り出されて直ぐにその個体がなお生き残ることができる臓器である。生命に不可欠でない臓器の例として、卵巣、乳房、および前立腺がある。
【０１１２】
正常な組織における、さらには生命に不可欠な正常な組織における標的タンパク質の発現は、タンパク質が過剰発現される特定の腫瘍用の治療薬としてのタンパク質について、標的剤の有用性を損なわない。例えば、生命に不可欠な臓器における発現は、それ自体有害なものではない。また、無くても構わないとみなされる臓器、例えば前立腺および卵巣は、死亡率に影響を及ぼさずに除去され得る。最後に、一部の生命に不可欠な臓器は、免疫特権のために、正常な臓器の発現に影響を受けない。免疫特権臓器は、血液−臓器関門によって血液から保護されることで、免疫療法にアクセス可能でない臓器である。免疫特権臓器の例として、脳および精巣がある。
【０１１３】
したがって、ＡＸＬタンパク質の活性を阻害する治療アプローチは、ＡＸＬを発現する癌に苦しむ患者にとって有用である。当該治療アプローチは一般に、３つのクラスに分類される。第１のクラスは、腫瘍細胞の増殖に関係して、腫瘍細胞の増殖の阻害もしくは遅延、またはその死滅の誘導に至るようにＡＸＬ機能を調節するものである。第２のクラスは、ＡＸＬタンパク質の、その結合パートナとの、または他のタンパク質との結合を阻害する様々な方法を含む。第３のクラスは、ＡＸＬ遺伝子の転写またはＡＸＬ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害する様々な方法を含む。
【０１１４】
したがって、好ましくは腫瘍組織の免疫組織化学的評価、定量的ＡＸＬ画像化、またはＡＸＬ発現の存在および程度を確実に示す他の技術を用いて、癌患者は、ＡＸＬ発現の存在およびレベルについて評価され得る。この目的のために、腫瘍生検または外科標本の免疫組織化学的分析が好ましい。腫瘍組織の免疫組織化学的分析方法は、当該技術分野において周知である。
【０１１５】
Ｖ．）抗体ベース治療のための、標的としてのＡＸＬ
ＡＸＬは、抗体ベースの治療戦略にとって魅力的な標的である。細胞外分子および細胞内分子の双方を標的とするいくつかの抗体戦略が、当該技術分野において知られている（例えば、補体およびＡＤＣＣ媒介死、ならびにイントラボディの使用を参照）。ＡＸＬは、正常細胞に対して、対応する様々な系列の癌細胞によって発現されるので、免疫反応性組成物の、非標的臓器および非標的組織への結合によって、毒性、非特異的作用、および／または非標的作用が引き起こされることのない、優れた感受性を示す全身投与ＡＸＬ免疫反応性組成物が調製される。ＡＸＬのドメインと特異的に反応する抗体は、好ましくは抗体薬物結合体（すなわちＡＤＣ）として、ＡＸＬ発現癌を全身的に処置するのに有用であり、結合体は、造影剤、毒素、または治療剤と共にある。
【０１１６】
当業者であれば、抗体が、図１に示されるＡＸＬ配列の免疫原性領域等の免疫原性分子を特異的に標的とし、かつこれに結合するように用いられ得ることを理解する。また、当業者であれば、抗体を細胞傷害剤に結合させることがルーチンであることを理解する（例えば、Ｓｌｅｖｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ  ９３：１１  ３６７８−３６８４（Ｊｕｎｅ  １，１９９９）参照）。例えば、細胞を、当該細胞によって発現される分子（例えば、ＡＸＬ）に特異的な抗体に結合させることによって、細胞傷害剤および／または治療剤が当該細胞に直接送達される場合、細胞傷害剤は、その知られている生物効果（すなわち細胞毒性）を当該細胞に発揮することとなる。
【０１１７】
抗体−細胞傷害剤結合体を用いて細胞を殺すための多種多様な組成物および方法が、当該技術分野において知られている。癌との関連において、典型的な方法は、腫瘍を有する哺乳動物に、発現され、結合するのにアクセス可能であり、または細胞表面上に局在している抗原（例えば、ＡＸＬ）に結合する標的剤（例えば、ＡＸＬ  ＭＡｂ、好ましくはＶ７７−２ａ３７．１）に連結された、選択された細胞毒性剤および／または治療剤を含む結合体の生物学的に有効な量を投与することを伴う。典型的な実施形態は、ＡＸＬを発現する細胞に細胞毒性剤および／または治療剤を送達する方法であって、ＡＸＬエピトープに免疫特異的に結合する抗体に細胞毒性剤を結合させることと、細胞を抗体薬物結合体（ＡＤＣ）に曝すこととを含む方法である。別の例示的な実施形態は、転移癌を患っていると疑われる個体を処置する方法であって、前記個体に、細胞傷害剤および／または治療剤に結合された抗体の治療的に有効な量を含む医薬組成物を非経口投与する工程を含む方法である。
【０１１８】
ＡＸＬ抗体を用いた癌免疫療法が、他のタイプの癌の処置に首尾よく用いられている様々なアプローチに従ってなされ得、結腸癌（Ａｒｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ，１９９８，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８：１３３−１３８）、多発性骨髄腫（Ｏｚａｋｉ  ｅｔ  ａｌ，１９９７，Ｂｌｏｏｄ  ９０：３１７９−３１８６、Ｔｓｕｎｅｎａｒｉ  ｅｔ  ａｌ，１９９７，Ｂｌｏｏｄ  ９０：２４３７−２４４４）、胃癌（Ｋａｓｐｒｚｙｋ  ｅｔ  ａｌ，１９９２，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５２：２７７１−２７７６）、Ｂ細胞リンパ腫（Ｆｕｎａｋｏｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ，１９９６，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．Ｅｍｐｈａｓｉｓ  Ｔｕｍｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９：９３−１０１）、白血病（Ｚｈｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ，１９９６，Ｌｅｕｋ．Ｒｅｓ．２０：５８１−５８９）、結腸直腸癌（Ｍｏｕｎ  ｅｔ  ａｌ，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５４：６１６０−６１６６；Ｖｅｌｄｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ，１９９５，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５５：４３９８−４４０３）、および乳癌（Ｓｈｅｐａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１：１１７−１２７）が挙げられるが、これらに限定されない。裸抗体の、毒素または放射性同位体への結合、例えば、Ｙ９１またはＩ１３１の、抗ＣＤ２０抗体（例えば、それぞれＺｅｖａｌｉｎ（商標），ＩＤＥＣ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｃｏｒｐ．またはＢｅｘｘａｒ（商標），Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）への結合を含む治療アプローチもあれば、抗体および他の治療剤、例えばハーセプチン（商標）（トラスツズマブ）の、パクリタキセル（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．）との共投与を含む治療アプローチもある。好ましい実施形態において、抗体は、造影剤と結合されることとなる。更に好ましい実施形態において、ＭＡｂは、コンパニオン診断薬として、疾患の処置用の別の化合物と併用されることとなる。
【０１１９】
ＡＸＬ抗体療法は、癌の全ステージに有用であるが、抗体療法は、進行癌または転移癌において特に適切であり得る。本発明の抗体療法による処置は、１ラウンド以上の化学療法を受けた患者に適する。これ以外にも、本発明の抗体療法は、化学療法処置を受けていない患者について、化学療法レジメンまたは放射線レジメンと組み合わされる。加えて、抗体療法は、特に化学療法剤の毒性に十分な忍容性がない患者にとって、同時化学療法の投薬量を減らして用いることを可能にする。Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５３：４６３７−４６４２，１９９３）、Ｐｒｅｗｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊ．ｏｆ  Ｏｎｃｏ．９：２１７−２２４，１９９６）、およびＨａｎｃｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５１：４５７５−４５８０，１９９１）は、種々の抗体の、化学療法剤との併用を記載している。
【０１２０】
表Ｉに示される癌を処置するＡＸＬモノクローナル抗体として、腫瘍に対して強力な免疫反応を開始する抗体、または直接的に細胞傷害性である抗体が挙げられる。この点に関して、ＡＸＬモノクローナル抗体（ＭＡｂ）は、補体媒介機構または抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）機構のいずれかによって、腫瘍細胞溶解を誘発することができ、これらは双方とも、補体タンパク質上でのエフェクタ細胞Ｆｃ受容体部位との相互作用のために、免疫グロブリン分子の無傷Ｆｃ部分を必要とする。また、腫瘍増殖に及ぼす直接的な生物効果を発揮するＡＸＬ  ＭＡｂは、ＡＸＬを発現する癌を処置するのに有用である。直接細胞傷害性ＭＡｂが作用する機構として：細胞増殖の阻害、細胞分化の調節、腫瘍血管新生因子プロファイルの調節、およびアポトーシスの誘導が挙げられる。特定のＡＸＬ  ＭＡｂが抗腫瘍効果を発揮する機構は、細胞死を評価する任意の数のインビトロアッセイ、例えば、当該技術分野において一般に知られている、ＡＤＣＣ、補体媒介性細胞溶解等を用いて、評価される。
【０１２１】
したがって、本発明の治療方法に用いられる好ましいモノクローナル抗体は、完全ヒト抗体であり、かつ標的ＡＸＬ抗原に特異的に、高い親和性で結合する抗体である。
【０１２２】
ＶＩ．）ＡＸＬ  ＡＤＣカクテル
本発明の治療方法は、単一のＡＸＬ  ＡＤＣ、および異なるＭＡｂ（すなわち、ＡＸＬ  ＭＡｂ、または別のタンパク質に結合するＭＡｂ）の組合せまたはカクテルの投与を意図する。そのようなＭＡｂカクテルは、異なるエピトープを標的とするＭＡｂを含有し、異なるエフェクタ機構を利用し、または直接細胞毒性ＭＡｂを、免疫エフェクタ機能に依存するＭＡｂと組み合わせるので、ある種の利点を有し得る。そのようなＭＡｂは組み合わされて、相乗的な治療効果を示し得る。また、ＡＸＬ  ＭＡｂは、様々な化学療法剤および生物剤、アンドロゲン遮断薬、免疫調節剤（例えば、ＩＬ−２、ＧＭ−ＣＳＦ）、外科手術、または放射線が挙げられるが、これらに限定されない、他の治療法と同時に施され得る。好ましい実施形態において、ＡＸＬ  ＭＡｂは、結合形態で投与される。
【０１２３】
ＡＸＬ  ＡＤＣ製剤は、あらゆる経路を介して投与されて、抗体を腫瘍細胞に送達することができる。投与経路として、静脈内、腹腔内、筋肉内、腫瘍内、皮内等が挙げられるが、これらに限定されない。処置は、一般に、許容可能な投与経路、例えば、静脈内注射（ＴＶ）を介したＡＸＬ  ＡＤＣ調製物の反復投与を含み、典型的には０．１、．２、．３、．４、．５、．６、．７、．８、．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、または２５ｍｇ／体重ｋｇが挙げられるが、これらに限定されない範囲内の用量である。一般に、１週あたり１０〜１０００ｍｇ  ＭＡｂの範囲の用量が効果的であり、十分な忍容性がある。
【０１２４】
転移性乳癌の処置におけるハーセプチン（登録商標）（トラスツズマブ）での臨床経験に基づいて、ＭＡｂ調製物の約４ｍｇ／患者体重ｋｇ  ＩＶの初期負荷用量に続く、約２ｍｇ／ｋｇ  ＩＶの毎週用量が、許容可能な投薬レジメンを表す。好ましくは、初期負荷用量は、９０分以上の注入として投与される。初期用量に十分な忍容性があるならば、定期的な維持用量が、３０分以上の注入として投与される。当業者によって理解されるように、特定のケースにおいて、様々な要因が、理想的な用量レジメンに影響を及ぼす可能性がある。そのような要因として、例えば、用いられるＭＡｂの結合親和性および半減期、患者におけるＡＸＬ発現の程度、循環するｓｈｅｄ  ＡＸＬ抗原の程度、所望される定常状態抗体濃度レベル、処置の頻度、および本発明の処置方法と組み合わせて用いられる化学療法剤または他の薬剤の影響、ならびに特定の患者の健康状態が挙げられる。
【０１２５】
場合によっては、患者は、最も有効な投薬レジメン等の決定の一助とするために、所与のサンプル中のＡＸＬのレベル（例えば、循環ＡＸＬ抗原および／またはＡＸＬ発現細胞のレベル）について評価されるべきである。そのような評価はまた、治療の全体を通してのモニタリング目的のために用いられ、他のパラメータ（例えば、膀胱癌治療における尿細胞学および／もしくは免疫細胞レベル、または類推による、前立腺癌治療における血清ＰＳＡレベル）の評価と組み合わせた治療の成功を評価するのに有用である。
【０１２６】
本発明の目的は、ＡＸＬ  ＡＤＣを提供することであり、これは、ＡＸＬを発現する腫瘍細胞の増殖を阻害し、または遅延させる。本発明の更なる目的は、そのようなＡＸＬ  ＡＤＣを用いて、特にそのようなＡＸＬ  ＡＤＣを、他の薬物または免疫学的に活性な処置と併用して、血管新生機能および他の生物学的機能を阻害することによって、哺乳動物、好ましくはヒトにおける腫瘍増殖を低下させる方法を提供することである。
【０１２７】
ＶＩＩ．）併用療法
一実施形態において、ヒト腫瘍が挙げられる腫瘍が、化学療法剤もしくは放射線またはそれらの組合せと併せて、ＡＸＬ  ＡＤＣで処置される場合、相乗効果がある。換言すれば、ＡＸＬ  ＡＤＣによる腫瘍増殖の阻害は、化学療法剤もしくは放射線、またはそれらの組合せと組み合わされた場合、予想されるよりも増強される。相乗効果は、例えば、ＡＸＬ  ＡＤＣのみの処置、またはＡＸＬ  ＡＤＣおよび化学療法剤または放射線による処置の相加効果から予想されるよりも、併用処置による腫瘍増殖の阻害が大きいことによって、示され得る。好ましくは、相乗効果は、ＡＸＬ  ＡＤＣによる処置から、またはＡＸＬ  ＡＤＣと化学療法剤もしくは放射線の付加的な組合せを用いた処置から寛解が予想されない場合での癌の寛解によって、示される。
【０１２８】
ＡＸＬ  ＡＤＣ、および化学療法もしくは放射線、またはそれらの双方の組合せを用いて、腫瘍細胞の増殖を阻害する方法は、化学療法または放射線療法の開始前、開始中、または開始後に、そしてそれらのあらゆる組合せで（すなわち、化学療法および／または放射線療法の開始前と開始中、開始前と開始後、開始中と開始後、または開始前と開始中と開始後）、ＡＸＬ  ＡＤＣを投与することを含む。例えば、ＡＸＬ  ＡＤＣは、典型的には、放射線療法および／または化学療法を開始する前の、１〜６０日、好ましくは３〜４０日、より好ましくは５〜１２日の間に、投与される。しかしながら、処置プロトコルおよび特定の患者のニーズに応じて、当該方法は、最も効果的な処置を提供し、そして最終的に患者の寿命を延ばすこととなるやり方で実行される。
【０１２９】
化学療法剤の投与は、非経口経路および経腸経路による全身的なものが挙げられる、様々な方法で達成され得る。一実施形態において、ＡＸＬ  ＡＤＣおよび化学療法剤は、別個の分子として投与される。化学療法剤または化学療法の特定の例として、シスプラチン、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ダクチノマイシン、メクロレタミン（窒素マスタード）、ストレプトゾシン、シクロホスファミド、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、ダウノルビシン、プロカルバジン、マイトマイシン、シタラビン、エトポシド、メトトレキセート、５−フルオロウラシル、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ブレオマイシン、パクリタキセル（タキソール）、ドセタキセル（タキソテール）、アルデスロイキン、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、クラドリビン、ダカルバジン、フロクスウリジン、フルダラビン、ヒドロキシ尿素、イホスファミド、インターフェロンアルファ、ロイプロリド、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、プリカマイシン、ミトタン、ペガスパルガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、ウラシルマスタード、ビノレルビン、ゲムシタビン、クロラムブシル、タキソール、およびそれらの組合せが挙げられる。
【０１３０】
ＡＸＬ  ＡＤＣと併用される放射線の源は、処置されることになる患者の体外にあっても体内にあってもよい。源が患者の体外にある場合、治療は体外照射療法（ＥＢＲＴ）として知られている。放射線源が患者の体内にある場合、その処置は近接照射療法（ＢＴ）と呼ばれる。
【０１３１】
先に記載される治療レジメンはさらに、追加の癌処置剤および／またはレジメン、例えば追加の化学療法、癌ワクチン、シグナル伝達阻害剤、異常な細胞増殖もしくは癌の処置に有用な剤、ＩＧＦ−１Ｒに結合することによって腫瘍増殖を阻害する抗体（例えば、国際公開第２００５／０９２３８０号パンフレット（Ｐｆｉｚｅｒ）に記載されるような抗ＣＴＬＡ−４抗体）または他のリガンド、およびサイトカインと組み合わされてよい。
【０１３２】
哺乳動物が更なる化学療法に曝される場合、先に記載される化学療法剤が用いられてよい。加えて、増殖因子阻害剤、生物反応改変剤、抗ホルモン療法、選択的エストロゲン受容体調節剤（ＳＥＲＭ）、血管新生阻害剤、および抗アンドロゲンが用いられてよい。例えば、抗ホルモン、例えばＮｏｌｖａｄｅｘ（タモキシフェン）等の抗エストロゲン、またはＣａｓｏｄｅｘ（４’−シアノ−３−（４−フルオロフェニルスルホニル）−２−ヒドロキシ−２−メチル−３’−（トリフルオロメチル）プロピオンアニリド）等の抗アンドロゲンが用いられてよい。
【０１３３】
先の治療アプローチは、多種多様な外科手術レジメン、化学療法レジメン、または放射線療法レジメンのいずれか１つと組み合わされ得る。本発明の治療アプローチは、化学療法（または他の療法）の低い投薬量および／またはより少ない投与頻度での使用を可能にし、全ての患者にとって、特に化学療法剤の毒性に十分な忍容性がない患者にとって、有利である。
【０１３４】
ＶＩＩＩ．）キット／製造品
本明細書中に記載される実験室、予後、予防、診断、および治療の用途に用いるためのキットが、本発明の範囲内である。そのようなキットは、バイアル、チューブ等の１つまたは複数の容器を受け入れるように区画されているキャリア、パッケージ、または容器を、本明細書中に記載される使用等の使用についての説明書を含むラベルまたは挿入物と共に含んでよく、各容器は、当該方法において用いられることになる別個の要素の１つを含む。例えば、容器は、検出可能に標識されている、または検出可能に標識され得る抗体を含んでよい。キットは、薬物単位を含む容器を含んでよい。
【０１３５】
本発明のキットは、典型的に、先に記載される容器、およびこれと関連する、商業的観点およびユーザの観点から所望される、バッファ、希釈剤、フィルタ、針、シリンジなどの材料を含む１つまたは複数の他の容器；内容物および／または使用説明書を記載する、キャリア、パッケージ、容器、バイアル、および／またはチューブのラベル、ならびに使用説明書付きパッケージ挿入物を含むこととなる。
【０１３６】
組成物が、特定の治療、または非治療的用途、例えば、予後、予防、診断、または実験の用途に用いられることを示すためのラベルが、容器上に、または容器と共に存在してよく、そしてまた、本明細書中に記載される使用等の、インビボまたはインビトロでの使用についての手引きを示してよい。また、手引きおよび／またはその他の情報が、キットと共に、またはキット上に含まれる挿入物またはラベル上に含められてもよい。ラベルは、コンテナ上にあってもよいし、コンテナに付随してもよい。ラベルを形成する文字、数字、または他の記号が容器自体に成形またはエッチングされる場合、ラベルは容器上に存在してよい；ラベルは、コンテナを保持もするレセプタクルまたはキャリア内に、例えばパッケージ挿入物として存在する場合に、コンテナに付随してよい。ラベルは、組成物が、表Ｉに示される組織の癌等の症状の診断、処置、予防、または予後に用いられることを示してよい。
【０１３７】
用語「キット」および「製造品」は、同義語として用いられ得る。
【０１３８】
本発明の別の実施形態において、組成物、例えば抗体、または抗体薬物結合体（ＡＤＣ）、例えば、表Ｉに示されるような組織の癌の診断、予後、予防、および／または処置に有用な材料を含有する製造品が提供される。製造品は、典型的には、少なくとも１つの容器および少なくとも１つのラベルを含む。適切な容器として、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。容器は、様々な材料、例えばガラス、金属、またはプラスチックから形成されてよい。容器は、アミノ酸配列、小分子、核酸配列、細胞集団、および／または抗体を保持することができる。別の実施形態において、容器は、細胞および組織におけるＡＸＬのタンパク質発現を評価するのに使用される、または関連の実験、予後、診断、予防、および治療の目的のための抗体、その結合フラグメント、または特異的な結合タンパク質を含む；そのような使用の指示および／または手引きは、そのような容器上に、または容器と共に含められてよく、これらの目的のために用いられる試薬および他の組成物、またはツールも同様である。
【０１３９】
容器は、代わりに、症状の処置、診断、予後、または予防に有効な組成物を保持し得、そして滅菌アクセスポートを有してよい（例えば、容器は、皮下注射針によって穿孔可能なストッパを有する静脈内溶液バッグまたはバイアルであってよい）。組成物中の活性剤は、ＡＸＬに特異的に結合することができる抗体であってもよいし、ＡＸＬに特異的に結合する抗体薬物結合体であってもよい。
【０１４０】
製造品は、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、および／またはデキストロース溶液等の医薬的に許容可能なバッファを含む第２の容器をさらに備えてよい。これはさらに、他のバッファ、希釈剤、フィルタ、スターラ、針、シリンジ、ならびに／または使用の指示および／もしくは説明書付きパッケージ挿入物が挙げられる、商業的観点およびユーザの観点から所望される他の材料を含んでよい。
【実施例】
【０１４１】
本発明の様々な態様が、以下のいくつかの実施例によってさらに説明かつ例示されるが、いずれも、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
【０１４２】
実施例１
ＡＸＬ抗原
ＡＸＬ（それ以外ではＴｙｒｏ７、ＵＦＯ、およびＡＲＫ（ならびにＧｅｎＢａｎｋ登録番号：ＮＭ＿０２１９１３）として知られている）は、ヒトｔｒｋ、ｅｐｈ、ｅｃｋ、およびｒｏｓタンパク質、ならびにインスリン様増殖因子１受容体とのアミノ酸類似度が高い受容体チロシンキナーゼをコードするタンパク質である。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、Ｒｓｅ／Ｔｙｒｏ３受容体およびＭＥＲ受容体を含む膜貫通型受容体チロシンキナーゼ（ＴＲＫ）ファミリに属する。このファミリは、免疫グロブリン様フィブロネクチンＩＩＩ様ドメインの特有の細胞外組成物によって特徴付けられる。これらの構造的所見は、Ａｘｌファミリメンバが、細胞接着および細胞内シグナル伝達の双方に関与している可能性があることを示唆している。Ｓａｉｎａｇｈｉ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｐｈｙｓ．２０４：３６−４４（２００５）参照。また、Ｏ’Ｂｒｙａｎ，ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏ．Ｃｈｅｍ．，Ｖｏｌ．２７０  ｎｏ．２，ｐｐ．５５１−５５７（１９９５）参照。また、Ａｘｌは、複数の癌、例えば肺癌、乳癌、卵巣癌、甲状腺癌、胃癌、腎臓癌、結腸癌、および骨髄性白血病において発現されることが指摘されてきた。更なる参考文献について、Ｓｈｉｅｈ，ｅｔ  ａｌ，Ｎｅｏｐｌａｓｉａ，ｖｏｌ  ７，Ｎｏ．１２  ｐｐ  １０５８−１０６４（Ｄｅｃ．２００５）；Ｂｅｒｃｌａｚ，ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．１２  ｐｐ．８１９−８２４（２００１）；Ｓｕｎ，ｅｔ  ａｌ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２００４；６６：４５０−４５７（２００４）；Ｉｔｏ，ｅｔ  ａｌ，Ｔｈｙｒｏｉｄ，ｖｏｌ．９：Ｎｏ．６，ｐｐ．５６３−５６７（１９９９）；Ｗｕ，ｅｔ  ａｌ，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，ｖｏｌ．２２，ｐｐ．１０７１−１０７８（２００２）；Ｃｈｕｎｇ，ｅｔ  ａｌ．ＤＮＡ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．，Ｖｏｌ．２２：Ｎｏ．８，ｐｐ．５３３−５４０（２００３）；Ｃｒａｖｅｎ，ｅｔ  ａｌ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，ｖｏｌ．６０  ｐｐ．７９１−７９７（１９９５）。ＡＸＬ  ｃＤＮＡは、４，７４３ｂｐの長さであり、８９４個のアミノ酸ＯＲＦをコードする（図１参照）。ＡＸＬ抗原の例示的な実施形態について、図１参照。
【０１４３】
実施例２
ＡＸＬモノクローナル抗体（ＭＡｂ）の作出
一実施形態において、ＡＸＬに対する診断用モノクローナル抗体（「ｍＡｂ」）は、ＡＸＬに特異的なエピトープと反応する抗体を含み、これは、患者の生検から調製した、凍結し、またはパラフィン包埋し、ホルマリン固定した組織切片中の細胞上に発現されたＡＸＬに結合するであろう。そのようなＭＡｂの作出用の免疫原として、ＡＸＬタンパク質配列をコードまたは含有するように設計された免疫原が挙げられる。免疫原として、ペプチド、組換えタンパク質、ＡＸＬを内在的に発現する細胞、またはＡＸＬを発現するように操作された細胞（２９３Ｔ−ＡＸＬ等）が挙げられる。
【０１４４】
Ｖｅｌｏｃｌｍｍｕｎｅ（登録商標）マウスまたはｂａｌｂ／ｃマウスのいずれかを用いて、ＡＸＬに対するＭＡｂを作出した。ＡＸＬを発現する組換え２９３Ｔ細胞でｖｅｌｏｃｉｍｍｕｎｅマウスを免疫化した後に、Ｖ７７−２ａ３７．１と命名したｍＡｂが生じた。ＡＸＬ  ＭＡｂ、Ｖ７７−２ａ３７．１は、患者の生検から調製した、凍結し、またはパラフィン包埋し、ホルマリン固定した組織切片中のＡＸＬ発現細胞（組換えおよび内因性）およびＡＸＬ発現腫瘍細胞に、特異的に結合する。
【０１４５】
Ｔｒｉｚｏｌ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）により各ハイブリドーマ細胞からｍＲＮＡを単離した後、ＡＸＬ  ＭＡｂ  Ｖ７７−２ａ３７．１のＤＮＡコード配列を決定した。
【０１４６】
以下のプロトコルを用いて、抗ＡＸＬ  Ｖ７７−２ａ３７．１の重鎖および軽鎖の可変核酸配列を、ハイブリドーマ細胞から配列決定した。Ｖ７７−２ａ３７．１分泌ハイブリドーマ細胞を、Ｔｒｉｚｏｌ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）で溶解した。全ＲＮＡを精製して、定量した。Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ  Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  Ｐｒｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ系を用いて、オリゴ（ｄＴ）１２−１８プライミングにより、全ＲＮＡから第１鎖ｃＤＮＡを作出した。ヒト免疫グロブリン可変重鎖プライマー、およびヒト免疫グロブリン可変軽鎖プライマーを用いて、第１鎖ｃＤＮＡを増幅した。ＰＣＲ産物を配列決定して、可変重鎖領域および可変軽鎖領域を判断した。
【０１４７】
完全長の重鎖および軽鎖の核酸配列およびアミノ酸配列を、図２Ａおよび図２Ｂ、ならびに図３Ａおよび図３Ｂに列挙する。Ｖ７７−２ａ３７．１ＭＡｂの、ヒトＩｇ生殖系列に対するアラインメントを、図４Ａ〜図４Ｂに示す。
【０１４８】
実施例３
ＡＸＬ  ＡＤＣを用いた、ヒト癌腫の処置および診断についてのヒト臨床試験
ＡＸＬに特異的に結合するＡＸＬ  ＡＤＣを、本発明に従って用いて、特定の腫瘍、好ましくは表１に列挙する腫瘍の処置に用いる。これらの徴候のそれぞれに関して、２つの臨床的アプローチを首尾よく遂行する。
【０１４９】
Ｉ．） 補助療法：補助療法において、ＡＸＬ  ＡＤＣを、化学療法剤もしくは抗腫瘍剤、および／または放射線療法、あるいはそれらの組合せと組み合わせて、患者を処置する。標準的なプロトコル下で、標準的な１次治療および２次治療にＡＸＬ  ＡＤＣを加えることによって、表Ｉに列挙するような原発性癌標的を処置する。プロトコル設計は、以下の実施例によって評価する、原発性病変または転移性病変の腫瘍塊の縮小、無増悪生存、全生存の延長、患者の健康の向上、疾患の安定化、ならびに標準的な化学療法および他の生物剤の通常の用量を引き下げる能力が挙げられるが、これらに限定されない有効性を扱う。この投薬量の引下げは、化学療法剤または生物剤の用量関連毒性を引き下げることによって、追加療法および／または長期療法を可能にする。ＡＸＬ  ＡＤＣを、化学療法剤または抗腫瘍剤と組み合わせて、いくつかの補助的臨床試験で利用する。
【０１５０】
ＩＩ．） 単剤療法：腫瘍の単剤療法におけるＡＸＬ  ＡＤＣの使用に関して、ＡＸＬ  ＡＤＣを、化学療法剤も抗腫瘍剤もなしで患者に投与する。一実施形態において、広範囲の転移性疾患に苦しむ末期癌患者において、単剤療法を臨床的に行う。プロトコル設計は、以下の実施例によって評価する、原発性病変または転移性病変の腫瘍塊の縮小、無増悪生存、全生存の延長、患者の健康の向上、疾患の安定化、ならびに標準的な化学療法および他の生物剤の通常の用量を引き下げる能力が挙げられるが、これらに限定されない有効性を扱う。
【０１５１】
投薬量
投薬レジメンを調節して、最適な所望の反応を実現することができる。例えば、単回のボーラス投与をしてもよいし、いくつかの分割用量を経時的に投与してもよいし、治療状況の示される緊急性に比例させて用量を増減させてもよい。投与を容易にし、かつ投薬量を均一にするために、非経口組成物を投薬単位形態で処方することが特に有利である。本明細書中で用いる投薬単位形態とは、処置することになる哺乳動物対象のための単位投薬量として適した、物理的に別個の単位を指す；各単位は、必要とされる医薬キャリアと協働して所望の治療効果をもたらすように算出した所定量の活性化合物を含有する。本発明の投与単位形態についての仕様は、（ａ）抗体および／またはＡＤＣの特有の特徴、ならびに達成されることになる特定の治療効果または予防効果、ならびに（ｂ）調剤技術において固有の制限、例えば処置用の活性化合物の、個体における感受性によって決定され、かつこれらに直接依存する。
【０１５２】
本発明に従う組合せで投与するＡＸＬ  ＡＤＣの治療的に有効な量についての例示的な非限定的範囲は、約０．５〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１〜約５ｍｇ／ｋｇ、少なくとも１ｍｇ／ｋｇ、少なくとも２ｍｇ／ｋｇ、少なくとも３ｍｇ／ｋｇ、または少なくとも４ｍｇ／ｋｇである。他の例示的な非限定的範囲は、例えば約０．５〜約５ｍｇ／ｋｇ、例えば約０．８〜約５ｍｇ／ｋｇ、または例えば約１〜約７．５ｍｇ／ｋｇである。本発明の高用量の実施形態は、１０ｍｇ／ｋｇを超える投薬量に関係する。投薬量の値は、緩和すべき症状のタイプおよび重症度によって変わり得、単回用量または複数回用量を含み得ることに留意すべきである。特定のあらゆる対象について、個々のニーズ、および組成物の投与を管理または監督する者の専門的判断に従って、特定の投薬レジメンを経時的に調整すべきであること、そして本明細書中に示す投薬量範囲は、例示に過ぎず、特許請求する組成物の範囲または実施を限定することを意図しないことがさらに理解されるべきである。
【０１５３】
臨床開発計画（ＣＤＰ）
ＣＤＰを、補助療法または単剤療法と併せたＡＸＬ  ＡＤＣの処置に従わせて開発する。治験は、最初に、安全性を実証し、その後、反復用量の有効性を確認する。治験は、標準的な化学療法を、標準的な治療法プラスＡＸＬ  ＡＤＣと比較する非盲検である。認識されるように、患者の登録に関連して利用することができる非限定的な一基準が、生検によって判断した当該患者の腫瘍におけるＡＸＬ発現レベルである。
【０１５４】
あらゆるタンパク質または抗体の注入ベースの治療薬と同様に、安全性の問題は主に、（ｉ）サイトカイン放出症候群、すなわち低血圧、発熱、震え、悪寒；（ｉｉ）その物質に対する免疫原性反応の発現（すなわち、抗体治療剤に対する、患者によるヒト抗体の発現、またはＨＡＭＡ反応）；および（ｉｉｉ）ＡＸＬを発現する正常細胞に対する毒性に関係する。標準的な試験およびフォローアップを利用して、これらの安全上の懸念のそれぞれを監視することができる。ＡＸＬ  ＡＤＣは、ヒト投与直後に安全であることが見出されている。
【０１５５】
実施例４
ＩＨＣによる、癌患者標本におけるＡＸＬタンパク質の検出
免疫組織化学によるＡＸＬタンパク質の発現を、肉腫、膵臓癌、黒色腫、卵巣癌、および肺癌のサンプル由来の腫瘍標本において試験した。簡潔には、ホルマリン固定したパラフィンワックス包埋組織を４ミクロン切片に切って、ガラススライド上に載せた。切片を脱ワックスして、再水和させて、ＢＯＮＤ−ＭＡＸ自動化ＩＨＣ染色系（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）内で、Ｎｏｖｏｃａｓｔｒａ  Ｂｏｎｄ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ  ２（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）と  １００℃にて３０分間処理してから、室温にて１２分間放置した。次いで、切片を、Ｖ７７−２ａ３７．１と表したモノクローナルマウス抗ＡＸＬ抗体またはアイソタイプコントロールとインキュベートした。その後、切片を、Ｎｏｖｏｃａｓｔｒａ  Ｂｏｎｄ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｒｅｆｉｎｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍで処理した。これは、ポストプライマリウサギ抗マウスＩｇＧ試薬中でのインキュベーションに続く、ポリマー抗ウサギポリＨＲＰ−ＩｇＧ試薬（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）とのインキュベーションからなる。次いで、切片を３％過酸化水素溶液で処理して、内因性ペルオキシダーゼ活性を不活化した。ＤＡＢ精製キット（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）を用いて、クロモゲン基質の可視化を進め、ヘマトキシリンを用いて核を染色し、そしてＡｐｅｒｉｏ  ｅＰａｔｈｏｌｏｇｙ  Ｓｃａｎｓｃｏｐｅ撮像系（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｖｉｓｔａ，ＣＡ）上でスライドをスキャンして分析した。ＡＸＬ特異的Ｖ７７−２ａ３７．１抗体を用いて、患者標本において、ブラウン染色によって示される特異的染色を検出した。（図５Ａ、図５Ｃ、図５Ｅ、図５Ｇ、および図５Ｉ参照）。対照的に、アイソタイプコントロール抗体は、腫瘍標本を染色しなかった。（図５Ｂ、図５Ｄ、図５Ｆ、図５Ｈ、および図５Ｊ参照）。
【０１５６】
結果は、患者の肉腫（図５Ａ）、膵臓癌（図５Ｃ）、黒色腫（図５Ｅ）、卵巣癌（図５Ｇ）、および肺癌（図５Ｉ）の組織の腫瘍細胞におけるＡＸＬの発現を示している。これらの結果は、ＡＸＬが、ヒト癌において発現されていること、そしてこの抗原に向けられる抗体が、診断および予後の目的に有用であることを示している。（図５Ａ〜図５Ｊ）。
【０１５７】
実施例５
Ｖ７７−２ａ３７．１  ＭＡｂのエピトープマッピング
２つの抗体のエピトープが重なっており、または互いに近接しているならば、当該エピトープ同士の近接によって決定される程度に、抗体は互いを阻止すると予想されることが、当該技術分野において知られている。一抗体を標識して、モル過剰の非標識抗体でチャレンジしてから、固定化した標的タンパク質と反応させる抗体競合実験は、２つの抗体が互いに近接して位置するエピトープに結合するかを判定する容易な方法である。
【０１５８】
ＡＸＬに結合することで、重なるエピトープに結合する別のＭＡｂを、本発明の抗ＡＸＬ抗体（すなわち、Ｖ７７−２ａ３７．１）が妨害するかを判定するために、抗体競合実験を行った。
【０１５９】
この実験では、試験抗体を最初にビオチン化した。次いで、ビオチン化抗体を、ＡＸＬ結合アッセイにおいて、非標識抗体（全て、ビオチン化抗体に対して５０倍のモル過剰にて存在）のパネルでチャレンジした。非標識抗体パネルは、２つの試験抗体の非標識バージョン、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ由来の、ＡＸＬに向けられる第３の抗体、および適切なアイソタイプコントロールを含んだ。ビオチン化抗体と未標識抗体との混合物を、ＥＬＩＳＡプレート上に固定化した組換えヒトＡＸＬと反応させた、２時間のインキュベーション時間の後に、非結合抗体を洗浄によって除去して、固定化したビオチンを、ストレプトアビジン−ＨＲＰに続くＴＭＢ基質溶液で検出した。
【０１６０】
ｖ７７−２ａ３７．１の非標識バージョンは、それ自体のビオチン化バージョンを阻止すると予想された。他のＡＸＬ  ＭＡｂの非標識バージョンおよびビオチン化バージョンについても同じ結果が予想された。しかしながら、ｖ７７−２ａ３７．１の非標識バージョンが、他のＡＸＬ  ＭＡｂのビオチン化バージョンを阻止することが見出されたならば、またはその逆があったならば、ＡＸＬタンパク質上のエピトープが近接していることに起因して、当該抗体は互いに競合したであろうという結論となる。Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ抗体で得た結果は、この抗体のエピトープが、ｖ７７−２ａ３７．１のエピトープと遠く離れていたかまたは近接していたかを示すであろう。
【０１６１】
材料および方法
【０１６２】
この実験で用いたタンパク質および抗体を、表ＩＶに要約する。
【０１６３】
抗体のビオチン化：２０倍のモル比のＳｕｌｆｏ−ＮＨＳ−ＬＣ−Ｂｉｏｔｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を用いて、室温にて２時間、ＡＸＬ抗体ｖ７７−２ａ３７．１およびＭ７７−２９７ｂ８１．１．１のアリコートをビオチン化した。組み込まれていないビオチンを、ＰＢＳに対する徹底的な透析によって除去した。
【０１６４】
組換えＡＸＬの固定化：組換えヒトＡｘｌタグ５タンパク質を、最初に、炭酸塩バッファ中０．５μｇ／ｍＬに希釈した。希釈したタンパク質溶液のアリコート（５０μＬ）を、９６ウェルＮｕｎｃ  Ｍａｘｉｓｏｒｐ  ＥＬＩＳＡプレート（Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）のウェル中にピペットで入れた。プレートを覆って、室温にて一晩インキュベートして、タンパク質を固定化した。次いで、プレートを吸引して、１洗浄サイクルにつきウェルあたり２００μＬのＰＢＳＴ（ＰＢＳプラス０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０）で３回、洗浄した。プレートを、２００μＬのブロッキング溶液（ＰＢＳプラス３％脱脂粉乳）で、室温にて１時間、ブロッキングした。
【０１６５】
抗体競合：非標識抗体を、ＰＢＳＴプラス３％脱脂粉乳中１００μｇ／ｍＬの濃度に希釈した一方、２つのビオチン化抗体を、ＰＢＳＴプラス３％脱脂粉乳中２μｇ／ｍＬの濃度に希釈した。各非標識抗体のアリコート（２５μＬ）に続いて、ビオチン化抗体の２５μＬアリコートを、コーティングしたプレートの指定されたウェル中にピペットで入れた。溶液を十分に混合して、室温にて２時間、プレート中でインキュベートした。プレートをＰＢＳＴで３回洗浄した。結合したビオチン化抗体を、５０μＬストレプトアビジン−ＨＲＰ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）で検出した（３％脱脂粉乳入りＰＢＳＴ中に１〜５０００倍希釈；室温にて１時間）。次いで、プレートを３回洗浄して、７０μＬのＴＭＢ（室温にて２０分）に続く５０μＬ停止溶液により、結合したＨＲＰを検出した。次いで、プレートの光学密度を、６５０ｎｍにて測定した。
【０１６６】
結果：結果は、あらゆる非標識抗体の不在下で、Ｖ７７−２ａ３７．１およびＭ７７−２９７ｂ８１．１．１双方のＭＡｂのビオチン化バージョンが、ＡＸＬコーティングしたＥＬＩＳＡプレートでロバストなシグナルを与えたことを示す。この結果は、プレートが十分にコーティングされていること、そしてビオチン化反応が良好な結果をもたらすことを示した。
【０１６７】
さらに、この実験に含まれるアイソタイプコントロール抗体、ｃｍｌｙｓ−ｌｃ３．１は、２つのビオチン化抗体がＡＸＬに結合する能力を妨害せず、このことは、アイソタイプコントロールが、２つのビオチン化抗体のいずれとも競合しないことを示している。
【０１６８】
予想されるように、ビオチン化バージョンの５０倍のモル過剰にて存在する抗体Ｖ７７−２ａ３７．１の非標識バージョンは、固定化ＡＸＬへの結合について、それ自体のビオチン化バージョンと競合する。同様に、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１の非標識バージョンは、それ自体のビオチン化バージョンと競合する。しかしながら、Ｖ７７−２ａ３７．１のビオチン化バージョンが、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１の５０倍のモル過剰で提示される場合、競合は観察されず、このことは、これらの２つの抗体のエピトープが、実際には異なることを示している。この観察を支持して、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１のビオチン化バージョンが、Ｖ７７−２ａ３７．１の５０倍のモル過剰で提示される場合、競合は観察されない（表Ｖおよび表ＶＩ）。
【０１６９】
加えて、この実験はまた、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇウサギモノクローナル抗ＡＸＬ抗体がビオチン化Ｖ７７−２ａ３７．１およびビオチン化Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１ＭＡｂと競合する能力を試験した。示された結果は、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇウサギモノクローナル抗ＡＸＬ抗体が、ビオチン化Ｖ７７−２ａ３７．１の、ＡＸＬへの結合能力に及ぼす影響が小さく（３．３％の競合）、そしてビオチン化Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１の、ＡＸＬへの結合能力に及ぼす影響が、同様に小さい（１．５％）ことを示している。これらの結果は、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇウサギモノクローナル抗ＡＸＬ抗体のエピトープと、２つの試験抗体との間の重なり度合の潜在性が最小であることを示唆している（表ＶＩ）。
【０１７０】
実施例６
細胞ブロックサンプルを用いたＡＸＬ検出用の免疫組織化学試薬としてのＣ８９Ｅ７  ＭＡｂおよびＡＦ１５４  ＭＡｂの評価
この実験では、ヒト肺癌細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２およびＨＣＣ８２７（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから購入）、ならびにＮＣＩ−Ｈ７２７（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅから購入）の３つの細胞ブロックサンプルを、１０％ウシ胎児血清（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を補充したＲＰＭＩ１６４０培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）中で培養して、遠心分離して洗浄した後に、細胞を１０％リン酸塩緩衝ホルマリン中で一晩固定した。次いで、細胞ペレットを、Ｏ．Ｃ．Ｔ．コンパウンド（サクラファインテックジャパン株式会社）と混合して、細胞ブロックを得、これをその後、パラフィン包埋した。
【０１７１】
細胞ブロックを切って、ガラススライド上に載せた後、切片におけるＡＸＬ発現を、ＲＮＡ  ＩＳＨキット（提供されるユーザーマニュアルに従って、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  ＶｉｅｗＲＮＡ  ＴＹＰＥ１  Ｐｒｏｂｅ  Ｓｅｔ  Ｈｕｍａｎ  ＡＸＬ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）による、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  ＶｉｅｗＲＮＡ  ＩＳＨ  ｔｉｓｓｕｅ  １−Ｐｌｅｘ  Ａｓｓａｙキット（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）およびＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  ＶｉｅｗＲＮＡ  Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  Ｓｉｇｎａｌ  Ａｍｐキット（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ））を用いたＲＮＡインサイチュハイブリダイゼーション（ＲＮＡ  ＩＳＨ）によって、確認した。アルカリホスファターゼ（ＡＰ）で標識したＡＸＬ  ｍＲＮＡを視覚化するために、キットに含まれるプロトコルに従って、ＷａｒｐＲｅｄ  Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎ  Ｋｉｔ（Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｃｏｎｃｏｒｄ，ＣＡ）を色原体として用いた。次いで、スライドをヘマトキシリンで対比染色して、空気乾燥させて、キシレン中でクリアにして、永久マウント媒体Ｅｎｔｅｌｌａｎ  ｎｅｗ試薬（Ｍｅｒｃｋ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、ドイツ）と載せた。ＡＸＬ発現の特異的シグナルが、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞において観察された（図６Ａ（ｉ））一方、ＨＣＣ８２７（図６Ａ（ｉｉ））およびＮＣＩ−Ｈ７２７細胞（図６Ａ（ｉｉｉ））においてシグナルは実質的に観察されず、このことは、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞株がＡＸＬ陽性であるが、ＨＣＣ８２７細胞株およびＮＣＩ−Ｈ７２７細胞株が双方ともＡＸＬ陰性であったことを示す。
【０１７２】
次に、２つの抗ＡＸＬ抗体、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇウサギモノクローナル抗体［Ｃ８９Ｅ７］（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ）、およびＲ＆Ｄヤギポリクローナル抗体［ＡＦ１５４］（Ｒ＆Ｄ  ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）を、細胞ブロックサンプルを用いて、免疫組織化学（ＩＨＣ）によって評価した。簡潔には、細胞ブロックの切片を脱ワックスして、再水和させて、オートクレーブ（１２１℃で１０分間）またはマイクロ波（１００℃で１５分間）によって抗原回収を実行してから、内因性ペルオキシダーゼを、３％Ｈ２Ｏ２−メタノールで不活化した。次いで、スライドを、１％ＢＳＡを含有するＴＢＳでブロッキングして、同バッファ中１：１００希釈抗体とインキュベートした。ＴＢＳＴ（ＴＢＳプラス０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で３回洗浄した後、第２の抗体、３，３’−ジアミノベンジジン、および表ＶＩＩＩに列挙するテトラヒドロクロライド（ＤＡＢ）試薬で、スライド中のＡＸＬを検出して視覚化してから、マイヤーヘマトキシリンで対比染色した。ＩＨＣ実験で用いた詳細な条件を、表ＶＩＩＩに記載している。これらの３つの細胞ブロックについてのＡＸＬのＩＨＣ染色の結果を、図６Ｂ（ｉ）〜図６Ｂ（ｖｉ）に示した。ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞における抗ＡＸＬモノクローナル抗体［Ｃ８９Ｅ７］によるＡＸＬについてのＩＨＣは、強い染色を示した（図６Ｂ（ｉ））が、ＨＣＣ８２７細胞（図６Ｂ（ｉｉ））およびＮＣＩ−Ｈ７２７細胞（図６Ｂ（ｉｉｉ））では、染色は実質的に観察されなかった。これは、ＲＮＡ  ＩＳＨ実験によって得られたＡＸＬ発現の観察結果と一致した。一方、ぎりぎりの、または弱いＩＨＣ染色シグナルが、抗ＡＸＬポリクローナル抗体［ＡＦ１５４］によって、ＨＣＣ８２７細胞（図６Ｂ（ｖ））およびＮＣＩ−Ｈ７２７細胞（図６Ｂ（ｖｉ））において観察された。これは、ＲＮＡ  ＩＳＨの結果と一致しなかった。これらの観察は、抗ＡＸＬモノクローナル抗体［Ｃ８９Ｅ７］が、抗ＡＸＬポリクローナル抗体［ＡＦ１５４］よりも、ＩＨＣ試薬として適しているようであることを示唆した。なぜなら、抗ＡＸＬモノクローナル抗体［Ｃ８９Ｅ７］は、これらの３つの細胞ブロックを用いたこれらの実験において観察されるような非特異的シグナルを示さなかったからである。
【０１７３】
実施例７
抗ＡＸＬ  Ｖ７７−２ａ３７．１ＭＡｂ、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１ＭＡｂ、およびＣ８９Ｅ７ＭＡｂを用いた、選択されたＡＸＬ  ＲＮＡ（＋）（−）ＦＦＰＥサンプルにおける比較免疫組織化学
抗ＡＸＬ抗体Ｖ７７−２ａ３７．１、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１．１（ＡＴＣＣ名称ＰＴ  Ａ−１２２０９２）、およびＡＸＬ（Ｃ８９Ｅ７）による非特異的ＩＨＣ染色を、乳房（図７Ａ〜図７Ｄ）、肝細胞（図７Ｅ〜図７Ｈ）、および結腸（図７Ｉ〜図７Ｌ）の癌腫サンプル由来のＡＸＬ陰性腫瘍標本（ｑＰＣＲによって測定した）において、評価した。
【０１７４】
簡潔には、ホルマリン固定したパラフィンワックス包埋組織を４ミクロン切片に切って、ガラススライド上に載せた。切片を脱ワックスして、再水和させて、ＢＯＮＤ−ＭＡＸ自動化ＩＨＣ染色系（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）内で、Ｎｏｖｏｃａｓｔｒａ  Ｂｏｎｄ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ  ２（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）と  １００℃にて３０分間、続いて室温にて１２分間、処理した。次いで、切片を、モノクローナル抗ＡＸＬ抗体Ｖ７７−２ａ３７．１、Ｍ７７−２９７ｂ８１．１、モノクローナルウサギ抗ＡＸＬ抗体Ａｘｌ（Ｃ８９Ｅ７）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ）、またはアイソタイプコントロールとインキュベートした。その後、切片を、Ｎｏｖｏｃａｓｔｒａ  Ｂｏｎｄ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｒｅｆｉｎｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍで処理した。これは、ポストプライマリウサギ抗マウスＩｇＧ試薬中でのインキュベーションに続く、ポリマー抗ウサギポリＨＲＰ−ＩｇＧ試薬（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）とのインキュベーションからなる。次いで、切片を３％過酸化水素溶液で処理して、内因性ペルオキシダーゼ活性を不活化した。ＤＡＢ精製キット（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）を用いて、クロモゲン基質の可視化を進め、ヘマトキシリンを用いて核を染色し、そしてＡｐｅｒｉｏ  ｅＰａｔｈｏｌｏｇｙ  Ｓｃａｎｓｃｏｐｅ撮像系（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｖｉｓｔａ，ＣＡ）上でスライドをスキャンして分析した。
【０１７５】
結果は、ＡＸＬ特異的Ｖ７７−２ａ３７．１抗体（図７Ａ、図７Ｅ、図７Ｉ）およびＭ７７−２９７ｂ８１．１．１抗体（図７Ｂ、図７Ｆ、および図７Ｊ）を用いて、ブラウン染色の欠如によって示される、非特異的染色の制限または不在が、腫瘍標本の全てにおいて観察されたことを示している。さらに、アイソタイプコントロール抗体もまた、腫瘍標本において非特異的染色を示さなかった（図７Ｄ、図７Ｈ、図７Ｌ）。対照的に、市販の抗ＡＸＬ抗体、ＡＸＬ（Ｃ８９Ｅ７）は、ＡＸＬ  ｍＲＮＡ発現が制限された腫瘍標本において、顕著なブラウン染色を示した（図７Ｃ、図７Ｇ、図７Ｋ、矢印参照）。
【０１７６】
図７Ａ〜図７Ｌにおける結果は、ＡＸＬ  ｍＲＮＡ陰性組織サンプルにおける非特異的染色の不在に起因して、Ｖ７７−２ａ３７．１およびＭ７７−２９７ｂ８１．１．１が、優れたＩＨＣ抗体であることを示している。
【０１７７】
本出願の全体を通して、様々なウェブサイトのデータの内容、出版物、特許出願、および特許が参照されている。（ウェブサイトは、ユニフォームリソースロケータ、すなわちＵＲＬ、ワールドワイドウェブ上のアドレスによって参照される）。これらの引用の開示はそれぞれ、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１７８】
本発明は、本明細書中で開示される実施形態によって範囲が限定されるべきでなく、実施形態は、本発明の個々の態様の単なる例示として意図されており、機能的に等価なものは全て、本発明の範囲内である。本明細書に記載されたものに加えて、本発明のモデルおよび方法に対する様々な修正が、上記の説明および教示から当業者に明らかであろうし、同様に、本発明の範囲内に含まれることが意図される。そのような修正または他の実施形態が、本発明の真の範囲および精神から逸脱せずに実施されてよい。
【０１７９】
表
【０１８０】
【表１】
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【０１８１】
【表２】
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【０１８２】
【表３】
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【０１８３】
【表４】
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【０１８４】
【表５】
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【０１８５】
【表６】
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【０１８６】
【表７】
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【０１８７】
【表８】
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【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図２Ａ−１】
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【図２Ａ−２】
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【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
2018525320.tif 000024
【図５Ｅ】
2018525320.tif 000025
【図５Ｆ】
2018525320.tif 000026
【図５Ｇ】
2018525320.tif 000027
【図５Ｈ】
2018525320.tif 000028
【図５Ｉ】
2018525320.tif 000029
【図５Ｊ】
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【図６Ａ（ｉ）】
2018525320.tif 000031
【図６Ａ（ｉｉ）】
2018525320.tif 000032
【図６Ａ（ｉｉｉ）】
2018525320.tif 000033
【図６Ｂ（ｉ）】
2018525320.tif 000034
【図６Ｂ（ｉｉ）】
2018525320.tif 000035
【図６Ｂ（ｉｉｉ）】
2018525320.tif 000036
【図６Ｂ（ｉｖ）】
2018525320.tif 000037
【図６Ｂ（ｖ）】
2018525320.tif 000038
【図６Ｂ（ｖｉ）】
2018525320.tif 000039
【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
2018525320.tif 000041
【図７Ｃ】
2018525320.tif 000042
【図７Ｄ】
2018525320.tif 000043
【図７Ｅ】
2018525320.tif 000044
【図７Ｆ】
2018525320.tif 000045
【図７Ｇ】
2018525320.tif 000046
【図７Ｈ】
2018525320.tif 000047
【図７Ｉ】
2018525320.tif 000048
【図７Ｊ】
2018525320.tif 000049
【図７Ｋ】
2018525320.tif 000050
【図７Ｌ】
2018525320.tif 000051
【配列表】
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【国際調査報告】
2018525320.tif 000052